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CCTGGAA C,CCTGGGA 558.58 PASS AF=0.209913,0.0553936;AO=55,18;DP=394;FAO=72,19;FDP=343;FR=.;FRO=252;FSAF=34,17;FSAR=38,2;FSRF=98;FSRR=154;FWDB=0.000198538,0.0179788;FXX=0.0828855;HRUN=5,2;LEN=6,1;MLLD=242.922,38.2629;QD=6.514;RBI=0.0129401,0.0303032;REFB=-0.0112103,-0.00748856;REVB=-0.0129386,-0.0243935;RO=245;SAF=23,16;SAR=32,2;SRF=80;SRR=165;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.126242,0.560893;STB=0.565471,0.919808;STBP=0.206,0.002;TYPE=del,snp;VARB=0.0395371,0.081934;OID=.,.;OPOS=879790,879794;OREF=CTGGAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CCTGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209913,0.0553936:55,18:394:72,19:343:252:34,17:38,2:98:154:99:245:23,16:32,2:80:165 chr1 887801 . A G 3056.85 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.808;QD=63.6843;RBI=0.0566723;REFB=0;REVB=-0.0518708;RO=0;SAF=94;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98272e-05;OID=.;OPOS=887801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:192:192:1:98:94:0:0:98:94:0:0 chr1 888639 . T C 2251.8 PASS AF=0.973154;AO=146;DP=149;FAO=145;FDP=149;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0673589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7866;QD=60.451;RBI=0.0696767;REFB=0.0935345;REVB=-0.0178222;RO=3;SAF=66;SAR=80;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174973;STB=0.505386;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0156685;OID=.;OPOS=888639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:149:149:3:4:146:145:0.973154:80:66:0:3:80:65:1:3 chr1 888659 . T C 1970.89 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.305;QD=62.0754;RBI=0.0163826;REFB=0;REVB=0.00396896;RO=0;SAF=52;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62978e-05;OID=.;OPOS=888659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:75:52:0:0:75:52:0:0 chr1 894573 . G A 1917.05 PASS AF=0.528249;AO=187;DP=355;FAO=187;FDP=354;FR=.;FRO=167;FSAF=81;FSAR=106;FSRF=93;FSRR=74;FWDB=-0.0041797;FXX=0.00281682;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.596;QD=21.6615;RBI=0.0162988;REFB=-0.0195772;REVB=0.0157538;RO=166;SAF=81;SAR=106;SRF=92;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104697;STB=0.558497;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0164441;OID=.;OPOS=894573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:354:166:167:187:187:0.528249:106:81:92:74:106:81:93:74 chr1 897325 . G C 1340.83 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.206;QD=62.3644;RBI=0.0522781;REFB=0;REVB=0.0438015;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36473e-05;OID=.;OPOS=897325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:37:47:0:0:38:48:0:0 chr1 897440 . G A 588.22 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=53;FWDB=-0.00530722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.736;QD=19.9397;RBI=0.00609742;REFB=0.000728025;REVB=0.00300199;RO=58;SAF=11;SAR=49;SRF=5;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162744;STB=0.588642;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.000589846;OID=.;OPOS=897440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:58:60:60:0.508475:49:11:5:53:49:11:5:53 chr1 897564 . T C 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0689877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2027;QD=57.8818;RBI=0.0978447;REFB=0;REVB=-0.0693851;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135327;OID=.;OPOS=897564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr1 900505 . G C 1002.4 PASS AF=0.426923;AO=109;DP=258;FAO=111;FDP=260;FR=.;FRO=149;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=87;FSRR=62;FWDB=-0.00321703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.561;QD=15.4216;RBI=0.0369175;REFB=-0.00972781;REVB=0.0367771;RO=149;SAF=61;SAR=48;SRF=87;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255884;STB=0.519951;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0126807;OID=.;OPOS=900505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:260:149:149:109:111:0.426923:48:61:87:62:50:61:87:62 chr1 900972 . T G 2508.17 PASS AF=0.982249;AO=165;DP=169;FAO=166;FDP=169;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.017895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2487;QD=59.3651;RBI=0.0184228;REFB=0.00762651;REVB=0.00437795;RO=3;SAF=90;SAR=75;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155958;STB=0.508107;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00102165;OID=.;OPOS=900972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:169:169:3:3:165:166:0.982249:75:90:3:0:75:91:3:0 chr1 901023 . T C 2286.81 PASS AF=0.993464;AO=150;DP=151;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0728261;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1129;QD=59.7858;RBI=0.0811983;REFB=-0.067727;REVB=0.0359099;RO=1;SAF=79;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665228;STB=0.503496;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00391277;OID=.;OPOS=901023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:151:153:1:1:150:152:0.993464:71:79:0:1:71:81:0:1 chr1 901046 . ACCC AC,ACCA 593.57 PASS AF=0.398551,0.0724638;AO=55,10;DP=139;FAO=55,10;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=21,6;FSAR=34,4;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.089537,-0.0704063;FXX=0.0142847;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=33.4326,184.718;QD=17.2048;RBI=0.107261,0.0719417;REFB=0.00278689,-0.00386704;REVB=0.0590603,0.0147837;RO=51;SAF=21,6;SAR=34,4;SRF=30;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.181675,0.0150188;STB=0.625485,0.502508;STBP=0.017,0.989;TYPE=del,snp;VARB=-0.00679373,0.00965092;OID=.,.;OPOS=901047,901049;OREF=CC,C;OALT=-,A;OMAPALT=AC,ACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.398551,0.0724638:55,10:139:55,10:138:73:21,6:34,4:44:29:99:51:21,6:34,4:30:21 chr1 902128 . C T 1122.08 PASS AF=0.5311;AO=107;DP=207;FAO=111;FDP=209;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=71;FSRF=29;FSRR=69;FWDB=0.00275898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2711;QD=21.4752;RBI=0.0486442;REFB=-0.016901;REVB=0.0485659;RO=98;SAF=39;SAR=68;SRF=29;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660338;STB=0.533378;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0141165;OID=.;OPOS=902128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:209:98:98:107:111:0.5311:68:39:29:69:71:40:29:69 chr1 906272 . A C 680.6 PASS AF=0.424581;AO=52;DP=180;FAO=76;FDP=179;FR=.,HEALED;FRO=103;FSAF=18;FSAR=58;FSRF=29;FSRR=74;FWDB=-0.0205185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.555;QD=15.2089;RBI=0.0251833;REFB=-0.0197765;REVB=0.014601;RO=100;SAF=17;SAR=35;SRF=27;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767025;STB=0.534291;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0330999;OID=.;OPOS=906272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:100:103:52:76:0.424581:35:17:27:73:58:18:29:74 chr1 907454 . G C 36.38 PASS AF=0.0849673;AO=13;DP=147;FAO=13;FDP=153;FR=.;FRO=140;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=101;FWDB=-0.0178682;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.2916;QD=0.951236;RBI=0.0223823;REFB=-0.0018594;REVB=-0.0134794;RO=134;SAF=11;SAR=2;SRF=35;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.607645;STB=0.91844;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0994628;OID=.;OPOS=907454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:147:153:134:140:13:13:0.0849673:2:11:35:99:2:11:39:101 chr1 907758 . AGGGGGC AGGAGGC,AGGGC,AGGGG,AGGGGC 2004.83 PASS AF=0.0897436,0.910256,0,0;AO=16,18,18,19;DP=161;FAO=14,142,0,0;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=0,103,0,0;FSAR=14,39,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863393,0.814247,0.837625,1.62501;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,2,2,1;MLLD=184.037,20.3261,5.58745,12.0363;QD=51.4058;RBI=0.131029,0.833289,0.851042,1.65855;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0985605,-0.177122,-0.150518,-0.331857;RO=66;SAF=0,1,18,19;SAR=16,17,0,0;SRF=66;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.90039,-0.875547,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0.0751619,-0.00268016,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=907761,907759,907763,907759;OREF=G,GG,GC,G;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=AGGAGGC,AGGGC,AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0897436,0.910256,0,0:16,18,18,19:161:14,142,0,0:156:0:0,103,0,0:14,39,0,0:0:0:36:66:0,1,18,19:16,17,0,0:66:0 chr1 909238 . G C 3078.4 PASS AF=0.994872;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.509;QD=63.1466;RBI=0.0251974;REFB=-0.0850362;REVB=0.0151703;RO=1;SAF=77;SAR=117;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0040532;STB=0.502127;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=6.92241e-05;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:195:1:1:194:194:0.994872:117:77:0:1:117:77:0:1 chr1 909242 . A G 752.34 PASS AF=0.443243;AO=77;DP=181;FAO=82;FDP=185;FR=.;FRO=103;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=41;FSRR=62;FWDB=-0.0274701;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9942;QD=16.2669;RBI=0.0298432;REFB=-0.00860832;REVB=-0.0116624;RO=102;SAF=25;SAR=52;SRF=42;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972312;STB=0.534262;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0115672;OID=.;OPOS=909242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:185:102:103:77:82:0.443243:52:25:42:60:54:28:41:62 chr1 909309 . T C 1048.98 PASS AF=0.553073;AO=97;DP=178;FAO=99;FDP=179;FR=.;FRO=80;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=0.00354797;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.905;QD=23.4408;RBI=0.00744908;REFB=-0.0165242;REVB=0.00654986;RO=80;SAF=47;SAR=50;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101656;STB=0.553662;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0140993;OID=.;OPOS=909309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:80:80:97:99:0.553073:50:47:29:51:50:49:30:50 chr1 909768 . A G 6131.13 PASS AF=1;AO=385;DP=386;FAO=386;FDP=386;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=220;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029647;FXX=0.00258391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.62;QD=63.535;RBI=0.0172674;REFB=-0.0119495;REVB=-0.017011;RO=1;SAF=166;SAR=219;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.70986e-06;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:386:386:1:0:385:386:1:219:166:1:0:220:166:0:0 chr1 911595 . A G 3904.56 PASS AF=0.42886;AO=423;DP=1004;FAO=425;FDP=991;FR=.;FRO=566;FSAF=92;FSAR=333;FSRF=225;FSRR=341;FWDB=-0.0307031;FXX=0.0149104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9722;QD=15.7601;RBI=0.0697158;REFB=-0.0324737;REVB=-0.0625908;RO=537;SAF=90;SAR=333;SRF=201;SRR=336;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2095;STB=0.629949;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.063651;OID=.;OPOS=911595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1004:991:537:566:423:425:0.42886:333:90:201:336:333:92:225:341 chr1 911916 . C T 1429.21 PASS AF=0.5;AO=137;DP=280;FAO=142;FDP=284;FR=.;FRO=142;FSAF=79;FSAR=63;FSRF=74;FSRR=68;FWDB=0.0514409;FXX=0.00350865;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7185;QD=20.1297;RBI=0.0724398;REFB=0.0384699;REVB=0.0510035;RO=142;SAF=76;SAR=61;SRF=74;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314016;STB=0.517758;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0380963;OID=.;OPOS=911916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:284:142:142:137:142:0.5:61:76:74:68:63:79:74:68 chr1 914333 . C G 962.67 PASS AF=0.434599;AO=102;DP=234;FAO=103;FDP=237;FR=.;FRO=134;FSAF=21;FSAR=82;FSRF=51;FSRR=83;FWDB=-0.0139816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.875;QD=16.2475;RBI=0.014407;REFB=-0.0277371;REVB=0.00347483;RO=122;SAF=21;SAR=81;SRF=42;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181639;STB=0.630135;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0285419;OID=.;OPOS=914333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:237:122:134:102:103:0.434599:81:21:42:80:82:21:51:83 chr1 914852 . G C 1012.15 PASS AF=0.464912;AO=107;DP=229;FAO=106;FDP=228;FR=.;FRO=122;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=85;FSRR=37;FWDB=0.0135334;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3442;QD=17.757;RBI=0.0368956;REFB=-0.00816532;REVB=0.034324;RO=121;SAF=67;SAR=40;SRF=84;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071396;STB=0.54306;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00818161;OID=.;OPOS=914852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:121:122:107:106:0.464912:40:67:84:37:40:66:85:37 chr1 914876 . T C 4807.17 PASS AF=1;AO=306;DP=308;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=210;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190046;FXX=0.0127384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.734;QD=62.028;RBI=0.00610919;REFB=-0.00740955;REVB=0.00580607;RO=0;SAF=208;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77874e-05;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:308:310:0:0:306:310:1:98:208:0:0:100:210:0:0 chr1 914940 . T C 860.18 PASS AF=0.310256;AO=111;DP=380;FAO=121;FDP=390;FR=.;FRO=269;FSAF=31;FSAR=90;FSRF=140;FSRR=129;FWDB=-0.0480557;FXX=0.0322573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0602;QD=8.82234;RBI=0.0516756;REFB=-0.0295578;REVB=-0.0190004;RO=265;SAF=22;SAR=89;SRF=137;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422148;STB=0.693866;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.066408;OID=.;OPOS=914940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:390:265:269:111:121:0.310256:89:22:137:128:90:31:140:129 chr1 915227 . A G 894.29 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0112208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.521;QD=55.0335;RBI=0.0135077;REFB=-0.0628742;REVB=0.00752003;RO=2;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448992;STB=0.523802;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00184418;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:20:43:0:2:20:43:0:2 chr1 916549 . A G 4580.43 PASS AF=1;AO=285;DP=288;FAO=288;FDP=288;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120137;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7615;QD=63.6171;RBI=0.0521771;REFB=0;REVB=-0.0507752;RO=0;SAF=121;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.2223e-05;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:288:288:0:0:285:288:1:164:121:0:0:167:121:0:0 chr1 917492 . C T 946.54 PASS AF=0.466981;AO=99;DP=212;FAO=99;FDP=212;FR=.;FRO=113;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=0.0542727;FXX=0.0139528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.161;QD=17.8591;RBI=0.0543332;REFB=-0.0197866;REVB=-0.00256197;RO=108;SAF=41;SAR=58;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382542;STB=0.534581;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0201906;OID=.;OPOS=917492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:108:113:99:99:0.466981:58:41:49:59:58:41:54:59 chr1 935222 . C A 396.83 PASS AF=0.794872;AO=31;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=298.263;QD=40.7;RBI=0.00185909;REFB=-0.0203338;REVB=-0.00185909;RO=8;SAF=0;SAR=31;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00510737;OID=.;OPOS=935222;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:8:8:31:31:0.794872:31:0:0:8:31:0:0:8 chr1 948921 . T C 1491.62 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0127;QD=63.473;RBI=0.0369549;REFB=0;REVB=-0.0141763;RO=0;SAF=62;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200567;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:32:62:0:0:32:62:0:0 chr1 949608 . G A 647.11 PASS AF=0.423529;AO=72;DP=170;FAO=72;FDP=170;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=0.0629509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.793;QD=15.226;RBI=0.0630476;REFB=0.00917161;REVB=-0.00349046;RO=97;SAF=32;SAR=40;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226971;STB=0.515268;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0153772;OID=.;OPOS=949608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:97:98:72:72:0.423529:40:32:41:56:40:32:41:57 chr1 949654 . A G 2320.89 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282353;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.469;QD=61.0759;RBI=0.00972901;REFB=0;REVB=-0.00931028;RO=0;SAF=63;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10344e-06;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:151:152:1:88:63:0:0:88:64:0:0 chr1 981931 . A G 3149.38 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579595;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.384;QD=63.9468;RBI=0.0861392;REFB=0;REVB=-0.0637233;RO=0;SAF=55;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62437e-05;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:198:197:0:0:197:197:1:142:55:0:0:142:55:0:0 chr1 982994 . T C 1885.67 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0430093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4029;QD=60.3415;RBI=0.0697208;REFB=0.134849;REVB=-0.0548743;RO=1;SAF=44;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106749;STB=0.505617;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00165878;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:80:44:1:0:80:44:1:0 chr1 984302 . T C 7199.33 PASS AF=1;AO=448;DP=448;FAO=457;FDP=457;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=307;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.436;QD=63.0139;RBI=0.0840223;REFB=0;REVB=0.0257718;RO=0;SAF=142;SAR=306;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16916e-05;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:448:457:0:0:448:457:1:306:142:0:0:307:150:0:0 chr1 986443 . C T 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.637;QD=55.2208;RBI=0.0208748;REFB=-0.0668125;REVB=0.00214567;RO=0;SAF=13;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60164e-08;STB=0.505745;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000126526;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:43:13:0:0:43:13:0:1 chr1 987200 . C T 3116.32 PASS AF=1;AO=203;DP=205;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103735;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.165;QD=61.4053;RBI=0.0105237;REFB=-0.0274248;REVB=0.00177197;RO=0;SAF=96;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52183e-05;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:203:0:0:203:203:1:107:96:0:0:107:96:0:0 chr1 990280 . C T 10532.2 PASS AF=1;AO=652;DP=678;FAO=671;FDP=671;FR=.;FRO=0;FSAF=398;FSAR=273;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476625;FXX=0.0261244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8817;QD=62.7854;RBI=0.0555511;REFB=-0.050552;REVB=0.0285343;RO=1;SAF=396;SAR=256;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00186216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102816;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:678:671:1:0:652:671:1:256:396:0:1:273:398:0:0 chr1 990806 . G A 2315.57 PASS AF=0.9875;AO=154;DP=161;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0299193;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.081;QD=57.8893;RBI=0.0514386;REFB=-0.130491;REVB=0.0418421;RO=5;SAF=83;SAR=71;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323227;STB=0.506578;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000456157;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:161:160:5:2:154:158:0.9875:71:83:0:5:75:83:0:2 chr1 1007203 . A G 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.333;QD=53.9013;RBI=0.101364;REFB=0;REVB=-0.00508815;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610321;OID=.;OPOS=1007203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr1 1007432 . G A 74.58 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.813;QD=37.2914;RBI=0.146625;REFB=0;REVB=0.144893;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234059;OID=.;OPOS=1007432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr1 1026707 . C A 3353.02 PASS AF=1;AO=216;DP=218;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190557;FXX=0.00917389;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.21;QD=62.0929;RBI=0.0206036;REFB=-0.0154231;REVB=0.00783513;RO=1;SAF=96;SAR=120;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493703;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13749e-05;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:218:216:1:0:216:216:1:120:96:1:0:120:96:0:0 chr1 1078138 . G A 459.05 PASS AF=0.439655;AO=50;DP=120;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0070788;FXX=0.0413189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.091;QD=15.8295;RBI=0.0166685;REFB=-0.0135694;REVB=0.0150907;RO=63;SAF=22;SAR=28;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837584;STB=0.543054;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.019292;OID=.;OPOS=1078138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:116:63:65:50:51:0.439655:28:22:33:30:29:22:33:32 chr1 1132938 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.12305;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.5238;QD=23.2177;RBI=0.164157;REFB=0.0942896;REVB=0.108656;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0302808;OID=.;OPOS=1132938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr1 1139565 . G A 1527.65 PASS AF=0.458689;AO=161;DP=351;FAO=161;FDP=351;FR=.;FRO=190;FSAF=90;FSAR=71;FSRF=94;FSRR=96;FWDB=-0.00345902;FXX=0.00566556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.354;QD=17.4091;RBI=0.0115937;REFB=0.0160014;REVB=0.0110656;RO=187;SAF=90;SAR=71;SRF=93;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604282;STB=0.534985;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0177302;OID=.;OPOS=1139565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:351:187:190:161:161:0.458689:71:90:93:94:71:90:94:96 chr1 1147422 . CT TG,TT 453.57 PASS AF=0,0.4;AO=5,45;DP=128;FAO=0,52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=0,37;FSAR=0,15;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=-0.00645394,0.000998861;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=164.511,238.194;QD=13.9559;RBI=0.00749053,0.00324471;REFB=-0.0141095,-0.0149548;REVB=0.00380194,0.00308714;RO=74;SAF=0,35;SAR=5,10;SRF=50;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.607571,0.145159;STB=0.5,0.540694;STBP=1,0.482;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0206548;OID=.,.;OPOS=1147422,1147422;OREF=CT,C;OALT=TG,T;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:128:130:74:78:5,45:0,52:0,0.4:5,10:0,35:50:24:0,15:0,37:51:27 chr1 1153113 . G A 1023.86 PASS AF=0.495283;AO=100;DP=207;FAO=105;FDP=212;FR=.;FRO=107;FSAF=31;FSAR=74;FSRF=29;FSRR=78;FWDB=0.0356519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9045;QD=19.3181;RBI=0.0442919;REFB=-0.00616915;REVB=0.0262814;RO=104;SAF=28;SAR=72;SRF=26;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350979;STB=0.514857;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00798743;OID=.;OPOS=1153113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:212:104:107:100:105:0.495283:72:28:26:78:74:31:29:78 chr1 1156131 . T C 385.1 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0213697;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.46;QD=16.7435;RBI=0.0213765;REFB=-0.000541772;REVB=-0.000537937;RO=49;SAF=22;SAR=18;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118892;STB=0.549975;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.000445126;OID=.;OPOS=1156131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:92:49:52:40:40:0.434783:18:22:21:28:18:22:24:28 chr1 1158562 . AAC A 309.28 PASS AF=0.428571;AO=49;DP=122;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.012399;FXX=0.0245881;HRUN=2;LEN=2;MLLD=139.053;QD=10.3958;RBI=0.0137902;REFB=-0.0346956;REVB=-0.00603611;RO=62;SAF=27;SAR=22;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130869;STB=0.569714;STBP=0.221;TYPE=del;VARB=0.0542586;OID=.;OPOS=1158563;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:49:122:51:119:68:28:23:29:39:99:62:27:22:26:36 chr1 1158631 . A G 2083.73 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.492;QD=62.6687;RBI=0.0343021;REFB=0;REVB=0.0111369;RO=0;SAF=69;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81099e-05;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:64:69:0:0:64:69:0:0 chr1 1178245 . C T 1749.06 PASS AF=0.448441;AO=186;DP=417;FAO=187;FDP=417;FR=.;FRO=230;FSAF=82;FSAR=105;FSRF=102;FSRR=128;FWDB=0.0475156;FXX=0.00239229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0166;QD=16.7775;RBI=0.0483729;REFB=-0.0137172;REVB=-0.00906702;RO=223;SAF=82;SAR=104;SRF=102;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165237;STB=0.502784;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0222801;OID=.;OPOS=1178245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:417:223:230:186:187:0.448441:104:82:102:121:105:82:102:128 chr1 1178482 . A G 1690.27 PASS AF=0.430588;AO=183;DP=425;FAO=183;FDP=425;FR=.;FRO=242;FSAF=84;FSAR=99;FSRF=113;FSRR=129;FWDB=0.00589824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.319;QD=15.9084;RBI=0.0351474;REFB=-0.01885;REVB=0.0346489;RO=242;SAF=84;SAR=99;SRF=113;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00817947;STB=0.50454;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0244147;OID=.;OPOS=1178482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:425:242:242:183:183:0.430588:99:84:113:129:99:84:113:129 chr1 1178925 . G A 1352.98 PASS AF=0.383495;AO=158;DP=413;FAO=158;FDP=412;FR=.;FRO=254;FSAF=76;FSAR=82;FSRF=104;FSRR=150;FWDB=0.019105;FXX=0.00242125;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.09;QD=13.1357;RBI=0.030279;REFB=-0.000574733;REVB=0.0234907;RO=253;SAF=76;SAR=82;SRF=104;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771045;STB=0.544326;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00107046;OID=.;OPOS=1178925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:412:253:254:158:158:0.383495:82:76:104:149:82:76:104:150 chr1 1196863 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.041;QD=44.6898;RBI=0.0200578;REFB=0;REVB=0.0194381;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262522;OID=.;OPOS=1196863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr1 1220954 . G A 2432.97 PASS AF=0.399123;AO=273;DP=686;FAO=273;FDP=684;FR=.;FRO=411;FSAF=124;FSAR=149;FSRF=228;FSRR=183;FWDB=0.00226319;FXX=0.00291541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9833;QD=14.2279;RBI=0.150233;REFB=-0.00748675;REVB=0.150216;RO=406;SAF=124;SAR=149;SRF=226;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109496;STB=0.560242;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0145637;OID=.;OPOS=1220954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:686:684:406:411:273:273:0.399123:149:124:226:180:149:124:228:183 chr1 1223385 . G C 1768.59 PASS AF=0.453883;AO=187;DP=412;FAO=187;FDP=412;FR=.;FRO=225;FSAF=99;FSAR=88;FSRF=123;FSRR=102;FWDB=0.0269612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.946;QD=17.1708;RBI=0.0270781;REFB=-0.00820118;REVB=0.00251287;RO=223;SAF=99;SAR=88;SRF=121;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130524;STB=0.509465;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00952954;OID=.;OPOS=1223385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:412:412:223:225:187:187:0.453883:88:99:121:102:88:99:123:102 chr1 1226292 . G A 464.85 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=123;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=-0.00703109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.408;QD=15.1169;RBI=0.0149988;REFB=-0.00788843;REVB=-0.0132487;RO=71;SAF=29;SAR=23;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209029;STB=0.616978;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0109299;OID=.;OPOS=1226292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:71:71:52:52:0.422764:23:29:25:46:23:29:25:46 chr1 1226346 . TCC CTC,TC,TCG 514.43 PASS AF=0,0.639344,0.295082;AO=3,31,17;DP=62;FAO=0,39,18;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=0,7,11;FSAR=0,32,7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0586572,0.196217,0.0152749;FXX=0.0161264;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=8.54458,10.8767,139.896;QD=33.7328;RBI=0.0864961,0.326532,0.133356;REFB=-0.0450955,-0.0215096,-0.00870598;REVB=-0.0635681,-0.261001,-0.132479;RO=5;SAF=0,5,10;SAR=3,26,7;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.5,0;SSSB=-0.794084,-0.305882,-0.18245;STB=0.5,0.611048,0.576842;STBP=1,0.002,0.184;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0428832,0.0542813;OID=.,.,.;OPOS=1226346,1226347,1226348;OREF=TC,C,C;OALT=CT,-,G;OMAPALT=CTC,TC,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:62:61:5:4:3,31,17:0,39,18:0,0.639344,0.295082:3,26,7:0,5,10:5:0:0,32,7:0,7,11:4:0 chr1 1242468 . G A 132.4 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00895402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.967;QD=9.99267;RBI=0.0115057;REFB=-0.00896789;REVB=-0.00722534;RO=36;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127291;STB=0.575195;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0181928;OID=.;OPOS=1242468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:9:8:13:23:9:8:13:23 chr1 1242707 . A G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0216077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.189;QD=13.4055;RBI=0.0249977;REFB=0.0183528;REVB=-0.0125695;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133657;STB=0.576855;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0258757;OID=.;OPOS=1242707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:15:8:16:18:15:8:16:18 chr1 1246004 . A G 2362.66 PASS AF=1;AO=134;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=87;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.945;QD=60.581;RBI=0.035005;REFB=0;REVB=0.0150811;RO=0;SAF=78;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188024;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:134:156:1:56:78:0:0:69:87:0:0 chr1 1246005 . T G 67.21 PASS AF=0.10828;AO=17;DP=157;FAO=17;FDP=157;FR=.;FRO=140;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=84;FSRR=56;FWDB=-0.0199245;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.7435;QD=1.71233;RBI=0.0418917;REFB=-0.015378;REVB=0.0368501;RO=140;SAF=4;SAR=13;SRF=84;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426495;STB=0.805301;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0214965;OID=.;OPOS=1246005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:157:157:140:140:17:17:0.10828:13:4:84:56:13:4:84:56 chr1 1254436 . A G 4554.93 PASS AF=1;AO=286;DP=288;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177779;FXX=0.0103445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.831;QD=63.4834;RBI=0.0196647;REFB=-0.00565269;REVB=0.00840513;RO=1;SAF=122;SAR=164;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00289902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05928e-06;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:288:287:1:0:286:287:1:164:122:0:1:165:122:0:0 chr1 1254443 . G A,C 4542.26 PASS AF=0.942177,0.0578231;AO=273,18;DP=292;FAO=277,17;FDP=294;FR=.;FRO=0;FSAF=126,0;FSAR=151,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107859,0.0182635;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=146.989,12.9653;QD=61.7994;RBI=0.0353881,0.0574708;REFB=0,0;REVB=0.0337044,-0.0544916;RO=0;SAF=125,0;SAR=148,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-9.40531e-05,0.142061;OID=.,.;OPOS=1254443,1254443;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:292:294:0:0:273,18:277,17:0.942177,0.0578231:148,18:125,0:0:0:151,17:126,0:0:0 chr1 1254841 . C G 624.38 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.059341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.8419;QD=52.0319;RBI=0.111017;REFB=-0.112161;REVB=-0.0938265;RO=5;SAF=19;SAR=24;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701051;STB=0.53747;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0101718;OID=.;OPOS=1254841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:48:48:5:5:43:43:0.895833:24:19:4:1:24:19:4:1 chr1 1262966 . C T 2977.34 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.117;QD=63.3477;RBI=0.0806248;REFB=0;REVB=0.0239528;RO=0;SAF=87;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166579;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:101:87:0:0:101:87:0:0 chr1 1263144 . G A 2257.06 PASS AF=0.973154;AO=145;DP=149;FAO=145;FDP=149;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0253263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.446;QD=60.5921;RBI=0.0432378;REFB=-0.0792386;REVB=0.0350441;RO=2;SAF=51;SAR=94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00420043;STB=0.504353;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.000795497;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:149:149:2:4:145:145:0.973154:94:51:1:1:94:51:2:2 chr1 1269554 . T C 1970.94 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000975241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.914;QD=62.077;RBI=0.00100769;REFB=0;REVB=-0.000253651;RO=0;SAF=64;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22492e-06;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:63:64:0:0:63:64:0:0 chr1 1273116 . A G 6824.22 PASS AF=0.986607;AO=440;DP=450;FAO=442;FDP=448;FR=.;FRO=6;FSAF=235;FSAR=207;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0509152;FXX=0.00884936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1238;QD=60.9306;RBI=0.0510094;REFB=0.0992653;REVB=0.0030989;RO=6;SAF=233;SAR=207;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00505373;STB=0.502666;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.000633255;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:450:448:6:6:440:442:0.986607:207:233:2:4:207:235:2:4 chr1 1273278 . A G 63.87 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0158151;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.814;QD=19.6535;RBI=0.0743761;REFB=-0.106363;REVB=-0.0726753;RO=5;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2967;STB=0.676889;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00900172;OID=.;OPOS=1273278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:13:5:5:8:8:0.615385:1:7:3:2:1:7:3:2 chr1 1277533 . T C 5341.75 PASS AF=0.962162;AO=319;DP=373;FAO=356;FDP=370;FR=.;FRO=14;FSAF=212;FSAR=144;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.0499049;FXX=0.0211635;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.4106;QD=57.7486;RBI=0.0502788;REFB=-0.025308;REVB=0.00611997;RO=0;SAF=182;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520419;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000354571;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:373:370:0:14:319:356:0.962162:137:182:0:0:144:212:1:13 chr1 1310074 . C G 2352.16 PASS AF=1;AO=110;DP=151;FAO=148;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=85;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605899;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.825;QD=63.572;RBI=0.0751792;REFB=0;REVB=0.0445059;RO=3;SAF=78;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242006;OID=.;OPOS=1310074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:148:3:0:110:148:1:32:78:3:0:63:85:0:0 chr1 1361633 . G A 2790.14 PASS AF=0.973822;AO=174;DP=185;FAO=186;FDP=191;FR=.;FRO=5;FSAF=83;FSAR=103;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0210856;FXX=0.0255089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.939;QD=58.4323;RBI=0.0409018;REFB=-0.108193;REVB=0.0350479;RO=6;SAF=82;SAR=92;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229939;STB=0.514618;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000597956;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:185:191:6:5:174:186:0.973822:92:82:5:1:103:83:5:0 chr1 1361641 . C T 2961.68 PASS AF=0.966346;AO=200;DP=208;FAO=201;FDP=208;FR=.;FRO=7;FSAF=89;FSAR=112;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0158255;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=113.166;QD=56.9553;RBI=0.0203826;REFB=-0.12987;REVB=0.0128454;RO=6;SAF=89;SAR=111;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124189;STB=0.514083;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000419279;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:208:208:6:7:200:201:0.966346:111:89:4:2:112:89:6:1 chr1 1374757 . G A 140.38 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0313308;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=75.9883;QD=13.0583;RBI=0.0327934;REFB=0.00405969;REVB=-0.00968421;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311528;STB=0.677753;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00948367;OID=.;OPOS=1374757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:27:16:16:0.372093:6:10:8:17:6:10:9:18 chr1 1375810 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.076494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.241;QD=56.7062;RBI=0.0814964;REFB=0;REVB=0.0281126;RO=0;SAF=1;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126598;OID=.;OPOS=1375810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:28:1:0:0:28:1:0:0 chr1 1376214 . C G 1209.16 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.852;QD=59.7117;RBI=0.0560631;REFB=0;REVB=0.0559674;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70732e-05;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:81:0:0:74:81:1:28:46:0:0:35:46:0:0 chr1 1376567 . A G 1731.31 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.553;QD=60.7476;RBI=0.055733;REFB=0;REVB=0.0519313;RO=0;SAF=74;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54508e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6057e-05;OID=.;OPOS=1376567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:40:74:0:0:40:74:0:0 chr1 1378173 . G A 1188.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.511;QD=60.9451;RBI=0.0215289;REFB=0;REVB=-0.0102938;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84734e-06;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr1 1396238 . G T 3125.8 PASS AF=0.994975;AO=197;DP=199;FAO=198;FDP=199;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0480786;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2926;QD=62.8302;RBI=0.0751141;REFB=-0.109846;REVB=0.0577111;RO=2;SAF=82;SAR=115;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114727;STB=0.502994;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00139998;OID=.;OPOS=1396238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:199:199:2:1:197:198:0.994975:115:82:2:0:115:83:1:0 chr1 1418004 . T C 2254.11 PASS AF=0.980519;AO=151;DP=155;FAO=151;FDP=154;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0061183;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.328;QD=58.5483;RBI=0.0790085;REFB=-0.0378184;REVB=-0.0787712;RO=3;SAF=82;SAR=69;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170815;STB=0.508981;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00117395;OID=.;OPOS=1418004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:155:154:3:3:151:151:0.980519:69:82:3:0:69:82:3:0 chr1 1421531 . C A 2121.32 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9081;QD=61.4876;RBI=0.0234047;REFB=-0.0279307;REVB=-0.0138525;RO=1;SAF=74;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063812;STB=0.503355;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0011557;OID=.;OPOS=1421531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:136:137:0.992754:62:74:1:0:63:74:1:0 chr1 1421991 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.043;QD=60.2295;RBI=0.0148719;REFB=0;REVB=0.00673448;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26279e-05;OID=.;OPOS=1421991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr1 1423267 . A G 2021.94 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465716;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.255;QD=61.271;RBI=0.0523922;REFB=0;REVB=0.0240006;RO=0;SAF=77;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46198e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161317;OID=.;OPOS=1423267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:132:0:0:127:132:1:50:77:0:0:55:77:0:0 chr1 1425700 . T C 2641.52 PASS AF=0.994186;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0475287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1098;QD=61.4308;RBI=0.0488896;REFB=-0.101736;REVB=-0.011455;RO=1;SAF=86;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550245;STB=0.50289;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00146897;OID=.;OPOS=1425700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:172:1:1:171:171:0.994186:85:86:1:0:85:86:1:0 chr1 1447692 . G A 95.53 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0150075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.734;QD=34.7369;RBI=0.0165146;REFB=-0.119979;REVB=0.00689234;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00132086;OID=.;OPOS=1447692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:1:0:5:5:1:0 chr1 1451380 . T C 2231.5 PASS AF=0.986207;AO=140;DP=142;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00642677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.503;QD=61.5586;RBI=0.0576644;REFB=-0.00766045;REVB=-0.0573051;RO=2;SAF=85;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00300512;STB=0.501458;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00041856;OID=.;OPOS=1451380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:145:2:2:140:143:0.986207:55:85:1:1:57:86:1:1 chr1 1452551 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.2;QD=47.8223;RBI=0.0102543;REFB=0;REVB=-0.00973732;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165272;OID=.;OPOS=1452551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr1 1452566 . G A 175.79 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0893384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.386;QD=46.8783;RBI=0.098647;REFB=0;REVB=0.0418315;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105129;OID=.;OPOS=1452566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:5:7:0:0:8:7:0:0 chr1 1452592 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.131607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.921;QD=45.8068;RBI=0.131764;REFB=0;REVB=0.00643993;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146113;OID=.;OPOS=1452592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr1 1458255 . T G 1843.33 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0470706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9169;QD=60.4369;RBI=0.063608;REFB=0.0751391;REVB=-0.0427824;RO=0;SAF=49;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503448;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00162131;OID=.;OPOS=1458255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:0:1:121:121:0.991803:72:49:0:0:72:49:0:1 chr1 1458954 . C G,T 2809.59 PASS AF=0.0594595,0.935135;AO=11,172;DP=184;FAO=11,173;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=0,98;FSAR=11,75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285394,0.0218256;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.798,159.275;QD=60.7479;RBI=0.0477201,0.032839;REFB=0.00998026,0.0106803;REVB=-0.0382454,-0.0245366;RO=1;SAF=0,97;SAR=11,75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.00630407;STB=0.5,0.503311;STBP=1,0.307;TYPE=snp,snp;VARB=0.181621,-0.000133669;OID=.,.;OPOS=1458954,1458954;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:184:185:1:1:11,172:11,173:0.0594595,0.935135:11,75:0,97:0:1:11,75:0,98:0:1 chr1 1479333 . A G 1574.0 PASS AF=1;AO=80;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6562;QD=59.962;RBI=0.0961235;REFB=0;REVB=0.0951536;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138189;OID=.;OPOS=1479333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:80:105:1:28:52:0:0:51:54:0:0 chr1 1510801 . C T 971.28 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4064;QD=58.8652;RBI=0.0480951;REFB=0;REVB=0.0455727;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332348;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr1 1511104 . G C 710.24 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316046;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2836;QD=56.8191;RBI=0.0325983;REFB=0;REVB=-0.00798741;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151649;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr1 1558792 . T C 659.27 PASS AF=0.359649;AO=74;DP=219;FAO=82;FDP=228;FR=.;FRO=146;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=69;FSRR=77;FWDB=-0.0196897;FXX=0.029786;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.113;QD=11.5661;RBI=0.0354696;REFB=-0.0288062;REVB=-0.0295027;RO=128;SAF=35;SAR=39;SRF=65;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389151;STB=0.529685;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0452965;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:228:128:146:74:82:0.359649:39:35:65:63:47:35:69:77 chr1 1562437 . C G 955.59 PASS AF=0.459091;AO=101;DP=220;FAO=101;FDP=220;FR=.;FRO=119;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=67;FSRR=52;FWDB=0.0231421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2336;QD=17.3743;RBI=0.0389481;REFB=-0.00679589;REVB=0.0313272;RO=118;SAF=49;SAR=52;SRF=66;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721468;STB=0.542048;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0091168;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:118:119:101:101:0.459091:52:49:66:52:52:49:67:52 chr1 1562536 . G A 702.41 PASS AF=0.377273;AO=83;DP=220;FAO=83;FDP=220;FR=.;FRO=137;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=57;FSRR=80;FWDB=0.0085463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.525;QD=12.7711;RBI=0.0622471;REFB=-0.00498131;REVB=0.0616576;RO=136;SAF=33;SAR=50;SRF=57;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245471;STB=0.511943;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00764979;OID=.;OPOS=1562536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:136:137:83:83:0.377273:50:33:57:79:50:33:57:80 chr1 1588670 . G A 641.77 PASS AF=0.280864;AO=87;DP=326;FAO=91;FDP=324;FR=.;FRO=233;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=116;FSRR=117;FWDB=-0.0495447;FXX=0.0240957;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.827;QD=7.9231;RBI=0.0556955;REFB=-0.0219281;REVB=-0.0254424;RO=210;SAF=48;SAR=39;SRF=102;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802261;STB=0.545166;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0533977;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:324:210:233:87:91:0.280864:39:48:102:108:40:51:116:117 chr1 1588717 . G A 694.36 PASS AF=0.268097;AO=100;DP=373;FAO=100;FDP=373;FR=.;FRO=273;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=120;FSRR=153;FWDB=-0.0154275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.103;QD=7.44616;RBI=0.0162618;REFB=0.000928707;REVB=0.00514174;RO=273;SAF=50;SAR=50;SRF=120;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752069;STB=0.544227;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00212496;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:373:273:273:100:100:0.268097:50:50:120:153:50:50:120:153 chr1 1588737 . C T 562.74 PASS AF=0.248521;AO=84;DP=337;FAO=84;FDP=338;FR=.;FRO=254;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=106;FSRR=148;FWDB=0.00354845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.978;QD=6.65967;RBI=0.00513895;REFB=0.00111518;REVB=-0.00371716;RO=253;SAF=42;SAR=42;SRF=106;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102297;STB=0.562116;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00112201;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:338:253:254:84:84:0.248521:42:42:106:147:42:42:106:148 chr1 1588743 . A T 519.52 PASS AF=0.237389;AO=80;DP=337;FAO=80;FDP=337;FR=.;FRO=257;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=106;FSRR=151;FWDB=0.00749552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.112;QD=6.16637;RBI=0.0251129;REFB=-0.00502144;REVB=0.0239682;RO=257;SAF=39;SAR=41;SRF=106;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958401;STB=0.557419;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0179426;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:337:257:257:80:80:0.237389:41:39:106:151:41:39:106:151 chr1 1588744 . AGCG A 520.59 PASS AF=0.244582;AO=79;DP=329;FAO=79;FDP=323;FR=.;FRO=244;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=97;FSRR=147;FWDB=0.000847745;FXX=0.0152434;HRUN=1;LEN=3;MLLD=298.298;QD=6.44696;RBI=0.015084;REFB=0.00139299;REVB=0.0150602;RO=239;SAF=38;SAR=41;SRF=95;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106217;STB=0.563436;STBP=0.193;TYPE=del;VARB=-0.00706108;OID=.;OPOS=1588745;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244582:79:329:79:323:244:38:41:97:147:99:239:38:41:95:144 chr1 1599888 . A G 201.79 PASS AF=0.19774;AO=35;DP=178;FAO=35;FDP=177;FR=.;FRO=142;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=0.0397325;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7135;QD=4.56026;RBI=0.0449823;REFB=0.0108807;REVB=0.0210888;RO=139;SAF=17;SAR=18;SRF=67;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473637;STB=0.505491;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0423896;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:139:142:35:35:0.19774:18:17:67:72:18:17:68:74 chr1 1635004 . T C 829.29 PASS AF=0.230366;AO=132;DP=573;FAO=132;FDP=573;FR=.;FRO=441;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=219;FSRR=222;FWDB=0.027533;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.615;QD=5.78913;RBI=0.0275354;REFB=-0.000450108;REVB=0.00036422;RO=437;SAF=71;SAR=61;SRF=215;SRR=222;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586509;STB=0.531795;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00157134;OID=.;OPOS=1635004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:573:573:437:441:132:132:0.230366:61:71:215:222:61:71:219:222 chr1 1635749 . C A 471.19 PASS AF=0.205128;AO=81;DP=391;FAO=80;FDP=390;FR=.;FRO=310;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=157;FSRR=153;FWDB=-0.00201065;FXX=0.00255748;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.907;QD=4.83274;RBI=0.00548559;REFB=-0.00774804;REVB=-0.00510382;RO=306;SAF=45;SAR=36;SRF=153;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717409;STB=0.544741;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0355093;OID=.;OPOS=1635749;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:390:306:310:81:80:0.205128:36:45:153:153:35:45:157:153 chr1 1636044 . G A 339.54 PASS AF=0.17663;AO=65;DP=368;FAO=65;FDP=368;FR=.;FRO=303;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=165;FSRR=138;FWDB=0.0110785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.093;QD=3.69064;RBI=0.0123296;REFB=0.000153347;REVB=-0.00541169;RO=303;SAF=29;SAR=36;SRF=165;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127085;STB=0.580524;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00073276;OID=.;OPOS=1636044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:368:303:303:65:65:0.17663:36:29:165:138:36:29:165:138 chr1 1647814 . T C 1337.61 PASS AF=0.304124;AO=176;DP=582;FAO=177;FDP=582;FR=.;FRO=405;FSAF=83;FSAR=94;FSRF=173;FSRR=232;FWDB=0.0217107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.512;QD=9.1932;RBI=0.0233707;REFB=-0.00272367;REVB=-0.00865064;RO=401;SAF=82;SAR=94;SRF=171;SRR=230;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480046;STB=0.52928;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0071185;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:582:582:401:405:176:177:0.304124:94:82:171:230:94:83:173:232 chr1 1647871 . T C 1384.62 PASS AF=0.310463;AO=180;DP=581;FAO=181;FDP=583;FR=.;FRO=402;FSAF=90;FSAR=91;FSRF=183;FSRR=219;FWDB=-0.00311182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9044;QD=9.49998;RBI=0.0299823;REFB=-0.0186152;REVB=0.0298204;RO=401;SAF=90;SAR=90;SRF=183;SRR=218;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523495;STB=0.528977;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0434466;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:581:583:401:402:180:181:0.310463:90:90:183:218:91:90:183:219 chr1 1647893 . C CTTTCTT 622.04 PASS AF=0.220339;AO=83;DP=504;FAO=104;FDP=472;FR=.;FRO=368;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=174;FSRR=194;FWDB=-0.0219868;FXX=0.0464637;HRUN=3;LEN=6;MLLD=171.423;QD=5.27151;RBI=0.0516683;REFB=-0.00979499;REVB=-0.0467568;RO=352;SAF=39;SAR=44;SRF=159;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237069;STB=0.501308;STBP=0.972;TYPE=ins;VARB=0.0320244;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220339:83:504:104:472:368:49:55:174:194:99:352:39:44:159:193 chr1 1650787 . T C 379.68 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.00850039;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.376;QD=14.1936;RBI=0.00955411;REFB=-0.011544;REVB=-0.0043617;RO=62;SAF=26;SAR=18;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949116;STB=0.546896;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0155697;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:63:44:44:0.411215:18:26:42:20:18:26:42:21 chr1 1650797 . A G 404.64 PASS AF=0.372093;AO=48;DP=129;FAO=48;FDP=129;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.00615875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.673;QD=12.547;RBI=0.00792712;REFB=0.00110411;REVB=-0.0049909;RO=74;SAF=30;SAR=18;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049415;STB=0.513341;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.000869213;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:74:81:48:48:0.372093:18:30:43:31:18:30:49:32 chr1 1650801 . T C 412.85 PASS AF=0.333333;AO=50;DP=150;FAO=50;FDP=150;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.0048446;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.131;QD=11.0093;RBI=0.0135235;REFB=-0.00410584;REVB=-0.0126259;RO=98;SAF=36;SAR=14;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25832;STB=0.650539;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00678605;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:98:100:50:50:0.333333:14:36:50:48:14:36:51:49 chr1 1650807 . T C 802.52 PASS AF=0.509317;AO=83;DP=161;FAO=82;FDP=161;FR=.;FRO=79;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.0489335;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.1102;QD=19.9384;RBI=0.0494112;REFB=-0.0035358;REVB=0.00685413;RO=67;SAF=52;SAR=31;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510859;STB=0.571411;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0021456;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:67:79:83:82:0.509317:31:52:38:29:30:52:39:40 chr1 1650832 . A G 586.62 PASS AF=0.35468;AO=71;DP=202;FAO=72;FDP=203;FR=.;FRO=131;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=66;FSRR=65;FWDB=-0.014298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.554;QD=11.559;RBI=0.0187831;REFB=-0.00419766;REVB=0.0121808;RO=127;SAF=36;SAR=35;SRF=66;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014255;STB=0.502462;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0113962;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:127:131:71:72:0.35468:35:36:66:61:36:36:66:65 chr1 1650845 . G A 1486.98 PASS AF=0.61086;AO=130;DP=219;FAO=135;FDP=221;FR=.;FRO=86;FSAF=65;FSAR=70;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.0293431;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.841;QD=26.9136;RBI=0.0335468;REFB=-0.00428623;REVB=-0.0162594;RO=82;SAF=62;SAR=68;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272347;STB=0.524542;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00134273;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:221:82:86:130:135:0.61086:68:62:36:46:70:65:36:50 chr1 1654038 . G A 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0194621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.643;QD=38.2052;RBI=0.0218508;REFB=-0.00181848;REVB=-0.00993417;RO=2;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221381;STB=0.512179;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=1.68294e-05;OID=.;OPOS=1654038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:9:6:1:1:9:6:1:1 chr1 1654058 . C T 295.45 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00978338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.998;QD=42.2068;RBI=0.0141429;REFB=0.0105151;REVB=0.0102131;RO=4;SAF=13;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555403;STB=0.530096;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.000665786;OID=.;OPOS=1654058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:24:24:0.857143:11:13:3:1:11:13:3:1 chr1 1654064 . A T 287.37 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0345416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.245;QD=38.3155;RBI=0.0404728;REFB=0.0144075;REVB=0.0210932;RO=6;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109131;STB=0.559274;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00589857;OID=.;OPOS=1654064;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:11:13:5:1:11:13:5:1 chr1 1654065 . AGCG A 301.96 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00779501;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=3;MLLD=303.069;QD=43.1374;RBI=0.00781574;REFB=0.0231534;REVB=0.000568861;RO=4;SAF=13;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555403;STB=0.530096;STBP=0.456;TYPE=del;VARB=-0.00583527;OID=.;OPOS=1654066;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:24:30:24:28:4:13:11:3:1:21:4:13:11:3:1 chr1 1666175 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0318951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.014;QD=26.6011;RBI=0.0424497;REFB=-0.0167358;REVB=-0.0280122;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00666959;OID=.;OPOS=1666175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:4:4:1:1:4:4:1:1 chr1 1666251 . G A 200.0 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0400855;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3358;QD=26.6665;RBI=0.0406012;REFB=0.0396465;REVB=0.00645029;RO=11;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828023;STB=0.54605;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0261428;OID=.;OPOS=1666251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:11:11:19:19:0.633333:8:11:5:6:8:11:5:6 chr1 1683565 . G A 431.24 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0298211;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.923;QD=17.4238;RBI=0.0305917;REFB=-0.00751502;REVB=-0.00682303;RO=54;SAF=17;SAR=27;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114342;STB=0.559558;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00700065;OID=.;OPOS=1683565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:54:55:44:44:0.444444:27:17:27:27:27:17:27:28 chr1 1684472 . C T 379.64 PASS AF=0.39823;AO=44;DP=112;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0563053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5316;QD=13.4385;RBI=0.0563251;REFB=0.00877656;REVB=0.00149393;RO=67;SAF=22;SAR=22;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119513;STB=0.568428;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0131571;OID=.;OPOS=1684472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:67:68:44:45:0.39823:22:22:26:41:22:23:27:41 chr1 1686040 . G T 540.84 PASS AF=0.439394;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=0.000638029;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.253;QD=16.3891;RBI=0.0186115;REFB=0.00122456;REVB=-0.0186005;RO=73;SAF=36;SAR=22;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395132;STB=0.516773;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00174819;OID=.;OPOS=1686040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:74:58:58:0.439394:22:36:48:25:22:36:48:26 chr1 1823922 . A G 1083.79 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347602;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.132;QD=60.2103;RBI=0.0459685;REFB=0;REVB=0.0300804;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163389;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:50:22:0:0:50:22:0:0 chr1 1846765 . G A 1042.72 PASS AF=0.569767;AO=98;DP=172;FAO=98;FDP=172;FR=.;FRO=74;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.00541545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.532;QD=24.2494;RBI=0.0210702;REFB=0.000859227;REVB=-0.0203624;RO=74;SAF=52;SAR=46;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775406;STB=0.542172;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.000516362;OID=.;OPOS=1846765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:74:74:98:98:0.569767:46:52:32:42:46:52:32:42 chr1 1849529 . A G 997.89 PASS AF=0.510526;AO=97;DP=190;FAO=97;FDP=190;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=-0.031677;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.335;QD=21.0082;RBI=0.0325731;REFB=-0.00800948;REVB=0.00758795;RO=93;SAF=39;SAR=58;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442663;STB=0.52426;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00711737;OID=.;OPOS=1849529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:93:93:97:97:0.510526:58:39:33:60:58:39:33:60 chr1 1854109 . A G 562.99 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.00835784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.285;QD=18.0156;RBI=0.0308797;REFB=0.00114231;REVB=-0.0297272;RO=66;SAF=28;SAR=31;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816998;STB=0.545316;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00110485;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:66:59:59:0.472:31:28:37:29:31:28:37:29 chr1 1861582 . C T 730.62 PASS AF=0.40404;AO=80;DP=198;FAO=80;FDP=198;FR=.;FRO=118;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=-0.0083745;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.342;QD=14.7599;RBI=0.0195704;REFB=-0.012591;REVB=-0.0176881;RO=118;SAF=35;SAR=45;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846388;STB=0.547517;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0194359;OID=.;OPOS=1861582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:118:118:80:80:0.40404:45:35:61:57:45:35:61:57 chr1 1873514 . A G 515.7 PASS AF=0.514563;AO=52;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.0789239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6619;QD=20.0272;RBI=0.0805034;REFB=-0.00303763;REVB=-0.0158686;RO=50;SAF=17;SAR=35;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329063;STB=0.673256;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00198637;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:52:53:0.514563:35:17:35:15:35:18:35:15 chr1 1873525 . T C 569.67 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0240807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7732;QD=22.7868;RBI=0.0425879;REFB=0.00493217;REVB=-0.0351263;RO=43;SAF=17;SAR=36;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29267;STB=0.679178;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00489853;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:43:47:53:53:0.53:36:17:29:14:36:17:33:14 chr1 1875858 . CA GG 244.31 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0355775;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.611;QD=23.2673;RBI=0.0427272;REFB=-0.0109995;REVB=-0.0236613;RO=18;SAF=6;SAR=17;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12152;STB=0.55944;STBP=0.452;TYPE=mnp;VARB=0.00998625;OID=.;OPOS=1875858;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:17:6:7:11:17:6:7:12 chr1 1886826 . G C 40.67 PASS AF=0.0731707;AO=10;DP=125;FAO=9;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=108;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=-0.0367749;FXX=0.0238076;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.967;QD=1.32253;RBI=0.0565068;REFB=-0.012384;REVB=-0.0429025;RO=75;SAF=8;SAR=2;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450838;STB=0.875621;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.1654;OID=.;OPOS=1886826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:125:123:75:108:10:9:0.0731707:2:8:31:44:1:8:54:54 chr1 1887019 . A G 414.1 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0121934;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.613;QD=18.4043;RBI=0.0122436;REFB=-0.00600995;REVB=-0.00110754;RO=48;SAF=12;SAR=30;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162864;STB=0.591352;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00795119;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:30:12:21:27:30:12:21:27 chr1 1916890 . C T 1095.67 PASS AF=0.519048;AO=109;DP=210;FAO=109;FDP=210;FR=.;FRO=101;FSAF=67;FSAR=42;FSRF=58;FSRR=43;FWDB=0.0105916;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.079;QD=20.87;RBI=0.0145852;REFB=-0.00563548;REVB=0.0100272;RO=101;SAF=67;SAR=42;SRF=58;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371025;STB=0.520325;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00376532;OID=.;OPOS=1916890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:101:101:109:109:0.519048:42:67:58:43:42:67:58:43 chr1 1960674 . C T 3217.44 PASS AF=1;AO=206;DP=209;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242442;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8536;QD=61.2845;RBI=0.0332027;REFB=0.00382271;REVB=0.0226857;RO=1;SAF=73;SAR=133;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00648024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75098e-05;OID=.;OPOS=1960674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:210:1:0:206:210:1:133:73:1:0:134:76:0:0 chr1 1961084 . C T 1847.61 PASS AF=0.475703;AO=176;DP=382;FAO=186;FDP=391;FR=.;FRO=205;FSAF=92;FSAR=94;FSRF=119;FSRR=86;FWDB=0.0310679;FXX=0.00508893;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.684;QD=18.9014;RBI=0.0362821;REFB=-0.013107;REVB=0.0187397;RO=206;SAF=82;SAR=94;SRF=119;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108925;STB=0.544975;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0138493;OID=.;OPOS=1961084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:391:206:205:176:186:0.475703:94:82:119:87:94:92:119:86 chr1 1987993 . T C 1532.57 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057126;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.67;QD=63.8573;RBI=0.0146645;REFB=0;REVB=0.013506;RO=0;SAF=64;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2291e-05;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:32:64:0:0:32:64:0:0 chr1 1991014 . A G 1571.85 PASS AF=0.467236;AO=164;DP=351;FAO=164;FDP=351;FR=.;FRO=187;FSAF=78;FSAR=86;FSRF=93;FSRR=94;FWDB=0.00496766;FXX=0.00847434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.293;QD=17.9128;RBI=0.00512704;REFB=-0.0173243;REVB=-0.0012684;RO=185;SAF=78;SAR=86;SRF=93;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260949;STB=0.511583;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0173808;OID=.;OPOS=1991014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:351:185:187:164:164:0.467236:86:78:93:92:86:78:93:94 chr1 2005740 . T C 1302.08 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.988;QD=62.0037;RBI=0.0774944;REFB=0;REVB=0.0564666;RO=0;SAF=55;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389757;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:29:55:0:0:29:55:0:0 chr1 2113268 . C T 259.28 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0241281;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.055;QD=14.0154;RBI=0.0241665;REFB=0.00147083;REVB=0.00136138;RO=44;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163541;STB=0.592962;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00234231;OID=.;OPOS=2113268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:44:44:30:30:0.405405:13:17:18:26:13:17:18:26 chr1 2113474 . C T 332.94 PASS AF=0.5;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0379445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6527;QD=19.025;RBI=0.0379853;REFB=0.0108192;REVB=0.00175957;RO=34;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903167;STB=0.558106;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0142526;OID=.;OPOS=2113474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:35:35:35:0.5:14:21:17:17:14:21:17:18 chr1 2144982 . G T 4108.09 PASS AF=1;AO=258;DP=267;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481373;FXX=0.0258293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.833;QD=62.2439;RBI=0.0721926;REFB=0.00253501;REVB=0.0538012;RO=1;SAF=114;SAR=144;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0041635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123457;OID=.;OPOS=2144982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:267:264:1:0:258:264:1:144:114:1:0:147:117:0:0 chr1 2145524 . G A 1017.53 PASS AF=0.9625;AO=68;DP=75;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0500148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.432;QD=50.8763;RBI=0.050914;REFB=-0.115688;REVB=0.00952659;RO=0;SAF=15;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.536575;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00169774;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:75:80:0:3:68:77:0.9625:53:15:0:0:58:19:3:0 chr1 2235321 . C T 1708.06 PASS AF=0.478261;AO=176;DP=368;FAO=176;FDP=368;FR=.;FRO=192;FSAF=79;FSAR=97;FSRF=95;FSRR=97;FWDB=0.0210195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1692;QD=18.5659;RBI=0.0365206;REFB=0.00569968;REVB=0.0298653;RO=188;SAF=79;SAR=97;SRF=92;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383039;STB=0.524094;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00652995;OID=.;OPOS=2235321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:368:188:192:176:176:0.478261:97:79:92:96:97:79:95:97 chr1 2235507 . G A 1203.87 PASS AF=0.475285;AO=125;DP=263;FAO=125;FDP=263;FR=.;FRO=138;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=62;FSRR=76;FWDB=0.048284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.754;QD=18.3098;RBI=0.0561046;REFB=-0.0234042;REVB=0.0285724;RO=136;SAF=58;SAR=67;SRF=61;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147327;STB=0.507774;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0247089;OID=.;OPOS=2235507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:136:138:125:125:0.475285:67:58:61:75:67:58:62:76 chr1 2252827 . G A 2276.77 PASS AF=0.504525;AO=218;DP=440;FAO=223;FDP=442;FR=.;FRO=219;FSAF=107;FSAR=116;FSRF=124;FSRR=95;FWDB=-0.00972234;FXX=0.0155899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.207;QD=20.6042;RBI=0.0326706;REFB=-0.0386851;REVB=0.0311904;RO=221;SAF=104;SAR=114;SRF=124;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771197;STB=0.542722;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0381412;OID=.;OPOS=2252827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:440:442:221:219:218:223:0.504525:114:104:124:97:116:107:124:95 chr1 2340200 . T C 2625.17 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116285;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6098;QD=62.1343;RBI=0.0257204;REFB=0;REVB=-0.0256941;RO=0;SAF=84;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4509e-05;OID=.;OPOS=2340200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:169:0:0:169:169:1:85:84:0:0:85:84:0:0 chr1 2399119 . A G 5874.39 PASS AF=1;AO=366;DP=372;FAO=373;FDP=373;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=220;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480051;FXX=0.0106098;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.618;QD=62.9962;RBI=0.00733565;REFB=-0.00502785;REVB=-0.00554679;RO=0;SAF=150;SAR=216;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47379e-06;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:372:373:0:0:366:373:1:216:150:0:0:220:153:0:0 chr1 2418625 . C T 1246.04 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1029;QD=61.5329;RBI=0.0953344;REFB=0;REVB=0.0790577;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999537;OID=.;OPOS=2418625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:31:50:0:0:31:50:0:0 chr1 2430617 . C T 3282.92 PASS AF=1;AO=209;DP=213;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000858572;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.725;QD=61.6511;RBI=0.0219937;REFB=0;REVB=0.0219769;RO=1;SAF=93;SAR=116;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00408913;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43176e-05;OID=.;OPOS=2430617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:213:1:0:209:213:1:116:93:0:1:119:94:0:0 chr1 2433900 . C T 4923.08 PASS AF=0.981538;AO=318;DP=326;FAO=319;FDP=325;FR=.;FRO=6;FSAF=212;FSAR=107;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0445029;FXX=0.00611602;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.396;QD=60.5917;RBI=0.0486445;REFB=-0.004208;REVB=0.0196413;RO=3;SAF=211;SAR=107;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.27212e-05;STB=0.5034;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-1.74305e-06;OID=.;OPOS=2433900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:326:325:3:6:318:319:0.981538:107:211:2:1:107:212:3:3 chr1 2436396 . C G 31.48 PASS AF=0.0684932;AO=12;DP=146;FAO=10;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=133;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=87;FWDB=-0.0371015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2017;QD=0.862382;RBI=0.0693823;REFB=-0.00732273;REVB=-0.0586292;RO=115;SAF=9;SAR=3;SRF=34;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497733;STB=0.797975;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.171726;OID=.;OPOS=2436396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:146:146:115:133:12:10:0.0684932:3:9:34:81:3:7:46:87 chr1 2452569 . T C 3385.42 PASS AF=1;AO=217;DP=219;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580742;FXX=0.004566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2241;QD=62.1177;RBI=0.0810338;REFB=0.0526261;REVB=-0.0565143;RO=1;SAF=96;SAR=121;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00392141;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213412;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:219:218:1:0:217:218:1:121:96:0:1:122:96:0:0 chr1 2560882 . G A 4795.83 PASS AF=0.987302;AO=308;DP=314;FAO=311;FDP=315;FR=.;FRO=4;FSAF=167;FSAR=144;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0194767;FXX=0.00316446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.829;QD=60.8995;RBI=0.0393948;REFB=-0.000665128;REVB=0.0342434;RO=4;SAF=166;SAR=142;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000958316;STB=0.500472;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-2.84729e-05;OID=.;OPOS=2560882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:314:315:4:4:308:311:0.987302:142:166:2:2:144:167:2:2 chr1 2560903 . T G 4657.41 PASS AF=1;AO=252;DP=296;FAO=291;FDP=291;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=151;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397964;FXX=0.0102037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.106;QD=64.0193;RBI=0.0398032;REFB=0;REVB=0.000738256;RO=0;SAF=112;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.41159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433935;OID=.;OPOS=2560903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:296:291:0:0:252:291:1:140:112:0:0:140:151:0:0 chr1 2572941 . G A 934.88 PASS AF=0.464789;AO=100;DP=213;FAO=99;FDP=213;FR=.;FRO=114;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=-0.0504045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4873;QD=17.5565;RBI=0.0557865;REFB=-0.0125809;REVB=0.0239064;RO=113;SAF=46;SAR=54;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03427;STB=0.524417;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0142229;OID=.;OPOS=2572941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:113:114:100:99:0.464789:54:46:56:57:54:45:57:57 chr1 2573199 . A G 5514.79 PASS AF=1;AO=353;DP=355;FAO=353;FDP=353;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000508026;FXX=0.00563364;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.227;QD=62.4905;RBI=0.0130076;REFB=-0.00269559;REVB=0.0129977;RO=1;SAF=170;SAR=183;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00279848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47228e-06;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:355:353:1:0:353:353:1:183:170:1:0:183:170:0:0 chr1 2938265 . C T 277.84 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-1.79873e-05;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.217;QD=25.8453;RBI=0.00909404;REFB=-0.0054432;REVB=-0.00909402;RO=17;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962864;STB=0.565984;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00321384;OID=.;OPOS=2938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:17:18:25:25:0.581395:15:10:9:8:15:10:10:8 chr1 2938407 . CAGA C 688.76 PASS AF=0.496454;AO=69;DP=150;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=0.0235703;FXX=0.0662208;HRUN=1;LEN=3;MLLD=185.91;QD=19.5393;RBI=0.0237142;REFB=-0.00340447;REVB=0.00260857;RO=69;SAF=36;SAR=33;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157152;STB=0.581326;STBP=0.08;TYPE=del;VARB=0.00303412;OID=.;OPOS=2938408;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.496454:69:150:70:141:71:36:34:25:46:99:69:36:33:24:45 chr1 2938697 . T G 860.13 PASS AF=0.43318;AO=94;DP=217;FAO=94;FDP=217;FR=.;FRO=123;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=56;FWDB=-0.0056985;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.463;QD=15.8548;RBI=0.0231047;REFB=-0.0150836;REVB=0.0223909;RO=123;SAF=54;SAR=40;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030803;STB=0.517155;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.017444;OID=.;OPOS=2938697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:123:123:94:94:0.43318:40:54:67:56:40:54:67:56 chr1 2938989 . G A 3849.79 PASS AF=0.47858;AO=391;DP=739;FAO=391;FDP=817;FR=.;FRO=426;FSAF=214;FSAR=177;FSRF=202;FSRR=224;FWDB=-0.00596592;FXX=0.00365849;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.947;QD=18.8484;RBI=0.0351717;REFB=-0.0231135;REVB=-0.0346621;RO=348;SAF=214;SAR=177;SRF=201;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265203;STB=0.538199;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0305455;OID=.;OPOS=2938989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:739:817:348:426:391:391:0.47858:177:214:201:147:177:214:202:224 chr1 2983963 . G A 2091.65 PASS AF=0.403448;AO=234;DP=580;FAO=234;FDP=580;FR=.;FRO=346;FSAF=156;FSAR=78;FSRF=165;FSRR=181;FWDB=0.0180102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0721;QD=14.4252;RBI=0.0321064;REFB=-0.0251509;REVB=0.0265792;RO=345;SAF=156;SAR=78;SRF=164;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211173;STB=0.617391;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0437344;OID=.;OPOS=2983963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:580:580:345:346:234:234:0.403448:78:156:164:181:78:156:165:181 chr1 2985885 . C G 285.59 PASS AF=0.438356;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=-0.00589329;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9856;QD=15.6487;RBI=0.043674;REFB=-0.0216598;REVB=-0.0432746;RO=41;SAF=11;SAR=20;SRF=33;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430857;STB=0.728028;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0351777;OID=.;OPOS=2985885;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:31:32:0.438356:20:11:33:8:20:12:33:8 chr1 3301721 . C T 2108.5 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00540042;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.323;QD=62.0146;RBI=0.0234472;REFB=-0.0295032;REVB=-0.0228169;RO=1;SAF=68;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070424;STB=0.503703;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-1.97877e-05;OID=.;OPOS=3301721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:136:1:1:135:135:0.992647:67:68:0:1:67:68:0:1 chr1 3312914 . T G 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.692;QD=59.5018;RBI=0.0201563;REFB=0;REVB=0.00269705;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5362e-05;OID=.;OPOS=3312914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr1 3328358 . T C 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.68;QD=58.0588;RBI=0.0164017;REFB=0;REVB=-0.00195549;RO=0;SAF=10;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18513e-05;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:51:10:0:0:51:10:0:0 chr1 3352009 . G A 573.29 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=51;FSRF=11;FSRR=52;FWDB=0.0047694;FXX=0.039367;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.881;QD=18.7964;RBI=0.0047956;REFB=-0.00716335;REVB=0.00050063;RO=62;SAF=8;SAR=51;SRF=10;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485663;STB=0.540421;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00795628;OID=.;OPOS=3352009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:62:63:59:59:0.483607:51:8:10:52:51:8:11:52 chr1 3353890 . A G 3999.78 PASS AF=1;AO=257;DP=259;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7963;QD=61.7727;RBI=0.0553045;REFB=-0.0307503;REVB=-0.00255096;RO=1;SAF=130;SAR=127;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00365312;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169737;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:259:259:1:0:257:259:1:127:130:1:0:127:132:0:0 chr1 3353949 . A G 3864.9 PASS AF=0.976923;AO=253;DP=259;FAO=254;FDP=260;FR=.;FRO=6;FSAF=134;FSAR=120;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0187711;FXX=0.0114064;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.419;QD=59.4599;RBI=0.0310038;REFB=-0.11678;REVB=-0.0246755;RO=3;SAF=134;SAR=119;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307217;STB=0.500638;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.000622347;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:259:260:3:6:253:254:0.976923:119:134:2:1:120:134:3:3 chr1 3354595 . T C 2015.75 PASS AF=0.752252;AO=166;DP=221;FAO=167;FDP=222;FR=.;FRO=55;FSAF=97;FSAR=70;FSRF=9;FSRR=46;FWDB=0.0336713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.5678;QD=36.3199;RBI=0.0369885;REFB=-0.0410283;REVB=0.0153098;RO=32;SAF=97;SAR=69;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140637;STB=0.602601;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00557691;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:32:55:166:167:0.752252:69:97:4:28:70:97:9:46 chr1 3354615 . T C 2952.87 PASS AF=0.948113;AO=201;DP=212;FAO=201;FDP=212;FR=.;FRO=11;FSAF=98;FSAR=103;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00521633;FXX=0.00469462;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.08;QD=55.7144;RBI=0.012405;REFB=-0.0423563;REVB=0.0112549;RO=10;SAF=98;SAR=103;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371564;STB=0.517149;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00030376;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:212:212:10:11:201:201:0.948113:103:98:9:1:103:98:9:2 chr1 3383898 . A G 3647.86 PASS AF=1;AO=231;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.078;QD=63.1665;RBI=0.0154886;REFB=0;REVB=0.0069687;RO=0;SAF=80;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21545e-06;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:231:0:0:231:231:1:151:80:0:0:151:80:0:0 chr1 3389727 . C T 2086.37 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133083;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.837;QD=62.748;RBI=0.0215588;REFB=0;REVB=0.0169609;RO=0;SAF=69;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43158e-05;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:64:69:0:0:64:69:0:0 chr1 3394456 . T C 2273.75 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187;QD=63.6015;RBI=0.04348;REFB=0;REVB=0.00708595;RO=0;SAF=57;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18595e-05;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:86:57:0:0:86:57:0:0 chr1 3395039 . G A 2011.22 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.925;QD=61.4112;RBI=0.0385872;REFB=-0.0183654;REVB=0.0314812;RO=1;SAF=49;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583171;STB=0.503067;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00016127;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:81:49:0:1:81:49:0:1 chr1 3414105 . C T 1470.81 PASS AF=0.508772;AO=144;DP=285;FAO=145;FDP=285;FR=.;FRO=140;FSAF=74;FSAR=71;FSRF=65;FSRR=75;FWDB=0.035847;FXX=0.0069684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.5798;QD=20.6429;RBI=0.0368744;REFB=-0.00428154;REVB=-0.00864407;RO=132;SAF=74;SAR=70;SRF=62;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386666;STB=0.522611;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00375972;OID=.;OPOS=3414105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:132:140:144:145:0.508772:70:74:62:70:71:74:65:75 chr1 3416449 . C A 1366.3 PASS AF=0.522088;AO=130;DP=249;FAO=130;FDP=249;FR=.;FRO=119;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=-0.00269967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.532;QD=21.9485;RBI=0.0214103;REFB=-0.0342389;REVB=0.0212394;RO=116;SAF=72;SAR=58;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243698;STB=0.515821;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0331172;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:116:119:130:130:0.522088:58:72:61:55:58:72:62:57 chr1 3418391 . C T 3657.03 PASS AF=0.490591;AO=363;DP=749;FAO=365;FDP=744;FR=.;FRO=379;FSAF=174;FSAR=191;FSRF=193;FSRR=186;FWDB=0.0487471;FXX=0.00799989;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7497;QD=19.6615;RBI=0.0768336;REFB=-0.00751319;REVB=0.0593896;RO=364;SAF=174;SAR=189;SRF=191;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415637;STB=0.516577;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00672522;OID=.;OPOS=3418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:749:744:364:379:363:365:0.490591:189:174:191:173:191:174:193:186 chr1 3421897 . A G 927.4 PASS AF=0.409639;AO=97;DP=242;FAO=102;FDP=249;FR=.;FRO=147;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=70;FSRR=77;FWDB=0.0379691;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.243;QD=14.898;RBI=0.0408565;REFB=-0.0368728;REVB=-0.0150863;RO=143;SAF=44;SAR=53;SRF=69;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308943;STB=0.509137;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0370848;OID=.;OPOS=3421897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:249:143:147:97:102:0.409639:53:44:69:74:55:47:70:77 chr1 3425183 . G A 2459.23 PASS AF=0.510593;AO=241;DP=477;FAO=241;FDP=472;FR=.;FRO=231;FSAF=98;FSAR=143;FSRF=83;FSRR=148;FWDB=-0.0357877;FXX=0.010482;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2855;QD=20.8409;RBI=0.0388249;REFB=-0.0149587;REVB=0.0150537;RO=230;SAF=98;SAR=143;SRF=83;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428126;STB=0.524216;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0198608;OID=.;OPOS=3425183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:477:472:230:231:241:241:0.510593:143:98:83:147:143:98:83:148 chr1 3428160 . T G 1227.62 PASS AF=0.548837;AO=117;DP=215;FAO=118;FDP=215;FR=.;FRO=97;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.0305972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.686;QD=22.8394;RBI=0.0306727;REFB=-0.0137493;REVB=-0.00215098;RO=98;SAF=66;SAR=51;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369339;STB=0.515294;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0104941;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:98:97:117:118:0.548837:51:66:51:47:52:66:51:46 chr1 3496479 . T C 623.48 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=-0.00166217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.515;QD=18.3377;RBI=0.0142899;REFB=0.00128838;REVB=-0.0141929;RO=70;SAF=24;SAR=40;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180614;STB=0.515805;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0017405;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:70:72:64:64:0.470588:40:24:25:45:40:24:25:47 chr1 3511934 . A G 1004.64 PASS AF=0.452586;AO=105;DP=232;FAO=105;FDP=232;FR=.;FRO=127;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=73;FSRR=54;FWDB=0.0136402;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.056;QD=17.3214;RBI=0.033164;REFB=-0.0146745;REVB=-0.0302291;RO=125;SAF=59;SAR=46;SRF=72;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140808;STB=0.507182;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0169957;OID=.;OPOS=3511934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:125:127:105:105:0.452586:46:59:72:53:46:59:73:54 chr1 3548136 . T C 3376.16 PASS AF=1;AO=182;DP=218;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524432;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.076;QD=61.9479;RBI=0.0526139;REFB=-0.0739122;REVB=0.00423416;RO=0;SAF=100;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241858;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:218:218:0:0:182:218:1:82:100:0:0:110:108:0:0 chr1 3551792 . G A 223.14 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.019596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.335;QD=10.5008;RBI=0.020922;REFB=0.0187674;REVB=-0.00732979;RO=57;SAF=15;SAR=13;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094186;STB=0.505491;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0378671;OID=.;OPOS=3551792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:13:15:31:26:13:15:31:26 chr1 3638674 . C T 2365.16 PASS AF=0.9875;AO=156;DP=162;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=106;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0295611;FXX=0.0123449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.967;QD=59.1291;RBI=0.0296017;REFB=-0.0631584;REVB=0.00154831;RO=2;SAF=50;SAR=106;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186454;STB=0.509433;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=3.22241e-05;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:162:160:2:2:156:158:0.9875:106:50:2:0:106:52:2:0 chr1 3644715 . C T 1059.58 PASS AF=0.42963;AO=115;DP=269;FAO=116;FDP=270;FR=.;FRO=154;FSAF=40;FSAR=76;FSRF=72;FSRR=82;FWDB=-0.00777985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.054;QD=15.6975;RBI=0.00844741;REFB=-0.0107;REVB=-0.00329132;RO=143;SAF=40;SAR=75;SRF=66;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119893;STB=0.573881;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0149518;OID=.;OPOS=3644715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:270:143:154:115:116:0.42963:75:40:66:77:76:40:72:82 chr1 3644754 . T C 1459.49 PASS AF=0.496644;AO=147;DP=296;FAO=148;FDP=298;FR=.;FRO=150;FSAF=60;FSAR=88;FSRF=60;FSRR=90;FWDB=-0.0228469;FXX=0.00996645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.836;QD=19.5905;RBI=0.0366219;REFB=-0.0273783;REVB=-0.0286213;RO=143;SAF=59;SAR=88;SRF=56;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915652;STB=0.502824;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0289604;OID=.;OPOS=3644754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:298:143:150:147:148:0.496644:88:59:56:87:88:60:60:90 chr1 3649403 . G A 1977.48 PASS AF=0.475294;AO=202;DP=426;FAO=202;FDP=425;FR=.;FRO=223;FSAF=92;FSAR=110;FSRF=97;FSRR=126;FWDB=0.0123654;FXX=0.00234736;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.166;QD=18.6116;RBI=0.0266785;REFB=-0.0252982;REVB=0.0236398;RO=222;SAF=92;SAR=110;SRF=97;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178035;STB=0.510845;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.025783;OID=.;OPOS=3649403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:425:222:223:202:202:0.475294:110:92:97:125:110:92:97:126 chr1 3649562 . G A 692.15 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0122286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.759;QD=21.1344;RBI=0.0195888;REFB=-0.00526478;REVB=0.0153031;RO=63;SAF=29;SAR=39;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123405;STB=0.506781;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00486353;OID=.;OPOS=3649562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:63:68:68:0.519084:39:29:26:37:39:29:26:37 chr1 3659742 . C T 894.99 PASS AF=0.464286;AO=91;DP=196;FAO=91;FDP=196;FR=.;FRO=105;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.00420155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.416;QD=18.2652;RBI=0.0051667;REFB=-0.00100018;REVB=0.00300695;RO=103;SAF=46;SAR=45;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993673;STB=0.505493;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.000937951;OID=.;OPOS=3659742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:103:105:91:91:0.464286:45:46:51:52:45:46:52:53 chr1 3669201 . A G 1000.33 PASS AF=0.470588;AO=104;DP=220;FAO=104;FDP=221;FR=.;FRO=117;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=-0.0103213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.228;QD=18.1055;RBI=0.0164214;REFB=-0.0145219;REVB=-0.0127723;RO=115;SAF=51;SAR=53;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011545;STB=0.501697;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0188475;OID=.;OPOS=3669201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:115:117:104:104:0.470588:53:51:55:60:53:51:57:60 chr1 3669205 . C G 1009.74 PASS AF=0.485981;AO=104;DP=214;FAO=104;FDP=214;FR=.;FRO=110;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=0.0277284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.805;QD=18.8736;RBI=0.044234;REFB=0.0176561;REVB=0.0344643;RO=110;SAF=50;SAR=54;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094743;STB=0.505217;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.0166162;OID=.;OPOS=3669205;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:110:110:104:104:0.485981:54:50:54:56:54:50:54:56 chr1 3677933 . T C 651.17 PASS AF=0.511811;AO=65;DP=124;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0322282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.552;QD=20.5093;RBI=0.0323407;REFB=-0.0116552;REVB=-0.00269612;RO=57;SAF=30;SAR=35;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499272;STB=0.504877;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0108619;OID=.;OPOS=3677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:57:62:65:65:0.511811:35:30:23:34:35:30:28:34 chr1 3680333 . C T 336.59 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0124428;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.102;QD=14.477;RBI=0.0289984;REFB=-0.00903008;REVB=0.0261931;RO=56;SAF=23;SAR=14;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187015;STB=0.606269;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0125972;OID=.;OPOS=3680333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:56:56:37:37:0.397849:14:23:25:31:14:23:25:31 chr1 3703710 . G A 955.07 PASS AF=0.478469;AO=98;DP=210;FAO=100;FDP=209;FR=.;FRO=109;FSAF=30;FSAR=70;FSRF=45;FSRR=64;FWDB=0.0209607;FXX=0.0141503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6073;QD=18.2788;RBI=0.0288798;REFB=-0.00911938;REVB=0.0198668;RO=109;SAF=29;SAR=69;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125709;STB=0.566329;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00877186;OID=.;OPOS=3703710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:109:109:98:100:0.478469:69:29:45:64:70:30:45:64 chr1 3743319 . G A 774.66 PASS AF=0.506329;AO=66;DP=144;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.0169228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.178;QD=19.6117;RBI=0.0498636;REFB=-0.0227916;REVB=0.0469041;RO=78;SAF=27;SAR=39;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268605;STB=0.505493;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0218356;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:158:78:78:66:80:0.506329:39:27:34:44:46:34:34:44 chr1 3745924 . G A 1052.47 PASS AF=0.452;AO=113;DP=253;FAO=113;FDP=250;FR=.;FRO=137;FSAF=44;FSAR=69;FSRF=52;FSRR=85;FWDB=-0.0222319;FXX=0.0118572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4308;QD=16.8395;RBI=0.0297266;REFB=-0.0104777;REVB=-0.0197336;RO=136;SAF=44;SAR=69;SRF=51;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149755;STB=0.505671;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0156706;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:250:136:137:113:113:0.452:69:44:51:85:69:44:52:85 chr1 3753136 . A T 821.84 PASS AF=0.464481;AO=85;DP=184;FAO=85;FDP=183;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.00625161;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.511;QD=17.9638;RBI=0.00673171;REFB=-0.00783161;REVB=-0.00249665;RO=97;SAF=44;SAR=41;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120385;STB=0.503989;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0116418;OID=.;OPOS=3753136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:97:98:85:85:0.464481:41:44:49:48:41:44:50:48 chr1 3755675 . T C 669.32 PASS AF=0.5;AO=67;DP=129;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0899435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.993;QD=19.9797;RBI=0.0915671;REFB=-0.0250217;REVB=-0.0171668;RO=62;SAF=31;SAR=36;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668736;STB=0.522583;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0263888;OID=.;OPOS=3755675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:134:62:67:67:67:0.5:36:31:24:38:36:31:28:39 chr1 3759784 . A G 783.82 PASS AF=0.487952;AO=81;DP=166;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.00196551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.208;QD=18.8872;RBI=0.00715619;REFB=-0.00144497;REVB=-0.00688098;RO=82;SAF=45;SAR=36;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953569;STB=0.543613;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00148613;OID=.;OPOS=3759784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:82:85:81:81:0.487952:36:45:37:45:36:45:40:45 chr1 3761479 . C T 862.86 PASS AF=0.5;AO=87;DP=173;FAO=87;FDP=174;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.0135497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.162;QD=19.8358;RBI=0.0170588;REFB=-0.00237357;REVB=0.0103639;RO=86;SAF=33;SAR=54;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112245;STB=0.559267;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0026131;OID=.;OPOS=3761479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:86:87:87:87:0.5:54:33:43:43:54:33:43:44 chr1 3786245 . G A 1746.0 PASS AF=0.552901;AO=160;DP=293;FAO=162;FDP=293;FR=.;FRO=131;FSAF=81;FSAR=81;FSRF=62;FSRR=69;FWDB=0.0148154;FXX=0.00340124;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5891;QD=23.8361;RBI=0.0364968;REFB=-0.00435736;REVB=0.0333545;RO=132;SAF=80;SAR=80;SRF=63;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188851;STB=0.511944;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00426773;OID=.;OPOS=3786245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:132:131:160:162:0.552901:80:80:63:69:81:81:62:69 chr1 4772053 . T C 1317.0 PASS AF=0.341667;AO=166;DP=482;FAO=164;FDP=480;FR=.;FRO=316;FSAF=67;FSAR=97;FSRF=165;FSRR=151;FWDB=-0.141202;FXX=0.00414929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3585;QD=10.975;RBI=0.143602;REFB=-0.0169767;REVB=-0.0261421;RO=302;SAF=68;SAR=98;SRF=152;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107766;STB=0.575246;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0360354;OID=.;OPOS=4772053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:482:480:302:316:166:164:0.341667:98:68:152:150:97:67:165:151 chr1 4842981 . G A 4411.76 PASS AF=1;AO=279;DP=287;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689193;FXX=0.0278736;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.985;QD=63.251;RBI=0.0416052;REFB=-0.0699397;REVB=0.0410304;RO=0;SAF=145;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37095e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291948;OID=.;OPOS=4842981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:287:279:0:0:279:279:1:134:145:0:0:134:145:0:0 chr1 5926507 . T C 398.95 PASS AF=0.432692;AO=44;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00281884;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.597;QD=15.3444;RBI=0.0135362;REFB=-0.0124384;REVB=-0.0132395;RO=58;SAF=28;SAR=16;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159402;STB=0.585327;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0130822;OID=.;OPOS=5926507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:59:44:45:0.432692:16:28:28:30:17:28:28:31 chr1 5935162 . A T 355.98 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0484553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.617;QD=30.2958;RBI=0.0500986;REFB=-0.0121732;REVB=-0.0127261;RO=17;SAF=13;SAR=17;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136003;STB=0.574327;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0133282;OID=.;OPOS=5935162;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:17:13:4:13:17:13:4:13 chr1 5937168 . G A 3569.32 PASS AF=0.493759;AO=355;DP=723;FAO=356;FDP=721;FR=.;FRO=365;FSAF=210;FSAR=146;FSRF=207;FSRR=158;FWDB=-0.0254064;FXX=0.00414359;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9361;QD=19.8021;RBI=0.0842;REFB=-0.025792;REVB=0.0802754;RO=361;SAF=210;SAR=145;SRF=205;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224767;STB=0.511858;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0240145;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:723:721:361:365:355:356:0.493759:145:210:205:156:146:210:207:158 chr1 5948677 . G A 500.97 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0203031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.447;QD=19.4551;RBI=0.0240654;REFB=0.00139084;REVB=-0.01292;RO=51;SAF=22;SAR=30;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254783;STB=0.514084;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00141156;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:51:52:52:0.504854:30:22:23:28:30:22:23:28 chr1 6162054 . T C 726.02 PASS AF=0.429348;AO=78;DP=184;FAO=79;FDP=184;FR=.;FRO=105;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=-0.0332663;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0128;QD=15.783;RBI=0.043451;REFB=0.00346537;REVB=-0.0279525;RO=106;SAF=30;SAR=48;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826268;STB=0.538092;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00593252;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:106:105:78:79:0.429348:48:30:49:57:48:31:48:57 chr1 6162355 . A T 318.99 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.00118904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.209;QD=15.7525;RBI=0.0187155;REFB=0.00812675;REVB=-0.0186777;RO=45;SAF=8;SAR=27;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221282;STB=0.525277;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00810185;OID=.;OPOS=6162355;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:46:35:35:0.432099:27:8:11:34:27:8:12:34 chr1 6162407 . A G 797.48 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.573;QD=55.9635;RBI=0.0679565;REFB=0;REVB=-0.0036351;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100055;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:55:57:1:40:15:0:0:40:17:0:0 chr1 6163065 . G A 853.82 PASS AF=0.483333;AO=87;DP=180;FAO=87;FDP=180;FR=.;FRO=93;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=-0.043844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.323;QD=18.9737;RBI=0.0459852;REFB=0.00901646;REVB=-0.0138688;RO=92;SAF=41;SAR=46;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649275;STB=0.538215;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00930379;OID=.;OPOS=6163065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:92:93:87:87:0.483333:46:41:37:55:46:41:37:56 chr1 6165419 . C T 303.21 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.0302442;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.143;QD=11.23;RBI=0.0410085;REFB=-0.0101997;REVB=-0.0276945;RO=70;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921899;STB=0.552818;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0231463;OID=.;OPOS=6165419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:70:38:38:0.351852:22:16:24:46:22:16:24:46 chr1 6184092 . A G 2370.56 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.774;QD=64.0691;RBI=0.0405611;REFB=0;REVB=-0.0403991;RO=0;SAF=95;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50596e-05;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:52:95:0:0:52:96:0:0 chr1 6188217 . CT CG,C 2088.64 PASS AF=0.0753425,0.924658;AO=8,33;DP=135;FAO=11,135;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=0,84;FSAR=11,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160165,0.961067;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=155.943,22.287;QD=57.223;RBI=0.175454,0.997862;REFB=0,0;REVB=-0.0716333,0.268475;RO=88;SAF=0,2;SAR=8,31;SRF=80;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.822629,-0.834189;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.166494,0.0144059;OID=.,.;OPOS=6188218,6188218;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0753425,0.924658:8,33:135:11,135:146:0:0,84:11,51:0:0:27:88:0,2:8,31:80:8 chr1 6190315 . C T 1195.96 PASS AF=0.466418;AO=125;DP=268;FAO=125;FDP=268;FR=.;FRO=143;FSAF=52;FSAR=73;FSRF=69;FSRR=74;FWDB=0.00429505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.56;QD=17.8502;RBI=0.00966677;REFB=-0.0131148;REVB=-0.0086602;RO=143;SAF=52;SAR=73;SRF=69;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065319;STB=0.536075;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0157005;OID=.;OPOS=6190315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:143:143:125:125:0.466418:73:52:69:74:73:52:69:74 chr1 6196869 . A G 2351.04 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.134102;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5814;QD=60.2832;RBI=0.135166;REFB=-0.118958;REVB=-0.0169268;RO=1;SAF=74;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590956;STB=0.503067;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000699105;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:156:1:1:154:155:0.99359:80:74:0:1:81:74:0:1 chr1 6202245 . G A 1661.43 PASS AF=0.496988;AO=165;DP=332;FAO=165;FDP=332;FR=.;FRO=167;FSAF=81;FSAR=84;FSRF=99;FSRR=68;FWDB=-0.00540122;FXX=0.00300291;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.433;QD=20.0172;RBI=0.0087805;REFB=0.00676852;REVB=-0.00692272;RO=164;SAF=81;SAR=84;SRF=98;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969723;STB=0.551175;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00590018;OID=.;OPOS=6202245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:164:167:165:165:0.496988:84:81:98:66:84:81:99:68 chr1 6204161 . G A 761.25 PASS AF=0.415459;AO=86;DP=207;FAO=86;FDP=207;FR=.;FRO=121;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=0.00182075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.576;QD=14.71;RBI=0.0375812;REFB=-0.00531908;REVB=0.037537;RO=121;SAF=39;SAR=47;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702696;STB=0.539309;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00750602;OID=.;OPOS=6204161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:121:121:86:86:0.415459:47:39:63:58:47:39:63:58 chr1 6209363 . T C 298.78 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0997147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.153;QD=18.6738;RBI=0.100006;REFB=-0.0262188;REVB=0.00762474;RO=32;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560024;STB=0.53123;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.031166;OID=.;OPOS=6209363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:15:17:15:17:15:17:15:17 chr1 6211183 . G A 1021.78 PASS AF=0.553073;AO=94;DP=174;FAO=99;FDP=179;FR=.;FRO=80;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.0343046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2312;QD=22.833;RBI=0.0639287;REFB=-0.000176104;REVB=0.0539451;RO=76;SAF=41;SAR=53;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527735;STB=0.518396;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000485607;OID=.;OPOS=6211183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:179:76:80:94:99:0.553073:53:41:38:38:56:43:38:42 chr1 6215695 . G A 1023.23 PASS AF=0.535519;AO=98;DP=183;FAO=98;FDP=183;FR=.;FRO=85;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.045706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9874;QD=22.3657;RBI=0.0634548;REFB=-0.0238213;REVB=0.0440168;RO=84;SAF=54;SAR=44;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00290241;STB=0.504615;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0212944;OID=.;OPOS=6215695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:84:85:98:98:0.535519:44:54:46:38:44:54:46:39 chr1 6278414 . A G 810.64 PASS AF=0.438776;AO=85;DP=196;FAO=86;FDP=196;FR=.;FRO=110;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=41;FSRR=69;FWDB=-0.0458403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.974;QD=16.5437;RBI=0.0472461;REFB=0.0127699;REVB=0.0114394;RO=109;SAF=33;SAR=52;SRF=41;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012888;STB=0.513349;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0215983;OID=.;OPOS=6278414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:109:110:85:86:0.438776:52:33:41:68:52:34:41:69 chr1 6279370 . G C 463.71 PASS AF=0.419355;AO=54;DP=125;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0266373;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.567;QD=14.9582;RBI=0.0643247;REFB=-0.010863;REVB=0.0585502;RO=69;SAF=24;SAR=30;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039468;STB=0.515136;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0197828;OID=.;OPOS=6279370;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:69:72:54:52:0.419355:30:24:28:41:29:23:30:42 chr1 6283547 . GA G 241.77 PASS AF=0.4;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=-0.0342581;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.5376;QD=8.05882;RBI=0.0342689;REFB=-0.0425993;REVB=0.000861628;RO=70;SAF=20;SAR=28;SRF=21;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129864;STB=0.557969;STBP=0.33;TYPE=del;VARB=0.0626994;OID=.;OPOS=6283548;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:48:121:48:120:72:19:29:22:50:99:70:20:28:21:49 chr1 6308929 . C A 406.33 PASS AF=0.375;AO=48;DP=129;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0225096;FXX=0.00775134;HRUN=10;LEN=1;MLLD=232.84;QD=12.6978;RBI=0.0238023;REFB=-0.0210591;REVB=-0.00773761;RO=74;SAF=34;SAR=14;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304979;STB=0.65378;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0271109;OID=.;OPOS=6308929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:74:80:48:48:0.375:14:34:32:42:14:34:38:42 chr1 6557009 . A C 3888.58 PASS AF=0.494253;AO=384;DP=781;FAO=387;FDP=783;FR=.;FRO=396;FSAF=221;FSAR=166;FSRF=187;FSRR=209;FWDB=0.0199322;FXX=0.00254774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.762;QD=19.8651;RBI=0.0319361;REFB=-0.00784637;REVB=-0.0249524;RO=391;SAF=221;SAR=163;SRF=187;SRR=204;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903976;STB=0.550285;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00658786;OID=.;OPOS=6557009;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:781:783:391:396:384:387:0.494253:163:221:187:204:166:221:187:209 chr1 6614391 . A C 987.82 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.07;QD=58.9745;RBI=0.052174;REFB=0;REVB=0.0427371;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178452;OID=.;OPOS=6614391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:67:0:0:60:67:1:31:29:0:0:38:29:0:0 chr1 6614415 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.136;QD=43.4861;RBI=0.0296235;REFB=0;REVB=-0.0143924;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013516;OID=.;OPOS=6614415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr1 6614535 . G A 2248.09 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307791;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6383;QD=59.552;RBI=0.10069;REFB=0;REVB=0.0958703;RO=1;SAF=64;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583531;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688884;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:151:1:0:145:151:1:81:64:0:1:84:67:0:0 chr1 6635231 . A G 1063.29 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0392235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5843;QD=58.2623;RBI=0.0773764;REFB=-0.0765386;REVB=-0.0666981;RO=2;SAF=25;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363246;STB=0.509088;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00102751;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:2:1:70:72:0.986301:45:25:2:0:45:27:1:0 chr1 6635306 . G A 959.17 PASS AF=0.487685;AO=99;DP=203;FAO=99;FDP=203;FR=.;FRO=104;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=-0.0137515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.338;QD=18.8999;RBI=0.014744;REFB=0.00216639;REVB=-0.00531802;RO=104;SAF=49;SAR=50;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131947;STB=0.507265;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00250261;OID=.;OPOS=6635306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:104:104:99:99:0.487685:50:49:50:54:50:49:50:54 chr1 6639289 . ACTCCCTGGG A,ACTCCCTGG 452.63 PASS AF=0.474227,0;AO=42,11;DP=98;FAO=46,0;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=20,0;FSAR=26,0;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.015201,-0.248124;FXX=0.029997;HRUN=1,3;LEN=9,1;MLLD=303.111,16.2282;QD=18.6651;RBI=0.0203129,0.251614;REFB=-0.0119467,-0.0686942;REVB=0.0134738,-0.0417664;RO=38;SAF=19,11;SAR=23,0;SRF=11;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0.338462;SSSB=0.143911,0.802007;STB=0.50864,0.5;STBP=0.878,1;TYPE=del,del;VARB=0.0110826,0;OID=.,.;OPOS=6639290,6639296;OREF=CTCCCTGGG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,ACTCCCTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.474227,0:42,11:98:46,0:97:51:20,0:26,0:23:28:99:38:19,11:23,0:11:27 chr1 6646959 . GCCTGCCTTC G 365.14 PASS AF=0.380952;AO=60;DP=165;FAO=64;FDP=168;FR=.;FRO=104;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.0112898;FXX=0.066663;HRUN=2;LEN=9;MLLD=267.443;QD=8.69376;RBI=0.0303932;REFB=-0.0119308;REVB=0.0282186;RO=88;SAF=38;SAR=22;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599751;STB=0.528976;STBP=0.602;TYPE=del;VARB=0.0162686;OID=.;OPOS=6646960;OREF=CCTGCCTTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:60:165:64:168:104:38:26:57:47:99:88:38:22:51:37 chr1 6648503 . G A 569.32 PASS AF=0.194286;AO=102;DP=525;FAO=102;FDP=525;FR=.;FRO=423;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=158;FSRR=265;FWDB=-0.0671452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.749;QD=4.33764;RBI=0.067375;REFB=-0.000662198;REVB=0.00556008;RO=418;SAF=38;SAR=64;SRF=155;SRR=263;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0024092;STB=0.500838;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00288902;OID=.;OPOS=6648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:525:525:418:423:102:102:0.194286:64:38:155:263:64:38:158:265 chr1 6659505 . G A 354.06 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0288864;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.638;QD=18.3928;RBI=0.0293426;REFB=0.000486207;REVB=-0.00515396;RO=40;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153176;STB=0.58532;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.000536233;OID=.;OPOS=6659505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:17:20:15:25:17:20:15:25 chr1 6692942 . A T 2366.25 PASS AF=0.479532;AO=222;DP=489;FAO=246;FDP=513;FR=.;FRO=267;FSAF=131;FSAR=115;FSRF=121;FSRR=146;FWDB=0.0895321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.516;QD=18.4503;RBI=0.0896706;REFB=-0.000540646;REVB=-0.00498141;RO=263;SAF=107;SAR=115;SRF=117;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366045;STB=0.541242;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000758463;OID=.;OPOS=6692942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:489:513:263:267:222:246:0.479532:115:107:117:146:115:131:121:146 chr1 6693097 . A G 481.66 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00786226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.191;QD=17.3569;RBI=0.0158836;REFB=-0.000393368;REVB=-0.0138013;RO=56;SAF=22;SAR=30;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118562;STB=0.500355;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.000691821;OID=.;OPOS=6693097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:59:52:52:0.468468:30:22:23:33:30:22:25:34 chr1 6695244 . A G 352.53 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00855451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4997;QD=21.0463;RBI=0.0237891;REFB=0.00885754;REVB=0.0221978;RO=31;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036733;STB=0.520321;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00823715;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:17:19:15:16:17:19:15:16 chr1 6704635 . A G 580.69 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0215761;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.344;QD=21.507;RBI=0.0346309;REFB=-0.00477224;REVB=0.0270882;RO=49;SAF=21;SAR=37;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324363;STB=0.521321;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00776174;OID=.;OPOS=6704635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:49:50:58:58:0.537037:37:21:16:33:37:21:16:34 chr1 6711146 . T C 565.24 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=56;FWDB=-0.0153294;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.262;QD=16.6248;RBI=0.0161263;REFB=-0.0311579;REVB=-0.0050067;RO=75;SAF=31;SAR=29;SRF=20;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248662;STB=0.640452;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0461769;OID=.;OPOS=6711146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:75:76:60:60:0.441176:29:31:20:55:29:31:20:56 chr1 7723534 . G A 415.46 PASS AF=0.446602;AO=45;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0154834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.486;QD=16.1345;RBI=0.0206512;REFB=-0.0305603;REVB=-0.0136652;RO=57;SAF=31;SAR=14;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25833;STB=0.648392;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0373281;OID=.;OPOS=7723534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:45:46:0.446602:14:31:25:32:14:32:25:32 chr1 7723957 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0014693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.159;QD=14.0792;RBI=0.00696175;REFB=0.0102021;REVB=0.00680494;RO=16;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115982;STB=0.568837;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0192825;OID=.;OPOS=7723957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:11:1:2:14:11:1:2:14 chr1 7811014 . G A 2074.82 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.046;QD=61.9349;RBI=0.0379647;REFB=0;REVB=0.0266675;RO=0;SAF=47;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5279e-05;OID=.;OPOS=7811014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:134:0:0:124:134:1:77:47:0:0:83:51:0:0 chr1 7827743 . CAG C 461.87 PASS AF=0.45614;AO=44;DP=111;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00670921;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.222;QD=16.2058;RBI=0.0094305;REFB=-0.0165717;REVB=0.00662728;RO=65;SAF=20;SAR=24;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418477;STB=0.511091;STBP=0.862;TYPE=del;VARB=0.021716;OID=.;OPOS=7827744;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45614:44:111:52:114:62:22:30:25:37:99:65:20:24:27:38 chr1 7870048 . T C 967.07 PASS AF=0.476415;AO=102;DP=213;FAO=101;FDP=212;FR=.;FRO=111;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.073289;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2259;QD=18.2466;RBI=0.0733751;REFB=0.0189297;REVB=0.00355389;RO=109;SAF=51;SAR=51;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430046;STB=0.50495;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0262452;OID=.;OPOS=7870048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:109:111:102:101:0.476415:51:51:55:54:51:50:56:55 chr1 7887248 . G A 838.36 PASS AF=0.450777;AO=87;DP=191;FAO=87;FDP=193;FR=.;FRO=106;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.00683989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.423;QD=17.3752;RBI=0.0159212;REFB=-0.0102222;REVB=0.0143771;RO=104;SAF=35;SAR=52;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975276;STB=0.554587;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0120144;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:104:106:87:87:0.450777:52:35:52:52:52:35:53:53 chr1 7887493 . T C 3154.26 PASS AF=1;AO=203;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029882;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9504;QD=61.8482;RBI=0.0926705;REFB=0;REVB=0.0877205;RO=0;SAF=80;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119341;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:204:0:0:203:204:1:123:80:0:0:123:81:0:0 chr1 7887579 . C G 393.18 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0108885;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=298.028;QD=13.6758;RBI=0.0110789;REFB=-0.00789558;REVB=0.00204506;RO=67;SAF=19;SAR=27;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372922;STB=0.522234;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0108108;OID=.;OPOS=7887579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:69:46:46:0.4:27:19:30:37:27:19:31:38 chr1 7887605 . G A 479.45 PASS AF=0.505376;AO=45;DP=95;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00867892;FXX=0.0605999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.803;QD=20.6216;RBI=0.0161477;REFB=-0.00466795;REVB=0.013617;RO=41;SAF=20;SAR=25;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473899;STB=0.516946;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.016546;OID=.;OPOS=7887605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:41:46:45:47:0.505376:25:20:18:23:26:21:19:27 chr1 7890053 . G A 182.35 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.00365691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5056;QD=11.578;RBI=0.0387604;REFB=-0.0436115;REVB=0.0385875;RO=38;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713742;STB=0.552546;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0509661;OID=.;OPOS=7890053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:40:23:23:0.365079:15:8:11:27:15:8:11:29 chr1 7890055 . T A 181.01 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.014682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7249;QD=11.4928;RBI=0.0214479;REFB=-0.0172446;REVB=-0.0156349;RO=40;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091241;STB=0.552546;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.033366;OID=.;OPOS=7890055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:15:8:11:29:15:8:11:29 chr1 7890064 . A G 67.79 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.0185968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6731;QD=5.02166;RBI=0.0186937;REFB=-0.00235848;REVB=0.00190085;RO=41;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462416;STB=0.790167;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00600574;OID=.;OPOS=7890064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:54:54:41:43:9:9:0.166667:3:6:11:30:3:6:12:31 chr1 7890069 . C T 38.88 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.0282511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.713;QD=2.93435;RBI=0.0362833;REFB=-0.00462129;REVB=-0.0227673;RO=44;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238817;STB=0.654789;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0173999;OID=.;OPOS=7890069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:44:46:7:7:0.132075:4:3:11:33:4:3:12:34 chr1 7890117 . T C 259.56 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0364234;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6207;QD=14.03;RBI=0.036451;REFB=-0.0250891;REVB=0.00141635;RO=39;SAF=3;SAR=27;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368437;STB=0.712695;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0316309;OID=.;OPOS=7890117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:44:30:30:0.405405:27:3:12:27:27:3:13:31 chr1 7906476 . G T 1399.1 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016784;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2453;QD=62.881;RBI=0.067774;REFB=0;REVB=-0.0656629;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000546486;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:50:39:0:0:50:39:0:0 chr1 7909737 . C T 655.5 PASS AF=0.524194;AO=65;DP=123;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.030807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6556;QD=21.145;RBI=0.0455951;REFB=-0.0022814;REVB=-0.033613;RO=55;SAF=33;SAR=32;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899846;STB=0.555979;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00260118;OID=.;OPOS=7909737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:55:59:65:65:0.524194:32:33:22:33:32:33:23:36 chr1 7913430 . G A 477.0 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00349832;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1903;QD=17.8316;RBI=0.0302244;REFB=0.00336522;REVB=-0.0300213;RO=55;SAF=26;SAR=25;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176582;STB=0.50513;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00307511;OID=.;OPOS=7913430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:55:56:51:51:0.476636:25:26:27:28:25:26:28:28 chr1 7990367 . G A 183.5 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00929616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8625;QD=9.91909;RBI=0.0694281;REFB=-0.0140408;REVB=0.0688029;RO=49;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105898;STB=0.55501;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.031758;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:50:24:24:0.324324:11:13:22:27:11:13:23:27 chr1 8073430 . AAT A,AAA 67.83 PASS AF=0.183486,0;AO=20,8;DP=135;FAO=20,0;FDP=109;FR=.;FRO=89;FSAF=13,0;FSAR=7,0;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=0.0342765,-0.0178769;FXX=0.106549;HRUN=6,5;LEN=2,1;MLLD=17.0747,13.6214;QD=2.48907;RBI=0.0349806,0.0447929;REFB=-0.0461191,-0.0273532;REVB=-0.0069833,-0.0410709;RO=93;SAF=11,1;SAR=9,7;SRF=46;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0703008,-0.42015;STB=0.678493,0.5;STBP=0.095,1;TYPE=del,snp;VARB=0.113979,0;OID=.,.;OPOS=8073431,8073432;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183486,0:20,8:135:20,0:109:89:13,0:7,0:38:51:68:93:11,1:9,7:46:47 chr1 8390495 . A G 399.66 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406749;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.409;QD=57.094;RBI=0.0419215;REFB=0;REVB=0.010147;RO=0;SAF=2;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250203;OID=.;OPOS=8390495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:26:2:0:0:26:2:0:0 chr1 8412935 . C T 3735.24 PASS AF=1;AO=218;DP=220;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000605893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.798;QD=63.3091;RBI=0.00744748;REFB=0;REVB=0.00742279;RO=0;SAF=98;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7288e-05;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:220:236:0:0:218:236:1:120:98:0:0:130:106:0:0 chr1 8412989 . A G 2350.94 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.075;QD=63.9713;RBI=0.00427381;REFB=0;REVB=0.0027898;RO=0;SAF=73;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98768e-07;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:74:73:0:0:74:73:0:0 chr1 8418644 . C A 1388.96 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0419629;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.517;QD=55.0082;RBI=0.0699853;REFB=-0.117234;REVB=0.0560095;RO=4;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450921;STB=0.523805;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000820439;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:101:4:4:97:97:0.960396:40:57:0:4:40:57:0:4 chr1 8418650 . T C 1540.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.796;QD=59.8371;RBI=0.0534116;REFB=0;REVB=0.0395755;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08143e-05;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:103:0:0:99:103:1:43:56:0:0:44:59:0:0 chr1 8419877 . C CCTT 646.33 PASS AF=0.349345;AO=71;DP=243;FAO=80;FDP=229;FR=.;FRO=149;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=61;FSRR=88;FWDB=-0.0127294;FXX=0.0296598;HRUN=2;LEN=3;MLLD=214.456;QD=11.2897;RBI=0.0271934;REFB=-0.049754;REVB=-0.02403;RO=160;SAF=25;SAR=46;SRF=67;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844834;STB=0.506351;STBP=0.904;TYPE=ins;VARB=0.0781614;OID=.;OPOS=8419878;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.349345:71:243:80:229:149:32:48:61:88:99:160:25:46:67:93 chr1 8421091 . G GT 124.52 PASS AF=0.941176;AO=3;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0488672;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=18.8906;QD=29.2989;RBI=0.0521804;REFB=-0.0638139;REVB=-0.0182975;RO=13;SAF=3;SAR=0;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5212;STB=0.516109;STBP=0.64;TYPE=ins;VARB=0.0921629;OID=.;OPOS=8421092;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:3:17:16:17:1:15:1:1:0:5:13:3:0:12:1 chr1 8421092 . C G,T 198.32 PASS AF=0.176471,0.823529;AO=3,13;DP=16;FAO=3,14;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3,13;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124399,-0.0613869;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.773,46.5546;QD=46.664;RBI=0.0564666,0.0756741;REFB=0,0;REVB=0.0550793,-0.0442517;RO=0;SAF=3,12;SAR=0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.00075e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0179386,-0.000107463;OID=.,.;OPOS=8421092,8421092;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:16:17:0:0:3,13:3,14:0.176471,0.823529:0,1:3,12:0:0:0,1:3,13:0:0 chr1 8421203 . T C 334.16 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00389501;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1014;QD=51.4094;RBI=0.00389501;REFB=-0.147525;REVB=0;RO=1;SAF=25;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355726;OID=.;OPOS=8421203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:1:1:25:25:0.961538:0:25:1:0:0:25:1:0 chr1 8525945 . G A 326.02 PASS AF=0.557377;AO=32;DP=59;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.00356107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.24;QD=21.378;RBI=0.00374458;REFB=-0.0259209;REVB=-0.00115788;RO=27;SAF=12;SAR=20;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176664;STB=0.60738;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0126687;OID=.;OPOS=8525945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:27:27:32:34:0.557377:20:12:5:22:20:14:5:22 chr1 8928125 . G T 462.4 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.017686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.525;QD=24.3367;RBI=0.0252643;REFB=-0.0394733;REVB=0.0180413;RO=32;SAF=22;SAR=22;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239935;STB=0.513152;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0268237;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:22:22:15:17:22:22:15:17 chr1 9009406 . C T 479.59 PASS AF=0.397059;AO=53;DP=135;FAO=54;FDP=136;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=0.0148034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.372;QD=14.1056;RBI=0.0234764;REFB=-0.00230279;REVB=0.0182208;RO=81;SAF=22;SAR=31;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20133;STB=0.602554;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00267476;OID=.;OPOS=9009406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:81:82:53:54:0.397059:31:22:49:32:31:23:49:33 chr1 9009444 . A C 331.2 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0090211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.403;QD=13.6575;RBI=0.0144753;REFB=0.00906445;REVB=0.0113205;RO=57;SAF=18;SAR=19;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797999;STB=0.559723;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.0148894;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:60:37:37:0.381443:19:18:32:25:19:18:35:25 chr1 9011537 . G A 448.36 PASS AF=0.438596;AO=49;DP=112;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00123703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.728;QD=15.7319;RBI=0.0273659;REFB=-0.00844127;REVB=-0.0273379;RO=62;SAF=21;SAR=28;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557952;STB=0.516306;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00881658;OID=.;OPOS=9011537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:62:64:49:50:0.438596:28:21:30:32:28:22:30:34 chr1 9011586 . T G 2007.13 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.975;QD=62.2367;RBI=0.0244454;REFB=0;REVB=0.0103899;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78685e-05;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:127:129:1:61:66:0:0:63:66:0:0 chr1 9011722 . G T 1495.92 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500208;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.927;QD=63.656;RBI=0.00646819;REFB=0;REVB=0.00410082;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62888e-05;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr1 9017204 . A G 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00857629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.281;QD=18.3163;RBI=0.00858425;REFB=-0.00762258;REVB=-0.000369392;RO=42;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799854;STB=0.538442;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00775648;OID=.;OPOS=9017204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:18:21:19:23:18:21:20:23 chr1 9030964 . C T 377.51 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0124792;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.216;QD=13.982;RBI=0.0160829;REFB=-0.00743565;REVB=0.0101453;RO=63;SAF=17;SAR=27;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112715;STB=0.559558;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0123884;OID=.;OPOS=9030964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:63:64:44:44:0.407407:27:17:31:32:27:17:31:33 chr1 9034421 . G A 1300.96 PASS AF=0.873874;AO=98;DP=112;FAO=97;FDP=111;FR=.;FRO=14;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0344508;FXX=0.00892777;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.674;QD=46.8816;RBI=0.0350025;REFB=-0.0994576;REVB=-0.00618984;RO=4;SAF=44;SAR=54;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225442;STB=0.541914;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00118941;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:112:111:4:14:98:97:0.873874:54:44:3:1:53:44:11:3 chr1 9039704 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.565;QD=61.683;RBI=0.11281;REFB=0;REVB=-0.111432;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000700939;OID=.;OPOS=9039704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr1 9079365 . G A 1430.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072638;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.913;QD=62.888;RBI=0.0727325;REFB=0;REVB=-0.00370599;RO=0;SAF=12;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81177e-05;OID=.;OPOS=9079365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:91:0:0:86:91:1:74:12:0:0:74:17:0:0 chr1 9307033 . G A 590.86 PASS AF=0.469697;AO=61;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0046736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2811;QD=17.9049;RBI=0.0456552;REFB=-0.0304995;REVB=0.0454153;RO=70;SAF=39;SAR=22;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138793;STB=0.570613;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0354755;OID=.;OPOS=9307033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:70:61:62:0.469697:22:39:35:35:23:39:35:35 chr1 9307138 . T C 375.96 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0306167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.203;QD=14.6005;RBI=0.0307953;REFB=-0.00419478;REVB=-0.00331191;RO=60;SAF=20;SAR=23;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875405;STB=0.549324;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00539425;OID=.;OPOS=9307138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:23:20:33:27:23:20:33:27 chr1 9323910 . G A 569.85 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=35;FWDB=-0.0214119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.875;QD=25.3265;RBI=0.0263623;REFB=-0.0281656;REVB=0.0153785;RO=37;SAF=4;SAR=48;SRF=2;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652493;STB=0.502993;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0124287;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:37:38:52:52:0.577778:48:4:2:35:48:4:3:35 chr1 9324571 . T C 705.88 PASS AF=0.394231;AO=81;DP=207;FAO=82;FDP=208;FR=.;FRO=126;FSAF=62;FSAR=20;FSRF=84;FSRR=42;FWDB=-0.00247847;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.716;QD=13.5745;RBI=0.0127209;REFB=-0.00111649;REVB=-0.0124771;RO=124;SAF=61;SAR=20;SRF=82;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122625;STB=0.568285;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00145775;OID=.;OPOS=9324571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:124:126:81:82:0.394231:20:61:82:42:20:62:84:42 chr1 9416151 . G A 432.94 PASS AF=0.468085;AO=42;DP=92;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0137529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.889;QD=18.4229;RBI=0.0202132;REFB=0.00789323;REVB=0.0148132;RO=49;SAF=21;SAR=21;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108309;STB=0.55207;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00632294;OID=.;OPOS=9416151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:49:50:42:44:0.468085:21:21:30:19:21:23:31:19 chr1 9416346 . C T 559.6 PASS AF=0.553191;AO=51;DP=93;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00863915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.851;QD=23.8127;RBI=0.0137399;REFB=-0.0136888;REVB=-0.0106841;RO=41;SAF=21;SAR=30;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227334;STB=0.51335;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0117165;OID=.;OPOS=9416346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:41:42:51:52:0.553191:30:21:18:23:30:22:19:23 chr1 9427842 . A G 1200.08 PASS AF=0.527027;AO=117;DP=223;FAO=117;FDP=222;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=72;FSRF=38;FSRR=67;FWDB=0.0217431;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.74;QD=21.623;RBI=0.0218885;REFB=-0.00833386;REVB=-0.00251871;RO=105;SAF=45;SAR=72;SRF=38;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208754;STB=0.511404;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00697724;OID=.;OPOS=9427842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:105:105:117:117:0.527027:72:45:38:67:72:45:38:67 chr1 9427869 . G A 2030.49 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191391;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.155;QD=62.4767;RBI=0.0193349;REFB=0;REVB=0.00274445;RO=0;SAF=53;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16563e-05;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:129:130:1:76:53:0:0:77:53:0:0 chr1 9670834 . C T 7554.24 PASS AF=0.976285;AO=492;DP=506;FAO=494;FDP=506;FR=.;FRO=12;FSAF=214;FSAR=280;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.054565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3222;QD=59.7173;RBI=0.0547977;REFB=-0.133173;REVB=0.00504557;RO=8;SAF=214;SAR=278;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136429;STB=0.511637;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00124012;OID=.;OPOS=9670834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:506:506:8:12:492:494:0.976285:278:214:7:1:280:214:11:1 chr1 9784423 . C T 1210.86 PASS AF=0.566327;AO=110;DP=195;FAO=111;FDP=196;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=72;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.00630279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.792;QD=24.7114;RBI=0.0217444;REFB=-0.00944443;REVB=-0.0208109;RO=84;SAF=38;SAR=72;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167594;STB=0.585686;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00829088;OID=.;OPOS=9784423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:84:85:110:111:0.566327:72:38:46:38:72:39:46:39 chr1 9804693 . C T 639.07 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=43;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0354864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.191;QD=25.8209;RBI=0.0464171;REFB=-0.0286665;REVB=0.029921;RO=41;SAF=14;SAR=43;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115731;STB=0.571782;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0183736;OID=.;OPOS=9804693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:41:42:57:57:0.575758:43:14:15:26:43:14:16:26 chr1 9811541 . A G 1231.69 PASS AF=0.498024;AO=125;DP=253;FAO=126;FDP=253;FR=.;FRO=127;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=-0.00752773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.01;QD=19.4734;RBI=0.030543;REFB=-0.00392645;REVB=-0.0296008;RO=123;SAF=66;SAR=59;SRF=59;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437253;STB=0.537641;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00309213;OID=.;OPOS=9811541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:123:127:125:126:0.498024:59:66:59:64:59:67:58:69 chr1 9888202 . C T 1424.26 PASS AF=1;AO=81;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5735;QD=62.605;RBI=0.0351729;REFB=0;REVB=0.0351362;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204507;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:0:0:81:91:1:40:41:0:0:48:43:0:0 chr1 9910357 . AT TC 808.9 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000473844;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.241;QD=57.7783;RBI=0.000474335;REFB=0;REVB=2.15612e-05;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000824499;OID=.;OPOS=9910357;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr1 10318652 . C G 2598.3 PASS AF=0.988304;AO=168;DP=172;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00244216;FXX=0.0172404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5547;QD=60.779;RBI=0.018944;REFB=-0.0135454;REVB=0.0187859;RO=2;SAF=70;SAR=98;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961298;STB=0.50505;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000865246;OID=.;OPOS=10318652;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:171:2:2:168:169:0.988304:98:70:0:2:98:71:0:2 chr1 10339209 . CAT CAC,C 1418.11 PASS AF=0.0792079,0.920792;AO=7,82;DP=102;FAO=8,93;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=2,43;FSAR=6,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031798,0.0178771;FXX=0.0380916;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=75.6944,213.754;QD=56.163;RBI=0.152265,0.0396962;REFB=0,0;REVB=0.148908,0.0354428;RO=1;SAF=2,39;SAR=5,43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0796435,0.0108864;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.114597,0.00486187;OID=.,.;OPOS=10339211,10339210;OREF=T,AT;OALT=C,-;OMAPALT=CAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0792079,0.920792:7,82:102:8,93:101:0:2,43:6,50:0:0:29:1:2,39:5,43:0:1 chr1 10366692 . C G 2350.78 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.602;QD=61.0593;RBI=0.0468072;REFB=0;REVB=0.046299;RO=0;SAF=72;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75277e-05;OID=.;OPOS=10366692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:154:0:0:145:154:1:73:72:0:0:80:74:0:0 chr1 10435324 . C A 2403.61 PASS AF=0.981595;AO=159;DP=164;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0267602;FXX=0.0121205;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.089;QD=58.9844;RBI=0.0309826;REFB=-0.0282703;REVB=0.0156144;RO=3;SAF=77;SAR=82;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00642961;STB=0.503299;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000456983;OID=.;OPOS=10435324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:164:163:3:3:159:160:0.981595:82:77:2:1:82:78:2:1 chr1 10460485 . T C 1748.5 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104937;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.891;QD=60.8172;RBI=0.077635;REFB=0;REVB=0.0769225;RO=0;SAF=68;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119056;OID=.;OPOS=10460485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:113:115:1:45:68:0:0:45:70:0:0 chr1 10473196 . C T 1641.88 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.482;QD=60.2525;RBI=0.0330905;REFB=0;REVB=-0.0241775;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50923e-06;OID=.;OPOS=10473196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:53:56:0:0:53:56:0:0 chr1 10511544 . C T 863.01 PASS AF=0.497143;AO=87;DP=175;FAO=87;FDP=175;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=-0.00256467;FXX=0.0056815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.364;QD=19.7259;RBI=0.00957541;REFB=-0.0148453;REVB=0.00922555;RO=88;SAF=31;SAR=56;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296131;STB=0.516308;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0149848;OID=.;OPOS=10511544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:88:88:87:87:0.497143:56:31:34:54:56:31:34:54 chr1 10511589 . T C 2697.82 PASS AF=0.994286;AO=174;DP=175;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.901;QD=61.6645;RBI=0.0244966;REFB=-0.0290807;REVB=0.00848163;RO=1;SAF=53;SAR=121;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889571;STB=0.504672;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000225521;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:175:1:1:174:174:0.994286:121:53:1:0:121:53:1:0 chr1 10596341 . C T 316.69 PASS AF=0.371429;AO=38;DP=104;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0970199;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5096;QD=12.0644;RBI=0.0980046;REFB=0.0176197;REVB=-0.0138581;RO=66;SAF=18;SAR=20;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721656;STB=0.564994;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0297824;OID=.;OPOS=10596341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:66:66:38:39:0.371429:20:18:27:39:19:20:27:39 chr1 10689924 . C T 405.67 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0500933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.913;QD=17.2624;RBI=0.0505647;REFB=-0.0301421;REVB=-0.00688814;RO=51;SAF=16;SAR=26;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316929;STB=0.513334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0324578;OID=.;OPOS=10689924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:51:52:42:42:0.446809:26:16:21:30:26:16:21:31 chr1 10708142 . A G 290.95 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=-0.0427632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0401;QD=17.6334;RBI=0.0992867;REFB=0.00846476;REVB=-0.0896055;RO=33;SAF=15;SAR=16;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255232;STB=0.651429;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00862534;OID=.;OPOS=10708142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:33:34:31:32:0.484848:16:15:7:26:16:16:7:27 chr1 10709441 . C T 141.33 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0162187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.25;QD=13.4599;RBI=0.0243407;REFB=-0.00797126;REVB=0.01815;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216566;STB=0.599867;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0115882;OID=.;OPOS=10709441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:26:16:16:0.380952:4:12:13:10:4:12:16:10 chr1 10713765 . T C 446.28 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0272362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3761;QD=19.4035;RBI=0.104261;REFB=-0.0156343;REVB=-0.100641;RO=47;SAF=23;SAR=22;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584156;STB=0.532416;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0136531;OID=.;OPOS=10713765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:22:23:27:20:22:23:27:20 chr1 10725498 . G A 1213.29 PASS AF=0.493827;AO=120;DP=243;FAO=120;FDP=243;FR=.;FRO=123;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=40;FSRR=83;FWDB=0.0219116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6046;QD=19.9719;RBI=0.0310157;REFB=-0.0163378;REVB=0.0219512;RO=122;SAF=51;SAR=69;SRF=39;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100795;STB=0.552482;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0159065;OID=.;OPOS=10725498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:122:123:120:120:0.493827:69:51:39:83:69:51:40:83 chr1 11008341 . G A 778.64 PASS AF=0.496894;AO=79;DP=161;FAO=80;FDP=161;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.00205908;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.772;QD=19.3451;RBI=0.00210432;REFB=-0.00659534;REVB=-0.000433965;RO=81;SAF=34;SAR=45;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360847;STB=0.5161;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00619946;OID=.;OPOS=11008341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:81:81:79:80:0.496894:45:34:38:43:45:35:38:43 chr1 11024271 . G T 624.42 PASS AF=0.436709;AO=69;DP=160;FAO=69;FDP=158;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.00527528;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.403;QD=15.8081;RBI=0.0235127;REFB=-0.0185208;REVB=-0.0229133;RO=88;SAF=27;SAR=42;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042269;STB=0.520887;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0232394;OID=.;OPOS=11024271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:88:89:69:69:0.436709:42:27:38:50:42:27:38:51 chr1 11087524 . G A 1830.5 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0873148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.134;QD=59.5284;RBI=0.0877213;REFB=-0.00559219;REVB=0.0084355;RO=2;SAF=60;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000127673;STB=0.500067;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=1.98194e-05;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:123:123:2:2:121:121:0.98374:61:60:1:1:61:60:1:1 chr1 11090916 . C A 1228.32 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.543;QD=61.4158;RBI=0.0690164;REFB=0;REVB=-0.0624476;RO=0;SAF=26;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80186e-05;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:52:26:0:0:52:28:0:0 chr1 11119899 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9086;QD=35.5759;RBI=0.119702;REFB=0;REVB=-0.0523553;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0131241;OID=.;OPOS=11119899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 11132217 . G A 618.98 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=143;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0151801;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.688;QD=17.4359;RBI=0.0152915;REFB=0.00640599;REVB=0.00184247;RO=78;SAF=31;SAR=33;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00276909;STB=0.501541;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00793775;OID=.;OPOS=11132217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:78:78:64:64:0.450704:33:31:38:40:33:31:38:40 chr1 11137661 . A G 419.43 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0334699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.514;QD=20.2137;RBI=0.0338725;REFB=-0.0158948;REVB=0.00520692;RO=41;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114141;STB=0.506326;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0167084;OID=.;OPOS=11137661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:22:20:19:22:22:20:19:22 chr1 11141187 . C G 796.98 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0624645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7792;QD=49.811;RBI=0.0657728;REFB=-0.151742;REVB=-0.0205973;RO=3;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015969;STB=0.507152;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0141417;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:64:64:3:5:59:59:0.921875:29:30:1:2:29:30:3:2 chr1 11150682 . C T 476.61 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0441452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5698;QD=19.4535;RBI=0.049723;REFB=-0.00776738;REVB=-0.0228819;RO=51;SAF=24;SAR=23;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558027;STB=0.531006;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0133238;OID=.;OPOS=11150682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:23:24:23:28:23:24:23:28 chr1 11159823 . T C 2824.85 PASS AF=0.506329;AO=277;DP=553;FAO=280;FDP=553;FR=.;FRO=273;FSAF=168;FSAR=112;FSRF=144;FSRR=129;FWDB=0.00332667;FXX=0.0071812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.424;QD=20.4329;RBI=0.0102554;REFB=-0.0111567;REVB=0.00970085;RO=268;SAF=166;SAR=111;SRF=144;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573117;STB=0.536746;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0096993;OID=.;OPOS=11159823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:553:553:268:273:277:280:0.506329:111:166:144:124:112:168:144:129 chr1 11166713 . T C 594.03 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.00635213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1751;QD=15.5301;RBI=0.043764;REFB=0.00665131;REVB=-0.0433006;RO=87;SAF=25;SAR=41;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120542;STB=0.567453;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00889424;OID=.;OPOS=11166713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:87:87:66:66:0.431373:41:25:43:44:41:25:43:44 chr1 11167146 . G A 1023.27 PASS AF=0.471111;AO=106;DP=225;FAO=106;FDP=225;FR=.;FRO=119;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=49;FSRR=70;FWDB=0.0121721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4108;QD=18.1915;RBI=0.0585956;REFB=-0.00557729;REVB=0.0573174;RO=115;SAF=49;SAR=57;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427755;STB=0.526966;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0064696;OID=.;OPOS=11167146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:115:119:106:106:0.471111:57:49:48:67:57:49:49:70 chr1 11171226 . C T 182.15 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0435507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7709;QD=11.5648;RBI=0.0603317;REFB=0.0161789;REVB=-0.0417523;RO=40;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125969;STB=0.572939;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0336432;OID=.;OPOS=11171226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:10:13:18:22:10:13:18:22 chr1 11205058 . C T 227.0 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0555686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.658;QD=13.5525;RBI=0.0555881;REFB=-0.00571395;REVB=0.00147055;RO=40;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843064;STB=0.548137;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00832605;OID=.;OPOS=11205058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:15:12:21:19:15:12:21:19 chr1 11255008 . T C 747.06 PASS AF=0.478788;AO=78;DP=165;FAO=79;FDP=165;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=-0.00439567;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5497;QD=18.1106;RBI=0.0503549;REFB=-0.0216984;REVB=0.0501627;RO=85;SAF=42;SAR=36;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814081;STB=0.556852;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0197759;OID=.;OPOS=11255008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:85:86:78:79:0.478788:36:42:53:32:37:42:55:31 chr1 11288758 . G A 1589.85 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.198;QD=59.9945;RBI=0.0353957;REFB=0;REVB=-0.0352833;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.0714e-05;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:51:55:0:0:51:55:0:0 chr1 11301714 . A G 3113.85 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.144;QD=63.8738;RBI=0.0491107;REFB=0;REVB=-0.0212044;RO=0;SAF=81;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07544e-05;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:195:195:1:114:81:0:0:114:81:0:0 chr1 11579504 . G C 1175.34 PASS AF=0.52968;AO=116;DP=216;FAO=116;FDP=219;FR=.;FRO=103;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=0.0198178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2578;QD=21.4673;RBI=0.0318792;REFB=-0.00933045;REVB=-0.0249708;RO=91;SAF=43;SAR=73;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13058;STB=0.574455;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00564549;OID=.;OPOS=11579504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:219:91:103:116:116:0.52968:73:43:48:43:72:44:55:48 chr1 11589911 . G A 1062.88 PASS AF=0.450593;AO=114;DP=253;FAO=114;FDP=253;FR=.;FRO=139;FSAF=35;FSAR=79;FSRF=57;FSRR=82;FWDB=0.0112365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.136;QD=16.8044;RBI=0.016008;REFB=-0.00430951;REVB=0.0114016;RO=139;SAF=35;SAR=79;SRF=57;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113833;STB=0.563268;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00452417;OID=.;OPOS=11589911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:139:139:114:114:0.450593:79:35:57:82:79:35:57:82 chr1 11710561 . T G 1064.61 PASS AF=0.434457;AO=115;DP=264;FAO=116;FDP=267;FR=.;FRO=151;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=71;FSRR=80;FWDB=-0.0105399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.076;QD=15.9492;RBI=0.0115311;REFB=-0.0230511;REVB=0.00467728;RO=149;SAF=50;SAR=65;SRF=70;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359747;STB=0.522435;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0278714;OID=.;OPOS=11710561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:267:149:151:115:116:0.434457:65:50:70:79:66:50:71:80 chr1 11714368 . T G 247.02 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.655;QD=49.4035;RBI=0.0252272;REFB=0;REVB=-0.0148362;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199501;OID=.;OPOS=11714368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:6:12:0:0:6:14:0:0 chr1 11728894 . G A 1225.43 PASS AF=0.438776;AO=129;DP=296;FAO=129;FDP=294;FR=.;FRO=165;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=85;FSRR=80;FWDB=-0.00902497;FXX=0.00675653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.92;QD=16.6725;RBI=0.00902502;REFB=-0.0165536;REVB=-3.08207e-05;RO=166;SAF=72;SAR=57;SRF=84;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053163;STB=0.524314;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0192855;OID=.;OPOS=11728894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:294:166:165:129:129:0.438776:57:72:84:82:57:72:85:80 chr1 11810765 . T A 3341.94 PASS AF=0.990868;AO=189;DP=223;FAO=217;FDP=219;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=92;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313175;FXX=0.0266655;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8201;QD=61.0401;RBI=0.0337042;REFB=0;REVB=0.0124573;RO=0;SAF=92;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456383;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:223:219:0:0:189:217:0.990868:97:92:0:0:125:92:0:0 chr1 11826085 . G A 465.62 PASS AF=0.49;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0061827;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4383;QD=18.6249;RBI=0.0940185;REFB=-0.0224257;REVB=0.093815;RO=50;SAF=25;SAR=24;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118558;STB=0.560057;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.02238;OID=.;OPOS=11826085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:50:51:49:49:0.49:24:25:19:31:24:25:20:31 chr1 11826630 . C T 182.85 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.034731;FXX=0.0222173;HRUN=6;LEN=1;MLLD=229.258;QD=16.6226;RBI=0.0369441;REFB=-0.00377127;REVB=-0.0125946;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328627;STB=0.680108;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00412433;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:25:19:19:0.431818:14:5:14:10:14:5:14:11 chr1 11827304 . A G 707.15 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.815;QD=62.8574;RBI=0.0477747;REFB=0;REVB=0.0107955;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102455;OID=.;OPOS=11827304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:16:28:0:0:16:29:0:0 chr1 11828238 . G A 674.81 PASS AF=0.614583;AO=56;DP=94;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0116468;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.205;QD=28.1172;RBI=0.0135293;REFB=-0.0189178;REVB=-0.00688441;RO=36;SAF=28;SAR=28;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998954;STB=0.550054;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0104532;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:36:37:56:59:0.614583:28:28:13:23:29:30:14:23 chr1 11828319 . G A 680.73 PASS AF=0.585586;AO=65;DP=111;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0176652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.858;QD=24.5308;RBI=0.0178084;REFB=-0.00553063;REVB=0.00225349;RO=46;SAF=31;SAR=34;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115801;STB=0.562987;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00485022;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:46:46:65:65:0.585586:34:31:15:31:34:31:15:31 chr1 11828364 . G A 371.2 PASS AF=0.411215;AO=43;DP=106;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0236911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.332;QD=13.8768;RBI=0.0268304;REFB=-0.0123082;REVB=0.0125937;RO=63;SAF=14;SAR=29;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151026;STB=0.574481;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0166;OID=.;OPOS=11828364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:63:63:43:44:0.411215:29:14:29:34:29:15:29:34 chr1 11831615 . C T 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000548327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.011;QD=61.7738;RBI=0.0286337;REFB=0;REVB=0.0286284;RO=0;SAF=71;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56873e-05;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:53:71:0:0:53:71:0:0 chr1 11832311 . G C 755.72 PASS AF=0.521429;AO=73;DP=140;FAO=73;FDP=140;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0118605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7583;QD=21.592;RBI=0.0291543;REFB=0.00465986;REVB=0.0266328;RO=66;SAF=35;SAR=38;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046753;STB=0.506268;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00416388;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:66:67:73:73:0.521429:38:35:32:34:38:35:33:34 chr1 11835556 . C T 1285.78 PASS AF=0.450847;AO=133;DP=298;FAO=133;FDP=295;FR=.;FRO=162;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=82;FSRR=80;FWDB=-0.00482018;FXX=0.0100668;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.042;QD=17.4343;RBI=0.015071;REFB=-0.0136484;REVB=-0.0142794;RO=155;SAF=72;SAR=61;SRF=81;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183861;STB=0.519387;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0172419;OID=.;OPOS=11835556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:295:155:162:133:133:0.450847:61:72:81:74:61:72:82:80 chr1 11836628 . T C 4147.12 PASS AF=1;AO=263;DP=264;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116725;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.155;QD=62.5981;RBI=0.015505;REFB=0;REVB=0.0102058;RO=0;SAF=127;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15886e-05;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:264:265:0:0:263:265:1:136:127:0:0:138:127:0:0 chr1 11836670 . C A 649.76 PASS AF=0.373737;AO=74;DP=198;FAO=74;FDP=198;FR=.;FRO=124;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=-0.000139707;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.638;QD=13.1265;RBI=0.000343112;REFB=-0.00478287;REVB=-0.000313382;RO=124;SAF=38;SAR=36;SRF=61;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238609;STB=0.51351;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0063878;OID=.;OPOS=11836670;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:124:124:74:74:0.373737:36:38:61:63:36:38:61:63 chr1 11836682 . C T 1049.51 PASS AF=0.581395;AO=98;DP=174;FAO=100;FDP=172;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.000439623;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.283;QD=24.4072;RBI=0.00475235;REFB=-0.0144268;REVB=0.00473197;RO=71;SAF=43;SAR=55;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965374;STB=0.54999;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0109763;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:172:71:72:98:100:0.581395:55:43:40:31:55:45:41:31 chr1 11838841 . A G 1111.87 PASS AF=0.506849;AO=109;DP=219;FAO=111;FDP=219;FR=.;FRO=108;FSAF=75;FSAR=36;FSRF=67;FSRR=41;FWDB=0.0236068;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.669;QD=20.3082;RBI=0.0240194;REFB=-0.0131419;REVB=0.00443318;RO=110;SAF=74;SAR=35;SRF=69;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529134;STB=0.530444;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0119041;OID=.;OPOS=11838841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:110:108:109:111:0.506849:35:74:69:41:36:75:67:41 chr1 11838848 . G T 943.49 PASS AF=0.473684;AO=99;DP=209;FAO=99;FDP=209;FR=.;FRO=110;FSAF=62;FSAR=37;FSRF=75;FSRR=35;FWDB=-0.0128151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.292;QD=18.0573;RBI=0.0147826;REFB=-0.000759602;REVB=0.00736868;RO=110;SAF=62;SAR=37;SRF=75;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575803;STB=0.531726;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00103915;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:110:110:99:99:0.473684:37:62:75:35:37:62:75:35 chr1 11839009 . C T 232.78 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0541901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.087;QD=15.0182;RBI=0.0600227;REFB=-0.0121823;REVB=0.02581;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838719;STB=0.558095;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0166164;OID=.;OPOS=11839009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:18:9:14:20:18:9:15:20 chr1 11839034 . G A 383.14 PASS AF=0.527027;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0103703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4188;QD=20.7104;RBI=0.079534;REFB=-0.0489533;REVB=0.0788551;RO=35;SAF=12;SAR=26;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081272;STB=0.54927;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0429856;OID=.;OPOS=11839034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:35:38:39:0.527027:26:12:14:21:27:12:14:21 chr1 11839923 . C T 1532.4 PASS AF=0.503268;AO=154;DP=306;FAO=154;FDP=306;FR=.;FRO=152;FSAF=69;FSAR=85;FSRF=77;FSRR=75;FWDB=-0.0034003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6403;QD=20.0314;RBI=0.00477962;REFB=-0.00595996;REVB=-0.00335897;RO=150;SAF=69;SAR=85;SRF=76;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530637;STB=0.529207;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00475028;OID=.;OPOS=11839923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:150:152:154:154:0.503268:85:69:76:74:85:69:77:75 chr1 11839966 . G A 1378.94 PASS AF=0.449541;AO=146;DP=326;FAO=147;FDP=327;FR=.;FRO=180;FSAF=67;FSAR=80;FSRF=83;FSRR=97;FWDB=0.040977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3748;QD=16.8678;RBI=0.0560094;REFB=0.00208277;REVB=0.038183;RO=179;SAF=67;SAR=79;SRF=81;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00640707;STB=0.502954;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00185376;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:327:179:180:146:147:0.449541:79:67:81:98:80:67:83:97 chr1 11839998 . T C 4508.18 PASS AF=1;AO=281;DP=287;FAO=286;FDP=286;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158229;FXX=0.0069442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.186;QD=63.0515;RBI=0.0336631;REFB=0;REVB=0.0297126;RO=0;SAF=127;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.34259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17836e-05;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:287:286:0:0:281:286:1:154:127:0:0:157:129:0:0 chr1 11844330 . C T 2064.11 PASS AF=0.538043;AO=196;DP=368;FAO=198;FDP=368;FR=.;FRO=170;FSAF=93;FSAR=105;FSRF=80;FSRR=90;FWDB=-0.017465;FXX=0.00270995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.041;QD=22.436;RBI=0.0178752;REFB=-0.00725958;REVB=0.0038076;RO=170;SAF=91;SAR=105;SRF=80;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00540108;STB=0.500413;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00632613;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:368:170:170:196:198:0.538043:105:91:80:90:105:93:80:90 chr1 11845222 . T C 1613.64 PASS AF=0.423445;AO=177;DP=418;FAO=177;FDP=418;FR=.;FRO=241;FSAF=93;FSAR=84;FSRF=123;FSRR=118;FWDB=-0.0303027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4162;QD=15.4416;RBI=0.0357853;REFB=-0.015915;REVB=-0.0190351;RO=240;SAF=93;SAR=84;SRF=123;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134048;STB=0.508691;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0202223;OID=.;OPOS=11845222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:418:418:240:241:177:177:0.423445:84:93:123:117:84:93:123:118 chr1 11847449 . G A 596.21 PASS AF=0.432258;AO=67;DP=158;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.00769559;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.683;QD=15.3861;RBI=0.0373912;REFB=-0.014131;REVB=0.0365907;RO=87;SAF=28;SAR=39;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00765905;STB=0.501483;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0200195;OID=.;OPOS=11847449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:155:87:88:67:67:0.432258:39:28:37:50:39:28:37:51 chr1 11848068 . G C 426.27 PASS AF=0.453608;AO=43;DP=96;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0282109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.579;QD=17.5782;RBI=0.0285223;REFB=-0.0108903;REVB=-0.00420371;RO=53;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1271;STB=0.575837;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0132503;OID=.;OPOS=11848068;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:53:53:43:44:0.453608:18:25:24:29:18:26:24:29 chr1 11849447 . A G 1986.36 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.45277e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.61;QD=62.0737;RBI=0.00440364;REFB=0;REVB=0.00440317;RO=0;SAF=55;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66595e-06;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:72:55:0:0:73:55:0:0 chr1 11850927 . C T 1609.85 PASS AF=0.48503;AO=162;DP=334;FAO=162;FDP=334;FR=.;FRO=172;FSAF=88;FSAR=74;FSRF=78;FSRR=94;FWDB=0.0216842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.38;QD=19.2796;RBI=0.0352115;REFB=-0.0254229;REVB=0.0277425;RO=172;SAF=88;SAR=74;SRF=78;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840603;STB=0.546174;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0278034;OID=.;OPOS=11850927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:334:172:172:162:162:0.48503:74:88:78:94:74:88:78:94 chr1 11854457 . G A 1686.42 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.111;QD=60.2293;RBI=0.0985162;REFB=0;REVB=-0.0984163;RO=0;SAF=43;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63972e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60682e-05;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:67:43:0:0:67:45:0:0 chr1 11854476 . T G 543.29 PASS AF=0.475;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=5.99929e-05;FXX=0.0243883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.938;QD=18.1096;RBI=0.015932;REFB=-0.00408098;REVB=0.0159319;RO=61;SAF=28;SAR=29;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000536671;STB=0.507897;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00392899;OID=.;OPOS=11854476;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:120:61:63:57:57:0.475:29:28:30:31:29:28:30:33 chr1 11854896 . G A 661.4 PASS AF=0.472222;AO=67;DP=144;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0917052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3441;QD=18.3722;RBI=0.0947784;REFB=-0.0234042;REVB=0.0239394;RO=75;SAF=29;SAR=38;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326597;STB=0.517322;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0408074;OID=.;OPOS=11854896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:75:76:67:68:0.472222:38:29:35:40:38:30:36:40 chr1 11863057 . G A 871.73 PASS AF=0.419214;AO=96;DP=227;FAO=96;FDP=229;FR=.;FRO=133;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=64;FSRR=69;FWDB=-0.000217942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.833;QD=15.2268;RBI=0.0210782;REFB=0.00254308;REVB=-0.0210771;RO=131;SAF=49;SAR=47;SRF=62;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383902;STB=0.516959;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00336066;OID=.;OPOS=11863057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:229:131:133:96:96:0.419214:47:49:62:69:47:49:64:69 chr1 11884555 . A G 1386.91 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.329;QD=61.6405;RBI=0.00567703;REFB=0;REVB=0.00546701;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32202e-05;OID=.;OPOS=11884555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:90:0:0:84:90:1:40:44:0:0:41:49:0:0 chr1 11897082 . C T 679.62 PASS AF=0.369369;AO=81;DP=221;FAO=82;FDP=222;FR=.;FRO=140;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=68;FSRR=72;FWDB=0.0319558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2287;QD=12.2453;RBI=0.0403155;REFB=-0.0184215;REVB=0.0245798;RO=139;SAF=52;SAR=29;SRF=68;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174436;STB=0.595664;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0327387;OID=.;OPOS=11897082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:139:140:81:82:0.369369:29:52:68:71:30:52:68:72 chr1 11898789 . G T 335.49 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=92;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0219955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4271;QD=14.4297;RBI=0.0732423;REFB=-0.0151152;REVB=-0.0698615;RO=55;SAF=21;SAR=15;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798592;STB=0.547044;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0488542;OID=.;OPOS=11898789;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:55:56:36:37:0.397849:15:21:28:27:15:22:29:27 chr1 11899033 . G T 224.44 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0229935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.361;QD=16.0313;RBI=0.0335286;REFB=0.0007788;REVB=0.0244021;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725478;STB=0.531226;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.000664029;OID=.;OPOS=11899033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:30:25:26:0.464286:14:11:11:19:15:11:11:19 chr1 11907648 . C T 676.81 PASS AF=0.389744;AO=76;DP=195;FAO=76;FDP=195;FR=.;FRO=119;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=69;FWDB=-0.0004436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.357;QD=13.8833;RBI=0.0085808;REFB=-0.00376356;REVB=-0.00856933;RO=116;SAF=31;SAR=45;SRF=50;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255638;STB=0.507729;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00587045;OID=.;OPOS=11907648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:116:119:76:76:0.389744:45:31:50:66:45:31:50:69 chr1 11968230 . T C 375.39 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0313172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.32;QD=15.8058;RBI=0.0340215;REFB=-0.0149829;REVB=-0.0132926;RO=54;SAF=22;SAR=18;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322894;STB=0.523798;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0227184;OID=.;OPOS=11968230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:55:40:40:0.421053:18:22:28:26:18:22:28:27 chr1 11968273 . A G 1539.89 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0184196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8972;QD=61.5956;RBI=0.0562664;REFB=-0.0920539;REVB=0.053166;RO=2;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193504;STB=0.510202;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00179701;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:48:50:0:2:48:50:0:2 chr1 11968316 . T TA 261.64 PASS AF=0.329897;AO=31;DP=98;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00513484;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=271.871;QD=10.7894;RBI=0.0053252;REFB=0.00148607;REVB=0.00141111;RO=66;SAF=13;SAR=18;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771059;STB=0.526641;STBP=0.71;TYPE=ins;VARB=-0.00282557;OID=.;OPOS=11968317;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.329897:31:98:32:97:65:14:18:31:34:99:66:13:18:32:34 chr1 11969917 . A G 233.08 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00775838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4957;QD=18.6464;RBI=0.0297312;REFB=-0.0175322;REVB=0.0287011;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965803;STB=0.55441;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0200961;OID=.;OPOS=11969917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:15:8:7:20:15:8:7:20 chr1 11982580 . G A 306.54 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0612959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0187;QD=27.2483;RBI=0.0658074;REFB=0.0272947;REVB=0.0239461;RO=18;SAF=19;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163076;STB=0.590424;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0166548;OID=.;OPOS=11982580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:8:19:9:9:8:19:9:9 chr1 11983205 . C CG,G 972.8 PASS AF=1,0;AO=14,3;DP=83;FAO=75,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=57,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.193515,0.189823;FXX=0.0853554;HRUN=0,6;LEN=1,1;MLLD=95.1228,86.7727;QD=51.8829;RBI=0.193875,0.190111;REFB=0,0;REVB=0.0118114,0.0104575;RO=60;SAF=1,0;SAR=13,3;SRF=20;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.487322,-0.374735;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0046122,0.0503903;OID=.,.;OPOS=11983206,11983205;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:75:60:0:14,3:75,0:1,0:13,3:1,0:20:40:57,0:18,0:0:0 chr1 11983206 . AA CG,GA 769.78 PASS AF=0.025,0.75;AO=4,55;DP=80;FAO=2,60;FDP=80;FR=.;FRO=18;FSAF=1,21;FSAR=1,39;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=0.0460833,0.0791881;FXX=0.0361402;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=156.692,129.514;QD=38.4889;RBI=0.0461222,0.0797764;REFB=-0.0118615,-0.108404;REVB=0.00189365,0.00967067;RO=18;SAF=3,16;SAR=1,39;SRF=0;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.781044,0.175711;STB=0.949126,0.593721;STBP=0.806,0.017;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00274894,0.00145471;OID=.,.;OPOS=11983206,11983206;OREF=AA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:80:80:18:18:4,55:2,60:0.025,0.75:1,39:3,16:0:18:1,39:1,21:0:18 chr1 12004663 . G A 689.9 PASS AF=0.50365;AO=68;DP=128;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0101134;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.452;QD=20.1432;RBI=0.0150491;REFB=-0.0181561;REVB=0.0111443;RO=59;SAF=29;SAR=39;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987123;STB=0.575927;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0218423;OID=.;OPOS=12004663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:137:59:68:68:69:0.50365:39:29:32:27:39:30:40:28 chr1 12009956 . G A 1994.99 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7738;QD=61.8602;RBI=0.0773987;REFB=0;REVB=0.0683892;RO=0;SAF=44;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539612;OID=.;OPOS=12009956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:127:129:1:83:44:0:0:84:45:0:0 chr1 12010469 . G T 1189.82 PASS AF=0.443662;AO=126;DP=284;FAO=126;FDP=284;FR=.;FRO=158;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=68;FSRR=90;FWDB=0.0214342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.398;QD=16.7581;RBI=0.0335717;REFB=0.00269601;REVB=0.0258385;RO=158;SAF=60;SAR=66;SRF=68;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462036;STB=0.525602;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00305673;OID=.;OPOS=12010469;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:158:158:126:126:0.443662:66:60:68:90:66:60:68:90 chr1 12026355 . A C 283.63 PASS AF=0.365591;AO=32;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0229004;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.738;QD=12.1992;RBI=0.0229045;REFB=-0.00889473;REVB=-0.000430605;RO=57;SAF=16;SAR=16;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292715;STB=0.5133;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0184599;OID=.;OPOS=12026355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:59:32:34:0.365591:16:16:30:27:16:18:30:29 chr1 12065841 . C T 916.28 PASS AF=0.466346;AO=97;DP=208;FAO=97;FDP=208;FR=.;FRO=111;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=-0.00114494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.557;QD=17.6208;RBI=0.00931459;REFB=-0.0291428;REVB=0.00924396;RO=110;SAF=47;SAR=50;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288953;STB=0.513403;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0342473;OID=.;OPOS=12065841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:110:111:97:97:0.466346:50:47:50:60:50:47:51:60 chr1 12082334 . A T 802.22 PASS AF=0.5;AO=82;DP=165;FAO=82;FDP=164;FR=.;FRO=82;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0519999;FXX=0.00606024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.334;QD=19.5662;RBI=0.0547057;REFB=0.00464017;REVB=-0.0169917;RO=82;SAF=43;SAR=39;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663977;STB=0.536533;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00522349;OID=.;OPOS=12082334;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:82:82:82:82:0.5:39:43:37:45:39:43:37:45 chr1 12082461 . C T 440.96 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00921969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.759;QD=14.6986;RBI=0.0100185;REFB=-0.00355795;REVB=0.0039202;RO=70;SAF=15;SAR=35;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192241;STB=0.60865;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00481539;OID=.;OPOS=12082461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:70:50:50:0.416667:35:15:33:37:35:15:33:37 chr1 12082926 . A G 392.78 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.00403959;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.605;QD=13.5442;RBI=0.034289;REFB=-0.0215177;REVB=-0.0340502;RO=70;SAF=13;SAR=33;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126379;STB=0.571891;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0208662;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:70:70:46:46:0.396552:33:13:27:43:33:13:27:43 chr1 12164437 . C T 836.15 PASS AF=0.443902;AO=91;DP=205;FAO=91;FDP=205;FR=.;FRO=114;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=63;FSRR=51;FWDB=-0.00317856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.112;QD=16.3151;RBI=0.0142815;REFB=-0.0215449;REVB=-0.0139233;RO=111;SAF=56;SAR=35;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584791;STB=0.536235;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0263439;OID=.;OPOS=12164437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:111:114:91:91:0.443902:35:56:62:49:35:56:63:51 chr1 12175729 . C T 1928.55 PASS AF=0.976923;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.01298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.844;QD=59.3399;RBI=0.0199994;REFB=-0.0737276;REVB=0.0152149;RO=0;SAF=81;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500721;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.000190189;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:130:0:3:127:127:0.976923:46:81:0:0:46:81:2:1 chr1 12186058 . A G 951.28 PASS AF=0.465116;AO=100;DP=216;FAO=100;FDP=215;FR=.;FRO=115;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=71;FSRR=44;FWDB=-0.0115202;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.04;QD=17.6982;RBI=0.0124491;REFB=-0.0281991;REVB=-0.00471856;RO=115;SAF=50;SAR=50;SRF=71;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113725;STB=0.562778;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0299061;OID=.;OPOS=12186058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:115:115:100:100:0.465116:50:50:71:44:50:50:71:44 chr1 12198297 . T C 4008.95 PASS AF=0.496855;AO=395;DP=799;FAO=395;FDP=795;FR=.;FRO=400;FSAF=165;FSAR=230;FSRF=153;FSRR=247;FWDB=-0.0285222;FXX=0.0050062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.704;QD=20.1708;RBI=0.030172;REFB=-0.0454221;REVB=-0.00984032;RO=393;SAF=165;SAR=230;SRF=150;SRR=243;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340428;STB=0.518324;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0476721;OID=.;OPOS=12198297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:799:795:393:400:395:395:0.496855:230:165:150:243:230:165:153:247 chr1 12401868 . A C 1930.13 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.068;QD=60.7915;RBI=0.0447678;REFB=0;REVB=0.00466255;RO=0;SAF=48;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21761e-05;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:116:127:0:0:115:127:1:67:48:0:0:68:59:0:0 chr1 12569358 . C T 774.1 PASS AF=0.448087;AO=82;DP=183;FAO=82;FDP=183;FR=.;FRO=101;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.00393221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6134;QD=16.9202;RBI=0.0575887;REFB=-0.00701175;REVB=-0.0574543;RO=99;SAF=43;SAR=39;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389677;STB=0.527109;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00829096;OID=.;OPOS=12569358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:99:101:82:82:0.448087:39:43:48:51:39:43:48:53 chr1 12628188 . T C 646.94 PASS AF=0.456954;AO=68;DP=151;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0048949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.923;QD=17.1375;RBI=0.0505608;REFB=0.000207764;REVB=0.0503233;RO=81;SAF=31;SAR=37;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130466;STB=0.507744;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.000174272;OID=.;OPOS=12628188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:81:82:68:69:0.456954:37:31:38:43:38:31:38:44 chr1 12638964 . T C 1646.72 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0207904;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5827;QD=59.3414;RBI=0.0234898;REFB=0.0264486;REVB=-0.0109329;RO=1;SAF=67;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703347;STB=0.503703;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-9.89329e-05;OID=.;OPOS=12638964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:111:1:1:110:110:0.990991:43:67:1:0:43:67:1:0 chr1 12639168 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.35;QD=56.9567;RBI=0.0131156;REFB=0;REVB=-0.00549609;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.37927e-05;OID=.;OPOS=12639168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr1 12639289 . C T 1064.28 PASS AF=0.444015;AO=115;DP=259;FAO=115;FDP=259;FR=.;FRO=144;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=78;FSRR=66;FWDB=-0.00484397;FXX=0.00384601;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.703;QD=16.4368;RBI=0.0219095;REFB=-0.00749868;REVB=-0.0213673;RO=124;SAF=56;SAR=59;SRF=72;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881432;STB=0.530385;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00831235;OID=.;OPOS=12639289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:124:144:115:115:0.444015:59:56:72:52:59:56:78:66 chr1 12640461 . C G 1088.4 PASS AF=0.530928;AO=101;DP=193;FAO=103;FDP=194;FR=.;FRO=91;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.00398198;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.421;QD=22.4413;RBI=0.0158566;REFB=-0.0233743;REVB=0.0153484;RO=91;SAF=51;SAR=50;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756509;STB=0.5454;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0192685;OID=.;OPOS=12640461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:91:91:101:103:0.530928:50:51:38:53:50:53:38:53 chr1 12711227 . C T 1229.82 PASS AF=0.444828;AO=129;DP=292;FAO=129;FDP=290;FR=.;FRO=161;FSAF=55;FSAR=74;FSRF=83;FSRR=78;FWDB=-0.0584393;FXX=0.00684908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6614;QD=16.963;RBI=0.0590925;REFB=0.0175053;REVB=-0.00876217;RO=161;SAF=55;SAR=74;SRF=82;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837331;STB=0.549852;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0181788;OID=.;OPOS=12711227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:290:161:161:129:129:0.444828:74:55:82:79:74:55:83:78 chr1 12776344 . A T 3449.37 PASS AF=1;AO=219;DP=220;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225637;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.097;QD=61.8721;RBI=0.0226005;REFB=-0.098474;REVB=-0.00128866;RO=1;SAF=116;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00408983;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180735;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:220:223:1:0:219:223:1:103:116:1:0:107:116:0:0 chr1 12779560 . T C 2664.82 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.597;QD=61.9725;RBI=0.0347038;REFB=0;REVB=0.0338002;RO=0;SAF=81;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56676e-05;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:165:172:0:0:165:172:1:84:81:0:0:87:85:0:0 chr1 12779618 . T C 3584.91 PASS AF=1;AO=219;DP=220;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.523;QD=62.6186;RBI=0.0264582;REFB=0;REVB=0.00290305;RO=0;SAF=107;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46244e-05;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:220:229:0:0:219:229:1:112:107:0:0:112:117:0:0 chr1 12785493 . TG T,TC,TT 1318.57 PASS AF=0.322222,0.0555556,0.622222;AO=32,3,47;DP=83;FAO=29,5,56;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1,31;FSAR=13,4,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000135323,0.00380528,-0.000882567;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=163.608,67.4397,165.094;QD=58.6031;RBI=0.0679296,0.0201767,0.074533;REFB=0,0,0;REVB=0.0679295,0.0198146,0.0745278;RO=0;SAF=15,0,30;SAR=17,3,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00570188,0.117897,0.0162657;OID=.,.,.;OPOS=12785494,12785494,12785494;OREF=G,G,G;OALT=-,C,T;OMAPALT=T,TC,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.322222,0.0555556,0.622222:32,3,47:83:29,5,56:90:0:16,1,31:13,4,25:0:0:61:0:15,0,30:17,3,17:0:0 chr1 12799736 . C T 3021.78 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251628;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.375;QD=63.6165;RBI=0.0285454;REFB=0;REVB=-0.0134787;RO=0;SAF=84;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23044e-05;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:190:190:1:106:84:0:0:106:84:0:0 chr1 12820870 . T C 1318.64 PASS AF=0.946237;AO=88;DP=93;FAO=88;FDP=93;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00456732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.308;QD=56.7156;RBI=0.0392704;REFB=-0.0482789;REVB=0.0390039;RO=5;SAF=37;SAR=51;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393313;STB=0.520792;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00388325;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:93:93:5:5:88:88:0.946237:51:37:4:1:51:37:4:1 chr1 12835868 . T C 3182.47 PASS AF=1;AO=205;DP=205;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.718;QD=61.7955;RBI=0.0304033;REFB=0;REVB=0.0284636;RO=0;SAF=102;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03006e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05729e-05;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:205:206:0:0:205:206:1:103:102:0:0:103:103:0:0 chr1 12837634 . T A 4679.79 PASS AF=0.993266;AO=295;DP=297;FAO=295;FDP=297;FR=.;FRO=2;FSAF=165;FSAR=130;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0362534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2566;QD=63.0275;RBI=0.0880831;REFB=0.00459315;REVB=-0.0802765;RO=1;SAF=165;SAR=130;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365457;STB=0.500405;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.000320193;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:297:297:1:2:295:295:0.993266:130:165:0:1:130:165:1:1 chr1 12853403 . A C 161.91 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=91;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0103484;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7447;QD=7.11699;RBI=0.0228402;REFB=0.00452721;REVB=-0.0203613;RO=68;SAF=9;SAR=14;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262033;STB=0.515922;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0299368;OID=.;OPOS=12853403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:68:68:23:23:0.252747:14:9:28:40:14:9:28:40 chr1 12854428 . C T 274.13 PASS AF=0.273381;AO=38;DP=139;FAO=38;FDP=139;FR=.;FRO=101;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=0.0221842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.479;QD=7.88872;RBI=0.0273799;REFB=0.00385038;REVB=0.0160475;RO=101;SAF=20;SAR=18;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346212;STB=0.520537;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0123902;OID=.;OPOS=12854428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:101:101:38:38:0.273381:18:20:56:45:18:20:56:45 chr1 12854530 . C G 1154.28 PASS AF=0.723077;AO=92;DP=130;FAO=94;FDP=130;FR=.;FRO=36;FSAF=64;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=36;FWDB=0.00912834;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.468;QD=35.5164;RBI=0.0181178;REFB=-0.00943653;REVB=0.0156502;RO=0;SAF=64;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.68746;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00300217;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:0:36:92:94:0.723077:28:64:0:0:30:64:0:36 chr1 12854544 . T C 187.13 PASS AF=0.214286;AO=30;DP=140;FAO=30;FDP=140;FR=.;FRO=110;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=0.0764125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.606;QD=5.34645;RBI=0.0774318;REFB=-0.00276934;REVB=0.0125223;RO=108;SAF=7;SAR=23;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385216;STB=0.739934;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00706328;OID=.;OPOS=12854544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:108:110:30:30:0.214286:23:7:57:51:23:7:58:52 chr1 12855667 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.746;QD=33.4283;RBI=0.0517525;REFB=0;REVB=0.00299667;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720355;OID=.;OPOS=12855667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 12855835 . C G 1421.22 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.064555;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9771;QD=61.7922;RBI=0.0992164;REFB=-0.0769204;REVB=-0.0753429;RO=1;SAF=33;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081035;STB=0.504273;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000744648;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:58:33:0:1:58:33:0:1 chr1 12855844 . GG AC,GC 1388.2 PASS AF=0.23913,0.76087;AO=22,69;DP=93;FAO=22,70;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=9,24;FSAR=13,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372944,-0.0509663;FXX=0.0107515;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=56.7506,83.498;QD=60.3567;RBI=0.0379674,0.0523007;REFB=0,0;REVB=0.00711691,-0.0117386;RO=0;SAF=9,24;SAR=13,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00690736,0.00280278;OID=.,.;OPOS=12855844,12855845;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:93:92:0:0:22,69:22,70:0.23913,0.76087:13,45:9,24:0:0:13,46:9,24:0:0 chr1 12855878 . A C 418.81 PASS AF=0.447619;AO=46;DP=104;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.0017435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.652;QD=15.9548;RBI=0.00692422;REFB=-0.0202122;REVB=0.00670112;RO=58;SAF=18;SAR=28;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678348;STB=0.544697;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0220956;OID=.;OPOS=12855878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:58:58:46:47:0.447619:28:18:19:39:28:19:19:39 chr1 12856010 . C G 278.94 PASS AF=0.395062;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0143909;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4794;QD=13.7748;RBI=0.0263035;REFB=-0.0103557;REVB=-0.0220177;RO=49;SAF=20;SAR=11;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335413;STB=0.531753;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0104132;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:31:32:0.395062:11:20:33:16:12:20:33:16 chr1 12856106 . A G 111.54 PASS AF=0.209302;AO=17;DP=84;FAO=18;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=47;FWDB=-0.0237453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.647;QD=5.1879;RBI=0.0306646;REFB=-0.0119226;REVB=-0.019403;RO=67;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355421;STB=0.725939;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0627846;OID=.;OPOS=12856106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:67:68:17:18:0.209302:7:10:20:47:7:11:21:47 chr1 12856111 . C T 154.79 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0158014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.502;QD=7.45982;RBI=0.0364883;REFB=-0.0127388;REVB=-0.0328894;RO=61;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02572;STB=0.515499;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0339343;OID=.;OPOS=12856111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:61:61:22:22:0.26506:14:8:21:40:14:8:21:40 chr1 12856146 . G A 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.00515161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.777;QD=2.35121;RBI=0.0145072;REFB=-0.00165582;REVB=-0.0135617;RO=47;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216773;STB=0.659899;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0118174;OID=.;OPOS=12856146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:3:3:15:32:3:3:15:32 chr1 12887549 . T C 4015.95 PASS AF=1;AO=258;DP=259;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4572;QD=62.0223;RBI=0.020146;REFB=0;REVB=-0.0128473;RO=1;SAF=147;SAR=111;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00323216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68247e-05;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:259:259:1:0:258:259:1:111:147:1:0:111:148:0:0 chr1 12907379 . T C 352.53 PASS AF=0.263158;AO=49;DP=190;FAO=50;FDP=190;FR=.;FRO=140;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=66;FSRR=74;FWDB=0.0120028;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.083;QD=7.42158;RBI=0.0209982;REFB=0.000453415;REVB=0.0172295;RO=135;SAF=25;SAR=24;SRF=61;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720802;STB=0.53573;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00125736;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:135:140:49:50:0.263158:24:25:61:74:24:26:66:74 chr1 12907449 . C G 242.51 PASS AF=0.236025;AO=38;DP=162;FAO=38;FDP=161;FR=.;FRO=123;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=75;FWDB=0.00119979;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.469;QD=6.02505;RBI=0.0148399;REFB=-0.0109567;REVB=-0.0147914;RO=120;SAF=17;SAR=21;SRF=47;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715265;STB=0.544522;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0299058;OID=.;OPOS=12907449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:120:123:38:38:0.236025:21:17:47:73:21:17:48:75 chr1 12907496 . T C 173.63 PASS AF=0.238938;AO=27;DP=113;FAO=27;FDP=113;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.0118145;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.227;QD=6.14629;RBI=0.0177185;REFB=-0.00833348;REVB=-0.0132046;RO=86;SAF=12;SAR=15;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626873;STB=0.538125;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0271699;OID=.;OPOS=12907496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:86:86:27:27:0.238938:15:12:34:52:15:12:34:52 chr1 12907507 . CT TC 146.98 PASS AF=0.226804;AO=22;DP=97;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.0436333;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=49.5406;QD=6.06085;RBI=0.0701036;REFB=-0.0145491;REVB=-0.0548694;RO=72;SAF=11;SAR=11;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13902;STB=0.587552;STBP=0.331;TYPE=mnp;VARB=0.0445292;OID=.;OPOS=12907507;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:72:75:22:22:0.226804:11:11:28:44:11:11:29:46 chr1 12907533 . T C 69.13 PASS AF=0.184615;AO=11;DP=60;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00664481;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=157.25;QD=4.25441;RBI=0.029128;REFB=0.000344559;REVB=-0.0283599;RO=48;SAF=7;SAR=4;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219249;STB=0.699677;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00283015;OID=.;OPOS=12907533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:60:65:48:53:11:12:0.184615:4:7:22:26:4:8:22:31 chr1 12907633 . G A 695.06 PASS AF=0.381395;AO=82;DP=215;FAO=82;FDP=215;FR=.;FRO=133;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=80;FSRR=53;FWDB=-0.00339229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.801;QD=12.9314;RBI=0.0151986;REFB=-0.00401661;REVB=-0.0148152;RO=133;SAF=36;SAR=46;SRF=80;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176643;STB=0.599527;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0076757;OID=.;OPOS=12907633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:133:133:82:82:0.381395:46:36:80:53:46:36:80:53 chr1 12907762 . T C 632.61 PASS AF=0.218947;AO=104;DP=476;FAO=104;FDP=475;FR=.;FRO=371;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=196;FSRR=175;FWDB=-7.89148e-05;FXX=0.0021008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.695;QD=5.32724;RBI=0.00886752;REFB=-0.00149303;REVB=-0.00886717;RO=364;SAF=40;SAR=64;SRF=193;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186959;STB=0.612369;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00670243;OID=.;OPOS=12907762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:476:475:364:371:104:104:0.218947:64:40:193:171:64:40:196:175 chr1 12907777 . T C 1245.54 PASS AF=0.331924;AO=157;DP=474;FAO=157;FDP=473;FR=.;FRO=316;FSAF=72;FSAR=85;FSRF=166;FSRR=150;FWDB=-0.0263706;FXX=0.00210966;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2561;QD=10.5331;RBI=0.0409373;REFB=0.0175914;REVB=0.0313122;RO=315;SAF=72;SAR=85;SRF=165;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762007;STB=0.544543;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0306719;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:474:473:315:316:157:157:0.331924:85:72:165:150:85:72:166:150 chr1 12907781 . T C 111.54 PASS AF=0.0854167;AO=41;DP=481;FAO=41;FDP=480;FR=.;FRO=439;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=224;FSRR=215;FWDB=0.00392271;FXX=0.00207896;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.076;QD=0.929476;RBI=0.0156364;REFB=-0.00210303;REVB=-0.0151364;RO=438;SAF=18;SAR=23;SRF=223;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826194;STB=0.565044;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.017528;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:480:438:439:41:41:0.0854167:23:18:223:215:23:18:224:215 chr1 12907798 . A C 168.92 PASS AF=0.105485;AO=50;DP=464;FAO=50;FDP=474;FR=.;FRO=424;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=218;FSRR=206;FWDB=-0.0205323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.533;QD=1.42549;RBI=0.0257104;REFB=-0.00325704;REVB=-0.0154742;RO=414;SAF=24;SAR=26;SRF=214;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457686;STB=0.530511;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0337681;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:464:474:414:424:50:50:0.105485:26:24:214:200:26:24:218:206 chr1 12907802 . CC TT 178.0 PASS AF=0.108974;AO=51;DP=467;FAO=51;FDP=468;FR=.;FRO=417;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=211;FSRR=206;FWDB=0.00205965;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=192.401;QD=1.52134;RBI=0.00360072;REFB=-0.000131708;REVB=0.00295348;RO=416;SAF=25;SAR=26;SRF=210;SRR=206;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181727;STB=0.51407;STBP=0.85;TYPE=mnp;VARB=0.00106161;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:467:468:416:417:51:51:0.108974:26:25:210:206:26:25:211:206 chr1 12907837 . C T 418.56 PASS AF=0.174946;AO=81;DP=463;FAO=81;FDP=463;FR=.;FRO=382;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=198;FSRR=184;FWDB=0.000107841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.669;QD=3.61604;RBI=0.0389388;REFB=-0.00250706;REVB=-0.0389386;RO=381;SAF=39;SAR=42;SRF=197;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462028;STB=0.530363;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0202825;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:463:381:382:81:81:0.174946:42:39:197:184:42:39:198:184 chr1 12907843 . T G 105.64 PASS AF=0.0861678;AO=38;DP=443;FAO=38;FDP=441;FR=.;FRO=403;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=214;FSRR=189;FWDB=0.00270024;FXX=0.00451457;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.553;QD=0.958208;RBI=0.0200965;REFB=-0.00234025;REVB=-0.0199142;RO=400;SAF=18;SAR=20;SRF=212;SRR=188;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664964;STB=0.552222;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0277397;OID=.;OPOS=12907843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:443:441:400:403:38:38:0.0861678:20:18:212:188:20:18:214:189 chr1 12907848 . G C 46.77 PASS AF=0.0599078;AO=26;DP=431;FAO=26;FDP=434;FR=.;FRO=408;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=215;FSRR=193;FWDB=-0.0310556;FXX=0.0022988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.691;QD=0.431074;RBI=0.0418118;REFB=-0.00198319;REVB=-0.027996;RO=394;SAF=15;SAR=11;SRF=210;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470684;STB=0.547369;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0314974;OID=.;OPOS=12907848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:431:434:394:408:26:26:0.0599078:11:15:210:184:11:15:215:193 chr1 12907885 . T C 1614.69 PASS AF=0.443005;AO=171;DP=386;FAO=171;FDP=386;FR=.;FRO=215;FSAF=74;FSAR=97;FSRF=117;FSRR=98;FWDB=0.036123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.966;QD=16.7326;RBI=0.0364181;REFB=-0.00959395;REVB=-0.00462629;RO=214;SAF=74;SAR=97;SRF=116;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109931;STB=0.562149;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0117229;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:386:214:215:171:171:0.443005:97:74:116:98:97:74:117:98 chr1 12908080 . C T 113.57 PASS AF=0.160584;AO=22;DP=135;FAO=22;FDP=137;FR=.;FRO=115;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=53;FWDB=-0.0288451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8881;QD=3.316;RBI=0.0302108;REFB=0.00730288;REVB=0.00898093;RO=113;SAF=7;SAR=15;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271251;STB=0.684809;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0391292;OID=.;OPOS=12908080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:113:115:22:22:0.160584:15:7:60:53:15:7:62:53 chr1 12908130 . C T 39.22 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00247717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.159;QD=1.88997;RBI=0.00509247;REFB=0.000677438;REVB=-0.00444937;RO=73;SAF=2;SAR=7;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38224;STB=0.789396;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0113472;OID=.;OPOS=12908130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:73:74:9:9:0.108434:7:2:40:33:7:2:41:33 chr1 12918891 . A C 352.61 PASS AF=0.223108;AO=56;DP=252;FAO=56;FDP=251;FR=.;FRO=195;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=100;FSRR=95;FWDB=-0.0109646;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.356;QD=5.6193;RBI=0.0167552;REFB=-0.00976842;REVB=-0.0126695;RO=196;SAF=27;SAR=29;SRF=100;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357949;STB=0.523815;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0303517;OID=.;OPOS=12918891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:196:195:56:56:0.223108:29:27:100:96:29:27:100:95 chr1 12919064 . T G 691.39 PASS AF=0.31058;AO=91;DP=291;FAO=91;FDP=293;FR=.;FRO=202;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=74;FSRR=128;FWDB=0.0214395;FXX=0.00340124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.08;QD=9.43882;RBI=0.0217605;REFB=-0.0157314;REVB=-0.00372356;RO=198;SAF=37;SAR=54;SRF=71;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599978;STB=0.51339;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0299707;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:293:198:202:91:91:0.31058:54:37:71:127:56:35:74:128 chr1 12919111 . G A 390.0 PASS AF=0.265116;AO=58;DP=215;FAO=57;FDP=215;FR=.;FRO=158;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=100;FWDB=0.0591157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9818;QD=7.25572;RBI=0.0660371;REFB=0.00875451;REVB=0.0294319;RO=156;SAF=25;SAR=33;SRF=57;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839825;STB=0.541186;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0246774;OID=.;OPOS=12919111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:156:158:58:57:0.265116:33:25:57:99:33:24:58:100 chr1 12919872 . T G 619.24 PASS AF=0.285714;AO=84;DP=294;FAO=84;FDP=294;FR=.;FRO=210;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=111;FSRR=99;FWDB=-0.0115464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.119;QD=8.42497;RBI=0.0285864;REFB=-0.00545068;REVB=0.0261508;RO=205;SAF=50;SAR=34;SRF=108;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846187;STB=0.548487;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0117805;OID=.;OPOS=12919872;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:205:210:84:84:0.285714:34:50:108:97:34:50:111:99 chr1 12919891 . G T 531.13 PASS AF=0.265734;AO=76;DP=285;FAO=76;FDP=286;FR=.;FRO=210;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=112;FSRR=98;FWDB=-0.0183377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.313;QD=7.42838;RBI=0.0295964;REFB=-0.00834446;REVB=-0.0232309;RO=198;SAF=40;SAR=36;SRF=103;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00753898;STB=0.505168;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0189917;OID=.;OPOS=12919891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:286:198:210:76:76:0.265734:36:40:103:95:36:40:112:98 chr1 12919934 . A G 643.17 PASS AF=0.307971;AO=85;DP=276;FAO=85;FDP=276;FR=.;FRO=191;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=92;FSRR=99;FWDB=0.00539406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7526;QD=9.32125;RBI=0.0101268;REFB=0.00825984;REVB=0.00857064;RO=187;SAF=46;SAR=39;SRF=90;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712942;STB=0.541167;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0320161;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:187:191:85:85:0.307971:39:46:90:97:39:46:92:99 chr1 12921127 . A G 374.73 PASS AF=0.268657;AO=52;DP=200;FAO=54;FDP=201;FR=.;FRO=147;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=80;FSRR=67;FWDB=-0.00316544;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.472;QD=7.45725;RBI=0.00317431;REFB=0.00158787;REVB=-0.000237114;RO=147;SAF=36;SAR=16;SRF=79;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203377;STB=0.59437;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00412129;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:147:147:52:54:0.268657:16:36:79:68:18:36:80:67 chr1 12921229 . A C 36.51 PASS AF=0.0689655;AO=12;DP=202;FAO=14;FDP=203;FR=.;FRO=189;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=105;FSRR=84;FWDB=-0.0269465;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1384;QD=0.719498;RBI=0.0529224;REFB=-0.000835265;REVB=-0.0455485;RO=180;SAF=10;SAR=2;SRF=100;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30977;STB=0.656484;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00722946;OID=.;OPOS=12921229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:202:203:180:189:12:14:0.0689655:2:10:100:80:4:10:105:84 chr1 12921241 . A G 35.9 PASS AF=0.0689655;AO=14;DP=202;FAO=14;FDP=203;FR=.;FRO=189;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=103;FSRR=86;FWDB=-0.0131294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.961;QD=0.707443;RBI=0.0343337;REFB=-0.00167659;REVB=-0.0317241;RO=188;SAF=12;SAR=2;SRF=103;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359432;STB=0.820654;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0153223;OID=.;OPOS=12921241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:202:203:188:189:14:14:0.0689655:2:12:103:85:2:12:103:86 chr1 12921332 . TG CA,CG 68.09 PASS AF=0.0708661,0.0629921;AO=9,8;DP=127;FAO=9,8;FDP=127;FR=.;FRO=110;FSAF=4,3;FSAR=5,5;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=-0.045801,-0.0385849;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=168.383,101.679;QD=2.14451;RBI=0.0869795,0.0404322;REFB=-0.000973843,-0.0027462;REVB=0.073944,-0.0120819;RO=104;SAF=4,3;SAR=5,5;SRF=58;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.125151,-0.193385;STB=0.59239,0.655868;STBP=0.589,0.391;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0150213,0.00201939;OID=.,.;OPOS=12921332,12921332;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:127:127:104:110:9,8:9,8:0.0708661,0.0629921:5,5:4,3:58:46:5,5:4,3:60:50 chr1 12942119 . C T 253.84 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=51;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0056207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.38;QD=19.1575;RBI=0.0334268;REFB=0.00584895;REVB=0.0329508;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870828;STB=0.547718;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00620013;OID=.;OPOS=12942119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:26:26:25:27:0.509434:12:13:16:10:13:14:16:10 chr1 13001312 . C G 604.26 PASS AF=0.702703;AO=51;DP=73;FAO=52;FDP=74;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00437832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.008;QD=32.6627;RBI=0.0221246;REFB=-0.0402292;REVB=0.021687;RO=22;SAF=19;SAR=32;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223882;STB=0.61534;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0117976;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:22:22:51:52:0.702703:32:19:17:5:32:20:17:5 chr1 13052789 . G A 1093.07 PASS AF=0.484716;AO=111;DP=229;FAO=111;FDP=229;FR=.;FRO=118;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=69;FSRR=49;FWDB=-0.0183495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1401;QD=19.0929;RBI=0.018701;REFB=-0.029543;REVB=0.00360916;RO=112;SAF=66;SAR=45;SRF=69;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204592;STB=0.505252;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.018745;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:112:118:111:111:0.484716:45:66:69:43:45:66:69:49 chr1 13052871 . C T 1623.05 PASS AF=0.461957;AO=167;DP=366;FAO=170;FDP=368;FR=.;FRO=198;FSAF=99;FSAR=71;FSRF=117;FSRR=81;FWDB=0.00321567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.677;QD=17.6418;RBI=0.0187341;REFB=-0.00650887;REVB=-0.018456;RO=198;SAF=98;SAR=69;SRF=117;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00413956;STB=0.504739;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00736926;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:368:198:198:167:170:0.461957:69:98:117:81:71:99:117:81 chr1 13052907 . T C 5613.99 PASS AF=1;AO=354;DP=362;FAO=359;FDP=359;FR=.;FRO=0;FSAF=212;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335217;FXX=0.0137359;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.109;QD=62.5514;RBI=0.0456823;REFB=0;REVB=0.0310349;RO=1;SAF=209;SAR=145;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67232e-05;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:362:359:1:0:354:359:1:145:209:0:1:147:212:0:0 chr1 13183243 . T C 62.99 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0172028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.225;QD=3.27201;RBI=0.0368671;REFB=-0.0103725;REVB=-0.0326075;RO=62;SAF=7;SAR=5;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280026;STB=0.662901;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.018512;OID=.;OPOS=13183243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:74:77:62:65:12:12:0.155844:5:7:22:40:5:7:25:40 chr1 13183248 . TC AA 67.01 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0206149;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.403;QD=3.88454;RBI=0.0367881;REFB=0.000137639;REVB=0.0304694;RO=57;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220956;STB=0.645157;STBP=0.282;TYPE=mnp;VARB=-0.000531268;OID=.;OPOS=13183248;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:69:69:57:57:12:12:0.173913:5:7:23:34:5:7:23:34 chr1 13183439 . T C 3279.54 PASS AF=0.685279;AO=269;DP=394;FAO=270;FDP=394;FR=.;FRO=124;FSAF=145;FSAR=125;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=-0.00305934;FXX=0.00505038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.629;QD=33.2948;RBI=0.00550546;REFB=0.00202351;REVB=-0.00457718;RO=124;SAF=145;SAR=124;SRF=52;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706301;STB=0.537034;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00117116;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:394:124:124:269:270:0.685279:124:145:52:72:125:145:52:72 chr1 13183472 . G A 601.42 PASS AF=0.230216;AO=94;DP=416;FAO=96;FDP=417;FR=.;FRO=321;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=151;FSRR=170;FWDB=-0.000478358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9172;QD=5.76902;RBI=0.0487481;REFB=-0.00444309;REVB=0.0487457;RO=321;SAF=54;SAR=40;SRF=151;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132914;STB=0.57073;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0166299;OID=.;OPOS=13183472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:417:321:321:94:96:0.230216:40:54:151:170:42:54:151:170 chr1 13183492 . T C 44.75 PASS AF=0.060241;AO=25;DP=415;FAO=25;FDP=415;FR=.;FRO=390;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=188;FSRR=202;FWDB=-0.00628122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.689;QD=0.431346;RBI=0.00920779;REFB=-0.00138393;REVB=-0.00673273;RO=380;SAF=13;SAR=12;SRF=185;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351581;STB=0.53559;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0191389;OID=.;OPOS=13183492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:415:415:380:390:25:25:0.060241:12:13:185:195:12:13:188:202 chr1 13183511 . T C 910.33 PASS AF=0.306701;AO=119;DP=390;FAO=119;FDP=388;FR=.;FRO=269;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=127;FSRR=142;FWDB=0.00962671;FXX=0.00512807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.171;QD=9.38487;RBI=0.0220684;REFB=-0.0038189;REVB=-0.019858;RO=270;SAF=56;SAR=63;SRF=127;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000262651;STB=0.501065;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0090937;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:388:270:269:119:119:0.306701:63:56:127:143:63:56:127:142 chr1 13183528 . A C 614.98 PASS AF=0.257971;AO=89;DP=334;FAO=89;FDP=345;FR=.;FRO=256;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=119;FSRR=137;FWDB=-0.0238298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.062;QD=7.13019;RBI=0.0325937;REFB=-0.0121047;REVB=-0.0222373;RO=245;SAF=48;SAR=41;SRF=114;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918704;STB=0.555117;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0376814;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:345:245:256:89:89:0.257971:41:48:114:131:41:48:119:137 chr1 13183532 . CC TT 562.11 PASS AF=0.250746;AO=83;DP=333;FAO=84;FDP=335;FR=.;FRO=251;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=115;FSRR=136;FWDB=-0.00690652;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=197.964;QD=6.71172;RBI=0.0121834;REFB=-0.00290941;REVB=-0.0100367;RO=249;SAF=42;SAR=41;SRF=113;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657168;STB=0.540199;STBP=0.388;TYPE=mnp;VARB=0.0109737;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:335:249:251:83:84:0.250746:41:42:113:136:41:43:115:136 chr1 13183567 . C T 157.77 PASS AF=0.145299;AO=34;DP=235;FAO=34;FDP=234;FR=.;FRO=200;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=89;FSRR=111;FWDB=-0.0266945;FXX=0.00425514;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.465;QD=2.69695;RBI=0.0384829;REFB=-0.00695665;REVB=-0.0277189;RO=200;SAF=19;SAR=15;SRF=89;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144768;STB=0.596357;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0354892;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:234:200:200:34:34:0.145299:15:19:89:111:15:19:89:111 chr1 13183573 . G T 404.5 PASS AF=0.279412;AO=57;DP=205;FAO=57;FDP=204;FR=.;FRO=147;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=66;FSRR=81;FWDB=-0.00421991;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.055;QD=7.93144;RBI=0.00918965;REFB=0.00280606;REVB=-0.00816346;RO=147;SAF=32;SAR=25;SRF=66;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137122;STB=0.580595;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00651739;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:147:147:57:57:0.279412:25:32:66:81:25:32:66:81 chr1 13183578 . G C 113.62 PASS AF=0.138889;AO=25;DP=179;FAO=25;FDP=180;FR=.;FRO=155;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=75;FSRR=80;FWDB=-0.0165299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.639;QD=2.52495;RBI=0.027615;REFB=-0.00125293;REVB=-0.0221212;RO=150;SAF=13;SAR=12;SRF=70;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676232;STB=0.531059;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00801028;OID=.;OPOS=13183578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:150:155:25:25:0.138889:12:13:70:80:12:13:75:80 chr1 13183615 . T C 76.75 PASS AF=0.140351;AO=16;DP=114;FAO=16;FDP=114;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.0261258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.226;QD=2.6931;RBI=0.0277017;REFB=0.00315983;REVB=0.00921033;RO=98;SAF=7;SAR=9;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656361;STB=0.545098;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0170462;OID=.;OPOS=13183615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:114:114:98:98:16:16:0.140351:9:7:48:50:9:7:48:50 chr1 13219048 . T G 68.35 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0126321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9354;QD=14.3899;RBI=0.0305135;REFB=-0.00992337;REVB=0.027776;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270467;STB=0.555425;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0273195;OID=.;OPOS=13219048;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:10:10:8:9:0.473684:7:1:3:7:7:2:3:7 chr1 13448283 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.174;QD=60.2302;RBI=0.0423724;REFB=0;REVB=0.0335134;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62869e-05;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr1 13448351 . T C 293.48 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302206;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4665;QD=53.3605;RBI=0.0317129;REFB=0;REVB=0.00961375;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107387;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr1 13474934 . G A 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0166217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6762;QD=16.883;RBI=0.0309439;REFB=-0.00226365;REVB=0.0261007;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788801;STB=0.545393;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0030792;OID=.;OPOS=13474934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:5:10:10:7:5:10:10:7 chr1 13474951 . C G 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.000717445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.411;QD=13.8996;RBI=0.0361104;REFB=-0.0144308;REVB=-0.0361033;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792099;STB=0.545152;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0190373;OID=.;OPOS=13474951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:11:13:21:13:11:13:21:13 chr1 13474974 . G A 508.23 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.018575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.291;QD=20.7442;RBI=0.0188481;REFB=-0.0109091;REVB=-0.0031971;RO=49;SAF=28;SAR=21;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187512;STB=0.510382;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0116771;OID=.;OPOS=13474974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:21:28:27:22:21:28:27:22 chr1 13695787 . C G 722.07 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0144339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.343;QD=57.7653;RBI=0.0362847;REFB=0.0169848;REVB=0.0332903;RO=3;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053155;STB=0.518511;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.000263309;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:50:50:3:2:47:48:0.96:25:22:0:3:26:22:0:2 chr1 13695816 . G A 1382.01 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.178;QD=61.4228;RBI=0.00828697;REFB=0;REVB=0.000879094;RO=1;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126271;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1824e-05;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:90:1:0:82:90:1:37:45:0:1:44:46:0:0 chr1 13695974 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.184;QD=35.5759;RBI=0.00391361;REFB=0;REVB=-0.00391361;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170925;OID=.;OPOS=13695974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr1 13716842 . G A 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00245172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.768;QD=9.13249;RBI=0.0116321;REFB=-0.000138479;REVB=-0.0113708;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240053;STB=0.658232;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000314568;OID=.;OPOS=13716842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:21:22:10:10:0.3125:4:6:8:13:4:6:8:14 chr1 13716855 . T C 142.86 PASS AF=0.410256;AO=12;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0380359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.424;QD=14.6522;RBI=0.0393439;REFB=-0.00586233;REVB=-0.0100605;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599784;STB=0.599877;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0134209;OID=.;OPOS=13716855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:23:12:16:0.410256:7:5:8:14:7:9:9:14 chr1 13802325 . T C 1144.09 PASS AF=0.535;AO=107;DP=200;FAO=107;FDP=200;FR=.;FRO=93;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=0.0234451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228;QD=22.8817;RBI=0.0265115;REFB=-0.0298761;REVB=-0.012377;RO=93;SAF=47;SAR=60;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017233;STB=0.509411;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0267998;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:93:93:107:107:0.535:60:47:39:54:60:47:39:54 chr1 13910417 . C T 3365.03 PASS AF=0.957082;AO=223;DP=233;FAO=223;FDP=233;FR=.;FRO=10;FSAF=59;FSAR=164;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0450813;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=219.54;QD=57.7687;RBI=0.0450847;REFB=0.00965837;REVB=-0.000553883;RO=4;SAF=59;SAR=164;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207109;STB=0.512824;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.000120835;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:233:233:4:10:223:223:0.957082:164:59:3:1:164:59:5:5 chr1 13940864 . C G 3005.18 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.806;QD=63.267;RBI=0.0131439;REFB=0;REVB=0.00149994;RO=0;SAF=75;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10074e-06;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:190:0:0:184:190:1:109:75:0:0:114:76:0:0 chr1 13942422 . C A 576.05 PASS AF=0.4;AO=65;DP=169;FAO=66;FDP=165;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=-0.0196647;FXX=0.0236672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3693;QD=13.9649;RBI=0.0301263;REFB=-0.0126075;REVB=0.0228231;RO=99;SAF=34;SAR=31;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148634;STB=0.587244;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0213478;OID=.;OPOS=13942422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:165:99:99:65:66:0.4:31:34:38:61:31:35:38:61 chr1 13944236 . C CTT,T 1538.09 PASS AF=0.980769,0.0192308;AO=94,4;DP=103;FAO=102,2;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56,2;FSAR=46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025773,-0.00260653;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=43.9544,175.467;QD=59.1573;RBI=0.0292625,0.00260653;REFB=0,0;REVB=-0.0138581,3.79072e-06;RO=0;SAF=51,3;SAR=43,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000616634,0.0632113;OID=.,.;OPOS=13944237,13944236;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:103:104:0:0:94,4:102,2:0.980769,0.0192308:43,1:51,3:0:0:46,0:56,2:0:0 chr1 14105568 . G A 367.81 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0744441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.312;QD=21.9586;RBI=0.0750455;REFB=-0.0170587;REVB=-0.0094817;RO=30;SAF=17;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487931;STB=0.526902;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.014203;OID=.;OPOS=14105568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:20:17:12:18:20:17:12:18 chr1 14106394 . A ACTC 288.35 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=105;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0341231;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=202.651;QD=11.1979;RBI=0.0351085;REFB=-0.00997427;REVB=-0.00825959;RO=69;SAF=15;SAR=21;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544946;STB=0.540207;STBP=0.592;TYPE=ins;VARB=0.0224166;OID=.;OPOS=14106395;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=ACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.349515:36:105:36:103:67:15:21:32:35:99:69:15:21:32:37 chr1 14143003 . A G 2634.74 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.975;QD=61.9939;RBI=0.00551826;REFB=0;REVB=0.00403362;RO=0;SAF=81;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24677e-06;OID=.;OPOS=14143003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:170:0:0:167:170:1:86:81:0:0:86:84:0:0 chr1 14149622 . T C 1359.9 PASS AF=0.967742;AO=86;DP=89;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0281667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.801;QD=58.4905;RBI=0.0804189;REFB=-0.0553055;REVB=0.0753249;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516125;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000481744;OID=.;OPOS=14149622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:89:93:0:3:86:90:0.967742:41:45:0:0:45:45:0:3 chr1 14150709 . C T 4935.09 PASS AF=0.990625;AO=317;DP=320;FAO=317;FDP=320;FR=.;FRO=3;FSAF=138;FSAR=179;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0177312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.131;QD=61.6886;RBI=0.0199643;REFB=-0.0319143;REVB=0.00917481;RO=3;SAF=138;SAR=179;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102549;STB=0.505376;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000110045;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:320:320:3:3:317:317:0.990625:179:138:3:0:179:138:3:0 chr1 14150714 . G A 4728.9 PASS AF=0.987138;AO=307;DP=311;FAO=307;FDP=311;FR=.;FRO=4;FSAF=135;FSAR=172;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0224879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2794;QD=60.8219;RBI=0.0225004;REFB=-0.0798981;REVB=0.000751507;RO=4;SAF=135;SAR=172;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0047255;STB=0.502478;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0029825;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:311:311:4:4:307:307:0.987138:172:135:1:3:172:135:1:3 chr1 14150740 . G T 3888.69 PASS AF=1;AO=244;DP=248;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012308;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.874;QD=63.2307;RBI=0.0235381;REFB=-0.049766;REVB=0.0200638;RO=1;SAF=108;SAR=136;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439289;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169653;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:248:246:1:0:244:246:1:136:108:1:0:137:109:0:0 chr1 14150992 . T C,G 2763.04 PASS AF=0.939891,0.0546448;AO=171,8;DP=179;FAO=172,10;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=98,5;FSAR=74,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00448205,-0.0109453;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=218.223,156.568;QD=60.3942;RBI=0.0561432,0.0481721;REFB=-0.13406,-0.00672018;REVB=0.055964,0.0469121;RO=0;SAF=97,5;SAR=74,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.46938e-08;STB=0.502538,0.545364;STBP=0.515,0.505;TYPE=snp,snp;VARB=-5.33724e-06,0.0271094;OID=.,.;OPOS=14150992,14150992;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:179:183:0:1:171,8:172,10:0.939891,0.0546448:74,3:97,5:0:0:74,5:98,5:1:0 chr1 14450771 . G A 1684.03 PASS AF=0.99115;AO=110;DP=111;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124861;FXX=0.0737644;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.081;QD=59.6116;RBI=0.0132669;REFB=-0.0858027;REVB=-0.00448421;RO=1;SAF=25;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186065;STB=0.509432;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00275794;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:111:113:1:1:110:112:0.99115:85:25:1:0:86:26:1:0 chr1 14450772 . G A 39.18 PASS AF=0.0894309;AO=11;DP=123;FAO=11;FDP=123;FR=.;FRO=112;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=85;FWDB=-0.0123773;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.9569;QD=1.27415;RBI=0.0158897;REFB=-0.00837509;REVB=0.00996414;RO=112;SAF=1;SAR=10;SRF=27;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283723;STB=0.746098;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0136916;OID=.;OPOS=14450772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:123:123:112:112:11:11:0.0894309:10:1:27:85:10:1:27:85 chr1 14507057 . A G 1088.5 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00833314;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.72;QD=58.8379;RBI=0.0187261;REFB=-0.162691;REVB=0.0167698;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129584;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00012499;OID=.;OPOS=14507057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:37:36:1:0:37:36:1:0 chr1 15438990 . G A 1133.18 PASS AF=0.506726;AO=113;DP=223;FAO=113;FDP=223;FR=.;FRO=110;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=-0.00471623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9997;QD=20.3261;RBI=0.0117121;REFB=-0.0207814;REVB=0.0107205;RO=109;SAF=55;SAR=58;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000436521;STB=0.502422;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.016877;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:109:110:113:113:0.506726:58:55:53:56:58:55:53:57 chr1 15490865 . T A 883.08 PASS AF=0.458937;AO=92;DP=203;FAO=95;FDP=207;FR=.;FRO=112;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=0.014366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.59;QD=17.0644;RBI=0.0193403;REFB=-0.0248227;REVB=0.0129486;RO=111;SAF=58;SAR=34;SRF=61;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083372;STB=0.538062;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0249857;OID=.;OPOS=15490865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:207:111:112:92:95:0.458937:34:58:61:50:36:59:62:50 chr1 15495110 . A G 813.35 PASS AF=0.529412;AO=81;DP=153;FAO=81;FDP=153;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.00202861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.133;QD=21.2641;RBI=0.0105063;REFB=0.00337236;REVB=-0.0103086;RO=72;SAF=40;SAR=41;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04245;STB=0.52325;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00265439;OID=.;OPOS=15495110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:72:72:81:81:0.529412:41:40:32:40:41:40:32:40 chr1 15497727 . T C 1572.58 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.502;QD=59.9079;RBI=0.0278241;REFB=0;REVB=0.0236393;RO=0;SAF=42;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24968e-05;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:63:42:0:0:63:42:0:0 chr1 15541607 . T C 769.23 PASS AF=0.506329;AO=78;DP=158;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0364071;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.13;QD=19.4741;RBI=0.0433658;REFB=-0.00831786;REVB=-0.0235608;RO=76;SAF=41;SAR=37;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818857;STB=0.556313;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00846859;OID=.;OPOS=15541607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:76:78:78:80:0.506329:37:41:33:43:37:43:33:45 chr1 15599021 . C T 809.92 PASS AF=0.68932;AO=71;DP=103;FAO=71;FDP=103;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.181;QD=31.4533;RBI=0.032883;REFB=-0.0239612;REVB=0.00874079;RO=32;SAF=29;SAR=42;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125951;STB=0.567862;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.010036;OID=.;OPOS=15599021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:32:32:71:71:0.68932:42:29:20:12:42:29:20:12 chr1 15687059 . A G 340.71 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00667883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8124;QD=15.6649;RBI=0.0180831;REFB=0.0137141;REVB=-0.0168045;RO=50;SAF=10;SAR=27;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215845;STB=0.622571;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0185392;OID=.;OPOS=15687059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:27:10:23:27:27:10:23:27 chr1 15714831 . C T 280.21 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0480409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.8364;QD=41.5131;RBI=0.103562;REFB=-0.0512359;REVB=0.0917452;RO=4;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005935;STB=0.503223;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0143881;OID=.;OPOS=15714831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:27:27:4:4:23:23:0.851852:12:11:2:2:12:11:2:2 chr1 15723843 . G A 849.1 PASS AF=0.44898;AO=88;DP=197;FAO=88;FDP=196;FR=.;FRO=108;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=40;FSRR=68;FWDB=-0.00488569;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.538;QD=17.3285;RBI=0.0353629;REFB=-0.00843562;REVB=-0.0350238;RO=108;SAF=32;SAR=56;SRF=39;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00270973;STB=0.503999;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0135645;OID=.;OPOS=15723843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:108:108:88:88:0.44898:56:32:39:69:56:32:40:68 chr1 15754484 . T C 2584.72 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.245;QD=61.9094;RBI=0.0381155;REFB=0;REVB=0.0213997;RO=0;SAF=93;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08889e-06;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:74:93:0:0:74:93:0:0 chr1 15788269 . A C 2732.82 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8664;QD=62.4645;RBI=0.0131357;REFB=0;REVB=0.00911475;RO=0;SAF=89;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57027e-07;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:174:175:1:85:89:0:0:86:89:0:0 chr1 15808242 . C T 658.22 PASS AF=0.380488;AO=77;DP=205;FAO=78;FDP=205;FR=.;FRO=127;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=55;FSRR=72;FWDB=0.00217055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.855;QD=12.8434;RBI=0.00408052;REFB=0.00197864;REVB=0.00345534;RO=125;SAF=35;SAR=42;SRF=54;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249746;STB=0.509814;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00295982;OID=.;OPOS=15808242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:125:127:77:78:0.380488:42:35:54:71:43:35:55:72 chr1 15812432 . A G 3774.84 PASS AF=1;AO=234;DP=236;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.738;QD=63.1773;RBI=0.0153293;REFB=0;REVB=0.00146805;RO=0;SAF=102;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57433e-05;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:239:0:0:234:239:1:132:102:0:0:135:104:0:0 chr1 15832543 . T C 2293.23 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0756954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2626;QD=63.7008;RBI=0.0770938;REFB=0;REVB=-0.0146171;RO=0;SAF=62;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.2896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170782;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:82:62:0:0:82:62:0:0 chr1 15844615 . A G 3021.16 PASS AF=0.985149;AO=198;DP=201;FAO=199;FDP=202;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=132;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0297966;FXX=0.0146334;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.9398;QD=59.8249;RBI=0.0643516;REFB=-0.106996;REVB=0.0570377;RO=3;SAF=67;SAR=131;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000160333;STB=0.500056;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.000756391;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:201:202:3:3:198:199:0.985149:131:67:1:2:132:67:1:2 chr1 15850603 . G A 758.6 PASS AF=0.484663;AO=79;DP=163;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0154589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.858;QD=18.6159;RBI=0.0495399;REFB=-0.0156806;REVB=0.0470662;RO=83;SAF=52;SAR=27;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137331;STB=0.573384;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0169502;OID=.;OPOS=15850603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:83:84:79:79:0.484663:27:52:43:40:27:52:44:40 chr1 15850613 . G A 2555.97 PASS AF=1;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114822;FXX=0.0119753;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.306;QD=61.9629;RBI=0.0115113;REFB=0;REVB=-0.00081757;RO=0;SAF=96;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55539e-05;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:165:0:0:165:165:1:69:96:0:0:69:96:0:0 chr1 15892415 . A C 619.85 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.00326308;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.391;QD=17.7099;RBI=0.0307363;REFB=-0.0151522;REVB=-0.0305626;RO=73;SAF=34;SAR=30;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103067;STB=0.509845;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0181499;OID=.;OPOS=15892415;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:73:76:64:64:0.457143:30:34:38:35:30:34:39:37 chr1 15904318 . C T 269.29 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00434246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5484;QD=16.5718;RBI=0.0349581;REFB=-0.0336877;REVB=-0.0346873;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356551;STB=0.512999;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0470079;OID=.;OPOS=15904318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:35:30:30:0.461538:13:17:18:16:13:17:19:16 chr1 15909744 . C T 558.91 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=21;FWDB=0.0239106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4409;QD=17.466;RBI=0.0240975;REFB=-0.0092502;REVB=0.00299531;RO=69;SAF=40;SAR=19;SRF=48;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197975;STB=0.510999;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0073723;OID=.;OPOS=15909744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:69:59:59:0.460938:19:40:48:21:19:40:48:21 chr1 15909850 . C G 2302.64 PASS AF=0.96875;AO=155;DP=162;FAO=155;FDP=160;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00231371;FXX=0.0123449;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.123;QD=57.5659;RBI=0.0226362;REFB=-0.105646;REVB=0.0225176;RO=4;SAF=71;SAR=84;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221111;STB=0.514449;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0018066;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:162:160:4:5:155:155:0.96875:84:71:0:4:84:71:0:5 chr1 15911349 . G A 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0518838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.689;QD=16.504;RBI=0.0519326;REFB=-0.0109835;REVB=0.0022489;RO=30;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363373;STB=0.520532;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0107258;OID=.;OPOS=15911349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:19:7:9:21:19:7:9:21 chr1 15987175 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0182608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.993;QD=15.6261;RBI=0.0183984;REFB=-0.00781567;REVB=-0.00224617;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299476;STB=0.517223;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0118058;OID=.;OPOS=15987175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:15:12:9:10:15:12 chr1 15987473 . T C 213.7 PASS AF=0.4;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0581238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3531;QD=13.1507;RBI=0.0647721;REFB=-0.0118069;REVB=-0.0285842;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257248;STB=0.523448;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0168553;OID=.;OPOS=15987473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:39:26:26:0.4:15:11:17:21:15:11:18:21 chr1 16058483 . C G 2320.61 PASS AF=0.489496;AO=233;DP=477;FAO=233;FDP=476;FR=.;FRO=243;FSAF=114;FSAR=119;FSRF=138;FSRR=105;FWDB=-0.0362756;FXX=0.00209639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0557;QD=19.5009;RBI=0.0543522;REFB=-0.00126901;REVB=-0.0404752;RO=244;SAF=114;SAR=119;SRF=138;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711284;STB=0.540087;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00164056;OID=.;OPOS=16058483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:477:476:244:243:233:233:0.489496:119:114:138:106:119:114:138:105 chr1 16070817 . GCC GC,G 843.71 PASS AF=0.910828,0;AO=73,33;DP=157;FAO=143,0;FDP=157;FR=.;FRO=14;FSAF=59,0;FSAR=84,0;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.205008,0.104092;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=10.2673,10.1786;QD=21.4957;RBI=0.29499,0.149405;REFB=0.134645,0.0726613;REVB=-0.212111,-0.107177;RO=33;SAF=36,0;SAR=37,33;SRF=9;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.127871,-0.833941;STB=0.538456,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0258914,-0.0132009;OID=.,.;OPOS=16070818,16070818;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.910828,0:73,33:157:143,0:157:14:59,0:84,0:0:14:8:33:36,0:37,33:9:24 chr1 16096932 . G GT 421.26 PASS AF=1;AO=6;DP=45;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900397;FXX=0.111086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.4388;QD=42.1261;RBI=0.190442;REFB=0;REVB=0.190229;RO=38;SAF=6;SAR=0;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.663155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00705583;OID=.;OPOS=16096933;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:45:40:40:0:24:16:0:0:8:38:6:0:18:20 chr1 16096934 . C T 475.08 PASS AF=0.844444;AO=31;DP=44;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00662401;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.5934;QD=42.2297;RBI=0.182066;REFB=-0.100598;REVB=0.181946;RO=6;SAF=17;SAR=14;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139307;STB=0.585321;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0301253;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:45:6:7:31:38:0.844444:14:17:6:0:21:17:7:0 chr1 16162297 . TTC T 387.05 PASS AF=0.495575;AO=53;DP=108;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.014097;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=221.213;QD=13.701;RBI=0.015892;REFB=-0.0160739;REVB=-0.00733686;RO=47;SAF=13;SAR=40;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124197;STB=0.583752;STBP=0.103;TYPE=del;VARB=0.0142615;OID=.;OPOS=16162298;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.495575:53:108:56:113:57:14:42:22:35:99:47:13:40:17:30 chr1 16242620 . C A 543.12 PASS AF=0.401274;AO=62;DP=158;FAO=63;FDP=157;FR=.;FRO=94;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.00384245;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.762;QD=13.8374;RBI=0.00715271;REFB=0.00597304;REVB=-0.00603297;RO=96;SAF=29;SAR=33;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794582;STB=0.555448;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00735471;OID=.;OPOS=16242620;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:96:94:62:63:0.401274:33:29:52:44:34:29:52:42 chr1 16255644 . C T 137.88 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0227088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.045;QD=11.4904;RBI=0.0433755;REFB=0.00297089;REVB=-0.036956;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159409;STB=0.521026;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0084789;OID=.;OPOS=16255644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:31:32:16:16:0.333333:7:9:17:14:7:9:17:15 chr1 16256007 . T C 191.04 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00958303;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.703;QD=21.2261;RBI=0.0162289;REFB=-0.0119291;REVB=-0.0130974;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138638;STB=0.578229;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0117035;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:12:7:9:8:12:7:9:8 chr1 16259813 . A G 538.52 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.020937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1976;QD=20.515;RBI=0.0624456;REFB=0.0235289;REVB=0.0588311;RO=50;SAF=25;SAR=30;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739414;STB=0.540713;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0199884;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:50:55:55:0.52381:30:25:27:23:30:25:27:23 chr1 16260916 . C T 528.83 PASS AF=0.478992;AO=56;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.0123633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.869;QD=17.7758;RBI=0.0455806;REFB=-0.00180946;REVB=-0.0438718;RO=63;SAF=26;SAR=30;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959234;STB=0.562479;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00202158;OID=.;OPOS=16260916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:62:56:57:0.478992:30:26:23:40:30:27:22:40 chr1 16262404 . C T 1061.02 PASS AF=0.490909;AO=108;DP=220;FAO=108;FDP=220;FR=.;FRO=112;FSAF=29;FSAR=79;FSRF=28;FSRR=84;FWDB=0.0161293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.276;QD=19.2912;RBI=0.0184941;REFB=-0.00873015;REVB=-0.00904857;RO=111;SAF=29;SAR=79;SRF=28;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192886;STB=0.512132;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0103247;OID=.;OPOS=16262404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:111:112:108:108:0.490909:79:29:28:83:79:29:28:84 chr1 16262532 . A AC 51.15 PASS AF=0.123737;AO=61;DP=399;FAO=49;FDP=396;FR=.;FRO=347;FSAF=8;FSAR=41;FSRF=239;FSRR=108;FWDB=-0.0127481;FXX=0.00751861;HRUN=0;LEN=1;MLLD=84.3083;QD=0.516642;RBI=0.0468719;REFB=-0.00488951;REVB=-0.045105;RO=326;SAF=10;SAR=51;SRF=234;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.64056;STB=0.894561;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.133818;OID=.;OPOS=16262533;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.123737:61:399:49:396:347:8:41:239:108:51:326:10:51:234:92 chr1 16269040 . G C 206.59 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0337663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5812;QD=17.5819;RBI=0.0432206;REFB=0.0197588;REVB=0.0269787;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10041;STB=0.539839;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0250717;OID=.;OPOS=16269040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:8:12:13:13:9:12:13:13 chr1 16271180 . T C 183.15 PASS AF=0.463415;AO=14;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0848286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.6557;QD=17.8681;RBI=0.123532;REFB=-0.0251127;REVB=0.0898016;RO=20;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372459;STB=0.572866;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0308894;OID=.;OPOS=16271180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:22:14:19:0.463415:3:11:9:11:7:12:11:11 chr1 16272250 . A G 412.61 PASS AF=0.360294;AO=49;DP=137;FAO=49;FDP=136;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0233095;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.416;QD=12.1356;RBI=0.0334317;REFB=-0.0084535;REVB=-0.0239656;RO=87;SAF=21;SAR=28;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612691;STB=0.535017;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0215477;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:87:87:49:49:0.360294:28:21:42:45:28:21:42:45 chr1 16274769 . C T 591.72 PASS AF=0.41875;AO=67;DP=160;FAO=67;FDP=160;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.00542295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.5144;QD=14.7929;RBI=0.00894587;REFB=-0.0007433;REVB=0.00711479;RO=90;SAF=33;SAR=34;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00764877;STB=0.501213;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.000998482;OID=.;OPOS=16274769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:90:93:67:67:0.41875:34:33:45:45:34:33:46:47 chr1 16330816 . C T 637.67 PASS AF=0.4;AO=72;DP=170;FAO=72;FDP=180;FR=.;FRO=108;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.00489177;FXX=0.00552456;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.024;QD=14.1704;RBI=0.00533691;REFB=-0.00709526;REVB=-0.00213381;RO=98;SAF=40;SAR=32;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470325;STB=0.527943;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00922031;OID=.;OPOS=16330816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:180:98:108:72:72:0.4:32:40:50:48:32:40:55:53 chr1 16332679 . T C 777.14 PASS AF=0.517483;AO=74;DP=146;FAO=74;FDP=143;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0162299;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.54;QD=21.7381;RBI=0.0272428;REFB=-0.02074;REVB=-0.0218807;RO=68;SAF=39;SAR=35;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100267;STB=0.551353;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0183376;OID=.;OPOS=16332679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:143:68:69:74:74:0.517483:35:39:28:40:35:39:29:40 chr1 16341649 . C T 874.0 PASS AF=0.439815;AO=95;DP=216;FAO=95;FDP=216;FR=.;FRO=121;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=75;FSRR=46;FWDB=0.00425629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.169;QD=16.1851;RBI=0.00588116;REFB=-0.0259711;REVB=0.00405858;RO=121;SAF=56;SAR=39;SRF=75;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318263;STB=0.517678;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0317299;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:121:121:95:95:0.439815:39:56:75:46:39:56:75:46 chr1 16341733 . T C 1045.48 PASS AF=0.529101;AO=100;DP=189;FAO=100;FDP=189;FR=.;FRO=89;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.015469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.456;QD=22.1265;RBI=0.0312794;REFB=0.00129863;REVB=0.0271866;RO=88;SAF=48;SAR=52;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00740216;STB=0.506778;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.000859753;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:88:89:100:100:0.529101:52:48:43:45:52:48:44:45 chr1 16342237 . A G 649.83 PASS AF=0.457516;AO=70;DP=155;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.00159096;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.125;QD=16.9889;RBI=0.00981498;REFB=-0.00144614;REVB=-0.00968518;RO=83;SAF=25;SAR=45;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127058;STB=0.564134;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00201764;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:83:83:70:70:0.457516:45:25:40:43:45:25:39:44 chr1 16344360 . A G 2279.42 PASS AF=0.459459;AO=231;DP=516;FAO=238;FDP=518;FR=.;FRO=280;FSAF=126;FSAR=112;FSRF=152;FSRR=128;FWDB=-0.00364093;FXX=0.0114502;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.665;QD=17.6017;RBI=0.00863242;REFB=-0.0171741;REVB=0.00782702;RO=283;SAF=122;SAR=109;SRF=156;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231352;STB=0.507299;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.020699;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:516:518:283:280:231:238:0.459459:109:122:156:127:112:126:152:128 chr1 16344402 . G A 2348.81 PASS AF=0.441696;AO=250;DP=575;FAO=250;FDP=566;FR=.;FRO=316;FSAF=115;FSAR=135;FSRF=165;FSRR=151;FWDB=0.0683806;FXX=0.0156519;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0744;QD=16.5993;RBI=0.0688011;REFB=-0.0160219;REVB=0.0075952;RO=325;SAF=115;SAR=135;SRF=174;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768933;STB=0.534726;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0196148;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:575:566:325:316:250:250:0.441696:135:115:174:151:135:115:165:151 chr1 16344466 . C T 2364.97 PASS AF=0.537915;AO=226;DP=423;FAO=227;FDP=422;FR=.;FRO=195;FSAF=122;FSAR=105;FSRF=111;FSRR=84;FWDB=-0.00418584;FXX=0.00705866;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4034;QD=22.4167;RBI=0.029036;REFB=-0.0389968;REVB=0.0287327;RO=194;SAF=121;SAR=105;SRF=111;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314573;STB=0.514802;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.038962;OID=.;OPOS=16344466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:422:194:195:226:227:0.537915:105:121:111:83:105:122:111:84 chr1 16344494 . G A 1392.58 PASS AF=0.427374;AO=153;DP=355;FAO=153;FDP=358;FR=.;FRO=205;FSAF=86;FSAR=67;FSRF=111;FSRR=94;FWDB=-0.0017798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9741;QD=15.5595;RBI=0.0431538;REFB=-0.0270445;REVB=0.0431171;RO=202;SAF=86;SAR=67;SRF=110;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018198;STB=0.51196;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0392889;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:358:202:205:153:153:0.427374:67:86:110:92:67:86:111:94 chr1 16344625 . C G 1236.64 PASS AF=0.484733;AO=127;DP=263;FAO=127;FDP=262;FR=.;FRO=135;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=53;FSRR=82;FWDB=-0.0155981;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.383;QD=18.88;RBI=0.026809;REFB=-0.00893436;REVB=-0.0218042;RO=133;SAF=65;SAR=62;SRF=52;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112293;STB=0.561276;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0111884;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:262:133:135:127:127:0.484733:62:65:52:81:62:65:53:82 chr1 16344664 . G A 1247.03 PASS AF=0.465704;AO=129;DP=279;FAO=129;FDP=277;FR=.;FRO=148;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=56;FSRR=92;FWDB=0.0179255;FXX=0.0071682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.119;QD=18.0077;RBI=0.0217718;REFB=-0.0202547;REVB=0.0123567;RO=145;SAF=66;SAR=63;SRF=55;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126826;STB=0.570987;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0254448;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:277:145:148:129:129:0.465704:63:66:55:90:63:66:56:92 chr1 16344684 . G A 1456.64 PASS AF=0.527881;AO=141;DP=268;FAO=142;FDP=269;FR=.;FRO=127;FSAF=52;FSAR=90;FSRF=63;FSRR=64;FWDB=0.00291857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.812;QD=21.66;RBI=0.0265046;REFB=-0.0311926;REVB=0.0263434;RO=127;SAF=52;SAR=89;SRF=63;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114532;STB=0.563778;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0250094;OID=.;OPOS=16344684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:269:127:127:141:142:0.527881:89:52:63:64:90:52:63:64 chr1 16351275 . A G 670.22 PASS AF=0.461538;AO=71;DP=155;FAO=72;FDP=156;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.00388684;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.157;QD=17.1851;RBI=0.00510051;REFB=-0.00261695;REVB=-0.00330267;RO=75;SAF=34;SAR=37;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124673;STB=0.552224;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00194231;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:75:84:71:72:0.461538:37:34:46:29:37:35:49:35 chr1 16354590 . A T 569.1 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0241706;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.554;QD=17.377;RBI=0.0295048;REFB=-0.012534;REVB=-0.0169207;RO=71;SAF=21;SAR=39;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211872;STB=0.610769;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0173607;OID=.;OPOS=16354590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:71:60:60:0.458015:39:21:40:31:39:21:39:32 chr1 16356501 . G A 532.62 PASS AF=0.384146;AO=63;DP=164;FAO=63;FDP=164;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=0.0485904;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3475;QD=12.9907;RBI=0.0496957;REFB=-0.0176379;REVB=-0.0104229;RO=100;SAF=29;SAR=34;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997685;STB=0.552527;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0329759;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:100:101:63:63:0.384146:34:29:37:63:34:29:38:63 chr1 16358932 . T C 1586.83 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.073;QD=63.4732;RBI=0.0453129;REFB=0;REVB=0.0447554;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98898e-05;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:100:0:0:91:100:1:46:45:0:0:52:48:0:0 chr1 16361875 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.485;QD=40.7629;RBI=0.00920198;REFB=0;REVB=0.00367507;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38735e-05;OID=.;OPOS=16361875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr1 16361916 . G A 382.73 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.037;QD=52.7901;RBI=0.0288847;REFB=-0.168108;REVB=-0.0266466;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00112368;OID=.;OPOS=16361916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:13:15:0:0:13:15:0:1 chr1 16362807 . T A 54.0 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0312311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.478;QD=3.32322;RBI=0.0338504;REFB=-0.00399658;REVB=0.0130564;RO=55;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508679;STB=0.840292;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0310959;OID=.;OPOS=16362807;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:55:55:10:10:0.153846:2:8:20:35:2:8:20:35 chr1 16371067 . G T 809.68 PASS AF=0.42654;AO=87;DP=209;FAO=90;FDP=211;FR=.;FRO=121;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=0.0621952;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.156;QD=15.3493;RBI=0.0622341;REFB=-0.0139501;REVB=-0.00219998;RO=114;SAF=44;SAR=43;SRF=51;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594058;STB=0.529306;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0218473;OID=.;OPOS=16371067;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:114:121:87:90:0.42654:43:44:51:63:43:47:57:64 chr1 16373124 . A G 2102.28 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05087;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.84;QD=62.2897;RBI=0.0703975;REFB=0;REVB=0.0486626;RO=0;SAF=63;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194488;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:135:0:0:121:135:1:58:63:0:0:63:72:0:0 chr1 16374533 . G C 2389.94 PASS AF=0.866667;AO=168;DP=196;FAO=169;FDP=195;FR=.;FRO=26;FSAF=54;FSAR=115;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0189988;FXX=0.0101518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.492;QD=49.0244;RBI=0.0209365;REFB=-0.0533697;REVB=-0.0087967;RO=0;SAF=54;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43062e-08;STB=0.570994;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000620458;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:0:26:168:169:0.866667:114:54:0:0:115:54:21:5 chr1 16374994 . C T 1116.02 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00399856;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.231;QD=56.5072;RBI=0.0332683;REFB=0.0142353;REVB=0.0330272;RO=3;SAF=38;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119657;STB=0.506327;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.000345607;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:38:38:1:2:38:38:1:2 chr1 16375063 . CA GC 1125.51 PASS AF=0.965517;AO=79;DP=88;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.15204;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.21;QD=51.7476;RBI=0.182049;REFB=-0.115501;REVB=0.100129;RO=3;SAF=25;SAR=54;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.001349;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00357826;OID=.;OPOS=16375063;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:88:87:3:3:79:84:0.965517:54:25:1:2:56:28:1:2 chr1 16376191 . C T 2004.8 PASS AF=1;AO=115;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=94;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9571;QD=62.6502;RBI=0.0749201;REFB=0;REVB=0.0738251;RO=0;SAF=94;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31672e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447854;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:115:128:1:21:94:0:0:34:94:0:0 chr1 16376319 . T C 3758.04 PASS AF=1;AO=236;DP=239;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123909;FXX=0.00826412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8715;QD=62.6339;RBI=0.0235125;REFB=-0.0484238;REVB=0.0199826;RO=2;SAF=92;SAR=144;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00185375;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721796;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:239:240:2:0:236:240:1:144:92:1:1:146:94:0:0 chr1 16380196 . T C 2426.09 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338762;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.105;QD=61.4199;RBI=0.00588763;REFB=0;REVB=-0.00481541;RO=0;SAF=72;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07605e-06;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:157:158:1:85:72:0:0:85:73:0:0 chr1 16380243 . A G 1982.65 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00499112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.664;QD=61.0047;RBI=0.0767975;REFB=-0.0254238;REVB=-0.0766351;RO=1;SAF=57;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655515;STB=0.503448;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=2.90277e-05;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:130:1:1:129:129:0.992308:72:57:0:1:72:57:0:1 chr1 16380252 . C T 1926.15 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5773;QD=60.666;RBI=0.0739752;REFB=-0.110503;REVB=-0.0647719;RO=0;SAF=57;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000764807;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:127:0:1:126:126:0.992126:69:57:0:0:69:57:1:0 chr1 16383682 . G C 384.67 PASS AF=0.298851;AO=52;DP=174;FAO=52;FDP=174;FR=.;FRO=122;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=-0.00315398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5888;QD=8.84291;RBI=0.0131454;REFB=-0.00912927;REVB=-0.0127614;RO=122;SAF=31;SAR=21;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116618;STB=0.568145;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.021675;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:122:122:52:52:0.298851:21:31:61:61:21:31:61:61 chr1 16383742 . C G 2024.86 PASS AF=0.644928;AO=171;DP=272;FAO=178;FDP=276;FR=.;FRO=98;FSAF=80;FSAR=98;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=0.0166187;FXX=0.00360998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5792;QD=29.3458;RBI=0.0208148;REFB=-0.022437;REVB=-0.012533;RO=99;SAF=79;SAR=92;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569155;STB=0.536171;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0134902;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:276:99:98:171:178:0.644928:92:79:54:45:98:80:54:44 chr1 16384986 . G T 94.02 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00102132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.565;QD=10.4468;RBI=0.102786;REFB=-0.00450433;REVB=0.102781;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256455;STB=0.64127;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0259747;OID=.;OPOS=16384986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:8:4:13:10:8:4:13:11 chr1 16384998 . GG CA 152.55 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0159971;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=277.502;QD=14.8834;RBI=0.016002;REFB=-0.0100904;REVB=-0.000395995;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191666;STB=0.623087;STBP=0.223;TYPE=mnp;VARB=0.0145709;OID=.;OPOS=16384998;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:16:17:0.414634:9:7:15:9:10:7:15:9 chr1 16385042 . G A 207.62 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0306437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.152;QD=15.0995;RBI=0.141239;REFB=-0.00234402;REVB=0.137874;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479693;STB=0.52725;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00522841;OID=.;OPOS=16385042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:17:14:12:12:17:14 chr1 16385175 . G A 1018.23 PASS AF=0.605096;AO=94;DP=157;FAO=95;FDP=157;FR=.;FRO=62;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0129378;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.519;QD=25.9423;RBI=0.0218129;REFB=-0.016616;REVB=0.0175617;RO=61;SAF=45;SAR=49;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622692;STB=0.534406;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00712434;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:61:62:94:95:0.605096:49:45:24:37:50:45:24:38 chr1 16385178 . G A 430.09 PASS AF=0.345912;AO=54;DP=158;FAO=55;FDP=159;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.0144969;FXX=0.00624961;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.343;QD=10.8199;RBI=0.0157584;REFB=-0.00765545;REVB=0.00617807;RO=104;SAF=19;SAR=35;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163937;STB=0.598396;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0114862;OID=.;OPOS=16385178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:104:104:54:55:0.345912:35:19:51:53:36:19:51:53 chr1 16385184 . G A 152.92 PASS AF=0.178344;AO=28;DP=157;FAO=28;FDP=157;FR=.;FRO=129;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=75;FWDB=0.00235122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.626;QD=3.89596;RBI=0.0328158;REFB=-0.000570684;REVB=0.0327315;RO=128;SAF=12;SAR=16;SRF=54;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00876478;STB=0.508374;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00321453;OID=.;OPOS=16385184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:128:129:28:28:0.178344:16:12:54:74:16:12:54:75 chr1 16386007 . CTT CCT,CT,CTG 2077.71 PASS AF=0.977778,0,0.0222222;AO=84,32,14;DP=135;FAO=132,0,3;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=46,0,0;FSAR=86,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225067,-0.0514404,-0.0771879;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=44.0556,22.698,12.4113;QD=61.5617;RBI=0.223906,0.0517563,0.0934681;REFB=0,0,0;REVB=0.223895,-0.00570933,-0.0527098;RO=0;SAF=41,0,4;SAR=43,32,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.63386e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.004428,0,0.10171;OID=.,.,.;OPOS=16386008,16386008,16386009;OREF=T,T,T;OALT=C,-,G;OMAPALT=CCT,CT,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.977778,0,0.0222222:84,32,14:135:132,0,3:135:0:46,0,0:86,0,3:0:0:4:0:41,0,4:43,32,10:0:0 chr1 16386065 . T A 400.16 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=44;FWDB=-0.0205305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.565;QD=15.8478;RBI=0.0458926;REFB=-0.00360606;REVB=0.0410442;RO=57;SAF=19;SAR=25;SRF=13;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217704;STB=0.620983;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00594576;OID=.;OPOS=16386065;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:25:19:13:44:25:19:13:44 chr1 16386416 . G A 870.94 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389327;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6345;QD=58.0627;RBI=0.0389859;REFB=0;REVB=-0.00203664;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192491;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr1 16386447 . G C 724.9 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.639;QD=56.8548;RBI=0.116445;REFB=0;REVB=0.115324;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016051;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:19:30:0:0:20:31:0:0 chr1 16386495 . C T 601.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.513;QD=60.1324;RBI=0.0511219;REFB=0;REVB=-0.00436342;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117174;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:16:24:0:0 chr1 16388646 . T C 3491.78 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.474;QD=62.3531;RBI=0.0168738;REFB=0;REVB=0.0160999;RO=0;SAF=86;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412589;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:224:0:0:220:224:1:134:86:0:0:134:90:0:0 chr1 16461581 . G A 927.42 PASS AF=0.413934;AO=101;DP=244;FAO=101;FDP=244;FR=.;FRO=143;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=73;FSRR=70;FWDB=0.0166304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.123;QD=15.2036;RBI=0.031668;REFB=-0.0220235;REVB=0.0269499;RO=142;SAF=61;SAR=40;SRF=72;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103278;STB=0.555913;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0341415;OID=.;OPOS=16461581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:142:143:101:101:0.413934:40:61:72:70:40:61:73:70 chr1 16464681 . C G 141.75 PASS AF=0.204724;AO=21;DP=122;FAO=26;FDP=127;FR=.;FRO=101;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=71;FWDB=-0.0380768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1893;QD=4.46451;RBI=0.052624;REFB=-0.0037192;REVB=-0.0363241;RO=96;SAF=19;SAR=2;SRF=25;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.717013;STB=0.94164;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0782705;OID=.;OPOS=16464681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:127:96:101:21:26:0.204724:2:19:25:71:2:24:30:71 chr1 16533022 . C T 474.19 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=0;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=53;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.034;QD=18.9676;RBI=0.0635856;REFB=-0.0178408;REVB=0.0635856;RO=53;SAF=0;SAR=47;SRF=0;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0209532;OID=.;OPOS=16533022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:47:0:0:53:47:0:0:53 chr1 16534697 . G C 422.97 PASS AF=0.518519;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0476479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.802;QD=20.8874;RBI=0.0500122;REFB=-0.00466516;REVB=-0.0151955;RO=39;SAF=19;SAR=22;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139748;STB=0.58191;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00543411;OID=.;OPOS=16534697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:39:39:41:42:0.518519:22:19:12:27:22:20:12:27 chr1 16577794 . C T 447.26 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00770941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1206;QD=18.4438;RBI=0.0284177;REFB=-0.014575;REVB=-0.027352;RO=49;SAF=25;SAR=20;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739078;STB=0.532696;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0147478;OID=.;OPOS=16577794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:52:45:45:0.463918:20:25:31:18:20:25:32:20 chr1 16577908 . G C 1424.02 PASS AF=0.483444;AO=146;DP=301;FAO=146;FDP=302;FR=.;FRO=156;FSAF=79;FSAR=67;FSRF=76;FSRR=80;FWDB=0.0198029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7498;QD=18.8611;RBI=0.0256115;REFB=-0.00408999;REVB=-0.0162417;RO=154;SAF=79;SAR=67;SRF=76;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445717;STB=0.527908;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0046508;OID=.;OPOS=16577908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:302:154:156:146:146:0.483444:67:79:76:78:67:79:76:80 chr1 16641899 . C T 466.4 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00494825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.334;QD=19.847;RBI=0.0134942;REFB=-0.00920688;REVB=-0.0125542;RO=48;SAF=21;SAR=25;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209384;STB=0.511623;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00986129;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:25:21:23:25:25:21:23:25 chr1 16723084 . G A 1222.49 PASS AF=0.453901;AO=127;DP=287;FAO=128;FDP=282;FR=.;FRO=154;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=60;FSRR=94;FWDB=0.0200744;FXX=0.0208326;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.759;QD=17.3402;RBI=0.0207702;REFB=-0.00405669;REVB=0.00533094;RO=149;SAF=61;SAR=66;SRF=58;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895502;STB=0.547795;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00514655;OID=.;OPOS=16723084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:282:149:154:127:128:0.453901:66:61:58:91:67:61:60:94 chr1 16752057 . G A 795.62 PASS AF=0.50625;AO=80;DP=162;FAO=81;FDP=160;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=0.000274648;FXX=0.0243888;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.708;QD=19.8906;RBI=0.000764294;REFB=-0.00350116;REVB=-0.000713242;RO=78;SAF=33;SAR=47;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192478;STB=0.610548;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00259326;OID=.;OPOS=16752057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:78:79:80:81:0.50625:47:33:49:29:48:33:50:29 chr1 16802382 . C A 482.29 PASS AF=0.5;AO=44;DP=93;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0129666;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3588;QD=20.5229;RBI=0.150969;REFB=-0.0265401;REVB=0.150412;RO=46;SAF=30;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217078;STB=0.59801;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0227814;OID=.;OPOS=16802382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:46:47:44:47:0.5:14:30:21:25:17:30:21:26 chr1 16802485 . T C 419.58 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00769704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.36;QD=25.8202;RBI=0.0195765;REFB=-0.0296723;REVB=0.0179999;RO=24;SAF=22;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915065;STB=0.542352;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0258618;OID=.;OPOS=16802485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:25:40:40:0.615385:18:22:10:14:18:22:11:14 chr1 16840730 . C T 692.72 PASS AF=0.698795;AO=58;DP=83;FAO=58;FDP=83;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00807382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.66;QD=33.3841;RBI=0.0180936;REFB=-0.0152239;REVB=0.0161923;RO=25;SAF=30;SAR=28;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463539;STB=0.524991;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00481815;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:25:25:58:58:0.698795:28:30:15:10:28:30:15:10 chr1 16858909 . G C 3149.86 PASS AF=0.990385;AO=206;DP=208;FAO=206;FDP=208;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00170597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.527;QD=60.5743;RBI=0.0355945;REFB=-0.0265663;REVB=-0.0355536;RO=0;SAF=115;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04607e-08;STB=0.50431;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=8.06605e-06;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:208:0:2:206:206:0.990385:91:115:0:0:91:115:2:0 chr1 16860633 . G A 36.87 PASS AF=0.0588235;AO=20;DP=340;FAO=20;FDP=340;FR=.;FRO=320;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=128;FSRR=192;FWDB=-0.0151486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7162;QD=0.433727;RBI=0.0417547;REFB=-0.00466393;REVB=-0.0389099;RO=319;SAF=9;SAR=11;SRF=128;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520499;STB=0.547943;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0725301;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:340:340:319:320:20:20:0.0588235:11:9:128:191:11:9:128:192 chr1 16860652 . A C 117.6 PASS AF=0.101156;AO=35;DP=347;FAO=35;FDP=346;FR=.;FRO=311;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=130;FSRR=181;FWDB=0.0387782;FXX=0.00288176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.061;QD=1.35949;RBI=0.0411365;REFB=-0.00174276;REVB=0.013728;RO=310;SAF=16;SAR=19;SRF=129;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509761;STB=0.535634;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0132164;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:346:310:311:35:35:0.101156:19:16:129:181:19:16:130:181 chr1 16860695 . G T 87.21 PASS AF=0.0874636;AO=30;DP=344;FAO=30;FDP=343;FR=.;FRO=313;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=136;FSRR=177;FWDB=0.00626526;FXX=0.00290689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.279;QD=1.01708;RBI=0.0651143;REFB=0.000645941;REVB=-0.0648121;RO=313;SAF=19;SAR=11;SRF=136;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231472;STB=0.676786;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00421995;OID=.;OPOS=16860695;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:344:343:313:313:30:30:0.0874636:11:19:136:177:11:19:136:177 chr1 16861847 . A T 36.13 PASS AF=0.0693069;AO=14;DP=203;FAO=14;FDP=202;FR=.;FRO=188;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=74;FSRR=114;FWDB=-0.00354642;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.58;QD=0.715433;RBI=0.0263465;REFB=-0.00293191;REVB=-0.0261067;RO=186;SAF=5;SAR=9;SRF=74;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468346;STB=0.536147;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0273399;OID=.;OPOS=16861847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:203:202:186:188:14:14:0.0693069:9:5:74:112:9:5:74:114 chr1 16861849 . A G 35.69 PASS AF=0.0686275;AO=14;DP=204;FAO=14;FDP=204;FR=.;FRO=190;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=74;FSRR=116;FWDB=-0.00539255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.011;QD=0.699744;RBI=0.0265391;REFB=-0.000469953;REVB=-0.0259855;RO=189;SAF=5;SAR=9;SRF=73;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335944;STB=0.532139;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0224614;OID=.;OPOS=16861849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:204:204:189:190:14:14:0.0686275:9:5:73:116:9:5:74:116 chr1 16862282 . G A 502.49 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0100824;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.33;QD=21.8473;RBI=0.0498854;REFB=-0.0205705;REVB=-0.0488559;RO=44;SAF=34;SAR=14;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254763;STB=0.641138;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0168197;OID=.;OPOS=16862282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:14:34:19:25:14:34:19:25 chr1 16862454 . T G 774.74 PASS AF=0.293629;AO=106;DP=362;FAO=106;FDP=361;FR=.;FRO=255;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=124;FSRR=131;FWDB=-0.00343983;FXX=0.00276235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.507;QD=8.58438;RBI=0.0359886;REFB=-0.00415936;REVB=0.0358238;RO=249;SAF=53;SAR=53;SRF=121;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169997;STB=0.509693;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0295001;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:361:249:255:106:106:0.293629:53:53:121:128:53:53:124:131 chr1 16862461 . T A 759.33 PASS AF=0.282258;AO=105;DP=344;FAO=105;FDP=372;FR=.;FRO=267;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=125;FSRR=142;FWDB=-0.00118219;FXX=0.0184692;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.921;QD=8.16483;RBI=0.00932274;REFB=-0.00230125;REVB=-0.00924748;RO=239;SAF=55;SAR=50;SRF=117;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411663;STB=0.53987;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00247261;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:372:239:267:105:105:0.282258:50:55:117:122:50:55:125:142 chr1 16862502 . A G 1417.94 PASS AF=0.329091;AO=179;DP=549;FAO=181;FDP=550;FR=.;FRO=369;FSAF=93;FSAR=88;FSRF=210;FSRR=159;FWDB=0.00747136;FXX=0.00900885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1465;QD=10.3123;RBI=0.024452;REFB=0.0061966;REVB=0.0232826;RO=368;SAF=92;SAR=87;SRF=210;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669618;STB=0.537197;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0167207;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:549:550:368:369:179:181:0.329091:87:92:210:158:88:93:210:159 chr1 16863352 . C T 31.65 PASS AF=0.0604839;AO=15;DP=248;FAO=15;FDP=248;FR=.;FRO=233;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=84;FSRR=149;FWDB=0.0120024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6283;QD=0.510405;RBI=0.0286142;REFB=-0.0108738;REVB=-0.0259753;RO=227;SAF=5;SAR=10;SRF=80;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022119;STB=0.528152;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0548371;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:248:248:227:233:15:15:0.0604839:10:5:80:147:10:5:84:149 chr1 16872426 . G A 228.09 PASS AF=0.275;AO=20;DP=108;FAO=33;FDP=120;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.0147565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.593;QD=7.60286;RBI=0.0147721;REFB=-0.00451579;REVB=0.000680622;RO=85;SAF=7;SAR=13;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241422;STB=0.540067;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0128683;OID=.;OPOS=16872426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:120:85:87:20:33:0.275:13:7:46:39:17:16:47:40 chr1 16874206 . A C 1027.95 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0259512;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1276;QD=55.5647;RBI=0.0374078;REFB=0.0552806;REVB=0.0269421;RO=2;SAF=33;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277951;STB=0.508213;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00262654;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:74:2:3:71:71:0.959459:38:33:2:0:38:33:2:1 chr1 16890598 . T A 553.57 PASS AF=0.192308;AO=98;DP=519;FAO=100;FDP=520;FR=.;FRO=420;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=213;FSRR=207;FWDB=0.0117646;FXX=0.00191935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.563;QD=4.25822;RBI=0.0120721;REFB=0.00189337;REVB=-0.00270754;RO=418;SAF=37;SAR=61;SRF=211;SRR=207;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166526;STB=0.611866;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00715208;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:519:520:418:420:98:100:0.192308:61:37:211:207:63:37:213:207 chr1 16890639 . C T 334.95 PASS AF=0.177966;AO=63;DP=354;FAO=63;FDP=354;FR=.;FRO=291;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=150;FSRR=141;FWDB=-0.00089939;FXX=0.00561782;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.754;QD=3.78472;RBI=0.0265917;REFB=0.000496783;REVB=-0.0265765;RO=287;SAF=30;SAR=33;SRF=149;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556453;STB=0.532248;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00286026;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:287:291:63:63:0.177966:33:30:149:138:33:30:150:141 chr1 16890644 . C T 280.85 PASS AF=0.170213;AO=54;DP=327;FAO=56;FDP=329;FR=.;FRO=273;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=144;FSRR=129;FWDB=-0.012985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.775;QD=3.41456;RBI=0.0241823;REFB=-0.00282063;REVB=-0.0204004;RO=269;SAF=24;SAR=30;SRF=140;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982274;STB=0.567029;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0162587;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:329:269:273:54:56:0.170213:30:24:140:129:31:25:144:129 chr1 16890671 . TG CA 520.16 PASS AF=0.303965;AO=69;DP=229;FAO=69;FDP=227;FR=.;FRO=158;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=83;FSRR=75;FWDB=-0.00448399;FXX=0.00873324;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.145;QD=9.16584;RBI=0.00470979;REFB=-0.00391998;REVB=-0.00144082;RO=157;SAF=26;SAR=43;SRF=82;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175834;STB=0.604354;STBP=0.03;TYPE=mnp;VARB=0.00927973;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:227:157:158:69:69:0.303965:43:26:82:75:43:26:83:75 chr1 16891365 . G A 39.57 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8364;QD=13.191;RBI=0.0527791;REFB=-0.0480187;REVB=0.0527791;RO=6;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0301536;OID=.;OPOS=16891365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:6:0:0:6:6:0:0:6 chr1 16893841 . C T 413.85 PASS AF=0.137447;AO=97;DP=712;FAO=98;FDP=713;FR=.;FRO=615;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=314;FSRR=301;FWDB=0.00671304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.288;QD=2.32171;RBI=0.0103772;REFB=0.000796455;REVB=-0.00791343;RO=615;SAF=41;SAR=56;SRF=314;SRR=301;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113162;STB=0.579567;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00439487;OID=.;OPOS=16893841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:712:713:615:615:97:98:0.137447:56:41:314:301:57:41:314:301 chr1 16901668 . T C 1049.01 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0847991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2428;QD=58.2784;RBI=0.0863083;REFB=-0.143717;REVB=-0.0160693;RO=1;SAF=35;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133193;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00290118;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:36:35:1:0:36:35:1:0 chr1 16901714 . G A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.668;QD=45.8026;RBI=0.0812853;REFB=0;REVB=0.0253854;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328228;OID=.;OPOS=16901714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr1 16902823 . G C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.00103362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.221;QD=10.0743;RBI=0.00480566;REFB=-0.0304826;REVB=0.00469318;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397462;STB=0.729322;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0368274;OID=.;OPOS=16902823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:1:13:5:3:1:13 chr1 16902884 . T C 56.9 PASS AF=0.32;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0595877;FXX=0.0740466;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3853;QD=9.10409;RBI=0.0664566;REFB=0.00419776;REVB=-0.0294242;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132461;STB=0.635966;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0294212;OID=.;OPOS=16902884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:26:25:16:17:8:8:0.32:7:1:3:13:7:1:4:13 chr1 16902894 . A G 54.73 PASS AF=0.777778;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0571066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0161;QD=24.3248;RBI=0.0574544;REFB=-0.0255818;REVB=0.00631217;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.583115;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00842574;OID=.;OPOS=16902894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:9:2:2:5:7:0.777778:4:1:0:2:5:2:0:2 chr1 16903882 . T C 152.86 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00237322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.442;QD=10.3634;RBI=0.00291384;REFB=0.000153604;REVB=-0.00169066;RO=39;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101256;STB=0.559264;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000310553;OID=.;OPOS=16903882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:10:10:16:23:10:10:16:23 chr1 16907328 . G T 6885.63 PASS AF=0.518316;AO=663;DP=1283;FAO=665;FDP=1283;FR=.;FRO=618;FSAF=336;FSAR=329;FSRF=293;FSRR=325;FWDB=-0.0119911;FXX=0.0023328;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.248;QD=21.4673;RBI=0.0163723;REFB=-0.00875627;REVB=-0.0111475;RO=615;SAF=334;SAR=329;SRF=290;SRR=325;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284811;STB=0.515002;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00735448;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1283:1283:615:618:663:665:0.518316:329:334:290:325:329:336:293:325 chr1 16909052 . C T 4422.61 PASS AF=1;AO=250;DP=276;FAO=284;FDP=284;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=137;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.603;QD=62.2903;RBI=0.0324799;REFB=0;REVB=0.0284911;RO=0;SAF=123;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43164e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42387e-05;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:276:284:0:0:250:284:1:127:123:0:0:147:137:0:0 chr1 16909100 . G C 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0117258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.218;QD=8.56748;RBI=0.0139248;REFB=0.000199744;REVB=0.00751047;RO=37;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203185;STB=0.626137;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000361795;OID=.;OPOS=16909100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:11:3:13:24:11:3:13:24 chr1 16913584 . A C 1243.62 PASS AF=0.765625;AO=97;DP=127;FAO=98;FDP=128;FR=.;FRO=30;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0012648;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1064;QD=38.8632;RBI=0.0167925;REFB=-0.00187229;REVB=0.0167448;RO=30;SAF=50;SAR=47;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00791518;STB=0.505423;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.000987774;OID=.;OPOS=16913584;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:30:30:97:98:0.765625:47:50:16:14:48:50:16:14 chr1 16913612 . G A 1148.61 PASS AF=0.760331;AO=90;DP=121;FAO=92;FDP=121;FR=.;FRO=29;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0749428;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5936;QD=37.9704;RBI=0.0753999;REFB=0.00348227;REVB=0.00828982;RO=29;SAF=42;SAR=48;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231189;STB=0.50935;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00105024;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:29:29:90:92:0.760331:48:42:15:14:48:44:15:14 chr1 16913633 . G T 107.28 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=97;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0143048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.732;QD=4.42396;RBI=0.014309;REFB=-0.0050162;REVB=0.000348033;RO=79;SAF=7;SAR=11;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541219;STB=0.534955;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0160587;OID=.;OPOS=16913633;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:79:79:18:18:0.185567:11:7:34:45:11:7:34:45 chr1 16918502 . A G 859.86 PASS AF=0.259794;AO=122;DP=481;FAO=126;FDP=485;FR=.;FRO=359;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=181;FSRR=178;FWDB=0.0114607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.593;QD=7.0916;RBI=0.0271058;REFB=0.00522559;REVB=0.0245638;RO=358;SAF=57;SAR=65;SRF=180;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447979;STB=0.526605;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0133015;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:485:358:359:122:126:0.259794:65:57:180:178:67:59:181:178 chr1 17004785 . A C 1403.22 PASS AF=0.951923;AO=99;DP=104;FAO=99;FDP=104;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.064664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3985;QD=53.97;RBI=0.0917131;REFB=0.0423176;REVB=-0.0650374;RO=5;SAF=37;SAR=62;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367276;STB=0.519376;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0191477;OID=.;OPOS=17004785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:104:104:5:5:99:99:0.951923:62:37:0:5:62:37:0:5 chr1 17017717 . C T 514.84 PASS AF=0.254237;AO=74;DP=294;FAO=75;FDP=295;FR=.;FRO=220;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=110;FSRR=110;FWDB=-0.00601429;FXX=0.00337826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.602;QD=6.98084;RBI=0.00722374;REFB=-0.00624488;REVB=-0.00400134;RO=218;SAF=39;SAR=35;SRF=110;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281737;STB=0.514917;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0185387;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:295:218:220:74:75:0.254237:35:39:110:108:36:39:110:110 chr1 17017734 . C T 440.4 PASS AF=0.246324;AO=67;DP=272;FAO=67;FDP=272;FR=.;FRO=205;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=104;FSRR=101;FWDB=0.00400013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.834;QD=6.47654;RBI=0.00437703;REFB=-0.00616903;REVB=-0.00177689;RO=204;SAF=33;SAR=34;SRF=104;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217309;STB=0.511135;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0193332;OID=.;OPOS=17017734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:204:205:67:67:0.246324:34:33:104:100:34:33:104:101 chr1 17022952 . C A 3447.91 PASS AF=0.982456;AO=223;DP=228;FAO=224;FDP=228;FR=.;FRO=4;FSAF=114;FSAR=110;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0249186;FXX=0.00436662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7496;QD=60.4896;RBI=0.0382738;REFB=-0.189133;REVB=0.0290507;RO=4;SAF=113;SAR=110;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081682;STB=0.504231;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=4.27609e-05;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:228:228:4:4:223:224:0.982456:110:113:3:1:110:114:3:1 chr1 17023110 . G A 1432.54 PASS AF=0.28866;AO=193;DP=676;FAO=196;FDP=679;FR=.;FRO=483;FSAF=89;FSAR=107;FSRF=239;FSRR=244;FWDB=-0.033928;FXX=0.00147057;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0587;QD=8.43911;RBI=0.0725676;REFB=-0.0109323;REVB=0.0641479;RO=483;SAF=89;SAR=104;SRF=239;SRR=244;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414581;STB=0.529069;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0264411;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:676:679:483:483:193:196:0.28866:104:89:239:244:107:89:239:244 chr1 17023143 . C T 1176.41 PASS AF=0.28877;AO=162;DP=564;FAO=162;FDP=561;FR=.;FRO=399;FSAF=67;FSAR=95;FSRF=184;FSRR=215;FWDB=0.00175642;FXX=0.00531905;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.292;QD=8.38798;RBI=0.00915732;REFB=-0.00894987;REVB=-0.0089873;RO=393;SAF=67;SAR=95;SRF=181;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583309;STB=0.534457;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0214279;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:561:393:399:162:162:0.28877:95:67:181:212:95:67:184:215 chr1 17023182 . C G 1019.13 PASS AF=0.312207;AO=133;DP=426;FAO=133;FDP=426;FR=.;FRO=293;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=137;FSRR=156;FWDB=-0.0118479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1883;QD=9.56934;RBI=0.0472783;REFB=-0.00457293;REVB=-0.0457696;RO=289;SAF=62;SAR=71;SRF=136;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00528754;STB=0.500975;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00975628;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:426:289:293:133:133:0.312207:71:62:136:153:71:62:137:156 chr1 17023376 . C T 1144.14 PASS AF=0.296935;AO=155;DP=522;FAO=155;FDP=522;FR=.;FRO=367;FSAF=66;FSAR=89;FSRF=194;FSRR=173;FWDB=0.00240255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.219;QD=8.76732;RBI=0.0201237;REFB=-0.00875248;REVB=0.0199797;RO=365;SAF=66;SAR=89;SRF=194;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128162;STB=0.57231;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0201373;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:522:522:365:367:155:155:0.296935:89:66:194:171:89:66:194:173 chr1 17023403 . G A 829.04 PASS AF=0.295515;AO=110;DP=390;FAO=112;FDP=379;FR=.;FRO=267;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=132;FSRR=135;FWDB=-0.00773978;FXX=0.0331624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7552;QD=8.74973;RBI=0.0188294;REFB=-0.000520513;REVB=0.0171651;RO=258;SAF=50;SAR=60;SRF=128;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050415;STB=0.53392;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0034308;OID=.;OPOS=17023403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:379:258:267:110:112:0.295515:60:50:128:130:62:50:132:135 chr1 17026043 . G A 135.4 PASS AF=0.188976;AO=24;DP=125;FAO=24;FDP=127;FR=.;FRO=103;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=89;FSRR=14;FWDB=-0.029904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.978;QD=4.2647;RBI=0.0500986;REFB=-0.00742362;REVB=0.0401947;RO=89;SAF=19;SAR=5;SRF=75;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10696;STB=0.599263;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0447116;OID=.;OPOS=17026043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:89:103:24:24:0.188976:5:19:75:14:5:19:89:14 chr1 17026087 . G A 505.91 PASS AF=0.282869;AO=52;DP=252;FAO=71;FDP=251;FR=.,HEALED;FRO=180;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=123;FSRR=57;FWDB=0.0150089;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.451;QD=8.06224;RBI=0.0308911;REFB=-0.0110422;REVB=0.0269999;RO=148;SAF=32;SAR=20;SRF=122;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306051;STB=0.635993;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0302619;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:148:180:52:71:0.282869:20:32:122:26:36:35:123:57 chr1 17029342 . GC CG 30.59 PASS AF=0.25;AO=5;DP=20;FAO=5;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.0429852;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=50.4053;QD=6.11852;RBI=0.0429852;REFB=-0.0600382;REVB=0;RO=13;SAF=5;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.139901;OID=.;OPOS=17029342;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:13:15:5:5:0.25:0:5:13:0:0:5:15:0 chr1 17029462 . A G 646.87 PASS AF=0.267409;AO=94;DP=349;FAO=96;FDP=359;FR=.;FRO=263;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=144;FSRR=119;FWDB=-0.0527316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8624;QD=7.20748;RBI=0.0952108;REFB=-0.0177718;REVB=-0.0792747;RO=253;SAF=55;SAR=39;SRF=140;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401596;STB=0.518895;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0418587;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:359:253:263:94:96:0.267409:39:55:140:113:41:55:144:119 chr1 17030504 . T A 1500.55 PASS AF=0.222525;AO=244;DP=1102;FAO=245;FDP=1101;FR=.;FRO=856;FSAF=128;FSAR=117;FSRF=369;FSRR=487;FWDB=-0.00715819;FXX=0.00271737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5061;QD=5.45157;RBI=0.0109363;REFB=-0.0118749;REVB=0.00826823;RO=849;SAF=127;SAR=117;SRF=368;SRR=481;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111842;STB=0.570727;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0196616;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1102:1101:849:856:244:245:0.222525:117:127:368:481:117:128:369:487 chr1 17030515 . G A 1370.59 PASS AF=0.21223;AO=232;DP=1106;FAO=236;FDP=1112;FR=.;FRO=876;FSAF=122;FSAR=114;FSRF=371;FSRR=505;FWDB=0.032677;FXX=0.00179532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2323;QD=4.93016;RBI=0.0370643;REFB=-0.00387602;REVB=-0.0174922;RO=868;SAF=120;SAR=112;SRF=370;SRR=498;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117661;STB=0.573316;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0296862;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1106:1112:868:876:232:236:0.21223:112:120:370:498:114:122:371:505 chr1 17030518 . CT TG 1381.18 PASS AF=0.213039;AO=229;DP=1098;FAO=232;FDP=1089;FR=.;FRO=857;FSAF=116;FSAR=116;FSRF=362;FSRR=495;FWDB=-0.056564;FXX=0.0108991;HRUN=1;LEN=2;MLLD=96.7509;QD=5.07319;RBI=0.0741295;REFB=-0.00280323;REVB=-0.0479134;RO=844;SAF=115;SAR=114;SRF=353;SRR=491;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108804;STB=0.56106;STBP=0.03;TYPE=mnp;VARB=0.0112289;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1098:1089:844:857:229:232:0.213039:114:115:353:491:116:116:362:495 chr1 17030590 . G A 1234.6 PASS AF=0.254144;AO=183;DP=725;FAO=184;FDP=724;FR=.;FRO=540;FSAF=87;FSAR=97;FSRF=219;FSRR=321;FWDB=0.0122104;FXX=0.00137929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2689;QD=6.82097;RBI=0.0145;REFB=-0.00305193;REVB=0.00782024;RO=537;SAF=87;SAR=96;SRF=217;SRR=320;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908216;STB=0.550594;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00819473;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:725:724:537:540:183:184:0.254144:96:87:217:320:97:87:219:321 chr1 17033805 . C T 2375.71 PASS AF=0.351154;AO=289;DP=824;FAO=289;FDP=823;FR=.;FRO=534;FSAF=147;FSAR=142;FSRF=316;FSRR=218;FWDB=-0.00847859;FXX=0.00121358;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.456;QD=11.5466;RBI=0.0126926;REFB=-0.0103787;REVB=-0.00944538;RO=529;SAF=147;SAR=142;SRF=313;SRR=216;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952653;STB=0.554039;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0239007;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:824:823:529:534:289:289:0.351154:142:147:313:216:142:147:316:218 chr1 17033854 . C T 5275.04 PASS AF=0.603604;AO=468;DP=779;FAO=469;FDP=777;FR=.;FRO=308;FSAF=289;FSAR=180;FSRF=147;FSRR=161;FWDB=0.0337975;FXX=0.00256736;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.563;QD=27.1559;RBI=0.0357706;REFB=-0.0316212;REVB=-0.0117161;RO=308;SAF=289;SAR=179;SRF=147;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106347;STB=0.55668;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0134854;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:779:777:308:308:468:469:0.603604:179:289:147:161:180:289:147:161 chr1 17034041 . T C 426.37 PASS AF=0.569444;AO=39;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00484856;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.616;QD=23.687;RBI=0.0169324;REFB=-0.0197637;REVB=-0.0162234;RO=32;SAF=19;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150729;STB=0.501694;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0159342;OID=.;OPOS=17034041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:31:39:41:0.569444:20:19:15:17:21:20:15:16 chr1 17034125 . C CAGCT 594.14 PASS AF=0.363636;AO=71;DP=206;FAO=72;FDP=198;FR=.;FRO=126;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=70;FSRR=56;FWDB=-0.0264154;FXX=0.0246293;HRUN=1;LEN=4;MLLD=232.972;QD=12.0027;RBI=0.0276798;REFB=-0.0286421;REVB=-0.00827019;RO=128;SAF=39;SAR=32;SRF=73;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240463;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0473999;OID=.;OPOS=17034126;OREF=-;OALT=AGCT;OMAPALT=CAGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:71:206:72:198:126:40:32:70:56:99:128:39:32:73:55 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 1363.88 PASS AF=0.28036;AO=185;DP=683;FAO=187;FDP=667;FR=.;FRO=480;FSAF=105;FSAR=82;FSRF=219;FSRR=261;FWDB=-0.00728469;FXX=0.044412;HRUN=1;LEN=8;MLLD=267.648;QD=8.17919;RBI=0.0171258;REFB=-0.00934419;REVB=0.0154993;RO=460;SAF=105;SAR=80;SRF=207;SRR=253;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143677;STB=0.575468;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.021622;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28036:185:683:187:667:480:105:82:219:261:99:460:105:80:207:253 chr1 17046456 . T C 866.21 PASS AF=0.2625;AO=125;DP=477;FAO=126;FDP=480;FR=.;FRO=354;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=185;FSRR=169;FWDB=-0.000520693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.613;QD=7.21841;RBI=0.032658;REFB=-0.00453164;REVB=-0.0326539;RO=350;SAF=54;SAR=71;SRF=183;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113564;STB=0.563482;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0150599;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:477:480:350:354:125:126:0.2625:71:54:183:167:71:55:185:169 chr1 17052116 . CG GC 708.55 PASS AF=0.149712;AO=156;DP=1045;FAO=156;FDP=1042;FR=.;FRO=886;FSAF=96;FSAR=60;FSRF=544;FSRR=342;FWDB=0.0143105;FXX=0.00382406;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.426;QD=2.71997;RBI=0.0307153;REFB=-0.00228788;REVB=-0.0271779;RO=874;SAF=96;SAR=60;SRF=539;SRR=335;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00181408;STB=0.501247;STBP=0.979;TYPE=mnp;VARB=0.0133249;OID=.;OPOS=17052116;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1045:1042:874:886:156:156:0.149712:60:96:539:335:60:96:544:342 chr1 17053766 . G A 3653.88 PASS AF=0.648649;AO=310;DP=480;FAO=312;FDP=481;FR=.;FRO=169;FSAF=168;FSAR=144;FSRF=81;FSRR=88;FWDB=0.0100409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.196;QD=30.3857;RBI=0.010901;REFB=-0.0408761;REVB=0.00424418;RO=169;SAF=167;SAR=143;SRF=81;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391839;STB=0.520845;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0269873;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:480:481:169:169:310:312:0.648649:143:167:81:88:144:168:81:88 chr1 17053782 . C G 1716.47 PASS AF=0.490085;AO=171;DP=516;FAO=173;FDP=353;FR=.;FRO=180;FSAF=91;FSAR=82;FSRF=86;FSRR=94;FWDB=-0.0458465;FXX=0.317209;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0817;QD=19.4501;RBI=0.0769005;REFB=0.00113494;REVB=-0.0617397;RO=177;SAF=90;SAR=81;SRF=86;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375103;STB=0.524596;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00153241;OID=.;OPOS=17053782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:516:353:177:180:171:173:0.490085:81:90:86:91:82:91:86:94 chr1 17053809 . C T 1148.22 PASS AF=0.301961;AO=154;DP=509;FAO=154;FDP=510;FR=.;FRO=356;FSAF=68;FSAR=86;FSRF=170;FSRR=186;FWDB=-0.0320064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.362;QD=9.00562;RBI=0.0463986;REFB=-0.016897;REVB=-0.033592;RO=355;SAF=68;SAR=86;SRF=170;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453654;STB=0.525302;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0439862;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:509:510:355:356:154:154:0.301961:86:68:170:185:86:68:170:186 chr1 17053826 . C T 1357.67 PASS AF=0.356371;AO=164;DP=463;FAO=165;FDP=463;FR=.;FRO=298;FSAF=61;FSAR=104;FSRF=119;FSRR=179;FWDB=-0.00539117;FXX=0.00215513;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.13;QD=11.7293;RBI=0.0392992;REFB=-0.0185523;REVB=-0.0389276;RO=295;SAF=60;SAR=104;SRF=116;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331078;STB=0.520243;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0301334;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:463:295:298:164:165:0.356371:104:60:116:179:104:61:119:179 chr1 17053834 . A AC 514.54 PASS AF=0.278652;AO=122;DP=449;FAO=124;FDP=445;FR=.;FRO=321;FSAF=43;FSAR=81;FSRF=120;FSRR=201;FWDB=0.00109831;FXX=0.0154864;HRUN=0;LEN=1;MLLD=261.271;QD=4.62505;RBI=0.0130286;REFB=-0.00137999;REVB=-0.0129822;RO=322;SAF=41;SAR=81;SRF=123;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619744;STB=0.521257;STBP=0.591;TYPE=ins;VARB=0.00246744;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.278652:122:449:124:445:321:43:81:120:201:99:322:41:81:123:199 chr1 17053861 . C T 928.9 PASS AF=0.331492;AO=100;DP=343;FAO=120;FDP=362;FR=.;FRO=242;FSAF=47;FSAR=73;FSRF=87;FSRR=155;FWDB=0.0139212;FXX=0.00275475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.716;QD=10.2641;RBI=0.0288745;REFB=-0.00611202;REVB=0.025297;RO=241;SAF=38;SAR=62;SRF=88;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192729;STB=0.522779;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.013554;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:362:241:242:100:120:0.331492:62:38:88:153:73:47:87:155 chr1 17083776 . C A 50.82 PASS AF=0.104;AO=13;DP=127;FAO=13;FDP=125;FR=.;FRO=112;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.0116683;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.987;QD=1.62637;RBI=0.0135877;REFB=-0.000363535;REVB=0.00696253;RO=111;SAF=6;SAR=7;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115874;STB=0.589608;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00230707;OID=.;OPOS=17083776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:127:125:111:112:13:13:0.104:7:6:62:49:7:6:63:49 chr1 17084510 . G A 1787.91 PASS AF=0.487871;AO=179;DP=371;FAO=181;FDP=371;FR=.;FRO=190;FSAF=79;FSAR=102;FSRF=97;FSRR=93;FWDB=0.0346965;FXX=0.00802118;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9322;QD=19.2766;RBI=0.0588674;REFB=0.00630676;REVB=0.0475555;RO=191;SAF=78;SAR=101;SRF=99;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780084;STB=0.538174;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00677877;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:371:191:190:179:181:0.487871:101:78:99:92:102:79:97:93 chr1 17084536 . TGGAACA T 565.57 PASS AF=0.460317;AO=85;DP=204;FAO=87;FDP=189;FR=.;FRO=102;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.000403192;FXX=0.0549973;HRUN=2;LEN=6;MLLD=309.634;QD=11.9697;RBI=0.00397906;REFB=-0.0104828;REVB=0.00395858;RO=109;SAF=38;SAR=47;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0.20438;SSSB=-0.0583011;STB=0.512138;STBP=0.752;TYPE=del;VARB=0.0126167;OID=.;OPOS=17084537;OREF=GGAACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460317:85:204:87:189:102:39:48:48:54:99:109:38:47:55:54 chr1 17084755 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.003;QD=37.4885;RBI=0.0524538;REFB=0;REVB=0.0358894;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137987;OID=.;OPOS=17084755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr1 17084968 . G C 181.26 PASS AF=0.17;AO=33;DP=201;FAO=34;FDP=200;FR=.;FRO=166;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=77;FSRR=89;FWDB=-0.0204147;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.316;QD=3.62511;RBI=0.0218924;REFB=-0.00502739;REVB=-0.0079068;RO=166;SAF=12;SAR=21;SRF=75;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116751;STB=0.59508;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0253859;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:166:166:33:34:0.17:21:12:75:91:22:12:77:89 chr1 17085006 . C T 419.42 PASS AF=0.227586;AO=66;DP=290;FAO=66;FDP=290;FR=.;FRO=224;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=109;FSRR=115;FWDB=-0.0127106;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.881;QD=5.78512;RBI=0.0127113;REFB=-0.0067271;REVB=-0.000134918;RO=224;SAF=31;SAR=35;SRF=109;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215926;STB=0.513085;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0224808;OID=.;OPOS=17085006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:224:224:66:66:0.227586:35:31:109:115:35:31:109:115 chr1 17085412 . C T 102.08 PASS AF=0.0913978;AO=34;DP=373;FAO=34;FDP=372;FR=.;FRO=338;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=152;FSRR=186;FWDB=-0.0170291;FXX=0.00268089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.088;QD=1.09763;RBI=0.0297957;REFB=-0.000947725;REVB=-0.0244498;RO=336;SAF=16;SAR=18;SRF=150;SRR=186;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291106;STB=0.519073;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00921317;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:372:336:338:34:34:0.0913978:18:16:150:186:18:16:152:186 chr1 17085427 . T C 133.97 PASS AF=0.102564;AO=40;DP=390;FAO=40;FDP=390;FR=.;FRO=350;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=156;FSRR=194;FWDB=0.00949468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.882;QD=1.37403;RBI=0.0164842;REFB=0.000765197;REVB=0.0134752;RO=348;SAF=18;SAR=22;SRF=155;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570655;STB=0.503886;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00660133;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:390:348:350:40:40:0.102564:22:18:155:193:22:18:156:194 chr1 17085502 . T C 2201.74 PASS AF=0.860963;AO=156;DP=182;FAO=161;FDP=187;FR=.;FRO=26;FSAF=76;FSAR=85;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0182706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.635;QD=47.096;RBI=0.0197468;REFB=-0.00296255;REVB=0.00749137;RO=26;SAF=74;SAR=82;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277206;STB=0.514601;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00151417;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:187:26:26:156:161:0.860963:82:74:15:11:85:76:15:11 chr1 17085564 . A G 60.71 PASS AF=0.125;AO=13;DP=104;FAO=13;FDP=104;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=36;FWDB=-0.0208707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1836;QD=2.33511;RBI=0.0263733;REFB=-0.0137036;REVB=-0.0161234;RO=89;SAF=7;SAR=6;SRF=55;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100334;STB=0.558471;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0783207;OID=.;OPOS=17085564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:104:104:89:91:13:13:0.125:6:7:55:34:6:7:55:36 chr1 17085833 . G GT 1047.28 PASS AF=1;AO=14;DP=99;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.008;QD=43.6368;RBI=0.0989839;REFB=0;REVB=-0.0572533;RO=84;SAF=10;SAR=4;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218563;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00122063;OID=.;OPOS=17085834;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:99:96:96:0:54:42:0:0:20:84:10:4:46:38 chr1 17085834 . G T 1134.28 PASS AF=0.861702;AO=81;DP=96;FAO=81;FDP=94;FR=.;FRO=13;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0136192;FXX=0.0208312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.926;QD=48.2671;RBI=0.0320473;REFB=-0.0744909;REVB=0.0290094;RO=12;SAF=43;SAR=38;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536526;STB=0.533219;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00256588;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:96:94:12:13:81:81:0.861702:38:43:9:3:38:43:10:3 chr1 17086052 . T C 252.12 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.3891;QD=50.423;RBI=0.23275;REFB=0;REVB=0.23275;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00651563;OID=.;OPOS=17086052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:19:0:0:0:20:0:0:0 chr1 17087244 . AC A 637.18 PASS AF=0.649682;AO=88;DP=158;FAO=102;FDP=157;FR=.;FRO=55;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=0.0463139;FXX=0.00632871;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.9197;QD=16.234;RBI=0.0837677;REFB=-0.0693526;REVB=0.0698001;RO=56;SAF=33;SAR=55;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0.366667;SSSB=0.0697754;STB=0.564237;STBP=0.041;TYPE=del;VARB=0.0416988;OID=.;OPOS=17087245;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.649682:88:158:102:157:55:44:58:14:41:99:56:33:55:16:40 chr1 17087365 . C G 514.15 PASS AF=0.420382;AO=56;DP=148;FAO=66;FDP=157;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.0187586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.274;QD=13.0993;RBI=0.0188211;REFB=-0.0170692;REVB=0.00153252;RO=91;SAF=26;SAR=30;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808922;STB=0.584542;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.024601;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:157:91:91:56:66:0.420382:30:26:49:42:40:26:49:42 chr1 17087465 . G A 510.97 PASS AF=0.262411;AO=74;DP=282;FAO=74;FDP=282;FR=.;FRO=208;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=108;FSRR=100;FWDB=-0.0030194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.281;QD=7.24778;RBI=0.0101308;REFB=-0.0137743;REVB=-0.00967039;RO=208;SAF=39;SAR=35;SRF=108;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973259;STB=0.505762;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0357328;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:208:208:74:74:0.262411:35:39:108:100:35:39:108:100 chr1 17087541 . GGTGCT G 153.03 PASS AF=0.198473;AO=49;DP=274;FAO=52;FDP=262;FR=.;FRO=210;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=79;FSRR=131;FWDB=0.00745451;FXX=0.0260213;HRUN=2;LEN=5;MLLD=260.894;QD=2.33636;RBI=0.0173774;REFB=-0.00171211;REVB=-0.0156973;RO=212;SAF=20;SAR=29;SRF=78;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546073;STB=0.523215;STBP=0.714;TYPE=del;VARB=0.00744211;OID=.;OPOS=17087542;OREF=GTGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.198473:49:274:52:262:210:21:31:79:131:99:212:20:29:78:134 chr1 17087582 . G A 309.95 PASS AF=0.224215;AO=49;DP=222;FAO=50;FDP=223;FR=.;FRO=173;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=68;FSRR=105;FWDB=0.0125233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.549;QD=5.5597;RBI=0.0141475;REFB=-0.0046746;REVB=0.00658166;RO=171;SAF=19;SAR=30;SRF=68;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132268;STB=0.510694;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0157045;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:171:173:49:50:0.224215:30:19:68:103:31:19:68:105 chr1 17090902 . A AT 41.64 PASS AF=0.173077;AO=19;DP=103;FAO=18;FDP=104;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.0436885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.6397;QD=1.60162;RBI=0.0459694;REFB=-0.0118315;REVB=0.0143006;RO=84;SAF=9;SAR=10;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.003179;STB=0.528814;STBP=0.805;TYPE=ins;VARB=0.00465944;OID=.;OPOS=17090903;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173077:19:103:18:104:86:9:9:40:46:41:84:9:10:40:44 chr1 17185437 . C T 42.95 PASS AF=0.0714286;AO=17;DP=238;FAO=17;FDP=238;FR=.;FRO=221;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=98;FSRR=123;FWDB=-0.0239761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.956;QD=0.721879;RBI=0.0602101;REFB=-0.00130801;REVB=-0.0552305;RO=221;SAF=5;SAR=12;SRF=98;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171511;STB=0.646603;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0144504;OID=.;OPOS=17185437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:238:238:221:221:17:17:0.0714286:12:5:98:123:12:5:98:123 chr1 17185500 . C T 214.44 PASS AF=0.141176;AO=48;DP=340;FAO=48;FDP=340;FR=.;FRO=292;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=128;FSRR=164;FWDB=-0.0109363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.956;QD=2.52285;RBI=0.0109384;REFB=-0.00255428;REVB=0.000215283;RO=292;SAF=16;SAR=32;SRF=128;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140911;STB=0.595001;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0157793;OID=.;OPOS=17185500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:340:292:292:48:48:0.141176:32:16:128:164:32:16:128:164 chr1 17186685 . T C 441.52 PASS AF=0.236111;AO=67;DP=287;FAO=68;FDP=288;FR=.;FRO=220;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=130;FSRR=90;FWDB=0.0189296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7632;QD=6.13225;RBI=0.0461755;REFB=0.00226934;REVB=0.0421171;RO=220;SAF=45;SAR=22;SRF=130;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110349;STB=0.5709;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00622168;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:288:220:220:67:68:0.236111:22:45:130:90:22:46:130:90 chr1 17186719 . T G 673.5 PASS AF=0.274854;AO=94;DP=341;FAO=94;FDP=342;FR=.;FRO=248;FSAF=61;FSAR=33;FSRF=147;FSRR=101;FWDB=-0.0131401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3152;QD=7.87716;RBI=0.0498242;REFB=0.00295972;REVB=0.0480602;RO=246;SAF=61;SAR=33;SRF=145;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781155;STB=0.543547;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00837506;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:342:246:248:94:94:0.274854:33:61:145:101:33:61:147:101 chr1 17197563 . G T 475.02 PASS AF=0.23871;AO=74;DP=310;FAO=74;FDP=310;FR=.;FRO=236;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=128;FSRR=108;FWDB=-0.0544408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1744;QD=6.12925;RBI=0.0975088;REFB=-0.00778799;REVB=-0.080896;RO=232;SAF=44;SAR=30;SRF=128;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554423;STB=0.540587;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0226343;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:232:236:74:74:0.23871:30:44:128:104:30:44:128:108 chr1 17197571 . G A 37.92 PASS AF=0.0595238;AO=20;DP=337;FAO=20;FDP=336;FR=.;FRO=316;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=175;FSRR=141;FWDB=-0.0126119;FXX=0.00296727;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.521;QD=0.451415;RBI=0.0466634;REFB=-0.000175185;REVB=0.0449268;RO=313;SAF=10;SAR=10;SRF=173;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553601;STB=0.550545;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0182711;OID=.;OPOS=17197571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:337:336:313:316:20:20:0.0595238:10:10:173:140:10:10:175:141 chr1 17197595 . A C 81.99 PASS AF=0.0776471;AO=33;DP=425;FAO=33;FDP=425;FR=.;FRO=392;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=200;FSRR=192;FWDB=0.00588659;FXX=0.00234736;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.805;QD=0.771706;RBI=0.052235;REFB=0.00136115;REVB=-0.0519022;RO=390;SAF=15;SAR=18;SRF=200;SRR=190;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667887;STB=0.551251;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0204076;OID=.;OPOS=17197595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:425:425:390:392:33:33:0.0776471:18:15:200:190:18:15:200:192 chr1 17197609 . T C 105.57 PASS AF=0.0844156;AO=39;DP=463;FAO=39;FDP=462;FR=.;FRO=423;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=204;FSRR=219;FWDB=0.0108238;FXX=0.00215978;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.029;QD=0.914015;RBI=0.0208802;REFB=-0.000210463;REVB=0.0178558;RO=419;SAF=18;SAR=21;SRF=201;SRR=218;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021448;STB=0.519028;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00362778;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:462:419:423:39:39:0.0844156:21:18:201:218:21:18:204:219 chr1 17197615 . C A 98.19 PASS AF=0.0811966;AO=38;DP=471;FAO=38;FDP=468;FR=.;FRO=430;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=208;FSRR=222;FWDB=0.0116556;FXX=0.00636929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.18;QD=0.839196;RBI=0.0116567;REFB=-0.00450913;REVB=-0.000155915;RO=426;SAF=17;SAR=21;SRF=207;SRR=219;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045015;STB=0.533519;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0193886;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:471:468:426:430:38:38:0.0811966:21:17:207:219:21:17:208:222 chr1 17197619 . A G 99.13 PASS AF=0.0817204;AO=38;DP=466;FAO=38;FDP=465;FR=.;FRO=427;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=208;FSRR=219;FWDB=0.00506893;FXX=0.00214588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.016;QD=0.852764;RBI=0.00933483;REFB=-0.00190663;REVB=0.00783869;RO=421;SAF=17;SAR=21;SRF=205;SRR=216;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463301;STB=0.536608;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0135885;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:466:465:421:427:38:38:0.0817204:21:17:205:216:21:17:208:219 chr1 17199074 . T C 240.34 PASS AF=0.278689;AO=34;DP=122;FAO=34;FDP=122;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=27;FWDB=-0.0292956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.46;QD=7.8801;RBI=0.0294609;REFB=-0.00330548;REVB=0.00311613;RO=87;SAF=17;SAR=17;SRF=60;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232722;STB=0.639269;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0297696;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:87:88:34:34:0.278689:17:17:60:27:17:17:61:27 chr1 17199076 . T A 230.19 PASS AF=0.272727;AO=33;DP=122;FAO=33;FDP=121;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=27;FWDB=-0.00800154;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.023;QD=7.60948;RBI=0.00889852;REFB=-0.00850835;REVB=0.00389345;RO=83;SAF=17;SAR=16;SRF=56;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196105;STB=0.630548;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0252903;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:83:88:33:33:0.272727:16:17:56:27:16:17:61:27 chr1 17200227 . C A 209.84 PASS AF=0.0904704;AO=75;DP=829;FAO=75;FDP=829;FR=.;FRO=754;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=400;FSRR=354;FWDB=-0.0429264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2523;QD=1.01251;RBI=0.0429543;REFB=-0.000281418;REVB=-0.00154848;RO=744;SAF=37;SAR=38;SRF=392;SRR=352;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404504;STB=0.533774;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00190409;OID=.;OPOS=17200227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:829:829:744:754:75:75:0.0904704:38:37:392:352:38:37:400:354 chr1 17200270 . T G 1394.77 PASS AF=0.222222;AO=228;DP=1026;FAO=228;FDP=1026;FR=.;FRO=798;FSAF=119;FSAR=109;FSRF=438;FSRR=360;FWDB=0.0239087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8767;QD=5.43771;RBI=0.0449976;REFB=-0.00693906;REVB=0.0381203;RO=795;SAF=119;SAR=109;SRF=437;SRR=358;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358843;STB=0.521032;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0239155;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1026:1026:795:798:228:228:0.222222:109:119:437:358:109:119:438:360 chr1 17200289 . C T 1568.05 PASS AF=0.236084;AO=243;DP=1025;FAO=246;FDP=1042;FR=.;FRO=796;FSAF=135;FSAR=111;FSRF=441;FSRR=355;FWDB=-0.0264333;FXX=0.00191569;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8975;QD=6.01937;RBI=0.0305471;REFB=-0.0205947;REVB=0.0153104;RO=782;SAF=135;SAR=108;SRF=427;SRR=355;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122832;STB=0.504044;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0677978;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1025:1042:782:796:243:246:0.236084:108:135:427:355:111:135:441:355 chr1 17216233 . C A 688.82 PASS AF=0.275281;AO=98;DP=356;FAO=98;FDP=356;FR=.;FRO=258;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=104;FSRR=154;FWDB=-0.0219021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.969;QD=7.73958;RBI=0.0219062;REFB=-0.00688743;REVB=-0.000428736;RO=256;SAF=51;SAR=47;SRF=104;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14052;STB=0.584552;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0160585;OID=.;OPOS=17216233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:356:256:258:98:98:0.275281:47:51:104:152:47:51:104:154 chr1 17248500 . A G 101.04 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00672032;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4039;QD=13.937;RBI=0.033802;REFB=-0.000839563;REVB=-0.0331272;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28299;STB=0.664545;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000596116;OID=.;OPOS=17248500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:12:5:7:5:12:5 chr1 17248511 . C A 63.07 PASS AF=0.275862;AO=7;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00224239;FXX=0.0333222;HRUN=7;LEN=1;MLLD=277.495;QD=8.69923;RBI=0.00518443;REFB=-0.00399608;REVB=-0.0046744;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383694;STB=0.53263;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00842208;OID=.;OPOS=17248511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:30:29:11:21:7:8:0.275862:3:4:10:1:3:5:14:7 chr1 17248532 . A G 409.56 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.619;QD=56.4908;RBI=0.0239909;REFB=0;REVB=0.0164672;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000784404;OID=.;OPOS=17248532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:9:17:0:0:9:20:0:0 chr1 17250836 . A G 646.19 PASS AF=0.47482;AO=65;DP=138;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0198588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.039;QD=18.5954;RBI=0.0343341;REFB=-0.0261405;REVB=-0.0280082;RO=73;SAF=25;SAR=40;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263492;STB=0.51779;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0262622;OID=.;OPOS=17250836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:73:73:65:66:0.47482:40:25:30:43:41:25:30:43 chr1 17250856 . C T 269.75 PASS AF=0.25641;AO=40;DP=156;FAO=40;FDP=156;FR=.;FRO=116;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=74;FWDB=0.0720493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.777;QD=6.9166;RBI=0.0848832;REFB=-0.0102936;REVB=-0.0448781;RO=115;SAF=23;SAR=17;SRF=42;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256071;STB=0.654398;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0382476;OID=.;OPOS=17250856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:115:116:40:40:0.25641:17:23:42:73:17:23:42:74 chr1 17264920 . C T 1022.03 PASS AF=0.423221;AO=113;DP=267;FAO=113;FDP=267;FR=.;FRO=154;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=93;FSRR=61;FWDB=0.0724966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7535;QD=15.3114;RBI=0.0730801;REFB=0.0147175;REVB=-0.00921694;RO=152;SAF=69;SAR=44;SRF=91;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128798;STB=0.504069;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00654079;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:152:154:113:113:0.423221:44:69:91:61:44:69:93:61 chr1 17264939 . T C 997.95 PASS AF=0.418868;AO=111;DP=266;FAO=111;FDP=265;FR=.;FRO=154;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=93;FSRR=61;FWDB=-0.0071657;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.354;QD=15.0634;RBI=0.0236439;REFB=-0.0152807;REVB=-0.0225319;RO=152;SAF=66;SAR=45;SRF=93;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186235;STB=0.505617;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0213255;OID=.;OPOS=17264939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:152:154:111:111:0.418868:45:66:93:59:45:66:93:61 chr1 17265560 . C T 833.0 PASS AF=0.635593;AO=74;DP=118;FAO=75;FDP=118;FR=.;FRO=43;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0177525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.764;QD=28.2371;RBI=0.0178571;REFB=-0.0332822;REVB=-0.00192986;RO=41;SAF=36;SAR=38;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330196;STB=0.523599;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0193339;OID=.;OPOS=17265560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:41:43:74:75:0.635593:38:36:22:19:38:37:24:19 chr1 17266536 . G C 735.23 PASS AF=0.496552;AO=72;DP=145;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0429667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.545;QD=20.2821;RBI=0.0461603;REFB=-0.0125181;REVB=0.0168713;RO=73;SAF=33;SAR=39;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310601;STB=0.517117;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.014723;OID=.;OPOS=17266536;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:73:73:72:72:0.496552:39:33:31:42:39:33:31:42 chr1 17267302 . A G 279.17 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00571693;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.311;QD=15.9525;RBI=0.00802286;REFB=-0.00978479;REVB=0.00562876;RO=38;SAF=20;SAR=11;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423231;STB=0.513176;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0125819;OID=.;OPOS=17267302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:38:39:31:31:0.442857:11:20:26:12:11:20:26:13 chr1 17270751 . G A 921.93 PASS AF=0.467337;AO=93;DP=199;FAO=93;FDP=199;FR=.;FRO=106;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.0739115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5088;QD=18.5313;RBI=0.0943954;REFB=-0.0010307;REVB=0.0587161;RO=105;SAF=36;SAR=57;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508505;STB=0.531149;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00202459;OID=.;OPOS=17270751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:105:106:93:93:0.467337:57:36:46:59:57:36:47:59 chr1 17273396 . A G 962.24 PASS AF=0.513661;AO=94;DP=183;FAO=94;FDP=183;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=-0.00637991;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.25;QD=21.0325;RBI=0.00803596;REFB=-0.00228815;REVB=-0.00488604;RO=89;SAF=44;SAR=50;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077106;STB=0.542245;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00273072;OID=.;OPOS=17273396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:89:89:94:94:0.513661:50:44:34:55:50:44:34:55 chr1 17273444 . G A 745.71 PASS AF=0.517986;AO=72;DP=140;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0271245;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.992;QD=21.4594;RBI=0.0392718;REFB=-0.0358658;REVB=0.0283995;RO=67;SAF=33;SAR=39;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491392;STB=0.526979;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.041948;OID=.;OPOS=17273444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:67:67:72:72:0.517986:39:33:27:40:39:33:27:40 chr1 17292566 . A AG 75.21 PASS AF=0.163934;AO=40;DP=187;FAO=30;FDP=183;FR=.;FRO=153;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=114;FWDB=-0.0237725;FXX=0.0108102;HRUN=0;LEN=1;MLLD=51.7991;QD=1.64394;RBI=0.039947;REFB=-0.0108692;REVB=-0.0321034;RO=141;SAF=36;SAR=4;SRF=31;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.746969;STB=0.940797;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.118689;OID=.;OPOS=17292567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.163934:40:187:30:183:153:27:3:39:114:75:141:36:4:31:110 chr1 17295679 . T C 2249.27 PASS AF=1;AO=135;DP=139;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057496;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.003;QD=62.9168;RBI=0.0580592;REFB=0;REVB=0.0577738;RO=0;SAF=71;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.26516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27033e-05;OID=.;OPOS=17295679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:143:0:0:135:143:1:64:71:0:0:71:72:0:0 chr1 17301448 . C T 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.365;QD=54.4808;RBI=0.016396;REFB=0.0218822;REVB=0.0111778;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00143201;OID=.;OPOS=17301448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:14:17:0:0:14:17:1:0 chr1 17313454 . G A 791.33 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00227284;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.007;QD=53.6493;RBI=0.00573397;REFB=-0.0831688;REVB=0.00526428;RO=2;SAF=33;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00516834;STB=0.502741;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000229931;OID=.;OPOS=17313454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:24:33:1:1:24:33:1:1 chr1 17314702 . C T 2704.76 PASS AF=1;AO=174;DP=177;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000289637;FXX=0.0169482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.229;QD=62.1784;RBI=0.0190048;REFB=-0.077287;REVB=0.0190026;RO=0;SAF=79;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09553e-06;OID=.;OPOS=17314702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:174:0:0:174:174:1:95:79:0:0:95:79:0:0 chr1 17380497 . G T 9311.76 PASS AF=0.989916;AO=588;DP=596;FAO=589;FDP=595;FR=.;FRO=6;FSAF=278;FSAR=311;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0540001;FXX=0.00167782;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.808;QD=62.6001;RBI=0.0540086;REFB=-0.00529245;REVB=0.00095612;RO=5;SAF=278;SAR=310;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00763929;STB=0.504777;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=1.54714e-05;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:596:595:5:6:588:589:0.989916:310:278:0:5:311:278:0:6 chr1 17394613 . T C 2109.93 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411731;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.424;QD=62.983;RBI=0.0567264;REFB=0;REVB=0.0565768;RO=0;SAF=56;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12644e-05;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:78:56:0:0:78:56:0:0 chr1 17394623 . C T 2140.2 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.033;QD=62.0347;RBI=0.027289;REFB=-0.112338;REVB=-0.0199804;RO=0;SAF=55;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000254365;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:0:1:137:137:0.992754:82:55:0:0:82:55:1:0 chr1 17413121 . A C 2336.0 PASS AF=1;AO=128;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.325;QD=63.5647;RBI=0.0643906;REFB=0;REVB=0.0410927;RO=0;SAF=36;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17504e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339236;OID=.;OPOS=17413121;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:128:147:1:92:36:0:0:96:51:0:0 chr1 17419024 . G A 2197.36 PASS AF=0.992908;AO=137;DP=138;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0821083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4557;QD=62.3365;RBI=0.086157;REFB=-0.112562;REVB=0.0261009;RO=1;SAF=54;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872215;STB=0.504587;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00116141;OID=.;OPOS=17419024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:141:1:1:137:140:0.992908:83:54:1:0:86:54:1:0 chr1 17557133 . A C 1184.86 PASS AF=1;AO=66;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.102;QD=59.9931;RBI=0.0259466;REFB=0;REVB=0.0255488;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000944021;OID=.;OPOS=17557133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:66:79:1:30:36:0:0:41:38:0:0 chr1 17575645 . A C 632.83 PASS AF=0.422619;AO=71;DP=169;FAO=71;FDP=168;FR=.;FRO=97;FSAF=19;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=0.000192219;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7282;QD=15.0674;RBI=0.0793819;REFB=-0.0379116;REVB=0.0793816;RO=95;SAF=19;SAR=52;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255461;STB=0.639065;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0509639;OID=.;OPOS=17575645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:95:97:71:71:0.422619:52:19:47:48:52:19:47:50 chr1 17586134 . A G 1539.36 PASS AF=0.532374;AO=148;DP=278;FAO=148;FDP=278;FR=.;FRO=130;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=51;FSRR=79;FWDB=-0.0151187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.287;QD=22.1491;RBI=0.0159205;REFB=0.00018126;REVB=0.00498882;RO=130;SAF=71;SAR=77;SRF=51;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753834;STB=0.541079;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000169604;OID=.;OPOS=17586134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:130:130:148:148:0.532374:77:71:51:79:77:71:51:79 chr1 17593316 . G A 751.67 PASS AF=0.414634;AO=85;DP=205;FAO=85;FDP=205;FR=.;FRO=120;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=-0.0553694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.282;QD=14.6666;RBI=0.0604657;REFB=-0.0194923;REVB=0.0242965;RO=120;SAF=35;SAR=50;SRF=56;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585407;STB=0.532779;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0257485;OID=.;OPOS=17593316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:120:120:85:85:0.414634:50:35:56:64:50:35:56:64 chr1 17596797 . G A 1580.95 PASS AF=0.468571;AO=164;DP=351;FAO=164;FDP=350;FR=.;FRO=186;FSAF=72;FSAR=92;FSRF=79;FSRR=107;FWDB=0.014483;FXX=0.00284892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1712;QD=18.068;RBI=0.0381638;REFB=0.0109969;REVB=0.0353089;RO=183;SAF=72;SAR=92;SRF=77;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178004;STB=0.507724;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.0110703;OID=.;OPOS=17596797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:350:183:186:164:164:0.468571:92:72:77:106:92:72:79:107 chr1 17609448 . G T 712.28 PASS AF=0.460606;AO=76;DP=166;FAO=76;FDP=165;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.0138677;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0567;QD=17.2674;RBI=0.0178871;REFB=0.00087057;REVB=-0.0112976;RO=87;SAF=36;SAR=40;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119079;STB=0.57141;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0011954;OID=.;OPOS=17609448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:87:89:76:76:0.460606:40:36:52:35:40:36:54:35 chr1 17657534 . G A 827.33 PASS AF=0.527027;AO=78;DP=148;FAO=78;FDP=148;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=59;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.02762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.367;QD=22.3601;RBI=0.0337518;REFB=0.0152306;REVB=-0.019399;RO=70;SAF=19;SAR=59;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191777;STB=0.605797;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0150679;OID=.;OPOS=17657534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:70:70:78:78:0.527027:59:19:30:40:59:19:30:40 chr1 17657608 . G A 536.5 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0122864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.794;QD=18.9911;RBI=0.0150528;REFB=-0.0143429;REVB=-0.00869654;RO=57;SAF=26;SAR=30;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105033;STB=0.557955;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00636929;OID=.;OPOS=17657608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:30:26:20:37:30:26:20:37 chr1 17657616 . T C 504.61 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0247074;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.031;QD=18.864;RBI=0.0265219;REFB=0.000991932;REVB=0.0096413;RO=53;SAF=18;SAR=35;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126759;STB=0.566403;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.001188;OID=.;OPOS=17657616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:53:54:53:53:0.495327:35:18:25:28:35:18:25:29 chr1 17661128 . A C 228.58 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0172861;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2707;QD=20.318;RBI=0.0818456;REFB=-0.035975;REVB=0.0799993;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23356;STB=0.630091;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0370759;OID=.;OPOS=17661128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:4:19:13:9:4:19 chr1 17662639 . T C 360.2 PASS AF=0.363636;AO=44;DP=121;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=63;FWDB=-0.0191144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2681;QD=11.9075;RBI=0.0222115;REFB=-0.00246245;REVB=0.0113132;RO=77;SAF=7;SAR=37;SRF=14;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453963;STB=0.526054;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00639304;OID=.;OPOS=17662639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:77:77:44:44:0.363636:37:7:14:63:37:7:14:63 chr1 17662662 . T C 566.34 PASS AF=0.414966;AO=62;DP=147;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=48;FSRF=18;FSRR=68;FWDB=-0.0128663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2425;QD=15.4107;RBI=0.0317947;REFB=-0.0103416;REVB=-0.0290752;RO=84;SAF=14;SAR=48;SRF=16;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538125;STB=0.503337;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0172564;OID=.;OPOS=17662662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:84:86:62:61:0.414966:48:14:16:68:48:13:18:68 chr1 17674537 . C A 705.69 PASS AF=0.522727;AO=68;DP=131;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=54;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=11;FWDB=3.18423e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0726;QD=21.3844;RBI=0.00733607;REFB=0.0077682;REVB=-0.007336;RO=63;SAF=53;SAR=15;SRF=52;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608935;STB=0.531053;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00644873;OID=.;OPOS=17674537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:63:63:68:69:0.522727:15:53:52:11:15:54:52:11 chr1 17707601 . T C 991.89 PASS AF=0.548571;AO=93;DP=174;FAO=96;FDP=175;FR=.;FRO=79;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.00775254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.893;QD=22.6717;RBI=0.0382113;REFB=-0.0144398;REVB=0.0374166;RO=78;SAF=48;SAR=45;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401744;STB=0.517424;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0157987;OID=.;OPOS=17707601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:78:79:93:96:0.548571:45:48:44:34:45:51:45:34 chr1 17718671 . AG A 1547.47 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13843;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.2682;QD=48.3584;RBI=0.162381;REFB=0;REVB=0.0848804;RO=1;SAF=59;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=-0.00798528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00208709;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:125:127:128:128:0:61:67:0:0:28:1:59:66:1:0 chr1 17733267 . ATGT A 2267.36 PASS AF=1;AO=134;DP=162;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657133;FXX=0.0555521;HRUN=1;LEN=3;MLLD=159.405;QD=59.2775;RBI=0.0211255;REFB=0;REVB=0.0200775;RO=0;SAF=46;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.62666e-05;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:134:162:153:153:0:51:102:0:0:13:0:46:88:0:0 chr1 17733996 . G A 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.000413518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5301;QD=16.4205;RBI=0.05707;REFB=-0.00184423;REVB=0.0570685;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111628;STB=0.56287;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00265668;OID=.;OPOS=17733996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:12:17:16:18:12:17:16:18 chr1 17739586 . G A 876.12 PASS AF=0.475936;AO=89;DP=188;FAO=89;FDP=187;FR=.;FRO=98;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=0.0212553;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5833;QD=18.7406;RBI=0.0547411;REFB=0.0125523;REVB=0.0504461;RO=99;SAF=39;SAR=50;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157786;STB=0.511133;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.012361;OID=.;OPOS=17739586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:99:98:89:89:0.475936:50:39:45:54:50:39:45:53 chr1 17914122 . G A 1029.29 PASS AF=0.52381;AO=99;DP=189;FAO=99;FDP=189;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.0129934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3451;QD=21.7839;RBI=0.0179943;REFB=-0.012162;REVB=0.0124486;RO=90;SAF=43;SAR=56;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284804;STB=0.515595;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0110665;OID=.;OPOS=17914122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:90:90:99:99:0.52381:56:43:42:48:56:43:42:48 chr1 17991052 . T C,G 1625.15 PASS AF=0.963303,0.0366972;AO=104,4;DP=108;FAO=105,4;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=69,2;FSAR=36,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038367,-0.0016249;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.277,162.687;QD=59.6387;RBI=0.00584328,0.0234563;REFB=0,0;REVB=-0.00440723,0.0234;RO=0;SAF=67,4;SAR=37,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00018214,0.0145725;OID=.,.;OPOS=17991052,17991052;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:108:109:0:0:104,4:105,4:0.963303,0.0366972:37,0:67,4:0:0:36,2:69,2:0:0 chr1 18021406 . T C 255.77 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.289;QD=51.1547;RBI=0.0211191;REFB=0;REVB=0.0204276;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196536;OID=.;OPOS=18021406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr1 18023365 . C T 2092.08 PASS AF=1;AO=130;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156954;FXX=0.0357117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.359;QD=61.9874;RBI=0.0547268;REFB=0;REVB=0.0524278;RO=0;SAF=84;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079382;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:130:135:1:46:84:0:0:51:84:0:0 chr1 18023509 . T C 3629.36 PASS AF=1;AO=230;DP=230;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.358;QD=63.1194;RBI=0.00752713;REFB=0;REVB=0.00524884;RO=0;SAF=117;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05306e-05;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:230:230:0:0:230:230:1:113:117:0:0:113:117:0:0 chr1 18023690 . A G 3761.49 PASS AF=1;AO=212;DP=239;FAO=238;FDP=238;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=96;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236496;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.399;QD=63.2183;RBI=0.0237756;REFB=0;REVB=0.00244446;RO=0;SAF=70;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28784e-05;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:238:0:0:212:238:1:142:70:0:0:142:96:0:0 chr1 18149510 . G T 1323.23 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123191;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.639;QD=62.2697;RBI=0.0209259;REFB=0;REVB=-0.0169154;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1141e-05;OID=.;OPOS=18149510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:82:85:1:40:42:0:0:40:45:0:0 chr1 18149566 . C A 1736.08 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152347;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.19;QD=59.8647;RBI=0.0188567;REFB=-0.00861064;REVB=0.0111122;RO=1;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035821;OID=.;OPOS=18149566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:115:116:1:0:113:116:1:60:53:0:1:61:55:0:0 chr1 18149645 . C T 1563.05 PASS AF=0.582645;AO=141;DP=242;FAO=141;FDP=242;FR=.;FRO=101;FSAF=64;FSAR=77;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.0235094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.971;QD=25.8355;RBI=0.023513;REFB=0.00619785;REVB=0.00040845;RO=98;SAF=64;SAR=77;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376032;STB=0.507695;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00464082;OID=.;OPOS=18149645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:98:101:141:141:0.582645:77:64:44:54:77:64:44:57 chr1 18807897 . C G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0134478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.23;QD=15.1663;RBI=0.0184094;REFB=-0.0152797;REVB=0.0125723;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17989;STB=0.603639;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0254836;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:13:7:8:7:13:7 chr1 18807938 . C A 189.09 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00975075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.007;QD=21.0102;RBI=0.0111736;REFB=-0.0115779;REVB=0.00545644;RO=17;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892727;STB=0.550434;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00667136;OID=.;OPOS=18807938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:6:13:10:7:6:13:10:7 chr1 18808292 . C A 345.93 PASS AF=0.5;AO=34;DP=71;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.040853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.278;QD=18.6988;RBI=0.0454921;REFB=-0.0281443;REVB=0.0200143;RO=36;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756187;STB=0.514082;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0256469;OID=.;OPOS=18808292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:36:37:34:37:0.5:15:19:23:13:15:22:23:14 chr1 18808465 . T A 906.13 PASS AF=0.386029;AO=105;DP=271;FAO=105;FDP=272;FR=.;FRO=167;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=85;FSRR=82;FWDB=-0.0591264;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.203;QD=13.3255;RBI=0.0600762;REFB=-0.00289249;REVB=0.0106401;RO=164;SAF=49;SAR=56;SRF=82;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362104;STB=0.526001;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00303269;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:272:164:167:105:105:0.386029:56:49:82:82:56:49:85:82 chr1 18808526 . A C 1013.83 PASS AF=0.388704;AO=116;DP=300;FAO=117;FDP=301;FR=.;FRO=184;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=85;FSRR=99;FWDB=-0.0148279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.224;QD=13.4728;RBI=0.038917;REFB=-0.0136788;REVB=-0.0359815;RO=182;SAF=58;SAR=58;SRF=85;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358372;STB=0.520649;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0219262;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:301:182:184:116:117:0.388704:58:58:85:97:59:58:85:99 chr1 18808711 . G C 327.74 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.000315874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.856;QD=15.2436;RBI=0.0409998;REFB=0.000898241;REVB=-0.0409986;RO=50;SAF=23;SAR=13;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126857;STB=0.571868;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00198547;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:13:23:26:24:13:23:26:24 chr1 18809653 . C T 1965.01 PASS AF=0.526171;AO=189;DP=364;FAO=191;FDP=363;FR=.;FRO=172;FSAF=92;FSAR=99;FSRF=91;FSRR=81;FWDB=-0.00829796;FXX=0.0108989;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.047;QD=21.653;RBI=0.0378887;REFB=-0.0111017;REVB=0.0369688;RO=175;SAF=92;SAR=97;SRF=91;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292569;STB=0.522448;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0099407;OID=.;OPOS=18809653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:363:175:172:189:191:0.526171:97:92:91:84:99:92:91:81 chr1 18809896 . A T 311.93 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00825945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.068;QD=14.1787;RBI=0.0125599;REFB=-0.00321134;REVB=0.00946218;RO=53;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077601;STB=0.544161;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00421621;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:21:14:25:28:21:14:25:28 chr1 18810344 . G T 282.24 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0119838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.626;QD=12.5439;RBI=0.0165227;REFB=-0.0103825;REVB=0.0113748;RO=57;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842816;STB=0.548223;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0483082;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:19:14:20:37:19:14:20:37 chr1 18810484 . G A 337.96 PASS AF=0.423077;AO=38;DP=100;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0659802;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.004;QD=12.9983;RBI=0.0778489;REFB=-0.0446013;REVB=0.0413166;RO=59;SAF=11;SAR=27;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196731;STB=0.562015;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0616976;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:59:60:38:44:0.423077:27:11:27:32:28:16:28:32 chr1 18810486 . A C 340.85 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0167565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.97;QD=12.7421;RBI=0.0169627;REFB=0.00230897;REVB=-0.00263662;RO=65;SAF=14;SAR=27;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119701;STB=0.573876;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00180801;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:65:66:41:41:0.383178:27:14:29:36:27:14:30:36 chr1 18811668 . T C 57.21 PASS AF=0.421053;AO=6;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0042089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.85;QD=12.0437;RBI=0.0169188;REFB=-0.0121967;REVB=0.0163869;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264239;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0136411;OID=.;OPOS=18811668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:19:12:11:6:8:0.421053:2:4:5:7:4:4:5:6 chr1 19027239 . A G 2447.29 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117508;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7417;QD=61.5671;RBI=0.117529;REFB=0;REVB=-0.00223078;RO=0;SAF=11;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110026;OID=.;OPOS=19027239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:159:0:0:159:159:1:148:11:0:0:148:11:0:0 chr1 19166294 . G A 212.01 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=-0.00576576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.486;QD=19.722;RBI=0.00640393;REFB=-0.00322297;REVB=0.00278683;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355965;STB=0.685569;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00309184;OID=.;OPOS=19166294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:11:9:2:20:12:9:2:20 chr1 19186129 . G C 857.71 PASS AF=0.414847;AO=95;DP=229;FAO=95;FDP=229;FR=.;FRO=134;FSAF=28;FSAR=67;FSRF=42;FSRR=92;FWDB=-0.00550702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.072;QD=14.9819;RBI=0.0219332;REFB=0.00451548;REVB=-0.0212306;RO=130;SAF=28;SAR=67;SRF=38;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00302893;STB=0.513014;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00854666;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:130:134:95:95:0.414847:67:28:38:92:67:28:42:92 chr1 19201956 . A G 1767.39 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3507;QD=59.9115;RBI=0.0379106;REFB=0.145225;REVB=-0.028088;RO=1;SAF=43;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109162;STB=0.505746;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000913953;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:74:43:1:0:74:43:1:0 chr1 19202896 . G A 2208.36 PASS AF=0.967742;AO=150;DP=155;FAO=150;FDP=155;FR=.;FRO=5;FSAF=92;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0238174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.259;QD=56.99;RBI=0.0243096;REFB=-0.14382;REVB=0.00486688;RO=4;SAF=92;SAR=58;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00712612;STB=0.500453;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.000332998;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:155:155:4:5:150:150:0.967742:58:92:3:1:58:92:3:2 chr1 19202917 . T C 2045.76 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.897;QD=62.466;RBI=0.0291863;REFB=0;REVB=0.0042711;RO=0;SAF=86;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37729e-05;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:45:86:0:0:45:86:0:0 chr1 19202926 . T C 1649.33 PASS AF=1;AO=109;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.913;QD=58.9048;RBI=0.00223154;REFB=-0.0494598;REVB=-0.00144351;RO=0;SAF=77;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517893;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:112:112:0:0:109:112:1:32:77:0:0:34:78:0:0 chr1 19401405 . G A 470.8 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.022371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.651;QD=15.8252;RBI=0.027087;REFB=-0.0283221;REVB=-0.0152723;RO=66;SAF=23;SAR=29;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428555;STB=0.528463;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0363749;OID=.;OPOS=19401405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:67:52:52:0.436975:29:23:32:34:29:23:33:34 chr1 19411129 . A G 758.19 PASS AF=0.418719;AO=83;DP=202;FAO=85;FDP=203;FR=.;FRO=118;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=0.00690451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2887;QD=14.9397;RBI=0.00878605;REFB=-0.00206016;REVB=0.00543345;RO=118;SAF=39;SAR=44;SRF=60;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404958;STB=0.522037;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00243921;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:118:118:83:85:0.418719:44:39:60:58:45:40:60:58 chr1 19413261 . T A 1100.42 PASS AF=0.455645;AO=113;DP=248;FAO=113;FDP=248;FR=.;FRO=135;FSAF=40;FSAR=73;FSRF=66;FSRR=69;FWDB=-0.00328517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.122;QD=17.7488;RBI=0.0372257;REFB=-0.00503922;REVB=0.0370805;RO=135;SAF=40;SAR=73;SRF=66;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138251;STB=0.576674;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00653038;OID=.;OPOS=19413261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:135:135:113:113:0.455645:73:40:66:69:73:40:66:69 chr1 19415304 . C T 793.64 PASS AF=0.461111;AO=82;DP=179;FAO=83;FDP=180;FR=.;FRO=97;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.0157311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1923;QD=17.6365;RBI=0.0354943;REFB=-0.00440712;REVB=0.0318179;RO=97;SAF=39;SAR=43;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288903;STB=0.512519;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00452134;OID=.;OPOS=19415304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:97:97:82:83:0.461111:43:39:49:48:43:40:49:48 chr1 19433449 . A G 780.68 PASS AF=0.455556;AO=82;DP=180;FAO=82;FDP=180;FR=.;FRO=98;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=70;FWDB=0.000611333;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.97;QD=17.3484;RBI=0.00447114;REFB=0.00375763;REVB=0.00442915;RO=98;SAF=33;SAR=49;SRF=28;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122744;STB=0.567798;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00356094;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:98:98:82:82:0.455556:49:33:28:70:49:33:28:70 chr1 19447843 . C G 574.73 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0743962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1833;QD=23.7001;RBI=0.0787011;REFB=0.00951657;REVB=-0.0256723;RO=44;SAF=22;SAR=31;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711972;STB=0.539116;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00879674;OID=.;OPOS=19447843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:31:22:22:22:31:22:22:22 chr1 19510394 . A G 277.01 PASS AF=0.4;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00249996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.991;QD=13.8503;RBI=0.00679214;REFB=-0.00154177;REVB=-0.00631533;RO=48;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116795;STB=0.556837;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00218122;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:48:48:31:32:0.4:16:15:18:30:17:15:18:30 chr1 19565344 . C G 431.6 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.00874788;FXX=0.0434745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9762;QD=15.6945;RBI=0.00953578;REFB=-0.0107754;REVB=0.00379547;RO=57;SAF=18;SAR=30;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199644;STB=0.61639;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0131739;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:62:48:48:0.436364:30:18:33:24:30:18:36:26 chr1 19595137 . C T 3007.16 PASS AF=0.984694;AO=192;DP=197;FAO=193;FDP=196;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0409608;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.675;QD=61.3706;RBI=0.0445123;REFB=-0.0113171;REVB=0.017423;RO=0;SAF=79;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506666;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00169102;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:197:196:0:3:192:193:0.984694:113:79:0:0:111:82:0:3 chr1 19596124 . C T 4171.57 PASS AF=1;AO=267;DP=270;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510299;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0183;QD=62.0308;RBI=0.00547366;REFB=-0.0585391;REVB=-0.00198002;RO=1;SAF=131;SAR=136;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362571;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239902;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:270:269:1:0:267:269:1:136:131:1:0:137:132:0:0 chr1 19596156 . G T 3799.85 PASS AF=0.991803;AO=239;DP=242;FAO=242;FDP=244;FR=.;FRO=2;FSAF=106;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0434939;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.156;QD=62.2926;RBI=0.0890129;REFB=-0.142682;REVB=0.0776632;RO=3;SAF=105;SAR=134;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105492;STB=0.503649;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00173453;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:242:244:3:2:239:242:0.991803:134:105:0:3:136:106:0:2 chr1 19609254 . T C 3317.76 PASS AF=1;AO=214;DP=217;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211522;FXX=0.0138242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.963;QD=62.0142;RBI=0.0409826;REFB=-0.0450385;REVB=0.0351022;RO=0;SAF=101;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5371e-05;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:217:214:0:0:214:214:1:113:101:0:0:113:101:0:0 chr1 19611241 . T C 1934.9 PASS AF=0.992126;AO=124;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0181565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2429;QD=60.9417;RBI=0.0514787;REFB=0.0199206;REVB=-0.0481705;RO=2;SAF=39;SAR=85;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110476;STB=0.502857;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.000484334;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:2:1:124:126:0.992126:85:39:0:2:87:39:0:1 chr1 19612477 . C T 2355.68 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.376;QD=63.667;RBI=0.0191036;REFB=0;REVB=0.0188662;RO=0;SAF=77;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127511;OID=.;OPOS=19612477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:148:0:0:147:148:1:70:77:0:0:70:78:0:0 chr1 19684006 . G C 1434.64 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.89;QD=63.0612;RBI=0.0176566;REFB=0;REVB=-0.00779781;RO=0;SAF=25;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65218e-06;OID=.;OPOS=19684006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:65:25:0:0:65:26:0:0 chr1 19775375 . G A 3392.3 PASS AF=1;AO=214;DP=216;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179504;FXX=0.009132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.606;QD=62.5308;RBI=0.0182538;REFB=0;REVB=0.00331439;RO=0;SAF=99;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93146e-05;OID=.;OPOS=19775375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:216:217:0:0:214:217:1:115:99:0:0:115:102:0:0 chr1 19810810 . G GC 229.49 PASS AF=0.488372;AO=75;DP=189;FAO=84;FDP=172;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.123789;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.23845;QD=5.33697;RBI=0.221911;REFB=-0.030654;REVB=-0.184176;RO=98;SAF=39;SAR=36;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316021;STB=0.511625;STBP=0.777;TYPE=ins;VARB=0.0167073;OID=.;OPOS=19810811;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:75:189:84:172:88:42:42:46:42:99:98:39:36:54:44 chr1 19953118 . G T 1929.31 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=128;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223675;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2085;QD=61.248;RBI=0.022421;REFB=-0.0343905;REVB=0.00154801;RO=1;SAF=49;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959768;STB=0.50505;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00107658;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:126:1:1:125:125:0.992063:76:49:1:0:76:49:1:0 chr1 20097941 . G T 403.16 PASS AF=0.609375;AO=38;DP=63;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0150965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.161;QD=25.1976;RBI=0.0314719;REFB=-0.0380017;REVB=-0.0276148;RO=25;SAF=23;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635717;STB=0.538633;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0274482;OID=.;OPOS=20097941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:25:25:38:39:0.609375:15:23:13:12:15:24:13:12 chr1 20141528 . C T 897.55 PASS AF=0.514451;AO=89;DP=174;FAO=89;FDP=173;FR=.;FRO=84;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.0110163;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.45;QD=20.7525;RBI=0.0110433;REFB=-0.0178728;REVB=0.000772261;RO=84;SAF=48;SAR=41;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180133;STB=0.509881;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0196945;OID=.;OPOS=20141528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:84:84:89:89:0.514451:41:48:47:37:41:48:47:37 chr1 20246876 . C T 1049.3 PASS AF=0.447059;AO=113;DP=257;FAO=114;FDP=255;FR=.;FRO=141;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=62;FSRR=79;FWDB=0.00294598;FXX=0.0077818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.061;QD=16.4596;RBI=0.00667329;REFB=-0.0174992;REVB=-0.00598783;RO=140;SAF=54;SAR=59;SRF=62;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350859;STB=0.518869;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0230473;OID=.;OPOS=20246876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:255:140:141:113:114:0.447059:59:54:62:78:60:54:62:79 chr1 20297475 . G A 68.4 PASS AF=0.375;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00359774;FXX=0.0768935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.81;QD=11.3996;RBI=0.0555791;REFB=-0.0133612;REVB=-0.0554625;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868934;STB=0.590145;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0184412;OID=.;OPOS=20297475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:26:24:14:15:9:9:0.375:2:7:10:4:2:7:10:5 chr1 20297566 . G A 729.57 PASS AF=0.514493;AO=71;DP=136;FAO=71;FDP=138;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00568476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.474;QD=21.1469;RBI=0.00721499;REFB=0.00068567;REVB=0.00444292;RO=65;SAF=24;SAR=47;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101101;STB=0.549754;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.000625033;OID=.;OPOS=20297566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:65:67:71:71:0.514493:47:24:29:36:47:24:29:38 chr1 20297723 . C T 402.3 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00448523;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.657;QD=17.1191;RBI=0.0163435;REFB=-0.0203737;REVB=-0.015716;RO=52;SAF=19;SAR=22;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599995;STB=0.540246;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0259078;OID=.;OPOS=20297723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:52:52:41:42:0.446809:22:19:21:31:22:20:21:31 chr1 20411332 . C T 1585.09 PASS AF=0.408353;AO=176;DP=432;FAO=176;FDP=431;FR=.;FRO=255;FSAF=60;FSAR=116;FSRF=116;FSRR=139;FWDB=-0.00518812;FXX=0.00231476;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.849;QD=14.7108;RBI=0.00940281;REFB=-0.00667424;REVB=-0.00784196;RO=255;SAF=60;SAR=116;SRF=116;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128004;STB=0.571612;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0103007;OID=.;OPOS=20411332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:431:255:255:176:176:0.408353:116:60:116:139:116:60:116:139 chr1 20442054 . T C 692.31 PASS AF=0.446429;AO=75;DP=168;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=0.00717609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.76;QD=16.4837;RBI=0.023143;REFB=-0.000178514;REVB=0.0220023;RO=92;SAF=29;SAR=46;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294541;STB=0.512364;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.000292728;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:92:93:75:75:0.446429:46:29:33:59:46:29:34:59 chr1 20490518 . T C 832.87 PASS AF=0.433962;AO=92;DP=212;FAO=92;FDP=212;FR=.;FRO=120;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=0.00838046;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.333;QD=15.7146;RBI=0.0143405;REFB=-0.00501509;REVB=0.011637;RO=118;SAF=40;SAR=52;SRF=60;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748654;STB=0.541881;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00869741;OID=.;OPOS=20490518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:118:120:92:92:0.433962:52:40:60:58:52:40:61:59 chr1 20519808 . G A 446.94 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=19;FWDB=0.0352995;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4945;QD=15.2801;RBI=0.0355886;REFB=-0.0021276;REVB=-0.00452747;RO=65;SAF=35;SAR=15;SRF=48;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472762;STB=0.511289;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00290945;OID=.;OPOS=20519808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:65:67:50:50:0.42735:15:35:48:17:15:35:48:19 chr1 20520732 . T C 469.86 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0182832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.926;QD=15.7937;RBI=0.0239217;REFB=0.00317085;REVB=-0.0154264;RO=67;SAF=20;SAR=32;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504998;STB=0.528291;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00446729;OID=.;OPOS=20520732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:67:52:52:0.436975:32:20:29:38:32:20:29:38 chr1 20656824 . A G 1393.51 PASS AF=0.505415;AO=136;DP=277;FAO=140;FDP=277;FR=.;FRO=137;FSAF=57;FSAR=83;FSRF=69;FSRR=68;FWDB=-0.0136801;FXX=0.00359699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.525;QD=20.1229;RBI=0.0267778;REFB=-0.0286625;REVB=0.0230197;RO=137;SAF=56;SAR=80;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785848;STB=0.548537;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.022582;OID=.;OPOS=20656824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:137:137:136:140:0.505415:80:56:68:69:83:57:69:68 chr1 20662938 . A G 480.15 PASS AF=0.434426;AO=52;DP=122;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=50;FWDB=-0.0239883;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.139;QD=15.7425;RBI=0.0241454;REFB=-0.00933149;REVB=0.00274943;RO=69;SAF=18;SAR=34;SRF=19;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820844;STB=0.552612;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0105175;OID=.;OPOS=20662938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:69:52:53:0.434426:34:18:19:50:34:19:19:50 chr1 20671961 . G A 283.01 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00651258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.943;QD=15.2978;RBI=0.04988;REFB=-0.00590271;REVB=-0.049453;RO=42;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165254;STB=0.509332;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00671656;OID=.;OPOS=20671961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:17:15:19:23:17:15:19:23 chr1 20680718 . G A 123.96 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0117424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3824;QD=17.0985;RBI=0.0160444;REFB=0.0067851;REVB=-0.0109334;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130632;STB=0.550949;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00722334;OID=.;OPOS=20680718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:8:6:4:10:8:6:5:10 chr1 20880905 . A G 240.24 PASS AF=0.344828;AO=28;DP=88;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0141605;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.888;QD=11.0455;RBI=0.0143287;REFB=-0.0213162;REVB=0.00218935;RO=58;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792783;STB=0.530119;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0388509;OID=.;OPOS=20880905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:58:57:28:30:0.344828:15:13:23:35:16:14:24:33 chr1 20881309 . T A 558.64 PASS AF=0.468254;AO=58;DP=125;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.012173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.248;QD=17.7346;RBI=0.0606356;REFB=0.00891267;REVB=0.0594011;RO=67;SAF=28;SAR=30;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238213;STB=0.517495;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.0103409;OID=.;OPOS=20881309;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:67:67:58:59:0.468254:30:28:34:33:31:28:34:33 chr1 20960230 . C T 239.77 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.932;QD=50.478;RBI=0.154586;REFB=0;REVB=0.0124385;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00567787;OID=.;OPOS=20960230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr1 20972048 . G A 1852.89 PASS AF=1;AO=119;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215073;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0876;QD=60.7506;RBI=0.0200293;REFB=0;REVB=-0.0199135;RO=0;SAF=43;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225134;OID=.;OPOS=20972048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:119:122:1:76:43:0:0:77:45:0:0 chr1 20987873 . G C 3253.71 PASS AF=1;AO=210;DP=211;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.264;QD=61.6816;RBI=0.0310671;REFB=0;REVB=0.0232276;RO=1;SAF=99;SAR=111;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478769;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00963e-05;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:211:1:0:210:211:1:111:99:1:0:111:100:0:0 chr1 20992819 . G C 2049.3 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483405;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0277;QD=62.5742;RBI=0.0712205;REFB=0;REVB=0.0523025;RO=0;SAF=64;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.22673e-05;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:67:64:0:0:67:64:0:0 chr1 20998445 . GT GG,G,TG 2125.22 PASS AF=0.00384615,0.861538,0.134615;AO=30,35,26;DP=275;FAO=1,224,35;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=1,137,0;FSAR=0,87,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.438175,0.966465,0.0985516;FXX=0.0613696;HRUN=5,5,2;LEN=1,1,2;MLLD=11.7546,10.4193,181;QD=32.6957;RBI=0.438283,0.98767,0.0997246;REFB=0.049214,0.105631,0.0370175;REVB=-0.00972669,0.203564,-0.0152503;RO=151;SAF=1,4,0;SAR=29,31,26;SRF=130;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.832431,-0.780339,-0.846708;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.125778,0.0601364,0.0728856;OID=.,.,.;OPOS=20998446,20998446,20998445;OREF=T,T,GT;OALT=G,-,TG;OMAPALT=GG,G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:275:260:151:0:30,35,26:1,224,35:0.00384615,0.861538,0.134615:29,31,26:1,4,0:130:21:0,87,35:1,137,0:0:0 chr1 21011355 . T C 574.72 PASS AF=0.394118;AO=66;DP=169;FAO=67;FDP=170;FR=.;FRO=103;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=70;FSRR=33;FWDB=-0.0324015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6728;QD=13.5227;RBI=0.0335967;REFB=-0.00675831;REVB=-0.00888151;RO=103;SAF=45;SAR=21;SRF=70;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274241;STB=0.505493;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00839381;OID=.;OPOS=21011355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:103:103:66:67:0.394118:21:45:70:33:22:45:70:33 chr1 21011552 . C T 440.3 PASS AF=0.461538;AO=47;DP=103;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0045623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.438;QD=16.9347;RBI=0.0120888;REFB=-0.00910382;REVB=0.0111949;RO=56;SAF=24;SAR=23;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768171;STB=0.537022;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0125386;OID=.;OPOS=21011552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:56:56:47:48:0.461538:23:24:33:23:23:25:33:23 chr1 21012563 . C T 861.39 PASS AF=0.497143;AO=87;DP=175;FAO=87;FDP=175;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.00735164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.93;QD=19.6888;RBI=0.0322316;REFB=-0.0176357;REVB=-0.0313819;RO=88;SAF=38;SAR=49;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478062;STB=0.526317;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0176738;OID=.;OPOS=21012563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:88:88:87:87:0.497143:49:38:43:45:49:38:43:45 chr1 21012575 . G A 904.96 PASS AF=0.505618;AO=89;DP=177;FAO=90;FDP=178;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=0.00915964;FXX=0.0111105;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.064;QD=20.3361;RBI=0.029712;REFB=-0.00361955;REVB=0.0282649;RO=88;SAF=44;SAR=45;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463455;STB=0.522626;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00488983;OID=.;OPOS=21012575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:88:88:89:90:0.505618:45:44:39:49:46:44:39:49 chr1 21024901 . C T 1061.76 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0218644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.792;QD=55.8823;RBI=0.0224548;REFB=-0.0839843;REVB=0.00511515;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.51546;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00237469;OID=.;OPOS=21024901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:0:3:73:73:0.960526:47:26:0:0:47:26:0:3 chr1 21031042 . T C 1170.37 PASS AF=0.434028;AO=125;DP=289;FAO=125;FDP=288;FR=.;FRO=163;FSAF=74;FSAR=51;FSRF=87;FSRR=76;FWDB=0.0434912;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1656;QD=16.2552;RBI=0.0542813;REFB=0.00316971;REVB=0.0324803;RO=158;SAF=74;SAR=51;SRF=85;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555967;STB=0.533699;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00351729;OID=.;OPOS=21031042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:288:158:163:125:125:0.434028:51:74:85:73:51:74:87:76 chr1 21042094 . G A 1552.71 PASS AF=0.503226;AO=155;DP=301;FAO=156;FDP=310;FR=.;FRO=154;FSAF=80;FSAR=76;FSRF=87;FSRR=67;FWDB=-0.0289325;FXX=0.00321533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.754;QD=20.0349;RBI=0.0305513;REFB=-0.00881005;REVB=-0.009813;RO=143;SAF=79;SAR=76;SRF=77;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253074;STB=0.525937;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00801565;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:310:143:154:155:156:0.503226:76:79:77:66:76:80:87:67 chr1 21044161 . A G 662.93 PASS AF=0.450617;AO=68;DP=160;FAO=73;FDP=162;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=54;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0307614;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0896;QD=16.3687;RBI=0.0311562;REFB=0.0028802;REVB=-0.00494401;RO=89;SAF=19;SAR=49;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19274;STB=0.613123;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00246478;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:89:89:68:73:0.450617:49:19:40:49:54:19:39:50 chr1 21050958 . C T 3848.57 PASS AF=1;AO=239;DP=239;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.19385e-05;FXX=0.00823011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.1;QD=63.8767;RBI=0.0566995;REFB=0;REVB=0.0566995;RO=0;SAF=134;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161886;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:239:241:0:0:239:241:1:105:134:0:0:106:135:0:0 chr1 21167404 . A G 1648.68 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000551074;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.385;QD=60.5019;RBI=0.0146176;REFB=0;REVB=-0.0146072;RO=0;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.50753e-05;OID=.;OPOS=21167404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:109:0:0:109:109:1:56:53:0:0:56:53:0:0 chr1 21306904 . TGGGGGGGC TGGGGGGC,TGGTGGGGG,TTGGGGGGC 75.93 PASS AF=0.128713,0.0544554,0;AO=26,9,16;DP=226;FAO=26,11,0;FDP=202;FR=.;FRO=165;FSAF=10,0,0;FSAR=16,11,0;FSRF=113;FSRR=52;FWDB=0.00803857,-0.00906628,-0.0271479;FXX=0.14042;HRUN=7,7,7;LEN=1,6,1;MLLD=6.58731,218.403,18.8845;QD=1.50365;RBI=0.0158059,0.0850958,0.0325987;REFB=-0.126149,-0.00878523,-0.0491337;REVB=-0.0136091,-0.0846114,0.0180462;RO=90;SAF=26,0,9;SAR=0,9,7;SRF=78;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.704346,-0.799759,-0.458344;STB=0.743042,0.99935,0.5;STBP=0.016,0,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0707892,0.0818948,0;OID=.,.,.;OPOS=21306905,21306907,21306905;OREF=G,GGGGGC,G;OALT=-,TGGGGG,T;OMAPALT=TGGGGGGC,TGGTGGGGG,TTGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.128713,0.0544554,0:26,9,16:226:26,11,0:202:165:10,0,0:16,11,0:113:52:25:90:26,0,9:0,9,7:78:12 chr1 21573722 . G A 989.24 PASS AF=0.545977;AO=95;DP=173;FAO=95;FDP=174;FR=.;FRO=79;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.017453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1473;QD=22.7412;RBI=0.0697707;REFB=-0.0210006;REVB=0.0675526;RO=77;SAF=45;SAR=50;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00506463;STB=0.502427;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0143967;OID=.;OPOS=21573722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:77:79:95:95:0.545977:50:45:36:41:50:45:37:42 chr1 21795388 . A G 621.16 PASS AF=0.445161;AO=68;DP=155;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.00779069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.197;QD=16.0298;RBI=0.00782578;REFB=0.00296031;REVB=0.000740238;RO=85;SAF=27;SAR=41;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273752;STB=0.515785;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00304337;OID=.;OPOS=21795388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:85:86:68:69:0.445161:41:27:36:49:42:27:36:50 chr1 21799924 . G A 787.15 PASS AF=0.408257;AO=90;DP=220;FAO=89;FDP=218;FR=.;FRO=129;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=63;FSRR=66;FWDB=-0.0200555;FXX=0.013574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.726;QD=14.443;RBI=0.0254985;REFB=-0.00207802;REVB=-0.0157465;RO=128;SAF=45;SAR=45;SRF=63;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00819721;STB=0.503556;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00309249;OID=.;OPOS=21799924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:218:128:129:90:89:0.408257:45:45:63:65:45:44:63:66 chr1 21808159 . G A 290.92 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00888268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2443;QD=26.4471;RBI=0.0143557;REFB=-0.0053612;REVB=0.0112775;RO=18;SAF=18;SAR=8;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129897;STB=0.571378;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00486051;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:8:18:15:3:8:18:15:3 chr1 21808207 . A C 125.9 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0205615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.619;QD=18.6518;RBI=0.0260973;REFB=0.00426598;REVB=-0.0160716;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228752;STB=0.629457;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00267726;OID=.;OPOS=21808207;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:10:3:7:7:10:3 chr1 21808223 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0687862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.579;QD=16.8983;RBI=0.0730013;REFB=-0.000892626;REVB=-0.0244471;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304629;STB=0.677057;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000610065;OID=.;OPOS=21808223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:6:3:7:3:6:3 chr1 21809750 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6041;QD=39.2067;RBI=0.0744134;REFB=0;REVB=-0.0196544;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00663051;OID=.;OPOS=21809750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 21889635 . T C 2624.89 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=172;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0803175;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8603;QD=61.401;RBI=0.0806155;REFB=-0.0775557;REVB=-0.0069252;RO=1;SAF=93;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509055;STB=0.502674;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=6.25649e-05;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:171:1:1:170:170:0.994152:77:93:1:0:77:93:1:0 chr1 21894735 . T C 2029.98 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00547058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.353;QD=61.5145;RBI=0.0251717;REFB=0.0375074;REVB=-0.02457;RO=0;SAF=52;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503144;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-3.86433e-05;OID=.;OPOS=21894735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:0:1:131:131:0.992424:79:52:0:0:79:52:0:1 chr1 21900171 . A G 3101.7 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.206;QD=63.3001;RBI=0.0117422;REFB=0;REVB=-0.00432019;RO=0;SAF=104;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45027e-06;OID=.;OPOS=21900171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:182:196:0:0:182:196:1:78:104:0:0:82:114:0:0 chr1 21904267 . A G 3033.16 PASS AF=0.995025;AO=198;DP=200;FAO=200;FDP=201;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00316939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3192;QD=60.3614;RBI=0.0344497;REFB=-0.0548802;REVB=0.0343036;RO=1;SAF=99;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478664;STB=0.502463;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000409477;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:200:201:1:1:198:200:0.995025:99:99:0:1:101:99:0:1 chr1 21935433 . G T 481.32 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00875681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.006;QD=15.9114;RBI=0.00937433;REFB=-0.00763565;REVB=-0.0033461;RO=65;SAF=20;SAR=33;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861558;STB=0.554243;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0114785;OID=.;OPOS=21935433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:68:53:53:0.438017:33:20:30:35:33:20:32:36 chr1 21940555 . C T 278.22 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.0168714;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2828;QD=13.5716;RBI=0.0325995;REFB=-0.0166967;REVB=0.0278942;RO=50;SAF=16;SAR=16;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237104;STB=0.634068;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0170607;OID=.;OPOS=21940555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:50:50:32:32:0.390244:16:16:36:14:16:16:36:14 chr1 21943820 . G A 760.67 PASS AF=0.415459;AO=86;DP=207;FAO=86;FDP=207;FR=.;FRO=121;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=0.00323098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.919;QD=14.6989;RBI=0.00674161;REFB=-0.00604869;REVB=0.00591693;RO=119;SAF=36;SAR=50;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897642;STB=0.545692;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0148964;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:119:121:86:86:0.415459:50:36:60:59:50:36:60:61 chr1 22050649 . C A 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.00899606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.353;QD=16.2726;RBI=0.0205042;REFB=-0.00752147;REVB=-0.0184253;RO=39;SAF=10;SAR=22;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656733;STB=0.53682;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00851081;OID=.;OPOS=22050649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:22:10:10:29:22:10:10:29 chr1 22141030 . C T 6210.6 PASS AF=1;AO=397;DP=400;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=217;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455772;FXX=0.0074625;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.348;QD=62.2616;RBI=0.0463452;REFB=-0.154999;REVB=0.00840208;RO=2;SAF=215;SAR=182;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00040047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502406;OID=.;OPOS=22141030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:400:399:2:0:397:399:1:182:215:1:1:182:217:0:0 chr1 22149935 . T C 6294.95 PASS AF=1;AO=390;DP=392;FAO=396;FDP=396;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=203;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251509;FXX=0.00251883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.193;QD=63.5853;RBI=0.00978477;REFB=-0.0459226;REVB=-0.00945601;RO=1;SAF=189;SAR=201;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00251837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17237e-05;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:392:396:1:0:390:396:1:201:189:1:0:203:193:0:0 chr1 22150120 . C T 793.42 PASS AF=0.510067;AO=75;DP=148;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00682236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.668;QD=21.2997;RBI=0.0164437;REFB=-0.0110602;REVB=0.0149616;RO=73;SAF=47;SAR=28;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159584;STB=0.589998;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0109342;OID=.;OPOS=22150120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:73:73:75:76:0.510067:28:47:33:40:28:48:33:40 chr1 22150160 . G T 695.1 PASS AF=0.472973;AO=70;DP=148;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.00406679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.341;QD=18.7865;RBI=0.00407002;REFB=-0.0134638;REVB=-0.000162217;RO=78;SAF=45;SAR=25;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223697;STB=0.623988;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0178853;OID=.;OPOS=22150160;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:78:78:70:70:0.472973:25:45:32:46:25:45:32:46 chr1 22154845 . A G 814.12 PASS AF=0.5;AO=83;DP=166;FAO=83;FDP=166;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0174932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4005;QD=19.6173;RBI=0.0228142;REFB=0.0155311;REVB=-0.0146449;RO=83;SAF=39;SAR=44;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440905;STB=0.524249;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.0247707;OID=.;OPOS=22154845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:83:83:83:83:0.5:44:39:35:48:44:39:35:48 chr1 22159008 . C A 1112.01 PASS AF=0.410774;AO=121;DP=297;FAO=122;FDP=297;FR=.;FRO=175;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=113;FSRR=62;FWDB=0.0616518;FXX=0.00668874;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.4175;QD=14.9766;RBI=0.0622326;REFB=0.00635382;REVB=0.00848253;RO=164;SAF=55;SAR=66;SRF=106;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196429;STB=0.613355;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00867834;OID=.;OPOS=22159008;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:164:175:121:122:0.410774:66:55:106:58:67:55:113:62 chr1 22161275 . G A 185.29 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00649221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.085;QD=10.2939;RBI=0.00649235;REFB=-0.00698777;REVB=4.28248e-05;RO=46;SAF=15;SAR=9;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330336;STB=0.5;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0134455;OID=.;OPOS=22161275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:48:24:24:0.333333:9:15:30:16:9:15:30:18 chr1 22165901 . A G 462.34 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=1;FWDB=-0.00215649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.775;QD=24.3339;RBI=0.0385354;REFB=-0.00703113;REVB=0.038475;RO=32;SAF=29;SAR=15;SRF=31;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296263;STB=0.659765;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00799471;OID=.;OPOS=22165901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:15:29:31:1:15:29:31:1 chr1 22165987 . G A 491.03 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.103004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6004;QD=17.2292;RBI=0.113219;REFB=-0.00335728;REVB=0.0469962;RO=61;SAF=25;SAR=28;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160422;STB=0.589053;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00655235;OID=.;OPOS=22165987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:53:53:0.464912:28:25:39:22:28:25:39:22 chr1 22174426 . T G 781.22 PASS AF=0.51634;AO=79;DP=156;FAO=79;FDP=153;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00501968;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.804;QD=20.4239;RBI=0.00932537;REFB=-0.0010509;REVB=0.0078591;RO=75;SAF=44;SAR=35;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802522;STB=0.547252;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000790091;OID=.;OPOS=22174426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:153:75:74:79:79:0.51634:35:44:35:40:35:44:34:40 chr1 22191454 . G A 1131.5 PASS AF=0.52093;AO=112;DP=215;FAO=112;FDP=215;FR=.;FRO=103;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0174268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.311;QD=21.0511;RBI=0.0419156;REFB=-0.0230104;REVB=0.0381212;RO=101;SAF=67;SAR=45;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11673;STB=0.564199;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0176523;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:101:103:112:112:0.52093:45:67:47:54:45:67:48:55 chr1 22199245 . C T 490.89 PASS AF=0.52809;AO=46;DP=90;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0351965;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.058;QD=22.0626;RBI=0.0367404;REFB=-0.0148515;REVB=-0.0105387;RO=40;SAF=16;SAR=30;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176458;STB=0.590733;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.019174;OID=.;OPOS=22199245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:40:42:46:47:0.52809:30:16:22:18:31:16:22:20 chr1 22206649 . T C 1457.38 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.027397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8064;QD=62.0164;RBI=0.0591384;REFB=-0.053237;REVB=-0.0524095;RO=1;SAF=46;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101954;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000145054;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:47:46:1:0:47:46:1:0 chr1 22206942 . G A 3276.99 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555731;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.287;QD=62.123;RBI=0.0130704;REFB=0;REVB=0.0118302;RO=0;SAF=111;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62202e-05;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:211:0:0:211:211:1:100:111:0:0:100:111:0:0 chr1 22207235 . T C 2216.79 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.01;QD=63.337;RBI=0.0351716;REFB=0;REVB=-0.0037781;RO=0;SAF=72;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28286e-05;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:139:140:1:67:72:0:0:67:73:0:0 chr1 22216574 . C A 1420.38 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00284951;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.758;QD=56.2526;RBI=0.0250675;REFB=-0.162609;REVB=-0.024905;RO=1;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747007;STB=0.511626;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000822336;OID=.;OPOS=22216574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:101:1:3:98:98:0.970297:63:35:0:1:63:35:0:3 chr1 22216604 . C G 1072.24 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0774818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.458;QD=57.1863;RBI=0.0921584;REFB=-0.185166;REVB=0.0498972;RO=1;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101718;STB=0.510414;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00154094;OID=.;OPOS=22216604;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:75:1:2:72:73:0.973333:46:26:0:1:47:26:0:2 chr1 22217108 . G A 1850.3 PASS AF=0.97619;AO=123;DP=126;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0322382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2914;QD=58.7397;RBI=0.0559526;REFB=-0.110243;REVB=-0.0457317;RO=3;SAF=33;SAR=90;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155717;STB=0.508195;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00226659;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:126:126:3:3:123:123:0.97619:90:33:0:3:90:33:0:3 chr1 22313134 . G A 905.74 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0569388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.255;QD=56.6086;RBI=0.0613379;REFB=0.175968;REVB=0.0228103;RO=1;SAF=36;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129378;STB=0.506847;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0042784;OID=.;OPOS=22313134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:27:36:1:0:27:36:1:0 chr1 22315738 . C T 93.41 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.000965447;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=214.139;QD=9.8321;RBI=0.0157907;REFB=-0.0155214;REVB=-0.0157612;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222004;STB=0.633404;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0229526;OID=.;OPOS=22315738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:10:16:5:7:10:16 chr1 22336277 . C G 1011.73 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0602134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4749;QD=57.8131;RBI=0.0602265;REFB=0.0548305;REVB=-0.00125548;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141097;STB=0.507461;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00877652;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:36:33:1:0:36:33:1:0 chr1 22336305 . C T 787.34 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124888;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.461;QD=57.2608;RBI=0.012665;REFB=0;REVB=0.0021055;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51007e-05;OID=.;OPOS=22336305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:25:30:0:0 chr1 22336308 . G A 786.71 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258729;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.787;QD=57.2152;RBI=0.0288431;REFB=0;REVB=0.0127483;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55948e-05;OID=.;OPOS=22336308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr1 22443760 . C T 317.93 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00519914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.255;QD=15.5087;RBI=0.00770826;REFB=-0.0104748;REVB=0.00569089;RO=45;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190436;STB=0.522334;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.01369;OID=.;OPOS=22443760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:47:35:35:0.426829:17:18:24:21:17:18:26:21 chr1 22835677 . A G 3776.45 PASS AF=1;AO=237;DP=239;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286116;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.308;QD=63.2042;RBI=0.0300376;REFB=-0.114897;REVB=0.00914526;RO=1;SAF=91;SAR=146;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0052084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96669e-05;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:239:239:1:0:237:239:1:146:91:1:0:147:92:0:0 chr1 22846709 . G A 2011.18 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.155;QD=61.4101;RBI=0.0321015;REFB=-0.0280641;REVB=0.0204672;RO=1;SAF=73;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646628;STB=0.503401;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=4.3472e-05;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:57:73:1:0:57:73:1:0 chr1 22852715 . G C 471.75 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00233805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8837;QD=18.8701;RBI=0.0437707;REFB=-0.010237;REVB=-0.0437082;RO=53;SAF=26;SAR=21;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11324;STB=0.563031;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00505776;OID=.;OPOS=22852715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:21:26:23:30:21:26:23:30 chr1 22915753 . T C 637.16 PASS AF=0.474453;AO=61;DP=131;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.000637461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.286;QD=18.6031;RBI=0.00430469;REFB=-0.0218078;REVB=-0.00425723;RO=59;SAF=36;SAR=25;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185134;STB=0.554896;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.02004;OID=.;OPOS=22915753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:137:59:72:61:65:0.474453:25:36:36:23:25:40:37:35 chr1 22919904 . C T 2450.99 PASS AF=0.491903;AO=241;DP=492;FAO=243;FDP=494;FR=.;FRO=251;FSAF=106;FSAR=137;FSRF=108;FSRR=143;FWDB=0.0398086;FXX=0.00202016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.9;QD=19.846;RBI=0.0460212;REFB=-0.0150575;REVB=0.0230917;RO=242;SAF=106;SAR=135;SRF=103;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132301;STB=0.503068;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.013574;OID=.;OPOS=22919904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:492:494:242:251:241:243:0.491903:135:106:103:139:137:106:108:143 chr1 22928813 . A G 799.59 PASS AF=0.471591;AO=84;DP=178;FAO=83;FDP=176;FR=.;FRO=93;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=64;FWDB=0.0198972;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.219;QD=18.1724;RBI=0.019972;REFB=-0.00603332;REVB=-0.00172708;RO=91;SAF=42;SAR=42;SRF=27;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192249;STB=0.596464;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00968265;OID=.;OPOS=22928813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:91:93:84:83:0.471591:42:42:27:64:42:41:29:64 chr1 22965438 . A G 7035.81 PASS AF=1;AO=379;DP=431;FAO=443;FDP=443;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=189;FSAR=254;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.667;QD=63.5287;RBI=0.0317185;REFB=0;REVB=-0.00453874;RO=0;SAF=130;SAR=249;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35918e-05;OID=.;OPOS=22965438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:431:443:0:0:379:443:1:249:130:0:0:254:189:0:0 chr1 22970642 . C T 3496.9 PASS AF=0.524691;AO=339;DP=650;FAO=340;FDP=648;FR=.;FRO=308;FSAF=162;FSAR=178;FSRF=176;FSRR=132;FWDB=0.00963714;FXX=0.00460822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5823;QD=21.5858;RBI=0.00969218;REFB=-0.0140877;REVB=-0.0010315;RO=289;SAF=162;SAR=177;SRF=167;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845329;STB=0.54504;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0112568;OID=.;OPOS=22970642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:650:648:289:308:339:340:0.524691:177:162:167:122:178:162:176:132 chr1 23101688 . T G 1079.44 PASS AF=0.468085;AO=92;DP=241;FAO=110;FDP=235;FR=.;FRO=125;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=50;FSRR=75;FWDB=-0.0156653;FXX=0.0248952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7756;QD=18.3735;RBI=0.0762499;REFB=0.00754753;REVB=0.0746234;RO=99;SAF=45;SAR=47;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611225;STB=0.534192;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0105384;OID=.;OPOS=23101688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:235:99:125:92:110:0.468085:47:45:42:57:59:51:50:75 chr1 23219493 . T C 2216.89 PASS AF=0.993333;AO=144;DP=148;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0535048;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1263;QD=59.1171;RBI=0.07565;REFB=0.0522558;REVB=0.0534804;RO=1;SAF=55;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856745;STB=0.504347;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-8.93727e-05;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:150:1:1:144:149:0.993333:89:55:1:0:92:57:1:0 chr1 23280424 . G T 4318.42 PASS AF=1;AO=269;DP=270;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254459;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.66;QD=63.0426;RBI=0.0452111;REFB=0;REVB=0.0373704;RO=0;SAF=143;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41579e-05;OID=.;OPOS=23280424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:270:274:0:0:269:274:1:126:143:0:0:127:147:0:0 chr1 23289703 . A G 487.01 PASS AF=0.477477;AO=50;DP=108;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00614292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.852;QD=17.55;RBI=0.0177499;REFB=-0.0143169;REVB=-0.016653;RO=57;SAF=15;SAR=35;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751101;STB=0.51296;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0206704;OID=.;OPOS=23289703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:57:58:50:53:0.477477:35:15:21:36:35:18:21:37 chr1 23385826 . CTT C 382.94 PASS AF=0.411765;AO=63;DP=158;FAO=63;FDP=153;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0117239;FXX=0.0437473;HRUN=2;LEN=2;MLLD=222.325;QD=10.0116;RBI=0.012227;REFB=-0.00382748;REVB=-0.00347132;RO=89;SAF=34;SAR=29;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059031;STB=0.529916;STBP=0.544;TYPE=del;VARB=0.0062001;OID=.;OPOS=23385827;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:63:158:63:153:90:34:29:44:46:99:89:34:29:43:46 chr1 23413027 . T C 1901.9 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.751;QD=61.3515;RBI=0.0248843;REFB=0;REVB=-0.0206167;RO=0;SAF=68;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.34169e-07;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:124:0:0:121:124:1:53:68:0:0:54:70:0:0 chr1 23418153 . C T 2548.5 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0279858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1555;QD=61.0418;RBI=0.0286379;REFB=-0.0169958;REVB=0.00607672;RO=1;SAF=86;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550177;STB=0.50289;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-8.0431e-05;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:166:166:0.994012:80:86:1:0:80:86:1:0 chr1 23419261 . G A 1400.81 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395214;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7905;QD=62.9579;RBI=0.0435644;REFB=0;REVB=-0.018328;RO=0;SAF=31;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231545;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:58:31:0:0:58:31:0:0 chr1 23419374 . G T 2533.17 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211662;FXX=0.0119753;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3797;QD=61.4103;RBI=0.0433657;REFB=0;REVB=0.0378493;RO=1;SAF=83;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583882;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585287;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:1:0:164:165:1:81:83:0:1:82:83:0:0 chr1 23419383 . C T 2707.21 PASS AF=0.988701;AO=175;DP=178;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00455294;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.158;QD=61.1798;RBI=0.0584333;REFB=-0.045675;REVB=-0.0582556;RO=2;SAF=88;SAR=87;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108159;STB=0.505681;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=9.2428e-05;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:178:177:2:2:175:175:0.988701:87:88:0:2:87:88:0:2 chr1 23419855 . T C 868.15 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5778;QD=57.8766;RBI=0.0773038;REFB=0;REVB=0.0183266;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030914;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr1 23687827 . T C 349.77 PASS AF=0.361345;AO=43;DP=118;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00956852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.263;QD=11.7571;RBI=0.0145304;REFB=-0.0117012;REVB=-0.010935;RO=75;SAF=20;SAR=23;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281279;STB=0.511403;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0182267;OID=.;OPOS=23687827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:75:76:43:43:0.361345:23:20:33:42:23:20:34:42 chr1 23688933 . A G 437.19 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0114477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.013;QD=21.5896;RBI=0.0120335;REFB=0.000710979;REVB=-0.00370886;RO=38;SAF=13;SAR=30;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113239;STB=0.562712;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000516602;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:30:13:16:22:30:13:16:22 chr1 23696152 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.94;QD=60.3764;RBI=0.00621398;REFB=0;REVB=0.00132982;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00994e-06;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr1 23697617 . T C 732.97 PASS AF=0.522059;AO=71;DP=136;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0179607;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4603;QD=21.558;RBI=0.0196209;REFB=-0.0069918;REVB=0.00789898;RO=65;SAF=29;SAR=42;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00762101;STB=0.504184;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00524328;OID=.;OPOS=23697617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:65:65:71:71:0.522059:42:29:26:39:42:29:26:39 chr1 23710805 . A G 1460.37 PASS AF=0.99;AO=100;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.045337;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.32;QD=58.4148;RBI=0.0453459;REFB=0.0256188;REVB=-0.000899333;RO=1;SAF=41;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114294;STB=0.506172;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000369848;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:1:1:100:99:0.99:59:41:1:0:59:40:1:0 chr1 23751140 . G T 228.74 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0613098;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.003;QD=17.595;RBI=0.0618075;REFB=-0.0394031;REVB=0.00782775;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319077;STB=0.671512;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0600645;OID=.;OPOS=23751140;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:27:25:25:0.480769:10:15:5:18:10:15:7:20 chr1 23833611 . G T 967.09 PASS AF=0.492537;AO=99;DP=202;FAO=99;FDP=201;FR=.;FRO=102;FSAF=69;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=-0.00285915;FXX=0.00495025;HRUN=6;LEN=1;MLLD=180.319;QD=19.2455;RBI=0.0104775;REFB=-0.00927746;REVB=-0.0100799;RO=99;SAF=68;SAR=31;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111761;STB=0.562105;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0111903;OID=.;OPOS=23833611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:99:102:99:99:0.492537:31:68:57:42:30:69:60:42 chr1 23835794 . A G 463.11 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=94;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=-0.00905226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.771;QD=19.4994;RBI=0.00952652;REFB=0.0179237;REVB=-0.00296835;RO=49;SAF=16;SAR=29;SRF=11;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14093;STB=0.583769;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0227409;OID=.;OPOS=23835794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:49:49:45:46:0.484211:29:16:11:38:29:17:11:38 chr1 23836364 . A G 218.45 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0210967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0542;QD=14.0932;RBI=0.0510088;REFB=-0.0070922;REVB=-0.0464416;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119127;STB=0.576864;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0210627;OID=.;OPOS=23836364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:36:25:26:0.419355:11:14:16:20:11:15:16:20 chr1 23847464 . C A 960.05 PASS AF=0.579618;AO=89;DP=157;FAO=91;FDP=157;FR=.;FRO=66;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0187603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.439;QD=24.4599;RBI=0.0207775;REFB=0.00291399;REVB=0.00893055;RO=65;SAF=48;SAR=41;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354837;STB=0.520401;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00209528;OID=.;OPOS=23847464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:65:66:89:91:0.579618:41:48:38:27:43:48:38:28 chr1 23884780 . T C 557.34 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00137291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.867;QD=22.0728;RBI=0.027388;REFB=-0.00312446;REVB=0.0273536;RO=45;SAF=28;SAR=27;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016568;STB=0.50414;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00262329;OID=.;OPOS=23884780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:46:55:55:0.544554:27:28:22:23:27:28:23:23 chr1 23885498 . T C 2111.66 PASS AF=0.617647;AO=189;DP=307;FAO=189;FDP=306;FR=.;FRO=117;FSAF=74;FSAR=115;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=-0.0154927;FXX=0.00325722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.891;QD=27.6034;RBI=0.0155248;REFB=-0.00656803;REVB=0.000997147;RO=116;SAF=74;SAR=115;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540673;STB=0.527747;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00250348;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:306:116:117:189:189:0.617647:115:74:54:62:115:74:54:63 chr1 23885599 . T C 708.87 PASS AF=0.579832;AO=57;DP=119;FAO=69;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0596975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5952;QD=23.8275;RBI=0.0605823;REFB=-0.0178932;REVB=0.0103161;RO=47;SAF=23;SAR=34;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209553;STB=0.578103;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0121661;OID=.;OPOS=23885599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:47:49:57:69:0.579832:34:23:31:16:37:32:32:17 chr1 23965704 . A C 988.02 PASS AF=0.5;AO=100;DP=200;FAO=100;FDP=200;FR=.;FRO=100;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.00471498;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3997;QD=19.7603;RBI=0.00988592;REFB=0.00856533;REVB=-0.0086891;RO=99;SAF=49;SAR=51;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00466781;STB=0.505002;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00858148;OID=.;OPOS=23965704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:99:100:100:100:0.5:51:49:48:51:51:49:48:52 chr1 23966894 . T TAAG 224.21 PASS AF=0.433333;AO=23;DP=62;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00437054;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=152.435;QD=14.9475;RBI=0.0371126;REFB=0.000566007;REVB=-0.0368543;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955729;STB=0.506574;STBP=0.952;TYPE=ins;VARB=-0.00137703;OID=.;OPOS=23966895;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:23:62:26:60:34:15:11:20:14:99:35:14:9:21:14 chr1 24018277 . C G 3764.83 PASS AF=0.979839;AO=242;DP=248;FAO=243;FDP=248;FR=.;FRO=5;FSAF=107;FSAR=136;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00763734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1919;QD=60.723;RBI=0.0293961;REFB=-0.209518;REVB=0.0283866;RO=1;SAF=107;SAR=135;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351762;STB=0.504921;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00219151;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:248:248:1:5:242:243:0.979839:135:107:0:1:136:107:1:4 chr1 24083494 . C T 2178.05 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4283;QD=63.1319;RBI=0.0819655;REFB=0;REVB=0.027659;RO=0;SAF=54;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437325;OID=.;OPOS=24083494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:83:54:0:0:83:55:0:0 chr1 24121601 . C T 1446.1 PASS AF=0.912281;AO=102;DP=112;FAO=104;FDP=114;FR=.;FRO=10;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0108353;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=199.394;QD=50.7404;RBI=0.0181469;REFB=-0.164363;REVB=0.014557;RO=10;SAF=53;SAR=49;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370699;STB=0.519227;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000768276;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:112:114:10:10:102:104:0.912281:49:53:3:7:50:54:3:7 chr1 24134721 . T C 2026.98 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2845;QD=62.3685;RBI=0.0539184;REFB=0;REVB=-0.0510329;RO=0;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214454;OID=.;OPOS=24134721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:67:62:0:0:67:63:0:0 chr1 24180962 . T C 3274.97 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134341;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.803;QD=61.7918;RBI=0.0346329;REFB=0.0158902;REVB=0.0319212;RO=1;SAF=88;SAR=124;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538282;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.08582e-05;OID=.;OPOS=24180962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:213:212:1:0:212:212:1:124:88:1:0:124:88:0:0 chr1 24288404 . A G 672.52 PASS AF=0.472222;AO=67;DP=143;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.00326949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3665;QD=18.6811;RBI=0.0471388;REFB=0.00589624;REVB=0.0470253;RO=76;SAF=30;SAR=37;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087946;STB=0.544105;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00770299;OID=.;OPOS=24288404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:76:76:67:68:0.472222:37:30:41:35:37:31:41:35 chr1 24288432 . C T 663.89 PASS AF=0.453333;AO=66;DP=148;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0246489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2422;QD=17.7036;RBI=0.0407334;REFB=-0.00297626;REVB=-0.032429;RO=82;SAF=28;SAR=38;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881383;STB=0.547219;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00204589;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:82:82:66:68:0.453333:38:28:42:40:39:29:42:40 chr1 24288476 . T C 589.42 PASS AF=0.48062;AO=34;DP=134;FAO=62;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.00224268;FXX=0.0373106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1195;QD=18.2765;RBI=0.0313375;REFB=-0.036497;REVB=0.0312572;RO=39;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865901;STB=0.508751;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.053601;OID=.;OPOS=24288476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:129:39:67:34:62:0.48062:18:16:18:21:36:26:27:40 chr1 24288529 . TAAAC T 279.68 PASS AF=0.5;AO=36;DP=81;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00995009;FXX=0.0249969;HRUN=3;LEN=4;MLLD=237.87;QD=14.3427;RBI=0.013682;REFB=-0.0127448;REVB=-0.00939112;RO=39;SAF=9;SAR=27;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202918;STB=0.638221;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=0.00915068;OID=.;OPOS=24288530;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:36:81:39:78:39:9:30:18:21:99:39:9:27:17:22 chr1 24289057 . G C 293.77 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.128113;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5669;QD=24.4811;RBI=0.128475;REFB=-0.0279216;REVB=-0.00963835;RO=21;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117731;STB=0.56517;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0151957;OID=.;OPOS=24289057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:13:14:14:7:13:14:14:7 chr1 24289891 . ATGAATG A 68.52 PASS AF=0.5;AO=7;DP=22;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0107812;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=214.602;QD=15.2266;RBI=0.0190486;REFB=-0.0455346;REVB=-0.015704;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283636;STB=0.609518;STBP=0.442;TYPE=del;VARB=0.0379717;OID=.;OPOS=24289892;OREF=TGAATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:22:9:18:9:5:4:3:6:63:10:3:4:4:6 chr1 24406647 . G A 3232.58 PASS AF=0.947598;AO=217;DP=229;FAO=217;FDP=229;FR=.;FRO=12;FSAF=92;FSAR=125;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00755542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.67;QD=56.4643;RBI=0.00761516;REFB=7.8436e-05;REVB=0.000952066;RO=11;SAF=92;SAR=125;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368048;STB=0.521812;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-5.8536e-05;OID=.;OPOS=24406647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:229:229:11:12:217:217:0.947598:125:92:9:2:125:92:10:2 chr1 24409191 . C T 3743.32 PASS AF=0.924188;AO=256;DP=278;FAO=256;FDP=277;FR=.;FRO=21;FSAF=92;FSAR=164;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00710287;FXX=0.00359699;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.581;QD=54.0552;RBI=0.00757009;REFB=-0.0985493;REVB=-0.00261831;RO=12;SAF=92;SAR=164;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129619;STB=0.524941;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00265277;OID=.;OPOS=24409191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:278:277:12:21:256:256:0.924188:164:92:6:6:164:92:14:7 chr1 24413159 . T C 1464.33 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907813;FXX=0.0312467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.88;QD=62.9821;RBI=0.110821;REFB=0;REVB=0.110448;RO=0;SAF=60;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159334;OID=.;OPOS=24413159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:92:93:1:32:60:0:0:33:60:0:0 chr1 24416058 . GT G,GC 2991.79 PASS AF=0.102041,0.897959;AO=40,154;DP=195;FAO=20,176;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=8,81;FSAR=12,95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545502,-0.000281046;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.597,139.125;QD=61.057;RBI=0.0549459,0.024736;REFB=0,0;REVB=0.00658293,0.0247344;RO=0;SAF=20,68;SAR=20,86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0308825,-0.000548109;OID=.,.;OPOS=24416059,24416059;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.102041,0.897959:40,154:195:20,176:196:0:8,81:12,95:0:0:23:0:20,68:20,86:0:0 chr1 24416070 . G C 2787.14 PASS AF=0.924528;AO=194;DP=212;FAO=196;FDP=212;FR=.;FRO=16;FSAF=79;FSAR=117;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0532804;FXX=0.00469462;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.491;QD=52.5876;RBI=0.0572999;REFB=-0.11353;REVB=0.0210828;RO=2;SAF=77;SAR=117;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209149;STB=0.541236;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000618562;OID=.;OPOS=24416070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:212:212:2:16:194:196:0.924528:117:77:1:1:117:79:15:1 chr1 24447468 . G C 3031.0 PASS AF=0.928571;AO=208;DP=224;FAO=208;FDP=224;FR=.;FRO=16;FSAF=94;FSAR=114;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0364335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9489;QD=54.125;RBI=0.080949;REFB=-0.23663;REVB=0.0722865;RO=16;SAF=94;SAR=114;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449902;STB=0.523675;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0138381;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:224:224:16:16:208:208:0.928571:114:94:2:14:114:94:2:14 chr1 24465113 . C T 3216.51 PASS AF=0.976959;AO=212;DP=217;FAO=212;FDP=217;FR=.;FRO=5;FSAF=108;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000305837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.045;QD=59.2906;RBI=0.0220892;REFB=-0.00948849;REVB=0.022087;RO=4;SAF=108;SAR=104;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915114;STB=0.502522;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-1.90129e-05;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:217:217:4:5:212:212:0.976959:104:108:1:3:104:108:2:3 chr1 24480905 . C T 448.14 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0193253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.219;QD=17.574;RBI=0.0193264;REFB=0.0117817;REVB=-0.000207738;RO=54;SAF=24;SAR=24;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176098;STB=0.5098;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00964134;OID=.;OPOS=24480905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:24:24:26:28:24:24:26:28 chr1 24680915 . C T 600.52 PASS AF=0.530435;AO=59;DP=113;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0251171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0034;QD=20.8876;RBI=0.0715028;REFB=0.0263037;REVB=0.0669461;RO=54;SAF=22;SAR=37;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485181;STB=0.52413;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0216899;OID=.;OPOS=24680915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:54:54:59:61:0.530435:37:22:23:31:38:23:23:31 chr1 24681641 . C T 469.43 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=43;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=16;FWDB=-0.0282465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1688;QD=17.07;RBI=0.031013;REFB=-0.0434667;REVB=-0.0128038;RO=58;SAF=43;SAR=8;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182584;STB=0.599956;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0298023;OID=.;OPOS=24681641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:58:59:51:51:0.463636:8:43:42:16:8:43:43:16 chr1 24706113 . G A 2158.72 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0406;QD=63.0282;RBI=0.0431599;REFB=0;REVB=-0.00623844;RO=0;SAF=54;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144564;OID=.;OPOS=24706113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:83:54:0:0:83:54:0:0 chr1 24706269 . A G 2457.89 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.631;QD=61.0656;RBI=0.0209986;REFB=0;REVB=0.0208363;RO=0;SAF=67;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44459e-05;OID=.;OPOS=24706269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:159:161:1:92:67:0:0:93:68:0:0 chr1 24706292 . T C 1918.15 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319799;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.4;QD=61.8759;RBI=0.0322082;REFB=0;REVB=0.00382803;RO=0;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20533e-05;OID=.;OPOS=24706292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:121:124:1:71:50:0:0:74:50:0:0 chr1 24718075 . T C 2310.09 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2715;QD=62.8595;RBI=0.0585447;REFB=-0.0581799;REVB=0.0576745;RO=1;SAF=90;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525515;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947233;OID=.;OPOS=24718075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:146:147:1:0:145:147:1:55:90:1:0:56:91:0:0 chr1 24785393 . C T 1767.37 PASS AF=0.96748;AO=119;DP=123;FAO=119;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.075169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0158;QD=57.4755;RBI=0.0850763;REFB=-0.10775;REVB=0.0398446;RO=4;SAF=58;SAR=61;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146672;STB=0.507727;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00876722;OID=.;OPOS=24785393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:123:123:4:4:119:119:0.96748:61:58:1:3:61:58:1:3 chr1 24859617 . G A 481.85 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.00899731;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.425;QD=15.6699;RBI=0.0402336;REFB=-0.00306507;REVB=-0.0392147;RO=67;SAF=27;SAR=26;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913304;STB=0.545939;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00250875;OID=.;OPOS=24859617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:67:70:53:53:0.430894:26:27:28:39:26:27:30:40 chr1 24859665 . G A 580.27 PASS AF=0.415094;AO=66;DP=156;FAO=66;FDP=159;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.00199707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.713;QD=14.5979;RBI=0.00413283;REFB=-0.00637932;REVB=0.00361829;RO=89;SAF=36;SAR=30;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143893;STB=0.579522;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00963882;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:89:93:66:66:0.415094:30:36:36:53:30:36:38:55 chr1 24861704 . G A 369.44 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00538415;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.214;QD=16.4194;RBI=0.0108912;REFB=0.00580946;REVB=0.00946724;RO=50;SAF=12;SAR=27;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103033;STB=0.553818;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00633324;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:51:39:39:0.433333:27:12:20:30:27:12:20:31 chr1 25256049 . C T 1673.85 PASS AF=0.485876;AO=172;DP=356;FAO=172;FDP=354;FR=.;FRO=182;FSAF=96;FSAR=76;FSRF=89;FSRR=93;FWDB=0.0781725;FXX=0.00561782;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4196;QD=18.9135;RBI=0.1271;REFB=-0.0313465;REVB=0.100217;RO=180;SAF=96;SAR=76;SRF=89;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596763;STB=0.535724;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0305246;OID=.;OPOS=25256049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:354:180:182:172:172:0.485876:76:96:89:91:76:96:89:93 chr1 25634143 . T C 522.71 PASS AF=0.452381;AO=55;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=0.00538122;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.613;QD=16.5939;RBI=0.00620573;REFB=-0.015183;REVB=0.0030909;RO=69;SAF=24;SAR=31;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910184;STB=0.560388;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0143984;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:69:55:57:0.452381:31:24:24:45:31:26:24:45 chr1 25634205 . G A 1056.54 PASS AF=0.484305;AO=107;DP=223;FAO=108;FDP=223;FR=.;FRO=115;FSAF=33;FSAR=75;FSRF=41;FSRR=74;FWDB=0.00891017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.539;QD=18.9513;RBI=0.0194194;REFB=-0.0202365;REVB=0.0172547;RO=115;SAF=32;SAR=75;SRF=41;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624992;STB=0.530232;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0194818;OID=.;OPOS=25634205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:115:115:107:108:0.484305:75:32:41:74:75:33:41:74 chr1 25717365 . C G 970.39 PASS AF=0.463636;AO=101;DP=219;FAO=102;FDP=220;FR=.;FRO=118;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=45;FSRR=73;FWDB=0.00405666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.464;QD=17.6435;RBI=0.0049854;REFB=-0.0196594;REVB=0.00289788;RO=118;SAF=43;SAR=58;SRF=45;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445613;STB=0.522263;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0233227;OID=.;OPOS=25717365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:118:118:101:102:0.463636:58:43:45:73:59:43:45:73 chr1 25722206 . T C 176.71 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0194923;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0916;QD=16.0646;RBI=0.170763;REFB=0.00395366;REVB=0.169647;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148193;STB=0.540016;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00728195;OID=.;OPOS=25722206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:19:25:18:19:0.431818:13:5:8:11:14:5:8:17 chr1 25722893 . T C 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.000165836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.694;QD=9.70466;RBI=0.0024857;REFB=-0.00532507;REVB=-0.00248016;RO=38;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244544;STB=0.644374;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0178149;OID=.;OPOS=25722893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:7:11:15:23:7:11:15:23 chr1 25889632 . T C 115.61 PASS AF=0.368421;AO=9;DP=34;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0122813;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.079;QD=12.1697;RBI=0.014632;REFB=-0.0222953;REVB=0.00795393;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330945;STB=0.578837;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0299071;OID=.;OPOS=25889632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:38:24:24:9:14:0.368421:6:3:15:9:7:7:15:9 chr1 25890189 . A G 333.45 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0167427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9037;QD=16.4666;RBI=0.0561845;REFB=-0.00334573;REVB=-0.0536319;RO=44;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107612;STB=0.565453;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00179888;OID=.;OPOS=25890189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:45:36:36:0.444444:19:17:16:28:19:17:16:29 chr1 26131654 . G A 3189.72 PASS AF=1;AO=206;DP=209;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948472;FXX=0.014285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.429;QD=61.6371;RBI=0.0113628;REFB=0.0258483;REVB=-0.0062573;RO=0;SAF=108;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57778e-06;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:207:0:0:206:207:1:98:108:0:0:99:108:0:0 chr1 26138262 . T C 1441.91 PASS AF=1;AO=72;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.186841;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.705;QD=60.712;RBI=0.189756;REFB=-0.0796916;REVB=-0.0331317;RO=1;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995774;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00563896;OID=.;OPOS=26138262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:96:95:1:0:72:95:1:47:25:0:1:52:43:0:0 chr1 26140573 . C A 1726.04 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253287;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6106;QD=59.5186;RBI=0.0255594;REFB=0;REVB=-0.00342647;RO=2;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178924;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:116:2:0:114:116:1:58:56:0:2:60:56:0:0 chr1 26146884 . C G 2627.72 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023771;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.12;QD=61.4672;RBI=0.0241458;REFB=-0.00124423;REVB=0.00423815;RO=0;SAF=80;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.86729e-08;STB=0.502762;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=8.92622e-05;OID=.;OPOS=26146884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:0:1:170:170:0.994152:90:80:0:0:90:80:0:1 chr1 26158962 . A G 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.322;QD=62.0067;RBI=0.0249989;REFB=0;REVB=0.0197409;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82767e-05;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr1 26290745 . G C 818.14 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.976;QD=57.4132;RBI=0.0109539;REFB=0;REVB=-0.00176391;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16656e-05;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr1 26357656 . C A 2693.17 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141764;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.611;QD=61.2085;RBI=0.029657;REFB=0;REVB=0.0260493;RO=0;SAF=96;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800871;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:176:0:0:170:176:1:74:96:0:0:78:98:0:0 chr1 26378002 . C T 533.88 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131319;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.593;QD=56.1977;RBI=0.0156838;REFB=-0.0312372;REVB=0.00857528;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301788;STB=0.51612;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000313498;OID=.;OPOS=26378002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:15:21:0:1:15:22:0:1 chr1 26488019 . G A 1750.95 PASS AF=1;AO=106;DP=111;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00973174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.644;QD=60.3776;RBI=0.15573;REFB=0;REVB=0.155425;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274663;OID=.;OPOS=26488019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:116:0:0:106:116:1:57:49:0:0:67:49:0:0 chr1 26496651 . T C 3290.45 PASS AF=1;AO=211;DP=215;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473027;FXX=0.013698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.318;QD=60.9343;RBI=0.0104723;REFB=0.0110941;REVB=-0.00934311;RO=0;SAF=62;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79878e-05;OID=.;OPOS=26496651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:215:216:0:0:211:216:1:149:62:0:0:150:66:0:0 chr1 26644537 . C A 492.32 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.071683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1998;QD=20.0946;RBI=0.082721;REFB=-0.00414856;REVB=-0.0412832;RO=50;SAF=21;SAR=27;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073249;STB=0.540559;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00462629;OID=.;OPOS=26644537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:27:21:18:32:27:21:18:32 chr1 26671617 . T C 30.93 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0645987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7017;QD=4.26687;RBI=0.154023;REFB=-0.0180906;REVB=0.139821;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439403;STB=0.890032;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.221385;OID=.;OPOS=26671617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:28:29:22:23:6:6:0.206897:4:2:16:6:5:1:17:6 chr1 26688593 . TACCCATGACCC T 391.65 PASS AF=0.47619;AO=38;DP=85;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00983192;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=11;MLLD=313.775;QD=18.65;RBI=0.00988859;REFB=-0.0135739;REVB=0.00105713;RO=44;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288855;STB=0.502403;STBP=0.969;TYPE=del;VARB=0.0152433;OID=.;OPOS=26688594;OREF=ACCCATGACCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:38:85:40:84:44:18:22:20:24:99:44:17:21:21:23 chr1 26694245 . T C 2049.83 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0977574;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.564;QD=62.5902;RBI=0.0977972;REFB=0;REVB=0.0027895;RO=0;SAF=27;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.03235e-05;OID=.;OPOS=26694245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:104:27:0:0:104:27:0:0 chr1 26694260 . T C 1713.23 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.262;QD=60.6455;RBI=0.0263226;REFB=0;REVB=0.0243254;RO=0;SAF=26;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16883e-05;OID=.;OPOS=26694260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:86:26:0:0:86:27:0:0 chr1 26700795 . T C 2600.97 PASS AF=1;AO=150;DP=178;FAO=168;FDP=168;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178017;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.72;QD=61.9278;RBI=0.0566595;REFB=0;REVB=0.0537903;RO=0;SAF=53;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107527;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:178:168:0:0:150:168:1:97:53:0:0:107:61:0:0 chr1 26753558 . A G 357.11 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00989909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7552;QD=26.9518;RBI=0.0101025;REFB=-0.0100546;REVB=0.00201696;RO=19;SAF=23;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142958;STB=0.578395;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00761641;OID=.;OPOS=26753558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:11:23:9:10:11:23:9:10 chr1 26755919 . A G 1282.34 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00914963;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=340.063;QD=58.2884;RBI=0.0129691;REFB=-0.0258951;REVB=-0.00919143;RO=3;SAF=79;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176508;STB=0.509315;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-1.94716e-05;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:3:3:85:85:0.965909:6:79:3:0:6:79:3:0 chr1 26755986 . GTTTTTTT GTTTTTT,GTTTTTTC 42.46 PASS AF=0.178571,0.047619;AO=25,4;DP=86;FAO=15,4;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=13,4;FSAR=2,0;FSRF=52;FSRR=13;FWDB=-0.0890961,-0.0402968;FXX=0.0344788;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.73966,28.2115;QD=2.02172;RBI=0.132979,0.0890416;REFB=-0.0857676,-0.0410658;REVB=0.0987182,-0.0794013;RO=47;SAF=23,3;SAR=2,1;SRF=39;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.249854,-0.130216;STB=0.59985,0.995967;STBP=0.545,0.204;TYPE=del,snp;VARB=0.0996508,-0.0656279;OID=.,.;OPOS=26755987,26755993;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTTTTTT,GTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.178571,0.047619:25,4:86:15,4:84:65:13,4:2,0:52:13:28:47:23,3:2,1:39:8 chr1 26786627 . G A 1231.5 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.291;QD=60.073;RBI=0.0138983;REFB=-0.0417452;REVB=0.00815607;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.505153;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000227714;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:48:33:0:0:48:33:0:1 chr1 26796096 . GAAAAAAG GAAAAA,GAAAAAG,GAAAAAGG 103.57 PASS AF=0.180645,0,0;AO=26,32,6;DP=170;FAO=28,0,0;FDP=155;FR=.;FRO=127;FSAF=13,0,0;FSAR=15,0,0;FSRF=52;FSRR=75;FWDB=-0.131147,-0.250046,-0.0863839;FXX=0.0432072;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=21.1832,9.81544,17.6734;QD=2.67268;RBI=0.140515,0.250661,0.109748;REFB=-0.029155,-0.0324865,-0.00143235;REVB=0.0504467,-0.0175544,-0.0676935;RO=85;SAF=11,21,5;SAR=15,11,1;SRF=32;SRR=53;SSEN=0,0,0;SSEP=0.455399,0.455399,0;SSSB=0.0605292,0.333399,0.444472;STB=0.545423,0.5,0.5;STBP=0.624,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.085182,0,0;OID=.,.,.;OPOS=26796102,26796097,26796102;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAG,GAAAAAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180645,0,0:26,32,6:170:28,0,0:155:127:13,0,0:15,0,0:52:75:99:85:11,21,5:15,11,1:32:53 chr1 26879376 . T C 1166.26 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.173724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4314;QD=56.8909;RBI=0.176989;REFB=-0.22597;REVB=0.0338377;RO=3;SAF=2;SAR=77;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180886;STB=0.509552;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00794938;OID=.;OPOS=26879376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:82:3:3:79:79:0.963415:77:2:0:3:77:2:0:3 chr1 26879920 . T C 1007.4 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117955;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.234;QD=59.2588;RBI=0.00118016;REFB=0;REVB=-3.78616e-05;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103605;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:31:37:0:0 chr1 26887592 . T C 1180.12 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299501;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.742;QD=59.7531;RBI=0.0380683;REFB=-0.139667;REVB=0.0234986;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116855;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000528319;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:40:37:0:1:41:37:0:1 chr1 26900735 . C G 2790.3 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2453;QD=62.7033;RBI=0.0199209;REFB=0;REVB=0.0136796;RO=0;SAF=75;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24536e-06;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:103:75:0:0:103:75:0:0 chr1 26901319 . G A 2289.36 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414369;FXX=0.0318451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5385;QD=60.2462;RBI=0.0668698;REFB=0;REVB=0.0524838;RO=0;SAF=84;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11288e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067575;OID=.;OPOS=26901319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:152:0:0:145:152:1:61:84:0:0:68:84:0:0 chr1 27099881 . G A 429.61 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00430032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.901;QD=16.684;RBI=0.00743104;REFB=0.0055172;REVB=-0.00606033;RO=56;SAF=29;SAR=18;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463444;STB=0.525896;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00603499;OID=.;OPOS=27099881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:18:29:32:24:18:29:32:24 chr1 27108245 . T C 619.07 PASS AF=0.650602;AO=53;DP=82;FAO=54;FDP=83;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0318196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.638;QD=29.8347;RBI=0.0336339;REFB=-0.00402209;REVB=0.0108972;RO=29;SAF=27;SAR=26;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398329;STB=0.518066;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00190031;OID=.;OPOS=27108245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:29:29:53:54:0.650602:26:27:13:16:27:27:13:16 chr1 27190821 . GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGC 143.15 PASS AF=0.5,0.0714286;AO=7,2;DP=24;FAO=14,2;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9,2;FSAR=5,0;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0452225,0.0161072;FXX=0.0666445;HRUN=1,1;LEN=6,3;MLLD=114.514,106.817;QD=20.4505;RBI=0.217357,0.0163083;REFB=-0.0905621,-0.0231262;REVB=0.212601,0.00255313;RO=12;SAF=7,2;SAR=0,0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.699784,0.5;STBP=0.124,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0744912,-0.151664;OID=.,.;OPOS=27190822,27190853;OREF=GTGTGT,TGT;OALT=-,CGC;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.0714286:7,2:24:14,2:28:12:9,2:5,0:12:0:99:12:7,2:0,0:12:0 chr1 27210721 . T C 1512.84 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000544674;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.281;QD=59.9143;RBI=0.030378;REFB=0;REVB=0.0303732;RO=0;SAF=29;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0826e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58285e-05;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:71:29:0:0:72:29:0:0 chr1 27426796 . T C 2356.6 PASS AF=0.993631;AO=154;DP=158;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.015567;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7414;QD=60.0407;RBI=0.0232472;REFB=-0.0612807;REVB=-0.0172656;RO=1;SAF=83;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066531;STB=0.503401;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000297732;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:157:1:1:154:156:0.993631:71:83:0:1:73:83:0:1 chr1 27427041 . T C 1014.49 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0355845;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.482;QD=57.9709;RBI=0.0810758;REFB=0.0768973;REVB=-0.0728493;RO=1;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116708;STB=0.506171;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0131488;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:40:28:0:1:40:29:0:1 chr1 27480757 . A G 1043.88 PASS AF=0.514563;AO=105;DP=205;FAO=106;FDP=206;FR=.;FRO=100;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=-0.00848626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8715;QD=20.2695;RBI=0.0160792;REFB=-0.0170886;REVB=0.0136574;RO=99;SAF=46;SAR=59;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328042;STB=0.517718;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.027452;OID=.;OPOS=27480757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:99:100:105:106:0.514563:59:46:47:52:60:46:47:53 chr1 27676925 . G A 946.08 PASS AF=0.492147;AO=87;DP=185;FAO=94;FDP=191;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.0220058;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.572;QD=19.8132;RBI=0.0232794;REFB=-0.0115504;REVB=-0.00759449;RO=97;SAF=37;SAR=50;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115842;STB=0.539945;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0113527;OID=.;OPOS=27676925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:191:97:97:87:94:0.492147:50:37:53:44:51:43:52:45 chr1 27679797 . A G 1155.93 PASS AF=0.444043;AO=122;DP=274;FAO=123;FDP=277;FR=.;FRO=154;FSAF=108;FSAR=15;FSRF=133;FSRR=21;FWDB=0.0223739;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0714;QD=16.6922;RBI=0.034262;REFB=-0.0128217;REVB=-0.0259478;RO=150;SAF=107;SAR=15;SRF=131;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00850799;STB=0.51819;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0165405;OID=.;OPOS=27679797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:277:150:154:122:123:0.444043:15:107:131:19:15:108:133:21 chr1 27679954 . G A 494.97 PASS AF=0.438596;AO=38;DP=115;FAO=50;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0438512;FXX=0.0256388;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.394;QD=17.3672;RBI=0.0457486;REFB=-0.0278255;REVB=-0.0130387;RO=44;SAF=11;SAR=27;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153096;STB=0.521;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0279643;OID=.;OPOS=27679954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:44:55:38:50:0.438596:27:11:19:25:31:19:23:32 chr1 27680292 . A G 910.43 PASS AF=0.494565;AO=90;DP=184;FAO=91;FDP=184;FR=.;FRO=93;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.00949831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6034;QD=19.7919;RBI=0.0487225;REFB=-0.000261072;REVB=-0.0477877;RO=93;SAF=46;SAR=44;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015215;STB=0.505493;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=9.25714e-05;OID=.;OPOS=27680292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:93:93:90:91:0.494565:44:46:46:47:45:46:46:47 chr1 27687466 . G T 975.41 PASS AF=0.58;AO=87;DP=150;FAO=87;FDP=150;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.062183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9476;QD=26.0108;RBI=0.0623408;REFB=-0.0155046;REVB=-0.00443253;RO=62;SAF=31;SAR=56;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422077;STB=0.517971;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0104706;OID=.;OPOS=27687466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:62:63:87:87:0.58:56:31:19:43:56:31:20:43 chr1 27688633 . G A 867.68 PASS AF=0.530864;AO=83;DP=162;FAO=86;FDP=162;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.00149955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.806;QD=21.4241;RBI=0.00577251;REFB=-0.0190154;REVB=0.00557434;RO=75;SAF=34;SAR=49;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00864411;STB=0.506138;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0162738;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:75:76:83:86:0.530864:49:34:30:45:52:34:31:45 chr1 27709020 . T C 787.35 PASS AF=0.431373;AO=88;DP=203;FAO=88;FDP=204;FR=.;FRO=116;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.0479586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.697;QD=15.4381;RBI=0.0480302;REFB=-0.0119842;REVB=-0.00262283;RO=115;SAF=44;SAR=44;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442135;STB=0.504901;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0158569;OID=.;OPOS=27709020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:115:116:88:88:0.431373:44:44:58:57:44:44:59:57 chr1 27736478 . T C 212.19 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=22;FSRR=0;FWDB=0.0186674;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8293;QD=19.7381;RBI=0.0186674;REFB=-0.0150044;REVB=0;RO=20;SAF=21;SAR=0;SRF=20;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156351;OID=.;OPOS=27736478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:22:21:21:0.488372:0:21:20:0:0:21:22:0 chr1 27875824 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5875;QD=62.6692;RBI=0.0211584;REFB=0;REVB=0.0013017;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322933;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr1 27876482 . C A 5309.43 PASS AF=0.934726;AO=356;DP=385;FAO=358;FDP=383;FR=.;FRO=25;FSAF=98;FSAR=260;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0667666;FXX=0.00519467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.4102;QD=55.4509;RBI=0.066788;REFB=-0.153639;REVB=0.00169056;RO=8;SAF=97;SAR=259;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119547;STB=0.516674;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00259749;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:385:383:8:25:356:358:0.934726:259:97:4:4:260:98:12:13 chr1 28020307 . G C 163.84 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0171158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8751;QD=9.36205;RBI=0.0320341;REFB=-0.00537657;REVB=-0.0270782;RO=47;SAF=10;SAR=12;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18632;STB=0.601452;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00774333;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:48:22:22:0.314286:12:10:29:18:12:10:29:19 chr1 28060574 . A G 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0997499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.844;QD=16.2789;RBI=0.100286;REFB=0.00339092;REVB=0.0103546;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546039;STB=0.530784;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00298625;OID=.;OPOS=28060574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:16:12:16:17:16:12:16:17 chr1 28149924 . A T 366.5 PASS AF=0.433333;AO=38;DP=89;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0934038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.813;QD=16.2888;RBI=0.0944088;REFB=-0.000666476;REVB=-0.0137384;RO=51;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170073;STB=0.601198;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00249304;OID=.;OPOS=28149924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:51:51:38:39:0.433333:19:19:17:34:19:20:17:34 chr1 28173614 . C G 486.91 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.09206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.131;QD=15.216;RBI=0.0938002;REFB=-0.00452201;REVB=-0.0179842;RO=74;SAF=34;SAR=20;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164394;STB=0.592405;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0066802;OID=.;OPOS=28173614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:74:54:54:0.421875:20:34:35:39:20:34:35:39 chr1 28268835 . A C 748.81 PASS AF=0.47093;AO=81;DP=173;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.000851002;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7387;QD=17.4141;RBI=0.0847384;REFB=0.0297029;REVB=-0.0847341;RO=91;SAF=40;SAR=41;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531702;STB=0.535905;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0345184;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:91:91:81:81:0.47093:41:40:50:41:42:39:50:41 chr1 28282206 . C T 705.96 PASS AF=0.382488;AO=83;DP=216;FAO=83;FDP=217;FR=.;FRO=134;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=55;FSRR=79;FWDB=-0.0789181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.166;QD=13.013;RBI=0.0829068;REFB=-0.0064839;REVB=-0.0254058;RO=132;SAF=54;SAR=29;SRF=54;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263319;STB=0.648469;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00916816;OID=.;OPOS=28282206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:132:134:83:83:0.382488:29:54:54:78:29:54:55:79 chr1 28282292 . T C 1033.72 PASS AF=0.507614;AO=99;DP=196;FAO=100;FDP=197;FR=.;FRO=97;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.000760724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.013;QD=20.9892;RBI=0.00411406;REFB=0.0093228;REVB=0.00404312;RO=96;SAF=43;SAR=56;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873;STB=0.542406;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00911959;OID=.;OPOS=28282292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:96:97:99:100:0.507614:56:43:51:45:56:44:51:46 chr1 28422847 . C T 1980.56 PASS AF=0.956835;AO=131;DP=138;FAO=133;FDP=139;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=87;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.134713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.147;QD=56.9944;RBI=0.140161;REFB=-0.129437;REVB=0.0386955;RO=7;SAF=46;SAR=85;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081543;STB=0.507318;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0164009;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:138:139:7:6:131:133:0.956835:85:46:3:4:87:46:3:3 chr1 28477449 . G A 755.23 PASS AF=0.514085;AO=73;DP=142;FAO=73;FDP=142;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0473436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.511;QD=21.274;RBI=0.0483782;REFB=0.0149456;REVB=0.00995131;RO=69;SAF=30;SAR=43;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180094;STB=0.509895;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0190907;OID=.;OPOS=28477449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:69:69:73:73:0.514085:43:30:27:42:43:30:27:42 chr1 28598363 . G A 717.69 PASS AF=0.385321;AO=84;DP=218;FAO=84;FDP=218;FR=.;FRO=134;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=67;FSRR=67;FWDB=-0.0205277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8336;QD=13.1687;RBI=0.037576;REFB=-0.0101865;REVB=0.0314734;RO=132;SAF=45;SAR=39;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388159;STB=0.521991;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0197029;OID=.;OPOS=28598363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:132:134:84:84:0.385321:39:45:66:66:39:45:67:67 chr1 28600607 . A G 494.56 PASS AF=0.432;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=-0.00775907;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.845;QD=15.826;RBI=0.0248964;REFB=0.00360734;REVB=0.0236565;RO=70;SAF=20;SAR=34;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458716;STB=0.51989;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00473206;OID=.;OPOS=28600607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:125:70:71:54:54:0.432:34:20:23:47:34:20:24:47 chr1 28608596 . G A 367.59 PASS AF=0.354331;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=127;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.0162803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9757;QD=11.5777;RBI=0.036229;REFB=0.00590844;REVB=-0.032365;RO=81;SAF=12;SAR=33;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166509;STB=0.593093;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0113804;OID=.;OPOS=28608596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:81:82:45:45:0.354331:33:12:32:49:33:12:32:50 chr1 28638859 . A T 2664.71 PASS AF=0.961749;AO=175;DP=183;FAO=176;FDP=183;FR=.;FRO=7;FSAF=59;FSAR=117;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0203924;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.364;QD=58.245;RBI=0.0219423;REFB=-0.0525341;REVB=0.0081004;RO=2;SAF=59;SAR=116;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00391319;STB=0.508299;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000371069;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:183:183:2:7:175:176:0.961749:116:59:1:1:117:59:1:6 chr1 28793149 . C G 1258.26 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.504;QD=60.639;RBI=0.0555998;REFB=0;REVB=0.0262694;RO=1;SAF=20;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230849;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190418;OID=.;OPOS=28793149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:83:1:0:82:83:1:62:20:1:0:62:21:0:0 chr1 28975238 . G C 843.1 PASS AF=0.462766;AO=86;DP=188;FAO=87;FDP=188;FR=.;FRO=101;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.00339156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2995;QD=17.9383;RBI=0.0142055;REFB=0.0145933;REVB=-0.0137947;RO=100;SAF=35;SAR=51;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916799;STB=0.550767;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0170433;OID=.;OPOS=28975238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:100:101:86:87:0.462766:51:35:50:50:52:35:50:51 chr1 29029042 . A C 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00267195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.098;QD=20.8117;RBI=0.00275806;REFB=-0.01363;REVB=0.000683783;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056904;STB=0.544708;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0116986;OID=.;OPOS=29029042;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:14:9:10:12:14:9:11:12 chr1 29138975 . G T 1233.68 PASS AF=1;AO=73;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000864559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.043;QD=60.1794;RBI=0.0491942;REFB=0;REVB=0.0491866;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114548;OID=.;OPOS=29138975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:0:0:73:82:1:30:43:0:0:34:48:0:0 chr1 29189458 . G T 1043.69 PASS AF=0.5;AO=106;DP=212;FAO=106;FDP=212;FR=.;FRO=106;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=0.00331337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.223;QD=19.6922;RBI=0.0180607;REFB=-0.0166687;REVB=-0.0177542;RO=106;SAF=65;SAR=41;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122701;STB=0.567466;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0173414;OID=.;OPOS=29189458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:106:106:106:106:0.5:41:65:51:55:41:65:51:55 chr1 29189597 . C T 1783.83 PASS AF=0.51632;AO=170;DP=333;FAO=174;FDP=337;FR=.;FRO=163;FSAF=84;FSAR=90;FSRF=79;FSRR=84;FWDB=-0.0077088;FXX=0.00295849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.676;QD=21.173;RBI=0.0185334;REFB=0.0034361;REVB=0.0168541;RO=163;SAF=84;SAR=86;SRF=79;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00846426;STB=0.500922;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00261114;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:337:163:163:170:174:0.51632:86:84:79:84:90:84:79:84 chr1 29446811 . A G 455.36 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=123;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.0564425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5125;QD=14.8085;RBI=0.0589835;REFB=-0.0218091;REVB=-0.0171258;RO=66;SAF=27;SAR=25;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140062;STB=0.579802;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0536183;OID=.;OPOS=29446811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:71:52:52:0.422764:25:27:25:41:25:27:27:44 chr1 29475648 . T G 266.13 PASS AF=0.413333;AO=29;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0151071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.789;QD=14.1937;RBI=0.0342165;REFB=-0.0321723;REVB=-0.0307009;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634834;STB=0.525289;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0259722;OID=.;OPOS=29475648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:44:29:31:0.413333:16:13:17:16:17:14:18:26 chr1 29529699 . T C 580.1 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=156;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.0104565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9594;QD=14.8742;RBI=0.0188495;REFB=-0.0139296;REVB=0.0156833;RO=89;SAF=33;SAR=33;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519024;STB=0.532042;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.019827;OID=.;OPOS=29529699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:89:90:66:66:0.423077:33:33:40:49:33:33:40:50 chr1 29542637 . A G 779.4 PASS AF=0.458101;AO=82;DP=179;FAO=82;FDP=179;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=60;FWDB=-0.0185895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.567;QD=17.4167;RBI=0.0814312;REFB=-0.0259421;REVB=-0.0792809;RO=96;SAF=32;SAR=50;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00494091;STB=0.50502;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0383963;OID=.;OPOS=29542637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:96:97:82:82:0.458101:50:32:37:59:50:32:37:60 chr1 29630455 . C T 4763.73 PASS AF=0.984076;AO=309;DP=316;FAO=309;FDP=314;FR=.;FRO=5;FSAF=150;FSAR=159;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00989083;FXX=0.00946342;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.396;QD=60.6845;RBI=0.0359817;REFB=-0.0835482;REVB=0.0345956;RO=5;SAF=150;SAR=159;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00348112;STB=0.501826;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000480901;OID=.;OPOS=29630455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:316:314:5:5:309:309:0.984076:159:150:3:2:159:150:3:2 chr1 31188901 . A G 3150.22 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.516;QD=61.769;RBI=0.00846189;REFB=0;REVB=0.00221417;RO=0;SAF=93;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78032e-06;OID=.;OPOS=31188901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:204:0:0:203:204:1:110:93:0:0:110:94:0:0 chr1 31215364 . T C 593.39 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0221062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.751;QD=20.6395;RBI=0.022107;REFB=-0.00171458;REVB=-0.000191528;RO=55;SAF=32;SAR=28;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16235;STB=0.589154;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00180647;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:28:32:19:36:28:32:19:36 chr1 31346057 . A G 713.05 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=138;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.00321578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.14;QD=20.6682;RBI=0.0437103;REFB=-0.0022323;REVB=-0.0435918;RO=68;SAF=39;SAR=31;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283046;STB=0.515575;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00221413;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:68:68:70:70:0.507246:31:39:40:28:31:39:40:28 chr1 31347320 . G A 1038.4 PASS AF=0.44856;AO=109;DP=243;FAO=109;FDP=243;FR=.;FRO=134;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=66;FSRR=68;FWDB=0.0127034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2805;QD=17.0931;RBI=0.0444798;REFB=-0.0233594;REVB=0.0426272;RO=134;SAF=48;SAR=61;SRF=66;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522555;STB=0.528977;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0211197;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:134:134:109:109:0.44856:61:48:66:68:61:48:66:68 chr1 31349675 . G A 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00294953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.53;QD=19.2764;RBI=0.0765669;REFB=-0.0118255;REVB=0.0765101;RO=33;SAF=25;SAR=9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424979;STB=0.52369;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0110852;OID=.;OPOS=31349675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:9:25:23:10:9:25:23:10 chr1 31426815 . A G 780.58 PASS AF=0.482143;AO=81;DP=168;FAO=81;FDP=168;FR=.;FRO=87;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.00945913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.463;QD=18.5852;RBI=0.0128388;REFB=-0.0125432;REVB=-0.00868103;RO=86;SAF=43;SAR=38;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829157;STB=0.542696;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0159272;OID=.;OPOS=31426815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:86:87:81:81:0.482143:38:43:38:48:38:43:39:48 chr1 31445932 . C A,G 3062.2 PASS AF=0.040404,0.954545;AO=10,185;DP=197;FAO=8,189;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=5,93;FSAR=3,96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130231,-0.0138259;FXX=0.0099995;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.226,79.8196;QD=61.8627;RBI=0.013627,0.028312;REFB=0.0761801,0.1505;REVB=-0.00401174,0.0247066;RO=0;SAF=6,92;SAR=4,93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.571246,0.50259;STBP=0.279,0.505;TYPE=snp,snp;VARB=0.0567036,-0.000398807;OID=.,.;OPOS=31445932,31445932;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:197:198:0:1:10,185:8,189:0.040404,0.954545:4,93:6,92:0:0:3,96:5,93:0:1 chr1 31653937 . G A 260.15 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0151476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.106;QD=16.784;RBI=0.016238;REFB=-0.00195699;REVB=-0.00584991;RO=33;SAF=9;SAR=20;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251107;STB=0.514129;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00182962;OID=.;OPOS=31653937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:20:9:11:22:20:9:11:22 chr1 31732788 . C T 985.43 PASS AF=0.497512;AO=99;DP=200;FAO=100;FDP=201;FR=.;FRO=101;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=0.0552465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.972;QD=19.6105;RBI=0.0552828;REFB=-0.00828899;REVB=-0.00200319;RO=101;SAF=38;SAR=61;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495937;STB=0.523844;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0102105;OID=.;OPOS=31732788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:101:101:99:100:0.497512:61:38:44:57:61:39:44:57 chr1 31733830 . T C 479.25 PASS AF=0.49505;AO=47;DP=97;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0252463;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.195;QD=18.9803;RBI=0.0328383;REFB=-0.0173947;REVB=0.0209996;RO=48;SAF=12;SAR=35;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885947;STB=0.568928;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.016687;OID=.;OPOS=31733830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:48:51:47:50:0.49505:35:12:16:32:37:13:19:32 chr1 31733926 . A G 508.94 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0113519;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.808;QD=25.4471;RBI=0.0311371;REFB=0.0158655;REVB=0.028994;RO=33;SAF=20;SAR=27;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222772;STB=0.51219;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00905783;OID=.;OPOS=31733926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:33:33:47:47:0.5875:27:20:15:18:27:20:15:18 chr1 31740706 . A G 244.22 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0192054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.762;QD=13.0248;RBI=0.0490199;REFB=-0.0233551;REVB=0.045101;RO=46;SAF=18;SAR=11;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111211;STB=0.506362;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0435453;OID=.;OPOS=31740706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:11:18:29:17:11:18:29:17 chr1 31837196 . G T 1599.51 PASS AF=0.47093;AO=161;DP=345;FAO=162;FDP=344;FR=.;FRO=182;FSAF=84;FSAR=78;FSRF=97;FSRR=85;FWDB=-0.0312723;FXX=0.00578018;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.886;QD=18.599;RBI=0.0318571;REFB=-0.0157663;REVB=-0.00607627;RO=182;SAF=83;SAR=78;SRF=97;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016822;STB=0.507658;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0180448;OID=.;OPOS=31837196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:344:182:182:161:162:0.47093:78:83:97:85:78:84:97:85 chr1 31882730 . G A 310.45 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-1.9145e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.17;QD=21.41;RBI=0.0154789;REFB=-0.0101723;REVB=0.0154789;RO=23;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153945;STB=0.584052;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00689408;OID=.;OPOS=31882730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:26:32:32:0.551724:13:19:18:5:13:19:20:6 chr1 31883295 . T C 3881.7 PASS AF=1;AO=245;DP=246;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7083;QD=61.8598;RBI=0.00554754;REFB=0;REVB=0.00513075;RO=0;SAF=106;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2248e-05;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:246:251:0:0:245:251:1:139:106:0:0:142:109:0:0 chr1 31898234 . T C 674.91 PASS AF=0.467532;AO=71;DP=154;FAO=72;FDP=154;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.0271272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4049;QD=17.5302;RBI=0.0441558;REFB=-0.00129433;REVB=-0.0348403;RO=81;SAF=28;SAR=43;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156133;STB=0.592405;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00080778;OID=.;OPOS=31898234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:81:82:71:72:0.467532:43:28:45:36:44:28:46:36 chr1 31905889 . A ACAG 938.31 PASS AF=0.436681;AO=97;DP=250;FAO=100;FDP=229;FR=.;FRO=129;FSAF=28;FSAR=72;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=-0.0448635;FXX=0.0418393;HRUN=1;LEN=3;MLLD=214.998;QD=16.3897;RBI=0.0469287;REFB=-0.0505037;REVB=0.0137683;RO=139;SAF=27;SAR=70;SRF=64;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212072;STB=0.616078;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0535616;OID=.;OPOS=31905890;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.436681:97:250:100:229:129:28:72:60:69:99:139:27:70:64:75 chr1 31907457 . A G 2221.44 PASS AF=0.980263;AO=149;DP=152;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0056054;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9178;QD=58.4591;RBI=0.0172643;REFB=0.0461473;REVB=-0.0163289;RO=3;SAF=77;SAR=72;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181672;STB=0.509553;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000103214;OID=.;OPOS=31907457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:152:152:3:3:149:149:0.980263:72:77:3:0:72:77:3:0 chr1 31971977 . A G 162.42 PASS AF=0.515152;AO=18;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.01628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.786;QD=19.6868;RBI=0.107173;REFB=0.00924551;REVB=-0.105929;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541852;STB=0.510626;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.0118238;OID=.;OPOS=31971977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:18:17:0.515152:13:5:5:10:12:5:5:11 chr1 31973122 . GTGGAGTCTGTC G 238.78 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00530131;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=11;MLLD=315.86;QD=11.3703;RBI=0.0155705;REFB=-0.00382442;REVB=-0.0146403;RO=51;SAF=12;SAR=17;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170556;STB=0.620356;STBP=0.13;TYPE=del;VARB=0.00621917;OID=.;OPOS=31973123;OREF=TGGAGTCTGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345238:29:85:29:84:55:12:17:33:22:99:51:12:17:29:22 chr1 31973138 . T C 271.59 PASS AF=0.372093;AO=31;DP=85;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0111571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.485;QD=12.6322;RBI=0.0128113;REFB=-0.0204059;REVB=0.00629665;RO=54;SAF=14;SAR=17;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154729;STB=0.577264;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0174573;OID=.;OPOS=31973138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:54:54:31:32:0.372093:17:14:32:22:17:15:32:22 chr1 31973348 . A C 584.71 PASS AF=0.433566;AO=62;DP=143;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0146343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.281;QD=16.3556;RBI=0.0616957;REFB=-0.00533482;REVB=0.059935;RO=80;SAF=30;SAR=32;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288723;STB=0.512631;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00760337;OID=.;OPOS=31973348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:80:81:62:62:0.433566:32:30:41:39:32:30:41:40 chr1 31973409 . G A 642.96 PASS AF=0.452055;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.00128082;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.106;QD=17.6154;RBI=0.00397048;REFB=-0.0148137;REVB=0.00375822;RO=78;SAF=34;SAR=32;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397431;STB=0.515147;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0199378;OID=.;OPOS=31973409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:78:80:66:66:0.452055:32:34:37:41:32:34:39:41 chr1 31973440 . G A 574.29 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0267794;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.568;QD=17.5356;RBI=0.0364039;REFB=-0.00549178;REVB=0.0246599;RO=71;SAF=28;SAR=32;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119316;STB=0.506637;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00611086;OID=.;OPOS=31973440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:71:71:60:60:0.458015:32:28:34:37:32:28:34:37 chr1 32084904 . C T 2082.55 PASS AF=0.507353;AO=207;DP=408;FAO=207;FDP=408;FR=.;FRO=201;FSAF=98;FSAR=109;FSRF=95;FSRR=106;FWDB=0.00867549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4225;QD=20.4171;RBI=0.0208421;REFB=-0.0129779;REVB=0.0189508;RO=200;SAF=98;SAR=109;SRF=94;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00309248;STB=0.500392;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0108617;OID=.;OPOS=32084904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:408:200:201:207:207:0.507353:109:98:94:106:109:98:95:106 chr1 32092525 . A G 836.7 PASS AF=0.443902;AO=93;DP=206;FAO=91;FDP=205;FR=.;FRO=114;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=-0.0114321;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.549;QD=16.3259;RBI=0.0119001;REFB=-0.00866087;REVB=-0.00330432;RO=112;SAF=37;SAR=56;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137231;STB=0.567237;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0123617;OID=.;OPOS=32092525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:112:114:93:91:0.443902:56:37:60:52:54:37:60:54 chr1 32092918 . T TTCC 436.11 PASS AF=0.369565;AO=49;DP=147;FAO=51;FDP=138;FR=.;FRO=87;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=-0.00890333;FXX=0.0212751;HRUN=2;LEN=3;MLLD=297.531;QD=12.641;RBI=0.0116761;REFB=-0.00467518;REVB=-0.00755402;RO=93;SAF=16;SAR=33;SRF=35;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062807;STB=0.524055;STBP=0.679;TYPE=ins;VARB=0.00787504;OID=.;OPOS=32092919;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=TTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565:49:147:51:138:87:17:34:32:55:99:93:16:33:35:58 chr1 32096265 . A G 638.57 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.00204863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0393;QD=18.7815;RBI=0.0170356;REFB=0.0423968;REVB=0.016912;RO=71;SAF=28;SAR=37;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724552;STB=0.540134;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0512424;OID=.;OPOS=32096265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:71:65:65:0.477941:37:28:36:35:37:28:36:35 chr1 32127953 . G A 691.16 PASS AF=0.607477;AO=65;DP=107;FAO=65;FDP=107;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.000534787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.546;QD=25.8377;RBI=0.00972203;REFB=-0.00537763;REVB=0.00970731;RO=41;SAF=27;SAR=38;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365694;STB=0.523717;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00474817;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:41:42:65:65:0.607477:38:27:15:26:38:27:15:27 chr1 32148571 . A G 1540.41 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.569;QD=59.8218;RBI=0.0318375;REFB=0;REVB=0.0279694;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37105e-05;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:51:52:0:0:51:52:0:0 chr1 32162678 . C CG 46.36 PASS AF=0.169697;AO=44;DP=171;FAO=28;FDP=165;FR=.;FRO=137;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=69;FWDB=-0.0156121;FXX=0.0119753;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.0596;QD=1.12387;RBI=0.0408483;REFB=-0.0129352;REVB=-0.0377472;RO=122;SAF=34;SAR=10;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411576;STB=0.686138;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.166706;OID=.;OPOS=32162679;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169697:44:171:28:165:137:20:8:68:69:46:122:34:10:55:67 chr1 32221745 . G A 1145.78 PASS AF=0.487288;AO=115;DP=234;FAO=115;FDP=236;FR=.;FRO=121;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=53;FSRR=68;FWDB=-0.0028605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.674;QD=19.42;RBI=0.015712;REFB=-0.0243907;REVB=-0.0154494;RO=118;SAF=48;SAR=67;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219647;STB=0.510831;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0241869;OID=.;OPOS=32221745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:236:118:121:115:115:0.487288:67:48:52:66:67:48:53:68 chr1 32279629 . G A 1458.59 PASS AF=0.435262;AO=158;DP=363;FAO=158;FDP=363;FR=.;FRO=205;FSAF=79;FSAR=79;FSRF=99;FSRR=106;FWDB=0.0442233;FXX=0.00274718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.985;QD=16.0726;RBI=0.0442315;REFB=-0.00823897;REVB=0.000851573;RO=205;SAF=79;SAR=79;SRF=99;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173791;STB=0.509641;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0109424;OID=.;OPOS=32279629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:363:205:205:158:158:0.435262:79:79:99:106:79:79:99:106 chr1 32280610 . T C 2043.28 PASS AF=0.465066;AO=212;DP=457;FAO=213;FDP=458;FR=.;FRO=245;FSAF=96;FSAR=117;FSRF=132;FSRR=113;FWDB=-0.0104764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.943;QD=17.8452;RBI=0.0150591;REFB=-0.00789712;REVB=-0.0108175;RO=244;SAF=96;SAR=116;SRF=132;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856346;STB=0.547128;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.011167;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:457:458:244:245:212:213:0.465066:116:96:132:112:117:96:132:113 chr1 32544768 . A G 148.63 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0138422;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.368;QD=11.6572;RBI=0.0159441;REFB=-0.00306901;REVB=-0.00791242;RO=32;SAF=13;SAR=5;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00471816;STB=0.519977;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00590529;OID=.;OPOS=32544768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:5:13:23:9:5:13:23:10 chr1 32557486 . A G 1034.04 PASS AF=0.455696;AO=107;DP=241;FAO=108;FDP=237;FR=.;FRO=129;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=63;FSRR=66;FWDB=-0.00975348;FXX=0.0206603;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5951;QD=17.4521;RBI=0.00979033;REFB=-0.0171269;REVB=0.000848639;RO=125;SAF=59;SAR=48;SRF=59;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077473;STB=0.536716;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0211796;OID=.;OPOS=32557486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:237:125:129:107:108:0.455696:48:59:59:66:48:60:63:66 chr1 32672908 . T G 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.000172069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.18;QD=14.259;RBI=0.0369772;REFB=-0.00339103;REVB=-0.0369768;RO=41;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895488;STB=0.550985;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00550284;OID=.;OPOS=32672908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:18:11:19:22:18:11:19:22 chr1 32672932 . G A 673.84 PASS AF=0.59596;AO=59;DP=99;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0131084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9383;QD=27.2259;RBI=0.0259045;REFB=0.00892158;REVB=0.0223431;RO=40;SAF=32;SAR=27;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141892;STB=0.577237;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00303686;OID=.;OPOS=32672932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:40:40:59:59:0.59596:27:32:14:26:27:32:14:26 chr1 32694819 . A G 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0535268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.671;QD=19.4009;RBI=0.055636;REFB=0.00653603;REVB=-0.015174;RO=38;SAF=17;SAR=21;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724984;STB=0.540233;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.0075931;OID=.;OPOS=32694819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:21:17:14:24:21:17:14:24 chr1 32706791 . G T 604.69 PASS AF=0.435065;AO=66;DP=153;FAO=67;FDP=154;FR=.;FRO=87;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=0.0236015;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.64;QD=15.7061;RBI=0.024421;REFB=-0.01519;REVB=-0.00627329;RO=86;SAF=45;SAR=21;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991638;STB=0.545847;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0230129;OID=.;OPOS=32706791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:86:87:66:67:0.435065:21:45:51:35:22:45:52:35 chr1 32713199 . A G 473.4 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00693488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9939;QD=18.936;RBI=0.0191056;REFB=-0.00277551;REVB=-0.0178025;RO=53;SAF=30;SAR=17;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351533;STB=0.51959;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00264733;OID=.;OPOS=32713199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:17:30:32:21:17:30:32:21 chr1 32830964 . CA C 41.31 PASS AF=0.272727;AO=26;DP=85;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=46;FWDB=-0.237468;FXX=0.0941066;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.71596;QD=2.14619;RBI=0.256796;REFB=-0.0882434;REVB=0.097739;RO=42;SAF=8;SAR=18;SRF=2;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399741;STB=0.549246;STBP=0.731;TYPE=del;VARB=0.0374714;OID=.;OPOS=32830965;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:26:85:21:77:56:3:18:10:46:41:42:8:18:2:40 chr1 32831583 . C T 677.08 PASS AF=0.565217;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0148074;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.896;QD=23.5507;RBI=0.0152825;REFB=-0.0343938;REVB=-0.00378087;RO=48;SAF=43;SAR=22;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135775;STB=0.519899;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0334105;OID=.;OPOS=32831583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:48:50:65:65:0.565217:22:43:31:17:22:43:31:19 chr1 33065947 . G C 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.979;QD=61.0488;RBI=0.0323916;REFB=0;REVB=-0.0144974;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78534e-05;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:46:32:0:0:46:32:0:0 chr1 33099637 . A G 356.86 PASS AF=0.44186;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0116279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.146;QD=16.5983;RBI=0.0209242;REFB=-0.025136;REVB=0.0173958;RO=48;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552939;STB=0.523244;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0270094;OID=.;OPOS=33099637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:48:48:37:38:0.44186:19:18:26:22:19:19:26:22 chr1 33133968 . T C 1175.88 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=3.40261e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.494;QD=59.5382;RBI=0.00735454;REFB=-0.011962;REVB=0.00735446;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133317;STB=0.50704;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=8.82714e-07;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:43:35:1:0:43:35:1:0 chr1 33145948 . T G 34.86 PASS AF=0.454545;AO=2;DP=12;FAO=5;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0155853;FXX=0.0832639;HRUN=11;LEN=1;MLLD=170.218;QD=12.6773;RBI=0.0312366;REFB=-0.0159771;REVB=0.0270707;RO=3;SAF=2;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.691764;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0225909;OID=.;OPOS=33145948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:11:3:5:2:5:0.454545:0:2:3:0:1:4:5:0 chr1 33149698 . AAG A 309.37 PASS AF=0.410853;AO=42;DP=121;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0101209;FXX=0.0227256;HRUN=5;LEN=2;MLLD=207.67;QD=9.59287;RBI=0.0104516;REFB=-0.00685475;REVB=-0.00260832;RO=46;SAF=21;SAR=21;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102096;STB=0.570571;STBP=0.197;TYPE=del;VARB=0.00974992;OID=.;OPOS=33149699;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410853:42:121:53:129:76:28:25:31:45:99:46:21:21:18:28 chr1 33160644 . T G 264.46 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0340069;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.149;QD=17.6305;RBI=0.0350368;REFB=-0.00917871;REVB=0.00843264;RO=31;SAF=8;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182796;STB=0.603058;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0100639;OID=.;OPOS=33160644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:31:29:29:0.483333:21:8:14:17:21:8:14:17 chr1 33160878 . C T 421.75 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00266705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.897;QD=26.3593;RBI=0.00305116;REFB=-0.00815564;REVB=0.00148203;RO=24;SAF=24;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155318;STB=0.584863;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00375855;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:16:24:9:15:16:24:9:15 chr1 33161212 . T C 661.46 PASS AF=0.394737;AO=74;DP=190;FAO=75;FDP=190;FR=.;FRO=115;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=-0.0208885;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.455;QD=13.9254;RBI=0.0284848;REFB=-0.0276373;REVB=-0.0193662;RO=113;SAF=41;SAR=33;SRF=63;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376853;STB=0.502134;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0336308;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:113:115:74:75:0.394737:33:41:63:50:33:42:64:51 chr1 33161264 . C T 1210.91 PASS AF=0.531532;AO=118;DP=222;FAO=118;FDP=222;FR=.;FRO=104;FSAF=71;FSAR=47;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=-0.00865408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.478;QD=21.8182;RBI=0.00971606;REFB=-0.0228827;REVB=0.00441688;RO=104;SAF=71;SAR=47;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305408;STB=0.516688;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.022022;OID=.;OPOS=33161264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:104:104:118:118:0.531532:47:71:59:45:47:71:59:45 chr1 33231380 . T G 564.7 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.0350197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7253;QD=21.1102;RBI=0.0532817;REFB=0.00763234;REVB=-0.0401567;RO=49;SAF=41;SAR=16;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380514;STB=0.524038;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0089298;OID=.;OPOS=33231380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:49:50:57:57:0.53271:16:41:37:12:16:41:38:12 chr1 33231403 . G T 530.25 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=42;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=0.001992;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.696;QD=24.9527;RBI=0.00353906;REFB=-0.0328111;REVB=-0.00292521;RO=36;SAF=42;SAR=7;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364295;STB=0.519992;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0200617;OID=.;OPOS=33231403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:36:49:49:0.576471:7:42:30:6:7:42:30:6 chr1 33235626 . G A 1180.21 PASS AF=0.457565;AO=124;DP=272;FAO=124;FDP=271;FR=.;FRO=147;FSAF=51;FSAR=73;FSRF=88;FSRR=59;FWDB=0.00408779;FXX=0.0109485;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.882;QD=17.4201;RBI=0.031382;REFB=-0.0187187;REVB=0.0311146;RO=141;SAF=51;SAR=73;SRF=88;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203626;STB=0.601145;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0154481;OID=.;OPOS=33235626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:141:147:124:124:0.457565:73:51:88:53:73:51:88:59 chr1 33324088 . C G 498.56 PASS AF=0.5;AO=51;DP=105;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0111995;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.855;QD=18.8135;RBI=0.0518119;REFB=-0.00245638;REVB=-0.050587;RO=53;SAF=21;SAR=30;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106793;STB=0.55944;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00174675;OID=.;OPOS=33324088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:53:53:51:53:0.5:30:21:16:37:31:22:16:37 chr1 33328165 . G A 1522.4 PASS AF=0.456395;AO=156;DP=342;FAO=157;FDP=344;FR=.;FRO=187;FSAF=58;FSAR=99;FSRF=95;FSRR=92;FWDB=-0.0118605;FXX=0.00289847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.932;QD=17.7023;RBI=0.020611;REFB=-0.0020276;REVB=0.0168565;RO=183;SAF=58;SAR=98;SRF=92;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131727;STB=0.577569;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00238366;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:344:183:187:156:157:0.456395:98:58:92:91:99:58:95:92 chr1 33361228 . A G 496.69 PASS AF=0.45;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0162472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5689;QD=16.5562;RBI=0.0422083;REFB=-0.0143493;REVB=-0.0389559;RO=63;SAF=22;SAR=32;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00529232;STB=0.509551;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.023239;OID=.;OPOS=33361228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:63:66:54:54:0.45:32:22:26:37:32:22:28:38 chr1 33409693 . G A 451.52 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0216539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0606;QD=24.7408;RBI=0.0231176;REFB=-0.0620589;REVB=0.00809511;RO=30;SAF=23;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116831;STB=0.50064;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0333241;OID=.;OPOS=33409693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:20:23:16:14:20:23:16:14 chr1 33475721 . G C 107.1 PASS AF=0.159091;AO=20;DP=132;FAO=21;FDP=132;FR=.;FRO=111;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=-0.059287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0504;QD=3.24536;RBI=0.0609449;REFB=-0.00859135;REVB=-0.0141183;RO=111;SAF=9;SAR=11;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235318;STB=0.533884;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.045251;OID=.;OPOS=33475721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:111:111:20:21:0.159091:11:9:52:59:12:9:52:59 chr1 33475750 . A G 144.22 PASS AF=0.180556;AO=22;DP=142;FAO=26;FDP=144;FR=.;FRO=118;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=-0.0112559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.296;QD=4.00602;RBI=0.0115817;REFB=-0.012243;REVB=-0.00272791;RO=117;SAF=11;SAR=11;SRF=57;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162997;STB=0.549531;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0301271;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:117:118:22:26:0.180556:11:11:57:60:15:11:57:61 chr1 33475767 . G A 166.44 PASS AF=0.195804;AO=28;DP=144;FAO=28;FDP=143;FR=.;FRO=115;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=0.0189711;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.397;QD=4.65566;RBI=0.0190264;REFB=-0.00277171;REVB=-0.00145011;RO=115;SAF=11;SAR=17;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995255;STB=0.562868;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0100022;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:115:115:28:28:0.195804:17:11:54:61:17:11:54:61 chr1 33476385 . C G 40.27 PASS AF=0.125;AO=9;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00890365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3991;QD=2.517;RBI=0.0390124;REFB=0.00135187;REVB=-0.0379828;RO=54;SAF=6;SAR=3;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205455;STB=0.737492;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.013066;OID=.;OPOS=33476385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:54:56:9:8:0.125:3:6:27:27:2:6:27:29 chr1 33476387 . C T 47.31 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00142171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.668;QD=2.95666;RBI=0.00702;REFB=-0.00403965;REVB=0.00687453;RO=51;SAF=6;SAR=3;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217295;STB=0.65229;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.028806;OID=.;OPOS=33476387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:51:55:9:9:0.140625:3:6:25:26:3:6:27:28 chr1 33476396 . G A 46.5 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0412255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.185;QD=2.86128;RBI=0.0413101;REFB=-0.013888;REVB=0.00264285;RO=56;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184534;STB=0.631281;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.109401;OID=.;OPOS=33476396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:56:56:9:9:0.138462:3:6:29:27:3:6:29:27 chr1 33476404 . T G 41.06 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.030306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6237;QD=2.60696;RBI=0.0333501;REFB=-0.0115151;REVB=-0.0139202;RO=53;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118049;STB=0.586824;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0634524;OID=.;OPOS=33476404;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:63:53:55:8:8:0.126984:3:5:28:25:3:5:29:26 chr1 33478959 . C G 33.75 PASS AF=0.0635593;AO=15;DP=237;FAO=15;FDP=236;FR=.;FRO=221;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=92;FSRR=129;FWDB=-0.00327986;FXX=0.00421923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.267;QD=0.572033;RBI=0.0224862;REFB=-0.000168145;REVB=-0.0222457;RO=211;SAF=5;SAR=10;SRF=89;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993604;STB=0.582469;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00180784;OID=.;OPOS=33478959;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:237:236:211:221:15:15:0.0635593:10:5:89:122:10:5:92:129 chr1 33478983 . G A 31.27 PASS AF=0.0677966;AO=12;DP=177;FAO=12;FDP=177;FR=.;FRO=165;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=78;FSRR=87;FWDB=-0.0240787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0607;QD=0.706698;RBI=0.025567;REFB=0.00251874;REVB=0.00859574;RO=165;SAF=5;SAR=7;SRF=78;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605766;STB=0.552718;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0353477;OID=.;OPOS=33478983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:177:177:165:165:12:12:0.0677966:7:5:78:87:7:5:78:87 chr1 33583638 . G A 164.86 PASS AF=0.175141;AO=31;DP=177;FAO=31;FDP=177;FR=.;FRO=146;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=81;FSRR=65;FWDB=-0.0348507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7461;QD=3.72565;RBI=0.0831071;REFB=-0.00423189;REVB=0.0754468;RO=144;SAF=15;SAR=16;SRF=80;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919024;STB=0.558305;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.018473;OID=.;OPOS=33583638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:144:146:31:31:0.175141:16:15:80:64:16:15:81:65 chr1 33613054 . G A 914.63 PASS AF=0.564103;AO=88;DP=157;FAO=88;FDP=156;FR=.;FRO=68;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0198112;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.091;QD=23.4521;RBI=0.0689165;REFB=-0.0335482;REVB=0.0660076;RO=68;SAF=48;SAR=40;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00107819;STB=0.500587;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0229481;OID=.;OPOS=33613054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:68:68:88:88:0.564103:40:48:37:31:40:48:37:31 chr1 33631069 . C A 1812.1 PASS AF=0.490716;AO=181;DP=375;FAO=185;FDP=377;FR=.;FRO=192;FSAF=91;FSAR=94;FSRF=89;FSRR=103;FWDB=0.0219692;FXX=0.00527691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.428;QD=19.2265;RBI=0.0220601;REFB=-0.0028663;REVB=-0.00200103;RO=194;SAF=89;SAR=92;SRF=89;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310598;STB=0.514447;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00325134;OID=.;OPOS=33631069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:377:194:192:181:185:0.490716:92:89:89:105:94:91:89:103 chr1 33646950 . A G 440.2 PASS AF=0.47;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0361773;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5936;QD=17.6082;RBI=0.115077;REFB=-0.0162975;REVB=-0.109243;RO=53;SAF=24;SAR=23;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370406;STB=0.520621;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0165463;OID=.;OPOS=33646950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:53:53:47:47:0.47:23:24:25:28:23:24:25:28 chr1 33957130 . C A 416.11 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0169397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.432;QD=16.1596;RBI=0.0196889;REFB=-0.0103186;REVB=0.0100349;RO=57;SAF=37;SAR=9;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206816;STB=0.616965;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0149193;OID=.;OPOS=33957130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:46:46:0.446602:9:37:37:20:9:37:37:20 chr1 33957152 . T G 2162.82 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.77;QD=62.6905;RBI=0.0420629;REFB=0;REVB=0.0399541;RO=0;SAF=86;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75575e-05;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:126:138:0:0:124:138:1:38:86:0:0:50:88:0:0 chr1 33960062 . A G 1970.85 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.001;QD=62.0742;RBI=0.0284887;REFB=0;REVB=0.00724777;RO=0;SAF=53;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54163e-05;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:74:53:0:0:74:53:0:0 chr1 33961722 . C T 779.1 PASS AF=0.907692;AO=58;DP=64;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0366078;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.8174;QD=47.9445;RBI=0.0375581;REFB=-0.0514124;REVB=0.00839498;RO=6;SAF=34;SAR=24;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762961;STB=0.539461;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00461808;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:64:65:6:6:58:59:0.907692:24:34:6:0:24:35:6:0 chr1 33981769 . C T 599.02 PASS AF=0.392045;AO=69;DP=176;FAO=69;FDP=176;FR=.;FRO=107;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=-0.00448243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.527;QD=13.614;RBI=0.00448311;REFB=-0.0102634;REVB=7.76688e-05;RO=106;SAF=31;SAR=38;SRF=44;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373027;STB=0.517697;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0158445;OID=.;OPOS=33981769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:106:107:69:69:0.392045:38:31:44:62:38:31:45:62 chr1 34011669 . C T 801.65 PASS AF=0.468927;AO=83;DP=173;FAO=83;FDP=177;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.00769947;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.89;QD=18.1163;RBI=0.0155883;REFB=-0.0139398;REVB=0.0135541;RO=90;SAF=36;SAR=47;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941495;STB=0.563472;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0165566;OID=.;OPOS=34011669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:177:90:94:83:83:0.468927:47:36:48:42:47:36:52:42 chr1 34038214 . T C 2838.46 PASS AF=0.98913;AO=182;DP=184;FAO=182;FDP=184;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0493833;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4503;QD=61.7056;RBI=0.0896254;REFB=-0.136562;REVB=0.0747931;RO=2;SAF=86;SAR=96;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000570248;STB=0.5003;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00118389;OID=.;OPOS=34038214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:184:184:2:2:182:182:0.98913:96:86:1:1:96:86:1:1 chr1 34071525 . C T 277.71 PASS AF=0.388889;AO=19;DP=73;FAO=28;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0105355;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.752;QD=15.4282;RBI=0.0237604;REFB=-0.0122294;REVB=0.021297;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105535;STB=0.512811;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0251175;OID=.;OPOS=34071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:40:19:28:0.388889:8:11:20:21:16:12:18:22 chr1 34090679 . T C 2042.23 PASS AF=0.428023;AO=221;DP=520;FAO=223;FDP=521;FR=.;FRO=298;FSAF=119;FSAR=104;FSRF=143;FSRR=155;FWDB=-0.00783484;FXX=0.00191567;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.973;QD=15.6793;RBI=0.00862356;REFB=-0.0106823;REVB=-0.00360291;RO=292;SAF=117;SAR=104;SRF=138;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582847;STB=0.530762;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.013184;OID=.;OPOS=34090679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:520:521:292:298:221:223:0.428023:104:117:138:154:104:119:143:155 chr1 34270498 . G A 660.71 PASS AF=0.421965;AO=72;DP=174;FAO=73;FDP=173;FR=.;FRO=100;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.00179493;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.883;QD=15.2766;RBI=0.00189326;REFB=-0.0183249;REVB=0.000602217;RO=99;SAF=45;SAR=27;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137737;STB=0.574571;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0145459;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:99:100:72:73:0.421965:27:45:49:50:28:45:49:51 chr1 34285342 . G A 1184.75 PASS AF=0.483607;AO=117;DP=244;FAO=118;FDP=244;FR=.;FRO=126;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=0.0459952;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7147;QD=19.4221;RBI=0.0661465;REFB=0.00222987;REVB=0.0475374;RO=127;SAF=62;SAR=55;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245897;STB=0.517541;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00242413;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:127:126:117:118:0.483607:55:62:64:63:55:63:63:63 chr1 34285381 . C T 1202.61 PASS AF=0.512931;AO=117;DP=231;FAO=119;FDP=232;FR=.;FRO=113;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=-0.0150211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.517;QD=20.7346;RBI=0.0314627;REFB=-0.00550347;REVB=0.0276454;RO=109;SAF=63;SAR=54;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622176;STB=0.541934;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00482937;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:109:113:117:119:0.512931:54:63:51:58:54:65:52:61 chr1 34329897 . T C 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.934;QD=61.212;RBI=0.01322;REFB=0;REVB=0.0128612;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36151e-05;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:39:40:0:0:39:40:0:0 chr1 34330067 . A C 362.52 PASS AF=0.369748;AO=44;DP=119;FAO=44;FDP=119;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.000854762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.189;QD=12.1856;RBI=0.0104392;REFB=-0.00340126;REVB=0.0104042;RO=74;SAF=24;SAR=20;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501345;STB=0.524529;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00843526;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:74:75:44:44:0.369748:20:24:37:37:20:24:38:37 chr1 34578613 . A G 462.05 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00583812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.864;QD=18.1194;RBI=0.0058653;REFB=-0.0175408;REVB=-0.000564004;RO=52;SAF=19;SAR=30;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410958;STB=0.516123;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0185888;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:53:49:49:0.480392:30:19:18:34:30:19:19:34 chr1 35184033 . C T 1443.93 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331451;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.722;QD=63.4695;RBI=0.034437;REFB=0;REVB=0.00934421;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147996;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr1 35260885 . C T 711.05 PASS AF=0.412698;AO=78;DP=189;FAO=78;FDP=189;FR=.;FRO=111;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=69;FWDB=-0.00709867;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.72;QD=15.0487;RBI=0.0238639;REFB=-0.00503046;REVB=-0.0227837;RO=109;SAF=34;SAR=44;SRF=41;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639382;STB=0.534642;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00705968;OID=.;OPOS=35260885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:109:111:78:78:0.412698:44:34:41:68:44:34:42:69 chr1 35562965 . G A 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.412;QD=57.3819;RBI=0.00922818;REFB=0;REVB=-0.008714;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00138e-05;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr1 35563206 . C G 259.4 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0393673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.802;QD=16.4699;RBI=0.0401529;REFB=-0.0193369;REVB=-0.00790374;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816066;STB=0.56287;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0207635;OID=.;OPOS=35563206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:34:29:29:0.460317:12:17:16:16:12:17:16:18 chr1 35661575 . G C 306.92 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00233063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6506;QD=20.4616;RBI=0.015358;REFB=0.00917147;REVB=-0.0151801;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242218;STB=0.641019;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0117614;OID=.;OPOS=35661575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:32:32:0.533333:19:13:19:8:19:13:20:8 chr1 36225948 . T C 692.75 PASS AF=0.446429;AO=75;DP=168;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.00590114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5964;QD=16.494;RBI=0.00939392;REFB=0.025629;REVB=-0.00730906;RO=91;SAF=43;SAR=32;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567485;STB=0.538007;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0230267;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:91:93:75:75:0.446429:32:43:47:44:32:43:47:46 chr1 36316571 . A C 663.28 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=129;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0302845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.295;QD=20.5669;RBI=0.0327262;REFB=-0.000872678;REVB=0.0124038;RO=62;SAF=35;SAR=31;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139651;STB=0.580177;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000786644;OID=.;OPOS=36316571;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:62:63:66:66:0.511628:31:35:23:39:31:35:23:40 chr1 36553673 . A G 2284.13 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=153;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.054277;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.153;QD=60.1088;RBI=0.0794696;REFB=-0.064955;REVB=-0.0580468;RO=1;SAF=83;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569678;STB=0.502994;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000144143;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:152:1:1:151:151:0.993421:68:83:1:0:68:83:1:0 chr1 36642420 . T C 1337.22 PASS AF=0.487365;AO=135;DP=278;FAO=135;FDP=277;FR=.;FRO=142;FSAF=33;FSAR=102;FSRF=26;FSRR=116;FWDB=-0.00103846;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.79;QD=19.31;RBI=0.00922349;REFB=-0.0287019;REVB=-0.00916485;RO=138;SAF=33;SAR=102;SRF=23;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103126;STB=0.544499;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0337504;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:277:138:142:135:135:0.487365:102:33:23:115:102:33:26:116 chr1 36773543 . C G 521.65 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=45;FSRF=7;FSRR=61;FWDB=0.0103443;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.036;QD=16.8274;RBI=0.0118185;REFB=-0.0130492;REVB=-0.00571598;RO=68;SAF=11;SAR=45;SRF=7;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163714;STB=0.590053;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0147138;OID=.;OPOS=36773543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:68:68:56:56:0.451613:45:11:7:61:45:11:7:61 chr1 36786568 . C T 1978.3 PASS AF=0.513298;AO=193;DP=380;FAO=193;FDP=376;FR=.;FRO=183;FSAF=91;FSAR=102;FSRF=79;FSRR=104;FWDB=0.00768419;FXX=0.013123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.836;QD=21.0457;RBI=0.0114426;REFB=-0.0273237;REVB=0.0084786;RO=182;SAF=91;SAR=102;SRF=78;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383699;STB=0.519479;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0235617;OID=.;OPOS=36786568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:376:182:183:193:193:0.513298:102:91:78:104:102:91:79:104 chr1 36793776 . C A 381.37 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00511121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.516;QD=17.14;RBI=0.023364;REFB=0.00366538;REVB=-0.0227981;RO=47;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126451;STB=0.564042;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00445784;OID=.;OPOS=36793776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:47:49:39:40:0.449438:20:19:29:18:21:19:29:20 chr1 36793959 . G A 752.36 PASS AF=0.503268;AO=77;DP=153;FAO=77;FDP=153;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.0096772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.621;QD=19.6694;RBI=0.01768;REFB=-0.0191983;REVB=-0.0147964;RO=76;SAF=36;SAR=41;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530661;STB=0.529204;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0159658;OID=.;OPOS=36793959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:76:76:77:77:0.503268:41:36:40:36:41:36:40:36 chr1 36794138 . G A 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.029194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.032;QD=16.4528;RBI=0.0369725;REFB=0.00542818;REVB=-0.0226865;RO=40;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184707;STB=0.603997;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00979126;OID=.;OPOS=36794138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:21:12:22:18:21:12:22:18 chr1 36805478 . T C 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0449074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.789;QD=15.1661;RBI=0.0450494;REFB=-0.000929433;REVB=-0.00357354;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216143;STB=0.512305;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000808652;OID=.;OPOS=36805478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:15:15:12:11:15:15 chr1 36820927 . G A 1613.15 PASS AF=0.487952;AO=162;DP=332;FAO=162;FDP=332;FR=.;FRO=170;FSAF=82;FSAR=80;FSRF=90;FSRR=80;FWDB=0.0411327;FXX=0.00300291;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0792;QD=19.4356;RBI=0.0441852;REFB=-0.0104278;REVB=-0.016138;RO=169;SAF=82;SAR=80;SRF=89;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190326;STB=0.511903;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00981767;OID=.;OPOS=36820927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:169:170:162:162:0.487952:80:82:89:80:80:82:90:80 chr1 36886117 . C T 282.57 PASS AF=0.342857;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0208565;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.468;QD=10.7647;RBI=0.0218937;REFB=-0.00308624;REVB=0.0066587;RO=67;SAF=6;SAR=30;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431804;STB=0.746972;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0127926;OID=.;OPOS=36886117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:67:69:36:36:0.342857:30:6:33:34:30:6:33:36 chr1 36898067 . T C 555.61 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=144;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00374341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.624;QD=15.4336;RBI=0.00395012;REFB=-0.00231747;REVB=-0.00126109;RO=84;SAF=29;SAR=31;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173269;STB=0.509723;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00380027;OID=.;OPOS=36898067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:84:84:60:60:0.416667:31:29:42:42:31:29:42:42 chr1 36927733 . G A 1631.07 PASS AF=0.973684;AO=112;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00300979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0601;QD=57.2305;RBI=0.0456686;REFB=-0.0563226;REVB=0.0455693;RO=2;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179083;STB=0.514283;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00187998;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:114:114:2:3:112:111:0.973684:52:60:0:2:51:60:0:3 chr1 36937059 . A G 1132.89 PASS AF=0.439286;AO=117;DP=277;FAO=123;FDP=280;FR=.;FRO=157;FSAF=48;FSAR=75;FSRF=76;FSRR=81;FWDB=0.0121466;FXX=0.00709195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.635;QD=16.1841;RBI=0.0132048;REFB=-0.0175039;REVB=-0.00517951;RO=156;SAF=44;SAR=73;SRF=76;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117419;STB=0.553958;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0213535;OID=.;OPOS=36937059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:280:156:157:117:123:0.439286:73:44:76:80:75:48:76:81 chr1 37948212 . C G 573.04 PASS AF=0.5;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=47;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=-0.00616553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.793;QD=19.4251;RBI=0.00626226;REFB=-0.0258444;REVB=-0.00109643;RO=59;SAF=12;SAR=47;SRF=16;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887266;STB=0.549231;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0226903;OID=.;OPOS=37948212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:59:59:59:0.5:47:12:16:43:47:12:16:43 chr1 38006359 . A G 278.82 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0452673;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.5545;QD=14.2987;RBI=0.0456578;REFB=0.0231593;REVB=0.00595893;RO=46;SAF=16;SAR=16;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158606;STB=0.589689;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0458102;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:16:16:30:16:16:16:30:16 chr1 38023316 . C T 500.98 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0175054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.678;QD=17.1274;RBI=0.0217295;REFB=-0.0017807;REVB=-0.0128738;RO=60;SAF=19;SAR=35;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153022;STB=0.516998;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00220759;OID=.;OPOS=38023316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:63:54:54:0.461538:35:19:22:38:35:19:24:39 chr1 38041283 . A G 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0128055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0546;QD=16.029;RBI=0.0415359;REFB=0.0252371;REVB=0.0395127;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146645;STB=0.508299;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.017603;OID=.;OPOS=38041283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:17:8:10:20:17:8:10:20 chr1 38148765 . A G 3647.55 PASS AF=1;AO=231;DP=236;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149097;FXX=0.0253154;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.769;QD=63.161;RBI=0.0157769;REFB=-0.0362451;REVB=-0.00515868;RO=0;SAF=97;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.5229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766322;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:236:231:0:0:231:231:1:134:97:0:0:134:97:0:0 chr1 38173982 . TTTTC T,TT 348.73 PASS AF=0.037037,0.453704;AO=11,35;DP=108;FAO=4,49;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=3,21;FSAR=1,28;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0261201,0.0218125;FXX=0.00917347;HRUN=4,4;LEN=4,3;MLLD=197.745,205.677;QD=12.9158;RBI=0.0276797,0.0236374;REFB=-0.00275264,-0.00264865;REVB=-0.00915997,-0.00910719;RO=47;SAF=5,16;SAR=6,19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0953344,-0.0758806;STB=0.687083,0.571399;STBP=0.505,0.174;TYPE=del,del;VARB=0.0353636,0.00166893;OID=.,.;OPOS=38173983,38173984;OREF=TTTC,TTC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.037037,0.453704:11,35:108:4,49:108:55:3,21:1,28:31:24:99:47:5,16:6,19:25:22 chr1 38185169 . G A 1525.03 PASS AF=0.538732;AO=140;DP=269;FAO=153;FDP=284;FR=.;FRO=131;FSAF=70;FSAR=83;FSRF=67;FSRR=64;FWDB=0.0201658;FXX=0.00350865;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.339;QD=21.4793;RBI=0.0235258;REFB=-0.0163561;REVB=0.0121163;RO=129;SAF=59;SAR=81;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731937;STB=0.524949;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0197739;OID=.;OPOS=38185169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:284:129:131:140:153:0.538732:81:59:65:64:83:70:67:64 chr1 38203661 . T TG 480.51 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0994585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.3785;QD=48.0509;RBI=0.100658;REFB=0;REVB=0.0154947;RO=1;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00365487;OID=.;OPOS=38203662;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:40:40:40:0:12:28:0:0:8:1:12:27:0:1 chr1 38227086 . A T 680.18 PASS AF=0.554622;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=50;FWDB=0.0130788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9627;QD=22.8633;RBI=0.0148185;REFB=0.00302543;REVB=-0.00696662;RO=51;SAF=3;SAR=63;SRF=3;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576324;STB=0.527188;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00210769;OID=.;OPOS=38227086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:51:53:66:66:0.554622:63:3:3:48:63:3:3:50 chr1 38260198 . GCC GC,GCG 1457.08 PASS AF=0.915385,0.0769231;AO=39,11;DP=132;FAO=119,10;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=60,10;FSAR=59,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.290057,-0.0321681;FXX=0.0151504;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.3105,193.573;QD=44.8333;RBI=0.923665,0.0891154;REFB=-0.0457794,0.0148091;REVB=0.87694,0.0831069;RO=80;SAF=38,11;SAR=1,0;SRF=22;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0.341176,0;SSSB=0.816541,0.754061;STB=0.504132,0.5;STBP=0.499,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0205155,0.119152;OID=.,.;OPOS=38260199,38260200;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.915385,0.0769231:39,11:132:119,10:130:1:60,10:59,0:1:0:24:80:38,11:1,0:22:58 chr1 38266725 . AACTG A 596.23 PASS AF=0.466321;AO=91;DP=194;FAO=90;FDP=193;FR=.;FRO=103;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=0.0288568;FXX=0.0252513;HRUN=2;LEN=4;MLLD=304.831;QD=12.357;RBI=0.029346;REFB=-0.00675658;REVB=0.00533603;RO=98;SAF=41;SAR=50;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209133;STB=0.509344;STBP=0.815;TYPE=del;VARB=0.00777528;OID=.;OPOS=38266726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466321:91:194:90:193:103:40:50:44:59:99:98:41:50:42:56 chr1 38289383 . T C 490.12 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=0.0113652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.329;QD=15.9388;RBI=0.0114947;REFB=-0.00418638;REVB=-0.00172061;RO=69;SAF=23;SAR=31;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11225;STB=0.562536;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00585141;OID=.;OPOS=38289383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:69:54:54:0.439024:31:23:22:47:31:23:22:47 chr1 38327935 . CAG C 1315.11 PASS AF=0.5625;AO=114;DP=227;FAO=126;FDP=224;FR=.;FRO=98;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=-0.00937469;FXX=0.0175431;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.247;QD=23.4842;RBI=0.0144137;REFB=0.00816349;REVB=0.0109485;RO=96;SAF=43;SAR=71;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115006;STB=0.538855;STBP=0.173;TYPE=del;VARB=-0.00768763;OID=.;OPOS=38327936;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:114:227:126:224:98:52:74:49:49:99:96:43:71:49:47 chr1 38327982 . G T 2772.33 PASS AF=0.983696;AO=180;DP=184;FAO=181;FDP=184;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.12013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7486;QD=60.268;RBI=0.137279;REFB=-0.181907;REVB=0.0664395;RO=0;SAF=76;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501449;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00407145;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:184:184:0:3:180:181:0.983696:104:76:0:0:105:76:1:2 chr1 38338795 . A G 1453.4 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.43;QD=63.1913;RBI=0.0069711;REFB=0;REVB=0.0024888;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96983e-05;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:51:41:0:0:51:41:0:0 chr1 38397341 . G A 217.57 PASS AF=0.478261;AO=20;DP=42;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0102947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.751;QD=18.919;RBI=0.090597;REFB=-0.0327812;REVB=0.0900102;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521719;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0536956;OID=.;OPOS=38397341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:22:24:20:22:0.478261:10:10:11:11:11:11:11:13 chr1 38397369 . C T 282.91 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0166098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.492;QD=14.8901;RBI=0.0420087;REFB=-0.018013;REVB=-0.0385856;RO=43;SAF=19;SAR=13;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611951;STB=0.525802;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0158633;OID=.;OPOS=38397369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:13:19:28:15:13:19:28:16 chr1 38411445 . G A 585.56 PASS AF=0.408537;AO=67;DP=164;FAO=67;FDP=164;FR=.;FRO=97;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=0.0987235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8812;QD=14.2819;RBI=0.107227;REFB=-0.014333;REVB=0.0418483;RO=97;SAF=37;SAR=30;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1465;STB=0.582179;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0182434;OID=.;OPOS=38411445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:97:97:67:67:0.408537:30:37:40:57:30:37:40:57 chr1 38423853 . G C 3959.47 PASS AF=1;AO=246;DP=249;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569406;FXX=0.0119995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.101;QD=64.1209;RBI=0.0604366;REFB=0;REVB=-0.0202571;RO=0;SAF=111;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.66134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57041e-05;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:249:247:0:0:246:247:1:135:111:0:0:136:111:0:0 chr1 38442547 . G A 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6741;QD=60.2272;RBI=0.0746535;REFB=0;REVB=-0.0536472;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46583e-05;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr1 38450367 . A G 1457.06 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799454;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6468;QD=57.7054;RBI=0.0811003;REFB=0;REVB=0.013638;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037915;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:97:101:1:50:47:0:0:53:48:0:0 chr1 38462898 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=347.845;QD=51.9167;RBI=0.00923097;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=21;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12339e-05;OID=.;OPOS=38462898;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:0:21:0:0:0:21:0:0 chr1 38462905 . C G 289.32 PASS AF=0.92;AO=24;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.05901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1657;QD=46.2911;RBI=0.05901;REFB=0.0404406;REVB=0;RO=1;SAF=24;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0288473;OID=.;OPOS=38462905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:24:23:0.92:0:24:1:0:0:23:2:0 chr1 38463504 . C T 747.99 PASS AF=0.5;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.00209919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1931;QD=19.4282;RBI=0.0264101;REFB=-0.00482142;REVB=0.0263266;RO=77;SAF=30;SAR=47;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00603672;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:77:77:77:77:0.5:47:30:30:47:47:30:30:47 chr1 38862336 . T A 269.26 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00208505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5087;QD=16.5698;RBI=0.0842671;REFB=0.00979595;REVB=-0.0842413;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506246;STB=0.528478;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.0128663;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:13:17:18:17:13:17:18:17 chr1 39339449 . C T 838.59 PASS AF=0.446602;AO=92;DP=206;FAO=92;FDP=206;FR=.;FRO=114;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=-0.00883274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.23;QD=16.2833;RBI=0.0312594;REFB=-0.0134976;REVB=-0.0299856;RO=114;SAF=42;SAR=50;SRF=48;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035755;STB=0.519842;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0171024;OID=.;OPOS=39339449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:114:114:92:92:0.446602:50:42:48:66:50:42:48:66 chr1 39340282 . C T 911.81 PASS AF=0.472637;AO=95;DP=201;FAO=95;FDP=201;FR=.;FRO=106;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=34;FSRR=72;FWDB=-0.0135702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.148;QD=18.1455;RBI=0.0186833;REFB=-0.00728497;REVB=-0.012842;RO=106;SAF=41;SAR=54;SRF=34;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109928;STB=0.560535;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00917981;OID=.;OPOS=39340282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:106:106:95:95:0.472637:54:41:34:72:54:41:34:72 chr1 39352083 . T G 461.59 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.0428645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.445;QD=19.2329;RBI=0.0429253;REFB=-0.0085218;REVB=-0.00228358;RO=45;SAF=34;SAR=11;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052493;STB=0.512755;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00903966;OID=.;OPOS=39352083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:45:50:45:46:0.479167:11:34:32:13:12:34:36:14 chr1 39352271 . G T 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0135554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.211;QD=18.795;RBI=0.027258;REFB=-0.0116007;REVB=-0.0236484;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100106;STB=0.556505;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0221589;OID=.;OPOS=39352271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:13:10:9:18:13:10:9:18 chr1 39734598 . G C 403.04 PASS AF=0.433962;AO=45;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.030441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2823;QD=15.2092;RBI=0.0364809;REFB=-0.0185038;REVB=0.0201048;RO=58;SAF=25;SAR=20;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732827;STB=0.555897;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0156951;OID=.;OPOS=39734598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:60:45:46:0.433962:20:25:28:30:20:26:28:32 chr1 39748921 . G A 619.46 PASS AF=0.460432;AO=65;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.024447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8213;QD=17.8261;RBI=0.02616;REFB=-0.00668667;REVB=-0.0093109;RO=73;SAF=29;SAR=36;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581562;STB=0.521791;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00898062;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:73:75:65:64:0.460432:36:29:37:36:35:29:37:38 chr1 39797055 . A G 721.96 PASS AF=0.438202;AO=77;DP=177;FAO=78;FDP=178;FR=.;FRO=100;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=-0.0478189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.649;QD=16.2238;RBI=0.0522672;REFB=0.00398756;REVB=-0.0211;RO=97;SAF=25;SAR=52;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405642;STB=0.528918;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0065326;OID=.;OPOS=39797055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:97:100:77:78:0.438202:52:25:35:62:52:26:38:62 chr1 39802283 . G C 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0147638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.15;QD=18.5417;RBI=0.0189787;REFB=-0.00864138;REVB=-0.0119256;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038176;STB=0.521273;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00907695;OID=.;OPOS=39802283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:15:19:21:14:15:19:21:14 chr1 39806610 . C T 1568.41 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.679;QD=64.0167;RBI=0.0340631;REFB=0;REVB=-0.0110911;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4767e-05;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:39:59:0:0:39:59:0:0 chr1 39812822 . C A 1646.7 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7041;QD=59.3406;RBI=0.0308404;REFB=-0.114279;REVB=-0.0304872;RO=1;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000928142;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:111:111:1:0:110:111:1:54:56:0:1:55:56:0:0 chr1 39847730 . G A 311.03 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00444077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.128;QD=13.9788;RBI=0.00721956;REFB=-0.00356183;REVB=-0.00569224;RO=53;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650243;STB=0.542284;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00495472;OID=.;OPOS=39847730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:53:54:35:35:0.393258:17:18:24:29:17:18:24:30 chr1 39881040 . G C 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0212029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8184;QD=14.6583;RBI=0.0256408;REFB=-0.00335051;REVB=-0.0144184;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453036;STB=0.58809;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00458825;OID=.;OPOS=39881040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:17:13:13:0.433333:10:3:4:11:10:3:6:11 chr1 39908506 . G A 542.61 PASS AF=0.460317;AO=56;DP=125;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00131731;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.004;QD=17.2257;RBI=0.00991764;REFB=-0.00742773;REVB=-0.00982976;RO=68;SAF=22;SAR=34;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136044;STB=0.572631;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0147541;OID=.;OPOS=39908506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:68:68:56:58:0.460317:34:22:36:32:35:23:36:32 chr1 39908509 . A G 543.06 PASS AF=0.453125;AO=56;DP=127;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0160377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.474;QD=16.9706;RBI=0.0168605;REFB=-0.0127542;REVB=0.00520282;RO=70;SAF=22;SAR=34;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136744;STB=0.573119;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00339134;OID=.;OPOS=39908509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:70:70:56:58:0.453125:34:22:37:33:35:23:37:33 chr1 39929724 . G C 490.61 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.011358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6716;QD=15.6996;RBI=0.0196782;REFB=0.0343202;REVB=-0.0160694;RO=71;SAF=28;SAR=26;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169637;STB=0.509498;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0440719;OID=.;OPOS=39929724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:71:54:54:0.432:26:28:38:33:26:28:38:33 chr1 39988084 . G A 465.02 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.021109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2197;QD=53.1447;RBI=0.0729782;REFB=-0.104648;REVB=0.0698586;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.533313;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00588761;OID=.;OPOS=39988084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:35:35:1:2:33:33:0.942857:14:19:0:1:14:19:0:2 chr1 40098328 . T C 1785.62 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.346;QD=61.0467;RBI=0.011626;REFB=0;REVB=0.00455133;RO=0;SAF=14;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64031e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24689e-06;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:103:14:0:0:103:14:0:0 chr1 40129066 . G A 595.99 PASS AF=0.428571;AO=63;DP=147;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.00706015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.299;QD=16.2174;RBI=0.0232223;REFB=0.0047476;REVB=-0.0221231;RO=84;SAF=37;SAR=26;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126322;STB=0.570692;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00771207;OID=.;OPOS=40129066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:84:84:63:63:0.428571:26:37:39:45:26:37:39:45 chr1 40147817 . C A 360.88 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0223797;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.18;QD=13.0047;RBI=0.0273504;REFB=-0.00506012;REVB=-0.0157223;RO=68;SAF=17;SAR=26;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147135;STB=0.508351;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00345962;OID=.;OPOS=40147817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:68:43:43:0.387387:26:17:26:42:26:17:26:42 chr1 40149642 . G T 7059.99 PASS AF=1;AO=439;DP=439;FAO=443;FDP=443;FR=.;FRO=0;FSAF=230;FSAR=213;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494716;FXX=0.00449428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.954;QD=63.7471;RBI=0.0224265;REFB=-0.0620032;REVB=0.021874;RO=0;SAF=228;SAR=211;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04744e-05;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:439:443:0:0:439:443:1:211:228:0:0:213:230:0:0 chr1 40150156 . G A 2881.4 PASS AF=1;AO=183;DP=186;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257151;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4155;QD=62.6391;RBI=0.192191;REFB=0;REVB=0.190463;RO=0;SAF=98;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.07612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578422;OID=.;OPOS=40150156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:186:184:0:0:183:184:1:85:98:0:0:86:98:0:0 chr1 40229368 . A G 228.41 PASS AF=0.242857;AO=34;DP=140;FAO=34;FDP=140;FR=.;FRO=106;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=67;FSRR=39;FWDB=-0.0293078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0479;QD=6.52599;RBI=0.0322706;REFB=0.00385734;REVB=0.013507;RO=106;SAF=13;SAR=21;SRF=67;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304846;STB=0.682825;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0115924;OID=.;OPOS=40229368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:106:106:34:34:0.242857:21:13:67:39:21:13:67:39 chr1 40230336 . C G 302.7 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00870256;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.476;QD=17.0538;RBI=0.0122277;REFB=0.00216973;REVB=0.00858963;RO=35;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154431;STB=0.582574;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00308112;OID=.;OPOS=40230336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:38:32:33:0.464789:19:13:20:15:19:14:22:16 chr1 40363054 . G C 1301.77 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6738;QD=61.989;RBI=0.072677;REFB=0;REVB=-0.0336191;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200048;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr1 40533266 . T G 1529.64 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.079;QD=63.7349;RBI=0.0330334;REFB=0;REVB=0.00486404;RO=0;SAF=28;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69449e-05;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:67:28:0:0:68:28:0:0 chr1 40533286 . AT A,AG 871.46 PASS AF=0.21875,0.78125;AO=13,48;DP=65;FAO=14,50;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=14,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=39.4145,53.2352;QD=54.4661;RBI=0.0315538,0.0471668;REFB=0,0;REVB=0.0315538,0.0471668;RO=0;SAF=0,0;SAR=13,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0210064,0.00413751;OID=.,.;OPOS=40533287,40533287;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.21875,0.78125:13,48:65:14,50:64:0:0,0:14,50:0:0:70:0:0,0:13,48:0:0 chr1 40533289 . C G 83.2 PASS AF=0.212121;AO=13;DP=65;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=52;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.2254;QD=5.04265;RBI=0.0610603;REFB=-0.0414415;REVB=0.0610603;RO=52;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.169856;OID=.;OPOS=40533289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:65:66:52:52:13:14:0.212121:13:0:0:52:14:0:0:52 chr1 40533315 . T G 1024.03 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.982;QD=59.3643;RBI=0.0540023;REFB=0;REVB=-0.00829123;RO=0;SAF=3;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149877;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:64:3:0:0:64:5:0:0 chr1 40533320 . T G 972.73 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.218;QD=58.9531;RBI=0.0573764;REFB=0;REVB=0.0398756;RO=0;SAF=6;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.70597e-06;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:60:6:0:0:60:6:0:0 chr1 40533326 . T G 955.15 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5386;QD=58.7782;RBI=0.0705344;REFB=0;REVB=0.0515746;RO=0;SAF=6;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71345e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.696e-05;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:58:6:0:0:59:6:0:0 chr1 40533347 . T G 701.23 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00870089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.65;QD=54.9981;RBI=0.0378407;REFB=-0.0708296;REVB=0.0368268;RO=1;SAF=7;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108252;STB=0.505745;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.000588544;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:51:1:1:50:50:0.980392:43:7:0:1:43:7:0:1 chr1 40557033 . A G 579.18 PASS AF=0.483871;AO=59;DP=124;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.012749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.741;QD=18.6832;RBI=0.0172903;REFB=-0.00329514;REVB=0.0116799;RO=64;SAF=22;SAR=37;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935273;STB=0.555037;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00420727;OID=.;OPOS=40557033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:64:64:59:60:0.483871:37:22:30:34:38:22:30:34 chr1 40559686 . G A 834.35 PASS AF=0.441624;AO=86;DP=197;FAO=87;FDP=197;FR=.;FRO=110;FSAF=23;FSAR=64;FSRF=23;FSRR=87;FWDB=0.00841962;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4653;QD=16.9411;RBI=0.0422305;REFB=0.000477084;REVB=-0.0413827;RO=110;SAF=23;SAR=63;SRF=23;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078488;STB=0.54121;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.000685672;OID=.;OPOS=40559686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:110:110:86:87:0.441624:63:23:23:87:64:23:23:87 chr1 40773123 . G C 1085.19 PASS AF=0.466667;AO=110;DP=239;FAO=112;FDP=240;FR=.;FRO=128;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=-0.00799737;FXX=0.00414921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.949;QD=18.0865;RBI=0.00867627;REFB=-0.00805998;REVB=0.00336449;RO=128;SAF=46;SAR=64;SRF=69;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118183;STB=0.568953;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.011275;OID=.;OPOS=40773123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:128:128:110:112:0.466667:64:46:69:59:66:46:69:59 chr1 40776752 . C A 575.02 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00545617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.668;QD=18.111;RBI=0.0220628;REFB=-0.0225864;REVB=0.0213775;RO=67;SAF=30;SAR=30;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354806;STB=0.519678;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0275689;OID=.;OPOS=40776752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:67:60:60:0.472441:30:30:31:36:30:30:31:36 chr1 40777800 . T G 476.84 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0259617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7379;QD=27.6431;RBI=0.0473537;REFB=0.0352235;REVB=-0.0396026;RO=25;SAF=19;SAR=25;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553959;STB=0.503017;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0206031;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:44:44:0.637681:25:19:11:14:25:19:11:14 chr1 40840353 . A G 485.65 PASS AF=0.387324;AO=55;DP=141;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=-0.0203963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6586;QD=13.6803;RBI=0.0447686;REFB=-0.00424939;REVB=-0.0398525;RO=85;SAF=32;SAR=23;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193758;STB=0.608943;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00387864;OID=.;OPOS=40840353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:85:87:55:55:0.387324:23:32:34:51:23:32:35:52 chr1 40881041 . C G 3063.42 PASS AF=0.892562;AO=216;DP=241;FAO=216;FDP=242;FR=.;FRO=26;FSAF=117;FSAR=99;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0331556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9212;QD=50.6351;RBI=0.0621382;REFB=-0.0818038;REVB=0.0525534;RO=24;SAF=117;SAR=99;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554402;STB=0.533445;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0385656;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:241:242:24:26:216:216:0.892562:99:117:6:18:99:117:6:20 chr1 40980731 . G T 223.5 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0173106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.902;QD=26.294;RBI=0.0184075;REFB=-0.0414968;REVB=-0.0062594;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153156;STB=0.590822;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0232854;OID=.;OPOS=40980731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:20:21:0.617647:8:12:5:8:8:13:5:8 chr1 41013015 . C T 290.77 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.000427547;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.767;QD=19.0667;RBI=0.0167821;REFB=0.00603531;REVB=-0.0167766;RO=30;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159995;STB=0.589247;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00616206;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:30:31:31:0.508197:12:19:13:17:12:19:13:17 chr1 41204569 . C T 1850.44 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262726;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.036;QD=60.6702;RBI=0.0262939;REFB=-0.0450185;REVB=0.00105942;RO=1;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748096;STB=0.503936;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=3.93025e-05;OID=.;OPOS=41204569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:122:1:1:121:121:0.991803:63:58:0:1:63:58:0:1 chr1 41285087 . T C 2074.53 PASS AF=0.502427;AO=207;DP=413;FAO=207;FDP=412;FR=.;FRO=205;FSAF=104;FSAR=103;FSRF=106;FSRR=99;FWDB=0.00541623;FXX=0.00242125;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.544;QD=20.1411;RBI=0.00582016;REFB=-0.0267793;REVB=0.00213042;RO=206;SAF=104;SAR=103;SRF=107;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154962;STB=0.507293;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0278249;OID=.;OPOS=41285087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:412:206:205:207:207:0.502427:103:104:107:99:103:104:106:99 chr1 41326886 . C G 584.61 PASS AF=0.390805;AO=69;DP=174;FAO=68;FDP=174;FR=.;FRO=106;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=-0.0856685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8286;QD=13.4393;RBI=0.0955152;REFB=-0.0124192;REVB=0.0422381;RO=101;SAF=41;SAR=28;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157489;STB=0.588209;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0155409;OID=.;OPOS=41326886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:101:106:69:68:0.390805:28:41:45:56:28:40:47:59 chr1 41327871 . C A 83.48 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00560625;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.085;QD=18.5505;RBI=0.00792856;REFB=-0.00669745;REVB=-0.00560643;RO=8;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505321;STB=0.52935;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00403501;OID=.;OPOS=41327871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:18:8:8:10:10:0.555556:1:9:7:1:1:9:7:1 chr1 41327873 . G C 229.24 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365399;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.771;QD=50.9421;RBI=0.0934864;REFB=0;REVB=0.0934149;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277125;OID=.;OPOS=41327873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:2:16:0:0:2:16:0:0 chr1 41482976 . A G 1152.37 PASS AF=0.460377;AO=121;DP=264;FAO=122;FDP=265;FR=.;FRO=143;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=79;FSRR=64;FWDB=-0.0015537;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.013;QD=17.3942;RBI=0.0179563;REFB=-0.00666671;REVB=0.017889;RO=140;SAF=62;SAR=59;SRF=77;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365812;STB=0.519498;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00724654;OID=.;OPOS=41482976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:265:140:143:121:122:0.460377:59:62:77:63:59:63:79:64 chr1 41485902 . C G 239.29 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0053216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.971;QD=20.8075;RBI=0.00984621;REFB=-0.0440815;REVB=-0.00828423;RO=22;SAF=17;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622978;STB=0.55344;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0402591;OID=.;OPOS=41485902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:6:17:15:7:6:17:15:8 chr1 41976017 . C T 1644.44 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076816;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.801;QD=60.3465;RBI=0.0117459;REFB=0;REVB=-0.00888593;RO=0;SAF=42;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86794e-05;OID=.;OPOS=41976017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:67:42:0:0:67:42:0:0 chr1 41976320 . G A 436.21 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.33;QD=56.2854;RBI=0.019278;REFB=0;REVB=0.0135479;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204694;OID=.;OPOS=41976320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chr1 41976328 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9233;QD=55.0987;RBI=0.0452741;REFB=0;REVB=-0.0446946;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000583851;OID=.;OPOS=41976328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr1 41978566 . T G 9621.01 PASS AF=1;AO=548;DP=574;FAO=623;FDP=623;FR=.;FRO=0;FSAF=271;FSAR=352;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134483;FXX=0.00479226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.4081;QD=61.7721;RBI=0.136746;REFB=-0.0304446;REVB=0.0247758;RO=1;SAF=214;SAR=334;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00142762;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285958;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:574:623:1:0:548:623:1:334:214:0:1:352:271:0:0 chr1 41978825 . C G 2910.72 PASS AF=1;AO=181;DP=182;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.586;QD=62.5961;RBI=0.0529029;REFB=0;REVB=0.0177355;RO=0;SAF=81;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92383e-05;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:186:0:0:181:186:1:100:81:0:0:101:85:0:0 chr1 41979156 . A G 375.29 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.679;QD=55.599;RBI=0.0492176;REFB=0;REVB=-0.00669386;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288503;OID=.;OPOS=41979156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr1 42046812 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.428;QD=50.4119;RBI=0.0123019;REFB=0;REVB=-0.000439628;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102286;OID=.;OPOS=42046812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:2:17:0:0:2:17:0:0 chr1 42048745 . T C 1898.91 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220316;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.58;QD=61.7531;RBI=0.0407701;REFB=0;REVB=0.0343047;RO=0;SAF=56;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027522;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:67:56:0:0:67:56:0:0 chr1 42049032 . G A 6512.67 PASS AF=1;AO=414;DP=420;FAO=415;FDP=415;FR=.;FRO=0;FSAF=244;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015586;FXX=0.0119045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.226;QD=62.7727;RBI=0.0205842;REFB=0.0066161;REVB=0.0134456;RO=2;SAF=243;SAR=171;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00391202;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26976e-06;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:420:415:2:0:414:415:1:171:243:2:0:171:244:0:0 chr1 42049140 . C G 3314.66 PASS AF=1;AO=213;DP=217;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066744;FXX=0.0138242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.609;QD=61.9563;RBI=0.0687209;REFB=-0.0743133;REVB=-0.0163649;RO=1;SAF=137;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346494;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481898;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:217:214:1:0:213:214:1:76:137:1:0:76:138:0:0 chr1 42049448 . A AG,G 35.58 PASS AF=0.125,0.03125;AO=7,9;DP=66;FAO=8,2;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=6,0;FSAR=2,2;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0175933,-0.0359174;FXX=0.0153822;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=38.5652,47.2823;QD=2.22351;RBI=0.081099,0.0925959;REFB=-0.00894723,-0.00377117;REVB=-0.0791677,-0.085346;RO=49;SAF=7,1;SAR=0,8;SRF=27;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.632744,-0.548681;STB=0.724422,0.994869;STBP=0.214,0.181;TYPE=ins,snp;VARB=0.112951,0.141647;OID=.,.;OPOS=42049449,42049448;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:66:64:49:54:7,9:8,2:0.125,0.03125:0,8:7,1:27:22:2,2:6,0:27:27 chr1 42050366 . C T 2226.73 PASS AF=1;AO=139;DP=143;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373459;FXX=0.0344804;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.932;QD=63.6209;RBI=0.037624;REFB=0;REVB=-0.00456624;RO=0;SAF=67;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011765;OID=.;OPOS=42050366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:140:0:0:139:140:1:72:67:0:0:72:68:0:0 chr1 42619139 . A G 1314.29 PASS AF=0.430303;AO=142;DP=330;FAO=142;FDP=330;FR=.;FRO=188;FSAF=62;FSAR=80;FSRF=69;FSRR=119;FWDB=-0.0272657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.95;QD=15.9308;RBI=0.0285098;REFB=-0.00995307;REVB=-0.00833011;RO=185;SAF=62;SAR=80;SRF=67;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780951;STB=0.540708;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0115979;OID=.;OPOS=42619139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:185:188:142:142:0.430303:80:62:67:118:80:62:69:119 chr1 42630364 . G A 2084.06 PASS AF=0.58642;AO=190;DP=324;FAO=190;FDP=324;FR=.;FRO=134;FSAF=66;FSAR=124;FSRF=48;FSRR=86;FWDB=0.0470238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9727;QD=25.7292;RBI=0.070385;REFB=-0.0163545;REVB=0.0523718;RO=134;SAF=66;SAR=124;SRF=48;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00911081;STB=0.504929;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0110972;OID=.;OPOS=42630364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:324:134:134:190:190:0.58642:124:66:48:86:124:66:48:86 chr1 42693597 . A G 2790.28 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.478;QD=62.7029;RBI=0.0439998;REFB=0;REVB=-0.0425164;RO=0;SAF=88;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65146e-05;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:90:88:0:0:90:88:0:0 chr1 42880516 . T C 191.72 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0196601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3193;QD=15.9767;RBI=0.0198275;REFB=0.00250754;REVB=0.00257145;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227376;STB=0.630669;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00706957;OID=.;OPOS=42880516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:7:13:12:16:7:13:12:16 chr1 42898843 . A G 1642.99 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000837883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.458;QD=59.2069;RBI=0.00499644;REFB=-0.0708199;REVB=0.00492568;RO=1;SAF=65;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010666;STB=0.505494;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-6.11011e-05;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:109:110:0.990991:44:65:0:1:45:65:0:1 chr1 42915594 . G A 309.19 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00925939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8719;QD=13.5907;RBI=0.0296966;REFB=-0.00164049;REVB=-0.0282161;RO=56;SAF=12;SAR=23;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17562;STB=0.600463;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00192816;OID=.;OPOS=42915594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:23:12:28:28:23:12:28:28 chr1 42915727 . C G 443.38 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0136207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.247;QD=20.1536;RBI=0.0136429;REFB=-0.00914312;REVB=0.000778707;RO=44;SAF=8;SAR=36;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315857;STB=0.677328;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00985079;OID=.;OPOS=42915727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:36:8:20:24:36:8:20:24 chr1 42925688 . T G 2238.47 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154786;FXX=0.0410931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1152;QD=63.9564;RBI=0.0171437;REFB=0;REVB=0.00737012;RO=0;SAF=61;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194155;OID=.;OPOS=42925688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:140:0:0:140:140:1:79:61:0:0:79:61:0:0 chr1 42986956 . T C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.017938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.881;QD=15.6194;RBI=0.0236388;REFB=-0.00902374;REVB=-0.0153955;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874601;STB=0.55021;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0103813;OID=.;OPOS=42986956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:9:16:10:8:9:16 chr1 43022018 . A AC 30.99 PASS AF=0.107843;AO=12;DP=109;FAO=11;FDP=102;FR=.;FRO=91;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0280074;FXX=0.0467246;HRUN=0;LEN=1;MLLD=80.8567;QD=1.21542;RBI=0.0721792;REFB=-0.00168083;REVB=-0.0665238;RO=86;SAF=1;SAR=11;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601098;STB=0.905048;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=-0.0964881;OID=.;OPOS=43022019;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.107843:12:109:11:102:91:1:10:49:42:30:86:1:11:51:35 chr1 43034740 . T C 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7885;QD=57.1041;RBI=0.0674327;REFB=0;REVB=0.0646147;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506057;OID=.;OPOS=43034740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr1 43034805 . AT A,TA 79.02 PASS AF=0.296875,0.0625;AO=19,3;DP=64;FAO=19,4;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=6,2;FSAR=13,2;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.107577,-0.00405353;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=7.87854,27.6993;QD=4.93868;RBI=0.126233,0.0164821;REFB=-0.122768,-0.0488805;REVB=0.0660462,-0.0159759;RO=36;SAF=7,2;SAR=12,1;SRF=17;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119472,0.192777;STB=0.639193,0.511056;STBP=0.152,0.915;TYPE=del,mnp;VARB=0.17943,0.00354425;OID=.,.;OPOS=43034806,43034805;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:36:41:19,3:19,4:0.296875,0.0625:12,1:7,2:17:19:13,2:6,2:21:20 chr1 43042703 . C T 350.46 PASS AF=0.474359;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0112128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.137;QD=17.9721;RBI=0.0304789;REFB=-0.0150426;REVB=-0.0283415;RO=40;SAF=13;SAR=23;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111876;STB=0.559338;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0221893;OID=.;OPOS=43042703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:40:41:36:37:0.474359:23:13:19:21:23:14:20:21 chr1 43047057 . A G 367.4 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0102379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.032;QD=16.5124;RBI=0.0155999;REFB=-0.0034323;REVB=0.0117704;RO=50;SAF=14;SAR=25;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22276;STB=0.625299;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00419554;OID=.;OPOS=43047057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:25:14:29:21:25:14:29:21 chr1 43055011 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00498354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.174;QD=16.9416;RBI=0.00887099;REFB=-0.0162374;REVB=-0.00733886;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309385;STB=0.674534;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0247399;OID=.;OPOS=43055011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:5:19:9:10:5:19 chr1 43201534 . G A 412.01 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0163384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.871;QD=14.8473;RBI=0.017514;REFB=-0.00797307;REVB=0.00630836;RO=63;SAF=25;SAR=22;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568041;STB=0.527415;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0125083;OID=.;OPOS=43201534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:63:64:47:47:0.423423:22:25:30:33:22:25:31:33 chr1 43212111 . C T 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.225;QD=56.9981;RBI=0.0280113;REFB=0;REVB=0.0279768;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123855;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr1 43212430 . GA G,GG 5508.41 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=99,262;DP=368;FAO=8,360;FDP=368;FR=.;FRO=0;FSAF=6,226;FSAR=2,134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209837,0.0353755;FXX=0.00270995;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.377,60.4207;QD=59.8741;RBI=0.0217141,0.0366786;REFB=0,0;REVB=0.00558421,0.0096899;RO=0;SAF=69,158;SAR=30,104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.1657e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0269548,0.00405774;OID=.,.;OPOS=43212431,43212431;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261:99,262:368:8,360:368:0:6,226:2,134:0:0:6:0:69,158:30,104:0:0 chr1 43212869 . A T 497.53 PASS AF=0.380952;AO=56;DP=148;FAO=56;FDP=147;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=0.0108041;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.38;QD=13.5383;RBI=0.0132762;REFB=-0.0202624;REVB=-0.00771546;RO=90;SAF=25;SAR=31;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514813;STB=0.532035;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0416714;OID=.;OPOS=43212869;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:90:91:56:56:0.380952:31:25:36:54:31:25:36:55 chr1 43215571 . A G 2762.33 PASS AF=0.994444;AO=176;DP=179;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163945;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.415;QD=61.3851;RBI=0.0510051;REFB=-0.0961979;REVB=0.0482984;RO=0;SAF=75;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503226;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0006479;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:180:0:1:176:179:0.994444:101:75:0:0:102:77:1:0 chr1 43296118 . G A 449.8 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0167157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.756;QD=24.3134;RBI=0.0175533;REFB=-0.0153367;REVB=-0.00535738;RO=31;SAF=23;SAR=20;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602032;STB=0.53298;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0101522;OID=.;OPOS=43296118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:20:23:19:12:20:23:19:12 chr1 43305753 . G A 717.98 PASS AF=0.397129;AO=83;DP=208;FAO=83;FDP=209;FR=.;FRO=126;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=75;FSRR=51;FWDB=-0.00277543;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.33;QD=13.7413;RBI=0.00540952;REFB=-0.000682761;REVB=0.00464326;RO=123;SAF=44;SAR=39;SRF=74;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768373;STB=0.539579;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00113912;OID=.;OPOS=43305753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:123:126:83:83:0.397129:39:44:74:49:39:44:75:51 chr1 43309842 . G C 1529.91 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.62139e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.849;QD=63.7461;RBI=0.00698013;REFB=0;REVB=-0.00697971;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1124e-05;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:54:42:0:0:54:42:0:0 chr1 43392477 . A T 86.93 PASS AF=0.191489;AO=7;DP=48;FAO=9;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.14763;FXX=0.020829;HRUN=7;LEN=1;MLLD=22.904;QD=7.39826;RBI=0.148362;REFB=-0.0867316;REVB=0.014721;RO=25;SAF=0;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.769499;STB=0.907279;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.121726;OID=.;OPOS=43392477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:48:47:25:29:7:9:0.191489:7:0:17:8:8:1:20:9 chr1 43392819 . G T 1956.44 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.844;QD=61.1386;RBI=0.0340175;REFB=-0.160923;REVB=-0.0156054;RO=1;SAF=68;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693679;STB=0.503649;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000203191;OID=.;OPOS=43392819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:128:1:1:126:127:0.992188:58:68:1:0:59:68:1:0 chr1 43393384 . G A 2514.87 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4446;QD=61.3384;RBI=0.0817612;REFB=0;REVB=-0.0692869;RO=0;SAF=70;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31345e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72315e-05;OID=.;OPOS=43393384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:164:0:0:161:164:1:91:70:0:0:92:72:0:0 chr1 43394612 . T C 1893.77 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.322;QD=61.586;RBI=0.0291531;REFB=0;REVB=-0.0103669;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.6805e-05;OID=.;OPOS=43394612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:123:0:0:121:123:1:66:55:0:0:66:57:0:0 chr1 43457145 . C T 119.34 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.045166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.362;QD=13.2596;RBI=0.0451684;REFB=-0.0286851;REVB=0.000465223;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473803;STB=0.527738;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0256168;OID=.;OPOS=43457145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:12:10:7:7:12:10 chr1 43457170 . T C 479.92 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.882;QD=58.1721;RBI=0.0444466;REFB=0;REVB=0.00999345;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128883;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:30:33:1:13:17:0:0:13:20:0:0 chr1 43675467 . G A 2940.28 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9244;QD=63.2317;RBI=0.0579026;REFB=0;REVB=0.0578846;RO=0;SAF=111;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182596;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:186:0:0:185:186:1:74:111:0:0:75:111:0:0 chr1 43719778 . G A 947.9 PASS AF=0.547619;AO=90;DP=166;FAO=92;FDP=168;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.036484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1552;QD=22.569;RBI=0.0365035;REFB=-0.024233;REVB=-0.00119155;RO=75;SAF=37;SAR=53;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807712;STB=0.540807;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0249147;OID=.;OPOS=43719778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:75:76:90:92:0.547619:53:37:38:37:53:39:39:37 chr1 43771016 . TA T 291.38 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0373548;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.7078;QD=17.9309;RBI=0.0716453;REFB=-0.0137651;REVB=0.0611364;RO=24;SAF=15;SAR=25;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160102;STB=0.592232;STBP=0.089;TYPE=del;VARB=0.0124166;OID=.;OPOS=43771017;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:40:67:40:65:25:15:25:4:21:99:24:15:25:4:20 chr1 43779564 . T C 1721.64 PASS AF=0.488827;AO=175;DP=358;FAO=175;FDP=358;FR=.;FRO=183;FSAF=80;FSAR=95;FSRF=91;FSRR=92;FWDB=-0.00897255;FXX=0.00278544;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.066;QD=19.2362;RBI=0.0365817;REFB=-0.00665786;REVB=0.0354642;RO=179;SAF=80;SAR=95;SRF=90;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042234;STB=0.520587;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00632323;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:358:179:183:175:175:0.488827:95:80:90:89:95:80:91:92 chr1 43782945 . CT CTC,TC 58.23 PASS AF=0.11,0.025;AO=43,18;DP=202;FAO=22,5;FDP=200;FR=.;FRO=173;FSAF=9,5;FSAR=13,0;FSRF=111;FSRR=62;FWDB=-0.132423,-0.120698;FXX=0.0099005;HRUN=0,4;LEN=1,2;MLLD=18.6573,29.736;QD=1.16464;RBI=0.168601,0.135749;REFB=-0.0610792,-0.0352363;REVB=-0.104358,-0.0621271;RO=137;SAF=21,14;SAR=22,4;SRF=89;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.203863,0.187719;STB=0.697823,0.997407;STBP=0.047,0.047;TYPE=ins,mnp;VARB=0.175928,0.120106;OID=.,.;OPOS=43782947,43782945;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:202:200:137:173:43,18:22,5:0.11,0.025:22,4:21,14:89:48:13,0:9,5:111:62 chr1 43784956 . A G 1105.29 PASS AF=0.579545;AO=102;DP=176;FAO=102;FDP=176;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0103243;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.372;QD=25.1202;RBI=0.0106184;REFB=-0.00228252;REVB=-0.00248199;RO=74;SAF=44;SAR=58;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536839;STB=0.529167;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00143372;OID=.;OPOS=43784956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:74:74:102:102:0.579545:58:44:37:37:58:44:37:37 chr1 43825644 . T C 375.97 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.00482186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.588;QD=14.6006;RBI=0.0101945;REFB=-0.00275305;REVB=-0.00898211;RO=60;SAF=30;SAR=13;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174087;STB=0.50982;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00391751;OID=.;OPOS=43825644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:13:30:41:19:13:30:41:19 chr1 44058265 . C A 719.09 PASS AF=0.487013;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=154;FR=.;FRO=79;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0014118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.123;QD=18.6776;RBI=0.0220611;REFB=-0.0147192;REVB=0.0220159;RO=79;SAF=40;SAR=35;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10711;STB=0.559087;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.014015;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:79:79:75:75:0.487013:35:40:33:46:35:40:33:46 chr1 44071221 . G A 544.16 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.0339071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.145;QD=15.4371;RBI=0.0361903;REFB=0.00731565;REVB=0.0126507;RO=81;SAF=24;SAR=35;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258748;STB=0.517417;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00655468;OID=.;OPOS=44071221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:81:82:59:59:0.41844:35:24:31:50:35:24:31:51 chr1 44072018 . C T 1208.04 PASS AF=0.402985;AO=135;DP=335;FAO=135;FDP=335;FR=.;FRO=200;FSAF=74;FSAR=61;FSRF=106;FSRR=94;FWDB=-0.0163211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4428;QD=14.4243;RBI=0.0330105;REFB=0.00379114;REVB=-0.0286934;RO=198;SAF=74;SAR=61;SRF=105;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191128;STB=0.510912;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00570139;OID=.;OPOS=44072018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:335:198:200:135:135:0.402985:61:74:105:93:61:74:106:94 chr1 44072066 . C T 1019.85 PASS AF=0.420074;AO=113;DP=269;FAO=113;FDP=269;FR=.;FRO=156;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=76;FSRR=80;FWDB=-0.0174437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.511;QD=15.165;RBI=0.0187266;REFB=-0.00536469;REVB=0.00681193;RO=156;SAF=55;SAR=58;SRF=76;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000472167;STB=0.500263;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00663793;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:156:156:113:113:0.420074:58:55:76:80:58:55:76:80 chr1 44083507 . T C 835.34 PASS AF=0.446154;AO=87;DP=195;FAO=87;FDP=195;FR=.;FRO=108;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=-0.00747165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.432;QD=17.1352;RBI=0.00891736;REFB=-0.0102153;REVB=0.00486762;RO=107;SAF=34;SAR=53;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593398;STB=0.53077;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0152224;OID=.;OPOS=44083507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:107:108:87:87:0.446154:53:34:48:59:53:34:48:60 chr1 44083519 . G A 815.01 PASS AF=0.432692;AO=90;DP=208;FAO=90;FDP=208;FR=.;FRO=118;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=48;FSRR=70;FWDB=0.0363864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.796;QD=15.6732;RBI=0.0392094;REFB=-0.00306912;REVB=0.0146084;RO=118;SAF=37;SAR=53;SRF=48;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455944;STB=0.502539;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00591482;OID=.;OPOS=44083519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:118:118:90:90:0.432692:53:37:48:70:53:37:48:70 chr1 44084739 . C T 305.03 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=-6.49682e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1826;QD=15.0631;RBI=0.00326687;REFB=-0.0118661;REVB=-0.00326623;RO=47;SAF=12;SAR=22;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167676;STB=0.593909;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0134117;OID=.;OPOS=44084739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:22:12:10:37:22:12:10:37 chr1 44085067 . A G 515.16 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0214765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5392;QD=22.1574;RBI=0.0262342;REFB=-0.0421158;REVB=0.0150663;RO=44;SAF=27;SAR=22;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149074;STB=0.508215;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0424615;OID=.;OPOS=44085067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:22:27:25:19:22:27:25:19 chr1 44086831 . C T 643.41 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0262675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.478;QD=21.0955;RBI=0.0517262;REFB=-0.0169795;REVB=-0.0445603;RO=56;SAF=42;SAR=22;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184721;STB=0.61043;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0107944;OID=.;OPOS=44086831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:56:58:64:64:0.52459:22:42:25:31:22:42:25:33 chr1 44137257 . C A 736.59 PASS AF=0.5;AO=71;DP=143;FAO=72;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00836151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.519;QD=20.4608;RBI=0.011185;REFB=-0.0103558;REVB=-0.007429;RO=71;SAF=32;SAR=39;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257263;STB=0.51395;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0096526;OID=.;OPOS=44137257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:71:72:71:72:0.5:39:32:34:37:39:33:35:37 chr1 44395786 . C T 427.96 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0188846;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.952;QD=16.4599;RBI=0.0262471;REFB=-0.00738209;REVB=0.0182286;RO=56;SAF=24;SAR=23;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114572;STB=0.568135;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00595365;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:57:47:47:0.451923:23:24:22:34:23:24:22:35 chr1 44401384 . A G 426.52 PASS AF=0.432432;AO=47;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00219049;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.058;QD=15.37;RBI=0.002676;REFB=-0.0364492;REVB=0.00153711;RO=63;SAF=22;SAR=25;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569734;STB=0.526185;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0303934;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:47:48:0.432432:25:22:26:37:26:22:26:37 chr1 44423118 . C T 672.18 PASS AF=0.565217;AO=65;DP=114;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00974562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.544;QD=23.38;RBI=0.0153489;REFB=-0.0115604;REVB=0.011858;RO=49;SAF=29;SAR=36;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346025;STB=0.523559;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00855636;OID=.;OPOS=44423118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:49:50:65:65:0.565217:36:29:24:25:36:29:25:25 chr1 44442301 . C T 957.37 PASS AF=0.485437;AO=97;DP=208;FAO=100;FDP=206;FR=.;FRO=106;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=63;FWDB=-0.0291998;FXX=0.0143534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5811;QD=18.5897;RBI=0.029851;REFB=0.00218047;REVB=0.00620095;RO=105;SAF=52;SAR=45;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118851;STB=0.558641;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00211142;OID=.;OPOS=44442301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:206:105:106:97:100:0.485437:45:52:43:62:48:52:43:63 chr1 44442930 . A G 1374.26 PASS AF=0.528455;AO=130;DP=247;FAO=130;FDP=246;FR=.;FRO=116;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.0260167;FXX=0.00806419;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.123;QD=22.3456;RBI=0.0273872;REFB=0.00255993;REVB=0.00855514;RO=110;SAF=68;SAR=62;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412368;STB=0.506826;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00304077;OID=.;OPOS=44442930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:110:116:130:130:0.528455:62:68:57:53:62:68:59:57 chr1 44466606 . G A 530.75 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0608652;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9565;QD=16.586;RBI=0.0762081;REFB=-0.009672;REVB=0.0458596;RO=72;SAF=26;SAR=31;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540684;STB=0.534729;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0144224;OID=.;OPOS=44466606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:72:71:57:57:0.445312:31:26:29:43:31:26:28:43 chr1 44468235 . G A 543.25 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0155719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.877;QD=15.4114;RBI=0.0173042;REFB=-0.00565597;REVB=0.00754653;RO=81;SAF=27;SAR=32;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000869759;STB=0.503387;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00754013;OID=.;OPOS=44468235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:81:82:59:59:0.41844:32:27:37:44:32:27:38:44 chr1 44595047 . T A 534.89 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.042643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.741;QD=17.2546;RBI=0.0428317;REFB=-0.00945644;REVB=0.00401671;RO=67;SAF=23;SAR=34;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308547;STB=0.517154;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00921321;OID=.;OPOS=44595047;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:67:57:57:0.459677:34:23:25:42:34:23:25:42 chr1 44595113 . G C 716.5 PASS AF=0.475;AO=76;DP=153;FAO=76;FDP=160;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.083984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1908;QD=17.9125;RBI=0.0876234;REFB=-0.0256107;REVB=-0.0249907;RO=76;SAF=36;SAR=40;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360179;STB=0.504949;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0343863;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:160:76:84:76:76:0.475:40:36:33:43:40:36:39:45 chr1 44596379 . CCAA C 346.05 PASS AF=0.408451;AO=57;DP=130;FAO=58;FDP=142;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.00596208;FXX=0.0595987;HRUN=2;LEN=3;MLLD=215.156;QD=9.74796;RBI=0.0270936;REFB=-0.0190165;REVB=0.0264295;RO=49;SAF=21;SAR=36;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573552;STB=0.552018;STBP=0.326;TYPE=del;VARB=0.0276312;OID=.;OPOS=44596380;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408451:57:130:58:142:84:22:36:39:45:99:49:21:36:15:34 chr1 44680719 . G C 428.4 PASS AF=0.37037;AO=50;DP=136;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=58;FWDB=-0.00275447;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1044;QD=12.6932;RBI=0.0386237;REFB=0.00852911;REVB=0.0385254;RO=84;SAF=23;SAR=27;SRF=27;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156665;STB=0.591493;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0129608;OID=.;OPOS=44680719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:84:85:50:50:0.37037:27:23:27:57:27:23:27:58 chr1 44750583 . CAAAAAAAAG CAAAAAAAG,CAAAAAAGAA 66.48 PASS AF=0.197674,0.0813953;AO=19,4;DP=93;FAO=17,7;FDP=86;FR=.;FRO=62;FSAF=13,7;FSAR=4,0;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0671851,-0.136751;FXX=0.0652103;HRUN=8,8;LEN=1,3;MLLD=8.10195,203.646;QD=3.09226;RBI=0.0793987,0.137328;REFB=-0.074279,-0.0073989;REVB=-0.0423122,-0.012572;RO=43;SAF=15,4;SAR=4,0;SRF=13;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.542824,0.65348;STB=0.759812,0.998595;STBP=0.023,0.002;TYPE=del,mnp;VARB=-0.045366,0.195035;OID=.,.;OPOS=44750584,44750590;OREF=A,AAG;OALT=-,GAA;OMAPALT=CAAAAAAAG,CAAAAAAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197674,0.0813953:19,4:93:17,7:86:62:13,7:4,0:27:35:36:43:15,4:4,0:13:30 chr1 44788398 . A T 637.93 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.347;QD=60.7556;RBI=0.0455904;REFB=0;REVB=-0.0327089;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589064;OID=.;OPOS=44788398;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:26:12:0:0:26:16:0:0 chr1 44856494 . A T 278.77 PASS AF=0.711111;AO=24;DP=35;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.107502;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=36.3747;QD=24.7796;RBI=0.116482;REFB=-0.261452;REVB=0.044847;RO=11;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217254;STB=0.594983;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0325331;OID=.;OPOS=44856494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:35:45:11:13:24:32:0.711111:11:13:10:1:18:14:10:3 chr1 45187474 . G T 116.72 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0291936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.204;QD=7.29493;RBI=0.0414376;REFB=-0.00244584;REVB=-0.0294076;RO=46;SAF=4;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313347;STB=0.691469;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0245431;OID=.;OPOS=45187474;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:46:18:18:0.28125:14:4:21:25:14:4:21:25 chr1 45187504 . G A 198.4 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0158728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.357;QD=9.2279;RBI=0.0212724;REFB=-0.00332425;REVB=-0.0141622;RO=57;SAF=9;SAR=17;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930306;STB=0.564465;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00966885;OID=.;OPOS=45187504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:60:26:26:0.302326:17:9:24:33:17:9:26:34 chr1 45187511 . T C 219.73 PASS AF=0.311111;AO=27;DP=89;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0295057;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.901;QD=9.76595;RBI=0.0306918;REFB=-0.0131773;REVB=-0.0084501;RO=61;SAF=9;SAR=18;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15549;STB=0.606644;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0259588;OID=.;OPOS=45187511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:61:62:27:28:0.311111:18:9:28:33:19:9:29:33 chr1 45187549 . T C 268.83 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0107205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.119;QD=10.5425;RBI=0.019919;REFB=0.00240431;REVB=0.0167881;RO=67;SAF=14;SAR=20;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160577;STB=0.597644;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00441024;OID=.;OPOS=45187549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:67:68:34:34:0.333333:20:14:37:30:20:14:38:30 chr1 45196770 . A G 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0150273;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.402;QD=13.054;RBI=0.0158511;REFB=0.000747156;REVB=0.0050436;RO=35;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120595;STB=0.568825;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.000560317;OID=.;OPOS=45196770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:14:9:10:25:14:9:10:25 chr1 45196773 . C T 226.77 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0394483;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.721;QD=16.4922;RBI=0.0396158;REFB=-0.00568079;REVB=-0.00363898;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296781;STB=0.612821;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00246821;OID=.;OPOS=45196773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:29:24:25:0.454545:14:10:3:22:15:10:6:23 chr1 45196779 . C T 226.87 PASS AF=0.471698;AO=22;DP=50;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0026083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.059;QD=17.1223;RBI=0.0137186;REFB=-0.00868999;REVB=0.0134683;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212262;STB=0.628008;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0146256;OID=.;OPOS=45196779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:28:28:22:25:0.471698:14:8:5:23:15:10:5:23 chr1 45196830 . G GT 118.75 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0199918;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=208.909;QD=14.3936;RBI=0.020022;REFB=-0.00467043;REVB=0.00109768;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307077;STB=0.673376;STBP=0.186;TYPE=ins;VARB=0.00912719;OID=.;OPOS=45196831;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:14:33:14:33:19:5:9:2:17:99:19:5:9:2:17 chr1 45224901 . G A 483.11 PASS AF=0.481818;AO=49;DP=106;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00669817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7166;QD=17.5676;RBI=0.0882896;REFB=0.00184678;REVB=0.0880351;RO=57;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273183;STB=0.51666;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.000914135;OID=.;OPOS=45224901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:57:57:49:53:0.481818:27:22:24:33:29:24:24:33 chr1 45278913 . C T 98.6 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00449244;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.827;QD=11.9517;RBI=0.00788333;REFB=-0.0257571;REVB=0.00647804;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250496;STB=0.654926;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0390061;OID=.;OPOS=45278913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:33:33:18:21:12:12:0.363636:5:7:6:12:5:7:7:14 chr1 45285657 . G A 361.5 PASS AF=0.527778;AO=33;DP=67;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0208584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.058;QD=20.0834;RBI=0.0208732;REFB=-0.0115307;REVB=0.000786266;RO=32;SAF=9;SAR=24;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137641;STB=0.550461;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0110085;OID=.;OPOS=45285657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:32:34:33:38:0.527778:24:9:13:19:26:12:14:20 chr1 45285664 . G A 1008.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.778;QD=59.3174;RBI=0.00690027;REFB=0;REVB=0.00353237;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6507e-05;OID=.;OPOS=45285664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr1 45504720 . G C 801.14 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6566;QD=57.2245;RBI=0.0191825;REFB=0;REVB=0.0130094;RO=0;SAF=5;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12978e-06;OID=.;OPOS=45504720;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:51:5:0:0:51:5:0:0 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC 5014.03 PASS AF=0,0.996132;AO=124,296;DP=482;FAO=0,515;FDP=517;FR=.;FRO=2;FSAF=0,376;FSAR=0,139;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00644226,0.0554471;FXX=0.0336442;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=178.653,17.2668;QD=38.7933;RBI=0.0324604,0.0641393;REFB=0.0030609,-0.0382141;REVB=-0.0318147,0.0322408;RO=35;SAF=99,255;SAR=25,41;SRF=19;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0.336364,0.336364;SSSB=0.147895,0.121065;STB=0.5,0.501326;STBP=1,0.401;TYPE=del,del;VARB=0,0.019201;OID=.,.;OPOS=45793374,45793372;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.996132:124,296:482:0,515:517:2:0,376:0,139:2:0:64:35:99,255:25,41:19:16 chr1 45797505 . C G 592.07 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.0601027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.368;QD=17.2868;RBI=0.060447;REFB=-0.012957;REVB=-0.0064427;RO=75;SAF=17;SAR=45;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114829;STB=0.564202;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0137213;OID=.;OPOS=45797505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:75:75:62:62:0.452555:45:17:28:47:45:17:28:47 chr1 45805566 . G C 3042.54 PASS AF=1;AO=164;DP=176;FAO=193;FDP=193;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.289;QD=63.0578;RBI=0.0439691;REFB=0;REVB=0.0148948;RO=0;SAF=28;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46807e-05;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:176:193:0:0:164:193:1:136:28:0:0:161:32:0:0 chr1 45810091 . A G 171.68 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00334257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.835;QD=11.0763;RBI=0.00398792;REFB=-0.00449204;REVB=-0.00217501;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037037;STB=0.502956;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00760468;OID=.;OPOS=45810091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:40:22:22:0.354839:12:10:16:22:12:10:18:22 chr1 45864695 . C A 45.53 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0795;QD=26.0187;RBI=0.0691035;REFB=-0.0261222;REVB=-0.0691035;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0124413;OID=.;OPOS=45864695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr1 45974647 . G A 663.86 PASS AF=0.386598;AO=75;DP=194;FAO=75;FDP=194;FR=.;FRO=119;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=-0.0705565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1084;QD=13.6878;RBI=0.0742092;REFB=0.00453333;REVB=0.0229953;RO=117;SAF=41;SAR=34;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182325;STB=0.510653;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00740594;OID=.;OPOS=45974647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:117:119:75:75:0.386598:34:41:62:55:34:41:63:56 chr1 46032271 . G A 399.21 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0202466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3727;QD=15.9685;RBI=0.0330113;REFB=-0.017069;REVB=0.0260734;RO=58;SAF=21;SAR=21;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177384;STB=0.509995;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0243629;OID=.;OPOS=46032271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:21:21:28:30:21:21:28:30 chr1 46089297 . G A 524.26 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=11;FWDB=0.0488493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5018;QD=17.331;RBI=0.0515631;REFB=-0.00827241;REVB=-0.0165075;RO=65;SAF=38;SAR=18;SRF=54;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18245;STB=0.600403;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00580251;OID=.;OPOS=46089297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:18:38:54:11:18:38:54:11 chr1 46094027 . A G 2101.91 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8637;QD=62.7435;RBI=0.0471869;REFB=0;REVB=-0.0440846;RO=0;SAF=55;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.19918e-05;OID=.;OPOS=46094027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:79:55:0:0:79:55:0:0 chr1 46095272 . T C 1435.07 PASS AF=0.96;AO=94;DP=99;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0774605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6878;QD=57.4028;RBI=0.0818656;REFB=-0.069783;REVB=0.0264924;RO=5;SAF=49;SAR=45;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459583;STB=0.519227;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00527677;OID=.;OPOS=46095272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:99:100:5:4:94:96:0.96:45:49:5:0:46:50:4:0 chr1 46195375 . T C 1340.35 PASS AF=0.946809;AO=89;DP=94;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00701507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.751;QD=57.036;RBI=0.00751437;REFB=-0.0213237;REVB=0.00269342;RO=2;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166244;STB=0.512974;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000154359;OID=.;OPOS=46195375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:94:94:2:5:89:89:0.946809:56:33:0:2:56:33:3:2 chr1 46379518 . A G 2452.0 PASS AF=0.976048;AO=163;DP=167;FAO=163;FDP=167;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=92;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0159797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.515;QD=58.7307;RBI=0.0303974;REFB=-0.0377965;REVB=-0.0258582;RO=4;SAF=71;SAR=92;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145349;STB=0.507642;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00180732;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:167:167:4:4:163:163:0.976048:92:71:3:1:92:71:3:1 chr1 46476587 . T G 1411.3 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723884;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.589;QD=62.0353;RBI=0.0897477;REFB=0;REVB=0.0530526;RO=1;SAF=6;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00561036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116033;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:91:1:0:90:91:1:84:6:0:1:85:6:0:0 chr1 46655158 . T C 2254.93 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.215;QD=62.637;RBI=0.0125915;REFB=-0.0160008;REVB=0.0123832;RO=0;SAF=76;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119998;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:144:144:0:0:143:144:1:67:76:0:0:67:77:0:0 chr1 46658910 . G A 781.61 PASS AF=0.551471;AO=74;DP=136;FAO=75;FDP=136;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00338131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.3714;QD=22.9885;RBI=0.0262256;REFB=-0.02622;REVB=0.0260067;RO=61;SAF=40;SAR=34;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147794;STB=0.576978;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0277811;OID=.;OPOS=46658910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:61:61:74:75:0.551471:34:40:22:39:35:40:22:39 chr1 46743900 . C T 698.29 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=0.0226991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.019;QD=17.0314;RBI=0.0262464;REFB=-0.00615993;REVB=-0.0131767;RO=87;SAF=33;SAR=42;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119172;STB=0.565983;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00759747;OID=.;OPOS=46743900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:87:89:75:75:0.457317:42:33:49:38:42:33:50:39 chr1 46746164 . C T 659.84 PASS AF=0.482014;AO=64;DP=136;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0391552;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9499;QD=18.9881;RBI=0.0395801;REFB=-0.00727345;REVB=0.00578396;RO=71;SAF=23;SAR=41;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222405;STB=0.608486;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00874501;OID=.;OPOS=46746164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:71:72:64:67:0.482014:41:23:42:29:41:26:43:29 chr1 46807711 . C T 440.99 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0135195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6254;QD=16.0359;RBI=0.0476272;REFB=0.00291958;REVB=0.0456681;RO=61;SAF=26;SAR=23;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070917;STB=0.539643;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00334272;OID=.;OPOS=46807711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:23:26:28:33:23:26:28:33 chr1 46808042 . C T 272.33 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0314593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.993;QD=17.2909;RBI=0.0314605;REFB=-0.0205493;REVB=-0.000268121;RO=33;SAF=7;SAR=23;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184645;STB=0.604393;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0190708;OID=.;OPOS=46808042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:23:7:13:20:23:7:13:20 chr1 46810530 . A G 257.96 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0276222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9924;QD=18.426;RBI=0.0309556;REFB=0.0158242;REVB=-0.0139738;RO=27;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112426;STB=0.572486;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0188308;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:17:11:14:13:17:11:15:13 chr1 46827456 . A G 1059.39 PASS AF=0.517073;AO=106;DP=205;FAO=106;FDP=205;FR=.;FRO=99;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=-0.00198854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.12;QD=20.671;RBI=0.0454398;REFB=-0.00478822;REVB=0.0453962;RO=98;SAF=50;SAR=56;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784249;STB=0.540434;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00488024;OID=.;OPOS=46827456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:98:99:106:106:0.517073:56:50:55:43:56:50:55:44 chr1 46828360 . C T 782.13 PASS AF=0.347826;AO=92;DP=273;FAO=96;FDP=276;FR=.;FRO=180;FSAF=63;FSAR=33;FSRF=79;FSRR=101;FWDB=-0.0121236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.613;QD=11.3352;RBI=0.0132184;REFB=-0.00421344;REVB=-0.00526731;RO=167;SAF=59;SAR=33;SRF=74;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226349;STB=0.643023;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00764626;OID=.;OPOS=46828360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:276:167:180:92:96:0.347826:33:59:74:93:33:63:79:101 chr1 46871986 . T C 2234.5 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6696;QD=63.3901;RBI=0.049854;REFB=0;REVB=0.0484865;RO=0;SAF=51;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024486;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:90:51:0:0:90:51:0:0 chr1 46972694 . C T 878.74 PASS AF=0.508671;AO=87;DP=175;FAO=88;FDP=173;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0094022;FXX=0.0225976;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.172;QD=20.3176;RBI=0.0110771;REFB=-0.0214967;REVB=0.00585674;RO=80;SAF=45;SAR=42;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396583;STB=0.509089;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0191652;OID=.;OPOS=46972694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:80:85:87:88:0.508671:42:45:45:35:42:46:46:39 chr1 46976717 . C T 1152.75 PASS AF=0.414791;AO=129;DP=311;FAO=129;FDP=311;FR=.;FRO=182;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=84;FSRR=98;FWDB=0.0317778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8066;QD=14.8263;RBI=0.0332847;REFB=0.00699621;REVB=0.00990157;RO=180;SAF=59;SAR=70;SRF=82;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0019038;STB=0.502459;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00914543;OID=.;OPOS=46976717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:180:182:129:129:0.414791:70:59:82:98:70:59:84:98 chr1 47013364 . T C 520.13 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.0316605;FXX=0.0403193;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.632;QD=17.4834;RBI=0.0355178;REFB=-0.0246349;REVB=-0.0160973;RO=63;SAF=27;SAR=28;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152267;STB=0.587826;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.015716;OID=.;OPOS=47013364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:63:64:55:55:0.462185:28:27:21:42:28:27:21:43 chr1 47023568 . T A 34.52 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0458524;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=32.5503;QD=3.06818;RBI=0.0593078;REFB=-0.00678039;REVB=0.0376162;RO=32;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.569198;STB=0.868465;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0773348;OID=.;OPOS=47023568;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:45:45:32:36:6:6:0.133333:1:5:10:22:1:5:13:23 chr1 47059934 . T C 2607.85 PASS AF=0.988372;AO=170;DP=172;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0231772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.064;QD=60.6476;RBI=0.0438717;REFB=-0.00780762;REVB=0.0372497;RO=1;SAF=70;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00675066;STB=0.501058;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.000158824;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:172:1:2:170:170:0.988372:100:70:1:0:100:70:1:1 chr1 47078637 . T C 4283.57 PASS AF=1;AO=273;DP=274;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312613;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.273;QD=62.5339;RBI=0.00518369;REFB=-0.103741;REVB=-0.00413497;RO=1;SAF=139;SAR=134;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163582;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:274:274:1:0:273:274:1:134:139:0:1:135:139:0:0 chr1 47080679 . G A 1394.95 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4183;QD=62.6945;RBI=0.0811112;REFB=0;REVB=-0.0810922;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321792;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr1 47101015 . C A 429.32 PASS AF=0.344595;AO=51;DP=149;FAO=51;FDP=148;FR=.;FRO=97;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.012816;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.249;QD=11.6034;RBI=0.0169183;REFB=0.00491056;REVB=0.0110444;RO=97;SAF=29;SAR=22;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376323;STB=0.521602;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0106508;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:97:97:51:51:0.344595:22:29:52:45:22:29:52:45 chr1 47131319 . A T 1079.07 PASS AF=0.534031;AO=95;DP=184;FAO=102;FDP=191;FR=.;FRO=89;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.0267546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.738;QD=22.5983;RBI=0.0297433;REFB=-0.0163351;REVB=-0.0129945;RO=88;SAF=51;SAR=44;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721781;STB=0.555728;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0149024;OID=.;OPOS=47131319;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:191:88:89:95:102:0.534031:44:51:40:48:44:58:40:49 chr1 47138819 . T G 1439.53 PASS AF=0.971154;AO=99;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0340086;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4543;QD=55.3666;RBI=0.0418786;REFB=-0.129183;REVB=0.0244383;RO=3;SAF=47;SAR=52;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107215;STB=0.505531;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00220655;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:104:104:3:3:99:101:0.971154:52:47:2:1:53:48:2:1 chr1 47139103 . C T 341.03 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00285818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.551;QD=20.9864;RBI=0.0476425;REFB=-0.00183891;REVB=-0.0475567;RO=30;SAF=10;SAR=25;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793016;STB=0.544015;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00169828;OID=.;OPOS=47139103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:25:10:11:19:25:10:11:19 chr1 47279175 . C T 5335.79 PASS AF=1;AO=308;DP=312;FAO=345;FDP=345;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312067;FXX=0.011461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.792;QD=61.8642;RBI=0.130804;REFB=-0.113026;REVB=0.130767;RO=0;SAF=181;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628921;OID=.;OPOS=47279175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:312:345:0:0:308:345:1:127:181:0:0:163:182:0:0 chr1 47398496 . A G 3033.67 PASS AF=0.99005;AO=196;DP=201;FAO=199;FDP=201;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0925161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5396;QD=60.3716;RBI=0.0926115;REFB=-0.137788;REVB=0.00420247;RO=5;SAF=91;SAR=105;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125897;STB=0.504629;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000942187;OID=.;OPOS=47398496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:201:201:5:2:196:199:0.99005:105:91:1:4:107:92:0:2 chr1 47399967 . G A 1730.21 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1157;QD=60.709;RBI=0.0362287;REFB=0;REVB=0.0348938;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103446;OID=.;OPOS=47399967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:53:61:0:0:53:61:0:0 chr1 47571902 . C T 633.04 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00809687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.755;QD=48.6951;RBI=0.00829532;REFB=0.000423835;REVB=-0.00180364;RO=4;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455328;STB=0.524262;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-1.29973e-05;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:4:4:48:48:0.923077:21:27:1:3:21:27:1:3 chr1 47571905 . C T 632.91 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0114586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5869;QD=48.6853;RBI=0.0221916;REFB=-0.00879916;REVB=0.0190044;RO=4;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455328;STB=0.524262;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00107577;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:4:4:48:48:0.923077:21:27:1:3:21:27:1:3 chr1 47607281 . C T 2308.89 PASS AF=0.993506;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00866187;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.809;QD=59.9712;RBI=0.0251199;REFB=-0.0898647;REVB=-0.0235792;RO=1;SAF=54;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872695;STB=0.504587;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000553074;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:154:1:1:152:153:0.993506:98:54:1:0:99:54:1:0 chr1 47607785 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.425;QD=61.8525;RBI=0.0291356;REFB=0;REVB=0.0277867;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85291e-05;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:47:35:0:0:47:36:0:0 chr1 47607851 . A T 1493.3 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00117593;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.331;QD=58.5609;RBI=0.00309172;REFB=-0.0228788;REVB=0.00285936;RO=1;SAF=50;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939351;STB=0.504853;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=4.12585e-07;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:100:101:0.990196:50:50:1:0:50:51:1:0 chr1 47608983 . G T 991.11 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7143;QD=56.6347;RBI=0.10091;REFB=-0.0769993;REVB=-0.0566844;RO=3;SAF=29;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414136;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:70:3:0:66:70:1:37:29:3:0:37:33:0:0 chr1 47609489 . T C 2939.4 PASS AF=0.975124;AO=198;DP=199;FAO=196;FDP=201;FR=.;FRO=5;FSAF=97;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0165936;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.891;QD=58.4956;RBI=0.039177;REFB=0.0185316;REVB=-0.0354893;RO=1;SAF=97;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0048848;STB=0.502614;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.000841031;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:199:201:1:5:198:196:0.975124:101:97:1:0:99:97:3:2 chr1 47610065 . A C 2290.17 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229181;FXX=0.0129862;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9473;QD=60.2676;RBI=0.0438806;REFB=-0.0915793;REVB=0.0374201;RO=0;SAF=70;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203002;OID=.;OPOS=47610065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:152:152:0:0:150:152:1:80:70:0:0:81:71:0:0 chr1 47610293 . C T 48.02 PASS AF=0.0933333;AO=14;DP=150;FAO=14;FDP=150;FR=.;FRO=136;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=59;FSRR=77;FWDB=0.0316566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5866;QD=1.28049;RBI=0.0382704;REFB=-0.0036134;REVB=0.0215055;RO=134;SAF=9;SAR=5;SRF=59;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235358;STB=0.684347;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0535924;OID=.;OPOS=47610293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:150:150:134:136:14:14:0.0933333:5:9:59:75:5:9:59:77 chr1 47611598 . T C 4787.93 PASS AF=1;AO=293;DP=295;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197892;FXX=0.00333322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3645;QD=64.0525;RBI=0.0239921;REFB=0;REVB=-0.013565;RO=0;SAF=145;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03221e-06;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:295:299:0:0:293:299:1:148:145:0:0:148:151:0:0 chr1 47614434 . C T 1437.47 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4338;QD=61.8267;RBI=0.0767444;REFB=0;REVB=0.0583859;RO=0;SAF=30;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449996;OID=.;OPOS=47614434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:93:0:0:89:93:1:59:30:0:0:60:33:0:0 chr1 47685455 . T C 2767.06 PASS AF=0.983696;AO=178;DP=181;FAO=181;FDP=184;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00453471;FXX=0.00540511;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.31;QD=60.1534;RBI=0.0119314;REFB=0.0501341;REVB=-0.0110361;RO=3;SAF=90;SAR=88;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508142;STB=0.502762;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.000228699;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:181:184:3:3:178:181:0.983696:88:90:2:1:91:90:2:1 chr1 47717189 . A G 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00912542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.704;QD=9.85705;RBI=0.0161548;REFB=-0.00607589;REVB=-0.0133306;RO=41;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071029;STB=0.54183;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0115794;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:11:9:21:20:11:9:21:20 chr1 47746678 . G C 848.45 PASS AF=0.518293;AO=85;DP=163;FAO=85;FDP=164;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=59;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.00736536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.847;QD=20.694;RBI=0.00783929;REFB=-0.000655148;REVB=-0.00268441;RO=78;SAF=26;SAR=59;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149218;STB=0.579695;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00089586;OID=.;OPOS=47746678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:78:79:85:85:0.518293:59:26:36:42:59:26:36:43 chr1 47767914 . G A 499.56 PASS AF=0.457627;AO=53;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=43;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=15;FWDB=-0.0138069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.957;QD=16.9343;RBI=0.030041;REFB=-0.0166047;REVB=0.0266802;RO=64;SAF=42;SAR=11;SRF=49;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388722;STB=0.524873;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0187871;OID=.;OPOS=47767914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:53:54:0.457627:11:42:49:15:11:43:49:15 chr1 47799639 . G C 2458.46 PASS AF=0.47026;AO=245;DP=521;FAO=253;FDP=538;FR=.;FRO=285;FSAF=117;FSAR=136;FSRF=151;FSRR=134;FWDB=-0.0373441;FXX=0.00737994;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8878;QD=18.2785;RBI=0.0478723;REFB=-0.0417477;REVB=0.0299529;RO=276;SAF=111;SAR=134;SRF=147;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766807;STB=0.535698;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0483671;OID=.;OPOS=47799639;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:521:538:276:285:245:253:0.47026:134:111:147:129:136:117:151:134 chr1 47842431 . G A 1512.52 PASS AF=0.954955;AO=103;DP=109;FAO=106;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0164516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9663;QD=54.5052;RBI=0.0230024;REFB=-0.0128327;REVB=0.0160766;RO=5;SAF=57;SAR=46;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312431;STB=0.515262;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0064945;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:109:111:5:5:103:106:0.954955:46:57:1:4:49:57:1:4 chr1 47842665 . TAAAA TAAA,TAAAT,TTAAA 1336.38 PASS AF=0.0258621,0,0.965517;AO=17,18,74;DP=116;FAO=3,0,112;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=1,0,56;FSAR=2,0,56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0647039,-0.170261,0.278105;FXX=0.00854628;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=12.0669,9.3971,17.5686;QD=46.0821;RBI=0.0892649,0.176055,0.278247;REFB=0.0269586,0.124692,0.0259221;REVB=-0.0614949,-0.044793,-0.00888971;RO=3;SAF=10,18,25;SAR=7,0,49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0.325513,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0222221,0.84635,-0.0267984;STB=0.59939,0.5,0.504424;STBP=0.681,1,0.496;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0925291,0.0158382,0.0803061;OID=.,.,.;OPOS=47842666,47842669,47842666;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAA,TAAAT,TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0258621,0,0.965517:17,18,74:116:3,0,112:116:1:1,0,56:2,0,56:0:1:4:3:10,18,25:7,0,49:2:1 chr1 47883019 . T C 2220.96 PASS AF=0.974026;AO=149;DP=153;FAO=150;FDP=154;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.642;QD=57.6872;RBI=0.0232459;REFB=-0.00100636;REVB=0.0232459;RO=3;SAF=0;SAR=149;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73755e-05;OID=.;OPOS=47883019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:153:154:3:4:149:150:0.974026:149:0:0:3:150:0:0:4 chr1 47883023 . TA T,TC,TG 2216.16 PASS AF=0.0333333,0.00666667,0.96;AO=24,6,108;DP=161;FAO=5,1,144;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,1;FSAR=5,1,143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108315,-0.0515797,0.0673213;FXX=0.0683187;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=81.0134,82.5315,48.7519;QD=59.0977;RBI=0.125642,0.066563,0.0673365;REFB=0,0,0;REVB=-0.0636686,-0.0420734,0.0014283;RO=0;SAF=1,1,0;SAR=23,5,108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=6.66402e-08,3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0271799,0.00900979,0.00331579;OID=.,.,.;OPOS=47883024,47883024,47883024;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=T,TC,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0333333,0.00666667,0.96:24,6,108:161:5,1,144:150:0:0,0,1:5,1,143:0:0:8:0:1,1,0:23,5,108:0:0 chr1 47883025 . C G 182.37 PASS AF=0.188889;AO=24;DP=170;FAO=34;FDP=180;FR=.;FRO=146;FSAF=1;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=146;FWDB=0.0187945;FXX=0.00552456;HRUN=6;LEN=1;MLLD=63.9524;QD=4.05255;RBI=0.038077;REFB=-0.0456837;REVB=0.0331153;RO=146;SAF=1;SAR=23;SRF=0;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.698597;STB=0.844273;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0558579;OID=.;OPOS=47883025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:180:146:146:24:34:0.188889:23:1:0:146:33:1:0:146 chr1 47906338 . G A 5048.57 PASS AF=1;AO=320;DP=320;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.003;QD=62.9106;RBI=0.00696732;REFB=0;REVB=0.000412224;RO=0;SAF=141;SAR=179;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83413e-05;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:320:321:0:0:320:321:1:179:141:0:0:180:141:0:0 chr1 48697733 . T G 3651.73 PASS AF=1;AO=230;DP=232;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000173608;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.087;QD=62.9608;RBI=0.02438;REFB=-0.0825922;REVB=0.0243794;RO=1;SAF=122;SAR=108;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439207;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27335e-05;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:232:232:1:0:230:232:1:108:122:0:1:109:123:0:0 chr1 48713394 . C T 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.058;QD=63.4766;RBI=0.0547161;REFB=0;REVB=0.0537102;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102382;OID=.;OPOS=48713394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:42:52:0:0:42:52:0:0 chr1 48764419 . C T 995.78 PASS AF=0.558824;AO=95;DP=171;FAO=95;FDP=170;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=-0.00204972;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.574;QD=23.4301;RBI=0.00935975;REFB=-0.0112028;REVB=0.00913255;RO=75;SAF=35;SAR=60;SRF=25;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308128;STB=0.516775;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0078271;OID=.;OPOS=48764419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:75:75:95:95:0.558824:60:35:25:50:60:35:25:50 chr1 48937691 . A T 138.51 PASS AF=0.235955;AO=21;DP=91;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0278731;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.584;QD=6.225;RBI=0.0402291;REFB=-0.00681549;REVB=-0.0290082;RO=66;SAF=18;SAR=3;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440159;STB=0.779223;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0514169;OID=.;OPOS=48937691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:66:68:21:21:0.235955:3:18:37:29:3:18:38:30 chr1 49056638 . TAA TA,T,TAT 1202.2 PASS AF=0.929134,0,0.0708661;AO=32,17,10;DP=129;FAO=118,0,9;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=65,0,0;FSAR=53,0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.15545,0.55286,0.0929443;FXX=0.0155027;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=12.0188,10.6323,223.304;QD=37.8645;RBI=1.24906,0.58571,0.145039;REFB=0.171041,0.181369,0.126498;REVB=-0.474439,-0.193395,-0.111345;RO=63;SAF=1,0,0;SAR=31,17,10;SRF=60;SRR=3;SSEN=0.316872,0.316872,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.864141,-0.884392,-0.871913;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0208997,0,0.191541;OID=.,.,.;OPOS=49056639,49056639,49056640;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TA,T,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.929134,0,0.0708661:32,17,10:129:118,0,9:127:0:65,0,0:53,0,9:0:0:27:63:1,0,0:31,17,10:60:3 chr1 49113319 . T C 195.79 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0132314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.714;QD=17.7989;RBI=0.0132779;REFB=-0.00138371;REVB=0.0011096;RO=24;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109375;STB=0.562436;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00152869;OID=.;OPOS=49113319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:13:7:11:13:13:7:11:13 chr1 49224584 . G T 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00721903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.424;QD=18.5413;RBI=0.00764213;REFB=0.00371389;REVB=-0.00250753;RO=35;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667829;STB=0.537253;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.0042583;OID=.;OPOS=49224584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:19:15:18:17:19:15:18:17 chr1 49511424 . A G 372.11 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0282629;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2555;QD=17.3076;RBI=0.030267;REFB=0.0145692;REVB=0.0108305;RO=46;SAF=24;SAR=15;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154332;STB=0.513301;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.0150839;OID=.;OPOS=49511424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:46:47:39:39:0.453488:15:24:29:17:15:24:30:17 chr1 50661411 . C T 1814.75 PASS AF=0.900709;AO=124;DP=142;FAO=127;FDP=141;FR=.;FRO=14;FSAF=42;FSAR=85;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0184759;FXX=0.00704176;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.346;QD=51.4822;RBI=0.0230189;REFB=0.01809;REVB=0.0137299;RO=11;SAF=40;SAR=84;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846058;STB=0.541793;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000286563;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:142:141:11:14:124:127:0.900709:84:40:9:2:85:42:10:4 chr1 50666515 . C T 2357.23 PASS AF=0.917127;AO=161;DP=177;FAO=166;FDP=181;FR=.;FRO=15;FSAF=66;FSAR=100;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0110463;FXX=0.0216205;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.7247;QD=52.0934;RBI=0.0783503;REFB=-0.0949884;REVB=0.0775677;RO=16;SAF=62;SAR=99;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539647;STB=0.528697;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00892715;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:177:181:16:15:161:166:0.917127:99:62:11:5:100:66:11:4 chr1 51873951 . G A 2443.04 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0219534;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.665;QD=60.6966;RBI=0.0222535;REFB=-0.0943371;REVB=0.00364203;RO=1;SAF=79;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591051;STB=0.503067;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000150539;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:1:1:159:160:0.993789:80:79:0:1:81:79:0:1 chr1 52264064 . A G 388.59 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.000880398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5809;QD=18.7272;RBI=0.0149963;REFB=0.0225244;REVB=0.0149704;RO=43;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574874;STB=0.532027;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0243263;OID=.;OPOS=52264064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:22:18:22:21:22:18:22:21 chr1 52266242 . G A 282.95 PASS AF=0.342857;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.00734717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.705;QD=10.7791;RBI=0.011064;REFB=-0.00312102;REVB=-0.00827234;RO=68;SAF=13;SAR=23;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469563;STB=0.530596;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0059326;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:68:69:36:36:0.342857:23:13:22:46:23:13:22:47 chr1 52266350 . C T 370.17 PASS AF=0.632653;AO=30;DP=48;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.033942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.157;QD=30.2184;RBI=0.0340497;REFB=0.0174076;REVB=0.00270677;RO=18;SAF=11;SAR=19;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024678;STB=0.520995;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00304386;OID=.;OPOS=52266350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:18:18:30:31:0.632653:19:11:6:12:19:12:6:12 chr1 52290984 . T G 713.15 PASS AF=0.458333;AO=75;DP=166;FAO=77;FDP=168;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.0370725;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7573;QD=16.9798;RBI=0.0468537;REFB=-0.0103426;REVB=0.0286513;RO=85;SAF=25;SAR=50;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057868;STB=0.545082;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0137092;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:85:91:75:77:0.458333:50:25:33:52:50:27:39:52 chr1 52306063 . ATCT ATCA,A 403.92 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=2,26;DP=28;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545236,0.0744664;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=125.124,143.743;QD=55.7133;RBI=0.0712759,0.09436;REFB=0,0;REVB=0.0459067,0.0579532;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0431787,0.00975875;OID=.,.;OPOS=52306066,52306064;OREF=T,TCT;OALT=A,-;OMAPALT=ATCA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0689655,0.931034:2,26:28:2,27:29:0:0,12:2,15:0:0:11:0:0,12:2,14:0:0 chr1 52439128 . G GT 1287.24 PASS AF=0.509881;AO=126;DP=260;FAO=129;FDP=253;FR=.;FRO=124;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=66;FSRR=58;FWDB=0.01208;FXX=0.0231651;HRUN=0;LEN=1;MLLD=188.679;QD=20.3517;RBI=0.0245291;REFB=-0.0172424;REVB=-0.0213483;RO=131;SAF=63;SAR=63;SRF=71;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389443;STB=0.513912;STBP=0.648;TYPE=ins;VARB=0.0176013;OID=.;OPOS=52439129;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509881:126:260:129:253:124:65:64:66:58:99:131:63:63:71:60 chr1 52498137 . T TG 375.88 PASS AF=0.422819;AO=60;DP=150;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.027221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.8988;QD=10.0908;RBI=0.0286248;REFB=0.0143711;REVB=0.00885416;RO=89;SAF=28;SAR=32;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183813;STB=0.503968;STBP=0.947;TYPE=ins;VARB=-0.0178865;OID=.;OPOS=52498138;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422819:60:150:63:149:86:29:34:39:47:99:89:28:32:40:49 chr1 52498370 . C T 590.05 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.00624172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1186;QD=16.9799;RBI=0.0162153;REFB=-0.00611362;REVB=0.0149659;RO=76;SAF=33;SAR=29;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333751;STB=0.514588;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00830551;OID=.;OPOS=52498370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:77:62:62:0.446043:29:33:43:33:29:33:43:34 chr1 52498861 . A T 594.96 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0280447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7043;QD=20.8757;RBI=0.0363019;REFB=0.00478115;REVB=-0.0230505;RO=54;SAF=28;SAR=32;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447091;STB=0.524582;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00661107;OID=.;OPOS=52498861;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:54:60:60:0.526316:32:28:28:26:32:28:28:26 chr1 52518164 . A G 583.65 PASS AF=0.420382;AO=66;DP=158;FAO=66;FDP=157;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=0.00925473;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.853;QD=14.8701;RBI=0.0269033;REFB=0.0119338;REVB=-0.0252614;RO=91;SAF=27;SAR=39;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267378;STB=0.501497;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0161779;OID=.;OPOS=52518164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:91:91:66:66:0.420382:39:27:37:54:39:27:37:54 chr1 52851608 . G A 689.43 PASS AF=0.457317;AO=73;DP=162;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.00616733;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1259;QD=16.8154;RBI=0.00853342;REFB=0.00723259;REVB=0.00589774;RO=88;SAF=29;SAR=44;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466174;STB=0.520055;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00257216;OID=.;OPOS=52851608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:88:89:73:75:0.457317:44:29:39:49:44:31:40:49 chr1 52882406 . A G 3366.21 PASS AF=0.965217;AO=222;DP=230;FAO=222;FDP=230;FR=.;FRO=8;FSAF=103;FSAR=119;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0296822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.076;QD=58.5428;RBI=0.0297013;REFB=-0.0306027;REVB=-0.0010657;RO=8;SAF=103;SAR=119;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355741;STB=0.51869;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00367571;OID=.;OPOS=52882406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:230:230:8:8:222:222:0.965217:119:103:8:0:119:103:8:0 chr1 52882970 . A G 1275.86 PASS AF=1;AO=67;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.252;QD=60.7552;RBI=0.0144443;REFB=0;REVB=0.0109879;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677948;OID=.;OPOS=52882970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:67:84:1:34:33:0:0:41:43:0:0 chr1 52882971 . T G 67.43 PASS AF=0.154762;AO=12;DP=83;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.00126604;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=77.248;QD=3.21114;RBI=0.0466517;REFB=0.0080382;REVB=0.0466345;RO=71;SAF=7;SAR=5;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949067;STB=0.526565;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00499463;OID=.;OPOS=52882971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:83:84:71:71:12:13:0.154762:5:7:36:35:6:7:36:35 chr1 52937661 . A G 616.52 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.00821982;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0082;QD=17.2452;RBI=0.00828883;REFB=-0.0119008;REVB=0.00106731;RO=78;SAF=34;SAR=30;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555271;STB=0.506793;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0162987;OID=.;OPOS=52937661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:78:79:64:64:0.447552:30:34:41:37:30:34:41:38 chr1 53250650 . G A 2725.93 PASS AF=0.979695;AO=181;DP=197;FAO=193;FDP=197;FR=.;FRO=4;FSAF=95;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0382847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4136;QD=55.3488;RBI=0.102787;REFB=-0.249446;REVB=0.0953912;RO=16;SAF=95;SAR=86;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711739;STB=0.50492;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.024217;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:197:197:16:4:181:193:0.979695:86:95:1:15:98:95:1:3 chr1 53380922 . T G 1216.14 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00416352;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.236;QD=60.0564;RBI=0.0322456;REFB=0.0222307;REVB=0.0319757;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.506848;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000286749;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:44:36:0:0:44:36:1:0 chr1 53532535 . G C 680.65 PASS AF=0.395833;AO=76;DP=193;FAO=76;FDP=192;FR=.;FRO=116;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=77;FSRR=39;FWDB=-0.00533824;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.965;QD=14.1802;RBI=0.0269407;REFB=0.0134728;REVB=0.0264065;RO=116;SAF=39;SAR=37;SRF=77;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163293;STB=0.591487;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0228185;OID=.;OPOS=53532535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:116:116:76:76:0.395833:37:39:77:39:37:39:77:39 chr1 53535478 . G A 684.28 PASS AF=0.422222;AO=75;DP=179;FAO=76;FDP=180;FR=.;FRO=104;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=0.0174552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.047;QD=15.2062;RBI=0.0198293;REFB=0.000317094;REVB=0.00940841;RO=103;SAF=48;SAR=27;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838749;STB=0.547473;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000510294;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:103:104:75:76:0.422222:27:48:58:45:27:49:59:45 chr1 53537266 . G A 3277.16 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182301;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.333;QD=62.1262;RBI=0.0182321;REFB=0;REVB=0.00027329;RO=0;SAF=79;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64862e-05;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:211:0:0:211:211:1:132:79:0:0:132:79:0:0 chr1 53544289 . C T 322.74 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00216656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.267;QD=29.3396;RBI=0.0355196;REFB=-0.0132872;REVB=0.0354534;RO=16;SAF=19;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128146;STB=0.570619;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0103399;OID=.;OPOS=53544289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:9:19:8:8:9:19:8:8 chr1 53547800 . A G 403.09 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=-0.0787158;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0243;QD=21.4979;RBI=0.0797952;REFB=-0.0209483;REVB=-0.0130803;RO=35;SAF=33;SAR=7;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0052432;STB=0.502895;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.02741;OID=.;OPOS=53547800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:7:33:29:6:7:33:29:6 chr1 53553702 . A G 3919.0 PASS AF=1;AO=252;DP=254;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184;FXX=0.0117642;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.213;QD=62.2063;RBI=0.00283146;REFB=0;REVB=-0.00215211;RO=0;SAF=125;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99707e-05;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:252:0:0:252:252:1:127:125:0:0:127:125:0:0 chr1 53558270 . A G 1749.26 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0515;QD=60.8439;RBI=0.0496231;REFB=0;REVB=0.0467368;RO=0;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143413;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:52:61:0:0:54:61:0:0 chr1 53558366 . T C 457.2 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00770304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.195;QD=15.4984;RBI=0.00893484;REFB=-0.000497563;REVB=-0.00452708;RO=67;SAF=24;SAR=27;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373846;STB=0.52095;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.000659153;OID=.;OPOS=53558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:27:24:34:33:27:24:34:33 chr1 53676448 . G A 264.77 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0239213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.566;QD=20.7659;RBI=0.0254605;REFB=-0.019853;REVB=-0.00871839;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116969;STB=0.565169;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0149485;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:12:15:10:14:12:15:10:14 chr1 53679878 . T C 283.98 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.111748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5787;QD=15.1457;RBI=0.124906;REFB=0.00133906;REVB=-0.0558015;RO=43;SAF=12;SAR=20;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806105;STB=0.545427;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.000642442;OID=.;OPOS=53679878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:20:12:13:30:20:12:13:30 chr1 53684524 . GC G,GG 1041.14 PASS AF=0.0704225,0.929577;AO=23,45;DP=68;FAO=5,66;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=2,31;FSAR=3,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556619,0.0535523;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=244.219,249.841;QD=58.6557;RBI=0.0663731,0.0632519;REFB=0,0;REVB=0.0361543,0.0336593;RO=0;SAF=12,18;SAR=11,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0147875,0.00275034;OID=.,.;OPOS=53684525,53684525;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0704225,0.929577:23,45:68:5,66:71:0:2,31:3,35:0:0:11:0:12,18:11,27:0:0 chr1 53716416 . G A 2296.53 PASS AF=1;AO=144;DP=149;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266788;FXX=0.0333311;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.328;QD=63.3527;RBI=0.0902307;REFB=-0.0360179;REVB=0.0861964;RO=0;SAF=59;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102276;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:149:145:0:0:144:145:1:85:59:0:0:86:59:0:0 chr1 53732315 . G T 1145.61 PASS AF=0.523148;AO=113;DP=216;FAO=113;FDP=216;FR=.;FRO=103;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=-0.00317524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.029;QD=21.215;RBI=0.0128005;REFB=-0.00635408;REVB=0.0124005;RO=102;SAF=52;SAR=61;SRF=40;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597424;STB=0.534654;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00664498;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:102:103:113:113:0.523148:61:52:40:62:61:52:40:63 chr1 53792651 . A C 1274.09 PASS AF=0.502024;AO=124;DP=248;FAO=124;FDP=247;FR=.;FRO=123;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=41;FSRR=82;FWDB=-0.0564199;FXX=0.0040321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.679;QD=20.633;RBI=0.0590775;REFB=-0.00536535;REVB=-0.0175199;RO=121;SAF=44;SAR=80;SRF=41;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158234;STB=0.511773;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00371997;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:247:121:123:124:124:0.502024:80:44:41:80:80:44:41:82 chr1 53793511 . T C 515.05 PASS AF=0.509434;AO=50;DP=100;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0909985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2788;QD=19.436;RBI=0.092461;REFB=-0.0413683;REVB=0.0163802;RO=49;SAF=27;SAR=23;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153609;STB=0.556583;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0466739;OID=.;OPOS=53793511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:106:49:52:50:54:0.509434:23:27:18:31:27:27:20:32 chr1 53995515 . G A 3015.51 PASS AF=0.994898;AO=180;DP=183;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0843738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.0756;QD=61.5411;RBI=0.144138;REFB=0.0676751;REVB=0.116863;RO=3;SAF=91;SAR=89;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537422;STB=0.502618;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-8.19792e-05;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:196:3:1:180:195:0.994898:89:91:1:2:100:95:1:0 chr1 54060016 . G C 494.88 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=41;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=9;FWDB=-0.0114003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.195;QD=20.62;RBI=0.0184922;REFB=-0.00566494;REVB=0.01456;RO=47;SAF=41;SAR=7;SRF=39;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421592;STB=0.539456;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00622376;OID=.;OPOS=54060016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:48:48:48:0.5:7:41:39:8:7:41:39:9 chr1 54060248 . T C 1161.79 PASS AF=0.411392;AO=129;DP=317;FAO=130;FDP=316;FR=.;FRO=186;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=81;FSRR=105;FWDB=-0.00157632;FXX=0.00628911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.824;QD=14.7062;RBI=0.0194556;REFB=-0.000208815;REVB=-0.0193916;RO=186;SAF=60;SAR=69;SRF=81;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315616;STB=0.519985;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000246256;OID=.;OPOS=54060248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:316:186:186:129:130:0.411392:69:60:81:105:69:61:81:105 chr1 54474664 . G A 533.11 PASS AF=0.42029;AO=58;DP=138;FAO=58;FDP=138;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0232597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.154;QD=15.4525;RBI=0.0233313;REFB=0.00355425;REVB=-0.00182694;RO=80;SAF=22;SAR=36;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493972;STB=0.527739;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00445357;OID=.;OPOS=54474664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:80:80:58:58:0.42029:36:22:34:46:36:22:34:46 chr1 54571318 . C T 121.27 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0742958;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7396;QD=14.6991;RBI=0.0753658;REFB=-0.0411371;REVB=0.0126549;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113436;STB=0.542649;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0749044;OID=.;OPOS=54571318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:18:18:12:13:0.393939:6:6:11:7:6:7:11:7 chr1 54605319 . G GC 579.51 PASS AF=0.728261;AO=46;DP=107;FAO=67;FDP=92;FR=.;FRO=25;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=0;FWDB=-0.00871378;FXX=0.0612182;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.419;QD=25.196;RBI=0.0560155;REFB=-0.00835238;REVB=-0.0553336;RO=55;SAF=39;SAR=7;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318937;STB=0.619016;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.00433763;OID=.;OPOS=54605320;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.728261:46:107:67:92:25:40:27:25:0:99:55:39:7:34:21 chr1 54606804 . C T 1103.22 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559226;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.058;QD=60.4503;RBI=0.0287421;REFB=0;REVB=0.0281928;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60273e-05;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr1 54607051 . A G 1301.66 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.681;QD=61.9838;RBI=0.0343918;REFB=0;REVB=0.0273244;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80638e-05;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:84:0:0:79:84:1:44:35:0:0:47:37:0:0 chr1 54637167 . T C,G 1330.93 PASS AF=0.923077,0.0549451;AO=83,7;DP=91;FAO=84,5;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=37,1;FSAR=47,4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00147958,-0.0908227;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=114.392,14.1982;QD=58.5022;RBI=0.00301658,0.0985599;REFB=0.0262037,0.0673788;REVB=0.0026288,-0.0382791;RO=1;SAF=36,3;SAR=47,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0129742,-0.124421;STB=0.513155,0.748924;STBP=0.156,0.099;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0018825,0.254269;OID=.,.;OPOS=54637167,54637167;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:91:91:1:2:83,7:84,5:0.923077,0.0549451:47,4:36,3:1:0:47,4:37,1:2:0 chr1 54637417 . G A 2884.29 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.002;QD=63.0446;RBI=0.0456431;REFB=0;REVB=0.0289568;RO=0;SAF=96;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15201e-06;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:87:96:0:0:87:96:0:0 chr1 54637697 . A G 2210.02 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.121;QD=62.6956;RBI=0.0302423;REFB=0;REVB=0.0154988;RO=1;SAF=54;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872322;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50002e-05;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:141:141:1:0:140:141:1:86:54:1:0:86:55:0:0 chr1 54637915 . C T 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4276;QD=55.0953;RBI=0.0434936;REFB=0;REVB=0.0123194;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421309;OID=.;OPOS=54637915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr1 54661150 . C T 1019.66 PASS AF=0.96;AO=69;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0678833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5516;QD=54.382;RBI=0.0866353;REFB=-0.184414;REVB=0.0538288;RO=5;SAF=42;SAR=27;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539559;STB=0.510921;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00808824;OID=.;OPOS=54661150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:75:75:5:3:69:72:0.96:27:42:1:4:29:43:1:2 chr1 54681920 . G C 871.04 PASS AF=0.43578;AO=95;DP=218;FAO=95;FDP=218;FR=.;FRO=123;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=75;FWDB=-0.00835029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.103;QD=15.9824;RBI=0.0134757;REFB=-0.00670553;REVB=0.0105767;RO=121;SAF=55;SAR=40;SRF=47;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190512;STB=0.605531;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00817902;OID=.;OPOS=54681920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:121:123:95:95:0.43578:40:55:47:74:40:55:48:75 chr1 54683856 . C G 933.27 PASS AF=0.461883;AO=92;DP=212;FAO=103;FDP=223;FR=.;FRO=120;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=0.0429611;FXX=0.00446409;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.768;QD=16.7403;RBI=0.0698257;REFB=-0.00753937;REVB=0.0550452;RO=119;SAF=52;SAR=40;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452541;STB=0.506357;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00690318;OID=.;OPOS=54683856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:223:119:120:92:103:0.461883:40:52:62:57:51:52:62:58 chr1 54683925 . G A 715.24 PASS AF=0.445087;AO=77;DP=171;FAO=77;FDP=173;FR=.;FRO=96;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.0242356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.721;QD=16.5374;RBI=0.0242357;REFB=-0.0279338;REVB=2.48823e-05;RO=94;SAF=42;SAR=35;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765606;STB=0.542576;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.036337;OID=.;OPOS=54683925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:94:96:77:77:0.445087:35:42:44:50:35:42:45:51 chr1 54686374 . T C 2105.77 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399726;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0004;QD=62.8588;RBI=0.0724764;REFB=0;REVB=-0.0604568;RO=0;SAF=66;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356226;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:68:66:0:0:68:66:0:0 chr1 54686464 . C T 685.85 PASS AF=0.469388;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.0037755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1344;QD=18.6626;RBI=0.0194334;REFB=0.00187093;REVB=-0.0190631;RO=78;SAF=27;SAR=42;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00615027;STB=0.503409;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00190731;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:78:78:69:69:0.469388:42:27:31:47:42:27:31:47 chr1 54690867 . G A 699.07 PASS AF=0.474359;AO=74;DP=157;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.00013775;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.268;QD=17.9249;RBI=0.0164273;REFB=-0.0050854;REVB=-0.0164268;RO=82;SAF=26;SAR=48;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135511;STB=0.575143;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00713377;OID=.;OPOS=54690867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:82:82:74:74:0.474359:48:26:40:42:48:26:40:42 chr1 54690954 . T C 281.32 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.106848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1072;QD=21.2315;RBI=0.110255;REFB=0.0190915;REVB=-0.0271986;RO=23;SAF=2;SAR=27;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311996;STB=0.672448;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0146282;OID=.;OPOS=54690954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:24:29:29:0.54717:27:2:5:18:27:2:5:19 chr1 54704462 . C CAG,CCAG 79.17 PASS AF=0,0.818182;AO=2,6;DP=11;FAO=0,9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=0,4;FSAR=0,5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0239757,-0.0268298;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,3;MLLD=259.216,276.848;QD=28.7873;RBI=0.0279174,0.0369236;REFB=-0.0488216,-0.056744;REVB=0.0143019,0.0253676;RO=2;SAF=1,2;SAR=1,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.390188,-0.284202;STB=0.5,0.599781;STBP=1,0.244;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00445968;OID=.,.;OPOS=54704463,54704463;OREF=-,-;OALT=AG,CAG;OMAPALT=CAG,CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.818182:2,6:11:0,9:11:2:0,4:0,5:2:0:10:2:1,2:1,4:2:0 chr1 54704510 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.17;QD=39.2068;RBI=0.012534;REFB=0;REVB=-0.0111504;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87627e-05;OID=.;OPOS=54704510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 54704563 . G A 282.64 PASS AF=0.530612;AO=24;DP=47;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0261367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.8881;QD=23.0723;RBI=0.0719782;REFB=-0.0185138;REVB=0.0670652;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150974;STB=0.523059;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0249966;OID=.;OPOS=54704563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:23:23:24:26:0.530612:15:9:9:14:17:9:9:14 chr1 54704567 . A G 684.5 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176659;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.212;QD=60.8441;RBI=0.0243318;REFB=-0.10368;REVB=-0.0167318;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156863;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:45:1:0:44:45:1:29:15:1:0:29:16:0:0 chr1 54704629 . C T 1661.53 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0223337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.227;QD=59.3404;RBI=0.0308709;REFB=-0.0724916;REVB=-0.0213125;RO=0;SAF=14;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502564;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=4.82062e-05;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:111:111:0.991071:97:14:0:0:97:14:0:1 chr1 55060251 . C T 1264.51 PASS AF=0.490494;AO=128;DP=262;FAO=129;FDP=263;FR=.;FRO=134;FSAF=76;FSAR=53;FSRF=77;FSRR=57;FWDB=-0.00145923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.667;QD=19.2321;RBI=0.0217832;REFB=-0.0271699;REVB=0.0217342;RO=134;SAF=76;SAR=52;SRF=77;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183645;STB=0.507619;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0269257;OID=.;OPOS=55060251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:263:134:134:128:129:0.490494:52:76:77:57:53:76:77:57 chr1 55064980 . G A 1580.07 PASS AF=0.520548;AO=151;DP=299;FAO=152;FDP=292;FR=.;FRO=140;FSAF=86;FSAR=66;FSRF=74;FSRR=66;FWDB=-0.003302;FXX=0.0234106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0875;QD=21.6447;RBI=0.0830148;REFB=-0.015795;REVB=0.0829491;RO=140;SAF=86;SAR=65;SRF=74;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365558;STB=0.51807;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0145201;OID=.;OPOS=55064980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:292:140:140:151:152:0.520548:65:86:74:66:66:86:74:66 chr1 55075062 . C T 438.86 PASS AF=0.434783;AO=48;DP=111;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.00266779;FXX=0.0416632;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.8421;QD=15.2646;RBI=0.00840925;REFB=-0.00241415;REVB=-0.00797486;RO=63;SAF=24;SAR=24;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884138;STB=0.567541;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0052945;OID=.;OPOS=55075062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:115:63:65:48:50:0.434783:24:24:26:37:24:26:26:39 chr1 55075122 . C G 728.5 PASS AF=0.487342;AO=76;DP=156;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.0302251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2479;QD=18.4429;RBI=0.0346059;REFB=0.0115102;REVB=-0.0168527;RO=80;SAF=40;SAR=36;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128505;STB=0.570078;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0120197;OID=.;OPOS=55075122;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:80:81:76:77:0.487342:36:40:31:49:36:41:32:49 chr1 55075452 . G A 425.7 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0189232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.232;QD=15.3406;RBI=0.018943;REFB=-0.00348479;REVB=-0.00086502;RO=63;SAF=18;SAR=30;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732824;STB=0.541159;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0042988;OID=.;OPOS=55075452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:30:18:28:35:30:18:28:35 chr1 55118566 . C G 2968.14 PASS AF=1;AO=160;DP=189;FAO=188;FDP=188;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=85;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.18;QD=63.1519;RBI=0.0738521;REFB=0;REVB=0.0532094;RO=0;SAF=63;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219648;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:188:0:0:160:188:1:97:63:0:0:103:85:0:0 chr1 55119144 . A G 304.7 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0195769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.593;QD=16.2507;RBI=0.0198388;REFB=-0.00912501;REVB=0.00321291;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143237;STB=0.533314;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.012169;OID=.;OPOS=55119144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:41:34:34:0.453333:17:17:12:23:17:17:18:23 chr1 55119289 . G C 422.25 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00824576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9187;QD=23.7888;RBI=0.0345955;REFB=0.00562056;REVB=0.0335985;RO=28;SAF=16;SAR=25;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136191;STB=0.575678;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00460677;OID=.;OPOS=55119289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:30:41:41:0.577465:25:16:16:12:25:16:17:13 chr1 55119515 . T G 1058.55 PASS AF=0.445344;AO=109;DP=248;FAO=110;FDP=247;FR=.;FRO=137;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=77;FSRR=60;FWDB=-0.0158108;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.303;QD=17.1425;RBI=0.0207432;REFB=-0.0125122;REVB=-0.0134276;RO=137;SAF=59;SAR=50;SRF=77;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210173;STB=0.514347;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0171063;OID=.;OPOS=55119515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:247:137:137:109:110:0.445344:50:59:77:60:51:59:77:60 chr1 55119545 . GA G,GG 3418.65 PASS AF=0.0986547,0.901345;AO=27,184;DP=217;FAO=22,201;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=20,92;FSAR=2,109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802494,0.0822807;FXX=0.00446409;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=221.207,238.683;QD=61.3212;RBI=0.0807986,0.0840127;REFB=0,0;REVB=0.00940454,0.0169715;RO=0;SAF=21,80;SAR=6,104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0203452,0.00229181;OID=.,.;OPOS=55119546,55119546;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0986547,0.901345:27,184:217:22,201:223:0:20,92:2,109:0:0:36:0:21,80:6,104:0:0 chr1 55136529 . T C 2220.69 PASS AF=0.48913;AO=225;DP=460;FAO=225;FDP=460;FR=.;FRO=235;FSAF=107;FSAR=118;FSRF=108;FSRR=127;FWDB=-0.0171338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9658;QD=19.3103;RBI=0.0196008;REFB=-0.017505;REVB=-0.00951974;RO=233;SAF=107;SAR=118;SRF=107;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152057;STB=0.50819;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0136577;OID=.;OPOS=55136529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:460:460:233:235:225:225:0.48913:118:107:107:126:118:107:108:127 chr1 55139741 . A G 4055.36 PASS AF=1;AO=258;DP=259;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.634;QD=62.3901;RBI=0.00817578;REFB=0;REVB=0.00790493;RO=0;SAF=116;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35803e-06;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:259:260:0:0:258:260:1:142:116:0:0:142:118:0:0 chr1 55144466 . A G 354.84 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0163812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8281;QD=13.3903;RBI=0.0681615;REFB=-0.0153123;REVB=-0.0661638;RO=64;SAF=22;SAR=20;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581997;STB=0.532956;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.02515;OID=.;OPOS=55144466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:64:42:42:0.396226:20:22:37:27:20:22:37:27 chr1 55167773 . T A 6524.88 PASS AF=1;AO=410;DP=417;FAO=414;FDP=414;FR=.;FRO=0;FSAF=228;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283479;FXX=0.0142854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.577;QD=63.0424;RBI=0.0693887;REFB=0;REVB=0.063334;RO=0;SAF=226;SAR=184;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84676e-05;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:417:414:0:0:410:414:1:184:226:0:0:186:228:0:0 chr1 55182300 . T A 3073.95 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000309288;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3652;QD=63.7088;RBI=0.011443;REFB=0;REVB=-0.0114388;RO=0;SAF=87;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22559e-05;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:193:0:0:192:193:1:105:87:0:0:105:88:0:0 chr1 55251689 . T C 2935.54 PASS AF=0.989418;AO=187;DP=192;FAO=187;FDP=189;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00103235;FXX=0.0156242;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.543;QD=62.1278;RBI=0.0325303;REFB=0.0118204;REVB=0.0325139;RO=1;SAF=97;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526137;STB=0.505494;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-6.03488e-05;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:192:189:1:2:187:187:0.989418:90:97:0:1:90:97:0:2 chr1 55271845 . C T 4512.59 PASS AF=0.425108;AO=490;DP=1160;FAO=491;FDP=1155;FR=.;FRO=664;FSAF=302;FSAR=189;FSRF=383;FSRR=281;FWDB=0.0371798;FXX=0.00602404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0635;QD=15.628;RBI=0.043407;REFB=-0.00281647;REVB=0.0224015;RO=648;SAF=302;SAR=188;SRF=376;SRR=272;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388091;STB=0.522981;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00418052;OID=.;OPOS=55271845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1160:1155:648:664:490:491:0.425108:188:302:376:272:189:302:383:281 chr1 55273580 . G T 508.58 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.00112215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.883;QD=16.6746;RBI=0.00161752;REFB=0.0041475;REVB=0.00116496;RO=67;SAF=34;SAR=21;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524067;STB=0.529254;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0051783;OID=.;OPOS=55273580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:67:55:55:0.45082:21:34:38:29:21:34:38:29 chr1 55277599 . T C 1949.37 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0590817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6429;QD=60.9179;RBI=0.121373;REFB=0.010066;REVB=-0.106023;RO=1;SAF=53;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646507;STB=0.503401;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00101319;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:126:127:0.992188:73:53:0:1:73:54:0:1 chr1 55307501 . A G 866.66 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6468;QD=57.7776;RBI=0.0522232;REFB=0;REVB=-0.0422401;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130451;OID=.;OPOS=55307501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr1 55446697 . G A 5373.98 PASS AF=0.985876;AO=349;DP=354;FAO=349;FDP=354;FR=.;FRO=5;FSAF=180;FSAR=169;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0450393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.903;QD=60.7229;RBI=0.0516649;REFB=0.039923;REVB=0.0253125;RO=4;SAF=180;SAR=169;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104826;STB=0.506849;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-6.07334e-05;OID=.;OPOS=55446697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:354:354:4:5:349:349:0.985876:169:180:4:0:169:180:5:0 chr1 55457710 . G A 3063.96 PASS AF=0.990148;AO=201;DP=203;FAO=201;FDP=203;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=125;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00974147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.655;QD=60.3736;RBI=0.0114195;REFB=-0.013428;REVB=-0.00595884;RO=1;SAF=76;SAR=125;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622573;STB=0.501276;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=1.66581e-06;OID=.;OPOS=55457710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:203:203:1:2:201:201:0.990148:125:76:1:0:125:76:1:1 chr1 55464986 . G A 1339.34 PASS AF=0.928571;AO=90;DP=98;FAO=91;FDP=98;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0543636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.317;QD=54.6671;RBI=0.0559379;REFB=-0.239203;REVB=0.0131775;RO=4;SAF=42;SAR=48;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228879;STB=0.513401;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00588766;OID=.;OPOS=55464986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:98:98:4:7:90:91:0.928571:48:42:3:1:48:43:2:5 chr1 55505587 . CGG CGC,CG 2786.74 PASS AF=0.0925267,0.907473;AO=26,91;DP=288;FAO=26,255;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=0,130;FSAR=26,125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522432,0.746292;FXX=0.0243047;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=176.512,15.0408;QD=39.6689;RBI=0.0861138,0.751091;REFB=0.0295248,0.00669043;REVB=-0.0684561,0.0847749;RO=146;SAF=0,16;SAR=26,75;SRF=114;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0.364706;SSSB=-0.816987,-0.626851;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0589179,0.0115627;OID=.,.;OPOS=55505589,55505588;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0925267,0.907473:26,91:288:26,255:281:0:0,130:26,125:0:0:84:146:0,16:26,75:114:32 chr1 55523033 . A G 5655.27 PASS AF=1;AO=360;DP=362;FAO=361;FDP=361;FR=.;FRO=0;FSAF=208;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217362;FXX=0.00276235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6277;QD=62.6622;RBI=0.0626427;REFB=-0.0548291;REVB=-0.0587507;RO=1;SAF=208;SAR=152;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.21317e-05;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:362:361:1:0:360:361:1:152:208:0:1:153:208:0:0 chr1 55524197 . A G 3237.16 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0063692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.16;QD=61.9552;RBI=0.0340312;REFB=0;REVB=-0.0334298;RO=0;SAF=114;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90605e-05;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:209:0:0:208:209:1:94:114:0:0:94:115:0:0 chr1 55524237 . G A 4076.58 PASS AF=1;AO=258;DP=259;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.778;QD=62.4764;RBI=0.0389;REFB=0;REVB=0.0388842;RO=0;SAF=155;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38032e-05;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:259:261:0:0:258:261:1:103:155:0:0:106:155:0:0 chr1 55529187 . G A 4580.74 PASS AF=0.983165;AO=292;DP=297;FAO=292;FDP=297;FR=.;FRO=5;FSAF=147;FSAR=145;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0390504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.479;QD=61.6934;RBI=0.0398136;REFB=-0.0624925;REVB=-0.00775809;RO=3;SAF=147;SAR=145;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316613;STB=0.501626;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.000367865;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:297:297:3:5:292:292:0.983165:145:147:2:1:145:147:3:2 chr1 55541174 . A G 1153.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.957;QD=60.7126;RBI=0.0202939;REFB=0;REVB=0.0201148;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2036e-05;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr1 55638075 . G A 2658.79 PASS AF=1;AO=169;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034231;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.26;QD=62.1939;RBI=0.0459694;REFB=0;REVB=-0.0306827;RO=1;SAF=72;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488162;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.312e-05;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:1:0:169:171:1:97:72:0:1:98:73:0:0 chr1 55842312 . G C 480.35 PASS AF=0.357576;AO=59;DP=161;FAO=59;FDP=165;FR=.;FRO=106;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=62;FWDB=0.00623547;FXX=0.00602373;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.822;QD=11.6449;RBI=0.0112807;REFB=0.00326484;REVB=0.0094007;RO=102;SAF=30;SAR=29;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858205;STB=0.559865;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00461502;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:165:102:106:59:59:0.357576:29:30:44:58:29:30:44:62 chr1 55864258 . C T 1662.41 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707548;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9134;QD=60.4513;RBI=0.0074515;REFB=0;REVB=0.00233718;RO=0;SAF=38;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92722e-05;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:110:110:1:72:38:0:0:72:38:0:0 chr1 56714810 . A G 675.99 PASS AF=0.414365;AO=75;DP=181;FAO=75;FDP=181;FR=.;FRO=106;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=-0.0186612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7455;QD=14.939;RBI=0.0452792;REFB=0.0142083;REVB=0.0412549;RO=106;SAF=25;SAR=50;SRF=42;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718038;STB=0.540312;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0193503;OID=.;OPOS=56714810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:106:106:75:75:0.414365:50:25:42:64:50:25:42:64 chr1 56961756 . A G 579.94 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0348775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.9113;QD=20.3487;RBI=0.0349537;REFB=-0.0272534;REVB=0.00230698;RO=53;SAF=31;SAR=28;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143059;STB=0.58626;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0308205;OID=.;OPOS=56961756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:53:55:59:59:0.517544:28:31:19:34:28:31:19:36 chr1 57158052 . C T 513.66 PASS AF=0.310502;AO=69;DP=219;FAO=68;FDP=219;FR=.;FRO=151;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=64;FSRR=87;FWDB=0.0410089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6579;QD=9.38199;RBI=0.0643596;REFB=-0.0131532;REVB=-0.0496028;RO=148;SAF=24;SAR=45;SRF=62;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893727;STB=0.551866;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0314415;OID=.;OPOS=57158052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:148:151:69:68:0.310502:45:24:62:86:44:24:64:87 chr1 57180867 . A G 462.77 PASS AF=0.447368;AO=49;DP=112;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0109723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.391;QD=16.2374;RBI=0.013494;REFB=-0.00916794;REVB=0.00785477;RO=61;SAF=27;SAR=22;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426842;STB=0.522813;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0114583;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:61:63:49:51:0.447368:22:27:31:30:23:28:32:31 chr1 57257817 . T C 1306.17 PASS AF=0.44586;AO=138;DP=312;FAO=140;FDP=314;FR=.;FRO=174;FSAF=64;FSAR=76;FSRF=78;FSRR=96;FWDB=-0.00676438;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.508;QD=16.6392;RBI=0.00736906;REFB=-0.0103915;REVB=-0.00292339;RO=174;SAF=62;SAR=76;SRF=78;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101607;STB=0.504953;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0116801;OID=.;OPOS=57257817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:314:174:174:138:140:0.44586:76:62:78:96:76:64:78:96 chr1 57383358 . C T 510.97 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00134669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.56;QD=21.2905;RBI=0.00935829;REFB=-0.00935885;REVB=-0.00926089;RO=45;SAF=30;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128596;STB=0.571894;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00856615;OID=.;OPOS=57383358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:47:49:49:0.510417:19:30:21:24:19:30:22:25 chr1 57422484 . C T 2658.94 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.599;QD=62.1974;RBI=0.0198163;REFB=0;REVB=0.0148877;RO=0;SAF=90;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26056e-06;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:81:90:0:0:81:90:0:0 chr1 58939634 . G A 1180.89 PASS AF=0.481633;AO=118;DP=245;FAO=118;FDP=245;FR=.;FRO=127;FSAF=45;FSAR=73;FSRF=60;FSRR=67;FWDB=-0.00212408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.147;QD=19.2799;RBI=0.00292418;REFB=0.0027506;REVB=-0.00200976;RO=126;SAF=45;SAR=73;SRF=59;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843698;STB=0.548864;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00306939;OID=.;OPOS=58939634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:126:127:118:118:0.481633:73:45:59:67:73:45:60:67 chr1 59125683 . C T 320.75 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0129517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1949;QD=21.3834;RBI=0.0322539;REFB=0.00268541;REVB=-0.0295392;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166248;STB=0.591904;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00288101;OID=.;OPOS=59125683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:19:14:17:10:19:14:17:10 chr1 59142713 . T C 2265.74 PASS AF=0.95679;AO=155;DP=162;FAO=155;FDP=162;FR=.;FRO=7;FSAF=71;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00636803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.2553;QD=55.9442;RBI=0.0149387;REFB=-0.0165185;REVB=0.0135134;RO=1;SAF=71;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563001;STB=0.513746;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=2.74569e-05;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:162:162:1:7:155:155:0.95679:84:71:0:1:84:71:1:6 chr1 59147926 . T C 2324.75 PASS AF=0.993289;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000306167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6923;QD=62.4094;RBI=0.113961;REFB=-0.123014;REVB=0.113961;RO=0;SAF=87;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000944068;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:149:149:0:1:147:148:0.993289:60:87:0:0:61:87:0:1 chr1 59148118 . A T 860.23 PASS AF=0.52439;AO=85;DP=163;FAO=86;FDP=164;FR=.;FRO=78;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=0.0446824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.769;QD=20.9813;RBI=0.047085;REFB=0.00377024;REVB=-0.0148486;RO=78;SAF=49;SAR=36;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188388;STB=0.599387;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00322524;OID=.;OPOS=59148118;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:78:78:85:86:0.52439:36:49:28:50:37:49:28:50 chr1 59213743 . G A 343.0 PASS AF=0.4;AO=37;DP=93;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00754745;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.728;QD=14.442;RBI=0.0138622;REFB=-0.00692705;REVB=0.0116274;RO=50;SAF=25;SAR=12;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629151;STB=0.535561;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00890865;OID=.;OPOS=59213743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:50:57:37:38:0.4:12:25:31:19:12:26:36:21 chr1 59248813 . G C 1030.06 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.351;QD=58.0316;RBI=0.0283246;REFB=-0.0737204;REVB=0.0236146;RO=1;SAF=38;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122803;STB=0.506492;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000437412;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:32:38:1:0:32:38:1:0 chr1 59249031 . T G 10293.4 PASS AF=1;AO=641;DP=641;FAO=651;FDP=651;FR=.;FRO=0;FSAF=330;FSAR=321;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.357;QD=63.2468;RBI=0.0409714;REFB=0;REVB=0.0261294;RO=0;SAF=324;SAR=317;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31452e-06;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:56:641:651:0:0:641:651:1:317:324:0:0:321:330:0:0 chr1 59249347 . G C 11371.3 PASS AF=1;AO=719;DP=724;FAO=721;FDP=721;FR=.;FRO=0;FSAF=343;FSAR=378;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319911;FXX=0.00551717;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.04;QD=63.0862;RBI=0.0111745;REFB=0.00861522;REVB=-0.0107067;RO=4;SAF=343;SAR=376;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000243089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08026e-06;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:724:721:4:0:719:721:1:376:343:2:2:378:343:0:0 chr1 59249496 . CGGGG C 322.57 PASS AF=0.376623;AO=52;DP=155;FAO=58;FDP=154;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.0151213;FXX=0.0253149;HRUN=5;LEN=4;MLLD=53.7464;QD=8.37842;RBI=0.0219945;REFB=0.00689804;REVB=0.0159719;RO=77;SAF=22;SAR=30;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477417;STB=0.579865;STBP=0.149;TYPE=del;VARB=-0.0114008;OID=.;OPOS=59249497;OREF=GGGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376623:52:155:58:154:96:24:34:52:44:99:77:22:30:36:41 chr1 59787350 . T G 1091.23 PASS AF=0.666667;AO=92;DP=138;FAO=92;FDP=138;FR=.;FRO=46;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00766435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.14;QD=31.63;RBI=0.0164137;REFB=0.00189621;REVB=-0.0145144;RO=46;SAF=50;SAR=42;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271927;STB=0.514637;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00154394;OID=.;OPOS=59787350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:46:46:92:92:0.666667:42:50:27:19:42:50:27:19 chr1 59844471 . G A 1586.55 PASS AF=0.739884;AO=128;DP=173;FAO=128;FDP=173;FR=.;FRO=45;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00922968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.264;QD=36.6833;RBI=0.00931768;REFB=-0.00111321;REVB=0.00127758;RO=45;SAF=58;SAR=70;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500861;STB=0.526741;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000355134;OID=.;OPOS=59844471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:45:45:128:128:0.739884:70:58:25:20:70:58:25:20 chr1 60466814 . T C 106.19 PASS AF=0.217949;AO=17;DP=78;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=50;FWDB=0.0409523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3725;QD=5.44548;RBI=0.0410042;REFB=0.00676941;REVB=0.00206286;RO=60;SAF=3;SAR=14;SRF=11;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144724;STB=0.505149;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0222105;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:60:61:17:17:0.217949:14:3:11:49:14:3:11:50 chr1 60474375 . C T 95.85 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0108444;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5419;QD=6.84617;RBI=0.012106;REFB=0.0101482;REVB=-0.00538107;RO=42;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152836;STB=0.593457;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0381578;OID=.;OPOS=60474375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:56:56:42:42:14:14:0.25:8:6:13:29:8:6:13:29 chr1 60499175 . C T 220.38 PASS AF=0.242647;AO=33;DP=136;FAO=33;FDP=136;FR=.;FRO=103;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0119312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.271;QD=6.48186;RBI=0.0134233;REFB=-0.00367104;REVB=-0.00615064;RO=102;SAF=17;SAR=16;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667897;STB=0.507797;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.010876;OID=.;OPOS=60499175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:102:103:33:33:0.242647:16:17:52:50:16:17:52:51 chr1 60503762 . T C 616.84 PASS AF=0.784615;AO=51;DP=65;FAO=51;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0108986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6879;QD=37.9594;RBI=0.0467345;REFB=-0.0266964;REVB=0.045446;RO=14;SAF=19;SAR=32;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238713;STB=0.512815;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.012073;OID=.;OPOS=60503762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:14:14:51:51:0.784615:32:19:6:8:32:19:6:8 chr1 60505783 . G C 59.39 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.0699516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.761;QD=4.096;RBI=0.0722712;REFB=-0.00419432;REVB=-0.0181631;RO=48;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440722;STB=0.529355;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0315468;OID=.;OPOS=60505783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:7:3:13:35:7:3:13:35 chr1 60506744 . G A 102.24 PASS AF=0.171171;AO=19;DP=109;FAO=19;FDP=111;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.0229576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.857;QD=3.68446;RBI=0.0722034;REFB=-0.00985534;REVB=-0.0684564;RO=90;SAF=9;SAR=10;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519804;STB=0.505228;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0443698;OID=.;OPOS=60506744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:90:92:19:19:0.171171:10:9:43:47:10:9:43:49 chr1 62232031 . C T 2683.34 PASS AF=1;AO=171;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202567;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.206;QD=62.4032;RBI=0.0264558;REFB=0;REVB=0.0170169;RO=0;SAF=68;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9861e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:172:0:0:171:172:1:103:68:0:0:103:69:0:0 chr1 62232130 . T C 1143.03 PASS AF=0.760331;AO=92;DP=121;FAO=92;FDP=121;FR=.;FRO=29;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00385719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9664;QD=37.7862;RBI=0.00404641;REFB=0.0290836;REVB=-0.00122291;RO=29;SAF=33;SAR=59;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266308;STB=0.514233;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00934498;OID=.;OPOS=62232130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:29:29:92:92:0.760331:59:33:12:17:59:33:12:17 chr1 62261168 . A G 2643.88 PASS AF=0.988506;AO=172;DP=176;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0690803;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9726;QD=60.7787;RBI=0.0705933;REFB=-0.104418;REVB=0.0145371;RO=1;SAF=79;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598699;STB=0.500471;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00106967;OID=.;OPOS=62261168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:176:174:1:2:172:172:0.988506:93:79:1:0:93:79:1:1 chr1 62318192 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.982;QD=57.6792;RBI=0.023099;REFB=0;REVB=-0.0208283;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57634e-05;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr1 62330080 . T G 931.71 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0489138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.562;QD=53.2404;RBI=0.0575558;REFB=-0.0608937;REVB=0.0303332;RO=2;SAF=26;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00615971;STB=0.508642;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00252988;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:70:70:2:4:66:66:0.942857:40:26:1:1:40:26:1:3 chr1 62380270 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=-0.0108746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.568;QD=17.8404;RBI=0.020497;REFB=0.0124695;REVB=-0.0173744;RO=13;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303343;STB=0.674827;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0143273;OID=.;OPOS=62380270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:13:1:0:13:13:1:0:14 chr1 62380298 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=-0.0729601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=324.074;QD=14.7986;RBI=0.076003;REFB=-0.00363687;REVB=-0.0212903;RO=13;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355539;STB=0.696736;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00405194;OID=.;OPOS=62380298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:10:1:0:13:10:1:0:13 chr1 62456014 . G A 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.436;QD=64.1508;RBI=0.0405815;REFB=0;REVB=0.0230731;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53084e-05;OID=.;OPOS=62456014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr1 62516683 . G C 231.75 PASS AF=0.233766;AO=36;DP=155;FAO=36;FDP=154;FR=.;FRO=118;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=-0.00425869;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.13;QD=6.01936;RBI=0.00834544;REFB=0.00287054;REVB=0.00717704;RO=119;SAF=13;SAR=23;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213055;STB=0.626746;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0115468;OID=.;OPOS=62516683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:119:118:36:36:0.233766:23:13:63:56:23:13:62:56 chr1 62538372 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0232252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.011;QD=10.1699;RBI=0.0252916;REFB=-0.00974417;REVB=-0.0100128;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493524;STB=0.530671;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0173821;OID=.;OPOS=62538372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:20:22:11:11:0.333333:5:6:11:9:5:6:13:9 chr1 62579823 . G A 2188.68 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5939;QD=62.5337;RBI=0.0869128;REFB=0;REVB=0.0690309;RO=2;SAF=69;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146201;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564348;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:140:2:0:133:140:1:64:69:0:2:71:69:0:0 chr1 62579907 . C A,T 1484.55 PASS AF=0.039604,0.960396;AO=4,97;DP=101;FAO=4,97;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=3,40;FSAR=1,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231389,-0.0277931;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.5154,138.705;QD=58.794;RBI=0.0238633,0.0444544;REFB=0,0;REVB=0.00583483,0.0346949;RO=0;SAF=3,40;SAR=1,57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,4.58683e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.167805,-0.000292688;OID=.,.;OPOS=62579907,62579907;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:101:101:0:0:4,97:4,97:0.039604,0.960396:1,57:3,40:0:0:1,57:3,40:0:0 chr1 62603421 . C T 4568.39 PASS AF=0.993127;AO=289;DP=291;FAO=289;FDP=291;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.012187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.558;QD=62.7958;RBI=0.0195017;REFB=-0.0698902;REVB=-0.0152248;RO=2;SAF=123;SAR=166;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00571063;STB=0.502994;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000208042;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:291:291:2:2:289:289:0.993127:166:123:0:2:166:123:0:2 chr1 62603544 . C T 1837.73 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5261;QD=59.7635;RBI=0.029448;REFB=-0.0961807;REVB=0.0118671;RO=2;SAF=57;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016374;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142935;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:123:123:2:0:121:123:1:64:57:2:0:64:59:0:0 chr1 62644118 . A G 1413.55 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2064;QD=62.8243;RBI=0.00624166;REFB=0;REVB=-0.00375599;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40337e-05;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr1 62672546 . G A 215.15 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00710017;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=323.401;QD=37.4175;RBI=0.00881706;REFB=0.00215105;REVB=0.00522764;RO=4;SAF=4;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126388;STB=0.569542;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.000337944;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:15:4:2:2:15:4:2:2 chr1 62673008 . G C 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00274499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.929;QD=6.71676;RBI=0.0179402;REFB=-0.0072338;REVB=0.0177289;RO=41;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979532;STB=0.561308;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0208889;OID=.;OPOS=62673008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:5:8:22:19:5:8:22:19 chr1 62673037 . T C 112.45 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0084913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.39;QD=6.61491;RBI=0.00981531;REFB=-0.00527587;REVB=-0.00492322;RO=51;SAF=10;SAR=7;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488066;STB=0.53;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0164762;OID=.;OPOS=62673037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:7:10:28:23:7:10:28:23 chr1 62673225 . G A 129.35 PASS AF=0.203883;AO=21;DP=104;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.0333497;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.136;QD=5.02324;RBI=0.0368585;REFB=0.000530437;REVB=-0.0156955;RO=80;SAF=10;SAR=11;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650373;STB=0.549302;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00354147;OID=.;OPOS=62673225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:80:82:21:21:0.203883:11:10:34:46:11:10:34:48 chr1 62675892 . A G 33.64 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0342942;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3209;QD=3.20368;RBI=0.0583018;REFB=-0.013745;REVB=-0.0471487;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508082;STB=0.547462;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.069486;OID=.;OPOS=62675892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:42:35:36:6:6:0.142857:3:3:19:16:3:3:20:16 chr1 62676091 . C A 53.29 PASS AF=0.25;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0343822;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2202;QD=6.66156;RBI=0.0440864;REFB=-0.00434137;REVB=0.0275949;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407829;STB=0.772069;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0133406;OID=.;OPOS=62676091;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:33:32:25:24:8:8:0.25:2:6:10:15:2:6:9:15 chr1 62703977 . G A 439.27 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0316163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6963;QD=45.0533;RBI=0.156531;REFB=0.0369594;REVB=0.153305;RO=6;SAF=16;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00432944;STB=0.502331;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00376096;OID=.;OPOS=62703977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:6:6:33:33:0.846154:17:16:3:3:17:16:3:3 chr1 62713224 . C G 4482.51 PASS AF=0.986207;AO=286;DP=290;FAO=286;FDP=290;FR=.;FRO=4;FSAF=154;FSAR=132;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0067952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.548;QD=61.8277;RBI=0.0068698;REFB=-0.0890392;REVB=-0.00100966;RO=4;SAF=154;SAR=132;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00762635;STB=0.504;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000436546;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:290:290:4:4:286:286:0.986207:132:154:1:3:132:154:1:3 chr1 62728784 . A G 1574.95 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816245;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3791;QD=59.9979;RBI=0.0715368;REFB=0;REVB=-0.0710696;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000506771;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:52:53:0:0:52:53:0:0 chr1 62728838 . T C 2529.2 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4842;QD=61.6877;RBI=0.0515117;REFB=0;REVB=0.044924;RO=0;SAF=78;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.29459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118686;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:86:78:0:0:86:78:0:0 chr1 62728861 . T C 2720.53 PASS AF=0.988827;AO=169;DP=171;FAO=177;FDP=179;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0128893;FXX=0.0110491;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.369;QD=60.794;RBI=0.0441371;REFB=0.0578929;REVB=-0.0422131;RO=2;SAF=76;SAR=93;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101242;STB=0.505319;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=7.21461e-06;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:171:179:2:2:169:177:0.988827:93:76:0:2:93:84:0:2 chr1 62728918 . G A 2348.15 PASS AF=0.969325;AO=158;DP=163;FAO=158;FDP=163;FR=.;FRO=5;FSAF=74;FSAR=84;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0185356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.37;QD=57.6234;RBI=0.0275708;REFB=-0.112106;REVB=0.0204104;RO=5;SAF=74;SAR=84;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770347;STB=0.504052;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.000327424;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:163:163:5:5:158:158:0.969325:84:74:3:2:84:74:3:2 chr1 62732421 . T C 101.42 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0247806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.992;QD=6.87598;RBI=0.0253777;REFB=-0.00562864;REVB=0.00547237;RO=44;SAF=9;SAR=6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949672;STB=0.558542;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0254014;OID=.;OPOS=62732421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:6:9:23:21:6:9:23:21 chr1 62734089 . C T 1000.86 PASS AF=0.691057;AO=85;DP=123;FAO=85;FDP=123;FR=.;FRO=38;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00264836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.394;QD=32.5482;RBI=0.009082;REFB=-0.0340662;REVB=0.00868728;RO=38;SAF=41;SAR=44;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962708;STB=0.551699;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0253687;OID=.;OPOS=62734089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:38:38:85:85:0.691057:44:41:12:26:44:41:12:26 chr1 62738904 . T C 3328.23 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.242;QD=62.2098;RBI=0.063078;REFB=0;REVB=0.0568208;RO=0;SAF=131;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29365e-05;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:214:0:0:214:214:1:83:131:0:0:83:131:0:0 chr1 62738961 . G A 2296.88 PASS AF=0.79646;AO=171;DP=219;FAO=180;FDP=226;FR=.;FRO=46;FSAF=86;FSAR=94;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0707062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.602;QD=40.6528;RBI=0.0765082;REFB=-0.053727;REVB=0.0292256;RO=47;SAF=78;SAR=93;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395318;STB=0.517802;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0109775;OID=.;OPOS=62738961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:226:47:46:171:180:0.79646:93:78:26:21:94:86:26:20 chr1 62740065 . A G 672.87 PASS AF=0.707317;AO=44;DP=84;FAO=58;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00751434;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.043;QD=32.823;RBI=0.0406036;REFB=0.0148818;REVB=0.0399022;RO=26;SAF=17;SAR=27;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157917;STB=0.59246;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00684665;OID=.;OPOS=62740065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:26:24:44:58:0.707317:27:17:16:10:39:19:15:9 chr1 62740446 . T C 1145.52 PASS AF=0.909091;AO=80;DP=88;FAO=80;FDP=88;FR=.;FRO=8;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0288501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.576;QD=52.0692;RBI=0.0297177;REFB=-0.137348;REVB=0.0071283;RO=8;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838959;STB=0.544433;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00628462;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:88:88:8:8:80:80:0.909091:41:39:0:8:41:39:0:8 chr1 62740449 . T C 1267.0 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0374822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0741;QD=60.3334;RBI=0.0377995;REFB=0.0984291;REVB=-0.0048874;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00098783;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:44:39:0:0:44:39:0:1 chr1 62740606 . A T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0168065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.031;QD=12.5695;RBI=0.0170821;REFB=0.00870933;REVB=0.00305638;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474041;STB=0.527832;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.0135498;OID=.;OPOS=62740606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:15:11:7:8:15:11 chr1 63788951 . C A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0167604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.387;QD=10.542;RBI=0.0302313;REFB=-0.000521106;REVB=0.0251599;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362148;STB=0.5217;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00136022;OID=.;OPOS=63788951;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:7:14:7:4:7:14 chr1 63790751 . A G 253.02 PASS AF=0.189873;AO=45;DP=237;FAO=45;FDP=237;FR=.;FRO=192;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=92;FSRR=100;FWDB=0.0414097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.168;QD=4.27043;RBI=0.044535;REFB=-0.00553434;REVB=-0.0163892;RO=190;SAF=18;SAR=27;SRF=92;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109656;STB=0.565039;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0213249;OID=.;OPOS=63790751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:190:192:45:45:0.189873:27:18:92:98:27:18:92:100 chr1 63881552 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.122;QD=54.5177;RBI=0.0166108;REFB=0;REVB=-0.0125468;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27986e-05;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr1 63885026 . CCT C,CCC 138.72 PASS AF=0.409639,0.0120482;AO=21,6;DP=91;FAO=34,1;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=20,0;FSAR=14,1;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.169042,0.0115462;FXX=0.0459717;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=14.5304,10.4439;QD=6.68534;RBI=0.179467,0.107507;REFB=-0.0980837,-0.0492445;REVB=0.0602762,0.106885;RO=54;SAF=19,0;SAR=2,6;SRF=16;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.698807,-0.536839;STB=0.611599,0.988033;STBP=0.089,0.484;TYPE=del,snp;VARB=0.14102,-0.0575583;OID=.,.;OPOS=63885027,63885028;OREF=CT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409639,0.0120482:21,6:91:34,1:83:48:20,0:14,1:19:29:99:54:19,0:2,6:16:38 chr1 63991267 . T C 1677.36 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00226162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.517;QD=60.4453;RBI=0.0204368;REFB=0;REVB=-0.0203113;RO=0;SAF=44;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.0587e-05;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:67:44:0:0:67:44:0:0 chr1 64015217 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.874;QD=63.8717;RBI=0.0185264;REFB=0;REVB=0.00868519;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156719;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr1 64515379 . C T 978.26 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.623;QD=56.711;RBI=0.0888416;REFB=-0.0989662;REVB=0.0865353;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303063;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:69:1:0:66:69:1:32:34:0:1:35:34:0:0 chr1 64608329 . G T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.325;QD=62.6701;RBI=0.0383217;REFB=0;REVB=0.0145728;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001143;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr1 64624842 . A G 74.41 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=89;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0240149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.334;QD=3.34438;RBI=0.0315849;REFB=-0.00642245;REVB=-0.0205156;RO=75;SAF=9;SAR=5;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297285;STB=0.697406;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0355881;OID=.;OPOS=64624842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:89:89:75:75:14:14:0.157303:5:9:30:45:5:9:30:45 chr1 64643277 . C T 139.75 PASS AF=0.213592;AO=22;DP=103;FAO=22;FDP=103;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=58;FWDB=0.00375361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.436;QD=5.42717;RBI=0.0180654;REFB=-0.00102698;REVB=-0.0176711;RO=79;SAF=7;SAR=15;SRF=21;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791525;STB=0.53171;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00325929;OID=.;OPOS=64643277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:79:81:22:22:0.213592:15:7:21:58:15:7:23:58 chr1 65016349 . A T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.892;QD=59.8364;RBI=0.0247249;REFB=0;REVB=0.0144947;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39762e-05;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr1 65113568 . T C 3590.91 PASS AF=1;AO=225;DP=227;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360042;FXX=0.0129305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1999;QD=62.7232;RBI=0.0318809;REFB=0;REVB=0.0316769;RO=1;SAF=95;SAR=130;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540157;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:227:229:1:0:225:229:1:130:95:0:1:132:97:0:0 chr1 65158724 . C T 1457.43 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.015026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.172;QD=62.0181;RBI=0.0155766;REFB=-0.00314532;REVB=-0.0041048;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.505049;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-2.7842e-05;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:93:93:0.989362:49:44:0:0:49:44:0:1 chr1 65310489 . T C 316.47 PASS AF=0.261364;AO=46;DP=177;FAO=46;FDP=176;FR=.;FRO=130;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=64;FSRR=66;FWDB=0.0176317;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.137;QD=7.19253;RBI=0.0182081;REFB=-0.00265887;REVB=-0.00454527;RO=129;SAF=21;SAR=25;SRF=64;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491429;STB=0.5265;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00563135;OID=.;OPOS=65310489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:129:130:46:46:0.261364:25:21:64:65:25:21:64:66 chr1 65523519 . A G 111.0 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.00280462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.162;QD=7.52551;RBI=0.0321713;REFB=-0.00988073;REVB=0.0320488;RO=43;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306968;STB=0.68357;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0436584;OID=.;OPOS=65523519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:7:9:13:30:7:9:13:30 chr1 65591719 . GC G 582.53 PASS AF=1;AO=46;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0784336;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.0324;QD=47.5537;RBI=0.200187;REFB=0;REVB=-0.184182;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.374101;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00631348;OID=.;OPOS=65591720;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:50:49:49:0:23:26:0:0:11:0:22:24:0:0 chr1 65690461 . G A 1701.5 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231073;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.989;QD=60.2302;RBI=0.0396828;REFB=0;REVB=-0.032261;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178179;OID=.;OPOS=65690461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:110:113:1:58:52:0:0:59:54:0:0 chr1 65858145 . G A 204.54 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=96;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0244767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7141;QD=8.43447;RBI=0.0610691;REFB=-0.00855815;REVB=0.0559493;RO=69;SAF=13;SAR=14;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485349;STB=0.533918;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0160528;OID=.;OPOS=65858145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:69:70:27:27:0.278351:14:13:36:33:14:13:37:33 chr1 65860687 . A C 144.56 PASS AF=0.195312;AO=24;DP=128;FAO=25;FDP=128;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=-0.00617601;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5199;QD=4.51763;RBI=0.0329432;REFB=-0.00758244;REVB=0.0323591;RO=103;SAF=15;SAR=9;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225384;STB=0.654153;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0374922;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:103:103:24:25:0.195312:9:15:46:57:9:16:46:57 chr1 66036441 . A G 471.81 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0196969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6732;QD=55.5073;RBI=0.0772953;REFB=0.0231517;REVB=-0.0747435;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00276943;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:15:18:0:0:15:18:0:1 chr1 66058513 . A G 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.276;QD=64.0209;RBI=0.0174703;REFB=0;REVB=-0.0135163;RO=0;SAF=38;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53613e-06;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:60:38:0:0:60:38:0:0 chr1 66102257 . G A 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.199;QD=61.6801;RBI=0.0237795;REFB=0;REVB=0.0218142;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20124e-05;OID=.;OPOS=66102257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr1 66226961 . T C 737.48 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180804;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.341;QD=56.729;RBI=0.0268294;REFB=0;REVB=0.019822;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31085e-05;OID=.;OPOS=66226961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:13:36:0:0:12:40:0:0 chr1 66831370 . G A 199.25 PASS AF=0.185567;AO=35;DP=194;FAO=36;FDP=194;FR=.;FRO=158;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=98;FSRR=60;FWDB=0.0273387;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.38;QD=4.10827;RBI=0.0273399;REFB=-0.00241307;REVB=-0.00025866;RO=159;SAF=19;SAR=16;SRF=99;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105139;STB=0.576147;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0119333;OID=.;OPOS=66831370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:159:158:35:36:0.185567:16:19:99:60:17:19:98:60 chr1 66838733 . A C 196.41 PASS AF=0.21831;AO=31;DP=142;FAO=31;FDP=142;FR=.;FRO=111;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=62;FWDB=-0.0231148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.785;QD=5.53263;RBI=0.034579;REFB=0.000363413;REVB=-0.025718;RO=111;SAF=16;SAR=15;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945019;STB=0.558187;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00130888;OID=.;OPOS=66838733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:111:111:31:31:0.21831:15:16:49:62:15:16:49:62 chr1 67132582 . C T 901.58 PASS AF=0.769231;AO=69;DP=90;FAO=70;FDP=91;FR=.;FRO=21;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0080825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.114;QD=39.63;RBI=0.00808519;REFB=-0.0176581;REVB=0.000208507;RO=21;SAF=38;SAR=31;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072642;STB=0.540116;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00394168;OID=.;OPOS=67132582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:21:21:69:70:0.769231:31:38:15:6:32:38:15:6 chr1 67243024 . C A 2023.35 PASS AF=1;AO=128;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152426;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.585;QD=62.2569;RBI=0.0192257;REFB=0;REVB=-0.0117172;RO=0;SAF=55;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80098e-05;OID=.;OPOS=67243024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:128:130:1:73:55:0:0:75:55:0:0 chr1 67244243 . A T 2081.85 PASS AF=0.964789;AO=136;DP=141;FAO=137;FDP=142;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0266507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.514;QD=58.6437;RBI=0.0315245;REFB=-0.0706864;REVB=0.0168384;RO=4;SAF=57;SAR=79;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00944187;STB=0.500582;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.000477222;OID=.;OPOS=67244243;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:141:142:4:5:136:137:0.964789:79:57:1:3:80:57:2:3 chr1 67266756 . T A 1105.37 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457579;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0996;QD=60.5682;RBI=0.0217187;REFB=0;REVB=0.0212312;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150788;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr1 67288045 . C T 1286.29 PASS AF=0.920792;AO=93;DP=101;FAO=93;FDP=101;FR=.;FRO=8;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00577891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.002;QD=50.9421;RBI=0.00583679;REFB=-0.0168837;REVB=0.000819926;RO=5;SAF=56;SAR=37;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202791;STB=0.508413;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000143886;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:101:101:5:8:93:93:0.920792:37:56:2:3:37:56:4:4 chr1 67313249 . G A 1721.65 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.755;QD=60.4087;RBI=0.040119;REFB=0;REVB=-0.000212541;RO=0;SAF=41;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62522e-05;OID=.;OPOS=67313249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:71:41:0:0:72:42:0:0 chr1 67390416 . G C 2039.32 PASS AF=0.957746;AO=132;DP=138;FAO=136;FDP=142;FR=.;FRO=6;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0010237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.51;QD=57.4458;RBI=0.0116172;REFB=0.0265973;REVB=0.011572;RO=5;SAF=70;SAR=62;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367948;STB=0.522056;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000121288;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:138:142:5:6:132:136:0.957746:62:70:0:5:65:71:0:6 chr1 67390468 . C G 2294.19 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000974471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.486;QD=59.205;RBI=0.00099137;REFB=0.0176929;REVB=-0.000182265;RO=2;SAF=63;SAR=90;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148594;STB=0.507811;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=3.66304e-05;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:155:155:2:2:153:153:0.987097:90:63:2:0:90:63:2:0 chr1 67558739 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7383;QD=56.1914;RBI=0.0290981;REFB=0;REVB=-0.00903134;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000852517;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr1 67560956 . C T 2621.7 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.097377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.239;QD=62.0522;RBI=0.0979876;REFB=0;REVB=-0.0109225;RO=0;SAF=80;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.36398e-05;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:89:80:0:0:89:80:0:0 chr1 67568351 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.578;QD=59.8557;RBI=0.0307714;REFB=0;REVB=0.0254452;RO=0;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89729e-05;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:23:48:0:0:23:48:0:0 chr1 67579386 . A G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9729;QD=60.9764;RBI=0.0151549;REFB=0;REVB=-0.0130284;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236241;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr1 67633812 . G T 529.25 PASS AF=0.730159;AO=46;DP=63;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00396512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.655;QD=33.6032;RBI=0.00599856;REFB=-0.000941392;REVB=-0.00450117;RO=17;SAF=18;SAR=28;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202298;STB=0.510912;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.000300554;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:17:17:46:46:0.730159:28:18:6:11:28:18:6:11 chr1 67685387 . T C 480.14 PASS AF=0.971429;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0233961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.633;QD=54.8734;RBI=0.0858638;REFB=0.00669696;REVB=0.0826148;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239419;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000197894;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:35:1:1:32:34:0.971429:13:19:1:0:15:19:1:0 chr1 67733346 . G A 1012.09 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.632;QD=57.8336;RBI=0.0407073;REFB=-0.0535022;REVB=-0.0372932;RO=1;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101673;STB=0.505375;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000177046;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:46:23:0:1:46:23:0:1 chr1 67795319 . T C 2329.53 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.805;QD=63.8228;RBI=0.0175983;REFB=0;REVB=-0.00641847;RO=0;SAF=66;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48863e-06;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:80:66:0:0:80:66:0:0 chr1 67878515 . C G 81.76 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0231851;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.145;QD=29.7313;RBI=0.026397;REFB=0.0183962;REVB=-0.0126194;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179867;STB=0.510181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00702408;OID=.;OPOS=67878515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:12:11:2:2:9:9:0.818182:5:4:1:1:5:4:1:1 chr1 68006815 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0742636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.115;QD=53.2769;RBI=0.0870128;REFB=0;REVB=0.0453446;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246265;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 68462247 . A G 397.49 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000754603;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.177;QD=56.7844;RBI=0.0297161;REFB=0;REVB=0.0297065;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10187e-05;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr1 68591253 . C T 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0423664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.33;QD=3.89742;RBI=0.0432761;REFB=-0.00235613;REVB=-0.00882652;RO=41;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112522;STB=0.560295;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0160695;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:41:42:8:8:0.16:5:3:12:29:5:3:13:29 chr1 68624878 . C T 2372.89 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305856;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3528;QD=64.1323;RBI=0.032678;REFB=0;REVB=0.0115054;RO=0;SAF=69;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113341;OID=.;OPOS=68624878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:148:148:1:79:69:0:0:79:69:0:0 chr1 68903942 . C T 1363.83 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8397;QD=61.9924;RBI=0.0290449;REFB=0;REVB=0.00730423;RO=1;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10328e-05;OID=.;OPOS=68903942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:1:0:87:88:1:48:39:0:1:49:39:0:0 chr1 68942738 . A T 296.86 PASS AF=0.757576;AO=22;DP=31;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.012965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.142;QD=35.9828;RBI=0.0780677;REFB=-0.0103551;REVB=0.0769836;RO=8;SAF=7;SAR=15;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313901;STB=0.527836;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00294157;OID=.;OPOS=68942738;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:31:33:8:8:22:25:0.757576:15:7:3:5:18:7:3:5 chr1 70034370 . C CCAGCCGCGTG 1360.87 PASS AF=1;AO=65;DP=207;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467554;FXX=0.497147;HRUN=3;LEN=10;MLLD=237.612;QD=61.1628;RBI=0.0521852;REFB=0;REVB=0.0231782;RO=119;SAF=18;SAR=47;SRF=67;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000113458;OID=.;OPOS=70034371;OREF=-;OALT=CAGCCGCGTG;OMAPALT=CCAGCCGCGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:207:89:89:0:29:60:0:0:7:119:18:47:67:52 chr1 70034372 . G A 944.48 PASS AF=0.508197;AO=93;DP=184;FAO=93;FDP=183;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=62;FWDB=0.0207141;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.554;QD=20.6444;RBI=0.0207474;REFB=-0.0172794;REVB=-0.00117436;RO=90;SAF=44;SAR=49;SRF=28;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147231;STB=0.580582;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00414493;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:90:90:93:93:0.508197:49:44:28:62:49:44:28:62 chr1 70345344 . A G 1130.73 PASS AF=0.854369;AO=88;DP=104;FAO=88;FDP=103;FR=.;FRO=15;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00142727;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9363;QD=43.912;RBI=0.0281784;REFB=0.021892;REVB=-0.0281422;RO=15;SAF=43;SAR=45;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426494;STB=0.522647;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.000531423;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:104:103:15:15:88:88:0.854369:45:43:5:10:45:43:5:10 chr1 70460238 . C T 564.82 PASS AF=0.607143;AO=49;DP=82;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00164018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.639;QD=26.8962;RBI=0.0629767;REFB=-0.0014598;REVB=0.0629554;RO=31;SAF=26;SAR=23;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332605;STB=0.513394;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000898127;OID=.;OPOS=70460238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:31:33:49:51:0.607143:23:26:15:16:23:28:17:16 chr1 70611347 . A G 927.02 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141186;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.653;QD=58.8582;RBI=0.0375635;REFB=0;REVB=0.0348092;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619617;OID=.;OPOS=70611347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:60:63:1:36:24:0:0:39:24:0:0 chr1 70646053 . A G 436.12 PASS AF=0.630769;AO=39;DP=63;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0574319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1655;QD=26.8382;RBI=0.0606976;REFB=-0.00580795;REVB=0.0196414;RO=24;SAF=20;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669022;STB=0.544206;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00232435;OID=.;OPOS=70646053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:24:24:39:41:0.630769:19:20:10:14:19:22:10:14 chr1 70696267 . TAAAAAAAAT ATAAAAAAAT,TAAAAAAAT,TAAAAAAATA 35.61 PASS AF=0.0666667,0.155556,0.0444444;AO=5,10,3;DP=45;FAO=3,7,2;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=0,3,1;FSAR=3,4,1;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0176698,0.259967,-0.018143;FXX=0;HRUN=1,8,8;LEN=2,1,2;MLLD=63.0936,7.44947,16.1574;QD=3.16518;RBI=0.0563524,0.273021,0.0189396;REFB=-0.00727869,-0.0956824,-0.077811;REVB=-0.0535105,-0.083413,-0.00543505;RO=19;SAF=0,4,2;SAR=5,6,1;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.66854,-0.0236005,0.262973;STB=0.996683,0.595474,0.542435;STBP=0.079,0.639,0.851;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0932521,0.01852,0.138525;OID=.,.,.;OPOS=70696267,70696268,70696275;OREF=TA,A,AT;OALT=AT,-,TA;OMAPALT=ATAAAAAAAT,TAAAAAAAT,TAAAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:45:45:19:33:5,10,3:3,7,2:0.0666667,0.155556,0.0444444:5,6,1:0,4,2:8:11:3,4,1:0,3,1:18:15 chr1 70904800 . G T 790.83 PASS AF=0.719101;AO=63;DP=88;FAO=64;FDP=89;FR=.;FRO=25;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0475864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9473;QD=35.543;RBI=0.0542134;REFB=-0.0317168;REVB=0.0259736;RO=25;SAF=31;SAR=32;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275058;STB=0.512483;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0119023;OID=.;OPOS=70904800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:25:25:63:64:0.719101:32:31:11:14:33:31:11:14 chr1 71331498 . A G 630.35 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.133;QD=61.4975;RBI=0.0520133;REFB=0;REVB=0.0240449;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127733;OID=.;OPOS=71331498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:9:29:0:0:11:30:0:0 chr1 71419499 . C T 420.77 PASS AF=0.75;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0350835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.575;QD=38.2518;RBI=0.0369178;REFB=-0.015556;REVB=-0.011492;RO=11;SAF=14;SAR=19;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984234;STB=0.553366;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00522603;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:11:11:33:33:0.75:19:14:7:4:19:14:7:4 chr1 72058543 . A T 1301.38 PASS AF=0.761194;AO=102;DP=135;FAO=102;FDP=134;FR=.;FRO=32;FSAF=64;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0160873;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.505;QD=38.8472;RBI=0.0412829;REFB=-0.0104081;REVB=-0.0380194;RO=31;SAF=64;SAR=38;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235017;STB=0.515454;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00283455;OID=.;OPOS=72058543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:31:32:102:102:0.761194:38:64:21:10:38:64:22:10 chr1 72058552 . G A 190.5 PASS AF=0.225564;AO=30;DP=130;FAO=30;FDP=133;FR=.;FRO=103;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=38;FWDB=0.000626254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6819;QD=5.72934;RBI=0.10458;REFB=-0.00891057;REVB=-0.104579;RO=100;SAF=21;SAR=9;SRF=65;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717893;STB=0.560435;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0297112;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:100:103:30:30:0.225564:9:21:65:35:9:21:65:38 chr1 74575182 . C T 861.86 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.046;QD=56.5155;RBI=0.0312829;REFB=0;REVB=0.00777239;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103677;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:0:0:59:61:1:30:29:0:0:31:30:0:0 chr1 74610144 . TAAAAA TAAAA,TAAAAT,TTAAAA 101.19 PASS AF=0.245509,0.0299401,0;AO=40,7,7;DP=171;FAO=41,5,0;FDP=167;FR=.;FRO=121;FSAF=34,1,0;FSAR=7,4,0;FSRF=85;FSRR=36;FWDB=0.0803738,-0.0214806,0.0025746;FXX=0.0290681;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=9.12855,20.0422,20.812;QD=2.42369;RBI=0.08055,0.0227466,0.0406396;REFB=-0.0588224,-0.0316735,-0.0234273;REVB=-0.00532382,0.00748281,-0.040558;RO=92;SAF=36,2,5;SAR=4,5,2;SRF=62;SRR=30;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.424476,-0.396598,0.0496125;STB=0.636962,0.89471,0.5;STBP=0.08,0.248,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0342086,0.0795619,0.0327304;OID=.,.,.;OPOS=74610145,74610149,74610145;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAAA,TAAAAT,TTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245509,0.0299401,0:40,7,7:171:41,5,0:167:121:34,1,0:7,4,0:85:36:86:92:36,2,5:4,5,2:62:30 chr1 74665493 . G A 409.72 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.028768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.62;QD=34.1434;RBI=0.0339997;REFB=-0.0318207;REVB=0.0181214;RO=15;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101758;STB=0.555521;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0195655;OID=.;OPOS=74665493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:21:12:8:7:21:12:8:7 chr1 74670172 . A G 137.36 PASS AF=0.21875;AO=21;DP=96;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0144712;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.063;QD=5.72317;RBI=0.0520833;REFB=-0.00572583;REVB=0.0500326;RO=73;SAF=7;SAR=14;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204816;STB=0.638164;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0207094;OID=.;OPOS=74670172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:73:75:21:21:0.21875:14:7:36:37:14:7:38:37 chr1 74671519 . A G 429.31 PASS AF=0.689655;AO=39;DP=58;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00156706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.163;QD=29.6076;RBI=0.0478225;REFB=-0.0136085;REVB=0.0477968;RO=18;SAF=24;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363615;STB=0.514279;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00557898;OID=.;OPOS=74671519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:18:39:40:0.689655:15:24:10:8:16:24:10:8 chr1 74716413 . C A 237.64 PASS AF=0.292035;AO=31;DP=111;FAO=33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0340634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.347;QD=8.41217;RBI=0.0417386;REFB=-0.00579497;REVB=-0.0241204;RO=79;SAF=12;SAR=19;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542712;STB=0.522789;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.014633;OID=.;OPOS=74716413;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:79:80:31:33:0.292035:19:12:34:45:20:13:34:46 chr1 74929170 . T C 111.91 PASS AF=0.209302;AO=18;DP=86;FAO=18;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00629856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.325;QD=5.20529;RBI=0.0135513;REFB=-0.00296236;REVB=-0.0119986;RO=68;SAF=13;SAR=5;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304652;STB=0.693113;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0110593;OID=.;OPOS=74929170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:68:68:18:18:0.209302:5:13:33:35:5:13:33:35 chr1 74941210 . C T 945.43 PASS AF=0.752577;AO=73;DP=97;FAO=73;FDP=97;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0293373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.534;QD=38.9869;RBI=0.031635;REFB=-0.0182072;REVB=-0.0118364;RO=23;SAF=27;SAR=46;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512444;STB=0.533919;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00765957;OID=.;OPOS=74941210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:23:24:73:73:0.752577:46:27:11:12:46:27:12:12 chr1 74941293 . G A 971.85 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102263;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.528;QD=58.8999;RBI=0.102421;REFB=0;REVB=-0.00569445;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153162;OID=.;OPOS=74941293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:64:66:1:39:25:0:0:39:27:0:0 chr1 75035191 . T A 142.3 PASS AF=0.215686;AO=22;DP=102;FAO=22;FDP=102;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.011467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4206;QD=5.58036;RBI=0.015683;REFB=0.0236139;REVB=0.0106988;RO=80;SAF=14;SAR=8;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203765;STB=0.627124;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0863011;OID=.;OPOS=75035191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:80:80:22:22:0.215686:8:14:38:42:8:14:38:42 chr1 75036812 . C T 1889.71 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143444;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.714;QD=61.9578;RBI=0.0375154;REFB=0;REVB=0.0374879;RO=0;SAF=63;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18466e-05;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:122:0:0:122:122:1:59:63:0:0:59:63:0:0 chr1 75037751 . C T 499.47 PASS AF=0.657143;AO=45;DP=69;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00928295;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.578;QD=28.5413;RBI=0.00954535;REFB=0.00123078;REVB=0.00222271;RO=24;SAF=16;SAR=29;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253276;STB=0.630378;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000655107;OID=.;OPOS=75037751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:24:24:45:46:0.657143:29:16:18:6:29:17:18:6 chr1 75065441 . C T 1199.04 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157496;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.766;QD=60.7107;RBI=0.0312188;REFB=0;REVB=0.0269548;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103117;OID=.;OPOS=75065441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:47:30:0:0:47:32:0:0 chr1 75175886 . T C 885.18 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.153;QD=58.0444;RBI=0.00999148;REFB=0;REVB=0.00192295;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63936e-05;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr1 75190452 . C T 805.07 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.2164e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.761;QD=64.4058;RBI=0.00697616;REFB=0;REVB=0.00697555;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14744e-05;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr1 75214441 . A G 375.59 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.127;QD=55.6435;RBI=0.0441976;REFB=0;REVB=0.0209624;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229686;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 75622616 . C T 1846.6 PASS AF=0.732323;AO=143;DP=196;FAO=145;FDP=198;FR=.;FRO=53;FSAF=74;FSAR=71;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0134862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.471;QD=37.305;RBI=0.0227157;REFB=0.006336;REVB=-0.0182791;RO=53;SAF=72;SAR=71;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412437;STB=0.51998;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00212009;OID=.;OPOS=75622616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:53:53:143:145:0.732323:71:72:31:22:71:74:31:22 chr1 75672376 . A G 253.27 PASS AF=0.213542;AO=41;DP=192;FAO=41;FDP=192;FR=.;FRO=151;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=71;FSRR=80;FWDB=0.0105099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.666;QD=5.27639;RBI=0.0130237;REFB=-0.00881077;REVB=-0.00769143;RO=151;SAF=19;SAR=22;SRF=71;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869413;STB=0.505357;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.030365;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:151:151:41:41:0.213542:22:19:71:80:22:19:71:80 chr1 75681511 . T C 1549.02 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.579;QD=63.8772;RBI=0.0558435;REFB=0;REVB=-0.00309681;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141489;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:59:38:0:0:59:38:0:0 chr1 75716925 . C T 2104.72 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1599;QD=61.4518;RBI=0.172419;REFB=-0.0805944;REVB=0.0185754;RO=0;SAF=62;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713356;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:137:137:0:0:136:137:1:74:62:0:0:75:62:0:0 chr1 76143505 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.422;QD=37.4878;RBI=0.0788269;REFB=0;REVB=0.0316517;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001956;OID=.;OPOS=76143505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 76257892 . A T 1256.07 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0103791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.133;QD=59.1094;RBI=0.0491317;REFB=0.063417;REVB=-0.0480229;RO=2;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215174;STB=0.511361;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00423227;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:43:40:0:2:43:40:0:2 chr1 76344705 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.766;QD=58.4193;RBI=0.0423563;REFB=0;REVB=0.0311042;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41275e-05;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr1 76344711 . A T 939.3 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210696;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.986;QD=58.7065;RBI=0.0278461;REFB=0;REVB=-0.0182064;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19948e-06;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:35:27:0:0:36:28:0:0 chr1 76397738 . C T 364.14 PASS AF=0.580645;AO=31;DP=65;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00888446;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.264;QD=23.4926;RBI=0.00919356;REFB=-0.00397141;REVB=0.00236388;RO=20;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072236;STB=0.541153;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00259689;OID=.;OPOS=76397738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:20:26:31:36:0.580645:20:11:9:11:24:12:11:15 chr1 76397972 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5508;QD=40.7608;RBI=0.0525984;REFB=0;REVB=-0.00660089;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0033308;OID=.;OPOS=76397972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr1 77634948 . G A 1510.77 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.773;QD=63.6113;RBI=0.00431559;REFB=0;REVB=-0.00419265;RO=0;SAF=58;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.77604e-06;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:37:58:0:0:37:58:0:0 chr1 77759578 . A G 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0607179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.924;QD=6.85061;RBI=0.066794;REFB=-0.0120933;REVB=-0.0278348;RO=30;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291137;STB=0.685259;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0306475;OID=.;OPOS=77759578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:41:30:31:10:10:0.243902:9:1:7:23:9:1:7:24 chr1 77763542 . GC AC,CA 1557.85 PASS AF=0.959596,0.040404;AO=86,4;DP=96;FAO=95,4;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=36,3;FSAR=59,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189164,0.0155797;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=194.595,165.897;QD=62.9434;RBI=0.0229137,0.0233834;REFB=0,0;REVB=-0.0129309,-0.0174371;RO=0;SAF=34,3;SAR=52,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00020864,0.00284179;OID=.,.;OPOS=77763542,77763542;OREF=G,GC;OALT=A,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:96:99:0:0:86,4:95,4:0.959596,0.040404:52,1:34,3:0:0:59,1:36,3:0:0 chr1 78024284 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.611;QD=59.8388;RBI=0.0348143;REFB=0;REVB=0.00577211;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73704e-05;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr1 78024345 . C CTAT 572.21 PASS AF=0.761905;AO=47;DP=64;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0171196;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.052;QD=36.3309;RBI=0.0177028;REFB=-0.0190605;REVB=0.00450666;RO=16;SAF=23;SAR=24;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344508;STB=0.507933;STBP=0.858;TYPE=ins;VARB=0.00769876;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.761905:47:64:48:63:15:24:24:8:7:91:16:23:24:9:7 chr1 78024348 . T TTA 39.25 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0244167;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=261.081;QD=2.37874;RBI=0.0254941;REFB=-0.0040768;REVB=-0.00733319;RO=63;SAF=2;SAR=6;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324594;STB=0.725981;STBP=0.203;TYPE=ins;VARB=0.0323715;OID=.;OPOS=78024349;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.121212:8:71:8:66:58:2:6:29:29:39:63:2:6:33:30 chr1 78111153 . A G 154.91 PASS AF=0.227723;AO=24;DP=101;FAO=23;FDP=101;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.000842228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.251;QD=6.13492;RBI=0.000965508;REFB=-0.00247957;REVB=0.000472078;RO=76;SAF=6;SAR=18;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189911;STB=0.665823;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0149359;OID=.;OPOS=78111153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:76:78:24:23:0.227723:18:6:29:47:18:5:31:47 chr1 78162073 . A G 553.81 PASS AF=0.807018;AO=46;DP=57;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00994965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.78;QD=38.8635;RBI=0.0938205;REFB=0.00779587;REVB=0.0932915;RO=11;SAF=17;SAR=29;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377775;STB=0.520256;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000783514;OID=.;OPOS=78162073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:11:11:46:46:0.807018:29:17:3:8:29:17:3:8 chr1 78201745 . G T 133.97 PASS AF=0.2;AO=23;DP=116;FAO=23;FDP=115;FR=.;FRO=92;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=34;FWDB=-0.00168407;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7031;QD=4.65986;RBI=0.0591387;REFB=0.00252629;REVB=-0.0591147;RO=91;SAF=11;SAR=12;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187764;STB=0.62059;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0134738;OID=.;OPOS=78201745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:91:92:23:23:0.2:12:11:57:34:12:11:58:34 chr1 78392446 . G A 277.31 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0125529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.657;QD=26.4108;RBI=0.0298527;REFB=-0.00566444;REVB=-0.0270852;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121739;STB=0.567309;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00403995;OID=.;OPOS=78392446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:12:13:6:11:12:13:6:11 chr1 78560583 . G A 1720.47 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000100114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.353;QD=60.3672;RBI=0.0508086;REFB=0;REVB=0.0508085;RO=0;SAF=56;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103339;OID=.;OPOS=78560583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:57:56:0:0:58:56:0:0 chr1 78585086 . T C 51.19 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.013756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.962;QD=2.92521;RBI=0.022354;REFB=-0.00316574;REVB=-0.0176202;RO=60;SAF=6;SAR=4;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182518;STB=0.626868;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.013321;OID=.;OPOS=78585086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:60:60:10:10:0.142857:4:6:27:33:4:6:27:33 chr1 79093818 . A G 48.04 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.0236055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.607;QD=2.49576;RBI=0.0297338;REFB=0.00287539;REVB=0.0180798;RO=66;SAF=6;SAR=4;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301347;STB=0.701126;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0227495;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:66:67:10:10:0.12987:4:6:23:43:4:6:24:43 chr1 79094081 . T A 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0159779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.65;QD=4.77053;RBI=0.0272279;REFB=-0.00421979;REVB=-0.0220469;RO=49;SAF=5;SAR=7;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140751;STB=0.591129;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0228363;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:7:5:26:23:7:5:26:23 chr1 79095526 . G A 152.64 PASS AF=0.172619;AO=29;DP=167;FAO=29;FDP=168;FR=.;FRO=139;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=91;FWDB=1.79575e-05;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.193;QD=3.63434;RBI=0.0182103;REFB=-0.00826717;REVB=-0.0182103;RO=136;SAF=15;SAR=14;SRF=47;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221472;STB=0.640935;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0366312;OID=.;OPOS=79095526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:136:139:29:29:0.172619:14:15:47:89:14:15:48:91 chr1 79102726 . C T 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0144285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.511;QD=6.01594;RBI=0.0179076;REFB=0.000955361;REVB=-0.0106067;RO=22;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464184;STB=0.808013;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00289863;OID=.;OPOS=79102726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:1:6:11:11:1:6:11:11 chr1 79357360 . G C 2300.31 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0400609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5193;QD=59.3629;RBI=0.050567;REFB=-0.00719701;REVB=0.0308569;RO=1;SAF=64;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737472;STB=0.507691;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.000129466;OID=.;OPOS=79357360;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:155:1:2:153:153:0.987097:89:64:1:0:89:64:2:0 chr1 82421596 . C T 753.54 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.241;QD=61.513;RBI=0.0382351;REFB=-0.0839817;REVB=0.0114334;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000314729;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:0:1:28:20:0:1 chr1 82457662 . G A 905.47 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249679;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.253;QD=58.4177;RBI=0.0294033;REFB=0;REVB=-0.0155292;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131957;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr1 84640691 . T G 296.43 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.734;QD=49.405;RBI=0.0531518;REFB=-0.0837766;REVB=0.052095;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000561243;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:11:12:0:0:11:12:1:0 chr1 84810815 . A G 1116.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.125;QD=60.3739;RBI=0.0470938;REFB=0;REVB=-0.0157754;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61282e-05;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr1 84853957 . A T 1102.31 PASS AF=0.95;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00843486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2435;QD=55.1157;RBI=0.0636602;REFB=-0.1496;REVB=0.0630989;RO=3;SAF=41;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919643;STB=0.501985;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0277739;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:80:80:3:4:76:76:0.95:35:41:2:1:35:41:2:2 chr1 84944989 . A G 1476.5 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.307;QD=62.1686;RBI=0.0290493;REFB=-0.132152;REVB=0.00889307;RO=1;SAF=46;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101963;STB=0.505375;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000498421;OID=.;OPOS=84944989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:48:46:1:0:48:46:1:0 chr1 85113203 . T C 103.53 PASS AF=0.166667;AO=21;DP=120;FAO=20;FDP=120;FR=.;FRO=100;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=0.00340978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6194;QD=3.45106;RBI=0.0680287;REFB=-0.00687099;REVB=-0.0679432;RO=97;SAF=16;SAR=5;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284391;STB=0.733828;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0280611;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:97:100:21:20:0.166667:5:16:54:43:4:16:55:45 chr1 85113229 . A G 106.21 PASS AF=0.17757;AO=18;DP=108;FAO=19;FDP=107;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.0415016;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.871;QD=3.9703;RBI=0.0427641;REFB=0.00179339;REVB=-0.0103142;RO=84;SAF=13;SAR=5;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328349;STB=0.679968;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0102219;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:84:88:18:19:0.17757:5:13:39:45:6:13:41:47 chr1 85121255 . A G 204.15 PASS AF=0.258621;AO=30;DP=116;FAO=30;FDP=116;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=0.0454766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.144;QD=7.03979;RBI=0.0457094;REFB=0.000937295;REVB=-0.00460792;RO=85;SAF=10;SAR=20;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425816;STB=0.522278;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00315631;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:85:86:30:30:0.258621:20:10:31:54:20:10:31:55 chr1 85488030 . G A 446.38 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0186899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4103;QD=29.2706;RBI=0.024473;REFB=0.00732872;REVB=-0.0157992;RO=20;SAF=17;SAR=24;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104523;STB=0.556648;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0034594;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:20:41:41:0.672131:24:17:5:15:24:17:5:15 chr1 85537706 . T C 475.3 PASS AF=0.68254;AO=43;DP=63;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0659101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.882;QD=30.1778;RBI=0.0665196;REFB=-0.0316469;REVB=0.00898408;RO=20;SAF=16;SAR=27;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480772;STB=0.526098;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0143902;OID=.;OPOS=85537706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:20:20:43:43:0.68254:27:16:9:11:27:16:9:11 chr1 85624549 . C T 1153.52 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.235;QD=60.7115;RBI=0.0117961;REFB=0;REVB=-0.000279237;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20659e-05;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr1 85624864 . G A 1245.55 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.376;QD=61.5085;RBI=0.00880156;REFB=0;REVB=-0.00137615;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17469e-06;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:36:44:0:0:36:45:0:0 chr1 85648620 . C T 1577.89 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.923;QD=63.7533;RBI=0.0141447;REFB=0;REVB=0.0113543;RO=0;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354885;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:63:35:0:0:63:36:0:0 chr1 85724328 . C T 1753.88 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0375273;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3688;QD=59.9618;RBI=0.0433049;REFB=-0.0576716;REVB=-0.0216105;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.504504;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00161198;OID=.;OPOS=85724328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:0:1:116:116:0.991453:61:55:0:0:61:55:1:0 chr1 85784212 . T G 265.24 PASS AF=0.330097;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.012006;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.512;QD=10.3006;RBI=0.0155507;REFB=-0.00705867;REVB=0.00988333;RO=69;SAF=20;SAR=14;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442115;STB=0.525686;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0121672;OID=.;OPOS=85784212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:69:69:34:34:0.330097:14:20:38:31:14:20:38:31 chr1 86202016 . C T 1641.78 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0030052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.128;QD=60.2489;RBI=0.00469663;REFB=0;REVB=-0.00360931;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02235e-05;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:55:54:0:0:55:54:0:0 chr1 86202102 . C A 173.91 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0403534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.098;QD=7.90496;RBI=0.040427;REFB=-0.00661083;REVB=-0.0024381;RO=62;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176182;STB=0.590836;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0184092;OID=.;OPOS=86202102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:62:64:24:24:0.272727:12:12:22:40:12:12:24:40 chr1 86487981 . G A 2042.07 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.15;QD=62.3534;RBI=0.0373476;REFB=0;REVB=-0.00759613;RO=0;SAF=49;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12306e-05;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:131:0:0:125:131:1:76:49:0:0:78:53:0:0 chr1 86487992 . A AACAG 927.55 PASS AF=0.689655;AO=79;DP=119;FAO=80;FDP=116;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00265199;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=240.251;QD=31.9845;RBI=0.00500205;REFB=-0.0223414;REVB=-0.00424116;RO=39;SAF=26;SAR=53;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200093;STB=0.611384;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00955709;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.689655:79:119:80:116:36:26:54:24:12:99:39:26:53:25:14 chr1 86488232 . G A 105.57 PASS AF=0.21519;AO=17;DP=79;FAO=17;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0144581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3177;QD=5.34526;RBI=0.0286134;REFB=-0.0013492;REVB=-0.0246919;RO=61;SAF=11;SAR=6;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176305;STB=0.605378;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00600076;OID=.;OPOS=86488232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:61:62:17:17:0.21519:6:11:31:30:6:11:32:30 chr1 86529379 . T C 225.02 PASS AF=0.187215;AO=40;DP=218;FAO=41;FDP=219;FR=.;FRO=178;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=84;FSRR=94;FWDB=0.0533666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3717;QD=4.10995;RBI=0.0547943;REFB=-0.000528564;REVB=-0.0124267;RO=178;SAF=20;SAR=20;SRF=84;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361862;STB=0.512929;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0031309;OID=.;OPOS=86529379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:178:178:40:41:0.187215:20:20:84:94:21:20:84:94 chr1 86590915 . G A 754.64 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00862116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.902;QD=54.8828;RBI=0.0135166;REFB=0.00321827;REVB=0.0104103;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192259;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-1.08126e-05;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:53:54:0.981818:29:24:1:0:30:24:1:0 chr1 86591837 . G A 380.22 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144402;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.545;QD=56.3292;RBI=0.0162334;REFB=0;REVB=0.00741651;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373724;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr1 86818572 . T C 835.62 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.927;QD=55.7078;RBI=0.0562673;REFB=-0.0735026;REVB=0.0549855;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149779;STB=0.507934;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000188589;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:0:1:31:28:0:1 chr1 86820267 . C T 2255.07 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.112;QD=63.5231;RBI=0.0386763;REFB=0;REVB=-0.0216527;RO=0;SAF=75;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.2093e-05;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:67:75:0:0:67:75:0:0 chr1 86838158 . C T 4209.27 PASS AF=1;AO=268;DP=270;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461999;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.114;QD=62.1294;RBI=0.00774275;REFB=-0.105809;REVB=-0.00621336;RO=1;SAF=155;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52315e-05;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:270:271:1:0:268:271:1:113:155:0:1:114:157:0:0 chr1 86852621 . A G 2405.86 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352643;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.394;QD=61.2957;RBI=0.0298666;REFB=0;REVB=0.0296576;RO=0;SAF=88;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84041e-05;OID=.;OPOS=86852621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:69:88:0:0:69:88:0:0 chr1 86913265 . C T 2166.1 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251957;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8274;QD=62.3337;RBI=0.0252038;REFB=-0.139586;REVB=-0.00064167;RO=1;SAF=74;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638163;STB=0.503355;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000884504;OID=.;OPOS=86913265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:64:74:1:0:64:74:1:0 chr1 86920904 . A G 1717.15 PASS AF=0.991304;AO=111;DP=114;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248819;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.792;QD=59.7268;RBI=0.0329632;REFB=-0.0357224;REVB=0.0216208;RO=1;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825659;STB=0.504201;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000159668;OID=.;OPOS=86920904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:115:1:1:111:114:0.991304:57:54:0:1:59:55:0:1 chr1 86939130 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.593;QD=58.6006;RBI=0.0464166;REFB=0;REVB=0.043251;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24795e-05;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:43:21:0:0:43:21:0:0 chr1 86947975 . A T 2131.59 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8481;QD=61.7854;RBI=0.018638;REFB=-0.00628128;REVB=0.0119146;RO=1;SAF=57;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597994;STB=0.503144;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000469887;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:138:1:1:136:137:0.992754:79:57:0:1:79:58:0:1 chr1 86952324 . A G 2367.01 PASS AF=0.969512;AO=159;DP=164;FAO=159;FDP=164;FR=.;FRO=5;FSAF=75;FSAR=84;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0270438;FXX=0.00606024;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.3248;QD=57.732;RBI=0.0300916;REFB=-0.165093;REVB=0.0131963;RO=0;SAF=75;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34968e-08;STB=0.510029;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00322862;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:164:164:0:5:159:159:0.969512:84:75:0:0:84:75:4:1 chr1 86959173 . T C 3933.29 PASS AF=1;AO=252;DP=252;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.48;QD=62.1864;RBI=0.0296364;REFB=0;REVB=-0.0294355;RO=0;SAF=129;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.40321e-06;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:252:253:0:0:252:253:1:123:129:0:0:124:129:0:0 chr1 86965419 . T C 1156.54 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00948246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.02;QD=59.3098;RBI=0.0178839;REFB=-0.0641212;REVB=0.015163;RO=1;SAF=34;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137144;STB=0.50704;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00258838;OID=.;OPOS=86965419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:42:34:1:0:42:35:1:0 chr1 87045895 . ATCCTACACCTAC A 50.0 PASS AO=42;DP=77;LEN=12;RO=35;SAF=20;SAR=28;SRF=9;SRR=20;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=87045896;OREF=TCCTACACCTAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:77:35:42:28:20:9:20 chr1 87045896 . TCCTACA T,TCCTACT 828.34 PASS AF=0.79661,0.20339;AO=45,15;DP=61;FAO=47,12;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21,3;FSAR=26,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146978,-0.0094608;FXX=0.0166639;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=224.907,131.555;QD=56.1589;RBI=0.0279854,0.0102526;REFB=0,0;REVB=0.023815,-0.00395083;RO=0;SAF=19,4;SAR=26,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.15971e-08,3.33019e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00792381,0.0105348;OID=.,.;OPOS=87045897,87045902;OREF=CCTACA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCCTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.79661,0.20339:45,15:61:47,12:59:0:21,3:26,9:0:0:88:0:19,4:26,11:0:0 chr1 87101375 . C G 93.7 PASS AF=0.263158;AO=13;DP=55;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0123674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.843;QD=6.57534;RBI=0.0323034;REFB=-0.00719411;REVB=0.0298422;RO=41;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615229;STB=0.591427;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0400413;OID=.;OPOS=87101375;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:55:57:41:42:13:15:0.263158:7:6:21:20:9:6:22:20 chr1 87101649 . T C 244.19 PASS AF=0.314286;AO=32;DP=105;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00394517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6468;QD=9.30247;RBI=0.0129075;REFB=0.00806703;REVB=0.0122898;RO=72;SAF=20;SAR=12;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166053;STB=0.58304;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0122267;OID=.;OPOS=87101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:72:72:32:33:0.314286:12:20:35:37:13:20:35:37 chr1 87208953 . T A 148.62 PASS AF=0.234043;AO=22;DP=91;FAO=22;FDP=94;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0700554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.716;QD=6.32416;RBI=0.0712635;REFB=-0.00852538;REVB=-0.0130663;RO=69;SAF=10;SAR=12;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653037;STB=0.534852;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0381804;OID=.;OPOS=87208953;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:69:72:22:22:0.234043:12:10:35:34:12:10:36:36 chr1 87458742 . A G 254.36 PASS AF=0.314815;AO=34;DP=108;FAO=34;FDP=108;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0237943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7138;QD=9.42073;RBI=0.0437964;REFB=-0.00585169;REVB=0.036769;RO=72;SAF=18;SAR=16;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191069;STB=0.501638;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0129533;OID=.;OPOS=87458742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:72:74:34:34:0.314815:16:18:38:34:16:18:39:35 chr1 87599697 . G A 1126.5 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382149;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.483;QD=60.8919;RBI=0.0385574;REFB=0;REVB=0.00512827;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540011;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr1 89225976 . T C 474.44 PASS AF=0.647059;AO=42;DP=64;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00324693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9312;QD=27.9081;RBI=0.0417743;REFB=0.016013;REVB=0.0416479;RO=22;SAF=24;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125882;STB=0.517849;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00971419;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:22:24:42:44:0.647059:18:24:13:9:18:26:13:11 chr1 89271574 . T C 910.41 PASS AF=0.777778;AO=70;DP=91;FAO=70;FDP=90;FR=.;FRO=20;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00724335;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.103;QD=40.4626;RBI=0.0586869;REFB=-0.0207121;REVB=0.0582382;RO=20;SAF=33;SAR=37;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534038;STB=0.528563;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00926813;OID=.;OPOS=89271574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:20:20:70:70:0.777778:37:33:12:8:37:33:12:8 chr1 89301123 . C T 708.61 PASS AF=0.635417;AO=58;DP=93;FAO=61;FDP=96;FR=.;FRO=35;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0245561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0965;QD=29.5255;RBI=0.0275629;REFB=0.00910868;REVB=-0.0125183;RO=34;SAF=34;SAR=24;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430603;STB=0.525464;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00309318;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:34:35:58:61:0.635417:24:34:22:12:25:36:23:12 chr1 89322982 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0624178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.743;QD=58.5877;RBI=0.0624205;REFB=0;REVB=-0.000581308;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318955;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr1 89449278 . C T 71.4 PASS AF=0.0813008;AO=22;DP=359;FAO=30;FDP=369;FR=.;FRO=339;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=159;FSRR=180;FWDB=0.00456991;FXX=0.00270263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.332;QD=0.774005;RBI=0.00631557;REFB=0.000612767;REVB=0.00435917;RO=313;SAF=9;SAR=13;SRF=154;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898744;STB=0.628165;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00522119;OID=.;OPOS=89449278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:359:369:313:339:22:30:0.0813008:13:9:154:159:20:10:159:180 chr1 89449298 . C G 151.87 PASS AF=0.11326;AO=41;DP=358;FAO=41;FDP=362;FR=.;FRO=321;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=144;FSRR=177;FWDB=0.0126408;FXX=0.00275475;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.772;QD=1.67809;RBI=0.0203514;REFB=-0.00277726;REVB=-0.0159495;RO=315;SAF=15;SAR=26;SRF=144;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11695;STB=0.575809;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0181515;OID=.;OPOS=89449298;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:362:315:321:41:41:0.11326:26:15:144:171:26:15:144:177 chr1 89449390 . T C 393.61 PASS AF=0.226619;AO=63;DP=278;FAO=63;FDP=278;FR=.;FRO=215;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=111;FSRR=104;FWDB=0.0105583;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.4082;QD=5.66341;RBI=0.0183898;REFB=0.0002541;REVB=0.0150568;RO=210;SAF=29;SAR=34;SRF=106;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056551;STB=0.543241;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.000967994;OID=.;OPOS=89449390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:210:215:63:63:0.226619:34:29:106:104:34:29:111:104 chr1 89449399 . T C 463.5 PASS AF=0.255556;AO=69;DP=270;FAO=69;FDP=270;FR=.;FRO=201;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=102;FSRR=99;FWDB=-0.00663486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.76;QD=6.8666;RBI=0.0156293;REFB=-0.0024768;REVB=0.0141511;RO=201;SAF=35;SAR=34;SRF=102;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000270715;STB=0.500161;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00622893;OID=.;OPOS=89449399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:201:201:69:69:0.255556:34:35:102:99:34:35:102:99 chr1 89449434 . T C 210.82 PASS AF=0.182243;AO=39;DP=214;FAO=39;FDP=214;FR=.;FRO=175;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=119;FSRR=56;FWDB=0.0244965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.217;QD=3.94053;RBI=0.0293268;REFB=0.00244364;REVB=-0.016124;RO=175;SAF=25;SAR=14;SRF=119;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558874;STB=0.535298;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0115801;OID=.;OPOS=89449434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:175:175:39:39:0.182243:14:25:119:56:14:25:119:56 chr1 89449483 . C G 186.48 PASS AF=0.172414;AO=35;DP=205;FAO=35;FDP=203;FR=.;FRO=168;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=129;FSRR=39;FWDB=0.00846874;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.463;QD=3.67452;RBI=0.0096453;REFB=-0.00230024;REVB=-0.00461652;RO=166;SAF=24;SAR=11;SRF=129;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149053;STB=0.583723;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0111005;OID=.;OPOS=89449483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:203:166:168:35:35:0.172414:11:24:129:37:11:24:129:39 chr1 89478868 . G A 1142.95 PASS AF=0.624242;AO=101;DP=165;FAO=103;FDP=165;FR=.;FRO=62;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0130876;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.783;QD=27.7079;RBI=0.0438259;REFB=0.00216806;REVB=0.0418261;RO=64;SAF=57;SAR=44;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113402;STB=0.55413;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.000931053;OID=.;OPOS=89478868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:64:62:101:103:0.624242:44:57:26:38:45:58:26:36 chr1 89479063 . G A 1157.59 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0199063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.469;QD=59.3638;RBI=0.0199731;REFB=-0.0779641;REVB=0.00163171;RO=1;SAF=32;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145596;STB=0.50769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=9.73611e-05;OID=.;OPOS=89479063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:45:32:1:0:45:32:1:0 chr1 89479074 . C T 965.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478182;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.08;QD=58.5176;RBI=0.00767879;REFB=0;REVB=0.00600816;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000948521;OID=.;OPOS=89479074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:35:29:0:0:35:31:0:0 chr1 89479758 . T C 1388.51 PASS AF=0.978261;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.02902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.229;QD=60.3701;RBI=0.0371648;REFB=-0.0424332;REVB=0.0232176;RO=1;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104146;STB=0.510867;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000941583;OID=.;OPOS=89479758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:92:1:2:88:90:0.978261:45:43:0:1:45:45:0:2 chr1 89486037 . C T 722.87 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8159;QD=62.8584;RBI=0.150455;REFB=0;REVB=-2.18471e-06;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197185;OID=.;OPOS=89486037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:34:11:0:0:34:12:0:0 chr1 89518623 . C T 1438.08 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702958;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.264;QD=63.2124;RBI=0.0114987;REFB=0;REVB=-0.00909976;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85844e-05;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:51:39:0:0:51:40:0:0 chr1 89521841 . G C 200.08 PASS AF=0.214765;AO=30;DP=147;FAO=32;FDP=149;FR=.;FRO=117;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=70;FSRR=47;FWDB=-0.0199344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.549;QD=5.37116;RBI=0.0199345;REFB=-0.00505763;REVB=7.77236e-05;RO=117;SAF=20;SAR=10;SRF=70;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936278;STB=0.52211;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.01609;OID=.;OPOS=89521841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:117:117:30:32:0.214765:10:20:70:47:12:20:70:47 chr1 89522646 . G C 2999.38 PASS AF=0.979592;AO=191;DP=197;FAO=192;FDP=196;FR=.;FRO=4;FSAF=106;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0265156;FXX=0.00507588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.497;QD=61.2119;RBI=0.0278468;REFB=0.0133174;REVB=0.00850701;RO=4;SAF=105;SAR=86;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00196107;STB=0.501074;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-3.53014e-05;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:197:196:4:4:191:192:0.979592:86:105:2:2:86:106:2:2 chr1 89579941 . T C 1403.36 PASS AF=0.751724;AO=108;DP=144;FAO=109;FDP=145;FR=.;FRO=36;FSAF=37;FSAR=72;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0291309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.231;QD=38.7133;RBI=0.0333396;REFB=0.00485669;REVB=-0.0162148;RO=36;SAF=36;SAR=72;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986367;STB=0.550434;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0010234;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:36:36:108:109:0.751724:72:36:19:17:72:37:19:17 chr1 89582690 . G C 1382.42 PASS AF=0.748344;AO=113;DP=152;FAO=113;FDP=151;FR=.;FRO=38;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0139039;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.109;QD=36.6203;RBI=0.0139051;REFB=-0.0258356;REVB=0.000187349;RO=37;SAF=56;SAR=57;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420051;STB=0.505509;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00611484;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:37:38:113:113:0.748344:57:56:18:19:57:56:18:20 chr1 89582702 . A G 253.52 PASS AF=0.231214;AO=40;DP=173;FAO=40;FDP=173;FR=.;FRO=133;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=64;FWDB=-0.00203944;FXX=0.0057468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2003;QD=5.86181;RBI=0.0193088;REFB=-0.00769142;REVB=0.0192008;RO=133;SAF=21;SAR=19;SRF=69;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007852;STB=0.504776;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0243759;OID=.;OPOS=89582702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:133:133:40:40:0.231214:19:21:69:64:19:21:69:64 chr1 89637578 . G A 1435.3 PASS AF=0.714286;AO=119;DP=167;FAO=120;FDP=168;FR=.;FRO=48;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0130081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.813;QD=34.1738;RBI=0.0396729;REFB=-0.00729925;REVB=0.0374797;RO=48;SAF=61;SAR=58;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403086;STB=0.522606;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00227856;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:48:48:119:120:0.714286:58:61:21:27:58:62:21:27 chr1 89652071 . TC CT 662.67 PASS AF=0.631206;AO=86;DP=142;FAO=89;FDP=141;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0764278;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.227;QD=18.7992;RBI=0.0970967;REFB=-0.0815519;REVB=0.0598879;RO=51;SAF=32;SAR=54;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125586;STB=0.57113;STBP=0.038;TYPE=mnp;VARB=0.00710982;OID=.;OPOS=89652071;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:51:52:86:89:0.631206:54:32:28:23:56:33:29:23 chr1 89652078 . A T 1067.89 PASS AF=0.65;AO=91;DP=140;FAO=91;FDP=140;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0360711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.235;QD=30.511;RBI=0.0394439;REFB=-0.0155733;REVB=-0.0159593;RO=49;SAF=36;SAR=55;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896634;STB=0.548397;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0159019;OID=.;OPOS=89652078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:49:49:91:91:0.65:55:36:26:23:55:36:26:23 chr1 89652087 . CC TG 940.07 PASS AF=0.619403;AO=83;DP=135;FAO=83;FDP=134;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0046935;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=2;MLLD=120.571;QD=28.0617;RBI=0.00469783;REFB=-0.0115621;REVB=-0.000201447;RO=51;SAF=33;SAR=50;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807668;STB=0.543768;STBP=0.207;TYPE=mnp;VARB=0.00789294;OID=.;OPOS=89652087;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:51:51:83:83:0.619403:50:33:26:25:50:33:26:25 chr1 89652090 . T G 962.65 PASS AF=0.611511;AO=84;DP=137;FAO=85;FDP=139;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0276511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7827;QD=27.7021;RBI=0.0415426;REFB=-0.0393453;REVB=0.0310032;RO=53;SAF=35;SAR=49;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400981;STB=0.527675;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.026358;OID=.;OPOS=89652090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:53:54:84:85:0.611511:49:35:25:28:50:35:26:28 chr1 89652094 . G A 946.64 PASS AF=0.608696;AO=84;DP=138;FAO=84;FDP=138;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00998726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.565;QD=27.4389;RBI=0.0107363;REFB=-0.0185003;REVB=0.00393989;RO=54;SAF=35;SAR=49;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034142;STB=0.518514;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0188639;OID=.;OPOS=89652094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:54:54:84:84:0.608696:49:35:25:29:49:35:25:29 chr1 89652097 . C T 933.22 PASS AF=0.610294;AO=83;DP=136;FAO=83;FDP=136;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00958084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.514;QD=27.4477;RBI=0.00999239;REFB=-0.0133247;REVB=-0.00283819;RO=53;SAF=35;SAR=48;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366103;STB=0.519851;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0109488;OID=.;OPOS=89652097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:53:53:83:83:0.610294:48:35:25:28:48:35:25:28 chr1 89652102 . A T 1039.23 PASS AF=0.640288;AO=86;DP=138;FAO=89;FDP=139;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00527236;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.665;QD=29.9058;RBI=0.0190669;REFB=-0.00755046;REVB=0.0183235;RO=51;SAF=37;SAR=49;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418051;STB=0.512096;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00584327;OID=.;OPOS=89652102;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:51:50:86:89:0.640288:49:37:25:26:51:38:23:27 chr1 89659086 . T C 796.81 PASS AF=0.735632;AO=64;DP=87;FAO=64;FDP=87;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0171358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.468;QD=36.6348;RBI=0.0181543;REFB=-0.0068178;REVB=0.00599516;RO=23;SAF=19;SAR=45;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750349;STB=0.540192;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00270162;OID=.;OPOS=89659086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:23:23:64:64:0.735632:45:19:4:19:45:19:4:19 chr1 89847372 . G T 678.04 PASS AF=0.736842;AO=56;DP=77;FAO=56;FDP=76;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.018537;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.862;QD=35.6862;RBI=0.0189665;REFB=0.00242283;REVB=-0.00401315;RO=18;SAF=26;SAR=30;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016232;STB=0.522591;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000729258;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:18:20:56:56:0.736842:30:26:9:9:30:26:11:9 chr1 89847411 . C T 715.98 PASS AF=0.794521;AO=50;DP=65;FAO=58;FDP=73;FR=.;FRO=15;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.097103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9558;QD=39.2318;RBI=0.103887;REFB=0.0300082;REVB=0.0369258;RO=15;SAF=22;SAR=28;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011596;STB=0.506847;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00364071;OID=.;OPOS=89847411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:65:73:15:15:50:58:0.794521:28:22:7:8:29:29:7:8 chr1 89847444 . A G 718.53 PASS AF=0.814286;AO=56;DP=70;FAO=57;FDP=70;FR=.;FRO=13;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0107849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6649;QD=41.0587;RBI=0.025301;REFB=-0.0401019;REVB=-0.0228873;RO=13;SAF=30;SAR=26;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261916;STB=0.512044;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0150585;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:13:13:56:57:0.814286:26:30:6:7:27:30:6:7 chr1 89849742 . A T 692.72 PASS AF=0.698795;AO=58;DP=83;FAO=58;FDP=83;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.012409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.843;QD=33.3839;RBI=0.0125589;REFB=-0.0139488;REVB=0.00193497;RO=25;SAF=17;SAR=41;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696341;STB=0.537626;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0073115;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:25:25:58:58:0.698795:41:17:10:15:41:17:10:15 chr1 90048248 . C T 605.92 PASS AF=0.654321;AO=52;DP=81;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0114298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.503;QD=29.9219;RBI=0.0115071;REFB=0.0013255;REVB=-0.00133162;RO=27;SAF=28;SAR=24;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344281;STB=0.508471;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.000715731;OID=.;OPOS=90048248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:27:28:52:53:0.654321:24:28:16:11:24:29:16:12 chr1 90171835 . C T 1320.42 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3889;QD=62.1374;RBI=0.0751973;REFB=0;REVB=-0.0611811;RO=0;SAF=61;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000533033;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:83:85:1:22:61:0:0:24:61:0:0 chr1 90178743 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4108;QD=60.9779;RBI=0.150536;REFB=0;REVB=-0.0826556;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632743;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr1 90179532 . A G 89.62 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0272283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.739;QD=7.46832;RBI=0.0314048;REFB=-0.00830453;REVB=0.0156486;RO=35;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861195;STB=0.567049;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0328323;OID=.;OPOS=90179532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:35:36:12:12:0.25:8:4:14:21:8:4:15:21 chr1 90401765 . G A 192.8 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0200814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.63;QD=40.5899;RBI=0.0386066;REFB=0.0139363;REVB=0.0329728;RO=2;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465783;STB=0.525517;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.000107601;OID=.;OPOS=90401765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:12:5:1:1:12:5:1:1 chr1 90486412 . T G 238.08 PASS AF=0.244755;AO=35;DP=143;FAO=35;FDP=143;FR=.;FRO=108;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=68;FWDB=0.0037119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.996;QD=6.65964;RBI=0.0068242;REFB=-0.00423282;REVB=-0.00572638;RO=108;SAF=14;SAR=21;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390004;STB=0.523516;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0162864;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:108:108:35:35:0.244755:21:14:40:68:21:14:40:68 chr1 91447861 . A G 50.04 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0367451;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.75;QD=4.44833;RBI=0.0407713;REFB=8.32028e-05;REVB=0.0176663;RO=37;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20011;STB=0.635023;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0009932;OID=.;OPOS=91447861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:46:45:37:37:8:8:0.177778:5:3:20:17:5:3:20:17 chr1 91728053 . G A,T 719.53 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00444421,-0.00220148;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=198.305,141.739;QD=55.3488;RBI=0.0123692,0.022604;REFB=0,0;REVB=0.0115432,-0.0224966;RO=0;SAF=20,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000222055,0.181095;OID=.,.;OPOS=91728053,91728053;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:52:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:30,2:20,0:0:0:30,2:20,0:0:0 chr1 91781413 . T G 2103.43 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351377;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.832;QD=62.324;RBI=0.0520549;REFB=0;REVB=0.0384065;RO=1;SAF=48;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979953;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154146;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:1:0:134:135:1:86:48:1:0:86:49:0:0 chr1 91851253 . T C 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00761963;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.402;QD=61.8145;RBI=0.0133072;REFB=-0.0451587;REVB=0.0109098;RO=1;SAF=18;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254237;STB=0.513508;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=7.61163e-05;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:31:18:1:0:31:18:1:0 chr1 91853111 . A C 12660.5 PASS AF=1;AO=800;DP=809;FAO=804;FDP=804;FR=.;FRO=0;FSAF=512;FSAR=292;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266264;FXX=0.00740732;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.47;QD=62.9877;RBI=0.0309188;REFB=0.0032263;REVB=0.0157164;RO=4;SAF=509;SAR=291;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00139853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25624e-05;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:809:804:4:0:800:804:1:291:509:2:2:292:512:0:0 chr1 91859795 . T C 1879.75 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0306853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6162;QD=60.6372;RBI=0.0545086;REFB=-0.109957;REVB=0.0450511;RO=1;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812055;STB=0.504273;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000939971;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:124:124:1:1:122:123:0.991935:58:64:0:1:58:65:0:1 chr1 91870410 . G C 2853.04 PASS AF=0.672222;AO=242;DP=360;FAO=242;FDP=360;FR=.;FRO=118;FSAF=112;FSAR=130;FSRF=38;FSRR=80;FWDB=-0.0419028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.001;QD=31.7004;RBI=0.043838;REFB=-0.0278805;REVB=0.0128812;RO=116;SAF=112;SAR=130;SRF=38;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829261;STB=0.546719;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0175352;OID=.;OPOS=91870410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:360:116:118:242:242:0.672222:130:112:38:78:130:112:38:80 chr1 91980447 . A G 1212.19 PASS AF=0.910891;AO=87;DP=96;FAO=92;FDP=101;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.00662113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.695;QD=48.0075;RBI=0.0167473;REFB=-0.00459152;REVB=0.0153829;RO=9;SAF=34;SAR=53;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110246;STB=0.558429;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00034648;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:96:101:9:9:87:92:0.910891:53:34:9:0:58:34:9:0 chr1 91989759 . T G 440.84 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0115564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.081;QD=27.99;RBI=0.0261153;REFB=-0.00144979;REVB=0.0234192;RO=22;SAF=18;SAR=23;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039461;STB=0.521491;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000957179;OID=.;OPOS=91989759;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:22:41:41:0.650794:23:18:11:11:23:18:11:11 chr1 92107937 . C T 122.86 PASS AF=0.186441;AO=22;DP=118;FAO=22;FDP=118;FR=.;FRO=96;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=0.00115612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3618;QD=4.16471;RBI=0.0179191;REFB=0.00307477;REVB=0.0178818;RO=95;SAF=14;SAR=8;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627056;STB=0.536671;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.0183327;OID=.;OPOS=92107937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:95:96:22:22:0.186441:8:14:56:39:8:14:57:39 chr1 92108119 . A G 97.33 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.054154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.704;QD=6.17978;RBI=0.0596396;REFB=-0.00271893;REVB=0.0249846;RO=48;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244499;STB=0.649814;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0104739;OID=.;OPOS=92108119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:48:48:15:15:0.238095:7:8:16:32:7:8:16:32 chr1 92108899 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.888;QD=57.0008;RBI=0.0062317;REFB=0;REVB=0.00108028;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.90938e-06;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr1 92161307 . C T 147.93 PASS AF=0.198473;AO=26;DP=130;FAO=26;FDP=131;FR=.;FRO=105;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=0.0363527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.442;QD=4.51699;RBI=0.0693156;REFB=-0.0108137;REVB=-0.0590181;RO=104;SAF=9;SAR=17;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221732;STB=0.636258;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0272642;OID=.;OPOS=92161307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:104:105:26:26:0.198473:17:9:54:50:17:9:54:51 chr1 92163682 . C G 58.9 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=54;FWDB=-0.00310895;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4849;QD=2.64699;RBI=0.0200428;REFB=-0.00453281;REVB=0.0198002;RO=68;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101859;STB=0.534427;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0347445;OID=.;OPOS=92163682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:90:89:68:77:12:12:0.134831:8:4:18:50:8:4:23:54 chr1 92174260 . A G 111.88 PASS AF=0.172131;AO=21;DP=122;FAO=21;FDP=122;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=0.00390918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.483;QD=3.66826;RBI=0.00399996;REFB=-0.000944974;REVB=-0.000847312;RO=98;SAF=10;SAR=11;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949353;STB=0.556367;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00434362;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:98:101:21:21:0.172131:11:10:54:44:11:10:55:46 chr1 92185657 . C T 1050.21 PASS AF=0.779817;AO=85;DP=109;FAO=85;FDP=109;FR=.;FRO=24;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00700635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.629;QD=38.5398;RBI=0.0236441;REFB=0.0242035;REVB=-0.0225822;RO=24;SAF=43;SAR=42;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147622;STB=0.50788;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00645035;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:24:24:85:85:0.779817:42:43:13:11:42:43:13:11 chr1 92262874 . T C 1923.14 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.396;QD=61.5405;RBI=0.0244746;REFB=0;REVB=0.0146736;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28664e-05;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:63:60:0:0:64:61:0:0 chr1 92295565 . C T 282.68 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.000827457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.993;QD=28.9924;RBI=0.0121828;REFB=-0.0333898;REVB=0.0121547;RO=14;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112942;STB=0.562448;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0162436;OID=.;OPOS=92295565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:18:7:6:8:18:7:6:8 chr1 92327045 . G A 427.39 PASS AF=0.785714;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0495487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0577;QD=40.7036;RBI=0.0499065;REFB=0.0427856;REVB=-0.00596548;RO=9;SAF=15;SAR=18;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00403653;STB=0.502182;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.0130619;OID=.;OPOS=92327045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:9:9:33:33:0.785714:18:15:4:5:18:15:4:5 chr1 92428495 . C A 247.71 PASS AF=0.275591;AO=35;DP=127;FAO=35;FDP=127;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.00289163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.365;QD=7.80187;RBI=0.00606881;REFB=-0.00223922;REVB=-0.00533563;RO=92;SAF=16;SAR=19;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787198;STB=0.546736;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00580775;OID=.;OPOS=92428495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:92:92:35:35:0.275591:19:16:48:44:19:16:48:44 chr1 92442695 . A C 974.16 PASS AF=0.721739;AO=72;DP=114;FAO=83;FDP=115;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00739879;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=107.081;QD=33.8839;RBI=0.0116058;REFB=-0.0580528;REVB=0.00894167;RO=16;SAF=28;SAR=44;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394498;STB=0.558615;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00987793;OID=.;OPOS=92442695;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:16:32:72:83:0.721739:44:28:8:8:53:30:18:14 chr1 92457843 . C T 157.65 PASS AF=0.198529;AO=26;DP=135;FAO=27;FDP=136;FR=.;FRO=109;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=-0.0280574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.446;QD=4.63681;RBI=0.0347764;REFB=-0.00707641;REVB=-0.020547;RO=109;SAF=12;SAR=14;SRF=50;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00361966;STB=0.511543;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0290417;OID=.;OPOS=92457843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:109:109:26:27:0.198529:14:12:50:59:15:12:50:59 chr1 92646021 . G A 447.85 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.942;QD=57.787;RBI=0.042628;REFB=0;REVB=0.0167951;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03694e-05;OID=.;OPOS=92646021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:18:11:0:0:19:12:0:0 chr1 92647223 . A G 595.06 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00683954;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.726;QD=56.6727;RBI=0.0165454;REFB=-0.0482611;REVB=0.0150655;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267872;STB=0.527764;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00323912;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:42:1:2:40:40:0.952381:23:17:1:0:23:17:2:0 chr1 92647532 . C A 785.03 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5512;QD=57.0932;RBI=0.0618694;REFB=0;REVB=-0.0560343;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388814;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:31:24:0:0 chr1 92889408 . C T 870.67 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0508741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8669;QD=56.1722;RBI=0.066713;REFB=-0.0606206;REVB=-0.043156;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185059;STB=0.509801;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000529373;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:36:25:1:0:36:25:1:0 chr1 92946479 . G A 1533.8 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0763024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1981;QD=62.604;RBI=0.0810779;REFB=-0.144758;REVB=0.0274148;RO=1;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109008;STB=0.505746;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00184532;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:1:1:96:97:0.989796:43:53:0:1:43:54:0:1 chr1 92974595 . G A 1789.51 PASS AF=0.991736;AO=115;DP=118;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228628;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.282;QD=59.1573;RBI=0.0239996;REFB=-0.0664937;REVB=0.00729911;RO=1;SAF=71;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106699;STB=0.50505;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000377262;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:121:1:1:115:120:0.991736:44:71:0:1:49:71:0:1 chr1 92979124 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.796;QD=40.7629;RBI=0.0332744;REFB=0;REVB=0.032922;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456793;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr1 92979354 . A G 1090.35 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00741739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.489;QD=57.3867;RBI=0.0167245;REFB=0.0261863;REVB=-0.0149897;RO=2;SAF=10;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376519;STB=0.519935;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-5.85172e-05;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:64:10:1:1:64:10:1:1 chr1 93089823 . T C 1302.58 PASS AF=0.977273;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0316558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8779;QD=59.2082;RBI=0.05923;REFB=-0.0621619;REVB=0.0500609;RO=3;SAF=42;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108774;STB=0.500264;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0154436;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:88:3:2:84:86:0.977273:42:42:1:2:44:42:1:1 chr1 93159357 . ACTTTTTC ACTTTTC,ACTTTTCT,TACTTTTC 44.58 PASS AF=0.243902,0.0487805,0;AO=7,2,2;DP=41;FAO=10,2,0;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4,1,0;FSAR=6,1,0;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0325705,-0.00123591,-0.00100166;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,3;MLLD=11.1195,218.155,21.3053;QD=4.34969;RBI=0.0326036,0.0346151,0.018472;REFB=-0.107699,-0.00756326,-0.0382019;REVB=-0.00146942,-0.0345931,-0.0184448;RO=26;SAF=3,1,0;SAR=4,1,2;SRF=20;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.403046,-0.282754,-0.630761;STB=0.727758,0.707959,0.5;STBP=0.123,0.717,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.161121,0.152847,0;OID=.,.,.;OPOS=93159359,93159363,93159357;OREF=T,TC,ACT;OALT=-,CT,TAC;OMAPALT=ACTTTTC,ACTTTTCT,TACTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:41:41:26:29:7,2,2:10,2,0:0.243902,0.0487805,0:4,1,2:3,1,0:20:6:6,1,0:4,1,0:21:8 chr1 93160902 . T C 581.23 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0658432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6371;QD=58.1228;RBI=0.0671479;REFB=-0.158623;REVB=0.0131726;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253186;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0023479;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:18:20:0:1:19:20:0:1 chr1 93306317 . G A 2350.03 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205111;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4237;QD=63.9465;RBI=0.0271313;REFB=0;REVB=0.0177595;RO=0;SAF=73;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06149e-05;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:147:147:1:74:73:0:0:74:73:0:0 chr1 93307908 . T A 1139.59 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616901;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.473;QD=60.7783;RBI=0.0337364;REFB=0;REVB=0.0331676;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114944;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:39:35:0:0:40:35:0:0 chr1 93311708 . G A 2242.82 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294596;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2373;QD=63.6261;RBI=0.0285795;REFB=0;REVB=-0.0284272;RO=0;SAF=67;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499646;OID=.;OPOS=93311708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:74:67:0:0:74:67:0:0 chr1 93440474 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.547;QD=58.2396;RBI=0.0299952;REFB=0;REVB=0.00872878;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07434e-05;OID=.;OPOS=93440474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr1 93580581 . G C 1514.67 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.726;QD=59.9869;RBI=0.0609758;REFB=0;REVB=0.0609459;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73853e-05;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:101:0:0:94:101:1:50:44:0:0:57:44:0:0 chr1 93617546 . T C 937.9 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2365;QD=57.7169;RBI=0.0766863;REFB=0;REVB=0.0633513;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129402;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956343;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:36:28:0:1:37:28:0:0 chr1 93646433 . T C 1889.0 PASS AF=0.961832;AO=125;DP=132;FAO=126;FDP=131;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.04467;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.654;QD=57.6795;RBI=0.0452904;REFB=-0.0271933;REVB=0.00747092;RO=5;SAF=38;SAR=87;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265228;STB=0.513964;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000715635;OID=.;OPOS=93646433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:132:131:5:5:125:126:0.961832:87:38:0:5:87:39:0:5 chr1 93672688 . C A,T 647.31 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=4,38;DP=43;FAO=2,41;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527276,0.00148901;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.594,202.253;QD=60.2147;RBI=0.0746365,0.0380611;REFB=0,0;REVB=-0.07445,0.0380319;RO=1;SAF=0,20;SAR=4,18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.749895,-0.0228522;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.148373,0.00127325;OID=.,.;OPOS=93672688,93672688;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:43:43:1:0:4,38:2,41:0.0465116,0.953488:4,18:0,20:1:0:2,20:0,21:0:0 chr1 93672723 . A C 830.97 PASS AF=0.898551;AO=62;DP=69;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00159612;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.0268;QD=48.1722;RBI=0.00925759;REFB=-0.0850574;REVB=0.00911896;RO=4;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267641;STB=0.534698;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00101495;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:69:69:4:7:62:62:0.898551:32:30:1:3:32:30:1:6 chr1 93698017 . ATC ATCA,TCA 57.66 PASS AF=0.208333,0;AO=8,3;DP=49;FAO=10,0;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=2,0;FSAR=8,0;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00851997,-0.0165269;FXX=0.020404;HRUN=1,6;LEN=1,3;MLLD=21.329,33.7979;QD=4.80486;RBI=0.0794081,0.0580739;REFB=-0.0187785,-0.0119187;REVB=-0.0789498,-0.0556726;RO=36;SAF=3,0;SAR=5,3;SRF=19;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.185293,-0.533039;STB=0.771362,0.5;STBP=0.084,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0555351,0.0700277;OID=.,.;OPOS=93698020,93698017;OREF=-,ATC;OALT=A,TCA;OMAPALT=ATCA,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:49:48:36:38:8,3:10,0:0.208333,0:5,3:3,0:19:17:8,0:2,0:20:18 chr1 93720070 . C A,G 914.36 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=4,57;DP=62;FAO=2,62;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=1,35;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000254632,-0.00252271;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.019,177.137;QD=57.1477;RBI=0.0297808,0.0101195;REFB=0,0;REVB=-0.0297797,0.00980006;RO=0;SAF=2,33;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.25003e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0291221,-0.000873852;OID=.,.;OPOS=93720070,93720070;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:62:64:0:0:4,57:2,62:0.03125,0.96875:2,24:2,33:0:0:1,27:1,35:0:0 chr1 93851295 . T C 834.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.798;QD=57.5374;RBI=0.0184585;REFB=0;REVB=0.00968956;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93579e-05;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr1 94341267 . A G 455.11 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00228358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.145;QD=16.7012;RBI=0.00974466;REFB=-0.0132614;REVB=-0.00947332;RO=56;SAF=19;SAR=31;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18331;STB=0.58923;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0203529;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:56:59:50:50:0.458716:31:19:32:24:31:19:32:27 chr1 94341984 . AAT A,AAA 54.95 PASS AF=0.180723,0;AO=15,14;DP=114;FAO=15,0;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=3,0;FSAR=12,0;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.0690602,0.0489768;FXX=0.0348797;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.5698,17.4156;QD=2.648;RBI=0.106306,0.0768013;REFB=-0.0524061,0.00347153;REVB=-0.0808182,0.0591584;RO=74;SAF=2,0;SAR=13,14;SRF=37;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.496484,-0.715201;STB=0.810915,0.5;STBP=0.012,1;TYPE=del,snp;VARB=0.177269,0;OID=.,.;OPOS=94341985,94341986;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180723,0:15,14:114:15,0:83:68:3,0:12,0:40:28:55:74:2,0:13,14:37:37 chr1 94342564 . C A 366.56 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00541206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.464;QD=12.75;RBI=0.00552148;REFB=-0.0140758;REVB=0.00109375;RO=71;SAF=27;SAR=17;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876114;STB=0.549875;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0284996;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:71:44:44:0.382609:17:27:38:33:17:27:38:33 chr1 94343023 . A G 577.64 PASS AF=0.445255;AO=61;DP=137;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-7.80697e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.464;QD=16.8654;RBI=0.00691074;REFB=-0.00860856;REVB=-0.0069103;RO=76;SAF=36;SAR=25;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155303;STB=0.5866;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00806589;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:76:76:61:61:0.445255:25:36:33:43:25:36:33:43 chr1 94343233 . T C 2224.33 PASS AF=0.986111;AO=140;DP=142;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0162505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.937;QD=61.787;RBI=0.0374075;REFB=-0.0419993;REVB=0.0336934;RO=2;SAF=82;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161104;STB=0.508196;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000147563;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:144:2:2:140:142:0.986111:58:82:0:2:60:82:0:2 chr1 94344716 . C T 549.6 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0164537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.152;QD=16.1647;RBI=0.0164568;REFB=-0.0271834;REVB=-0.000317816;RO=77;SAF=30;SAR=29;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111473;STB=0.506232;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0370445;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:77:59:59:0.433824:29:30:40:37:29:30:40:37 chr1 94387597 . C T 742.14 PASS AF=0.437158;AO=77;DP=180;FAO=80;FDP=183;FR=.;FRO=103;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.0103357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.482;QD=16.2216;RBI=0.010403;REFB=-0.014739;REVB=0.00118198;RO=100;SAF=43;SAR=34;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291;STB=0.534431;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.019485;OID=.;OPOS=94387597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:183:100:103:77:80:0.437158:34:43:53:47:34:46:53:50 chr1 94461717 . C A 347.47 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0131586;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.431;QD=14.4778;RBI=0.053653;REFB=0.0139636;REVB=0.0520143;RO=54;SAF=15;SAR=23;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148888;STB=0.585132;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0288814;OID=.;OPOS=94461717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:54:58:38:38:0.395833:23:15:29:25:23:15:31:27 chr1 94461754 . A G 312.56 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0331711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.566;QD=14.3705;RBI=0.0332097;REFB=-0.0117252;REVB=-0.00160017;RO=50;SAF=11;SAR=24;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223427;STB=0.617455;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0148685;OID=.;OPOS=94461754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:52:35:35:0.402299:24:11:26:24:24:11:26:26 chr1 94466659 . A G 310.13 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00519877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2907;QD=21.7634;RBI=0.00703743;REFB=-0.0014384;REVB=-0.00474323;RO=25;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169304;STB=0.581263;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00173616;OID=.;OPOS=94466659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:25:31:32:0.561404:21:10:13:12:21:11:13:12 chr1 94467221 . G A 1144.03 PASS AF=0.346734;AO=138;DP=399;FAO=138;FDP=398;FR=.;FRO=260;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=154;FSRR=106;FWDB=-0.00177222;FXX=0.0025062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.268;QD=11.4978;RBI=0.0162399;REFB=-0.0121213;REVB=0.016143;RO=255;SAF=61;SAR=77;SRF=154;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183465;STB=0.597251;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.032104;OID=.;OPOS=94467221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:398:255:260:138:138:0.346734:77:61:154:101:77:61:154:106 chr1 94467238 . G A 1001.95 PASS AF=0.321867;AO=126;DP=407;FAO=131;FDP=407;FR=.;FRO=276;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=157;FSRR=119;FWDB=-0.00720011;FXX=0.00488986;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.726;QD=9.84717;RBI=0.00870209;REFB=-0.00131925;REVB=-0.0048872;RO=272;SAF=61;SAR=65;SRF=157;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110459;STB=0.569626;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00240155;OID=.;OPOS=94467238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:407:272:276:126:131:0.321867:65:61:157:115:70:61:157:119 chr1 94467407 . C T 646.16 PASS AF=0.421053;AO=72;DP=171;FAO=72;FDP=171;FR=.;FRO=99;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.0282588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.392;QD=15.1149;RBI=0.0333112;REFB=-0.00619963;REVB=0.0176374;RO=97;SAF=26;SAR=46;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559569;STB=0.538742;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00673959;OID=.;OPOS=94467407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:97:99:72:72:0.421053:46:26:40:57:46:26:42:57 chr1 94467447 . G A 614.81 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=162;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.0190586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.989;QD=15.0875;RBI=0.0193851;REFB=-0.00671645;REVB=0.00354268;RO=93;SAF=27;SAR=42;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638919;STB=0.539339;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0101519;OID=.;OPOS=94467447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:93:94:69:69:0.423313:42:27:42:51:42:27:43:51 chr1 94471075 . A G 640.37 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0258074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.232;QD=26.1373;RBI=0.0258205;REFB=0.0135258;REVB=0.000824612;RO=41;SAF=20;SAR=37;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327184;STB=0.517879;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00884899;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:57:57:0.581633:37:20:16:25:37:20:16:25 chr1 94544233 . G A 398.05 PASS AF=0.352941;AO=47;DP=136;FAO=48;FDP=136;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=63;FWDB=0.00105029;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4826;QD=11.7072;RBI=0.027337;REFB=0.00271449;REVB=0.0273169;RO=87;SAF=15;SAR=32;SRF=25;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042241;STB=0.52173;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00421163;OID=.;OPOS=94544233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:87:88:47:48:0.352941:32:15:25:62:33:15:25:63 chr1 94578548 . T C 1516.63 PASS AF=0.981132;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0204691;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.033;QD=57.2314;RBI=0.0429719;REFB=-0.0811535;REVB=0.0377836;RO=2;SAF=28;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103582;STB=0.505504;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000438944;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:106:2:2:103:104:0.981132:75:28:1:1:76:28:1:1 chr1 94639337 . A G 720.97 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=376.907;QD=56.5468;RBI=0.0325562;REFB=0;REVB=-0.0195352;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65546e-05;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:30:18:0:0:30:21:0:0 chr1 94639446 . A AT 224.21 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597695;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=70.9785;QD=44.8417;RBI=0.0681079;REFB=0;REVB=-0.0326543;RO=18;SAF=0;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000280916;OID=.;OPOS=94639447;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:20:20:0:8:12:0:0:4:18:0:2:8:10 chr1 94639447 . C T 228.57 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.491;QD=45.7143;RBI=0.0176387;REFB=0.14199;REVB=0.000510002;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00552042;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:11:8:0:1:11:8:0:1 chr1 94924146 . CT C 42.83 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0763395;FXX=0.0789266;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.9998;QD=4.89487;RBI=0.0837084;REFB=-0.0995574;REVB=-0.0343422;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784583;STB=0.513498;STBP=0.896;TYPE=del;VARB=0.103654;OID=.;OPOS=94924147;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:17:37:17:35:18:8:9:8:10:42:16:9:8:7:9 chr1 95001600 . A C 1921.7 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.659;QD=61.4944;RBI=0.0366672;REFB=0;REVB=0.00413352;RO=0;SAF=58;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163128;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:123:125:1:65:58:0:0:65:60:0:0 chr1 95330372 . G A 1558.24 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985081;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.472;QD=59.9323;RBI=0.00986767;REFB=0;REVB=0.000576604;RO=0;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26626e-05;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:58:46:0:0:58:46:0:0 chr1 95709821 . T C 950.31 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0853767;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8636;QD=55.9006;RBI=0.11027;REFB=-0.116963;REVB=0.0697873;RO=2;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304568;STB=0.516124;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00957047;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:68:2:2:66:66:0.970588:30:36:0:2:30:36:0:2 chr1 95709939 . T G 2999.51 PASS AF=0.980296;AO=197;DP=206;FAO=199;FDP=203;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0341254;FXX=0.0145624;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.602;QD=59.1036;RBI=0.0346922;REFB=0.126013;REVB=0.00624548;RO=4;SAF=75;SAR=122;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153561;STB=0.508064;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000209906;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:206:203:4:4:197:199:0.980296:122:75:0:4:122:77:0:4 chr1 97189091 . G A 1555.63 PASS AF=0.990566;AO=106;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0076848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8353;QD=58.7031;RBI=0.0427643;REFB=0.0159731;REVB=-0.0420681;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000421007;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:106:105:0.990566:59:47:0:0:58:47:0:1 chr1 97981395 . T C 575.89 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.00379914;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.794;QD=16.5724;RBI=0.00642093;REFB=-0.0107337;REVB=0.00517638;RO=77;SAF=31;SAR=30;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170325;STB=0.504599;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.013808;OID=.;OPOS=97981395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:77:78:61:61:0.438849:30:31:39:38:30:31:39:39 chr1 98348885 . G A 790.1 PASS AF=0.5;AO=81;DP=163;FAO=81;FDP=162;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=-0.0304982;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.811;QD=19.5086;RBI=0.0334981;REFB=-0.00695025;REVB=0.0138557;RO=79;SAF=37;SAR=44;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128867;STB=0.575589;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00726003;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:79:81:81:81:0.5:44:37:25:54:44:37:25:56 chr1 99127392 . T C 3967.06 PASS AF=1;AO=254;DP=255;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0852094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.17;QD=61.7442;RBI=0.088563;REFB=0;REVB=0.0241404;RO=0;SAF=162;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.08733e-05;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:257:0:0:254:257:1:92:162:0:0:92:165:0:0 chr1 99156634 . T A 1120.57 PASS AF=0.541237;AO=104;DP=194;FAO=105;FDP=194;FR=.;FRO=89;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.0108083;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.903;QD=23.1045;RBI=0.0170284;REFB=0.00117288;REVB=-0.0131586;RO=89;SAF=54;SAR=50;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265291;STB=0.512313;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.0011582;OID=.;OPOS=99156634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:89:89:104:105:0.541237:50:54:49:40:50:55:49:40 chr1 99225627 . G A 894.72 PASS AF=0.491803;AO=90;DP=183;FAO=90;FDP=183;FR=.;FRO=93;FSAF=60;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.00470722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.216;QD=19.5568;RBI=0.0169807;REFB=0.00336448;REVB=-0.0163152;RO=93;SAF=60;SAR=30;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127331;STB=0.570296;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00544873;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:93:93:90:90:0.491803:30:60:50:43:30:60:50:43 chr1 99418647 . G C 1069.05 PASS AF=0.543011;AO=101;DP=187;FAO=101;FDP=186;FR=.;FRO=85;FSAF=67;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.00188475;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.726;QD=22.9903;RBI=0.0626929;REFB=-0.0129262;REVB=-0.0626646;RO=85;SAF=67;SAR=34;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139878;STB=0.576524;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0108864;OID=.;OPOS=99418647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:85:85:101:101:0.543011:34:67:43:42:34:67:43:42 chr1 99762420 . G A 728.42 PASS AF=0.565574;AO=69;DP=125;FAO=69;FDP=122;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0469581;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6939;QD=23.8828;RBI=0.0518219;REFB=-0.0426102;REVB=0.021919;RO=51;SAF=32;SAR=37;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359545;STB=0.52806;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0381097;OID=.;OPOS=99762420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:122:51:53:69:69:0.565574:37:32:26:25:37:32:28:25 chr1 100336361 . C T 2007.84 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.589;QD=62.2586;RBI=0.0184556;REFB=0;REVB=-0.017182;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90918e-06;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:126:129:1:63:63:0:0:63:66:0:0 chr1 100340787 . G A 1015.99 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0285043;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3039;QD=58.0565;RBI=0.104972;REFB=0.035295;REVB=-0.101028;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00155452;OID=.;OPOS=100340787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:29:40:0:0:29:40:0:1 chr1 100547994 . T C 785.88 PASS AF=0.441489;AO=83;DP=189;FAO=83;FDP=188;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=0.0245764;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.684;QD=16.7209;RBI=0.0411995;REFB=-0.00493909;REVB=0.0330666;RO=105;SAF=36;SAR=47;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717704;STB=0.539941;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00609826;OID=.;OPOS=100547994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:105:105:83:83:0.441489:47:36:53:52:47:36:53:52 chr1 100575933 . G A 856.77 PASS AF=0.465608;AO=88;DP=190;FAO=88;FDP=189;FR=.;FRO=101;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=0.00533938;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9761;QD=18.1326;RBI=0.0495961;REFB=-0.0228942;REVB=-0.0493078;RO=98;SAF=42;SAR=46;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00753555;STB=0.511698;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0233178;OID=.;OPOS=100575933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:98:101:88:88:0.465608:46:42:46:52:46:42:46:55 chr1 100598866 . GC AT 3002.3 PASS AF=1;AO=188;DP=191;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130458;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.869;QD=63.5408;RBI=0.0208438;REFB=0;REVB=0.0208029;RO=0;SAF=55;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.78235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000150225;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:189:0:0:188:189:1:133:55:0:0:134:55:0:0 chr1 100614419 . A T 58.82 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.220222;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=71.6827;QD=6.19129;RBI=0.220334;REFB=0.000206579;REVB=0.00699699;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29401;STB=0.584277;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00603285;OID=.;OPOS=100614419;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:35:38:21:27:11:11:0.289474:7:4:3:18:8:3:5:22 chr1 100672060 . T C 3724.58 PASS AF=1;AO=234;DP=234;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.274;QD=63.3972;RBI=0.0200544;REFB=0;REVB=0.00645478;RO=0;SAF=115;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70239e-06;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:235:0:0:234:235:1:119:115:0:0:119:116:0:0 chr1 101005855 . T C 690.46 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=160;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.00860439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.451;QD=17.2614;RBI=0.0103016;REFB=-0.00991728;REVB=-0.00566459;RO=86;SAF=34;SAR=40;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393996;STB=0.521851;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0117123;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:86:86:74:74:0.4625:40:34:43:43:40:34:43:43 chr1 101006577 . A G 443.56 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0236298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0572;QD=17.2257;RBI=0.0293333;REFB=-0.00241439;REVB=0.0173803;RO=55;SAF=23;SAR=25;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112658;STB=0.506275;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00269718;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:25:23:27:28:25:23:27:28 chr1 101007055 . C T 400.3 PASS AF=0.418182;AO=45;DP=109;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.00403934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.268;QD=14.5565;RBI=0.0174584;REFB=-0.00588062;REVB=-0.0169847;RO=60;SAF=13;SAR=32;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110234;STB=0.546742;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00854428;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:60:64:45:46:0.418182:32:13:23:37:32:14:24:40 chr1 101203827 . G A 2178.71 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.471;QD=62.6967;RBI=0.0182276;REFB=0;REVB=-0.00731191;RO=0;SAF=62;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025307;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:139:0:0:137:139:1:75:62:0:0:77:62:0:0 chr1 103343278 . CT C,TC 107.28 PASS AF=0.405405,0;AO=22,3;DP=72;FAO=30,0;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=15,0;FSAR=15,0;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0304091,-0.0415028;FXX=0.0263123;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=10.1011,14.5968;QD=5.79915;RBI=0.0796949,0.0438257;REFB=-0.0401722,-0.00935858;REVB=0.0736652,0.0140787;RO=33;SAF=9,0;SAR=13,3;SRF=21;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.234042,-0.597696;STB=0.527009,0.5;STBP=0.689,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0487502,0;OID=.,.;OPOS=103343279,103343278;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:33:44:22,3:30,0:0.405405,0:13,3:9,0:21:12:15,0:15,0:24:20 chr1 103352451 . A G 442.05 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.000907031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1505;QD=14.8587;RBI=0.00663536;REFB=0.00142696;REVB=0.00657307;RO=68;SAF=27;SAR=23;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00425291;STB=0.502197;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00226689;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:68:69:50:50:0.420168:23:27:37:31:23:27:37:32 chr1 103354115 . T C 915.86 PASS AF=0.474227;AO=92;DP=196;FAO=92;FDP=194;FR=.;FRO=102;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=0.0362929;FXX=0.0102036;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2149;QD=18.8837;RBI=0.040099;REFB=0.010569;REVB=-0.0170515;RO=104;SAF=47;SAR=45;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657522;STB=0.541732;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0120401;OID=.;OPOS=103354115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:104:102:92:92:0.474227:45:47:46:58:45:47:44:58 chr1 103354138 . A G 963.17 PASS AF=0.480769;AO=99;DP=210;FAO=100;FDP=208;FR=.;FRO=108;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.0128874;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.935;QD=18.5225;RBI=0.0295861;REFB=-0.00330849;REVB=0.0266317;RO=106;SAF=43;SAR=56;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532322;STB=0.527053;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00446076;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:106:108:99:100:0.480769:56:43:52:54:57:43:52:56 chr1 103354428 . A G 718.9 PASS AF=0.487013;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=154;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=-0.0330197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.114;QD=18.6727;RBI=0.0330382;REFB=-0.000518002;REVB=0.00110634;RO=78;SAF=28;SAR=47;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00151954;STB=0.503428;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.000489278;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:78:79:75:75:0.487013:47:28:29:49:47:28:29:50 chr1 103379918 . G A 512.68 PASS AF=0.392157;AO=60;DP=153;FAO=60;FDP=153;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.0659441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6088;QD=13.4034;RBI=0.0715447;REFB=0.00359982;REVB=0.0277491;RO=93;SAF=25;SAR=35;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894455;STB=0.505049;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00573472;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:93:93:60:60:0.392157:35:25:38:55:35:25:38:55 chr1 103444679 . T G 2243.55 PASS AF=0.974359;AO=151;DP=156;FAO=152;FDP=156;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00597669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.47;QD=57.527;RBI=0.0154365;REFB=0.0155349;REVB=0.0142325;RO=4;SAF=68;SAR=83;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223681;STB=0.511626;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-7.92762e-05;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:156:156:4:4:151:152:0.974359:83:68:0:4:84:68:0:4 chr1 103471456 . CCAT C 2012.71 PASS AF=0.637975;AO=244;DP=499;FAO=252;FDP=395;FR=.;FRO=143;FSAF=5;FSAR=247;FSRF=32;FSRR=111;FWDB=-0.104918;FXX=0.3598;HRUN=2;LEN=3;MLLD=219.648;QD=20.3819;RBI=0.104939;REFB=-0.0175395;REVB=-0.00209735;RO=6;SAF=132;SAR=112;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00188599;STB=0.836174;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0114626;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.637975:244:499:252:395:143:5:247:32:111:99:6:132:112:3:3 chr1 103496803 . G C 30.48 PASS AF=0.115385;AO=5;DP=51;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=0.00621235;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.352;QD=2.34497;RBI=0.00819652;REFB=-0.00134988;REVB=0.00534693;RO=46;SAF=5;SAR=0;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.731735;STB=0.924093;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0823835;OID=.;OPOS=103496803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:51:52:46:46:5:6:0.115385:0:5:10:36:1:5:10:36 chr1 104066234 . T C 1039.98 PASS AF=0.477679;AO=107;DP=223;FAO=107;FDP=224;FR=.;FRO=117;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=70;FWDB=0.00321364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.896;QD=18.5711;RBI=0.0151102;REFB=1.78242e-05;REVB=0.0147645;RO=116;SAF=58;SAR=49;SRF=46;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136672;STB=0.572909;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-4.00071e-06;OID=.;OPOS=104066234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:116:117:107:107:0.477679:49:58:46:70:49:58:47:70 chr1 104234191 . G A 41.94 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0955484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1252;QD=2.75015;RBI=0.0956736;REFB=-0.00744382;REVB=0.0048927;RO=53;SAF=3;SAR=5;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26969;STB=0.691248;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0369047;OID=.;OPOS=104234191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:53:53:8:8:0.131148:5:3:32:21:5:3:32:21 chr1 107979396 . A C 6295.72 PASS AF=1;AO=398;DP=403;FAO=401;FDP=401;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=236;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615635;FXX=0.029055;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.552;QD=62.8002;RBI=0.0310697;REFB=0;REVB=0.0304536;RO=0;SAF=162;SAR=236;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110349;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:403:401:0:0:398:401:1:236:162:0:0:236:165:0:0 chr1 108023589 . A C 319.15 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.020153;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.331;QD=15.5683;RBI=0.026805;REFB=-0.0167036;REVB=0.0176738;RO=45;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456985;STB=0.539977;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0234331;OID=.;OPOS=108023589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:45:47:35:35:0.426829:21:14:20:25:21:14:22:25 chr1 108113526 . C G 202.0 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.135749;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8;QD=44.8878;RBI=0.139674;REFB=-0.00444902;REVB=0.0328758;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00215048;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:18:0:1:17:17:0.944444:10:7:0:0:10:7:0:1 chr1 108113547 . TG CA 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00428603;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.916;QD=20.838;RBI=0.00792807;REFB=-0.0120423;REVB=-0.00666965;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313638;STB=0.685212;STBP=0.192;TYPE=mnp;VARB=0.00535561;OID=.;OPOS=108113547;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:8:1:2:3:8:1:2:3 chr1 108113564 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0175207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.04;QD=21.8421;RBI=0.0254462;REFB=-0.0379768;REVB=-0.0184537;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144764;STB=0.583085;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0120429;OID=.;OPOS=108113564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:0:2:5:1:0:2 chr1 108113574 . A G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000884589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.508;QD=21.8414;RBI=0.0179369;REFB=0.0206411;REVB=-0.0179151;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144764;STB=0.583085;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0144812;OID=.;OPOS=108113574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:0:2:5:1:0:2 chr1 108115145 . T C 2286.9 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6865;QD=62.6548;RBI=0.0701772;REFB=0;REVB=0.0620244;RO=2;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137714;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188473;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:146:2:0:130:146:1:68:62:0:2:80:66:0:0 chr1 108185301 . C G 1018.86 PASS AF=0.551136;AO=97;DP=176;FAO=97;FDP=176;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0150248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.675;QD=23.1559;RBI=0.0155355;REFB=0.00131317;REVB=-0.00395076;RO=78;SAF=39;SAR=58;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817381;STB=0.547749;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0036696;OID=.;OPOS=108185301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:78:79:97:97:0.551136:58:39:39:39:58:39:40:39 chr1 108185309 . G A 1005.53 PASS AF=0.527174;AO=97;DP=184;FAO=97;FDP=184;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0133977;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.014;QD=21.8593;RBI=0.0198175;REFB=0.00435511;REVB=-0.0146025;RO=87;SAF=38;SAR=59;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808219;STB=0.544271;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00336901;OID=.;OPOS=108185309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:87:87:97:97:0.527174:59:38:42:45:59:38:42:45 chr1 108307727 . T A 1146.64 PASS AF=0.583333;AO=105;DP=181;FAO=105;FDP=180;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0186493;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1261;QD=25.4809;RBI=0.0302143;REFB=0.00553023;REVB=0.023772;RO=75;SAF=43;SAR=62;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240616;STB=0.513064;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00516303;OID=.;OPOS=108307727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:75:75:105:105:0.583333:62:43:33:42:62:43:33:42 chr1 108313258 . C T 1347.18 PASS AF=0.915888;AO=98;DP=106;FAO=98;FDP=107;FR=.;FRO=9;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0438655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6238;QD=50.3618;RBI=0.0438746;REFB=-0.088822;REVB=0.000893343;RO=8;SAF=53;SAR=45;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416362;STB=0.516619;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00412514;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:106:107:8:9:98:98:0.915888:45:53:2:6:46:52:3:6 chr1 109010230 . G A 258.74 PASS AF=0.226519;AO=41;DP=181;FAO=41;FDP=181;FR=.;FRO=140;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=73;FSRR=67;FWDB=-0.00514006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.006;QD=5.7181;RBI=0.00525566;REFB=-0.00309098;REVB=-0.00109623;RO=138;SAF=17;SAR=24;SRF=73;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1446;STB=0.582641;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.011912;OID=.;OPOS=109010230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:138:140:41:41:0.226519:24:17:73:65:24:17:73:67 chr1 109173710 . G A 334.74 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0142011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2536;QD=15.2157;RBI=0.0467199;REFB=0.00500414;REVB=-0.0445094;RO=49;SAF=20;SAR=17;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100902;STB=0.517869;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00217582;OID=.;OPOS=109173710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:49:51:37:37:0.420455:17:20:26:23:17:20:26:25 chr1 109265029 . G T 1222.06 PASS AF=0.524229;AO=119;DP=223;FAO=119;FDP=227;FR=.;FRO=108;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.0106149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.5513;QD=21.534;RBI=0.0300538;REFB=-0.0087139;REVB=-0.0281168;RO=104;SAF=67;SAR=52;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377997;STB=0.530232;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00757076;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:227:104:108:119:119:0.524229:52:67:54:50:52:67:54:54 chr1 109351501 . A G 998.25 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141544;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.787;QD=57.8697;RBI=0.0147796;REFB=-0.127111;REVB=-0.00425299;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011966;STB=0.506327;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=2.35239e-05;OID=.;OPOS=109351501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:1:1:68:68:0.985507:39:29:0:1:39:29:0:1 chr1 109363232 . T C 1046.7 PASS AF=0.973333;AO=69;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000438389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.1516;QD=55.824;RBI=0.0396502;REFB=-0.0864898;REVB=0.0396478;RO=2;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325689;STB=0.515147;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00326026;OID=.;OPOS=109363232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:75:75:2:2:69:73:0.973333:28:41:0:2:32:41:0:2 chr1 109394593 . A C 829.38 PASS AF=0.557971;AO=77;DP=138;FAO=77;FDP=138;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0155196;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.49;QD=24.0398;RBI=0.0162406;REFB=-0.015862;REVB=0.00478537;RO=60;SAF=32;SAR=45;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282709;STB=0.512248;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0123632;OID=.;OPOS=109394593;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:60:61:77:77:0.557971:45:32:27:33:45:32:27:34 chr1 109394609 . T A 537.55 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0115086;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=268.996;QD=17.6244;RBI=0.02412;REFB=-0.0128451;REVB=-0.0211974;RO=64;SAF=27;SAR=30;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797899;STB=0.54781;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0113975;OID=.;OPOS=109394609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:65:57:57:0.467213:30:27:25:39:30:27:25:40 chr1 109395105 . C T 1695.23 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.164;QD=60.5438;RBI=0.042888;REFB=0;REVB=0.0266972;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15173e-05;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:63:49:0:0:63:49:0:0 chr1 109395173 . CT C,TC 1010.43 PASS AF=0.932099,0.0679012;AO=22,12;DP=166;FAO=151,11;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=90,0;FSAR=61,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.11063,0.0864958;FXX=0.0357122;HRUN=6,2;LEN=1,2;MLLD=7.85826,203.903;QD=24.949;RBI=1.20895,0.0918233;REFB=0,0;REVB=0.477554,-0.0308222;RO=109;SAF=3,0;SAR=19,12;SRF=77;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.652604,-0.723233;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0369905,0.0951827;OID=.,.;OPOS=109395174,109395173;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:166:162:109:0:22,12:151,11:0.932099,0.0679012:19,12:3,0:77:32:61,11:90,0:0:0 chr1 109461341 . C T 334.12 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00591285;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.908;QD=16.4999;RBI=0.00608529;REFB=-0.0105185;REVB=-0.00143838;RO=41;SAF=18;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081266;STB=0.567864;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00831944;OID=.;OPOS=109461341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:45:36:36:0.444444:18:18:24:17:18:18:28:17 chr1 109465165 . ACTT A 569.44 PASS AF=0.411392;AO=63;DP=155;FAO=65;FDP=158;FR=.;FRO=93;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.00677602;FXX=0.0246898;HRUN=1;LEN=3;MLLD=246.946;QD=14.4162;RBI=0.0115443;REFB=-0.0139009;REVB=0.0093464;RO=76;SAF=38;SAR=25;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773696;STB=0.528188;STBP=0.574;TYPE=del;VARB=0.01657;OID=.;OPOS=109465166;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411392:63:155:65:158:93:38:27:50:43:99:76:38:25:40:36 chr1 109466858 . G A 213.93 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0318283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.709;QD=20.8716;RBI=0.0321806;REFB=-0.00025412;REVB=-0.0047485;RO=19;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723645;STB=0.539838;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.000166177;OID=.;OPOS=109466858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:20:20:21:0.512195:15:5:6:13:16:5:6:14 chr1 109472773 . G A 3066.94 PASS AF=1;AO=200;DP=202;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733235;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2669;QD=61.3388;RBI=0.0213623;REFB=-0.0628152;REVB=0.0200645;RO=1;SAF=81;SAR=119;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584376;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524269;OID=.;OPOS=109472773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:200:1:0:200:200:1:119:81:1:0:119:81:0:0 chr1 109479978 . G T 632.89 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00741561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3958;QD=19.6244;RBI=0.0333449;REFB=-0.0125539;REVB=-0.0325099;RO=65;SAF=22;SAR=42;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210993;STB=0.616688;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.011058;OID=.;OPOS=109479978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:65:64:64:0.496124:42:22:37:28:42:22:37:28 chr1 109486196 . A G 1153.28 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.12;QD=60.6989;RBI=0.0125945;REFB=0;REVB=0.0108332;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80717e-05;OID=.;OPOS=109486196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:44:30:0:0:46:30:0:0 chr1 109656946 . T C 2249.01 PASS AF=0.535802;AO=215;DP=403;FAO=217;FDP=405;FR=.;FRO=188;FSAF=121;FSAR=96;FSRF=94;FSRR=94;FWDB=-0.0244236;FXX=0.00246299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.297;QD=22.2125;RBI=0.0263594;REFB=-0.0187118;REVB=0.00991477;RO=185;SAF=119;SAR=96;SRF=93;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434304;STB=0.526929;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0130096;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:403:405:185:188:215:217:0.535802:96:119:93:92:96:121:94:94 chr1 109704618 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.121;QD=62.6708;RBI=0.0380513;REFB=0;REVB=-0.0279716;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24215e-06;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr1 109735298 . T C 1807.33 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184997;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.795;QD=61.2655;RBI=0.0198606;REFB=0;REVB=0.00722535;RO=0;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55272e-05;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:65:53:0:0:65:53:0:0 chr1 109735416 . A C 1565.2 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.735;QD=59.6268;RBI=0.0570185;REFB=0;REVB=0.0113581;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72616e-05;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:105:0:0:99:105:1:47:52:0:0:51:54:0:0 chr1 109737063 . C T 1306.34 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0015779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.924;QD=60.7601;RBI=0.0445423;REFB=-0.164388;REVB=0.0445144;RO=1;SAF=30;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155259;STB=0.507935;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000573067;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:86:1:1:84:85:0.988372:54:30:1:0:54:31:1:0 chr1 109737090 . G A 1573.02 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225594;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.741;QD=64.2047;RBI=0.0251528;REFB=0;REVB=0.0111237;RO=0;SAF=34;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50138e-05;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:64:34:0:0:64:34:0:0 chr1 109737132 . T C 1645.45 PASS AF=0.982301;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000944285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1654;QD=58.2461;RBI=0.0390445;REFB=-0.175758;REVB=0.0390331;RO=2;SAF=40;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133698;STB=0.507041;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00176081;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:113:2:2:110:111:0.982301:70:40:0:2:70:41:0:2 chr1 109737172 . C T 1607.03 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000757808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.028;QD=60.0758;RBI=0.0219484;REFB=0;REVB=0.0219353;RO=0;SAF=43;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74388e-05;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:64:43:0:0:64:43:0:0 chr1 109742485 . G A 1433.32 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0206547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.371;QD=56.2086;RBI=0.0207479;REFB=-0.205041;REVB=0.001964;RO=3;SAF=48;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101432;STB=0.50535;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0011848;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:102:102:3:3:99:99:0.970588:51:48:2:1:51:48:2:1 chr1 109745618 . T C 3246.43 PASS AF=1;AO=210;DP=214;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229059;FXX=0.0186907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0305;QD=61.8369;RBI=0.0360224;REFB=0.00450365;REVB=-0.0278017;RO=1;SAF=86;SAR=124;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550709;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21965e-05;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:214:210:1:0:210:210:1:124:86:1:0:124:86:0:0 chr1 109771063 . T C 1865.56 PASS AF=0.962687;AO=125;DP=134;FAO=129;FDP=134;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0157505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.896;QD=55.6883;RBI=0.198213;REFB=-0.198957;REVB=0.197586;RO=9;SAF=76;SAR=49;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796611;STB=0.522519;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00274638;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:134:134:9:5:125:129:0.962687:49:76:0:9:53:76:0:5 chr1 109792734 . AACGCCGCCGCCGCCGCT AACGCCGCCGCCGCCGCC,AACGCCGCCGCCGCCGCCGCT,GCCGCCGCCGCCGCCGCT 445.05 PASS AF=0.0409836,0.377049,0.0245902;AO=7,39,8;DP=123;FAO=5,46,3;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=4,18,3;FSAR=1,28,0;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0279655,-0.0166949,-0.00385024;FXX=0.0161277;HRUN=1,1,2;LEN=1,3,2;MLLD=87.6764,189.839,109.197;QD=14.5917;RBI=0.0507393,0.0177471,0.0566872;REFB=-0.00371689,-0.026717,-0.0199563;REVB=-0.0423369,0.00602,-0.0565563;RO=60;SAF=5,15,8;SAR=2,24,0;SRF=38;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.104742,-0.261737,0.602824;STB=0.735175,0.608648,0.996083;STBP=0.383,0.079,0.083;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.0928457,0.0341411,-0.0127222;OID=.,.,.;OPOS=109792751,109792736,109792734;OREF=T,-,AA;OALT=C,CGC,GC;OMAPALT=AACGCCGCCGCCGCCGCC,AACGCCGCCGCCGCCGCCGCT,GCCGCCGCCGCCGCCGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:123:122:60:68:7,39,8:5,46,3:0.0409836,0.377049,0.0245902:2,24,0:5,15,8:38:22:1,28,0:4,18,3:39:29 chr1 109794252 . T C 2177.25 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0776297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3458;QD=63.1086;RBI=0.0782547;REFB=0;REVB=0.00987103;RO=0;SAF=82;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208364;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:56:82:0:0:56:82:0:0 chr1 109795608 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0990563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2908;QD=56.188;RBI=0.103751;REFB=0;REVB=0.0308579;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138599;OID=.;OPOS=109795608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 109806834 . C T 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0286429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.136;QD=27.235;RBI=0.0286786;REFB=-0.00664236;REVB=0.00143111;RO=14;SAF=9;SAR=14;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187715;STB=0.603011;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0137596;OID=.;OPOS=109806834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:14:9:2:12:14:9:2:12 chr1 109807099 . G A 931.82 PASS AF=0.440529;AO=100;DP=227;FAO=100;FDP=227;FR=.;FRO=127;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=76;FWDB=0.00230766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.088;QD=16.4197;RBI=0.0053481;REFB=-0.00918654;REVB=-0.00482462;RO=126;SAF=50;SAR=50;SRF=51;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956989;STB=0.555055;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00866175;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:126:127:100:100:0.440529:50:50:51:75:50:50:51:76 chr1 109810544 . C A 3020.61 PASS AF=0.513043;AO=288;DP=568;FAO=295;FDP=575;FR=.;FRO=280;FSAF=145;FSAR=150;FSRF=140;FSRR=140;FWDB=0.0490307;FXX=0.00173608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.396;QD=21.013;RBI=0.049086;REFB=-0.0202497;REVB=-0.00232857;RO=277;SAF=139;SAR=149;SRF=137;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107346;STB=0.504127;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0217331;OID=.;OPOS=109810544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:568:575:277:280:288:295:0.513043:149:139:137:140:150:145:140:140 chr1 109816176 . A C 1937.35 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235766;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.995;QD=61.5032;RBI=0.0316491;REFB=0;REVB=-0.0211142;RO=0;SAF=34;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51785e-05;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:124:126:1:90:34:0:0:92:34:0:0 chr1 109818263 . G A 2586.75 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246291;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.99;QD=61.9581;RBI=0.0246397;REFB=0;REVB=-0.000722501;RO=0;SAF=83;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69031e-05;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:167:167:1:84:83:0:0:84:83:0:0 chr1 109825360 . C T 1135.19 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.346;QD=60.5432;RBI=0.0314694;REFB=0;REVB=0.0222658;RO=0;SAF=21;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21208e-05;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:54:21:0:0:54:21:0:0 chr1 109836842 . C G 1000.14 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00773184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.112;QD=56.3458;RBI=0.103957;REFB=-0.0133574;REVB=-0.103669;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145434;STB=0.515147;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000186256;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:1:2:69:69:0.971831:32:37:0:1:32:37:0:2 chr1 109838918 . C T 2593.07 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252087;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7483;QD=61.7398;RBI=0.0431093;REFB=0;REVB=0.0349704;RO=0;SAF=99;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1834e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107133;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:166:168:1:67:99:0:0:68:100:0:0 chr1 109839433 . A G 3745.93 PASS AF=1;AO=235;DP=236;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199506;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.256;QD=63.4903;RBI=0.0093736;REFB=0;REVB=-0.00915883;RO=0;SAF=107;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.09208e-06;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:236:0:0:235:236:1:128:107:0:0:128:108:0:0 chr1 109856306 . G A 1604.78 PASS AF=0.503145;AO=160;DP=318;FAO=160;FDP=318;FR=.;FRO=158;FSAF=99;FSAR=61;FSRF=84;FSRR=74;FWDB=-0.0193778;FXX=0.0031347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7915;QD=20.1859;RBI=0.0218197;REFB=-0.0101746;REVB=-0.0100301;RO=157;SAF=99;SAR=61;SRF=84;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785129;STB=0.544882;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0103614;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:157:158:160:160:0.503145:61:99:84:73:61:99:84:74 chr1 109856384 . CAA AAC,C 2264.38 PASS AF=0.01875,0.98125;AO=8,110;DP=152;FAO=3,157;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=3,70;FSAR=0,87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143405,0.148014;FXX=0.0303012;HRUN=1,6;LEN=3,2;MLLD=9.19789,28.4938;QD=56.6096;RBI=0.0233851,0.152212;REFB=0,0;REVB=0.018472,0.0355011;RO=0;SAF=7,31;SAR=1,79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,-4.28176e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0566255,0.00370366;OID=.,.;OPOS=109856384,109856385;OREF=CAA,AA;OALT=AAC,-;OMAPALT=AAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:152:160:0:0:8,110:3,157:0.01875,0.98125:1,79:7,31:0:0:0,87:3,70:0:0 chr1 109884775 . T G 2943.83 PASS AF=0.994681;AO=187;DP=188;FAO=187;FDP=188;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00420805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9047;QD=62.6346;RBI=0.0399639;REFB=-0.10671;REVB=0.0397418;RO=1;SAF=76;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427061;STB=0.502242;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00307346;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:188:188:1:1:187:187:0.994681:111:76:0:1:111:76:0:1 chr1 109897103 . A G 2248.21 PASS AF=1;AO=141;DP=145;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696787;FXX=0.0273954;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.547;QD=63.3298;RBI=0.0696948;REFB=0;REVB=0.0693457;RO=0;SAF=69;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331299;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:142:0:0:141:142:1:72:69:0:0:73:69:0:0 chr1 110086451 . G A 276.19 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00429841;FXX=0.0370302;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.549;QD=21.2453;RBI=0.0146174;REFB=-0.00103843;REVB=-0.0139711;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882175;STB=0.538433;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.000169026;OID=.;OPOS=110086451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:23:27:27:0.519231:14:13:13:9:14:13:13:10 chr1 110087405 . T C 400.5 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.0173628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6159;QD=13.3501;RBI=0.0247673;REFB=-0.0172307;REVB=0.0176622;RO=72;SAF=14;SAR=33;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109912;STB=0.568252;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0307161;OID=.;OPOS=110087405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:73:47:47:0.391667:33:14:28:44:33:14:29:44 chr1 110134210 . TA T 509.49 PASS AF=0.524138;AO=70;DP=145;FAO=76;FDP=145;FR=.;FRO=69;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.00465181;FXX=0.0136045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.9441;QD=14.0549;RBI=0.0113905;REFB=0.00777391;REVB=-0.0103973;RO=66;SAF=39;SAR=31;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085429;STB=0.54127;STBP=0.337;TYPE=del;VARB=-0.0065102;OID=.;OPOS=110134211;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.524138:70:145:76:145:69:42:34:44:25:99:66:39:31:43:23 chr1 110136458 . A G 670.04 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00516574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.963;QD=23.1047;RBI=0.0163789;REFB=-0.0105681;REVB=0.0155429;RO=51;SAF=27;SAR=38;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452872;STB=0.524769;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00779045;OID=.;OPOS=110136458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:51:51:65:65:0.560345:38:27:24:27:38:27:24:27 chr1 110148974 . C T 810.28 PASS AF=0.440415;AO=85;DP=194;FAO=85;FDP=193;FR=.;FRO=108;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=64;FWDB=-0.0261274;FXX=0.00515437;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.812;QD=16.7933;RBI=0.0433781;REFB=0.0026763;REVB=-0.0346269;RO=107;SAF=40;SAR=45;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069486;STB=0.535618;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00351413;OID=.;OPOS=110148974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:107:108:85:85:0.440415:45:40:43:64:45:40:44:64 chr1 110162918 . T C 818.14 PASS AF=0.472222;AO=84;DP=182;FAO=85;FDP=180;FR=.;FRO=95;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=0.0453097;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.825;QD=18.1809;RBI=0.051869;REFB=-0.0199888;REVB=0.0252472;RO=95;SAF=36;SAR=48;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177244;STB=0.513337;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0255173;OID=.;OPOS=110162918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:95:95:84:85:0.472222:48:36:39:56:48:37:39:56 chr1 110163879 . G A 2012.53 PASS AF=0.544928;AO=187;DP=345;FAO=188;FDP=345;FR=.;FRO=157;FSAF=77;FSAR=111;FSRF=72;FSRR=85;FWDB=0.0256123;FXX=0.00289009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.955;QD=23.3337;RBI=0.0288012;REFB=-0.00954416;REVB=-0.0131728;RO=155;SAF=76;SAR=111;SRF=71;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441845;STB=0.522871;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0075993;OID=.;OPOS=110163879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:155:157:187:188:0.544928:111:76:71:84:111:77:72:85 chr1 110170896 . T C 3056.56 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2914;QD=63.6782;RBI=0.0449595;REFB=0;REVB=0.0103271;RO=0;SAF=81;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04987e-05;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:192:192:1:111:81:0:0:111:81:0:0 chr1 110201699 . T C 3926.43 PASS AF=0.9631;AO=261;DP=271;FAO=261;FDP=271;FR=.;FRO=10;FSAF=141;FSAR=120;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0404293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6517;QD=57.9547;RBI=0.081779;REFB=-0.0199145;REVB=-0.0710863;RO=10;SAF=141;SAR=120;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113106;STB=0.505939;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000118765;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:271:271:10:10:261:261:0.9631:120:141:7:3:120:141:7:3 chr1 110201809 . G T 3571.34 PASS AF=1;AO=227;DP=227;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00027445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.48;QD=62.9311;RBI=0.0347083;REFB=0;REVB=-0.0347072;RO=0;SAF=98;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.70543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98607e-05;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:227:0:0:227:227:1:129:98:0:0:129:98:0:0 chr1 110201812 . A G 3431.79 PASS AF=1;AO=219;DP=222;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036412;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.162;QD=62.1138;RBI=0.0485655;REFB=-0.0739809;REVB=0.0321367;RO=0;SAF=96;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142875;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:222:221:0:0:219:221:1:123:96:0:0:124:97:0:0 chr1 110210780 . C G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.074;QD=64.0211;RBI=0.0450768;REFB=0;REVB=-0.0112363;RO=0;SAF=75;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72782e-05;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:23:75:0:0:23:75:0:0 chr1 110279701 . C T 868.16 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.714;QD=57.8776;RBI=0.0428348;REFB=0;REVB=-0.0102002;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19334e-05;OID=.;OPOS=110279701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:23:36:0:0:24:36:0:0 chr1 110282972 . G T 2105.95 PASS AF=0.936306;AO=144;DP=154;FAO=147;FDP=157;FR=.;FRO=10;FSAF=57;FSAR=90;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.073043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.051;QD=53.6549;RBI=0.0730797;REFB=-0.169949;REVB=-0.00231529;RO=2;SAF=55;SAR=89;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00325405;STB=0.533832;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0022264;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:154:157:2:10:144:147:0.936306:89:55:1:1:90:57:9:1 chr1 110295772 . T C 1659.7 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.244;QD=60.3527;RBI=0.0823156;REFB=0;REVB=0.0823031;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07058e-05;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:110:0:0:106:110:1:52:54:0:0:55:55:0:0 chr1 110300441 . G A 3098.84 PASS AF=1;AO=193;DP=198;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434202;FXX=0.020201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.991;QD=63.8937;RBI=0.00436518;REFB=0;REVB=0.000449061;RO=0;SAF=118;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108052;OID=.;OPOS=110300441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:194:0:0:193:194:1:75:118:0:0:75:119:0:0 chr1 110300504 . A G 3630.84 PASS AF=1;AO=230;DP=232;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161072;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3965;QD=62.8716;RBI=0.0315373;REFB=-0.0562277;REVB=-0.0271138;RO=1;SAF=160;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00296933;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55458e-05;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:232:231:1:0:230:231:1:70:160:1:0:71:160:0:0 chr1 110466338 . C A 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0196436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.66;QD=17.5646;RBI=0.0196508;REFB=0.0178081;REVB=-0.000532661;RO=35;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150822;STB=0.584363;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0177207;OID=.;OPOS=110466338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:14:18:14:21:14:18:14:21 chr1 110466466 . T C 735.63 PASS AF=0.484277;AO=77;DP=158;FAO=77;FDP=159;FR=.;FRO=82;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0178675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.29;QD=18.5065;RBI=0.0542835;REFB=0.00755409;REVB=-0.0512587;RO=81;SAF=48;SAR=29;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112206;STB=0.559255;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00808604;OID=.;OPOS=110466466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:81:82:77:77:0.484277:29:48:41:40:29:48:42:40 chr1 110466555 . G A 1320.33 PASS AF=0.428144;AO=142;DP=334;FAO=143;FDP=334;FR=.;FRO=191;FSAF=62;FSAR=81;FSRF=90;FSRR=101;FWDB=0.000760163;FXX=0.011834;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.668;QD=15.8124;RBI=0.0248107;REFB=-0.0131716;REVB=0.024799;RO=188;SAF=62;SAR=80;SRF=88;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326226;STB=0.52178;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0178108;OID=.;OPOS=110466555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:334:188:191:142:143:0.428144:80:62:88:100:81:62:90:101 chr1 110466709 . T C 8974.9 PASS AF=1;AO=569;DP=572;FAO=569;FDP=569;FR=.;FRO=0;FSAF=263;FSAR=306;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250356;FXX=0.00524466;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7762;QD=63.0925;RBI=0.029981;REFB=-0.00545787;REVB=-0.0164949;RO=3;SAF=263;SAR=306;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00129867;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20558e-05;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:572:569:3:0:569:569:1:306:263:1:2:306:263:0:0 chr1 110466810 . C A 1682.89 PASS AF=0.489971;AO=171;DP=352;FAO=171;FDP=349;FR=.;FRO=178;FSAF=86;FSAR=85;FSRF=79;FSRR=99;FWDB=0.000539309;FXX=0.0169009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.733;QD=19.2881;RBI=0.0163716;REFB=-0.00664445;REVB=0.0163627;RO=174;SAF=86;SAR=85;SRF=78;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050269;STB=0.530132;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00567601;OID=.;OPOS=110466810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:349:174:178:171:171:0.489971:85:86:78:96:85:86:79:99 chr1 110467745 . A G 2552.5 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.943;QD=61.1378;RBI=0.0178126;REFB=-0.0915935;REVB=-0.0150343;RO=1;SAF=85;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055661;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101678;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:167:167:1:0:166:167:1:81:85:1:0:81:86:0:0 chr1 110564407 . T C 52.12 PASS AF=0.0983607;AO=6;DP=64;FAO=6;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0418227;FXX=0.0468677;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.524;QD=3.41773;RBI=0.102577;REFB=-0.0298666;REVB=0.0936632;RO=38;SAF=1;SAR=5;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561139;STB=0.868465;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.105495;OID=.;OPOS=110564407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:64:61:38:50:6:6:0.0983607:5:1:26:12:5:1:31:19 chr1 110766454 . G A 714.75 PASS AF=0.445087;AO=77;DP=172;FAO=77;FDP=173;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.0227442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.839;QD=16.526;RBI=0.0230633;REFB=-0.00431133;REVB=-0.00382335;RO=95;SAF=30;SAR=47;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540312;STB=0.533501;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00473152;OID=.;OPOS=110766454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:95:96:77:77:0.445087:47:30:42:53:47:30:43:53 chr1 110882444 . A G 601.11 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00875364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.406;QD=58.6448;RBI=0.0426327;REFB=-0.0272348;REVB=0.0417243;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.001254;OID=.;OPOS=110882444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:1:0:21:19:1:0 chr1 110883569 . A T 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0264759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8819;QD=19.1477;RBI=0.0374985;REFB=-0.00271932;REVB=-0.026555;RO=36;SAF=14;SAR=22;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020225;OID=.;OPOS=110883569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:22:14:14:22:22:14:14:22 chr1 110883917 . A G 745.64 PASS AF=0.489933;AO=73;DP=149;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.00112319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.74;QD=20.0171;RBI=0.00166415;REFB=-0.00153447;REVB=-0.00122794;RO=76;SAF=37;SAR=36;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103569;STB=0.557091;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00166306;OID=.;OPOS=110883917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:76:76:73:73:0.489933:36:37:30:46:36:37:30:46 chr1 110924353 . G A 404.44 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.010107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.513;QD=15.8602;RBI=0.0208569;REFB=-0.0183176;REVB=0.0182444;RO=51;SAF=23;SAR=22;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925576;STB=0.518317;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0248832;OID=.;OPOS=110924353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:51:57:45:45:0.441176:22:23:31:20:22:23:31:26 chr1 110949720 . C T 679.78 PASS AF=0.462025;AO=73;DP=158;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.0173464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1429;QD=17.2097;RBI=0.0174793;REFB=-0.0100503;REVB=0.00215154;RO=85;SAF=43;SAR=30;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115834;STB=0.564287;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0100676;OID=.;OPOS=110949720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:85:85:73:73:0.462025:30:43:40:45:30:43:40:45 chr1 110998854 . G A 2912.25 PASS AF=0.994624;AO=183;DP=187;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103868;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.035;QD=62.629;RBI=0.0225614;REFB=0.0897201;REVB=0.0200283;RO=0;SAF=94;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05428e-08;STB=0.502762;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000280586;OID=.;OPOS=110998854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:186:0:1:183:185:0.994624:89:94:0:0:90:95:0:1 chr1 111060669 . T C 570.61 PASS AF=0.404908;AO=66;DP=163;FAO=66;FDP=163;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=0.0252738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.356;QD=14.0027;RBI=0.0368481;REFB=-0.00621815;REVB=0.0268145;RO=97;SAF=27;SAR=39;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113625;STB=0.563924;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00804423;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:97:97:66:66:0.404908:39:27:50:47:39:27:50:47 chr1 111060752 . C T 551.13 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.104034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6106;QD=24.2254;RBI=0.114751;REFB=-0.02506;REVB=0.0484209;RO=39;SAF=24;SAR=27;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00718403;STB=0.501945;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0259728;OID=.;OPOS=111060752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:40:51:51:0.56044:27:24:18:21:27:24:19:21 chr1 111061011 . C A 644.86 PASS AF=0.421053;AO=72;DP=171;FAO=72;FDP=171;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=0.00958143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.789;QD=15.0845;RBI=0.00963173;REFB=-0.0130365;REVB=0.000983084;RO=99;SAF=33;SAR=39;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394748;STB=0.502209;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00699889;OID=.;OPOS=111061011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:99:99:72:72:0.421053:39:33:45:54:39:33:45:54 chr1 111061062 . T C 668.61 PASS AF=0.372093;AO=80;DP=215;FAO=80;FDP=215;FR=.;FRO=135;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=68;FSRR=67;FWDB=0.00413872;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=337.893;QD=12.4392;RBI=0.0101521;REFB=0.00278479;REVB=-0.00927017;RO=130;SAF=38;SAR=42;SRF=64;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189966;STB=0.518031;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00469372;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:130:135:80:80:0.372093:42:38:64:66:42:38:68:67 chr1 111441829 . C T 2892.15 PASS AF=0.984127;AO=186;DP=189;FAO=186;FDP=189;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.108963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8305;QD=61.2096;RBI=0.164142;REFB=0.0837296;REVB=-0.122759;RO=3;SAF=91;SAR=95;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00471399;STB=0.502476;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00648907;OID=.;OPOS=111441829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:189:189:3:3:186:186:0.984127:95:91:1:2:95:91:1:2 chr1 111584463 . G GT 461.44 PASS AF=0.446429;AO=74;DP=168;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.0124708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.609;QD=10.9866;RBI=0.0666394;REFB=0.00999398;REVB=0.0654621;RO=93;SAF=43;SAR=31;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150862;STB=0.586644;STBP=0.052;TYPE=ins;VARB=-0.0105068;OID=.;OPOS=111584464;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446429:74:168:75:168:93:44:31:40:53:99:93:43:31:40:53 chr1 111584509 . G A 699.41 PASS AF=0.397959;AO=77;DP=195;FAO=78;FDP=196;FR=.;FRO=118;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=68;FWDB=0.0142729;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.787;QD=14.2737;RBI=0.0228523;REFB=-0.0125666;REVB=0.0178469;RO=114;SAF=36;SAR=41;SRF=45;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078238;STB=0.53065;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0211274;OID=.;OPOS=111584509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:114:118:77:78:0.397959:41:36:45:69:41:37:50:68 chr1 111726869 . G A 736.61 PASS AF=0.493151;AO=68;DP=142;FAO=72;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00654271;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7967;QD=20.181;RBI=0.0127442;REFB=-0.0483286;REVB=0.0109365;RO=71;SAF=38;SAR=30;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742141;STB=0.534591;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0538217;OID=.;OPOS=111726869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:146:71:74:68:72:0.493151:30:38:34:37:34:38:34:40 chr1 111773568 . G C 295.85 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=44;FWDB=0.0118117;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4566;QD=12.8632;RBI=0.0339425;REFB=-0.00897966;REVB=0.031821;RO=58;SAF=12;SAR=22;SRF=14;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141914;STB=0.580601;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0148606;OID=.;OPOS=111773568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:58:58:34:34:0.369565:22:12:14:44:22:12:14:44 chr1 111783996 . A G 4095.78 PASS AF=1;AO=262;DP=263;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000278716;FXX=0.00380214;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.622;QD=62.531;RBI=0.0227064;REFB=0;REVB=0.0227047;RO=0;SAF=149;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48978e-05;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:263:262:0:0:262:262:1:113:149:0:0:113:149:0:0 chr1 111833488 . C CCT 4680.23 PASS AF=0.984076;AO=283;DP=320;FAO=309;FDP=314;FR=.;FRO=5;FSAF=132;FSAR=177;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00847246;FXX=0.00946342;HRUN=2;LEN=2;MLLD=285.168;QD=59.6208;RBI=0.0212106;REFB=-0.0791305;REVB=0.0194449;RO=16;SAF=123;SAR=160;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000297463;STB=0.502809;STBP=0.454;TYPE=ins;VARB=0.000168463;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.984076:283:320:309:314:5:132:177:3:2:6:16:123:160:7:9 chr1 111833517 . G A 4937.61 PASS AF=1;AO=316;DP=318;FAO=317;FDP=317;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=190;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210296;FXX=0.00314456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.765;QD=62.3043;RBI=0.0210631;REFB=-0.122353;REVB=-0.0011871;RO=2;SAF=127;SAR=189;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00502071;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372732;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:318:317:2:0:316:317:1:189:127:0:2:190:127:0:0 chr1 111858444 . C T 280.63 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0153975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.199;QD=14.2091;RBI=0.0165697;REFB=0.00181869;REVB=-0.00612139;RO=47;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333913;STB=0.518975;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0026299;OID=.;OPOS=111858444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:16:16:22:25:16:16:22:25 chr1 111957097 . C G 1768.52 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9324;QD=60.9834;RBI=0.0918256;REFB=0;REVB=0.0882799;RO=0;SAF=65;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398183;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:114:116:1:49:65:0:0:51:65:0:0 chr1 111957311 . G C 397.13 PASS AF=0.410714;AO=30;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0338238;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.354;QD=14.183;RBI=0.033979;REFB=0.001409;REVB=-0.00324365;RO=60;SAF=14;SAR=16;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382547;STB=0.607795;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00275806;OID=.;OPOS=111957311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:66:30:46:0.410714:16:14:30:30:31:15:33:33 chr1 111957688 . T C 914.63 PASS AF=0.526316;AO=89;DP=170;FAO=90;FDP=171;FR=.;FRO=81;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0503543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.914;QD=21.3948;RBI=0.0531176;REFB=-0.00914585;REVB=0.0169093;RO=81;SAF=46;SAR=43;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144905;STB=0.50351;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00936946;OID=.;OPOS=111957688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:81:81:89:90:0.526316:43:46:42:39:44:46:42:39 chr1 111957693 . A G 2681.65 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128978;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1268;QD=62.3638;RBI=0.0574385;REFB=0;REVB=-0.0559717;RO=0;SAF=89;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.97827e-05;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:172:0:0:172:172:1:83:89:0:0:83:89:0:0 chr1 111962256 . G T 692.67 PASS AF=0.466667;AO=65;DP=145;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0176501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.438;QD=18.4711;RBI=0.0239096;REFB=-0.0158959;REVB=0.016129;RO=80;SAF=35;SAR=30;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258089;STB=0.500953;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0191914;OID=.;OPOS=111962256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:150:80:80:65:70:0.466667:30:35:41:39:34:36:41:39 chr1 111964262 . G A 653.07 PASS AF=0.485294;AO=65;DP=135;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.00908936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.688;QD=19.208;RBI=0.01871;REFB=-0.00646714;REVB=-0.0163538;RO=70;SAF=28;SAR=37;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920638;STB=0.554044;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00565874;OID=.;OPOS=111964262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:70:70:65:66:0.485294:37:28:37:33:38:28:37:33 chr1 111968121 . C T 488.88 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0235219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.347;QD=18.2758;RBI=0.0236571;REFB=-0.00727359;REVB=-0.0025258;RO=55;SAF=18;SAR=34;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14072;STB=0.5782;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00992965;OID=.;OPOS=111968121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:34:18:27:28:34:18:27:28 chr1 111969294 . A G 2044.44 PASS AF=0.957447;AO=134;DP=141;FAO=135;FDP=141;FR=.;FRO=6;FSAF=52;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0305859;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.675;QD=57.9984;RBI=0.0308573;REFB=-0.00716517;REVB=-0.00408353;RO=5;SAF=52;SAR=82;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135691;STB=0.509859;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=9.9608e-05;OID=.;OPOS=111969294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:141:141:5:6:134:135:0.957447:82:52:1:4:83:52:1:5 chr1 111969307 . G C 544.81 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00254344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.035;QD=18.6259;RBI=0.0102373;REFB=-0.0291321;REVB=-0.00991632;RO=60;SAF=22;SAR=35;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045696;STB=0.525319;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0299669;OID=.;OPOS=111969307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:57:57:0.487179:35:22:26:34:35:22:26:34 chr1 111969432 . C G 62.17 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0725751;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.9957;QD=7.77075;RBI=0.07968;REFB=-0.0090403;REVB=0.0328901;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372134;STB=0.732905;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0317621;OID=.;OPOS=111969432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:22:23:9:9:0.28125:4:5:5:17:4:5:5:18 chr1 111969719 . A G 1143.11 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.172;QD=59.3823;RBI=0.0814854;REFB=0;REVB=0.0262796;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167503;OID=.;OPOS=111969719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:77:0:0:72:77:1:41:31:0:0:41:36:0:0 chr1 111991768 . G A 798.81 PASS AF=0.512658;AO=66;DP=149;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=56;FSRF=54;FSRR=23;FWDB=-0.011013;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=211.217;QD=20.223;RBI=0.0135157;REFB=-0.00563439;REVB=0.00783499;RO=12;SAF=15;SAR=51;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134317;STB=0.691311;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00459342;OID=.;OPOS=111991768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:158:12:77:66:81:0.512658:51:15:7:5:56:25:54:23 chr1 111991845 . C A 5485.29 PASS AF=1;AO=352;DP=354;FAO=353;FDP=353;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122815;FXX=0.00282478;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.951;QD=62.1562;RBI=0.0326595;REFB=-0.0264651;REVB=0.0302623;RO=1;SAF=179;SAR=173;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00275004;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54513e-05;OID=.;OPOS=111991845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:354:353:1:0:352:353:1:173:179:0:1:174:179:0:0 chr1 111992019 . T A 750.66 PASS AF=0.335347;AO=114;DP=327;FAO=111;FDP=331;FR=.;FRO=220;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=98;FSRR=122;FWDB=-0.003815;FXX=0.00898177;HRUN=8;LEN=1;MLLD=41.8747;QD=9.07143;RBI=0.00898561;REFB=-0.00906755;REVB=-0.00813554;RO=174;SAF=58;SAR=56;SRF=75;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836695;STB=0.539216;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0245795;OID=.;OPOS=111992019;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:331:174:220:114:111:0.335347:56:58:75:99:55:56:98:122 chr1 111992095 . C T 4965.86 PASS AF=0.978723;AO=322;DP=329;FAO=322;FDP=329;FR=.;FRO=7;FSAF=110;FSAR=212;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0266882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2882;QD=60.3752;RBI=0.027378;REFB=-0.00825198;REVB=-0.00610711;RO=7;SAF=110;SAR=212;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230594;STB=0.512098;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00122827;OID=.;OPOS=111992095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:329:329:7:7:322:322:0.978723:212:110:6:1:212:110:6:1 chr1 112029193 . A G 1611.7 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.026222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.461;QD=58.0794;RBI=0.0446294;REFB=0.0186661;REVB=-0.0361136;RO=2;SAF=34;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271002;STB=0.514283;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.000197648;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:75:34:2:0:75:34:2:0 chr1 112033341 . A T 637.36 PASS AF=0.474453;AO=64;DP=136;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-4.66535e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.347;QD=18.609;RBI=0.000820802;REFB=0.00352094;REVB=0.000819475;RO=72;SAF=31;SAR=33;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382119;STB=0.525172;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00243946;OID=.;OPOS=112033341;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:72:72:64:65:0.474453:33:31:32:40:33:32:32:40 chr1 112042632 . A G 2114.34 PASS AF=0.978571;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.06337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1314;QD=60.4097;RBI=0.0786745;REFB=-0.101382;REVB=0.0466253;RO=3;SAF=59;SAR=78;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017931;STB=0.509433;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0107185;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:140:3:3:137:137:0.978571:78:59:0:3:78:59:0:3 chr1 112251902 . C T 449.7 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00962637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.369;QD=18.9349;RBI=0.00963736;REFB=0.000233277;REVB=0.000460057;RO=50;SAF=28;SAR=17;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228358;STB=0.627102;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.000523283;OID=.;OPOS=112251902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:17:28:19:31:17:28:19:31 chr1 112269872 . G A 643.34 PASS AF=0.458599;AO=68;DP=152;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.00262971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.522;QD=16.3909;RBI=0.0263534;REFB=-0.0100989;REVB=-0.0262219;RO=83;SAF=26;SAR=42;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158608;STB=0.507612;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.013242;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:157:83:85:68:72:0.458599:42:26:33:50:45:27:33:52 chr1 112298378 . T C 510.07 PASS AF=0.426357;AO=55;DP=136;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=50;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=14;FWDB=0.0201322;FXX=0.0514668;HRUN=6;LEN=1;MLLD=149.307;QD=15.8161;RBI=0.0212358;REFB=-0.0339527;REVB=-0.00675677;RO=67;SAF=50;SAR=5;SRF=54;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235269;STB=0.633276;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0268417;OID=.;OPOS=112298378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:129:67:74:55:55:0.426357:5:50:54:13:5:50:60:14 chr1 112298829 . T C 219.84 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00883153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.421;QD=11.8835;RBI=0.0113007;REFB=-0.0084539;REVB=-0.00705054;RO=47;SAF=9;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15613;STB=0.590407;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.017296;OID=.;OPOS=112298829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:18:9:22:25:18:9:22:25 chr1 112308953 . T C 252.92 PASS AF=0.482759;AO=26;DP=56;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0559984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9115;QD=17.4426;RBI=0.0572879;REFB=-0.0126218;REVB=-0.0120863;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204458;STB=0.607066;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0258213;OID=.;OPOS=112308953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:30:30:26:28:0.482759:10:16:12:18:11:17:12:18 chr1 112308972 . G A 260.62 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0217303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9034;QD=18.9545;RBI=0.032141;REFB=0.000596135;REVB=-0.0236821;RO=27;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197143;STB=0.6157;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0019256;OID=.;OPOS=112308972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:27:27:28:0.509091:11:16:10:17:11:17:10:17 chr1 112539061 . A G 351.67 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0029121;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.322;QD=17.8059;RBI=0.0654492;REFB=-0.00114062;REVB=0.0653844;RO=42;SAF=23;SAR=13;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921043;STB=0.540961;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00149521;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:42:36:37:0.468354:13:23:23:19:14:23:23:19 chr1 112991698 . T C 183.01 PASS AF=0.4;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0276478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.319;QD=13.3098;RBI=0.0288104;REFB=-0.00712914;REVB=-0.00810163;RO=32;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149778;STB=0.575273;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0130733;OID=.;OPOS=112991698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:33:21:22:0.4:14:7:15:17:14:8:16:17 chr1 112999227 . G A 1357.99 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0364374;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5972;QD=59.043;RBI=0.0846435;REFB=-0.0418279;REVB=-0.0763993;RO=3;SAF=43;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319175;STB=0.51685;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00309448;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:92:3:3:89:89:0.967391:46:43:3:0:46:43:3:0 chr1 113000565 . A G 600.89 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0259915;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.473;QD=20.0297;RBI=0.027189;REFB=-0.0283277;REVB=-0.00798023;RO=58;SAF=28;SAR=33;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957392;STB=0.500688;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0220764;OID=.;OPOS=113000565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:58:59:61:61:0.508333:33:28:26:32:33:28:27:32 chr1 113000946 . GGTCA G 786.72 PASS AF=0.909091;AO=71;DP=73;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0262747;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=276.529;QD=40.8684;RBI=0.0302694;REFB=-0.0783466;REVB=0.0150292;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.522088;STBP=0.209;TYPE=del;VARB=0.00561721;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:71:73:70:77:7:33:37:5:2:11:0:34:37:0:0 chr1 113063125 . A G 2073.87 PASS AF=0.985294;AO=133;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0153692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.818;QD=60.9961;RBI=0.0153705;REFB=-0.0565407;REVB=0.000201742;RO=1;SAF=77;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613346;STB=0.506328;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000234462;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:136:136:1:2:133:134:0.985294:56:77:1:0:56:78:2:0 chr1 113083439 . C T 594.38 PASS AF=1;AO=33;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479964;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.949;QD=60.9618;RBI=0.0212305;REFB=0;REVB=-0.0206809;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014755;OID=.;OPOS=113083439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:33:39:1:10:23:0:0:11:28:0:0 chr1 113196207 . T A 54.01 PASS AF=0.192308;AO=9;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.017956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.9242;QD=4.15488;RBI=0.0291655;REFB=-0.00268762;REVB=-0.0229827;RO=30;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20058;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0333073;OID=.;OPOS=113196207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:52:52:30:40:9:10:0.192308:6:3:6:24:7:3:12:28 chr1 113213984 . A T 37.31 PASS AF=0.131579;AO=9;DP=64;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0234834;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.3479;QD=1.96342;RBI=0.125497;REFB=-0.00457845;REVB=-0.12328;RO=55;SAF=2;SAR=7;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44443;STB=0.838407;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0920476;OID=.;OPOS=113213984;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:64:76:55:66:9:10:0.131579:7:2:33:22:8:2:41:25 chr1 113236681 . C T 3295.16 PASS AF=1;AO=210;DP=211;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00480549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.586;QD=61.5917;RBI=0.0119381;REFB=-0.0534431;REVB=0.0109282;RO=1;SAF=114;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493653;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62309e-05;OID=.;OPOS=113236681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:211:214:1:0:210:214:1:96:114:0:1:99:115:0:0 chr1 113237171 . A G 1335.19 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.392;QD=62.1017;RBI=0.0252589;REFB=0;REVB=0.0122982;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49299e-05;OID=.;OPOS=113237171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:86:0:0:79:86:1:47:32:0:0:52:34:0:0 chr1 113239382 . G A 1317.78 PASS AF=0.548246;AO=122;DP=227;FAO=125;FDP=228;FR=.;FRO=103;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=0.0094319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.06;QD=23.1189;RBI=0.0220317;REFB=-0.00716628;REVB=0.0199107;RO=103;SAF=55;SAR=67;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942314;STB=0.548341;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0056643;OID=.;OPOS=113239382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:103:103:122:125:0.548246:67:55:58:45:68:57:58:45 chr1 113241052 . T C 2474.74 PASS AF=0.993865;AO=160;DP=161;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0276345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.183;QD=60.7298;RBI=0.0290149;REFB=0.103592;REVB=0.00884303;RO=1;SAF=101;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468807;STB=0.502439;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000263209;OID=.;OPOS=113241052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:163:1:1:160:162:0.993865:59:101:1:0:60:102:1:0 chr1 113243048 . C T 2881.72 PASS AF=0.984293;AO=185;DP=190;FAO=188;FDP=191;FR=.;FRO=3;FSAF=94;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0828367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.172;QD=60.3501;RBI=0.0906741;REFB=-0.0764112;REVB=0.0368766;RO=4;SAF=92;SAR=93;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000108822;STB=0.502618;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00164702;OID=.;OPOS=113243048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:190:191:4:3:185:188:0.984293:93:92:2:2:94:94:2:1 chr1 113255389 . C T 2263.1 PASS AF=1;AO=148;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000106506;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.43;QD=60.3492;RBI=0.0154972;REFB=0;REVB=0.0154968;RO=0;SAF=62;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95367e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08944e-06;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:150:0:0:148:150:1:86:62:0:0:87:63:0:0 chr1 113456546 . A T 1464.13 PASS AF=0.467692;AO=151;DP=322;FAO=152;FDP=325;FR=.;FRO=173;FSAF=70;FSAR=82;FSRF=83;FSRR=90;FWDB=0.00377912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6935;QD=18.02;RBI=0.043686;REFB=-0.0125506;REVB=-0.0435222;RO=166;SAF=69;SAR=82;SRF=82;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353595;STB=0.510289;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0141812;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:325:166:173:151:152:0.467692:82:69:82:84:82:70:83:90 chr1 113657092 . A C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.815;QD=58.5878;RBI=0.0148941;REFB=0;REVB=-0.00785882;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1965e-05;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr1 114242401 . C T 64.67 PASS AF=0.153846;AO=15;DP=91;FAO=14;FDP=91;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=-0.0351267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.93;QD=2.84253;RBI=0.0356444;REFB=-0.00136227;REVB=-0.00605329;RO=69;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47407;STB=0.792141;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.131888;OID=.;OPOS=114242401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:91:91:69:77:15:14:0.153846:4:11:23:46:4:10:26:51 chr1 114377568 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.373;QD=63.2862;RBI=0.032117;REFB=0;REVB=0.019147;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136903;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr1 114424601 . C T 885.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0363;QD=58.0554;RBI=0.11667;REFB=0;REVB=0.00857429;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109539;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr1 114448389 . C T 4907.2 PASS AF=1;AO=309;DP=311;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=172;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0805586;FXX=0.00630895;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.248;QD=62.3137;RBI=0.080722;REFB=0;REVB=-0.0051326;RO=0;SAF=172;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357424;OID=.;OPOS=114448389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:311:315:0:0:309:315:1:137:172:0:0:143:172:0:0 chr1 114449662 . T C 3118.26 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195571;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.894;QD=61.7477;RBI=0.023438;REFB=0;REVB=-0.0129175;RO=0;SAF=101;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21013e-05;OID=.;OPOS=114449662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:202:0:0:200:202:1:99:101:0:0:100:102:0:0 chr1 114515717 . G A 87.19 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0459155;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.817;QD=10.2578;RBI=0.0459743;REFB=-0.0175274;REVB=0.00232452;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229478;STB=0.602992;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0458014;OID=.;OPOS=114515717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:34:34:21:23:11:11:0.323529:5:6:7:14:5:6:9:14 chr1 114523958 . TC T 76.15 PASS AF=0.290076;AO=44;DP=133;FAO=38;FDP=131;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=0.11839;FXX=0.0150365;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.56728;QD=2.32506;RBI=0.128339;REFB=-0.124419;REVB=-0.0495428;RO=75;SAF=14;SAR=30;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272263;STB=0.594217;STBP=0.178;TYPE=del;VARB=0.126982;OID=.;OPOS=114523959;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290076:44:133:38:131:93:15:23:49:44:76:75:14:30:42:33 chr1 114632115 . TAA TA,TTA,TTT 281.97 PASS AF=0.671053,0.00657895,0;AO=32,24,8;DP=172;FAO=102,1,0;FDP=152;FR=.;FRO=49;FSAF=26,0,0;FSAR=76,1,0;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.243342,0.180138,0.0893882;FXX=0.16939;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=6.99013,6.63187,22.0118;QD=7.42029;RBI=0.252619,0.201945,0.100921;REFB=0.00243101,-0.0764606,-0.0365825;REVB=-0.0678305,-0.0912797,-0.0468493;RO=45;SAF=2,0,0;SAR=30,24,8;SRF=11;SRR=34;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.428745,-0.783634,-0.611403;STB=0.529699,0.98674,0.5;STBP=0.332,0.503,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0305617,-0.055524,0;OID=.,.,.;OPOS=114632116,114632116,114632116;OREF=A,A,AA;OALT=-,T,TT;OMAPALT=TA,TTA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.671053,0.00657895,0:32,24,8:172:102,1,0:152:49:26,0,0:76,1,0:16:33:99:45:2,0,0:30,24,8:11:34 chr1 114632124 . CT TA 31.71 PASS AF=0.0687831;AO=14;DP=194;FAO=13;FDP=189;FR=.;FRO=176;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=59;FSRR=117;FWDB=-0.083882;FXX=0.0257719;HRUN=2;LEN=2;MLLD=42.5412;QD=0.671155;RBI=0.091695;REFB=-0.0122339;REVB=-0.0370374;RO=170;SAF=9;SAR=5;SRF=54;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357537;STB=0.744148;STBP=0.1;TYPE=mnp;VARB=0.149875;OID=.;OPOS=114632124;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:194:189:170:176:14:13:0.0687831:5:9:54:116:5:8:59:117 chr1 115119392 . T C 784.19 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.751;QD=57.0317;RBI=0.0146832;REFB=0;REVB=-0.0141505;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.29855e-06;OID=.;OPOS=115119392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:30:25:0:0 chr1 115419439 . AA TA,TT 64.38 PASS AF=0.158273,0;AO=33,19;DP=119;FAO=22,0;FDP=139;FR=.;FRO=117;FSAF=1,0;FSAR=21,0;FSRF=42;FSRR=75;FWDB=-0.00450882,0.000728761;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=24.5888,43.2399;QD=1.85259;RBI=0.0737252,0.0638748;REFB=-0.0332517,-0.037554;REVB=-0.0735872,-0.0638706;RO=65;SAF=1,0;SAR=32,19;SRF=34;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.744383,-0.775241;STB=0.903424,0.5;STBP=0,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.136205,0;OID=.,.;OPOS=115419439,115419439;OREF=A,AA;OALT=T,TT;OMAPALT=TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:119:139:65:117:33,19:22,0:0.158273,0:32,19:1,0:34:31:21,0:1,0:42:75 chr1 115537933 . A G 496.23 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0149681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4283;QD=20.894;RBI=0.0572818;REFB=-0.00336186;REVB=0.0552916;RO=47;SAF=13;SAR=35;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15995;STB=0.588946;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00500183;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:35:13:20:27:35:13:20:27 chr1 115576023 . A G 2045.31 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432673;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4156;QD=62.4521;RBI=0.0432936;REFB=0;REVB=0.00150927;RO=0;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106958;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:129:131:1:63:66:0:0:64:67:0:0 chr1 115590998 . T C 1404.69 PASS AF=0.465409;AO=147;DP=317;FAO=148;FDP=318;FR=.;FRO=170;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=71;FSRR=99;FWDB=0.0424356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6632;QD=17.6691;RBI=0.0639322;REFB=-0.0298472;REVB=0.0478179;RO=170;SAF=70;SAR=77;SRF=71;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572342;STB=0.533329;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.028632;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:318:170:170:147:148:0.465409:77:70:71:99:77:71:71:99 chr1 115591058 . T C 1896.74 PASS AF=0.496278;AO=172;DP=376;FAO=200;FDP=403;FR=.;FRO=203;FSAF=57;FSAR=143;FSRF=83;FSRR=120;FWDB=-0.00674288;FXX=0.00738898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.779;QD=18.8262;RBI=0.0374773;REFB=-0.00769561;REVB=0.0368658;RO=202;SAF=57;SAR=115;SRF=81;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745698;STB=0.571813;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00795848;OID=.;OPOS=115591058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:403:202:203:172:200:0.496278:115:57:81:121:143:57:83:120 chr1 115604798 . C T 830.91 PASS AF=0.488506;AO=85;DP=174;FAO=85;FDP=174;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=25;FSRR=64;FWDB=0.00716054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.483;QD=19.1014;RBI=0.0607994;REFB=-0.0184217;REVB=0.0603763;RO=89;SAF=30;SAR=55;SRF=25;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751566;STB=0.54131;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0150286;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:89:89:85:85:0.488506:55:30:25:64:55:30:25:64 chr1 116149152 . G A 4472.81 PASS AF=1;AO=284;DP=286;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124878;FXX=0.00699276;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.559;QD=62.9973;RBI=0.0186764;REFB=-0.108758;REVB=0.0138874;RO=2;SAF=112;SAR=172;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147414;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88396e-05;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:286:284:2:0:284:284:1:172:112:1:1:172:112:0:0 chr1 116234313 . A G 953.37 PASS AF=0.502674;AO=94;DP=188;FAO=94;FDP=187;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.000389064;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.496;QD=20.393;RBI=0.0023316;REFB=-0.0084952;REVB=-0.00229891;RO=92;SAF=37;SAR=57;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782885;STB=0.540687;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00834597;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:92:93:94:94:0.502674:57:37:44:48:57:37:44:49 chr1 116234505 . A G 687.37 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=125;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.00702307;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.598;QD=22.1731;RBI=0.014216;REFB=-0.0493631;REVB=-0.0123601;RO=57;SAF=43;SAR=24;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00670134;STB=0.503672;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0518004;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:57:57:67:67:0.540323:24:43:37:20:24:43:37:20 chr1 116239633 . T G 1222.55 PASS AF=0.528889;AO=116;DP=221;FAO=119;FDP=225;FR=.;FRO=106;FSAF=42;FSAR=77;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=-0.012171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6798;QD=21.7342;RBI=0.04828;REFB=-0.019686;REVB=0.0467207;RO=105;SAF=41;SAR=75;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435844;STB=0.52203;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0184135;OID=.;OPOS=116239633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:225:105:106:116:119:0.528889:75:41:42:63:77:42:42:64 chr1 116260532 . A T 687.5 PASS AF=0.507463;AO=67;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.0140073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.251;QD=20.5223;RBI=0.014267;REFB=-0.00238142;REVB=0.00270981;RO=66;SAF=27;SAR=40;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661989;STB=0.54043;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00219819;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:66:66:67:68:0.507463:40:27:22:44:40:28:22:44 chr1 116310967 . T C 946.19 PASS AF=0.513812;AO=93;DP=181;FAO=93;FDP=181;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.00598281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.999;QD=20.9102;RBI=0.0242309;REFB=0.00302388;REVB=0.0234807;RO=88;SAF=41;SAR=52;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426884;STB=0.523422;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00339259;OID=.;OPOS=116310967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:88:88:93:93:0.513812:52:41:43:45:52:41:43:45 chr1 116382232 . C G 103.22 PASS AF=0.117647;AO=36;DP=289;FAO=34;FDP=289;FR=.,HEALED;FRO=255;FSAF=2;FSAR=32;FSRF=132;FSRR=123;FWDB=-0.14278;FXX=0.00344816;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.4176;QD=1.42861;RBI=0.167313;REFB=-0.0157595;REVB=-0.0872218;RO=150;SAF=2;SAR=34;SRF=50;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549294;STB=0.932309;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.127756;OID=.;OPOS=116382232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:150:255:36:34:0.117647:34:2:50:100:32:2:132:123 chr1 116382295 . G C 48.24 PASS AF=0.0666667;AO=22;DP=343;FAO=23;FDP=345;FR=.;FRO=322;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=159;FSRR=163;FWDB=-0.0235297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.088;QD=0.559319;RBI=0.0601183;REFB=-0.00233882;REVB=-0.0553224;RO=321;SAF=0;SAR=22;SRF=159;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.555426;STB=0.949651;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.168316;OID=.;OPOS=116382295;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:343:345:321:322:22:23:0.0666667:22:0:159:162:22:1:159:163 chr1 116382318 . A G 1989.39 PASS AF=0.458613;AO=202;DP=444;FAO=205;FDP=447;FR=.;FRO=242;FSAF=63;FSAR=142;FSRF=97;FSRR=145;FWDB=-0.00929608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4021;QD=17.8022;RBI=0.0492154;REFB=-0.0208412;REVB=-0.0483295;RO=242;SAF=60;SAR=142;SRF=97;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115905;STB=0.556843;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0235283;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:444:447:242:242:202:205:0.458613:142:60:97:145:142:63:97:145 chr1 116382511 . A T 1678.74 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100339;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6611;QD=59.955;RBI=0.100639;REFB=0;REVB=-0.00777176;RO=1;SAF=29;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339994;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:1:0:111:112:1:82:29:1:0:82:30:0:0 chr1 116382778 . T C 2064.86 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2964;QD=62.5715;RBI=0.0572561;REFB=0;REVB=0.0427342;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326866;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:71:61:0:0:71:61:0:0 chr1 116383300 . T C 429.43 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00573966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9613;QD=52.0518;RBI=0.00825782;REFB=-0.132284;REVB=-0.005937;RO=2;SAF=11;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017791;STB=0.521725;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00747113;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:33:33:2:1:31:32:0.969697:20:11:1:1:21:11:1:0 chr1 116384090 . G A 430.84 PASS AF=0.377778;AO=40;DP=124;FAO=51;FDP=135;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0191913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.781;QD=12.7656;RBI=0.0280659;REFB=-0.0087334;REVB=0.020479;RO=83;SAF=18;SAR=22;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107004;STB=0.540454;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0160348;OID=.;OPOS=116384090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:135:83:84:40:51:0.377778:22:18:45:38:27:24:45:39 chr1 116384120 . C T 457.53 PASS AF=0.363636;AO=53;DP=151;FAO=56;FDP=154;FR=.;FRO=98;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.0241559;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.006;QD=11.884;RBI=0.0501037;REFB=-0.0040706;REVB=0.0438962;RO=96;SAF=25;SAR=28;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00844043;STB=0.501625;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00762237;OID=.;OPOS=116384120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:96:98:53:56:0.363636:28:25:46:50:29:27:47:51 chr1 116384773 . A G 462.21 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0242161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2021;QD=18.126;RBI=0.0396709;REFB=0.00425222;REVB=-0.0314224;RO=53;SAF=26;SAR=23;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069075;STB=0.538322;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00271414;OID=.;OPOS=116384773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:53:49:49:0.480392:23:26:32:21:23:26:32:21 chr1 116385171 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00392335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.317;QD=14.6578;RBI=0.00426141;REFB=0.00858885;REVB=0.00166342;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864194;STB=0.549927;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00937657;OID=.;OPOS=116385171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:4:13:9:4:4:13 chr1 116385309 . C A 425.38 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0115986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5774;QD=22.0978;RBI=0.0312313;REFB=-0.0197955;REVB=0.0289977;RO=35;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131361;STB=0.565025;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0260352;OID=.;OPOS=116385309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:41:42:0.545455:24:17:20:15:24:18:20:15 chr1 116386139 . G A 3955.01 PASS AF=1;AO=241;DP=241;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2328;QD=61.7971;RBI=0.0406429;REFB=0;REVB=-0.00792228;RO=0;SAF=118;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84395e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46888e-05;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:241:256:0:0:241:256:1:123:118:0:0:129:127:0:0 chr1 116386244 . C T 1632.91 PASS AF=0.482353;AO=164;DP=340;FAO=164;FDP=340;FR=.;FRO=176;FSAF=78;FSAR=86;FSRF=79;FSRR=97;FWDB=-0.00356975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.907;QD=19.2107;RBI=0.0191612;REFB=-0.00570848;REVB=-0.0188257;RO=173;SAF=78;SAR=86;SRF=78;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232153;STB=0.513895;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00625219;OID=.;OPOS=116386244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:340:173:176:164:164:0.482353:86:78:78:95:86:78:79:97 chr1 116569530 . G C 4663.93 PASS AF=1;AO=290;DP=291;FAO=292;FDP=292;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267833;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3294;QD=63.8895;RBI=0.0303027;REFB=0;REVB=0.0141742;RO=0;SAF=132;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07335e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.09056e-05;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:291:292:0:0:290:292:1:158:132:0:0:159:133:0:0 chr1 116610388 . A G 1476.55 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00400624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1581;QD=62.1706;RBI=0.00822467;REFB=-0.0542145;REVB=-0.00718298;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-6.79477e-05;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:53:41:0:0:53:41:0:1 chr1 116670774 . A G 322.08 PASS AF=0.385417;AO=35;DP=94;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00886239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.995;QD=13.4199;RBI=0.0109137;REFB=-0.0132589;REVB=0.00636916;RO=59;SAF=18;SAR=17;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805959;STB=0.528202;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0204686;OID=.;OPOS=116670774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:59:59:35:37:0.385417:17:18:26:33:19:18:26:33 chr1 116931628 . C A 451.8 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.00616963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.169;QD=14.9354;RBI=0.0214074;REFB=-0.00496448;REVB=-0.0204991;RO=68;SAF=20;SAR=31;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1706;STB=0.587931;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00957476;OID=.;OPOS=116931628;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:70:51:51:0.421488:31:20:38:30:31:20:38:32 chr1 116947051 . G A 1761.47 PASS AF=0.399602;AO=201;DP=504;FAO=201;FDP=503;FR=.;FRO=302;FSAF=107;FSAR=94;FSRF=118;FSRR=184;FWDB=0.00462038;FXX=0.00198409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2839;QD=14.0077;RBI=0.0308205;REFB=-0.00563442;REVB=-0.0304722;RO=302;SAF=107;SAR=94;SRF=118;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151372;STB=0.584438;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00849628;OID=.;OPOS=116947051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:504:503:302:302:201:201:0.399602:94:107:118:184:94:107:118:184 chr1 116952787 . C T 1038.46 PASS AF=0.507246;AO=105;DP=207;FAO=105;FDP=207;FR=.;FRO=102;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.0631854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7657;QD=20.0669;RBI=0.0698349;REFB=0.0155531;REVB=0.029741;RO=100;SAF=53;SAR=52;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131333;STB=0.512004;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0132873;OID=.;OPOS=116952787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:100:102:105:105:0.507246:52:53:49:51:52:53:49:53 chr1 116995178 . C T 319.24 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00189082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.45;QD=13.4415;RBI=0.0529052;REFB=-0.00904089;REVB=-0.0528714;RO=59;SAF=15;SAR=21;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100621;STB=0.55749;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0101898;OID=.;OPOS=116995178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:21:15:30:29:21:15:30:29 chr1 116995182 . A T 302.26 PASS AF=0.360825;AO=34;DP=96;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00723212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7121;QD=12.4645;RBI=0.0687221;REFB=-0.00586838;REVB=0.0683405;RO=62;SAF=15;SAR=19;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481949;STB=0.535694;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.012873;OID=.;OPOS=116995182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:62:62:34:35:0.360825:19:15:30:32:20:15:30:32 chr1 117061891 . TAA CAT,TA,T 164.24 PASS AF=0.0666667,0.255556,0.111111;AO=5,13,13;DP=87;FAO=6,23,10;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=0,6,0;FSAR=6,17,10;FSRF=43;FSRR=8;FWDB=-0.0020086,0.054261,0.0265216;FXX=0.0322546;HRUN=1,5,5;LEN=3,1,2;MLLD=117.124,12.3041,22.8794;QD=7.29942;RBI=0.0363924,0.0876193,0.0503553;REFB=-0.00907058,-0.0784204,-0.0371162;REVB=-0.0363369,-0.068796,-0.042805;RO=47;SAF=0,5,0;SAR=5,8,13;SRF=41;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.78891,-0.580031,-0.853281;STB=0.999181,0.847172,0.99941;STBP=0,0.001,0;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0128283,-0.0451465,-0.0307357;OID=.,.,.;OPOS=117061891,117061892,117061892;OREF=TAA,A,AA;OALT=CAT,-,-;OMAPALT=CAT,TA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:87:90:47:51:5,13,13:6,23,10:0.0666667,0.255556,0.111111:5,8,13:0,5,0:41:6:6,17,10:0,6,0:43:8 chr1 117102649 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0789323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8949;QD=58.5998;RBI=0.0863709;REFB=0;REVB=-0.0350659;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000985556;OID=.;OPOS=117102649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr1 117122130 . T C 635.34 PASS AF=0.342105;AO=77;DP=231;FAO=78;FDP=228;FR=.;FRO=150;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=81;FSRR=69;FWDB=0.0112273;FXX=0.0214583;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.252;QD=11.1462;RBI=0.0113389;REFB=0.000397665;REVB=-0.00158674;RO=130;SAF=48;SAR=29;SRF=73;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714338;STB=0.551135;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000691542;OID=.;OPOS=117122130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:228:130:150:77:78:0.342105:29:48:73:57:30:48:81:69 chr1 117122288 . G C 272.52 PASS AF=0.318584;AO=36;DP=112;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.0375824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.25;QD=9.64657;RBI=0.0543159;REFB=-0.0215261;REVB=-0.0392145;RO=75;SAF=2;SAR=34;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.605777;STB=0.870128;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0445044;OID=.;OPOS=117122288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:75:77:36:36:0.318584:34:2:29:46:34:2:30:47 chr1 117142613 . C T 302.74 PASS AF=0.252809;AO=45;DP=178;FAO=45;FDP=178;FR=.;FRO=133;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=74;FWDB=-0.0142873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0944;QD=6.80318;RBI=0.0203138;REFB=0.00366526;REVB=0.0144404;RO=133;SAF=21;SAR=24;SRF=59;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289745;STB=0.517338;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0135299;OID=.;OPOS=117142613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:133:133:45:45:0.252809:24:21:59:74:24:21:59:74 chr1 117142641 . G A 616.55 PASS AF=0.318367;AO=78;DP=245;FAO=78;FDP=245;FR=.;FRO=167;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=77;FSRR=90;FWDB=-0.00604571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.354;QD=10.0661;RBI=0.00611315;REFB=-0.0045273;REVB=0.000905531;RO=166;SAF=45;SAR=33;SRF=76;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140423;STB=0.578894;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00927074;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:166:167:78:78:0.318367:33:45:76:90:33:45:77:90 chr1 117142663 . G A 577.19 PASS AF=0.266667;AO=84;DP=315;FAO=84;FDP=315;FR=.;FRO=231;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=117;FSRR=114;FWDB=0.00279645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.49;QD=7.32938;RBI=0.0148851;REFB=-0.00955088;REVB=-0.0146201;RO=230;SAF=41;SAR=43;SRF=116;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201828;STB=0.513488;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0267412;OID=.;OPOS=117142663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:230:231:84:84:0.266667:43:41:116:114:43:41:117:114 chr1 117142700 . C A 1284.31 PASS AF=0.37659;AO=148;DP=395;FAO=148;FDP=393;FR=.;FRO=245;FSAF=82;FSAR=66;FSRF=118;FSRR=127;FWDB=-0.0227385;FXX=0.00757557;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.218;QD=13.0718;RBI=0.038509;REFB=-0.000344631;REVB=0.031079;RO=242;SAF=82;SAR=66;SRF=115;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08704;STB=0.545229;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000562196;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:393:242:245:148:148:0.37659:66:82:115:127:66:82:118:127 chr1 117142736 . A G 1187.38 PASS AF=0.364583;AO=140;DP=387;FAO=140;FDP=384;FR=.;FRO=244;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=114;FSRR=130;FWDB=-0.0112054;FXX=0.0128531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.893;QD=12.3686;RBI=0.0169352;REFB=-0.00583824;REVB=-0.012698;RO=242;SAF=73;SAR=67;SRF=115;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518016;STB=0.534406;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00675701;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:384:242:244:140:140:0.364583:67:73:115:127:67:73:114:130 chr1 117142855 . C T 813.3 PASS AF=0.371212;AO=97;DP=266;FAO=98;FDP=264;FR=.,HEALED;FRO=166;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=77;FSRR=89;FWDB=-0.0551882;FXX=0.00751851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5946;QD=12.3227;RBI=0.055984;REFB=-0.020917;REVB=-0.00940593;RO=130;SAF=44;SAR=53;SRF=43;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129447;STB=0.509432;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0477948;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:264:130:166:97:98:0.371212:53:44:43:87:54:44:77:89 chr1 117142868 . CA CT,TG 742.29 PASS AF=0.0446429,0.352679;AO=10,79;DP=226;FAO=10,79;FDP=224;FR=.;FRO=135;FSAF=1,38;FSAR=9,41;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=0.0421511,0.00400554;FXX=0.00884917;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=136.195,164.808;QD=13.2552;RBI=0.0430403,0.0125736;REFB=-0.00598026,-0.00543133;REVB=0.00870329,0.0119185;RO=133;SAF=1,38;SAR=9,41;SRF=59;SRR=74;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.403508,0.0415991;STB=0.86648,0.523137;STBP=0.037,0.627;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0397807,0.00827095;OID=.,.;OPOS=117142869,117142868;OREF=A,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=CT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:226:224:133:135:10,79:10,79:0.0446429,0.352679:9,41:1,38:59:74:9,41:1,38:60:75 chr1 117146504 . G A 42.72 PASS AF=0.0769231;AO=15;DP=193;FAO=15;FDP=195;FR=.;FRO=180;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=88;FSRR=92;FWDB=0.0230671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.62;QD=0.876332;RBI=0.0266714;REFB=-0.000229802;REVB=0.0133894;RO=178;SAF=7;SAR=8;SRF=87;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024895;STB=0.520521;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00270356;OID=.;OPOS=117146504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:193:195:178:180:15:15:0.0769231:8:7:87:91:8:7:88:92 chr1 117146563 . G A 40.18 PASS AF=0.0916667;AO=11;DP=120;FAO=11;FDP=120;FR=.;FRO=109;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=0.00488425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.826;QD=1.33937;RBI=0.00937055;REFB=-0.00469854;REVB=0.00799696;RO=109;SAF=4;SAR=7;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153442;STB=0.620574;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0511432;OID=.;OPOS=117146563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:120:120:109:109:11:11:0.0916667:7:4:54:55:7:4:54:55 chr1 117146571 . A G 39.05 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.0150528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2951;QD=1.4736;RBI=0.0291209;REFB=0.00202759;REVB=-0.0249287;RO=96;SAF=4;SAR=6;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566082;STB=0.544312;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.0284721;OID=.;OPOS=117146571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:106:96:96:10:10:0.0943396:6:4:43:53:6:4:43:53 chr1 117146592 . C G 36.48 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0901295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.061;QD=1.58603;RBI=0.0905169;REFB=0.000369638;REVB=0.00836482;RO=83;SAF=3;SAR=6;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148579;STB=0.616276;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00635794;OID=.;OPOS=117146592;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:92:83:83:9:9:0.0978261:6:3:38:45:6:3:38:45 chr1 117150928 . C T 736.91 PASS AF=0.448864;AO=76;DP=174;FAO=79;FDP=176;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.0411412;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.118;QD=16.748;RBI=0.0457098;REFB=-0.0234717;REVB=0.0199195;RO=97;SAF=29;SAR=47;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646046;STB=0.527459;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0273969;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:97:97:76:79:0.448864:47:29:43:54:47:32:44:53 chr1 117150933 . G A 612.73 PASS AF=0.433121;AO=68;DP=160;FAO=68;FDP=157;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.0232654;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.338;QD=15.611;RBI=0.0266682;REFB=-0.0139331;REVB=-0.0130351;RO=89;SAF=28;SAR=40;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506919;STB=0.51538;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00832789;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:157:89:89:68:68:0.433121:40:28:41:48:40:28:39:50 chr1 117156459 . C T 377.4 PASS AF=0.26699;AO=54;DP=205;FAO=55;FDP=206;FR=.;FRO=151;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=78;FSRR=73;FWDB=0.0502014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1643;QD=7.32812;RBI=0.0513773;REFB=-0.00192142;REVB=0.010929;RO=151;SAF=36;SAR=18;SRF=78;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192634;STB=0.619231;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00605955;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:151:151:54:55:0.26699:18:36:78:73:18:37:78:73 chr1 117156490 . T C 351.49 PASS AF=0.225806;AO=54;DP=238;FAO=56;FDP=248;FR=.;FRO=192;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=99;FSRR=93;FWDB=-0.00497713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2093;QD=5.66925;RBI=0.0400639;REFB=-0.000993289;REVB=-0.0397535;RO=184;SAF=36;SAR=18;SRF=95;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197075;STB=0.631011;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00735539;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:248:184:192:54:56:0.225806:18:36:95:89:18:38:99:93 chr1 117156584 . TG CA 79.92 PASS AF=0.104265;AO=22;DP=211;FAO=22;FDP=211;FR=.,HEALED;FRO=189;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=97;FSRR=92;FWDB=-0.0285784;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.211;QD=1.5151;RBI=0.0907117;REFB=-0.00968975;REVB=-0.0860923;RO=114;SAF=11;SAR=11;SRF=89;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377187;STB=0.511838;STBP=0.921;TYPE=mnp;VARB=0.0672216;OID=.;OPOS=117156584;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:211:211:114:189:22:22:0.104265:11:11:89:25:11:11:97:92 chr1 117156600 . T C 50.14 PASS AF=0.0821256;AO=16;DP=206;FAO=17;FDP=207;FR=.;FRO=190;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=104;FSRR=86;FWDB=0.0151659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.501;QD=0.968946;RBI=0.0164832;REFB=-0.00150286;REVB=-0.00645698;RO=190;SAF=7;SAR=9;SRF=104;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123406;STB=0.622754;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0186719;OID=.;OPOS=117156600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:206:207:190:190:16:17:0.0821256:9:7:104:86:10:7:104:86 chr1 117311147 . C A 712.47 PASS AF=0.547619;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0322956;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3572;QD=22.6181;RBI=0.0463652;REFB=-0.00890727;REVB=0.0332675;RO=58;SAF=39;SAR=30;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977837;STB=0.557383;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00815333;OID=.;OPOS=117311147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:58:57:69:69:0.547619:30:39:26:32:30:39:25:32 chr1 117487710 . AT GA 543.05 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067418;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.131;QD=60.339;RBI=0.0120698;REFB=0;REVB=-0.0100114;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000109829;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr1 117503940 . G A 3686.47 PASS AF=1;AO=233;DP=233;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.077;QD=63.287;RBI=0.0133881;REFB=0;REVB=0.0132893;RO=0;SAF=133;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46785e-06;OID=.;OPOS=117503940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:233:233:0:0:233:233:1:100:133:0:0:100:133:0:0 chr1 117529458 . G A 3536.41 PASS AF=1;AO=226;DP=227;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00708712;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.842;QD=62.5914;RBI=0.00718594;REFB=-0.0279508;REVB=-0.00118764;RO=1;SAF=136;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526508;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73613e-06;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:227:226:1:0:226:226:1:90:136:0:1:90:136:0:0 chr1 117530273 . A G 1188.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3454;QD=59.4496;RBI=0.0495266;REFB=0;REVB=0.00698003;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172365;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:80:0:0:77:80:1:41:36:0:0:43:37:0:0 chr1 117559726 . A G 1589.84 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.926;QD=59.9939;RBI=0.0213524;REFB=0;REVB=0.0211954;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8715e-05;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:58:48:0:0:58:48:0:0 chr1 117560818 . A G 1120.29 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4908;QD=58.9626;RBI=0.0301641;REFB=0.0936306;REVB=-0.025597;RO=1;SAF=52;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210146;STB=0.510635;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00483231;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:22:52:0:1:23:52:0:1 chr1 117602960 . C A 3128.77 PASS AF=1;AO=203;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430863;FXX=0.00487781;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4909;QD=61.3484;RBI=0.0771006;REFB=-0.113377;REVB=-0.0639381;RO=1;SAF=108;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439008;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411509;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:204:1:0:203:204:1:95:108:1:0:95:109:0:0 chr1 117617705 . A G 320.55 PASS AF=0.55;AO=31;DP=58;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0208992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6197;QD=21.3702;RBI=0.0354886;REFB=0.0561371;REVB=0.0286822;RO=27;SAF=10;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786174;STB=0.553231;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0157696;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:27:27:31:33:0.55:21:10:11:16:23:10:11:16 chr1 117618067 . C T 300.62 PASS AF=0.65;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00606603;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.009;QD=30.0615;RBI=0.0785296;REFB=-0.00477851;REVB=-0.078295;RO=15;SAF=18;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163022;STB=0.574409;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00187398;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:15:14:26:26:0.65:8:18:7:8:8:18:7:7 chr1 117654777 . ATAAC A 600.44 PASS AF=0.495935;AO=58;DP=130;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.00039193;FXX=0.0681767;HRUN=1;LEN=4;MLLD=256.651;QD=19.5266;RBI=0.0101812;REFB=-0.0161036;REVB=0.0101736;RO=52;SAF=33;SAR=25;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763322;STB=0.545294;STBP=0.333;TYPE=del;VARB=0.0156011;OID=.;OPOS=117654778;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.495935:58:130:61:123:62:34:27:29:33:99:52:33:25:25:27 chr1 117656088 . A G 597.03 PASS AF=0.434211;AO=65;DP=150;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.00801945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.63;QD=15.7114;RBI=0.00835663;REFB=-0.0155062;REVB=-0.00234983;RO=84;SAF=31;SAR=34;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855519;STB=0.550825;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0209009;OID=.;OPOS=117656088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:84:86:65:66:0.434211:34:31:33:51:34:32:34:52 chr1 117660705 . C T 794.54 PASS AF=0.461111;AO=83;DP=180;FAO=83;FDP=180;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.038215;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.393;QD=17.6564;RBI=0.0386911;REFB=0.00784854;REVB=0.0060511;RO=95;SAF=42;SAR=41;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413102;STB=0.529153;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0102148;OID=.;OPOS=117660705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:95:97:83:83:0.461111:41:42:44:51:40:43:45:52 chr1 117660754 . C T 943.46 PASS AF=0.484536;AO=94;DP=194;FAO=94;FDP=194;FR=.;FRO=100;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=0.00779441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0101;QD=19.4528;RBI=0.0473703;REFB=0.0238013;REVB=-0.0467246;RO=100;SAF=53;SAR=41;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320025;STB=0.517643;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0252446;OID=.;OPOS=117660754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:100:100:94:94:0.484536:41:53:53:47:41:53:53:47 chr1 117715026 . C T 1534.04 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00323093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.211;QD=62.6139;RBI=0.0104109;REFB=-0.0301549;REVB=0.00989686;RO=1;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101988;STB=0.505375;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=9.09523e-06;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:46:51:0:1:46:51:0:1 chr1 117785931 . G A 256.24 PASS AF=0.303571;AO=33;DP=116;FAO=34;FDP=112;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00516144;FXX=0.074374;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9805;QD=9.1514;RBI=0.019654;REFB=0.00357664;REVB=-0.0189641;RO=69;SAF=12;SAR=21;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218265;STB=0.605115;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00968502;OID=.;OPOS=117785931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:112:69:78:33:34:0.303571:21:12:38:31:22:12:39:39 chr1 117785979 . T C 1748.35 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000203328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6428;QD=60.2879;RBI=0.010897;REFB=0;REVB=0.0108951;RO=1;SAF=51;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64241e-05;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:116:1:0:114:116:1:63:51:1:0:63:53:0:0 chr1 117786057 . G T 429.25 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0400261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.246;QD=25.25;RBI=0.049102;REFB=-0.0441806;REVB=-0.0284414;RO=27;SAF=20;SAR=21;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00458911;STB=0.502511;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0309558;OID=.;OPOS=117786057;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:21:20:13:14:21:20:13:14 chr1 118170683 . TTA T,TTAA,TTT 47.93 PASS AF=0.115385,0.0897436,0;AO=11,12,10;DP=95;FAO=9,7,0;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=4,6,0;FSAR=5,1,0;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0685517,-0.0772472,-0.00345581;FXX=0.0249969;HRUN=5,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=21.2299,7.21062,15.9098;QD=2.45812;RBI=0.225944,0.241112,0.0227719;REFB=-0.0161022,-0.0608735,0.0678233;REVB=-0.215293,0.228403,-0.0225081;RO=47;SAF=3,9,0;SAR=8,3,10;SRF=27;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.368293,0.239839,-0.7369;STB=0.576156,0.820923,0.5;STBP=0.679,0.117,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.00106535,-0.0195575,0;OID=.,.,.;OPOS=118170684,118170685,118170685;OREF=TA,-,A;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TTAA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.115385,0.0897436,0:11,12,10:95:9,7,0:78:62:4,6,0:5,1,0:33:29:34:47:3,9,0:8,3,10:27:20 chr1 118537074 . A G 1031.34 PASS AF=0.436293;AO=108;DP=256;FAO=113;FDP=259;FR=.;FRO=146;FSAF=44;FSAR=69;FSRF=80;FSRR=66;FWDB=-0.00898849;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.954;QD=15.928;RBI=0.00960369;REFB=-0.00936547;REVB=0.003382;RO=147;SAF=40;SAR=68;SRF=81;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189103;STB=0.590216;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0121193;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:259:147:146:108:113:0.436293:68:40:81:66:69:44:80:66 chr1 118624123 . C T 588.28 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0172116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.381;QD=19.9418;RBI=0.0173939;REFB=0.00103111;REVB=0.00251163;RO=57;SAF=24;SAR=36;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113309;STB=0.566988;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00102079;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:57:58:60:60:0.508475:36:24:30:27:36:24:31:27 chr1 118629599 . G A 536.44 PASS AF=0.402597;AO=62;DP=153;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.00967159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.59;QD=13.9335;RBI=0.0109353;REFB=-0.00597855;REVB=0.00510306;RO=91;SAF=27;SAR=35;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004379;STB=0.500426;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00900275;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:91:92:62:62:0.402597:35:27:40:51:35:27:40:52 chr1 118644430 . A G 1260.48 PASS AF=0.523605;AO=121;DP=233;FAO=122;FDP=233;FR=.;FRO=111;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.00434346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5235;QD=21.6392;RBI=0.0323298;REFB=0.00699766;REVB=-0.0320367;RO=109;SAF=51;SAR=70;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808461;STB=0.541746;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0063836;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:109:111:121:122:0.523605:70:51:56:53:71:51:56:55 chr1 118657952 . C T 687.64 PASS AF=0.413043;AO=76;DP=185;FAO=76;FDP=184;FR=.;FRO=108;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.0176289;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.19;QD=14.9488;RBI=0.023507;REFB=-0.00852444;REVB=-0.01555;RO=106;SAF=35;SAR=41;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313565;STB=0.517791;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0109641;OID=.;OPOS=118657952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:106:108:76:76:0.413043:41:35:52:54:41:35:53:55 chr1 118693217 . T C 452.03 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.000981976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.482;QD=22.0503;RBI=0.00732043;REFB=-0.0130719;REVB=-0.00725427;RO=37;SAF=17;SAR=27;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216881;STB=0.625081;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0155533;OID=.;OPOS=118693217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:37:38:44:44:0.536585:27:17:24:13:27:17:25:13 chr1 118807059 . T C 2315.55 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00373633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.601;QD=63.0083;RBI=0.00916092;REFB=-0.0541905;REVB=0.00836435;RO=1;SAF=50;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492863;STB=0.50259;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000319705;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:96:50:0:1:96:50:0:1 chr1 119923724 . T C 886.56 PASS AF=0.359589;AO=105;DP=292;FAO=105;FDP=292;FR=.;FRO=187;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=86;FSRR=101;FWDB=0.00329582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.335;QD=12.1447;RBI=0.0124625;REFB=-0.00404496;REVB=0.0120188;RO=187;SAF=47;SAR=58;SRF=86;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139885;STB=0.507933;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00707259;OID=.;OPOS=119923724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:187:187:105:105:0.359589:58:47:86:101:58:47:86:101 chr1 119927678 . TAA TA,TAG 250.48 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,18;DP=20;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,5;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548005,0.0518729;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.3707,49.485;QD=50.0962;RBI=0.0557284,0.0556557;REFB=0,0;REVB=0.0101272,0.0201684;RO=0;SAF=2,5;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00472081,-0.0045468;OID=.,.;OPOS=119927679,119927680;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TA,TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:2,18:20:2,18:20:0:2,5:0,13:0:0:9:0:2,5:0,13:0:0 chr1 120057246 . C A 1393.58 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0962462;FXX=0.0421008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2724;QD=61.2561;RBI=0.112087;REFB=-0.121594;REVB=-0.0574474;RO=0;SAF=21;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510636;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00493449;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:88:90:0.989011:67:21:0:0:67:23:1:0 chr1 120164738 . C T 2704.58 PASS AF=0.989247;AO=175;DP=184;FAO=184;FDP=186;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0286157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.658;QD=58.1631;RBI=0.0920128;REFB=-0.0152782;REVB=0.08745;RO=9;SAF=69;SAR=106;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156342;STB=0.506666;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00389492;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:184:186:9:2:175:184:0.989247:106:69:5:4:110:74:2:0 chr1 120165826 . C T 390.75 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.407;QD=55.8213;RBI=0.134457;REFB=0;REVB=0.0865919;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112804;OID=.;OPOS=120165826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr1 120166681 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.236;QD=56.9569;RBI=0.040397;REFB=0;REVB=0.00112138;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110362;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr1 120285546 . G A 1909.97 PASS AF=0.488432;AO=190;DP=391;FAO=190;FDP=389;FR=.;FRO=199;FSAF=115;FSAR=75;FSRF=95;FSRR=104;FWDB=-0.0105825;FXX=0.01269;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.026;QD=19.6398;RBI=0.0300819;REFB=-0.00337868;REVB=0.028159;RO=191;SAF=115;SAR=75;SRF=93;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11035;STB=0.566527;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0037041;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:389:191:199:190:190:0.488432:75:115:93:98:75:115:95:104 chr1 120291724 . G A 562.53 PASS AF=0.472;AO=58;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0174346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.621;QD=18.0011;RBI=0.0489531;REFB=-0.0149824;REVB=0.0457432;RO=64;SAF=18;SAR=40;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162327;STB=0.583912;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0224122;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:64:66:58:59:0.472:40:18:30:34:40:19:31:35 chr1 120336785 . C T 466.57 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0438554;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.1669;QD=19.6452;RBI=0.0440918;REFB=0.0283734;REVB=-0.00455941;RO=49;SAF=20;SAR=26;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163736;STB=0.59087;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0349962;OID=.;OPOS=120336785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:26:20:30:19:26:20:30:19 chr1 120437718 . G A 447.39 PASS AF=0.573333;AO=42;DP=73;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00523709;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4765;QD=23.8608;RBI=0.0537014;REFB=-0.0132949;REVB=-0.0534454;RO=31;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441748;STB=0.521729;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0131241;OID=.;OPOS=120437718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:31:32:42:43:0.573333:20:22:18:13:21:22:18:14 chr1 120455441 . A G 449.7 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0100461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.549;QD=18.9349;RBI=0.0132961;REFB=-0.0123482;REVB=0.00870986;RO=50;SAF=24;SAR=21;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00633092;STB=0.503525;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0110562;OID=.;OPOS=120455441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:21:24:27:23:21:24:27:23 chr1 120457501 . C T 556.53 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0157035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3045;QD=18.7068;RBI=0.0269581;REFB=-0.00376282;REVB=-0.021912;RO=61;SAF=27;SAR=31;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829395;STB=0.545839;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00351337;OID=.;OPOS=120457501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:31:27:23:38:31:27:23:38 chr1 120458924 . G A 304.12 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0034842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.804;QD=17.3783;RBI=0.0380813;REFB=-0.00945799;REVB=0.0379216;RO=37;SAF=22;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741783;STB=0.541641;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0125083;OID=.;OPOS=120458924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:11:22:22:15:11:22:22:15 chr1 120539301 . G A 355.7 PASS AF=0.204082;AO=60;DP=293;FAO=60;FDP=294;FR=.;FRO=234;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=129;FSRR=105;FWDB=-0.0210689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3647;QD=4.83945;RBI=0.0601498;REFB=-0.010908;REVB=0.0563391;RO=232;SAF=35;SAR=25;SRF=127;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470233;STB=0.526003;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0300509;OID=.;OPOS=120539301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:294:232:234:60:60:0.204082:25:35:127:105:25:35:129:105 chr1 120539331 . C T 545.78 PASS AF=0.237822;AO=83;DP=349;FAO=83;FDP=349;FR=.;FRO=266;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=157;FSRR=109;FWDB=-0.0234084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.134;QD=6.2554;RBI=0.0245041;REFB=-0.0054976;REVB=0.0072455;RO=264;SAF=42;SAR=41;SRF=155;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103294;STB=0.56427;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0192848;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:349:264:266:83:83:0.237822:41:42:155:109:41:42:157:109 chr1 120544042 . C G 327.86 PASS AF=0.307143;AO=42;DP=141;FAO=43;FDP=140;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=63;FWDB=0.0137693;FXX=0.0070917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.758;QD=9.36729;RBI=0.0143552;REFB=-0.0125399;REVB=-0.00405923;RO=96;SAF=24;SAR=18;SRF=34;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254601;STB=0.64098;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0352238;OID=.;OPOS=120544042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:96:97:42:43:0.307143:18:24:34:62:19:24:34:63 chr1 120611554 . TT CG 144.83 PASS AF=0.193798;AO=25;DP=131;FAO=25;FDP=129;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=83;FWDB=0.0113568;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=2;MLLD=226.41;QD=4.49076;RBI=0.0198414;REFB=-0.00264574;REVB=-0.0162698;RO=101;SAF=4;SAR=21;SRF=18;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412339;STB=0.557868;STBP=0.63;TYPE=mnp;VARB=0.0120719;OID=.;OPOS=120611554;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:101:104:25:25:0.193798:21:4:18:83:21:4:21:83 chr1 120611715 . A G 93.02 PASS AF=0.183908;AO=16;DP=87;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0172842;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.165;QD=4.27668;RBI=0.0603903;REFB=-0.00189245;REVB=-0.057864;RO=71;SAF=11;SAR=5;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939306;STB=0.561324;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0198807;OID=.;OPOS=120611715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:87:87:71:71:16:16:0.183908:5:11:44:27:5:11:44:27 chr1 120611758 . G A 125.82 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00632827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.416;QD=6.37086;RBI=0.0246108;REFB=-0.00662145;REVB=0.0237833;RO=59;SAF=9;SAR=10;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00110091;STB=0.505342;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.027143;OID=.;OPOS=120611758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:60:19:19:0.240506:10:9:28:31:10:9:28:32 chr1 120611830 . G A 77.89 PASS AF=0.2;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0171611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8043;QD=4.79325;RBI=0.0362307;REFB=-0.0101084;REVB=-0.0319086;RO=51;SAF=6;SAR=7;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10814;STB=0.561227;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0557874;OID=.;OPOS=120611830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:65:51:52:13:13:0.2:7:6:28:23:7:6:28:24 chr1 120611876 . C T 151.1 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0190802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.427;QD=8.3944;RBI=0.0318554;REFB=-0.0134466;REVB=-0.025509;RO=50;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848493;STB=0.557714;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0264467;OID=.;OPOS=120611876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:51:21:21:0.291667:9:12:25:25:9:12:25:26 chr1 120611964 . G C 236.81 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0113436;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.439;QD=14.1377;RBI=0.0130729;REFB=-0.0144096;REVB=0.00649789;RO=42;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293095;STB=0.51056;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0188241;OID=.;OPOS=120611964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:67:42:39:27:28:0.41791:16:11:16:26:17:11:16:23 chr1 120612006 . G A 242.02 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0131611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3997;QD=31.2287;RBI=0.0149362;REFB=-0.0379612;REVB=0.00706238;RO=8;SAF=11;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607734;STB=0.548343;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0554795;OID=.;OPOS=120612006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:8:9:22:22:0.709677:11:11:3:5:11:11:3:6 chr1 121116688 . A G 1010.98 PASS AF=0.817204;AO=75;DP=95;FAO=76;FDP=93;FR=.;FRO=17;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0118635;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3377;QD=43.4829;RBI=0.0169173;REFB=-0.0166921;REVB=0.0120604;RO=17;SAF=33;SAR=42;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307367;STB=0.517514;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00279513;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:17:17:75:76:0.817204:42:33:6:11:42:34:6:11 chr1 121116733 . A G 64.23 PASS AF=0.109589;AO=14;DP=145;FAO=16;FDP=146;FR=.;FRO=130;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=80;FWDB=0.0156348;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.094;QD=1.75972;RBI=0.0161167;REFB=0.00228764;REVB=0.00391161;RO=131;SAF=3;SAR=11;SRF=50;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226206;STB=0.570663;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0200019;OID=.;OPOS=121116733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:145:146:131:130:14:16:0.109589:11:3:50:81:11:5:50:80 chr1 142667306 . C T 231.42 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00558901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.104;QD=20.5707;RBI=0.0135244;REFB=-0.0171908;REVB=-0.0123155;RO=21;SAF=1;SAR=21;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.62068;STB=0.772272;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0138078;OID=.;OPOS=142667306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:22:22:23:0.511111:21:1:9:12:21:2:9:13 chr1 144014051 . G A 759.07 PASS AF=0.380952;AO=87;DP=230;FAO=88;FDP=231;FR=.;FRO=143;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=57;FSRR=86;FWDB=0.0267924;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.066;QD=13.1441;RBI=0.0299192;REFB=0.00231562;REVB=-0.0133163;RO=143;SAF=38;SAR=49;SRF=57;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430162;STB=0.521068;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0038098;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:143:143:87:88:0.380952:49:38:57:86:50:38:57:86 chr1 144014068 . T C 1865.64 PASS AF=0.755208;AO=142;DP=189;FAO=145;FDP=192;FR=.;FRO=47;FSAF=55;FSAR=90;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00134832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.051;QD=38.8676;RBI=0.00843174;REFB=-0.00250055;REVB=0.00832323;RO=47;SAF=55;SAR=87;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029016;STB=0.517395;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.000779023;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:192:47:47:142:145:0.755208:87:55:21:26:90:55:21:26 chr1 144534038 . A G 374.34 PASS AF=0.161088;AO=77;DP=478;FAO=77;FDP=478;FR=.;FRO=401;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=247;FSRR=154;FWDB=-0.0308274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.061;QD=3.13252;RBI=0.036344;REFB=-0.00694946;REVB=-0.0192498;RO=395;SAF=40;SAR=37;SRF=246;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13635;STB=0.581556;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.030976;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:478:478:395:401:77:77:0.161088:37:40:246:149:37:40:247:154 chr1 144534045 . T C 3545.37 PASS AF=0.615234;AO=312;DP=511;FAO=315;FDP=512;FR=.;FRO=197;FSAF=196;FSAR=119;FSRF=121;FSRR=76;FWDB=-0.00339743;FXX=0.00389097;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.731;QD=27.6982;RBI=0.0246352;REFB=-0.0257059;REVB=0.0243998;RO=196;SAF=194;SAR=118;SRF=121;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00338579;STB=0.503272;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0160073;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:511:512:196:197:312:315:0.615234:118:194:121:75:119:196:121:76 chr1 144534053 . G A 100.66 PASS AF=0.0759717;AO=43;DP=566;FAO=43;FDP=566;FR=.;FRO=523;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=323;FSRR=200;FWDB=-0.0424571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1907;QD=0.711404;RBI=0.0525366;REFB=0.00248201;REVB=0.0309433;RO=522;SAF=25;SAR=18;SRF=323;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446888;STB=0.534729;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.025015;OID=.;OPOS=144534053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:566:566:522:523:43:43:0.0759717:18:25:323:199:18:25:323:200 chr1 144534076 . G A 921.15 PASS AF=0.218978;AO=150;DP=700;FAO=150;FDP=685;FR=.;FRO=535;FSAF=87;FSAR=63;FSRF=335;FSRR=200;FWDB=0.00164686;FXX=0.0214283;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.455;QD=5.37895;RBI=0.00482376;REFB=-0.000522432;REVB=0.00453393;RO=516;SAF=87;SAR=63;SRF=331;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826177;STB=0.537444;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00128837;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:700:685:516:535:150:150:0.218978:63:87:331:185:63:87:335:200 chr1 144534082 . TC CT,TT 8293.13 PASS AF=0.115331,0.759494;AO=82,504;DP=733;FAO=82,540;FDP=711;FR=.;FRO=89;FSAF=55,335;FSAR=27,205;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.000671982,-0.026044;FXX=0.0300132;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=210.06,49.8903;QD=46.6562;RBI=0.0363053,0.0265655;REFB=0.00484606,0.00485642;REVB=-0.0362991,-0.00523813;RO=87;SAF=55,323;SAR=27,181;SRF=36;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.245679,0.0674051;STB=0.630757,0.528647;STBP=0.003,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00875388,0.000468741;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:733:711:87:89:82,504:82,540:0.115331,0.759494:27,181:55,323:36:51:27,205:55,335:38:51 chr1 144534084 . C G 143.74 PASS AF=0.0905405;AO=49;DP=733;FAO=67;FDP=740;FR=.;FRO=673;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=411;FSRR=262;FWDB=-0.00441519;FXX=0.0224568;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.27;QD=0.776983;RBI=0.032599;REFB=-0.000696564;REVB=-0.0322986;RO=650;SAF=27;SAR=22;SRF=397;SRR=253;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688794;STB=0.694538;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.123607;OID=.;OPOS=144534084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:733:740:650:673:49:67:0.0905405:22:27:397:253:41:26:411:262 chr1 144534092 . G A 5914.28 PASS AF=0.61157;AO=517;DP=847;FAO=518;FDP=847;FR=.;FRO=329;FSAF=281;FSAR=237;FSRF=197;FSRR=132;FWDB=0.00162724;FXX=0.00235568;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.647;QD=27.9305;RBI=0.00466365;REFB=-0.00753009;REVB=-0.00437055;RO=246;SAF=280;SAR=237;SRF=153;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049064;STB=0.522115;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00937785;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:847:847:246:329:517:518:0.61157:237:280:153:93:237:281:197:132 chr1 144534096 . T C 6647.82 PASS AF=0.637584;AO=571;DP=898;FAO=570;FDP=894;FR=.;FRO=324;FSAF=323;FSAR=247;FSRF=171;FSRR=153;FWDB=-0.0064284;FXX=0.00445429;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.478;QD=29.7442;RBI=0.00647028;REFB=-0.00736426;REVB=-0.000734971;RO=306;SAF=322;SAR=249;SRF=166;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141687;STB=0.514294;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00443553;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:898:894:306:324:571:570:0.637584:249:322:166:140:247:323:171:153 chr1 144534186 . TCG T 1302.7 PASS AF=0.21627;AO=208;DP=1026;FAO=218;FDP=1008;FR=.;FRO=790;FSAF=109;FSAR=109;FSRF=376;FSRR=414;FWDB=3.51069e-05;FXX=0.0156248;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.802;QD=5.16944;RBI=0.0208601;REFB=-0.00611727;REVB=-0.02086;RO=752;SAF=105;SAR=103;SRF=370;SRR=382;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165032;STB=0.518847;STBP=0.514;TYPE=del;VARB=0.0223482;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21627:208:1026:218:1008:790:109:109:376:414:99:752:105:103:370:382 chr1 144615138 . T G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.0148023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.04;QD=13.486;RBI=0.024271;REFB=-0.0042253;REVB=0.0192347;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464785;STB=0.761504;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00685617;OID=.;OPOS=144615138;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:0:11:5:4:0:11 chr1 144615246 . A AG 35.76 PASS AF=0.375;AO=5;DP=23;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00922794;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.747;QD=8.93876;RBI=0.00981518;REFB=-0.0124938;REVB=0.00334409;RO=17;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14443;STB=0.599699;STBP=0.633;TYPE=ins;VARB=0.0148059;OID=.;OPOS=144615247;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:5:23:6:16:10:2:4:2:8:35:17:1:4:5:12 chr1 144617179 . T C 266.37 PASS AF=0.196653;AO=46;DP=233;FAO=47;FDP=239;FR=.;FRO=192;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=91;FSRR=101;FWDB=-0.00309442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.956;QD=4.45801;RBI=0.0101625;REFB=-0.00790453;REVB=0.00967989;RO=187;SAF=27;SAR=19;SRF=89;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1427;STB=0.597717;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0308885;OID=.;OPOS=144617179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:239:187:192:46:47:0.196653:19:27:89:98:19:28:91:101 chr1 144617251 . A G 286.13 PASS AF=0.177258;AO=53;DP=295;FAO=53;FDP=299;FR=.;FRO=246;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=126;FSRR=120;FWDB=-0.0011525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.873;QD=3.82789;RBI=0.11553;REFB=-0.00590987;REVB=-0.115524;RO=240;SAF=32;SAR=21;SRF=126;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103334;STB=0.576216;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.026273;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:299:240:246:53:53:0.177258:21:32:126:114:21:32:126:120 chr1 144618144 . A G 704.35 PASS AF=0.152709;AO=153;DP=1011;FAO=155;FDP=1015;FR=.;FRO=860;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=413;FSRR=447;FWDB=-0.00463304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.637;QD=2.77576;RBI=0.00466301;REFB=-0.00463575;REVB=-0.000527842;RO=851;SAF=70;SAR=83;SRF=410;SRR=441;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316637;STB=0.513357;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0181258;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1011:1015:851:860:153:155:0.152709:83:70:410:441:83:72:413:447 chr1 144619346 . G A 5285.11 PASS AF=0.949333;AO=288;DP=375;FAO=356;FDP=375;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=189;FSAR=167;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0161402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.818;QD=56.3745;RBI=0.0595759;REFB=-0.0510551;REVB=0.0573479;RO=19;SAF=165;SAR=123;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00560084;STB=0.500233;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00463173;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:375:375:19:19:288:356:0.949333:123:165:10:9:167:189:10:9 chr1 144619354 . C T 353.21 PASS AF=0.164733;AO=72;DP=433;FAO=71;FDP=431;FR=.;FRO=360;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=191;FSRR=169;FWDB=-0.0242691;FXX=0.00691228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.283;QD=3.27806;RBI=0.0359801;REFB=-0.00667829;REVB=-0.0265627;RO=357;SAF=32;SAR=40;SRF=191;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117194;STB=0.56645;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0277369;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:433:431:357:360:72:71:0.164733:40:32:191:166:39:32:191:169 chr1 144619389 . A C 83.73 PASS AF=0.0685619;AO=41;DP=598;FAO=41;FDP=598;FR=.;FRO=557;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=279;FSRR=278;FWDB=-0.0290815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.579;QD=0.560053;RBI=0.0293454;REFB=-0.00260911;REVB=-0.00392616;RO=553;SAF=16;SAR=25;SRF=275;SRR=278;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119068;STB=0.60332;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0352245;OID=.;OPOS=144619389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:598:598:553:557:41:41:0.0685619:25:16:275:278:25:16:279:278 chr1 144619401 . A G 118.58 PASS AF=0.0776398;AO=50;DP=644;FAO=50;FDP=644;FR=.;FRO=594;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=301;FSRR=293;FWDB=0.0108256;FXX=0.00155036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.531;QD=0.736526;RBI=0.0179722;REFB=-0.000312078;REVB=0.014346;RO=592;SAF=18;SAR=32;SRF=299;SRR=293;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167574;STB=0.635641;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00308353;OID=.;OPOS=144619401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:644:644:592:594:50:50:0.0776398:32:18:299:293:32:18:301:293 chr1 144621555 . A G 86.21 PASS AF=0.106667;AO=15;DP=220;FAO=24;FDP=225;FR=.,HEALED;FRO=201;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=119;FSRR=82;FWDB=-0.00503045;FXX=0.0131573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.685;QD=1.53269;RBI=0.0158656;REFB=-0.000746533;REVB=0.0150469;RO=160;SAF=7;SAR=8;SRF=92;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1251;STB=0.687285;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0111173;OID=.;OPOS=144621555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:220:225:160:201:15:24:0.106667:8:7:92:68:15:9:119:82 chr1 144621587 . AG GT 86.44 PASS AF=0.0944056;AO=27;DP=286;FAO=27;FDP=286;FR=.;FRO=259;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=153;FSRR=106;FWDB=-0.0112296;FXX=0.0069442;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.234;QD=1.20892;RBI=0.0191453;REFB=-0.00219936;REVB=0.0155061;RO=253;SAF=16;SAR=11;SRF=151;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00530049;STB=0.501741;STBP=0.993;TYPE=mnp;VARB=0.0244122;OID=.;OPOS=144621587;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:286:286:253:259:27:27:0.0944056:11:16:151:102:11:16:153:106 chr1 144621642 . AG GA 218.2 PASS AF=0.160584;AO=43;DP=277;FAO=44;FDP=274;FR=.;FRO=230;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=126;FSRR=104;FWDB=-0.00364487;FXX=0.0179205;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.807;QD=3.18538;RBI=0.00892449;REFB=0.00310918;REVB=0.00814625;RO=228;SAF=27;SAR=16;SRF=126;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999369;STB=0.556722;STBP=0.433;TYPE=mnp;VARB=-0.0195075;OID=.;OPOS=144621642;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:274:228:230:43:44:0.160584:16:27:126:102:17:27:126:104 chr1 144811823 . A C 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.059413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5521;QD=8.08961;RBI=0.0929855;REFB=0.0041894;REVB=0.0715289;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082826;STB=0.505143;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00155274;OID=.;OPOS=144811823;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:2:7:17:5:2:7:17:5 chr1 144811827 . G A 126.68 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=-0.0102607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.791;QD=11.2607;RBI=0.0215847;REFB=-0.0107223;REVB=-0.0189899;RO=29;SAF=12;SAR=3;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049881;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0227588;OID=.;OPOS=144811827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:3:12:24:5:3:12:24:6 chr1 144811836 . G A 707.35 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0121322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.255;QD=49.6384;RBI=0.0180516;REFB=-0.0355137;REVB=0.0133668;RO=4;SAF=43;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064061;STB=0.534148;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00730755;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:4:4:53:53:0.929825:10:43:2:2:10:43:2:2 chr1 144811924 . T G 4928.11 PASS AF=1;AO=310;DP=316;FAO=313;FDP=313;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104864;FXX=0.0218743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6514;QD=62.979;RBI=0.0193798;REFB=0;REVB=0.0162976;RO=0;SAF=166;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71552e-05;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:316:313:0:0:310:313:1:144:166:0:0:146:167:0:0 chr1 144852390 . C T 287.44 PASS AF=0.236559;AO=44;DP=186;FAO=44;FDP=186;FR=.;FRO=142;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=65;FSRR=77;FWDB=-0.00379277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.052;QD=6.1815;RBI=0.00559821;REFB=-0.00388547;REVB=-0.00411762;RO=142;SAF=22;SAR=22;SRF=65;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533247;STB=0.532243;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0133815;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:142:142:44:44:0.236559:22:22:65:77:22:22:65:77 chr1 144852450 . G A 64.3 PASS AF=0.1;AO=19;DP=182;FAO=18;FDP=180;FR=.;FRO=162;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=99;FWDB=0.00815871;FXX=0.0109884;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4468;QD=1.42892;RBI=0.0694764;REFB=-0.00102678;REVB=0.0689957;RO=163;SAF=11;SAR=8;SRF=64;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223756;STB=0.646763;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0125879;OID=.;OPOS=144852450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:182:180:163:162:19:18:0.1:8:11:64:99:8:10:63:99 chr1 144852476 . TG CA,CG 644.93 PASS AF=0.137931,0.337931;AO=19,50;DP=145;FAO=20,49;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=10,19;FSAR=10,30;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.00448782,-0.00109445;FXX=0.00684885;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=142.987,122.979;QD=17.7912;RBI=0.0344338,0.0556355;REFB=-0.00465815,-0.0149597;REVB=-0.0341401,-0.0556248;RO=75;SAF=10,19;SAR=9,31;SRF=32;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.125196,-0.0517862;STB=0.562438,0.521108;STBP=0.547,0.729;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0188361,0.00416412;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:145:145:75:76:19,50:20,49:0.137931,0.337931:9,31:10,19:32:43:10,30:10,19:32:44 chr1 144852508 . AAACAT A 36.62 PASS AF=0.148515;AO=13;DP=107;FAO=15;FDP=101;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.00392261;FXX=0.0560695;HRUN=3;LEN=5;MLLD=295.494;QD=1.45037;RBI=0.0302071;REFB=-0.000586039;REVB=0.0299514;RO=80;SAF=7;SAR=6;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202747;STB=0.616039;STBP=0.369;TYPE=del;VARB=0.00351298;OID=.;OPOS=144852509;OREF=AACAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148515:13:107:15:101:86:8:7:34:52:36:80:7:6:30:50 chr1 144852518 . C T 82.65 PASS AF=0.150943;AO=16;DP=106;FAO=16;FDP=106;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.031425;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9662;QD=3.11898;RBI=0.0560129;REFB=-0.00338895;REVB=-0.0463672;RO=88;SAF=8;SAR=8;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11498;STB=0.584803;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0214742;OID=.;OPOS=144852518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:106:106:88:90:16:16:0.150943:8:8:36:52:8:8:36:54 chr1 144852522 . C T 83.76 PASS AF=0.153846;AO=16;DP=104;FAO=16;FDP=104;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.00799909;FXX=0.0280348;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.907;QD=3.22159;RBI=0.0231701;REFB=-0.00701132;REVB=0.0217456;RO=88;SAF=8;SAR=8;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129563;STB=0.586434;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0357466;OID=.;OPOS=144852522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:104:104:88:88:16:16:0.153846:8:8:35:53:8:8:35:53 chr1 144854180 . T C 932.1 PASS AF=0.238731;AO=143;DP=599;FAO=143;FDP=599;FR=.;FRO=456;FSAF=64;FSAR=79;FSRF=201;FSRR=255;FWDB=-0.0103341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.208;QD=6.22434;RBI=0.0104296;REFB=-0.0179081;REVB=0.00140868;RO=454;SAF=64;SAR=79;SRF=200;SRR=254;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904717;STB=0.505211;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0402779;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:599:599:454:456:143:143:0.238731:79:64:200:254:79:64:201:255 chr1 144854528 . A G 766.91 PASS AF=0.3;AO=101;DP=338;FAO=102;FDP=340;FR=.;FRO=238;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=123;FSRR=115;FWDB=0.00747414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.639;QD=9.02244;RBI=0.0805476;REFB=0.000902927;REVB=0.0802;RO=237;SAF=38;SAR=63;SRF=122;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169429;STB=0.602341;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00319161;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:340:237:238:101:102:0.3:63:38:122:115:64:38:123:115 chr1 144854537 . T C 869.45 PASS AF=0.306667;AO=113;DP=375;FAO=115;FDP=375;FR=.;FRO=260;FSAF=44;FSAR=71;FSRF=135;FSRR=125;FWDB=0.0162869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.917;QD=9.27408;RBI=0.0189948;REFB=0.00326895;REVB=-0.00977443;RO=260;SAF=44;SAR=69;SRF=135;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157664;STB=0.595727;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0106262;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:375:260:260:113:115:0.306667:69:44:135:125:71:44:135:125 chr1 144854564 . G A 368.07 PASS AF=0.160338;AO=76;DP=472;FAO=76;FDP=474;FR=.;FRO=398;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=180;FSRR=218;FWDB=0.0209571;FXX=0.00628918;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.976;QD=3.10607;RBI=0.0300743;REFB=-0.000866786;REVB=0.0215699;RO=394;SAF=42;SAR=34;SRF=180;SRR=214;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123824;STB=0.583698;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00542347;OID=.;OPOS=144854564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:474:394:398:76:76:0.160338:34:42:180:214:34:42:180:218 chr1 144854581 . T C 501.43 PASS AF=0.178908;AO=95;DP=530;FAO=95;FDP=531;FR=.;FRO=436;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=220;FSRR=216;FWDB=0.0308132;FXX=0.00187966;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.547;QD=3.77722;RBI=0.0314041;REFB=-0.00565947;REVB=-0.0060633;RO=435;SAF=37;SAR=58;SRF=220;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152041;STB=0.595172;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0235775;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:530:531:435:436:95:95:0.178908:58:37:220:215:58:37:220:216 chr1 144854594 . G T 568.75 PASS AF=0.1883;AO=102;DP=547;FAO=103;FDP=547;FR=.;FRO=444;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=230;FSRR=214;FWDB=-0.0246668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.796;QD=4.15907;RBI=0.0247713;REFB=-0.00645372;REVB=-0.00227279;RO=443;SAF=40;SAR=62;SRF=230;SRR=213;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165349;STB=0.597534;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0255179;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:547:547:443:444:102:103:0.1883:62:40:230:213:62:41:230:214 chr1 144854597 . TC CC,CT 3305.83 PASS AF=0.72963,0;AO=174,205;DP=524;FAO=394,0;FDP=540;FR=.;FRO=146;FSAF=196,0;FSAR=198,0;FSRF=79;FSRR=67;FWDB=0.0561047,0.0170267;FXX=0.0163931;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=91.7242,114.338;QD=24.4876;RBI=0.0566988,0.0349895;REFB=-0.0659281,-0.0144124;REVB=0.00818629,-0.0305672;RO=141;SAF=88,109;SAR=86,96;SRF=74;SRR=67;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.015716,0.00521096;STB=0.511796,0.5;STBP=0.36,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0577545,0;OID=.,.;OPOS=144854597,144854597;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:524:540:141:146:174,205:394,0:0.72963,0:86,96:88,109:74:67:198,0:196,0:79:67 chr1 144855782 . C T 217.58 PASS AF=0.22293;AO=35;DP=157;FAO=35;FDP=157;FR=.;FRO=122;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=68;FSRR=54;FWDB=0.0144011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.846;QD=5.54334;RBI=0.0181704;REFB=-0.011598;REVB=-0.0110801;RO=122;SAF=18;SAR=17;SRF=68;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547841;STB=0.533558;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0398225;OID=.;OPOS=144855782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:122:122:35:35:0.22293:17:18:68:54:17:18:68:54 chr1 144855812 . T C 233.88 PASS AF=0.284483;AO=32;DP=115;FAO=33;FDP=116;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=-0.0183746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.671;QD=8.06495;RBI=0.0201452;REFB=-0.00388191;REVB=0.00825859;RO=81;SAF=17;SAR=15;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295778;STB=0.536666;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00934189;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:81:83:32:33:0.284483:15:17:45:36:16:17:47:36 chr1 144855866 . A G 36.34 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=95;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.019655;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.591;QD=1.54631;RBI=0.038662;REFB=-0.00600975;REVB=-0.0332931;RO=80;SAF=4;SAR=5;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122833;STB=0.586664;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0486806;OID=.;OPOS=144855866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:95:94:80:85:9:9:0.0957447:5:4:44:36:5:4:46:39 chr1 144856888 . C T 333.44 PASS AF=0.245192;AO=51;DP=208;FAO=51;FDP=208;FR=.;FRO=157;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=56;FSRR=101;FWDB=0.0363027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8824;QD=6.4124;RBI=0.0363177;REFB=0.0102996;REVB=-0.00104377;RO=157;SAF=15;SAR=36;SRF=56;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899154;STB=0.554305;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0247302;OID=.;OPOS=144856888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:157:157:51:51:0.245192:36:15:56:101:36:15:56:101 chr1 144859929 . C T 280.29 PASS AF=0.241573;AO=42;DP=178;FAO=43;FDP=178;FR=.;FRO=135;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=58;FSRR=77;FWDB=0.0434841;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.217;QD=6.29862;RBI=0.0444588;REFB=-0.00810871;REVB=0.0092582;RO=133;SAF=17;SAR=25;SRF=57;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308133;STB=0.508561;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0256588;OID=.;OPOS=144859929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:133:135:42:43:0.241573:25:17:57:76:25:18:58:77 chr1 144865850 . G T 1742.26 PASS AF=0.420479;AO=189;DP=459;FAO=193;FDP=459;FR=.;FRO=266;FSAF=86;FSAR=107;FSRF=122;FSRR=144;FWDB=-0.00681578;FXX=0.00863912;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.573;QD=15.1831;RBI=0.0160668;REFB=-0.0104041;REVB=0.0145495;RO=269;SAF=85;SAR=104;SRF=122;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00403991;STB=0.50764;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0131213;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:459:459:269:266:189:193:0.420479:104:85:122:147:107:86:122:144 chr1 144866643 . G A 1193.1 PASS AF=0.462963;AO=124;DP=268;FAO=125;FDP=270;FR=.;FRO=145;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=67;FSRR=78;FWDB=-0.00179572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.652;QD=17.6755;RBI=0.0162005;REFB=-0.00885956;REVB=0.0161007;RO=144;SAF=57;SAR=67;SRF=66;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.001316;STB=0.501042;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00763789;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:270:144:145:124:125:0.462963:67:57:66:78:67:58:67:78 chr1 144866662 . T C 2158.27 PASS AF=0.710317;AO=178;DP=251;FAO=179;FDP=252;FR=.;FRO=73;FSAF=83;FSAR=96;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0036245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.743;QD=34.2583;RBI=0.0127798;REFB=-0.00762089;REVB=-0.0122551;RO=73;SAF=82;SAR=96;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197606;STB=0.511384;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00289957;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:252:73:73:178:179:0.710317:96:82:31:42:96:83:31:42 chr1 144866688 . G A 213.28 PASS AF=0.186275;AO=38;DP=204;FAO=38;FDP=204;FR=.;FRO=166;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=75;FSRR=91;FWDB=0.0058794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.93;QD=4.18194;RBI=0.0116916;REFB=0.000530482;REVB=-0.0101057;RO=166;SAF=15;SAR=23;SRF=75;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750763;STB=0.547594;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00235698;OID=.;OPOS=144866688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:166:166:38:38:0.186275:23:15:75:91:23:15:75:91 chr1 144868170 . C T 607.72 PASS AF=0.437908;AO=67;DP=153;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=59;FWDB=0.00628509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.039;QD=15.8881;RBI=0.00938375;REFB=-0.00964453;REVB=0.00696796;RO=86;SAF=36;SAR=31;SRF=27;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223089;STB=0.623881;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.010549;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:86:86:67:67:0.437908:31:36:27:59:31:36:27:59 chr1 144871738 . C A 570.76 PASS AF=0.300781;AO=76;DP=254;FAO=77;FDP=256;FR=.;FRO=179;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=70;FSRR=109;FWDB=0.0182629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.291;QD=8.91811;RBI=0.0256192;REFB=-0.0116121;REVB=0.0179669;RO=178;SAF=35;SAR=41;SRF=70;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824025;STB=0.545115;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0318815;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:256:178:179:76:77:0.300781:41:35:70:108:42:35:70:109 chr1 144871755 . A T 289.12 PASS AF=0.215247;AO=48;DP=223;FAO=48;FDP=223;FR=.;FRO=175;FSAF=7;FSAR=41;FSRF=65;FSRR=110;FWDB=-0.0264974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2352;QD=5.18592;RBI=0.0385633;REFB=-0.00711685;REVB=-0.0280181;RO=173;SAF=7;SAR=41;SRF=64;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371592;STB=0.736228;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0372396;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:173:175:48:48:0.215247:41:7:64:109:41:7:65:110 chr1 144871782 . A G 259.46 PASS AF=0.210784;AO=42;DP=203;FAO=43;FDP=204;FR=.;FRO=161;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=57;FSRR=104;FWDB=-0.0313018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.897;QD=5.08741;RBI=0.0315948;REFB=-0.0122719;REVB=-0.00429288;RO=151;SAF=5;SAR=37;SRF=56;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429611;STB=0.733583;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0419772;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:151:161:42:43:0.210784:37:5:56:95:37:6:57:104 chr1 144873887 . C T 2268.08 PASS AF=0.441606;AO=241;DP=551;FAO=242;FDP=548;FR=.;FRO=306;FSAF=159;FSAR=83;FSRF=181;FSRR=125;FWDB=0.00695694;FXX=0.00544455;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5107;QD=16.5553;RBI=0.0155491;REFB=-0.00459046;REVB=0.013906;RO=294;SAF=159;SAR=82;SRF=181;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479909;STB=0.539578;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00538779;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:551:548:294:306:241:242:0.441606:82:159:181:113:83:159:181:125 chr1 144874760 . T C 1523.35 PASS AF=0.485893;AO=155;DP=317;FAO=155;FDP=319;FR=.;FRO=164;FSAF=58;FSAR=97;FSRF=84;FSRR=80;FWDB=-0.0199646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.903;QD=19.1015;RBI=0.0272587;REFB=-0.00989123;REVB=-0.0185595;RO=162;SAF=58;SAR=97;SRF=83;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132053;STB=0.572952;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0124992;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:319:162:164:155:155:0.485893:97:58:83:79:97:58:84:80 chr1 144874815 . T C 1311.42 PASS AF=0.450161;AO=140;DP=316;FAO=140;FDP=311;FR=.;FRO=171;FSAF=56;FSAR=84;FSRF=75;FSRR=96;FWDB=-0.00711421;FXX=0.0220119;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.364;QD=16.8671;RBI=0.0164804;REFB=-0.0199632;REVB=0.0148658;RO=167;SAF=56;SAR=84;SRF=75;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497413;STB=0.521909;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0230921;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:311:167:171:140:140:0.450161:84:56:75:92:84:56:75:96 chr1 144877176 . C T 1066.77 PASS AF=0.363372;AO=125;DP=347;FAO=125;FDP=344;FR=.;FRO=219;FSAF=74;FSAR=51;FSRF=93;FSRR=126;FWDB=-0.00652402;FXX=0.00864528;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.741;QD=12.4043;RBI=0.0421075;REFB=-0.00358444;REVB=-0.041599;RO=216;SAF=74;SAR=51;SRF=92;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185312;STB=0.605951;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00502588;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:344:216:219:125:125:0.363372:51:74:92:124:51:74:93:126 chr1 144879090 . T C 822.12 PASS AF=0.439024;AO=89;DP=204;FAO=90;FDP=205;FR=.;FRO=115;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=0.000174428;FXX=0.00485413;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.415;QD=16.0413;RBI=0.000440014;REFB=-0.0154693;REVB=-0.000403964;RO=107;SAF=50;SAR=39;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289498;STB=0.500549;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0169511;OID=.;OPOS=144879090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:107:115:89:90:0.439024:39:50:57:50:40:50:64:51 chr1 144879264 . A G 6985.76 PASS AF=1;AO=392;DP=400;FAO=443;FDP=443;FR=.;FRO=0;FSAF=209;FSAR=234;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.319;QD=63.0768;RBI=0.0265468;REFB=0;REVB=0.0263326;RO=0;SAF=191;SAR=201;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73708e-06;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:400:443:0:0:392:443:1:201:191:0:0:234:209:0:0 chr1 144879339 . C T 439.81 PASS AF=0.183673;AO=81;DP=442;FAO=81;FDP=441;FR=.;FRO=360;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=175;FSRR=185;FWDB=-0.00605389;FXX=0.00226239;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.372;QD=3.98925;RBI=0.0116308;REFB=0.00206697;REVB=-0.00993103;RO=360;SAF=39;SAR=42;SRF=175;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00601643;STB=0.503783;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0100933;OID=.;OPOS=144879339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:442:441:360:360:81:81:0.183673:42:39:175:185:42:39:175:185 chr1 144879375 . T C 952.07 PASS AF=0.349398;AO=116;DP=332;FAO=116;FDP=332;FR=.;FRO=216;FSAF=33;FSAR=83;FSRF=105;FSRR=111;FWDB=-0.0103754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9676;QD=11.4707;RBI=0.0254649;REFB=-0.00525234;REVB=0.0232554;RO=214;SAF=33;SAR=83;SRF=105;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251737;STB=0.641439;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00834043;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:214:216:116:116:0.349398:83:33:105:109:83:33:105:111 chr1 144880814 . G A 375.86 PASS AF=0.255708;AO=56;DP=219;FAO=56;FDP=219;FR=.;FRO=163;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=79;FSRR=84;FWDB=0.0643844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9173;QD=6.86502;RBI=0.127331;REFB=0.0105415;REVB=0.109853;RO=163;SAF=22;SAR=34;SRF=79;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116346;STB=0.569461;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0205381;OID=.;OPOS=144880814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:163:163:56:56:0.255708:34:22:79:84:34:22:79:84 chr1 144880832 . T C 240.55 PASS AF=0.20202;AO=40;DP=198;FAO=40;FDP=198;FR=.;FRO=158;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=67;FSRR=91;FWDB=-0.00763602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.818;QD=4.85966;RBI=0.0144094;REFB=-0.00710835;REVB=-0.0122197;RO=157;SAF=27;SAR=13;SRF=67;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314082;STB=0.696678;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.026525;OID=.;OPOS=144880832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:157:158:40:40:0.20202:13:27:67:90:13:27:67:91 chr1 144880864 . T A 272.95 PASS AF=0.25974;AO=40;DP=155;FAO=40;FDP=154;FR=.;FRO=114;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=-0.0326597;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.033;QD=7.08957;RBI=0.0429609;REFB=-0.00793487;REVB=-0.0279102;RO=110;SAF=18;SAR=22;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106139;STB=0.556392;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0258868;OID=.;OPOS=144880864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:110:114:40:40:0.25974:22:18:59:51:22:18:60:54 chr1 144881583 . A G 386.42 PASS AF=0.237903;AO=59;DP=249;FAO=59;FDP=248;FR=.;FRO=189;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=83;FSRR=106;FWDB=-0.0237437;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.146;QD=6.2326;RBI=0.0257657;REFB=-0.00189406;REVB=-0.0100054;RO=190;SAF=22;SAR=37;SRF=84;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908039;STB=0.552535;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00468377;OID=.;OPOS=144881583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:248:190:189:59:59:0.237903:37:22:84:106:37:22:83:106 chr1 144882581 . A G 1825.36 PASS AF=0.475578;AO=185;DP=389;FAO=185;FDP=389;FR=.;FRO=204;FSAF=89;FSAR=96;FSRF=84;FSRR=120;FWDB=0.00114462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7404;QD=18.7697;RBI=0.0131077;REFB=-0.00414195;REVB=-0.0130576;RO=204;SAF=89;SAR=96;SRF=84;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664176;STB=0.5365;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00524108;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:389:204:204:185:185:0.475578:96:89:84:120:96:89:84:120 chr1 144882823 . C T 1438.87 PASS AF=0.439437;AO=155;DP=354;FAO=156;FDP=355;FR=.;FRO=199;FSAF=55;FSAR=101;FSRF=91;FSRR=108;FWDB=-0.0128209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.913;QD=16.2126;RBI=0.0143083;REFB=-0.00748642;REVB=0.00635222;RO=195;SAF=55;SAR=100;SRF=88;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102227;STB=0.561937;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0100652;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:355:195:199:155:156:0.439437:100:55:88:107:101:55:91:108 chr1 144886197 . A T 970.66 PASS AF=0.4;AO=109;DP=275;FAO=110;FDP=275;FR=.;FRO=165;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=71;FSRR=94;FWDB=-0.02279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.961;QD=14.1187;RBI=0.0228148;REFB=-0.000852548;REVB=0.00106419;RO=163;SAF=49;SAR=60;SRF=69;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284359;STB=0.514703;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00132283;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:163:165:109:110:0.4:60:49:69:94:60:50:71:94 chr1 144892089 . G T 271.91 PASS AF=0.321429;AO=36;DP=112;FAO=36;FDP=112;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00523096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9791;QD=9.71105;RBI=0.0270537;REFB=0.00957153;REVB=-0.0265432;RO=75;SAF=20;SAR=16;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041597;STB=0.519989;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0180922;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:75:76:36:36:0.321429:16:20:39:36:16:20:40:36 chr1 144892149 . G A 407.56 PASS AF=0.333333;AO=52;DP=156;FAO=52;FDP=156;FR=.;FRO=104;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=0.0120069;FXX=0.0249984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.072;QD=10.4503;RBI=0.0365041;REFB=-0.0115923;REVB=-0.034473;RO=98;SAF=31;SAR=21;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761498;STB=0.539319;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0257026;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:98:104:52:52:0.333333:21:31:52:46:21:31:56:48 chr1 144909956 . G A 300.62 PASS AF=0.231156;AO=45;DP=195;FAO=46;FDP=199;FR=.;FRO=153;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=75;FSRR=78;FWDB=-0.0336786;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2975;QD=6.04263;RBI=0.0542293;REFB=0.00134559;REVB=-0.0425038;RO=149;SAF=12;SAR=33;SRF=76;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319828;STB=0.687502;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00644832;OID=.;OPOS=144909956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:199:149:153:45:46:0.231156:33:12:76:73:34:12:75:78 chr1 144912153 . A G 5467.86 PASS AF=1;AO=342;DP=343;FAO=344;FDP=344;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000177302;FXX=0.0114939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.93;QD=63.5798;RBI=0.0215998;REFB=0.0570655;REVB=0.0215991;RO=1;SAF=158;SAR=184;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301003;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07284e-05;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:343:344:1:0:342:344:1:184:158:1:0:186:158:0:0 chr1 144912233 . C T 1254.47 PASS AF=0.44863;AO=128;DP=290;FAO=131;FDP=292;FR=.;FRO=161;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=78;FSRR=83;FWDB=-0.0293423;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.375;QD=17.1846;RBI=0.0294194;REFB=0.003958;REVB=0.00212831;RO=161;SAF=56;SAR=72;SRF=78;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476045;STB=0.518909;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00498057;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:292:161:161:128:131:0.44863:72:56:78:83:72:59:78:83 chr1 144915561 . G A 1791.79 PASS AF=0.44289;AO=190;DP=432;FAO=190;FDP=429;FR=.;FRO=239;FSAF=82;FSAR=108;FSRF=121;FSRR=118;FWDB=0.0108754;FXX=0.00694428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.699;QD=16.7066;RBI=0.0270444;REFB=0.0056809;REVB=0.0247613;RO=237;SAF=82;SAR=108;SRF=119;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712991;STB=0.541918;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00804583;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:429:237:239:190:190:0.44289:108:82:119:118:108:82:121:118 chr1 144915624 . G A 1025.79 PASS AF=0.385852;AO=119;DP=310;FAO=120;FDP=311;FR=.;FRO=191;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=83;FSRR=108;FWDB=0.0229403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.402;QD=13.1935;RBI=0.0266177;REFB=0.00122235;REVB=0.0134999;RO=190;SAF=52;SAR=67;SRF=82;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00599963;STB=0.504432;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00192567;OID=.;OPOS=144915624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:311:190:191:119:120:0.385852:67:52:82:108:67:53:83:108 chr1 144916748 . C G 1327.73 PASS AF=0.592965;AO=117;DP=198;FAO=118;FDP=199;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=79;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.00634203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2098;QD=26.688;RBI=0.01651;REFB=-0.00837315;REVB=0.0152433;RO=80;SAF=39;SAR=78;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849886;STB=0.545277;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00576919;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:80:81:117:118:0.592965:78:39:35:45:79:39:35:46 chr1 144917546 . A G 1205.67 PASS AF=0.450355;AO=127;DP=282;FAO=127;FDP=282;FR=.;FRO=155;FSAF=45;FSAR=82;FSRF=78;FSRR=77;FWDB=0.00748425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3829;QD=17.1016;RBI=0.0333707;REFB=0.00704221;REVB=-0.0325206;RO=154;SAF=45;SAR=82;SRF=77;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149665;STB=0.584987;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00946461;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:154:155:127:127:0.450355:82:45:77:77:82:45:78:77 chr1 144917841 . T C 687.0 PASS AF=0.383886;AO=81;DP=211;FAO=81;FDP=211;FR=.;FRO=130;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=78;FWDB=0.00869704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.701;QD=13.0237;RBI=0.0106292;REFB=-0.0123641;REVB=0.00611078;RO=130;SAF=36;SAR=45;SRF=52;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049492;STB=0.52789;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.018977;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:130:130:81:81:0.383886:45:36:52:78:45:36:52:78 chr1 144918957 . T A 615.55 PASS AF=0.43871;AO=68;DP=155;FAO=68;FDP=155;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=0.0133516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.517;QD=15.8851;RBI=0.0217052;REFB=-0.00952536;REVB=0.0171129;RO=87;SAF=26;SAR=42;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451475;STB=0.525201;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0109606;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:87:87:68:68:0.43871:42:26:37:50:42:26:37:50 chr1 144918994 . G T 128.46 PASS AF=0.185484;AO=23;DP=125;FAO=23;FDP=124;FR=.;FRO=101;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=-0.0386469;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.259;QD=4.14374;RBI=0.0386536;REFB=0.00371231;REVB=-0.000722317;RO=98;SAF=8;SAR=15;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946875;STB=0.567027;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0177939;OID=.;OPOS=144918994;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:98:101:23:23:0.185484:15:8:41:57:15:8:43:58 chr1 144922583 . G A 1107.5 PASS AF=0.462451;AO=117;DP=253;FAO=117;FDP=253;FR=.;FRO=136;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=70;FSRR=66;FWDB=0.0124685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0135;QD=17.5098;RBI=0.0266951;REFB=0.00105151;REVB=-0.0236043;RO=136;SAF=55;SAR=62;SRF=70;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434295;STB=0.523999;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00115204;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:136:136:117:117:0.462451:62:55:70:66:62:55:70:66 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 1794.98 PASS AF=1;AO=110;DP=259;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416831;FXX=0.420491;HRUN=1;LEN=14;MLLD=320.99;QD=63.5392;RBI=0.0417858;REFB=0;REVB=-0.00292888;RO=92;SAF=40;SAR=70;SRF=67;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300085;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.41337e-05;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:110:259:113:113:0:42:71:0:0:9:92:40:70:67:25 chr1 144930596 . C A 1452.19 PASS AF=0.46319;AO=142;DP=325;FAO=151;FDP=326;FR=.,HEALED;FRO=175;FSAF=73;FSAR=78;FSRF=65;FSRR=110;FWDB=-0.00601425;FXX=0.0121208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.924;QD=17.8183;RBI=0.00714553;REFB=-0.0132433;REVB=-0.00385842;RO=109;SAF=71;SAR=71;SRF=64;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697265;STB=0.56043;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0150678;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:326:109:175:142:151:0.46319:71:71:64:45:78:73:65:110 chr1 144930940 . T C 897.32 PASS AF=0.466667;AO=91;DP=196;FAO=91;FDP=195;FR=.;FRO=104;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=0.0304022;FXX=0.00510178;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9412;QD=18.4065;RBI=0.0377566;REFB=0.0107962;REVB=0.0223891;RO=105;SAF=39;SAR=52;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502242;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0122536;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:105:104:91:91:0.466667:52:39:45:60:52:39:45:59 chr1 144931087 . T C 482.9 PASS AF=0.272727;AO=69;DP=254;FAO=69;FDP=253;FR=.;FRO=184;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=78;FSRR=106;FWDB=0.0584978;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.047;QD=7.63482;RBI=0.0590249;REFB=-0.00240293;REVB=0.0078709;RO=180;SAF=37;SAR=32;SRF=74;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153081;STB=0.581129;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00724283;OID=.;OPOS=144931087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:180:184:69:69:0.272727:32:37:74:106:32:37:78:106 chr1 144931330 . C T 1112.57 PASS AF=0.47479;AO=113;DP=238;FAO=113;FDP=238;FR=.;FRO=125;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=67;FSRR=58;FWDB=-0.0149513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5796;QD=18.6987;RBI=0.0302288;REFB=-0.00959211;REVB=0.0262724;RO=125;SAF=51;SAR=62;SRF=67;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080697;STB=0.544499;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0127878;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:125:125:113:113:0.47479:62:51:67:58:62:51:67:58 chr1 144931392 . G A 1459.48 PASS AF=0.480769;AO=149;DP=314;FAO=150;FDP=312;FR=.;FRO=162;FSAF=68;FSAR=82;FSRF=89;FSRR=73;FWDB=-0.00918126;FXX=0.00952351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0859;QD=18.7113;RBI=0.00920369;REFB=-0.00205818;REVB=-0.000642252;RO=162;SAF=67;SAR=82;SRF=89;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943812;STB=0.549835;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00201484;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:312:162:162:149:150:0.480769:82:67:89:73:82:68:89:73 chr1 144931461 . A T 380.75 PASS AF=0.234818;AO=58;DP=248;FAO=58;FDP=247;FR=.;FRO=189;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=95;FSRR=94;FWDB=-0.011289;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4821;QD=6.16591;RBI=0.0419222;REFB=-0.0111701;REVB=-0.0403736;RO=188;SAF=31;SAR=27;SRF=95;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369879;STB=0.524387;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0279154;OID=.;OPOS=144931461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:247:188:189:58:58:0.234818:27:31:95:93:27:31:95:94 chr1 144931581 . C G 193.02 PASS AF=0.229008;AO=26;DP=129;FAO=30;FDP=131;FR=.;FRO=101;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=0.0106202;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.752;QD=5.89374;RBI=0.0287278;REFB=-0.000402812;REVB=-0.0266927;RO=92;SAF=13;SAR=13;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823347;STB=0.564843;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00128435;OID=.;OPOS=144931581;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:92:101:26:30:0.229008:13:13:40:52:15:15:42:59 chr1 144952220 . C T 955.66 PASS AF=0.459091;AO=101;DP=219;FAO=101;FDP=220;FR=.;FRO=119;FSAF=72;FSAR=29;FSRF=75;FSRR=44;FWDB=0.0013133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.577;QD=17.3756;RBI=0.00831892;REFB=-0.010845;REVB=0.0082146;RO=118;SAF=72;SAR=29;SRF=74;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096976;STB=0.552148;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0125109;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:118:119:101:101:0.459091:29:72:74:44:29:72:75:44 chr1 144994658 . C A 2031.97 PASS AF=0.47806;AO=207;DP=433;FAO=207;FDP=433;FR=.;FRO=226;FSAF=103;FSAR=104;FSRF=138;FSRR=88;FWDB=0.00825625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.033;QD=18.771;RBI=0.0140411;REFB=-0.0159686;REVB=0.0113573;RO=225;SAF=103;SAR=104;SRF=138;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109803;STB=0.55896;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0155952;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:433:433:225:226:207:207:0.47806:104:103:138:87:104:103:138:88 chr1 145014096 . G A 80.67 PASS AF=0.120253;AO=19;DP=158;FAO=19;FDP=158;FR=.;FRO=139;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=73;FSRR=66;FWDB=-0.00195663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.912;QD=2.04218;RBI=0.00481728;REFB=-0.00013711;REVB=0.00440203;RO=139;SAF=12;SAR=7;SRF=73;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133856;STB=0.595411;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00100456;OID=.;OPOS=145014096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:158:158:139:139:19:19:0.120253:7:12:73:66:7:12:73:66 chr1 145014103 . G C 721.39 PASS AF=0.458333;AO=77;DP=168;FAO=77;FDP=168;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.00704156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.029;QD=17.1759;RBI=0.019624;REFB=-0.00960082;REVB=0.0183171;RO=91;SAF=47;SAR=30;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832503;STB=0.546238;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0112617;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:91:91:77:77:0.458333:30:47:48:43:30:47:48:43 chr1 145014210 . G A 59.32 PASS AF=0.171053;AO=12;DP=67;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0379959;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.0773;QD=3.12212;RBI=0.0464019;REFB=-0.00426064;REVB=-0.0266355;RO=53;SAF=3;SAR=9;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133222;STB=0.56746;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.049117;OID=.;OPOS=145014210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:67:76:53:63:12:13:0.171053:9:3:18:35:9:4:24:39 chr1 145014218 . G A 50.84 PASS AF=0.104;AO=13;DP=124;FAO=13;FDP=125;FR=.;FRO=112;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=84;FWDB=-0.00541064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.15;QD=1.62698;RBI=0.0102266;REFB=-0.000937835;REVB=-0.00867806;RO=111;SAF=3;SAR=10;SRF=27;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205618;STB=0.523611;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00507471;OID=.;OPOS=145014218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:124:125:111:112:13:13:0.104:10:3:27:84:10:3:28:84 chr1 145014263 . C T 551.12 PASS AF=0.391566;AO=62;DP=164;FAO=65;FDP=166;FR=.;FRO=101;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=26;FSRR=75;FWDB=-0.0374854;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9839;QD=13.28;RBI=0.044187;REFB=-0.0270548;REVB=0.0233952;RO=101;SAF=14;SAR=48;SRF=26;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478421;STB=0.522286;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.041433;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:101:101:62:65:0.391566:48:14:26:75:50:15:26:75 chr1 145018023 . G T 730.36 PASS AF=0.493333;AO=70;DP=146;FAO=74;FDP=150;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=54;FWDB=0.0440365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9574;QD=19.4761;RBI=0.0487554;REFB=-0.0264257;REVB=0.0209253;RO=73;SAF=23;SAR=47;SRF=21;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043626;STB=0.5351;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0369089;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:73:76:70:74:0.493333:47:23:21:52:48:26:22:54 chr1 145038952 . C T 1227.31 PASS AF=0.386486;AO=137;DP=365;FAO=143;FDP=370;FR=.;FRO=227;FSAF=42;FSAR=101;FSRF=69;FSRR=158;FWDB=-0.00374882;FXX=0.0106949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.153;QD=13.2682;RBI=0.00500329;REFB=-0.0102595;REVB=0.0033135;RO=227;SAF=37;SAR=100;SRF=68;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404354;STB=0.507537;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0161583;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:370:227:227:137:143:0.386486:100:37:68:159:101:42:69:158 chr1 145039562 . C T 1621.14 PASS AF=0.458221;AO=170;DP=371;FAO=170;FDP=371;FR=.;FRO=201;FSAF=89;FSAR=81;FSRF=99;FSRR=102;FWDB=0.0803456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.183;QD=17.4786;RBI=0.0803459;REFB=-0.0223487;REVB=-0.000220459;RO=199;SAF=89;SAR=81;SRF=99;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254756;STB=0.5168;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.030005;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:371:199:201:170:170:0.458221:81:89:99:100:81:89:99:102 chr1 145039633 . C T 128.06 PASS AF=0.100515;AO=38;DP=387;FAO=39;FDP=388;FR=.;FRO=349;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=143;FSRR=206;FWDB=-0.00343608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.21;QD=1.32024;RBI=0.0341986;REFB=-0.00419186;REVB=-0.0340256;RO=346;SAF=14;SAR=24;SRF=141;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498793;STB=0.548236;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0382291;OID=.;OPOS=145039633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:388:346:349:38:39:0.100515:24:14:141:205:25:14:143:206 chr1 145074975 . G A 128.04 PASS AF=0.0924731;AO=43;DP=465;FAO=43;FDP=465;FR=.;FRO=422;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=187;FSRR=235;FWDB=-0.00425654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.166;QD=1.10143;RBI=0.0251716;REFB=0.000392628;REVB=0.0248091;RO=422;SAF=17;SAR=26;SRF=187;SRR=235;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587005;STB=0.544482;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00403876;OID=.;OPOS=145074975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:465:465:422:422:43:43:0.0924731:26:17:187:235:26:17:187:235 chr1 145075683 . C T 702.9 PASS AF=0.267905;AO=101;DP=377;FAO=101;FDP=377;FR=.;FRO=276;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=146;FSRR=130;FWDB=-0.0397412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.597;QD=7.45784;RBI=0.0508874;REFB=-0.0194384;REVB=-0.031783;RO=276;SAF=45;SAR=56;SRF=146;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103605;STB=0.560987;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0559922;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:377:276:276:101:101:0.267905:56:45:146:130:56:45:146:130 chr1 145075775 . G A 111.62 PASS AF=0.103896;AO=32;DP=308;FAO=32;FDP=308;FR=.;FRO=276;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=114;FSRR=162;FWDB=-0.0177107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9447;QD=1.44961;RBI=0.0475249;REFB=-0.00299792;REVB=0.0441016;RO=276;SAF=16;SAR=16;SRF=114;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107336;STB=0.577875;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0347674;OID=.;OPOS=145075775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:276:276:32:32:0.103896:16:16:114:162:16:16:114:162 chr1 145075809 . G A 139.14 PASS AF=0.124542;AO=35;DP=275;FAO=34;FDP=273;FR=.;FRO=239;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=95;FSRR=144;FWDB=0.0299075;FXX=0.00727246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.027;QD=2.03868;RBI=0.0367303;REFB=-0.0026957;REVB=-0.0213227;RO=238;SAF=19;SAR=16;SRF=96;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175978;STB=0.638476;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.019713;OID=.;OPOS=145075809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:273:238:239:35:34:0.124542:16:19:96:142:15:19:95:144 chr1 145075854 . G C 978.51 PASS AF=0.516129;AO=90;DP=180;FAO=96;FDP=186;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.0165879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.817;QD=21.0433;RBI=0.0178775;REFB=-0.00753452;REVB=-0.00666685;RO=85;SAF=35;SAR=55;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105998;STB=0.568088;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00746786;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:186:85:90:90:96:0.516129:55:35:43:42:61:35:45:45 chr1 145103928 . G A 229.23 PASS AF=0.145349;AO=50;DP=338;FAO=50;FDP=344;FR=.;FRO=294;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=147;FSRR=147;FWDB=-0.0181836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.413;QD=2.66548;RBI=0.0295965;REFB=-0.00159228;REVB=-0.0233519;RO=288;SAF=21;SAR=29;SRF=147;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116486;STB=0.5686;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0125457;OID=.;OPOS=145103928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:344:288:294:50:50:0.145349:29:21:147:141:29:21:147:147 chr1 145103947 . T C 693.67 PASS AF=0.273481;AO=99;DP=361;FAO=99;FDP=362;FR=.;FRO=263;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=131;FSRR=132;FWDB=0.00417515;FXX=0.00549435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.326;QD=7.66483;RBI=0.00493833;REFB=-0.000442298;REVB=0.00263727;RO=257;SAF=43;SAR=56;SRF=131;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931285;STB=0.546547;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00141028;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:362:257:263:99:99:0.273481:56:43:131:126:56:43:131:132 chr1 145109549 . G T 1286.35 PASS AF=0.207707;AO=220;DP=1065;FAO=221;FDP=1064;FR=.;FRO=843;FSAF=100;FSAR=121;FSRF=405;FSRR=438;FWDB=-0.00548305;FXX=0.000938958;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.825;QD=4.83589;RBI=0.00715274;REFB=0.000526374;REVB=-0.00459323;RO=838;SAF=100;SAR=120;SRF=404;SRR=434;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358507;STB=0.522241;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00241036;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1065:1064:838:843:220:221:0.207707:120:100:404:434:121:100:405:438 chr1 145109583 . C A 3961.49 PASS AF=0.410747;AO=444;DP=1103;FAO=451;FDP=1098;FR=.;FRO=647;FSAF=239;FSAR=212;FSRF=280;FSRR=367;FWDB=-0.026699;FXX=0.013477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.815;QD=14.4317;RBI=0.0422951;REFB=-0.0075256;REVB=0.0328031;RO=588;SAF=238;SAR=206;SRF=278;SRR=310;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650759;STB=0.557067;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00692287;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1103:1098:588:647:444:451:0.410747:206:238:278:310:212:239:280:367 chr1 145109661 . G A 850.86 PASS AF=0.181511;AO=158;DP=882;FAO=161;FDP=887;FR=.;FRO=726;FSAF=66;FSAR=95;FSRF=338;FSRR=388;FWDB=-0.00819896;FXX=0.00224969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.407;QD=3.837;RBI=0.00877349;REFB=-0.00275085;REVB=0.00312269;RO=720;SAF=65;SAR=93;SRF=337;SRR=383;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748828;STB=0.546267;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0119437;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:882:887:720:726:158:161:0.181511:93:65:337:383:95:66:338:388 chr1 145112414 . T C 427.6 PASS AF=0.203857;AO=74;DP=363;FAO=74;FDP=363;FR=.;FRO=289;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=147;FSRR=142;FWDB=0.114072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.199;QD=4.71179;RBI=0.114633;REFB=-0.00381951;REVB=0.0113343;RO=288;SAF=34;SAR=40;SRF=146;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612776;STB=0.539161;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.011802;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:363:288:289:74:74:0.203857:40:34:146:142:40:34:147:142 chr1 145112420 . C T 554.1 PASS AF=0.239554;AO=85;DP=358;FAO=86;FDP=359;FR=.;FRO=273;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=128;FSRR=145;FWDB=0.0452438;FXX=0.0027777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3933;QD=6.17386;RBI=0.0452693;REFB=0.00377511;REVB=-0.00152092;RO=271;SAF=49;SAR=36;SRF=127;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136616;STB=0.576565;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0109989;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:359:271:273:85:86:0.239554:36:49:127:144:37:49:128:145 chr1 145112428 . C T 465.23 PASS AF=0.213699;AO=77;DP=365;FAO=78;FDP=365;FR=.;FRO=287;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=145;FSRR=142;FWDB=-0.0149575;FXX=0.00273217;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2347;QD=5.09837;RBI=0.0156035;REFB=-0.00574096;REVB=-0.0044434;RO=286;SAF=34;SAR=43;SRF=144;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798275;STB=0.544484;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0266255;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:365:286:287:77:78:0.213699:43:34:144:142:43:35:145:142 chr1 145112485 . C T 505.44 PASS AF=0.246795;AO=77;DP=315;FAO=77;FDP=312;FR=.;FRO=235;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=112;FSRR=123;FWDB=-0.0455603;FXX=0.0126578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2428;QD=6.48002;RBI=0.0457871;REFB=0.0112629;REVB=0.00455221;RO=237;SAF=30;SAR=47;SRF=114;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117287;STB=0.566825;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0292472;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:312:237:235:77:77:0.246795:47:30:114:123:47:30:112:123 chr1 145115810 . A G 2872.39 PASS AF=0.452096;AO=301;DP=668;FAO=302;FDP=668;FR=.;FRO=366;FSAF=146;FSAR=156;FSRF=184;FSRR=182;FWDB=0.0118015;FXX=0.00149475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.05;QD=17.2;RBI=0.0151455;REFB=0.00541619;REVB=-0.00949265;RO=362;SAF=145;SAR=156;SRF=182;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208376;STB=0.510572;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00627288;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:668:668:362:366:301:302:0.452096:156:145:182:180:156:146:184:182 chr1 145115820 . T C 855.37 PASS AF=0.219092;AO=140;DP=638;FAO=140;FDP=639;FR=.;FRO=499;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=249;FSRR=250;FWDB=-0.0148111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.426;QD=5.3544;RBI=0.0206906;REFB=0.000378943;REVB=0.0144476;RO=498;SAF=67;SAR=73;SRF=248;SRR=250;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250054;STB=0.515956;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00399052;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:638:639:498:499:140:140:0.219092:73:67:248:250:73:67:249:250 chr1 145116147 . T TA 343.49 PASS AF=0.240909;AO=96;DP=451;FAO=106;FDP=440;FR=.;FRO=334;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=192;FSRR=142;FWDB=0.0736311;FXX=0.00677186;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.239;QD=3.1226;RBI=0.0844025;REFB=0.0135897;REVB=-0.0412582;RO=345;SAF=52;SAR=44;SRF=203;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609908;STB=0.535584;STBP=0.433;TYPE=ins;VARB=-0.0468773;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.240909:96:451:106:440:334:56:50:192:142:99:345:52:44:203:142 chr1 145116192 . TG T 249.5 PASS AF=0.246606;AO=113;DP=446;FAO=109;FDP=442;FR=.;FRO=333;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=191;FSRR=142;FWDB=0.147251;FXX=0.00896841;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.7404;QD=2.25794;RBI=0.147501;REFB=0.0296224;REVB=-0.008582;RO=294;SAF=59;SAR=54;SRF=163;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400333;STB=0.510679;STBP=0.814;TYPE=del;VARB=-0.0980842;OID=.;OPOS=145116193;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246606:113:446:109:442:333:61:48:191:142:99:294:59:54:163:131 chr1 145116311 . G T 284.43 PASS AF=0.304762;AO=19;DP=85;FAO=32;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=14;FWDB=0.0381473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.61;QD=10.8354;RBI=0.0382991;REFB=-0.0224289;REVB=-0.00340686;RO=54;SAF=17;SAR=2;SRF=42;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267058;STB=0.664295;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0703374;OID=.;OPOS=145116311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:105:54:68:19:32:0.304762:2:17:42:12:3:29:54:14 chr1 145116319 . G T 56.02 PASS AF=0.146067;AO=4;DP=87;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=11;FWDB=-0.00180793;FXX=0.0918274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.639;QD=2.51778;RBI=0.0230664;REFB=-0.0117254;REVB=0.0229954;RO=72;SAF=3;SAR=1;SRF=57;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055642;STB=0.783745;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0741892;OID=.;OPOS=145116319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:87:89:72:76:4:13:0.146067:1:3:57:15:6:7:65:11 chr1 145116325 . T G 32.75 PASS AF=0.0891089;AO=7;DP=88;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=72;FSRR=20;FWDB=-0.0205985;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=157.816;QD=1.29714;RBI=0.048416;REFB=-0.00599556;REVB=-0.0438156;RO=77;SAF=3;SAR=4;SRF=61;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428867;STB=0.719251;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.032434;OID=.;OPOS=145116325;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:88:101:77:92:7:9:0.0891089:4:3:61:16:4:5:72:20 chr1 145116326 . TG GT,TGT,TT 391.3 PASS AF=0.147541,0.42623,0.344262;AO=11,12,14;DP=70;FAO=9,26,21;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=6,18,9;FSAR=3,8,12;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00938307,0.0934984,0.0110844;FXX=0.265028;HRUN=7,8,1;LEN=2,1,1;MLLD=26.8396,7.16385,139.332;QD=25.6592;RBI=0.0551672,0.421115,0.0273839;REFB=-0.0103916,-0.014724,-0.00358268;REVB=0.0543634,0.410604,0.0250402;RO=9;SAF=7,9,7;SAR=4,3,7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0258248,0.0791542,-0.115717;STB=0.555438,0.520694,0.57136;STBP=0.656,0.686,0.169;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=0.0127096,0.0230176,0.0720248;OID=.,.,.;OPOS=145116326,145116328,145116327;OREF=TG,-,G;OALT=GT,T,T;OMAPALT=GT,TGT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:70:61:9:5:11,12,14:9,26,21:0.147541,0.42623,0.344262:4,3,7:7,9,7:6:3:3,8,12:6,18,9:4:1 chr1 145273302 . A G 469.09 PASS AF=0.225904;AO=75;DP=332;FAO=75;FDP=332;FR=.;FRO=257;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=220;FWDB=-0.0202853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.88;QD=5.65173;RBI=0.0287407;REFB=-0.0128861;REVB=-0.0203601;RO=252;SAF=42;SAR=33;SRF=36;SRR=216;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529296;STB=0.802937;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0245058;OID=.;OPOS=145273302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:252:257:75:75:0.225904:33:42:36:216:33:42:37:220 chr1 145273345 . T C 721.7 PASS AF=0.239316;AO=111;DP=469;FAO=112;FDP=468;FR=.;FRO=356;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=316;FWDB=-0.00415607;FXX=0.00425523;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.221;QD=6.16839;RBI=0.00544572;REFB=-0.0102082;REVB=0.00351894;RO=358;SAF=52;SAR=59;SRF=40;SRR=318;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500797;STB=0.783619;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0172156;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:469:468:358:356:111:112:0.239316:59:52:40:318:59:53:40:316 chr1 145273431 . A G 219.52 PASS AF=0.125571;AO=55;DP=438;FAO=55;FDP=438;FR=.;FRO=383;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=97;FSRR=286;FWDB=-0.0546238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.961;QD=2.00472;RBI=0.0708769;REFB=0.00271712;REVB=-0.0451639;RO=380;SAF=11;SAR=44;SRF=96;SRR=284;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094507;STB=0.566903;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0165491;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:438:380:383:55:55:0.125571:44:11:96:284:44:11:97:286 chr1 145281408 . C T 195.94 PASS AF=0.113924;AO=54;DP=474;FAO=54;FDP=474;FR=.;FRO=420;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=242;FSRR=178;FWDB=-0.0184457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.45;QD=1.65347;RBI=0.0196528;REFB=-0.00323162;REVB=-0.00678157;RO=420;SAF=24;SAR=30;SRF=242;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16423;STB=0.61513;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0289953;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:474:474:420:420:54:54:0.113924:30:24:242:178:30:24:242:178 chr1 145281543 . C T 1178.08 PASS AF=0.328859;AO=147;DP=447;FAO=147;FDP=447;FR=.;FRO=300;FSAF=80;FSAR=67;FSRF=143;FSRR=157;FWDB=0.00535104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.096;QD=10.5421;RBI=0.0239064;REFB=-0.0147513;REVB=-0.0232998;RO=299;SAF=80;SAR=67;SRF=143;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773368;STB=0.545321;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.03159;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:447:299:300:147:147:0.328859:67:80:143:156:67:80:143:157 chr1 145281613 . C A 196.02 PASS AF=0.130556;AO=47;DP=359;FAO=47;FDP=360;FR=.;FRO=313;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=128;FSRR=185;FWDB=-0.0338938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3113;QD=2.17802;RBI=0.0340508;REFB=0.00108557;REVB=-0.00326521;RO=312;SAF=26;SAR=21;SRF=128;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181023;STB=0.623465;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00433083;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:360:312:313:47:47:0.130556:21:26:128:184:21:26:128:185 chr1 145281633 . C A 236.07 PASS AF=0.146552;AO=50;DP=348;FAO=51;FDP=348;FR=.;FRO=297;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=136;FSRR=161;FWDB=-0.0775885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.56;QD=2.71349;RBI=0.0797291;REFB=-0.00650905;REVB=-0.018351;RO=297;SAF=27;SAR=23;SRF=136;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105216;STB=0.560771;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0383415;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:297:297:50:51:0.146552:23:27:136:161:24:27:136:161 chr1 145290409 . G A 174.85 PASS AF=0.120735;AO=45;DP=380;FAO=46;FDP=381;FR=.;FRO=335;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=141;FSRR=194;FWDB=0.000401553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.274;QD=1.83573;RBI=0.00126832;REFB=0.000447501;REVB=-0.00120307;RO=324;SAF=20;SAR=25;SRF=137;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277798;STB=0.512457;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00346408;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:381:324:335:45:46:0.120735:25:20:137:187:26:20:141:194 chr1 145290498 . T G 170.66 PASS AF=0.146341;AO=35;DP=246;FAO=36;FDP=246;FR=.;FRO=210;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=103;FSRR=107;FWDB=0.0411515;FXX=0.0199195;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.267;QD=2.77497;RBI=0.0434306;REFB=0.000806972;REVB=0.0138841;RO=208;SAF=12;SAR=23;SRF=103;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197381;STB=0.637042;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00536702;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:208:210:35:36:0.146341:23:12:103:105:24:12:103:107 chr1 145293425 . C A 525.94 PASS AF=0.157368;AO=110;DP=697;FAO=110;FDP=699;FR=.;FRO=589;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=334;FSRR=255;FWDB=-0.00117178;FXX=0.00142855;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.034;QD=3.00964;RBI=0.0205721;REFB=0.000356646;REVB=0.0205387;RO=569;SAF=62;SAR=48;SRF=315;SRR=254;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132358;STB=0.502936;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0021395;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:697:699:569:589:110:110:0.157368:48:62:315:254:48:62:334:255 chr1 145293428 . G C 642.07 PASS AF=0.172603;AO=126;DP=726;FAO=126;FDP=730;FR=.;FRO=604;FSAF=83;FSAR=43;FSRF=324;FSRR=280;FWDB=-0.0275297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1052;QD=3.51822;RBI=0.0409444;REFB=0.00194629;REVB=0.0303077;RO=600;SAF=83;SAR=43;SRF=320;SRR=280;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168482;STB=0.605016;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00930646;OID=.;OPOS=145293428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:726:730:600:604:126:126:0.172603:43:83:320:280:43:83:324:280 chr1 145293490 . G C 253.82 PASS AF=0.0781357;AO=115;DP=1460;FAO=114;FDP=1459;FR=.;FRO=1345;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=712;FSRR=633;FWDB=-0.0382498;FXX=0.000684927;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7618;QD=0.695868;RBI=0.0493968;REFB=-0.0032995;REVB=-0.0312569;RO=1335;SAF=56;SAR=59;SRF=708;SRR=627;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505562;STB=0.535121;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0466752;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1460:1459:1335:1345:115:114:0.0781357:59:56:708:627:58:56:712:633 chr1 145293498 . G C 1012.3 PASS AF=0.152778;AO=220;DP=1449;FAO=220;FDP=1440;FR=.;FRO=1220;FSAF=118;FSAR=102;FSRF=643;FSRR=577;FWDB=-3.92826e-05;FXX=0.0068965;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.356;QD=2.81193;RBI=0.0198505;REFB=-0.0067539;REVB=0.0198504;RO=1186;SAF=118;SAR=102;SRF=625;SRR=561;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012278;STB=0.507924;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0421424;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1449:1440:1186:1220:220:220:0.152778:102:118:625:561:102:118:643:577 chr1 145293510 . C G 1063.09 PASS AF=0.158374;AO=224;DP=1426;FAO=226;FDP=1427;FR=.;FRO=1201;FSAF=120;FSAR=106;FSRF=638;FSRR=563;FWDB=-0.0210176;FXX=0.00139957;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3348;QD=2.97993;RBI=0.0231742;REFB=-0.00361074;REVB=0.00976236;RO=1193;SAF=119;SAR=105;SRF=632;SRR=561;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00195425;STB=0.500212;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0184383;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1426:1427:1193:1201:224:226:0.158374:105:119:632:561:106:120:638:563 chr1 145293566 . G A 1688.13 PASS AF=0.259105;AO=249;DP=960;FAO=249;FDP=961;FR=.;FRO=712;FSAF=134;FSAR=115;FSRF=376;FSRR=336;FWDB=-0.00303195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.999;QD=7.02656;RBI=0.0157141;REFB=0.00113242;REVB=-0.0154188;RO=711;SAF=134;SAR=115;SRF=376;SRR=335;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117683;STB=0.50749;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00337334;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:960:961:711:712:249:249:0.259105:115:134:376:335:115:134:376:336 chr1 145296372 . A G 670.76 PASS AF=0.232143;AO=104;DP=449;FAO=104;FDP=448;FR=.;FRO=344;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=164;FSRR=180;FWDB=0.0218915;FXX=0.00665174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.347;QD=5.9889;RBI=0.0220526;REFB=0.00158261;REVB=-0.0026611;RO=341;SAF=64;SAR=40;SRF=163;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175797;STB=0.606876;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00607841;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:449:448:341:344:104:104:0.232143:40:64:163:178:40:64:164:180 chr1 145296478 . G T 1148.95 PASS AF=0.717557;AO=92;DP=129;FAO=94;FDP=131;FR=.;FRO=37;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0171536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.838;QD=35.0825;RBI=0.0189586;REFB=-0.00872766;REVB=0.00807349;RO=37;SAF=44;SAR=48;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765596;STB=0.537306;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00298052;OID=.;OPOS=145296478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:37:37:92:94:0.717557:48:44:23:14:48:46:23:14 chr1 145311083 . A C 3855.67 PASS AF=0.420477;AO=408;DP=994;FAO=423;FDP=1006;FR=.;FRO=583;FSAF=198;FSAR=225;FSRF=313;FSRR=270;FWDB=0.00756533;FXX=0.00297321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.446;QD=15.3307;RBI=0.0115944;REFB=-0.00454885;REVB=0.00878609;RO=571;SAF=197;SAR=211;SRF=312;SRR=259;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066665;STB=0.539825;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0056727;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:994:1006:571:583:408:423:0.420477:211:197:312:259:225:198:313:270 chr1 145311110 . G C 1558.07 PASS AF=0.240279;AO=240;DP=1003;FAO=241;FDP=1003;FR=.;FRO=762;FSAF=119;FSAR=122;FSRF=386;FSRR=376;FWDB=0.00854201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.517;QD=6.21364;RBI=0.00862239;REFB=-0.00143742;REVB=-0.00117463;RO=756;SAF=118;SAR=122;SRF=382;SRR=374;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173492;STB=0.509712;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00344574;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1003:1003:756:762:240:241:0.240279:122:118:382:374:122:119:386:376 chr1 145311828 . C G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000613604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.749;QD=28.5406;RBI=0.0702831;REFB=-0.0852432;REVB=-0.0702804;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00256385;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr1 145365372 . C G 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0163616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4414;QD=4.16604;RBI=0.0407604;REFB=0.00115258;REVB=0.0373324;RO=33;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068047;STB=0.546629;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00438007;OID=.;OPOS=145365372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:3:4:17:16:3:4:17:16 chr1 145368518 . C T 106.35 PASS AF=0.0847458;AO=40;DP=471;FAO=40;FDP=472;FR=.;FRO=432;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=213;FSRR=219;FWDB=-0.0332133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1437;QD=0.901289;RBI=0.0547704;REFB=-0.00400481;REVB=-0.0435508;RO=426;SAF=22;SAR=18;SRF=210;SRR=216;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672614;STB=0.55207;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0263565;OID=.;OPOS=145368518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:471:472:426:432:40:40:0.0847458:18:22:210:216:18:22:213:219 chr1 145379324 . C A 91.5 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0530666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.957;QD=5.15518;RBI=0.0533958;REFB=0.00478621;REVB=0.00592036;RO=56;SAF=8;SAR=7;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414725;STB=0.526281;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0234894;OID=.;OPOS=145379324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:56:56:15:15:0.211268:7:8:28:28:7:8:28:28 chr1 145379352 . T A 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00988728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.652;QD=6.30278;RBI=0.0214829;REFB=-0.00273637;REVB=0.0190724;RO=41;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446934;STB=0.528255;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0134299;OID=.;OPOS=145379352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:6:6:19:22:6:6:19:22 chr1 145395604 . T C 656.29 PASS AF=0.381443;AO=73;DP=196;FAO=74;FDP=194;FR=.;FRO=120;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=68;FWDB=-0.0557753;FXX=0.0152277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.994;QD=13.5317;RBI=0.0666895;REFB=0.00321688;REVB=0.0365596;RO=119;SAF=36;SAR=37;SRF=52;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616937;STB=0.532952;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00476327;OID=.;OPOS=145395604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:119:120:73:74:0.381443:37:36:52:67:38:36:52:68 chr1 145397947 . A G 247.96 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=31;FWDB=0.0724817;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4805;QD=15.9971;RBI=0.0744744;REFB=0.00605978;REVB=0.0171125;RO=34;SAF=5;SAR=23;SRF=3;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170479;STB=0.594655;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00216282;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:34:28:28:0.451613:23:5:3:31:23:5:3:31 chr1 145416912 . T G 61.23 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0851425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2711;QD=6.80371;RBI=0.0880374;REFB=-0.0030968;REVB=0.0223905;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303979;STB=0.688248;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0200626;OID=.;OPOS=145416912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:4:5:8:19:4:5:8:19 chr1 145442254 . G C 643.8 PASS AF=0.41573;AO=65;DP=169;FAO=74;FDP=178;FR=.;FRO=104;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=0.0372791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.181;QD=14.4673;RBI=0.0390066;REFB=-0.00530273;REVB=-0.0114799;RO=100;SAF=30;SAR=35;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560402;STB=0.5583;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0152495;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:178:100:104:65:74:0.41573:35:30:41:59:36:38:43:61 chr1 145532549 . T C 2160.94 PASS AF=0.967105;AO=147;DP=152;FAO=147;FDP=152;FR=.;FRO=5;FSAF=75;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00476103;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.661;QD=56.8668;RBI=0.00478384;REFB=0.019699;REVB=-0.000466614;RO=3;SAF=75;SAR=72;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00595279;STB=0.502955;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00174004;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:152:152:3:5:147:147:0.967105:72:75:2:1:72:75:3:2 chr1 145533084 . C CG,G 62.66 PASS AF=0.0857143,0.0514286;AO=25,14;DP=179;FAO=15,9;FDP=175;FR=.;FRO=151;FSAF=13,3;FSAR=2,6;FSRF=73;FSRR=78;FWDB=-0.0504268,-0.0675164;FXX=0.0056815;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=37.4809,54.8439;QD=1.43217;RBI=0.0706772,0.0918202;REFB=-0.0174263,-0.00743482;REVB=-0.0495217,-0.0622293;RO=137;SAF=22,6;SAR=3,8;SRF=61;SRR=76;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.562046,-0.0198448;STB=0.857597,0.643744;STBP=0.008,0.401;TYPE=ins,snp;VARB=0.133951,0.134368;OID=.,.;OPOS=145533085,145533084;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:179:175:137:151:25,14:15,9:0.0857143,0.0514286:3,8:22,6:61:76:2,6:13,3:73:78 chr1 145533175 . T C 731.55 PASS AF=0.453488;AO=78;DP=172;FAO=78;FDP=172;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.0050961;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.827;QD=17.0128;RBI=0.0165451;REFB=-0.00414553;REVB=0.0157407;RO=93;SAF=32;SAR=46;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627976;STB=0.532269;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00244683;OID=.;OPOS=145533175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:93:94:78:78:0.453488:46:32:44:49:46:32:44:50 chr1 145561594 . C T 269.95 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.00357023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.084;QD=14.9972;RBI=0.01621;REFB=-0.0175661;REVB=0.015812;RO=39;SAF=19;SAR=11;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341172;STB=0.706162;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00904651;OID=.;OPOS=145561594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:39:41:30:31:0.430556:11:19:11:28:11:20:11:30 chr1 145562293 . G C 388.85 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0535401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9848;QD=16.2019;RBI=0.056281;REFB=-0.0174832;REVB=-0.0173496;RO=54;SAF=21;SAR=20;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180671;STB=0.605413;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0272543;OID=.;OPOS=145562293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:55:41:41:0.427083:20:21:18:36:20:21:18:37 chr1 145562881 . T C 1781.38 PASS AF=0.5;AO=174;DP=349;FAO=174;FDP=348;FR=.;FRO=174;FSAF=57;FSAR=117;FSRF=88;FSRR=86;FWDB=-0.0146588;FXX=0.00286525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0626;QD=20.4756;RBI=0.0146664;REFB=0.00980041;REVB=-0.000473049;RO=174;SAF=57;SAR=117;SRF=88;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172052;STB=0.594501;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00889914;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:348:174:174:174:174:0.5:117:57:88:86:117:57:88:86 chr1 145586309 . C T 4767.2 PASS AF=1;AO=305;DP=305;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00687122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.209;QD=62.5206;RBI=0.0386528;REFB=0;REVB=0.0380372;RO=0;SAF=157;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51192e-05;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:305:305:0:0:305:305:1:148:157:0:0:148:157:0:0 chr1 145586403 . G T 5398.28 PASS AF=1;AO=330;DP=332;FAO=340;FDP=340;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204859;FXX=0.00584778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.093;QD=63.5092;RBI=0.0172079;REFB=0;REVB=0.0170856;RO=0;SAF=147;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12863e-06;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:332:340:0:0:330:340:1:183:147:0:0:188:152:0:0 chr1 145588905 . G A 473.04 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0645518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4044;QD=17.5201;RBI=0.0682886;REFB=-0.000867271;REVB=-0.02228;RO=54;SAF=29;SAR=22;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812856;STB=0.559496;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.000502817;OID=.;OPOS=145588905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:54:57:51:51:0.472222:22:29:26:28:22:29:26:31 chr1 145646250 . G GT,T 39.34 PASS AF=0.191489,0;AO=5,2;DP=47;FAO=9,0;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=4,0;FSAR=5,0;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0864071,-0.063816;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=93.1384,153.02;QD=3.3484;RBI=0.088149,0.0729517;REFB=-0.00555455,-0.00611163;REVB=-0.0174372,-0.0353478;RO=40;SAF=2,1;SAR=3,1;SRF=19;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0859045,0.0202843;STB=0.523757,0.5;STBP=0.956,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0919558,0;OID=.,.;OPOS=145646251,145646250;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:38:5,2:9,0:0.191489,0:3,1:2,1:19:21:5,0:4,0:18:20 chr1 146057292 . T C 424.18 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00154318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.899;QD=18.6451;RBI=0.0483401;REFB=-0.00897869;REVB=-0.0483155;RO=48;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117006;STB=0.565232;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00881677;OID=.;OPOS=146057292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:18:25:22:26:18:25:22:26 chr1 146395447 . A G 569.85 PASS AF=0.304527;AO=72;DP=241;FAO=74;FDP=243;FR=.;FRO=169;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=82;FSRR=87;FWDB=0.00329983;FXX=0.0161937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.707;QD=9.3803;RBI=0.0128482;REFB=-0.0152539;REVB=-0.0124172;RO=169;SAF=44;SAR=28;SRF=82;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15314;STB=0.596097;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0323564;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:243:169:169:72:74:0.304527:28:44:82:87:28:46:82:87 chr1 146476776 . T A 390.27 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0358754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.702;QD=14.4542;RBI=0.0364359;REFB=-0.0200886;REVB=0.0063663;RO=62;SAF=25;SAR=20;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241948;STB=0.509351;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0313416;OID=.;OPOS=146476776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:63:45:45:0.416667:20:25:33:29:20:25:34:29 chr1 146672906 . C T 3153.89 PASS AF=1;AO=202;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147769;FXX=0.0191378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.81;QD=61.5393;RBI=0.0246501;REFB=0;REVB=-0.01973;RO=0;SAF=89;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512625;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:206:205:0:0:202:205:1:113:89:0:0:113:92:0:0 chr1 146728162 . T TA 960.5 PASS AF=1;AO=81;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041438;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.7568;QD=46.2892;RBI=0.107724;REFB=0;REVB=-0.107644;RO=0;SAF=53;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00148145;OID=.;OPOS=146728163;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:84:83:83:0:53:30:0:0:18:0:53:28:0:0 chr1 146751782 . A C 3476.47 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00246237;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.081;QD=62.3581;RBI=0.0392215;REFB=0.0838568;REVB=0.0391442;RO=1;SAF=102;SAR=118;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046484;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26974e-05;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:221:223:1:0:220:223:1:118:102:1:0:120:103:0:0 chr1 146767149 . G T 3237.44 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000664461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.73;QD=61.9606;RBI=0.0180919;REFB=0;REVB=-0.0180797;RO=0;SAF=104;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43459e-05;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:209:0:0:208:209:1:104:104:0:0:104:105:0:0 chr1 147091490 . T C,TC 95.01 PASS AF=0,0.310345;AO=3,14;DP=62;FAO=0,18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=0,2;FSAR=0,16;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00504973,0.0188286;FXX=0.0333278;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=72.6272,31.2084;QD=6.55264;RBI=0.0217108,0.0259566;REFB=0.0128031,0.00116065;REVB=-0.0211153,-0.0178669;RO=40;SAF=0,2;SAR=3,12;SRF=26;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.579996,-0.596964;STB=0.5,0.888457;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0.0423866,-0.00934103;OID=.,.;OPOS=147091490,147091491;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:93:62:58:40:40:3,14:0,18:0,0.310345:3,12:0,2:26:14:0,16:0,2:27:13 chr1 147119273 . G A 1492.92 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123986;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.793;QD=58.5458;RBI=0.0124928;REFB=-0.0639215;REVB=0.0015313;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.50495;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000133281;OID=.;OPOS=147119273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:102:0:1:101:101:0.990196:50:51:0:0:50:51:0:1 chr1 147121977 . C T 3436.87 PASS AF=1;AO=219;DP=223;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202151;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2076;QD=62.2058;RBI=0.0239658;REFB=0.0223442;REVB=0.0238804;RO=0;SAF=101;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168206;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:223:221:0:0:219:221:1:118:101:0:0:118:103:0:0 chr1 147124310 . T G 3505.13 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2963;QD=62.5917;RBI=0.0303762;REFB=0;REVB=0.0149371;RO=0;SAF=102;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47181e-05;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:224:0:0:222:224:1:120:102:0:0:121:103:0:0 chr1 147229299 . G A 263.12 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0394185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8807;QD=42.099;RBI=0.0618723;REFB=-0.0100365;REVB=-0.0476902;RO=3;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581212;STB=0.53157;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00590719;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:13:9:2:1:13:9:2:1 chr1 147735804 . G GT 124.04 PASS AF=0.505263;AO=43;DP=99;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0188572;FXX=0.0306091;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.40256;QD=5.22287;RBI=0.156043;REFB=-0.0271922;REVB=-0.1549;RO=49;SAF=25;SAR=18;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493103;STB=0.515307;STBP=0.775;TYPE=ins;VARB=0.0260269;OID=.;OPOS=147735805;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.505263:43:99:48:95:47:27:21:25:22:99:49:25:18:26:23 chr1 147735828 . C T 1472.46 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0668072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.479;QD=63.3316;RBI=0.0672056;REFB=0;REVB=-0.00730692;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473667;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:39:54:0:0:39:54:0:0 chr1 147781062 . A G 2243.05 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.224;QD=63.1846;RBI=0.060703;REFB=0;REVB=-0.0179711;RO=0;SAF=63;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85594e-05;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:78:63:0:0:79:63:0:0 chr1 147806874 . G C 2159.67 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.957;QD=63.0561;RBI=0.0133635;REFB=0;REVB=-0.00317652;RO=0;SAF=58;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59527e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.734e-06;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:79:58:0:0:79:58:0:0 chr1 147806880 . T C 1987.44 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.817;QD=62.1075;RBI=0.0498096;REFB=0;REVB=0.0490419;RO=0;SAF=54;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60203e-05;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:74:54:0:0:74:54:0:0 chr1 147825732 . C G 329.52 PASS AF=0.376147;AO=40;DP=108;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.00556343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.478;QD=12.0924;RBI=0.011099;REFB=-0.0101724;REVB=0.00960398;RO=67;SAF=21;SAR=19;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133389;STB=0.586365;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0164998;OID=.;OPOS=147825732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:67:68:40:41:0.376147:19:21:27:40:19:22:27:41 chr1 147825763 . G A 322.05 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0153034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.639;QD=14.0022;RBI=0.0165124;REFB=-0.0108728;REVB=-0.00620201;RO=55;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107236;STB=0.566228;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0118778;OID=.;OPOS=147825763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:56:36:36:0.391304:16:20:25:30:16:20:25:31 chr1 147825765 . G A 324.03 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0202554;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.184;QD=14.2432;RBI=0.0202587;REFB=-0.00240334;REVB=-0.000369343;RO=55;SAF=19;SAR=17;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777135;STB=0.544156;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0175791;OID=.;OPOS=147825765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:55:55:36:36:0.395604:17:19:25:30:17:19:25:30 chr1 147825769 . G A 578.46 PASS AF=0.588889;AO=51;DP=89;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0234731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.72;QD=25.7092;RBI=0.0238814;REFB=0.0134998;REVB=0.00439711;RO=37;SAF=22;SAR=29;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843851;STB=0.536121;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0040614;OID=.;OPOS=147825769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:37:37:51:53:0.588889:29:22:20:17:29:24:20:17 chr1 148000817 . T C 41.52 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0165633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.288;QD=2.18527;RBI=0.0213515;REFB=-0.00324351;REVB=0.0134738;RO=66;SAF=4;SAR=5;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304632;STB=0.516188;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0282141;OID=.;OPOS=148000817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:66:67:9:9:0.118421:5:4:31:35:5:4:31:36 chr1 148000829 . G A 93.51 PASS AF=0.188235;AO=16;DP=85;FAO=16;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0274573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4999;QD=4.40052;RBI=0.0693509;REFB=0.0126801;REVB=0.0636839;RO=67;SAF=5;SAR=11;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196872;STB=0.617632;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0271017;OID=.;OPOS=148000829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:85:85:67:69:16:16:0.188235:11:5:31:36:11:5:31:38 chr1 148000850 . A G 1087.89 PASS AF=0.901099;AO=78;DP=91;FAO=82;FDP=91;FR=.;FRO=9;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0608337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.6221;QD=47.8195;RBI=0.170217;REFB=-0.0749142;REVB=0.158975;RO=11;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988068;STB=0.528453;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00866143;OID=.;OPOS=148000850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:91:91:11:9:78:82:0.901099:47:31:0:11:51:31:1:8 chr1 148000879 . C G 604.93 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=-0.009641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.195;QD=24.4418;RBI=0.0184923;REFB=0.00429479;REVB=-0.0157803;RO=44;SAF=20;SAR=35;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124429;STB=0.567878;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00290496;OID=.;OPOS=148000879;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:35:20:10:34:35:20:10:34 chr1 148004758 . A C 129.11 PASS AF=0.212766;AO=20;DP=96;FAO=20;FDP=94;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.000801378;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.571;QD=5.49421;RBI=0.00171812;REFB=0.00155933;REVB=0.00151977;RO=76;SAF=14;SAR=6;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273783;STB=0.681634;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0109439;OID=.;OPOS=148004758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:76:74:20:20:0.212766:6:14:37:39:6:14:35:39 chr1 148017578 . C T 328.82 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0016619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.711;QD=43.8421;RBI=0.111208;REFB=-0.00739807;REVB=-0.111196;RO=4;SAF=13;SAR=13;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537297;OID=.;OPOS=148017578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:13:13:2:2:13:13:2:2 chr1 148023040 . G C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0168414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.781;QD=20.838;RBI=0.0209526;REFB=-0.00443541;REVB=0.012465;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397983;STB=0.726799;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00409915;OID=.;OPOS=148023040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:5:0:6:3:5:0 chr1 149155848 . C T 1157.32 PASS AF=0.504386;AO=115;DP=226;FAO=115;FDP=228;FR=.;FRO=113;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=42;FSRR=71;FWDB=-0.0369177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8913;QD=20.3038;RBI=0.0435637;REFB=-0.00491071;REVB=-0.0231275;RO=111;SAF=56;SAR=59;SRF=41;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105888;STB=0.557332;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00708451;OID=.;OPOS=149155848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:228:111:113:115:115:0.504386:59:56:41:70:59:56:42:71 chr1 149211947 . C G 246.02 PASS AF=0.199074;AO=43;DP=213;FAO=43;FDP=216;FR=.;FRO=173;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=120;FWDB=-0.007414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4144;QD=4.55585;RBI=0.0455113;REFB=0.00665964;REVB=-0.0449033;RO=170;SAF=7;SAR=36;SRF=53;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263286;STB=0.664119;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0273335;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:216:170:173:43:43:0.199074:36:7:53:117:36:7:53:120 chr1 149211962 . T C 356.13 PASS AF=0.224409;AO=57;DP=253;FAO=57;FDP=254;FR=.;FRO=197;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=69;FSRR=128;FWDB=-0.00624889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.359;QD=5.60831;RBI=0.00868158;REFB=-0.0120335;REVB=0.00602671;RO=196;SAF=13;SAR=44;SRF=68;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185555;STB=0.617341;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.025874;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:254:196:197:57:57:0.224409:44:13:68:128:44:13:69:128 chr1 149211967 . G A 391.71 PASS AF=0.231343;AO=62;DP=266;FAO=62;FDP=268;FR=.;FRO=206;FSAF=15;FSAR=47;FSRF=72;FSRR=134;FWDB=-0.0022205;FXX=0.00371733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.984;QD=5.84638;RBI=0.0182387;REFB=-0.00238586;REVB=-0.018103;RO=200;SAF=15;SAR=47;SRF=71;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171965;STB=0.600935;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00553782;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:268:200:206:62:62:0.231343:47:15:71:129:47:15:72:134 chr1 149211975 . C A 486.39 PASS AF=0.2443;AO=75;DP=307;FAO=75;FDP=307;FR=.;FRO=232;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=79;FSRR=153;FWDB=0.00882347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2951;QD=6.33731;RBI=0.0254692;REFB=-0.000130126;REVB=-0.023892;RO=231;SAF=26;SAR=49;SRF=78;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126105;STB=0.505144;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.000826589;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:231:232:75:75:0.2443:49:26:78:153:49:26:79:153 chr1 149211992 . G A 608.78 PASS AF=0.250681;AO=92;DP=368;FAO=92;FDP=367;FR=.;FRO=275;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=91;FSRR=184;FWDB=-0.026801;FXX=0.00271732;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.898;QD=6.63519;RBI=0.0268074;REFB=-0.00353993;REVB=-0.00058409;RO=266;SAF=37;SAR=55;SRF=89;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903542;STB=0.556747;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00943763;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:367:266:275:92:92:0.250681:55:37:89:177:55:37:91:184 chr1 149211998 . T G 640.87 PASS AF=0.248705;AO=96;DP=386;FAO=96;FDP=386;FR=.;FRO=290;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=99;FSRR=191;FWDB=-0.0269033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8432;QD=6.64111;RBI=0.0273451;REFB=-0.00433646;REVB=-0.00489589;RO=285;SAF=38;SAR=58;SRF=94;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891943;STB=0.543534;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0126397;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:386:285:290:96:96:0.248705:58:38:94:191:58:38:99:191 chr1 149224135 . G A 356.83 PASS AF=0.189911;AO=64;DP=337;FAO=64;FDP=337;FR=.;FRO=273;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=133;FSRR=140;FWDB=-0.00404011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.868;QD=4.23541;RBI=0.00822987;REFB=9.39863e-05;REVB=-0.00716995;RO=273;SAF=32;SAR=32;SRF=133;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165895;STB=0.510383;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.000424791;OID=.;OPOS=149224135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:337:273:273:64:64:0.189911:32:32:133:140:32:32:133:140 chr1 149286469 . C G 563.04 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=50;FSRF=9;FSRR=68;FWDB=0.00243536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.511;QD=16.4391;RBI=0.0114851;REFB=-0.00201844;REVB=0.011224;RO=75;SAF=10;SAR=50;SRF=8;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118064;STB=0.553974;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00296895;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:75:77:60:60:0.437956:50:10:8:67:50:10:9:68 chr1 149287392 . T G 1309.06 PASS AF=0.380711;AO=150;DP=394;FAO=150;FDP=394;FR=.;FRO=244;FSAF=47;FSAR=103;FSRF=104;FSRR=140;FWDB=-0.0134251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.099;QD=13.29;RBI=0.0292659;REFB=0.00156097;REVB=-0.026005;RO=244;SAF=47;SAR=103;SRF=104;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13564;STB=0.576582;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00294467;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:394:244:244:150:150:0.380711:103:47:104:140:103:47:104:140 chr1 149294658 . G A 460.57 PASS AF=0.244828;AO=58;DP=278;FAO=71;FDP=290;FR=.;FRO=219;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=110;FSRR=109;FWDB=0.0278254;FXX=0.00343631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.62;QD=6.35275;RBI=0.0278466;REFB=-0.00631338;REVB=0.00108842;RO=216;SAF=20;SAR=38;SRF=109;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208226;STB=0.53902;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0176635;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:290:216:219:58:71:0.244828:38:20:109:107:39:32:110:109 chr1 149294663 . T C 30.65 PASS AF=0.057047;AO=16;DP=301;FAO=17;FDP=298;FR=.;FRO=281;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=137;FSRR=144;FWDB=-0.000620885;FXX=0.0165011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.605;QD=0.41141;RBI=0.00157521;REFB=-0.000167524;REVB=0.00144768;RO=282;SAF=9;SAR=7;SRF=136;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798919;STB=0.539386;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00151071;OID=.;OPOS=149294663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:301:298:282:281:16:17:0.057047:7:9:136:146:8:9:137:144 chr1 149294693 . G C 425.81 PASS AF=0.228669;AO=66;DP=293;FAO=67;FDP=293;FR=.;FRO=226;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=104;FSRR=122;FWDB=0.00790265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.543;QD=5.81314;RBI=0.0107826;REFB=-0.00130308;REVB=-0.00733563;RO=226;SAF=29;SAR=37;SRF=104;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267855;STB=0.521347;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0044178;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:226:226:66:67:0.228669:37:29:104:122:38:29:104:122 chr1 149298554 . C A 44.5 PASS AF=0.2;AO=7;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00391734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.349;QD=4.44959;RBI=0.00988273;REFB=-0.00992794;REVB=-0.00907319;RO=33;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667542;STB=0.554663;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00301057;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:40:40:33:32:7:8:0.2:5:2:11:22:5:3:10:22 chr1 149298562 . GC AT 49.08 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00697843;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.408;QD=4.0069;RBI=0.0129752;REFB=0.00141507;REVB=-0.0109388;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326874;STB=0.673088;STBP=0.357;TYPE=mnp;VARB=-0.00650536;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:37:41:8:8:0.163265:4:4:9:28:4:4:12:29 chr1 149298603 . G A 117.71 PASS AF=0.24;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.00638463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.993;QD=6.27804;RBI=0.0235074;REFB=-0.00112988;REVB=-0.0226238;RO=56;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134342;STB=0.587064;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00279159;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:57:18:18:0.24:10:8:19:37:10:8:19:38 chr1 149334339 . G C 2591.89 PASS AF=0.406732;AO=289;DP=714;FAO=290;FDP=713;FR=.;FRO=423;FSAF=87;FSAR=203;FSRF=183;FSRR=240;FWDB=-0.00201722;FXX=0.00140054;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.281;QD=14.5408;RBI=0.0066236;REFB=-0.00251267;REVB=0.00630895;RO=421;SAF=87;SAR=202;SRF=182;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153915;STB=0.587133;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00291781;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:714:713:421:423:289:290:0.406732:202:87:182:239:203:87:183:240 chr1 149514196 . G C 308.01 PASS AF=0.310606;AO=40;DP=131;FAO=41;FDP=132;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.00635984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.772;QD=9.33363;RBI=0.0306769;REFB=-0.00485966;REVB=-0.0300104;RO=86;SAF=12;SAR=28;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233116;STB=0.63312;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0121475;OID=.;OPOS=149514196;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:86:91:40:41:0.310606:28:12:42:44:29:12:43:48 chr1 149664423 . A G 1343.83 PASS AF=0.496377;AO=132;DP=271;FAO=137;FDP=276;FR=.;FRO=139;FSAF=52;FSAR=85;FSRF=61;FSRR=78;FWDB=0.0311319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.206;QD=19.4757;RBI=0.0319721;REFB=-0.00421829;REVB=-0.00728137;RO=132;SAF=48;SAR=84;SRF=60;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870502;STB=0.531216;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00336385;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:276:132:139:132:137:0.496377:84:48:60:72:85:52:61:78 chr1 149676264 . T C 39.17 PASS AF=0.07109;AO=15;DP=210;FAO=15;FDP=211;FR=.;FRO=196;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=94;FSRR=102;FWDB=-0.0262536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8118;QD=0.742645;RBI=0.0439613;REFB=-0.000348094;REVB=-0.0352611;RO=192;SAF=9;SAR=6;SRF=93;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127322;STB=0.611173;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00381103;OID=.;OPOS=149676264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:210:211:192:196:15:15:0.07109:6:9:93:99:6:9:94:102 chr1 149676401 . A G 108.05 PASS AF=0.175439;AO=19;DP=113;FAO=20;FDP=114;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.0262609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.106;QD=3.79117;RBI=0.026555;REFB=-0.0061938;REVB=-0.00394131;RO=91;SAF=8;SAR=11;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148143;STB=0.616609;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.023379;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:91:94:19:20:0.175439:11:8:49:42:12:8:51:43 chr1 149680227 . A G 553.5 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0284821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.544;QD=18.2974;RBI=0.0291591;REFB=-0.00355679;REVB=-0.00624678;RO=62;SAF=35;SAR=23;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142963;STB=0.583472;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00390154;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:62:63:58:58:0.479339:23:35:28:34:23:35:28:35 chr1 149684085 . T C 58.31 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=-0.0199331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8813;QD=4.76008;RBI=0.0259602;REFB=-0.00668552;REVB=0.0166314;RO=40;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375102;STB=0.733913;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0512279;OID=.;OPOS=149684085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:5:4:7:33:5:4:7:33 chr1 149684119 . TA T 934.39 PASS AF=0.638462;AO=81;DP=129;FAO=83;FDP=130;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=0.0326473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.612;QD=28.7504;RBI=0.0326487;REFB=0.00491991;REVB=-0.000303157;RO=47;SAF=26;SAR=55;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873758;STB=0.547883;STBP=0.206;TYPE=del;VARB=-0.00291617;OID=.;OPOS=149684120;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.638462:81:129:83:130:47:27:56:10:37:99:47:26:55:10:37 chr1 149684166 . G A 406.1 PASS AF=0.337748;AO=51;DP=151;FAO=51;FDP=151;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=66;FWDB=0.0134773;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3915;QD=10.7575;RBI=0.0422363;REFB=0.00129315;REVB=-0.0400284;RO=99;SAF=12;SAR=39;SRF=34;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154718;STB=0.58739;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00271658;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:99:100:51:51:0.337748:39:12:34:65:39:12:34:66 chr1 149684169 . G A 406.24 PASS AF=0.337748;AO=51;DP=150;FAO=51;FDP=151;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=66;FWDB=-0.067209;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.577;QD=10.7613;RBI=0.068042;REFB=-0.00900562;REVB=-0.0106143;RO=98;SAF=12;SAR=39;SRF=34;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158854;STB=0.58739;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0190835;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:98:100:51:51:0.337748:39:12:34:64:39:12:34:66 chr1 149684171 . A T 416.51 PASS AF=0.342105;AO=52;DP=152;FAO=52;FDP=152;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=66;FWDB=0.0110958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.708;QD=10.9608;RBI=0.019299;REFB=-0.0151844;REVB=0.0157903;RO=100;SAF=12;SAR=40;SRF=34;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157442;STB=0.591222;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0149668;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:100:100:52:52:0.342105:40:12:34:66:40:12:34:66 chr1 149711815 . G A 75.07 PASS AF=0.0849057;AO=27;DP=320;FAO=27;FDP=318;FR=.;FRO=291;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=135;FSRR=156;FWDB=-0.0079885;FXX=0.0062498;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.979;QD=0.944228;RBI=0.00850916;REFB=-0.00130682;REVB=-0.00293081;RO=270;SAF=5;SAR=22;SRF=129;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363407;STB=0.775601;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0308349;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:320:318:270:291:27:27:0.0849057:22:5:129:141:22:5:135:156 chr1 149711845 . C A 98.04 PASS AF=0.0949367;AO=24;DP=309;FAO=30;FDP=316;FR=.;FRO=286;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=120;FSRR=166;FWDB=-0.0357064;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4759;QD=1.24106;RBI=0.0374718;REFB=-0.000189399;REVB=-0.0113661;RO=284;SAF=8;SAR=16;SRF=119;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102594;STB=0.651745;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000941803;OID=.;OPOS=149711845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:309:316:284:286:24:30:0.0949367:16:8:119:165:22:8:120:166 chr1 149906413 . T C 917.52 PASS AF=0.464115;AO=97;DP=210;FAO=97;FDP=209;FR=.;FRO=112;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=0.0262175;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.484;QD=17.5601;RBI=0.0350933;REFB=-0.00413639;REVB=0.0233277;RO=110;SAF=37;SAR=60;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550814;STB=0.536257;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00504156;OID=.;OPOS=149906413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:110:112:97:97:0.464115:60:37:48:62:60:37:50:62 chr1 149914683 . G A 238.35 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.0403;QD=50.1796;RBI=0.122163;REFB=0;REVB=0.000425863;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00818477;OID=.;OPOS=149914683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:11:5:0:0:12:7:0:0 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCATCCTCCTCT,CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 547.31 PASS AF=0.039604,0.405941,0.118812;AO=4,36,14;DP=104;FAO=4,41,12;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=1,10,7;FSAR=3,31,5;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0786152,-0.00427722,-0.00273021;FXX=0.0471654;HRUN=2,2,2;LEN=4,6,1;MLLD=151.043,134.272,49.9581;QD=21.6756;RBI=0.0786528,0.00476043,0.0582919;REFB=-0.0401762,-0.0459422,-0.0223376;REVB=-0.00243194,-0.00208975,-0.0582279;RO=41;SAF=1,6,9;SAR=3,30,5;SRF=14;SRR=27;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.113811,-0.241224,0.352112;STB=0.576518,0.549458,0.6997;STBP=0.828,0.488,0.144;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.054418,0.0517543,0.0371134;OID=.,.,.;OPOS=150199042,150199040,150199051;OREF=CTCT,TCCTCT,T;OALT=ATCC,-,C;OMAPALT=CTCATCCTCCTCT,CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.039604,0.405941,0.118812:4,36,14:104:4,41,12:101:44:1,10,7:3,31,5:14:30:99:41:1,6,9:3,30,5:14:27 chr1 150199123 . G T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.115921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.625;QD=21.5109;RBI=0.115923;REFB=-0.0613198;REVB=-0.000670377;RO=19;SAF=2;SAR=19;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133101;STB=0.575677;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0205739;OID=.;OPOS=150199123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:19:2:3:16:19:2:3:16 chr1 150278741 . G GTC 310.42 PASS AF=0.460526;AO=31;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0020522;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.887;QD=16.3376;RBI=0.0339848;REFB=0.00270794;REVB=-0.0339227;RO=38;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188027;STB=0.584222;STBP=0.186;TYPE=ins;VARB=-0.00292947;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460526:31:77:35:76:41:15:20:24:17:99:38:12:19:22:16 chr1 150390182 . G A 237.71 PASS AF=0.353659;AO=27;DP=81;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0642919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2168;QD=11.5955;RBI=0.064661;REFB=-0.0215641;REVB=0.00689928;RO=49;SAF=10;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136424;STB=0.585557;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0213179;OID=.;OPOS=150390182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:49:53:27:29:0.353659:17:10:24:25:18:11:27:26 chr1 150483355 . C T 563.9 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=138;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.000106248;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.826;QD=16.4642;RBI=0.0212067;REFB=-0.0150436;REVB=0.0212064;RO=77;SAF=24;SAR=36;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121684;STB=0.568024;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0155232;OID=.;OPOS=150483355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:77:77:60:60:0.437956:36:24:40:37:36:24:40:37 chr1 150484987 . G A 943.14 PASS AF=0.477157;AO=94;DP=197;FAO=94;FDP=197;FR=.;FRO=103;FSAF=27;FSAR=67;FSRF=41;FSRR=62;FWDB=0.00216245;FXX=0.0100497;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.646;QD=19.15;RBI=0.00837561;REFB=-0.00645223;REVB=0.00809165;RO=103;SAF=27;SAR=67;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120435;STB=0.566722;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0052722;OID=.;OPOS=150484987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:103:103:94:94:0.477157:67:27:41:62:67:27:41:62 chr1 150526877 . C A 204.9 PASS AF=0.213836;AO=32;DP=157;FAO=34;FDP=159;FR=.;FRO=125;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=89;FWDB=-0.00567142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.945;QD=5.15472;RBI=0.00869766;REFB=-0.00167905;REVB=-0.00659426;RO=124;SAF=7;SAR=25;SRF=36;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120409;STB=0.588388;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00468356;OID=.;OPOS=150526877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:124:125:32:34:0.213836:25:7:36:88:27:7:36:89 chr1 150531008 . T C 2240.85 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432205;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.53;QD=63.1224;RBI=0.0472045;REFB=0;REVB=0.0189803;RO=0;SAF=60;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015564;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:140:142:1:80:60:0:0:81:61:0:0 chr1 150531050 . G A 2183.44 PASS AF=1;AO=86;DP=141;FAO=139;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402442;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5044;QD=62.8329;RBI=0.0402442;REFB=0;REVB=-2.02475e-05;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98427e-05;OID=.;OPOS=150531050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:139:0:0:86:139:1:41:45:0:0:76:63:0:0 chr1 150531170 . C T 1339.67 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.912;QD=62.3101;RBI=0.0169528;REFB=0;REVB=0.000319907;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93354e-05;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:55:31:0:0:55:31:0:0 chr1 150548887 . C CCTAT,T 144.4 PASS AF=1,0;AO=10,3;DP=13;FAO=13,0;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183957,-0.0157074;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=328.856,139.134;QD=44.4292;RBI=0.0207366,0.0157075;REFB=0,0;REVB=0.00957102,-3.19124e-05;RO=0;SAF=4,0;SAR=6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000176715,0.0105919;OID=.,.;OPOS=150548888,150548887;OREF=-,C;OALT=CTAT,T;OMAPALT=CCTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:10,3:13,0:1,0:6,3:4,0:0:0:9,0:4,0:0:0 chr1 150595354 . GAAAAAAAAAAA GAAAAAAAA,GAAAAAAA,GAAAAAAAAAAC 147.8 PASS AF=0.555556,0,0.444444;AO=3,4,2;DP=22;FAO=10,0,8;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,6;FSAR=10,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641935,0.0581506,0.0728307;FXX=0.181736;HRUN=14,14,14;LEN=3,4,1;MLLD=9.91003,9.79555,135.069;QD=32.844;RBI=0.113077,0.0975803,0.0865404;REFB=0,0,0;REVB=-0.0930888,-0.0783608,-0.0467432;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=3,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.121019,0.112942,-0.0224209;OID=.,.,.;OPOS=150595355,150595355,150595365;OREF=AAA,AAAA,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=GAAAAAAAA,GAAAAAAA,GAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.555556,0,0.444444:3,4,2:22:10,0,8:18:0:0,0,6:10,0,2:0:0:40:0:0,0,2:3,4,0:0:0 chr1 150679033 . G A 451.7 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0338955;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.838;QD=19.2215;RBI=0.0341954;REFB=-0.0365086;REVB=0.00451929;RO=49;SAF=24;SAR=21;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00255977;STB=0.501424;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.037247;OID=.;OPOS=150679033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:49:49:45:45:0.478723:21:24:26:23:21:24:26:23 chr1 150727539 . G A 437.89 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00828259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2855;QD=21.6242;RBI=0.0115285;REFB=0.0172477;REVB=-0.00801907;RO=38;SAF=22;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991954;STB=0.554703;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0129633;OID=.;OPOS=150727539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:21:22:15:23:21:22:15:23 chr1 150771703 . T C 1936.79 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106093;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.653;QD=61.9774;RBI=0.0112388;REFB=0;REVB=-0.00370863;RO=0;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59905e-06;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:124:125:1:60:64:0:0:60:65:0:0 chr1 150779755 . C T 3490.78 PASS AF=0.982609;AO=226;DP=230;FAO=226;FDP=230;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=130;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00460449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8082;QD=60.7092;RBI=0.0214879;REFB=-0.0396361;REVB=-0.0209888;RO=2;SAF=96;SAR=130;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00982253;STB=0.510203;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00269451;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:230:230:2:4:226:226:0.982609:130:96:2:0:130:96:4:0 chr1 150808889 . C G 674.48 PASS AF=0.468966;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0254226;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.526;QD=18.6063;RBI=0.0341499;REFB=-0.00658871;REVB=0.0228014;RO=75;SAF=37;SAR=31;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00243367;STB=0.506226;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00662323;OID=.;OPOS=150808889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:75:77:68:68:0.468966:31:37:41:34:31:37:41:36 chr1 150937766 . ATTTTT AATTTT,ATTTT,ATTTTA 1968.75 PASS AF=0.00581395,0.994186,0;AO=11,56,69;DP=174;FAO=1,171,0;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=0,81,0;FSAR=1,90,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862177,0.213243,-0.266516;FXX=0.0114936;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=6.75906,15.6875,12.4719;QD=45.7849;RBI=0.0874061,0.227286,0.277744;REFB=0.0170982,0.00643797,-0.0536017;REVB=-0.014364,0.0786546,-0.0781737;RO=3;SAF=5,6,48;SAR=6,50,21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0468493,-0.0539019,0.0331757;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0645151,0.0156192,-0.0190209;OID=.,.,.;OPOS=150937767,150937767,150937771;OREF=T,T,T;OALT=A,-,A;OMAPALT=AATTTT,ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.00581395,0.994186,0:11,56,69:174:1,171,0:172:0:0,81,0:1,90,0:0:0:7:3:5,6,48:6,50,21:1:2 chr1 150940357 . GC TT 215.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.00412229;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=165.462;QD=15.156;RBI=0.00661107;REFB=0.00307073;REVB=-0.00516846;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281639;STB=0.629862;STBP=0.131;TYPE=mnp;VARB=-0.00314373;OID=.;OPOS=150940357;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:32:25:25:0.438596:14:11:5:25:14:11:7:25 chr1 150960350 . A C 2140.67 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.362;QD=62.9608;RBI=0.0296153;REFB=0;REVB=0.0293589;RO=0;SAF=74;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64401e-05;OID=.;OPOS=150960350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:62:74:0:0:62:74:0:0 chr1 150969567 . A G 2319.64 PASS AF=0.993197;AO=144;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345857;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.767;QD=63.1194;RBI=0.0473905;REFB=-0.0223132;REVB=0.032399;RO=1;SAF=75;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684221;STB=0.503546;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000394689;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:144:146:0.993197:69:75:0:1:70:76:0:1 chr1 150969992 . T C 1186.69 PASS AF=0.9875;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.308;QD=59.3343;RBI=0.056529;REFB=-0.0537797;REVB=0.0356292;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000847211;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:80:0:1:76:79:0.9875:46:30:0:0:49:30:0:1 chr1 150970577 . G T 1208.05 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1068;QD=61.1673;RBI=0.0800374;REFB=0;REVB=0.0577997;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65621e-05;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:79:0:0:74:79:1:30:44:0:0:31:48:0:0 chr1 150975108 . T C 255.32 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00495093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.517;QD=13.2635;RBI=0.019282;REFB=0.00180779;REVB=-0.0186355;RO=47;SAF=9;SAR=21;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215652;STB=0.623869;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0018099;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:21:9:23:24:21:9:23:24 chr1 150995236 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.743;QD=42.1824;RBI=0.0510818;REFB=0;REVB=0.0282473;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585364;OID=.;OPOS=150995236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr1 150999737 . A G 331.27 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0443462;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.7463;QD=13.9482;RBI=0.0595147;REFB=-0.0050483;REVB=0.0396914;RO=58;SAF=23;SAR=14;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00106193;STB=0.500604;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00958623;OID=.;OPOS=150999737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:14:23:36:22:14:23:36:22 chr1 151006539 . C A 975.42 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7379;QD=59.1163;RBI=0.186016;REFB=0;REVB=0.182188;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127276;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:66:0:0:60:66:1:37:23:0:0:43:23:0:0 chr1 151019180 . A G 1428.57 PASS AF=0.962264;AO=101;DP=106;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0148622;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.2929;QD=53.9082;RBI=0.0291925;REFB=-0.108914;REVB=0.025126;RO=4;SAF=38;SAR=63;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009735;STB=0.504957;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00596833;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:106:106:4:4:101:102:0.962264:63:38:1:3:64:38:1:3 chr1 151040435 . G A 1750.87 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.158;QD=60.3749;RBI=0.0317371;REFB=0;REVB=-0.0314508;RO=0;SAF=68;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95179e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79655e-06;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:116:0:0:107:116:1:39:68:0:0:44:72:0:0 chr1 151104950 . G A 1480.43 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000548427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.078;QD=58.6308;RBI=0.0417706;REFB=-0.0298967;REVB=0.041767;RO=1;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903581;STB=0.504761;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=4.32926e-05;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:52:48:0:1:52:48:0:1 chr1 151105824 . C G 994.97 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.404;QD=56.8552;RBI=0.0820174;REFB=0;REVB=-0.0623044;RO=2;SAF=21;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428997;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465662;OID=.;OPOS=151105824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:2:0:68:70:1:47:21:2:0:47:23:0:0 chr1 151108137 . T G 1940.66 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0852242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0735;QD=61.6084;RBI=0.0890333;REFB=0;REVB=0.0257636;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297947;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:122:126:1:56:66:0:0:58:68:0:0 chr1 151143944 . G A 331.87 PASS AF=0.292994;AO=44;DP=157;FAO=46;FDP=157;FR=.;FRO=111;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=63;FSRR=48;FWDB=0.0283556;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.377;QD=8.45518;RBI=0.0283778;REFB=-0.000390214;REVB=0.00112352;RO=113;SAF=18;SAR=26;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190495;STB=0.623709;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000966933;OID=.;OPOS=151143944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:113:111:44:46:0.292994:26:18:64:49:28:18:63:48 chr1 151209063 . C T 514.31 PASS AF=0.434109;AO=55;DP=129;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.015645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.923;QD=15.9474;RBI=0.101613;REFB=0.000580998;REVB=-0.100402;RO=73;SAF=30;SAR=25;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307859;STB=0.522605;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00122779;OID=.;OPOS=151209063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:73:73:55:56:0.434109:25:30:42:31:26:30:42:31 chr1 151239051 . T C 256.3 PASS AF=0.270677;AO=36;DP=134;FAO=36;FDP=133;FR=.;FRO=97;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.01057;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.182;QD=7.70833;RBI=0.0116863;REFB=-0.00994303;REVB=-0.00498458;RO=96;SAF=14;SAR=22;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353599;STB=0.525616;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0292754;OID=.;OPOS=151239051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:96:97:36:36:0.270677:22:14:40:56:22:14:41:56 chr1 151254036 . T A 772.72 PASS AF=0.423469;AO=82;DP=196;FAO=83;FDP=196;FR=.;FRO=113;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=76;FWDB=-0.0130541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.93;QD=15.7698;RBI=0.013348;REFB=-0.00846866;REVB=0.00278584;RO=112;SAF=29;SAR=53;SRF=36;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369121;STB=0.514041;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0118973;OID=.;OPOS=151254036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:112:113:82:83:0.423469:53:29:36:76:54:29:37:76 chr1 151254041 . T C 833.77 PASS AF=0.443878;AO=87;DP=196;FAO=87;FDP=196;FR=.;FRO=109;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=35;FSRR=74;FWDB=-0.005017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.511;QD=17.0157;RBI=0.00878222;REFB=-0.00737076;REVB=0.00720813;RO=105;SAF=32;SAR=55;SRF=31;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078918;STB=0.528344;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0123524;OID=.;OPOS=151254041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:105:109:87:87:0.443878:55:32:31:74:55:32:35:74 chr1 151288172 . G A 304.96 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.00355364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.578;QD=15.0599;RBI=0.0253053;REFB=-0.0111247;REVB=0.0250545;RO=46;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164804;STB=0.596846;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0166433;OID=.;OPOS=151288172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:20:14:12:34:20:14:12:35 chr1 151288391 . A G 1644.18 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657537;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.729;QD=60.3369;RBI=0.0253471;REFB=0;REVB=0.0244794;RO=0;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62033e-05;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:48:61:0:0:48:61:0:0 chr1 151316161 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.695;QD=51.1839;RBI=0.00702504;REFB=0;REVB=0.000150252;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50352e-05;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr1 151376067 . A G 1154.3 PASS AF=0.88172;AO=82;DP=94;FAO=82;FDP=93;FR=.;FRO=11;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0165142;FXX=0.0210504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=66.3511;QD=49.6472;RBI=0.020023;REFB=-0.0177064;REVB=-0.0113227;RO=4;SAF=38;SAR=44;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252929;STB=0.50974;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000554455;OID=.;OPOS=151376067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:94:93:4:11:82:82:0.88172:44:38:3:1:44:38:6:5 chr1 151376075 . T C 1255.34 PASS AF=0.934066;AO=85;DP=90;FAO=85;FDP=91;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00980086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0456;QD=55.1798;RBI=0.0433934;REFB=-0.192406;REVB=-0.0422721;RO=4;SAF=43;SAR=42;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217553;STB=0.511373;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.012358;OID=.;OPOS=151376075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:90:91:4:6:85:85:0.934066:42:43:1:3:43:42:4:2 chr1 151377407 . A C 4019.83 PASS AF=1;AO=259;DP=260;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415099;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.629;QD=62.0823;RBI=0.0419852;REFB=-0.0449775;REVB=0.00629968;RO=0;SAF=127;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26497e-05;OID=.;OPOS=151377407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:260:259:0:0:259:259:1:132:127:0:0:132:127:0:0 chr1 151501841 . C G 697.46 PASS AF=0.466667;AO=70;DP=150;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.0366805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.312;QD=18.5989;RBI=0.0371905;REFB=-0.0364772;REVB=-0.0061379;RO=78;SAF=33;SAR=37;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758812;STB=0.548447;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0353799;OID=.;OPOS=151501841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:78:80:70:70:0.466667:37:33:43:35:37:33:45:35 chr1 151511109 . T C 281.04 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00889874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2362;QD=14.4125;RBI=0.0212636;REFB=-0.0166358;REVB=0.019312;RO=45;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1438;STB=0.564063;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0191947;OID=.;OPOS=151511109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:45:46:31:32:0.410256:15:16:17:28:16:16:18:28 chr1 151512895 . A G 965.39 PASS AF=0.414545;AO=100;DP=261;FAO=114;FDP=275;FR=.;FRO=161;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=75;FSRR=86;FWDB=0.0363322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.701;QD=14.042;RBI=0.0379945;REFB=-0.0228071;REVB=0.0111155;RO=160;SAF=44;SAR=56;SRF=75;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317257;STB=0.525117;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0286522;OID=.;OPOS=151512895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:275:160:161:100:114:0.414545:56:44:75:85:56:58:75:86 chr1 151666826 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTC,TCTTTTTTTTTT 194.37 PASS AF=0.865169,0.123596,0.011236;AO=33,6,5;DP=95;FAO=77,11,1;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50,7,0;FSAR=27,4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.483766,-0.178509,-0.303502;FXX=0.0824657;HRUN=11,11,1;LEN=1,1,2;MLLD=3.61674,15.4468,16.166;QD=8.73584;RBI=0.52767,0.1857,0.306477;REFB=0,0,0;REVB=0.210727,0.051175,-0.0426001;RO=22;SAF=21,3,3;SAR=12,3,2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0698323,-0.0533155,0.0647329;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0156829,-0.0809948,-0.00507384;OID=.,.,.;OPOS=151666827,151666837,151666826;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTC,TCTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:95:89:22:0:33,6,5:77,11,1:0.865169,0.123596,0.011236:12,3,2:21,3,3:12:10:27,4,1:50,7,0:0:0 chr1 151670590 . CAG C,CG 2165.33 PASS AF=1,0;AO=114,20;DP=144;FAO=139,0;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=62,0;FSAR=77,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481747,0.00411804;FXX=0.0211253;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=245.941,236.55;QD=62.3117;RBI=0.0693344,0.048248;REFB=0,0;REVB=0.0691668,0.048072;RO=0;SAF=59,2;SAR=55,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.19193e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000249336,0.00814834;OID=.,.;OPOS=151670591,151670591;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:114,20:144:139,0:139:0:62,0:77,0:0:0:12:0:59,2:55,18:0:0 chr1 151675414 . A G 826.76 PASS AF=0.924242;AO=62;DP=66;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00288241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1056;QD=50.1068;RBI=0.00642456;REFB=0.0204658;REVB=0.00574167;RO=4;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554399;STB=0.537301;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0061094;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:66:66:4:5:62:61:0.924242:32:30:0:4:31:30:0:5 chr1 151686983 . T A 2158.67 PASS AF=1;AO=116;DP=140;FAO=138;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110112;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7419;QD=62.5701;RBI=0.132238;REFB=0;REVB=-0.0732264;RO=0;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665825;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:138:0:0:116:138:1:70:46:0:0:72:66:0:0 chr1 151733335 . T G 146.35 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00113789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0695;QD=16.7259;RBI=0.0198093;REFB=-0.00435396;REVB=0.0197766;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158357;STB=0.50908;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00713317;OID=.;OPOS=151733335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:8:11:9:7:8:11 chr1 151735545 . A G 922.51 PASS AF=0.563291;AO=88;DP=157;FAO=89;FDP=158;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.019489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4953;QD=23.3546;RBI=0.0471204;REFB=0.011144;REVB=-0.0429011;RO=69;SAF=39;SAR=49;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00497312;STB=0.500072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00929828;OID=.;OPOS=151735545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:69:69:88:89:0.563291:49:39:31:38:49:40:31:38 chr1 151735576 . T C 567.8 PASS AF=0.430464;AO=57;DP=144;FAO=65;FDP=151;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.0106085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.705;QD=15.041;RBI=0.0108497;REFB=-0.0157852;REVB=0.00227485;RO=84;SAF=24;SAR=33;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00476102;STB=0.509189;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0214891;OID=.;OPOS=151735576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:151:84:86:57:65:0.430464:33:24:35:49:36:29:37:49 chr1 151740666 . T C 2375.85 PASS AF=0.981366;AO=156;DP=161;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.102927;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.729;QD=59.0274;RBI=0.103504;REFB=-0.0743765;REVB=-0.0109112;RO=3;SAF=78;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598087;STB=0.503223;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00625146;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:161:161:3:3:156:158:0.981366:78:78:1:2:78:80:1:2 chr1 151746202 . T A 919.21 PASS AF=0.486772;AO=92;DP=189;FAO=92;FDP=189;FR=.;FRO=97;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.00916629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.975;QD=19.4542;RBI=0.00916639;REFB=-0.00641696;REVB=-4.46215e-05;RO=97;SAF=57;SAR=35;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147568;STB=0.58141;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00664378;OID=.;OPOS=151746202;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:97:97:92:92:0.486772:35:57:45:52:35:57:45:52 chr1 151773851 . T A 520.78 PASS AF=0.542857;AO=51;DP=99;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.00425528;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8548;QD=19.839;RBI=0.0241181;REFB=-0.00876682;REVB=-0.0237397;RO=39;SAF=14;SAR=37;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00745534;STB=0.517641;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0127469;OID=.;OPOS=151773851;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:105:39:48:51:57:0.542857:37:14:11:28:41:16:12:36 chr1 151801951 . G A 711.39 PASS AF=0.40796;AO=80;DP=197;FAO=82;FDP=201;FR=.;FRO=119;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=0.00278312;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.8461;QD=14.157;RBI=0.034246;REFB=-0.0370788;REVB=0.0341328;RO=115;SAF=38;SAR=42;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343876;STB=0.504733;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0468225;OID=.;OPOS=151801951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:201:115:119:80:82:0.40796:42:38:55:60:42:40:59:60 chr1 151803449 . G T 2992.73 PASS AF=0.462798;AO=309;DP=674;FAO=311;FDP=672;FR=.;FRO=361;FSAF=161;FSAR=150;FSRF=179;FSRR=182;FWDB=-0.00249855;FXX=0.00591707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4801;QD=17.8139;RBI=0.0224461;REFB=-0.00647137;REVB=-0.0223066;RO=358;SAF=161;SAR=148;SRF=179;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205295;STB=0.511737;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00950743;OID=.;OPOS=151803449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:674:672:358:361:309:311:0.462798:148:161:179:179:150:161:179:182 chr1 151814234 . A G 958.68 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0236864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.784;QD=57.2346;RBI=0.0265562;REFB=-0.0593132;REVB=0.0120076;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000357473;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:65:66:0.985075:35:30:0:0:35:31:0:1 chr1 151820298 . G C 3040.34 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135101;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6099;QD=63.672;RBI=0.0408701;REFB=0;REVB=-0.0385726;RO=0;SAF=98;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216395;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:191:0:0:191:191:1:93:98:0:0:93:98:0:0 chr1 151820324 . T C 1021.39 PASS AF=0.585366;AO=95;DP=161;FAO=96;FDP=164;FR=.;FRO=68;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.000130521;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9183;QD=24.9119;RBI=0.0104106;REFB=-0.0316992;REVB=0.0104098;RO=66;SAF=46;SAR=49;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109762;STB=0.50788;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0356164;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:66:68:95:96:0.585366:49:46:31:35:49:47:32:36 chr1 151825991 . G T 732.03 PASS AF=0.522059;AO=71;DP=136;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.012154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.054;QD=21.5303;RBI=0.0139797;REFB=0.00212614;REVB=0.00690743;RO=63;SAF=26;SAR=45;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423493;STB=0.532652;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00218688;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:63:65:71:71:0.522059:45:26:26:37:45:26:28:37 chr1 151845569 . A G 1992.2 PASS AF=0.992308;AO=93;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.03;QD=61.2984;RBI=0.051089;REFB=-0.0605615;REVB=0.0471146;RO=0;SAF=91;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506666;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000870669;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:0:1:93:129:0.992308:2:91:0:0:37:92:0:1 chr1 151845650 . G C 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00966671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.337;QD=21.5314;RBI=0.0205343;REFB=0.00959083;REVB=-0.0181166;RO=31;SAF=19;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104135;STB=0.557463;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00682291;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:18:19:12:19:18:19:12:19 chr1 151862661 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00987261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.282;QD=13.4417;RBI=0.0602576;REFB=-0.0313431;REVB=-0.0594434;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917417;STB=0.554343;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0241806;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:8:5:3:7:8:5 chr1 151867560 . G A 2280.82 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216967;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.229;QD=63.7992;RBI=0.0220287;REFB=0;REVB=-0.00380986;RO=0;SAF=71;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59378e-05;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:143:0:0:143:143:1:72:71:0:0:72:71:0:0 chr1 151881885 . A C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9823;QD=45.8021;RBI=0.063103;REFB=0;REVB=0.0217862;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160556;OID=.;OPOS=151881885;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr1 152079989 . T G 830.07 PASS AF=0.459893;AO=86;DP=187;FAO=86;FDP=187;FR=.;FRO=101;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.00278058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.966;QD=17.7556;RBI=0.00450355;REFB=-0.0135693;REVB=0.00354264;RO=101;SAF=37;SAR=49;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444163;STB=0.52462;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0181439;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:101:101:86:86:0.459893:49:37:48:53:49:37:48:53 chr1 152081921 . G C 394.49 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0175172;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.792;QD=13.603;RBI=0.0249033;REFB=-0.0116809;REVB=-0.0177009;RO=70;SAF=27;SAR=19;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063316;STB=0.535862;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0238438;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:70:70:46:46:0.396552:19:27:37:33:19:27:37:33 chr1 152085505 . A C 1729.44 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.017491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.463;QD=57.6479;RBI=0.0903045;REFB=-0.167956;REVB=0.0885944;RO=2;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166575;STB=0.513041;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00856356;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:2:3:117:117:0.975:56:61:0:2:56:61:0:3 chr1 152185762 . C G 1415.35 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1313;QD=62.9045;RBI=0.0691696;REFB=0;REVB=0.0100842;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540069;OID=.;OPOS=152185762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:37:53:0:0:37:53:0:0 chr1 152185768 . T G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.553;QD=61.6952;RBI=0.0265207;REFB=0;REVB=-0.00747076;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44128e-05;OID=.;OPOS=152185768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr1 152185774 . A G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.895;QD=60.031;RBI=0.0347764;REFB=0;REVB=-0.00656927;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47376e-05;OID=.;OPOS=152185774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr1 152185780 . G A 894.8 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0162695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.435;QD=55.0646;RBI=0.0182192;REFB=-0.156799;REVB=-0.00820015;RO=2;SAF=37;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248416;STB=0.513154;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000151016;OID=.;OPOS=152185780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:26:37:2:0:26:37:2:0 chr1 152185790 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4187;QD=64.1525;RBI=0.107697;REFB=0;REVB=0.0148141;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000739898;OID=.;OPOS=152185790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr1 152185792 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5806;QD=63.5809;RBI=0.0449183;REFB=0;REVB=0.0339536;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518678;OID=.;OPOS=152185792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr1 152185796 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6718;QD=62.9809;RBI=0.0248355;REFB=0;REVB=-0.0201145;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039667;OID=.;OPOS=152185796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr1 152185815 . CC AG 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=333.823;QD=37.4885;RBI=0.00673888;REFB=0;REVB=-0.00673888;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.33134e-05;OID=.;OPOS=152185815;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr1 152187183 . C A 158.03 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0335548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.4;QD=12.1563;RBI=0.0336259;REFB=-0.00710563;REVB=0.0021858;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281745;STB=0.669774;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00867734;OID=.;OPOS=152187183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:11:8:22:10:11:8:23:10 chr1 152188109 . T A 775.49 PASS AF=0.339223;AO=96;DP=283;FAO=96;FDP=283;FR=.;FRO=187;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=93;FSRR=94;FWDB=-0.0126703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0552;QD=10.961;RBI=0.0150727;REFB=-0.00590629;REVB=0.00816384;RO=187;SAF=52;SAR=44;SRF=93;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513839;STB=0.529354;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.016681;OID=.;OPOS=152188109;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:187:187:96:96:0.339223:44:52:93:94:44:52:93:94 chr1 152188118 . C T 75.88 PASS AF=0.0838509;AO=27;DP=322;FAO=27;FDP=322;FR=.;FRO=295;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=156;FSRR=139;FWDB=0.00493395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.558;QD=0.94266;RBI=0.0332543;REFB=-0.00136011;REVB=-0.0328862;RO=295;SAF=14;SAR=13;SRF=156;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120252;STB=0.509444;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.023792;OID=.;OPOS=152188118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:322:322:295:295:27:27:0.0838509:13:14:156:139:13:14:156:139 chr1 152188176 . G A 84.06 PASS AF=0.0840336;AO=30;DP=353;FAO=30;FDP=357;FR=.;FRO=327;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=167;FSRR=160;FWDB=-0.0558925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5169;QD=0.941886;RBI=0.0564018;REFB=0.00685077;REVB=-0.00756275;RO=323;SAF=14;SAR=16;SRF=166;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553276;STB=0.540272;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0277168;OID=.;OPOS=152188176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:353:357:323:327:30:30:0.0840336:16:14:166:157:16:14:167:160 chr1 152188413 . C T 74.11 PASS AF=0.0681818;AO=36;DP=526;FAO=36;FDP=528;FR=.;FRO=492;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=255;FSRR=237;FWDB=-0.0361441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.447;QD=0.561431;RBI=0.0431667;REFB=-0.00137896;REVB=-0.0236001;RO=489;SAF=19;SAR=17;SRF=253;SRR=236;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115073;STB=0.508852;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0208365;OID=.;OPOS=152188413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:526:528:489:492:36:36:0.0681818:17:19:253:236:17:19:255:237 chr1 152188463 . G A 795.12 PASS AF=0.20324;AO=138;DP=680;FAO=138;FDP=679;FR=.;FRO=541;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=292;FSRR=249;FWDB=-0.0200778;FXX=0.00147057;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9869;QD=4.68404;RBI=0.0206826;REFB=0.00552106;REVB=0.00496488;RO=538;SAF=73;SAR=65;SRF=290;SRR=248;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130762;STB=0.508606;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0228953;OID=.;OPOS=152188463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:680:679:538:541:138:138:0.20324:65:73:290:248:65:73:292:249 chr1 152188998 . C T 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=-0.0310977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5772;QD=7.04902;RBI=0.0387171;REFB=-0.00191812;REVB=0.023064;RO=30;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71713e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00517547;OID=.;OPOS=152188998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:9:1:3:27:9:1:3:27 chr1 152191709 . C G 2139.61 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5062;QD=62.9296;RBI=0.0415095;REFB=0;REVB=-0.0252094;RO=0;SAF=81;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235739;OID=.;OPOS=152191709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:54:81:0:0:55:81:0:0 chr1 152191879 . G A 2276.94 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0160871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.693;QD=62.8121;RBI=0.0391266;REFB=-0.0723308;REVB=0.0356664;RO=1;SAF=68;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621627;STB=0.503268;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00132841;OID=.;OPOS=152191879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:144:144:0.993103:76:68:0:1:76:68:0:1 chr1 152192098 . AA GG 1251.67 PASS AF=0.385027;AO=144;DP=376;FAO=144;FDP=374;FR=.;FRO=230;FSAF=54;FSAR=90;FSRF=108;FSRR=122;FWDB=-0.0110879;FXX=0.0131923;HRUN=4;LEN=2;MLLD=162.634;QD=13.3869;RBI=0.0135528;REFB=-0.00225087;REVB=0.0077933;RO=227;SAF=54;SAR=90;SRF=106;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10361;STB=0.560157;STBP=0.064;TYPE=mnp;VARB=0.00261991;OID=.;OPOS=152192098;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:374:227:230:144:144:0.385027:90:54:106:121:90:54:108:122 chr1 152192102 . TC CA,CC 452.78 PASS AF=0,0.233553;AO=95,64;DP=396;FAO=0,71;FDP=304;FR=.;FRO=233;FSAF=0,34;FSAR=0,37;FSRF=107;FSRR=126;FWDB=-0.0487691,-0.0157071;FXX=0.236175;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=92.6724,81.4594;QD=5.95764;RBI=0.0551199,0.0271836;REFB=-0.0100897,-0.00673514;REVB=-0.0256863,0.0221863;RO=230;SAF=41,29;SAR=54,35;SRF=105;SRR=125;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0307371,-0.00438638;STB=0.5,0.515099;STBP=1,0.752;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0310855;OID=.,.;OPOS=152192102,152192102;OREF=TC,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:396:304:230:233:95,64:0,71:0,0.233553:54,35:41,29:105:125:0,37:0,34:107:126 chr1 152192114 . C T 2175.92 PASS AF=0.428571;AO=232;DP=543;FAO=234;FDP=546;FR=.;FRO=312;FSAF=107;FSAR=127;FSRF=120;FSRR=192;FWDB=0.00469039;FXX=0.00182812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.741;QD=15.9408;RBI=0.0153568;REFB=-0.00296937;REVB=-0.014623;RO=303;SAF=106;SAR=126;SRF=113;SRR=190;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087315;STB=0.542117;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00464213;OID=.;OPOS=152192114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:543:546:303:312:232:234:0.428571:126:106:113:190:127:107:120:192 chr1 152192163 . G T 3604.81 PASS AF=0.551053;AO=339;DP=618;FAO=340;FDP=617;FR=.;FRO=277;FSAF=144;FSAR=196;FSRF=138;FSRR=139;FWDB=0.0294337;FXX=0.00323097;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7237;QD=23.3699;RBI=0.0390235;REFB=-0.0164045;REVB=0.025622;RO=278;SAF=143;SAR=196;SRF=139;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657665;STB=0.533965;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0162076;OID=.;OPOS=152192163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:618:617:278:277:339:340:0.551053:196:143:139:139:196:144:138:139 chr1 152192219 . G C 3573.62 PASS AF=0.532915;AO=340;DP=638;FAO=340;FDP=638;FR=.;FRO=298;FSAF=143;FSAR=197;FSRF=139;FSRR=159;FWDB=0.00288935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.158;QD=22.4051;RBI=0.00316094;REFB=-0.0184575;REVB=0.00128188;RO=298;SAF=143;SAR=197;SRF=139;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401043;STB=0.521819;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0133669;OID=.;OPOS=152192219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:638:638:298:298:340:340:0.532915:197:143:139:159:197:143:139:159 chr1 152192259 . T C 2249.23 PASS AF=0.409462;AO=251;DP=613;FAO=251;FDP=613;FR=.;FRO=362;FSAF=103;FSAR=148;FSRF=156;FSRR=206;FWDB=-0.00491592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.585;QD=14.6769;RBI=0.00562527;REFB=-0.002355;REVB=0.00273449;RO=359;SAF=103;SAR=148;SRF=156;SRR=203;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262545;STB=0.5125;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00314857;OID=.;OPOS=152192259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:613:613:359:362:251:251:0.409462:148:103:156:203:148:103:156:206 chr1 152192293 . C T 6161.14 PASS AF=1;AO=389;DP=394;FAO=389;FDP=389;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=224;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320573;FXX=0.01269;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.946;QD=63.3536;RBI=0.0338765;REFB=-0.158107;REVB=0.0109521;RO=1;SAF=165;SAR=224;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00288363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35326e-05;OID=.;OPOS=152192293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:394:389:1:0:389:389:1:224:165:1:0:224:165:0:0 chr1 152192395 . G A 1268.87 PASS AF=0.43125;AO=138;DP=321;FAO=138;FDP=320;FR=.;FRO=182;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=74;FSRR=108;FWDB=0.0362115;FXX=0.00311517;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8814;QD=15.8609;RBI=0.0364097;REFB=-0.00186004;REVB=-0.00379402;RO=180;SAF=61;SAR=77;SRF=73;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378907;STB=0.520523;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00263707;OID=.;OPOS=152192395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:320:180:182:138:138:0.43125:77:61:73:107:77:61:74:108 chr1 152192631 . C T 2294.98 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.638;QD=62.8761;RBI=0.0187561;REFB=0;REVB=0.00508811;RO=0;SAF=66;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.18654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359319;OID=.;OPOS=152192631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:144:146:1:78:66:0:0:80:66:0:0 chr1 152192687 . T C 2048.89 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00997791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.21;QD=61.6207;RBI=0.0188742;REFB=-0.0568054;REVB=0.0160211;RO=0;SAF=60;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87096e-08;STB=0.503448;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000241396;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:0:1:132:132:0.992481:72:60:0:0:72:60:0:1 chr1 152192825 . C T 1590.66 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00426663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3909;QD=58.9132;RBI=0.00823637;REFB=-0.0591692;REVB=0.00704511;RO=1;SAF=59;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797715;STB=0.504201;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00196193;OID=.;OPOS=152192825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:48:59:1:0:48:59:1:0 chr1 152192978 . T C 3115.55 PASS AF=0.985577;AO=204;DP=207;FAO=205;FDP=208;FR=.;FRO=3;FSAF=98;FSAR=107;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.010711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.434;QD=59.9145;RBI=0.0413372;REFB=0.0243561;REVB=-0.0399254;RO=2;SAF=97;SAR=107;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00971879;STB=0.507537;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-6.99165e-05;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:207:208:2:3:204:205:0.985577:107:97:2:0:107:98:3:0 chr1 152193052 . A G 2846.93 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000709651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8427;QD=62.9156;RBI=0.018607;REFB=0;REVB=-0.0185935;RO=0;SAF=87;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2464e-05;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:180:181:1:93:87:0:0:93:88:0:0 chr1 152193121 . G T 2318.73 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.016772;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.499;QD=63.0948;RBI=0.0191361;REFB=0.0541873;REVB=-0.0092136;RO=0;SAF=80;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99178e-08;STB=0.503759;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000123911;OID=.;OPOS=152193121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:147:0:1:146:146:0.993197:66:80:0:0:66:80:0:1 chr1 152193271 . A G 805.37 PASS AF=0.459016;AO=84;DP=183;FAO=84;FDP=183;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=-0.000388095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.793;QD=17.6038;RBI=0.00257802;REFB=-0.0128114;REVB=-0.00254864;RO=97;SAF=43;SAR=41;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116125;STB=0.569077;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0127792;OID=.;OPOS=152193271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:97:99:84:84:0.459016:41:43:38:59:41:43:38:61 chr1 152193286 . G T 2816.72 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014052;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.354;QD=62.5939;RBI=0.0142285;REFB=-0.0896957;REVB=0.00223455;RO=0;SAF=80;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103364;OID=.;OPOS=152193286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:180:0:0:178:180:1:98:80:0:0:99:81:0:0 chr1 152193291 . G T 2705.03 PASS AF=0.994318;AO=174;DP=175;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000986171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.665;QD=61.478;RBI=0.0155628;REFB=-0.037301;REVB=-0.0155315;RO=1;SAF=81;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509104;STB=0.502673;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=2.0448e-05;OID=.;OPOS=152193291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:176:1:1:174:175:0.994318:93:81:0:1:93:82:0:1 chr1 152193544 . A G 2311.52 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.924;QD=60.8295;RBI=0.0339422;REFB=0;REVB=-0.0264378;RO=0;SAF=66;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.55778e-06;OID=.;OPOS=152193544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:152:0:0:148:152:1:82:66:0:0:84:68:0:0 chr1 152193547 . G A 2118.77 PASS AF=0.960265;AO=144;DP=153;FAO=145;FDP=151;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=81;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.027848;FXX=0.013071;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.081;QD=56.1264;RBI=0.0280888;REFB=-0.0749233;REVB=-0.00366992;RO=1;SAF=63;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748849;STB=0.515731;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000842561;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:153:151:1:6:144:145:0.960265:81:63:1:0:81:64:5:1 chr1 152193851 . C T 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00724844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.72;QD=63.5798;RBI=0.0245374;REFB=0;REVB=-0.0234424;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.82049e-05;OID=.;OPOS=152193851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr1 152275272 . C T 1007.02 PASS AF=0.464602;AO=105;DP=226;FAO=105;FDP=226;FR=.;FRO=121;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=-0.00365966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.286;QD=17.8234;RBI=0.0522029;REFB=-0.0127631;REVB=-0.0520744;RO=119;SAF=58;SAR=47;SRF=55;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868187;STB=0.552371;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0150472;OID=.;OPOS=152275272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:119:121:105:105:0.464602:47:58:55:64:47:58:55:66 chr1 152285807 . G T 979.14 PASS AF=0.452174;AO=103;DP=233;FAO=104;FDP=230;FR=.;FRO=126;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=0.00176315;FXX=0.012875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.364;QD=17.0286;RBI=0.00995695;REFB=-0.0151641;REVB=0.0097996;RO=127;SAF=50;SAR=53;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274145;STB=0.505267;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0173137;OID=.;OPOS=152285807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:230:127:126:103:104:0.452174:53:50:62:65:53:51:63:63 chr1 152286126 . A G 239.63 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0131995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3381;QD=11.9815;RBI=0.0230775;REFB=0.00861128;REVB=-0.01893;RO=51;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947918;STB=0.554563;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.0195518;OID=.;OPOS=152286126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:51:29:29:0.3625:14:15:22:29:14:15:22:29 chr1 152323132 . G T 959.12 PASS AF=0.497537;AO=97;DP=200;FAO=101;FDP=203;FR=.;FRO=102;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=0.00358793;FXX=0.0145624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.469;QD=18.8988;RBI=0.00396874;REFB=-0.0084926;REVB=-0.00169636;RO=98;SAF=55;SAR=42;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231914;STB=0.512217;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0109477;OID=.;OPOS=152323132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:203:98:102:97:101:0.497537:42:55:58:40:46:55:58:44 chr1 152325732 . G A 1072.77 PASS AF=0.514286;AO=105;DP=208;FAO=108;FDP=210;FR=.;FRO=102;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=0.0425625;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.221;QD=20.4337;RBI=0.0444387;REFB=-0.0142065;REVB=0.0127763;RO=102;SAF=59;SAR=46;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735738;STB=0.536656;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0133203;OID=.;OPOS=152325732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:210:102:102:105:108:0.514286:46:59:49:53:48:60:49:53 chr1 152326843 . C T 992.33 PASS AF=0.502591;AO=97;DP=192;FAO=97;FDP=193;FR=.;FRO=96;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0133106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.495;QD=20.5664;RBI=0.0230959;REFB=-0.00393409;REVB=-0.0188746;RO=95;SAF=55;SAR=42;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561557;STB=0.533628;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00393087;OID=.;OPOS=152326843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:95:96:97:97:0.502591:42:55:48:47:42:55:48:48 chr1 152327469 . C T 370.19 PASS AF=0.330935;AO=46;DP=139;FAO=46;FDP=139;FR=.;FRO=93;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.0122097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.257;QD=10.653;RBI=0.0162416;REFB=-0.00930322;REVB=-0.0107103;RO=93;SAF=12;SAR=34;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280442;STB=0.663169;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0235062;OID=.;OPOS=152327469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:93:93:46:46:0.330935:34:12:45:48:34:12:45:48 chr1 152327502 . A G 166.22 PASS AF=0.219512;AO=27;DP=123;FAO=27;FDP=123;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.0222786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.328;QD=5.40541;RBI=0.0342989;REFB=-0.00198475;REVB=-0.0260783;RO=96;SAF=8;SAR=19;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288884;STB=0.679273;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00601015;OID=.;OPOS=152327502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:96:96:27:27:0.219512:19:8:50:46:19:8:50:46 chr1 152327526 . T C 58.42 PASS AF=0.122807;AO=14;DP=114;FAO=14;FDP=114;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.00242307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.737;QD=2.04968;RBI=0.00466114;REFB=-0.000736036;REVB=0.00398183;RO=100;SAF=5;SAR=9;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200047;STB=0.642653;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0123895;OID=.;OPOS=152327526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:114:114:100:100:14:14:0.122807:9:5:52:48:9:5:52:48 chr1 152327667 . C T 64.24 PASS AF=0.109589;AO=16;DP=146;FAO=16;FDP=146;FR=.;FRO=130;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=76;FSRR=54;FWDB=-0.00986809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.265;QD=1.76006;RBI=0.0280723;REFB=-0.000604402;REVB=-0.0262807;RO=129;SAF=7;SAR=9;SRF=76;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183389;STB=0.628633;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00535657;OID=.;OPOS=152327667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:146:146:129:130:16:16:0.109589:9:7:76:53:9:7:76:54 chr1 152328411 . A G 269.71 PASS AF=0.286822;AO=37;DP=130;FAO=37;FDP=129;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=0.00340827;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.289;QD=8.36298;RBI=0.00602411;REFB=-0.00438037;REVB=0.00496726;RO=91;SAF=25;SAR=12;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121226;STB=0.568661;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0138957;OID=.;OPOS=152328411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:91:92:37:37:0.286822:12:25:53:38:12:25:54:38 chr1 152329435 . C T 474.22 PASS AF=0.476636;AO=50;DP=106;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00732362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.508;QD=17.7278;RBI=0.0131999;REFB=-0.000483534;REVB=-0.0109819;RO=56;SAF=28;SAR=22;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141216;STB=0.572026;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000579808;OID=.;OPOS=152329435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:56:56:50:51:0.476636:22:28:23:33:23:28:23:33 chr1 152331240 . G A 1093.67 PASS AF=0.547872;AO=96;DP=181;FAO=103;FDP=188;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.00770754;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.969;QD=23.2696;RBI=0.0149707;REFB=-0.0250085;REVB=0.0128342;RO=85;SAF=43;SAR=53;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297752;STB=0.529851;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0209996;OID=.;OPOS=152331240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:188:85:85:96:103:0.547872:53:43:41:44:60:43:41:44 chr1 152382120 . C T 1170.87 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00339172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7754;QD=57.1158;RBI=0.0695104;REFB=-0.027126;REVB=0.0694276;RO=3;SAF=41;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333824;STB=0.517643;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00583988;OID=.;OPOS=152382120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:3:3:79:79:0.963415:38:41:3:0:38:41:3:0 chr1 152484129 . G A 3067.54 PASS AF=0.990244;AO=200;DP=207;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=188;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0160537;FXX=0.0238084;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.326;QD=59.8544;RBI=0.0210625;REFB=-0.112456;REVB=0.0136349;RO=3;SAF=13;SAR=187;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301673;STB=0.514803;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000745541;OID=.;OPOS=152484129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:207:205:3:2:200:203:0.990244:187:13:1:2:188:15:1:1 chr1 152487979 . C T 2295.73 PASS AF=0.957576;AO=155;DP=163;FAO=158;FDP=165;FR=.;FRO=7;FSAF=57;FSAR=101;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0718596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.815;QD=55.654;RBI=0.100764;REFB=-0.144211;REVB=0.0706375;RO=6;SAF=55;SAR=100;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023931;STB=0.509636;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00232647;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:163:165:6:7:155:158:0.957576:100:55:4:2:101:57:4:3 chr1 152488063 . C T 3861.84 PASS AF=0.992095;AO=249;DP=253;FAO=251;FDP=253;FR=.;FRO=2;FSAF=132;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0189648;FXX=0.00784283;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7611;QD=61.0568;RBI=0.0435981;REFB=-0.132619;REVB=0.0392572;RO=2;SAF=132;SAR=117;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00807768;STB=0.504166;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000655835;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:253:253:2:2:249:251:0.992095:117:132:0:2:119:132:0:2 chr1 152488428 . T C 2385.12 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00839835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1012;QD=61.1569;RBI=0.0430608;REFB=0;REVB=0.0422339;RO=0;SAF=72;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2558e-05;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:84:72:0:0:84:72:0:0 chr1 152681679 . CC CCAGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT 284.94 PASS AF=0.5,0.0740741;AO=17,4;DP=54;FAO=27,4;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=13,4;FSAR=14,0;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0292222,-0.051603;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=18,2;MLLD=251.967,253.869;QD=21.1066;RBI=0.0435653,0.0516488;REFB=-0.028161,0.0143491;REVB=0.0323109,0.00217551;RO=23;SAF=6,4;SAR=11,0;SRF=14;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.254988,0.599802;STB=0.558303,0.99668;STBP=0.391,0.092;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0185345,0.0806026;OID=.,.;OPOS=152681681,152681679;OREF=-,CC;OALT=AGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT;OMAPALT=CCAGCTCTGGGGGCTGCTGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:17,4:27,4:0.5,0.0740741:11,0:6,4:14:9:14,0:13,4:14:9 chr1 152732106 . A T 689.45 PASS AF=0.606061;AO=60;DP=99;FAO=60;FDP=99;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0435005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3684;QD=27.8565;RBI=0.0442888;REFB=0.0109423;REVB=-0.00831888;RO=39;SAF=37;SAR=23;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792604;STB=0.54303;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00944537;OID=.;OPOS=152732106;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:39:39:60:60:0.606061:23:37:28:11:23:37:28:11 chr1 152732174 . T C 317.82 PASS AF=0.322835;AO=41;DP=126;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=28;FWDB=0.00463979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.594;QD=10.0101;RBI=0.0262481;REFB=0.00216181;REVB=-0.0258347;RO=85;SAF=29;SAR=12;SRF=57;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502116;STB=0.526303;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00408403;OID=.;OPOS=152732174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:85:86:41:41:0.322835:12:29:57:28:12:29:58:28 chr1 152732436 . G C 458.44 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0137717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.231;QD=15.6731;RBI=0.0138776;REFB=-0.0123819;REVB=0.00171099;RO=66;SAF=25;SAR=26;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359557;STB=0.520126;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0210446;OID=.;OPOS=152732436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:51:51:0.435897:26:25:30:36:26:25:30:36 chr1 152732567 . G A 563.45 PASS AF=0.381503;AO=64;DP=172;FAO=66;FDP=173;FR=.;FRO=107;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=64;FSRR=43;FWDB=0.00325537;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.399;QD=13.0277;RBI=0.0245517;REFB=-0.00547722;REVB=0.0243349;RO=103;SAF=27;SAR=37;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184429;STB=0.597263;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0068431;OID=.;OPOS=152732567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:103:107:64:66:0.381503:37:27:61:42:37:29:64:43 chr1 152733301 . T A 245.63 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0130239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.673;QD=23.9641;RBI=0.0284593;REFB=0.004513;REVB=-0.0253043;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171299;STB=0.509546;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00515719;OID=.;OPOS=152733301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:9:9:11:12:9:9 chr1 152733376 . C G 711.29 PASS AF=0.460606;AO=76;DP=165;FAO=76;FDP=165;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.00601481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.694;QD=17.2433;RBI=0.00603379;REFB=-0.0210983;REVB=-0.000478217;RO=89;SAF=45;SAR=31;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13944;STB=0.577365;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0233325;OID=.;OPOS=152733376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:89:89:76:76:0.460606:31:45:40:49:31:45:40:49 chr1 152734390 . C T 1001.1 PASS AF=0.545455;AO=93;DP=174;FAO=96;FDP=176;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.00972422;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.492;QD=22.7523;RBI=0.0102965;REFB=-0.0222919;REVB=-0.00338496;RO=81;SAF=32;SAR=61;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196478;STB=0.597588;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0156275;OID=.;OPOS=152734390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:81:80:93:96:0.545455:61:32:46:35:62:34:45:35 chr1 152759950 . A G 192.68 PASS AF=0.328947;AO=24;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0302779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.014;QD=10.1413;RBI=0.0337168;REFB=-0.00648925;REVB=-0.0148349;RO=51;SAF=8;SAR=16;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499114;STB=0.539333;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0127364;OID=.;OPOS=152759950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:24:25:0.328947:16:8:19:32:17:8:19:32 chr1 152760075 . A G 43.11 PASS AF=0.121212;AO=5;DP=67;FAO=8;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.0237219;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.03;QD=2.61286;RBI=0.0238456;REFB=-0.000523179;REVB=0.00242555;RO=52;SAF=2;SAR=3;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190706;STB=0.734776;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0335599;OID=.;OPOS=152760075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:67:66:52:56:5:8:0.121212:3:2:30:22:5:3:37:19 chr1 152760352 . T A 701.76 PASS AF=0.342412;AO=87;DP=257;FAO=88;FDP=257;FR=.;FRO=169;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=66;FSRR=103;FWDB=-0.0136437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.02;QD=10.9223;RBI=0.0167074;REFB=-0.0182005;REVB=0.00964301;RO=168;SAF=31;SAR=56;SRF=65;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379107;STB=0.527117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0304018;OID=.;OPOS=152760352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:168:169:87:88:0.342412:56:31:65:103:57:31:66:103 chr1 152760558 . G T 68.25 PASS AF=0.106509;AO=18;DP=169;FAO=18;FDP=169;FR=.;FRO=151;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=85;FWDB=-0.0165649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.543;QD=1.61536;RBI=0.0215625;REFB=-0.00445034;REVB=-0.0138037;RO=151;SAF=6;SAR=12;SRF=66;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131255;STB=0.597399;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0250921;OID=.;OPOS=152760558;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:169:169:151:151:18:18:0.106509:12:6:66:85:12:6:66:85 chr1 152760628 . T C 399.46 PASS AF=0.355556;AO=48;DP=135;FAO=48;FDP=135;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=0.0153267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.112;QD=11.8359;RBI=0.0306976;REFB=-0.00313369;REVB=-0.0265976;RO=87;SAF=26;SAR=22;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21969;STB=0.625026;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00639728;OID=.;OPOS=152760628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:87:87:48:48:0.355556:22:26:30:57:22:26:30:57 chr1 152760642 . C T 400.44 PASS AF=0.355556;AO=48;DP=136;FAO=48;FDP=135;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=0.0170385;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.197;QD=11.8648;RBI=0.0170903;REFB=-0.000231866;REVB=0.00133015;RO=87;SAF=25;SAR=23;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197679;STB=0.612513;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000279166;OID=.;OPOS=152760642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:87:87:48:48:0.355556:23:25:30:57:23:25:30:57 chr1 152760644 . C T 389.12 PASS AF=0.353383;AO=47;DP=133;FAO=47;FDP=133;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=0.00785067;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.014;QD=11.703;RBI=0.00791386;REFB=0.00157061;REVB=0.000998075;RO=85;SAF=25;SAR=22;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21327;STB=0.617041;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00214316;OID=.;OPOS=152760644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:85:86:47:47:0.353383:22:25:29:56:22:25:30:56 chr1 152760647 . C A 398.68 PASS AF=0.355556;AO=47;DP=134;FAO=48;FDP=135;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=56;FWDB=-0.00278178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.668;QD=11.8128;RBI=0.0309368;REFB=-0.00783522;REVB=0.0308114;RO=87;SAF=26;SAR=21;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220463;STB=0.617869;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00318068;OID=.;OPOS=152760647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:87:87:47:48:0.355556:21:26:31:56:22:26:31:56 chr1 152760651 . C T 401.4 PASS AF=0.358209;AO=48;DP=135;FAO=48;FDP=134;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=-0.00528438;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.951;QD=11.9821;RBI=0.00636344;REFB=0.00302616;REVB=-0.00354525;RO=86;SAF=26;SAR=22;SRF=30;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214541;STB=0.622037;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00227258;OID=.;OPOS=152760651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:86:86:48:48:0.358209:22:26:30:56:22:26:30:56 chr1 152770521 . G A 432.24 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=60;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0112359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0356;QD=28.8159;RBI=0.0275381;REFB=-0.00298511;REVB=-0.0251416;RO=18;SAF=11;SAR=29;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214561;STB=0.604112;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00246406;OID=.;OPOS=152770521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:18:20:40:40:0.666667:29:11:11:7:29:11:11:9 chr1 152770533 . G A 424.01 PASS AF=0.594203;AO=40;DP=67;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0202495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.074;QD=24.58;RBI=0.0202496;REFB=-0.0274162;REVB=3.64949e-05;RO=27;SAF=12;SAR=28;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17579;STB=0.593653;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0120543;OID=.;OPOS=152770533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:27:28:40:41:0.594203:28:12:14:13:29:12:14:14 chr1 152770589 . A G 889.14 PASS AF=0.606061;AO=80;DP=132;FAO=80;FDP=132;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00409314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.564;QD=26.9437;RBI=0.009045;REFB=-0.0237535;REVB=-0.00806587;RO=52;SAF=39;SAR=41;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927278;STB=0.550271;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0158942;OID=.;OPOS=152770589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:52:52:80:80:0.606061:41:39:32:20:41:39:32:20 chr1 152771207 . C A 111.06 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.13905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6349;QD=7.52966;RBI=0.140002;REFB=-0.018951;REVB=0.016296;RO=43;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200709;STB=0.623597;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0170363;OID=.;OPOS=152771207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:12:4:17:26:12:4:17:26 chr1 152771293 . A G 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0574699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.308;QD=18.6421;RBI=0.0586778;REFB=-0.0303014;REVB=-0.0118445;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329981;STB=0.695471;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0552046;OID=.;OPOS=152771293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:7:14:7:16:7:14:7:17 chr1 152771360 . A T 366.88 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0256523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.64;QD=19.0586;RBI=0.0836891;REFB=0.0054054;REVB=-0.0796607;RO=39;SAF=24;SAR=14;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268925;STB=0.649449;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00546362;OID=.;OPOS=152771360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:14:24:13:26:14:24:13:26 chr1 152800390 . A G 225.75 PASS AF=0.337209;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0220946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9734;QD=10.5;RBI=0.147619;REFB=-0.00686082;REVB=-0.145956;RO=50;SAF=18;SAR=10;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119033;STB=0.598472;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0229889;OID=.;OPOS=152800390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:86:50:57:28:29:0.337209:10:18:27:23:11:18:27:30 chr1 152882610 . A G 346.19 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0029081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.237;QD=32.2039;RBI=0.007434;REFB=-0.0198156;REVB=0.00684159;RO=14;SAF=13;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734172;STB=0.540165;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0101225;OID=.;OPOS=152882610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:16:13:8:6:16:13:8:6 chr1 152883608 . G A 214.98 PASS AF=0.438596;AO=23;DP=55;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.0174114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.328;QD=15.0863;RBI=0.0690704;REFB=-0.0397173;REVB=0.0668399;RO=32;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236371;STB=0.614231;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0341499;OID=.;OPOS=152883608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:32:32:23:25:0.438596:15:8:5:27:17:8:5:27 chr1 152883680 . A G 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=-0.00421515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.94;QD=4.15605;RBI=0.0177283;REFB=-0.00434436;REVB=-0.0172199;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509306;STB=0.81755;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0179444;OID=.;OPOS=152883680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:26:27:6:6:0.181818:3:3:3:23:3:3:3:24 chr1 152884111 . G A 924.59 PASS AF=0.481865;AO=93;DP=193;FAO=93;FDP=193;FR=.;FRO=100;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=0.0661446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3056;QD=19.1625;RBI=0.0674973;REFB=-0.0114316;REVB=-0.0134453;RO=95;SAF=44;SAR=49;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777268;STB=0.555198;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0151364;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:95:100:93:93:0.481865:49:44:53:42:49:44:58:42 chr1 152884246 . GA TG 390.79 PASS AF=0.52;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0186357;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.432;QD=20.8419;RBI=0.0187901;REFB=-0.00355742;REVB=-0.0024038;RO=36;SAF=9;SAR=30;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115803;STB=0.564481;STBP=0.301;TYPE=mnp;VARB=0.00359003;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:36:36:39:39:0.52:30:9:12:24:30:9:12:24 chr1 152944389 . G A 387.61 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0337658;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.171;QD=14.0948;RBI=0.0367795;REFB=-0.0348897;REVB=-0.0145809;RO=65;SAF=27;SAR=18;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982864;STB=0.555531;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0495524;OID=.;OPOS=152944389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:65:45:45:0.409091:18:27:33:32:18:27:33:32 chr1 152944499 . C T 377.61 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.0328244;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3606;QD=12.8003;RBI=0.0357719;REFB=-0.00742651;REVB=0.0142193;RO=73;SAF=12;SAR=33;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993298;STB=0.556745;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0147805;OID=.;OPOS=152944499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:73:73:45:45:0.381356:33:12:25:48:33:12:25:48 chr1 152944594 . C T 2178.89 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152301;FXX=0.0279701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8327;QD=62.7018;RBI=0.0638776;REFB=-0.0613265;REVB=0.0620354;RO=1;SAF=51;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054338;STB=0.502857;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000485126;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:87:51:0:1:87:51:0:1 chr1 152944682 . C T 945.33 PASS AF=0.513812;AO=93;DP=180;FAO=93;FDP=181;FR=.;FRO=88;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.0226671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9753;QD=20.8912;RBI=0.0267243;REFB=-0.0174353;REVB=-0.0141559;RO=86;SAF=43;SAR=50;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697943;STB=0.537363;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0148406;OID=.;OPOS=152944682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:86:88:93:93:0.513812:50:43:33:53:50:43:34:54 chr1 152944778 . C T 564.89 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00511908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.964;QD=21.3167;RBI=0.00922783;REFB=-0.0302387;REVB=0.00767774;RO=49;SAF=27;SAR=30;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554949;STB=0.530459;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0191744;OID=.;OPOS=152944778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:30:27:20:29:30:27:20:29 chr1 152944790 . GCTT G 456.72 PASS AF=0.494505;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00709499;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=3;MLLD=306.861;QD=20.0754;RBI=0.00733111;REFB=-0.00437508;REVB=-0.00184559;RO=42;SAF=22;SAR=22;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420158;STB=0.505615;STBP=0.876;TYPE=del;VARB=0.00418292;OID=.;OPOS=152944791;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494505:44:97:45:91:46:22:23:23:23:99:42:22:22:19:23 chr1 152944937 . C T 678.54 PASS AF=0.472222;AO=67;DP=146;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00465761;FXX=0.0204068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.175;QD=18.8483;RBI=0.0164404;REFB=-0.0103139;REVB=-0.0157669;RO=75;SAF=43;SAR=24;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146449;STB=0.580896;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0107708;OID=.;OPOS=152944937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:75:76:67:68:0.472222:24:43:37:38:24:44:38:38 chr1 152957832 . C A 149.68 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0503061;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7838;QD=10.6913;RBI=0.0512413;REFB=-0.00554752;REVB=-0.00974477;RO=33;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167503;STB=0.5999;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0153705;OID=.;OPOS=152957832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:33:36:19:20:0.357143:8:11:14:19:8:12:16:20 chr1 152957887 . G A 880.93 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=68;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0338301;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.293;QD=52.593;RBI=0.0344321;REFB=-0.0365044;REVB=-0.00641038;RO=4;SAF=37;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018954;STB=0.510051;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00278268;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:67:4:4:63:63:0.940299:26:37:3:1:26:37:3:1 chr1 152958238 . A G 1865.71 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0476038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3098;QD=59.7027;RBI=0.0507808;REFB=0.0148432;REVB=-0.0176795;RO=2;SAF=62;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00012357;STB=0.500065;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00373653;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:61:62:1:1:61:62:1:1 chr1 152958267 . T C 1471.65 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5514;QD=63.2966;RBI=0.0672513;REFB=0;REVB=-0.0659418;RO=1;SAF=40;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000530928;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:1:0:92:93:1:52:40:1:0:52:41:0:0 chr1 152975495 . G A 1080.73 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.061;QD=60.0404;RBI=0.00299699;REFB=0;REVB=0.00214265;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.57404e-07;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:40:31:0:0:41:31:0:0 chr1 152975715 . C T 256.23 PASS AF=0.84;AO=20;DP=27;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0289523;FXX=0.107105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2305;QD=40.9964;RBI=0.0292604;REFB=-0.0499583;REVB=0.00423535;RO=5;SAF=16;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19683;STB=0.572959;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0332544;OID=.;OPOS=152975715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:27:25:5:4:20:21:0.84:4:16:2:3:4:17:2:2 chr1 152975739 . T A 43.94 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0308671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.448;QD=6.50891;RBI=0.0326712;REFB=-0.0150633;REVB=0.0107067;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139361;STB=0.58922;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0840091;OID=.;OPOS=152975739;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:9:11:3:4:9:11 chr1 152975829 . A G 753.47 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0208716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2173;QD=61.5077;RBI=0.0208921;REFB=-0.0133469;REVB=0.000924585;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171068;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00251507;OID=.;OPOS=152975829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:27:21:0:1:27:21:0:1 chr1 152975941 . C G 1217.4 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115347;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.673;QD=60.1183;RBI=0.0292207;REFB=-0.0885371;REVB=0.0268477;RO=1;SAF=35;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133333;STB=0.507041;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00038278;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:79:80:0.987654:44:35:1:0:45:35:1:0 chr1 152976108 . C T 1626.5 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00962374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.603;QD=59.1455;RBI=0.0119813;REFB=-0.12148;REVB=-0.00713686;RO=1;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825505;STB=0.504347;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000324431;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:110:1:1:108:109:0.990909:57:51:0:1:57:52:0:1 chr1 152976114 . G C 1679.3 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983677;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.064;QD=60.5152;RBI=0.0481466;REFB=0;REVB=-0.047131;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135658;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:110:111:1:60:50:0:0:60:51:0:0 chr1 152976306 . T G 2058.33 PASS AF=0.964286;AO=135;DP=141;FAO=135;FDP=140;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00928648;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.584;QD=58.8094;RBI=0.0301688;REFB=0.00387131;REVB=0.0287039;RO=4;SAF=66;SAR=69;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279358;STB=0.511109;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-7.17667e-05;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:141:140:4:5:135:135:0.964286:69:66:4:0:69:66:4:1 chr1 153004848 . T C 89.97 PASS AF=0.275862;AO=12;DP=54;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0774637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.1415;QD=6.20494;RBI=0.078122;REFB=-0.0132385;REVB=-0.0101202;RO=41;SAF=3;SAR=9;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475702;STB=0.661576;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0591132;OID=.;OPOS=153004848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:54:58:41:42:12:16:0.275862:9:3:27:14:9:7:28:14 chr1 153004853 . C T 116.72 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0102042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.756;QD=8.97846;RBI=0.0141826;REFB=-0.0207864;REVB=0.00984986;RO=33;SAF=3;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475907;STB=0.811624;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0491466;OID=.;OPOS=153004853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:33:37:15:15:0.288462:12:3:20:13:12:3:24:13 chr1 153004983 . C T 224.5 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0225002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.616;QD=19.5217;RBI=0.0252125;REFB=-0.026936;REVB=0.0113758;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157792;STB=0.588532;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0265727;OID=.;OPOS=153004983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:6:18:13:9:6:18 chr1 153005156 . C T 360.69 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0179147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2824;QD=20.3205;RBI=0.0179424;REFB=-0.00634129;REVB=-0.000996914;RO=34;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974418;STB=0.553866;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00407597;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:21:16:11:23:21:16:11:23 chr1 153012765 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.785;QD=43.4861;RBI=0.0138622;REFB=0;REVB=-0.00929882;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15351e-05;OID=.;OPOS=153012765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr1 153066072 . T C 796.66 PASS AF=0.372549;AO=95;DP=256;FAO=95;FDP=255;FR=.;FRO=160;FSAF=91;FSAR=4;FSRF=103;FSRR=57;FWDB=0.00151178;FXX=0.0039061;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.969;QD=12.4967;RBI=0.0134036;REFB=-0.00141826;REVB=-0.0133181;RO=156;SAF=91;SAR=4;SRF=99;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643916;STB=0.87724;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00373994;OID=.;OPOS=153066072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:255:156:160:95:95:0.372549:4:91:99:57:4:91:103:57 chr1 153066169 . G A 48.29 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00503926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2704;QD=6.89805;RBI=0.0473758;REFB=0.00348585;REVB=-0.0471071;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306884;STB=0.519183;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00471398;OID=.;OPOS=153066169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:13:7:3:5:13:7 chr1 153085029 . G T 2604.24 PASS AF=0.546256;AO=248;DP=454;FAO=248;FDP=454;FR=.;FRO=206;FSAF=123;FSAR=125;FSRF=109;FSRR=97;FWDB=0.00592716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.895;QD=22.9449;RBI=0.015843;REFB=-0.0223367;REVB=-0.0146925;RO=205;SAF=123;SAR=125;SRF=109;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029772;STB=0.515042;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0146075;OID=.;OPOS=153085029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:454:454:205:206:248:248:0.546256:125:123:109:96:125:123:109:97 chr1 153113139 . G A 667.02 PASS AF=0.489051;AO=66;DP=138;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0413808;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7836;QD=19.475;RBI=0.0575743;REFB=-0.0420936;REVB=0.0400303;RO=72;SAF=20;SAR=46;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11968;STB=0.549473;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0382537;OID=.;OPOS=153113139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:72:70:66:67:0.489051:46:20:30:42:46:21:28:42 chr1 153233578 . C T 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0219712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.462;QD=18.4425;RBI=0.0230098;REFB=-0.0331774;REVB=-0.00683497;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176469;STB=0.599839;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0141426;OID=.;OPOS=153233578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:1:8:8:3:1:8 chr1 153276449 . T C 724.69 PASS AF=0.578512;AO=61;DP=112;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00525848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.15;QD=23.9568;RBI=0.0102106;REFB=-0.0289033;REVB=-0.00875236;RO=51;SAF=27;SAR=34;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234565;STB=0.505702;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0210805;OID=.;OPOS=153276449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:121:51:51:61:70:0.578512:34:27:24:27:38:32:24:27 chr1 153277423 . C T 628.58 PASS AF=0.429448;AO=70;DP=163;FAO=70;FDP=163;FR=.;FRO=93;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.0335689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.486;QD=15.4253;RBI=0.0346882;REFB=0.0145981;REVB=0.00874046;RO=92;SAF=38;SAR=32;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547447;STB=0.527584;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.0222576;OID=.;OPOS=153277423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:92:93:70:70:0.429448:32:38:45:47:32:38:46:47 chr1 153279598 . C T 1362.64 PASS AF=0.47099;AO=138;DP=293;FAO=138;FDP=293;FR=.;FRO=155;FSAF=83;FSAR=55;FSRF=63;FSRR=92;FWDB=0.0399677;FXX=0.00677943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.489;QD=18.6026;RBI=0.0400903;REFB=0.0113544;REVB=-0.00313259;RO=152;SAF=83;SAR=55;SRF=63;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178173;STB=0.603069;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0157168;OID=.;OPOS=153279598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:152:155:138:138:0.47099:55:83:63:89:55:83:63:92 chr1 153314153 . C A 3163.83 PASS AF=0.976636;AO=209;DP=215;FAO=209;FDP=214;FR=.;FRO=5;FSAF=87;FSAR=122;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00761308;FXX=0.00465095;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.522;QD=59.1369;RBI=0.0225323;REFB=-0.0288141;REVB=0.0212072;RO=5;SAF=87;SAR=122;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991619;STB=0.505207;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.000335548;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:215:214:5:5:209:209:0.976636:122:87:1:4:122:87:1:4 chr1 153315579 . A G 2795.94 PASS AF=0.989071;AO=178;DP=180;FAO=181;FDP=183;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0098681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.259;QD=61.1134;RBI=0.0120009;REFB=0.007143;REVB=0.00682945;RO=1;SAF=88;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526022;STB=0.505319;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000519636;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:180:183:1:2:178:181:0.989071:90:88:0:1:93:88:0:2 chr1 153320334 . T C 715.03 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00931848;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=340.248;QD=60.8534;RBI=0.0105276;REFB=-0.0354997;REVB=0.00489857;RO=1;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253996;STB=0.513508;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=4.66658e-05;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:18:28:0:1:18:28:0:1 chr1 153320343 . A G 245.54 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00696454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.479;QD=19.6429;RBI=0.00764149;REFB=-0.00298708;REVB=-0.00314445;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111896;STB=0.518503;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00339077;OID=.;OPOS=153320343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:23:24:0.48:10:13:15:11:11:13:15:11 chr1 153320372 . T G 200.48 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0521109;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3281;QD=13.592;RBI=0.0539024;REFB=0.00130387;REVB=0.0137814;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373966;STB=0.510196;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00308226;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:35:23:24:0.40678:13:10:14:21:14:10:14:21 chr1 153362507 . A G 607.78 PASS AF=0.555556;AO=59;DP=107;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=0.0188385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.468;QD=22.5104;RBI=0.0224226;REFB=-0.013906;REVB=0.0121607;RO=48;SAF=28;SAR=31;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222538;STB=0.617092;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00807322;OID=.;OPOS=153362507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:48:48:59:60:0.555556:31:28:10:38:32:28:10:38 chr1 153391729 . G A 900.02 PASS AF=0.481481;AO=90;DP=191;FAO=91;FDP=189;FR=.;FRO=98;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.0139816;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.512;QD=19.048;RBI=0.0162827;REFB=-0.0145565;REVB=-0.00834515;RO=98;SAF=46;SAR=44;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570948;STB=0.53421;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0170046;OID=.;OPOS=153391729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:189:98:98:90:91:0.481481:44:46:56:42:45:46:56:42 chr1 153391786 . T C 658.66 PASS AF=0.496241;AO=64;DP=131;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0204371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.449;QD=19.8093;RBI=0.0418065;REFB=-0.00720601;REVB=-0.0364706;RO=66;SAF=27;SAR=37;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100304;STB=0.549448;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00859268;OID=.;OPOS=153391786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:66:67:64:66:0.496241:37:27:35:31:37:29:36:31 chr1 153410822 . C A 466.68 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0110247;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.298;QD=19.4449;RBI=0.0112361;REFB=-0.00116396;REVB=0.00216946;RO=50;SAF=20;SAR=25;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234634;STB=0.507845;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00133731;OID=.;OPOS=153410822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:50:50:45:46:0.479167:25:20:21:29:26:20:21:29 chr1 153412392 . T A,G 1568.79 PASS AF=0.06,0.94;AO=6,94;DP=100;FAO=6,94;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=6,56;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664908,-0.030619;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.637,166.999;QD=62.7515;RBI=0.0314336,0.0441828;REFB=0,0;REVB=-0.0307223,-0.0318528;RO=0;SAF=6,56;SAR=0,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0131931,-0.000803919;OID=.,.;OPOS=153412392,153412392;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:100:100:0:0:6,94:6,94:0.06,0.94:0,38:6,56:0:0:0,38:6,56:0:0 chr1 153431406 . C G 3917.53 PASS AF=1;AO=251;DP=251;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.108;QD=62.183;RBI=0.0673264;REFB=0;REVB=-0.0580488;RO=0;SAF=126;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.38735e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08642e-05;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:251:252:0:0:251:252:1:125:126:0:0:125:127:0:0 chr1 153520178 . C CG,G 184.62 PASS AF=0.27439,0;AO=46,6;DP=166;FAO=45,0;FDP=164;FR=.;FRO=119;FSAF=15,0;FSAR=30,0;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=-0.057988,-0.0918011;FXX=0.00606024;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=52.9976,40.9616;QD=4.50301;RBI=0.0606392,0.107637;REFB=-0.00280297,-0.00121912;REVB=-0.0177341,-0.0561979;RO=112;SAF=12,4;SAR=34,2;SRF=61;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.353972,0.116692;STB=0.633273,0.5;STBP=0.038,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0950489,0;OID=.,.;OPOS=153520179,153520178;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:112:119:46,6:45,0:0.27439,0:34,2:12,4:61:51:30,0:15,0:61:58 chr1 153588279 . G A 1182.56 PASS AF=0.5;AO=108;DP=230;FAO=119;FDP=238;FR=.;FRO=119;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=0.00292864;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.48;QD=19.875;RBI=0.0455592;REFB=-0.0265436;REVB=0.045465;RO=116;SAF=40;SAR=68;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117646;STB=0.534447;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0274773;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:238:116:119:108:119:0.5:68:40:57:59:71:48:56:63 chr1 153588340 . C T 971.91 PASS AF=0.465753;AO=102;DP=219;FAO=102;FDP=219;FR=.;FRO=117;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=0.0179018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.514;QD=17.7518;RBI=0.0180462;REFB=-0.016009;REVB=0.00227813;RO=117;SAF=48;SAR=54;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420648;STB=0.523239;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0191124;OID=.;OPOS=153588340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:117:117:102:102:0.465753:54:48:50:67:54:48:50:67 chr1 153604029 . C T 192.34 PASS AF=0.302326;AO=28;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0363299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1913;QD=8.94597;RBI=0.038326;REFB=-0.000439876;REVB=0.0122076;RO=55;SAF=12;SAR=16;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508685;STB=0.593056;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00039006;OID=.;OPOS=153604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:60:28:26:0.302326:16:12:26:29:16:10:31:29 chr1 153636907 . A G 278.5 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00604022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.862;QD=11.6041;RBI=0.0276175;REFB=0.00966235;REVB=-0.0269489;RO=63;SAF=11;SAR=22;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151944;STB=0.58818;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0158901;OID=.;OPOS=153636907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:63:33:33:0.34375:22:11:29:34:22:11:29:34 chr1 153676713 . C A 1056.85 PASS AF=0.512077;AO=106;DP=210;FAO=106;FDP=207;FR=.;FRO=101;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.044368;FXX=0.014285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.11;QD=20.4222;RBI=0.0444473;REFB=-0.00975236;REVB=0.00265408;RO=102;SAF=65;SAR=41;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147152;STB=0.573498;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.011984;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:207:102:101:106:106:0.512077:41:65:46:56:41:65:47:54 chr1 153743234 . T C 548.04 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0353064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.461;QD=19.0621;RBI=0.0356496;REFB=-0.0154544;REVB=-0.00493481;RO=58;SAF=23;SAR=34;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660072;STB=0.503648;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0163915;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:34:23:23:35:34:23:23:35 chr1 153750665 . G A 826.19 PASS AF=0.522013;AO=82;DP=158;FAO=83;FDP=159;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.0175422;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.57;QD=20.7845;RBI=0.0176137;REFB=-0.00628471;REVB=-0.00158489;RO=76;SAF=37;SAR=45;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502905;STB=0.524817;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0044905;OID=.;OPOS=153750665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:76:76:82:83:0.522013:45:37:30:46:46:37:30:46 chr1 153780298 . C T 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.408;QD=61.467;RBI=0.00454039;REFB=0;REVB=-0.00416032;RO=0;SAF=44;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99243e-06;OID=.;OPOS=153780298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:77:44:0:0:77:44:0:0 chr1 153921054 . C T 205.0 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.0592566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4296;QD=12.8122;RBI=0.0633157;REFB=0.00531581;REVB=0.0223055;RO=37;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096159;STB=0.565364;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.007207;OID=.;OPOS=153921054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:39:25:25:0.390625:17:8:9:28:17:8:9:30 chr1 154108387 . G A 2516.33 PASS AF=1;AO=162;DP=165;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253595;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.747;QD=61.7503;RBI=0.0315838;REFB=0;REVB=-0.0188264;RO=0;SAF=81;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96236e-06;OID=.;OPOS=154108387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:163:0:0:162:163:1:81:81:0:0:81:82:0:0 chr1 154138795 . T C 140.37 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0090137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.554;QD=14.7761;RBI=0.0224684;REFB=-0.0126422;REVB=-0.0205811;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324341;STB=0.684011;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0209702;OID=.;OPOS=154138795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:18:4:8:8:18:4 chr1 154144673 . GAAAAAAAA GAAAAAAA,GAAAAAAAAT,GAAAAAAAT 303.68 PASS AF=0.142857,0,0.714286;AO=5,5,18;DP=41;FAO=5,0,25;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,10;FSAR=5,0,15;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00257722,0.027706,0.0253661;FXX=0.0789266;HRUN=11,2,11;LEN=1,1,1;MLLD=3.44487,262.66,263.977;QD=34.7065;RBI=0.0610562,0.0277118,0.025457;REFB=0.0712029,-0.000382861,0.000748754;REVB=0.0610018,0.000570234,0.00214921;RO=4;SAF=0,2,8;SAR=5,3,10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.719385,0.118169,0.0658029;STB=0.5,0.5,0.571374;STBP=1,1,0.112;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.0658826,0.0099039,0.000423013;OID=.,.,.;OPOS=154144674,154144682,154144681;OREF=A,-,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAAAAT,GAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.142857,0,0.714286:5,5,18:41:5,0,25:35:5:0,0,10:5,0,15:0:5:19:4:0,2,8:5,3,10:1:3 chr1 154247435 . G A 853.33 PASS AF=0.45098;AO=92;DP=204;FAO=92;FDP=204;FR=.;FRO=112;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=-0.0143468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.506;QD=16.732;RBI=0.0235968;REFB=0.000935254;REVB=-0.0187345;RO=112;SAF=46;SAR=46;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265066;STB=0.514703;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00130749;OID=.;OPOS=154247435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:112:112:92:92:0.45098:46:46:53:59:46:46:53:59 chr1 154310048 . C G 3275.61 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.946;QD=61.804;RBI=0.02827;REFB=0;REVB=0.0116532;RO=1;SAF=104;SAR=107;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443163;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62552e-05;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:212:1:0:211:212:1:107:104:0:1:108:104:0:0 chr1 154317153 . C T 2159.6 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.097;QD=63.0541;RBI=0.0378088;REFB=0;REVB=0.00903367;RO=0;SAF=70;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03777e-05;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:67:70:0:0:67:70:0:0 chr1 154323547 . GATT GA,GAT,TGAT 109.64 PASS AF=0.0833333,0.833333,0;AO=4,11,4;DP=25;FAO=2,20,0;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=1,6,0;FSAR=1,14,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0896873,-0.151267,-0.00426725;FXX=0.039984;HRUN=8,8,1;LEN=2,1,3;MLLD=10.6403,7.73582,20.3583;QD=18.2727;RBI=0.0949178,0.163438,0.00716699;REFB=0.10335,0.124412,0.0657921;REVB=-0.0310735,-0.0618876,-0.00575815;RO=3;SAF=2,1,3;SAR=2,10,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.115334,-0.21804,0.305979;STB=0.5,0.521255,0.5;STBP=1,0.564,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0239713,-0.0614988,0;OID=.,.,.;OPOS=154323549,154323549,154323547;OREF=TT,T,GAT;OALT=-,-,TGA;OMAPALT=GA,GAT,TGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:10:25:24:3:2:4,11,4:2,20,0:0.0833333,0.833333,0:2,10,1:2,1,3:1:2:1,14,0:1,6,0:1:1 chr1 154437896 . T C 658.68 PASS AF=0.458599;AO=69;DP=154;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.00539568;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.141;QD=16.7817;RBI=0.0159773;REFB=-0.0117121;REVB=-0.0150386;RO=74;SAF=26;SAR=43;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804182;STB=0.535879;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0147181;OID=.;OPOS=154437896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:74:85:69:72:0.458599:43:26:34:40:46:26:36:49 chr1 154438880 . T C 601.48 PASS AF=0.45;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0639815;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6076;QD=17.185;RBI=0.0700936;REFB=0.00659008;REVB=0.0286265;RO=77;SAF=27;SAR=36;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128243;STB=0.571406;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00974438;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:77:77:63:63:0.45:36:27:43:34:36:27:43:34 chr1 154474131 . C G 1768.06 PASS AF=0.96748;AO=119;DP=123;FAO=119;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0225112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.436;QD=57.498;RBI=0.0231406;REFB=0.0159252;REVB=0.00536021;RO=2;SAF=65;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00146317;STB=0.501515;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.000443996;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:123:123:2:4:119:119:0.96748:54:65:1:1:54:65:2:2 chr1 154516571 . T C 2395.69 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000354462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.689;QD=63.885;RBI=0.0074414;REFB=0;REVB=-0.00743296;RO=0;SAF=62;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.2896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13861e-05;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:150:0:0:144:150:1:82:62:0:0:87:63:0:0 chr1 154556663 . G A 551.87 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.0115712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.62;QD=16.4738;RBI=0.014356;REFB=-0.00660536;REVB=0.00849711;RO=73;SAF=24;SAR=35;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526396;STB=0.519529;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00882877;OID=.;OPOS=154556663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:75:59:59:0.440299:35:24:26:47:35:24:28:47 chr1 154573967 . T C 1406.5 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00535537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.643;QD=60.4945;RBI=0.0126381;REFB=-0.114218;REVB=-0.0114473;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510867;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-3.21497e-05;OID=.;OPOS=154573967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:0:2:91:91:0.978495:45:46:0:0:45:46:0:2 chr1 154574820 . T C 2312.59 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000647985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.102;QD=63.7955;RBI=0.000649538;REFB=0;REVB=-4.48847e-05;RO=0;SAF=76;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77646e-07;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:69:76:0:0:69:76:0:0 chr1 154575040 . C T 2788.06 PASS AF=0.912442;AO=195;DP=217;FAO=198;FDP=217;FR=.;FRO=19;FSAF=63;FSAR=135;FSRF=19;FSRR=0;FWDB=0.0127042;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.584;QD=51.3928;RBI=0.0154687;REFB=-0.248288;REVB=0.0088252;RO=9;SAF=60;SAR=135;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662608;STB=0.56551;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.011382;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:217:217:9:19:195:198:0.912442:135:60:9:0:135:63:19:0 chr1 154600372 . A G 902.57 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.234;QD=58.2305;RBI=0.0337189;REFB=0;REVB=-0.023771;RO=0;SAF=7;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6957e-05;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:55:7:0:0:55:7:0:0 chr1 154744807 . C G 406.57 PASS AF=0.377953;AO=48;DP=127;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.0402467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.67;QD=12.8053;RBI=0.0591197;REFB=-0.0227126;REVB=-0.0433052;RO=79;SAF=16;SAR=32;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099611;STB=0.556794;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0306442;OID=.;OPOS=154744807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:79:79:48:48:0.377953:32:16:33:46:32:16:33:46 chr1 154744852 . A G 754.24 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.368;QD=56.9238;RBI=0.0225334;REFB=0;REVB=-0.00236757;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.86412e-05;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr1 154841980 . C T 143.33 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0114961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.517;QD=9.8847;RBI=0.0158395;REFB=-0.00571893;REVB=-0.0108963;RO=38;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291828;STB=0.660618;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00724015;OID=.;OPOS=154841980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:39:19:19:0.327586:8:11:12:26:8:11:13:26 chr1 154917314 . G A 2868.09 PASS AF=1;AO=181;DP=187;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227248;FXX=0.0267365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.04;QD=63.0349;RBI=0.0228945;REFB=0;REVB=-0.00278197;RO=0;SAF=73;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130306;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:187:182:0:0:181:182:1:108:73:0:0:109:73:0:0 chr1 154919080 . C T 2456.55 PASS AF=0.889447;AO=177;DP=199;FAO=177;FDP=199;FR=.;FRO=22;FSAF=105;FSAR=72;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0114174;FXX=0.0197035;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.064;QD=49.3778;RBI=0.0669282;REFB=-0.0206721;REVB=0.0659471;RO=22;SAF=105;SAR=72;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937932;STB=0.50495;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.000405635;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:199:199:22:22:177:177:0.889447:72:105:14:8:72:105:14:8 chr1 154932101 . GCCCCCT GCCCCTC,GGCCCCT 36.68 PASS AF=0.0454545,0.181818;AO=2,4;DP=20;FAO=1,4;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=1,2;FSAR=0,2;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.157525,-0.084262;FXX=0.0832986;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=12.5555,13.214;QD=6.66894;RBI=0.234906,0.157191;REFB=-0.0379561,-0.0611672;REVB=0.174261,0.132699;RO=8;SAF=2,2;SAR=0,2;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.567148;STB=0.5,0.881552;STBP=1,0.595;TYPE=mnp,snp;VARB=0.177797,0.109476;OID=.,.;OPOS=154932106,154932102;OREF=CT,C;OALT=TC,G;OMAPALT=GCCCCTC,GGCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0454545,0.181818:2,4:20:1,4:22:13:1,2:0,2:13:0:18:8:2,2:0,2:8:0 chr1 154942529 . G A 590.0 PASS AF=0.442857;AO=62;DP=141;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.00350761;FXX=0.0140835;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.789;QD=16.8571;RBI=0.00467983;REFB=0.0070048;REVB=0.00309798;RO=78;SAF=35;SAR=27;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165814;STB=0.592377;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0101733;OID=.;OPOS=154942529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:78:78:62:62:0.442857:27:35:31:47:27:35:31:47 chr1 154987526 . C T 1038.3 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0505854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3712;QD=56.893;RBI=0.0672925;REFB=-0.189439;REVB=0.0443779;RO=2;SAF=41;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225076;STB=0.511901;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00672207;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:73:2:2:71:71:0.972603:30:41:2:0:30:41:2:0 chr1 154988957 . A G 1306.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165598;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.461;QD=62.1976;RBI=0.0202989;REFB=0;REVB=0.0117397;RO=0;SAF=3;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36088e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19498e-05;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:81:3:0:0:81:3:0:0 chr1 155006091 . A C,G 2145.98 PASS AF=0.0352113,0.950704;AO=5,134;DP=142;FAO=5,135;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=0,68;FSAR=5,67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0816632,-0.0139621;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=19.6789,168.397;QD=60.45;RBI=0.082475,0.0240724;REFB=-0.0461501,0.0715233;REVB=-0.0115437,-0.0196097;RO=0;SAF=1,67;SAR=4,67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.507352;STBP=1,0.258;TYPE=snp,snp;VARB=0.0765972,-0.000298009;OID=.,.;OPOS=155006091,155006091;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:142:142:0:2:5,134:5,135:0.0352113,0.950704:4,67:1,67:0:0:5,67:0,68:0:2 chr1 155006999 . C T 1610.53 PASS AF=0.982143;AO=107;DP=110;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0228709;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4622;QD=57.5191;RBI=0.0481336;REFB=-0.122639;REVB=0.0423528;RO=3;SAF=60;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556595;STB=0.510415;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00483792;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:112:3:2:107:110:0.982143:47:60:2:1:47:63:0:2 chr1 155019710 . A C 2404.59 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.889;QD=64.1225;RBI=0.016647;REFB=0;REVB=-0.0131902;RO=0;SAF=70;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55836e-06;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:79:70:0:0:80:70:0:0 chr1 155026942 . A C 1135.6 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.327;QD=59.7684;RBI=0.0988829;REFB=0;REVB=0.00303827;RO=1;SAF=22;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210175;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236384;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:1:0:75:76:1:53:22:1:0:53:23:0:0 chr1 155033317 . T C 436.88 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00127885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.924;QD=18.7904;RBI=0.00344645;REFB=0.00684311;REVB=-0.0032004;RO=49;SAF=22;SAR=21;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181389;STB=0.516122;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00850693;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:43:44:0.473118:21:22:26:23:22:22:26:23 chr1 155058663 . G A 346.13 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0179067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.27;QD=19.5002;RBI=0.018047;REFB=0.00100155;REVB=0.00224663;RO=35;SAF=7;SAR=29;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150791;STB=0.584496;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.000903932;OID=.;OPOS=155058663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:29:7:11:24:29:7:11:24 chr1 155059851 . A G 448.22 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0179829;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.811;QD=16.6009;RBI=0.0317318;REFB=-0.00784572;REVB=0.0261443;RO=57;SAF=16;SAR=33;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168263;STB=0.604737;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00692988;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:57:59:49:49:0.453704:33:16:28:29:33:16:30:29 chr1 155106054 . A G 1526.05 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.224;QD=59.8452;RBI=0.0321076;REFB=0;REVB=-0.00369583;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43497e-05;OID=.;OPOS=155106054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:44:57:0:0:44:58:0:0 chr1 155106227 . A T 1807.0 PASS AF=0.991803;AO=116;DP=119;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0624028;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1987;QD=59.2458;RBI=0.0922987;REFB=-0.164789;REVB=0.0680069;RO=1;SAF=64;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736305;STB=0.504672;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00471498;OID=.;OPOS=155106227;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:119:122:1:1:116:121:0.991803:52:64:1:0:53:68:0:1 chr1 155152205 . C T 6896.47 PASS AF=1;AO=434;DP=436;FAO=436;FDP=436;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=266;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936595;FXX=0.00228828;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0232;QD=63.2704;RBI=0.0104368;REFB=-0.0589394;REVB=-0.00460488;RO=0;SAF=169;SAR=265;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72087e-05;OID=.;OPOS=155152205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:436:436:0:0:434:436:1:265:169:0:0:266:170:0:0 chr1 155161799 . T C 39.62 PASS AF=0.132353;AO=10;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=50;FSRR=9;FWDB=0.00608377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3387;QD=2.33039;RBI=0.0752478;REFB=-0.00888584;REVB=-0.0750015;RO=57;SAF=7;SAR=3;SRF=49;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288161;STB=0.596672;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0344088;OID=.;OPOS=155161799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:68:68:57:59:10:9:0.132353:3:7:49:8:2:7:50:9 chr1 155161810 . A G 68.85 PASS AF=0.14;AO=16;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=-0.011663;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0416;QD=2.75414;RBI=0.152433;REFB=0.00192521;REVB=-0.151986;RO=82;SAF=9;SAR=7;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613081;STB=0.519035;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00925207;OID=.;OPOS=155161810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:100:100:82:86:16:14:0.14:7:9:50:32:6:8:51:35 chr1 155161815 . T C 60.8 PASS AF=0.11194;AO=15;DP=134;FAO=15;FDP=134;FR=.;FRO=119;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=69;FWDB=-0.0109296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.673;QD=1.81505;RBI=0.0116717;REFB=-0.00151607;REVB=0.0040953;RO=118;SAF=8;SAR=7;SRF=49;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143748;STB=0.599476;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0227031;OID=.;OPOS=155161815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:134:134:118:119:15:15:0.11194:7:8:49:69:7:8:50:69 chr1 155294274 . A G 3191.27 PASS AF=1;AO=205;DP=212;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120283;FXX=0.0141503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.213;QD=61.0769;RBI=0.0121679;REFB=0;REVB=0.0018379;RO=0;SAF=77;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357022;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:209:0:0:205:209:1:128:77:0:0:128:81:0:0 chr1 155296882 . TGGGGGC TGGG,TGGGC,TGGGGC 316.41 PASS AF=0.1,0.26,0.5;AO=8,10,14;DP=48;FAO=5,13,25;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=5,8,10;FSAR=0,5,15;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.10763,-0.0848178,-0.158335;FXX=0.0384541;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=19.2774,17.3191,12.6509;QD=25.3124;RBI=0.107718,0.0856676,0.160015;REFB=0.0207289,-0.0139776,-0.022883;REVB=-0.00434529,0.012036,0.0231264;RO=9;SAF=6,9,3;SAR=2,1,11;SRF=1;SRR=8;SSEN=0.375,0.375,0.375;SSEP=0,0,0;SSSB=0.531713,0.667743,0.115073;STB=0.99833,0.705591,0.594524;STBP=0,0.025,0.076;TYPE=del,del,del;VARB=0.0392696,0.0135948,-0.0341846;OID=.,.,.;OPOS=155296886,155296883,155296883;OREF=GGC,GG,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.1,0.26,0.5:8,10,14:48:5,13,25:50:7:5,8,10:0,5,15:0:7:42:9:6,9,3:2,1,11:1:8 chr1 155306142 . G A 47.46 PASS AF=0.173077;AO=10;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.167893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8358;QD=3.65055;RBI=0.17882;REFB=-0.0398669;REVB=-0.0615523;RO=39;SAF=3;SAR=7;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207523;STB=0.749424;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.19689;OID=.;OPOS=155306142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:39:43:10:9:0.173077:7:3:18:21:7:2:22:21 chr1 155306149 . T C 54.99 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0561669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0489;QD=4.88805;RBI=0.0571385;REFB=-0.0178277;REVB=-0.0104923;RO=34;SAF=2;SAR=7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411935;STB=0.753263;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0818393;OID=.;OPOS=155306149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:45:45:34:36:9:9:0.2:7:2:19:15:7:2:19:17 chr1 155306151 . T C,TACAC 245.99 PASS AF=0.333333,0.363636;AO=13,7;DP=44;FAO=11,12;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=3,9;FSAR=8,3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0348607,0.0185913;FXX=0.0294031;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=35.2717,97.6129;QD=29.8168;RBI=0.0411744,0.118004;REFB=-0.07055,-0.0221459;REVB=-0.0219104,-0.11653;RO=21;SAF=4,6;SAR=9,1;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0861387,0.552557;STB=0.516099,0.713914;STBP=0.953,0.048;TYPE=snp,ins;VARB=0.063041,0.0998917;OID=.,.;OPOS=155306151,155306152;OREF=T,-;OALT=C,ACAC;OMAPALT=C,TACAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:44:33:21:10:13,7:11,12:0.333333,0.363636:9,1:4,6:8:13:8,3:3,9:3:7 chr1 155408635 . T C 1838.68 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0049;QD=61.2894;RBI=0.103358;REFB=0;REVB=0.0974389;RO=0;SAF=53;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694352;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:67:53:0:0:67:53:0:0 chr1 155532316 . T C 572.14 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0996487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4357;QD=60.2254;RBI=0.104423;REFB=0;REVB=-0.0312125;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255685;OID=.;OPOS=155532316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:34:38:1:28:6:0:0:29:9:0:0 chr1 155532325 . T C 462.68 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0219807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6434;QD=52.8776;RBI=0.0470222;REFB=-0.0154265;REVB=-0.0415685;RO=2;SAF=4;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876052;STB=0.547139;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00744827;OID=.;OPOS=155532325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:29:4:1:1:29:4:1:1 chr1 155532332 . T C 519.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0112;QD=59.4178;RBI=0.0154006;REFB=0;REVB=0.0112704;RO=0;SAF=4;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99506e-06;OID=.;OPOS=155532332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:31:4:0:0:31:4:0:0 chr1 155532341 . T C 582.28 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.86;QD=59.7212;RBI=0.118218;REFB=0;REVB=-0.0327415;RO=0;SAF=1;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159998;OID=.;OPOS=155532341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:32:39:1:31:1:0:0:35:4:0:0 chr1 155581311 . T C 254.7 PASS AF=0.528302;AO=25;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00118806;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.052;QD=19.2224;RBI=0.0116281;REFB=0.00223831;REVB=-0.0115673;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795155;STB=0.572984;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00225236;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:25:25:28:0.528302:16:9:7:18:16:12:7:18 chr1 155583937 . A G 95.64 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0381001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.75;QD=20.1344;RBI=0.0381411;REFB=-0.0528989;REVB=-0.00176853;RO=4;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368764;STB=0.651838;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0144331;OID=.;OPOS=155583937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:4:8:11:11:0.578947:10:1:2:2:10:1:2:6 chr1 155658085 . T C 897.85 PASS AF=0.494505;AO=90;DP=182;FAO=90;FDP=182;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=4.96865e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.345;QD=19.7329;RBI=6.55801e-05;REFB=-0.00565868;REVB=4.2802e-05;RO=90;SAF=40;SAR=50;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508044;STB=0.52275;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00556666;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:90:92:90:90:0.494505:50:40:45:45:50:40:45:47 chr1 155658184 . C A 637.99 PASS AF=0.50365;AO=57;DP=126;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.0113948;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.585;QD=18.6275;RBI=0.0144951;REFB=-0.0355749;REVB=0.00895914;RO=69;SAF=30;SAR=27;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897484;STB=0.561519;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0331791;OID=.;OPOS=155658184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:137:69:68:57:69:0.50365:27:30:30:39:31:38:29:39 chr1 155715641 . G A 67.44 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00218922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.195;QD=13.4879;RBI=0.00786357;REFB=-0.00912005;REVB=-0.00755269;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166393;STB=0.597497;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00931807;OID=.;OPOS=155715641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:8:3:4:5:8:3 chr1 155734699 . T C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00547236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.225;QD=14.1389;RBI=0.0266532;REFB=-0.00359;REVB=-0.0260853;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504553;STB=0.52937;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00513932;OID=.;OPOS=155734699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:11:9:7:7:11:9 chr1 155735012 . T C 524.24 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0259538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.101;QD=17.3302;RBI=0.0259885;REFB=-0.0101211;REVB=0.00134216;RO=65;SAF=20;SAR=36;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150378;STB=0.583813;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0106299;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:36:20:33:32:36:20:33:32 chr1 155735901 . C T 358.84 PASS AF=0.414141;AO=40;DP=102;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00940142;FXX=0.0388312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.407;QD=14.4984;RBI=0.0331841;REFB=-0.010334;REVB=0.0318244;RO=62;SAF=21;SAR=19;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425127;STB=0.523187;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0155443;OID=.;OPOS=155735901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:99:62:58:40:41:0.414141:19:21:35:27:20:21:32:26 chr1 155755097 . G A 1230.86 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124171;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.344;QD=61.5428;RBI=0.0145093;REFB=0;REVB=-0.00750568;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3025e-05;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr1 155837865 . G C 1230.3 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296058;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1525;QD=61.5151;RBI=0.0456636;REFB=0;REVB=-0.0347659;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.72262e-05;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr1 155838267 . T C,G 822.09 PASS AF=0.949153,0.0508475;AO=54,3;DP=58;FAO=56,3;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=31,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476492,0.0120041;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.805,57.7869;QD=55.7346;RBI=0.0241224,0.0141242;REFB=0,0;REVB=0.0236471,0.00744288;RO=0;SAF=24,0;SAR=30,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000124048,0.129973;OID=.,.;OPOS=155838267,155838267;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:58:59:0:0:54,3:56,3:0.949153,0.0508475:30,3:24,0:0:0:31,3:25,0:0:0 chr1 155880573 . C G 1778.77 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.366;QD=60.8125;RBI=0.0463048;REFB=0;REVB=0.0457731;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09842e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:117:0:0:114:117:1:64:50:0:0:67:50:0:0 chr1 155904177 . T C 5118.14 PASS AF=1;AO=326;DP=326;FAO=325;FDP=325;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281664;FXX=0.00306739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.681;QD=62.9925;RBI=0.0163715;REFB=-0.102372;REVB=-0.0161273;RO=0;SAF=152;SAR=174;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014435;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:326:325:0:0:326:325:1:174:152:0:0:173:152:0:0 chr1 155912486 . T C 1335.03 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0484195;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.912;QD=61.3805;RBI=0.053475;REFB=0.170041;REVB=-0.0226964;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00181236;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:87:0:1:86:86:0.988506:38:48:0:0:38:48:0:1 chr1 156020328 . G GC 34.99 PASS AF=0.172414;AO=13;DP=90;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.126473;FXX=0.0333296;HRUN=0;LEN=1;MLLD=100.244;QD=1.6088;RBI=0.127686;REFB=-0.00447953;REVB=-0.017559;RO=69;SAF=2;SAR=11;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259055;STB=0.630111;STBP=0.341;TYPE=ins;VARB=0.191281;OID=.;OPOS=156020329;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.172414:13:90:15:87:72:3:12:23:49:34:69:2:11:21:48 chr1 156020949 . A AC 31.44 PASS AF=0.197368;AO=10;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0178349;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=80.7294;QD=1.65491;RBI=0.0466419;REFB=-0.00424175;REVB=-0.0430974;RO=63;SAF=3;SAR=7;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221928;STB=0.839818;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.171156;OID=.;OPOS=156020950;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197368:10:76:15:76:61:2:13:32:29:31:63:3:7:30:33 chr1 156107534 . C T 758.12 PASS AF=0.503226;AO=77;DP=154;FAO=78;FDP=155;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0784312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2677;QD=19.5645;RBI=0.0787917;REFB=-0.00615111;REVB=-0.00752817;RO=77;SAF=39;SAR=38;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353617;STB=0.522481;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0089919;OID=.;OPOS=156107534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:77:77:77:78:0.503226:38:39:36:41:38:40:36:41 chr1 156109094 . CAAAAAAAAAA CAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAAAAC,CAAAAAAAAAG 532.81 PASS AF=0.0701754,0.315789,0.263158,0,0.350877;AO=8,9,11,2,2;DP=55;FAO=4,18,15,0,20;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,1,0,20;FSAR=4,18,14,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143693,0.0530923,0.0490962,0.0385209,0.0565519;FXX=0.095223;HRUN=14,14,14,14,14;LEN=2,3,4,1,1;MLLD=4.78814,11.9015,12.9203,119.513,127.197;QD=37.3902;RBI=0.179684,0.0687038,0.0626806,0.0481038,0.0614872;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.107883,-0.0436053,-0.038967,-0.0288116,-0.0241363;RO=0;SAF=0,0,1,2,2;SAR=8,9,10,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp,snp;VARB=-0.13816,0.0164699,0.0683523,0,0.00442064;OID=.,.,.,.,.;OPOS=156109095,156109095,156109095,156109104,156109104;OREF=AA,AAA,AAAA,A,A;OALT=-,-,-,C,G;OMAPALT=CAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAAAAC,CAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/5:0.0701754,0.315789,0.263158,0,0.350877:8,9,11,2,2:55:4,18,15,0,20:57:0:0,0,1,0,20:4,18,14,0,0:0:0:60:0:0,0,1,2,2:8,9,10,0,0:0:0 chr1 156215899 . G A 2220.21 PASS AF=0.489978;AO=220;DP=449;FAO=220;FDP=449;FR=.;FRO=229;FSAF=116;FSAR=104;FSRF=99;FSRR=130;FWDB=-0.00587066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2993;QD=19.7791;RBI=0.00926529;REFB=-0.0192375;REVB=-0.00716806;RO=227;SAF=116;SAR=104;SRF=97;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924262;STB=0.548315;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0151933;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:449:449:227:229:220:220:0.489978:104:116:97:130:104:116:99:130 chr1 156220056 . T C 448.52 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0231734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.14;QD=16.9252;RBI=0.0449001;REFB=-0.0160132;REVB=-0.038458;RO=55;SAF=24;SAR=25;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701174;STB=0.547847;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0252208;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:55:57:49:49:0.462264:25:24:31:24:25:24:33:24 chr1 156233189 . C T 526.55 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0185154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.317;QD=20.2521;RBI=0.018605;REFB=-0.0290113;REVB=0.00182349;RO=50;SAF=28;SAR=26;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187757;STB=0.510346;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0307619;OID=.;OPOS=156233189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:50:54:54:0.519231:26:28:27:23:26:28:27:23 chr1 156255456 . G A 444.56 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00503184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.38;QD=26.1508;RBI=0.0395787;REFB=-0.0193468;REVB=0.0392575;RO=26;SAF=16;SAR=26;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00271534;STB=0.501483;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0147115;OID=.;OPOS=156255456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:26:16:10:16:26:16:10:16 chr1 156263505 . TA AT,T 106.84 PASS AF=0,0.326087;AO=7,66;DP=186;FAO=0,60;FDP=184;FR=.;FRO=124;FSAF=0,8;FSAR=0,52;FSRF=81;FSRR=43;FWDB=-0.0190059,-0.0144176;FXX=0.0107521;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=152.331,10.1484;QD=2.32254;RBI=0.109297,0.155719;REFB=-0.00321587,-0.186245;REVB=-0.107632,-0.15505;RO=95;SAF=2,12;SAR=5,54;SRF=73;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0.324324;SSSB=-0.497419,-0.597577;STB=0.5,0.858823;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.151586;OID=.,.;OPOS=156263505,156263506;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:186:184:95:124:7,66:0,60:0,0.326087:5,54:2,12:73:22:0,52:0,8:81:43 chr1 156263940 . T C 531.07 PASS AF=0.448819;AO=56;DP=126;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00110449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4549;QD=16.7266;RBI=0.0112746;REFB=0.0062465;REVB=0.0112203;RO=68;SAF=25;SAR=31;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960755;STB=0.547747;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0077362;OID=.;OPOS=156263940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:68:70:56:57:0.448819:31:25:37:31:31:26:38:32 chr1 156264000 . G A 319.0 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00215472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.147;QD=15.7529;RBI=0.0046509;REFB=-0.00251756;REVB=-0.00412166;RO=46;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868303;STB=0.54895;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00324667;OID=.;OPOS=156264000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:19:16:25:21:19:16:25:21 chr1 156280969 . G A 192.75 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0356198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5017;QD=14.8271;RBI=0.035647;REFB=0.0334262;REVB=0.00139314;RO=30;SAF=17;SAR=5;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137931;STB=0.579468;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0447907;OID=.;OPOS=156280969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:5:17:20:10:5:17:20:10 chr1 156280971 . G A 220.7 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0756651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.952;QD=18.0161;RBI=0.0799596;REFB=0.00785835;REVB=0.0258521;RO=27;SAF=17;SAR=5;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428115;STB=0.524399;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00637314;OID=.;OPOS=156280971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:5:17:20:7:5:17:20:7 chr1 156306918 . G A 45.84 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0170514;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.609;QD=8.3337;RBI=0.0171474;REFB=-0.000810366;REVB=0.00181249;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211684;STB=0.633402;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.000949413;OID=.;OPOS=156306918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:7:8:5:2:7:8 chr1 156347834 . T A 2156.84 PASS AF=0.485393;AO=213;DP=446;FAO=216;FDP=445;FR=.;FRO=229;FSAF=130;FSAR=86;FSRF=110;FSRR=119;FWDB=0.00240292;FXX=0.0022421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4141;QD=19.3873;RBI=0.134549;REFB=-0.0270797;REVB=0.134528;RO=226;SAF=129;SAR=84;SRF=109;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117683;STB=0.563538;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0285299;OID=.;OPOS=156347834;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:446:445:226:229:213:216:0.485393:84:129:109:117:86:130:110:119 chr1 156351699 . G A 1711.87 PASS AF=0.449495;AO=178;DP=394;FAO=178;FDP=396;FR=.;FRO=218;FSAF=78;FSAR=100;FSRF=132;FSRR=86;FWDB=0.000104586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.47;QD=17.2917;RBI=0.019733;REFB=-0.0200778;REVB=0.0197327;RO=214;SAF=78;SAR=100;SRF=130;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16622;STB=0.591406;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0261789;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:396:214:218:178:178:0.449495:100:78:130:84:100:78:132:86 chr1 156354293 . A G 944.84 PASS AF=0.427966;AO=101;DP=243;FAO=101;FDP=236;FR=.;FRO=135;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=68;FSRR=67;FWDB=-0.00739589;FXX=0.0288054;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.178;QD=16.0142;RBI=0.0148778;REFB=-0.00692008;REVB=0.0129093;RO=124;SAF=58;SAR=43;SRF=67;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342674;STB=0.540762;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00946159;OID=.;OPOS=156354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:236:124:135:101:101:0.427966:43:58:67:57:43:58:68:67 chr1 156354367 . A G 2347.5 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9766;QD=63.8777;RBI=0.0810076;REFB=0;REVB=-0.0138892;RO=0;SAF=43;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256546;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:146:147:1:103:43:0:0:104:43:0:0 chr1 156446903 . T C 1227.07 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=84;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.069476;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6577;QD=59.857;RBI=0.0736259;REFB=-0.120298;REVB=0.0243691;RO=1;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141304;STB=0.507245;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00205752;OID=.;OPOS=156446903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:82:1:1:80:81:0.987805:33:47:0:1:34:47:0:1 chr1 156450740 . G A 1148.86 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241053;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.191;QD=61.2727;RBI=0.0347334;REFB=0;REVB=0.0250068;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159754;OID=.;OPOS=156450740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:73:75:1:45:28:0:0:47:28:0:0 chr1 156499969 . T C 1104.59 PASS AF=0.425532;AO=120;DP=280;FAO=120;FDP=282;FR=.;FRO=162;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=84;FSRR=78;FWDB=-0.0393717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4867;QD=15.6679;RBI=0.0394544;REFB=-0.0103437;REVB=-0.00255233;RO=159;SAF=61;SAR=59;SRF=82;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757431;STB=0.505853;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0113555;OID=.;OPOS=156499969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:282:159:162:120:120:0.425532:59:61:82:77:59:61:84:78 chr1 156518379 . G A 523.83 PASS AF=0.39726;AO=58;DP=147;FAO=58;FDP=146;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.00864858;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.437;QD=14.3515;RBI=0.021203;REFB=-0.00126619;REVB=0.019359;RO=87;SAF=24;SAR=34;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146929;STB=0.579518;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00243662;OID=.;OPOS=156518379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:87:88:58:58:0.39726:34:24:48:39:34:24:48:40 chr1 156526387 . C G 1192.27 PASS AF=0.446809;AO=126;DP=282;FAO=126;FDP=282;FR=.;FRO=156;FSAF=75;FSAR=51;FSRF=69;FSRR=87;FWDB=-0.0221062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7732;QD=16.9117;RBI=0.0402655;REFB=0.0178142;REVB=-0.0336545;RO=154;SAF=75;SAR=51;SRF=68;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153207;STB=0.584931;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0213874;OID=.;OPOS=156526387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:154:156:126:126:0.446809:51:75:68:86:51:75:69:87 chr1 156526444 . T C 2943.36 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.906;QD=62.9596;RBI=0.0405578;REFB=0;REVB=0.0402072;RO=0;SAF=92;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57767e-05;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:187:0:0:182:187:1:90:92:0:0:93:94:0:0 chr1 156532977 . T C 1080.23 PASS AF=0.974026;AO=73;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0142847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.686;QD=56.1161;RBI=0.0175736;REFB=-0.0279768;REVB=0.0102361;RO=3;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422981;STB=0.514702;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000342351;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:3:2:73:75:0.974026:32:41:0:3:33:42:0:2 chr1 156536221 . G C 2581.85 PASS AF=0.988304;AO=168;DP=170;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000263271;FXX=0.00581362;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.434;QD=60.3941;RBI=0.0321564;REFB=-0.0253239;REVB=-0.0321553;RO=2;SAF=83;SAR=85;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000133362;STB=0.500035;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=7.38826e-05;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:171:2:2:168:169:0.988304:85:83:1:1:85:84:1:1 chr1 156536251 . T C 3111.44 PASS AF=1;AO=190;DP=192;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154729;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.055;QD=63.1764;RBI=0.0187818;REFB=0;REVB=0.0106464;RO=0;SAF=93;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81225e-05;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:197:0:0:190:197:1:97:93:0:0:101:96:0:0 chr1 156556321 . G A 1257.9 PASS AF=0.954545;AO=84;DP=88;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0122592;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.2808;QD=57.1774;RBI=0.0276112;REFB=-0.0168846;REVB=-0.0247404;RO=3;SAF=55;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000859513;STB=0.507741;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00081228;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:88:88:3:4:84:84:0.954545:29:55:2:1:29:55:2:2 chr1 156561651 . G C 1556.5 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00906811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.785;QD=59.8655;RBI=0.0850029;REFB=0;REVB=0.0845178;RO=0;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7853e-05;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:48:55:0:0:48:56:0:0 chr1 156563375 . G A 935.14 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0156633;FXX=0.0147037;HRUN=5;LEN=1;MLLD=305.571;QD=55.8294;RBI=0.0405931;REFB=-0.22069;REVB=0.0374495;RO=3;SAF=60;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070163;STB=0.508194;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000374359;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:67:3:2:65:65:0.970149:5:60:2:1:5:60:2:0 chr1 156563726 . A C 5351.49 PASS AF=1;AO=335;DP=337;FAO=337;FDP=337;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024996;FXX=0.00589953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4164;QD=63.5192;RBI=0.0554866;REFB=-0.0602325;REVB=-0.0495375;RO=1;SAF=169;SAR=166;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00281465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403403;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:337:337:1:0:335:337:1:166:169:1:0:167:170:0:0 chr1 156563813 . G A 3016.88 PASS AF=1;AO=167;DP=199;FAO=189;FDP=189;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=91;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824548;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.689;QD=63.8493;RBI=0.0825659;REFB=0;REVB=0.00428288;RO=0;SAF=61;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111889;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:199:189:0:0:167:189:1:106:61:0:0:98:91:0:0 chr1 156563852 . C T 2047.48 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00174627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3922;QD=61.5782;RBI=0.00670667;REFB=-0.160358;REVB=0.00647533;RO=0;SAF=54;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504587;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00197852;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:0:1:132:132:0.992481:78:54:0:0:78:54:1:0 chr1 156564922 . C T 392.03 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=-0.0161903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.372;QD=16.8615;RBI=0.0191989;REFB=-0.0104308;REVB=-0.0103186;RO=52;SAF=10;SAR=31;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334694;STB=0.518819;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0169939;OID=.;OPOS=156564922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:31:10:14:38:31:10:14:38 chr1 156565049 . A AAC,AC 737.71 PASS AF=0.981818,0;AO=39,10;DP=56;FAO=54,0;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=14,0;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00983701,-0.0119843;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=274.232,263.329;QD=53.6518;RBI=0.0290975,0.0319949;REFB=0.0172365,0.0126512;REVB=0.0273843,0.0296657;RO=5;SAF=12,0;SAR=27,10;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0271257,-0.790546;STB=0.506171,0.5;STBP=0.632,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.000132642,0;OID=.,.;OPOS=156565050,156565050;OREF=-,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.981818,0:39,10:56:54,0:55:1:14,0:40,0:0:1:4:5:12,0:27,10:1:4 chr1 156565510 . TTG T,TTT 58.06 PASS AF=0.266667,0;AO=11,9;DP=64;FAO=12,0;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=8,0;FSAR=4,0;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.203958,0.016368;FXX=0.081616;HRUN=8,6;LEN=2,1;MLLD=11.4155,8.6723;QD=5.16079;RBI=0.254761,0.240859;REFB=-0.00928175,-0.0105012;REVB=-0.152658,0.240302;RO=30;SAF=7,1;SAR=4,8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0858716,-0.572969;STB=0.524549,0.5;STBP=0.859,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0333525,0;OID=.,.;OPOS=156565511,156565512;OREF=TG,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0:11,9:64:12,0:45:33:8,0:4,0:21:12:59:30:7,1:4,8:17:13 chr1 156595447 . G A 4773.35 PASS AF=0.871134;AO=339;DP=390;FAO=338;FDP=388;FR=.;FRO=50;FSAF=186;FSAR=152;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.000754381;FXX=0.00767244;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.93;QD=49.2098;RBI=0.0291452;REFB=-0.0439517;REVB=0.0291354;RO=39;SAF=188;SAR=151;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184085;STB=0.524649;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000676157;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:388:39:50:339:338:0.871134:151:188:18:21:152:186:18:32 chr1 156626159 . TGGGGGGGA TGGGGGGA,TGGGGGGAC 34.57 PASS AF=0.190476,0.047619;AO=16,3;DP=62;FAO=12,3;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=5,3;FSAR=7,0;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0610945,0.11149;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.89853,26.0102;QD=2.19473;RBI=0.0955739,0.119301;REFB=-0.117122,-0.060972;REVB=-0.0734972,0.0424597;RO=35;SAF=8,3;SAR=8,0;SRF=15;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0821862,0.557248;STB=0.517213,0.997137;STBP=0.893,0.05;TYPE=del,mnp;VARB=0.0714052,0.17101;OID=.,.;OPOS=156626160,156626166;OREF=G,GA;OALT=-,AC;OMAPALT=TGGGGGGA,TGGGGGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190476,0.047619:16,3:62:12,3:63:48:5,3:7,0:19:29:29:35:8,3:8,0:15:20 chr1 156627996 . T C 628.36 PASS AF=0.415205;AO=70;DP=170;FAO=71;FDP=171;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.02539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.87;QD=14.6984;RBI=0.0254737;REFB=-0.00475441;REVB=0.00206313;RO=97;SAF=35;SAR=35;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267319;STB=0.51343;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00700429;OID=.;OPOS=156627996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:97:100:70:71:0.415205:35:35:51:46:35:36:53:47 chr1 156639636 . G A 598.21 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=152;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=63;FWDB=0.000991062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.548;QD=15.7425;RBI=0.00100451;REFB=-0.0137585;REVB=0.000163833;RO=86;SAF=33;SAR=33;SRF=23;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237304;STB=0.631542;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0149017;OID=.;OPOS=156639636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:86:86:66:66:0.434211:33:33:23:63:33:33:23:63 chr1 156639753 . G A 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00388762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307;QD=55.4104;RBI=0.00678206;REFB=-0.0354946;REVB=0.00555722;RO=1;SAF=15;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110991;STB=0.50588;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00045491;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:42:15:0:1:42:15:0:1 chr1 156640156 . G A 566.42 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.504;QD=58.0943;RBI=0.0269461;REFB=-0.109798;REVB=0.0241761;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562773;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:1:0:37:39:1:20:17:0:1:22:17:0:0 chr1 156640308 . C T 855.01 PASS AF=0.483696;AO=76;DP=189;FAO=89;FDP=184;FR=.;FRO=95;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=37;FWDB=-0.00162618;FXX=0.0315773;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.917;QD=18.5871;RBI=0.0694923;REFB=-0.0103868;REVB=0.0694732;RO=79;SAF=49;SAR=27;SRF=58;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931961;STB=0.531472;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.011971;OID=.;OPOS=156640308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:184:79:95:76:89:0.483696:27:49:58:21:40:49:58:37 chr1 156640503 . C T 1444.5 PASS AF=0.508834;AO=131;DP=272;FAO=144;FDP=283;FR=.;FRO=139;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=56;FSRR=83;FWDB=0.0891271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6827;QD=20.417;RBI=0.089297;REFB=-0.0202655;REVB=0.00550628;RO=141;SAF=54;SAR=77;SRF=58;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000842032;STB=0.530925;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0206719;OID=.;OPOS=156640503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:283:141:139:131:144:0.508834:77:54:58:83:77:67:56:83 chr1 156640678 . G A 2546.17 PASS AF=0.988235;AO=164;DP=167;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0104017;FXX=0.00584761;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.2243;QD=59.9099;RBI=0.0204826;REFB=-0.0521716;REVB=0.0176449;RO=2;SAF=8;SAR=156;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606209;STB=0.503105;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00200699;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:170:2:2:164:168:0.988235:156:8:0:2:160:8:0:2 chr1 156642663 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.024841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.719;QD=18.6416;RBI=0.0507506;REFB=-0.00280082;REVB=0.0442555;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11658;STB=0.578167;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00285253;OID=.;OPOS=156642663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:8:17:14:11:8:17:14:12 chr1 156646668 . A G 222.82 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4226;QD=49.5158;RBI=0.15512;REFB=0;REVB=-0.0224334;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414891;OID=.;OPOS=156646668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:7:11:0:0 chr1 156697056 . T C 904.9 PASS AF=0.484043;AO=90;DP=188;FAO=91;FDP=188;FR=.;FRO=97;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.0711384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.462;QD=19.2533;RBI=0.071753;REFB=0.00572304;REVB=0.00937166;RO=97;SAF=37;SAR=53;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799512;STB=0.546353;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00502562;OID=.;OPOS=156697056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:97:97:90:91:0.484043:53:37:48:49:54:37:48:49 chr1 156705593 . G C 3488.51 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379874;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.242;QD=62.5741;RBI=0.0407135;REFB=0;REVB=0.0146472;RO=0;SAF=112;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49143e-05;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:223:0:0:222:223:1:110:112:0:0:110:113:0:0 chr1 156713512 . C T 1318.58 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0392601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7013;QD=58.6037;RBI=0.060202;REFB=-0.0901896;REVB=0.0456391;RO=1;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111481;STB=0.506134;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00261828;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:1:3:87:87:0.966667:42:45:0:1:42:45:1:2 chr1 156752048 . C G 1095.07 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00687714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1188;QD=60.0038;RBI=0.0408997;REFB=0;REVB=-0.0403173;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000367347;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:43:29:0:0:44:29:0:0 chr1 156760887 . C A 2320.51 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.668;QD=61.066;RBI=0.0197792;REFB=0;REVB=0.0172347;RO=0;SAF=58;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86819e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4446e-05;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:94:58:0:0:94:58:0:0 chr1 156779048 . G C 227.08 PASS AF=0.402985;AO=25;DP=65;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00456693;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.31;QD=13.5571;RBI=0.0132138;REFB=-0.000941604;REVB=-0.0123995;RO=40;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230904;STB=0.599706;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00120792;OID=.;OPOS=156779048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:40:40:25:27:0.402985:9:16:17:23:11:16:17:23 chr1 156784982 . T C 2552.04 PASS AF=0.994012;AO=165;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180143;FXX=0.0118336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.879;QD=61.1268;RBI=0.0215254;REFB=-0.10014;REVB=0.0117826;RO=0;SAF=47;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502109;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=9.81466e-05;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:0:1:165:166:0.994012:118:47:0:0:118:48:0:1 chr1 156785617 . G A 2434.29 PASS AF=0.975904;AO=162;DP=166;FAO=162;FDP=166;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0249593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.112;QD=58.6575;RBI=0.0250765;REFB=0.0455939;REVB=-0.00242174;RO=3;SAF=74;SAR=88;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430399;STB=0.501049;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.000613946;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:166:166:3:4:162:162:0.975904:88:74:1:2:88:74:2:2 chr1 156873727 . G A 1321.14 PASS AF=0.434251;AO=142;DP=331;FAO=142;FDP=327;FR=.;FRO=185;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=96;FSRR=89;FWDB=-0.0177962;FXX=0.0120842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2993;QD=16.1607;RBI=0.0524298;REFB=-0.0238999;REVB=0.0493172;RO=179;SAF=76;SAR=66;SRF=91;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270681;STB=0.50925;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0324021;OID=.;OPOS=156873727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:327:179:185:142:142:0.434251:66:76:91:88:66:76:96:89 chr1 156877457 . T C 1673.77 PASS AF=0.935484;AO=118;DP=124;FAO=116;FDP=124;FR=.;FRO=8;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0453719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6741;QD=53.9925;RBI=0.0460083;REFB=-0.00894651;REVB=-0.0076258;RO=5;SAF=64;SAR=54;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110471;STB=0.519593;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00247616;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:124:124:5:8:118:116:0.935484:54:64:2:3:52:64:2:6 chr1 156877797 . C A 577.7 PASS AF=0.48;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0116024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3387;QD=18.4864;RBI=0.0240975;REFB=-0.00204078;REVB=-0.0211205;RO=65;SAF=39;SAR=21;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196892;STB=0.510913;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00219771;OID=.;OPOS=156877797;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:65:65:60:60:0.48:21:39:41:24:21:39:41:24 chr1 156878531 . T C 1747.27 PASS AF=0.483784;AO=177;DP=369;FAO=179;FDP=370;FR=.;FRO=191;FSAF=76;FSAR=103;FSRF=87;FSRR=104;FWDB=-0.0653012;FXX=0.0053762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7079;QD=18.8894;RBI=0.0667696;REFB=-0.00166584;REVB=-0.0139257;RO=183;SAF=76;SAR=101;SRF=83;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227707;STB=0.516249;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00176812;OID=.;OPOS=156878531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:370:183:191:177:179:0.483784:101:76:83:100:103:76:87:104 chr1 156878737 . T C 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00437439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.303;QD=12.4135;RBI=0.0116469;REFB=-0.0167737;REVB=-0.0107942;RO=37;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035502;STB=0.520487;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0271158;OID=.;OPOS=156878737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:15:8:14:23:15:8:14:23 chr1 156879580 . C T 462.3 PASS AF=0.366013;AO=56;DP=153;FAO=56;FDP=153;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=-0.0104181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.616;QD=12.0862;RBI=0.0159779;REFB=-0.00879161;REVB=-0.0121144;RO=96;SAF=10;SAR=46;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299434;STB=0.677645;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0122549;OID=.;OPOS=156879580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:96:97:56:56:0.366013:46:10:37:59:46:10:38:59 chr1 156882996 . G C 382.55 PASS AF=0.4;AO=43;DP=114;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00639918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5238;QD=12.7518;RBI=0.0260056;REFB=-0.0229778;REVB=-0.025206;RO=71;SAF=20;SAR=23;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150928;STB=0.529399;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0413553;OID=.;OPOS=156882996;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:120:71:72:43:48:0.4:23:20:34:37:27:21:35:37 chr1 156883215 . C A 936.57 PASS AF=0.459091;AO=97;DP=215;FAO=101;FDP=220;FR=.;FRO=119;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=-0.00614217;FXX=0.00452468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.62;QD=17.0285;RBI=0.0258592;REFB=-0.0219694;REVB=0.0251192;RO=118;SAF=53;SAR=44;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208821;STB=0.508243;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0294464;OID=.;OPOS=156883215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:220:118:119:97:101:0.459091:44:53:62:56:46:55:63:56 chr1 156883493 . G A 637.75 PASS AF=0.374384;AO=76;DP=203;FAO=76;FDP=203;FR=.;FRO=127;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=80;FWDB=-0.00297778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.673;QD=12.5664;RBI=0.0243838;REFB=-0.0190233;REVB=0.0242013;RO=125;SAF=38;SAR=38;SRF=46;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145618;STB=0.58126;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0235041;OID=.;OPOS=156883493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:125:127:76:76:0.374384:38:38:46:79:38:38:47:80 chr1 156883546 . A G 501.52 PASS AF=0.365269;AO=61;DP=167;FAO=61;FDP=167;FR=.;FRO=106;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.0258395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.137;QD=12.0124;RBI=0.0283885;REFB=0.00230505;REVB=0.0117571;RO=106;SAF=27;SAR=34;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205199;STB=0.511666;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00474793;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:106:106:61:61:0.365269:34:27:45:61:34:27:45:61 chr1 156884584 . C T 442.7 PASS AF=0.459184;AO=43;DP=96;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.0336431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.713;QD=18.0695;RBI=0.0392678;REFB=-0.00811967;REVB=0.020251;RO=53;SAF=15;SAR=28;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519359;STB=0.544584;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0124831;OID=.;OPOS=156884584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:53:53:43:45:0.459184:28:15:16:37:28:17:16:37 chr1 156890672 . T C 3997.69 PASS AF=0.460687;AO=412;DP=908;FAO=416;FDP=903;FR=.;FRO=487;FSAF=197;FSAR=219;FSRF=226;FSRR=261;FWDB=0.00638239;FXX=0.00550655;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3475;QD=17.7085;RBI=0.0335955;REFB=-0.00490202;REVB=-0.0329837;RO=486;SAF=196;SAR=216;SRF=226;SRR=260;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105575;STB=0.505136;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00566992;OID=.;OPOS=156890672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:908:903:486:487:412:416:0.460687:216:196:226:260:219:197:226:261 chr1 156902222 . G A 561.57 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0370422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.11;QD=17.8276;RBI=0.038181;REFB=-0.00795355;REVB=-0.00925553;RO=65;SAF=25;SAR=34;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945405;STB=0.544945;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00602037;OID=.;OPOS=156902222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:67:59:59:0.468254:34:25:34:31:34:25:34:33 chr1 156902259 . G A 2202.01 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00565797;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.392;QD=62.4685;RBI=0.031515;REFB=0.0917089;REVB=-0.0310029;RO=1;SAF=72;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694102;STB=0.503649;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000186691;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:68:72:0:1:68:72:0:1 chr1 156902281 . T G 692.08 PASS AF=0.477124;AO=73;DP=155;FAO=73;FDP=153;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00228683;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.603;QD=18.0937;RBI=0.015305;REFB=-0.0072929;REVB=0.0151332;RO=79;SAF=35;SAR=38;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025277;STB=0.51728;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00689472;OID=.;OPOS=156902281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:79:80:73:73:0.477124:38:35:40:39:38:35:41:39 chr1 156904644 . A G 714.91 PASS AF=0.47973;AO=70;DP=148;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0258189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3968;QD=19.3218;RBI=0.0296948;REFB=-0.00924716;REVB=0.0146685;RO=77;SAF=36;SAR=34;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418864;STB=0.52676;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0160344;OID=.;OPOS=156904644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:77:77:70:71:0.47973:34:36:43:34:35:36:43:34 chr1 156904818 . G A 870.68 PASS AF=0.463542;AO=89;DP=193;FAO=89;FDP=192;FR=.;FRO=103;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=0.0347403;FXX=0.00518108;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0809;QD=18.1392;RBI=0.0424433;REFB=0.000815238;REVB=0.0243833;RO=103;SAF=45;SAR=44;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289579;STB=0.516027;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.000534607;OID=.;OPOS=156904818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:103:103:89:89:0.463542:44:45:49:54:44:45:49:54 chr1 156907081 . T C 1445.04 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=95;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0183402;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.461;QD=62.1523;RBI=0.0387088;REFB=0.00655807;REVB=0.0340883;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.505493;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-1.16548e-05;OID=.;OPOS=156907081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:93:0:1:91:92:0.989247:44:47:0:0:45:47:0:1 chr1 156907115 . T C 445.78 PASS AF=0.401575;AO=50;DP=126;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0446438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7805;QD=14.0403;RBI=0.0446903;REFB=-0.0100548;REVB=-0.00203747;RO=76;SAF=29;SAR=21;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141488;STB=0.572458;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0198494;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:76:76:50:51:0.401575:21:29:34:42:22:29:34:42 chr1 156909695 . G A 1097.08 PASS AF=0.470588;AO=112;DP=239;FAO=112;FDP=238;FR=.;FRO=126;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=56;FSRR=70;FWDB=-0.0218324;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.715;QD=18.4383;RBI=0.0262797;REFB=-0.00616016;REVB=-0.0146276;RO=125;SAF=50;SAR=62;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00151929;STB=0.501063;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0063197;OID=.;OPOS=156909695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:125:126:112:112:0.470588:62:50:56:69:62:50:56:70 chr1 156939067 . G A 923.14 PASS AF=0.584507;AO=83;DP=143;FAO=83;FDP=142;FR=.;FRO=59;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0334065;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9688;QD=26.0039;RBI=0.0482271;REFB=0.0064766;REVB=0.0347831;RO=60;SAF=46;SAR=37;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420887;STB=0.519147;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00408126;OID=.;OPOS=156939067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:60:59:83:83:0.584507:37:46:30:30:37:46:30:29 chr1 157062696 . G T 613.98 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0446413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4439;QD=18.7475;RBI=0.0454597;REFB=-0.00148363;REVB=0.00858709;RO=67;SAF=30;SAR=33;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00132684;STB=0.504733;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00159069;OID=.;OPOS=157062696;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:67:68:63:63:0.480916:33:30:32:35:33:30:33:35 chr1 157488487 . C T 1013.56 PASS AF=0.518519;AO=97;DP=189;FAO=98;FDP=189;FR=.;FRO=91;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.0128522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.373;QD=21.4509;RBI=0.013893;REFB=-0.00826329;REVB=-0.00527609;RO=91;SAF=49;SAR=48;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197112;STB=0.508319;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00762014;OID=.;OPOS=157488487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:91:91:97:98:0.518519:48:49:48:43:48:50:48:43 chr1 157489535 . G A 953.72 PASS AF=0.584416;AO=89;DP=153;FAO=90;FDP=154;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.000417206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.925;QD=24.772;RBI=0.0283366;REFB=-0.000961341;REVB=0.0283335;RO=64;SAF=38;SAR=51;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104751;STB=0.55864;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000840034;OID=.;OPOS=157489535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:64:64:89:90:0.584416:51:38:36:28:52:38:36:28 chr1 157494106 . C T 565.04 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0274452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0673;QD=26.9064;RBI=0.0813553;REFB=0.0140349;REVB=0.0765862;RO=33;SAF=28;SAR=23;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245653;STB=0.513394;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0058044;OID=.;OPOS=157494106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:33:33:51:51:0.607143:23:28:17:16:23:28:17:16 chr1 157504143 . G A 589.83 PASS AF=0.541284;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0187845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.73;QD=21.6451;RBI=0.0343024;REFB=-0.0171678;REVB=-0.0287019;RO=48;SAF=18;SAR=41;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138643;STB=0.569025;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0119942;OID=.;OPOS=157504143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:48:50:59:59:0.541284:41:18:22:26:41:18:22:28 chr1 157504422 . C T 509.5 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0175902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.513;QD=21.0102;RBI=0.0181114;REFB=-0.00211747;REVB=0.00431338;RO=46;SAF=19;SAR=30;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042918;STB=0.525614;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0049021;OID=.;OPOS=157504422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:46:48:49:49:0.505155:30:19:20:26:30:19:21:27 chr1 157504433 . C G 560.24 PASS AF=0.522523;AO=55;DP=108;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00533749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.39;QD=20.1889;RBI=0.0163563;REFB=-0.0352972;REVB=0.0154609;RO=53;SAF=21;SAR=34;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484326;STB=0.527334;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0362935;OID=.;OPOS=157504433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:53:53:55:58:0.522523:34:21:23:30:36:22:23:30 chr1 157508882 . C T 374.31 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0106958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0865;QD=18.0391;RBI=0.0277689;REFB=-0.0215779;REVB=0.0256264;RO=43;SAF=23;SAR=16;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202944;STB=0.618522;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0339928;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:43:44:39:39:0.46988:16:23:16:27:16:23:16:28 chr1 157509025 . C T 2373.93 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000753034;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.051;QD=64.1601;RBI=0.00251795;REFB=0;REVB=0.00240271;RO=0;SAF=67;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010353;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:81:67:0:0:81:67:0:0 chr1 157514097 . A G 806.66 PASS AF=0.522581;AO=81;DP=155;FAO=81;FDP=155;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0279439;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.96;QD=20.817;RBI=0.0282666;REFB=-0.0116207;REVB=0.00425917;RO=73;SAF=33;SAR=48;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153922;STB=0.512312;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0117883;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:73:74:81:81:0.522581:48:33:31:42:48:33:32:42 chr1 157567751 . A G 723.12 PASS AF=1;AO=36;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.179;QD=62.8796;RBI=0.0929927;REFB=0;REVB=0.0830225;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158976;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:36:46:1:19:17:0:0:29:17:0:0 chr1 157648543 . T C 1113.64 PASS AF=0.619632;AO=101;DP=162;FAO=101;FDP=163;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00542352;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.511;QD=27.3286;RBI=0.0315303;REFB=-0.0193592;REVB=0.0310603;RO=60;SAF=38;SAR=63;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769917;STB=0.542682;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0114543;OID=.;OPOS=157648543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:60:62:101:101:0.619632:63:38:29:31:63:38:30:32 chr1 157668390 . T C 1188.71 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00780604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7402;QD=57.9859;RBI=0.0208616;REFB=-0.0636941;REVB=0.0193461;RO=2;SAF=48;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526509;STB=0.502886;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00432194;OID=.;OPOS=157668390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:79:80:0.97561:31:48:1:1:31:49:1:1 chr1 157670290 . C G 2535.34 PASS AF=0.965714;AO=169;DP=176;FAO=169;FDP=175;FR=.;FRO=6;FSAF=70;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00316753;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2635;QD=57.9507;RBI=0.0232557;REFB=-0.00396253;REVB=-0.0230389;RO=7;SAF=70;SAR=99;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00111916;STB=0.503027;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00162821;OID=.;OPOS=157670290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:176:175:7:6:169:169:0.965714:99:70:3:4:99:70:3:3 chr1 157802979 . C T 1320.07 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.647;QD=62.1209;RBI=0.0410047;REFB=0;REVB=0.037389;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143172;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:81:85:1:50:31:0:0:51:34:0:0 chr1 158066834 . A G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6544;QD=57.1045;RBI=0.051101;REFB=0;REVB=-0.0114907;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301183;OID=.;OPOS=158066834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr1 158224904 . C T 724.71 PASS AF=0.503546;AO=71;DP=141;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00885908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6206;QD=20.5591;RBI=0.0096548;REFB=0.00317014;REVB=-0.0038382;RO=70;SAF=42;SAR=29;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122163;STB=0.56732;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00314942;OID=.;OPOS=158224904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:70:70:71:71:0.503546:29:42:32:38:29:42:32:38 chr1 158225019 . C G 897.07 PASS AF=0.456221;AO=93;DP=215;FAO=99;FDP=217;FR=.;FRO=118;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=0.0218201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4392;QD=16.5358;RBI=0.030877;REFB=-0.0196181;REVB=0.0218465;RO=89;SAF=33;SAR=60;SRF=30;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173842;STB=0.545028;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0154193;OID=.;OPOS=158225019;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:217:89:118:93:99:0.456221:60:33:30:59:60:39:56:62 chr1 158263011 . T C 1210.84 PASS AF=0.487805;AO=120;DP=246;FAO=120;FDP=246;FR=.;FRO=126;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=65;FSRR=61;FWDB=-0.00249015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.349;QD=19.6885;RBI=0.0118636;REFB=-0.0101442;REVB=-0.0115994;RO=125;SAF=70;SAR=50;SRF=65;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597505;STB=0.535118;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0100093;OID=.;OPOS=158263011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:125:126:120:120:0.487805:50:70:65:60:50:70:65:61 chr1 158324425 . A G 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.592;QD=64.2853;RBI=0.0403692;REFB=0;REVB=-0.00106856;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38021e-05;OID=.;OPOS=158324425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:59:41:0:0:59:41:0:0 chr1 158368309 . T G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0179234;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=241.892;QD=11.4398;RBI=0.0183135;REFB=0.00389039;REVB=-0.00375985;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168206;STB=0.599791;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00894108;OID=.;OPOS=158368309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:4:10:5:4:4:10 chr1 158368541 . A G 670.69 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=135;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.013161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.86;QD=19.8722;RBI=0.0175664;REFB=-0.0102285;REVB=-0.0116347;RO=68;SAF=34;SAR=33;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127584;STB=0.570273;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0102268;OID=.;OPOS=158368541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:68:68:67:67:0.496296:33:34:25:43:33:34:25:43 chr1 158368846 . T C 445.81 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0048917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.726;QD=18.1962;RBI=0.00970566;REFB=-0.00048697;REVB=0.00838278;RO=53;SAF=6;SAR=39;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269133;STB=0.652889;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00107635;OID=.;OPOS=158368846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:39:6:16:37:39:6:16:37 chr1 158368964 . C T 761.33 PASS AF=0.532847;AO=73;DP=137;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.0017931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.033;QD=22.2285;RBI=0.0104686;REFB=-0.0178839;REVB=-0.0103139;RO=64;SAF=33;SAR=40;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942325;STB=0.551556;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0136775;OID=.;OPOS=158368964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:64:64:73:73:0.532847:40:33:22:42:40:33:22:42 chr1 158368974 . A G 737.52 PASS AF=0.507042;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.0606518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3895;QD=20.7751;RBI=0.0625575;REFB=-0.0324816;REVB=0.015323;RO=69;SAF=31;SAR=41;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625598;STB=0.537273;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0278351;OID=.;OPOS=158368974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:69:70:72:72:0.507042:41:31:25:44:41:31:25:45 chr1 158369064 . A G 769.16 PASS AF=0.513889;AO=74;DP=144;FAO=74;FDP=144;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=55;FWDB=0.0157868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.911;QD=21.3655;RBI=0.0162207;REFB=-0.0336504;REVB=0.00372669;RO=69;SAF=34;SAR=40;SRF=15;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219644;STB=0.62232;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0298962;OID=.;OPOS=158369064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:69:70:74:74:0.513889:40:34:15:54:40:34:15:55 chr1 158436299 . T C 344.73 PASS AF=0.390476;AO=40;DP=104;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00573667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.717;QD=13.1327;RBI=0.0953355;REFB=-0.00490625;REVB=0.0951628;RO=64;SAF=16;SAR=24;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109666;STB=0.568148;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0105354;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:64:64:40:41:0.390476:24:16:32:32:25:16:32:32 chr1 158450314 . A G 243.16 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0289517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0897;QD=12.7978;RBI=0.0291328;REFB=-0.0102562;REVB=0.00324371;RO=47;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130091;STB=0.507458;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.020981;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:17:12:20:27:17:12:20:27 chr1 158450382 . C T 478.06 PASS AF=0.477064;AO=49;DP=107;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0102216;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.239;QD=17.5435;RBI=0.01226;REFB=-0.017553;REVB=0.0067696;RO=58;SAF=16;SAR=33;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318374;STB=0.668961;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0162943;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:58:57:49:52:0.477064:33:16:38:20:35:17:37:20 chr1 158517142 . C T 792.19 PASS AF=0.535714;AO=74;DP=134;FAO=75;FDP=140;FR=.;FRO=65;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00368811;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.263;QD=22.6339;RBI=0.02207;REFB=-0.0215044;REVB=-0.0217596;RO=57;SAF=41;SAR=33;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593349;STB=0.525333;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0207647;OID=.;OPOS=158517142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:140:57:65:74:75:0.535714:33:41:32:25:34:41:32:33 chr1 158517353 . G A 237.24 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0248783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.861;QD=11.4331;RBI=0.0248783;REFB=-0.0129328;REVB=1.72995e-05;RO=54;SAF=11;SAR=18;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969084;STB=0.556184;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0251656;OID=.;OPOS=158517353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:18:11:25:29:18:11:25:29 chr1 158533140 . A G 461.82 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0366251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8747;QD=19.0443;RBI=0.0923804;REFB=0.0257416;REVB=-0.08481;RO=49;SAF=23;SAR=23;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473649;STB=0.525762;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0306027;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:49:51:46:46:0.474227:23:23:22:27:23:23:23:28 chr1 158533224 . A G 499.81 PASS AF=0.509804;AO=47;DP=97;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0526199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0138;QD=19.6003;RBI=0.0528521;REFB=0.00326134;REVB=0.00494874;RO=50;SAF=26;SAR=21;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865558;STB=0.538447;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00259285;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:102:50:50:47:52:0.509804:21:26:23:27:24:28:23:27 chr1 158549264 . G A 404.58 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00901664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.661;QD=17.0349;RBI=0.0112931;REFB=-0.000518128;REVB=0.00679952;RO=53;SAF=11;SAR=31;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196516;STB=0.610958;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000582232;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:31:11:23:30:31:11:23:30 chr1 158549420 . C T 765.91 PASS AF=0.473373;AO=80;DP=170;FAO=80;FDP=169;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0223217;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.04;QD=18.1281;RBI=0.0232571;REFB=-0.00398587;REVB=-0.00652942;RO=87;SAF=32;SAR=48;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133551;STB=0.568328;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00525835;OID=.;OPOS=158549420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:87:89:80:80:0.473373:48:32:47:40:48:32:47:42 chr1 158549492 . C T 566.56 PASS AF=0.418301;AO=63;DP=152;FAO=64;FDP=153;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.0078896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.534;QD=14.8121;RBI=0.0129067;REFB=-0.00844888;REVB=0.0102145;RO=89;SAF=27;SAR=36;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692618;STB=0.533323;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0116786;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:89:89:63:64:0.418301:36:27:44:45:36:28:44:45 chr1 158549511 . A G 544.38 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0165719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.545;QD=15.5536;RBI=0.0175706;REFB=-0.00470733;REVB=-0.00583924;RO=81;SAF=26;SAR=33;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424374;STB=0.523801;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00465057;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:81:81:59:59:0.421429:33:26:39:42:33:26:39:42 chr1 158577109 . A C 629.15 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0251645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.998;QD=20.7984;RBI=0.0264365;REFB=-0.00525657;REVB=-0.00810173;RO=57;SAF=26;SAR=37;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084177;STB=0.550755;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00355553;OID=.;OPOS=158577109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:57:58:63:63:0.520661:37:26:29:28:37:26:30:28 chr1 158577167 . A T 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0095481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.615;QD=20.0722;RBI=0.013003;REFB=-0.00388059;REVB=0.00882676;RO=31;SAF=21;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172032;STB=0.595552;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00288781;OID=.;OPOS=158577167;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:13:21:13:18:13:21:13:18 chr1 158619728 . A C 3362.68 PASS AF=0.982063;AO=120;DP=223;FAO=219;FDP=223;FR=.;FRO=4;FSAF=78;FSAR=141;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0245941;FXX=0.00446409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.213;QD=60.3171;RBI=0.0250617;REFB=0.0211115;REVB=0.00481878;RO=0;SAF=66;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502078;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.000210137;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:223:223:0:4:120:219:0.982063:54:66:0:0:141:78:1:3 chr1 158647495 . A T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.597;QD=62.9079;RBI=0.0363083;REFB=0;REVB=-0.0356306;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84337e-05;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr1 158647522 . A G 503.95 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0211863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2096;QD=18.8391;RBI=0.0401072;REFB=-0.00962317;REVB=0.0340548;RO=54;SAF=17;SAR=36;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223167;STB=0.623846;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0116562;OID=.;OPOS=158647522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:53:53:0.495327:36:17:30:24:36:17:30:24 chr1 158655036 . G A 2752.57 PASS AF=0.994565;AO=168;DP=171;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0712754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.214;QD=59.8385;RBI=0.0787133;REFB=-0.0671396;REVB=0.0334007;RO=0;SAF=82;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.98948e-08;STB=0.502618;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000818987;OID=.;OPOS=158655036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:171:184:0:1:168:183:0.994565:86:82:0:0:88:95:1:0 chr1 158656281 . T C 2072.39 PASS AF=0.951389;AO=137;DP=144;FAO=137;FDP=144;FR=.;FRO=7;FSAF=89;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0230989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.795;QD=57.5664;RBI=0.0249279;REFB=-0.120384;REVB=-0.00937226;RO=0;SAF=89;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92872e-08;STB=0.526623;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000723317;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:144:144:0:7:137:137:0.951389:48:89:0:0:48:89:1:6 chr1 158687896 . C T 69.55 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0252185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9356;QD=16.3652;RBI=0.0269655;REFB=-0.069366;REVB=-0.00954795;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371297;STB=0.52169;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0364036;OID=.;OPOS=158687896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:3:5:6:3:3:5 chr1 158735595 . C T 606.66 PASS AF=0.408284;AO=69;DP=169;FAO=69;FDP=169;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=0.0129515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.882;QD=14.3587;RBI=0.0173239;REFB=-0.00235914;REVB=0.0115054;RO=100;SAF=30;SAR=39;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266817;STB=0.514972;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00397398;OID=.;OPOS=158735595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:100:100:69:69:0.408284:39:30:41:59:39:30:41:59 chr1 158735691 . T C 676.81 PASS AF=0.391089;AO=79;DP=203;FAO=79;FDP=202;FR=.;FRO=123;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=56;FSRR=67;FWDB=-0.0441911;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3925;QD=13.4021;RBI=0.0477186;REFB=-0.00447635;REVB=-0.0180058;RO=122;SAF=37;SAR=42;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190093;STB=0.507996;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00847376;OID=.;OPOS=158735691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:122:123:79:79:0.391089:42:37:55:67:42:37:56:67 chr1 158735740 . A G 811.21 PASS AF=0.447368;AO=85;DP=190;FAO=85;FDP=190;FR=.;FRO=105;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=-0.0372292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6699;QD=17.0782;RBI=0.0449675;REFB=-0.00920795;REVB=-0.0252202;RO=105;SAF=37;SAR=48;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977564;STB=0.554315;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00933866;OID=.;OPOS=158735740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:105:105:85:85:0.447368:48:37:56:49:48:37:56:49 chr1 158735892 . A G 498.7 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0312188;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.316;QD=18.1346;RBI=0.0319645;REFB=0.00203669;REVB=0.00686412;RO=57;SAF=22;SAR=31;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721665;STB=0.540054;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00147255;OID=.;OPOS=158735892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:57:57:53:53:0.481818:31:22:28:29:31:22:28:29 chr1 158736215 . G A 548.16 PASS AF=0.44697;AO=57;DP=131;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0590745;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2289;QD=16.611;RBI=0.0648513;REFB=-0.00943209;REVB=-0.0267561;RO=74;SAF=26;SAR=31;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024192;STB=0.520117;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0155276;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:74:73:57:59:0.44697:31:26:32:42:31:28:32:41 chr1 158746678 . T C 640.77 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=-0.046019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.442;QD=17.6764;RBI=0.046078;REFB=-0.00520831;REVB=0.00233066;RO=79;SAF=32;SAR=34;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128762;STB=0.571407;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00735528;OID=.;OPOS=158746678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:79:79:66:66:0.455172:34:32:28:51:34:32:28:51 chr1 158746847 . A G 307.24 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0274928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.274;QD=15.5564;RBI=0.0275944;REFB=-0.00259816;REVB=-0.00236476;RO=45;SAF=12;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120245;STB=0.568034;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00287425;OID=.;OPOS=158746847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:22:12:21:24:22:12:21:24 chr1 158813819 . A G 530.34 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=90;FAO=48;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0223171;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.54;QD=24.1063;RBI=0.0223176;REFB=0.00473469;REVB=0.00014643;RO=26;SAF=22;SAR=20;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177342;STB=0.563787;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00484272;OID=.;OPOS=158813819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:26:33:42:48:0.545455:20:22:7:19:23:25:12:21 chr1 158817599 . C T 603.23 PASS AF=0.398844;AO=68;DP=173;FAO=69;FDP=173;FR=.;FRO=104;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=-0.00890231;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4635;QD=13.9475;RBI=0.0107304;REFB=-0.00423484;REVB=0.0059909;RO=104;SAF=33;SAR=35;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255389;STB=0.510078;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00486226;OID=.;OPOS=158817599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:104:104:68:69:0.398844:35:33:48:56:36:33:48:56 chr1 158986477 . G C 276.23 PASS AF=0.277372;AO=38;DP=137;FAO=38;FDP=137;FR=.;FRO=99;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=-0.110493;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1369;QD=8.06522;RBI=0.114185;REFB=0.00366069;REVB=-0.0287997;RO=96;SAF=9;SAR=29;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309742;STB=0.676943;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0148951;OID=.;OPOS=158986477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:96:99:38:38:0.277372:29:9:45:51:29:9:45:54 chr1 158988330 . G A 220.23 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.069797;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.142;QD=17.2728;RBI=0.0698986;REFB=-0.00409195;REVB=-0.00376751;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868684;STB=0.548979;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00607207;OID=.;OPOS=158988330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:11:16:12:12:11:16 chr1 158990247 . A G 593.96 PASS AF=0.404762;AO=68;DP=168;FAO=68;FDP=168;FR=.;FRO=100;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.00237542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.612;QD=14.1418;RBI=0.0123183;REFB=-0.0045744;REVB=0.0120871;RO=98;SAF=28;SAR=40;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146696;STB=0.588209;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00759853;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:98:100:68:68:0.404762:40:28:54:44:40:28:56:44 chr1 159002377 . C A 553.51 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0413372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5182;QD=22.1404;RBI=0.0475512;REFB=-0.00150461;REVB=-0.0235021;RO=48;SAF=19;SAR=33;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260952;STB=0.643786;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00053687;OID=.;OPOS=159002377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:33:19:32:16:33:19:32:16 chr1 159002389 . T A 597.12 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0106293;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.719;QD=19.4186;RBI=0.0133999;REFB=-0.0119273;REVB=0.0081594;RO=63;SAF=24;SAR=37;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220557;STB=0.625752;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0121332;OID=.;OPOS=159002389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:63:62:61:61:0.495935:37:24:40:23:37:24:40:22 chr1 159024668 . A T 187.9 PASS AF=0.5;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.00983349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.259;QD=19.7788;RBI=0.0170943;REFB=-0.0224246;REVB=0.0139828;RO=18;SAF=5;SAR=14;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188383;STB=0.612546;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0184608;OID=.;OPOS=159024668;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:19:19:19:0.5:14:5:2:16:14:5:2:17 chr1 159169641 . T C 1315.16 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0615087;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.321;QD=59.7801;RBI=0.0638304;REFB=-0.0429036;REVB=0.0170588;RO=2;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220219;STB=0.511625;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00273021;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:88:2:2:85:86:0.977273:42:43:0:2:42:44:0:2 chr1 159273943 . G A 399.33 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0112132;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.098;QD=13.0927;RBI=0.0159581;REFB=-0.0107186;REVB=0.0113545;RO=76;SAF=21;SAR=26;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580813;STB=0.52874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0191626;OID=.;OPOS=159273943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:76:75:47:47:0.385246:26:21:38:38:26:21:37:38 chr1 159409734 . G T 1691.18 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9385;QD=59.8646;RBI=0.0525723;REFB=0;REVB=-0.0496928;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00548268;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:61:50:0:0:61:52:0:0 chr1 159409884 . G A 1494.05 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00697617;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.404;QD=63.5766;RBI=0.0141108;REFB=0;REVB=-0.0122658;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25682e-05;OID=.;OPOS=159409884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:93:94:1:40:53:0:0:41:53:0:0 chr1 159505297 . C T 638.1 PASS AF=0.543103;AO=62;DP=115;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00237747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.603;QD=22.0034;RBI=0.0733194;REFB=-0.0118118;REVB=-0.0732808;RO=51;SAF=31;SAR=31;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565418;STB=0.542359;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0068877;OID=.;OPOS=159505297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:51:53:62:63:0.543103:31:31:22:29:31:32:22:31 chr1 159558258 . A G 1683.3 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0024212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.134;QD=60.1177;RBI=0.0178301;REFB=0;REVB=-0.017665;RO=0;SAF=78;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30419e-05;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:31:78:0:0:33:79:0:0 chr1 159778983 . T C 932.73 PASS AF=0.422131;AO=87;DP=231;FAO=103;FDP=244;FR=.;FRO=141;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=64;FSRR=77;FWDB=-0.0168817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.522;QD=15.2907;RBI=0.017727;REFB=-0.00738138;REVB=-0.00540893;RO=141;SAF=42;SAR=45;SRF=64;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317129;STB=0.523843;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0104501;OID=.;OPOS=159778983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:244:141:141:87:103:0.422131:45:42:64:77:52:51:64:77 chr1 159785370 . T C 1077.71 PASS AF=0.514286;AO=108;DP=210;FAO=108;FDP=210;FR=.;FRO=102;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=0.0128569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4081;QD=20.5278;RBI=0.0252911;REFB=-0.00244794;REVB=0.0217794;RO=102;SAF=57;SAR=51;SRF=42;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102562;STB=0.556161;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00239716;OID=.;OPOS=159785370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:102:102:108:108:0.514286:51:57:42:60:51:57:42:60 chr1 159785425 . A G 661.2 PASS AF=0.429412;AO=72;DP=169;FAO=73;FDP=170;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=-0.00587542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.88;QD=15.5576;RBI=0.00883289;REFB=-0.00349152;REVB=0.00659541;RO=96;SAF=32;SAR=40;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397763;STB=0.528942;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00460386;OID=.;OPOS=159785425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:96:97:72:73:0.429412:40:32:39:57:40:33:39:58 chr1 159799910 . G A 1084.52 PASS AF=0.470339;AO=111;DP=236;FAO=111;FDP=236;FR=.;FRO=125;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=-0.0380449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0723;QD=18.3817;RBI=0.0421169;REFB=-0.00624946;REVB=0.018067;RO=125;SAF=54;SAR=57;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021608;STB=0.511924;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00623031;OID=.;OPOS=159799910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:125:125:111:111:0.470339:57:54:58:67:57:54:58:67 chr1 159802683 . G A 1305.33 PASS AF=0.458472;AO=136;DP=301;FAO=138;FDP=301;FR=.;FRO=163;FSAF=82;FSAR=56;FSRF=79;FSRR=84;FWDB=-0.0216412;FXX=0.0098681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.782;QD=17.3466;RBI=0.0532984;REFB=-0.00699522;REVB=0.0487071;RO=163;SAF=80;SAR=56;SRF=79;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103191;STB=0.5601;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00683468;OID=.;OPOS=159802683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:163:163:136:138:0.458472:56:80:79:84:56:82:79:84 chr1 159824967 . G C 4317.76 PASS AF=1;AO=275;DP=276;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035202;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.689;QD=62.8038;RBI=0.0436978;REFB=-0.0216288;REVB=0.0258906;RO=1;SAF=92;SAR=183;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00259863;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75977e-06;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:276:275:1:0:275:275:1:183:92:0:1:183:92:0:0 chr1 159888701 . C T 898.91 PASS AF=0.520468;AO=89;DP=171;FAO=89;FDP=171;FR=.;FRO=82;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.00188207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.112;QD=21.0272;RBI=0.0123379;REFB=-0.00920407;REVB=-0.0121935;RO=82;SAF=48;SAR=41;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140366;STB=0.576861;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00729401;OID=.;OPOS=159888701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:82:82:89:89:0.520468:41:48:31:51:41:48:31:51 chr1 159890163 . T A 748.91 PASS AF=0.497041;AO=74;DP=159;FAO=84;FDP=169;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0222469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.149;QD=17.7258;RBI=0.0323575;REFB=-0.0281383;REVB=0.0234964;RO=75;SAF=29;SAR=45;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154954;STB=0.544523;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0330621;OID=.;OPOS=159890163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:169:75:85:74:84:0.497041:45:29:42:33:45:39:47:38 chr1 159898100 . A G 667.71 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0174704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.993;QD=19.2147;RBI=0.116559;REFB=-0.0176559;REVB=-0.115242;RO=71;SAF=28;SAR=39;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707996;STB=0.527884;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0153273;OID=.;OPOS=159898100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:71:72:67:67:0.482014:39:28:35:36:38:29:35:37 chr1 159904270 . C T 315.22 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0136125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.79;QD=19.7014;RBI=0.0163594;REFB=-0.00799995;REVB=-0.00907359;RO=29;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239195;STB=0.501432;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0119549;OID=.;OPOS=159904270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:31:33:33:0.515625:18:15:14:15:18:15:14:17 chr1 159921460 . G A 244.25 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.00698782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.223;QD=13.0265;RBI=0.00986497;REFB=-0.0145648;REVB=-0.00696334;RO=46;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990933;STB=0.556484;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0252487;OID=.;OPOS=159921460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:17:12:15:31:17:12:15:31 chr1 159922092 . G A 460.08 PASS AF=0.370629;AO=53;DP=144;FAO=53;FDP=143;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.000826071;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.307;QD=12.8695;RBI=0.0668791;REFB=0.00733106;REVB=0.066874;RO=90;SAF=25;SAR=28;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179362;STB=0.5102;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.0105157;OID=.;OPOS=159922092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:90:90:53:53:0.370629:28:25:41:49:28:25:41:49 chr1 159922194 . A G 632.42 PASS AF=0.448052;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0327819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.995;QD=16.4266;RBI=0.0480403;REFB=-0.0132393;REVB=-0.0351172;RO=84;SAF=41;SAR=28;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175016;STB=0.594176;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0097287;OID=.;OPOS=159922194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:84:85:69:69:0.448052:28:41:35:49:28:41:36:49 chr1 159923111 . T G 2000.52 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000685632;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.289;QD=60.6218;RBI=0.0208862;REFB=-0.0322522;REVB=0.0208749;RO=1;SAF=63;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748422;STB=0.507811;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00199658;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:132:1:2:130:130:0.984848:67:63:1:0:67:63:2:0 chr1 159997713 . G T 976.97 PASS AF=0.524862;AO=94;DP=180;FAO=95;FDP=181;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=26;FSRR=60;FWDB=-0.0355206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1461;QD=21.5905;RBI=0.0387662;REFB=-0.0160133;REVB=-0.0155277;RO=85;SAF=40;SAR=54;SRF=25;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119164;STB=0.558919;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0143489;OID=.;OPOS=159997713;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:85:86:94:95:0.524862:54:40:25:60:55:40:26:60 chr1 160057521 . GCG GGT,GTG,TGG 306.97 PASS AF=0.166667,0.625,0.208333;AO=4,15,5;DP=24;FAO=4,15,5;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,1;FSAR=4,11,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250721,-0.045959,-0.000659844;FXX=0;HRUN=1,1,5;LEN=2,1,2;MLLD=71.8663,61.5967,60.0086;QD=51.1609;RBI=0.0251135,0.0462646,0.00535374;REFB=0,0,0;REVB=0.00144183,-0.00530854,0.00531293;RO=0;SAF=0,4,1;SAR=4,11,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.33019e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0.00589708,0.00633882,0.113318;OID=.,.,.;OPOS=160057522,160057522,160057521;OREF=CG,C,GC;OALT=GT,T,TG;OMAPALT=GGT,GTG,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:25:24:24:0:0:4,15,5:4,15,5:0.166667,0.625,0.208333:4,11,4:0,4,1:0:0:4,11,4:0,4,1:0:0 chr1 160134205 . C T 2292.83 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.752;QD=63.6896;RBI=0.0684222;REFB=0;REVB=-0.0682077;RO=0;SAF=51;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103424;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:93:51:0:0:93:51:0:0 chr1 160141196 . C T 2135.93 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0064;QD=62.363;RBI=0.053293;REFB=0;REVB=0.0431753;RO=0;SAF=51;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269095;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:137:0:0:133:137:1:82:51:0:0:84:53:0:0 chr1 160141525 . A G 478.06 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.0302803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7296;QD=19.7138;RBI=0.0510022;REFB=0.0335093;REVB=-0.0410406;RO=50;SAF=33;SAR=14;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00235705;STB=0.501309;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0369643;OID=.;OPOS=160141525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:14:33:35:15:14:33:35:15 chr1 160165246 . C G 387.82 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00780917;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.377;QD=12.9272;RBI=0.0121243;REFB=-0.00330655;REVB=0.00927444;RO=72;SAF=27;SAR=19;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647568;STB=0.537594;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00526757;OID=.;OPOS=160165246;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:74:46:46:0.383333:19:27:38:34:19:27:39:35 chr1 160178376 . C G 983.16 PASS AF=0.625899;AO=86;DP=139;FAO=87;FDP=139;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0235882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7719;QD=28.2922;RBI=0.0265011;REFB=-0.00260876;REVB=0.0120791;RO=52;SAF=36;SAR=50;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440953;STB=0.513811;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00177972;OID=.;OPOS=160178376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:52:52:86:87:0.625899:50:36:25:27:50:37:24:28 chr1 160254928 . A C 358.39 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0230789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6322;QD=17.0662;RBI=0.0332283;REFB=0.00276599;REVB=-0.0239057;RO=46;SAF=15;SAR=23;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14657;STB=0.582235;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0029781;OID=.;OPOS=160254928;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:23:15:25:21:23:15:25:21 chr1 160295357 . A G 944.45 PASS AF=0.574324;AO=85;DP=148;FAO=85;FDP=148;FR=.;FRO=63;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0175599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7224;QD=25.5257;RBI=0.0219236;REFB=-0.0142323;REVB=0.0131261;RO=63;SAF=53;SAR=32;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557065;STB=0.530346;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00985339;OID=.;OPOS=160295357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:63:63:85:85:0.574324:32:53:35:28:32:53:35:28 chr1 160303416 . G A 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.323;QD=61.8522;RBI=0.0281967;REFB=0;REVB=0.0276353;RO=0;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6501e-05;OID=.;OPOS=160303416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:55:28:0:0:55:28:0:0 chr1 160342015 . T G 640.23 PASS AF=0.46;AO=68;DP=152;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.00879311;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.254;QD=17.0728;RBI=0.0213126;REFB=-0.0189927;REVB=-0.0194142;RO=79;SAF=36;SAR=32;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034639;STB=0.515077;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0210091;OID=.;OPOS=160342015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:79:81:68:69:0.46:32:36:39:40:33:36:40:41 chr1 160393905 . A G 827.03 PASS AF=0.475138;AO=85;DP=181;FAO=86;FDP=181;FR=.;FRO=95;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=0.005399;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.27;QD=18.277;RBI=0.00602991;REFB=-0.00539097;REVB=0.00268526;RO=95;SAF=47;SAR=38;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115599;STB=0.566284;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00488753;OID=.;OPOS=160393905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:95:95:85:86:0.475138:38:47:41:54:38:48:41:54 chr1 160396990 . T C 660.59 PASS AF=0.507692;AO=65;DP=131;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.0256873;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.608;QD=20.3258;RBI=0.0258863;REFB=-0.0278336;REVB=0.00320367;RO=59;SAF=29;SAR=36;SRF=43;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24145;STB=0.612944;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0133899;OID=.;OPOS=160396990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:59:64:65:66:0.507692:36:29:43:16:37:29:43:21 chr1 160461060 . C T 493.66 PASS AF=0.546512;AO=46;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0634116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9865;QD=22.9607;RBI=0.0748477;REFB=0.025639;REVB=-0.0397638;RO=40;SAF=25;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368247;STB=0.508681;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0790878;OID=.;OPOS=160461060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:39:46:47:0.546512:21:25:20:20:22:25:20:19 chr1 160585554 . C G 1154.08 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.18;QD=60.7408;RBI=0.0873349;REFB=0;REVB=0.0673302;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51578e-05;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:42:33:0:0:43:33:0:0 chr1 160650913 . A G 1431.43 PASS AF=0.970588;AO=98;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0122931;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6331;QD=56.1345;RBI=0.0552068;REFB=0.00340454;REVB=0.0538208;RO=2;SAF=57;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163503;STB=0.512818;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000980602;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:102:2:3:98:99:0.970588:41:57:2:0:42:57:3:0 chr1 160793442 . A G 919.84 PASS AF=0.486772;AO=92;DP=190;FAO=92;FDP=189;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=0.0115287;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1905;QD=19.4674;RBI=0.0590143;REFB=0.00978563;REVB=-0.0578772;RO=94;SAF=43;SAR=49;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397619;STB=0.524692;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0144259;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:94:97:92:92:0.486772:49:43:48:46:49:43:50:47 chr1 160793560 . A G 522.84 PASS AF=0.391892;AO=58;DP=148;FAO=58;FDP=148;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.00887509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.573;QD=14.1308;RBI=0.00994569;REFB=-0.00144448;REVB=0.00448883;RO=90;SAF=26;SAR=32;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558854;STB=0.531575;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00269349;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:90:90:58:58:0.391892:32:26:45:45:32:26:45:45 chr1 160793962 . G C 933.13 PASS AF=0.47343;AO=98;DP=207;FAO=98;FDP=207;FR=.;FRO=109;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=55;FSRR=54;FWDB=-0.0200143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.093;QD=18.0315;RBI=0.0497266;REFB=-0.00413293;REVB=0.045521;RO=108;SAF=36;SAR=62;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130143;STB=0.574643;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00612496;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:108:109:98:98:0.47343:62:36:54:54:62:36:55:54 chr1 160846462 . A G 599.2 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00892531;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.149;QD=21.5929;RBI=0.0241793;REFB=-0.0320746;REVB=0.0224717;RO=52;SAF=25;SAR=35;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714679;STB=0.543364;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0344685;OID=.;OPOS=160846462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:52:51:60:60:0.540541:35:25:26:26:35:25:26:25 chr1 160851826 . A T 4864.35 PASS AF=1;AO=301;DP=305;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214112;FXX=0.00958436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8981;QD=62.7658;RBI=0.0344603;REFB=0;REVB=-0.0270014;RO=0;SAF=171;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82267e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60688e-05;OID=.;OPOS=160851826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:305:310:0:0:301:310:1:130:171:0:0:130:180:0:0 chr1 160851894 . G A 3347.41 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8533;QD=62.2774;RBI=0.03308;REFB=0;REVB=0.0281045;RO=0;SAF=106;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110104;OID=.;OPOS=160851894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:215:0:0:214:215:1:108:106:0:0:109:106:0:0 chr1 160854620 . T C 211.47 PASS AF=0.317647;AO=26;DP=84;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0123372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.757;QD=9.95151;RBI=0.0161527;REFB=-0.0110615;REVB=0.010426;RO=57;SAF=10;SAR=16;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205958;STB=0.624034;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0412579;OID=.;OPOS=160854620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:57:58:26:27:0.317647:16:10:32:25:17:10:32:26 chr1 160920966 . C T 977.13 PASS AF=0.453744;AO=103;DP=228;FAO=103;FDP=227;FR=.;FRO=124;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=0.00241948;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.369;QD=17.2182;RBI=0.00669663;REFB=-0.00489748;REVB=-0.00624428;RO=124;SAF=50;SAR=53;SRF=59;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00950601;STB=0.505266;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00577616;OID=.;OPOS=160920966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:124:124:103:103:0.453744:53:50:59:65:53:50:59:65 chr1 160968609 . G A 336.95 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00115713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.633;QD=18.9828;RBI=0.00257472;REFB=-0.00616144;REVB=0.00230005;RO=35;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154703;STB=0.590786;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00632598;OID=.;OPOS=160968609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:35:36:0.507042:21:14:20:15:22:14:20:15 chr1 160971146 . A G 328.66 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00674073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.68;QD=13.1466;RBI=0.067627;REFB=-0.0223961;REVB=-0.0672902;RO=63;SAF=15;SAR=22;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440975;STB=0.52525;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0392192;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:63:37:37:0.37:22:15:28:35:22:15:28:35 chr1 160971155 . G C 306.59 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0369821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.746;QD=13.0465;RBI=0.0370639;REFB=-0.00583876;REVB=0.00246065;RO=59;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00542413;STB=0.503104;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.014955;OID=.;OPOS=160971155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:35:35:0.37234:20:15:25:34:20:15:25:34 chr1 161009523 . G A 684.86 PASS AF=0.45122;AO=71;DP=161;FAO=74;FDP=164;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.00482842;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.747;QD=16.704;RBI=0.0299979;REFB=-0.0104215;REVB=-0.0296068;RO=90;SAF=31;SAR=40;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751066;STB=0.528394;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0113739;OID=.;OPOS=161009523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:90:90:71:74:0.45122:40:31:46:44:40:34:46:44 chr1 161019040 . G C 313.17 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00469371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.831;QD=19.5729;RBI=0.0304842;REFB=-0.00702715;REVB=0.0301207;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333149;STB=0.518507;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00683463;OID=.;OPOS=161019040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:12:19:19:14:12:19 chr1 161068831 . ACCCCA ACCCA,ACCCC,ACCCCC 1913.74 PASS AF=0.559242,0.43128,0.00947867;AO=28,41,44;DP=218;FAO=118,91,2;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=86,55,2;FSAR=32,36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.758502,-0.0249309,-0.0812652;FXX=0.0452468;HRUN=4,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=9.89765,110.391,113.877;QD=36.2794;RBI=0.761394,0.0306295,0.0825638;REFB=0.0883108,0.00101308,-0.0089402;REVB=0.0663008,0.0177937,0.0145861;RO=73;SAF=16,18,37;SAR=12,23,7;SRF=68;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0.283951,0,0;SSSB=-0.513688,-0.538885,-0.221955;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0388776,0.0188989,-0.0123961;OID=.,.,.;OPOS=161068832,161068836,161068836;OREF=C,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=ACCCA,ACCCC,ACCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.559242,0.43128,0.00947867:28,41,44:218:118,91,2:211:0:86,55,2:32,36,0:0:0:99:73:16,18,37:12,23,7:68:5 chr1 161141432 . C G 409.83 PASS AF=0.5125;AO=42;DP=81;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0335201;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9252;QD=20.4914;RBI=0.0344103;REFB=0.00342401;REVB=0.00777619;RO=38;SAF=14;SAR=28;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170732;STB=0.51851;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00223524;OID=.;OPOS=161141432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:38:39:42:41:0.5125:28:14:12:26:27:14:12:27 chr1 161160456 . ATTTT ATTT,ATTTTCA 334.98 PASS AF=0.59322,0.40678;AO=14,9;DP=62;FAO=35,24;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=29,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.368337,0.00524018;FXX=0.0327815;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=4.17453,98.0123;QD=22.7102;RBI=0.452373,0.0738657;REFB=-0.026402,-0.0591045;REVB=0.26262,0.0736795;RO=13;SAF=1,1;SAR=13,8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0.319444,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.538867,-0.466795;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.220253,0.0835253;OID=.,.;OPOS=161160457,161160461;OREF=T,-;OALT=-,CA;OMAPALT=ATTT,ATTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.59322,0.40678:14,9:62:35,24:59:0:6,2:29,22:0:0:99:13:1,1:13,8:6:7 chr1 161163036 . CTG C,CCG,GCC 1903.5 PASS AF=0.843284,0.119403,0.0373134;AO=18,88,6;DP=133;FAO=113,16,5;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=66,13,2;FSAR=47,3,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104695,-0.149836,-0.0355001;FXX=0.0218962;HRUN=1,1,2;LEN=2,1,3;MLLD=82.6616,67.8774,44.3817;QD=56.8208;RBI=0.128377,0.152128,0.176485;REFB=0,0,0;REVB=-0.0742946,-0.0263078,-0.172878;RO=3;SAF=1,68,0;SAR=17,20,6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0745013,0.0659333,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.00199962,0.135581,0.0455131;OID=.,.,.;OPOS=161163037,161163037,161163036;OREF=TG,T,CTG;OALT=-,C,GCC;OMAPALT=C,CCG,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:68:133:134:3:0:18,88,6:113,16,5:0.843284,0.119403,0.0373134:17,20,6:1,68,0:0:3:47,3,3:66,13,2:0:0 chr1 161168004 . C T 588.58 PASS AF=0.41358;AO=67;DP=162;FAO=67;FDP=162;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=62;FSRR=33;FWDB=0.040384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.345;QD=14.5328;RBI=0.0443123;REFB=-0.00991803;REVB=0.0182404;RO=94;SAF=27;SAR=40;SRF=61;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252271;STB=0.643603;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0117067;OID=.;OPOS=161168004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:94:95:67:67:0.41358:40:27:61:33:40:27:62:33 chr1 161183516 . C T 724.38 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=166;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0248357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=343.158;QD=17.455;RBI=0.0306856;REFB=-0.00985285;REVB=-0.018022;RO=89;SAF=43;SAR=34;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946859;STB=0.552478;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0123106;OID=.;OPOS=161183516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:89:89:77:77:0.463855:34:43:41:48:34:43:41:48 chr1 161202605 . G A 739.09 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00371029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.771;QD=54.7475;RBI=0.0364407;REFB=-0.0975477;REVB=0.0362513;RO=1;SAF=39;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119302;STB=0.506327;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=2.94836e-05;OID=.;OPOS=161202605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:14:39:1:0:14:39:1:0 chr1 161275943 . C T 565.33 PASS AF=0.542857;AO=53;DP=101;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00433952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.764;QD=21.5365;RBI=0.068525;REFB=-0.00678674;REVB=0.0683875;RO=47;SAF=15;SAR=38;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00677969;STB=0.516534;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0067262;OID=.;OPOS=161275943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:105:47:48:53:57:0.542857:38:15:13:34:42:15:14:34 chr1 161284224 . A AGT 582.87 PASS AF=0.446809;AO=59;DP=141;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.00513009;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=2;MLLD=284.783;QD=16.5354;RBI=0.0380042;REFB=-0.00875434;REVB=-0.0376563;RO=78;SAF=37;SAR=22;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245479;STB=0.611126;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.00978043;OID=.;OPOS=161284225;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446809:59:141:63:141:78:37:26:30:48:99:78:37:22:30:48 chr1 161332608 . G A 309.77 PASS AF=0.492537;AO=34;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=0;FWDB=-0.00266328;FXX=0.0147037;HRUN=6;LEN=1;MLLD=214.801;QD=18.4935;RBI=0.0196619;REFB=-0.0194836;REVB=0.0194807;RO=32;SAF=29;SAR=5;SRF=32;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329787;STB=0.688811;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0162969;OID=.;OPOS=161332608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:32:34:34:33:0.492537:5:29:32:0:5:28:34:0 chr1 161333191 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0259077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.68;QD=12.8689;RBI=0.0361937;REFB=-0.0132875;REVB=-0.025274;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813502;STB=0.54786;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0173445;OID=.;OPOS=161333191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:6:10:6:5:6:10 chr1 161337604 . G A 299.12 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00779746;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.07;QD=15.9532;RBI=0.0348783;REFB=-0.00754181;REVB=0.0339956;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748084;STB=0.535088;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00970541;OID=.;OPOS=161337604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:16:17:18:23:16:17:19:23 chr1 161369479 . G A 124.33 PASS AF=0.231707;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00552471;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.698;QD=6.06481;RBI=0.00754122;REFB=-0.00937912;REVB=-0.00513299;RO=63;SAF=5;SAR=14;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207199;STB=0.629753;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0320417;OID=.;OPOS=161369479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:63:63:19:19:0.231707:14:5:26:37:14:5:26:37 chr1 161390656 . G A 1246.27 PASS AF=0.506224;AO=122;DP=243;FAO=122;FDP=241;FR=.;FRO=119;FSAF=40;FSAR=82;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=-0.0178713;FXX=0.00823011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7743;QD=20.685;RBI=0.0516572;REFB=-0.00257473;REVB=0.0484673;RO=119;SAF=40;SAR=82;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137837;STB=0.575763;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00196676;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:241:119:119:122:122:0.506224:82:40:56:63:82:40:56:63 chr1 161391870 . G GA 63.49 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.126281;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.8418;QD=8.19233;RBI=0.152869;REFB=-0.000373307;REVB=0.0861518;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189151;STB=0.552988;STBP=0.642;TYPE=ins;VARB=-0.0246757;OID=.;OPOS=161391871;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:12:32:13:31:18:4:9:7:11:62:17:3:9:7:10 chr1 161410044 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.629;QD=58.0611;RBI=0.0355832;REFB=0;REVB=-0.00926616;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89832e-05;OID=.;OPOS=161410044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:37:23:0:0:38:23:0:0 chr1 161410654 . A G 208.37 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0456264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.732;QD=41.6748;RBI=0.0467441;REFB=0.0244791;REVB=-0.0101609;RO=2;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612241;STB=0.533298;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00588561;OID=.;OPOS=161410654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:14:4:0:2:14:4:0:2 chr1 161479745 . A G 1505.98 PASS AF=0.491961;AO=153;DP=310;FAO=153;FDP=311;FR=.;FRO=158;FSAF=82;FSAR=71;FSRF=69;FSRR=89;FWDB=-0.000506135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.098;QD=19.3695;RBI=0.0279789;REFB=-0.0101126;REVB=0.0279743;RO=156;SAF=82;SAR=71;SRF=68;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919062;STB=0.550306;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00948623;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:311:156:158:153:153:0.491961:71:82:68:88:71:82:69:89 chr1 161493626 . A G 390.92 PASS AF=0.492754;AO=32;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0169448;FXX=0.0142837;HRUN=7;LEN=1;MLLD=282.33;QD=22.662;RBI=0.028524;REFB=-0.0366377;REVB=0.0229454;RO=18;SAF=11;SAR=21;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915661;STB=0.567235;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0128344;OID=.;OPOS=161493626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:70:69:18:19:32:34:0.492754:21:11:4:14:21:13:4:15 chr1 161493715 . A C 445.99 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=-0.00108963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.458;QD=20.9876;RBI=0.00651264;REFB=-0.0010546;REVB=-0.00642084;RO=41;SAF=14;SAR=29;SRF=8;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138866;STB=0.571954;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000745105;OID=.;OPOS=161493715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:41:41:43:44:0.517647:29:14:8:33:30:14:8:33 chr1 161495477 . A T 1676.98 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000806355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8032;QD=60.4318;RBI=0.0412868;REFB=0;REVB=-0.0412789;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212471;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:52:58:0:0:52:59:0:0 chr1 161495885 . T C 999.07 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0232528;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.2351;QD=56.2856;RBI=0.0452676;REFB=-0.0732721;REVB=0.0388389;RO=1;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108681;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00430323;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:43:26:0:1:44:26:0:1 chr1 161496530 . C G 2666.59 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.948;QD=62.0137;RBI=0.00471838;REFB=0;REVB=-0.00387531;RO=0;SAF=72;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31097e-07;OID=.;OPOS=161496530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:165:172:0:0:165:172:1:93:72:0:0:97:75:0:0 chr1 161501904 . A T 3124.58 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.835;QD=61.2662;RBI=0.0288866;REFB=0;REVB=0.0282599;RO=0;SAF=84;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46558e-06;OID=.;OPOS=161501904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:204:0:0:196:204:1:112:84:0:0:119:85:0:0 chr1 161501966 . G T 709.43 PASS AF=0.411458;AO=79;DP=192;FAO=79;FDP=192;FR=.;FRO=113;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=0.0189161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.1997;QD=14.7797;RBI=0.0505971;REFB=0.0159959;REVB=-0.0469281;RO=111;SAF=38;SAR=41;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793737;STB=0.531093;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0191599;OID=.;OPOS=161501966;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:111:113:79:79:0.411458:41:38:45:66:42:37:47:66 chr1 161518214 . T C 82.8 PASS AF=0.090301;AO=27;DP=299;FAO=27;FDP=299;FR=.;FRO=272;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=132;FSRR=140;FWDB=-0.0184329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7911;QD=1.1077;RBI=0.0782463;REFB=-0.0037981;REVB=0.0760442;RO=272;SAF=10;SAR=17;SRF=132;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137611;STB=0.605844;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0453799;OID=.;OPOS=161518214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:299:299:272:272:27:27:0.090301:17:10:132:140:17:10:132:140 chr1 161518336 . C T 228.62 PASS AF=0.100137;AO=73;DP=731;FAO=73;FDP=729;FR=.;FRO=656;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=299;FSRR=357;FWDB=-0.0164983;FXX=0.0040983;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.525;QD=1.25441;RBI=0.025357;REFB=-0.000658708;REVB=-0.0192558;RO=656;SAF=32;SAR=41;SRF=299;SRR=357;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216427;STB=0.515866;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0106864;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:731:729:656:656:73:73:0.100137:41:32:299:357:41:32:299:357 chr1 161582500 . C T 1293.37 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00529462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9066;QD=59.4653;RBI=0.0119894;REFB=0.0234905;REVB=0.010757;RO=2;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189401;STB=0.509998;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.000165908;OID=.;OPOS=161582500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:87:2:2:84:85:0.977011:49:35:0:2:49:36:0:2 chr1 161591542 . G A 398.61 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7318;QD=54.9806;RBI=0.101757;REFB=0;REVB=0.0172847;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00936321;OID=.;OPOS=161591542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:23:29:1:9:14:0:0:12:17:0:0 chr1 161591548 . C T 387.37 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.936;QD=53.4309;RBI=0.0486287;REFB=0;REVB=0.0462123;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441872;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453899;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:1:0:26:29:1:10:16:0:1:12:17:0:0 chr1 161600995 . C T 849.74 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.28;QD=57.6092;RBI=0.108532;REFB=0;REVB=0.0304023;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150718;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:55:59:1:40:15:0:0:41:18:0:0 chr1 161680258 . G A 1121.16 PASS AF=0.444444;AO=119;DP=269;FAO=120;FDP=270;FR=.;FRO=150;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=83;FSRR=67;FWDB=-0.0191152;FXX=0.00735267;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3779;QD=16.6098;RBI=0.0209604;REFB=-0.0186946;REVB=0.0085993;RO=148;SAF=70;SAR=49;SRF=81;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418722;STB=0.521857;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.016685;OID=.;OPOS=161680258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:270:148:150:119:120:0.444444:49:70:81:67:49:71:83:67 chr1 161681780 . A G 696.97 PASS AF=0.5;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=138;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0295128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3639;QD=20.2021;RBI=0.0519199;REFB=-0.00979756;REVB=-0.0427162;RO=68;SAF=32;SAR=37;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194598;STB=0.514534;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0115272;OID=.;OPOS=161681780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:68:69:69:69:0.5:37:32:33:35:37:32:34:35 chr1 161683136 . G A 665.47 PASS AF=0.5;AO=66;DP=133;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00969733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.677;QD=19.8646;RBI=0.00969967;REFB=0.000893516;REVB=0.00021322;RO=67;SAF=37;SAR=29;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352222;STB=0.522654;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.000605732;OID=.;OPOS=161683136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:67:67:66:67:0.5:29:37:35:32:29:38:35:32 chr1 161695639 . GC TC,TT 659.94 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=39,2;DP=42;FAO=42,1;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28,1;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115442,-0.0123342;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=77.1405,39.8526;QD=61.3897;RBI=0.0264404,0.0228293;REFB=0,0;REVB=0.0237871,0.0192105;RO=0;SAF=25,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000846691,0.0342487;OID=.,.;OPOS=161695639,161695639;OREF=G,GC;OALT=T,TT;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:42:43:0:0:39,2:42,1:0.976744,0.0232558:14,0:25,2:0:0:14,0:28,1:0:0 chr1 161696088 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.587;QD=57.6803;RBI=0.00546315;REFB=0;REVB=-0.00444041;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93218e-06;OID=.;OPOS=161696088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:7:24:0:0:7:24:0:0 chr1 161696782 . G C 592.08 PASS AF=0.435065;AO=66;DP=155;FAO=67;FDP=154;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=0.0384688;FXX=0.0128197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2522;QD=15.3787;RBI=0.0384786;REFB=-0.0118859;REVB=-0.000866853;RO=89;SAF=23;SAR=43;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858999;STB=0.54297;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0266153;OID=.;OPOS=161696782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:89:87:66:67:0.435065:43:23:38:51:44:23:36:51 chr1 161697072 . G C 1174.94 PASS AF=0.402439;AO=132;DP=328;FAO=132;FDP=328;FR=.;FRO=196;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=104;FSRR=92;FWDB=0.0142548;FXX=0.00303942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.824;QD=14.3285;RBI=0.0265162;REFB=-0.000601525;REVB=-0.0223587;RO=196;SAF=71;SAR=61;SRF=104;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077988;STB=0.504364;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00174233;OID=.;OPOS=161697072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:328:196:196:132:132:0.402439:61:71:104:92:61:71:104:92 chr1 161697149 . G T 1688.27 PASS AF=0.414474;AO=186;DP=450;FAO=189;FDP=456;FR=.;FRO=267;FSAF=106;FSAR=83;FSRF=152;FSRR=115;FWDB=-0.0155237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.522;QD=14.8094;RBI=0.0162076;REFB=-0.0066902;REVB=-0.00465842;RO=260;SAF=104;SAR=82;SRF=150;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189388;STB=0.505023;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00869835;OID=.;OPOS=161697149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:450:456:260:267:186:189:0.414474:82:104:150:110:83:106:152:115 chr1 161705871 . C G 73.75 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0212213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6591;QD=9.83373;RBI=0.0421934;REFB=0.00459849;REVB=0.0364684;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581876;STB=0.535142;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00599681;OID=.;OPOS=161705871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:7:13:6:4:7:13 chr1 161721707 . C T 707.35 PASS AF=0.61;AO=61;DP=100;FAO=61;FDP=100;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0137396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3569;QD=28.2942;RBI=0.0333264;REFB=-0.0165764;REVB=-0.0303623;RO=39;SAF=24;SAR=37;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692201;STB=0.537669;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00921063;OID=.;OPOS=161721707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:39:39:61:61:0.61:37:24:19:20:37:24:19:20 chr1 161722204 . C T 277.6 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0194621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.313;QD=16.0925;RBI=0.0447097;REFB=-0.0135392;REVB=-0.0402515;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279502;STB=0.515749;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.015467;OID=.;OPOS=161722204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:18:13:17:21:18:13:17:21 chr1 161928327 . A G 3019.25 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.66;QD=63.5631;RBI=0.0125078;REFB=0;REVB=-0.00570896;RO=0;SAF=89;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63281e-06;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:190:0:0:189:190:1:100:89:0:0:101:89:0:0 chr1 161953400 . G A 767.01 PASS AF=0.506849;AO=74;DP=147;FAO=74;FDP=146;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.0158502;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.548;QD=21.014;RBI=0.0410174;REFB=-0.031156;REVB=0.0378312;RO=71;SAF=34;SAR=40;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141944;STB=0.581074;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0309577;OID=.;OPOS=161953400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:71:72:74:74:0.506849:40:34:44:27:40:34:45:27 chr1 161967681 . A G 756.2 PASS AF=0.45977;AO=78;DP=177;FAO=80;FDP=174;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=-0.00460236;FXX=0.0224706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9353;QD=17.3839;RBI=0.0354751;REFB=-0.00348676;REVB=-0.0351752;RO=90;SAF=39;SAR=39;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107555;STB=0.558328;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00493037;OID=.;OPOS=161967681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:174:90:94:78:80:0.45977:39:39:55:35:41:39:56:38 chr1 161976234 . A G 190.7 PASS AF=0.38;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0257201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.888;QD=15.2557;RBI=0.0518766;REFB=-0.00186619;REVB=-0.0450518;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112677;STB=0.567615;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00198382;OID=.;OPOS=161976234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:18:19:0.38:9:9:11:17:9:10:12:17 chr1 162313735 . C T 527.11 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.00967859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.938;QD=17.7181;RBI=0.0105635;REFB=-0.0288439;REVB=-0.00423225;RO=63;SAF=34;SAR=22;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243121;STB=0.634807;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0312806;OID=.;OPOS=162313735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:63:56:56:0.470588:22:34:22:41:22:34:22:41 chr1 162335256 . C T 2269.75 PASS AF=0.508009;AO=220;DP=437;FAO=222;FDP=437;FR=.;FRO=215;FSAF=51;FSAR=171;FSRF=57;FSRR=158;FWDB=0.018004;FXX=0.00455571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1359;QD=20.7758;RBI=0.0244711;REFB=-0.0121297;REVB=-0.0165739;RO=215;SAF=50;SAR=170;SRF=57;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047213;STB=0.523957;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.011795;OID=.;OPOS=162335256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:437:215:215:220:222:0.508009:170:50:57:158:171:51:57:158 chr1 162344069 . G A 975.79 PASS AF=0.453744;AO=103;DP=227;FAO=103;FDP=227;FR=.;FRO=124;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=-0.00813406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.22;QD=17.1946;RBI=0.0173264;REFB=-0.00788093;REVB=-0.0152984;RO=123;SAF=55;SAR=48;SRF=62;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294646;STB=0.518597;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.010912;OID=.;OPOS=162344069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:123:124:103:103:0.453744:48:55:62:61:48:55:62:62 chr1 162345091 . G A 4699.61 PASS AF=1;AO=294;DP=295;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405484;FXX=0.00337826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.516;QD=63.7235;RBI=0.041008;REFB=-0.0653771;REVB=-0.00612267;RO=0;SAF=147;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20865e-05;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:295:295:0:0:294:295:1:147:147:0:0:147:148:0:0 chr1 162354803 . G C 1945.7 PASS AF=0.533333;AO=184;DP=345;FAO=184;FDP=345;FR=.;FRO=161;FSAF=77;FSAR=107;FSRF=86;FSRR=75;FWDB=0.00589248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.21;QD=22.5589;RBI=0.0514135;REFB=-0.0159394;REVB=-0.0510747;RO=160;SAF=77;SAR=107;SRF=86;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102453;STB=0.554469;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0160826;OID=.;OPOS=162354803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:160:161:184:184:0.533333:107:77:86:74:107:77:86:75 chr1 162737116 . C G 964.21 PASS AF=0.522222;AO=94;DP=180;FAO=94;FDP=180;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.00634746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3506;QD=21.4268;RBI=0.0108888;REFB=-0.00875895;REVB=-0.00884738;RO=86;SAF=42;SAR=52;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087042;STB=0.547682;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00945285;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:86:86:94:94:0.522222:52:42:47:39:52:42:47:39 chr1 162740327 . T C 2547.12 PASS AF=1;AO=180;DP=186;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9808;QD=54.194;RBI=0.0632156;REFB=-0.0720471;REVB=0.0604909;RO=3;SAF=71;SAR=109;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643389;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:186:188:3:0:180:188:1:109:71:0:3:117:71:0:0 chr1 162765475 . G C 456.41 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0375572;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9099;QD=52.1608;RBI=0.0457778;REFB=-0.0775974;REVB=-0.0261737;RO=2;SAF=15;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582581;STB=0.529394;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00331289;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:32:33:0.942857:17:15:2:0:17:16:2:0 chr1 163309219 . A T 856.37 PASS AF=0.53125;AO=85;DP=160;FAO=85;FDP=160;FR=.;FRO=75;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.00835897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.541;QD=21.4094;RBI=0.0219401;REFB=-0.000486369;REVB=0.0202853;RO=75;SAF=51;SAR=34;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138257;STB=0.57574;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000493883;OID=.;OPOS=163309219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:75:75:85:85:0.53125:34:51:33:42:34:51:33:42 chr1 163438378 . A G 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.000681198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.033;QD=17.791;RBI=0.00193228;REFB=-0.00998678;REVB=-0.00180823;RO=33;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288079;STB=0.516119;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0101744;OID=.;OPOS=163438378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:16:15:17:16:16:15:17:16 chr1 163479278 . G A 932.09 PASS AF=0.486911;AO=93;DP=191;FAO=93;FDP=191;FR=.;FRO=98;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=0.00124557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.979;QD=19.5202;RBI=0.0236315;REFB=-0.00611195;REVB=0.0235986;RO=98;SAF=53;SAR=40;SRF=59;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306896;STB=0.5169;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00712734;OID=.;OPOS=163479278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:98:98:93:93:0.486911:40:53:59:39:40:53:59:39 chr1 164529120 . G A 396.12 PASS AF=0.455556;AO=40;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0202016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.245;QD=17.6054;RBI=0.0231297;REFB=-0.00807658;REVB=0.011264;RO=49;SAF=20;SAR=20;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110399;STB=0.554623;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00808736;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:40:41:0.455556:20:20:30:19:20:21:30:19 chr1 164608825 . G A 2507.2 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.2;QD=61.1513;RBI=0.0137262;REFB=0;REVB=-0.0135262;RO=0;SAF=82;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803857;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:164:0:0:162:164:1:80:82:0:0:80:84:0:0 chr1 164672441 . G A 252.49 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00582376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1461;QD=15.074;RBI=0.0386893;REFB=0.0100564;REVB=0.0382484;RO=37;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572258;STB=0.539541;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0118716;OID=.;OPOS=164672441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:38:29:29:0.432836:15:14:20:17:15:14:21:17 chr1 165172696 . G A 408.61 PASS AF=0.434343;AO=40;DP=96;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0011488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.639;QD=16.5095;RBI=0.0113874;REFB=-0.00746021;REVB=-0.0113293;RO=54;SAF=22;SAR=18;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00572456;STB=0.500472;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00855879;OID=.;OPOS=165172696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:54:56:40:43:0.434343:18:22:30:24:20:23:30:26 chr1 165173216 . A G 3450.67 PASS AF=0.986726;AO=223;DP=227;FAO=223;FDP=226;FR=.;FRO=3;FSAF=116;FSAR=107;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00439844;FXX=0.00440509;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1836;QD=61.0738;RBI=0.0533567;REFB=-0.0265894;REVB=0.0531751;RO=1;SAF=116;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409011;STB=0.501948;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00095584;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:227:226:1:3:223:223:0.986726:107:116:1:0:107:116:2:1 chr1 165218792 . G A 2458.41 PASS AF=0.993827;AO=157;DP=159;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0280852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5993;QD=60.7014;RBI=0.070675;REFB=-0.131897;REVB=0.064855;RO=1;SAF=62;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498208;STB=0.502512;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000929937;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:162:1:1:157:161:0.993827:95:62:0:1:99:62:0:1 chr1 165377552 . G A 647.75 PASS AF=0.401099;AO=73;DP=182;FAO=73;FDP=182;FR=.;FRO=109;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=67;FWDB=0.0129712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3325;QD=14.2362;RBI=0.0199886;REFB=0.0239665;REVB=0.0152083;RO=109;SAF=36;SAR=37;SRF=42;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115316;STB=0.564689;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0263648;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:109:109:73:73:0.401099:37:36:42:67:37:36:42:67 chr1 165398115 . T C 726.46 PASS AF=0.461078;AO=76;DP=169;FAO=77;FDP=167;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0142245;FXX=0.017646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.345;QD=17.4002;RBI=0.0151127;REFB=-0.00938938;REVB=0.00510479;RO=85;SAF=38;SAR=38;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505106;STB=0.515468;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0116355;OID=.;OPOS=165398115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:85:90:76:77:0.461078:38:38:38:47:38:39:43:47 chr1 165533005 . C A 418.31 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00696221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.653;QD=17.4294;RBI=0.0147368;REFB=-0.00570481;REVB=0.0129885;RO=51;SAF=17;SAR=26;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435322;STB=0.521463;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00519818;OID=.;OPOS=165533005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:53:43:43:0.447917:26:17:18:33:26:17:19:34 chr1 165601466 . G A 2989.09 PASS AF=0.970874;AO=199;DP=205;FAO=200;FDP=206;FR=.;FRO=6;FSAF=83;FSAR=117;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00176932;FXX=0.00483068;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.524;QD=58.0406;RBI=0.00545782;REFB=-0.106414;REVB=-0.00516307;RO=4;SAF=83;SAR=116;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022395;STB=0.512493;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000185956;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:205:206:4:6:199:200:0.970874:116:83:4:0:117:83:5:1 chr1 165630698 . A G 1339.23 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0541;QD=62.2898;RBI=0.0542211;REFB=0;REVB=0.00371994;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293466;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:44:40:0:0:46:40:0:0 chr1 165652273 . A G 1551.7 PASS AF=0.972727;AO=106;DP=109;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0335838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9462;QD=56.4256;RBI=0.0921378;REFB=0.119712;REVB=-0.0857992;RO=3;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276221;STB=0.514283;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00853421;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:110:3:3:106:107:0.972727:50:56:0:3:51:56:0:3 chr1 165737704 . C G 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00137692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.837;QD=58.6114;RBI=0.0208235;REFB=-0.0426986;REVB=0.0207779;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122839;STB=0.506327;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=9.19213e-05;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:38:34:0:1:39:34:0:1 chr1 165865478 . G A 784.82 PASS AF=0.426396;AO=84;DP=197;FAO=84;FDP=197;FR=.;FRO=113;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=69;FWDB=0.0311379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.807;QD=15.9353;RBI=0.0930123;REFB=-0.0212057;REVB=0.0876455;RO=112;SAF=46;SAR=38;SRF=44;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157525;STB=0.590005;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0282752;OID=.;OPOS=165865478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:112:113:84:84:0.426396:38:46:44:68:38:46:44:69 chr1 166591271 . T C 1096.09 PASS AF=0.468619;AO=112;DP=239;FAO=112;FDP=239;FR=.;FRO=127;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=47;FSRR=80;FWDB=0.00838699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4362;QD=18.3447;RBI=0.0252296;REFB=-0.0113301;REVB=0.0237948;RO=123;SAF=51;SAR=61;SRF=46;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785821;STB=0.546047;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00921852;OID=.;OPOS=166591271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:123:127:112:112:0.468619:61:51:46:77:61:51:47:80 chr1 166818566 . A G 492.61 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0247074;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.065;QD=19.9036;RBI=0.0270674;REFB=-0.00436177;REVB=-0.011054;RO=49;SAF=28;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123008;STB=0.558549;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00519143;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:49:51:48:48:0.484848:20:28:22:27:20:28:24:27 chr1 166825797 . A ACAGATCCAG 349.84 PASS AF=0.308725;AO=42;DP=152;FAO=46;FDP=149;FR=.;FRO=103;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.00853034;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=9;MLLD=272.237;QD=9.39171;RBI=0.01895;REFB=-0.0058311;REVB=0.0169214;RO=104;SAF=21;SAR=21;SRF=45;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815524;STB=0.565088;STBP=0.319;TYPE=ins;VARB=0.0124881;OID=.;OPOS=166825798;OREF=-;OALT=CAGATCCAG;OMAPALT=ACAGATCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308725:42:152:46:149:103:24:22:44:59:99:104:21:21:45:59 chr1 166826655 . C T 219.15 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00925662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.733;QD=13.9142;RBI=0.0172784;REFB=-0.00892421;REVB=-0.0145896;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1536;STB=0.587236;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.010446;OID=.;OPOS=166826655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:13:24:13:13:13:24 chr1 166826773 . C T 303.57 PASS AF=0.327731;AO=39;DP=119;FAO=39;FDP=119;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0775113;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.51;QD=10.2039;RBI=0.0795729;REFB=-0.000886819;REVB=-0.017996;RO=79;SAF=20;SAR=19;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217919;STB=0.508193;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00206311;OID=.;OPOS=166826773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:79:80:39:39:0.327731:19:20:42:37:19:20:42:38 chr1 166833148 . T A 564.64 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00478854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.566;QD=24.2857;RBI=0.00902727;REFB=-0.000403704;REVB=-0.00765254;RO=41;SAF=20;SAR=32;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477265;STB=0.502617;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.000227813;OID=.;OPOS=166833148;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:32:20:16:25:32:20:16:25 chr1 167042762 . C T 1034.97 PASS AF=0.526596;AO=98;DP=189;FAO=99;FDP=188;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.00915137;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.16;QD=22.0207;RBI=0.0125751;REFB=0.00797283;REVB=-0.00862473;RO=91;SAF=33;SAR=65;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156278;STB=0.581115;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00685289;OID=.;OPOS=167042762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:91:89:98:99:0.526596:65:33:46:45:66:33:44:45 chr1 167059462 . G C 794.51 PASS AF=0.523179;AO=79;DP=151;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00671604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4432;QD=21.0466;RBI=0.0288575;REFB=0.0134922;REVB=-0.0280651;RO=72;SAF=41;SAR=38;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0044368;STB=0.502433;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00915721;OID=.;OPOS=167059462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:72:72:79:79:0.523179:38:41:37:35:38:41:37:35 chr1 167095163 . G C 4577.34 PASS AF=0.989796;AO=285;DP=288;FAO=291;FDP=294;FR=.;FRO=3;FSAF=140;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0141397;FXX=0.00338972;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.342;QD=62.2767;RBI=0.0614875;REFB=-0.0851925;REVB=0.0598396;RO=3;SAF=139;SAR=146;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00969633;STB=0.504918;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00041139;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:288:294:3:3:285:291:0.989796:146:139:0:3:151:140:0:3 chr1 167095468 . A C 854.24 PASS AF=0.505682;AO=82;DP=171;FAO=89;FDP=176;FR=.;FRO=87;FSAF=59;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=31;FWDB=0.0101766;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7549;QD=19.4145;RBI=0.0134762;REFB=-0.0112297;REVB=0.00883433;RO=87;SAF=53;SAR=29;SRF=56;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00271474;STB=0.510566;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0219062;OID=.;OPOS=167095468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:176:87:87:82:89:0.505682:29:53:56:31:30:59:56:31 chr1 167095765 . G A 3760.29 PASS AF=1;AO=237;DP=237;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579166;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.093;QD=63.4648;RBI=0.0209655;REFB=0;REVB=0.0201497;RO=0;SAF=115;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22585e-05;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:237:0:0:237:237:1:122:115:0:0:122:115:0:0 chr1 167095881 . G A 3449.25 PASS AF=0.986726;AO=223;DP=226;FAO=223;FDP=226;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=154;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0824171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.845;QD=61.0486;RBI=0.0842965;REFB=-0.212164;REVB=0.017701;RO=2;SAF=69;SAR=154;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00614777;STB=0.500371;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00102188;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:226:226:2:3:223:223:0.986726:154:69:0:2:154:69:1:2 chr1 167097739 . C A 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.265;QD=63.2815;RBI=0.0209965;REFB=0;REVB=0.0197076;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10648e-05;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr1 167400566 . G A 633.01 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0214087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6495;QD=20.5858;RBI=0.0333867;REFB=-0.00545459;REVB=0.0256191;RO=58;SAF=29;SAR=35;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158821;STB=0.590801;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00697305;OID=.;OPOS=167400566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:58:59:64:64:0.520325:35:29:37:21:35:29:38:21 chr1 167510996 . G A 1235.26 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.914;QD=61.0006;RBI=0.0171297;REFB=0;REVB=-0.00168096;RO=0;SAF=52;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309876;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:27:52:0:0:27:54:0:0 chr1 167806294 . T C 1193.1 PASS AF=0.483607;AO=118;DP=250;FAO=118;FDP=244;FR=.;FRO=126;FSAF=46;FSAR=72;FSRF=65;FSRR=61;FWDB=-0.00956457;FXX=0.023999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.643;QD=19.559;RBI=0.0331343;REFB=-0.00348305;REVB=-0.0317238;RO=110;SAF=46;SAR=72;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107494;STB=0.566395;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00378664;OID=.;OPOS=167806294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:244:110:126:118:118:0.483607:72:46:56:54:72:46:65:61 chr1 167815030 . A G 400.12 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0148888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1699;QD=18.6101;RBI=0.0314782;REFB=0.0139129;REVB=0.0277345;RO=45;SAF=12;SAR=29;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241106;STB=0.634968;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0189049;OID=.;OPOS=167815030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:29:12:24:21:29:12:24:21 chr1 167817639 . A G 2071.64 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.003;QD=62.3051;RBI=0.0218742;REFB=0;REVB=-0.021104;RO=0;SAF=56;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.94421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32131e-05;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:76:56:0:0:76:57:0:0 chr1 167825485 . T C 3684.83 PASS AF=1;AO=232;DP=235;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523803;FXX=0.0126577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.462;QD=62.9885;RBI=0.0058371;REFB=0.107237;REVB=0.00257579;RO=0;SAF=114;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214537;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:235:234:0:0:232:234:1:118:114:0:0:119:115:0:0 chr1 167825606 . A G 633.87 PASS AF=0.5;AO=63;DP=125;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0313477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.6661;QD=19.8086;RBI=0.0486362;REFB=-0.00956265;REVB=-0.0371861;RO=62;SAF=29;SAR=34;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671465;STB=0.507848;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0101915;OID=.;OPOS=167825606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:62:64:63:64:0.5:34:29:29:33:34:30:29:35 chr1 167906239 . A C 8635.95 PASS AF=1;AO=538;DP=542;FAO=541;FDP=541;FR=.;FRO=0;FSAF=289;FSAR=252;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237132;FXX=0.0055146;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.082;QD=63.8518;RBI=0.0238861;REFB=0.00346376;REVB=-0.0028695;RO=0;SAF=287;SAR=251;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.46865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08652e-05;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:542:541:0:0:538:541:1:251:287:0:0:252:289:0:0 chr1 168059866 . A G 431.86 PASS AF=0.433628;AO=48;DP=112;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0231105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.599;QD=15.2872;RBI=0.0622185;REFB=0.00137062;REVB=-0.0577671;RO=62;SAF=18;SAR=30;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299947;STB=0.523398;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00194837;OID=.;OPOS=168059866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:62:64:48:49:0.433628:30:18:25:37:31:18:26:38 chr1 168511284 . T C 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.368;QD=57.3839;RBI=0.0447844;REFB=0;REVB=0.00462488;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117109;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr1 168511296 . G C 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0185297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.332;QD=11.8819;RBI=0.0196784;REFB=-0.00821488;REVB=-0.00662493;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873334;STB=0.566575;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0145388;OID=.;OPOS=168511296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:10:5:11:16:10:5:12:16 chr1 168513129 . C T 2871.45 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546191;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.31;QD=63.1089;RBI=0.0270343;REFB=0;REVB=0.0264768;RO=0;SAF=82;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28151e-05;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:182:0:0:181:182:1:99:82:0:0:100:82:0:0 chr1 168549350 . C G 485.31 PASS AF=0.241158;AO=75;DP=312;FAO=75;FDP=311;FR=.;FRO=236;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=60;FSRR=176;FWDB=-0.00185508;FXX=0.00320503;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.609;QD=6.24198;RBI=0.0055461;REFB=-0.0034501;REVB=0.00522665;RO=236;SAF=42;SAR=33;SRF=60;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381271;STB=0.722776;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0112985;OID=.;OPOS=168549350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:311:236:236:75:75:0.241158:33:42:60:176:33:42:60:176 chr1 169101935 . C T 1910.87 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.396;QD=60.6624;RBI=0.022181;REFB=0;REVB=0.0145544;RO=0;SAF=24;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830652;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:126:0:0:121:126:1:97:24:0:0:97:29:0:0 chr1 169272451 . A T 2223.3 PASS AF=0.967949;AO=151;DP=156;FAO=151;FDP=156;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0489405;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=107.856;QD=57.0076;RBI=0.0511978;REFB=-0.0123638;REVB=0.0150347;RO=3;SAF=71;SAR=80;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196706;STB=0.504173;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-3.61744e-06;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:156:156:3:5:151:151:0.967949:80:71:3:0:80:71:3:2 chr1 169272453 . G A 2376.83 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5773;QD=63.3822;RBI=0.0462699;REFB=-0.0273841;REVB=-0.0106572;RO=1;SAF=71;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621698;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512035;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:148:150:1:0:147:150:1:76:71:0:1:77:73:0:0 chr1 169345868 . A G 1641.02 PASS AF=0.965517;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0134831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0608;QD=56.5868;RBI=0.0549097;REFB=-0.0385482;REVB=-0.0532286;RO=4;SAF=42;SAR=70;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263565;STB=0.513886;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00152656;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:116:116:4:4:112:112:0.965517:70:42:0:4:70:42:0:4 chr1 169366516 . G A 6320.72 PASS AF=1;AO=280;DP=393;FAO=392;FDP=392;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=196;FSAR=196;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.996;QD=64.4971;RBI=0.0570529;REFB=0;REVB=0.0432252;RO=0;SAF=151;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236337;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:393:392:0:0:280:392:1:129:151:0:0:196:196:0:0 chr1 169391135 . G A 714.19 PASS AF=0.480769;AO=75;DP=156;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.00257704;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.055;QD=18.3127;RBI=0.0268166;REFB=-0.00766924;REVB=-0.0266925;RO=78;SAF=33;SAR=42;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079412;STB=0.534562;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00644787;OID=.;OPOS=169391135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:78:81:75:75:0.480769:42:33:41:37:42:33:41:40 chr1 169391154 . A G 2439.19 PASS AF=0.959064;AO=164;DP=172;FAO=164;FDP=171;FR=.;FRO=7;FSAF=74;FSAR=90;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.016823;FXX=0.00581362;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.748;QD=57.057;RBI=0.0178905;REFB=-0.0367962;REVB=0.00608729;RO=5;SAF=74;SAR=90;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00844259;STB=0.504963;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.000610739;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:172:171:5:7:164:164:0.959064:90:74:3:2:90:74:4:3 chr1 169435027 . C T 1346.12 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501415;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5975;QD=62.6104;RBI=0.0118272;REFB=0;REVB=-0.0107118;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26643e-05;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr1 169510139 . G A 1858.03 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.565;QD=61.4224;RBI=0.0453904;REFB=0;REVB=0.0450139;RO=0;SAF=94;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8911e-05;OID=.;OPOS=169510139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:121:0:0:118:121:1:24:94:0:0:25:96:0:0 chr1 169519049 . T C 1631.35 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0122604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.774;QD=58.2623;RBI=0.021157;REFB=0.0778108;REVB=0.0172424;RO=2;SAF=61;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00187062;STB=0.500985;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000170627;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:49:61:1:1:49:61:1:1 chr1 169519112 . C T 2442.22 PASS AF=0.98773;AO=157;DP=158;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00541639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.568;QD=59.9318;RBI=0.0289738;REFB=-0.0145143;REVB=0.028463;RO=1;SAF=76;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583757;STB=0.506023;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=9.84799e-05;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:158:163:1:2:157:161:0.98773:81:76:0:1:82:79:0:2 chr1 169529826 . C A 4796.79 PASS AF=0.990415;AO=310;DP=313;FAO=310;FDP=313;FR=.;FRO=3;FSAF=162;FSAR=148;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0246046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.12;QD=61.3009;RBI=0.0266868;REFB=-0.0340441;REVB=0.0103345;RO=2;SAF=162;SAR=148;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00640149;STB=0.501817;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=7.68233e-05;OID=.;OPOS=169529826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:313:313:2:3:310:310:0.990415:148:162:0:2:148:162:1:2 chr1 169529973 . C T 4934.33 PASS AF=1;AO=315;DP=317;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=184;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345796;FXX=0.00630895;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.63;QD=62.6582;RBI=0.0369734;REFB=-0.0819909;REVB=0.0130874;RO=0;SAF=131;SAR=184;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26078e-05;OID=.;OPOS=169529973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:317:315:0:0:315:315:1:184:131:0:0:184:131:0:0 chr1 169559396 . G A 548.55 PASS AF=0.395062;AO=64;DP=162;FAO=64;FDP=162;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=-0.00303008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.607;QD=13.5444;RBI=0.00379751;REFB=0.00342809;REVB=-0.00228903;RO=97;SAF=40;SAR=24;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174433;STB=0.595581;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00496756;OID=.;OPOS=169559396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:97:98:64:64:0.395062:24:40:45:52:24:40:46:52 chr1 169562904 . C T 1223.73 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.96;QD=61.1866;RBI=0.0438081;REFB=0;REVB=0.0024219;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133137;OID=.;OPOS=169562904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:36:41:0:0:37:43:0:0 chr1 169566313 . C T 3195.3 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133649;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.661;QD=64.2271;RBI=0.0138792;REFB=0;REVB=0.00374323;RO=0;SAF=94;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.43186e-05;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:199:0:0:198:199:1:104:94:0:0:104:95:0:0 chr1 169580885 . C T 838.68 PASS AF=0.547297;AO=74;DP=141;FAO=81;FDP=148;FR=.;FRO=67;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.00589223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1689;QD=22.6671;RBI=0.00698197;REFB=-0.000836951;REVB=0.0037456;RO=67;SAF=39;SAR=35;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1071;STB=0.552159;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00090858;OID=.;OPOS=169580885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:148:67:67:74:81:0.547297:35:39:27:40:39:42:27:40 chr1 169702705 . G A 324.57 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.020399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3411;QD=14.5874;RBI=0.0305253;REFB=-0.0065066;REVB=-0.0227085;RO=53;SAF=22;SAR=14;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490888;STB=0.52787;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0102455;OID=.;OPOS=169702705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:14:22:30:23:14:22:30:23 chr1 169768033 . T C 241.38 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.037525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5806;QD=12.3782;RBI=0.0636714;REFB=-0.0187564;REVB=0.0514385;RO=48;SAF=17;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945525;STB=0.548353;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0217299;OID=.;OPOS=169768033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:49:29:29:0.371795:12:17:24:24:12:17:25:24 chr1 169768080 . C A 443.51 PASS AF=0.466667;AO=44;DP=102;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00908858;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.725;QD=16.8955;RBI=0.0156523;REFB=-0.00580308;REVB=-0.0127434;RO=57;SAF=29;SAR=15;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158149;STB=0.549743;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00670994;OID=.;OPOS=169768080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:57:56:44:49:0.466667:15:29:29:28:20:29:28:28 chr1 169795276 . A C 47.96 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0816948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.908;QD=11.9899;RBI=0.0859145;REFB=-0.0070434;REVB=-0.0265944;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235769;STB=0.631215;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00268992;OID=.;OPOS=169795276;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:9:7:7:0.4375:4:3:5:2:4:3:6:3 chr1 169821135 . C T 292.66 PASS AF=0.388889;AO=33;DP=88;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.0221513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.114;QD=13.0071;RBI=0.0251501;REFB=-0.00264104;REVB=0.0119099;RO=54;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187018;STB=0.608637;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00969273;OID=.;OPOS=169821135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:54:55:33:35:0.388889:17:16:17:37:18:17:17:38 chr1 169823718 . T C 889.0 PASS AF=0.494444;AO=89;DP=184;FAO=89;FDP=180;FR=.;FRO=91;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=-0.0209677;FXX=0.0217379;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.898;QD=19.7555;RBI=0.021061;REFB=-0.00406677;REVB=-0.00197959;RO=79;SAF=39;SAR=50;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852238;STB=0.539162;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00421228;OID=.;OPOS=169823718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:180:79:91:89:89:0.494444:50:39:27:52:50:39:33:58 chr1 169927228 . T TG 1219.39 PASS AF=1;AO=102;DP=110;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629012;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.2393;QD=46.8997;RBI=0.169752;REFB=0;REVB=0.157668;RO=7;SAF=75;SAR=27;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327475;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00282507;OID=.;OPOS=169927229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:102:110:104:104:0:76:28:0:0:22:7:75:27:5:2 chr1 169951997 . C T 222.52 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00383555;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.916;QD=10.3497;RBI=0.0203104;REFB=-0.00671438;REVB=-0.0199449;RO=58;SAF=10;SAR=18;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188146;STB=0.61009;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0120989;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:58:28:28:0.325581:18:10:30:28:18:10:30:28 chr1 170135669 . C T 2664.74 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247968;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.442;QD=62.3332;RBI=0.025051;REFB=0;REVB=0.00355941;RO=0;SAF=76;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04677e-05;OID=.;OPOS=170135669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:171:0:0:171:171:1:95:76:0:0:95:76:0:0 chr1 170135760 . T C 4198.99 PASS AF=0.982143;AO=271;DP=278;FAO=275;FDP=280;FR=.;FRO=5;FSAF=133;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0076472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.487;QD=59.9855;RBI=0.0434201;REFB=-0.13383;REVB=0.0427414;RO=4;SAF=131;SAR=140;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013425;STB=0.50865;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000285556;OID=.;OPOS=170135760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:278:280:4:5:271:275:0.982143:140:131:0:4:142:133:0:5 chr1 170135765 . T C 4283.1 PASS AF=0.985714;AO=276;DP=280;FAO=276;FDP=280;FR=.;FRO=4;FSAF=135;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.052866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1055;QD=61.1872;RBI=0.061721;REFB=-0.0473364;REVB=-0.031854;RO=4;SAF=135;SAR=141;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133319;STB=0.506992;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000266084;OID=.;OPOS=170135765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:280:280:4:4:276:276:0.985714:141:135:0:4:141:135:0:4 chr1 170501385 . A C 2288.32 PASS AF=1;AO=149;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055542;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.967;QD=60.6178;RBI=0.0613365;REFB=0;REVB=0.026024;RO=0;SAF=43;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209487;OID=.;OPOS=170501385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:149:151:1:106:43:0:0:106:45:0:0 chr1 170521376 . G A 2279.42 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8032;QD=62.4499;RBI=0.0245656;REFB=-0.0839548;REVB=-0.00708447;RO=0;SAF=44;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502463;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00102959;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:146:0:1:144:145:0.993151:100:44:0:0:101:44:0:1 chr1 170633421 . GCCCG GCC,GCCG,GCGCC 2393.32 PASS AF=0,0.973451,0.0265487;AO=26,32,14;DP=214;FAO=0,220,6;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=0,121,0;FSAR=0,99,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.362527,0.829287,0.0199381;FXX=0.00440509;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,3;MLLD=8.5857,13.9411,165.651;QD=42.3596;RBI=0.362879,0.960632,0.0936267;REFB=0,0,0;REVB=0.0159793,0.484868,-0.0914791;RO=124;SAF=0,20,0;SAR=26,12,14;SRF=83;SRR=41;SSEN=0.29899,0.29899,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.792191,-0.0617663,-0.71246;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.0155554,0.148024;OID=.,.,.;OPOS=170633424,170633422,170633423;OREF=CG,C,CCG;OALT=-,-,GCC;OMAPALT=GCC,GCCG,GCGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.973451,0.0265487:26,32,14:214:0,220,6:226:0:0,121,0:0,99,6:0:0:5:124:0,20,0:26,12,14:83:41 chr1 170699474 . G A 283.43 PASS AF=0.226804;AO=43;DP=194;FAO=44;FDP=194;FR=.;FRO=150;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=66;FSRR=84;FWDB=-0.014871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.721;QD=5.84395;RBI=0.0149505;REFB=0.00204976;REVB=0.00153954;RO=150;SAF=11;SAR=32;SRF=66;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25671;STB=0.663714;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00879046;OID=.;OPOS=170699474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:150:150:43:44:0.226804:32:11:66:84:33:11:66:84 chr1 170705685 . CTATATATATA CA,C 862.29 PASS AF=0,0.592857;AO=19,61;DP=103;FAO=0,83;FDP=140;FR=.;FRO=57;FSAF=0,28;FSAR=0,55;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0486543,0.071764;FXX=0.0849618;HRUN=1,1;LEN=9,10;MLLD=275.108,303.585;QD=24.6368;RBI=0.0645952,0.0898292;REFB=-0.0225703,-0.0265413;REVB=0.0424889,0.0540297;RO=0;SAF=0,31;SAR=19,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.552237;STBP=1,0.163;TYPE=del,del;VARB=0,0.015494;OID=.,.;OPOS=170705686,170705686;OREF=TATATATAT,TATATATATA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.592857:19,61:103:0,83:140:57:0,28:0,55:26:31:99:0:0,31:19,30:0:0 chr1 170916646 . G T 598.91 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00761126;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.278;QD=18.0124;RBI=0.0084788;REFB=-0.0158535;REVB=-0.00373615;RO=69;SAF=24;SAR=38;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890829;STB=0.542843;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0168795;OID=.;OPOS=170916646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:71:62:62:0.466165:38:24:33:36:38:24:33:38 chr1 170928671 . T C 626.42 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0311205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3459;QD=17.1623;RBI=0.0437733;REFB=-0.0149784;REVB=-0.0307834;RO=81;SAF=26;SAR=39;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107348;STB=0.55987;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0191609;OID=.;OPOS=170928671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:81:81:65:65:0.445205:39:26:41:40:39:26:41:40 chr1 170964609 . C T 1520.07 PASS AF=0.553435;AO=145;DP=262;FAO=145;FDP=262;FR=.;FRO=117;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=-0.00564478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.358;QD=23.2072;RBI=0.0139097;REFB=-0.00205334;REVB=-0.0127128;RO=116;SAF=68;SAR=77;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395043;STB=0.519609;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00132879;OID=.;OPOS=170964609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:116:117:145:145:0.553435:77:68:60:56:77:68:60:57 chr1 171080080 . G A 3099.03 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346015;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.677;QD=63.8975;RBI=0.0354358;REFB=0;REVB=0.00764401;RO=0;SAF=99;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2437e-05;OID=.;OPOS=171080080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:194:0:0:194:194:1:95:99:0:0:95:99:0:0 chr1 171107633 . A C 37.99 PASS AF=0.1;AO=7;DP=59;FAO=6;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.139575;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=27.926;QD=2.5327;RBI=0.13971;REFB=-0.020772;REVB=-0.0061332;RO=35;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248463;STB=0.641496;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0858515;OID=.;OPOS=171107633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:59:60:35:49:7:6:0.1:5:2:17:18:4:2:24:25 chr1 171112490 . C T 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00666199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.923;QD=57.7077;RBI=0.00751693;REFB=0;REVB=-0.00348168;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12273e-05;OID=.;OPOS=171112490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr1 171154959 . A G 1422.33 PASS AF=0.514706;AO=136;DP=272;FAO=140;FDP=272;FR=.;FRO=132;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=60;FSRR=72;FWDB=0.00377477;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.033;QD=20.9166;RBI=0.0150968;REFB=-0.0181476;REVB=-0.0146173;RO=130;SAF=62;SAR=74;SRF=59;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00183232;STB=0.505739;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0186833;OID=.;OPOS=171154959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:130:132:136:140:0.514706:74:62:59:71:78:62:60:72 chr1 171168584 . CA TG 1770.8 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010228;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=2;MLLD=335.102;QD=61.0619;RBI=0.0194171;REFB=0;REVB=-0.0165049;RO=0;SAF=41;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.98841e-06;OID=.;OPOS=171168584;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:75:41:0:0:75:41:0:0 chr1 171174531 . A G 1025.01 PASS AF=0.505051;AO=99;DP=198;FAO=100;FDP=198;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.00575923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.153;QD=20.7074;RBI=0.0102569;REFB=-0.0150388;REVB=0.00848737;RO=98;SAF=41;SAR=58;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696149;STB=0.540218;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0136567;OID=.;OPOS=171174531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:98:98:99:100:0.505051:58:41:48:50:59:41:48:50 chr1 171223134 . G A 360.75 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0484849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2548;QD=17.5975;RBI=0.057158;REFB=-0.00434557;REVB=0.0302697;RO=44;SAF=16;SAR=22;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119688;STB=0.566975;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0048999;OID=.;OPOS=171223134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:22:16:24:20:22:16:24:20 chr1 171461787 . G A 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.057;QD=60.3746;RBI=0.0529116;REFB=0;REVB=-0.0331846;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46499e-05;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr1 171509327 . G A 379.6 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318577;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.278;QD=56.2374;RBI=0.0321217;REFB=0;REVB=-0.00410976;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157315;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr1 171511039 . C G 1191.99 PASS AF=0.921348;AO=82;DP=88;FAO=82;FDP=89;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0118014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2183;QD=53.5724;RBI=0.0426714;REFB=-0.0695415;REVB=-0.0410071;RO=6;SAF=31;SAR=51;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613435;STB=0.507749;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00735356;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:88:89:6:7:82:82:0.921348:51:31:2:4:51:31:2:5 chr1 171514731 . C G 1463.24 PASS AF=1;AO=87;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.004694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.904;QD=62.9351;RBI=0.0272952;REFB=0;REVB=0.0268885;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278341;OID=.;OPOS=171514731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:87:93:1:48:39:0:0:54:39:0:0 chr1 171526570 . G A 958.65 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00238453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.503;QD=57.2326;RBI=0.025436;REFB=0.107172;REVB=0.0253239;RO=1;SAF=38;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122726;STB=0.506492;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000530683;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:28:38:1:0:28:38:1:0 chr1 171556165 . G C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.349;QD=61.5363;RBI=0.00919284;REFB=0;REVB=-0.00583707;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54803e-05;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:51:30:0:0:51:30:0:0 chr1 171558516 . C T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.093;QD=59.8553;RBI=0.0543975;REFB=0;REVB=0.0471041;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.288e-05;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr1 171621525 . C T 424.72 PASS AF=0.448598;AO=47;DP=106;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00601307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.508;QD=15.8774;RBI=0.0162738;REFB=-0.0354365;REVB=-0.0151221;RO=59;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315925;STB=0.523355;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0382212;OID=.;OPOS=171621525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:59:59:47:48:0.448598:24:23:27:32:24:24:27:32 chr1 171751236 . T C 2103.16 PASS AF=0.992647;AO=133;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00880883;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2925;QD=61.8578;RBI=0.0199766;REFB=0.0128439;REVB=0.0179296;RO=1;SAF=60;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785622;STB=0.503999;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000237949;OID=.;OPOS=171751236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:133:135:0.992647:73:60:1:0:73:62:1:0 chr1 171753039 . A G 697.61 PASS AF=0.5;AO=69;DP=138;FAO=69;FDP=138;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0113691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.182;QD=20.2206;RBI=0.0166981;REFB=-0.0152131;REVB=-0.0122299;RO=69;SAF=32;SAR=37;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918305;STB=0.550604;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0151321;OID=.;OPOS=171753039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:69:69:69:69:0.5:37:32:39:30:37:32:39:30 chr1 171755170 . G A 516.51 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.00231059;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.749;QD=17.6585;RBI=0.0307555;REFB=-0.0167078;REVB=-0.0306685;RO=59;SAF=22;SAR=33;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255589;STB=0.636315;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0245055;OID=.;OPOS=171755170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:59:62:55:55:0.470085:33:22:40:19:33:22:41:21 chr1 171755182 . G A 523.95 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.018247;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.685;QD=19.9602;RBI=0.0205451;REFB=-0.0174844;REVB=-0.00944185;RO=51;SAF=34;SAR=20;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177393;STB=0.597953;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0151433;OID=.;OPOS=171755182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:51:51:54:54:0.514286:20:34:22:29:20:34:22:29 chr1 171763549 . C T 931.6 PASS AF=0.480198;AO=97;DP=203;FAO=97;FDP=202;FR=.;FRO=105;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=68;FWDB=0.028315;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.09;QD=18.4474;RBI=0.0541772;REFB=0.00870106;REVB=-0.0461891;RO=102;SAF=41;SAR=56;SRF=36;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673478;STB=0.537868;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0120694;OID=.;OPOS=171763549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:102:105:97:97:0.480198:56:41:36:66:56:41:37:68 chr1 171810960 . A G 5396.02 PASS AF=1;AO=338;DP=341;FAO=341;FDP=341;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=205;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601064;FXX=0.00583073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.09;QD=63.2964;RBI=0.061421;REFB=-0.105516;REVB=-0.0126394;RO=3;SAF=135;SAR=203;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467026;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385188;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:341:341:3:0:338:341:1:203:135:2:1:205:136:0:0 chr1 171956803 . C T 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.013363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.819;QD=16.077;RBI=0.0133704;REFB=0.000100852;REVB=0.000445463;RO=42;SAF=22;SAR=12;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23964;STB=0.628981;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.000167872;OID=.;OPOS=171956803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:12:22:17:25:12:22:18:25 chr1 172356437 . A G 1871.36 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238225;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.911;QD=61.3561;RBI=0.0396862;REFB=0;REVB=0.0317409;RO=0;SAF=77;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261176;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:122:0:0:119:122:1:42:77:0:0:44:78:0:0 chr1 172378884 . G GT,T 310.89 PASS AF=0.455026,0;AO=69,7;DP=194;FAO=86,0;FDP=189;FR=.;FRO=103;FSAF=50,0;FSAR=36,0;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.0340935,-0.00940173;FXX=0.0156242;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=8.38418,259.054;QD=6.57977;RBI=0.0630464,0.0104142;REFB=-0.0538208,0.00461747;REVB=0.0530328,0.00447912;RO=107;SAF=44,2;SAR=25,5;SRF=61;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0768162,-0.282139;STB=0.51559,0.5;STBP=0.694,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0406549,0;OID=.,.;OPOS=172378885,172378884;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:189:107:103:69,7:86,0:0.455026,0:25,5:44,2:61:46:36,0:50,0:57:46 chr1 172381836 . A ATAAAT 471.65 PASS AF=0.388489;AO=50;DP=141;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=-0.0123966;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=241.244;QD=13.5727;RBI=0.0256607;REFB=0.0064973;REVB=-0.0224676;RO=87;SAF=29;SAR=21;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257413;STB=0.646286;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=-0.00908907;OID=.;OPOS=172381837;OREF=-;OALT=TAAAT;OMAPALT=ATAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388489:50:141:54:139:85:31:23:28:57:99:87:29:21:30:57 chr1 172411496 . A G 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.889;QD=45.7996;RBI=0.0416777;REFB=0;REVB=0.0389139;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618026;OID=.;OPOS=172411496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr1 172411768 . T C 1907.16 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7361;QD=61.5212;RBI=0.129639;REFB=0;REVB=0.0749806;RO=0;SAF=49;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141764;OID=.;OPOS=172411768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:121:124:1:72:49:0:0:74:50:0:0 chr1 172412845 . C A 1922.14 PASS AF=0.984375;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00927256;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.807;QD=60.067;RBI=0.0229412;REFB=-0.0508303;REVB=0.0209838;RO=1;SAF=48;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979544;STB=0.509998;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=6.56574e-05;OID=.;OPOS=172412845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:128:1:2:125:126:0.984375:77:48:1:0:77:49:2:0 chr1 172422209 . C T 2676.07 PASS AF=0.994253;AO=172;DP=174;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0443479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1472;QD=61.5189;RBI=0.0610241;REFB=0.126732;REVB=0.0419191;RO=1;SAF=76;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493255;STB=0.502564;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000652951;OID=.;OPOS=172422209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:174:1:1:172:173:0.994253:96:76:0:1:97:76:0:1 chr1 172437592 . G A 2309.22 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.17;QD=63.7026;RBI=0.0149001;REFB=0;REVB=-0.0118862;RO=0;SAF=81;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21472e-06;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:145:0:0:136:145:1:55:81:0:0:59:86:0:0 chr1 172501617 . G C 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.238;QD=59.8288;RBI=0.043403;REFB=0;REVB=0.0422377;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46979e-05;OID=.;OPOS=172501617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:61:42:0:0:61:42:0:0 chr1 172502479 . T C 8238.54 PASS AF=1;AO=522;DP=525;FAO=523;FDP=523;FR=.;FRO=0;FSAF=252;FSAR=271;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0947307;FXX=0.00380945;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3288;QD=63.0099;RBI=0.105937;REFB=0.067402;REVB=-0.047421;RO=1;SAF=252;SAR=270;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00069232;OID=.;OPOS=172502479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:525:523:1:0:522:523:1:270:252:0:1:271:252:0:0 chr1 173457017 . C T 3114.49 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.808;QD=63.8871;RBI=0.00523992;REFB=0;REVB=0.00499144;RO=0;SAF=88;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46888e-06;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:195:195:1:107:88:0:0:107:88:0:0 chr1 173772330 . C G 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0524666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.962;QD=9.25849;RBI=0.0526426;REFB=0.000938788;REVB=-0.00430027;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153775;STB=0.59985;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0035164;OID=.;OPOS=173772330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:8:4:6:21:8:4:6:22 chr1 173878832 . T C 1518.92 PASS AF=0.979798;AO=98;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00439175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3631;QD=61.3704;RBI=0.0584002;REFB=0.041003;REVB=-0.0582348;RO=1;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958177;STB=0.510202;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00713062;OID=.;OPOS=173878832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:1:2:98:97:0.979798:49:49:0:1:48:49:0:2 chr1 173878862 . T C 1358.56 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.898;QD=62.4627;RBI=0.0485521;REFB=0;REVB=0.0401825;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92131e-05;OID=.;OPOS=173878862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr1 173903737 . G A 319.53 PASS AF=0.409091;AO=35;DP=86;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.018521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9423;QD=14.5243;RBI=0.0409978;REFB=0.00151943;REVB=-0.0365759;RO=51;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036387;STB=0.517757;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00102031;OID=.;OPOS=173903737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:51:52:35:36:0.409091:18:17:23:28:19:17:23:29 chr1 174516999 . C T 292.68 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00750167;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.315;QD=16.9672;RBI=0.00763228;REFB=-0.0187097;REVB=-0.00140594;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188399;STB=0.611739;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0295498;OID=.;OPOS=174516999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:14:18:13:23:14:18:13:24 chr1 175046789 . A G 891.83 PASS AF=0.550336;AO=81;DP=147;FAO=82;FDP=149;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0253152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.089;QD=23.9418;RBI=0.0263016;REFB=-0.0201391;REVB=0.00713554;RO=61;SAF=40;SAR=41;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792941;STB=0.512565;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00383639;OID=.;OPOS=175046789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:61:67:81:82:0.550336:41:40:24:37:43:39:30:37 chr1 175054548 . C T 516.85 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=-0.00189319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.4468;QD=17.8224;RBI=0.00304561;REFB=-0.00589719;REVB=0.0023857;RO=61;SAF=25;SAR=30;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171704;STB=0.594823;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00476842;OID=.;OPOS=175054548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:55:55:0.474138:30:25:17:44:30:25:17:44 chr1 175087729 . T C 188.87 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=9.1636e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.015;QD=11.1102;RBI=0.0262819;REFB=0.00275424;REVB=0.0262818;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400134;STB=0.524979;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00465129;OID=.;OPOS=175087729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:44:24:24:0.352941:10:14:23:19:10:14:24:20 chr1 175097864 . G A 372.99 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0273439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.908;QD=17.7614;RBI=0.0287181;REFB=-0.00545269;REVB=-0.00877727;RO=45;SAF=11;SAR=28;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106819;STB=0.559968;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0054469;OID=.;OPOS=175097864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:28:11:17:28:28:11:17:28 chr1 175105996 . C T 819.41 PASS AF=0.464481;AO=84;DP=182;FAO=85;FDP=183;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.00494967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3629;QD=17.9105;RBI=0.00734868;REFB=-0.000639607;REVB=-0.00543174;RO=98;SAF=41;SAR=43;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00165353;STB=0.502314;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.000755297;OID=.;OPOS=175105996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:98:98:84:85:0.464481:43:41:48:50:43:42:48:50 chr1 175113578 . T C 4410.94 PASS AF=1;AO=277;DP=278;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248388;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.12;QD=63.2393;RBI=0.0256877;REFB=0;REVB=0.0255673;RO=0;SAF=146;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.44016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87528e-05;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:278:279:0:0:277:279:1:131:146:0:0:133:146:0:0 chr1 175129945 . TCTTCTTCTTG T,TTTTCTTCTTG 1415.32 PASS AF=0.25,0.75;AO=20,43;DP=166;FAO=24,72;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=1,34;FSAR=23,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567973,0.0378448;FXX=0.428546;HRUN=1,1;LEN=10,1;MLLD=104.078,72.5296;QD=58.9716;RBI=0.0570059,0.0826376;REFB=0,0;REVB=-0.00487237,0.0734625;RO=0;SAF=1,18;SAR=19,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.97126e-08,5.65211e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0306719,0.0182049;OID=.,.;OPOS=175129946,175129946;OREF=CTTCTTCTTG,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTTTCTTCTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75:20,43:166:24,72:96:0:1,34:23,38:0:0:99:0:1,18:19,25:0:0 chr1 175299301 . T C 437.28 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0258807;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5491;QD=15.479;RBI=0.0474065;REFB=0.0159334;REVB=-0.0397186;RO=63;SAF=15;SAR=34;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230462;STB=0.634368;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0197135;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:64:49:49:0.433628:34:15:33:30:34:15:34:30 chr1 175324651 . A G 557.88 PASS AF=0.450382;AO=58;DP=130;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00434152;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.119;QD=17.0346;RBI=0.00483476;REFB=-0.0124755;REVB=0.00212746;RO=68;SAF=34;SAR=24;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704576;STB=0.559613;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.015358;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:68:72:58:59:0.450382:24:34:35:33:24:35:35:37 chr1 175348723 . C T 4253.11 PASS AF=0.989209;AO=274;DP=277;FAO=275;FDP=278;FR=.;FRO=3;FSAF=141;FSAR=134;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0137786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.0055;QD=61.1958;RBI=0.0242176;REFB=0.0263561;REVB=-0.019916;RO=2;SAF=140;SAR=134;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00676235;STB=0.505263;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.000230651;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:277:278:2:3:274:275:0.989209:134:140:2:0:134:141:3:0 chr1 175355391 . A G 3393.14 PASS AF=0.969565;AO=225;DP=230;FAO=223;FDP=230;FR=.;FRO=7;FSAF=93;FSAR=130;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.052726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8927;QD=59.0111;RBI=0.0550889;REFB=-0.116945;REVB=-0.0159612;RO=2;SAF=94;SAR=131;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100291;STB=0.509273;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00319595;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:230:230:2:7:225:223:0.969565:131:94:2:0:130:93:5:2 chr1 175375635 . G A 783.82 PASS AF=0.419048;AO=88;DP=210;FAO=88;FDP=210;FR=.;FRO=122;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=71;FSRR=51;FWDB=-0.00319761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.532;QD=14.9299;RBI=0.00380155;REFB=-0.0159141;REVB=-0.00205598;RO=118;SAF=48;SAR=40;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320252;STB=0.521468;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0220811;OID=.;OPOS=175375635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:118:122:88:88:0.419048:40:48:68:50:40:48:71:51 chr1 175375683 . T C 2546.98 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.282;QD=61.7451;RBI=0.0101866;REFB=0;REVB=0.0100866;RO=0;SAF=102;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28568e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55437e-06;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:63:102:0:0:63:102:0:0 chr1 175375802 . T C 1779.89 PASS AF=0.991667;AO=116;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00110147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.006;QD=59.3296;RBI=0.025673;REFB=-0.123253;REVB=0.0256494;RO=0;SAF=65;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504854;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000351395;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:116:119:0.991667:51:65:0:0:51:68:0:1 chr1 176102974 . T C 1593.55 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0447976;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.304;QD=59.0203;RBI=0.0455658;REFB=-0.0512411;REVB=-0.00833179;RO=0;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9105e-08;STB=0.506172;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000106729;OID=.;OPOS=176102974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:0:1:107:107:0.990741:67:40:0:0:67:40:1:0 chr1 176838058 . C T 1338.22 PASS AF=0.316176;AO=171;DP=548;FAO=172;FDP=544;FR=.;FRO=372;FSAF=77;FSAR=95;FSRF=153;FSRR=219;FWDB=0.00499131;FXX=0.00729914;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.86;QD=9.83986;RBI=0.00695895;REFB=-0.00831875;REVB=-0.00484911;RO=365;SAF=77;SAR=94;SRF=150;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474642;STB=0.525286;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0192559;OID=.;OPOS=176838058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:548:544:365:372:171:172:0.316176:94:77:150:215:95:77:153:219 chr1 176863836 . G C 1590.49 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1022;QD=58.9069;RBI=0.0349391;REFB=-0.113178;REVB=-0.0333278;RO=0;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9105e-08;STB=0.503703;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000814691;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:67:40:0:0:67:40:0:1 chr1 176863867 . T C 1556.46 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3704;QD=59.8637;RBI=0.0509282;REFB=0;REVB=0.0499964;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247942;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:62:42:0:0:62:42:0:0 chr1 177247854 . C G 385.19 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0161055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.028;QD=13.8808;RBI=0.047848;REFB=-0.00567064;REVB=0.0450561;RO=66;SAF=23;SAR=22;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155125;STB=0.587352;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0059295;OID=.;OPOS=177247854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:66:45:45:0.405405:22:23:24:42:22:23:24:42 chr1 177901619 . G A 898.98 PASS AF=0.389513;AO=104;DP=269;FAO=104;FDP=267;FR=.;FRO=163;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=83;FSRR=80;FWDB=-0.016243;FXX=0.00743467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.656;QD=13.4678;RBI=0.0293532;REFB=-0.0109444;REVB=0.0244495;RO=163;SAF=46;SAR=58;SRF=83;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728894;STB=0.54099;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.018226;OID=.;OPOS=177901619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:267:163:163:104:104:0.389513:58:46:83:80:58:46:83:80 chr1 177901655 . G A 1027.57 PASS AF=0.431298;AO=113;DP=262;FAO=113;FDP=262;FR=.;FRO=149;FSAF=44;FSAR=69;FSRF=69;FSRR=80;FWDB=-0.02031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.353;QD=15.6882;RBI=0.0206016;REFB=-0.0174923;REVB=-0.00345409;RO=139;SAF=44;SAR=69;SRF=62;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583771;STB=0.543224;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0346149;OID=.;OPOS=177901655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:139:149:113:113:0.431298:69:44:62:77:69:44:69:80 chr1 177901658 . C T 1027.62 PASS AF=0.42803;AO=113;DP=265;FAO=113;FDP=264;FR=.;FRO=151;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=70;FSRR=81;FWDB=-0.0083352;FXX=0.00377344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.43;QD=15.57;RBI=0.00969942;REFB=-0.00440683;REVB=0.00496015;RO=150;SAF=45;SAR=68;SRF=70;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719;STB=0.538375;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00416428;OID=.;OPOS=177901658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:264:150:151:113:113:0.42803:68:45:70:80:68:45:70:81 chr1 177901713 . T C 1005.0 PASS AF=0.477064;AO=103;DP=217;FAO=104;FDP=218;FR=.;FRO=114;FSAF=32;FSAR=72;FSRF=39;FSRR=75;FWDB=-0.00539568;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8859;QD=18.4404;RBI=0.0100829;REFB=-0.00676082;REVB=0.00851769;RO=113;SAF=31;SAR=72;SRF=38;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390534;STB=0.520778;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00648953;OID=.;OPOS=177901713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:113:114:103:104:0.477064:72:31:38:75:72:32:39:75 chr1 177902387 . C A 741.61 PASS AF=0.430168;AO=77;DP=196;FAO=77;FDP=179;FR=.;FRO=102;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=-0.0481788;FXX=0.0959548;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8908;QD=16.5723;RBI=0.0502306;REFB=0.0016727;REVB=0.0142098;RO=92;SAF=29;SAR=48;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486648;STB=0.509379;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00306114;OID=.;OPOS=177902387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:179:92:102:77:77:0.430168:48:29:39:53:48:29:40:62 chr1 177902725 . C T 454.83 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.00835597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4365;QD=19.9925;RBI=0.0483614;REFB=0.0261337;REVB=0.047634;RO=46;SAF=18;SAR=27;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15899;STB=0.587641;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0258236;OID=.;OPOS=177902725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:27:18:11:35:27:18:11:35 chr1 177902753 . G C 324.5 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0253439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.69;QD=19.6667;RBI=0.0254616;REFB=-0.0201868;REVB=-0.00244533;RO=32;SAF=11;SAR=23;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109447;STB=0.560476;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.016877;OID=.;OPOS=177902753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:23:11:7:25:23:11:7:25 chr1 177905469 . C A 1436.35 PASS AF=0.516484;AO=141;DP=275;FAO=141;FDP=273;FR=.;FRO=132;FSAF=79;FSAR=62;FSRF=66;FSRR=66;FWDB=-0.0341744;FXX=0.00727246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.1;QD=21.0454;RBI=0.0341757;REFB=-0.00913323;REVB=-0.000290149;RO=131;SAF=79;SAR=62;SRF=66;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501243;STB=0.529364;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0101814;OID=.;OPOS=177905469;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:273:131:132:141:141:0.516484:62:79:66:65:62:79:66:66 chr1 177915474 . A C 842.99 PASS AF=0.606299;AO=77;DP=125;FAO=77;FDP=127;FR=.;FRO=50;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.0115828;FXX=0.00781189;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.1629;QD=26.551;RBI=0.0139185;REFB=-0.0215088;REVB=0.00771776;RO=47;SAF=44;SAR=33;SRF=38;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174662;STB=0.577446;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00650668;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:47:50:77:77:0.606299:33:44:38:9:33:44:38:12 chr1 177915498 . G A 624.05 PASS AF=0.408046;AO=71;DP=174;FAO=71;FDP=174;FR=.;FRO=103;FSAF=52;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=0.00593031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.577;QD=14.3461;RBI=0.0063512;REFB=-0.00511078;REVB=-0.00227359;RO=102;SAF=52;SAR=19;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19566;STB=0.608324;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00730291;OID=.;OPOS=177915498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:102:103:71:71:0.408046:19:52:58:44:19:52:59:44 chr1 177927380 . C T 516.21 PASS AF=0.328205;AO=62;DP=191;FAO=64;FDP=195;FR=.;FRO=131;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=60;FSRR=71;FWDB=0.00207493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9253;QD=10.589;RBI=0.0507595;REFB=-0.00450292;REVB=0.050717;RO=129;SAF=28;SAR=34;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679458;STB=0.507244;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00791133;OID=.;OPOS=177927380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:195:129:131:62:64:0.328205:34:28:59:70:34:30:60:71 chr1 177929554 . C T 380.71 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00905379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.15;QD=16.9205;RBI=0.00994877;REFB=-0.00990125;REVB=0.00412393;RO=50;SAF=14;SAR=26;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192815;STB=0.608392;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0129021;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:26:14:27:23:26:14:27:23 chr1 177929940 . G A 642.12 PASS AF=0.584906;AO=61;DP=105;FAO=62;FDP=106;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0152093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5908;QD=24.2309;RBI=0.016998;REFB=-0.00751119;REVB=-0.00759013;RO=43;SAF=35;SAR=26;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477671;STB=0.517554;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00468705;OID=.;OPOS=177929940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:43:44:61:62:0.584906:26:35:22:21:27:35:23:21 chr1 177929987 . T C 1718.75 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00323172;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.593;QD=59.7825;RBI=0.0381755;REFB=-0.12816;REVB=-0.0380385;RO=0;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30758e-08;STB=0.504064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000534299;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:115:0:1:113:114:0.991304:61:52:0:0:61:53:0:1 chr1 177935050 . T A 346.39 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0460472;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.63;QD=13.3227;RBI=0.0460752;REFB=-0.0136886;REVB=-0.00160625;RO=61;SAF=17;SAR=24;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825083;STB=0.547505;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0210606;OID=.;OPOS=177935050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:61:63:41:41:0.394231:24:17:30:31:24:17:31:32 chr1 178483231 . G A 2405.93 PASS AF=0.987578;AO=159;DP=161;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0503409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.625;QD=59.7746;RBI=0.0504189;REFB=-0.039135;REVB=-0.00280383;RO=2;SAF=55;SAR=104;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00906153;STB=0.504761;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000418774;OID=.;OPOS=178483231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:161:2:2:159:159:0.987578:104:55:0:2:104:55:0:2 chr1 178489978 . T G 2628.35 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117947;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.928;QD=61.8436;RBI=0.0162618;REFB=0;REVB=0.0111951;RO=0;SAF=65;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12435e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92829e-06;OID=.;OPOS=178489978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:170:0:0:169:170:1:104:65:0:0:106:64:0:0 chr1 178492447 . T A 1525.64 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.279;QD=59.8291;RBI=0.0582766;REFB=0;REVB=0.031464;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261318;OID=.;OPOS=178492447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr1 178514622 . C T 2306.32 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0962311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9466;QD=61.0945;RBI=0.0995805;REFB=0;REVB=-0.0256097;RO=0;SAF=72;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70733e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000509688;OID=.;OPOS=178514622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:79:72:0:0:79:72:0:0 chr1 178820327 . G A 1498.45 PASS AF=0.429708;AO=162;DP=379;FAO=162;FDP=377;FR=.;FRO=215;FSAF=76;FSAR=86;FSRF=109;FSRR=106;FWDB=0.0152182;FXX=0.00527691;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.655;QD=15.8986;RBI=0.0164577;REFB=-0.000763994;REVB=0.00626604;RO=215;SAF=76;SAR=86;SRF=109;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038895;STB=0.521602;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.000929645;OID=.;OPOS=178820327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:377:215:215:162:162:0.429708:86:76:109:106:86:76:109:106 chr1 179051300 . T C 95.27 PASS AF=0.227273;AO=14;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00867808;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.151;QD=5.77379;RBI=0.0421106;REFB=-0.016351;REVB=-0.0412068;RO=36;SAF=5;SAR=9;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32446;STB=0.628574;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0459112;OID=.;OPOS=179051300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:66:36:51:14:15:0.227273:9:5:23:13:9:6:29:22 chr1 179055020 . C T 828.88 PASS AF=0.457447;AO=86;DP=188;FAO=86;FDP=188;FR=.;FRO=102;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=0.00870354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5963;QD=17.6358;RBI=0.0184588;REFB=0.0192655;REVB=0.0162781;RO=99;SAF=49;SAR=37;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435665;STB=0.516822;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0250492;OID=.;OPOS=179055020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:99:102:86:86:0.457447:37:49:52:47:37:49:55:47 chr1 179068851 . A G 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0170906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2016;QD=20.7683;RBI=0.0171349;REFB=0.0357916;REVB=0.00123116;RO=24;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389279;STB=0.521723;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.0312976;OID=.;OPOS=179068851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:18:9:9:15:18:9:9:15 chr1 179072728 . T C 754.63 PASS AF=0.451977;AO=80;DP=177;FAO=80;FDP=177;FR=.;FRO=97;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=0.00103656;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.474;QD=17.0537;RBI=0.00516037;REFB=-0.00487881;REVB=-0.0050552;RO=95;SAF=38;SAR=42;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635164;STB=0.540223;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00706594;OID=.;OPOS=179072728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:95:97:80:80:0.451977:42:38:39:56:42:38:39:58 chr1 179310262 . C T 721.8 PASS AF=0.475309;AO=76;DP=162;FAO=77;FDP=162;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=-0.0201433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9815;QD=17.8223;RBI=0.0205775;REFB=-0.0218089;REVB=-0.00420465;RO=85;SAF=37;SAR=39;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128577;STB=0.567376;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0150532;OID=.;OPOS=179310262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:85:85:76:77:0.475309:39:37:30:55:40:37:30:55 chr1 179347832 . T C 555.86 PASS AF=0.368715;AO=66;DP=179;FAO=66;FDP=179;FR=.;FRO=113;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=0.01358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.067;QD=12.4214;RBI=0.0137337;REFB=0.00524359;REVB=0.00204882;RO=113;SAF=34;SAR=32;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208867;STB=0.501186;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.0118069;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:113:113:66:66:0.368715:32:34:58:55:32:34:58:55 chr1 179414105 . A C 203.17 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00468822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.844;QD=10.4192;RBI=0.0150788;REFB=-0.0139671;REVB=0.0143315;RO=50;SAF=14;SAR=12;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660901;STB=0.538432;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0268203;OID=.;OPOS=179414105;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:50:52:26:26:0.333333:12:14:24:26:12:14:25:27 chr1 179504025 . AAAGAAGAAGAAG AAAGAAGAAG,AAAGAAGAAGAAC 61.01 PASS AF=0.208333,0.166667;AO=5,5;DP=25;FAO=5,4;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1,1;FSAR=4,3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0760055,-0.109597;FXX=0.039984;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=141.706,52.3558;QD=10.1683;RBI=0.0767769,0.133881;REFB=-0.0213691,-0.0220906;REVB=0.0108561,0.0768935;RO=14;SAF=1,2;SAR=4,3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.130656,0.139653;STB=0.630998,0.580219;STBP=0.603,0.822;TYPE=del,snp;VARB=0.0242125,0.084317;OID=.,.;OPOS=179504026,179504037;OREF=AAG,G;OALT=-,C;OMAPALT=AAAGAAGAAG,AAAGAAGAAGAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.208333,0.166667:5,5:25:5,4:24:15:1,1:4,3:5:10:33:14:1,2:4,3:4:10 chr1 179504043 . C G 137.26 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0333168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.486;QD=20.3355;RBI=0.0348549;REFB=-8.35403e-06;REVB=0.0102398;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415853;STB=0.730519;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00172708;OID=.;OPOS=179504043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:12:14:15:0.555556:7:7:0:12:7:8:0:12 chr1 179504130 . G A 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00856633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.938;QD=19.1475;RBI=0.0115891;REFB=0.000538848;REVB=0.0078055;RO=36;SAF=16;SAR=20;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155227;STB=0.585942;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000505048;OID=.;OPOS=179504130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:20:16:10:26:20:16:10:26 chr1 179520151 . C T 1936.29 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00812361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.126;QD=60.9856;RBI=0.00843066;REFB=0.0468492;REVB=-0.00225455;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=6.74687e-06;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:0:1:126:126:0.992126:63:63:0:0:63:63:1:0 chr1 179520506 . G A 1163.48 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00198565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.047;QD=58.174;RBI=0.00709768;REFB=0.0247944;REVB=-0.00681427;RO=1;SAF=31;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150232;STB=0.502673;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-5.32942e-05;OID=.;OPOS=179520506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:2:78:78:0.975:47:31:1:0:47:31:1:1 chr1 179544898 . T C 75.11 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.903;QD=37.553;RBI=0.0378017;REFB=0;REVB=0.0370375;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029625;OID=.;OPOS=179544898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:2:6:0:0 chr1 179604864 . C T 788.37 PASS AF=0.535714;AO=75;DP=141;FAO=75;FDP=140;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.00193016;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.364;QD=22.5248;RBI=0.0585985;REFB=-0.0155428;REVB=0.0585667;RO=65;SAF=38;SAR=37;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129492;STB=0.570812;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.011979;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:65:65:75:75:0.535714:37:38:23:42:37:38:23:42 chr1 179609589 . G T 696.81 PASS AF=0.39801;AO=79;DP=202;FAO=80;FDP=201;FR=.;FRO=121;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=56;FSRR=65;FWDB=-0.0247294;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.735;QD=13.8669;RBI=0.0248202;REFB=-0.0110276;REVB=-0.00212131;RO=121;SAF=35;SAR=44;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214725;STB=0.507775;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0138083;OID=.;OPOS=179609589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:121:121:79:80:0.39801:44:35:56:65:44:36:56:65 chr1 179631242 . G A 701.35 PASS AF=0.47619;AO=69;DP=146;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=0.0146731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.526;QD=19.0843;RBI=0.0184079;REFB=-0.00908456;REVB=-0.0111154;RO=77;SAF=36;SAR=33;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162297;STB=0.592488;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00933665;OID=.;OPOS=179631242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:77:77:69:70:0.47619:33:36:27:50:33:37:27:50 chr1 179852074 . T C 2335.56 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.234;QD=61.0605;RBI=0.0358148;REFB=0;REVB=0.0217118;RO=0;SAF=47;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.70437e-06;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:106:47:0:0:106:47:0:0 chr1 179858444 . G A 2574.48 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.133;QD=61.6643;RBI=0.0400313;REFB=0;REVB=0.0317886;RO=0;SAF=83;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109198;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:167:0:0:165:167:1:82:83:0:0:83:84:0:0 chr1 179876988 . C G 2268.91 PASS AF=0.903409;AO=159;DP=177;FAO=159;FDP=176;FR=.;FRO=17;FSAF=74;FSAR=85;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.00962066;FXX=0.0112353;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.528;QD=51.5661;RBI=0.0133686;REFB=0.00356152;REVB=0.00928232;RO=11;SAF=74;SAR=85;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065654;STB=0.545877;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000218476;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:177:176:11:17:159:159:0.903409:85:74:11:0:85:74:16:1 chr1 179887125 . G A 1388.02 PASS AF=0.933962;AO=99;DP=106;FAO=99;FDP=106;FR=.;FRO=7;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.00738694;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0952;QD=52.3782;RBI=0.0139264;REFB=0.0295874;REVB=0.0118059;RO=7;SAF=44;SAR=55;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697084;STB=0.536835;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00138599;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:106:106:7:7:99:99:0.933962:55:44:7:0:55:44:7:0 chr1 179972337 . A C 434.48 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=9;FWDB=-0.0105758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.45;QD=18.2937;RBI=0.0170808;REFB=-0.00847044;REVB=-0.0134129;RO=51;SAF=32;SAR=12;SRF=42;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125014;STB=0.569202;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00729228;OID=.;OPOS=179972337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:12:32:42:9:12:32:42:9 chr1 179989742 . G C 165.08 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0496661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9202;QD=21.3007;RBI=0.0867121;REFB=-0.00531914;REVB=-0.0710793;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918183;STB=0.551664;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000694799;OID=.;OPOS=179989742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:9:5:8:9:9:5 chr1 180000542 . G T 476.25 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00530671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.754;QD=21.8964;RBI=0.00799124;REFB=-0.00187907;REVB=-0.00597485;RO=41;SAF=17;SAR=29;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146374;STB=0.580858;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0012778;OID=.;OPOS=180000542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:29:17:22:19:29:17:22:19 chr1 180063526 . T C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0125552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.556;QD=15.6508;RBI=0.0224688;REFB=0.00511187;REVB=0.0186337;RO=21;SAF=2;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45728;STB=0.770239;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00382536;OID=.;OPOS=180063526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:14:2:10:11:14:2:10:11 chr1 180080290 . T A 558.26 PASS AF=0.538462;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0573591;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.158;QD=21.4714;RBI=0.0573659;REFB=0.00157899;REVB=0.000883419;RO=48;SAF=18;SAR=38;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106774;STB=0.558802;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00128661;OID=.;OPOS=180080290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:48:48:56:56:0.538462:38:18:21:27:38:18:21:27 chr1 180145088 . A G 3955.79 PASS AF=1;AO=247;DP=248;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101102;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4264;QD=64.0614;RBI=0.0695779;REFB=0;REVB=-0.0688395;RO=0;SAF=130;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277699;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:248:247:0:0:247:247:1:117:130:0:0:117:130:0:0 chr1 180167414 . C G 1182.15 PASS AF=0.537383;AO=115;DP=215;FAO=115;FDP=214;FR=.;FRO=99;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.0208533;FXX=0.00465095;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3919;QD=22.0963;RBI=0.0219672;REFB=-0.00589405;REVB=0.00690609;RO=98;SAF=53;SAR=62;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158608;STB=0.506452;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00501668;OID=.;OPOS=180167414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:98:99:115:115:0.537383:62:53:47:51:62:53:47:52 chr1 180243524 . A G 1076.78 PASS AF=0.528205;AO=101;DP=196;FAO=103;FDP=195;FR=.;FRO=92;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=33;FSRR=59;FWDB=0.0127586;FXX=0.0101518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.258;QD=22.0878;RBI=0.0245332;REFB=-0.0306989;REVB=-0.0209547;RO=92;SAF=39;SAR=62;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253759;STB=0.510046;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0243089;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:92:92:101:103:0.528205:62:39:33:59:64:39:33:59 chr1 180854067 . A G 1572.92 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.615;QD=59.9209;RBI=0.0391284;REFB=0;REVB=0.0388844;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.556e-05;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:45:60:0:0:45:60:0:0 chr1 180885430 . T C 2997.17 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.056;QD=63.0983;RBI=0.0304645;REFB=0;REVB=-0.0303751;RO=0;SAF=97;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88198e-05;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:190:0:0:188:190:1:91:97:0:0:92:98:0:0 chr1 180897569 . C T 912.39 PASS AF=0.564626;AO=83;DP=147;FAO=83;FDP=147;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=15;FSRR=49;FWDB=-0.0105572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.239;QD=24.8269;RBI=0.0185937;REFB=-0.00837005;REVB=0.0153059;RO=63;SAF=32;SAR=51;SRF=14;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141964;STB=0.571718;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00579983;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:63:64:83:83:0.564626:51:32:14:49:51:32:15:49 chr1 180905694 . C T 277.91 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.10467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8469;QD=16.3476;RBI=0.10748;REFB=-0.0172089;REVB=0.0244169;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185538;STB=0.510441;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0268294;OID=.;OPOS=180905694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:19:12:15:22:19:12:15:22 chr1 180913592 . A AG 1036.52 PASS AF=1;AO=17;DP=130;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708059;FXX=0.0156238;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.5702;QD=32.9055;RBI=0.266457;REFB=0;REVB=-0.256877;RO=109;SAF=2;SAR=15;SRF=70;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.610655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000950117;OID=.;OPOS=180913593;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:130:126:126:0:73:53:0:0:20:109:2:15:70:39 chr1 180913597 . A G 1937.97 PASS AF=0.977444;AO=123;DP=130;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0524772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0026;QD=58.2849;RBI=0.0696022;REFB=-0.133565;REVB=-0.0457232;RO=4;SAF=65;SAR=58;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028337;STB=0.510203;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0123429;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:133:4:3:123:130:0.977444:58:65:4:0:58:72:3:0 chr1 180944532 . T TAA 295.84 PASS AF=0.5;AO=37;DP=94;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0773736;FXX=0.0329634;HRUN=3;LEN=2;MLLD=29.1724;QD=13.4472;RBI=0.0937029;REFB=0.00579384;REVB=0.0528543;RO=49;SAF=18;SAR=19;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334675;STB=0.511394;STBP=0.853;TYPE=ins;VARB=-0.00760041;OID=.;OPOS=180944533;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:37:94:44:88:44:21:23:20:24:99:49:18:19:24:25 chr1 180953853 . A G 526.22 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.000185435;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.388;QD=17.3958;RBI=0.0235654;REFB=0.0180163;REVB=0.0235647;RO=64;SAF=31;SAR=25;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963567;STB=0.557632;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0189997;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:65:56:56:0.46281:25:31:29:35:25:31:29:36 chr1 181024404 . G A 671.8 PASS AF=0.447853;AO=73;DP=163;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0756766;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.453;QD=16.4858;RBI=0.0759562;REFB=-0.012947;REVB=-0.00651139;RO=87;SAF=32;SAR=41;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551271;STB=0.528128;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0137702;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:87:90:73:73:0.447853:41:32:43:44:41:32:44:46 chr1 181058313 . G A 1748.81 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=118;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413023;FXX=0.0413189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.868;QD=60.3038;RBI=0.158093;REFB=-0.0680855;REVB=0.152602;RO=1;SAF=66;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714086;STB=0.503759;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000717237;OID=.;OPOS=181058313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:118:116:1:1:114:115:0.991379:48:66:1:0:49:66:1:0 chr1 181391978 . G A 721.52 PASS AF=0.560976;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0289138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0397;QD=23.4639;RBI=0.0289483;REFB=0.00443108;REVB=0.00141463;RO=54;SAF=38;SAR=31;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493256;STB=0.526925;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00609815;OID=.;OPOS=181391978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:54:54:69:69:0.560976:31:38:33:21:31:38:33:21 chr1 181701776 . C CG,G 68.57 PASS AF=0.0927835,0.0360825;AO=22,16;DP=205;FAO=18,7;FDP=194;FR=.;FRO=169;FSAF=4,0;FSAR=14,7;FSRF=75;FSRR=94;FWDB=-0.0274991,-0.0296858;FXX=0.039602;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=13.6092,44.1167;QD=1.41379;RBI=0.0569075,0.0569323;REFB=-0.0804173,-0.0172349;REVB=-0.0498223,-0.0485802;RO=162;SAF=11,5;SAR=11,11;SRF=67;SRR=95;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.108101,-0.125601;STB=0.718856,0.998366;STBP=0.064,0.005;TYPE=ins,snp;VARB=0.0520626,0.196857;OID=.,.;OPOS=181701777,181701776;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:205:194:162:169:22,16:18,7:0.0927835,0.0360825:11,11:11,5:67:95:14,7:4,0:75:94 chr1 181701799 . T A 748.17 PASS AF=0.420513;AO=78;DP=195;FAO=82;FDP=195;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=59;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=-0.00085272;FXX=0.0200995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.348;QD=15.3472;RBI=0.0185727;REFB=-0.0175949;REVB=0.0185531;RO=107;SAF=22;SAR=56;SRF=42;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131367;STB=0.589556;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.023703;OID=.;OPOS=181701799;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:107:113:78:82:0.420513:56:22:42:65:59:23:47:66 chr1 181706685 . C T 1005.41 PASS AF=0.502564;AO=98;DP=195;FAO=98;FDP=195;FR=.;FRO=97;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.000433373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.033;QD=20.6238;RBI=0.0185757;REFB=-0.0137978;REVB=-0.0185706;RO=96;SAF=38;SAR=60;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113017;STB=0.564934;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0153721;OID=.;OPOS=181706685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:96:97:98:98:0.502564:60:38:49:47:60:38:50:47 chr1 181725110 . T C 833.72 PASS AF=0.57037;AO=77;DP=136;FAO=77;FDP=135;FR=.;FRO=58;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=10;FWDB=0.00760328;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6557;QD=24.7029;RBI=0.016915;REFB=-0.00693905;REVB=0.0151098;RO=58;SAF=53;SAR=24;SRF=48;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135818;STB=0.573574;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00462738;OID=.;OPOS=181725110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:58:58:77:77:0.57037:24:53:48:10:24:53:48:10 chr1 181740743 . A G 933.82 PASS AF=0.466981;AO=99;DP=212;FAO=99;FDP=212;FR=.;FRO=113;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=-0.018891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.288;QD=17.6193;RBI=0.020486;REFB=-0.0121041;REVB=-0.00792505;RO=113;SAF=50;SAR=49;SRF=62;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420952;STB=0.52326;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0102441;OID=.;OPOS=181740743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:113:113:99:99:0.466981:49:50:62:51:49:50:62:51 chr1 181741301 . C T 1325.61 PASS AF=0.453376;AO=141;DP=311;FAO=141;FDP=311;FR=.;FRO=170;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=69;FSRR=101;FWDB=0.0147329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.953;QD=17.0497;RBI=0.0162617;REFB=0.00449813;REVB=-0.00688372;RO=169;SAF=67;SAR=74;SRF=69;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664202;STB=0.53811;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00474736;OID=.;OPOS=181741301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:169:170:141:141:0.453376:74:67:69:100:74:67:69:101 chr1 181752923 . AAGCTT A 50.0 PASS AO=65;DP=228;LEN=5;RO=163;SAF=26;SAR=38;SRF=75;SRR=89;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=181752924;OREF=AGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:228:163:65:38:26:75:89 chr1 181759657 . G A 724.21 PASS AF=0.436464;AO=79;DP=181;FAO=79;FDP=181;FR=.;FRO=102;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=66;FSRR=36;FWDB=-0.0193936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3146;QD=16.0046;RBI=0.0324432;REFB=0.00443328;REVB=-0.0260086;RO=101;SAF=46;SAR=33;SRF=65;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643176;STB=0.537982;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00690203;OID=.;OPOS=181759657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:101:102:79:79:0.436464:33:46:65:36:33:46:66:36 chr1 182026813 . G C 182.29 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0363895;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.834;QD=23.5216;RBI=0.0371232;REFB=-0.00935373;REVB=-0.0073437;RO=13;SAF=3;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164396;STB=0.593106;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0073966;OID=.;OPOS=182026813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:13:13:18:18:0.580645:15:3:4:9:15:3:4:9 chr1 182027022 . C T 790.07 PASS AF=0.42132;AO=80;DP=192;FAO=83;FDP=197;FR=.,HEALED;FRO=108;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=0.0405799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.8231;QD=16.0421;RBI=0.0438716;REFB=-0.06783;REVB=0.016673;RO=79;SAF=37;SAR=43;SRF=19;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206243;STB=0.552866;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0631864;OID=.;OPOS=182027022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:197:79:108:80:83:0.42132:43:37:19:60:43:40:42:66 chr1 182356399 . A G 2140.59 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.818;QD=62.9584;RBI=0.0286295;REFB=0;REVB=-0.00385283;RO=0;SAF=61;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04762e-05;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:75:61:0:0:75:61:0:0 chr1 182369078 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.993;QD=59.5018;RBI=0.0282695;REFB=0;REVB=0.027694;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85723e-05;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr1 182369233 . A G 1383.23 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0188485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8057;QD=60.1406;RBI=0.0949395;REFB=-0.0904997;REVB=0.0930497;RO=3;SAF=42;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00858931;STB=0.510414;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00255465;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:3:2:89:90:0.978261:47:42:1:2:47:43:0:2 chr1 182496829 . A G 1559.43 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2058;QD=57.7567;RBI=0.0513309;REFB=-0.0820885;REVB=0.00337316;RO=1;SAF=43;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256602;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:107:108:1:0:105:108:1:62:43:1:0:62:46:0:0 chr1 182551337 . A C 611.55 PASS AF=0.39548;AO=67;DP=175;FAO=70;FDP=177;FR=.;FRO=107;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=-0.00439862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.846;QD=13.8204;RBI=0.0214211;REFB=-0.0152803;REVB=-0.0209646;RO=106;SAF=35;SAR=32;SRF=44;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1161;STB=0.548009;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0231164;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:106:107:67:70:0.39548:32:35:44:62:35:35:45:62 chr1 182568204 . G C 3018.45 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.957;QD=63.5462;RBI=0.0085159;REFB=0;REVB=0.00228043;RO=0;SAF=82;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55209e-06;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:190:190:1:108:82:0:0:108:82:0:0 chr1 182569626 . T C 2380.32 PASS AF=0.993671;AO=156;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0163982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2685;QD=60.2613;RBI=0.0412834;REFB=-0.0582384;REVB=0.0378869;RO=2;SAF=76;SAR=80;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117438;STB=0.503067;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000331871;OID=.;OPOS=182569626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:2:1:156:157:0.993671:80:76:0:2:81:76:0:1 chr1 182640851 . T G 3445.12 PASS AF=1;AO=219;DP=221;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010891;FXX=0.00896821;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.508;QD=62.3551;RBI=0.0109905;REFB=-0.0264462;REVB=0.00147542;RO=1;SAF=127;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051507;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12295e-05;OID=.;OPOS=182640851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:221:221:1:0:219:221:1:92:127:0:1:92:129:0:0 chr1 182640864 . T C 3197.69 PASS AF=1;AO=208;DP=211;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865855;FXX=0.00947822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.662;QD=61.1999;RBI=0.0362719;REFB=0.0953654;REVB=-0.0352232;RO=1;SAF=115;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509471;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216403;OID=.;OPOS=182640864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:211:209:1:0:208:209:1:93:115:0:1:93:116:0:0 chr1 182778367 . G A 657.41 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00755774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.387;QD=50.5697;RBI=0.00956259;REFB=-0.152745;REVB=-0.00585865;RO=3;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462307;STB=0.52458;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00118876;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:29:20:0:3:29:20:0:3 chr1 182850727 . T C 2560.44 PASS AF=0.982558;AO=165;DP=172;FAO=169;FDP=172;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0553579;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6112;QD=59.545;RBI=0.079792;REFB=-0.0547319;REVB=0.0574654;RO=3;SAF=52;SAR=113;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012465;STB=0.506549;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00686697;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:172:172:3:3:165:169:0.982558:113:52:0:3:113:56:0:3 chr1 182993025 . C T 2509.19 PASS AF=0.434783;AO=269;DP=622;FAO=270;FDP=621;FR=.;FRO=351;FSAF=138;FSAR=132;FSRF=166;FSRR=185;FWDB=0.0848866;FXX=0.00160769;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1181;QD=16.1623;RBI=0.0873932;REFB=0.0237179;REVB=0.0207807;RO=328;SAF=137;SAR=132;SRF=146;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638348;STB=0.521567;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0307206;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:622:621:328:351:269:270:0.434783:132:137:146:182:132:138:166:185 chr1 183072590 . T C 893.08 PASS AF=0.463415;AO=95;DP=205;FAO=95;FDP=205;FR=.;FRO=110;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=74;FWDB=0.0395226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2805;QD=17.426;RBI=0.0537345;REFB=-0.00859113;REVB=-0.0364054;RO=110;SAF=50;SAR=45;SRF=36;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192021;STB=0.605885;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00960149;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:110:110:95:95:0.463415:45:50:36:74:45:50:36:74 chr1 183085755 . A G 1127.41 PASS AF=0.506787;AO=112;DP=221;FAO=112;FDP=221;FR=.;FRO=109;FSAF=43;FSAR=69;FSRF=43;FSRR=66;FWDB=0.00501212;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.593;QD=20.4055;RBI=0.0110612;REFB=0.00491735;REVB=0.00986048;RO=109;SAF=43;SAR=69;SRF=43;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100151;STB=0.505494;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0026597;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:109:109:112:112:0.506787:69:43:43:66:69:43:43:66 chr1 183086757 . A C 894.3 PASS AF=0.508571;AO=89;DP=176;FAO=89;FDP=175;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0179848;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.303;QD=20.4412;RBI=0.0283463;REFB=-0.00457619;REVB=-0.0219103;RO=86;SAF=38;SAR=51;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451564;STB=0.524809;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0043786;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:86:86:89:89:0.508571:51:38:41:45:51:38:41:45 chr1 183093875 . T C 1215.37 PASS AF=0.504237;AO=119;DP=239;FAO=119;FDP=236;FR=.;FRO=117;FSAF=35;FSAR=84;FSRF=48;FSRR=69;FWDB=0.00606276;FXX=0.0125518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.915;QD=20.5995;RBI=0.0263741;REFB=0.00765725;REVB=0.0256678;RO=117;SAF=35;SAR=84;SRF=48;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119162;STB=0.565576;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0101686;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:236:117:117:119:119:0.504237:84:35:48:69:84:35:48:69 chr1 183094547 . T C 905.84 PASS AF=0.532934;AO=88;DP=167;FAO=89;FDP=167;FR=.;FRO=78;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0072262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.608;QD=21.6967;RBI=0.00723051;REFB=-0.0120686;REVB=0.000249489;RO=78;SAF=53;SAR=35;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786368;STB=0.545067;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0097289;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:78:78:88:89:0.532934:35:53:40:38:35:54:40:38 chr1 183105534 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0302553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.721;QD=18.2505;RBI=0.0331021;REFB=0.0057493;REVB=-0.0134301;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238094;STB=0.636178;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00575077;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:10:5:9:6:10:5:9:6 chr1 183105705 . G A 564.13 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0124915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.833;QD=16.5922;RBI=0.012731;REFB=-0.00483641;REVB=-0.00245763;RO=76;SAF=29;SAR=31;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430039;STB=0.524;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00593808;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:76:60:60:0.441176:31:29:40:36:31:29:40:36 chr1 183112041 . G C 753.38 PASS AF=0.473054;AO=79;DP=167;FAO=79;FDP=167;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.0121699;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.635;QD=18.0449;RBI=0.0253968;REFB=-0.0197439;REVB=-0.022291;RO=86;SAF=36;SAR=43;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309617;STB=0.511434;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.022465;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:86:88:79:79:0.473054:43:36:42:44:43:36:42:46 chr1 183112412 . A G 361.04 PASS AF=0.330882;AO=45;DP=136;FAO=45;FDP=136;FR=.;FRO=91;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.0279739;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.194;QD=10.6187;RBI=0.0342702;REFB=-0.00822223;REVB=0.0197967;RO=89;SAF=18;SAR=27;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160871;STB=0.599956;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0170278;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:89:91:45:45:0.330882:27:18:48:41:27:18:50:41 chr1 183112505 . T C 507.8 PASS AF=0.385135;AO=57;DP=148;FAO=57;FDP=148;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=0.0144237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.862;QD=13.7243;RBI=0.0149536;REFB=-0.00383186;REVB=0.00394559;RO=91;SAF=23;SAR=34;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204853;STB=0.615815;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00409552;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:91:91:57:57:0.385135:34:23:54:37:34:23:54:37 chr1 183112566 . T C 677.82 PASS AF=0.519685;AO=65;DP=133;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00260202;FXX=0.0522349;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.787;QD=21.3487;RBI=0.002611;REFB=0.00126553;REVB=-0.000216322;RO=67;SAF=32;SAR=33;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027633;STB=0.503342;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00115372;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:127:67:61:65:66:0.519685:33:32:35:32:34:32:30:31 chr1 183112764 . A G 340.18 PASS AF=0.420455;AO=36;DP=90;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00199208;FXX=0.0222198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.02;QD=15.4627;RBI=0.0114362;REFB=0.00318693;REVB=0.0112614;RO=50;SAF=15;SAR=21;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127236;STB=0.583545;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00339927;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:50:51:36:37:0.420455:21:15:27:23:22:15:28:23 chr1 183114634 . G A 644.37 PASS AF=0.461538;AO=66;DP=143;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=-0.00953681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.434;QD=18.0244;RBI=0.00958497;REFB=-0.00391057;REVB=-0.000959694;RO=77;SAF=26;SAR=40;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176592;STB=0.509801;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00426203;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:77:77:66:66:0.461538:40:26:29:48:40:26:29:48 chr1 183155482 . C A 1476.59 PASS AF=0.488294;AO=146;DP=299;FAO=146;FDP=299;FR=.;FRO=153;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=78;FSRR=75;FWDB=-0.00791176;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.897;QD=19.7538;RBI=0.0142674;REFB=-0.0206791;REVB=-0.0118727;RO=152;SAF=81;SAR=65;SRF=77;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450662;STB=0.52318;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0198054;OID=.;OPOS=183155482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:152:153:146:146:0.488294:65:81:77:75:65:81:78:75 chr1 183486859 . G A 4431.58 PASS AF=1;AO=279;DP=279;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00111981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.339;QD=63.3084;RBI=0.0271602;REFB=0;REVB=-0.0271371;RO=0;SAF=161;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.11852e-06;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:279:280:0:0:279:280:1:118:161:0:0:118:162:0:0 chr1 183542387 . T C 706.66 PASS AF=0.480769;AO=74;DP=154;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0269707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8766;QD=18.1194;RBI=0.0340743;REFB=-0.000787615;REVB=0.0208239;RO=80;SAF=34;SAR=40;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733346;STB=0.533324;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00170558;OID=.;OPOS=183542387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:80:81:74:75:0.480769:40:34:43:37:40:35:43:38 chr1 183876182 . C T 930.21 PASS AF=0.570513;AO=89;DP=156;FAO=89;FDP=156;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0392759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.238;QD=23.8515;RBI=0.0399318;REFB=-0.0273307;REVB=0.00720781;RO=66;SAF=37;SAR=52;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669949;STB=0.539994;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.021934;OID=.;OPOS=183876182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:66:67:89:89:0.570513:52:37:33:33:52:37:34:33 chr1 183913408 . C T 490.0 PASS AF=0.477064;AO=50;DP=108;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00414933;FXX=0.0438558;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.654;QD=17.9817;RBI=0.00547209;REFB=-0.000877359;REVB=0.00356747;RO=57;SAF=21;SAR=29;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00103343;STB=0.501084;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.000650474;OID=.;OPOS=183913408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:57:57:50:52:0.477064:29:21:24:33:30:22:24:33 chr1 184020945 . G A 2872.94 PASS AF=0.452774;AO=302;DP=667;FAO=302;FDP=667;FR=.;FRO=365;FSAF=192;FSAR=110;FSRF=248;FSRR=117;FWDB=0.0127484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.875;QD=17.229;RBI=0.0965659;REFB=-0.0153927;REVB=0.0957207;RO=361;SAF=192;SAR=110;SRF=247;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525666;STB=0.526177;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0200037;OID=.;OPOS=184020945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:667:667:361:365:302:302:0.452774:110:192:247:114:110:192:248:117 chr1 184023529 . A C 900.63 PASS AF=0.429825;AO=96;DP=229;FAO=98;FDP=228;FR=.;FRO=130;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=57;FSRR=73;FWDB=-0.00968956;FXX=0.00869527;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.581;QD=15.8005;RBI=0.0100287;REFB=-0.00189489;REVB=-0.00258607;RO=128;SAF=44;SAR=52;SRF=55;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296706;STB=0.506067;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00290159;OID=.;OPOS=184023529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:128:130:96:98:0.429825:52:44:55:73:54:44:57:73 chr1 184588806 . C T 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00118803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.288;QD=11.5762;RBI=0.00449163;REFB=0.003705;REVB=0.00433166;RO=40;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310715;STB=0.51799;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00391203;OID=.;OPOS=184588806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:12:11:18:22:12:11:18:22 chr1 184660205 . T A 447.48 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0113246;FXX=0.0380916;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.486;QD=17.7219;RBI=0.0131612;REFB=-0.0119109;REVB=0.00670603;RO=52;SAF=22;SAR=26;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092823;STB=0.556355;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.013304;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:52:53:48:48:0.475248:26:22:29:23:26:22:30:23 chr1 184662181 . C T 534.66 PASS AF=0.5;AO=53;DP=109;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00548325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.953;QD=19.0951;RBI=0.028294;REFB=-0.0167093;REVB=0.0277576;RO=56;SAF=29;SAR=24;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768678;STB=0.535702;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0164196;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:56:56:53:56:0.5:24:29:26:30:26:30:26:30 chr1 184663537 . A C 402.82 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0407541;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.997;QD=18.9561;RBI=0.0408328;REFB=-0.0135377;REVB=-0.00253422;RO=42;SAF=21;SAR=20;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544143;STB=0.518063;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0132003;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:42:44:41:41:0.482353:20:21:19:23:20:21:21:23 chr1 184663581 . T C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00771752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.843;QD=23.088;RBI=0.0207585;REFB=-0.00357374;REVB=0.0192706;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243816;STB=0.63624;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00326524;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:8:14:6:12:8:14:6:12 chr1 184675814 . G A 1240.05 PASS AF=0.548387;AO=118;DP=217;FAO=119;FDP=217;FR=.;FRO=98;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=0.00328903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.722;QD=22.8581;RBI=0.0287929;REFB=0.00418999;REVB=-0.0286044;RO=97;SAF=58;SAR=60;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368815;STB=0.520322;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00330168;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:97:98:118:119:0.548387:60:58:52:45:60:59:53:45 chr1 184677464 . G A 893.77 PASS AF=0.55414;AO=86;DP=156;FAO=87;FDP=157;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00184013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2628;QD=22.7712;RBI=0.0162871;REFB=0.00280815;REVB=-0.0161828;RO=70;SAF=38;SAR=48;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000830279;STB=0.502443;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00242253;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:70:70:86:87:0.55414:48:38:31:39:48:39:31:39 chr1 184706212 . GT G 214.33 PASS AF=0.411215;AO=40;DP=110;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.101183;FXX=0.0272702;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.6723;QD=8.0122;RBI=0.168072;REFB=-0.0143574;REVB=-0.134202;RO=58;SAF=17;SAR=23;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970257;STB=0.545084;STBP=0.412;TYPE=del;VARB=0.0168066;OID=.;OPOS=184706213;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411215:40:110:44:107:63:19:25:32:31:99:58:17:23:30:28 chr1 184764019 . AT AA,A 80.99 PASS AF=0,0.413793;AO=3,23;DP=76;FAO=0,36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=0,17;FSAR=0,19;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0143833,-0.276398;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.3379,7.6135;QD=3.72369;RBI=0.0169898,0.296771;REFB=-0.0811205,-0.0946513;REVB=0.00904292,0.108062;RO=40;SAF=1,6;SAR=2,17;SRF=10;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.101028,0.0155875;STB=0.5,0.570653;STBP=1,0.292;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0788444;OID=.,.;OPOS=184764020,184764020;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.413793:3,23:76:0,36:87:51:0,17:0,19:18:33:81:40:1,6:2,17:10:30 chr1 184764067 . C G 456.44 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=131;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0264417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.236;QD=13.937;RBI=0.0264572;REFB=-3.19431e-05;REVB=-0.000903544;RO=73;SAF=20;SAR=32;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115289;STB=0.589739;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=8.51506e-05;OID=.;OPOS=184764067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:79:52:52:0.396947:32:20:36:37:32:20:42:37 chr1 184868421 . T G 91.31 PASS AF=0.288889;AO=11;DP=46;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0266756;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.187;QD=8.11675;RBI=0.0388003;REFB=-0.0129394;REVB=-0.0281758;RO=31;SAF=11;SAR=0;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.780851;STB=0.896951;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.134084;OID=.;OPOS=184868421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:46:45:31:32:11:13:0.288889:0:11:13:18:1:12:14:18 chr1 185069561 . A G 1595.67 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517411;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.545;QD=60.2138;RBI=0.0538492;REFB=0;REVB=-0.0149198;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98276e-05;OID=.;OPOS=185069561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:101:106:1:52:49:0:0:52:54:0:0 chr1 185069843 . T A 1014.8 PASS AF=0.783505;AO=78;DP=100;FAO=76;FDP=97;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00106225;FXX=0.029997;HRUN=9;LEN=1;MLLD=229.138;QD=41.8473;RBI=0.00328224;REFB=0.00963285;REVB=-0.00310559;RO=13;SAF=32;SAR=46;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071287;STB=0.513988;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000338422;OID=.;OPOS=185069843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:97:13:21:78:76:0.783505:46:32:5:8:46:30:7:14 chr1 185135745 . A G 168.11 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0146077;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.006;QD=16.4009;RBI=0.0147222;REFB=-0.00699552;REVB=-0.00183247;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250453;STB=0.638151;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00759612;OID=.;OPOS=185135745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:22:23:17:18:0.439024:9:8:16:6:10:8:16:7 chr1 185137452 . C A,CCTAAATGATAGA 78.77 PASS AF=0,0.220339;AO=3,12;DP=65;FAO=0,13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=0,8;FSAR=0,5;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=-0.0309987,-0.0269262;FXX=0.106045;HRUN=2,2;LEN=1,12;MLLD=107.045,307.685;QD=5.34052;RBI=0.0878361,0.0272913;REFB=-0.0185522,-0.00600295;REVB=-0.0821843,0.00444936;RO=49;SAF=3,7;SAR=0,5;SRF=38;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.37563,-0.268154;STB=0.5,0.62665;STBP=1,0.388;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0245336;OID=.,.;OPOS=185137452,185137453;OREF=C,-;OALT=A,CTAAATGATAGA;OMAPALT=A,CCTAAATGATAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:79:65:59:49:46:3,12:0,13:0,0.220339:0,5:3,7:38:11:0,5:0,8:35:11 chr1 185137461 . A T 1091.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0972138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.035;QD=59.0237;RBI=0.1;REFB=0;REVB=0.0234428;RO=0;SAF=54;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.808e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81047e-05;OID=.;OPOS=185137461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:20:54:0:0:20:54:0:0 chr1 185137463 . TT AA,TA,TTAA 1014.55 PASS AF=0.413333,0.0533333,0.533333;AO=29,7,28;DP=75;FAO=31,4,40;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=22,4,29;FSAR=9,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560897,-0.119978,0.0183259;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=2,1,2;MLLD=29.4667,15.3652,30.8315;QD=54.1092;RBI=0.114153,0.224008,0.0631306;REFB=0,0,0;REVB=0.0994221,0.189169,0.0604123;RO=5;SAF=21,7,21;SAR=8,0,7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0262006,0.751346,-0.0188844;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0.0837632,0.0270135,0.00271002;OID=.,.,.;OPOS=185137463,185137464,185137465;OREF=TT,T,-;OALT=AA,A,AA;OMAPALT=AA,TA,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:99:75:75:5:0:29,7,28:31,4,40:0.413333,0.0533333,0.533333:8,0,7:21,7,21:4:1:9,0,11:22,4,29:0:0 chr1 185143721 . A G 1138.02 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3974;QD=59.1179;RBI=0.0273411;REFB=-6.06468e-05;REVB=-0.0247078;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-2.93934e-05;OID=.;OPOS=185143721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:27:49:0:0:27:49:1:0 chr1 185171869 . A G 2845.58 PASS AF=1;AO=179;DP=184;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223012;FXX=0.0163035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.998;QD=62.8858;RBI=0.0384957;REFB=0;REVB=0.0384311;RO=0;SAF=77;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.38229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197535;OID=.;OPOS=185171869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:184:181:0:0:179:181:1:102:77:0:0:104:77:0:0 chr1 185240474 . A G 2579.43 PASS AF=0.982558;AO=167;DP=171;FAO=169;FDP=172;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0159553;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.725;QD=59.9868;RBI=0.0250918;REFB=-0.156541;REVB=0.0193657;RO=3;SAF=69;SAR=98;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143435;STB=0.507462;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00023703;OID=.;OPOS=185240474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:171:172:3:3:167:169:0.982558:98:69:0:3:99:70:0:3 chr1 185704106 . AAT A,AAA 54.8 PASS AF=0.21519,0;AO=16,9;DP=96;FAO=17,0;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=15,0;FSAR=2,0;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.207475,0.0591999;FXX=0.122209;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=18.6346,19.0048;QD=2.77453;RBI=0.208702,0.0796083;REFB=-0.0635876,0.0279396;REVB=-0.0225966,-0.0532245;RO=64;SAF=11,7;SAR=5,2;SRF=29;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.293478,0.388355;STB=0.862166,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=del,snp;VARB=0.169691,0;OID=.,.;OPOS=185704107,185704108;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21519,0:16,9:96:17,0:79:62:15,0:2,0:28:34:56:64:11,7:5,2:29:35 chr1 185984517 . T C 333.91 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0626534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.25;QD=12.0326;RBI=0.0673677;REFB=-0.00110979;REVB=-0.0247581;RO=69;SAF=17;SAR=24;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388806;STB=0.527341;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00159655;OID=.;OPOS=185984517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:70:41:41:0.369369:24:17:31:38:24:17:32:38 chr1 186026474 . T C 688.24 PASS AF=0.383886;AO=81;DP=211;FAO=81;FDP=211;FR=.;FRO=130;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=0.00102897;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5096;QD=13.0473;RBI=0.0323064;REFB=-0.00286451;REVB=0.03229;RO=128;SAF=50;SAR=31;SRF=60;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163215;STB=0.587725;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00601567;OID=.;OPOS=186026474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:128:130:81:81:0.383886:31:50:60:68:31:50:62:68 chr1 186031041 . C T 582.77 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0466899;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.043;QD=20.629;RBI=0.0475936;REFB=0.00185068;REVB=-0.00923054;RO=53;SAF=31;SAR=28;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126954;STB=0.573707;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00205348;OID=.;OPOS=186031041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:53:54:59:59:0.522124:28:31:20:33:28:31:20:34 chr1 186050417 . A G 835.38 PASS AF=0.409692;AO=93;DP=228;FAO=93;FDP=227;FR=.;FRO=134;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=62;FSRR=72;FWDB=0.00322857;FXX=0.00873324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.314;QD=14.7204;RBI=0.00787597;REFB=0.0108251;REVB=-0.00718382;RO=135;SAF=36;SAR=57;SRF=62;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786745;STB=0.546031;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0156639;OID=.;OPOS=186050417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:135:134:93:93:0.409692:57:36:62:73:57:36:62:72 chr1 186052064 . C A 30.81 PASS AF=0.0554273;AO=27;DP=429;FAO=24;FDP=433;FR=.;FRO=409;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=221;FSRR=188;FWDB=-0.06343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8952;QD=0.284595;RBI=0.0943178;REFB=-0.00315321;REVB=-0.0698032;RO=388;SAF=4;SAR=23;SRF=220;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439895;STB=0.843682;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.120887;OID=.;OPOS=186052064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:429:433:388:409:27:24:0.0554273:23:4:220:168:20:4:221:188 chr1 186101539 . A G 412.76 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00105437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.235;QD=15.8755;RBI=0.0171452;REFB=-0.0177022;REVB=0.0171128;RO=58;SAF=22;SAR=24;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448492;STB=0.502512;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0242372;OID=.;OPOS=186101539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:24:22:28:30:24:22:28:30 chr1 186113348 . C T 589.46 PASS AF=0.504202;AO=59;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0240117;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.634;QD=19.8137;RBI=0.0265191;REFB=-0.00926914;REVB=0.0112561;RO=59;SAF=23;SAR=36;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109732;STB=0.563646;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00514515;OID=.;OPOS=186113348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:59:59:60:0.504202:36:23:30:29:37:23:30:29 chr1 186277088 . G C 410.03 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.148132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9776;QD=51.2531;RBI=0.156334;REFB=-0.0490932;REVB=-0.0499734;RO=1;SAF=3;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175878;STB=0.562454;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.000603669;OID=.;OPOS=186277088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:32:1:2:29:30:0.9375:26:3:0:1:27:3:1:1 chr1 186313090 . C T 653.04 PASS AF=0.412429;AO=73;DP=177;FAO=73;FDP=177;FR=.;FRO=104;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.0364603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6987;QD=14.7579;RBI=0.0750788;REFB=-0.00287609;REVB=-0.0656313;RO=103;SAF=47;SAR=26;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150211;STB=0.581903;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00317124;OID=.;OPOS=186313090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:103:104:73:73:0.412429:26:47:52:51:26:47:53:51 chr1 186313108 . C T 725.83 PASS AF=0.413613;AO=79;DP=192;FAO=79;FDP=191;FR=.;FRO=112;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=0.0101828;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5136;QD=15.2006;RBI=0.0460943;REFB=0.00534372;REVB=-0.0449555;RO=112;SAF=50;SAR=29;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133827;STB=0.575087;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.007448;OID=.;OPOS=186313108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:112:112:79:79:0.413613:29:50:57:55:29:50:57:55 chr1 186326757 . TA T 321.71 PASS AF=0.7;AO=44;DP=70;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0241876;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.5824;QD=18.3837;RBI=0.138782;REFB=-0.0344203;REVB=0.136658;RO=24;SAF=18;SAR=26;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327953;STB=0.5;STBP=0.997;TYPE=del;VARB=0.0256053;OID=.;OPOS=186326758;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:44:70:49:70:21:21:28:9:12:79:24:18:26:11:13 chr1 186341806 . G C 754.07 PASS AF=0.478788;AO=79;DP=163;FAO=79;FDP=165;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=0.0319251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6875;QD=18.2805;RBI=0.0357208;REFB=-0.00891503;REVB=-0.016024;RO=83;SAF=29;SAR=50;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638675;STB=0.502802;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00938251;OID=.;OPOS=186341806;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:83:86:79:79:0.478788:50:29:31:52:50:29:32:54 chr1 186648197 . C G 381.81 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00311178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.222;QD=17.16;RBI=0.0633521;REFB=0.00496166;REVB=0.0632756;RO=49;SAF=18;SAR=22;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417207;STB=0.523364;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00633955;OID=.;OPOS=186648197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:22:18:20:29:22:18:20:29 chr1 186839879 . AAG A 550.4 PASS AF=0.385214;AO=96;DP=286;FAO=99;FDP=257;FR=.;FRO=158;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=76;FSRR=82;FWDB=0.00433634;FXX=0.101395;HRUN=2;LEN=2;MLLD=251.527;QD=8.56648;RBI=0.00754503;REFB=-0.0121634;REVB=-0.00617443;RO=155;SAF=30;SAR=66;SRF=75;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199159;STB=0.595609;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.0208098;OID=.;OPOS=186839880;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385214:96:286:99:257:158:33:66:76:82:99:155:30:66:75:80 chr1 186946912 . G A 2917.05 PASS AF=0.984456;AO=188;DP=192;FAO=190;FDP=193;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=110;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000656859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9533;QD=60.457;RBI=0.0372195;REFB=-0.00440956;REVB=-0.0372137;RO=4;SAF=79;SAR=109;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234944;STB=0.509202;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00153227;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:192:193:4:3:188:190:0.984456:109:79:4:0:110:80:3:0 chr1 187610537 . AC GG 719.87 PASS AF=0.514706;AO=66;DP=140;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0207869;FXX=0.0285694;HRUN=2;LEN=2;MLLD=324.723;QD=21.1727;RBI=0.0331008;REFB=0.00254291;REVB=0.0257598;RO=59;SAF=32;SAR=34;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234371;STB=0.508688;STBP=0.847;TYPE=mnp;VARB=-0.00241;OID=.;OPOS=187610537;OREF=AC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:136:59:66:66:70:0.514706:34:32:27:32:38:32:29:37 chr1 187610852 . A C 431.44 PASS AF=0.464646;AO=45;DP=100;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=4.255e-05;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.824;QD=17.4319;RBI=5.6381e-05;REFB=-0.0178565;REVB=3.69908e-05;RO=54;SAF=12;SAR=33;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268275;STB=0.648025;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0157671;OID=.;OPOS=187610852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:54:53:45:46:0.464646:33:12:28:26:34:12:27:26 chr1 192781172 . C G 744.74 PASS AF=0.459302;AO=79;DP=171;FAO=79;FDP=172;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=64;FWDB=-0.00536523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.818;QD=17.3194;RBI=0.00698899;REFB=-0.0222699;REVB=-0.00447886;RO=87;SAF=42;SAR=37;SRF=24;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240591;STB=0.617529;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.015779;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:87:93:79:79:0.459302:37:42:24:63:37:42:29:64 chr1 192844886 . G A 676.8 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.43;QD=60.1602;RBI=0.0325849;REFB=-0.147213;REVB=-0.00615767;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.51219;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00161853;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:20:24:0:0:20:24:0:1 chr1 193054154 . G A 796.57 PASS AF=0.439791;AO=85;DP=192;FAO=84;FDP=191;FR=.;FRO=107;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=0.00472222;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.893;QD=16.6822;RBI=0.0315827;REFB=-0.0176285;REVB=-0.0312276;RO=106;SAF=38;SAR=47;SRF=42;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516849;STB=0.522049;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0225645;OID=.;OPOS=193054154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:106:107:85:84:0.439791:47:38:42:64:47:37:43:64 chr1 193074651 . T A 2314.65 PASS AF=0.52093;AO=224;DP=430;FAO=224;FDP=430;FR=.;FRO=206;FSAF=128;FSAR=96;FSRF=103;FSRR=103;FWDB=-0.0114708;FXX=0.00232013;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3068;QD=21.5316;RBI=0.0201677;REFB=-0.0172751;REVB=-0.0165878;RO=206;SAF=128;SAR=96;SRF=103;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063381;STB=0.534584;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0159642;OID=.;OPOS=193074651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:430:206:206:224:224:0.52093:96:128:103:103:96:128:103:103 chr1 193701055 . G C 2511.04 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.866;QD=61.6206;RBI=0.0395347;REFB=0;REVB=-0.0355933;RO=0;SAF=90;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.21854e-05;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:73:90:0:0:73:90:0:0 chr1 193701480 . G A 2199.84 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0112104;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.066;QD=62.4069;RBI=0.0164885;REFB=-0.058972;REVB=0.0120913;RO=1;SAF=80;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590663;STB=0.503105;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0009128;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:141:1:1:140:140:0.992908:60:80:1:0:60:80:1:0 chr1 193701489 . C T 2028.37 PASS AF=0.992481;AO=129;DP=132;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0552894;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2742;QD=61.0036;RBI=0.0798137;REFB=-0.0883243;REVB=0.0575613;RO=0;SAF=77;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504587;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00190974;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:133:0:1:129:132:0.992481:52:77:0:0:54:78:0:1 chr1 194457292 . T C 1877.88 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.592;QD=61.5697;RBI=0.0285338;REFB=0;REVB=0.0282722;RO=0;SAF=74;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63164e-05;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:48:74:0:0:48:74:0:0 chr1 196227526 . A G 2955.72 PASS AF=1;AO=185;DP=188;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138721;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.753;QD=63.5638;RBI=0.0160177;REFB=0;REVB=-0.00800811;RO=0;SAF=77;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.08534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140763;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:186:0:0:185:186:1:108:77:0:0:109:77:0:0 chr1 196642233 . G A 320.1 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0141917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8399;QD=16.0052;RBI=0.0192003;REFB=0.0111725;REVB=-0.0129323;RO=45;SAF=10;SAR=24;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623135;STB=0.529132;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0109911;OID=.;OPOS=196642233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:45:34:35:0.4375:24:10:11:34:25:10:11:34 chr1 196654324 . A C 2627.54 PASS AF=0.988571;AO=172;DP=174;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0687001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4811;QD=60.058;RBI=0.0690279;REFB=-0.125012;REVB=-0.0067194;RO=2;SAF=80;SAR=92;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117491;STB=0.506172;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.001952;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:174:175:2:2:172:173:0.988571:92:80:2:0:93:80:2:0 chr1 196659237 . C T 3093.45 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.46;QD=63.7825;RBI=0.0434084;REFB=0;REVB=-0.00724317;RO=0;SAF=92;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57052e-05;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:193:194:1:101:92:0:0:101:93:0:0 chr1 196682947 . G A 510.82 PASS AF=0.451613;AO=50;DP=118;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0350406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8216;QD=16.4782;RBI=0.036242;REFB=-0.0600244;REVB=0.00925433;RO=58;SAF=18;SAR=32;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106457;STB=0.567971;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0335706;OID=.;OPOS=196682947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:124:58:68:50:56:0.451613:32:18:27:31:34:22:35:33 chr1 196695742 . A G 923.26 PASS AF=0.494624;AO=92;DP=186;FAO=92;FDP=186;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.0113091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.6;QD=19.8551;RBI=0.0206745;REFB=-0.025129;REVB=0.0173072;RO=94;SAF=41;SAR=51;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890704;STB=0.549018;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0254804;OID=.;OPOS=196695742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:94:94:92:92:0.494624:51:41:51:43:51:41:51:43 chr1 196709774 . G T 733.42 PASS AF=0.493506;AO=76;DP=154;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.0201641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3969;QD=19.0498;RBI=0.0885843;REFB=0.0018532;REVB=-0.0862589;RO=78;SAF=38;SAR=38;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106118;STB=0.558426;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00331385;OID=.;OPOS=196709774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:78:78:76:76:0.493506:38:38:48:30:38:38:48:30 chr1 196712586 . C T 206.37 PASS AF=0.147157;AO=44;DP=299;FAO=44;FDP=299;FR=.;FRO=255;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=136;FSRR=119;FWDB=0.0384602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4534;QD=2.76074;RBI=0.0384712;REFB=0.00692495;REVB=-0.000921463;RO=255;SAF=18;SAR=26;SRF=136;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159011;STB=0.605335;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0351279;OID=.;OPOS=196712586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:255:255:44:44:0.147157:26:18:136:119:26:18:136:119 chr1 196757392 . C A,T 1568.85 PASS AF=0.05,0.95;AO=5,95;DP=100;FAO=5,95;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=5,52;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244766,0.0267749;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=169.345,223.394;QD=62.7539;RBI=0.0245448,0.0275033;REFB=0,0;REVB=-0.00182755,-0.00628754;RO=0;SAF=5,52;SAR=0,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.67486e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0418009,0.000763758;OID=.,.;OPOS=196757392,196757392;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:100:100:0:0:5,95:5,95:0.05,0.95:0,43:5,52:0:0:0,43:5,52:0:0 chr1 196757874 . G A 499.98 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.0182103;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4572;QD=15.3841;RBI=0.0224837;REFB=0.0073777;REVB=0.0131872;RO=71;SAF=15;SAR=40;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459304;STB=0.551241;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00703796;OID=.;OPOS=196757874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:71:75:55:55:0.423077:40:15:22:49:40:15:26:49 chr1 196757881 . G T 540.51 PASS AF=0.43609;AO=57;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.00126127;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.082;QD=16.2558;RBI=0.00485055;REFB=0.00180295;REVB=-0.0046837;RO=75;SAF=17;SAR=40;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570534;STB=0.52349;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00230419;OID=.;OPOS=196757881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:75:75:57:58:0.43609:40:17:26:49:40:18:26:49 chr1 196801042 . G T 1450.92 PASS AF=0.408521;AO=163;DP=405;FAO=163;FDP=399;FR=.;FRO=236;FSAF=70;FSAR=93;FSRF=104;FSRR=132;FWDB=0.0098853;FXX=0.0148144;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.599;QD=14.5456;RBI=0.0120618;REFB=-0.00381252;REVB=-0.0069115;RO=235;SAF=70;SAR=93;SRF=103;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953891;STB=0.506764;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00588083;OID=.;OPOS=196801042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:399:235:236:163:163:0.408521:93:70:103:132:93:70:104:132 chr1 196801078 . A T 1449.37 PASS AF=0.442857;AO=155;DP=350;FAO=155;FDP=350;FR=.;FRO=195;FSAF=67;FSAR=88;FSRF=76;FSRR=119;FWDB=0.00757179;FXX=0.00284892;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.434;QD=16.5642;RBI=0.00811659;REFB=0.0163729;REVB=-0.00292351;RO=194;SAF=67;SAR=88;SRF=76;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417083;STB=0.524285;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0124792;OID=.;OPOS=196801078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:350:194:195:155:155:0.442857:88:67:76:118:88:67:76:119 chr1 196874356 . G T 4697.49 PASS AF=0.987013;AO=302;DP=312;FAO=304;FDP=308;FR=.;FRO=4;FSAF=147;FSAR=157;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0205167;FXX=0.0191077;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.888;QD=61.0064;RBI=0.0277906;REFB=0.00371979;REVB=0.0187452;RO=4;SAF=147;SAR=155;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000330373;STB=0.500214;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=2.06559e-05;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:312:308:4:4:302:304:0.987013:155:147:2:2:157:147:2:2 chr1 196876458 . A G 2947.19 PASS AF=0.975248;AO=197;DP=202;FAO=197;FDP=202;FR=.;FRO=5;FSAF=98;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00390943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.8532;QD=58.3602;RBI=0.00394896;REFB=-0.140514;REVB=0.000557362;RO=2;SAF=98;SAR=99;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00952322;STB=0.502538;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00131294;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:202:202:2:5:197:197:0.975248:99:98:0:2:99:98:3:2 chr1 196884258 . A T 80.1 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0128024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.347;QD=7.45157;RBI=0.0189882;REFB=0.00427031;REVB=-0.0140232;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201677;STB=0.624782;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0110294;OID=.;OPOS=196884258;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:6:5:20:12:6:5:20:12 chr1 196920148 . C T 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.463;QD=59.8328;RBI=0.0340954;REFB=0;REVB=-0.03383;RO=0;SAF=60;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33059e-05;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:42:60:0:0:42:60:0:0 chr1 197009798 . A G 2191.67 PASS AF=1;AO=139;DP=142;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4957;QD=60.8797;RBI=0.0619599;REFB=-0.0517978;REVB=-0.0353387;RO=2;SAF=61;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010793;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:142:144:2:0:139:144:1:78:61:2:0:81:63:0:0 chr1 197030201 . T C 789.11 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297948;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.557;QD=64.4171;RBI=0.0472739;REFB=0;REVB=0.0367028;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113054;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr1 197031021 . C T 2873.73 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305172;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.411;QD=63.1588;RBI=0.0333781;REFB=0;REVB=-0.0135203;RO=0;SAF=79;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4001e-05;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:182:0:0:182:182:1:103:79:0:0:103:79:0:0 chr1 197070554 . CT C 411.73 PASS AF=0.439252;AO=46;DP=106;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0413389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.384;QD=15.3919;RBI=0.0456103;REFB=0.00217779;REVB=-0.0192717;RO=60;SAF=18;SAR=28;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266585;STB=0.519791;STBP=0.731;TYPE=del;VARB=-0.00189799;OID=.;OPOS=197070555;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.439252:46:106:47:107:60:18:29:25:35:99:60:18:28:25:35 chr1 197070776 . C T 727.3 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.687;QD=63.2435;RBI=0.0111309;REFB=0;REVB=-0.0110007;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90799e-05;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr1 197070815 . T C 755.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867993;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1317;QD=57.011;RBI=0.137134;REFB=0;REVB=0.136859;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590582;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr1 197070901 . A G 1375.01 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8733;QD=62.5006;RBI=0.0178988;REFB=0;REVB=0.00479142;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127614;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr1 197091175 . TA T 45.13 PASS AF=0.293478;AO=28;DP=92;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.00255613;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.95506;QD=1.96224;RBI=0.257614;REFB=-0.069432;REVB=0.257602;RO=44;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233199;STB=0.587466;STBP=0.298;TYPE=del;VARB=0.0645645;OID=.;OPOS=197091176;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.293478:28:92:27:92:65:15:12:28:37:45:44:17:11:17:27 chr1 197091537 . A T 1153.04 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.506;QD=60.6864;RBI=0.057186;REFB=0;REVB=0.00492918;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128849;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:35:40:0:0:35:41:0:0 chr1 197112533 . G A 1381.42 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0187451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.85;QD=61.3964;RBI=0.0271835;REFB=0.00773251;REVB=0.0196867;RO=1;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114189;STB=0.506023;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000132622;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:41:48:0:1:41:48:0:1 chr1 197127041 . CA AC,C 126.15 PASS AF=0.0344828,0.931034;AO=2,17;DP=29;FAO=1,27;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=0,7;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0030236,0.141862;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=24.7791,6.77155;QD=17.3993;RBI=0.0618807,0.287588;REFB=0.00512758,0.0277672;REVB=0.0618068,0.250164;RO=7;SAF=0,5;SAR=2,12;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.539624,0.00533511;STB=0.5,0.512186;STBP=1,0.653;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0413071,0.0583054;OID=.,.;OPOS=197127041,197127042;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:29:29:7:1:2,17:1,27:0.0344828,0.931034:2,12:0,5:2:5:1,20:0,7:0:1 chr1 197127491 . A C 2824.4 PASS AF=0.97861;AO=183;DP=187;FAO=183;FDP=187;FR=.;FRO=4;FSAF=80;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.053167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.386;QD=60.4149;RBI=0.054281;REFB=-0.00518907;REVB=0.0109404;RO=4;SAF=80;SAR=103;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181272;STB=0.509523;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000279037;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:187:187:4:4:183:183:0.97861:103:80:0:4:103:80:0:4 chr1 197128726 . G A 1679.23 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0499661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1635;QD=58.4079;RBI=0.128004;REFB=-0.029928;REVB=0.117849;RO=3;SAF=47;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012525;STB=0.501338;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00129162;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:3:2:112:113:0.982609:65:47:2:1:65:48:1:1 chr1 197390368 . A G 2549.71 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0045931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.117;QD=61.071;RBI=0.0121351;REFB=-0.00809514;REVB=-0.0112323;RO=1;SAF=91;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520119;STB=0.502732;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=1.40941e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:167:167:1:1:166:166:0.994012:75:91:1:0:75:91:1:0 chr1 197742171 . C T 785.75 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1671;QD=64.1432;RBI=0.027427;REFB=0;REVB=0.0204961;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24428e-06;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr1 197874949 . T C 864.06 PASS AF=0.52439;AO=86;DP=164;FAO=86;FDP=164;FR=.;FRO=78;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.00657909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.116;QD=21.0745;RBI=0.0449238;REFB=0.0037862;REVB=-0.0444395;RO=78;SAF=47;SAR=39;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493453;STB=0.527021;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00390097;OID=.;OPOS=197874949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:78:78:86:86:0.52439:39:47:47:31:39:47:47:31 chr1 197896728 . T C 861.87 PASS AF=0.544218;AO=80;DP=147;FAO=80;FDP=147;FR=.;FRO=67;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0065454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.769;QD=23.4522;RBI=0.0516422;REFB=0.0108012;REVB=0.0512258;RO=67;SAF=43;SAR=37;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623824;STB=0.534108;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00756646;OID=.;OPOS=197896728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:67:67:80:80:0.544218:37:43:31:36:37:43:31:36 chr1 199977636 . C A 1698.79 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463208;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.303;QD=59.6067;RBI=0.0465178;REFB=0;REVB=-0.00427594;RO=0;SAF=65;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295475;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:114:0:0:107:114:1:42:65:0:0:43:71:0:0 chr1 199977724 . G T 1132.34 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0886638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5786;QD=57.3338;RBI=0.0886836;REFB=-0.0643437;REVB=0.00187451;RO=2;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00746002;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:79:2:0:74:79:1:29:45:0:2:34:45:0:0 chr1 200182703 . GGAGGACGCCGGAGAGGAGGCCGGA G,GGA,GGAGGACGCCGGA 823.27 PASS AF=0.2,0.116667,0.683333;AO=12,7,30;DP=68;FAO=12,7,41;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=5,7,20;FSAR=7,0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013597,-0.0304313,0.0135865;FXX=0.11763;HRUN=2,2,1;LEN=24,22,12;MLLD=231.949,174.84,157.37;QD=54.8848;RBI=0.0292522,0.0379646,0.0359102;REFB=0,0,0;REVB=0.0292206,0.0226991,0.0332408;RO=0;SAF=5,7,10;SAR=7,0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.271845,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.00176142,0.0510824,0.0133504;OID=.,.,.;OPOS=200182704,200182703,200182710;OREF=GAGGACGCCGGAGAGGAGGCCGGA,GGAGGACGCCGGAGAGGAGGCC,GCCGGAGAGGAG;OALT=-,-,-;OMAPALT=G,GGA,GGAGGACGCCGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.2,0.116667,0.683333:12,7,30:68:12,7,41:60:0:5,7,20:7,0,21:0:0:79:0:5,7,10:7,0,20:0:0 chr1 200182834 . A G 3586.22 PASS AF=1;AO=228;DP=228;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.4;QD=62.9161;RBI=0.0295553;REFB=0;REVB=-0.00260461;RO=0;SAF=128;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18279e-05;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:228:0:0:228:228:1:100:128:0:0:100:128:0:0 chr1 200183398 . C A 3103.18 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000200476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.281;QD=61.449;RBI=0.0158304;REFB=0;REVB=-0.0158292;RO=0;SAF=81;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29424e-06;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:202:0:0:195:202:1:114:81:0:0:115:87:0:0 chr1 200311868 . C G 2354.37 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317162;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.555;QD=64.0645;RBI=0.0361325;REFB=0;REVB=-0.01731;RO=0;SAF=62;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95367e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20943e-05;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:148:147:1:86:62:0:0:85:62:0:0 chr1 200522566 . G C 971.23 PASS AF=0.492537;AO=99;DP=201;FAO=99;FDP=201;FR=.;FRO=102;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=74;FWDB=-0.000512757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.44;QD=19.328;RBI=0.00736018;REFB=-0.00369382;REVB=-0.00734229;RO=102;SAF=55;SAR=44;SRF=28;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255395;STB=0.639886;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00309901;OID=.;OPOS=200522566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:102:102:99:99:0.492537:44:55:28:74:44:55:28:74 chr1 200522621 . G A 1208.05 PASS AF=0.522124;AO=117;DP=224;FAO=118;FDP=226;FR=.;FRO=108;FSAF=38;FSAR=80;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=-0.0187545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.768;QD=21.3814;RBI=0.0193952;REFB=-0.00528158;REVB=-0.00494396;RO=106;SAF=38;SAR=79;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170511;STB=0.599855;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00341004;OID=.;OPOS=200522621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:226:106:108:117:118:0.522124:79:38:54:52:80:38:56:52 chr1 200534248 . C T 433.47 PASS AF=0.483516;AO=43;DP=90;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0113869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.656;QD=19.0538;RBI=0.0152722;REFB=-0.0145634;REVB=-0.0101774;RO=47;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139913;STB=0.571842;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0150829;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:47:47:43:44:0.483516:24:19:14:33:25:19:14:33 chr1 200558363 . T C 737.08 PASS AF=0.463855;AO=73;DP=169;FAO=77;FDP=166;FR=.,HEALED;FRO=87;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.00797414;FXX=0.0177504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.662;QD=17.7609;RBI=0.035737;REFB=-0.0253951;REVB=-0.0348359;RO=64;SAF=39;SAR=34;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918357;STB=0.512586;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0194367;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:166:64:87:73:77:0.463855:34:39:41:23:38:39:42:45 chr1 200574959 . T C 614.97 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00723983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.464;QD=17.323;RBI=0.0109221;REFB=-0.0179602;REVB=0.00817786;RO=78;SAF=29;SAR=35;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464167;STB=0.525843;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0194634;OID=.;OPOS=200574959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:78:78:64:64:0.450704:35:29:39:39:35:29:39:39 chr1 200586865 . G A 816.94 PASS AF=0.421296;AO=91;DP=216;FAO=91;FDP=216;FR=.;FRO=125;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=68;FSRR=57;FWDB=-0.0141993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.988;QD=15.1284;RBI=0.0168425;REFB=-0.00420018;REVB=0.00905806;RO=125;SAF=50;SAR=41;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570005;STB=0.503183;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00608575;OID=.;OPOS=200586865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:125:125:91:91:0.421296:41:50:68:57:41:50:68:57 chr1 200618238 . T C 2389.67 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.911;QD=64.1521;RBI=0.0408337;REFB=0;REVB=0.0253467;RO=0;SAF=77;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22181e-05;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:72:77:0:0:72:77:0:0 chr1 200776641 . C T 666.76 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0499123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.459;QD=21.0004;RBI=0.0525264;REFB=-0.0175513;REVB=-0.0163641;RO=59;SAF=23;SAR=43;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846282;STB=0.55644;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0118855;OID=.;OPOS=200776641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:59:61:66:66:0.519685:43:23:26:33:43:23:28:33 chr1 200843305 . G T 574.45 PASS AF=0.6375;AO=51;DP=81;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0100878;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.96;QD=28.7226;RBI=0.0143244;REFB=-0.0322153;REVB=0.0101699;RO=28;SAF=27;SAR=24;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412836;STB=0.504423;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0224027;OID=.;OPOS=200843305;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:28:29:51:51:0.6375:24:27:15:13:24:27:15:14 chr1 200843307 . T TCCCG 129.69 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=77;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00475346;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=4;MLLD=230.96;QD=7.10636;RBI=0.00972951;REFB=-0.00906598;REVB=-0.00848929;RO=56;SAF=8;SAR=11;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182358;STB=0.624872;STBP=0.203;TYPE=ins;VARB=0.0183819;OID=.;OPOS=200843308;OREF=-;OALT=CCCG;OMAPALT=TCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.260274:19:77:19:73:54:8:11:32:22:99:56:8:11:32:24 chr1 200867492 . C G 874.94 PASS AF=0.474227;AO=76;DP=200;FAO=92;FDP=194;FR=.,HEALED;FRO=102;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.0118857;FXX=0.0348241;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.5703;QD=18.0401;RBI=0.0542402;REFB=-0.0267389;REVB=-0.0529219;RO=58;SAF=37;SAR=39;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241236;STB=0.564499;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0305191;OID=.;OPOS=200867492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:194:58:102:76:92:0.474227:39:37:30:28:41:51:44:58 chr1 200880676 . G C 724.44 PASS AF=0.475;AO=76;DP=161;FAO=76;FDP=160;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=62;FSRF=14;FSRR=70;FWDB=0.0149714;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9143;QD=18.1109;RBI=0.0363792;REFB=-0.0101502;REVB=-0.0331558;RO=84;SAF=14;SAR=62;SRF=14;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282989;STB=0.515621;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0101401;OID=.;OPOS=200880676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:84:84:76:76:0.475:62:14:14:70:62:14:14:70 chr1 200880702 . C T 842.93 PASS AF=0.442308;AO=91;DP=203;FAO=92;FDP=208;FR=.;FRO=116;FSAF=26;FSAR=66;FSRF=27;FSRR=89;FWDB=0.0187582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.5484;QD=16.2101;RBI=0.0187883;REFB=-0.0137408;REVB=0.00106294;RO=111;SAF=25;SAR=66;SRF=22;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100411;STB=0.535327;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0166026;OID=.;OPOS=200880702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:208:111:116:91:92:0.442308:66:25:22:89:66:26:27:89 chr1 200880978 . C T 1066.72 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0290532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9569;QD=58.4506;RBI=0.0527867;REFB=0.0958519;REVB=0.044072;RO=1;SAF=30;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155009;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000311169;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:41:30:1:0:41:31:1:0 chr1 200940189 . C T 893.6 PASS AF=0.434978;AO=96;DP=220;FAO=97;FDP=223;FR=.;FRO=126;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=-0.0104262;FXX=0.00888849;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3693;QD=16.0286;RBI=0.0254233;REFB=-0.00174004;REVB=-0.023187;RO=124;SAF=51;SAR=45;SRF=68;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174535;STB=0.506557;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00114957;OID=.;OPOS=200940189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:223:124:126:96:97:0.434978:45:51:68:56:45:52:69:57 chr1 200945910 . G A 1227.5 PASS AF=0.433657;AO=134;DP=308;FAO=134;FDP=309;FR=.;FRO=175;FSAF=52;FSAR=82;FSRF=83;FSRR=92;FWDB=-0.0050975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.775;QD=15.8899;RBI=0.00517356;REFB=0.00198461;REVB=0.000883897;RO=174;SAF=52;SAR=82;SRF=82;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870735;STB=0.550246;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00364929;OID=.;OPOS=200945910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:309:174:175:134:134:0.433657:82:52:82:92:82:52:83:92 chr1 200956288 . A G 803.33 PASS AF=0.429952;AO=89;DP=207;FAO=89;FDP=207;FR=.;FRO=118;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=69;FWDB=0.000459357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.584;QD=15.5233;RBI=0.0283457;REFB=-0.0175637;REVB=-0.028342;RO=117;SAF=46;SAR=43;SRF=49;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997703;STB=0.557744;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0179047;OID=.;OPOS=200956288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:117:118:89:89:0.429952:43:46:49:68:43:46:49:69 chr1 200957662 . G A 42.06 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0145181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.076;QD=4.67292;RBI=0.0148588;REFB=0.00115654;REVB=0.0031637;RO=29;SAF=6;SAR=1;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356162;STB=0.749168;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00599067;OID=.;OPOS=200957662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:1:6:18:11:1:6:18:11 chr1 200957691 . G C 177.93 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0140983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.864;QD=30.9438;RBI=0.0503227;REFB=-0.0198885;REVB=0.0483075;RO=6;SAF=13;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171463;STB=0.593653;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0228391;OID=.;OPOS=200957691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:4:13:6:0:4:13:6:0 chr1 200959302 . G A 557.62 PASS AF=0.422535;AO=60;DP=142;FAO=60;FDP=142;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=27;FWDB=0.0491584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.701;QD=15.7075;RBI=0.0514754;REFB=0.0241669;REVB=0.0152701;RO=82;SAF=26;SAR=34;SRF=55;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241025;STB=0.634519;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0117524;OID=.;OPOS=200959302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:82:82:60:60:0.422535:34:26:55:27:34:26:55:27 chr1 200959305 . G A 870.84 PASS AF=0.55102;AO=80;DP=146;FAO=81;FDP=147;FR=.;FRO=66;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00658199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.583;QD=23.6964;RBI=0.0240818;REFB=-0.0143904;REVB=0.0231649;RO=65;SAF=54;SAR=26;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197289;STB=0.599975;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0196545;OID=.;OPOS=200959305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:65:66:80:81:0.55102:26:54:29:36:27:54:30:36 chr1 200971353 . A G 967.85 PASS AF=0.571429;AO=92;DP=163;FAO=92;FDP=161;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0633118;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4159;QD=24.0459;RBI=0.0652786;REFB=-0.0254279;REVB=-0.0159032;RO=69;SAF=39;SAR=53;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501129;STB=0.527242;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0211546;OID=.;OPOS=200971353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:69:69:92:92:0.571429:53:39:25:44:53:39:25:44 chr1 201060865 . G A 1450.75 PASS AF=0.944954;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=109;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0293488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.865;QD=53.2386;RBI=0.0354423;REFB=-0.0443282;REVB=0.0198697;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523805;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00129575;OID=.;OPOS=201060865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:105:109:0:6:102:103:0.944954:59:43:0:0:60:43:0:6 chr1 201112981 . A G 524.08 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0102943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3248;QD=17.3251;RBI=0.0216733;REFB=-0.0121829;REVB=0.0190725;RO=65;SAF=23;SAR=33;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800139;STB=0.544538;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.014302;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:33:23:32:33:33:23:32:33 chr1 201115827 . C T 790.89 PASS AF=0.451087;AO=83;DP=185;FAO=83;FDP=184;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.0635362;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7215;QD=17.1933;RBI=0.0850114;REFB=0.00577106;REVB=-0.0564808;RO=101;SAF=32;SAR=51;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149465;STB=0.583069;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00799361;OID=.;OPOS=201115827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:101:101:83:83:0.451087:51:32:54:47:51:32:54:47 chr1 201115863 . G A 968.71 PASS AF=0.472222;AO=100;DP=217;FAO=102;FDP=216;FR=.;FRO=114;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=61;FSRR=53;FWDB=0.0146659;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.673;QD=17.9391;RBI=0.0153038;REFB=0.00551719;REVB=0.00437209;RO=112;SAF=39;SAR=61;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141305;STB=0.57649;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00461228;OID=.;OPOS=201115863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:112:114:100:102:0.472222:61:39:60:52:62:40:61:53 chr1 201122947 . T G 1678.08 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.057323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2236;QD=59.401;RBI=0.0854031;REFB=-0.144424;REVB=0.0633069;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.503875;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00302518;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:112:112:0.99115:64:48:0:0:64:48:0:1 chr1 201166383 . G A 854.32 PASS AF=0.544872;AO=85;DP=156;FAO=85;FDP=156;FR=.;FRO=71;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0334696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.276;QD=21.9056;RBI=0.0372096;REFB=-0.0160446;REVB=0.0162587;RO=71;SAF=48;SAR=37;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013026;STB=0.507118;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0133263;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:71:71:85:85:0.544872:37:48:39:32:37:48:39:32 chr1 201166435 . T C 682.5 PASS AF=0.51938;AO=67;DP=131;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00486706;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.882;QD=21.1627;RBI=0.00554297;REFB=-0.00719549;REVB=-0.0026526;RO=64;SAF=35;SAR=32;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00601186;STB=0.510768;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00666188;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:64:62:67:67:0.51938:32:35:33:31:32:35:31:31 chr1 201168499 . G A 582.84 PASS AF=0.424658;AO=62;DP=146;FAO=62;FDP=146;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.00243249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.248;QD=15.9681;RBI=0.00831417;REFB=-0.0132609;REVB=0.00795038;RO=79;SAF=27;SAR=35;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121818;STB=0.584588;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0169864;OID=.;OPOS=201168499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:79:84:62:62:0.424658:35:27:44:35:35:27:49:35 chr1 201175227 . C A 3667.54 PASS AF=1;AO=232;DP=233;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507028;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3192;QD=63.2334;RBI=0.0677441;REFB=0;REVB=-0.0449276;RO=0;SAF=121;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024617;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:233:232:0:0:232:232:1:111:121:0:0:111:121:0:0 chr1 201175274 . A G 832.13 PASS AF=0.341772;AO=100;DP=306;FAO=108;FDP=316;FR=.;FRO=208;FSAF=22;FSAR=86;FSRF=97;FSRR=111;FWDB=-0.0172596;FXX=0.00628911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.471;QD=10.5332;RBI=0.0203317;REFB=-0.01357;REVB=0.0107463;RO=205;SAF=14;SAR=86;SRF=94;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463291;STB=0.702457;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0241992;OID=.;OPOS=201175274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:316:205:208:100:108:0.341772:86:14:94:111:86:22:97:111 chr1 201175715 . G T 2631.43 PASS AF=0.982857;AO=172;DP=175;FAO=172;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0144344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.833;QD=60.1469;RBI=0.025627;REFB=-0.151329;REVB=0.0211753;RO=3;SAF=68;SAR=104;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135301;STB=0.507108;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=2.05295e-06;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:175:3:3:172:172:0.982857:104:68:0:3:104:68:0:3 chr1 201176018 . A G 763.67 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.505;QD=56.5678;RBI=0.0275181;REFB=0;REVB=-0.0259493;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174105;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:28:26:0:0 chr1 201176108 . G A 710.69 PASS AF=0.603604;AO=67;DP=111;FAO=67;FDP=111;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00279994;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.486;QD=25.6103;RBI=0.0186793;REFB=-0.026873;REVB=0.0184682;RO=41;SAF=23;SAR=44;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359518;STB=0.528404;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0145605;OID=.;OPOS=201176108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:41:44:67:67:0.603604:44:23:16:25:44:23:18:26 chr1 201176968 . A G 476.57 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.00973609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.226;QD=15.1293;RBI=0.0152092;REFB=-0.0140479;REVB=-0.0116845;RO=70;SAF=21;SAR=32;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16416;STB=0.603734;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0182556;OID=.;OPOS=201176968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:70:73:53:53:0.420635:32:21:39:31:32:21:42:31 chr1 201177246 . T C 529.1 PASS AF=0.377246;AO=63;DP=168;FAO=63;FDP=167;FR=.;FRO=104;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=0.0485479;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.586;QD=12.673;RBI=0.0503691;REFB=-0.00643511;REVB=0.0134216;RO=104;SAF=32;SAR=31;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229948;STB=0.513026;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00982273;OID=.;OPOS=201177246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:104:104:63:63:0.377246:31:32:55:49:31:32:55:49 chr1 201177278 . C T 683.93 PASS AF=0.354978;AO=82;DP=231;FAO=82;FDP=231;FR=.;FRO=149;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=86;FWDB=-0.0122207;FXX=0.0211855;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.417;QD=11.8429;RBI=0.0166554;REFB=-0.0263462;REVB=-0.0113163;RO=141;SAF=35;SAR=47;SRF=63;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226811;STB=0.502645;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.047016;OID=.;OPOS=201177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:141:149:82:82:0.354978:47:35:63:78:47:35:63:86 chr1 201177538 . G T 540.32 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0118768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.736;QD=22.0539;RBI=0.0212102;REFB=-0.0055839;REVB=-0.0175731;RO=47;SAF=19;SAR=32;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101173;STB=0.505577;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00498385;OID=.;OPOS=201177538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:32:19:17:30:32:19:17:30 chr1 201178470 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=325.529;QD=43.4862;RBI=0.00341901;REFB=0;REVB=0.00014044;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66496e-06;OID=.;OPOS=201178470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:6:6:0:0 chr1 201178758 . G C 30.39 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.000111785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.096;QD=2.29393;RBI=0.0131847;REFB=-0.00438778;REVB=-0.0131842;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251273;STB=0.690735;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0914767;OID=.;OPOS=201178758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:53:53:47:47:6:6:0.113208:2:4:21:26:2:4:21:26 chr1 201178819 . G A 106.58 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00104278;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2975;QD=8.35928;RBI=0.0221672;REFB=-0.0229622;REVB=-0.0221426;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00513645;STB=0.517217;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0762103;OID=.;OPOS=201178819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:33:37:14:14:0.27451:8:6:14:19:8:6:15:22 chr1 201180084 . G T 60.31 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0257966;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.841;QD=17.2321;RBI=0.0707724;REFB=-0.0411965;REVB=0.0659035;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.571253;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0206776;OID=.;OPOS=201180084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:4:2:4:4:4:2 chr1 201181217 . A G 642.23 PASS AF=0.464789;AO=65;DP=140;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0194273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.153;QD=18.091;RBI=0.025599;REFB=-0.0215272;REVB=-0.01667;RO=74;SAF=31;SAR=34;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919049;STB=0.502141;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0289557;OID=.;OPOS=201181217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:74:76:65:66:0.464789:34:31:36:38:35:31:36:40 chr1 201181223 . A G 2143.53 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.025;QD=62.1313;RBI=0.0281881;REFB=-0.0661708;REVB=0.00909705;RO=1;SAF=63;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638139;STB=0.503355;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000451579;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:74:63:0:1:74:63:0:1 chr1 201181920 . G T 359.73 PASS AF=0.340741;AO=46;DP=135;FAO=46;FDP=135;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=62;FSRR=27;FWDB=0.0132015;FXX=0.0073524;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.3361;QD=10.6588;RBI=0.0309107;REFB=-0.00692239;REVB=-0.0279499;RO=83;SAF=21;SAR=25;SRF=58;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269365;STB=0.655132;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0086228;OID=.;OPOS=201181920;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:83:89:46:46:0.340741:25:21:58:25:25:21:62:27 chr1 201183363 . C T 1437.45 PASS AF=0.458716;AO=150;DP=328;FAO=150;FDP=327;FR=.;FRO=177;FSAF=81;FSAR=69;FSRF=76;FSRR=101;FWDB=0.00617388;FXX=0.00304869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.157;QD=17.5835;RBI=0.00627045;REFB=-0.0104988;REVB=0.00109621;RO=177;SAF=81;SAR=69;SRF=76;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108123;STB=0.55968;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0116488;OID=.;OPOS=201183363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:327:177:177:150:150:0.458716:69:81:76:101:69:81:76:101 chr1 201183402 . T C 1515.56 PASS AF=0.442359;AO=159;DP=373;FAO=165;FDP=373;FR=.;FRO=208;FSAF=73;FSAR=92;FSRF=87;FSRR=121;FWDB=-0.00587959;FXX=0.0106098;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.804;QD=16.2527;RBI=0.00663702;REFB=-0.00235287;REVB=-0.00307904;RO=207;SAF=69;SAR=90;SRF=87;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142156;STB=0.513692;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00303932;OID=.;OPOS=201183402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:373:207:208:159:165:0.442359:90:69:87:120:92:73:87:121 chr1 201184275 . C T 544.32 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0114056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150;QD=15.4416;RBI=0.0124438;REFB=7.01315e-05;REVB=-0.00497597;RO=81;SAF=26;SAR=33;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00393874;STB=0.506207;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.000121217;OID=.;OPOS=201184275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:81:82:59:59:0.41844:33:26:36:45:33:26:37:45 chr1 201187764 . T C 3002.26 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.576;QD=62.8745;RBI=0.0400105;REFB=0;REVB=0.0396447;RO=0;SAF=70;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39301e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454551;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:191:0:0:182:191:1:112:70:0:0:121:70:0:0 chr1 201195119 . C T 6470.85 PASS AF=0.974478;AO=419;DP=431;FAO=420;FDP=431;FR=.;FRO=11;FSAF=218;FSAR=202;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0296967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.921;QD=60.0543;RBI=0.044183;REFB=-0.0424199;REVB=0.0327146;RO=6;SAF=217;SAR=202;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00401361;STB=0.500675;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000654713;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:431:431:6:11:419:420:0.974478:202:217:4:2:202:218:6:5 chr1 201197471 . T C 293.34 PASS AF=0.349057;AO=37;DP=108;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.0198783;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.895;QD=11.0696;RBI=0.0210296;REFB=0.000274526;REVB=0.0068627;RO=69;SAF=14;SAR=23;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732275;STB=0.542013;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00115724;OID=.;OPOS=201197471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:69:69:37:37:0.349057:23:14:22:47:23:14:22:47 chr1 201285759 . A G 3868.78 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346284;FXX=0.00398391;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.17;QD=61.9005;RBI=0.0348523;REFB=-0.054339;REVB=0.00394428;RO=1;SAF=104;SAR=146;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032539;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05987e-05;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:251:250:1:0:250:250:1:146:104:0:1:146:104:0:0 chr1 201286771 . C T 3212.6 PASS AF=0.931624;AO=218;DP=234;FAO=218;FDP=234;FR=.;FRO=16;FSAF=73;FSAR=145;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.00576009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7607;QD=54.9163;RBI=0.0332049;REFB=-0.146798;REVB=0.0327015;RO=15;SAF=73;SAR=145;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884333;STB=0.549378;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00495353;OID=.;OPOS=201286771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:234:234:15:16:218:218:0.931624:145:73:15:0:145:73:16:0 chr1 201288955 . G A 2146.83 PASS AF=0.966887;AO=145;DP=151;FAO=146;FDP=151;FR=.;FRO=5;FSAF=70;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0199157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7897;QD=56.8697;RBI=0.0501609;REFB=-0.104973;REVB=0.0460378;RO=0;SAF=70;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01417e-08;STB=0.509275;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00271147;OID=.;OPOS=201288955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:151:151:0:5:145:146:0.966887:75:70:0:0:76:70:1:4 chr1 201299263 . A G 3295.41 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148864;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.388;QD=62.1775;RBI=0.0156748;REFB=0;REVB=0.00490841;RO=0;SAF=92;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69237e-05;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:212:0:0:212:212:1:120:92:0:0:120:92:0:0 chr1 201355522 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.652;QD=61.6953;RBI=0.0275115;REFB=0;REVB=0.0219371;RO=0;SAF=65;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35416e-06;OID=.;OPOS=201355522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:17:65:0:0:17:65:0:0 chr1 201355943 . C T 3630.38 PASS AF=0.991489;AO=228;DP=230;FAO=233;FDP=235;FR=.;FRO=2;FSAF=124;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0201266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.295;QD=61.7936;RBI=0.0237224;REFB=-0.189524;REVB=0.0125567;RO=2;SAF=124;SAR=104;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907469;STB=0.504545;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000374634;OID=.;OPOS=201355943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:230:235:2:2:228:233:0.991489:104:124:0:2:109:124:0:2 chr1 201360281 . A G 914.94 PASS AF=0.985294;AO=62;DP=65;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9306;QD=53.8201;RBI=0.0407498;REFB=-0.0874433;REVB=-0.0359251;RO=3;SAF=29;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173636;STB=0.50746;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00551006;OID=.;OPOS=201360281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:65:68:3:1:62:67:0.985294:33:29:2:1:33:34:0:1 chr1 201383643 . A C 4813.7 PASS AF=0.984227;AO=311;DP=317;FAO=312;FDP=317;FR=.;FRO=5;FSAF=85;FSAR=227;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.02838;FXX=0.00314456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.553;QD=60.7407;RBI=0.0382137;REFB=-0.00779682;REVB=0.0255902;RO=5;SAF=85;SAR=226;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123312;STB=0.506478;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000197685;OID=.;OPOS=201383643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:317:317:5:5:311:312:0.984227:226:85:3:2:227:85:3:2 chr1 201777250 . C T 505.17 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.05391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.122;QD=22.7042;RBI=0.0561272;REFB=-0.0208783;REVB=0.0156196;RO=41;SAF=16;SAR=32;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388659;STB=0.521359;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0186254;OID=.;OPOS=201777250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:32:16:12:29:32:16:12:29 chr1 201845432 . C T 664.9 PASS AF=0.580357;AO=64;DP=111;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.00454519;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.9;QD=23.7462;RBI=0.00670273;REFB=-0.00726114;REVB=-0.00492623;RO=43;SAF=28;SAR=36;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850441;STB=0.563802;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0057967;OID=.;OPOS=201845432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:43:47:64:65:0.580357:36:28:14:29:36:29:14:33 chr1 201860626 . A G 1311.18 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0067;QD=61.7026;RBI=0.150825;REFB=0;REVB=0.0267203;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664315;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:83:85:1:54:29:0:0:54:31:0:0 chr1 201861016 . C G 589.97 PASS AF=0.492063;AO=58;DP=125;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0206394;FXX=0.023254;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.189;QD=18.7293;RBI=0.0375788;REFB=-0.00142103;REVB=0.0314035;RO=61;SAF=20;SAR=38;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112208;STB=0.550853;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00154166;OID=.;OPOS=201861016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:61:64:58:62:0.492063:38:20:28:33:38:24:31:33 chr1 201865763 . A G 1547.93 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.308;QD=62.5428;RBI=0.103001;REFB=0;REVB=-0.0308414;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324751;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:99:0:0:94:99:1:56:38:0:0:59:40:0:0 chr1 201938995 . C T 652.75 PASS AF=0.449664;AO=65;DP=147;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=0.00558178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.808;QD=17.5236;RBI=0.0175018;REFB=-0.0236431;REVB=0.0165878;RO=82;SAF=24;SAR=41;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480101;STB=0.524104;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0301374;OID=.;OPOS=201938995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:82:82:65:67:0.449664:41:24:34:48:42:25:34:48 chr1 201952574 . T C 858.46 PASS AF=0.51497;AO=86;DP=167;FAO=86;FDP=167;FR=.;FRO=81;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0107914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.445;QD=20.562;RBI=0.0133814;REFB=0.0116976;REVB=-0.00791243;RO=80;SAF=47;SAR=39;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190219;STB=0.513658;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0100952;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:80:81:86:86:0.51497:39:47:42:38:39:47:42:39 chr1 201969082 . G A 1317.19 PASS AF=0.543478;AO=124;DP=230;FAO=125;FDP=230;FR=.;FRO=105;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=0.0511121;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6237;QD=22.9077;RBI=0.0514215;REFB=0.0131298;REVB=0.00563242;RO=105;SAF=58;SAR=66;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713011;STB=0.501918;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.010497;OID=.;OPOS=201969082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:105:105:124:125:0.543478:66:58:50:55:66:59:50:55 chr1 201970562 . T C 4237.93 PASS AF=1;AO=264;DP=274;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980653;FXX=0.00721996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.479;QD=61.6426;RBI=0.0151826;REFB=-0.0854986;REVB=-0.0115906;RO=3;SAF=108;SAR=156;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130564;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92836e-06;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:274:275:3:0:264:275:1:156:108:3:0:164:111:0:0 chr1 201973565 . G A 991.27 PASS AF=0.431373;AO=109;DP=254;FAO=110;FDP=255;FR=.;FRO=145;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=78;FSRR=67;FWDB=-0.0227349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.192;QD=15.5493;RBI=0.0228194;REFB=-0.0197019;REVB=0.00196202;RO=145;SAF=53;SAR=56;SRF=78;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529696;STB=0.53187;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0234519;OID=.;OPOS=201973565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:145:145:109:110:0.431373:56:53:78:67:57:53:78:67 chr1 201981862 . T C 2089.75 PASS AF=1;AO=122;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.39;QD=61.4631;RBI=0.0483906;REFB=0;REVB=0.013736;RO=0;SAF=43;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09296e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222335;OID=.;OPOS=201981862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:122:136:1:79:43:0:0:80:56:0:0 chr1 202092360 . G A 1009.34 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4351;QD=59.3732;RBI=0.0336535;REFB=0;REVB=-0.0286139;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4564e-05;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:65:68:1:37:28:0:0:37:31:0:0 chr1 202092415 . A G 1476.04 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.455;QD=62.8104;RBI=0.0424498;REFB=0;REVB=0.0387256;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50024e-05;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:85:94:0:0:85:94:1:48:37:0:0:53:41:0:0 chr1 202092580 . T C 1840.89 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.507;QD=61.3631;RBI=0.0590737;REFB=0;REVB=0.0349856;RO=0;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49072e-05;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:118:120:1:59:59:0:0:61:59:0:0 chr1 202129826 . T C 3458.54 PASS AF=0.47962;AO=347;DP=733;FAO=353;FDP=736;FR=.;FRO=383;FSAF=169;FSAR=184;FSRF=150;FSRR=233;FWDB=-0.00530817;FXX=0.00135683;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.492;QD=18.7964;RBI=0.0194998;REFB=-0.0306892;REVB=-0.0187634;RO=380;SAF=164;SAR=183;SRF=151;SRR=229;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722695;STB=0.545585;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0314148;OID=.;OPOS=202129826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:733:736:380:383:347:353:0.47962:183:164:151:229:184:169:150:233 chr1 202155543 . A C 1673.74 PASS AF=0.422274;AO=179;DP=430;FAO=182;FDP=431;FR=.;FRO=249;FSAF=84;FSAR=98;FSRF=129;FSRR=120;FWDB=0.00934892;FXX=0.00461883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.789;QD=15.5335;RBI=0.00973324;REFB=-0.0148266;REVB=0.00270809;RO=247;SAF=81;SAR=98;SRF=127;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643845;STB=0.532687;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0219861;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:431:247:249:179:182:0.422274:98:81:127:120:98:84:129:120 chr1 202156628 . A C 622.95 PASS AF=0.436709;AO=69;DP=158;FAO=69;FDP=158;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=58;FWDB=-0.00238168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.88;QD=15.7709;RBI=0.0181907;REFB=-0.00819189;REVB=-0.0180341;RO=89;SAF=32;SAR=37;SRF=31;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118622;STB=0.565984;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0103587;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:89:89:69:69:0.436709:37:32:31:58:37:32:31:58 chr1 202200799 . G A 408.63 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0557953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.359;QD=56.3633;RBI=0.0560633;REFB=0;REVB=-0.00547495;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164557;OID=.;OPOS=202200799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr1 202276494 . C T 1254.71 PASS AF=0.448505;AO=135;DP=302;FAO=135;FDP=301;FR=.;FRO=166;FSAF=76;FSAR=59;FSRF=82;FSRR=84;FWDB=-0.00744315;FXX=0.00331115;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.726;QD=16.6739;RBI=0.0162628;REFB=-0.00968553;REVB=0.0144595;RO=165;SAF=76;SAR=59;SRF=82;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659888;STB=0.538281;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0121318;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:301:165:166:135:135:0.448505:59:76:82:83:59:76:82:84 chr1 202287206 . T C 1188.58 PASS AF=0.48996;AO=104;DP=232;FAO=122;FDP=249;FR=.;FRO=127;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=72;FSRR=55;FWDB=0.00467781;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.538;QD=19.0937;RBI=0.0164784;REFB=-0.0136206;REVB=-0.0158005;RO=116;SAF=53;SAR=51;SRF=65;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485411;STB=0.550731;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0111871;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:249:116:127:104:122:0.48996:51:53:65:51:65:57:72:55 chr1 202287537 . G A 793.34 PASS AF=0.510067;AO=76;DP=149;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.0014474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.569;QD=21.2977;RBI=0.0111415;REFB=-0.0191394;REVB=0.0110471;RO=72;SAF=27;SAR=49;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321261;STB=0.522163;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0193751;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:72:73:76:76:0.510067:49:27:28:44:49:27:29:44 chr1 202287813 . T C 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00364781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.143;QD=15.172;RBI=0.00652722;REFB=-0.0145666;REVB=0.00541278;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132039;STB=0.576279;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0186147;OID=.;OPOS=202287813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:10:7:13:11:10:7:13:11 chr1 202304868 . T C 706.97 PASS AF=0.452381;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.00690183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.826;QD=16.8325;RBI=0.0489588;REFB=-0.0124556;REVB=0.0484699;RO=91;SAF=36;SAR=40;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554205;STB=0.527403;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0122507;OID=.;OPOS=202304868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:91:92:76:76:0.452381:40:36:38:53:40:36:39:53 chr1 202527963 . CT TC,TT 48.0 PASS AF=0.126984,0;AO=7,3;DP=63;FAO=8,0;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=1,0;FSAR=7,0;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0555195,-0.00278209;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=36.1451,206.043;QD=3.04737;RBI=0.0971503,0.00284122;REFB=-0.0467621,-0.00230357;REVB=0.079723,0.000576642;RO=46;SAF=0,2;SAR=7,1;SRF=28;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.698145,0.0578207;STB=0.896531,0.5;STBP=0.035,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0243085,0;OID=.,.;OPOS=202527963,202527963;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:63:63:46:55:7,3:8,0:0.126984,0:7,1:0,2:28:18:7,0:1,0:34:21 chr1 202531741 . C T 1275.92 PASS AF=0.508197;AO=121;DP=241;FAO=124;FDP=244;FR=.;FRO=120;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=-0.00201118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.79;QD=20.9167;RBI=0.0156727;REFB=-0.00601049;REVB=0.0155431;RO=120;SAF=62;SAR=59;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565865;STB=0.524586;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00556226;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:244:120:120:121:124:0.508197:59:62:54:66:62:62:54:66 chr1 202565948 . G A 1464.1 PASS AF=0.493333;AO=146;DP=300;FAO=148;FDP=300;FR=.;FRO=152;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=74;FSRR=78;FWDB=0.0858577;FXX=0.00332215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1387;QD=19.5214;RBI=0.0926137;REFB=0.0293337;REVB=0.0347239;RO=152;SAF=67;SAR=79;SRF=73;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199337;STB=0.517394;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0239438;OID=.;OPOS=202565948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:152:152:146:148:0.493333:79:67:73:79:81:67:74:78 chr1 202705455 . G C 809.44 PASS AF=0.408889;AO=90;DP=222;FAO=92;FDP=225;FR=.;FRO=133;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=83;FWDB=0.0895276;FXX=0.00442458;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4559;QD=14.39;RBI=0.104642;REFB=-0.0063707;REVB=0.0541738;RO=132;SAF=46;SAR=44;SRF=51;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132206;STB=0.579503;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0104579;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:225:132:133:90:92:0.408889:44:46:51:81:45:47:50:83 chr1 202715284 . G A 454.97 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00184647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6716;QD=18.9572;RBI=0.0306608;REFB=-0.0213315;REVB=-0.0306052;RO=50;SAF=14;SAR=31;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171954;STB=0.59956;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0238633;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:45:46:0.479167:31:14:24:26:32:14:24:26 chr1 202718202 . G A 384.62 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.086918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6313;QD=17.8894;RBI=0.0874818;REFB=-0.0217638;REVB=0.00991673;RO=45;SAF=17;SAR=22;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079284;STB=0.530597;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0240064;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:46:39:40:0.465116:22:17:16:29:23:17:17:29 chr1 202733238 . C T 395.84 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0100337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.55;QD=14.0122;RBI=0.0358723;REFB=-0.0125672;REVB=-0.0344405;RO=66;SAF=22;SAR=24;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248538;STB=0.518139;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.017591;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:67:46:46:0.40708:24:22:30:36:24:22:30:37 chr1 202795262 . G A 495.14 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0345299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.087;QD=26.0598;RBI=0.0562256;REFB=-0.0398482;REVB=0.0443735;RO=30;SAF=22;SAR=24;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877974;STB=0.547924;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.030688;OID=.;OPOS=202795262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:24:22:18:12:24:22:18:12 chr1 202822388 . G T 1002.48 PASS AF=0.483568;AO=92;DP=214;FAO=103;FDP=213;FR=.,HEALED;FRO=109;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.018598;FXX=0.00467268;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.139;QD=18.8259;RBI=0.0253055;REFB=-0.0334168;REVB=-0.0171605;RO=82;SAF=39;SAR=53;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118376;STB=0.54699;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0274554;OID=.;OPOS=202822388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:82:109:92:103:0.483568:53:39:46:36:63:40:52:57 chr1 202861342 . A G 681.56 PASS AF=0.609524;AO=63;DP=104;FAO=64;FDP=105;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0290922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.491;QD=25.9642;RBI=0.0403145;REFB=0.00810752;REVB=0.0279088;RO=41;SAF=33;SAR=30;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965819;STB=0.548841;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00627753;OID=.;OPOS=202861342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:41:41:63:64:0.609524:30:33:16:25:31:33:16:25 chr1 202910109 . GAAAAAAAAAAAATTA AGAAAAAAAAAAATTA,GAAAAAAAAAAATTA,GAAAAAAAAAAATTAA,GAAAAAAAAAATTA,GAAAAAAAAATAAAAT 263.92 PASS AF=0,0.625,0.0416667,0.0416667,0.291667;AO=2,7,2,8,3;DP=54;FAO=0,30,2,2,14;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,0,0,14;FSAR=0,29,2,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374628,-0.0348951,0.010905,-0.0290622,-0.0240458;FXX=0.0769083;HRUN=1,12,12,12,12;LEN=2,1,3,2,6;MLLD=6.35504,5.69601,7.22109,6.91447,189.809;QD=21.993;RBI=0.0957645,0.127558,0.0841092,0.0688301,0.0241422;REFB=-0.323791,-0.34168,-0.334266,-0.28835,-0.0672251;REVB=0.0881326,0.122692,0.0833993,0.0623937,-0.00215552;RO=13;SAF=0,0,0,0,3;SAR=2,7,2,8,0;SRF=1;SRR=12;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.430155,-0.688467,-0.430155,-0.709988,0.803263;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,del,mnp;VARB=0,0.174208,0.127069,0.145003,-0.00744318;OID=.,.,.,.,.;OPOS=202910109,202910110,202910121,202910110,202910119;OREF=GA,A,ATT,AA,AAATTA;OALT=AG,-,TTA,-,TAAAAT;OMAPALT=AGAAAAAAAAAAATTA,GAAAAAAAAAAATTA,GAAAAAAAAAAATTAA,GAAAAAAAAAATTA,GAAAAAAAAATAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/5:99:54:48:13:0:2,7,2,8,3:0,30,2,2,14:0,0.625,0.0416667,0.0416667,0.291667:2,7,2,8,0:0,0,0,0,3:1:12:0,29,2,2,0:0,1,0,0,14:0:0 chr1 203003641 . C T 1061.08 PASS AF=0.507109;AO=107;DP=211;FAO=107;FDP=211;FR=.;FRO=104;FSAF=86;FSAR=21;FSRF=74;FSRR=30;FWDB=-0.00843829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.207;QD=20.1152;RBI=0.0186295;REFB=-0.0123026;REVB=-0.0166088;RO=103;SAF=86;SAR=21;SRF=73;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122809;STB=0.566215;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0132442;OID=.;OPOS=203003641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:103:104:107:107:0.507109:21:86:73:30:21:86:74:30 chr1 203003870 . G A 1297.1 PASS AF=0.946809;AO=86;DP=93;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0227942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2138;QD=55.1956;RBI=0.0814278;REFB=-0.17157;REVB=0.0781724;RO=3;SAF=59;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025846;STB=0.527056;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00713331;OID=.;OPOS=203003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:93:94:3:5:86:89:0.946809:27:59:1:2:30:59:1:4 chr1 203008174 . G C 1913.82 PASS AF=1;AO=106;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.757;QD=61.7362;RBI=0.0275475;REFB=0;REVB=0.0251648;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119445;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:106:124:1:52:54:0:0:68:56:0:0 chr1 203008286 . C G 2824.92 PASS AF=0.97861;AO=183;DP=187;FAO=183;FDP=187;FR=.;FRO=4;FSAF=84;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0952942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.699;QD=60.4262;RBI=0.0974899;REFB=-0.0443467;REVB=0.0205739;RO=3;SAF=84;SAR=99;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142065;STB=0.5099;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000852648;OID=.;OPOS=203008286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:187:187:3:4:183:183:0.97861:99:84:0:3:99:84:0:4 chr1 203025635 . A G 281.56 PASS AF=0.476923;AO=27;DP=61;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00933275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.174;QD=17.3268;RBI=0.0177037;REFB=-0.0316847;REVB=0.015044;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140908;STB=0.571101;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0327924;OID=.;OPOS=203025635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:34:34:27:31:0.476923:15:12:20:14:17:14:20:14 chr1 203040816 . G C 908.08 PASS AF=0.462312;AO=92;DP=200;FAO=92;FDP=199;FR=.;FRO=107;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=1.72209e-05;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.989;QD=18.2528;RBI=0.00263672;REFB=-0.0115711;REVB=0.00263666;RO=107;SAF=47;SAR=45;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423081;STB=0.523414;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0129556;OID=.;OPOS=203040816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:107:107:92:92:0.462312:45:47:50:57:45:47:50:57 chr1 203053768 . T C 5948.06 PASS AF=1;AO=373;DP=378;FAO=377;FDP=377;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118258;FXX=0.00527691;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.52;QD=63.1094;RBI=0.0480087;REFB=-0.0737785;REVB=0.0465294;RO=1;SAF=196;SAR=177;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00268842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38326e-05;OID=.;OPOS=203053768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:378:377:1:0:373:377:1:177:196:0:1:180:197:0:0 chr1 203054852 . C T 847.39 PASS AF=0.439252;AO=93;DP=213;FAO=94;FDP=214;FR=.;FRO=120;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=50;FSRR=70;FWDB=0.0623315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.573;QD=15.8391;RBI=0.0649775;REFB=-0.00409761;REVB=0.018354;RO=117;SAF=39;SAR=54;SRF=47;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018229;STB=0.505091;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00670966;OID=.;OPOS=203054852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:117:120:93:94:0.439252:54:39:47:70:54:40:50:70 chr1 203135840 . CT C 2653.54 PASS AF=1;AO=225;DP=236;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111991;FXX=0.00826412;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.1252;QD=44.2256;RBI=0.036202;REFB=0;REVB=0.0344262;RO=0;SAF=124;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00028696;OID=.;OPOS=203135841;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:225:236:240:240:0:130:110:0:0:50:0:124:101:0:0 chr1 203137784 . A ACT 803.47 PASS AF=0.44;AO=85;DP=199;FAO=88;FDP=200;FR=.;FRO=112;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=64;FSRR=48;FWDB=-0.00772468;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.041;QD=16.0694;RBI=0.012651;REFB=-0.0102713;REVB=0.0100188;RO=111;SAF=50;SAR=35;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121979;STB=0.501853;STBP=0.964;TYPE=ins;VARB=0.0118083;OID=.;OPOS=203137785;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:85:199:88:200:112:50:38:64:48:99:111:50:35:64:47 chr1 203140671 . G A 1485.31 PASS AF=0.508711;AO=146;DP=286;FAO=146;FDP=287;FR=.;FRO=141;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=63;FSRR=78;FWDB=0.00105343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.165;QD=20.7012;RBI=0.0228978;REFB=0.0110005;REVB=0.0228735;RO=139;SAF=81;SAR=65;SRF=63;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090618;STB=0.553065;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00918143;OID=.;OPOS=203140671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:287:139:141:146:146:0.508711:65:81:63:76:65:81:63:78 chr1 203144833 . G A 589.06 PASS AF=0.55102;AO=53;DP=97;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0188806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.695;QD=24.0432;RBI=0.029561;REFB=-0.014958;REVB=0.0227459;RO=44;SAF=29;SAR=24;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113743;STB=0.557251;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.012405;OID=.;OPOS=203144833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:44:44:53:54:0.55102:24:29:18:26:25:29:18:26 chr1 203148633 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.684;QD=57.3848;RBI=0.0396609;REFB=0;REVB=-0.0214745;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05871e-05;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr1 203152801 . T C 1799.85 PASS AF=0.991667;AO=114;DP=114;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00715508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.274;QD=59.995;RBI=0.0222688;REFB=-0.0733555;REVB=0.021088;RO=0;SAF=42;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47005e-08;STB=0.505881;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000937886;OID=.;OPOS=203152801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:120:0:1:114:119:0.991667:72:42:0:0:77:42:1:0 chr1 203186950 . C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT,T 432.99 PASS AF=0.355372,0.0495868;AO=36,10;DP=121;FAO=43,6;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=4,5;FSAR=39,1;FSRF=50;FSRR=22;FWDB=-0.0156478,-0.0373061;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=24,1;MLLD=416.628,400.118;QD=14.3136;RBI=0.0183776,0.0432518;REFB=-0.0101289,-0.00703601;REVB=0.00963761,0.0218855;RO=74;SAF=2,5;SAR=34,5;SRF=52;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.760272,-0.254431;STB=0.895977,0.675799;STBP=0,0.481;TYPE=ins,snp;VARB=0.00669505,-0.00494498;OID=.,.;OPOS=203186951,203186950;OREF=-,C;OALT=AGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT,T;OMAPALT=CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:74:72:36,10:43,6:0.355372,0.0495868:34,5:2,5:52:22:39,1:4,5:50:22 chr1 203277405 . GTTTTTT GTTTTT,GTTTTTG,TGTTTTT 77.8 PASS AF=0.175573,0.0458015,0.0152672;AO=42,8,5;DP=135;FAO=23,6,2;FDP=131;FR=.;FRO=100;FSAF=15,6,0;FSAR=8,0,2;FSRF=73;FSRR=27;FWDB=-0.147318,-0.000736439,-0.0436909;FXX=0.0296274;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.66441,19.5798,25.6687;QD=2.3755;RBI=0.212199,0.162573,0.0538862;REFB=-0.186346,-0.0996594,-0.0600848;REVB=0.152728,0.162571,0.0315409;RO=58;SAF=39,8,0;SAR=3,0,5;SRF=36;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0.4,0,0;SSSB=0.535373,0.611975,-0.614018;STB=0.572764,0.997525,0.99717;STBP=0.507,0.076,0.032;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.160856,0.133019,-0.0428149;OID=.,.,.;OPOS=203277406,203277411,203277405;OREF=T,T,GT;OALT=-,G,TG;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTG,TGTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:135:131:58:100:42,8,5:23,6,2:0.175573,0.0458015,0.0152672:3,0,5:39,8,0:36:22:8,0,2:15,6,0:73:27 chr1 203278556 . C T 985.82 PASS AF=0.450216;AO=103;DP=231;FAO=104;FDP=231;FR=.;FRO=127;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=56;FSRR=71;FWDB=-0.0211004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.961;QD=17.0705;RBI=0.0277621;REFB=0.00243239;REVB=-0.0180418;RO=126;SAF=45;SAR=58;SRF=56;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760524;STB=0.504614;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00345066;OID=.;OPOS=203278556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:126:127:103:104:0.450216:58:45:56:70:59:45:56:71 chr1 203309966 . G C 951.98 PASS AF=0.441558;AO=102;DP=231;FAO=102;FDP=231;FR=.;FRO=129;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=-0.00572159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7799;QD=16.4844;RBI=0.0246183;REFB=-0.00514646;REVB=-0.0239442;RO=128;SAF=55;SAR=47;SRF=61;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628338;STB=0.537057;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00598423;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:128:129:102:102:0.441558:47:55:61:67:47:55:61:68 chr1 203317162 . C T 394.74 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=28;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=4;FWDB=0.00656868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.503;QD=21.3375;RBI=0.00855769;REFB=-0.00959028;REVB=0.00548512;RO=33;SAF=27;SAR=2;SRF=29;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159618;STB=0.595671;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00883213;OID=.;OPOS=203317162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:29:30:0.405405:2:27:29:4:2:28:29:4 chr1 203472112 . T C 1921.29 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.165;QD=61.4813;RBI=0.0114945;REFB=0;REVB=-0.00196682;RO=0;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22008e-06;OID=.;OPOS=203472112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:121:125:1:59:62:0:0:60:65:0:0 chr1 203652444 . A G 1965.14 PASS AF=0.977273;AO=128;DP=132;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000423413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.501;QD=59.5497;RBI=0.0314884;REFB=-0.00869229;REVB=-0.0314856;RO=3;SAF=58;SAR=70;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526008;STB=0.502671;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000821592;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:132:3:3:128:129:0.977273:70:58:1:2:71:58:1:2 chr1 203667409 . T C 2998.99 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.505;QD=63.4707;RBI=0.05438;REFB=0;REVB=-0.0537017;RO=0;SAF=91;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113328;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:98:91:0:0:98:91:0:0 chr1 203681085 . T C 432.13 PASS AF=0.461538;AO=47;DP=103;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00689757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.745;QD=16.6205;RBI=0.0118015;REFB=-0.0124327;REVB=-0.00957598;RO=56;SAF=23;SAR=24;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418731;STB=0.517678;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0244417;OID=.;OPOS=203681085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:56:56:47:48:0.461538:24:23:25:31:25:23:25:31 chr1 203712996 . T C 1086.22 PASS AF=0.509346;AO=109;DP=213;FAO=109;FDP=214;FR=.;FRO=105;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.0323086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3777;QD=20.3032;RBI=0.0398164;REFB=-0.00640615;REVB=0.0232701;RO=104;SAF=55;SAR=54;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126499;STB=0.504586;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00578161;OID=.;OPOS=203712996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:104:105:109:109:0.509346:54:55:51:53:54:55:52:53 chr1 203713133 . G A 430.25 PASS AF=0.384615;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.00793816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.894;QD=13.2386;RBI=0.0358867;REFB=-0.0139578;REVB=-0.0349977;RO=77;SAF=23;SAR=27;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340129;STB=0.521744;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0254578;OID=.;OPOS=203713133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:77:80:50:50:0.384615:27:23:33:44:27:23:34:46 chr1 203768328 . T C 2301.49 PASS AF=0.993464;AO=150;DP=152;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.029491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9704;QD=60.1695;RBI=0.0526655;REFB=-0.104803;REVB=-0.0436341;RO=1;SAF=70;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674659;STB=0.503496;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000708061;OID=.;OPOS=203768328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:152:153:1:1:150:152:0.993464:80:70:1:0:81:71:1:0 chr1 203769532 . G A 817.86 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.595;QD=57.3934;RBI=0.0187568;REFB=0;REVB=0.0126263;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101721;OID=.;OPOS=203769532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:29:28:0:0 chr1 203787700 . T C 1859.25 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.755;QD=61.4629;RBI=0.0280364;REFB=0;REVB=-0.0267392;RO=0;SAF=71;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29765e-05;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:50:71:0:0:50:71:0:0 chr1 204110334 . A G 1506.59 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5433;QD=63.4354;RBI=0.114963;REFB=0;REVB=-0.0401599;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432545;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:47:47:0:0:48:47:0:0 chr1 204159611 . CT C,CC 176.03 PASS AF=0.354839,0.016129;AO=19,4;DP=63;FAO=22,1;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13,0;FSAR=9,1;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0194974,-0.0205601;FXX=0.0312451;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.139,190.055;QD=11.357;RBI=0.0369202,0.0346537;REFB=-0.0212609,-0.0173422;REVB=-0.031352,-0.0278956;RO=39;SAF=10,2;SAR=9,2;SRF=12;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.24851,0.217575;STB=0.689942,0.98588;STBP=0.036,0.484;TYPE=del,snp;VARB=0.035018,0.0271974;OID=.,.;OPOS=204159612,204159612;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839,0.016129:19,4:63:22,1:62:39:13,0:9,1:11:28:99:39:10,2:9,2:12:27 chr1 204159787 . G C 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.00699275;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.662;QD=17.0704;RBI=0.0325872;REFB=-0.0225585;REVB=-0.031828;RO=35;SAF=25;SAR=6;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897046;STB=0.550626;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0243414;OID=.;OPOS=204159787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:6:25:26:9:6:25:26:9 chr1 204188349 . G A 272.63 PASS AF=0.367816;AO=31;DP=86;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0056984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.121;QD=12.5349;RBI=0.017195;REFB=-0.0426376;REVB=-0.0162233;RO=55;SAF=17;SAR=14;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063936;STB=0.525505;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0609615;OID=.;OPOS=204188349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:55:55:31:32:0.367816:14:17:27:28:15:17:27:28 chr1 204188371 . A G 516.39 PASS AF=0.6;AO=47;DP=83;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0891206;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.7978;QD=24.3006;RBI=0.108687;REFB=-0.167208;REVB=0.062212;RO=35;SAF=21;SAR=26;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527936;STB=0.523536;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.129031;OID=.;OPOS=204188371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:35:34:47:51:0.6:26:21:18:17:27:24:18:16 chr1 204190412 . C G 512.08 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00698262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.031;QD=19.6954;RBI=0.00772727;REFB=-0.00724476;REVB=-0.00330963;RO=51;SAF=31;SAR=22;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153742;STB=0.584874;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.01238;OID=.;OPOS=204190412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:22:31:21:30:22:31:21:30 chr1 204198209 . A G 568.08 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0271543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.876;QD=24.9706;RBI=0.0294565;REFB=-0.00321911;REVB=-0.0114163;RO=39;SAF=25;SAR=27;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851509;STB=0.546587;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00237726;OID=.;OPOS=204198209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:39:52:52:0.571429:27:25:23:16:27:25:23:16 chr1 204199614 . C T 863.89 PASS AF=0.458763;AO=89;DP=194;FAO=89;FDP=194;FR=.;FRO=105;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=0.0929212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1547;QD=17.8122;RBI=0.0976621;REFB=-0.0272819;REVB=0.0300589;RO=101;SAF=44;SAR=45;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482063;STB=0.536512;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0296648;OID=.;OPOS=204199614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:101:105:89:89:0.458763:45:44:55:46:45:44:59:46 chr1 204230581 . G A 1131.26 PASS AF=0.483051;AO=114;DP=236;FAO=114;FDP=236;FR=.;FRO=122;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=46;FSRR=76;FWDB=0.00936905;FXX=0.00840301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.526;QD=19.1738;RBI=0.0111911;REFB=-0.0218912;REVB=0.00612059;RO=122;SAF=47;SAR=67;SRF=46;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343777;STB=0.518913;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0242854;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:122:122:114:114:0.483051:67:47:46:76:67:47:46:76 chr1 204237416 . C T 1404.29 PASS AF=0.487805;AO=135;DP=284;FAO=140;FDP=287;FR=.;FRO=147;FSAF=66;FSAR=74;FSRF=70;FSRR=77;FWDB=-0.0100541;FXX=0.00692018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.05;QD=19.5719;RBI=0.0197354;REFB=-0.0292194;REVB=-0.0169824;RO=141;SAF=64;SAR=71;SRF=70;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208364;STB=0.502446;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0284348;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:287:141:147:135:140:0.487805:71:64:70:71:74:66:70:77 chr1 204379617 . T C 3304.35 PASS AF=0.990783;AO=214;DP=216;FAO=215;FDP=217;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=118;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0231555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.144;QD=60.9096;RBI=0.0231588;REFB=-0.0166887;REVB=0.000394088;RO=2;SAF=97;SAR=117;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000831557;STB=0.500454;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-1.11797e-05;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:216:217:2:2:214:215:0.990783:117:97:1:1:118:97:1:1 chr1 204403659 . A G 410.58 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=0.0223289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7456;QD=13.3523;RBI=0.0280485;REFB=0.0155643;REVB=-0.0169746;RO=71;SAF=16;SAR=32;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221111;STB=0.518065;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0241046;OID=.;OPOS=204403659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:71:75:48:48:0.390244:32:16:25:46:32:16:27:48 chr1 204418364 . G A 1021.33 PASS AF=0.524064;AO=98;DP=190;FAO=98;FDP=187;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=22;FSRR=67;FWDB=0.0334119;FXX=0.0157886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.997;QD=21.8466;RBI=0.0471304;REFB=-0.0121368;REVB=0.0332404;RO=88;SAF=42;SAR=56;SRF=22;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162335;STB=0.590383;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0126211;OID=.;OPOS=204418364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:187:88:89:98:98:0.524064:56:42:22:66:56:42:22:67 chr1 204425028 . G A 796.76 PASS AF=0.515723;AO=79;DP=156;FAO=82;FDP=159;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00190945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.303;QD=20.0443;RBI=0.0384516;REFB=-0.0114118;REVB=0.0384041;RO=67;SAF=33;SAR=46;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887324;STB=0.52596;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0109155;OID=.;OPOS=204425028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:67:77:79:82:0.515723:46:33:35:32:49:33:35:42 chr1 204428998 . G C 723.55 PASS AF=0.5;AO=71;DP=142;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.00439731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.111;QD=20.3815;RBI=0.0288902;REFB=0.00200869;REVB=-0.0285536;RO=71;SAF=45;SAR=26;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242748;STB=0.633765;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00177736;OID=.;OPOS=204428998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:71:71:71:71:0.5:26:45:26:45:26:45:26:45 chr1 204436066 . G A 648.64 PASS AF=0.411111;AO=62;DP=169;FAO=74;FDP=180;FR=.;FRO=106;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.0610708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.955;QD=14.4142;RBI=0.0617112;REFB=-0.0276338;REVB=0.00886746;RO=99;SAF=23;SAR=39;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944732;STB=0.539895;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0396545;OID=.;OPOS=204436066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:180:99:106:62:74:0.411111:39:23:45:54:46:28:47:59 chr1 204438334 . C T 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0271107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.036;QD=18.9665;RBI=0.0271296;REFB=-0.0245358;REVB=0.00101265;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129568;STB=0.573058;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0259622;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:8:17:12:10:8:17 chr1 204438643 . G T 225.79 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0235786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.746;QD=14.8062;RBI=0.0236812;REFB=-0.0174281;REVB=-0.00220186;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398143;STB=0.522517;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0214507;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:14:13:15:19:14:13:15:19 chr1 204501383 . C T 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0194326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.478;QD=18.4388;RBI=0.0242891;REFB=-0.0057244;REVB=0.0145718;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031042;STB=0.517353;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00602076;OID=.;OPOS=204501383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:13:16:15:14:13:16:15:14 chr1 204531567 . C T 688.34 PASS AF=0.641304;AO=59;DP=92;FAO=59;FDP=92;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00833185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1821;QD=29.9279;RBI=0.0392571;REFB=-0.0149536;REVB=0.0383627;RO=33;SAF=22;SAR=37;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177039;STB=0.59607;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0161515;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:33:33:59:59:0.641304:37:22:21:12:37:22:21:12 chr1 204531623 . C T 440.33 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0124677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.751;QD=16.9358;RBI=0.0202659;REFB=0.00597278;REVB=0.0159769;RO=54;SAF=27;SAR=21;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181212;STB=0.599959;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00898836;OID=.;OPOS=204531623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:56:48:48:0.461538:21:27:20:34:21:27:21:35 chr1 204587047 . G A 488.13 PASS AF=0.390071;AO=55;DP=141;FAO=55;FDP=141;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.0697066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2829;QD=13.8476;RBI=0.0887605;REFB=-0.00355461;REVB=0.0549492;RO=85;SAF=29;SAR=26;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985578;STB=0.551936;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0074093;OID=.;OPOS=204587047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:85:86:55:55:0.390071:26:29:37:48:26:29:38:48 chr1 204587569 . G C 599.21 PASS AF=0.4375;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.00558843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.856;QD=16.6448;RBI=0.0077724;REFB=-0.00674874;REVB=-0.00540182;RO=81;SAF=23;SAR=40;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146238;STB=0.581792;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00978966;OID=.;OPOS=204587569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:81:81:63:63:0.4375:40:23:41:40:40:23:41:40 chr1 204588140 . G A 431.89 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0111124;FXX=0.0117633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.718;QD=20.566;RBI=0.0112946;REFB=-0.0201078;REVB=0.00202054;RO=39;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430801;STB=0.523509;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0146145;OID=.;OPOS=204588140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:39:41:43:43:0.511905:22:21:21:18:22:21:22:19 chr1 204589101 . G A 271.56 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0129477;FXX=0.0285673;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.372;QD=15.9739;RBI=0.0236578;REFB=-0.027202;REVB=0.0198002;RO=36;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715795;STB=0.556848;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0302506;OID=.;OPOS=204589101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:36:38:30:30:0.441176:18:12:17:19:18:12:19:19 chr1 204589623 . G A 576.58 PASS AF=0.46875;AO=57;DP=127;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00628743;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.125;QD=18.0182;RBI=0.0602624;REFB=0.00338051;REVB=0.0599335;RO=67;SAF=36;SAR=21;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657935;STB=0.522573;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00473403;OID=.;OPOS=204589623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:67:68:57:60:0.46875:21:36:38:29:24:36:38:30 chr1 204590044 . G A 3360.99 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946985;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.594;QD=61.9537;RBI=0.033836;REFB=0.00933658;REVB=0.0324838;RO=1;SAF=118;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483687;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90002e-06;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:217:217:1:0:216:217:1:98:118:0:1:98:119:0:0 chr1 204591237 . A G 1565.66 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.308;QD=59.6443;RBI=0.032477;REFB=0;REVB=0.0312541;RO=0;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8279e-05;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:103:105:1:48:55:0:0:48:57:0:0 chr1 204943947 . C A 310.05 PASS AF=0.368932;AO=35;DP=100;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0215589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.879;QD=12.0406;RBI=0.0286295;REFB=-0.0115216;REVB=-0.0188378;RO=64;SAF=18;SAR=17;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121141;STB=0.595394;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.025223;OID=.;OPOS=204943947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:64:65:35:38:0.368932:17:18:26:38:17:21:26:39 chr1 204966690 . G A 3052.16 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116737;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.344;QD=63.5866;RBI=0.0315799;REFB=0;REVB=0.029343;RO=0;SAF=85;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.028e-05;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:192:0:0:189:192:1:104:85:0:0:104:88:0:0 chr1 204970302 . T C 1067.46 PASS AF=0.482609;AO=104;DP=224;FAO=111;FDP=230;FR=.;FRO=119;FSAF=40;FSAR=71;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=-0.00151216;FXX=0.012875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.883;QD=18.5646;RBI=0.00179098;REFB=-0.0161335;REVB=0.000959667;RO=115;SAF=37;SAR=67;SRF=63;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187145;STB=0.594316;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0136498;OID=.;OPOS=204970302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:230:115:119:104:111:0.482609:67:37:63:52:71:40:64:55 chr1 204978533 . A G 2111.58 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.871;QD=62.5653;RBI=0.00521235;REFB=0;REVB=-0.00295413;RO=0;SAF=58;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10921e-06;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:135:0:0:131:135:1:73:58:0:0:74:61:0:0 chr1 204991770 . C T 2828.78 PASS AF=0.994505;AO=179;DP=180;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1371;QD=62.171;RBI=0.0440815;REFB=-0.0427125;REVB=-0.0283282;RO=1;SAF=97;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488277;STB=0.502512;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000106005;OID=.;OPOS=204991770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:180:182:1:1:179:181:0.994505:82:97:1:0:82:99:1:0 chr1 205031116 . C T 7446.52 PASS AF=0.989583;AO=474;DP=480;FAO=475;FDP=480;FR=.;FRO=5;FSAF=277;FSAR=198;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0231579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0782;QD=62.0544;RBI=0.0249854;REFB=-0.00736309;REVB=-0.00938005;RO=5;SAF=276;SAR=198;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856884;STB=0.504472;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000215522;OID=.;OPOS=205031116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:480:480:5:5:474:475:0.989583:198:276:5:0:198:277:5:0 chr1 205052939 . G A 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.073;QD=58.2367;RBI=0.0339401;REFB=0;REVB=-0.03201;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62482e-05;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr1 205053219 . C T 2191.52 PASS AF=0.967532;AO=149;DP=154;FAO=149;FDP=154;FR=.;FRO=5;FSAF=82;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0165144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.485;QD=56.9227;RBI=0.0296108;REFB=-0.0507301;REVB=0.0245779;RO=3;SAF=82;SAR=67;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208166;STB=0.504925;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.000508905;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:154:154:3:5:149:149:0.967532:67:82:0:3:67:82:2:3 chr1 205056844 . T A,TTA 586.62 PASS AF=0,0.97561;AO=4,34;DP=48;FAO=0,40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=0,18;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101643,0.0297284;FXX=0.0888691;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=266.253,292.214;QD=57.2314;RBI=0.0123883,0.0309411;REFB=-0.00612028,-0.0258344;REVB=0.00708213,0.00857736;RO=5;SAF=3,15;SAR=1,19;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0609289,-0.0858027;STB=0.5,0.511106;STBP=1,0.512;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000790458;OID=.,.;OPOS=205056844,205056845;OREF=T,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:48:41:5:1:4,34:0,40:0,0.97561:1,19:3,15:4:1:0,22:0,18:0:1 chr1 205129319 . G A 1572.72 PASS AF=0.973214;AO=108;DP=112;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0390879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3758;QD=56.1685;RBI=0.0405397;REFB=-0.138599;REVB=0.0107519;RO=3;SAF=55;SAR=53;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251842;STB=0.513272;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00384171;OID=.;OPOS=205129319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:112:3:3:108:109:0.973214:53:55:3:0:54:55:3:0 chr1 205130413 . A G 2586.3 PASS AF=0.994083;AO=167;DP=168;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0518172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3717;QD=61.2141;RBI=0.0977475;REFB=-0.0557633;REVB=-0.0828827;RO=1;SAF=87;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543905;STB=0.502857;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000110574;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:169:1:1:167:168:0.994083:80:87:1:0:81:87:1:0 chr1 205272926 . C T 262.07 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0120089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.486;QD=25.5676;RBI=0.0324307;REFB=-0.0222871;REVB=-0.0301254;RO=17;SAF=17;SAR=7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110032;STB=0.560676;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0139882;OID=.;OPOS=205272926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:7:17:14:3:7:17:14:3 chr1 205272983 . C G 482.79 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.00972567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.19;QD=26.097;RBI=0.0157956;REFB=-0.0332348;REVB=-0.0124464;RO=29;SAF=30;SAR=15;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764847;STB=0.541649;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.019171;OID=.;OPOS=205272983;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:15:30:22:7:15:30:22:7 chr1 205273146 . GCA CAG 77.59 PASS AF=0.245283;AO=12;DP=54;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.000260374;FXX=0.0185151;HRUN=6;LEN=3;MLLD=33.2367;QD=5.85611;RBI=0.0278445;REFB=-0.0160993;REVB=0.0278432;RO=32;SAF=12;SAR=0;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.797466;STB=0.92507;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.108166;OID=.;OPOS=205273146;OREF=GCA;OALT=CAG;OMAPALT=CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:54:53:32:40:12:13:0.245283:0:12:12:20:1:12:14:26 chr1 205275421 . A G 2070.74 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.123;QD=62.2779;RBI=0.0230568;REFB=0;REVB=-0.0131319;RO=0;SAF=45;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83926e-05;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:131:133:1:86:45:0:0:88:45:0:0 chr1 205306590 . G A 1080.02 PASS AF=0.480349;AO=110;DP=230;FAO=110;FDP=229;FR=.;FRO=119;FSAF=32;FSAR=78;FSRF=59;FSRR=60;FWDB=0.0111386;FXX=0.00434764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.793;QD=18.865;RBI=0.0117019;REFB=-0.0143012;REVB=-0.00358708;RO=118;SAF=32;SAR=78;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213616;STB=0.616445;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.01339;OID=.;OPOS=205306590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:118:119:110:110:0.480349:78:32:59:59:78:32:59:60 chr1 205492756 . A G 1556.41 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.505;QD=59.8621;RBI=0.0367637;REFB=0;REVB=-0.0261752;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79729e-07;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:102:104:1:62:40:0:0:63:41:0:0 chr1 205564196 . T A 140.73 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00494323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.439;QD=13.0914;RBI=0.00564543;REFB=-0.00323656;REVB=0.00272678;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838765;STB=0.521445;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00608148;OID=.;OPOS=205564196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:27:15:16:0.372093:9:6:11:16:10:6:11:16 chr1 205570406 . T A 533.99 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0261263;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5025;QD=16.9521;RBI=0.0303123;REFB=-0.0309692;REVB=-0.0153705;RO=68;SAF=29;SAR=28;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080334;STB=0.54837;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0362331;OID=.;OPOS=205570406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:68:69:57:57:0.452381:28:29:29:39:28:29:29:40 chr1 205588637 . C T 153.58 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0431735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0992;QD=10.5917;RBI=0.0610172;REFB=-0.00720223;REVB=-0.0431178;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243631;STB=0.514271;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0204288;OID=.;OPOS=205588637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:12:8:16:22:12:8:16:22 chr1 205589574 . C T 362.97 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00120223;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5961;QD=20.4489;RBI=0.021658;REFB=-0.00461346;REVB=0.0216246;RO=33;SAF=21;SAR=16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222339;STB=0.628675;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00253211;OID=.;OPOS=205589574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:33:34:37:37:0.521127:16:21:10:23:16:21:10:24 chr1 205626995 . C G 265.32 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0163506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2614;QD=13.266;RBI=0.0174687;REFB=-0.00465508;REVB=0.00614946;RO=48;SAF=12;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100403;STB=0.551833;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0123135;OID=.;OPOS=205626995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:19:12:23:25:19:12:23:26 chr1 205627101 . AC AA,A 104.34 PASS AF=0.0571429,0.361905;AO=6,40;DP=107;FAO=6,38;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=0,23;FSAR=6,15;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0234431,-0.0136861;FXX=0.0186898;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=18.3898,6.79869;QD=3.975;RBI=0.154186,0.160911;REFB=-0.0602518,-0.0961085;REVB=0.152394,0.160328;RO=43;SAF=0,27;SAR=6,13;SRF=18;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.610592,0.24503;STB=0.998263,0.550871;STBP=0.01,0.451;TYPE=snp,del;VARB=0.000195501,0.0403307;OID=.,.;OPOS=205627102,205627102;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0571429,0.361905:6,40:107:6,38:105:61:0,23:6,15:32:29:75:43:0,27:6,13:18:25 chr1 205738110 . C T 246.26 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0179289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8809;QD=13.4934;RBI=0.0219373;REFB=-0.00328418;REVB=-0.0126413;RO=43;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103356;STB=0.552545;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00556557;OID=.;OPOS=205738110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:12:17:21:22:12:17:22:22 chr1 205738166 . T C 735.37 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.011;QD=61.2806;RBI=0.0610311;REFB=0;REVB=0.0219476;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044542;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:48:0:0:43:48:1:20:23:0:0:21:27:0:0 chr1 205810947 . C T 1003.25 PASS AF=0.439834;AO=106;DP=241;FAO=106;FDP=241;FR=.;FRO=135;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=69;FSRR=66;FWDB=-0.0217915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7116;QD=16.6514;RBI=0.0226809;REFB=0.00170027;REVB=-0.00628938;RO=133;SAF=43;SAR=63;SRF=67;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997519;STB=0.559855;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00213595;OID=.;OPOS=205810947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:133:135:106:106:0.439834:63:43:67:66:63:43:69:66 chr1 205811828 . A T 830.41 PASS AF=0.525316;AO=83;DP=159;FAO=83;FDP=158;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0197011;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6075;QD=21.0229;RBI=0.0297726;REFB=0.00205616;REVB=0.0223221;RO=74;SAF=42;SAR=41;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180756;STB=0.512966;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0019197;OID=.;OPOS=205811828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:74:75:83:83:0.525316:41:42:39:35:41:42:40:35 chr1 205814497 . T C 1116.4 PASS AF=0.497778;AO=112;DP=226;FAO=112;FDP=225;FR=.;FRO=113;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.0149753;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.83;QD=19.8471;RBI=0.017126;REFB=-0.0147731;REVB=0.00830891;RO=113;SAF=57;SAR=55;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120712;STB=0.506629;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0114556;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:113:113:112:112:0.497778:55:57:59:54:55:57:59:54 chr1 205817018 . T C 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0309854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.5;QD=10.6293;RBI=0.0350246;REFB=-0.0106122;REVB=0.0163286;RO=42;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689897;STB=0.53524;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0157701;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:44:23:23:0.343284:14:9:14:28:14:9:15:29 chr1 205819039 . C T 759.36 PASS AF=0.416244;AO=82;DP=197;FAO=82;FDP=197;FR=.;FRO=115;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=0.0101172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.887;QD=15.4184;RBI=0.0148868;REFB=-0.0063626;REVB=0.0109205;RO=115;SAF=30;SAR=52;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103287;STB=0.557897;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0104122;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:115:115:82:82:0.416244:52:30:53:62:52:30:53:62 chr1 205819104 . G A 772.15 PASS AF=0.438503;AO=82;DP=188;FAO=82;FDP=187;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=64;FWDB=0.0290618;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.044;QD=16.5167;RBI=0.0292215;REFB=-0.00723085;REVB=0.00305146;RO=105;SAF=32;SAR=50;SRF=41;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000246069;STB=0.500137;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120004;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:105:105:82:82:0.438503:50:32:41:64:50:32:41:64 chr1 205890817 . C CG,G 112.95 PASS AF=0.109948,0.0628272;AO=33,12;DP=199;FAO=21,12;FDP=191;FR=.;FRO=158;FSAF=7,11;FSAR=14,1;FSRF=49;FSRR=109;FWDB=-0.0558272,0.00727888;FXX=0.0103622;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=57.2116,77.267;QD=2.36548;RBI=0.0570862,0.0194799;REFB=-0.00553025,-0.00628457;REVB=-0.011923,-0.0180689;RO=152;SAF=14,11;SAR=19,1;SRF=44;SRR=108;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.187008,0.615464;STB=0.523382,0.952203;STBP=0.832,0.012;TYPE=ins,snp;VARB=0.107184,0.0744736;OID=.,.;OPOS=205890818,205890817;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:199:191:152:158:33,12:21,12:0.109948,0.0628272:19,1:14,11:44:108:14,1:7,11:49:109 chr1 206516261 . C T 662.11 PASS AF=0.417143;AO=73;DP=176;FAO=73;FDP=175;FR=.;FRO=102;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=64;FWDB=0.0131411;FXX=0.016853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5986;QD=15.1339;RBI=0.075819;REFB=-0.0211683;REVB=0.0746715;RO=101;SAF=36;SAR=37;SRF=38;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121746;STB=0.570424;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0222894;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:101:102:73:73:0.417143:37:36:38:63:37:36:38:64 chr1 206566195 . C T 281.57 PASS AF=0.189591;AO=51;DP=268;FAO=51;FDP=269;FR=.;FRO=218;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=72;FSRR=146;FWDB=0.0594161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0282;QD=4.18692;RBI=0.059481;REFB=-0.000399112;REVB=-0.00277688;RO=216;SAF=13;SAR=38;SRF=71;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115107;STB=0.574498;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00169691;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:269:216:218:51:51:0.189591:38:13:71:145:38:13:72:146 chr1 206566904 . T C 960.37 PASS AF=0.434599;AO=99;DP=233;FAO=103;FDP=237;FR=.;FRO=134;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=46;FSRR=88;FWDB=-0.0161863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.775;QD=16.2087;RBI=0.0162102;REFB=-0.0137815;REVB=-0.000881221;RO=131;SAF=37;SAR=62;SRF=46;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248702;STB=0.515697;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0147907;OID=.;OPOS=206566904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:237:131:134:99:103:0.434599:62:37:46:85:65:38:46:88 chr1 206603535 . G A 1452.71 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.51;QD=63.1611;RBI=0.00362376;REFB=0;REVB=-0.000411075;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61382e-06;OID=.;OPOS=206603535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr1 206635570 . C T 2854.57 PASS AF=0.942584;AO=199;DP=212;FAO=197;FDP=209;FR=.;FRO=12;FSAF=89;FSAR=108;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0100076;FXX=0.0141503;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.894;QD=54.6329;RBI=0.0106689;REFB=-0.034343;REVB=-0.00369777;RO=6;SAF=88;SAR=111;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220188;STB=0.522017;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000262529;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:212:209:6:12:199:197:0.942584:111:88:5:1:108:89:10:2 chr1 206647742 . A G 3291.11 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7408;QD=62.0964;RBI=0.0959346;REFB=0;REVB=-0.0953985;RO=0;SAF=113;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003044;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:212:0:0:212:212:1:99:113:0:0:99:113:0:0 chr1 206647787 . T C 3536.43 PASS AF=1;AO=225;DP=226;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158865;FXX=0.00440509;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.852;QD=62.5916;RBI=0.0445863;REFB=-0.0518306;REVB=0.04166;RO=1;SAF=111;SAR=114;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00416166;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0972e-05;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:226:226:1:0:225:226:1:114:111:0:1:115:111:0:0 chr1 206651107 . G A 3796.97 PASS AF=0.980392;AO=248;DP=254;FAO=250;FDP=255;FR=.;FRO=5;FSAF=135;FSAR=115;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0190306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.889;QD=59.5603;RBI=0.0509905;REFB=-0.108383;REVB=0.0473061;RO=3;SAF=134;SAR=114;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289778;STB=0.505135;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000224184;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:254:255:3:5:248:250:0.980392:114:134:2:1:115:135:4:1 chr1 206665052 . C T 1476.03 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129207;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9058;QD=63.4853;RBI=0.0211798;REFB=0;REVB=-0.0167822;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50142e-05;OID=.;OPOS=206665052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:40:53:0:0:40:53:0:0 chr1 206665837 . G A 2723.91 PASS AF=0.988764;AO=176;DP=179;FAO=176;FDP=178;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0132735;FXX=0.00558628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.0017;QD=61.2115;RBI=0.0135092;REFB=-0.0468209;REVB=0.00251253;RO=2;SAF=66;SAR=110;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284959;STB=0.501497;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0005243;OID=.;OPOS=206665837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:179:178:2:2:176:176:0.988764:110:66:1:1:110:66:1:1 chr1 206680983 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5831;QD=49.599;RBI=0.0760069;REFB=0;REVB=-0.0537533;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00356618;OID=.;OPOS=206680983;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr1 206757857 . C A 1130.77 PASS AF=0.518519;AO=112;DP=217;FAO=112;FDP=216;FR=.;FRO=104;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=-0.0223534;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5728;QD=20.9403;RBI=0.0285523;REFB=0.00282653;REVB=0.017764;RO=102;SAF=49;SAR=63;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00542755;STB=0.507066;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00287263;OID=.;OPOS=206757857;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:102:104:112:112:0.518519:63:49:44:58:63:49:44:60 chr1 206758077 . T A 57.31 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6649;QD=12.7352;RBI=0.00700596;REFB=-0.0232188;REVB=-0.00700596;RO=10;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.02762;OID=.;OPOS=206758077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:7:8:0.444444:7:0:0:10:8:0:0:10 chr1 206773659 . A G 3288.24 PASS AF=1;AO=181;DP=192;FAO=212;FDP=212;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=99;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200811;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.621;QD=62.0422;RBI=0.0966117;REFB=0;REVB=0.0945017;RO=0;SAF=84;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115002;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:192:212:0:0:181:212:1:97:84:0:0:113:99:0:0 chr1 206905043 . C T 458.62 PASS AF=0.425;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.022754;FXX=0.0322555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.521;QD=15.2873;RBI=0.0237124;REFB=-0.00996057;REVB=-0.00667323;RO=68;SAF=31;SAR=20;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208305;STB=0.516836;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0119238;OID=.;OPOS=206905043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:120:68:69:51:51:0.425:20:31:40:28:20:31:40:29 chr1 207015957 . T C 1085.25 PASS AF=0.47234;AO=111;DP=235;FAO=111;FDP=235;FR=.;FRO=124;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=0.0637131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.595;QD=18.4724;RBI=0.0684827;REFB=0.0158785;REVB=-0.0251103;RO=121;SAF=63;SAR=48;SRF=52;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130267;STB=0.577968;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0182775;OID=.;OPOS=207015957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:121:124:111:111:0.47234:48:63:52:69:48:63:52:72 chr1 207109116 . C T 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4739;QD=52.606;RBI=0.169947;REFB=0;REVB=0.0873193;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00631265;OID=.;OPOS=207109116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr1 207110936 . T C 1605.55 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.34;QD=64.2221;RBI=0.00796589;REFB=0;REVB=0.0067044;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21613e-06;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr1 207132344 . C CG 924.78 PASS AF=1;AO=10;DP=90;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425227;FXX=0.0238067;HRUN=0;LEN=1;MLLD=151.831;QD=45.111;RBI=0.00626823;REFB=0;REVB=-0.00460531;RO=79;SAF=3;SAR=7;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276003;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.58333e-06;OID=.;OPOS=207132345;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:90:82:82:0:43:39:0:0:18:79:3:7:42:37 chr1 207132345 . A G 1002.79 PASS AF=0.879518;AO=72;DP=83;FAO=73;FDP=83;FR=.;FRO=10;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0127642;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.967;QD=48.327;RBI=0.0292404;REFB=-0.00334582;REVB=-0.0263074;RO=10;SAF=40;SAR=32;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589455;STB=0.529969;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=4.47903e-05;OID=.;OPOS=207132345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:83:10:10:72:73:0.879518:32:40:3:7:33:40:3:7 chr1 207132347 . A G 44.16 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0260418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1646;QD=2.15408;RBI=0.0860649;REFB=-0.00726369;REVB=-0.0820304;RO=72;SAF=3;SAR=7;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304875;STB=0.719665;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0729309;OID=.;OPOS=207132347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:82:82:72:72:10:10:0.121951:7:3:40:32:7:3:40:32 chr1 207134050 . G A 296.58 PASS AF=0.276316;AO=42;DP=155;FAO=42;FDP=152;FR=.;FRO=110;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=0.0475572;FXX=0.0193536;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6307;QD=7.80476;RBI=0.052952;REFB=0.00340504;REVB=0.0232856;RO=113;SAF=24;SAR=18;SRF=63;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173768;STB=0.519075;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00711401;OID=.;OPOS=207134050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:152:113:110:42:42:0.276316:18:24:63:50:18:24:60:50 chr1 207140440 . C T 2218.12 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=145;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00623387;FXX=0.0205465;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.492;QD=62.0454;RBI=0.00698332;REFB=-0.0688154;REVB=-0.00314733;RO=1;SAF=48;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980223;STB=0.505154;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000299161;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:143:1:1:141:142:0.993007:93:48:1:0:94:48:1:0 chr1 207143422 . A G 1644.66 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218108;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.335;QD=60.3546;RBI=0.0330622;REFB=0;REVB=-0.0248474;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.74963e-06;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:58:51:0:0:58:51:0:0 chr1 207195779 . A G 748.21 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0458962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7139;QD=51.6005;RBI=0.0572593;REFB=0.061048;REVB=0.0342369;RO=3;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434591;STB=0.523069;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00436845;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:31:24:0:3:31:24:0:3 chr1 207217359 . T C 144.39 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00297093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.626;QD=16.502;RBI=0.0129257;REFB=-0.014222;REVB=-0.0125797;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13619;STB=0.571341;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.010735;OID=.;OPOS=207217359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:18:19:15:16:0.457143:8:7:11:7:8:8:12:7 chr1 207220800 . C A 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00554004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.495;QD=16.8091;RBI=0.013229;REFB=-0.0153652;REVB=-0.0120131;RO=42;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179067;STB=0.600238;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0196883;OID=.;OPOS=207220800;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:16:19:15:27:16:19:15:27 chr1 207251178 . G T 349.15 PASS AF=0.245059;AO=61;DP=230;FAO=62;FDP=253;FR=.;FRO=191;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=77;FSRR=114;FWDB=0.0249276;FXX=0.0117183;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0825;QD=5.52016;RBI=0.0419289;REFB=-0.0306635;REVB=-0.0337142;RO=128;SAF=44;SAR=17;SRF=60;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308694;STB=0.678756;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0416422;OID=.;OPOS=207251178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:253:128:191:61:62:0.245059:17:44:60:68:22:40:77:114 chr1 207263829 . A G 478.8 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0177966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.707;QD=25.1998;RBI=0.0254331;REFB=-0.00817164;REVB=-0.0181693;RO=31;SAF=20;SAR=25;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125211;STB=0.568483;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00637555;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:25:20:19:12:25:20:19:12 chr1 207268779 . A G 52.9 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0119235;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.154;QD=17.6318;RBI=0.0191777;REFB=-0.017034;REVB=0.0150204;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0113411;OID=.;OPOS=207268779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:2:3:5:2:2:3 chr1 207269919 . C T 218.86 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0324895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8937;QD=11.8301;RBI=0.0335946;REFB=0.00838208;REVB=0.00854575;RO=47;SAF=8;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180514;STB=0.604749;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0182817;OID=.;OPOS=207269919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:19:8:21:26:19:8:21:26 chr1 207297680 . T C 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0115866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.819;QD=13.0291;RBI=0.0225575;REFB=0.0116585;REVB=0.0193544;RO=45;SAF=18;SAR=11;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527861;STB=0.535229;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0166114;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:11:18:30:15:11:18:31:15 chr1 207653395 . C A 1540.09 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145536;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.299;QD=59.8094;RBI=0.0206315;REFB=0;REVB=0.0146236;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7593e-05;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:54:48:0:0:54:49:0:0 chr1 207679307 . A G 6424.59 PASS AF=0.983333;AO=412;DP=428;FAO=413;FDP=420;FR=.;FRO=7;FSAF=195;FSAR=218;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00696705;FXX=0.0186912;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.403;QD=61.1866;RBI=0.0204577;REFB=-0.0651654;REVB=0.0192348;RO=7;SAF=195;SAR=217;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00142995;STB=0.500729;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.000475727;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:428:420:7:7:412:413:0.983333:217:195:3:4:218:195:3:4 chr1 207753621 . A G 3941.7 PASS AF=1;AO=244;DP=248;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012226;FXX=0.00803181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.238;QD=63.8333;RBI=0.0315296;REFB=-0.0719511;REVB=0.0290627;RO=0;SAF=120;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91544e-05;OID=.;OPOS=207753621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:248:247:0:0:244:247:1:124:120:0:0:126:121:0:0 chr1 207782916 . A T 2220.5 PASS AF=0.993333;AO=139;DP=144;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.017513;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7269;QD=59.2133;RBI=0.0234634;REFB=-0.0544825;REVB=0.0156149;RO=1;SAF=74;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638196;STB=0.503184;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=3.39747e-05;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:150:1:1:139:149:0.993333:65:74:1:0:71:78:1:0 chr1 207782931 . A G 2249.88 PASS AF=0.986207;AO=139;DP=143;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0902086;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4956;QD=62.0658;RBI=0.0999725;REFB=0.0578852;REVB=0.0430918;RO=2;SAF=71;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132029;STB=0.506578;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00012551;OID=.;OPOS=207782931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:145:2:2:139:143:0.986207:68:71:2:0:68:75:2:0 chr1 207790088 . C G 6159.48 PASS AF=1;AO=385;DP=388;FAO=389;FDP=389;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=248;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727959;FXX=0.00256404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.291;QD=63.3365;RBI=0.0728299;REFB=-0.0722996;REVB=-0.00222536;RO=3;SAF=138;SAR=247;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493709;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5743e-05;OID=.;OPOS=207790088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:388:389:3:0:385:389:1:247:138:2:1:248:141:0:0 chr1 207795320 . A G 4360.06 PASS AF=1;AO=275;DP=280;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232273;FXX=0.0141839;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5322;QD=62.7347;RBI=0.0304529;REFB=-0.0888491;REVB=0.0196944;RO=2;SAF=116;SAR=159;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814909;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476938;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:280:278:2:0:275:278:1:159:116:2:0:161:117:0:0 chr1 207812791 . A G 606.85 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0149849;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.69;QD=20.7471;RBI=0.0150772;REFB=-0.00813642;REVB=0.00166551;RO=54;SAF=31;SAR=30;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544508;STB=0.521002;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00664683;OID=.;OPOS=207812791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:54:56:61:61:0.521368:30:31:24:30:30:31:26:30 chr1 207851611 . A G 2167.95 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.394;QD=62.839;RBI=0.0184415;REFB=0;REVB=0.0183788;RO=0;SAF=66;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2226e-05;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:71:66:0:0:71:67:0:0 chr1 207857254 . A G 1278.48 PASS AF=0.527897;AO=122;DP=233;FAO=123;FDP=233;FR=.;FRO=110;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.0417874;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9021;QD=21.9481;RBI=0.0427553;REFB=-0.0161699;REVB=-0.00904608;RO=108;SAF=63;SAR=59;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141009;STB=0.509602;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0134887;OID=.;OPOS=207857254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:108:110:122:123:0.527897:59:63:54:54:59:64:55:55 chr1 207875116 . GAGA G 257.7 PASS AF=0.529412;AO=25;DP=48;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00342955;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=3;MLLD=287.46;QD=20.2114;RBI=0.00799502;REFB=-0.0138381;REVB=-0.00722209;RO=22;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319934;STB=0.518854;STBP=0.8;TYPE=del;VARB=0.00886609;OID=.;OPOS=207875117;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:25:48:27:51:24:10:17:8:16:99:22:10:15:8:14 chr1 207881557 . A G 1218.99 PASS AF=0.428115;AO=133;DP=312;FAO=134;FDP=313;FR=.;FRO=179;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=85;FSRR=94;FWDB=0.0117598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.061;QD=15.5781;RBI=0.0118903;REFB=-0.00565623;REVB=-0.00175671;RO=178;SAF=58;SAR=75;SRF=85;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430642;STB=0.519953;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00685918;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:313:178:179:133:134:0.428115:75:58:85:93:75:59:85:94 chr1 207884105 . C A 972.13 PASS AF=0.483254;AO=101;DP=211;FAO=101;FDP=209;FR=.;FRO=108;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=-0.105148;FXX=0.00947822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9766;QD=18.6054;RBI=0.105178;REFB=0.00148594;REVB=-0.0024878;RO=107;SAF=37;SAR=64;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984219;STB=0.557116;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00202946;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:209:107:108:101:101:0.483254:64:37:50:57:64:37:51:57 chr1 207884107 . G A 975.72 PASS AF=0.485577;AO=101;DP=208;FAO=101;FDP=208;FR=.;FRO=107;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=0.00130439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.299;QD=18.7638;RBI=0.0014381;REFB=0.00693761;REVB=0.000605548;RO=107;SAF=39;SAR=62;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870795;STB=0.548016;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00862776;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:107:107:101:101:0.485577:62:39:51:56:62:39:51:56 chr1 207885881 . C T 848.2 PASS AF=0.455;AO=91;DP=202;FAO=91;FDP=200;FR=.;FRO=109;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=0.000902195;FXX=0.0099005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.539;QD=16.9641;RBI=0.0380907;REFB=-0.00119639;REVB=-0.03808;RO=109;SAF=49;SAR=42;SRF=49;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872871;STB=0.548377;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0008531;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:200:109:109:91:91:0.455:42:49:49:60:42:49:49:60 chr1 207886150 . C T 1613.55 PASS AF=0.475219;AO=162;DP=343;FAO=163;FDP=343;FR=.;FRO=180;FSAF=68;FSAR=95;FSRF=69;FSRR=111;FWDB=0.00291311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.157;QD=18.817;RBI=0.00553952;REFB=-0.0116255;REVB=-0.0047117;RO=178;SAF=68;SAR=94;SRF=68;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371175;STB=0.518371;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0128821;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:343:178:180:162:163:0.475219:94:68:68:110:95:68:69:111 chr1 207888739 . G T 1344.38 PASS AF=0.444444;AO=142;DP=327;FAO=144;FDP=324;FR=.;FRO=180;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=72;FSRR=108;FWDB=-0.013974;FXX=0.0151971;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.995;QD=16.5973;RBI=0.0149719;REFB=-0.00531802;REVB=-0.00537445;RO=178;SAF=72;SAR=70;SRF=72;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102914;STB=0.555548;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00752541;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:324:178:180:142:144:0.444444:70:72:72:106:72:72:72:108 chr1 207890866 . T C 1362.64 PASS AF=0.469055;AO=140;DP=301;FAO=144;FDP=307;FR=.;FRO=163;FSAF=82;FSAR=62;FSRF=67;FSRR=96;FWDB=-0.0531065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4054;QD=17.7542;RBI=0.0547232;REFB=0.00907738;REVB=-0.0132033;RO=160;SAF=78;SAR=62;SRF=65;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145214;STB=0.58375;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0192479;OID=.;OPOS=207890866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:307:160:163:140:144:0.469055:62:78:65:95:62:82:67:96 chr1 207941191 . G T 1517.47 PASS AF=1;AO=74;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127733;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.025;QD=62.576;RBI=0.0242716;REFB=0;REVB=-0.0206386;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233564;OID=.;OPOS=207941191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:74:97:1:41:33:0:0:53:44:0:0 chr1 208207839 . G A 541.79 PASS AF=0.409722;AO=58;DP=145;FAO=59;FDP=144;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.00177859;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.841;QD=15.0496;RBI=0.0209941;REFB=-0.0272852;REVB=0.0209187;RO=85;SAF=25;SAR=33;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808774;STB=0.50012;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0312781;OID=.;OPOS=208207839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:85:85:58:59:0.409722:33:25:36:49:34:25:36:49 chr1 208252777 . G C 843.78 PASS AF=0.533784;AO=79;DP=148;FAO=79;FDP=148;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0103456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.487;QD=22.8048;RBI=0.0138553;REFB=-0.0253041;REVB=0.00921619;RO=69;SAF=33;SAR=46;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148826;STB=0.508152;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0207386;OID=.;OPOS=208252777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:69:69:79:79:0.533784:46:33:30:39:46:33:30:39 chr1 208391098 . T C 1404.88 PASS AF=0.569565;AO=130;DP=231;FAO=131;FDP=230;FR=.;FRO=99;FSAF=50;FSAR=81;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=-0.0107759;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3715;QD=24.4327;RBI=0.0118826;REFB=0.00556847;REVB=-0.00500742;RO=98;SAF=50;SAR=80;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142252;STB=0.576403;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00476156;OID=.;OPOS=208391098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:98:99:130:131:0.569565:80:50:55:43:81:50:55:44 chr1 209605636 . TAGCAGCAGCAGC T,TC 145.96 PASS AF=0.405405,0;AO=13,2;DP=18;FAO=15,0;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=4,0;FSAR=11,0;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0294601,-0.0101012;FXX=0.0512689;HRUN=1,1;LEN=12,11;MLLD=273.799,271.172;QD=15.7796;RBI=0.0371046,0.0333058;REFB=-0.0087573,-0.00498411;REVB=-0.0225579,-0.0317371;RO=0;SAF=4,0;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.625838,0.5;STBP=0.21,1;TYPE=del,del;VARB=0.00928948,0;OID=.,.;OPOS=209605637,209605637;OREF=AGCAGCAGCAGC,AGCAGCAGCAG;OALT=-,-;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405405,0:13,2:18:15,0:37:22:4,0:11,0:10:12:99:0:4,0:9,2:0:0 chr1 209782343 . A G 4616.25 PASS AF=1;AO=295;DP=297;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118112;FXX=0.0264018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.55;QD=62.5932;RBI=0.0203929;REFB=0;REVB=-0.0166243;RO=0;SAF=128;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012473;OID=.;OPOS=209782343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:297:295:0:0:295:295:1:167:128:0:0:167:128:0:0 chr1 209785206 . G A 192.5 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0149601;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2022;QD=15.0977;RBI=0.0260311;REFB=-0.0195552;REVB=0.0213029;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240293;STB=0.503594;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0134548;OID=.;OPOS=209785206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:29:22:22:0.431373:12:10:12:13:12:10:13:16 chr1 209788703 . T C 998.99 PASS AF=0.536313;AO=96;DP=180;FAO=96;FDP=179;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=65;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=-0.00904347;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.896;QD=22.3239;RBI=0.0188439;REFB=-0.00272104;REVB=-0.0165321;RO=84;SAF=31;SAR=65;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221097;STB=0.618192;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00187784;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:84:83:96:96:0.536313:65:31:48:36:65:31:47:36 chr1 209799253 . A G 687.19 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00967958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8511;QD=18.827;RBI=0.0227732;REFB=-0.0105672;REVB=-0.0206137;RO=76;SAF=37;SAR=32;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840126;STB=0.543026;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0139974;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:76:77:69:69:0.472603:32:37:34:42:32:37:35:42 chr1 209800230 . C T 1628.41 PASS AF=0.485207;AO=163;DP=336;FAO=164;FDP=338;FR=.;FRO=174;FSAF=104;FSAR=60;FSRF=88;FSRR=86;FWDB=0.0267654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.792;QD=19.2712;RBI=0.0308946;REFB=-0.00506037;REVB=0.0154301;RO=172;SAF=104;SAR=59;SRF=87;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128357;STB=0.568595;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00632332;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:338:172:174:163:164:0.485207:59:104:87:85:60:104:88:86 chr1 209801519 . C T 420.94 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0045176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.783;QD=17.7237;RBI=0.0168034;REFB=-0.0141209;REVB=0.0161847;RO=46;SAF=18;SAR=24;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570921;STB=0.508317;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.022683;OID=.;OPOS=209801519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:52:42:43:0.452632:24:18:17:29:25:18:21:31 chr1 209807972 . G A 129.99 PASS AF=0.314815;AO=16;DP=52;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00189241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.766;QD=9.62914;RBI=0.0133352;REFB=-0.0227905;REVB=0.0132002;RO=36;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194803;STB=0.622491;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0371866;OID=.;OPOS=209807972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:36:37:16:17:0.314815:11:5:17:19:12:5:17:20 chr1 209823354 . G A 651.87 PASS AF=0.461039;AO=69;DP=152;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.0325346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5426;QD=16.9318;RBI=0.0577713;REFB=-0.00103393;REVB=-0.0477391;RO=83;SAF=34;SAR=35;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105662;STB=0.550593;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0026608;OID=.;OPOS=209823354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:83:83:69:71:0.461039:35:34:32:51:37:34:32:51 chr1 209849399 . AG A 432.59 PASS AF=0.470588;AO=47;DP=111;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00964341;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.089;QD=16.9642;RBI=0.00966876;REFB=-0.0310461;REVB=0.000699677;RO=63;SAF=25;SAR=22;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153139;STB=0.589915;STBP=0.094;TYPE=del;VARB=0.0321148;OID=.;OPOS=209849400;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:47:111:48:102:54:26:22:20:34:99:63:25:22:24:39 chr1 209849406 . T G 458.94 PASS AF=0.439655;AO=48;DP=113;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-2.0198e-05;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.54;QD=15.8253;RBI=0.0479793;REFB=-0.0305702;REVB=-0.0479793;RO=65;SAF=25;SAR=23;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18609;STB=0.616367;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0278549;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:65:65:48:51:0.439655:23:25:22:43:23:28:22:43 chr1 209933528 . G A 697.91 PASS AF=0.535433;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.0279878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9471;QD=21.9813;RBI=0.0290529;REFB=-0.0392743;REVB=0.00779453;RO=58;SAF=32;SAR=36;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12173;STB=0.569802;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0315096;OID=.;OPOS=209933528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:58:59:68:68:0.535433:36:32:19:39:36:32:19:40 chr1 209933660 . G C 412.4 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0376046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9483;QD=15.8617;RBI=0.0437927;REFB=-0.0209239;REVB=-0.0224431;RO=58;SAF=19;SAR=27;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183962;STB=0.510305;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0270711;OID=.;OPOS=209933660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:27:19:25:33:27:19:25:33 chr1 209950760 . C G 6097.28 PASS AF=1;AO=377;DP=383;FAO=383;FDP=383;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=213;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187616;FXX=0.0154238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.923;QD=63.6791;RBI=0.0268066;REFB=0;REVB=0.0191467;RO=0;SAF=168;SAR=209;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61582e-05;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:383:383:0:0:377:383:1:209:168:0:0:213:170:0:0 chr1 209964080 . C T 650.56 PASS AF=0.612903;AO=57;DP=93;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000723159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.197;QD=27.9809;RBI=0.015732;REFB=-0.0124464;REVB=0.0157154;RO=36;SAF=28;SAR=29;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033315;STB=0.518121;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00549242;OID=.;OPOS=209964080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:36:36:57:57:0.612903:29:28:16:20:29:28:16:20 chr1 209968684 . C A 2771.41 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.155;QD=62.6306;RBI=0.0243395;REFB=0;REVB=-0.000723551;RO=0;SAF=112;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48604e-05;OID=.;OPOS=209968684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:65:112:0:0:65:112:0:0 chr1 210004199 . C G 329.14 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0214116;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.726;QD=13.4341;RBI=0.0241389;REFB=0.00325402;REVB=-0.0111458;RO=59;SAF=17;SAR=21;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065552;STB=0.532345;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00682696;OID=.;OPOS=210004199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:59:60:38:38:0.387755:21:17:30:29:21:17:30:30 chr1 210006603 . C T 637.05 PASS AF=0.42515;AO=71;DP=167;FAO=71;FDP=167;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=-0.000818479;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.268;QD=15.2586;RBI=0.00614343;REFB=-0.00800522;REVB=0.00608866;RO=92;SAF=29;SAR=42;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939042;STB=0.553373;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00895219;OID=.;OPOS=210006603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:92:96:71:71:0.42515:42:29:46:46:42:29:48:48 chr1 210267893 . TGAAGAA TGAA,TGAAGAT 446.79 PASS AF=0.522727,0;AO=42,6;DP=96;FAO=46,0;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=18,0;FSAR=28,0;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0152911,-0.00261251;FXX=0.063823;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=200.886,93.1078;QD=20.3088;RBI=0.0152964,0.0292334;REFB=-0.0126122,0.0184859;REVB=-0.000401628,-0.0291165;RO=42;SAF=15,0;SAR=27,6;SRF=20;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112363,-0.633279;STB=0.530181,0.5;STBP=0.57,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00998797,0;OID=.,.;OPOS=210267894,210267899;OREF=GAA,A;OALT=-,T;OMAPALT=TGAA,TGAAGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522727,0:42,6:96:46,0:88:42:18,0:28,0:19:23:99:42:15,0:27,6:20:22 chr1 210334081 . T C 457.66 PASS AF=0.5;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0082137;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.201;QD=20.3402;RBI=0.0253074;REFB=-0.0136887;REVB=0.0239374;RO=44;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00843416;STB=0.511516;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0139677;OID=.;OPOS=210334081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:44:45:45:45:0.5:27:18:18:26:27:18:19:26 chr1 210337043 . A G,T 615.92 PASS AF=0.888889,0;AO=46,3;DP=54;FAO=48,0;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=22,0;FSAR=26,0;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.118047,-0.0228767;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=117.05,29.5363;QD=45.6237;RBI=0.119836,0.0394481;REFB=-0.163141,-0.0247298;REVB=0.0206313,-0.0321373;RO=2;SAF=21,1;SAR=25,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0034276,-0.111102;STB=0.504656,0.5;STBP=0.918,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00539899,0;OID=.,.;OPOS=210337043,210337043;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:54:54:2:6:46,3:48,0:0.888889,0:25,2:21,1:1:1:26,0:22,0:3:3 chr1 210407031 . G T 1609.27 PASS AF=0.473088;AO=167;DP=353;FAO=167;FDP=353;FR=.;FRO=186;FSAF=75;FSAR=92;FSRF=88;FSRR=98;FWDB=-0.0189861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.862;QD=18.2353;RBI=0.0196426;REFB=-0.0407103;REVB=0.00503572;RO=182;SAF=75;SAR=92;SRF=86;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223856;STB=0.512752;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0420379;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:353:182:186:167:167:0.473088:92:75:86:96:92:75:88:98 chr1 210547505 . C G 658.88 PASS AF=0.441718;AO=71;DP=164;FAO=72;FDP=163;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.00772922;FXX=0.00609719;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.889;QD=16.1688;RBI=0.0253787;REFB=-0.0104578;REVB=0.0241731;RO=91;SAF=33;SAR=38;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300106;STB=0.512458;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0117752;OID=.;OPOS=210547505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:91:91:71:72:0.441718:38:33:45:46:38:34:45:46 chr1 210577873 . G C 1214.84 PASS AF=0.493827;AO=120;DP=243;FAO=120;FDP=243;FR=.;FRO=123;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.00117587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.3;QD=19.9974;RBI=0.0500095;REFB=-0.0128685;REVB=-0.0499956;RO=122;SAF=71;SAR=49;SRF=53;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144931;STB=0.577661;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0110752;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:122:123:120:120:0.493827:49:71:53:69:49:71:54:69 chr1 210804430 . G A 508.93 PASS AF=0.41791;AO=56;DP=134;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=-0.0255455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.384;QD=15.192;RBI=0.0306692;REFB=0.00276589;REVB=-0.0169715;RO=77;SAF=26;SAR=30;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119296;STB=0.562141;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0036512;OID=.;OPOS=210804430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:77:78:56:56:0.41791:30:26:27:50:30:26:28:50 chr1 210857457 . A G 237.65 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0608448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.799;QD=18.6389;RBI=0.0640015;REFB=-0.0146038;REVB=-0.0198519;RO=26;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971033;STB=0.554266;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0425046;OID=.;OPOS=210857457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:17:8:6:20:17:8:6:20 chr1 211380770 . T C 3996.91 PASS AF=1;AO=240;DP=241;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.845;QD=62.2088;RBI=0.0664603;REFB=0;REVB=0.05643;RO=0;SAF=116;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49175e-05;OID=.;OPOS=211380770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:241:257:0:0:240:257:1:124:116:0:0:140:117:0:0 chr1 211451467 . T C 339.23 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00741022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.398;QD=20.5596;RBI=0.00877916;REFB=-0.0168114;REVB=0.00470769;RO=31;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114203;STB=0.506325;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.013931;OID=.;OPOS=211451467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:14:21:19:12:14:21:19:12 chr1 211846876 . A G 2385.6 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.268;QD=61.1692;RBI=0.0236189;REFB=0;REVB=0.0172028;RO=0;SAF=77;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46824e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21015e-06;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:79:77:0:0:79:77:0:0 chr1 212273639 . C T 2344.3 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118105;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.733;QD=60.8909;RBI=0.0174301;REFB=0;REVB=-0.0128188;RO=0;SAF=83;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68244e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60226e-07;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:152:154:1:69:83:0:0:71:83:0:0 chr1 212274413 . A C 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.786;QD=59.5373;RBI=0.0212019;REFB=-0.00140961;REVB=-0.0131107;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.506171;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=3.25984e-06;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:40:38:0:0:40:38:0:1 chr1 212515613 . C T 494.44 PASS AF=0.495238;AO=50;DP=104;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0258596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.497;QD=18.836;RBI=0.0261187;REFB=0.00572821;REVB=0.00367037;RO=53;SAF=18;SAR=32;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726147;STB=0.547507;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00513379;OID=.;OPOS=212515613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:53:53:50:52:0.495238:32:18:23:30:34:18:23:30 chr1 212526288 . C T 650.51 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.00867836;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.459;QD=18.4541;RBI=0.017023;REFB=-0.0129994;REVB=-0.0146448;RO=75;SAF=30;SAR=36;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661442;STB=0.536638;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0147462;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:75:75:66:66:0.468085:36:30:29:46:36:30:29:46 chr1 212534377 . T A 425.08 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00937654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.877;QD=18.8925;RBI=0.0163485;REFB=-0.0272607;REVB=0.0133923;RO=47;SAF=23;SAR=20;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983726;STB=0.554658;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0393218;OID=.;OPOS=212534377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:20:23:30:17:20:23:30:17 chr1 212560327 . A G 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.128612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.218;QD=59.8318;RBI=0.157982;REFB=0;REVB=-0.0917448;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131933;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:62:40:0:0:62:40:0:0 chr1 212799870 . A G 824.8 PASS AF=0.409692;AO=92;DP=224;FAO=93;FDP=227;FR=.;FRO=134;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=61;FSRR=73;FWDB=-0.0603691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2996;QD=14.5339;RBI=0.0715468;REFB=-0.00227134;REVB=-0.0383996;RO=132;SAF=37;SAR=55;SRF=60;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565631;STB=0.534833;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00242704;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:227:132:134:92:93:0.409692:55:37:60:72:56:37:61:73 chr1 212799949 . C T 892.27 PASS AF=0.467662;AO=94;DP=201;FAO=94;FDP=201;FR=.;FRO=107;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.00884352;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.197;QD=17.7566;RBI=0.0206275;REFB=-0.00955157;REVB=-0.0186356;RO=101;SAF=38;SAR=56;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681572;STB=0.534367;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.011506;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:101:107:94:94:0.467662:56:38:48:53:56:38:50:57 chr1 212900487 . A G 2811.32 PASS AF=0.994475;AO=178;DP=179;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.41;QD=62.1287;RBI=0.0242235;REFB=-0.0767951;REVB=0.0169459;RO=1;SAF=93;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055678;STB=0.502857;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000312625;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:181:1:1:178:180:0.994475:85:93:0:1:87:93:0:1 chr1 212902901 . G A 1174.72 PASS AF=0.479508;AO=117;DP=248;FAO=117;FDP=244;FR=.;FRO=127;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=71;FSRR=56;FWDB=-0.0145564;FXX=0.0161284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.31;QD=19.2577;RBI=0.017918;REFB=-0.0187256;REVB=-0.0104482;RO=116;SAF=64;SAR=53;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271654;STB=0.506333;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0161378;OID=.;OPOS=212902901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:244:116:127:117:117:0.479508:53:64:60:56:53:64:71:56 chr1 212911836 . T C 747.39 PASS AF=0.43956;AO=80;DP=182;FAO=80;FDP=182;FR=.;FRO=102;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=0.00314886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.879;QD=16.4262;RBI=0.00367826;REFB=2.70267e-05;REVB=-0.00190112;RO=102;SAF=34;SAR=46;SRF=42;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136626;STB=0.507604;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-4.7684e-05;OID=.;OPOS=212911836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:102:102:80:80:0.43956:46:34:42:60:46:34:42:60 chr1 212965095 . G A 567.32 PASS AF=0.433566;AO=57;DP=140;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=0.0280895;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.728;QD=15.8692;RBI=0.0320797;REFB=-0.00629712;REVB=0.0154948;RO=83;SAF=20;SAR=37;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258921;STB=0.501968;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00691251;OID=.;OPOS=212965095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:83:81:57:62:0.433566:37:20:31:52:40:22:29:52 chr1 212965284 . C G 3477.06 PASS AF=0.526066;AO=230;DP=639;FAO=333;FDP=633;FR=.,HEALED;FRO=296;FSAF=134;FSAR=199;FSRF=143;FSRR=153;FWDB=-0.00645549;FXX=0.00314956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.128;QD=21.972;RBI=0.0240123;REFB=-0.0351892;REVB=0.0231283;RO=286;SAF=132;SAR=98;SRF=145;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678026;STB=0.538882;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0461837;OID=.;OPOS=212965284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:639:633:286:296:230:333:0.526066:98:132:145:141:199:134:143:153 chr1 213009469 . A G 512.4 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00739977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.978;QD=21.5747;RBI=0.00798719;REFB=-0.0225565;REVB=0.00300644;RO=44;SAF=20;SAR=29;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039895;STB=0.530563;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0207903;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:46:49:49:0.515789:29:20:16:28:29:20:16:30 chr1 213031948 . G C 762.61 PASS AF=0.363309;AO=100;DP=274;FAO=101;FDP=278;FR=.;FRO=177;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=82;FSRR=95;FWDB=0.00531133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.3921;QD=10.9727;RBI=0.0212382;REFB=-0.0132843;REVB=-0.0205633;RO=153;SAF=38;SAR=62;SRF=69;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792498;STB=0.550595;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0190715;OID=.;OPOS=213031948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:278:153:177:100:101:0.363309:62:38:69:84:62:39:82:95 chr1 213068595 . C T 206.81 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00180093;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.861;QD=20.1765;RBI=0.00630966;REFB=-0.00028703;REVB=0.00604718;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219277;STB=0.606796;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000612224;OID=.;OPOS=213068595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:20:20:21:0.512195:12:8:13:7:12:9:13:7 chr1 213414543 . A G 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0101163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.088;QD=24.9761;RBI=0.0104109;REFB=0.00173792;REVB=-0.0024589;RO=21;SAF=10;SAR=23;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136061;STB=0.574953;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.000966277;OID=.;OPOS=213414543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:23:10:10:11:23:10:10:11 chr1 214492286 . G A 340.13 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=107;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0230953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5863;QD=12.715;RBI=0.023222;REFB=0.0102567;REVB=0.00242341;RO=66;SAF=25;SAR=16;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216297;STB=0.622958;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0133184;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:66:66:41:41:0.383178:16:25:27:39:16:25:27:39 chr1 214510115 . T G 587.54 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0402082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.256;QD=21.365;RBI=0.0631462;REFB=0.0107829;REVB=0.0486903;RO=51;SAF=26;SAR=33;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880953;STB=0.504838;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0126564;OID=.;OPOS=214510115;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:51:51:59:59:0.536364:33:26:23:28:33:26:23:28 chr1 214537946 . G A 1328.54 PASS AF=0.477032;AO=135;DP=280;FAO=135;FDP=283;FR=.;FRO=148;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=76;FSRR=72;FWDB=0.0197036;FXX=0.003521;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.553;QD=18.7779;RBI=0.0210935;REFB=-0.018757;REVB=0.00752997;RO=143;SAF=60;SAR=75;SRF=75;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750946;STB=0.536272;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0180633;OID=.;OPOS=214537946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:283:143:148:135:135:0.477032:75:60:75:68:75:60:76:72 chr1 214542819 . T C 391.85 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0416359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.712;QD=16.8538;RBI=0.0435206;REFB=-0.0149868;REVB=-0.0126684;RO=52;SAF=17;SAR=24;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860547;STB=0.548329;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0183168;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:24:17:26:26:24:17:26:26 chr1 214564340 . T C 655.86 PASS AF=0.524194;AO=65;DP=124;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00906685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.21;QD=21.1568;RBI=0.0110133;REFB=-0.00449528;REVB=-0.00625178;RO=57;SAF=37;SAR=28;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00844374;STB=0.504799;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0035448;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:57:59:65:65:0.524194:28:37:33:24:28:37:33:26 chr1 214826196 . G A 834.17 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.667;QD=57.5289;RBI=0.0486081;REFB=0;REVB=-0.0481653;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120822;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr1 214830617 . A G 1231.92 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00595816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.838;QD=60.0938;RBI=0.00893793;REFB=-0.110954;REVB=-0.00666235;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.505746;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000455177;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:0:1:81:81:0.987805:43:38:0:0:43:38:0:1 chr1 214837110 . C G 1434.0 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.117;QD=63.0329;RBI=0.00904519;REFB=0;REVB=-0.00587353;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40533e-06;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr1 215256779 . GAC CGA,GA,GCA 689.08 PASS AF=0.00578035,0.901734,0.00578035;AO=16,78,10;DP=177;FAO=1,156,1;FDP=173;FR=.;FRO=15;FSAF=0,32,0;FSAR=1,124,1;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00967085,0.165685,-0.00867558;FXX=0.0280883;HRUN=1,7,1;LEN=3,1,2;MLLD=43.554,7.83881,125.462;QD=15.9325;RBI=0.0631329,0.190546,0.0817403;REFB=-0.0241294,-0.0411047,0.00551881;REVB=-0.0623878,0.094108,-0.0812786;RO=42;SAF=1,11,0;SAR=15,67,10;SRF=15;SRR=27;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.547475,-0.23356,-0.689652;STB=0.982899,0.509766,0.982899;STBP=0.565,0.565,0.565;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0288308,0.0605204,-0.0329835;OID=.,.,.;OPOS=215256779,215256781,215256780;OREF=GAC,C,AC;OALT=CGA,-,CA;OMAPALT=CGA,GA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:177:173:42:15:16,78,10:1,156,1:0.00578035,0.901734,0.00578035:15,67,10:1,11,0:15:27:1,124,1:0,32,0:2:13 chr1 215793834 . G A 1974.28 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249502;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.961;QD=62.1821;RBI=0.0250065;REFB=0;REVB=0.00167672;RO=0;SAF=61;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101039;OID=.;OPOS=215793834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:66:61:0:0:66:61:0:0 chr1 215793935 . C A 561.87 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.000281328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.704;QD=18.7289;RBI=0.0119713;REFB=0.00133186;REVB=0.011968;RO=61;SAF=15;SAR=44;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232383;STB=0.629342;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00063655;OID=.;OPOS=215793935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:61:59:59:0.491667:44:15:29:32:44:15:29:32 chr1 215813942 . C T 852.35 PASS AF=0.315029;AO=109;DP=346;FAO=109;FDP=346;FR=.;FRO=237;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=119;FSRR=118;FWDB=0.00830663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6591;QD=9.85371;RBI=0.0543486;REFB=-0.0107351;REVB=-0.05371;RO=236;SAF=54;SAR=55;SRF=119;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104851;STB=0.504586;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0244525;OID=.;OPOS=215813942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:236:237:109:109:0.315029:55:54:119:117:55:54:119:118 chr1 215821029 . G A 1241.68 PASS AF=0.492424;AO=125;DP=247;FAO=130;FDP=264;FR=.;FRO=134;FSAF=48;FSAR=82;FSRF=57;FSRR=77;FWDB=0.00672207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6568;QD=18.8133;RBI=0.0276327;REFB=-0.0730105;REVB=-0.0268026;RO=122;SAF=48;SAR=77;SRF=56;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070086;STB=0.530102;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0366116;OID=.;OPOS=215821029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:264:122:134:125:130:0.492424:77:48:56:66:82:48:57:77 chr1 215848062 . C T 823.05 PASS AF=0.509091;AO=81;DP=159;FAO=84;FDP=165;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.0208599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2731;QD=19.9527;RBI=0.0262867;REFB=-0.0239176;REVB=-0.0159955;RO=78;SAF=31;SAR=50;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141557;STB=0.568662;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0197312;OID=.;OPOS=215848062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:165:78:81:81:84:0.509091:50:31:42:36:50:34:44:37 chr1 215848587 . T C 640.27 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0114663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.411;QD=20.6538;RBI=0.0120321;REFB=0.00493087;REVB=-0.0036463;RO=60;SAF=41;SAR=23;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241847;STB=0.633123;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0037015;OID=.;OPOS=215848587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:60:64:64:0.516129:23:41:22:38:23:41:22:38 chr1 215848641 . T C 693.08 PASS AF=0.465409;AO=74;DP=160;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.0280097;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.37;QD=17.4361;RBI=0.0281741;REFB=-0.00524791;REVB=-0.00303993;RO=84;SAF=44;SAR=30;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181768;STB=0.597597;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00835759;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:84:85:74:74:0.465409:30:44:34:50:30:44:35:50 chr1 215960167 . T G 1009.75 PASS AF=0.485981;AO=104;DP=214;FAO=104;FDP=214;FR=.;FRO=110;FSAF=33;FSAR=71;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=0.00244333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.59;QD=18.8738;RBI=0.0105369;REFB=-0.00525998;REVB=-0.0102497;RO=110;SAF=33;SAR=71;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173343;STB=0.595756;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00468311;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:110:110:104:104:0.485981:71:33:54:56:71:33:54:56 chr1 216172380 . A G,T 1054.6 PASS AF=0.902778,0.0972222;AO=60,9;DP=69;FAO=65,7;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25,4;FSAR=40,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013656,0.0101359;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.264,151.33;QD=58.589;RBI=0.0436913,0.0101895;REFB=0,0;REVB=0.0415023,0.00104393;RO=0;SAF=25,4;SAR=35,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.89445e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00535128,0.0597761;OID=.,.;OPOS=216172380,216172380;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:69:72:0:0:60,9:65,7:0.902778,0.0972222:35,5:25,4:0:0:40,3:25,4:0:0 chr1 216219781 . A G 868.97 PASS AF=0.511765;AO=87;DP=170;FAO=87;FDP=170;FR=.;FRO=83;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=30;FWDB=-0.00316615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8688;QD=20.4463;RBI=0.00527193;REFB=-0.0218046;REVB=0.0042153;RO=80;SAF=56;SAR=31;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00603265;STB=0.502722;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0194864;OID=.;OPOS=216219781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:80:83:87:87:0.511765:31:56:52:28:31:56:53:30 chr1 216348764 . C T 3203.65 PASS AF=0.990521;AO=209;DP=211;FAO=209;FDP=211;FR=.;FRO=2;FSAF=95;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0173139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7201;QD=60.7327;RBI=0.0216828;REFB=-0.0221386;REVB=-0.0130526;RO=2;SAF=95;SAR=114;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000827552;STB=0.500434;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00119395;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:211:211:2:2:209:209:0.990521:114:95:1:1:114:95:1:1 chr1 216496947 . G A 671.05 PASS AF=0.447853;AO=72;DP=162;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=-0.00766605;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.946;QD=16.4674;RBI=0.0140146;REFB=-0.00296221;REVB=-0.011732;RO=90;SAF=30;SAR=42;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402462;STB=0.519044;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0035354;OID=.;OPOS=216496947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:90:90:72:73:0.447853:42:30:34:56:43:30:34:56 chr1 216592003 . T C 585.35 PASS AF=0.406061;AO=65;DP=163;FAO=67;FDP=165;FR=.;FRO=98;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=0.000488956;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.537;QD=14.1903;RBI=0.00482103;REFB=-0.00856048;REVB=0.00479617;RO=98;SAF=27;SAR=38;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255658;STB=0.521895;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.011823;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:98:98:65:67:0.406061:38:27:43:55:40:27:43:55 chr1 216595306 . C T 1261.03 PASS AF=0.572115;AO=117;DP=207;FAO=119;FDP=208;FR=.;FRO=89;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=27;FSRR=62;FWDB=0.0101986;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.614;QD=24.2506;RBI=0.018472;REFB=-0.00971721;REVB=-0.0154014;RO=86;SAF=59;SAR=58;SRF=27;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1486;STB=0.589168;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00591466;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:86:89:117:119:0.572115:58:59:27:59:58:61:27:62 chr1 216692669 . C T 348.48 PASS AF=0.375;AO=41;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0374313;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.684;QD=12.4456;RBI=0.0391065;REFB=0.002333;REVB=0.0113235;RO=69;SAF=22;SAR=19;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640847;STB=0.538738;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00660957;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:69:70:41:42:0.375:19:22:33:36:19:23:34:36 chr1 217480756 . G A 734.22 PASS AF=0.454023;AO=76;DP=171;FAO=79;FDP=174;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=-0.0164908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.746;QD=16.8786;RBI=0.0201233;REFB=-0.0281316;REVB=0.0115326;RO=95;SAF=35;SAR=41;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291638;STB=0.506346;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0318913;OID=.;OPOS=217480756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:174:95:95:76:79:0.454023:41:35:41:54:44:35:41:54 chr1 217804325 . G A 3054.99 PASS AF=0.433333;AO=325;DP=747;FAO=325;FDP=750;FR=.;FRO=425;FSAF=123;FSAR=202;FSRF=161;FSRR=264;FWDB=0.000627166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.962;QD=16.2933;RBI=0.0123491;REFB=-0.00587969;REVB=-0.0123332;RO=422;SAF=123;SAR=202;SRF=161;SRR=261;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00331065;STB=0.500218;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00801277;OID=.;OPOS=217804325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:747:750:422:425:325:325:0.433333:202:123:161:261:202:123:161:264 chr1 217856622 . A G 1082.29 PASS AF=0.464435;AO=111;DP=240;FAO=111;FDP=239;FR=.;FRO=128;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=54;FSRR=74;FWDB=0.0157824;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.907;QD=18.1137;RBI=0.0175136;REFB=-0.00726433;REVB=0.00759206;RO=126;SAF=46;SAR=65;SRF=53;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00616167;STB=0.50411;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00388113;OID=.;OPOS=217856622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:126:128:111:111:0.464435:65:46:53:73:65:46:54:74 chr1 217856626 . G A 1250.75 PASS AF=0.508333;AO=122;DP=240;FAO=122;FDP=240;FR=.;FRO=118;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=48;FSRR=70;FWDB=0.00741957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.824;QD=20.8458;RBI=0.0172212;REFB=-0.0108073;REVB=-0.0155409;RO=117;SAF=52;SAR=70;SRF=47;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224862;STB=0.509802;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0111763;OID=.;OPOS=217856626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:117:118:122:122:0.508333:70:52:47:70:70:52:48:70 chr1 217915324 . C T 141.34 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0249658;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.108;QD=10.6674;RBI=0.0376569;REFB=-0.0102458;REVB=-0.0281913;RO=36;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326769;STB=0.507684;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0188371;OID=.;OPOS=217915324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:36:35:18:18:0.339623:7:11:21:15:7:11:21:14 chr1 217947738 . G A 2287.16 PASS AF=0.993421;AO=148;DP=148;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.693;QD=60.1885;RBI=0.0223089;REFB=0.0693344;REVB=-0.0155945;RO=0;SAF=77;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000150434;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:152:0:1:148:151:0.993421:71:77:0:0:71:80:0:1 chr1 218520044 . A T 48.24 PASS AF=0.10596;AO=20;DP=146;FAO=16;FDP=151;FR=.;FRO=135;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=53;FSRR=82;FWDB=0.0058328;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.0856;QD=1.27785;RBI=0.0173623;REFB=-0.0197369;REVB=0.0163532;RO=115;SAF=18;SAR=2;SRF=39;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.652869;STB=0.947701;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0973115;OID=.;OPOS=218520044;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:146:151:115:135:20:16:0.10596:2:18:39:76:1:15:53:82 chr1 218698832 . C T 2624.27 PASS AF=1;AO=167;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234851;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5141;QD=61.7475;RBI=0.0364866;REFB=0;REVB=0.0279234;RO=0;SAF=111;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20331e-05;OID=.;OPOS=218698832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:167:170:1:56:111:0:0:56:114:0:0 chr1 219383867 . T C 552.27 PASS AF=0.886364;AO=39;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0187523;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.7;QD=50.2063;RBI=0.0594661;REFB=-0.157692;REVB=0.056432;RO=5;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839822;STB=0.545;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00134827;OID=.;OPOS=219383867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:44:44:5:5:39:39:0.886364:16:23:1:4:16:23:1:4 chr1 219383905 . A G 919.97 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.478;QD=58.4107;RBI=0.00944207;REFB=0;REVB=-0.00297162;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03935e-06;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr1 220136115 . A G 597.3 PASS AF=0.428571;AO=63;DP=148;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=60;FWDB=-0.0617905;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7308;QD=16.2531;RBI=0.0655241;REFB=-0.000164544;REVB=-0.0218023;RO=80;SAF=18;SAR=45;SRF=24;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000927613;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:80:84:63:63:0.428571:45:18:24:56:45:18:24:60 chr1 220154768 . C T 1767.24 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8685;QD=60.9392;RBI=0.0382779;REFB=0;REVB=0.0335206;RO=0;SAF=44;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1245e-05;OID=.;OPOS=220154768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:72:44:0:0:72:44:0:0 chr1 220156704 . T C 445.65 PASS AF=0.431034;AO=49;DP=115;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0177058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.039;QD=15.3672;RBI=0.0274348;REFB=-0.011802;REVB=0.0209564;RO=65;SAF=23;SAR=26;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395124;STB=0.531843;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0152631;OID=.;OPOS=220156704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:65:66:49:50:0.431034:26:23:28:37:26:24:28:38 chr1 220156729 . C T 360.93 PASS AF=0.415842;AO=36;DP=95;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0108803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.854;QD=14.2941;RBI=0.0621219;REFB=0.000695431;REVB=0.0611616;RO=59;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830153;STB=0.530791;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00300339;OID=.;OPOS=220156729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:101:59:59:36:42:0.415842:18:18:25:34:22:20:25:34 chr1 220162004 . C T 698.46 PASS AF=0.526718;AO=67;DP=130;FAO=69;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00467778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7808;QD=21.3271;RBI=0.0135962;REFB=0.00180259;REVB=-0.0127662;RO=62;SAF=33;SAR=34;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499402;STB=0.527124;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000869175;OID=.;OPOS=220162004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:62:62:67:69:0.526718:34:33:27:35:35:34:27:35 chr1 220197625 . G T 1878.15 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1861;QD=61.5788;RBI=0.0471582;REFB=0;REVB=0.0437168;RO=0;SAF=50;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73366e-05;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:122:0:0:119:122:1:69:50:0:0:71:51:0:0 chr1 220239448 . T C 378.18 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0569686;FXX=0.0097078;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.888;QD=14.8304;RBI=0.0606323;REFB=-0.0207922;REVB=-0.0207571;RO=52;SAF=25;SAR=18;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237023;STB=0.552462;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0541788;OID=.;OPOS=220239448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:102:52:59:43:43:0.421569:18:25:29:23:18:25:29:30 chr1 220298664 . A G 426.48 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0248879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.327;QD=16.4029;RBI=0.0275597;REFB=-0.000108145;REVB=0.0118377;RO=57;SAF=22;SAR=25;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116668;STB=0.56501;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000195548;OID=.;OPOS=220298664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:57:47:47:0.451923:25:22:20:37:25:22:20:37 chr1 220344453 . T C 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0110947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.867;QD=18.7769;RBI=0.0175158;REFB=0.00177001;REVB=-0.013554;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068626;STB=0.538432;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00162594;OID=.;OPOS=220344453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:13:13:11:15:13:13:11:15 chr1 220603312 . T A 196.47 PASS AF=0.4375;AO=19;DP=44;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00682624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8448;QD=16.3728;RBI=0.107085;REFB=-0.0342647;REVB=-0.106867;RO=25;SAF=18;SAR=1;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.727842;STB=0.934106;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0597737;OID=.;OPOS=220603312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:25:27:19:21:0.4375:1:18:8:17:1:20:8:19 chr1 220603314 . A T 217.78 PASS AF=0.458333;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=2;FWDB=-0.0360727;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2803;QD=18.1481;RBI=0.168131;REFB=-0.0520417;REVB=0.164216;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=22;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583636;STB=0.838171;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0559037;OID=.;OPOS=220603314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:24:26:20:22:0.458333:15:5:22:2:17:5:24:2 chr1 220603324 . A G 200.49 PASS AF=0.438596;AO=18;DP=50;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0332025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.294;QD=14.0695;RBI=0.0350447;REFB=-0.058307;REVB=0.0112124;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429843;STB=0.533871;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0595998;OID=.;OPOS=220603324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:57:31:32:18:25:0.438596:10:8:15:16:11:14:16:16 chr1 220607685 . G A 1099.52 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0253058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2008;QD=58.6413;RBI=0.0266176;REFB=0.0367186;REVB=-0.0082531;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141159;STB=0.507461;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00775825;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:1:1:72:74:0.986667:39:33:1:0:41:33:1:0 chr1 220789356 . TTTTTTT TTTTTAA,TTTTTTA 338.62 PASS AF=0.112676,0.830986;AO=11,15;DP=73;FAO=8,59;FDP=71;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=2;FSAF=3,16;FSAR=5,43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0145864,0.0401879;FXX=0.0273935;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=10.6198,8.9167;QD=19.0769;RBI=0.042377,0.0412216;REFB=-0.0419974,-0.0607669;REVB=0.0397876,0.00917319;RO=3;SAF=2,8;SAR=9,7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.128506,0.160058;STB=0.583138,0.51136;STBP=0.428,0.404;TYPE=mnp,snp;VARB=0.253994,0.00753003;OID=.,.;OPOS=220789361,220789362;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=TTTTTAA,TTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.112676,0.830986:11,15:73:8,59:71:2:3,16:5,43:0:2:11:3:2,8:9,7:0:3 chr1 220837185 . T A 261.6 PASS AF=0.326923;AO=33;DP=101;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=54;FWDB=-0.0264146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.315;QD=10.0617;RBI=0.0265291;REFB=-0.00570142;REVB=-0.00246217;RO=65;SAF=10;SAR=23;SRF=14;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126782;STB=0.576934;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0117455;OID=.;OPOS=220837185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:65:70:33:34:0.326923:23:10:14:51:23:11:16:54 chr1 220970028 . A G 3150.86 PASS AF=1;AO=196;DP=199;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299339;FXX=0.019999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8684;QD=64.3032;RBI=0.0411365;REFB=0;REVB=-0.0282166;RO=0;SAF=107;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.44382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433606;OID=.;OPOS=220970028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:196:0:0:196:196:1:89:107:0:0:89:107:0:0 chr1 220978568 . C T 1545.17 PASS AF=0.511551;AO=155;DP=303;FAO=155;FDP=303;FR=.;FRO=148;FSAF=73;FSAR=82;FSRF=64;FSRR=84;FWDB=-0.0131778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.051;QD=20.3983;RBI=0.0180404;REFB=-0.00503284;REVB=0.0123207;RO=147;SAF=73;SAR=82;SRF=64;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318577;STB=0.518925;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00559819;OID=.;OPOS=220978568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:147:148:155:155:0.511551:82:73:64:83:82:73:64:84 chr1 221053354 . CCG CC,C,CGC 2111.88 PASS AF=0,0.908571,0.0628571;AO=27,30,9;DP=165;FAO=0,159,11;FDP=175;FR=.;FRO=5;FSAF=0,98,0;FSAR=0,61,11;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.869749,0.879096,0.0246425;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,2;MLLD=12.84,23.0816,129.281;QD=48.2715;RBI=0.872015,0.893164,0.0927499;REFB=0.00609057,-0.143507,0.0159949;REVB=-0.0628249,0.157902,-0.0894164;RO=85;SAF=10,2,0;SAR=17,28,9;SRF=75;SRR=10;SSEN=0,0.366071,0;SSEP=0.492958,0,0;SSSB=-0.600419,-0.819091,-0.814108;STB=0.5,0.519683,0.5;STBP=1,0.007,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.0277831,0.141501;OID=.,.,.;OPOS=221053356,221053355,221053355;OREF=G,CG,CG;OALT=-,-,GC;OMAPALT=CC,C,CGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.908571,0.0628571:27,30,9:165:0,159,11:175:5:0,98,0:0,61,11:0:5:26:85:10,2,0:17,28,9:75:10 chr1 221509332 . G A 672.17 PASS AF=0.382775;AO=76;DP=205;FAO=80;FDP=209;FR=.;FRO=129;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=0.00438374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.748;QD=12.8644;RBI=0.00521051;REFB=-0.0123888;REVB=-0.00281642;RO=129;SAF=30;SAR=46;SRF=61;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887395;STB=0.529946;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0214103;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:209:129:129:76:80:0.382775:46:30:61:68:46:34:61:68 chr1 221912361 . T C 703.44 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.00660402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.983;QD=20.9983;RBI=0.00660478;REFB=0.000923594;REVB=9.99982e-05;RO=65;SAF=36;SAR=33;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120588;STB=0.566238;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00089052;OID=.;OPOS=221912361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:65:65:69:69:0.514925:33:36:25:40:33:36:25:40 chr1 222649341 . A C 1532.4 PASS AF=0.989583;AO=75;DP=93;FAO=95;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4704;QD=63.8498;RBI=0.210998;REFB=0;REVB=0.209827;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133428;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:96:0:0:75:95:0.989583:38:37:0:0:57:38:0:0 chr1 222713503 . C G 558.12 PASS AF=0.384615;AO=65;DP=171;FAO=65;FDP=169;FR=.;FRO=104;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.0101599;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.89;QD=13.2099;RBI=0.0157253;REFB=-0.02408;REVB=-0.0120026;RO=106;SAF=25;SAR=40;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667087;STB=0.542871;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0345876;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:169:106:104:65:65:0.384615:40:25:47:59:40:25:47:57 chr1 222713631 . G C 677.9 PASS AF=0.459119;AO=73;DP=159;FAO=73;FDP=159;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.0507164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3708;QD=17.054;RBI=0.0513396;REFB=0.00016129;REVB=-0.00797482;RO=83;SAF=27;SAR=46;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404463;STB=0.521288;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.000793242;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:83:86:73:73:0.459119:46:27:34:49:46:27:35:51 chr1 222717132 . C T 607.16 PASS AF=0.43038;AO=67;DP=157;FAO=68;FDP=158;FR=.;FRO=90;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0109789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.105;QD=15.3712;RBI=0.0111996;REFB=-0.014323;REVB=0.00221247;RO=89;SAF=41;SAR=26;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167158;STB=0.59952;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0228245;OID=.;OPOS=222717132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:89:90:67:68:0.43038:26:41:40:49:26:42:40:50 chr1 222721288 . C T 556.95 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.602;QD=60.2111;RBI=0.0322603;REFB=0;REVB=0.0124842;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124741;OID=.;OPOS=222721288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 222734803 . G C 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.118;QD=60.2033;RBI=0.0421161;REFB=0;REVB=-0.0417682;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123486;OID=.;OPOS=222734803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr1 222798106 . G A 2027.16 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=134;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000395322;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.63;QD=61.4291;RBI=0.0174875;REFB=-0.0655149;REVB=0.017483;RO=1;SAF=64;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714671;STB=0.503703;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=7.77091e-05;OID=.;OPOS=222798106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:132:1:1:130:131:0.992424:66:64:0:1:67:64:0:1 chr1 222802006 . A G 1283.07 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.994;QD=61.8349;RBI=0.0651116;REFB=0;REVB=0.0417556;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186621;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:52:31:0:0:52:31:0:0 chr1 222802376 . A G 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00408129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.659;QD=16.7551;RBI=0.00446099;REFB=-0.0114237;REVB=0.00180097;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680146;STB=0.53843;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0121219;OID=.;OPOS=222802376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:16:12:12:12:16:12 chr1 222802803 . T G 285.37 PASS AF=0.525424;AO=26;DP=55;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0169859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.075;QD=19.3468;RBI=0.0174031;REFB=-0.00872152;REVB=0.0037878;RO=27;SAF=5;SAR=21;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353828;STB=0.626249;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00725641;OID=.;OPOS=222802803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:27:28:26:31:0.525424:21:5:14:13:22:9:15:13 chr1 222802926 . C T 858.54 PASS AF=1;AO=33;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306264;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.532;QD=57.2361;RBI=0.0326733;REFB=0;REVB=-0.0113827;RO=0;SAF=5;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01079e-05;OID=.;OPOS=222802926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:33:60:1:28:5:0:0:33:27:0:0 chr1 222803204 . A G 490.73 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0053247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.097;QD=22.3058;RBI=0.0066765;REFB=-0.0176985;REVB=-0.00402781;RO=41;SAF=21;SAR=26;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912042;STB=0.550152;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0142906;OID=.;OPOS=222803204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:26:21:14:27:26:21:14:27 chr1 222823529 . A C 330.05 PASS AF=0.395604;AO=35;DP=100;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.063045;FXX=0.089991;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.13;QD=14.5075;RBI=0.0650647;REFB=-0.0162789;REVB=0.0160854;RO=43;SAF=22;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118361;STB=0.570208;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0350108;OID=.;OPOS=222823529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:91:43:55:35:36:0.395604:13:22:22:21:13:23:29:26 chr1 222825403 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8639;QD=57.884;RBI=0.0275429;REFB=0;REVB=-0.02478;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.3417e-05;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr1 222833538 . C G 682.42 PASS AF=0.492754;AO=67;DP=138;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00350569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.806;QD=19.7803;RBI=0.0111923;REFB=-0.00406084;REVB=0.0106291;RO=71;SAF=38;SAR=29;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956084;STB=0.559272;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00385667;OID=.;OPOS=222833538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:71:70:67:68:0.492754:29:38:33:38:29:39:32:38 chr1 222833601 . T C 2982.21 PASS AF=0.994792;AO=189;DP=191;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.122227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9529;QD=62.1295;RBI=0.123487;REFB=-0.174793;REVB=0.0175897;RO=1;SAF=96;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509277;STB=0.502645;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00120363;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:192:1:1:189:191:0.994792:93:96:0:1:94:97:0:1 chr1 222838216 . C T 825.72 PASS AF=1;AO=47;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.069;QD=55.0482;RBI=0.0566748;REFB=0;REVB=0.0292764;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207978;OID=.;OPOS=222838216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:47:60:1:28:19:0:0:30:30:0:0 chr1 222843128 . G T 107.04 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0144067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9995;QD=12.5927;RBI=0.0331785;REFB=-0.0308933;REVB=-0.0298874;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154302;STB=0.599859;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0268974;OID=.;OPOS=222843128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:8:5:5:15:8:5:5:16 chr1 222886119 . A G 963.96 PASS AF=0.416988;AO=108;DP=259;FAO=108;FDP=259;FR=.;FRO=151;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=59;FSRR=92;FWDB=-0.0137928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2989;QD=14.8875;RBI=0.0192466;REFB=0.019422;REVB=-0.0134235;RO=149;SAF=53;SAR=55;SRF=57;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112947;STB=0.558444;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0242819;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:149:151:108:108:0.416988:55:53:57:92:55:53:59:92 chr1 222919895 . T G 1498.92 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106711;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.754;QD=59.9566;RBI=0.0145613;REFB=0;REVB=0.00990742;RO=0;SAF=37;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038566;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:62:37:0:0:63:37:0:0 chr1 222923351 . A G 2568.8 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315606;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4431;QD=61.8987;RBI=0.0603636;REFB=0;REVB=-0.0514557;RO=0;SAF=53;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343146;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:166:0:0:166:166:1:113:53:0:0:113:53:0:0 chr1 223176849 . ATTTTTTT ATTTTTTA,ATTTTTT 66.61 PASS AF=0.0178571,0.410714;AO=3,19;DP=63;FAO=1,23;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=0,15;FSAR=1,8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0888299,-0.135239;FXX=0.111093;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=77.7041,8.60991;QD=4.75782;RBI=0.0925719,0.174988;REFB=0.00915091,-0.0574862;REVB=-0.0260536,0.111046;RO=28;SAF=0,13;SAR=3,6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.555378,0.200255;STB=0.991055,0.555506;STBP=0.264,0.521;TYPE=snp,del;VARB=-0.0164068,-0.0205142;OID=.,.;OPOS=223176856,223176850;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTTTTA,ATTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0178571,0.410714:3,19:63:1,23:56:32:0,15:1,8:18:14:55:28:0,13:3,6:14:14 chr1 223178561 . A C 1299.17 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358462;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.321;QD=61.865;RBI=0.0527915;REFB=0;REVB=0.0387555;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218658;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:84:0:0:78:84:1:37:41:0:0:42:42:0:0 chr1 223283910 . A G 1525.95 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234418;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.053;QD=59.8411;RBI=0.0253606;REFB=0;REVB=-0.00967681;RO=0;SAF=65;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48192e-05;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:101:102:1:36:65:0:0:37:65:0:0 chr1 223284599 . T C 612.56 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0364431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.517;QD=21.6836;RBI=0.0365072;REFB=-0.00756356;REVB=-0.00216259;RO=52;SAF=32;SAR=29;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689213;STB=0.537803;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0064255;OID=.;OPOS=223284599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:52:61:61:0.539823:29:32:23:29:29:32:23:29 chr1 223715248 . GT G 2642.02 PASS AF=1;AO=215;DP=224;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607176;FXX=0.00446409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.3523;QD=47.3905;RBI=0.0659419;REFB=0;REVB=0.0257236;RO=2;SAF=102;SAR=113;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00924895;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000639796;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:215:224:223:223:0:105:118:0:0:46:2:102:113:2:0 chr1 223717484 . G A 1624.13 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1832;QD=60.1531;RBI=0.0393364;REFB=0;REVB=0.0368125;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207698;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:58:48:0:0:60:48:0:0 chr1 223718651 . G A 2184.15 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111323;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.375;QD=62.4043;RBI=0.0113134;REFB=-0.0498802;REVB=0.00201617;RO=0;SAF=55;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55853e-08;STB=0.504504;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=3.61432e-05;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:0:1:139:139:0.992857:84:55:0:0:84:55:1:0 chr1 223718670 . G A 1865.96 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.508;QD=61.1791;RBI=0.00781771;REFB=0;REVB=-0.0037618;RO=0;SAF=51;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141286;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:70:51:0:0:70:52:0:0 chr1 223722780 . G A 1250.96 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029503;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.841;QD=61.776;RBI=0.0406961;REFB=0;REVB=-0.0280311;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.97502e-05;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr1 223813586 . G T 448.48 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=0.0142114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.565;QD=18.6866;RBI=0.0174404;REFB=-0.00788876;REVB=0.0101096;RO=51;SAF=15;SAR=30;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871559;STB=0.548366;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00612131;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:30:15:13:38:30:15:13:38 chr1 223877789 . T C 2979.2 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2298;QD=63.3873;RBI=0.0665682;REFB=0;REVB=0.0111519;RO=0;SAF=61;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115923;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:188:0:0:187:188:1:126:61:0:0:126:62:0:0 chr1 223900408 . C G 5717.78 PASS AF=1;AO=363;DP=367;FAO=366;FDP=366;FR=.;FRO=0;FSAF=187;FSAR=179;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794908;FXX=0.00272472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8643;QD=62.4894;RBI=0.00818487;REFB=0;REVB=-0.00195046;RO=1;SAF=184;SAR=179;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00258635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37009e-05;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:367:366:1:0:363:366:1:179:184:1:0:179:187:0:0 chr1 223905532 . G A 799.4 PASS AF=1;AO=46;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.559;QD=63.9522;RBI=0.0390056;REFB=0;REVB=0.024557;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365331;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:46:50:1:28:18:0:0:29:21:0:0 chr1 223933094 . C T 1429.07 PASS AF=0.524345;AO=140;DP=267;FAO=140;FDP=267;FR=.;FRO=127;FSAF=54;FSAR=86;FSRF=53;FSRR=74;FWDB=0.00374443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.564;QD=21.4093;RBI=0.00744389;REFB=-0.0133037;REVB=0.00643356;RO=127;SAF=54;SAR=86;SRF=53;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288152;STB=0.515747;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0112124;OID=.;OPOS=223933094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:127:127:140:140:0.524345:86:54:53:74:86:54:53:74 chr1 223934720 . G A 2197.24 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000700944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.952;QD=63.23;RBI=0.0071151;REFB=0;REVB=-0.00708049;RO=0;SAF=71;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10904e-06;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:68:71:0:0:68:71:0:0 chr1 223951841 . T C 666.61 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.0162816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.91;QD=19.3219;RBI=0.0162955;REFB=-0.00275814;REVB=-0.000673892;RO=69;SAF=32;SAR=35;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803588;STB=0.551225;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00332312;OID=.;OPOS=223951841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:69:71:67:67:0.485507:35:32:39:30:35:32:41:30 chr1 223954080 . A C 750.98 PASS AF=0.503448;AO=72;DP=143;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.00442016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9182;QD=20.7167;RBI=0.021492;REFB=-0.0334485;REVB=0.0210326;RO=71;SAF=41;SAR=31;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107322;STB=0.558229;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0324115;OID=.;OPOS=223954080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:71:72:72:73:0.503448:31:41:32:39:32:41:32:40 chr1 224492746 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4114;QD=63.8709;RBI=0.0165907;REFB=0;REVB=0.000859294;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159947;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr1 224495852 . C T 4040.72 PASS AF=1;AO=258;DP=258;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.083131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8519;QD=62.1649;RBI=0.120738;REFB=0;REVB=-0.0875606;RO=0;SAF=117;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14466e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191637;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:258:260:0:0:258:260:1:141:117:0:0:143:117:0:0 chr1 224505570 . T A,TAA,TAAA 845.65 PASS AF=0.114754,0.885246,0;AO=9,43,7;DP=67;FAO=7,54,0;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31,0;FSAR=6,23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410068,-0.157802,-0.107925;FXX=0.0161264;HRUN=1,2,2;LEN=1,2,3;MLLD=192.549,35.6779,23.9749;QD=55.4526;RBI=0.0411766,0.158495,0.108347;REFB=0,0,0;REVB=0.00373598,-0.0148044,-0.00955175;RO=7;SAF=2,23,7;SAR=7,20,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.394541,-0.0472999,0.749044;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0468113,-0.0123822,-0.0235644;OID=.,.,.;OPOS=224505570,224505571,224505571;OREF=T,-,-;OALT=A,AA,AAA;OMAPALT=A,TAA,TAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:67:61:7:0:9,43,7:7,54,0:0.114754,0.885246,0:7,20,0:2,23,7:5:2:6,23,0:1,31,0:0:0 chr1 224517842 . C T 1504.06 PASS AF=0.989796;AO=92;DP=93;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1997;QD=61.3902;RBI=0.0499928;REFB=-0.0411005;REVB=0.0239366;RO=1;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998003;STB=0.505154;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00146709;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:98:1:1:92:97:0.989796:47:45:0:1:48:49:0:1 chr1 224575373 . G A 2030.46 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235852;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.799;QD=62.4758;RBI=0.0375337;REFB=0;REVB=0.0374595;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36048e-05;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:68:62:0:0:68:62:0:0 chr1 225268425 . G C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0229513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.665;QD=11.4398;RBI=0.0500053;REFB=-0.0330381;REVB=-0.0444271;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310814;STB=0.646176;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0328909;OID=.;OPOS=225268425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:5:4:2:11:5:4:3:11 chr1 225288534 . A C 837.2 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.761;QD=55.8133;RBI=0.019198;REFB=-0.0465266;REVB=0.00720352;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00010432;OID=.;OPOS=225288534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:1:0:31:28:1:0 chr1 225328432 . G T 554.31 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0551337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5908;QD=55.4314;RBI=0.0551393;REFB=0.0261635;REVB=-0.000784217;RO=2;SAF=26;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197801;STB=0.510568;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.000613622;OID=.;OPOS=225328432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:12:26:1:1:12:26:1:1 chr1 225490866 . TAA TA,TAT 100.64 PASS AF=0.148472,0.0567686;AO=50,13;DP=234;FAO=34,13;FDP=229;FR=.;FRO=182;FSAF=8,0;FSAR=26,13;FSRF=146;FSRR=36;FWDB=0.0819654,-0.0127688;FXX=0.0213666;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.0185,200.082;QD=1.75795;RBI=0.148821,0.0603799;REFB=-0.0901697,-0.00783304;REVB=-0.124215,-0.0590144;RO=141;SAF=19,0;SAR=31,13;SRF=121;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.560032,-0.795104;STB=0.889625,0.999614;STBP=0,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0836548,0.176353;OID=.,.;OPOS=225490867,225490868;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148472,0.0567686:50,13:234:34,13:229:182:8,0:26,13:146:36:50:141:19,0:31,13:121:20 chr1 225506294 . A G 2425.98 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3013;QD=60.6495;RBI=0.0249098;REFB=-0.0133278;REVB=-0.0123157;RO=0;SAF=76;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327922;OID=.;OPOS=225506294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:160:160:0:0:159:160:1:83:76:0:0:83:77:0:0 chr1 225533731 . T A 2800.55 PASS AF=0.968254;AO=183;DP=189;FAO=183;FDP=189;FR=.;FRO=6;FSAF=80;FSAR=103;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0174973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.683;QD=59.2709;RBI=0.0196919;REFB=0.0287831;REVB=0.00903409;RO=0;SAF=80;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.13156e-08;STB=0.51807;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.000817411;OID=.;OPOS=225533731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:189:189:0:6:183:183:0.968254:103:80:0:0:103:80:6:0 chr1 225541899 . C T 3018.46 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.759;QD=63.5465;RBI=0.0171282;REFB=0;REVB=0.0111424;RO=0;SAF=87;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.448e-05;OID=.;OPOS=225541899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:190:190:1:103:87:0:0:103:87:0:0 chr1 225565015 . T C 1626.31 PASS AF=0.990991;AO=105;DP=108;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0770245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3742;QD=58.6059;RBI=0.0871224;REFB=-0.0048148;REVB=0.040713;RO=3;SAF=52;SAR=53;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853144;STB=0.504761;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000371802;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:111:3:1:105:110:0.990991:53:52:1:2:58:52:1:0 chr1 225565073 . C T 1755.6 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107655;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.953;QD=61.0644;RBI=0.010936;REFB=0;REVB=0.00192355;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95817e-06;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:115:115:1:63:52:0:0:63:52:0:0 chr1 225569241 . T G 2001.43 PASS AF=0.951724;AO=138;DP=151;FAO=138;FDP=145;FR=.;FRO=7;FSAF=83;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00348707;FXX=0.0397325;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.699;QD=55.2118;RBI=0.0238292;REFB=-0.0642981;REVB=0.0235727;RO=3;SAF=83;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00275207;STB=0.515793;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0018015;OID=.;OPOS=225569241;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:151:145:3:7:138:138:0.951724:55:83:2:1:55:83:2:5 chr1 225601647 . C T 768.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.666;QD=56.9023;RBI=0.0168051;REFB=0;REVB=0.0160646;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94679e-05;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:26:24:0:0:30:24:0:0 chr1 225607144 . C T 1493.6 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.429;QD=59.1527;RBI=0.00500084;REFB=0;REVB=0.00327259;RO=0;SAF=34;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07358e-05;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:99:101:1:65:34:0:0:67:34:0:0 chr1 225609884 . A G 5412.49 PASS AF=1;AO=328;DP=332;FAO=342;FDP=342;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660234;FXX=0.00291537;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.375;QD=63.304;RBI=0.0181309;REFB=-0.0385848;REVB=0.0168861;RO=1;SAF=172;SAR=156;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00304826;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89089e-05;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:332:342:1:0:328:342:1:156:172:0:1:161:181:0:0 chr1 225611661 . C T 3014.23 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219767;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.513;QD=63.1252;RBI=0.023364;REFB=-0.00231838;REVB=-0.007931;RO=1;SAF=86;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483377;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124376;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:191:1:0:184:191:1:98:86:0:1:99:92:0:0 chr1 225682560 . G A 780.68 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.809;QD=63.7286;RBI=0.0120296;REFB=0;REVB=0.0110681;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89278e-05;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr1 226016558 . G C 869.63 PASS AF=0.488889;AO=88;DP=180;FAO=88;FDP=180;FR=.;FRO=92;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.00100489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.024;QD=19.3252;RBI=0.0120784;REFB=-0.00618369;REVB=-0.0120365;RO=92;SAF=52;SAR=36;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11564;STB=0.563761;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00614384;OID=.;OPOS=226016558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:92:92:88:88:0.488889:36:52:43:49:36:52:43:49 chr1 226019633 . T C 446.07 PASS AF=0.459184;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0171427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.932;QD=18.2071;RBI=0.0400461;REFB=0.000261617;REVB=0.0361914;RO=52;SAF=17;SAR=27;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18551;STB=0.61253;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.000329553;OID=.;OPOS=226019633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:52:53:44:45:0.459184:27:17:30:22:28:17:31:22 chr1 226019653 . G A 433.7 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00541818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.254;QD=23.4432;RBI=0.0055027;REFB=-0.015045;REVB=0.000960719;RO=32;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586908;STB=0.503224;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0114643;OID=.;OPOS=226019653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:20:22:17:15:20:22:17:15 chr1 226054333 . G A 603.29 PASS AF=0.39548;AO=69;DP=177;FAO=70;FDP=177;FR=.;FRO=107;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=-0.0207998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8926;QD=13.6337;RBI=0.0306055;REFB=-0.010168;REVB=0.0224514;RO=108;SAF=22;SAR=47;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243735;STB=0.627571;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0111892;OID=.;OPOS=226054333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:108:107:69:70:0.39548:47:22:58:50:47:23:57:50 chr1 226055595 . G A 548.92 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=94;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0316211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7896;QD=23.1126;RBI=0.0442413;REFB=-0.0500498;REVB=-0.0309419;RO=43;SAF=29;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067331;STB=0.540525;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0357716;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:43:43:51:52:0.547368:22:29:21:22:22:30:21:22 chr1 226074563 . T G 741.04 PASS AF=0.503311;AO=77;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0195144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2191;QD=19.6302;RBI=0.0534052;REFB=-0.00220762;REVB=-0.0497122;RO=73;SAF=40;SAR=37;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111966;STB=0.516395;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00280098;OID=.;OPOS=226074563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:73:75:77:76:0.503311:37:40:37:36:36:40:37:38 chr1 226474132 . G A 631.46 PASS AF=0.454545;AO=62;DP=142;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0105215;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.752;QD=17.6632;RBI=0.0174452;REFB=-0.00641072;REVB=-0.0139151;RO=79;SAF=28;SAR=34;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169273;STB=0.50704;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00812286;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:79:78:62:65:0.454545:34:28:37:42:35:30:35:43 chr1 226555302 . A G 1030.31 PASS AF=0.465217;AO=107;DP=231;FAO=107;FDP=230;FR=.;FRO=123;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=56;FSRR=67;FWDB=0.039358;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6607;QD=17.9184;RBI=0.0550653;REFB=-0.00187491;REVB=-0.0385115;RO=121;SAF=41;SAR=66;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791885;STB=0.540018;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00247623;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:121:123:107:107:0.465217:66:41:56:65:66:41:56:67 chr1 226570840 . T C 511.01 PASS AF=0.425373;AO=55;DP=127;FAO=57;FDP=134;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00962155;FXX=0.0147048;HRUN=6;LEN=1;MLLD=162.308;QD=15.2539;RBI=0.0156852;REFB=-0.0167983;REVB=-0.0123876;RO=68;SAF=28;SAR=27;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556332;STB=0.503545;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0185029;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:134:68:77:55:57:0.425373:27:28:35:33:27:30:41:36 chr1 226573364 . A G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.00887582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.192;QD=16.7848;RBI=0.00941239;REFB=0.000719267;REVB=0.00313255;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142169;STB=0.579453;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.000660701;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:17:12:9:24:17:12:9:24 chr1 226589958 . G A 689.02 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=125;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0187728;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.273;QD=22.2264;RBI=0.0188467;REFB=-0.00530947;REVB=0.00166764;RO=56;SAF=30;SAR=37;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111994;STB=0.504262;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00512581;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:56:57:67:67:0.540323:37:30:25:31:37:30:25:32 chr1 226613233 . T C 714.35 PASS AF=0.482993;AO=70;DP=146;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=8.87855e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.279;QD=19.4382;RBI=0.021545;REFB=0.00419638;REVB=0.0215448;RO=71;SAF=33;SAR=37;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196918;STB=0.504618;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00404061;OID=.;OPOS=226613233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:71:76:70:71:0.482993:37:33:35:36:38:33:36:40 chr1 226613287 . A G 1642.08 PASS AF=0.982759;AO=80;DP=107;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0327302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7716;QD=56.6236;RBI=0.105829;REFB=0.0531491;REVB=0.10064;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.509802;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00162018;OID=.;OPOS=226613287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:116:0:2:80:114:0.982759:31:49:0:0:64:50:2:0 chr1 226633767 . C T 603.66 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.036263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6642;QD=18.8643;RBI=0.0362716;REFB=-0.012226;REVB=-0.00079289;RO=65;SAF=29;SAR=33;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488486;STB=0.530478;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0161657;OID=.;OPOS=226633767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:66:62:62:0.484375:33:29:27:38:33:29:27:39 chr1 226923505 . G T 1649.02 PASS AF=0.982301;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0114727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.489;QD=58.3724;RBI=0.01224;REFB=-0.198979;REVB=0.00426568;RO=2;SAF=49;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189795;STB=0.509802;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=8.08145e-05;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:113:2:2:110:111:0.982301:61:49:2:0:61:50:2:0 chr1 227069677 . T C 518.87 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00724095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.206;QD=23.061;RBI=0.0234833;REFB=-0.0154527;REVB=-0.0223391;RO=37;SAF=27;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296438;STB=0.539984;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.011399;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:41:49:49:0.544444:22:27:19:18:22:27:19:22 chr1 227069737 . C T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0104904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.462;QD=15.7815;RBI=0.0107896;REFB=-0.0236254;REVB=0.00252327;RO=29;SAF=17;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33585;STB=0.691861;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.011584;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:6:17:12:17:6:17:12:17 chr1 227071525 . C T 739.33 PASS AF=0.507042;AO=71;DP=141;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0081236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6814;QD=20.8263;RBI=0.0371057;REFB=0.0154222;REVB=-0.0362055;RO=69;SAF=31;SAR=40;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636623;STB=0.541589;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0157608;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:69:70:71:72:0.507042:40:31:35:34:41:31:36:34 chr1 227178948 . G A 405.67 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0289609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6087;QD=17.2626;RBI=0.056871;REFB=-0.0100672;REVB=-0.0489446;RO=52;SAF=17;SAR=25;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381108;STB=0.521366;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0133041;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:25:17:23:29:25:17:23:29 chr1 227182033 . G A 1510.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.654;QD=59.2361;RBI=0.0623821;REFB=0;REVB=0.0616699;RO=0;SAF=86;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32756e-05;OID=.;OPOS=227182033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:102:0:0:98:102:1:12:86:0:0:15:87:0:0 chr1 227182575 . A G 751.44 PASS AF=0.537313;AO=72;DP=134;FAO=72;FDP=134;FR=.;FRO=62;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00394321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.994;QD=22.431;RBI=0.00514166;REFB=-0.00583647;REVB=-0.00329965;RO=62;SAF=43;SAR=29;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124305;STB=0.568144;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0063507;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:62:62:72:72:0.537313:29:43:28:34:29:43:28:34 chr1 227307551 . TC CT,TCT 37.89 PASS AF=0,0.127451;AO=7,15;DP=106;FAO=0,13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=0,11;FSAR=0,2;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0562672,-0.0661267;FXX=0.0192289;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=80.1026,72.7831;QD=1.48582;RBI=0.0706627,0.0731064;REFB=-0.00467618,-0.00476011;REVB=-0.042746,-0.031174;RO=77;SAF=3,11;SAR=4,4;SRF=41;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.114309,0.265526;STB=0.5,0.81825;STBP=1,0.022;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0704522,0.112403;OID=.,.;OPOS=227307551,227307553;OREF=TC,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:106:102:77:89:7,15:0,13:0,0.127451:4,4:3,11:41:36:0,2:0,11:45:44 chr1 227504794 . T C 652.44 PASS AF=0.433735;AO=71;DP=165;FAO=72;FDP=166;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=0.000450797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.312;QD=15.7214;RBI=0.0119748;REFB=-0.000590492;REVB=0.0119663;RO=94;SAF=35;SAR=36;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614102;STB=0.537924;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000869515;OID=.;OPOS=227504794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:94:94:71:72:0.433735:36:35:52:42:37:35:52:42 chr1 227681475 . T C 2997.36 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515154;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8694;QD=61.4843;RBI=0.145296;REFB=0;REVB=0.135857;RO=1;SAF=84;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0039639;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:178:195:1:0:176:195:1:92:84:0:1:93:102:0:0 chr1 227923081 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0492889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9698;QD=28.5376;RBI=0.115064;REFB=-0.0869354;REVB=-0.103973;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0121204;OID=.;OPOS=227923081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:3:4:0:0:3:4:0:1 chr1 227935762 . G A 3190.07 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2513;QD=64.1221;RBI=0.0580814;REFB=0;REVB=0.0071088;RO=0;SAF=109;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31456e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174356;OID=.;OPOS=227935762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:199:0:0:199:199:1:90:109:0:0:90:109:0:0 chr1 228033197 . A G 545.8 PASS AF=0.42446;AO=59;DP=139;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.00538228;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9544;QD=15.7064;RBI=0.0151911;REFB=0.00590568;REVB=-0.0142056;RO=77;SAF=25;SAR=34;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713924;STB=0.527147;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.0238765;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:77:80:59:59:0.42446:34:25:38:39:33:26:39:41 chr1 228033258 . T A 925.89 PASS AF=0.472081;AO=93;DP=198;FAO=93;FDP=197;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.0076135;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.604;QD=18.7997;RBI=0.0171157;REFB=-0.00916134;REVB=-0.0153292;RO=104;SAF=41;SAR=52;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660268;STB=0.536486;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0113645;OID=.;OPOS=228033258;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:104:104:93:93:0.472081:52:41:53:51:52:41:53:51 chr1 228247942 . A C 533.79 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0993527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.491;QD=59.3099;RBI=0.106173;REFB=0;REVB=0.0374401;RO=0;SAF=1;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025559;OID=.;OPOS=228247942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:34:1:0:0:34:2:0:0 chr1 228248986 . T G 1034.61 PASS AF=0.849057;AO=59;DP=96;FAO=90;FDP=106;FR=.;FRO=16;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0111884;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=50.2107;QD=39.0419;RBI=0.110915;REFB=-0.0751968;REVB=0.110349;RO=12;SAF=25;SAR=34;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845345;STB=0.535284;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0278121;OID=.;OPOS=228248986;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:96:106:12:16:59:90:0.849057:34:25:2:10:53:37:3:13 chr1 228263903 . G A 3623.88 PASS AF=0.971074;AO=235;DP=242;FAO=235;FDP=242;FR=.;FRO=7;FSAF=123;FSAR=112;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0174524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.615;QD=59.8988;RBI=0.0296878;REFB=-0.0472684;REVB=0.0240163;RO=3;SAF=123;SAR=112;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01148;STB=0.502748;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000551975;OID=.;OPOS=228263903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:242:242:3:7:235:235:0.971074:112:123:3:0:112:123:3:4 chr1 228285645 . C T 1540.57 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.834;QD=59.828;RBI=0.0208763;REFB=0;REVB=0.0163592;RO=0;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93877e-05;OID=.;OPOS=228285645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:60:43:0:0:60:43:0:0 chr1 228295523 . C T 6235.43 PASS AF=1;AO=392;DP=395;FAO=392;FDP=392;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=221;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214466;FXX=0.0101008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.642;QD=63.6268;RBI=0.0384203;REFB=-0.0278797;REVB=0.0318773;RO=2;SAF=171;SAR=221;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0042992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159806;OID=.;OPOS=228295523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:395:392:2:0:392:392:1:221:171:0:2:221:171:0:0 chr1 228295697 . C G,T 1349.27 PASS AF=0.0326087,0.945652;AO=5,84;DP=92;FAO=3,87;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=3,39;FSAR=0,48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0930488,0.00647939;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.9643,146.857;QD=58.6639;RBI=0.0940586,0.0774498;REFB=0.0987361,-0.0409768;REVB=-0.0137457,0.0771783;RO=2;SAF=2,39;SAR=3,45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.281149,-0.0236689;STB=0.5,0.512497;STBP=1,0.135;TYPE=snp,snp;VARB=0.115596,0.00138081;OID=.,.;OPOS=228295697,228295697;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:92:92:2:2:5,84:3,87:0.0326087,0.945652:3,45:2,39:2:0:0,48:3,39:2:0 chr1 228295944 . G A 2476.1 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0210783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.965;QD=60.7633;RBI=0.0288693;REFB=-0.0840447;REVB=0.0197267;RO=1;SAF=87;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543825;STB=0.502857;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000129457;OID=.;OPOS=228295944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:1:1:162:162:0.993865:75:87:1:0:75:87:1:0 chr1 228336416 . C T 1604.92 PASS AF=0.981982;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0280825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.206;QD=57.8348;RBI=0.0296812;REFB=-0.117972;REVB=0.00960967;RO=2;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150634;STB=0.507811;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00100883;OID=.;OPOS=228336416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:111:2:2:107:109:0.981982:62:45:0:2:63:46:0:2 chr1 228336518 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.462;QD=57.5452;RBI=0.0301652;REFB=0;REVB=0.0128946;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04623e-05;OID=.;OPOS=228336518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr1 228345606 . C T 11031.6 PASS AF=1;AO=700;DP=704;FAO=702;FDP=702;FR=.;FRO=0;FSAF=364;FSAR=338;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378125;FXX=0.00284087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8382;QD=62.8584;RBI=0.0390888;REFB=-0.0174232;REVB=0.0389055;RO=4;SAF=365;SAR=335;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00566882;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37611e-05;OID=.;OPOS=228345606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:53:704:702:4:0:700:702:1:335:365:0:4:338:364:0:0 chr1 228345987 . G A 1821.65 PASS AF=0.991736;AO=116;DP=117;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0980406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3677;QD=60.2199;RBI=0.144728;REFB=-0.126048;REVB=0.106463;RO=1;SAF=44;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655085;STB=0.503355;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00260125;OID=.;OPOS=228345987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:117:121:1:1:116:120:0.991736:72:44:0:1:74:46:0:1 chr1 228351852 . T TAC 1775.0 PASS AF=0.937984;AO=121;DP=132;FAO=121;FDP=129;FR=.;FRO=8;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00522809;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=2;MLLD=285.314;QD=55.0386;RBI=0.047531;REFB=-0.0391337;REVB=0.0472426;RO=8;SAF=63;SAR=58;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171376;STB=0.50904;STBP=0.414;TYPE=ins;VARB=0.002719;OID=.;OPOS=228351853;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.937984:121:132:121:129:8:63:58:3:5:21:8:63:58:3:5 chr1 228352160 . T C 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.303;QD=62.3468;RBI=0.0545523;REFB=0;REVB=0.0516152;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252505;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr1 228399482 . C G 2693.99 PASS AF=0.972678;AO=176;DP=183;FAO=178;FDP=183;FR=.;FRO=5;FSAF=124;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00526248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.047;QD=58.885;RBI=0.0257556;REFB=-0.132109;REVB=0.0252122;RO=0;SAF=123;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24156e-08;STB=0.503349;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.000731116;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:183:183:0:5:176:178:0.972678:53:123:0:0:54:124:4:1 chr1 228399766 . T C 4148.96 PASS AF=1;AO=263;DP=263;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.479;QD=62.6258;RBI=0.037358;REFB=0;REVB=0.0331474;RO=0;SAF=120;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28263e-05;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:263:265:0:0:263:265:1:143:120:0:0:145:120:0:0 chr1 228402047 . A G 10266.5 PASS AF=1;AO=653;DP=657;FAO=653;FDP=653;FR=.;FRO=0;FSAF=294;FSAR=359;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184155;FXX=0.00759867;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3592;QD=62.8881;RBI=0.0185714;REFB=-0.0864975;REVB=0.00240198;RO=4;SAF=294;SAR=359;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00235256;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128034;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:657:653:4:0:653:653:1:359:294:1:3:359:294:0:0 chr1 228402121 . A G 6352.61 PASS AF=1;AO=396;DP=398;FAO=397;FDP=397;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=200;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504798;FXX=0.00501241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.548;QD=64.0062;RBI=0.0506316;REFB=0;REVB=-0.00391803;RO=0;SAF=196;SAR=200;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.34347e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01789e-05;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:398:397:0:0:396:397:1:200:196:0:0:200:197:0:0 chr1 228403334 . C T 4407.69 PASS AF=1;AO=280;DP=284;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926165;FXX=0.010563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.445;QD=62.7429;RBI=0.0113335;REFB=-0.0979599;REVB=0.00653231;RO=0;SAF=142;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74431e-06;OID=.;OPOS=228403334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:284:281:0:0:280:281:1:138:142:0:0:139:142:0:0 chr1 228412227 . T C 1698.14 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0907038;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8802;QD=60.6478;RBI=0.0907438;REFB=0;REVB=0.00269194;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302502;OID=.;OPOS=228412227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:65:47:0:0:65:47:0:0 chr1 228412308 . G A 2786.02 PASS AF=0.994475;AO=170;DP=171;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.504;QD=61.5695;RBI=0.0176359;REFB=-0.0499809;REVB=0.0045606;RO=0;SAF=63;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502183;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=6.15446e-05;OID=.;OPOS=228412308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:181:0:1:170:180:0.994475:107:63:0:0:114:66:0:1 chr1 228431095 . A G 3862.16 PASS AF=1;AO=249;DP=250;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139659;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.795;QD=61.5483;RBI=0.0143809;REFB=-0.0875525;REVB=0.00343012;RO=1;SAF=93;SAR=156;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61117e-05;OID=.;OPOS=228431095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:250:251:1:0:249:251:1:156:93:1:0:158:93:0:0 chr1 228433217 . A G 2267.54 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.039;QD=63.4278;RBI=0.0649863;REFB=0;REVB=0.0025819;RO=0;SAF=65;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31707e-05;OID=.;OPOS=228433217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:78:65:0:0:78:65:0:0 chr1 228434395 . T C 3447.83 PASS AF=1;AO=220;DP=222;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175628;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.433;QD=62.6877;RBI=0.0175777;REFB=0;REVB=0.000724123;RO=0;SAF=91;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41983e-05;OID=.;OPOS=228434395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:220:0:0:220:220:1:129:91:0:0:129:91:0:0 chr1 228434467 . T C,G 2511.47 PASS AF=0.952663,0.0473373;AO=153,9;DP=162;FAO=161,8;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=64,6;FSAR=97,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014863,-0.0141426;FXX=0.00588201;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.495,156.889;QD=59.4431;RBI=0.0215917,0.0155949;REFB=0,0;REVB=0.0156618,0.00657182;RO=0;SAF=64,6;SAR=89,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.70284e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00173064,0.0181224;OID=.,.;OPOS=228434467,228434467;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:162:169:0:0:153,9:161,8:0.952663,0.0473373:89,3:64,6:0:0:97,2:64,6:0:0 chr1 228444565 . T A 2295.2 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283439;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.813;QD=63.316;RBI=0.0386429;REFB=0;REVB=0.0262659;RO=0;SAF=65;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2093e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14835e-05;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:142:145:1:77:65:0:0:80:65:0:0 chr1 228447221 . T C 2243.85 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0104065;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.799;QD=62.7649;RBI=0.0285809;REFB=-0.109291;REVB=0.026619;RO=1;SAF=58;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812768;STB=0.504273;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000274333;OID=.;OPOS=228447221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:143:1:1:142:142:0.993007:84:58:1:0:84:58:1:0 chr1 228451836 . C T 1902.94 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0271932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0451;QD=59.9352;RBI=0.0468583;REFB=-0.0879288;REVB=0.0381606;RO=2;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146149;STB=0.507691;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00511722;OID=.;OPOS=228451836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:2:2:125:125:0.984252:64:61:0:2:64:61:0:2 chr1 228456083 . T C 911.06 PASS AF=1;AO=57;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.323;QD=57.8452;RBI=0.0632005;REFB=0;REVB=0.0631866;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491429;OID=.;OPOS=228456083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:57:63:1:17:40:0:0:22:41:0:0 chr1 228456147 . T C 1587.41 PASS AF=0.964602;AO=108;DP=113;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0189366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.059;QD=56.1916;RBI=0.0284422;REFB=-0.109272;REVB=-0.0212218;RO=4;SAF=62;SAR=46;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296387;STB=0.515382;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00791272;OID=.;OPOS=228456147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:113:4:4:108:109:0.964602:46:62:4:0:46:63:4:0 chr1 228459677 . C T 1315.16 PASS AF=0.518519;AO=126;DP=246;FAO=126;FDP=243;FR=.;FRO=117;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=45;FSRR=72;FWDB=-0.00218732;FXX=0.0121946;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.234;QD=21.6488;RBI=0.0287878;REFB=-0.0251636;REVB=0.0287046;RO=115;SAF=59;SAR=67;SRF=44;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755236;STB=0.540636;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0224475;OID=.;OPOS=228459677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:243:115:117:126:126:0.518519:67:59:44:71:67:59:45:72 chr1 228461129 . A G 882.95 PASS AF=0.51462;AO=88;DP=171;FAO=88;FDP=171;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=62;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=0.00134199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4336;QD=20.6538;RBI=0.0184344;REFB=-0.0117078;REVB=-0.0183854;RO=80;SAF=26;SAR=62;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676849;STB=0.543849;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0170159;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:80:83:88:88:0.51462:62:26:29:51:62:26:31:52 chr1 228462332 . G A 1224.87 PASS AF=0.482759;AO=126;DP=263;FAO=126;FDP=261;FR=.;FRO=135;FSAF=79;FSAR=47;FSRF=59;FSRR=76;FWDB=0.00255625;FXX=0.00760427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.469;QD=18.772;RBI=0.054244;REFB=-0.00634426;REVB=0.0541837;RO=136;SAF=79;SAR=47;SRF=59;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184454;STB=0.599688;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00698268;OID=.;OPOS=228462332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:261:136:135:126:126:0.482759:47:79:59:77:47:79:59:76 chr1 228464248 . T G 958.45 PASS AF=0.492537;AO=95;DP=197;FAO=99;FDP=201;FR=.;FRO=102;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.00812914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.495;QD=19.0736;RBI=0.00813313;REFB=-0.0103602;REVB=-0.000254741;RO=101;SAF=49;SAR=46;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378912;STB=0.522599;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0106739;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:201:101:102:95:99:0.492537:46:49:48:53:48:51:48:54 chr1 228464276 . T C 934.28 PASS AF=0.480198;AO=97;DP=202;FAO=97;FDP=202;FR=.;FRO=105;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=-0.00668206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.274;QD=18.5006;RBI=0.0220792;REFB=-0.0237371;REVB=-0.0210438;RO=105;SAF=52;SAR=45;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295987;STB=0.516324;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0240618;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:105:105:97:97:0.480198:45:52:53:52:45:52:53:52 chr1 228464316 . C G 882.77 PASS AF=0.486339;AO=89;DP=184;FAO=89;FDP=183;FR=.;FRO=94;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.00598478;FXX=0.00543449;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.886;QD=19.2954;RBI=0.0151512;REFB=-0.0220426;REVB=-0.0139191;RO=94;SAF=45;SAR=44;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845082;STB=0.546548;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0235701;OID=.;OPOS=228464316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:94:94:89:89:0.486339:44:45:39:55:44:45:39:55 chr1 228468069 . G A 1189.01 PASS AF=0.611429;AO=107;DP=174;FAO=107;FDP=175;FR=.;FRO=68;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0124847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.848;QD=27.1773;RBI=0.0135272;REFB=-0.0184763;REVB=-0.00520744;RO=67;SAF=53;SAR=54;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551764;STB=0.532486;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0134673;OID=.;OPOS=228468069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:67:68:107:107:0.611429:54:53:28:39:54:53:28:40 chr1 228480282 . A G 741.94 PASS AF=0.5;AO=75;DP=152;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.00404406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.323;QD=19.5246;RBI=0.0062613;REFB=-0.00084475;REVB=-0.00478011;RO=77;SAF=41;SAR=34;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00112304;STB=0.506642;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00079931;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:77:76:75:76:0.5:34:41:42:35:34:42:41:35 chr1 228482028 . G C 2323.73 PASS AF=0.490526;AO=231;DP=473;FAO=233;FDP=475;FR=.;FRO=242;FSAF=99;FSAR=134;FSRF=100;FSRR=142;FWDB=0.00673361;FXX=0.0021008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.181;QD=19.5682;RBI=0.00983434;REFB=-0.0252013;REVB=0.00716748;RO=241;SAF=97;SAR=134;SRF=100;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00476052;STB=0.506093;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0261791;OID=.;OPOS=228482028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:473:475:241:242:231:233:0.490526:134:97:100:141:134:99:100:142 chr1 228494696 . G A 1119.85 PASS AF=0.544041;AO=104;DP=193;FAO=105;FDP=193;FR=.;FRO=88;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0101985;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.796;QD=23.2094;RBI=0.0295017;REFB=-0.0431951;REVB=0.0276828;RO=86;SAF=47;SAR=57;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207412;STB=0.518831;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0299098;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:86:88:104:105:0.544041:57:47:41:45:58:47:43:45 chr1 228496014 . G A 236.16 PASS AF=0.45;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0731523;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3414;QD=15.744;RBI=0.117472;REFB=-0.0193514;REVB=0.0919158;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105935;STB=0.576341;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0228164;OID=.;OPOS=228496014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:32:33:26:27:0.45:15:11:17:15:16:11:18:15 chr1 228503677 . A G 1177.94 PASS AF=0.515556;AO=116;DP=225;FAO=116;FDP=225;FR=.;FRO=109;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=0.0228833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.088;QD=20.9412;RBI=0.0400997;REFB=-0.015062;REVB=-0.0329293;RO=108;SAF=58;SAR=58;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00815518;STB=0.502222;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0145513;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:108:109:116:116:0.515556:58:58:53:55:58:58:54:55 chr1 228503679 . A G 1164.41 PASS AF=0.511111;AO=115;DP=225;FAO=115;FDP=225;FR=.;FRO=110;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.000611371;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.89;QD=20.7006;RBI=0.00288062;REFB=-0.00737515;REVB=0.00281499;RO=108;SAF=57;SAR=58;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434397;STB=0.502125;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00915055;OID=.;OPOS=228503679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:108:110:115:115:0.511111:58:57:53:55:58:57:55:55 chr1 228504472 . T C 1165.0 PASS AF=0.477551;AO=117;DP=245;FAO=117;FDP=245;FR=.;FRO=128;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=60;FSRR=68;FWDB=-0.0259267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2071;QD=19.0203;RBI=0.0424177;REFB=-0.0200946;REVB=-0.0335718;RO=127;SAF=49;SAR=68;SRF=59;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440356;STB=0.526565;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0189842;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:127:128:117:117:0.477551:68:49:59:68:68:49:60:68 chr1 228505204 . G A 1027.81 PASS AF=0.521053;AO=99;DP=190;FAO=99;FDP=190;FR=.;FRO=91;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.0448158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5245;QD=21.6381;RBI=0.0486514;REFB=-0.0174327;REVB=-0.0189341;RO=90;SAF=39;SAR=60;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123195;STB=0.565105;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0144347;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:90:91:99:99:0.521053:60:39:48:42:60:39:48:43 chr1 228505668 . C G 432.19 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0119631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.986;QD=14.9029;RBI=0.0215328;REFB=-0.0191261;REVB=-0.0179038;RO=67;SAF=32;SAR=17;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1097;STB=0.561797;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0203455;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:67:67:49:49:0.422414:17:32:37:30:17:32:37:30 chr1 228505699 . T C 181.83 PASS AF=0.284091;AO=24;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=0.0147422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9699;QD=8.26478;RBI=0.0255998;REFB=-0.0253096;REVB=0.0209288;RO=63;SAF=1;SAR=23;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583297;STB=0.782527;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0647836;OID=.;OPOS=228505699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:63:63:24:25:0.284091:23:1:19:44:23:2:19:44 chr1 228506756 . C T 1137.85 PASS AF=0.466926;AO=118;DP=255;FAO=120;FDP=257;FR=.;FRO=137;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=56;FSRR=81;FWDB=0.0082435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.287;QD=17.7098;RBI=0.0210753;REFB=-0.0370431;REVB=-0.0193962;RO=137;SAF=50;SAR=68;SRF=56;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149425;STB=0.504341;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0411259;OID=.;OPOS=228506756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:257:137:137:118:120:0.466926:68:50:56:81:70:50:56:81 chr1 228509427 . A G 624.01 PASS AF=0.447368;AO=67;DP=152;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0955081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1737;QD=16.4212;RBI=0.097605;REFB=-0.0210721;REVB=-0.0201233;RO=84;SAF=34;SAR=33;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282234;STB=0.511625;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0255614;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:84:84:67:68:0.447368:33:34:45:39:33:35:45:39 chr1 228509589 . G A 1872.28 PASS AF=0.505405;AO=186;DP=368;FAO=187;FDP=370;FR=.;FRO=183;FSAF=118;FSAR=69;FSRF=105;FSRR=78;FWDB=0.00850651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1751;QD=20.2409;RBI=0.0104042;REFB=-0.0110293;REVB=0.00599048;RO=181;SAF=118;SAR=68;SRF=103;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622631;STB=0.529921;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00962069;OID=.;OPOS=228509589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:370:181:183:186:187:0.505405:68:118:103:78:69:118:105:78 chr1 228509610 . C T 2207.48 PASS AF=0.498856;AO=216;DP=437;FAO=218;FDP=437;FR=.;FRO=219;FSAF=129;FSAR=89;FSRF=138;FSRR=81;FWDB=-0.00289121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.765;QD=20.2057;RBI=0.0029694;REFB=0.0103961;REVB=-0.000676922;RO=214;SAF=129;SAR=87;SRF=134;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275394;STB=0.520056;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0107885;OID=.;OPOS=228509610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:437:214:219:216:218:0.498856:87:129:134:80:89:129:138:81 chr1 228509733 . C T 2686.17 PASS AF=0.475694;AO=274;DP=576;FAO=274;FDP=576;FR=.;FRO=302;FSAF=119;FSAR=155;FSRF=146;FSRR=156;FWDB=0.0226298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.964;QD=18.654;RBI=0.0226319;REFB=-0.0165171;REVB=-0.000310614;RO=301;SAF=119;SAR=155;SRF=145;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456742;STB=0.526034;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0184051;OID=.;OPOS=228509733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:576:576:301:302:274:274:0.475694:155:119:145:156:155:119:146:156 chr1 228528215 . G A 757.02 PASS AF=0.372881;AO=86;DP=234;FAO=88;FDP=236;FR=.;FRO=148;FSAF=13;FSAR=75;FSRF=36;FSRR=112;FWDB=0.00295798;FXX=0.00421923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.282;QD=12.8309;RBI=0.016304;REFB=-0.00833205;REVB=0.0160334;RO=147;SAF=13;SAR=73;SRF=35;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162124;STB=0.601841;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0230684;OID=.;OPOS=228528215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:236:147:148:86:88:0.372881:73:13:35:112:75:13:36:112 chr1 228528523 . G A 1303.73 PASS AF=0.467128;AO=130;DP=286;FAO=135;FDP=289;FR=.;FRO=154;FSAF=79;FSAR=56;FSRF=79;FSRR=75;FWDB=0.0111806;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.948;QD=18.0446;RBI=0.0240212;REFB=-0.00662178;REVB=0.0212606;RO=151;SAF=77;SAR=53;SRF=77;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815295;STB=0.539089;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00716325;OID=.;OPOS=228528523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:289:151:154:130:135:0.467128:53:77:77:74:56:79:79:75 chr1 228528563 . C G 955.91 PASS AF=0.454955;AO=100;DP=220;FAO=101;FDP=222;FR=.;FRO=121;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=0.0301893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.244;QD=17.2237;RBI=0.0302187;REFB=-0.0176149;REVB=0.00133347;RO=119;SAF=54;SAR=46;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043469;STB=0.522116;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.016718;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:222:119:121:100:101:0.454955:46:54:59:60:46:55:61:60 chr1 228547511 . G A 2026.31 PASS AF=0.434343;AO=215;DP=495;FAO=215;FDP=495;FR=.;FRO=280;FSAF=108;FSAR=107;FSRF=134;FSRR=146;FWDB=0.00919469;FXX=0.00201609;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.211;QD=16.3742;RBI=0.0248573;REFB=-0.0221462;REVB=0.0230942;RO=278;SAF=108;SAR=107;SRF=133;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024333;STB=0.513434;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0268299;OID=.;OPOS=228547511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:495:495:278:280:215:215:0.434343:107:108:133:145:107:108:134:146 chr1 228547901 . C T 1323.91 PASS AF=0.489051;AO=134;DP=274;FAO=134;FDP=274;FR=.;FRO=140;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=47;FSRR=93;FWDB=0.0319231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.25;QD=19.3272;RBI=0.0351328;REFB=-0.00299408;REVB=0.0146707;RO=139;SAF=64;SAR=70;SRF=47;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130678;STB=0.573113;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00244637;OID=.;OPOS=228547901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:139:140:134:134:0.489051:70:64:47:92:70:64:47:93 chr1 228555596 . C T 513.54 PASS AF=0.398649;AO=59;DP=152;FAO=59;FDP=148;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.000284277;FXX=0.0263141;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.309;QD=13.8793;RBI=0.0182254;REFB=-0.00674175;REVB=-0.0182231;RO=89;SAF=23;SAR=36;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137336;STB=0.577514;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0116042;OID=.;OPOS=228555596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:148:89:89:59:59:0.398649:36:23:46:43:36:23:46:43 chr1 228555619 . A T 530.07 PASS AF=0.405594;AO=54;DP=139;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.0257445;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.968;QD=14.8271;RBI=0.0363498;REFB=-0.0178167;REVB=0.0256617;RO=84;SAF=21;SAR=33;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146923;STB=0.594822;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.029911;OID=.;OPOS=228555619;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:143:84:85:54:58:0.405594:33:21:44:40:37:21:44:41 chr1 228555658 . T C 372.7 PASS AF=0.40404;AO=41;DP=100;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.025684;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.248;QD=15.0585;RBI=0.0277675;REFB=-0.0236701;REVB=-0.010553;RO=57;SAF=13;SAR=28;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1543;STB=0.602595;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0291802;OID=.;OPOS=228555658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:57:59:41:40:0.40404:28:13:26:31:28:12:27:32 chr1 228555661 . C T 372.17 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0197285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8386;QD=15.1907;RBI=0.0208103;REFB=-0.0327819;REVB=0.00662236;RO=58;SAF=12;SAR=28;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205294;STB=0.616679;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0627333;OID=.;OPOS=228555661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:28:12:28:30:28:12:28:30 chr1 228558873 . C T 828.25 PASS AF=0.535948;AO=80;DP=150;FAO=82;FDP=153;FR=.;FRO=71;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.00320567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.103;QD=21.6537;RBI=0.0111352;REFB=-0.00582438;REVB=0.0106637;RO=69;SAF=44;SAR=36;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608785;STB=0.531784;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00610853;OID=.;OPOS=228558873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:69:71:80:82:0.535948:36:44:33:36:36:46:35:36 chr1 228559797 . T C 1188.25 PASS AF=0.494024;AO=121;DP=251;FAO=124;FDP=251;FR=.;FRO=127;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=47;FSRR=80;FWDB=-0.00994637;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.927;QD=18.9363;RBI=0.0152325;REFB=-0.00725508;REVB=0.0115368;RO=124;SAF=48;SAR=73;SRF=46;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249106;STB=0.513347;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00879169;OID=.;OPOS=228559797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:124:127:121:124:0.494024:73:48:46:78:75:49:47:80 chr1 228559933 . A T 1120.38 PASS AF=0.47479;AO=113;DP=242;FAO=113;FDP=238;FR=.;FRO=125;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=54;FSRR=71;FWDB=-0.00693695;FXX=0.0205753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.854;QD=18.8298;RBI=0.0119092;REFB=-0.00776366;REVB=-0.00968034;RO=121;SAF=42;SAR=71;SRF=51;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493156;STB=0.533327;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00968196;OID=.;OPOS=228559933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:238:121:125:113:113:0.47479:71:42:51:70:71:42:54:71 chr1 228559994 . C T 3090.36 PASS AF=1;AO=201;DP=204;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382289;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.516;QD=61.1953;RBI=0.0395305;REFB=0;REVB=0.0100603;RO=1;SAF=94;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00504018;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147701;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:204:202:1:0:201:202:1:107:94:1:0:107:95:0:0 chr1 228560034 . C T 1064.08 PASS AF=0.552486;AO=100;DP=184;FAO=100;FDP=181;FR=.;FRO=81;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00888611;FXX=0.0163035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.774;QD=23.5156;RBI=0.0101045;REFB=-0.0150937;REVB=0.00481023;RO=81;SAF=46;SAR=54;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075415;STB=0.504111;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0117796;OID=.;OPOS=228560034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:181:81:81:100:100:0.552486:54:46:38:43:54:46:38:43 chr1 228560139 . A G 1428.52 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0121032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.003;QD=56.0204;RBI=0.0278367;REFB=-0.0740593;REVB=0.0250678;RO=0;SAF=74;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65554e-08;STB=0.503625;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00333412;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:102:0:3:99:99:0.970588:25:74:0:0:24:75:2:1 chr1 228560289 . A G 529.82 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00971167;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9735;QD=27.8852;RBI=0.0204753;REFB=-0.00391998;REVB=-0.0180256;RO=28;SAF=26;SAR=22;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524767;STB=0.52856;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00467138;OID=.;OPOS=228560289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:28:28:48:48:0.631579:22:26:13:15:22:26:13:15 chr1 228560700 . T C 11873.0 PASS AF=1;AO=749;DP=750;FAO=750;FDP=750;FR=.;FRO=0;FSAF=335;FSAR=415;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985342;FXX=0.00133154;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4423;QD=63.3226;RBI=0.0456513;REFB=0.00610203;REVB=-0.0445752;RO=1;SAF=334;SAR=415;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00142818;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38801e-05;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:59:750:750:1:0:749:750:1:415:334:1:0:415:335:0:0 chr1 228564777 . A G 1077.88 PASS AF=0.497717;AO=109;DP=219;FAO=109;FDP=219;FR=.;FRO=110;FSAF=75;FSAR=34;FSRF=69;FSRR=41;FWDB=-0.0670013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.409;QD=19.6874;RBI=0.0686622;REFB=-0.0176303;REVB=0.0150105;RO=108;SAF=75;SAR=34;SRF=67;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692945;STB=0.534639;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.017695;OID=.;OPOS=228564777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:108:110:109:109:0.497717:34:75:67:41:34:75:69:41 chr1 228566069 . C CG 41.3 PASS AF=0.126984;AO=42;DP=256;FAO=32;FDP=252;FR=.;FRO=220;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=114;FSRR=106;FWDB=-0.0028628;FXX=0.027026;HRUN=0;LEN=1;MLLD=85.4181;QD=0.6556;RBI=0.00960141;REFB=-0.00394899;REVB=-0.00916468;RO=214;SAF=34;SAR=8;SRF=108;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415944;STB=0.712362;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.170489;OID=.;OPOS=228566070;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.126984:42:256:32:252:220:24:8:114:106:41:214:34:8:108:106 chr1 228566387 . G A 1642.02 PASS AF=0.483965;AO=157;DP=334;FAO=166;FDP=343;FR=.;FRO=177;FSAF=74;FSAR=92;FSRF=97;FSRR=80;FWDB=0.0200711;FXX=0.00290689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2451;QD=19.149;RBI=0.0634763;REFB=-0.00961423;REVB=0.0602195;RO=177;SAF=74;SAR=83;SRF=97;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736705;STB=0.552769;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00991941;OID=.;OPOS=228566387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:343:177:177:157:166:0.483965:83:74:97:80:92:74:97:80 chr1 228582111 . C T 675.43 PASS AF=0.450617;AO=70;DP=165;FAO=73;FDP=162;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0252581;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3552;QD=16.6772;RBI=0.0315607;REFB=0.0158588;REVB=0.0189237;RO=88;SAF=38;SAR=32;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769242;STB=0.532851;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0204456;OID=.;OPOS=228582111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:162:88:89:70:73:0.450617:32:38:41:47:35:38:41:48 chr1 228588680 . A C 335.09 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.234;QD=16.9668;RBI=0.031658;REFB=-0.0204523;REVB=-0.0109609;RO=42;SAF=20;SAR=15;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120815;STB=0.565375;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0137114;OID=.;OPOS=228588680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:43:35:36:0.455696:15:20:29:13:15:21:30:13 chr1 228596802 . G C 1372.49 PASS AF=0.525097;AO=135;DP=258;FAO=136;FDP=259;FR=.;FRO=123;FSAF=77;FSAR=59;FSRF=74;FSRR=49;FWDB=0.0584169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.33;QD=21.1968;RBI=0.0593664;REFB=-0.00974286;REVB=0.0105754;RO=123;SAF=76;SAR=59;SRF=74;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344535;STB=0.517211;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00739649;OID=.;OPOS=228596802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:123:123:135:136:0.525097:59:76:74:49:59:77:74:49 chr1 228602660 . G C 1159.79 PASS AF=0.467433;AO=121;DP=260;FAO=122;FDP=261;FR=.;FRO=139;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=60;FSRR=79;FWDB=0.00282468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8909;QD=17.7746;RBI=0.00358895;REFB=-0.0163427;REVB=0.002214;RO=139;SAF=56;SAR=65;SRF=60;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304156;STB=0.514703;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0229352;OID=.;OPOS=228602660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:139:139:121:122:0.467433:65:56:60:79:66:56:60:79 chr1 228612838 . G T 733.26 PASS AF=0.458824;AO=78;DP=170;FAO=78;FDP=170;FR=.;FRO=92;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.0391403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.472;QD=17.2531;RBI=0.0392066;REFB=0.0104283;REVB=0.00227896;RO=91;SAF=47;SAR=31;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117346;STB=0.562426;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0152091;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:91:92:78:78:0.458824:31:47:44:47:31:47:45:47 chr1 228699477 . T C 375.4 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0135661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6121;QD=15.8065;RBI=0.0210567;REFB=-0.0195534;REVB=-0.0161041;RO=55;SAF=21;SAR=19;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536228;STB=0.530232;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0172776;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:19:21:26:29:19:21:26:29 chr1 228743499 . C A 8181.76 PASS AF=1;AO=513;DP=516;FAO=519;FDP=519;FR=.;FRO=0;FSAF=287;FSAR=232;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400588;FXX=0.0038387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0588;QD=63.0578;RBI=0.0442405;REFB=0;REVB=0.0187752;RO=1;SAF=284;SAR=229;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00167832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76903e-05;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:516:519:1:0:513:519:1:229:284:1:0:232:287:0:0 chr1 228783671 . C T 692.55 PASS AF=0.398964;AO=77;DP=193;FAO=77;FDP=193;FR=.;FRO=116;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.0284792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.791;QD=14.3533;RBI=0.0347873;REFB=0.00557166;REVB=0.0199772;RO=115;SAF=30;SAR=47;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124418;STB=0.572759;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00867929;OID=.;OPOS=228783671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:115:116:77:77:0.398964:47:30:58:57:47:30:59:57 chr1 229622162 . A G 469.98 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0501601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5945;QD=19.1828;RBI=0.0557887;REFB=0.00601973;REVB=-0.0244199;RO=50;SAF=16;SAR=31;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155335;STB=0.58219;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0154761;OID=.;OPOS=229622162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:51:47:47:0.479592:31:16:25:25:31:16:25:26 chr1 229623338 . T C 628.92 PASS AF=0.484848;AO=63;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0120529;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.237;QD=19.0583;RBI=0.0135037;REFB=-0.00646652;REVB=0.00608922;RO=67;SAF=33;SAR=30;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126151;STB=0.514701;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0048347;OID=.;OPOS=229623338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:68:63:64:0.484848:30:33:36:31:31:33:37:31 chr1 229631734 . T C 598.26 PASS AF=0.431507;AO=63;DP=147;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.0488432;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.156;QD=16.3905;RBI=0.063176;REFB=-0.0115034;REVB=0.0400693;RO=83;SAF=28;SAR=35;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111458;STB=0.56229;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0143251;OID=.;OPOS=229631734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:83:83:63:63:0.431507:35:28:46:37:35:28:46:37 chr1 229635521 . A G 586.22 PASS AF=0.469231;AO=60;DP=129;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=49;FWDB=-0.033151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6656;QD=18.0375;RBI=0.033566;REFB=0.00663275;REVB=0.00526189;RO=69;SAF=19;SAR=41;SRF=20;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302252;STB=0.513509;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00815484;OID=.;OPOS=229635521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:69:69:60:61:0.469231:41:19:20:49:42:19:20:49 chr1 229652698 . G T 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0278322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.728;QD=14.8342;RBI=0.0332853;REFB=-0.00757895;REVB=-0.018256;RO=29;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325362;STB=0.695469;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00949318;OID=.;OPOS=229652698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:16:6:17:12:16:6:18:12 chr1 229663064 . GAGGAA G 475.09 PASS AF=0.765957;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=47;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.125153;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=5;MLLD=192.951;QD=40.4331;RBI=0.125301;REFB=-0.0135655;REVB=0.00610066;RO=0;SAF=1;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.00013e-08;STB=0.567868;STBP=0.634;TYPE=del;VARB=0.00472309;OID=.;OPOS=229663065;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.765957:36:37:36:47:11:1:35:0:11:79:0:1:35:0:0 chr1 229683264 . G A 581.48 PASS AF=0.417722;AO=66;DP=158;FAO=66;FDP=158;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.00809476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.527;QD=14.721;RBI=0.0126484;REFB=-0.00693815;REVB=-0.00971894;RO=92;SAF=34;SAR=32;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181622;STB=0.510177;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00969699;OID=.;OPOS=229683264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:92:92:66:66:0.417722:32:34:49:43:32:34:49:43 chr1 229737680 . C T 459.01 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=133;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.00554969;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.508;QD=14.0156;RBI=0.0108652;REFB=0.00264918;REVB=0.00934094;RO=79;SAF=26;SAR=26;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472955;STB=0.526707;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00425692;OID=.;OPOS=229737680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:79:79:52:52:0.396947:26:26:36:43:26:26:36:43 chr1 229738170 . T G 896.82 PASS AF=0.454976;AO=96;DP=212;FAO=96;FDP=211;FR=.;FRO=115;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=0.00908757;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.846;QD=17.0013;RBI=0.0118699;REFB=0.00450284;REVB=-0.00763614;RO=114;SAF=41;SAR=55;SRF=49;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274321;STB=0.500555;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00585666;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:114:115:96:96:0.454976:55:41:49:65:55:41:49:66 chr1 229738236 . G A 2025.12 PASS AF=0.847458;AO=148;DP=176;FAO=150;FDP=177;FR=.;FRO=27;FSAF=71;FSAR=79;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00313982;FXX=0.00561766;HRUN=6;LEN=1;MLLD=118.049;QD=45.7654;RBI=0.0184892;REFB=-0.0463436;REVB=0.0182207;RO=23;SAF=71;SAR=77;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000374115;STB=0.518206;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00117357;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:23:27:148:150:0.847458:77:71:11:12:79:71:16:11 chr1 229750036 . C T 879.09 PASS AF=0.458537;AO=94;DP=205;FAO=94;FDP=205;FR=.;FRO=111;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=-0.00351816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.499;QD=17.153;RBI=0.00385599;REFB=-0.00269891;REVB=-0.00157837;RO=111;SAF=47;SAR=47;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220172;STB=0.512193;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.002659;OID=.;OPOS=229750036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:111:111:94:94:0.458537:47:47:53:58:47:47:53:58 chr1 229772693 . T G 265.59 PASS AF=0.543478;AO=23;DP=44;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0336556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.419;QD=23.0948;RBI=0.0339319;REFB=-0.0157096;REVB=0.00432098;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15984;STB=0.602329;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00924939;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:21:21:23:25:0.543478:12:11:14:7:14:11:14:7 chr1 229772932 . A G 1056.49 PASS AF=0.523316;AO=101;DP=193;FAO=101;FDP=193;FR=.;FRO=92;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.00274231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.782;QD=21.8961;RBI=0.00623938;REFB=-0.0143912;REVB=0.00560442;RO=92;SAF=46;SAR=55;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469975;STB=0.525709;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0131839;OID=.;OPOS=229772932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:92:92:101:101:0.523316:55:46:37:55:55:46:37:55 chr1 229773441 . C T 942.84 PASS AF=0.502703;AO=92;DP=187;FAO=93;FDP=185;FR=.;FRO=92;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.00957021;FXX=0.0106946;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4824;QD=20.3858;RBI=0.0107269;REFB=-0.000378696;REVB=0.00484533;RO=92;SAF=46;SAR=46;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502673;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.000353206;OID=.;OPOS=229773441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:92:92:92:93:0.502703:46:46:46:46:46:47:46:46 chr1 229790048 . A G 1435.49 PASS AF=0.44152;AO=151;DP=343;FAO=151;FDP=342;FR=.;FRO=191;FSAF=56;FSAR=95;FSRF=86;FSRR=105;FWDB=0.0176195;FXX=0.00581378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7044;QD=16.7893;RBI=0.070258;REFB=0.0349192;REVB=-0.0680127;RO=190;SAF=56;SAR=95;SRF=86;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085811;STB=0.546369;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0458922;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:342:190:191:151:151:0.44152:95:56:86:104:95:56:86:105 chr1 230384937 . T C 1804.4 PASS AF=0.968;AO=121;DP=125;FAO=121;FDP=125;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0075574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.278;QD=57.7407;RBI=0.0088724;REFB=-0.0536074;REVB=0.00464813;RO=4;SAF=60;SAR=61;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149371;STB=0.507868;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00102351;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:125:125:4:4:121:121:0.968:61:60:1:3:61:60:1:3 chr1 230415148 . G A 933.81 PASS AF=0.42437;AO=101;DP=238;FAO=101;FDP=238;FR=.;FRO=137;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=63;FSRR=74;FWDB=-0.0115305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.349;QD=15.6943;RBI=0.0118641;REFB=-0.0127334;REVB=0.00279332;RO=137;SAF=43;SAR=58;SRF=63;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357781;STB=0.519955;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0156029;OID=.;OPOS=230415148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:137:137:101:101:0.42437:58:43:63:74:58:43:63:74 chr1 230416319 . A C 1671.36 PASS AF=0.543253;AO=154;DP=289;FAO=157;FDP=289;FR=.;FRO=132;FSAF=78;FSAR=79;FSRF=59;FSRR=73;FWDB=0.00470697;FXX=0.0102736;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.811;QD=23.1329;RBI=0.00470898;REFB=-0.0226011;REVB=0.00013746;RO=134;SAF=75;SAR=79;SRF=61;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271735;STB=0.522771;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0179609;OID=.;OPOS=230416319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:134:132:154:157:0.543253:79:75:61:73:79:78:59:73 chr1 230417557 . T C 1257.62 PASS AF=0.914894;AO=86;DP=94;FAO=86;FDP=94;FR=.;FRO=8;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0162959;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.099;QD=53.5158;RBI=0.0315984;REFB=-0.112194;REVB=0.0270722;RO=6;SAF=53;SAR=33;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506743;STB=0.53508;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00107424;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:94:94:6:8:86:86:0.914894:33:53:6:0:33:53:8:0 chr1 230417560 . A G 1453.35 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9003;QD=63.1891;RBI=0.0186973;REFB=0;REVB=-0.0160867;RO=0;SAF=60;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107435;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:32:60:0:0:32:60:0:0 chr1 230461079 . G A 619.29 PASS AF=0.411765;AO=69;DP=170;FAO=70;FDP=170;FR=.;FRO=100;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.0463832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.625;QD=14.5715;RBI=0.0483454;REFB=0.00289041;REVB=0.0136337;RO=99;SAF=38;SAR=31;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269328;STB=0.51351;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00418978;OID=.;OPOS=230461079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:99:100:69:70:0.411765:31:38:52:47:32:38:52:48 chr1 230798976 . A C 339.5 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=53;FWDB=0.0503862;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7444;QD=12.4588;RBI=0.0592351;REFB=4.88533e-05;REVB=0.0311451;RO=67;SAF=15;SAR=26;SRF=15;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177438;STB=0.603008;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00133771;OID=.;OPOS=230798976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:67:68:41:41:0.376147:26:15:15:52:26:15:15:53 chr1 230814431 . A G 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.00739189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.559;QD=18.1596;RBI=0.00999267;REFB=-0.0222982;REVB=-0.0067241;RO=39;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251087;STB=0.639461;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.025177;OID=.;OPOS=230814431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:16:20:11:28:16:20:11:28 chr1 230829139 . A G 454.96 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00283219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3811;QD=18.0181;RBI=0.071497;REFB=-0.00437013;REVB=0.0714409;RO=53;SAF=22;SAR=26;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958786;STB=0.553205;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00644442;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:26:22:19:34:26:22:19:34 chr1 230841687 . T C 2983.3 PASS AF=0.994764;AO=185;DP=189;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109855;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3419;QD=62.4775;RBI=0.014537;REFB=-0.0851396;REVB=-0.00952057;RO=0;SAF=82;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502304;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000316753;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:191:0:1:185:190:0.994764:103:82:0:0:108:82:0:1 chr1 230845794 . A G 654.36 PASS AF=0.449664;AO=67;DP=149;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0111652;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.546;QD=17.5667;RBI=0.0111678;REFB=-0.00200629;REVB=0.000237609;RO=80;SAF=36;SAR=31;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610259;STB=0.533965;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00295566;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:80:82:67:67:0.449664:31:36:38:42:31:36:39:43 chr1 230895340 . C A 1157.97 PASS AF=0.6;AO=104;DP=175;FAO=105;FDP=175;FR=.;FRO=70;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.00858253;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.936;QD=26.4678;RBI=0.0138975;REFB=-0.00876595;REVB=-0.0109307;RO=64;SAF=53;SAR=51;SRF=17;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171772;STB=0.579686;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00448425;OID=.;OPOS=230895340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:64:70:104:105:0.6:51:53:17:47:51:54:22:48 chr1 230898494 . C T 815.13 PASS AF=0.374517;AO=97;DP=257;FAO=97;FDP=259;FR=.;FRO=162;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=74;FSRR=88;FWDB=0.0607515;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0664;QD=12.5889;RBI=0.0607897;REFB=-0.00450049;REVB=-0.00215455;RO=159;SAF=49;SAR=48;SRF=74;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437449;STB=0.530229;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0114466;OID=.;OPOS=230898494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:259:159:162:97:97:0.374517:48:49:74:85:48:49:74:88 chr1 230974609 . C T 952.11 PASS AF=0.448889;AO=100;DP=226;FAO=101;FDP=225;FR=.;FRO=124;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=71;FSRR=53;FWDB=-5.62726e-05;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.41;QD=16.9265;RBI=0.00371118;REFB=-0.00821202;REVB=0.00371075;RO=126;SAF=57;SAR=43;SRF=73;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960358;STB=0.500944;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00996864;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:126:124:100:101:0.448889:43:57:73:53:43:58:71:53 chr1 231042732 . T A 373.95 PASS AF=0.387931;AO=39;DP=110;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0124304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.384;QD=12.8947;RBI=0.017559;REFB=-0.0168966;REVB=0.0124018;RO=70;SAF=23;SAR=16;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856128;STB=0.506132;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.025798;OID=.;OPOS=231042732;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:116:70:71:39:45:0.387931:16:23:36:34:22:23:37:34 chr1 231052007 . T A 1089.07 PASS AF=0.420495;AO=119;DP=283;FAO=119;FDP=283;FR=.;FRO=164;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=77;FSRR=87;FWDB=0.00126313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.17;QD=15.3932;RBI=0.0073503;REFB=-0.00850834;REVB=-0.00724095;RO=158;SAF=55;SAR=64;SRF=73;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000164505;STB=0.504267;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0088737;OID=.;OPOS=231052007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:158:164:119:119:0.420495:64:55:73:85:64:55:77:87 chr1 231057247 . A T 611.88 PASS AF=0.448819;AO=51;DP=129;FAO=57;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0330556;FXX=0.0378759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1704;QD=19.2718;RBI=0.0397513;REFB=-0.0140873;REVB=-0.0220792;RO=55;SAF=29;SAR=22;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731673;STB=0.557241;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0347004;OID=.;OPOS=231057247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:55:62:51:57:0.448819:22:29:27:28:25:32:28:34 chr1 231161817 . TAAAAA TA,TCAAAT 291.0 PASS AF=0.5625,0.4375;AO=6,4;DP=49;FAO=18,14;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=18,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000654057,0.00487751;FXX=0.372476;HRUN=18,18;LEN=4,5;MLLD=8.84919,97.7301;QD=36.3749;RBI=0.106783,0.0599105;REFB=0,0;REVB=-0.106781,-0.0597116;RO=0;SAF=0,0;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0181252,0.00663861;OID=.,.;OPOS=231161818,231161818;OREF=AAAA,AAAAA;OALT=-,CAAAT;OMAPALT=TA,TCAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5625,0.4375:6,4:49:18,14:32:0:0,0:18,14:0:0:99:0:0,0:6,4:0:0 chr1 231488524 . C T 1492.77 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0355503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1689;QD=62.1987;RBI=0.0519726;REFB=0.066767;REVB=0.037912;RO=1;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977679;STB=0.505154;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000889769;OID=.;OPOS=231488524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:48:47:0:1:48:47:0:1 chr1 231931048 . T C 444.53 PASS AF=0.36;AO=54;DP=152;FAO=54;FDP=150;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0072508;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.665;QD=11.8541;RBI=0.0188965;REFB=-0.00306819;REVB=0.01745;RO=94;SAF=22;SAR=32;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808173;STB=0.546716;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00642302;OID=.;OPOS=231931048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:94:96:54:54:0.36:32:22:45:49:32:22:46:50 chr1 232534957 . T C 1065.43 PASS AF=0.522167;AO=105;DP=202;FAO=106;FDP=203;FR=.;FRO=97;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.0191481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.099;QD=20.9937;RBI=0.025751;REFB=-0.023016;REVB=0.0172181;RO=95;SAF=52;SAR=53;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278615;STB=0.522163;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0191092;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:95:97:105:106:0.522167:53:52:44:51:53:53:44:53 chr1 232539219 . C T 1119.77 PASS AF=0.467213;AO=114;DP=244;FAO=114;FDP=244;FR=.;FRO=130;FSAF=38;FSAR=76;FSRF=49;FSRR=81;FWDB=-0.00250058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7721;QD=18.3568;RBI=0.01638;REFB=-0.0273958;REVB=-0.016188;RO=129;SAF=38;SAR=76;SRF=49;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493313;STB=0.525675;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0335539;OID=.;OPOS=232539219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:129:130:114:114:0.467213:76:38:49:80:76:38:49:81 chr1 232650750 . A G 877.89 PASS AF=0.478495;AO=88;DP=185;FAO=89;FDP=186;FR=.;FRO=97;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=0.0240137;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.546;QD=18.8792;RBI=0.0240193;REFB=-0.0109619;REVB=-0.000517295;RO=97;SAF=40;SAR=48;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896063;STB=0.507616;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0121137;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:97:97:88:89:0.478495:48:40:45:52:49:40:45:52 chr1 232650867 . C T 544.67 PASS AF=0.53125;AO=48;DP=94;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00477203;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.555;QD=22.6945;RBI=0.00989405;REFB=-0.0418336;REVB=0.00866718;RO=46;SAF=22;SAR=26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00161472;STB=0.506232;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.033091;OID=.;OPOS=232650867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:46:45:48:51:0.53125:26:22:21:25:29:22:20:25 chr1 232940953 . T C 755.52 PASS AF=0.506944;AO=72;DP=144;FAO=73;FDP=144;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.00903095;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.199;QD=20.9865;RBI=0.0188959;REFB=-0.0279901;REVB=0.0165981;RO=71;SAF=36;SAR=36;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444456;STB=0.520939;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0246335;OID=.;OPOS=232940953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:71:71:72:73:0.506944:36:36:32:39:37:36:32:39 chr1 232941069 . T G 173.33 PASS AF=0.328571;AO=22;DP=68;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0146687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.291;QD=9.9047;RBI=0.0151461;REFB=-0.00159194;REVB=-0.0037725;RO=45;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140188;STB=0.593015;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00483609;OID=.;OPOS=232941069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:45:47:22:23:0.328571:10:12:19:26:10:13:20:27 chr1 232941354 . G T 707.0 PASS AF=0.4;AO=77;DP=201;FAO=82;FDP=205;FR=.;FRO=123;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=-0.000934447;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.538;QD=13.7951;RBI=0.0147486;REFB=-0.0199658;REVB=0.014719;RO=124;SAF=43;SAR=34;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991471;STB=0.546352;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0299759;OID=.;OPOS=232941354;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:205:124:123:77:82:0.4:34:43:58:66:37:45:58:65 chr1 232941677 . G T 1241.99 PASS AF=0.47351;AO=114;DP=273;FAO=143;FDP=302;FR=.;FRO=159;FSAF=74;FSAR=69;FSRF=76;FSRR=83;FWDB=-0.0078633;FXX=0.00983574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.2679;QD=16.4503;RBI=0.0114213;REFB=-0.0164118;REVB=0.00828337;RO=150;SAF=68;SAR=46;SRF=70;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133696;STB=0.520786;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0347961;OID=.;OPOS=232941677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:302:150:159:114:143:0.47351:46:68:70:80:69:74:76:83 chr1 232941798 . A G 1078.15 PASS AF=0.516588;AO=105;DP=207;FAO=109;FDP=211;FR=.;FRO=102;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.0233791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.535;QD=20.4388;RBI=0.0242426;REFB=-0.0275474;REVB=0.00641235;RO=101;SAF=51;SAR=54;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00834917;STB=0.510811;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0227645;OID=.;OPOS=232941798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:211:101:102:105:109:0.516588:54:51:50:51:58:51:50:52 chr1 232942251 . A G 434.42 PASS AF=0.5;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0116463;FXX=0.0227247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.497;QD=20.2055;RBI=0.0228408;REFB=-0.0185125;REVB=-0.0196486;RO=43;SAF=23;SAR=19;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961942;STB=0.546415;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0255313;OID=.;OPOS=232942251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:42:43:0.5:19:23:19:24:20:23:19:24 chr1 232944926 . A T 318.87 PASS AF=0.568966;AO=30;DP=56;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0227555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.521;QD=21.9911;RBI=0.0246584;REFB=-0.0112698;REVB=0.00949866;RO=23;SAF=10;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127183;STB=0.520536;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0086626;OID=.;OPOS=232944926;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:23:25:30:33:0.568966:20:10:8:15:21:12:8:17 chr1 232945039 . G A 147.19 PASS AF=0.354167;AO=12;DP=46;FAO=17;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00606362;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.207;QD=12.2656;RBI=0.0394412;REFB=-0.016968;REVB=0.0389724;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321133;STB=0.587673;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.017208;OID=.;OPOS=232945039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:22:30:12:17:0.354167:9:3:6:16:14:3:8:22 chr1 232945255 . C G 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0755888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.926;QD=8.51174;RBI=0.0783237;REFB=-0.00969349;REVB=-0.0205165;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583099;STB=0.850449;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.026554;OID=.;OPOS=232945255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:2:8:6:18:2:8:6:18 chr1 232967889 . T C 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.605;QD=59.9372;RBI=0.0343766;REFB=0;REVB=0.00918946;RO=0;SAF=33;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.32919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28352e-05;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:68:33:0:0:68:33:0:0 chr1 233086456 . T C 1313.77 PASS AF=0.415205;AO=142;DP=343;FAO=142;FDP=342;FR=.;FRO=200;FSAF=55;FSAR=87;FSRF=83;FSRR=117;FWDB=-0.0265787;FXX=0.0172409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.906;QD=15.3657;RBI=0.0441808;REFB=-0.010974;REVB=-0.0352919;RO=198;SAF=55;SAR=87;SRF=82;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292853;STB=0.516918;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0134158;OID=.;OPOS=233086456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:342:198:200:142:142:0.415205:87:55:82:116:87:55:83:117 chr1 233086483 . GCC G,GC,GGC 1664.3 PASS AF=0.0503597,0.884892,0;AO=28,143,13;DP=252;FAO=14,246,0;FDP=278;FR=.;FRO=18;FSAF=3,89,0;FSAR=11,157,0;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0610754,0.117413,0.0357057;FXX=0.021126;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=12.7068,9.82288,6.32905;QD=23.9468;RBI=0.0613625,0.11797,0.0972432;REFB=0.0286517,0.0521992,-0.0433035;REVB=0.00592893,0.0114449,0.0904508;RO=47;SAF=10,56,3;SAR=18,87,10;SRF=19;SRR=28;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0547715,-0.006149,-0.24517;STB=0.506569,0.510361,0.5;STBP=0.983,0.243,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.000795391,0.0204578,0;OID=.,.,.;OPOS=233086484,233086484,233086484;OREF=CC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GC,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0503597,0.884892,0:28,143,13:252:14,246,0:278:18:3,89,0:11,157,0:4:14:22:47:10,56,3:18,87,10:19:28 chr1 233120192 . G A 603.79 PASS AF=0.403509;AO=69;DP=171;FAO=69;FDP=171;FR=.;FRO=102;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=0.113806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.854;QD=14.1237;RBI=0.114004;REFB=-0.0125281;REVB=0.00671291;RO=100;SAF=37;SAR=32;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132432;STB=0.573816;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0207006;OID=.;OPOS=233120192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:100:102:69:69:0.403509:32:37:41:59:32:37:42:60 chr1 233121791 . G A 418.41 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.00390992;FXX=0.052626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8453;QD=18.596;RBI=0.00850835;REFB=-0.0100349;REVB=0.00755675;RO=45;SAF=30;SAR=12;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527111;STB=0.517233;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0117167;OID=.;OPOS=233121791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:45:48:42:42:0.466667:12:30:30:15:12:30:33:15 chr1 233122127 . C T 448.73 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.00183502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8598;QD=15.7447;RBI=0.0424001;REFB=-0.0130138;REVB=-0.0423604;RO=63;SAF=26;SAR=24;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751855;STB=0.5462;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0149976;OID=.;OPOS=233122127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:64:50:50:0.438596:24:26:28:35:24:26:28:36 chr1 233134086 . C T 1622.57 PASS AF=0.507886;AO=160;DP=316;FAO=161;FDP=317;FR=.;FRO=156;FSAF=95;FSAR=66;FSRF=87;FSRR=69;FWDB=0.00281549;FXX=0.00314456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.02;QD=20.4741;RBI=0.0379622;REFB=-0.0125879;REVB=0.0378576;RO=152;SAF=95;SAR=65;SRF=86;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256696;STB=0.516365;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0129629;OID=.;OPOS=233134086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:317:152:156:160:161:0.507886:65:95:86:66:66:95:87:69 chr1 233515413 . G A 711.77 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245224;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.087;QD=56.9412;RBI=0.0258461;REFB=0;REVB=0.00816522;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133472;OID=.;OPOS=233515413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr1 233518983 . G GT,T 3429.62 PASS AF=1,0;AO=213,12;DP=263;FAO=243,0;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=108,0;FSAR=135,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140797,0.00886673;FXX=0.0653821;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.423,5.22727;QD=56.4547;RBI=0.0210238,0.0557918;REFB=0,0;REVB=0.0156129,-0.0550828;RO=37;SAF=86,5;SAR=127,7;SRF=24;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0701535,-0.274965;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000216932,0.0239118;OID=.,.;OPOS=233518984,233518983;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:263:243:37:0:213,12:243,0:1,0:127,7:86,5:24:13:135,0:108,0:0:0 chr1 233518998 . C T 4069.23 PASS AF=1;AO=260;DP=263;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436017;FXX=0.0151509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.945;QD=62.6036;RBI=0.0468967;REFB=0;REVB=-0.0466935;RO=0;SAF=113;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1097e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65244e-06;OID=.;OPOS=233518998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:263:260:0:0:260:260:1:147:113:0:0:147:113:0:0 chr1 233520845 . T C 1237.61 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00552752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.636;QD=58.9339;RBI=0.102077;REFB=-0.0490997;REVB=0.101928;RO=1;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155208;STB=0.515621;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000199491;OID=.;OPOS=233520845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:84:1:2:81:82:0.97619:30:51:0:1:31:51:0:2 chr1 233759918 . T C 706.74 PASS AF=0.471698;AO=75;DP=159;FAO=75;FDP=159;FR=.;FRO=84;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.00620705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.206;QD=17.7796;RBI=0.00621301;REFB=-0.00884589;REVB=0.000271984;RO=84;SAF=41;SAR=34;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673615;STB=0.537288;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0108599;OID=.;OPOS=233759918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:84:84:75:75:0.471698:34:41:40:44:34:41:40:44 chr1 233785786 . A C 3037.58 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.515;QD=63.6143;RBI=0.0202239;REFB=0;REVB=0.0168142;RO=0;SAF=76;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40672e-05;OID=.;OPOS=233785786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:191:191:1:115:76:0:0:115:76:0:0 chr1 234040898 . G A 3146.74 PASS AF=0.526042;AO=301;DP=574;FAO=303;FDP=576;FR=.;FRO=273;FSAF=123;FSAR=180;FSRF=141;FSRR=132;FWDB=0.0059691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.514;QD=21.8523;RBI=0.00600373;REFB=-0.0105168;REVB=-0.000643926;RO=270;SAF=121;SAR=180;SRF=139;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996465;STB=0.553224;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00818122;OID=.;OPOS=234040898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:574:576:270:273:301:303:0.526042:180:121:139:131:180:123:141:132 chr1 234041317 . C T 458.04 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.026756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.147;QD=17.2845;RBI=0.0267565;REFB=0.00770086;REVB=0.000168667;RO=56;SAF=22;SAR=28;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632427;STB=0.535121;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00673692;OID=.;OPOS=234041317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:28:22:21:35:28:22:21:35 chr1 234041422 . G C 694.73 PASS AF=0.457317;AO=74;DP=164;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.028701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0843;QD=16.9445;RBI=0.0401833;REFB=0.00728352;REVB=0.0281238;RO=88;SAF=36;SAR=38;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902289;STB=0.501709;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00848203;OID=.;OPOS=234041422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:88:89:74:75:0.457317:38:36:42:46:39:36:43:46 chr1 234509259 . G C 2260.86 PASS AF=1;AO=141;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359373;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.66;QD=63.6862;RBI=0.0321984;REFB=0;REVB=0.0319973;RO=0;SAF=63;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36049e-05;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:141:142:1:78:63:0:0:79:63:0:0 chr1 234529552 . C T 1778.88 PASS AF=0.97561;AO=119;DP=123;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.022163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.175;QD=57.8498;RBI=0.0360882;REFB=-0.209082;REVB=0.0284808;RO=1;SAF=54;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871488;STB=0.505112;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000879309;OID=.;OPOS=234529552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:123:123:1:3:119:120:0.97561:65:54:1:0:65:55:2:1 chr1 234529570 . G A 1520.71 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.757;QD=59.0567;RBI=0.0557533;REFB=0;REVB=-0.0236612;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100596;OID=.;OPOS=234529570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:101:103:1:60:41:0:0:62:41:0:0 chr1 234546239 . T TA 45.13 PASS AF=0.425;AO=17;DP=79;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0532406;FXX=0.480457;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.4578;QD=4.51331;RBI=0.23605;REFB=-0.09192;REVB=0.229967;RO=58;SAF=14;SAR=3;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45172;STB=0.639327;STBP=0.17;TYPE=ins;VARB=0.133381;OID=.;OPOS=234546240;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:17:79:17:40:23:12:5:11:12:45:58:14:3:28:30 chr1 234546245 . C T 378.35 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0222745;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1931;QD=18.6838;RBI=0.0372022;REFB=-0.00519744;REVB=-0.0297969;RO=42;SAF=22;SAR=17;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155476;STB=0.508666;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00479308;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:42:42:39:39:0.481481:17:22:23:19:17:22:23:19 chr1 234561541 . TA AT,T 94.38 PASS AF=0,0.666667;AO=5,14;DP=43;FAO=0,28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=0,15;FSAR=0,13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0561649,0.198042;FXX=0.0232504;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=21.7314,8.05716;QD=8.98884;RBI=0.180908,0.198064;REFB=-0.0240169,-0.111192;REVB=-0.171968,-0.00297923;RO=19;SAF=0,9;SAR=5,5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.728945,0.012103;STB=0.5,0.535689;STBP=1,0.536;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.124589;OID=.,.;OPOS=234561541,234561542;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:59:43:42:19:14:5,14:0,28:0,0.666667:5,5:0,9:12:7:0,13:0,15:6:8 chr1 234582651 . T C 3073.47 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231901;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.548;QD=60.2642;RBI=0.0613824;REFB=-0.0653617;REVB=0.0568333;RO=0;SAF=104;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130647;OID=.;OPOS=234582651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:196:204:0:0:196:204:1:92:104:0:0:98:106:0:0 chr1 234584231 . C T 671.03 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4298;QD=61.0029;RBI=0.0307801;REFB=0;REVB=0.0305427;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232788;OID=.;OPOS=234584231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:20:22:0:0:21:23:0:0 chr1 234606998 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.157;QD=57.2019;RBI=0.0725382;REFB=0;REVB=0.00799638;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356688;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr1 235040004 . G A 1453.32 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.431;QD=63.1879;RBI=0.0204131;REFB=0;REVB=0.0137825;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90227e-05;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr1 235040045 . A G 622.75 PASS AF=0.477612;AO=63;DP=133;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0446862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0871;QD=18.5895;RBI=0.0519681;REFB=-0.0126496;REVB=-0.0265298;RO=70;SAF=29;SAR=34;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242059;STB=0.517115;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0129804;OID=.;OPOS=235040045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:70:70:63:64:0.477612:34:29:34:36:35:29:34:36 chr1 235652513 . T C 1752.51 PASS AF=0.959677;AO=118;DP=123;FAO=119;FDP=124;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0286955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3391;QD=56.5325;RBI=0.0569897;REFB=-0.0306364;REVB=0.0492382;RO=5;SAF=49;SAR=69;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00121141;STB=0.500835;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0208895;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:123:124:5:5:118:119:0.959677:69:49:2:3:69:50:2:3 chr1 235705001 . G T 2235.42 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0837;QD=63.4161;RBI=0.0107815;REFB=0;REVB=-0.00954609;RO=0;SAF=74;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.14721e-05;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:67:74:0:0:67:74:0:0 chr1 235715523 . A G 578.67 PASS AF=0.424837;AO=65;DP=153;FAO=65;FDP=153;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.0210045;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2412;QD=15.1286;RBI=0.0710025;REFB=-0.00248439;REVB=-0.0678245;RO=85;SAF=20;SAR=45;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190048;STB=0.59866;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00286773;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:85:88:65:65:0.424837:45:20:41:44:45:20:41:47 chr1 236141174 . T C 3136.77 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.612;QD=61.2054;RBI=0.021492;REFB=0;REVB=0.0213207;RO=0;SAF=87;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478204;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:205:0:0:201:205:1:114:87:0:0:118:87:0:0 chr1 236144951 . A G 2465.86 PASS AF=1;AO=139;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=73;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.194835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8494;QD=61.6465;RBI=0.19584;REFB=0;REVB=-0.0198207;RO=0;SAF=53;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728375;OID=.;OPOS=236144951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:139:160:1:86:53:0:0:87:73:0:0 chr1 236175339 . T C 2335.72 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.426;QD=61.0645;RBI=0.0375217;REFB=0;REVB=-0.0103981;RO=0;SAF=67;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41288e-05;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:152:153:1:85:67:0:0:85:68:0:0 chr1 236208773 . C T 567.87 PASS AF=0.546392;AO=52;DP=96;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00317176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.367;QD=23.4174;RBI=0.0113677;REFB=-0.00685644;REVB=-0.0109163;RO=44;SAF=28;SAR=24;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069961;STB=0.533424;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00510545;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:44:44:52:53:0.546392:24:28:20:24:25:28:20:24 chr1 236381825 . G C 386.32 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0713802;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7233;QD=15.0026;RBI=0.078777;REFB=-0.0167011;REVB=0.0333268;RO=58;SAF=19;SAR=25;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186459;STB=0.504725;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0239911;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:58:59:44:44:0.427184:25:19:24:34:25:19:25:34 chr1 236389999 . C T 385.21 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0202899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.479;QD=15.8849;RBI=0.0213932;REFB=-0.00389489;REVB=-0.00678159;RO=54;SAF=17;SAR=24;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663056;STB=0.545481;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00553676;OID=.;OPOS=236389999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:56:41:41:0.42268:24:17:19:35:24:17:19:37 chr1 236413230 . T A 343.86 PASS AF=0.378378;AO=41;DP=110;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.0659551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.577;QD=12.3913;RBI=0.0662537;REFB=-0.0125933;REVB=0.00628325;RO=69;SAF=21;SAR=20;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16465;STB=0.585546;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0273787;OID=.;OPOS=236413230;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:69:69:41:42:0.378378:20:21:25:44:21:21:25:44 chr1 236557771 . G A 2040.85 PASS AF=0.944828;AO=136;DP=145;FAO=137;FDP=145;FR=.;FRO=8;FSAF=55;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0242815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.436;QD=56.2992;RBI=0.0615721;REFB=-0.105366;REVB=0.056582;RO=8;SAF=55;SAR=81;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321998;STB=0.50152;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.000783273;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:145:145:8:8:136:137:0.944828:81:55:3:5:82:55:3:5 chr1 236700807 . T A 1380.21 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360354;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.844;QD=62.7366;RBI=0.0413784;REFB=0;REVB=0.0412212;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77206e-05;OID=.;OPOS=236700807;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:50:37:0:0:51:37:0:0 chr1 236700823 . T C 1492.49 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0343189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.353;QD=58.529;RBI=0.0371739;REFB=-0.0312162;REVB=-0.0142867;RO=1;SAF=39;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759125;STB=0.503999;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000344883;OID=.;OPOS=236700823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:62:39:0:1:62:39:0:1 chr1 236700857 . C T 1731.3 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.158;QD=60.7472;RBI=0.0570091;REFB=0;REVB=-0.0569339;RO=0;SAF=36;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73698e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.32965e-05;OID=.;OPOS=236700857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:78:36:0:0:78:36:0:0 chr1 236702209 . CA TG 1877.88 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142998;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.494;QD=61.5697;RBI=0.0160391;REFB=0;REVB=-0.00726416;RO=0;SAF=52;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.31525e-05;OID=.;OPOS=236702209;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:70:52:0:0:70:52:0:0 chr1 236702374 . G A 1944.32 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=125;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.044;QD=60.7598;RBI=0.0206952;REFB=-0.0527333;REVB=0.0170302;RO=0;SAF=50;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503225;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000100447;OID=.;OPOS=236702374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:128:0:1:125:127:0.992188:75:50:0:0:77:50:0:1 chr1 236706780 . C T 2336.48 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826513;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.518;QD=61.0845;RBI=0.0525642;REFB=0;REVB=-0.0519103;RO=0;SAF=76;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.15168e-05;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:153:153:1:77:76:0:0:77:76:0:0 chr1 236706862 . G C 3173.15 PASS AF=0.985782;AO=208;DP=211;FAO=208;FDP=211;FR=.;FRO=3;FSAF=94;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.010237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1023;QD=60.1545;RBI=0.0408932;REFB=-0.156454;REVB=0.0395911;RO=3;SAF=94;SAR=114;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00324256;STB=0.501702;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00211134;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:211:211:3:3:208:208:0.985782:114:94:1:2:114:94:1:2 chr1 236711323 . T C 2185.53 PASS AF=0.985915;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0334462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.407;QD=61.5642;RBI=0.0495165;REFB=0.00463422;REVB=0.0365136;RO=2;SAF=61;SAR=79;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00175005;STB=0.50092;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=4.07489e-05;OID=.;OPOS=236711323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:142:2:2:140:140:0.985915:79:61:1:1:79:61:1:1 chr1 236714064 . A C 1066.46 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.1906;QD=58.4362;RBI=0.149619;REFB=-0.137552;REVB=0.148074;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00112306;OID=.;OPOS=236714064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:34:38:0:0:34:38:1:0 chr1 236716959 . C T 5359.99 PASS AF=0.988372;AO=340;DP=345;FAO=340;FDP=344;FR=.;FRO=4;FSAF=179;FSAR=161;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00619359;FXX=0.00289847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.296;QD=62.3255;RBI=0.0207283;REFB=0.014348;REVB=0.0197814;RO=3;SAF=179;SAR=161;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00323134;STB=0.500309;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-8.43249e-05;OID=.;OPOS=236716959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:345:344:3:4:340:340:0.988372:161:179:1:2:161:179:2:2 chr1 236717926 . T C 1660.29 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000950897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2233;QD=59.2961;RBI=0.0012885;REFB=0.0061303;REVB=-0.000869496;RO=1;SAF=53;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887364;STB=0.504672;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000312854;OID=.;OPOS=236717926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:58:53:1:0:58:53:1:0 chr1 236718620 . T C 1843.41 PASS AF=0.991803;AO=122;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00677382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1389;QD=60.4395;RBI=0.0398695;REFB=-0.0468819;REVB=0.0392898;RO=0;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72266e-08;STB=0.503703;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000678789;OID=.;OPOS=236718620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:0:1:122:121:0.991803:68:54:0:0:67:54:0:1 chr1 236719135 . T C 1860.0 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.110242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2009;QD=60.4878;RBI=0.121765;REFB=0.0363002;REVB=-0.0517066;RO=1;SAF=58;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812055;STB=0.504273;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00552597;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:64:58:1:0:64:58:1:0 chr1 236719193 . A G 1035.53 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103945;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.27;QD=59.1734;RBI=0.11141;REFB=0;REVB=0.0400956;RO=0;SAF=16;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058623;OID=.;OPOS=236719193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:52:16:0:0:52:18:0:0 chr1 236721610 . G A 1524.09 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1114;QD=63.5038;RBI=0.0770887;REFB=0;REVB=0.0745797;RO=1;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011423;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369532;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:1:0:93:96:1:41:52:0:1:43:53:0:0 chr1 236721660 . T C 2159.53 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.876;QD=63.0521;RBI=0.0267439;REFB=0;REVB=-0.0231367;RO=0;SAF=68;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16526e-05;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:69:68:0:0:69:68:0:0 chr1 236721731 . T C 2352.75 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=159;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0189938;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.028;QD=60.3268;RBI=0.0935767;REFB=-0.0426698;REVB=0.0916288;RO=1;SAF=81;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583723;STB=0.503067;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000330645;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:159:156:1:1:155:155:0.99359:74:81:1:0:74:81:1:0 chr1 236724503 . AG A,AA 370.7 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=5,22;DP=27;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335641,0.0288257;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=258.657,268.622;QD=54.9178;RBI=0.0340379,0.0301138;REFB=0,0;REVB=0.00565975,0.00871318;RO=0;SAF=3,13;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0199081,-0.000234145;OID=.,.;OPOS=236724504,236724504;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:5,22:27:1,26:27:0:0,16:1,10:0:0:7:0:3,13:2,9:0:0 chr1 236744712 . C A 750.64 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407725;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.054;QD=63.8842;RBI=0.05103;REFB=0;REVB=0.0306866;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76845e-05;OID=.;OPOS=236744712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:48:47:1:31:17:0:0:30:17:0:0 chr1 236746443 . C T 1992.81 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.206;QD=61.3172;RBI=0.0228015;REFB=-0.0842561;REVB=0.000762114;RO=0;SAF=53;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000141536;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:0:1:129:129:0.992308:76:53:0:0:76:53:1:0 chr1 236748403 . G C 488.53 PASS AF=0.357143;AO=60;DP=168;FAO=60;FDP=168;FR=.;FRO=108;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=68;FWDB=-0.00604519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.33;QD=11.6316;RBI=0.006046;REFB=-0.00845366;REVB=-9.88856e-05;RO=108;SAF=30;SAR=30;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146586;STB=0.583306;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0157981;OID=.;OPOS=236748403;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:108:108:60:60:0.357143:30:30:40:68:30:30:40:68 chr1 236748505 . T C 1187.76 PASS AF=0.943182;AO=81;DP=89;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0399076;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.89;QD=53.9891;RBI=0.0409255;REFB=-0.0362545;REVB=0.00907099;RO=7;SAF=25;SAR=56;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115706;STB=0.542362;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0044171;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:89:88:7:5:81:83:0.943182:56:25:7:0:56:27:5:0 chr1 236749649 . T A,C 1604.24 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=4,104;DP=108;FAO=2,106;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=0,44;FSAR=2,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156716,0.00392489;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.337,85.7458;QD=59.4164;RBI=0.0156898,0.00462618;REFB=0,0;REVB=0.000756952,-0.00244883;RO=0;SAF=2,42;SAR=2,62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.028598,-0.00141369;OID=.,.;OPOS=236749649,236749649;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:108:108:0:0:4,104:2,106:0.0185185,0.981481:2,62:2,42:0:0:2,62:0,44:0:0 chr1 236755837 . C T 489.68 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0395915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.463;QD=55.9634;RBI=0.0398037;REFB=-0.0200307;REVB=0.00410455;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000992828;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:1:0:20:14:1:0 chr1 236758887 . T C 1548.27 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383782;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.156;QD=59.549;RBI=0.0420597;REFB=0;REVB=0.0172084;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71758e-05;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:102:104:1:59:43:0:0:59:45:0:0 chr1 236767330 . A G 3111.33 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172808;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.686;QD=61.0065;RBI=0.0178603;REFB=-0.045159;REVB=-0.00451282;RO=0;SAF=96;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328965;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:203:204:0:0:202:204:1:106:96:0:0:108:96:0:0 chr1 236882303 . T C 2619.96 PASS AF=0.982659;AO=170;DP=179;FAO=170;FDP=173;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=106;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00978817;FXX=0.0335177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.905;QD=60.5771;RBI=0.0174931;REFB=-0.0589348;REVB=0.0144983;RO=3;SAF=64;SAR=106;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101699;STB=0.505345;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000605072;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:179:173:3:3:170:170:0.982659:106:64:2:1:106:64:2:1 chr1 236883421 . C T 2008.44 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.435;QD=62.2773;RBI=0.0141414;REFB=0;REVB=-0.0101325;RO=0;SAF=59;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42529e-07;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:70:59:0:0:70:59:0:0 chr1 236898942 . G C 874.27 PASS AF=0.468421;AO=88;DP=190;FAO=89;FDP=190;FR=.;FRO=101;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=59;FSRR=42;FWDB=-0.00993376;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.967;QD=18.4056;RBI=0.0365356;REFB=-0.017078;REVB=-0.0351592;RO=100;SAF=41;SAR=47;SRF=58;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109371;STB=0.565356;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0208546;OID=.;OPOS=236898942;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:100:101:88:89:0.468421:47:41:58:42:48:41:59:42 chr1 236899899 . TC T 194.49 PASS AF=0.433071;AO=54;DP=129;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.00760491;FXX=0.0155027;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.115;QD=6.12556;RBI=0.0687841;REFB=-0.0166469;REVB=-0.0683624;RO=62;SAF=25;SAR=29;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201609;STB=0.515476;STBP=0.77;TYPE=del;VARB=0.00504267;OID=.;OPOS=236899900;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433071:54:129:55:127:72:26:29:36:36:99:62:25:29:30:32 chr1 236910983 . G A 368.34 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00334746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.868;QD=11.6932;RBI=0.0051001;REFB=0.00567895;REVB=-0.00384779;RO=81;SAF=23;SAR=22;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050007;STB=0.528609;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0109039;OID=.;OPOS=236910983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:81:81:45:45:0.357143:22:23:45:36:22:23:45:36 chr1 236926445 . T C 459.33 PASS AF=0.403101;AO=51;DP=128;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0115822;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.856;QD=14.2426;RBI=0.0207949;REFB=-0.00761839;REVB=0.0172708;RO=77;SAF=27;SAR=24;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134493;STB=0.569323;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00880401;OID=.;OPOS=236926445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:77:77:51:52:0.403101:24:27:31:46:25:27:31:46 chr1 237058748 . C T 3449.41 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.478;QD=62.4328;RBI=0.0832851;REFB=0;REVB=0.0735637;RO=0;SAF=99;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85394e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83612e-05;OID=.;OPOS=237058748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:210:221:0:0:210:221:1:111:99:0:0:118:103:0:0 chr1 237060945 . CTTTTTT CTTTTTC,CTTT 253.6 PASS AF=0.171429,0.828571;AO=2,18;DP=39;FAO=6,29;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0713254,-0.224026;FXX=0.102538;HRUN=15,15;LEN=1,3;MLLD=152.571,7.01068;QD=28.9831;RBI=0.080393,0.230481;REFB=0,0;REVB=0.0370907,0.0541653;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.000367699,0.0465185;OID=.,.;OPOS=237060951,237060946;OREF=T,TTT;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTTC,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.171429,0.828571:2,18:39:6,29:35:0:0,29:6,0:0:0:33:0:0,18:2,0:0:0 chr1 237066853 . C T 1286.43 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0083745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.029;QD=60.5379;RBI=0.0373278;REFB=-0.0209827;REVB=-0.0363762;RO=1;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104104;STB=0.505493;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-4.25677e-05;OID=.;OPOS=237066853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:45:39:0:1:45:39:0:1 chr1 237433625 . C T 892.02 PASS AF=0.396154;AO=103;DP=261;FAO=103;FDP=260;FR=.;FRO=157;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=83;FSRR=74;FWDB=-0.00104788;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.433;QD=13.7234;RBI=0.0142169;REFB=-0.0175062;REVB=-0.0141782;RO=155;SAF=51;SAR=52;SRF=81;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293806;STB=0.520229;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0199414;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:260:155:157:103:103:0.396154:52:51:81:74:52:51:83:74 chr1 237617757 . C T 631.21 PASS AF=0.457746;AO=64;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.0422145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.265;QD=17.7806;RBI=0.0435324;REFB=-0.00311445;REVB=0.0106304;RO=77;SAF=28;SAR=36;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481107;STB=0.522892;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0035397;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:77:64:65:0.457746:36:28:30:47:37:28:30:47 chr1 237634431 . A G 1218.03 PASS AF=0.538813;AO=117;DP=219;FAO=118;FDP=219;FR=.;FRO=101;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.0166832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5564;QD=22.2471;RBI=0.0172521;REFB=0.0171303;REVB=0.00439412;RO=99;SAF=49;SAR=68;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127723;STB=0.503728;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.018803;OID=.;OPOS=237634431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:99:101:117:118:0.538813:68:49:40:59:68:50:42:59 chr1 237711797 . A G 3010.84 PASS AF=0.994792;AO=189;DP=194;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0637201;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8966;QD=62.7259;RBI=0.0765769;REFB=-0.0837054;REVB=0.0424708;RO=0;SAF=94;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50259;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000495959;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:194:192:0:1:189:191:0.994792:95:94:0:0:96:95:0:1 chr1 237718431 . C A 505.5 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0154386;FXX=0.0312467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.478;QD=21.7419;RBI=0.023362;REFB=-0.00204703;REVB=-0.0175337;RO=45;SAF=19;SAR=29;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240158;STB=0.513269;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00228502;OID=.;OPOS=237718431;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:45:45:48:48:0.516129:29:19:19:26:29:19:19:26 chr1 237766753 . A G 446.17 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00266142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.582;QD=20.7519;RBI=0.0169087;REFB=-0.0301664;REVB=-0.0166979;RO=42;SAF=22;SAR=22;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168593;STB=0.592982;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0224464;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:22:22:13:29:22:22:13:29 chr1 237801770 . T C 3265.95 PASS AF=0.981651;AO=214;DP=218;FAO=214;FDP=218;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=118;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0282802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2863;QD=59.9257;RBI=0.0388609;REFB=-0.0616451;REVB=0.0266534;RO=2;SAF=96;SAR=118;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000916403;STB=0.500953;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00311745;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:218:218:2:4:214:214:0.981651:118:96:1:1:118:96:2:2 chr1 237814783 . C T 206.39 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0533846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5284;QD=11.0074;RBI=0.0634824;REFB=-0.00630806;REVB=-0.0343527;RO=48;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140257;STB=0.573278;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0138491;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:49:26:26:0.346667:13:13:18:30:13:13:19:30 chr1 237863718 . T G 1485.53 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.672;QD=58.2562;RBI=0.0123365;REFB=-0.110509;REVB=0.00328404;RO=1;SAF=26;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178928;STB=0.509089;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00133497;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:102:1:1:100:101:0.990196:74:26:1:0:74:27:1:0 chr1 237881770 . C T 3296.43 PASS AF=1;AO=212;DP=214;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736413;FXX=0.00930189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.277;QD=61.9048;RBI=0.0148446;REFB=-0.0829966;REVB=-0.0128892;RO=1;SAF=92;SAR=120;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02841e-05;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:214:213:1:0:212:213:1:120:92:0:1:121:92:0:0 chr1 237890437 . C T 3094.51 PASS AF=0.985437;AO=202;DP=210;FAO=203;FDP=206;FR=.;FRO=3;FSAF=103;FSAR=100;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0199229;FXX=0.0236956;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.062;QD=60.0877;RBI=0.0287086;REFB=-0.0411494;REVB=0.0206704;RO=2;SAF=102;SAR=100;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00924682;STB=0.507176;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0012787;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:210:206:2:3:202:203:0.985437:100:102:2:0:100:103:3:0 chr1 237905573 . T C 110.37 PASS AF=0.279412;AO=17;DP=55;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0311196;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=107.181;QD=6.49243;RBI=0.0823154;REFB=0.00451491;REVB=-0.0762062;RO=35;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138292;STB=0.516761;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0194292;OID=.;OPOS=237905573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:68:35:49:17:19:0.279412:7:10:21:14:7:12:32:17 chr1 238050801 . G A 353.8 PASS AF=0.37069;AO=43;DP=117;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=-0.0190518;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.268;QD=12.1999;RBI=0.108716;REFB=0.00499;REVB=0.107034;RO=74;SAF=20;SAR=23;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187058;STB=0.611215;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00592143;OID=.;OPOS=238050801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:74:73:43:43:0.37069:23:20:47:27:23:20:47:26 chr1 238107035 . C G 1343.11 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885152;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.896;QD=62.4704;RBI=0.0120678;REFB=0;REVB=0.00820259;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06553e-06;OID=.;OPOS=238107035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr1 238114860 . G A 1804.17 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000435964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.694;QD=61.1582;RBI=0.00385478;REFB=0;REVB=0.00383005;RO=0;SAF=47;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85311e-06;OID=.;OPOS=238114860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:71:47:0:0:71:47:0:0 chr1 238114934 . G A 2159.52 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.562;QD=63.0516;RBI=0.0370622;REFB=0;REVB=0.0364863;RO=0;SAF=60;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43154e-05;OID=.;OPOS=238114934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:77:60:0:0:77:60:0:0 chr1 238114936 . A G 1912.43 PASS AF=0.941606;AO=133;DP=133;FAO=129;FDP=137;FR=.;FRO=8;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.000913995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.025;QD=55.8375;RBI=0.0172151;REFB=-0.0336995;REVB=0.0171908;RO=0;SAF=60;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80485e-08;STB=0.511802;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00102384;OID=.;OPOS=238114936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:133:137:0:8:133:129:0.941606:73:60:0:0:71:58:2:6 chr1 240076351 . G A 517.09 PASS AF=0.526882;AO=47;DP=92;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0108935;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.093;QD=22.2405;RBI=0.0115549;REFB=-0.00839797;REVB=-0.0038531;RO=43;SAF=19;SAR=28;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11562;STB=0.576893;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00794904;OID=.;OPOS=240076351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:43:44:47:49:0.526882:28:19:12:31:28:21:12:32 chr1 240077246 . C G 1657.51 PASS AF=0.991304;AO=112;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00748421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.384;QD=57.6526;RBI=0.0290859;REFB=-0.0239669;REVB=0.0281065;RO=2;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169498;STB=0.504347;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000465306;OID=.;OPOS=240077246;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:1:112:114:0.991304:55:57:0:2:57:57:1:0 chr1 240256822 . C A 237.51 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0867931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.843;QD=13.7687;RBI=0.0873948;REFB=-0.003158;REVB=0.0102369;RO=40;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912254;STB=0.53243;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00604941;OID=.;OPOS=240256822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:27:28:0.405797:16:11:13:27:17:11:14:27 chr1 240341268 . A G 510.72 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.013775;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7962;QD=18.2399;RBI=0.0267011;REFB=0.0115494;REVB=-0.0228735;RO=58;SAF=25;SAR=29;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046365;STB=0.525692;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0142214;OID=.;OPOS=240341268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:58:58:54:54:0.482143:29:25:24:34:29:25:24:34 chr1 240370934 . G C 392.29 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0154117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.76;QD=44.8332;RBI=0.0207337;REFB=-0.138634;REVB=0.0138696;RO=3;SAF=18;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715887;STB=0.560936;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00426904;OID=.;OPOS=240370934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:35:35:3:5:30:30:0.857143:12:18:3:0:12:18:5:0 chr1 240370941 . T C 304.61 PASS AF=0.923077;AO=19;DP=27;FAO=24;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0934646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.239;QD=46.8625;RBI=0.093732;REFB=-0.103827;REVB=0.0070747;RO=2;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114481;STB=0.562446;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00795122;OID=.;OPOS=240370941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:26:2:2:19:24:0.923077:7:12:0:2:7:17:0:2 chr1 240370985 . C T 80.31 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0599323;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.0204;QD=13.9677;RBI=0.0885215;REFB=-0.0449637;REVB=-0.0651474;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232556;STB=0.672643;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.159809;OID=.;OPOS=240370985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:23:23:9:12:11:11:0.478261:4:7:8:1:4:7:11:1 chr1 241712134 . C T 1117.06 PASS AF=0.457831;AO=114;DP=249;FAO=114;FDP=249;FR=.;FRO=135;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=63;FSRR=72;FWDB=-0.0128755;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.1;QD=17.9447;RBI=0.0128971;REFB=0.0151297;REVB=-0.000746987;RO=134;SAF=62;SAR=52;SRF=62;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793065;STB=0.541859;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0147531;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:134:135:114:114:0.457831:52:62:62:72:52:62:63:72 chr1 241753394 . C A 473.26 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00499309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.98;QD=14.7893;RBI=0.0162135;REFB=-0.00260681;REVB=0.0154255;RO=69;SAF=24;SAR=29;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551166;STB=0.539401;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00301711;OID=.;OPOS=241753394;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:75:53:53:0.414062:29:24:35:34:29:24:39:36 chr1 241755320 . A G 898.79 PASS AF=0.457143;AO=96;DP=211;FAO=96;FDP=210;FR=.;FRO=114;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=0.0458593;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.294;QD=17.1198;RBI=0.0486613;REFB=-0.0165851;REVB=0.016274;RO=114;SAF=51;SAR=45;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048523;STB=0.502688;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0190466;OID=.;OPOS=241755320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:114:114:96:96:0.457143:45:51:60:54:45:51:60:54 chr1 241907817 . T C 634.49 PASS AF=0.420118;AO=71;DP=169;FAO=71;FDP=169;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.00257748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.974;QD=15.0174;RBI=0.0105018;REFB=-0.00327701;REVB=0.0101806;RO=98;SAF=38;SAR=33;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047094;STB=0.526361;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00436313;OID=.;OPOS=241907817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:98:98:71:71:0.420118:33:38:48:50:33:38:48:50 chr1 242030151 . A G 932.44 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123173;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.094;QD=58.2775;RBI=0.0407491;REFB=0;REVB=0.038843;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242086;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:34:30:0:0 chr1 242042545 . A G 1827.3 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.653;QD=60.91;RBI=0.0273747;REFB=0;REVB=0.00678037;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58969e-05;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:118:120:1:58:60:0:0:59:61:0:0 chr1 242045275 . C T 2492.83 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.559;QD=61.5513;RBI=0.0125841;REFB=0;REVB=-0.00813224;RO=0;SAF=96;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32236e-05;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:66:96:0:0:66:96:0:0 chr1 242048674 . C T 3494.12 PASS AF=0.978448;AO=225;DP=231;FAO=227;FDP=232;FR=.;FRO=5;FSAF=95;FSAR=132;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0187363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2743;QD=60.2435;RBI=0.0325819;REFB=-0.04205;REVB=-0.0266558;RO=5;SAF=94;SAR=131;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00774352;STB=0.504013;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00273564;OID=.;OPOS=242048674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:231:232:5:5:225:227:0.978448:131:94:3:2:132:95:3:2 chr1 242053030 . ATTTTG ATTTG,ATTTGA 698.81 PASS AF=1,0;AO=60,3;DP=68;FAO=66,0;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235206,-0.0958684;FXX=0.0149231;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=14.6969,40.9001;QD=42.352;RBI=0.0719682,0.0965402;REFB=-0.0289772,-0.02722;REVB=0.0680163,-0.0113693;RO=3;SAF=31,2;SAR=29,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0164631,0.255936;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00694303,0.0398724;OID=.,.;OPOS=242053031,242053034;OREF=T,TG;OALT=-,GA;OMAPALT=ATTTG,ATTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:60,3:68:66,0:66:0:33,0:33,0:0:0:3:3:31,2:29,1:1:2 chr1 242222754 . A G 1262.82 PASS AF=0.525862;AO=122;DP=232;FAO=122;FDP=232;FR=.;FRO=110;FSAF=38;FSAR=84;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=0.0317304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.281;QD=21.7728;RBI=0.032382;REFB=0.00605239;REVB=0.00646349;RO=109;SAF=38;SAR=84;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114497;STB=0.565601;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0043526;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:109:110:122:122:0.525862:84:38:47:62:84:38:48:62 chr1 242253024 . T C 251.68 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0355656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.708;QD=12.4287;RBI=0.0434933;REFB=-0.00421631;REVB=0.025035;RO=50;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257143;STB=0.640685;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00540619;OID=.;OPOS=242253024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:12:18:18:32:12:18:19:32 chr1 242687390 . G A 536.28 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00817201;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.846;QD=17.2994;RBI=0.0698416;REFB=-0.00231794;REVB=0.0693619;RO=66;SAF=32;SAR=25;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155863;STB=0.513168;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00349432;OID=.;OPOS=242687390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:66:67:57:57:0.459677:25:32:36:30:25:32:36:31 chr1 243329049 . G A 51.13 PASS AF=0.09375;AO=13;DP=158;FAO=15;FDP=160;FR=.;FRO=145;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=67;FSRR=78;FWDB=-0.0113422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.707;QD=1.27816;RBI=0.0113721;REFB=-0.000389292;REVB=-0.000824303;RO=134;SAF=7;SAR=6;SRF=65;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616758;STB=0.6236;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00325213;OID=.;OPOS=243329049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:158:160:134:145:13:15:0.09375:6:7:65:69:6:9:67:78 chr1 243493907 . A T 975.78 PASS AF=0.451754;AO=103;DP=229;FAO=103;FDP=228;FR=.;FRO=125;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=0.0845509;FXX=0.00436662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.124;QD=17.1189;RBI=0.0845509;REFB=0.0080905;REVB=7.65286e-05;RO=123;SAF=44;SAR=59;SRF=60;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602376;STB=0.529325;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00866399;OID=.;OPOS=243493907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:123:125:103:103:0.451754:59:44:60:63:59:44:60:65 chr1 243579112 . G A 1084.28 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0661065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9241;QD=58.6099;RBI=0.0848489;REFB=0.0394419;REVB=0.0531909;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00136684;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:0:1:72:73:0.986486:46:26:0:0:46:27:1:0 chr1 244219563 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.33;QD=64.1537;RBI=0.0184134;REFB=0;REVB=0.0165176;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62324e-05;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr1 244724092 . G A 2549.36 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00657264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.249;QD=61.0625;RBI=0.00776704;REFB=0.0191606;REVB=0.00413852;RO=1;SAF=82;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576839;STB=0.50303;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-5.66661e-05;OID=.;OPOS=244724092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:166:166:0.994012:84:82:1:0:84:82:1:0 chr1 244735858 . A G 1039.04 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.808;QD=59.3736;RBI=0.0253206;REFB=0;REVB=0.020406;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47101e-05;OID=.;OPOS=244735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:23:46:0:0:23:47:0:0 chr1 244754961 . C A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.971;QD=62.0219;RBI=0.00466473;REFB=0;REVB=0.00352184;RO=0;SAF=35;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0959e-05;OID=.;OPOS=244754961;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:7:35:0:0:7:35:0:0 chr1 244773784 . T C 801.97 PASS AF=0.95082;AO=56;DP=60;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0313866;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.8;QD=52.5878;RBI=0.0320833;REFB=-0.101905;REVB=0.00665005;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.526307;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00194809;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:61:0:3:56:58:0.95082:26:30:0:0:27:31:0:3 chr1 245017464 . TAAAA AATAA,TAA,TA,T,TAAAT 291.18 PASS AF=0.216216,0.027027,0.027027,0.594595,0.135135;AO=2,8,6,5,2;DP=36;FAO=8,1,1,22,5;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,1,2,0;FSAR=8,1,0,20,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457762,-0.0225916,-0.00698723,-0.00694704,-0.00265908;FXX=0.119019;HRUN=1,14,14,14,14;LEN=3,2,3,4,1;MLLD=34.9557,6.59634,9.93807,10.3953,87.1899;QD=31.4786;RBI=0.010427,0.0566314,0.0409939,0.0304815,0.00803513;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.00936848,0.0519301,0.040394,0.0296793,0.00758239;RO=2;SAF=0,1,1,0,0;SAR=2,7,5,5,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0.110633,0.144764,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,del,snp;VARB=-0.136334,-0.209694,0.192629,0.138594,0.0443835;OID=.,.,.,.,.;OPOS=245017464,245017465,245017465,245017465,245017468;OREF=TAA,AA,AAA,AAAA,A;OALT=AAT,-,-,-,T;OMAPALT=AATAA,TAA,TA,T,TAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/4:47:36:37:2:0:2,8,6,5,2:8,1,1,22,5:0.216216,0.027027,0.027027,0.594595,0.135135:2,7,5,5,2:0,1,1,0,0:0:2:8,1,0,20,5:0,0,1,2,0:0:0 chr1 245027349 . C T 942.3 PASS AF=0.482051;AO=94;DP=195;FAO=94;FDP=195;FR=.;FRO=101;FSAF=3;FSAR=91;FSRF=13;FSRR=88;FWDB=0.0158806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4419;QD=19.3292;RBI=0.0192684;REFB=-0.0268349;REVB=0.0109122;RO=100;SAF=3;SAR=91;SRF=13;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40564;STB=0.730489;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0273847;OID=.;OPOS=245027349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:100:101:94:94:0.482051:91:3:13:87:91:3:13:88 chr1 245133488 . GT G,GG 389.75 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=4,24;DP=28;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231981,0.0159747;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=286.201,298.485;QD=55.6779;RBI=0.0406263,0.0335715;REFB=0,0;REVB=0.0333518,0.0295272;RO=0;SAF=0,2;SAR=4,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.48349e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0280341,-0.000143744;OID=.,.;OPOS=245133489,245133489;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0357143,0.964286:4,24:28:1,27:28:0:0,2:1,25:0:0:4:0:0,2:4,22:0:0 chr1 245133539 . A G 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.653;QD=46.8379;RBI=0.0382302;REFB=0;REVB=-0.00317874;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034307;OID=.;OPOS=245133539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr1 245133549 . GGCGCG GGCGC,GGCG 115.44 PASS AF=0,1;AO=2,9;DP=11;FAO=0,11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274813,0.0383175;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=196.952,219.576;QD=41.9785;RBI=0.0340928,0.0495811;REFB=0,0;REVB=0.0201766,0.031465;RO=0;SAF=0,2;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0194762,0.00111202;OID=.,.;OPOS=245133554,245133550;OREF=G,GC;OALT=-,-;OMAPALT=GGCGC,GGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,9:11:0,11:11:0:0,2:0,9:0:0:4:0:0,2:2,7:0:0 chr1 245133623 . T C,TCCTCC 1245.7 PASS AF=0,0.928571;AO=12,78;DP=109;FAO=0,91;FDP=98;FR=.;FRO=7;FSAF=0,39;FSAR=0,52;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00924885,-0.0223702;FXX=0.100908;HRUN=1,2;LEN=1,5;MLLD=81.753,188.88;QD=50.8448;RBI=0.0214885,0.0224634;REFB=-0.0349505,-0.0323225;REVB=0.0193963,0.00204361;RO=12;SAF=10,34;SAR=2,44;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.480991,0.0262639;STB=0.5,0.510445;STBP=1,0.485;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0024618;OID=.,.;OPOS=245133623,245133624;OREF=T,-;OALT=C,CCTCC;OMAPALT=C,TCCTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:109:98:12:7:12,78:0,91:0,0.928571:2,44:10,34:4:8:0,52:0,39:2:5 chr1 245133662 . G C 2782.8 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2846;QD=62.1856;RBI=0.0189141;REFB=0;REVB=0.00701426;RO=0;SAF=63;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27953e-05;OID=.;OPOS=245133662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:179:0:0:175:179:1:112:63:0:0:115:64:0:0 chr1 245297243 . G A 581.66 PASS AF=0.54717;AO=57;DP=105;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0200221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5878;QD=21.9495;RBI=0.0610945;REFB=0.00963551;REVB=-0.0577205;RO=47;SAF=31;SAR=26;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00775339;STB=0.503269;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00892087;OID=.;OPOS=245297243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:47:48:57:58:0.54717:26:31:26:21:27:31:26:22 chr1 245703990 . G T 3193.99 PASS AF=1;AO=180;DP=208;FAO=207;FDP=207;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=115;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.01;QD=61.7197;RBI=0.0426484;REFB=0;REVB=0.000106891;RO=0;SAF=91;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132674;OID=.;OPOS=245703990;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:207:0:0:180:207:1:89:91:0:0:92:115:0:0 chr1 245849000 . C T 455.94 PASS AF=0.4;AO=52;DP=131;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0223529;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.5368;QD=14.0289;RBI=0.029516;REFB=-0.0267819;REVB=0.0192754;RO=74;SAF=23;SAR=29;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116404;STB=0.565244;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0281374;OID=.;OPOS=245849000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:74:78:52:52:0.4:29:23:41:33:29:23:43:35 chr1 245850095 . C T 282.92 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00468853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.372;QD=17.4107;RBI=0.0271479;REFB=-0.00463286;REVB=0.02674;RO=33;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180095;STB=0.5942;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0047669;OID=.;OPOS=245850095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:20:11:18:15:20:11:18:16 chr1 245851304 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.882;QD=53.2765;RBI=0.0103133;REFB=0;REVB=-0.00999675;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52328e-05;OID=.;OPOS=245851304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr1 245861571 . C T 472.64 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0299291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.861;QD=16.1587;RBI=0.0337089;REFB=-0.00451137;REVB=0.0155094;RO=65;SAF=26;SAR=26;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229379;STB=0.512816;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00543645;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:52:52:0.444444:26:26:31:34:26:26:31:34 chr1 246670481 . C G 18946.4 PASS AF=1;AO=1191;DP=1201;FAO=1198;FDP=1198;FR=.;FRO=0;FSAF=522;FSAR=676;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698;FXX=0.00909835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1058;QD=63.26;RBI=0.0699527;REFB=-0.0627384;REVB=0.00461922;RO=3;SAF=515;SAR=676;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00277573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031825;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:85:1201:1198:3:0:1191:1198:1:676:515:3:0:676:522:0:0 chr1 246714587 . G A 436.16 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00920382;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.939;QD=17.2735;RBI=0.0100683;REFB=-0.00656891;REVB=-0.0040816;RO=54;SAF=20;SAR=27;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364739;STB=0.520334;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00666102;OID=.;OPOS=246714587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:54:54:47:47:0.465347:27:20:25:29:27:20:25:29 chr1 246720798 . G A 1263.13 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0243042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6534;QD=58.0748;RBI=0.0370762;REFB=-0.111216;REVB=-0.0279991;RO=3;SAF=42;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108774;STB=0.505746;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00578341;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:3:3:84:84:0.965517:42:42:1:2:42:42:1:2 chr1 246755124 . T A,C 1081.75 PASS AF=0.0273973,0.972603;AO=3,70;DP=73;FAO=2,71;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,40;FSAR=2,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102481,-0.0832432;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=98.7386,69.0519;QD=59.2742;RBI=0.0286558,0.0837466;REFB=0,0;REVB=0.0267607,0.00916819;RO=0;SAF=0,40;SAR=3,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0435368,0.00108124;OID=.,.;OPOS=246755124,246755124;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:73:73:0:0:3,70:2,71:0.0273973,0.972603:3,30:0,40:0:0:2,31:0,40:0:0 chr1 246829616 . T C 1230.42 PASS AF=0.479245;AO=127;DP=265;FAO=127;FDP=265;FR=.;FRO=138;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=81;FSRR=57;FWDB=0.032603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.586;QD=18.5723;RBI=0.0326038;REFB=-0.00674179;REVB=0.000225505;RO=137;SAF=59;SAR=68;SRF=80;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112182;STB=0.56347;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00634497;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:137:138:127:127:0.479245:68:59:80:57:68:59:81:57 chr1 246939856 . G A 877.67 PASS AF=0.475936;AO=88;DP=189;FAO=89;FDP=187;FR=.;FRO=98;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=0.0101335;FXX=0.0260403;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7241;QD=18.7736;RBI=0.0142205;REFB=0.00594018;REVB=0.00997677;RO=91;SAF=48;SAR=40;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067396;STB=0.547277;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.000383151;OID=.;OPOS=246939856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:187:91:98:88:89:0.475936:40:48:43:48:41:48:44:54 chr1 246939943 . T C 914.83 PASS AF=0.475248;AO=96;DP=199;FAO=96;FDP=202;FR=.;FRO=106;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=-0.00983835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9656;QD=18.1155;RBI=0.06535;REFB=-0.0121506;REVB=-0.0646051;RO=103;SAF=56;SAR=40;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101348;STB=0.509304;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.013782;OID=.;OPOS=246939943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:202:103:106:96:96:0.475248:40:56:59:44:40:56:60:46 chr1 247027371 . G A 376.61 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00756236;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.125;QD=16.9265;RBI=0.0245399;REFB=0.00052484;REVB=-0.0233456;RO=47;SAF=10;SAR=29;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274117;STB=0.660292;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00148295;OID=.;OPOS=247027371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:47:49:39:40:0.449438:29:10:24:23:30:10:25:24 chr1 247048834 . T C 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0119016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.867;QD=13.9987;RBI=0.0355949;REFB=0.0198233;REVB=-0.0335462;RO=56;SAF=15;SAR=21;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164945;STB=0.593811;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.032185;OID=.;OPOS=247048834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:21:15:32:24:21:15:32:24 chr1 247150740 . T C 1494.11 PASS AF=0.963964;AO=101;DP=106;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0982168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.6033;QD=53.8418;RBI=0.160133;REFB=-0.18094;REVB=0.126476;RO=5;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042676;STB=0.516946;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.016044;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:106:111:5:4:101:107:0.963964:53:48:0:5:57:50:0:4 chr1 247162658 . C T 1176.63 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.033;QD=60.3403;RBI=0.0455235;REFB=0;REVB=0.0321235;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100131;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:36:40:0:0:37:41:0:0 chr1 247419509 . T C 1084.37 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.291;QD=57.8333;RBI=0.079307;REFB=0;REVB=0.0754097;RO=2;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219878;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540428;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:75:2:0:72:75:1:42:30:0:2:44:31:0:0 chr1 247419664 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.108;QD=62.9829;RBI=0.0256783;REFB=0;REVB=-0.0212024;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51716e-05;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr1 247587477 . G A 2944.76 PASS AF=0.939815;AO=201;DP=215;FAO=203;FDP=216;FR=.;FRO=13;FSAF=105;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.00179041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.109;QD=54.5325;RBI=0.0422689;REFB=-0.19792;REVB=0.042231;RO=1;SAF=105;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0049357;STB=0.526481;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000988655;OID=.;OPOS=247587477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:215:216:1:13:201:203:0.939815:96:105:0:1:98:105:1:12 chr1 247587531 . A G 2115.57 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.446;QD=62.6836;RBI=0.0736908;REFB=0;REVB=0.0101587;RO=0;SAF=56;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93568e-05;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:78:56:0:0:78:57:0:0 chr1 247614617 . C T 498.07 PASS AF=0.384106;AO=58;DP=150;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=0.0562393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6298;QD=13.194;RBI=0.0573233;REFB=-0.0249472;REVB=0.0110951;RO=92;SAF=22;SAR=36;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239033;STB=0.516124;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.036466;OID=.;OPOS=247614617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:92:93:58:58:0.384106:36:22:33:59:36:22:33:60 chr1 247614693 . C T 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.827;QD=60.0285;RBI=0.0434648;REFB=0;REVB=0.0287779;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15715e-05;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr1 247614896 . A C 352.56 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0122074;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.679;QD=21.0481;RBI=0.0371556;REFB=-0.00117447;REVB=-0.035093;RO=30;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419353;STB=0.531628;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00067888;OID=.;OPOS=247614896;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:30:31:36:36:0.537313:21:15:14:16:21:15:15:16 chr1 247615261 . GA G 886.79 PASS AF=0.432;AO=158;DP=376;FAO=162;FDP=375;FR=.;FRO=213;FSAF=75;FSAR=87;FSRF=98;FSRR=115;FWDB=0.0875711;FXX=0.0026595;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.1233;QD=9.45905;RBI=0.16669;REFB=-0.0269248;REVB=-0.141834;RO=210;SAF=73;SAR=85;SRF=98;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00479315;STB=0.501639;STBP=0.963;TYPE=del;VARB=0.0344064;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432:158:376:162:375:213:75:87:98:115:99:210:73:85:98:112 chr1 247654993 . T C 508.49 PASS AF=0.38255;AO=57;DP=149;FAO=57;FDP=149;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.0284054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6119;QD=13.6506;RBI=0.0561253;REFB=-0.0135494;REVB=-0.0484064;RO=92;SAF=31;SAR=26;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153509;STB=0.586789;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0220157;OID=.;OPOS=247654993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:92:92:57:57:0.38255:26:31:37:55:26:31:37:55 chr1 247655275 . T C 708.08 PASS AF=0.522727;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0191643;FXX=0.0149243;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3228;QD=21.4571;RBI=0.0224291;REFB=-0.0159925;REVB=-0.0116532;RO=63;SAF=28;SAR=41;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131148;STB=0.572072;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0207017;OID=.;OPOS=247655275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:63:63:69:69:0.522727:41:28:35:28:41:28:35:28 chr1 247690320 . C T 865.13 PASS AF=0.38403;AO=101;DP=264;FAO=101;FDP=263;FR=.;FRO=162;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=80;FSRR=82;FWDB=-0.0198487;FXX=0.00378774;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7029;QD=13.1579;RBI=0.0459218;REFB=-0.0138914;REVB=-0.0414106;RO=161;SAF=54;SAR=47;SRF=79;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480374;STB=0.525176;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0218599;OID=.;OPOS=247690320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:161:162:101:101:0.38403:47:54:79:82:47:54:80:82 chr1 247695612 . G A 1825.8 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.322;QD=60.3571;RBI=0.021459;REFB=-0.0681183;REVB=0.0174752;RO=1;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725225;STB=0.503816;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=8.63535e-05;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:65:55:0:1:65:55:0:1 chr1 247695756 . T C 678.91 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286027;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.816;QD=63.1548;RBI=0.0599579;REFB=0;REVB=0.0526956;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105127;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr1 247752019 . G C 816.05 PASS AF=0.534722;AO=77;DP=144;FAO=77;FDP=144;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.023811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.541;QD=22.6679;RBI=0.0244562;REFB=-0.00778153;REVB=-0.00558056;RO=67;SAF=36;SAR=41;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00859162;STB=0.504705;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00748629;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:67:67:77:77:0.534722:41:36:32:35:41:36:32:35 chr1 247752161 . T C 155.73 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=25;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00850794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.167;QD=23.9589;RBI=0.00858156;REFB=-0.0370588;REVB=0.00112166;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12026;STB=0.554389;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0182317;OID=.;OPOS=247752161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:10:10:15:16:0.615385:7:8:7:3:7:9:7:3 chr1 247752367 . A G 1288.88 PASS AF=0.529661;AO=124;DP=234;FAO=125;FDP=236;FR=.;FRO=111;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=44;FSRR=67;FWDB=-0.00356031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.131;QD=21.8455;RBI=0.00716567;REFB=-0.00594845;REVB=-0.0062186;RO=109;SAF=62;SAR=62;SRF=43;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904683;STB=0.546878;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00491541;OID=.;OPOS=247752367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:236:109:111:124:125:0.529661:62:62:43:66:63:62:44:67 chr1 247769752 . A G 673.03 PASS AF=0.468966;AO=68;DP=144;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0303397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.968;QD=18.5664;RBI=0.0306164;REFB=-0.0166914;REVB=-0.00410703;RO=75;SAF=28;SAR=40;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657926;STB=0.530231;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0156288;OID=.;OPOS=247769752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:75:77:68:68:0.468966:40:28:36:39:40:28:36:41 chr1 247835674 . G A 689.15 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.02942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.793;QD=20.7262;RBI=0.0317621;REFB=-0.0131049;REVB=0.0119706;RO=65;SAF=31;SAR=37;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922834;STB=0.550694;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0112723;OID=.;OPOS=247835674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:65:68:68:0.511278:37:31:23:42:37:31:23:42 chr1 247835908 . T A 377.58 PASS AF=0.666667;AO=35;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00794279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.703;QD=27.9691;RBI=0.0116128;REFB=0.0124651;REVB=-0.00847165;RO=18;SAF=14;SAR=21;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286133;STB=0.519302;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00490511;OID=.;OPOS=247835908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:35:36:0.666667:21:14:8:10:22:14:8:10 chr1 247835950 . T C 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0178091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.44;QD=10.7921;RBI=0.0288034;REFB=-0.0030298;REVB=0.0226378;RO=35;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110127;STB=0.564782;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00670098;OID=.;OPOS=247835950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:8:10:16:19:8:10:16:19 chr1 247836008 . G A 342.9 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0203841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.013;QD=21.4315;RBI=0.0211686;REFB=-0.019634;REVB=0.00570982;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531616;STB=0.529867;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0154124;OID=.;OPOS=247836008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:29:34:35:0.546875:18:16:15:13:18:17:16:13 chr1 247836207 . T A 648.24 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=129;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.00743293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.892;QD=20.1005;RBI=0.0145811;REFB=-0.0145559;REVB=0.0125444;RO=64;SAF=26;SAR=39;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174582;STB=0.596244;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0136798;OID=.;OPOS=247836207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:64:65:65:0.503876:39:26:38:26:39:26:38:26 chr1 247921100 . T G 707.19 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.826;QD=62.8614;RBI=0.0393832;REFB=0;REVB=0.0371272;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107049;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr1 247921352 . C T 1102.57 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.842;QD=58.8037;RBI=0.0613146;REFB=-0.0960443;REVB=0.0567418;RO=1;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113997;STB=0.506023;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000689212;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:41:33:0:1:41:33:0:1 chr1 247921717 . C A 1786.33 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.987;QD=60.5535;RBI=0.0173563;REFB=0;REVB=0.00616113;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3996e-06;OID=.;OPOS=247921717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:118:0:0:108:118:1:58:50:0:0:62:56:0:0 chr1 247921788 . CA CAGT,CAGTGT,GT 301.11 PASS AF=0.0454545,0.431818,0.159091;AO=5,13,7;DP=44;FAO=2,19,7;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=1,11,0;FSAR=1,8,7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0771471,0.0105003,-0.0839124;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,4,2;MLLD=52.0744,71.7474,78.9006;QD=27.374;RBI=0.101641,0.0419098,0.0839149;REFB=-0.0790195,-0.158166,-0.0438789;REVB=-0.0661762,0.0405731,-0.000638525;RO=12;SAF=3,8,0;SAR=2,5,7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.296011,-0.205785,-0.82036;STB=0.720445,0.582196,0.998634;STBP=0.712,0.335,0.001;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.17576,0.114751,0.11549;OID=.,.,.;OPOS=247921790,247921790,247921788;OREF=-,-,CA;OALT=GT,GTGT,GT;OMAPALT=CAGT,CAGTGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:44:44:12:16:5,13,7:2,19,7:0.0454545,0.431818,0.159091:2,5,7:3,8,0:10:2:1,8,7:1,11,0:12:4 chr1 247921888 . C T 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6341;QD=58.2356;RBI=0.0224688;REFB=0;REVB=-0.0135951;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024582;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr1 247978319 . A G 2335.92 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=157;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00189647;FXX=0.012738;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.486;QD=60.2817;RBI=0.0104981;REFB=-0.0742484;REVB=0.0103254;RO=0;SAF=48;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=1.46832e-05;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:155:0:1:154:154:0.993548:106:48:0:0:106:48:1:0 chr1 247978541 . AAGG A 373.09 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240237;FXX=0.0605877;HRUN=2;LEN=3;MLLD=281.985;QD=48.1407;RBI=0.0515195;REFB=0;REVB=-0.0514635;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000155158;OID=.;OPOS=247978542;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:32:31:31:0:12:19:0:0:7:0:12:18:0:0 chr1 248004614 . G A 788.68 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281675;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.12;QD=55.3462;RBI=0.0328345;REFB=-0.05965;REVB=-0.0168728;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000499098;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:30:26:0:0:30:26:1:0 chr1 248004687 . C G 824.97 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.551;QD=56.8946;RBI=0.057044;REFB=0;REVB=0.0466484;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014728;OID=.;OPOS=248004687;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:58:0:0:53:58:1:22:31:0:0:27:31:0:0 chr1 248004775 . C T 1030.31 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0270594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.325;QD=58.0457;RBI=0.0344058;REFB=0.0790229;REVB=0.0212498;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160211;STB=0.508472;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000449665;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:40:29:1:0:41:29:1:0 chr1 248004848 . G C 726.35 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437248;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9347;QD=56.9687;RBI=0.061325;REFB=0;REVB=0.0429988;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0433e-05;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr1 248004877 . C T 768.81 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0797879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.9;QD=61.505;RBI=0.0855835;REFB=-0.147133;REVB=0.0309584;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229468;STB=0.51219;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000825158;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:1:1:49:49:0.98:29:20:1:0:29:20:1:0 chr1 248004884 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.482;QD=64.4153;RBI=0.015764;REFB=0;REVB=0.0130103;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00717e-05;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr1 248005212 . T TC 340.47 PASS AF=1;AO=8;DP=59;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538761;FXX=0.288087;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.0249;QD=32.4255;RBI=0.0581226;REFB=0;REVB=0.0218084;RO=49;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.607229;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0121265;OID=.;OPOS=248005213;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:59:42:42:0:19:23:0:0:3:49:7:1:16:33 chr1 248005213 . G A,C 746.49 PASS AF=0.101695,0.847458;AO=5,49;DP=58;FAO=6,50;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=5,17;FSAR=1,33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00160037,0.00294765;FXX=0.0166639;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.0012,107.732;QD=50.6094;RBI=0.0107077,0.0380123;REFB=-0.178081,-0.104981;REVB=0.0105875,0.0378978;RO=3;SAF=4,16;SAR=1,33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.23409,-0.0804056;STB=0.615062,0.540524;STBP=0.687,0.036;TYPE=snp,snp;VARB=0.0111927,-0.00235993;OID=.,.;OPOS=248005213,248005213;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:58:59:3:3:5,49:6,50:0.101695,0.847458:1,33:4,16:3:0:1,33:5,17:3:0 chr1 248020556 . G C 1194.31 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00596609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.512;QD=59.7156;RBI=0.0639332;REFB=-0.0770092;REVB=0.0636542;RO=1;SAF=47;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996677;STB=0.505262;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000250308;OID=.;OPOS=248020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:32:47:1:0:32:47:1:0 chr1 248028219 . G A 705.14 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00816029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.346;QD=58.7615;RBI=0.0174024;REFB=-0.0701964;REVB=0.0153705;RO=1;SAF=17;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268486;STB=0.527766;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00130415;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:1:2:46:46:0.958333:29:17:1:0:29:17:2:0 chr1 248039451 . C T 2457.23 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00723413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.583;QD=60.6724;RBI=0.0110808;REFB=-0.0793166;REVB=0.00839353;RO=1;SAF=76;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556523;STB=0.502924;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=5.94973e-05;OID=.;OPOS=248039451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:1:1:161:161:0.993827:85:76:0:1:85:76:0:1 chr1 248039713 . A G 1562.52 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238977;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2819;QD=59.5245;RBI=0.0260289;REFB=0;REVB=0.0103151;RO=1;SAF=51;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092139;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615603;OID=.;OPOS=248039713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:1:0:104:105:1:53:51:1:0:53:52:0:0 chr1 248059423 . C T 2350.73 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.937;QD=60.2752;RBI=0.0348726;REFB=-0.0767262;REVB=0.029658;RO=1;SAF=81;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638551;STB=0.503355;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000488859;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:1:1:155:155:0.99359:74:81:0:1:74:81:0:1 chr1 248059456 . G A 3609.91 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.869;QD=63.0553;RBI=0.0250082;REFB=0;REVB=0.00368277;RO=0;SAF=119;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23825e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12132e-05;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:229:0:0:229:229:1:110:119:0:0:110:119:0:0 chr1 248059476 . A C 4101.32 PASS AF=1;AO=263;DP=268;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864866;FXX=0.0185867;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0994;QD=62.1413;RBI=0.0149883;REFB=0.0157002;REVB=0.0122413;RO=0;SAF=137;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.83497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73301e-05;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:268:264:0:0:263:264:1:126:137:0:0:127:137:0:0 chr1 248059703 . T A 1719.72 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00314009;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.358;QD=59.8165;RBI=0.0500395;REFB=-0.0806343;REVB=0.0499408;RO=1;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747763;STB=0.503875;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000338642;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:113:114:0.991304:63:50:0:1:64:50:0:1 chr1 248059712 . T C 1605.15 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.776;QD=64.2062;RBI=0.0293755;REFB=0;REVB=0.0169134;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59469e-05;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:55:45:0:0:55:45:0:0 chr1 248059856 . T C 2493.72 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0017;QD=61.1956;RBI=0.125043;REFB=0;REVB=-0.0251288;RO=0;SAF=92;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000494085;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:70:92:0:0:71:92:0:0 chr1 248060029 . A G 754.79 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.421;QD=56.9656;RBI=0.0512815;REFB=0;REVB=-0.000520882;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010671;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:30:23:0:0 chr1 248060230 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00830488;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.491;QD=52.6132;RBI=0.0208115;REFB=0;REVB=0.0190827;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6471e-05;OID=.;OPOS=248060230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr1 248060246 . TA T 200.52 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.6248;QD=29.706;RBI=0.14143;REFB=-0.073951;REVB=0.00616648;RO=2;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121653;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0277656;OID=.;OPOS=248060247;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:24:27:27:27:0:15:12:0:0:3:2:14:10:1:1 chr1 248060279 . C T 695.85 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0319808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8675;QD=60.5088;RBI=0.032002;REFB=0.0798057;REVB=-0.00116443;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00322795;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:0:1:22:23:0:1 chr1 248060380 . C A,G 1535.73 PASS AF=0.0306122,0.969388;AO=4,93;DP=97;FAO=3,95;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=1,36;FSAR=2,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363332,-0.00186824;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.801,78.4553;QD=62.683;RBI=0.0371529,0.015534;REFB=0,0;REVB=-0.00776099,0.0154213;RO=0;SAF=2,34;SAR=2,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.20828e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.11441,-0.00121861;OID=.,.;OPOS=248060380,248060380;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:97:98:0:0:4,93:3,95:0.0306122,0.969388:2,59:2,34:0:0:2,59:1,36:0:0 chr1 248084434 . G A 2351.14 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.714;QD=63.9765;RBI=0.0140334;REFB=0;REVB=-0.00735421;RO=0;SAF=87;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96655e-06;OID=.;OPOS=248084434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:60:87:0:0:60:87:0:0 chr1 248084464 . T C 1752.2 PASS AF=0.975207;AO=117;DP=120;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00571448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.438;QD=57.9238;RBI=0.00584331;REFB=0.00524958;REVB=0.00122022;RO=3;SAF=71;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135573;STB=0.50719;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=7.51332e-05;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:121:3:3:117:118:0.975207:46:71:1:2:46:72:1:2 chr1 248085108 . C T 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4858;QD=59.8549;RBI=0.0440179;REFB=0;REVB=0.0160922;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340548;OID=.;OPOS=248085108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr1 248112627 . T C 3672.23 PASS AF=0.991525;AO=233;DP=235;FAO=234;FDP=236;FR=.;FRO=2;FSAF=130;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0827742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.534;QD=62.2412;RBI=0.0858258;REFB=-0.131996;REVB=0.0226827;RO=1;SAF=129;SAR=104;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036801;STB=0.500477;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000375846;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:235:236:1:2:233:234:0.991525:104:129:1:0:104:130:1:1 chr1 248112745 . G T 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.138;QD=61.7128;RBI=0.0143299;REFB=0.0331163;REVB=-0.00637839;RO=1;SAF=45;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104175;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=1.13335e-05;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:46:45:1:0:46:45:1:0 chr1 248112762 . TG CA 1193.81 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176612;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.202;QD=61.2212;RBI=0.0176768;REFB=0;REVB=-0.00074162;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.49111e-05;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr1 248112771 . C T 1282.33 PASS AF=1;AO=73;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.534;QD=61.799;RBI=0.0713535;REFB=0;REVB=0.06819;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448721;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:73:83:1:31:42:0:0:41:42:0:0 chr1 248112809 . A G 1472.55 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.203;QD=63.3357;RBI=0.0428896;REFB=0;REVB=-0.00939508;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156885;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:50:43:0:0:50:43:0:0 chr1 248112836 . A G 1320.63 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.995;QD=62.1472;RBI=0.0632169;REFB=0;REVB=0.0516221;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269623;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr1 248113026 . T A 2310.23 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.662;QD=60.7954;RBI=0.0536083;REFB=0;REVB=0.0219527;RO=0;SAF=52;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46406e-05;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:152:0:0:147:152:1:95:52:0:0:99:53:0:0 chr1 248113040 . A G 2314.75 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9885;QD=60.1235;RBI=0.0172342;REFB=-0.0949848;REVB=-0.00949779;RO=0;SAF=54;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94526e-08;STB=0.502512;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000390537;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:154:0:1:153:153:0.993506:99:54:0:0:99:54:0:1 chr1 248129240 . G A 2515.31 PASS AF=0.988024;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0247012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7243;QD=60.2469;RBI=0.0247531;REFB=-0.125552;REVB=-0.00160115;RO=2;SAF=98;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00221825;STB=0.501166;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000610662;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:167:2:2:165:165:0.988024:67:98:1:1:67:98:1:1 chr1 248264018 . C T 2884.2 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.265;QD=63.0427;RBI=0.0619083;REFB=0;REVB=0.0246445;RO=0;SAF=95;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24327e-05;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:88:95:0:0:88:95:0:0 chr1 248343543 . C T 4223.51 PASS AF=1;AO=270;DP=271;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441029;FXX=0.0036899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1091;QD=62.5705;RBI=0.0910404;REFB=-0.115687;REVB=0.0909335;RO=1;SAF=136;SAR=134;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354491;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000937826;OID=.;OPOS=248343543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:271:270:1:0:270:270:1:134:136:0:1:134:136:0:0 chr1 248343945 . C G 3988.93 PASS AF=1;AO=256;DP=259;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485763;FXX=0.011538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.094;QD=62.0845;RBI=0.00695919;REFB=-0.0596929;REVB=0.00498334;RO=0;SAF=99;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417328;OID=.;OPOS=248343945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:259:257:0:0:256:257:1:157:99:0:0:157:100:0:0 chr1 248343990 . T C 4286.15 PASS AF=0.992754;AO=274;DP=277;FAO=274;FDP=276;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=151;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0110681;FXX=0.00360998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.925;QD=62.1182;RBI=0.0339541;REFB=-0.112678;REVB=0.0320995;RO=1;SAF=123;SAR=151;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00314736;STB=0.500374;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=7.06199e-05;OID=.;OPOS=248343990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:277:276:1:2:274:274:0.992754:151:123:0:1:151:123:1:1 chr1 248366702 . G A 4598.64 PASS AF=1;AO=285;DP=288;FAO=290;FDP=290;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358187;FXX=0.00684908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.547;QD=63.4295;RBI=0.0472865;REFB=0.0239539;REVB=0.0308713;RO=0;SAF=163;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.98018e-06;OID=.;OPOS=248366702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:288:290:0:0:285:290:1:122:163:0:0:125:165:0:0 chr1 248402757 . AC A,AT 1827.31 PASS AF=0.0245902,0.97541;AO=13,98;DP=122;FAO=3,119;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=0,54;FSAR=3,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00854041,-0.00258539;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.155,118.082;QD=59.9117;RBI=0.0518646,0.0337937;REFB=0,0;REVB=0.0511566,0.0336947;RO=0;SAF=6,44;SAR=7,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.40252e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0250669,0.00479791;OID=.,.;OPOS=248402758,248402758;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0245902,0.97541:13,98:122:3,119:122:0:0,54:3,65:0:0:4:0:6,44:7,54:0:0 chr1 248436611 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00341544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.37;QD=59.3228;RBI=0.0128867;REFB=0;REVB=0.0124258;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7267e-05;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:44:24:0:0:44:24:0:0 chr1 248436616 . A G 977.08 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00342448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.423;QD=57.475;RBI=0.0340286;REFB=-0.0854831;REVB=0.0338559;RO=1;SAF=23;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200972;STB=0.510635;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=9.02822e-05;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:43:23:1:0:44:23:1:0 chr1 248436805 . T G 766.91 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.033;QD=56.808;RBI=0.0444392;REFB=0;REVB=0.0407459;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61906e-05;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr1 248457979 . C A 2771.45 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.952;QD=62.6317;RBI=0.0117237;REFB=0;REVB=0.00999639;RO=0;SAF=93;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13381e-05;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:84:93:0:0:84:93:0:0 chr1 248458569 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.947;QD=39.2068;RBI=0.0451084;REFB=0;REVB=0.0439976;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415452;OID=.;OPOS=248458569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 248458573 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.063;QD=39.2068;RBI=0.061895;REFB=0;REVB=0.0610726;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460175;OID=.;OPOS=248458573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 248458575 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0785553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.4732;QD=39.2068;RBI=0.0941723;REFB=0;REVB=0.0519373;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000887658;OID=.;OPOS=248458575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 248458676 . T C 1870.04 PASS AF=0.920863;AO=126;DP=139;FAO=128;FDP=139;FR=.;FRO=11;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0388923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.437;QD=53.8142;RBI=0.0397661;REFB=-0.0287313;REVB=0.00829004;RO=11;SAF=67;SAR=59;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532417;STB=0.528314;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00267835;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:139:139:11:11:126:128:0.920863:59:67:2:9:59:69:2:9 chr1 248458689 . A G 2085.13 PASS AF=0.924528;AO=147;DP=159;FAO=147;FDP=159;FR=.;FRO=12;FSAF=80;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00883234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.629;QD=52.4562;RBI=0.00961988;REFB=-0.0175773;REVB=-0.00381207;RO=12;SAF=80;SAR=67;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422663;STB=0.522289;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00128816;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:159:159:12:12:147:147:0.924528:67:80:3:9:67:80:3:9 chr1 248458717 . C G 3060.08 PASS AF=0.989796;AO=194;DP=196;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0118604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.91;QD=62.4507;RBI=0.0191826;REFB=-0.0578064;REVB=-0.0150765;RO=0;SAF=96;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500053;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-4.62328e-05;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:196:0:2:194:194:0.989796:98:96:0:0:98:96:1:1 chr1 248487300 . C T 5474.92 PASS AF=1;AO=341;DP=346;FAO=345;FDP=345;FR=.;FRO=0;FSAF=188;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104765;FXX=0.00862044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.163;QD=63.4773;RBI=0.0551186;REFB=-0.0616219;REVB=0.0551087;RO=2;SAF=187;SAR=154;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615518;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468495;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:346:345:2:0:341:345:1:154:187:0:2:157:188:0:0 chr1 248487338 . C A 5796.93 PASS AF=1;AO=367;DP=369;FAO=368;FDP=368;FR=.;FRO=0;FSAF=206;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774481;FXX=0.00270995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.683;QD=63.0101;RBI=0.0152341;REFB=0;REVB=0.0131185;RO=0;SAF=205;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87434e-05;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:369:368:0:0:367:368:1:162:205:0:0:162:206:0:0 chr1 248487638 . A G 4770.81 PASS AF=1;AO=305;DP=305;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003894;FXX=0.00326787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.562;QD=62.568;RBI=0.00898363;REFB=0;REVB=0.00809582;RO=0;SAF=143;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94348e-05;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:305:305:0:0:305:305:1:162:143:0:0:162:143:0:0 chr1 248487768 . A G 2424.38 PASS AF=0.981707;AO=161;DP=164;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=113;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0456847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5418;QD=59.1311;RBI=0.104885;REFB=-0.0205638;REVB=-0.0944129;RO=2;SAF=113;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008347;STB=0.506549;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000473149;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:164:164:2:3:161:161:0.981707:48:113:2:0:48:113:3:0 chr1 248512094 . C T 2603.22 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00052282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.572;QD=61.9814;RBI=0.0156625;REFB=0;REVB=0.0156538;RO=0;SAF=85;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99347e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69298e-06;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:83:85:0:0:83:85:0:0 chr1 248512637 . C T 2831.26 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233576;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.886;QD=62.9168;RBI=0.0278097;REFB=0;REVB=0.0150932;RO=0;SAF=86;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23118e-06;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:180:0:0:180:180:1:94:86:0:0:94:86:0:0 chr1 248512749 . G A 1549.44 PASS AF=0.990476;AO=102;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161292;FXX=0.0277752;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.958;QD=59.0262;RBI=0.02885;REFB=-0.0855957;REVB=0.0239201;RO=1;SAF=43;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109059;STB=0.505746;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000182034;OID=.;OPOS=248512749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:102:104:0.990476:59:43:1:0:61:43:1:0 chr1 248512767 . G T 1312.33 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0316877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5536;QD=57.6848;RBI=0.0813465;REFB=-0.145082;REVB=-0.0749209;RO=2;SAF=38;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273376;STB=0.513939;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00361885;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:91:91:2:4:87:87:0.956044:49:38:1:1:49:38:3:1 chr1 248525638 . CA C 846.93 PASS AF=0.488764;AO=86;DP=179;FAO=87;FDP=178;FR=.;FRO=91;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.0176303;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.987;QD=19.0322;RBI=0.0189714;REFB=-0.0315833;REVB=-0.00700594;RO=91;SAF=44;SAR=42;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764875;STB=0.539081;STBP=0.317;TYPE=del;VARB=0.0325045;OID=.;OPOS=248525639;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488764:86:179:87:178:91:45:42:54:37:99:91:44:42:54:37 chr1 248550976 . T G 597.03 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.00136837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.758;QD=17.9559;RBI=0.0308257;REFB=-0.0147041;REVB=0.0307954;RO=71;SAF=30;SAR=32;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628327;STB=0.534872;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0175256;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:71:62:62:0.466165:32:30:39:32:32:30:39:32 chr1 248569369 . A G 609.68 PASS AF=0.446809;AO=62;DP=143;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.0150481;FXX=0.0275843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.927;QD=17.2959;RBI=0.0167411;REFB=-0.0119779;REVB=-0.00733618;RO=78;SAF=29;SAR=33;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579377;STB=0.536673;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0146808;OID=.;OPOS=248569369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:78:78:62:63:0.446809:33:29:32:46:33:30:32:46 chr1 248685253 . T C 2356.56 PASS AF=0.993289;AO=146;DP=148;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000706516;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.783;QD=63.2635;RBI=0.0115863;REFB=-0.0689267;REVB=0.0115647;RO=1;SAF=57;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531398;STB=0.502793;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=9.62096e-05;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:149:1:1:146:148:0.993289:89:57:0:1:89:59:0:1 chr1 248722722 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0568287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.399;QD=23.2192;RBI=0.0578985;REFB=0.00704863;REVB=0.0110787;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00273829;OID=.;OPOS=248722722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr1 248789504 . T C 1571.53 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352451;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.037;QD=64.1441;RBI=0.0370384;REFB=0;REVB=0.0113856;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45525e-05;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:95:98:1:47:48:0:0:47:51:0:0 chr1 248789753 . G C 679.47 PASS AF=0.485714;AO=68;DP=140;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=-0.0108646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.213;QD=19.4133;RBI=0.0233798;REFB=-0.00486631;REVB=-0.0207021;RO=72;SAF=27;SAR=41;SRF=22;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909952;STB=0.550142;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00494673;OID=.;OPOS=248789753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:72:72:68:68:0.485714:41:27:22:50:41:27:22:50 chr1 248790075 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.208;QD=63.2856;RBI=0.0350182;REFB=0;REVB=-0.00894847;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110476;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr1 248790167 . A G 370.51 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00719649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1343;QD=14.8205;RBI=0.0110541;REFB=-0.00413337;REVB=0.00839064;RO=60;SAF=20;SAR=20;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176386;STB=0.509995;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00935597;OID=.;OPOS=248790167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:60:40:40:0.4:20:20:29:31:20:20:29:31 chr1 248790199 . T C 474.98 PASS AF=0.456897;AO=51;DP=112;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0120312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.163;QD=16.3787;RBI=0.0207997;REFB=-0.000870289;REVB=-0.0169669;RO=61;SAF=30;SAR=21;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158161;STB=0.574461;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000757072;OID=.;OPOS=248790199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:61:63:51:53:0.456897:21:30:26:35:23:30:27:36 chr1 248801592 . C T 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.728;QD=61.0484;RBI=0.00770727;REFB=0;REVB=-0.000726231;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69325e-05;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr1 248801602 . T A,TCA 1003.67 PASS AF=0,0.987013;AO=3,73;DP=77;FAO=0,76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=0,46;FSAR=0,30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00721541,0.0223513;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=130.903,127.493;QD=52.1387;RBI=0.00955107,0.0570938;REFB=0.0303669,-0.0524031;REVB=-0.00625785,0.0525369;RO=1;SAF=0,46;SAR=3,27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.0101732;STB=0.5,0.505375;STBP=1,0.5;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000730718;OID=.,.;OPOS=248801602,248801603;OREF=T,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:77:77:1:1:3,73:0,76:0,0.987013:3,27:0,46:1:0:0,30:0,46:1:0 chr1 248801610 . GC AT 1109.04 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350152;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.539;QD=60.7693;RBI=0.0120584;REFB=0;REVB=0.0115388;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000151334;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:73:0:0:73:73:1:29:44:0:0:29:44:0:0 chr1 248801633 . A G 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.523;QD=58.8007;RBI=0.0361615;REFB=-0.0233049;REVB=-0.0156068;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.508472;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00039076;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:29:45:0:0:29:45:0:1 chr1 248801944 . TCAGCACG T,TCAGCAGG 277.33 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=17,3;DP=23;FAO=18,3;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=14,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018653,0.00464227;FXX=0.124948;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=227.108,49.1607;QD=52.8241;RBI=0.0238379,0.00697437;REFB=0,0;REVB=-0.0148429,0.00520492;RO=0;SAF=3,0;SAR=14,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.53656e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000477515,-0.0111409;OID=.,.;OPOS=248801945,248801950;OREF=CAGCACG,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TCAGCAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.857143,0.142857:17,3:23:18,3:21:0:4,0:14,3:0:0:16:0:3,0:14,3:0:0 chr1 248813280 . C T 763.55 PASS AF=0.410853;AO=48;DP=130;FAO=53;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=40;FWDB=0.0118289;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.916;QD=23.676;RBI=0.0121607;REFB=0.00217771;REVB=0.00282117;RO=42;SAF=26;SAR=22;SRF=4;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37251;STB=0.694546;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00240779;OID=.;OPOS=248813280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:42:45:48:53:0.410853:22:26:4:38:24:29:5:40 chr1 248813542 . G A 403.26 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0460752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.99;QD=50.4072;RBI=0.0578108;REFB=-0.0206884;REVB=-0.0349165;RO=2;SAF=7;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422343;STB=0.521725;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00190963;OID=.;OPOS=248813542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:23:7:1:1:22:8:0:2 chr1 248813723 . C T 105.13 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0105904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4723;QD=32.3485;RBI=0.0257628;REFB=0.0261413;REVB=-0.0234855;RO=2;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998761;STB=0.55546;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00417279;OID=.;OPOS=248813723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:8:3:0:2:8:3:0:2 chr1 248814080 . A C 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290606;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.373;QD=59.8292;RBI=0.0316169;REFB=0;REVB=0.0314831;RO=0;SAF=33;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59823e-05;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:70:33:0:0:70:33:0:0 chr1 248814126 . G A 999.22 PASS AF=0.767677;AO=76;DP=99;FAO=76;FDP=99;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.014192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.923;QD=40.3724;RBI=0.0141962;REFB=-0.00494758;REVB=-0.00034637;RO=22;SAF=21;SAR=55;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893496;STB=0.555716;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000553629;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:22:23:76:76:0.767677:55:21:10:12:55:21:11:12 chr1 248845097 . C T 315.45 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.573;QD=52.5744;RBI=0.0480107;REFB=0;REVB=0.0209872;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919186;OID=.;OPOS=248845097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:16:8:0:0 chr1 248845411 . G A 2501.55 PASS AF=0.982143;AO=165;DP=168;FAO=165;FDP=168;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.027493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.021;QD=59.5608;RBI=0.029667;REFB=-0.0353618;REVB=-0.0111475;RO=2;SAF=66;SAR=99;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141997;STB=0.50495;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00019554;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:168:168:2:3:165:165:0.982143:99:66:2:0:99:66:2:1 chr1 248845458 . C T 2131.86 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2073;QD=62.7018;RBI=0.0431088;REFB=0;REVB=0.0344688;RO=0;SAF=57;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76236e-05;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:133:136:1:76:57:0:0:79:57:0:0 chr1 248845471 . T C 1881.21 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189248;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.73;QD=61.679;RBI=0.0390372;REFB=0;REVB=0.0341432;RO=0;SAF=53;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35601e-05;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:69:53:0:0:69:53:0:0 chr1 248845499 . A G 1513.38 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.155;QD=59.9359;RBI=0.0547255;REFB=0;REVB=-0.00477684;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148767;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr1 249105163 . T C 915.54 PASS AF=0.432314;AO=99;DP=231;FAO=99;FDP=229;FR=.;FRO=130;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=45;FSRR=85;FWDB=-0.0300016;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7226;QD=15.992;RBI=0.0349205;REFB=-0.0104187;REVB=-0.0178703;RO=124;SAF=33;SAR=66;SRF=40;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121727;STB=0.508142;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.013489;OID=.;OPOS=249105163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:229:124:130:99:99:0.432314:66:33:40:84:66:33:45:85 chr1 249143646 . G T 621.44 PASS AF=0.414201;AO=70;DP=169;FAO=70;FDP=169;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.0150994;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.576;QD=14.7086;RBI=0.0317872;REFB=0.00181494;REVB=0.027972;RO=99;SAF=31;SAR=39;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757647;STB=0.542481;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00293613;OID=.;OPOS=249143646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:99:99:70:70:0.414201:39:31:51:48:39:31:51:48 chr1 249168107 . G C 334.14 PASS AF=0.37963;AO=40;DP=107;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.0100681;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7468;QD=12.3756;RBI=0.0350741;REFB=0.000186741;REVB=0.033598;RO=66;SAF=21;SAR=19;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106195;STB=0.547302;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.000556875;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:66:67:40:41:0.37963:19:21:41:25:19:22:41:26 chr1 249168433 . G A 401.66 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=-0.00715349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.27;QD=13.5013;RBI=0.0123518;REFB=-0.0132732;REVB=-0.0100695;RO=70;SAF=30;SAR=17;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217649;STB=0.518771;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0323759;OID=.;OPOS=249168433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:70:72:47:47:0.394958:17:30:46:24:17:30:48:24 chr1 249168436 . G A 413.86 PASS AF=0.4;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=-0.0279721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.647;QD=13.7952;RBI=0.0288028;REFB=-0.010992;REVB=-0.00686753;RO=71;SAF=31;SAR=17;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00237347;STB=0.504564;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0277731;OID=.;OPOS=249168436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:72:48:48:0.4:17:31:46:25:17:31:47:25 chr1 249168516 . A G 1822.52 PASS AF=0.99187;AO=119;DP=120;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0521074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8767;QD=59.2689;RBI=0.0754879;REFB=-0.0428451;REVB=-0.0546191;RO=1;SAF=52;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904675;STB=0.504504;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00093425;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:120:123:1:1:119:122:0.99187:67:52:1:0:67:55:1:0 chr1 249211350 . T C 1343.39 PASS AF=0.44;AO=142;DP=327;FAO=143;FDP=325;FR=.;FRO=182;FSAF=76;FSAR=67;FSRF=79;FSRR=103;FWDB=0.0916494;FXX=0.0181263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.798;QD=16.5341;RBI=0.0918993;REFB=-0.00159384;REVB=-0.00677328;RO=174;SAF=76;SAR=66;SRF=78;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863561;STB=0.55438;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00262647;OID=.;OPOS=249211350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:325:174:182:142:143:0.44:66:76:78:96:67:76:79:103 chr1 249212725 . T C 193.97 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0540594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.157;QD=17.242;RBI=0.0583392;REFB=-0.00960178;REVB=0.0219327;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798477;STB=0.555501;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00949916;OID=.;OPOS=249212725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:10:10:10:14:10:10:10:15 chr1 249212878 . A G 926.52 PASS AF=0.398496;AO=105;DP=266;FAO=106;FDP=266;FR=.;FRO=160;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=71;FSRR=89;FWDB=-0.0266882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.849;QD=13.9327;RBI=0.0280578;REFB=-1.29553e-05;REVB=0.00865893;RO=158;SAF=44;SAR=61;SRF=69;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193531;STB=0.511787;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-3.36549e-06;OID=.;OPOS=249212878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:158:160:105:106:0.398496:61:44:69:89:61:45:71:89 chr1 249213132 . TAAAAAAAA ATAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAT 53.16 PASS AF=0.016,0,0.144,0.048;AO=5,16,29,12;DP=130;FAO=2,0,18,6;FDP=125;FR=.;FRO=99;FSAF=0,0,11,2;FSAR=2,0,7,4;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=-0.00248276,0.121684,-0.130395,-0.0852121;FXX=0.0384586;HRUN=1,8,8,8;LEN=2,1,1,1;MLLD=72.656,7.65746,7.43584,18.5926;QD=1.70127;RBI=0.0141171,0.154113,0.202018,0.0855024;REFB=-0.00455556,0.0245559,-0.0158789,-0.0123426;REVB=-0.0138971,-0.0945716,0.1543,0.0070396;RO=56;SAF=0,6,19,5;SAR=5,10,10,7;SRF=24;SRR=32;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.535491,-0.0690887,0.257962,-0.0151631;STB=0.994511,0.5,0.631088,0.618018;STBP=0.205,1,0.236,0.573;TYPE=mnp,ins,del,snp;VARB=0.0389033,-0.00910506,0.0460376,0.160691;OID=.,.,.,.;OPOS=249213132,249213133,249213133,249213140;OREF=TA,-,A,A;OALT=AT,A,-,T;OMAPALT=ATAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:34:130:125:56:99:5,16,29,12:2,0,18,6:0.016,0,0.144,0.048:5,10,10,7:0,6,19,5:24:32:2,0,7,4:0,0,11,2:45:54 chr2 45894 . GAT G,GGT 114.12 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=2,10;DP=12;FAO=2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204231,0.0205002;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=243.631,275.223;QD=41.498;RBI=0.0216928,0.0266013;REFB=0,0;REVB=-0.00731259,-0.016952;RO=0;SAF=1,8;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.018101,-0.00336279;OID=.,.;OPOS=45895,45895;OREF=AT,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.181818,0.818182:2,10:12:2,9:11:0:1,8:1,1:0:0:9:0:1,8:1,2:0:0 chr2 224919 . A G 509.29 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0130606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.082;QD=18.1889;RBI=0.0201959;REFB=-0.00949717;REVB=-0.0154044;RO=56;SAF=23;SAR=31;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851516;STB=0.538756;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00967711;OID=.;OPOS=224919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:56:58:54:54:0.482143:31:23:29:27:31:23:29:29 chr2 242793 . G C 199.67 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0264175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2521;QD=19.9671;RBI=0.0799326;REFB=0.00179004;REVB=-0.0754409;RO=20;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206463;STB=0.617521;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00318613;OID=.;OPOS=242793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:15:5:9:11:15:5:9:11 chr2 242800 . T C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00948934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.223;QD=19.9758;RBI=0.0194138;REFB=-0.0163985;REVB=0.0169366;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183706;STB=0.602996;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.024077;OID=.;OPOS=242800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:5:15:11:9:5:15 chr2 243504 . C T 138.3 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0245491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.167;QD=8.92223;RBI=0.0271036;REFB=-0.00423437;REVB=-0.0114869;RO=43;SAF=6;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260634;STB=0.655485;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0127646;OID=.;OPOS=243504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:13:6:23:20:13:6:23:20 chr2 264019 . C A 2657.38 PASS AF=0.591687;AO=240;DP=406;FAO=242;FDP=409;FR=.;FRO=167;FSAF=83;FSAR=159;FSRF=72;FSRR=95;FWDB=0.0780268;FXX=0.00243896;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.807;QD=25.9891;RBI=0.0780685;REFB=-0.0142334;REVB=0.0025511;RO=164;SAF=83;SAR=157;SRF=71;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070557;STB=0.538956;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00878315;OID=.;OPOS=264019;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:409:164:167:240:242:0.591687:157:83:71:93:159:83:72:95 chr2 269352 . G A 584.05 PASS AF=0.425806;AO=66;DP=155;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.00213228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.306;QD=15.0723;RBI=0.00272902;REFB=0.00201922;REVB=0.00170321;RO=88;SAF=36;SAR=30;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697454;STB=0.535829;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00333301;OID=.;OPOS=269352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:88:89:66:66:0.425806:30:36:42:46:30:36:43:46 chr2 272203 . C T 1675.16 PASS AF=0.5;AO=166;DP=332;FAO=166;FDP=332;FR=.;FRO=166;FSAF=70;FSAR=96;FSRF=66;FSRR=100;FWDB=-0.0071876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3948;QD=20.1827;RBI=0.011435;REFB=0.000547173;REVB=0.00889367;RO=165;SAF=70;SAR=96;SRF=66;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203087;STB=0.512398;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.000534694;OID=.;OPOS=272203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:165:166:166:166:0.5:96:70:66:99:96:70:66:100 chr2 277003 . A G 485.42 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0342957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.959;QD=23.9711;RBI=0.0353806;REFB=-0.0208558;REVB=0.00869449;RO=35;SAF=27;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125744;STB=0.506899;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0192714;OID=.;OPOS=277003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:19:27:20:15:19:27:20:15 chr2 676177 . C G 2376.42 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.416;QD=63.7964;RBI=0.0376149;REFB=0;REVB=0.0259087;RO=0;SAF=68;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99795e-05;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:80:68:0:0:81:68:0:0 chr2 1099075 . TTA CTT,TAT,TCT,TTC 434.74 PASS AF=0,0,0,0.418033;AO=7,5,8,22;DP=130;FAO=0,0,0,51;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=0,0,0,38;FSAR=0,0,0,13;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=-0.0125129,-0.0474397,-0.0105673,-0.00838127;FXX=0.170056;HRUN=11,11,11,1;LEN=3,2,2,1;MLLD=101.852,12.2724,94.7662,90.9481;QD=14.2539;RBI=0.0287102,0.0622258,0.0362955,0.016355;REFB=-0.0313939,0.0386518,-0.0380159,-0.0464251;REVB=-0.02584,-0.0402682,-0.0347232,-0.0140443;RO=31;SAF=6,0,3,17;SAR=1,5,5,5;SRF=24;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.163962,-0.75581,-0.463536,-0.00213419;STB=0.5,0.5,0.5,0.549113;STBP=1,1,1,0.391;TYPE=mnp,mnp,mnp,snp;VARB=0.0573072,0,0,0.05957;OID=.,.,.,.;OPOS=1099075,1099076,1099076,1099077;OREF=TTA,TA,TA,A;OALT=CTT,AT,CT,C;OMAPALT=CTT,TAT,TCT,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:99:130:122:31:68:7,5,8,22:0,0,0,51:0,0,0,0.418033:1,5,5,5:6,0,3,17:24:7:0,0,0,13:0,0,0,38:46:22 chr2 1099079 . T C 39.93 PASS AF=0.0827586;AO=12;DP=154;FAO=12;FDP=145;FR=.;FRO=133;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=86;FSRR=47;FWDB=-0.0284923;FXX=0.064512;HRUN=11;LEN=1;MLLD=139.443;QD=1.10148;RBI=0.063267;REFB=-0.00665946;REVB=-0.056488;RO=132;SAF=7;SAR=5;SRF=85;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731073;STB=0.560819;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0281619;OID=.;OPOS=1099079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:154:145:132:133:12:12:0.0827586:5:7:85:47:5:7:86:47 chr2 1320143 . C T 805.56 PASS AF=0.432039;AO=89;DP=207;FAO=89;FDP=206;FR=.;FRO=117;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=38;FSRR=79;FWDB=0.0059117;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.381;QD=15.6419;RBI=0.0089598;REFB=-0.018526;REVB=-0.00673274;RO=114;SAF=33;SAR=56;SRF=36;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606445;STB=0.528401;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0176071;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:114:117:89:89:0.432039:56:33:36:78:56:33:38:79 chr2 1481155 . G T 467.79 PASS AF=0.745455;AO=39;DP=58;FAO=41;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0520564;FXX=0.0833194;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.286;QD=34.0209;RBI=0.0526588;REFB=-0.0284889;REVB=0.00794182;RO=19;SAF=9;SAR=30;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311721;STB=0.590016;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00928475;OID=.;OPOS=1481155;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:58:55:19:14:39:41:0.745455:30:9:13:6:30:11:8:6 chr2 1491723 . G A 787.95 PASS AF=0.448649;AO=82;DP=185;FAO=83;FDP=185;FR=.;FRO=102;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0191822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.348;QD=17.0367;RBI=0.0240383;REFB=0.00308133;REVB=0.0144873;RO=99;SAF=35;SAR=47;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277689;STB=0.515116;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0030539;OID=.;OPOS=1491723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:99:102:82:83:0.448649:47:35:45:54:47:36:47:55 chr2 1500456 . C T 1514.36 PASS AF=0.498371;AO=153;DP=307;FAO=153;FDP=307;FR=.;FRO=154;FSAF=51;FSAR=102;FSRF=73;FSRR=81;FWDB=-0.00816776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.615;QD=19.731;RBI=0.00824276;REFB=-0.00254083;REVB=0.00110939;RO=151;SAF=51;SAR=102;SRF=71;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132498;STB=0.575396;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00332028;OID=.;OPOS=1500456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:151:154:153:153:0.498371:102:51:71:80:102:51:73:81 chr2 1520676 . T C 1878.16 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139847;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.818;QD=61.5789;RBI=0.0759928;REFB=0;REVB=0.0746949;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224873;OID=.;OPOS=1520676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:64:58:0:0:64:58:0:0 chr2 1647171 . T C 2372.19 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000671072;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.406;QD=61.2179;RBI=0.002242;REFB=0;REVB=0.00213921;RO=0;SAF=74;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02013e-06;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:154:155:1:80:74:0:0:80:75:0:0 chr2 1652822 . T G 5426.52 PASS AF=1;AO=347;DP=350;FAO=350;FDP=350;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341645;FXX=0.0168535;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.378;QD=62.0174;RBI=0.0344751;REFB=0.0150573;REVB=-0.00461714;RO=2;SAF=146;SAR=201;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00649034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14707e-05;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:350:350:2:0:347:350:1:201:146:2:0:204:146:0:0 chr2 1664654 . A G 3775.5 PASS AF=1;AO=240;DP=245;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127539;FXX=0.0472422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.521;QD=62.405;RBI=0.0603752;REFB=0;REVB=0.0590127;RO=0;SAF=138;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01278e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203082;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:242:0:0:240:242:1:102:138:0:0:103:139:0:0 chr2 1842968 . T C 5586.73 PASS AF=1;AO=344;DP=345;FAO=350;FDP=350;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=269;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.414;QD=63.8484;RBI=0.0174435;REFB=0;REVB=0.00344917;RO=0;SAF=77;SAR=267;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304885;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:345:350:0:0:344:350:1:267:77:0:0:269:81:0:0 chr2 1896055 . C CG 144.37 PASS AF=0.0892642;AO=111;DP=835;FAO=74;FDP=829;FR=.;FRO=755;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=324;FSRR=431;FWDB=-0.0247384;FXX=0.00955783;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.6927;QD=0.6966;RBI=0.04032;REFB=-0.00774352;REVB=-0.0318389;RO=704;SAF=62;SAR=49;SRF=291;SRR=413;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185721;STB=0.552401;STBP=0.372;TYPE=ins;VARB=0.138607;OID=.;OPOS=1896056;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0892642:111:835:74:829:755:36:38:324:431:99:704:62:49:291:413 chr2 1926437 . G T 1293.32 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00432168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.399;QD=59.4628;RBI=0.0048335;REFB=-0.108284;REVB=-0.00216468;RO=2;SAF=52;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00511528;STB=0.502701;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000214842;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:33:52:1:1:33:52:1:1 chr2 3212704 . C A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.202;QD=57.1773;RBI=0.0328284;REFB=0;REVB=0.0323783;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.544e-05;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr2 3391826 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.017;QD=35.5759;RBI=0.104078;REFB=0;REVB=0.104069;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367277;OID=.;OPOS=3391826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 3392075 . T C 4074.92 PASS AF=1;AO=262;DP=263;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388304;FXX=0.00380214;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.318;QD=62.2126;RBI=0.047533;REFB=-0.0220106;REVB=0.0274152;RO=0;SAF=123;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1161e-05;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:263:262:0:0:262:262:1:139:123:0:0:139:123:0:0 chr2 3392295 . A G 3221.83 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122138;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.703;QD=61.6618;RBI=0.033403;REFB=-0.0295903;REVB=0.0333807;RO=1;SAF=100;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0044728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197464;OID=.;OPOS=3392295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:207:209:1:0:206:209:1:106:100:0:1:109:100:0:0 chr2 3392513 . TT CA,TC 1174.43 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=74,4;DP=80;FAO=74,4;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=49,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224202,0.0232743;FXX=0.0249969;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=161.244,110.039;QD=60.2273;RBI=0.0235281,0.0232842;REFB=0,0;REVB=-0.00713475,0.000676745;RO=0;SAF=25,1;SAR=49,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00176804,-0.019656;OID=.,.;OPOS=3392513,3392514;OREF=TT,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:80:78:0:0:74,4:74,4:0.948718,0.0512821:49,3:25,1:0:0:49,3:25,1:0:0 chr2 3425514 . G C 940.21 PASS AF=0.475728;AO=98;DP=208;FAO=98;FDP=206;FR=.;FRO=108;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.00866149;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9675;QD=18.2565;RBI=0.00984265;REFB=0.00928076;REVB=-0.00467506;RO=108;SAF=49;SAR=49;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008795;STB=0.504853;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00846908;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:206:108:108:98:98:0.475728:49:49:55:53:49:49:55:53 chr2 3425729 . C T 574.8 PASS AF=0.416667;AO=65;DP=156;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=0.0478737;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.906;QD=14.7385;RBI=0.0503115;REFB=-0.0017752;REVB=0.0154713;RO=82;SAF=22;SAR=43;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823551;STB=0.569694;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00382181;OID=.;OPOS=3425729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:82:91:65:65:0.416667:43:22:34:48:43:22:41:50 chr2 3469463 . G C 762.91 PASS AF=0.536765;AO=72;DP=135;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00811814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.471;QD=22.4386;RBI=0.01379;REFB=-0.017275;REVB=0.0111472;RO=63;SAF=39;SAR=33;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170029;STB=0.50253;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0156262;OID=.;OPOS=3469463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:63:63:72:73:0.536765:33:39:34:29:34:39:34:29 chr2 3470115 . T C 950.52 PASS AF=0.463303;AO=99;DP=215;FAO=101;FDP=218;FR=.;FRO=117;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=-0.0444393;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9738;QD=17.4407;RBI=0.0557619;REFB=-0.0149122;REVB=-0.0336828;RO=113;SAF=38;SAR=61;SRF=42;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124341;STB=0.501615;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.017806;OID=.;OPOS=3470115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:218:113:117:99:101:0.463303:61:38:42:71:61:40:46:71 chr2 3605468 . A G,T 1555.64 PASS AF=0.938053,0.0353982;AO=104,4;DP=113;FAO=106,4;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=34,0;FSAR=72,4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.156682,0.0125446;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.943,178.238;QD=55.0671;RBI=0.15672,0.0142682;REFB=-0.207712,-0.158562;REVB=-0.0034668,-0.0067981;RO=2;SAF=32,0;SAR=72,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0287306,-0.767801;STB=0.521123,0.997134;STBP=0.024,0.016;TYPE=snp,snp;VARB=0.00301691,0.00256838;OID=.,.;OPOS=3605468,3605468;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:113:113:2:3:104,4:106,4:0.938053,0.0353982:72,4:32,0:2:0:72,4:34,0:3:0 chr2 3673648 . G A 1268.41 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000707339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.545;QD=61.128;RBI=0.000950835;REFB=0;REVB=-0.00063542;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49703e-05;OID=.;OPOS=3673648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:79:83:1:31:48:0:0:35:48:0:0 chr2 3721729 . A G 2749.19 PASS AF=0.983516;AO=175;DP=180;FAO=179;FDP=182;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0615569;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9324;QD=60.4217;RBI=0.0848309;REFB=-0.12756;REVB=0.0583697;RO=3;SAF=76;SAR=99;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757636;STB=0.503866;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00237884;OID=.;OPOS=3721729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:180:182:3:3:175:179:0.983516:99:76:2:1:101:78:2:1 chr2 3749151 . GGAA G 2300.68 PASS AF=0.947867;AO=195;DP=212;FAO=200;FDP=211;FR=.;FRO=11;FSAF=101;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00795498;FXX=0.014018;HRUN=2;LEN=3;MLLD=240.222;QD=43.6147;RBI=0.020594;REFB=-0.0528958;REVB=0.0189956;RO=0;SAF=95;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521578;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.00289556;OID=.;OPOS=3749152;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947867:195:212:200:211:11:101:99:1:10:3:0:95:100:0:0 chr2 3800383 . C T 2336.56 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219192;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.784;QD=64.0153;RBI=0.084401;REFB=0;REVB=-0.0843725;RO=0;SAF=72;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013506;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:146:146:1:74:72:0:0:74:72:0:0 chr2 3826387 . T C 1241.38 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4931;QD=61.3028;RBI=0.112376;REFB=0;REVB=0.109047;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475872;OID=.;OPOS=3826387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:34:47:0:0 chr2 5837271 . T C 538.21 PASS AF=0.495575;AO=54;DP=112;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=7;FWDB=0.00743477;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.398;QD=19.0518;RBI=0.00836292;REFB=-0.00806109;REVB=0.00382916;RO=56;SAF=39;SAR=15;SRF=49;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193904;STB=0.617767;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00747874;OID=.;OPOS=5837271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:56:57:54:56:0.495575:15:39:49:7:17:39:50:7 chr2 5838030 . G A 377.56 PASS AF=0.45977;AO=38;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0529102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.855;QD=17.3591;RBI=0.052912;REFB=-0.0130166;REVB=-0.000438381;RO=47;SAF=17;SAR=21;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415995;STB=0.507768;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0144181;OID=.;OPOS=5838030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:47:38:40:0.45977:21:17:23:24:21:19:23:24 chr2 5839686 . A G 346.23 PASS AF=0.378378;AO=42;DP=111;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00271521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.23;QD=12.4768;RBI=0.0111639;REFB=-0.00682572;REVB=0.0108287;RO=69;SAF=26;SAR=16;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186299;STB=0.606167;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0152479;OID=.;OPOS=5839686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:69:42:42:0.378378:16:26:31:38:16:26:31:38 chr2 6990020 . C T 660.08 PASS AF=0.426901;AO=73;DP=171;FAO=73;FDP=171;FR=.;FRO=98;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.00401005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.237;QD=15.4404;RBI=0.00409653;REFB=-0.00629765;REVB=0.000837298;RO=95;SAF=39;SAR=34;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294452;STB=0.513814;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00914327;OID=.;OPOS=6990020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:95:98:73:73:0.426901:34:39:48:47:34:39:50:48 chr2 7005369 . A G 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.23;QD=54.5105;RBI=0.0492289;REFB=0;REVB=-0.0486148;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000406514;OID=.;OPOS=7005369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr2 7137067 . A G 3902.77 PASS AF=1;AO=248;DP=250;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140306;FXX=0.00790483;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.828;QD=62.1955;RBI=0.0144545;REFB=0;REVB=-0.00347451;RO=0;SAF=111;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7812e-05;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:250:251:0:0:248:251:1:137:111:0:0:138:113:0:0 chr2 7154632 . T C 2312.51 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.083;QD=63.7934;RBI=0.019002;REFB=0;REVB=-0.00225047;RO=0;SAF=70;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32133e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:75:70:0:0:75:70:0:0 chr2 7208422 . T C 353.93 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0204185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.926;QD=16.0876;RBI=0.029831;REFB=-0.011639;REVB=-0.0217479;RO=50;SAF=15;SAR=23;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880007;STB=0.549606;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0167432;OID=.;OPOS=7208422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:23:15:24:26:23:15:24:26 chr2 9491017 . C T 1071.19 PASS AF=0.412587;AO=118;DP=286;FAO=118;FDP=286;FR=.;FRO=168;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=72;FSRR=96;FWDB=0.000795211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4499;QD=14.9817;RBI=0.0106898;REFB=0.0128666;REVB=-0.0106602;RO=167;SAF=55;SAR=63;SRF=72;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369817;STB=0.52221;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0213741;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:167:168:118:118:0.412587:63:55:72:95:63:55:72:96 chr2 9528536 . G C 1247.0 PASS AF=0.5;AO=125;DP=253;FAO=126;FDP=252;FR=.;FRO=126;FSAF=48;FSAR=78;FSRF=50;FSRR=76;FWDB=-0.0207615;FXX=0.0117642;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.838;QD=19.7936;RBI=0.0224467;REFB=-0.0229219;REVB=-0.00853313;RO=120;SAF=48;SAR=77;SRF=46;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000630036;STB=0.508379;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.024565;OID=.;OPOS=9528536;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:120:126:125:126:0.5:77:48:46:74:78:48:50:76 chr2 9629874 . A C 99.48 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=43;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=0.0175517;FXX=0.0930016;HRUN=24;LEN=1;MLLD=133.97;QD=10.2031;RBI=0.0199584;REFB=-0.0145314;REVB=-0.00950139;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342235;STB=0.768912;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0163645;OID=.;OPOS=9629874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:39:27:27:16:12:0.307692:10:6:3:24:6:6:3:24 chr2 9880827 . A G 956.05 PASS AF=0.487562;AO=98;DP=201;FAO=98;FDP=201;FR=.;FRO=103;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=-0.0137093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7895;QD=19.0259;RBI=0.0238569;REFB=-0.000711675;REVB=-0.0195244;RO=103;SAF=41;SAR=57;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268476;STB=0.51479;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.000455467;OID=.;OPOS=9880827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:103:103:98:98:0.487562:57:41:46:57:57:41:46:57 chr2 9880897 . G A 553.01 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.0012676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.874;QD=16.632;RBI=0.00866584;REFB=0.00391347;REVB=-0.00857263;RO=74;SAF=24;SAR=35;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437333;STB=0.524372;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00545955;OID=.;OPOS=9880897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:74:74:59:59:0.443609:35:24:27:47:35:24:27:47 chr2 9983716 . A C 6476.88 PASS AF=1;AO=393;DP=395;FAO=411;FDP=411;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=361;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.513;QD=63.0353;RBI=0.045818;REFB=0;REVB=0.0241555;RO=0;SAF=48;SAR=345;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82453e-06;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:395:411:0:0:393:411:1:345:48:0:0:361:50:0:0 chr2 10045024 . G A 3033.25 PASS AF=1;AO=197;DP=204;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340024;FXX=0.0245086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.923;QD=60.9699;RBI=0.0342969;REFB=-0.0416483;REVB=0.00448456;RO=1;SAF=92;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451446;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221428;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:204:199:1:0:197:199:1:105:92:0:1:107:92:0:0 chr2 10094992 . A G 346.5 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0297703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9989;QD=18.7294;RBI=0.0298272;REFB=-0.048211;REVB=-0.0018414;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532475;STB=0.541059;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0361822;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:34:37:36:37:0.5:17:19:20:14:17:20:23:14 chr2 10188649 . A T 375.51 PASS AF=0.425743;AO=40;DP=100;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=14;FWDB=0.0131359;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.332;QD=14.8716;RBI=0.0144952;REFB=-0.010803;REVB=-0.00612855;RO=59;SAF=20;SAR=20;SRF=44;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261219;STB=0.642797;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0152069;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:59:58:40:43:0.425743:20:20:44:15:21:22:44:14 chr2 10262920 . T G 1002.46 PASS AF=0.417293;AO=111;DP=273;FAO=111;FDP=266;FR=.;FRO=155;FSAF=37;FSAR=74;FSRF=74;FSRR=81;FWDB=0.00558189;FXX=0.0256401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.741;QD=15.0747;RBI=0.0210787;REFB=-0.0204513;REVB=0.0203262;RO=153;SAF=37;SAR=74;SRF=73;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157718;STB=0.588843;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0329781;OID=.;OPOS=10262920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:266:153:155:111:111:0.417293:74:37:73:80:74:37:74:81 chr2 10267211 . T C 727.35 PASS AF=0.398104;AO=84;DP=212;FAO=84;FDP=211;FR=.;FRO=127;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=70;FSRR=57;FWDB=0.0163206;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.777;QD=13.7887;RBI=0.0319611;REFB=0.011978;REVB=0.02748;RO=126;SAF=53;SAR=31;SRF=70;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841743;STB=0.550182;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0135222;OID=.;OPOS=10267211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:126:127:84:84:0.398104:31:53:70:56:31:53:70:57 chr2 10295277 . C T 742.67 PASS AF=0.489933;AO=72;DP=148;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.0369636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3316;QD=19.9373;RBI=0.0432321;REFB=0.0027386;REVB=-0.0224211;RO=75;SAF=28;SAR=44;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363732;STB=0.526965;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00309528;OID=.;OPOS=10295277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:75:76:72:73:0.489933:44:28:32:43:45:28:33:43 chr2 10580967 . G A 733.56 PASS AF=0.424731;AO=79;DP=183;FAO=79;FDP=186;FR=.;FRO=107;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=0.0279695;FXX=0.0210515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.346;QD=15.7755;RBI=0.0289816;REFB=-0.0118512;REVB=-0.00759222;RO=97;SAF=44;SAR=35;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516895;STB=0.546311;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.015081;OID=.;OPOS=10580967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:186:97:107:79:79:0.424731:35:44:49:48:35:44:51:56 chr2 10712278 . C T 931.56 PASS AF=0.454545;AO=98;DP=219;FAO=100;FDP=220;FR=.;FRO=120;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=57;FSRR=63;FWDB=-0.014646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0518;QD=16.9374;RBI=0.0170254;REFB=-0.0365076;REVB=0.00868103;RO=120;SAF=40;SAR=58;SRF=57;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676347;STB=0.536157;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0306631;OID=.;OPOS=10712278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:120:120:98:100:0.454545:58:40:57:63:59:41:57:63 chr2 10784491 . A G 621.09 PASS AF=0.464286;AO=62;DP=137;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=0.0029078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9574;QD=17.7453;RBI=0.0889589;REFB=-0.00671487;REVB=0.0889114;RO=75;SAF=21;SAR=41;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231512;STB=0.522248;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00957377;OID=.;OPOS=10784491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:75:75:62:65:0.464286:41:21:27:48:44:21:27:48 chr2 10808776 . C A,CAA 2247.88 PASS AF=0.0758621,0.924138;AO=22,118;DP=149;FAO=11,134;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=2,64;FSAR=9,70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112816,-0.00298286;FXX=0.0136045;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=36.2101,174.151;QD=62.0105;RBI=0.114481,0.0101071;REFB=0,0;REVB=-0.0194552,0.00965694;RO=3;SAF=11,53;SAR=11,65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0368142,-0.010333;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00242913,-0.00061924;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:149:145:3:0:22,118:11,134:0.0758621,0.924138:11,65:11,53:2:1:9,70:2,64:0:0 chr2 10908893 . A G 241.15 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00129149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.363;QD=14.615;RBI=0.0338977;REFB=0.00187786;REVB=0.0338731;RO=38;SAF=8;SAR=20;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284086;STB=0.66198;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00255504;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:20:8:21:17:20:8:21:17 chr2 10928906 . T C 210.31 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.000160425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.492;QD=15.5782;RBI=0.0498601;REFB=-0.00755556;REVB=-0.0498598;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172815;STB=0.589547;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00997262;OID=.;OPOS=10928906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:15:9:16:13:15:9:16:14 chr2 10930903 . T C 678.64 PASS AF=0.55;AO=64;DP=120;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0064287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.201;QD=22.6212;RBI=0.00686916;REFB=-0.0193727;REVB=-0.00242014;RO=53;SAF=30;SAR=34;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132269;STB=0.503816;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0165536;OID=.;OPOS=10930903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:53:54:64:66:0.55:34:30:24:29:36:30:25:29 chr2 10933249 . C T 463.24 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0295523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0378;QD=21.7996;RBI=0.0345402;REFB=-0.0067808;REVB=0.0178799;RO=40;SAF=25;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111186;STB=0.56133;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00602605;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:20:25:17:23:20:25:17:23 chr2 10942687 . C T 778.13 PASS AF=0.506757;AO=75;DP=148;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.000256397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5199;QD=21.0306;RBI=0.0646185;REFB=-0.00411281;REVB=-0.0646179;RO=72;SAF=40;SAR=35;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115877;STB=0.560128;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00337913;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:72:73:75:75:0.506757:35:40:29:43:35:40:30:43 chr2 11053020 . A G 4175.63 PASS AF=1;AO=266;DP=266;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151075;FXX=0.00746241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.458;QD=62.7914;RBI=0.0266213;REFB=0;REVB=-0.0219193;RO=0;SAF=147;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68338e-05;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:266:266:0:0:266:266:1:119:147:0:0:119:147:0:0 chr2 11053740 . C T 4649.14 PASS AF=1;AO=291;DP=292;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027319;FXX=0.00677943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0822;QD=63.4695;RBI=0.0429602;REFB=-0.0140271;REVB=0.033155;RO=1;SAF=154;SAR=137;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85038e-05;OID=.;OPOS=11053740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:292:293:1:0:291:293:1:137:154:0:1:138:155:0:0 chr2 11264830 . G A 5062.62 PASS AF=1;AO=322;DP=323;FAO=322;FDP=322;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500501;FXX=0.00309588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7475;QD=62.8897;RBI=0.0520668;REFB=-0.0745977;REVB=0.0143506;RO=0;SAF=146;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213103;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:323:322:0:0:322:322:1:176:146:0:0:176:146:0:0 chr2 11323276 . T C 1229.1 PASS AF=0.495902;AO=121;DP=244;FAO=121;FDP=244;FR=.;FRO=123;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=55;FSRR=68;FWDB=0.0100752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.636;QD=20.1492;RBI=0.0202494;REFB=-0.0271315;REVB=0.017565;RO=123;SAF=66;SAR=55;SRF=55;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901636;STB=0.549508;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.025043;OID=.;OPOS=11323276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:123:123:121:121:0.495902:55:66:55:68:55:66:55:68 chr2 11359120 . G T 135.89 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0329411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.075;QD=17.5337;RBI=0.0331034;REFB=0.00153697;REVB=-0.00327404;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254966;STB=0.645381;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00370451;OID=.;OPOS=11359120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:5:11:6:9:5:11 chr2 11374200 . C G 960.32 PASS AF=0.478469;AO=100;DP=211;FAO=100;FDP=209;FR=.;FRO=109;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=0.0192838;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6749;QD=18.3794;RBI=0.021952;REFB=0.0102126;REVB=-0.0104893;RO=108;SAF=51;SAR=49;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704022;STB=0.53627;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0102392;OID=.;OPOS=11374200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:209:108:109:100:100:0.478469:49:51:47:61:49:51:48:61 chr2 11702661 . A C 1359.1 PASS AF=0.409704;AO=155;DP=369;FAO=152;FDP=371;FR=.;FRO=219;FSAF=64;FSAR=88;FSRF=109;FSRR=110;FWDB=-0.0301276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8859;QD=14.6534;RBI=0.030451;REFB=-0.000946041;REVB=-0.00442642;RO=211;SAF=65;SAR=90;SRF=104;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771049;STB=0.545735;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00105426;OID=.;OPOS=11702661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:371:211:219:155:152:0.409704:90:65:104:107:88:64:109:110 chr2 11725049 . T C 471.02 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0506459;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.214;QD=17.2852;RBI=0.0517397;REFB=-0.0154767;REVB=-0.0105826;RO=58;SAF=18;SAR=33;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622883;STB=0.534708;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.020324;OID=.;OPOS=11725049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:58:58:51:51:0.46789:33:18:24:34:33:18:24:34 chr2 11727507 . G A 836.3 PASS AF=0.553191;AO=77;DP=139;FAO=78;FDP=141;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0131441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8663;QD=23.7249;RBI=0.0144239;REFB=-0.00979684;REVB=-0.00593999;RO=62;SAF=39;SAR=38;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316316;STB=0.52344;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00929123;OID=.;OPOS=11727507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:62:63:77:78:0.553191:38:39:29:33:38:40:29:34 chr2 11733134 . C G 1016.86 PASS AF=0.442149;AO=107;DP=241;FAO=107;FDP=242;FR=.;FRO=135;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=78;FSRR=57;FWDB=0.046167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4887;QD=16.8077;RBI=0.0467501;REFB=-0.00093974;REVB=0.0073605;RO=129;SAF=65;SAR=42;SRF=78;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00292081;STB=0.517238;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00170621;OID=.;OPOS=11733134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:129:135:107:107:0.442149:42:65:78:51:42:65:78:57 chr2 11738091 . T C 1706.25 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.059531;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.477;QD=59.8685;RBI=0.0969573;REFB=-0.0521154;REVB=0.0765297;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000468948;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:115:114:0:1:112:113:0.991228:61:51:0:0:62:51:0:1 chr2 11741024 . T TC 60.07 PASS AF=0.108597;AO=34;DP=223;FAO=24;FDP=221;FR=.;FRO=197;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=68;FSRR=129;FWDB=-0.0886265;FXX=0.0133923;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.1065;QD=1.08724;RBI=0.0886436;REFB=-0.0294885;REVB=-0.0017377;RO=188;SAF=31;SAR=3;SRF=60;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.688006;STB=0.940908;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.128361;OID=.;OPOS=11741025;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.108597:34:223:24:221:197:22:2:68:129:60:188:31:3:60:128 chr2 11752635 . T C 4149.91 PASS AF=0.992565;AO=266;DP=268;FAO=267;FDP=269;FR=.;FRO=2;FSAF=112;FSAR=155;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0245662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0563;QD=61.7088;RBI=0.0247083;REFB=-0.10854;REVB=-0.00264674;RO=2;SAF=112;SAR=154;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00843661;STB=0.504424;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000505329;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:268:269:2:2:266:267:0.992565:154:112:2:0:155:112:2:0 chr2 11817812 . G C 1842.68 PASS AF=0.492021;AO=183;DP=375;FAO=185;FDP=376;FR=.;FRO=191;FSAF=86;FSAR=99;FSRF=108;FSRR=83;FWDB=0.0135575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4598;QD=19.603;RBI=0.0333675;REFB=-0.0117342;REVB=-0.0304891;RO=191;SAF=85;SAR=98;SRF=108;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937856;STB=0.550973;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0108782;OID=.;OPOS=11817812;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:376:191:191:183:185:0.492021:98:85:108:83:99:86:108:83 chr2 12864766 . C T 2053.5 PASS AF=0.951049;AO=136;DP=143;FAO=136;FDP=143;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=83;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0143163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.785;QD=57.4405;RBI=0.0208409;REFB=-0.0214832;REVB=0.0151455;RO=5;SAF=53;SAR=83;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00072857;STB=0.501998;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000435725;OID=.;OPOS=12864766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:143:143:5:7:136:136:0.951049:83:53:2:3:83:53:3:4 chr2 12877501 . G GA 3486.21 PASS AF=1;AO=210;DP=230;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479396;FXX=0.0260858;HRUN=0;LEN=1;MLLD=101.062;QD=62.2538;RBI=0.0481265;REFB=0;REVB=0.00423672;RO=2;SAF=102;SAR=108;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.84204e-05;OID=.;OPOS=12877502;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:210:230:224:224:0:107:117:0:0:19:2:102:108:0:2 chr2 12882822 . ATC A 4076.08 PASS AF=1;AO=249;DP=262;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869864;FXX=0.022304;HRUN=1;LEN=2;MLLD=335.296;QD=61.9935;RBI=0.0103454;REFB=0;REVB=0.00560001;RO=0;SAF=59;SAR=190;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.00525e-05;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:249:262:263:263:0:66:197:0:0:22:0:59:190:0:0 chr2 14779829 . A G 582.85 PASS AF=0.568421;AO=52;DP=93;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=0.0167441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.255;QD=24.5411;RBI=0.0268793;REFB=-0.00678732;REVB=0.021027;RO=40;SAF=42;SAR=10;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975275;STB=0.517235;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00541363;OID=.;OPOS=14779829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:40:41:52:54:0.568421:10:42:32:8:12:42:33:8 chr2 14780038 . T G 1358.37 PASS AF=0.513208;AO=132;DP=261;FAO=136;FDP=265;FR=.;FRO=129;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=52;FSRR=77;FWDB=0.0333108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7019;QD=20.5037;RBI=0.0489924;REFB=-0.00553017;REVB=0.0359256;RO=128;SAF=64;SAR=68;SRF=52;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709099;STB=0.540134;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00519733;OID=.;OPOS=14780038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:265:128:129:132:136:0.513208:68:64:52:76:70:66:52:77 chr2 15358989 . CCA C,CCC 89.95 PASS AF=0.15625,0;AO=33,31;DP=253;FAO=35,0;FDP=224;FR=.;FRO=189;FSAF=3,0;FSAR=32,0;FSRF=86;FSRR=103;FWDB=0.0871646,-0.0366831;FXX=0.0743771;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.64,21.1032;QD=1.60626;RBI=0.154906,0.085889;REFB=-0.0393517,0.0267003;REVB=-0.128055,0.0776612;RO=158;SAF=2,0;SAR=31,31;SRF=89;SRR=69;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.667553,-0.756889;STB=0.875252,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,snp;VARB=0.120784,0;OID=.,.;OPOS=15358990,15358991;OREF=CA,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15625,0:33,31:253:35,0:224:189:3,0:32,0:86:103:91:158:2,0:31,31:89:69 chr2 15743344 . T C 878.97 PASS AF=0.481081;AO=88;DP=186;FAO=89;FDP=185;FR=.;FRO=96;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.0351039;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1554;QD=19.0047;RBI=0.0432644;REFB=0.00210696;REVB=0.0252888;RO=95;SAF=43;SAR=45;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438519;STB=0.523746;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0026665;OID=.;OPOS=15743344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:95:96:88:89:0.481081:45:43:42:53:46:43:42:54 chr2 15747393 . C T 563.43 PASS AF=0.403727;AO=65;DP=162;FAO=65;FDP=161;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.00154232;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.031;QD=13.9983;RBI=0.0161562;REFB=0.00298504;REVB=0.0160824;RO=96;SAF=28;SAR=37;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848896;STB=0.547765;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00359096;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:96:96:65:65:0.403727:37:28:49:47:37:28:49:47 chr2 15840522 . G T 521.4 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.000723838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.14;QD=20.8561;RBI=0.0261741;REFB=-0.00511922;REVB=-0.0261641;RO=50;SAF=31;SAR=19;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147159;STB=0.581533;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0047027;OID=.;OPOS=15840522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:19:31:23:27:19:31:23:27 chr2 15840645 . T C 729.49 PASS AF=0.475309;AO=77;DP=161;FAO=77;FDP=162;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0717071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3241;QD=18.012;RBI=0.0730347;REFB=-0.00155887;REVB=0.0138619;RO=84;SAF=42;SAR=35;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877951;STB=0.545443;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00158508;OID=.;OPOS=15840645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:84:85:77:77:0.475309:35:42:38:46:35:42:39:46 chr2 16090820 . T C 247.19 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0157297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8471;QD=15.9478;RBI=0.040348;REFB=-0.00523762;REVB=-0.0371556;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836136;STB=0.555516;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0068404;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:16:12:17:16:16:12:18:16 chr2 16380485 . A G 203.94 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0196563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.346;QD=12.9482;RBI=0.020279;REFB=-0.0240934;REVB=-0.00498693;RO=38;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124259;STB=0.57137;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0341691;OID=.;OPOS=16380485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:16:9:18:20:16:9:18:20 chr2 17304295 . A G 3025.04 PASS AF=1;AO=190;DP=192;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747138;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8551;QD=63.6851;RBI=0.0770596;REFB=0;REVB=-0.0188691;RO=0;SAF=75;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90472e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037974;OID=.;OPOS=17304295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:190:0:0:190:190:1:115:75:0:0:115:75:0:0 chr2 17696573 . C T 5157.43 PASS AF=1;AO=327;DP=328;FAO=327;FDP=327;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939471;FXX=0.00304869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.48;QD=63.0879;RBI=0.00972953;REFB=-0.0469883;REVB=-0.00253046;RO=1;SAF=165;SAR=162;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00288248;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37549e-06;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:328:327:1:0:327:327:1:162:165:1:0:162:165:0:0 chr2 17698678 . A G 3098.1 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148101;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.465;QD=63.8783;RBI=0.0177759;REFB=0;REVB=0.00983076;RO=0;SAF=87;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19661e-06;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:193:194:1:106:87:0:0:107:87:0:0 chr2 17942775 . T A 1457.96 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0787238;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8809;QD=62.7081;RBI=0.0796169;REFB=0;REVB=0.0118919;RO=0;SAF=21;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50273e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358473;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:93:0:0:92:93:1:71:21:0:0:71:22:0:0 chr2 17954027 . G A 1843.6 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057703;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5321;QD=61.4532;RBI=0.110911;REFB=0;REVB=-0.0947181;RO=0;SAF=56;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000736611;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:64:56:0:0:64:56:0:0 chr2 17954421 . C G 1501.9 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180409;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2103;QD=58.3264;RBI=0.0836783;REFB=-0.0812753;REVB=0.0817104;RO=1;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921259;STB=0.504853;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00365472;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:103:1:1:102:102:0.990291:51:51:0:1:51:51:0:1 chr2 17962450 . A G 1320.87 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7177;QD=62.1584;RBI=0.0348275;REFB=0;REVB=0.0116288;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015772;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr2 17962518 . C A,T 804.48 PASS AF=0.0862069,0.913793;AO=3,53;DP=56;FAO=5,53;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=3,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272587,-0.00168625;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.146,102.646;QD=55.4815;RBI=0.00395603,0.039404;REFB=0,0;REVB=-0.00286703,-0.0393679;RO=0;SAF=1,20;SAR=2,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.88914e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0601882,-0.00264738;OID=.,.;OPOS=17962518,17962518;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:56:58:0:0:3,53:5,53:0.0862069,0.913793:2,33:1,20:0:0:3,33:2,20:0:0 chr2 18112473 . G A 4272.79 PASS AF=1;AO=255;DP=256;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7756;QD=62.605;RBI=0.0730852;REFB=0;REVB=0.0707975;RO=0;SAF=109;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33258e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164689;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:256:273:0:0:255:273:1:146:109:0:0:163:110:0:0 chr2 18113623 . A G 676.65 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.799;QD=61.5137;RBI=0.0222893;REFB=0;REVB=-0.0206688;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622092;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:31:12:0:0:31:13:0:0 chr2 18113789 . G A 1259.89 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.283;QD=61.4579;RBI=0.0195998;REFB=0;REVB=0.00763319;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99684e-05;OID=.;OPOS=18113789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:46:35:0:0:46:36:0:0 chr2 18757501 . G C 353.02 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0267035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.999;QD=15.8659;RBI=0.0309588;REFB=-0.0162762;REVB=-0.0156643;RO=51;SAF=12;SAR=26;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647753;STB=0.536598;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0197145;OID=.;OPOS=18757501;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:26:12:19:32:26:12:19:32 chr2 18765181 . A G 344.2 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0213024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9821;QD=14.0488;RBI=0.0269877;REFB=0.00651791;REVB=-0.0165694;RO=59;SAF=10;SAR=28;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31702;STB=0.677321;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0176577;OID=.;OPOS=18765181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:59:60:38:38:0.387755:28:10:32:27:28:10:32:28 chr2 18766123 . C T 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.000365988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.998;QD=21.2921;RBI=0.0199318;REFB=-0.00847179;REVB=-0.0199285;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703223;STB=0.559952;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00778401;OID=.;OPOS=18766123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:25:25:25:0.5:11:14:11:12:11:14:11:14 chr2 18766156 . G T 271.15 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0335129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6855;QD=30.1275;RBI=0.0432755;REFB=0.00543317;REVB=0.0273798;RO=12;SAF=13;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175337;STB=0.596252;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00304675;OID=.;OPOS=18766156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:36:12:12:24:24:0.666667:11:13:3:9:11:13:3:9 chr2 18768850 . A G 206.61 PASS AF=0.396825;AO=23;DP=61;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0032209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.281;QD=13.1178;RBI=0.0188851;REFB=-0.00233443;REVB=0.0186084;RO=36;SAF=5;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388687;STB=0.703531;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00462475;OID=.;OPOS=18768850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:36:38:23:25:0.396825:18:5:20:16:19:6:21:17 chr2 20101487 . G A 905.09 PASS AF=0.508475;AO=90;DP=177;FAO=90;FDP=177;FR=.;FRO=87;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.00680562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.584;QD=20.4541;RBI=0.0396606;REFB=-0.0270228;REVB=0.0390723;RO=87;SAF=48;SAR=42;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658105;STB=0.536137;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0264894;OID=.;OPOS=20101487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:87:87:90:90:0.508475:42:48:40:47:42:48:40:47 chr2 20135283 . T C 2512.4 PASS AF=0.988095;AO=160;DP=164;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0342261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3038;QD=59.819;RBI=0.0343079;REFB=0.00977142;REVB=-0.00236758;RO=3;SAF=76;SAR=84;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672457;STB=0.500215;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00151236;OID=.;OPOS=20135283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:168:3:2:160:166:0.988095:84:76:2:1:86:80:1:1 chr2 20175312 . G A 1090.22 PASS AF=0.497738;AO=110;DP=220;FAO=110;FDP=221;FR=.;FRO=111;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=36;FSRR=75;FWDB=-0.0215611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.003;QD=19.7324;RBI=0.0318051;REFB=-0.0101074;REVB=-0.0233812;RO=109;SAF=52;SAR=58;SRF=34;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147973;STB=0.575361;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00874606;OID=.;OPOS=20175312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:109:111:110:110:0.497738:58:52:34:75:58:52:36:75 chr2 20192931 . G A 847.29 PASS AF=0.444444;AO=88;DP=198;FAO=88;FDP=198;FR=.;FRO=110;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=-0.0325194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.562;QD=17.1169;RBI=0.03423;REFB=-0.0109973;REVB=0.0106859;RO=108;SAF=46;SAR=42;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775667;STB=0.542841;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0130155;OID=.;OPOS=20192931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:108:110:88:88:0.444444:42:46:48:60:42:46:49:61 chr2 20205680 . C T 1587.89 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0721953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8133;QD=57.2213;RBI=0.100931;REFB=-0.132867;REVB=0.0705327;RO=3;SAF=54;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854548;STB=0.509089;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0035691;OID=.;OPOS=20205680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:3:2:108:109:0.981982:54:54:2:1:55:54:2:0 chr2 20205848 . G A 1218.86 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00394365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.109;QD=58.7405;RBI=0.00870677;REFB=0.0131847;REVB=-0.00776243;RO=2;SAF=40;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230849;STB=0.512192;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-9.91275e-05;OID=.;OPOS=20205848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:41:40:2:0:41:40:2:0 chr2 20403794 . A T 3522.27 PASS AF=1;AO=160;DP=226;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01513;FXX=0.0259729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7687;QD=62.6182;RBI=0.042247;REFB=-0.043015;REVB=0.0394447;RO=0;SAF=140;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028478;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:226:225:0:0:160:225:1:20:140:0:0:84:141:0:0 chr2 20403949 . C T 830.86 PASS AF=0.509091;AO=84;DP=165;FAO=84;FDP=165;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=0.0949007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4656;QD=20.1419;RBI=0.0975939;REFB=-0.0212158;REVB=0.0227691;RO=81;SAF=31;SAR=53;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130566;STB=0.507175;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0213548;OID=.;OPOS=20403949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:81:81:84:84:0.509091:53:31:31:50:53:31:31:50 chr2 20601461 . C T 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0130555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.932;QD=15.0178;RBI=0.0150965;REFB=-0.00591989;REVB=-0.0075801;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19707;STB=0.594456;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00628112;OID=.;OPOS=20601461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:40:30:30:0.428571:17:13:23:13:17:13:24:16 chr2 20648211 . G C,T 1248.01 PASS AF=0.0361446,0.963855;AO=4,78;DP=83;FAO=3,80;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=2,38;FSAR=1,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159898,0.00604396;FXX=0.0235266;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.717,102.905;QD=60.145;RBI=0.0186553,0.0217629;REFB=0,0;REVB=-0.00960966,-0.0209068;RO=0;SAF=2,38;SAR=2,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.42134e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0913802,0.00105305;OID=.,.;OPOS=20648211,20648211;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:83:83:0:0:4,78:3,80:0.0361446,0.963855:2,40:2,38:0:0:1,42:2,38:0:0 chr2 20680665 . C A 708.56 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.261;QD=62.9829;RBI=0.0390822;REFB=0;REVB=0.0382151;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86451e-05;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:33:11:0:0:33:12:0:0 chr2 20680693 . G A 693.1 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774545;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2845;QD=63.0087;RBI=0.0240946;REFB=0;REVB=0.0228158;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319632;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr2 20818454 . T A 2026.98 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.989;QD=62.3686;RBI=0.0167006;REFB=0;REVB=0.00815962;RO=0;SAF=37;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5921e-05;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:92:37:0:0:92:38:0:0 chr2 20818458 . G A 507.01 PASS AF=0.411765;AO=56;DP=136;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=58;FWDB=0.00144863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.448;QD=14.9119;RBI=0.00977186;REFB=-0.00100979;REVB=0.00966389;RO=79;SAF=18;SAR=38;SRF=22;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524665;STB=0.532009;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00189033;OID=.;OPOS=20818458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:80:56:56:0.411765:38:18:22:57:38:18:22:58 chr2 20818517 . T C 1393.41 PASS AF=0.47619;AO=140;DP=291;FAO=140;FDP=294;FR=.;FRO=154;FSAF=39;FSAR=101;FSRF=37;FSRR=117;FWDB=-0.00624965;FXX=0.00675653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.441;QD=18.9579;RBI=0.00845179;REFB=-0.00623543;REVB=-0.00568987;RO=150;SAF=39;SAR=101;SRF=37;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038084;STB=0.525525;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0083114;OID=.;OPOS=20818517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:294:150:154:140:140:0.47619:101:39:37:113:101:39:37:117 chr2 20823724 . T C 2064.69 PASS AF=1;AO=128;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207689;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.066;QD=62.5665;RBI=0.0216341;REFB=0;REVB=0.00605703;RO=0;SAF=34;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29028e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.53311e-05;OID=.;OPOS=20823724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:128:132:1:94:34:0:0:95:37:0:0 chr2 20824498 . C T 832.94 PASS AF=0.423963;AO=92;DP=220;FAO=92;FDP=217;FR=.;FRO=125;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=0.00673438;FXX=0.0136357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.037;QD=15.3537;RBI=0.0257144;REFB=0.00612713;REVB=0.0248169;RO=124;SAF=43;SAR=49;SRF=63;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419057;STB=0.521115;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0117381;OID=.;OPOS=20824498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:217:124:125:92:92:0.423963:49:43:63:61:49:43:63:62 chr2 20838318 . G A 1149.85 PASS AF=0.481172;AO=110;DP=238;FAO=115;FDP=239;FR=.,HEALED;FRO=122;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=-0.00264006;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9206;QD=19.2444;RBI=0.00411394;REFB=0.00948996;REVB=0.00315508;RO=95;SAF=56;SAR=54;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146272;STB=0.527539;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00632297;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:95:122:110:115:0.481172:54:56:50:45:57:58:55:67 chr2 20870579 . G A 94.6 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0138391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7501;QD=21.0231;RBI=0.0616859;REFB=-0.0612461;REVB=0.0601135;RO=7;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41657;STB=0.74069;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0156882;OID=.;OPOS=20870579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:18:18:7:7:11:11:0.611111:2:9:2:5:2:9:2:5 chr2 21231524 . G A 2261.37 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207781;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.112;QD=62.8158;RBI=0.0259999;REFB=0.0469359;REVB=0.015629;RO=1;SAF=48;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980298;STB=0.505154;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=5.68291e-05;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:144:1:1:143:143:0.993056:95:48:1:0:95:48:1:0 chr2 21232803 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.656;QD=60.9777;RBI=0.0223957;REFB=0;REVB=-0.0202472;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22678e-05;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr2 21235475 . T C 3094.71 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.37;QD=63.8085;RBI=0.050527;REFB=0;REVB=0.0401691;RO=0;SAF=91;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13255e-05;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:194:194:1:103:91:0:0:103:91:0:0 chr2 21250914 . G A 1821.49 PASS AF=1;AO=116;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110783;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.918;QD=61.2266;RBI=0.0118037;REFB=0;REVB=-0.00407425;RO=0;SAF=43;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71938e-05;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:116:119:1:73:43:0:0:74:45:0:0 chr2 21360583 . A G 346.27 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00448248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.281;QD=16.8911;RBI=0.0134646;REFB=-0.00545233;REVB=0.0126965;RO=44;SAF=15;SAR=22;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710553;STB=0.534394;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00671951;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:22:15:21:23:22:15:21:24 chr2 21366324 . G C 205.76 PASS AF=0.342105;AO=25;DP=75;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0141875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.641;QD=10.8292;RBI=0.0499181;REFB=-0.01164;REVB=0.0478595;RO=46;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206879;STB=0.615296;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0213856;OID=.;OPOS=21366324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:46:50:25:26:0.342105:9:16:21:25:10:16:22:28 chr2 23746843 . C A 1099.9 PASS AF=0.431159;AO=119;DP=278;FAO=119;FDP=276;FR=.;FRO=157;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=85;FSRR=72;FWDB=-0.0255084;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.223;QD=15.9406;RBI=0.0312583;REFB=-0.000888727;REVB=0.0180666;RO=157;SAF=64;SAR=55;SRF=85;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036903;STB=0.502052;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00209127;OID=.;OPOS=23746843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:276:157:157:119:119:0.431159:55:64:85:72:55:64:85:72 chr2 23865260 . T C 9936.92 PASS AF=1;AO=625;DP=628;FAO=625;FDP=625;FR=.;FRO=0;FSAF=374;FSAR=251;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172228;FXX=0.00477699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.392;QD=63.5963;RBI=0.0273091;REFB=-0.0252316;REVB=0.0211934;RO=1;SAF=374;SAR=251;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00127541;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46937e-05;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:628:625:1:0:625:625:1:251:374:1:0:251:374:0:0 chr2 23865908 . G C 241.38 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=8;FWDB=0.0187637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1931;QD=12.3786;RBI=0.0187936;REFB=-0.00183305;REVB=0.00106044;RO=49;SAF=19;SAR=10;SRF=41;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242813;STB=0.636862;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000684952;OID=.;OPOS=23865908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:10:19:41:8:10:19:41:8 chr2 23919375 . C T 566.45 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=134;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0624603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.164;QD=16.9088;RBI=0.062468;REFB=-0.00617534;REVB=0.000979428;RO=74;SAF=26;SAR=34;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145705;STB=0.508119;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00863025;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:74:74:60:60:0.447761:34:26:31:43:34:26:31:43 chr2 23926659 . T C 770.76 PASS AF=0.462857;AO=80;DP=175;FAO=81;FDP=175;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.0402227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.978;QD=17.6174;RBI=0.0545388;REFB=-0.0231486;REVB=-0.0368323;RO=92;SAF=41;SAR=39;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054013;STB=0.531859;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0216911;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:92:94:80:81:0.462857:39:41:42:50:40:41:42:52 chr2 23973799 . T C 564.21 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0275192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5994;QD=18.2004;RBI=0.0754068;REFB=-0.0137324;REVB=-0.070206;RO=64;SAF=30;SAR=29;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360907;STB=0.515727;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.014838;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:64:65:59:59:0.475806:29:30:35:29:29:30:35:30 chr2 24055058 . G C,T 754.66 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=52,3;DP=55;FAO=50,4;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=23,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746705,0.0114841;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.3503,149.367;QD=55.901;RBI=0.0116677,0.0221781;REFB=0,0;REVB=-0.00896534,-0.0189732;RO=0;SAF=27,0;SAR=25,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00280187,0.16005;OID=.,.;OPOS=24055058,24055058;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:55:54:0:0:52,3:50,4:0.925926,0.0740741:25,3:27,0:0:0:23,4:27,0:0:0 chr2 24108652 . T C 1685.32 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00099701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.206;QD=60.19;RBI=0.0443331;REFB=0;REVB=0.0443219;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44351e-05;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:51:60:0:0:52:60:0:0 chr2 24369674 . C T 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00861808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.441;QD=62.4648;RBI=0.00872861;REFB=0;REVB=0.00138468;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28708e-06;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:36:51:0:0:36:51:0:0 chr2 24384424 . T C 863.02 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1213;QD=57.5346;RBI=0.0655838;REFB=0;REVB=0.0366285;RO=2;SAF=29;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626588;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:2:0:58:60:1:29:29:1:1:30:30:0:0 chr2 24387178 . G GC 1092.34 PASS AF=1;AO=87;DP=96;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155943;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.544;QD=46.9823;RBI=0.158326;REFB=0;REVB=-0.0273691;RO=8;SAF=36;SAR=51;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00225078;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:96:93:93:0:41:52:0:0:20:8:36:51:6:2 chr2 24390517 . G A 4432.11 PASS AF=1;AO=280;DP=282;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173266;FXX=0.00354597;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.101;QD=63.0906;RBI=0.0218287;REFB=-0.0638507;REVB=0.0217598;RO=1;SAF=145;SAR=135;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00327731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8632e-06;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:282:281:1:0:280:281:1:135:145:1:0:135:146:0:0 chr2 24402127 . C A,CAA 826.53 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=4,52;DP=69;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505934,-0.00341239;FXX=0.188378;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=34.3485,145.188;QD=59.0382;RBI=0.0586013,0.00685089;REFB=0,0;REVB=-0.0295706,0.00594056;RO=12;SAF=3,21;SAR=1,31;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.365665,-0.00465486;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0218817,0.000122093;OID=.,.;OPOS=24402127,24402128;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:69:56:12:0:4,52:1,55:0.0178571,0.982143:1,31:3,21:5:7:0,33:1,22:0:0 chr2 24402128 . G A 75.23 PASS AF=0.188406;AO=12;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00659926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.005;QD=4.36101;RBI=0.0106316;REFB=0.0014144;REVB=-0.00833555;RO=57;SAF=5;SAR=7;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00560192;STB=0.541697;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0106386;OID=.;OPOS=24402128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:57:56:12:13:0.188406:7:5:24:33:7:6:23:33 chr2 24521652 . C T 441.12 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0102122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8468;QD=17.4702;RBI=0.0177143;REFB=-0.00260273;REVB=0.0144744;RO=54;SAF=22;SAR=25;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136586;STB=0.576005;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00237375;OID=.;OPOS=24521652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:25:22:33:21:25:22:33:21 chr2 24587571 . A G 2504.66 PASS AF=0.993976;AO=162;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0322933;FXX=0.023528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.402;QD=60.3533;RBI=0.0332006;REFB=-0.128016;REVB=0.00770846;RO=2;SAF=52;SAR=110;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00475588;STB=0.502242;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00116944;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:166:166:2:1:162:165:0.993976:110:52:1:1:111:54:0:1 chr2 24899185 . C G 286.23 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.108501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2724;QD=18.1734;RBI=0.110619;REFB=0.014572;REVB=-0.0215415;RO=31;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875058;STB=0.557238;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0198111;OID=.;OPOS=24899185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:13:18:15:16:13:18:15:17 chr2 24899204 . A G 331.39 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0021684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.0639;QD=18.6697;RBI=0.00902016;REFB=-0.0231562;REVB=-0.00875565;RO=33;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272727;STB=0.535089;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.031972;OID=.;OPOS=24899204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:33:36:35:35:0.492958:18:17:15:18:18:17:15:21 chr2 24905927 . G C 1491.59 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.903;QD=63.4718;RBI=0.0549225;REFB=0;REVB=0.00459578;RO=0;SAF=32;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141819;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:61:32:0:0:62:32:0:0 chr2 24974945 . T G 2169.89 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.1;QD=62.4428;RBI=0.0465579;REFB=0;REVB=0.00188385;RO=1;SAF=71;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664909;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176957;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:138:139:1:0:137:139:1:66:71:1:0:66:73:0:0 chr2 24991569 . C G 588.1 PASS AF=0.41358;AO=67;DP=163;FAO=67;FDP=162;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.0033373;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1876;QD=14.521;RBI=0.0071868;REFB=0.00757626;REVB=0.00636494;RO=94;SAF=30;SAR=37;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656687;STB=0.539984;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0115842;OID=.;OPOS=24991569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:94:95:67:67:0.41358:37:30:48:46:37:30:49:46 chr2 25046090 . T C 224.07 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0250868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.882;QD=17.5742;RBI=0.0283104;REFB=-0.00104672;REVB=0.0131199;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15774;STB=0.596933;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00130216;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:27:23:24:0.470588:14:9:15:12:15:9:15:12 chr2 25047408 . A G 366.8 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00667662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.474;QD=24.4536;RBI=0.00871851;REFB=-0.0188047;REVB=0.00560671;RO=24;SAF=19;SAR=17;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141079;STB=0.577306;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0177859;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:17:19:8:16:17:19:8:16 chr2 25050977 . T C 409.18 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0100544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.29;QD=14.4841;RBI=0.0448178;REFB=-0.0206898;REVB=-0.0436754;RO=66;SAF=26;SAR=21;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558839;STB=0.531428;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0280074;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:66:47:47:0.415929:21:26:40:26:21:26:40:26 chr2 25064193 . G A 1340.07 PASS AF=0.52381;AO=132;DP=235;FAO=132;FDP=252;FR=.;FRO=120;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=0.00323849;FXX=0.0117642;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.101;QD=21.2709;RBI=0.0423073;REFB=-0.0428138;REVB=-0.0421831;RO=103;SAF=60;SAR=72;SRF=62;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118485;STB=0.529663;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0410566;OID=.;OPOS=25064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:252:103:120:132:132:0.52381:72:60:62:41:72:60:62:58 chr2 25141538 . A G 447.64 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0111487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9565;QD=14.4401;RBI=0.128778;REFB=-0.0218548;REVB=-0.128295;RO=72;SAF=19;SAR=32;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219643;STB=0.619832;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0301397;OID=.;OPOS=25141538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:72:73:51:51:0.41129:32:19:42:30:32:19:42:31 chr2 25181488 . T C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0398116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.914;QD=12.8684;RBI=0.0425639;REFB=-0.0281775;REVB=0.0150574;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122544;STB=0.507233;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0643398;OID=.;OPOS=25181488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:6:10:7:4:6:10 chr2 25194741 . G A 3385.2 PASS AF=0.51602;AO=296;DP=592;FAO=306;FDP=593;FR=.,HEALED;FRO=238;FSAF=164;FSAR=142;FSRF=149;FSRR=89;FWDB=0.00776918;FXX=0.0100165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.04;QD=22.8344;RBI=0.00796523;REFB=-0.0419038;REVB=0.00175635;RO=189;SAF=161;SAR=135;SRF=149;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181991;STB=0.539849;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0256043;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:592:593:189:238:296:306:0.51602:135:161:149:40:142:164:149:89 chr2 25281086 . A T 1042.84 PASS AF=0.518135;AO=99;DP=192;FAO=100;FDP=193;FR=.;FRO=93;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.0204719;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.094;QD=21.6133;RBI=0.0447877;REFB=-0.00628394;REVB=-0.0398352;RO=92;SAF=52;SAR=47;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603719;STB=0.537729;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00833498;OID=.;OPOS=25281086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:92:93:99:100:0.518135:47:52:42:50:47:53:42:51 chr2 25314186 . T C 2348.98 PASS AF=0.969325;AO=158;DP=163;FAO=158;FDP=163;FR=.;FRO=5;FSAF=85;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.015802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.596;QD=57.6437;RBI=0.0251794;REFB=-0.0292265;REVB=-0.0196035;RO=3;SAF=85;SAR=73;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191472;STB=0.504254;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00235931;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:163:163:3:5:158:158:0.969325:73:85:0:3:73:85:2:3 chr2 25359422 . G A 318.1 PASS AF=0.371134;AO=35;DP=96;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.018027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9892;QD=13.1176;RBI=0.0213208;REFB=0.0147623;REVB=0.0113842;RO=60;SAF=17;SAR=18;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707562;STB=0.553369;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0243963;OID=.;OPOS=25359422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:60:61:35:36:0.371134:18:17:33:27:19:17:34:27 chr2 25376564 . CGT C 407.84 PASS AF=0.467391;AO=37;DP=91;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0170389;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.204;QD=17.7322;RBI=0.017093;REFB=-0.0102457;REVB=-0.00135858;RO=46;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727211;STB=0.508643;STBP=0.903;TYPE=del;VARB=0.0120275;OID=.;OPOS=25376565;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.467391:37:91:43:92:49:20:23:22:27:99:46:18:19:19:27 chr2 25377176 . T C 2083.53 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.159;QD=62.6627;RBI=0.0495635;REFB=0;REVB=0.0486515;RO=0;SAF=55;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8403e-05;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:78:55:0:0:78:55:0:0 chr2 25384169 . G A 808.02 PASS AF=0.509317;AO=81;DP=160;FAO=82;FDP=161;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=63;FSRF=23;FSRR=56;FWDB=-0.00264593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.202;QD=20.0751;RBI=0.00332149;REFB=-0.00887892;REVB=0.00200783;RO=79;SAF=19;SAR=62;SRF=23;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676994;STB=0.53922;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00886838;OID=.;OPOS=25384169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:79:79:81:82:0.509317:62:19:23:56:63:19:23:56 chr2 25384472 . G A 64.86 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00722903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.75;QD=9.97911;RBI=0.0651722;REFB=-0.00328256;REVB=0.06477;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136257;STB=0.608434;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00436115;OID=.;OPOS=25384472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:17:17:8:9:0.346154:6:2:6:11:7:2:6:11 chr2 25469502 . C T 2797.28 PASS AF=0.426966;AO=303;DP=711;FAO=304;FDP=712;FR=.;FRO=408;FSAF=177;FSAR=127;FSRF=213;FSRR=195;FWDB=-0.0225986;FXX=0.0014025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.147;QD=15.715;RBI=0.0270555;REFB=-0.0169664;REVB=0.0148763;RO=398;SAF=176;SAR=127;SRF=213;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476417;STB=0.535032;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0214653;OID=.;OPOS=25469502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:711:712:398:408:303:304:0.426966:127:176:213:185:127:177:213:195 chr2 25536827 . G A 1421.85 PASS AF=0.45679;AO=145;DP=311;FAO=148;FDP=324;FR=.;FRO=176;FSAF=59;FSAR=89;FSRF=76;FSRR=100;FWDB=0.0135989;FXX=0.0151971;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.299;QD=17.5537;RBI=0.0137657;REFB=-0.0121384;REVB=0.00213652;RO=162;SAF=59;SAR=86;SRF=68;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127198;STB=0.518645;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0141474;OID=.;OPOS=25536827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:324:162:176:145:148:0.45679:86:59:68:94:89:59:76:100 chr2 25602142 . G A 455.56 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00580246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1809;QD=20.2473;RBI=0.0637297;REFB=-0.00831335;REVB=0.0634649;RO=45;SAF=19;SAR=26;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809511;STB=0.54489;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00950003;OID=.;OPOS=25602142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:26:19:23:22:26:19:23:22 chr2 26149968 . C T 1429.72 PASS AF=0.959184;AO=91;DP=95;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0218483;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.663;QD=58.3561;RBI=0.0295669;REFB=-0.0631237;REVB=0.0199212;RO=3;SAF=28;SAR=63;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481132;STB=0.530297;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000987881;OID=.;OPOS=26149968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:95:98:3:4:91:94:0.959184:63:28:3:0:63:31:4:0 chr2 26161226 . CAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAATA 575.53 PASS AF=0.476923,0.0769231,0.446154;AO=11,3,9;DP=81;FAO=31,5,29;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,29;FSAR=31,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179635,0.0138831,0.00204588;FXX=0.293446;HRUN=15,15,15;LEN=3,1,1;MLLD=8.37766,147.835,148.771;QD=35.4173;RBI=0.0838335,0.0346911,0.0361534;REFB=-0.17715,-0.0514674,-0.0557741;REVB=-0.0818863,-0.0317921,-0.0360955;RO=0;SAF=0,3,9;SAR=11,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00449315,-0.0744711,0.0183407;OID=.,.,.;OPOS=26161227,26161239,26161238;OREF=AAA,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.476923,0.0769231,0.446154:11,3,9:81:31,5,29:65:0:0,5,29:31,0,0:0:0:99:0:0,3,9:11,0,0:0:0 chr2 26455127 . G A 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6823;QD=56.1842;RBI=0.0392046;REFB=0;REVB=0.0270665;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755341;OID=.;OPOS=26455127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr2 26477125 . G GACT 1226.46 PASS AF=0.932584;AO=83;DP=93;FAO=83;FDP=89;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.008746;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=3;MLLD=280.385;QD=55.1216;RBI=0.0230826;REFB=-0.0190997;REVB=0.0213615;RO=8;SAF=46;SAR=37;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299843;STB=0.503695;STBP=0.803;TYPE=ins;VARB=0.000870753;OID=.;OPOS=26477126;OREF=-;OALT=ACT;OMAPALT=GACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.932584:83:93:83:89:6:46:37:3:3:20:8:46:37:3:5 chr2 26502875 . T C 803.58 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4402;QD=55.4192;RBI=0.0229854;REFB=-0.174455;REVB=-0.0203934;RO=1;SAF=36;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129193;STB=0.506664;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00165162;OID=.;OPOS=26502875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:20:36:1:0:20:37:1:0 chr2 26505857 . TA T,TG 2092.31 PASS AF=0.0289855,0.971014;AO=30,95;DP=141;FAO=4,134;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=2,72;FSAR=2,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206751,0.0353962;FXX=0.00719373;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.227,57.1897;QD=60.6465;RBI=0.043451,0.0653915;REFB=0,0;REVB=-0.0382169,0.0549832;RO=0;SAF=20,50;SAR=10,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0164253,0.000997661;OID=.,.;OPOS=26505858,26505858;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0289855,0.971014:30,95:141:4,134:138:0:2,72:2,62:0:0:4:0:20,50:10,45:0:0 chr2 26505859 . T G 175.03 PASS AF=0.2;AO=29;DP=145;FAO=29;FDP=145;FR=.;FRO=116;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=-0.00165792;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=108.695;QD=4.82847;RBI=0.00432524;REFB=-0.0111057;REVB=-0.00399488;RO=115;SAF=19;SAR=10;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226956;STB=0.639326;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00510798;OID=.;OPOS=26505859;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:115:116:29:29:0.2:10:19:55:60:10:19:56:60 chr2 26512873 . A G 406.47 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0373492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4521;QD=15.9399;RBI=0.0456863;REFB=-0.0149976;REVB=0.0263111;RO=57;SAF=20;SAR=25;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293984;STB=0.516476;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.025084;OID=.;OPOS=26512873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:25:20:27:30:25:20:27:30 chr2 26512957 . G C 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3496;QD=59.3207;RBI=0.0598965;REFB=0;REVB=-0.0587393;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000409272;OID=.;OPOS=26512957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr2 26532443 . T C 2208.35 PASS AF=0.967742;AO=150;DP=155;FAO=150;FDP=155;FR=.;FRO=5;FSAF=110;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0346289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.172;QD=56.9897;RBI=0.0387623;REFB=0.0484805;REVB=0.0174171;RO=5;SAF=110;SAR=40;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025777;STB=0.51357;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.000291848;OID=.;OPOS=26532443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:155:155:5:5:150:150:0.967742:40:110:2:3:40:110:2:3 chr2 26534322 . G A 1428.13 PASS AF=0.96;AO=93;DP=97;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0537513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.815;QD=57.125;RBI=0.0542153;REFB=-0.0968213;REVB=-0.00707819;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.506871;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00178549;OID=.;OPOS=26534322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:97:100:0:4:93:96:0.96:54:39:0:0:56:40:1:3 chr2 26534647 . G A 1065.1 PASS AF=0.575581;AO=99;DP=175;FAO=99;FDP=172;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0173097;FXX=0.0171419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.055;QD=24.7697;RBI=0.0270016;REFB=-0.0236766;REVB=-0.0207234;RO=72;SAF=42;SAR=57;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00500236;STB=0.506118;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0154273;OID=.;OPOS=26534647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:172:72:73:99:99:0.575581:57:42:31:41:57:42:32:41 chr2 26534801 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.903;QD=61.3751;RBI=0.0417571;REFB=0;REVB=0.0267368;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60134e-05;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr2 26534813 . A G 1171.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9705;QD=60.8808;RBI=0.0422763;REFB=0;REVB=-0.041529;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229976;OID=.;OPOS=26534813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr2 26534872 . C T 585.89 PASS AF=0.875;AO=41;DP=48;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0213612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.562;QD=48.8243;RBI=0.031426;REFB=-0.05545;REVB=0.0230499;RO=6;SAF=14;SAR=27;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164404;STB=0.583293;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0227956;OID=.;OPOS=26534872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:48:48:6:6:41:42:0.875:27:14:6:0:27:15:6:0 chr2 26536298 . CCG C,CGG 1364.91 PASS AF=0.170213,0.829787;AO=17,72;DP=91;FAO=16,78;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=16,7;FSAR=0,71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.254913,0.293464;FXX=0.0105252;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=9.23973,38.3065;QD=58.0811;RBI=0.260973,0.295183;REFB=0,0;REVB=-0.055911,0.0318126;RO=1;SAF=17,5;SAR=0,67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.851526,0.00700848;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0417462,0.0348878;OID=.,.;OPOS=26536299,26536299;OREF=CG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.170213,0.829787:17,72:91:16,78:94:0:16,7:0,71:0:0:32:1:17,5:0,67:0:1 chr2 26536694 . C T 1631.24 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193483;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.215;QD=60.4165;RBI=0.0193578;REFB=0;REVB=-0.000605106;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173071;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:62:46:0:0:62:46:0:0 chr2 26536727 . C T 1537.21 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.04799;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.771;QD=62.7435;RBI=0.10517;REFB=-0.0903555;REVB=0.0935825;RO=1;SAF=37;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126448;STB=0.506665;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000798978;OID=.;OPOS=26536727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:98:1:1:97:97:0.989796:60:37:1:0:60:37:1:0 chr2 26606154 . T C 433.77 PASS AF=0.361702;AO=51;DP=141;FAO=51;FDP=141;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0127957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.668;QD=12.3054;RBI=0.0232051;REFB=-0.00234947;REVB=0.0193583;RO=90;SAF=23;SAR=28;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797106;STB=0.545487;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00371246;OID=.;OPOS=26606154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:90:90:51:51:0.361702:28:23:47:43:28:23:47:43 chr2 26607992 . T C 629.86 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=140;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0265412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5862;QD=17.9959;RBI=0.0319064;REFB=0.000208061;REVB=0.0177082;RO=75;SAF=33;SAR=32;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247591;STB=0.513741;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000253845;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:75:75:65:65:0.464286:32:33:40:35:32:33:40:35 chr2 26613056 . C T 2711.48 PASS AF=0.994318;AO=174;DP=178;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0209668;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.79;QD=61.6245;RBI=0.0603717;REFB=-0.039519;REVB=-0.056614;RO=1;SAF=75;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630436;STB=0.503268;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000124923;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:176:1:1:174:175:0.994318:99:75:1:0:99:76:1:0 chr2 26667615 . T C 2239.6 PASS AF=0.986486;AO=143;DP=148;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0164627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4209;QD=60.5297;RBI=0.0204335;REFB=-0.097809;REVB=0.012104;RO=1;SAF=68;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062984;STB=0.506328;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00197453;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:148:148:1:2:143:146:0.986486:75:68:0:1:78:68:0:2 chr2 26673499 . G A 667.14 PASS AF=0.41573;AO=74;DP=178;FAO=74;FDP=178;FR=.;FRO=104;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.0183351;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.76;QD=14.9919;RBI=0.0194196;REFB=0.00932897;REVB=-0.00639905;RO=104;SAF=26;SAR=48;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692868;STB=0.538876;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00970234;OID=.;OPOS=26673499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:104:104:74:74:0.41573:48:26:43:61:48:26:43:61 chr2 26676322 . A G 2314.82 PASS AF=0.910112;AO=161;DP=178;FAO=162;FDP=178;FR=.;FRO=16;FSAF=91;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.00465407;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0795;QD=52.0184;RBI=0.0105927;REFB=-0.0422974;REVB=-0.00951548;RO=17;SAF=90;SAR=71;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907614;STB=0.545056;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0278674;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:178:178:17:16:161:162:0.910112:71:90:1:16:71:91:1:15 chr2 26676395 . G T 632.38 PASS AF=0.460993;AO=65;DP=141;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0428306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.112;QD=17.9399;RBI=0.0428489;REFB=-0.00689755;REVB=-0.00125004;RO=76;SAF=29;SAR=36;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128408;STB=0.571283;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00683334;OID=.;OPOS=26676395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:76:76:65:65:0.460993:36:29:44:32:36:29:44:32 chr2 26688662 . C T 823.85 PASS AF=0.447917;AO=86;DP=192;FAO=86;FDP=192;FR=.;FRO=106;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=0.0152497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.527;QD=17.1635;RBI=0.0183264;REFB=-0.012313;REVB=0.0101638;RO=105;SAF=30;SAR=56;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103658;STB=0.560848;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0162819;OID=.;OPOS=26688662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:105:106:86:86:0.447917:56:30:47:58:56:30:48:58 chr2 26693967 . C T 557.7 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0151036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.927;QD=22.0873;RBI=0.0196901;REFB=-0.00297495;REVB=-0.0126324;RO=42;SAF=35;SAR=20;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147255;STB=0.534338;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00243035;OID=.;OPOS=26693967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:46:55:55:0.544554:20:35:26:16:20:35:26:20 chr2 26699126 . C G 6625.9 PASS AF=1;AO=420;DP=424;FAO=423;FDP=423;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=226;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399892;FXX=0.00470577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.727;QD=62.6562;RBI=0.0430583;REFB=-0.173791;REVB=0.0428722;RO=0;SAF=197;SAR=223;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494028;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:424:423:0:0:420:423:1:223:197:0:0:226:197:0:0 chr2 26699159 . C T 1719.05 PASS AF=0.469496;AO=177;DP=377;FAO=177;FDP=377;FR=.;FRO=200;FSAF=81;FSAR=96;FSRF=101;FSRR=99;FWDB=0.0217908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.385;QD=18.2393;RBI=0.022802;REFB=-0.00725326;REVB=0.00671496;RO=198;SAF=81;SAR=96;SRF=100;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045614;STB=0.525202;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00929535;OID=.;OPOS=26699159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:377:198:200:177:177:0.469496:96:81:100:98:96:81:101:99 chr2 26699822 . G A 809.36 PASS AF=0.434146;AO=80;DP=198;FAO=89;FDP=205;FR=.;FRO=116;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=0.0255965;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.346;QD=15.7923;RBI=0.0256955;REFB=-0.0140982;REVB=-0.00225375;RO=115;SAF=49;SAR=31;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516627;STB=0.520483;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0176727;OID=.;OPOS=26699822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:205:115:116:80:89:0.434146:31:49:65:50:36:53:65:51 chr2 26699855 . G C 885.91 PASS AF=0.550336;AO=76;DP=142;FAO=82;FDP=149;FR=.;FRO=67;FSAF=59;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=0.025799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7606;QD=23.7828;RBI=0.0413715;REFB=0.0707216;REVB=-0.0323421;RO=66;SAF=53;SAR=23;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149312;STB=0.509947;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0215031;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:149:66:67:76:82:0.550336:23:53:47:19:23:59:47:20 chr2 26700700 . G A 3630.25 PASS AF=0.983193;AO=232;DP=238;FAO=234;FDP=238;FR=.;FRO=4;FSAF=129;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00599092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.827;QD=61.0126;RBI=0.0425629;REFB=-0.0768522;REVB=0.0421392;RO=3;SAF=127;SAR=105;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525207;STB=0.505112;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000370645;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:238:238:3:4:232:234:0.983193:105:127:1:2:105:129:1:3 chr2 26702473 . C T 653.08 PASS AF=0.52;AO=64;DP=124;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0536698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.917;QD=20.8985;RBI=0.0536698;REFB=-0.0026003;REVB=1.70513e-05;RO=58;SAF=26;SAR=38;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141534;STB=0.572889;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0019426;OID=.;OPOS=26702473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:58:60:64:65:0.52:38:26:33:25:38:27:34:26 chr2 26750769 . G A 1200.3 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.088978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8346;QD=58.5511;RBI=0.0916615;REFB=-0.0989514;REVB=0.0220169;RO=2;SAF=30;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614456;STB=0.503246;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00580102;OID=.;OPOS=26750769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:50:30:1:1:50:30:1:1 chr2 26760592 . AG A,AA 2127.51 PASS AF=0.0362319,0.963768;AO=36,101;DP=139;FAO=5,133;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=0,63;FSAR=5,70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582658,0.0707857;FXX=0.00719373;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.108,117.389;QD=61.6669;RBI=0.0585682,0.0714006;REFB=0,0;REVB=0.00594396,0.00935042;RO=0;SAF=4,59;SAR=32,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0192935,0.0064188;OID=.,.;OPOS=26760593,26760593;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0362319,0.963768:36,101:139:5,133:138:0:0,63:5,70:0:0:4:0:4,59:32,42:0:0 chr2 26785525 . C G 928.42 PASS AF=0.505495;AO=92;DP=182;FAO=92;FDP=182;FR=.;FRO=90;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0824835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9298;QD=20.4048;RBI=0.0838681;REFB=0.00625767;REVB=0.0151763;RO=90;SAF=53;SAR=39;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792389;STB=0.543547;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0069986;OID=.;OPOS=26785525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:90:90:92:92:0.505495:39:53:44:46:39:53:44:46 chr2 26794990 . T G 699.0 PASS AF=0.398058;AO=78;DP=203;FAO=82;FDP=206;FR=.;FRO=124;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=0.0144535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.557;QD=13.5727;RBI=0.0663171;REFB=-0.00565526;REVB=0.0647229;RO=121;SAF=29;SAR=49;SRF=50;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471604;STB=0.53406;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0108724;OID=.;OPOS=26794990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:206:121:124:78:82:0.398058:49:29:50:71:52:30:52:72 chr2 26804218 . G A 6175.93 PASS AF=1;AO=372;DP=380;FAO=418;FDP=418;FR=.;FRO=0;FSAF=220;FSAR=198;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045826;FXX=0.00947845;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.225;QD=59.0998;RBI=0.0535593;REFB=0.0324466;REVB=0.0277234;RO=2;SAF=199;SAR=173;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000358441;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00418347;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:380:418:2:0:372:418:1:173:199:1:1:198:220:0:0 chr2 26804219 . T A 140.8 PASS AF=0.101176;AO=41;DP=423;FAO=43;FDP=425;FR=.;FRO=382;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=201;FSRR=181;FWDB=-0.0558763;FXX=0.00234736;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3391;QD=1.32521;RBI=0.0565785;REFB=-0.0319787;REVB=0.00888588;RO=382;SAF=18;SAR=23;SRF=201;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105452;STB=0.575442;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0383187;OID=.;OPOS=26804219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:425:382:382:41:43:0.101176:23:18:201:181:24:19:201:181 chr2 26804247 . T C 1468.41 PASS AF=0.407862;AO=166;DP=407;FAO=166;FDP=407;FR=.;FRO=241;FSAF=85;FSAR=81;FSRF=115;FSRR=126;FWDB=-0.0175146;FXX=0.00488986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.864;QD=14.4315;RBI=0.0204408;REFB=-0.0113362;REVB=-0.0105388;RO=237;SAF=85;SAR=81;SRF=112;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416108;STB=0.520637;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.013807;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:407:237:241:166:166:0.407862:81:85:112:125:81:85:115:126 chr2 26951449 . G A 2633.51 PASS AF=0.994286;AO=170;DP=177;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=132;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0036962;FXX=0.016853;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.79;QD=60.1945;RBI=0.0116009;REFB=-0.0379913;REVB=0.0109964;RO=2;SAF=132;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243853;STB=0.505882;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0016933;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:175:2:1:170:174:0.994286:38:132:0:2:42:132:0:1 chr2 26951643 . GC CG 209.22 PASS AF=0.278261;AO=31;DP=116;FAO=32;FDP=115;FR=.;FRO=83;FSAF=1;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.106756;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=2;MLLD=95.1947;QD=7.27731;RBI=0.106757;REFB=-0.000797876;REVB=-0.000507698;RO=69;SAF=1;SAR=30;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.701038;STB=0.925429;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.00767912;OID=.;OPOS=26951643;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:69:83:31:32:0.278261:30:1:30:39:31:1:32:51 chr2 27169842 . C A 2301.57 PASS AF=0.987179;AO=151;DP=153;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.112323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.008;QD=59.0146;RBI=0.112444;REFB=-0.0789707;REVB=-0.00522643;RO=0;SAF=71;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506944;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000406325;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:156:0:2:151:154:0.987179:80:71:0:0:83:71:2:0 chr2 27246285 . C T 2599.23 PASS AF=0.994083;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0380251;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.542;QD=61.5202;RBI=0.0383336;REFB=-0.0248351;REVB=-0.00485362;RO=0;SAF=62;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21347e-08;STB=0.502347;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000180132;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:169:169:0:1:168:168:0.994083:106:62:0:0:106:62:0:1 chr2 27261329 . A G 1388.02 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00357332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.975;QD=62.3831;RBI=0.0120607;REFB=0;REVB=0.0115192;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65641e-06;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:89:0:0:84:89:1:45:39:0:0:47:42:0:0 chr2 27279013 . A G 410.24 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0650651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2861;QD=18.2329;RBI=0.0651833;REFB=0.00192611;REVB=0.00392281;RO=48;SAF=17;SAR=25;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117672;STB=0.506569;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00311308;OID=.;OPOS=27279013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:25:17:20:28:25:17:20:28 chr2 27290525 . A G 3323.6 PASS AF=1;AO=213;DP=217;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160351;FXX=0.0137608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1104;QD=61.8345;RBI=0.0259437;REFB=-0.0734325;REVB=-0.0203949;RO=1;SAF=115;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412486;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105053;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:217:215:1:0:213:215:1:98:115:1:0:99:116:0:0 chr2 27303755 . A G 2682.76 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981378;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.902;QD=62.3898;RBI=0.020615;REFB=0;REVB=0.0181293;RO=0;SAF=64;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05635e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15356e-05;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:108:64:0:0:108:64:0:0 chr2 27315252 . G A 840.9 PASS AF=0.480447;AO=85;DP=178;FAO=86;FDP=179;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.0131555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.334;QD=18.7911;RBI=0.0173739;REFB=-0.0106718;REVB=-0.0113484;RO=90;SAF=33;SAR=52;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437456;STB=0.525174;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0120898;OID=.;OPOS=27315252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:90:93:85:86:0.480447:52:33:39:51:53:33:40:53 chr2 27323385 . C T 456.9 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0138006;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.588;QD=17.7438;RBI=0.0294535;REFB=-0.0148294;REVB=-0.0260203;RO=53;SAF=23;SAR=26;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550981;STB=0.535431;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.019534;OID=.;OPOS=27323385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:53:54:49:49:0.475728:26:23:28:25:26:23:29:25 chr2 27324036 . G A 929.52 PASS AF=0.481865;AO=92;DP=192;FAO=93;FDP=193;FR=.;FRO=100;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=67;FWDB=0.00657776;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.537;QD=19.2646;RBI=0.0352937;REFB=-0.0185114;REVB=0.0346753;RO=99;SAF=46;SAR=46;SRF=33;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157042;STB=0.590683;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0166315;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:99:100:92:93:0.481865:46:46:33:66:46:47:33:67 chr2 27324724 . G C 369.78 PASS AF=0.550725;AO=37;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.000293256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.628;QD=21.4363;RBI=0.00369555;REFB=-0.00138367;REVB=-0.0036839;RO=31;SAF=14;SAR=23;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207664;STB=0.518896;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00117679;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:37:38:0.550725:23:14:11:20:23:15:11:20 chr2 27324751 . G T 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0231778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.118;QD=28.7484;RBI=0.0231791;REFB=-0.0184386;REVB=-0.000247906;RO=19;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533957;STB=0.529392;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0138915;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:18:12:9:10:18:12:9:10 chr2 27351948 . T G 1859.23 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.102;QD=61.4622;RBI=0.0276732;REFB=0;REVB=0.0189462;RO=0;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13935e-05;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:60:61:0:0:60:61:0:0 chr2 27353507 . G C 1059.09 PASS AF=0.552486;AO=100;DP=181;FAO=100;FDP=181;FR=.;FRO=81;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.0113854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.666;QD=23.4054;RBI=0.0298993;REFB=-0.0148518;REVB=-0.0276467;RO=81;SAF=52;SAR=48;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102321;STB=0.55574;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0154012;OID=.;OPOS=27353507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:81:81:100:100:0.552486:48:52:32:49:48:52:32:49 chr2 27353608 . G A 480.12 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0199236;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.573;QD=18.2904;RBI=0.0245491;REFB=0.00910612;REVB=-0.0143426;RO=55;SAF=19;SAR=32;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449822;STB=0.51898;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00717824;OID=.;OPOS=27353608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:55:54:51:51:0.485714:32:19:23:32:32:19:22:32 chr2 27355991 . G T 296.68 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0045559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8986;QD=15.6148;RBI=0.0413392;REFB=0.010214;REVB=-0.0410874;RO=43;SAF=23;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199326;STB=0.612998;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0104963;OID=.;OPOS=27355991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:10:23:22:21:10:23:22:21 chr2 27361246 . C T 886.14 PASS AF=0.497207;AO=89;DP=179;FAO=89;FDP=179;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.00464043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.527;QD=19.8021;RBI=0.0222653;REFB=-0.00123216;REVB=-0.0217763;RO=90;SAF=39;SAR=50;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771152;STB=0.54244;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00124603;OID=.;OPOS=27361246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:90:90:89:89:0.497207:50:39:47:43:50:39:47:43 chr2 27424636 . G A 2745.82 PASS AF=0.940594;AO=190;DP=202;FAO=190;FDP=202;FR=.;FRO=12;FSAF=98;FSAR=92;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.131092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0868;QD=54.3726;RBI=0.140172;REFB=-0.118679;REVB=0.0496302;RO=8;SAF=98;SAR=92;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396201;STB=0.510841;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0197735;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:202:202:8:12:190:190:0.940594:92:98:0:8:92:98:4:8 chr2 27428295 . A G 3073.05 PASS AF=0.990338;AO=196;DP=199;FAO=205;FDP=207;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0025924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8189;QD=59.3827;RBI=0.00662447;REFB=-0.118851;REVB=0.00609615;RO=3;SAF=74;SAR=122;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00135077;STB=0.504065;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00119461;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:199:207:3:2:196:205:0.990338:122:74:1:2:122:83:0:2 chr2 27435250 . A G 6446.32 PASS AF=1;AO=404;DP=407;FAO=414;FDP=414;FR=.;FRO=0;FSAF=265;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738793;FXX=0.00719407;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.134;QD=62.2833;RBI=0.047524;REFB=0;REVB=0.0469462;RO=0;SAF=263;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131927;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:407:414:0:0:404:414:1:141:263:0:0:149:265:0:0 chr2 27440784 . C CT 1499.66 PASS AF=1;AO=30;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00642879;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=115.148;QD=42.5436;RBI=0.0167566;REFB=0;REVB=-0.0154743;RO=112;SAF=5;SAR=25;SRF=81;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.639717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0123999;OID=.;OPOS=27440785;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:142:141:141:0:86:55:0:0:11:112:5:25:81:31 chr2 27440785 . C T 1388.47 PASS AF=0.758865;AO=106;DP=141;FAO=107;FDP=141;FR=.;FRO=34;FSAF=81;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.0218131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.737;QD=39.3894;RBI=0.0550414;REFB=-0.216696;REVB=0.0505346;RO=30;SAF=81;SAR=25;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286038;STB=0.665787;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0105469;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:30:34:106:107:0.758865:25:81:5:25:26:81:5:29 chr2 27446557 . C T 487.88 PASS AF=0.443548;AO=48;DP=118;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0315235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.67;QD=15.7382;RBI=0.0324319;REFB=-0.0145588;REVB=0.00762248;RO=69;SAF=24;SAR=24;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682551;STB=0.541286;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0122171;OID=.;OPOS=27446557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:124:69:69:48:55:0.443548:24:24:30:39:27:28:30:39 chr2 27477476 . G A 454.32 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00346796;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.936;QD=19.3326;RBI=0.0148386;REFB=-0.026934;REVB=0.0144276;RO=49;SAF=17;SAR=28;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694997;STB=0.53871;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0304172;OID=.;OPOS=27477476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:49:49:45:45:0.478723:28:17:22:27:28:17:22:27 chr2 27789873 . G A 310.94 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0924577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1846;QD=16.5836;RBI=0.0925007;REFB=-0.0244409;REVB=-0.00281908;RO=41;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568435;STB=0.538984;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0200068;OID=.;OPOS=27789873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:41:41:33:34:0.453333:18:15:21:20:19:15:21:20 chr2 27801403 . C G 1129.5 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.266;QD=60.2399;RBI=0.0446436;REFB=0;REVB=0.00205216;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295932;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:37:37:0:0:38:37:0:0 chr2 27801418 . C A 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.456;QD=59.8554;RBI=0.0224629;REFB=0;REVB=0.0224205;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99732e-05;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr2 27801493 . T C 867.59 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2065;QD=57.8396;RBI=0.0274147;REFB=0;REVB=0.0236153;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44524e-05;OID=.;OPOS=27801493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr2 27801759 . A G 832.12 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261058;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.509;QD=57.3875;RBI=0.0261451;REFB=0;REVB=0.00143206;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176725;OID=.;OPOS=27801759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:40:17:0:0:40:18:0:0 chr2 27804432 . T C 294.27 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.070453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4579;QD=49.0443;RBI=0.0706195;REFB=-0.0286855;REVB=-0.00484616;RO=1;SAF=21;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215476;STB=0.511618;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00496012;OID=.;OPOS=27804432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:2:21:1:0:2:21:1:0 chr2 27838058 . C A 1694.58 PASS AF=0.974359;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0279779;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.888;QD=57.9344;RBI=0.0282783;REFB=-0.0512951;REVB=0.00411083;RO=3;SAF=39;SAR=75;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186132;STB=0.509802;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=9.11134e-05;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:3:3:114:114:0.974359:75:39:0:3:75:39:0:3 chr2 27851918 . G A 450.78 PASS AF=0.4;AO=52;DP=130;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=25;FWDB=0.0859828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5255;QD=13.8701;RBI=0.0866641;REFB=-0.000295171;REVB=0.0108454;RO=78;SAF=31;SAR=21;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941577;STB=0.552958;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00320381;OID=.;OPOS=27851918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:78:78:52:52:0.4:21:31:53:25:21:31:53:25 chr2 27930837 . C T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.661;QD=24.803;RBI=0.0243988;REFB=-0.0310781;REVB=0.0161372;RO=4;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23879;STB=0.63608;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00395719;OID=.;OPOS=27930837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:3:7:1:3:3:7:1:3 chr2 28635740 . T C 556.45 PASS AF=0.324324;AO=70;DP=222;FAO=72;FDP=222;FR=.;FRO=150;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=78;FSRR=72;FWDB=-0.0248877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.983;QD=10.0261;RBI=0.0363725;REFB=-0.00505266;REVB=-0.0265248;RO=152;SAF=23;SAR=47;SRF=79;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232268;STB=0.629593;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0103671;OID=.;OPOS=28635740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:152:150:70:72:0.324324:47:23:79:73:48:24:78:72 chr2 28761981 . G C 579.84 PASS AF=0.430464;AO=63;DP=151;FAO=65;FDP=151;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0114847;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.937;QD=15.36;RBI=0.0131732;REFB=-0.00390257;REVB=0.00645249;RO=84;SAF=30;SAR=33;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364859;STB=0.521954;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00427604;OID=.;OPOS=28761981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:84:86:63:65:0.430464:33:30:43:41:35:30:43:43 chr2 28789643 . T C 1769.44 PASS AF=0.481283;AO=179;DP=373;FAO=180;FDP=374;FR=.;FRO=194;FSAF=87;FSAR=93;FSRF=101;FSRR=93;FWDB=-0.00655179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.644;QD=18.9245;RBI=0.0139994;REFB=-0.0119745;REVB=0.0123716;RO=186;SAF=86;SAR=93;SRF=93;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181743;STB=0.519335;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0123958;OID=.;OPOS=28789643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:374:186:194:179:180:0.481283:93:86:93:93:93:87:101:93 chr2 28814033 . A G 1380.81 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035875;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4599;QD=62.7641;RBI=0.0598656;REFB=0;REVB=-0.0479258;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133886;OID=.;OPOS=28814033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr2 28814548 . A T 1791.05 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.945;QD=60.7136;RBI=0.00373999;REFB=0;REVB=0.00117047;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15463e-06;OID=.;OPOS=28814548;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:118:0:0:112:118:1:62:50:0:0:65:53:0:0 chr2 28824793 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.73;QD=57.6799;RBI=0.0427857;REFB=0;REVB=0.0407309;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202533;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr2 28854958 . C T 3159.66 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398571;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7067;QD=63.8316;RBI=0.0422973;REFB=-0.107726;REVB=-0.0141589;RO=1;SAF=113;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266378;OID=.;OPOS=28854958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:198:1:0:198:198:1:85:113:0:1:85:113:0:0 chr2 28865760 . T C 4151.21 PASS AF=0.98893;AO=266;DP=269;FAO=268;FDP=271;FR=.;FRO=3;FSAF=143;FSAR=125;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00605135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.231;QD=61.2725;RBI=0.0406195;REFB=-0.0285255;REVB=0.0401663;RO=3;SAF=141;SAR=125;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100344;STB=0.50519;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000308226;OID=.;OPOS=28865760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:269:271:3:3:266:268:0.98893:125:141:3:0:125:143:3:0 chr2 29001691 . A G 1080.48 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.571;QD=60.0264;RBI=0.0237246;REFB=0;REVB=0.022967;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240245;OID=.;OPOS=29001691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr2 29022959 . T C 2240.39 PASS AF=0.986755;AO=148;DP=150;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0302616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0603;QD=59.3481;RBI=0.0394975;REFB=-0.104567;REVB=-0.025383;RO=2;SAF=75;SAR=73;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000171374;STB=0.500133;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00323548;OID=.;OPOS=29022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:151:2:2:148:149:0.986755:73:75:1:1:73:76:1:1 chr2 29222070 . G A 512.15 PASS AF=0.463415;AO=52;DP=118;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.000460784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.204;QD=16.6554;RBI=0.0179289;REFB=-0.0284397;REVB=-0.017923;RO=60;SAF=32;SAR=20;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237584;STB=0.622707;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0243888;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:123:60:66:52:57:0.463415:20:32:22:38:20:37:28:38 chr2 29226498 . G A 439.76 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=0.0150951;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1317;QD=18.9142;RBI=0.0202784;REFB=-0.00649169;REVB=0.0135408;RO=46;SAF=13;SAR=31;SRF=8;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144213;STB=0.546598;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0119962;OID=.;OPOS=29226498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:46:49:44:44:0.473118:31:13:8:38:31:13:11:38 chr2 29226512 . A G 447.01 PASS AF=0.511628;AO=42;DP=82;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=0.0258242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.402;QD=20.7911;RBI=0.0282743;REFB=-0.0171519;REVB=-0.0115128;RO=39;SAF=12;SAR=30;SRF=5;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184467;STB=0.580481;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0158644;OID=.;OPOS=29226512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:39:42:42:44:0.511628:30:12:5:34:31:13:7:35 chr2 29246044 . T C 805.54 PASS AF=0.432039;AO=89;DP=208;FAO=89;FDP=206;FR=.;FRO=117;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=69;FSRR=48;FWDB=-0.0118042;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.511;QD=15.6416;RBI=0.0118059;REFB=-0.0116016;REVB=0.000199591;RO=117;SAF=49;SAR=40;SRF=69;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405623;STB=0.522581;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0149622;OID=.;OPOS=29246044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:206:117:117:89:89:0.432039:40:49:69:48:40:49:69:48 chr2 29268375 . A C 2213.07 PASS AF=0.96;AO=144;DP=150;FAO=144;FDP=150;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00560002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.9311;QD=59.0153;RBI=0.0157381;REFB=-0.0824545;REVB=0.014708;RO=1;SAF=42;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00463987;STB=0.514284;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00048266;OID=.;OPOS=29268375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:150:150:1:6:144:144:0.96:102:42:0:1:102:42:0:6 chr2 29274704 . C T 3866.73 PASS AF=1;AO=242;DP=244;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141689;FXX=0.00819639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.306;QD=63.913;RBI=0.0180221;REFB=0;REVB=0.0111372;RO=0;SAF=137;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56426e-05;OID=.;OPOS=29274704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:242:0:0:242:242:1:105:137:0:0:105:137:0:0 chr2 29274720 . A G 3711.83 PASS AF=1;AO=233;DP=239;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023435;FXX=0.0167357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6002;QD=63.1801;RBI=0.046408;REFB=-0.0959926;REVB=-0.0400562;RO=1;SAF=128;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00370873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165718;OID=.;OPOS=29274720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:239:235:1:0:233:235:1:105:128:1:0:106:129:0:0 chr2 29286509 . T C 933.35 PASS AF=0.513966;AO=93;DP=179;FAO=92;FDP=179;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0688014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7175;QD=20.857;RBI=0.0693667;REFB=0.0137633;REVB=-0.0088378;RO=86;SAF=39;SAR=54;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305397;STB=0.523225;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0153626;OID=.;OPOS=29286509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:86:87:93:92:0.513966:54:39:39:47:54:38:40:47 chr2 29287926 . C CGCT 522.12 PASS AF=0.389937;AO=61;DP=184;FAO=62;FDP=159;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0031198;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.697;QD=13.135;RBI=0.0153837;REFB=-0.0361466;REVB=-0.015064;RO=122;SAF=35;SAR=26;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170075;STB=0.577554;STBP=0.127;TYPE=ins;VARB=0.0561544;OID=.;OPOS=29287927;OREF=-;OALT=GCT;OMAPALT=CGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.389937:61:184:62:159:97:36:26:44:53:99:122:35:26:52:70 chr2 29295016 . A G 1238.17 PASS AF=0.526316;AO=120;DP=229;FAO=120;FDP=228;FR=.;FRO=108;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=65;FWDB=-0.00752085;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.195;QD=21.7222;RBI=0.0102996;REFB=-0.0113848;REVB=-0.00703694;RO=103;SAF=65;SAR=55;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104883;STB=0.567674;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0160331;OID=.;OPOS=29295016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:103:108:120:120:0.526316:55:65:43:60:55:65:43:65 chr2 29295389 . G A 270.76 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0066213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9455;QD=16.9227;RBI=0.0972615;REFB=-0.0036946;REVB=0.0970359;RO=34;SAF=25;SAR=5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340591;STB=0.694296;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00482587;OID=.;OPOS=29295389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:5:25:19:15:5:25:19:15 chr2 29295676 . G A 603.45 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0429411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0041;QD=17.3653;RBI=0.0504624;REFB=-0.0207149;REVB=0.026505;RO=76;SAF=30;SAR=33;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621082;STB=0.534554;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0242487;OID=.;OPOS=29295676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:76:63:63:0.453237:33:30:41:35:33:30:41:35 chr2 29295866 . T C 399.6 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00309842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2404;QD=18.5858;RBI=0.020075;REFB=0.00628366;REVB=-0.0198344;RO=45;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863478;STB=0.548108;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00579958;OID=.;OPOS=29295866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:22:19:25:20:22:19:25:20 chr2 29356669 . A G 812.88 PASS AF=0.449735;AO=85;DP=189;FAO=85;FDP=189;FR=.;FRO=104;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=68;FWDB=0.0208458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.761;QD=17.2039;RBI=0.0281987;REFB=-0.000407202;REVB=0.01899;RO=103;SAF=40;SAR=45;SRF=35;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131018;STB=0.569254;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000365373;OID=.;OPOS=29356669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:103:104:85:85:0.449735:45:40:35:68:45:40:36:68 chr2 29416025 . C CATG,CATTG 2790.6 PASS AF=0,0.858369;AO=31,164;DP=241;FAO=0,200;FDP=233;FR=.;FRO=33;FSAF=0,110;FSAR=0,90;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0126829,0.0135745;FXX=0.0450801;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=227.211,245.26;QD=47.9073;RBI=0.0137283,0.0152173;REFB=-0.0105085,-0.0157184;REVB=-0.00525449,-0.00687735;RO=36;SAF=31,77;SAR=0,87;SRF=16;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.85161,0.00854701;STB=0.5,0.522225;STBP=1,0.112;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00308467;OID=.,.;OPOS=29416026,29416026;OREF=-,-;OALT=ATG,ATTG;OMAPALT=CATG,CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.858369:31,164:241:0,200:233:33:0,110:0,90:13:20:99:36:31,77:0,87:16:20 chr2 29416366 . G C 2809.08 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7939;QD=62.7727;RBI=0.0512856;REFB=0;REVB=-0.0456178;RO=0;SAF=81;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.37985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127471;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:179:0:0:178:179:1:97:81:0:0:98:81:0:0 chr2 29416481 . T C 4010.94 PASS AF=0.988722;AO=247;DP=252;FAO=263;FDP=266;FR=.;FRO=3;FSAF=137;FSAR=126;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0994602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4078;QD=60.3149;RBI=0.106353;REFB=-0.175884;REVB=0.037665;RO=5;SAF=124;SAR=123;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112655;STB=0.505415;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00528417;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:252:266:5:3:247:263:0.988722:123:124:4:1:126:137:3:0 chr2 29416572 . T C 2317.45 PASS AF=0.993506;AO=151;DP=152;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.666;QD=60.1935;RBI=0.054471;REFB=-0.125206;REVB=0.0517754;RO=0;SAF=70;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000626398;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:152:154:0:1:151:153:0.993506:81:70:0:0:82:71:1:0 chr2 29430942 . GTC G 1630.02 PASS AF=1;AO=106;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167551;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=2;MLLD=316.065;QD=60.3711;RBI=0.00509743;REFB=0;REVB=-0.00481419;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.62325e-05;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:106:110:108:108:0:49:59:0:0:9:0:48:58:0:0 chr2 29444076 . G T 2686.88 PASS AF=1;AO=172;DP=174;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376986;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.438;QD=62.4856;RBI=0.03778;REFB=0;REVB=-0.00247886;RO=0;SAF=78;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33808e-05;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:172:0:0:172:172:1:94:78:0:0:94:78:0:0 chr2 29444095 . C T 2191.46 PASS AF=0.979167;AO=141;DP=144;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00618184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.387;QD=60.8738;RBI=0.00678392;REFB=-0.000159512;REVB=0.002794;RO=3;SAF=68;SAR=73;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0073091;STB=0.503845;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=1.9893e-05;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:144:144:3:3:141:141:0.979167:73:68:2:1:73:68:2:1 chr2 29445458 . G T 1522.33 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.014;QD=59.1194;RBI=0.03464;REFB=0;REVB=0.0048461;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292518;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:0:0:101:103:1:54:47:0:0:56:47:0:0 chr2 29474027 . G A 864.57 PASS AF=0.465608;AO=88;DP=193;FAO=88;FDP=189;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=-0.00843833;FXX=0.0207243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.726;QD=18.2978;RBI=0.00883647;REFB=-0.0199075;REVB=0.00262256;RO=99;SAF=40;SAR=48;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485113;STB=0.532297;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0190676;OID=.;OPOS=29474027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:189:99:101:88:88:0.465608:48:40:50:49:48:40:52:49 chr2 29543663 . T C 4932.41 PASS AF=1;AO=314;DP=316;FAO=316;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131922;FXX=0.00628911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.74;QD=62.4356;RBI=0.0412168;REFB=0.0130442;REVB=-0.0390486;RO=2;SAF=161;SAR=153;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00619392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139366;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:316:316:2:0:314:316:1:153:161:0:2:153:163:0:0 chr2 29903931 . T A 385.89 PASS AF=0.423077;AO=42;DP=102;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0141639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2119;QD=14.842;RBI=0.0896863;REFB=0.00324005;REVB=0.0885608;RO=58;SAF=31;SAR=11;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234801;STB=0.62494;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00341028;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:58:60:42:44:0.423077:11:31:31:27:12:32:32:28 chr2 29940529 . A T 473.25 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0371699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.527;QD=23.9622;RBI=0.0414064;REFB=-0.00457251;REVB=-0.0182451;RO=34;SAF=10;SAR=35;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773881;STB=0.542616;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00285035;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:35:10:10:24:35:10:10:24 chr2 30143499 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.812;QD=39.2067;RBI=0.0552061;REFB=0;REVB=-0.014604;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147542;OID=.;OPOS=30143499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr2 30381505 . T C 928.11 PASS AF=0.479381;AO=93;DP=194;FAO=93;FDP=194;FR=.;FRO=101;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=0.0102917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8916;QD=19.1362;RBI=0.0273372;REFB=0.00471412;REVB=0.0253259;RO=101;SAF=41;SAR=52;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139286;STB=0.507685;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00466875;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:101:101:93:93:0.479381:52:41:46:55:52:41:46:55 chr2 30480656 . CTTTT CTCTT,CTTTC,CTTT,TTCTT 170.42 PASS AF=0.104167,0.125,0.583333,0.1875;AO=2,2,11,4;DP=47;FAO=5,6,28,9;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,25,0;FSAR=5,6,3,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110951,-0.135292,-1.74521,-0.113801;FXX=0.111091;HRUN=13,13,13,2;LEN=1,1,1,3;MLLD=142.052,135.757,2.32469,142.592;QD=14.2019;RBI=0.124036,0.14513,1.79205,0.128281;REFB=-0.0334047,-0.0450569,-0.672845,-0.036127;REVB=-0.0554504,-0.0525222,-0.40705,-0.059205;RO=0;SAF=0,0,10,0;SAR=2,2,1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,mnp;VARB=0.0689316,0.0512916,-0.200113,-0.0660077;OID=.,.,.,.;OPOS=30480658,30480660,30480657,30480656;OREF=T,T,T,CTT;OALT=C,C,-,TTC;OMAPALT=CTCTT,CTTTC,CTTT,TTCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:48:47:48:0:0:2,2,11,4:5,6,28,9:0.104167,0.125,0.583333,0.1875:2,2,1,4:0,0,10,0:0:0:5,6,3,9:0,0,25,0:0:0 chr2 30864768 . T C 106.28 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0146753;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=161.666;QD=20.2436;RBI=0.0738204;REFB=-0.00609727;REVB=-0.072347;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555467;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000794369;OID=.;OPOS=30864768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:21:6:9:12:12:0.571429:4:8:4:2:4:8:7:2 chr2 30980940 . C T 1145.21 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0138579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.898;QD=57.9853;RBI=0.0150083;REFB=-0.0107936;REVB=-0.00576268;RO=2;SAF=40;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00093444;STB=0.500494;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=4.55997e-05;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:37:40:1:1:37:40:1:1 chr2 31178818 . C T 323.63 PASS AF=0.460526;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.024234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.644;QD=17.0329;RBI=0.0256503;REFB=-0.0105388;REVB=-0.00840544;RO=40;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376953;STB=0.535115;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00879255;OID=.;OPOS=31178818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:41:34:35:0.460526:20:14:18:22:21:14:19:22 chr2 31399988 . C T 943.52 PASS AF=0.554878;AO=91;DP=164;FAO=91;FDP=164;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0362364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3893;QD=23.0127;RBI=0.036676;REFB=-0.0119442;REVB=0.00566171;RO=72;SAF=44;SAR=47;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204425;STB=0.514029;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0103535;OID=.;OPOS=31399988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:72:73:91:91:0.554878:47:44:33:39:47:44:33:40 chr2 31410653 . C T 197.14 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=51;FWDB=-0.0555142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2907;QD=8.96067;RBI=0.0558071;REFB=0.00122388;REVB=-0.00571021;RO=62;SAF=4;SAR=22;SRF=11;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512338;STB=0.530522;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00590812;OID=.;OPOS=31410653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:62:26:26:0.295455:22:4:11:51:22:4:11:51 chr2 31411184 . C A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.000691576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.738;QD=14.6657;RBI=0.0179608;REFB=0.00422903;REVB=0.0179475;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286975;STB=0.666444;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00547778;OID=.;OPOS=31411184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:8:13:5:10:8:13 chr2 31411242 . C A 229.17 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0017028;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.891;QD=18.7081;RBI=0.0288076;REFB=-0.0215152;REVB=-0.0287572;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189353;STB=0.608857;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0333411;OID=.;OPOS=31411242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:26:17:21:0.428571:7:10:11:16:8:13:11:15 chr2 31414223 . G A 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00326476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.043;QD=10.1679;RBI=0.0261797;REFB=-0.0017593;REVB=-0.0259753;RO=38;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299383;STB=0.676393;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00257715;OID=.;OPOS=31414223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:6:13:16:22:6:13:16:22 chr2 31414807 . C G 3001.81 PASS AF=0.994764;AO=190;DP=191;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=112;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0291102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.416;QD=62.8652;RBI=0.0295748;REFB=-0.0783783;REVB=-0.00522127;RO=1;SAF=112;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606582;STB=0.503184;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=4.07358e-05;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:191:1:1:190:190:0.994764:78:112:0:1:78:112:0:1 chr2 31423443 . G A 1520.6 PASS AF=0.482866;AO=155;DP=321;FAO=155;FDP=321;FR=.;FRO=166;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=78;FSRR=88;FWDB=-0.00586703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.468;QD=18.9482;RBI=0.00594726;REFB=-0.0194429;REVB=-0.00097362;RO=164;SAF=72;SAR=83;SRF=76;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00103599;STB=0.502786;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0212644;OID=.;OPOS=31423443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:164:166:155:155:0.482866:83:72:76:88:83:72:78:88 chr2 31451224 . G C 1052.5 PASS AF=0.477876;AO=106;DP=225;FAO=108;FDP=226;FR=.;FRO=118;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=51;FSRR=67;FWDB=0.0632128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0115;QD=18.6283;RBI=0.0637914;REFB=0.0126647;REVB=0.00857176;RO=118;SAF=42;SAR=64;SRF=51;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355711;STB=0.518408;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0143321;OID=.;OPOS=31451224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:118:118:106:108:0.477876:64:42:51:67:65:43:51:67 chr2 31490716 . C G 2694.57 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8381;QD=62.3022;RBI=0.0803006;REFB=0;REVB=-0.0423529;RO=0;SAF=75;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62779e-05;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:98:75:0:0:98:75:0:0 chr2 31569711 . TA T 534.98 PASS AF=0.415966;AO=88;DP=244;FAO=99;FDP=238;FR=.;FRO=139;FSAF=26;FSAR=73;FSRF=54;FSRR=85;FWDB=-0.0982673;FXX=0.0285703;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.653;QD=8.99128;RBI=0.104754;REFB=0.008673;REVB=0.0362893;RO=134;SAF=24;SAR=64;SRF=50;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126435;STB=0.587034;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=-0.0101705;OID=.;OPOS=31569712;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415966:88:244:99:238:139:26:73:54:85:99:134:24:64:50:84 chr2 31571786 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.289;QD=59.8558;RBI=0.014168;REFB=0;REVB=-0.00484086;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53418e-05;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:47:24:0:0:47:24:0:0 chr2 31589847 . G A 778.15 PASS AF=0.448087;AO=81;DP=180;FAO=82;FDP=183;FR=.;FRO=101;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=0.00800727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.461;QD=17.0088;RBI=0.0122061;REFB=-0.00617046;REVB=0.00921263;RO=99;SAF=25;SAR=56;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838654;STB=0.548519;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00893611;OID=.;OPOS=31589847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:183:99:101:81:82:0.448087:56:25:38:61:56:26:40:61 chr2 31590917 . T C 1383.84 PASS AF=0.527132;AO=134;DP=258;FAO=136;FDP=258;FR=.;FRO=122;FSAF=48;FSAR=88;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=0.0525462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.064;QD=21.4549;RBI=0.0575616;REFB=-0.00844698;REVB=-0.0234998;RO=120;SAF=46;SAR=88;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142667;STB=0.572851;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00655527;OID=.;OPOS=31590917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:120:122:134:136:0.527132:88:46:60:60:88:48:61:61 chr2 31591494 . C T 1424.8 PASS AF=0.4375;AO=154;DP=352;FAO=154;FDP=352;FR=.;FRO=198;FSAF=55;FSAR=99;FSRF=97;FSRR=101;FWDB=-0.00267318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.361;QD=16.1909;RBI=0.00772332;REFB=0.00284649;REVB=-0.00724595;RO=198;SAF=55;SAR=99;SRF=97;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13981;STB=0.577692;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00367207;OID=.;OPOS=31591494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:198:198:154:154:0.4375:99:55:97:101:99:55:97:101 chr2 31591517 . C T 1111.98 PASS AF=0.420139;AO=121;DP=288;FAO=121;FDP=288;FR=.;FRO=167;FSAF=42;FSAR=79;FSRF=75;FSRR=92;FWDB=0.084846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1536;QD=15.4442;RBI=0.0865722;REFB=0.00424172;REVB=0.0172015;RO=165;SAF=42;SAR=79;SRF=74;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111148;STB=0.562729;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00363995;OID=.;OPOS=31591517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:165:167:121:121:0.420139:79:42:74:91:79:42:75:92 chr2 31593265 . T C 521.74 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.00337856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.104;QD=17.1061;RBI=0.00617872;REFB=-0.00539803;REVB=0.00517319;RO=66;SAF=25;SAR=31;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519617;STB=0.528893;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00585579;OID=.;OPOS=31593265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:56:56:0.459016:31:25:26:40:31:25:26:40 chr2 31751174 . CG TA 73.8 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.000258225;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.008;QD=4.04407;RBI=0.0478937;REFB=-0.00374036;REVB=-0.047893;RO=58;SAF=11;SAR=2;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600856;STB=0.88116;STBP=0.008;TYPE=mnp;VARB=0.0123219;OID=.;OPOS=31751174;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:74:73:58:60:13:13:0.178082:2:11:19:39:2:11:20:40 chr2 31751178 . A T 87.38 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.00692332;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2472;QD=4.36924;RBI=0.0314292;REFB=0.00261435;REVB=-0.0306572;RO=63;SAF=13;SAR=2;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624551;STB=0.897431;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0128414;OID=.;OPOS=31751178;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:80:80:63:65:15:15:0.1875:2:13:21:42:2:13:21:44 chr2 31805706 . G C 818.73 PASS AF=0.483146;AO=85;DP=170;FAO=86;FDP=178;FR=.;FRO=92;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.0276488;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.622;QD=18.3983;RBI=0.0315402;REFB=-0.0238739;REVB=0.0151765;RO=85;SAF=52;SAR=33;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192884;STB=0.589336;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0248574;OID=.;OPOS=31805706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:178:85:92:85:86:0.483146:33:52:34:51:33:53:41:51 chr2 31805880 . A AG 1809.65 PASS AF=1;AO=179;DP=220;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.203752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.3192;QD=33.8252;RBI=0.20922;REFB=0;REVB=0.0475178;RO=36;SAF=88;SAR=91;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465413;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00200527;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:179:220:214:214:0:105:109:0:0:40:36:88:91:23:13 chr2 32342508 . A T 7379.72 PASS AF=0.991632;AO=470;DP=475;FAO=474;FDP=478;FR=.;FRO=4;FSAF=282;FSAR=192;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0380192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8561;QD=61.7549;RBI=0.0715067;REFB=-0.0885967;REVB=0.060562;RO=5;SAF=278;SAR=192;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00017694;STB=0.500824;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.000912329;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:475:478:5:4:470:474:0.991632:192:278:3:2:192:282:2:2 chr2 32475109 . G A 1000.92 PASS AF=0.515957;AO=97;DP=188;FAO=97;FDP=188;FR=.;FRO=91;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.0142576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.532;QD=21.2962;RBI=0.0144618;REFB=-0.0203305;REVB=-0.00242163;RO=91;SAF=44;SAR=53;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321997;STB=0.517643;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0209984;OID=.;OPOS=32475109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:91:91:97:97:0.515957:53:44:38:53:53:44:38:53 chr2 32526459 . T C 756.94 PASS AF=0.45977;AO=79;DP=172;FAO=80;FDP=174;FR=.;FRO=94;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00928554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.021;QD=17.4009;RBI=0.0591799;REFB=-0.0137282;REVB=0.0584469;RO=92;SAF=41;SAR=38;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450352;STB=0.521069;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0164033;OID=.;OPOS=32526459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:92:94:79:80:0.45977:38:41:52:40:38:42:53:41 chr2 32667182 . G C 2715.32 PASS AF=1;AO=173;DP=177;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232239;FXX=0.0225976;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.683;QD=62.782;RBI=0.0258591;REFB=0;REVB=0.011373;RO=0;SAF=74;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95503e-05;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:173:0:0:173:173:1:99:74:0:0:99:74:0:0 chr2 32843290 . ATTTTA AT,ATT,ATTTTT,TATTTT 486.5 PASS AF=0,0.647059,0.323529,0.0294118;AO=6,10,12,2;DP=37;FAO=0,22,11,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,6,1;FSAR=0,2,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584753,0.0632689,0.0594446,0.0598566;FXX=0.128172;HRUN=4,4,1,1;LEN=4,3,1,6;MLLD=154.677,162.159,164.753,152.612;QD=57.2348;RBI=0.0667068,0.108272,0.097889,0.100589;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0321004,0.0878627,0.0777727,0.0808419;RO=0;SAF=6,10,7,0;SAR=0,0,5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=-0.0486827,-0.00543415,0.0783593,0.0868295;OID=.,.,.,.;OPOS=32843292,32843293,32843295,32843290;OREF=TTTA,TTA,A,ATTTTA;OALT=-,-,T,TATTTT;OMAPALT=AT,ATT,ATTTTT,TATTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:45:37:34:0:0:6,10,12,2:0,22,11,1:0,0.647059,0.323529,0.0294118:0,0,5,2:6,10,7,0:0:0:0,2,5,0:0,20,6,1:0:0 chr2 32855615 . A G 1434.29 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5722;QD=63.0456;RBI=0.00996483;REFB=0;REVB=0.00975231;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45156e-05;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:55:36:0:0:55:36:0:0 chr2 32961858 . A G 508.85 PASS AF=0.316038;AO=67;DP=213;FAO=67;FDP=212;FR=.;FRO=145;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=56;FSRR=89;FWDB=-0.0389392;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.715;QD=9.60094;RBI=0.0409629;REFB=-0.00882351;REVB=-0.012716;RO=142;SAF=24;SAR=43;SRF=53;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191108;STB=0.520575;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.017915;OID=.;OPOS=32961858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:142:145:67:67:0.316038:43:24:53:89:43:24:56:89 chr2 33005110 . A G 514.2 PASS AF=0.434109;AO=56;DP=129;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00494701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.076;QD=15.9443;RBI=0.00687155;REFB=0.0124193;REVB=-0.0047692;RO=71;SAF=25;SAR=31;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102834;STB=0.565014;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0196705;OID=.;OPOS=33005110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:73:56:56:0.434109:31:25:39:32:31:25:41:32 chr2 33585796 . T C 5302.19 PASS AF=1;AO=335;DP=344;FAO=337;FDP=337;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223855;FXX=0.0231877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2616;QD=62.934;RBI=0.0462402;REFB=-0.0406424;REVB=0.0404604;RO=1;SAF=172;SAR=163;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00276568;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185423;OID=.;OPOS=33585796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:344:337:1:0:335:337:1:163:172:1:0:164:173:0:0 chr2 33764286 . T C 3824.93 PASS AF=0.991803;AO=242;DP=244;FAO=242;FDP=244;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=127;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0372513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1606;QD=62.7037;RBI=0.0406846;REFB=0.00886943;REVB=-0.0163577;RO=1;SAF=115;SAR=127;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037383;STB=0.500204;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000162843;OID=.;OPOS=33764286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:244:244:1:2:242:242:0.991803:127:115:0:1:127:115:1:1 chr2 33952413 . T C 1572.81 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00961933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.211;QD=59.9167;RBI=0.0131958;REFB=0;REVB=-0.0090331;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36126e-05;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:57:48:0:0:57:48:0:0 chr2 33952456 . C G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.649;QD=61.5358;RBI=0.0469621;REFB=0;REVB=0.0326309;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62339e-05;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr2 33952621 . G A 872.72 PASS AF=0.551948;AO=84;DP=152;FAO=85;FDP=154;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00841888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.927;QD=22.6682;RBI=0.025184;REFB=-0.0138842;REVB=0.0237352;RO=68;SAF=36;SAR=48;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470781;STB=0.524913;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.013206;OID=.;OPOS=33952621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:68:69:84:85:0.551948:48:36:33:35:49:36:33:36 chr2 36583461 . G T 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=36;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00886877;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.505;QD=19.2113;RBI=0.0129212;REFB=-0.00810798;REVB=-0.009397;RO=40;SAF=36;SAR=3;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465383;STB=0.766739;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00725486;OID=.;OPOS=36583461;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:3:36:26:14:3:36:26:14 chr2 36669807 . C T 994.71 PASS AF=0.371069;AO=118;DP=319;FAO=118;FDP=318;FR=.;FRO=200;FSAF=40;FSAR=78;FSRF=93;FSRR=107;FWDB=-0.000283925;FXX=0.0031347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.421;QD=12.512;RBI=0.0150438;REFB=-0.00663647;REVB=-0.0150411;RO=200;SAF=40;SAR=78;SRF=93;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147681;STB=0.583647;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.01292;OID=.;OPOS=36669807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:318:200:200:118:118:0.371069:78:40:93:107:78:40:93:107 chr2 36704144 . C T 3762.77 PASS AF=1;AO=237;DP=237;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.352;QD=63.5067;RBI=0.0309762;REFB=0;REVB=-0.030954;RO=0;SAF=106;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19272e-05;OID=.;OPOS=36704144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:237:0:0:237:237:1:131:106:0:0:131:106:0:0 chr2 36756288 . T C 2915.78 PASS AF=0.979167;AO=188;DP=192;FAO=188;FDP=192;FR=.;FRO=4;FSAF=99;FSAR=89;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0264306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.135;QD=60.7455;RBI=0.0382236;REFB=0.071078;REVB=0.0276128;RO=3;SAF=99;SAR=89;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142081;STB=0.5099;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.000283358;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:192:192:3:4:188:188:0.979167:89:99:3:0:89:99:4:0 chr2 36776001 . A G 693.23 PASS AF=0.424581;AO=76;DP=179;FAO=76;FDP=179;FR=.;FRO=103;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=0.0104779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.336;QD=15.4911;RBI=0.0166101;REFB=-0.00643488;REVB=0.0128884;RO=103;SAF=29;SAR=47;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178401;STB=0.599766;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0100697;OID=.;OPOS=36776001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:103:103:76:76:0.424581:47:29:57:46:47:29:57:46 chr2 36776049 . GT G 362.51 PASS AF=0.601942;AO=62;DP=104;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0188551;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.1705;QD=14.0782;RBI=0.096388;REFB=0.0232916;REVB=0.0945258;RO=32;SAF=29;SAR=33;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119041;STB=0.540929;STBP=0.352;TYPE=del;VARB=0.00986042;OID=.;OPOS=36776050;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.601942:62:104:62:103:41:29:33:15:26:99:32:29:33:9:23 chr2 36776555 . G T 226.96 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0245688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.756;QD=13.55;RBI=0.0258057;REFB=8.27286e-05;REVB=-0.00789356;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742062;STB=0.548853;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-4.92261e-05;OID=.;OPOS=36776555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:40:27:27:0.402985:14:13:16:23:14:13:16:24 chr2 36781401 . T C 595.46 PASS AF=0.407186;AO=68;DP=167;FAO=68;FDP=167;FR=.;FRO=99;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=62;FWDB=0.0308076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9064;QD=14.2626;RBI=0.0374977;REFB=-0.0164357;REVB=0.0213769;RO=99;SAF=26;SAR=42;SRF=37;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00965092;STB=0.505419;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0274462;OID=.;OPOS=36781401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:99:99:68:68:0.407186:42:26:37:62:42:26:37:62 chr2 36782886 . G A 1059.61 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.634;QD=59.6966;RBI=0.0142177;REFB=0;REVB=-0.0113184;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73299e-06;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:27:43:0:0:28:43:0:0 chr2 36808732 . T G 1489.93 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0944;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.954;QD=57.3048;RBI=0.0944519;REFB=-0.149085;REVB=-0.00313087;RO=1;SAF=32;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145942;STB=0.504146;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00110031;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:1:2:102:102:0.980769:70:32:1:0:70:32:1:1 chr2 36810586 . T C 435.06 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0102971;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.389;QD=15.1324;RBI=0.0198185;REFB=-0.0121927;REVB=0.0169335;RO=66;SAF=21;SAR=28;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889823;STB=0.54998;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0173421;OID=.;OPOS=36810586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:66:66:49:49:0.426087:28:21:34:32:28:21:34:32 chr2 36825137 . G A 88.19 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.404;QD=39.1956;RBI=0.0456194;REFB=0;REVB=0.0152979;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155548;OID=.;OPOS=36825137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr2 37000915 . C A 1290.34 PASS AF=0.503876;AO=130;DP=259;FAO=130;FDP=258;FR=.;FRO=128;FSAF=75;FSAR=55;FSRF=63;FSRR=65;FWDB=0.0406333;FXX=0.00386085;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1208;QD=20.0052;RBI=0.0597309;REFB=-0.00468292;REVB=-0.0437803;RO=129;SAF=75;SAR=55;SRF=63;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811971;STB=0.542489;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00448751;OID=.;OPOS=37000915;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:129:128:130:130:0.503876:55:75:63:66:55:75:63:65 chr2 37094945 . A G 695.51 PASS AF=0.929825;AO=41;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00562735;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=85.2239;QD=48.8077;RBI=0.0473834;REFB=-0.0949966;REVB=0.0470481;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549981;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00291637;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:0:4:41:53:0.929825:26:15:0:0:35:18:4:0 chr2 37230728 . T C 1651.93 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0303497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.89;QD=57.4585;RBI=0.0652508;REFB=-0.148058;REVB=0.057763;RO=1;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904314;STB=0.505302;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00230364;OID=.;OPOS=37230728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:1:3:112:112:0.973913:52:60:0:1:52:60:1:2 chr2 37241050 . G A 3440.83 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.977;QD=62.5605;RBI=0.0193636;REFB=0;REVB=-0.0173637;RO=0;SAF=113;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.48369e-06;OID=.;OPOS=37241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:220:0:0:220:220:1:107:113:0:0:107:113:0:0 chr2 37306343 . G A 4165.35 PASS AF=1;AO=260;DP=260;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.24;QD=62.6369;RBI=0.00321551;REFB=0;REVB=0.0023121;RO=0;SAF=123;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07116e-08;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:260:266:0:0:260:266:1:137:123:0:0:140:126:0:0 chr2 37317869 . C T 2030.53 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255464;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.951;QD=62.478;RBI=0.0285048;REFB=0;REVB=-0.0283901;RO=0;SAF=56;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22146e-05;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:74:56:0:0:74:56:0:0 chr2 37365640 . G A,T 1132.77 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=69,8;DP=78;FAO=70,7;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=32,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224559,-0.0274305;FXX=0.0253133;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.412,94.8418;QD=58.8453;RBI=0.0332729,0.0287889;REFB=0,0;REVB=0.0245523,-0.00873882;RO=0;SAF=38,0;SAR=31,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00194367,0.134539;OID=.,.;OPOS=37365640,37365640;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:78:77:0:0:69,8:70,7:0.909091,0.0909091:31,8:38,0:0:0:32,7:38,0:0:0 chr2 37406644 . A G 502.73 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0210499;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.588;QD=15.7102;RBI=0.0226737;REFB=0.000760023;REVB=-0.00842608;RO=72;SAF=17;SAR=38;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191761;STB=0.612302;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.000871814;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:72:73:55:55:0.429688:38:17:35:37:38:17:36:37 chr2 37406680 . C G 560.94 PASS AF=0.461538;AO=50;DP=131;FAO=60;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00391381;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.479;QD=17.2596;RBI=0.0102607;REFB=-0.00072041;REVB=-0.00948495;RO=49;SAF=15;SAR=35;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895035;STB=0.57234;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000584098;OID=.;OPOS=37406680;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:49:68:50:60:0.461538:35:15:19:30:41:19:30:38 chr2 37438993 . G A 280.74 PASS AF=0.347368;AO=34;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0226997;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.26;QD=11.8207;RBI=0.053826;REFB=-0.0115019;REVB=-0.0488054;RO=61;SAF=18;SAR=16;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313947;STB=0.521726;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0305587;OID=.;OPOS=37438993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:62:34:33:0.347368:16:18:34:27:16:17:34:28 chr2 37456032 . C T 323.27 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6799;QD=53.8784;RBI=0.0458684;REFB=0;REVB=0.0144813;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000404209;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr2 37458711 . G A 2301.53 PASS AF=0.987097;AO=152;DP=154;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00573634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.67;QD=59.3944;RBI=0.0271146;REFB=-0.113223;REVB=0.0265009;RO=2;SAF=72;SAR=80;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117423;STB=0.506097;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000335589;OID=.;OPOS=37458711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:154:155:2:2:152:153:0.987097:80:72:0:2:81:72:0:2 chr2 37477794 . C A 594.48 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00361892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5194;QD=60.9724;RBI=0.0446923;REFB=0;REVB=-0.0445455;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224346;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:23:16:0:0 chr2 37518045 . G C 1460.08 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0570259;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.466;QD=63.4817;RBI=0.0589333;REFB=0;REVB=-0.0148725;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55414e-05;OID=.;OPOS=37518045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:40:52:0:0:40:52:0:0 chr2 37558980 . A C 5597.24 PASS AF=1;AO=346;DP=346;FAO=349;FDP=349;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5051;QD=64.1517;RBI=0.021288;REFB=0;REVB=0.00873445;RO=0;SAF=172;SAR=174;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6844e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41836e-05;OID=.;OPOS=37558980;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:346:349:0:0:346:349:1:174:172:0:0:175:174:0:0 chr2 37872315 . TAAAA TAAA,TAA,TAAAT 1714.61 PASS AF=0.882022,0.0168539,0.101124;AO=26,51,18;DP=195;FAO=157,3,18;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=87,3,0;FSAR=70,0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.862049,0.424595,0.0459195;FXX=0.101005;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=12.511,12.7887,177.997;QD=38.5306;RBI=0.932397,0.470131,0.0707796;REFB=0.0269092,0.0186633,0.00335004;REVB=-0.355296,-0.201846,-0.0538623;RO=67;SAF=15,0,0;SAR=11,51,18;SRF=66;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.604433,-0.90354,-0.896012;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0271007,0.010653,0.0461584;OID=.,.,.;OPOS=37872316,37872316,37872319;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAA,TAA,TAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.882022,0.0168539,0.101124:26,51,18:195:157,3,18:178:0:87,3,0:70,0,18:0:0:67:67:15,0,0:11,51,18:66:1 chr2 38179134 . G A 1573.47 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0292278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.611;QD=58.8214;RBI=0.0695906;REFB=0.0178254;REVB=-0.0631552;RO=1;SAF=53;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887078;STB=0.504672;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000534102;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:53:53:1:0:53:53:1:0 chr2 38298150 . A G 1587.61 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.028;QD=64.1458;RBI=0.0387384;REFB=0;REVB=0.00587147;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92496e-05;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:59:40:0:0:59:40:0:0 chr2 38298203 . C G 1475.88 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.060219;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6059;QD=63.4788;RBI=0.0602241;REFB=0;REVB=0.000784355;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000490112;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr2 38301756 . CG AC 49.86 PASS AF=0.1;AO=14;DP=141;FAO=14;FDP=140;FR=.;FRO=126;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=64;FSRR=62;FWDB=-0.049307;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=2;MLLD=54.2842;QD=1.42468;RBI=0.0503231;REFB=-0.00496745;REVB=0.0100613;RO=126;SAF=1;SAR=13;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542253;STB=0.917846;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.0939394;OID=.;OPOS=38301756;OREF=CG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:141:140:126:126:14:14:0.1:13:1:64:62:13:1:64:62 chr2 38527397 . A ACT 237.24 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=77;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0108324;FXX=0.0657808;HRUN=1;LEN=2;MLLD=125.493;QD=13.3658;RBI=0.046663;REFB=-0.106942;REVB=0.0453883;RO=47;SAF=10;SAR=17;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180006;STB=0.572981;STBP=0.337;TYPE=ins;VARB=0.141711;OID=.;OPOS=38527398;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394366:27:77:28:71:43:11:17:22:21:99:47:10:17:25:22 chr2 39025555 . G A 2351.93 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.331;QD=61.0892;RBI=0.024421;REFB=0;REVB=0.00556714;RO=0;SAF=59;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42155e-05;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:95:59:0:0:95:59:0:0 chr2 39050141 . A C 854.08 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00820913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.354;QD=56.0054;RBI=0.0329767;REFB=0.0527717;REVB=0.0319386;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.508472;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=6.75713e-05;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:29:31:0:0:29:31:0:1 chr2 39081353 . T C 581.53 PASS AF=0.394118;AO=66;DP=176;FAO=67;FDP=170;FR=.;FRO=103;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.0380378;FXX=0.0395458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8434;QD=13.683;RBI=0.0584064;REFB=-0.00666556;REVB=0.0443219;RO=97;SAF=25;SAR=41;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598665;STB=0.54644;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0153505;OID=.;OPOS=39081353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:170:97:103:66:67:0.394118:41:25:42:55:42:25:46:57 chr2 39082344 . T C 2333.97 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.736;QD=60.2315;RBI=0.0178026;REFB=-0.0479799;REVB=0.0138091;RO=1;SAF=73;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590936;STB=0.503067;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000456824;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:155:1:1:153:154:0.993548:80:73:0:1:81:73:0:1 chr2 39187190 . T C 91.87 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421274;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9701;QD=40.8314;RBI=0.0434307;REFB=0;REVB=-0.0105598;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170823;OID=.;OPOS=39187190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr2 39209426 . A G 154.3 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.892;QD=44.0865;RBI=0.142811;REFB=0;REVB=0.142374;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375064;OID=.;OPOS=39209426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:6:8:0:0 chr2 39211916 . C A 316.63 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0467581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1723;QD=15.2594;RBI=0.0901419;REFB=0.0361752;REVB=-0.0770664;RO=48;SAF=10;SAR=25;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578198;STB=0.532768;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.070248;OID=.;OPOS=39211916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:25:10:16:32:25:10:16:32 chr2 39212566 . T G,TG 179.13 PASS AF=0.310345,0.344828;AO=3,7;DP=52;FAO=9,10;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=2,3;FSAR=7,7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00657391,-0.0141125;FXX=0.147016;HRUN=11,0;LEN=1,1;MLLD=136.316,206.926;QD=24.7072;RBI=0.0561995,0.0374894;REFB=-0.133882,-0.0225987;REVB=0.0558137,0.0347317;RO=42;SAF=1,4;SAR=2,3;SRF=16;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0491487,0.226178;STB=0.794818,0.739926;STBP=0.028,0.05;TYPE=snp,ins;VARB=0.0307367,0.0168037;OID=.,.;OPOS=39212566,39212567;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:49:52:29:42:10:3,7:9,10:0.310345,0.344828:2,3:1,4:16:26:7,7:2,3:8:2 chr2 39212637 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.275;QD=50.4135;RBI=0.0171043;REFB=0;REVB=-0.0132478;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13023e-05;OID=.;OPOS=39212637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr2 39477170 . T C 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00924447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.66;QD=15.9781;RBI=0.0133039;REFB=-0.0188527;REVB=0.0095673;RO=40;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799554;STB=0.545033;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0213859;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:15:17:18:22:15:17:18:22 chr2 39499614 . T A 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00497323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.252;QD=27.235;RBI=0.0180798;REFB=-0.00516547;REVB=0.0173823;RO=13;SAF=4;SAR=19;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202109;STB=0.637449;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00237404;OID=.;OPOS=39499614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:14:23:23:0.621622:19:4:5:8:19:4:6:8 chr2 39507417 . T A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0602944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.003;QD=13.7477;RBI=0.0635824;REFB=-0.0398085;REVB=0.0201817;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166373;STB=0.580576;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0525122;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:13:9:8:23:13:9:9:23 chr2 39583446 . A G 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000388292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.654;QD=63.8863;RBI=0.00255765;REFB=0;REVB=-0.00252801;RO=0;SAF=30;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.90112e-06;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:67:30:0:0:67:30:0:0 chr2 40403104 . A G 480.69 PASS AF=0.494737;AO=46;DP=94;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=0.0204944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.674;QD=20.2394;RBI=0.0294832;REFB=-0.00663752;REVB=0.0211952;RO=48;SAF=34;SAR=12;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130598;STB=0.517038;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00627448;OID=.;OPOS=40403104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:48:48:46:47:0.494737:12:34:36:12:13:34:36:12 chr2 40655858 . G A 433.61 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0397429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7078;QD=23.4384;RBI=0.0400908;REFB=-0.0123826;REVB=-0.0052699;RO=32;SAF=21;SAR=21;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984472;STB=0.554029;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00751249;OID=.;OPOS=40655858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:21:21:20:12:21:21:20:12 chr2 42275819 . T C 36.15 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0185352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.911;QD=6.57305;RBI=0.0224972;REFB=-0.00888236;REVB=-0.0127502;RO=16;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28301;STB=0.726671;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0483223;OID=.;OPOS=42275819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:22:16:16:5:6:0.272727:3:2:3:13:3:3:3:13 chr2 42396722 . A G 972.12 PASS AF=0.465753;AO=102;DP=210;FAO=102;FDP=219;FR=.;FRO=117;FSAF=92;FSAR=10;FSRF=102;FSRR=15;FWDB=-0.0101279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.721;QD=17.7557;RBI=0.03319;REFB=-0.0335945;REVB=-0.031607;RO=108;SAF=92;SAR=10;SRF=94;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771849;STB=0.542444;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0514365;OID=.;OPOS=42396722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:219:108:117:102:102:0.465753:10:92:94:14:10:92:102:15 chr2 42510018 . A G 2724.89 PASS AF=0.94;AO=187;DP=199;FAO=188;FDP=200;FR=.;FRO=12;FSAF=93;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0411256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.5991;QD=54.4979;RBI=0.0469587;REFB=0.0548865;REVB=-0.0226671;RO=11;SAF=92;SAR=95;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423871;STB=0.519689;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0117483;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:199:200:11:12:187:188:0.94:95:92:1:10:95:93:2:10 chr2 42515388 . A G 1669.21 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0150868;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.805;QD=58.5687;RBI=0.0194821;REFB=-0.161823;REVB=-0.0123264;RO=1;SAF=48;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978793;STB=0.509998;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000408764;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:1:2:111:112:0.982456:63:48:1:0:63:49:2:0 chr2 42515437 . A G 600.27 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0124964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.724;QD=26.0988;RBI=0.0242811;REFB=-0.0205194;REVB=0.0208186;RO=37;SAF=28;SAR=26;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439799;STB=0.529354;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.019743;OID=.;OPOS=42515437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:37:38:54:54:0.586957:26:28:17:20:26:28:17:21 chr2 42560975 . A G 1698.18 PASS AF=0.991228;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0820503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7083;QD=59.5854;RBI=0.0854201;REFB=0.0477495;REVB=0.0237559;RO=1;SAF=69;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114372;STB=0.505881;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000128617;OID=.;OPOS=42560975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:114:1:1:110:113:0.991228:41:69:0:1:42:71:0:1 chr2 42577803 . T C,TAAATACACAC 259.56 PASS AF=0.0606061,0.666667;AO=2,18;DP=33;FAO=2,22;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=0,11;FSAR=2,11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0402589,-0.0541385;FXX=0.0294031;HRUN=1,2;LEN=1,10;MLLD=103.397,244;QD=31.4618;RBI=0.0484672,0.0569333;REFB=-0.0234133,-0.0118936;REVB=0.0269869,-0.0176188;RO=9;SAF=0,7;SAR=2,11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.602534,-0.102393;STB=0.994575,0.516114;STBP=0.187,0.808;TYPE=snp,ins;VARB=0.170884,-0.00247484;OID=.,.;OPOS=42577803,42577804;OREF=T,-;OALT=C,AAATACACAC;OMAPALT=C,TAAATACACAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:33:33:9:9:2,18:2,22:0.0606061,0.666667:2,11:0,7:5:4:2,11:0,11:5:4 chr2 42577806 . T A 34.71 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0113522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7534;QD=4.6283;RBI=0.0136343;REFB=-0.00167705;REVB=-0.0075513;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04918;STB=0.533223;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00677204;OID=.;OPOS=42577806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:11:13:3:3:11:13 chr2 42588195 . T C 1607.39 PASS AF=0.432911;AO=172;DP=393;FAO=171;FDP=395;FR=.;FRO=224;FSAF=78;FSAR=93;FSRF=118;FSRR=106;FWDB=-0.0835798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8173;QD=16.2773;RBI=0.12807;REFB=0.00577747;REVB=-0.0970385;RO=221;SAF=79;SAR=93;SRF=116;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665712;STB=0.540084;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00977018;OID=.;OPOS=42588195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:395:221:224:172:171:0.432911:93:79:116:105:93:78:118:106 chr2 42990101 . G C 2821.32 PASS AF=0.994475;AO=179;DP=179;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00681688;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.251;QD=62.3497;RBI=0.00877704;REFB=-0.0576489;REVB=0.00552871;RO=0;SAF=100;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502463;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000366169;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:179:181:0:1:179:180:0.994475:79:100:0:0:79:101:1:0 chr2 42990336 . T G 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.244;QD=61.1578;RBI=0.029514;REFB=0;REVB=0.0157246;RO=0;SAF=46;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93828e-05;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:72:46:0:0:72:46:0:0 chr2 42990522 . C T 2658.09 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.295;QD=62.1775;RBI=0.0898129;REFB=0;REVB=0.0687846;RO=0;SAF=81;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156876;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:90:81:0:0:90:81:0:0 chr2 42991053 . C T 164.85 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0359963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.22;QD=14.0295;RBI=0.0409308;REFB=0.00545877;REVB=-0.0194834;RO=29;SAF=14;SAR=4;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165956;STB=0.597444;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0109239;OID=.;OPOS=42991053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:4:14:19:10:4:14:19:10 chr2 43015704 . T A 1540.39 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.994;QD=59.8209;RBI=0.069456;REFB=0;REVB=0.0677771;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011123;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr2 43015719 . T C 1540.58 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.344;QD=59.8285;RBI=0.0239674;REFB=0;REVB=0.0046868;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50167e-05;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:53:50:0:0:53:50:0:0 chr2 43015757 . G A 1060.54 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00658608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.198;QD=55.8179;RBI=0.0477292;REFB=-0.0974374;REVB=-0.0472726;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.516125;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000731643;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:0:3:73:73:0.960526:45:28:0:0:45:28:0:3 chr2 43991491 . TG GT,T 35.64 PASS AF=0.0526316,0.157895;AO=2,13;DP=38;FAO=2,6;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=0,1;FSAR=2,5;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0385731,-0.220351;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=97.1602,17.104;QD=3.7514;RBI=0.0544609,0.243544;REFB=-0.0161437,-0.107381;REVB=-0.0384461,-0.103728;RO=21;SAF=0,8;SAR=2,5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0.285418;SSSB=-0.535809,0.0479278;STB=0.996578,0.886029;STBP=0.05,0.092;TYPE=mnp,del;VARB=0.0223581,0.044823;OID=.,.;OPOS=43991491,43991492;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:38:38:21:30:2,13:2,6:0.0526316,0.157895:2,5:0,8:12:9:2,5:0,1:21:9 chr2 44022019 . CCAAT C 148.94 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=82;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00522929;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=4;MLLD=230.736;QD=6.84789;RBI=0.01853;REFB=-0.0145872;REVB=-0.0177768;RO=52;SAF=17;SAR=10;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781905;STB=0.523872;STBP=0.771;TYPE=del;VARB=0.028201;OID=.;OPOS=44022020;OREF=CAAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:27:82:29:87:58:17:12:36:22:99:52:17:10:36:16 chr2 44066174 . T G 3426.45 PASS AF=1;AO=159;DP=162;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8295;QD=61.4609;RBI=0.111828;REFB=0;REVB=0.0312484;RO=0;SAF=89;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258278;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:162:223:0:0:159:223:1:70:89:0:0:82:141:0:0 chr2 44071743 . A G 1991.14 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.169;QD=61.2658;RBI=0.0201606;REFB=-0.111077;REVB=-0.00558685;RO=1;SAF=54;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087192;STB=0.504586;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000292092;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:75:54:1:0:75:54:1:0 chr2 44101538 . C T 2202.62 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.888;QD=62.0456;RBI=0.0505355;REFB=0;REVB=0.0425062;RO=0;SAF=69;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53719e-05;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:142:0:0:124:142:1:55:69:0:0:58:84:0:0 chr2 44104925 . T C 2346.65 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404754;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.761;QD=63.8543;RBI=0.0736364;REFB=0;REVB=0.0615148;RO=0;SAF=72;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139347;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:147:0:0:143:147:1:71:72:0:0:73:74:0:0 chr2 44116883 . A AG 88.36 PASS AF=0.230263;AO=37;DP=153;FAO=35;FDP=152;FR=.;FRO=117;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=-0.0211938;FXX=0.00653552;HRUN=0;LEN=1;MLLD=56.5732;QD=2.32521;RBI=0.0337772;REFB=-0.00915933;REVB=-0.0263006;RO=107;SAF=11;SAR=26;SRF=64;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367806;STB=0.657053;STBP=0.042;TYPE=ins;VARB=0.126131;OID=.;OPOS=44116884;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230263:37:153:35:152:117:12:23:64:53:88:107:11:26:64:43 chr2 45148830 . G A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00700578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.021;QD=20.8995;RBI=0.048466;REFB=-0.000110387;REVB=0.0479569;RO=24;SAF=21;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127649;STB=0.571375;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000346487;OID=.;OPOS=45148830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:7:21:15:9:7:21:15:9 chr2 45149003 . C T 1603.78 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00429704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.828;QD=58.8545;RBI=0.00646704;REFB=-0.0109209;REVB=0.00483302;RO=1;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978547;STB=0.505154;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=1.68487e-05;OID=.;OPOS=45149003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:1:1:107:108:0.990826:48:59:0:1:48:60:0:1 chr2 45149373 . G T 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00389494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.847;QD=26.0488;RBI=0.00712948;REFB=0.0108619;REVB=-0.00597151;RO=5;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147448;STB=0.58319;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00667653;OID=.;OPOS=45149373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:4:8:2:3:4:8:2:3 chr2 45171842 . A G 5750.57 PASS AF=1;AO=362;DP=364;FAO=365;FDP=365;FR=.;FRO=0;FSAF=201;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.489;QD=63.02;RBI=0.0217039;REFB=0;REVB=0.0157178;RO=0;SAF=201;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25856e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13589e-05;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:364:365:0:0:362:365:1:161:201:0:0:164:201:0:0 chr2 46414169 . G A 1917.55 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00369759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.396;QD=60.8747;RBI=0.00385887;REFB=0.0170087;REVB=-0.00110393;RO=1;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736657;STB=0.503875;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=6.62973e-06;OID=.;OPOS=46414169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:64:61:0:1:64:61:0:1 chr2 46414434 . C A 1606.91 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.595;QD=64.2765;RBI=0.0190572;REFB=0;REVB=-0.0155581;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30276e-06;OID=.;OPOS=46414434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:50:48:0:0:51:49:0:0 chr2 46707851 . G A 641.17 PASS AF=0.579439;AO=59;DP=105;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=37;FWDB=0.0398569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.891;QD=23.9691;RBI=0.0410874;REFB=-0.0662276;REVB=0.00997992;RO=44;SAF=19;SAR=40;SRF=8;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132706;STB=0.585324;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0276959;OID=.;OPOS=46707851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:44:45:59:62:0.579439:40:19:8:36:40:22:8:37 chr2 46707886 . G A 356.54 PASS AF=0.652174;AO=28;DP=44;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0534077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.658;QD=31.0031;RBI=0.0556502;REFB=0.0627176;REVB=0.0156383;RO=16;SAF=1;SAR=27;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112499;STB=0.568575;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.004407;OID=.;OPOS=46707886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:16:16:28:30:0.652174:27:1:1:15:29:1:1:15 chr2 46819098 . A G 470.96 PASS AF=0.5;AO=45;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0195267;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.95;QD=20.4767;RBI=0.0205171;REFB=0.00299774;REVB=0.00629747;RO=45;SAF=18;SAR=27;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421868;STB=0.534009;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00307056;OID=.;OPOS=46819098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:46:45:46:0.5:27:18:16:29:27:19:16:30 chr2 46987300 . T G 308.37 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00422756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5216;QD=18.4099;RBI=0.0521065;REFB=-0.0282955;REVB=-0.0519347;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271707;STB=0.507688;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0309826;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:34:33:33:0.492537:17:16:17:16:17:16:17:17 chr2 47045309 . C T 930.24 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0900328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2251;QD=55.5364;RBI=0.103894;REFB=-0.126437;REVB=0.0518455;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141005;STB=0.514701;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00615574;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:67:1:2:65:65:0.970149:33:32:0:1:33:32:0:2 chr2 47045321 . A G 265.18 PASS AF=0.471429;AO=26;DP=64;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0712414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.4344;QD=15.153;RBI=0.0805893;REFB=-0.0449263;REVB=-0.0376736;RO=38;SAF=8;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237636;STB=0.531231;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0669506;OID=.;OPOS=47045321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:70:38:37:26:33:0.471429:18:8:20:18:18:15:19:18 chr2 47201797 . A T 1493.62 PASS AF=0.714953;AO=125;DP=192;FAO=153;FDP=214;FR=.;FRO=61;FSAF=47;FSAR=106;FSRF=45;FSRR=16;FWDB=0.114708;FXX=0.00465095;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.0041;QD=27.9181;RBI=0.117357;REFB=-0.0563308;REVB=0.024791;RO=64;SAF=36;SAR=89;SRF=50;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32228;STB=0.629713;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.024311;OID=.;OPOS=47201797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:214:64:61:125:153:0.714953:89:36:50:14:106:47:45:16 chr2 47206034 . A T 202.83 PASS AF=0.378788;AO=23;DP=64;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0022927;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=139.304;QD=12.2925;RBI=0.00713523;REFB=0.000746291;REVB=-0.00675685;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265334;STB=0.653724;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00101148;OID=.;OPOS=47206034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:26:41:23:25:0.378788:16:7:15:11:16:9:25:16 chr2 47251469 . G C 3172.12 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1693;QD=64.0833;RBI=0.0409266;REFB=0;REVB=-0.0291296;RO=0;SAF=97;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136202;OID=.;OPOS=47251469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:198:198:1:101:97:0:0:101:97:0:0 chr2 47274443 . G T 442.0 PASS AF=0.420168;AO=49;DP=118;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=51;FWDB=0.00642524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.037;QD=14.8572;RBI=0.0141677;REFB=0.00881329;REVB=0.012627;RO=69;SAF=19;SAR=30;SRF=18;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144796;STB=0.586924;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0146521;OID=.;OPOS=47274443;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:69:69:49:50:0.420168:30:19:18:51:30:20:18:51 chr2 47278901 . G A 6291.17 PASS AF=1;AO=388;DP=389;FAO=394;FDP=394;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=223;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127523;FXX=0.00253158;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.484;QD=63.8697;RBI=0.0230359;REFB=0;REVB=0.0191842;RO=0;SAF=166;SAR=222;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39446e-06;OID=.;OPOS=47278901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:389:394:0:0:388:394:1:222:166:0:0:223:171:0:0 chr2 47301029 . A G 894.93 PASS AF=0.464286;AO=90;DP=195;FAO=91;FDP=196;FR=.;FRO=105;FSAF=60;FSAR=31;FSRF=63;FSRR=42;FWDB=0.0072671;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.374;QD=18.2639;RBI=0.00731491;REFB=1.80233e-05;REVB=0.000834943;RO=101;SAF=59;SAR=31;SRF=62;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434453;STB=0.534595;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.000149413;OID=.;OPOS=47301029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:101:105:90:91:0.464286:31:59:62:39:31:60:63:42 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 2472.2 PASS AF=0.164502,0.675325;AO=47,119;DP=235;FAO=38,156;FDP=231;FR=.;FRO=37;FSAF=21,57;FSAR=17,99;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0114241,-0.0439152;FXX=0.0170206;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=150.996,222.628;QD=42.8086;RBI=0.0221935,0.0439379;REFB=-0.00276194,-0.00541034;REVB=-0.0190274,-0.00141042;RO=45;SAF=21,47;SAR=26,72;SRF=27;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.134932,-0.107333;STB=0.519424,0.530117;STBP=0.764,0.098;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00449107,-0.00112265;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:235:231:45:37:47,119:38,156:0.164502,0.675325:26,72:21,47:27:18:17,99:21,57:19:18 chr2 47387458 . CA AC,C 95.76 PASS AF=0.0112994,0.271186;AO=8,49;DP=186;FAO=2,48;FDP=177;FR=.;FRO=127;FSAF=0,23;FSAR=2,25;FSRF=48;FSRR=79;FWDB=-0.0405379,0.0142291;FXX=0.0483845;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=21.1418,6.87215;QD=2.16411;RBI=0.0591608,0.0937281;REFB=-0.045511,-0.105971;REVB=0.0430892,0.0926417;RO=98;SAF=0,27;SAR=8,22;SRF=40;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.532913,0.164083;STB=0.993799,0.574004;STBP=0.21,0.241;TYPE=mnp,del;VARB=-0.13772,0.0900903;OID=.,.;OPOS=47387458,47387459;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:92:186:177:98:127:8,49:2,48:0.0112994,0.271186:8,22:0,27:40:58:2,25:0,23:48:79 chr2 47596853 . C CG 1011.77 PASS AF=0.466844;AO=171;DP=393;FAO=176;FDP=377;FR=.;FRO=201;FSAF=76;FSAR=100;FSRF=85;FSRR=116;FWDB=0.0204119;FXX=0.0130887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.9111;QD=10.7349;RBI=0.0539199;REFB=-0.023084;REVB=-0.049907;RO=218;SAF=74;SAR=97;SRF=88;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301022;STB=0.504859;STBP=0.888;TYPE=ins;VARB=0.0182576;OID=.;OPOS=47596854;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466844:171:393:176:377:201:76:100:85:116:99:218:74:97:88:130 chr2 47601106 . T C 478.91 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0245361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7538;QD=15.5743;RBI=0.0412047;REFB=-4.28104e-05;REVB=0.0331029;RO=70;SAF=22;SAR=31;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158364;STB=0.508869;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000375766;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:70:53:53:0.430894:31:22:28:42:31:22:28:42 chr2 47604176 . C T 135.05 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0343608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9462;QD=16.8818;RBI=0.0343973;REFB=-0.0127165;REVB=0.00158359;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106803;STB=0.561102;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00906353;OID=.;OPOS=47604176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:11:6:7:8:11:6 chr2 47739551 . A G 2399.54 PASS AF=1;AO=147;DP=150;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.268;QD=60.7478;RBI=0.0263004;REFB=0;REVB=0.0185751;RO=0;SAF=62;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03552e-05;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:158:0:0:147:158:1:85:62:0:0:94:64:0:0 chr2 48567964 . C G 788.94 PASS AF=0.448649;AO=83;DP=186;FAO=83;FDP=185;FR=.;FRO=102;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0147603;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9263;QD=17.0581;RBI=0.0158081;REFB=0.00178957;REVB=-0.00565964;RO=101;SAF=36;SAR=47;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316469;STB=0.520565;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00186825;OID=.;OPOS=48567964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:101:102:83:83:0.448649:47:36:47:54:47:36:48:54 chr2 48602252 . C T 789.31 PASS AF=0.425121;AO=88;DP=207;FAO=88;FDP=207;FR=.;FRO=119;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=52;FSRR=67;FWDB=-0.0130772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.828;QD=15.2524;RBI=0.0196103;REFB=-0.0197654;REVB=-0.0146134;RO=119;SAF=40;SAR=48;SRF=52;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182874;STB=0.510202;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0274978;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:119:119:88:88:0.425121:48:40:52:67:48:40:52:67 chr2 48756682 . C G 1825.77 PASS AF=0.495957;AO=173;DP=362;FAO=184;FDP=371;FR=.;FRO=187;FSAF=68;FSAR=116;FSRF=72;FSRR=115;FWDB=0.0315503;FXX=0.0026881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2408;QD=19.6848;RBI=0.070265;REFB=-0.0236803;REVB=0.0627834;RO=184;SAF=68;SAR=105;SRF=72;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00173067;STB=0.508325;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0229961;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:371:184:187:173:184:0.495957:105:68:72:112:116:68:72:115 chr2 48807796 . A C 756.48 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.0087;QD=63.0399;RBI=0.0475145;REFB=0;REVB=0.0276469;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115508;OID=.;OPOS=48807796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr2 48807975 . A AC 1440.43 PASS AF=1;AO=15;DP=104;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314325;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.3452;QD=59.399;RBI=0.035243;REFB=0;REVB=-0.0159395;RO=83;SAF=0;SAR=15;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.675664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000128445;OID=.;OPOS=48807976;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:104:97:97:0:34:63:0:0:8:83:0:15:31:52 chr2 48807976 . T C 1101.59 PASS AF=0.84466;AO=81;DP=97;FAO=87;FDP=103;FR=.;FRO=16;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0.0838365;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=98.2828;QD=42.7802;RBI=0.0841202;REFB=-0.127201;REVB=-0.00690335;RO=15;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120855;STB=0.567782;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00961849;OID=.;OPOS=48807976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:97:103:15:16:81:87:0.84466:51:30:0:15:51:36:0:16 chr2 48808152 . G C 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9601;QD=57.1972;RBI=0.0575341;REFB=0;REVB=-0.0388553;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111118;OID=.;OPOS=48808152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr2 48808594 . C T 1752.3 PASS AF=0.991525;AO=115;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.372;QD=59.4;RBI=0.0215154;REFB=0.0223303;REVB=-0.0130371;RO=1;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759815;STB=0.503875;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000143129;OID=.;OPOS=48808594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:115:117:0.991525:62:53:0:1:64:53:0:1 chr2 48808882 . T A 1530.03 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.192;QD=63.7513;RBI=0.0295351;REFB=0;REVB=0.00876521;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20811e-05;OID=.;OPOS=48808882;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:47:49:0:0:47:49:0:0 chr2 48808898 . C T 1590.88 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0076981;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.643;QD=64.2779;RBI=0.0169092;REFB=0;REVB=0.0150553;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74778e-06;OID=.;OPOS=48808898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:47:51:0:0:48:51:0:0 chr2 48809593 . G T 2162.86 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0196365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.819;QD=62.2405;RBI=0.0304731;REFB=-0.136821;REVB=0.0233027;RO=1;SAF=65;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725827;STB=0.503816;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000125701;OID=.;OPOS=48809593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:73:65:1:0:73:65:1:0 chr2 48822381 . G A 242.12 PASS AF=0.379747;AO=23;DP=72;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00467435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.872;QD=12.2593;RBI=0.0303382;REFB=-0.0165838;REVB=0.0299759;RO=48;SAF=16;SAR=7;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914795;STB=0.513967;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0304583;OID=.;OPOS=48822381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:79:48:49:23:30:0.379747:7:16:30:18:11:19:30:19 chr2 48825650 . C G 138.5 PASS AF=0.326531;AO=17;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0612307;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0154;QD=11.3063;RBI=0.0655558;REFB=-0.00928256;REVB=0.0234173;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292532;STB=0.50908;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00962273;OID=.;OPOS=48825650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:17:16:0.326531:7:10:18:14:7:9:19:14 chr2 48898798 . T A 4315.65 PASS AF=1;AO=273;DP=275;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0339;QD=62.5456;RBI=0.0824109;REFB=-0.05346;REVB=-0.0798368;RO=0;SAF=117;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65222e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112771;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:275:276:0:0:273:276:1:156:117:0:0:156:120:0:0 chr2 48915871 . A G 2095.25 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8785;QD=61.6251;RBI=0.045891;REFB=-0.00518871;REVB=0.0410613;RO=1;SAF=52;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576214;STB=0.502994;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000207466;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:134:135:0.992647:82:52:0:1:83:52:0:1 chr2 48921375 . T C 1594.26 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0299024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.932;QD=57.9731;RBI=0.0358806;REFB=-0.110438;REVB=0.019831;RO=1;SAF=43;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109103;STB=0.50193;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.000331136;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:1:2:108:108:0.981818:65:43:1:0:65:43:1:1 chr2 48948856 . A G 376.03 PASS AF=0.43956;AO=38;DP=97;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0379582;FXX=0.0714213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3317;QD=16.5288;RBI=0.0447353;REFB=-0.0416792;REVB=-0.0236733;RO=46;SAF=16;SAR=22;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222887;STB=0.590988;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0211003;OID=.;OPOS=48948856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:91:46:51:38:40:0.43956:22:16:30:16:23:17:30:21 chr2 49189921 . C T 2200.79 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.867;QD=62.4337;RBI=0.0133155;REFB=-0.136218;REVB=0.00668672;RO=1;SAF=62;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760704;STB=0.503999;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000152729;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:78:62:1:0:78:62:1:0 chr2 49191041 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.926;QD=57.5446;RBI=0.0573489;REFB=0;REVB=0.0027728;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001095;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr2 50201110 . A G 2438.74 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000546107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8542;QD=61.3518;RBI=0.0268191;REFB=0;REVB=-0.0268135;RO=0;SAF=84;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60793e-05;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:75:84:0:0:75:84:0:0 chr2 52929658 . A G 4092.99 PASS AF=0.469066;AO=415;DP=897;FAO=417;FDP=889;FR=.;FRO=472;FSAF=202;FSAR=215;FSRF=203;FSRR=269;FWDB=-0.0256881;FXX=0.0111233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.723;QD=18.4162;RBI=0.0256889;REFB=-0.00885911;REVB=0.000207312;RO=458;SAF=201;SAR=214;SRF=191;SRR=267;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645894;STB=0.528923;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.013121;OID=.;OPOS=52929658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:897:889:458:472:415:417:0.469066:214:201:191:267:215:202:203:269 chr2 53955850 . C T 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0141211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.737;QD=13.5536;RBI=0.0201636;REFB=-0.0198062;REVB=-0.0143933;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265774;STB=0.534316;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0267852;OID=.;OPOS=53955850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:40:27:27:0.402985:17:10:15:23:17:10:17:23 chr2 53992593 . A T 1028.59 PASS AF=0.439216;AO=112;DP=255;FAO=112;FDP=255;FR=.;FRO=143;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=74;FSRR=69;FWDB=-0.018876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.529;QD=16.1348;RBI=0.0339598;REFB=-0.0144489;REVB=-0.0282306;RO=143;SAF=58;SAR=54;SRF=74;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000378723;STB=0.50021;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0150221;OID=.;OPOS=53992593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:143:143:112:112:0.439216:54:58:74:69:54:58:74:69 chr2 54035447 . A G 549.49 PASS AF=0.397516;AO=64;DP=161;FAO=64;FDP=161;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=65;FWDB=-0.0325141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.319;QD=13.6519;RBI=0.0664649;REFB=-0.000950857;REVB=0.0579691;RO=97;SAF=27;SAR=37;SRF=32;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102972;STB=0.557811;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00166776;OID=.;OPOS=54035447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:97:97:64:64:0.397516:37:27:32:65:37:27:32:65 chr2 54115904 . A G 1647.36 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00858435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.348;QD=58.3138;RBI=0.0248575;REFB=-0.0271523;REVB=-0.0233281;RO=1;SAF=51;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921809;STB=0.500722;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=6.17786e-05;OID=.;OPOS=54115904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:1:2:111:111:0.982301:60:51:1:0:60:51:1:1 chr2 54120025 . A T 3039.16 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164792;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.156;QD=63.3159;RBI=0.0170133;REFB=-0.0142937;REVB=-0.00422943;RO=1;SAF=97;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98208e-05;OID=.;OPOS=54120025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:193:192:1:0:192:192:1:95:97:0:1:95:97:0:0 chr2 54120820 . G A 825.32 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=62;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0098627;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4655;QD=54.1193;RBI=0.0478847;REFB=0.0490123;REVB=-0.0468579;RO=2;SAF=18;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138396;STB=0.507489;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00486888;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:61:2:2:58:59:0.967213:40:18:1:1:41:18:1:1 chr2 54125495 . T C 715.58 PASS AF=0.835821;AO=54;DP=73;FAO=56;FDP=67;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0035483;FXX=0.0821805;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.1347;QD=42.7211;RBI=0.0191779;REFB=0.0372052;REVB=-0.0188468;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.531322;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00139319;OID=.;OPOS=54125495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:73:67:0:11:54:56:0.835821:31:23:0:0:31:25:7:4 chr2 54127041 . C T 2979.81 PASS AF=0.989583;AO=190;DP=192;FAO=190;FDP=192;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0185438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3095;QD=62.0793;RBI=0.0310313;REFB=0.0530924;REVB=-0.0248811;RO=1;SAF=97;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509295;STB=0.500055;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00306585;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:192:192:1:2:190:190:0.989583:93:97:0:1:94:96:1:1 chr2 54133744 . T C 489.03 PASS AF=0.395683;AO=54;DP=138;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0086933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.036;QD=14.0727;RBI=0.0205728;REFB=-0.010063;REVB=0.0186458;RO=84;SAF=25;SAR=29;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527191;STB=0.523676;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0149334;OID=.;OPOS=54133744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:84:84:54:55:0.395683:29:25:43:41:29:26:43:41 chr2 54144448 . T C 1827.15 PASS AF=0.463592;AO=191;DP=412;FAO=191;FDP=412;FR=.;FRO=221;FSAF=75;FSAR=116;FSRF=93;FSRR=128;FWDB=0.0084715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.039;QD=17.7393;RBI=0.0452199;REFB=-0.0264736;REVB=0.0444193;RO=219;SAF=75;SAR=116;SRF=91;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230914;STB=0.515718;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0328049;OID=.;OPOS=54144448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:412:412:219:221:191:191:0.463592:116:75:91:128:116:75:93:128 chr2 54482703 . GGGGCCC G 92.08 PASS AF=0.375;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0173175;FXX=0.0908884;HRUN=4;LEN=6;MLLD=181.473;QD=9.2084;RBI=0.0175775;REFB=-0.011001;REVB=0.0030123;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.309218;SSSB=-0.248773;STB=0.56748;STBP=0.562;TYPE=del;VARB=0.0164134;OID=.;OPOS=54482704;OREF=GGGCCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:14:35:15:40:25:8:7:16:9:92:11:7:7:9:2 chr2 54482989 . C T 478.08 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00450718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.608;QD=19.7145;RBI=0.00895494;REFB=-0.0107283;REVB=-0.00773798;RO=50;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666888;STB=0.537029;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0112676;OID=.;OPOS=54482989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:22:25:23:27:22:25:23:27 chr2 54557360 . A G 805.82 PASS AF=0.522581;AO=80;DP=154;FAO=81;FDP=155;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.0821885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.73;QD=20.7953;RBI=0.0821914;REFB=-0.0271532;REVB=0.00069399;RO=73;SAF=31;SAR=49;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00361158;STB=0.504625;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0258028;OID=.;OPOS=54557360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:73:74:80:81:0.522581:49:31:28:45:50:31:29:45 chr2 54587596 . C T 1042.82 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0750697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6442;QD=55.6168;RBI=0.0870731;REFB=-0.0484805;REVB=0.0441165;RO=3;SAF=22;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317123;STB=0.516791;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00848225;OID=.;OPOS=54587596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:3:72:72:0.96:50:22:2:1:50:22:2:1 chr2 55040426 . A G 2070.93 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419157;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.559;QD=61.8188;RBI=0.0498528;REFB=0;REVB=0.0269885;RO=1;SAF=67;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704144;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172278;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:134:134:1:0:132:134:1:65:67:1:0:65:69:0:0 chr2 55091029 . C T 303.42 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0030113;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.237;QD=16.8569;RBI=0.0143049;REFB=-0.0169004;REVB=-0.0139844;RO=38;SAF=12;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580278;STB=0.526865;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0284469;OID=.;OPOS=55091029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:21:12:16:22:21:12:16:23 chr2 55186394 . A C 1707.5 PASS AF=0.958678;AO=116;DP=122;FAO=116;FDP=121;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.043121;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.193;QD=56.4463;RBI=0.0441616;REFB=-0.0237217;REVB=-0.0095303;RO=4;SAF=50;SAR=66;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205015;STB=0.507102;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0007389;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:122:121:4:5:116:116:0.958678:66:50:3:1:66:50:3:2 chr2 55404794 . G A 514.3 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=127;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0425605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.824;QD=16.1984;RBI=0.0518139;REFB=-0.0211123;REVB=-0.0295514;RO=71;SAF=26;SAR=30;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421483;STB=0.523531;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0293817;OID=.;OPOS=55404794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:71:71:56:56:0.440945:30:26:30:41:30:26:30:41 chr2 55404883 . T C 361.99 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0138028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.624;QD=23.3543;RBI=0.0146943;REFB=0.025366;REVB=-0.00504027;RO=26;SAF=18;SAR=18;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146899;STB=0.580602;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0270529;OID=.;OPOS=55404883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:18:18:8:18:18:18:8:18 chr2 55407754 . C T 2000.41 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349717;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.561;QD=62.0282;RBI=0.0357914;REFB=0;REVB=0.00761626;RO=0;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115691;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:63:65:0:0:63:66:0:0 chr2 55436934 . G A 189.17 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0294041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.403;QD=15.4421;RBI=0.0470254;REFB=-0.0157414;REVB=-0.0366985;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451536;STB=0.542578;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0191112;OID=.;OPOS=55436934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:19:20:0.408163:11:8:11:18:11:9:11:18 chr2 55470115 . C T 1513.19 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.157;QD=59.9284;RBI=0.011339;REFB=0;REVB=-0.0109205;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.99301e-05;OID=.;OPOS=55470115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:52:49:0:0:52:49:0:0 chr2 55490819 . G T 1660.64 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00404862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0958;QD=59.3086;RBI=0.00405559;REFB=-0.0119943;REVB=0.000237721;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0009387;OID=.;OPOS=55490819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:111:111:0.991071:61:50:0:0:61:50:0:1 chr2 55516723 . C T 1437.9 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920624;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.486;QD=63.2045;RBI=0.0182801;REFB=0;REVB=-0.0157927;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101646;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:57:34:0:0:57:34:0:0 chr2 55522422 . A G 2833.52 PASS AF=0.98913;AO=182;DP=184;FAO=182;FDP=184;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00754184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.495;QD=61.5982;RBI=0.0115432;REFB=-0.162502;REVB=0.00873873;RO=2;SAF=87;SAR=95;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991661;STB=0.505208;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000392263;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:184:184:2:2:182:182:0.98913:95:87:0:2:95:87:0:2 chr2 55771161 . A G 570.72 PASS AF=0.427586;AO=60;DP=143;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0797269;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3511;QD=15.744;RBI=0.0834113;REFB=0.0106269;REVB=0.0245166;RO=81;SAF=26;SAR=34;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371554;STB=0.519912;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.0089247;OID=.;OPOS=55771161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:81:83:60:62:0.427586:34:26:38:43:35:27:39:44 chr2 55805440 . T C 1465.29 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611719;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4596;QD=63.7083;RBI=0.0618888;REFB=0;REVB=0.00939265;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215916;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:90:92:1:53:37:0:0:53:39:0:0 chr2 55873592 . G A 326.49 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.032481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.22;QD=20.4057;RBI=0.0326163;REFB=-0.00201747;REVB=0.00296771;RO=30;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010286;STB=0.5057;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00199421;OID=.;OPOS=55873592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:20:14:12:18:20:14:12:18 chr2 56411817 . C T 343.23 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00268595;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.333;QD=24.0862;RBI=0.00357687;REFB=-0.00628734;REVB=-0.00236214;RO=23;SAF=20;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155481;STB=0.508542;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00400006;OID=.;OPOS=56411817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:14:20:14:9:14:20:14:9 chr2 56612594 . C T 369.93 PASS AF=0.328571;AO=46;DP=140;FAO=46;FDP=140;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.0303228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1488;QD=10.5693;RBI=0.0560967;REFB=-0.0119168;REVB=-0.047195;RO=94;SAF=15;SAR=31;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161557;STB=0.593749;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.028036;OID=.;OPOS=56612594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:94:94:46:46:0.328571:31:15:43:51:31:15:43:51 chr2 58388696 . A G 639.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.465;QD=60.8765;RBI=0.0311357;REFB=0;REVB=0.00501974;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570419;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr2 59921966 . GGTTA G 381.03 PASS AF=0.491071;AO=54;DP=114;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=44;FWDB=0.0334158;FXX=0.0260847;HRUN=2;LEN=4;MLLD=323.159;QD=13.6081;RBI=0.0375509;REFB=-0.00360237;REVB=0.0171305;RO=54;SAF=22;SAR=32;SRF=12;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18105;STB=0.602724;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.00401375;OID=.;OPOS=59921967;OREF=GTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491071:54:114:55:112:57:23:32:13:44:99:54:22:32:12:42 chr2 60614572 . G A 423.72 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0345746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.699;QD=33.8978;RBI=0.0346949;REFB=-0.00356188;REVB=0.00288665;RO=15;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116124;STB=0.551039;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00241919;OID=.;OPOS=60614572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:16:34:34:0.68:16:18:11:4:16:18:11:5 chr2 60614577 . A G 351.1 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00178075;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.167;QD=33.4381;RBI=0.00228049;REFB=-0.00298969;REVB=-0.00142463;RO=14;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157255;STB=0.575112;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000519516;OID=.;OPOS=60614577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:14:13:29:29:0.690476:16:13:10:4:16:13:9:4 chr2 60685756 . T A 45.97 PASS AF=0.130435;AO=17;DP=71;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0238405;FXX=0.028165;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.7976;QD=2.66465;RBI=0.0976812;REFB=-0.0013288;REVB=-0.0947272;RO=44;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245229;STB=0.709834;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0144447;OID=.;OPOS=60685756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:71:69:44:60:17:9:0.130435:10:7:19:25:3:6:25:35 chr2 60687959 . A G 2273.69 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.253;QD=60.2303;RBI=0.0245578;REFB=-0.102287;REVB=-0.00406774;RO=1;SAF=73;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174702;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:151:151:1:0:150:151:1:77:73:1:0:77:74:0:0 chr2 60867976 . C T 549.49 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0191594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1519;QD=17.7256;RBI=0.019211;REFB=-0.00374805;REVB=0.00140725;RO=66;SAF=28;SAR=30;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165254;STB=0.509179;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00562771;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:66:66:58:58:0.467742:30:28:33:33:30:28:33:33 chr2 61304271 . A G 272.53 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0428778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6184;QD=12.53;RBI=0.0644652;REFB=0.0222221;REVB=0.0481378;RO=55;SAF=8;SAR=24;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272723;STB=0.657959;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0365092;OID=.;OPOS=61304271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:24:8:26:29:24:8:26:29 chr2 61315632 . ATTTTTG ATTTTG,ATTTTGT 371.2 PASS AF=0.677419,0;AO=41,8;DP=102;FAO=63,0;FDP=93;FR=.;FRO=30;FSAF=38,0;FSAR=25,0;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0751389,-0.116005;FXX=0.0605999;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.5815,13.2524;QD=15.9654;RBI=0.14312,0.145159;REFB=-0.0191055,0.0328514;REVB=0.12181,-0.0872584;RO=36;SAF=27,2;SAR=14,6;SRF=20;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0934953,-0.370587;STB=0.523298,0.5;STBP=0.541,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0683972,-0.106835;OID=.,.;OPOS=61315633,61315637;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTG,ATTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.677419,0:41,8:102:63,0:93:30:38,0:25,0:16:14:96:36:27,2:14,6:20:16 chr2 61385100 . G A 540.0 PASS AF=0.405229;AO=61;DP=152;FAO=62;FDP=153;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=0.0226697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6163;QD=14.1175;RBI=0.0384747;REFB=0.0368367;REVB=0.0310867;RO=91;SAF=23;SAR=38;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929475;STB=0.545677;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0540617;OID=.;OPOS=61385100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:91:91:61:62:0.405229:38:23:42:49:38:24:42:49 chr2 61385105 . G C 543.93 PASS AF=0.407895;AO=61;DP=152;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.00696055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.165;QD=14.3139;RBI=0.0105515;REFB=-0.00799609;REVB=-0.00792996;RO=89;SAF=23;SAR=38;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913428;STB=0.558843;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0114089;OID=.;OPOS=61385105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:89:90:61:62:0.407895:38:23:41:48:39:23:42:48 chr2 61389737 . T G 423.14 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0620651;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3601;QD=14.718;RBI=0.0790095;REFB=-0.00951822;REVB=0.0488919;RO=66;SAF=20;SAR=28;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00803426;STB=0.500745;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0263155;OID=.;OPOS=61389737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:67:48:48:0.417391:28:20:27:39:28:20:28:39 chr2 61415492 . A G 433.29 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0130611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.484;QD=18.0536;RBI=0.0268392;REFB=-0.0126687;REVB=0.0234467;RO=52;SAF=19;SAR=25;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103426;STB=0.505778;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0181306;OID=.;OPOS=61415492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:25:19:23:29:25:19:23:29 chr2 61450454 . A G 682.17 PASS AF=0.492754;AO=68;DP=138;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0162628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3094;QD=19.7731;RBI=0.0168485;REFB=-6.89674e-05;REVB=0.00440365;RO=66;SAF=29;SAR=39;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203731;STB=0.506327;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-2.78417e-05;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:66:70:68:68:0.492754:39:29:28:38:39:29:29:41 chr2 61522123 . T C 1717.48 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532701;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3968;QD=60.7956;RBI=0.0646151;REFB=0;REVB=0.0365705;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529897;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:112:113:1:61:51:0:0:62:51:0:0 chr2 61575308 . A G 1844.61 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301364;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.256;QD=61.4869;RBI=0.068244;REFB=0;REVB=-0.0612294;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39799e-05;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:119:120:1:57:62:0:0:57:63:0:0 chr2 61647901 . A G 412.7 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0543936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.101;QD=13.6428;RBI=0.0550618;REFB=-0.0165704;REVB=0.00855226;RO=73;SAF=18;SAR=30;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085373;STB=0.548367;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.021886;OID=.;OPOS=61647901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:73:73:48:48:0.396694:30:18:33:40:30:18:33:40 chr2 62065759 . C T 1038.88 PASS AF=0.577381;AO=96;DP=168;FAO=97;FDP=168;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00317912;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.605;QD=24.7352;RBI=0.0115401;REFB=-0.0128827;REVB=0.0110936;RO=69;SAF=39;SAR=57;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111725;STB=0.510531;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00837133;OID=.;OPOS=62065759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:69:71:96:97:0.577381:57:39:29:40:57:40:31:40 chr2 62066927 . A G 2836.38 PASS AF=1;AO=180;DP=183;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00073627;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8981;QD=63.0308;RBI=0.00398622;REFB=0;REVB=0.00391763;RO=0;SAF=103;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83727e-05;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:180:0:0:180:180:1:77:103:0:0:77:103:0:0 chr2 62081012 . A C 3979.19 PASS AF=1;AO=255;DP=256;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.902;QD=62.1748;RBI=0.0198623;REFB=0;REVB=0.0111712;RO=0;SAF=92;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60397e-05;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:256:256:0:0:255:256:1:163:92:0:0:164:92:0:0 chr2 62112222 . G A,GGA 52.58 PASS AF=0.0149254,0.164179;AO=6,9;DP=84;FAO=1,11;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=1,2;FSAR=0,9;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.194895,-0.0380891;FXX=0.042851;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=13.4379,13.0943;QD=3.1389;RBI=0.198232,0.12911;REFB=0.00443494,-0.00368207;REVB=0.0362204,-0.123364;RO=58;SAF=4,1;SAR=2,8;SRF=35;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0755695,-0.57461;STB=0.987449,0.851078;STBP=0.505,0.024;TYPE=snp,ins;VARB=-0.107369,0.0480258;OID=.,.;OPOS=62112222,62112223;OREF=G,-;OALT=A,GA;OMAPALT=A,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:84:67:58:55:6,9:1,11:0.0149254,0.164179:2,8:4,1:35:23:0,9:1,2:35:20 chr2 62450631 . A G 234.53 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0235245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4045;QD=10.9086;RBI=0.0668323;REFB=-0.0117951;REVB=0.0625552;RO=57;SAF=21;SAR=8;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185527;STB=0.608616;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0194041;OID=.;OPOS=62450631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:8:21:33:24:8:21:33:24 chr2 62450743 . T C 1334.49 PASS AF=0.531381;AO=126;DP=237;FAO=127;FDP=239;FR=.;FRO=112;FSAF=46;FSAR=81;FSRF=47;FSRR=65;FWDB=-0.00076089;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.727;QD=22.3346;RBI=0.059277;REFB=0.00765063;REVB=0.0592721;RO=110;SAF=45;SAR=81;SRF=45;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475377;STB=0.528664;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.007295;OID=.;OPOS=62450743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:239:110:112:126:127:0.531381:81:45:45:65:81:46:47:65 chr2 62451422 . A G 95.12 PASS AF=0.3;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00728342;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.526;QD=9.51209;RBI=0.0244414;REFB=-0.0157709;REVB=0.023331;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516082;STB=0.533841;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0314666;OID=.;OPOS=62451422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:42:40:26:28:12:12:0.3:5:7:14:12:5:7:15:13 chr2 62489753 . C G 799.2 PASS AF=0.446809;AO=84;DP=188;FAO=84;FDP=188;FR=.;FRO=104;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=61;FSRR=43;FWDB=0.0169795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.563;QD=17.0042;RBI=0.01791;REFB=-0.0134411;REVB=0.00569775;RO=104;SAF=37;SAR=47;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144759;STB=0.580374;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0182032;OID=.;OPOS=62489753;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:104:104:84:84:0.446809:47:37:61:43:47:37:61:43 chr2 62729674 . T C 437.82 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=124;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.0201817;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.657;QD=14.2382;RBI=0.0293304;REFB=-0.018353;REVB=0.0212831;RO=73;SAF=23;SAR=27;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816877;STB=0.545976;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0234471;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:73:73:50:50:0.406504:27:23:28:45:27:23:28:45 chr2 62733253 . C T 5811.52 PASS AF=0.539667;AO=551;DP=1021;FAO=551;FDP=1021;FR=.;FRO=470;FSAF=241;FSAR=310;FSRF=247;FSRR=223;FWDB=0.015048;FXX=0.000978464;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.576;QD=22.7679;RBI=0.0179501;REFB=-0.0208416;REVB=0.00978591;RO=460;SAF=241;SAR=310;SRF=240;SRR=220;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711643;STB=0.5408;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0156204;OID=.;OPOS=62733253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1021:1021:460:470:551:551:0.539667:310:241:240:220:310:241:247:223 chr2 62738931 . G C 666.79 PASS AF=0.413408;AO=73;DP=178;FAO=74;FDP=179;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.00736489;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4592;QD=14.9004;RBI=0.0560554;REFB=-0.00915294;REVB=-0.0555695;RO=94;SAF=32;SAR=41;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946361;STB=0.531556;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0137175;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:94:105:73:74:0.413408:41:32:50:44:42:32:51:54 chr2 63170921 . C G 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0246472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.012;QD=17.5012;RBI=0.0259441;REFB=-0.00763938;REVB=-0.00810032;RO=28;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26704;STB=0.649747;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00592154;OID=.;OPOS=63170921;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:16:10:19:9:16:10:19:9 chr2 63283178 . C G 339.73 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0118385;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.124;QD=12.7001;RBI=0.0263893;REFB=-0.0184917;REVB=0.0235849;RO=66;SAF=14;SAR=27;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264295;STB=0.515053;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0218092;OID=.;OPOS=63283178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:66:66:41:41:0.383178:27:14:24:42:27:14:24:42 chr2 63395979 . G A 395.4 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0171838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9985;QD=17.5735;RBI=0.0219832;REFB=-0.0120484;REVB=-0.0137105;RO=49;SAF=13;SAR=28;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118684;STB=0.566633;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0190124;OID=.;OPOS=63395979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:28:13:21:28:28:13:21:28 chr2 63849491 . T C 1506.9 PASS AF=0.493333;AO=148;DP=300;FAO=148;FDP=300;FR=.;FRO=152;FSAF=89;FSAR=59;FSRF=93;FSRR=59;FWDB=0.00123185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.571;QD=20.092;RBI=0.00195963;REFB=-0.00492846;REVB=-0.00152404;RO=152;SAF=89;SAR=59;SRF=93;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101244;STB=0.505555;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00339377;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:152:152:148:148:0.493333:59:89:93:59:59:89:93:59 chr2 64069732 . G A 853.26 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.662;QD=55.9516;RBI=0.027236;REFB=-0.102407;REVB=0.0164737;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136794;STB=0.507244;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000341915;OID=.;OPOS=64069732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:26:34:1:0:26:34:1:0 chr2 64141414 . A G 242.39 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0079941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3772;QD=12.5917;RBI=0.0206997;REFB=-0.00236415;REVB=0.0190938;RO=48;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201851;STB=0.511577;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00332223;OID=.;OPOS=64141414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:17:12:19:29:17:12:19:29 chr2 64199312 . A G 487.31 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00158848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.219;QD=18.0485;RBI=0.0119463;REFB=-0.0189929;REVB=0.0118402;RO=56;SAF=30;SAR=22;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122231;STB=0.567831;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0187716;OID=.;OPOS=64199312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:52:52:0.481481:22:30:25:31:22:30:25:31 chr2 64327544 . G T 1625.87 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0028001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.379;QD=59.1225;RBI=0.0320076;REFB=0.0290191;REVB=-0.0318849;RO=1;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870981;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000374582;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:54:55:0:1:54:55:0:1 chr2 64327592 . T C 1971.04 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851201;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0809;QD=61.595;RBI=0.0783343;REFB=0;REVB=0.0778705;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309747;OID=.;OPOS=64327592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:128:0:0:124:128:1:69:55:0:0:69:59:0:0 chr2 64780294 . T C 1125.32 PASS AF=0.549738;AO=104;DP=190;FAO=105;FDP=191;FR=.;FRO=86;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.0148795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.795;QD=23.5669;RBI=0.01488;REFB=-0.0122523;REVB=-0.000117168;RO=85;SAF=52;SAR=52;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825397;STB=0.543988;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0116786;OID=.;OPOS=64780294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:85:86:104:105:0.549738:52:52:34:51:52:53:35:51 chr2 65311555 . C T 872.21 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195796;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.949;QD=58.1476;RBI=0.0273796;REFB=0;REVB=-0.0191384;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135347;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:37:21:0:0:38:22:0:0 chr2 65495887 . G A 4502.39 PASS AF=1;AO=282;DP=285;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507296;FXX=0.00699276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.289;QD=63.4139;RBI=0.0219431;REFB=0;REVB=0.0213486;RO=0;SAF=140;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27238e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0156e-05;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:285:284:0:0:282:284:1:142:140:0:0:144:140:0:0 chr2 65496018 . C G 1998.38 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00643972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.743;QD=61.9654;RBI=0.00990184;REFB=0;REVB=-0.00752172;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38879e-07;OID=.;OPOS=65496018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:127:129:1:61:66:0:0:62:67:0:0 chr2 65496144 . A G 2189.09 PASS AF=1;AO=138;DP=141;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153375;FXX=0.0212751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7096;QD=63.4519;RBI=0.0335985;REFB=0;REVB=0.0298935;RO=0;SAF=61;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288968;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:138:0:0:138:138:1:77:61:0:0:77:61:0:0 chr2 65496187 . G A 1621.64 PASS AF=1;AO=106;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000961478;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.958;QD=60.0608;RBI=0.0134103;REFB=0;REVB=0.0133758;RO=0;SAF=45;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073227;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:106:108:1:61:45:0:0:62:46:0:0 chr2 65497571 . C A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.791;QD=56.9379;RBI=0.0360204;REFB=0;REVB=0.0100482;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37205e-05;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr2 65540905 . C G 3271.32 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.196;QD=62.0155;RBI=0.0239287;REFB=0;REVB=-0.00697223;RO=0;SAF=100;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64656e-06;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:204:211:0:0:204:211:1:104:100:0:0:108:103:0:0 chr2 65561392 . C T 572.76 PASS AF=0.483607;AO=58;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.00762717;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.562;QD=18.7788;RBI=0.011539;REFB=-0.0280999;REVB=0.00865884;RO=64;SAF=19;SAR=39;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112536;STB=0.549938;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0284576;OID=.;OPOS=65561392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:63:58:59:0.483607:39:19:28:36:39:20:27:36 chr2 67630980 . G A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00336241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.219;QD=19.2749;RBI=0.00783382;REFB=-0.00363345;REVB=-0.00707552;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162328;STB=0.591322;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00462282;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:8:18:12:11:8:18 chr2 67631831 . G A 139.57 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0227768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.092;QD=13.2922;RBI=0.0382235;REFB=-0.0251638;REVB=0.0306961;RO=24;SAF=3;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412012;STB=0.76435;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0242808;OID=.;OPOS=67631831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:26:16:16:0.380952:13:3:13:11:13:3:15:11 chr2 67632125 . C T 423.11 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=90;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0172094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5648;QD=18.5982;RBI=0.0172095;REFB=-0.00449013;REVB=7.71976e-05;RO=48;SAF=16;SAR=26;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194245;STB=0.599339;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00524664;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:48:48:42:43:0.472527:26:16:28:20:26:17:28:20 chr2 68385097 . A G 1572.88 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4477;QD=63.5508;RBI=0.0670455;REFB=0;REVB=-0.0316607;RO=0;SAF=36;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16956e-05;OID=.;OPOS=68385097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:96:99:1:60:36:0:0:61:38:0:0 chr2 68388823 . A G 2174.39 PASS AF=0.959459;AO=141;DP=148;FAO=142;FDP=148;FR=.;FRO=6;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0488565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5241;QD=58.7672;RBI=0.0501046;REFB=-0.107707;REVB=-0.0111139;RO=3;SAF=61;SAR=80;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004007;STB=0.50291;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00383751;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:148:148:3:6:141:142:0.959459:80:61:1:2:81:61:3:3 chr2 68407926 . A G 1054.48 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0497046;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.048;QD=58.5821;RBI=0.0505949;REFB=-0.101895;REVB=-0.00944941;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141139;STB=0.507461;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00066239;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:72:1:1:71:71:0.986111:33:38:0:1:33:38:0:1 chr2 68415767 . G A 1859.35 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.789;QD=61.466;RBI=0.011824;REFB=0;REVB=-0.00148522;RO=0;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26303e-05;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:62:59:0:0:62:59:0:0 chr2 68546374 . T C 905.3 PASS AF=0.396226;AO=105;DP=262;FAO=105;FDP=265;FR=.;FRO=160;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=94;FSRR=66;FWDB=0.0215053;FXX=0.00749036;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.552;QD=13.6649;RBI=0.029218;REFB=0.00855314;REVB=-0.0197791;RO=157;SAF=60;SAR=45;SRF=92;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159312;STB=0.504064;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0135111;OID=.;OPOS=68546374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:265:157:160:105:105:0.396226:45:60:92:65:44:61:94:66 chr2 68546449 . G A 1086.58 PASS AF=0.429091;AO=118;DP=276;FAO=118;FDP=275;FR=.;FRO=157;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=78;FSRR=79;FWDB=0.00569286;FXX=0.00721996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.063;QD=15.8048;RBI=0.0114983;REFB=-0.00711242;REVB=0.00999009;RO=157;SAF=50;SAR=68;SRF=78;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757402;STB=0.542163;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00634138;OID=.;OPOS=68546449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:275:157:157:118:118:0.429091:68:50:78:79:68:50:78:79 chr2 68607947 . G T 2017.08 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141735;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.024;QD=62.5451;RBI=0.0127164;REFB=0;REVB=0.0126372;RO=0;SAF=38;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223752;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:91:38:0:0:91:38:0:0 chr2 68622914 . G A 1877.88 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.802;QD=61.5697;RBI=0.0217807;REFB=0;REVB=-0.00796785;RO=0;SAF=45;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21483e-06;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:76:45:0:0:77:45:0:0 chr2 68882468 . T C 2136.46 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.023;QD=62.3785;RBI=0.0167607;REFB=0;REVB=0.0130485;RO=1;SAF=77;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798922;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51969e-05;OID=.;OPOS=68882468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:137:1:0:136:137:1:59:77:0:1:60:77:0:0 chr2 68882661 . A G 544.49 PASS AF=0.636364;AO=49;DP=77;FAO=49;FDP=77;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0117847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.632;QD=28.2852;RBI=0.0330899;REFB=-0.00738535;REVB=-0.0309203;RO=28;SAF=22;SAR=27;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138097;STB=0.507508;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00437569;OID=.;OPOS=68882661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:28:28:49:49:0.636364:27:22:12:16:27:22:12:16 chr2 69040500 . G A 845.88 PASS AF=0.417778;AO=92;DP=224;FAO=94;FDP=225;FR=.;FRO=131;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=52;FSRR=79;FWDB=-0.0145836;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.936;QD=15.0378;RBI=0.0205671;REFB=-0.00181262;REVB=0.0145026;RO=131;SAF=47;SAR=45;SRF=52;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119503;STB=0.559987;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00185156;OID=.;OPOS=69040500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:131:131:92:94:0.417778:45:47:52:79:47:47:52:79 chr2 69049939 . G T 315.64 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0187997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.857;QD=17.5356;RBI=0.0228953;REFB=-0.00987643;REVB=0.0130677;RO=38;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425666;STB=0.523796;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0125775;OID=.;OPOS=69049939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:20:14:14:24:20:14:14:24 chr2 69093308 . T C 435.83 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.000118873;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.706;QD=16.4464;RBI=0.000937108;REFB=-0.00690584;REVB=0.000929538;RO=60;SAF=23;SAR=25;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103189;STB=0.548999;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0163997;OID=.;OPOS=69093308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:60:58:48:48:0.45283:25:23:35:25:25:23:33:25 chr2 69093312 . A G 434.23 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00179374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.097;QD=17.0284;RBI=0.0151918;REFB=-0.00502621;REVB=-0.0150856;RO=55;SAF=22;SAR=25;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126994;STB=0.570746;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00804282;OID=.;OPOS=69093312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:25:22:33:22:25:22:33:22 chr2 69173520 . C T 1159.06 PASS AF=0.506608;AO=115;DP=227;FAO=115;FDP=227;FR=.;FRO=112;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=-0.000844926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.409;QD=20.424;RBI=0.0253434;REFB=-0.00662782;REVB=0.0253293;RO=112;SAF=56;SAR=59;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365325;STB=0.520027;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00688646;OID=.;OPOS=69173520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:112:112:115:115:0.506608:59:56:50:62:59:56:50:62 chr2 69173570 . C T 880.75 PASS AF=0.459184;AO=90;DP=196;FAO=90;FDP=196;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=-0.0145025;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.832;QD=17.9746;RBI=0.0170888;REFB=-0.0100688;REVB=-0.009039;RO=106;SAF=38;SAR=52;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210975;STB=0.51169;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00996315;OID=.;OPOS=69173570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:106:106:90:90:0.459184:52:38:47:59:52:38:47:59 chr2 69204629 . T C 893.55 PASS AF=0.550633;AO=86;DP=158;FAO=87;FDP=158;FR=.;FRO=71;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00923658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.644;QD=22.6214;RBI=0.0115857;REFB=0.000820418;REVB=-0.0069939;RO=70;SAF=47;SAR=39;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501376;STB=0.532858;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.000644212;OID=.;OPOS=69204629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:70:71:86:87:0.550633:39:47:34:36:39:48:34:37 chr2 69204671 . A T 1061.59 PASS AF=0.546448;AO=100;DP=183;FAO=100;FDP=183;FR=.;FRO=83;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0221098;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.833;QD=23.204;RBI=0.0228318;REFB=-0.0330289;REVB=0.00569596;RO=82;SAF=51;SAR=49;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284012;STB=0.512728;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0169608;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:82:83:100:100:0.546448:49:51:39:43:49:51:40:43 chr2 69204777 . C T 255.96 PASS AF=0.236686;AO=40;DP=169;FAO=40;FDP=169;FR=.;FRO=129;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=69;FSRR=60;FWDB=-0.0101749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.944;QD=6.05833;RBI=0.013461;REFB=-0.0056414;REVB=-0.00881303;RO=127;SAF=20;SAR=20;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445537;STB=0.526614;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.022576;OID=.;OPOS=69204777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:127:129:40:40:0.236686:20:20:68:59:20:20:69:60 chr2 69300243 . G A 631.95 PASS AF=0.415205;AO=71;DP=171;FAO=71;FDP=171;FR=.;FRO=100;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=64;FWDB=-0.0158788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.498;QD=14.7825;RBI=0.0391628;REFB=0.0020464;REVB=0.0357993;RO=99;SAF=27;SAR=44;SRF=35;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297603;STB=0.512655;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00260728;OID=.;OPOS=69300243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:99:100:71:71:0.415205:44:27:35:64:44:27:36:64 chr2 69330118 . A G 443.45 PASS AF=0.392308;AO=51;DP=130;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.0151838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0772;QD=13.6446;RBI=0.0328952;REFB=-0.00529621;REVB=0.0291812;RO=78;SAF=23;SAR=28;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107041;STB=0.556604;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00642255;OID=.;OPOS=69330118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:78:79:51:51:0.392308:28:23:43:35:28:23:43:36 chr2 69581631 . G A 568.44 PASS AF=0.487603;AO=55;DP=118;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0135719;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.379;QD=18.7915;RBI=0.019455;REFB=-0.0116483;REVB=0.0139391;RO=63;SAF=22;SAR=33;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901205;STB=0.548573;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0145117;OID=.;OPOS=69581631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:63:62:55:59:0.487603:33:22:31:32:35:24:31:31 chr2 69614161 . A G 699.01 PASS AF=0.405263;AO=77;DP=191;FAO=77;FDP=190;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=74;FSRR=39;FWDB=-0.0135926;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.129;QD=14.716;RBI=0.0695677;REFB=-0.0092226;REVB=-0.0682269;RO=112;SAF=36;SAR=41;SRF=73;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193373;STB=0.610257;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0275238;OID=.;OPOS=69614161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:112:113:77:77:0.405263:41:36:73:39:41:36:74:39 chr2 69698158 . G A,T 1207.21 PASS AF=0.950617,0.0493827;AO=68,8;DP=76;FAO=77,4;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46,1;FSAR=31,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310378,-0.0294624;FXX=0.0121936;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.512,38.1243;QD=59.6154;RBI=0.0180563,0.0660742;REFB=0,0;REVB=-0.0177876,-0.059142;RO=0;SAF=39,4;SAR=29,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000626495,0.0164703;OID=.,.;OPOS=69698158,69698158;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:76:81:0:0:68,8:77,4:0.950617,0.0493827:29,4:39,4:0:0:31,3:46,1:0:0 chr2 69702628 . C T 680.69 PASS AF=0.489209;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=139;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.00385181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.97;QD=19.5881;RBI=0.00883875;REFB=-0.000577047;REVB=0.00795531;RO=69;SAF=33;SAR=35;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595343;STB=0.532136;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000858834;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:69:71:68:68:0.489209:35:33:29:40:35:33:30:41 chr2 69702960 . G A 399.31 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0159943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6138;QD=15.9723;RBI=0.0210894;REFB=0.0177648;REVB=-0.0137458;RO=58;SAF=19;SAR=23;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119557;STB=0.56733;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0209151;OID=.;OPOS=69702960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:23:19:33:25:23:19:33:25 chr2 69741609 . C T 157.84 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00883733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.163;QD=16.6148;RBI=0.0165023;REFB=-0.0153251;REVB=0.0139366;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124079;STB=0.571343;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.019931;OID=.;OPOS=69741609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:6:11:11:10:6:11:11:10 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC 417.55 PASS AF=0.406593,0.0769231;AO=32,9;DP=94;FAO=37,7;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=20,3;FSAR=17,4;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0424626,0.0318797;FXX=0.0319115;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=124.298,118.35;QD=18.3537;RBI=0.0616398,0.0835428;REFB=-0.0287859,-0.0214663;REVB=-0.044681,-0.077221;RO=42;SAF=16,5;SAR=16,4;SRF=25;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0957727,-0.0496707;STB=0.50713,0.607029;STBP=0.922,0.588;TYPE=del,snp;VARB=0.0394216,0.0226344;OID=.,.;OPOS=69741754,69741762;OREF=TGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406593,0.0769231:32,9:94:37,7:91:47:20,3:17,4:26:21:99:42:16,5:16,4:25:17 chr2 69741854 . T G 1879.89 PASS AF=0.968992;AO=125;DP=129;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0338873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.025;QD=58.2913;RBI=0.0372022;REFB=-0.141997;REVB=0.0153511;RO=1;SAF=55;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067398;STB=0.505985;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000681256;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:129:129:1:4:125:125:0.968992:70:55:0:1:70:55:1:3 chr2 70015181 . C T 1475.92 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155057;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.201;QD=63.4804;RBI=0.0338359;REFB=0;REVB=0.0300739;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25456e-05;OID=.;OPOS=70015181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr2 70162534 . T G 2532.74 PASS AF=0.994083;AO=165;DP=168;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0197208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9989;QD=59.9465;RBI=0.0548984;REFB=-0.133493;REVB=0.051234;RO=3;SAF=76;SAR=89;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157679;STB=0.502732;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00419496;OID=.;OPOS=70162534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:168:169:3:1:165:168:0.994083:89:76:0:3:91:77:0:1 chr2 70188676 . T C 590.36 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153352;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0149;QD=60.5493;RBI=0.102919;REFB=0;REVB=0.10177;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795192;OID=.;OPOS=70188676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr2 70476198 . G A 7596.85 PASS AF=1;AO=478;DP=478;FAO=479;FDP=479;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=412;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.186;QD=63.4392;RBI=0.0555456;REFB=0;REVB=-0.00887481;RO=0;SAF=66;SAR=412;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13387e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95769e-05;OID=.;OPOS=70476198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:478:479:0:0:478:479:1:412:66:0:0:412:67:0:0 chr2 70485320 . C T 16041.6 PASS AF=1;AO=925;DP=939;FAO=1017;FDP=1017;FR=.;FRO=0;FSAF=475;FSAR=542;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011353;FXX=0.00683587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.203;QD=63.0938;RBI=0.218458;REFB=-0.0291709;REVB=0.218163;RO=9;SAF=474;SAR=451;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00329908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609097;OID=.;OPOS=70485320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:939:1017:9:0:925:1017:1:451:474:3:6:542:475:0:0 chr2 70488476 . G C 1104.06 PASS AF=0.430108;AO=119;DP=280;FAO=120;FDP=279;FR=.;FRO=159;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=64;FSRR=95;FWDB=0.00886839;FXX=0.0106379;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6489;QD=15.8288;RBI=0.0295658;REFB=-0.0213904;REVB=-0.0282044;RO=161;SAF=59;SAR=60;SRF=66;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888229;STB=0.555546;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0238834;OID=.;OPOS=70488476;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:279:161:159:119:120:0.430108:60:59:66:95:60:60:64:95 chr2 70528601 . T C 1533.36 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170622;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.129;QD=63.8898;RBI=0.0389593;REFB=0;REVB=-0.0350243;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86057e-05;OID=.;OPOS=70528601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr2 71004492 . T C 151.99 PASS AF=0.338983;AO=23;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0324616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6127;QD=10.3047;RBI=0.0325179;REFB=-0.000711364;REVB=0.00191297;RO=34;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499137;STB=0.527444;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00399098;OID=.;OPOS=71004492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:39:23:20:0.338983:16:7:9:25:15:5:11:28 chr2 71004494 . A T 221.49 PASS AF=0.472727;AO=24;DP=59;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00250514;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.126;QD=16.1082;RBI=0.00522469;REFB=-0.00729796;REVB=-0.00458494;RO=27;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00523569;STB=0.555511;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0100572;OID=.;OPOS=71004494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:55:27:29:24:26:0.472727:17:7:8:19:20:6:9:20 chr2 71012604 . G A 3748.61 PASS AF=1;AO=236;DP=238;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059035;FXX=0.00836785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8944;QD=63.2676;RBI=0.0655499;REFB=-0.0379831;REVB=0.0284896;RO=0;SAF=102;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287068;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:238:237:0:0:236:237:1:134:102:0:0:134:103:0:0 chr2 71012734 . C G 792.85 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.015773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6512;QD=53.7522;RBI=0.0182571;REFB=-0.00650633;REVB=-0.00919431;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171432;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000357458;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:56:58:0.983051:29:27:1:0:29:29:0:1 chr2 71036482 . T C 725.22 PASS AF=0.503311;AO=74;DP=146;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.00243941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3229;QD=19.2112;RBI=0.0122532;REFB=-0.0360134;REVB=0.0120079;RO=72;SAF=36;SAR=38;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252678;STB=0.509931;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0358366;OID=.;OPOS=71036482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:151:72:75:74:76:0.503311:38:36:33:39:38:38:36:39 chr2 71043461 . C T 495.11 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.000118387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.932;QD=20.6297;RBI=0.0220675;REFB=-0.0147109;REVB=-0.0220672;RO=48;SAF=14;SAR=34;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230233;STB=0.512734;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0103744;OID=.;OPOS=71043461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:34:14:13:35:34:14:13:35 chr2 71044211 . C T 619.43 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.030327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2592;QD=27.2275;RBI=0.0308323;REFB=0.0210351;REVB=0.00555939;RO=36;SAF=24;SAR=31;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00595726;STB=0.503246;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0129691;OID=.;OPOS=71044211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:36:55:55:0.604396:31:24:16:20:31:24:16:20 chr2 71058835 . A G 766.29 PASS AF=0.404651;AO=87;DP=217;FAO=87;FDP=215;FR=.;FRO=128;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=59;FSRR=69;FWDB=0.0105675;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7822;QD=14.2565;RBI=0.0744651;REFB=-0.00754018;REVB=-0.0737114;RO=128;SAF=33;SAR=54;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896273;STB=0.550337;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00938009;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:215:128:128:87:87:0.404651:54:33:59:69:54:33:59:69 chr2 71062648 . G A 1415.06 PASS AF=0.47651;AO=142;DP=298;FAO=142;FDP=298;FR=.;FRO=156;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=66;FSRR=90;FWDB=-0.00951638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.499;QD=18.9941;RBI=0.0103691;REFB=-0.0151668;REVB=-0.00411773;RO=156;SAF=70;SAR=72;SRF=66;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665624;STB=0.536622;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0209792;OID=.;OPOS=71062648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:156:156:142:142:0.47651:72:70:66:90:72:70:66:90 chr2 71062833 . G GC 1651.19 PASS AF=1;AO=141;DP=161;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054276;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.2303;QD=42.888;RBI=0.102127;REFB=0;REVB=0.0865106;RO=18;SAF=56;SAR=85;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228802;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00120686;OID=.;OPOS=71062834;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:141:161:154:154:0:57:97:0:0:31:18:56:85:9:9 chr2 71163173 . C T 1459.76 PASS AF=0.5;AO=144;DP=288;FAO=144;FDP=288;FR=.;FRO=144;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=78;FSRR=66;FWDB=0.0118951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.555;QD=20.2744;RBI=0.0334698;REFB=0.00519313;REVB=0.0312847;RO=141;SAF=72;SAR=72;SRF=75;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288242;STB=0.52083;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00473308;OID=.;OPOS=71163173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:141:144:144:144:0.5:72:72:75:66:72:72:78:66 chr2 71190384 . C T 2016.86 PASS AF=1;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726595;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.356;QD=62.5383;RBI=0.0730205;REFB=0;REVB=0.00725218;RO=0;SAF=51;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28766e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146401;OID=.;OPOS=71190384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:129:0:0:129:129:1:78:51:0:0:78:51:0:0 chr2 71211989 . A G 579.48 PASS AF=0.611765;AO=52;DP=85;FAO=52;FDP=85;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=29;FWDB=-0.00658333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.932;QD=27.2696;RBI=0.00665717;REFB=0.0316168;REVB=0.000988751;RO=33;SAF=10;SAR=42;SRF=4;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866915;STB=0.546978;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0218955;OID=.;OPOS=71211989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:33:33:52:52:0.611765:42:10:4:29:42:10:4:29 chr2 71297695 . T C 679.05 PASS AF=0.443114;AO=73;DP=166;FAO=74;FDP=167;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.00329464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.978;QD=16.2648;RBI=0.00434955;REFB=-0.0262556;REVB=0.00283971;RO=92;SAF=25;SAR=48;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132043;STB=0.571215;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0309035;OID=.;OPOS=71297695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:92:93:73:74:0.443114:48:25:43:49:48:26:44:49 chr2 71305456 . C T 1802.63 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.945;QD=61.1059;RBI=0.03162;REFB=0;REVB=0.0197845;RO=0;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88492e-05;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:114:118:1:53:61:0:0:54:64:0:0 chr2 71351403 . C A 1194.72 PASS AF=0.593407;AO=108;DP=183;FAO=108;FDP=182;FR=.;FRO=74;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.00980461;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.774;QD=26.2576;RBI=0.0114772;REFB=0.0113241;REVB=-0.00596623;RO=74;SAF=63;SAR=45;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10395;STB=0.556367;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00588544;OID=.;OPOS=71351403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:74:74:108:108:0.593407:45:63:33:41:45:63:33:41 chr2 71360282 . G A 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0375831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.068;QD=11.8154;RBI=0.0396179;REFB=0.00797687;REVB=-0.0125337;RO=41;SAF=8;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201665;STB=0.616921;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0164419;OID=.;OPOS=71360282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:16:8:21:20:16:8:21:20 chr2 71365805 . A G 431.04 PASS AF=0.408333;AO=48;DP=124;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0475135;FXX=0.0399968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8053;QD=14.368;RBI=0.0490953;REFB=0.00863975;REVB=-0.0123618;RO=71;SAF=13;SAR=35;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15125;STB=0.573739;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0104736;OID=.;OPOS=71365805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:120:71:71:48:49:0.408333:35:13:28:43:35:14:28:43 chr2 71366957 . C A 283.01 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0214736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.676;QD=17.4159;RBI=0.0219372;REFB=-0.0181751;REVB=0.00448614;RO=34;SAF=7;SAR=24;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295865;STB=0.667322;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0121127;OID=.;OPOS=71366957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:24:7:17:17:24:7:17:17 chr2 71415479 . T C 1606.98 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9299;QD=60.074;RBI=0.0654288;REFB=0;REVB=-0.0304217;RO=0;SAF=39;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393769;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:67:39:0:0:68:39:0:0 chr2 71417065 . G T 1929.32 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0355692;FXX=0.0153834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.117;QD=60.2912;RBI=0.0355716;REFB=0.0498305;REVB=-0.000408441;RO=2;SAF=69;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0014264;STB=0.500751;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.000127515;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:2:2:126:126:0.984375:57:69:1:1:57:69:1:1 chr2 71417134 . C T 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0323404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3314;QD=14.1189;RBI=0.036841;REFB=0.00232722;REVB=0.0176454;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190167;STB=0.510824;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00130578;OID=.;OPOS=71417134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:13:14:19:19:13:14:19:19 chr2 71615571 . C T 1594.68 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9043;QD=59.6144;RBI=0.0371478;REFB=0;REVB=-0.00233247;RO=0;SAF=30;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49991e-05;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:75:30:0:0:75:32:0:0 chr2 71633275 . T C 943.06 PASS AF=0.419753;AO=101;DP=242;FAO=102;FDP=243;FR=.;FRO=141;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=58;FSRR=83;FWDB=-0.000826911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.584;QD=15.5236;RBI=0.00983334;REFB=-0.00925898;REVB=0.00979851;RO=140;SAF=52;SAR=49;SRF=57;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111895;STB=0.557012;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0139591;OID=.;OPOS=71633275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:140:141:101:102:0.419753:49:52:57:83:50:52:58:83 chr2 71633389 . C T 618.57 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=52;FWDB=0.00116523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.472;QD=17.6733;RBI=0.0592953;REFB=-0.0225385;REVB=-0.0592838;RO=74;SAF=23;SAR=41;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372249;STB=0.526062;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0283004;OID=.;OPOS=71633389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:76:64:64:0.457143:41:23:24:50:41:23:24:52 chr2 71654175 . G A 1408.82 PASS AF=0.480132;AO=144;DP=302;FAO=145;FDP=302;FR=.;FRO=157;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=76;FSRR=81;FWDB=-0.02276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.468;QD=18.6599;RBI=0.0239381;REFB=-0.0147479;REVB=-0.00741693;RO=157;SAF=70;SAR=74;SRF=76;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00192994;STB=0.500686;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.019572;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:157:157:144:145:0.480132:74:70:76:81:75:70:76:81 chr2 71791263 . G A 821.36 PASS AF=0.509202;AO=83;DP=163;FAO=83;FDP=163;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.00994964;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.576;QD=20.1562;RBI=0.011463;REFB=-0.0356313;REVB=0.00569257;RO=77;SAF=41;SAR=42;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688638;STB=0.527734;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0307672;OID=.;OPOS=71791263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:77:80:83:83:0.509202:42:41:32:45:42:41:35:45 chr2 71795152 . A T 1990.62 PASS AF=0.465753;AO=204;DP=440;FAO=204;FDP=438;FR=.;FRO=234;FSAF=81;FSAR=123;FSRF=94;FSRR=140;FWDB=0.00944097;FXX=0.00454535;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7774;QD=18.1792;RBI=0.0104979;REFB=-0.0196221;REVB=-0.00459069;RO=234;SAF=81;SAR=123;SRF=94;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00470491;STB=0.502591;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0178047;OID=.;OPOS=71795152;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:440:438:234:234:204:204:0.465753:123:81:94:140:123:81:94:140 chr2 71838597 . C A 3116.84 PASS AF=0.994924;AO=196;DP=197;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=104;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.931;QD=63.286;RBI=0.0414222;REFB=-0.0426559;REVB=0.0381324;RO=1;SAF=104;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051486;STB=0.502702;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=4.94237e-05;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:197:1:1:196:196:0.994924:92:104:0:1:92:104:0:1 chr2 71906278 . A C 499.43 PASS AF=0.365269;AO=60;DP=166;FAO=61;FDP=167;FR=.;FRO=106;FSAF=57;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.0162483;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.011;QD=11.9623;RBI=0.0197248;REFB=-0.00943795;REVB=0.0111829;RO=104;SAF=56;SAR=4;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.652618;STB=0.880572;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0223158;OID=.;OPOS=71906278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:104:106:60:61:0.365269:4:56:51:53:4:57:53:53 chr2 72356449 . G T 530.54 PASS AF=0.47541;AO=49;DP=113;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00310789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.33;QD=17.3948;RBI=0.0356839;REFB=-0.0223187;REVB=0.0355483;RO=55;SAF=22;SAR=27;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400696;STB=0.527263;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0277626;OID=.;OPOS=72356449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:122:55:64:49:58:0.47541:27:22:27:28:32:26:32:32 chr2 72356627 . T G 1202.5 PASS AF=0.975904;AO=79;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00354704;FXX=0.0235266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.6648;QD=57.9519;RBI=0.0293549;REFB=-0.015231;REVB=0.0291398;RO=2;SAF=31;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526509;STB=0.502986;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.000311195;OID=.;OPOS=72356627;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:83:2:2:79:81:0.975904:48:31:1:1:50:31:1:1 chr2 72356745 . T TG 382.85 PASS AF=0.420732;AO=34;DP=170;FAO=69;FDP=164;FR=.;FRO=95;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=0.0841579;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.8128;QD=9.33785;RBI=0.0985665;REFB=0.00180514;REVB=0.0513108;RO=135;SAF=3;SAR=31;SRF=67;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.591961;STB=0.520575;STBP=0.665;TYPE=ins;VARB=-0.002206;OID=.;OPOS=72356746;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.420732:34:170:69:164:95:26:43:39:56:99:135:3:31:67:68 chr2 72356747 . A G 144.81 PASS AF=0.182353;AO=32;DP=155;FAO=31;FDP=170;FR=.;FRO=139;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=96;FWDB=0.0323501;FXX=0.00584761;HRUN=8;LEN=1;MLLD=36.0705;QD=3.40717;RBI=0.033342;REFB=-0.0161;REVB=-0.0080723;RO=123;SAF=25;SAR=7;SRF=35;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.579558;STB=0.840343;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0346682;OID=.;OPOS=72356747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:170:123:139:32:31:0.182353:7:25:35:88:7:24:43:96 chr2 72562063 . C CA 64.44 PASS AF=0.484848;AO=12;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0999269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.2172;QD=7.81087;RBI=0.101691;REFB=-0.12464;REVB=-0.0188569;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527134;STB=0.606611;STBP=0.235;TYPE=ins;VARB=0.164057;OID=.;OPOS=72562064;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:12:33:16:33:17:9:7:6:11:64:20:6:6:9:11 chr2 72692272 . A AAG 1754.81 PASS AF=1;AO=112;DP=124;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00023172;FXX=0.0495827;HRUN=2;LEN=2;MLLD=225.234;QD=61.0368;RBI=0.0400795;REFB=0;REVB=0.0400788;RO=6;SAF=60;SAR=52;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.48791e-05;OID=.;OPOS=72692273;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:112:124:115:115:0:61:54:0:0:10:6:60:52:4:2 chr2 73137098 . A G 61.94 PASS AF=0.193548;AO=5;DP=36;FAO=6;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0272508;FXX=0.114253;HRUN=16;LEN=1;MLLD=116.991;QD=7.99275;RBI=0.0382679;REFB=-0.0492689;REVB=-0.0268668;RO=27;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038728;STB=0.576644;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00876197;OID=.;OPOS=73137098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:36:31:27:22:5:6:0.193548:4:1:6:21:5:1:5:17 chr2 73137112 . G A,GA 144.02 PASS AF=0,0.8125;AO=7,9;DP=40;FAO=0,26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=0,1;FSAR=0,25;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0180149,-0.0129582;FXX=0.19995;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=143.558,9.88985;QD=18.0019;RBI=0.0217119,0.0129704;REFB=-0.0062459,-0.107142;REVB=-0.0121189,0.000560493;RO=23;SAF=0,1;SAR=7,8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.671223,-0.293941;STB=0.5,0.822009;STBP=1,0.001;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.059867;OID=.,.;OPOS=73137112,73137113;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:40:32:23:6:7,9:0,26:0,0.8125:7,8:0,1:6:17:0,25:0,1:4:2 chr2 73137117 . G A 72.61 PASS AF=0.227273;AO=7;DP=45;FAO=10;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.00750943;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.877;QD=6.60127;RBI=0.00751294;REFB=-0.0116326;REVB=-0.000229637;RO=26;SAF=0;SAR=7;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.651985;STB=0.642517;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0795071;OID=.;OPOS=73137117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:45:44:26:32:7:10:0.227273:7:0:6:20:9:1:6:26 chr2 73300560 . C G 684.98 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252508;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.123;QD=62.2707;RBI=0.0405918;REFB=0;REVB=0.031782;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212679;OID=.;OPOS=73300560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:28:16:0:0 chr2 73339708 . G A 6957.71 PASS AF=0.974304;AO=453;DP=471;FAO=455;FDP=467;FR=.;FRO=12;FSAF=255;FSAR=200;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00260285;FXX=0.010593;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.2526;QD=59.595;RBI=0.00871308;REFB=-0.0823982;REVB=-0.00831522;RO=4;SAF=254;SAR=199;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00745734;STB=0.501575;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.000312957;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:471:467:4:12:453:455:0.974304:199:254:4:0:200:255:6:6 chr2 73435601 . T C 905.96 PASS AF=0.523256;AO=88;DP=169;FAO=90;FDP=172;FR=.;FRO=82;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0168928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.819;QD=21.0689;RBI=0.0184886;REFB=-0.0162603;REVB=-0.00751403;RO=80;SAF=52;SAR=36;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694341;STB=0.537248;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0134594;OID=.;OPOS=73435601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:80:82:88:90:0.523256:36:52:41:39:37:53:42:40 chr2 73490412 . A G 491.91 PASS AF=0.51;AO=48;DP=101;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0365703;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6823;QD=19.6762;RBI=0.0677204;REFB=-0.0389827;REVB=-0.056997;RO=47;SAF=21;SAR=27;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696003;STB=0.551049;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0329757;OID=.;OPOS=73490412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:47:49:48:51:0.51:27:21:17:30:27:24:18:31 chr2 73492614 . A T 6533.2 PASS AF=1;AO=411;DP=413;FAO=414;FDP=414;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032668;FXX=0.00956915;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.562;QD=63.1227;RBI=0.0328249;REFB=0;REVB=0.00320649;RO=0;SAF=194;SAR=217;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82336e-05;OID=.;OPOS=73492614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:413:414:0:0:411:414:1:217:194:0:0:217:197:0:0 chr2 73518867 . G A 1418.09 PASS AF=0.516605;AO=137;DP=268;FAO=140;FDP=271;FR=.;FRO=131;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=45;FSRR=86;FWDB=0.0505549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3582;QD=20.9313;RBI=0.0591413;REFB=-0.0223124;REVB=0.0306903;RO=129;SAF=65;SAR=72;SRF=45;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112542;STB=0.559169;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0200206;OID=.;OPOS=73518867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:271:129:131:137:140:0.516605:72:65:45:84:75:65:45:86 chr2 73675227 . T TCTC 5265.79 PASS AF=1;AO=318;DP=370;FAO=333;FDP=333;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=203;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115396;FXX=0.026315;HRUN=1;LEN=3;MLLD=306.311;QD=63.2528;RBI=0.0328607;REFB=-0.0598101;REVB=0.0307679;RO=37;SAF=120;SAR=198;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727531;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.78627e-05;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:318:370:333:333:0:130:203:0:0:23:37:120:198:27:10 chr2 73675669 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7227;QD=50.4134;RBI=0.0797996;REFB=0;REVB=0.0690382;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331956;OID=.;OPOS=73675669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr2 73675844 . C T 1144.1 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.696;QD=60.216;RBI=0.0205071;REFB=0;REVB=-0.0202531;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.026e-06;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:43:31:0:0:43:33:0:0 chr2 73828538 . G A 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0551;QD=58.1309;RBI=0.153527;REFB=0;REVB=0.0794783;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00400501;OID=.;OPOS=73828538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr2 73927931 . A G 2796.78 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.965;QD=61.4677;RBI=0.0642205;REFB=0;REVB=0.0462583;RO=0;SAF=78;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116522;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:182:0:0:176:182:1:98:78:0:0:101:81:0:0 chr2 73928098 . C G 2183.15 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453516;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.456;QD=63.2797;RBI=0.0518108;REFB=0;REVB=0.051612;RO=0;SAF=59;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94302e-05;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:78:59:0:0:78:60:0:0 chr2 73928366 . G C 727.02 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1382;QD=53.853;RBI=0.00922778;REFB=0;REVB=0.0059222;RO=1;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136387;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021958;OID=.;OPOS=73928366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:1:0:48:54:1:34:14:0:1:40:14:0:0 chr2 73957124 . A G 1268.87 PASS AF=0.976744;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0397022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.033;QD=59.0171;RBI=0.0438469;REFB=-0.0342993;REVB=-0.0186087;RO=2;SAF=38;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242698;STB=0.512817;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000323692;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:2:2:82:84:0.976744:44:38:2:0:46:38:2:0 chr2 74007136 . T C 3048.34 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181967;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.242;QD=63.5071;RBI=0.018353;REFB=0;REVB=0.00239015;RO=0;SAF=77;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86188e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169616;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:192:0:0:190:192:1:113:77:0:0:113:79:0:0 chr2 74135797 . T C 526.35 PASS AF=0.435115;AO=56;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0144668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.811;QD=16.0719;RBI=0.0205911;REFB=-0.00226767;REVB=0.0146528;RO=74;SAF=33;SAR=23;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078239;STB=0.547771;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00264492;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:74:74:56:57:0.435115:23:33:38:36:23:34:38:36 chr2 74135898 . A G 491.83 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=-0.00507104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.18;QD=18.5595;RBI=0.00581227;REFB=-0.0145335;REVB=-0.00284026;RO=54;SAF=21;SAR=31;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142957;STB=0.578776;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0143655;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:31:21:14:40:31:21:14:40 chr2 74334462 . G A 4067.14 PASS AF=1;AO=259;DP=260;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147375;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.078;QD=62.3317;RBI=0.0508903;REFB=0;REVB=-0.0487096;RO=0;SAF=121;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6343e-05;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:260:261:0:0:259:261:1:138:121:0:0:139:122:0:0 chr2 74362090 . A G 135.29 PASS AF=0.46875;AO=16;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00695054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.37;QD=16.9106;RBI=0.00800222;REFB=-0.00759714;REVB=-0.00396554;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10988;STB=0.529373;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00751729;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:16:15:0.46875:8:8:10:6:7:8:10:7 chr2 74362459 . T TAGC 235.72 PASS AF=0.457627;AO=25;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0057615;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=270.376;QD=15.9811;RBI=0.00578756;REFB=-0.0139709;REVB=-0.000548554;RO=32;SAF=17;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157393;STB=0.578254;STBP=0.278;TYPE=ins;VARB=0.0166336;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457627:25:59:27:59:32:18:9:17:15:99:32:17:8:17:15 chr2 74451992 . CCT CC,C 30.96 PASS AF=0.0117647,0.152941;AO=13,11;DP=96;FAO=1,13;FDP=85;FR=.;FRO=71;FSAF=1,4;FSAR=0,9;FSRF=51;FSRR=20;FWDB=0.21042,0.181721;FXX=0.0555494;HRUN=7,4;LEN=1,2;MLLD=7.90189,16.4397;QD=1.45704;RBI=0.428742,0.287803;REFB=-0.0507762,-0.0568376;REVB=-0.373554,-0.223177;RO=45;SAF=5,3;SAR=8,8;SRF=40;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.596746,-0.67808;STB=0.985941,0.809762;STBP=0.502,0.026;TYPE=del,del;VARB=-0.00665399,0.107496;OID=.,.;OPOS=74451994,74451993;OREF=T,CT;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0117647,0.152941:13,11:96:1,13:85:71:1,4:0,9:51:20:22:45:5,3:8,8:40:5 chr2 74641624 . G C 2825.39 PASS AF=0.989189;AO=182;DP=185;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0399976;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9371;QD=61.0894;RBI=0.0532295;REFB=0.0327199;REVB=-0.0351222;RO=3;SAF=73;SAR=109;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217798;STB=0.504545;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000252071;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:185:185:3:2:182:183:0.989189:109:73:1:2:109:74:0:2 chr2 74682512 . C T 2420.98 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.679;QD=61.2906;RBI=0.0198341;REFB=0;REVB=0.0109873;RO=0;SAF=70;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22392e-05;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:88:70:0:0:88:70:0:0 chr2 74687549 . CTCA CCA,CCAC,CCCA 2013.89 PASS AF=0.431818,0.00757576,0.560606;AO=24,12,66;DP=127;FAO=57,1,74;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1,28;FSAR=32,0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112881,0.049232,0.11378;FXX=0.00751823;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=174.103,149.81,175.09;QD=61.0269;RBI=0.114102,0.0520463,0.114817;REFB=0,0,0;REVB=0.0166506,0.0168826,0.0153949;RO=0;SAF=3,12,14;SAR=21,0,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.86584e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.0010535,0.0827302,0.00417059;OID=.,.,.;OPOS=74687550,74687550,74687550;OREF=T,TCA,T;OALT=-,CAC,C;OMAPALT=CCA,CCAC,CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.431818,0.00757576,0.560606:24,12,66:127:57,1,74:132:0:25,1,28:32,0,46:0:0:99:0:3,12,14:21,0,52:0:0 chr2 74690039 . G A 5735.34 PASS AF=0.864979;AO=408;DP=477;FAO=410;FDP=474;FR=.;FRO=64;FSAF=201;FSAR=209;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.0246703;FXX=0.00628918;HRUN=7;LEN=1;MLLD=255.497;QD=48.3995;RBI=0.0270205;REFB=-0.0378392;REVB=-0.011022;RO=20;SAF=199;SAR=209;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00109173;STB=0.518188;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000589763;OID=.;OPOS=74690039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:477:474:20:64:408:410:0.864979:209:199:10:10:209:201:40:24 chr2 74690378 . C T 1544.81 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00821956;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.065;QD=62.4164;RBI=0.023941;REFB=0.00528552;REVB=0.0224858;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00114206;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:96:98:0.989899:52:44:0:0:53:45:0:1 chr2 74690429 . C T 334.13 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0240502;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.035;QD=12.0406;RBI=0.0241836;REFB=-0.00745428;REVB=0.00253615;RO=65;SAF=16;SAR=25;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011019;STB=0.534317;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0118354;OID=.;OPOS=74690429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:65:70:41:41:0.369369:25:16:26:39:25:16:31:39 chr2 74699778 . C A 2049.13 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.386;QD=62.0949;RBI=0.0553467;REFB=0;REVB=-0.00199937;RO=0;SAF=56;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98512e-05;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:132:0:0:129:132:1:73:56:0:0:75:57:0:0 chr2 74710491 . C T 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.882;QD=60.7148;RBI=0.0402824;REFB=0;REVB=0.0232543;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17642e-05;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:51:25:0:0:51:25:0:0 chr2 74725144 . T C 2979.54 PASS AF=0.994792;AO=173;DP=176;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0169764;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2056;QD=62.0738;RBI=0.102405;REFB=-0.0864431;REVB=0.100989;RO=1;SAF=102;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665679;STB=0.502958;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00217342;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:176:192:1:1:173:191:0.994792:71:102:0:1:84:107:0:1 chr2 74725178 . G A 3218.72 PASS AF=0.96861;AO=215;DP=223;FAO=216;FDP=223;FR=.;FRO=7;FSAF=125;FSAR=91;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0609127;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.2359;QD=57.735;RBI=0.0655143;REFB=-0.176987;REVB=0.0241197;RO=4;SAF=124;SAR=91;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151175;STB=0.50437;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00686511;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:223:223:4:7:215:216:0.96861:91:124:4:0:91:125:5:2 chr2 74742221 . G T 689.84 PASS AF=0.475862;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.0021637;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=279.195;QD=19.0302;RBI=0.00425656;REFB=-0.00618015;REVB=0.00366561;RO=42;SAF=47;SAR=22;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466271;STB=0.551701;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00583146;OID=.;OPOS=74742221;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:42:76:69:69:0.475862:22:47:31:11:22:47:45:31 chr2 74746322 . A T 2205.31 PASS AF=0.97931;AO=141;DP=144;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0273278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.416;QD=60.8361;RBI=0.0456913;REFB=-0.00506983;REVB=-0.0366181;RO=3;SAF=60;SAR=81;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974973;STB=0.505166;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.000159333;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:144:145:3:3:141:142:0.97931:81:60:2:1:82:60:2:1 chr2 74756176 . G C 707.56 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.000412914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.563;QD=49.6532;RBI=0.031077;REFB=-0.0895202;REVB=-0.0310743;RO=3;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421452;STB=0.529401;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000590991;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:3:4:53:53:0.929825:32:21:0:3:32:21:0:4 chr2 74758666 . G A 1386.9 PASS AF=0.463492;AO=144;DP=319;FAO=146;FDP=315;FR=.;FRO=169;FSAF=65;FSAR=81;FSRF=79;FSRR=90;FWDB=-0.00134459;FXX=0.0125388;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.744;QD=17.6114;RBI=0.00748918;REFB=-0.0112695;REVB=-0.00736748;RO=162;SAF=65;SAR=79;SRF=79;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350282;STB=0.512049;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0127704;OID=.;OPOS=74758666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:315:162:169:144:146:0.463492:79:65:79:83:81:65:79:90 chr2 74761539 . T A 652.46 PASS AF=0.433735;AO=71;DP=165;FAO=72;FDP=166;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=60;FWDB=0.0142377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.773;QD=15.722;RBI=0.0788005;REFB=-0.00842062;REVB=0.0775036;RO=94;SAF=37;SAR=34;SRF=34;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162075;STB=0.58581;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00960809;OID=.;OPOS=74761539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:94:94:71:72:0.433735:34:37:34:60:35:37:34:60 chr2 74763258 . C G 1046.19 PASS AF=0.505;AO=101;DP=200;FAO=101;FDP=200;FR=.;FRO=99;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=0.017035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9942;QD=20.9238;RBI=0.0263932;REFB=0.0123666;REVB=-0.0201596;RO=97;SAF=36;SAR=65;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138161;STB=0.571636;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0119577;OID=.;OPOS=74763258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:97:99:101:101:0.505:65:36:49:48:65:36:49:50 chr2 75099477 . A T 1238.53 PASS AF=0.526316;AO=120;DP=229;FAO=120;FDP=228;FR=.;FRO=108;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=0.0191091;FXX=0.00436662;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.457;QD=21.7286;RBI=0.0274335;REFB=-0.0207417;REVB=0.0196835;RO=108;SAF=72;SAR=48;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104453;STB=0.557133;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0170426;OID=.;OPOS=75099477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:108:108:120:120:0.526316:48:72:52:56:48:72:52:56 chr2 75101454 . T C 3075.21 PASS AF=1;AO=199;DP=202;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594192;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.702;QD=60.5953;RBI=0.0907458;REFB=-0.0498981;REVB=0.0905511;RO=1;SAF=108;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520513;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58845e-05;OID=.;OPOS=75101454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:202:203:1:0:199:203:1:91:108:0:1:95:108:0:0 chr2 75113657 . C T 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=8;FWDB=-0.00138801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.297;QD=17.7623;RBI=0.00187243;REFB=-0.00321778;REVB=0.00125674;RO=45;SAF=35;SAR=4;SRF=37;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164345;STB=0.593166;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00368222;OID=.;OPOS=75113657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:4:35:37:8:4:35:37:8 chr2 75113789 . C G 1196.53 PASS AF=0.560386;AO=115;DP=207;FAO=116;FDP=207;FR=.;FRO=91;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.0122041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3525;QD=23.1213;RBI=0.0131412;REFB=0.0121222;REVB=-0.00487374;RO=92;SAF=53;SAR=62;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021469;STB=0.516353;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00688098;OID=.;OPOS=75113789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:92:91:115:116:0.560386:62:53:40:52:62:54:39:52 chr2 75115108 . A G 1204.29 PASS AF=0.473485;AO=125;DP=266;FAO=125;FDP=264;FR=.;FRO=139;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=74;FSRR=65;FWDB=-0.0026234;FXX=0.00751851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.883;QD=18.2468;RBI=0.00362148;REFB=-0.00144359;REVB=-0.00249658;RO=139;SAF=57;SAR=68;SRF=74;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729873;STB=0.540232;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00169279;OID=.;OPOS=75115108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:264:139:139:125:125:0.473485:68:57:74:65:68:57:74:65 chr2 75116527 . G A 1668.34 PASS AF=0.534653;AO=163;DP=302;FAO=162;FDP=303;FR=.;FRO=141;FSAF=88;FSAR=74;FSRF=66;FSRR=75;FWDB=0.0655346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9825;QD=22.0243;RBI=0.0698872;REFB=-0.00120981;REVB=-0.0242784;RO=139;SAF=89;SAR=74;SRF=65;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663578;STB=0.535005;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00129917;OID=.;OPOS=75116527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:303:139:141:163:162:0.534653:74:89:65:74:74:88:66:75 chr2 75118737 . C T 1591.96 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2784;QD=59.5126;RBI=0.0573932;REFB=0;REVB=-0.0350645;RO=0;SAF=62;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407251;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:45:62:0:0:45:62:0:0 chr2 75196731 . A G 702.66 PASS AF=0.465839;AO=74;DP=160;FAO=75;FDP=161;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=0.0272665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.794;QD=17.4575;RBI=0.0302825;REFB=-0.0120099;REVB=-0.0131747;RO=85;SAF=27;SAR=47;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120263;STB=0.50591;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0121126;OID=.;OPOS=75196731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:85:86:74:75:0.465839:47:27:32:53:47:28:33:53 chr2 75276649 . C T 1280.02 PASS AF=0.47482;AO=129;DP=281;FAO=132;FDP=278;FR=.;FRO=146;FSAF=81;FSAR=51;FSRF=70;FSRR=76;FWDB=-0.00767675;FXX=0.0245605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.985;QD=18.4176;RBI=0.0266828;REFB=-0.0261509;REVB=-0.0255546;RO=133;SAF=79;SAR=50;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819957;STB=0.57187;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.030623;OID=.;OPOS=75276649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:278:133:146:129:132:0.47482:50:79:70:63:51:81:70:76 chr2 75882399 . G A 523.48 PASS AF=0.504587;AO=54;DP=107;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00825544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8627;QD=19.2103;RBI=0.0090541;REFB=-0.0141588;REVB=-0.00371811;RO=50;SAF=24;SAR=30;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394576;STB=0.51463;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00513073;OID=.;OPOS=75882399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:50:54:54:55:0.504587:30:24:20:30:31:24:22:32 chr2 75915035 . C T 2752.62 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.366;QD=62.5595;RBI=0.0266273;REFB=0;REVB=0.0245936;RO=0;SAF=70;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55417e-06;OID=.;OPOS=75915035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:176:176:1:106:70:0:0:106:70:0:0 chr2 75923413 . T C 1122.07 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.649;QD=59.8439;RBI=0.0274327;REFB=0;REVB=0.0225403;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25597e-05;OID=.;OPOS=75923413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:38:36:0:0:38:37:0:0 chr2 79254261 . T C 4716.45 PASS AF=1;AO=294;DP=294;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8252;QD=63.9519;RBI=0.0419259;REFB=0;REVB=-0.0418062;RO=0;SAF=159;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.75597e-05;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:294:295:0:0:294:295:1:135:159:0:0:135:160:0:0 chr2 79255325 . G C 417.2 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.00689316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.187;QD=15.4518;RBI=0.0878627;REFB=-0.0272231;REVB=-0.0875919;RO=61;SAF=29;SAR=18;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111123;STB=0.506232;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.032955;OID=.;OPOS=79255325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:18:29:37:24:18:29:37:24 chr2 79312414 . G A 333.08 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0232892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.925;QD=14.0246;RBI=0.0232985;REFB=-0.0127719;REVB=0.000659058;RO=56;SAF=22;SAR=15;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337022;STB=0.527713;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0158077;OID=.;OPOS=79312414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:56:58:37:37:0.389474:15:22:35:21:15:22:37:21 chr2 79350347 . A G 1556.36 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7893;QD=59.8602;RBI=0.0227583;REFB=0;REVB=-0.0103789;RO=0;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108963;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:61:43:0:0:61:43:0:0 chr2 79385786 . TG CA 97.86 PASS AF=0.0967742;AO=30;DP=310;FAO=30;FDP=310;FR=.;FRO=280;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=112;FSRR=168;FWDB=-0.00384887;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.44;QD=1.26267;RBI=0.0238797;REFB=0.000349805;REVB=0.0235675;RO=280;SAF=13;SAR=17;SRF=112;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414517;STB=0.530885;STBP=0.738;TYPE=mnp;VARB=-0.00292569;OID=.;OPOS=79385786;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:310:310:280:280:30:30:0.0967742:17:13:112:168:17:13:112:168 chr2 79385823 . T G 62.06 PASS AF=0.085034;AO=20;DP=291;FAO=25;FDP=294;FR=.;FRO=269;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=117;FSRR=152;FWDB=-0.0174141;FXX=0.00675653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.914;QD=0.844416;RBI=0.0186963;REFB=-0.0030932;REVB=-0.00680463;RO=261;SAF=5;SAR=15;SRF=118;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23365;STB=0.532841;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0394655;OID=.;OPOS=79385823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:291:294:261:269:20:25:0.085034:15:5:118:143:15:10:117:152 chr2 80101321 . T G 1748.89 PASS AF=0.502924;AO=172;DP=345;FAO=172;FDP=342;FR=.;FRO=170;FSAF=94;FSAR=78;FSRF=93;FSRR=77;FWDB=-0.0517727;FXX=0.0086954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3379;QD=20.4548;RBI=0.0824719;REFB=0.00155575;REVB=-0.0641966;RO=168;SAF=94;SAR=78;SRF=93;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00643382;STB=0.500274;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0018635;OID=.;OPOS=80101321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:342:168:170:172:172:0.502924:78:94:93:75:78:94:93:77 chr2 80875725 . TC CT,TCT,TT 559.57 PASS AF=0.355932,0.59322,0.0508475;AO=12,13,13;DP=61;FAO=21,35,3;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=7,22,2;FSAR=14,13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597737,0.0716051,-0.016977;FXX=0.0327815;HRUN=9,5,1;LEN=2,1,1;MLLD=54.5326,11.6296,159.158;QD=37.9367;RBI=0.00708193,0.36182,0.019455;REFB=0,0,0;REVB=0.00379799,-0.354663,-0.00950147;RO=6;SAF=8,8,4;SAR=4,5,9;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.245493,-0.246058,-0.382089;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=0.00624624,-0.0187782,0.0520955;OID=.,.,.;OPOS=80875725,80875727,80875726;OREF=TC,-,C;OALT=CT,T,T;OMAPALT=CT,TCT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:92:61:59:6:0:12,13,13:21,35,3:0.355932,0.59322,0.0508475:4,5,9:8,8,4:6:0:14,13,1:7,22,2:0:0 chr2 83042810 . GGAAC G 444.32 PASS AF=0.468966;AO=63;DP=145;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.00737452;FXX=0.0333311;HRUN=2;LEN=4;MLLD=297.841;QD=12.2571;RBI=0.00763281;REFB=0.000693063;REVB=0.0019688;RO=68;SAF=21;SAR=42;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191608;STB=0.618147;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=-0.00072689;OID=.;OPOS=83042811;OREF=GAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.468966:63:145:68:145:77:24:44:44:33:99:68:21:42:36:32 chr2 84756049 . G A 3770.59 PASS AF=1;AO=238;DP=241;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203837;FXX=0.0124476;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.517;QD=63.3712;RBI=0.0300727;REFB=-0.0727377;REVB=0.0221105;RO=1;SAF=119;SAR=119;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398833;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66735e-05;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:241:238:1:0:238:238:1:119:119:0:1:119:119:0:0 chr2 84771480 . G A 2278.83 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0536136;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.055;QD=63.7436;RBI=0.0542666;REFB=0;REVB=0.00839312;RO=0;SAF=59;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.3405e-05;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:84:59:0:0:84:59:0:0 chr2 84771567 . C T 1758.02 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428035;FXX=0.0254216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.625;QD=61.1484;RBI=0.0135412;REFB=0;REVB=0.0128469;RO=0;SAF=40;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02613e-05;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:115:0:0:115:115:1:75:40:0:0:75:40:0:0 chr2 84800605 . C A 1644.73 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424868;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.212;QD=60.3571;RBI=0.0537046;REFB=0;REVB=0.032849;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07408e-05;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:53:56:0:0:53:56:0:0 chr2 84811347 . A T 493.16 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=0.0151733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.676;QD=16.0376;RBI=0.0166562;REFB=-0.0070899;REVB=0.00687012;RO=69;SAF=18;SAR=36;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164645;STB=0.509199;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0108575;OID=.;OPOS=84811347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:69:54:54:0.439024:36:18:22:47:36:18:22:47 chr2 84897517 . A G 725.49 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0270065;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.599;QD=54.7539;RBI=0.0342515;REFB=-0.0752637;REVB=0.0210669;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209274;STB=0.511107;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000433329;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:30:22:1:0:30:22:1:0 chr2 85133216 . G A 1791.26 PASS AF=0.507246;AO=164;DP=335;FAO=175;FDP=345;FR=.;FRO=170;FSAF=74;FSAR=101;FSRF=67;FSRR=103;FWDB=0.0194272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.145;QD=20.7682;RBI=0.0194765;REFB=-0.0178391;REVB=-0.00138492;RO=169;SAF=66;SAR=98;SRF=66;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114803;STB=0.51457;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.01695;OID=.;OPOS=85133216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:345:169:170:164:175:0.507246:98:66:66:103:101:74:67:103 chr2 85282879 . A G 454.8 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0241837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.113;QD=18.012;RBI=0.0272605;REFB=-0.0115557;REVB=0.012581;RO=52;SAF=20;SAR=28;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00616098;STB=0.509302;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0152733;OID=.;OPOS=85282879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:53:48:48:0.475248:28:20:22:30:28:20:23:30 chr2 85283329 . CTT C 247.6 PASS AF=0.486486;AO=33;DP=72;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0197742;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=2;MLLD=247.064;QD=13.384;RBI=0.0233156;REFB=-0.00488526;REVB=-0.0123531;RO=36;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137711;STB=0.574061;STBP=0.234;TYPE=del;VARB=0.00482158;OID=.;OPOS=85283330;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486:33:72:36:74:38:13:23:19:19:99:36:11:22:17:19 chr2 85283395 . C T 293.59 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00530187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1914;QD=19.9046;RBI=0.0207096;REFB=-0.000961985;REVB=-0.0200195;RO=28;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414814;STB=0.523062;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.000577372;OID=.;OPOS=85283395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:17:14:14:14:17:14:14:14 chr2 85546615 . C T 2434.49 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.156;QD=60.8621;RBI=0.00888767;REFB=0;REVB=0.00751487;RO=0;SAF=71;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74051e-06;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:160:0:0:150:160:1:79:71:0:0:84:76:0:0 chr2 85549527 . T C 543.32 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0110532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.192;QD=22.6382;RBI=0.0210247;REFB=-0.00693224;REVB=0.0178848;RO=45;SAF=22;SAR=29;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143159;STB=0.578788;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00922131;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:29:22:27:18:29:22:27:18 chr2 85549547 . C T 627.93 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.012885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.166;QD=20.5878;RBI=0.0132195;REFB=-0.0153794;REVB=-0.00295499;RO=59;SAF=29;SAR=34;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275207;STB=0.515147;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0150821;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:59:59:63:63:0.516393:34:29:29:30:34:29:29:30 chr2 85553784 . C T 616.95 PASS AF=0.409357;AO=65;DP=166;FAO=70;FDP=171;FR=.;FRO=101;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=0.070571;FXX=0.00581362;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3983;QD=14.4316;RBI=0.110387;REFB=-0.0224728;REVB=0.0848823;RO=101;SAF=44;SAR=21;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173818;STB=0.563498;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0309085;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:171:101:101:65:70:0.409357:21:44:53:48:26:44:53:48 chr2 85554080 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0258136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.092;QD=18.4437;RBI=0.0407249;REFB=-0.00398737;REVB=-0.0314988;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153845;STB=0.588621;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00437493;OID=.;OPOS=85554080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:4:5:4:7:4:5 chr2 85570388 . G T 82.17 PASS AF=0.163043;AO=15;DP=92;FAO=15;FDP=92;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.0214222;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.865;QD=3.57245;RBI=0.0243661;REFB=-0.00534575;REVB=-0.0116102;RO=76;SAF=12;SAR=3;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314573;STB=0.719679;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0389101;OID=.;OPOS=85570388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:92:92:76:77:15:15:0.163043:3:12:44:32:3:12:44:33 chr2 85571433 . G A 597.85 PASS AF=0.389831;AO=69;DP=177;FAO=69;FDP=177;FR=.;FRO=108;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.0257131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.376;QD=13.5107;RBI=0.0835805;REFB=0.0115352;REVB=0.079527;RO=108;SAF=42;SAR=27;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129471;STB=0.573119;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0171459;OID=.;OPOS=85571433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:108:108:69:69:0.389831:27:42:53:55:27:42:53:55 chr2 85573033 . G A 2512.56 PASS AF=0.993939;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00280861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.139;QD=60.9106;RBI=0.0282214;REFB=0.0299986;REVB=0.0280813;RO=1;SAF=71;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514451;STB=0.502673;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=9.02616e-05;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:165:1:1:163:164:0.993939:92:71:0:1:93:71:0:1 chr2 85573042 . C T 698.27 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.00364367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.557;QD=17.031;RBI=0.0206397;REFB=0.00315956;REVB=0.0203156;RO=89;SAF=34;SAR=41;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026081;STB=0.51447;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0109964;OID=.;OPOS=85573042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:89:89:75:75:0.457317:41:34:38:51:41:34:38:51 chr2 85573049 . G A 881.76 PASS AF=0.533742;AO=87;DP=163;FAO=87;FDP=163;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.00442862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.493;QD=21.6382;RBI=0.00683312;REFB=0.00528812;REVB=-0.00520373;RO=74;SAF=36;SAR=51;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622043;STB=0.534675;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00409641;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:74:76:87:87:0.533742:51:36:36:38:51:36:37:39 chr2 85596906 . A G 667.0 PASS AF=0.467105;AO=70;DP=151;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.011909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.246;QD=17.5527;RBI=0.0165612;REFB=0.00666266;REVB=-0.0115087;RO=81;SAF=25;SAR=45;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149144;STB=0.577011;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00726596;OID=.;OPOS=85596906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:81:81:70:71:0.467105:45:25:41:40:45:26:41:40 chr2 85622059 . T C 528.01 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00781771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.724;QD=16.3724;RBI=0.00782063;REFB=0.00590553;REVB=-0.000213474;RO=70;SAF=33;SAR=24;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092883;STB=0.559913;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00730956;OID=.;OPOS=85622059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:72:57:57:0.44186:24:33:34:36:24:33:34:38 chr2 85625222 . T G 418.83 PASS AF=0.415254;AO=47;DP=116;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.00517855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.227;QD=14.1977;RBI=0.00529094;REFB=-0.00690886;REVB=-0.00108476;RO=68;SAF=10;SAR=37;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397289;STB=0.727737;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0171355;OID=.;OPOS=85625222;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:68:69:47:49:0.415254:37:10:38:30:39:10:38:31 chr2 85625892 . T C 1061.06 PASS AF=0.420495;AO=113;DP=274;FAO=119;FDP=283;FR=.;FRO=164;FSAF=46;FSAR=73;FSRF=77;FSRR=87;FWDB=-0.0109946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0782;QD=14.9973;RBI=0.0399246;REFB=-0.0181811;REVB=0.0383809;RO=160;SAF=43;SAR=70;SRF=74;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889179;STB=0.549536;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0383756;OID=.;OPOS=85625892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:283:160:164:113:119:0.420495:70:43:74:86:73:46:77:87 chr2 85628983 . C T 565.97 PASS AF=0.412162;AO=61;DP=148;FAO=61;FDP=148;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.0318276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.961;QD=15.2965;RBI=0.0324562;REFB=-0.00355319;REVB=-0.00635691;RO=87;SAF=26;SAR=35;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957513;STB=0.553804;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00413727;OID=.;OPOS=85628983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:87:87:61:61:0.412162:35:26:45:42:35:26:45:42 chr2 85769711 . C G 858.47 PASS AF=0.471795;AO=88;DP=192;FAO=92;FDP=195;FR=.;FRO=103;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.00316763;FXX=0.0394069;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.086;QD=17.6097;RBI=0.00351941;REFB=0.000545977;REVB=-0.00153374;RO=94;SAF=37;SAR=51;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653903;STB=0.536534;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000743642;OID=.;OPOS=85769711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:195:94:103:88:92:0.471795:51:37:46:48:51:41:53:50 chr2 85780107 . G A 1009.97 PASS AF=0.441767;AO=109;DP=251;FAO=110;FDP=249;FR=.;FRO=139;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=70;FSRR=69;FWDB=-0.00118357;FXX=0.0119043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6782;QD=16.2245;RBI=0.0564128;REFB=0.00421278;REVB=0.0564004;RO=142;SAF=56;SAR=53;SRF=73;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000328895;STB=0.503067;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00417756;OID=.;OPOS=85780107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:249:142:139:109:110:0.441767:53:56:73:69:54:56:70:69 chr2 85781318 . T G 752.3 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00545233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.963;QD=56.7771;RBI=0.0110141;REFB=0;REVB=-0.0095699;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35532e-06;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:22:31:0:0 chr2 85808737 . A G 988.15 PASS AF=0.516129;AO=96;DP=186;FAO=96;FDP=186;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.0215772;FXX=0.00534731;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3797;QD=21.2504;RBI=0.0491906;REFB=0.0498814;REVB=-0.0442057;RO=90;SAF=40;SAR=56;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00504793;STB=0.502767;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0445381;OID=.;OPOS=85808737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:90:90:96:96:0.516129:56:40:37:53:56:40:37:53 chr2 85808982 . T C 909.04 PASS AF=0.467005;AO=92;DP=197;FAO=92;FDP=197;FR=.;FRO=105;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.0136759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0355;QD=18.4576;RBI=0.0189895;REFB=0.0102466;REVB=0.0131746;RO=103;SAF=41;SAR=51;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382942;STB=0.516409;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.0107578;OID=.;OPOS=85808982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:103:105:92:92:0.467005:51:41:50:53:51:41:50:55 chr2 85894308 . G T 887.82 PASS AF=0.566434;AO=81;DP=143;FAO=81;FDP=143;FR=.;FRO=62;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=-0.0240049;FXX=0.027209;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.291;QD=24.834;RBI=0.0240158;REFB=-0.0171783;REVB=0.000723093;RO=60;SAF=49;SAR=32;SRF=43;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935079;STB=0.540868;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0122948;OID=.;OPOS=85894308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:60:62:81:81:0.566434:32:49:43:17:32:49:43:19 chr2 85895338 . T G 4773.99 PASS AF=1;AO=293;DP=294;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.612;QD=64.0804;RBI=0.0346202;REFB=0;REVB=0.0334836;RO=0;SAF=132;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18357e-06;OID=.;OPOS=85895338;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:294:298:0:0:293:298:1:161:132:0:0:166:132:0:0 chr2 85924729 . C T 4588.36 PASS AF=0.983278;AO=293;DP=299;FAO=294;FDP=299;FR=.;FRO=5;FSAF=120;FSAR=174;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0344125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.08;QD=61.3827;RBI=0.0459438;REFB=-0.15739;REVB=0.0304404;RO=6;SAF=119;SAR=174;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371853;STB=0.500141;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.000329802;OID=.;OPOS=85924729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:299:299:6:5:293:294:0.983278:174:119:3:3:174:120:2:3 chr2 85925529 . A G 2414.35 PASS AF=0.806167;AO=178;DP=227;FAO=183;FDP=227;FR=.;FRO=44;FSAF=48;FSAR=135;FSRF=43;FSRR=1;FWDB=0.0631273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0286;QD=42.5435;RBI=0.101804;REFB=-0.0193866;REVB=-0.0798681;RO=0;SAF=45;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53129e-08;STB=0.652988;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0028642;OID=.;OPOS=85925529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:0:44:178:183:0.806167:133:45:0:0:135:48:43:1 chr2 85925756 . C G 2250.54 PASS AF=0.980519;AO=151;DP=154;FAO=151;FDP=154;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00763927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.221;QD=58.4555;RBI=0.016922;REFB=-0.0423885;REVB=0.0150995;RO=2;SAF=86;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109326;STB=0.50857;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000729912;OID=.;OPOS=85925756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:154:154:2:3:151:151:0.980519:65:86:2:0:65:86:3:0 chr2 85925848 . C G 2894.42 PASS AF=0.994624;AO=184;DP=185;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.615;QD=62.2456;RBI=0.0375069;REFB=-0.0482312;REVB=0.0211406;RO=1;SAF=101;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570196;STB=0.502958;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=9.73537e-05;OID=.;OPOS=85925848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:186:1:1:184:185:0.994624:83:101:0:1:84:101:0:1 chr2 86259443 . C T 1589.27 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00857679;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.639;QD=57.271;RBI=0.0147027;REFB=-0.208976;REVB=0.0119419;RO=0;SAF=66;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511362;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000716403;OID=.;OPOS=86259443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:0:2:108:109:0.981982:42:66:0:0:43:66:0:2 chr2 86272758 . G A 1540.35 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.111;QD=59.8195;RBI=0.0335896;REFB=0;REVB=-0.00768297;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4053e-05;OID=.;OPOS=86272758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:58:45:0:0:58:45:0:0 chr2 86344237 . A G 548.5 PASS AF=0.539216;AO=54;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.025085;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.215;QD=21.5098;RBI=0.0251449;REFB=-0.00156198;REVB=-0.00173403;RO=47;SAF=22;SAR=32;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342604;STB=0.513489;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00140698;OID=.;OPOS=86344237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:54:55:0.539216:32:22:21:26:32:23:21:26 chr2 86346138 . T G 519.46 PASS AF=0.482456;AO=54;DP=113;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0115599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.052;QD=18.2267;RBI=0.0151634;REFB=0.00261814;REVB=-0.00981323;RO=57;SAF=24;SAR=30;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00548998;STB=0.516123;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00300111;OID=.;OPOS=86346138;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:57:59:54:55:0.482456:30:24:25:32:30:25:25:34 chr2 86364653 . A G 454.36 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0231927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.406;QD=17.4754;RBI=0.0274888;REFB=-0.00585286;REVB=-0.0147557;RO=54;SAF=24;SAR=25;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603619;STB=0.537932;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00599143;OID=.;OPOS=86364653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:55:49:49:0.471154:25:24:23:31:25:24:23:32 chr2 86406556 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.948;QD=60.7162;RBI=0.0262326;REFB=0;REVB=0.0174703;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84507e-06;OID=.;OPOS=86406556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:34:41:0:0:34:42:0:0 chr2 86481835 . C T 359.19 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0126031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.432;QD=14.812;RBI=0.0129589;REFB=0.00433439;REVB=0.00301578;RO=58;SAF=19;SAR=20;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140685;STB=0.579517;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00634688;OID=.;OPOS=86481835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:20:19:36:22:20:19:36:22 chr2 86683642 . A G 646.22 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.229369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0358;QD=58.747;RBI=0.230127;REFB=-0.0725316;REVB=0.018665;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170712;STB=0.509087;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00320049;OID=.;OPOS=86683642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:42:43:0.977273:27:15:0:1:27:16:0:1 chr2 86691250 . G A 4592.89 PASS AF=1;AO=288;DP=290;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297444;FXX=0.00344816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.122;QD=63.5694;RBI=0.0366561;REFB=0;REVB=0.0214228;RO=0;SAF=128;SAR=160;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77117e-06;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:290:289:0:0:288:289:1:160:128:0:0:161:128:0:0 chr2 86707313 . G A 791.65 PASS AF=0.5;AO=81;DP=163;FAO=81;FDP=162;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0216676;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.577;QD=19.5469;RBI=0.0320372;REFB=0.000501381;REVB=-0.0235987;RO=81;SAF=44;SAR=37;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225434;STB=0.512409;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.000684271;OID=.;OPOS=86707313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:81:81:81:81:0.5:37:44:42:39:37:44:42:39 chr2 86979093 . G A 3247.59 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6161;QD=61.8588;RBI=0.0399228;REFB=0;REVB=0.039686;RO=0;SAF=128;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151506;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:210:0:0:206:210:1:78:128:0:0:81:129:0:0 chr2 87015633 . T TGA 1456.94 PASS AF=0.936364;AO=102;DP=113;FAO=103;FDP=110;FR=.;FRO=7;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0114372;FXX=0.0350846;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.759;QD=52.9798;RBI=0.031537;REFB=-0.0741487;REVB=0.02939;RO=7;SAF=49;SAR=53;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237281;STB=0.512132;STBP=0.371;TYPE=ins;VARB=0.00422139;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.936364:102:113:103:110:7:49:54:2:5:20:7:49:53:2:5 chr2 87069379 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0176576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7031;QD=17.3206;RBI=0.0217414;REFB=-0.000181145;REVB=-0.0126847;RO=18;SAF=13;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505294;STB=0.529032;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.000519083;OID=.;OPOS=87069379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:3:13:14:4:3:13:14:4 chr2 87069431 . C T 147.65 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0171126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9461;QD=26.845;RBI=0.0323619;REFB=-0.0270538;REVB=-0.0274673;RO=7;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689833;STB=0.538411;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0137455;OID=.;OPOS=87069431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:6:9:5:2:6:9:5:2 chr2 87088964 . A G 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.077048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.671;QD=5.95762;RBI=0.0773076;REFB=-0.00597791;REVB=0.00633022;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590023;STB=0.873907;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00967991;OID=.;OPOS=87088964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:1:5:5:13:1:5:5:13 chr2 88315908 . A T 34.21 PASS AF=0.538462;AO=4;DP=6;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00148919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.8336;QD=10.5256;RBI=0.00148919;REFB=-0.131155;REVB=0;RO=2;SAF=4;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0374187;OID=.;OPOS=88315908;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:6:13:2:6:4:7:0.538462:0:4:2:0:0:7:6:0 chr2 88315954 . C A 620.81 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00302684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.981;QD=55.1832;RBI=0.0361612;REFB=-0.074968;REVB=0.0360343;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.551699;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000340208;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:0:3:42:42:0.933333:29:13:0:0:29:13:3:0 chr2 88315993 . A G 695.68 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3155;QD=60.4935;RBI=0.0619038;REFB=-0.00389122;REVB=-0.0603147;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240908;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000499317;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:26:19:1:0:26:19:1:0 chr2 88316005 . G T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0433904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9255;QD=12.737;RBI=0.0482723;REFB=-0.00986859;REVB=-0.0211539;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138288;STB=0.581292;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0103536;OID=.;OPOS=88316005;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:14:14:10:6:14:14 chr2 88387403 . C A 1575.72 PASS AF=1;AO=78;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605807;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.112;QD=63.6656;RBI=0.0557058;REFB=0;REVB=0.0553754;RO=0;SAF=53;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479107;OID=.;OPOS=88387403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:78:99:1:25:53:0:0:45:54:0:0 chr2 88396210 . G A 563.66 PASS AF=0.362162;AO=67;DP=185;FAO=67;FDP=185;FR=.;FRO=118;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=-0.0165111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.843;QD=12.1872;RBI=0.0238936;REFB=-0.00709767;REVB=-0.0172711;RO=116;SAF=35;SAR=32;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249936;STB=0.508883;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.010714;OID=.;OPOS=88396210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:116:118:67:67:0.362162:32:35:58:58:32:35:60:58 chr2 88407959 . T C 961.57 PASS AF=0.447368;AO=102;DP=228;FAO=102;FDP=228;FR=.;FRO=126;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=-0.00860388;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2252;QD=16.8697;RBI=0.0277585;REFB=-0.0289812;REVB=0.0263914;RO=117;SAF=51;SAR=51;SRF=58;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412997;STB=0.51754;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0332125;OID=.;OPOS=88407959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:117:126:102:102:0.447368:51:51:58:59:51:51:59:67 chr2 88411605 . A T 2916.92 PASS AF=0.979167;AO=188;DP=192;FAO=188;FDP=192;FR=.;FRO=4;FSAF=100;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0161927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0773;QD=60.7692;RBI=0.0187597;REFB=-0.0527405;REVB=0.00947236;RO=3;SAF=100;SAR=88;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00404705;STB=0.500667;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00477607;OID=.;OPOS=88411605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:192:192:3:4:188:188:0.979167:88:100:2:1:88:100:2:2 chr2 88411636 . T C 773.15 PASS AF=0.455556;AO=80;DP=178;FAO=82;FDP=180;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=-0.00157668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.406;QD=17.1812;RBI=0.00186013;REFB=-0.0112587;REVB=-0.000986991;RO=97;SAF=40;SAR=40;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559697;STB=0.521168;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0142671;OID=.;OPOS=88411636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:97:98:80:82:0.455556:40:40:54:43:40:42:54:44 chr2 88424066 . T C 631.16 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00740549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.096;QD=17.7792;RBI=0.00919853;REFB=-0.00861676;REVB=0.00545633;RO=76;SAF=27;SAR=38;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831301;STB=0.542963;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00851345;OID=.;OPOS=88424066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:76:77:65:65:0.457746:38:27:38:38:38:27:38:39 chr2 88472791 . G A 1129.05 PASS AF=0.555556;AO=105;DP=189;FAO=105;FDP=189;FR=.;FRO=84;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=58;FSRR=26;FWDB=0.0104643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.067;QD=23.8953;RBI=0.0232792;REFB=-0.0239478;REVB=-0.0207947;RO=82;SAF=62;SAR=43;SRF=56;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783198;STB=0.546717;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0173887;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:82:84:105:105:0.555556:43:62:56:26:43:62:58:26 chr2 88482258 . G A 605.17 PASS AF=0.578431;AO=57;DP=100;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00186477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.402;QD=23.7321;RBI=0.0229407;REFB=0.0079477;REVB=0.0228648;RO=43;SAF=22;SAR=35;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119665;STB=0.570377;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00718131;OID=.;OPOS=88482258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:43:43:57:59:0.578431:35:22:23:20:37:22:23:20 chr2 88485154 . A G 896.02 PASS AF=0.390977;AO=103;DP=267;FAO=104;FDP=266;FR=.;FRO=162;FSAF=34;FSAR=70;FSRF=56;FSRR=106;FWDB=-0.0183469;FXX=0.011152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.262;QD=13.4739;RBI=0.0187178;REFB=-0.0199075;REVB=0.00370772;RO=163;SAF=34;SAR=69;SRF=56;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164582;STB=0.51286;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0299894;OID=.;OPOS=88485154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:163:162:103:104:0.390977:69:34:56:107:70:34:56:106 chr2 88485166 . G A 838.03 PASS AF=0.381526;AO=95;DP=249;FAO=95;FDP=249;FR=.;FRO=154;FSAF=26;FSAR=69;FSRF=53;FSRR=101;FWDB=-0.00306194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2854;QD=13.4623;RBI=0.0125779;REFB=9.52627e-05;REVB=0.0121995;RO=153;SAF=26;SAR=69;SRF=52;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867042;STB=0.552212;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-7.41691e-05;OID=.;OPOS=88485166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:153:154:95:95:0.381526:69:26:52:101:69:26:53:101 chr2 88874891 . C A 848.53 PASS AF=0.544828;AO=79;DP=145;FAO=79;FDP=145;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.00896264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.467;QD=23.4078;RBI=0.00903965;REFB=-0.0115631;REVB=0.00117745;RO=66;SAF=40;SAR=39;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556906;STB=0.530441;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0100275;OID=.;OPOS=88874891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:66:66:79:79:0.544828:39:40:29:37:39:40:29:37 chr2 88895123 . T C 693.13 PASS AF=0.447059;AO=75;DP=170;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.00797516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.046;QD=16.3088;RBI=0.0322471;REFB=-0.00263709;REVB=0.0312453;RO=94;SAF=28;SAR=47;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130059;STB=0.57506;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00531203;OID=.;OPOS=88895123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:94:94:75:76:0.447059:47:28:47:47:48:28:47:47 chr2 88895351 . T C 500.74 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00668375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.516;QD=21.7714;RBI=0.0132424;REFB=-0.00343576;REVB=-0.0114319;RO=44;SAF=17;SAR=31;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510898;STB=0.528226;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00248414;OID=.;OPOS=88895351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:31:17:18:26:31:17:18:26 chr2 88913273 . G C 743.72 PASS AF=0.517986;AO=72;DP=139;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.014043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.678;QD=21.4021;RBI=0.0166259;REFB=-0.0165158;REVB=-0.00890025;RO=67;SAF=40;SAR=32;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555702;STB=0.530538;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0137082;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:67:67:72:72:0.517986:32:40:33:34:32:40:33:34 chr2 89161069 . G C 961.56 PASS AF=0.38488;AO=111;DP=292;FAO=112;FDP=291;FR=.;FRO=179;FSAF=39;FSAR=73;FSRF=71;FSRR=108;FWDB=-0.0641617;FXX=0.0364226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.33;QD=13.2174;RBI=0.0641845;REFB=-0.00492105;REVB=-0.00171134;RO=170;SAF=38;SAR=73;SRF=62;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264921;STB=0.53217;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00918106;OID=.;OPOS=89161069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:291:170:179:111:112:0.38488:73:38:62:108:73:39:71:108 chr2 89197190 . C T 2653.1 PASS AF=0.483577;AO=265;DP=548;FAO=265;FDP=548;FR=.;FRO=283;FSAF=133;FSAR=132;FSRF=159;FSRR=124;FWDB=0.0118388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.32;QD=19.3657;RBI=0.0130947;REFB=-0.0148548;REVB=-0.00559582;RO=282;SAF=133;SAR=132;SRF=159;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582613;STB=0.530965;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0149806;OID=.;OPOS=89197190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:548:548:282:283:265:265:0.483577:132:133:159:123:132:133:159:124 chr2 90121675 . T C 576.72 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322225;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.92;QD=60.7075;RBI=0.0300068;REFB=0;REVB=0.0298333;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180888;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:33:38:1:21:12:0:0:25:13:0:0 chr2 90139116 . G A 430.7 PASS AF=0.351724;AO=51;DP=145;FAO=51;FDP=145;FR=.;FRO=94;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.00271946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.711;QD=11.8814;RBI=0.0679441;REFB=-0.00889137;REVB=-0.0678897;RO=94;SAF=29;SAR=22;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781702;STB=0.544769;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.015839;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:94:94:51:51:0.351724:22:29:47:47:22:29:47:47 chr2 90212136 . T C 504.0 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0600812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9544;QD=18.8411;RBI=0.0613878;REFB=0.0163768;REVB=-0.0125979;RO=53;SAF=24;SAR=29;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05134;STB=0.533226;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0149809;OID=.;OPOS=90212136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:54:53:53:0.495327:29:24:27:26:29:24:28:26 chr2 90259760 . A T 53.87 PASS AF=0.103704;AO=14;DP=134;FAO=14;FDP=135;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=53;FSRR=68;FWDB=-0.00301926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3949;QD=1.59626;RBI=0.00432764;REFB=-0.000828229;REVB=0.00310041;RO=118;SAF=11;SAR=3;SRF=53;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400175;STB=0.802254;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0127083;OID=.;OPOS=90259760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:134:135:118:121:14:14:0.103704:3:11:53:65:3:11:53:68 chr2 90259776 . G A 43.24 PASS AF=0.0855263;AO=13;DP=151;FAO=13;FDP=152;FR=.;FRO=139;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=61;FSRR=78;FWDB=-0.00699912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.163;QD=1.13794;RBI=0.0160508;REFB=0.000450844;REVB=-0.0144444;RO=138;SAF=10;SAR=3;SRF=61;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368997;STB=0.791358;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0175334;OID=.;OPOS=90259776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:151:152:138:139:13:13:0.0855263:3:10:61:77:3:10:61:78 chr2 95537572 . C T 843.2 PASS AF=0.508982;AO=85;DP=167;FAO=85;FDP=167;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=60;FSRF=22;FSRR=60;FWDB=0.0149067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.44;QD=20.1965;RBI=0.0225329;REFB=-0.01823;REVB=0.0168973;RO=82;SAF=25;SAR=60;SRF=22;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281781;STB=0.51546;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0193453;OID=.;OPOS=95537572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:82:82:85:85:0.508982:60:25:22:60:60:25:22:60 chr2 95537622 . A G 639.89 PASS AF=0.481481;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.024908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3864;QD=18.9597;RBI=0.0368304;REFB=-0.0161532;REVB=-0.0271306;RO=69;SAF=33;SAR=32;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401075;STB=0.525659;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0137899;OID=.;OPOS=95537622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:69:70:65:65:0.481481:32:33:38:31:32:33:39:31 chr2 95542363 . C G 262.91 PASS AF=0.211538;AO=44;DP=209;FAO=44;FDP=208;FR=.;FRO=164;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=90;FSRR=74;FWDB=-0.0266597;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.463;QD=5.05595;RBI=0.0484039;REFB=-0.00908647;REVB=-0.0404004;RO=162;SAF=19;SAR=25;SRF=88;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141703;STB=0.591578;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0365118;OID=.;OPOS=95542363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:162:164:44:44:0.211538:25:19:88:74:25:19:90:74 chr2 95542376 . GC TT 293.17 PASS AF=0.207627;AO=51;DP=237;FAO=49;FDP=236;FR=.;FRO=187;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=98;FSRR=89;FWDB=-0.00557374;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.086;QD=4.96892;RBI=0.0215663;REFB=-0.0052211;REVB=-0.0208336;RO=186;SAF=24;SAR=27;SRF=99;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787478;STB=0.527123;STBP=0.675;TYPE=mnp;VARB=0.0209982;OID=.;OPOS=95542376;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:186:187:51:49:0.207627:27:24:99:87:25:24:98:89 chr2 95542415 . CA CG,TG 272.88 PASS AF=0.0431655,0.151079;AO=12,42;DP=278;FAO=12,42;FDP=278;FR=.;FRO=224;FSAF=7,20;FSAR=5,22;FSRF=115;FSRR=109;FWDB=-0.0161517,-0.00707457;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=129.645,144.172;QD=3.92639;RBI=0.0162817,0.00912673;REFB=-0.00328574,-0.00355016;REVB=-0.00205362,-0.00576608;RO=224;SAF=7,20;SAR=5,22;SRF=115;SRR=109;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0678938,-0.0479001;STB=0.56665,0.531291;STBP=0.683,0.664;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00138426,0.023898;OID=.,.;OPOS=95542416,95542415;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:278:278:224:224:12,42:12,42:0.0431655,0.151079:5,22:7,20:115:109:5,22:7,20:115:109 chr2 95542419 . G A 307.98 PASS AF=0.19573;AO=53;DP=279;FAO=55;FDP=281;FR=.;FRO=226;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=116;FSRR=110;FWDB=-0.0353448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7907;QD=4.38402;RBI=0.0353528;REFB=-0.00499891;REVB=-0.000752615;RO=223;SAF=26;SAR=27;SRF=114;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026637;STB=0.503365;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0227028;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:281:223:226:53:55:0.19573:27:26:114:109:27:28:116:110 chr2 95542476 . C T 258.48 PASS AF=0.18251;AO=48;DP=265;FAO=48;FDP=263;FR=.;FRO=215;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=107;FSRR=108;FWDB=0.00134991;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.977;QD=3.93126;RBI=0.00707194;REFB=-0.00670219;REVB=-0.00694191;RO=217;SAF=22;SAR=26;SRF=109;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056834;STB=0.532199;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0275767;OID=.;OPOS=95542476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:263:217:215:48:48:0.18251:26:22:109:108:26:22:107:108 chr2 95542482 . C A 165.56 PASS AF=0.141732;AO=36;DP=254;FAO=36;FDP=254;FR=.;FRO=218;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=112;FSRR=106;FWDB=-0.00229092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.961;QD=2.60725;RBI=0.00236533;REFB=-0.000973189;REVB=0.000588614;RO=218;SAF=15;SAR=21;SRF=112;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124054;STB=0.583287;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00300912;OID=.;OPOS=95542482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:218:218:36:36:0.141732:21:15:112:106:21:15:112:106 chr2 95542485 . A C 124.2 PASS AF=0.148594;AO=35;DP=251;FAO=37;FDP=249;FR=.;FRO=212;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=107;FSRR=105;FWDB=0.00730974;FXX=0.0158097;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.481;QD=1.99516;RBI=0.013731;REFB=-0.0127235;REVB=0.0116236;RO=215;SAF=16;SAR=19;SRF=110;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694807;STB=0.56161;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.123568;OID=.;OPOS=95542485;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:249:215:212:35:37:0.148594:19:16:110:105:21:16:107:105 chr2 95847040 . TGCG T 1346.02 PASS AF=1;AO=79;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076281;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.437;QD=62.6055;RBI=0.0517527;REFB=0;REVB=0.0511874;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.10891e-05;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:84:86:86:0:41:45:0:0:7:0:39:40:0:0 chr2 95848354 . G A 1627.35 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1239;QD=59.7194;RBI=0.0677772;REFB=0;REVB=-0.0677053;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273975;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:62:46:0:0:63:46:0:0 chr2 95941855 . C T 449.81 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0427764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4751;QD=24.3142;RBI=0.0638671;REFB=0.0138805;REVB=0.0474256;RO=30;SAF=20;SAR=23;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262346;STB=0.521401;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00897588;OID=.;OPOS=95941855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:31:43:43:0.581081:23:20:15:15:23:20:16:15 chr2 95947085 . A G 5644.0 PASS AF=1;AO=360;DP=362;FAO=360;FDP=360;FR=.;FRO=0;FSAF=208;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541781;FXX=0.00552471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.727;QD=62.7111;RBI=0.0162615;REFB=0.0704053;REVB=0.0153324;RO=1;SAF=208;SAR=152;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11933e-05;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:362:360:1:0:360:360:1:152:208:0:1:152:208:0:0 chr2 95963242 . C G 772.45 PASS AF=1;AO=47;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0930894;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1602;QD=55.1748;RBI=0.0931348;REFB=0;REVB=-0.00290769;RO=0;SAF=44;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000826885;OID=.;OPOS=95963242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:47:56:1:3:44:0:0:3:53:0:0 chr2 96195632 . T C 2898.85 PASS AF=0.994595;AO=182;DP=189;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=112;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176431;FXX=0.0211629;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.465;QD=62.6779;RBI=0.0287497;REFB=-0.0349172;REVB=0.0226995;RO=1;SAF=111;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427017;STB=0.502222;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000453941;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:185:1:1:182:184:0.994595:71:111:1:0:72:112:1:0 chr2 96514607 . TAAA ATAA,TAA,TAAT 169.13 PASS AF=0,0.890411,0.109589;AO=8,25,3;DP=76;FAO=0,65,8;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,0;FSAR=0,56,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.178976,-0.0448076,-0.0362412;FXX=0.0640943;HRUN=1,11,11;LEN=2,1,1;MLLD=13.5462,3.46637,142.441;QD=9.26733;RBI=0.211039,0.0680896,0.0498268;REFB=0.0812933,0.19815,0.0213773;REVB=-0.111826,-0.0512686,-0.0341948;RO=18;SAF=2,1,0;SAR=6,24,3;SRF=3;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.136697,-0.367894,-0.505006;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.279836,-0.121904,0.139148;OID=.,.,.;OPOS=96514607,96514608,96514610;OREF=TA,A,A;OALT=AT,-,T;OMAPALT=ATAA,TAA,TAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:36:76:73:18:0:8,25,3:0,65,8:0,0.890411,0.109589:6,24,3:2,1,0:3:15:0,56,8:0,9,0:0:0 chr2 96517452 . T C 89.81 PASS AF=0.119565;AO=22;DP=184;FAO=22;FDP=184;FR=.;FRO=162;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=85;FWDB=-0.00310582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.437;QD=1.95231;RBI=0.0137526;REFB=0.00624129;REVB=-0.0133973;RO=162;SAF=9;SAR=13;SRF=77;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830649;STB=0.558946;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0442819;OID=.;OPOS=96517452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:184:184:162:162:22:22:0.119565:13:9:77:85:13:9:77:85 chr2 96517471 . A G 104.18 PASS AF=0.128342;AO=23;DP=186;FAO=24;FDP=187;FR=.;FRO=163;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=76;FSRR=87;FWDB=-0.046882;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.6163;QD=2.22837;RBI=0.0469269;REFB=-0.0038048;REVB=0.00205381;RO=156;SAF=10;SAR=13;SRF=72;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339007;STB=0.543775;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00539365;OID=.;OPOS=96517471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:156:163:23:24:0.128342:13:10:72:84:14:10:76:87 chr2 96517474 . G A 111.08 PASS AF=0.132979;AO=24;DP=188;FAO=25;FDP=188;FR=.;FRO=163;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=75;FSRR=88;FWDB=-0.0389158;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.897;QD=2.36348;RBI=0.0399883;REFB=-0.000673301;REVB=-0.00919955;RO=162;SAF=12;SAR=12;SRF=75;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465899;STB=0.517272;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00791637;OID=.;OPOS=96517474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:162:163:24:25:0.132979:12:12:75:87:13:12:75:88 chr2 96517484 . T G 132.81 PASS AF=0.145078;AO=27;DP=191;FAO=28;FDP=193;FR=.;FRO=165;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=73;FSRR=92;FWDB=0.0532456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.87;QD=2.75254;RBI=0.064146;REFB=0.00641891;REVB=0.0357718;RO=162;SAF=13;SAR=14;SRF=70;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632313;STB=0.518823;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0304063;OID=.;OPOS=96517484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:162:165:27:28:0.145078:14:13:70:92:15:13:73:92 chr2 96517502 . A C 196.15 PASS AF=0.190217;AO=33;DP=185;FAO=35;FDP=184;FR=.;FRO=149;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=63;FSRR=86;FWDB=-0.0247215;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.872;QD=4.26403;RBI=0.0294833;REFB=-0.000758886;REVB=0.0160658;RO=148;SAF=15;SAR=18;SRF=62;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464445;STB=0.52812;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0112406;OID=.;OPOS=96517502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:148:149:33:35:0.190217:18:15:62:86:19:16:63:86 chr2 96517518 . A G 304.52 PASS AF=0.257143;AO=44;DP=175;FAO=45;FDP=175;FR=.;FRO=130;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=75;FWDB=0.0447224;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3924;QD=6.96055;RBI=0.0464049;REFB=-0.0165141;REVB=0.0123822;RO=127;SAF=20;SAR=24;SRF=52;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569598;STB=0.532653;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0714188;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:127:130:44:45:0.257143:24:20:52:75:24:21:55:75 chr2 96517882 . G A 143.82 PASS AF=0.126812;AO=35;DP=276;FAO=35;FDP=276;FR=.;FRO=241;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=118;FSRR=123;FWDB=-0.0527458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.256;QD=2.08429;RBI=0.0528217;REFB=-0.00362025;REVB=0.00283034;RO=237;SAF=26;SAR=9;SRF=117;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321494;STB=0.725757;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0239762;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:237:241:35:35:0.126812:9:26:117:120:9:26:118:123 chr2 96517885 . G A 244.57 PASS AF=0.174074;AO=47;DP=270;FAO=47;FDP=270;FR=.;FRO=223;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=109;FSRR=114;FWDB=0.00475836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.765;QD=3.6232;RBI=0.0256725;REFB=-0.0038773;REVB=-0.0252277;RO=211;SAF=34;SAR=13;SRF=100;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326633;STB=0.698958;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0367491;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:211:223:47:47:0.174074:13:34:100:111:13:34:109:114 chr2 96521297 . T C 317.88 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0706508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.257;QD=31.7879;RBI=0.0729154;REFB=-0.0109679;REVB=0.0180313;RO=12;SAF=2;SAR=25;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413508;STB=0.725924;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00413861;OID=.;OPOS=96521297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:40:40:12:13:27:27:0.675:25:2:5:7:25:2:5:8 chr2 96521438 . A G 53.07 PASS AF=0.114286;AO=11;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.0034166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3487;QD=2.0217;RBI=0.17341;REFB=0.00793894;REVB=0.173376;RO=93;SAF=7;SAR=4;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241864;STB=0.633169;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0419787;OID=.;OPOS=96521438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:105:105:93:93:11:12:0.114286:4:7:40:53:5:7:40:53 chr2 96521455 . A G 59.97 PASS AF=0.114754;AO=14;DP=125;FAO=14;FDP=122;FR=.;FRO=108;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=-0.000388973;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.405;QD=1.96617;RBI=0.00525702;REFB=0.000603176;REVB=0.00524261;RO=110;SAF=8;SAR=6;SRF=46;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184765;STB=0.626552;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00385392;OID=.;OPOS=96521455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:125:122:110:108:14:14:0.114754:6:8:46:64:6:8:46:62 chr2 96521481 . C T 43.47 PASS AF=0.0855263;AO=13;DP=153;FAO=13;FDP=152;FR=.;FRO=139;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=66;FSRR=73;FWDB=-0.0222596;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.171;QD=1.14406;RBI=0.0229684;REFB=-0.00634948;REVB=-0.00566217;RO=139;SAF=9;SAR=4;SRF=66;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248725;STB=0.697583;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0298928;OID=.;OPOS=96521481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:153:152:139:139:13:13:0.0855263:4:9:66:73:4:9:66:73 chr2 96521486 . G A 90.07 PASS AF=0.130435;AO=20;DP=164;FAO=21;FDP=161;FR=.;FRO=140;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=66;FSRR=74;FWDB=0.00371079;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.119;QD=2.23769;RBI=0.00546723;REFB=-0.0032816;REVB=-0.00401505;RO=139;SAF=14;SAR=6;SRF=63;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305039;STB=0.669261;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0206062;OID=.;OPOS=96521486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:164:161:139:140:20:21:0.130435:6:14:63:76:7:14:66:74 chr2 96521512 . A C 251.88 PASS AF=0.199095;AO=45;DP=221;FAO=44;FDP=221;FR=.;FRO=177;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=91;FSRR=86;FWDB=-0.0373458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2785;QD=4.55897;RBI=0.0465532;REFB=0.00113034;REVB=0.0277937;RO=174;SAF=26;SAR=19;SRF=90;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782486;STB=0.562134;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00551707;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:174:177:45:44:0.199095:19:26:90:84:18:26:91:86 chr2 96521548 . G A 210.23 PASS AF=0.162791;AO=41;DP=260;FAO=42;FDP=258;FR=.;FRO=216;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=116;FSRR=100;FWDB=-0.00316245;FXX=0.00769201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.614;QD=3.25942;RBI=0.00516561;REFB=-0.00241364;REVB=0.00408441;RO=212;SAF=25;SAR=16;SRF=112;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10663;STB=0.549582;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0152012;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:258:212:216:41:42:0.162791:16:25:112:100:17:25:116:100 chr2 96521556 . T C 173.6 PASS AF=0.140288;AO=39;DP=278;FAO=39;FDP=278;FR=.;FRO=239;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=134;FSRR=105;FWDB=-0.0109082;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.982;QD=2.49778;RBI=0.0235876;REFB=-0.00523024;REVB=-0.0209137;RO=233;SAF=22;SAR=17;SRF=129;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135709;STB=0.502997;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0288698;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:233:239:39:39:0.140288:17:22:129:104:17:22:134:105 chr2 96521563 . G A 89.15 PASS AF=0.0942761;AO=27;DP=296;FAO=28;FDP=297;FR=.;FRO=269;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=145;FSRR=124;FWDB=0.00590224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.911;QD=1.20067;RBI=0.0114606;REFB=-0.000587451;REVB=-0.00982386;RO=266;SAF=16;SAR=11;SRF=144;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619335;STB=0.562868;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0219447;OID=.;OPOS=96521563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:296:297:266:269:27:28:0.0942761:11:16:144:122:11:17:145:124 chr2 96521607 . GGT CAC 83.56 PASS AF=0.0824468;AO=31;DP=378;FAO=31;FDP=376;FR=.;FRO=345;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=173;FSRR=172;FWDB=-0.0160617;FXX=0.00529086;HRUN=2;LEN=3;MLLD=231.18;QD=0.888889;RBI=0.0225346;REFB=0.00184999;REVB=0.0158061;RO=342;SAF=18;SAR=13;SRF=172;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907665;STB=0.572807;STBP=0.399;TYPE=mnp;VARB=-0.0234369;OID=.;OPOS=96521607;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:378:376:342:345:31:31:0.0824468:13:18:172:170:13:18:173:172 chr2 96523096 . T C 1377.43 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.446;QD=62.6106;RBI=0.0328793;REFB=0;REVB=0.0297773;RO=0;SAF=59;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04906e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26853e-05;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:29:59:0:0:29:59:0:0 chr2 96525640 . G T 35.42 PASS AF=0.09375;AO=10;DP=96;FAO=9;FDP=96;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.00922521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.25;QD=1.47587;RBI=0.0394006;REFB=-0.00198454;REVB=-0.0383054;RO=82;SAF=4;SAR=6;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620447;STB=0.503505;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019521;OID=.;OPOS=96525640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:96:96:82:87:10:9:0.09375:6:4:37:45:5:4:39:48 chr2 96525643 . T C 48.04 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=99;FAO=11;FDP=99;FR=.;FRO=88;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.00658144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.175;QD=1.94103;RBI=0.0065827;REFB=-0.00149252;REVB=-0.00012872;RO=87;SAF=4;SAR=7;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118048;STB=0.583179;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.015839;OID=.;OPOS=96525643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:99:99:87:88:11:11:0.111111:7:4:40:47:7:4:40:48 chr2 96525652 . T C 121.65 PASS AF=0.183333;AO=22;DP=120;FAO=22;FDP=120;FR=.;FRO=98;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.00577835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.756;QD=4.05494;RBI=0.0377724;REFB=-0.00503268;REVB=-0.0373278;RO=98;SAF=11;SAR=11;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779976;STB=0.549955;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0240944;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:98:98:22:22:0.183333:11:11:43:55:11:11:43:55 chr2 96525659 . C T 93.62 PASS AF=0.15748;AO=19;DP=126;FAO=20;FDP=127;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.0366378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9454;QD=2.9486;RBI=0.0597787;REFB=-0.0154481;REVB=-0.0472352;RO=107;SAF=8;SAR=11;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472469;STB=0.549789;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0887946;OID=.;OPOS=96525659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:126:127:107:107:19:20:0.15748:11:8:49:58:12:8:49:58 chr2 96525718 . G T 103.88 PASS AF=0.121359;AO=24;DP=204;FAO=25;FDP=206;FR=.;FRO=181;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=93;FSRR=88;FWDB=-0.00516722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.744;QD=2.01699;RBI=0.00652339;REFB=-0.00363209;REVB=-0.00398177;RO=167;SAF=11;SAR=13;SRF=88;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858014;STB=0.564727;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0218666;OID=.;OPOS=96525718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:167:181:24:25:0.121359:13:11:88:79:14:11:93:88 chr2 96525723 . C T 81.57 PASS AF=0.107843;AO=21;DP=203;FAO=22;FDP=204;FR=.;FRO=182;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=95;FSRR=87;FWDB=0.0101651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.853;QD=1.59936;RBI=0.0157006;REFB=-0.000140784;REVB=-0.0119657;RO=178;SAF=9;SAR=12;SRF=95;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127494;STB=0.559946;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00853078;OID=.;OPOS=96525723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:203:204:178:182:21:22:0.107843:12:9:95:83:12:10:95:87 chr2 96525736 . T C 59.41 PASS AF=0.0875576;AO=19;DP=216;FAO=19;FDP=217;FR=.;FRO=198;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=98;FSRR=100;FWDB=0.0312197;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.953;QD=1.0952;RBI=0.0340963;REFB=-0.000694017;REVB=-0.0137073;RO=195;SAF=9;SAR=10;SRF=97;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278445;STB=0.519397;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0246046;OID=.;OPOS=96525736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:216:217:195:198:19:19:0.0875576:10:9:97:98:10:9:98:100 chr2 96525755 . A T 39.19 PASS AF=0.0711111;AO=14;DP=226;FAO=16;FDP=225;FR=.;FRO=209;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=99;FSRR=110;FWDB=-0.027688;FXX=0.0131573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.803;QD=0.696728;RBI=0.033216;REFB=-0.00419046;REVB=-0.0183487;RO=202;SAF=8;SAR=6;SRF=95;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10718;STB=0.524414;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0638054;OID=.;OPOS=96525755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:226:225:202:209:14:16:0.0711111:6:8:95:107:8:8:99:110 chr2 96548068 . C T 812.89 PASS AF=0.449735;AO=85;DP=188;FAO=85;FDP=189;FR=.;FRO=104;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=-0.0617571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.048;QD=17.204;RBI=0.0632277;REFB=-0.00245462;REVB=-0.0135577;RO=103;SAF=48;SAR=37;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976512;STB=0.556873;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0040138;OID=.;OPOS=96548068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:103:104:85:85:0.449735:37:48:48:55:37:48:48:56 chr2 96563206 . A T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.743;QD=37.4866;RBI=0.0384717;REFB=0;REVB=-0.0167054;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295454;OID=.;OPOS=96563206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr2 96581940 . G A 855.37 PASS AF=0.429224;AO=94;DP=218;FAO=94;FDP=219;FR=.;FRO=125;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=52;FSRR=73;FWDB=-0.0579208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.1;QD=15.6232;RBI=0.0579209;REFB=0.00115779;REVB=-9.57046e-05;RO=124;SAF=31;SAR=63;SRF=52;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992689;STB=0.553615;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00142098;OID=.;OPOS=96581940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:124:125:94:94:0.429224:63:31:52:72:63:31:52:73 chr2 96583735 . A C 290.8 PASS AF=0.3;AO=39;DP=130;FAO=39;FDP=130;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.0135077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.054;QD=8.94759;RBI=0.0203315;REFB=-0.00721552;REVB=0.0151958;RO=90;SAF=17;SAR=22;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503136;STB=0.533581;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.015226;OID=.;OPOS=96583735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:90:91:39:39:0.3:22:17:43:47:22:17:44:47 chr2 96587496 . C T 310.39 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00196498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.106;QD=21.4064;RBI=0.00630549;REFB=-0.0184583;REVB=-0.0059915;RO=26;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10172;STB=0.556415;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0125932;OID=.;OPOS=96587496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:21:11:12:14:21:11:12:14 chr2 96593000 . A G 303.01 PASS AF=0.164021;AO=62;DP=382;FAO=62;FDP=378;FR=.;FRO=316;FSAF=13;FSAR=49;FSRF=156;FSRR=160;FWDB=-0.0135392;FXX=0.0104709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.88;QD=3.20644;RBI=0.0272467;REFB=-0.00480448;REVB=0.0236447;RO=315;SAF=13;SAR=49;SRF=156;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389074;STB=0.752869;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.065346;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:378:315:316:62:62:0.164021:49:13:156:159:49:13:156:160 chr2 96593016 . C A 468.71 PASS AF=0.197619;AO=83;DP=423;FAO=83;FDP=420;FR=.;FRO=337;FSAF=17;FSAR=66;FSRF=165;FSRR=172;FWDB=-0.0630311;FXX=0.00943374;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6812;QD=4.4639;RBI=0.0728935;REFB=-0.015647;REVB=-0.0366134;RO=330;SAF=17;SAR=66;SRF=161;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393306;STB=0.747975;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0521975;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:420:330:337:83:83:0.197619:66:17:161:169:66:17:165:172 chr2 96593025 . C T 516.45 PASS AF=0.200903;AO=89;DP=442;FAO=89;FDP=443;FR=.;FRO=354;FSAF=18;FSAR=71;FSRF=173;FSRR=181;FWDB=-0.00539507;FXX=0.0022522;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.917;QD=4.66317;RBI=0.0074537;REFB=-0.00367454;REVB=-0.00514304;RO=349;SAF=18;SAR=71;SRF=172;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402682;STB=0.749291;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0356002;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:442:443:349:354:89:89:0.200903:71:18:172:177:71:18:173:181 chr2 96593100 . G A 152.84 PASS AF=0.116959;AO=40;DP=339;FAO=40;FDP=342;FR=.;FRO=302;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=150;FSRR=152;FWDB=-0.0250121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4447;QD=1.7876;RBI=0.0422198;REFB=0.00117468;REVB=-0.0340134;RO=297;SAF=6;SAR=34;SRF=147;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455201;STB=0.825996;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00994334;OID=.;OPOS=96593100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:342:297:302:40:40:0.116959:34:6:147:150:34:6:150:152 chr2 96593108 . T G 279.16 PASS AF=0.168712;AO=55;DP=326;FAO=55;FDP=326;FR=.;FRO=271;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=140;FSRR=131;FWDB=0.0284489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6618;QD=3.42526;RBI=0.0547884;REFB=0.00185706;REVB=0.0468234;RO=265;SAF=11;SAR=44;SRF=137;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425848;STB=0.775249;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0103122;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:265:271:55:55:0.168712:44:11:137:128:44:11:140:131 chr2 96593118 . T A 202.92 PASS AF=0.150877;AO=43;DP=285;FAO=43;FDP=285;FR=.;FRO=242;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=119;FSRR=123;FWDB=-0.0544484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1503;QD=2.84804;RBI=0.0548296;REFB=-0.00507895;REVB=-0.00645439;RO=242;SAF=9;SAR=34;SRF=119;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381306;STB=0.754776;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0287821;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:242:242:43:43:0.150877:34:9:119:123:34:9:119:123 chr2 96594958 . G A 191.99 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0103476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1137;QD=11.8146;RBI=0.0258381;REFB=0.00599163;REVB=-0.0236756;RO=39;SAF=18;SAR=6;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422887;STB=0.755514;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0089447;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:39:41:24:24:0.369231:6:18:14:25:6:18:14:27 chr2 96594966 . T G 329.15 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0342887;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3298;QD=23.098;RBI=0.0695205;REFB=-0.00594951;REVB=0.0604763;RO=24;SAF=26;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414008;STB=0.729675;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00668568;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:24:24:33:33:0.578947:7:26:7:17:7:26:7:17 chr2 96595032 . A T 561.05 PASS AF=0.6;AO=50;DP=84;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0302935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.594;QD=26.4024;RBI=0.0308092;REFB=0.000380578;REVB=0.00561338;RO=34;SAF=36;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289107;STB=0.659994;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00049115;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:34:34:50:51:0.6:14:36:12:22:14:37:12:22 chr2 96601236 . G A 32.54 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=53;FWDB=-0.00190279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.079;QD=1.54951;RBI=0.0289892;REFB=-0.00393181;REVB=-0.0289267;RO=75;SAF=2;SAR=6;SRF=23;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079798;STB=0.559545;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0404678;OID=.;OPOS=96601236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:84:75:76:8:8:0.0952381:6:2:23:52:6:2:23:53 chr2 96601240 . G A 498.55 PASS AF=0.566265;AO=46;DP=82;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.019045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.426;QD=24.0263;RBI=0.0241171;REFB=-0.0282283;REVB=0.014796;RO=36;SAF=10;SAR=36;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202747;STB=0.614565;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00997462;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:36:36:46:47:0.566265:36:10:15:21:37:10:15:21 chr2 96601345 . T C 615.99 PASS AF=0.584158;AO=57;DP=106;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00702949;FXX=0.0648088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.69;QD=24.3955;RBI=0.0201149;REFB=-0.0224402;REVB=0.0188466;RO=40;SAF=24;SAR=33;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556449;STB=0.525334;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0204105;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:101:40:42:57:59:0.584158:33:24:14:26:33:26:16:26 chr2 96601364 . C T 479.23 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00944938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.017;QD=19.9679;RBI=0.0396772;REFB=0.0121266;REVB=-0.0385355;RO=48;SAF=22;SAR=25;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664744;STB=0.530818;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0155736;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:49:47:47:0.489583:25:22:19:29:25:22:20:29 chr2 96604591 . A G 2690.44 PASS AF=0.595122;AO=243;DP=411;FAO=244;FDP=410;FR=.;FRO=166;FSAF=130;FSAR=114;FSRF=84;FSRR=82;FWDB=0.0169138;FXX=0.00485425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.705;QD=26.2482;RBI=0.0197743;REFB=-0.0122346;REVB=0.0102444;RO=167;SAF=130;SAR=113;SRF=84;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241968;STB=0.510866;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00962809;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:411:410:167:166:243:244:0.595122:113:130:84:83:114:130:84:82 chr2 96604632 . A T 2053.55 PASS AF=0.496386;AO=206;DP=416;FAO=206;FDP=415;FR=.;FRO=209;FSAF=109;FSAR=97;FSRF=109;FSRR=100;FWDB=-0.0154438;FXX=0.00240379;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4104;QD=19.7933;RBI=0.016862;REFB=-0.0139247;REVB=-0.00676895;RO=206;SAF=109;SAR=97;SRF=107;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00889202;STB=0.503836;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.021726;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:415:206:209:206:206:0.496386:97:109:107:99:97:109:109:100 chr2 96604730 . T C 64.54 PASS AF=0.138298;AO=13;DP=93;FAO=13;FDP=94;FR=.;FRO=81;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=-0.02144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.866;QD=2.74653;RBI=0.0214425;REFB=-0.00242193;REVB=0.000325124;RO=80;SAF=1;SAR=12;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473106;STB=0.854494;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0195606;OID=.;OPOS=96604730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:93:94:80:81:13:13:0.138298:12:1:29:51:12:1:30:51 chr2 96606944 . C T 151.52 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.0170868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1242;QD=12.8952;RBI=0.0338602;REFB=0.031476;REVB=-0.0292327;RO=30;SAF=14;SAR=3;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186617;STB=0.510904;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.0535281;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:3:14:25:5:3:14:25:5 chr2 96610399 . C A 158.71 PASS AF=0.170455;AO=30;DP=179;FAO=30;FDP=176;FR=.;FRO=146;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=69;FSRR=77;FWDB=0.000650224;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.738;QD=3.60707;RBI=0.00927297;REFB=0.000282942;REVB=0.00925014;RO=147;SAF=14;SAR=16;SRF=70;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122506;STB=0.50494;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00112392;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:176:147:146:30:30:0.170455:16:14:70:77:16:14:69:77 chr2 96610410 . T A 116.17 PASS AF=0.149068;AO=24;DP=161;FAO=24;FDP=161;FR=.;FRO=137;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=71;FWDB=-0.0103828;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.033;QD=2.88618;RBI=0.0122758;REFB=-0.00445299;REVB=0.00654927;RO=136;SAF=13;SAR=11;SRF=66;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716207;STB=0.550862;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00962618;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:136:137:24:24:0.149068:11:13:66:70:11:13:66:71 chr2 96610413 . C T 77.99 PASS AF=0.156863;AO=27;DP=156;FAO=24;FDP=153;FR=.;FRO=129;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=63;FSRR=66;FWDB=0.00308041;FXX=0.0254761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.803;QD=2.03899;RBI=0.0145615;REFB=-0.00700451;REVB=0.0142319;RO=129;SAF=12;SAR=15;SRF=63;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563972;STB=0.560871;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0513402;OID=.;OPOS=96610413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:156:153:129:129:27:24:0.156863:15:12:63:66:14:10:63:66 chr2 96610420 . G T 143.79 PASS AF=0.175676;AO=23;DP=147;FAO=26;FDP=148;FR=.;FRO=122;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=60;FWDB=0.0149649;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.952;QD=3.88614;RBI=0.0171169;REFB=-0.00465501;REVB=0.008309;RO=122;SAF=13;SAR=10;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728473;STB=0.506752;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0240474;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:122:122:23:26:0.175676:10:13:62:60:13:13:62:60 chr2 96610455 . C A 35.62 PASS AF=0.09375;AO=10;DP=100;FAO=9;FDP=96;FR=.;FRO=87;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0168148;FXX=0.0495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.178;QD=1.4842;RBI=0.0168882;REFB=-0.010234;REVB=-0.00157288;RO=87;SAF=4;SAR=6;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164307;STB=0.675475;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0790458;OID=.;OPOS=96610455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:100:96:87:87:10:9:0.09375:6:4:47:40:6:3:46:41 chr2 96610899 . T C 1719.74 PASS AF=0.585185;AO=158;DP=270;FAO=158;FDP=270;FR=.;FRO=112;FSAF=48;FSAR=110;FSRF=47;FSRR=65;FWDB=0.0288215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7679;QD=25.4777;RBI=0.0291053;REFB=-0.0184757;REVB=0.00405396;RO=112;SAF=48;SAR=110;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100183;STB=0.55437;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0156009;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:112:112:158:158:0.585185:110:48:47:65:110:48:47:65 chr2 96610921 . T G 1999.84 PASS AF=0.615385;AO=175;DP=285;FAO=176;FDP=286;FR=.;FRO=110;FSAF=55;FSAR=121;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=0.0371498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.568;QD=27.9697;RBI=0.0393926;REFB=-0.0150038;REVB=0.0131021;RO=110;SAF=55;SAR=120;SRF=46;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832066;STB=0.545672;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0121878;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:286:110:110:175:176:0.615385:120:55:46:64:121:55:46:64 chr2 96616485 . C G 113.92 PASS AF=0.185185;AO=20;DP=108;FAO=20;FDP=108;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.00937217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.713;QD=4.21921;RBI=0.0598168;REFB=0.000763795;REVB=0.059078;RO=88;SAF=6;SAR=14;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192602;STB=0.62487;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00365206;OID=.;OPOS=96616485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:88:88:20:20:0.185185:14:6:39:49:14:6:39:49 chr2 96616506 . GC CA 106.0 PASS AF=0.17757;AO=19;DP=106;FAO=19;FDP=107;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0421858;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.473;QD=3.96278;RBI=0.0660408;REFB=-0.00366199;REVB=-0.0508109;RO=84;SAF=6;SAR=13;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151859;STB=0.611164;STBP=0.309;TYPE=mnp;VARB=0.0126094;OID=.;OPOS=96616506;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:84:88:19:19:0.17757:13:6:36:48:13:6:39:49 chr2 96616532 . T G 110.22 PASS AF=0.197802;AO=18;DP=91;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0121365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.706;QD=4.84495;RBI=0.0130665;REFB=-0.00384263;REVB=-0.00484158;RO=71;SAF=6;SAR=12;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10103;STB=0.578036;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0243627;OID=.;OPOS=96616532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:71:73:18:18:0.197802:12:6:29:42:12:6:31:42 chr2 96617090 . A G 171.86 PASS AF=0.175824;AO=32;DP=183;FAO=32;FDP=182;FR=.;FRO=150;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=87;FWDB=0.00538223;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.984;QD=3.77716;RBI=0.0118814;REFB=-0.000795887;REVB=0.0105924;RO=149;SAF=21;SAR=11;SRF=63;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294804;STB=0.690026;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00893576;OID=.;OPOS=96617090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:149:150:32:32:0.175824:11:21:63:86:11:21:63:87 chr2 96617106 . A C 207.53 PASS AF=0.182692;AO=37;DP=207;FAO=38;FDP=208;FR=.;FRO=170;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=77;FSRR=93;FWDB=0.00927768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.521;QD=3.99105;RBI=0.0181928;REFB=-0.00836484;REVB=-0.0156494;RO=169;SAF=21;SAR=16;SRF=77;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143373;STB=0.602157;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0495187;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:169:170:37:38:0.182692:16:21:77:92:16:22:77:93 chr2 96617111 . G A 206.19 PASS AF=0.181818;AO=38;DP=209;FAO=38;FDP=209;FR=.;FRO=171;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=79;FSRR=92;FWDB=-0.0503555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.842;QD=3.94624;RBI=0.0534954;REFB=-0.00234024;REVB=0.0180578;RO=171;SAF=22;SAR=16;SRF=79;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149926;STB=0.595141;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0120818;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:171:171:38:38:0.181818:16:22:79:92:16:22:79:92 chr2 96617113 . G A 212.3 PASS AF=0.183099;AO=38;DP=212;FAO=39;FDP=213;FR=.;FRO=174;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=81;FSRR=93;FWDB=-0.0180722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.108;QD=3.98691;RBI=0.0184395;REFB=-0.00602069;REVB=0.00366225;RO=174;SAF=23;SAR=15;SRF=81;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179351;STB=0.601003;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0220748;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:174:174:38:39:0.183099:15:23:81:93:16:23:81:93 chr2 96617125 . T C 239.4 PASS AF=0.188596;AO=42;DP=225;FAO=43;FDP=228;FR=.;FRO=185;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=84;FSRR=101;FWDB=0.00176163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9326;QD=4.20001;RBI=0.0440563;REFB=-0.00348234;REVB=0.0440211;RO=183;SAF=25;SAR=17;SRF=81;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194991;STB=0.602545;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0117184;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:228:183:185:42:43:0.188596:17:25:81:102:18:25:84:101 chr2 96617132 . T C 235.0 PASS AF=0.182203;AO=43;DP=236;FAO=43;FDP=236;FR=.;FRO=193;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=88;FSRR=105;FWDB=0.000162236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.554;QD=3.98305;RBI=0.015937;REFB=-0.00715604;REVB=-0.0159361;RO=193;SAF=26;SAR=17;SRF=88;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190696;STB=0.620688;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0322662;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:193:193:43:43:0.182203:17:26:88:105:17:26:88:105 chr2 96617155 . A G 204.73 PASS AF=0.163265;AO=40;DP=246;FAO=40;FDP=245;FR=.;FRO=205;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=93;FSRR=112;FWDB=0.0194332;FXX=0.00406488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8163;QD=3.34245;RBI=0.0840949;REFB=0.00151623;REVB=0.0818187;RO=205;SAF=20;SAR=20;SRF=93;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597871;STB=0.538756;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0123412;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:205:205:40:40:0.163265:20:20:93:112:20:20:93:112 chr2 96619688 . T G 234.3 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.01019;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.707;QD=12.8385;RBI=0.0148699;REFB=-0.015965;REVB=0.0108296;RO=45;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414808;STB=0.523792;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0249155;OID=.;OPOS=96619688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:45:45:28:28:0.383562:12:16:24:21:12:16:24:21 chr2 96619734 . CA TA,TG 461.65 PASS AF=0.225806,0.290323;AO=21,26;DP=92;FAO=21,27;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=8,15;FSAR=13,12;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0254794,0.0454522;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=58.3043,94.1681;QD=19.8561;RBI=0.0254798,0.0466;REFB=-0.00921847,0.0072526;REVB=-0.000147868,-0.0102788;RO=44;SAF=8,15;SAR=13,11;SRF=23;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.164389,0.0598148;STB=0.589957,0.52793;STBP=0.335,0.709;TYPE=snp,mnp;VARB=0.023353,-0.00437582;OID=.,.;OPOS=96619734,96619734;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:92:93:44:45:21,26:21,27:0.225806,0.290323:13,11:8,15:23:21:13,12:8,15:23:22 chr2 96626292 . C T 509.32 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00101233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.957;QD=53.6127;RBI=0.0218467;REFB=-0.0375048;REVB=0.0218232;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622358;STB=0.531232;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00150171;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:2:2:35:36:0.947368:21:14:2:0:21:15:2:0 chr2 96780716 . T G 418.8 PASS AF=0.460784;AO=45;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00548971;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.492;QD=16.4235;RBI=0.0484744;REFB=-0.00794985;REVB=-0.0481625;RO=54;SAF=20;SAR=25;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725023;STB=0.522129;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0120739;OID=.;OPOS=96780716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:55:45:47:0.460784:25:20:28:26:25:22:28:27 chr2 96781986 . G C 101.49 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0433167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.785;QD=16.9152;RBI=0.0703122;REFB=-0.0363708;REVB=0.0553847;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171635;STB=0.599822;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0364022;OID=.;OPOS=96781986;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:5:7:9:3:5:7 chr2 96789787 . T C 837.46 PASS AF=0.451282;AO=86;DP=194;FAO=88;FDP=195;FR=.;FRO=107;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=0.018627;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.727;QD=17.1787;RBI=0.0186433;REFB=-0.0201944;REVB=-0.000780461;RO=104;SAF=41;SAR=45;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00397763;STB=0.511046;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0207753;OID=.;OPOS=96789787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:104:107:86:88:0.451282:45:41:50:54:47:41:52:55 chr2 96795608 . T G 525.83 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0646864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2128;QD=18.1322;RBI=0.102513;REFB=-0.029411;REVB=-0.0795271;RO=58;SAF=26;SAR=30;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487304;STB=0.518512;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0274849;OID=.;OPOS=96795608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:60:56:56:0.482759:30:26:30:28:30:26:30:30 chr2 96795714 . G A 906.4 PASS AF=0.508475;AO=90;DP=178;FAO=90;FDP=177;FR=.;FRO=87;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.00682245;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8081;QD=20.4837;RBI=0.041808;REFB=-0.0285253;REVB=0.0412476;RO=88;SAF=43;SAR=47;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200125;STB=0.513755;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0229391;OID=.;OPOS=96795714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:88:87:90:90:0.508475:47:43:44:44:47:43:44:43 chr2 96795857 . T C 1439.41 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0442501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.965;QD=61.91;RBI=0.0649914;REFB=-0.0313906;REVB=0.0476006;RO=1;SAF=32;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145798;STB=0.507691;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000322058;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:93:1:1:90:92:0.989247:58:32:1:0:60:32:1:0 chr2 96809331 . T C 1563.05 PASS AF=0.462185;AO=165;DP=355;FAO=165;FDP=357;FR=.;FRO=192;FSAF=91;FSAR=74;FSRF=106;FSRR=86;FWDB=-0.0306805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.919;QD=17.5132;RBI=0.0309355;REFB=-0.0150853;REVB=-0.00396403;RO=183;SAF=91;SAR=74;SRF=104;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162468;STB=0.500309;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0195315;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:357:183:192:165:165:0.462185:74:91:104:79:74:91:106:86 chr2 96937296 . G C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.833;QD=64.4144;RBI=0.0587582;REFB=0;REVB=-0.050319;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000959372;OID=.;OPOS=96937296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr2 96951032 . GGCC G,GC,GGC 618.53 PASS AF=0.0131579,0.947368,0.0263158;AO=9,32,11;DP=76;FAO=1,72,2;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=0,29,0;FSAR=1,43,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.113426,-0.061555,-0.42463;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=15.3002,17.1801,10.1864;QD=32.5543;RBI=0.159986,0.183226,0.479171;REFB=-0.0194538,-0.0171888,-0.0133431;REVB=0.112828,0.172577,0.222022;RO=11;SAF=6,7,6;SAR=3,25,5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0.326531,0.326531,0;SSEP=0,0,0.326531;SSSB=0.281248,-0.093753,0.155766;STB=0.5,0.505746,0.5;STBP=1,0.52,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.172392,0.0265696,0.129051;OID=.,.,.;OPOS=96951033,96951033,96951034;OREF=GCC,GC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=G,GC,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0131579,0.947368,0.0263158:9,32,11:76:1,72,2:76:1:0,29,0:1,43,2:0:1:3:11:6,7,6:3,25,5:4:7 chr2 96952833 . A G 1846.8 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00757068;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.684;QD=60.5507;RBI=0.0306191;REFB=-0.123058;REVB=-0.0296684;RO=0;SAF=71;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91843e-08;STB=0.503496;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-2.83383e-05;OID=.;OPOS=96952833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:0:1:121:121:0.991803:50:71:0:0:50:71:1:0 chr2 96993757 . C T 1601.1 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00721822;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.077;QD=58.7558;RBI=0.029158;REFB=-0.113208;REVB=0.0282504;RO=2;SAF=47;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155568;STB=0.504064;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000694942;OID=.;OPOS=96993757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:109:2:1:107:108:0.990826:60:47:0:2:61:47:0:1 chr2 96993884 . A G 2191.75 PASS AF=0.979167;AO=141;DP=144;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0024413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8028;QD=60.882;RBI=0.022242;REFB=-0.045625;REVB=-0.0221076;RO=3;SAF=62;SAR=79;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177113;STB=0.509315;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000678968;OID=.;OPOS=96993884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:144:144:3:3:141:141:0.979167:79:62:0:3:79:62:0:3 chr2 97020049 . T C 2964.38 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739124;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.426;QD=63.4092;RBI=0.0189457;REFB=0;REVB=0.0174445;RO=0;SAF=98;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19196e-05;OID=.;OPOS=97020049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:187:0:0:187:187:1:89:98:0:0:89:98:0:0 chr2 97030247 . T C 2737.53 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509891;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.518;QD=62.5721;RBI=0.0549963;REFB=0;REVB=0.0206084;RO=0;SAF=88;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115093;OID=.;OPOS=97030247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:175:0:0:175:175:1:87:88:0:0:87:88:0:0 chr2 97166204 . A G 4093.65 PASS AF=1;AO=261;DP=261;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270424;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.362;QD=62.4985;RBI=0.00838434;REFB=0;REVB=0.00793626;RO=0;SAF=132;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98473e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85989e-05;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:261:262:0:0:261:262:1:129:132:0:0:130:132:0:0 chr2 97216953 . G T 976.08 PASS AF=0.510526;AO=80;DP=175;FAO=97;FDP=190;FR=.;FRO=93;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.0401585;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.858;QD=20.549;RBI=0.0406048;REFB=-0.0334238;REVB=0.00600372;RO=93;SAF=34;SAR=46;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163192;STB=0.511626;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0314781;OID=.;OPOS=97216953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:190:93:93:80:97:0.510526:46:34:38:55:53:44:40:53 chr2 97218367 . A G 470.41 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0767399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.458;QD=20.6772;RBI=0.0767531;REFB=-0.0138474;REVB=-0.00142436;RO=44;SAF=20;SAR=26;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231811;STB=0.517571;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0126974;OID=.;OPOS=97218367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:45:46:46:0.505495:26:20:18:26:26:20:18:27 chr2 97261396 . G A 432.76 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=-0.0255037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.6691;QD=16.1778;RBI=0.0255346;REFB=-0.0147732;REVB=-0.00125579;RO=58;SAF=18;SAR=30;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879627;STB=0.541968;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0144572;OID=.;OPOS=97261396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:59:48:48:0.448598:30:18:17:41:30:18:18:41 chr2 97526588 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC,AGGGGG 231.29 PASS AF=0.617647,0.382353,0;AO=5,8,4;DP=32;FAO=21,13,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8,8,0;FSAR=13,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444677,0.215071,-0.382841;FXX=0.0285633;HRUN=5,5,6;LEN=2,1,1;MLLD=12.7098,8.99767,8.52343;QD=27.211;RBI=0.227275,0.325958,0.42345;REFB=0,0,0;REVB=0.222882,0.244935,0.180949;RO=4;SAF=2,4,1;SAR=3,4,3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0.416667,0.416667,0.611111;SSEP=0,0,0.764706;SSSB=0.118169,0.144485,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.00415266,0.0912534,0.029158;OID=.,.,.;OPOS=97526593,97526589,97526594;OREF=GC,G,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC,AGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.617647,0.382353,0:5,8,4:32:21,13,0:34:0:8,8,0:13,5,0:0:0:35:4:2,4,1:3,4,3:1:3 chr2 97559759 . G A 687.51 PASS AF=0.523077;AO=67;DP=128;FAO=68;FDP=130;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0558557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6334;QD=21.154;RBI=0.0697705;REFB=-0.0140321;REVB=0.0418099;RO=61;SAF=18;SAR=49;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188792;STB=0.593528;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0110254;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:61:62:67:68:0.523077:49:18:28:33:49:19:28:34 chr2 97613616 . T C 266.38 PASS AF=0.47619;AO=28;DP=66;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00435033;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182;QD=16.9131;RBI=0.0180823;REFB=-0.000689064;REVB=-0.0175512;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156382;STB=0.561249;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00149296;OID=.;OPOS=97613616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:63:33:33:28:30:0.47619:18:10:17:16:18:12:17:16 chr2 97617140 . T C 192.19 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0339968;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4882;QD=9.73101;RBI=0.058674;REFB=-0.0342107;REVB=-0.0478211;RO=52;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249159;STB=0.65719;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0220171;OID=.;OPOS=97617140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:52:54:25:25:0.316456:9:16:22:30:9:16:22:32 chr2 97637905 . T C 456.4 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00505646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.509;QD=16.7485;RBI=0.00506153;REFB=-0.0131708;REVB=-0.000226487;RO=59;SAF=18;SAR=32;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148785;STB=0.58311;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0270747;OID=.;OPOS=97637905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:32:18:30:29:32:18:30:29 chr2 97638038 . A G 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00873668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.079;QD=12.7369;RBI=0.0707874;REFB=-0.0133189;REVB=-0.0702462;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207852;STB=0.51218;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0230957;OID=.;OPOS=97638038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:10:18:10:6:10:18 chr2 97643576 . T C 895.22 PASS AF=0.454976;AO=95;DP=211;FAO=96;FDP=211;FR=.;FRO=115;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=75;FSRR=40;FWDB=-0.00768152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0037;QD=16.971;RBI=0.00892152;REFB=0.00880628;REVB=-0.00453738;RO=115;SAF=57;SAR=38;SRF=75;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543979;STB=0.527662;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0127733;OID=.;OPOS=97643576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:115:115:95:96:0.454976:38:57:75:40:38:58:75:40 chr2 97766551 . G A 767.3 PASS AF=0.479042;AO=81;DP=167;FAO=80;FDP=167;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=58;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.0106675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.487;QD=18.3785;RBI=0.0165862;REFB=-0.0037847;REVB=-0.0127006;RO=86;SAF=23;SAR=58;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154687;STB=0.596478;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00348795;OID=.;OPOS=97766551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:86:87:81:80:0.479042:58:23:37:49:58:22:38:49 chr2 97766574 . G A 658.8 PASS AF=0.5;AO=65;DP=131;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=51;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0127103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.494;QD=19.9636;RBI=0.0127191;REFB=-0.0135801;REVB=0.000473573;RO=65;SAF=15;SAR=50;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234449;STB=0.637455;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00944037;OID=.;OPOS=97766574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:65:66:65:66:0.5:50:15:29:36:51:15:30:36 chr2 97808349 . T C 83.38 PASS AF=0.2;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0219514;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.176;QD=4.76444;RBI=0.0387541;REFB=-0.0120631;REVB=-0.0319377;RO=56;SAF=13;SAR=1;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596323;STB=0.895896;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0898645;OID=.;OPOS=97808349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:71:70:56:56:14:14:0.2:1:13:29:27:1:13:29:27 chr2 97808394 . C G 98.21 PASS AF=0.162393;AO=19;DP=117;FAO=19;FDP=117;FR=.;FRO=98;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.0228221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.565;QD=3.35748;RBI=0.0238541;REFB=-0.00289214;REVB=0.00694051;RO=98;SAF=14;SAR=5;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363465;STB=0.739892;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0190196;OID=.;OPOS=97808394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:117:117:98:98:19:19:0.162393:5:14:44:54:5:14:44:54 chr2 97818236 . A C 89.85 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.013466;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.473;QD=7.33448;RBI=0.0134925;REFB=-0.00170339;REVB=-0.000845805;RO=36;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668563;STB=0.550936;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00830383;OID=.;OPOS=97818236;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:50:49:36:37:12:12:0.244898:6:6:16:20:6:6:16:21 chr2 97818261 . GC TG 102.03 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0652082;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=2;MLLD=140.474;QD=8.32911;RBI=0.0681446;REFB=-0.00765266;REVB=-0.0197884;RO=35;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962662;STB=0.568645;STBP=0.603;TYPE=mnp;VARB=0.010615;OID=.;OPOS=97818261;OREF=GC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:35:36:13:13:0.265306:6:7:16:19:6:7:16:20 chr2 97818283 . G C 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0696499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.24;QD=8.11429;RBI=0.0701782;REFB=-0.00601641;REVB=-0.00859503;RO=37;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163939;STB=0.608543;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0208216;OID=.;OPOS=97818283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:6:8:16:21:6:8:16:22 chr2 97820417 . T G 71.05 PASS AF=0.141414;AO=14;DP=99;FAO=14;FDP=99;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0160555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.297;QD=2.87086;RBI=0.0329341;REFB=-0.00626957;REVB=0.0287554;RO=85;SAF=12;SAR=2;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484989;STB=0.838399;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0171443;OID=.;OPOS=97820417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:99:99:85:85:14:14:0.141414:2:12:41:44:2:12:41:44 chr2 97820430 . CC TA 72.42 PASS AF=0.145833;AO=14;DP=97;FAO=14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0140894;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=2;MLLD=221.714;QD=3.01768;RBI=0.0428655;REFB=-0.000570758;REVB=-0.0404838;RO=81;SAF=12;SAR=2;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478265;STB=0.829079;STBP=0.015;TYPE=mnp;VARB=0.00385497;OID=.;OPOS=97820430;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:97:96:81:82:14:14:0.145833:2:12:40:41:2:12:41:41 chr2 97820434 . T G 80.75 PASS AF=0.147368;AO=13;DP=93;FAO=14;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.00722795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.501;QD=3.39998;RBI=0.0893889;REFB=-0.0129389;REVB=-0.0890961;RO=60;SAF=11;SAR=2;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403418;STB=0.831179;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0152568;OID=.;OPOS=97820434;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:93:95:60:79:13:14:0.147368:2:11:34:26:2:12:39:40 chr2 97820478 . G A 69.45 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0738193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7705;QD=3.38804;RBI=0.0749506;REFB=-0.000787725;REVB=-0.0129733;RO=69;SAF=11;SAR=2;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452918;STB=0.81096;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0103338;OID=.;OPOS=97820478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:82:82:69:69:13:13:0.158537:2:11:35:34:2:11:35:34 chr2 97820489 . C G 63.94 PASS AF=0.16;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0156299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.137;QD=3.40999;RBI=0.0179596;REFB=-0.0208294;REVB=-0.00884608;RO=60;SAF=11;SAR=1;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559485;STB=0.890413;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0678661;OID=.;OPOS=97820489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:74:75:60:63:12:12:0.16:1:11:31:29:1:11:32:31 chr2 97820493 . T C 62.93 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0176249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.614;QD=3.26921;RBI=0.0251211;REFB=-0.00406498;REVB=-0.0179007;RO=65;SAF=10;SAR=2;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430823;STB=0.797591;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0471817;OID=.;OPOS=97820493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:65:65:12:12:0.155844:2:10:33:32:2:10:33:32 chr2 97827839 . G A 245.17 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0356156;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5748;QD=10.7768;RBI=0.0356859;REFB=-0.00703506;REVB=0.00223811;RO=59;SAF=27;SAR=3;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447093;STB=0.772969;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0382777;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:59:61:30:30:0.32967:3:27:38:21:3:27:39:22 chr2 97828982 . C T 150.07 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00911679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.64;QD=19.3639;RBI=0.0277631;REFB=-0.0269302;REVB=-0.0262236;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326017;STB=0.518496;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0258895;OID=.;OPOS=97828982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:6:9:9:7:6:9 chr2 97829003 . CAAAAATAA C,CAAAAAGAA 70.57 PASS AF=0.36,0;AO=8,2;DP=31;FAO=9,0;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0198761,0.0309457;FXX=0.137883;HRUN=5,1;LEN=8,1;MLLD=205.219,47.0475;QD=11.2917;RBI=0.02364,0.0370557;REFB=-0.00541072,-0.00668154;REVB=0.012798,0.0203836;RO=12;SAF=1,2;SAR=7,0;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.399995,0.593836;STB=0.662762,0.5;STBP=0.268,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0121484,0;OID=.,.;OPOS=97829004,97829009;OREF=AAAAATAA,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CAAAAAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36,0:8,2:31:9,0:25:16:2,0:7,0:7:9:70:12:1,2:7,0:5:7 chr2 97829029 . GT AG 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00796437;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.868;QD=10.9402;RBI=0.0137207;REFB=8.2844e-05;REVB=-0.0111726;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177287;STB=0.627206;STBP=0.313;TYPE=mnp;VARB=-0.000401036;OID=.;OPOS=97829029;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:8:3:8:11:8:3:9:11 chr2 97830053 . A G 122.99 PASS AF=0.19802;AO=20;DP=103;FAO=20;FDP=101;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0187027;FXX=0.0194156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.633;QD=4.87068;RBI=0.0201273;REFB=-0.0123482;REVB=-0.00743742;RO=72;SAF=8;SAR=12;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292841;STB=0.632682;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0415632;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:72:81:20:20:0.19802:12:8:46:26:12:8:46:35 chr2 97833342 . G A 305.23 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0365191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.796;QD=15.0733;RBI=0.0365192;REFB=-0.00141968;REVB=-9.9624e-05;RO=47;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176516;STB=0.599941;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00101667;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:13:21:21:26:13:21:21:26 chr2 97833361 . A G 66.22 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.01853;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4487;QD=4.5671;RBI=0.0187471;REFB=-0.00492419;REVB=-0.00284512;RO=42;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18649;STB=0.576789;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.024306;OID=.;OPOS=97833361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:58:42:47:11:11:0.189655:6:5:13:29:6:5:17:30 chr2 97833466 . C T 321.38 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0202246;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5113;QD=16.2724;RBI=0.0269659;REFB=-0.0191867;REVB=-0.017836;RO=44;SAF=22;SAR=13;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301313;STB=0.66893;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0276389;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:13:22:14:30:13:22:14:30 chr2 97849219 . T C 648.88 PASS AF=0.496296;AO=65;DP=133;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.00564673;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.454;QD=19.2259;RBI=0.00651069;REFB=-0.00800225;REVB=0.00324091;RO=66;SAF=18;SAR=47;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277536;STB=0.64589;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00649327;OID=.;OPOS=97849219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:66:68:65:67:0.496296:47:18:37:29:47:20:39:29 chr2 97851069 . A G 238.07 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0149153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.656;QD=16.1406;RBI=0.0526472;REFB=-0.019036;REVB=0.0504902;RO=32;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149431;STB=0.58432;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0197247;OID=.;OPOS=97851069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:11:16:14:18:11:16:14:18 chr2 97884763 . T C 1287.28 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0517805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.823;QD=60.5778;RBI=0.126454;REFB=-0.102924;REVB=0.115367;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.506328;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000880772;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:39:45:0:0:39:45:0:1 chr2 97909739 . G A 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0155461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.041;QD=3.67727;RBI=0.0206242;REFB=-0.00296483;REVB=-0.0135527;RO=43;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273388;STB=0.693988;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00828453;OID=.;OPOS=97909739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:43:44:8:8:0.153846:3:5:17:26:3:5:17:27 chr2 98128143 . T C 38.9 PASS AF=0.132075;AO=5;DP=52;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00554329;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.225;QD=2.93558;RBI=0.012752;REFB=-0.00768213;REVB=-0.0114842;RO=37;SAF=1;SAR=4;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413127;STB=0.860685;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0401682;OID=.;OPOS=98128143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:52:53:37:46:5:7:0.132075:4:1:21:16:6:1:26:20 chr2 98128150 . G A 49.25 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00931128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.31;QD=3.22939;RBI=0.0104565;REFB=-0.000241253;REVB=-0.00475789;RO=52;SAF=1;SAR=8;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508934;STB=0.863125;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00909514;OID=.;OPOS=98128150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:52:52:9:9:0.147541:8:1:26:26:8:1:26:26 chr2 98128172 . C A 186.71 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0254587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2772;QD=8.68411;RBI=0.0285048;REFB=0.0100867;REVB=-0.012821;RO=61;SAF=6;SAR=19;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34199;STB=0.704942;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0216423;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:61:61:25:25:0.290698:19:6:31:30:19:6:31:30 chr2 98128194 . GGT CAC 324.31 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=109;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0268302;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=189.148;QD=11.9013;RBI=0.0303115;REFB=0.00759494;REVB=0.0141041;RO=68;SAF=19;SAR=21;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437427;STB=0.529559;STBP=0.655;TYPE=mnp;VARB=-0.0163925;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:68:69:40:40:0.366972:21:19:35:33:21:19:36:33 chr2 98128228 . G A 42.2 PASS AF=0.105263;AO=10;DP=95;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0118239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.693;QD=1.7768;RBI=0.0312434;REFB=-0.000101681;REVB=-0.0289196;RO=85;SAF=2;SAR=8;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391277;STB=0.796014;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000713598;OID=.;OPOS=98128228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:95:95:85:85:10:10:0.105263:8:2:45:40:8:2:45:40 chr2 98128256 . C T 390.57 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0399298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.946;QD=21.6981;RBI=0.0402941;REFB=-0.00890936;REVB=-0.00540585;RO=31;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232626;STB=0.512814;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0012853;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:31:33:39:39:0.541667:20:19:16:15:20:19:17:16 chr2 98128258 . G C 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0227208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.114;QD=22.5297;RBI=0.0243928;REFB=-0.00334409;REVB=0.00887547;RO=32;SAF=19;SAR=21;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453732;STB=0.524988;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00362872;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:21:19:17:15:21:19:17:15 chr2 98128313 . G A 94.7 PASS AF=0.448276;AO=11;DP=27;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-3.06613e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7073;QD=13.0622;RBI=0.0698551;REFB=-0.00162798;REVB=-0.0698551;RO=16;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256532;STB=0.676607;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0177915;OID=.;OPOS=98128313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:27:29:16:16:11:13:0.448276:2:9:10:6:2:11:10:6 chr2 98129733 . AT CC 33.67 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.047728;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.562;QD=22.4466;RBI=0.0941813;REFB=-0.0462971;REVB=0.0811921;RO=1;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166656;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=mnp;VARB=0.014918;OID=.;OPOS=98129733;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:4:5:0.833333:2:2:0:1:3:2:0:1 chr2 98129744 . C T 62.88 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00968631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.385;QD=20.9587;RBI=0.0384104;REFB=-0.0183417;REVB=0.037169;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290716;STB=0.666295;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00777025;OID=.;OPOS=98129744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:12:4:4:7:8:0.666667:4:3:0:4:4:4:0:4 chr2 98354225 . C T 156.02 PASS AF=0.225225;AO=25;DP=111;FAO=25;FDP=111;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.006118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.459;QD=5.6225;RBI=0.00611836;REFB=-0.000518113;REVB=-6.64159e-05;RO=86;SAF=15;SAR=10;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183149;STB=0.612813;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00205815;OID=.;OPOS=98354225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:86:86:25:25:0.225225:10:15:39:47:10:15:39:47 chr2 98736225 . C T 438.99 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0301358;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.94;QD=18.6804;RBI=0.0334045;REFB=-0.0134627;REVB=-0.0144116;RO=49;SAF=23;SAR=21;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696446;STB=0.543899;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0150291;OID=.;OPOS=98736225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:49:50:44:44:0.468085:21:23:22:27:21:23:22:28 chr2 98795792 . C G 686.52 PASS AF=0.470968;AO=73;DP=156;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.00252016;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0093;QD=17.7167;RBI=0.0413325;REFB=-0.0160615;REVB=0.0412556;RO=82;SAF=35;SAR=38;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100951;STB=0.555854;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0186275;OID=.;OPOS=98795792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:82:82:73:73:0.470968:38:35:48:34:38:35:48:34 chr2 98833448 . CG C,CC 189.17 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=3,14;DP=17;FAO=1,15;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663475,0.0546156;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.195,159.559;QD=47.2925;RBI=0.0927274,0.0826522;REFB=0,0;REVB=0.0647794,0.0620365;RO=0;SAF=3,6;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00597927,0.00875087;OID=.,.;OPOS=98833449,98833449;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.9375:3,14:17:1,15:16:0:1,8:0,7:0:0:5:0:3,6:0,8:0:0 chr2 98844674 . C G 1472.55 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000957089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3263;QD=63.3356;RBI=0.0426303;REFB=0;REVB=0.0426196;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239075;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr2 98853173 . G A 3407.21 PASS AF=0.991071;AO=220;DP=225;FAO=222;FDP=224;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=115;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0110496;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3796;QD=60.8431;RBI=0.041671;REFB=-0.176621;REVB=0.0401794;RO=3;SAF=106;SAR=114;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132914;STB=0.504629;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00153599;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:225:224:3:2:220:222:0.991071:114:106:3:0:115:107:2:0 chr2 98928494 . G A 1765.38 PASS AF=0.938462;AO=120;DP=129;FAO=122;FDP=130;FR=.;FRO=8;FSAF=83;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0550875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4106;QD=54.3194;RBI=0.0886077;REFB=-0.145369;REVB=0.0694024;RO=9;SAF=81;SAR=39;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664553;STB=0.538195;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00986521;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:129:130:9:8:120:122:0.938462:39:81:2:7:39:83:1:7 chr2 98994641 . G A 1626.4 PASS AF=0.475921;AO=167;DP=351;FAO=168;FDP=353;FR=.;FRO=185;FSAF=59;FSAR=109;FSRF=75;FSRR=110;FWDB=0.000198727;FXX=0.00282478;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.292;QD=18.4294;RBI=0.000312831;REFB=-0.0189617;REVB=0.000241601;RO=183;SAF=59;SAR=108;SRF=74;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521615;STB=0.530603;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0197555;OID=.;OPOS=98994641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:353:183:185:167:168:0.475921:108:59:74:109:109:59:75:110 chr2 99137211 . AT A 70.2 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=80;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0147463;FXX=0.0370325;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.76129;QD=3.60015;RBI=0.0757026;REFB=-0.0654183;REVB=0.0742525;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105294;STB=0.542686;STBP=0.528;TYPE=del;VARB=0.0826256;OID=.;OPOS=99137212;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397436:30:80:31:78:47:13:18:23:24:70:41:13:17:22:19 chr2 99149946 . G A 462.56 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=50;FWDB=0.0291376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.697;QD=16.2301;RBI=0.0316333;REFB=-0.0153624;REVB=-0.0123152;RO=63;SAF=21;SAR=30;SRF=13;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221025;STB=0.622179;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0181355;OID=.;OPOS=99149946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:30:21:13:50:30:21:13:50 chr2 99172244 . A G 210.42 PASS AF=0.5;AO=22;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=25;FWDB=0.0606397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8573;QD=15.5865;RBI=0.0661469;REFB=-0.04192;REVB=0.0264244;RO=27;SAF=1;SAR=21;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134883;STB=0.604048;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0545618;OID=.;OPOS=99172244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:22:27:0.5:21:1:2:25:22:5:2:25 chr2 99193496 . C T 1774.94 PASS AF=0.452153;AO=189;DP=418;FAO=189;FDP=418;FR=.;FRO=229;FSAF=74;FSAR=115;FSRF=108;FSRR=121;FWDB=0.0230563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.739;QD=16.9851;RBI=0.0325595;REFB=-0.0119621;REVB=0.0229898;RO=229;SAF=74;SAR=115;SRF=108;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816146;STB=0.545132;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.016585;OID=.;OPOS=99193496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:418:418:229:229:189:189:0.452153:115:74:108:121:115:74:108:121 chr2 99219071 . T C 242.04 PASS AF=0.465517;AO=28;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=-0.00212531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.232;QD=16.6925;RBI=0.00229489;REFB=-0.0140577;REVB=0.000865783;RO=30;SAF=19;SAR=9;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219035;STB=0.633718;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0152695;OID=.;OPOS=99219071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:28:27:0.465517:9:19:26:4:9:18:27:4 chr2 99219111 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAA,CAAAAAAAAAAT 208.88 PASS AF=0.590909,0.409091;AO=6,2;DP=33;FAO=13,9;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130862,0.0279582;FXX=0.405296;HRUN=17,17;LEN=5,1;MLLD=11.4413,134.661;QD=37.9778;RBI=0.0454199,0.0284365;REFB=0,0;REVB=0.0434939,0.00519345;RO=0;SAF=0,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.103725,0.0192194;OID=.,.;OPOS=99219112,99219122;OREF=AAAAA,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAAA,CAAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.590909,0.409091:6,2:33:13,9:22:0:0,9:13,0:0:0:77:0:0,2:6,0:0:0 chr2 99226173 . T A 490.5 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00691959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.115;QD=22.5519;RBI=0.0476722;REFB=0.00155777;REVB=0.0471673;RO=40;SAF=24;SAR=22;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394334;STB=0.516374;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00132284;OID=.;OPOS=99226173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:40:46:47:0.54023:22:24:19:21:23:24:19:21 chr2 99279812 . C A 376.59 PASS AF=0.481481;AO=40;DP=82;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0733064;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7644;QD=18.5971;RBI=0.0851955;REFB=-0.0295145;REVB=-0.0434102;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462167;STB=0.533486;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0379094;OID=.;OPOS=99279812;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:42:42:40:39:0.481481:22:18:21:21:22:17:21:21 chr2 99778985 . T C 2668.68 PASS AF=0.983051;AO=174;DP=177;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0383687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6482;QD=60.3091;RBI=0.0395665;REFB=-0.0102934;REVB=0.00966184;RO=3;SAF=91;SAR=83;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464525;STB=0.502441;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.000980886;OID=.;OPOS=99778985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:177:177:3:3:174:174:0.983051:83:91:2:1:83:91:2:1 chr2 99779131 . T C 1773.91 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00570085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0056;QD=59.1304;RBI=0.0622674;REFB=0.00749735;REVB=0.0620059;RO=2;SAF=44;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210957;STB=0.511109;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00021291;OID=.;OPOS=99779131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:74:44:2:0:74:44:2:0 chr2 99804642 . T C 885.68 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.612;QD=58.0776;RBI=0.064856;REFB=0;REVB=0.0610628;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142695;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:35:25:0:0:35:26:0:0 chr2 99812070 . G A 2334.41 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00861419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1131;QD=63.0922;RBI=0.0711783;REFB=0.0823743;REVB=-0.0706551;RO=0;SAF=80;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000712881;OID=.;OPOS=99812070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:148:0:1:147:147:0.993243:67:80:0:0:67:80:0:1 chr2 100022541 . A C 479.56 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0650778;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.896;QD=21.5533;RBI=0.0731534;REFB=-0.0132088;REVB=0.0334111;RO=40;SAF=17;SAR=29;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491251;STB=0.525079;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0176404;OID=.;OPOS=100022541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:40:43:46:46:0.516854:29:17:15:25:29:17:18:25 chr2 100210074 . G C 2290.99 PASS AF=0.544776;AO=217;DP=399;FAO=219;FDP=402;FR=.;FRO=183;FSAF=126;FSAR=93;FSRF=77;FSRR=106;FWDB=0.0555514;FXX=0.00248133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6999;QD=22.7959;RBI=0.0759487;REFB=0.0166399;REVB=0.0517904;RO=182;SAF=125;SAR=92;SRF=76;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133081;STB=0.570467;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0144997;OID=.;OPOS=100210074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:402:182:183:217:219:0.544776:92:125:76:106:93:126:77:106 chr2 100210342 . G C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.339;QD=14.6525;RBI=0.00611676;REFB=-0.0393358;REVB=0.00611676;RO=5;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00711029;OID=.;OPOS=100210342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:6:0:0:5:6:0:0:5 chr2 100210642 . T C 1491.52 PASS AF=0.405797;AO=168;DP=414;FAO=168;FDP=414;FR=.;FRO=246;FSAF=75;FSAR=93;FSRF=105;FSRR=141;FWDB=0.00126439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6566;QD=14.4108;RBI=0.019666;REFB=0.00669643;REVB=-0.0196253;RO=245;SAF=75;SAR=93;SRF=105;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192434;STB=0.51181;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00981286;OID=.;OPOS=100210642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:414:245:246:168:168:0.405797:93:75:105:140:93:75:105:141 chr2 100343557 . C T 1305.95 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00750577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.55;QD=60.7418;RBI=0.0295917;REFB=0.0198742;REVB=0.028624;RO=1;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106453;STB=0.505617;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=3.3162e-05;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:41:44:1:0:41:44:1:0 chr2 100897573 . G A 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.122;QD=64.021;RBI=0.0293465;REFB=0;REVB=0.00810567;RO=0;SAF=34;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29684e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:64:34:0:0:64:34:0:0 chr2 100915772 . A G 1801.13 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.759;QD=61.0551;RBI=0.141875;REFB=0;REVB=-0.0835491;RO=0;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104316;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:68:50:0:0:68:50:0:0 chr2 100916306 . A G 2163.39 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568245;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.724;QD=63.1646;RBI=0.0178788;REFB=0;REVB=-0.0169517;RO=0;SAF=73;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61561e-05;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:64:73:0:0:64:73:0:0 chr2 100916315 . A G 537.13 PASS AF=0.460317;AO=53;DP=122;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.000981283;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.948;QD=17.0516;RBI=0.0392009;REFB=-0.000320283;REVB=0.0391886;RO=66;SAF=35;SAR=18;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121287;STB=0.542956;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.000981404;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:66:68:53:58:0.460317:18:35:36:30:22:36:37:31 chr2 100917109 . C T 1430.95 PASS AF=0.483553;AO=147;DP=305;FAO=147;FDP=304;FR=.;FRO=157;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=89;FSRR=68;FWDB=0.00610186;FXX=0.00327858;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.403;QD=18.8283;RBI=0.00770274;REFB=-0.0183223;REVB=-0.00470101;RO=153;SAF=68;SAR=79;SRF=87;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982643;STB=0.553723;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0174703;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:304:153:157:147:147:0.483553:79:68:87:66:79:68:89:68 chr2 101010082 . G C 1166.31 PASS AF=0.48;AO=119;DP=250;FAO=120;FDP=250;FR=.;FRO=130;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=52;FSRR=78;FWDB=-0.0164894;FXX=0.00398391;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.678;QD=18.6609;RBI=0.0185339;REFB=-0.0112843;REVB=-0.00846211;RO=130;SAF=55;SAR=64;SRF=52;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596057;STB=0.530697;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0124491;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:130:130:119:120:0.48:64:55:52:78:65:55:52:78 chr2 101031561 . G T 484.89 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=130;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0860812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8212;QD=14.9197;RBI=0.0888123;REFB=-0.015292;REVB=-0.0218552;RO=75;SAF=30;SAR=24;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186756;STB=0.513884;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0202885;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:75:76:54:54:0.415385:24:30:43:32:24:30:44:32 chr2 101096960 . C T 3219.66 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.539;QD=61.9165;RBI=0.0223495;REFB=0;REVB=0.0216577;RO=0;SAF=103;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5779e-06;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:208:0:0:208:208:1:105:103:0:0:105:103:0:0 chr2 101186088 . C T 3293.29 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637417;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7328;QD=61.8459;RBI=0.068137;REFB=0;REVB=-0.0240759;RO=0;SAF=70;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210665;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:213:0:0:209:213:1:139:70:0:0:140:73:0:0 chr2 101437561 . G A 1340.56 PASS AF=0.461538;AO=136;DP=297;FAO=138;FDP=299;FR=.;FRO=161;FSAF=42;FSAR=96;FSRF=51;FSRR=110;FWDB=0.056302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.807;QD=17.9339;RBI=0.0565539;REFB=0.0109283;REVB=0.00533249;RO=157;SAF=40;SAR=96;SRF=51;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352875;STB=0.507849;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00583136;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:299:157:161:136:138:0.461538:96:40:51:106:96:42:51:110 chr2 101437601 . C G 1152.9 PASS AF=0.468992;AO=121;DP=258;FAO=121;FDP=258;FR=.;FRO=137;FSAF=39;FSAR=82;FSRF=53;FSRR=84;FWDB=-0.0132425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.758;QD=17.8745;RBI=0.0140749;REFB=-0.0102508;REVB=0.00476871;RO=137;SAF=39;SAR=82;SRF=53;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690166;STB=0.538159;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0107784;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:137:137:121:121:0.468992:82:39:53:84:82:39:53:84 chr2 101521259 . G GC 61.4 PASS AF=0.214689;AO=45;DP=176;FAO=38;FDP=177;FR=.;FRO=139;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=84;FSRR=55;FWDB=-0.102115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.199;QD=1.3875;RBI=0.117948;REFB=-0.0689945;REVB=0.0590269;RO=126;SAF=15;SAR=30;SRF=75;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31953;STB=0.846381;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0981617;OID=.;OPOS=101521260;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214689:45:176:38:177:139:6:32:84:55:61:126:15:30:75:51 chr2 101591304 . A G 2235.75 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3386;QD=63.4254;RBI=0.11806;REFB=0;REVB=-0.0520149;RO=0;SAF=72;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197704;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:69:72:0:0:69:72:0:0 chr2 101869588 . G T 1930.42 PASS AF=0.946429;AO=68;DP=154;FAO=159;FDP=168;FR=.;FRO=9;FSAF=100;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0193718;FXX=0.0175428;HRUN=6;LEN=1;MLLD=165.824;QD=45.9624;RBI=0.0660772;REFB=-0.0784409;REVB=0.0631738;RO=0;SAF=54;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42547e-08;STB=0.510528;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00326426;OID=.;OPOS=101869588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:154:168:0:9:68:159:0.946429:14:54:0:0:59:100:4:5 chr2 101898412 . G C 1767.61 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.995;QD=60.9522;RBI=0.0494828;REFB=0;REVB=-0.0464646;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26759e-05;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:50:65:0:0:50:66:0:0 chr2 102018908 . A G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0097407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.526;QD=18.0506;RBI=0.0971301;REFB=0.00224634;REVB=-0.0966404;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345755;STB=0.6996;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.012149;OID=.;OPOS=102018908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:6:2:7:3:6:2 chr2 102038849 . T A 743.54 PASS AF=0.487342;AO=77;DP=159;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.0242608;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6636;QD=18.8237;RBI=0.056948;REFB=-0.007362;REVB=0.0515217;RO=79;SAF=51;SAR=26;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127711;STB=0.565353;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00668179;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:79:81:77:77:0.487342:26:51:42:37:26:51:44:37 chr2 102067083 . T C 1025.04 PASS AF=0.538462;AO=98;DP=182;FAO=98;FDP=182;FR=.;FRO=84;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.00558613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.089;QD=22.5284;RBI=0.00567972;REFB=-0.00951226;REVB=-0.00102681;RO=84;SAF=57;SAR=41;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293535;STB=0.516041;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00651641;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:84:84:98:98:0.538462:41:57:46:38:41:57:46:38 chr2 102793186 . A G 440.72 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0437102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.378;QD=17.4542;RBI=0.0438384;REFB=0.00928766;REVB=-0.00335069;RO=54;SAF=17;SAR=30;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652511;STB=0.536417;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0108374;OID=.;OPOS=102793186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:30:17:23:31:30:17:23:31 chr2 102842467 . T C 1425.47 PASS AF=0.459877;AO=148;DP=323;FAO=149;FDP=324;FR=.;FRO=175;FSAF=57;FSAR=92;FSRF=85;FSRR=90;FWDB=0.0145814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.309;QD=17.5984;RBI=0.015964;REFB=0.00135519;REVB=-0.00649855;RO=175;SAF=56;SAR=92;SRF=85;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108477;STB=0.557378;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.001872;OID=.;OPOS=102842467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:324:175:175:148:149:0.459877:92:56:85:90:92:57:85:90 chr2 102851708 . T C 845.13 PASS AF=0.531646;AO=84;DP=158;FAO=84;FDP=158;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0192459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.786;QD=21.3958;RBI=0.019361;REFB=-0.0129642;REVB=-0.00210808;RO=74;SAF=34;SAR=50;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128848;STB=0.570586;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0110374;OID=.;OPOS=102851708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:74:74:84:84:0.531646:50:34:41:33:50:34:41:33 chr2 102957716 . C T 2388.3 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.815;QD=64.1153;RBI=0.00650516;REFB=0;REVB=0.00277035;RO=0;SAF=53;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46374e-07;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:149:0:0:146:149:1:93:53:0:0:94:55:0:0 chr2 103001402 . C T 748.67 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.178;QD=56.5031;RBI=0.042979;REFB=0;REVB=0.0426308;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46199e-05;OID=.;OPOS=103001402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:26:25:0:0:27:26:0:0 chr2 103090268 . T C 5348.32 PASS AF=1;AO=337;DP=338;FAO=337;FDP=337;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207256;FXX=0.00295849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.396;QD=63.4815;RBI=0.0212643;REFB=-0.0179564;REVB=0.00475605;RO=1;SAF=144;SAR=193;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00246563;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60131e-05;OID=.;OPOS=103090268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:338:337:1:0:337:337:1:193:144:0:1:193:144:0:0 chr2 103149100 . G A 2027.19 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.61;QD=62.3751;RBI=0.00401483;REFB=0;REVB=-0.00296234;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48971e-07;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:71:59:0:0:71:59:0:0 chr2 103334969 . G A 4699.75 PASS AF=0.993485;AO=303;DP=309;FAO=305;FDP=307;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=190;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000723086;FXX=0.0128613;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5071;QD=61.2345;RBI=0.0584106;REFB=-0.0768808;REVB=0.0584061;RO=0;SAF=115;SAR=188;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502618;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00123014;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:309:307:0:2:303:305:0.993485:188:115:0:0:190:115:0:2 chr2 103431404 . T C 3392.06 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051524;FXX=0.0180987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8047;QD=62.5264;RBI=0.0599639;REFB=0;REVB=0.0306749;RO=0;SAF=79;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.88561e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365105;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:217:0:0:215:217:1:136:79:0:0:137:80:0:0 chr2 104995800 . C T 3102.16 PASS AF=0.989899;AO=196;DP=198;FAO=196;FDP=198;FR=.;FRO=2;FSAF=111;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0240888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.86;QD=62.6698;RBI=0.0284785;REFB=-0.116507;REVB=0.0151906;RO=2;SAF=111;SAR=85;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110724;STB=0.505813;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000250269;OID=.;OPOS=104995800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:198:198:2:2:196:196:0.989899:85:111:0:2:85:111:0:2 chr2 105709023 . T C 1591.31 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00558855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.666;QD=58.9373;RBI=0.00747713;REFB=-0.0964204;REVB=-0.00496744;RO=1;SAF=46;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102062;STB=0.505375;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=1.10044e-05;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:61:46:1:0:61:46:1:0 chr2 105883624 . TTTCCATGTACATTCATAGAGCCTGGTCA T 50.0 PASS AO=77;DP=187;LEN=28;RO=110;SAF=32;SAR=56;SRF=55;SRR=44;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=105883625;OREF=TTCCATGTACATTCATAGAGCCTGGTCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:187:110:77:56:32:55:44 chr2 105885961 . T C 2134.95 PASS AF=0.538462;AO=203;DP=377;FAO=203;FDP=377;FR=.;FRO=174;FSAF=93;FSAR=110;FSRF=81;FSRR=93;FWDB=-0.0646742;FXX=0.00527691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2522;QD=22.652;RBI=0.0756266;REFB=-0.0169163;REVB=-0.0392;RO=171;SAF=93;SAR=110;SRF=79;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00326692;STB=0.503432;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0112856;OID=.;OPOS=105885961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:377:171:174:203:203:0.538462:110:93:79:92:110:93:81:93 chr2 105889349 . G A 1621.84 PASS AF=0.436548;AO=172;DP=394;FAO=172;FDP=394;FR=.;FRO=222;FSAF=69;FSAR=103;FSRF=79;FSRR=143;FWDB=0.0357305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1598;QD=16.4654;RBI=0.0460941;REFB=-0.00933124;REVB=0.0291204;RO=222;SAF=69;SAR=103;SRF=79;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484868;STB=0.526845;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0124308;OID=.;OPOS=105889349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:394:222:222:172:172:0.436548:103:69:79:143:103:69:79:143 chr2 105915128 . G A 546.53 PASS AF=0.390244;AO=64;DP=165;FAO=64;FDP=164;FR=.;FRO=100;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=-0.0210944;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7494;QD=13.33;RBI=0.0605011;REFB=-0.00193291;REVB=0.0567046;RO=99;SAF=27;SAR=37;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00261067;STB=0.505069;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00249538;OID=.;OPOS=105915128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:99:100:64:64:0.390244:37:27:42:57:37:27:43:57 chr2 105924510 . A G 741.24 PASS AF=0.411765;AO=84;DP=204;FAO=84;FDP=204;FR=.;FRO=120;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=-0.02926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.279;QD=14.5341;RBI=0.0843546;REFB=-0.00770826;REVB=-0.0791174;RO=120;SAF=55;SAR=29;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219329;STB=0.623032;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00780038;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:120:120:84:84:0.411765:29:55:54:66:29:55:54:66 chr2 105953938 . G GC 3600.88 PASS AF=1;AO=229;DP=235;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187057;FXX=0.0337538;HRUN=0;LEN=1;MLLD=178.041;QD=62.8975;RBI=0.0193708;REFB=-0.149618;REVB=0.0050327;RO=3;SAF=112;SAR=117;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125909;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000200118;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:229:235:229:229:0:112:117:0:0:14:3:112:117:3:0 chr2 106510472 . CACACTA C,CACACAC 566.24 PASS AF=0.381356,0.135593;AO=43,15;DP=122;FAO=45,16;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=24,6;FSAR=21,10;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0208329,-0.0434995;FXX=0.0327842;HRUN=1,1;LEN=6,2;MLLD=139.661,50.7758;QD=19.1945;RBI=0.0569415,0.0577283;REFB=-0.0726719,-0.094675;REVB=0.0529936,0.0379519;RO=49;SAF=24,4;SAR=19,11;SRF=19;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.16159,-0.16907;STB=0.562472,0.537587;STBP=0.268,0.762;TYPE=del,mnp;VARB=0.0706415,0.101857;OID=.,.;OPOS=106510473,106510477;OREF=ACACTA,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=C,CACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.381356,0.135593:43,15:122:45,16:118:57:24,6:21,10:24:33:99:49:24,4:19,11:19:30 chr2 106710108 . C T 1369.73 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.396;QD=62.2604;RBI=0.0387172;REFB=0;REVB=0.0385761;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66364e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:88:0:0:81:88:1:39:42:0:0:41:47:0:0 chr2 106742139 . C T 862.35 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671251;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.024;QD=56.5476;RBI=0.0700352;REFB=-0.0824891;REVB=-0.0199785;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61124e-05;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:61:0:0:60:61:1:36:24:0:0:36:25:0:0 chr2 107032417 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.513;QD=39.2065;RBI=0.0253938;REFB=0;REVB=-0.0215602;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103928;OID=.;OPOS=107032417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr2 107049604 . T C 54.96 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0134202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.462;QD=9.55807;RBI=0.0263558;REFB=-0.0109167;REVB=0.0226832;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149874;STB=0.565057;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0256277;OID=.;OPOS=107049604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:14:15:8:8:0.347826:4:4:9:5:4:4:9:6 chr2 107073469 . T A 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6027;QD=46.8378;RBI=0.0508383;REFB=0;REVB=0.0485493;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109065;OID=.;OPOS=107073469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr2 107073501 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.876;QD=45.8068;RBI=0.0609009;REFB=0;REVB=0.00277005;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000733249;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr2 107084739 . A G 10132.4 PASS AF=0.989198;AO=640;DP=647;FAO=641;FDP=648;FR=.;FRO=7;FSAF=367;FSAR=274;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0168806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.592;QD=62.5454;RBI=0.0439943;REFB=-0.0372154;REVB=0.0406269;RO=7;SAF=367;SAR=273;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120863;STB=0.506306;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000152651;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:647:648:7:7:640:641:0.989198:273:367:0:7:274:367:0:7 chr2 107107511 . C T 1680.95 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072489;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.771;QD=60.5749;RBI=0.00851396;REFB=0;REVB=-0.00446552;RO=0;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12522e-06;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:66:45:0:0:66:45:0:0 chr2 107107567 . G C 1408.92 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0341983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4852;QD=61.2576;RBI=0.0370029;REFB=0.0169818;REVB=0.014131;RO=1;SAF=54;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869721;STB=0.504503;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000252324;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:1:1:90:91:0.98913:36:54:1:0:36:55:1:0 chr2 107423395 . T G 538.99 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0141783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2657;QD=17.818;RBI=0.0388992;REFB=-0.00485001;REVB=-0.0362232;RO=62;SAF=24;SAR=33;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329268;STB=0.525171;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00625535;OID=.;OPOS=107423395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:64:57:57:0.471074:33:24:24:38:33:24:24:40 chr2 107450525 . T C 3073.2 PASS AF=0.990291;AO=200;DP=205;FAO=204;FDP=206;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0156588;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.341;QD=59.6737;RBI=0.107891;REFB=-0.0894098;REVB=0.106749;RO=3;SAF=99;SAR=101;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139345;STB=0.500095;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000289009;OID=.;OPOS=107450525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:205:206:3:2:200:204:0.990291:101:99:0:3:104:100:1:1 chr2 107450589 . C T 2719.99 PASS AF=0.988764;AO=175;DP=178;FAO=176;FDP=178;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.524;QD=61.1233;RBI=0.024267;REFB=-0.0311259;REVB=0.00599434;RO=1;SAF=72;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459937;STB=0.500986;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000275583;OID=.;OPOS=107450589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:178:178:1:2:175:176:0.988764:103:72:0:1:103:73:1:1 chr2 108443511 . C G 15402.7 PASS AF=1;AO=974;DP=983;FAO=974;FDP=974;FR=.;FRO=0;FSAF=408;FSAR=566;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279967;FXX=0.00915555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1765;QD=63.2555;RBI=0.0418123;REFB=-0.140234;REVB=0.0310557;RO=3;SAF=408;SAR=566;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00252586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567851;OID=.;OPOS=108443511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:983:974:3:0:974:974:1:566:408:0:3:566:408:0:0 chr2 108475958 . A G 2119.62 PASS AF=0.959459;AO=140;DP=148;FAO=142;FDP=148;FR=.;FRO=6;FSAF=58;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0737801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4488;QD=57.2871;RBI=0.0896718;REFB=-0.0944496;REVB=-0.0509659;RO=3;SAF=57;SAR=83;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243626;STB=0.503154;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0034442;OID=.;OPOS=108475958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:148:148:3:6:140:142:0.959459:83:57:3:0:84:58:2:4 chr2 108479432 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.584;QD=33.4285;RBI=0.0356015;REFB=0;REVB=-0.035565;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00158269;OID=.;OPOS=108479432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:3:1:0:0:3:3:0:0 chr2 108496435 . T A 683.11 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.009;QD=62.1007;RBI=0.0698061;REFB=0;REVB=-0.0693011;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194084;OID=.;OPOS=108496435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr2 108863650 . A C 1070.72 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0334742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6116;QD=57.1052;RBI=0.0394804;REFB=0.0246576;REVB=0.0209328;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150135;STB=0.502054;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00299297;OID=.;OPOS=108863650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:31:42:0:1:31:42:1:1 chr2 108863767 . A C 1868.07 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0619825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3181;QD=60.2604;RBI=0.0621418;REFB=0.0492663;REVB=0.00444641;RO=0;SAF=43;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09296e-08;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-8.41058e-05;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:122:123:0.991935:79:43:0:0:79:44:1:0 chr2 108875464 . AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT A 919.65 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748189;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=22;MLLD=685.842;QD=49.7107;RBI=0.00784078;REFB=0;REVB=0.00234504;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.341232;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.94408e-06;OID=.;OPOS=108875465;OREF=AAACTTGGTCAGGTGATGTTAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:74:74:74:0:38:36:0:0:16:0:36:35:0:0 chr2 108877062 . T A 3132.1 PASS AF=0.990338;AO=204;DP=207;FAO=205;FDP=207;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00947718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.134;QD=60.5237;RBI=0.0157386;REFB=-0.0370557;REVB=0.0125653;RO=1;SAF=97;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488541;STB=0.50026;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000125306;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:207:207:1:2:204:205:0.990338:107:97:1:0:108:97:1:1 chr2 109099572 . C G 974.22 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010425;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.87;QD=58.1621;RBI=0.0208195;REFB=0;REVB=-0.0180215;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930978;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:41:23:0:0:41:26:0:0 chr2 109106381 . A G 1884.88 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00253129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.859;QD=59.8373;RBI=0.00320192;REFB=-0.00472372;REVB=-0.00196083;RO=1;SAF=54;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673944;STB=0.507041;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=1.35668e-05;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:1:2:124:124:0.984127:70:54:0:1:70:54:0:2 chr2 109381529 . G T 583.27 PASS AF=0.569892;AO=52;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00779024;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.107;QD=25.0869;RBI=0.0167573;REFB=-0.0148914;REVB=-0.0148364;RO=40;SAF=29;SAR=23;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144311;STB=0.581787;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00912452;OID=.;OPOS=109381529;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:40:52:53:0.569892:23:29:15:25:23:30:15:25 chr2 109389463 . G A 1525.53 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5722;QD=59.8246;RBI=0.0620921;REFB=0;REVB=-0.00296846;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304017;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:62:40:0:0:62:40:0:0 chr2 109408208 . G A 305.7 PASS AF=0.6;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0153824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.596;QD=27.1736;RBI=0.0153906;REFB=-0.0337864;REVB=-0.000500685;RO=18;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1125;STB=0.567112;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0189726;OID=.;OPOS=109408208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:18:26:27:0.6:18:8:8:10:19:8:8:10 chr2 109429146 . T A 374.98 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0631829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5134;QD=19.23;RBI=0.0670934;REFB=-0.0148111;REVB=0.0225708;RO=38;SAF=22;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807432;STB=0.538696;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0133884;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:39:39:39:0.5:17:22:18:20:17:22:19:20 chr2 109489953 . T C 525.45 PASS AF=0.524752;AO=39;DP=100;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0747605;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.1914;QD=20.81;RBI=0.0840475;REFB=0.011173;REVB=0.0384039;RO=31;SAF=25;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131333;STB=0.515327;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0106344;OID=.;OPOS=109489953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:31:48:39:53:0.524752:14:25:15:16:27:26:22:26 chr2 109510937 . G A 678.05 PASS AF=0.37156;AO=81;DP=218;FAO=81;FDP=218;FR=.;FRO=137;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=103;FWDB=-0.0698225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9529;QD=12.4413;RBI=0.0829211;REFB=-0.0114558;REVB=-0.0447296;RO=137;SAF=31;SAR=50;SRF=34;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166409;STB=0.593373;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0217942;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:137:137:81:81:0.37156:50:31:34:103:50:31:34:103 chr2 109512234 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.564;QD=60.9761;RBI=0.0120465;REFB=0;REVB=0.0119663;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32565e-05;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:18:21:0:0 chr2 109513601 . A G 5026.07 PASS AF=1;AO=319;DP=323;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014285;FXX=0.00925897;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.345;QD=62.6302;RBI=0.0272861;REFB=-0.0191554;REVB=0.0232481;RO=0;SAF=163;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8162e-06;OID=.;OPOS=109513601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:323:321:0:0:319:321:1:156:163:0:0:157:164:0:0 chr2 109513654 . G A 3881.02 PASS AF=1;AO=244;DP=245;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786157;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.397;QD=63.6232;RBI=0.00926506;REFB=-0.0821662;REVB=-0.00490275;RO=0;SAF=117;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5665e-05;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:245:244:0:0:244:244:1:127:117:0:0:127:117:0:0 chr2 109526969 . G A 2270.29 PASS AF=0.987097;AO=144;DP=150;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0251859;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.632;QD=58.5882;RBI=0.0308789;REFB=-0.0683517;REVB=0.0178656;RO=2;SAF=67;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121902;STB=0.505746;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000290895;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:155:2:2:144:153:0.987097:77:67:0:2:86:67:0:2 chr2 109527373 . A G 2295.64 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8168;QD=62.8943;RBI=0.0156846;REFB=-0.0516097;REVB=-0.00537993;RO=1;SAF=67;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070451;STB=0.503703;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000339899;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:1:1:145:145:0.993151:78:67:1:0:78:67:1:0 chr2 109745176 . G A 3747.7 PASS AF=0.979592;AO=238;DP=243;FAO=240;FDP=245;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=183;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0345654;FXX=0.00406488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.11;QD=61.187;RBI=0.0345818;REFB=-0.00712177;REVB=0.0010642;RO=4;SAF=55;SAR=183;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333991;STB=0.521007;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=5.70509e-05;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:243:245:4:5:238:240:0.979592:183:55:4:0:183:57:5:0 chr2 110372192 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.673;QD=40.7628;RBI=0.102386;REFB=0;REVB=0.0551288;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116887;OID=.;OPOS=110372192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr2 110373805 . A G 818.85 PASS AF=0.456731;AO=88;DP=198;FAO=95;FDP=208;FR=.;FRO=113;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=-0.0337199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.8451;QD=15.747;RBI=0.0483248;REFB=0.00513897;REVB=0.0346159;RO=110;SAF=37;SAR=51;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803656;STB=0.551713;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00544554;OID=.;OPOS=110373805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:208:110:113:88:95:0.456731:51:37:55:55:56:39:57:56 chr2 110373849 . A G 685.5 PASS AF=0.448485;AO=74;DP=166;FAO=74;FDP=165;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.0177748;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.187;QD=16.6181;RBI=0.020364;REFB=-0.0146414;REVB=-0.00993731;RO=90;SAF=31;SAR=43;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918642;STB=0.548256;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0195952;OID=.;OPOS=110373849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:90:91:74:74:0.448485:43:31:46:44:43:31:46:45 chr2 110373919 . G A 321.16 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00572843;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.857;QD=16.2611;RBI=0.00615295;REFB=-0.00553753;REVB=-0.00224586;RO=44;SAF=10;SAR=25;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272038;STB=0.653754;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00664738;OID=.;OPOS=110373919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:25:10:24:20:25:10:24:20 chr2 110373938 . T G 179.35 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0418085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.637;QD=15.5956;RBI=0.0451209;REFB=0.000983804;REVB=0.0169689;RO=27;SAF=5;SAR=14;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411222;STB=0.736593;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00295493;OID=.;OPOS=110373938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:14:5:18:9:14:5:18:9 chr2 110374215 . T C 130.0 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0441718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1424;QD=8.66675;RBI=0.0643188;REFB=-0.0250565;REVB=0.0467521;RO=42;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131783;STB=0.578859;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.059019;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:7:11:21:21:7:11:21:21 chr2 110375025 . C T 794.69 PASS AF=0.578125;AO=74;DP=128;FAO=74;FDP=128;FR=.;FRO=54;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.000671216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6081;QD=24.8339;RBI=0.0505657;REFB=-0.00411758;REVB=-0.0505613;RO=53;SAF=43;SAR=31;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12767;STB=0.573435;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00139475;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:53:54:74:74:0.578125:31:43:22:31:31:43:22:32 chr2 110375151 . A G 860.71 PASS AF=0.537975;AO=85;DP=157;FAO=85;FDP=158;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0044942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.356;QD=21.7901;RBI=0.00530564;REFB=-0.000598082;REVB=0.00281992;RO=72;SAF=44;SAR=41;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038091;STB=0.52396;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000527582;OID=.;OPOS=110375151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:72:73:85:85:0.537975:41:44:34:38:41:44:34:39 chr2 110849222 . G A 72.97 PASS AF=0.178082;AO=12;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00685804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0043;QD=3.99851;RBI=0.0723875;REFB=-0.00280031;REVB=-0.0720619;RO=60;SAF=7;SAR=5;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835676;STB=0.517943;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0115717;OID=.;OPOS=110849222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:60:60:12:13:0.178082:5:7:31:29:6:7:31:29 chr2 110855123 . G T 524.42 PASS AF=0.428571;AO=55;DP=129;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.00606785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.386;QD=15.7721;RBI=0.0300097;REFB=-0.0175252;REVB=0.0293899;RO=74;SAF=29;SAR=26;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141054;STB=0.505011;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0217028;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:133:74:76:55:57:0.428571:26:29:38:36:28:29:38:38 chr2 110922703 . C T 600.25 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=120;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0115592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.128;QD=20.0083;RBI=0.0133328;REFB=-0.0342064;REVB=0.00664442;RO=57;SAF=27;SAR=34;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507339;STB=0.526454;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0269968;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:57:59:61:61:0.508333:34:27:22:35:34:27:23:36 chr2 111850515 . C T 537.44 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00153151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.613;QD=21.4976;RBI=0.0285671;REFB=0.0162043;REVB=-0.028526;RO=49;SAF=19;SAR=32;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334348;STB=0.51848;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.015562;OID=.;OPOS=111850515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:32:19:20:29:32:19:20:29 chr2 111907691 . T C 2657.14 PASS AF=0.99422;AO=171;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0160705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1127;QD=61.4369;RBI=0.016647;REFB=0.0538635;REVB=0.00434306;RO=0;SAF=90;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502732;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-1.05687e-05;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:173:0:1:171:172:0.99422:81:90:0:0:81:91:1:0 chr2 111908485 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.088;QD=47.8224;RBI=0.0424881;REFB=0;REVB=0.0422997;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127198;OID=.;OPOS=111908485;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr2 112641256 . G A 730.14 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.076;QD=63.4901;RBI=0.0283199;REFB=0;REVB=0.0226955;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09966e-05;OID=.;OPOS=112641256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:28:15:0:0:31:15:0:0 chr2 112776979 . C A 352.14 PASS AF=0.401961;AO=40;DP=103;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00725541;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6433;QD=13.8093;RBI=0.0222354;REFB=-4.39715e-05;REVB=-0.0210184;RO=61;SAF=12;SAR=28;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740106;STB=0.547146;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00024208;OID=.;OPOS=112776979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:61:61:40:41:0.401961:28:12:22:39:29:12:22:39 chr2 112786523 . A AT 134.51 PASS AF=0.424658;AO=26;DP=75;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.00617949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.8473;QD=7.37022;RBI=0.0525473;REFB=-0.00776828;REVB=0.0521827;RO=46;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761793;STB=0.524676;STBP=0.74;TYPE=ins;VARB=-0.00815512;OID=.;OPOS=112786524;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424658:26:75:31:73:42:10:21:12:30:99:46:7:19:15:31 chr2 112944822 . G A 523.46 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0166244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.72;QD=18.6948;RBI=0.0416237;REFB=0.00368889;REVB=0.0381597;RO=57;SAF=25;SAR=30;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177046;STB=0.5098;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00293406;OID=.;OPOS=112944822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:55:55:0.491071:30:25:27:30:30:25:27:30 chr2 113089267 . T C 3032.43 PASS AF=1;AO=190;DP=193;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131029;FXX=0.0206175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4657;QD=63.8406;RBI=0.00206089;REFB=0;REVB=0.00159072;RO=0;SAF=79;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12555e-05;OID=.;OPOS=113089267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:190:0:0:190:190:1:111:79:0:0:111:79:0:0 chr2 113090047 . T C 2351.64 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0914;QD=61.0816;RBI=0.0187734;REFB=0;REVB=0.015343;RO=0;SAF=73;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81052e-05;OID=.;OPOS=113090047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:81:73:0:0:81:73:0:0 chr2 113091685 . T G 1522.28 PASS AF=0.938596;AO=107;DP=114;FAO=107;FDP=114;FR=.;FRO=7;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0895964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1413;QD=53.4133;RBI=0.0896205;REFB=-0.118287;REVB=0.00207553;RO=3;SAF=62;SAR=45;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305893;STB=0.518391;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0067098;OID=.;OPOS=113091685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:114:114:3:7:107:107:0.938596:45:62:0:3:45:62:2:5 chr2 113277949 . T C 3210.94 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.803;QD=64.2188;RBI=0.0244926;REFB=0;REVB=0.019875;RO=0;SAF=96;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18583e-05;OID=.;OPOS=113277949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:200:200:1:104:96:0:0:104:96:0:0 chr2 113288970 . T C 37.61 PASS AF=0.0863309;AO=10;DP=137;FAO=12;FDP=139;FR=.;FRO=127;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=85;FWDB=-0.0639276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1806;QD=1.08242;RBI=0.0729082;REFB=-0.00641542;REVB=-0.0350551;RO=122;SAF=9;SAR=1;SRF=40;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574031;STB=0.946361;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.134368;OID=.;OPOS=113288970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:137:139:122:127:10:12:0.0863309:1:9:40:82:1:11:42:85 chr2 113289032 . A G 2083.51 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1906;QD=62.662;RBI=0.0487241;REFB=0;REVB=-0.0477572;RO=0;SAF=62;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253144;OID=.;OPOS=113289032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:71:62:0:0:71:62:0:0 chr2 113479614 . G A 2701.98 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.492;QD=62.1145;RBI=0.0655521;REFB=0;REVB=0.0316767;RO=0;SAF=92;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103323;OID=.;OPOS=113479614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:174:0:0:173:174:1:81:92:0:0:81:93:0:0 chr2 113482779 . A C 1190.25 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.167;QD=61.0384;RBI=0.0860252;REFB=0;REVB=-0.0852382;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011348;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:43:33:0:0:43:35:0:0 chr2 113484319 . G A 1237.47 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0226181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.627;QD=58.9273;RBI=0.0249453;REFB=-0.109189;REVB=0.0105208;RO=2;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215152;STB=0.511361;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00103115;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:43:39:0:2:43:39:0:2 chr2 113513825 . T C 3173.82 PASS AF=1;AO=205;DP=208;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00387353;FXX=0.0144224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0871;QD=61.9282;RBI=0.0632495;REFB=0;REVB=0.0631308;RO=0;SAF=92;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58366e-05;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:208:205:0:0:205:205:1:113:92:0:0:113:92:0:0 chr2 113588904 . C A 1146.02 PASS AF=0.474104;AO=119;DP=251;FAO=119;FDP=251;FR=.;FRO=132;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=56;FSRR=76;FWDB=0.00820554;FXX=0.0118106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.441;QD=18.2633;RBI=0.0106416;REFB=-0.0128783;REVB=-0.00677585;RO=131;SAF=51;SAR=68;SRF=56;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00105851;STB=0.502325;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0130064;OID=.;OPOS=113588904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:131:132:119:119:0.474104:68:51:56:75:68:51:56:76 chr2 113671378 . G T 2083.5 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7527;QD=62.6615;RBI=0.0235144;REFB=0;REVB=0.0210418;RO=0;SAF=56;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.88062e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31651e-05;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:77:56:0:0:77:56:0:0 chr2 113671410 . A G 1839.81 PASS AF=0.99187;AO=120;DP=121;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0886166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5401;QD=59.8313;RBI=0.0889186;REFB=-0.0811008;REVB=-0.00732282;RO=1;SAF=46;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010214;STB=0.505375;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00048568;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:123:1:1:120:122:0.99187:74:46:1:0:76:46:1:0 chr2 113763463 . A C 2100.3 PASS AF=0.945578;AO=139;DP=147;FAO=139;FDP=147;FR=.;FRO=8;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0199309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5201;QD=57.1509;RBI=0.092244;REFB=-0.135593;REVB=0.0900651;RO=1;SAF=75;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737097;STB=0.515816;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00720757;OID=.;OPOS=113763463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:147:147:1:8:139:139:0.945578:64:75:0:1:64:75:2:6 chr2 113763574 . CA C,CG 2070.08 PASS AF=0.0510949,0.948905;AO=28,102;DP=138;FAO=7,130;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=3,54;FSAR=4,76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357245,0.037089;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.468,168;QD=60.4404;RBI=0.0386601,0.0396397;REFB=0,0;REVB=0.0147772,0.0139896;RO=0;SAF=12,44;SAR=16,58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0158888,0.00539336;OID=.,.;OPOS=113763575,113763575;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0510949,0.948905:28,102:138:7,130:137:0:3,54:4,76:0:0:8:0:12,44:16,58:0:0 chr2 113832312 . T C 1076.29 PASS AF=0.41844;AO=118;DP=283;FAO=118;FDP=282;FR=.;FRO=164;FSAF=93;FSAR=25;FSRF=93;FSRR=71;FWDB=-0.0197206;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0681;QD=15.2666;RBI=0.0438341;REFB=-0.0044028;REVB=-0.0391475;RO=163;SAF=93;SAR=25;SRF=92;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28177;STB=0.657505;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00362791;OID=.;OPOS=113832312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:282:163:164:118:118:0.41844:25:93:92:71:25:93:93:71 chr2 113832333 . C A 1148.77 PASS AF=0.393393;AO=130;DP=333;FAO=131;FDP=333;FR=.;FRO=202;FSAF=101;FSAR=30;FSRF=118;FSRR=84;FWDB=-0.0204981;FXX=0.00596997;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.952;QD=13.799;RBI=0.0265513;REFB=0.00153428;REVB=0.016876;RO=202;SAF=100;SAR=30;SRF=118;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239146;STB=0.636673;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00331205;OID=.;OPOS=113832333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:202:202:130:131:0.393393:30:100:118:84:30:101:118:84 chr2 113870663 . G A 1450.9 PASS AF=0.520147;AO=142;DP=273;FAO=142;FDP=273;FR=.;FRO=131;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=56;FSRR=75;FWDB=-0.00060896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.801;QD=21.2586;RBI=0.00517026;REFB=-0.00110409;REVB=-0.00513428;RO=129;SAF=74;SAR=68;SRF=54;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08917;STB=0.54484;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000873251;OID=.;OPOS=113870663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:129:131:142:142:0.520147:68:74:54:75:68:74:56:75 chr2 113875565 . A G 754.16 PASS AF=0.365145;AO=88;DP=240;FAO=88;FDP=241;FR=.;FRO=153;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=-0.0181597;FXX=0.00823011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.676;QD=12.5172;RBI=0.0332374;REFB=-0.0100843;REVB=-0.0278379;RO=152;SAF=40;SAR=48;SRF=70;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673527;STB=0.506078;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0167798;OID=.;OPOS=113875565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:152:153:88:88:0.365145:48:40:70:82:48:40:71:82 chr2 113875584 . G C 860.27 PASS AF=0.382576;AO=100;DP=263;FAO=101;FDP=264;FR=.;FRO=163;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=75;FSRR=88;FWDB=-0.0466355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3734;QD=13.0344;RBI=0.0493502;REFB=-0.000960137;REVB=0.0161422;RO=163;SAF=45;SAR=55;SRF=75;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112229;STB=0.509089;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00176075;OID=.;OPOS=113875584;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:264:163:163:100:101:0.382576:55:45:75:88:56:45:75:88 chr2 113875631 . T C 675.33 PASS AF=0.367965;AO=62;DP=229;FAO=85;FDP=231;FR=.,HEALED;FRO=146;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=69;FSRR=77;FWDB=0.023626;FXX=0.0211855;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.4511;QD=11.6941;RBI=0.226911;REFB=-0.0259974;REVB=-0.225678;RO=78;SAF=36;SAR=26;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103563;STB=0.516268;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0207249;OID=.;OPOS=113875631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:231:78:146:62:85:0.367965:26:36:53:25:47:38:69:77 chr2 113877713 . A C 365.15 PASS AF=0.4;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.00657076;FXX=0.0624944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.232;QD=13.9104;RBI=0.0165201;REFB=-0.0128904;REVB=0.0151571;RO=55;SAF=10;SAR=32;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235046;STB=0.625343;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0152215;OID=.;OPOS=113877713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:105:55:63:42:42:0.4:32:10:24:31:32:10:26:37 chr2 113887207 . T C 502.92 PASS AF=0.402878;AO=56;DP=139;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.0374635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.719;QD=14.4725;RBI=0.0415038;REFB=-0.00770285;REVB=0.0178622;RO=83;SAF=25;SAR=31;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136277;STB=0.507678;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0130915;OID=.;OPOS=113887207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:83:83:56:56:0.402878:31:25:36:47:31:25:36:47 chr2 113890304 . T C 899.57 PASS AF=0.45933;AO=95;DP=209;FAO=96;FDP=209;FR=.;FRO=113;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=-0.00798766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.507;QD=17.2166;RBI=0.0222876;REFB=7.58506e-05;REVB=-0.020807;RO=111;SAF=59;SAR=36;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133944;STB=0.575302;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.000147798;OID=.;OPOS=113890304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:111:113:95:96:0.45933:36:59:54:57:37:59:54:59 chr2 113943470 . A G 558.72 PASS AF=0.531532;AO=54;DP=106;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0014363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.871;QD=20.1341;RBI=0.0208966;REFB=-0.0210806;REVB=-0.0208472;RO=52;SAF=30;SAR=24;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00192271;STB=0.515174;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0216584;OID=.;OPOS=113943470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:111:52:52:54:59:0.531532:24:30:29:23:28:31:29:23 chr2 113955074 . G A 2642.69 PASS AF=0.994186;AO=170;DP=171;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00240479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.093;QD=61.4579;RBI=0.0268545;REFB=-0.0443602;REVB=0.0267466;RO=1;SAF=84;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550231;STB=0.502857;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00016693;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:172:1:1:170:171:0.994186:86:84:0:1:87:84:0:1 chr2 113956371 . G C 3412.24 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.38;QD=62.324;RBI=0.0530156;REFB=0;REVB=0.0529838;RO=0;SAF=143;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37923e-05;OID=.;OPOS=113956371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:213:219:0:0:212:219:1:69:143:0:0:75:144:0:0 chr2 114220055 . T C 5413.07 PASS AF=0.921914;AO=364;DP=396;FAO=366;FDP=397;FR=.;FRO=31;FSAF=207;FSAR=159;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.0346241;FXX=0.0025125;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.138;QD=54.5397;RBI=0.0665037;REFB=-0.0837203;REVB=0.0567794;RO=31;SAF=207;SAR=157;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314156;STB=0.516647;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0144561;OID=.;OPOS=114220055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:396:397:31:31:364:366:0.921914:157:207:24:7:159:207:24:7 chr2 114220056 . T A 51.93 PASS AF=0.0694789;AO=28;DP=404;FAO=28;FDP=403;FR=.;FRO=375;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=208;FSRR=167;FWDB=-0.00169615;FXX=0.00247519;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.064;QD=0.515435;RBI=0.0633211;REFB=-0.00199815;REVB=-0.0632984;RO=375;SAF=24;SAR=4;SRF=208;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360887;STB=0.815333;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.129005;OID=.;OPOS=114220056;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:404:403:375:375:28:28:0.0694789:4:24:208:167:4:24:208:167 chr2 114256840 . C T 1385.21 PASS AF=0.933962;AO=99;DP=106;FAO=99;FDP=106;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.021028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5855;QD=52.2719;RBI=0.0247759;REFB=-0.116818;REVB=-0.0131022;RO=6;SAF=52;SAR=47;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207916;STB=0.506396;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0156209;OID=.;OPOS=114256840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:106:106:6:7:99:99:0.933962:47:52:2:4:47:52:3:4 chr2 114256859 . C T 951.31 PASS AF=1;AO=45;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.283318;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.564;QD=58.5423;RBI=0.284106;REFB=0;REVB=-0.0211466;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286136;OID=.;OPOS=114256859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:45:65:1:27:18:0:0:27:38:0:0 chr2 114355167 . A G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0169386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.917;QD=10.4723;RBI=0.0210817;REFB=-0.0405222;REVB=-0.0125508;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234146;STB=0.638675;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0640319;OID=.;OPOS=114355167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:7:17:6:6:7:17 chr2 114763169 . C G 897.89 PASS AF=0.464286;AO=91;DP=196;FAO=91;FDP=196;FR=.;FRO=105;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=0.0543958;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.359;QD=18.3242;RBI=0.057047;REFB=-0.00790058;REVB=-0.0171888;RO=101;SAF=38;SAR=53;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114211;STB=0.506038;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00798676;OID=.;OPOS=114763169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:101:105:91:91:0.464286:53:38:41:60:53:38:45:60 chr2 116099725 . A T 1352.01 PASS AF=0.978022;AO=84;DP=87;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0180838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2891;QD=59.4289;RBI=0.0285122;REFB=0.0532409;REVB=-0.0220437;RO=3;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286847;STB=0.509613;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00174453;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:91:3:2:84:89:0.978022:48:36:0:3:51:38:0:2 chr2 116510817 . G C 5193.04 PASS AF=1;AO=327;DP=327;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000191073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.291;QD=63.3297;RBI=0.0105927;REFB=0;REVB=0.010591;RO=0;SAF=156;SAR=171;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18747e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65412e-06;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:327:328:0:0:327:328:1:171:156:0:0:171:157:0:0 chr2 116525960 . G A 2903.89 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.102;QD=63.1281;RBI=0.0119464;REFB=0;REVB=-0.00920497;RO=0;SAF=98;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.07612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15957e-06;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:184:0:0:183:184:1:85:98:0:0:86:98:0:0 chr2 116600388 . A G 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4899;QD=61.211;RBI=0.0846644;REFB=0;REVB=0.0139022;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601525;OID=.;OPOS=116600388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr2 117781499 . T C 242.13 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0125565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.911;QD=16.9917;RBI=0.0142599;REFB=-0.00354058;REVB=0.00675864;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205665;STB=0.615302;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00450131;OID=.;OPOS=117781499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:12:15:10:20:12:15:10:20 chr2 118583940 . C T 562.23 PASS AF=0.390533;AO=65;DP=169;FAO=66;FDP=169;FR=.;FRO=103;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=67;FWDB=0.0296327;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.848;QD=13.3073;RBI=0.0300937;REFB=-0.00431179;REVB=-0.0052473;RO=103;SAF=35;SAR=30;SRF=36;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203438;STB=0.609096;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00754116;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:103:103:65:66:0.390533:30:35:36:67:31:35:36:67 chr2 118589808 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.622;QD=56.7066;RBI=0.00829254;REFB=0;REVB=0.00614609;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68949e-06;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr2 118731573 . G A 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.81;QD=64.0214;RBI=0.0120687;REFB=0;REVB=-0.00388701;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77387e-05;OID=.;OPOS=118731573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:41:57:0:0:41:57:0:0 chr2 118774082 . T C 1731.21 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.161;QD=60.7442;RBI=0.038618;REFB=0;REVB=0.0252226;RO=0;SAF=39;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59963e-05;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:75:39:0:0:75:39:0:0 chr2 118774178 . G C 1413.15 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0656807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.719;QD=61.4415;RBI=0.0684072;REFB=-0.0497039;REVB=0.0191204;RO=1;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938488;STB=0.504949;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000830476;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:1:1:89:91:0.98913:50:39:0:1:50:41:0:1 chr2 118866033 . G A,GA 108.72 PASS AF=0,0.365854;AO=3,12;DP=46;FAO=0,15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=0,7;FSAR=0,8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0120771,0.0431651;FXX=0.0238039;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=35.7056,19.5523;QD=10.6064;RBI=0.0950494,0.0442088;REFB=0.00709006,-0.0347517;REVB=-0.0942791,0.00954923;RO=31;SAF=1,6;SAR=2,6;SRF=12;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0592297,0.13312;STB=0.5,0.552563;STBP=1,0.652;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0677714;OID=.,.;OPOS=118866033,118866034;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:41:31:26:3,12:0,15:0,0.365854:2,6:1,6:12:19:0,8:0,7:10:16 chr2 119591683 . C A 2407.86 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4095;QD=64.2095;RBI=0.0873487;REFB=0;REVB=0.0472365;RO=0;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492536;OID=.;OPOS=119591683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:78:72:0:0:78:72:0:0 chr2 119600067 . C CT 57.75 PASS AF=1;AO=4;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112912;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=89.687;QD=32.9978;RBI=0.200753;REFB=0;REVB=0.200435;RO=2;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00169535;OID=.;OPOS=119600068;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:7:7:7:0:5:2:0:0:4:2:3:1:1:1 chr2 119739063 . T C 162.72 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0561603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.325;QD=15.4972;RBI=0.0640015;REFB=-0.00770143;REVB=-0.0306954;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187675;STB=0.590069;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00692179;OID=.;OPOS=119739063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:8:10:17:6:8:10:17:7 chr2 119739182 . T C 268.69 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.005745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6276;QD=22.3907;RBI=0.0229439;REFB=-0.00489858;REVB=0.022213;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206569;STB=0.60257;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00910569;OID=.;OPOS=119739182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:12:13:6:16:12:13:7:16 chr2 119748143 . C G 428.31 PASS AF=0.408333;AO=50;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0125716;FXX=0.00826378;HRUN=10;LEN=1;MLLD=199.053;QD=14.2769;RBI=0.0147778;REFB=-0.00279065;REVB=-0.00776781;RO=65;SAF=27;SAR=23;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481948;STB=0.542742;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00273552;OID=.;OPOS=119748143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:71:50:49:0.408333:23:27:32:33:22:27:34:37 chr2 119915509 . G T 180.4 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029513;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2903;QD=48.1066;RBI=0.0304148;REFB=0;REVB=0.00735149;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222679;OID=.;OPOS=119915509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr2 119927405 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.651;QD=56.1916;RBI=0.0174158;REFB=0;REVB=-0.00173276;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15467e-05;OID=.;OPOS=119927405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr2 119927411 . G T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0754;QD=57.6796;RBI=0.095648;REFB=0;REVB=0.0596759;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254115;OID=.;OPOS=119927411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr2 120021785 . T C 2705.27 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174817;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8933;QD=62.1901;RBI=0.0237282;REFB=0;REVB=0.0160442;RO=0;SAF=70;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125788;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:174:174:0:0:173:174:1:103:70:0:0:103:71:0:0 chr2 120060082 . T C 473.16 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.105682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1745;QD=21.2656;RBI=0.106969;REFB=-0.00198713;REVB=0.0165427;RO=43;SAF=18;SAR=28;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045831;STB=0.525344;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00285262;OID=.;OPOS=120060082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:28:18:19:24:28:18:19:24 chr2 120078778 . T C 1497.82 PASS AF=0.375267;AO=176;DP=470;FAO=176;FDP=469;FR=.;FRO=293;FSAF=78;FSAR=98;FSRF=131;FSRR=162;FWDB=0.00708081;FXX=0.00212761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.311;QD=12.7746;RBI=0.0231618;REFB=-0.00855119;REVB=0.0220529;RO=293;SAF=78;SAR=98;SRF=131;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00440159;STB=0.502478;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0134781;OID=.;OPOS=120078778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:470:469:293:293:176:176:0.375267:98:78:131:162:98:78:131:162 chr2 120125029 . A G 1368.31 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.578;QD=61.4969;RBI=0.082537;REFB=0;REVB=0.0814067;RO=1;SAF=59;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166196;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255764;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:1:0:87:89:1:28:59:0:1:30:59:0:0 chr2 120125053 . C G 378.5 PASS AF=0.32381;AO=33;DP=105;FAO=34;FDP=105;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=58;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.0221545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8294;QD=14.419;RBI=0.0698286;REFB=0.00894571;REVB=0.0662209;RO=49;SAF=23;SAR=10;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028808;STB=0.505615;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00273502;OID=.;OPOS=120125053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:58:33:34:0.32381:10:23:33:16:12:22:38:20 chr2 120125058 . C T 429.39 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=0.0243958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3092;QD=14.5555;RBI=0.0250634;REFB=0.0117731;REVB=-0.00574622;RO=69;SAF=27;SAR=22;SRF=46;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12354;STB=0.569274;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0224858;OID=.;OPOS=120125058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:69:49:49:0.415254:22:27:46:23:22:27:46:23 chr2 120129886 . G A 202.68 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.032756;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.988;QD=12.2834;RBI=0.0350356;REFB=-0.0109363;REVB=-0.0124313;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322085;STB=0.525527;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0253055;OID=.;OPOS=120129886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:41:25:25:0.378788:12:13:22:18:12:13:23:18 chr2 120194651 . A AGTGTGC 2269.7 PASS AF=1;AO=144;DP=185;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545437;FXX=0.119753;HRUN=0;LEN=6;MLLD=303.176;QD=61.7605;RBI=0.0112473;REFB=0;REVB=-0.00983626;RO=26;SAF=31;SAR=113;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11298;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.37826e-05;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:144:185:147:147:0:33:114:0:0:12:26:31:113:13:13 chr2 120199140 . A G 1180.76 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279889;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.919;QD=61.338;RBI=0.0281674;REFB=0;REVB=-0.00316585;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82821e-05;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr2 120369300 . T C 1539.48 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00309737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.699;QD=58.6468;RBI=0.0049984;REFB=0.0364334;REVB=-0.00392304;RO=1;SAF=39;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724526;STB=0.503816;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-6.24659e-07;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:65:39:0:1:65:39:0:1 chr2 120388412 . G A 2368.15 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7491;QD=61.1134;RBI=0.0528645;REFB=0;REVB=-0.0525334;RO=0;SAF=63;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113062;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:154:155:1:91:63:0:0:92:63:0:0 chr2 120409616 . G T 763.97 PASS AF=0.521127;AO=71;DP=140;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00444495;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.302;QD=21.5203;RBI=0.00861352;REFB=-0.0111884;REVB=0.00737801;RO=68;SAF=38;SAR=33;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964689;STB=0.547516;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0108585;OID=.;OPOS=120409616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:68:68:71:74:0.521127:33:38:29:39:34:40:30:38 chr2 120438515 . G C 1217.8 PASS AF=0.566327;AO=111;DP=196;FAO=111;FDP=196;FR=.;FRO=85;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.00235649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.769;QD=24.853;RBI=0.0109175;REFB=-0.00923012;REVB=-0.0106602;RO=85;SAF=48;SAR=63;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168335;STB=0.509151;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0117796;OID=.;OPOS=120438515;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:85:85:111:111:0.566327:63:48:35:50:63:48:35:50 chr2 120438523 . A G 774.66 PASS AF=0.42132;AO=83;DP=197;FAO=83;FDP=197;FR=.;FRO=114;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=-0.0124515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.879;QD=15.7291;RBI=0.0200609;REFB=-0.0145834;REVB=-0.015729;RO=114;SAF=34;SAR=49;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307871;STB=0.517211;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0213071;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:114:114:83:83:0.42132:49:34:50:64:49:34:50:64 chr2 120438696 . A G 2282.6 PASS AF=0.987013;AO=145;DP=153;FAO=152;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0591967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.465;QD=59.2882;RBI=0.0764191;REFB=-0.0787535;REVB=0.0483283;RO=0;SAF=74;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01112e-08;STB=0.500171;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000614924;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:154:0:2:145:152:0.987013:71:74:0:0:78:74:1:1 chr2 120439230 . C G 698.22 PASS AF=0.471698;AO=74;DP=158;FAO=75;FDP=159;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.00367143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.377;QD=17.5653;RBI=0.0240857;REFB=-0.015931;REVB=-0.0238042;RO=69;SAF=30;SAR=44;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05254;STB=0.514704;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00401936;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:69:84:74:75:0.471698:44:30:32:37:44:31:37:47 chr2 120439459 . C A 339.75 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.00597091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.501;QD=15.4432;RBI=0.00849499;REFB=0.00372558;REVB=-0.0060426;RO=51;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14862;STB=0.58345;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00304409;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:21:16:15:36:21:16:15:36 chr2 120704166 . G T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.389;QD=58.7817;RBI=0.0210257;REFB=0;REVB=0.0176942;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66791e-05;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr2 120830820 . TGG TG,TGT 115.53 PASS AF=0.478261,0.0869565;AO=15,4;DP=47;FAO=22,4;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=9,0;FSAR=13,4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.267389,0.00955132;FXX=0.0212721;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.89922,239.705;QD=10.0456;RBI=0.270828,0.0394604;REFB=-0.101646,-0.00833879;REVB=-0.0430271,-0.0382871;RO=21;SAF=4,0;SAR=11,4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.476951,-0.744472;STB=0.63605,0.99792;STBP=0.081,0.005;TYPE=del,snp;VARB=0.106969,0.0324139;OID=.,.;OPOS=120830821,120830822;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261,0.0869565:15,4:47:22,4:46:20:9,0:13,4:14:6:84:21:4,0:11,4:16:5 chr2 121043540 . A T 1145.53 PASS AF=0.43617;AO=123;DP=282;FAO=123;FDP=282;FR=.;FRO=159;FSAF=38;FSAR=85;FSRF=71;FSRR=88;FWDB=0.0320722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3908;QD=16.2486;RBI=0.0451293;REFB=0.00684345;REVB=0.0317495;RO=157;SAF=38;SAR=85;SRF=71;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157513;STB=0.584934;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0102134;OID=.;OPOS=121043540;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:157:159:123:123:0.43617:85:38:71:86:85:38:71:88 chr2 121106850 . C T 1250.19 PASS AF=0.454545;AO=130;DP=288;FAO=130;FDP=286;FR=.;FRO=156;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=61;FSRR=95;FWDB=0.00649889;FXX=0.0103803;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.047;QD=17.4852;RBI=0.00649965;REFB=1.76452e-05;REVB=-9.95338e-05;RO=149;SAF=67;SAR=63;SRF=60;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108859;STB=0.567604;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00012391;OID=.;OPOS=121106850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:286:149:156:130:130:0.454545:63:67:60:89:63:67:61:95 chr2 121107259 . G A 362.31 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00493128;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.714;QD=17.6738;RBI=0.00509745;REFB=0.00299383;REVB=0.00129091;RO=44;SAF=8;SAR=30;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166143;STB=0.59375;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00277101;OID=.;OPOS=121107259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:44:38:38:0.463415:30:8:15:29:30:8:15:29 chr2 121223274 . C T 4115.13 PASS AF=1;AO=262;DP=262;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138056;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.432;QD=62.5875;RBI=0.0145367;REFB=0;REVB=0.00455191;RO=0;SAF=120;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43252e-05;OID=.;OPOS=121223274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:262:263:0:0:262:263:1:142:120:0:0:142:121:0:0 chr2 121726447 . G A 1660.68 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0594115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.362;QD=59.31;RBI=0.0598715;REFB=-0.0116887;REVB=0.00740808;RO=1;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978793;STB=0.505154;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=9.4408e-05;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:48:63:0:1:48:63:0:1 chr2 121746956 . G T 1008.81 PASS AF=0.495192;AO=103;DP=211;FAO=103;FDP=208;FR=.;FRO=105;FSAF=27;FSAR=76;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=-0.000146517;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.055;QD=19.4002;RBI=0.0197924;REFB=0.00106267;REVB=-0.0197918;RO=103;SAF=27;SAR=76;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25557;STB=0.646845;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0019967;OID=.;OPOS=121746956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:208:103:105:103:103:0.495192:76:27:53:50:76:27:55:50 chr2 121747406 . G A 585.6 PASS AF=0.459259;AO=61;DP=134;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.00491707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.489;QD=17.351;RBI=0.010869;REFB=-0.0111645;REVB=0.00969312;RO=73;SAF=30;SAR=31;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160644;STB=0.592564;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00648462;OID=.;OPOS=121747406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:73:73:61:62:0.459259:31:30:24:49:31:31:24:49 chr2 121747429 . A G 739.36 PASS AF=0.487342;AO=77;DP=160;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=-0.00657833;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8714;QD=18.7179;RBI=0.050611;REFB=-0.0125197;REVB=-0.0501816;RO=81;SAF=39;SAR=38;SRF=28;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149426;STB=0.58226;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.014302;OID=.;OPOS=121747429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:81:81:77:77:0.487342:38:39:28:53:38:39:28:53 chr2 121747566 . T C 1482.31 PASS AF=0.429333;AO=153;DP=387;FAO=161;FDP=375;FR=.;FRO=214;FSAF=81;FSAR=80;FSRF=95;FSRR=119;FWDB=-0.0171276;FXX=0.0554142;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1458;QD=15.8113;RBI=0.0189526;REFB=-0.00799054;REVB=-0.0081145;RO=189;SAF=74;SAR=79;SRF=92;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00311047;STB=0.533755;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0195432;OID=.;OPOS=121747566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:375:189:214:153:161:0.429333:79:74:92:97:80:81:95:119 chr2 121749067 . G C 815.52 PASS AF=0.432692;AO=90;DP=208;FAO=90;FDP=208;FR=.;FRO=118;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=0.0111017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.065;QD=15.683;RBI=0.0115747;REFB=0.00327618;REVB=0.00327496;RO=118;SAF=52;SAR=38;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627521;STB=0.534972;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00360184;OID=.;OPOS=121749067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:118:118:90:90:0.432692:38:52:61:57:38:52:61:57 chr2 121948235 . C G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.365;QD=55.6526;RBI=0.00898361;REFB=0;REVB=-0.00806352;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0131e-05;OID=.;OPOS=121948235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr2 121948239 . A C 430.72 PASS AF=1;AO=16;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410491;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=139.091;QD=55.5769;RBI=0.00642228;REFB=0;REVB=0.00493918;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175904;OID=.;OPOS=121948239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:16:31:1:9:7:0:0:17:14:0:0 chr2 121948262 . A G 671.2 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0429228;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.457;QD=58.3649;RBI=0.0630555;REFB=0.126796;REVB=0.0461913;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.501991;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00103749;OID=.;OPOS=121948262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:46:1:2:44:44:0.956522:24:20:1:0:24:20:1:1 chr2 121980405 . TC CT,T 795.53 PASS AF=0.0175439,0.982456;AO=2,55;DP=57;FAO=1,56;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011803,0.00322766;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=4.40442,31.0831;QD=55.8264;RBI=0.0118377,0.0194299;REFB=0,0;REVB=-0.000905346,-0.0191599;RO=0;SAF=0,15;SAR=2,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.28425e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0330374,0.00100601;OID=.,.;OPOS=121980405,121980406;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:57:57:0:0:2,55:1,56:0.0175439,0.982456:2,40:0,15:0:0:1,41:0,15:0:0 chr2 121981950 . A G 434.2 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0105783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.724;QD=17.0274;RBI=0.0106162;REFB=0.00872046;REVB=-0.000896645;RO=55;SAF=32;SAR=15;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193916;STB=0.608532;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00880308;OID=.;OPOS=121981950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:15:32:27:28:15:32:27:28 chr2 121989489 . G A 984.01 PASS AF=0.379085;AO=116;DP=307;FAO=116;FDP=306;FR=.;FRO=190;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=76;FSRR=114;FWDB=0.0809066;FXX=0.0064933;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6841;QD=12.8629;RBI=0.0856304;REFB=0.0186263;REVB=-0.028048;RO=191;SAF=46;SAR=70;SRF=76;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0015607;STB=0.502234;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0320196;OID=.;OPOS=121989489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:306:191:190:116:116:0.379085:70:46:76:115:70:46:76:114 chr2 122096257 . C T 1132.7 PASS AF=0.446494;AO=120;DP=270;FAO=121;FDP=271;FR=.;FRO=150;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=66;FSRR=84;FWDB=-0.0133764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.307;QD=16.7188;RBI=0.0134262;REFB=-0.0222325;REVB=0.00115577;RO=150;SAF=60;SAR=60;SRF=66;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601343;STB=0.535473;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0271341;OID=.;OPOS=122096257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:150:150:120:121:0.446494:60:60:66:84:60:61:66:84 chr2 122098360 . G A 911.74 PASS AF=0.459716;AO=94;DP=208;FAO=97;FDP=211;FR=.;FRO=114;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=-0.00235274;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.943;QD=17.2843;RBI=0.037301;REFB=-0.00644855;REVB=0.0372268;RO=114;SAF=61;SAR=33;SRF=67;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648505;STB=0.523519;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00622196;OID=.;OPOS=122098360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:211:114:114:94:97:0.459716:33:61:67:47:36:61:67:47 chr2 122125400 . C T 222.04 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0398075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.984;QD=18.5035;RBI=0.0398077;REFB=-0.00756305;REVB=-0.000151222;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519593;STB=0.517226;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0087604;OID=.;OPOS=122125400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:12:10:10:15:12:10:11:15 chr2 122216419 . A G 957.96 PASS AF=0.516484;AO=94;DP=182;FAO=94;FDP=182;FR=.;FRO=88;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0415487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5004;QD=21.0541;RBI=0.0682269;REFB=0.0211584;REVB=0.0541167;RO=88;SAF=52;SAR=42;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870755;STB=0.547743;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0193375;OID=.;OPOS=122216419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:88:88:94:94:0.516484:42:52:40:48:42:52:40:48 chr2 122409207 . A G 1952.23 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.114;QD=61.9755;RBI=0.0567728;REFB=0;REVB=0.00318912;RO=0;SAF=61;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47705e-05;OID=.;OPOS=122409207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:65:61:0:0:65:61:0:0 chr2 122523531 . G A 403.8 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00279243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.746;QD=22.1262;RBI=0.00709598;REFB=-0.0106638;REVB=-0.00652344;RO=30;SAF=14;SAR=26;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696249;STB=0.564366;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00920111;OID=.;OPOS=122523531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:33:40:40:0.547945:26:14:13:17:26:14:16:17 chr2 125192068 . T C 1398.09 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976775;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.093;QD=62.8356;RBI=0.0606044;REFB=0;REVB=0.0598121;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126288;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:42:46:0:0:43:46:0:0 chr2 125746817 . A G 715.82 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103418;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9693;QD=57.2655;RBI=0.124815;REFB=0;REVB=0.0698828;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101044;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr2 127453664 . A C 351.34 PASS AF=0.354331;AO=21;DP=127;FAO=45;FDP=127;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0176247;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2408;QD=11.0658;RBI=0.0177581;REFB=-0.0431388;REVB=0.0021727;RO=75;SAF=14;SAR=7;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252145;STB=0.564836;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0765067;OID=.;OPOS=127453664;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:82:21:45:0.354331:7:14:35:40:29:16:37:45 chr2 128065066 . CT AC,C,TC 220.52 PASS AF=0,0.507143,0.0357143;AO=11,56,12;DP=162;FAO=0,71,5;FDP=140;FR=.;FRO=64;FSAF=0,20,0;FSAR=0,51,5;FSRF=17;FSRR=47;FWDB=-0.0275042,-0.125738,0.0821885;FXX=0.151506;HRUN=1,7,1;LEN=2,1,2;MLLD=93.4571,8.07241,28.1837;QD=6.30051;RBI=0.0275081,0.163764,0.0914114;REFB=-0.00147992,-0.0530554,-0.00901453;REVB=0.000460969,0.104921,-0.0400135;RO=51;SAF=0,27,0;SAR=11,29,12;SRF=11;SRR=40;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.648686,0.234645,-0.664696;STB=0.5,0.509485,0.996999;STBP=1,0.848,0.078;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.087132,0.063545;OID=.,.,.;OPOS=128065066,128065067,128065066;OREF=CT,T,CT;OALT=AC,-,TC;OMAPALT=AC,C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:162:140:51:64:11,56,12:0,71,5:0,0.507143,0.0357143:11,29,12:0,27,0:11:40:0,51,5:0,20,0:17:47 chr2 128180872 . G T 1740.09 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101588;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.549;QD=61.0558;RBI=0.0529384;REFB=0;REVB=0.0519545;RO=0;SAF=68;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28827e-05;OID=.;OPOS=128180872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:114:0:0:114:114:1:46:68:0:0:46:68:0:0 chr2 128186487 . G GC 81.37 PASS AF=0.164384;AO=31;DP=146;FAO=24;FDP=146;FR=.;FRO=122;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=78;FSRR=44;FWDB=0.00783368;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=173.467;QD=2.22927;RBI=0.0214728;REFB=0.000147483;REVB=-0.0199928;RO=112;SAF=10;SAR=21;SRF=72;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391023;STB=0.833257;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.00220511;OID=.;OPOS=128186488;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.164384:31:146:24:146:122:5:19:78:44:81:112:10:21:72:40 chr2 128238682 . T C 46.26 PASS AF=0.0660377;AO=8;DP=109;FAO=7;FDP=106;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=92;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=57;FSRR=35;FWDB=0.00564418;FXX=0.0363603;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.0149;QD=1.74559;RBI=0.174438;REFB=-0.0369573;REVB=-0.174346;RO=64;SAF=6;SAR=2;SRF=45;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686999;STB=0.59841;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.10653;OID=.;OPOS=128238682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:109:106:64:92:8:7:0.0660377:2:6:45:19:2:5:57:35 chr2 128321770 . G A 3289.7 PASS AF=1;AO=213;DP=214;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246785;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.797;QD=61.7784;RBI=0.0257757;REFB=-0.0675574;REVB=0.00744042;RO=1;SAF=89;SAR=124;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382675;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278677;OID=.;OPOS=128321770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:214:213:1:0:213:213:1:124:89:0:1:124:89:0:0 chr2 128400608 . C T 2132.86 PASS AF=0.949045;AO=150;DP=154;FAO=149;FDP=157;FR=.;FRO=8;FSAF=63;FSAR=86;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00852573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0446;QD=54.3404;RBI=0.0905436;REFB=0.021413;REVB=-0.0901413;RO=2;SAF=64;SAR=86;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146296;STB=0.516987;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00327955;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:154:157:2:8:150:149:0.949045:86:64:2:0:86:63:6:2 chr2 128460956 . G A 1187.58 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.616;QD=60.9015;RBI=0.0155298;REFB=0;REVB=-0.00440209;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54864e-06;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:43:32:0:0:43:35:0:0 chr2 128849114 . T C 3114.67 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.159;QD=61.6766;RBI=0.070377;REFB=0;REVB=0.0352492;RO=0;SAF=81;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00052e-05;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:202:0:0:195:202:1:114:81:0:0:116:86:0:0 chr2 128870808 . T C 1817.23 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193885;FXX=0.0245881;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.599;QD=61.0835;RBI=0.0274893;REFB=-0.0671323;REVB=0.0194871;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07396e-05;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:122:119:0:0:119:119:1:65:54:0:0:65:54:0:0 chr2 128878014 . G A 1384.71 PASS AF=0.957895;AO=89;DP=93;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0387795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4507;QD=58.3037;RBI=0.0843305;REFB=0.0583459;REVB=-0.0748851;RO=4;SAF=47;SAR=42;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00229376;STB=0.500695;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.0120807;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:95:4:4:89:91:0.957895:42:47:2:2:44:47:2:2 chr2 129023282 . G C 1849.08 PASS AF=0.933333;AO=126;DP=135;FAO=126;FDP=135;FR=.;FRO=9;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0304447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4984;QD=54.7875;RBI=0.0379381;REFB=-0.0693955;REVB=0.0226368;RO=9;SAF=66;SAR=60;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240936;STB=0.51271;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00492366;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:135:135:9:9:126:126:0.933333:60:66:3:6:60:66:3:6 chr2 129075877 . G T 242.97 PASS AF=0.305556;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0326719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.37;QD=8.99879;RBI=0.0388435;REFB=-0.00236222;REVB=-0.0210086;RO=74;SAF=12;SAR=21;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117251;STB=0.564872;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00631117;OID=.;OPOS=129075877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:74:75:33:33:0.305556:21:12:34:40:21:12:34:41 chr2 129075919 . G A 155.8 PASS AF=0.1875;AO=26;DP=143;FAO=27;FDP=144;FR=.;FRO=117;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=-0.0401586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1648;QD=4.32768;RBI=0.0466404;REFB=0.00297784;REVB=0.0237196;RO=117;SAF=7;SAR=19;SRF=64;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355629;STB=0.703553;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0145943;OID=.;OPOS=129075919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:117:117:26:27:0.1875:19:7:64:53:19:8:64:53 chr2 129075961 . T C 911.14 PASS AF=0.984375;AO=59;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=52;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306107;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6578;QD=56.9462;RBI=0.0434259;REFB=-0.0678715;REVB=0.0308025;RO=0;SAF=48;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50476;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00064232;OID=.;OPOS=129075961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:59:63:0.984375:11:48:0:0:11:52:1:0 chr2 130738163 . G A 333.29 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=92;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0118598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.65;QD=14.3352;RBI=0.0123077;REFB=0.00371391;REVB=0.00329024;RO=56;SAF=12;SAR=24;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109415;STB=0.549478;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00558944;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:56:56:36:37:0.397849:24:12:24:32:24:13:24:32 chr2 130739444 . TGAAGACGGAAGACGGAAGA TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC 287.03 PASS AF=0.42029,0.057971;AO=24,5;DP=69;FAO=29,4;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=7,0;FSAR=22,4;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00449931,0.0037715;FXX=0.0142837;HRUN=1,1;LEN=7,2;MLLD=270.423,438.228;QD=16.6393;RBI=0.00492074,0.00895121;REFB=0.0016391,0.000620131;REVB=0.00199245,-0.00811788;RO=32;SAF=6,1;SAR=18,4;SRF=12;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.151482,-0.237995;STB=0.599926,0.996765;STBP=0.203,0.055;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00429821,0.00679229;OID=.,.;OPOS=130739445,130739462;OREF=GAAGACG,GA;OALT=-,AC;OMAPALT=TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42029,0.057971:24,5:69:29,4:69:36:7,0:22,4:14:22:99:32:6,1:18,4:12:20 chr2 130739891 . T A 546.15 PASS AF=0.430657;AO=52;DP=131;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.00248692;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.84;QD=15.9461;RBI=0.0058515;REFB=-0.0132387;REVB=-0.00529672;RO=79;SAF=26;SAR=26;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128643;STB=0.570347;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0190252;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:137:79:78:52:59:0.430657:26:26:30:49:29:30:30:48 chr2 130832531 . A G 78.34 PASS AF=0.175;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0471834;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.08;QD=3.91708;RBI=0.0473868;REFB=-0.00814792;REVB=0.00438663;RO=67;SAF=7;SAR=7;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467816;STB=0.524964;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0275513;OID=.;OPOS=130832531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:81:80:67:66:14:14:0.175:7:7:31:36:7:7:31:35 chr2 130866805 . C G 176.43 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0233963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.165;QD=8.40147;RBI=0.0329022;REFB=0.00465035;REVB=0.0231337;RO=60;SAF=11;SAR=13;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109462;STB=0.565163;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0118017;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:60:24:24:0.285714:13:11:33:27:13:11:33:27 chr2 130897218 . T C 750.35 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0307189;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.834;QD=21.9079;RBI=0.0329332;REFB=-0.0125185;REVB=0.0118719;RO=63;SAF=36;SAR=36;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472974;STB=0.518243;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0116843;OID=.;OPOS=130897218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:63:65:72:72:0.525547:36:36:28:35:36:36:30:35 chr2 130912720 . G A 78.32 PASS AF=0.0919118;AO=25;DP=272;FAO=25;FDP=272;FR=.;FRO=247;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=116;FSRR=131;FWDB=0.0129285;FXX=0.00366287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.806;QD=1.15181;RBI=0.0136003;REFB=0.0015815;REVB=-0.00422146;RO=247;SAF=13;SAR=12;SRF=116;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598611;STB=0.545605;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0161192;OID=.;OPOS=130912720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:272:272:247:247:25:25:0.0919118:12:13:116:131:12:13:116:131 chr2 130912778 . A G 99.27 PASS AF=0.104869;AO=29;DP=260;FAO=28;FDP=267;FR=.;FRO=239;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=117;FSRR=122;FWDB=-0.101157;FXX=0.00743467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7698;QD=1.48716;RBI=0.113099;REFB=0.00283095;REVB=-0.050583;RO=231;SAF=17;SAR=12;SRF=116;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104314;STB=0.57321;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0306963;OID=.;OPOS=130912778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:267:231:239:29:28:0.104869:12:17:116:115:12:16:117:122 chr2 130912789 . A C 65.74 PASS AF=0.0859375;AO=22;DP=256;FAO=22;FDP=256;FR=.;FRO=234;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=114;FSRR=120;FWDB=-0.037599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2492;QD=1.02722;RBI=0.114641;REFB=-0.000654566;REVB=0.1083;RO=234;SAF=15;SAR=7;SRF=114;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227603;STB=0.678256;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00995486;OID=.;OPOS=130912789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:256:256:234:234:22:22:0.0859375:7:15:114:120:7:15:114:120 chr2 130949411 . G T 740.7 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.782;QD=56.9769;RBI=0.0643797;REFB=0;REVB=0.0641292;RO=0;SAF=5;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220103;OID=.;OPOS=130949411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:47:52:1:42:5:0:0:47:5:0:0 chr2 130951548 . G A 3083.34 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151524;FXX=0.00985173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.309;QD=61.36;RBI=0.0321244;REFB=-0.0544023;REVB=0.0283264;RO=1;SAF=122;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00599087;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344518;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:201:1:0:201:201:1:79:122:0:1:79:122:0:0 chr2 130951566 . G A 3408.01 PASS AF=0.991031;AO=220;DP=223;FAO=221;FDP=223;FR=.;FRO=2;FSAF=143;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00691939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.709;QD=61.1303;RBI=0.0163558;REFB=-0.0310346;REVB=0.0148201;RO=2;SAF=143;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006617;STB=0.503472;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000150637;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:223:223:2:2:220:221:0.991031:77:143:2:0:78:143:2:0 chr2 131221170 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.079;QD=39.2068;RBI=0.058518;REFB=0;REVB=0.0582853;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161543;OID=.;OPOS=131221170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr2 131258139 . G A 240.74 PASS AF=0.192825;AO=43;DP=223;FAO=43;FDP=223;FR=.;FRO=180;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=127;FSRR=53;FWDB=-0.0466779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8062;QD=4.31814;RBI=0.0868612;REFB=-0.00713965;REVB=-0.0732533;RO=171;SAF=33;SAR=10;SRF=124;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717733;STB=0.565067;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0347228;OID=.;OPOS=131258139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:171:180:43:43:0.192825:10:33:124:47:10:33:127:53 chr2 131266530 . C A 1058.62 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527075;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.354;QD=58.812;RBI=0.0613531;REFB=-0.11698;REVB=0.0314027;RO=1;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829341;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:72:1:0:71:72:1:42:29:0:1:43:29:0:0 chr2 131414158 . C A 320.42 PASS AF=0.291667;AO=41;DP=144;FAO=42;FDP=144;FR=.;FRO=102;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.0245645;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.481;QD=8.90047;RBI=0.0281478;REFB=-0.0126069;REVB=-0.0137434;RO=102;SAF=23;SAR=18;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740964;STB=0.550874;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.029057;OID=.;OPOS=131414158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:102:102:41:42:0.291667:18:23:51:51:18:24:51:51 chr2 131414176 . C T 466.76 PASS AF=0.372549;AO=56;DP=152;FAO=57;FDP=153;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.0694266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0469;QD=12.203;RBI=0.122974;REFB=-0.0242175;REVB=-0.101501;RO=92;SAF=27;SAR=29;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552507;STB=0.525089;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0375743;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:92:96:56:57:0.372549:29:27:49:43:29:28:51:45 chr2 131414338 . G A 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.0253413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.184;QD=7.32765;RBI=0.0283271;REFB=0.00167633;REVB=0.0126587;RO=21;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044474;STB=0.528228;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0100018;OID=.;OPOS=131414338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:7:1:3:18:7:1:3:18 chr2 131487673 . A C 2448.93 PASS AF=0.993789;AO=161;DP=163;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00933683;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.039;QD=60.8429;RBI=0.0104768;REFB=0.109606;REVB=0.00475258;RO=0;SAF=97;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503937;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00029833;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:161:0:1:161:160:0.993789:64:97:0:0:63:97:0:1 chr2 131487698 . G A 1240.43 PASS AF=0.580311;AO=112;DP=193;FAO=112;FDP=193;FR=.;FRO=81;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0111144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.308;QD=25.7085;RBI=0.0198911;REFB=-0.00939923;REVB=0.0164963;RO=81;SAF=63;SAR=49;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630708;STB=0.53424;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00790622;OID=.;OPOS=131487698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:81:81:112:112:0.580311:49:63:39:42:49:63:39:42 chr2 131520663 . T C 3616.97 PASS AF=1;AO=219;DP=223;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090172;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.86;QD=62.3615;RBI=0.0250275;REFB=0;REVB=0.0233467;RO=0;SAF=106;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04882e-05;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:223:232:0:0:219:232:1:113:106:0:0:118:114:0:0 chr2 131524230 . T C 191.22 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.683;QD=47.8037;RBI=0.107685;REFB=0;REVB=0.107536;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043333;OID=.;OPOS=131524230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr2 131672950 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=327.822;QD=63.2868;RBI=0.0874471;REFB=0;REVB=0.0379698;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131145;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr2 131673223 . C T 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0436153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.135;QD=15.7734;RBI=0.0437088;REFB=-0.00195928;REVB=-0.00285737;RO=32;SAF=8;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150594;STB=0.578886;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00170893;OID=.;OPOS=131673223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:19:8:14:18:19:8:14:19 chr2 131673316 . C T 67.29 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.000929983;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.36;QD=12.8173;RBI=0.0198908;REFB=-0.0173839;REVB=-0.0198691;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241623;STB=0.599771;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0186139;OID=.;OPOS=131673316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:22:21:10:12:9:9:0.428571:3:6:4:6:3:6:6:6 chr2 131673528 . C G 857.77 PASS AF=0.392857;AO=99;DP=252;FAO=99;FDP=252;FR=.;FRO=153;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=72;FSRR=81;FWDB=0.00527373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9897;QD=13.6154;RBI=0.0675855;REFB=-0.00712971;REVB=0.0673794;RO=152;SAF=50;SAR=49;SRF=72;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338069;STB=0.520913;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0107376;OID=.;OPOS=131673528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:152:153:99:99:0.392857:49:50:72:80:49:50:72:81 chr2 131674285 . A G 741.82 PASS AF=0.402844;AO=83;DP=208;FAO=85;FDP=211;FR=.;FRO=126;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=-0.00955954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.099;QD=14.063;RBI=0.0349532;REFB=-0.00878903;REVB=0.0336205;RO=125;SAF=34;SAR=49;SRF=60;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765151;STB=0.551245;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0123827;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:211:125:126:83:85:0.402844:49:34:60:65:51:34:61:65 chr2 131674471 . C T 837.33 PASS AF=0.521739;AO=84;DP=164;FAO=84;FDP=161;FR=.;FRO=77;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=19;FWDB=0.00476775;FXX=0.0182916;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.217;QD=20.8031;RBI=0.0244434;REFB=-0.0216087;REVB=0.0239739;RO=77;SAF=53;SAR=31;SRF=58;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118914;STB=0.564917;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0224997;OID=.;OPOS=131674471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:161:77:77:84:84:0.521739:31:53:58:19:31:53:58:19 chr2 131688587 . G A 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0270812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.898;QD=21.8984;RBI=0.0271381;REFB=0.00372129;REVB=0.00175696;RO=25;SAF=10;SAR=23;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152101;STB=0.594991;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00287881;OID=.;OPOS=131688587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:33:33:0.559322:23:10:12:13:23:10:13:13 chr2 131888267 . A G 755.86 PASS AF=0.457143;AO=80;DP=175;FAO=80;FDP=175;FR=.;FRO=95;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=67;FSRR=28;FWDB=0.016111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3932;QD=17.2768;RBI=0.0520467;REFB=0.0078552;REVB=0.0494904;RO=92;SAF=49;SAR=31;SRF=65;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982959;STB=0.554326;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0145782;OID=.;OPOS=131888267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:92:95:80:80:0.457143:31:49:65:27:31:49:67:28 chr2 131888361 . ATTTTT ATTTTA,ATT,ATTT 199.57 PASS AF=0.205128,0,0.794872;AO=2,5,16;DP=43;FAO=8,0,31;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,29;FSAR=8,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500245,-0.238649,-0.429585;FXX=0.113611;HRUN=14,14,14;LEN=1,3,2;MLLD=173.932,9.82049,6.41888;QD=20.4682;RBI=0.0505877,0.239517,0.432754;REFB=0.0196332,0.0758124,0.0890722;REVB=0.00752745,-0.0203739,-0.0522747;RO=2;SAF=0,4,15;SAR=2,1,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.727176,-0.171367,-0.0572014;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0724057,-0.0382227,-0.0808044;OID=.,.,.;OPOS=131888366,131888362,131888362;OREF=T,TTT,TT;OALT=A,-,-;OMAPALT=ATTTTA,ATT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.205128,0,0.794872:2,5,16:43:8,0,31:39:0:0,0,29:8,0,2:0:0:43:2:0,4,15:2,1,1:2:0 chr2 132137239 . C T 2915.84 PASS AF=0.994737;AO=183;DP=186;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=104;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00346371;FXX=0.0155432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.671;QD=61.3861;RBI=0.0395529;REFB=0.0643568;REVB=0.039401;RO=1;SAF=102;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464511;STB=0.502392;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=4.10319e-05;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:190:1:1:183:189:0.994737:81:102:1:0:85:104:1:0 chr2 132140090 . A C 4137.29 PASS AF=0.968531;AO=272;DP=286;FAO=277;FDP=286;FR=.;FRO=9;FSAF=157;FSAR=120;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0175361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4446;QD=57.8642;RBI=0.111074;REFB=-0.222552;REVB=0.109681;RO=6;SAF=156;SAR=116;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170575;STB=0.511007;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00596544;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:286:286:6:9:272:277:0.968531:116:156:1:5:120:157:2:7 chr2 132140200 . C A,G 5180.15 PASS AF=0.927577,0.0445682;AO=333,16;DP=359;FAO=333,16;FDP=359;FR=.;FRO=10;FSAF=151,15;FSAR=182,1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00212414,-0.00444905;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=233.236,153.677;QD=57.7176;RBI=0.0100843,0.0114575;REFB=-0.0183469,0.00662873;REVB=0.00985805,0.0105584;RO=6;SAF=151,15;SAR=182,1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00725417,0.355491;STB=0.504306,0.780775;STBP=0.37,0.015;TYPE=snp,snp;VARB=1.21226e-05,0.12001;OID=.,.;OPOS=132140200,132140200;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:359:359:6:10:333,16:333,16:0.927577,0.0445682:182,1:151,15:4:2:182,1:151,15:6:4 chr2 132141767 . A G 1989.62 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.291;QD=62.1756;RBI=0.0262404;REFB=0;REVB=0.0136173;RO=0;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0032e-05;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:66:62:0:0:66:62:0:0 chr2 132200256 . T C 267.99 PASS AF=0.310345;AO=36;DP=117;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.00431909;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.781;QD=9.2411;RBI=0.041781;REFB=-0.00782407;REVB=-0.0415572;RO=81;SAF=13;SAR=23;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581059;STB=0.528585;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0184951;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:81:80:36:36:0.310345:23:13:33:48:23:13:32:48 chr2 132200307 . G A 351.53 PASS AF=0.306667;AO=46;DP=151;FAO=46;FDP=150;FR=.;FRO=104;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=66;FWDB=-0.0282313;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.522;QD=9.374;RBI=0.0283352;REFB=-0.0214484;REVB=-0.00242396;RO=100;SAF=16;SAR=30;SRF=36;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015717;STB=0.513302;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0495813;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:100:104:46:46:0.306667:30:16:36:64:30:16:38:66 chr2 132200345 . C T 654.2 PASS AF=0.414773;AO=72;DP=175;FAO=73;FDP=176;FR=.;FRO=103;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=60;FWDB=-0.00429872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.723;QD=14.8681;RBI=0.00522284;REFB=-0.0363949;REVB=-0.00296631;RO=103;SAF=27;SAR=45;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468618;STB=0.520777;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0487263;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:103:103:72:73:0.414773:45:27:43:60:45:28:43:60 chr2 132200529 . A G 217.66 PASS AF=0.230769;AO=33;DP=140;FAO=33;FDP=143;FR=.;FRO=110;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=-0.0717;FXX=0.0137922;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9386;QD=6.08849;RBI=0.132848;REFB=0.000354578;REVB=-0.111838;RO=107;SAF=16;SAR=17;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338681;STB=0.52335;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00467545;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:107:110:33:33:0.230769:17:16:49:58:17:16:50:60 chr2 132200935 . C T 54.75 PASS AF=0.118812;AO=12;DP=101;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.00651648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.239;QD=2.16823;RBI=0.00821688;REFB=-0.00563842;REVB=0.00500526;RO=88;SAF=6;SAR=6;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833333;STB=0.554366;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0300428;OID=.;OPOS=132200935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:101:101:88:89:12:12:0.118812:6:6:38:50:6:6:39:50 chr2 132201288 . A G 185.78 PASS AF=0.20979;AO=30;DP=143;FAO=30;FDP=143;FR=.;FRO=113;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=-0.0188443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.783;QD=5.19661;RBI=0.0256377;REFB=-0.000712919;REVB=-0.0173835;RO=112;SAF=17;SAR=13;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174009;STB=0.603993;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00236882;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:112:113:30:30:0.20979:13:17:48:64:13:17:49:64 chr2 132201468 . G A 924.18 PASS AF=0.452055;AO=99;DP=218;FAO=99;FDP=219;FR=.;FRO=120;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=-0.0385923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5566;QD=16.8799;RBI=0.0404706;REFB=0.0027653;REVB=0.0121861;RO=117;SAF=50;SAR=49;SRF=55;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341975;STB=0.525583;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00327785;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:117:120:99:99:0.452055:49:50:55:62:49:50:55:65 chr2 132201582 . A G 1251.66 PASS AF=0.530702;AO=121;DP=228;FAO=121;FDP=228;FR=.;FRO=107;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=0.0521331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8221;QD=21.9589;RBI=0.0545375;REFB=-0.0127141;REVB=-0.0160148;RO=107;SAF=55;SAR=66;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190989;STB=0.510432;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0138301;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:107:107:121:121:0.530702:66:55:51:56:66:55:51:56 chr2 132201663 . T C 1050.44 PASS AF=0.52;AO=104;DP=201;FAO=104;FDP=200;FR=.;FRO=96;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.0162029;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.421;QD=21.0088;RBI=0.0196073;REFB=-0.0306408;REVB=-0.0110415;RO=97;SAF=47;SAR=57;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168662;STB=0.51206;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0252345;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:97:96:104:104:0.52:57:47:42:55:57:47:41:55 chr2 132201718 . T C 747.01 PASS AF=0.493243;AO=72;DP=147;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.00657673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.162;QD=20.1893;RBI=0.0136268;REFB=-0.00841809;REVB=-0.0119347;RO=72;SAF=36;SAR=36;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252029;STB=0.513425;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00860101;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:72:75:72:73:0.493243:36:36:34:38:37:36:35:40 chr2 132201736 . C G 650.93 PASS AF=0.463576;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=151;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.00382712;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8658;QD=17.2432;RBI=0.0233402;REFB=-0.015787;REVB=-0.0230243;RO=81;SAF=31;SAR=39;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495984;STB=0.534135;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0337875;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:81:81:70:70:0.463576:39:31:40:41:39:31:41:40 chr2 132201862 . C G 1018.22 PASS AF=0.420074;AO=113;DP=269;FAO=113;FDP=269;FR=.;FRO=156;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=68;FSRR=88;FWDB=0.0370553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.586;QD=15.1409;RBI=0.0414007;REFB=0.00230559;REVB=0.0184641;RO=156;SAF=67;SAR=46;SRF=68;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163372;STB=0.591108;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0050205;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:156:156:113:113:0.420074:46:67:68:88:46:67:68:88 chr2 132201889 . C A 1030.47 PASS AF=0.420664;AO=112;DP=270;FAO=114;FDP=271;FR=.;FRO=157;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=65;FSRR=92;FWDB=0.0225549;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5247;QD=15.2099;RBI=0.0341248;REFB=-0.0137469;REVB=0.0256082;RO=153;SAF=67;SAR=45;SRF=65;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179454;STB=0.605323;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0220426;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:153:157:112:114:0.420664:45:67:65:88:46:68:65:92 chr2 132201930 . T C 748.84 PASS AF=0.4;AO=86;DP=215;FAO=86;FDP=215;FR=.;FRO=129;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=80;FWDB=-0.0214789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3713;QD=13.9319;RBI=0.0215455;REFB=-0.0023616;REVB=0.00169278;RO=128;SAF=53;SAR=33;SRF=48;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254237;STB=0.64016;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00370401;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:128:129:86:86:0.4:33:53:48:80:33:53:49:80 chr2 132229720 . T C 132.64 PASS AF=0.198276;AO=23;DP=116;FAO=23;FDP=116;FR=.;FRO=93;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.0745199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.62;QD=4.57361;RBI=0.0745222;REFB=-0.00211617;REVB=-0.000583069;RO=93;SAF=11;SAR=12;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479884;STB=0.530311;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00923885;OID=.;OPOS=132229720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:93:93:23:23:0.198276:12:11:48:45:12:11:48:45 chr2 132237983 . A G 48.19 PASS AF=0.0725191;AO=18;DP=262;FAO=19;FDP=262;FR=.;FRO=243;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=141;FSRR=102;FWDB=0.016684;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.163;QD=0.735703;RBI=0.0357804;REFB=-0.00393326;REVB=-0.0316525;RO=234;SAF=12;SAR=6;SRF=140;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801603;STB=0.60298;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0558417;OID=.;OPOS=132237983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:262:262:234:243:18:19:0.0725191:6:12:140:94:6:13:141:102 chr2 132248379 . T G 812.38 PASS AF=0.436275;AO=91;DP=204;FAO=89;FDP=204;FR=.;FRO=115;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=69;FWDB=-0.0269378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.017;QD=15.9291;RBI=0.0290527;REFB=-0.0215266;REVB=-0.0108818;RO=112;SAF=49;SAR=42;SRF=44;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143958;STB=0.571835;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.019502;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:112:115:91:89:0.436275:42:49:44:68:42:47:46:69 chr2 132248584 . T C 992.12 PASS AF=0.888889;AO=65;DP=81;FAO=72;FDP=81;FR=.;FRO=9;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0112368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4905;QD=48.9935;RBI=0.0593495;REFB=-0.0299064;REVB=-0.0582761;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.525133;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0120918;OID=.;OPOS=132248584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:0:9:65:72:0.888889:39:26:0:0:40:32:2:7 chr2 132249600 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0375425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.401;QD=18.967;RBI=0.063828;REFB=-0.0102437;REVB=0.0516195;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124505;STB=0.570758;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0103614;OID=.;OPOS=132249600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:15:7:11:14:15:7:11:14 chr2 132266142 . G C 1040.45 PASS AF=0.393443;AO=119;DP=306;FAO=120;FDP=305;FR=.;FRO=185;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=93;FSRR=92;FWDB=-0.0231237;FXX=0.00973994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.554;QD=13.6453;RBI=0.024138;REFB=-0.00345612;REVB=-0.00692366;RO=178;SAF=59;SAR=60;SRF=92;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225251;STB=0.506693;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00530397;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:305:178:185:119:120:0.393443:60:59:92:86:61:59:93:92 chr2 132274474 . G A 2024.85 PASS AF=0.532609;AO=195;DP=368;FAO=196;FDP=368;FR=.;FRO=172;FSAF=100;FSAR=96;FSRF=79;FSRR=93;FWDB=0.0346049;FXX=0.00270995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.795;QD=22.0093;RBI=0.034938;REFB=-0.013139;REVB=-0.00481309;RO=170;SAF=99;SAR=96;SRF=78;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417752;STB=0.523775;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0129679;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:368:170:172:195:196:0.532609:96:99:78:92:96:100:79:93 chr2 132275343 . G T 979.3 PASS AF=0.593548;AO=92;DP=154;FAO=92;FDP=155;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0433917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1745;QD=25.2722;RBI=0.0502206;REFB=-0.00799207;REVB=0.0252837;RO=58;SAF=43;SAR=49;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233441;STB=0.503589;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00545403;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:58:63:92:92:0.593548:49:43:29:29:49:43:30:33 chr2 132275366 . A G 349.93 PASS AF=0.303226;AO=48;DP=155;FAO=47;FDP=155;FR=.;FRO=108;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=65;FWDB=-0.0122595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.838;QD=9.03033;RBI=0.0739838;REFB=-0.0160532;REVB=-0.072961;RO=105;SAF=19;SAR=29;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168286;STB=0.504423;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0402829;OID=.;OPOS=132275366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:105:108:48:47:0.303226:29:19:43:62:28:19:43:65 chr2 132275384 . T C 303.59 PASS AF=0.29078;AO=41;DP=141;FAO=41;FDP=141;FR=.;FRO=100;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=64;FWDB=-0.0520629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.368;QD=8.61243;RBI=0.0666246;REFB=-0.00588645;REVB=-0.0415727;RO=100;SAF=14;SAR=27;SRF=36;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245931;STB=0.514475;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00963993;OID=.;OPOS=132275384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:100:100:41:41:0.29078:27:14:36:64:27:14:36:64 chr2 132275396 . T C 2140.07 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.007;QD=62.9432;RBI=0.0220013;REFB=0;REVB=0.0214905;RO=0;SAF=47;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75576e-05;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:89:47:0:0:89:47:0:0 chr2 132275403 . C A 191.86 PASS AF=0.229008;AO=30;DP=131;FAO=30;FDP=131;FR=.;FRO=101;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=64;FWDB=0.000939663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.466;QD=5.85829;RBI=0.0147803;REFB=-0.00687969;REVB=0.0147504;RO=100;SAF=12;SAR=18;SRF=36;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053211;STB=0.527313;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0178605;OID=.;OPOS=132275403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:100:101:30:30:0.229008:18:12:36:64:18:12:37:64 chr2 132277686 . C T 272.74 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0420889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3435;QD=14.9447;RBI=0.0469728;REFB=-0.00658889;REVB=-0.0208559;RO=42;SAF=20;SAR=10;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105301;STB=0.545083;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00594499;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:30:31:0.424658:10:20:24:18:11:20:24:18 chr2 132277962 . T C 564.88 PASS AF=0.388235;AO=65;DP=169;FAO=66;FDP=170;FR=.;FRO=104;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=-0.0418961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5147;QD=13.2912;RBI=0.0420317;REFB=0.00349124;REVB=-0.00337266;RO=100;SAF=23;SAR=42;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644571;STB=0.53845;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00747674;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:100:104:65:66:0.388235:42:23:41:59:42:24:44:60 chr2 132277984 . G A 544.11 PASS AF=0.41844;AO=58;DP=140;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.0434093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.892;QD=15.4359;RBI=0.0434312;REFB=-2.66158e-05;REVB=0.00138057;RO=82;SAF=18;SAR=40;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133208;STB=0.56646;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=8.45058e-05;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:82:82:58:59:0.41844:40:18:35:47:40:19:35:47 chr2 132286046 . A G 98.57 PASS AF=0.270833;AO=12;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00967212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.231;QD=8.21396;RBI=0.00997749;REFB=-0.00889922;REVB=-0.00244954;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141023;STB=0.545386;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0191553;OID=.;OPOS=132286046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:48:48:34:35:12:13:0.270833:6:6:13:21:7:6:14:21 chr2 132286061 . A G 101.85 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0069365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7365;QD=8.8562;RBI=0.0165745;REFB=-0.00414362;REVB=0.0150532;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442909;STB=0.526986;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0133082;OID=.;OPOS=132286061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:7:6:14:19:7:6:14:19 chr2 132287569 . G A 735.02 PASS AF=0.496552;AO=71;DP=145;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.00580931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.707;QD=20.2764;RBI=0.0494014;REFB=0.0156942;REVB=0.0490587;RO=73;SAF=38;SAR=33;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175919;STB=0.592596;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0145588;OID=.;OPOS=132287569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:73:73:71:72:0.496552:33:38:25:48:34:38:25:48 chr2 132287824 . C T 965.54 PASS AF=0.553571;AO=72;DP=161;FAO=93;FDP=168;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=50;FSRR=25;FWDB=-0.0061421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.486;QD=22.9891;RBI=0.0357637;REFB=-0.0215215;REVB=0.0352323;RO=50;SAF=40;SAR=32;SRF=43;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240695;STB=0.590457;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0145014;OID=.;OPOS=132287824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:168:50:75:72:93:0.553571:32:40:43:7:50:43:50:25 chr2 132905758 . C T 116.76 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00247752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.646;QD=12.2905;RBI=0.00635808;REFB=-0.00275001;REVB=-0.00585552;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592718;STB=0.534835;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00549595;OID=.;OPOS=132905758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:6:8:15:9:6:8:15:9 chr2 132909843 . T C 1385.29 PASS AF=0.487719;AO=139;DP=285;FAO=139;FDP=285;FR=.;FRO=146;FSAF=87;FSAR=52;FSRF=65;FSRR=81;FWDB=0.00273522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.541;QD=19.4427;RBI=0.00501758;REFB=-0.00189349;REVB=0.00420651;RO=145;SAF=87;SAR=52;SRF=65;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167854;STB=0.594133;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00175258;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:145:146:139:139:0.487719:52:87:65:80:52:87:65:81 chr2 133011929 . C T 307.2 PASS AF=0.345133;AO=39;DP=114;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0714616;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3785;QD=10.8742;RBI=0.0740725;REFB=-0.0129572;REVB=0.0194931;RO=75;SAF=10;SAR=29;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293121;STB=0.673658;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0251237;OID=.;OPOS=133011929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:75:74:39:39:0.345133:29:10:37:38:29:10:37:37 chr2 133011933 . G A 158.43 PASS AF=0.216667;AO=26;DP=120;FAO=26;FDP=120;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.00819499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7795;QD=5.28087;RBI=0.0131002;REFB=0.00388775;REVB=-0.0102204;RO=92;SAF=10;SAR=16;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653597;STB=0.533307;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.0275059;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:92:94:26:26:0.216667:16:10:40:52:16:10:40:54 chr2 133011947 . C G 303.42 PASS AF=0.317073;AO=39;DP=132;FAO=39;FDP=123;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0253817;FXX=0.0681767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1113;QD=9.86729;RBI=0.0406932;REFB=0.00417682;REVB=0.0318073;RO=85;SAF=8;SAR=31;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330951;STB=0.705453;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0117719;OID=.;OPOS=133011947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:123:85:84:39:39:0.317073:31:8:38:47:31:8:39:45 chr2 133011953 . T C 330.6 PASS AF=0.333333;AO=46;DP=123;FAO=42;FDP=126;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.0513643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6028;QD=10.4953;RBI=0.0923477;REFB=0.021851;REVB=-0.0767451;RO=77;SAF=15;SAR=31;SRF=24;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181482;STB=0.576118;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0459998;OID=.;OPOS=133011953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:77:84:46:42:0.333333:31:15:24:53:31:11:30:54 chr2 133011994 . T C 279.9 PASS AF=0.254545;AO=41;DP=164;FAO=42;FDP=165;FR=.;FRO=123;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.0124293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.788;QD=6.7855;RBI=0.0143417;REFB=-0.00518425;REVB=0.0071551;RO=123;SAF=11;SAR=30;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233451;STB=0.624938;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0185789;OID=.;OPOS=133011994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:123:123:41:42:0.254545:30:11:54:69:30:12:54:69 chr2 133012005 . C T 241.19 PASS AF=0.221591;AO=39;DP=176;FAO=39;FDP=176;FR=.;FRO=137;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=82;FWDB=-0.0146534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.876;QD=5.48164;RBI=0.0147843;REFB=-0.00646999;REVB=0.00196318;RO=136;SAF=17;SAR=22;SRF=54;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506106;STB=0.527432;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0310134;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:136:137:39:39:0.221591:22:17:54:82:22:17:55:82 chr2 133012007 . T C 306.81 PASS AF=0.261628;AO=44;DP=167;FAO=45;FDP=172;FR=.;FRO=127;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=71;FWDB=-0.0258591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.892;QD=7.1351;RBI=0.0535919;REFB=-0.00548588;REVB=-0.0469404;RO=121;SAF=17;SAR=27;SRF=52;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554913;STB=0.548409;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0236017;OID=.;OPOS=133012007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:172:121:127:44:45:0.261628:27:17:52:69:28:17:56:71 chr2 133012011 . G A 79.52 PASS AF=0.114943;AO=20;DP=174;FAO=20;FDP=174;FR=.;FRO=154;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=69;FSRR=85;FWDB=-0.0198658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3156;QD=1.82798;RBI=0.0215206;REFB=-0.000375727;REVB=0.00827577;RO=152;SAF=7;SAR=13;SRF=68;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124133;STB=0.590111;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00374523;OID=.;OPOS=133012011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:174:174:152:154:20:20:0.114943:13:7:68:84:13:7:69:85 chr2 133012012 . C A 194.33 PASS AF=0.196532;AO=34;DP=173;FAO=34;FDP=173;FR=.;FRO=139;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=60;FSRR=79;FWDB=0.00189504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.294;QD=4.49306;RBI=0.0418467;REFB=-0.00963741;REVB=0.0418038;RO=139;SAF=16;SAR=18;SRF=60;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502748;STB=0.531488;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0260303;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:139:139:34:34:0.196532:18:16:60:79:18:16:60:79 chr2 133012019 . A C 169.76 PASS AF=0.184524;AO=32;DP=168;FAO=31;FDP=168;FR=.;FRO=137;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=64;FSRR=73;FWDB=-0.0211699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.246;QD=4.04198;RBI=0.0256901;REFB=-0.000578584;REVB=-0.014554;RO=136;SAF=9;SAR=23;SRF=64;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254954;STB=0.652478;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00631941;OID=.;OPOS=133012019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:136:137:32:31:0.184524:23:9:64:72:22:9:64:73 chr2 133012022 . G A 193.09 PASS AF=0.203704;AO=33;DP=156;FAO=33;FDP=162;FR=.;FRO=129;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=-0.0384099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.498;QD=4.76771;RBI=0.038412;REFB=-0.00743542;REVB=-0.000403976;RO=123;SAF=15;SAR=18;SRF=53;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304696;STB=0.516449;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0251297;OID=.;OPOS=133012022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:162:123:129:33:33:0.203704:18:15:53:70:18:15:56:73 chr2 133012026 . T C 93.95 PASS AF=0.13125;AO=21;DP=160;FAO=21;FDP=160;FR=.;FRO=139;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=-0.0164522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.3;QD=2.34879;RBI=0.0164535;REFB=-0.0013694;REVB=-0.000208915;RO=139;SAF=7;SAR=14;SRF=62;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147009;STB=0.60252;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0118113;OID=.;OPOS=133012026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:160:160:139:139:21:21:0.13125:14:7:62:77:14:7:62:77 chr2 133012032 . A G 105.75 PASS AF=0.142857;AO=41;DP=154;FAO=22;FDP=154;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=72;FWDB=-0.0140092;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.438;QD=2.74687;RBI=0.0151353;REFB=-0.000447915;REVB=-0.00572901;RO=104;SAF=15;SAR=26;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120149;STB=0.622562;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00707075;OID=.;OPOS=133012032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:104:132:41:22:0.142857:26:15:48:56:15:7:60:72 chr2 133012034 . C CG,G 591.01 PASS AF=0.345324,0.223022;AO=35,37;DP=152;FAO=48,31;FDP=139;FR=.;FRO=60;FSAF=21,14;FSAR=27,17;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0770632,0.0149681;FXX=0.0479419;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=12.9706,178.213;QD=17.0074;RBI=0.286809,0.0523262;REFB=0.00458879,-0.020684;REVB=0.276262,0.0501396;RO=75;SAF=16,16;SAR=19,21;SRF=33;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0202437,-0.00888903;STB=0.52569,0.521013;STBP=0.663,0.809;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0730904,0.134124;OID=.,.;OPOS=133012035,133012034;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:139:75:60:35,37:48,31:0.345324,0.223022:19,21:16,16:33:42:27,17:21,14:29:31 chr2 133012039 . T C 37.22 PASS AF=0.0784314;AO=11;DP=151;FAO=12;FDP=153;FR=.;FRO=141;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=79;FWDB=-0.0305281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.795;QD=0.972975;RBI=0.0329445;REFB=0.000529106;REVB=-0.0123843;RO=139;SAF=4;SAR=7;SRF=61;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847192;STB=0.602564;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00792189;OID=.;OPOS=133012039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:151:153:139:141:11:12:0.0784314:7:4:61:78:8:4:62:79 chr2 133012061 . C T 282.09 PASS AF=0.264516;AO=41;DP=155;FAO=41;FDP=155;FR=.;FRO=114;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=0.0200294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.18;QD=7.27977;RBI=0.0260821;REFB=-0.000692118;REVB=-0.0167061;RO=114;SAF=20;SAR=21;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391714;STB=0.523318;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00214892;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:114:114:41:41:0.264516:21:20:52:62:21:20:52:62 chr2 133012078 . C T 295.27 PASS AF=0.272727;AO=42;DP=154;FAO=42;FDP=154;FR=.;FRO=112;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.0371984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2365;QD=7.6693;RBI=0.0625265;REFB=-0.00890547;REVB=-0.0502578;RO=111;SAF=24;SAR=18;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115127;STB=0.565025;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0438338;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:111:112:42:42:0.272727:18:24:53:58:18:24:54:58 chr2 133012079 . G A 255.6 PASS AF=0.248366;AO=37;DP=152;FAO=38;FDP=153;FR=.;FRO=115;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=-0.00817048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.183;QD=6.68245;RBI=0.0422852;REFB=-0.000101538;REVB=0.0414883;RO=115;SAF=15;SAR=22;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156509;STB=0.582087;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000800263;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:115:115:37:38:0.248366:22:15:61:54:22:16:61:54 chr2 133012080 . A AC 536.48 PASS AF=0.527397;AO=77;DP=152;FAO=77;FDP=146;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0217469;FXX=0.0331104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.566;QD=14.698;RBI=0.0220985;REFB=0.0388429;REVB=-0.00392628;RO=74;SAF=39;SAR=38;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578771;STB=0.500356;STBP=0.975;TYPE=ins;VARB=-0.0350308;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527397:77:152:77:146:69:39:38:35:34:99:74:39:38:37:37 chr2 133012099 . G A 241.97 PASS AF=0.24026;AO=37;DP=154;FAO=37;FDP=154;FR=.;FRO=117;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=0.0136148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.097;QD=6.28485;RBI=0.0359954;REFB=-0.00112893;REVB=-0.0333213;RO=117;SAF=16;SAR=21;SRF=64;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143147;STB=0.586546;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00496036;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:117:117:37:37:0.24026:21:16:64:53:21:16:64:53 chr2 133012111 . T C 233.44 PASS AF=0.233333;AO=35;DP=151;FAO=35;FDP=150;FR=.;FRO=115;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=-0.0215183;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.629;QD=6.22515;RBI=0.0240931;REFB=0.00562077;REVB=-0.0108369;RO=113;SAF=22;SAR=13;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114744;STB=0.577315;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0369576;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:113:115:35:35:0.233333:13:22:61:52:13:22:61:54 chr2 133012126 . A C 272.73 PASS AF=0.271429;AO=36;DP=140;FAO=38;FDP=140;FR=.;FRO=102;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=0.0273621;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.4;QD=7.79233;RBI=0.0312525;REFB=-0.00572734;REVB=-0.0151009;RO=104;SAF=23;SAR=13;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684725;STB=0.561764;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0237339;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:104:102:36:38:0.271429:13:23:61:43:13:25:59:43 chr2 133012130 . C T 240.48 PASS AF=0.255474;AO=34;DP=137;FAO=35;FDP=137;FR=.;FRO=102;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=62;FSRR=40;FWDB=0.00438151;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.65;QD=7.02121;RBI=0.011789;REFB=-0.000151685;REVB=-0.0109446;RO=102;SAF=22;SAR=12;SRF=62;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052278;STB=0.539688;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000432841;OID=.;OPOS=133012130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:102:102:34:35:0.255474:12:22:62:40:12:23:62:40 chr2 133012147 . A G 220.89 PASS AF=0.261905;AO=32;DP=126;FAO=33;FDP=126;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=37;FWDB=0.00878137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.574;QD=7.01232;RBI=0.0125228;REFB=-0.00459469;REVB=-0.00892787;RO=93;SAF=19;SAR=13;SRF=56;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108002;STB=0.503016;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00622702;OID=.;OPOS=133012147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:93:93:32:33:0.261905:13:19:56:37:13:20:56:37 chr2 133012170 . CC AA 128.33 PASS AF=0.198198;AO=22;DP=111;FAO=22;FDP=111;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=0.00250869;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=183.293;QD=4.62461;RBI=0.0107403;REFB=-0.00392819;REVB=-0.0104432;RO=88;SAF=13;SAR=9;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295114;STB=0.51473;STBP=0.901;TYPE=mnp;VARB=0.0142228;OID=.;OPOS=133012170;OREF=CC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:88:89:22:22:0.198198:9:13:50:38:9:13:51:38 chr2 133012172 . T C 243.43 PASS AF=0.309091;AO=34;DP=109;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.00499872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.788;QD=8.85212;RBI=0.0103124;REFB=-0.0159336;REVB=0.00901985;RO=75;SAF=17;SAR=17;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133816;STB=0.601215;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0210981;OID=.;OPOS=133012172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:75:76:34:34:0.309091:17:17:46:29:18:16:47:29 chr2 133012182 . C T 139.84 PASS AF=0.214953;AO=22;DP=106;FAO=23;FDP=107;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0140978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.268;QD=5.22776;RBI=0.019534;REFB=-0.00935704;REVB=-0.0135215;RO=83;SAF=12;SAR=10;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194456;STB=0.532758;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0318239;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:83:84:22:23:0.214953:10:12:44:39:10:13:44:40 chr2 133012250 . T C 62.14 PASS AF=0.0909091;AO=19;DP=209;FAO=19;FDP=209;FR=.;FRO=190;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=148;FWDB=0.0191829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.146;QD=1.18935;RBI=0.0264886;REFB=-0.00218053;REVB=-0.0182665;RO=189;SAF=10;SAR=9;SRF=42;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385953;STB=0.770156;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0308677;OID=.;OPOS=133012250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:209:209:189:190:19:19:0.0909091:9:10:42:147:9:10:42:148 chr2 133012267 . T C 1256.84 PASS AF=0.586207;AO=111;DP=196;FAO=119;FDP=203;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=104;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.0113927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.697;QD=24.7653;RBI=0.0128605;REFB=-0.0113846;REVB=0.00596643;RO=82;SAF=11;SAR=100;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461496;STB=0.710084;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0062875;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:203:82:84:111:119:0.586207:100:11:38:44:104:15:38:46 chr2 133012274 . T C 1281.38 PASS AF=0.589109;AO=118;DP=202;FAO=119;FDP=202;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=103;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.00541061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.114;QD=25.374;RBI=0.00541222;REFB=0.00257748;REVB=0.00013168;RO=83;SAF=15;SAR=103;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373392;STB=0.695996;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00240863;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:83:83:118:119:0.589109:103:15:37:46:103:16:37:46 chr2 133012309 . A G 1246.16 PASS AF=0.581281;AO=117;DP=201;FAO=118;FDP=203;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=97;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.00208903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.156;QD=24.5549;RBI=0.0481224;REFB=-0.000727704;REVB=-0.048077;RO=82;SAF=21;SAR=96;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258696;STB=0.637607;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000813804;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:82:85:117:118:0.581281:96:21:35:47:97:21:35:50 chr2 133012317 . G A 43.94 PASS AF=0.0742574;AO=18;DP=205;FAO=15;FDP=202;FR=.;FRO=187;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=140;FWDB=0.00603984;FXX=0.0194165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.9;QD=0.870009;RBI=0.00691984;REFB=-0.00259992;REVB=-0.00337706;RO=183;SAF=9;SAR=9;SRF=43;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338831;STB=0.753104;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0311065;OID=.;OPOS=133012317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:205:202:183:187:18:15:0.0742574:9:9:43:140:7:8:47:140 chr2 133012354 . G A 184.88 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00885287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8922;QD=8.30898;RBI=0.00948364;REFB=-0.00957232;REVB=0.00340089;RO=63;SAF=8;SAR=17;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177757;STB=0.60183;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0250618;OID=.;OPOS=133012354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:63:64:25:25:0.280899:17:8:29:34:17:8:29:35 chr2 133012358 . G A 237.12 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.015779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.965;QD=11.4276;RBI=0.0250769;REFB=-0.00850238;REVB=-0.0194904;RO=53;SAF=9;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14996;STB=0.594527;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0123934;OID=.;OPOS=133012358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:54:29:29:0.349398:20:9:23:30:20:9:24:30 chr2 133012361 . CCA CGG,TGG 199.79 PASS AF=0.307692,0.0384615;AO=20,3;DP=76;FAO=24,3;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=8,1;FSAR=16,2;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00317759,0.00562124;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,3;MLLD=229.283,261.536;QD=10.2457;RBI=0.0106292,0.0108516;REFB=-0.00200247,-0.00126907;REVB=0.0101432,0.00928217;RO=49;SAF=6,1;SAR=14,2;SRF=22;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.189818,-0.108889;STB=0.571367,0.596738;STBP=0.406,0.696;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00186914,0.0332822;OID=.,.;OPOS=133012362,133012361;OREF=CA,CCA;OALT=GG,TGG;OMAPALT=CGG,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:49:51:20,3:24,3:0.307692,0.0384615:14,2:6,1:22:27:16,2:8,1:22:29 chr2 133012369 . A G 351.86 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00331379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8138;QD=15.6383;RBI=0.0484445;REFB=-0.00303946;REVB=-0.048331;RO=51;SAF=14;SAR=24;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876267;STB=0.544761;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00196361;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:52:38:38:0.422222:24:14:23:28:24:14:23:29 chr2 133012401 . G A 455.35 PASS AF=0.393939;AO=52;DP=132;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.0178477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.767;QD=13.7984;RBI=0.0214683;REFB=-0.00333947;REVB=-0.0119309;RO=79;SAF=19;SAR=33;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729854;STB=0.545938;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00796211;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:79:80:52:52:0.393939:33:19:34:45:33:19:35:45 chr2 133012414 . G A 516.41 PASS AF=0.398601;AO=58;DP=144;FAO=57;FDP=143;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.00340166;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.977;QD=14.445;RBI=0.0197942;REFB=0.0017592;REVB=-0.0194998;RO=85;SAF=20;SAR=38;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088858;STB=0.550778;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00261338;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:85:86:58:57:0.398601:38:20:36:49:37:20:37:49 chr2 133012432 . G C 36.81 PASS AF=0.0742857;AO=13;DP=175;FAO=13;FDP=175;FR=.;FRO=162;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=75;FSRR=87;FWDB=-0.00489797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.563;QD=0.841452;RBI=0.00739655;REFB=0.000468174;REVB=0.00554245;RO=161;SAF=7;SAR=6;SRF=75;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803069;STB=0.569448;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00959388;OID=.;OPOS=133012432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:175:175:161:162:13:13:0.0742857:6:7:75:86:6:7:75:87 chr2 133012439 . A AGAAC,C 654.12 PASS AF=0.217391,0.134387;AO=53,34;DP=255;FAO=55,34;FDP=253;FR=.;FRO=164;FSAF=49,34;FSAR=6,0;FSRF=76;FSRR=88;FWDB=-0.00551657,-0.004548;FXX=0.00784283;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=231.712,77.8989;QD=10.3418;RBI=0.0111128,0.00607206;REFB=-0.000233792,-0.00350349;REVB=0.00964682,-0.00402313;RO=162;SAF=49,34;SAR=4,0;SRF=75;SRR=87;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.653223,0.758592;STB=0.859826,0.999674;STBP=0,0;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0285432,0.0131769;OID=.,.;OPOS=133012440,133012439;OREF=-,A;OALT=GAAC,C;OMAPALT=AGAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:253:162:164:53,34:55,34:0.217391,0.134387:4,0:49,34:75:87:6,0:49,34:76:88 chr2 133012457 . C T 224.79 PASS AF=0.0966495;AO=75;DP=776;FAO=75;FDP=776;FR=.;FRO=701;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=360;FSRR=341;FWDB=0.0266307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.52;QD=1.15872;RBI=0.028182;REFB=0.000409318;REVB=-0.00922123;RO=684;SAF=35;SAR=40;SRF=345;SRR=339;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462138;STB=0.542292;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00231924;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:776:776:684:701:75:75:0.0966495:40:35:345:339:40:35:360:341 chr2 133012458 . GT AC 7699.92 PASS AF=0.772966;AO=589;DP=772;FAO=589;FDP=762;FR=.;FRO=173;FSAF=301;FSAR=288;FSRF=83;FSRR=90;FWDB=-0.00827068;FXX=0.0268196;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.763;QD=40.4195;RBI=0.00850023;REFB=-0.00995017;REVB=0.00196205;RO=173;SAF=301;SAR=288;SRF=83;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133933;STB=0.5071;STBP=0.482;TYPE=mnp;VARB=0.00206207;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:772:762:173:173:589:589:0.772966:288:301:83:90:288:301:83:90 chr2 133012465 . C T 194.7 PASS AF=0.0847269;AO=75;DP=897;FAO=76;FDP=897;FR=.;FRO=821;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=416;FSRR=405;FWDB=0.0478415;FXX=0.00111357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.58;QD=0.868231;RBI=0.0487237;REFB=0.000357527;REVB=-0.00923003;RO=820;SAF=34;SAR=41;SRF=416;SRR=404;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636581;STB=0.542231;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00675282;OID=.;OPOS=133012465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:897:897:820:821:75:76:0.0847269:41:34:416:404:41:35:416:405 chr2 133012504 . A G 11051.7 PASS AF=0.838877;AO=806;DP=960;FAO=807;FDP=962;FR=.;FRO=155;FSAF=443;FSAR=364;FSRF=75;FSRR=80;FWDB=-0.0213984;FXX=0.00207467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.737;QD=45.953;RBI=0.0225684;REFB=-0.00432536;REVB=-0.00717229;RO=153;SAF=442;SAR=364;SRF=75;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177308;STB=0.510565;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000638679;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:960:962:153:155:806:807:0.838877:364:442:75:78:364:443:75:80 chr2 133012508 . TG CA,CG 12139.6 PASS AF=0.061117,0.848261;AO=54,794;DP=947;FAO=58,805;FDP=949;FR=.;FRO=86;FSAF=28,441;FSAR=30,364;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.00821954,-0.01118;FXX=0.0124869;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=152.734,188.095;QD=51.1679;RBI=0.031643,0.0587945;REFB=0.0127559,0.0145707;REVB=0.0305568,0.0577218;RO=85;SAF=28,439;SAR=26,355;SRF=42;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0263667,0.0109212;STB=0.503355,0.505785;STBP=0.974,0.274;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00284607,-0.000794939;OID=.,.;OPOS=133012508,133012508;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:947:949:85:86:54,794:58,805:0.061117,0.848261:26,355:28,439:42:43:30,364:28,441:42:44 chr2 133012516 . T G 10749.5 PASS AF=0.830595;AO=781;DP=942;FAO=809;FDP=974;FR=.;FRO=165;FSAF=447;FSAR=362;FSRF=91;FSRR=74;FWDB=-0.0459056;FXX=0.00102563;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3119;QD=44.1459;RBI=0.0475074;REFB=0.00574396;REVB=-0.0122321;RO=159;SAF=446;SAR=335;SRF=91;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000413496;STB=0.500175;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.000571907;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:942:974:159:165:781:809:0.830595:335:446:91:68:362:447:91:74 chr2 133012523 . A G 11729.3 PASS AF=0.857143;AO=839;DP=981;FAO=840;FDP=980;FR=.;FRO=140;FSAF=474;FSAR=366;FSRF=70;FSRR=70;FWDB=-0.00577317;FXX=0.00305185;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.753;QD=47.8749;RBI=0.0134476;REFB=-0.0272839;REVB=0.0121453;RO=140;SAF=473;SAR=366;SRF=70;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175456;STB=0.509315;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0020786;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:981:980:140:140:839:840:0.857143:366:473:70:70:366:474:70:70 chr2 133012541 . C A 57.06 PASS AF=0.0505155;AO=49;DP=971;FAO=49;FDP=970;FR=.;FRO=921;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=519;FSRR=402;FWDB=-0.0679978;FXX=0.00102986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0086;QD=0.235316;RBI=0.0711007;REFB=0.00539261;REVB=0.0207749;RO=920;SAF=24;SAR=25;SRF=518;SRR=402;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730022;STB=0.5698;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0329563;OID=.;OPOS=133012541;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:971:970:920:921:49:49:0.0505155:25:24:518:402:25:24:519:402 chr2 133012542 . T C 12069.3 PASS AF=0.881743;AO=845;DP=966;FAO=850;FDP=964;FR=.;FRO=114;FSAF=484;FSAR=366;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=0.00139685;FXX=0.00310235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.394;QD=50.0801;RBI=0.0280297;REFB=0.022998;REVB=-0.0279949;RO=112;SAF=482;SAR=363;SRF=56;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159375;STB=0.50835;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00227397;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:966:964:112:114:845:850:0.881743:363:482:56:56:366:484:57:57 chr2 133012571 . T C 12836.5 PASS AF=0.919372;AO=871;DP=950;FAO=878;FDP=955;FR=.;FRO=77;FSAF=526;FSAR=352;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0018259;FXX=0.00208984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.994;QD=53.7653;RBI=0.0160227;REFB=-0.0165009;REVB=0.0159183;RO=77;SAF=522;SAR=349;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00657069;STB=0.504493;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00116921;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:950:955:77:77:871:878:0.919372:349:522:43:34:352:526:42:35 chr2 133012612 . T C 5731.4 PASS AF=0.903371;AO=364;DP=407;FAO=402;FDP=445;FR=.;FRO=43;FSAF=221;FSAR=181;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0289159;FXX=0.0022421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.57;QD=51.5182;RBI=0.0314207;REFB=-0.0167288;REVB=-0.0122937;RO=41;SAF=190;SAR=174;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00188482;STB=0.501451;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00190183;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:445:41:43:364:402:0.903371:174:190:21:20:181:221:23:20 chr2 133012624 . A G 409.25 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0172758;FXX=0.0196059;HRUN=5;LEN=1;MLLD=331.657;QD=16.37;RBI=0.0217405;REFB=0.00282245;REVB=-0.0131984;RO=55;SAF=1;SAR=44;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.751329;STB=0.938967;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00119583;OID=.;OPOS=133012624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:44:1:25:30:44:1:25:30 chr2 133012633 . AC ACTT,GC,TT 202.79 PASS AF=0.26,0.16,0.06;AO=7,8,3;DP=51;FAO=13,8,3;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=2,4,0;FSAR=11,4,3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0213848,0.0321917,0.00367252;FXX=0.019604;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=38.4101,132.791,250.561;QD=16.2232;RBI=0.0252636,0.0341802,0.00375596;REFB=-0.00772815,-0.0101271,-0.00666922;REVB=0.0134514,-0.0114883,0.000787297;RO=26;SAF=2,4,0;SAR=5,4,3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.262867,0,-0.564679;STB=0.774172,0.5,0.996341;STBP=0.027,1,0.093;TYPE=ins,snp,mnp;VARB=0.044924,0.0143109,-0.000692959;OID=.,.,.;OPOS=133012635,133012633,133012633;OREF=-,A,AC;OALT=TT,G,TT;OMAPALT=ACTT,GC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:26:7,8,3:13,8,3:0.26,0.16,0.06:5,4,3:2,4,0:13:13:11,4,3:2,4,0:13:13 chr2 133012642 . TT CC 585.94 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0110166;FXX=0.0309246;HRUN=2;LEN=2;MLLD=282.966;QD=24.9336;RBI=0.0206401;REFB=-0.0102457;REVB=0.0174542;RO=42;SAF=25;SAR=28;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042035;STB=0.517678;STBP=0.73;TYPE=mnp;VARB=0.00700348;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:42:41:53:53:0.56383:28:25:22:20:28:25:21:20 chr2 133012655 . A G 1571.87 PASS AF=0.759036;AO=126;DP=166;FAO=126;FDP=166;FR=.;FRO=40;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00268873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.54;QD=37.8765;RBI=0.00603442;REFB=-0.0117174;REVB=-0.00540231;RO=40;SAF=50;SAR=76;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596733;STB=0.53183;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00158894;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:40:40:126:126:0.759036:76:50:21:19:76:50:21:19 chr2 133012674 . A G 2799.07 PASS AF=0.928571;AO=194;DP=212;FAO=195;FDP=210;FR=.;FRO=15;FSAF=89;FSAR=106;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00357211;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.793;QD=53.3156;RBI=0.0695476;REFB=-0.0040739;REVB=-0.0694558;RO=15;SAF=88;SAR=106;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292037;STB=0.515092;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000131947;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:212:210:15:15:194:195:0.928571:106:88:10:5:106:89:10:5 chr2 133012680 . A G 2137.4 PASS AF=0.777778;AO=167;DP=217;FAO=168;FDP=216;FR=.;FRO=48;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00920056;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1454;QD=39.5815;RBI=0.0271494;REFB=-0.0100686;REVB=-0.0255429;RO=48;SAF=76;SAR=91;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277521;STB=0.513952;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00411417;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:48:48:167:168:0.777778:91:76:25:23:91:77:25:23 chr2 133012688 . A G 2061.16 PASS AF=0.769953;AO=159;DP=208;FAO=164;FDP=213;FR=.;FRO=49;FSAF=79;FSAR=85;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00198473;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.093;QD=38.7073;RBI=0.0216767;REFB=-0.0102947;REVB=0.0215856;RO=49;SAF=75;SAR=84;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351414;STB=0.515946;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0021915;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:213:49:49:159:164:0.769953:84:75:27:22:85:79:27:22 chr2 133012691 . T C 2596.45 PASS AF=0.886256;AO=187;DP=211;FAO=187;FDP=211;FR=.;FRO=24;FSAF=88;FSAR=99;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0210538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.266;QD=49.2218;RBI=0.0213663;REFB=0.018975;REVB=-0.00364117;RO=22;SAF=88;SAR=99;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512264;STB=0.531769;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00136951;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:211:211:22:24:187:187:0.886256:99:88:16:6:99:88:18:6 chr2 133012712 . T C 3311.75 PASS AF=0.933054;AO=222;DP=238;FAO=223;FDP=239;FR=.;FRO=16;FSAF=116;FSAR=107;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00756085;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.233;QD=55.4267;RBI=0.0351503;REFB=-0.0094267;REVB=0.0343275;RO=16;SAF=115;SAR=107;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216998;STB=0.511229;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.000524282;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:238:239:16:16:222:223:0.933054:107:115:11:5:107:116:11:5 chr2 133012716 . A G 3034.79 PASS AF=0.872951;AO=213;DP=250;FAO=213;FDP=244;FR=.;FRO=31;FSAF=116;FSAR=97;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00201283;FXX=0.023999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.981;QD=49.7507;RBI=0.0048092;REFB=0.0115904;REVB=-0.00436771;RO=31;SAF=116;SAR=97;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00875089;STB=0.504619;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00178207;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:244:31:31:213:213:0.872951:97:116:18:13:97:116:18:13 chr2 133012797 . C CCG 963.26 PASS AF=0.68595;AO=77;DP=208;FAO=83;FDP=121;FR=.;FRO=38;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.000707266;FXX=0.203934;HRUN=1;LEN=2;MLLD=118.797;QD=31.8433;RBI=0.0520568;REFB=-0.00694852;REVB=0.052052;RO=124;SAF=36;SAR=41;SRF=92;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297673;STB=0.554033;STBP=0.084;TYPE=ins;VARB=0.00585873;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.68595:77:208:83:121:38:36:47:23:15:99:124:36:41:92:32 chr2 133012798 . TAAACT CGTCTT,TCTTGC 1048.18 PASS AF=0.079646,0.672566;AO=9,76;DP=140;FAO=9,76;FDP=113;FR=.;FRO=28;FSAF=6,36;FSAR=3,40;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00679922,0.00412643;FXX=0.192843;HRUN=1,3;LEN=5,5;MLLD=100.504,183.219;QD=37.1038;RBI=0.0264941,0.0143849;REFB=0.0294709,0.0314668;REVB=-0.0256068,-0.0137804;RO=26;SAF=6,36;SAR=3,40;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.065631,-0.0673439;STB=0.548908,0.535885;STBP=0.768,0.245;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0221074,-0.00856034;OID=.,.;OPOS=133012798,133012799;OREF=TAAAC,AAACT;OALT=CGTCT,CTTGC;OMAPALT=CGTCTT,TCTTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:140:113:26:28:9,76:9,76:0.079646,0.672566:3,40:6,36:16:10:3,40:6,36:17:11 chr2 133012807 . A G 1085.76 PASS AF=0.659864;AO=94;DP=151;FAO=97;FDP=147;FR=.;FRO=50;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0417006;FXX=0.0264883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.093;QD=29.5445;RBI=0.047867;REFB=-0.0164478;REVB=0.0235012;RO=50;SAF=42;SAR=52;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111386;STB=0.552948;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0108387;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:147:50:50:94:97:0.659864:52:42:31:19:52:45:31:19 chr2 133012832 . T C 1689.19 PASS AF=0.712042;AO=135;DP=192;FAO=136;FDP=191;FR=.;FRO=55;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.063968;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0699;QD=35.3756;RBI=0.0707068;REFB=0.0328044;REVB=-0.0301253;RO=55;SAF=64;SAR=71;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876388;STB=0.545518;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0142552;OID=.;OPOS=133012832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:55:55:135:136:0.712042:71:64:35:20:71:65:35:20 chr2 133012839 . T C 1755.38 PASS AF=0.717949;AO=137;DP=192;FAO=140;FDP=195;FR=.;FRO=55;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0144465;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.643;QD=36.0079;RBI=0.0481449;REFB=-0.00217993;REVB=0.0459264;RO=55;SAF=64;SAR=73;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904607;STB=0.544411;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00138909;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:195:55:55:137:140:0.717949:73:64:35:20:73:67:35:20 chr2 133012866 . C A 45.72 PASS AF=0.0776699;AO=16;DP=206;FAO=16;FDP=206;FR=.;FRO=190;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=92;FSRR=98;FWDB=0.00886435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.552;QD=0.887758;RBI=0.0118549;REFB=0.000362126;REVB=-0.00787157;RO=189;SAF=7;SAR=9;SRF=92;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557871;STB=0.543238;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00442535;OID=.;OPOS=133012866;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:206:206:189:190:16:16:0.0776699:9:7:92:97:9:7:92:98 chr2 133012901 . T C 455.82 PASS AF=0.542169;AO=43;DP=82;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0369046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.239;QD=21.9671;RBI=0.0370157;REFB=-0.00750308;REVB=0.00286559;RO=37;SAF=11;SAR=32;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308823;STB=0.653361;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00670741;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:37:38:43:45:0.542169:32:11:22:15:32:13:23:15 chr2 133012903 . TG CA,CG 266.07 PASS AF=0.037037,0.358025;AO=3,29;DP=82;FAO=3,29;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=2,7;FSAR=1,22;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00325329,0.000918445;FXX=0.0121936;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=194.033,66.4967;QD=13.1394;RBI=0.0112989,0.0123551;REFB=0.00853815,0.000738705;REVB=-0.0108204,0.0123209;RO=47;SAF=2,7;SAR=1,22;SRF=26;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.108364,-0.358305;STB=0.630689,0.697262;STBP=0.719,0.018;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0467154,0.00290461;OID=.,.;OPOS=133012903,133012903;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:82:81:47:49:3,29:3,29:0.037037,0.358025:1,22:2,7:26:21:1,22:2,7:26:23 chr2 133012923 . A T 178.44 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00873048;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.071;QD=8.4971;RBI=0.0532535;REFB=-0.00862448;REVB=-0.052533;RO=60;SAF=8;SAR=16;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242854;STB=0.645039;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0100067;OID=.;OPOS=133012923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:60:24:24:0.285714:16:8:32:28:16:8:32:28 chr2 133012930 . A G 152.05 PASS AF=0.261905;AO=21;DP=83;FAO=22;FDP=84;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00183758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.847;QD=7.2404;RBI=0.00929083;REFB=-0.00254332;REVB=0.00910729;RO=62;SAF=8;SAR=13;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167001;STB=0.579275;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0128362;OID=.;OPOS=133012930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:62:62:21:22:0.261905:13:8:32:30:13:9:32:30 chr2 133012945 . T C 198.4 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0173856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.263;QD=9.22766;RBI=0.0187999;REFB=-0.00350758;REVB=0.00715365;RO=60;SAF=10;SAR=16;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157438;STB=0.593056;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00766862;OID=.;OPOS=133012945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:60:26:26:0.302326:16:10:31:29:16:10:31:29 chr2 133012982 . GT AC 119.89 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00350485;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.377;QD=11.6962;RBI=0.00666157;REFB=0.00445364;REVB=-0.00566503;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220981;STB=0.63139;STBP=0.257;TYPE=mnp;VARB=-0.0138179;OID=.;OPOS=133012982;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:27:27:14:14:0.341463:9:5:15:12:9:5:15:12 chr2 133012994 . A G 115.59 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00703021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.883;QD=11.0083;RBI=0.0127184;REFB=-0.013553;REVB=-0.0105988;RO=28;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163641;STB=0.59776;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0354468;OID=.;OPOS=133012994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:9:5:14:14:9:5:14:14 chr2 133013049 . G A 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.591;QD=5.71702;RBI=0.03071;REFB=-0.000562243;REVB=-0.0140646;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426708;STB=0.527709;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00147457;OID=.;OPOS=133013049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:4:4:15:13:4:4:15:13 chr2 133013072 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00732787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.232;QD=8.24612;RBI=0.00795473;REFB=-0.00962336;REVB=0.00309517;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611001;STB=0.538348;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0154776;OID=.;OPOS=133013072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:5:10:5:2:5:10 chr2 133013092 . G A 55.73 PASS AF=0.363636;AO=6;DP=20;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0227643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.864;QD=10.132;RBI=0.0773526;REFB=-0.0148972;REVB=-0.073927;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224315;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0148064;OID=.;OPOS=133013092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:22:13:14:6:8:0.363636:4:2:7:6:4:4:7:7 chr2 133013103 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0175502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.43;QD=11.4397;RBI=0.0210904;REFB=-0.00362473;REVB=-0.011696;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565464;STB=0.533905;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00216119;OID=.;OPOS=133013103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:7:7:4:5:7:7 chr2 133013144 . A G 524.19 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0175738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4919;QD=21.3954;RBI=0.110611;REFB=-0.0199497;REVB=-0.109206;RO=42;SAF=26;SAR=24;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627749;STB=0.551704;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0218658;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:48:50:50:0.510204:24:26:25:17:24:26:30:18 chr2 133013145 . C T 144.45 PASS AF=0.221053;AO=21;DP=95;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.0154567;FXX=0.049995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.616;QD=6.08208;RBI=0.0377019;REFB=-0.0183093;REVB=-0.0343879;RO=67;SAF=9;SAR=12;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116235;STB=0.607042;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0372062;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:67:74:21:21:0.221053:12:9:35:32:12:9:42:32 chr2 133013175 . T G 1438.24 PASS AF=0.824427;AO=108;DP=131;FAO=108;FDP=131;FR=.;FRO=23;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0398659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6551;QD=43.9158;RBI=0.0400747;REFB=0.00496292;REVB=-0.00408533;RO=22;SAF=61;SAR=47;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0084669;STB=0.500072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121231;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:22:23:108:108:0.824427:47:61:13:9:47:61:13:10 chr2 133013183 . A G 867.8 PASS AF=0.585185;AO=79;DP=136;FAO=79;FDP=135;FR=.;FRO=56;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0275279;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.008;QD=25.7125;RBI=0.0275283;REFB=0.00528612;REVB=0.000155177;RO=56;SAF=46;SAR=33;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0084897;STB=0.504618;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.00455626;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:56:56:79:79:0.585185:33:46:32:24:33:46:32:24 chr2 133013189 . A G 763.31 PASS AF=0.536765;AO=73;DP=137;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00510986;FXX=0.00729874;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0253;QD=22.4502;RBI=0.118208;REFB=0.0391606;REVB=0.118098;RO=59;SAF=44;SAR=29;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509058;STB=0.537575;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0308863;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:59:63:73:73:0.536765:29:44:32:27:29:44:33:30 chr2 133013201 . C G 1452.72 PASS AF=0.813433;AO=107;DP=133;FAO=109;FDP=134;FR=.;FRO=25;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0101601;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.905;QD=43.3648;RBI=0.0105344;REFB=-0.0196591;REVB=0.00278351;RO=25;SAF=58;SAR=49;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208228;STB=0.509354;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.004522;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:25:25:107:109:0.813433:49:58:15:10:49:60:15:10 chr2 133013224 . A C 1142.15 PASS AF=0.711111;AO=95;DP=155;FAO=96;FDP=135;FR=.;FRO=39;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0194557;FXX=0.129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3338;QD=33.8416;RBI=0.0274063;REFB=-0.00441809;REVB=0.0193023;RO=39;SAF=55;SAR=40;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347679;STB=0.520218;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00218648;OID=.;OPOS=133013224;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:135:39:39:95:96:0.711111:40:55:25:14:41:55:25:14 chr2 133013250 . C T 136.01 PASS AF=0.169231;AO=23;DP=185;FAO=33;FDP=195;FR=.;FRO=162;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=98;FSRR=64;FWDB=-0.000683648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1483;QD=2.78994;RBI=0.000977849;REFB=-0.00359001;REVB=-0.000699153;RO=162;SAF=11;SAR=12;SRF=98;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158902;STB=0.693582;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0487848;OID=.;OPOS=133013250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:195:162:162:23:33:0.169231:12:11:98:64:21:12:98:64 chr2 133013260 . TC T 69.3 PASS AF=0.194444;AO=38;DP=183;FAO=35;FDP=180;FR=.;FRO=145;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=79;FSRR=66;FWDB=0.00237355;FXX=0.0163925;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.8478;QD=1.54002;RBI=0.0743547;REFB=0.00119652;REVB=0.0743168;RO=140;SAF=15;SAR=23;SRF=76;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0.45;SSSB=-0.188044;STB=0.615828;STBP=0.145;TYPE=del;VARB=-0.0296207;OID=.;OPOS=133013261;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194444:38:183:35:180:145:14:21:79:66:69:140:15:23:76:64 chr2 133013266 . T G 329.38 PASS AF=0.262295;AO=45;DP=179;FAO=48;FDP=183;FR=.;FRO=135;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=72;FSRR=63;FWDB=0.0182283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.039;QD=7.19955;RBI=0.0184477;REFB=-0.00362612;REVB=-0.00283646;RO=133;SAF=19;SAR=26;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129848;STB=0.555179;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00349438;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:183:133:135:45:48:0.262295:26:19:70:63:26:22:72:63 chr2 133013270 . A G 287.22 PASS AF=0.243094;AO=42;DP=179;FAO=44;FDP=181;FR=.;FRO=137;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=74;FSRR=63;FWDB=-0.00119435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.195;QD=6.34739;RBI=0.00837938;REFB=-0.000800848;REVB=-0.00829382;RO=135;SAF=20;SAR=22;SRF=72;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718851;STB=0.530373;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00158665;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:135:137:42:44:0.243094:22:20:72:63:22:22:74:63 chr2 133013286 . AG CA,CG 270.02 PASS AF=0.2,0.0709677;AO=31,11;DP=155;FAO=31,11;FDP=155;FR=.;FRO=113;FSAF=20,3;FSAR=11,8;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=0.0176342,0.0168661;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=206.456,86.1448;QD=6.96819;RBI=0.0212087,0.0210456;REFB=-0.006309,0.00978639;REVB=-0.0117832,0.0125877;RO=113;SAF=20,3;SAR=11,8;SRF=54;SRR=59;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.213586,-0.241854;STB=0.632254,0.6937;STBP=0.094,0.219;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00343062,-0.00516781;OID=.,.;OPOS=133013286,133013286;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:113:113:31,11:31,11:0.2,0.0709677:11,8:20,3:54:59:11,8:20,3:54:59 chr2 133013288 . T C 31.53 PASS AF=0.0714286;AO=11;DP=154;FAO=11;FDP=154;FR=.;FRO=143;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=69;FWDB=0.0207695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2691;QD=0.818936;RBI=0.0220682;REFB=-0.00210304;REVB=0.00745874;RO=143;SAF=3;SAR=8;SRF=74;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26572;STB=0.72686;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0589021;OID=.;OPOS=133013288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:154:154:143:143:11:11:0.0714286:8:3:74:69:8:3:74:69 chr2 133013318 . A G 508.56 PASS AF=0.434109;AO=55;DP=130;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=0.0130883;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.715;QD=15.7694;RBI=0.0231983;REFB=-0.0187085;REVB=-0.0191536;RO=70;SAF=23;SAR=32;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167237;STB=0.600461;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0146169;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:70:73:55:56:0.434109:32:23:41:29:33:23:43:30 chr2 133013324 . C A 236.54 PASS AF=0.265625;AO=34;DP=129;FAO=34;FDP=128;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.0569243;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.987;QD=7.39189;RBI=0.0569362;REFB=-0.00358916;REVB=0.00116236;RO=95;SAF=11;SAR=23;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28918;STB=0.676367;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0117471;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:95:94:34:34:0.265625:23:11:53:42:23:11:53:41 chr2 133013327 . G T 235.31 PASS AF=0.263566;AO=34;DP=129;FAO=34;FDP=129;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=0.00559519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.188;QD=7.29631;RBI=0.0360441;REFB=0.00608014;REVB=-0.0356072;RO=95;SAF=11;SAR=23;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30079;STB=0.679749;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0262888;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:95:95:34:34:0.263566:23:11:54:41:23:11:54:41 chr2 133013332 . T C 124.65 PASS AF=0.176923;AO=23;DP=129;FAO=23;FDP=130;FR=.;FRO=107;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=-0.0419422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0243;QD=3.83545;RBI=0.0496813;REFB=-0.00533944;REVB=0.0266287;RO=106;SAF=14;SAR=9;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151059;STB=0.593857;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0246574;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:106:107:23:23:0.176923:9:14:52:54:9:14:53:54 chr2 133013343 . T C 156.58 PASS AF=0.190141;AO=27;DP=142;FAO=27;FDP=142;FR=.;FRO=115;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=0.0203662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.989;QD=4.41065;RBI=0.0204216;REFB=0.00279972;REVB=0.00150303;RO=112;SAF=19;SAR=8;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246056;STB=0.66708;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0136864;OID=.;OPOS=133013343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:112:115:27:27:0.190141:8:19:58:54:8:19:58:57 chr2 133013351 . G A 248.54 PASS AF=0.255319;AO=35;DP=140;FAO=36;FDP=141;FR=.;FRO=105;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=-0.00419702;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5993;QD=7.05065;RBI=0.00566899;REFB=0.0102073;REVB=-0.00381084;RO=102;SAF=12;SAR=23;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289322;STB=0.669717;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0132278;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:102:105:35:36:0.255319:23:12:59:43:24:12:59:46 chr2 133013378 . A G 564.66 PASS AF=0.366197;AO=46;DP=142;FAO=52;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.00296836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.162;QD=15.9059;RBI=0.0106464;REFB=-0.0248291;REVB=0.0102243;RO=78;SAF=14;SAR=32;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200568;STB=0.564594;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0346237;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:78:79:46:52:0.366197:32:14:37:41:33:19:37:42 chr2 133013388 . C T 175.78 PASS AF=0.202797;AO=29;DP=143;FAO=29;FDP=143;FR=.;FRO=114;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=-0.00833388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3821;QD=4.91688;RBI=0.0223791;REFB=3.52504e-05;REVB=-0.0207695;RO=114;SAF=18;SAR=11;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229784;STB=0.643372;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.000560598;OID=.;OPOS=133013388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:114:114:29:29:0.202797:11:18:50:64:11:18:50:64 chr2 133013418 . A G 381.63 PASS AF=0.415929;AO=41;DP=107;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0101154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.717;QD=13.5089;RBI=0.0153271;REFB=-0.0104879;REVB=-0.0115152;RO=64;SAF=17;SAR=24;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266894;STB=0.546979;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.014873;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:113:64:66:41:47:0.415929:24:17:25:39:24:23:27:39 chr2 133013449 . G A 82.17 PASS AF=0.163043;AO=15;DP=92;FAO=15;FDP=92;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0125448;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.654;QD=3.5725;RBI=0.0132906;REFB=-0.00325018;REVB=0.00438942;RO=77;SAF=6;SAR=9;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18158;STB=0.62053;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0127673;OID=.;OPOS=133013449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:92:92:77:77:15:15:0.163043:9:6:42:35:9:6:42:35 chr2 133013461 . C T 76.71 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0327557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.845;QD=3.69705;RBI=0.0329003;REFB=-0.00401197;REVB=-0.00308051;RO=68;SAF=6;SAR=8;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162097;STB=0.612088;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0185472;OID=.;OPOS=133013461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:83:83:68:69:14:14:0.168675:8:6:38:30:8:6:39:30 chr2 133013475 . A G 317.93 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0202571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.112;QD=15.5086;RBI=0.028344;REFB=0.00210377;REVB=0.0198251;RO=47;SAF=23;SAR=12;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197435;STB=0.611725;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00317108;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:12:23:22:25:12:23:22:25 chr2 133013489 . C T 110.36 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.016927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8345;QD=6.30631;RBI=0.0171227;REFB=-0.00184048;REVB=-0.00258179;RO=52;SAF=14;SAR=3;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501609;STB=0.814691;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0174267;OID=.;OPOS=133013489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:53:17:17:0.242857:3:14:22:30:3:14:22:31 chr2 133013492 . C T 112.79 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0546811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2319;QD=6.63468;RBI=0.0586511;REFB=0.00396669;REVB=0.0212115;RO=50;SAF=13;SAR=4;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422221;STB=0.764394;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0211712;OID=.;OPOS=133013492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:51:17:17:0.25:4:13:21:29:4:13:21:30 chr2 133013504 . C T 82.56 PASS AF=0.172414;AO=7;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=42;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00950384;FXX=0.0333278;HRUN=6;LEN=1;MLLD=115.359;QD=5.69408;RBI=0.0108317;REFB=-0.00207977;REVB=0.00519642;RO=30;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463382;STB=0.867602;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0189832;OID=.;OPOS=133013504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:58:58:30:42:7:10:0.172414:6:1:15:15:9:1:21:21 chr2 133013513 . A C 283.64 PASS AF=0.508475;AO=27;DP=62;FAO=30;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0337929;FXX=0.063482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.916;QD=19.2296;RBI=0.033793;REFB=-0.0220923;REVB=9.26802e-05;RO=20;SAF=17;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215754;STB=0.625925;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0157064;OID=.;OPOS=133013513;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:20:27:27:30:0.508475:10:17:7:13:13:17:8:19 chr2 133013541 . G A 95.34 PASS AF=0.254902;AO=12;DP=50;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00815079;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.862;QD=7.47794;RBI=0.0146132;REFB=-0.0107282;REVB=0.012129;RO=36;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426986;STB=0.700293;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0437793;OID=.;OPOS=133013541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:50:51:36:38:12:13:0.254902:3:9:14:22:4:9:16:22 chr2 133013556 . C T 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0131969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5149;QD=4.368;RBI=0.0157749;REFB=0.00103835;REVB=-0.00864221;RO=43;SAF=3;SAR=6;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246666;STB=0.666297;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00396997;OID=.;OPOS=133013556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:9:9:0.173077:6:3:23:20:6:3:23:20 chr2 133013567 . T C 181.0 PASS AF=0.4;AO=17;DP=48;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.017984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.483;QD=14.4799;RBI=0.0214318;REFB=-0.0133373;REVB=0.0116576;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00428607;STB=0.51998;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0270641;OID=.;OPOS=133013567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:30:30:17:20:0.4:9:8:14:16:10:10:14:16 chr2 133013590 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.231;QD=64.415;RBI=0.0221995;REFB=0;REVB=0.00673013;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23363e-05;OID=.;OPOS=133013590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr2 133013631 . G A 172.75 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0214892;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9489;QD=9.33791;RBI=0.0230468;REFB=0.00640472;REVB=-0.00832871;RO=52;SAF=15;SAR=8;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20451;STB=0.614356;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0193954;OID=.;OPOS=133013631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:52:51:23:23:0.310811:8:15:25:27:8:15:25:26 chr2 133013644 . G A 173.47 PASS AF=0.269663;AO=24;DP=89;FAO=24;FDP=89;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0109732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.321;QD=7.7966;RBI=0.0572911;REFB=-0.00376899;REVB=-0.0562304;RO=65;SAF=8;SAR=16;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268742;STB=0.661519;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0164344;OID=.;OPOS=133013644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:65:65:24:24:0.269663:16:8:36:29:16:8:36:29 chr2 133013680 . G A 773.0 PASS AF=0.590164;AO=72;DP=122;FAO=72;FDP=122;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00261825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.529;QD=25.3444;RBI=0.0269189;REFB=0.0170253;REVB=-0.0267913;RO=50;SAF=38;SAR=34;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923928;STB=0.505026;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0106591;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:50:50:72:72:0.590164:34:38:27:23:34:38:27:23 chr2 133013687 . T C 190.81 PASS AF=0.247863;AO=29;DP=118;FAO=29;FDP=117;FR=.;FRO=88;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0401982;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.578;QD=6.52324;RBI=0.0402439;REFB=-0.00832504;REVB=-0.00191853;RO=86;SAF=12;SAR=17;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177629;STB=0.606715;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0191114;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:86:88:29:29:0.247863:17:12:48:38:17:12:49:39 chr2 133013695 . CA CG,TG 711.18 PASS AF=0.352459,0.229508;AO=43,28;DP=122;FAO=43,28;FDP=122;FR=.;FRO=51;FSAF=26,12;FSAR=17,16;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00111174,-0.0102004;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=119.974,141.013;QD=23.3173;RBI=0.00727311,0.0386415;REFB=-0.0193139,-0.0078011;REVB=-0.00718764,-0.0372708;RO=51;SAF=26,12;SAR=17,16;SRF=26;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0940232,-0.0910875;STB=0.552607,0.552689;STBP=0.381,0.533;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00536919,0.00779775;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:51:51:43,28:43,28:0.352459,0.229508:17,16:26,12:26:25:17,16:26,12:26:25 chr2 133013704 . G A 322.82 PASS AF=0.336066;AO=41;DP=122;FAO=41;FDP=122;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0359553;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.989;QD=10.5841;RBI=0.0437485;REFB=-0.0148022;REVB=-0.0249228;RO=80;SAF=26;SAR=15;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129049;STB=0.579169;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0305072;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:80:81:41:41:0.336066:15:26:42:38:15:26:42:39 chr2 133013756 . G A 261.99 PASS AF=0.326923;AO=34;DP=104;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0347746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5685;QD=10.0764;RBI=0.0641605;REFB=0.0107835;REVB=-0.0539194;RO=70;SAF=23;SAR=11;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163966;STB=0.595725;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0263574;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:70:70:34:34:0.326923:11:23:38:32:11:23:38:32 chr2 133014552 . C T 181.6 PASS AF=0.243478;AO=28;DP=115;FAO=28;FDP=115;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0217709;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.058;QD=6.31663;RBI=0.0308958;REFB=-0.00818026;REVB=-0.0219221;RO=84;SAF=16;SAR=12;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132455;STB=0.567116;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0581393;OID=.;OPOS=133014552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:84:87:28:28:0.243478:12:16:39:45:12:16:42:45 chr2 133014559 . G T 38.5 PASS AF=0.088;AO=11;DP=122;FAO=11;FDP=125;FR=.;FRO=114;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=50;FWDB=0.014223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.2834;QD=1.23192;RBI=0.0470659;REFB=-0.00252331;REVB=-0.0448654;RO=110;SAF=3;SAR=8;SRF=64;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347713;STB=0.754484;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.022365;OID=.;OPOS=133014559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:122:125:110:114:11:11:0.088:8:3:64:46:8:3:64:50 chr2 133014592 . G A 102.7 PASS AF=0.145833;AO=21;DP=144;FAO=21;FDP=144;FR=.;FRO=123;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=64;FWDB=-0.0127049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.833;QD=2.85268;RBI=0.0198863;REFB=-0.00522775;REVB=-0.0152987;RO=122;SAF=13;SAR=8;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171606;STB=0.618934;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.029727;OID=.;OPOS=133014592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:122:123:21:21:0.145833:8:13:59:63:8:13:59:64 chr2 133014602 . G C 672.06 PASS AF=0.5;AO=65;DP=135;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.019979;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.422;QD=20.0615;RBI=0.0238096;REFB=-0.0185932;REVB=0.0129514;RO=67;SAF=38;SAR=27;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992725;STB=0.55274;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00602456;OID=.;OPOS=133014602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:67:67:65:67:0.5:27:38:32:35:28:39:32:35 chr2 133014612 . A C 594.12 PASS AF=0.484127;AO=64;DP=129;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00684415;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.716;QD=18.8608;RBI=0.00902764;REFB=-0.0166712;REVB=-0.00588693;RO=64;SAF=38;SAR=26;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863934;STB=0.551197;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0193544;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:64:65:64:61:0.484127:26:38:32:32:25:36:32:33 chr2 133014619 . C T 98.27 PASS AF=0.151515;AO=20;DP=132;FAO=20;FDP=132;FR=.;FRO=112;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.0693944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0416;QD=2.97798;RBI=0.099384;REFB=-0.000541434;REVB=0.0711449;RO=112;SAF=12;SAR=8;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826595;STB=0.555499;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00942988;OID=.;OPOS=133014619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:132:132:112:112:20:20:0.151515:8:12:60:52:8:12:60:52 chr2 133014640 . C T 111.67 PASS AF=0.15493;AO=22;DP=142;FAO=22;FDP=142;FR=.;FRO=120;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=55;FWDB=0.0316581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.262;QD=3.14553;RBI=0.0550559;REFB=0.00340412;REVB=0.0450435;RO=120;SAF=14;SAR=8;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123539;STB=0.582486;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00908397;OID=.;OPOS=133014640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:120:120:22:22:0.15493:8:14:65:55:8:14:65:55 chr2 133014651 . A AC 303.25 PASS AF=0.451613;AO=55;DP=131;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0377759;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.2709;QD=9.78209;RBI=0.0473472;REFB=-0.073907;REVB=0.0285436;RO=76;SAF=30;SAR=25;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019894;STB=0.51336;STBP=0.791;TYPE=ins;VARB=0.0891741;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:55:131:56:124:68:31:25:36:32:99:76:30:25:40:36 chr2 133036254 . T C 75.79 PASS AF=0.113772;AO=19;DP=166;FAO=19;FDP=167;FR=.;FRO=148;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=90;FWDB=-0.0335616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.091;QD=1.81542;RBI=0.0342263;REFB=-0.00246973;REVB=-0.00671231;RO=147;SAF=9;SAR=10;SRF=57;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107865;STB=0.573174;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00693092;OID=.;OPOS=133036254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:166:167:147:148:19:19:0.113772:10:9:57:90:10:9:58:90 chr2 133036257 . TG CA 73.77 PASS AF=0.113772;AO=16;DP=164;FAO=19;FDP=167;FR=.;FRO=148;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=91;FWDB=-0.0129418;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=309.587;QD=1.76692;RBI=0.015276;REFB=4.69625e-05;REVB=-0.00811583;RO=147;SAF=9;SAR=7;SRF=57;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20745;STB=0.579269;STBP=0.493;TYPE=mnp;VARB=-0.000406787;OID=.;OPOS=133036257;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:164:167:147:148:16:19:0.113772:7:9:57:90:10:9:57:91 chr2 133036263 . A G 75.33 PASS AF=0.113095;AO=19;DP=168;FAO=19;FDP=168;FR=.;FRO=149;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=92;FWDB=-0.0174879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.45;QD=1.79355;RBI=0.025293;REFB=-0.00275263;REVB=0.0182731;RO=148;SAF=9;SAR=10;SRF=56;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119876;STB=0.581666;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0172528;OID=.;OPOS=133036263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:168:168:148:149:19:19:0.113095:10:9:56:92:10:9:57:92 chr2 133036280 . A C 91.51 PASS AF=0.128049;AO=21;DP=163;FAO=21;FDP=164;FR=.;FRO=143;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=93;FWDB=0.0681043;FXX=0.00606024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0284;QD=2.23203;RBI=0.0694113;REFB=0.00271052;REVB=0.0134063;RO=141;SAF=10;SAR=11;SRF=50;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15665;STB=0.611665;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0231903;OID=.;OPOS=133036280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:163:164:141:143:21:21:0.128049:11:10:50:91:11:10:50:93 chr2 133036337 . A G 99.42 PASS AF=0.173077;AO=17;DP=105;FAO=18;FDP=104;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0130761;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.955;QD=3.82385;RBI=0.029666;REFB=-0.00568194;REVB=-0.0266287;RO=86;SAF=8;SAR=9;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224778;STB=0.509605;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.018778;OID=.;OPOS=133036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:86:86:17:18:0.173077:9:8:42:44:9:9:42:44 chr2 133036343 . C T 122.1 PASS AF=0.208333;AO=19;DP=96;FAO=20;FDP=96;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0910449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2069;QD=5.08764;RBI=0.0913991;REFB=-0.00344235;REVB=-0.00803873;RO=77;SAF=9;SAR=10;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576949;STB=0.510406;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0160726;OID=.;OPOS=133036343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:77:76:19:20:0.208333:10:9:40:37:10:10:39:37 chr2 133036364 . G A 94.05 PASS AF=0.188235;AO=16;DP=87;FAO=16;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.031575;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5587;QD=4.42598;RBI=0.0474727;REFB=0.00299299;REVB=0.0354496;RO=71;SAF=6;SAR=10;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167226;STB=0.596892;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.017056;OID=.;OPOS=133036364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:87:85:71:69:16:16:0.188235:10:6:36:35:10:6:34:35 chr2 133036394 . A G 62.91 PASS AF=0.153846;AO=11;DP=77;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.000848327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.547;QD=3.226;RBI=0.0263011;REFB=-0.0108584;REVB=-0.0262874;RO=66;SAF=6;SAR=5;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111649;STB=0.538398;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0546241;OID=.;OPOS=133036394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:78:66:66:11:12:0.153846:5:6:30:36:6:6:30:36 chr2 133036530 . A G 41.86 PASS AF=0.104167;AO=9;DP=95;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0198437;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.699;QD=1.7441;RBI=0.0219585;REFB=-0.00420074;REVB=-0.00940236;RO=84;SAF=5;SAR=4;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188236;STB=0.667697;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0422121;OID=.;OPOS=133036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:95:96:84:86:9:10:0.104167:4:5:33:51:4:6:35:51 chr2 133036571 . C T 97.51 PASS AF=0.202532;AO=16;DP=80;FAO=16;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0187388;FXX=0.0365809;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.793;QD=4.93739;RBI=0.0200686;REFB=-0.000550538;REVB=-0.00718371;RO=62;SAF=11;SAR=5;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276769;STB=0.670731;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00147719;OID=.;OPOS=133036571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:80:79:62:63:16:16:0.202532:5:11:29:33:5:11:30:33 chr2 133036619 . CCA TGA,TGG 192.53 PASS AF=0.25,0.0434783;AO=23,4;DP=92;FAO=23,4;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=13,3;FSAR=10,1;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00915089,0.00466584;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,3;MLLD=190.06,239.725;QD=8.3707;RBI=0.0101736,0.00683311;REFB=-0.00481109,-0.00103906;REVB=-0.00444565,0.00499213;RO=65;SAF=13,3;SAR=10,1;SRF=35;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0330612,0.207089;STB=0.519983,0.708834;STBP=0.865,0.511;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0222686,-0.0131083;OID=.,.;OPOS=133036619,133036619;OREF=CC,CCA;OALT=TG,TGG;OMAPALT=TGA,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:65:65:23,4:23,4:0.25,0.0434783:10,1:13,3:35:30:10,1:13,3:35:30 chr2 133036630 . A G 81.16 PASS AF=0.148148;AO=16;DP=107;FAO=16;FDP=108;FR=.;FRO=92;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0121214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.639;QD=3.00608;RBI=0.0158504;REFB=-0.00574515;REVB=-0.0102131;RO=91;SAF=3;SAR=13;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466233;STB=0.81211;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0366653;OID=.;OPOS=133036630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:107:108:91:92:16:16:0.148148:13:3:51:40:13:3:51:41 chr2 133036632 . G A 99.32 PASS AF=0.169811;AO=18;DP=106;FAO=18;FDP=106;FR=.;FRO=88;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.0176597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.03;QD=3.7481;RBI=0.0240119;REFB=-0.00215611;REVB=-0.0162698;RO=88;SAF=5;SAR=13;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350704;STB=0.729477;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0443916;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:88:88:18:18:0.169811:13:5:49:39:13:5:49:39 chr2 133036650 . T G 542.35 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00808988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3594;QD=18.5419;RBI=0.0433698;REFB=0.00948159;REVB=0.0426086;RO=60;SAF=26;SAR=31;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132635;STB=0.573363;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0105447;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:57:57:0.487179:31:26:36:24:31:26:36:24 chr2 133036661 . A AT 211.99 PASS AF=0.284404;AO=35;DP=119;FAO=31;FDP=109;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0191792;FXX=0.0267833;HRUN=0;LEN=1;MLLD=69.2489;QD=7.7794;RBI=0.0279008;REFB=-0.014177;REVB=0.0202636;RO=84;SAF=19;SAR=16;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00861661;STB=0.529845;STBP=0.726;TYPE=ins;VARB=0.0208866;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.284404:35:119:31:109:78:15:16:41:37:99:84:19:16:45:39 chr2 133036666 . AC A 261.34 PASS AF=0.308333;AO=37;DP=122;FAO=37;FDP=120;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0108888;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2361;QD=8.71129;RBI=0.0374512;REFB=0.00868129;REVB=-0.0358334;RO=82;SAF=21;SAR=16;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369917;STB=0.517799;STBP=0.818;TYPE=del;VARB=-0.011506;OID=.;OPOS=133036667;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308333:37:122:37:120:83:21:16:45:38:99:82:21:16:44:38 chr2 133036669 . G T 283.52 PASS AF=0.304;AO=38;DP=125;FAO=38;FDP=125;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.00978562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.101;QD=9.07269;RBI=0.0685145;REFB=-0.00481265;REVB=-0.0678121;RO=87;SAF=23;SAR=15;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928565;STB=0.554426;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0072107;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:87:87:38:38:0.304:15:23:46:41:15:23:46:41 chr2 133036693 . T G 888.99 PASS AF=0.574468;AO=81;DP=141;FAO=81;FDP=141;FR=.;FRO=60;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00324159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.338;QD=25.2195;RBI=0.0170587;REFB=-0.0171062;REVB=0.0167479;RO=60;SAF=46;SAR=35;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123091;STB=0.506701;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00967491;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:60:60:81:81:0.574468:35:46:35:25:35:46:35:25 chr2 133036695 . C A 146.92 PASS AF=0.181818;AO=26;DP=135;FAO=26;FDP=143;FR=.;FRO=117;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=52;FWDB=-0.00467178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.43;QD=4.10966;RBI=0.0111177;REFB=6.54803e-05;REVB=-0.0100885;RO=109;SAF=18;SAR=8;SRF=65;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133039;STB=0.619171;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.000400184;OID=.;OPOS=133036695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:143:109:117:26:26:0.181818:8:18:65:44:8:18:65:52 chr2 133036697 . A G 782.05 PASS AF=0.517241;AO=80;DP=143;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0308504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.02;QD=21.5738;RBI=0.031009;REFB=-0.0133216;REVB=-0.00313191;RO=63;SAF=45;SAR=35;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204021;STB=0.549326;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0245637;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:63:70:80:75:0.517241:35:45:37:26:28:47:37:33 chr2 133036704 . T C 364.42 PASS AF=0.310811;AO=46;DP=148;FAO=46;FDP=148;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=-0.00474777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.76;QD=9.84929;RBI=0.00602087;REFB=0.00406364;REVB=-0.00370264;RO=101;SAF=27;SAR=19;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273661;STB=0.512962;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00558577;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:101:102:46:46:0.310811:19:27:57:44:19:27:58:44 chr2 133036714 . A G 357.25 PASS AF=0.321429;AO=45;DP=140;FAO=45;FDP=140;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=0.00266978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.675;QD=10.2072;RBI=0.0245224;REFB=-0.000925145;REVB=-0.0243766;RO=95;SAF=27;SAR=18;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381232;STB=0.522114;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00788364;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:95:95:45:45:0.321429:18:27:54:41:18:27:54:41 chr2 133036716 . G T 325.91 PASS AF=0.323741;AO=40;DP=134;FAO=45;FDP=139;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00853473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.148;QD=9.37858;RBI=0.0434754;REFB=-0.0151449;REVB=-0.0426294;RO=94;SAF=22;SAR=18;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167519;STB=0.525211;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0268773;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:139:94:94:40:45:0.323741:18:22:53:41:18:27:53:41 chr2 133036720 . T C 241.01 PASS AF=0.253623;AO=35;DP=138;FAO=35;FDP=138;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=0.0187307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.905;QD=6.98565;RBI=0.0243317;REFB=-0.0100754;REVB=-0.0155304;RO=103;SAF=18;SAR=17;SRF=60;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085216;STB=0.551093;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0188766;OID=.;OPOS=133036720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:103:103:35:35:0.253623:17:18:60:43:17:18:60:43 chr2 133036742 . T C 249.79 PASS AF=0.282258;AO=35;DP=124;FAO=35;FDP=124;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.0122172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9663;QD=8.0576;RBI=0.0135173;REFB=0.00106818;REVB=-0.00578434;RO=89;SAF=26;SAR=9;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318873;STB=0.690151;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0017816;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:89:89:35:35:0.282258:9:26:44:45:9:26:44:45 chr2 133036787 . C A 220.74 PASS AF=0.409091;AO=21;DP=60;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00391533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.628;QD=13.378;RBI=0.0134537;REFB=-0.00818672;REVB=-0.0128713;RO=38;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162351;STB=0.511802;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0141658;OID=.;OPOS=133036787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:66:38:39:21:27:0.409091:8:13:18:20:14:13:18:21 chr2 133036797 . A AAGC 179.89 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=66;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00856244;FXX=0.0344768;HRUN=6;LEN=3;MLLD=236.407;QD=12.8495;RBI=0.0093024;REFB=-0.002795;REVB=0.00363583;RO=44;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11327;STB=0.501676;STBP=0.987;TYPE=ins;VARB=0.00242081;OID=.;OPOS=133036798;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:21:66:22:56:34:9:13:14:20:99:44:8:13:21:23 chr2 133036812 . T C 151.14 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.036636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.662;QD=10.0761;RBI=0.0379949;REFB=0.000912211;REVB=-0.0100706;RO=40;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116598;STB=0.568193;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00386289;OID=.;OPOS=133036812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:11:9:14:26:11:9:14:26 chr2 133036828 . A G 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0123349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.006;QD=10.0236;RBI=0.0233022;REFB=0.00028622;REVB=0.0197698;RO=37;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113611;STB=0.566669;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000544957;OID=.;OPOS=133036828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:11:7:11:26:11:7:11:26 chr2 133036840 . C T 96.6 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=0.0674375;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8602;QD=7.57676;RBI=0.0719488;REFB=-0.00822379;REVB=-0.0250762;RO=38;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243338;STB=0.617604;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0259489;OID=.;OPOS=133036840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:52:51:38:38:13:13:0.254902:9:4:6:32:9:4:7:31 chr2 133036851 . T TC 37.01 PASS AF=0.204545;AO=10;DP=51;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=-0.136819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.995;QD=3.36478;RBI=0.163812;REFB=-0.023303;REVB=-0.0900813;RO=41;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127812;STB=0.660088;STBP=0.416;TYPE=ins;VARB=0.0476948;OID=.;OPOS=133036852;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204545:10:51:9:44:35:3:6:6:29:37:41:3:7:9:32 chr2 133036856 . T C 50.16 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.0234731;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.475;QD=4.36147;RBI=0.0564468;REFB=-0.00561686;REVB=-0.0513347;RO=38;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677308;STB=0.545347;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0349966;OID=.;OPOS=133036856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:47:46:38:38:8:8:0.173913:6:2:8:30:6:2:8:30 chr2 133036858 . C G 49.39 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.000980069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.367;QD=4.20312;RBI=0.00658857;REFB=-0.00882947;REVB=0.00651526;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320156;STB=0.521686;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0372622;OID=.;OPOS=133036858;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:6:2:9:30:6:2:9:30 chr2 133037108 . G A 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.00161734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.091;QD=4.70059;RBI=0.0275782;REFB=-0.00929521;REVB=-0.0275307;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248365;STB=0.660623;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0241191;OID=.;OPOS=133037108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:3:4:22:7:3:4:22:7 chr2 133037140 . G A 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0109042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.439;QD=4.85451;RBI=0.0116278;REFB=0.000806074;REVB=0.0040379;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892627;STB=0.559158;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00175202;OID=.;OPOS=133037140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:3:4:18:10:3:4:18:10 chr2 133037153 . C T 49.85 PASS AF=0.233333;AO=5;DP=32;FAO=7;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0319092;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6389;QD=6.6469;RBI=0.0344201;REFB=-0.0188534;REVB=-0.0129053;RO=17;SAF=2;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147854;STB=0.529329;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0358734;OID=.;OPOS=133037153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:32:30:17:23:5:7:0.233333:3:2:9:8:3:4:14:9 chr2 133037226 . T C 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00381852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.207;QD=14.196;RBI=0.0132061;REFB=-0.0123957;REVB=0.012642;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158932;STB=0.509083;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0124028;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:13:19:14:9:13:19 chr2 133037311 . C A 341.46 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00237121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9622;QD=13.3906;RBI=0.0114936;REFB=0.00840971;REVB=0.0112464;RO=62;SAF=13;SAR=27;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17917;STB=0.602126;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0168462;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:27:13:30:32:27:13:30:32 chr2 133037397 . C T 379.17 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0159747;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4814;QD=16.4856;RBI=0.0160714;REFB=-0.00840405;REVB=0.00176061;RO=52;SAF=20;SAR=20;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135637;STB=0.57605;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0099434;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:52:52:40:40:0.434783:20:20:19:33:20:20:19:33 chr2 133037512 . C T 55.74 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=58;FWDB=0.0252098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.364;QD=2.93345;RBI=0.0262525;REFB=-0.00115385;REVB=-0.00732513;RO=65;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.69696;STB=0.915196;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00575584;OID=.;OPOS=133037512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:65:65:11:11:0.144737:3:8:7:58:3:8:7:58 chr2 133037568 . T C 964.19 PASS AF=0.827586;AO=72;DP=87;FAO=72;FDP=87;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0682086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1445;QD=44.3305;RBI=0.0750388;REFB=0.00979517;REVB=0.0312796;RO=15;SAF=6;SAR=66;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110635;STB=0.559304;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0125837;OID=.;OPOS=133037568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:87:15:15:72:72:0.827586:66:6:3:12:66:6:3:12 chr2 133037586 . A AC 448.82 PASS AF=0.79661;AO=47;DP=63;FAO=47;FDP=59;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0191286;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.9761;QD=30.4287;RBI=0.0446747;REFB=0.00505953;REVB=0.0403723;RO=16;SAF=2;SAR=45;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368087;STB=0.675579;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=-0.00147571;OID=.;OPOS=133037587;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.79661:47:63:47:59:12:2:45:3:9:44:16:2:45:4:12 chr2 133037592 . CTA C 445.11 PASS AF=0.729167;AO=34;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.030569;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.872;QD=37.0925;RBI=0.0307279;REFB=-0.0199112;REVB=-0.00312135;RO=12;SAF=2;SAR=32;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291346;STB=0.657258;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.00837253;OID=.;OPOS=133037593;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.729167:34:48:35:48:13:2:33:3:10:99:12:2:32:3:9 chr2 133037812 . A G 3013.85 PASS AF=0.994845;AO=191;DP=192;FAO=193;FDP=194;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0418079;FXX=0.020201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.903;QD=62.1413;RBI=0.0656925;REFB=-0.104398;REVB=-0.0506715;RO=0;SAF=83;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71952e-08;STB=0.502283;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0005795;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:192:194:0:1:191:193:0.994845:108:83:0:0:109:84:0:1 chr2 133038034 . A G 101.83 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00972607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.112;QD=40.7309;RBI=0.0618476;REFB=0;REVB=0.061078;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157904;OID=.;OPOS=133038034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr2 133038036 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.632;QD=42.1814;RBI=0.095715;REFB=0;REVB=0.0948465;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622048;OID=.;OPOS=133038036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr2 133038166 . T C 105.02 PASS AF=0.193548;AO=19;DP=93;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.00303248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5675;QD=4.51713;RBI=0.00482253;REFB=-0.0125541;REVB=-0.00374978;RO=73;SAF=7;SAR=12;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912232;STB=0.531563;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0272644;OID=.;OPOS=133038166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:73:75:19:18:0.193548:12:7:32:41:11:7:32:43 chr2 133038179 . AG CT 132.15 PASS AF=0.205607;AO=22;DP=109;FAO=22;FDP=107;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.00307176;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.879;QD=4.94027;RBI=0.0170964;REFB=0.0029935;REVB=-0.0168182;RO=83;SAF=8;SAR=14;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921172;STB=0.549954;STBP=0.612;TYPE=mnp;VARB=-0.00903979;OID=.;OPOS=133038179;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:83:85:22:22:0.205607:14:8:36:47:14:8:36:49 chr2 133038188 . T C 138.18 PASS AF=0.207207;AO=23;DP=110;FAO=23;FDP=111;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0172825;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8362;QD=4.9796;RBI=0.126915;REFB=0.00511105;REVB=-0.125733;RO=87;SAF=10;SAR=13;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00256652;STB=0.50239;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.020591;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:87:88:23:23:0.207207:13:10:38:49:13:10:38:50 chr2 133038228 . C T 240.99 PASS AF=0.253623;AO=35;DP=138;FAO=35;FDP=138;FR=.;FRO=103;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.0288706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.392;QD=6.98527;RBI=0.0298972;REFB=-0.00243036;REVB=-0.00776756;RO=101;SAF=22;SAR=13;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214299;STB=0.628498;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00756979;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:101:103:35:35:0.253623:13:22:46:55:13:22:47:56 chr2 133038234 . C T 210.46 PASS AF=0.237037;AO=32;DP=134;FAO=32;FDP=135;FR=.;FRO=103;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.0154232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.362;QD=6.23579;RBI=0.0227128;REFB=-0.0152604;REVB=-0.0166733;RO=102;SAF=19;SAR=13;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166117;STB=0.604361;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0348157;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:102:103:32:32:0.237037:13:19:47:55:13:19:47:56 chr2 133038264 . G A 229.65 PASS AF=0.246377;AO=33;DP=137;FAO=34;FDP=138;FR=.;FRO=104;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.0367669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4609;QD=6.65648;RBI=0.0460108;REFB=-0.00652773;REVB=0.027662;RO=104;SAF=20;SAR=13;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157382;STB=0.581149;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0148987;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:104:104:33:34:0.246377:13:20:50:54:14:20:50:54 chr2 133038275 . C T 192.73 PASS AF=0.232558;AO=30;DP=129;FAO=30;FDP=129;FR=.;FRO=99;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.000461308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.154;QD=5.97609;RBI=0.0100331;REFB=-0.0051925;REVB=-0.0100225;RO=97;SAF=18;SAR=12;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170229;STB=0.596209;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0132473;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:97:99:30:30:0.232558:12:18:45:52:12:18:47:52 chr2 133038280 . A C 189.58 PASS AF=0.239669;AO=25;DP=117;FAO=29;FDP=121;FR=.;FRO=92;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.0238133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.415;QD=6.2671;RBI=0.0240655;REFB=-0.0234963;REVB=-0.0034748;RO=91;SAF=13;SAR=12;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875184;STB=0.60604;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0211398;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:91:92:25:29:0.239669:12:13:41:50:12:17:41:51 chr2 133038365 . G T 281.53 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0467031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.0793;QD=14.6247;RBI=0.0493582;REFB=0.0301751;REVB=0.0159702;RO=44;SAF=19;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165464;STB=0.587415;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00791667;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:13:19:19:25:13:19:20:25 chr2 133038366 . C T 388.35 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.022129;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.28;QD=20.992;RBI=0.0241806;REFB=-0.0169708;REVB=0.00974724;RO=35;SAF=15;SAR=24;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16151;STB=0.589427;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0222324;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:35:35:39:39:0.527027:24:15:20:15:24:15:20:15 chr2 133038378 . A G 272.13 PASS AF=0.442857;AO=26;DP=65;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0217626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.971;QD=15.5505;RBI=0.0218464;REFB=-0.0124176;REVB=0.00191181;RO=34;SAF=18;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286569;STB=0.631884;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0106473;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:34:39:26:31:0.442857:8:18:14:20:11:20:16:23 chr2 133038383 . GC AT 291.36 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.000916654;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.866;QD=16.6493;RBI=0.0215828;REFB=-0.0214293;REVB=-0.0215633;RO=37;SAF=21;SAR=11;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313215;STB=0.681468;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.0253418;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:37:38:32:32:0.457143:11:21:12:25:11:21:12:26 chr2 133038400 . GA G 151.27 PASS AF=0.493151;AO=30;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0394623;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2726;QD=8.289;RBI=0.0864896;REFB=0.021105;REVB=0.0769622;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230976;STB=0.602209;STBP=0.114;TYPE=del;VARB=0.0250483;OID=.;OPOS=133038401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493151:30:72:36:73:37:19:17:12:25:99:32:17:13:10:22 chr2 133038421 . G C 294.86 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0197795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.794;QD=12.8202;RBI=0.0250031;REFB=-0.00761466;REVB=-0.0152947;RO=58;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240989;STB=0.637895;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0161388;OID=.;OPOS=133038421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:13:21:23:35:13:21:23:35 chr2 133038491 . T C 346.25 PASS AF=0.273743;AO=49;DP=179;FAO=49;FDP=179;FR=.;FRO=130;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=69;FSRR=61;FWDB=-0.02419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4788;QD=7.73736;RBI=0.0387517;REFB=-0.00756052;REVB=-0.0302744;RO=130;SAF=29;SAR=20;SRF=69;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762267;STB=0.54512;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.026844;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:130:130:49:49:0.273743:20:29:69:61:20:29:69:61 chr2 133038501 . G A 319.2 PASS AF=0.248677;AO=47;DP=185;FAO=47;FDP=189;FR=.;FRO=142;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=79;FSRR=63;FWDB=-0.0124808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.094;QD=6.75549;RBI=0.0128002;REFB=-0.00175019;REVB=0.00284144;RO=138;SAF=27;SAR=20;SRF=78;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117695;STB=0.513867;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00419047;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:189:138:142:47:47:0.248677:20:27:78:60:20:27:79:63 chr2 133038515 . A G 357.64 PASS AF=0.255;AO=51;DP=199;FAO=51;FDP=200;FR=.;FRO=149;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=78;FSRR=71;FWDB=0.00719837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.876;QD=7.15289;RBI=0.0845276;REFB=0.00399823;REVB=0.0842206;RO=148;SAF=28;SAR=23;SRF=77;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360136;STB=0.519125;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0143475;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:148:149:51:51:0.255:23:28:77:71:23:28:78:71 chr2 133038530 . A G 269.19 PASS AF=0.215;AO=43;DP=200;FAO=43;FDP=200;FR=.;FRO=157;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=82;FSRR=75;FWDB=-0.00259466;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.163;QD=5.38375;RBI=0.0131974;REFB=0.000975882;REVB=0.0129399;RO=157;SAF=23;SAR=20;SRF=82;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161183;STB=0.509914;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.00305002;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:157:157:43:43:0.215:20:23:82:75:20:23:82:75 chr2 133038543 . A G 258.92 PASS AF=0.207547;AO=44;DP=215;FAO=44;FDP=212;FR=.;FRO=168;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=87;FSRR=81;FWDB=-0.0119342;FXX=0.0139528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.886;QD=4.8853;RBI=0.0134644;REFB=-0.0061926;REVB=-0.00623403;RO=168;SAF=23;SAR=21;SRF=85;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214982;STB=0.503864;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.018369;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:212:168:168:44:44:0.207547:21:23:85:83:21:23:87:81 chr2 133038569 . T C 310.55 PASS AF=0.205426;AO=53;DP=257;FAO=53;FDP=258;FR=.;FRO=205;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=105;FSRR=100;FWDB=-0.0176649;FXX=0.0152666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.066;QD=4.81472;RBI=0.0306401;REFB=-0.00513491;REVB=-0.0250353;RO=199;SAF=32;SAR=21;SRF=102;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118321;STB=0.573686;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0253667;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:258:199:205:53:53:0.205426:21:32:102:97:21:32:105:100 chr2 133038580 . C T 359.85 PASS AF=0.220149;AO=59;DP=268;FAO=59;FDP=268;FR=.;FRO=209;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=105;FSRR=104;FWDB=0.0296036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.715;QD=5.37093;RBI=0.0299033;REFB=-0.00641025;REVB=0.00422269;RO=208;SAF=32;SAR=27;SRF=105;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048083;STB=0.531227;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0184667;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:208:209:59:59:0.220149:27:32:105:103:27:32:105:104 chr2 133038625 . G A 240.72 PASS AF=0.191111;AO=42;DP=226;FAO=43;FDP=225;FR=.;FRO=182;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=89;FSRR=93;FWDB=0.00493745;FXX=0.00442458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.99;QD=4.2795;RBI=0.0331314;REFB=-0.00667964;REVB=-0.0327614;RO=181;SAF=18;SAR=24;SRF=88;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746341;STB=0.557381;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0310552;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:181:182:42:43:0.191111:24:18:88:93:25:18:89:93 chr2 133038681 . T C 112.65 PASS AF=0.109155;AO=31;DP=282;FAO=31;FDP=284;FR=.;FRO=253;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=74;FSRR=179;FWDB=-0.0202662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.652;QD=1.58662;RBI=0.0202729;REFB=-0.001692;REVB=0.000522799;RO=250;SAF=10;SAR=21;SRF=72;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506537;STB=0.53133;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0207883;OID=.;OPOS=133038681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:284:250:253:31:31:0.109155:21:10:72:178:21:10:74:179 chr2 133038686 . A G 1733.14 PASS AF=0.578182;AO=159;DP=277;FAO=159;FDP=275;FR=.;FRO=116;FSAF=19;FSAR=140;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=-0.00692808;FXX=0.010791;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.919;QD=25.2094;RBI=0.0213796;REFB=-0.00161898;REVB=0.0202259;RO=115;SAF=19;SAR=140;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452399;STB=0.751387;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000932207;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:275:115:116:159:159:0.578182:140:19:60:55:140:19:61:55 chr2 133038693 . A T 1299.14 PASS AF=0.488889;AO=132;DP=270;FAO=132;FDP=270;FR=.;FRO=138;FSAF=8;FSAR=124;FSRF=70;FSRR=68;FWDB=-0.00241904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.053;QD=19.2466;RBI=0.00421142;REFB=0.00551453;REVB=0.00344737;RO=137;SAF=8;SAR=124;SRF=69;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.640027;STB=0.862883;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00413743;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:137:138:132:132:0.488889:124:8:69:68:124:8:70:68 chr2 133038724 . T C 553.15 PASS AF=0.388235;AO=65;DP=170;FAO=66;FDP=170;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=60;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=-0.0151213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.32;QD=13.0152;RBI=0.0177862;REFB=-0.0254659;REVB=-0.00936456;RO=99;SAF=6;SAR=59;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.620626;STB=0.851522;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0495568;OID=.;OPOS=133038724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:99:104:65:66:0.388235:59:6:56:43:60:6:56:48 chr2 133038728 . CT CG,GG 1346.18 PASS AF=0.758242,0.186813;AO=69,17;DP=91;FAO=69,17;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45,7;FSAR=24,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302879,0.0153895;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=83.3208,58.9251;QD=59.1726;RBI=0.0145442,0.0243918;REFB=0,0;REVB=0.0142253,0.0189241;RO=0;SAF=45,7;SAR=24,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00232776,0.00178619;OID=.,.;OPOS=133038729,133038728;OREF=T,CT;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:91:91:0:0:69,17:69,17:0.758242,0.186813:24,10:45,7:0:0:24,10:45,7:0:0 chr2 133038740 . G A 94.38 PASS AF=0.192771;AO=16;DP=83;FAO=16;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.030381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.2108;QD=4.54861;RBI=0.0334995;REFB=-0.00155394;REVB=-0.0141142;RO=67;SAF=7;SAR=9;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21682;STB=0.637944;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00337635;OID=.;OPOS=133038740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:83:83:67:67:16:16:0.192771:9:7:41:26:9:7:41:26 chr2 133038745 . T C 121.86 PASS AF=0.202899;AO=13;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.00285409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.142;QD=7.06419;RBI=0.019902;REFB=0.00153653;REVB=0.0196963;RO=49;SAF=6;SAR=7;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26174;STB=0.64044;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0122702;OID=.;OPOS=133038745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:69:69:49:50:13:14:0.202899:7:6:33:16:7:7:34:16 chr2 133038886 . A G 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.544;QD=59.8349;RBI=0.0404852;REFB=0;REVB=-0.0404426;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209059;OID=.;OPOS=133038886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr2 133038904 . T G 40.94 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0171995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.567;QD=3.72159;RBI=0.0301845;REFB=0.000936087;REVB=0.0248049;RO=37;SAF=6;SAR=1;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400456;STB=0.789759;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0225187;OID=.;OPOS=133038904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:44:37:37:7:7:0.159091:1:6:21:16:1:6:21:16 chr2 133038925 . A G 62.23 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0304188;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0725;QD=4.52563;RBI=0.0563226;REFB=-0.00976084;REVB=0.0474018;RO=45;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559783;STB=0.537238;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0180014;OID=.;OPOS=133038925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:56:55:45:45:10:10:0.181818:4:6:25:20:4:6:25:20 chr2 133038946 . C T 46.51 PASS AF=0.144928;AO=7;DP=68;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0233145;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.609;QD=2.696;RBI=0.0332106;REFB=-0.00512725;REVB=0.0236511;RO=61;SAF=4;SAR=3;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00275785;STB=0.660709;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.038619;OID=.;OPOS=133038946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:68:69:61:59:7:10:0.144928:3:4:35:26:6:4:35:24 chr2 133038963 . TG CA 74.79 PASS AF=0.113636;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00861475;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=265.91;QD=3.39934;RBI=0.014794;REFB=-0.00208567;REVB=-0.012027;RO=73;SAF=4;SAR=6;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193196;STB=0.639538;STBP=0.377;TYPE=mnp;VARB=0.000762701;OID=.;OPOS=133038963;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:88:88:73:73:10:10:0.113636:6:4:41:32:6:4:41:32 chr2 133039014 . A G 218.86 PASS AF=0.284404;AO=30;DP=108;FAO=31;FDP=109;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.00054046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.393;QD=8.03155;RBI=0.00264531;REFB=-0.00566946;REVB=-0.00258951;RO=78;SAF=10;SAR=20;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279941;STB=0.673284;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0168611;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:78:78:30:31:0.284404:20:10:44:34:21:10:44:34 chr2 133039018 . T A 56.92 PASS AF=0.117117;AO=13;DP=111;FAO=13;FDP=111;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=0.000478003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8253;QD=2.05113;RBI=0.0192052;REFB=0.000782149;REVB=0.0191993;RO=97;SAF=5;SAR=8;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171548;STB=0.619457;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00292943;OID=.;OPOS=133039018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:111:111:97:98:13:13:0.117117:8:5:51:46:8:5:51:47 chr2 133039048 . A G 257.81 PASS AF=0.342857;AO=34;DP=103;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0110094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.733;QD=9.82121;RBI=0.022518;REFB=-0.0213238;REVB=0.0196432;RO=68;SAF=15;SAR=19;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167805;STB=0.606241;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0369059;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:68:69:34:36:0.342857:19:15:40:28:21:15:40:29 chr2 133039050 . G A 59.16 PASS AF=0.122642;AO=13;DP=106;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.0197478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6755;QD=2.2325;RBI=0.021509;REFB=-0.00458605;REVB=-0.008524;RO=89;SAF=6;SAR=7;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109208;STB=0.557076;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0653239;OID=.;OPOS=133039050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:106:106:89:93:13:13:0.122642:7:6:49:40:7:6:49:44 chr2 133039052 . C G 59.23 PASS AF=0.121495;AO=13;DP=107;FAO=13;FDP=107;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.0223055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6706;QD=2.21408;RBI=0.0223063;REFB=0.00045822;REVB=0.000188245;RO=93;SAF=6;SAR=7;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798785;STB=0.552287;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00558336;OID=.;OPOS=133039052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:107:107:93:94:13:13:0.121495:7:6:49:44:7:6:49:45 chr2 133039061 . A G 149.25 PASS AF=0.223301;AO=22;DP=103;FAO=23;FDP=103;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.00652486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5309;QD=5.79599;RBI=0.0131849;REFB=-0.0274591;REVB=-0.0114572;RO=80;SAF=9;SAR=13;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191367;STB=0.631466;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0304331;OID=.;OPOS=133039061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:80:80:22:23:0.223301:13:9:45:35:14:9:45:35 chr2 133039063 . T C 130.4 PASS AF=0.203883;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0127288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.578;QD=5.06389;RBI=0.0128404;REFB=0.00272598;REVB=-0.00168929;RO=80;SAF=9;SAR=12;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167594;STB=0.594952;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0196923;OID=.;OPOS=133039063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:80:82:21:21:0.203883:12:9:45:35:12:9:45:37 chr2 133039074 . AT GC 130.39 PASS AF=0.203883;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.00128119;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.301;QD=5.06373;RBI=0.00387797;REFB=0.000961691;REVB=-0.00366022;RO=82;SAF=9;SAR=12;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150955;STB=0.594952;STBP=0.363;TYPE=mnp;VARB=-0.00197504;OID=.;OPOS=133039074;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:82:82:21:21:0.203883:12:9:45:37:12:9:45:37 chr2 133039082 . CC AT 82.05 PASS AF=0.149533;AO=16;DP=107;FAO=16;FDP=107;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.011742;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=298.716;QD=3.06739;RBI=0.0172986;REFB=0.00265027;REVB=0.012703;RO=90;SAF=6;SAR=10;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211438;STB=0.646471;STBP=0.199;TYPE=mnp;VARB=-0.0143374;OID=.;OPOS=133039082;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:107:107:90:91:16:16:0.149533:10:6:49:41:10:6:50:41 chr2 133039087 . A G 47.54 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.00134397;FXX=0.0754646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.044;QD=1.94026;RBI=0.0160737;REFB=-0.00177574;REVB=-0.0160174;RO=86;SAF=2;SAR=8;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352943;STB=0.771964;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.017569;OID=.;OPOS=133039087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:98:98:86:88:10:10:0.102041:8:2:42:44:8:2:43:45 chr2 133039090 . T C 263.81 PASS AF=0.32;AO=32;DP=100;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0161399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.956;QD=10.5523;RBI=0.0181478;REFB=-0.00633529;REVB=0.00829724;RO=67;SAF=16;SAR=16;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606846;STB=0.529981;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0101659;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:67:68:32:32:0.32:16:16:37:30:16:16:37:31 chr2 133039101 . A G 72.07 PASS AF=0.147368;AO=14;DP=95;FAO=14;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0380817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5479;QD=3.03438;RBI=0.0437033;REFB=-0.00483209;REVB=0.021442;RO=81;SAF=10;SAR=4;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252431;STB=0.673725;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0522357;OID=.;OPOS=133039101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:95:95:81:81:14:14:0.147368:4:10:42:39:4:10:42:39 chr2 133039105 . T C 72.66 PASS AF=0.148936;AO=14;DP=94;FAO=14;FDP=94;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0398562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0377;QD=3.09213;RBI=0.0413173;REFB=0.00253178;REVB=0.0108906;RO=80;SAF=10;SAR=4;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245308;STB=0.66854;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0160253;OID=.;OPOS=133039105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:94:94:80:80:14:14:0.148936:4:10:42:38:4:10:42:38 chr2 133039143 . C T 124.94 PASS AF=0.2;AO=20;DP=100;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=0.0111247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9082;QD=4.99754;RBI=0.0136617;REFB=-0.0057478;REVB=0.00792987;RO=80;SAF=7;SAR=13;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365525;STB=0.727495;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0291992;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:80:80:20:20:0.2:13:7:52:28:13:7:52:28 chr2 133039156 . TG CA,CG 534.2 PASS AF=0.264151,0.273585;AO=28,28;DP=106;FAO=28,29;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=12,23;FSAR=16,6;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0203116,-0.0170363;FXX=0.00934492;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=202.147,153.257;QD=20.1586;RBI=0.0245409,0.0283336;REFB=-0.000542656,0.00355509;REVB=-0.0137729,-0.0226398;RO=49;SAF=12,23;SAR=16,5;SRF=30;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.200563,0.299173;STB=0.615304,0.643787;STBP=0.12,0.08;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00660214,-0.00497798;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:106:106:49:49:28,28:28,29:0.264151,0.273585:16,5:12,23:30:19:16,6:12,23:30:19 chr2 133039164 . C T 208.83 PASS AF=0.275229;AO=30;DP=109;FAO=30;FDP=109;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=25;FWDB=0.00247998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.404;QD=7.66359;RBI=0.0295136;REFB=-0.0129709;REVB=0.0294092;RO=78;SAF=12;SAR=18;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329943;STB=0.697063;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.028091;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:78:79:30:30:0.275229:18:12:53:25:18:12:54:25 chr2 133039166 . T C 203.78 PASS AF=0.263158;AO=30;DP=114;FAO=30;FDP=114;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.032565;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3751;QD=7.14999;RBI=0.101622;REFB=-0.0182579;REVB=-0.0962634;RO=83;SAF=24;SAR=6;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418995;STB=0.744011;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0425413;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:83:84:30:30:0.263158:6:24:40:43:6:24:42:42 chr2 133039171 . C G 198.3 PASS AF=0.247934;AO=30;DP=121;FAO=30;FDP=121;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.00325278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.764;QD=6.55537;RBI=0.0237356;REFB=-0.00740972;REVB=0.0235116;RO=90;SAF=24;SAR=6;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392814;STB=0.74435;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0127929;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:90:91:30:30:0.247934:6:24:46:44:6:24:46:45 chr2 133039176 . A G 186.99 PASS AF=0.232558;AO=28;DP=127;FAO=30;FDP=129;FR=.;FRO=99;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=0.00849385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.359;QD=5.79803;RBI=0.00971837;REFB=-0.00146289;REVB=-0.00472242;RO=98;SAF=23;SAR=5;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449272;STB=0.759816;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00643233;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:98:99:28:30:0.232558:5:23:48:50:6:24:48:51 chr2 133039199 . AC TG 166.06 PASS AF=0.225;AO=25;DP=119;FAO=27;FDP=120;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.001905;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.069;QD=5.53523;RBI=0.00284636;REFB=-0.00287918;REVB=0.00211489;RO=90;SAF=23;SAR=2;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.62907;STB=0.867178;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0317004;OID=.;OPOS=133039199;OREF=AC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:90:93:25:27:0.225:2:23:42:48:3:24:42:51 chr2 133039208 . AC GT 167.5 PASS AF=0.22314;AO=27;DP=121;FAO=27;FDP=121;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.0148269;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=307.104;QD=5.53726;RBI=0.0162618;REFB=0.00711534;REVB=0.0066789;RO=93;SAF=24;SAR=3;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.595708;STB=0.869273;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.0199153;OID=.;OPOS=133039208;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:93:94:27:27:0.22314:3:24:41:52:3:24:42:52 chr2 133039221 . C T 385.89 PASS AF=0.383333;AO=44;DP=117;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=21;FWDB=-0.00214651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0863;QD=12.863;RBI=0.00428355;REFB=-0.00400523;REVB=0.00370692;RO=71;SAF=11;SAR=33;SRF=52;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503143;STB=0.769923;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0104636;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:71:74:44:46:0.383333:33:11:52:19:34:12:53:21 chr2 133039222 . G A 88.64 PASS AF=0.151261;AO=18;DP=120;FAO=18;FDP=119;FR=.;FRO=101;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=0.000827667;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.798;QD=2.9795;RBI=0.00752022;REFB=0.00171762;REVB=-0.00747454;RO=100;SAF=12;SAR=6;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189402;STB=0.624136;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00555053;OID=.;OPOS=133039222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:120:119:100:101:18:18:0.151261:6:12:52:48:6:12:53:48 chr2 133174764 . C T 575.31 PASS AF=0.435714;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0183941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9437;QD=16.4375;RBI=0.0317529;REFB=-0.0025424;REVB=0.0258825;RO=79;SAF=29;SAR=32;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457175;STB=0.525527;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00295121;OID=.;OPOS=133174764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:79:79:61:61:0.435714:32:29:34:45:32:29:34:45 chr2 133174999 . A G 851.19 PASS AF=0.5;AO=86;DP=172;FAO=86;FDP=172;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=-0.0104506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.103;QD=19.7952;RBI=0.0182866;REFB=-0.00955213;REVB=0.0150062;RO=86;SAF=38;SAR=48;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157583;STB=0.586604;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0108443;OID=.;OPOS=133174999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:86:86:86:86:0.5:48:38:53:33:48:38:53:33 chr2 133281214 . A G 900.62 PASS AF=0.569444;AO=81;DP=143;FAO=82;FDP=144;FR=.;FRO=62;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0266889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.566;QD=25.0172;RBI=0.0289222;REFB=-0.0065654;REVB=-0.0111445;RO=61;SAF=45;SAR=36;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00145428;STB=0.501548;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00489053;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:61:62:81:82:0.569444:36:45:34:27:36:46:35:27 chr2 133489601 . A G 984.67 PASS AF=0.489899;AO=96;DP=198;FAO=97;FDP=198;FR=.;FRO=101;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.0055729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4238;QD=19.8923;RBI=0.00921652;REFB=-0.019063;REVB=0.00734079;RO=101;SAF=44;SAR=52;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250683;STB=0.510867;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0260557;OID=.;OPOS=133489601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:101:101:96:97:0.489899:52:44:49:52:52:45:49:52 chr2 133539566 . G A 1467.98 PASS AF=0.550607;AO=136;DP=247;FAO=136;FDP=247;FR=.;FRO=111;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=0.0164717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.687;QD=23.773;RBI=0.0205681;REFB=-0.00268853;REVB=0.0123178;RO=111;SAF=61;SAR=75;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240876;STB=0.513111;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00196691;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:111:111:136:136:0.550607:75:61:53:58:75:61:53:58 chr2 133541107 . T A 810.85 PASS AF=0.445026;AO=85;DP=191;FAO=85;FDP=191;FR=.;FRO=106;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=0.010634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.056;QD=16.9811;RBI=0.02824;REFB=-0.0328714;REVB=0.0261613;RO=100;SAF=48;SAR=37;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044043;STB=0.541388;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0352122;OID=.;OPOS=133541107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:100:106:85:85:0.445026:37:48:52:48:37:48:52:54 chr2 133541444 . T C 1891.11 PASS AF=0.46778;AO=195;DP=418;FAO=196;FDP=419;FR=.;FRO=223;FSAF=97;FSAR=99;FSRF=98;FSRR=125;FWDB=0.00027694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.63;QD=18.0535;RBI=0.00781575;REFB=0.00904397;REVB=-0.00781084;RO=222;SAF=97;SAR=98;SRF=98;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541672;STB=0.529522;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00937293;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:418:419:222:223:195:196:0.46778:98:97:98:124:99:97:98:125 chr2 133541454 . A G 1836.16 PASS AF=0.473282;AO=186;DP=393;FAO=186;FDP=393;FR=.;FRO=207;FSAF=93;FSAR=93;FSRF=95;FSRR=112;FWDB=0.00752537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.792;QD=18.6886;RBI=0.00894508;REFB=0.0121437;REVB=-0.00483562;RO=204;SAF=93;SAR=93;SRF=93;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419764;STB=0.521626;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0133181;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:204:207:186:186:0.473282:93:93:93:111:93:93:95:112 chr2 133542014 . T C 616.14 PASS AF=0.406977;AO=70;DP=173;FAO=70;FDP=172;FR=.;FRO=102;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.0387798;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0818;QD=14.3289;RBI=0.0593074;REFB=-0.0200494;REVB=0.044872;RO=102;SAF=35;SAR=35;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0241269;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:102:102:70:70:0.406977:35:35:51:51:35:35:51:51 chr2 133542574 . C T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0097228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.451;QD=24.5996;RBI=0.0097608;REFB=0.00710563;REVB=0.000860492;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00386598;OID=.;OPOS=133542574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:11:11:8:8:11:11:8:8 chr2 133554288 . A G 541.65 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0910531;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4344;QD=22.1081;RBI=0.0915331;REFB=0.0081939;REVB=-0.00936234;RO=48;SAF=24;SAR=27;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044151;STB=0.519223;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0107479;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:48:47:51:51:0.520408:27:24:25:23:27:24:24:23 chr2 134148851 . G A 867.93 PASS AF=0.447619;AO=94;DP=210;FAO=94;FDP=210;FR=.;FRO=116;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=45;FSRR=71;FWDB=0.0758277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5277;QD=16.532;RBI=0.081397;REFB=0.00559048;REVB=0.0295911;RO=116;SAF=31;SAR=63;SRF=45;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063736;STB=0.535443;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00701869;OID=.;OPOS=134148851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:116:116:94:94:0.447619:63:31:45:71:63:31:45:71 chr2 134884697 . G C 1555.06 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.992;QD=59.8101;RBI=0.0757521;REFB=0;REVB=0.0511584;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242468;OID=.;OPOS=134884697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:50:53:0:0:50:54:0:0 chr2 135710322 . A G 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8354;QD=62.3119;RBI=0.109274;REFB=0;REVB=-0.0583664;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196144;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:50:36:0:0:50:36:0:0 chr2 135711516 . C T 229.73 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048504;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.985;QD=51.0505;RBI=0.0556596;REFB=0;REVB=0.0273011;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0446772;OID=.;OPOS=135711516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:12:4:0:0:12:6:0:0 chr2 135711657 . G A 885.86 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.174;QD=58.0889;RBI=0.0291239;REFB=0;REVB=0.0116771;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24467e-05;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:34:23:0:0:34:27:0:0 chr2 135893372 . A G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.229;QD=57.3827;RBI=0.0189083;REFB=0;REVB=0.0166702;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80771e-05;OID=.;OPOS=135893372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr2 135911422 . T C 1755.61 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0415009;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.1607;QD=60.0209;RBI=0.0748781;REFB=-0.0458978;REVB=0.062325;RO=1;SAF=48;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979084;STB=0.505154;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000723419;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:1:1:116:116:0.991453:68:48:1:0:68:48:1:0 chr2 136393658 . A G 1572.6 PASS AF=0.99;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.975;QD=62.9038;RBI=0.0168791;REFB=-0.135528;REVB=0.00211371;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.505049;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=2.49028e-05;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:0:1:98:99:0.99:50:48:0:0:50:49:1:0 chr2 136396300 . T C 1556.46 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.235;QD=59.864;RBI=0.0246938;REFB=0;REVB=0.0116465;RO=0;SAF=38;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01704e-05;OID=.;OPOS=136396300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:66:38:0:0:66:38:0:0 chr2 136407479 . A G 3068.35 PASS AF=1;AO=192;DP=195;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00819564;FXX=0.0153053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.03;QD=63.5927;RBI=0.0165255;REFB=0.00606796;REVB=0.01435;RO=1;SAF=97;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6057e-05;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:193:1:0:192:193:1:95:97:0:1:95:98:0:0 chr2 136481627 . A AC,C 113.78 PASS AF=0.174863,0.00546448;AO=22,13;DP=182;FAO=32,1;FDP=183;FR=.;FRO=150;FSAF=21,1;FSAR=11,0;FSRF=57;FSRR=93;FWDB=-0.0548635,-0.0598736;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=76.7913,184.946;QD=2.48704;RBI=0.0596788,0.0608459;REFB=-0.00423587,-0.00469251;REVB=-0.0234852,-0.0108344;RO=145;SAF=10,8;SAR=12,5;SRF=61;SRR=84;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0432281,0.21861;STB=0.717821,0.992436;STBP=0.01,0.258;TYPE=ins,snp;VARB=0.138228,0.14811;OID=.,.;OPOS=136481628,136481627;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:145:150:22,13:32,1:0.174863,0.00546448:12,5:10,8:61:84:11,0:21,1:57:93 chr2 136546110 . A G 2317.57 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182756;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.78;QD=60.9886;RBI=0.0186076;REFB=0;REVB=0.00349891;RO=0;SAF=74;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15904e-05;OID=.;OPOS=136546110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:78:74:0:0:78:74:0:0 chr2 136555659 . T C 2276.42 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146964;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.817;QD=62.7979;RBI=0.0227535;REFB=-0.00561564;REVB=0.0173705;RO=1;SAF=64;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605755;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585734;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:144:145:1:0:142:145:1:78:64:0:1:79:66:0:0 chr2 136561557 . G A 3203.15 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205282;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.983;QD=61.8966;RBI=0.0205923;REFB=0;REVB=-0.00162309;RO=0;SAF=100;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43357e-05;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:207:0:0:206:207:1:106:100:0:0:107:100:0:0 chr2 136575199 . G T 852.02 PASS AF=0.833333;AO=65;DP=78;FAO=65;FDP=78;FR=.;FRO=13;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=-0.030743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.267;QD=43.6934;RBI=0.0463815;REFB=-0.096723;REVB=0.0347292;RO=13;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199601;STB=0.606524;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0018394;OID=.;OPOS=136575199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:78:78:13:13:65:65:0.833333:24:41:0:13:24:41:0:13 chr2 136575534 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.363;QD=53.911;RBI=0.0556746;REFB=0;REVB=0.0556746;RO=0;SAF=0;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283695;OID=.;OPOS=136575534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:24:0:0:0:24:0:0:0 chr2 136594158 . G A 3427.66 PASS AF=0.986667;AO=222;DP=225;FAO=222;FDP=225;FR=.;FRO=3;FSAF=113;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0169348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.524;QD=60.9363;RBI=0.0315378;REFB=-0.0165175;REVB=0.0266053;RO=3;SAF=113;SAR=109;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129311;STB=0.506787;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=7.86031e-05;OID=.;OPOS=136594158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:225:225:3:3:222:222:0.986667:109:113:0:3:109:113:0:3 chr2 138237038 . C T 2237.71 PASS AF=0.986755;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.122484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8791;QD=59.277;RBI=0.140422;REFB=0.143001;REVB=-0.0686745;RO=0;SAF=62;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00270057;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:0:2:149:149:0.986755:87:62:0:0:87:62:2:0 chr2 138759649 . C T 413.71 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0294976;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7431;QD=16.0663;RBI=0.0534987;REFB=-0.0105482;REVB=-0.0446318;RO=56;SAF=18;SAR=28;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737651;STB=0.546854;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0121904;OID=.;OPOS=138759649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:56:57:46:46:0.446602:28:18:26:30:28:18:27:30 chr2 138773229 . G A 534.89 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.0191713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.317;QD=17.2545;RBI=0.0284876;REFB=0.0197889;REVB=-0.0210715;RO=67;SAF=30;SAR=27;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176849;STB=0.598113;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0163431;OID=.;OPOS=138773229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:67:57:57:0.459677:27:30:23:44:27:30:23:44 chr2 139045852 . A G 378.49 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00783639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.929;QD=16.4562;RBI=0.00915681;REFB=-0.0138497;REVB=-0.00473689;RO=52;SAF=22;SAR=18;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116965;STB=0.506576;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0173008;OID=.;OPOS=139045852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:18:22:28:24:18:22:28:24 chr2 139045972 . T C 1283.12 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0495;QD=61.8371;RBI=0.0594692;REFB=0;REVB=0.0550052;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429474;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:30:53:0:0:30:53:0:0 chr2 139326879 . G C 1193.77 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115297;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.307;QD=61.219;RBI=0.0305704;REFB=0;REVB=-0.0305487;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107681;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr2 139429068 . G A 760.65 PASS AF=0.402778;AO=87;DP=216;FAO=87;FDP=216;FR=.;FRO=129;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=59;FSRR=70;FWDB=0.00734727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.891;QD=14.0862;RBI=0.00957485;REFB=-0.00413374;REVB=0.00613966;RO=128;SAF=40;SAR=47;SRF=58;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00710458;STB=0.501446;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0050958;OID=.;OPOS=139429068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:128:129:87:87:0.402778:47:40:58:70:47:40:59:70 chr2 139621319 . A ATCT 398.73 PASS AF=0.292553;AO=52;DP=191;FAO=55;FDP=188;FR=.;FRO=133;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=61;FSRR=72;FWDB=-0.0175574;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=3;MLLD=219.388;QD=8.48365;RBI=0.0263007;REFB=-0.00962556;REVB=-0.0195822;RO=135;SAF=32;SAR=20;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182675;STB=0.586954;STBP=0.136;TYPE=ins;VARB=0.0210335;OID=.;OPOS=139621320;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292553:52:191:55:188:133:32:23:61:72:99:135:32:20:63:72 chr2 139621326 . G A 451.38 PASS AF=0.331429;AO=57;DP=175;FAO=58;FDP=175;FR=.;FRO=117;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=0.0273943;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1863;QD=10.3172;RBI=0.0398981;REFB=0.00228454;REVB=-0.0290071;RO=117;SAF=32;SAR=25;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155458;STB=0.582587;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00663428;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:117:117:57:58:0.331429:25:32:50:67:26:32:50:67 chr2 140979107 . C T 3319.63 PASS AF=0.944681;AO=222;DP=235;FAO=222;FDP=235;FR=.;FRO=13;FSAF=95;FSAR=127;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.015398;FXX=0.00423711;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.14;QD=56.5043;RBI=0.0374305;REFB=-0.0240936;REVB=-0.0341166;RO=12;SAF=95;SAR=127;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00112186;STB=0.502448;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000835276;OID=.;OPOS=140979107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:235:235:12:13:222:222:0.944681:127:95:5:7:127:95:5:8 chr2 141274576 . T C 1418.57 PASS AF=0.961165;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0572109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.89;QD=55.09;RBI=0.0574226;REFB=-0.0426038;REVB=0.00492546;RO=1;SAF=34;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137457;STB=0.527772;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000201462;OID=.;OPOS=141274576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:103:103:1:4:99:99:0.961165:65:34:1:0:65:34:4:0 chr2 141457985 . T A 383.17 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0109053;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.162;QD=14.5968;RBI=0.0162053;REFB=-0.013231;REVB=0.0119869;RO=59;SAF=19;SAR=25;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956807;STB=0.554082;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0266443;OID=.;OPOS=141457985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:59:61:44:44:0.419048:25:19:31:28:25:19:32:29 chr2 141571329 . T C 2553.98 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.245;QD=61.5417;RBI=0.0148997;REFB=0;REVB=0.0097915;RO=0;SAF=74;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94622e-06;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:166:0:0:163:166:1:89:74:0:0:91:75:0:0 chr2 141707868 . G T 1280.43 PASS AF=0.492424;AO=130;DP=265;FAO=130;FDP=264;FR=.;FRO=134;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=59;FSRR=75;FWDB=-0.0263864;FXX=0.00751851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.296;QD=19.4004;RBI=0.0273809;REFB=-0.0122111;REVB=-0.00731252;RO=133;SAF=55;SAR=75;SRF=59;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192985;STB=0.508927;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0148867;OID=.;OPOS=141707868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:264:133:134:130:130:0.492424:75:55:59:74:75:55:59:75 chr2 141751592 . G A 2904.0 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.883;QD=63.1304;RBI=0.0645094;REFB=0;REVB=0.036979;RO=0;SAF=108;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22025e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43878e-05;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:184:0:0:183:184:1:75:108:0:0:76:108:0:0 chr2 141816621 . A G 1452.05 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0370437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.707;QD=59.8782;RBI=0.0453587;REFB=-0.156286;REVB=0.0261758;RO=3;SAF=50;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793345;STB=0.504186;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.000705161;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:3:3:94:94:0.969072:44:50:2:1:44:50:2:1 chr2 143849094 . G A 1501.75 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0559044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.387;QD=61.2959;RBI=0.0598655;REFB=-0.048383;REVB=0.0214144;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510867;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00126154;OID=.;OPOS=143849094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:98:0:2:95:96:0.979592:50:45:0:0:51:45:2:0 chr2 144899559 . C A 1927.1 PASS AF=0.976923;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0680854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1401;QD=59.2955;RBI=0.0878107;REFB=-0.031969;REVB=-0.0554535;RO=1;SAF=50;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940861;STB=0.50146;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=3.86407e-05;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:130:1:3:127:127:0.976923:77:50:1:0:77:50:1:2 chr2 145145728 . TA T 46.83 PASS AF=0.295775;AO=26;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.20607;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.03411;QD=2.63835;RBI=0.256836;REFB=-0.0614349;REVB=-0.153297;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0.368071;SSEP=0;SSSB=-0.0756298;STB=0.516763;STBP=0.869;TYPE=del;VARB=0.0261052;OID=.;OPOS=145145729;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295775:26:71:21:71:50:10:11:25:25:46:35:10:16:16:19 chr2 148657117 . G A 1943.43 PASS AF=0.948905;AO=129;DP=136;FAO=130;FDP=137;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=83;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0146012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.753;QD=56.7426;RBI=0.0152389;REFB=-0.0373525;REVB=0.00436226;RO=5;SAF=46;SAR=83;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338584;STB=0.519309;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00223979;OID=.;OPOS=148657117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:136:137:5:7:129:130:0.948905:83:46:4:1:83:47:5:2 chr2 148716428 . T C 845.05 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0048531;FXX=0.0322529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.524;QD=56.3364;RBI=0.0182822;REFB=-0.0800609;REVB=0.0176263;RO=1;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113688;STB=0.50588;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00106758;OID=.;OPOS=148716428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:1:1:58:59:0.983333:41:17:0:1:42:17:0:1 chr2 149520349 . A G 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0064147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.576;QD=11.5909;RBI=0.00802787;REFB=-0.013912;REVB=0.00482683;RO=44;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162176;STB=0.509382;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0218593;OID=.;OPOS=149520349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:14:11:20:24:14:11:20:24 chr2 150432976 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.862;QD=62.6711;RBI=0.00844407;REFB=0;REVB=0.00677634;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71699e-05;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr2 151219315 . C T 2982.74 PASS AF=0.994737;AO=189;DP=190;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=116;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0417083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.816;QD=62.7945;RBI=0.0463353;REFB=-0.109308;REVB=0.0201836;RO=0;SAF=116;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502146;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000200218;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:190:190:0:1:189:189:0.994737:73:116:0:0:73:116:1:0 chr2 152117957 . T C 845.2 PASS AF=0.423423;AO=92;DP=223;FAO=94;FDP=222;FR=.;FRO=128;FSAF=71;FSAR=23;FSRF=77;FSRR=51;FWDB=0.0012246;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.452;QD=15.2288;RBI=0.0207992;REFB=-0.0109289;REVB=-0.0207631;RO=127;SAF=68;SAR=24;SRF=78;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153415;STB=0.606813;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0159851;OID=.;OPOS=152117957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:127:128:92:94:0.423423:24:68:78:49:23:71:77:51 chr2 152118271 . G A 1966.97 PASS AF=0.421875;AO=215;DP=512;FAO=216;FDP=512;FR=.;FRO=296;FSAF=90;FSAR=126;FSRF=95;FSRR=201;FWDB=0.00892255;FXX=0.00194928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.04;QD=15.3669;RBI=0.0104626;REFB=-0.0114672;REVB=0.0054638;RO=292;SAF=90;SAR=125;SRF=94;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105261;STB=0.558015;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0165411;OID=.;OPOS=152118271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:512:512:292:296:215:216:0.421875:125:90:94:198:126:90:95:201 chr2 152118275 . A G 1948.28 PASS AF=0.423228;AO=213;DP=501;FAO=215;FDP=508;FR=.;FRO=293;FSAF=89;FSAR=126;FSRF=93;FSRR=200;FWDB=-0.023971;FXX=0.00392149;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0418;QD=15.3408;RBI=0.0496224;REFB=0.000550585;REVB=-0.0434486;RO=288;SAF=87;SAR=126;SRF=93;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936134;STB=0.558536;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000717862;OID=.;OPOS=152118275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:501:508:288:293:213:215:0.423228:126:87:93:195:126:89:93:200 chr2 152138522 . T C 515.35 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0116781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.109;QD=22.1655;RBI=0.0155261;REFB=-0.0100009;REVB=-0.0102314;RO=44;SAF=21;SAR=28;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372122;STB=0.520496;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00747045;OID=.;OPOS=152138522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:28:21:17:27:28:21:17:27 chr2 152139416 . G A 1544.4 PASS AF=0.501597;AO=149;DP=306;FAO=157;FDP=313;FR=.;FRO=156;FSAF=68;FSAR=89;FSRF=71;FSRR=85;FWDB=0.0187048;FXX=0.00318461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.52;QD=19.7367;RBI=0.0411415;REFB=-0.0168023;REVB=0.0366437;RO=153;SAF=65;SAR=84;SRF=70;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199038;STB=0.511134;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0175834;OID=.;OPOS=152139416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:313:153:156:149:157:0.501597:84:65:70:83:89:68:71:85 chr2 152228757 . A G 257.2 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00323341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.806;QD=11.431;RBI=0.00832868;REFB=-0.00732169;REVB=-0.00767541;RO=59;SAF=10;SAR=21;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218253;STB=0.626781;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0135287;OID=.;OPOS=152228757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:59:31:31:0.344444:21:10:30:29:21:10:30:29 chr2 152266473 . T C 930.32 PASS AF=0.441048;AO=95;DP=228;FAO=101;FDP=229;FR=.;FRO=128;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=57;FSRR=71;FWDB=-0.00046087;FXX=0.0129305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.893;QD=16.2502;RBI=0.003073;REFB=-0.021887;REVB=-0.00303825;RO=120;SAF=57;SAR=38;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151549;STB=0.577764;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0309033;OID=.;OPOS=152266473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:120:128:95:101:0.441048:38:57:54:66:42:59:57:71 chr2 152311570 . G A 529.12 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0153456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.513;QD=19.4171;RBI=0.0155338;REFB=0.00452972;REVB=0.00241078;RO=52;SAF=23;SAR=32;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130113;STB=0.505493;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00480931;OID=.;OPOS=152311570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:52:54:55:55:0.504587:32:23:21:31:32:23:22:32 chr2 152319866 . GAAAAAAT AGAAAAAT,GAAAAAT,GAAAAATA 32.62 PASS AF=0,0.192982,0;AO=2,16,2;DP=57;FAO=0,11,0;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=0,3,0;FSAR=0,8,0;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.011824,-0.0410418,-0.0367119;FXX=0;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=140.667,7.71883,22.6961;QD=2.28922;RBI=0.0719105,0.104026,0.143358;REFB=-0.0153468,-0.10223,-0.0471795;REVB=-0.0709318,0.0955881,-0.138577;RO=29;SAF=0,13,0;SAR=2,3,2;SRF=13;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.588235,0;SSSB=-0.440237,0.436298,-0.440237;STB=0.5,0.733755,0.5;STBP=1,0.097,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.109359,0;OID=.,.,.;OPOS=152319866,152319867,152319872;OREF=GA,A,AT;OALT=AG,-,TA;OMAPALT=AGAAAAAT,GAAAAAT,GAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:57:57:29:46:2,16,2:0,11,0:0,0.192982,0:2,3,2:0,13,0:13:16:0,8,0:0,3,0:26:20 chr2 152320118 . G A 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00273782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.884;QD=17.9197;RBI=0.0307403;REFB=-0.0145;REVB=-0.0306182;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141225;STB=0.578998;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0195929;OID=.;OPOS=152320118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:19:13:19:15:19:13:19:15 chr2 152320892 . G A 226.01 PASS AF=0.536585;AO=20;DP=38;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0454775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.736;QD=22.05;RBI=0.0457559;REFB=-0.0150991;REVB=0.00503967;RO=16;SAF=3;SAR=17;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154498;STB=0.519462;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0124306;OID=.;OPOS=152320892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:16:19:20:22:0.536585:17:3:1:15:20:2:2:17 chr2 152322095 . A T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0634585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1493;QD=16.8984;RBI=0.108391;REFB=0.0359803;REVB=0.0878734;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157971;STB=0.590739;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0245066;OID=.;OPOS=152322095;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:2:7:6:4:2:7 chr2 152331418 . C G 496.02 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0598115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.389;QD=20.8849;RBI=0.0598589;REFB=-0.0159143;REVB=0.00238245;RO=47;SAF=21;SAR=27;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657906;STB=0.536409;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0142364;OID=.;OPOS=152331418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:27:21:24:23:27:21:24:23 chr2 152346979 . T C 1283.66 PASS AF=0.485185;AO=131;DP=270;FAO=131;FDP=270;FR=.;FRO=139;FSAF=42;FSAR=89;FSRF=69;FSRR=70;FWDB=-0.0223415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.175;QD=19.0172;RBI=0.0224454;REFB=-0.00162338;REVB=-0.00215663;RO=138;SAF=42;SAR=89;SRF=68;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171321;STB=0.596651;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0015549;OID=.;OPOS=152346979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:138:139:131:131:0.485185:89:42:68:70:89:42:69:70 chr2 152352843 . C G 1489.08 PASS AF=0.462462;AO=154;DP=333;FAO=154;FDP=333;FR=.;FRO=179;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=70;FSRR=109;FWDB=-0.0178161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.789;QD=17.8868;RBI=0.0280376;REFB=0.00133248;REVB=-0.0216494;RO=178;SAF=74;SAR=80;SRF=69;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908739;STB=0.548335;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00123328;OID=.;OPOS=152352843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:178:179:154:154:0.462462:80:74:69:109:80:74:70:109 chr2 152382523 . T C 2038.55 PASS AF=0.47806;AO=205;DP=433;FAO=207;FDP=433;FR=.;FRO=226;FSAF=111;FSAR=96;FSRF=123;FSRR=103;FWDB=0.00673935;FXX=0.0045976;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.724;QD=18.8319;RBI=0.010304;REFB=-0.00214459;REVB=0.00779448;RO=224;SAF=109;SAR=96;SRF=122;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123515;STB=0.504208;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00194754;OID=.;OPOS=152382523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:433:433:224:226:205:207:0.47806:96:109:122:102:96:111:123:103 chr2 152387553 . T C 1301.03 PASS AF=0.410112;AO=145;DP=360;FAO=146;FDP=356;FR=.;FRO=210;FSAF=57;FSAR=89;FSRF=100;FSRR=110;FWDB=0.018751;FXX=0.01385;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.873;QD=14.6183;RBI=0.0196429;REFB=0.0049375;REVB=0.00585169;RO=206;SAF=57;SAR=88;SRF=96;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078782;STB=0.551936;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00613901;OID=.;OPOS=152387553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:356:206:210:145:146:0.410112:88:57:96:110:89:57:100:110 chr2 152387592 . G A 1122.27 PASS AF=0.391437;AO=128;DP=330;FAO=128;FDP=327;FR=.;FRO=199;FSAF=46;FSAR=82;FSRF=94;FSRR=105;FWDB=-0.0228765;FXX=0.00909063;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7481;QD=13.728;RBI=0.0418337;REFB=0.00215949;REVB=0.0350246;RO=195;SAF=46;SAR=82;SRF=92;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12596;STB=0.571645;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00284957;OID=.;OPOS=152387592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:327:195:199:128:128:0.391437:82:46:92:103:82:46:94:105 chr2 152422076 . C G 425.62 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00270521;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.433;QD=18.9166;RBI=0.0322246;REFB=-0.00453926;REVB=-0.0321109;RO=47;SAF=16;SAR=27;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133472;STB=0.574433;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00614555;OID=.;OPOS=152422076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:27:16:24:23:27:16:24:23 chr2 152476028 . C G 628.66 PASS AF=0.4375;AO=69;DP=162;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.00722906;FXX=0.0123449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.066;QD=15.7166;RBI=0.0308397;REFB=-0.0145245;REVB=0.0299805;RO=90;SAF=37;SAR=32;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480604;STB=0.522331;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.021063;OID=.;OPOS=152476028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:90:90:69:70:0.4375:32:37:44:46:33:37:44:46 chr2 152490219 . A G 1467.7 PASS AF=0.482428;AO=145;DP=308;FAO=151;FDP=313;FR=.;FRO=162;FSAF=72;FSAR=79;FSRF=88;FSRR=74;FWDB=-0.00635284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.712;QD=18.7565;RBI=0.0221553;REFB=-0.00875362;REVB=0.0212249;RO=152;SAF=72;SAR=73;SRF=86;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644969;STB=0.534321;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00947625;OID=.;OPOS=152490219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:313:152:162:145:151:0.482428:73:72:86:66:79:72:88:74 chr2 152490458 . A G 3436.31 PASS AF=1;AO=219;DP=220;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.309;QD=61.6378;RBI=0.0286384;REFB=-0.0772234;REVB=0.0271077;RO=0;SAF=106;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222646;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:220:223:0:0:219:223:1:113:106:0:0:115:108:0:0 chr2 152496526 . A G 2138.27 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073734;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.718;QD=62.8903;RBI=0.0760342;REFB=0;REVB=-0.0185608;RO=1;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693819;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46925e-05;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:136:1:0:130:136:1:68:62:0:1:69:67:0:0 chr2 152511874 . A C 209.3 PASS AF=0.361111;AO=25;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0531086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0511;QD=11.6275;RBI=0.0753939;REFB=0.00198233;REVB=0.0535138;RO=46;SAF=6;SAR=19;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339005;STB=0.704058;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00089986;OID=.;OPOS=152511874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:25:26:0.361111:19:6:24:22:20:6:24:22 chr2 152518847 . G A 303.07 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0904576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.704;QD=14.6056;RBI=0.0912782;REFB=0.00192072;REVB=0.0122117;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00125355;STB=0.500711;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00295457;OID=.;OPOS=152518847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:18:16:23:26:18:16:23:26 chr2 152521096 . C T 1330.78 PASS AF=0.977528;AO=88;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0789464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0337;QD=59.8102;RBI=0.085695;REFB=0.0292478;REVB=0.0333333;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501995;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0114436;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:0:2:88:87:0.977528:51:37:0:0:51:36:1:1 chr2 152527608 . C T 3939.96 PASS AF=1;AO=246;DP=246;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170693;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.521;QD=64.0643;RBI=0.019832;REFB=0;REVB=-0.0100968;RO=0;SAF=115;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159234;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:246:246:0:0:246:246:1:131:115:0:0:131:115:0:0 chr2 152531077 . A G 801.08 PASS AF=0.471591;AO=82;DP=176;FAO=83;FDP=176;FR=.;FRO=93;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.00781914;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.634;QD=18.2064;RBI=0.020734;REFB=-0.000940735;REVB=-0.0192031;RO=92;SAF=47;SAR=35;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080963;STB=0.543791;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00108288;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:92:93:82:83:0.471591:35:47:45:47:36:47:45:48 chr2 152544903 . T C 1251.87 PASS AF=0.595745;AO=112;DP=188;FAO=112;FDP=188;FR=.;FRO=76;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0206681;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.67;QD=26.6356;RBI=0.0504399;REFB=-0.00512139;REVB=0.046011;RO=75;SAF=49;SAR=63;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516533;STB=0.525499;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00404239;OID=.;OPOS=152544903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:75:76:112:112:0.595745:63:49:38:37:63:49:38:38 chr2 152573981 . A G 1193.44 PASS AF=0.537037;AO=116;DP=216;FAO=116;FDP=216;FR=.;FRO=100;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.009273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.502;QD=22.1007;RBI=0.00933854;REFB=-0.00606354;REVB=-0.00110442;RO=100;SAF=62;SAR=54;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631723;STB=0.534477;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0043612;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:100:100:116:116:0.537037:54:62:46:54:54:62:46:54 chr2 152975233 . A T 43.07 PASS AF=0.0917031;AO=40;DP=223;FAO=21;FDP=229;FR=.;FRO=208;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=93;FSRR=115;FWDB=-0.00861997;FXX=0.00865763;HRUN=5;LEN=1;MLLD=23.3553;QD=0.752315;RBI=0.0784297;REFB=-0.0121901;REVB=-0.0779546;RO=182;SAF=5;SAR=35;SRF=92;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531485;STB=0.705146;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.10621;OID=.;OPOS=152975233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:223:229:182:208:40:21:0.0917031:35:5:92:90:16:5:93:115 chr2 152976997 . G GGA 112.29 PASS AF=0.260417;AO=16;DP=100;FAO=25;FDP=96;FR=.;FRO=71;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0465378;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=2;MLLD=31.0364;QD=4.67863;RBI=0.0487109;REFB=-0.0388634;REVB=-0.0143871;RO=68;SAF=1;SAR=15;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.598331;STB=0.911751;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0321184;OID=.;OPOS=152976998;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.260417:16:100:25:96:71:1:24:28:43:99:68:1:15:31:37 chr2 152988610 . C CT 956.16 PASS AF=1;AO=78;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0893857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.3655;QD=44.996;RBI=0.125215;REFB=0;REVB=-0.0876876;RO=4;SAF=23;SAR=55;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00294087;OID=.;OPOS=152988611;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:87:85:85:0:28:57:0:0:18:4:23:55:4:0 chr2 153378459 . T C 495.16 PASS AF=0.356725;AO=60;DP=170;FAO=61;FDP=171;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=-0.00336174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.765;QD=11.5826;RBI=0.0141775;REFB=-0.00273621;REVB=-0.0137732;RO=110;SAF=32;SAR=28;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788492;STB=0.539141;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0054893;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:110:110:60:61:0.356725:28:32:51:59:29:32:51:59 chr2 153399253 . GA AG,G 1578.87 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=9,39;DP=127;FAO=9,126;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=0,64;FSAR=9,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497092,0.924219;FXX=0.0145975;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=178.752,19.2106;QD=46.7813;RBI=0.0724224,0.935284;REFB=0.0715693,0.0230439;REVB=-0.0526687,0.143445;RO=75;SAF=0,0;SAR=9,39;SRF=64;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.803327,-0.881176;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.102514,0.0416605;OID=.,.;OPOS=153399253,153399254;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:127:135:75:0:9,39:9,126:0.0666667,0.933333:9,39:0,0:64:11:9,62:0,64:0:0 chr2 153405594 . G A 1804.15 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.445;QD=61.1575;RBI=0.024787;REFB=0;REVB=8.84075e-05;RO=0;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57952e-05;OID=.;OPOS=153405594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:69:48:0:0:69:49:0:0 chr2 153476066 . G A,GCCA 1362.89 PASS AF=0.1,0.9;AO=10,39;DP=126;FAO=10,90;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=10,90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.0196059;HRUN=1,5;LEN=1,3;MLLD=51.7837,221.829;QD=54.5154;RBI=0.0290225,0.0374566;REFB=0,0;REVB=0.0290225,0.0374566;RO=72;SAF=0,0;SAR=10,39;SRF=12;SRR=60;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.563567,-0.788667;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00465017,0.00755527;OID=.,.;OPOS=153476066,153476067;OREF=G,-;OALT=A,CCA;OMAPALT=A,GCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:126:100:72:0:10,39:10,90:0.1,0.9:10,39:0,0:12:60:10,90:0,0:0:0 chr2 153476069 . C A 462.74 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=0;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=63;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.168;QD=16.2366;RBI=0.00966933;REFB=-0.0216942;REVB=0.00966933;RO=63;SAF=0;SAR=51;SRF=0;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.024281;OID=.;OPOS=153476069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:51:0:0:63:51:0:0:63 chr2 153476072 . T C 307.63 PASS AF=0.408163;AO=39;DP=103;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=0;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=58;FWDB=0;FXX=0.048539;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.403;QD=12.5564;RBI=0.0264004;REFB=-0.0376843;REVB=0.0264004;RO=62;SAF=0;SAR=39;SRF=0;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.108885;OID=.;OPOS=153476072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:98:62:58:39:40:0.408163:39:0:0:62:40:0:0:58 chr2 153476078 . A T 52.61 PASS AF=0.130952;AO=11;DP=84;FAO=11;FDP=84;FR=.;FRO=73;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=73;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2417;QD=2.50543;RBI=0.0257991;REFB=-0.00403061;REVB=-0.0257991;RO=73;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0400575;OID=.;OPOS=153476078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:84:84:73:73:11:11:0.130952:11:0:0:73:11:0:0:73 chr2 153511027 . T C 2724.89 PASS AF=0.983516;AO=177;DP=181;FAO=179;FDP=182;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0119281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.691;QD=59.8877;RBI=0.0553997;REFB=-0.164889;REVB=0.0541004;RO=1;SAF=77;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614224;STB=0.501628;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00174195;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:181:182:1:3:177:179:0.983516:100:77:1:0:102:77:1:2 chr2 153577013 . G A 2331.8 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.362;QD=63.8849;RBI=0.0199102;REFB=0;REVB=-0.00646241;RO=0;SAF=67;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98198e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01018e-05;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:79:67:0:0:79:67:0:0 chr2 155265623 . G A 1466.92 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570317;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.107;QD=57.5262;RBI=0.0571005;REFB=0;REVB=0.00280128;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131002;OID=.;OPOS=155265623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:102:0:0:92:102:1:57:35:0:0:59:43:0:0 chr2 155265624 . T A 33.72 PASS AF=0.0873786;AO=9;DP=103;FAO=9;FDP=103;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=0.00484706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.3768;QD=1.30949;RBI=0.01757;REFB=-0.00383802;REVB=0.0168882;RO=94;SAF=7;SAR=2;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427531;STB=0.829387;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00311161;OID=.;OPOS=155265624;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:103:103:94:94:9:9:0.0873786:2:7:36:58:2:7:36:58 chr2 155307336 . G C,T 2148.16 PASS AF=0.971223,0.0215827;AO=134,5;DP=141;FAO=135,3;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=66,1;FSAR=69,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00248138,0.00308829;FXX=0.0279701;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.843,160.323;QD=61.8174;RBI=0.0151924,0.00579437;REFB=-0.112108,-0.10311;REVB=-0.0149884,-0.00490277;RO=0;SAF=66,1;SAR=68,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.503759,0.665547;STBP=0.32,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000388232,0.0635651;OID=.,.;OPOS=155307336,155307336;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:141:139:0:1:134,5:135,3:0.971223,0.0215827:68,4:66,1:0:0:69,2:66,1:1:0 chr2 155555878 . C T 1409.76 PASS AF=0.530769;AO=138;DP=260;FAO=138;FDP=260;FR=.;FRO=122;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=62;FSRR=60;FWDB=-0.00728092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.566;QD=21.6886;RBI=0.00976602;REFB=-0.0211603;REVB=0.00650872;RO=121;SAF=68;SAR=70;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168181;STB=0.507245;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0179826;OID=.;OPOS=155555878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:121:122:138:138:0.530769:70:68:62:59:70:68:62:60 chr2 155712128 . GAAAAAAAAT GAAAAAAAAA,GAAAAAATAT 126.58 PASS AF=0.222222,0.222222;AO=2,3;DP=22;FAO=4,4;FDP=18;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=2;FSAF=0,1;FSAR=4,3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.034134,-0.0262929;FXX=0.181736;HRUN=1,8;LEN=1,1;MLLD=151.368,109.985;QD=28.1282;RBI=0.0498673,0.0294167;REFB=-0.0452453,-0.0117838;REVB=0.0363541,0.0131918;RO=2;SAF=0,1;SAR=2,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.272699;STB=0.5,0.624469;STBP=1,0.685;TYPE=snp,snp;VARB=0.0675521,0.0180549;OID=.,.;OPOS=155712137,155712135;OREF=T,A;OALT=A,T;OMAPALT=GAAAAAAAAA,GAAAAAATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.222222,0.222222:2,3:22:4,4:18:2:0,1:4,3:0:2:31:2:0,1:2,2:0:2 chr2 156120552 . A G 552.94 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00714184;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.414;QD=17.9819;RBI=0.00880995;REFB=-0.00590104;REVB=0.00515843;RO=62;SAF=28;SAR=30;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291178;STB=0.519386;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00650404;OID=.;OPOS=156120552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:62:65:58:58:0.471545:30:28:28:34:30:28:29:36 chr2 156168039 . T G 503.0 PASS AF=0.509804;AO=45;DP=96;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0442098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.302;QD=19.7253;RBI=0.0461603;REFB=-0.0144469;REVB=0.0132766;RO=49;SAF=18;SAR=27;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119835;STB=0.530476;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0156456;OID=.;OPOS=156168039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:102:49:50:45:52:0.509804:27:18:19:30:28:24:20:30 chr2 157189011 . G C 817.37 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.998;QD=57.3591;RBI=0.0193528;REFB=0;REVB=-0.000736955;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5007e-05;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr2 157257361 . G A 2094.05 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.734;QD=62.5089;RBI=0.0395308;REFB=0;REVB=-0.0383415;RO=0;SAF=65;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39136e-05;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:132:134:1:67:65:0:0:68:66:0:0 chr2 157257364 . G GT,T 68.39 PASS AF=0.254386,0;AO=20,13;DP=133;FAO=29,0;FDP=114;FR=.;FRO=85;FSAF=23,0;FSAR=6,0;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.102187,0.00132057;FXX=0.0086949;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=9.04463,192.052;QD=2.3998;RBI=0.107524,0.0117516;REFB=-0.112569,0.00636515;REVB=0.0334536,0.0116772;RO=100;SAF=15,11;SAR=5,2;SRF=41;SRR=59;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.421196,0.511259;STB=0.775086,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.118874,0;OID=.,.;OPOS=157257365,157257364;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:133:114:100:85:20,13:29,0:0.254386,0:5,2:15,11:41:59:6,0:23,0:37:48 chr2 157441664 . G C 1587.27 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118341;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1231;QD=59.8972;RBI=0.0138906;REFB=0;REVB=-0.00727337;RO=0;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127072;OID=.;OPOS=157441664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:64:41:0:0:64:42:0:0 chr2 157442253 . G A 1588.2 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4682;QD=59.9322;RBI=0.0679862;REFB=0;REVB=-0.0521711;RO=0;SAF=68;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000490613;OID=.;OPOS=157442253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:38:68:0:0:38:68:0:0 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 2113.05 PASS AF=0.692857,0.307143;AO=88,30;DP=135;FAO=97,43;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=42,26;FSAR=55,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377146,0.0449303;FXX=0.0540504;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=207.641,270.287;QD=60.3728;RBI=0.0378553,0.0450526;REFB=0,0;REVB=0.00326059,0.00331729;RO=0;SAF=37,22;SAR=51,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00166292,0.00491332;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.692857,0.307143:88,30:135:97,43:140:0:42,26:55,17:0:0:99:0:37,22:51,8:0:0 chr2 158155480 . A G 150.72 PASS AF=0.173913;AO=28;DP=159;FAO=28;FDP=161;FR=.;FRO=133;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=74;FWDB=-0.0162416;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.57;QD=3.74466;RBI=0.0258533;REFB=-0.0099824;REVB=-0.0201148;RO=129;SAF=20;SAR=8;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329509;STB=0.721674;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0428526;OID=.;OPOS=158155480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:129:133:28:28:0.173913:8:20:59:70:8:20:59:74 chr2 158155576 . G A 1492.61 PASS AF=0.954128;AO=105;DP=110;FAO=104;FDP=109;FR=.;FRO=5;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00185947;FXX=0.00909008;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.544;QD=54.7746;RBI=0.00630104;REFB=-0.0492482;REVB=-0.00602042;RO=3;SAF=53;SAR=52;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853144;STB=0.505028;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.000571778;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:110:109:3:5:105:104:0.954128:52:53:2:1:51:53:2:3 chr2 158157361 . C T 7822.12 PASS AF=1;AO=488;DP=497;FAO=489;FDP=489;FR=.;FRO=0;FSAF=227;FSAR=262;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010962;FXX=0.0219996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.148;QD=63.9846;RBI=0.0260409;REFB=0;REVB=0.0236213;RO=0;SAF=227;SAR=261;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33306e-05;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:497:489:0:0:488:489:1:261:227:0:0:262:227:0:0 chr2 158162327 . G A 1021.93 PASS AF=0.44958;AO=106;DP=238;FAO=107;FDP=238;FR=.;FRO=131;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=70;FSRR=61;FWDB=-0.00192742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5091;QD=17.1753;RBI=0.0026263;REFB=-0.00304644;REVB=-0.00178396;RO=131;SAF=47;SAR=59;SRF=70;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907553;STB=0.547232;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00468063;OID=.;OPOS=158162327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:131:131:106:107:0.44958:59:47:70:61:59:48:70:61 chr2 158291188 . A C 440.89 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0155261;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=290.913;QD=45.2195;RBI=0.0256719;REFB=-0.0155865;REVB=0.0204447;RO=5;SAF=11;SAR=22;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713713;STB=0.528284;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00115591;OID=.;OPOS=158291188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:39:39:5:6:33:33:0.846154:22:11:3:2:22:11:3:3 chr2 158386938 . C T 1524.87 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120233;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.82;QD=58.6488;RBI=0.0496613;REFB=0.104445;REVB=-0.0481839;RO=1;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921324;STB=0.504853;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00019665;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:103:103:0.990385:51:52:0:1:51:52:0:1 chr2 158443889 . G A 1873.91 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.031;QD=61.4396;RBI=0.00750204;REFB=0;REVB=0.000281205;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44943e-06;OID=.;OPOS=158443889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:66:55:0:0:67:55:0:0 chr2 158626980 . C T 730.13 PASS AF=0.446328;AO=78;DP=176;FAO=79;FDP=177;FR=.;FRO=98;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=0.00148006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.177;QD=16.5002;RBI=0.00915976;REFB=-0.00339714;REVB=0.0090394;RO=98;SAF=38;SAR=40;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740113;STB=0.537364;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00426087;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:98:98:78:79:0.446328:40:38:55:43:40:39:55:43 chr2 158636910 . G A 3166.86 PASS AF=1;AO=205;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.118;QD=61.7924;RBI=0.0242786;REFB=0;REVB=0.0205926;RO=0;SAF=112;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18159e-05;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:205:0:0:205:205:1:93:112:0:0:93:112:0:0 chr2 159166069 . T C 1178.56 PASS AF=0.902174;AO=80;DP=93;FAO=83;FDP=92;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0802608;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5439;QD=51.2419;RBI=0.0969087;REFB=-0.071183;REVB=0.0543093;RO=11;SAF=33;SAR=47;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330444;STB=0.506577;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0353768;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:93:92:11:9:80:83:0.902174:47:33:3:8:50:33:3:6 chr2 159537868 . A G 1415.36 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.47;QD=62.9049;RBI=0.0449564;REFB=0;REVB=0.0448529;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99103e-05;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:52:38:0:0:52:38:0:0 chr2 159663599 . T C 610.42 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00590758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.028;QD=21.4182;RBI=0.00651352;REFB=0.00326123;REVB=0.00274346;RO=51;SAF=44;SAR=17;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305422;STB=0.676863;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00305298;OID=.;OPOS=159663599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:53:61:61:0.535088:17:44:19:32:17:44:19:34 chr2 160019863 . A G 1507.1 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0235422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.754;QD=57.4135;RBI=0.0682576;REFB=0.0231602;REVB=-0.0640692;RO=1;SAF=47;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099887;STB=0.500838;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00066265;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:1:2:103:103:0.980952:56:47:1:0:56:47:1:1 chr2 160035195 . C T 687.08 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.00574414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.211;QD=18.8242;RBI=0.0147056;REFB=-0.00502454;REVB=0.0135374;RO=77;SAF=36;SAR=33;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145301;STB=0.508048;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00523434;OID=.;OPOS=160035195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:77:77:69:69:0.472603:33:36:39:38:33:36:39:38 chr2 160035207 . T C 2030.41 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191482;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.253;QD=62.4743;RBI=0.0197441;REFB=0;REVB=-0.00481394;RO=0;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27171e-06;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:128:130:1:59:69:0:0:60:70:0:0 chr2 160035552 . C T 621.72 PASS AF=0.496063;AO=62;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0242353;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.766;QD=19.5816;RBI=0.0350118;REFB=-0.00145101;REVB=0.025268;RO=63;SAF=30;SAR=32;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748049;STB=0.504131;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00162898;OID=.;OPOS=160035552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:64:62:63:0.496063:32:30:31:32:33:30:31:33 chr2 160076309 . A G 1063.75 PASS AF=0.601227;AO=98;DP=163;FAO=98;FDP=163;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0132701;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.783;QD=26.1043;RBI=0.0133448;REFB=0.00186089;REVB=-0.0014096;RO=65;SAF=37;SAR=61;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761269;STB=0.541294;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.000997654;OID=.;OPOS=160076309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:65:65:98:98:0.601227:61:37:31:34:61:37:31:34 chr2 160084473 . A C 550.41 PASS AF=0.437037;AO=57;DP=133;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0538904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8483;QD=16.3085;RBI=0.0594442;REFB=0.0214548;REVB=0.0250886;RO=76;SAF=24;SAR=33;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508296;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0131427;OID=.;OPOS=160084473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:76:76:57:59:0.437037:33:24:32:44:35:24:32:44 chr2 160086468 . G A 742.9 PASS AF=0.430108;AO=80;DP=186;FAO=80;FDP=186;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=69;FWDB=-0.0290574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.907;QD=15.9764;RBI=0.0296598;REFB=0.00755597;REVB=0.0059473;RO=106;SAF=38;SAR=42;SRF=37;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130274;STB=0.572458;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0122813;OID=.;OPOS=160086468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:106:106:80:80:0.430108:42:38:37:69:42:38:37:69 chr2 160086653 . CA TG 1727.52 PASS AF=0.45641;AO=178;DP=396;FAO=178;FDP=390;FR=.;FRO=212;FSAF=96;FSAR=82;FSRF=95;FSRR=117;FWDB=-0.016961;FXX=0.0151511;HRUN=2;LEN=2;MLLD=160.827;QD=17.7181;RBI=0.0199791;REFB=-0.0107679;REVB=-0.0105589;RO=211;SAF=96;SAR=82;SRF=95;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874361;STB=0.549497;STBP=0.067;TYPE=mnp;VARB=0.01379;OID=.;OPOS=160086653;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:390:211:212:178:178:0.45641:82:96:95:116:82:96:95:117 chr2 160086692 . A G 1661.88 PASS AF=0.441919;AO=173;DP=394;FAO=175;FDP=396;FR=.;FRO=221;FSAF=106;FSAR=69;FSRF=105;FSRR=116;FWDB=0.0351943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.756;QD=16.7867;RBI=0.0382828;REFB=0.00284914;REVB=0.0150642;RO=215;SAF=106;SAR=67;SRF=103;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136055;STB=0.573904;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0037185;OID=.;OPOS=160086692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:396:215:221:173:175:0.441919:67:106:103:112:69:106:105:116 chr2 160105007 . A G 386.62 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0119822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.552;QD=20.8985;RBI=0.0174926;REFB=-0.0101467;REVB=0.0127443;RO=33;SAF=15;SAR=24;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344063;STB=0.507655;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00968968;OID=.;OPOS=160105007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:35:39:39:0.527027:24:15:14:19:24:15:14:21 chr2 160112881 . G T 530.83 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=0.0135766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8491;QD=15.1664;RBI=0.0563638;REFB=-0.0238592;REVB=-0.0547042;RO=82;SAF=30;SAR=28;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106763;STB=0.559901;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.02672;OID=.;OPOS=160112881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:82:58:58:0.414286:28:30:34:48:28:30:34:48 chr2 160114315 . G A 276.08 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00842984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.996;QD=13.305;RBI=0.0153433;REFB=0.00183354;REVB=0.01282;RO=51;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949934;STB=0.554183;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00416725;OID=.;OPOS=160114315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:16:16:21:30:16:16:21:30 chr2 160114437 . G A 578.73 PASS AF=0.495868;AO=58;DP=119;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0093328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4316;QD=19.1315;RBI=0.02737;REFB=0.00604105;REVB=0.0257297;RO=61;SAF=23;SAR=35;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00300964;STB=0.505375;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00623378;OID=.;OPOS=160114437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:61:61:58:60:0.495868:35:23:24:37:37:23:24:37 chr2 160116291 . T C 451.52 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0183157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7699;QD=16.1258;RBI=0.0349363;REFB=-0.0149649;REVB=0.0297503;RO=61;SAF=27;SAR=23;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475126;STB=0.531103;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0265974;OID=.;OPOS=160116291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:62:50:50:0.446429:23:27:30:31:23:27:30:32 chr2 160132089 . T G 656.46 PASS AF=0.492537;AO=63;DP=137;FAO=66;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0419246;FXX=0.0218962;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.807;QD=19.5959;RBI=0.0419377;REFB=-0.0064958;REVB=0.00104705;RO=42;SAF=31;SAR=32;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20579;STB=0.500226;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00299932;OID=.;OPOS=160132089;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:134:42:68:63:66:0.492537:32:31:9:33:32:34:35:33 chr2 160136337 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.975;QD=62.3509;RBI=0.0241451;REFB=0;REVB=0.0185619;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12502e-06;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr2 160269003 . T G 384.49 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0497561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1845;QD=13.8554;RBI=0.0754524;REFB=-0.00436765;REVB=0.0567221;RO=66;SAF=22;SAR=23;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276289;STB=0.515606;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0118288;OID=.;OPOS=160269003;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:66:45:45:0.405405:23:22:34:32:23:22:34:32 chr2 160289579 . G A 566.55 PASS AF=0.454545;AO=59;DP=146;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0303309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.3301;QD=13.7346;RBI=0.0774816;REFB=-0.0723441;REVB=0.0712982;RO=87;SAF=26;SAR=33;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117334;STB=0.501222;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0907239;OID=.;OPOS=160289579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:165:87:90:59:75:0.454545:33:26:48:39:34:41:49:41 chr2 160676427 . C A 1453.28 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.006;QD=63.1861;RBI=0.0184243;REFB=0;REVB=0.0174384;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65717e-05;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr2 160711045 . G C 3292.53 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.834;QD=62.1232;RBI=0.0216163;REFB=0;REVB=0.0172451;RO=0;SAF=91;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57653e-06;OID=.;OPOS=160711045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:212:0:0:212:212:1:121:91:0:0:121:91:0:0 chr2 160737621 . C T 2082.78 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.677;QD=62.6399;RBI=0.0280706;REFB=0;REVB=-0.00658426;RO=0;SAF=51;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32164e-05;OID=.;OPOS=160737621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:81:51:0:0:82:51:0:0 chr2 160738677 . G A 2491.57 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00727388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.508;QD=60.7701;RBI=0.0510019;REFB=0.0323601;REVB=-0.0504805;RO=0;SAF=87;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23502e-08;STB=0.50289;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000292349;OID=.;OPOS=160738677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:164:0:1:162:163:0.993902:75:87:0:0:77:86:1:0 chr2 160833188 . A G 3546.4 PASS AF=1;AO=222;DP=226;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033577;FXX=0.0216441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.363;QD=62.7681;RBI=0.0373298;REFB=0;REVB=-0.0163127;RO=0;SAF=116;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79297e-05;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:226:0:0:222:226:1:106:116:0:0:106:120:0:0 chr2 160901517 . A G 742.11 PASS AF=0.514286;AO=71;DP=139;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=56;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0390015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0253;QD=21.2032;RBI=0.0451636;REFB=0.0598211;REVB=-0.0227735;RO=68;SAF=15;SAR=56;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197682;STB=0.59997;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0513302;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:68:68:71:72:0.514286:56:15:26:42:56:16:26:42 chr2 160983060 . G C 438.51 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0109242;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.649;QD=21.3907;RBI=0.0151797;REFB=-0.0230403;REVB=0.0105398;RO=39;SAF=25;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00495427;STB=0.507389;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0213018;OID=.;OPOS=160983060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:42:43:0.52439:17:25:23:16:17:26:23:16 chr2 160994348 . C T 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0188893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.181;QD=17.5009;RBI=0.0191411;REFB=-0.00832173;REVB=-0.00309405;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467062;STB=0.526295;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0109258;OID=.;OPOS=160994348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:17:9:11:17:17:9:11:17 chr2 161029218 . G A 188.69 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0222087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.214;QD=14.2408;RBI=0.0296976;REFB=0.0057649;REVB=-0.019716;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142646;STB=0.581681;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00850392;OID=.;OPOS=161029218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:13:9:17:14:13:9:17:14 chr2 161052808 . GC TA,TC 47.86 PASS AF=0,0.0886076;AO=4,5;DP=79;FAO=0,7;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=0,1;FSAR=0,6;FSRF=51;FSRR=17;FWDB=-0.010694,-0.0110852;FXX=0.0124984;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=129.719,135.966;QD=2.42339;RBI=0.158962,0.0800351;REFB=5.4837e-05,-0.00288349;REVB=-0.158602,-0.0792637;RO=59;SAF=0,1;SAR=4,4;SRF=47;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.682294,-0.592381;STB=0.5,0.930523;STBP=1,0.101;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.166069;OID=.,.;OPOS=161052808,161052808;OREF=GC,G;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:79:79:59:68:4,5:0,7:0,0.0886076:4,4:0,1:47:12:0,6:0,1:51:17 chr2 161174693 . C T 724.03 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.333;QD=56.7863;RBI=0.0487749;REFB=0;REVB=3.02976e-05;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.94699e-05;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:18:32:0:0:19:32:0:0 chr2 162696414 . C T 1172.57 PASS AF=0.474903;AO=122;DP=248;FAO=123;FDP=259;FR=.;FRO=136;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=62;FSRR=74;FWDB=-0.0192623;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5945;QD=18.1092;RBI=0.0524583;REFB=-0.0417585;REVB=-0.0487938;RO=123;SAF=57;SAR=65;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560194;STB=0.508257;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0582972;OID=.;OPOS=162696414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:259:123:136:122:123:0.474903:65:57:50:73:65:58:62:74 chr2 162821644 . C T 747.98 PASS AF=0.464706;AO=79;DP=170;FAO=79;FDP=170;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.00584013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.004;QD=17.5996;RBI=0.0255333;REFB=-0.00870185;REVB=-0.0248565;RO=91;SAF=33;SAR=46;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751491;STB=0.541656;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0102;OID=.;OPOS=162821644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:91:91:79:79:0.464706:46:33:45:46:46:33:45:46 chr2 163005674 . G A 747.67 PASS AF=0.545455;AO=69;DP=129;FAO=72;FDP=132;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0464428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4071;QD=22.6565;RBI=0.0464977;REFB=0.01588;REVB=0.00226043;RO=59;SAF=38;SAR=31;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00731228;STB=0.510141;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0150936;OID=.;OPOS=163005674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:59:60:69:72:0.545455:31:38:33:26:34:38:33:27 chr2 163124051 . C T 818.48 PASS AF=0.437186;AO=84;DP=196;FAO=87;FDP=199;FR=.;FRO=112;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.0143032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.803;QD=16.4519;RBI=0.0143398;REFB=-0.00270466;REVB=0.00102417;RO=108;SAF=37;SAR=47;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604843;STB=0.52577;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00304282;OID=.;OPOS=163124051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:199:108:112:84:87:0.437186:47:37:54:54:49:38:54:58 chr2 163128824 . T C 474.45 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=87;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0114379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.028;QD=21.5657;RBI=0.0189224;REFB=-0.00630666;REVB=-0.0150742;RO=42;SAF=24;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912866;STB=0.54436;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00649107;OID=.;OPOS=163128824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:42:42:45:46:0.522727:21:24:18:24:22:24:18:24 chr2 163144647 . T C 583.19 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.000899196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.146;QD=17.6724;RBI=0.0309524;REFB=-0.0345301;REVB=0.0309394;RO=71;SAF=33;SAR=28;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495202;STB=0.527497;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0352548;OID=.;OPOS=163144647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:71:61:61:0.462121:28:33:42:29:28:33:42:29 chr2 164466268 . C G 387.78 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0223511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0613;QD=18.4658;RBI=0.0259652;REFB=-0.0232226;REVB=0.0132144;RO=44;SAF=19;SAR=21;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235014;STB=0.513104;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0295098;OID=.;OPOS=164466268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:21:19:22:22:21:19:22:22 chr2 165353712 . C T 2456.54 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.355;QD=61.4134;RBI=0.0377889;REFB=0;REVB=-0.0280405;RO=0;SAF=76;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142986;OID=.;OPOS=165353712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:159:160:1:83:76:0:0:84:76:0:0 chr2 165424837 . A G 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0022923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.931;QD=17.2247;RBI=0.0551725;REFB=0.0220612;REVB=0.0551248;RO=39;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646311;STB=0.536211;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0238619;OID=.;OPOS=165424837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:16:18:18:21:16:18:18:21 chr2 165476253 . A T 604.77 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00716868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1538;QD=20.6758;RBI=0.0353645;REFB=-0.0308288;REVB=0.0346303;RO=56;SAF=26;SAR=35;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049296;STB=0.527129;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0240645;OID=.;OPOS=165476253;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:56:61:61:0.521368:35:26:27:29:35:26:27:29 chr2 165552167 . T C 750.84 PASS AF=0.470238;AO=78;DP=168;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.0167599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.23;QD=17.8772;RBI=0.0226906;REFB=-0.00730294;REVB=0.015296;RO=88;SAF=36;SAR=42;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507762;STB=0.521416;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00807203;OID=.;OPOS=165552167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:88:89:78:79:0.470238:42:36:36:52:43:36:37:52 chr2 165994599 . C T 61.27 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0193109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1815;QD=6.80819;RBI=0.064121;REFB=0.00036254;REVB=-0.061144;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302185;STB=0.690494;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00620788;OID=.;OPOS=165994599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:3:6:11:16:3:6:11:16 chr2 165996107 . T A 861.25 PASS AF=0.497143;AO=87;DP=175;FAO=87;FDP=175;FR=.;FRO=88;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.0870478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7439;QD=19.6858;RBI=0.0911346;REFB=-0.0038194;REVB=0.026985;RO=88;SAF=52;SAR=35;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11155;STB=0.561436;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00457859;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:88:88:87:87:0.497143:35:52:42:46:35:52:42:46 chr2 166170127 . T C 4263.05 PASS AF=1;AO=271;DP=272;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119609;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7513;QD=62.9232;RBI=0.0406267;REFB=0;REVB=0.0388262;RO=0;SAF=162;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010153;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:272:271:0:0:271:271:1:109:162:0:0:109:162:0:0 chr2 166246226 . G A 331.27 PASS AF=0.771429;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00129162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.408;QD=37.8597;RBI=0.0334521;REFB=-0.00608463;REVB=0.0334272;RO=7;SAF=9;SAR=18;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204696;STB=0.51063;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00157577;OID=.;OPOS=166246226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:34:35:7:8:27:27:0.771429:18:9:2:5:18:9:3:5 chr2 166248047 . G A 2231.5 PASS AF=1;AO=140;DP=144;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183858;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.741;QD=63.3049;RBI=0.00231058;REFB=0;REVB=0.00139943;RO=0;SAF=68;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110824;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:141:0:0:140:141:1:72:68:0:0:73:68:0:0 chr2 166788336 . T C 2186.9 PASS AF=0.986207;AO=140;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00553226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.231;QD=60.3284;RBI=0.0406042;REFB=-0.164177;REVB=0.0402255;RO=0;SAF=58;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505813;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00108669;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:0:2:140:143:0.986207:82:58:0:0:85:58:0:2 chr2 166797646 . C T 2511.16 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.468;QD=61.6234;RBI=0.0379028;REFB=0;REVB=0.00584504;RO=0;SAF=65;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3479e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.09565e-05;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:97:65:0:0:97:66:0:0 chr2 166810159 . C T 720.01 PASS AF=0.728395;AO=59;DP=81;FAO=59;FDP=81;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00375065;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.343;QD=35.556;RBI=0.0308115;REFB=-0.0425698;REVB=0.0305823;RO=21;SAF=33;SAR=26;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775862;STB=0.546766;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0160627;OID=.;OPOS=166810159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:21:22:59:59:0.728395:26:33:15:6:26:33:16:6 chr2 166846730 . A G,T 1184.48 PASS AF=0.936709,0.0632911;AO=75,4;DP=79;FAO=74,5;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=55,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110104,-0.0233731;FXX=0.0246883;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.396,75.2893;QD=59.9737;RBI=0.0112061,0.0253101;REFB=0,0;REVB=0.00208522,-0.00971076;RO=0;SAF=19,0;SAR=56,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00171129,0.171439;OID=.,.;OPOS=166846730,166846730;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:79:79:0:0:75,4:74,5:0.936709,0.0632911:56,4:19,0:0:0:55,5:19,0:0:0 chr2 166892788 . C T 2210.07 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.464;QD=63.1448;RBI=0.0591172;REFB=0;REVB=-0.0049708;RO=0;SAF=63;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24504e-05;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:140:0:0:138:140:1:75:63:0:0:76:64:0:0 chr2 166897864 . A G 2908.23 PASS AF=0.984211;AO=185;DP=188;FAO=187;FDP=190;FR=.;FRO=3;FSAF=94;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00867687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7575;QD=61.2259;RBI=0.0362509;REFB=-0.0702262;REVB=0.0351971;RO=3;SAF=93;SAR=92;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01527;STB=0.507936;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00130414;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:188:190:3:3:185:187:0.984211:92:93:0:3:93:94:0:3 chr2 166903445 . T C 3178.78 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0933058;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7293;QD=64.2179;RBI=0.0942135;REFB=0;REVB=-0.0130461;RO=0;SAF=82;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232054;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:198:0:0:198:198:1:116:82:0:0:116:82:0:0 chr2 167055393 . T C 1028.62 PASS AF=0.484018;AO=103;DP=217;FAO=106;FDP=219;FR=.;FRO=113;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=45;FSRR=68;FWDB=0.010043;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.864;QD=18.7876;RBI=0.0190128;REFB=-0.00737457;REVB=0.0161438;RO=112;SAF=50;SAR=53;SRF=45;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793699;STB=0.542968;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00597347;OID=.;OPOS=167055393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:219:112:113:103:106:0.484018:53:50:45:67:55:51:45:68 chr2 167099158 . A G 1731.4 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000637762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.999;QD=60.751;RBI=0.0113373;REFB=0;REVB=0.0113194;RO=0;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4238e-06;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:58:54:0:0:60:54:0:0 chr2 167144974 . A T 567.12 PASS AF=0.34466;AO=70;DP=205;FAO=71;FDP=206;FR=.;FRO=135;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=67;FSRR=68;FWDB=-0.0140089;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.944;QD=11.012;RBI=0.0580465;REFB=-0.0249882;REVB=-0.0563307;RO=133;SAF=32;SAR=38;SRF=65;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363155;STB=0.520685;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0537073;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:133:135:70:71:0.34466:38:32:65:68:38:33:67:68 chr2 167144995 . T C 654.76 PASS AF=0.350877;AO=80;DP=228;FAO=80;FDP=228;FR=.;FRO=148;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=76;FSRR=72;FWDB=0.0349793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.829;QD=11.487;RBI=0.0362146;REFB=-0.0109829;REVB=0.00937774;RO=148;SAF=42;SAR=38;SRF=76;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131055;STB=0.507467;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0223289;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:148:148:80:80:0.350877:38:42:76:72:38:42:76:72 chr2 167145142 . A G 416.02 PASS AF=0.431193;AO=48;DP=110;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0304104;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.579;QD=15.2669;RBI=0.0314712;REFB=-0.0197887;REVB=-0.00810201;RO=62;SAF=18;SAR=30;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176545;STB=0.616794;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0194532;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:62:62:48:47:0.431193:30:18:34:28:30:17:35:27 chr2 167279922 . C A 261.9 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0487255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7871;QD=12.4713;RBI=0.0542968;REFB=0.00317143;REVB=-0.0239577;RO=53;SAF=7;SAR=24;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2264;STB=0.631487;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00734068;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:24:7:21:32:24:7:21:32 chr2 167334085 . G T 1302.21 PASS AF=0.524793;AO=123;DP=238;FAO=127;FDP=242;FR=.;FRO=115;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=-0.00593276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.692;QD=21.5241;RBI=0.0119221;REFB=-0.0077383;REVB=-0.0103412;RO=112;SAF=71;SAR=52;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836741;STB=0.538294;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00783807;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:242:112:115:123:127:0.524793:52:71:54:58:55:72:56:59 chr2 168099738 . T C 529.93 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0412375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6241;QD=19.6272;RBI=0.0666748;REFB=-0.0317909;REVB=0.0523927;RO=53;SAF=19;SAR=36;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101651;STB=0.556213;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0361953;OID=.;OPOS=168099738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:55:55:0.509259:36:19:24:29:36:19:24:29 chr2 168100443 . C A 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0203867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.924;QD=17.0703;RBI=0.0204067;REFB=-0.0128942;REVB=0.000905144;RO=35;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446011;STB=0.524984;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0148071;OID=.;OPOS=168100443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:12:19:23:12:12:19:23:12 chr2 168101142 . T G 183.29 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0204822;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.847;QD=11.2792;RBI=0.0213123;REFB=-0.0104236;REVB=-0.00588984;RO=38;SAF=14;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333547;STB=0.556115;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0148006;OID=.;OPOS=168101142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:42:23:23:0.353846:9:14:22:16:9:14:22:20 chr2 168103701 . A G 240.39 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00138727;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.108;QD=19.624;RBI=0.0101406;REFB=-0.0118903;REVB=0.0100453;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035428;STB=0.508889;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0142993;OID=.;OPOS=168103701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:26:23:23:0.469388:11:12:14:11:11:12:14:12 chr2 168108357 . A G 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0758409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8032;QD=15.7006;RBI=0.0842703;REFB=-0.00710045;REVB=-0.0367373;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223132;STB=0.629772;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0038066;OID=.;OPOS=168108357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:11:4:9:10:11:4:9:10 chr2 168115325 . A G 709.19 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0118458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.596;QD=21.8214;RBI=0.0197848;REFB=-0.0100186;REVB=-0.0158467;RO=60;SAF=27;SAR=42;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00710896;STB=0.501052;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00866979;OID=.;OPOS=168115325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:60:61:69:69:0.530769:42:27:23:37:42:27:24:37 chr2 168727231 . TC CT,TCT,TT 233.44 PASS AF=0.145833,0.75,0.0416667;AO=3,5,5;DP=49;FAO=7,36,2;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=3,15,1;FSAR=4,21,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0253694,-0.187341,-0.0125506;FXX=0;HRUN=9,3,1;LEN=2,1,1;MLLD=20.8266,7.37537,155.792;QD=19.453;RBI=0.294439,0.462647,0.0299424;REFB=-0.112467,-0.126822,-0.00851843;REVB=0.293344,0.423019,0.0271851;RO=30;SAF=0,3,4;SAR=3,2,1;SRF=9;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.47459,0.344874,0.536326;STB=0.571224,0.51964,0.599037;STBP=0.617,0.456,0.777;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=0.00496982,0.150916,0.0397256;OID=.,.,.;OPOS=168727231,168727233,168727232;OREF=TC,-,C;OALT=CT,T,T;OMAPALT=CT,TCT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:49:48:30:3:3,5,5:7,36,2:0.145833,0.75,0.0416667:3,2,1:0,3,4:9:21:4,21,1:3,15,1:2:1 chr2 168810944 . A C 432.39 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0315691;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.607;QD=17.6484;RBI=0.0317111;REFB=-0.0114718;REVB=0.00299696;RO=55;SAF=12;SAR=32;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165385;STB=0.586166;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0146347;OID=.;OPOS=168810944;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:54:44:44:0.44898:32:12:23:32:32:12:22:32 chr2 169681151 . C T 617.43 PASS AF=0.453901;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.0155689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8433;QD=17.5158;RBI=0.0156267;REFB=0.0221647;REVB=-0.00134287;RO=77;SAF=29;SAR=35;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140896;STB=0.578297;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0240735;OID=.;OPOS=169681151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:77:64:64:0.453901:35:29:46:31:35:29:46:31 chr2 169707428 . C T 761.27 PASS AF=0.5625;AO=72;DP=128;FAO=72;FDP=128;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0226365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9382;QD=23.7898;RBI=0.0449334;REFB=-0.0226925;REVB=-0.038815;RO=55;SAF=28;SAR=44;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978524;STB=0.549986;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0189993;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:55:56:72:72:0.5625:44:28:28:27:44:28:28:28 chr2 169721377 . G A 1124.14 PASS AF=0.908046;AO=79;DP=87;FAO=79;FDP=87;FR=.;FRO=8;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0232753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6427;QD=51.6845;RBI=0.0246529;REFB=-0.045538;REVB=0.00812589;RO=5;SAF=47;SAR=32;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456357;STB=0.544067;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.04513;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:5:8:79:79:0.908046:32:47:1:4:32:47:1:7 chr2 169721381 . A G 397.22 PASS AF=0.471264;AO=39;DP=88;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0120195;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.263;QD=18.2628;RBI=0.0133036;REFB=-0.00758419;REVB=0.00570253;RO=45;SAF=26;SAR=13;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219276;STB=0.636295;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00885556;OID=.;OPOS=169721381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:45:46:39:41:0.471264:13:26:20:25:13:28:20:26 chr2 169764238 . CA AC,C,GC 544.72 PASS AF=0.159292,0.327434,0.00884956;AO=22,49,9;DP=230;FAO=36,74,2;FDP=226;FR=.;FRO=114;FSAF=0,25,0;FSAR=36,49,2;FSRF=100;FSRR=14;FWDB=0.0104172,0.242887,0.0177412;FXX=0.0216441;HRUN=2,5,2;LEN=2,1,2;MLLD=188.115,9.42201,154.168;QD=9.64106;RBI=0.0122413,0.267758,0.0381671;REFB=-0.0106688,-0.109603,-0.0115077;REVB=-0.00642879,-0.112695,-0.0337931;RO=113;SAF=0,13,0;SAR=22,36,9;SRF=102;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.866187,-0.666239,-0.811895;STB=0.999815,0.79539,0.998622;STBP=0,0,0.007;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0640643,0.133819,0.178164;OID=.,.,.;OPOS=169764238,169764239,169764238;OREF=CA,A,CA;OALT=AC,-,GC;OMAPALT=AC,C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:230:226:113:114:22,49,9:36,74,2:0.159292,0.327434,0.00884956:22,36,9:0,13,0:102:11:36,49,2:0,25,0:100:14 chr2 169764491 . T C 523.44 PASS AF=0.444444;AO=55;DP=125;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.0251769;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.888;QD=16.6172;RBI=0.0263648;REFB=-0.00377359;REVB=-0.00782459;RO=70;SAF=21;SAR=34;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418504;STB=0.529472;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00669417;OID=.;OPOS=169764491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:70:70:55:56:0.444444:34:21:24:46:34:22:24:46 chr2 169789016 . T C 648.53 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0267939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.671;QD=21.7994;RBI=0.0314885;REFB=-0.00388679;REVB=0.0165413;RO=54;SAF=24;SAR=40;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044745;STB=0.521058;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00367271;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:54:55:64:64:0.537815:40:24:23:31:40:24:23:32 chr2 169826877 . C T 960.9 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157936;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.472;QD=59.132;RBI=0.0167125;REFB=0;REVB=-0.00546516;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191431;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:44:21:0:0:44:21:0:0 chr2 169830328 . A G 3015.53 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1521;QD=63.4848;RBI=0.0953492;REFB=0;REVB=-0.0533318;RO=0;SAF=90;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74754e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87409e-05;OID=.;OPOS=169830328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:190:0:0:189:190:1:99:90:0:0:100:90:0:0 chr2 169847412 . A G 1120.98 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693917;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.604;QD=60.5938;RBI=0.071681;REFB=0;REVB=-0.017971;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012499;OID=.;OPOS=169847412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr2 169870855 . A G 1396.75 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.602;QD=62.7752;RBI=0.0218403;REFB=0;REVB=0.0188899;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76769e-05;OID=.;OPOS=169870855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:43:44:0:0:43:46:0:0 chr2 169952166 . T C 730.72 PASS AF=0.408867;AO=83;DP=203;FAO=83;FDP=203;FR=.;FRO=120;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=-0.0206043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.533;QD=14.3985;RBI=0.0245423;REFB=-0.00614214;REVB=0.0133337;RO=119;SAF=41;SAR=42;SRF=61;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019587;STB=0.508485;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00998159;OID=.;OPOS=169952166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:119:120:83:83:0.408867:42:41:61:58:42:41:61:59 chr2 169984066 . C A 86.46 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.0155376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.076;QD=7.68544;RBI=0.0193714;REFB=-0.00928849;REVB=0.0115687;RO=29;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142723;STB=0.536186;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.201084;OID=.;OPOS=169984066;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:44:45:29:30:14:15:0.333333:11:3:4:25:12:3:5:25 chr2 169997051 . G A 685.77 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0956359;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.772;QD=54.8619;RBI=0.0960803;REFB=-0.117035;REVB=0.00923041;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.512815;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00253424;OID=.;OPOS=169997051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:30:19:0:0:30:19:1:0 chr2 170003432 . T G 3072.39 PASS AF=0.985577;AO=202;DP=206;FAO=205;FDP=208;FR=.;FRO=3;FSAF=96;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0171645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.9434;QD=59.0845;RBI=0.0256998;REFB=-0.060784;REVB=0.0191274;RO=4;SAF=94;SAR=108;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00800493;STB=0.501955;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00134767;OID=.;OPOS=170003432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:206:208:4:3:202:205:0.985577:108:94:1:3:109:96:1:2 chr2 170010985 . T C 1376.26 PASS AF=1;AO=54;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.968;QD=57.3443;RBI=0.076093;REFB=0;REVB=0.0056097;RO=0;SAF=5;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0422134;OID=.;OPOS=170010985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:54:96:1:49:5:0:0:53:43:0:0 chr2 170025083 . A G 3512.38 PASS AF=1;AO=223;DP=223;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1369;QD=62.721;RBI=0.10854;REFB=0;REVB=0.0715678;RO=0;SAF=110;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246986;OID=.;OPOS=170025083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:224:0:0:223:224:1:113:110:0:0:114:110:0:0 chr2 170092395 . A G 2580.1 PASS AF=0.982659;AO=169;DP=174;FAO=170;FDP=173;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0303105;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7876;QD=59.6555;RBI=0.0600054;REFB=-0.0621287;REVB=0.0517872;RO=2;SAF=69;SAR=100;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135931;STB=0.50468;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000570762;OID=.;OPOS=170092395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:174:173:2:3:169:170:0.982659:100:69:2:0:101:69:2:1 chr2 170099473 . T C 1566.3 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0764201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1886;QD=63.9307;RBI=0.0915241;REFB=0;REVB=0.0503649;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156039;OID=.;OPOS=170099473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:55:41:0:0:57:41:0:0 chr2 170103336 . T C 3384.25 PASS AF=1;AO=218;DP=219;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245293;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.508;QD=62.0964;RBI=0.0197128;REFB=-0.0673601;REVB=0.0195596;RO=0;SAF=107;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9729e-05;OID=.;OPOS=170103336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:219:218:0:0:218:218:1:111:107:0:0:111:107:0:0 chr2 170103351 . G T 3206.21 PASS AF=0.964126;AO=211;DP=220;FAO=215;FDP=223;FR=.;FRO=8;FSAF=100;FSAR=115;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00074526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8568;QD=57.5106;RBI=0.0330799;REFB=-0.0260834;REVB=0.0330715;RO=9;SAF=99;SAR=112;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674379;STB=0.501257;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0131878;OID=.;OPOS=170103351;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:220:223:9:8:211:215:0.964126:112:99:5:4:115:100:4:4 chr2 170115588 . T C 2804.83 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.855;QD=62.6777;RBI=0.0440596;REFB=0;REVB=-0.0110685;RO=0;SAF=88;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.27878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58027e-05;OID=.;OPOS=170115588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:91:88:0:0:91:88:0:0 chr2 170129528 . G A 2534.67 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.155;QD=61.0764;RBI=0.0286654;REFB=-0.0761837;REVB=-0.0199338;RO=0;SAF=89;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1215e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109005;OID=.;OPOS=170129528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:166:166:0:0:165:166:1:76:89:0:0:76:90:0:0 chr2 170150671 . G A 358.4 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0338484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1881;QD=17.0667;RBI=0.0397818;REFB=-0.0186492;REVB=0.0209015;RO=46;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135714;STB=0.57602;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0218356;OID=.;OPOS=170150671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:17:21:19:27:17:21:19:27 chr2 170218847 . C G 5460.29 PASS AF=1;AO=323;DP=327;FAO=343;FDP=343;FR=.;FRO=0;FSAF=204;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337479;FXX=0.00579693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.304;QD=63.6769;RBI=0.0350202;REFB=0;REVB=0.00935381;RO=0;SAF=192;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38031e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24102e-05;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:327:343:0:0:323:343:1:131:192:0:0:139:204:0:0 chr2 170402752 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0201567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.635;QD=17.4015;RBI=0.0235187;REFB=0.00717312;REVB=-0.0121176;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00643888;OID=.;OPOS=170402752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:9:4:4:9:9:4 chr2 170411693 . T C 372.84 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0197192;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.649;QD=17.5454;RBI=0.0245196;REFB=-0.00398863;REVB=0.0145727;RO=46;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659043;STB=0.536824;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00398353;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:22:17:17:29:22:17:17:29 chr2 170441001 . G A 505.52 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0405155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.731;QD=17.7374;RBI=0.0405806;REFB=-0.00195273;REVB=-0.00229782;RO=60;SAF=13;SAR=41;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148211;STB=0.582827;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00165076;OID=.;OPOS=170441001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:41:13:22:38:41:13:22:38 chr2 170493103 . T A 209.11 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0423578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.776;QD=9.50502;RBI=0.0429705;REFB=-0.00645737;REVB=-0.00723017;RO=60;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155976;STB=0.595234;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0164093;OID=.;OPOS=170493103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:61:27:27:0.306818:15:12:19:41:15:12:19:42 chr2 170605981 . C T 1735.17 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361652;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6934;QD=60.8833;RBI=0.0408923;REFB=0;REVB=0.0190855;RO=0;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74105e-05;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:114:0:0:113:114:1:68:45:0:0:68:46:0:0 chr2 170632969 . C A 160.0 PASS AF=0.347826;AO=10;DP=52;FAO=16;FDP=46;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.170127;FXX=0.115362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.1902;QD=13.913;RBI=0.183553;REFB=0.0596699;REVB=0.0689084;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383311;STB=0.624833;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.109593;OID=.;OPOS=170632969;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:52:46:17:26:10:16:0.347826:8:2:9:8:12:4:11:15 chr2 170633001 . C T 168.46 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.014376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.361;QD=10.3667;RBI=0.0193465;REFB=-0.00134972;REVB=-0.0129466;RO=43;SAF=4;SAR=18;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192448;STB=0.614342;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00331201;OID=.;OPOS=170633001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:18:4:13:30:18:4:13:30 chr2 170672843 . G A 232.72 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0279777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3268;QD=16.9254;RBI=0.0280955;REFB=0.00914085;REVB=-0.00257014;RO=27;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205488;STB=0.581473;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00620746;OID=.;OPOS=170672843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:27:29:25:26:0.472727:18:7:13:14:18:8:13:16 chr2 170676105 . G A 543.52 PASS AF=0.415493;AO=58;DP=141;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.049625;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1911;QD=15.3103;RBI=0.0534029;REFB=-0.00136357;REVB=-0.0197289;RO=80;SAF=33;SAR=25;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00636244;STB=0.501222;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.000537149;OID=.;OPOS=170676105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:80:83:58:59:0.415493:25:33:46:34:25:34:48:35 chr2 170762566 . A T 708.26 PASS AF=0.477707;AO=75;DP=157;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.0557106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2178;QD=18.0449;RBI=0.0557588;REFB=-0.022338;REVB=0.00231937;RO=82;SAF=46;SAR=29;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514059;STB=0.528448;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.025173;OID=.;OPOS=170762566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:82:82:75:75:0.477707:29:46:46:36:29:46:46:36 chr2 170885930 . C A 351.87 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0722818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.927;QD=15.6385;RBI=0.0742895;REFB=-0.00764691;REVB=-0.0171545;RO=52;SAF=14;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991802;STB=0.556068;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00966047;OID=.;OPOS=170885930;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:24:14:24:28:24:14:24:28 chr2 170917648 . A G 476.82 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0923099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7449;QD=24.77;RBI=0.105169;REFB=-0.0179197;REVB=0.0503917;RO=30;SAF=26;SAR=19;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331158;STB=0.519686;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0126104;OID=.;OPOS=170917648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:32:45:45:0.584416:19:26:16:14:19:26:17:15 chr2 170938659 . G A 298.3 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0117684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4113;QD=23.8637;RBI=0.0146812;REFB=-0.00546039;REVB=-0.00877732;RO=23;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560471;STB=0.531227;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00456902;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:17:10:10:13:17:10:10:13 chr2 170976590 . A G,T 1104.52 PASS AF=0.96,0.04;AO=70,3;DP=73;FAO=72,3;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=14,3;FSAR=58,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041419,0.00768555;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.531,166.494;QD=58.9078;RBI=0.0416894,0.0110265;REFB=0,0;REVB=0.00474073,-0.00790669;RO=0;SAF=13,3;SAR=57,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000617116,0.0659314;OID=.,.;OPOS=170976590,170976590;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:73:75:0:0:70,3:72,3:0.96,0.04:57,0:13,3:0:0:58,0:14,3:0:0 chr2 171070912 . T C 971.09 PASS AF=0.48731;AO=96;DP=197;FAO=96;FDP=197;FR=.;FRO=101;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=0.0099489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.329;QD=19.7175;RBI=0.0182083;REFB=-0.0147127;REVB=0.0152499;RO=100;SAF=36;SAR=60;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438951;STB=0.527364;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0146017;OID=.;OPOS=171070912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:100:101:96:96:0.48731:60:36:42:58:60:36:43:58 chr2 171073887 . G A 760.56 PASS AF=0.416268;AO=84;DP=209;FAO=87;FDP=209;FR=.;FRO=122;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=54;FSRR=68;FWDB=-0.0321879;FXX=0.0187785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.415;QD=14.5561;RBI=0.034646;REFB=-0.00385586;REVB=-0.0128173;RO=120;SAF=28;SAR=56;SRF=53;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121797;STB=0.560773;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00800726;OID=.;OPOS=171073887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:120:122:84:87:0.416268:56:28:53:67:57:30:54:68 chr2 171225841 . A G 2574.29 PASS AF=0.982558;AO=169;DP=172;FAO=169;FDP=172;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0145755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0291;QD=59.8673;RBI=0.0180443;REFB=-0.0540772;REVB=-0.0106373;RO=3;SAF=66;SAR=103;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136584;STB=0.507176;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.000463495;OID=.;OPOS=171225841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:172:172:3:3:169:169:0.982558:103:66:0:3:103:66:0:3 chr2 171242761 . G A 412.12 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0220901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.978;QD=14.851;RBI=0.033423;REFB=0.00815689;REVB=-0.0250824;RO=64;SAF=16;SAR=31;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186108;STB=0.604892;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00859805;OID=.;OPOS=171242761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:31:16:33:31:31:16:33:31 chr2 171260787 . G A 1939.34 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.829;QD=61.5664;RBI=0.0403465;REFB=0;REVB=0.0395848;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414953;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:126:0:0:125:126:1:68:57:0:0:69:57:0:0 chr2 171260820 . T C 2166.32 PASS AF=0.985816;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.016289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3006;QD=61.4559;RBI=0.018079;REFB=0.0205164;REVB=-0.00784339;RO=2;SAF=67;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132024;STB=0.506943;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00175383;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:141:2:2:138:139:0.985816:71:67:0:2:71:68:0:2 chr2 171355198 . A G 941.09 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00476695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.675;QD=57.0359;RBI=0.0128698;REFB=-0.12528;REVB=-0.0119544;RO=1;SAF=23;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200938;STB=0.510635;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000431532;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:42:23:1:0:42:23:1:0 chr2 171356274 . G A 3529.17 PASS AF=1;AO=200;DP=232;FAO=231;FDP=231;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=104;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155893;FXX=0.00431016;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.0623;QD=61.1111;RBI=0.0202978;REFB=0;REVB=0.0129991;RO=0;SAF=93;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25367e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103587;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:232:231:0:0:200:231:1:107:93:0:0:127:104:0:0 chr2 171570151 . C T 651.8 PASS AF=0.446667;AO=66;DP=149;FAO=67;FDP=150;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0173501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3199;QD=17.3812;RBI=0.0608274;REFB=-0.0191165;REVB=-0.0583004;RO=82;SAF=41;SAR=25;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194461;STB=0.614271;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0209257;OID=.;OPOS=171570151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:82:83:66:67:0.446667:25:41:35:47:25:42:35:48 chr2 171570488 . C G 1554.95 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.115;QD=59.8058;RBI=0.0565567;REFB=0;REVB=0.0325845;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37047e-05;OID=.;OPOS=171570488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:49:53:0:0:51:53:0:0 chr2 171572940 . G A 1710.15 PASS AF=0.540717;AO=164;DP=308;FAO=166;FDP=307;FR=.;FRO=141;FSAF=83;FSAR=83;FSRF=82;FSRR=59;FWDB=-0.0286903;FXX=0.00647228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.991;QD=22.2821;RBI=0.0292948;REFB=-0.0159721;REVB=-0.00592051;RO=140;SAF=82;SAR=82;SRF=81;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664663;STB=0.537455;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0137396;OID=.;OPOS=171572940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:307:140:141:164:166:0.540717:82:82:81:59:83:83:82:59 chr2 171573185 . G T 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0923571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9957;QD=18.4269;RBI=0.0924171;REFB=-0.0236058;REVB=0.00332941;RO=27;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15085;STB=0.595297;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0259613;OID=.;OPOS=171573185;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:19:9:13:14:19:9:14:14 chr2 171649402 . C T 633.61 PASS AF=0.4375;AO=69;DP=157;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.0151439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.811;QD=15.8402;RBI=0.0173961;REFB=-0.00825891;REVB=-0.0085609;RO=88;SAF=38;SAR=31;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039785;STB=0.526072;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0127305;OID=.;OPOS=171649402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:88:90:69:70:0.4375:31:38:45:43:31:39:46:44 chr2 171678625 . T C 180.2 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0905986;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.693;QD=13.8618;RBI=0.0952358;REFB=-0.0282228;REVB=-0.0293555;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747104;STB=0.542921;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0461157;OID=.;OPOS=171678625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:17:14:11:10:17:14 chr2 171822466 . C T 1419.01 PASS AF=0.935185;AO=101;DP=108;FAO=101;FDP=108;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00758614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.629;QD=52.5558;RBI=0.012868;REFB=-0.0152338;REVB=0.010394;RO=3;SAF=17;SAR=84;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166419;STB=0.519996;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=4.62522e-05;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:108:108:3:7:101:101:0.935185:84:17:0:3:84:17:0:7 chr2 171822522 . T TC 44.02 PASS AF=0.141593;AO=17;DP=116;FAO=16;FDP=113;FR=.;FRO=97;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=-0.0158504;FXX=0.0258598;HRUN=0;LEN=1;MLLD=74.8139;QD=1.5581;RBI=0.0244184;REFB=-0.00374479;REVB=-0.0185747;RO=94;SAF=1;SAR=16;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.659026;STB=0.935905;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0634419;OID=.;OPOS=171822523;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.141593:17:116:16:113:97:1:15:55:42:44:94:1:16:55:39 chr2 171822576 . C T 811.38 PASS AF=0.5;AO=80;DP=164;FAO=84;FDP=168;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=27;FSRR=57;FWDB=0.104038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.679;QD=19.3185;RBI=0.138819;REFB=0.00518252;REVB=0.0919054;RO=83;SAF=24;SAR=56;SRF=27;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274485;STB=0.506725;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00310804;OID=.;OPOS=171822576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:168:83:84:80:84:0.5:56:24:27:56:56:28:27:57 chr2 171850329 . T G 642.25 PASS AF=0.432927;AO=71;DP=164;FAO=71;FDP=164;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0251094;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.65;QD=15.6647;RBI=0.0251202;REFB=-0.00735753;REVB=0.000737663;RO=93;SAF=27;SAR=44;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140676;STB=0.57862;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00937906;OID=.;OPOS=171850329;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:93:93:71:71:0.432927:44:27:48:45:44:27:48:45 chr2 171854232 . TA T 56.44 PASS AF=0.350877;AO=22;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.119739;FXX=0.0499917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.8885;QD=3.96046;RBI=0.186077;REFB=-0.0659137;REVB=-0.142434;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305491;STB=0.762136;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0817383;OID=.;OPOS=171854233;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350877:22:58:20:57:37:6:14:27:10:56:34:9:13:24:10 chr2 172174150 . AA GC 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00068707;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=176.297;QD=56.9383;RBI=0.0150989;REFB=0;REVB=0.0150832;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.80437e-05;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr2 172180771 . A G 3931.51 PASS AF=1;AO=249;DP=249;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.636;QD=62.1583;RBI=0.019238;REFB=0;REVB=0.00995946;RO=0;SAF=131;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26919e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:249:253:0:0:249:253:1:118:131:0:0:121:132:0:0 chr2 172378818 . A G 850.96 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3211;QD=57.692;RBI=0.0549117;REFB=0;REVB=0.0101923;RO=0;SAF=49;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315811;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:10:49:0:0:10:49:0:0 chr2 172379781 . G A 2534.16 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=168;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.262;QD=60.337;RBI=0.0260462;REFB=-0.0455062;REVB=0.0233002;RO=2;SAF=66;SAR=100;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00242044;STB=0.501272;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000176723;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:168:168:2:2:166:166:0.988095:100:66:1:1:100:66:1:1 chr2 172411273 . G A 274.97 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0407206;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.134;QD=19.9975;RBI=0.0439877;REFB=-0.00426113;REVB=-0.0166359;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130333;STB=0.564899;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00367846;OID=.;OPOS=172411273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:26:29:29:0.527273:14:15:18:9:14:15:17:9 chr2 172693780 . G A 1396.36 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3965;QD=62.7576;RBI=0.0659963;REFB=0;REVB=0.00121316;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369305;OID=.;OPOS=172693780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr2 172709215 . G C 656.14 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141642;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.455;QD=62.4891;RBI=0.0141668;REFB=0;REVB=0.000269799;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204865;OID=.;OPOS=172709215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr2 172725301 . A G 1988.35 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5782;QD=62.1359;RBI=0.0350896;REFB=0;REVB=0.0166743;RO=0;SAF=50;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80249e-05;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:78:50:0:0:78:50:0:0 chr2 172725334 . CTA ACT,CT 33.55 PASS AF=0,0.254237;AO=3,16;DP=59;FAO=0,15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=0,7;FSAR=0,8;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0547595,0.134091;FXX=0.0166639;HRUN=1,7;LEN=3,1;MLLD=22.0209,8.92716;QD=2.27467;RBI=0.100864,0.142281;REFB=-0.0367712,-0.0581641;REVB=-0.0847046,-0.0475757;RO=31;SAF=0,5;SAR=3,11;SRF=8;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.457069,0.0733401;STB=0.5,0.612763;STBP=1,0.343;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0782795;OID=.,.;OPOS=172725334,172725336;OREF=CTA,A;OALT=ACT,-;OMAPALT=ACT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:59:59:31:44:3,16:0,15:0,0.254237:3,11:0,5:8:23:0,8:0,7:14:30 chr2 172926226 . G T 1006.92 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0731329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9276;QD=55.1737;RBI=0.0732415;REFB=0.0918039;REVB=-0.00398629;RO=3;SAF=36;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140505;STB=0.507437;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0122278;OID=.;OPOS=172926226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:70:70:0.958904:34:36:1:2:34:36:1:2 chr2 172964638 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.87;QD=46.848;RBI=0.00882653;REFB=0;REVB=-0.00757336;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75653e-06;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr2 172966250 . T C 3509.17 PASS AF=0.991266;AO=222;DP=229;FAO=227;FDP=229;FR=.;FRO=2;FSAF=111;FSAR=116;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00128617;FXX=0.00865763;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.503;QD=61.2956;RBI=0.00343976;REFB=-0.0568384;REVB=0.00319026;RO=3;SAF=108;SAR=114;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00457976;STB=0.504464;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00138498;OID=.;OPOS=172966250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:229:229:3:2:222:227:0.991266:114:108:2:1:116:111:2:0 chr2 173352103 . C T 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0225504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.702;QD=25.4295;RBI=0.0257836;REFB=-0.0368418;REVB=-0.0125008;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430007;STB=0.523908;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.024914;OID=.;OPOS=173352103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:13:9:7:8:13:9:7:8 chr2 173600783 . C CG 130.1 PASS AF=1;AO=11;DP=18;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.8201;QD=32.5258;RBI=0.0603287;REFB=0;REVB=0.0588722;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000530105;OID=.;OPOS=173600784;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:18:16:16:0:9:7:0:0:3:7:6:5:5:2 chr2 173686663 . G T 330.11 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.00246447;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.8;QD=15.5346;RBI=0.00262138;REFB=-0.0032682;REVB=0.000893327;RO=49;SAF=23;SAR=13;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110194;STB=0.561872;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00563187;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:13:23:36:13:13:23:36:13 chr2 173850188 . ATTTTTG ATTTTG,ATTTTGT 32.97 PASS AF=0.0714286,0.052381;AO=36,13;DP=223;FAO=15,11;FDP=210;FR=.;FRO=184;FSAF=10,10;FSAR=5,1;FSRF=52;FSRR=132;FWDB=-0.229101,-0.132312;FXX=0.0366956;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.2947,75.9969;QD=0.628032;RBI=0.231353,0.134498;REFB=-0.118304,-0.012965;REVB=0.032199,-0.0241514;RO=136;SAF=24,11;SAR=12,2;SRF=23;SRR=113;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.586429,0.691385;STB=0.815156,0.954907;STBP=0.029,0.026;TYPE=del,mnp;VARB=0.10197,0.137898;OID=.,.;OPOS=173850189,173850193;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTG,ATTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0714286,0.052381:36,13:223:15,11:210:184:10,10:5,1:52:132:9:136:24,11:12,2:23:113 chr2 173865993 . G GT 144.31 PASS AF=0.259259;AO=48;DP=164;FAO=42;FDP=162;FR=.;FRO=120;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=0.000642564;FXX=0.00613459;HRUN=0;LEN=1;MLLD=63.9242;QD=3.56319;RBI=0.00615123;REFB=-0.00358504;REVB=-0.00611758;RO=104;SAF=8;SAR=40;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483772;STB=0.724779;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.108545;OID=.;OPOS=173865994;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:48:164:42:162:120:8:34:54:66:99:104:8:40:56:48 chr2 173917425 . G A 1661.37 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00628366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.023;QD=59.3348;RBI=0.0308544;REFB=-0.0303369;REVB=-0.0302078;RO=1;SAF=41;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114379;STB=0.506023;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000653319;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:70:41:1:0:70:41:1:0 chr2 174068513 . G C 1540.22 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000536668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.511;QD=59.8145;RBI=0.00832367;REFB=0;REVB=-0.00830635;RO=0;SAF=72;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93418e-05;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:31:72:0:0:31:72:0:0 chr2 174091088 . T C 1538.88 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0129144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8448;QD=58.6239;RBI=0.0240878;REFB=-0.0889471;REVB=0.0203333;RO=1;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903847;STB=0.504761;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0015972;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:52:52:0:1:52:52:0:1 chr2 174091123 . C T 352.91 PASS AF=0.26738;AO=50;DP=187;FAO=50;FDP=187;FR=.;FRO=137;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=71;FSRR=66;FWDB=-0.00694204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.173;QD=7.54881;RBI=0.00716441;REFB=-0.0117856;REVB=0.00177111;RO=137;SAF=26;SAR=24;SRF=71;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00216684;STB=0.501285;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0340481;OID=.;OPOS=174091123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:137:137:50:50:0.26738:24:26:71:66:24:26:71:66 chr2 174097106 . A G 1528.98 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.651;QD=59.3777;RBI=0.0211281;REFB=0;REVB=0.0205399;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80308e-05;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:103:0:0:98:103:1:58:40:0:0:63:40:0:0 chr2 174103160 . T C 2092.13 PASS AF=0.965035;AO=137;DP=144;FAO=138;FDP=143;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0244079;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2658;QD=58.5212;RBI=0.025568;REFB=-0.0660585;REVB=0.00761438;RO=4;SAF=68;SAR=69;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000196718;STB=0.503496;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00391534;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:144:143:4:5:137:138:0.965035:69:68:2:2:69:69:3:2 chr2 174820750 . T C 668.49 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0333868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.647;QD=23.0512;RBI=0.0333938;REFB=-0.00216028;REVB=0.000686268;RO=50;SAF=31;SAR=34;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135033;STB=0.502791;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00169186;OID=.;OPOS=174820750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:50:51:65:65:0.560345:34:31:23:27:34:31:24:27 chr2 174939983 . G GA 123.06 PASS AF=0.8125;AO=4;DP=18;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0170256;FXX=0.0587889;HRUN=0;LEN=1;MLLD=206.281;QD=30.7641;RBI=0.140229;REFB=-0.0534927;REVB=-0.139192;RO=13;SAF=3;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171577;STB=0.505609;STBP=0.975;TYPE=ins;VARB=0.0122395;OID=.;OPOS=174939984;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125:4:18:13:16:3:9:4:2:1:16:13:3:1:8:5 chr2 174939984 . G A 46.77 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00719461;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=153.717;QD=10.3943;RBI=0.133462;REFB=-0.0447185;REVB=-0.133268;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396358;STB=0.749166;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.015142;OID=.;OPOS=174939984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:6:5:1:6:6:5 chr2 175201299 . C G 18864.8 PASS AF=1;AO=1144;DP=1152;FAO=1207;FDP=1207;FR=.;FRO=0;FSAF=591;FSAR=616;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131962;FXX=0.00494637;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.376;QD=62.518;RBI=0.0365028;REFB=0.0319713;REVB=0.034034;RO=2;SAF=581;SAR=563;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00164231;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49229e-05;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:79:1152:1207:2:0:1144:1207:1:563:581:2:0:616:591:0:0 chr2 175424779 . T G 921.23 PASS AF=0.893333;AO=66;DP=78;FAO=67;FDP=75;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0286516;FXX=0.0384566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.411;QD=49.1324;RBI=0.0286731;REFB=-0.0261404;REVB=0.00111011;RO=7;SAF=21;SAR=45;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134192;STB=0.579975;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00475922;OID=.;OPOS=175424779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:78:75:7:8:66:67:0.893333:45:21:7:0:46:21:8:0 chr2 175425476 . G A 1075.2 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.122;QD=59.7332;RBI=0.0388067;REFB=0;REVB=0.0375217;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62589e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:72:0:0:64:72:1:30:34:0:0:37:35:0:0 chr2 175426274 . C G 2161.78 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701952;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2994;QD=63.1176;RBI=0.0427109;REFB=0;REVB=0.0421301;RO=0;SAF=57;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309047;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:79:57:0:0:79:58:0:0 chr2 175436940 . G A 1706.17 PASS AF=0.943548;AO=116;DP=125;FAO=117;FDP=124;FR=.;FRO=7;FSAF=46;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0093735;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.14;QD=55.0379;RBI=0.0434501;REFB=-0.112314;REVB=0.042427;RO=6;SAF=46;SAR=70;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00616731;STB=0.506372;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0012885;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:125:124:6:7:116:117:0.943548:70:46:2:4:71:46:2:5 chr2 175440056 . G A 425.27 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.0404636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0843;QD=21.5325;RBI=0.0424007;REFB=0.0050832;REVB=-0.0126693;RO=36;SAF=2;SAR=40;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391317;STB=0.719859;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0063406;OID=.;OPOS=175440056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:37:42:42:0.531646:40:2:7:29:40:2:7:30 chr2 175612982 . G A 371.2 PASS AF=0.326241;AO=46;DP=141;FAO=46;FDP=141;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.00828047;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.584;QD=10.5305;RBI=0.009459;REFB=-0.00460852;REVB=0.00457237;RO=90;SAF=14;SAR=32;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247883;STB=0.642007;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0104625;OID=.;OPOS=175612982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:90:95:46:46:0.326241:32:14:46:44:32:14:48:47 chr2 175983030 . C T 647.48 PASS AF=0.44375;AO=71;DP=160;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.0107819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.017;QD=16.1869;RBI=0.0145469;REFB=-0.00886112;REVB=-0.00976549;RO=89;SAF=21;SAR=50;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202833;STB=0.613464;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0106399;OID=.;OPOS=175983030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:89:89:71:71:0.44375:50:21:43:46:50:21:43:46 chr2 176032376 . G A 1655.33 PASS AF=0.45098;AO=176;DP=397;FAO=184;FDP=408;FR=.;FRO=224;FSAF=89;FSAR=95;FSRF=105;FSRR=119;FWDB=0.0403217;FXX=0.00729909;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4261;QD=16.2287;RBI=0.0450004;REFB=-0.0351944;REVB=-0.0199797;RO=216;SAF=89;SAR=87;SRF=105;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195003;STB=0.508218;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0631194;OID=.;OPOS=176032376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:408:216:224:176:184:0.45098:87:89:105:111:95:89:105:119 chr2 176957822 . G A 577.78 PASS AF=0.653846;AO=51;DP=78;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0165038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.97;QD=29.6296;RBI=0.114901;REFB=-0.0253358;REVB=0.11371;RO=27;SAF=34;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773661;STB=0.542039;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0106467;OID=.;OPOS=176957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:27:27:51:51:0.653846:17:34:15:12:17:34:15:12 chr2 176984192 . TAA TA,TAT 35.69 PASS AF=0.230769,0;AO=5,2;DP=40;FAO=9,0;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0350671,-0.026401;FXX=0.0714116;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.8702,103.518;QD=3.66038;RBI=0.153034,0.0867326;REFB=-0.0289554,-0.00496744;REVB=-0.148962,-0.0826168;RO=29;SAF=0,0;SAR=5,2;SRF=13;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.634659,-0.440237;STB=0.816687,0.5;STBP=0.058,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0389877,0;OID=.,.;OPOS=176984193,176984194;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769,0:5,2:40:9,0:39:30:1,0:8,0:13:17:36:29:0,0:5,2:13:16 chr2 176988290 . C CGCA 1393.97 PASS AF=0.815385;AO=104;DP=139;FAO=106;FDP=130;FR=.;FRO=24;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0187219;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=279.335;QD=42.8915;RBI=0.0412899;REFB=-0.0643725;REVB=0.0368014;RO=34;SAF=41;SAR=63;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118734;STB=0.576056;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00822684;OID=.;OPOS=176988291;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.815385:104:139:106:130:24:41:65:19:5:99:34:41:63:22:12 chr2 176995607 . G A 1803.88 PASS AF=0.537267;AO=172;DP=328;FAO=173;FDP=322;FR=.;FRO=149;FSAF=86;FSAR=87;FSRF=54;FSRR=95;FWDB=-0.0486755;FXX=0.0212759;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8625;QD=22.4085;RBI=0.0524845;REFB=-0.00712389;REVB=0.0196295;RO=156;SAF=86;SAR=86;SRF=61;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095058;STB=0.562367;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00620087;OID=.;OPOS=176995607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:322:156:149:172:173:0.537267:86:86:61:95:87:86:54:95 chr2 177034121 . G T 267.75 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00382769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.089;QD=23.8002;RBI=0.0576239;REFB=-0.0137672;REVB=-0.0574966;RO=15;SAF=17;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230598;STB=0.650151;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00762153;OID=.;OPOS=177034121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:20:24:25:0.555556:7:17:6:9:8:17:7:13 chr2 177036586 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00734523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.581;QD=10.7541;RBI=0.0160522;REFB=-0.00022914;REVB=0.0142731;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688201;STB=0.525857;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.000504958;OID=.;OPOS=177036586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:6:7:15:10:6:7:15:11 chr2 177036754 . T C 1373.28 PASS AF=1;AO=68;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4779;QD=63.1391;RBI=0.147378;REFB=0;REVB=-0.0561938;RO=0;SAF=18;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596627;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:68:87:1:50:18:0:0:50:37:0:0 chr2 177054411 . T C 1018.56 PASS AF=0.59375;AO=95;DP=160;FAO=95;FDP=160;FR=.;FRO=65;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.00589227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.507;QD=25.4641;RBI=0.015741;REFB=0.00144539;REVB=0.0145966;RO=65;SAF=43;SAR=52;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099043;STB=0.553637;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.000904519;OID=.;OPOS=177054411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:65:65:95:95:0.59375:52:43:21:44:52:43:21:44 chr2 177054597 . C G 1295.1 PASS AF=0.581731;AO=121;DP=210;FAO=121;FDP=208;FR=.;FRO=87;FSAF=80;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=31;FWDB=0.05081;FXX=0.00952336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.343;QD=24.9057;RBI=0.051279;REFB=0.00053918;REVB=0.00691969;RO=87;SAF=80;SAR=41;SRF=56;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149553;STB=0.508114;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.000349455;OID=.;OPOS=177054597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:87:87:121:121:0.581731:41:80:56:31:41:80:56:31 chr2 177054769 . G A 420.45 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0271916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1272;QD=17.8917;RBI=0.0316974;REFB=-0.0080122;REVB=-0.0162893;RO=51;SAF=17;SAR=26;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00324206;STB=0.501812;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0114394;OID=.;OPOS=177054769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:26:17:20:31:26:17:20:31 chr2 178085137 . G A 320.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00727691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.502;QD=16.2145;RBI=0.00948539;REFB=0.00726213;REVB=-0.00608435;RO=42;SAF=26;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193394;STB=0.626169;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00965468;OID=.;OPOS=178085137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:44:35:35:0.443038:9:26:24:18:9:26:24:20 chr2 178417142 . C T 2693.48 PASS AF=1;AO=172;DP=176;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302106;FXX=0.022726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0207;QD=62.6392;RBI=0.033333;REFB=0;REVB=0.0140856;RO=0;SAF=84;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137898;OID=.;OPOS=178417142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:172:0:0:172:172:1:88:84:0:0:88:84:0:0 chr2 178417225 . C T 2640.26 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.7;QD=62.1237;RBI=0.0303131;REFB=0;REVB=0.0153554;RO=0;SAF=77;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06654e-05;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:93:77:0:0:93:77:0:0 chr2 178481818 . G T 2178.69 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.442;QD=63.1505;RBI=0.0140477;REFB=0;REVB=-0.00318151;RO=0;SAF=51;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01626e-05;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:136:138:1:85:51:0:0:85:53:0:0 chr2 178482094 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=343.311;QD=44.6898;RBI=0.0402307;REFB=0;REVB=-0.0367016;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151999;OID=.;OPOS=178482094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:1:11:0:0:2:11:0:0 chr2 178491217 . G A 2454.19 PASS AF=1;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346649;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.83;QD=61.3547;RBI=0.0347075;REFB=0;REVB=-0.00171887;RO=0;SAF=81;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51311e-05;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:160:0:0:159:160:1:78:81:0:0:78:82:0:0 chr2 178493301 . G T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.79;QD=60.61;RBI=0.0251277;REFB=0;REVB=0.00143601;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88645e-05;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr2 178494173 . G GGGA 3898.82 PASS AF=0.905229;AO=253;DP=320;FAO=277;FDP=306;FR=.;FRO=29;FSAF=105;FSAR=172;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0175674;FXX=0.0285705;HRUN=4;LEN=3;MLLD=272.506;QD=50.965;RBI=0.0183168;REFB=-0.0620139;REVB=-0.00518579;RO=44;SAF=101;SAR=152;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048856;STB=0.527423;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.00433589;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.905229:253:320:277:306:29:105:172:19:10:95:44:101:152:25:19 chr2 178936373 . T G 1428.62 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.916;QD=62.7964;RBI=0.0418241;REFB=0;REVB=-0.0150765;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45975e-05;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:91:0:0:88:91:1:49:39:0:0:50:41:0:0 chr2 178936614 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00714166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.548;QD=58.7817;RBI=0.0246882;REFB=0;REVB=0.0236327;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84884e-05;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr2 179188951 . T C 5480.05 PASS AF=1;AO=347;DP=351;FAO=353;FDP=353;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000373638;FXX=0.00563364;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.593;QD=62.0969;RBI=0.0177284;REFB=-0.0280201;REVB=0.0177245;RO=2;SAF=187;SAR=160;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1534e-05;OID=.;OPOS=179188951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:351:353:2:0:347:353:1:160:187:0:2:160:193:0:0 chr2 179203797 . G A 902.52 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8626;QD=58.2271;RBI=0.0425036;REFB=0;REVB=-0.0419533;RO=0;SAF=13;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220238;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:49:13:0:0:49:13:0:0 chr2 179260513 . A T 35.14 PASS AF=0.24;AO=4;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=0;FXX=0;HRUN=28;LEN=1;MLLD=153.404;QD=5.62168;RBI=0.00253917;REFB=-0.0100647;REVB=-0.00253917;RO=19;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014027;OID=.;OPOS=179260513;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:4:6:0.24:4:0:0:19:6:0:0:19 chr2 179296511 . C T 224.56 PASS AF=0.228188;AO=34;DP=149;FAO=34;FDP=149;FR=.;FRO=115;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.0117852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8748;QD=6.0284;RBI=0.0227773;REFB=0.00474288;REVB=-0.0194914;RO=115;SAF=16;SAR=18;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123204;STB=0.507529;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0183372;OID=.;OPOS=179296511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:115:115:34:34:0.228188:18:16:53:62:18:16:53:62 chr2 179296624 . C T 209.1 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=103;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0231111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.467;QD=8.12041;RBI=0.032467;REFB=-0.015188;REVB=-0.0228031;RO=73;SAF=11;SAR=18;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139536;STB=0.578604;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0410664;OID=.;OPOS=179296624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:73:74:29:29:0.281553:18:11:36:37:18:11:36:38 chr2 179296626 . G A 214.62 PASS AF=0.287129;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0199407;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.725;QD=8.49966;RBI=0.0300643;REFB=-0.0221729;REVB=-0.0224996;RO=73;SAF=11;SAR=18;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123314;STB=0.567975;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0418274;OID=.;OPOS=179296626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:73:72:29:29:0.287129:18:11:35:38:18:11:34:38 chr2 179296666 . T C 129.43 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0109019;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.864;QD=6.90291;RBI=0.0479277;REFB=-0.0109768;REVB=0.0466713;RO=53;SAF=8;SAR=11;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849118;STB=0.54605;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.036752;OID=.;OPOS=179296666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:53:56:19:19:0.253333:11:8:26:27:11:8:27:29 chr2 179296821 . G A 371.5 PASS AF=0.263959;AO=52;DP=199;FAO=52;FDP=197;FR=.;FRO=145;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=59;FSRR=86;FWDB=0.00566221;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.557;QD=7.54309;RBI=0.00752392;REFB=-0.00100356;REVB=-0.00495467;RO=130;SAF=30;SAR=22;SRF=59;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149241;STB=0.62327;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0027125;OID=.;OPOS=179296821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:197:130:145:52:52:0.263959:22:30:59:71:22:30:59:86 chr2 179300971 . G A 149.56 PASS AF=0.188406;AO=26;DP=139;FAO=26;FDP=138;FR=.;FRO=112;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=71;FWDB=-0.00341337;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.124;QD=4.33493;RBI=0.0151914;REFB=-0.00253453;REVB=-0.014803;RO=105;SAF=17;SAR=9;SRF=40;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33757;STB=0.722477;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00972912;OID=.;OPOS=179300971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:105:112:26:26:0.188406:9:17:40:65:9:17:41:71 chr2 179300979 . A T 146.98 PASS AF=0.181818;AO=26;DP=143;FAO=26;FDP=143;FR=.;FRO=117;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=-4.58312e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.405;QD=4.11137;RBI=0.00103328;REFB=-0.00176669;REVB=-0.00103226;RO=117;SAF=16;SAR=10;SRF=46;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278205;STB=0.67628;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00566624;OID=.;OPOS=179300979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:117:117:26:26:0.181818:10:16:46:71:10:16:46:71 chr2 179308114 . A G 116.16 PASS AF=0.149068;AO=24;DP=161;FAO=24;FDP=161;FR=.;FRO=137;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=77;FWDB=0.060403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.624;QD=2.88584;RBI=0.0617324;REFB=0.000759342;REVB=-0.0127423;RO=137;SAF=13;SAR=11;SRF=60;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131345;STB=0.587499;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00906195;OID=.;OPOS=179308114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:137:137:24:24:0.149068:11:13:60:77:11:13:60:77 chr2 179309165 . G A 94.36 PASS AF=0.153226;AO=18;DP=124;FAO=19;FDP=124;FR=.;FRO=105;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=-0.0226689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6973;QD=3.04381;RBI=0.034537;REFB=-0.00685696;REVB=-0.0260563;RO=105;SAF=11;SAR=7;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996085;STB=0.539082;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0341838;OID=.;OPOS=179309165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:124:124:105:105:18:19:0.153226:7:11:56:49:8:11:56:49 chr2 179312235 . A G 37.28 PASS AF=0.0714286;AO=14;DP=196;FAO=14;FDP=196;FR=.;FRO=182;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=89;FSRR=93;FWDB=0.0080426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.87;QD=0.760817;RBI=0.0080452;REFB=-0.00133665;REVB=-0.000204509;RO=178;SAF=2;SAR=12;SRF=88;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398756;STB=0.838203;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0179355;OID=.;OPOS=179312235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:196:196:178:182:14:14:0.0714286:12:2:88:90:12:2:89:93 chr2 179315734 . GGC G 267.36 PASS AF=0.321637;AO=55;DP=171;FAO=55;FDP=171;FR=.;FRO=116;FSAF=8;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=-0.0263396;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=282.774;QD=6.25396;RBI=0.0287186;REFB=-0.00885249;REVB=-0.011445;RO=102;SAF=8;SAR=47;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512173;STB=0.782615;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0202563;OID=.;OPOS=179315735;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321637:55:171:55:171:116:8:47:57:59:99:102:8:47:55:47 chr2 179315757 . T G 420.48 PASS AF=0.321637;AO=55;DP=169;FAO=55;FDP=171;FR=.;FRO=116;FSAF=8;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=-0.0136108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.328;QD=9.8358;RBI=0.0356633;REFB=-0.0174702;REVB=-0.0329639;RO=111;SAF=8;SAR=47;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465724;STB=0.778352;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.029638;OID=.;OPOS=179315757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:111:116:55:55:0.321637:47:8:53:58:47:8:56:60 chr2 179358665 . A G 801.12 PASS AF=0.519231;AO=81;DP=156;FAO=81;FDP=156;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.0295716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9956;QD=20.5415;RBI=0.0387342;REFB=-0.00457976;REVB=-0.0250172;RO=75;SAF=31;SAR=50;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871931;STB=0.504783;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00383375;OID=.;OPOS=179358665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:75:75:81:81:0.519231:50:31:28:47:50:31:28:47 chr2 179367086 . A G 345.58 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=8;FWDB=-0.0264928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0523;QD=16.6546;RBI=0.0667822;REFB=-0.0166342;REVB=-0.0613025;RO=45;SAF=35;SAR=2;SRF=38;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316667;STB=0.705499;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0224728;OID=.;OPOS=179367086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:45:46:37:37:0.445783:2:35:38:7:2:35:38:8 chr2 179395958 . T C 530.02 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.006468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.73;QD=18.1205;RBI=0.0154204;REFB=0.000675674;REVB=-0.0139983;RO=60;SAF=40;SAR=16;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262993;STB=0.650985;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000513229;OID=.;OPOS=179395958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:61:56:56:0.478632:16:40:27:33:16:40:27:34 chr2 179396354 . G A 343.8 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0545333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6517;QD=16.3712;RBI=0.0693246;REFB=0.0276533;REVB=0.0428021;RO=47;SAF=14;SAR=23;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134458;STB=0.575716;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0334603;OID=.;OPOS=179396354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:23:14:24:23:23:14:24:23 chr2 179397561 . C T 1000.46 PASS AF=0.422053;AO=112;DP=264;FAO=111;FDP=263;FR=.;FRO=152;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=-0.0380349;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.526;QD=15.2161;RBI=0.0400862;REFB=-0.012478;REVB=-0.0126588;RO=145;SAF=54;SAR=58;SRF=77;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496004;STB=0.51541;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0161755;OID=.;OPOS=179397561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:145:152:112:111:0.422053:58:54:77:68:57:54:78:74 chr2 179398823 . G A 158.86 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00500591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.246;QD=25.4179;RBI=0.0387893;REFB=0.0069739;REVB=-0.0384649;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357466;STB=0.519975;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00417635;OID=.;OPOS=179398823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:25:25:9:9:16:16:0.64:8:8:4:5:8:8:4:5 chr2 179406191 . C T 1136.4 PASS AF=0.475207;AO=115;DP=242;FAO=115;FDP=242;FR=.;FRO=127;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=56;FSRR=71;FWDB=0.00499437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.11;QD=18.7835;RBI=0.00760638;REFB=-0.0278928;REVB=-0.00573701;RO=125;SAF=59;SAR=56;SRF=55;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689791;STB=0.537781;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0323008;OID=.;OPOS=179406191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:125:127:115:115:0.475207:56:59:55:70:56:59:56:71 chr2 179408930 . A C 815.14 PASS AF=0.440415;AO=84;DP=198;FAO=85;FDP=193;FR=.;FRO=108;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-9.83905e-05;FXX=0.0252513;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3376;QD=16.8942;RBI=0.0180393;REFB=0.00857827;REVB=-0.018039;RO=105;SAF=46;SAR=38;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239426;STB=0.524586;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0118912;OID=.;OPOS=179408930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:193:105:108:84:85:0.440415:38:46:55:50:38:47:55:53 chr2 179413110 . G A 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0171917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.768;QD=14.9478;RBI=0.0326094;REFB=-0.00563265;REVB=-0.0277095;RO=42;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646774;STB=0.536605;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00713688;OID=.;OPOS=179413110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:15:16:19:23:15:16:19:23 chr2 179421694 . A G 744.04 PASS AF=0.486667;AO=73;DP=150;FAO=73;FDP=150;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.00286572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7148;QD=19.841;RBI=0.0140211;REFB=0.00890446;REVB=0.0137251;RO=77;SAF=33;SAR=40;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00985781;STB=0.505442;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.0101809;OID=.;OPOS=179421694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:77:77:73:73:0.486667:40:33:34:43:40:33:34:43 chr2 179427186 . A G 1150.3 PASS AF=0.491453;AO=115;DP=234;FAO=115;FDP=234;FR=.;FRO=119;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=0.014033;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4946;QD=19.6633;RBI=0.0218399;REFB=0.00644036;REVB=0.0167349;RO=119;SAF=54;SAR=61;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00874583;STB=0.504808;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00513392;OID=.;OPOS=179427186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:119:119:115:115:0.491453:61:54:57:62:61:54:57:62 chr2 179427536 . T C 1040.19 PASS AF=0.507614;AO=100;DP=198;FAO=100;FDP=197;FR=.;FRO=97;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=0.00310743;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.627;QD=21.1206;RBI=0.0242902;REFB=-0.030964;REVB=0.0240906;RO=94;SAF=42;SAR=58;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240436;STB=0.514337;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0275692;OID=.;OPOS=179427536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:94:97:100:100:0.507614:58:42:37:57:58:42:38:59 chr2 179430997 . G A 877.32 PASS AF=0.524096;AO=87;DP=166;FAO=87;FDP=166;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0106462;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.515;QD=21.1403;RBI=0.0150756;REFB=0.0091109;REVB=0.0106739;RO=76;SAF=41;SAR=46;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024523;STB=0.522722;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00787179;OID=.;OPOS=179430997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:76:79:87:87:0.524096:46:41:38:38:46:41:41:38 chr2 179436020 . G A 501.61 PASS AF=0.482143;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00605791;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.714;QD=17.9147;RBI=0.0314479;REFB=-0.00288306;REVB=0.0308589;RO=58;SAF=30;SAR=23;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626377;STB=0.538756;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00395293;OID=.;OPOS=179436020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:58:58:53:54:0.482143:23:30:29:29:23:31:29:29 chr2 179439490 . C T 571.3 PASS AF=0.414966;AO=61;DP=147;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.0171282;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.435;QD=15.5457;RBI=0.0320984;REFB=-0.00554759;REVB=-0.0271464;RO=85;SAF=24;SAR=37;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821056;STB=0.543105;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00513272;OID=.;OPOS=179439490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:85:86:61:61:0.414966:37:24:40:45:37:24:40:46 chr2 179444768 . C G 3442.93 PASS AF=1;AO=219;DP=220;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249391;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.659;QD=62.3154;RBI=0.0288225;REFB=-0.0490158;REVB=0.0287144;RO=0;SAF=107;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232936;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:220:221:0:0:219:221:1:112:107:0:0:114:107:0:0 chr2 179444939 . C T 171.87 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00768532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1408;QD=26.4409;RBI=0.0326978;REFB=0.0131263;REVB=-0.0317818;RO=9;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106481;STB=0.559513;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00695203;OID=.;OPOS=179444939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:5:12:5:4:5:12:5:4 chr2 179447848 . T C 1034.95 PASS AF=0.479821;AO=105;DP=222;FAO=107;FDP=223;FR=.;FRO=116;FSAF=34;FSAR=73;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=0.0123876;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.243;QD=18.5642;RBI=0.0126675;REFB=-0.0122188;REVB=0.00264817;RO=116;SAF=33;SAR=72;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163947;STB=0.587787;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0116181;OID=.;OPOS=179447848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:116:116:105:107:0.479821:72:33:55:61:73:34:55:61 chr2 179451420 . G A 1226.15 PASS AF=0.512821;AO=119;DP=233;FAO=120;FDP=234;FR=.;FRO=114;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=43;FSRR=71;FWDB=-0.0461218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7233;QD=20.9598;RBI=0.064466;REFB=0.00632991;REVB=-0.0450405;RO=113;SAF=52;SAR=67;SRF=43;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514082;STB=0.528049;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00704104;OID=.;OPOS=179451420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:113:114:119:120:0.512821:67:52:43:70:68:52:43:71 chr2 179451906 . G A 570.47 PASS AF=0.374302;AO=67;DP=180;FAO=67;FDP=179;FR=.;FRO=112;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=64;FSRR=48;FWDB=-0.00351996;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.056;QD=12.7479;RBI=0.0422224;REFB=0.0154198;REVB=-0.0420754;RO=111;SAF=37;SAR=30;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271874;STB=0.512167;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.0214387;OID=.;OPOS=179451906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:111:112:67:67:0.374302:30:37:64:47:30:37:64:48 chr2 179454394 . A G 396.56 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00233437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.116;QD=15.107;RBI=0.00360713;REFB=-0.0102918;REVB=-0.00274993;RO=60;SAF=23;SAR=22;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12981;STB=0.572784;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.015401;OID=.;OPOS=179454394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:60:45:45:0.428571:22:23:23:37:22:23:23:37 chr2 179455207 . T C 1449.4 PASS AF=0.530075;AO=138;DP=264;FAO=141;FDP=266;FR=.;FRO=125;FSAF=87;FSAR=54;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=0.0186474;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.729;QD=21.7955;RBI=0.0798286;REFB=-0.00482453;REVB=0.0776201;RO=125;SAF=86;SAR=52;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107071;STB=0.554741;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0040549;OID=.;OPOS=179455207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:266:125:125:138:141:0.530075:52:86:63:62:54:87:63:62 chr2 179457147 . G A 393.4 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0214633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6247;QD=22.48;RBI=0.0305186;REFB=0.00676672;REVB=-0.0216958;RO=31;SAF=20;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491549;STB=0.527072;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00743922;OID=.;OPOS=179457147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:19:20:14:17:19:20:14:17 chr2 179458591 . C T 193.88 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0430052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.025;QD=16.8594;RBI=0.04463;REFB=-0.0118531;REVB=-0.0119331;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226813;STB=0.629824;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0206631;OID=.;OPOS=179458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:13:7:15:11:13:7:15:11 chr2 179464527 . T C 779.13 PASS AF=0.516556;AO=78;DP=151;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0114801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.993;QD=20.6391;RBI=0.0191431;REFB=-0.0215619;REVB=-0.0153188;RO=68;SAF=44;SAR=34;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092318;STB=0.554293;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0201556;OID=.;OPOS=179464527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:68:73:78:78:0.516556:34:44:31:37:34:44:33:40 chr2 179540684 . CCACTTTCTTCTCTGT C 243.28 PASS AF=0.366667;AO=43;DP=135;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0122599;FXX=0.10447;HRUN=2;LEN=15;MLLD=324.947;QD=8.10949;RBI=0.0151413;REFB=0.00242452;REVB=0.0088857;RO=68;SAF=20;SAR=23;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692928;STB=0.522717;STBP=0.751;TYPE=del;VARB=-0.00414771;OID=.;OPOS=179540685;OREF=CACTTTCTTCTCTGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:43:135:44:120:76:21:23:39:37:99:68:20:23:36:32 chr2 179543217 . C T 1070.8 PASS AF=0.504673;AO=108;DP=214;FAO=108;FDP=214;FR=.;FRO=106;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=-0.0897957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3675;QD=20.015;RBI=0.107304;REFB=-0.0104152;REVB=-0.0587442;RO=104;SAF=41;SAR=67;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585364;STB=0.537781;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00966286;OID=.;OPOS=179543217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:104:106:108:108:0.504673:67:41:46:58:67:41:48:58 chr2 179558366 . T C 701.96 PASS AF=0.511111;AO=69;DP=135;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00494308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.495;QD=20.7988;RBI=0.0104996;REFB=0.0053376;REVB=-0.00926319;RO=66;SAF=37;SAR=32;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187941;STB=0.510342;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00472394;OID=.;OPOS=179558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:66:66:69:69:0.511111:32:37:34:32:32:37:34:32 chr2 179571423 . G T 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0226351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.037;QD=13.314;RBI=0.0279459;REFB=0.0061781;REVB=-0.0163899;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317698;STB=0.518256;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00801746;OID=.;OPOS=179571423;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:12:10:16:17:12:10:16:17 chr2 179578730 . G A 1323.06 PASS AF=0.413408;AO=147;DP=358;FAO=148;FDP=358;FR=.;FRO=210;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=107;FSRR=103;FWDB=-0.00835877;FXX=0.00278544;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.794;QD=14.7828;RBI=0.00960128;REFB=-0.0110736;REVB=-0.00472393;RO=210;SAF=68;SAR=79;SRF=107;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04955;STB=0.529417;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0134942;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:358:210:210:147:148:0.413408:79:68:107:103:80:68:107:103 chr2 179579093 . T C 576.15 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.00407221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.465;QD=18.2905;RBI=0.00942144;REFB=0.00709377;REVB=0.00849592;RO=66;SAF=29;SAR=31;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10144;STB=0.556182;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0155629;OID=.;OPOS=179579093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:66:60:60:0.47619:31:29:39:27:31:29:39:27 chr2 179579212 . T C 1010.35 PASS AF=0.535912;AO=97;DP=181;FAO=97;FDP=181;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.00411274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.736;QD=22.3282;RBI=0.00411412;REFB=-0.0125452;REVB=0.000106783;RO=84;SAF=42;SAR=55;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662919;STB=0.536184;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0128297;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:84:84:97:97:0.535912:55:42:30:54:55:42:30:54 chr2 179579822 . T A 1148.71 PASS AF=0.504425;AO=113;DP=227;FAO=114;FDP=226;FR=.;FRO=112;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=0.0358227;FXX=0.00440509;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9219;QD=20.3312;RBI=0.0386208;REFB=-0.00114331;REVB=-0.0144327;RO=113;SAF=57;SAR=56;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00805989;STB=0.513272;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00166241;OID=.;OPOS=179579822;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:113:112:113:114:0.504425:56:57:58:55:57:57:59:53 chr2 179582327 . C T 866.07 PASS AF=0.505814;AO=87;DP=172;FAO=87;FDP=172;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=-0.00610027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.316;QD=20.141;RBI=0.0188508;REFB=-0.00850887;REVB=0.0178365;RO=85;SAF=41;SAR=46;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125867;STB=0.569094;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00806751;OID=.;OPOS=179582327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:85:85:87:87:0.505814:46:41:52:33:46:41:52:33 chr2 179582537 . G T 481.39 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0135156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.562;QD=15.9138;RBI=0.0202422;REFB=-0.00135536;REVB=-0.0150689;RO=66;SAF=23;SAR=30;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252332;STB=0.504288;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00248715;OID=.;OPOS=179582537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:68:53:53:0.438017:30:23:27:39:30:23:29:39 chr2 179583496 . T G 626.64 PASS AF=0.445205;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=146;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.00500748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.34;QD=17.1682;RBI=0.0113267;REFB=-0.0117425;REVB=0.0101597;RO=80;SAF=33;SAR=32;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942552;STB=0.555539;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0144762;OID=.;OPOS=179583496;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:80:81:65:65:0.445205:32:33:33:47:32:33:33:48 chr2 179585266 . C T 2275.81 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0403;QD=62.7811;RBI=0.0221669;REFB=0.135578;REVB=-0.0184981;RO=1;SAF=60;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785936;STB=0.502994;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00115769;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:145:1:1:143:144:0.993103:83:60:1:0:83:61:0:1 chr2 179585393 . A G 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0165508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.555;QD=25.3153;RBI=0.0278885;REFB=0.00527574;REVB=0.0224464;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13928;STB=0.577698;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00465152;OID=.;OPOS=179585393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:13:7:7:6:13:7:7:6 chr2 179587130 . C G 747.84 PASS AF=0.496599;AO=72;DP=146;FAO=73;FDP=147;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.0569399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.394;QD=20.3493;RBI=0.057312;REFB=-0.00612802;REVB=0.00652033;RO=73;SAF=31;SAR=41;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119785;STB=0.564973;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00490655;OID=.;OPOS=179587130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:73:74:72:73:0.496599:41:31:41:32:41:32:42:32 chr2 179600563 . G A 3013.22 PASS AF=0.984615;AO=192;DP=196;FAO=192;FDP=195;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0273606;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.099;QD=61.8096;RBI=0.0297237;REFB=0.0210721;REVB=-0.0116143;RO=3;SAF=88;SAR=104;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368828;STB=0.501937;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.000547175;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:196:195:3:3:192:192:0.984615:104:88:1:2:104:88:1:2 chr2 179605180 . C T 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.387;QD=60.3751;RBI=0.0167239;REFB=0;REVB=0.0145734;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20668e-05;OID=.;OPOS=179605180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr2 179611896 . TGGGGGT TGGGGCT,TGGGGT,TGGGGTC 59.14 PASS AF=0.0155642,0.182879,0.0116732;AO=11,54,11;DP=256;FAO=4,47,3;FDP=257;FR=.;FRO=203;FSAF=0,6,2;FSAR=4,41,1;FSRF=130;FSRR=73;FWDB=-0.00552246,-0.00842336,0.00690548;FXX=0.0821399;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=74.4021,8.8743,38.3378;QD=0.920394;RBI=0.0875129,0.10706,0.074773;REFB=-0.0201156,-0.158287,-0.0326908;REVB=-0.0873385,-0.106728,-0.0744535;RO=130;SAF=0,9,1;SAR=11,45,10;SRF=108;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.764848,-0.701014,-0.715126;STB=0.998147,0.89058,0.528379;STBP=0.008,0,0.95;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0407525,0.17132,0.165792;OID=.,.,.;OPOS=179611901,179611897,179611901;OREF=G,G,GT;OALT=C,-,TC;OMAPALT=TGGGGCT,TGGGGT,TGGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0155642,0.182879,0.0116732:11,54,11:256:4,47,3:257:203:0,6,2:4,41,1:130:73:38:130:0,9,1:11,45,10:108:22 chr2 179614952 . A G 2206.87 PASS AF=0.992958;AO=139;DP=146;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0068781;FXX=0.0273954;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.574;QD=62.1652;RBI=0.0303059;REFB=-0.0485155;REVB=0.0295151;RO=0;SAF=80;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46196e-08;STB=0.503067;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000138942;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:146:142:0:1:139:141:0.992958:59:80:0:0:60:81:1:0 chr2 179615456 . C A 174.21 PASS AF=0.220472;AO=28;DP=127;FAO=28;FDP=127;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=0.00328129;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7714;QD=5.48703;RBI=0.0169598;REFB=0.00310617;REVB=0.0166394;RO=98;SAF=8;SAR=20;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20821;STB=0.634046;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00978188;OID=.;OPOS=179615456;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:98:99:28:28:0.220472:20:8:43:55:20:8:44:55 chr2 179615887 . T C 720.43 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0969052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4728;QD=61.313;RBI=0.115328;REFB=0;REVB=0.06253;RO=1;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227349;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:47:1:0:43:47:1:17:26:0:1:19:28:0:0 chr2 179615931 . C G 1132.81 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.218;QD=59.6214;RBI=0.0216874;REFB=0;REVB=0.0179379;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272631;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:26:46:0:0:30:46:0:0 chr2 179615994 . T C 1559.99 PASS AF=0.99;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00600536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.95;QD=62.3998;RBI=0.0111231;REFB=-0.0999212;REVB=0.00936259;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.504424;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000128501;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:100:0:1:97:99:0.99:41:56:0:0:43:56:1:0 chr2 179620951 . C T 1094.09 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186368;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.895;QD=59.14;RBI=0.0380331;REFB=-0.038357;REVB=0.033154;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236062;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:74:0:0:73:74:1:32:41:0:0:33:41:0:0 chr2 179621477 . C T 3080.33 PASS AF=0.989848;AO=195;DP=197;FAO=195;FDP=197;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00470426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.249;QD=62.5447;RBI=0.00470769;REFB=-0.121565;REVB=-0.000179611;RO=2;SAF=96;SAR=99;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981719;STB=0.505154;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000247046;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:197:197:2:2:195:195:0.989848:99:96:2:0:99:96:2:0 chr2 179623758 . C T 4759.24 PASS AF=1;AO=297;DP=298;FAO=297;FDP=297;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690645;FXX=0.00335559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.999;QD=64.0975;RBI=0.0110786;REFB=0;REVB=0.00866234;RO=0;SAF=153;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20501e-07;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:298:297:0:0:297:297:1:144:153:0:0:144:153:0:0 chr2 179629363 . T A,C 1824.32 PASS AF=0.0403226,0.951613;AO=5,118;DP=124;FAO=5,118;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=5,48;FSAR=0,70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00540439,0.0409009;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=11.3686,127.33;QD=58.8492;RBI=0.0371937,0.0410385;REFB=0.00236253,0.0213205;REVB=0.036799,-0.00335813;RO=1;SAF=5,48;SAR=0,70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0097919;STB=0.5,0.505154;STBP=1,0.281;TYPE=snp,snp;VARB=0.199752,-4.77903e-05;OID=.,.;OPOS=179629363,179629363;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:124:124:1:1:5,118:5,118:0.0403226,0.951613:0,70:5,48:1:0:0,70:5,48:1:0 chr2 179629461 . C T 1475.3 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113349;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.165;QD=59.6082;RBI=0.0114085;REFB=0;REVB=-0.00129428;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996669;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:97:99:1:51:46:0:0:52:47:0:0 chr2 179644035 . G A 2086.16 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.343;QD=62.2734;RBI=0.0562381;REFB=0;REVB=0.0523302;RO=0;SAF=70;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44679e-05;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:134:0:0:121:134:1:51:70:0:0:62:72:0:0 chr2 179655526 . G A 1005.89 PASS AF=0.443515;AO=106;DP=238;FAO=106;FDP=239;FR=.;FRO=133;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=54;FSRR=79;FWDB=-0.0202189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.245;QD=16.835;RBI=0.0361372;REFB=-0.011237;REVB=0.0299515;RO=129;SAF=51;SAR=55;SRF=50;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932635;STB=0.541986;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0148302;OID=.;OPOS=179655526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:129:133:106:106:0.443515:55:51:50:79:55:51:54:79 chr2 179659912 . G A 2999.15 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.013;QD=63.474;RBI=0.0136516;REFB=0;REVB=-0.0133336;RO=0;SAF=66;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36544e-05;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:123:66:0:0:123:66:0:0 chr2 179702268 . A G 1462.02 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.426;QD=62.8825;RBI=0.0314066;REFB=0;REVB=0.0252271;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8068e-05;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:85:93:0:0:85:93:1:39:46:0:0:44:49:0:0 chr2 179721032 . C T 733.93 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=127;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0065722;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.448;QD=23.2993;RBI=0.0241094;REFB=0.00656371;REVB=-0.0231963;RO=56;SAF=39;SAR=31;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176086;STB=0.509626;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00749184;OID=.;OPOS=179721032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:56:56:70:70:0.555556:31:39:30:26:31:39:30:26 chr2 179839833 . A G 326.89 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00720587;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.991;QD=15.0293;RBI=0.0235728;REFB=-0.030386;REVB=0.0224444;RO=51;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567654;STB=0.532146;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0295988;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:51:51:36:36:0.413793:21:15:24:27:21:15:24:27 chr2 179914640 . G A 652.02 PASS AF=0.410112;AO=73;DP=178;FAO=73;FDP=178;FR=.;FRO=105;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=47;FWDB=-0.0305035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9489;QD=14.652;RBI=0.0305081;REFB=2.79269e-05;REVB=0.00053202;RO=105;SAF=37;SAR=36;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479376;STB=0.526876;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.000241539;OID=.;OPOS=179914640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:105:105:73:73:0.410112:36:37:58:47:36:37:58:47 chr2 180047908 . T C 1635.84 PASS AF=0.982609;AO=109;DP=111;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00901371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3826;QD=56.8989;RBI=0.00920363;REFB=-0.17216;REVB=0.00186008;RO=1;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840163;STB=0.508195;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0102369;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:115:1:2:109:113:0.982609:56:53:0:1:60:53:0:2 chr2 180810180 . C T 584.88 PASS AF=0.433566;AO=62;DP=142;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.00787993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.039;QD=16.3601;RBI=0.0127923;REFB=-0.0165569;REVB=-0.0100772;RO=79;SAF=26;SAR=36;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113349;STB=0.500232;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0223813;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:79:81:62:62:0.433566:36:26:34:45:36:26:34:47 chr2 180810264 . A T 1987.36 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.026;QD=62.1048;RBI=0.0156314;REFB=0;REVB=-0.0136449;RO=0;SAF=58;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.97689e-06;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:69:58:0:0:70:58:0:0 chr2 180810358 . C T 173.54 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0949772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.68;QD=18.2671;RBI=0.0982375;REFB=-0.0754239;REVB=-0.0250986;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352672;STB=0.618896;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0573988;OID=.;OPOS=180810358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:19:17:17:0.447368:13:4:4:11:13:4:8:11 chr2 180835792 . T A 1669.86 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.015;QD=60.1752;RBI=0.0484031;REFB=0;REVB=-0.0075884;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52418e-05;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:111:0:0:106:111:1:53:53:0:0:55:56:0:0 chr2 181927762 . CA C,CC 200.24 PASS AF=0.206107,0.160305;AO=32,23;DP=131;FAO=27,21;FDP=131;FR=.;FRO=83;FSAF=7,0;FSAR=20,21;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.0298828,-0.103559;FXX=0.00757518;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.0746,18.098;QD=6.11432;RBI=0.0420908,0.109792;REFB=-0.110699,-0.0690812;REVB=-0.0296422,-0.036466;RO=67;SAF=7,1;SAR=25,22;SRF=43;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.488713,-0.746899;STB=0.754282,0.999506;STBP=0.001,0;TYPE=del,snp;VARB=0.118905,0.0793448;OID=.,.;OPOS=181927763,181927763;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206107,0.160305:32,23:131:27,21:131:83:7,0:20,21:50:33:64:67:7,1:25,22:43:24 chr2 182347072 . T C 575.78 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.04866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2986;QD=19.8544;RBI=0.0521749;REFB=-0.0330498;REVB=0.0188262;RO=57;SAF=30;SAR=29;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031556;STB=0.517397;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0334387;OID=.;OPOS=182347072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:57:59:59:0.508621:29:30:31:26:29:30:31:26 chr2 182374534 . A G 358.87 PASS AF=0.402062;AO=37;DP=95;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.0705158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.45;QD=14.7986;RBI=0.0705492;REFB=0.00218211;REVB=-0.00217145;RO=57;SAF=10;SAR=27;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081252;STB=0.513805;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00301914;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:57:58:37:39:0.402062:27:10:19:38:27:12:19:39 chr2 182374656 . CAAAA CAAA,CAAAT 203.74 PASS AF=0.323529,0.470588;AO=8,12;DP=33;FAO=11,16;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=0,5;FSAR=11,11;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0793354,0.00879805;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.30254,278.193;QD=23.9695;RBI=0.182124,0.0123141;REFB=-0.162608,-0.0186034;REVB=0.163937,0.00861579;RO=9;SAF=0,4;SAR=8,8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.748953,0.0977979;STB=0.99837,0.509542;STBP=0.054,0.949;TYPE=del,snp;VARB=0.238128,0.00403322;OID=.,.;OPOS=182374657,182374660;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAA,CAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.323529,0.470588:8,12:33:11,16:34:7:0,5:11,11:2:5:59:9:0,4:8,8:2:7 chr2 182395345 . G A 2140.65 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.614;QD=62.9602;RBI=0.0064572;REFB=0;REVB=-0.00498661;RO=0;SAF=58;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.24162e-06;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:78:58:0:0:78:58:0:0 chr2 182399097 . T C 503.43 PASS AF=0.533333;AO=47;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0244646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.764;QD=22.3746;RBI=0.0256387;REFB=-0.00911282;REVB=0.00767009;RO=42;SAF=24;SAR=23;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930935;STB=0.555533;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00782616;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:47:48:0.533333:23:24:26:16:24:24:26:16 chr2 182399638 . A G 3138.57 PASS AF=1;AO=196;DP=199;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990686;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2473;QD=64.0525;RBI=0.0198808;REFB=0;REVB=0.0172366;RO=0;SAF=85;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025466;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:196:0:0:196:196:1:111:85:0:0:111:85:0:0 chr2 182400905 . T G 2454.75 PASS AF=0.949153;AO=166;DP=178;FAO=168;FDP=177;FR=.;FRO=9;FSAF=81;FSAR=87;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0410201;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.384;QD=55.4746;RBI=0.0454363;REFB=-0.0748934;REVB=0.0195399;RO=11;SAF=79;SAR=87;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296834;STB=0.509387;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00126084;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:178:177:11:9:166:168:0.949153:87:79:8:3:87:81:6:3 chr2 182401116 . C T 468.97 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00266485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.926;QD=22.8763;RBI=0.0231637;REFB=-0.0171223;REVB=-0.0230099;RO=35;SAF=16;SAR=29;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381125;STB=0.524187;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0151146;OID=.;OPOS=182401116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:37:45:45:0.54878:29:16:14:21:29:16:15:22 chr2 182403851 . G A 2117.68 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.087;QD=62.746;RBI=0.0391226;REFB=0;REVB=0.0138724;RO=0;SAF=64;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36953e-05;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:133:135:1:69:64:0:0:70:65:0:0 chr2 182413259 . A G 275.51 PASS AF=0.462687;AO=26;DP=62;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00407948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.23;QD=16.4486;RBI=0.0335422;REFB=-0.0111217;REVB=0.0332932;RO=34;SAF=18;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175258;STB=0.528874;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00990212;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:34:36:26:31:0.462687:8:18:18:16:13:18:19:17 chr2 182414358 . T C 92.67 PASS AF=0.245283;AO=12;DP=52;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0251842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1705;QD=6.99429;RBI=0.10846;REFB=0.00334435;REVB=-0.105495;RO=39;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177749;STB=0.624087;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0199515;OID=.;OPOS=182414358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:52:53:39:40:12:13:0.245283:5:7:17:22:5:8:18:22 chr2 182521578 . G A 2348.74 PASS AF=0.491701;AO=232;DP=478;FAO=237;FDP=482;FR=.;FRO=245;FSAF=104;FSAR=133;FSRF=110;FSRR=135;FWDB=-0.00528604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.827;QD=19.4916;RBI=0.0121236;REFB=-0.0171841;REVB=0.0109105;RO=234;SAF=104;SAR=128;SRF=108;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122788;STB=0.505236;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0173206;OID=.;OPOS=182521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:478:482:234:245:232:237:0.491701:128:104:108:126:133:104:110:135 chr2 182543455 . T C 646.77 PASS AF=0.5;AO=65;DP=128;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0160573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.798;QD=19.9005;RBI=0.0727248;REFB=-0.0187792;REVB=-0.07093;RO=63;SAF=27;SAR=38;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111854;STB=0.562004;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0204166;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:63:65:65:65:0.5:38:27:34:29:38:27:35:30 chr2 182925120 . T C 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0280591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.555;QD=15.7006;RBI=0.0520698;REFB=-0.0187552;REVB=0.0438629;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725596;STB=0.541613;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0232286;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:4:11:15:4:4:11:15:4 chr2 182925164 . T A,TA 36.69 PASS AF=0,0.52381;AO=3,5;DP=25;FAO=0,11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=0,10;FSAR=0,1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0088557,-0.0897617;FXX=0.0454339;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=216.171,8.45714;QD=6.98867;RBI=0.0362678,0.146591;REFB=-0.00294955,-0.132895;REVB=0.03517,0.115896;RO=17;SAF=2,5;SAR=1,0;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0237149,0.660936;STB=0.5,0.75698;STBP=1,0.071;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0689803;OID=.,.;OPOS=182925164,182925165;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:25:21:17:10:3,5:0,11:0,0.52381:1,0:2,5:11:6:0,1:0,10:6:4 chr2 182981968 . A G 890.28 PASS AF=0.546667;AO=82;DP=150;FAO=82;FDP=150;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0421274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.592;QD=23.7408;RBI=0.0632226;REFB=-0.0189022;REVB=0.0471422;RO=66;SAF=39;SAR=43;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106266;STB=0.564124;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0156521;OID=.;OPOS=182981968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:66:68:82:82:0.546667:43:39:40:26:43:39:42:26 chr2 183007502 . A G 1352.89 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0102579;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0634;QD=60.1286;RBI=0.0291548;REFB=-0.122841;REVB=0.0272906;RO=2;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019332;STB=0.510202;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00308074;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:87:88:0.977778:48:39:0:2:48:40:0:2 chr2 183584755 . G A 260.84 PASS AF=0.43662;AO=27;DP=66;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.000223573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6203;QD=14.6954;RBI=0.0519489;REFB=-0.0208135;REVB=-0.0519484;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459943;STB=0.500917;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.060323;OID=.;OPOS=183584755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:38:40:27:31:0.43662:13:14:18:20:17:14:18:22 chr2 183593697 . C T 797.01 PASS AF=0.40724;AO=90;DP=221;FAO=90;FDP=221;FR=.;FRO=131;FSAF=27;FSAR=63;FSRF=50;FSRR=81;FWDB=-0.0427162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.3;QD=14.4256;RBI=0.0459992;REFB=-0.000898719;REVB=-0.0170661;RO=131;SAF=27;SAR=63;SRF=50;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979728;STB=0.555085;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00066144;OID=.;OPOS=183593697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:131:131:90:90:0.40724:63:27:50:81:63:27:50:81 chr2 183622547 . T G 1164.66 PASS AF=0.545455;AO=107;DP=197;FAO=108;FDP=198;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=73;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.00455592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.505;QD=23.5284;RBI=0.0177073;REFB=-0.0313237;REVB=0.0171112;RO=89;SAF=35;SAR=72;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120258;STB=0.565072;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.023289;OID=.;OPOS=183622547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:89:90:107:108:0.545455:72:35:41:48:73:35:41:49 chr2 183627504 . A G 202.18 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0158762;FXX=0.0465008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.234;QD=19.725;RBI=0.0159223;REFB=0.0107764;REVB=-0.00121114;RO=20;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250681;STB=0.633659;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0115067;OID=.;OPOS=183627504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:20:21:20:20:0.487805:15:5:10:10:15:5:10:11 chr2 183789649 . C A 984.67 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862183;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.499;QD=57.9216;RBI=0.00867997;REFB=0;REVB=0.00100299;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173881;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:65:68:1:30:35:0:0:32:36:0:0 chr2 183799558 . G C 2985.45 PASS AF=1;AO=188;DP=192;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348447;FXX=0.0207243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.125;QD=63.1842;RBI=0.0364871;REFB=-0.0802605;REVB=-0.0108239;RO=1;SAF=69;SAR=119;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0068507;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48356e-05;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:192:189:1:0:188:189:1:119:69:1:0:120:69:0:0 chr2 183961650 . A C 2988.95 PASS AF=0.989583;AO=189;DP=192;FAO=190;FDP=192;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0111026;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.783;QD=62.2697;RBI=0.0221163;REFB=-0.0397612;REVB=0.0191276;RO=2;SAF=81;SAR=108;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873581;STB=0.504587;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000550123;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:192:192:2:2:189:190:0.989583:108:81:0:2:108:82:0:2 chr2 183961668 . A G,T 2519.17 PASS AF=0.923077,0.0710059;AO=156,12;DP=168;FAO=156,12;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=73,3;FSAR=83,9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000868255,0.0104995;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.383,78.2425;QD=59.6254;RBI=0.0131814,0.0353738;REFB=-0.0905864,-0.157579;REVB=0.0131527,-0.0337797;RO=0;SAF=73,3;SAR=83,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.502994,0.526273;STBP=0.52,0.659;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000283558,0.0710949;OID=.,.;OPOS=183961668,183961668;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:168:169:0:1:156,12:156,12:0.923077,0.0710059:83,9:73,3:0:0:83,9:73,3:0:1 chr2 184024319 . C T 188.15 PASS AF=0.241667;AO=29;DP=120;FAO=29;FDP=120;FR=.;FRO=91;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.0295419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1128;QD=6.27165;RBI=0.0296588;REFB=-0.00742847;REVB=0.00263001;RO=91;SAF=18;SAR=11;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145702;STB=0.588723;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0234357;OID=.;OPOS=184024319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:91:91:29:29:0.241667:11:18:46:45:11:18:46:45 chr2 184814072 . T C 1761.88 PASS AF=0.983333;AO=117;DP=121;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0300693;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.375;QD=58.7293;RBI=0.0382659;REFB=0.00295836;REVB=0.0236669;RO=3;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239286;STB=0.508332;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=9.09514e-05;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:120:3:2:117:118:0.983333:58:59:0:3:59:59:0:2 chr2 185469503 . C T 1361.97 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341526;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.059;QD=62.6191;RBI=0.0365356;REFB=0;REVB=0.0129788;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17078e-05;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr2 185800730 . C CG 58.38 PASS AF=0.203252;AO=33;DP=125;FAO=25;FDP=123;FR=.;FRO=98;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=-0.0288263;FXX=0.0159987;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.9454;QD=1.89849;RBI=0.0480022;REFB=-0.019957;REVB=-0.038383;RO=91;SAF=14;SAR=19;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503518;STB=0.510196;STBP=0.91;TYPE=ins;VARB=0.165113;OID=.;OPOS=185800731;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203252:33:125:25:123:98:10:15:38:60:58:91:14:19:35:56 chr2 185800905 . A T 1116.87 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.048;QD=60.3712;RBI=0.0485581;REFB=0;REVB=0.0105324;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123369;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr2 185801747 . G A 868.93 PASS AF=0.983871;AO=58;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00954447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.1;QD=56.0601;RBI=0.00955013;REFB=-0.016764;REVB=-0.000328938;RO=2;SAF=19;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470914;STB=0.511107;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000322767;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:2:1:58:61:0.983871:39:19:2:0:39:22:1:0 chr2 185801755 . A G 836.98 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.065311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.698;QD=55.7989;RBI=0.0714209;REFB=-0.000972707;REVB=0.0289037;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.512816;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000241831;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:0:1:59:59:0.983333:40:19:0:0:40:19:1:0 chr2 185802211 . C CACA 415.62 PASS AF=0.820513;AO=29;DP=42;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0120637;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=3;MLLD=245.042;QD=42.6274;RBI=0.0126745;REFB=-0.00182169;REVB=-0.0038873;RO=9;SAF=7;SAR=22;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268975;STB=0.578896;STBP=0.061;TYPE=ins;VARB=0.000315522;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.820513:29:42:32:39:7:10:22:5:2:42:9:7:22:7:2 chr2 185802243 . C A 427.21 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.146;QD=56.9607;RBI=0.0550661;REFB=0;REVB=0.0347088;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533168;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:27:30:1:15:12:0:0:18:12:0:0 chr2 185802363 . A G 1525.73 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.793;QD=59.8327;RBI=0.040638;REFB=0;REVB=0.0119015;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02914e-05;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:45:57:0:0:45:57:0:0 chr2 186526579 . G A 3276.48 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7762;QD=61.8205;RBI=0.0233166;REFB=0;REVB=-0.0174746;RO=0;SAF=93;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217378;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:212:0:0:210:212:1:117:93:0:0:119:93:0:0 chr2 186653546 . G A 603.25 PASS AF=0.55;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0036418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.423;QD=24.1299;RBI=0.039911;REFB=0.000580343;REVB=0.0397445;RO=45;SAF=24;SAR=31;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118099;STB=0.506477;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.000222904;OID=.;OPOS=186653546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:45:45:55:55:0.55:31:24:19:26:31:24:19:26 chr2 186655726 . G A 1080.48 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8536;QD=60.0269;RBI=0.0077321;REFB=0;REVB=-0.00612705;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.06834e-06;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr2 186656657 . C T 548.85 PASS AF=0.414013;AO=61;DP=152;FAO=65;FDP=157;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=0.00781918;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1655;QD=13.9834;RBI=0.0841394;REFB=-0.00963533;REVB=-0.0837753;RO=87;SAF=32;SAR=29;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406243;STB=0.513219;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0283224;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:157:87:92:61:65:0.414013:29:32:49:38:29:36:53:39 chr2 186667360 . A C 327.59 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0199463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.151;QD=17.7075;RBI=0.0199633;REFB=-0.000534222;REVB=0.000823289;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501896;STB=0.537122;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00069451;OID=.;OPOS=186667360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:39:34:35:0.472973:21:13:13:26:21:14:13:26 chr2 186668935 . A G 578.43 PASS AF=0.513043;AO=58;DP=114;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0954369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2351;QD=20.1192;RBI=0.0956729;REFB=-0.0169473;REVB=-0.0067152;RO=56;SAF=30;SAR=28;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471281;STB=0.529748;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0261262;OID=.;OPOS=186668935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:56:56:58:59:0.513043:28:30:26:30:28:31:26:30 chr2 186670104 . A C 1843.48 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1982;QD=60.442;RBI=0.0686721;REFB=-0.101435;REVB=0.0670469;RO=1;SAF=50;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673805;STB=0.503546;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00161673;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:122:1:1:120:121:0.991803:70:50:0:1:70:51:0:1 chr2 186670979 . T C 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0039784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.914;QD=18.7956;RBI=0.010317;REFB=-0.00801666;REVB=0.00951903;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735483;STB=0.541631;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0135433;OID=.;OPOS=186670979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:12:15:11:12:12:15 chr2 186671831 . C T 615.36 PASS AF=0.4;AO=69;DP=177;FAO=72;FDP=180;FR=.;FRO=108;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=-0.0221005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.509;QD=13.6747;RBI=0.022105;REFB=-0.0147111;REVB=0.000445131;RO=107;SAF=30;SAR=39;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151157;STB=0.522678;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0216728;OID=.;OPOS=186671831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:180:107:108:69:72:0.4:39:30:48:59:42:30:49:59 chr2 186672897 . A G 114.25 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0116167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.524;QD=25.3896;RBI=0.0117423;REFB=-0.0105369;REVB=-0.00171286;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538402;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0038621;OID=.;OPOS=186672897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:18:18:6:5:12:13:0.722222:6:6:3:3:7:6:3:2 chr2 186678571 . GAAAAAAT GAAAAA,GAAAAAT,GAAAAATT 66.82 PASS AF=0.28,0,0;AO=7,7,4;DP=54;FAO=14,0,0;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=10,0,0;FSAR=4,0,0;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.175985,-0.200796,-0.0159889;FXX=0.0384541;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=18.3533,9.17806,14.3535;QD=5.34559;RBI=0.275077,0.275899,0.016235;REFB=-0.0486148,-0.0393763,0.0103361;REVB=0.211416,0.189212,-0.00281589;RO=24;SAF=4,6,4;SAR=3,1,0;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0.387255,0.387255,0;SSSB=0.181028,0.528924,0.661284;STB=0.745519,0.5,0.5;STBP=0.035,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.11362,0,0;OID=.,.,.;OPOS=186678577,186678572,186678577;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAT,GAAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28,0,0:7,7,4:54:14,0,0:50:36:10,0,0:4,0,0:13:23:65:24:4,6,4:3,1,0:10:14 chr2 186697876 . A G 1864.42 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00533985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3916;QD=60.1427;RBI=0.0307063;REFB=-0.0444021;REVB=0.0302385;RO=0;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64881e-08;STB=0.503999;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00047185;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:122:123:0.991935:60:62:0:0:61:62:1:0 chr2 187351158 . CA AC,C 234.9 PASS AF=0.0447761,0.365672;AO=10,120;DP=268;FAO=12,98;FDP=268;FR=.;FRO=158;FSAF=0,34;FSAR=12,64;FSRF=53;FSRR=105;FWDB=-0.00599148,-0.0189695;FXX=0.021897;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=133.597,6.92424;QD=3.506;RBI=0.00934092,0.100593;REFB=-0.00969585,-0.164284;REVB=-0.00716624,-0.0987885;RO=105;SAF=1,48;SAR=9,72;SRF=31;SRR=74;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.315367,0.0954544;STB=0.998856,0.507865;STBP=0.003,0.834;TYPE=mnp,del;VARB=0.040201,0.141719;OID=.,.;OPOS=187351158,187351159;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:268:268:105:158:10,120:12,98:0.0447761,0.365672:9,72:1,48:31:74:12,64:0,34:53:105 chr2 187487160 . G A 603.39 PASS AF=0.361386;AO=72;DP=200;FAO=73;FDP=202;FR=.;FRO=129;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=67;FSRR=62;FWDB=0.0550813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.461;QD=11.9483;RBI=0.055082;REFB=-0.000859636;REVB=0.00026838;RO=127;SAF=38;SAR=34;SRF=67;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000246286;STB=0.500747;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00153339;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:127:129:72:73:0.361386:34:38:67:60:35:38:67:62 chr2 187498107 . T C 741.42 PASS AF=0.448864;AO=79;DP=175;FAO=79;FDP=176;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=0.00361816;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.178;QD=16.8505;RBI=0.0114651;REFB=-0.00805744;REVB=-0.0108792;RO=96;SAF=33;SAR=46;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133022;STB=0.571163;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0115214;OID=.;OPOS=187498107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:96:97:79:79:0.448864:46:33:53:43:46:33:53:44 chr2 187532417 . G A 3124.99 PASS AF=1;AO=195;DP=198;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176996;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1456;QD=64.1025;RBI=0.039608;REFB=0;REVB=0.0354333;RO=0;SAF=110;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41753e-05;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:195:0:0:195:195:1:85:110:0:0:85:110:0:0 chr2 187558960 . G A 761.49 PASS AF=0.5;AO=73;DP=147;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=0.0335693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.517;QD=20.5809;RBI=0.0985551;REFB=0.0065739;REVB=0.0926619;RO=74;SAF=43;SAR=30;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309282;STB=0.520954;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00603957;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:74:74:73:74:0.5:30:43:46:28:31:43:46:28 chr2 187559029 . A ACAG 334.36 PASS AF=0.303448;AO=34;DP=231;FAO=44;FDP=145;FR=.;FRO=101;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=63;FSRR=38;FWDB=-0.0330898;FXX=0.260191;HRUN=1;LEN=3;MLLD=161.168;QD=9.22377;RBI=0.0352987;REFB=-0.0396325;REVB=-0.012291;RO=189;SAF=19;SAR=15;SRF=107;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952586;STB=0.586169;STBP=0.19;TYPE=ins;VARB=0.0900936;OID=.;OPOS=187559030;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.303448:34:231:44:145:101:22:22:63:38:99:189:19:15:107:82 chr2 187559047 . G A,GCAA 711.49 PASS AF=0.137255,0.284314;AO=36,39;DP=272;FAO=28,58;FDP=204;FR=.;FRO=118;FSAF=12,30;FSAR=16,28;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=-0.0388296,-0.0210555;FXX=0.153521;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=87.6433,94.3438;QD=13.9507;RBI=0.0723111,0.0615672;REFB=-0.0160143,-0.0363278;REVB=-0.0610013,-0.0578548;RO=188;SAF=13,20;SAR=23,19;SRF=107;SRR=81;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.263774,-0.0729775;STB=0.544347,0.522906;STBP=0.616,0.671;TYPE=snp,ins;VARB=0.0667766,0.062208;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:272:204:188:118:36,39:28,58:0.137255,0.284314:23,19:13,20:107:81:16,28:12,30:57:61 chr2 187559050 . A G 185.44 PASS AF=0.141869;AO=41;DP=289;FAO=41;FDP=289;FR=.;FRO=248;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=120;FSRR=128;FWDB=-0.0273651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.711;QD=2.56661;RBI=0.0292119;REFB=-0.0177887;REVB=0.0102218;RO=247;SAF=28;SAR=13;SRF=120;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254403;STB=0.672258;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.105024;OID=.;OPOS=187559050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:247:248:41:41:0.141869:13:28:120:127:13:28:120:128 chr2 187559065 . G A 60.58 PASS AF=0.0821429;AO=25;DP=280;FAO=23;FDP=280;FR=.;FRO=257;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=118;FSRR=139;FWDB=-0.0288013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.39;QD=0.865419;RBI=0.0296257;REFB=-0.000900693;REVB=-0.00694014;RO=252;SAF=15;SAR=10;SRF=113;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178109;STB=0.596468;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0179269;OID=.;OPOS=187559065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:280:280:252:257:25:23:0.0821429:10:15:113:139:10:13:118:139 chr2 187626338 . C T 213.62 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00373439;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.165;QD=19.872;RBI=0.014632;REFB=-0.00674217;REVB=-0.0141475;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103559;STB=0.558444;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00651823;OID=.;OPOS=187626338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:9:13:10:11:9:13 chr2 187626448 . TTA T,TAA 33.46 PASS AF=0.166667,0;AO=6,7;DP=47;FAO=7,0;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=1,0;FSAR=6,0;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.144265,-0.139297;FXX=0.0869376;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=23.9256,21.6738;QD=3.18681;RBI=0.1483,0.139361;REFB=-0.0105187,-0.0241559;REVB=0.0343583,0.00422568;RO=27;SAF=0,7;SAR=6,0;SRF=12;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.317073,0;SSSB=-0.673697,0.728854;STB=0.802185,0.5;STBP=0.129,1;TYPE=del,snp;VARB=0.104329,0;OID=.,.;OPOS=187626449,187626449;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0:6,7:47:7,0:42:35:1,0:6,0:16:19:34:27:0,7:6,0:12:15 chr2 187987389 . G A 406.85 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0145918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4766;QD=15.9548;RBI=0.0240561;REFB=-0.0175075;REVB=-0.0191253;RO=55;SAF=26;SAR=19;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503996;STB=0.52919;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0168428;OID=.;OPOS=187987389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:55:57:45:45:0.441176:19:26:29:26:19:26:30:27 chr2 187987519 . C T 761.45 PASS AF=0.55303;AO=72;DP=131;FAO=73;FDP=132;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0329066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8179;QD=23.0742;RBI=0.0623315;REFB=0.00813386;REVB=0.0529374;RO=59;SAF=34;SAR=38;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542587;STB=0.532616;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00587172;OID=.;OPOS=187987519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:59:59:72:73:0.55303:38:34:24:35:38:35:24:35 chr2 187987557 . A G 738.87 PASS AF=0.659574;AO=62;DP=94;FAO=62;FDP=94;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=29;FWDB=0.0358382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.456;QD=31.4414;RBI=0.0390887;REFB=0.0209249;REVB=-0.0156062;RO=32;SAF=29;SAR=33;SRF=3;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241805;STB=0.629955;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00533694;OID=.;OPOS=187987557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:32:32:62:62:0.659574:33:29:3:29:33:29:3:29 chr2 188208130 . A G 774.42 PASS AF=0.40553;AO=88;DP=217;FAO=88;FDP=217;FR=.;FRO=129;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=69;FSRR=60;FWDB=0.0134735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.382;QD=14.275;RBI=0.0175316;REFB=-0.00449572;REVB=-0.0112169;RO=128;SAF=51;SAR=37;SRF=69;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435501;STB=0.526999;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00736731;OID=.;OPOS=188208130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:128:129:88:88:0.40553:37:51:69:59:37:51:69:60 chr2 188250300 . T TA 500.06 PASS AF=1;AO=18;DP=130;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019055;FXX=0.431965;HRUN=0;LEN=1;MLLD=179.503;QD=28.1722;RBI=0.0213529;REFB=0;REVB=-0.00963596;RO=110;SAF=17;SAR=1;SRF=44;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.663963;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000741372;OID=.;OPOS=188250301;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:130:71:71:0:42:29:0:0:13:110:17:1:44:66 chr2 188250301 . T A 1881.42 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0146618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.159;QD=59.7276;RBI=0.0213955;REFB=-0.00978991;REVB=0.015582;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508619;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000318805;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:0:2:124:124:0.984127:67:57:0:0:67:57:2:0 chr2 189460553 . T C 2833.02 PASS AF=0.983957;AO=183;DP=187;FAO=184;FDP=187;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.012219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.0715;QD=60.5993;RBI=0.0136264;REFB=-0.133367;REVB=-0.00603105;RO=3;SAF=90;SAR=93;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053697;STB=0.502849;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=5.91602e-05;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:187:187:3:3:183:184:0.983957:93:90:2:1:94:90:2:1 chr2 189855036 . A T 556.64 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00389217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.584;QD=22.72;RBI=0.00778926;REFB=-0.0210838;REVB=0.00674711;RO=44;SAF=29;SAR=23;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160787;STB=0.577705;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0181523;OID=.;OPOS=189855036;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:46:52:52:0.530612:23:29:16:28:23:29:18:28 chr2 189863389 . C T 504.65 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00388781;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.965;QD=18.8656;RBI=0.0170978;REFB=-0.00208;REVB=0.01665;RO=54;SAF=32;SAR=21;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796553;STB=0.544122;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00260665;OID=.;OPOS=189863389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:54:54:53:53:0.495327:21:32:28:26:21:32:28:26 chr2 189864080 . G A 1219.37 PASS AF=0.494024;AO=124;DP=252;FAO=124;FDP=251;FR=.;FRO=127;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=-0.0068046;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.471;QD=19.4322;RBI=0.00841173;REFB=-0.000540079;REVB=0.00494517;RO=127;SAF=61;SAR=63;SRF=58;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324947;STB=0.517844;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000493616;OID=.;OPOS=189864080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:127:127:124:124:0.494024:63:61:58:69:63:61:58:69 chr2 189866199 . T A 4382.17 PASS AF=1;AO=276;DP=277;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014246;FXX=0.00711718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.025;QD=62.8268;RBI=0.0367749;REFB=0.000199391;REVB=0.0339034;RO=0;SAF=137;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46183e-06;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:277:279:0:0:276:279:1:139:137:0:0:142:137:0:0 chr2 189875421 . T G 1488.3 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439294;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.705;QD=58.9424;RBI=0.10347;REFB=0;REVB=0.103376;RO=1;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163022;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:1:0:100:101:1:45:55:0:1:46:55:0:0 chr2 189907937 . A G 2195.31 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1651;QD=62.723;RBI=0.0187841;REFB=0;REVB=0.0186111;RO=1;SAF=69;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50194e-05;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:1:0:139:140:1:70:69:0:1:71:69:0:0 chr2 189932831 . T C 3367.76 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.238;QD=62.0785;RBI=0.0136583;REFB=0;REVB=-0.00199734;RO=0;SAF=103;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68272e-05;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:217:0:0:215:217:1:112:103:0:0:112:105:0:0 chr2 189974958 . G T 905.92 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.112554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.659;QD=56.6202;RBI=0.112559;REFB=-0.127079;REVB=-0.00102923;RO=1;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160049;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00139115;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:29:34:0:1:29:34:0:1 chr2 189997838 . G A 685.3 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7473;QD=62.2995;RBI=0.261791;REFB=0;REVB=0.261778;RO=0;SAF=42;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00322683;OID=.;OPOS=189997838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:0:42:0:0:2:42:0:0 chr2 190323530 . A G 2114.01 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447076;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255;QD=63.1048;RBI=0.0456292;REFB=0;REVB=-0.00912441;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82846e-06;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:134:0:0:134:134:1:72:62:0:0:72:62:0:0 chr2 190425542 . TTA T,TTT 82.12 PASS AF=0.268657,0;AO=13,16;DP=102;FAO=18,0;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=2,0;FSAR=16,0;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.246115,0.0396611;FXX=0.15188;HRUN=6,4;LEN=2,1;MLLD=22.0057,15.7384;QD=4.90246;RBI=0.247274,0.120558;REFB=0.00948413,0.0076184;REVB=0.0239057,-0.113848;RO=55;SAF=0,7;SAR=13,9;SRF=36;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.779999,-0.265357;STB=0.879289,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0482,0;OID=.,.;OPOS=190425543,190425544;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268657,0:13,16:102:18,0:67:49:2,0:16,0:30:19:82:55:0,7:13,9:36:19 chr2 190430177 . A G 2933.57 PASS AF=0.975124;AO=194;DP=199;FAO=196;FDP=201;FR=.;FRO=5;FSAF=102;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0154565;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.988;QD=58.3795;RBI=0.0209665;REFB=-0.0536278;REVB=0.0141666;RO=5;SAF=102;SAR=92;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156062;STB=0.507978;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00250787;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:199:201:5:5:194:196:0.975124:92:102:1:4:94:102:1:4 chr2 190531426 . G A 1970.93 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.988;QD=62.0764;RBI=0.0257949;REFB=0;REVB=-0.0059511;RO=0;SAF=74;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20084e-05;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:53:74:0:0:53:74:0:0 chr2 190531615 . T C 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.00628586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.818;QD=14.7408;RBI=0.0313109;REFB=-0.0017537;REVB=0.0306734;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234158;STB=0.631398;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00174454;OID=.;OPOS=190531615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:16:14:10:31:16:14:10:31 chr2 190595258 . G T 2698.44 PASS AF=0.988701;AO=173;DP=175;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0765443;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.822;QD=60.9817;RBI=0.0938129;REFB=-0.0465667;REVB=0.0542386;RO=1;SAF=70;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459912;STB=0.504716;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00580759;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:175:177:1:2:173:175:0.988701:103:70:0:1:105:70:0:2 chr2 190602513 . T C 1761.51 PASS AF=0.975207;AO=117;DP=120;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.02115;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.2171;QD=58.2316;RBI=0.0636574;REFB=0.0014635;REVB=0.0600411;RO=1;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714204;STB=0.510947;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=4.08137e-05;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:121:1:3:117:118:0.975207:66:51:0:1:67:51:0:3 chr2 190617643 . A G,T 2270.41 PASS AF=0.741935,0.258065;AO=112,43;DP=155;FAO=115,40;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=69,1;FSAR=46,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120074,-0.0479596;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.403,39.6014;QD=58.5912;RBI=0.0286062,0.0584315;REFB=0,0;REVB=0.0259642,-0.0333784;RO=0;SAF=66,4;SAR=46,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.45514e-08,8.15207e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0036154,0.088247;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:155:155:0:0:112,43:115,40:0.741935,0.258065:46,39:66,4:0:0:46,39:69,1:0:0 chr2 190618249 . T A 1007.98 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.506;QD=59.2926;RBI=0.0245318;REFB=0;REVB=0.015383;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84742e-05;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:42:25:0:0:42:26:0:0 chr2 190636411 . C G 406.87 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0181488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.186;QD=15.9558;RBI=0.0181505;REFB=-0.00630258;REVB=0.000243773;RO=57;SAF=23;SAR=22;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151725;STB=0.5085;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00797856;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:22:23:30:27:22:23:30:27 chr2 190788120 . T C 1068.15 PASS AF=0.514423;AO=106;DP=207;FAO=107;FDP=208;FR=.;FRO=101;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.0580372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.976;QD=20.5414;RBI=0.0589499;REFB=-0.00415383;REVB=0.0103335;RO=101;SAF=52;SAR=54;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040125;STB=0.524182;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00313691;OID=.;OPOS=190788120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:101:101:106:107:0.514423:54:52:45:56:54:53:45:56 chr2 190788123 . G T 1056.82 PASS AF=0.514563;AO=106;DP=206;FAO=106;FDP=206;FR=.;FRO=100;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=-0.0148514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.994;QD=20.5207;RBI=0.015406;REFB=-0.0173565;REVB=-0.00409651;RO=100;SAF=53;SAR=53;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531627;STB=0.529121;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0159349;OID=.;OPOS=190788123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:100:100:106:106:0.514563:53:53:44:56:53:53:44:56 chr2 190788844 . T TC 969.95 PASS AF=1;AO=38;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176283;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.1923;QD=55.4256;RBI=0.15929;REFB=0;REVB=0.158312;RO=25;SAF=35;SAR=3;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000596841;OID=.;OPOS=190788845;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:72:70:70:0:51:19:0:0:5:25:35:3:10:15 chr2 190788845 . G C 204.19 PASS AF=0.375;AO=25;DP=70;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=4;FWDB=0.0468891;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.928;QD=11.344;RBI=0.112241;REFB=-0.0397722;REVB=0.101978;RO=44;SAF=10;SAR=15;SRF=41;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.557206;STB=0.804845;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0307137;OID=.;OPOS=190788845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:44:45:25:27:0.375:15:10:41:3:17:10:41:4 chr2 190815211 . G A 1134.78 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.08;QD=60.5216;RBI=0.0714124;REFB=0;REVB=-0.00184106;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15904e-05;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr2 191064753 . C T 493.52 PASS AF=0.494845;AO=46;DP=95;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0122838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.652;QD=20.3515;RBI=0.0702073;REFB=-0.0144525;REVB=0.0691243;RO=49;SAF=24;SAR=22;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296588;STB=0.515679;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0157468;OID=.;OPOS=191064753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:49:49:46:48:0.494845:22:24:24:25:23:25:24:25 chr2 191065236 . TTTTG T 101.76 PASS AF=0.30137;AO=16;DP=70;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0122305;FXX=0.0266631;HRUN=5;LEN=4;MLLD=281.463;QD=5.57587;RBI=0.0123035;REFB=0.0041872;REVB=0.00133817;RO=45;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148273;STB=0.516358;STBP=0.887;TYPE=del;VARB=-0.0083848;OID=.;OPOS=191065237;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30137:16:70:22:73:51:10:12:22:29:99:45:8:8:17:28 chr2 191065595 . G T 216.42 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0188887;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.8359;QD=13.1162;RBI=0.0212608;REFB=-0.0162399;REVB=0.00975896;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416548;STB=0.514377;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.020189;OID=.;OPOS=191065595;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:40:26:26:0.393939:15:11:15:24:15:11:16:24 chr2 191065776 . T C 168.03 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0232968;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.062;QD=11.7913;RBI=0.0239275;REFB=-0.00517322;REVB=0.00545754;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327474;STB=0.689478;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0218792;OID=.;OPOS=191065776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:14:7:23:13:14:7:23:13 chr2 191065782 . A AGAT 129.09 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00805584;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.071;QD=8.4648;RBI=0.0133678;REFB=-0.00917251;REVB=-0.0106678;RO=42;SAF=9;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837438;STB=0.557314;STBP=0.534;TYPE=ins;VARB=0.0202145;OID=.;OPOS=191065783;OREF=-;OALT=GAT;OMAPALT=AGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295082:18:61:18:61:43:9:9:25:18:99:42:9:9:24:18 chr2 191066683 . C T 595.96 PASS AF=0.436242;AO=65;DP=151;FAO=65;FDP=149;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.0115342;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.96;QD=15.999;RBI=0.0124101;REFB=-0.00256961;REVB=-0.00457955;RO=81;SAF=31;SAR=34;SRF=28;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132197;STB=0.561272;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00298234;OID=.;OPOS=191066683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:81:84:65:65:0.436242:34:31:28:53:34:31:31:53 chr2 191066769 . C T 587.27 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.915;QD=60.2326;RBI=0.017832;REFB=0;REVB=0.00534581;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67945e-05;OID=.;OPOS=191066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:19:18:0:0:21:18:0:0 chr2 191066913 . T C 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0422623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.875;QD=22.3751;RBI=0.0429328;REFB=-0.0272592;REVB=0.00755826;RO=27;SAF=10;SAR=25;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172933;STB=0.595797;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0222328;OID=.;OPOS=191066913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:25:10:13:14:25:10:13:14 chr2 191066970 . C T 357.01 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0232083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8967;QD=17.2051;RBI=0.0339235;REFB=-0.00596798;REVB=0.0247422;RO=45;SAF=13;SAR=24;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280508;STB=0.521184;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00546138;OID=.;OPOS=191066970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:45:45:37:38:0.457831:24:13:17:28:25:13:17:28 chr2 191067766 . T TTC 305.86 PASS AF=0.393258;AO=30;DP=95;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00273364;FXX=0.0326052;HRUN=3;LEN=2;MLLD=156.552;QD=13.7464;RBI=0.00833528;REFB=-0.0144314;REVB=-0.00787427;RO=59;SAF=14;SAR=16;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477408;STB=0.526064;STBP=0.73;TYPE=ins;VARB=0.0228314;OID=.;OPOS=191067767;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393258:30:95:35:89:54:16:19:27:27:99:59:14:16:30:29 chr2 191068015 . A G 155.63 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0130982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.472;QD=15.5631;RBI=0.0132172;REFB=-0.000574577;REVB=0.00176984;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559472;STB=0.503222;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.000820754;OID=.;OPOS=191068015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:6:11:15:8:6:11:15:8 chr2 191068061 . A T 211.81 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0706308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7433;QD=16.6123;RBI=0.111137;REFB=-0.0142707;REVB=-0.085806;RO=28;SAF=17;SAR=6;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726269;STB=0.541364;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0164486;OID=.;OPOS=191068061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:6:17:19:9:6:17:19:9 chr2 191161622 . T C 707.19 PASS AF=0.48366;AO=68;DP=148;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0162701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.493;QD=18.4887;RBI=0.0167823;REFB=-0.00978801;REVB=-0.00411471;RO=77;SAF=39;SAR=29;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077307;STB=0.510703;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00812943;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:153:77:79:68:74:0.48366:29:39:38:39:35:39:40:39 chr2 191224981 . G T 684.74 PASS AF=0.406417;AO=76;DP=187;FAO=76;FDP=187;FR=.;FRO=111;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=45;FSRR=66;FWDB=0.00845565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0132;QD=14.6469;RBI=0.0192865;REFB=0.0183075;REVB=-0.0173341;RO=111;SAF=24;SAR=52;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104543;STB=0.558863;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0305054;OID=.;OPOS=191224981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:111:111:76:76:0.406417:52:24:45:66:52:24:45:66 chr2 191231458 . G A 2174.51 PASS AF=0.97351;AO=147;DP=151;FAO=147;FDP=151;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00124618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8974;QD=57.603;RBI=0.00923813;REFB=-0.052753;REVB=-0.00915369;RO=4;SAF=66;SAR=81;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259512;STB=0.501365;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00661363;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:151:151:4:4:147:147:0.97351:81:66:2:2:81:66:2:2 chr2 191231503 . G A 924.44 PASS AF=0.472081;AO=93;DP=197;FAO=93;FDP=197;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.0292709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4447;QD=18.7703;RBI=0.0310604;REFB=0.00170213;REVB=-0.0103905;RO=104;SAF=43;SAR=50;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100432;STB=0.505548;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00253891;OID=.;OPOS=191231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:104:104:93:93:0.472081:50:43:47:57:50:43:47:57 chr2 191235901 . A C 2805.21 PASS AF=0.994505;AO=176;DP=180;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165889;FXX=0.0162153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0667;QD=61.6529;RBI=0.0498725;REFB=-0.0205927;REVB=0.0470327;RO=1;SAF=107;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684884;STB=0.503355;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000657795;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:180:182:1:1:176:181:0.994505:69:107:0:1:74:107:0:1 chr2 191301368 . A G 56.52 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0357284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.0335;QD=11.8997;RBI=0.036973;REFB=-0.0157505;REVB=0.0095122;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240651;STB=0.639715;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0240262;OID=.;OPOS=191301368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:1:10:6:2:1:10 chr2 191354491 . T C 928.96 PASS AF=0.505495;AO=92;DP=182;FAO=92;FDP=182;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.00838086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.99;QD=20.4168;RBI=0.0261203;REFB=0.00263443;REVB=0.0247393;RO=90;SAF=44;SAR=48;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395683;STB=0.521734;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00270131;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:90:90:92:92:0.505495:48:44:47:43:48:44:47:43 chr2 191366707 . A G 1522.11 PASS AF=0.433511;AO=163;DP=383;FAO=163;FDP=376;FR=.;FRO=213;FSAF=87;FSAR=76;FSRF=102;FSRR=111;FWDB=0.00738285;FXX=0.0182763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3458;QD=16.1926;RBI=0.0287243;REFB=-0.00538898;REVB=0.0277593;RO=202;SAF=87;SAR=76;SRF=100;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038754;STB=0.53109;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00642422;OID=.;OPOS=191366707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:376:202:213:163:163:0.433511:76:87:100:102:76:87:102:111 chr2 191379268 . G A 316.85 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0898924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.839;QD=15.2699;RBI=0.0898955;REFB=0.00517373;REVB=-0.000744187;RO=48;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052347;STB=0.5296;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.0121352;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:20:15:23:25:20:15:23:25 chr2 191402654 . A G 72.7 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00746502;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0562;QD=3.92991;RBI=0.0542756;REFB=-0.00501898;REVB=0.0537598;RO=57;SAF=8;SAR=5;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197508;STB=0.627904;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0256131;OID=.;OPOS=191402654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:75:74:57:61:13:13:0.175676:5:8:26:31:5:8:28:33 chr2 191402685 . A C 423.53 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0233448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5376;QD=13.7735;RBI=0.0283578;REFB=-0.00695919;REVB=0.0160992;RO=72;SAF=37;SAR=12;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284616;STB=0.663606;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0113904;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:74:49:49:0.398374:12:37:37:35:12:37:38:36 chr2 191402698 . A C 464.15 PASS AF=0.395522;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00758341;FXX=0.00740686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.298;QD=13.8554;RBI=0.0402427;REFB=0.0446143;REVB=0.0395218;RO=81;SAF=39;SAR=14;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26857;STB=0.645677;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0630766;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:81:81:53:53:0.395522:14:39:41:40:14:39:42:39 chr2 191402702 . T C 463.51 PASS AF=0.386861;AO=53;DP=137;FAO=53;FDP=137;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0141579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0265;QD=13.5331;RBI=0.0330447;REFB=-0.000147405;REVB=-0.0298581;RO=83;SAF=39;SAR=14;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258245;STB=0.651321;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000274306;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:83:84:53:53:0.386861:14:39:43:40:14:39:43:41 chr2 191402710 . T C 539.37 PASS AF=0.40411;AO=58;DP=145;FAO=59;FDP=146;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0138244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.881;QD=14.7771;RBI=0.0152793;REFB=-0.00532032;REVB=-0.00650715;RO=86;SAF=45;SAR=13;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318936;STB=0.687598;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00995382;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:86:87:58:59:0.40411:13:45:44:42:13:46:44:43 chr2 191402712 . TA CG 553.95 PASS AF=0.410959;AO=60;DP=146;FAO=60;FDP=146;FR=.;FRO=86;FSAF=46;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0130408;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=122.333;QD=15.1766;RBI=0.0161975;REFB=0.011453;REVB=0.00960714;RO=82;SAF=46;SAR=14;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286055;STB=0.671471;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=-0.0221407;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:82:86:60:60:0.410959:14:46:43:39:14:46:44:42 chr2 191402748 . A T 627.71 PASS AF=0.448276;AO=65;DP=145;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=47;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0121737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.528;QD=17.3161;RBI=0.0182795;REFB=-0.00477574;REVB=0.013636;RO=80;SAF=47;SAR=18;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241288;STB=0.635091;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00745822;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:80:80:65:65:0.448276:18:47:40:40:18:47:40:40 chr2 191402761 . G A 506.68 PASS AF=0.430769;AO=52;DP=127;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=43;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0309423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.14;QD=15.5901;RBI=0.0309444;REFB=0.00315554;REVB=-0.000363408;RO=74;SAF=40;SAR=12;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303256;STB=0.666708;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00378468;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:74:74:52:56:0.430769:12:40:38:36:13:43:38:36 chr2 191402775 . T C 321.44 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0308891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.161;QD=11.5835;RBI=0.0333442;REFB=-0.0123861;REVB=-0.0125581;RO=70;SAF=31;SAR=9;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353844;STB=0.708988;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00405719;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:71:40:40:0.36036:9:31:34:36:9:31:34:37 chr2 191402778 . T C 304.88 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0168818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.045;QD=11.5048;RBI=0.0344446;REFB=-0.00266348;REVB=0.0300238;RO=66;SAF=31;SAR=7;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389855;STB=0.736247;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0020593;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:68:38:38:0.358491:7:31:34:32:7:31:34:34 chr2 191555331 . C T 458.53 PASS AF=0.48;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0301905;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.096;QD=18.341;RBI=0.0357307;REFB=-0.0201984;REVB=-0.0191107;RO=52;SAF=28;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428134;STB=0.5238;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0201926;OID=.;OPOS=191555331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:52:52:48:48:0.48:20:28:28:24:20:28:28:24 chr2 191851798 . CA C 47.05 PASS AF=0.432432;AO=14;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.020289;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.9561;QD=5.08595;RBI=0.148338;REFB=-0.0483758;REVB=0.146944;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194471;STB=0.555489;STBP=0.575;TYPE=del;VARB=0.0715744;OID=.;OPOS=191851799;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:14:37:16:37:21:6:10:6:15:45:19:3:11:7:12 chr2 192160839 . A T 906.05 PASS AF=0.497268;AO=87;DP=182;FAO=91;FDP=183;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=0.0649893;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.649;QD=19.8044;RBI=0.0659692;REFB=-0.00165703;REVB=-0.0113282;RO=91;SAF=28;SAR=59;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139809;STB=0.562245;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00104797;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:91:92:87:91:0.497268:59:28:42:49:60:31:42:50 chr2 192160875 . C T 747.0 PASS AF=0.434783;AO=80;DP=183;FAO=80;FDP=184;FR=.;FRO=104;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=0.00264295;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.293;QD=16.239;RBI=0.0107696;REFB=-0.0118546;REVB=-0.0104403;RO=103;SAF=30;SAR=50;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451507;STB=0.522917;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0133067;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:103:104:80:80:0.434783:50:30:43:60:50:30:43:61 chr2 192214966 . T C 682.76 PASS AF=0.476821;AO=70;DP=150;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=0.0754053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6522;QD=18.0862;RBI=0.0800731;REFB=0.00855008;REVB=0.0269395;RO=76;SAF=34;SAR=36;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12359;STB=0.569517;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00850163;OID=.;OPOS=192214966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:76:79:70:72:0.476821:36:34:27:49:36:36:29:50 chr2 192250726 . G A 1760.37 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.802;QD=60.1836;RBI=0.0503619;REFB=0;REVB=0.0031637;RO=0;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87315e-05;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:117:0:0:112:117:1:58:54:0:0:59:58:0:0 chr2 192279327 . T C 2132.01 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184066;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.832;QD=62.2484;RBI=0.0415058;REFB=-0.0459887;REVB=0.0372011;RO=1;SAF=53;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888477;STB=0.504672;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000313847;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:137:1:1:136:136:0.992701:83:53:1:0:83:53:1:0 chr2 192699639 . A AG 2376.7 PASS AF=1;AO=200;DP=218;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871674;FXX=0.0232547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.4043;QD=45.2705;RBI=0.0897924;REFB=0;REVB=0.0215527;RO=15;SAF=74;SAR=126;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00155709;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:200:218:210:210:0:75:135:0:0:44:15:74:126:7:8 chr2 192701393 . A G 3590.75 PASS AF=1;AO=228;DP=228;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.546;QD=62.9956;RBI=0.0500359;REFB=0;REVB=-0.0119041;RO=0;SAF=96;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41056e-05;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:228:0:0:228:228:1:132:96:0:0:132:96:0:0 chr2 195523141 . G T 1730.94 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0790419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7012;QD=60.7349;RBI=0.0808809;REFB=0;REVB=0.0171489;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000326683;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:59:54:0:0:60:54:0:0 chr2 196601214 . AATAT A 189.81 PASS AF=0.413333;AO=28;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00428766;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=4;MLLD=283.666;QD=10.123;RBI=0.00541029;REFB=-0.016317;REVB=-0.00329958;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235024;STB=0.503873;STBP=0.959;TYPE=del;VARB=0.0228332;OID=.;OPOS=196601215;OREF=ATAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413333:28:75:31:75:44:15:16:21:23:99:39:13:15:19:20 chr2 196602089 . TATCA T 302.79 PASS AF=0.452055;AO=29;DP=66;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.028647;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=4;MLLD=263.198;QD=16.5912;RBI=0.0306745;REFB=-0.00614041;REVB=-0.0109669;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798218;STB=0.574247;STBP=0.281;TYPE=del;VARB=0.0088613;OID=.;OPOS=196602090;OREF=ATCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452055:29:66:33:73:40:16:17:14:26:99:26:15:14:11:15 chr2 196673533 . A G 1314.43 PASS AF=0.978723;AO=87;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0421546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7226;QD=55.933;RBI=0.146236;REFB=-0.158158;REVB=0.140029;RO=7;SAF=40;SAR=47;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247074;STB=0.512192;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.013331;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:94:94:7:2:87:92:0.978723:47:40:2:5:52:40:2:0 chr2 196791276 . T G 529.01 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0316054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9843;QD=19.4134;RBI=0.038171;REFB=0.00699154;REVB=0.0214039;RO=54;SAF=24;SAR=31;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265049;STB=0.51463;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00582094;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:54:55:55:0.504587:31:24:22:32:31:24:22:32 chr2 196799394 . A G 644.15 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=132;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0293569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.537;QD=19.5196;RBI=0.0302314;REFB=-0.012208;REVB=0.00721854;RO=67;SAF=38;SAR=27;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259862;STB=0.514343;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0159602;OID=.;OPOS=196799394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:67:67:65:65:0.492424:27:38:41:26:27:38:41:26 chr2 196851911 . G A 288.52 PASS AF=0.350515;AO=32;DP=95;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=47;FWDB=0.0126506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.873;QD=11.8976;RBI=0.0170232;REFB=-0.0107304;REVB=-0.0113909;RO=61;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198833;STB=0.609824;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0408019;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:61:63:32:34:0.350515:19:13:15:46:20:14:16:47 chr2 196866420 . C T 999.51 PASS AF=0.515957;AO=97;DP=188;FAO=97;FDP=188;FR=.;FRO=91;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.00642972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.537;QD=21.2661;RBI=0.0177996;REFB=-0.00901907;REVB=-0.0165978;RO=90;SAF=49;SAR=48;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638619;STB=0.537424;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00858961;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:90:91:97:97:0.515957:48:49:52:38:48:49:53:38 chr2 196915989 . GAA GA,GAG 3118.96 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=27,169;DP=223;FAO=10,210;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=2,87;FSAR=8,123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431615,0.117152;FXX=0.0134523;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.3211,32.7636;QD=56.7083;RBI=0.0431922,0.127739;REFB=0,0;REVB=0.00162962,-0.0509185;RO=3;SAF=19,60;SAR=8,109;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.067961,-0.0231971;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0353548,0.0100839;OID=.,.;OPOS=196915990,196915991;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.954545:27,169:223:10,210:220:0:2,87:8,123:0:0:9:3:19,60:8,109:3:0 chr2 197004439 . A G 3844.81 PASS AF=0.991837;AO=242;DP=245;FAO=243;FDP=245;FR=.;FRO=2;FSAF=121;FSAR=122;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0318546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.381;QD=62.7724;RBI=0.035412;REFB=-0.0359397;REVB=0.0154691;RO=2;SAF=121;SAR=121;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500017;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=4.67652e-05;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:245:245:2:2:242:243:0.991837:121:121:1:1:122:121:1:1 chr2 197021276 . T C 2270.68 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360288;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.67;QD=63.5155;RBI=0.0360913;REFB=0;REVB=0.00212236;RO=0;SAF=63;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32011e-05;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:143:0:0:138:143:1:75:63:0:0:76:67:0:0 chr2 197021372 . T A 954.37 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00284382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.141;QD=54.5352;RBI=0.022452;REFB=-0.0570988;REVB=0.0222712;RO=2;SAF=30;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304618;STB=0.523802;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00016937;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:2:3:67:67:0.957143:37:30:2:0:37:30:3:0 chr2 197065221 . A G 571.55 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.00418284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.542;QD=19.2117;RBI=0.0222375;REFB=-0.00905109;REVB=0.0218406;RO=60;SAF=29;SAR=30;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114091;STB=0.562959;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.012694;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:60:59:59:0.495798:30:29:37:23:30:29:37:23 chr2 197118729 . C T 1716.34 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308688;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.584;QD=60.7554;RBI=0.0253744;REFB=0;REVB=-0.025186;RO=0;SAF=42;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.03664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32839e-05;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:71:42:0:0:71:42:0:0 chr2 197154234 . A G 1419.41 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0838678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.343;QD=61.7134;RBI=0.0848102;REFB=-0.207827;REVB=0.012608;RO=1;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854135;STB=0.504503;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00063876;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:55:36:0:1:55:36:0:1 chr2 197184321 . C T 1449.78 PASS AF=0.961905;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0272304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.022;QD=55.2296;RBI=0.0309131;REFB=-0.0560496;REVB=-0.014633;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.519604;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000208375;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:105:0:4:101:101:0.961905:52:49:0:0:52:49:4:0 chr2 197504545 . C G 2541.25 PASS AF=1;AO=124;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=67;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.989;QD=61.9816;RBI=0.184123;REFB=0;REVB=0.181259;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012171;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:124:164:1:57:67:0:0:97:67:0:0 chr2 197870601 . G A 532.78 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0409152;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.9;QD=18.3716;RBI=0.0448407;REFB=-0.000777203;REVB=-0.0183476;RO=61;SAF=25;SAR=31;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583024;STB=0.527854;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00070245;OID=.;OPOS=197870601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:61:60:56:56:0.482759:31:25:31:30:31:25:30:30 chr2 198175297 . G C 116.21 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.674;QD=42.2581;RBI=0.109967;REFB=0;REVB=0.0654672;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118124;OID=.;OPOS=198175297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:4:7:0:0 chr2 198359384 . T C 586.9 PASS AF=0.408537;AO=67;DP=164;FAO=67;FDP=164;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.00774314;FXX=0.00606024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.856;QD=14.3146;RBI=0.0102924;REFB=-0.00928607;REVB=0.00678067;RO=96;SAF=25;SAR=42;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103848;STB=0.555749;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0134048;OID=.;OPOS=198359384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:96:97:67:67:0.408537:42:25:45:51:42:25:45:52 chr2 198508951 . G A 1177.5 PASS AF=0.495763;AO=116;DP=235;FAO=117;FDP=236;FR=.;FRO=119;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=54;FSRR=65;FWDB=0.0289821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.463;QD=19.9577;RBI=0.0659408;REFB=0.00342817;REVB=0.0592303;RO=119;SAF=55;SAR=61;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188295;STB=0.508257;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00318309;OID=.;OPOS=198508951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:236:119:119:116:117:0.495763:61:55:54:65:62:55:54:65 chr2 198572076 . A ATTC 192.98 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0279548;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=3;MLLD=166.115;QD=15.7534;RBI=0.0286707;REFB=-0.00398501;REVB=-0.00636667;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194119;STB=0.599902;STBP=0.255;TYPE=ins;VARB=0.00443871;OID=.;OPOS=198572077;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408163:20:50:20:49:29:9:11:18:11:99:28:9:11:18:10 chr2 198572626 . G GT,T 89.67 PASS AF=0.189474,0;AO=17,7;DP=95;FAO=18,0;FDP=95;FR=.;FRO=77;FSAF=10,0;FSAR=8,0;FSRF=21;FSRR=56;FWDB=-0.0708038,-0.0191407;FXX=0.0206164;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=40.9903,207.435;QD=3.77565;RBI=0.0752868,0.023971;REFB=-0.00855269,-0.00845089;REVB=-0.0255914,-0.0144307;RO=70;SAF=12,0;SAR=5,7;SRF=18;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.522874,-0.514669;STB=0.720513,0.5;STBP=0.072,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0887354,0;OID=.,.;OPOS=198572627,198572626;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:95:95:70:77:17,7:18,0:0.189474,0:5,7:12,0:18:52:8,0:10,0:21:56 chr2 198572679 . CAAAAAAC ACAAAAAC,CAAAAAC,CAAAAACC,CACAAAAA 378.62 PASS AF=0,0.9,0,0.1;AO=4,13,6,4;DP=76;FAO=0,54,0,6;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,0,0;FSAR=0,49,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222186,0.558939,0.619337,-0.0223611;FXX=0.0624902;HRUN=1,6,6,6;LEN=2,1,1,6;MLLD=113.6,8.28683,4.10056,127.796;QD=25.2411;RBI=0.0393718,0.726571,0.644372,0.0224331;REFB=0.0230197,-0.00190822,-0.0358739,0.0444332;REVB=0.0325034,0.464212,0.177867,0.00179686;RO=30;SAF=0,1,5,0;SAR=4,12,1,4;SRF=10;SRR=20;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.54874,-0.478509,0.554171,-0.54874;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,snp,mnp;VARB=0,0.0559861,0.0407755,0.103536;OID=.,.,.,.;OPOS=198572679,198572680,198572685,198572681;OREF=CA,A,A,AAAAAC;OALT=AC,-,C,CAAAAA;OMAPALT=ACAAAAAC,CAAAAAC,CAAAAACC,CACAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:22:76:60:30:0:4,13,6,4:0,54,0,6:0,0.9,0,0.1:4,12,1,4:0,1,5,0:10:20:0,49,0,6:0,5,0,0:0:0 chr2 198950029 . A G 215.57 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0118873;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5229;QD=12.8697;RBI=0.0190537;REFB=-0.00160702;REVB=0.0148907;RO=41;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00923551;STB=0.505296;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00287659;OID=.;OPOS=198950029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:41:26:26:0.38806:15:11:17:24:15:11:17:24 chr2 198950240 . G A 702.11 PASS AF=0.416216;AO=77;DP=185;FAO=77;FDP=185;FR=.;FRO=108;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=-0.00609499;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.252;QD=15.1807;RBI=0.0150985;REFB=-0.015678;REVB=-0.0138136;RO=108;SAF=36;SAR=41;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00490844;STB=0.502748;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0265655;OID=.;OPOS=198950240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:108:108:77:77:0.416216:41:36:51:57:41:36:51:57 chr2 200136583 . T A 1406.53 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00549878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.964;QD=61.1535;RBI=0.0178248;REFB=-0.187006;REVB=0.0169555;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106495;STB=0.505617;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00134417;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:1:1:89:91:0.98913:45:44:1:0:47:44:1:0 chr2 200790050 . A G 347.19 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0331307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.35;QD=14.6186;RBI=0.0443888;REFB=-0.00120628;REVB=0.0295419;RO=55;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214072;STB=0.629362;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0029166;OID=.;OPOS=200790050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:57:38:38:0.4:17:21:19:36:17:21:19:38 chr2 200792881 . C T 2121.65 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.236;QD=62.8637;RBI=0.00296611;REFB=0;REVB=0.00137066;RO=0;SAF=59;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12379e-06;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:76:59:0:0:76:59:0:0 chr2 201253956 . A G 257.4 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=0.0280992;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.832;QD=11.3141;RBI=0.0453535;REFB=-0.0139878;REVB=-0.0356002;RO=59;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213448;STB=0.614416;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0341752;OID=.;OPOS=201253956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:60:31:31:0.340659:17:14:16:43:17:14:17:43 chr2 201284089 . C T 523.79 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0198755;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.439;QD=17.7555;RBI=0.0199288;REFB=-0.00479138;REVB=0.00145708;RO=61;SAF=26;SAR=29;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599965;STB=0.523698;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0030962;OID=.;OPOS=201284089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:61:63:55:55:0.466102:29:26:25:36:29:26:27:36 chr2 201342616 . C T 754.04 PASS AF=0.506944;AO=71;DP=144;FAO=73;FDP=144;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0231546;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.288;QD=20.9456;RBI=0.025463;REFB=-0.0254729;REVB=0.0105939;RO=71;SAF=32;SAR=39;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0233769;OID=.;OPOS=201342616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:71:71:71:73:0.506944:39:32:32:39:39:34:32:39 chr2 201344434 . A G 376.74 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0204054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6475;QD=18.6042;RBI=0.0634303;REFB=-0.0100282;REVB=0.0600584;RO=41;SAF=22;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048206;STB=0.533486;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00838966;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:17:22:21:20:17:22:21:21 chr2 201344491 . G A 280.02 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0567638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8912;QD=11.9159;RBI=0.0569982;REFB=0.0193466;REVB=0.00516457;RO=61;SAF=14;SAR=19;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210702;STB=0.512156;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0332887;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:61:33:33:0.351064:19:14:27:34:19:14:27:34 chr2 201344732 . C T 620.62 PASS AF=0.433962;AO=69;DP=159;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.0131158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.016;QD=15.6131;RBI=0.018439;REFB=-0.0126019;REVB=-0.0129604;RO=89;SAF=36;SAR=33;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276324;STB=0.512312;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0176446;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:89:90:69:69:0.433962:33:36:44:45:33:36:45:45 chr2 201354935 . C G 1743.46 PASS AF=0.510448;AO=170;DP=334;FAO=171;FDP=335;FR=.;FRO=164;FSAF=90;FSAR=81;FSRF=78;FSRR=86;FWDB=-0.0102502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.03;QD=20.8174;RBI=0.0120829;REFB=-0.0330905;REVB=0.0063977;RO=161;SAF=90;SAR=80;SRF=77;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455346;STB=0.524824;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0224489;OID=.;OPOS=201354935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:335:161:164:170:171:0.510448:80:90:77:84:81:90:78:86 chr2 201437328 . C A 407.8 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0719697;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2407;QD=15.3888;RBI=0.0730231;REFB=-0.0213919;REVB=0.0123586;RO=60;SAF=18;SAR=28;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266585;STB=0.514964;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0196505;OID=.;OPOS=201437328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:60:60:46:46:0.433962:28:18:25:35:28:18:25:35 chr2 201437334 . T C 1591.08 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.964;QD=59.4797;RBI=0.0314004;REFB=0;REVB=0.0146658;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90475e-05;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:107:0:0:101:107:1:58:43:0:0:62:45:0:0 chr2 201468732 . C G 365.02 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00945573;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.429;QD=17.1773;RBI=0.0641927;REFB=-0.00423468;REVB=0.0634924;RO=42;SAF=25;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155385;STB=0.61977;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00272949;OID=.;OPOS=201468732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:42:47:38:38:0.447059:13:25:21:21:13:25:21:26 chr2 202122995 . A G 2810.12 PASS AF=0.963351;AO=184;DP=191;FAO=184;FDP=191;FR=.;FRO=7;FSAF=110;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00560426;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.007;QD=58.8508;RBI=0.023495;REFB=-0.0840451;REVB=0.0228168;RO=3;SAF=110;SAR=74;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189067;STB=0.517219;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000192529;OID=.;OPOS=202122995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:191:191:3:7:184:184:0.963351:74:110:0:3:74:110:1:6 chr2 202149696 . G A 870.9 PASS AF=0.458128;AO=93;DP=201;FAO=93;FDP=203;FR=.;FRO=110;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=0.0070441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3183;QD=17.1606;RBI=0.0524334;REFB=0.00540659;REVB=-0.0519581;RO=108;SAF=48;SAR=45;SRF=61;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474096;STB=0.520862;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00692588;OID=.;OPOS=202149696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:108:110:93:93:0.458128:45:48:61:47:45:48:61:49 chr2 202151781 . T C 433.78 PASS AF=0.429825;AO=48;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0195618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.764;QD=15.2205;RBI=0.0327843;REFB=-0.0348084;REVB=0.0263087;RO=64;SAF=16;SAR=32;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130041;STB=0.560097;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0336777;OID=.;OPOS=202151781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:65:48:49:0.429825:32:16:29:35:32:17:29:36 chr2 202215492 . C G 1415.03 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.925;QD=62.8903;RBI=0.0331806;REFB=0;REVB=-0.00580973;RO=0;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.98675e-05;OID=.;OPOS=202215492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:52:38:0:0:52:38:0:0 chr2 202245244 . A G 708.93 PASS AF=0.561983;AO=68;DP=121;FAO=68;FDP=121;FR=.;FRO=53;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0306156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.011;QD=23.4355;RBI=0.033738;REFB=0.0109337;REVB=-0.0141752;RO=52;SAF=45;SAR=23;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136143;STB=0.571074;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00876418;OID=.;OPOS=202245244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:52:53:68:68:0.561983:23:45:26:26:23:45:27:26 chr2 202260049 . G A 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.499;QD=63.8691;RBI=0.0544036;REFB=0;REVB=0.0118388;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.15604e-05;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr2 202264156 . C T 1053.84 PASS AF=0.497674;AO=107;DP=215;FAO=107;FDP=215;FR=.;FRO=108;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=64;FSRR=44;FWDB=-0.0376696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.025;QD=19.6063;RBI=0.0503941;REFB=-0.00757022;REVB=-0.0334749;RO=108;SAF=46;SAR=61;SRF=64;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148288;STB=0.581441;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00752228;OID=.;OPOS=202264156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:108:108:107:107:0.497674:61:46:64:44:61:46:64:44 chr2 202337730 . A G 2159.89 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.479;QD=63.0625;RBI=0.0363063;REFB=0;REVB=0.0362309;RO=0;SAF=59;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97248e-05;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:77:59:0:0:78:59:0:0 chr2 202342402 . G T 1219.89 PASS AF=0.461818;AO=125;DP=274;FAO=127;FDP=275;FR=.;FRO=148;FSAF=52;FSAR=75;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=-0.00159392;FXX=0.00721996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.282;QD=17.7438;RBI=0.00570853;REFB=-0.0101307;REVB=0.00548149;RO=147;SAF=51;SAR=74;SRF=70;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680006;STB=0.542204;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0112388;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:275:147:148:125:127:0.461818:74:51:70:77:75:52:72:76 chr2 202357949 . A C 601.38 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3755;QD=58.6714;RBI=0.106517;REFB=0;REVB=0.0163899;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248271;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:1:0:40:41:1:20:20:1:0:20:21:0:0 chr2 202410300 . A T 1302.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.086;QD=62.0051;RBI=0.0114638;REFB=0;REVB=-0.0110466;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08006e-05;OID=.;OPOS=202410300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:34:50:0:0:34:50:0:0 chr2 202469361 . C T 817.01 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111261;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.78;QD=56.3452;RBI=0.112645;REFB=0;REVB=0.0176087;RO=1;SAF=10;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101426;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33925e-05;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:1:0:56:58:1:46:10:0:1:47:11:0:0 chr2 202490757 . A G 496.41 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0143975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8214;QD=20.9014;RBI=0.0635189;REFB=-0.00819294;REVB=0.0618657;RO=46;SAF=28;SAR=20;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330036;STB=0.504503;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0102628;OID=.;OPOS=202490757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:47:48:48:0.505263:20:28:27:19:20:28:27:20 chr2 202557702 . C T 1507.96 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0233068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4494;QD=57.446;RBI=0.024382;REFB=-0.148117;REVB=0.00716073;RO=1;SAF=48;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978283;STB=0.50065;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0018966;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:1:2:103:103:0.980952:55:48:1:0:55:48:1:1 chr2 202575821 . G A 632.12 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3984;QD=61.6698;RBI=0.0577038;REFB=0;REVB=-0.0264251;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000737942;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr2 202625615 . C T 2120.79 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.081;QD=62.8382;RBI=0.0343779;REFB=0;REVB=-0.0317964;RO=0;SAF=61;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19319e-05;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:74:61:0:0:74:61:0:0 chr2 202633582 . A G 991.8 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00376402;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.615;QD=57.4958;RBI=0.0129633;REFB=-0.0115528;REVB=0.0124048;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136967;STB=0.50704;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000101248;OID=.;OPOS=202633582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:1:1:67:68:0.985507:33:34:1:0:33:35:1:0 chr2 202741247 . G C 775.56 PASS AF=0.443243;AO=82;DP=187;FAO=82;FDP=185;FR=.;FRO=103;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=0.0342118;FXX=0.0106946;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.108;QD=16.7689;RBI=0.0348982;REFB=-0.0112882;REVB=-0.00688746;RO=103;SAF=32;SAR=50;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136101;STB=0.575771;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0118432;OID=.;OPOS=202741247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:103:103:82:82:0.443243:50:32:54:49:50:32:54:49 chr2 202741256 . A T 2771.32 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.005;QD=62.6287;RBI=0.0148908;REFB=0;REVB=-0.00944529;RO=0;SAF=83;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17003e-05;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:94:83:0:0:94:83:0:0 chr2 202741269 . G A 2642.23 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126067;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.937;QD=62.1702;RBI=0.0233914;REFB=0;REVB=-0.0233574;RO=0;SAF=79;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03329e-05;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:91:79:0:0:91:79:0:0 chr2 202901910 . G A 617.83 PASS AF=0.398876;AO=67;DP=174;FAO=71;FDP=178;FR=.;FRO=107;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=-0.00952322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.75;QD=13.8839;RBI=0.0252856;REFB=-0.00868268;REVB=0.0234237;RO=106;SAF=31;SAR=36;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405613;STB=0.541131;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.012414;OID=.;OPOS=202901910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:178:106:107:67:71:0.398876:36:31:53:53:40:31:54:53 chr2 202939836 . G C 2913.48 PASS AF=0.989362;AO=186;DP=189;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0482334;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.744;QD=61.989;RBI=0.0529762;REFB=-0.115071;REVB=0.0219092;RO=1;SAF=90;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0049342;STB=0.500172;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000313458;OID=.;OPOS=202939836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:189:188:1:2:186:186:0.989362:96:90:0:1:96:90:1:1 chr2 202964380 . G A 607.56 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.00890445;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.15;QD=17.4838;RBI=0.011705;REFB=-0.00736605;REVB=-0.00759716;RO=77;SAF=28;SAR=35;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870458;STB=0.537709;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00841977;OID=.;OPOS=202964380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:77:76:63:63:0.453237:35:28:41:36:35:28:39:37 chr2 203072663 . T TC 59.54 PASS AF=0.258621;AO=13;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00696754;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.7039;QD=4.1063;RBI=0.0551115;REFB=-0.00870194;REVB=-0.0546693;RO=43;SAF=1;SAR=12;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.647965;STB=0.84031;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0477514;OID=.;OPOS=203072664;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258621:13:58:15:58:43:2:13:24:19:59:43:1:12:25:18 chr2 203139844 . T C 87.97 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0157565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.117;QD=16.7564;RBI=0.0193658;REFB=0.00360749;REVB=0.0112592;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286347;STB=0.670818;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00325887;OID=.;OPOS=203139844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:21:21:10:10:9:9:0.428571:2:7:5:5:2:7:5:5 chr2 203155936 . A C 548.46 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.025483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6174;QD=20.5033;RBI=0.0484142;REFB=-0.0123043;REVB=0.041165;RO=51;SAF=23;SAR=33;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183972;STB=0.51013;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0115968;OID=.;OPOS=203155936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:56:56:0.523364:33:23:22:29:33:23:22:29 chr2 203168132 . GAAAAAAAAG AAAAAAAAAG,GAAAAAAAG,GAAAAAAAGA 77.58 PASS AF=0,0.471698,0;AO=4,19,3;DP=57;FAO=0,25,0;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=0,14,0;FSAR=0,11,0;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00899964,-0.13881,-0.158258;FXX=0.116647;HRUN=1,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=190.511,8.15482,17.6791;QD=5.8553;RBI=0.00926576,0.179807,0.239861;REFB=-0.00079044,-0.0370748,0.0146076;REVB=0.00220469,-0.11429,-0.180243;RO=18;SAF=1,7,2;SAR=3,12,1;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.113566,0.0328183,0.353018;STB=0.5,0.623975,0.5;STBP=1,0.11,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0149508,0;OID=.,.,.;OPOS=203168132,203168133,203168140;OREF=G,A,AG;OALT=A,-,GA;OMAPALT=AAAAAAAAAG,GAAAAAAAG,GAAAAAAAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:80:57:53:18:28:4,19,3:0,25,0:0,0.471698,0:3,12,1:1,7,2:6:12:0,11,0:0,14,0:9:19 chr2 203640713 . T C 594.49 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.186;QD=60.9735;RBI=0.0545491;REFB=0;REVB=0.0539616;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26592e-05;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:19:20:0:0 chr2 203676515 . G A,GA 55.82 PASS AF=0,0.138122;AO=11,20;DP=181;FAO=0,25;FDP=181;FR=.;FRO=156;FSAF=0,4;FSAR=0,21;FSRF=51;FSRR=105;FWDB=-0.029535,-0.131217;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=151.334,15.135;QD=1.23354;RBI=0.0338024,0.134319;REFB=0.000845657,-0.0296465;REVB=-0.0164404,-0.0286991;RO=150;SAF=0,10;SAR=11,10;SRF=46;SRR=104;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.486252,0.247675;STB=0.5,0.696022;STBP=1,0.049;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0780949;OID=.,.;OPOS=203676515,203676516;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:181:181:150:156:11,20:0,25:0,0.138122:11,10:0,10:46:104:0,21:0,4:51:105 chr2 203917091 . GTTTTTT GTTTT,GTTTTT,GTTTTTG 68.56 PASS AF=0.125,0.21875,0.125;AO=4,5,5;DP=32;FAO=4,7,4;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4,6,4;FSAR=0,1,0;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0238298,0.0444303,0.0408242;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=18.1985,10.4077,21.0267;QD=8.57042;RBI=0.140538,0.220691,0.166024;REFB=0.00242926,0.00238404,0.000261298;REVB=0.138503,0.216172,0.160927;RO=14;SAF=4,5,5;SAR=0,0,0;SRF=13;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.57437,0.619859,0.619859;STB=0.995718,0.545316,0.995718;STBP=0.236,0.892,0.236;TYPE=del,del,snp;VARB=0.12406,-0.0912286,0.105956;OID=.,.,.;OPOS=203917092,203917092,203917097;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=GTTTT,GTTTTT,GTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.125,0.21875,0.125:4,5,5:32:4,7,4:32:17:4,6,4:0,1,0:14:3:21:14:4,5,5:0,0,0:13:1 chr2 204062061 . A G 3950.79 PASS AF=1;AO=247;DP=249;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450268;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.678;QD=63.7224;RBI=0.0243783;REFB=-0.0191477;REVB=0.0239589;RO=1;SAF=128;SAR=119;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398881;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07073e-05;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:249:248:1:0:247:248:1:119:128:0:1:120:128:0:0 chr2 204090887 . C G 1480.23 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.828;QD=58.623;RBI=0.0173717;REFB=0.0997499;REVB=-0.00712132;RO=1;SAF=43;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109042;STB=0.505746;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=8.41591e-06;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:57:43:1:0:57:43:1:0 chr2 204116690 . C T 1453.45 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2812;QD=63.1935;RBI=0.0754899;REFB=0;REVB=-0.072495;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336173;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr2 204206977 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.108;QD=57.2375;RBI=0.0418384;REFB=0;REVB=-0.0370966;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4889e-05;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr2 204255833 . CTA CTAC,TAC 47.94 PASS AF=0.102804,0.0654206;AO=15,10;DP=115;FAO=11,7;FDP=107;FR=.;FRO=89;FSAF=6,7;FSAR=5,0;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=-0.0170542,-0.0277999;FXX=0.0446389;HRUN=0,5;LEN=1,3;MLLD=27.0698,36.046;QD=1.7921;RBI=0.0812344,0.0349881;REFB=-0.0165264,-0.0150998;REVB=-0.0794241,-0.0212445;RO=88;SAF=6,10;SAR=9,0;SRF=31;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0636679,0.694145;STB=0.66165,0.998841;STBP=0.311,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.15544,0.185086;OID=.,.;OPOS=204255836,204255833;OREF=-,CTA;OALT=C,TAC;OMAPALT=CTAC,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:115:107:88:89:15,10:11,7:0.102804,0.0654206:9,0:6,10:31:57:5,0:6,7:32:57 chr2 204602211 . GAA GA,G 383.8 PASS AF=1,0;AO=31,5;DP=39;FAO=39,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102885,-0.0543615;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=15.4422,8.82065;QD=39.3638;RBI=0.126413,0.0703227;REFB=0,0;REVB=0.0734511,0.0446107;RO=1;SAF=13,2;SAR=18,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.354839,0.354839;SSSB=0.0252169,0.121807;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000823972,0;OID=.,.;OPOS=204602212,204602212;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:31,5:39:39,0:39:0:16,0:23,0:0:0:7:1:13,2:18,3:0:1 chr2 204732714 . A G 1858.1 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.354;QD=61.4248;RBI=0.0066997;REFB=0;REVB=-0.00138092;RO=0;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16735e-06;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:65:56:0:0:65:56:0:0 chr2 204824283 . T G 525.64 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0316836;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.256;QD=18.7729;RBI=0.031814;REFB=-0.000194361;REVB=0.0028769;RO=56;SAF=21;SAR=34;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943738;STB=0.557356;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000329627;OID=.;OPOS=204824283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:57:55:55:0.491071:34:21:27:29:34:21:28:29 chr2 204824324 . A C 514.02 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0220649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.41;QD=18.8631;RBI=0.0253357;REFB=0.00305418;REVB=-0.0124515;RO=54;SAF=17;SAR=37;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162425;STB=0.586402;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00312497;OID=.;OPOS=204824324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:55:54:54:0.495413:37:17:26:28:37:17:26:29 chr2 204825286 . T C 366.99 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0026145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.958;QD=12.7648;RBI=0.0163101;REFB=-0.0114221;REVB=-0.0160992;RO=69;SAF=27;SAR=17;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177775;STB=0.601147;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0167205;OID=.;OPOS=204825286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:71:44:44:0.382609:17:27:31:38:17:27:32:39 chr2 205829991 . C T 2064.89 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.291;QD=62.5726;RBI=0.00476141;REFB=0;REVB=-0.00311485;RO=0;SAF=80;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54299e-07;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:52:80:0:0:52:80:0:0 chr2 205912403 . T C 2654.2 PASS AF=1;AO=169;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.388;QD=61.7257;RBI=0.0481935;REFB=0;REVB=-0.00617347;RO=0;SAF=75;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42271e-05;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:172:0:0:169:172:1:94:75:0:0:96:76:0:0 chr2 205969220 . G A 1943.33 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.687;QD=61.693;RBI=0.0480021;REFB=0;REVB=-0.00355281;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76489e-05;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:115:126:0:0:115:126:1:51:64:0:0:58:68:0:0 chr2 205986321 . A G 1441.73 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4932;QD=62.684;RBI=0.0258262;REFB=0;REVB=0.0253923;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157235;OID=.;OPOS=205986321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:44:47:0:0:45:47:0:0 chr2 206166580 . G A 871.52 PASS AF=0.511765;AO=87;DP=170;FAO=87;FDP=170;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.0150804;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7848;QD=20.5063;RBI=0.0238828;REFB=-0.00424964;REVB=-0.0185195;RO=83;SAF=36;SAR=51;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938002;STB=0.551528;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.004347;OID=.;OPOS=206166580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:83:83:87:87:0.511765:51:36:43:40:51:36:43:40 chr2 206218963 . G A 541.72 PASS AF=0.361111;AO=65;DP=180;FAO=65;FDP=180;FR=.;FRO=115;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=0.0141406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.919;QD=12.0382;RBI=0.0156283;REFB=-0.00461133;REVB=0.00665498;RO=115;SAF=23;SAR=42;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859107;STB=0.549004;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00725543;OID=.;OPOS=206218963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:115:115:65:65:0.361111:42:23:49:66:42:23:49:66 chr2 206219012 . TA CC 516.64 PASS AF=0.351955;AO=63;DP=179;FAO=63;FDP=179;FR=.;FRO=116;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=78;FWDB=-0.0163062;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=140.147;QD=11.545;RBI=0.0329534;REFB=-0.00457236;REVB=-0.0286363;RO=115;SAF=18;SAR=45;SRF=38;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600012;STB=0.532309;STBP=0.567;TYPE=mnp;VARB=0.00776306;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:115:116:63:63:0.351955:45:18:38:77:45:18:38:78 chr2 206364737 . T C 647.54 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0155558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.283;QD=18.3699;RBI=0.015602;REFB=0.00931883;REVB=0.00119914;RO=74;SAF=30;SAR=36;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213102;STB=0.514989;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0107152;OID=.;OPOS=206364737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:75:66:66:0.468085:36:30:32:42:36:30:32:43 chr2 206581033 . G A 3979.95 PASS AF=1;AO=253;DP=256;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200728;FXX=0.0152085;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7141;QD=61.4665;RBI=0.0157215;REFB=0.0021445;REVB=0.0155928;RO=2;SAF=118;SAR=135;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00700925;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154213;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:256:259:2:0:253:259:1:135:118:0:2:139:120:0:0 chr2 206592695 . T C 1717.95 PASS AF=0.515337;AO=167;DP=325;FAO=168;FDP=326;FR=.;FRO=158;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=83;FSRR=75;FWDB=-0.0146234;FXX=0.00305801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.326;QD=21.0791;RBI=0.0218649;REFB=-0.00763818;REVB=0.0162551;RO=158;SAF=77;SAR=90;SRF=83;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571891;STB=0.53251;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0102395;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:326:158:158:167:168:0.515337:90:77:83:75:91:77:83:75 chr2 206608039 . T C 1769.03 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0243371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9643;QD=59.9672;RBI=0.0429041;REFB=0.021895;REVB=-0.0353337;RO=1;SAF=53;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887675;STB=0.504672;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000594562;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:64:53:1:0:64:53:1:0 chr2 206610502 . T G 924.47 PASS AF=0.467337;AO=92;DP=200;FAO=93;FDP=199;FR=.;FRO=106;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=-0.00331077;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.428;QD=18.5823;RBI=0.0131311;REFB=0.00360631;REVB=-0.0127069;RO=106;SAF=42;SAR=50;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147717;STB=0.510775;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00382052;OID=.;OPOS=206610502;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:106:106:92:93:0.467337:50:42:50:56:51:42:50:56 chr2 206863874 . C T 1500.67 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0767733;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2015;QD=60.0268;RBI=0.076778;REFB=0;REVB=-0.000852814;RO=0;SAF=36;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345882;OID=.;OPOS=206863874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:64:36:0:0:64:36:0:0 chr2 206874339 . G A 6797.89 PASS AF=0.990826;AO=431;DP=436;FAO=432;FDP=436;FR=.;FRO=4;FSAF=294;FSAR=138;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00758809;FXX=0.00228828;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.742;QD=62.3659;RBI=0.058399;REFB=-0.0463787;REVB=0.0579039;RO=5;SAF=294;SAR=137;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00709986;STB=0.501902;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.000115518;OID=.;OPOS=206874339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:436:436:5:4:431:432:0.990826:137:294:2:3:138:294:2:2 chr2 206911228 . G A 979.81 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0510015;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.485;QD=57.636;RBI=0.0526815;REFB=0.0341748;REVB=-0.0131979;RO=1;SAF=26;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178273;STB=0.509431;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000452716;OID=.;OPOS=206911228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:41:26:1:0:41:26:1:0 chr2 206921451 . G A 2208.52 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=144;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00545385;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=328.553;QD=61.7767;RBI=0.0177261;REFB=-0.00193619;REVB=-0.0168662;RO=2;SAF=63;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148533;STB=0.507811;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=1.93944e-05;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:143:2:2:141:141:0.986014:78:63:2:0:78:63:2:0 chr2 207086148 . T C 499.35 PASS AF=0.388889;AO=55;DP=145;FAO=56;FDP=144;FR=.;FRO=88;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.0187344;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.727;QD=13.8707;RBI=0.0255304;REFB=-0.0168444;REVB=0.0173442;RO=87;SAF=30;SAR=25;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802948;STB=0.542601;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0252235;OID=.;OPOS=207086148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:87:88:55:56:0.388889:25:30:41:46:26:30:41:47 chr2 207173222 . C G 45.6 PASS AF=0.28;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.123633;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8316;QD=7.29663;RBI=0.123649;REFB=-0.0181787;REVB=0.00198919;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413192;STB=0.770536;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0358007;OID=.;OPOS=207173222;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:25:18:18:7:7:0.28:6:1:8:10:6:1:8:10 chr2 207179004 . T A 69.37 PASS AF=0.216495;AO=28;DP=93;FAO=21;FDP=97;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=19;FWDB=-0.054499;FXX=0;HRUN=17;LEN=1;MLLD=87.3462;QD=2.86076;RBI=0.114982;REFB=-0.00882991;REVB=-0.101246;RO=62;SAF=4;SAR=24;SRF=50;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.697453;STB=0.877779;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.158801;OID=.;OPOS=207179004;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:93:97:62:76:28:21:0.216495:24:4:50:12:17:4:57:19 chr2 207459467 . C T 2068.48 PASS AF=0.471366;AO=214;DP=454;FAO=214;FDP=454;FR=.;FRO=240;FSAF=80;FSAR=134;FSRF=111;FSRR=129;FWDB=-0.00116905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.347;QD=18.2245;RBI=0.00660843;REFB=-0.0155747;REVB=0.00650421;RO=240;SAF=80;SAR=134;SRF=111;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886289;STB=0.548822;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0170264;OID=.;OPOS=207459467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:454:454:240:240:214:214:0.471366:134:80:111:129:134:80:111:129 chr2 207472683 . C CTA 975.43 PASS AF=0.409594;AO=108;DP=273;FAO=111;FDP=271;FR=.;FRO=160;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=84;FSRR=76;FWDB=-0.00462999;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.743;QD=14.3975;RBI=0.00580736;REFB=-0.00266785;REVB=-0.00350552;RO=160;SAF=54;SAR=54;SRF=84;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266456;STB=0.517412;STBP=0.62;TYPE=ins;VARB=0.00395182;OID=.;OPOS=207472684;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409594:108:273:111:271:160:55:56:84:76:99:160:54:54:84:76 chr2 207603234 . T G 820.13 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0369918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8662;QD=55.6022;RBI=0.0379601;REFB=-0.018831;REVB=0.0085191;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=6.69159e-05;OID=.;OPOS=207603234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:31:27:0:1:31:27:0:1 chr2 207621759 . A G 1700.78 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0220567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2866;QD=58.6475;RBI=0.0258045;REFB=-0.0636615;REVB=0.013393;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501897;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00384604;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:0:2:114:114:0.982759:69:45:0:0:69:45:1:1 chr2 207647981 . C T 873.05 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0300153;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.031;QD=53.726;RBI=0.0343878;REFB=-0.0604134;REVB=0.016781;RO=1;SAF=42;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111104;STB=0.505745;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00257117;OID=.;OPOS=207647981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:65:1:2:62:63:0.969231:20:42:1:0:21:42:1:1 chr2 207820276 . G A 607.91 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=149;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.0844436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.987;QD=16.3197;RBI=0.0844611;REFB=-9.17164e-05;REVB=0.00171725;RO=85;SAF=26;SAR=38;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191298;STB=0.510691;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=7.30136e-06;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:85:85:64:64:0.42953:38:26:33:52:38:26:33:52 chr2 207824384 . T G 357.02 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0183767;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.648;QD=16.2282;RBI=0.019226;REFB=0.00665298;REVB=-0.00565141;RO=50;SAF=27;SAR=11;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266862;STB=0.650932;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0100697;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:11:27:23:27:11:27:23:27 chr2 207825656 . A T 821.79 PASS AF=0.542254;AO=75;DP=141;FAO=77;FDP=142;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.066293;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7416;QD=23.1489;RBI=0.0691947;REFB=-0.0170556;REVB=-0.0198281;RO=65;SAF=29;SAR=46;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105169;STB=0.555416;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0164955;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:65:65:75:77:0.542254:46:29:33:32:47:30:33:32 chr2 207833983 . A G 1297.19 PASS AF=0.420896;AO=141;DP=335;FAO=141;FDP=335;FR=.;FRO=194;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=89;FSRR=105;FWDB=0.0188007;FXX=0.00593454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.819;QD=15.4888;RBI=0.0196291;REFB=0.00177597;REVB=-0.005642;RO=194;SAF=67;SAR=74;SRF=89;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171292;STB=0.509537;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00318604;OID=.;OPOS=207833983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:335:194:194:141:141:0.420896:74:67:89:105:74:67:89:105 chr2 207945785 . A ATGTG,G 426.64 PASS AF=0.27027,0.621622;AO=8,26;DP=44;FAO=10,23;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=6,13;FSAR=4,10;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0276176,0.0481682;FXX=0.159055;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=83.8733,69.2178;QD=46.1229;RBI=0.0373641,0.0818847;REFB=-0.0311385,-0.0684856;REVB=-0.0251664,0.0662189;RO=7;SAF=6,14;SAR=2,12;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0368153,-0.0694429;STB=0.624776,0.566611;STBP=0.205,0.143;TYPE=ins,snp;VARB=0.144281,0.0524897;OID=.,.;OPOS=207945786,207945785;OREF=-,A;OALT=TGTG,G;OMAPALT=ATGTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:75:44:37:7:4:8,26:10,23:0.27027,0.621622:2,12:6,14:5:2:4,10:6,13:4:0 chr2 207988613 . C T 3780.32 PASS AF=0.969349;AO=251;DP=261;FAO=253;FDP=261;FR=.;FRO=8;FSAF=146;FSAR=107;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.024775;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.116;QD=57.9359;RBI=0.0300974;REFB=-0.133714;REVB=0.0170894;RO=5;SAF=145;SAR=106;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219488;STB=0.506332;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000669817;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:261:261:5:8:251:253:0.969349:106:145:0:5:107:146:3:5 chr2 207998800 . C T 283.62 PASS AF=0.449275;AO=29;DP=67;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0136318;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.377;QD=16.4419;RBI=0.0174022;REFB=-0.0212019;REVB=0.0108171;RO=38;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541512;STB=0.504422;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0177883;OID=.;OPOS=207998800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:38:38:29:31:0.449275:19:10:15:23:19:12:15:23 chr2 208477852 . G A 2389.27 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.88;QD=64.1415;RBI=0.0131732;REFB=0;REVB=0.00180494;RO=0;SAF=63;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.78262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68421e-06;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:86:63:0:0:86:63:0:0 chr2 208477956 . C T 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.414;QD=62.2776;RBI=0.0188794;REFB=0;REVB=0.0170292;RO=0;SAF=68;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78896e-06;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:61:68:0:0:61:68:0:0 chr2 208478055 . A G 2241.5 PASS AF=0.986207;AO=142;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0517583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2729;QD=61.8345;RBI=0.0518081;REFB=-0.0898755;REVB=0.00227084;RO=3;SAF=69;SAR=73;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202217;STB=0.507041;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00623447;OID=.;OPOS=208478055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:3:2:142:143:0.986207:73:69:3:0:73:70:2:0 chr2 208632093 . G A 330.42 PASS AF=0.377551;AO=36;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=46;FWDB=0.0118887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.187;QD=13.4866;RBI=0.0180088;REFB=0.000701592;REVB=0.0135269;RO=61;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256598;STB=0.636709;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00177344;OID=.;OPOS=208632093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:36:37:0.377551:19:17:15:46:20:17:15:46 chr2 208633413 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00884985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.475;QD=64.4149;RBI=0.0365018;REFB=0;REVB=-0.0354127;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186008;OID=.;OPOS=208633413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr2 208633627 . C T 8471.28 PASS AF=1;AO=525;DP=536;FAO=534;FDP=534;FR=.;FRO=0;FSAF=226;FSAR=308;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441071;FXX=0.00927627;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.754;QD=63.4553;RBI=0.0197309;REFB=0;REVB=-0.0192315;RO=0;SAF=224;SAR=301;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25406e-05;OID=.;OPOS=208633627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:536:534:0:0:525:534:1:301:224:0:0:308:226:0:0 chr2 208811097 . C T 3170.84 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6015;QD=61.2723;RBI=0.0725837;REFB=0;REVB=0.0703244;RO=0;SAF=101;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73843e-05;OID=.;OPOS=208811097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:194:207:0:0:194:207:1:93:101:0:0:104:103:0:0 chr2 208841964 . A G 863.42 PASS AF=0.547945;AO=80;DP=146;FAO=80;FDP=146;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.00324912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.294;QD=23.6554;RBI=0.00327498;REFB=-0.00747869;REVB=0.000410794;RO=65;SAF=38;SAR=42;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12611;STB=0.571559;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00561449;OID=.;OPOS=208841964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:65:66:80:80:0.547945:42:38:21:44:42:38:21:45 chr2 208918917 . C T 699.11 PASS AF=0.436782;AO=76;DP=173;FAO=76;FDP=174;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=-0.0160094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5233;QD=16.0715;RBI=0.056532;REFB=0.00796275;REVB=-0.0542178;RO=97;SAF=44;SAR=32;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207063;STB=0.612179;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0068947;OID=.;OPOS=208918917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:97:98:76:76:0.436782:32:44:36:61:32:44:37:61 chr2 208938866 . G T 1086.74 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.059;QD=59.5474;RBI=0.036027;REFB=0;REVB=0.0222831;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182454;OID=.;OPOS=208938866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:35:36:0:0:37:36:0:0 chr2 208986637 . T C 512.43 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00455274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.398;QD=18.634;RBI=0.0193459;REFB=-0.0314931;REVB=0.0188026;RO=56;SAF=22;SAR=32;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864979;STB=0.547927;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0358658;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:32:22:28:28:32:22:28:28 chr2 208989037 . A G 5530.12 PASS AF=1;AO=342;DP=343;FAO=346;FDP=346;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=228;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148032;FXX=0.00288176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.119;QD=63.932;RBI=0.0175588;REFB=0;REVB=-0.00944325;RO=0;SAF=116;SAR=226;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150524;OID=.;OPOS=208989037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:343:346:0:0:342:346:1:226:116:0:0:228:118:0:0 chr2 209007559 . T G 1051.63 PASS AF=0.515306;AO=100;DP=197;FAO=101;FDP=196;FR=.;FRO=95;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=0.00945502;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8313;QD=21.4617;RBI=0.0120616;REFB=0.0128103;REVB=0.00748904;RO=92;SAF=60;SAR=40;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173394;STB=0.589204;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.011853;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:92:95:100:101:0.515306:40:60:37:55:40:61:40:55 chr2 209010558 . A G 812.4 PASS AF=0.531034;AO=73;DP=142;FAO=77;FDP=145;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=0.010228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.442;QD=22.411;RBI=0.0168686;REFB=-0.0126818;REVB=-0.0134141;RO=61;SAF=33;SAR=40;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634468;STB=0.555541;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00963368;OID=.;OPOS=209010558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:61:68:73:77:0.531034:40:33:23:38:42:35:23:45 chr2 209030050 . T A 227.86 PASS AF=0.35443;AO=26;DP=78;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0268358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0087;QD=11.5371;RBI=0.0575973;REFB=-0.0193994;REVB=0.0509636;RO=51;SAF=19;SAR=7;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3868;STB=0.708941;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0261155;OID=.;OPOS=209030050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:51:26:28:0.35443:7:19:20:31:8:20:20:31 chr2 209033138 . C T 1698.68 PASS AF=0.577206;AO=157;DP=272;FAO=157;FDP=272;FR=.;FRO=115;FSAF=78;FSAR=79;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=-0.0193648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0852;QD=24.9806;RBI=0.041526;REFB=-0.0366536;REVB=-0.0367343;RO=115;SAF=78;SAR=79;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126588;STB=0.50686;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0316256;OID=.;OPOS=209033138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:115:115:157:157:0.577206:79:78:59:56:79:78:59:56 chr2 209033173 . A G 3056.43 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516501;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.918;QD=63.3458;RBI=0.0146265;REFB=0;REVB=-0.0136842;RO=0;SAF=89;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61946e-05;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:193:0:0:190:193:1:101:89:0:0:103:90:0:0 chr2 209036712 . T C 3188.33 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.689;QD=64.0871;RBI=0.0285116;REFB=0;REVB=0.0188719;RO=0;SAF=101;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35034e-07;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:199:0:0:192:199:1:91:101:0:0:98:101:0:0 chr2 209036778 . A G 3174.55 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775341;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.714;QD=63.8101;RBI=0.0959538;REFB=-0.088523;REVB=0.0565295;RO=1;SAF=83;SAR=116;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953914;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:199:1:0:199:199:1:116:83:1:0:116:83:0:0 chr2 209184980 . G A 1007.65 PASS AF=0.985714;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00572773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4734;QD=57.5798;RBI=0.0176944;REFB=-0.0289738;REVB=0.0167417;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000158615;OID=.;OPOS=209184980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:70:0:1:66:69:0.985714:37:29:0:0:40:29:0:1 chr2 209184999 . C T 958.07 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168138;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.598;QD=58.9583;RBI=0.0176668;REFB=0;REVB=0.00542336;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98174e-06;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr2 209190330 . T C 2130.0 PASS AF=0.870056;AO=154;DP=177;FAO=154;FDP=177;FR=.;FRO=23;FSAF=70;FSAR=84;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0624356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0811;QD=48.1355;RBI=0.0674231;REFB=-0.111582;REVB=0.0254493;RO=21;SAF=70;SAR=84;SRF=1;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941056;STB=0.542792;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.021378;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:177:177:21:23:154:154:0.870056:84:70:1:20:84:70:3:20 chr2 209190519 . A T 1227.17 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.769;QD=60.6011;RBI=0.0390213;REFB=0;REVB=0.03543;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132079;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:81:0:0:80:81:1:47:33:0:0:47:34:0:0 chr2 209190528 . C G 1155.14 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190851;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.846;QD=60.7971;RBI=0.00309838;REFB=0;REVB=-0.0024408;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619692;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:44:32:0:0 chr2 209191082 . C A 313.29 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0638;QD=50.1261;RBI=0.0522488;REFB=0.00055089;REVB=-0.0508279;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319609;STB=0.517227;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00113781;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:14:10:0:1:14:10:0:1 chr2 209191099 . T C 313.4 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8916;QD=52.2339;RBI=0.0294121;REFB=0;REVB=0.00562125;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130455;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:14:8:0:0:15:9:0:0 chr2 209209827 . G A 837.22 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010929;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.681;QD=57.7393;RBI=0.017328;REFB=0;REVB=0.0134468;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239562;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr2 209212707 . G A 3249.41 PASS AF=0.990698;AO=212;DP=215;FAO=213;FDP=215;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0350146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.355;QD=60.4541;RBI=0.0433231;REFB=-0.0664973;REVB=0.0255122;RO=3;SAF=89;SAR=123;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011476;STB=0.504;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000250826;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:215:215:3:2:212:213:0.990698:123:89:0:3:124:89:0:2 chr2 209214770 . A G 1514.88 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0341054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.853;QD=56.6312;RBI=0.0579417;REFB=-0.0533845;REVB=0.0468407;RO=3;SAF=34;SAR=70;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00038723;STB=0.50375;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00263813;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:107:107:3:2:104:105:0.981308:70:34:1:2:71:34:1:1 chr2 209215586 . A G 2719.99 PASS AF=0.988764;AO=176;DP=178;FAO=176;FDP=178;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0184087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1547;QD=61.1234;RBI=0.0220086;REFB=-0.00884763;REVB=-0.0120622;RO=1;SAF=79;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598759;STB=0.50058;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.000463389;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:178:178:1:2:176:176:0.988764:97:79:1:0:97:79:1:1 chr2 209220157 . G T 6111.82 PASS AF=1;AO=385;DP=386;FAO=385;FDP=385;FR=.;FRO=0;FSAF=161;FSAR=224;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614039;FXX=0.00259061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.848;QD=63.4994;RBI=0.00614367;REFB=-0.0294489;REVB=-0.000200811;RO=0;SAF=161;SAR=224;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.72039e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97926e-05;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:386:385:0:0:385:385:1:224:161:0:0:224:161:0:0 chr2 209220238 . G C 6004.24 PASS AF=0.977778;AO=383;DP=394;FAO=396;FDP=405;FR=.;FRO=9;FSAF=156;FSAR=240;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.110876;FXX=0.00246299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8193;QD=59.3011;RBI=0.12029;REFB=-0.0902265;REVB=0.0466503;RO=11;SAF=144;SAR=239;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000700274;STB=0.501411;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00162961;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:394:405:11:9:383:396:0.977778:239:144:4:7:240:156:3:6 chr2 209224874 . CAA CA,CAC 1473.28 PASS AF=0.97,0.02;AO=91,5;DP=100;FAO=97,2;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=20,1;FSAR=77,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0418617,0.0169539;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.1771,6.18937;QD=58.931;RBI=0.0665239,0.109911;REFB=0.0707392,0.0245468;REVB=-0.0517013,-0.108596;RO=2;SAF=16,2;SAR=75,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0556325,-0.281149;STB=0.512193,0.665164;STBP=0.107,0.662;TYPE=del,snp;VARB=-0.00047362,0.0734176;OID=.,.;OPOS=209224875,209224876;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.97,0.02:91,5:100:97,2:100:1:20,1:77,1:1:0:3:2:16,2:75,3:2:0 chr2 209358027 . C T 2424.36 PASS AF=0.987654;AO=160;DP=162;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0202418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.56;QD=59.8606;RBI=0.0326252;REFB=0.0429479;REVB=-0.0255866;RO=2;SAF=81;SAR=79;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011602;STB=0.506097;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.000263674;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:162:162:2:2:160:160:0.987654:79:81:2:0:79:81:2:0 chr2 209785278 . A G 2684.56 PASS AF=0.470085;AO=271;DP=581;FAO=275;FDP=585;FR=.;FRO=310;FSAF=125;FSAR=150;FSRF=152;FSRR=158;FWDB=0.0200903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.974;QD=18.356;RBI=0.0200905;REFB=0.00303012;REVB=8.82067e-05;RO=307;SAF=125;SAR=146;SRF=150;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265035;STB=0.519049;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00284478;OID=.;OPOS=209785278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:581:585:307:310:271:275:0.470085:146:125:150:157:150:125:152:158 chr2 210517915 . T C 642.0 PASS AF=0.413793;AO=72;DP=174;FAO=72;FDP=174;FR=.;FRO=102;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=62;FSRR=40;FWDB=-0.0256794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.526;QD=14.7587;RBI=0.0376047;REFB=-0.010084;REVB=-0.0274715;RO=102;SAF=30;SAR=42;SRF=62;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198284;STB=0.610975;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0136193;OID=.;OPOS=210517915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:102:102:72:72:0.413793:42:30:62:40:42:30:62:40 chr2 210557380 . C T 409.44 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.03393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1604;QD=15.5975;RBI=0.0473503;REFB=-0.0296772;REVB=-0.0330274;RO=59;SAF=15;SAR=31;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240313;STB=0.635023;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0386346;OID=.;OPOS=210557380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:31:15:33:26:31:15:33:26 chr2 210557542 . G A 1227.08 PASS AF=0.570732;AO=117;DP=205;FAO=117;FDP=205;FR=.;FRO=88;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.00539877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.325;QD=23.943;RBI=0.00782205;REFB=-0.000791994;REVB=-0.00566019;RO=88;SAF=52;SAR=65;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171329;STB=0.509308;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000596868;OID=.;OPOS=210557542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:88:88:117:117:0.570732:65:52:41:47:65:52:41:47 chr2 210557773 . GGAAAAAG AGGAAAAG,GAAAAG,GGAAAAG,GGAAAAGA 924.31 PASS AF=0,0,0.825758,0.174242;AO=5,16,29,14;DP=134;FAO=0,0,109,23;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,52,23;FSAR=0,0,57,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478128,0.258115,0.631346,0.268887;FXX=0.0149243;HRUN=3,3,5,5;LEN=3,2,1,2;MLLD=197.576,12.9945,8.50537,12.8259;QD=28.0095;RBI=0.105979,0.331229,0.648214,0.28309;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0945803,-0.20758,0.146911,0.0885422;RO=44;SAF=0,1,12,13;SAR=5,15,17,1;SRF=34;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.729762,-0.765765,-0.367473,0.382034;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,mnp;VARB=0.131376,-0.0274878,0.0445939,-0.00657042;OID=.,.,.,.;OPOS=210557773,210557774,210557775,210557779;OREF=GGA,GA,A,AG;OALT=AGG,-,-,GA;OMAPALT=AGGAAAAG,GAAAAG,GGAAAAG,GGAAAAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:97:134:132:44:0:5,16,29,14:0,0,109,23:0,0,0.825758,0.174242:5,15,17,1:0,1,12,13:34:10:0,0,57,0:0,0,52,23:0:0 chr2 210558162 . G A 118.69 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0448212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9551;QD=13.1878;RBI=0.0448349;REFB=-0.00717688;REVB=0.00111078;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449826;STB=0.526279;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00658704;OID=.;OPOS=210558162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:7:15:9:5:7:15 chr2 210559960 . G T 173.08 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0406236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.976;QD=13.0628;RBI=0.0443655;REFB=-0.0249626;REVB=-0.0178331;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866919;STB=0.543437;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0287061;OID=.;OPOS=210559960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:32:20:21:0.396226:11:9:16:14:12:9:16:16 chr2 210586685 . T C 3165.78 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.547;QD=61.7714;RBI=0.0033456;REFB=0;REVB=0.00240906;RO=0;SAF=99;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46262e-08;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:205:0:0:202:205:1:103:99:0:0:103:102:0:0 chr2 210595324 . G A 311.2 PASS AF=0.393258;AO=33;DP=87;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0489043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.147;QD=13.9864;RBI=0.0489106;REFB=0.00663202;REVB=0.000781782;RO=53;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130009;STB=0.567271;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0122378;OID=.;OPOS=210595324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:53:54:33:35:0.393258:20:13:15:38:21:14:16:38 chr2 210843383 . G A 2423.76 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293978;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.863;QD=61.361;RBI=0.0304922;REFB=0;REVB=-0.00809578;RO=0;SAF=57;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70997e-06;OID=.;OPOS=210843383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:158:0:0:157:158:1:100:57:0:0:101:57:0:0 chr2 210887703 . T C 626.11 PASS AF=0.429448;AO=68;DP=161;FAO=70;FDP=163;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=0.00294369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.619;QD=15.3646;RBI=0.0051288;REFB=-0.00994192;REVB=0.00419991;RO=93;SAF=35;SAR=33;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459779;STB=0.517528;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.017481;OID=.;OPOS=210887703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:93:93:68:70:0.429448:33:35:52:41:33:37:52:41 chr2 211098113 . C T 2294.47 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.427;QD=60.7808;RBI=0.0210511;REFB=0;REVB=0.0196902;RO=0;SAF=76;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57949e-05;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:142:151:0:0:142:151:1:66:76:0:0:70:81:0:0 chr2 211098308 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0608479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9407;QD=16.8983;RBI=0.0777974;REFB=0.0136284;REVB=-0.0484764;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323222;STB=0.683891;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0107398;OID=.;OPOS=211098308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:1:8:5:5:1:8 chr2 211296239 . G A 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.944;QD=59.3217;RBI=0.0294445;REFB=0;REVB=-0.028657;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135413;OID=.;OPOS=211296239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr2 211342502 . G A 1624.12 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.315;QD=60.1525;RBI=0.0133642;REFB=0;REVB=0.00595659;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59606e-06;OID=.;OPOS=211342502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:50:57:0:0:51:57:0:0 chr2 211421452 . A ATCT,T 685.15 PASS AF=0.430556,0.0625;AO=58,9;DP=144;FAO=62,9;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=34,2;FSAR=28,7;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.00104171,0.01341;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=216.807,107.682;QD=19.0321;RBI=0.00651583,0.0806101;REFB=-0.011636,-0.00978304;REVB=0.00643202,0.0794868;RO=75;SAF=34,2;SAR=24,7;SRF=39;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0678624,-0.354354;STB=0.507705,0.777161;STBP=0.862,0.104;TYPE=ins,snp;VARB=0.0137906,0.0660157;OID=.,.;OPOS=211421453,211421452;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:75:73:58,9:62,9:0.430556,0.0625:24,7:34,2:39:36:28,7:34,2:39:34 chr2 211456637 . A G 5437.9 PASS AF=1;AO=348;DP=350;FAO=348;FDP=348;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889754;FXX=0.00854676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2505;QD=62.5045;RBI=0.0240385;REFB=-0.069252;REVB=0.0223312;RO=1;SAF=167;SAR=181;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0028485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180947;OID=.;OPOS=211456637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:350:348:1:0:348:348:1:181:167:1:0:181:167:0:0 chr2 211456639 . C T 5292.11 PASS AF=0.974212;AO=340;DP=350;FAO=340;FDP=349;FR=.;FRO=9;FSAF=166;FSAR=174;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0183716;FXX=0.00285706;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.358;QD=60.6546;RBI=0.031879;REFB=-0.0498199;REVB=-0.0260529;RO=2;SAF=166;SAR=174;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00571296;STB=0.506866;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000265032;OID=.;OPOS=211456639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:350:349:2:9:340:340:0.974212:174:166:2:0:174:166:2:7 chr2 211481257 . C G 1829.5 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1047;QD=60.9833;RBI=0.0845892;REFB=0;REVB=0.0842358;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478296;OID=.;OPOS=211481257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:120:0:0:115:120:1:59:56:0:0:63:57:0:0 chr2 211540507 . C A 949.47 PASS AF=0.492228;AO=94;DP=193;FAO=95;FDP=193;FR=.;FRO=98;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.0682431;FXX=0.0102559;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8468;QD=19.6782;RBI=0.0687059;REFB=0.0282015;REVB=0.00796121;RO=98;SAF=35;SAR=59;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177681;STB=0.59383;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0240737;OID=.;OPOS=211540507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:98:98:94:95:0.492228:59:35:55:43:59:36:55:43 chr2 211542727 . C T 509.77 PASS AF=0.373494;AO=56;DP=167;FAO=62;FDP=166;FR=.,HEALED;FRO=104;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=-0.0127558;FXX=0.0119041;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.9292;QD=12.2835;RBI=0.0174228;REFB=-0.0194587;REVB=0.0118678;RO=77;SAF=24;SAR=32;SRF=21;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169673;STB=0.518104;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0457485;OID=.;OPOS=211542727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:77:104:56:62:0.373494:32:24:21:56:34:28:44:60 chr2 212241725 . C T 490.29 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00247882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.071;QD=17.0537;RBI=0.0030226;REFB=-0.0241081;REVB=-0.00172961;RO=61;SAF=23;SAR=30;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562174;STB=0.525881;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0270373;OID=.;OPOS=212241725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:61:62:53:53:0.46087:30:23:23:38:30:23:24:38 chr2 212242745 . G C 376.67 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.02138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.079;QD=16.377;RBI=0.0512696;REFB=0.00766238;REVB=0.046599;RO=52;SAF=14;SAR=26;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783994;STB=0.544164;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00880547;OID=.;OPOS=212242745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:26:14:22:30:26:14:22:30 chr2 212244403 . G A 771.29 PASS AF=0.438503;AO=81;DP=186;FAO=82;FDP=187;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.0050712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.684;QD=16.4982;RBI=0.008689;REFB=-0.0032744;REVB=-0.00705562;RO=103;SAF=45;SAR=36;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317177;STB=0.519476;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00364665;OID=.;OPOS=212244403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:103:105:81:82:0.438503:36:45:54:49:37:45:54:51 chr2 212251864 . T C 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0121503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.817;QD=9.85813;RBI=0.0192946;REFB=-0.00250437;REVB=0.0149884;RO=29;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914955;STB=0.555467;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00656463;OID=.;OPOS=212251864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:9:4:11:18:9:4:11:18 chr2 212640299 . G T 927.6 PASS AF=0.479381;AO=93;DP=194;FAO=93;FDP=194;FR=.;FRO=101;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.0218527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8828;QD=19.1258;RBI=0.0259132;REFB=0.0121366;REVB=-0.0139267;RO=100;SAF=36;SAR=57;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108599;STB=0.557667;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00898624;OID=.;OPOS=212640299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:100:101:93:93:0.479381:57:36:50:50:57:36:50:51 chr2 212642775 . T C 443.53 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0106499;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.819;QD=16.2764;RBI=0.0278053;REFB=-0.0188014;REVB=0.0256849;RO=60;SAF=25;SAR=24;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09206;STB=0.551381;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0164308;OID=.;OPOS=212642775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:60:60:49:49:0.449541:24:25:25:35:24:25:25:35 chr2 212642845 . G C 771.37 PASS AF=0.503356;AO=75;DP=149;FAO=75;FDP=149;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0495587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4429;QD=20.7078;RBI=0.0533393;REFB=0.0261132;REVB=0.0197236;RO=74;SAF=38;SAR=37;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669338;STB=0.536829;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0267877;OID=.;OPOS=212642845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:74:74:75:75:0.503356:37:38:32:42:37:38:32:42 chr2 213866714 . G A 2178.65 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.344;QD=63.1492;RBI=0.00689125;REFB=0;REVB=0.00542904;RO=0;SAF=59;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20572e-05;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:79:59:0:0:79:59:0:0 chr2 213886454 . A T 1485.32 PASS AF=0.962617;AO=103;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0178428;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.056;QD=55.5261;RBI=0.0475231;REFB=-0.0300381;REVB=0.0440463;RO=3;SAF=37;SAR=66;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00150984;STB=0.504445;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.000247311;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:107:107:3:4:103:103:0.962617:66:37:1:2:66:37:1:3 chr2 214012405 . AA AC,CA 970.7 PASS AF=0.436893,0.407767;AO=10,30;DP=87;FAO=45,42;FDP=103;FR=.;FRO=16;FSAF=31,19;FSAR=14,23;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00703525,-0.0085354;FXX=0;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=121.448,92.9228;QD=37.6969;RBI=0.00918053,0.0351587;REFB=-0.0266032,-0.0458246;REVB=0.00589809,0.0341069;RO=0;SAF=10,8;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.519254,0.547596;STBP=0.672,0.264;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0142763,0.0317649;OID=.,.;OPOS=214012406,214012405;OREF=A,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:87:103:0:16:10,30:45,42:0.436893,0.407767:0,22:10,8:0:0:14,23:31,19:10:6 chr2 214637043 . CA TG 399.26 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0197891;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=2;MLLD=138.959;QD=15.356;RBI=0.0200106;REFB=0.00765493;REVB=-0.00296929;RO=58;SAF=25;SAR=20;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904573;STB=0.546018;STBP=0.413;TYPE=mnp;VARB=-0.00972127;OID=.;OPOS=214637043;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:58:59:45:45:0.432692:20:25:27:31:20:25:28:31 chr2 214727221 . A C 790.37 PASS AF=0.39823;AO=90;DP=226;FAO=90;FDP=226;FR=.;FRO=136;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=69;FSRR=67;FWDB=0.00847657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0569;QD=13.9888;RBI=0.00889405;REFB=-0.00275928;REVB=0.00269292;RO=130;SAF=36;SAR=54;SRF=66;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115175;STB=0.565515;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00653377;OID=.;OPOS=214727221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:130:136:90:90:0.39823:54:36:66:64:54:36:69:67 chr2 215102929 . T A 785.3 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.245;QD=57.1125;RBI=0.0217438;REFB=0;REVB=-0.00109432;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11342e-05;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:36:18:0:0:36:19:0:0 chr2 215595645 . C T 624.7 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00186824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.689;QD=20.1516;RBI=0.0111104;REFB=-0.0210667;REVB=-0.0109522;RO=61;SAF=25;SAR=38;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422513;STB=0.523298;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0143121;OID=.;OPOS=215595645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:61:61:63:63:0.508065:38:25:27:34:38:25:27:34 chr2 215632255 . CA CG,TG 2605.14 PASS AF=0.548023,0.446328;AO=96,79;DP=177;FAO=97,79;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=42,41;FSAR=55,38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172529,0.00236002;FXX=0.00561766;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=59.6581,160.721;QD=58.8733;RBI=0.034203,0.0176413;REFB=-0.0444602,-0.0868622;REVB=-0.0295327,0.0174827;RO=0;SAF=42,41;SAR=54,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.505881,0.506023;STBP=0.285,0.516;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00946601,0.0111457;OID=.,.;OPOS=215632256,215632255;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:177:177:0:1:96,79:97,79:0.548023,0.446328:54,38:42,41:0:0:55,38:42,41:1:0 chr2 215645464 . C G 633.15 PASS AF=0.450331;AO=68;DP=151;FAO=68;FDP=151;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.0214199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.911;QD=16.7721;RBI=0.0214841;REFB=-0.00513382;REVB=0.00165939;RO=81;SAF=34;SAR=34;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785486;STB=0.543034;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00584534;OID=.;OPOS=215645464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:81:83:68:68:0.450331:34:34:34:47:34:34:35:48 chr2 215674224 . G A 3538.81 PASS AF=0.448193;AO=372;DP=831;FAO=372;FDP=830;FR=.;FRO=458;FSAF=192;FSAR=180;FSRF=232;FSRR=226;FWDB=0.00178627;FXX=0.00120335;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.282;QD=17.0545;RBI=0.0117213;REFB=-0.00748367;REVB=0.0115844;RO=457;SAF=192;SAR=180;SRF=231;SRR=226;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106559;STB=0.505289;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00968472;OID=.;OPOS=215674224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:831:830:457:458:372:372:0.448193:180:192:231:226:180:192:232:226 chr2 215796568 . T C 684.86 PASS AF=0.5;AO=68;DP=136;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0360695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.27;QD=20.143;RBI=0.0365034;REFB=-0.000911881;REVB=0.00561144;RO=68;SAF=37;SAR=31;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119604;STB=0.565901;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000912798;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:68:68:68:68:0.5:31:37:28:40:31:37:28:40 chr2 215820013 . G A 465.72 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0132879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.256;QD=16.6329;RBI=0.0133212;REFB=-0.0160393;REVB=-0.000942245;RO=61;SAF=20;SAR=31;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238917;STB=0.63304;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0224918;OID=.;OPOS=215820013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:51:51:0.455357:31:20:39:22:31:20:39:22 chr2 215876166 . A T 1349.04 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0135145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6352;QD=59.9574;RBI=0.0830263;REFB=-0.02197;REVB=-0.081919;RO=2;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255956;STB=0.51351;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000896419;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:36:52:0:2:36:52:0:2 chr2 215940242 . T C 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00462822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.769;QD=19.0497;RBI=0.0103771;REFB=-0.00793057;REVB=-0.00928783;RO=48;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232074;STB=0.512917;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00823789;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:24:20:23:25:24:20:23:25 chr2 215940283 . GAAA AAGA,GA,GAAG,GGAA 206.42 PASS AF=0,0.87234,0.106383,0;AO=2,9,2,2;DP=49;FAO=0,41,5,0;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=0,11,0,0;FSAR=0,30,5,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0147466,-0.0642911,-0.0162107,-0.0860376;FXX=0.0961354;HRUN=2,12,12,12;LEN=3,2,1,1;MLLD=106.699,6.88738,113.124,13.4829;QD=17.5676;RBI=0.0290061,0.0695412,0.028012,0.106838;REFB=-0.123256,-0.341786,-0.122699,-0.392232;REVB=-0.0249778,0.0265073,-0.0228448,0.0633394;RO=13;SAF=0,1,0,0;SAR=2,8,2,2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.540126,-0.466795,-0.540126,-0.540126;STB=0.5,0.508193,0.5,0.5;STBP=1,0.613,1,1;TYPE=mnp,del,snp,snp;VARB=0.0529495,0.200301,0.100382,-0.0622814;OID=.,.,.,.;OPOS=215940283,215940284,215940286,215940284;OREF=GAA,AA,A,A;OALT=AAG,-,G,G;OMAPALT=AAGA,GA,GAAG,GGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:19:49:47:13:1:2,9,2,2:0,41,5,0:0,0.87234,0.106383,0:2,8,2,2:0,1,0,0:6:7:0,30,5,0:0,11,0,0:0:1 chr2 216190020 . C G 411.94 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.00428011;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.575;QD=14.4539;RBI=0.0358989;REFB=0.000539028;REVB=-0.0356429;RO=67;SAF=20;SAR=27;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402592;STB=0.522665;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.000770647;OID=.;OPOS=216190020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:114:67:67:47:47:0.412281:27:20:26:41:27:20:26:41 chr2 216212339 . T C 638.52 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.000162678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2402;QD=18.7801;RBI=0.016243;REFB=-0.0104433;REVB=-0.0162421;RO=71;SAF=35;SAR=30;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236831;STB=0.513109;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0191503;OID=.;OPOS=216212339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:71:71:65:65:0.477941:30:35:40:31:30:35:40:31 chr2 216229692 . A G 623.84 PASS AF=0.477612;AO=63;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0487305;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.362;QD=18.6221;RBI=0.0500522;REFB=-0.0289456;REVB=-0.011426;RO=69;SAF=28;SAR=35;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184127;STB=0.502116;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0352221;OID=.;OPOS=216229692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:69:70:63:64:0.477612:35:28:32:37:35:29:32:38 chr2 216235089 . C T 2547.43 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.131;QD=61.7559;RBI=0.0334575;REFB=0;REVB=-0.0311224;RO=0;SAF=66;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.03822e-05;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:99:66:0:0:99:66:0:0 chr2 216242917 . T A 1738.74 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627322;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3851;QD=61.0085;RBI=0.0298236;REFB=0;REVB=0.0291564;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049963;OID=.;OPOS=216242917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:114:0:0:112:114:1:56:56:0:0:56:58:0:0 chr2 216249587 . C T 1989.25 PASS AF=1;AO=112;DP=116;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.814;QD=61.2077;RBI=0.206266;REFB=0;REVB=0.205989;RO=3;SAF=97;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859819;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783361;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:130:3:0:112:130:1:15:97:0:3:32:98:0:0 chr2 216272900 . T G 1454.62 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.939;QD=63.2443;RBI=0.0443564;REFB=0;REVB=0.0441125;RO=0;SAF=28;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18834e-05;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:62:28:0:0:64:28:0:0 chr2 216272907 . A T 1272.67 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132298;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.378;QD=59.8905;RBI=0.0282689;REFB=0;REVB=0.0249821;RO=0;SAF=25;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000874568;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:80:85:1:55:25:0:0:60:25:0:0 chr2 216300482 . T A 3297.68 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.081555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3157;QD=61.9282;RBI=0.0852026;REFB=0;REVB=-0.0246628;RO=0;SAF=65;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43278e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85868e-05;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:213:0:0:212:213:1:147:65:0:0:147:66:0:0 chr2 216878008 . C G 2053.4 PASS AF=0.478161;AO=208;DP=435;FAO=208;FDP=435;FR=.;FRO=227;FSAF=110;FSAR=98;FSRF=117;FSRR=110;FWDB=0.00270893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5785;QD=18.8819;RBI=0.0219442;REFB=-0.00442415;REVB=0.0217764;RO=224;SAF=110;SAR=98;SRF=115;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146248;STB=0.507024;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0050002;OID=.;OPOS=216878008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:435:224:227:208:208:0.478161:98:110:115:109:98:110:117:110 chr2 216967349 . T C 34.0 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.0230593;FXX=0.036357;HRUN=14;LEN=1;MLLD=141.391;QD=2.56593;RBI=0.0293336;REFB=-0.00595279;REVB=-0.0181309;RO=43;SAF=4;SAR=2;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418951;STB=0.558638;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0160765;OID=.;OPOS=216967349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:49:53:43:47:6:6:0.113208:2:4:30:13:2:4:34:13 chr2 217012901 . A G 1344.96 PASS AF=0.92381;AO=97;DP=105;FAO=97;FDP=105;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00979729;FXX=0.00943307;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.0822;QD=51.2364;RBI=0.0232594;REFB=-0.00151414;REVB=0.0210953;RO=8;SAF=35;SAR=62;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968822;STB=0.551271;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000148315;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:105:105:8:8:97:97:0.92381:62:35:8:0:62:35:8:0 chr2 217288388 . G C 283.9 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00187929;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.58;QD=17.4706;RBI=0.00276392;REFB=-0.0176358;REVB=0.0020267;RO=34;SAF=19;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467004;STB=0.502616;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0251795;OID=.;OPOS=217288388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:34:31:31:0.476923:12:19:21:13:12:19:21:13 chr2 217347513 . A G 678.08 PASS AF=0.55;AO=65;DP=120;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0355734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6994;QD=22.6026;RBI=0.041883;REFB=0.00181068;REVB=0.0221071;RO=55;SAF=32;SAR=33;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620826;STB=0.541654;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00152372;OID=.;OPOS=217347513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:54:65:66:0.55:33:32:23:32:33:33:22:32 chr2 217363597 . C T 1130.82 PASS AF=0.483051;AO=114;DP=236;FAO=114;FDP=236;FR=.;FRO=122;FSAF=41;FSAR=73;FSRF=51;FSRR=71;FWDB=0.00447651;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0737;QD=19.1665;RBI=0.0517891;REFB=-0.0136247;REVB=-0.0515953;RO=120;SAF=41;SAR=73;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064702;STB=0.532165;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0143519;OID=.;OPOS=217363597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:120:122:114:114:0.483051:73:41:51:69:73:41:51:71 chr2 217363638 . G A 921.88 PASS AF=0.487685;AO=93;DP=197;FAO=99;FDP=203;FR=.;FRO=104;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.0212338;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.44;QD=18.1651;RBI=0.0224344;REFB=-0.00540956;REVB=-0.00724073;RO=102;SAF=30;SAR=63;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150478;STB=0.568429;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00826392;OID=.;OPOS=217363638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:203:102:104:93:99:0.487685:63:30:48:54:64:35:50:54 chr2 217364539 . C T 3533.27 PASS AF=1;AO=222;DP=222;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9222;QD=62.8136;RBI=0.0362853;REFB=0;REVB=0.0281188;RO=0;SAF=108;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81933e-06;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:225:0:0:222:225:1:114:108:0:0:116:109:0:0 chr2 217364764 . G T 1072.48 PASS AF=0.453061;AO=110;DP=244;FAO=111;FDP=245;FR=.;FRO=134;FSAF=37;FSAR=74;FSRF=60;FSRR=74;FWDB=0.0142772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.689;QD=17.5099;RBI=0.0145298;REFB=-0.0235678;REVB=-0.00269774;RO=132;SAF=36;SAR=74;SRF=59;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126989;STB=0.567239;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0236757;OID=.;OPOS=217364764;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:132:134:110:111:0.453061:74:36:59:73:74:37:60:74 chr2 217526514 . C G 1346.79 PASS AF=0.458333;AO=140;DP=310;FAO=143;FDP=312;FR=.;FRO=169;FSAF=95;FSAR=48;FSRF=75;FSRR=94;FWDB=0.0053504;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.707;QD=17.2665;RBI=0.0124919;REFB=-0.00927615;REVB=-0.0112881;RO=170;SAF=94;SAR=46;SRF=75;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234986;STB=0.623077;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0117597;OID=.;OPOS=217526514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:312:170:169:140:143:0.458333:46:94:75:95:48:95:75:94 chr2 217537059 . TC T,TT 61.24 PASS AF=0.25,0.15;AO=4,3;DP=35;FAO=5,3;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4,3;FSAR=1,0;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0217959,0.0268368;FXX=0.39382;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.226,169.37;QD=12.2489;RBI=0.0816938,0.077153;REFB=-0.00438474,-0.00107275;REVB=-0.0787325,-0.0723351;RO=27;SAF=4,3;SAR=0,0;SRF=10;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.669132,0.61764;STB=0.684891,0.995574;STBP=0.37,0.118;TYPE=del,snp;VARB=0.0662766,-0.000146425;OID=.,.;OPOS=217537060,217537060;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.15:4,3:35:5,3:20:12:4,3:1,0:7:5:27:27:4,3:0,0:10:17 chr2 217541582 . T C 4703.32 PASS AF=1;AO=294;DP=296;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872921;FXX=0.0166661;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.225;QD=63.7739;RBI=0.0147105;REFB=-0.024546;REVB=-0.0118407;RO=1;SAF=155;SAR=139;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341863;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187409;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:296:295:1:0:294:295:1:139:155:0:1:139:156:0:0 chr2 218604247 . A C 1499.88 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0636153;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.856;QD=62.4952;RBI=0.065281;REFB=-0.0370082;REVB=0.0146524;RO=1;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920605;STB=0.504761;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000336144;OID=.;OPOS=218604247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:93:95:0.989583:51:42:0:1:52:43:0:1 chr2 218664633 . T G 2664.0 PASS AF=0.99422;AO=170;DP=174;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0317453;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.237;QD=61.5954;RBI=0.0654052;REFB=-0.110048;REVB=0.0571846;RO=1;SAF=83;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543944;STB=0.502824;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000254972;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:173:1:1:170:172:0.99422:87:83:0:1:88:84:0:1 chr2 218674697 . C T 1925.05 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330024;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.481;QD=62.0983;RBI=0.0344111;REFB=0;REVB=-0.00974503;RO=0;SAF=58;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.99914e-05;OID=.;OPOS=218674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:123:124:1:65:58:0:0:65:59:0:0 chr2 218682474 . A G 867.88 PASS AF=0.429864;AO=95;DP=222;FAO=95;FDP=221;FR=.;FRO=126;FSAF=30;FSAR=65;FSRF=47;FSRR=79;FWDB=-0.0273911;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.759;QD=15.7082;RBI=0.0278597;REFB=-0.0170715;REVB=0.00508797;RO=126;SAF=30;SAR=65;SRF=47;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657689;STB=0.536721;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0207359;OID=.;OPOS=218682474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:221:126:126:95:95:0.429864:65:30:47:79:65:30:47:79 chr2 218682771 . A G 316.9 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00149043;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.833;QD=14.913;RBI=0.0161944;REFB=-0.005262;REVB=0.0161257;RO=50;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156495;STB=0.588578;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00652269;OID=.;OPOS=218682771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:50:50:35:35:0.411765:15:20:21:29:15:20:21:29 chr2 218683154 . A G 1246.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.511;QD=61.5309;RBI=0.0312995;REFB=0;REVB=0.0274905;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23905e-05;OID=.;OPOS=218683154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr2 218683257 . A G 511.46 PASS AF=0.505155;AO=48;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0188729;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.976;QD=21.0913;RBI=0.0190905;REFB=-0.0166295;REVB=-0.00287394;RO=49;SAF=20;SAR=28;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862113;STB=0.546214;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0141374;OID=.;OPOS=218683257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:48:48:49:0.505155:28:20:25:24:29:20:24:24 chr2 218683368 . C T 312.49 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00128972;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.086;QD=13.0203;RBI=0.0122623;REFB=-0.0266774;REVB=0.0121943;RO=52;SAF=20;SAR=15;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147152;STB=0.550869;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0388007;OID=.;OPOS=218683368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:52:61:35:35:0.364583:15:20:29:23:15:20:30:31 chr2 218694551 . A G 2671.49 PASS AF=0.495327;AO=264;DP=536;FAO=265;FDP=535;FR=.;FRO=270;FSAF=135;FSAR=130;FSRF=148;FSRR=122;FWDB=0.025225;FXX=0.00372433;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9009;QD=19.9738;RBI=0.0328943;REFB=0.00809972;REVB=0.0211125;RO=268;SAF=135;SAR=129;SRF=145;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273533;STB=0.519558;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00735923;OID=.;OPOS=218694551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:536:535:268:270:264:265:0.495327:129:135:145:123:130:135:148:122 chr2 218706857 . T C 1151.33 PASS AF=0.427586;AO=122;DP=288;FAO=124;FDP=290;FR=.;FRO=166;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=81;FSRR=85;FWDB=-0.0196006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.21;QD=15.8804;RBI=0.0205726;REFB=-0.0107403;REVB=-0.00624893;RO=165;SAF=56;SAR=66;SRF=80;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267814;STB=0.516245;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0149925;OID=.;OPOS=218706857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:290:165:166:122:124:0.427586:66:56:80:85:67:57:81:85 chr2 218712290 . G A 511.72 PASS AF=0.474138;AO=54;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=10;FWDB=0.00880345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.591;QD=17.6456;RBI=0.0435205;REFB=-0.00219574;REVB=0.0426208;RO=61;SAF=43;SAR=11;SRF=51;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610897;STB=0.543861;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00247349;OID=.;OPOS=218712290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:54:55:0.474138:11:43:51:10:12:43:51:10 chr2 218712306 . C T 731.7 PASS AF=0.478261;AO=77;DP=161;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=56;FSAR=21;FSRF=65;FSRR=19;FWDB=-0.0132286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5259;QD=18.1789;RBI=0.0138196;REFB=0.009144;REVB=0.0039984;RO=84;SAF=56;SAR=21;SRF=65;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571143;STB=0.531471;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00852594;OID=.;OPOS=218712306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:84:84:77:77:0.478261:21:56:65:19:21:56:65:19 chr2 218712606 . G A 707.87 PASS AF=0.492958;AO=70;DP=142;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0114701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.924;QD=19.94;RBI=0.0170114;REFB=-0.025383;REVB=0.0125629;RO=72;SAF=33;SAR=37;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377761;STB=0.520836;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0269711;OID=.;OPOS=218712606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:72:72:70:70:0.492958:37:33:31:41:37:33:31:41 chr2 218712726 . A G 770.61 PASS AF=0.460227;AO=80;DP=177;FAO=81;FDP=176;FR=.;FRO=95;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=0.0112795;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9465;QD=17.5139;RBI=0.0296141;REFB=-0.0138216;REVB=-0.0273819;RO=94;SAF=51;SAR=29;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542324;STB=0.536234;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0155415;OID=.;OPOS=218712726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:94:95:80:81:0.460227:29:51:55:39:29:52:55:40 chr2 218712918 . C T 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0155963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8948;QD=6.22532;RBI=0.020311;REFB=0.00380097;REVB=-0.0130112;RO=42;SAF=1;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.642856;STB=0.911609;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0102006;OID=.;OPOS=218712918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:42:43:13:13:0.232143:12:1:24:18:12:1:25:18 chr2 218712936 . C T 70.79 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0052279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.858;QD=7.26002;RBI=0.00576085;REFB=-0.00259452;REVB=0.00242;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263961;STB=0.666325;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00764859;OID=.;OPOS=218712936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:7:3:15:14:7:3:15:14 chr2 218745685 . G A 1389.91 PASS AF=0.494662;AO=139;DP=281;FAO=139;FDP=281;FR=.;FRO=142;FSAF=66;FSAR=73;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=0.051253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.814;QD=19.7853;RBI=0.0537178;REFB=-0.00348259;REVB=0.0160852;RO=141;SAF=66;SAR=73;SRF=68;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00685086;STB=0.502053;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00329449;OID=.;OPOS=218745685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:141:142:139:139:0.494662:73:66:68:73:73:66:68:74 chr2 218940259 . C T 414.58 PASS AF=0.512195;AO=41;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0176888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.294;QD=20.2236;RBI=0.0182279;REFB=-0.0224422;REVB=0.00440019;RO=40;SAF=21;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997564;STB=0.560157;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0188816;OID=.;OPOS=218940259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:41:42:0.512195:20:21:16:24:20:22:16:24 chr2 218940418 . C T 454.89 PASS AF=0.454545;AO=49;DP=109;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0333022;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5408;QD=16.5416;RBI=0.0339728;REFB=-0.00178501;REVB=-0.00671653;RO=59;SAF=17;SAR=32;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227911;STB=0.626531;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00172708;OID=.;OPOS=218940418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:59:60:49:50:0.454545:32:17:34:25:33:17:34:26 chr2 219000292 . C T 911.29 PASS AF=0.542683;AO=88;DP=164;FAO=89;FDP=164;FR=.;FRO=75;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00360979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9533;QD=22.2265;RBI=0.0146781;REFB=-0.00118313;REVB=0.0142273;RO=74;SAF=51;SAR=37;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101125;STB=0.555023;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00127477;OID=.;OPOS=219000292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:74:75:88:89:0.542683:37:51:34:40:38:51:34:41 chr2 219000734 . T C 316.55 PASS AF=0.372549;AO=37;DP=101;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.00823589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5179;QD=12.4138;RBI=0.0189147;REFB=-0.00132963;REVB=-0.0170275;RO=63;SAF=16;SAR=21;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118044;STB=0.562274;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00232643;OID=.;OPOS=219000734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:63:64:37:38:0.372549:21:16:34:29:21:17:35:29 chr2 219000945 . A G 45.05 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.115317;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8282;QD=6.93039;RBI=0.117251;REFB=0.037112;REVB=-0.0212072;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335034;STB=0.713674;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0821913;OID=.;OPOS=219000945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:8:11:2:5:8:11 chr2 219028932 . G A 449.65 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.018211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.014;QD=18.9327;RBI=0.0191652;REFB=-0.00330521;REVB=-0.00597216;RO=50;SAF=24;SAR=21;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636383;STB=0.535395;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00284495;OID=.;OPOS=219028932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:21:24:30:20:21:24:30:20 chr2 219029843 . A C 683.02 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0279925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.269;QD=17.9742;RBI=0.0322771;REFB=-0.00336476;REVB=-0.0160695;RO=80;SAF=26;SAR=46;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101003;STB=0.556009;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00348252;OID=.;OPOS=219029843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:80:80:72:72:0.473684:46:26:37:43:46:26:37:43 chr2 219029955 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0173926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.228;QD=11.2558;RBI=0.0219548;REFB=-0.0155123;REVB=-0.0133982;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311223;STB=0.624687;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0256426;OID=.;OPOS=219029955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:12:12:7:8:0.4:2:5:5:7:3:5:5:7 chr2 219110555 . A G 1033.47 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.046944;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0832;QD=58.2238;RBI=0.0471618;REFB=0.0285269;REVB=0.00452726;RO=1;SAF=59;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00794808;STB=0.504201;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.000632242;OID=.;OPOS=219110555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:1:1:70:70:0.985915:11:59:1:0:11:59:1:0 chr2 219128506 . C T 9039.37 PASS AF=0.973289;AO=582;DP=599;FAO=583;FDP=599;FR=.;FRO=16;FSAF=300;FSAR=283;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00703503;FXX=0.00166664;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.208;QD=60.3631;RBI=0.00752659;REFB=-0.012787;REVB=0.00267544;RO=12;SAF=299;SAR=283;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00374586;STB=0.50039;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.000147156;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:599:599:12:16:582:583:0.973289:283:299:5:7:283:300:8:8 chr2 219144815 . T C 2754.59 PASS AF=0.994382;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00187789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.41;QD=61.9008;RBI=0.0477168;REFB=-0.0578557;REVB=0.0476798;RO=0;SAF=78;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47352e-08;STB=0.503184;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000122219;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:178:0:1:177:177:0.994382:99:78:0:0:99:78:1:0 chr2 219146803 . G A 644.72 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0180361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6076;QD=48.6582;RBI=0.0334128;REFB=-0.0885019;REVB=0.0281268;RO=4;SAF=39;SAR=10;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458685;STB=0.524381;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00372871;OID=.;OPOS=219146803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:4:4:49:49:0.924528:10:39:4:0:10:39:4:0 chr2 219231807 . C T 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.177;QD=62.0064;RBI=0.023161;REFB=0;REVB=-0.0137011;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20632e-05;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:36:48:0:0:36:48:0:0 chr2 219254622 . A G 2998.88 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.015;QD=63.4684;RBI=0.0483916;REFB=0;REVB=0.00665934;RO=0;SAF=84;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35464e-05;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:105:84:0:0:105:84:0:0 chr2 219265094 . T C 2475.02 PASS AF=0.987879;AO=162;DP=164;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=124;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0990592;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9221;QD=60.0005;RBI=0.0991872;REFB=-0.11732;REVB=0.00503783;RO=2;SAF=38;SAR=124;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243798;STB=0.512498;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000808106;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:165:2:2:162:163:0.987879:124:38:2:0:124:39:2:0 chr2 219267781 . C T 1035.84 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00504682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7297;QD=56.7585;RBI=0.0129336;REFB=0.0465168;REVB=0.0119083;RO=2;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214858;STB=0.51136;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000811192;OID=.;OPOS=219267781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:43:28:0:2:43:28:0:2 chr2 219319657 . A G 2494.09 PASS AF=1;AO=160;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.013;QD=61.2047;RBI=0.0272811;REFB=0;REVB=0.00399153;RO=0;SAF=75;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12904e-05;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:160:163:1:85:75:0:0:88:75:0:0 chr2 219492924 . T C 2175.74 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1623;QD=63.065;RBI=0.0756305;REFB=0;REVB=0.0568733;RO=0;SAF=56;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328092;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:81:56:0:0:82:56:0:0 chr2 219508988 . T C 3016.78 PASS AF=0.989691;AO=190;DP=191;FAO=192;FDP=194;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=103;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0424403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.694;QD=62.2015;RBI=0.0424412;REFB=-0.10092;REVB=0.000276464;RO=1;SAF=88;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538059;STB=0.505555;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00112013;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:191:194:1:2:190:192:0.989691:102:88:1:0:103:89:2:0 chr2 219509618 . C A 2203.04 PASS AF=0.980132;AO=147;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0137371;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3034;QD=58.3587;RBI=0.0198767;REFB=-0.0440688;REVB=-0.0143658;RO=3;SAF=84;SAR=63;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922883;STB=0.504888;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00082883;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:151:3:3:147:148:0.980132:63:84:1:2:63:85:1:2 chr2 219692696 . G C 1220.87 PASS AF=0.444828;AO=129;DP=291;FAO=129;FDP=290;FR=.;FRO=161;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=60;FSRR=101;FWDB=-0.0464758;FXX=0.00343631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.0032;QD=16.8396;RBI=0.0737941;REFB=-0.00513779;REVB=-0.0573199;RO=155;SAF=58;SAR=71;SRF=59;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693583;STB=0.543526;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0119387;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:290:155:161:129:129:0.444828:71:58:59:96:71:58:60:101 chr2 219695487 . G C 932.82 PASS AF=0.47343;AO=98;DP=207;FAO=98;FDP=207;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=-0.00752358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7939;QD=18.0255;RBI=0.00826008;REFB=-0.0106242;REVB=0.00340951;RO=109;SAF=35;SAR=63;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658645;STB=0.536416;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0132628;OID=.;OPOS=219695487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:109:109:98:98:0.47343:63:35:46:63:63:35:46:63 chr2 219754840 . C T 1265.31 PASS AF=0.450512;AO=131;DP=293;FAO=132;FDP=293;FR=.;FRO=161;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=87;FSRR=74;FWDB=-0.0150113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.681;QD=17.2739;RBI=0.015719;REFB=-0.00714322;REVB=0.0046635;RO=160;SAF=64;SAR=67;SRF=87;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054787;STB=0.526328;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00882217;OID=.;OPOS=219754840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:160:161:131:132:0.450512:67:64:87:73:67:65:87:74 chr2 219846749 . G A 1327.51 PASS AF=0.413223;AO=148;DP=363;FAO=150;FDP=363;FR=.;FRO=213;FSAF=66;FSAR=84;FSRF=97;FSRR=116;FWDB=-0.00264701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.464;QD=14.6282;RBI=0.0153186;REFB=-0.0155869;REVB=0.0150882;RO=211;SAF=65;SAR=83;SRF=96;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168391;STB=0.509146;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0169355;OID=.;OPOS=219846749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:363:211:213:148:150:0.413223:83:65:96:115:84:66:97:116 chr2 219855677 . T C 860.2 PASS AF=0.537975;AO=85;DP=158;FAO=85;FDP=158;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.0127893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7734;QD=21.7772;RBI=0.0198024;REFB=0.00587333;REVB=-0.0151185;RO=72;SAF=44;SAR=41;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318801;STB=0.514027;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00575393;OID=.;OPOS=219855677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:72:73:85:85:0.537975:41:44:40:32:41:44:40:33 chr2 219886521 . G A 655.56 PASS AF=0.5;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.0167116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7102;QD=19.8654;RBI=0.0240864;REFB=-0.00143455;REVB=-0.0173458;RO=64;SAF=31;SAR=35;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855299;STB=0.538183;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.000956633;OID=.;OPOS=219886521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:64:66:66:66:0.5:35:31:24:40:35:31:26:40 chr2 219896028 . C G 186.08 PASS AF=0.174089;AO=46;DP=249;FAO=43;FDP=247;FR=.;FRO=204;FSAF=5;FSAR=38;FSRF=134;FSRR=70;FWDB=-0.0404406;FXX=0.00803181;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3312;QD=3.01338;RBI=0.0427718;REFB=-0.0147402;REVB=-0.0139281;RO=166;SAF=5;SAR=41;SRF=100;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633804;STB=0.907078;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.211499;OID=.;OPOS=219896028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:247:166:204:46:43:0.174089:41:5:100:66:38:5:134:70 chr2 219920037 . A G 6094.95 PASS AF=1;AO=354;DP=355;FAO=387;FDP=387;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=190;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.026;QD=62.9969;RBI=0.0378496;REFB=0;REVB=0.0166342;RO=0;SAF=176;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96212e-06;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:355:387:0:0:354:387:1:178:176:0:0:190:197:0:0 chr2 219940484 . C T 1283.24 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.87387e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.519;QD=61.8431;RBI=0.0176782;REFB=0;REVB=-0.0176781;RO=0;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.58644e-05;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:55:28:0:0:55:28:0:0 chr2 219967380 . T C 1589.77 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0036524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6565;QD=59.9914;RBI=0.0172787;REFB=0;REVB=-0.0168883;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.89766e-05;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:55:51:0:0:55:51:0:0 chr2 220026878 . G A 306.93 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00619197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.074;QD=18.0546;RBI=0.018786;REFB=-0.0127582;REVB=0.0177363;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229445;STB=0.512813;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.015556;OID=.;OPOS=220026878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:19:14:14:21:19:14:14:21 chr2 220037393 . A G 813.63 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.976;QD=57.0966;RBI=0.0465994;REFB=0;REVB=0.0148018;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09904e-05;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:30:24:0:0:31:26:0:0 chr2 220045454 . G A 4242.56 PASS AF=0.978648;AO=275;DP=281;FAO=275;FDP=281;FR=.;FRO=6;FSAF=117;FSAR=158;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.011029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.574;QD=60.3924;RBI=0.0110299;REFB=-0.0503545;REVB=-0.000137084;RO=5;SAF=117;SAR=158;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000886177;STB=0.501627;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.000886271;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:281:281:5:6:275:275:0.978648:158:117:2:3:158:117:3:3 chr2 220072766 . G T 1492.39 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0423151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6085;QD=58.525;RBI=0.0423548;REFB=-0.112231;REVB=-0.00183427;RO=1;SAF=55;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854831;STB=0.504504;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00130253;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:101:101:0.990196:46:55:1:0:46:55:1:0 chr2 220083279 . C T 3460.72 PASS AF=0.962025;AO=227;DP=237;FAO=228;FDP=237;FR=.;FRO=9;FSAF=117;FSAR=111;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.033992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.579;QD=58.4088;RBI=0.040264;REFB=-0.108688;REVB=0.0215808;RO=2;SAF=116;SAR=111;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000183387;STB=0.515265;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000875551;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:237:237:2:9:227:228:0.962025:111:116:1:1:111:117:1:8 chr2 220084902 . G A 2857.25 PASS AF=0.958974;AO=186;DP=196;FAO=187;FDP=195;FR=.;FRO=8;FSAF=83;FSAR=104;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0221249;FXX=0.00510178;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.023;QD=58.6102;RBI=0.02658;REFB=-0.112901;REVB=0.0147304;RO=3;SAF=83;SAR=103;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345293;STB=0.502332;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000414584;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:196:195:3:8:186:187:0.958974:103:83:1:2:104:83:4:4 chr2 220085845 . A G 1339.57 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8655;QD=62.3057;RBI=0.0621794;REFB=0;REVB=-0.0619089;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000367441;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:44:40:0:0:46:40:0:0 chr2 220113242 . T G 11203.4 PASS AF=1;AO=707;DP=735;FAO=708;FDP=708;FR=.;FRO=0;FSAF=385;FSAR=323;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909616;FXX=0.0367342;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.086;QD=63.2961;RBI=0.0192022;REFB=-0.0605896;REVB=0.0169111;RO=3;SAF=384;SAR=323;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00100476;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18474e-05;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:735:708:3:0:707:708:1:323:384:2:1:323:385:0:0 chr2 220118531 . G C 2137.39 PASS AF=0.973856;AO=142;DP=148;FAO=149;FDP=153;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0702496;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.74;QD=55.8795;RBI=0.0702962;REFB=-0.112485;REVB=-0.00255905;RO=2;SAF=72;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133903;STB=0.512657;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000560496;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:148:153:2:4:142:149:0.973856:70:72:0:2:77:72:0:4 chr2 220136155 . T C 3302.81 PASS AF=1;AO=213;DP=213;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9845;QD=62.0246;RBI=0.0540624;REFB=0;REVB=-0.0198651;RO=0;SAF=131;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.64946e-05;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:213:0:0:213:213:1:82:131:0:0:82:131:0:0 chr2 220136351 . G A 1142.29 PASS AF=0.464419;AO=114;DP=257;FAO=124;FDP=267;FR=.;FRO=143;FSAF=74;FSAR=50;FSRF=75;FSRR=68;FWDB=-0.024556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1093;QD=17.1129;RBI=0.0315884;REFB=0.00492285;REVB=-0.0198703;RO=142;SAF=65;SAR=49;SRF=74;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049629;STB=0.539605;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0078468;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:267:142:143:114:124:0.464419:49:65:74:68:50:74:75:68 chr2 220136371 . T C 3406.23 PASS AF=0.990991;AO=219;DP=221;FAO=220;FDP=222;FR=.;FRO=2;FSAF=129;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0166511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.182;QD=61.3734;RBI=0.035341;REFB=-0.0422626;REVB=0.0311725;RO=2;SAF=128;SAR=91;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00149906;STB=0.500802;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.000155587;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:221:222:2:2:219:220:0.990991:91:128:1:1:91:129:1:1 chr2 220250147 . A G 2320.48 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.512;QD=61.0652;RBI=0.0298915;REFB=0;REVB=-0.0133991;RO=0;SAF=72;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42411e-05;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:80:72:0:0:80:72:0:0 chr2 220283259 . A G 3113.98 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9168;QD=63.8765;RBI=0.0761281;REFB=0;REVB=-0.0691737;RO=0;SAF=117;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75832e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191525;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:195:0:0:193:195:1:76:117:0:0:77:118:0:0 chr2 220283277 . T C 3216.8 PASS AF=0.986047;AO=210;DP=214;FAO=212;FDP=215;FR=.;FRO=3;FSAF=128;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00329061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.323;QD=59.8474;RBI=0.0121472;REFB=-0.0189686;REVB=0.011693;RO=4;SAF=127;SAR=83;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131678;STB=0.503937;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000191962;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:214:215:4:3:210:212:0.986047:83:127:1:3:84:128:1:2 chr2 220315970 . G A 775.91 PASS AF=0.565891;AO=72;DP=128;FAO=73;FDP=129;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=0.048789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.525;QD=24.0594;RBI=0.0491857;REFB=0.00861691;REVB=-0.0062344;RO=55;SAF=24;SAR=48;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218291;STB=0.503617;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00688542;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:55:56:72:73:0.565891:48:24:17:38:49:24:18:38 chr2 220330804 . T C 435.28 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0488121;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7368;QD=18.9254;RBI=0.0524234;REFB=-0.0594526;REVB=0.0191204;RO=45;SAF=20;SAR=24;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297845;STB=0.501991;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.036888;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:45:48:44:44:0.478261:24:20:19:26:24:20:22:26 chr2 220333950 . T C 2828.12 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.342;QD=62.8471;RBI=0.0200423;REFB=0;REVB=0.0199974;RO=0;SAF=98;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26076e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47168e-06;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:82:98:0:0:82:98:0:0 chr2 220362899 . C G 2042.64 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.11164;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6949;QD=61.4327;RBI=0.111816;REFB=-0.103128;REVB=-0.00625707;RO=1;SAF=62;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760456;STB=0.503999;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00103748;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:133:133:1:1:132:132:0.992481:70:62:1:0:70:62:1:0 chr2 220379560 . C G 3511.49 PASS AF=0.939516;AO=235;DP=250;FAO=233;FDP=248;FR=.;FRO=15;FSAF=93;FSAR=140;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0062798;FXX=0.00799968;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.519;QD=56.6369;RBI=0.0126168;REFB=0.00320981;REVB=0.010943;RO=13;SAF=95;SAR=140;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00592162;STB=0.500054;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.000126992;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:250:248:13:15:235:233:0.939516:140:95:6:7:140:93:6:9 chr2 220397034 . C A 353.41 PASS AF=0.295181;AO=45;DP=161;FAO=49;FDP=166;FR=.;FRO=117;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=69;FSRR=48;FWDB=0.0396887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.302;QD=8.51579;RBI=0.0399918;REFB=-0.0174965;REVB=-0.00491441;RO=116;SAF=24;SAR=21;SRF=68;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652554;STB=0.513222;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0425379;OID=.;OPOS=220397034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:166:116:117:45:49:0.295181:21:24:68:48:21:28:69:48 chr2 220402671 . G T 977.44 PASS AF=0.910256;AO=69;DP=76;FAO=71;FDP=78;FR=.;FRO=7;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0271568;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.365;QD=50.1249;RBI=0.0451552;REFB=-0.0362484;REVB=0.0360763;RO=7;SAF=49;SAR=20;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113233;STB=0.557604;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000373146;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:76:78:7:7:69:71:0.910256:20:49:1:6:21:50:1:6 chr2 220402680 . T C 1259.72 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014992;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9621;QD=61.4498;RBI=0.0852835;REFB=0;REVB=0.0839554;RO=0;SAF=53;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103444;OID=.;OPOS=220402680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:81:82:1:28:53:0:0:28:54:0:0 chr2 220404381 . A G 1859.36 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.857;QD=61.4666;RBI=0.0234844;REFB=0;REVB=-0.0133972;RO=0;SAF=31;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55782e-06;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:90:31:0:0:90:31:0:0 chr2 220405321 . T C 4738.44 PASS AF=1;AO=302;DP=303;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.482;QD=62.1435;RBI=0.0277536;REFB=0;REVB=-0.0107592;RO=0;SAF=121;SAR=181;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65529e-06;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:303:305:0:0:302:305:1:181:121:0:0:183:122:0:0 chr2 220406722 . T C 2135.2 PASS AF=0.992754;AO=135;DP=136;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0182753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.546;QD=61.8897;RBI=0.0192139;REFB=0.0280728;REVB=0.00593201;RO=1;SAF=56;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597968;STB=0.503105;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=1.32464e-05;OID=.;OPOS=220406722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:138:1:1:135:137:0.992754:79:56:0:1:80:57:0:1 chr2 220412256 . T C 2049.43 PASS AF=0.985185;AO=134;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0333935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.768;QD=60.7238;RBI=0.0334748;REFB=-0.0680791;REVB=-0.00233174;RO=1;SAF=76;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812502;STB=0.500962;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00396817;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:135:1:2:134:133:0.985185:58:76:0:1:58:75:1:1 chr2 220414016 . C T 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.486;QD=58.2391;RBI=0.0347563;REFB=0;REVB=0.0231162;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0985e-05;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr2 220419236 . T C 7160.23 PASS AF=1;AO=453;DP=458;FAO=454;FDP=454;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=261;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127288;FXX=0.010893;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.337;QD=63.0857;RBI=0.0133125;REFB=0;REVB=0.00389865;RO=0;SAF=193;SAR=260;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81806e-05;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:458:454:0:0:453:454:1:260:193:0:0:261:193:0:0 chr2 220419339 . T C 7902.97 PASS AF=1;AO=500;DP=500;FAO=502;FDP=502;FR=.;FRO=0;FSAF=210;FSAR=292;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154643;FXX=0.00396818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.944;QD=62.9719;RBI=0.0192734;REFB=0.0136136;REVB=-0.0115029;RO=0;SAF=209;SAR=291;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16924e-05;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:500:502:0:0:500:502:1:291:209:0:0:292:210:0:0 chr2 220420956 . A G 1645.61 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177001;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.326;QD=60.3894;RBI=0.0190215;REFB=0;REVB=0.00696595;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64731e-05;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:50:58:0:0:51:58:0:0 chr2 220421417 . C G 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.765;QD=61.5696;RBI=0.0118553;REFB=0;REVB=0.0114666;RO=0;SAF=47;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35476e-05;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:75:47:0:0:75:47:0:0 chr2 220430203 . C T 1189.64 PASS AF=0.493724;AO=117;DP=239;FAO=118;FDP=239;FR=.;FRO=121;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=0.00524946;FXX=0.00416649;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7003;QD=19.9103;RBI=0.0672404;REFB=-0.0120166;REVB=0.0670351;RO=122;SAF=57;SAR=60;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271146;STB=0.519035;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0107907;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:122:121:117:118:0.493724:60:57:63:59:61:57:63:58 chr2 220431836 . C T 1013.95 PASS AF=0.541899;AO=97;DP=179;FAO=97;FDP=179;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00232824;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8266;QD=22.658;RBI=0.0140775;REFB=-0.0242715;REVB=0.0138836;RO=82;SAF=42;SAR=55;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515009;STB=0.502812;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0208046;OID=.;OPOS=220431836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:82:82:97:97:0.541899:55:42:36:46:55:42:36:46 chr2 220435034 . A G 863.07 PASS AF=0.5;AO=87;DP=174;FAO=87;FDP=174;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=31;FSRR=56;FWDB=-0.00646558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.079;QD=19.8408;RBI=0.00815484;REFB=-0.00474871;REVB=0.00496968;RO=87;SAF=37;SAR=50;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648847;STB=0.535638;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00455821;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:87:87:87:87:0.5:50:37:31:56:50:37:31:56 chr2 220435375 . G A 936.93 PASS AF=0.478049;AO=96;DP=203;FAO=98;FDP=205;FR=.;FRO=107;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=0.0099747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.695;QD=18.2815;RBI=0.0674458;REFB=-0.0160875;REVB=0.0667041;RO=107;SAF=52;SAR=44;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000374239;STB=0.500651;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0251153;OID=.;OPOS=220435375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:205:107:107:96:98:0.478049:44:52:58:49:45:53:58:49 chr2 220462640 . G T 4262.48 PASS AF=0.985714;AO=275;DP=280;FAO=276;FDP=280;FR=.;FRO=4;FSAF=136;FSAR=140;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.000814304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.036;QD=60.8925;RBI=0.00827738;REFB=-0.0357338;REVB=0.00823722;RO=4;SAF=135;SAR=140;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00658753;STB=0.503469;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=1.12107e-06;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:280:280:4:4:275:276:0.985714:140:135:1:3:140:136:1:3 chr2 220466199 . G T 1812.56 PASS AF=0.968504;AO=120;DP=125;FAO=123;FDP=127;FR=.;FRO=4;FSAF=86;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0341807;FXX=0.0592549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.171;QD=57.0884;RBI=0.0345528;REFB=-0.0834922;REVB=-0.00505731;RO=0;SAF=86;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59221e-08;STB=0.511362;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00100821;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:125:127:0:4:120:123:0.968504:34:86:0:0:37:86:4:0 chr2 220466200 . C T 38.95 PASS AF=0.0821918;AO=10;DP=144;FAO=12;FDP=146;FR=.;FRO=134;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=88;FSRR=46;FWDB=0.0025557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9682;QD=1.06714;RBI=0.0234498;REFB=-0.0334821;REVB=-0.0233101;RO=134;SAF=7;SAR=3;SRF=88;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525386;STB=0.570801;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0487168;OID=.;OPOS=220466200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:144:146:134:134:10:12:0.0821918:3:7:88:46:5:7:88:46 chr2 220471116 . C G 2300.37 PASS AF=0.98;AO=147;DP=150;FAO=147;FDP=150;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00161516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.883;QD=61.3431;RBI=0.00304578;REFB=-0.0351788;REVB=0.00258226;RO=3;SAF=69;SAR=78;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202253;STB=0.510637;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000201324;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:150:150:3:3:147:147:0.98:78:69:3:0:78:69:3:0 chr2 220473355 . G A 3572.82 PASS AF=0.966942;AO=232;DP=242;FAO=234;FDP=242;FR=.;FRO=8;FSAF=126;FSAR=108;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0269664;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.494;QD=59.0549;RBI=0.0312501;REFB=-0.192788;REVB=0.0157919;RO=9;SAF=125;SAR=107;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250905;STB=0.51121;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00167794;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:242:242:9:8:232:234:0.966942:107:125:8:1:108:126:7:1 chr2 220476443 . C T 3016.26 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.775;QD=63.5002;RBI=0.0700831;REFB=0;REVB=0.0281287;RO=0;SAF=91;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29295e-05;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:176:190:0:0:176:190:1:85:91:0:0:86:104:0:0 chr2 220479312 . T C 1878.45 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.461;QD=61.5885;RBI=0.0379972;REFB=0;REVB=0.0306431;RO=0;SAF=56;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52447e-05;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:122:0:0:113:122:1:57:56:0:0:61:61:0:0 chr2 220494117 . CA C,CC 1103.12 PASS AF=0.0810811,0.918919;AO=21,54;DP=77;FAO=6,68;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=1,34;FSAR=5,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474901,0.0490857;FXX=0.0263123;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=258.819,263.19;QD=59.628;RBI=0.0476711,0.0492572;REFB=0,0;REVB=0.00415032,0.00410759;RO=0;SAF=12,22;SAR=9,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.64875e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00198061,0.0036439;OID=.,.;OPOS=220494118,220494118;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0810811,0.918919:21,54:77:6,68:74:0:1,34:5,34:0:0:12:0:12,22:9,32:0:0 chr2 220500423 . A G 7043.14 PASS AF=1;AO=449;DP=452;FAO=450;FDP=450;FR=.;FRO=0;FSAF=236;FSAR=214;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039713;FXX=0.00442468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4401;QD=62.6057;RBI=0.041366;REFB=0.00562836;REVB=-0.0115769;RO=3;SAF=235;SAR=214;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241317;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.99049e-05;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:452:450:3:0:449:450:1:214:235:1:2:214:236:0:0 chr2 220500426 . A G 6940.03 PASS AF=0.984649;AO=440;DP=452;FAO=449;FDP=456;FR=.;FRO=7;FSAF=239;FSAR=210;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00292893;FXX=0.00218814;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.21;QD=60.8775;RBI=0.0288279;REFB=-0.0881345;REVB=0.0286788;RO=7;SAF=233;SAR=207;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055421;STB=0.502806;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.000395846;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:452:456:7:7:440:449:0.984649:207:233:5:2:210:239:5:2 chr2 220502367 . A C 1777.23 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140325;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.704;QD=60.7599;RBI=0.0140374;REFB=0;REVB=0.000368143;RO=0;SAF=30;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27475e-06;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:116:117:1:86:30:0:0:86:31:0:0 chr2 220505265 . T C 4136.54 PASS AF=0.988889;AO=267;DP=270;FAO=267;FDP=270;FR=.;FRO=3;FSAF=131;FSAR=136;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00214053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.335;QD=61.2821;RBI=0.0168819;REFB=-0.114681;REVB=0.0167457;RO=2;SAF=131;SAR=136;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000132726;STB=0.501748;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.000814609;OID=.;OPOS=220505265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:270:270:2:3:267:267:0.988889:136:131:1:1:136:131:1:2 chr2 220771223 . C T 3798.83 PASS AF=0.980392;AO=249;DP=254;FAO=250;FDP=255;FR=.;FRO=5;FSAF=129;FSAR=121;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0291856;FXX=0.0039061;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.44;QD=59.5894;RBI=0.0292694;REFB=-0.046382;REVB=0.00221329;RO=0;SAF=129;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48092e-08;STB=0.509505;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=7.67197e-05;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:254:255:0:5:249:250:0.980392:120:129:0:0:121:129:5:0 chr2 220771290 . G A 3888.8 PASS AF=1;AO=248;DP=249;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883096;FXX=0.00793619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.538;QD=62.2209;RBI=0.00893228;REFB=0;REVB=-0.00134153;RO=0;SAF=117;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00808e-06;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:249:250:0:0:248:250:1:131:117:0:0:131:119:0:0 chr2 222308226 . T C 2177.54 PASS AF=0.986577;AO=144;DP=146;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00257105;FXX=0.0132442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.945;QD=58.4575;RBI=0.0342674;REFB=0.0550767;REVB=-0.0341708;RO=2;SAF=74;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133913;STB=0.506848;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00135289;OID=.;OPOS=222308226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:149:2:2:144:147:0.986577:70:74:0:2:72:75:0:2 chr2 223161889 . A G 3326.18 PASS AF=1;AO=213;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190932;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7502;QD=61.8825;RBI=0.0383804;REFB=-0.077153;REVB=-0.0332942;RO=0;SAF=84;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176817;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:215:215:0:0:213:215:1:129:84:0:0:130:85:0:0 chr2 223423362 . A G 1912.17 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.365;QD=61.6828;RBI=0.0821809;REFB=0;REVB=0.0419515;RO=0;SAF=63;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234326;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:61:63:0:0:61:63:0:0 chr2 223436607 . C T 2621.64 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398207;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0717;QD=62.0508;RBI=0.050412;REFB=0;REVB=-0.0309142;RO=0;SAF=82;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92111e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266951;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:169:0:0:169:169:1:87:82:0:0:87:82:0:0 chr2 223785740 . A G 1526.27 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.69;QD=59.8539;RBI=0.00717338;REFB=0;REVB=0.00589463;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49976e-06;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:100:102:1:58:42:0:0:59:43:0:0 chr2 223807380 . C A 2989.2 PASS AF=0.979487;AO=189;DP=195;FAO=191;FDP=195;FR=.;FRO=4;FSAF=91;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00420221;FXX=0.0151508;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.645;QD=61.317;RBI=0.00445243;REFB=0.0359316;REVB=0.0014716;RO=4;SAF=90;SAR=99;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188468;STB=0.509803;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.000925067;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:195:195:4:4:189:191:0.979487:99:90:0:4:100:91:0:4 chr2 223917629 . C T 701.52 PASS AF=0.472973;AO=70;DP=149;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=0.0876924;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4766;QD=18.9599;RBI=0.0900226;REFB=0.000799064;REVB=0.0203495;RO=77;SAF=45;SAR=25;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667526;STB=0.508366;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-1.81807e-05;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:77:78:70:70:0.472973:25:45:49:28:25:45:49:29 chr2 223917812 . T C 4738.4 PASS AF=1;AO=289;DP=292;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225174;FXX=0.0100331;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.417;QD=64.0325;RBI=0.0510318;REFB=0;REVB=0.0457954;RO=0;SAF=139;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16757e-05;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:292:296:0:0:289:296:1:150:139:0:0:154:142:0:0 chr2 223917983 . T G 552.26 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0388608;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.429;QD=24.0113;RBI=0.0438531;REFB=-0.0246146;REVB=-0.0203206;RO=40;SAF=25;SAR=26;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322531;STB=0.511941;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.021162;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:40:41:51:51:0.554348:26:25:18:22:26:25:19:22 chr2 223918080 . C G 1045.92 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0271546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2653;QD=58.1065;RBI=0.0368562;REFB=-0.0387186;REVB=-0.02492;RO=1;SAF=28;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165877;STB=0.508769;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00372459;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:43:28:1:0:43:28:1:0 chr2 223918363 . T C 1589.63 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7028;QD=59.986;RBI=0.00499399;REFB=0;REVB=0.00165978;RO=0;SAF=45;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05484e-05;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:61:45:0:0:61:45:0:0 chr2 224620181 . G T 337.59 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0034664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.545;QD=20.1547;RBI=0.0200421;REFB=0.0107967;REVB=-0.01974;RO=32;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114408;STB=0.563567;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0132601;OID=.;OPOS=224620181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:22:13:16:16:22:13:16:16 chr2 224743373 . C T 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0107967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.888;QD=17.8592;RBI=0.0154399;REFB=-0.00438867;REVB=-0.0110373;RO=37;SAF=23;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161752;STB=0.590733;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00492956;OID=.;OPOS=224743373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:11:23:19:18:11:23:19:18 chr2 224845044 . T C 732.31 PASS AF=0.406091;AO=80;DP=197;FAO=80;FDP=197;FR=.;FRO=117;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=0.0671652;FXX=0.00505025;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2997;QD=14.8692;RBI=0.0683381;REFB=-0.0087549;REVB=0.0126069;RO=117;SAF=39;SAR=41;SRF=58;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871094;STB=0.50019;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.013618;OID=.;OPOS=224845044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:117:117:80:80:0.406091:41:39:58:59:41:39:57:60 chr2 224866387 . G A 754.59 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.754;QD=56.9499;RBI=0.0659942;REFB=0;REVB=0.0640419;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150044;OID=.;OPOS=224866387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:22:31:0:0 chr2 224866576 . C A 2777.93 PASS AF=1;AO=177;DP=179;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366153;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.945;QD=62.7782;RBI=0.0366348;REFB=0;REVB=0.00119472;RO=0;SAF=88;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80795e-05;OID=.;OPOS=224866576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:177:0:0:177:177:1:89:88:0:0:89:88:0:0 chr2 225630233 . C T 947.73 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0723277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7083;QD=55.7487;RBI=0.0825279;REFB=-0.171136;REVB=-0.0397436;RO=1;SAF=42;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111183;STB=0.511624;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00494519;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:1:2:66:66:0.970588:24:42:1:0:24:42:2:0 chr2 225630435 . C T 1399.83 PASS AF=0.45679;AO=147;DP=314;FAO=148;FDP=324;FR=.;FRO=176;FSAF=61;FSAR=87;FSRF=71;FSRR=105;FWDB=-0.0416969;FXX=0.00307683;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.431;QD=17.2818;RBI=0.0453691;REFB=-0.019234;REVB=-0.0178807;RO=167;SAF=60;SAR=87;SRF=65;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189901;STB=0.504914;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0249325;OID=.;OPOS=225630435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:324:167:176:147:148:0.45679:87:60:65:102:87:61:71:105 chr2 225706613 . C T 409.07 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0277155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3955;QD=14.4802;RBI=0.0283869;REFB=-0.00337165;REVB=-0.00613708;RO=65;SAF=18;SAR=29;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00178454;STB=0.502592;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0049281;OID=.;OPOS=225706613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:65:66:47:47:0.415929:29:18:25:40:29:18:25:41 chr2 225798838 . T C 3889.67 PASS AF=0.992157;AO=251;DP=254;FAO=253;FDP=255;FR=.;FRO=2;FSAF=140;FSAR=113;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0222631;FXX=0.0154434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.033;QD=61.0144;RBI=0.0797432;REFB=-0.109871;REVB=0.0765724;RO=1;SAF=138;SAR=113;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00344188;STB=0.500423;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00421067;OID=.;OPOS=225798838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:254:255:1:2:251:253:0.992157:113:138:1:0:113:140:1:1 chr2 225811581 . T A 3080.34 PASS AF=0.990196;AO=202;DP=204;FAO=202;FDP=204;FR=.;FRO=2;FSAF=105;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00805611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1865;QD=60.3988;RBI=0.0433585;REFB=-0.14147;REVB=0.0426035;RO=2;SAF=105;SAR=97;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000370353;STB=0.500194;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00131996;OID=.;OPOS=225811581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:204:204:2:2:202:202:0.990196:97:105:1:1:97:105:1:1 chr2 226273689 . T C 1128.44 PASS AF=0.518519;AO=108;DP=213;FAO=112;FDP=216;FR=.;FRO=104;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=-0.00174875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.443;QD=20.897;RBI=0.0168464;REFB=-0.00767886;REVB=0.0167554;RO=103;SAF=59;SAR=49;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131454;STB=0.558978;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00747902;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:216:103:104:108:112:0.518519:49:59:41:62:53:59:42:62 chr2 226447735 . C T 3625.38 PASS AF=0.971774;AO=240;DP=255;FAO=241;FDP=248;FR=.;FRO=7;FSAF=112;FSAR=129;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0239773;FXX=0.0312488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0592;QD=58.4738;RBI=0.0240995;REFB=-0.0420774;REVB=0.00242358;RO=4;SAF=111;SAR=129;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667904;STB=0.503025;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00361381;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:255:248:4:7:240:241:0.971774:129:111:1:3:129:112:4:3 chr2 226491770 . A C 1777.36 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4895;QD=60.7644;RBI=0.103123;REFB=0;REVB=0.0144064;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472842;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:117:0:0:108:117:1:63:45:0:0:64:53:0:0 chr2 226516913 . A G 428.2 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00747379;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.538;QD=19.245;RBI=0.0184853;REFB=0.00584893;REVB=-0.016907;RO=40;SAF=19;SAR=24;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00717986;STB=0.515144;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00560119;OID=.;OPOS=226516913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:46:43:43:0.483146:24:19:18:22:24:19:19:27 chr2 227660046 . C T 507.93 PASS AF=0.504762;AO=51;DP=103;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0260813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1155;QD=19.3497;RBI=0.0472639;REFB=0.00172101;REVB=0.0394162;RO=52;SAF=16;SAR=35;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249133;STB=0.643179;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00163231;OID=.;OPOS=227660046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:52:52:51:53:0.504762:35:16:30:22:37:16:30:22 chr2 227807202 . G T 103.36 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0123474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.698;QD=15.9009;RBI=0.0124321;REFB=-0.0219127;REVB=-0.00144867;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200611;STB=0.615207;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.014191;OID=.;OPOS=227807202;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:5:8:5:8:5:8 chr2 227872182 . G A 499.12 PASS AF=0.486486;AO=49;DP=106;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0145171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8239;QD=17.9864;RBI=0.0228182;REFB=-0.0220778;REVB=0.0176047;RO=49;SAF=23;SAR=26;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557417;STB=0.5402;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00844293;OID=.;OPOS=227872182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:111:49:57:49:54:0.486486:26:23:20:29:28:26:23:34 chr2 227872995 . T C 907.32 PASS AF=0.514286;AO=90;DP=175;FAO=90;FDP=175;FR=.;FRO=85;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0640473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9644;QD=20.7388;RBI=0.0654585;REFB=-0.0115557;REVB=-0.0135189;RO=85;SAF=51;SAR=39;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957969;STB=0.55257;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00922098;OID=.;OPOS=227872995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:85:85:90:90:0.514286:39:51:39:46:39:51:39:46 chr2 227886773 . A G 921.42 PASS AF=0.480392;AO=86;DP=195;FAO=98;FDP=204;FR=.;FRO=106;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=-0.00369882;FXX=0.0144921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.513;QD=18.0671;RBI=0.00787282;REFB=-0.00869113;REVB=-0.00694983;RO=103;SAF=53;SAR=33;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168419;STB=0.583081;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0076163;OID=.;OPOS=227886773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:204:103:106:86:98:0.480392:33:53:46:57:39:59:47:59 chr2 227892619 . C T 388.86 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00802924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.258;QD=16.2025;RBI=0.0191223;REFB=0.00208256;REVB=-0.0173549;RO=54;SAF=23;SAR=18;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325951;STB=0.522811;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00284432;OID=.;OPOS=227892619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:55:41:41:0.427083:18:23:32:22:18:23:33:22 chr2 227892720 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0029705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.669;QD=15.5771;RBI=0.0244063;REFB=0.0162155;REVB=-0.0242249;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597569;STB=0.533952;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0106473;OID=.;OPOS=227892720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:15:9:13:17:15:9:13:17 chr2 227896886 . C T 1566.44 PASS AF=0.421687;AO=161;DP=407;FAO=175;FDP=415;FR=.;FRO=240;FSAF=86;FSAR=89;FSRF=101;FSRR=139;FWDB=-0.00131521;FXX=0.0119045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.028;QD=15.0982;RBI=0.00890665;REFB=-0.00333965;REVB=-0.00880901;RO=228;SAF=83;SAR=78;SRF=94;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108373;STB=0.540891;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00463795;OID=.;OPOS=227896886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:415:228:240:161:175:0.421687:78:83:94:134:89:86:101:139 chr2 227896976 . C T 1376.5 PASS AF=0.432353;AO=147;DP=337;FAO=147;FDP=340;FR=.;FRO=193;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=77;FSRR=116;FWDB=0.00444972;FXX=0.00293247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.4193;QD=16.1941;RBI=0.00512951;REFB=0.0145019;REVB=0.00255183;RO=190;SAF=68;SAR=79;SRF=76;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643543;STB=0.536511;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00917408;OID=.;OPOS=227896976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:340:190:193:147:147:0.432353:79:68:76:114:79:68:77:116 chr2 227915832 . G A 646.77 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00024588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.535;QD=19.9007;RBI=0.00398267;REFB=-0.0358372;REVB=-0.00397508;RO=65;SAF=21;SAR=44;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177412;STB=0.598156;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0285358;OID=.;OPOS=227915832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:65:65:65:0.5:44:21:33:32:44:21:33:32 chr2 227919442 . GCCCCC CGCCCC,GCCCC,GCCCCG 30.39 PASS AF=0,0.125,0.0625;AO=3,7,4;DP=49;FAO=0,6,3;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=0,4,3;FSAR=0,2,0;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0452784,-0.143963,0.0393312;FXX=0.020404;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=128.027,13.1667,24.191;QD=2.53215;RBI=0.0457129,0.181776,0.11253;REFB=-0.0108049,-0.0867051,-0.0493166;REVB=0.00628765,0.110983,0.105433;RO=28;SAF=0,5,4;SAR=3,2,0;SRF=5;SRR=23;SSEN=0,0.309524,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.449552,0.586751,0.76073;STB=0.5,0.830374,0.998099;STBP=1,0.182,0;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.138865,-0.0169926;OID=.,.,.;OPOS=227919442,227919443,227919447;OREF=GC,C,C;OALT=CG,-,G;OMAPALT=CGCCCC,GCCCC,GCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:49:48:28:39:3,7,4:0,6,3:0,0.125,0.0625:3,2,0:0,5,4:5:23:0,2,0:0,4,3:9:30 chr2 227954599 . G A 1034.72 PASS AF=0.505051;AO=97;DP=197;FAO=100;FDP=198;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=-0.00802373;FXX=0.00502487;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.908;QD=20.9034;RBI=0.0106928;REFB=-0.0113794;REVB=0.00706786;RO=98;SAF=40;SAR=57;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136277;STB=0.511234;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00989038;OID=.;OPOS=227954599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:98:98:97:100:0.505051:57:40:39:59:58:42:39:59 chr2 228102752 . C A 610.51 PASS AF=0.444444;AO=68;DP=152;FAO=68;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=-0.0501377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.7199;QD=15.9611;RBI=0.0796843;REFB=0.00493629;REVB=0.0619337;RO=83;SAF=38;SAR=30;SRF=28;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216238;STB=0.61914;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00645683;OID=.;OPOS=228102752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:83:85:68:68:0.444444:30:38:28:55:30:38:29:56 chr2 228111435 . T C 2680.12 PASS AF=1;AO=168;DP=172;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.353;QD=61.6119;RBI=0.0113777;REFB=0;REVB=-0.00699313;RO=0;SAF=66;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571635;OID=.;OPOS=228111435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:174:0:0:168:174:1:102:66:0:0:106:68:0:0 chr2 228111600 . G T 1324.87 PASS AF=0.977528;AO=88;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0180329;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7374;QD=59.5448;RBI=0.0201016;REFB=0.0336678;REVB=-0.00888195;RO=1;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938395;STB=0.509998;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00921131;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:1:2:88:87:0.977528:50:38:0:1:49:38:0:2 chr2 228113175 . A G 2004.01 PASS AF=0.992366;AO=128;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0725861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8626;QD=61.1913;RBI=0.0818097;REFB=0.0703611;REVB=-0.0377372;RO=2;SAF=57;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131968;STB=0.503448;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00635758;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:2:1:128:130:0.992366:71:57:0:2:72:58:0:1 chr2 228118269 . G T 963.07 PASS AF=0.358209;AO=98;DP=311;FAO=120;FDP=335;FR=.;FRO=215;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=87;FSRR=128;FWDB=-0.00315451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.931;QD=11.4993;RBI=0.00348638;REFB=-0.00788133;REVB=-0.00148456;RO=210;SAF=38;SAR=60;SRF=86;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269426;STB=0.518832;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0138866;OID=.;OPOS=228118269;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:335:210:215:98:120:0.358209:60:38:86:124:68:52:87:128 chr2 228118815 . G A 422.11 PASS AF=0.34965;AO=50;DP=145;FAO=50;FDP=143;FR=.;FRO=93;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0247342;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1277;QD=11.8071;RBI=0.0410785;REFB=0.002626;REVB=0.0327973;RO=90;SAF=19;SAR=31;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161905;STB=0.589853;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00635358;OID=.;OPOS=228118815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:90:93:50:50:0.34965:31:19:47:43:31:19:48:45 chr2 228118867 . G A 438.19 PASS AF=0.355263;AO=52;DP=150;FAO=54;FDP=152;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.00852241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0264;QD=11.5314;RBI=0.0181334;REFB=0.00676673;REVB=0.0160059;RO=98;SAF=21;SAR=31;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110858;STB=0.560412;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00980386;OID=.;OPOS=228118867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:98:98:52:54:0.355263:31:21:49:49:32:22:49:49 chr2 228128540 . C T 6757.71 PASS AF=0.976596;AO=451;DP=465;FAO=459;FDP=470;FR=.;FRO=11;FSAF=231;FSAR=228;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0194258;FXX=0.0021231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9616;QD=57.5124;RBI=0.0415236;REFB=-0.0485008;REVB=-0.0366994;RO=12;SAF=230;SAR=221;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000493485;STB=0.503115;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00836931;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:465:470:12:11:451:459:0.976596:221:230:6:6:228:231:7:4 chr2 228135631 . C T 566.43 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00845331;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.635;QD=19.7019;RBI=0.0129163;REFB=-0.00594501;REVB=-0.0097659;RO=56;SAF=25;SAR=33;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185018;STB=0.513957;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00606915;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:56:57:58:58:0.504348:33:25:23:33:33:25:23:34 chr2 228177479 . C T 2221.07 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130964;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.105;QD=63.4591;RBI=0.131456;REFB=0;REVB=-0.0113531;RO=0;SAF=66;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70166e-05;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:74:66:0:0:74:66:0:0 chr2 228177751 . G A 346.05 PASS AF=0.385321;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0361945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1196;QD=12.6989;RBI=0.0362718;REFB=-0.0024541;REVB=0.00236749;RO=66;SAF=16;SAR=26;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983296;STB=0.561122;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00402484;OID=.;OPOS=228177751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:67:42:42:0.385321:26:16:31:35:26:16:32:35 chr2 228177825 . C G 1533.69 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126635;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.64;QD=63.9038;RBI=0.0364822;REFB=0;REVB=0.0342138;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07719e-05;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:49:46:0:0:50:46:0:0 chr2 228227094 . G A 237.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0145401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.192;QD=13.7742;RBI=0.0165424;REFB=-0.00137034;REVB=0.00788902;RO=41;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011094;STB=0.506325;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00160904;OID=.;OPOS=228227094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:16:12:18:23:16:12:18:23 chr2 228230836 . T C 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.023725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.805;QD=16.2721;RBI=0.0244706;REFB=-0.00856981;REVB=0.00599473;RO=39;SAF=22;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25409;STB=0.643418;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0183353;OID=.;OPOS=228230836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:10:22:17:22:10:22:17:22 chr2 228416712 . A G 1026.67 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.014;QD=59.5171;RBI=0.0535817;REFB=0;REVB=0.0260122;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156105;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:31:36:0:0:33:36:0:0 chr2 228476253 . C G 3161.54 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0710858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8914;QD=61.6887;RBI=0.0785666;REFB=0;REVB=-0.0334592;RO=0;SAF=84;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311846;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:205:0:0:204:205:1:120:84:0:0:121:84:0:0 chr2 228750087 . A G 972.42 PASS AF=0.489796;AO=96;DP=196;FAO=96;FDP=196;FR=.;FRO=100;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=35;FSRR=65;FWDB=-0.00977438;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.56;QD=19.8453;RBI=0.00995766;REFB=-0.019855;REVB=-0.00190168;RO=100;SAF=41;SAR=55;SRF=35;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739608;STB=0.540651;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0213535;OID=.;OPOS=228750087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:100:100:96:96:0.489796:55:41:35:65:55:41:35:65 chr2 228776996 . T C 803.8 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000789979;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.252;QD=57.4145;RBI=0.00983197;REFB=0;REVB=-0.00980019;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91511e-05;OID=.;OPOS=228776996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr2 228855866 . G C 495.78 PASS AF=0.385621;AO=59;DP=153;FAO=59;FDP=153;FR=.;FRO=94;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=0.0119887;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.7977;QD=12.9615;RBI=0.0305041;REFB=-0.0121158;REVB=-0.0280495;RO=91;SAF=34;SAR=25;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111865;STB=0.573051;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.017342;OID=.;OPOS=228855866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:91:94:59:59:0.385621:25:34:43:48:25:34:43:51 chr2 230045542 . C G 2166.68 PASS AF=0.477419;AO=223;DP=464;FAO=222;FDP=465;FR=.;FRO=243;FSAF=141;FSAR=81;FSRF=98;FSRR=145;FWDB=0.0248255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9897;QD=18.6381;RBI=0.0387705;REFB=0.00433768;REVB=-0.0297799;RO=239;SAF=141;SAR=82;SRF=97;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214976;STB=0.622068;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00384765;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:464:465:239:243:223:222:0.477419:82:141:97:142:81:141:98:145 chr2 230045545 . T C 2208.28 PASS AF=0.486957;AO=224;DP=460;FAO=224;FDP=460;FR=.;FRO=236;FSAF=148;FSAR=76;FSRF=95;FSRR=141;FWDB=0.0111895;FXX=0.00647934;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.536;QD=19.2025;RBI=0.0188605;REFB=-0.0313656;REVB=-0.0151827;RO=230;SAF=147;SAR=77;SRF=93;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236854;STB=0.634892;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0174793;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:460:460:230:236:224:224:0.486957:77:147:93:137:76:148:95:141 chr2 230045554 . G C 2418.32 PASS AF=0.5186;AO=237;DP=457;FAO=237;FDP=457;FR=.;FRO=220;FSAF=162;FSAR=75;FSRF=88;FSRR=132;FWDB=0.00545394;FXX=0.00218336;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.655;QD=21.1669;RBI=0.00587942;REFB=-0.000773142;REVB=0.00219594;RO=219;SAF=162;SAR=75;SRF=88;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256572;STB=0.641369;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000823649;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:457:457:219:220:237:237:0.5186:75:162:88:131:75:162:88:132 chr2 230045564 . T C 2520.43 PASS AF=0.547344;AO=235;DP=431;FAO=237;FDP=433;FR=.;FRO=196;FSAF=166;FSAR=71;FSRF=77;FSRR=119;FWDB=-0.0415303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.46;QD=23.2834;RBI=0.0489161;REFB=-0.0060305;REVB=0.0258461;RO=196;SAF=164;SAR=71;SRF=77;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267048;STB=0.646391;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0109581;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:431:433:196:196:235:237:0.547344:71:164:77:119:71:166:77:119 chr2 230045568 . T C 2499.2 PASS AF=0.550351;AO=234;DP=427;FAO=235;FDP=427;FR=.;FRO=192;FSAF=167;FSAR=68;FSRF=75;FSRR=117;FWDB=-0.0130725;FXX=0.00233639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.349;QD=23.4117;RBI=0.0180618;REFB=0.00486233;REVB=-0.0124635;RO=191;SAF=166;SAR=68;SRF=74;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280845;STB=0.652454;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0055276;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:427:191:192:234:235:0.550351:68:166:74:117:68:167:75:117 chr2 230045615 . G A 2684.11 PASS AF=0.741259;AO=211;DP=285;FAO=212;FDP=286;FR=.;FRO=74;FSAF=161;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.00515039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.535;QD=37.54;RBI=0.0140156;REFB=0.00101878;REVB=0.013035;RO=73;SAF=160;SAR=51;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18072;STB=0.595656;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000326409;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:286:73:74:211:212:0.741259:51:160:33:40:51:161:34:40 chr2 230135711 . G C,GC 6071.08 PASS AF=0,1;AO=35,328;DP=431;FAO=0,413;FDP=413;FR=.;FRO=0;FSAF=0,137;FSAR=0,276;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0831392,-0.222649;FXX=0.0024154;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.42153,24.939;QD=58.7998;RBI=0.163724,0.289851;REFB=0,0;REVB=0.141044,0.185583;RO=52;SAF=10,99;SAR=25,229;SRF=20;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119421,-0.0251927;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.000197577;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:34:431:413:52:0:35,328:0,413:0,1:25,229:10,99:20:32:0,276:0,137:0:0 chr2 230632268 . G A 952.96 PASS AF=0.482927;AO=95;DP=201;FAO=99;FDP=205;FR=.;FRO=106;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=43;FSRR=63;FWDB=-0.00732166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.43;QD=18.5943;RBI=0.0090718;REFB=-0.0023305;REVB=0.00535639;RO=104;SAF=36;SAR=59;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248643;STB=0.506328;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00265696;OID=.;OPOS=230632268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:205:104:106:95:99:0.482927:59:36:42:62:60:39:43:63 chr2 230668858 . T C 1362.49 PASS AF=0.487544;AO=136;DP=280;FAO=137;FDP=281;FR=.;FRO=144;FSAF=75;FSAR=62;FSRF=62;FSRR=82;FWDB=-0.00595631;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.696;QD=19.3948;RBI=0.0135559;REFB=-0.00381028;REVB=-0.0121772;RO=144;SAF=74;SAR=62;SRF=62;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105989;STB=0.559751;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00393959;OID=.;OPOS=230668858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:281:144:144:136:137:0.487544:62:74:62:82:62:75:62:82 chr2 230723777 . G C 457.72 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0112437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.079;QD=17.7757;RBI=0.0454257;REFB=-0.0178867;REVB=0.0440122;RO=54;SAF=18;SAR=31;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157965;STB=0.508776;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0191236;OID=.;OPOS=230723777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:31:18:19:35:31:18:19:35 chr2 230841074 . C T 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.022028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.591;QD=19.2749;RBI=0.0271236;REFB=0.00664883;REVB=-0.015826;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839807;STB=0.517545;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00807251;OID=.;OPOS=230841074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:14:9:10:15:14:9:11:15 chr2 230861519 . G T 576.22 PASS AF=0.552083;AO=49;DP=92;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00433439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.685;QD=24.0092;RBI=0.00456483;REFB=-0.0181494;REVB=0.00143202;RO=42;SAF=24;SAR=25;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114154;STB=0.505545;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0162693;OID=.;OPOS=230861519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:42:43:49:53:0.552083:25:24:20:22:29:24:20:23 chr2 230901647 . A G 574.47 PASS AF=0.552083;AO=52;DP=95;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0236481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.555;QD=23.9362;RBI=0.0242518;REFB=-0.00758797;REVB=0.00537759;RO=43;SAF=24;SAR=28;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174208;STB=0.598251;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00504691;OID=.;OPOS=230901647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:43:43:52:53:0.552083:28:24:29:14:29:24:29:14 chr2 231050715 . A G 3853.85 PASS AF=0.988235;AO=248;DP=254;FAO=252;FDP=255;FR=.;FRO=3;FSAF=153;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0394982;FXX=0.0077818;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5155;QD=60.4526;RBI=0.0411528;REFB=-0.0184325;REVB=-0.0115517;RO=3;SAF=151;SAR=97;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145107;STB=0.507462;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00020421;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:254:255:3:3:248:252:0.988235:97:151:0:3:99:153:0:3 chr2 231067305 . C G 721.5 PASS AF=0.418848;AO=78;DP=188;FAO=80;FDP=191;FR=.;FRO=111;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=68;FSRR=43;FWDB=0.0254616;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7959;QD=15.1099;RBI=0.0265608;REFB=-0.0208557;REVB=-0.00756187;RO=100;SAF=44;SAR=34;SRF=59;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266656;STB=0.522507;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.032082;OID=.;OPOS=231067305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:191:100:111:78:80:0.418848:34:44:59:41:34:46:68:43 chr2 231072709 . C T 1452.3 PASS AF=0.928571;AO=103;DP=111;FAO=104;FDP=112;FR=.;FRO=8;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0234788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7248;QD=51.868;RBI=0.0248973;REFB=-0.0323295;REVB=0.00828371;RO=8;SAF=54;SAR=49;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480789;STB=0.525495;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0241489;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:111:112:8:8:103:104:0.928571:49:54:7:1:50:54:7:1 chr2 231077110 . C T 1117.4 PASS AF=0.546392;AO=102;DP=191;FAO=106;FDP=194;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.0419015;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4097;QD=23.0391;RBI=0.0441338;REFB=0.0109553;REVB=-0.0138585;RO=89;SAF=42;SAR=60;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00640602;STB=0.508133;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00978724;OID=.;OPOS=231077110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:194:89:88:102:106:0.546392:60:42:36:53:62:44:35:53 chr2 231077725 . A G 1251.23 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257433;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2614;QD=60.3;RBI=0.0257599;REFB=0;REVB=-0.000925215;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00405915;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:79:83:1:45:34:0:0:45:38:0:0 chr2 231118041 . A C 512.13 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0224758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.776;QD=15.6377;RBI=0.0240796;REFB=0.00171242;REVB=0.00864089;RO=75;SAF=28;SAR=28;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749704;STB=0.54197;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00326664;OID=.;OPOS=231118041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:75:75:56:56:0.427481:28:28:43:32:28:28:43:32 chr2 231149097 . T C 894.4 PASS AF=0.573427;AO=81;DP=144;FAO=82;FDP=143;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0295645;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.587;QD=25.0183;RBI=0.0399012;REFB=-0.0350899;REVB=0.0267964;RO=60;SAF=28;SAR=53;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737093;STB=0.546547;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0212346;OID=.;OPOS=231149097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:60:61:81:82:0.573427:53:28:26:34:54:28:27:34 chr2 231149108 . G A 1984.26 PASS AF=0.916129;AO=142;DP=155;FAO=142;FDP=155;FR=.;FRO=13;FSAF=55;FSAR=87;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00974634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7167;QD=51.2067;RBI=0.032357;REFB=-0.0324074;REVB=-0.0308542;RO=12;SAF=55;SAR=87;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346375;STB=0.513918;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0181011;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:155:155:12:13:142:142:0.916129:87:55:2:10:87:55:3:10 chr2 231222655 . G T 367.28 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00117182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.764;QD=16.5069;RBI=0.00281362;REFB=0.000748186;REVB=-0.00255799;RO=50;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419306;STB=0.523548;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.000937635;OID=.;OPOS=231222655;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:21:18:21:29:21:18:21:29 chr2 231222675 . T C 259.44 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00707074;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.121;QD=14.024;RBI=0.00749153;REFB=0.00596101;REVB=0.00247541;RO=44;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148872;STB=0.508469;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00884829;OID=.;OPOS=231222675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:44:44:30:30:0.405405:18:12:17:27:18:12:17:27 chr2 231248261 . C T 1619.79 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.767;QD=59.4418;RBI=0.0258239;REFB=0;REVB=-0.00936628;RO=0;SAF=30;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257911;OID=.;OPOS=231248261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:107:109:1:77:30:0:0:77:32:0:0 chr2 231258150 . C T 2905.13 PASS AF=0.989418;AO=185;DP=186;FAO=187;FDP=189;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0229947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7768;QD=61.4841;RBI=0.0275687;REFB=-0.00424473;REVB=-0.0152077;RO=1;SAF=84;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563467;STB=0.500543;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=3.35256e-05;OID=.;OPOS=231258150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:186:189:1:2:185:187:0.989418:101:84:1:0:103:84:1:1 chr2 231406680 . T C 461.97 PASS AF=0.375887;AO=52;DP=140;FAO=53;FDP=141;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.001915;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.675;QD=13.1056;RBI=0.00409503;REFB=-0.0149589;REVB=0.00361968;RO=88;SAF=31;SAR=21;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156807;STB=0.593513;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.02369;OID=.;OPOS=231406680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:88:88:52:53:0.375887:21:31:40:48:21:32:40:48 chr2 231407663 . C T 323.01 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0264566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1317;QD=14.1982;RBI=0.0471556;REFB=-0.0249304;REVB=-0.0390346;RO=54;SAF=17;SAR=19;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294953;STB=0.52178;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0347574;OID=.;OPOS=231407663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:55:36:36:0.395604:19:17:24:30:19:17:24:31 chr2 231738168 . G A 2144.77 PASS AF=0.904762;AO=153;DP=169;FAO=152;FDP=168;FR=.;FRO=16;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0249493;FXX=0.00591681;HRUN=7;LEN=1;MLLD=253.808;QD=51.066;RBI=0.0287859;REFB=-0.0633067;REVB=0.0143581;RO=4;SAF=78;SAR=75;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000475091;STB=0.507207;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00127401;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:169:168:4:16:153:152:0.904762:75:78:2:2:74:78:7:9 chr2 231738263 . C T 2494.06 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0705447;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1729;QD=61.5816;RBI=0.0723276;REFB=0;REVB=-0.01596;RO=0;SAF=79;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21923e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274575;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:162:0:0:162:162:1:83:79:0:0:83:79:0:0 chr2 231738269 . G A 2355.39 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442594;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.099;QD=61.1789;RBI=0.0713418;REFB=0;REVB=0.0559532;RO=0;SAF=75;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115511;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:79:75:0:0:79:75:0:0 chr2 231861044 . C T 242.13 PASS AF=0.246479;AO=35;DP=134;FAO=35;FDP=142;FR=.;FRO=107;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=-0.00944147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.824;QD=6.82067;RBI=0.0163218;REFB=-0.0225701;REVB=-0.0133139;RO=99;SAF=17;SAR=18;SRF=59;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136022;STB=0.570358;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0602417;OID=.;OPOS=231861044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:142:99:107:35:35:0.246479:18:17:59:40:18:17:62:45 chr2 231861056 . AC CT 45.58 PASS AF=0.0921986;AO=12;DP=143;FAO=13;FDP=141;FR=.;FRO=128;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=73;FSRR=55;FWDB=0.0239415;FXX=0.0536877;HRUN=1;LEN=2;MLLD=99.355;QD=1.29314;RBI=0.0533997;REFB=-0.00454606;REVB=-0.047732;RO=120;SAF=12;SAR=0;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.601471;STB=0.887024;STBP=0.008;TYPE=mnp;VARB=0.0328512;OID=.;OPOS=231861056;OREF=AC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:143:141:120:128:12:13:0.0921986:0:12:65:55:1:12:73:55 chr2 231861071 . T C 141.19 PASS AF=0.175325;AO=25;DP=148;FAO=27;FDP=154;FR=.;FRO=127;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=-0.0715543;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.227;QD=3.6672;RBI=0.0967513;REFB=-0.0147718;REVB=-0.0651214;RO=121;SAF=15;SAR=10;SRF=54;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194772;STB=0.611189;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.100312;OID=.;OPOS=231861071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:154:121:127:25:27:0.175325:10:15:54:67:11:16:58:69 chr2 231865144 . G C 2488.9 PASS AF=0.450777;AO=261;DP=576;FAO=261;FDP=579;FR=.;FRO=318;FSAF=126;FSAR=135;FSRF=149;FSRR=169;FWDB=-0.0197271;FXX=0.00172411;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1978;QD=17.1944;RBI=0.0266333;REFB=-0.00689717;REVB=-0.0178934;RO=309;SAF=126;SAR=135;SRF=140;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292669;STB=0.507815;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00668491;OID=.;OPOS=231865144;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:576:579:309:318:261:261:0.450777:135:126:140:169:135:126:149:169 chr2 231911722 . G A 705.22 PASS AF=0.486111;AO=70;DP=144;FAO=70;FDP=144;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.00362814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.892;QD=19.5895;RBI=0.0106576;REFB=-0.0075037;REVB=0.010021;RO=74;SAF=31;SAR=39;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534644;STB=0.529544;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00738159;OID=.;OPOS=231911722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:74:74:70:70:0.486111:39:31:37:37:39:31:37:37 chr2 232035429 . G A 327.32 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=1.69586e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.5781;QD=17.693;RBI=0.000954499;REFB=0.00824964;REVB=0.000954348;RO=39;SAF=20;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198184;STB=0.610625;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00833967;OID=.;OPOS=232035429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:15:20:14:25:15:20:14:25 chr2 232087474 . AT AA,GA 1988.17 PASS AF=0.944882,0.0551181;AO=7,112;DP=119;FAO=120,7;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=50,6;FSAR=70,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112922,0.104352;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=286.709,263.948;QD=62.6195;RBI=0.123759,0.105667;REFB=0,0;REVB=0.050644,0.0166162;RO=0;SAF=0,49;SAR=7,63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.39806e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00212384,-0.00569879;OID=.,.;OPOS=232087475,232087474;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:119:127:0:0:7,112:120,7:0.944882,0.0551181:7,63:0,49:0:0:70,1:50,6:0:0 chr2 232091479 . C T 333.81 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0137815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7104;QD=12.5966;RBI=0.025844;REFB=-0.0168632;REVB=-0.0218629;RO=64;SAF=18;SAR=23;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132084;STB=0.570214;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0366215;OID=.;OPOS=232091479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:64:65:41:41:0.386792:23:18:36:28:23:18:36:29 chr2 232196564 . C T 267.28 PASS AF=0.402597;AO=27;DP=73;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0264048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.671;QD=13.8845;RBI=0.0390477;REFB=-0.0227566;REVB=0.0287664;RO=45;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591738;STB=0.504584;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0313151;OID=.;OPOS=232196564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:45:46:27:31:0.402597:16:11:16:29:20:11:16:30 chr2 232196597 . G A 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0188368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.487;QD=14.7406;RBI=0.0318655;REFB=-0.0171304;REVB=-0.0257019;RO=41;SAF=10;SAR=20;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187719;STB=0.510631;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0231975;OID=.;OPOS=232196597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:20:10:13:28:20:10:13:28 chr2 232263127 . G A 729.6 PASS AF=0.414508;AO=79;DP=194;FAO=80;FDP=193;FR=.;FRO=113;FSAF=21;FSAR=59;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=-0.00716374;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.676;QD=15.1212;RBI=0.0111108;REFB=-0.00854134;REVB=-0.00849295;RO=106;SAF=20;SAR=59;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253006;STB=0.635943;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0123594;OID=.;OPOS=232263127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:106:113:79:80:0.414508:59:20:50:56:59:21:53:60 chr2 232320581 . T G 297.06 PASS AF=0.342342;AO=38;DP=111;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0391343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.637;QD=10.7047;RBI=0.0577106;REFB=-0.0221799;REVB=0.0424149;RO=72;SAF=18;SAR=20;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613697;STB=0.539752;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0336663;OID=.;OPOS=232320581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:72:73:38:38:0.342342:20:18:38:34:20:18:39:34 chr2 232326417 . C T 851.69 PASS AF=0.45098;AO=93;DP=204;FAO=92;FDP=204;FR=.;FRO=112;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=66;FSRR=46;FWDB=0.0277946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9684;QD=16.6998;RBI=0.0411133;REFB=-0.0403442;REVB=-0.0302945;RO=111;SAF=52;SAR=41;SRF=65;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264327;STB=0.519489;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0508493;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:111:112:93:92:0.45098:41:52:65:46:41:51:66:46 chr2 232378231 . T C 1652.41 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133609;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.784;QD=60.6389;RBI=0.0839735;REFB=0;REVB=0.0829038;RO=0;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384922;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:60:49:0:0:60:49:0:0 chr2 232457693 . G C 231.09 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0160803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.101;QD=16.5062;RBI=0.0164338;REFB=-0.00239044;REVB=0.00339015;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366047;STB=0.520645;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00245076;OID=.;OPOS=232457693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:14:12:15:15:14:12:15:15 chr2 232457898 . A G 432.48 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=47;FWDB=-0.00508818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.199;QD=14.913;RBI=0.0161847;REFB=-0.0150099;REVB=-0.0153641;RO=63;SAF=23;SAR=26;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15541;STB=0.600247;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.016334;OID=.;OPOS=232457898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:67:49:49:0.422414:26:23:20:43:26:23:20:47 chr2 232458443 . T C 2417.88 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.693;QD=60.8273;RBI=0.0351625;REFB=0;REVB=-0.0259434;RO=0;SAF=76;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4843e-07;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:159:0:0:154:159:1:78:76:0:0:79:80:0:0 chr2 232458818 . C T 726.71 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=25;FWDB=0.142911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.015;QD=19.1239;RBI=0.143811;REFB=-0.00901557;REVB=-0.0160643;RO=75;SAF=35;SAR=40;SRF=51;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192299;STB=0.604665;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00717475;OID=.;OPOS=232458818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:75:77:75:75:0.493421:40:35:51:24:40:35:52:25 chr2 232672932 . C T 313.33 PASS AF=0.315068;AO=35;DP=137;FAO=46;FDP=146;FR=.;FRO=100;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=63;FSRR=37;FWDB=0.0153509;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.904;QD=8.58432;RBI=0.0156992;REFB=-0.00983098;REVB=-0.00328835;RO=97;SAF=21;SAR=14;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037385;STB=0.617235;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0299352;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:146:97:100:35:46:0.315068:14:21:61:36:25:21:63:37 chr2 232672933 . G T 50.56 PASS AF=0.0945946;AO=12;DP=145;FAO=14;FDP=148;FR=.;FRO=134;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=82;FSRR=52;FWDB=0.00359477;FXX=0.0133324;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.443;QD=1.36645;RBI=0.0150336;REFB=-0.005752;REVB=-0.0145975;RO=131;SAF=1;SAR=11;SRF=80;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56515;STB=0.831424;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.028226;OID=.;OPOS=232672933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:145:148:131:134:12:14:0.0945946:11:1:80:51:11:3:82:52 chr2 232952286 . A G 799.23 PASS AF=0.446809;AO=84;DP=188;FAO=84;FDP=188;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=0.00821303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.778;QD=17.0048;RBI=0.0260666;REFB=0.00171519;REVB=0.0247389;RO=104;SAF=43;SAR=41;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692189;STB=0.538443;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00197154;OID=.;OPOS=232952286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:104:104:84:84:0.446809:41:43:46:58:41:43:46:58 chr2 233200849 . A G 869.13 PASS AF=0.46114;AO=85;DP=189;FAO=89;FDP=193;FR=.;FRO=104;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=0.013061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.131;QD=18.0131;RBI=0.0215018;REFB=-0.0113715;REVB=0.0170804;RO=100;SAF=47;SAR=38;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168617;STB=0.52647;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0109879;OID=.;OPOS=233200849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:193:100:104:85:89:0.46114:38:47:57:43:42:47:60:44 chr2 233201328 . A G 866.02 PASS AF=0.585185;AO=79;DP=135;FAO=79;FDP=135;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0307303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.495;QD=25.6597;RBI=0.0313182;REFB=-0.0121404;REVB=-0.00603979;RO=56;SAF=35;SAR=44;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00261852;STB=0.501424;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0099508;OID=.;OPOS=233201328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:56:56:79:79:0.585185:44:35:25:31:44:35:25:31 chr2 233205600 . A G 276.9 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0574206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.264;QD=18.4597;RBI=0.0577731;REFB=0.0148468;REVB=0.00637234;RO=30;SAF=10;SAR=20;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0110939;OID=.;OPOS=233205600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:20:10:10:20:20:10:10:20 chr2 233243981 . A T 952.12 PASS AF=0.469484;AO=100;DP=214;FAO=100;FDP=213;FR=.;FRO=113;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=66;FSRR=47;FWDB=0.0150401;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.127;QD=17.8802;RBI=0.0156976;REFB=-0.00177971;REVB=-0.00449579;RO=114;SAF=37;SAR=63;SRF=66;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203192;STB=0.614524;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00276623;OID=.;OPOS=233243981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:114:113:100:100:0.469484:63:37:66:48:63:37:66:47 chr2 233244586 . C G 726.15 PASS AF=0.542636;AO=70;DP=129;FAO=70;FDP=129;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0216734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6536;QD=22.5164;RBI=0.0500503;REFB=-0.0554948;REVB=-0.0451143;RO=58;SAF=37;SAR=33;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491111;STB=0.501444;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0397394;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:58:59:70:70:0.542636:33:37:31:27:33:37:31:28 chr2 233245141 . T C 201.0 PASS AF=0.268519;AO=29;DP=111;FAO=29;FDP=108;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.00950951;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.659;QD=7.44431;RBI=0.00968568;REFB=-0.0100235;REVB=0.0018389;RO=79;SAF=13;SAR=16;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402139;STB=0.524068;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0251794;OID=.;OPOS=233245141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:79:79:29:29:0.268519:16:13:38:41:16:13:38:41 chr2 233274145 . G C 41.91 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=96;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.0895487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4824;QD=1.74619;RBI=0.112683;REFB=0.00385653;REVB=0.0683996;RO=86;SAF=5;SAR=5;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550462;STB=0.541584;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.024461;OID=.;OPOS=233274145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:96:96:86:86:10:10:0.104167:5:5:47:39:5:5:47:39 chr2 233321641 . C T 1025.54 PASS AF=0.504854;AO=104;DP=206;FAO=104;FDP=206;FR=.;FRO=102;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=0.00346285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.804;QD=19.9134;RBI=0.0341686;REFB=-0.0267393;REVB=0.0339927;RO=101;SAF=53;SAR=51;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574915;STB=0.529006;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0257457;OID=.;OPOS=233321641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:101:102:104:104:0.504854:51:53:45:56:51:53:46:56 chr2 233322958 . T C 724.8 PASS AF=0.503546;AO=71;DP=141;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0207379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.959;QD=20.5617;RBI=0.0215633;REFB=-0.000937525;REVB=-0.0059089;RO=70;SAF=30;SAR=41;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706258;STB=0.538917;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.000868503;OID=.;OPOS=233322958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:70:70:71:71:0.503546:41:30:35:35:41:30:35:35 chr2 233349588 . G A 2508.5 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00686662;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.061;QD=61.5583;RBI=0.0308028;REFB=0;REVB=-0.0300276;RO=0;SAF=72;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.91224e-05;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:163:0:0:162:163:1:90:72:0:0:90:73:0:0 chr2 233385396 . G A,C 6171.51 PASS AF=0.973747,0.026253;AO=382,18;DP=406;FAO=408,11;FDP=419;FR=.;FRO=0;FSAF=185,0;FSAR=223,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046583,-0.023599;FXX=0.00710884;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.2116,139.084;QD=58.9165;RBI=0.0545968,0.0265563;REFB=-0.143588,-0.0620254;REVB=0.0284752,-0.0121789;RO=3;SAF=167,0;SAR=215,18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00346591,-0.852918;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00210386,0.219032;OID=.,.;OPOS=233385396,233385396;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:406:419:3:0:382,18:408,11:0.973747,0.026253:215,18:167,0:2:1:223,11:185,0:0:0 chr2 233386583 . T C 1230.86 PASS AF=0.463768;AO=128;DP=275;FAO=128;FDP=276;FR=.;FRO=148;FSAF=52;FSAR=76;FSRF=64;FSRR=84;FWDB=0.00453839;FXX=0.00360998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.721;QD=17.8385;RBI=0.00980639;REFB=-0.0137821;REVB=-0.008693;RO=146;SAF=52;SAR=76;SRF=62;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183452;STB=0.51447;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0157271;OID=.;OPOS=233386583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:276:146:148:128:128:0.463768:76:52:62:84:76:52:64:84 chr2 233390937 . A G 2048.33 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00943818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.047;QD=61.6041;RBI=0.0129892;REFB=-0.105199;REVB=0.00892417;RO=0;SAF=65;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.83182e-08;STB=0.503816;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000122432;OID=.;OPOS=233390937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:133:0:1:132:132:0.992481:67:65:0:0:67:65:1:0 chr2 233413771 . C T 244.96 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0235957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8634;QD=15.5531;RBI=0.0866701;REFB=-0.0097679;REVB=-0.0833963;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638848;STB=0.536057;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0143244;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:15:13:14:21:15:13:14:21 chr2 233414341 . C T 377.61 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00760327;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4234;QD=21.2739;RBI=0.0191771;REFB=0.0318096;REVB=0.0176054;RO=34;SAF=25;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141789;STB=0.570379;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0258861;OID=.;OPOS=233414341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:34:33:38:38:0.535211:13:25:17:17:13:25:17:16 chr2 233438786 . G A 2403.92 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.002;QD=60.4759;RBI=0.0152468;REFB=0.0171071;REVB=0.00343261;RO=1;SAF=77;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583781;STB=0.503067;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=8.56145e-06;OID=.;OPOS=233438786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:1:1:158:158:0.993711:81:77:0:1:81:77:0:1 chr2 233498669 . G T 2262.28 PASS AF=0.536524;AO=212;DP=396;FAO=213;FDP=397;FR=.;FRO=184;FSAF=109;FSAR=104;FSRF=91;FSRR=93;FWDB=-0.0131468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.288;QD=22.7938;RBI=0.0133485;REFB=-0.00783558;REVB=-0.00231173;RO=184;SAF=109;SAR=103;SRF=91;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167212;STB=0.507959;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00671217;OID=.;OPOS=233498669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:397:184:184:212:213:0.536524:103:109:91:93:104:109:91:93 chr2 233514636 . G T 929.26 PASS AF=0.48;AO=96;DP=201;FAO=96;FDP=200;FR=.;FRO=104;FSAF=65;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=0.0207016;FXX=0.00497488;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.584;QD=18.5851;RBI=0.0246538;REFB=-0.0129722;REVB=-0.0133886;RO=103;SAF=65;SAR=31;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242218;STB=0.631721;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0187763;OID=.;OPOS=233514636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:103:104:96:96:0.48:31:65:44:59:31:65:45:59 chr2 233514638 . G C 941.35 PASS AF=0.482587;AO=97;DP=201;FAO=97;FDP=201;FR=.;FRO=104;FSAF=66;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=0.00833805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.372;QD=18.7332;RBI=0.00950581;REFB=-0.00494348;REVB=-0.0045648;RO=104;SAF=66;SAR=31;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23245;STB=0.628477;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00720898;OID=.;OPOS=233514638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:104:104:97:97:0.482587:31:66:46:58:31:66:46:58 chr2 233537125 . A G 3424.33 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124661;FXX=0.00452468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.263;QD=62.2605;RBI=0.018882;REFB=-0.0734701;REVB=-0.014182;RO=1;SAF=95;SAR=125;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379662;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41709e-05;OID=.;OPOS=233537125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:221:220:1:0:220:220:1:125:95:0:1:125:95:0:0 chr2 233599904 . A C 246.85 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00652623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.422;QD=17.9529;RBI=0.0110479;REFB=-0.00989595;REVB=0.00891427;RO=28;SAF=8;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123257;STB=0.575699;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0109264;OID=.;OPOS=233599904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:26:27:0.490909:18:8:12:16:19:8:12:16 chr2 233633460 . G A 267.79 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0628053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.12;QD=13.9113;RBI=0.0634701;REFB=-0.0183494;REVB=-0.00916221;RO=45;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411696;STB=0.516362;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0280274;OID=.;OPOS=233633460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:46:31:31:0.402597:16:15:20:25:16:15:21:25 chr2 233660846 . G A 397.37 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00541976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.46;QD=12.9225;RBI=0.0245225;REFB=-0.00857517;REVB=0.023916;RO=76;SAF=25;SAR=22;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633007;STB=0.535946;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0156337;OID=.;OPOS=233660846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:76:76:47:47:0.382114:22:25:36:40:22:25:36:40 chr2 233708806 . A G 279.51 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.040397;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.812;QD=16.2036;RBI=0.0570278;REFB=-0.0425198;REVB=0.0402524;RO=38;SAF=19;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469577;STB=0.526404;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.045126;OID=.;OPOS=233708806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:12:19:25:13:12:19:25:13 chr2 233712226 . CACA C,CGCA 323.29 PASS AF=0.516129,0.0322581;AO=25,8;DP=63;FAO=32,2;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=14,0;FSAR=18,2;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.011576,-0.0225188;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=227.377,60.7842;QD=20.8572;RBI=0.0116387,0.045829;REFB=-0.0373104,-0.0105983;REVB=0.00120641,-0.0399149;RO=29;SAF=8,6;SAR=17,2;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.062944,0.431321;STB=0.538438,0.993405;STBP=0.589,0.319;TYPE=del,snp;VARB=0.0433646,-0.0575799;OID=.,.;OPOS=233712227,233712227;OREF=ACA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516129,0.0322581:25,8:63:32,2:62:28:14,0:18,2:10:18:99:29:8,6:17,2:11:18 chr2 233723182 . G A 1394.21 PASS AF=1;AO=77;DP=80;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3754;QD=59.9659;RBI=0.0697027;REFB=-0.0691625;REVB=0.0599854;RO=0;SAF=60;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149157;OID=.;OPOS=233723182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:93:0:0:77:93:1:17:60:0:0:27:66:0:0 chr2 233740227 . A G 310.1 PASS AF=0.371429;AO=38;DP=104;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0154776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.952;QD=11.8132;RBI=0.0154803;REFB=-0.013433;REVB=0.000288818;RO=65;SAF=17;SAR=21;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497921;STB=0.531018;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0219941;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:65:66:38:39:0.371429:21:17:32:33:22:17:32:34 chr2 233757697 . A G 3010.07 PASS AF=0.989637;AO=191;DP=193;FAO=191;FDP=193;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0204825;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.318;QD=62.385;RBI=0.0701617;REFB=0.0770063;REVB=-0.0671054;RO=2;SAF=72;SAR=119;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00793566;STB=0.504166;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000528625;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:193:193:2:2:191:191:0.989637:119:72:0:2:119:72:0:2 chr2 233785015 . G A 1785.72 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.745;QD=61.0502;RBI=0.00777129;REFB=0;REVB=-0.00447599;RO=0;SAF=65;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10335e-05;OID=.;OPOS=233785015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:52:65:0:0:52:65:0:0 chr2 233834975 . A G 1069.41 PASS AF=0.466102;AO=110;DP=236;FAO=110;FDP=236;FR=.;FRO=126;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=56;FSRR=70;FWDB=-0.00207469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.823;QD=18.1256;RBI=0.0204975;REFB=-0.0155572;REVB=-0.0203922;RO=124;SAF=54;SAR=56;SRF=56;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377688;STB=0.524834;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0169279;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:124:126:110:110:0.466102:56:54:56:68:56:54:56:70 chr2 233897414 . C A 735.2 PASS AF=0.503311;AO=75;DP=152;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0429;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.287;QD=19.4755;RBI=0.048359;REFB=0.0110101;REVB=-0.0223199;RO=75;SAF=36;SAR=39;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966174;STB=0.549474;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00922163;OID=.;OPOS=233897414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:75:75:75:76:0.503311:39:36:44:31:39:37:44:31 chr2 233899377 . C T 1666.29 PASS AF=0.475138;AO=172;DP=363;FAO=172;FDP=362;FR=.;FRO=190;FSAF=93;FSAR=79;FSRF=94;FSRR=96;FWDB=-0.00112515;FXX=0.00549435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.921;QD=18.4121;RBI=0.0430885;REFB=-0.00752028;REVB=-0.0430738;RO=185;SAF=93;SAR=79;SRF=93;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359447;STB=0.524186;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00727655;OID=.;OPOS=233899377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:362:185:190:172:172:0.475138:79:93:93:92:79:93:94:96 chr2 234055004 . T C 1952.19 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3172;QD=61.9743;RBI=0.0604149;REFB=0;REVB=0.00223046;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016165;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:62:64:0:0:62:64:0:0 chr2 234066969 . C G 1629.67 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716752;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4725;QD=60.3581;RBI=0.00883103;REFB=0;REVB=0.00515884;RO=0;SAF=63;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80335e-05;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:45:63:0:0:45:63:0:0 chr2 234113057 . G A 3681.44 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00291916;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.321;QD=62.9306;RBI=0.0187794;REFB=-0.0201646;REVB=0.0185511;RO=1;SAF=113;SAR=118;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419866;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27417e-05;OID=.;OPOS=234113057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:232:234:1:0:231:234:1:118:113:1:0:121:113:0:0 chr2 234113301 . C T 1392.56 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0482228;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.426;QD=61.2114;RBI=0.058047;REFB=-0.0483531;REVB=0.0323112;RO=1;SAF=29;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783432;STB=0.504064;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00181898;OID=.;OPOS=234113301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:89:90:0.989011:60:29:0:1:61:29:0:1 chr2 234227523 . A G 935.44 PASS AF=0.438596;AO=102;DP=232;FAO=100;FDP=228;FR=.;FRO=128;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=-0.0333538;FXX=0.0214583;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.936;QD=16.4113;RBI=0.0337628;REFB=-0.0104785;REVB=0.00523947;RO=114;SAF=39;SAR=63;SRF=48;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387349;STB=0.562078;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0122162;OID=.;OPOS=234227523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:228:114:128:102:100:0.438596:63:39:48:66:63:37:61:67 chr2 234378198 . T C 562.7 PASS AF=0.412162;AO=60;DP=147;FAO=61;FDP=148;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.00394198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.762;QD=15.2081;RBI=0.0169969;REFB=-0.0308706;REVB=-0.0165335;RO=84;SAF=29;SAR=31;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790709;STB=0.538041;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0438892;OID=.;OPOS=234378198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:84:87:60:61:0.412162:31:29:47:37:32:29:47:40 chr2 234436069 . C T 761.68 PASS AF=0.384279;AO=88;DP=230;FAO=88;FDP=229;FR=.;FRO=141;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=66;FSRR=75;FWDB=0.0173523;FXX=0.00434764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.537;QD=13.3044;RBI=0.0223509;REFB=-0.00125852;REVB=-0.0140876;RO=134;SAF=49;SAR=39;SRF=66;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693028;STB=0.554649;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00209576;OID=.;OPOS=234436069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:134:141:88:88:0.384279:39:49:66:68:39:49:66:75 chr2 234449316 . G A 1472.52 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.659;QD=63.3344;RBI=0.0338164;REFB=0;REVB=-0.026856;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58719e-05;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:49:43:0:0:49:44:0:0 chr2 234469664 . T C 2007.69 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2839;QD=62.2539;RBI=0.0329778;REFB=0;REVB=-0.0328061;RO=0;SAF=67;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108244;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:62:67:0:0:62:67:0:0 chr2 234526871 . C G 951.77 PASS AF=0.420635;AO=105;DP=252;FAO=106;FDP=252;FR=.;FRO=146;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=68;FSRR=78;FWDB=-0.0210355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.761;QD=15.1074;RBI=0.0210412;REFB=0.00672655;REVB=0.000490949;RO=141;SAF=58;SAR=47;SRF=65;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940153;STB=0.552673;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0106017;OID=.;OPOS=234526871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:141:146:105:106:0.420635:47:58:65:76:47:59:68:78 chr2 234590616 . C A 665.23 PASS AF=0.437126;AO=73;DP=167;FAO=73;FDP=167;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0141857;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.938;QD=15.9336;RBI=0.0148267;REFB=-0.00816179;REVB=-0.0043125;RO=94;SAF=41;SAR=32;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518898;STB=0.528937;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.011464;OID=.;OPOS=234590616;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:94:94:73:73:0.437126:32:41:48:46:32:41:48:46 chr2 234590970 . T G 603.38 PASS AF=0.5;AO=60;DP=123;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0036975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.597;QD=19.4638;RBI=0.00603347;REFB=0.00272183;REVB=0.00476773;RO=62;SAF=38;SAR=22;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170477;STB=0.590565;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00253448;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:62:62:60:62:0.5:22:38:28:34:23:39:28:34 chr2 234590974 . CG AA 542.57 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00466284;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=2;MLLD=133.596;QD=18.5493;RBI=0.0274572;REFB=-0.0278122;REVB=0.0270584;RO=53;SAF=28;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141116;STB=0.599561;STBP=0.077;TYPE=mnp;VARB=0.0139017;OID=.;OPOS=234590974;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:53:57:48:48:0.410256:20:28:23:30:19:29:24:33 chr2 234591205 . T C 1429.7 PASS AF=0.509025;AO=139;DP=276;FAO=141;FDP=277;FR=.;FRO=136;FSAF=76;FSAR=65;FSRF=74;FSRR=62;FWDB=-0.0157438;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.634;QD=20.6455;RBI=0.0277969;REFB=-0.0155508;REVB=0.0229085;RO=135;SAF=74;SAR=65;SRF=73;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00756188;STB=0.502525;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.016927;OID=.;OPOS=234591205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:277:135:136:139:141:0.509025:65:74:73:62:65:76:74:62 chr2 234601669 . T G 1172.85 PASS AF=0.50655;AO=116;DP=229;FAO=116;FDP=229;FR=.;FRO=113;FSAF=80;FSAR=36;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=-0.00767705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.717;QD=20.4865;RBI=0.0082255;REFB=-0.004504;REVB=0.00295326;RO=111;SAF=80;SAR=36;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178037;STB=0.598746;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00275064;OID=.;OPOS=234601669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:111:113:116:116:0.50655:36:80:56:55:36:80:57:56 chr2 234601965 . A G 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00767577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.506;QD=20.5628;RBI=0.0361151;REFB=0.00385789;REVB=0.03529;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803382;STB=0.544486;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00516864;OID=.;OPOS=234601965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:17:18:13:18:17:18:13:18 chr2 234602191 . A G 678.7 PASS AF=0.418994;AO=75;DP=179;FAO=75;FDP=179;FR=.;FRO=104;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=68;FWDB=-0.0126421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.444;QD=15.1665;RBI=0.0284094;REFB=-0.0105519;REVB=0.0254416;RO=104;SAF=33;SAR=42;SRF=36;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100448;STB=0.556052;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0142902;OID=.;OPOS=234602191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:104:104:75:75:0.418994:42:33:36:68:42:33:36:68 chr2 234602202 . A C 668.09 PASS AF=0.422857;AO=74;DP=173;FAO=74;FDP=175;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=67;FWDB=-0.00100855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.477;QD=15.2706;RBI=0.00998722;REFB=-0.0146993;REVB=-0.00993617;RO=99;SAF=32;SAR=42;SRF=34;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944275;STB=0.557173;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0158108;OID=.;OPOS=234602202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:99:101:74:74:0.422857:42:32:34:65:42:32:34:67 chr2 234622429 . T C 1312.53 PASS AF=0.413295;AO=142;DP=343;FAO=143;FDP=346;FR=.;FRO=203;FSAF=79;FSAR=64;FSRF=106;FSRR=97;FWDB=0.00143482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.736;QD=15.1737;RBI=0.00149002;REFB=-0.0130706;REVB=0.000401821;RO=201;SAF=78;SAR=64;SRF=104;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336909;STB=0.517893;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0198644;OID=.;OPOS=234622429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:346:201:203:142:143:0.413295:64:78:104:97:64:79:106:97 chr2 234627937 . T C 5218.29 PASS AF=1;AO=323;DP=331;FAO=333;FDP=333;FR=.;FRO=0;FSAF=207;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113398;FXX=0.00596997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9986;QD=62.6822;RBI=0.0631103;REFB=0;REVB=0.0620831;RO=0;SAF=197;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70175e-05;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:331:333:0:0:323:333:1:126:197:0:0:126:207:0:0 chr2 234637803 . T C 726.28 PASS AF=0.402913;AO=83;DP=206;FAO=83;FDP=206;FR=.;FRO=123;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=-0.0614101;FXX=0.0143534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.82;QD=14.1025;RBI=0.0618335;REFB=-0.0138645;REVB=-0.00722312;RO=122;SAF=53;SAR=30;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151365;STB=0.58296;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0211933;OID=.;OPOS=234637803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:122:123:83:83:0.402913:30:53:61:61:30:53:62:61 chr2 234637853 . G A 1389.12 PASS AF=0.537549;AO=134;DP=253;FAO=136;FDP=253;FR=.;FRO=117;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=0.00340048;FXX=0.00784283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.983;QD=21.9623;RBI=0.0075998;REFB=-0.0197412;REVB=0.00679659;RO=119;SAF=66;SAR=68;SRF=46;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915489;STB=0.5494;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0171245;OID=.;OPOS=234637853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:119:117:134:136:0.537549:68:66:46:73:68:68:46:71 chr2 234637912 . T C 1352.19 PASS AF=0.661017;AO=115;DP=175;FAO=117;FDP=177;FR=.;FRO=60;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=12;FSRR=48;FWDB=0.00538033;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.667;QD=30.5581;RBI=0.00600147;REFB=0.0110958;REVB=-0.00265888;RO=60;SAF=52;SAR=63;SRF=12;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165459;STB=0.587941;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00694816;OID=.;OPOS=234637912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:60:60:115:117:0.661017:63:52:12:48:64:53:12:48 chr2 234638249 . A G 2334.34 PASS AF=0.583106;AO=213;DP=367;FAO=214;FDP=367;FR=.;FRO=153;FSAF=114;FSAR=100;FSRF=93;FSRR=60;FWDB=0.023211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.576;QD=25.4424;RBI=0.0253618;REFB=-0.00427086;REVB=-0.010221;RO=152;SAF=113;SAR=100;SRF=93;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631532;STB=0.531584;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00239965;OID=.;OPOS=234638249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:367:152:153:213:214:0.583106:100:113:93:59:100:114:93:60 chr2 234669144 . G A 890.9 PASS AF=0.431111;AO=97;DP=225;FAO=97;FDP=225;FR=.;FRO=128;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=55;FSRR=73;FWDB=-0.0168682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.408;QD=15.8382;RBI=0.0315908;REFB=0.00101654;REVB=0.0267103;RO=128;SAF=38;SAR=59;SRF=55;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402273;STB=0.522417;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00151777;OID=.;OPOS=234669144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:128:128:97:97:0.431111:59:38:55:73:59:38:55:73 chr2 234688036 . C A 2302.01 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00668098;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.177;QD=60.1833;RBI=0.0322035;REFB=-0.0694797;REVB=-0.0315029;RO=1;SAF=90;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525644;STB=0.502762;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-8.67967e-05;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:153:1:1:152:152:0.993464:62:90:1:0:62:90:1:0 chr2 234702459 . T C 3916.36 PASS AF=1;AO=245;DP=245;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.375;QD=63.9406;RBI=0.0194025;REFB=0;REVB=0.0172948;RO=0;SAF=119;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27989e-06;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:245:0:0:245:245:1:126:119:0:0:126:119:0:0 chr2 234703136 . T C 1604.46 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7574;QD=59.98;RBI=0.0393113;REFB=0;REVB=0.0236441;RO=0;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251281;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:58:49:0:0:58:49:0:0 chr2 234704318 . A G 753.28 PASS AF=0.454545;AO=78;DP=174;FAO=80;FDP=176;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.0241783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2631;QD=17.1201;RBI=0.0947083;REFB=0.0134594;REVB=0.09157;RO=96;SAF=35;SAR=43;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717241;STB=0.545638;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0162753;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:96:96:78:80:0.454545:43:35:50:46:45:35:50:46 chr2 234704607 . C T 346.17 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0185274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8487;QD=19.5025;RBI=0.0199392;REFB=0.0111292;REVB=0.0073693;RO=35;SAF=14;SAR=22;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163573;STB=0.509086;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00644322;OID=.;OPOS=234704607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:22:14:13:22:22:14:13:22 chr2 234704690 . T C 923.43 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0600059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.283;QD=56.8264;RBI=0.0687443;REFB=0.0712136;REVB=0.0335421;RO=1;SAF=22;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020982;STB=0.511108;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-7.3756e-05;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:42:22:1:0:42:22:1:0 chr2 234708868 . G C 689.18 PASS AF=0.376744;AO=81;DP=218;FAO=81;FDP=215;FR=.;FRO=134;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=64;FSRR=70;FWDB=0.015696;FXX=0.0271481;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.293;QD=12.8219;RBI=0.0168858;REFB=0.00358379;REVB=-0.00622614;RO=124;SAF=42;SAR=39;SRF=63;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112499;STB=0.525476;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00500949;OID=.;OPOS=234708868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:215:124:134:81:81:0.376744:39:42:63:61:39:42:64:70 chr2 234710831 . G C 637.06 PASS AF=0.503937;AO=63;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=48;FWDB=0.0174309;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.8;QD=20.0649;RBI=0.018342;REFB=-0.0192023;REVB=-0.00570896;RO=64;SAF=21;SAR=42;SRF=15;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106036;STB=0.560254;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0185487;OID=.;OPOS=234710831;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:63:63:64:0.503937:42:21:15:49:42:22:15:48 chr2 234713706 . T C 1037.45 PASS AF=0.40636;AO=115;DP=285;FAO=115;FDP=283;FR=.;FRO=168;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=91;FSRR=77;FWDB=-0.0151613;FXX=0.0139368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.257;QD=14.6636;RBI=0.0151613;REFB=-0.0127972;REVB=1.1515e-05;RO=160;SAF=50;SAR=65;SRF=87;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113684;STB=0.563469;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0175615;OID=.;OPOS=234713706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:283:160:168:115:115:0.40636:65:50:87:73:65:50:91:77 chr2 234716426 . G A 943.9 PASS AF=0.441048;AO=100;DP=227;FAO=101;FDP=229;FR=.;FRO=128;FSAF=26;FSAR=75;FSRF=57;FSRR=71;FWDB=0.000727892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.572;QD=16.4874;RBI=0.00456003;REFB=-0.01389;REVB=0.00450156;RO=127;SAF=26;SAR=74;SRF=56;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208818;STB=0.62117;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.016517;OID=.;OPOS=234716426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:229:127:128:100:101:0.441048:74:26:56:71:75:26:57:71 chr2 234725502 . T C 2868.5 PASS AF=1;AO=181;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113814;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0928;QD=62.6994;RBI=0.0502661;REFB=0;REVB=0.0489606;RO=0;SAF=84;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337118;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:183:0:0:181:183:1:97:84:0:0:98:85:0:0 chr2 234727333 . C G 607.35 PASS AF=0.371728;AO=71;DP=191;FAO=71;FDP=191;FR=.;FRO=120;FSAF=52;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=-0.0198263;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.932;QD=12.7193;RBI=0.0213466;REFB=-0.0206361;REVB=0.00791171;RO=120;SAF=52;SAR=19;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286757;STB=0.663534;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0338295;OID=.;OPOS=234727333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:120:120:71:71:0.371728:19:52:59:61:19:52:59:61 chr2 234727986 . C T 886.08 PASS AF=0.456731;AO=95;DP=208;FAO=95;FDP=208;FR=.;FRO=113;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=-0.00900335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0354;QD=17.0401;RBI=0.0268766;REFB=-0.019188;REVB=-0.0253238;RO=113;SAF=35;SAR=60;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761653;STB=0.542256;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0227526;OID=.;OPOS=234727986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:113:113:95:95:0.456731:60:35:50:63:60:35:50:63 chr2 234728078 . T C 3118.39 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0875937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3331;QD=61.7502;RBI=0.0887695;REFB=0;REVB=0.0143997;RO=0;SAF=90;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222778;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:202:202:1:112:90:0:0:112:90:0:0 chr2 234732317 . A G 1588.79 PASS AF=0.529825;AO=151;DP=289;FAO=151;FDP=285;FR=.;FRO=134;FSAF=58;FSAR=93;FSRF=71;FSRR=63;FWDB=-0.0675252;FXX=0.0273028;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.229;QD=22.2988;RBI=0.0684332;REFB=-0.033648;REVB=-0.0111105;RO=132;SAF=58;SAR=93;SRF=69;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121317;STB=0.570055;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0241608;OID=.;OPOS=234732317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:285:132:134:151:151:0.529825:93:58:69:63:93:58:71:63 chr2 234749258 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00824832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.486;QD=14.1699;RBI=0.0169069;REFB=-0.0200176;REVB=-0.0147584;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943118;STB=0.555443;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0347438;OID=.;OPOS=234749258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:6:6:6:4:6:6 chr2 234749269 . G A 100.01 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0156313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.903;QD=15.3868;RBI=0.0157405;REFB=-0.0204979;REVB=0.00185104;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109955;STB=0.545378;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0223308;OID=.;OPOS=234749269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:14:12:12:0.461538:7:5:7:6:7:5:7:7 chr2 234749354 . G A 404.02 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00782819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3766;QD=19.4706;RBI=0.0849384;REFB=-0.00150968;REVB=0.0845769;RO=42;SAF=21;SAR=20;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111046;STB=0.50617;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00273248;OID=.;OPOS=234749354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:20:21:21:21:20:21:21:21 chr2 234749780 . G C 600.74 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=120;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0113995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.619;QD=20.0246;RBI=0.0139588;REFB=-0.00236235;REVB=-0.00805595;RO=54;SAF=32;SAR=29;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526408;STB=0.549452;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00222369;OID=.;OPOS=234749780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:54:59:61:61:0.508333:29:32:25:29:29:32:25:34 chr2 234750831 . T C 282.97 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0139949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.905;QD=14.8934;RBI=0.0151104;REFB=-0.00594233;REVB=0.00569793;RO=44;SAF=9;SAR=23;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172817;STB=0.598448;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00617751;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:23:9:19:25:23:9:19:25 chr2 234854547 . A T 677.87 PASS AF=0.48227;AO=68;DP=141;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0143603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7995;QD=19.2303;RBI=0.0653817;REFB=-0.00522195;REVB=-0.0637852;RO=73;SAF=43;SAR=25;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209026;STB=0.615674;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0046281;OID=.;OPOS=234854547;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:73:73:68:68:0.48227:25:43:30:43:25:43:30:43 chr2 234854550 . G C 726.37 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.00160288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.812;QD=20.7534;RBI=0.0322514;REFB=-0.0141273;REVB=-0.0322116;RO=68;SAF=29;SAR=42;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197907;STB=0.605255;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0173822;OID=.;OPOS=234854550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:68:69:71:71:0.507143:42:29:43:25:42:29:43:26 chr2 234863788 . G A 557.68 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.00584812;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.102;QD=18.5892;RBI=0.00690877;REFB=-0.0265556;REVB=-0.00367841;RO=62;SAF=38;SAR=20;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00632837;STB=0.503504;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0263236;OID=.;OPOS=234863788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:62:58:58:0.483333:20:38:41:21:20:38:41:21 chr2 234967539 . T A 596.82 PASS AF=0.409639;AO=68;DP=166;FAO=68;FDP=166;FR=.;FRO=98;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.014405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.007;QD=14.3811;RBI=0.0177656;REFB=-0.0113356;REVB=-0.0103977;RO=97;SAF=24;SAR=44;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13266;STB=0.578067;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0178168;OID=.;OPOS=234967539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:97:98:68:68:0.409639:44:24:46:51:44:24:47:51 chr2 235402279 . T C 325.73 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00495694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.018;QD=14.806;RBI=0.00714932;REFB=-0.0157991;REVB=0.00515185;RO=52;SAF=19;SAR=17;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112827;STB=0.563741;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0201345;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:17:19:33:19:17:19:33:19 chr2 235950187 . T C 3412.93 PASS AF=1;AO=218;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.272;QD=62.3367;RBI=0.0133714;REFB=0;REVB=-0.00823937;RO=0;SAF=95;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62581e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47683e-05;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:219:0:0:218:219:1:123:95:0:0:123:96:0:0 chr2 235951818 . TA T,TG 2248.84 PASS AF=0.12,0.873333;AO=19,123;DP=150;FAO=18,131;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=13,60;FSAR=5,71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0449011,0.0363846;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.9861,102.442;QD=59.9691;RBI=0.0451122,0.0370141;REFB=-0.0523241,-0.0587856;REVB=0.00435906,-0.00679752;RO=1;SAF=14,55;SAR=5,68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0317459,-0.0085597;STB=0.518498,0.504132;STBP=0.612,0.315;TYPE=del,snp;VARB=-0.00777751,-0.00176533;OID=.,.;OPOS=235951819,235951819;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12,0.873333:19,123:150:18,131:150:1:13,60:5,71:1:0:51:1:14,55:5,68:1:0 chr2 235951821 . A G 31.01 PASS AF=0.100671;AO=19;DP=149;FAO=15;FDP=149;FR=.;FRO=134;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=60;FSRR=74;FWDB=-0.0480307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.9797;QD=0.832444;RBI=0.0678004;REFB=-0.0270619;REVB=-0.0478533;RO=130;SAF=14;SAR=5;SRF=59;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350522;STB=0.870765;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.18025;OID=.;OPOS=235951821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:149:149:130:134:19:15:0.100671:5:14:59:71:2:13:60:74 chr2 235964277 . T C 391.15 PASS AF=0.680851;AO=33;DP=48;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00767054;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.726;QD=33.289;RBI=0.0453394;REFB=-0.00620543;REVB=0.0446858;RO=12;SAF=10;SAR=23;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641211;STB=0.568734;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00483054;OID=.;OPOS=235964277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:12:15:33:32:0.680851:23:10:5:7:23:9:7:8 chr2 236761396 . C T 1822.41 PASS AF=0.975806;AO=121;DP=126;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00403789;FXX=0.0158718;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.421;QD=58.7875;RBI=0.0104899;REFB=-0.000445111;REVB=-0.00968157;RO=2;SAF=66;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00141542;STB=0.502958;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.000133011;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:126:124:2:3:121:121:0.975806:55:66:1:1:55:66:2:1 chr2 236957822 . G A 890.29 PASS AF=0.455;AO=91;DP=200;FAO=91;FDP=200;FR=.;FRO=109;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=0.0279401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.858;QD=17.8059;RBI=0.0279508;REFB=-0.00418378;REVB=0.000773052;RO=108;SAF=54;SAR=37;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146504;STB=0.578831;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00606667;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:108:109:91:91:0.455:37:54:48:60:37:54:49:60 chr2 237032670 . C T 4933.74 PASS AF=0.978593;AO=319;DP=326;FAO=320;FDP=327;FR=.;FRO=7;FSAF=155;FSAR=165;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0255319;FXX=0.00304869;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.647;QD=60.3515;RBI=0.0297468;REFB=-0.0791307;REVB=0.0152642;RO=7;SAF=154;SAR=165;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222115;STB=0.501196;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.000240381;OID=.;OPOS=237032670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:326:327:7:7:319:320:0.978593:165:154:3:4:165:155:3:4 chr2 237149941 . C T 1554.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.267;QD=59.7922;RBI=0.014261;REFB=0;REVB=0.0139681;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34589e-06;OID=.;OPOS=237149941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:51:52:0:0:52:52:0:0 chr2 237150166 . A C 1606.19 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0054;QD=64.2478;RBI=0.0496458;REFB=0;REVB=0.0132967;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117297;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:48:52:0:0:48:52:0:0 chr2 237327841 . T C 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0153892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.678;QD=22.5842;RBI=0.0794768;REFB=0.00113698;REVB=0.0779726;RO=6;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159979;STB=0.509075;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=8.10226e-05;OID=.;OPOS=237327841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:2:9:5:1:2:9:5:1 chr2 237396758 . C T 733.42 PASS AF=0.522059;AO=71;DP=136;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.00715418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.824;QD=21.5712;RBI=0.0306211;REFB=-0.0202307;REVB=-0.0297736;RO=63;SAF=39;SAR=32;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116752;STB=0.571026;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0139542;OID=.;OPOS=237396758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:63:65:71:71:0.522059:32:39:26:37:32:39:26:39 chr2 237490298 . G A 218.15 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0162032;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.46;QD=18.5658;RBI=0.02954;REFB=0.00417218;REVB=0.0246995;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316024;STB=0.68405;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00512056;OID=.;OPOS=237490298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:25:21:22:0.468085:8:13:7:18:8:14:7:18 chr2 238233483 . G A 1440.32 PASS AF=0.979381;AO=90;DP=94;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0591279;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.406;QD=59.3947;RBI=0.0721284;REFB=-0.0887179;REVB=0.0413085;RO=2;SAF=31;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157953;STB=0.507691;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.000329276;OID=.;OPOS=238233483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:94:97:2:2:90:95:0.979381:59:31:0:2:64:31:0:2 chr2 238243292 . G A 693.71 PASS AF=0.424581;AO=76;DP=179;FAO=76;FDP=179;FR=.;FRO=103;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=0.00840939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.382;QD=15.5018;RBI=0.00967546;REFB=-0.0124585;REVB=0.00478505;RO=99;SAF=41;SAR=35;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00610838;STB=0.503178;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0183388;OID=.;OPOS=238243292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:99:103:76:76:0.424581:35:41:54:45:35:41:55:48 chr2 238243464 . C G 686.78 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.034381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4044;QD=20.655;RBI=0.0501643;REFB=-0.0319629;REVB=-0.0365295;RO=63;SAF=33;SAR=35;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218852;STB=0.519161;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0296525;OID=.;OPOS=238243464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:63:65:68:68:0.511278:35:33:29:34:35:33:29:36 chr2 238244963 . A G 1207.63 PASS AF=0.506383;AO=118;DP=234;FAO=119;FDP=235;FR=.;FRO=116;FSAF=76;FSAR=43;FSRF=73;FSRR=43;FWDB=-0.00134414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.773;QD=20.5553;RBI=0.00631954;REFB=-0.00226929;REVB=-0.00617494;RO=115;SAF=75;SAR=43;SRF=72;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920819;STB=0.504983;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00254285;OID=.;OPOS=238244963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:115:116:118:119:0.506383:43:75:72:43:43:76:73:43 chr2 238249630 . C T 496.26 PASS AF=0.404412;AO=55;DP=137;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.0171089;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.29;QD=14.596;RBI=0.0252075;REFB=-0.0101445;REVB=-0.0185123;RO=81;SAF=27;SAR=28;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622903;STB=0.53507;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.014908;OID=.;OPOS=238249630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:81:81:55:55:0.404412:28:27:35:46:28:27:35:46 chr2 238258814 . C G 823.87 PASS AF=0.374046;AO=95;DP=262;FAO=98;FDP=262;FR=.;FRO=164;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=85;FSRR=79;FWDB=-0.0110544;FXX=0.00380214;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.04;QD=12.5781;RBI=0.012418;REFB=-0.0118386;REVB=-0.00565752;RO=164;SAF=40;SAR=55;SRF=85;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109277;STB=0.569507;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0187638;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:164:164:95:98:0.374046:55:40:85:79:58:40:85:79 chr2 238275918 . C T 391.71 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00296491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.82;QD=19.3438;RBI=0.00921565;REFB=-0.00792611;REVB=0.00872568;RO=39;SAF=25;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170712;STB=0.595563;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00575416;OID=.;OPOS=238275918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:41:40:40:0.493827:15:25:17:22:15:25:18:23 chr2 238277573 . C A 367.91 PASS AF=0.377953;AO=39;DP=133;FAO=48;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0203855;FXX=0.0451094;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.9987;QD=11.5877;RBI=0.0452301;REFB=-0.029593;REVB=-0.0403757;RO=58;SAF=28;SAR=11;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376844;STB=0.69346;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.04766;OID=.;OPOS=238277573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:127:58:79:39:48:0.377953:11:28:21:37:13:35:34:45 chr2 238277795 . A G 392.88 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0244516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2309;QD=17.0816;RBI=0.0355248;REFB=0.0251654;REVB=0.0257707;RO=51;SAF=15;SAR=26;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682321;STB=0.538313;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0304259;OID=.;OPOS=238277795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:26:15:22:29:26:15:22:29 chr2 238449007 . T C 361.52 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=0.0245508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.945;QD=12.0507;RBI=0.0420796;REFB=-0.0293733;REVB=-0.0341752;RO=75;SAF=19;SAR=25;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128985;STB=0.56758;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0345396;OID=.;OPOS=238449007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:76:44:44:0.366667:25:19:24:51:25:19:25:51 chr2 238449023 . T C 459.88 PASS AF=0.373239;AO=53;DP=142;FAO=53;FDP=142;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=-0.00776483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.478;QD=12.9543;RBI=0.0138992;REFB=-0.0178598;REVB=-0.011528;RO=88;SAF=22;SAR=31;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589758;STB=0.536275;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0290344;OID=.;OPOS=238449023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:88:89:53:53:0.373239:31:22:32:56:31:22:32:57 chr2 238449107 . A G 554.91 PASS AF=0.389222;AO=65;DP=167;FAO=65;FDP=167;FR=.;FRO=102;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=63;FWDB=-0.0502826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3806;QD=13.2912;RBI=0.051498;REFB=-0.00421399;REVB=-0.0111221;RO=102;SAF=26;SAR=39;SRF=39;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199842;STB=0.511275;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00737888;OID=.;OPOS=238449107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:102:102:65:65:0.389222:39:26:39:63:39:26:39:63 chr2 238483164 . T C 226.92 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00515438;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.601;QD=15.3841;RBI=0.0102813;REFB=-0.0102605;REVB=0.00889597;RO=33;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914881;STB=0.551865;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0100056;OID=.;OPOS=238483164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:33:26:26:0.440678:11:15:16:17:11:15:16:17 chr2 238483729 . A G 438.14 PASS AF=0.375;AO=51;DP=136;FAO=51;FDP=136;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=0.00662448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.782;QD=12.8864;RBI=0.0329951;REFB=-0.0109533;REVB=-0.0323233;RO=81;SAF=26;SAR=25;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130527;STB=0.563885;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0226611;OID=.;OPOS=238483729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:81:85:51:51:0.375:25:26:51:30:25:26:52:33 chr2 238486767 . A G 1444.43 PASS AF=0.462963;AO=150;DP=325;FAO=150;FDP=324;FR=.;FRO=174;FSAF=69;FSAR=81;FSRF=74;FSRR=100;FWDB=0.0121411;FXX=0.0121947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3531;QD=17.8325;RBI=0.0258199;REFB=0.00296508;REVB=-0.0227872;RO=171;SAF=69;SAR=81;SRF=72;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380163;STB=0.518816;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00369092;OID=.;OPOS=238486767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:324:171:174:150:150:0.462963:81:69:72:99:81:69:74:100 chr2 238503559 . C G 2868.36 PASS AF=0.994565;AO=181;DP=182;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=127;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.958;QD=62.3556;RBI=0.0605856;REFB=-0.141154;REVB=0.0596409;RO=1;SAF=125;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379382;STB=0.501961;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.000353488;OID=.;OPOS=238503559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:184:1:1:181:183:0.994565:56:125:1:0:56:127:1:0 chr2 238643907 . G A 462.52 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00939803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8137;QD=16.2288;RBI=0.0626511;REFB=-0.0206068;REVB=0.0619422;RO=62;SAF=23;SAR=28;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802271;STB=0.539362;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0334456;OID=.;OPOS=238643907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:63:51:51:0.447368:28:23:23:39:28:23:24:39 chr2 238668802 . A G 977.97 PASS AF=0.502618;AO=96;DP=190;FAO=96;FDP=191;FR=.;FRO=95;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=0.000192642;FXX=0.00520806;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.704;QD=20.481;RBI=0.0287801;REFB=-0.0125442;REVB=0.0287795;RO=94;SAF=49;SAR=47;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193833;STB=0.513154;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0156526;OID=.;OPOS=238668802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:94:95:96:96:0.502618:47:49:50:44:47:49:51:44 chr2 238671328 . A G 342.5 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00764768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.585;QD=13.6999;RBI=0.00866277;REFB=-0.0210998;REVB=0.00406898;RO=62;SAF=12;SAR=26;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140937;STB=0.580712;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0328374;OID=.;OPOS=238671328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:26:12:27:35:26:12:27:35 chr2 238672703 . C G 56.08 PASS AF=0.4;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.020197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.635;QD=11.2154;RBI=0.0244752;REFB=-0.00395466;REVB=-0.0138244;RO=11;SAF=0;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.75317;STB=0.709978;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.013344;OID=.;OPOS=238672703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:11:12:6:8:0.4:6:0:6:5:6:2:7:5 chr2 238733016 . G A 384.17 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0130837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7669;QD=15.3669;RBI=0.0172921;REFB=-0.00528123;REVB=0.0113064;RO=59;SAF=18;SAR=23;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00175132;STB=0.50099;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00748567;OID=.;OPOS=238733016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:23:18:26:33:23:18:26:33 chr2 238768324 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0516837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.729;QD=30.5927;RBI=0.0616237;REFB=-0.103944;REVB=-0.03356;RO=2;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127515;STB=0.571292;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0127255;OID=.;OPOS=238768324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:6:4:0:2:6:4:0:2 chr2 238768366 . C T 126.56 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0399937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0825;QD=29.7798;RBI=0.0400105;REFB=-0.0127199;REVB=0.00115819;RO=4;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162773;STB=0.509077;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00571694;OID=.;OPOS=238768366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:6:7:2:2:6:7:2:2 chr2 238990388 . G A 1402.74 PASS AF=0.492958;AO=140;DP=284;FAO=140;FDP=284;FR=.;FRO=144;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=59;FSRR=85;FWDB=-0.0341411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.57;QD=19.7569;RBI=0.0370084;REFB=-0.0215335;REVB=0.0142831;RO=143;SAF=71;SAR=69;SRF=59;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087008;STB=0.54933;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0235226;OID=.;OPOS=238990388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:143:144:140:140:0.492958:69:71:59:84:69:71:59:85 chr2 238991796 . C T 3553.62 PASS AF=1;AO=226;DP=226;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.391;QD=62.8958;RBI=0.0191314;REFB=0;REVB=-0.00482443;RO=0;SAF=121;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18866e-05;OID=.;OPOS=238991796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:226:0:0:226:226:1:105:121:0:0:105:121:0:0 chr2 238999883 . T C 1099.06 PASS AF=0.49115;AO=109;DP=224;FAO=111;FDP=226;FR=.;FRO=115;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=8.57061e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.707;QD=19.4524;RBI=0.094634;REFB=-0.00921215;REVB=0.094634;RO=115;SAF=54;SAR=55;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322347;STB=0.513052;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00796684;OID=.;OPOS=238999883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:226:115:115:109:111:0.49115:55:54:53:62:57:54:53:62 chr2 239007991 . T A 729.74 PASS AF=0.475309;AO=76;DP=162;FAO=77;FDP=162;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.00566047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.839;QD=18.0182;RBI=0.00571157;REFB=-0.00331652;REVB=-0.00076228;RO=85;SAF=42;SAR=34;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672367;STB=0.533175;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00358637;OID=.;OPOS=239007991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:85:85:76:77:0.475309:34:42:41:44:35:42:41:44 chr2 239007997 . A G 821.5 PASS AF=0.515528;AO=82;DP=161;FAO=83;FDP=161;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0165116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.017;QD=20.41;RBI=0.0219605;REFB=0.00270568;REVB=0.0144786;RO=73;SAF=39;SAR=43;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386366;STB=0.533554;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00238403;OID=.;OPOS=239007997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:73:78:82:83:0.515528:43:39:38:35:43:40:43:35 chr2 239010719 . T C 1915.65 PASS AF=0.444685;AO=204;DP=463;FAO=205;FDP=461;FR=.;FRO=256;FSAF=103;FSAR=102;FSRF=136;FSRR=120;FWDB=-0.029099;FXX=0.00860197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.214;QD=16.6217;RBI=0.0291527;REFB=-0.0107236;REVB=0.00176964;RO=257;SAF=102;SAR=102;SRF=138;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372454;STB=0.516001;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0149802;OID=.;OPOS=239010719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:461:257:256:204:205:0.444685:102:102:138:119:102:103:136:120 chr2 239016539 . C G 5577.26 PASS AF=1;AO=348;DP=348;FAO=348;FDP=348;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7586;QD=64.1064;RBI=0.0413103;REFB=0;REVB=-0.0235446;RO=0;SAF=174;SAR=174;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.07806e-05;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:348:348:0:0:348:348:1:174:174:0:0:174:174:0:0 chr2 239039057 . A G 2298.38 PASS AF=0.53494;AO=222;DP=415;FAO=222;FDP=415;FR=.;FRO=193;FSAF=98;FSAR=124;FSRF=84;FSRR=109;FWDB=-0.0434317;FXX=0.00240379;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3028;QD=22.153;RBI=0.0434376;REFB=-0.00850995;REVB=-0.000715334;RO=188;SAF=97;SAR=125;SRF=82;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000656982;STB=0.502929;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00680056;OID=.;OPOS=239039057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:415:188:193:222:222:0.53494:125:97:82:106:124:98:84:109 chr2 239039075 . G T 2513.82 PASS AF=0.560859;AO=234;DP=420;FAO=235;FDP=419;FR=.;FRO=184;FSAF=101;FSAR=134;FSRF=66;FSRR=118;FWDB=0.0181899;FXX=0.0210275;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.569;QD=23.9983;RBI=0.0185369;REFB=-0.0216689;REVB=-0.00357005;RO=180;SAF=100;SAR=134;SRF=63;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641036;STB=0.532132;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0158289;OID=.;OPOS=239039075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:419:180:184:234:235:0.560859:134:100:63:117:134:101:66:118 chr2 239039637 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2299;QD=56.1893;RBI=0.0670158;REFB=0;REVB=0.0256023;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000583475;OID=.;OPOS=239039637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr2 239039841 . A G 857.0 PASS AF=0.508475;AO=76;DP=163;FAO=90;FDP=177;FR=.;FRO=87;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0337885;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9209;QD=19.3671;RBI=0.0573276;REFB=-0.105241;REVB=0.0463119;RO=73;SAF=37;SAR=39;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127464;STB=0.502269;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0268086;OID=.;OPOS=239039841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:177:73:87:76:90:0.508475:39:37:46:27:42:48:46:41 chr2 239039843 . C G 37.82 PASS AF=0.0783133;AO=13;DP=167;FAO=13;FDP=166;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=151;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=59;FSRR=92;FWDB=-0.00704773;FXX=0.0119041;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.0072;QD=0.911395;RBI=0.0486005;REFB=-0.0449493;REVB=-0.0480868;RO=100;SAF=10;SAR=3;SRF=24;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585607;STB=0.88023;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.223756;OID=.;OPOS=239039843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:167:166:100:151:13:13:0.0783133:3:10:24:76:2:11:59:92 chr2 239039896 . G C 5382.16 PASS AF=0.962667;AO=358;DP=373;FAO=361;FDP=375;FR=.;FRO=14;FSAF=161;FSAR=200;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.00774111;FXX=0.0026595;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0039;QD=57.4098;RBI=0.0459422;REFB=-0.0270661;REVB=-0.0452853;RO=14;SAF=160;SAR=198;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399329;STB=0.520832;STBP=0;TYPE=snp;VARB=9.40974e-05;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:373:375:14:14:358:361:0.962667:198:160:14:0:200:161:14:0 chr2 239040187 . T C 1970.9 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.594;QD=62.0755;RBI=0.0696847;REFB=0;REVB=0.0199944;RO=0;SAF=59;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00952e-05;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:67:59:0:0:68:59:0:0 chr2 239049540 . G A 995.42 PASS AF=0.495146;AO=102;DP=206;FAO=102;FDP=206;FR=.;FRO=104;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=0.0183504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.874;QD=19.3286;RBI=0.0497861;REFB=-0.00769861;REVB=0.0462809;RO=104;SAF=56;SAR=46;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452081;STB=0.524861;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0081252;OID=.;OPOS=239049540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:104:104:102:102:0.495146:46:56:52:52:46:56:52:52 chr2 239050033 . C T 1010.21 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.62;QD=57.7262;RBI=0.105638;REFB=-0.11045;REVB=0.0236638;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145412;STB=0.507461;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00108807;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:36:32:1:0:36:33:1:0 chr2 239051550 . T C 7264.8 PASS AF=1;AO=462;DP=466;FAO=463;FDP=463;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=282;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445218;FXX=0.00643763;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.5885;QD=62.7628;RBI=0.0462872;REFB=-0.0888697;REVB=0.0126617;RO=0;SAF=181;SAR=281;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35039e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142675;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:466:463:0:0:462:463:1:281:181:0:0:282:181:0:0 chr2 239059484 . T C 5054.84 PASS AF=1;AO=318;DP=321;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025963;FXX=0.00310549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.185;QD=62.9887;RBI=0.0665548;REFB=0;REVB=0.0612818;RO=0;SAF=143;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39648e-05;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:321:321:0:0:318:321:1:175:143:0:0:178:143:0:0 chr2 239074311 . G A 734.21 PASS AF=0.45614;AO=78;DP=172;FAO=78;FDP=171;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=0.085232;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.439;QD=17.1745;RBI=0.0857096;REFB=-0.0083365;REVB=0.00903498;RO=92;SAF=26;SAR=52;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275242;STB=0.51304;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0090843;OID=.;OPOS=239074311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:92:93:78:78:0.45614:52:26:33:59:52:26:33:60 chr2 239075812 . C T 630.31 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00221317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.927;QD=22.5111;RBI=0.0149504;REFB=-0.020093;REVB=0.0147856;RO=50;SAF=33;SAR=29;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039207;STB=0.521455;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0163832;OID=.;OPOS=239075812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:50:50:62:62:0.553571:29:33:29:21:29:33:29:21 chr2 239075935 . A G 1566.73 PASS AF=0.99;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0478567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.038;QD=62.6694;RBI=0.0526319;REFB=0.075331;REVB=-0.0219057;RO=1;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824859;STB=0.504201;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00132566;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:100:1:1:97:99:0.99:57:40:0:1:59:40:0:1 chr2 239229372 . C A 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000906536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.898;QD=62.7614;RBI=0.0218515;REFB=0;REVB=0.0218326;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70207e-05;OID=.;OPOS=239229372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chr2 239237953 . G T 2219.76 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414432;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.403;QD=63.4217;RBI=0.0633392;REFB=0;REVB=0.0478991;RO=0;SAF=37;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.52685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105442;OID=.;OPOS=239237953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:140:140:1:103:37:0:0:103:37:0:0 chr2 239321367 . A T 2048.46 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.882;QD=62.0746;RBI=0.0752999;REFB=0;REVB=0.01392;RO=0;SAF=45;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80465e-05;OID=.;OPOS=239321367;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:132:0:0:120:132:1:75:45:0:0:82:50:0:0 chr2 239344412 . C T 1866.12 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3987;QD=61.1844;RBI=0.0242526;REFB=0;REVB=-0.0015463;RO=0;SAF=75;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04499e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408268;OID=.;OPOS=239344412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:46:75:0:0:47:75:0:0 chr2 239969974 . G C 697.67 PASS AF=0.48951;AO=67;DP=141;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.0239694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3735;QD=19.5153;RBI=0.0633668;REFB=-0.0431313;REVB=0.0586585;RO=71;SAF=26;SAR=41;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355597;STB=0.523539;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0401043;OID=.;OPOS=239969974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:71:73:67:70:0.48951:41:26:25:46:43:27:25:48 chr2 239972883 . C T 354.63 PASS AF=0.426966;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0030851;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.549;QD=15.9384;RBI=0.00780712;REFB=0.0078847;REVB=0.0071717;RO=51;SAF=25;SAR=12;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256162;STB=0.649128;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00831203;OID=.;OPOS=239972883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:51:51:37:38:0.426966:12:25:22:29:12:26:22:29 chr2 239974022 . G A 408.87 PASS AF=0.456522;AO=41;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00424593;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.315;QD=17.7768;RBI=0.0117817;REFB=-0.00860561;REVB=0.01099;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555277;STB=0.523798;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00966963;OID=.;OPOS=239974022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:41:42:0.456522:19:22:24:26:20:22:24:26 chr2 240003870 . G A 1449.72 PASS AF=0.488449;AO=148;DP=286;FAO=148;FDP=303;FR=.;FRO=155;FSAF=69;FSAR=79;FSRF=72;FSRR=83;FWDB=-0.00249375;FXX=0.00655716;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.51;QD=19.1382;RBI=0.0173076;REFB=-0.0046556;REVB=0.017127;RO=138;SAF=69;SAR=79;SRF=72;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490483;STB=0.500874;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00487183;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:303:138:155:148:148:0.488449:79:69:72:66:79:69:72:83 chr2 240323661 . C A 375.61 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.912;QD=55.6451;RBI=0.0209146;REFB=0;REVB=0.0116849;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102206;OID=.;OPOS=240323661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:14:12:0:0:15:12:0:0 chr2 240323905 . T TG 2287.09 PASS AF=1;AO=190;DP=199;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.55137e-05;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.2113;QD=47.1566;RBI=0.0892999;REFB=0;REVB=-0.0892999;RO=4;SAF=100;SAR=90;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000533753;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:190:199:194:194:0:103:91:0:0:42:4:100:90:4:0 chr2 240684619 . G A 3062.92 PASS AF=1;AO=192;DP=194;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499032;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.981;QD=63.4802;RBI=0.0111287;REFB=-0.0490273;REVB=-0.00994709;RO=1;SAF=113;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83336e-05;OID=.;OPOS=240684619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:194:193:1:0:192:193:1:79:113:0:1:80:113:0:0 chr2 240900607 . TG TA,T 178.68 PASS AF=0.00714286,0.464286;AO=5,38;DP=141;FAO=1,65;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=0,27;FSAR=1,38;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0391515,-0.0397702;FXX=0.0070917;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=56.8935,8.58602;QD=5.10514;RBI=0.0481122,0.1311;REFB=-0.028292,-0.0632934;REVB=-0.0279633,0.124923;RO=55;SAF=0,15;SAR=5,23;SRF=23;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.534589,-0.0254488;STB=0.989291,0.523953;STBP=0.5,0.627;TYPE=snp,del;VARB=0.150546,0.0592428;OID=.,.;OPOS=240900608,240900608;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00714286,0.464286:5,38:141:1,65:140:74:0,27:1,38:34:40:99:55:0,15:5,23:23:32 chr2 240923050 . C T 1747.7 PASS AF=0.491667;AO=175;DP=359;FAO=177;FDP=360;FR=.;FRO=183;FSAF=91;FSAR=86;FSRF=87;FSRR=96;FWDB=0.07136;FXX=0.00277001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.818;QD=19.4189;RBI=0.0722188;REFB=-0.00412088;REVB=0.0111042;RO=183;SAF=89;SAR=86;SRF=87;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308782;STB=0.519671;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00470276;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:360:183:183:175:177:0.491667:86:89:87:96:86:91:87:96 chr2 240946766 . T C 252.8 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.0110755;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.557;QD=10.2142;RBI=0.0110804;REFB=-0.00204824;REVB=-0.000329817;RO=68;SAF=10;SAR=21;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355934;STB=0.707435;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00718505;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:68:68:31:31:0.313131:21:10:43:25:21:10:43:25 chr2 240957243 . C T 270.28 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.013078;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.83;QD=18.967;RBI=0.0275314;REFB=-0.025247;REVB=0.024227;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111892;STB=0.566283;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0299068;OID=.;OPOS=240957243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:28:28:29:0.508772:16:12:9:20:17:12:8:20 chr2 240961728 . T C 2183.31 PASS AF=0.993243;AO=119;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105108;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.892;QD=59.0083;RBI=0.0339684;REFB=-0.0447496;REVB=0.0323013;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504065;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000270597;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:0:1:119:147:0.993243:60:59:0:0:86:61:1:0 chr2 240981262 . A C 1540.48 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00957185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.474;QD=61.6192;RBI=0.0586503;REFB=-0.158926;REVB=0.057864;RO=2;SAF=42;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00276428;STB=0.501457;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000577467;OID=.;OPOS=240981262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:56:42:1:1:56:42:1:1 chr2 240981375 . T A 2046.06 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227452;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.001;QD=62.0019;RBI=0.0389209;REFB=0;REVB=0.0315831;RO=0;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206631;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:132:0:0:129:132:1:67:62:0:0:67:65:0:0 chr2 240982219 . A G 102.76 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0263524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.937;QD=17.8704;RBI=0.0298978;REFB=-0.0350593;REVB=0.0141218;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933525;STB=0.567449;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0279238;OID=.;OPOS=240982219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:22:23:11:11:11:12:0.521739:3:8:7:4:3:9:7:4 chr2 240982243 . G A 123.71 PASS AF=0.484848;AO=14;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0467255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9794;QD=14.9951;RBI=0.0479102;REFB=-0.0919159;REVB=0.0105883;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786514;STB=0.519975;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0560742;OID=.;OPOS=240982243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:17:14:16:0.484848:5:9:9:7:6:10:10:7 chr2 240982271 . G A 101.77 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.013278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.909;QD=15.0764;RBI=0.0235204;REFB=-0.0475919;REVB=0.019414;RO=15;SAF=11;SAR=1;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.701144;STB=0.910122;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0182899;OID=.;OPOS=240982271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:1:11:3:12:1:11:3:12 chr2 240984789 . C T 2353.26 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000118496;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4754;QD=64.0342;RBI=0.0402033;REFB=0;REVB=0.0402032;RO=0;SAF=58;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91314e-05;OID=.;OPOS=240984789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:147:147:1:89:58:0:0:89:58:0:0 chr2 240985347 . G A 1188.96 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.118;QD=60.9721;RBI=0.0271647;REFB=0;REVB=-0.0240013;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71267e-05;OID=.;OPOS=240985347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:46:32:0:0:46:32:0:0 chr2 241066280 . C T 359.52 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0558188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1695;QD=17.3261;RBI=0.0567537;REFB=-0.0290133;REVB=0.0102591;RO=44;SAF=14;SAR=24;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863026;STB=0.543253;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.031721;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:24:14:20:24:24:14:20:25 chr2 241066325 . A C 295.56 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0414514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.265;QD=15.3536;RBI=0.041768;REFB=-0.00130339;REVB=-0.00513281;RO=43;SAF=12;SAR=21;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418023;STB=0.51413;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00170002;OID=.;OPOS=241066325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:21:12:14:29:21:12:15:29 chr2 241404317 . C T 3759.25 PASS AF=0.924138;AO=256;DP=291;FAO=268;FDP=290;FR=.;FRO=22;FSAF=171;FSAR=97;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0519879;FXX=0.0102386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.1149;QD=51.8517;RBI=0.0521402;REFB=-0.11537;REVB=-0.00398297;RO=31;SAF=160;SAR=96;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186054;STB=0.507573;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00555021;OID=.;OPOS=241404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:291:290:31:22:256:268:0.924138:96:160:22:9:97:171:12:10 chr2 241404499 . C T 2098.88 PASS AF=0.511335;AO=203;DP=397;FAO=203;FDP=397;FR=.;FRO=194;FSAF=113;FSAR=90;FSRF=100;FSRR=94;FWDB=0.00243884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.922;QD=21.1474;RBI=0.0318638;REFB=-0.00963281;REVB=0.0317703;RO=194;SAF=113;SAR=90;SRF=100;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371275;STB=0.520292;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0107388;OID=.;OPOS=241404499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:397:194:194:203:203:0.511335:90:113:100:94:90:113:100:94 chr2 241405528 . A G 6135.84 PASS AF=1;AO=383;DP=384;FAO=386;FDP=386;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=224;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111559;FXX=0.00258391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1643;QD=63.5838;RBI=0.050073;REFB=0;REVB=-0.0488144;RO=0;SAF=161;SAR=222;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125955;OID=.;OPOS=241405528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:384:386:0:0:383:386:1:222:161:0:0:224:162:0:0 chr2 241451351 . G A 1605.06 PASS AF=0.464088;AO=167;DP=360;FAO=168;FDP=362;FR=.;FRO=194;FSAF=78;FSAR=90;FSRF=94;FSRR=100;FWDB=0.0513917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1687;QD=17.7355;RBI=0.0544159;REFB=-0.0263697;REVB=0.0178878;RO=193;SAF=78;SAR=89;SRF=94;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194801;STB=0.51089;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0329436;OID=.;OPOS=241451351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:362:193:194:167:168:0.464088:89:78:94:99:90:78:94:100 chr2 241463453 . C A 424.74 PASS AF=0.401639;AO=47;DP=120;FAO=49;FDP=122;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.00701647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.836;QD=13.926;RBI=0.0332356;REFB=-0.0156883;REVB=0.0324865;RO=73;SAF=17;SAR=30;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025188;STB=0.523817;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0246564;OID=.;OPOS=241463453;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:73:73:47:49:0.401639:30:17:28:45:32:17:28:45 chr2 241463639 . C T 513.53 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0207898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.012;QD=24.4536;RBI=0.0268135;REFB=-0.0336423;REVB=0.0169336;RO=36;SAF=26;SAR=22;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140455;STB=0.576891;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0290461;OID=.;OPOS=241463639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:22:26:13:23:22:26:13:23 chr2 241492255 . G T 531.98 PASS AF=0.417266;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00383935;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.215;QD=15.3089;RBI=0.0147885;REFB=-0.00298975;REVB=-0.0142814;RO=76;SAF=36;SAR=22;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058091;STB=0.528799;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00422226;OID=.;OPOS=241492255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:81:58:58:0.417266:22:36:43:33:23:35:45:36 chr2 241517314 . G A 1315.18 PASS AF=0.417647;AO=140;DP=342;FAO=142;FDP=340;FR=.;FRO=198;FSAF=83;FSAR=59;FSRF=95;FSRR=103;FWDB=-0.00437998;FXX=0.0144923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0991;QD=15.4728;RBI=0.0118262;REFB=-0.0104494;REVB=0.0109852;RO=194;SAF=82;SAR=58;SRF=94;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106393;STB=0.561458;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0180686;OID=.;OPOS=241517314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:340:194:198:140:142:0.417647:58:82:94:100:59:83:95:103 chr2 241538074 . A G 3569.17 PASS AF=1;AO=226;DP=229;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196134;FXX=0.0173905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.002;QD=63.1712;RBI=0.0241311;REFB=0;REVB=-0.0140578;RO=0;SAF=87;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48167e-05;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:229:226:0:0:226:226:1:139:87:0:0:139:87:0:0 chr2 241569849 . C T 1636.57 PASS AF=0.495468;AO=163;DP=330;FAO=164;FDP=331;FR=.;FRO=167;FSAF=105;FSAR=59;FSRF=93;FSRR=74;FWDB=0.0173664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.071;QD=19.7773;RBI=0.0249598;REFB=0.00833173;REVB=0.0179276;RO=164;SAF=104;SAR=59;SRF=91;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802458;STB=0.544503;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00910419;OID=.;OPOS=241569849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:331:164:167:163:164:0.495468:59:104:91:73:59:105:93:74 chr2 241570092 . C T 432.88 PASS AF=0.453608;AO=42;DP=95;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0095215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9785;QD=17.8509;RBI=0.0354531;REFB=-0.00429282;REVB=0.0341506;RO=53;SAF=18;SAR=24;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136509;STB=0.585876;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00708184;OID=.;OPOS=241570092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:53:53:42:44:0.453608:24:18:30:23:26:18:30:23 chr2 241570127 . C T 437.34 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0155453;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.013;QD=15.4811;RBI=0.0299988;REFB=-0.0152716;REVB=0.0256569;RO=61;SAF=18;SAR=31;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15948;STB=0.577464;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0206021;OID=.;OPOS=241570127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:61:64:49:49:0.433628:31:18:32:29:31:18:32:32 chr2 241570249 . A C 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.329;QD=64.4151;RBI=0.0349013;REFB=0;REVB=-0.0297646;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.40163e-05;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:28:22:0:0 chr2 241570391 . A G 1588.29 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.334;QD=64.1735;RBI=0.0420074;REFB=0;REVB=0.00971874;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36348e-05;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:47:51:0:0:47:52:0:0 chr2 241621799 . GC G 1637.96 PASS AF=0.651064;AO=145;DP=236;FAO=153;FDP=235;FR=.;FRO=82;FSAF=81;FSAR=72;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0108277;FXX=0.00843846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8075;QD=27.8802;RBI=0.0573001;REFB=-0.0284682;REVB=-0.0562678;RO=81;SAF=81;SAR=64;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599443;STB=0.523043;STBP=0.354;TYPE=del;VARB=0.0116604;OID=.;OPOS=241621800;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.651064:145:236:153:235:82:81:72:38:44:99:81:81:64:38:43 chr2 241622195 . T C 484.91 PASS AF=0.261993;AO=71;DP=270;FAO=71;FDP=271;FR=.;FRO=200;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=118;FSRR=82;FWDB=-0.00786971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.853;QD=7.15733;RBI=0.0209583;REFB=-0.0227222;REVB=0.0194247;RO=199;SAF=46;SAR=25;SRF=117;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792433;STB=0.545542;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0469289;OID=.;OPOS=241622195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:199:200:71:71:0.261993:25:46:117:82:25:46:118:82 chr2 241622209 . T C 353.88 PASS AF=0.213768;AO=61;DP=276;FAO=59;FDP=276;FR=.;FRO=217;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=132;FSRR=85;FWDB=-0.0421184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1629;QD=5.1287;RBI=0.0606482;REFB=-0.0134427;REVB=-0.0436376;RO=210;SAF=43;SAR=18;SRF=126;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1477;STB=0.575549;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0645991;OID=.;OPOS=241622209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:210:217:61:59:0.213768:18:43:126:84:18:41:132:85 chr2 241627928 . A G 611.1 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=148;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.0221379;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.677;QD=16.6287;RBI=0.022141;REFB=-0.00883152;REVB=-0.000371416;RO=83;SAF=28;SAR=36;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00386853;STB=0.50216;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0131072;OID=.;OPOS=241627928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:83:83:64:64:0.435374:36:28:36:47:36:28:36:47 chr2 241631459 . T C 238.49 PASS AF=0.236842;AO=36;DP=152;FAO=36;FDP=152;FR=.;FRO=116;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=-0.0354649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.85;QD=6.27599;RBI=0.0397828;REFB=-0.0184405;REVB=-0.0180253;RO=114;SAF=15;SAR=21;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105111;STB=0.563982;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0349295;OID=.;OPOS=241631459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:114:116:36:36:0.236842:21:15:57:57:21:15:58:58 chr2 241696840 . ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC 1146.37 PASS AF=0.00452489,0.466063,0.0769231;AO=27,58,18;DP=249;FAO=1,103,17;FDP=221;FR=.;FRO=100;FSAF=0,11,2;FSAR=1,92,15;FSRF=5;FSRR=95;FWDB=0.0578748,0.0585476,0.0213298;FXX=0.0905313;HRUN=2,2,1;LEN=4,3,4;MLLD=115.647,115.249,62.6443;QD=20.7488;RBI=0.0612254,0.0588844,0.0524896;REFB=-0.117151,-0.121101,-0.130071;REVB=-0.0199765,-0.00628908,-0.0479604;RO=68;SAF=5,2,2;SAR=22,56,16;SRF=4;SRR=64;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.326036,-0.147518,0.20734;STB=0.981595,0.582871,0.676779;STBP=0.627,0.194,0.523;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.119763,0.10671,0.0882913;OID=.,.,.;OPOS=241696869,241696841,241696840;OREF=CCTC,TCC,ATCC;OALT=-,-,CTCA;OMAPALT=ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:249:221:68:100:27,58,18:1,103,17:0.00452489,0.466063,0.0769231:22,56,16:5,2,2:4:64:1,92,15:0,11,2:5:95 chr2 241713646 . A G 960.75 PASS AF=0.505319;AO=72;DP=189;FAO=95;FDP=188;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.141227;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7083;QD=20.4416;RBI=0.14197;REFB=-0.00534819;REVB=-0.0145018;RO=90;SAF=32;SAR=40;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667724;STB=0.520836;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0421522;OID=.;OPOS=241713646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:90:93:72:95:0.505319:40:32:46:44:42:53:48:45 chr2 241721981 . C T 1307.49 PASS AF=0.44375;AO=136;DP=306;FAO=142;FDP=320;FR=.;FRO=178;FSAF=99;FSAR=43;FSRF=118;FSRR=60;FWDB=0.05989;FXX=0.0184043;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.0444;QD=16.3436;RBI=0.0647654;REFB=-0.0227079;REVB=0.0246526;RO=163;SAF=94;SAR=42;SRF=105;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529567;STB=0.52217;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0229567;OID=.;OPOS=241721981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:320:163:178:136:142:0.44375:42:94:105:58:43:99:118:60 chr2 241826517 . C T 985.38 PASS AF=0.481132;AO=95;DP=205;FAO=102;FDP=212;FR=.;FRO=110;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=-0.00808832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.878;QD=18.5921;RBI=0.0245547;REFB=-0.00669191;REVB=0.0231844;RO=106;SAF=47;SAR=48;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400398;STB=0.523937;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00711638;OID=.;OPOS=241826517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:212:106:110:95:102:0.481132:48:47:48:58:50:52:51:59 chr2 241828034 . A G 2913.77 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.505;QD=61.667;RBI=0.108652;REFB=0;REVB=0.00344523;RO=0;SAF=61;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108776;OID=.;OPOS=241828034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:173:189:0:0:173:189:1:112:61:0:0:117:72:0:0 chr2 241865156 . T C 9122.94 PASS AF=1;AO=569;DP=570;FAO=578;FDP=578;FR=.;FRO=0;FSAF=300;FSAR=278;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539423;FXX=0.00172709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.153;QD=63.1345;RBI=0.0114921;REFB=-0.0251747;REVB=0.0101474;RO=1;SAF=299;SAR=270;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00159455;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71066e-05;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:570:578:1:0:569:578:1:270:299:1:0:278:300:0:0 chr2 241872597 . A G 1997.64 PASS AF=0.497525;AO=197;DP=400;FAO=201;FDP=404;FR=.;FRO=203;FSAF=100;FSAR=101;FSRF=103;FSRR=100;FWDB=-0.0057861;FXX=0.00246907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.928;QD=19.7786;RBI=0.020202;REFB=-0.018234;REVB=0.0193556;RO=201;SAF=99;SAR=98;SRF=101;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65353e-05;STB=0.504962;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0169822;OID=.;OPOS=241872597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:404:201:203:197:201:0.497525:98:99:101:100:101:100:103:100 chr2 241872722 . G A 1061.19 PASS AF=0.428044;AO=116;DP=271;FAO=116;FDP=271;FR=.;FRO=155;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=61;FSRR=94;FWDB=0.0125156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.399;QD=15.6634;RBI=0.0298384;REFB=-0.0174593;REVB=-0.0270867;RO=154;SAF=56;SAR=60;SRF=60;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960926;STB=0.551257;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0260809;OID=.;OPOS=241872722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:154:155:116:116:0.428044:60:56:60:94:60:56:61:94 chr2 241898824 . A G 1119.13 PASS AF=0.476987;AO=110;DP=235;FAO=114;FDP=239;FR=.;FRO=125;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=56;FSRR=69;FWDB=0.00322804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.192;QD=18.7302;RBI=0.00768876;REFB=-0.0100032;REVB=0.0069783;RO=123;SAF=49;SAR=61;SRF=56;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950448;STB=0.500334;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0108529;OID=.;OPOS=241898824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:239:123:125:110:114:0.476987:61:49:56:67:63:51:56:69 chr2 241904001 . G C 1833.14 PASS AF=0.426195;AO=204;DP=444;FAO=205;FDP=481;FR=.;FRO=276;FSAF=91;FSAR=114;FSRF=108;FSRR=168;FWDB=-0.00577363;FXX=0.0550087;HRUN=7;LEN=1;MLLD=45.928;QD=15.2444;RBI=0.0613352;REFB=-0.0444183;REVB=-0.0610628;RO=239;SAF=90;SAR=114;SRF=82;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098784;STB=0.530774;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.044361;OID=.;OPOS=241904001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:444:481:239:276:204:205:0.426195:114:90:82:157:114:91:108:168 chr2 241922430 . T C 801.36 PASS AF=0.425837;AO=89;DP=210;FAO=89;FDP=209;FR=.;FRO=120;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=70;FWDB=-0.010232;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.067;QD=15.3371;RBI=0.0104045;REFB=0.00241519;REVB=-0.00188669;RO=116;SAF=38;SAR=51;SRF=50;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00422009;STB=0.506052;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.00290902;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:116:120:89:89:0.425837:51:38:50:66:51:38:50:70 chr2 241925343 . T C 996.52 PASS AF=0.510526;AO=97;DP=188;FAO=97;FDP=190;FR=.;FRO=93;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0070184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.828;QD=20.9795;RBI=0.00824695;REFB=-0.0121757;REVB=0.00433062;RO=91;SAF=49;SAR=48;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100042;STB=0.505372;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0123957;OID=.;OPOS=241925343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:91:93:97:97:0.510526:48:49:47:44:48:49:48:45 chr2 241929228 . A G 4628.16 PASS AF=1;AO=292;DP=294;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973493;FXX=0.00337826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.528;QD=62.7547;RBI=0.0196587;REFB=-0.103828;REVB=0.0170791;RO=1;SAF=123;SAR=169;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00386147;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9731e-05;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:294:295:1:0:292:295:1:169:123:1:0:171:124:0:0 chr2 241979550 . T C 855.76 PASS AF=0.486034;AO=87;DP=179;FAO=87;FDP=179;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.0119532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.975;QD=19.1232;RBI=0.0454196;REFB=0.0110714;REVB=0.0438185;RO=91;SAF=42;SAR=45;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922774;STB=0.553408;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.013922;OID=.;OPOS=241979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:91:92:87:87:0.486034:45:42:53:38:45:42:54:38 chr2 241991875 . G A 1035.99 PASS AF=0.577381;AO=97;DP=169;FAO=97;FDP=168;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.0100269;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.692;QD=24.6664;RBI=0.0211763;REFB=-0.0208022;REVB=0.0186519;RO=70;SAF=43;SAR=54;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120664;STB=0.562556;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0162251;OID=.;OPOS=241991875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:70:71:97:97:0.577381:54:43:42:28:54:43:42:29 chr2 242003487 . C T 4412.81 PASS AF=0.506388;AO=430;DP=862;FAO=436;FDP=861;FR=.;FRO=425;FSAF=202;FSAR=234;FSRF=189;FSRR=236;FWDB=0.0843134;FXX=0.0227012;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8145;QD=20.5009;RBI=0.0847999;REFB=-0.0172017;REVB=0.00907082;RO=393;SAF=199;SAR=231;SRF=175;SRR=218;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154536;STB=0.509241;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0199877;OID=.;OPOS=242003487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:862:861:393:425:430:436:0.506388:231:199:175:218:234:202:189:236 chr2 242004866 . A G 716.29 PASS AF=0.514706;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00715227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.233;QD=21.0674;RBI=0.00715307;REFB=-0.00749076;REVB=0.000107114;RO=66;SAF=30;SAR=40;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770093;STB=0.542361;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00700249;OID=.;OPOS=242004866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:66:66:70:70:0.514706:40:30:34:32:40:30:34:32 chr2 242011084 . T C 1594.17 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142374;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.653;QD=60.1575;RBI=0.0173437;REFB=0;REVB=0.0099047;RO=0;SAF=16;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.27647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18407e-05;OID=.;OPOS=242011084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:90:16:0:0:90:16:0:0 chr2 242011303 . A G 1621.22 PASS AF=0.521036;AO=151;DP=298;FAO=161;FDP=309;FR=.;FRO=148;FSAF=68;FSAR=93;FSRF=46;FSRR=102;FWDB=0.00147832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8952;QD=20.9867;RBI=0.0394971;REFB=-0.0286415;REVB=-0.0394695;RO=147;SAF=66;SAR=85;SRF=46;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115776;STB=0.555689;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0168642;OID=.;OPOS=242011303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:309:147:148:151:161:0.521036:85:66:46:101:93:68:46:102 chr2 242011330 . C A 1122.49 PASS AF=0.471074;AO=115;DP=243;FAO=114;FDP=242;FR=.;FRO=128;FSAF=14;FSAR=100;FSRF=21;FSRR=107;FWDB=-0.0130521;FXX=0.00411506;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5241;QD=18.5536;RBI=0.0164312;REFB=0.00168561;REVB=0.00998145;RO=128;SAF=15;SAR=100;SRF=21;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066597;STB=0.547037;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00217604;OID=.;OPOS=242011330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:242:128:128:115:114:0.471074:100:15:21:107:100:14:21:107 chr2 242011531 . G A 620.69 PASS AF=0.442177;AO=64;DP=147;FAO=65;FDP=147;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.00222959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2861;QD=16.8896;RBI=0.103676;REFB=-0.0240713;REVB=0.103652;RO=79;SAF=30;SAR=34;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892934;STB=0.555539;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.036611;OID=.;OPOS=242011531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:79:82:64:65:0.442177:34:30:30:49:34:31:31:51 chr2 242021742 . G T 3096.82 PASS AF=0.990244;AO=203;DP=205;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=117;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0501458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4943;QD=60.4258;RBI=0.0583649;REFB=-0.00991263;REVB=-0.029864;RO=2;SAF=117;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00145249;STB=0.500762;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.000118459;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:205:205:2:2:203:203:0.990244:86:117:1:1:86:117:1:1 chr2 242028762 . T C 392.74 PASS AF=0.420561;AO=44;DP=106;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0142884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.37;QD=14.6818;RBI=0.0239109;REFB=-0.00485867;REVB=0.0191722;RO=62;SAF=15;SAR=29;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699452;STB=0.529608;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00604189;OID=.;OPOS=242028762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:62:62:44:45:0.420561:29:15:25:37:29:16:25:37 chr2 242029426 . G A 725.52 PASS AF=0.484076;AO=76;DP=157;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=-0.0187653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.393;QD=18.4846;RBI=0.0187808;REFB=-0.00207291;REVB=0.000763319;RO=81;SAF=21;SAR=55;SRF=25;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370004;STB=0.520464;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00228877;OID=.;OPOS=242029426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:81:81:76:76:0.484076:55:21:25:56:55:21:25:56 chr2 242035466 . C T 1325.47 PASS AF=0.513514;AO=129;DP=254;FAO=133;FDP=259;FR=.;FRO=126;FSAF=79;FSAR=54;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=0.0428732;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.41;QD=20.4706;RBI=0.0434438;REFB=-0.0417711;REVB=0.00701756;RO=122;SAF=78;SAR=51;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116695;STB=0.554263;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0374071;OID=.;OPOS=242035466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:259:122:126:129:133:0.513514:51:78:58:64:54:79:61:65 chr2 242036797 . A G 490.71 PASS AF=0.48;AO=47;DP=99;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0415338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.122;QD=19.6285;RBI=0.0415354;REFB=-0.0119989;REVB=0.000357582;RO=52;SAF=17;SAR=30;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424614;STB=0.527766;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0114503;OID=.;OPOS=242036797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:52:47:48:0.48:30:17:21:31:31:17:21:31 chr2 242046785 . A C 1659.33 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000234743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.937;QD=60.3391;RBI=0.0159391;REFB=0;REVB=0.0159374;RO=0;SAF=45;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13797e-05;OID=.;OPOS=242046785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:65:45:0:0:65:45:0:0 chr2 242051777 . G A 1715.4 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0241671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.385;QD=59.666;RBI=0.0241858;REFB=0.00219132;REVB=0.000950888;RO=1;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736218;STB=0.503875;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-3.67258e-05;OID=.;OPOS=242051777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:64:50:0:1:64:50:0:1 chr2 242054403 . G A 2855.64 PASS AF=0.994536;AO=182;DP=185;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191378;FXX=0.0108102;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.293;QD=62.4184;RBI=0.0191552;REFB=-0.00228754;REVB=-0.00081643;RO=1;SAF=96;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550397;STB=0.50289;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=1.40866e-05;OID=.;OPOS=242054403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:183:1:1:182:182:0.994536:86:96:0:1:86:96:0:1 chr2 242062162 . C T 788.84 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.058964;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2893;QD=57.3704;RBI=0.0642456;REFB=0;REVB=0.0255098;RO=2;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364449;OID=.;OPOS=242062162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:55:2:0:55:55:1:36:19:0:2:36:19:0:0 chr2 242066156 . C T 358.59 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0130766;FXX=0.0266631;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.236;QD=19.6485;RBI=0.0243174;REFB=-0.00988719;REVB=0.0205021;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831712;STB=0.547485;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00729352;OID=.;OPOS=242066156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:34:36:37:37:0.506849:15:22:17:17:15:22:18:18 chr2 242066314 . T C 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00936002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.443;QD=18.1632;RBI=0.0148235;REFB=-0.0175105;REVB=0.0114946;RO=42;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019892;OID=.;OPOS=242066314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:19:19:21:21:19:19:21:21 chr2 242066789 . A G 571.07 PASS AF=0.39645;AO=66;DP=168;FAO=67;FDP=169;FR=.;FRO=102;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=-0.0407104;FXX=0.0116952;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6057;QD=13.5164;RBI=0.0543114;REFB=-0.00258203;REVB=-0.0359497;RO=100;SAF=36;SAR=30;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133557;STB=0.584186;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.003595;OID=.;OPOS=242066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:100:102:66:67:0.39645:30:36:42:58:30:37:42:60 chr2 242075362 . G A 2232.74 PASS AF=0.974359;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=156;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=109;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0035794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8655;QD=57.2497;RBI=0.0208956;REFB=-0.177684;REVB=0.0205868;RO=2;SAF=42;SAR=109;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00864772;STB=0.506819;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.000365893;OID=.;OPOS=242075362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:153:156:2:4:151:152:0.974359:109:42:0:2:109:43:2:2 chr2 242082262 . T C 1873.81 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.748;QD=61.4364;RBI=0.0487184;REFB=0;REVB=0.0484429;RO=0;SAF=78;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741681;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:122:0:0:118:122:1:40:78:0:0:43:79:0:0 chr2 242122391 . T C 1472.48 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.051;QD=63.3324;RBI=0.0237001;REFB=0;REVB=-0.0194078;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63842e-05;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chr2 242122820 . G A 2479.85 PASS AF=0.982143;AO=163;DP=167;FAO=165;FDP=168;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0853985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1604;QD=59.0441;RBI=0.0854295;REFB=-0.124732;REVB=0.00230279;RO=4;SAF=76;SAR=87;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129724;STB=0.503585;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00224088;OID=.;OPOS=242122820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:167:168:4:3:163:165:0.982143:87:76:3:1:88:77:2:1 chr2 242122844 . C T 2593.13 PASS AF=0.994152;AO=168;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.168;QD=60.658;RBI=0.0243543;REFB=-0.0274346;REVB=0.0213986;RO=3;SAF=82;SAR=86;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00596334;STB=0.502994;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=6.89505e-05;OID=.;OPOS=242122844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:3:1:168:170:0.994152:86:82:2:1:87:83:1:0 chr2 242129515 . G A 2448.47 PASS AF=0.460432;AO=256;DP=558;FAO=256;FDP=556;FR=.;FRO=300;FSAF=119;FSAR=137;FSRF=160;FSRR=140;FWDB=0.0178082;FXX=0.00358417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.218;QD=17.6149;RBI=0.0178714;REFB=-0.00307484;REVB=0.00150226;RO=297;SAF=119;SAR=137;SRF=157;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622042;STB=0.536943;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0035941;OID=.;OPOS=242129515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:558:556:297:300:256:256:0.460432:137:119:157:140:137:119:160:140 chr2 242168976 . T C 3024.8 PASS AF=0.984772;AO=191;DP=198;FAO=194;FDP=197;FR=.;FRO=3;FSAF=118;FSAR=76;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0299013;FXX=0.00505025;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.947;QD=61.4173;RBI=0.0321094;REFB=-0.0282129;REVB=0.0117016;RO=3;SAF=117;SAR=74;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00167857;STB=0.506276;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00027647;OID=.;OPOS=242168976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:198:197:3:3:191:194:0.984772:74:117:2:1:76:118:3:0 chr2 242203916 . A C 3302.12 PASS AF=1;AO=206;DP=208;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473316;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.807;QD=61.1504;RBI=0.0177958;REFB=0;REVB=-0.0171549;RO=0;SAF=92;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3286e-05;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:216:0:0:206:216:1:114:92:0:0:122:94:0:0 chr2 242291371 . CTTTTTTCT CTTTTTCT,CTTTTTCTA 244.63 PASS AF=1,0;AO=13,2;DP=31;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111809,0.0908379;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,3;MLLD=9.807,8.5983;QD=31.5653;RBI=0.232536,0.211919;REFB=0,0;REVB=0.203892,-0.191464;RO=5;SAF=6,0;SAR=7,2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0.4,0;SSEP=0,0;SSSB=0.132375,-0.544828;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0210821,0;OID=.,.;OPOS=242291372,242291377;OREF=T,TCT;OALT=-,CTA;OMAPALT=CTTTTTCT,CTTTTTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,2:31:31,0:31:0:10,0:21,0:0:0:3:5:6,0:7,2:1:4 chr2 242434602 . A G 240.58 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0159133;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.259;QD=20.4748;RBI=0.022865;REFB=-0.0251582;REVB=0.0164188;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216262;STB=0.512185;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0168738;OID=.;OPOS=242434602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:13:11:10:13:13:11 chr2 242572846 . A G 686.01 PASS AF=0.503704;AO=68;DP=135;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-6.01012e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.069;QD=20.3263;RBI=0.00309269;REFB=-0.0143329;REVB=0.0030921;RO=66;SAF=22;SAR=46;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207744;STB=0.618751;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0163355;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:66:67:68:68:0.503704:46:22:36:30:46:22:37:30 chr2 242573211 . T C 918.34 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.053;QD=58.3074;RBI=0.0462548;REFB=0;REVB=0.0126044;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105848;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:33:30:0:0 chr2 242607924 . A G 653.0 PASS AF=0.452229;AO=71;DP=156;FAO=71;FDP=157;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.00422241;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0352;QD=16.6369;RBI=0.00452354;REFB=-0.0474398;REVB=0.00162286;RO=84;SAF=31;SAR=40;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155939;STB=0.502915;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0503759;OID=.;OPOS=242607924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:84:86:71:71:0.452229:40:31:38:46:40:31:38:48 chr2 242610738 . T C 1121.29 PASS AF=0.535714;AO=105;DP=198;FAO=105;FDP=196;FR=.;FRO=91;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.00410891;FXX=0.0101005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6555;QD=22.8835;RBI=0.0319957;REFB=0.00013388;REVB=0.0317308;RO=89;SAF=57;SAR=48;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025616;STB=0.508234;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.000710117;OID=.;OPOS=242610738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:196:89:91:105:105:0.535714:48:57:51:38:48:57:51:40 chr2 242610773 . T A 4609.13 PASS AF=1;AO=289;DP=291;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252714;FXX=0.00687262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.614;QD=63.7942;RBI=0.0295335;REFB=0;REVB=0.0152834;RO=0;SAF=145;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66871e-05;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:291:289:0:0:289:289:1:144:145:0:0:144:145:0:0 chr2 242611934 . T C 802.51 PASS AF=0.404444;AO=91;DP=225;FAO=91;FDP=225;FR=.;FRO=134;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=57;FSRR=77;FWDB=0.00822956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.243;QD=14.2669;RBI=0.00959253;REFB=-0.00914475;REVB=0.00492859;RO=134;SAF=40;SAR=51;SRF=57;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153285;STB=0.508591;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0159284;OID=.;OPOS=242611934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:134:134:91:91:0.404444:51:40:57:77:51:40:57:77 chr2 242613089 . A G 1353.74 PASS AF=0.463087;AO=138;DP=298;FAO=138;FDP=298;FR=.;FRO=160;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=52;FSRR=108;FWDB=-0.053222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.844;QD=18.171;RBI=0.0532227;REFB=-0.00807988;REVB=0.000260364;RO=159;SAF=64;SAR=74;SRF=52;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135179;STB=0.575711;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00886748;OID=.;OPOS=242613089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:159:160:138:138:0.463087:74:64:52:107:74:64:52:108 chr2 242613133 . T G 1159.18 PASS AF=0.46988;AO=114;DP=247;FAO=117;FDP=249;FR=.;FRO=132;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=46;FSRR=86;FWDB=-0.00201835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.22;QD=18.6214;RBI=0.00316984;REFB=-0.0340831;REVB=0.00244421;RO=128;SAF=52;SAR=62;SRF=44;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10997;STB=0.556479;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0286473;OID=.;OPOS=242613133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:249:128:132:114:117:0.46988:62:52:44:84:64:53:46:86 chr2 242665243 . CTG C 1355.25 PASS AF=0.505576;AO=132;DP=276;FAO=136;FDP=269;FR=.;FRO=133;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=51;FSRR=82;FWDB=-0.0138725;FXX=0.0218174;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.813;QD=20.1524;RBI=0.0140009;REFB=-0.00832337;REVB=-0.00189182;RO=129;SAF=70;SAR=62;SRF=50;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128201;STB=0.571791;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=0.00659757;OID=.;OPOS=242665244;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.505576:132:276:136:269:133:72:64:51:82:99:129:70:62:50:79 chr2 242695105 . TG CA,CG 346.34 PASS AF=0.116883,0.376623;AO=9,29;DP=77;FAO=9,29;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=7,20;FSAR=2,9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0129547,-0.00257238;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=223.085,102.447;QD=17.9916;RBI=0.016419,0.00354453;REFB=-0.0111729,-0.0200815;REVB=0.0100877,-0.00243856;RO=39;SAF=7,20;SAR=2,9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.316396,0.165083;STB=0.713776,0.593992;STBP=0.193,0.242;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00227331,0.0280306;OID=.,.;OPOS=242695105,242695105;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:77:77:39:39:9,29:9,29:0.116883,0.376623:2,9:7,20:21:18:2,9:7,20:21:18 chr2 242695112 . A C 69.46 PASS AF=0.160494;AO=12;DP=80;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.00172871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.916;QD=3.42997;RBI=0.00445717;REFB=-0.0026166;REVB=-0.00410828;RO=67;SAF=10;SAR=2;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344531;STB=0.661981;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0216529;OID=.;OPOS=242695112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:81:67:68:12:13:0.160494:2:10:40:27:3:10:41:27 chr2 242695114 . A T 93.06 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0143054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.361;QD=4.32834;RBI=0.107774;REFB=-0.00372097;REVB=-0.106821;RO=69;SAF=13;SAR=3;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321739;STB=0.719418;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00237321;OID=.;OPOS=242695114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:86:86:69:70:16:16:0.186047:3:13:41:28:3:13:41:29 chr2 242695126 . G A 387.71 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0375503;FXX=0.0427314;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.7175;QD=13.8469;RBI=0.0552598;REFB=0.00884272;REVB=0.0405416;RO=66;SAF=24;SAR=21;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351324;STB=0.515506;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00383608;OID=.;OPOS=242695126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:66:67:45:45:0.401786:21:24:33:33:21:24:34:33 chr2 242695131 . T C 423.11 PASS AF=0.392;AO=49;DP=125;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00108895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.835;QD=13.5396;RBI=0.00753159;REFB=-0.0340766;REVB=-0.00745245;RO=73;SAF=24;SAR=25;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00355473;STB=0.5098;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0259238;OID=.;OPOS=242695131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:73:76:49:49:0.392:25:24:36:37:25:24:36:40 chr2 242695138 . C T 541.83 PASS AF=0.407895;AO=62;DP=153;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.00426999;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.861;QD=14.2588;RBI=0.0142174;REFB=-0.011952;REVB=-0.013561;RO=84;SAF=24;SAR=38;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317262;STB=0.521694;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0195828;OID=.;OPOS=242695138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:84:90:62:62:0.407895:38:24:35:49:38:24:38:52 chr2 242695151 . T A 741.31 PASS AF=0.451429;AO=79;DP=175;FAO=79;FDP=175;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.000771281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.758;QD=16.9443;RBI=0.0228219;REFB=-0.00192276;REVB=-0.0228088;RO=96;SAF=29;SAR=50;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125112;STB=0.569612;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00257264;OID=.;OPOS=242695151;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:96:96:79:79:0.451429:50:29:47:49:50:29:47:49 chr2 242742875 . C T 2474.41 PASS AF=0.566586;AO=231;DP=384;FAO=234;FDP=413;FR=.;FRO=179;FSAF=124;FSAR=110;FSRF=115;FSRR=64;FWDB=0.0174274;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3911;QD=23.9652;RBI=0.0220089;REFB=-0.057424;REVB=-0.0134416;RO=153;SAF=123;SAR=108;SRF=101;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095424;STB=0.549237;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0383948;OID=.;OPOS=242742875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:413:153:179:231:234:0.566586:108:123:101:52:110:124:115:64 chr2 242755374 . C G 910.97 PASS AF=0.549383;AO=88;DP=164;FAO=89;FDP=162;FR=.;FRO=73;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.0552526;FXX=0.0121944;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.9;QD=22.493;RBI=0.058962;REFB=-0.00571383;REVB=0.0205831;RO=71;SAF=48;SAR=40;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134559;STB=0.569835;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00613113;OID=.;OPOS=242755374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:71:73:88:89:0.549383:40:48:27:44:41:48:28:45 chr2 242756839 . TC AT,CT,T 186.01 PASS AF=0,0.0222222,0.688889;AO=2,2,20;DP=46;FAO=0,1,31;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=0,0,9;FSAR=0,1,22;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.00351225,-0.0451536,-0.102961;FXX=0.0217344;HRUN=1,1,7;LEN=2,2,1;MLLD=21.1023,53.4018,9.35303;QD=16.5344;RBI=0.172369,0.0737632,0.271698;REFB=-0.0415733,-0.0086646,-0.0504465;REVB=0.172333,0.058328,0.251434;RO=19;SAF=2,1,5;SAR=0,1,15;SRF=0;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.859572,0.782931,0.355354;STB=0.5,0.98168,0.581701;STBP=1,0.6,0.183;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0.101387,0.0717907;OID=.,.,.;OPOS=242756839,242756839,242756840;OREF=TC,TC,C;OALT=AT,CT,-;OMAPALT=AT,CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:31:46:45:19:13:2,2,20:0,1,31:0,0.0222222,0.688889:0,1,15:2,1,5:0:19:0,1,22:0,0,9:1:12 chr2 242757411 . C T 1260.2 PASS AF=0.542601;AO=121;DP=223;FAO=121;FDP=223;FR=.;FRO=102;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.0319255;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.355;QD=22.6045;RBI=0.0319339;REFB=-0.00967174;REVB=-0.000732907;RO=102;SAF=64;SAR=57;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032528;STB=0.517735;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0107762;OID=.;OPOS=242757411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:102:102:121:121:0.542601:57:64:50:52:57:64:50:52 chr2 242758048 . T C,TC 238.32 PASS AF=0,0.252427;AO=11,35;DP=207;FAO=0,52;FDP=206;FR=.;FRO=154;FSAF=0,30;FSAR=0,22;FSRF=42;FSRR=112;FWDB=-0.125275,-0.0251139;FXX=0.00483068;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=173.895,119.629;QD=4.62763;RBI=0.125354,0.0261256;REFB=9.02029e-06,-0.00210446;REVB=-0.00446117,-0.00719979;RO=158;SAF=11,17;SAR=0,18;SRF=44;SRR=114;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.665368,0.276657;STB=0.5,0.717272;STBP=1,0.001;TYPE=snp,ins;VARB=0.0252053,0.0626451;OID=.,.;OPOS=242758048,242758049;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:207:206:158:154:11,35:0,52:0,0.252427:0,18:11,17:44:114:0,22:0,30:42:112 chr2 242758203 . T C 1294.9 PASS AF=0.366667;AO=94;DP=337;FAO=121;FDP=330;FR=.,HEALED;FRO=186;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=72;FSRR=114;FWDB=-0.0098598;FXX=0.0149249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.505;QD=15.6958;RBI=0.0165845;REFB=-0.0227002;REVB=0.0133352;RO=185;SAF=64;SAR=30;SRF=73;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330083;STB=0.5902;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0312327;OID=.;OPOS=242758203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:330:185:186:94:121:0.366667:30:64:73:112:56:65:72:114 chr2 242758326 . G A 840.39 PASS AF=0.458537;AO=83;DP=205;FAO=94;FDP=205;FR=.;FRO=111;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.0849157;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.17;QD=16.3979;RBI=0.0849307;REFB=-0.0121056;REVB=0.00159566;RO=105;SAF=30;SAR=53;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129447;STB=0.537248;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0156737;OID=.;OPOS=242758326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:105:111:83:94:0.458537:53:30:51:54:53:41:56:55 chr2 242793273 . A G 4640.55 PASS AF=1;AO=291;DP=291;FAO=291;FDP=291;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.597;QD=63.7876;RBI=0.0242308;REFB=0;REVB=-0.0183804;RO=0;SAF=140;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01873e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09402e-06;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:291:291:0:0:291:291:1:151:140:0:0:151:140:0:0 chr2 242793433 . G A 532.03 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00911106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9032;QD=16.8898;RBI=0.0238363;REFB=-0.0193848;REVB=-0.0220263;RO=69;SAF=25;SAR=32;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106355;STB=0.505927;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0270053;OID=.;OPOS=242793433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:69:57:57:0.452381:32:25:31:38:32:25:31:38 chr2 242813124 . T C 2150.68 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=142;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0235157;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.2;QD=61.4481;RBI=0.0502558;REFB=-0.153515;REVB=0.0444146;RO=0;SAF=64;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506666;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0010867;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:142:140:0:2:138:138:0.985714:74:64:0:0:74:64:0:2 chr2 242813136 . C G 593.16 PASS AF=0.431507;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0652938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3728;QD=16.251;RBI=0.0690285;REFB=-0.0225436;REVB=-0.0223976;RO=80;SAF=26;SAR=37;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761343;STB=0.533131;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0344653;OID=.;OPOS=242813136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:80:83:63:63:0.431507:37:26:39:41:37:26:39:44 chr2 242814009 . G A 994.06 PASS AF=0.47907;AO=103;DP=216;FAO=103;FDP=215;FR=.;FRO=112;FSAF=29;FSAR=74;FSRF=29;FSRR=83;FWDB=0.0108121;FXX=0.00462942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.871;QD=18.4942;RBI=0.0118594;REFB=-0.0167097;REVB=0.00487274;RO=112;SAF=29;SAR=74;SRF=29;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267906;STB=0.514751;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0187686;OID=.;OPOS=242814009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:112:112:103:103:0.47907:74:29:29:83:74:29:29:83 chr2 242814283 . C T 508.67 PASS AF=0.357955;AO=63;DP=176;FAO=63;FDP=176;FR=.;FRO=113;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=-0.00972887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8701;QD=11.5606;RBI=0.010564;REFB=-0.00889309;REVB=0.00411671;RO=112;SAF=42;SAR=21;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155176;STB=0.586317;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0155085;OID=.;OPOS=242814283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:112:113:63:63:0.357955:21:42:60:52:21:42:61:52 chr2 242814360 . T C 1126.7 PASS AF=0.443223;AO=120;DP=271;FAO=121;FDP=273;FR=.;FRO=152;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=71;FSRR=81;FWDB=-0.0535656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9374;QD=16.5084;RBI=0.063813;REFB=-0.0235634;REVB=-0.0346818;RO=148;SAF=70;SAR=50;SRF=70;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110742;STB=0.567088;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0329412;OID=.;OPOS=242814360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:273:148:152:120:121:0.443223:50:70:70:78:50:71:71:81 chr2 242814463 . A T 1362.45 PASS AF=0.487544;AO=137;DP=282;FAO=137;FDP=281;FR=.;FRO=144;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=50;FSRR=94;FWDB=-0.0386817;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.601;QD=19.3943;RBI=0.0388205;REFB=-0.00709763;REVB=0.00327967;RO=144;SAF=59;SAR=78;SRF=50;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804342;STB=0.544122;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0065253;OID=.;OPOS=242814463;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:281:144:144:137:137:0.487544:78:59:50:94:78:59:50:94 chr2 242814639 . T C 331.26 PASS AF=0.39;AO=34;DP=102;FAO=39;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.0672949;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.971;QD=13.2505;RBI=0.0675353;REFB=-0.00890745;REVB=0.00569269;RO=51;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252639;STB=0.608194;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0182776;OID=.;OPOS=242814639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:51:60:34:39:0.39:19:15:11:40:19:20:20:40 chr2 242815059 . C T 1150.26 PASS AF=0.469636;AO=116;DP=248;FAO=116;FDP=247;FR=.;FRO=131;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=65;FSRR=66;FWDB=0.0072225;FXX=0.0119995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5494;QD=18.6277;RBI=0.0181112;REFB=0.0113385;REVB=0.0166088;RO=128;SAF=63;SAR=53;SRF=64;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411503;STB=0.524959;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0100763;OID=.;OPOS=242815059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:247:128:131:116:116:0.469636:53:63:64:64:53:63:65:66 chr2 242839363 . G C 2721.56 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8473;QD=62.207;RBI=0.0198033;REFB=0;REVB=-0.00271697;RO=0;SAF=95;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71072e-06;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:174:175:1:79:95:0:0:80:95:0:0 chr3 361508 . C T 528.44 PASS AF=0.526316;AO=51;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0927221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7595;QD=22.2502;RBI=0.0954124;REFB=0.00716565;REVB=-0.0224977;RO=42;SAF=16;SAR=35;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104621;STB=0.564549;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00792928;OID=.;OPOS=361508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:45:51:50:0.526316:35:16:18:24:34:16:20:25 chr3 391100 . A G 2656.8 PASS AF=0.966851;AO=175;DP=181;FAO=175;FDP=181;FR=.;FRO=6;FSAF=74;FSAR=101;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0172192;FXX=0.0109284;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.304;QD=58.7139;RBI=0.0195284;REFB=-0.0288771;REVB=0.00921194;RO=6;SAF=74;SAR=101;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263892;STB=0.513877;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000284313;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:181:181:6:6:175:175:0.966851:101:74:5:1:101:74:5:1 chr3 439963 . A G 2161.96 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2649;QD=62.2148;RBI=0.0174985;REFB=0.136901;REVB=-0.013504;RO=1;SAF=55;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569398;STB=0.502994;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00101836;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:83:55:0:1:83:55:0:1 chr3 440028 . T C 1586.68 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.072;QD=59.8746;RBI=0.0114677;REFB=0;REVB=-0.0110014;RO=0;SAF=38;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24815e-05;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:103:106:1:65:38:0:0:66:40:0:0 chr3 450391 . T C 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.9249;QD=60.9756;RBI=0.0213225;REFB=0;REVB=0.015351;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191429;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr3 450534 . T C 1706.15 PASS AF=0.974576;AO=115;DP=118;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0103882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3304;QD=57.8355;RBI=0.031211;REFB=-0.0399372;REVB=0.0294315;RO=2;SAF=52;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179115;STB=0.505497;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0068282;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:118:2:3:115:115:0.974576:63:52:2:0:63:52:2:1 chr3 1107455 . T C 1315.17 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.02152;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.2;QD=59.7804;RBI=0.0308557;REFB=-0.0955445;REVB=0.0221125;RO=2;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225478;STB=0.511902;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00034752;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:88:2:2:86:86:0.977273:41:45:0:2:41:45:0:2 chr3 1107550 . A T 702.44 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4275;QD=53.0143;RBI=0.172728;REFB=-0.16141;REVB=-0.0252115;RO=2;SAF=16;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003334;OID=.;OPOS=1107550;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:53:2:0:50:53:1:34:16:2:0:34:19:0:0 chr3 1339680 . GGTTTTT G 94.21 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.011732;FXX=0.215885;HRUN=2;LEN=6;MLLD=233.744;QD=5.46119;RBI=0.019756;REFB=-0.0109925;REVB=0.0158953;RO=17;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153852;STB=0.56996;STBP=0.466;TYPE=del;VARB=0.027816;OID=.;OPOS=1339681;OREF=GTTTTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289855:20:61:20:69:49:14:6:30:19:94:17:14:6:9:8 chr3 1424850 . T G 1306.95 PASS AF=0.596059;AO=116;DP=197;FAO=121;FDP=203;FR=.;FRO=82;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.00554376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.739;QD=25.7528;RBI=0.013712;REFB=-0.00818907;REVB=0.0125413;RO=77;SAF=56;SAR=60;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036629;STB=0.521551;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0055588;OID=.;OPOS=1424850;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:203:77:82:116:121:0.596059:60:56:41:36:64:57:43:39 chr3 3081750 . A T 4214.4 PASS AF=1;AO=266;DP=270;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7316;QD=62.4356;RBI=0.0528668;REFB=0;REVB=-0.0520892;RO=0;SAF=123;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98871e-05;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:270:270:0:0:266:270:1:143:123:0:0:146:124:0:0 chr3 3081825 . T C 4413.45 PASS AF=1;AO=280;DP=281;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263757;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.014;QD=63.0493;RBI=0.0497768;REFB=-0.120715;REVB=0.0422143;RO=0;SAF=121;SAR=159;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41447e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022578;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:281:280:0:0:280:280:1:159:121:0:0:159:121:0:0 chr3 3098041 . G C 1656.46 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9887;QD=60.235;RBI=0.0761169;REFB=0;REVB=-0.0740354;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156827;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:58:52:0:0:58:52:0:0 chr3 3170792 . C T 1937.3 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162987;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1457;QD=61.9935;RBI=0.0198826;REFB=0;REVB=0.0113872;RO=0;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436373;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:66:59:0:0:66:59:0:0 chr3 3189279 . A G 1575.8 PASS AF=0.95614;AO=107;DP=112;FAO=109;FDP=114;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0188149;FXX=0.0172399;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.152;QD=55.2911;RBI=0.0190088;REFB=-0.166652;REVB=-0.00270801;RO=4;SAF=44;SAR=63;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412087;STB=0.517403;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000874168;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:112:114:4:5:107:109:0.95614:63:44:4:0:64:45:4:1 chr3 3192669 . C T 790.33 PASS AF=0.428571;AO=84;DP=196;FAO=84;FDP=196;FR=.;FRO=112;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=66;FWDB=-0.00763724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3775;QD=16.1292;RBI=0.035919;REFB=0.000426633;REVB=-0.0350977;RO=103;SAF=40;SAR=44;SRF=38;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107416;STB=0.537626;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.000915985;OID=.;OPOS=3192669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:103:112:84:84:0.428571:44:40:38:65:44:40:46:66 chr3 3886580 . A G 1482.52 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.021682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.09;QD=61.1348;RBI=0.0225099;REFB=-0.0216046;REVB=-0.00604845;RO=2;SAF=40;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316308;STB=0.501668;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0001142;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:55:40:1:1:55:40:1:1 chr3 3886721 . C A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.625;QD=55.6558;RBI=0.0391432;REFB=0;REVB=0.0100243;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017792;OID=.;OPOS=3886721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr3 3886847 . G C 283.63 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0247494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0469;QD=23.1535;RBI=0.0247513;REFB=0.00217743;REVB=0.000303197;RO=23;SAF=18;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189681;STB=0.611716;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00263285;OID=.;OPOS=3886847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:23:25:26:0.530612:7:18:12:11:7:19:12:11 chr3 3886919 . C T 977.29 PASS AF=0.611111;AO=84;DP=140;FAO=88;FDP=144;FR=.;FRO=56;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.019273;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.728;QD=27.147;RBI=0.0289726;REFB=-0.0132992;REVB=-0.0216325;RO=55;SAF=39;SAR=45;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724342;STB=0.536562;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0149753;OID=.;OPOS=3886919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:144:55:56:84:88:0.611111:45:39:31:24:46:42:32:24 chr3 3888894 . C T 912.16 PASS AF=0.342424;AO=109;DP=327;FAO=113;FDP=330;FR=.;FRO=217;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=112;FSRR=105;FWDB=0.00217089;FXX=0.00302106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.489;QD=11.0564;RBI=0.0240129;REFB=0.00298127;REVB=-0.0239146;RO=213;SAF=54;SAR=55;SRF=111;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297901;STB=0.525143;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00622188;OID=.;OPOS=3888894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:330:213:217:109:113:0.342424:55:54:111:102:59:54:112:105 chr3 3889222 . G T 409.71 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.862;QD=56.511;RBI=0.0338318;REFB=0;REVB=0.00176149;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019421;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:16:13:0:0 chr3 4403837 . A G 1382.14 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208311;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.758;QD=62.8246;RBI=0.0428537;REFB=0;REVB=0.042803;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184708;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:40:47:0:0:40:48:0:0 chr3 4767262 . T C 920.31 PASS AF=0.564626;AO=83;DP=149;FAO=83;FDP=147;FR=.;FRO=64;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00867898;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.492;QD=25.0425;RBI=0.0129658;REFB=-0.00196506;REVB=0.00963265;RO=64;SAF=51;SAR=32;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119015;STB=0.564939;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00244206;OID=.;OPOS=4767262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:64:64:83:83:0.564626:32:51:30:34:32:51:30:34 chr3 4817057 . T C 1512.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598836;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.685;QD=59.8853;RBI=0.0183214;REFB=0;REVB=0.0173151;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330821;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:57:43:0:0:58:43:0:0 chr3 4829732 . A G 362.5 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00436118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.515;QD=27.8843;RBI=0.0506732;REFB=-0.0409008;REVB=0.0504851;RO=17;SAF=17;SAR=17;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898806;STB=0.557659;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0233957;OID=.;OPOS=4829732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:18:34:34:0.653846:17:17:11:6:17:17:12:6 chr3 4856180 . T C 2617.57 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2791;QD=61.9543;RBI=0.0653096;REFB=0;REVB=0.0448031;RO=0;SAF=81;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99687e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1439e-06;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:169:0:0:168:169:1:87:81:0:0:87:82:0:0 chr3 4856234 . G A 340.91 PASS AF=0.436782;AO=31;DP=82;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0114882;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.621;QD=15.674;RBI=0.0115111;REFB=-0.00837912;REVB=0.000726825;RO=49;SAF=12;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155344;STB=0.546916;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00904845;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:49:49:31:38:0.436782:19:12:26:23:21:17:26:23 chr3 5021403 . C T 624.83 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.028307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.187;QD=20.1557;RBI=0.028383;REFB=-0.0176402;REVB=0.00207521;RO=58;SAF=36;SAR=27;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778709;STB=0.539522;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0142502;OID=.;OPOS=5021403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:58:61:63:63:0.508065:27:36:28:30:27:36:30:31 chr3 5024771 . T C 676.71 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=121;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0182894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.004;QD=22.3704;RBI=0.0211931;REFB=-0.00365731;REVB=-0.0107072;RO=55;SAF=29;SAR=37;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882465;STB=0.54834;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00427249;OID=.;OPOS=5024771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:55:55:66:66:0.545455:37:29:30:25:37:29:30:25 chr3 5025645 . G C 1290.51 PASS AF=0.578947;AO=121;DP=209;FAO=121;FDP=209;FR=.;FRO=88;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.00054739;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=271.63;QD=24.6988;RBI=0.0038881;REFB=0.00209509;REVB=-0.00384937;RO=88;SAF=55;SAR=66;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888251;STB=0.50482;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00174374;OID=.;OPOS=5025645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:88:88:121:121:0.578947:66:55:41:47:66:55:41:47 chr3 5025650 . G T 1398.8 PASS AF=0.591743;AO=129;DP=218;FAO=129;FDP=218;FR=.;FRO=89;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0123822;FXX=0.004566;HRUN=7;LEN=1;MLLD=200.864;QD=25.666;RBI=0.0134762;REFB=-0.00360064;REVB=-0.0053188;RO=87;SAF=60;SAR=69;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126068;STB=0.501823;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00531145;OID=.;OPOS=5025650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:87:89:129:129:0.591743:69:60:39:48:69:60:41:48 chr3 5025654 . G A 1435.5 PASS AF=0.595455;AO=131;DP=221;FAO=131;FDP=220;FR=.;FRO=89;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.00717288;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6499;QD=26.0999;RBI=0.0140889;REFB=0.00690435;REVB=-0.0121263;RO=89;SAF=62;SAR=69;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263375;STB=0.514252;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00692255;OID=.;OPOS=5025654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:89:89:131:131:0.595455:69:62:39:50:69:62:39:50 chr3 5220454 . G A 138.18 PASS AF=0.174825;AO=25;DP=143;FAO=25;FDP=143;FR=.;FRO=118;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=79;FWDB=-0.0392348;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3524;QD=3.8652;RBI=0.0419171;REFB=-0.00530246;REVB=0.0147537;RO=118;SAF=9;SAR=16;SRF=39;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416349;STB=0.526781;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0137001;OID=.;OPOS=5220454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:118:118:25:25:0.174825:16:9:39:79:16:9:39:79 chr3 5241309 . C A 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.687;QD=61.1579;RBI=0.00634069;REFB=0;REVB=0.00250368;RO=0;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83133e-06;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:59:59:0:0:59:59:0:0 chr3 5294713 . C T 616.07 PASS AF=0.516667;AO=58;DP=115;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00555148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3202;QD=20.5355;RBI=0.0545433;REFB=-0.00265014;REVB=0.0542601;RO=57;SAF=33;SAR=25;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148073;STB=0.557056;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00215519;OID=.;OPOS=5294713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:120:57:58:58:62:0.516667:25:33:23:34:29:33:24:34 chr3 5294774 . C T 465.11 PASS AF=0.416;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00546158;FXX=0.0157468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.233;QD=14.8836;RBI=0.00941488;REFB=0.00817976;REVB=-0.00766884;RO=65;SAF=38;SAR=14;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315414;STB=0.701384;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0112199;OID=.;OPOS=5294774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:65:73:52:52:0.416:14:38:28:37:14:38:29:44 chr3 6828364 . A G 124.76 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0743324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.599;QD=10.1844;RBI=0.0757439;REFB=0.00971553;REVB=-0.0145546;RO=33;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246276;STB=0.657323;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0226803;OID=.;OPOS=6828364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:34:15:15:0.306122:5:10:15:18:5:10:15:19 chr3 6903297 . C T 2887.0 PASS AF=0.482759;AO=287;DP=611;FAO=294;FDP=609;FR=.;FRO=315;FSAF=102;FSAR=192;FSRF=111;FSRR=204;FWDB=0.0430758;FXX=0.0177416;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0646;QD=18.9622;RBI=0.0430776;REFB=-5.81203e-05;REVB=-0.000391897;RO=308;SAF=95;SAR=192;SRF=110;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275329;STB=0.5031;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.000118554;OID=.;OPOS=6903297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:611:609:308:315:287:294:0.482759:192:95:110:198:192:102:111:204 chr3 7620789 . T C 677.7 PASS AF=0.659091;AO=58;DP=88;FAO=58;FDP=88;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00911043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.732;QD=30.8046;RBI=0.0267902;REFB=-0.0225902;REVB=0.0251935;RO=30;SAF=33;SAR=25;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199832;STB=0.510814;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0108681;OID=.;OPOS=7620789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:30:30:58:58:0.659091:25:33:18:12:25:33:18:12 chr3 7732726 . ATTTTTTTTTTT ATATTTTTTTTT,ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTG 122.87 PASS AF=0.15,0.025,0.775,0.05;AO=2,9,11,2;DP=42;FAO=6,1,31,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,26,2;FSAR=6,0,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025972,-0.186388,-0.376126,-0.0795098;FXX=0.0697512;HRUN=11,11,11,11;LEN=1,2,1,1;MLLD=203.65,6.81157,4.08023,17.4506;QD=12.2867;RBI=0.0636954,0.221478,0.421798,0.150015;REFB=0.0125575,0.0929901,0.110495,0.0339326;REVB=-0.0581598,-0.119633,-0.190899,-0.127211;RO=8;SAF=0,7,9,2;SAR=2,2,2,0;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.742825,-0.123876,-0.0744319,0.490468;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.0302991,0.0112482,-0.0493963,-0.10232;OID=.,.,.,.;OPOS=7732728,7732727,7732727,7732737;OREF=T,TT,T,T;OALT=A,-,-,G;OMAPALT=ATATTTTTTTTT,ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.15,0.025,0.775,0.05:2,9,11,2:42:6,1,31,2:40:0:0,1,26,2:6,0,5,0:0:0:31:8:0,7,9,2:2,2,2,0:7:1 chr3 8556639 . AG A,AA 761.82 PASS AF=0.47929,0.00591716;AO=70,10;DP=169;FAO=81,1;FDP=169;FR=.;FRO=87;FSAF=33,0;FSAR=48,1;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.0359899,0.00570385;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.6252,65.6902;QD=18.0313;RBI=0.0553341,0.0389759;REFB=-0.0253154,-0.0126817;REVB=-0.0420307,-0.0385562;RO=87;SAF=27,5;SAR=43,5;SRF=45;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.133254,-0.0203267;STB=0.557626,0.990406;STBP=0.155,0.278;TYPE=del,snp;VARB=0.0160834,0.0314444;OID=.,.;OPOS=8556640,8556640;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47929,0.00591716:70,10:169:81,1:169:87:33,0:48,1:45:42:99:87:27,5:43,5:45:42 chr3 8676204 . A G 2462.68 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.36;QD=61.1846;RBI=0.0327894;REFB=0;REVB=0.0299558;RO=0;SAF=74;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110974;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:86:74:0:0:86:75:0:0 chr3 8705555 . T C 394.44 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.020411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.666;QD=19.9716;RBI=0.0219935;REFB=0.00486927;REVB=0.00819169;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434276;STB=0.518342;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00486187;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:40:40:0.506329:23:17:18:20:23:17:18:21 chr3 8775661 . C T 309.2 PASS AF=0.367925;AO=38;DP=105;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.00674039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.822;QD=11.6681;RBI=0.00711358;REFB=-0.0103182;REVB=-0.00227377;RO=66;SAF=13;SAR=25;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621994;STB=0.5297;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0170495;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:66:67:38:39:0.367925:25:13:26:40:25:14:27:40 chr3 8809184 . G A 2716.25 PASS AF=0.610127;AO=235;DP=393;FAO=241;FDP=395;FR=.;FRO=154;FSAF=111;FSAR=130;FSRF=73;FSRR=81;FWDB=-7.01827e-05;FXX=0.00252519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.782;QD=27.5063;RBI=0.00288446;REFB=0.00221314;REVB=0.00288361;RO=145;SAF=110;SAR=125;SRF=65;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014109;STB=0.50527;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.000500418;OID=.;OPOS=8809184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:395:145:154:235:241:0.610127:125:110:65:80:130:111:73:81 chr3 8809703 . G A 4335.28 PASS AF=0.992933;AO=274;DP=277;FAO=281;FDP=283;FR=.;FRO=2;FSAF=140;FSAR=141;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00771568;FXX=0.003521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.907;QD=61.276;RBI=0.020299;REFB=-0.0818893;REVB=0.0187755;RO=1;SAF=133;SAR=141;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357166;STB=0.500013;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000594254;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:277:283:1:2:274:281:0.992933:141:133:1:0:141:140:1:1 chr3 8973283 . C G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0538482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4464;QD=17.3213;RBI=0.0538626;REFB=0.00939778;REVB=0.0012452;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24692;STB=0.643363;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0207935;OID=.;OPOS=8973283;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:13:3:7:11:13:3:7:11 chr3 9005078 . C T 3562.57 PASS AF=0.624254;AO=314;DP=503;FAO=314;FDP=503;FR=.;FRO=189;FSAF=107;FSAR=207;FSRF=53;FSRR=136;FWDB=0.00175935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.456;QD=28.3306;RBI=0.00178631;REFB=-0.00648463;REVB=0.000309149;RO=188;SAF=107;SAR=207;SRF=53;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464016;STB=0.525643;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00387027;OID=.;OPOS=9005078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:503:503:188:189:314:314:0.624254:207:107:53:135:207:107:53:136 chr3 9026818 . G A 1491.65 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.232;QD=63.4744;RBI=0.0432126;REFB=0;REVB=0.034471;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42832e-05;OID=.;OPOS=9026818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:53:41:0:0:53:41:0:0 chr3 9091151 . C G 260.47 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0200553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.351;QD=12.115;RBI=0.0263135;REFB=-0.00875904;REVB=-0.0170348;RO=54;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150142;STB=0.580593;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0198657;OID=.;OPOS=9091151;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:55:31:31:0.360465:13:18:24:30:13:18:25:30 chr3 9122948 . A G 2312.61 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.313;QD=63.7962;RBI=0.0236759;REFB=0;REVB=0.0219476;RO=0;SAF=66;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04189e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81951e-05;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:79:66:0:0:79:66:0:0 chr3 9406836 . T C 353.12 PASS AF=0.288235;AO=49;DP=170;FAO=49;FDP=170;FR=.;FRO=121;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=78;FWDB=-0.048449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2221;QD=8.30862;RBI=0.0488567;REFB=0.00179212;REVB=-0.00629851;RO=119;SAF=26;SAR=23;SRF=43;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203569;STB=0.623261;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00544705;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:119:121:49:49:0.288235:23:26:43:76:23:26:43:78 chr3 9422210 . T C 303.0 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00714693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.866;QD=11.3271;RBI=0.0764081;REFB=0.0169015;REVB=-0.0760731;RO=66;SAF=20;SAR=18;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626669;STB=0.540254;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0264868;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:66:69:38:38:0.35514:18:20:31:35:18:20:32:37 chr3 9425911 . G A 322.89 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00066872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.756;QD=14.193;RBI=0.0123753;REFB=-0.01219;REVB=0.0123572;RO=55;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058475;STB=0.533234;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0175918;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:17:19:26:29:17:19:26:29 chr3 9540366 . C G 365.07 PASS AF=0.313725;AO=48;DP=153;FAO=48;FDP=153;FR=.;FRO=105;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=0.00934402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.609;QD=9.5444;RBI=0.0211995;REFB=-0.000115102;REVB=-0.0190291;RO=105;SAF=32;SAR=16;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176155;STB=0.602696;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000233983;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:105:105:48:48:0.313725:16:32:55:50:16:32:55:50 chr3 9747450 . T C 206.3 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0423542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.789;QD=24.2704;RBI=0.0426807;REFB=-0.019419;REVB=-0.0052694;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920605;STB=0.503223;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0101005;OID=.;OPOS=9747450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:19:20:0.588235:7:12:9:5:7:13:9:5 chr3 9768336 . C G 417.27 PASS AF=0.344828;AO=49;DP=145;FAO=50;FDP=145;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.0109094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.89;QD=11.5108;RBI=0.0157128;REFB=-0.00679995;REVB=-0.0113082;RO=94;SAF=36;SAR=13;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230987;STB=0.624795;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.015735;OID=.;OPOS=9768336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:94:95:49:50:0.344828:13:36:52:42:14:36:52:43 chr3 9798773 . C G 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00582745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.32;QD=12.3841;RBI=0.0066257;REFB=0.00561225;REVB=-0.0031529;RO=49;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111992;STB=0.56433;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00658393;OID=.;OPOS=9798773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:13:16:22:27:13:16:22:27 chr3 9798797 . C T 393.72 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0182271;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.215;QD=24.9979;RBI=0.0190361;REFB=-0.0181192;REVB=-0.00549054;RO=25;SAF=20;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536776;STB=0.529396;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00907955;OID=.;OPOS=9798797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:18:20:15:10:18:20:15:10 chr3 9851818 . T C 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0289466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.992;QD=6.26144;RBI=0.0439089;REFB=-0.0104139;REVB=-0.0330165;RO=20;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265835;STB=0.666111;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0272149;OID=.;OPOS=9851818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:20:21:7:7:0.25:1:6:14:6:1:6:15:6 chr3 9918860 . AC A,AA 2775.5 PASS AF=1,0;AO=44,126;DP=174;FAO=174,0;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=69,0;FSAR=105,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284816,-0.0862899;FXX=0.00571396;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.844,147.951;QD=63.8047;RBI=0.0618098,0.129482;REFB=0,0;REVB=-0.0548566,-0.0965389;RO=0;SAF=13,52;SAR=31,74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000153927,0;OID=.,.;OPOS=9918861,9918861;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:44,126:174:174,0:174:0:69,0:105,0:0:0:15:0:13,52:31,74:0:0 chr3 9970031 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9098;QD=57.1758;RBI=0.0370155;REFB=0;REVB=-0.0211741;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79076e-05;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr3 9975247 . C G 613.96 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.091;QD=61.3961;RBI=0.0220914;REFB=0;REVB=0.0208058;RO=0;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11893e-05;OID=.;OPOS=9975247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:7:32:0:0:8:32:0:0 chr3 9976159 . A G 3507.77 PASS AF=1;AO=223;DP=226;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966728;FXX=0.0132737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.491;QD=62.9197;RBI=0.0108597;REFB=0;REVB=0.00494731;RO=0;SAF=104;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235805;OID=.;OPOS=9976159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:223:0:0:223:223:1:119:104:0:0:119:104:0:0 chr3 9991388 . G C 3133.47 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6914;QD=63.9483;RBI=0.0553378;REFB=0;REVB=-0.00173172;RO=0;SAF=84;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1783e-05;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:196:0:0:195:196:1:111:84:0:0:111:85:0:0 chr3 10088266 . G T 188.19 PASS AF=0.211268;AO=30;DP=146;FAO=30;FDP=142;FR=.;FRO=112;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=71;FWDB=0.00668889;FXX=0.0273954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.534;QD=5.30122;RBI=0.0142156;REFB=0.000266687;REVB=0.0125436;RO=115;SAF=14;SAR=16;SRF=44;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10896;STB=0.580501;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.000846911;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:142:115:112:30:30:0.211268:16:14:44:71:16:14:41:71 chr3 10088299 . C T 239.91 PASS AF=0.248227;AO=34;DP=140;FAO=35;FDP=141;FR=.;FRO=106;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=68;FWDB=0.00957506;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.358;QD=6.80606;RBI=0.00963988;REFB=0.00803667;REVB=0.00111599;RO=106;SAF=16;SAR=18;SRF=38;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143044;STB=0.575641;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0110623;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:106:106:34:35:0.248227:18:16:38:68:19:16:38:68 chr3 10088308 . T C 251.52 PASS AF=0.258993;AO=36;DP=139;FAO=36;FDP=139;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=66;FWDB=0.0050097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.081;QD=7.23785;RBI=0.00738558;REFB=-0.00403113;REVB=0.00542675;RO=102;SAF=16;SAR=20;SRF=37;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104065;STB=0.564826;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00855534;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:102:103:36:36:0.258993:20:16:37:65:20:16:37:66 chr3 10088343 . A G 242.32 PASS AF=0.285714;AO=34;DP=119;FAO=34;FDP=119;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.0368584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4435;QD=8.14511;RBI=0.0372492;REFB=0.00690656;REVB=0.00538119;RO=84;SAF=14;SAR=20;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386851;STB=0.517444;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.0378273;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:84:85:34:34:0.285714:20:14:32:52:20:14:33:52 chr3 10088404 . C T 155.74 PASS AF=0.375;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0223415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.884;QD=11.124;RBI=0.0666482;REFB=-0.0454953;REVB=0.062792;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213783;STB=0.60196;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0567764;OID=.;OPOS=10088404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:35:20:21:0.375:7:13:16:19:8:13:16:19 chr3 10089723 . G A 264.27 PASS AF=0.321101;AO=35;DP=108;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=-0.0680925;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.074;QD=9.69814;RBI=0.0682115;REFB=-0.00157729;REVB=-0.00402784;RO=72;SAF=13;SAR=22;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303302;STB=0.524716;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0027306;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:72:74:35:35:0.321101:22:13:25:47:22:13:25:49 chr3 10089738 . A G 209.57 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=103;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=0.0102274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4959;QD=8.13846;RBI=0.023437;REFB=-0.0023767;REVB=0.0210877;RO=73;SAF=10;SAR=19;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216148;STB=0.505572;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0078918;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:73:74:29:29:0.281553:19:10:24:49:19:10:25:49 chr3 10183274 . C T 314.07 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375629;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5465;QD=54.6216;RBI=0.0718123;REFB=0;REVB=0.071714;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158891;OID=.;OPOS=10183274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:21:2:0:0:21:2:0:0 chr3 10251340 . C G 925.67 PASS AF=0.434783;AO=100;DP=230;FAO=100;FDP=230;FR=.;FRO=130;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=61;FSRR=69;FWDB=0.0339205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2088;QD=16.0987;RBI=0.0365668;REFB=0.0046206;REVB=0.0136575;RO=127;SAF=45;SAR=55;SRF=60;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227598;STB=0.510953;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00631344;OID=.;OPOS=10251340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:127:130:100:100:0.434783:55:45:60:67:55:45:61:69 chr3 10276163 . T A 3099.29 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187301;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.633;QD=63.9029;RBI=0.0129984;REFB=0;REVB=0.0128628;RO=0;SAF=100;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63279e-06;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:194:0:0:191:194:1:91:100:0:0:93:101:0:0 chr3 10302045 . C T 743.49 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0556501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.396;QD=60.6929;RBI=0.0556574;REFB=-0.16124;REVB=0.000898263;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171015;STB=0.508768;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000920073;OID=.;OPOS=10302045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:49:1:1:47:48:0.979592:20:27:1:0:20:28:1:0 chr3 10302056 . A G 766.1 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4457;QD=63.8416;RBI=0.0900646;REFB=0;REVB=0.0172007;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908707;OID=.;OPOS=10302056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr3 10302172 . G A 762.54 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0310911;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.051;QD=53.5117;RBI=0.031094;REFB=-0.204963;REVB=0.000425665;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515619;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000695952;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:57:0:2:55:55:0.964912:31:24:0:0:31:24:0:2 chr3 10368948 . G A 2307.51 PASS AF=0.969136;AO=155;DP=162;FAO=157;FDP=162;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=94;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00524542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.335;QD=56.9755;RBI=0.0179875;REFB=0.0180202;REVB=-0.0172057;RO=4;SAF=62;SAR=93;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173721;STB=0.506365;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-9.05777e-05;OID=.;OPOS=10368948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:162:162:4:5:155:157:0.969136:93:62:3:1:94:63:3:2 chr3 10369060 . A G 233.48 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00999891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5627;QD=15.0631;RBI=0.0144436;REFB=-0.0246979;REVB=0.010423;RO=35;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146408;STB=0.58338;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0302018;OID=.;OPOS=10369060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:19:8:15:20:19:8:15:20 chr3 10379923 . C T 1419.67 PASS AF=0.422764;AO=156;DP=369;FAO=156;FDP=369;FR=.;FRO=213;FSAF=64;FSAR=92;FSRF=112;FSRR=101;FWDB=-0.00304938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.051;QD=15.3893;RBI=0.00581637;REFB=-0.0271191;REVB=0.00495292;RO=212;SAF=64;SAR=92;SRF=111;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118333;STB=0.567256;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0350261;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:369:212:213:156:156:0.422764:92:64:111:101:92:64:112:101 chr3 10413601 . G A 1543.63 PASS AF=0.53012;AO=120;DP=239;FAO=132;FDP=249;FR=.,HEALED;FRO=90;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=0.0243883;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5495;QD=24.7972;RBI=0.0302731;REFB=-0.0168671;REVB=0.0179351;RO=66;SAF=64;SAR=56;SRF=52;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171056;STB=0.534569;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.010165;OID=.;OPOS=10413601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:249:66:90:120:132:0.53012:56:64:52:14:67:65:52:38 chr3 10413715 . G A 415.46 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00448438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.273;QD=27.6972;RBI=0.0116204;REFB=0.0209558;REVB=0.0107203;RO=21;SAF=14;SAR=25;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152497;STB=0.508314;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0109821;OID=.;OPOS=10413715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:25:14:8:13:25:14:8:13 chr3 10420087 . T C 773.79 PASS AF=0.585366;AO=72;DP=122;FAO=72;FDP=123;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0021605;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.772;QD=25.164;RBI=0.00290065;REFB=-0.0381841;REVB=0.00193547;RO=50;SAF=34;SAR=38;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960132;STB=0.547981;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0242322;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:50:51:72:72:0.585366:38:34:30:20:38:34:30:21 chr3 10885920 . T C 1047.33 PASS AF=0.417266;AO=116;DP=279;FAO=116;FDP=278;FR=.;FRO=162;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=82;FSRR=80;FWDB=-0.0142273;FXX=0.0071426;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.575;QD=15.0695;RBI=0.0200002;REFB=-0.00832486;REVB=-0.0140567;RO=160;SAF=62;SAR=54;SRF=81;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294215;STB=0.516535;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0127419;OID=.;OPOS=10885920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:278:160:162:116:116:0.417266:54:62:81:79:54:62:82:80 chr3 10967739 . T C 651.45 PASS AF=0.640449;AO=51;DP=83;FAO=57;FDP=89;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0141746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.904;QD=29.2787;RBI=0.0257873;REFB=-0.0316844;REVB=0.0215422;RO=31;SAF=24;SAR=27;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098575;STB=0.536813;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0170418;OID=.;OPOS=10967739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:89:31:32:51:57:0.640449:27:24:19:12:29:28:19:13 chr3 10975849 . C T 657.7 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.000137608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.951;QD=20.237;RBI=0.00368764;REFB=0.00460686;REVB=0.00368507;RO=64;SAF=36;SAR=30;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128003;STB=0.500705;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00542885;OID=.;OPOS=10975849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:64:66:66:0.507692:30:36:35:29:30:36:35:29 chr3 11079070 . C T 863.18 PASS AF=0.369565;AO=103;DP=276;FAO=102;FDP=276;FR=.;FRO=174;FSAF=66;FSAR=36;FSRF=96;FSRR=78;FWDB=-0.00349416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.421;QD=12.5099;RBI=0.0168221;REFB=-0.0102361;REVB=0.0164552;RO=168;SAF=67;SAR=36;SRF=91;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125615;STB=0.56333;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0204704;OID=.;OPOS=11079070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:168:174:103:102:0.369565:36:67:91:77:36:66:96:78 chr3 11302884 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00691893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.224;QD=21.0153;RBI=0.00732449;REFB=-0.0194988;REVB=-0.00240344;RO=13;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645261;STB=0.536539;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0146484;OID=.;OPOS=11302884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:5:11:8:5:5:11:8:5 chr3 11302933 . A G 443.28 PASS AF=0.914286;AO=31;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0199596;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.387;QD=50.6604;RBI=0.0483573;REFB=0.00348813;REVB=0.044046;RO=4;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175211;STB=0.522921;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=2.16714e-05;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:35:4:3:31:32:0.914286:13:18:2:2:13:19:1:2 chr3 11303437 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.514;QD=33.4285;RBI=0.0463506;REFB=0;REVB=-0.0298239;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102548;OID=.;OPOS=11303437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr3 11303874 . T C 1677.03 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.48;QD=60.4335;RBI=0.0175153;REFB=0;REVB=0.00535501;RO=0;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52042e-05;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:64:47:0:0:64:47:0:0 chr3 11596302 . T C 909.55 PASS AF=0.517241;AO=89;DP=173;FAO=90;FDP=174;FR=.;FRO=84;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.021642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.565;QD=20.9091;RBI=0.0253739;REFB=-0.00506216;REVB=0.0132461;RO=84;SAF=46;SAR=43;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569988;STB=0.533675;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00508254;OID=.;OPOS=11596302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:84:84:89:90:0.517241:43:46:38:46:43:47:38:46 chr3 11643465 . T C 1877.3 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=125;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=3.00882e-06;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.081;QD=60.5581;RBI=0.0626384;REFB=-0.205268;REVB=0.0626384;RO=1;SAF=53;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683565;STB=0.503546;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000948735;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:124:1:1:122:123:0.991935:69:53:0:1:70:53:0:1 chr3 11684957 . C T 613.41 PASS AF=0.679487;AO=53;DP=77;FAO=53;FDP=78;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.000187922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.481;QD=31.457;RBI=0.0433107;REFB=-0.00300224;REVB=0.0433103;RO=23;SAF=21;SAR=32;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168604;STB=0.603734;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00172834;OID=.;OPOS=11684957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:23:25:53:53:0.679487:32:21:16:7:32:21:18:7 chr3 11848923 . CCACT C 94.36 PASS AF=0.310345;AO=17;DP=60;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0140976;FXX=0.0333278;HRUN=3;LEN=4;MLLD=248.202;QD=6.50728;RBI=0.0235353;REFB=-0.0140854;REVB=-0.018846;RO=38;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0.302174;SSSB=0.315789;STB=0.659005;STBP=0.112;TYPE=del;VARB=0.0348026;OID=.;OPOS=11848924;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:17:60:18:58:40:11:7:15:25:94:38:11:6:14:24 chr3 11994493 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0312467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.133;QD=17.0333;RBI=0.031698;REFB=-0.00536131;REVB=0.00532938;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791737;STB=0.545403;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00605763;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:13:9:6:12:13:9 chr3 12046076 . T C 820.12 PASS AF=0.983051;AO=59;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0257219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.045;QD=55.6013;RBI=0.0278317;REFB=0.0454117;REVB=0.0106294;RO=0;SAF=5;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504671;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00259828;OID=.;OPOS=12046076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:59:58:0.983051:54:5:0:0:53:5:0:1 chr3 12046123 . A C 38.77 PASS AF=0.833333;AO=3;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.177651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.3892;QD=6.46156;RBI=0.179911;REFB=-0.134372;REVB=0.0284247;RO=21;SAF=1;SAR=2;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408036;STB=0.562431;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.310833;OID=.;OPOS=12046123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:24:24:21:4:3:20:0.833333:2:1:2:19:18:2:1:3 chr3 12046124 . AG AGC,GC 233.64 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,17;DP=20;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=2,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415429,-0.081444;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=28.722,61.6966;QD=49.1871;RBI=0.0348675,0.0938634;REFB=0,0;REVB=-0.0346191,-0.0466605;RO=1;SAF=0,1;SAR=2,16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.298625;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0242735,-0.042903;OID=.,.;OPOS=12046126,12046124;OREF=-,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AGC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:20:19:1:0:2,17:2,17:0.105263,0.894737:2,16:0,1:1:0:2,16:0,1:0:0 chr3 12046131 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.823;QD=47.822;RBI=0.0865116;REFB=0;REVB=-0.0381984;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108325;OID=.;OPOS=12046131;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr3 12229015 . A G 3536.77 PASS AF=1;AO=224;DP=232;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273187;FXX=0.0341866;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.19;QD=62.5978;RBI=0.0299479;REFB=-0.0785701;REVB=-0.0122706;RO=1;SAF=56;SAR=168;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00282809;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100628;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:232:226:1:0:224:226:1:168:56:0:1:170:56:0:0 chr3 12232074 . A G 2160.0 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.563;QD=63.0657;RBI=0.0279127;REFB=0;REVB=0.00348793;RO=0;SAF=63;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.57773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66141e-05;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:73:63:0:0:74:63:0:0 chr3 12422901 . T C 839.48 PASS AF=0.587786;AO=77;DP=131;FAO=77;FDP=131;FR=.;FRO=54;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0171929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9276;QD=25.633;RBI=0.0392156;REFB=0.00363425;REVB=-0.0352458;RO=52;SAF=43;SAR=34;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721978;STB=0.531915;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00195877;OID=.;OPOS=12422901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:52:54:77:77:0.587786:34:43:24:28:34:43:26:28 chr3 12790243 . GAAA GAA,GAAG 623.72 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=10,8;DP=66;FAO=54,12;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=8,12;FSAR=46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124988,-0.00361273;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.8307,226.26;QD=37.8011;RBI=0.992641,0.0709131;REFB=0,0;REVB=0.984741,0.070821;RO=41;SAF=7,8;SAR=3,0;SRF=0;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0.593548,0;SSSB=0.782785,0.890125;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0177955,0.133166;OID=.,.;OPOS=12790244,12790246;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.818182,0.181818:10,8:66:54,12:66:0:8,12:46,0:0:0:66:41:7,8:3,0:0:41 chr3 12810755 . G C 2162.82 PASS AF=0.493274;AO=213;DP=438;FAO=220;FDP=446;FR=.;FRO=226;FSAF=111;FSAR=109;FSRF=95;FSRR=131;FWDB=-0.0639311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0076;QD=19.3975;RBI=0.0639948;REFB=-0.016334;REVB=-0.00285553;RO=211;SAF=108;SAR=105;SRF=94;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559502;STB=0.542629;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.01892;OID=.;OPOS=12810755;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:446:211:226:213:220:0.493274:105:108:94:117:109:111:95:131 chr3 12810783 . C T 1565.96 PASS AF=0.49226;AO=157;DP=321;FAO=159;FDP=323;FR=.;FRO=164;FSAF=91;FSAR=68;FSRF=87;FSRR=77;FWDB=0.0968777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3333;QD=19.3927;RBI=0.0984223;REFB=-0.0103381;REVB=0.0173684;RO=162;SAF=89;SAR=68;SRF=86;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033755;STB=0.521559;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00943553;OID=.;OPOS=12810783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:323:162:164:157:159:0.49226:68:89:86:76:68:91:87:77 chr3 12838293 . G C 1812.37 PASS AF=0.602888;AO=144;DP=254;FAO=167;FDP=277;FR=.;FRO=110;FSAF=73;FSAR=94;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=0.0730087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.68;QD=26.1714;RBI=0.0730625;REFB=-0.0255733;REVB=0.00280285;RO=109;SAF=57;SAR=87;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140666;STB=0.511343;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.017087;OID=.;OPOS=12838293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:277:109:110:144:167:0.602888:87:57:45:64:94:73:45:65 chr3 12848822 . T C 384.69 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0295383;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5328;QD=22.6291;RBI=0.0487575;REFB=-0.0129336;REVB=-0.0387916;RO=29;SAF=15;SAR=23;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706899;STB=0.544532;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00808079;OID=.;OPOS=12848822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:29:30:38:38:0.558824:23:15:9:20:23:15:9:21 chr3 12856856 . AGC CAG,GGC 340.69 PASS AF=0,0.479452;AO=5,28;DP=71;FAO=0,35;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=0,14;FSAR=0,21;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0224653,-0.0158715;FXX=0.0266631;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=33.2904,202.004;QD=18.6677;RBI=0.156698,0.0176139;REFB=0.00040068,-0.0130771;REVB=-0.15508,0.00763842;RO=26;SAF=0,14;SAR=5,14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.675518,-0.0331855;STB=0.5,0.502889;STBP=1,0.973;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0113992;OID=.,.;OPOS=12856856,12856856;OREF=AGC,A;OALT=CAG,G;OMAPALT=CAG,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:71:73:26:37:5,28:0,35:0,0.479452:5,14:0,14:14:12:0,21:0,14:15:22 chr3 12857493 . C T 1019.79 PASS AF=0.421642;AO=113;DP=268;FAO=113;FDP=268;FR=.;FRO=155;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=77;FSRR=78;FWDB=-0.0572788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3971;QD=15.2207;RBI=0.0646135;REFB=-0.0026574;REVB=-0.0299006;RO=154;SAF=62;SAR=51;SRF=77;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505616;STB=0.53012;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00412548;OID=.;OPOS=12857493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:154:155:113:113:0.421642:51:62:77:77:51:62:77:78 chr3 12858028 . T C 1381.63 PASS AF=0.509158;AO=132;DP=266;FAO=139;FDP=273;FR=.;FRO=134;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=64;FSRR=70;FWDB=0.00206385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.883;QD=20.2437;RBI=0.022768;REFB=-0.0159681;REVB=0.0226742;RO=134;SAF=67;SAR=65;SRF=64;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027494;STB=0.51628;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.014446;OID=.;OPOS=12858028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:273:134:134:132:139:0.509158:65:67:64:70:68:71:64:70 chr3 12858557 . A G 540.98 PASS AF=0.335025;AO=66;DP=197;FAO=66;FDP=197;FR=.;FRO=131;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=77;FWDB=0.00546413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.776;QD=10.9843;RBI=0.0367718;REFB=-0.0114244;REVB=-0.0363636;RO=129;SAF=36;SAR=30;SRF=52;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163187;STB=0.587886;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.017994;OID=.;OPOS=12858557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:129:131:66:66:0.335025:30:36:52:77:30:36:54:77 chr3 12859004 . A C 1231.44 PASS AF=0.517241;AO=116;DP=228;FAO=120;FDP=232;FR=.;FRO=112;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=0.00246756;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.952;QD=21.2316;RBI=0.00554815;REFB=-0.0204511;REVB=0.00496922;RO=112;SAF=54;SAR=62;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252794;STB=0.510143;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0180858;OID=.;OPOS=12859004;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:232:112:112:116:120:0.517241:62:54:49:63:65:55:49:63 chr3 13358204 . G A 2280.97 PASS AF=0.993421;AO=148;DP=149;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.106711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8629;QD=60.0254;RBI=0.139024;REFB=0.0530147;REVB=0.089109;RO=0;SAF=76;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85252e-08;STB=0.503225;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000214607;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:152:0:1:148:151:0.993421:72:76:0:0:74:77:1:0 chr3 13361287 . C T 3698.42 PASS AF=0.963855;AO=240;DP=249;FAO=240;FDP=249;FR=.;FRO=9;FSAF=113;FSAR=127;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0162143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.537;QD=59.4124;RBI=0.0625558;REFB=-0.0384537;REVB=0.060418;RO=6;SAF=113;SAR=127;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246294;STB=0.507096;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000150983;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:249:249:6:9:240:240:0.963855:127:113:6:0:127:113:6:3 chr3 13361391 . A G 4279.05 PASS AF=1;AO=272;DP=272;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.186;QD=62.9271;RBI=0.0203164;REFB=0;REVB=0.0201063;RO=0;SAF=112;SAR=160;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73827e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22992e-06;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:272:272:0:0:272:272:1:160:112:0:0:160:112:0:0 chr3 13364876 . G T 2331.88 PASS AF=0.981132;AO=152;DP=155;FAO=156;FDP=159;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0259819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9838;QD=58.6636;RBI=0.0830647;REFB=-0.125078;REVB=0.0788967;RO=3;SAF=77;SAR=75;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00589366;STB=0.503024;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00268409;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:155:159:3:3:152:156:0.981132:75:77:2:1:77:79:2:1 chr3 13367406 . C T 3696.93 PASS AF=0.991632;AO=236;DP=239;FAO=237;FDP=239;FR=.;FRO=2;FSAF=106;FSAR=131;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0256401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.903;QD=61.8734;RBI=0.0268957;REFB=-0.138085;REVB=0.00812168;RO=3;SAF=105;SAR=131;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00536601;STB=0.500446;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000199978;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:239:239:3:2:236:237:0.991632:131:105:2:1:131:106:1:1 chr3 13612020 . T C 898.4 PASS AF=0.404762;AO=102;DP=252;FAO=102;FDP=252;FR=.;FRO=150;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=77;FSRR=73;FWDB=-0.0563832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4211;QD=14.2603;RBI=0.0563856;REFB=-0.0112608;REVB=-0.000527875;RO=147;SAF=51;SAR=51;SRF=76;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179455;STB=0.507935;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0169112;OID=.;OPOS=13612020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:147:150:102:102:0.404762:51:51:76:71:51:51:77:73 chr3 13612296 . C T 469.19 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0331939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6262;QD=18.5816;RBI=0.0345607;REFB=-0.00595026;REVB=-0.0096231;RO=52;SAF=27;SAR=22;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830658;STB=0.546098;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00733412;OID=.;OPOS=13612296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:22:27:24:28:22:27:24:28 chr3 13612936 . A G 3711.9 PASS AF=1;AO=231;DP=233;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518716;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.708;QD=62.9136;RBI=0.0064989;REFB=-0.0189404;REVB=-0.00391523;RO=2;SAF=122;SAR=109;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87484e-05;OID=.;OPOS=13612936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:233:236:2:0:231:236:1:109:122:0:2:113:123:0:0 chr3 13670481 . A G 1894.25 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1436;QD=61.6016;RBI=0.0546812;REFB=0;REVB=-0.0355322;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40748e-05;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:64:58:0:0:64:59:0:0 chr3 13670536 . A G 1486.91 PASS AF=0.972727;AO=98;DP=103;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.134708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.2994;QD=54.0694;RBI=0.134858;REFB=-0.174938;REVB=-0.0063605;RO=4;SAF=36;SAR=62;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303123;STB=0.508491;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0119915;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:110:4:3:98:107:0.972727:62:36:3:1:67:40:2:1 chr3 13670776 . T C 1136.61 PASS AF=0.911111;AO=52;DP=93;FAO=82;FDP=90;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.00440493;FXX=0.0322546;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.807;QD=50.5161;RBI=0.0268458;REFB=-0.165961;REVB=0.026482;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.539206;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0126729;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:90:0:8:52:82:0.911111:34:18:0:0:47:35:0:8 chr3 13679203 . G A 1023.9 PASS AF=0.545946;AO=95;DP=176;FAO=101;FDP=185;FR=.;FRO=84;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.00293562;FXX=0.0159566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.99;QD=22.1384;RBI=0.00494849;REFB=-0.0241516;REVB=-0.00398368;RO=78;SAF=49;SAR=46;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448024;STB=0.542705;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0227335;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:185:78:84:95:101:0.545946:46:49:36:42:47:54:37:47 chr3 13679335 . C T 865.85 PASS AF=0.576642;AO=79;DP=139;FAO=79;FDP=137;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0246438;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.874;QD=25.2802;RBI=0.025142;REFB=-0.030871;REVB=0.00498019;RO=57;SAF=34;SAR=45;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10128;STB=0.558836;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0120845;OID=.;OPOS=13679335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:57:58:79:79:0.576642:45:34:32:25:45:34:33:25 chr3 13679688 . T A 454.31 PASS AF=0.302564;AO=59;DP=195;FAO=59;FDP=195;FR=.;FRO=136;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=61;FSRR=75;FWDB=-0.0117554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.671;QD=9.31919;RBI=0.0129846;REFB=-0.00565489;REVB=-0.00551461;RO=136;SAF=24;SAR=35;SRF=61;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511957;STB=0.529821;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0130832;OID=.;OPOS=13679688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:136:136:59:59:0.302564:35:24:61:75:35:24:61:75 chr3 13679695 . C A 453.63 PASS AF=0.30102;AO=58;DP=195;FAO=59;FDP=196;FR=.;FRO=137;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=78;FWDB=0.0155242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2445;QD=9.2577;RBI=0.0170937;REFB=-0.00993906;REVB=-0.00715495;RO=131;SAF=23;SAR=35;SRF=57;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474474;STB=0.517174;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0207797;OID=.;OPOS=13679695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:131:137:58:59:0.30102:35:23:57:74:35:24:59:78 chr3 13679708 . C A 429.63 PASS AF=0.290816;AO=57;DP=194;FAO=57;FDP=196;FR=.;FRO=139;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=80;FWDB=0.0156907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6024;QD=8.76795;RBI=0.0217912;REFB=-0.00215847;REVB=-0.0151214;RO=137;SAF=22;SAR=35;SRF=58;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469901;STB=0.528415;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00483722;OID=.;OPOS=13679708;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:137:139:57:57:0.290816:35:22:58:79:35:22:59:80 chr3 13896140 . A G 673.12 PASS AF=0.334661;AO=84;DP=250;FAO=84;FDP=251;FR=.;FRO=167;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=86;FSRR=81;FWDB=-0.0405963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.679;QD=10.727;RBI=0.0406095;REFB=-0.0162306;REVB=0.00103424;RO=160;SAF=34;SAR=50;SRF=79;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103556;STB=0.573925;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0345736;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:251:160:167:84:84:0.334661:50:34:79:81:50:34:86:81 chr3 13896284 . C T 1198.57 PASS AF=0.358586;AO=142;DP=396;FAO=142;FDP=396;FR=.;FRO=254;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=108;FSRR=146;FWDB=0.0164541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.823;QD=12.1068;RBI=0.0228529;REFB=0.00231652;REVB=0.0158593;RO=250;SAF=72;SAR=70;SRF=105;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981287;STB=0.552422;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0046658;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:396:250:254:142:142:0.358586:70:72:105:145:70:72:108:146 chr3 14106499 . G A 506.96 PASS AF=0.346369;AO=62;DP=181;FAO=62;FDP=179;FR=.;FRO=117;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=65;FWDB=0.0335216;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.123;QD=11.3288;RBI=0.0339709;REFB=0.00237524;REVB=0.00550638;RO=116;SAF=41;SAR=21;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245935;STB=0.643501;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00520265;OID=.;OPOS=14106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:179:116:117:62:62:0.346369:21:41:52:64:21:41:52:65 chr3 14106760 . C G 298.32 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0731559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.159;QD=29.8323;RBI=0.0739605;REFB=-0.0171374;REVB=-0.0108798;RO=14;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269005;STB=0.645739;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00897435;OID=.;OPOS=14106760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:17:9:0:14:17:9:0:14 chr3 14174427 . A T 1048.13 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00542933;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.524;QD=58.2294;RBI=0.0120953;REFB=-0.0945922;REVB=0.0108082;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141139;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000128084;OID=.;OPOS=14174427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:38:33:1:0:38:33:1:0 chr3 14175262 . T C 1537.78 PASS AF=0.990654;AO=107;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00366181;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.398;QD=57.487;RBI=0.00704528;REFB=-0.190262;REVB=-0.0060189;RO=1;SAF=75;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145992;STB=0.507935;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000748552;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:1:1:107:106:0.990654:32:75:0:1:31:75:0:1 chr3 14184056 . AAAAACAAAACA AAAAAC,AAAAACA 210.48 PASS AF=0.0204082,0.571429;AO=8,9;DP=55;FAO=1,28;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=1,17;FSAR=0,11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00666991,0.00556179;FXX=0.124978;HRUN=4,4;LEN=6,5;MLLD=219.354,223.684;QD=17.1818;RBI=0.00685901,0.00644048;REFB=-0.0219703,-0.0211481;REVB=0.0015995,0.00324752;RO=19;SAF=8,6;SAR=0,3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.710353,-0.0913134;STB=0.986058,0.541241;STBP=0.483,0.502;TYPE=del,del;VARB=0.0210313,0.0181273;OID=.,.;OPOS=14184062,14184057;OREF=AAAACA,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=AAAAAC,AAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0204082,0.571429:8,9:55:1,28:49:20:1,17:0,11:14:6:99:19:8,6:0,3:14:5 chr3 14187449 . G T 2292.57 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723873;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.98;QD=61.1351;RBI=0.0348544;REFB=0;REVB=0.0340944;RO=0;SAF=77;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86151e-05;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:72:77:0:0:71:79:0:0 chr3 14197987 . A T 728.21 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.004;QD=56.016;RBI=0.0252424;REFB=0;REVB=0.00574185;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0455e-05;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:52:0:0:46:52:1:25:21:0:0:28:24:0:0 chr3 14199887 . G A 412.51 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0370462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8827;QD=27.0498;RBI=0.0401379;REFB=-0.0382001;REVB=-0.0154476;RO=22;SAF=23;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300473;STB=0.516399;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0249821;OID=.;OPOS=14199887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:16:23:12:10:16:23:12:10 chr3 14436184 . GT G 2266.06 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293579;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.943;QD=62.512;RBI=0.0299854;REFB=0;REVB=0.00610219;RO=0;SAF=72;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000830612;OID=.;OPOS=14436185;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:139:140:145:145:0:77:68:0:0:12:0:72:67:0:0 chr3 14526656 . A G 236.56 PASS AF=0.611111;AO=21;DP=35;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0666259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.466;QD=26.2846;RBI=0.0843417;REFB=-0.0032531;REVB=-0.0517156;RO=14;SAF=14;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22848;STB=0.610155;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000261244;OID=.;OPOS=14526656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:14:14:21:22:0.611111:7:14:5:9:8:14:5:9 chr3 14551343 . C T 551.96 PASS AF=0.360656;AO=65;DP=182;FAO=66;FDP=183;FR=.;FRO=117;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=59;FWDB=0.0155052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1711;QD=12.0646;RBI=0.020362;REFB=-0.00514601;REVB=-0.0131985;RO=117;SAF=36;SAR=29;SRF=58;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06577;STB=0.541661;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0108193;OID=.;OPOS=14551343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:117:117:65:66:0.360656:29:36:58:59:29:37:58:59 chr3 14551444 . A G 2924.62 PASS AF=0.994652;AO=185;DP=186;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0478315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.513;QD=62.5588;RBI=0.0501826;REFB=0.0432711;REVB=-0.0151801;RO=0;SAF=96;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.94964e-08;STB=0.50259;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00020919;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:187:0:1:185:186:0.994652:89:96:0:0:90:96:1:0 chr3 14552994 . A G 1195.67 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532413;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.2215;QD=58.3254;RBI=0.0948517;REFB=0;REVB=0.0784997;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00636611;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:82:0:0:74:82:1:38:36:0:0:40:42:0:0 chr3 14555216 . T C 1749.25 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8911;QD=60.8434;RBI=0.0430558;REFB=0;REVB=-0.0309231;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195577;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:59:56:0:0:59:56:0:0 chr3 14555811 . A G 999.9 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2258;QD=58.8178;RBI=0.0388061;REFB=0;REVB=0.0169087;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168004;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:68:0:0:63:68:1:34:29:0:0:38:30:0:0 chr3 14561627 . A AG 1129.41 PASS AF=1;AO=111;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.9271;QD=37.3357;RBI=0.0999563;REFB=0;REVB=-0.080286;RO=6;SAF=58;SAR=53;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219328;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.80093e-05;OID=.;OPOS=14561628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:111:122:121:121:0:62:59:0:0:24:6:58:53:3:3 chr3 14563218 . C T 656.68 PASS AF=0.458904;AO=67;DP=146;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0286437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.032;QD=17.9912;RBI=0.0313948;REFB=-0.00401068;REVB=0.012852;RO=79;SAF=38;SAR=29;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145067;STB=0.580542;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0055487;OID=.;OPOS=14563218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:79:79:67:67:0.458904:29:38:33:46:29:38:33:46 chr3 14563258 . A G 2216.19 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8;QD=63.3196;RBI=0.0480519;REFB=0;REVB=-0.0475197;RO=0;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146002;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:69:71:0:0:69:71:0:0 chr3 14798976 . G A 1411.47 PASS AF=0.345029;AO=172;DP=508;FAO=177;FDP=513;FR=.;FRO=336;FSAF=76;FSAR=101;FSRF=163;FSRR=173;FWDB=-0.0180935;FXX=0.00581384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.338;QD=11.0056;RBI=0.0212727;REFB=-0.00616586;REVB=0.0111872;RO=333;SAF=72;SAR=100;SRF=160;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725926;STB=0.536859;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0117139;OID=.;OPOS=14798976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:508:513:333:336:172:177:0.345029:100:72:160:173:101:76:163:173 chr3 14801487 . G A 556.19 PASS AF=0.391566;AO=65;DP=166;FAO=65;FDP=166;FR=.;FRO=101;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0114787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.007;QD=13.4021;RBI=0.0115438;REFB=-0.0180787;REVB=-0.00122385;RO=101;SAF=24;SAR=41;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107484;STB=0.560759;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0285386;OID=.;OPOS=14801487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:101:101:65:65:0.391566:41:24:47:54:41:24:47:54 chr3 14939479 . G T 892.61 PASS AF=0.586957;AO=79;DP=136;FAO=81;FDP=138;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0236769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8086;QD=25.8728;RBI=0.0501542;REFB=-0.0168663;REVB=0.0442137;RO=57;SAF=41;SAR=38;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599473;STB=0.537336;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.015189;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:57:57:79:81:0.586957:38:41:34:23:40:41:34:23 chr3 15084878 . TAT ATA 1402.46 PASS AF=1;AO=13;DP=108;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996249;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=3;MLLD=167.974;QD=63.7481;RBI=0.260764;REFB=0;REVB=0.260574;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115263;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000724235;OID=.;OPOS=15084878;OREF=TAT;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:108:88:13:0:13:88:1:11:2:3:10:53:35:0:0 chr3 15113519 . C T 364.03 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00624299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.056;QD=12.7728;RBI=0.0219188;REFB=-0.0112456;REVB=-0.021011;RO=69;SAF=20;SAR=24;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00572049;STB=0.501607;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0164268;OID=.;OPOS=15113519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:69:70:44:44:0.385965:24:20:31:38:24:20:32:38 chr3 15115478 . C T 267.67 PASS AF=0.282443;AO=37;DP=131;FAO=37;FDP=131;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0024198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.507;QD=8.17323;RBI=0.0136122;REFB=-0.0121798;REVB=-0.0133954;RO=93;SAF=21;SAR=16;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190702;STB=0.615574;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0258101;OID=.;OPOS=15115478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:93:94:37:37:0.282443:16:21:38:55:16:21:38:56 chr3 15115723 . T C 568.3 PASS AF=0.370166;AO=67;DP=181;FAO=67;FDP=181;FR=.;FRO=114;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=0.0412727;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0657;QD=12.559;RBI=0.0463871;REFB=0.00951886;REVB=0.0211737;RO=113;SAF=22;SAR=45;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221437;STB=0.628795;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0114073;OID=.;OPOS=15115723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:113:114:67:67:0.370166:45:22:59:54:45:22:60:54 chr3 15115872 . A G 422.59 PASS AF=0.395161;AO=49;DP=124;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0447432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5324;QD=13.6319;RBI=0.0797207;REFB=-0.00655059;REVB=-0.0659806;RO=72;SAF=27;SAR=22;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539996;STB=0.526949;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00785822;OID=.;OPOS=15115872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:75:49:49:0.395161:22:27:36:36:22:27:38:37 chr3 15117125 . G A 296.02 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0185199;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.448;QD=12.5966;RBI=0.023737;REFB=-0.0332669;REVB=-0.0148478;RO=56;SAF=10;SAR=24;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123013;STB=0.54146;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0575327;OID=.;OPOS=15117125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:56:60:34:34:0.361702:24:10:17:39:24:10:21:39 chr3 15216429 . C T 1040.66 PASS AF=0.625;AO=90;DP=144;FAO=90;FDP=144;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.0355859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1471;QD=28.9072;RBI=0.0418496;REFB=0.0464931;REVB=-0.0220235;RO=54;SAF=38;SAR=52;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091005;STB=0.549122;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0179064;OID=.;OPOS=15216429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:54:54:90:90:0.625:52:38:16:38:52:38:16:38 chr3 15216703 . A T 756.83 PASS AF=0.614035;AO=70;DP=114;FAO=70;FDP=114;FR=.;FRO=44;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.000694453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.916;QD=26.5554;RBI=0.0144501;REFB=0.0121956;REVB=-0.0144334;RO=44;SAF=37;SAR=33;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365096;STB=0.519814;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00760098;OID=.;OPOS=15216703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:44:44:70:70:0.614035:33:37:21:23:33:37:21:23 chr3 15492150 . C T 1387.45 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00302437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9191;QD=60.3238;RBI=0.0316632;REFB=0.0271333;REVB=-0.0315184;RO=2;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160628;STB=0.508473;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00250054;OID=.;OPOS=15492150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:58:32:0:2:58:32:0:2 chr3 15492786 . T A 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.812;QD=61.3743;RBI=0.05425;REFB=0;REVB=-0.0524483;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53438e-05;OID=.;OPOS=15492786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr3 15492807 . G A 1418.22 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464154;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6051;QD=63.0322;RBI=0.124741;REFB=0;REVB=0.124655;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407595;OID=.;OPOS=15492807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr3 15509327 . C G 2780.75 PASS AF=0.962963;AO=182;DP=192;FAO=182;FDP=189;FR=.;FRO=7;FSAF=80;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00632133;FXX=0.0156242;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.969;QD=58.8519;RBI=0.0257274;REFB=-0.0779623;REVB=0.0249387;RO=7;SAF=80;SAR=102;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315523;STB=0.516586;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00419227;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:192:189:7:7:182:182:0.962963:102:80:0:7:102:80:0:7 chr3 15515695 . C T 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00028378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.913;QD=57.8832;RBI=0.0282096;REFB=0;REVB=-0.0282082;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133579;OID=.;OPOS=15515695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:21:39:0:0:21:39:0:0 chr3 15516481 . T C 1745.67 PASS AF=0.983193;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0947387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.7331;QD=58.6781;RBI=0.0947905;REFB=0.0430714;REVB=0.00313061;RO=2;SAF=48;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193733;STB=0.510202;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000782033;OID=.;OPOS=15516481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:119:2:2:116:117:0.983193:68:48:2:0:69:48:2:0 chr3 15548131 . A G 702.97 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0213123;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.773;QD=51.1247;RBI=0.0222706;REFB=0.0346121;REVB=-0.00646273;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159663;STB=0.512363;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000694604;OID=.;OPOS=15548131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:55:1:3:52:52:0.945455:23:29:1:0:23:29:1:2 chr3 15548227 . G A 2159.11 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.8;QD=63.0396;RBI=0.0310447;REFB=0;REVB=0.0241424;RO=0;SAF=64;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85438e-06;OID=.;OPOS=15548227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:72:64:0:0:73:64:0:0 chr3 15613276 . GCTTA AGCTG,GCT,GCTGA 108.17 PASS AF=0.0833333,0,0.916667;AO=2,6,17;DP=28;FAO=1,0,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,2;FSAR=0,0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00021656,-0.000125823,-8.08471e-05;FXX=0.249844;HRUN=1,2,2;LEN=5,2,1;MLLD=63.7063,14.8847,67.7627;QD=36.0557;RBI=0.345767,0.290057,0.204206;REFB=0,0,0;REVB=-0.345767,-0.290057,-0.204206;RO=0;SAF=2,0,11;SAR=0,6,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0604574,-0.454593,0.142831;OID=.,.,.;OPOS=15613276,15613279,15613279;OREF=GCTTA,TA,T;OALT=AGCTG,-,G;OMAPALT=AGCTG,GCT,GCTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:9:28:12:0:0:2,6,17:1,0,11:0.0833333,0,0.916667:0,6,6:2,0,11:0:0:0,0,9:1,0,2:0:0 chr3 15643043 . A G 1116.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000731751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.842;QD=60.3697;RBI=0.0112018;REFB=0;REVB=0.0111779;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21792e-05;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr3 15643175 . G A 1353.26 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.856;QD=61.512;RBI=0.0178597;REFB=0;REVB=0.0153213;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154616;OID=.;OPOS=15643175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:85:88:1:47:38:0:0:50:38:0:0 chr3 15686776 . T C 1632.67 PASS AF=0.548043;AO=154;DP=281;FAO=154;FDP=281;FR=.;FRO=127;FSAF=94;FSAR=60;FSRF=57;FSRR=70;FWDB=-0.0029731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.475;QD=23.2409;RBI=0.0186076;REFB=-0.00364507;REVB=0.0183685;RO=125;SAF=94;SAR=60;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135919;STB=0.574238;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00220926;OID=.;OPOS=15686776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:125:127:154:154:0.548043:60:94:56:69:60:94:57:70 chr3 15710011 . T C 617.52 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164396;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.554;QD=61.7516;RBI=0.0484994;REFB=0;REVB=0.0456282;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100309;OID=.;OPOS=15710011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr3 16261420 . C T 382.43 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0191329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.594;QD=13.5374;RBI=0.022725;REFB=-0.0250316;REVB=-0.0122621;RO=67;SAF=27;SAR=18;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131991;STB=0.501844;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0423965;OID=.;OPOS=16261420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:68:45:45:0.39823:18:27:41:26:18:27:41:27 chr3 16305674 . C G 1108.54 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.172773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2348;QD=59.9212;RBI=0.173374;REFB=0;REVB=0.0144216;RO=0;SAF=13;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726534;OID=.;OPOS=16305674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:74:0:0:66:74:1:53:13:0:0:53:21:0:0 chr3 16312564 . C T 2205.15 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0115505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.581;QD=61.6825;RBI=0.0327181;REFB=-0.083782;REVB=0.0306114;RO=2;SAF=63;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148533;STB=0.507811;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00144343;OID=.;OPOS=16312564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:2:2:141:141:0.986014:78:63:2:0:78:63:2:0 chr3 16327855 . T G 3388.7 PASS AF=0.978166;AO=228;DP=230;FAO=224;FDP=229;FR=.;FRO=5;FSAF=113;FSAR=111;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0137532;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.201;QD=59.1913;RBI=0.0370153;REFB=-0.101765;REVB=0.0343654;RO=0;SAF=117;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506453;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00400829;OID=.;OPOS=16327855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:230:229:0:5:228:224:0.978166:111:117:0:0:111:113:4:1 chr3 16457700 . C T 404.85 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0118306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6198;QD=32.3883;RBI=0.0154923;REFB=0.00339469;REVB=0.0100024;RO=16;SAF=8;SAR=25;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225891;STB=0.637304;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00142475;OID=.;OPOS=16457700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:17:33:33:0.66:25:8:9:7:25:8:10:7 chr3 16535229 . C T 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0268236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.686;QD=21.8932;RBI=0.0286718;REFB=-0.0140625;REVB=-0.0101277;RO=36;SAF=14;SAR=28;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534128;STB=0.529398;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0136232;OID=.;OPOS=16535229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:28:14:10:26:28:14:10:26 chr3 16646745 . C G 1098.26 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.494;QD=60.1786;RBI=0.0245991;REFB=0;REVB=0.0226952;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103702;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr3 16926666 . T G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.898;QD=46.8419;RBI=0.0541089;REFB=0;REVB=0.0540839;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004776;OID=.;OPOS=16926666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr3 17051328 . T C 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.012171;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.693;QD=8.50805;RBI=0.0123746;REFB=-0.00303688;REVB=-0.00223551;RO=30;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123852;STB=0.590009;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00808835;OID=.;OPOS=17051328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:30:31:12:12:0.27907:4:8:17:13:4:8:17:14 chr3 17053499 . A G 255.78 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0086978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8865;QD=11.3679;RBI=0.0757223;REFB=-0.00182355;REVB=-0.0752211;RO=58;SAF=13;SAR=18;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091634;STB=0.558807;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00199367;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:58:59:31:31:0.344444:18:13:29:29:18:13:30:29 chr3 17300057 . T C 329.09 PASS AF=0.336;AO=26;DP=127;FAO=42;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.0427069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8812;QD=10.531;RBI=0.0570407;REFB=-0.0116036;REVB=-0.0378122;RO=63;SAF=18;SAR=8;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117398;STB=0.503495;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0218979;OID=.;OPOS=17300057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:63:83:26:42:0.336:8:18:38:25:24:18:36:47 chr3 17741409 . C G 1796.01 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613746;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0839;QD=61.402;RBI=0.0139293;REFB=0;REVB=0.0125043;RO=0;SAF=46;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014662;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:117:117:1:71:46:0:0:71:46:0:0 chr3 18055231 . A C 1624.66 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.846;QD=60.1727;RBI=0.0571671;REFB=0;REVB=0.0219955;RO=0;SAF=39;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95179e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22129e-05;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:68:39:0:0:69:39:0:0 chr3 18427924 . G T 3929.7 PASS AF=0.907895;AO=276;DP=304;FAO=276;FDP=304;FR=.;FRO=28;FSAF=133;FSAR=143;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=0.00684935;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.851;QD=51.7066;RBI=0.00958916;REFB=-0.00393477;REVB=-0.00671107;RO=25;SAF=133;SAR=143;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573292;STB=0.534645;STBP=0;TYPE=snp;VARB=4.58759e-05;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:304:304:25:28:276:276:0.907895:143:133:3:22:143:133:3:25 chr3 18427925 . G T 63.98 PASS AF=0.0784314;AO=24;DP=306;FAO=24;FDP=306;FR=.;FRO=282;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=134;FSRR=148;FWDB=-0.000146699;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.06;QD=0.836301;RBI=0.0438997;REFB=-0.0197607;REVB=0.0438994;RO=282;SAF=2;SAR=22;SRF=134;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477153;STB=0.897598;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0404777;OID=.;OPOS=18427925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:306:306:282:282:24:24:0.0784314:22:2:134:148:22:2:134:148 chr3 18459188 . A G 835.75 PASS AF=0.578947;AO=77;DP=133;FAO=77;FDP=133;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00808086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.866;QD=25.1352;RBI=0.00827623;REFB=-0.0133657;REVB=0.00178765;RO=56;SAF=39;SAR=38;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740256;STB=0.540282;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0127712;OID=.;OPOS=18459188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:56:56:77:77:0.578947:38:39:23:33:38:39:23:33 chr3 19930130 . A T 966.11 PASS AF=0.644444;AO=81;DP=129;FAO=87;FDP=135;FR=.;FRO=48;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0113742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.474;QD=28.6254;RBI=0.0133189;REFB=-0.0414688;REVB=-0.00692974;RO=48;SAF=32;SAR=49;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144793;STB=0.522445;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0219835;OID=.;OPOS=19930130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:135:48:48:81:87:0.644444:49:32:18:30:49:38:18:30 chr3 19959756 . G A 389.87 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=51;FWDB=-0.00647365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.168;QD=13.216;RBI=0.0151628;REFB=0.000498478;REVB=0.0137114;RO=70;SAF=21;SAR=25;SRF=21;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172005;STB=0.603132;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.000887936;OID=.;OPOS=19959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:70:72:46:46:0.389831:25:21:21:49:25:21:21:51 chr3 19961330 . CT TC 240.46 PASS AF=0.276423;AO=34;DP=125;FAO=34;FDP=123;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.0028657;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=2;MLLD=124.37;QD=7.81967;RBI=0.0251153;REFB=-0.00322741;REVB=0.0249513;RO=89;SAF=20;SAR=14;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181653;STB=0.607724;STBP=0.15;TYPE=mnp;VARB=0.00476499;OID=.;OPOS=19961330;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:89:89:34:34:0.276423:14:20:39:50:14:20:39:50 chr3 19975215 . C A 705.49 PASS AF=0.552846;AO=68;DP=124;FAO=68;FDP=123;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0106038;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.908;QD=22.9426;RBI=0.0145817;REFB=-0.0308712;REVB=0.0100094;RO=55;SAF=31;SAR=37;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138558;STB=0.507579;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0295783;OID=.;OPOS=19975215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:55:55:68:68:0.552846:37:31:26:29:37:31:26:29 chr3 19992432 . G T 1961.25 PASS AF=0.962963;AO=130;DP=135;FAO=130;FDP=135;FR=.;FRO=5;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0130146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=331.042;QD=58.111;RBI=0.0131913;REFB=0.0159709;REVB=-0.00215175;RO=5;SAF=72;SAR=58;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109303;STB=0.505757;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000116471;OID=.;OPOS=19992432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:135:135:5:5:130:130:0.962963:58:72:2:3:58:72:2:3 chr3 20042834 . C T 328.43 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0604351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.283;QD=17.0615;RBI=0.0634221;REFB=0.00442903;REVB=-0.0192342;RO=40;SAF=14;SAR=21;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246418;STB=0.501113;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00384652;OID=.;OPOS=20042834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:35:36:0.467532:21:14:17:23:21:15:17:24 chr3 20053581 . C T 405.2 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.0327938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8881;QD=20.0097;RBI=0.0398921;REFB=0.00645167;REVB=-0.0227144;RO=40;SAF=18;SAR=23;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20004;STB=0.61012;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00727349;OID=.;OPOS=20053581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:23:18:9:31:23:18:9:31 chr3 20113830 . G A 380.61 PASS AF=0.322368;AO=49;DP=152;FAO=49;FDP=152;FR=.;FRO=103;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.00161724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4515;QD=10.0161;RBI=0.0100211;REFB=-0.0103741;REVB=0.00988978;RO=103;SAF=23;SAR=26;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268367;STB=0.515522;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0216787;OID=.;OPOS=20113830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:103:103:49:49:0.322368:26:23:46:57:26:23:46:57 chr3 20216519 . T A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0346547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.253;QD=19.2754;RBI=0.0346624;REFB=0.00333677;REVB=-0.000732264;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317992;STB=0.67929;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00379598;OID=.;OPOS=20216519;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:15:8:18:8:15:8:18:8 chr3 20549191 . G A 1387.69 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00177467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.992;QD=60.9974;RBI=0.0184408;REFB=-0.0629888;REVB=-0.0183553;RO=1;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123069;STB=0.506328;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00180056;OID=.;OPOS=20549191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:1:1:88:90:0.989011:38:50:0:1:39:51:0:1 chr3 21462754 . A G 2306.13 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.411;QD=63.6173;RBI=0.0488672;REFB=0;REVB=0.0472145;RO=0;SAF=87;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06594e-05;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:57:87:0:0:58:87:0:0 chr3 21462787 . G A 2945.13 PASS AF=0.989474;AO=188;DP=190;FAO=188;FDP=190;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0279811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.423;QD=62.0027;RBI=0.036123;REFB=-0.0708052;REVB=0.0228457;RO=1;SAF=99;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478569;STB=0.500281;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000293995;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:190:190:1:2:188:188:0.989474:89:99:1:0:89:99:1:1 chr3 21553208 . T C 703.86 PASS AF=0.362069;AO=84;DP=232;FAO=84;FDP=232;FR=.;FRO=148;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=80;FSRR=68;FWDB=0.00181353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.055;QD=12.1354;RBI=0.00415502;REFB=-0.0132887;REVB=0.00373836;RO=146;SAF=54;SAR=30;SRF=80;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111226;STB=0.568282;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.019644;OID=.;OPOS=21553208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:146:148:84:84:0.362069:30:54:80:66:30:54:80:68 chr3 21553248 . A T 770.34 PASS AF=0.383621;AO=87;DP=231;FAO=89;FDP=232;FR=.;FRO=143;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=69;FSRR=74;FWDB=-0.0180444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9611;QD=13.2817;RBI=0.0305605;REFB=-0.0198296;REVB=-0.0246647;RO=142;SAF=55;SAR=32;SRF=69;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163977;STB=0.584857;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0309086;OID=.;OPOS=21553248;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:142:143:87:89:0.383621:32:55:69:73:34:55:69:74 chr3 23312442 . C G 186.49 PASS AF=0.3125;AO=24;DP=79;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00680391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9319;QD=9.32466;RBI=0.0122421;REFB=0.00684711;REVB=-0.0101772;RO=55;SAF=11;SAR=13;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186828;STB=0.59436;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00943951;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:55:55:24:25:0.3125:13:11:34:21:13:12:34:21 chr3 24006477 . T A 1283.24 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9331;QD=61.8427;RBI=0.00569055;REFB=0;REVB=0.00513343;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98156e-05;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr3 24184995 . G A 481.14 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00089836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8294;QD=15.9055;RBI=0.0513328;REFB=0.0299354;REVB=0.051325;RO=66;SAF=33;SAR=20;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948405;STB=0.545879;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0435079;OID=.;OPOS=24184995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:68:53:53:0.438017:20:33:35:31:20:33:37:31 chr3 25393837 . T C 700.52 PASS AF=0.678161;AO=59;DP=87;FAO=59;FDP=87;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00445397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.223;QD=32.2079;RBI=0.00893834;REFB=-0.0287527;REVB=-0.00774959;RO=28;SAF=26;SAR=33;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356636;STB=0.51927;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0128228;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:28:28:59:59:0.678161:33:26:14:14:33:26:14:14 chr3 25904828 . A G 925.62 PASS AF=0.583333;AO=82;DP=142;FAO=84;FDP=144;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0143488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.874;QD=25.7117;RBI=0.0260895;REFB=-0.0077196;REVB=0.0217893;RO=60;SAF=32;SAR=50;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481378;STB=0.530055;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00488649;OID=.;OPOS=25904828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:60:60:82:84:0.583333:50:32:27:33:52:32:27:33 chr3 27204052 . G A 816.01 PASS AF=0.567164;AO=76;DP=134;FAO=76;FDP=134;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0106411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8764;QD=24.3586;RBI=0.0455017;REFB=-0.0140839;REVB=0.0442399;RO=58;SAF=35;SAR=41;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451076;STB=0.5246;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.010141;OID=.;OPOS=27204052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:58:58:76:76:0.567164:41:35:30:28:41:35:30:28 chr3 27243045 . G C 555.13 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00374723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.294;QD=18.5042;RBI=0.00417356;REFB=-0.00725038;REVB=0.00183763;RO=62;SAF=27;SAR=31;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921396;STB=0.551015;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00721911;OID=.;OPOS=27243045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:62:58:58:0.483333:31:27:35:27:31:27:35:27 chr3 27296796 . C G 302.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0207319;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6202;QD=21.6174;RBI=0.0598129;REFB=-0.0014228;REVB=0.056105;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291936;STB=0.516119;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0025077;OID=.;OPOS=27296796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:25:31:31:0.553571:16:15:12:11:16:15:13:12 chr3 27296822 . A T 254.91 PASS AF=0.52;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0117656;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.422;QD=20.3927;RBI=0.0295211;REFB=-0.0175985;REVB=0.0270752;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174911;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0154043;OID=.;OPOS=27296822;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:25:26:0.52:12:13:12:12:13:13:12:12 chr3 27297816 . G C 506.87 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00779642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.993;QD=23.0397;RBI=0.00797756;REFB=-0.0117729;REVB=-0.00169036;RO=40;SAF=25;SAR=23;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584816;STB=0.532153;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0121454;OID=.;OPOS=27297816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:23:25:18:22:23:25:18:22 chr3 27307155 . C T 492.23 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0551324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7326;QD=22.6312;RBI=0.0755117;REFB=-0.0331886;REVB=-0.0515988;RO=39;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580064;STB=0.537618;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0204153;OID=.;OPOS=27307155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:40:47:47:0.54023:25:22:21:18:25:22:22:18 chr3 27326097 . G T 423.72 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.00891164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.204;QD=16.1415;RBI=0.0112194;REFB=-0.0133913;REVB=-0.00681601;RO=58;SAF=15;SAR=32;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663522;STB=0.537189;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0182057;OID=.;OPOS=27326097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:32:15:22:36:32:15:22:36 chr3 27326451 . A G 360.04 PASS AF=0.625;AO=33;DP=55;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0147996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.837;QD=25.7171;RBI=0.020545;REFB=-0.0379568;REVB=0.0142502;RO=20;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399756;STB=0.529395;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0278895;OID=.;OPOS=27326451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:20:21:33:35:0.625:20:13:9:11:21:14:10:11 chr3 27332820 . A G 378.64 PASS AF=0.629032;AO=35;DP=59;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0145212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.311;QD=24.4284;RBI=0.035969;REFB=0.0113434;REVB=0.0329075;RO=23;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573695;STB=0.548148;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0063493;OID=.;OPOS=27332820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:23:23:35:39:0.629032:18:17:13:10:22:17:13:10 chr3 27424718 . A G 2140.6 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9797;QD=62.959;RBI=0.044944;REFB=0;REVB=0.00435727;RO=0;SAF=59;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183258;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:76:59:0:0:77:59:0:0 chr3 27761702 . GCCCCCCT GCCCCCTC 46.28 PASS AF=0.0852273;AO=25;DP=180;FAO=15;FDP=176;FR=.,HEALED;FRO=160;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=59;FSRR=101;FWDB=-0.050786;FXX=0.022221;HRUN=6;LEN=2;MLLD=101.768;QD=1.05193;RBI=0.0523294;REFB=-0.00606002;REVB=-0.0126153;RO=108;SAF=17;SAR=8;SRF=37;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411264;STB=0.90244;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.171945;OID=.;OPOS=27761708;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=GCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0852273:25:180:15:176:160:13:2:59:101:42:108:17:8:37:71 chr3 28295280 . TTA T,TAA 58.73 PASS AF=0.423077,0;AO=5,2;DP=30;FAO=11,0;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5,0;FSAR=6,0;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0621138,0.110927;FXX=0.0370233;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=19.6823,17.1909;QD=9.0354;RBI=0.230054,0.111273;REFB=-0.0780134,0.0380073;REVB=0.22151,0.00877446;RO=22;SAF=2,2;SAR=3,0;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.103425,0.589202;STB=0.693141,0.5;STBP=0.152,1;TYPE=del,snp;VARB=0.138436,0;OID=.,.;OPOS=28295281,28295281;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077,0:5,2:30:11,0:26:15:5,0:6,0:2:13:59:22:2,2:3,0:7:15 chr3 28520417 . T A 659.64 PASS AF=0.376884;AO=75;DP=199;FAO=75;FDP=199;FR=.;FRO=124;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=-0.0153963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.956;QD=13.2592;RBI=0.0161732;REFB=-0.00838991;REVB=0.00495228;RO=124;SAF=35;SAR=40;SRF=67;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810086;STB=0.545807;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0157775;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:124:124:75:75:0.376884:40:35:67:57:40:35:67:57 chr3 28617460 . GCGCCGC G 297.78 PASS AF=0.375;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=48;FWDB=0.0129491;FXX=0.193261;HRUN=1;LEN=6;MLLD=261.837;QD=12.4076;RBI=0.0141788;REFB=-0.0207502;REVB=0.00577573;RO=2;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333473;STB=0.535694;STBP=0.694;TYPE=del;VARB=0.0444269;OID=.;OPOS=28617461;OREF=CGCCGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:32:36:36:96:60:6:30:12:48:99:2:5:27:0:2 chr3 29804487 . A T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.006;QD=64.4154;RBI=0.0358087;REFB=0;REVB=-0.0137895;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65102e-05;OID=.;OPOS=29804487;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr3 30827904 . A G 58.54 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0117195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.429;QD=5.85378;RBI=0.0257532;REFB=0.00231473;REVB=0.0229322;RO=30;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518477;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00427732;OID=.;OPOS=30827904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:40:40:30:31:9:9:0.225:6:3:10:20:6:3:11:20 chr3 30880518 . C T 711.4 PASS AF=0.477707;AO=74;DP=156;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.0434512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.311;QD=18.1248;RBI=0.0495669;REFB=-0.00330352;REVB=-0.0238509;RO=82;SAF=39;SAR=35;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372765;STB=0.523803;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00402578;OID=.;OPOS=30880518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:82:82:74:75:0.477707:35:39:40:42:35:40:40:42 chr3 31270258 . T C 1767.57 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.683;QD=60.9508;RBI=0.0791797;REFB=0;REVB=0.0287789;RO=0;SAF=37;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.1823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152128;OID=.;OPOS=31270258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:79:37:0:0:79:37:0:0 chr3 31712393 . C T 683.76 PASS AF=0.371179;AO=77;DP=222;FAO=85;FDP=229;FR=.;FRO=144;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=76;FSRR=68;FWDB=0.0156049;FXX=0.0614729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.284;QD=11.9434;RBI=0.0195123;REFB=-0.0181925;REVB=-0.0117138;RO=130;SAF=42;SAR=35;SRF=76;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440159;STB=0.521154;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.044757;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:229:130:144:77:85:0.371179:35:42:76:54:43:42:76:68 chr3 31725316 . G A 822.1 PASS AF=0.38189;AO=97;DP=254;FAO=97;FDP=254;FR=.;FRO=157;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=61;FSRR=96;FWDB=0.00323094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7611;QD=12.9465;RBI=0.0334205;REFB=-0.00539694;REVB=0.033264;RO=157;SAF=37;SAR=60;SRF=61;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00821882;STB=0.504633;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00640856;OID=.;OPOS=31725316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:157:157:97:97:0.38189:60:37:61:96:60:37:61:96 chr3 31725478 . G A 931.36 PASS AF=0.384342;AO=102;DP=275;FAO=108;FDP=281;FR=.;FRO=173;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=77;FSRR=96;FWDB=-0.00516873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.222;QD=13.2579;RBI=0.00603043;REFB=-0.0125846;REVB=-0.00310649;RO=170;SAF=44;SAR=58;SRF=74;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442087;STB=0.512016;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0242577;OID=.;OPOS=31725478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:281:170:173:102:108:0.384342:58:44:74:96:62:46:77:96 chr3 31789582 . T C 2307.36 PASS AF=0.974843;AO=154;DP=159;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0573559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2836;QD=58.0467;RBI=0.0575079;REFB=-0.174098;REVB=0.00417876;RO=5;SAF=60;SAR=94;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000652754;STB=0.502989;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0056036;OID=.;OPOS=31789582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:159:159:5:4:154:155:0.974843:94:60:2:3:95:60:2:2 chr3 31839242 . T C 983.19 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172205;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.562;QD=59.5873;RBI=0.0256896;REFB=0;REVB=0.0190634;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125603;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:29:37:0:0 chr3 32031135 . A G 144.39 PASS AF=0.298507;AO=19;DP=66;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00113433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.164;QD=8.62033;RBI=0.026636;REFB=-0.00361129;REVB=0.0266119;RO=46;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311179;STB=0.542558;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00809154;OID=.;OPOS=32031135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:46:47:19:20:0.298507:9:10:23:23:9:11:23:24 chr3 32031615 . A C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0216651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.809;QD=10.7151;RBI=0.0217546;REFB=-0.0101931;REVB=0.00197145;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100268;STB=0.559914;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0252671;OID=.;OPOS=32031615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:15:14:8:6:15:14 chr3 32031622 . T C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0312359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.741;QD=10.7151;RBI=0.0340131;REFB=-0.00163185;REVB=0.0134615;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183728;STB=0.61001;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00444454;OID=.;OPOS=32031622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:9:5:15:14:9:5:15:14 chr3 32031643 . A G 112.6 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0222759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6801;QD=9.19203;RBI=0.0243926;REFB=-0.00644396;REVB=0.00993886;RO=34;SAF=4;SAR=10;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382242;STB=0.722228;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00945003;OID=.;OPOS=32031643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:35:14:14:0.285714:10:4:21:13:10:4:21:14 chr3 32031895 . G A 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0130598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.892;QD=11.4184;RBI=0.0168288;REFB=-0.00226806;REVB=0.0106137;RO=47;SAF=19;SAR=7;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30769;STB=0.679186;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00366798;OID=.;OPOS=32031895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:7:19:22:25:7:19:22:25 chr3 32031962 . A G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.18;QD=57.6777;RBI=0.0351723;REFB=0;REVB=0.0295885;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287874;OID=.;OPOS=32031962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr3 32032951 . CTT C 86.09 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00260102;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=321.983;QD=6.26079;RBI=0.0120003;REFB=-0.00523401;REVB=0.0117151;RO=36;SAF=10;SAR=7;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271658;STB=0.512181;STBP=0.906;TYPE=del;VARB=0.0106301;OID=.;OPOS=32032952;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309091:17:55:17:55:38:10:7:23:15:86:36:10:7:22:14 chr3 32208621 . T C 1606.49 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.113;QD=60.0556;RBI=0.023536;REFB=0;REVB=0.0231853;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39369e-05;OID=.;OPOS=32208621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:65:41:0:0:65:42:0:0 chr3 32209927 . A G 1933.27 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7746;QD=61.8646;RBI=0.0511253;REFB=0;REVB=0.021223;RO=0;SAF=52;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174548;OID=.;OPOS=32209927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:72:52:0:0:73:52:0:0 chr3 32214179 . A T 1510.77 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2087;QD=63.6114;RBI=0.0296105;REFB=0;REVB=-0.000964303;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.56149e-05;OID=.;OPOS=32214179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:43:52:0:0:43:52:0:0 chr3 32214212 . A C 1264.46 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.529;QD=61.6809;RBI=0.0388125;REFB=0;REVB=-0.0245641;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10672e-06;OID=.;OPOS=32214212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr3 32524706 . A AC 483.09 PASS AF=0.684932;AO=9;DP=81;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0388797;FXX=0.0266631;HRUN=0;LEN=1;MLLD=110.717;QD=26.4707;RBI=0.0430147;REFB=-0.0613973;REVB=0.018402;RO=57;SAF=5;SAR=4;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991907;STB=0.546779;STBP=0.254;TYPE=ins;VARB=0.0288134;OID=.;OPOS=32524707;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684932:9:81:50:73:23:27:23:9:14:99:57:5:4:27:30 chr3 32524707 . T C 415.63 PASS AF=0.5375;AO=41;DP=77;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0145972;FXX=0.0476134;HRUN=7;LEN=1;MLLD=105.631;QD=20.7815;RBI=0.01589;REFB=-0.0266653;REVB=0.00627799;RO=33;SAF=22;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139345;STB=0.559648;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.018606;OID=.;OPOS=32524707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:33:37:41:43:0.5375:19:22:12:21:20:23:15:22 chr3 32611671 . G A 106.9 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00200352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.286;QD=12.2174;RBI=0.0410735;REFB=-0.0215925;REVB=-0.0410246;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748266;STB=0.504418;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0256767;OID=.;OPOS=32611671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:12:10:6:7:12:10 chr3 32815231 . A T 758.48 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.57;QD=54.1772;RBI=0.0360518;REFB=0;REVB=0.0348561;RO=0;SAF=9;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133564;OID=.;OPOS=32815231;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:56:0:0:48:56:1:39:9:0:0:40:16:0:0 chr3 32927509 . G T 2143.28 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0517995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.928;QD=62.1241;RBI=0.0626738;REFB=-0.0386692;REVB=0.0352819;RO=0;SAF=59;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5753e-08;STB=0.504201;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000160612;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:0:1:137:137:0.992754:78:59:0:0:78:59:1:0 chr3 32933036 . G A 441.74 PASS AF=0.352564;AO=55;DP=156;FAO=55;FDP=156;FR=.;FRO=101;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=-0.0183165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.658;QD=11.3266;RBI=0.0184824;REFB=-0.000587503;REVB=0.0024707;RO=101;SAF=18;SAR=37;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250973;STB=0.643808;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000962107;OID=.;OPOS=32933036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:101:101:55:55:0.352564:37:18:55:46:37:18:55:46 chr3 32996423 . C T 377.91 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0138797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7288;QD=21.5949;RBI=0.0180952;REFB=-0.0235948;REVB=0.0116098;RO=31;SAF=13;SAR=25;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400703;STB=0.51652;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00869667;OID=.;OPOS=32996423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:32:38:38:0.542857:25:13:12:19:25:13:12:20 chr3 32996509 . C T 223.58 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0168068;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6977;QD=18.6318;RBI=0.0410415;REFB=-0.0106736;REVB=-0.0374424;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030387;STB=0.517226;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00755363;OID=.;OPOS=32996509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:11:15:12:10:11:15 chr3 33038747 . C G 1733.22 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.143307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9608;QD=59.766;RBI=0.144005;REFB=-0.0975472;REVB=0.014161;RO=0;SAF=50;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22929e-08;STB=0.50495;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00018975;OID=.;OPOS=33038747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:0:1:115:115:0.991379:65:50:0:0:65:50:1:0 chr3 33055721 . A G 3091.26 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020105;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.441;QD=61.8252;RBI=0.0383491;REFB=0;REVB=-0.0326564;RO=0;SAF=96;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.91044e-06;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:200:0:0:200:200:1:104:96:0:0:104:96:0:0 chr3 33138544 . A G 6361.62 PASS AF=1;AO=398;DP=399;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=213;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0706102;FXX=0.0025062;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.145;QD=63.9359;RBI=0.0788441;REFB=-0.068183;REVB=0.03508;RO=1;SAF=185;SAR=213;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00223538;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79109e-05;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:399:398:1:0:398:398:1:213:185:0:1:213:185:0:0 chr3 33138549 . G A 6258.67 PASS AF=1;AO=393;DP=396;FAO=395;FDP=395;FR=.;FRO=0;FSAF=184;FSAR=211;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141846;FXX=0.0124997;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8157;QD=63.3789;RBI=0.0245929;REFB=-0.01448;REVB=-0.02009;RO=2;SAF=182;SAR=211;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000358539;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248403;OID=.;OPOS=33138549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:396:395:2:0:393:395:1:211:182:1:1:211:184:0:0 chr3 33155782 . G A 367.81 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0220866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.838;QD=21.959;RBI=0.037612;REFB=-0.0282001;REVB=0.0304441;RO=30;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704034;STB=0.538814;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.020898;OID=.;OPOS=33155782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:18:19:18:12:18:19:18:12 chr3 33161898 . C T 344.51 PASS AF=0.299363;AO=47;DP=156;FAO=47;FDP=157;FR=.;FRO=110;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=0.00280015;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.557;QD=8.7772;RBI=0.0493045;REFB=-0.00240852;REVB=-0.049225;RO=109;SAF=23;SAR=24;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257178;STB=0.511661;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00764385;OID=.;OPOS=33161898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:109:110:47:47:0.299363:24:23:51:58:24:23:52:58 chr3 33194990 . C A 1303.12 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00880172;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=81.2658;QD=60.6102;RBI=0.0237868;REFB=-0.137888;REVB=0.0220985;RO=1;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108899;STB=0.505746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000766812;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:43:42:0:1:43:42:0:1 chr3 33195284 . G A 514.28 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00477113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.959;QD=18.8727;RBI=0.00662503;REFB=0.00535721;REVB=0.00459644;RO=55;SAF=21;SAR=33;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160847;STB=0.58905;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00706095;OID=.;OPOS=33195284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:55:54:54:0.495413:33:21:31:24:33:21:31:24 chr3 33195309 . A G 606.61 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0177482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4461;QD=22.4672;RBI=0.0178746;REFB=-0.0255191;REVB=-0.00212216;RO=48;SAF=23;SAR=37;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131173;STB=0.5719;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0184746;OID=.;OPOS=33195309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:48:60:60:0.555556:37:23:26:22:37:23:26:22 chr3 33255592 . A G 854.13 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00064207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.898;QD=56.0082;RBI=0.0235191;REFB=-0.0857838;REVB=-0.0235103;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136794;STB=0.507244;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000229089;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:34:26:0:1:34:26:0:1 chr3 33434831 . G A 849.12 PASS AF=0.546053;AO=83;DP=150;FAO=83;FDP=152;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00639552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.177;QD=22.3452;RBI=0.00650763;REFB=-0.0153454;REVB=-0.00120273;RO=67;SAF=39;SAR=44;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551665;STB=0.523555;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0129276;OID=.;OPOS=33434831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:67:69:83:83:0.546053:44:39:36:31:44:39:36:33 chr3 33458266 . T C 357.3 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0390453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.613;QD=19.3133;RBI=0.0392105;REFB=-0.0131824;REVB=0.00359633;RO=37;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013021;OID=.;OPOS=33458266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:21:16:16:21:21:16:16:21 chr3 33533554 . C T 195.58 PASS AF=0.325;AO=25;DP=78;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00924502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.721;QD=9.77895;RBI=0.0625546;REFB=-0.0041061;REVB=-0.0618676;RO=52;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113294;STB=0.589012;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00673809;OID=.;OPOS=33533554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:52:54:25:26:0.325:11:14:24:28:11:15:24:30 chr3 33539893 . A G 277.58 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00873651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.706;QD=20.5616;RBI=0.0143896;REFB=-0.000451425;REVB=0.0114339;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023074;STB=0.512812;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.000481347;OID=.;OPOS=33539893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:19:10:8:17:19:10:8:17 chr3 33877626 . G A 1859.35 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.026;QD=61.466;RBI=0.0303776;REFB=0;REVB=0.0117812;RO=0;SAF=60;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21595e-05;OID=.;OPOS=33877626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:61:60:0:0:61:60:0:0 chr3 33895391 . A G 514.22 PASS AF=0.319048;AO=67;DP=210;FAO=67;FDP=210;FR=.;FRO=143;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=68;FSRR=75;FWDB=-0.00626392;FXX=0.0366956;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.478;QD=9.79457;RBI=0.0118717;REFB=-0.012633;REVB=0.0100847;RO=136;SAF=30;SAR=37;SRF=63;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181852;STB=0.519032;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.017628;OID=.;OPOS=33895391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:136:143:67:67:0.319048:37:30:63:73:37:30:68:75 chr3 33905566 . C T 1670.14 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.208;QD=60.1851;RBI=0.0530711;REFB=0;REVB=0.0277874;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147889;OID=.;OPOS=33905566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:109:111:1:52:57:0:0:52:59:0:0 chr3 33907866 . TG GT 84.11 PASS AF=0.230769;AO=10;DP=36;FAO=9;FDP=39;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0194931;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=61.8183;QD=8.62645;RBI=0.0688823;REFB=-0.0293092;REVB=-0.0660666;RO=17;SAF=1;SAR=9;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.759806;STB=0.924081;STBP=0.014;TYPE=mnp;VARB=0.151975;OID=.;OPOS=33907866;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:39:17:24:10:9:0.230769:9:1:16:1:8:1:19:5 chr3 33907945 . A G 1400.44 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00118414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.302;QD=61.5578;RBI=0.00202382;REFB=-0.121455;REVB=-0.00164124;RO=1;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920359;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000291925;OID=.;OPOS=33907945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:51:39:0:1:51:39:0:1 chr3 35725250 . C T 1414.71 PASS AF=0.367483;AO=165;DP=446;FAO=165;FDP=449;FR=.;FRO=284;FSAF=76;FSAR=89;FSRF=137;FSRR=147;FWDB=-0.00478811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9681;QD=12.6032;RBI=0.0477783;REFB=0.00773145;REVB=-0.0475378;RO=281;SAF=76;SAR=89;SRF=137;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301983;STB=0.513836;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0112649;OID=.;OPOS=35725250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:446:449:281:284:165:165:0.367483:89:76:137:144:89:76:137:147 chr3 36527639 . G A 424.84 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0216309;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8731;QD=19.7602;RBI=0.0284131;REFB=0.0101785;REVB=0.0184231;RO=43;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116627;STB=0.569547;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.0142677;OID=.;OPOS=36527639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:43:42:43:0.5:20:22:17:26:21:22:16:27 chr3 36779707 . G A 740.74 PASS AF=0.563492;AO=71;DP=126;FAO=71;FDP=126;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0578243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4933;QD=23.5157;RBI=0.0578923;REFB=-0.0320851;REVB=0.00280575;RO=54;SAF=31;SAR=40;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506153;STB=0.523932;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0392808;OID=.;OPOS=36779707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:54:55:71:71:0.563492:40:31:27:27:40:31:27:28 chr3 36897630 . C A 877.97 PASS AF=0.360825;AO=102;DP=298;FAO=105;FDP=291;FR=.;FRO=186;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=93;FSRR=93;FWDB=0.0068496;FXX=0.0332215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.001;QD=12.0684;RBI=0.0123037;REFB=-0.0028725;REVB=-0.0102208;RO=189;SAF=42;SAR=60;SRF=100;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134476;STB=0.552227;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00526356;OID=.;OPOS=36897630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:291:189:186:102:105:0.360825:60:42:100:89:61:44:93:93 chr3 36897811 . CT C,CC 210.48 PASS AF=1,0;AO=3,20;DP=23;FAO=17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=238.186,229.369;QD=49.5251;RBI=0.0778224,0.0946031;REFB=0,0;REVB=-0.0778224,-0.0946031;RO=0;SAF=0,1;SAR=3,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.97126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000870124,0;OID=.,.;OPOS=36897812,36897812;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:3,20:23:17,0:17:0:0,0:17,0:0:0:4:0:0,1:3,19:0:0 chr3 36940741 . G T 1178.36 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137308;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.137;QD=59.664;RBI=0.0401266;REFB=-0.0607148;REVB=-0.0377043;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.505049;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=6.74972e-05;OID=.;OPOS=36940741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:0:1:78:78:0.987342:49:29:0:0:49:29:0:1 chr3 37163039 . G A 1964.91 PASS AF=1;AO=107;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154624;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.205;QD=60.4586;RBI=0.0246837;REFB=0;REVB=-0.0192405;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109272;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:107:130:1:63:44:0:0:71:59:0:0 chr3 37356944 . C A 30.53 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.030549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7728;QD=1.47135;RBI=0.0838215;REFB=-0.00135544;REVB=-0.0780564;RO=75;SAF=3;SAR=5;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00204513;STB=0.501604;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0332724;OID=.;OPOS=37356944;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:83:83:75:75:8:8:0.0963855:5:3:28:47:5:3:28:47 chr3 37535984 . C G 1301.02 PASS AF=1;AO=49;DP=86;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=67;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456759;FXX=0.0348797;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.761;QD=62.6997;RBI=0.0648943;REFB=0;REVB=0.0460975;RO=0;SAF=38;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163451;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:83:0:0:49:83:1:11:38:0:0:16:67:0:0 chr3 37574951 . G A 2751.62 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4566;QD=62.5368;RBI=0.0573523;REFB=0;REVB=-0.0459665;RO=0;SAF=87;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251439;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:176:176:1:89:87:0:0:89:87:0:0 chr3 38009814 . G A 268.21 PASS AF=0.305085;AO=36;DP=119;FAO=36;FDP=118;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=-0.00540223;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.51;QD=9.09176;RBI=0.00683863;REFB=0.0074233;REVB=-0.00419318;RO=75;SAF=21;SAR=15;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240489;STB=0.655565;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0114044;OID=.;OPOS=38009814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:75:82:36:36:0.305085:15:21:28:47:15:21:29:53 chr3 38025750 . CA C 1177.3 PASS AF=0.545024;AO=113;DP=214;FAO=115;FDP=211;FR=.;FRO=96;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=0.0347776;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.127;QD=22.3185;RBI=0.0422578;REFB=-0.0155399;REVB=0.024005;RO=94;SAF=59;SAR=54;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348696;STB=0.518607;STBP=0.547;TYPE=del;VARB=0.0141801;OID=.;OPOS=38025751;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545024:113:214:115:211:96:60:55:54:42:99:94:59:54:53:41 chr3 38038982 . T C 782.6 PASS AF=0.603306;AO=71;DP=113;FAO=73;FDP=121;FR=.;FRO=48;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.101779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0023;QD=25.8709;RBI=0.123322;REFB=0.00145651;REVB=-0.069636;RO=42;SAF=42;SAR=29;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0026193;STB=0.514806;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00212045;OID=.;OPOS=38038982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:121:42:48:71:73:0.603306:29:42:25:17:30:43:30:18 chr3 38043904 . T C 379.61 PASS AF=0.673077;AO=27;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00830849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7379;QD=29.2005;RBI=0.115939;REFB=-0.052433;REVB=-0.115641;RO=16;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106049;STB=0.506211;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00790051;OID=.;OPOS=38043904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:16:27:35:0.673077:16:11:9:7:16:19:9:7 chr3 38047680 . G A 489.24 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0396696;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5125;QD=17.9537;RBI=0.0419103;REFB=-0.0099148;REVB=-0.0135202;RO=54;SAF=23;SAR=29;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872612;STB=0.534928;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0170752;OID=.;OPOS=38047680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:54:57:52:52:0.477064:29:23:29:25:29:23:29:28 chr3 38047954 . G C 1168.82 PASS AF=0.55122;AO=112;DP=206;FAO=113;FDP=205;FR=.;FRO=92;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.00289635;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.285;QD=22.8062;RBI=0.0208304;REFB=0.00967309;REVB=0.0206281;RO=93;SAF=51;SAR=61;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685388;STB=0.537392;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00878217;OID=.;OPOS=38047954;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:93:92:112:113:0.55122:61:51:50:43:61:52:50:42 chr3 38049029 . TG T 233.63 PASS AF=0.4625;AO=35;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00423091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.658;QD=11.6815;RBI=0.195021;REFB=-0.00485043;REVB=0.194976;RO=41;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04138;STB=0.534865;STBP=0.567;TYPE=del;VARB=0.0109613;OID=.;OPOS=38049030;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4625:35:79:37:80:43:17:20:17:26:99:41:16:19:17:24 chr3 38051941 . T C 1042.82 PASS AF=0.569767;AO=98;DP=172;FAO=98;FDP=172;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0308741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.629;QD=24.2516;RBI=0.0311648;REFB=-0.0123121;REVB=0.00424694;RO=74;SAF=36;SAR=62;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765267;STB=0.541679;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00779403;OID=.;OPOS=38051941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:74:74:98:98:0.569767:62:36:34:40:62:36:34:40 chr3 38080952 . T G 4392.93 PASS AF=1;AO=273;DP=274;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5726;QD=62.9811;RBI=0.106831;REFB=0;REVB=0.0945296;RO=1;SAF=158;SAR=115;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00300838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192371;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:274:279:1:0:273:279:1:115:158:1:0:117:162:0:0 chr3 38081031 . A T 4228.53 PASS AF=1;AO=269;DP=272;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962053;FXX=0.00735267;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4462;QD=62.6449;RBI=0.00990454;REFB=0;REVB=-0.00235487;RO=0;SAF=139;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043358;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:272:270:0:0:269:270:1:130:139:0:0:130:140:0:0 chr3 38125705 . G A 2516.53 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=167;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124801;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6066;QD=61.0068;RBI=0.0126321;REFB=-0.0625741;REVB=-0.0019538;RO=1;SAF=77;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614012;STB=0.503225;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000445848;OID=.;OPOS=38125705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:165:1:1:164:164:0.993939:87:77:1:0:87:77:1:0 chr3 38151669 . C T 571.32 PASS AF=0.394118;AO=65;DP=168;FAO=67;FDP=170;FR=.;FRO=103;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0274816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.061;QD=13.4428;RBI=0.0531293;REFB=-0.00337276;REVB=0.0454696;RO=103;SAF=27;SAR=38;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559131;STB=0.529655;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00561204;OID=.;OPOS=38151669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:103:103:65:67:0.394118:38:27:48:55:39:28:48:55 chr3 38151731 . T C 1432.58 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00569363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.5802;QD=55.0991;RBI=0.0135117;REFB=0.0051265;REVB=0.0122535;RO=4;SAF=38;SAR=62;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00925796;STB=0.504885;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.000173282;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:104:4:4:100:100:0.961538:62:38:2:2:62:38:2:2 chr3 38271881 . C T 924.76 PASS AF=0.621212;AO=81;DP=133;FAO=82;FDP=132;FR=.;FRO=50;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0150503;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7369;QD=28.0231;RBI=0.0152489;REFB=-0.00420268;REVB=0.00245282;RO=46;SAF=40;SAR=41;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00413573;STB=0.512192;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00291604;OID=.;OPOS=38271881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:46:50:81:82:0.621212:41:40:23:23:42:40:26:24 chr3 38294594 . C T 740.9 PASS AF=0.387387;AO=86;DP=221;FAO=86;FDP=222;FR=.;FRO=136;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=73;FSRR=63;FWDB=-0.0255024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.029;QD=13.3495;RBI=0.0260279;REFB=-0.0116321;REVB=0.00520352;RO=134;SAF=43;SAR=43;SRF=71;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323047;STB=0.522517;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0196501;OID=.;OPOS=38294594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:134:136:86:86:0.387387:43:43:71:63:43:43:73:63 chr3 38307510 . T C 651.96 PASS AF=0.524194;AO=63;DP=122;FAO=65;FDP=124;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0213361;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1378;QD=21.0309;RBI=0.0614793;REFB=-0.00657514;REVB=0.0576583;RO=58;SAF=27;SAR=36;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131753;STB=0.519026;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00784227;OID=.;OPOS=38307510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:58:59:63:65:0.524194:36:27:24:34:36:29:24:35 chr3 38348743 . A C 238.43 PASS AF=0.344828;AO=27;DP=86;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0250999;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.289;QD=10.9622;RBI=0.0324174;REFB=-0.0104201;REVB=0.0205154;RO=57;SAF=18;SAR=9;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170029;STB=0.572512;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0181578;OID=.;OPOS=38348743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:57:57:27:30:0.344828:9:18:30:27:11:19:30:27 chr3 38350479 . T C 4169.83 PASS AF=0.992593;AO=267;DP=270;FAO=268;FDP=270;FR=.;FRO=2;FSAF=124;FSAR=144;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00807934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.121;QD=61.7753;RBI=0.0126486;REFB=0.0701142;REVB=-0.00973195;RO=1;SAF=123;SAR=144;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00386056;STB=0.504;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.000351393;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:270:270:1:2:267:268:0.992593:144:123:1:0:144:124:2:0 chr3 38350519 . G A 4025.6 PASS AF=0.984962;AO=257;DP=265;FAO=262;FDP=266;FR=.;FRO=4;FSAF=126;FSAR=136;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.151864;FXX=0.00746241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.394;QD=60.5354;RBI=0.15269;REFB=-0.0676426;REVB=0.015856;RO=2;SAF=123;SAR=134;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000315613;STB=0.504051;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000552326;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:265:266:2:4:257:262:0.984962:134:123:1:1:136:126:3:1 chr3 38350543 . A G 3585.2 PASS AF=1;AO=225;DP=227;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181083;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.306;QD=62.6236;RBI=0.0185197;REFB=-0.0572767;REVB=0.00388167;RO=1;SAF=115;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412569;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98533e-06;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:227:229:1:0:225:229:1:110:115:1:0:114:115:0:0 chr3 38401839 . T C 2184.61 PASS AF=1;AO=138;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446526;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.295;QD=62.4175;RBI=0.0558477;REFB=-0.0324017;REVB=0.0335427;RO=1;SAF=56;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272062;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:141:140:1:0:138:140:1:82:56:0:1:83:57:0:0 chr3 38404472 . C A 596.4 PASS AF=0.357843;AO=70;DP=202;FAO=73;FDP=204;FR=.;FRO=131;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=74;FWDB=-0.00592239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.934;QD=11.6942;RBI=0.00595029;REFB=-0.00771297;REVB=0.000575612;RO=129;SAF=37;SAR=33;SRF=55;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115796;STB=0.554693;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0152228;OID=.;OPOS=38404472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:204:129:131:70:73:0.357843:33:37:55:74:35:38:57:74 chr3 38406773 . G T 771.92 PASS AF=1;AO=40;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.629;QD=64.3264;RBI=0.128293;REFB=0;REVB=0.00808784;RO=0;SAF=9;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418262;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:40:48:1:31:9:0:0:31:17:0:0 chr3 38408361 . G A 1449.32 PASS AF=0.980198;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00209481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.038;QD=57.3988;RBI=0.0269922;REFB=-0.076202;REVB=0.0269108;RO=2;SAF=47;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000775261;STB=0.500501;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00379608;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:101:2:2:98:99:0.980198:51:47:1:1:52:47:1:1 chr3 38442504 . G A 476.4 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=-0.017314;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.364;QD=16.5704;RBI=0.0255398;REFB=0.00834626;REVB=-0.0187752;RO=64;SAF=16;SAR=36;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555897;STB=0.503936;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00765677;OID=.;OPOS=38442504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:64:63:52:52:0.452174:36:16:20:44:36:16:19:44 chr3 38519424 . A G 502.47 PASS AF=0.365269;AO=61;DP=167;FAO=61;FDP=167;FR=.;FRO=106;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=-0.000601072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.375;QD=12.0353;RBI=0.00220939;REFB=-0.0138571;REVB=-0.00212605;RO=105;SAF=29;SAR=32;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975674;STB=0.502361;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0193362;OID=.;OPOS=38519424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:105:106:61:61:0.365269:32:29:49:56:32:29:50:56 chr3 38525588 . G A 621.62 PASS AF=0.36019;AO=76;DP=211;FAO=76;FDP=211;FR=.;FRO=135;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=81;FWDB=0.0335996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9294;QD=11.7843;RBI=0.0653412;REFB=0.0157135;REVB=0.0560405;RO=135;SAF=24;SAR=52;SRF=54;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104453;STB=0.559586;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0250115;OID=.;OPOS=38525588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:135:135:76:76:0.36019:52:24:54:81:52:24:54:81 chr3 38534141 . AT A,AA 305.63 PASS AF=0.259259,0.62963;AO=10,29;DP=72;FAO=7,17;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=0,5;FSAR=7,12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0306637,-0.0300282;FXX=0.228506;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.736,170.751;QD=45.2791;RBI=0.037758,0.0362013;REFB=-0.13246,-0.108677;REVB=0.0220319,0.0202199;RO=29;SAF=0,10;SAR=10,19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.731028,-0.0336776;STB=0.997992,0.615242;STBP=0.004,0.041;TYPE=del,snp;VARB=-0.016152,0.015156;OID=.,.;OPOS=38534142,38534142;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.259259,0.62963:10,29:72:7,17:27:3:0,5:7,12:3:0:21:29:0,10:10,19:11:18 chr3 38534296 . T C 239.4 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3842;QD=50.4007;RBI=0.0577805;REFB=0;REVB=0.0518824;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910416;OID=.;OPOS=38534296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr3 38589666 . T C,TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 313.95 PASS AF=0.0606061,0.484848;AO=6,15;DP=70;FAO=4,32;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=4,9;FSAR=0,23;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.113063,-0.024163;FXX=0.0294074;HRUN=2,3;LEN=1,25;MLLD=79.9998,400.639;QD=19.0274;RBI=0.12065,0.044152;REFB=-0.0272547,-0.0303368;REVB=-0.0421077,0.0369533;RO=33;SAF=5,7;SAR=1,8;SRF=21;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.288003,-0.193776;STB=0.996633,0.67778;STBP=0.081,0.004;TYPE=snp,ins;VARB=0.0642099,0.0195372;OID=.,.;OPOS=38589666,38589667;OREF=T,-;OALT=C,CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=C,TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:70:66:33:30:6,15:4,32:0.0606061,0.484848:1,8:5,7:21:12:0,23:4,9:19:11 chr3 38590358 . C CT 402.52 PASS AF=0.606742;AO=50;DP=94;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0131482;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.26;QD=18.0906;RBI=0.0154455;REFB=0.0105222;REVB=0.00810474;RO=38;SAF=19;SAR=31;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00970704;STB=0.508394;STBP=0.859;TYPE=ins;VARB=-0.00648094;OID=.;OPOS=38590359;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.606742:50:94:54:89:35:19:35:13:22:99:38:19:31:14:24 chr3 38592406 . A G 1610.4 PASS AF=0.588235;AO=148;DP=254;FAO=150;FDP=255;FR=.;FRO=105;FSAF=65;FSAR=85;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=0.0173259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8305;QD=25.2612;RBI=0.0293214;REFB=0.00879039;REVB=-0.023655;RO=104;SAF=63;SAR=85;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352334;STB=0.51392;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00630244;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:104:105:148:150:0.588235:85:63:49:55:85:65:49:56 chr3 38622467 . T C 2940.99 PASS AF=1;AO=184;DP=186;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8946;QD=62.5743;RBI=0.0427343;REFB=-0.0884301;REVB=0.0378085;RO=1;SAF=110;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430903;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572263;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:186:188:1:0:184:188:1:74:110:1:0:76:112:0:0 chr3 38739574 . T C 3111.66 PASS AF=1;AO=188;DP=191;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540206;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3236;QD=63.5033;RBI=0.123133;REFB=0;REVB=0.110651;RO=1;SAF=84;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000922942;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:191:196:1:0:188:196:1:104:84:0:1:111:85:0:0 chr3 38739845 . A G 1742.89 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.878;QD=60.6224;RBI=0.0534274;REFB=0;REVB=0.0154144;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190876;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:60:54:0:0:61:54:0:0 chr3 38740001 . C T 959.46 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278965;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.81;QD=59.0436;RBI=0.0346483;REFB=0;REVB=0.0205497;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081253;OID=.;OPOS=38740001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr3 38748833 . T C 2622.74 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.4861;QD=61.3506;RBI=0.0347448;REFB=0.0095517;REVB=0.0236512;RO=1;SAF=76;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622135;STB=0.503268;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=7.37772e-05;OID=.;OPOS=38748833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:1:1:170:170:0.994152:94:76:1:0:94:76:1:0 chr3 38766675 . A G 1663.33 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418167;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.667;QD=60.4848;RBI=0.0418325;REFB=0;REVB=-0.00115;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07449e-05;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:110:0:0:105:110:1:48:57:0:0:52:58:0:0 chr3 38768334 . T C 454.84 PASS AF=0.385185;AO=52;DP=132;FAO=52;FDP=135;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.0104476;FXX=0.0217376;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.087;QD=13.4767;RBI=0.0650861;REFB=-0.00162683;REVB=-0.0642421;RO=77;SAF=26;SAR=26;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130846;STB=0.562939;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00131555;OID=.;OPOS=38768334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:77:83:52:52:0.385185:26:26:29:48:26:26:33:50 chr3 38793940 . A G 92.67 PASS AF=0.25;AO=10;DP=50;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.0397921;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.813;QD=7.12865;RBI=0.0400529;REFB=-0.0149554;REVB=0.00456279;RO=40;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317991;STB=0.628964;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0148936;OID=.;OPOS=38793940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:50:52:40:39:10:13:0.25:5:5:10:30:8:5:9:30 chr3 38793976 . G A 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.0108094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.208;QD=4.92231;RBI=0.0126382;REFB=0.00106435;REVB=0.00654843;RO=30;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858482;STB=0.542272;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00353038;OID=.;OPOS=38793976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:30:33:8:8:0.195122:6:2:6:24:6:2:7:26 chr3 38802251 . A G 136.28 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.027101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5344;QD=8.51724;RBI=0.0319895;REFB=-0.00402085;REVB=-0.0169959;RO=44;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050252;STB=0.53975;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0125488;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:45:19:19:0.296875:12:7:18:26:12:7:19:26 chr3 38805069 . T C 780.36 PASS AF=0.473988;AO=81;DP=173;FAO=82;FDP=173;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=57;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.0133214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.674;QD=18.0431;RBI=0.0202165;REFB=0.00918803;REVB=0.0152068;RO=91;SAF=24;SAR=57;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141375;STB=0.572397;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00853317;OID=.;OPOS=38805069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:91:91:81:82:0.473988:57:24:39:52:57:25:39:52 chr3 38945560 . A G 2627.42 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123972;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.91;QD=62.1875;RBI=0.0466977;REFB=0;REVB=-0.045022;RO=0;SAF=91;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.16533e-06;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:78:91:0:0:78:91:0:0 chr3 38949440 . CTTTTTTTGG CTTTTTTGG,CTTTTTTGGT 355.73 PASS AF=0.925,0.075;AO=15,4;DP=94;FAO=74,6;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31,6;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130226,-0.0596156;FXX=0.14892;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=6.87116,176.756;QD=17.7866;RBI=0.857725,0.0694433;REFB=0.021759,-0.0339451;REVB=0.847782,0.0356139;RO=33;SAF=6,4;SAR=9,0;SRF=2;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.477668,0.833166;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0376301,-0.0537176;OID=.,.;OPOS=38949441,38949447;OREF=T,TGG;OALT=-,GGT;OMAPALT=CTTTTTTGG,CTTTTTTGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925,0.075:15,4:94:74,6:80:0:31,6:43,0:0:0:15:33:6,4:9,0:2:31 chr3 39180099 . T C 2792.39 PASS AF=0.994444;AO=179;DP=180;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0720272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6555;QD=62.0531;RBI=0.0737163;REFB=-0.0956885;REVB=-0.01569;RO=1;SAF=87;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514669;STB=0.502702;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000173091;OID=.;OPOS=39180099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:180:1:1:179:179:0.994444:92:87:0:1:92:87:0:1 chr3 39180263 . G A 1526.09 PASS AF=0.972477;AO=103;DP=107;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0251601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.013;QD=56.0034;RBI=0.0389254;REFB=-0.057899;REVB=0.0297012;RO=3;SAF=49;SAR=54;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766354;STB=0.503821;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00181328;OID=.;OPOS=39180263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:109:3:3:103:106:0.972477:54:49:1:2:56:50:1:2 chr3 39184959 . C T 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.816;QD=63.1949;RBI=0.0402885;REFB=0;REVB=-0.0400006;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91806e-05;OID=.;OPOS=39184959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr3 39185077 . G A 502.4 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.449;QD=59.1056;RBI=0.0834534;REFB=0;REVB=0.0416925;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474658;OID=.;OPOS=39185077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:32:34:1:25:7:0:0:27:7:0:0 chr3 39185248 . A G 1013.24 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.672;QD=58.7388;RBI=0.0239195;REFB=0;REVB=-0.00208617;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128518;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:34:35:0:0 chr3 39186728 . C T 2645.75 PASS AF=0.988571;AO=172;DP=174;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0479824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.544;QD=60.4743;RBI=0.0521922;REFB=-0.0083118;REVB=0.0205356;RO=2;SAF=67;SAR=105;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00897931;STB=0.504716;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000201974;OID=.;OPOS=39186728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:174:175:2:2:172:173:0.988571:105:67:0:2:105:68:0:2 chr3 39226928 . G A 698.21 PASS AF=0.567797;AO=67;DP=117;FAO=67;FDP=118;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0216537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5559;QD=23.6682;RBI=0.0373102;REFB=-0.0193719;REVB=0.0303837;RO=50;SAF=35;SAR=32;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611147;STB=0.53712;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0109485;OID=.;OPOS=39226928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:50:51:67:67:0.567797:32:35:30:20:32:35:31:20 chr3 39229900 . T C 2509.51 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203689;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.255;QD=61.583;RBI=0.0538263;REFB=0;REVB=0.0498235;RO=0;SAF=75;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26544e-05;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:162:163:1:87:75:0:0:88:75:0:0 chr3 39323163 . A C 366.98 PASS AF=0.319444;AO=46;DP=144;FAO=46;FDP=144;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=-0.00195874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.395;QD=10.1939;RBI=0.00391043;REFB=0.000503304;REVB=-0.0033845;RO=98;SAF=25;SAR=21;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210333;STB=0.51219;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.000922778;OID=.;OPOS=39323163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:98:98:46:46:0.319444:21:25:55:43:21:25:55:43 chr3 39431081 . G A 1553.19 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0231549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.691;QD=62.7553;RBI=0.0289659;REFB=-0.0745581;REVB=0.0174034;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000196079;OID=.;OPOS=39431081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:56:42:0:0:56:42:1:0 chr3 40211562 . A G 179.83 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=98;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0264341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.797;QD=7.33978;RBI=0.0431158;REFB=-0.000582991;REVB=0.0340618;RO=72;SAF=16;SAR=9;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141861;STB=0.581506;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00167721;OID=.;OPOS=40211562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:72:73:25:25:0.255102:9:16:38:34:9:16:39:34 chr3 40231883 . C T 3558.95 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0943185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3379;QD=60.3213;RBI=0.100994;REFB=0;REVB=0.0361078;RO=0;SAF=107;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291152;OID=.;OPOS=40231883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:210:236:0:0:209:236:1:102:107:0:0:123:113:0:0 chr3 40251392 . T C 404.87 PASS AF=0.443299;AO=39;DP=94;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00239515;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.848;QD=16.6957;RBI=0.0284622;REFB=-0.00783817;REVB=-0.0283612;RO=48;SAF=25;SAR=14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163605;STB=0.617591;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.010089;OID=.;OPOS=40251392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:48:54:39:43:0.443299:14:25:23:25:15:28:24:30 chr3 40286017 . T C 4303.65 PASS AF=1;AO=268;DP=268;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129903;FXX=0.0108299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.874;QD=62.827;RBI=0.0187412;REFB=0;REVB=0.0135087;RO=0;SAF=122;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85138e-05;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:268:274:0:0:268:274:1:146:122:0:0:146:128:0:0 chr3 40351484 . C T 544.72 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0611587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7056;QD=22.9355;RBI=0.0629583;REFB=-0.0168707;REVB=-0.0149451;RO=43;SAF=21;SAR=30;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257047;STB=0.50955;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0243985;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:43:44:51:51:0.536842:30:21:19:24:30:21:19:25 chr3 40435890 . A G 165.2 PASS AF=0.473684;AO=16;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0463213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2777;QD=17.3895;RBI=0.0669791;REFB=-0.0511537;REVB=0.0483792;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796379;STB=0.523783;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0727608;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:20:16:18:0.473684:8:8:10:7:8:10:12:8 chr3 40466308 . C T 313.89 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0905491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.815;QD=14.5995;RBI=0.0926596;REFB=-0.00874354;REVB=-0.019664;RO=51;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147958;STB=0.583673;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0127178;OID=.;OPOS=40466308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:17:18:19:32:17:18:19:32 chr3 40468896 . C T 902.97 PASS AF=0.556962;AO=87;DP=158;FAO=88;FDP=158;FR=.;FRO=70;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0060779;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.455;QD=22.86;RBI=0.0107871;REFB=-0.0275583;REVB=-0.00891177;RO=68;SAF=45;SAR=42;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980916;STB=0.501295;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0180253;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:68:70:87:88:0.556962:42:45:36:32:43:45:36:34 chr3 40503520 . A ACTGCTG,G 61.49 PASS AF=0.692308,0.153846;AO=3,4;DP=13;FAO=9,2;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=4,2;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0,0.030584;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=125.78,117.854;QD=18.9195;RBI=0.00602608,0.0308575;REFB=-0.0582129,-0.0699435;REVB=0.00602608,-0.00409959;RO=6;SAF=0,2;SAR=3,2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.711122,-0.156622;STB=0.583156,0.994977;STBP=0.326,0.131;TYPE=ins,snp;VARB=0.0154298,0.0373361;OID=.,.;OPOS=40503521,40503520;OREF=-,A;OALT=CTGCTG,G;OMAPALT=ACTGCTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:13:13:6:2:3,4:9,2:0.692308,0.153846:3,2:0,2:4:2:5,0:4,2:0:2 chr3 40519429 . T C 917.83 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0129953;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.468;QD=53.9899;RBI=0.0236334;REFB=-0.0174887;REVB=0.0197398;RO=3;SAF=17;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076352;STB=0.540528;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000848458;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:48:17:3:0:48:17:3:0 chr3 40559078 . G C 518.67 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0195671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.499;QD=19.3896;RBI=0.0201623;REFB=0.00177374;REVB=0.0048629;RO=52;SAF=24;SAR=30;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153464;STB=0.5042;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00227393;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:53:54:54:0.504673:30:24:24:28:30:24:24:29 chr3 41746800 . GAAAAAAAAT AGAAAAAAAT,GAAAAAAAAAT,GAAAAAAAT,GAAAAAAATA 38.03 PASS AF=0.0833333,0.0416667,0.25,0.125;AO=2,3,4,3;DP=24;FAO=2,1,6,3;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=1,0,2,2;FSAR=1,1,4,1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00794286,0.142188,-0.154243,-0.0487303;FXX=0.039984;HRUN=1,8,8,8;LEN=2,1,1,2;MLLD=70.9414,6.67242,7.52487,12.683;QD=6.33859;RBI=0.0429607,0.142734,0.166079,0.111587;REFB=-9.90062e-05,-0.0440968,0.0366072,0.0440011;REVB=-0.0422201,-0.0124644,0.0615732,0.100385;RO=8;SAF=0,0,1,3;SAR=2,3,3,0;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.590874,-0.660908,-0.272394,0.660908;STB=0.570733,0.987929,0.559795,0.694385;STBP=0.878,0.502,0.755,0.519;TYPE=mnp,ins,del,mnp;VARB=0.11059,0.256986,0.0645635,0.131577;OID=.,.,.,.;OPOS=41746800,41746801,41746801,41746808;OREF=GA,-,A,AT;OALT=AG,A,-,TA;OMAPALT=AGAAAAAAAT,GAAAAAAAAAT,GAAAAAAAT,GAAAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:14:24:24:8:12:2,3,4,3:2,1,6,3:0.0833333,0.0416667,0.25,0.125:2,3,3,0:0,0,1,3:4:4:1,1,4,1:1,0,2,2:5:7 chr3 41925398 . C T 2943.42 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133463;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.158;QD=62.9609;RBI=0.0229331;REFB=0.0104116;REVB=0.0186495;RO=1;SAF=87;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00544155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96359e-06;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:187:1:0:186:187:1:99:87:1:0:100:87:0:0 chr3 41925423 . T C 2794.84 PASS AF=0.994444;AO=179;DP=181;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00209774;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.974;QD=62.1076;RBI=0.0128992;REFB=-0.114951;REVB=-0.0127275;RO=1;SAF=82;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488277;STB=0.502564;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000214004;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:181:180:1:1:179:179:0.994444:97:82:0:1:97:82:0:1 chr3 41937000 . C T 1714.22 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.939;QD=60.1481;RBI=0.0206957;REFB=0;REVB=-0.00669974;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38262e-05;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:112:114:1:63:49:0:0:63:51:0:0 chr3 41939990 . GTTT GTT,GTTA 754.76 PASS AF=1,0;AO=16,26;DP=60;FAO=61,0;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125778,-0.0625546;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=19.9064,17.5346;QD=49.4925;RBI=0.125793,0.290841;REFB=0,0;REVB=-0.00192729,-0.284034;RO=2;SAF=2,9;SAR=14,17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.298627,-0.0925505;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0112425,0;OID=.,.;OPOS=41939991,41939993;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTT,GTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,26:60:61,0:61:0:18,0:43,0:0:0:4:2:2,9:14,17:2:0 chr3 41957466 . T G 693.45 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0214226;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6019;QD=54.3883;RBI=0.0865922;REFB=0.0869547;REVB=0.0839004;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209158;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000551164;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:22:28:0:1:22:28:0:1 chr3 41960006 . T C 804.28 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.758;QD=64.342;RBI=0.09964;REFB=0;REVB=0.0995327;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422815;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr3 41996136 . T C 2268.02 PASS AF=0.973333;AO=144;DP=150;FAO=146;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0250204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.496;QD=60.4804;RBI=0.0335285;REFB=-0.18232;REVB=0.022319;RO=1;SAF=85;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556215;STB=0.504605;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00041999;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:150:150:1:4:144:146:0.973333:59:85:1:0:61:85:3:1 chr3 42236415 . A G 1080.35 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00242549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6533;QD=60.0195;RBI=0.0654951;REFB=0;REVB=-0.0654501;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000480192;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr3 42244263 . G A 607.63 PASS AF=0.427673;AO=68;DP=157;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=36;FWDB=-0.00263981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.981;QD=15.2864;RBI=0.00268549;REFB=-0.00964583;REVB=-0.000493192;RO=89;SAF=37;SAR=31;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064549;STB=0.534974;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0146947;OID=.;OPOS=42244263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:89:91:68:68:0.427673:31:37:54:35:31:37:55:36 chr3 42244321 . G A 3717.35 PASS AF=0.975904;AO=237;DP=245;FAO=243;FDP=249;FR=.;FRO=6;FSAF=138;FSAR=105;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0192439;FXX=0.00399984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.596;QD=59.7164;RBI=0.0297539;REFB=-0.139228;REVB=0.0226928;RO=4;SAF=136;SAR=101;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138083;STB=0.510637;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000564782;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:245:249:4:6:237:243:0.975904:101:136:4:0:105:138:6:0 chr3 42567419 . G A 542.59 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=0.000225157;FXX=0.029195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.553;QD=16.3186;RBI=0.0281733;REFB=-0.00493085;REVB=0.0281724;RO=72;SAF=34;SAR=24;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838496;STB=0.531594;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00617263;OID=.;OPOS=42567419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:133:72:75:58:58:0.43609:24:34:48:24:24:34:48:27 chr3 42568929 . T C 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0292344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.543;QD=16.731;RBI=0.0361801;REFB=0.0023915;REVB=-0.0213155;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171894;STB=0.595981;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00471558;OID=.;OPOS=42568929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:17:14:10:26:17:14:10:26 chr3 42599091 . G A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=27;FWDB=-0.0130124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.409;QD=16.4079;RBI=0.0162572;REFB=-0.000684707;REVB=-0.0097454;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=2;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351285;STB=0.694776;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000883624;OID=.;OPOS=42599091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:14:7:2:27:14:7:2:27 chr3 42605348 . C A 492.47 PASS AF=0.473214;AO=52;DP=113;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0258481;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2738;QD=17.5884;RBI=0.0548407;REFB=-0.00256891;REVB=0.0483671;RO=56;SAF=9;SAR=43;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298572;STB=0.66147;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00831595;OID=.;OPOS=42605348;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:56:59:52:53:0.473214:43:9:23:33:43:10:25:34 chr3 42610374 . A G 851.5 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167695;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.511;QD=57.7287;RBI=0.018046;REFB=0;REVB=0.00666639;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24427e-05;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr3 42610515 . G A 164.99 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00871282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3064;QD=14.0414;RBI=0.00872322;REFB=-0.00971364;REVB=0.000425704;RO=29;SAF=3;SAR=15;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126968;STB=0.574622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0187014;OID=.;OPOS=42610515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:15:3:7:22:15:3:7:22 chr3 42636141 . G A 303.36 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9827;QD=50.5594;RBI=0.0682446;REFB=-0.052379;REVB=0.0094197;RO=1;SAF=6;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206249;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:24:1:0:21:24:1:15:6:1:0:17:7:0:0 chr3 42679497 . C T 188.8 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.084132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1896;QD=19.8736;RBI=0.0846645;REFB=-0.00893353;REVB=0.00948016;RO=17;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917663;STB=0.59273;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0154255;OID=.;OPOS=42679497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:19:19:19:0.5:14:5:6:11:14:5:8:11 chr3 42680526 . C T 421.7 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00828144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.166;QD=26.3565;RBI=0.0227742;REFB=-0.0141221;REVB=-0.0212151;RO=24;SAF=19;SAR=21;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457532;STB=0.524987;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0134109;OID=.;OPOS=42680526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:21:19:13:11:21:19:13:11 chr3 42681102 . G A 573.19 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=-0.0101774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8293;QD=19.5963;RBI=0.044658;REFB=-0.013491;REVB=-0.0434828;RO=52;SAF=25;SAR=34;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103279;STB=0.576781;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00913994;OID=.;OPOS=42681102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:52:58:59:59:0.504274:34:25:16:36:34:25:16:42 chr3 42700456 . C T 558.58 PASS AF=0.336493;AO=71;DP=211;FAO=71;FDP=211;FR=.;FRO=140;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=61;FSRR=79;FWDB=0.0144407;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.768;QD=10.5891;RBI=0.0156603;REFB=-0.00997048;REVB=0.00605898;RO=139;SAF=34;SAR=37;SRF=60;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548341;STB=0.528749;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0184405;OID=.;OPOS=42700456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:139:140:71:71:0.336493:37:34:60:79:37:34:61:79 chr3 42700630 . A G 4035.14 PASS AF=1;AO=252;DP=252;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178622;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.907;QD=61.371;RBI=0.0286804;REFB=0;REVB=-0.022439;RO=0;SAF=133;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144592;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:252:263:0:0:252:263:1:119:133:0:0:130:133:0:0 chr3 42700717 . A G 389.92 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=34;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.0417019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8688;QD=21.6624;RBI=0.0654168;REFB=-0.0572177;REVB=-0.0504015;RO=33;SAF=34;SAR=5;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913877;STB=0.550782;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0465697;OID=.;OPOS=42700717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:5:34:27:6:5:34:27:6 chr3 42701278 . G A 283.61 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0440961;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.216;QD=28.3606;RBI=0.0445165;REFB=-0.00139422;REVB=-0.0061033;RO=15;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743373;STB=0.540951;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00153506;OID=.;OPOS=42701278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:11:14:10:5:11:14:10:5 chr3 42705832 . C T 3475.97 PASS AF=0.628631;AO=303;DP=482;FAO=303;FDP=482;FR=.;FRO=179;FSAF=112;FSAR=191;FSRF=56;FSRR=123;FWDB=0.0452782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3414;QD=28.8463;RBI=0.0547124;REFB=-0.0278215;REVB=-0.0307138;RO=178;SAF=112;SAR=191;SRF=56;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411625;STB=0.522896;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0178472;OID=.;OPOS=42705832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:482:482:178:179:303:303:0.628631:191:112:56:122:191:112:56:123 chr3 42707961 . C A 919.99 PASS AF=0.607407;AO=82;DP=136;FAO=82;FDP=135;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.00771686;FXX=0.0073524;HRUN=7;LEN=1;MLLD=242.334;QD=27.2591;RBI=0.00796106;REFB=-0.00975643;REVB=-0.00195669;RO=39;SAF=33;SAR=49;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126419;STB=0.541696;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00543369;OID=.;OPOS=42707961;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:39:53:82:82:0.607407:49:33:8:31:49:33:16:37 chr3 42728144 . A G 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0764258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.282;QD=62.1612;RBI=0.0766314;REFB=0;REVB=-0.00560985;RO=0;SAF=65;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.01904e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217863;OID=.;OPOS=42728144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:20:65:0:0:20:65:0:0 chr3 42733468 . T C 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.608;QD=64.1534;RBI=0.0200617;REFB=0;REVB=0.0181257;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45293e-05;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:48:51:0:0:48:51:0:0 chr3 42735150 . T C 320.4 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0125108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.677;QD=27.2677;RBI=0.0164444;REFB=-0.00892721;REVB=-0.0106723;RO=18;SAF=11;SAR=17;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087583;STB=0.533095;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00521903;OID=.;OPOS=42735150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:28:28:0.595745:17:11:5:13:17:11:6:13 chr3 42735274 . A G 405.41 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.011978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.408;QD=25.3385;RBI=0.0263334;REFB=-0.0150899;REVB=-0.0234515;RO=25;SAF=16;SAR=23;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218225;STB=0.511948;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00798175;OID=.;OPOS=42735274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:23:16:11:14:23:16:11:14 chr3 42738594 . C T 482.5 PASS AF=0.321053;AO=61;DP=190;FAO=61;FDP=190;FR=.;FRO=129;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=71;FWDB=0.0267779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.029;QD=10.1579;RBI=0.0351249;REFB=-0.0135139;REVB=-0.022731;RO=127;SAF=37;SAR=24;SRF=56;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193599;STB=0.606522;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0324933;OID=.;OPOS=42738594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:127:129:61:61:0.321053:24:37:56:71:24:37:58:71 chr3 42741286 . A AC 78.98 PASS AF=0.0780488;AO=110;DP=829;FAO=64;FDP=820;FR=.;FRO=756;FSAF=6;FSAR=58;FSRF=456;FSRR=300;FWDB=-0.0313023;FXX=0.00364516;HRUN=0;LEN=1;MLLD=96.3558;QD=0.385273;RBI=0.0660523;REFB=-0.00425903;REVB=-0.0581642;RO=709;SAF=10;SAR=100;SRF=456;SRR=253;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.658405;STB=0.925669;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.126352;OID=.;OPOS=42741287;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0780488:110:829:64:820:756:6:58:456:300:78:709:10:100:456:253 chr3 42772038 . A T 579.22 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0149508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.115;QD=18.6844;RBI=0.0221783;REFB=-0.0254352;REVB=-0.0163814;RO=63;SAF=33;SAR=27;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244154;STB=0.509753;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0214987;OID=.;OPOS=42772038;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:63:64:60:60:0.483871:27:33:33:30:27:33:34:30 chr3 42787469 . A G 336.23 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0674352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2253;QD=14.7795;RBI=0.0689798;REFB=-0.000973793;REVB=-0.0145158;RO=51;SAF=15;SAR=22;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682615;STB=0.534935;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00104207;OID=.;OPOS=42787469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:54:37:37:0.406593:22:15:24:27:22:15:25:29 chr3 42794123 . C G 263.77 PASS AF=0.292683;AO=36;DP=125;FAO=36;FDP=123;FR=.;FRO=87;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0120032;FXX=0.0159987;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.169;QD=8.57793;RBI=0.0123087;REFB=-0.00548581;REVB=-0.00272502;RO=87;SAF=22;SAR=14;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101116;STB=0.559633;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0145944;OID=.;OPOS=42794123;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:87:87:36:36:0.292683:14:22:46:41:14:22:46:41 chr3 42826168 . A G 79.06 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0113717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8971;QD=28.7508;RBI=0.0119516;REFB=-0.221096;REVB=0.00367759;RO=1;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593592;STB=0.562371;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0152797;OID=.;OPOS=42826168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:11:11:1:2:9:9:0.818182:7:2:0:1:7:2:0:2 chr3 42907112 . A C 1063.45 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00190744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.456;QD=58.2714;RBI=0.00508729;REFB=0.00940719;REVB=0.00471616;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000243875;OID=.;OPOS=42907112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:73:0:1:70:72:0.986301:41:29:0:0:43:29:1:0 chr3 42908775 . A C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0959789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.67;QD=57.7124;RBI=0.0959793;REFB=0;REVB=-0.000286116;RO=0;SAF=10;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010901;OID=.;OPOS=42908775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:49:10:0:0:49:10:0:0 chr3 42917047 . A G 3934.84 PASS AF=1;AO=240;DP=240;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.464;QD=63.7221;RBI=0.0258437;REFB=0;REVB=0.0255028;RO=0;SAF=108;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70432e-06;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:240:247:0:0:240:247:1:132:108:0:0:136:111:0:0 chr3 42956273 . T C 867.89 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.376;QD=57.8596;RBI=0.0333316;REFB=0;REVB=0.0262348;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225156;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr3 43073761 . G A 358.39 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00956079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1514;QD=17.066;RBI=0.0198376;REFB=-0.00487558;REVB=0.0173817;RO=46;SAF=28;SAR=10;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333415;STB=0.687812;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00373456;OID=.;OPOS=43073761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:10:28:19:27:10:28:19:27 chr3 43074430 . A G 901.88 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.642;QD=58.1858;RBI=0.0447463;REFB=0;REVB=0.0228424;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21868e-05;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:34:24:0:0:36:26:0:0 chr3 43074434 . C T 203.34 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0151786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2533;QD=14.2698;RBI=0.0814586;REFB=-0.0135494;REVB=0.0800319;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701368;STB=0.540026;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0153372;OID=.;OPOS=43074434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:16:17:14:10:16:17 chr3 43074871 . A G 4463.25 PASS AF=1;AO=240;DP=297;FAO=296;FDP=296;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=160;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109812;FXX=0.04823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.82;QD=60.3142;RBI=0.0115561;REFB=0;REVB=0.00359969;RO=1;SAF=151;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94414e-05;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:297:296:1:0:240:296:1:89:151:0:1:136:160:0:0 chr3 43095101 . A G 387.83 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.00637214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.632;QD=15.993;RBI=0.0064201;REFB=-0.00533744;REVB=-0.000783221;RO=56;SAF=26;SAR=15;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100605;STB=0.50567;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00863388;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:15:26:35:21:15:26:35:21 chr3 43095245 . A G 801.39 PASS AF=0.680412;AO=62;DP=93;FAO=66;FDP=97;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00598076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.352;QD=33.0469;RBI=0.00598282;REFB=-0.0199112;REVB=-0.000157052;RO=30;SAF=28;SAR=34;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293862;STB=0.509997;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0121887;OID=.;OPOS=43095245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:30:31:62:66:0.680412:34:28:15:15:34:32:16:15 chr3 43097710 . A G 721.86 PASS AF=0.390698;AO=84;DP=215;FAO=84;FDP=215;FR=.;FRO=131;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=74;FSRR=57;FWDB=-0.00658113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.149;QD=13.4299;RBI=0.0148145;REFB=-0.00241071;REVB=0.0132725;RO=131;SAF=55;SAR=29;SRF=74;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103407;STB=0.558361;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00374974;OID=.;OPOS=43097710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:131:131:84:84:0.390698:29:55:74:57:29:55:74:57 chr3 43097765 . G A 1405.63 PASS AF=0.558824;AO=128;DP=233;FAO=133;FDP=238;FR=.;FRO=105;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=68;FSRR=37;FWDB=0.0297227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2565;QD=23.624;RBI=0.0585437;REFB=-0.0313141;REVB=0.0504373;RO=105;SAF=64;SAR=64;SRF=68;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122334;STB=0.566711;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0253785;OID=.;OPOS=43097765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:238:105:105:128:133:0.558824:64:64:68:37:67:66:68:37 chr3 43121559 . C T 1962.09 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352544;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.639;QD=62.2886;RBI=0.00413485;REFB=0;REVB=0.00216061;RO=0;SAF=70;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.38897e-05;OID=.;OPOS=43121559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:126:0:0:126:126:1:56:70:0:0:56:70:0:0 chr3 43121694 . A AC 47.75 PASS AF=0.123324;AO=59;DP=376;FAO=46;FDP=373;FR=.;FRO=327;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=130;FSRR=197;FWDB=-0.00180988;FXX=0.00267373;HRUN=0;LEN=1;MLLD=21.7868;QD=0.512112;RBI=0.0470372;REFB=-0.0111446;REVB=-0.0470023;RO=313;SAF=20;SAR=39;SRF=132;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113052;STB=0.505733;STBP=0.952;TYPE=ins;VARB=0.104249;OID=.;OPOS=43121695;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.123324:59:376:46:373:327:18:28:130:197:47:313:20:39:132:181 chr3 43122966 . G A 2373.01 PASS AF=0.963855;AO=161;DP=166;FAO=160;FDP=166;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=95;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0662114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1705;QD=57.181;RBI=0.0690096;REFB=-0.151164;REVB=-0.0194519;RO=5;SAF=66;SAR=95;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229816;STB=0.515902;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00444733;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:166:166:5:6:161:160:0.963855:95:66:4:1:95:65:5:1 chr3 43390387 . C CT 724.53 PASS AF=1;AO=70;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370155;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.2129;QD=32.2014;RBI=0.14346;REFB=0;REVB=-0.138602;RO=12;SAF=33;SAR=37;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000605691;OID=.;OPOS=43390388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:89:90:90:0:45:45:0:0:13:12:33:37:8:4 chr3 43414318 . A G 2658.98 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.882;QD=62.1984;RBI=0.0367148;REFB=0;REVB=0.00480918;RO=0;SAF=90;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69849e-05;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:81:90:0:0:81:90:0:0 chr3 43602803 . C T 1115.0 PASS AF=0.939024;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0287934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.858;QD=54.3904;RBI=0.0301457;REFB=-0.117361;REVB=0.00892756;RO=2;SAF=34;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00283683;STB=0.522039;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00282242;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:82:82:2:5:77:77:0.939024:43:34:1:1:43:34:4:1 chr3 43607136 . T C 385.76 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000923419;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.798;QD=48.2202;RBI=0.00101707;REFB=-0.152974;REVB=-0.000426285;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344827;STB=0.510909;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00148726;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:1:3:29:29:0.90625:13:16:0:1:13:16:2:1 chr3 44283672 . T C 519.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6042;QD=59.4255;RBI=0.021062;REFB=0;REVB=-0.00845723;RO=0;SAF=30;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317876;OID=.;OPOS=44283672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:5:30:0:0:5:30:0:0 chr3 44283808 . C A 1582.19 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00722595;FXX=0.0272702;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.721;QD=59.1474;RBI=0.0322758;REFB=-0.0633602;REVB=0.0314566;RO=0;SAF=38;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=6.9752e-05;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:107:0:1:106:106:0.990654:68:38:0:0:68:38:0:1 chr3 44284584 . G A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.301;QD=59.1428;RBI=0.0159458;REFB=0;REVB=-0.00282878;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54319e-05;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chr3 44540791 . TTC T 1354.12 PASS AF=0.930769;AO=100;DP=113;FAO=121;FDP=130;FR=.;FRO=9;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00181983;FXX=0.0151504;HRUN=5;LEN=2;MLLD=294.873;QD=41.6654;RBI=0.0107001;REFB=-0.00779994;REVB=0.0105442;RO=1;SAF=54;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870439;STB=0.518949;STBP=0.114;TYPE=del;VARB=0.000309833;OID=.;OPOS=44540792;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.930769:100:113:121:130:9:61:60:7:2:8:1:54:46:1:0 chr3 44612050 . C T 867.36 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0594305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.53;QD=55.9589;RBI=0.0694796;REFB=0.000976754;REVB=0.0359922;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.512191;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000257317;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:0:1:61:61:0.983871:41:20:0:0:41:20:1:0 chr3 44637015 . ATAT AAAT,AAT,AATA 218.23 PASS AF=0.0555556,0.527778,0;AO=10,11,2;DP=39;FAO=2,19,0;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=1,7,0;FSAR=1,12,0;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0013143,0.000809405,-0.0579723;FXX=0.0769034;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=235.885,236.73,19.5567;QD=24.2477;RBI=0.0127992,0.0153182,0.235926;REFB=-0.00900465,-0.00814132,-0.0627095;REVB=0.0127316,0.0152968,-0.228692;RO=8;SAF=3,6,0;SAR=7,5,2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.260141,-0.0593282,-0.634114;STB=0.529121,0.574999,0.5;STBP=0.874,0.361,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.00800498,0.00247899,0;OID=.,.,.;OPOS=44637016,44637016,44637016;OREF=T,T,TAT;OALT=A,-,ATA;OMAPALT=AAAT,AAT,AATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0555556,0.527778,0:10,11,2:39:2,19,0:36:15:1,7,0:1,12,0:8:7:99:8:3,6,0:7,5,2:5:3 chr3 44692564 . C G 2238.87 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0746694;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.694;QD=63.5141;RBI=0.0749971;REFB=0;REVB=0.00700363;RO=0;SAF=73;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310507;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:68:73:0:0:68:73:0:0 chr3 44763037 . A C 361.65 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00882217;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.401;QD=49.8828;RBI=0.0142287;REFB=0.00306913;REVB=0.0111635;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299926;STB=0.531227;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=2.41296e-05;OID=.;OPOS=44763037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:29:1:2:27:27:0.931034:12:15:1:0:12:15:2:0 chr3 44775962 . A G 1089.37 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436555;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.171;QD=58.8849;RBI=0.0455057;REFB=-0.0516508;REVB=0.0128437;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173199;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:74:1:0:72:74:1:41:31:1:0:42:32:0:0 chr3 44777795 . CT TC 588.87 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00608996;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=198.415;QD=51.206;RBI=0.0104673;REFB=-0.0721621;REVB=0.00851337;RO=4;SAF=22;SAR=19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357833;STB=0.506934;STBP=0.794;TYPE=mnp;VARB=0.00121106;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:46:4:5:41:41:0.891304:19:22:3:1:19:22:3:2 chr3 44869026 . A T 3848.38 PASS AF=0.959259;AO=259;DP=270;FAO=259;FDP=270;FR=.;FRO=11;FSAF=110;FSAR=149;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0320184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.7931;QD=57.013;RBI=0.0626421;REFB=-0.00178318;REVB=0.0538411;RO=4;SAF=110;SAR=149;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00223234;STB=0.502548;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-5.28811e-05;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:270:270:4:11:259:259:0.959259:149:110:2:2:149:110:4:7 chr3 44884647 . C A 1755.03 PASS AF=0.991525;AO=114;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.198;QD=59.4927;RBI=0.0360583;REFB=0.0221514;REVB=0.0197004;RO=0;SAF=42;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47005e-08;STB=0.503355;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=3.58989e-05;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:0:1:114:117:0.991525:72:42:0:0:74:43:0:1 chr3 44929287 . G C 1769.79 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0336624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4631;QD=59.9929;RBI=0.0375018;REFB=0.046537;REVB=0.0165296;RO=1;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747937;STB=0.503936;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.000511203;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:63:54:0:1:63:54:0:1 chr3 44943069 . C T 1066.64 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00117546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.821;QD=58.4462;RBI=0.00630948;REFB=-0.109398;REVB=0.00619902;RO=1;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160282;STB=0.508472;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-9.67135e-05;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:29:43:0:1:29:43:0:1 chr3 44943389 . G A 2292.22 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.281;QD=63.6727;RBI=0.0129363;REFB=0;REVB=-0.00745676;RO=0;SAF=66;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.18654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11561e-05;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:78:66:0:0:78:66:0:0 chr3 44948479 . C T 2039.18 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00143575;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.582;QD=60.8711;RBI=0.0274985;REFB=-0.143283;REVB=0.027461;RO=1;SAF=57;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826558;STB=0.501037;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00031287;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:134:1:2:132:132:0.985075:75:57:1:0:75:57:1:1 chr3 44948590 . G A 2941.9 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.525;QD=63.2666;RBI=0.0206153;REFB=0;REVB=-0.0202601;RO=0;SAF=74;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.85477e-06;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:186:0:0:186:186:1:112:74:0:0:112:74:0:0 chr3 44968319 . CTT CTC,CT,TCT 226.17 PASS AF=0.126582,0.481013,0;AO=7,31,4;DP=79;FAO=10,38,0;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=0,32,0;FSAR=10,6,0;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=-0.0406961,-0.0909056,-0.0385774;FXX=0.0124984;HRUN=5,5,2;LEN=1,1,2;MLLD=165.161,9.76989,173.488;QD=11.4516;RBI=0.0581152,0.227546,0.0385865;REFB=-0.023211,-0.160341,-0.019047;REVB=0.0414874,0.208598,-0.000836902;RO=25;SAF=0,28,0;SAR=7,3,4;SRF=22;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.833543,0.0508691,-0.79811;STB=0.999317,0.52521,0.5;STBP=0,0.777,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.115496,0.0919373,0;OID=.,.,.;OPOS=44968321,44968320,44968319;OREF=T,T,CT;OALT=C,-,TC;OMAPALT=CTC,CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:79:79:25:31:7,31,4:10,38,0:0.126582,0.481013,0:7,3,4:0,28,0:22:3:10,6,0:0,32,0:27:4 chr3 45052775 . G C 3651.64 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222082;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.231;QD=63.2319;RBI=0.0308873;REFB=0;REVB=0.0214668;RO=0;SAF=117;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67253e-05;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:231:0:0:231:231:1:114:117:0:0:114:117:0:0 chr3 45077123 . G A 2001.72 PASS AF=0.9;AO=143;DP=160;FAO=144;FDP=160;FR=.;FRO=16;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0.00966359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.586;QD=50.043;RBI=0.0247993;REFB=0.00944797;REVB=0.022839;RO=16;SAF=73;SAR=70;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971451;STB=0.550626;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-9.34606e-05;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:160:160:16:16:143:144:0.9:70:73:0:16:71:73:0:16 chr3 45127515 . T C 2005.34 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1848;QD=62.1812;RBI=0.0933319;REFB=0;REVB=0.0850314;RO=0;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514123;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:63:65:0:0:63:66:0:0 chr3 45132921 . G A 707.69 PASS AF=0.48366;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.0154921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.596;QD=18.5018;RBI=0.0194398;REFB=-0.00959367;REVB=0.0117431;RO=79;SAF=38;SAR=36;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303685;STB=0.516774;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00934263;OID=.;OPOS=45132921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:79:79:74:74:0.48366:36:38:38:41:36:38:38:41 chr3 45134822 . T C 1972.29 PASS AF=1;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608045;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.798;QD=62.1195;RBI=0.0144981;REFB=0;REVB=0.0131615;RO=0;SAF=67;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134198;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:127:0:0:126:127:1:59:67:0:0:60:67:0:0 chr3 45297004 . T C 2580.03 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417499;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.093;QD=61.7971;RBI=0.0426021;REFB=0;REVB=0.00847826;RO=0;SAF=97;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3479e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51606e-05;OID=.;OPOS=45297004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:167:0:0:162:167:1:65:97:0:0:70:97:0:0 chr3 45527218 . T C 2274.25 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.453;QD=63.6154;RBI=0.0245239;REFB=0;REVB=-0.0210158;RO=0;SAF=73;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77704e-05;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:70:73:0:0:70:73:0:0 chr3 45533224 . G A 2948.68 PASS AF=1;AO=185;DP=188;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172679;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.292;QD=63.4126;RBI=0.0174759;REFB=0;REVB=0.00268838;RO=0;SAF=75;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36267e-05;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:186:0:0:185:186:1:110:75:0:0:111:75:0:0 chr3 45559519 . T C 2331.6 PASS AF=1;AO=144;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014066;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.442;QD=63.8794;RBI=0.0014066;REFB=0;REVB=2.06272e-06;RO=0;SAF=58;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138141;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:144:146:1:86:58:0:0:86:60:0:0 chr3 45565554 . A G 5333.69 PASS AF=1;AO=332;DP=334;FAO=336;FDP=336;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=203;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0648644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.717;QD=63.4963;RBI=0.0676832;REFB=0;REVB=-0.0193293;RO=0;SAF=132;SAR=200;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183749;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:334:336:0:0:332:336:1:200:132:0:0:203:133:0:0 chr3 45637253 . C T 2313.55 PASS AF=0.968944;AO=156;DP=161;FAO=156;FDP=161;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0298298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.387;QD=57.4796;RBI=0.0313972;REFB=-0.0705603;REVB=0.00979626;RO=5;SAF=71;SAR=85;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00328189;STB=0.501726;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00100447;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:161:161:5:5:156:156:0.968944:85:71:2:3:85:71:2:3 chr3 45637439 . T C 7707.85 PASS AF=0.985447;AO=409;DP=482;FAO=474;FDP=481;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=206;FSAR=268;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0796585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.053;QD=64.0985;RBI=0.0914774;REFB=0;REVB=0.0449738;RO=0;SAF=209;SAR=200;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550939;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:482:481:0:0:409:474:0.985447:200:209:0:0:268:206:0:0 chr3 45779136 . A T 852.79 PASS AF=0.722772;AO=64;DP=92;FAO=73;FDP=101;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00544658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.067;QD=33.7739;RBI=0.013751;REFB=-0.0217492;REVB=0.0126264;RO=28;SAF=23;SAR=41;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630282;STB=0.536618;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0107965;OID=.;OPOS=45779136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:101:28:28:64:73:0.722772:41:23:13:15:48:25:13:15 chr3 45817418 . A G 967.64 PASS AF=0.589041;AO=86;DP=147;FAO=86;FDP=146;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0238775;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.505;QD=26.5106;RBI=0.0273836;REFB=-0.00925478;REVB=-0.0134062;RO=58;SAF=33;SAR=53;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367487;STB=0.514215;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00644374;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:58:60:86:86:0.589041:53:33:25:33:53:33:25:35 chr3 45959515 . A T 1208.93 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.567;QD=61.2116;RBI=0.0242722;REFB=0;REVB=-0.0021154;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39626e-05;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:39:39:0:0:40:39:0:0 chr3 45959759 . T C 405.41 PASS AF=0.346405;AO=35;DP=137;FAO=53;FDP=153;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.0122363;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.026;QD=10.5991;RBI=0.0145436;REFB=-0.0156157;REVB=-0.00786057;RO=101;SAF=5;SAR=30;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495339;STB=0.602324;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0367127;OID=.;OPOS=45959759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:153:101:100:35:53:0.346405:30:5:50:51:35:18:49:51 chr3 45989044 . T G 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00902272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.398;QD=10.1482;RBI=0.0137822;REFB=-0.00803714;REVB=-0.0104183;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261377;STB=0.515306;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.014481;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:12:10:19:25:12:10:19:25 chr3 45996761 . G A 979.79 PASS AF=0.380952;AO=112;DP=294;FAO=112;FDP=294;FR=.;FRO=182;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=87;FSRR=95;FWDB=0.0106391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.554;QD=13.3304;RBI=0.0114761;REFB=-0.00260939;REVB=-0.0043024;RO=182;SAF=56;SAR=56;SRF=87;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024154;STB=0.513603;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00432023;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:182:182:112:112:0.380952:56:56:87:95:56:56:87:95 chr3 46008790 . G A 901.83 PASS AF=0.406375;AO=102;DP=251;FAO=102;FDP=251;FR=.;FRO=149;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=70;FSRR=79;FWDB=-0.014279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8212;QD=14.3718;RBI=0.0196119;REFB=-0.0224869;REVB=-0.0134439;RO=147;SAF=46;SAR=56;SRF=70;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267739;STB=0.511252;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.030959;OID=.;OPOS=46008790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:147:149:102:102:0.406375:56:46:70:77:56:46:70:79 chr3 46009864 . C G 566.38 PASS AF=0.404908;AO=65;DP=161;FAO=66;FDP=163;FR=.;FRO=97;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.0643612;FXX=0.00609719;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8419;QD=13.8988;RBI=0.0859031;REFB=-0.0116608;REVB=0.0568944;RO=96;SAF=28;SAR=37;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848896;STB=0.524069;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0167364;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:96:97:65:66:0.404908:37:28:49:47:36:30:48:49 chr3 46010077 . C T 3076.03 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.627;QD=63.7519;RBI=0.0372685;REFB=0;REVB=0.0119519;RO=0;SAF=111;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32343e-05;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:193:0:0:193:193:1:82:111:0:0:82:111:0:0 chr3 46021218 . G T 2511.22 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.148;QD=61.6251;RBI=0.0263002;REFB=0;REVB=-0.0101611;RO=0;SAF=87;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62694e-05;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:76:87:0:0:76:87:0:0 chr3 46416470 . G T 391.89 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=9;FWDB=0.0124824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2512;QD=17.0387;RBI=0.0468556;REFB=-0.0189238;REVB=0.0451623;RO=50;SAF=19;SAR=22;SRF=41;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346246;STB=0.694894;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0303097;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:51:41:41:0.445652:22:19:41:9:22:19:42:9 chr3 46416543 . G C 379.32 PASS AF=0.356061;AO=46;DP=132;FAO=47;FDP=132;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.0278574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1027;QD=11.4945;RBI=0.02891;REFB=-0.00630539;REVB=0.00772991;RO=85;SAF=16;SAR=30;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352227;STB=0.525413;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.017755;OID=.;OPOS=46416543;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:85:85:46:47:0.356061:30:16:32:53:31:16:32:53 chr3 46417312 . G T 194.73 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0119125;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.168;QD=16.5725;RBI=0.0199712;REFB=-0.00913414;REVB=-0.0160293;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401324;STB=0.547778;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0145043;OID=.;OPOS=46417312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:27:20:20:0.425532:8:12:14:11:8:12:14:13 chr3 46449978 . A C 415.31 PASS AF=0.298913;AO=53;DP=184;FAO=55;FDP=184;FR=.;FRO=129;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=68;FSRR=61;FWDB=-0.0176783;FXX=0.0160419;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.544;QD=9.02851;RBI=0.020374;REFB=-0.0016235;REVB=-0.010128;RO=126;SAF=32;SAR=21;SRF=67;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885591;STB=0.565493;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00434306;OID=.;OPOS=46449978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:126:129:53:55:0.298913:21:32:67:59:21:34:68:61 chr3 46450070 . T A 199.68 PASS AF=0.254237;AO=29;DP=118;FAO=30;FDP=118;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.00823286;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.811;QD=6.76866;RBI=0.0449099;REFB=-0.0116721;REVB=0.0441488;RO=88;SAF=9;SAR=20;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268924;STB=0.643581;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0592098;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:88:88:29:30:0.254237:20:9:46:42:20:10:46:42 chr3 46480801 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.27;QD=59.6794;RBI=0.0151348;REFB=0;REVB=0.00888941;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21792e-05;OID=.;OPOS=46480801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr3 46484964 . G A 2032.19 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362793;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1423;QD=60.6623;RBI=0.054512;REFB=0;REVB=0.0406863;RO=0;SAF=54;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431052;OID=.;OPOS=46484964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:134:0:0:126:134:1:72:54:0:0:72:62:0:0 chr3 46488854 . T C 341.03 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00323036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.127;QD=20.9865;RBI=0.0281102;REFB=-0.00345678;REVB=0.0279239;RO=30;SAF=24;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166629;STB=0.592538;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00283287;OID=.;OPOS=46488854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:11:24:15:15:11:24:15:15 chr3 46490366 . G A 1375.07 PASS AF=0.491103;AO=138;DP=281;FAO=138;FDP=281;FR=.;FRO=143;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=73;FSRR=70;FWDB=-0.000496238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.912;QD=19.574;RBI=0.0051572;REFB=-0.0131315;REVB=0.00513327;RO=143;SAF=60;SAR=78;SRF=73;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706099;STB=0.538792;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0162581;OID=.;OPOS=46490366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:143:143:138:138:0.491103:78:60:73:70:78:60:73:70 chr3 46490474 . G A 1736.08 PASS AF=0.543624;AO=155;DP=292;FAO=162;FDP=298;FR=.;FRO=136;FSAF=78;FSAR=84;FSRF=72;FSRR=64;FWDB=0.0793115;FXX=0.00334437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0737;QD=23.3031;RBI=0.0793403;REFB=-0.0172051;REVB=-0.00213825;RO=136;SAF=74;SAR=81;SRF=72;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445528;STB=0.521866;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0142949;OID=.;OPOS=46490474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:298:136:136:155:162:0.543624:81:74:72:64:84:78:72:64 chr3 46501213 . T C 2568.92 PASS AF=0.971429;AO=169;DP=174;FAO=170;FDP=175;FR=.;FRO=5;FSAF=88;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00630379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.013;QD=58.7182;RBI=0.0295722;REFB=0.00110849;REVB=0.0288926;RO=4;SAF=88;SAR=81;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101069;STB=0.502356;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=1.19579e-06;OID=.;OPOS=46501213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:174:175:4:5:169:170:0.971429:81:88:3:1:82:88:3:2 chr3 46501268 . C T 2205.07 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00671401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.949;QD=61.6803;RBI=0.0163647;REFB=-0.0343617;REVB=0.014924;RO=2;SAF=66;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141887;STB=0.507462;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000270131;OID=.;OPOS=46501268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:2:2:141:141:0.986014:75:66:2:0:75:66:2:0 chr3 46501284 . C CCTT 1634.63 PASS AF=1;AO=103;DP=134;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163846;FXX=0.052627;HRUN=2;LEN=3;MLLD=244.025;QD=60.542;RBI=0.0312838;REFB=0;REVB=0.0266499;RO=28;SAF=51;SAR=52;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267157;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.07288e-05;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:103:134:108:108:0:52:56:0:0:9:28:51:52:12:16 chr3 46509712 . A G 819.67 PASS AF=0.604839;AO=75;DP=124;FAO=75;FDP=124;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00139547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.777;QD=26.4408;RBI=0.00139551;REFB=-0.00268372;REVB=1.13946e-05;RO=49;SAF=38;SAR=37;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116195;STB=0.563007;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00147418;OID=.;OPOS=46509712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:49:49:75:75:0.604839:37:38:17:32:37:38:17:32 chr3 46580591 . G T 264.48 PASS AF=0.321101;AO=34;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0187152;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.714;QD=9.70562;RBI=0.0649674;REFB=-0.0172911;REVB=-0.0622133;RO=73;SAF=17;SAR=17;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560955;STB=0.517847;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0435635;OID=.;OPOS=46580591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:73:74:34:35:0.321101:17:17:40:33:17:18:40:34 chr3 46620614 . T C 804.4 PASS AF=0.376984;AO=94;DP=250;FAO=95;FDP=252;FR=.;FRO=157;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=92;FSRR=65;FWDB=0.0368737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1984;QD=12.7683;RBI=0.0552214;REFB=-0.000624597;REVB=0.0411064;RO=154;SAF=37;SAR=57;SRF=91;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215808;STB=0.621765;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00107115;OID=.;OPOS=46620614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:252:154:157:94:95:0.376984:57:37:91:63:58:37:92:65 chr3 46621299 . T G 706.35 PASS AF=0.444444;AO=76;DP=172;FAO=76;FDP=171;FR=.;FRO=95;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=60;FWDB=-0.00985773;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.694;QD=16.5229;RBI=0.0104799;REFB=-0.0247674;REVB=-0.00355728;RO=86;SAF=37;SAR=39;SRF=27;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167272;STB=0.566047;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0307209;OID=.;OPOS=46621299;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:86:95:76:76:0.444444:39:37:27:59:39:37:35:60 chr3 46654132 . G A 3118.16 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.937;QD=61.7458;RBI=0.0254642;REFB=0;REVB=0.0140472;RO=0;SAF=94;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.62326e-06;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:202:202:1:108:94:0:0:108:94:0:0 chr3 46658737 . A G 1884.7 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.061923;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2399;QD=60.7969;RBI=0.0703277;REFB=-0.133384;REVB=0.0333396;RO=0;SAF=58;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00144858;OID=.;OPOS=46658737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:124:0:1:123:123:0.991935:65:58:0:0:65:58:1:0 chr3 46713457 . C G 1441.74 PASS AF=0.586667;AO=132;DP=225;FAO=132;FDP=225;FR=.;FRO=93;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0932298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7105;QD=25.6309;RBI=0.0946625;REFB=0.0430404;REVB=-0.0164072;RO=90;SAF=59;SAR=73;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191318;STB=0.506426;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.0305446;OID=.;OPOS=46713457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:90:93:132:132:0.586667:73:59:40:50:73:59:43:50 chr3 46714821 . C G 430.92 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0149699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.118;QD=15.9601;RBI=0.0160162;REFB=-0.0221543;REVB=0.00569395;RO=59;SAF=15;SAR=33;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487285;STB=0.523799;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0269102;OID=.;OPOS=46714821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:60:48:48:0.444444:33:15:21:38:33:15:21:39 chr3 46722692 . G T 401.81 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0114066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4965;QD=14.7452;RBI=0.0168308;REFB=0.000195656;REVB=0.012376;RO=63;SAF=28;SAR=18;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169631;STB=0.595464;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-7.98339e-05;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:18:28:28:35:18:28:28:35 chr3 46723551 . G A 129.48 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0513003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3196;QD=8.4907;RBI=0.0609787;REFB=-0.0242452;REVB=0.0329649;RO=40;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981428;STB=0.594484;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0492629;OID=.;OPOS=46723551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:40:43:18:18:0.295082:13:5:14:26:13:5:17:26 chr3 46759257 . AGGGGGC AGGGGC,AGGGGCG 86.52 PASS AF=0.230769,0.134615;AO=8,4;DP=53;FAO=12,7;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=6,7;FSAR=6,0;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.13297,-0.0546555;FXX=0.0188644;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.3909,73.0827;QD=6.65524;RBI=0.134364,0.0644721;REFB=-0.135417,-0.0157383;REVB=0.0193048,-0.0341969;RO=28;SAF=1,4;SAR=7,0;SRF=6;SRR=22;SSEN=0.309524,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.189883,0.74103;STB=0.688619,0.998929;STBP=0.173,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.164741,0.0173536;OID=.,.;OPOS=46759258,46759262;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=AGGGGC,AGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769,0.134615:8,4:53:12,7:52:33:6,7:6,0:8:25:40:28:1,4:7,0:6:22 chr3 47018214 . T C 2773.01 PASS AF=0.994413;AO=177;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0575191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.328;QD=61.9667;RBI=0.0575231;REFB=-0.00773931;REVB=-0.000679446;RO=0;SAF=79;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502538;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-2.96505e-05;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:179:0:1:177:178:0.994413:98:79:0:0:98:80:0:1 chr3 47036565 . G A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8202;QD=57.3842;RBI=0.0286077;REFB=0;REVB=0.0102739;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105938;OID=.;OPOS=47036565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr3 47036578 . G A 943.56 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0205677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.692;QD=55.5033;RBI=0.0370579;REFB=-0.0393804;REVB=0.0308262;RO=2;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325479;STB=0.516662;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00427715;OID=.;OPOS=47036578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:68:2:2:65:66:0.970588:28:37:0:2:29:37:0:2 chr3 47043238 . C T 1217.26 PASS AF=0.975904;AO=78;DP=80;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00721863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.918;QD=58.6629;RBI=0.0361429;REFB=-0.0957007;REVB=0.0354147;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.510414;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00102578;OID=.;OPOS=47043238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:83:0:2:78:81:0.975904:46:32:0:0:47:34:0:2 chr3 47046545 . C T 233.07 PASS AF=0.299065;AO=32;DP=106;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0241927;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0672;QD=8.71271;RBI=0.0337341;REFB=-0.00357269;REVB=-0.0235096;RO=72;SAF=13;SAR=19;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143889;STB=0.570963;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00766863;OID=.;OPOS=47046545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:72:75:32:32:0.299065:19:13:38:34:19:13:38:37 chr3 47051026 . A G 10053.4 PASS AF=1;AO=627;DP=636;FAO=632;FDP=632;FR=.;FRO=0;FSAF=346;FSAR=286;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019219;FXX=0.00784917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.14;QD=63.6291;RBI=0.00239311;REFB=0.0228137;REVB=-0.00142592;RO=1;SAF=343;SAR=284;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00139048;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46135e-05;OID=.;OPOS=47051026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:49:636:632:1:0:627:632:1:284:343:1:0:286:346:0:0 chr3 47161214 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.808;QD=59.4341;RBI=0.018942;REFB=0;REVB=0.0021282;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.2896e-05;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr3 47162661 . A G 778.05 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.657;QD=63.5141;RBI=0.0361649;REFB=0;REVB=0.0237094;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252251;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:18:30:0:0:19:30:0:0 chr3 47162886 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.235;QD=62.0215;RBI=0.0537469;REFB=0;REVB=-0.00843979;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175912;OID=.;OPOS=47162886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr3 47288905 . G A 2331.89 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.18;QD=63.8873;RBI=0.00979601;REFB=0;REVB=0.00658635;RO=0;SAF=72;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43676e-06;OID=.;OPOS=47288905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:74:72:0:0:74:72:0:0 chr3 47312754 . C T 858.38 PASS AF=0.6;AO=78;DP=130;FAO=78;FDP=130;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0288618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5385;QD=26.4116;RBI=0.0315279;REFB=0.000523102;REVB=0.0126889;RO=52;SAF=36;SAR=42;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142665;STB=0.507745;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.000488651;OID=.;OPOS=47312754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:52:52:78:78:0.6:42:36:23:29:42:36:23:29 chr3 47386059 . TG CC 1016.05 PASS AF=1;AO=4;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080156;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=2;MLLD=60.4157;QD=57.2421;RBI=0.164183;REFB=0;REVB=0.143287;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00150012;OID=.;OPOS=47386059;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:4:71:1:2:2:0:0:32:39:0:0 chr3 47448825 . G A 940.77 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370257;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.164;QD=58.7982;RBI=0.0373978;REFB=0;REVB=0.0052621;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165011;OID=.;OPOS=47448825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr3 47449058 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.228;QD=61.3359;RBI=0.0348686;REFB=0;REVB=-0.018136;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86626e-05;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr3 47452087 . G A 1013.43 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227587;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.663;QD=57.0946;RBI=0.0231003;REFB=-0.0803164;REVB=-0.00395827;RO=1;SAF=10;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808138;STB=0.504201;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000575908;OID=.;OPOS=47452087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:68:70:0.985915:58:10:0:1:59:11:0:1 chr3 47454399 . G A 894.81 PASS AF=1;AO=44;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6139;QD=56.8134;RBI=0.0372775;REFB=0;REVB=0.0217005;RO=0;SAF=1;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582186;OID=.;OPOS=47454399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:44:63:1:43:1:0:0:62:1:0:0 chr3 47455294 . G C,GGCCCC 743.97 PASS AF=0.0566038,0.943396;AO=3,36;DP=69;FAO=3,50;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=3,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113867,0.0734539;FXX=0.101678;HRUN=2,2;LEN=1,5;MLLD=118.572,230.706;QD=56.1486;RBI=0.0115271,0.0734839;REFB=0,0;REVB=0.00179367,-0.00209916;RO=26;SAF=0,9;SAR=3,27;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.614866,-0.306438;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0343318,-0.00140847;OID=.,.;OPOS=47455294,47455295;OREF=G,-;OALT=C,GCCCC;OMAPALT=C,GGCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:69:53:26:0:3,36:3,50:0.0566038,0.943396:3,27:0,9:16:10:3,29:0,21:0:0 chr3 47455296 . C CCCG 511.13 PASS AF=0.836066;AO=9;DP=76;FAO=51;FDP=61;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00443969;FXX=0.061529;HRUN=5;LEN=3;MLLD=194.014;QD=33.5165;RBI=0.0558134;REFB=0.0463863;REVB=-0.0556365;RO=65;SAF=9;SAR=0;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.733579;STB=0.556199;STBP=0.065;TYPE=ins;VARB=-0.017078;OID=.;OPOS=47455297;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.836066:9:76:51:61:10:22:29:1:9:58:65:9:0:20:45 chr3 47462200 . T C 1845.82 PASS AF=1;AO=106;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954932;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.208;QD=61.0188;RBI=0.0335871;REFB=0;REVB=0.032201;RO=1;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69891e-05;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:1:0:106:121:1:54:52:0:1:65:56:0:0 chr3 47539702 . T C 1558.65 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.928;QD=62.346;RBI=0.0629195;REFB=0;REVB=0.0604788;RO=1;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153478;OID=.;OPOS=47539702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:99:100:1:0:97:100:1:42:55:0:1:43:57:0:0 chr3 47539751 . T C 2620.05 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.534;QD=62.013;RBI=0.0161731;REFB=0;REVB=-0.00958974;RO=0;SAF=90;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40966e-06;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:79:90:0:0:79:90:0:0 chr3 47618953 . C A 264.31 PASS AF=0.321101;AO=35;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0192563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.638;QD=9.69948;RBI=0.0192655;REFB=-0.00776228;REVB=0.000597378;RO=74;SAF=15;SAR=20;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1458;STB=0.584808;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0187112;OID=.;OPOS=47618953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:74:74:35:35:0.321101:20:15:41:33:20:15:41:33 chr3 47645933 . A T 539.68 PASS AF=0.405229;AO=62;DP=153;FAO=62;FDP=153;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.0130117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0566;QD=14.1092;RBI=0.0133631;REFB=0.0097432;REVB=-0.00304439;RO=91;SAF=30;SAR=32;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469906;STB=0.526419;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0142588;OID=.;OPOS=47645933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:91:91:62:62:0.405229:32:30:40:51:32:30:40:51 chr3 47712202 . T C 505.17 PASS AF=0.626667;AO=46;DP=74;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0459453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3864;QD=26.9424;RBI=0.0630492;REFB=-0.0170317;REVB=-0.0431768;RO=28;SAF=20;SAR=26;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705046;STB=0.541529;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00789542;OID=.;OPOS=47712202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:28:28:46:47:0.626667:26:20:15:13:27:20:15:13 chr3 48199852 . CTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA 205.9 PASS AF=0.46875,0.03125,0.46875;AO=7,4,5;DP=34;FAO=15,1,15;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11,1,12;FSAR=4,0,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.116455,0.223292,0.222778;FXX=0.0588062;HRUN=12,12,12;LEN=2,1,1;MLLD=9.17368,7.65781,10.9972;QD=25.738;RBI=0.11676,0.223428,0.223073;REFB=-0.169487,-0.200309,-0.188849;REVB=-0.00843405,-0.00778727,-0.01147;RO=9;SAF=6,2,5;SAR=1,2,0;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.267754,-0.175958,0.69933;STB=0.555478,0.989913,0.571326;STBP=0.186,0.496,0.165;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0649619,0.154859,0.0214989;OID=.,.,.;OPOS=48199853,48199853,48199864;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.46875,0.03125,0.46875:7,4,5:34:15,1,15:32:1:11,1,12:4,0,3:0:1:51:9:6,2,5:1,2,0:6:3 chr3 48282651 . TGCGC T,TGCGT 611.84 PASS AF=0.538462,0.0384615;AO=55,4;DP=106;FAO=56,4;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=39,2;FSAR=17,2;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0282539,0.095062;FXX=0.111102;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=175.054,73.8966;QD=23.5322;RBI=0.0291378,0.103383;REFB=-0.0447504,-0.0345391;REVB=-0.00712219,-0.040635;RO=42;SAF=38,2;SAR=17,2;SRF=21;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.164043,0;STB=0.604612,0.52073;STBP=0.032,0.908;TYPE=del,snp;VARB=0.0399812,-0.0137264;OID=.,.;OPOS=48282652,48282655;OREF=GCGC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TGCGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462,0.0384615:55,4:106:56,4:104:44:39,2:17,2:21:23:99:42:38,2:17,2:21:21 chr3 48282695 . A G 760.97 PASS AF=0.585366;AO=71;DP=120;FAO=72;FDP=123;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0884322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0387;QD=24.7469;RBI=0.100795;REFB=-0.0371384;REVB=-0.0483664;RO=49;SAF=37;SAR=34;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693711;STB=0.542266;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0138783;OID=.;OPOS=48282695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:49:51:71:72:0.585366:34:37:21:28:35:37:21:30 chr3 48299439 . T C 861.98 PASS AF=0.631148;AO=76;DP=123;FAO=77;FDP=122;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.034406;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7766;QD=28.2616;RBI=0.0547104;REFB=-0.0351871;REVB=0.0425377;RO=44;SAF=26;SAR=50;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821025;STB=0.551401;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0230777;OID=.;OPOS=48299439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:44:45:76:77:0.631148:50:26:20:24:51:26:21:24 chr3 48309828 . C G 704.95 PASS AF=0.480519;AO=74;DP=154;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.0180725;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.345;QD=18.3103;RBI=0.019469;REFB=-0.00716507;REVB=0.00724063;RO=80;SAF=31;SAR=43;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674268;STB=0.537203;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0119238;OID=.;OPOS=48309828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:80:80:74:74:0.480519:43:31:28:52:43:31:28:52 chr3 48327729 . T C 411.35 PASS AF=0.525641;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0222384;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=273.304;QD=21.0947;RBI=0.0247743;REFB=-0.00632823;REVB=-0.0109188;RO=23;SAF=18;SAR=22;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129952;STB=0.555958;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00632698;OID=.;OPOS=48327729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:23:37:40:41:0.525641:22:18:6:17:23:18:12:25 chr3 48327751 . G A 679.83 PASS AF=0.585586;AO=64;DP=109;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.00139976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.556;QD=24.4983;RBI=0.0282861;REFB=-0.0179191;REVB=0.0282515;RO=45;SAF=27;SAR=37;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105362;STB=0.557737;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0162932;OID=.;OPOS=48327751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:45:46:64:65:0.585586:37:27:13:32:38:27:13:33 chr3 48360992 . T G 441.09 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0148202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.166;QD=22.3337;RBI=0.0198508;REFB=-0.000288849;REVB=0.0132066;RO=36;SAF=21;SAR=22;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325728;STB=0.517943;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.000267804;OID=.;OPOS=48360992;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:22:21:19:17:22:21:19:17 chr3 48419897 . C T 319.25 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.00730599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2827;QD=12.1619;RBI=0.0109094;REFB=-0.00930265;REVB=-0.00810166;RO=66;SAF=18;SAR=21;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754052;STB=0.543005;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0222018;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:66:39:39:0.371429:21:18:26:40:21:18:26:40 chr3 48421387 . G T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00909762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.355;QD=15.3789;RBI=0.0112176;REFB=-0.00359075;REVB=0.00656255;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20736;STB=0.620056;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00418153;OID=.;OPOS=48421387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:5:9:5:7:5:9 chr3 48422235 . T A 513.49 PASS AF=0.666667;AO=46;DP=70;FAO=46;FDP=69;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.013336;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.531;QD=29.7676;RBI=0.0134701;REFB=-0.00239519;REVB=0.00189578;RO=23;SAF=15;SAR=31;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129654;STB=0.570521;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00138928;OID=.;OPOS=48422235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:23:23:46:46:0.666667:31:15:12:11:31:15:12:11 chr3 48461313 . C G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.016795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.613;QD=13.4552;RBI=0.0815453;REFB=-0.00396194;REVB=-0.079797;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169434;STB=0.599815;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00432551;OID=.;OPOS=48461313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:7:8:4:7:7:8 chr3 48474249 . A G 575.44 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.000845108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7354;QD=26.4572;RBI=0.0121811;REFB=0.00345299;REVB=-0.0121518;RO=35;SAF=25;SAR=27;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171536;STB=0.593372;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00218963;OID=.;OPOS=48474249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:35:35:52:52:0.597701:27:25:25:10:27:25:25:10 chr3 48476431 . C G 4338.28 PASS AF=1;AO=275;DP=276;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505853;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.072;QD=63.1022;RBI=0.065238;REFB=0;REVB=0.0411961;RO=0;SAF=129;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00963e-05;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:276:275:0:0:275:275:1:146:129:0:0:146:129:0:0 chr3 48508585 . C T 791.91 PASS AF=0.67619;AO=70;DP=104;FAO=71;FDP=105;FR=.;FRO=34;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0183332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.85;QD=30.1679;RBI=0.0212944;REFB=-0.031371;REVB=0.0108327;RO=33;SAF=38;SAR=32;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052595;STB=0.535099;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0140691;OID=.;OPOS=48508585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:33:34:70:71:0.67619:32:38:15:18:32:39:15:19 chr3 48610925 . T C 393.25 PASS AF=0.644068;AO=36;DP=57;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0236904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.91;QD=26.6612;RBI=0.0240305;REFB=-0.0443823;REVB=-0.0040285;RO=20;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115815;STB=0.551574;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0253316;OID=.;OPOS=48610925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:20:21:36:38:0.644068:19:17:13:7:20:18:13:8 chr3 48625266 . T C 326.44 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0493689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.519;QD=17.1808;RBI=0.0495276;REFB=-0.0120651;REVB=-0.00396211;RO=38;SAF=11;SAR=24;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836534;STB=0.545887;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0104887;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:38:41:35:35:0.460526:24:11:15:23:24:11:16:25 chr3 48658419 . C T 1811.48 PASS AF=0.625483;AO=158;DP=255;FAO=162;FDP=259;FR=.;FRO=97;FSAF=75;FSAR=87;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.00110135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.432;QD=27.9765;RBI=0.0193122;REFB=-0.0224849;REVB=0.0192808;RO=97;SAF=74;SAR=84;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018736;STB=0.511984;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0106315;OID=.;OPOS=48658419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:259:97:97:158:162:0.625483:84:74:48:49:87:75:48:49 chr3 48672779 . C G 64.13 PASS AF=0.0684647;AO=36;DP=483;FAO=33;FDP=482;FR=.;FRO=449;FSAF=31;FSAR=2;FSRF=216;FSRR=233;FWDB=-0.00240223;FXX=0.00207035;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.939;QD=0.532239;RBI=0.0630483;REFB=-0.000850461;REVB=-0.0630025;RO=435;SAF=34;SAR=2;SRF=205;SRR=230;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54483;STB=0.936225;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0557014;OID=.;OPOS=48672779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:483:482:435:449:36:33:0.0684647:2:34:205:230:2:31:216:233 chr3 48697882 . C T 417.43 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.00280967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.183;QD=14.2713;RBI=0.0187354;REFB=-0.00347705;REVB=0.0185235;RO=69;SAF=26;SAR=22;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814215;STB=0.545888;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00548757;OID=.;OPOS=48697882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:69:48:48:0.410256:22:26:32:37:22:26:32:37 chr3 48727112 . G A 1571.93 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000234204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.086;QD=62.8772;RBI=0.0115799;REFB=-0.121714;REVB=0.0115775;RO=1;SAF=45;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104245;STB=0.505493;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-1.90358e-05;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:54:45:1:0:54:45:1:0 chr3 48731961 . A G 115.64 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0162569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.978;QD=11.0137;RBI=0.0290017;REFB=0.00539915;REVB=0.0240169;RO=28;SAF=1;SAR=13;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296223;STB=0.683877;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00379781;OID=.;OPOS=48731961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:13:1:5:23:13:1:5:23 chr3 48986546 . CATTTATTTA CA,CAT 67.53 PASS AF=0.388889,0.111111;AO=4,2;DP=13;FAO=7,2;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3,1;FSAR=4,1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00757625,0.00949107;FXX=0.181736;HRUN=3,3;LEN=8,7;MLLD=205.365,207.614;QD=15.0077;RBI=0.0254243,0.0350402;REFB=-0.0219937,-0.0168923;REVB=0.0242693,0.0337303;RO=0;SAF=3,1;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.689164,0.72547;STBP=0.236,0.718;TYPE=del,del;VARB=0.0299203,0.0205174;OID=.,.;OPOS=48986547,48986549;OREF=ATTTATTT,TTATTTA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889,0.111111:4,2:13:7,2:18:9:3,1:4,1:7:2:44:0:3,1:1,1:0:0 chr3 48995487 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000452861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.572;QD=62.3498;RBI=0.0280493;REFB=0;REVB=-0.0280457;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131881;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr3 49053219 . A G 1947.25 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514144;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1366;QD=58.5638;RBI=0.023786;REFB=0;REVB=-0.0232237;RO=0;SAF=36;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0043181;OID=.;OPOS=49053219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:115:133:0:0:113:133:1:77:36:0:0:84:49:0:0 chr3 49053220 . T G 85.07 PASS AF=0.137681;AO=19;DP=138;FAO=19;FDP=138;FR=.;FRO=119;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=80;FWDB=0.0183571;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.3674;QD=2.4658;RBI=0.0221134;REFB=-0.0100195;REVB=-0.0123296;RO=119;SAF=13;SAR=6;SRF=39;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426587;STB=0.781563;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0135307;OID=.;OPOS=49053220;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:138:138:119:119:19:19:0.137681:6:13:39:80:6:13:39:80 chr3 49054692 . T C 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.088;QD=59.9235;RBI=0.0640764;REFB=0;REVB=0.0482099;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03732e-06;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:48:57:0:0:48:57:0:0 chr3 49066901 . G A 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0155001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.439;QD=19.4399;RBI=0.0163257;REFB=0.00398606;REVB=0.00512606;RO=27;SAF=19;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143261;STB=0.564314;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00278985;OID=.;OPOS=49066901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:29:31:31:0.516667:12:19:12:15:12:19:14:15 chr3 49200627 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.434;QD=56.7056;RBI=0.0378908;REFB=0;REVB=0.00749635;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213509;OID=.;OPOS=49200627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr3 49200692 . T A 717.91 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272456;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.494;QD=56.3063;RBI=0.248137;REFB=0;REVB=0.246636;RO=0;SAF=37;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174053;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:50:51:1:13:37:0:0:14:37:0:0 chr3 49273996 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.184;QD=63.8715;RBI=0.0465234;REFB=0;REVB=-0.0199673;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84782e-05;OID=.;OPOS=49273996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr3 49298139 . G A 1666.68 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.811;QD=60.0605;RBI=0.054798;REFB=0;REVB=0.0453923;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402437;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:109:111:1:55:54:0:0:55:56:0:0 chr3 49298205 . T C 1739.98 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0681587;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.842;QD=59.4866;RBI=0.0703005;REFB=0.0294;REVB=0.0172207;RO=1;SAF=66;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714126;STB=0.503703;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000127868;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:1:1:115:116:0.991453:49:66:1:0:49:67:1:0 chr3 49298270 . G A 55.06 PASS AF=0.12;AO=12;DP=100;FAO=12;FDP=100;FR=.;FRO=88;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.127834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.106;QD=2.2022;RBI=0.129334;REFB=-0.00174111;REVB=-0.0196398;RO=88;SAF=5;SAR=7;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101646;STB=0.573456;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0137894;OID=.;OPOS=49298270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:100:100:88:88:12:12:0.12:7:5:44:44:7:5:44:44 chr3 49548008 . C G 1660.58 PASS AF=0.991304;AO=104;DP=107;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147598;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8015;QD=57.7593;RBI=0.0385916;REFB=0.0130067;REVB=0.0356575;RO=1;SAF=53;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088696;STB=0.504273;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000210992;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:115:1:1:104:114:0.991304:51:53:1:0:56:58:1:0 chr3 49570882 . T C 3025.82 PASS AF=0.966667;AO=201;DP=208;FAO=203;FDP=210;FR=.;FRO=7;FSAF=110;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0117316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.801;QD=57.6346;RBI=0.0134097;REFB=-0.0851421;REVB=-0.00649534;RO=3;SAF=108;SAR=93;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364398;STB=0.508586;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00235395;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:208:210:3:7:201:203:0.966667:93:108:2:1:93:110:2:5 chr3 49690199 . G A 3638.74 PASS AF=0.991453;AO=232;DP=236;FAO=232;FDP=234;FR=.;FRO=2;FSAF=117;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0484785;FXX=0.00847422;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.79;QD=62.2006;RBI=0.048864;REFB=-0.105865;REVB=0.00612535;RO=2;SAF=117;SAR=115;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.02335e-05;STB=0.500037;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00126914;OID=.;OPOS=49690199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:236:234:2:2:232:232:0.991453:115:117:1:1:115:117:1:1 chr3 49701298 . G A 2335.36 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.144;QD=61.0551;RBI=0.02076;REFB=0;REVB=-0.0118757;RO=0;SAF=81;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34958e-06;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:152:153:1:71:81:0:0:71:82:0:0 chr3 49708769 . T C 2242.06 PASS AF=0.968153;AO=152;DP=157;FAO=152;FDP=157;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=90;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0164655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4702;QD=57.1226;RBI=0.0178444;REFB=-0.0350262;REVB=0.0068782;RO=5;SAF=62;SAR=90;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244453;STB=0.512863;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0173101;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:157:157:5:5:152:152:0.968153:90:62:4:1:90:62:4:1 chr3 49719799 . C T 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00232332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.017;QD=19.9753;RBI=0.0298811;REFB=0.00560884;REVB=0.0297906;RO=37;SAF=25;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279026;STB=0.518385;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00470948;OID=.;OPOS=49719799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:39:40:40:0.506329:15:25:22:15:15:25:23:16 chr3 49720260 . G C 388.86 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00400356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.896;QD=16.2025;RBI=0.00400386;REFB=0.00405214;REVB=4.90495e-05;RO=55;SAF=16;SAR=25;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103989;STB=0.505854;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00493603;OID=.;OPOS=49720260;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:25:16:22:33:25:16:22:33 chr3 49723784 . C A 382.47 PASS AF=0.935484;AO=27;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00565212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9639;QD=49.3515;RBI=0.0825048;REFB=-0.099742;REVB=0.082311;RO=2;SAF=1;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287998;STB=0.658682;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00731933;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:30:31:2:2:27:29:0.935484:26:1:1:1:28:1:1:1 chr3 49724808 . T C 3223.29 PASS AF=0.990566;AO=209;DP=212;FAO=210;FDP=212;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=124;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00435753;FXX=0.00469462;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.4408;QD=60.8167;RBI=0.0228699;REFB=-0.0417809;REVB=-0.0224509;RO=2;SAF=85;SAR=124;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00174492;STB=0.500882;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-2.78883e-05;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:212:212:2:2:209:210:0.990566:124:85:1:1:124:86:1:1 chr3 49726028 . T C 68.23 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00139645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.896;QD=4.07337;RBI=0.0177262;REFB=0.000310529;REVB=-0.0176711;RO=55;SAF=8;SAR=4;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156663;STB=0.603988;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0013041;OID=.;OPOS=49726028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:55:55:12:12:0.179104:4:8:30:25:4:8:30:25 chr3 49726070 . G A 61.62 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0213058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=330.352;QD=3.7918;RBI=0.0263268;REFB=-0.00464593;REVB=0.0154649;RO=54;SAF=7;SAR=4;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103491;STB=0.569638;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0188799;OID=.;OPOS=49726070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:54:54:11:11:0.169231:4:7:30:24:4:7:30:24 chr3 49726127 . G A 115.09 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00445175;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.097;QD=8.22045;RBI=0.00762013;REFB=-0.00103659;REVB=-0.00618452;RO=40;SAF=8;SAR=8;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118568;STB=0.571341;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00316142;OID=.;OPOS=49726127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:40:40:16:16:0.285714:8:8:24:16:8:8:24:16 chr3 49739507 . G C 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0804592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6694;QD=62.6675;RBI=0.080721;REFB=0;REVB=0.00649651;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0008447;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr3 49760039 . T C 972.42 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000457606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.157;QD=58.9347;RBI=0.00194315;REFB=0;REVB=-0.0018885;RO=0;SAF=15;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73239e-06;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:51:15:0:0:51:15:0:0 chr3 49898273 . A G 301.22 PASS AF=0.43038;AO=32;DP=77;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00127225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.557;QD=15.2515;RBI=0.00199739;REFB=-0.0157346;REVB=0.00153979;RO=45;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761722;STB=0.539991;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0219918;OID=.;OPOS=49898273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:45:45:32:34:0.43038:18:14:23:22:19:15:23:22 chr3 49924940 . T C 438.21 PASS AF=0.375;AO=51;DP=136;FAO=51;FDP=136;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.0214427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.904;QD=12.8886;RBI=0.0216308;REFB=-0.0125021;REVB=0.002846;RO=82;SAF=23;SAR=28;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171316;STB=0.592303;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0149035;OID=.;OPOS=49924940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:82:85:51:51:0.375:28:23:50:32:28:23:51:34 chr3 49928691 . T C 728.72 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9964;QD=57.1542;RBI=0.0134956;REFB=0;REVB=0.0124049;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89708e-05;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr3 49936102 . T C 158.68 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0180507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4354;QD=17.1548;RBI=0.0192834;REFB=0.00470645;REVB=0.00678378;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114925;STB=0.506571;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00637842;OID=.;OPOS=49936102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:8:12:10:7:8:12 chr3 49946812 . G A 716.61 PASS AF=0.455621;AO=77;DP=169;FAO=77;FDP=169;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=-0.032652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4675;QD=16.9611;RBI=0.0375032;REFB=-0.0306152;REVB=-0.0184482;RO=92;SAF=28;SAR=49;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176907;STB=0.509824;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0424896;OID=.;OPOS=49946812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:92:92:77:77:0.455621:49:28:35:57:49:28:35:57 chr3 50114515 . C T 905.3 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266574;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.965;QD=58.4062;RBI=0.0508001;REFB=0;REVB=-0.0432439;RO=0;SAF=49;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04345e-05;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:13:49:0:0:13:49:0:0 chr3 50129399 . C T 153.91 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0105058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.173;QD=11.6162;RBI=0.0735201;REFB=0.00229297;REVB=-0.0727656;RO=34;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189649;STB=0.610125;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00678125;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:9:10:12:22:9:10:12:22 chr3 50144951 . T C 1697.16 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477936;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7316;QD=60.613;RBI=0.0509072;REFB=0;REVB=-0.0175305;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236317;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:53:58:0:0:53:59:0:0 chr3 50153356 . T C 1159.63 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1031;QD=60.2403;RBI=0.0492188;REFB=0;REVB=0.0237669;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719468;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:32:43:0:0:33:44:0:0 chr3 50197092 . C T 752.31 PASS AF=0.537313;AO=72;DP=133;FAO=72;FDP=134;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.015749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3698;QD=22.457;RBI=0.0505456;REFB=-0.0111242;REVB=0.0480294;RO=59;SAF=23;SAR=49;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799045;STB=0.559089;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0188071;OID=.;OPOS=50197092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:59:62:72:72:0.537313:49:23:24:35:49:23:27:35 chr3 50222926 . T A 1613.1 PASS AF=0.973451;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00308514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.144;QD=57.1009;RBI=0.00966707;REFB=-0.0353388;REVB=0.00916156;RO=3;SAF=53;SAR=56;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261087;STB=0.513511;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=1.64615e-05;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:113:3:3:109:110:0.973451:56:53:3:0:56:54:3:0 chr3 50251833 . A AG 856.13 PASS AF=1;AO=75;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.1323;QD=42.8062;RBI=0.210762;REFB=0;REVB=0.190013;RO=4;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429541;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00351887;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:79:80:80:0:34:46:0:0:16:4:33:42:0:4 chr3 50311900 . C T 1407.95 PASS AF=0.990099;AO=89;DP=91;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00793714;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.405;QD=55.7602;RBI=0.0326728;REFB=-0.0176004;REVB=0.0316941;RO=1;SAF=30;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796593;STB=0.503936;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000247725;OID=.;OPOS=50311900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:101:1:1:89:100:0.990099:59:30:0:1:63:37:0:1 chr3 50326020 . G A 1488.47 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00587555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.976;QD=58.3715;RBI=0.0110386;REFB=-0.00314054;REVB=-0.00934503;RO=1;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903581;STB=0.504761;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=2.2977e-05;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:100:101:0.990196:52:48:0:1:52:49:0:1 chr3 50327429 . A G 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2932;QD=62.6645;RBI=0.0734946;REFB=0;REVB=-0.0290648;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130584;OID=.;OPOS=50327429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr3 50329826 . A G 2370.62 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812101;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.649;QD=61.1774;RBI=0.0839152;REFB=0;REVB=0.0211346;RO=0;SAF=89;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59131e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111622;OID=.;OPOS=50329826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:155:155:1:66:89:0:0:66:89:0:0 chr3 50334231 . T A 1201.68 PASS AF=1;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433377;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.487;QD=61.6247;RBI=0.0331016;REFB=0;REVB=0.0328167;RO=0;SAF=74;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41162e-05;OID=.;OPOS=50334231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:77:78:1:3:74:0:0:3:75:0:0 chr3 50336661 . T C 2251.89 PASS AF=1;AO=141;DP=144;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132709;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.292;QD=63.4336;RBI=0.022975;REFB=0;REVB=0.0187546;RO=0;SAF=70;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179431;OID=.;OPOS=50336661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:142:0:0:141:142:1:71:70:0:0:71:71:0:0 chr3 50355730 . T G 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.002;QD=62.6139;RBI=0.0402526;REFB=0;REVB=0.00484417;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41791e-05;OID=.;OPOS=50355730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr3 50357869 . A C 3073.27 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7126;QD=63.6947;RBI=0.0486991;REFB=0;REVB=-0.048117;RO=0;SAF=118;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136043;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:193:0:0:191:193:1:73:118:0:0:74:119:0:0 chr3 50367867 . A C 1121.03 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991399;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.701;QD=60.5963;RBI=0.0315422;REFB=0;REVB=0.0299436;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255889;OID=.;OPOS=50367867;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:40:33:0:0:41:33:0:0 chr3 50378176 . T G 490.11 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.046;QD=56.012;RBI=0.0129164;REFB=-0.00710389;REVB=0.00732654;RO=1;SAF=25;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183382;STB=0.509798;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=5.23989e-05;OID=.;OPOS=50378176;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:9:25:1:0:9:25:1:0 chr3 50401841 . G A 1924.45 PASS AF=0.862275;AO=140;DP=166;FAO=144;FDP=167;FR=.;FRO=23;FSAF=40;FSAR=104;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.117228;FXX=0.00595203;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.8664;QD=46.0946;RBI=0.165676;REFB=-0.180057;REVB=0.117073;RO=12;SAF=38;SAR=102;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116414;STB=0.502909;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0234403;OID=.;OPOS=50401841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:166:167:12:23:140:144:0.862275:102:38:4:8:104:40:6:17 chr3 50457227 . G A 2333.26 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00484193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.196;QD=63.0612;RBI=0.0768826;REFB=-0.0135747;REVB=0.07673;RO=1;SAF=73;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064704;STB=0.503401;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000121937;OID=.;OPOS=50457227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:146:147:0.993243:73:73:1:0:74:73:1:0 chr3 50597092 . G A 341.46 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0399784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.872;QD=13.3908;RBI=0.0426179;REFB=-0.000693752;REVB=0.0147654;RO=61;SAF=20;SAR=20;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610946;STB=0.529397;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00098107;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:62:40:40:0.392157:20:20:27:34:20:20:28:34 chr3 50645158 . A G 357.28 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00511624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5175;QD=14.4355;RBI=0.0516541;REFB=-0.00344651;REVB=-0.0514001;RO=56;SAF=18;SAR=21;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956965;STB=0.543456;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00423285;OID=.;OPOS=50645158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:60:39:39:0.393939:21:18:31:25:21:18:32:28 chr3 50645413 . G A 477.61 PASS AF=0.369427;AO=58;DP=157;FAO=58;FDP=157;FR=.;FRO=99;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=63;FWDB=-0.00230259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.696;QD=12.1684;RBI=0.00235834;REFB=-0.00680398;REVB=0.000509737;RO=99;SAF=26;SAR=32;SRF=36;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962233;STB=0.554539;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00871813;OID=.;OPOS=50645413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:99:99:58:58:0.369427:32:26:36:63:32:26:36:63 chr3 50647888 . T G 758.05 PASS AF=0.341818;AO=93;DP=275;FAO=94;FDP=275;FR=.;FRO=181;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=77;FSRR=104;FWDB=-0.0198002;FXX=0.00362306;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.712;QD=11.0262;RBI=0.0204149;REFB=-0.00594866;REVB=0.00497193;RO=181;SAF=38;SAR=55;SRF=77;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200158;STB=0.514374;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0112699;OID=.;OPOS=50647888;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:181:181:93:94:0.341818:55:38:77:104:56:38:77:104 chr3 51273773 . T C 1917.14 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0831181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.375;QD=60.8615;RBI=0.0831234;REFB=-0.121188;REVB=-0.000938157;RO=0;SAF=63;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000242857;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:0:1:125:125:0.992063:62:63:0:0:62:63:0:1 chr3 51430657 . A C 181.3 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.0132205;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.957;QD=9.17964;RBI=0.0141342;REFB=-0.000240356;REVB=-0.00499961;RO=55;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315412;STB=0.684176;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000757476;OID=.;OPOS=51430657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:55:24:24:0.303797:10:14:17:38:10:14:17:38 chr3 51431981 . C CTTAT 125.69 PASS AF=0.313725;AO=14;DP=54;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00811781;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=4;MLLD=296.52;QD=9.85821;RBI=0.00857795;REFB=-0.00256824;REVB=0.00277169;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271403;STB=0.526283;STBP=0.82;TYPE=ins;VARB=0.00639726;OID=.;OPOS=51431982;OREF=-;OALT=TTAT;OMAPALT=CTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313725:14:54:16:51:35:9:7:21:14:99:37:9:5:23:14 chr3 51432847 . C T 406.49 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00748142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.785;QD=14.1387;RBI=0.00774238;REFB=-0.00821301;REVB=-0.00199318;RO=68;SAF=21;SAR=26;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405798;STB=0.522895;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0116729;OID=.;OPOS=51432847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:68:47:47:0.408696:26:21:33:35:26:21:33:35 chr3 51432895 . T C 1382.71 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592763;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7828;QD=62.8507;RBI=0.0251436;REFB=0;REVB=0.0244349;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222571;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:48:39:0:0:49:39:0:0 chr3 51433932 . AACTT A 123.73 PASS AF=0.381818;AO=19;DP=51;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0157639;FXX=0;HRUN=4;LEN=4;MLLD=222.408;QD=8.99834;RBI=0.0178844;REFB=0.00554653;REVB=0.00844689;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206387;STB=0.586838;STBP=0.327;TYPE=del;VARB=-0.00979682;OID=.;OPOS=51433933;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.381818:19:51:21:55:34:11:10:13:21:99:29:11:8:11:18 chr3 51434215 . A C 237.84 PASS AF=0.511111;AO=21;DP=43;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00404036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.253;QD=21.1415;RBI=0.0205714;REFB=-0.00418321;REVB=0.0201707;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238914;STB=0.509795;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00324169;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:22:22:21:23:0.511111:9:12:12:10:10:13:12:10 chr3 51728573 . G A 556.3 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0358333;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.024;QD=20.0468;RBI=0.0396215;REFB=-0.00125008;REVB=0.0169066;RO=54;SAF=33;SAR=24;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103016;STB=0.556809;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00132869;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:54:54:57:57:0.513514:24:33:25:29:24:33:25:29 chr3 51737965 . G A 848.58 PASS AF=0.350515;AO=102;DP=292;FAO=102;FDP=291;FR=.;FRO=189;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=86;FSRR=103;FWDB=-0.00267686;FXX=0.00342454;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.304;QD=11.6643;RBI=0.00309797;REFB=-0.0141426;REVB=0.00155944;RO=186;SAF=45;SAR=57;SRF=86;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243356;STB=0.5091;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0310551;OID=.;OPOS=51737965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:291:186:189:102:102:0.350515:57:45:86:100:57:45:86:103 chr3 51911118 . C T 60.0 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.58;QD=34.2848;RBI=0.16508;REFB=0;REVB=0.0323431;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456746;OID=.;OPOS=51911118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:5:7:1:2:3:0:0:3:4:0:0 chr3 51978220 . A G 801.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.51;QD=57.2323;RBI=0.0412216;REFB=0;REVB=-0.0409041;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.11048e-05;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr3 52019263 . G C 2177.21 PASS AF=0.607477;AO=195;DP=321;FAO=195;FDP=321;FR=.;FRO=126;FSAF=125;FSAR=70;FSRF=76;FSRR=50;FWDB=-0.00352664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.299;QD=27.1303;RBI=0.00391471;REFB=-0.0279114;REVB=0.00169934;RO=126;SAF=125;SAR=70;SRF=76;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296309;STB=0.515994;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.020401;OID=.;OPOS=52019263;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:126:126:195:195:0.607477:70:125:76:50:70:125:76:50 chr3 52188409 . A T 233.58 PASS AF=0.204188;AO=39;DP=191;FAO=39;FDP=191;FR=.;FRO=152;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=76;FSRR=76;FWDB=-0.0321189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.2;QD=4.89166;RBI=0.0369805;REFB=-0.00990069;REVB=-0.0183285;RO=152;SAF=13;SAR=26;SRF=76;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217473;STB=0.635643;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0277986;OID=.;OPOS=52188409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:152:152:39:39:0.204188:26:13:76:76:26:13:76:76 chr3 52237970 . C T 959.76 PASS AF=0.641221;AO=83;DP=130;FAO=84;FDP=131;FR=.;FRO=47;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0132153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.136;QD=29.3058;RBI=0.015369;REFB=-0.0165991;REVB=-0.00784604;RO=47;SAF=39;SAR=44;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273118;STB=0.516672;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00881301;OID=.;OPOS=52237970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:47:47:83:84:0.641221:44:39:24:23:45:39:24:23 chr3 52256697 . C T 802.44 PASS AF=0.623932;AO=73;DP=118;FAO=73;FDP=117;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0533031;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9786;QD=27.4338;RBI=0.053415;REFB=-0.00772621;REVB=0.00345543;RO=44;SAF=36;SAR=37;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584087;STB=0.531637;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00535578;OID=.;OPOS=52256697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:44:44:73:73:0.623932:37:36:18:26:37:36:18:26 chr3 52291078 . G A 1197.83 PASS AF=0.38674;AO=135;DP=357;FAO=140;FDP=362;FR=.;FRO=222;FSAF=81;FSAR=59;FSRF=128;FSRR=94;FWDB=0.0363181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8892;QD=13.2357;RBI=0.041492;REFB=-0.00727467;REVB=0.0200645;RO=222;SAF=78;SAR=57;SRF=128;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00135894;STB=0.501254;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00953068;OID=.;OPOS=52291078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:362:222:222:135:140:0.38674:57:78:128:94:59:81:128:94 chr3 52325759 . A G 1145.54 PASS AF=0.560847;AO=107;DP=189;FAO=106;FDP=189;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0020287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.66;QD=24.2442;RBI=0.0120824;REFB=-0.0126561;REVB=-0.0119108;RO=82;SAF=43;SAR=64;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504718;STB=0.533327;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0102424;OID=.;OPOS=52325759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:82:83:107:106:0.560847:64:43:38:44:64:42:39:44 chr3 52430526 . G A 309.15 PASS AF=0.351351;AO=39;DP=111;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.000802546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.992;QD=11.1406;RBI=0.00109167;REFB=0.00207125;REVB=0.000740037;RO=71;SAF=20;SAR=19;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223149;STB=0.517312;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00471179;OID=.;OPOS=52430526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:71:72:39:39:0.351351:19:20:35:36:19:20:35:37 chr3 52430698 . A G 1372.69 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782982;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.913;QD=62.395;RBI=0.00884509;REFB=0;REVB=0.00411455;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84725e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:44:43:0:0:45:43:0:0 chr3 52453893 . C T 2253.32 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.283;QD=63.4738;RBI=0.0373433;REFB=0;REVB=0.0339068;RO=0;SAF=70;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77293e-05;OID=.;OPOS=52453893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:142:0:0:138:142:1:68:70:0:0:69:73:0:0 chr3 52454434 . AT A 60.23 PASS AF=0.576923;AO=13;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.239313;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.2487;QD=9.26628;RBI=0.2667;REFB=-0.0845628;REVB=-0.11772;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471088;STB=0.70185;STBP=0.025;TYPE=del;VARB=0.0815082;OID=.;OPOS=52454435;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923:13:26:15:26:11:4:11:8:3:48:11:3:10:9:2 chr3 52477080 . T C 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.178;QD=62.6141;RBI=0.0169232;REFB=0;REVB=-0.0092911;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65679e-05;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr3 52492707 . T C 1839.72 PASS AF=0.99187;AO=120;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352554;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.025;QD=59.8282;RBI=0.0386098;REFB=-0.0816624;REVB=-0.015741;RO=0;SAF=44;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14103e-08;STB=0.503267;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000435236;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:123:0:1:120:122:0.99187:76:44:0:0:76:46:0:1 chr3 52510592 . G A 2011.9 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.042498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.361;QD=61.4321;RBI=0.0453492;REFB=-0.0150194;REVB=0.0158262;RO=0;SAF=74;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-9.45353e-05;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:131:0:1:129:130:0.992366:55:74:0:0:56:74:0:1 chr3 52523405 . C T 2427.58 PASS AF=0.928962;AO=166;DP=183;FAO=170;FDP=183;FR=.;FRO=13;FSAF=130;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.119768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7094;QD=53.0619;RBI=0.130843;REFB=-0.17165;REVB=0.0526827;RO=17;SAF=126;SAR=40;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600115;STB=0.523807;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0134587;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:183:183:17:13:166:170:0.928962:40:126:17:0:40:130:13:0 chr3 52526372 . G T 248.89 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.028419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.539;QD=16.874;RBI=0.0404057;REFB=-0.00625201;REVB=0.0287225;RO=31;SAF=19;SAR=8;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335026;STB=0.692929;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00607757;OID=.;OPOS=52526372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:27:28:0.474576:8:19:11:20:8:20:11:20 chr3 52540773 . T C 842.62 PASS AF=0.314869;AO=107;DP=343;FAO=108;FDP=343;FR=.;FRO=235;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=112;FSRR=123;FWDB=0.037852;FXX=0.00290689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.715;QD=9.82644;RBI=0.0405462;REFB=0.00155782;REVB=0.0145336;RO=233;SAF=49;SAR=58;SRF=110;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169334;STB=0.509377;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00323066;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:343:233:235:107:108:0.314869:58:49:110:123:58:50:112:123 chr3 52544470 . A G 2199.76 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013399;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.467;QD=63.3025;RBI=0.0751017;REFB=0;REVB=-0.0738968;RO=0;SAF=70;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113526;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:138:139:1:68:70:0:0:69:70:0:0 chr3 52554304 . G C 1523.44 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.107238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1728;QD=58.5938;RBI=0.107465;REFB=-0.136298;REVB=0.00698234;RO=2;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215532;STB=0.505617;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00133974;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:2:1:102:103:0.990385:43:59:0:2:44:59:0:1 chr3 52555957 . T C 398.11 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0299045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1566;QD=19.6598;RBI=0.0309134;REFB=0.00316254;REVB=-0.00783287;RO=39;SAF=20;SAR=20;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570432;STB=0.531065;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00331851;OID=.;OPOS=52555957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:40:40:41:0.506173:20:20:22:17:20:21:23:17 chr3 52556890 . A G 1099.86 PASS AF=0.588571;AO=101;DP=177;FAO=103;FDP=175;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00306825;FXX=0.0223451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2477;QD=25.1397;RBI=0.0939984;REFB=-0.0333585;REVB=-0.0939483;RO=72;SAF=40;SAR=61;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709437;STB=0.532956;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.029755;OID=.;OPOS=52556890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:72:72:101:103:0.588571:61:40:35:37:61:42:35:37 chr3 52557038 . C T 1107.64 PASS AF=0.607143;AO=101;DP=168;FAO=102;FDP=168;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.0127974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2211;QD=26.3723;RBI=0.0129568;REFB=-0.0161445;REVB=-0.002026;RO=67;SAF=39;SAR=62;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335671;STB=0.514176;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0100671;OID=.;OPOS=52557038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:67:66:101:102:0.607143:62:39:23:44:63:39:23:43 chr3 52557921 . C T 352.81 PASS AF=0.304054;AO=45;DP=149;FAO=45;FDP=148;FR=.;FRO=103;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=73;FSRR=30;FWDB=-0.0182179;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.395;QD=9.53527;RBI=0.0232759;REFB=-0.00760753;REVB=-0.0144871;RO=103;SAF=22;SAR=23;SRF=73;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263697;STB=0.651982;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0184776;OID=.;OPOS=52557921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:103:103:45:45:0.304054:23:22:73:30:23:22:73:30 chr3 52558008 . T C 1172.17 PASS AF=0.657718;AO=97;DP=149;FAO=98;FDP=149;FR=.;FRO=51;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0224048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.727;QD=31.4676;RBI=0.030382;REFB=-0.00270859;REVB=0.0205205;RO=49;SAF=56;SAR=41;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167452;STB=0.518251;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00190257;OID=.;OPOS=52558008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:49:51:97:98:0.657718:41:56:27:22:41:57:27:24 chr3 52558133 . T C 1800.49 PASS AF=0.59058;AO=163;DP=278;FAO=163;FDP=276;FR=.;FRO=113;FSAF=72;FSAR=91;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=0.00262945;FXX=0.0107523;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.879;QD=26.0941;RBI=0.00468145;REFB=0.00410156;REVB=0.00387324;RO=113;SAF=72;SAR=91;SRF=49;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621153;STB=0.50336;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00268775;OID=.;OPOS=52558133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:276:113:113:163:163:0.59058:91:72:49:64:91:72:49:64 chr3 52558904 . A T 527.53 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.007117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.973;QD=20.8921;RBI=0.00734987;REFB=0.000335735;REVB=-0.00183549;RO=48;SAF=17;SAR=36;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912715;STB=0.550394;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000294192;OID=.;OPOS=52558904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:48:53:53:0.524752:36:17:20:28:36:17:20:28 chr3 52584787 . T C 958.23 PASS AF=0.618705;AO=85;DP=139;FAO=86;FDP=139;FR=.;FRO=53;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0324588;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3725;QD=27.5751;RBI=0.0367135;REFB=-0.00547734;REVB=-0.0171555;RO=48;SAF=42;SAR=43;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121676;STB=0.546752;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00317506;OID=.;OPOS=52584787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:48:53:85:86:0.618705:43:42:15:33:43:43:20:33 chr3 52610651 . T A 625.52 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0271571;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9017;QD=25.2735;RBI=0.0417915;REFB=-0.0221727;REVB=0.031765;RO=41;SAF=20;SAR=36;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869109;STB=0.5496;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0137546;OID=.;OPOS=52610651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:41:43:56:56:0.565657:36:20:19:22:36:20:20:23 chr3 52643307 . A G 612.96 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=102;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00163467;FXX=0.0272702;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.005;QD=22.9146;RBI=0.00461376;REFB=-0.0191025;REVB=0.00431446;RO=41;SAF=35;SAR=25;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392336;STB=0.503999;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0186318;OID=.;OPOS=52643307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:107:41:47:60:60:0.560748:25:35:26:15:25:35:27:20 chr3 52643685 . T C 454.78 PASS AF=0.744681;AO=35;DP=47;FAO=35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00132114;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.482;QD=38.7047;RBI=0.0166698;REFB=-0.0566302;REVB=-0.0166174;RO=11;SAF=22;SAR=13;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160633;STB=0.577455;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0108089;OID=.;OPOS=52643685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:11:12:35:35:0.744681:13:22:3:8:13:22:4:8 chr3 52676065 . C T 190.14 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=48;FAO=15;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0635639;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9916;QD=18.5502;RBI=0.0703886;REFB=-0.0388887;REVB=-0.0302355;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287163;STB=0.703442;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0612583;OID=.;OPOS=52676065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:41:22:20:14:15:0.365854:5:9:8:14:5:10:6:14 chr3 52720080 . A C 291.39 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0228233;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.109;QD=21.1919;RBI=0.0306872;REFB=-0.00241344;REVB=-0.0205134;RO=24;SAF=27;SAR=3;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253039;STB=0.666532;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00262743;OID=.;OPOS=52720080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:25:30:30:0.545455:3:27:18:6:3:27:18:7 chr3 52721305 . G A 787.8 PASS AF=0.618644;AO=72;DP=117;FAO=73;FDP=118;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.022331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.9062;QD=26.7052;RBI=0.0243159;REFB=0.012394;REVB=0.00962216;RO=45;SAF=35;SAR=37;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612305;STB=0.535555;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00387193;OID=.;OPOS=52721305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:45:45:72:73:0.618644:37:35:18:27:37:36:18:27 chr3 52727257 . G A 1071.79 PASS AF=0.571429;AO=100;DP=175;FAO=100;FDP=175;FR=.;FRO=75;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.0192501;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.388;QD=24.4981;RBI=0.038752;REFB=-0.0111329;REVB=-0.0336326;RO=71;SAF=46;SAR=54;SRF=49;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174733;STB=0.582277;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00760487;OID=.;OPOS=52727257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:71:75:100:100:0.571429:54:46:49:22:54:46:49:26 chr3 52728804 . C T 485.28 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.00930085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.478;QD=17.8083;RBI=0.0107435;REFB=-0.00410416;REVB=0.00537737;RO=57;SAF=27;SAR=25;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174495;STB=0.596597;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00510644;OID=.;OPOS=52728804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:57:52:52:0.477064:25:27:19:38:25:27:19:38 chr3 52740182 . C G 1427.37 PASS AF=0.543307;AO=138;DP=253;FAO=138;FDP=254;FR=.;FRO=116;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=0.0584412;FXX=0.00392141;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.4199;QD=22.4783;RBI=0.0584439;REFB=-0.00111687;REVB=-0.000553252;RO=115;SAF=73;SAR=65;SRF=56;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351146;STB=0.521128;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000658982;OID=.;OPOS=52740182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:254:115:116:138:138:0.543307:65:73:56:59:65:73:56:60 chr3 52745087 . T C 146.8 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00331864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.077;QD=8.51026;RBI=0.0318706;REFB=-0.00777696;REVB=-0.0316973;RO=48;SAF=7;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201297;STB=0.619883;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0241091;OID=.;OPOS=52745087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:14:7:24:24:14:7:24:24 chr3 52794848 . TG T 298.25 PASS AF=0.365297;AO=78;DP=220;FAO=80;FDP=219;FR=.;FRO=139;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=0.0453869;FXX=0.00454525;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.0096;QD=5.44748;RBI=0.0551499;REFB=0.00514235;REVB=-0.0313294;RO=124;SAF=40;SAR=38;SRF=55;SRR=69;SSEN=0.441558;SSEP=0;SSSB=0.0753103;STB=0.542107;STBP=0.326;TYPE=del;VARB=-0.00253119;OID=.;OPOS=52794849;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365297:78:220:80:219:139:41:39:62:77:99:124:40:38:55:69 chr3 52797634 . G C 455.26 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.020567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.923;QD=28.454;RBI=0.0210193;REFB=-0.000579111;REVB=-0.00433671;RO=22;SAF=17;SAR=25;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323965;STB=0.51763;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.000135455;OID=.;OPOS=52797634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:22:42:42:0.65625:25:17:10:12:25:17:10:12 chr3 52800284 . T C 1669.75 PASS AF=0.575646;AO=155;DP=270;FAO=156;FDP=271;FR=.;FRO=115;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=51;FSRR=64;FWDB=-0.00488238;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.745;QD=24.6457;RBI=0.0184361;REFB=-0.0149228;REVB=0.0177778;RO=113;SAF=71;SAR=84;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122274;STB=0.51044;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00962395;OID=.;OPOS=52800284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:113:115:155:156:0.575646:84:71:50:63:83:73:51:64 chr3 52802402 . A C 564.31 PASS AF=0.641026;AO=50;DP=77;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0169439;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.555;QD=28.939;RBI=0.0248921;REFB=-0.0341943;REVB=-0.0182351;RO=25;SAF=21;SAR=29;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086961;STB=0.542039;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0168995;OID=.;OPOS=52802402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:25:28:50:50:0.641026:29:21:14:11:29:21:15:13 chr3 52817327 . C G 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0577624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3157;QD=10.1856;RBI=0.0582979;REFB=0.00642733;REVB=-0.00788296;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00454737;STB=0.502729;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0128179;OID=.;OPOS=52817327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:8:7:16:18:8:7:16:18 chr3 52820981 . A T 795.75 PASS AF=0.608333;AO=73;DP=121;FAO=73;FDP=120;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.072656;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9951;QD=26.5249;RBI=0.0726928;REFB=0.00342908;REVB=-0.00231143;RO=46;SAF=36;SAR=37;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057147;STB=0.534848;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00245463;OID=.;OPOS=52820981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:46:47:73:73:0.608333:37:36:19:27:37:36:19:28 chr3 52821011 . A G 839.02 PASS AF=0.612903;AO=75;DP=124;FAO=76;FDP=124;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0285685;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.246;QD=27.0651;RBI=0.03284;REFB=-0.0256064;REVB=-0.0161958;RO=48;SAF=35;SAR=40;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665806;STB=0.533482;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0169301;OID=.;OPOS=52821011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:48:48:75:76:0.612903:40:35:18:30:41:35:18:30 chr3 52821177 . A C 723.98 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0108304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.631;QD=22.1062;RBI=0.0108783;REFB=-0.00800337;REVB=0.00101928;RO=60;SAF=38;SAR=32;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0080735;STB=0.500879;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00906932;OID=.;OPOS=52821177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:60:61:70:70:0.534351:32:38:32:28:32:38:33:28 chr3 52821992 . CT C,CC 491.03 PASS AF=0.476744,0.0813953;AO=27,12;DP=77;FAO=41,7;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=16,4;FSAR=25,3;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0158096,0.011674;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=273.498,273.123;QD=22.8386;RBI=0.0166072,0.0130188;REFB=-0.0105252,-0.00825599;REVB=0.00508494,0.00576252;RO=36;SAF=10,7;SAR=17,5;SRF=16;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0779232,0.166043;STB=0.541381,0.582045;STBP=0.468,0.718;TYPE=del,snp;VARB=0.00203999,0.00724227;OID=.,.;OPOS=52821993,52821993;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.476744,0.0813953:27,12:77:41,7:86:38:16,4:25,3:18:20:99:36:10,7:17,5:16:20 chr3 52825585 . T C 1496.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348712;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.986;QD=63.6894;RBI=0.0105189;REFB=0;REVB=-0.00992409;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92048e-07;OID=.;OPOS=52825585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr3 52833805 . C A 1545.38 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.488;QD=63.7271;RBI=0.0044142;REFB=0;REVB=0.00386883;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04651e-05;OID=.;OPOS=52833805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:57:39:0:0:58:39:0:0 chr3 52852538 . G T 701.25 PASS AF=0.625;AO=65;DP=104;FAO=65;FDP=104;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0254641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5977;QD=26.9711;RBI=0.0595399;REFB=-0.00855111;REVB=0.0538199;RO=39;SAF=32;SAR=33;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354518;STB=0.501923;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00636706;OID=.;OPOS=52852538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:39:39:65:65:0.625:33:32:19:20:33:32:19:20 chr3 52853747 . C G 1108.65 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0104922;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.927;QD=57.592;RBI=0.0418863;REFB=-0.0151788;REVB=0.0405509;RO=2;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214974;STB=0.511361;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000636724;OID=.;OPOS=52853747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:43:32:0:2:43:32:0:2 chr3 52860936 . C T 1587.49 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.297;QD=58.7959;RBI=0.0164832;REFB=-0.0862083;REVB=0.00646321;RO=1;SAF=51;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921579;STB=0.504853;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000366961;OID=.;OPOS=52860936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:56:51:1:0:56:51:1:0 chr3 52861211 . A T 715.48 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0564029;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4538;QD=57.2383;RBI=0.0568731;REFB=0;REVB=-0.0072986;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000569928;OID=.;OPOS=52861211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr3 52864584 . A G 1415.34 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.57;QD=62.9038;RBI=0.0464053;REFB=0;REVB=-0.00832696;RO=0;SAF=30;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55543e-05;OID=.;OPOS=52864584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:60:30:0:0:60:30:0:0 chr3 52867715 . G C 3421.94 PASS AF=1;AO=217;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.023;QD=62.5012;RBI=0.0162633;REFB=0;REVB=0.012352;RO=0;SAF=112;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41238e-07;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:219:0:0:217:219:1:105:112:0:0:105:114:0:0 chr3 52870618 . T A 1914.31 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.844;QD=61.7519;RBI=0.0225224;REFB=0;REVB=-0.0018854;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16822e-05;OID=.;OPOS=52870618;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:122:124:1:57:65:0:0:57:67:0:0 chr3 52874288 . T C 803.97 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00709808;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.977;QD=57.4264;RBI=0.00736669;REFB=0;REVB=-0.00197113;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159501;OID=.;OPOS=52874288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr3 52874296 . G A 762.96 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0367978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0534;QD=51.7263;RBI=0.0904647;REFB=-0.169331;REVB=0.0826425;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.506697;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0114714;OID=.;OPOS=52874296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:1:3:56:56:0.949153:26:30:1:0:26:30:2:1 chr3 53125922 . T C 1462.84 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3415;QD=62.9178;RBI=0.0435116;REFB=0;REVB=0.0359755;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49885e-05;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:54:38:0:0:55:38:0:0 chr3 53153964 . G A 541.86 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00263539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.918;QD=20.8407;RBI=0.00745059;REFB=-0.000376;REVB=0.00696893;RO=49;SAF=25;SAR=30;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00480711;STB=0.502645;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.000323893;OID=.;OPOS=53153964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:30:25:22:27:30:25:22:27 chr3 53215875 . A C 2456.83 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.301;QD=61.4208;RBI=0.0344353;REFB=0;REVB=0.0171655;RO=0;SAF=66;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40181e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72054e-05;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:94:66:0:0:94:66:0:0 chr3 53222761 . C T 473.46 PASS AF=0.380282;AO=54;DP=142;FAO=54;FDP=142;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.000896973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.356;QD=13.3369;RBI=0.0448716;REFB=0.00178869;REVB=0.0448626;RO=88;SAF=34;SAR=20;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956064;STB=0.554327;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00253436;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:88:88:54:54:0.380282:20:34:48:40:20:34:48:40 chr3 53223927 . C G 479.33 PASS AF=0.4;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.0097376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7837;QD=14.2023;RBI=0.0244934;REFB=0.0198417;REVB=-0.0224745;RO=80;SAF=21;SAR=33;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197024;STB=0.614584;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0367457;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:80:81:54:54:0.4:33:21:46:34:33:21:47:34 chr3 53224002 . T C 1517.47 PASS AF=0.990654;AO=101;DP=104;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4278;QD=56.7278;RBI=0.0345261;REFB=-0.122522;REVB=-0.0287529;RO=3;SAF=47;SAR=54;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293179;STB=0.504761;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00233381;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:107:3:1:101:106:0.990654:54:47:3:0:54:52:1:0 chr3 53226554 . CAT C 43.66 PASS AF=0.6;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0454412;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.809;QD=17.4653;RBI=0.0468201;REFB=-0.0941321;REVB=-0.0112794;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=del;VARB=0.0523774;OID=.;OPOS=53226555;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:6:11:6:10:4:2:4:1:3:24:4:2:4:1:3 chr3 53264485 . A G 757.77 PASS AF=0.549618;AO=72;DP=132;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00534734;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.898;QD=23.138;RBI=0.00639721;REFB=0.00332197;REVB=0.00351144;RO=60;SAF=36;SAR=36;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276849;STB=0.519079;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00379925;OID=.;OPOS=53264485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:60:59:72:72:0.549618:36:36:32:28:36:36:32:27 chr3 53269046 . T C 1328.65 PASS AF=0.612745;AO=117;DP=198;FAO=125;FDP=204;FR=.;FRO=79;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0257984;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.003;QD=26.052;RBI=0.0326092;REFB=-0.040272;REVB=-0.0199449;RO=74;SAF=57;SAR=60;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188753;STB=0.510202;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0257273;OID=.;OPOS=53269046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:204:74:79:117:125:0.612745:60:57:38:36:65:60:40:39 chr3 53321631 . A C 700.1 PASS AF=0.539683;AO=68;DP=126;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0203464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.451;QD=22.2253;RBI=0.0224216;REFB=0.00111168;REVB=0.00942081;RO=58;SAF=34;SAR=34;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086949;STB=0.547605;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00125015;OID=.;OPOS=53321631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:58:58:68:68:0.539683:34:34:23:35:34:34:23:35 chr3 53324819 . ATGGCAC A 274.17 PASS AF=0.88;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0265794;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=6;MLLD=321.08;QD=43.8672;RBI=0.0271;REFB=-0.0206205;REVB=0.0052864;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.545415;STBP=0.303;TYPE=del;VARB=0.00442076;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.88:22:24:22:25:3:7:15:0:3:15:0:7:15:0:0 chr3 53700550 . T C 2713.75 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.387;QD=62.3851;RBI=0.037887;REFB=0;REVB=0.0186638;RO=0;SAF=93;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29531e-05;OID=.;OPOS=53700550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:174:0:0:173:174:1:80:93:0:0:80:94:0:0 chr3 53766026 . T C 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4146;QD=61.0483;RBI=0.029582;REFB=0;REVB=0.0277173;RO=0;SAF=57;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30172e-05;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:21:57:0:0:21:57:0:0 chr3 53769479 . C T 510.18 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0674222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.961;QD=26.503;RBI=0.0704125;REFB=-0.00691776;REVB=0.0203018;RO=30;SAF=26;SAR=21;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339427;STB=0.518511;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00507905;OID=.;OPOS=53769479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:21:26:18:12:21:26:18:12 chr3 53845918 . C A 1172.82 PASS AF=0.556701;AO=108;DP=194;FAO=108;FDP=194;FR=.;FRO=86;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=0.0236132;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.581;QD=24.1818;RBI=0.0236589;REFB=-0.0110646;REVB=0.00146987;RO=84;SAF=46;SAR=62;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471469;STB=0.524573;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00946036;OID=.;OPOS=53845918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:84:86:108:108:0.556701:62:46:31:53:62:46:32:54 chr3 53857803 . A C 3896.39 PASS AF=1;AO=244;DP=244;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0682616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.67;QD=63.8753;RBI=0.0714806;REFB=0;REVB=0.0212092;RO=0;SAF=106;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28059e-05;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:244:0:0:244:244:1:138:106:0:0:138:106:0:0 chr3 53857917 . T G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0697122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9298;QD=43.4831;RBI=0.08383;REFB=0;REVB=0.0465584;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000956194;OID=.;OPOS=53857917;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr3 53882663 . G A 1391.19 PASS AF=0.938776;AO=92;DP=100;FAO=92;FDP=98;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0150482;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.191;QD=56.7833;RBI=0.0152913;REFB=-0.106831;REVB=0.00271548;RO=1;SAF=48;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977435;STB=0.529405;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00143559;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:100:98:1:6:92:92:0.938776:44:48:1:0:44:48:6:0 chr3 53882673 . G GT,GTT,T 627.4 PASS AF=0.938776,0.0102041,0.0510204;AO=50,18,12;DP=112;FAO=92,1,5;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1,4;FSAR=57,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.145081,-0.0734723,-0.0577823;FXX=0.048539;HRUN=6,6,2;LEN=1,2,1;MLLD=9.2979,9.65804,17.453;QD=25.608;RBI=0.147128,0.0746108,0.073889;REFB=0.0144032,0.0121982,-0.0250049;REVB=-0.0244537,-0.0129844,-0.046052;RO=29;SAF=21,9,7;SAR=29,9,5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.019511,0.0549201,0.155941;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0770444,0.010124,0.0562497;OID=.,.,.;OPOS=53882674,53882674,53882673;OREF=-,-,G;OALT=T,TT,T;OMAPALT=GT,GTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:15:112:98:29:0:50,18,12:92,1,5:0.938776,0.0102041,0.0510204:29,9,5:21,9,7:13:16:57,0,1:35,1,4:0:0 chr3 53886912 . C T 1190.41 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.521;QD=61.0465;RBI=0.0162345;REFB=0;REVB=0.0158698;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62275e-05;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr3 53899178 . T C 412.78 PASS AF=0.532468;AO=40;DP=76;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0157609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.832;QD=21.443;RBI=0.0207828;REFB=-0.0220289;REVB=0.0135468;RO=35;SAF=15;SAR=25;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321967;STB=0.514394;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.020581;OID=.;OPOS=53899178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:35:36:40:41:0.532468:25:15:13:22:25:16:13:23 chr3 53905308 . T C 2069.65 PASS AF=0.964539;AO=136;DP=141;FAO=136;FDP=141;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0505806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.2224;QD=58.7136;RBI=0.0555128;REFB=-0.0408259;REVB=-0.0228753;RO=0;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51013;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00584815;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:141:141:0:5:136:136:0.964539:70:66:0:0:70:66:1:4 chr3 53906513 . G A 2518.29 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.332;QD=61.4218;RBI=0.0161295;REFB=0;REVB=-0.0154274;RO=0;SAF=70;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10912e-05;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:164:0:0:158:164:1:88:70:0:0:88:76:0:0 chr3 53916130 . A G 564.88 PASS AF=0.328767;AO=72;DP=219;FAO=72;FDP=219;FR=.;FRO=147;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=67;FSRR=80;FWDB=-0.0602219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.474;QD=10.3174;RBI=0.0606844;REFB=0.0105704;REVB=-0.00747805;RO=139;SAF=27;SAR=45;SRF=59;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595971;STB=0.556197;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0187785;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:139:147:72:72:0.328767:45:27:59:80:45:27:67:80 chr3 53925775 . C T 970.08 PASS AF=0.556886;AO=92;DP=166;FAO=93;FDP=167;FR=.;FRO=74;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.0176256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.805;QD=23.2355;RBI=0.0382905;REFB=-0.0199352;REVB=0.0339927;RO=74;SAF=48;SAR=44;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376031;STB=0.522846;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0132091;OID=.;OPOS=53925775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:74:74:92:93:0.556886:44:48:42:32:45:48:42:32 chr3 53925849 . C T 881.13 PASS AF=0.65;AO=78;DP=120;FAO=78;FDP=120;FR=.;FRO=42;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00258579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.544;QD=29.3709;RBI=0.00512344;REFB=-0.0120274;REVB=-0.00442304;RO=42;SAF=39;SAR=39;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09263;STB=0.549987;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0038468;OID=.;OPOS=53925849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:42:42:78:78:0.65:39:39:27:15:39:39:27:15 chr3 54354510 . T C 1053.16 PASS AF=0.517949;AO=101;DP=195;FAO=101;FDP=195;FR=.;FRO=94;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=-0.01709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0844;QD=21.6033;RBI=0.042348;REFB=0.0251611;REVB=0.0387464;RO=91;SAF=62;SAR=39;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869219;STB=0.540879;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0297996;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:91:94:101:101:0.517949:39:62:47:44:39:62:50:44 chr3 54798258 . G A 613.87 PASS AF=0.35514;AO=70;DP=210;FAO=76;FDP=214;FR=.;FRO=138;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=61;FSRR=77;FWDB=0.0305067;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.377;QD=11.4742;RBI=0.0307229;REFB=-0.00739078;REVB=-0.00363844;RO=140;SAF=40;SAR=30;SRF=61;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1569;STB=0.605235;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0170589;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:214:140:138:70:76:0.35514:30:40:61:79:30:46:61:77 chr3 54961949 . C T 1343.33 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0137798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8227;QD=57.7776;RBI=0.0314887;REFB=0.00113367;REVB=0.0283135;RO=4;SAF=46;SAR=43;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00137364;STB=0.500726;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.000453301;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:93:4:4:89:89:0.956989:43:46:2:2:43:46:2:2 chr3 55501002 . G C 710.56 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0501897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.056;QD=54.6586;RBI=0.0507268;REFB=-0.0572251;REVB=-0.00736201;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.511623;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000208257;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:50:51:0.980769:29:21:0:0:30:21:1:0 chr3 56106226 . C T 1494.87 PASS AF=0.971698;AO=105;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0293178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6628;QD=56.4104;RBI=0.060272;REFB=-0.124243;REVB=0.052661;RO=1;SAF=47;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999006;STB=0.503509;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00364733;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:1:3:105:103:0.971698:58:47:1:0:56:47:1:2 chr3 56219210 . T C 2579.62 PASS AF=0.971429;AO=169;DP=178;FAO=170;FDP=175;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00220848;FXX=0.016853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6038;QD=58.9627;RBI=0.0267822;REFB=-0.0543602;REVB=0.026691;RO=5;SAF=80;SAR=89;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149955;STB=0.507764;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0015113;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:178:175:5:5:169:170:0.971429:89:80:1:4:90:80:1:4 chr3 56627048 . A G 2626.21 PASS AF=0.605195;AO=232;DP=384;FAO=233;FDP=385;FR=.;FRO=152;FSAF=103;FSAR=130;FSRF=72;FSRR=80;FWDB=0.0104318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.802;QD=27.2853;RBI=0.0211276;REFB=-0.00683757;REVB=0.0183727;RO=152;SAF=103;SAR=129;SRF=72;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220243;STB=0.512617;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00495799;OID=.;OPOS=56627048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:385:152:152:232:233:0.605195:129:103:72:80:130:103:72:80 chr3 56627598 . A G 2339.99 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.35;QD=60.3869;RBI=0.0838717;REFB=0;REVB=0.000292552;RO=0;SAF=78;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207882;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:155:0:0:150:155:1:72:78:0:0:73:82:0:0 chr3 56650012 . G C 275.58 PASS AF=0.33;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.012708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9608;QD=11.0231;RBI=0.0186701;REFB=-0.0249761;REVB=-0.0136777;RO=66;SAF=18;SAR=15;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121371;STB=0.575;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0567013;OID=.;OPOS=56650012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:67:33:33:0.33:15:18:29:37:15:18:29:38 chr3 56650051 . A ACTT 682.28 PASS AF=0.613208;AO=61;DP=107;FAO=65;FDP=106;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00618162;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=3;MLLD=231.958;QD=25.7466;RBI=0.0338355;REFB=-0.0209867;REVB=0.0332661;RO=43;SAF=20;SAR=41;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218004;STB=0.599726;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.0131724;OID=.;OPOS=56650052;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.613208:61:107:65:106:41:22:43:24:17:99:43:20:41:26:17 chr3 56650054 . T TCTC 257.46 PASS AF=0.320755;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.0168237;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=3;MLLD=221.306;QD=9.71556;RBI=0.0171946;REFB=-0.013834;REVB=0.00355166;RO=73;SAF=18;SAR=16;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169816;STB=0.603901;STBP=0.148;TYPE=ins;VARB=0.0302829;OID=.;OPOS=56650055;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320755:34:110:34:106:72:18:16:27:45:99:73:18:16:28:45 chr3 56653424 . A T 470.26 PASS AF=0.711864;AO=42;DP=59;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0106404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.483;QD=31.8817;RBI=0.0160507;REFB=0.00222412;REVB=0.012017;RO=17;SAF=23;SAR=19;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411831;STB=0.522293;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.000483203;OID=.;OPOS=56653424;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:17:42:42:0.711864:19:23:8:9:19:23:8:9 chr3 56653427 . T C 452.63 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0231869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6207;QD=30.6864;RBI=0.0448232;REFB=0.0221342;REVB=0.0383599;RO=18;SAF=23;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659256;STB=0.535756;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00367388;OID=.;OPOS=56653427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:18:41:41:0.694915:18:23:8:10:18:23:8:10 chr3 56658871 . T C 485.41 PASS AF=0.387324;AO=55;DP=142;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=56;FWDB=0.0233407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.382;QD=13.6735;RBI=0.023408;REFB=-0.00136136;REVB=0.00177359;RO=87;SAF=31;SAR=24;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221631;STB=0.624956;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00246768;OID=.;OPOS=56658871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:87:87:55:55:0.387324:24:31:31:56:24:31:31:56 chr3 56667682 . G C 1529.98 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9685;QD=63.749;RBI=0.0383852;REFB=0;REVB=-0.0060722;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269257;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:56:40:0:0:56:40:0:0 chr3 56716785 . C T 331.49 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.000895745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.117;QD=18.6755;RBI=0.000902823;REFB=-0.0253522;REVB=0.000112826;RO=35;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076861;STB=0.53535;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0306083;OID=.;OPOS=56716785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:17:18:15:20:17:18:16:20 chr3 56716922 . T G 3489.3 PASS AF=0.958333;AO=230;DP=240;FAO=230;FDP=240;FR=.;FRO=10;FSAF=138;FSAR=92;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00212593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.288;QD=58.155;RBI=0.0194397;REFB=-0.0034643;REVB=-0.0193231;RO=9;SAF=138;SAR=92;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00331577;STB=0.504332;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00120166;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:240:240:9:10:230:230:0.958333:92:138:5:4:92:138:5:5 chr3 56763228 . T C 210.54 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00159966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.668;QD=14.0361;RBI=0.00362308;REFB=-0.00281023;REVB=0.00325081;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273874;STB=0.524944;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00465873;OID=.;OPOS=56763228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:35:24:25:0.416667:9:15:21:14:9:16:21:14 chr3 56763316 . G A 236.73 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.00515405;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.211;QD=11.0108;RBI=0.017334;REFB=0.00621855;REVB=-0.01655;RO=57;SAF=13;SAR=16;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206975;STB=0.619683;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0148515;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:57:57:29:29:0.337209:16:13:36:21:16:13:36:21 chr3 56763328 . T C 247.05 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0536099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7225;QD=11.4908;RBI=0.0606464;REFB=-0.0140919;REVB=-0.0283544;RO=56;SAF=14;SAR=16;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177222;STB=0.602084;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0226149;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:16:14:35:21:16:14:35:21 chr3 56763525 . A G 419.82 PASS AF=0.3125;AO=55;DP=177;FAO=55;FDP=176;FR=.;FRO=121;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=-0.000658239;FXX=0.0056494;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.328;QD=9.54146;RBI=0.00775871;REFB=-0.0134858;REVB=0.00773074;RO=120;SAF=32;SAR=23;SRF=64;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582205;STB=0.536899;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.025484;OID=.;OPOS=56763525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:120:121:55:55:0.3125:23:32:64:56:23:32:64:57 chr3 56763619 . A G 661.72 PASS AF=0.385787;AO=73;DP=196;FAO=76;FDP=197;FR=.;FRO=121;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=-0.000683263;FXX=0.0149993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3934;QD=13.4359;RBI=0.00645;REFB=0.00229846;REVB=0.00641371;RO=114;SAF=29;SAR=44;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112817;STB=0.544664;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00254329;OID=.;OPOS=56763619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:114:121:73:76:0.385787:44:29:57:57:45:31:58:63 chr3 56766435 . C G 370.66 PASS AF=0.330935;AO=46;DP=139;FAO=46;FDP=139;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0511041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.439;QD=10.6665;RBI=0.0521148;REFB=0.00298732;REVB=0.0102138;RO=93;SAF=25;SAR=21;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118471;STB=0.568329;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00825458;OID=.;OPOS=56766435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:93:93:46:46:0.330935:21:25:41:52:21:25:41:52 chr3 57108551 . C A 849.6 PASS AF=0.953125;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000204804;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=306.4;QD=53.0998;RBI=0.0142386;REFB=-0.00597983;REVB=0.0142372;RO=3;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554087;STB=0.528293;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=6.94968e-05;OID=.;OPOS=57108551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:64:3:3:60:61:0.953125:24:36:0:3:25:36:0:3 chr3 57136613 . G A 2578.53 PASS AF=0.519751;AO=246;DP=481;FAO=250;FDP=481;FR=.;FRO=231;FSAF=95;FSAR=155;FSRF=94;FSRR=137;FWDB=-0.0113866;FXX=0.0041407;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.918;QD=21.4431;RBI=0.0292553;REFB=-0.00805267;REVB=0.0269484;RO=231;SAF=94;SAR=152;SRF=94;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231646;STB=0.513631;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0102839;OID=.;OPOS=57136613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:481:231:231:246:250:0.519751:152:94:94:137:155:95:94:137 chr3 57176503 . G A 246.27 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0332684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4155;QD=13.4944;RBI=0.0815973;REFB=-0.00132348;REVB=-0.0745072;RO=44;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15144;STB=0.586051;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000129552;OID=.;OPOS=57176503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:15:14:15:29:15:14:15:29 chr3 57323170 . A G 291.54 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.000581746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.494;QD=21.5956;RBI=0.00142241;REFB=-0.0103081;REVB=0.001298;RO=24;SAF=5;SAR=25;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109688;STB=0.561181;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0142828;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:25:5:6:18:25:5:6:18 chr3 57335876 . C T 1812.64 PASS AF=0.608209;AO=163;DP=269;FAO=163;FDP=268;FR=.;FRO=105;FSAF=68;FSAR=95;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=0.00671859;FXX=0.00371733;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.887;QD=27.0544;RBI=0.0213143;REFB=0.00932154;REVB=0.0202277;RO=105;SAF=68;SAR=95;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848761;STB=0.504582;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00667201;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:268:105:105:163:163:0.608209:95:68:45:60:95:68:45:60 chr3 57386148 . C G 544.8 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.00173687;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4404;QD=19.9927;RBI=0.0420865;REFB=-0.0148514;REVB=-0.0420506;RO=52;SAF=24;SAR=32;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109993;STB=0.554329;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0118832;OID=.;OPOS=57386148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:52:53:56:56:0.513761:32:24:16:36:32:24:17:36 chr3 57388114 . C T 596.77 PASS AF=0.568627;AO=56;DP=100;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0179966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.322;QD=23.4026;RBI=0.0258834;REFB=-0.035194;REVB=-0.018603;RO=44;SAF=21;SAR=35;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158132;STB=0.591351;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0166308;OID=.;OPOS=57388114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:44:44:56:58:0.568627:35:21:25:19:37:21:25:19 chr3 57414071 . G A 1375.55 PASS AF=0.503676;AO=137;DP=274;FAO=137;FDP=272;FR=.;FRO=135;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=78;FSRR=57;FWDB=-0.111919;FXX=0.007299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9286;QD=20.2287;RBI=0.121666;REFB=-0.0344532;REVB=-0.0477149;RO=132;SAF=67;SAR=70;SRF=78;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911778;STB=0.543967;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0340078;OID=.;OPOS=57414071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:272:132:135:137:137:0.503676:70:67:78:54:70:67:78:57 chr3 57414097 . T A 1225.34 PASS AF=0.431746;AO=136;DP=307;FAO=136;FDP=315;FR=.;FRO=179;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=86;FSRR=93;FWDB=-0.0631062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5283;QD=15.5599;RBI=0.0751833;REFB=-0.0346942;REVB=-0.0408673;RO=171;SAF=72;SAR=64;SRF=78;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735403;STB=0.527826;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0439388;OID=.;OPOS=57414097;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:315:171:179:136:136:0.431746:64:72:78:93:64:72:86:93 chr3 57414434 . A G 433.89 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.000501493;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.982;QD=20.4185;RBI=0.0174986;REFB=-0.0228962;REVB=0.0174914;RO=40;SAF=12;SAR=30;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228814;STB=0.62107;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0176987;OID=.;OPOS=57414434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:40:42:42:43:0.505882:30:12:21:19:31:12:21:21 chr3 57419497 . C T 541.72 PASS AF=0.554348;AO=50;DP=91;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0156803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4287;QD=23.553;RBI=0.0196047;REFB=-0.0277866;REVB=-0.0117674;RO=41;SAF=22;SAR=28;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124964;STB=0.572212;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0239545;OID=.;OPOS=57419497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:41:41:50:51:0.554348:28:22:12:29:28:23:12:29 chr3 57430988 . G A 360.11 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00973956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.429;QD=22.8643;RBI=0.0100747;REFB=0.00776239;REVB=-0.00257694;RO=27;SAF=9;SAR=27;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095487;STB=0.50526;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00633003;OID=.;OPOS=57430988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:27:9:7:20:27:9:7:20 chr3 57431945 . T C 175.85 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.047657;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3519;QD=13.2715;RBI=0.0477972;REFB=0.00756156;REVB=-0.0036579;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738375;STB=0.542455;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0110222;OID=.;OPOS=57431945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:11:10:13:19:11:10:13:19 chr3 57431985 . G A 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00291255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.259;QD=25.3663;RBI=0.00493612;REFB=0.0018537;REVB=0.00398526;RO=14;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519436;STB=0.528898;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.000775385;OID=.;OPOS=57431985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:12:9:7:7:12:9:7:7 chr3 57475351 . T G 1302.87 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.89;QD=62.0413;RBI=0.0405132;REFB=0;REVB=0.0273685;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11698e-05;OID=.;OPOS=57475351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:84:0:0:80:84:1:48:32:0:0:51:33:0:0 chr3 57479493 . C T 360.09 PASS AF=0.636364;AO=33;DP=52;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0412406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.172;QD=26.1885;RBI=0.0423739;REFB=-0.0245595;REVB=-0.00973463;RO=17;SAF=22;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202847;STB=0.597346;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0123978;OID=.;OPOS=57479493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:17:20:33:35:0.636364:11:22:6:11:12:23:8:12 chr3 57494138 . A C 559.48 PASS AF=0.396341;AO=64;DP=164;FAO=65;FDP=164;FR=.;FRO=99;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=0.0585255;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.785;QD=13.646;RBI=0.058664;REFB=-0.0015068;REVB=-0.00402789;RO=99;SAF=22;SAR=42;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469519;STB=0.519564;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00203043;OID=.;OPOS=57494138;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:99:99:64:65:0.396341:42:22:38:61:42:23:38:61 chr3 57542173 . C T 2150.37 PASS AF=0.501176;AO=213;DP=428;FAO=213;FDP=425;FR=.;FRO=212;FSAF=117;FSAR=96;FSRF=87;FSRR=125;FWDB=0.0447408;FXX=0.00932379;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5222;QD=20.2388;RBI=0.0469864;REFB=-0.0167804;REVB=-0.0143519;RO=178;SAF=117;SAR=96;SRF=86;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555924;STB=0.569017;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0166951;OID=.;OPOS=57542173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:428:425:178:212:213:213:0.501176:96:117:86:92:96:117:87:125 chr3 57611237 . A G 294.42 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00391548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.422;QD=28.0398;RBI=0.0571954;REFB=-0.0178848;REVB=0.0570612;RO=15;SAF=17;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389242;STB=0.53752;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00888836;OID=.;OPOS=57611237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:16:26:26:0.619048:9:17:9:6:9:17:9:7 chr3 57613454 . G C 145.62 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0152929;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7376;QD=8.69368;RBI=0.0191646;REFB=0.00643286;REVB=-0.0115504;RO=45;SAF=13;SAR=7;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166725;STB=0.600821;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0273409;OID=.;OPOS=57613454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:45:47:20:20:0.298507:7:13:23:22:7:13:24:23 chr3 57882601 . C T 383.42 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00463394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.943;QD=20.1798;RBI=0.0189846;REFB=-0.0098505;REVB=-0.0184104;RO=37;SAF=24;SAR=15;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162412;STB=0.590117;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00863019;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:15:24:16:21:15:24:16:21 chr3 58081888 . T C 1439.59 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120688;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.955;QD=63.2787;RBI=0.120736;REFB=0;REVB=0.00338957;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031883;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr3 58109162 . G A 821.82 PASS AF=0.604839;AO=74;DP=123;FAO=75;FDP=124;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0421245;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0923;QD=26.5104;RBI=0.0714;REFB=0.0301519;REVB=0.0576497;RO=48;SAF=40;SAR=34;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160422;STB=0.501736;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0197636;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:48:49:74:75:0.604839:34:40:27:21:34:41:27:22 chr3 58112440 . A G 1415.31 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9413;QD=62.9025;RBI=0.0122839;REFB=0;REVB=0.00358805;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57411e-05;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:48:41:0:0:49:41:0:0 chr3 58112488 . C T 307.44 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00181862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.087;QD=24.1131;RBI=0.00199509;REFB=0.0141155;REVB=0.000820369;RO=19;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217025;STB=0.639905;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00556327;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:21:30:30:0.588235:20:10:12:7:20:10:14:7 chr3 58117724 . G A 821.93 PASS AF=0.652174;AO=69;DP=111;FAO=75;FDP=115;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0257394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.349;QD=28.5888;RBI=0.0416541;REFB=-0.032481;REVB=0.0327497;RO=32;SAF=26;SAR=43;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00113373;STB=0.527631;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0129613;OID=.;OPOS=58117724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:115:32:40:69:75:0.652174:43:26:12:20:47:28:12:28 chr3 58118555 . G A 901.44 PASS AF=0.564935;AO=86;DP=151;FAO=87;FDP=154;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.00204568;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.124;QD=23.414;RBI=0.0820291;REFB=-0.00976827;REVB=0.0820036;RO=65;SAF=38;SAR=48;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046163;STB=0.519995;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00874999;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:65:67:86:87:0.564935:48:38:25:40:48:39:27:40 chr3 58154327 . C T 767.39 PASS AF=0.509804;AO=78;DP=153;FAO=78;FDP=153;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.00677571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.589;QD=20.0623;RBI=0.0247277;REFB=-0.00965589;REVB=0.0237813;RO=75;SAF=42;SAR=36;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111225;STB=0.561107;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0107996;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:75:75:78:78:0.509804:36:42:31:44:36:42:31:44 chr3 58280206 . TTA T,TAA 165.25 PASS AF=0.414286,0;AO=20,5;DP=82;FAO=29,0;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=10,0;FSAR=19,0;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.000172311,0.109972;FXX=0.0277739;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=18.9915,15.3098;QD=9.44267;RBI=0.0249111,0.110105;REFB=-0.0957403,0.0221389;REVB=0.0249105,0.00540063;RO=49;SAF=3,5;SAR=17,0;SRF=29;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.547913,0.549586;STB=0.587567,0.5;STBP=0.257,1;TYPE=del,snp;VARB=0.163378,0;OID=.,.;OPOS=58280207,58280207;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414286,0:20,5:82:29,0:70:41:10,0:19,0:20:21:99:49:3,5:17,0:29:20 chr3 58305033 . A C 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.705;QD=64.2853;RBI=0.0236406;REFB=0;REVB=-0.00388854;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09841e-05;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:59:41:0:0:59:41:0:0 chr3 58305079 . T C 2200.97 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759092;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.373;QD=63.3373;RBI=0.037953;REFB=0;REVB=0.0371861;RO=0;SAF=52;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40893e-07;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:87:52:0:0:87:52:0:0 chr3 58305234 . AG A,AT 1106.67 PASS AF=0.0135135,0.986486;AO=11,62;DP=74;FAO=1,73;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921163,0.00937322;FXX=0.0133316;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.22,206.981;QD=59.82;RBI=0.0145178,0.0240735;REFB=0,0;REVB=0.0112211,0.0221737;RO=0;SAF=2,28;SAR=9,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0208964,0.00120268;OID=.,.;OPOS=58305235,58305235;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0135135,0.986486:11,62:74:1,73:74:0:1,29:0,44:0:0:3:0:2,28:9,34:0:0 chr3 58416538 . T C 2055.45 PASS AF=0.992537;AO=129;DP=130;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.689;QD=61.3566;RBI=0.0355814;REFB=-0.0198863;REVB=0.0263198;RO=1;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748387;STB=0.503816;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000168262;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:134:1:1:129:133:0.992537:63:66:0:1:65:68:0:1 chr3 58484521 . T C 998.18 PASS AF=0.450644;AO=105;DP=233;FAO=105;FDP=233;FR=.;FRO=128;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=52;FSRR=76;FWDB=0.067986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5562;QD=17.1361;RBI=0.0683739;REFB=-0.0124044;REVB=-0.00727258;RO=128;SAF=36;SAR=69;SRF=52;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679327;STB=0.537718;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.015271;OID=.;OPOS=58484521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:128:128:105:105:0.450644:69:36:52:76:69:36:52:76 chr3 58512237 . A G 176.68 PASS AF=0.245455;AO=27;DP=110;FAO=27;FDP=110;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0065594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.929;QD=6.42472;RBI=0.010673;REFB=0.00432876;REVB=-0.0084195;RO=83;SAF=13;SAR=14;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445167;STB=0.527007;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0105388;OID=.;OPOS=58512237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:83:83:27:27:0.245455:14:13:37:46:14:13:37:46 chr3 58520306 . G C 1813.44 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6612;QD=60.9561;RBI=0.0719975;REFB=0;REVB=-0.0695415;RO=0;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197271;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:59:59:0:0:59:60:0:0 chr3 58572577 . C G 1265.6 PASS AF=0.414925;AO=139;DP=335;FAO=139;FDP=335;FR=.;FRO=196;FSAF=69;FSAR=70;FSRF=87;FSRR=109;FWDB=-0.00387475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.834;QD=15.1116;RBI=0.00695911;REFB=-0.00923912;REVB=0.00578062;RO=196;SAF=69;SAR=70;SRF=87;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551518;STB=0.530742;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0132603;OID=.;OPOS=58572577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:335:196:196:139:139:0.414925:70:69:87:109:70:69:87:109 chr3 58572625 . G A 873.44 PASS AF=0.363636;AO=104;DP=286;FAO=104;FDP=286;FR=.;FRO=182;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=86;FSRR=96;FWDB=0.00540163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.008;QD=12.216;RBI=0.0167467;REFB=-0.00352621;REVB=0.0158517;RO=180;SAF=42;SAR=62;SRF=84;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718258;STB=0.544597;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0128034;OID=.;OPOS=58572625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:180:182:104:104:0.363636:62:42:84:96:62:42:86:96 chr3 58834824 . A G 606.52 PASS AF=0.606742;AO=54;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.119956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6146;QD=27.2594;RBI=0.135187;REFB=-0.00817954;REVB=-0.0623394;RO=34;SAF=31;SAR=23;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532523;STB=0.535145;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00553913;OID=.;OPOS=58834824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:34:35:54:54:0.606742:23:31:17:17:23:31:17:18 chr3 58834890 . C T 1042.69 PASS AF=0.591463;AO=97;DP=164;FAO=97;FDP=164;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00224608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.331;QD=25.4314;RBI=0.00840428;REFB=-0.0150044;REVB=-0.00809859;RO=67;SAF=46;SAR=51;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087161;STB=0.504728;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00907433;OID=.;OPOS=58834890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:67:67:97:97:0.591463:51:46:31:36:51:46:31:36 chr3 60519224 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1521;QD=59.434;RBI=0.0333079;REFB=0;REVB=0.0251467;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779919;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr3 62229553 . C T 799.49 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00158871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6308;QD=53.2996;RBI=0.0263357;REFB=0.069914;REVB=-0.0262878;RO=2;SAF=26;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00282326;STB=0.501154;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00262466;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:60:2:2:57:58:0.966667:31:26:1:1:31:27:1:1 chr3 62384314 . A G 483.55 PASS AF=1;AO=19;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103244;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.272;QD=58.6119;RBI=0.0870761;REFB=0;REVB=0.0864619;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354148;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:33:0:0:19:33:1:7:12:0:0:13:20:0:0 chr3 62384315 . T G 55.33 PASS AF=0.225;AO=7;DP=38;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0312119;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=79.734;QD=5.53324;RBI=0.0345297;REFB=-0.0110837;REVB=-0.0147688;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281417;STB=0.740615;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0503059;OID=.;OPOS=62384315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:38:40:31:31:7:9:0.225:2:5:15:16:2:7:15:16 chr3 62431415 . T C 436.45 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00789751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.11;QD=56.3161;RBI=0.020668;REFB=0;REVB=0.0190996;RO=0;SAF=3;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298043;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:29:31:1:26:3:0:0:26:5:0:0 chr3 62556622 . A G 808.29 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0170265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.957;QD=51.3197;RBI=0.0274201;REFB=-0.0659565;REVB=0.0214932;RO=3;SAF=38;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358041;STB=0.507363;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00183019;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:63:63:3:4:59:59:0.936508:21:38:3:0:21:38:3:1 chr3 62612195 . G T 389.6 PASS AF=0.322785;AO=51;DP=158;FAO=51;FDP=158;FR=.;FRO=107;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=0.001453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.618;QD=9.86338;RBI=0.0164027;REFB=-0.0111981;REVB=0.0163382;RO=107;SAF=30;SAR=21;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329695;STB=0.519076;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0217925;OID=.;OPOS=62612195;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:107:107:51:51:0.322785:21:30:60:47:21:30:60:47 chr3 63264201 . G A 1621.27 PASS AF=0.526667;AO=138;DP=276;FAO=158;FDP=300;FR=.;FRO=142;FSAF=91;FSAR=67;FSRF=89;FSRR=53;FWDB=-0.0190091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6175;QD=21.6169;RBI=0.114395;REFB=-0.0465622;REVB=0.112804;RO=138;SAF=91;SAR=47;SRF=86;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362676;STB=0.524801;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0439943;OID=.;OPOS=63264201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:300:138:142:138:158:0.526667:47:91:86:52:67:91:89:53 chr3 63968087 . C T 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.00714774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.105;QD=13.2875;RBI=0.0206963;REFB=-0.000243027;REVB=-0.0194228;RO=41;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250984;STB=0.641545;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00042489;OID=.;OPOS=63968087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:15:12:9:32:15:12:9:32 chr3 64133350 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.51;QD=58.1416;RBI=0.0698266;REFB=0;REVB=0.00396009;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026893;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr3 65425560 . T TCTG 95.15 PASS AF=0.27907;AO=9;DP=52;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.0649675;FXX=0.0850883;HRUN=1;LEN=3;MLLD=124.659;QD=8.85074;RBI=0.0658494;REFB=-0.0571328;REVB=0.010741;RO=41;SAF=3;SAR=6;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489323;STB=0.805155;STBP=0.039;TYPE=ins;VARB=0.165216;OID=.;OPOS=65425561;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27907:9:52:12:43:31:4:8:25:6:95:41:3:6:31:10 chr3 66287056 . G A 1515.27 PASS AF=0.570248;AO=139;DP=243;FAO=138;FDP=242;FR=.;FRO=104;FSAF=59;FSAR=79;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=-0.0148649;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7396;QD=25.0457;RBI=0.0430018;REFB=-0.00695267;REVB=-0.0403508;RO=101;SAF=60;SAR=79;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00315342;STB=0.506471;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00536298;OID=.;OPOS=66287056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:242:101:104:139:138:0.570248:79:60:44:57:79:59:46:58 chr3 66354911 . G C 3021.45 PASS AF=0.990099;AO=199;DP=204;FAO=200;FDP=202;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0469454;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4038;QD=59.8307;RBI=0.0562283;REFB=-0.148863;REVB=0.0309476;RO=3;SAF=98;SAR=101;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00492755;STB=0.50005;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00246088;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:204:202:3:2:199:200:0.990099:101:98:2:1:101:99:1:1 chr3 66374361 . G C 1153.37 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1803;QD=60.7039;RBI=0.0316541;REFB=0;REVB=0.0212124;RO=0;SAF=17;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.18109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377486;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:59:17:0:0:59:17:0:0 chr3 66396845 . G A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.947;QD=50.411;RBI=0.0704687;REFB=0;REVB=0.0416766;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632053;OID=.;OPOS=66396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr3 66419956 . C T 1638.61 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311347;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.444;QD=60.1326;RBI=0.0328575;REFB=0;REVB=-0.0104999;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62275e-05;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:63:45:0:0:64:45:0:0 chr3 66433676 . A G 3095.08 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0691;QD=63.8161;RBI=0.0817494;REFB=0;REVB=-0.076728;RO=0;SAF=88;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302531;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:194:0:0:192:194:1:104:88:0:0:104:90:0:0 chr3 66434643 . T C 3897.33 PASS AF=1;AO=250;DP=259;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564809;FXX=0.0153251;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.25;QD=60.6589;RBI=0.01806;REFB=-0.075882;REVB=0.0171541;RO=2;SAF=107;SAR=143;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00661968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563751;OID=.;OPOS=66434643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:259:257:2:0:250:257:1:143:107:0:2:149:108:0:0 chr3 67048761 . GT G,GC 1925.42 PASS AF=0.204545,0.787879;AO=28,98;DP=131;FAO=27,104;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=3,74;FSAR=24,30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.023397,0.0706154;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.8728,61.3021;QD=58.3462;RBI=0.042854,0.0777613;REFB=-0.065285,-0.0218157;REVB=0.0359033,0.0325619;RO=1;SAF=4,71;SAR=24,27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.102852,-0.00663451;STB=0.57137,0.503355;STBP=0.063,0.577;TYPE=del,snp;VARB=0.02115,-0.00586381;OID=.,.;OPOS=67048762,67048762;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.204545,0.787879:28,98:131:27,104:132:1:3,74:24,30:1:0:99:1:4,71:24,27:1:0 chr3 67048764 . G C 95.41 PASS AF=0.183206;AO=25;DP=130;FAO=24;FDP=131;FR=.;FRO=107;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=76;FSRR=31;FWDB=0.0567768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.6414;QD=2.9133;RBI=0.0622841;REFB=-0.0244083;REVB=-0.0256068;RO=105;SAF=3;SAR=22;SRF=74;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.674674;STB=0.941516;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0814756;OID=.;OPOS=67048764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:130:131:105:107:25:24:0.183206:22:3:74:31:22:2:76:31 chr3 67411180 . T C 79.72 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0412199;FXX=0.0259707;HRUN=8;LEN=1;MLLD=25.2076;QD=4.25164;RBI=0.0727367;REFB=-0.0313496;REVB=-0.0599295;RO=34;SAF=9;SAR=1;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370586;STB=0.827666;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0418922;OID=.;OPOS=67411180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:74:75:34:53:10:10:0.133333:1:9:24:10:1:9:32:21 chr3 68594319 . G A 221.72 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0184116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.085;QD=12.3179;RBI=0.0519464;REFB=-0.0139792;REVB=-0.048574;RO=43;SAF=14;SAR=13;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118199;STB=0.56517;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.025498;OID=.;OPOS=68594319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:45:27:27:0.375:13:14:27:16:13:14:28:17 chr3 69024687 . C CTT 91.17 PASS AF=0.318182;AO=17;DP=68;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0267217;FXX=0.0294074;HRUN=6;LEN=2;MLLD=19.9105;QD=5.52568;RBI=0.116625;REFB=0.0203138;REVB=-0.113522;RO=40;SAF=12;SAR=5;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424632;STB=0.53496;STBP=0.731;TYPE=ins;VARB=-0.0532874;OID=.;OPOS=69024688;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:17:68:21:66:45:13:8:30:15:91:40:12:5:27:13 chr3 69025458 . C T 363.09 PASS AF=0.290698;AO=50;DP=172;FAO=50;FDP=172;FR=.;FRO=122;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=0.0147947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.522;QD=8.44397;RBI=0.0191838;REFB=0.00328854;REVB=0.0122122;RO=121;SAF=25;SAR=25;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449331;STB=0.529058;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00807997;OID=.;OPOS=69025458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:121:122:50:50:0.290698:25:25:56:65:25:25:56:66 chr3 69036678 . G C 289.0 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0608339;FXX=0.0937354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1759;QD=19.9309;RBI=0.071063;REFB=-0.0119382;REVB=-0.0367312;RO=23;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154348;STB=0.569719;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0179497;OID=.;OPOS=69036678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:23:28:30:30:0.517241:21:9:11:12:21:9:12:16 chr3 69054341 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.269;QD=58.4197;RBI=0.0513633;REFB=0;REVB=-0.00900992;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31862e-05;OID=.;OPOS=69054341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr3 69096614 . G A 1973.68 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.741;QD=61.1995;RBI=0.0257709;REFB=0.128371;REVB=-0.0192134;RO=1;SAF=70;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812287;STB=0.504273;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000864908;OID=.;OPOS=69096614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:58:70:0:1:58:70:0:1 chr3 69230061 . G A 265.08 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00437826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.256;QD=34.2034;RBI=0.0621706;REFB=-0.0296581;REVB=-0.0620163;RO=8;SAF=15;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19493;STB=0.606841;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00668728;OID=.;OPOS=69230061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:8:15:2:6:8:15:2:6 chr3 69230801 . G A 616.43 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00265186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.669;QD=22.2136;RBI=0.032814;REFB=-0.0133079;REVB=0.0327067;RO=49;SAF=26;SAR=35;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194661;STB=0.50287;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0088607;OID=.;OPOS=69230801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:50:61:61:0.54955:35:26:21:28:35:26:21:29 chr3 69245454 . T C 1225.88 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.737;QD=61.2938;RBI=0.0196473;REFB=0;REVB=-0.0092479;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28507e-05;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:36:42:0:0:38:42:0:0 chr3 69246152 . A G 572.7 PASS AF=0.552083;AO=52;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0136331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4543;QD=23.8626;RBI=0.0186036;REFB=0.0105428;REVB=0.0126582;RO=43;SAF=19;SAR=33;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143922;STB=0.581876;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00801566;OID=.;OPOS=69246152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:43:52:53:0.552083:33:19:23:20:34:19:23:20 chr3 70016904 . C T 616.11 PASS AF=0.477273;AO=61;DP=129;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0114139;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.437;QD=18.6699;RBI=0.0116831;REFB=-0.0191439;REVB=-0.00249389;RO=67;SAF=21;SAR=40;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188286;STB=0.600961;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0136509;OID=.;OPOS=70016904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:67:69:61:63:0.477273:40:21:36:31:41:22:37:32 chr3 71823582 . C T 930.81 PASS AF=0.575342;AO=84;DP=146;FAO=84;FDP=146;FR=.;FRO=62;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.014297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.86;QD=25.5016;RBI=0.0192065;REFB=-0.0103274;REVB=0.0128252;RO=62;SAF=41;SAR=43;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158941;STB=0.50865;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00946604;OID=.;OPOS=71823582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:62:62:84:84:0.575342:43:41:29:33:43:41:29:33 chr3 72426901 . A G 6506.28 PASS AF=1;AO=413;DP=417;FAO=415;FDP=415;FR=.;FRO=0;FSAF=245;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13362;FXX=0.00717686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6986;QD=62.7111;RBI=0.15253;REFB=-0.115783;REVB=0.0735613;RO=2;SAF=243;SAR=170;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00083912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107103;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:417:415:2:0:413:415:1:170:243:1:1:170:245:0:0 chr3 72495777 . C G 923.37 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0162875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1708;QD=56.8229;RBI=0.0187786;REFB=-0.00268582;REVB=-0.00934645;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.506327;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.000101732;OID=.;OPOS=72495777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:25:39:0:0:25:39:1:0 chr3 72495945 . A G 632.99 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.406;QD=61.755;RBI=0.0823991;REFB=0;REVB=0.0245393;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170007;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:29:10:0:0:29:12:0:0 chr3 73024350 . C A 3431.8 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699085;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3672;QD=62.3963;RBI=0.0378721;REFB=0;REVB=-0.0372213;RO=0;SAF=124;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95916e-05;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:217:220:0:0:217:220:1:93:124:0:0:95:125:0:0 chr3 73433369 . G A 1163.25 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105367;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9443;QD=60.4285;RBI=0.117198;REFB=0;REVB=0.0513159;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159246;OID=.;OPOS=73433369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:75:77:1:45:30:0:0:46:31:0:0 chr3 73433494 . T C 630.73 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.085;QD=61.5341;RBI=0.0627114;REFB=0;REVB=0.0559478;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478376;OID=.;OPOS=73433494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:23:18:0:0 chr3 73453325 . C T 1636.19 PASS AF=0.990991;AO=108;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321758;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.893;QD=58.9617;RBI=0.054997;REFB=-0.0790983;REVB=0.0446025;RO=0;SAF=86;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502857;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000356777;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:108:110:0.990991:22:86:0:0:23:87:1:0 chr3 74215209 . T C 150.91 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00933815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1109;QD=20.1209;RBI=0.0311284;REFB=-0.014667;REVB=0.0296947;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129371;STB=0.594472;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0119732;OID=.;OPOS=74215209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:11:5:6:7:11:5:7:7 chr3 74349062 . T C 1679.34 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.202;QD=59.4456;RBI=0.0284298;REFB=0.0170109;REVB=0.0242792;RO=1;SAF=54;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871142;STB=0.504586;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-8.9385e-05;OID=.;OPOS=74349062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:58:54:1:0:58:54:1:0 chr3 74413676 . T C 560.56 PASS AF=0.593023;AO=50;DP=85;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0093662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.641;QD=26.0726;RBI=0.0199487;REFB=-0.0140056;REVB=-0.0176132;RO=35;SAF=20;SAR=30;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0134534;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:35:35:50:51:0.593023:30:20:14:21:30:21:14:21 chr3 75232044 . C T 503.73 PASS AF=0.490741;AO=52;DP=104;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.0433082;FXX=0.00917347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=124.592;QD=18.6568;RBI=0.0435297;REFB=-0.00586869;REVB=-0.00438598;RO=52;SAF=26;SAR=26;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156867;STB=0.58342;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00463382;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:52:55:52:53:0.490741:26:26:35:17:26:27:37:18 chr3 75475670 . A C 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00841311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.496;QD=11.0159;RBI=0.0211164;REFB=-0.00520893;REVB=-0.0193681;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296713;STB=0.664198;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00986341;OID=.;OPOS=75475670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:9:5:17:10:9:5:17:11 chr3 75475685 . A G 107.12 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00353536;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.623;QD=11.5803;RBI=0.0100842;REFB=0.0106997;REVB=0.00944419;RO=25;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306023;STB=0.694123;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0139877;OID=.;OPOS=75475685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:25:24:13:13:0.351351:10:3:12:13:10:3:12:12 chr3 75475749 . G A 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0229072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.302;QD=27.1541;RBI=0.0440542;REFB=0.00929907;REVB=0.0376303;RO=6;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194593;STB=0.607012;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00207461;OID=.;OPOS=75475749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:11:3:0:6:11:3:0:6 chr3 75476615 . C G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0253798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.11;QD=7.76204;RBI=0.0345699;REFB=0.0105545;REVB=-0.0234722;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144953;STB=0.592275;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.0205887;OID=.;OPOS=75476615;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:6:7:4:2:6:7 chr3 75679930 . A C 79.11 PASS AF=0.15;AO=15;DP=98;FAO=15;FDP=100;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.00676664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.461;QD=3.16459;RBI=0.0158;REFB=-0.000507568;REVB=-0.0142777;RO=83;SAF=10;SAR=5;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132114;STB=0.60126;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00383665;OID=.;OPOS=75679930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:98:100:83:85:15:15:0.15:5:10:47:36:5:10:47:38 chr3 75679938 . T C 70.66 PASS AF=0.133929;AO=15;DP=112;FAO=15;FDP=112;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.00204576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.553;QD=2.52342;RBI=0.0185127;REFB=0.000938212;REVB=-0.0183993;RO=95;SAF=10;SAR=5;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128304;STB=0.599863;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0158662;OID=.;OPOS=75679938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:112:112:95:97:15:15:0.133929:5:10:54:41:5:10:54:43 chr3 75679965 . C A 115.98 PASS AF=0.167939;AO=22;DP=131;FAO=22;FDP=131;FR=.;FRO=109;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=-0.0249313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.676;QD=3.5415;RBI=0.0364808;REFB=-0.00390216;REVB=-0.0266323;RO=108;SAF=13;SAR=9;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695899;STB=0.549637;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0309531;OID=.;OPOS=75679965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:108:109:22:22:0.167939:9:13:58:50:9:13:58:51 chr3 75679973 . A G 39.95 PASS AF=0.0851064;AO=12;DP=141;FAO=12;FDP=141;FR=.;FRO=129;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=64;FWDB=-0.0297558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.92;QD=1.13334;RBI=0.0298849;REFB=-0.00483079;REVB=0.00277469;RO=128;SAF=6;SAR=6;SRF=65;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00893884;STB=0.50354;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0481722;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:141:141:128:129:12:12:0.0851064:6:6:65:63:6:6:65:64 chr3 75679975 . C T 128.4 PASS AF=0.166667;AO=24;DP=144;FAO=24;FDP=144;FR=.;FRO=120;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=-0.0298463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.584;QD=3.5667;RBI=0.0380411;REFB=-0.00445997;REVB=-0.0235866;RO=120;SAF=13;SAR=11;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743384;STB=0.548514;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0212197;OID=.;OPOS=75679975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:120:120:24:24:0.166667:11:13:58:62:11:13:58:62 chr3 75679988 . A G 136.61 PASS AF=0.171233;AO=25;DP=146;FAO=25;FDP=146;FR=.;FRO=121;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=0.0407538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4325;QD=3.74263;RBI=0.041086;REFB=0.00549632;REVB=-0.00521427;RO=121;SAF=13;SAR=12;SRF=58;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518848;STB=0.533635;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0294257;OID=.;OPOS=75679988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:121:121:25:25:0.171233:12:13:58:63:12:13:58:63 chr3 75679997 . C T 127.35 PASS AF=0.167785;AO=22;DP=146;FAO=25;FDP=149;FR=.;FRO=124;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=0.001408;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8825;QD=3.41874;RBI=0.0492978;REFB=-0.000816677;REVB=0.0492777;RO=124;SAF=13;SAR=9;SRF=59;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145779;STB=0.5367;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00214797;OID=.;OPOS=75679997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:124:124:22:25:0.167785:9:13:59:65:12:13:59:65 chr3 75680010 . T C 35.43 PASS AF=0.075;AO=11;DP=159;FAO=12;FDP=160;FR=.;FRO=148;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=70;FSRR=78;FWDB=0.00211843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2465;QD=0.885684;RBI=0.014442;REFB=0.00904669;REVB=0.0142858;RO=148;SAF=4;SAR=7;SRF=70;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119106;STB=0.552543;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0526505;OID=.;OPOS=75680010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:159:160:148:148:11:12:0.075:7:4:70:78:7:5:70:78 chr3 75713564 . T C 753.79 PASS AF=0.377682;AO=87;DP=232;FAO=88;FDP=233;FR=.;FRO=145;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=84;FSRR=61;FWDB=-0.0132222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.687;QD=12.9405;RBI=0.0177385;REFB=-0.0182004;REVB=0.0118249;RO=139;SAF=44;SAR=43;SRF=78;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605375;STB=0.549345;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0205268;OID=.;OPOS=75713564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:233:139:145:87:88:0.377682:43:44:78:61:44:44:84:61 chr3 75714298 . A G 677.26 PASS AF=0.395;AO=77;DP=198;FAO=79;FDP=200;FR=.;FRO=121;FSAF=57;FSAR=22;FSRF=82;FSRR=39;FWDB=0.00537189;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.943;QD=13.5452;RBI=0.00672006;REFB=-0.00392551;REVB=-0.00403757;RO=120;SAF=56;SAR=21;SRF=81;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684853;STB=0.53205;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00686157;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:120:121:77:79:0.395:21:56:81:39:22:57:82:39 chr3 75714311 . G A 147.5 PASS AF=0.149038;AO=31;DP=207;FAO=31;FDP=208;FR=.;FRO=177;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=127;FSRR=50;FWDB=0.0131915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7624;QD=2.83654;RBI=0.051349;REFB=-0.00348026;REVB=-0.0496256;RO=164;SAF=22;SAR=9;SRF=119;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252091;STB=0.508142;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.012885;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:164:177:31:31:0.149038:9:22:119:45:9:22:127:50 chr3 75714337 . T G 1097.53 PASS AF=0.506912;AO=109;DP=216;FAO=110;FDP=217;FR=.;FRO=107;FSAF=75;FSAR=35;FSRF=80;FSRR=27;FWDB=-0.0109684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.345;QD=20.231;RBI=0.0152932;REFB=-0.0200761;REVB=0.0106573;RO=107;SAF=75;SAR=34;SRF=80;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644934;STB=0.538455;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0128112;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:107:107:109:110:0.506912:34:75:80:27:35:75:80:27 chr3 75714345 . G T 454.19 PASS AF=0.286364;AO=63;DP=222;FAO=63;FDP=220;FR=.;FRO=157;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=112;FSRR=45;FWDB=0.0123322;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4346;QD=8.25791;RBI=0.027836;REFB=-0.00976025;REVB=-0.0249552;RO=152;SAF=44;SAR=19;SRF=107;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079853;STB=0.512799;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0158606;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:220:152:157:63:63:0.286364:19:44:107:45:19:44:112:45 chr3 75714702 . A G 593.87 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.00243202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.38;QD=15.526;RBI=0.00450566;REFB=0.00411253;REVB=0.00379293;RO=86;SAF=36;SAR=30;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00107991;STB=0.502993;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00468466;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:86:87:66:66:0.431373:30:36:47:39:30:36:47:40 chr3 75714709 . G T 32.9 PASS AF=0.0705882;AO=12;DP=170;FAO=12;FDP=170;FR=.;FRO=158;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=85;FSRR=73;FWDB=-0.00213813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.342;QD=0.774014;RBI=0.0123395;REFB=0.000323024;REVB=-0.0121529;RO=154;SAF=7;SAR=5;SRF=82;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561362;STB=0.542672;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0224054;OID=.;OPOS=75714709;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:170:170:154:158:12:12:0.0705882:5:7:82:72:5:7:85:73 chr3 75714809 . C T 41.31 PASS AF=0.0648464;AO=17;DP=293;FAO=19;FDP=293;FR=.;FRO=274;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=134;FSRR=140;FWDB=0.005094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.995;QD=0.563991;RBI=0.0127277;REFB=-0.00538656;REVB=-0.0116639;RO=154;SAF=8;SAR=9;SRF=79;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050702;STB=0.514373;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0343848;OID=.;OPOS=75714809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:293:293:154:274:17:19:0.0648464:9:8:79:75:10:9:134:140 chr3 75714819 . G A 180.91 PASS AF=0.125;AO=45;DP=361;FAO=45;FDP=360;FR=.;FRO=315;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=155;FSRR=160;FWDB=-0.019358;FXX=0.00277001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.192;QD=2.01014;RBI=0.0382303;REFB=-0.00133949;REVB=-0.032967;RO=316;SAF=21;SAR=24;SRF=155;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302211;STB=0.522245;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.011739;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:360:316:315:45:45:0.125:24:21:155:161:24:21:155:160 chr3 75714825 . G A 1680.98 PASS AF=0.392857;AO=140;DP=366;FAO=143;FDP=364;FR=.,HEALED;FRO=181;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=95;FSRR=86;FWDB=0.012811;FXX=0.00546433;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3379;QD=18.4724;RBI=0.0443617;REFB=0.00852335;REVB=-0.0424716;RO=175;SAF=67;SAR=73;SRF=91;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415345;STB=0.531464;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000719399;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:364:175:181:140:143:0.392857:73:67:91:84:76:67:95:86 chr3 75714831 . G A 319.74 PASS AF=0.159806;AO=66;DP=409;FAO=66;FDP=413;FR=.;FRO=347;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=178;FSRR=169;FWDB=-0.0168362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.096;QD=3.09671;RBI=0.0222506;REFB=-0.00329873;REVB=0.0145475;RO=343;SAF=27;SAR=39;SRF=176;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134966;STB=0.587366;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0189004;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:413:343:347:66:66:0.159806:39:27:176:167:39:27:178:169 chr3 75714835 . C T 361.94 PASS AF=0.167442;AO=72;DP=430;FAO=72;FDP=430;FR=.;FRO=358;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=187;FSRR=171;FWDB=0.00492324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.032;QD=3.36684;RBI=0.00562589;REFB=-0.0049845;REVB=0.00272256;RO=358;SAF=30;SAR=42;SRF=187;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137003;STB=0.587824;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0279628;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:430:358:358:72:72:0.167442:42:30:187:171:42:30:187:171 chr3 75714840 . A G 2479.67 PASS AF=0.525612;AO=236;DP=448;FAO=236;FDP=449;FR=.;FRO=213;FSAF=111;FSAR=125;FSRF=112;FSRR=101;FWDB=0.00757498;FXX=0.00222217;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6566;QD=22.0906;RBI=0.0261482;REFB=-0.00547728;REVB=0.0250269;RO=212;SAF=111;SAR=125;SRF=112;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050351;STB=0.526328;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00539156;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:449:212:213:236:236:0.525612:125:111:112:100:125:111:112:101 chr3 75714843 . T A 1167.51 PASS AF=0.323974;AO=150;DP=460;FAO=150;FDP=463;FR=.;FRO=313;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=155;FSRR=158;FWDB=-0.0249053;FXX=0.00430098;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7638;QD=10.0865;RBI=0.0327968;REFB=0.000468448;REVB=0.021339;RO=305;SAF=74;SAR=76;SRF=151;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205067;STB=0.501267;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.000882192;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:460:463:305:313:150:150:0.323974:76:74:151:154:76:74:155:158 chr3 75714853 . G A 1344.66 PASS AF=0.323251;AO=171;DP=532;FAO=171;FDP=529;FR=.;FRO=358;FSAF=83;FSAR=88;FSRF=181;FSRR=177;FWDB=-0.0067557;FXX=0.00750455;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8242;QD=10.1675;RBI=0.029154;REFB=-0.0142883;REVB=-0.0283605;RO=354;SAF=83;SAR=88;SRF=178;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205607;STB=0.513674;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0319756;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:532:529:354:358:171:171:0.323251:88:83:178:176:88:83:181:177 chr3 75714898 . G A 1197.45 PASS AF=0.274194;AO=169;DP=617;FAO=170;FDP=620;FR=.;FRO=450;FSAF=80;FSAR=90;FSRF=239;FSRR=211;FWDB=-0.0228416;FXX=0.00161028;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3219;QD=7.72549;RBI=0.099961;REFB=-0.0103842;REVB=0.0973163;RO=448;SAF=80;SAR=89;SRF=238;SRR=210;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716953;STB=0.543848;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0288343;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:617:620:448:450:169:170:0.274194:89:80:238:210:90:80:239:211 chr3 75714917 . G A 961.45 PASS AF=0.256272;AO=140;DP=563;FAO=143;FDP=558;FR=.,HEALED;FRO=415;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=223;FSRR=192;FWDB=-0.0156592;FXX=0.0158727;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.221;QD=6.89213;RBI=0.0301716;REFB=-0.00348263;REVB=-0.0257899;RO=331;SAF=66;SAR=74;SRF=206;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182268;STB=0.540708;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.010937;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:563:558:331:415:140:143:0.256272:74:66:206:125:74:69:223:192 chr3 75714929 . G A 929.24 PASS AF=0.251799;AO=141;DP=557;FAO=140;FDP=556;FR=.;FRO=416;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=215;FSRR=201;FWDB=-0.0543737;FXX=0.0017953;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.7903;QD=6.6852;RBI=0.0546933;REFB=-0.0207135;REVB=-0.00590399;RO=415;SAF=68;SAR=73;SRF=214;SRR=201;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420474;STB=0.528601;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0516241;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:557:556:415:416:141:140:0.251799:73:68:214:201:73:67:215:201 chr3 75714950 . C A 741.21 PASS AF=0.232143;AO=116;DP=503;FAO=117;FDP=504;FR=.;FRO=387;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=189;FSRR=198;FWDB=0.0094437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.483;QD=5.88264;RBI=0.0121399;REFB=-0.00859835;REVB=0.00762845;RO=382;SAF=53;SAR=63;SRF=184;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317415;STB=0.520658;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0236935;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:503:504:382:387:116:117:0.232143:63:53:184:198:63:54:189:198 chr3 75714971 . C A 276.41 PASS AF=0.143519;AO=62;DP=433;FAO=62;FDP=432;FR=.;FRO=370;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=186;FSRR=184;FWDB=0.0108824;FXX=0.00230942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.66;QD=2.55938;RBI=0.0325326;REFB=-0.00377438;REVB=0.0306585;RO=371;SAF=28;SAR=34;SRF=187;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675514;STB=0.543783;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0152501;OID=.;OPOS=75714971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:433:432:371:370:62:62:0.143519:34:28:187:184:34:28:186:184 chr3 75714976 . C T 1134.15 PASS AF=0.341404;AO=141;DP=415;FAO=141;FDP=413;FR=.;FRO=272;FSAF=64;FSAR=77;FSRF=137;FSRR=135;FWDB=0.0303549;FXX=0.00721136;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.596;QD=10.9845;RBI=0.030547;REFB=-0.00218132;REVB=0.00342106;RO=273;SAF=64;SAR=77;SRF=138;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598457;STB=0.532858;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00329089;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:413:273:272:141:141:0.341404:77:64:138:135:77:64:137:135 chr3 75714980 . C A 512.58 PASS AF=0.2125;AO=85;DP=402;FAO=85;FDP=400;FR=.;FRO=315;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=160;FSRR=155;FWDB=0.0101427;FXX=0.004975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.733;QD=5.12577;RBI=0.0706599;REFB=-0.00133943;REVB=0.0699282;RO=303;SAF=38;SAR=47;SRF=154;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785931;STB=0.547981;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00266992;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:400:303:315:85:85:0.2125:47:38:154:149:47:38:160:155 chr3 75715118 . G A 258.54 PASS AF=0.236686;AO=38;DP=167;FAO=40;FDP=169;FR=.;FRO=129;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=64;FWDB=0.00669756;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.472;QD=6.11935;RBI=0.0092883;REFB=-0.00940735;REVB=0.00643547;RO=119;SAF=24;SAR=14;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192646;STB=0.574125;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0325213;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:119:129:38:40:0.236686:14:24:57:62:16:24:65:64 chr3 75715124 . C T 312.27 PASS AF=0.258427;AO=45;DP=173;FAO=46;FDP=178;FR=.;FRO=132;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=65;FSRR=67;FWDB=0.0552078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2577;QD=7.01727;RBI=0.0552125;REFB=-0.021933;REVB=-0.000724189;RO=128;SAF=27;SAR=18;SRF=61;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153573;STB=0.587036;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0647992;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:178:128:132:45:46:0.258427:18:27:61:67:18:28:65:67 chr3 75715173 . CT TG 334.88 PASS AF=0.246377;AO=51;DP=209;FAO=51;FDP=207;FR=.;FRO=156;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=75;FSRR=81;FWDB=-0.0243208;FXX=0.014285;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.359;QD=6.47107;RBI=0.025403;REFB=-0.0145282;REVB=-0.00733538;RO=155;SAF=31;SAR=20;SRF=75;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156351;STB=0.596229;STBP=0.125;TYPE=mnp;VARB=0.0399993;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:207:155:156:51:51:0.246377:20:31:75:80:20:31:75:81 chr3 75715181 . G A 354.59 PASS AF=0.254808;AO=53;DP=208;FAO=53;FDP=208;FR=.;FRO=155;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=72;FSRR=83;FWDB=-0.0128201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.194;QD=6.81902;RBI=0.034153;REFB=-0.00662062;REVB=0.0316555;RO=155;SAF=31;SAR=22;SRF=72;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15009;STB=0.589533;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0178177;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:155:155:53:53:0.254808:22:31:72:83:22:31:72:83 chr3 75779719 . T C 91.45 PASS AF=0.177778;AO=16;DP=90;FAO=16;FDP=90;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00906533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.92;QD=4.06423;RBI=0.0344735;REFB=0.00115145;REVB=0.0332602;RO=74;SAF=7;SAR=9;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788546;STB=0.551467;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0261042;OID=.;OPOS=75779719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:90:90:74:74:16:16:0.177778:9:7:37:37:9:7:37:37 chr3 75779724 . T C 182.53 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=93;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0409106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.697;QD=7.85055;RBI=0.0505425;REFB=-0.0139925;REVB=0.0296794;RO=68;SAF=12;SAR=13;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600851;STB=0.536054;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0277061;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:68:68:25:25:0.268817:13:12:36:32:13:12:36:32 chr3 75779727 . A G 192.82 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.0793701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0692;QD=8.11875;RBI=0.0840601;REFB=0.00309877;REVB=-0.0276853;RO=67;SAF=13;SAR=13;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270267;STB=0.526296;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00771355;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:67:69:26:26:0.273684:13:13:35:32:13:13:37:32 chr3 75779769 . C G 224.05 PASS AF=0.294118;AO=30;DP=100;FAO=30;FDP=102;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0244379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.783;QD=8.78617;RBI=0.0244975;REFB=-0.00760881;REVB=0.00170651;RO=70;SAF=15;SAR=15;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679447;STB=0.529392;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0177655;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:70:72:30:30:0.294118:15:15:31:39:15:15:33:39 chr3 75779777 . TA T 53.53 PASS AF=0.218391;AO=21;DP=95;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0120043;FXX=0.0842017;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.2386;QD=2.46135;RBI=0.181204;REFB=-0.000808703;REVB=0.180806;RO=59;SAF=11;SAR=10;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=0.0804447;STB=0.62844;STBP=0.236;TYPE=del;VARB=-0.00235269;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.218391:21:95:19:87:68:11:8:28:40:53:59:11:10:27:32 chr3 75781222 . C T 91.17 PASS AF=0.163462;AO=16;DP=103;FAO=17;FDP=104;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=56;FWDB=0.0805979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.101;QD=3.50665;RBI=0.119159;REFB=-0.00231809;REVB=0.0877653;RO=87;SAF=10;SAR=6;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328885;STB=0.68682;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0200737;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:103:104:87:87:16:17:0.163462:6:10:31:56:7:10:31:56 chr3 75781243 . T C 77.42 PASS AF=0.141593;AO=16;DP=113;FAO=16;FDP=113;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=-0.0466128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6946;QD=2.74052;RBI=0.0491906;REFB=-0.00702311;REVB=0.0157149;RO=97;SAF=10;SAR=6;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285815;STB=0.692737;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0190937;OID=.;OPOS=75781243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:113:113:97:97:16:16:0.141593:6:10:38:59:6:10:38:59 chr3 75781257 . T C 73.46 PASS AF=0.138889;AO=15;DP=108;FAO=15;FDP=108;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.076373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.612;QD=2.72057;RBI=0.0765927;REFB=0.00498789;REVB=0.00579733;RO=92;SAF=9;SAR=6;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230111;STB=0.660445;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0208585;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:108:108:92:93:15:15:0.138889:6:9:38:54:6:9:38:55 chr3 75781263 . T C 69.29 PASS AF=0.135922;AO=14;DP=103;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=0.0221692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4901;QD=2.69106;RBI=0.0340745;REFB=0.00470771;REVB=-0.0258766;RO=89;SAF=8;SAR=6;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2329;STB=0.659245;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0365841;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:103:103:89:89:14:14:0.135922:6:8:34:55:6:8:34:55 chr3 75786031 . A C 123.2 PASS AF=0.136364;AO=27;DP=200;FAO=27;FDP=198;FR=.;FRO=171;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=80;FSRR=91;FWDB=0.00809707;FXX=0.0099995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5384;QD=2.48891;RBI=0.0641158;REFB=0.007172;REVB=0.0636024;RO=168;SAF=16;SAR=11;SRF=79;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154664;STB=0.607064;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0535539;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:198:168:171:27:27:0.136364:11:16:79:89:11:16:80:91 chr3 75786035 . GAAAAAAG GCAAAAAG,GGAAAAAA 302.34 PASS AF=0.168421,0.126316;AO=20,8;DP=207;FAO=32,24;FDP=190;FR=.,HEALED;FRO=134;FSAF=17,7;FSAR=15,17;FSRF=64;FSRR=70;FWDB=-0.0167067,0.00140594;FXX=0.0865343;HRUN=6,6;LEN=1,7;MLLD=136.744,203.008;QD=6.36504;RBI=0.0250799,0.00916758;REFB=-0.0159642,-0.00525489;REVB=-0.0187053,-0.00905913;RO=94;SAF=13,4;SAR=7,4;SRF=43;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.243341,0.0467729;STB=0.543206,0.664506;STBP=0.615,0.109;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0483522,0.0311167;OID=.,.;OPOS=75786036,75786036;OREF=A,AAAAAAG;OALT=C,GAAAAAA;OMAPALT=GCAAAAAG,GGAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.168421,0.126316:20,8:207:32,24:190:134:17,7:15,17:64:70:99:94:13,4:7,4:43:51 chr3 75786059 . CA TG 391.1 PASS AF=0.225806;AO=62;DP=281;FAO=63;FDP=279;FR=.;FRO=216;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=97;FSRR=119;FWDB=0.0136397;FXX=0.00711718;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.928;QD=5.60711;RBI=0.0142552;REFB=-0.00100078;REVB=-0.00414349;RO=216;SAF=34;SAR=28;SRF=97;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126301;STB=0.569789;STBP=0.23;TYPE=mnp;VARB=0.00416374;OID=.;OPOS=75786059;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:279:216:216:62:63:0.225806:28:34:97:119:29:34:97:119 chr3 75786073 . C G 294.01 PASS AF=0.177215;AO=55;DP=316;FAO=56;FDP=316;FR=.;FRO=260;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=124;FSRR=136;FWDB=0.0436786;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0092;QD=3.72161;RBI=0.0443382;REFB=0.00876468;REVB=0.00761965;RO=259;SAF=22;SAR=33;SRF=123;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982597;STB=0.570287;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0437183;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:259:260:55:56:0.177215:33:22:123:136:34:22:124:136 chr3 75786080 . G A 717.48 PASS AF=0.348;AO=87;DP=329;FAO=87;FDP=250;FR=.;FRO=163;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=71;FSRR=92;FWDB=-0.0154865;FXX=0.240114;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.456;QD=11.4796;RBI=0.0238302;REFB=-0.00531075;REVB=-0.018112;RO=162;SAF=47;SAR=40;SRF=71;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116036;STB=0.567908;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00876915;OID=.;OPOS=75786080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:250:162:163:87:87:0.348:40:47:71:91:40:47:71:92 chr3 75786175 . C A 168.88 PASS AF=0.160377;AO=34;DP=214;FAO=34;FDP=212;FR=.;FRO=178;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=77;FSRR=101;FWDB=-0.0349197;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0798;QD=3.18638;RBI=0.0351514;REFB=-0.00327969;REVB=-0.004029;RO=177;SAF=8;SAR=26;SRF=76;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274651;STB=0.684942;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0450881;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:212:177:178:34:34:0.160377:26:8:76:101:26:8:77:101 chr3 75786202 . TG CA 97.4 PASS AF=0.131737;AO=22;DP=167;FAO=22;FDP=167;FR=.;FRO=145;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=82;FWDB=0.00322035;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=2;MLLD=296.105;QD=2.33285;RBI=0.0130904;REFB=0.000860068;REVB=0.0126881;RO=144;SAF=7;SAR=15;SRF=63;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157559;STB=0.607187;STBP=0.302;TYPE=mnp;VARB=-0.00646745;OID=.;OPOS=75786202;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:167:167:144:145:22:22:0.131737:15:7:63:81:15:7:63:82 chr3 75786221 . G A 70.27 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=122;FAO=16;FDP=124;FR=.;FRO=108;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=0.00431316;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.283;QD=2.26684;RBI=0.0143741;REFB=-0.00234163;REVB=0.0137117;RO=109;SAF=3;SAR=9;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239057;STB=0.676756;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0186807;OID=.;OPOS=75786221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:122:124:109:108:12:16:0.129032:9:3:48:61:12:4:47:61 chr3 75786225 . G A 489.14 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=119;FAO=56;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=0.0200301;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8059;QD=16.8668;RBI=0.0210081;REFB=-0.00111825;REVB=-0.00633524;RO=58;SAF=23;SAR=19;SRF=15;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293281;STB=0.670994;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0349191;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:116:58:60:42:56:0.482759:19:23:15:43:22:34:16:44 chr3 75786230 . C T 95.74 PASS AF=0.159292;AO=17;DP=110;FAO=18;FDP=113;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.0193463;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0174;QD=3.38903;RBI=0.0316055;REFB=-0.0283877;REVB=-0.0249925;RO=92;SAF=4;SAR=13;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32262;STB=0.727969;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0377707;OID=.;OPOS=75786230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:110:113:92:95:17:18:0.159292:13:4:44:48:14:4:45:50 chr3 75786261 . C T 277.45 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0304595;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.171;QD=15.854;RBI=0.0311637;REFB=-0.0169744;REVB=-0.0065877;RO=39;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271588;STB=0.652707;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0236962;OID=.;OPOS=75786261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:39:31:31:0.442857:12:19:13:26:12:19:13:26 chr3 75786278 . A C 204.19 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0153313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.903;QD=12.5652;RBI=0.0203507;REFB=-0.00345039;REVB=-0.0133829;RO=40;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170654;STB=0.607276;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00970857;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:40:40:24:25:0.384615:10:14:17:23:10:15:17:23 chr3 75786288 . A G 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0156311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.954;QD=9.41575;RBI=0.0162157;REFB=0.00331591;REVB=0.00431474;RO=39;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997991;STB=0.505922;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0069548;OID=.;OPOS=75786288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:10:8:17:22:10:8:17:22 chr3 75786298 . T C 88.95 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00696989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6671;QD=7.1158;RBI=0.0348091;REFB=-0.00535023;REVB=-0.0341042;RO=38;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.030777;OID=.;OPOS=75786298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:6:6:19:19:6:6:19:19 chr3 75786355 . T A 49.72 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0175312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.133;QD=2.13845;RBI=0.026983;REFB=-8.43245e-05;REVB=-0.020512;RO=82;SAF=7;SAR=4;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137614;STB=0.600613;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-3.00284e-05;OID=.;OPOS=75786355;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:82:82:11:11:0.11828:4:7:43:39:4:7:43:39 chr3 75786381 . T C 558.7 PASS AF=0.543689;AO=55;DP=101;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.014613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.19;QD=21.6969;RBI=0.0172183;REFB=-0.012175;REVB=-0.0091066;RO=46;SAF=30;SAR=25;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348453;STB=0.517813;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0114721;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:46:47:55:56:0.543689:25:30:27:19:26:30:27:20 chr3 75786385 . C G 52.57 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=104;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=-0.00724339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.408;QD=1.98394;RBI=0.0509772;REFB=-0.0049049;REVB=0.05046;RO=90;SAF=6;SAR=6;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540445;STB=0.556511;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0300166;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:104:106:90:94:12:12:0.113208:6:6:49:41:6:6:53:41 chr3 75786403 . A T 42.43 PASS AF=0.0930233;AO=11;DP=128;FAO=12;FDP=129;FR=.;FRO=117;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=64;FSRR=53;FWDB=0.0045469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.912;QD=1.31563;RBI=0.0118647;REFB=-0.00558656;REVB=-0.0109589;RO=116;SAF=6;SAR=5;SRF=64;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072338;STB=0.533452;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0356591;OID=.;OPOS=75786403;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:128:129:116:117:11:12:0.0930233:5:6:64:52:5:7:64:53 chr3 75786415 . C T 39.04 PASS AF=0.0827586;AO=12;DP=144;FAO=12;FDP=145;FR=.;FRO=133;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=72;FSRR=61;FWDB=-0.00091176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.609;QD=1.07703;RBI=0.0422892;REFB=-0.00238522;REVB=-0.0422794;RO=132;SAF=7;SAR=5;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436355;STB=0.539024;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0366479;OID=.;OPOS=75786415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:144:145:132:133:12:12:0.0827586:5:7:72:60:5:7:72:61 chr3 75786417 . T C 41.0 PASS AF=0.0884354;AO=13;DP=147;FAO=13;FDP=147;FR=.;FRO=134;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=73;FSRR=61;FWDB=0.00636983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.356;QD=1.11557;RBI=0.0478576;REFB=-0.00115818;REVB=-0.0474318;RO=132;SAF=7;SAR=6;SRF=73;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170501;STB=0.505787;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0393035;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:147:147:132:134:13:13:0.0884354:6:7:73:59:6:7:73:61 chr3 75786438 . G A 49.48 PASS AF=0.09375;AO=14;DP=160;FAO=15;FDP=160;FR=.;FRO=145;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=79;FSRR=66;FWDB=-0.0011671;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.554;QD=1.237;RBI=0.0387458;REFB=0.000216198;REVB=-0.0387282;RO=141;SAF=7;SAR=7;SRF=77;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538447;STB=0.570388;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00168574;OID=.;OPOS=75786438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:160:160:141:145:14:15:0.09375:7:7:77:64:8:7:79:66 chr3 75786440 . C T 705.36 PASS AF=0.466258;AO=74;DP=158;FAO=76;FDP=163;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.00622998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6762;QD=17.3093;RBI=0.0203143;REFB=-0.0159099;REVB=-0.0193355;RO=84;SAF=41;SAR=33;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407124;STB=0.519019;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0168499;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:163:84:87:74:76:0.466258:33:41:43:41:34:42:45:42 chr3 75786450 . G A 74.85 PASS AF=0.112426;AO=19;DP=168;FAO=19;FDP=169;FR=.;FRO=150;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=78;FSRR=72;FWDB=-0.0287119;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.089;QD=1.77167;RBI=0.0291706;REFB=-0.00234726;REVB=-0.00515266;RO=149;SAF=8;SAR=11;SRF=78;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125447;STB=0.587486;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0147123;OID=.;OPOS=75786450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:168:169:149:150:19:19:0.112426:11:8:78:71:11:8:78:72 chr3 75786453 . C T 145.73 PASS AF=0.169697;AO=28;DP=165;FAO=28;FDP=165;FR=.;FRO=137;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=68;FSRR=69;FWDB=-0.0162741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.932;QD=3.5328;RBI=0.0362392;REFB=-0.00485733;REVB=-0.0323795;RO=136;SAF=15;SAR=13;SRF=68;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457574;STB=0.532675;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0126504;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:136:137:28:28:0.169697:13:15:68:68:13:15:68:69 chr3 75786499 . CA CG,TG 178.36 PASS AF=0.172414,0.0413793;AO=24,6;DP=145;FAO=25,6;FDP=145;FR=.;FRO=114;FSAF=11,4;FSAR=14,2;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=-0.0185961,-0.0149418;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=173.317,239.483;QD=4.92032;RBI=0.0224883,0.0287926;REFB=-0.00658662,-0.00407712;REVB=-0.0126455,-0.0246122;RO=113;SAF=11,4;SAR=13,2;SRF=54;SRR=59;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0250215,0.175333;STB=0.52782,0.680723;STBP=0.804,0.383;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0458745,0.0375547;OID=.,.;OPOS=75786500,75786499;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:113:114:24,6:25,6:0.172414,0.0413793:13,2:11,4:54:59:14,2:11,4:54:60 chr3 75786506 . T C 103.95 PASS AF=0.147887;AO=21;DP=131;FAO=21;FDP=142;FR=.;FRO=121;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=0.0101163;FXX=0.0138879;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.455;QD=2.92826;RBI=0.0157726;REFB=0.00264361;REVB=-0.012101;RO=110;SAF=8;SAR=13;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207563;STB=0.612275;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00806849;OID=.;OPOS=75786506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:142:110:121:21:21:0.147887:13:8:60:50:13:8:62:59 chr3 75786515 . GG AG,AT 185.76 PASS AF=0.165517,0.0551724;AO=24,8;DP=145;FAO=24,8;FDP=145;FR=.;FRO=113;FSAF=11,5;FSAR=13,3;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=-0.00212749,-0.00337944;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=184.944,194.739;QD=5.12432;RBI=0.00227685,0.00747158;REFB=-0.0089995,-0.00678772;REVB=0.000811061,-0.00666362;RO=113;SAF=11,5;SAR=13,3;SRF=58;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0700381,0.117393;STB=0.545251,0.605163;STBP=0.651,0.544;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0104388,0.0207677;OID=.,.;OPOS=75786515,75786515;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:113:113:24,8:24,8:0.165517,0.0551724:13,3:11,5:58:55:13,3:11,5:58:55 chr3 75786533 . T G 148.12 PASS AF=0.185714;AO=26;DP=140;FAO=26;FDP=140;FR=.;FRO=114;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=-0.000902696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.839;QD=4.23205;RBI=0.00943483;REFB=0.00170421;REVB=0.00939155;RO=114;SAF=12;SAR=14;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491281;STB=0.531329;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00503391;OID=.;OPOS=75786533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:114:114:26:26:0.185714:14:12:57:57:14:12:57:57 chr3 75786555 . C CTG 190.31 PASS AF=0.234848;AO=27;DP=136;FAO=31;FDP=132;FR=.;FRO=101;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=0.00499372;FXX=0.00751823;HRUN=0;LEN=2;MLLD=239.735;QD=5.76699;RBI=0.019357;REFB=-0.00182332;REVB=0.0187018;RO=104;SAF=16;SAR=11;SRF=45;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201136;STB=0.592964;STBP=0.258;TYPE=ins;VARB=0.0025489;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234848:27:136:31:132:101:17:14:43:58:99:104:16:11:45:59 chr3 75786572 . T C 175.48 PASS AF=0.225806;AO=28;DP=124;FAO=28;FDP=124;FR=.;FRO=96;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=0.0168663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.483;QD=5.66059;RBI=0.0168964;REFB=0.000176734;REVB=-0.00100791;RO=93;SAF=16;SAR=12;SRF=34;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25445;STB=0.648548;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.000869893;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:93:96:28:28:0.225806:12:16:34:59:12:16:36:60 chr3 75786597 . C T 137.55 PASS AF=0.21875;AO=21;DP=96;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.00528508;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.459;QD=5.73104;RBI=0.00912663;REFB=-0.00532699;REVB=-0.00744065;RO=75;SAF=11;SAR=10;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154995;STB=0.59597;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.02937;OID=.;OPOS=75786597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:75:75:21:21:0.21875:10:11:30:45:10:11:30:45 chr3 75786607 . C T 147.99 PASS AF=0.229167;AO=22;DP=96;FAO=22;FDP=96;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0157341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.945;QD=6.16628;RBI=0.0279678;REFB=3.71094e-05;REVB=-0.0231222;RO=74;SAF=11;SAR=11;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845054;STB=0.552037;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.000666338;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:74:74:22:22:0.229167:11:11:32:42:11:11:32:42 chr3 75786610 . T G 86.73 PASS AF=0.172414;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.030912;FXX=0.0937402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6116;QD=3.98755;RBI=0.0425521;REFB=-0.00248955;REVB=0.0292425;RO=73;SAF=7;SAR=8;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184783;STB=0.506925;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0159289;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:96:87:73:72:15:15:0.172414:8:7:33:40:8:7:33:39 chr3 75786618 . CT AC,CC 125.09 PASS AF=0.16129,0.0645161;AO=14,6;DP=93;FAO=15,6;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=7,4;FSAR=8,2;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00518017,-0.0130366;FXX=0.0106372;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=183.24,180.985;QD=5.38023;RBI=0.0160921,0.016165;REFB=0.00442812,0.0035419;REVB=0.0152356,0.00955788;RO=69;SAF=6,4;SAR=8,2;SRF=33;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0627089,0.203087;STB=0.504609,0.67738;STBP=0.963,0.41;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0146791,-0.00316014;OID=.,.;OPOS=75786618,75786619;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:93:93:69:72:14,6:15,6:0.16129,0.0645161:8,2:6,4:33:36:8,2:7,4:34:38 chr3 75786628 . G C 310.05 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00788301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.372;QD=13.78;RBI=0.00792238;REFB=0.00025215;REVB=-0.000788828;RO=54;SAF=19;SAR=16;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457933;STB=0.531788;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000350614;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:55:35:35:0.388889:16:19:27:27:16:19:27:28 chr3 75786662 . A T 30.19 PASS AF=0.0782609;AO=9;DP=117;FAO=9;FDP=115;FR=.;FRO=106;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=0.0208855;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.234;QD=1.05007;RBI=0.0318905;REFB=-0.00150716;REVB=-0.0240997;RO=107;SAF=4;SAR=5;SRF=47;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00579457;STB=0.507795;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0339132;OID=.;OPOS=75786662;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:117:115:107:106:9:9:0.0782609:5:4:47:60:5:4:48:58 chr3 75786681 . G A 233.12 PASS AF=0.282051;AO=33;DP=115;FAO=33;FDP=117;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.0105697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.846;QD=7.97003;RBI=0.0106713;REFB=0.0018913;REVB=0.00146913;RO=82;SAF=11;SAR=22;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105216;STB=0.573125;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00363761;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:82:84:33:33:0.282051:22:11:34:48:22:11:36:48 chr3 75786737 . A T 49.48 PASS AF=0.112245;AO=11;DP=102;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.012999;FXX=0.048539;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.167;QD=2.01971;RBI=0.0151026;REFB=-0.00201822;REVB=-0.00768844;RO=84;SAF=1;SAR=10;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489857;STB=0.872591;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0180932;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:102:98:84:87:11:11:0.112245:10:1:38:46:10:1:39:48 chr3 75786740 . CA GG 124.26 PASS AF=0.2;AO=20;DP=101;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.0126042;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.716;QD=4.97037;RBI=0.0178499;REFB=0.00259522;REVB=0.0126393;RO=79;SAF=8;SAR=12;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231181;STB=0.510363;STBP=0.928;TYPE=mnp;VARB=-0.00816531;OID=.;OPOS=75786740;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:79:80:20:20:0.2:12:8:33:46:12:8:33:47 chr3 75786748 . C T 80.31 PASS AF=0.158416;AO=16;DP=101;FAO=16;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0245488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6894;QD=3.18067;RBI=0.0596298;REFB=-0.0104843;REVB=-0.0543421;RO=85;SAF=3;SAR=13;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37344;STB=0.75484;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0521862;OID=.;OPOS=75786748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:101:101:85:85:16:16:0.158416:13:3:39:46:13:3:39:46 chr3 75786753 . C T 788.28 PASS AF=0.66;AO=65;DP=99;FAO=66;FDP=100;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00558564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.963;QD=31.5311;RBI=0.016265;REFB=0.000373264;REVB=-0.0152758;RO=33;SAF=31;SAR=34;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901437;STB=0.555066;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00013704;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:33:34:65:66:0.66:34:31:11:22:34:32:11:23 chr3 75786754 . G T 87.83 PASS AF=0.16;AO=16;DP=100;FAO=16;FDP=100;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.018886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3021;QD=3.51309;RBI=0.0216136;REFB=-0.0071003;REVB=-0.0105103;RO=83;SAF=7;SAR=9;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00481983;STB=0.507624;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.021382;OID=.;OPOS=75786754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:100:100:83:84:16:16:0.16:9:7:36:47:9:7:36:48 chr3 75786759 . T C 87.36 PASS AF=0.158416;AO=16;DP=101;FAO=16;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.0112757;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.638;QD=3.45996;RBI=0.0154075;REFB=-0.0003643;REVB=-0.0104999;RO=77;SAF=7;SAR=9;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114502;STB=0.522096;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0016694;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:101:101:77:85:16:16:0.158416:9:7:33:44:9:7:35:50 chr3 75786764 . C CT 35.18 PASS AF=0.152174;AO=12;DP=95;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.0354154;FXX=0.0212743;HRUN=0;LEN=1;MLLD=166.216;QD=1.52974;RBI=0.035552;REFB=0.000881901;REVB=0.0031129;RO=80;SAF=6;SAR=6;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123919;STB=0.597692;STBP=0.44;TYPE=ins;VARB=-0.0132829;OID=.;OPOS=75786765;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152174:12:95:14:92:78:7:7:30:48:35:80:6:6:32:48 chr3 75786784 . T C 74.94 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=90;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.001862;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.031;QD=3.36827;RBI=0.0141275;REFB=-0.0039153;REVB=-0.0140043;RO=74;SAF=7;SAR=7;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10198;STB=0.572932;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0139846;OID=.;OPOS=75786784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:90:89:74:75:14:14:0.157303:7:7:31:43:7:7:31:44 chr3 75786817 . CACATTCATT AACATTCATT,C 200.36 PASS AF=0.0144928,0.333333;AO=7,19;DP=94;FAO=1,23;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=0,14;FSAR=1,9;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00791781,0.000804303;FXX=0.281221;HRUN=2,1;LEN=1,9;MLLD=42.8602,241.701;QD=11.6152;RBI=0.0251792,0.00121508;REFB=0.00624576,-0.00258031;REVB=0.0239019,0.00091078;RO=54;SAF=1,12;SAR=6,7;SRF=28;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.451106,0.140578;STB=0.988099,0.636247;STBP=0.479,0.12;TYPE=snp,del;VARB=0.0525168,0.00513715;OID=.,.;OPOS=75786817,75786818;OREF=C,ACATTCATT;OALT=A,-;OMAPALT=AACATTCATT,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:94:69:54:45:7,19:1,23:0.0144928,0.333333:6,7:1,12:28:26:1,9:0,14:18:27 chr3 75786827 . A T 227.8 PASS AF=0.280702;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.00621541;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.34;QD=7.99299;RBI=0.0062254;REFB=-0.0136904;REVB=0.000352627;RO=82;SAF=19;SAR=13;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157914;STB=0.593691;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0315481;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:82:82:32:32:0.280702:13:19:38:44:13:19:38:44 chr3 75786832 . C T 568.69 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00982107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.04;QD=18.7997;RBI=0.0104389;REFB=-0.00936102;REVB=-0.00353793;RO=62;SAF=32;SAR=27;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393565;STB=0.521781;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00750336;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:62:59:59:0.487603:27:32:31:31:27:32:31:31 chr3 75786833 . G A 228.48 PASS AF=0.270492;AO=33;DP=122;FAO=33;FDP=122;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.00231512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.315;QD=7.49103;RBI=0.00496014;REFB=-0.0108086;REVB=0.00438671;RO=89;SAF=14;SAR=19;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153908;STB=0.59164;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0143306;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:89:89:33:33:0.270492:19:14:49:40:19:14:49:40 chr3 75786845 . T C 750.81 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=125;FAO=72;FDP=132;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00563166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.712;QD=22.7518;RBI=0.0258209;REFB=-0.0233212;REVB=0.0251993;RO=57;SAF=35;SAR=31;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115051;STB=0.510201;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0195454;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:132:57:60:66:72:0.545455:31:35:31:26:32:40:32:28 chr3 75786866 . G T 424.55 PASS AF=0.339623;AO=53;DP=159;FAO=54;FDP=159;FR=.;FRO=105;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=-0.00725665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.361;QD=10.6806;RBI=0.0269125;REFB=-0.0235443;REVB=-0.0259157;RO=104;SAF=33;SAR=20;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208023;STB=0.620742;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0378697;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:104:105:53:54:0.339623:20:33:46:58:20:34:47:58 chr3 75786888 . C T 251.89 PASS AF=0.228571;AO=40;DP=175;FAO=40;FDP=175;FR=.;FRO=135;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=72;FSRR=63;FWDB=0.0164675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.238;QD=5.75747;RBI=0.034529;REFB=0.000879477;REVB=-0.0303492;RO=135;SAF=17;SAR=23;SRF=72;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136798;STB=0.583316;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00194713;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:135:135:40:40:0.228571:23:17:72:63:23:17:72:63 chr3 75786892 . A C 432.39 PASS AF=0.318182;AO=56;DP=177;FAO=56;FDP=176;FR=.;FRO=120;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=63;FWDB=0.00597584;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.882;QD=9.82703;RBI=0.00869331;REFB=0.00224766;REVB=-0.00631372;RO=119;SAF=36;SAR=20;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205236;STB=0.616295;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00311504;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:119:120:56:56:0.318182:20:36:56:63:20:36:57:63 chr3 75786899 . T C 811.72 PASS AF=0.364706;AO=57;DP=171;FAO=62;FDP=170;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.145974;FXX=0.00584761;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.6712;QD=19.0994;RBI=0.170322;REFB=0.0242529;REVB=-0.0877572;RO=56;SAF=35;SAR=22;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120908;STB=0.586221;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0199356;OID=.;OPOS=75786899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:56:72:57:62:0.364706:22:35:27:29:23:39:34:38 chr3 75786910 . T C 246.9 PASS AF=0.203883;AO=42;DP=206;FAO=42;FDP=206;FR=.;FRO=164;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=83;FSRR=81;FWDB=-0.0169496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6525;QD=4.79408;RBI=0.0204067;REFB=0.000408059;REVB=0.0113641;RO=162;SAF=26;SAR=16;SRF=83;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138589;STB=0.591142;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00247009;OID=.;OPOS=75786910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:162:164:42:42:0.203883:16:26:83:79:16:26:83:81 chr3 75786916 . C A 594.98 PASS AF=0.350711;AO=73;DP=210;FAO=74;FDP=211;FR=.;FRO=137;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=64;FSRR=73;FWDB=-0.0156635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.408;QD=11.2792;RBI=0.025622;REFB=-0.00735133;REVB=-0.0202767;RO=135;SAF=47;SAR=26;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204667;STB=0.610597;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0200004;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:135:137:73:74:0.350711:26:47:63:72:27:47:64:73 chr3 75786919 . A T 589.32 PASS AF=0.347619;AO=73;DP=210;FAO=73;FDP=210;FR=.;FRO=137;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=64;FSRR=73;FWDB=-0.00652028;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.796;QD=11.2251;RBI=0.018817;REFB=-0.00253604;REVB=-0.0176513;RO=131;SAF=47;SAR=26;SRF=62;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195951;STB=0.617158;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0051;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:131:137:73:73:0.347619:26:47:62:69:26:47:64:73 chr3 75786942 . C A 267.39 PASS AF=0.211268;AO=44;DP=213;FAO=45;FDP=213;FR=.;FRO=168;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=83;FSRR=85;FWDB=-0.0630497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7332;QD=5.02144;RBI=0.0639631;REFB=-0.0142585;REVB=0.0107709;RO=167;SAF=18;SAR=26;SRF=83;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113288;STB=0.557;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0463905;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:167:168:44:45:0.211268:26:18:83:84:26:19:83:85 chr3 75786993 . T A 99.39 PASS AF=0.12;AO=24;DP=200;FAO=24;FDP=200;FR=.;FRO=176;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=78;FSRR=98;FWDB=0.0433141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1892;QD=1.98781;RBI=0.0697216;REFB=0.00106122;REVB=0.0546351;RO=176;SAF=16;SAR=8;SRF=78;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274784;STB=0.692654;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00537628;OID=.;OPOS=75786993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:176:176:24:24:0.12:8:16:78:98:8:16:78:98 chr3 75787015 . C T 517.49 PASS AF=0.353933;AO=63;DP=178;FAO=63;FDP=178;FR=.;FRO=115;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=64;FWDB=-0.0199397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.752;QD=11.629;RBI=0.0199477;REFB=-0.00661842;REVB=-0.000564632;RO=115;SAF=28;SAR=35;SRF=51;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00110761;STB=0.500632;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0109525;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:115:115:63:63:0.353933:35:28:51:64:35:28:51:64 chr3 75787043 . G A 275.66 PASS AF=0.257862;AO=42;DP=159;FAO=41;FDP=159;FR=.;FRO=118;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=0.00957233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.691;QD=6.9349;RBI=0.0265953;REFB=0.000797783;REVB=0.0248129;RO=116;SAF=16;SAR=26;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169431;STB=0.59464;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00210103;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:116:118:42:41:0.257862:26:16:60:56:25:16:61:57 chr3 75787047 . G GACTTATA 132.89 PASS AF=0.181818;AO=21;DP=156;FAO=24;FDP=132;FR=.;FRO=108;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=-0.0151944;FXX=0.137246;HRUN=1;LEN=7;MLLD=276.352;QD=4.02702;RBI=0.0170586;REFB=-0.00246588;REVB=0.00775392;RO=131;SAF=4;SAR=17;SRF=73;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45946;STB=0.74407;STBP=0.014;TYPE=ins;VARB=0.0105842;OID=.;OPOS=75787048;OREF=-;OALT=ACTTATA;OMAPALT=GACTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:21:156:24:132:108:6:18:59:49:99:131:4:17:73:58 chr3 75787049 . C A 81.29 PASS AF=0.121019;AO=19;DP=157;FAO=19;FDP=157;FR=.;FRO=138;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=66;FSRR=72;FWDB=-0.00368141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.568;QD=2.07101;RBI=0.00465115;REFB=-0.00659925;REVB=0.00284261;RO=136;SAF=12;SAR=7;SRF=66;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181792;STB=0.634397;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0427745;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:157:157:136:138:19:19:0.121019:7:12:66:70:7:12:66:72 chr3 75787057 . G A 411.04 PASS AF=0.344595;AO=48;DP=146;FAO=51;FDP=148;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=-0.0166951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.606;QD=11.1091;RBI=0.01734;REFB=-0.00312489;REVB=-0.00468508;RO=92;SAF=20;SAR=28;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193171;STB=0.620606;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0106471;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:92:97:48:51:0.344595:28:20:54:38:31:20:56:41 chr3 75787081 . A T 168.94 PASS AF=0.197183;AO=28;DP=142;FAO=28;FDP=142;FR=.;FRO=114;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=62;FSRR=52;FWDB=0.0212789;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.888;QD=4.75875;RBI=0.0230975;REFB=-0.0102068;REVB=-0.00898331;RO=112;SAF=8;SAR=20;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321555;STB=0.708352;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0339615;OID=.;OPOS=75787081;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:112:114:28:28:0.197183:20:8:60:52:20:8:62:52 chr3 75787116 . T G 123.97 PASS AF=0.15528;AO=25;DP=162;FAO=25;FDP=161;FR=.;FRO=136;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=62;FWDB=-0.0252851;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.123;QD=3.08003;RBI=0.0357485;REFB=-0.00340471;REVB=0.0252709;RO=137;SAF=11;SAR=14;SRF=74;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127129;STB=0.587295;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0181724;OID=.;OPOS=75787116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:137:136:25:25:0.15528:14:11:74:63:14:11:74:62 chr3 75787127 . G T 133.73 PASS AF=0.156425;AO=28;DP=179;FAO=28;FDP=179;FR=.;FRO=151;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=79;FSRR=72;FWDB=-0.00986811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7707;QD=2.98832;RBI=0.0384355;REFB=-0.0128883;REVB=-0.0371472;RO=150;SAF=14;SAR=14;SRF=78;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255785;STB=0.519539;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0765912;OID=.;OPOS=75787127;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:150:151:28:28:0.156425:14:14:78:72:14:14:79:72 chr3 75787159 . C T 98.19 PASS AF=0.118227;AO=24;DP=204;FAO=24;FDP=203;FR=.;FRO=179;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=93;FSRR=86;FWDB=-0.0208008;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.114;QD=1.93484;RBI=0.0210317;REFB=-0.00139674;REVB=0.00310741;RO=179;SAF=13;SAR=11;SRF=93;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275785;STB=0.519555;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00976459;OID=.;OPOS=75787159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:204:203:179:179:24:24:0.118227:11:13:93:86:11:13:93:86 chr3 75787169 . G A 191.13 PASS AF=0.174757;AO=36;DP=209;FAO=36;FDP=206;FR=.;FRO=170;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=86;FSRR=84;FWDB=-0.00230566;FXX=0.0143534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.393;QD=3.71121;RBI=0.0235849;REFB=-0.00281164;REVB=0.023472;RO=169;SAF=21;SAR=15;SRF=86;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963814;STB=0.564296;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0118136;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:206:169:170:36:36:0.174757:15:21:86:83:15:21:86:84 chr3 75787186 . C T 267.49 PASS AF=0.211268;AO=45;DP=213;FAO=45;FDP=213;FR=.;FRO=168;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=83;FSRR=85;FWDB=-0.00766727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0575;QD=5.02325;RBI=0.0637856;REFB=0.00144501;REVB=-0.0633231;RO=168;SAF=29;SAR=16;SRF=83;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194812;STB=0.620365;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00531235;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:168:168:45:45:0.211268:16:29:83:85:16:29:83:85 chr3 75787194 . C T 121.76 PASS AF=0.133663;AO=24;DP=199;FAO=27;FDP=202;FR=.;FRO=175;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=85;FSRR=90;FWDB=-0.00824314;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.819;QD=2.41112;RBI=0.0172371;REFB=-0.00860667;REVB=-0.0151383;RO=175;SAF=16;SAR=8;SRF=85;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226373;STB=0.691022;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0597346;OID=.;OPOS=75787194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:202:175:175:24:27:0.133663:8:16:85:90:8:19:85:90 chr3 75787199 . A C 31.2 PASS AF=0.0643564;AO=13;DP=202;FAO=13;FDP=202;FR=.;FRO=189;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=97;FSRR=92;FWDB=-0.0378435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.158;QD=0.617729;RBI=0.0381591;REFB=-0.00074894;REVB=-0.00489739;RO=189;SAF=9;SAR=4;SRF=97;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19167;STB=0.670541;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0204551;OID=.;OPOS=75787199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:202:202:189:189:13:13:0.0643564:4:9:97:92:4:9:97:92 chr3 75787224 . C T 140.81 PASS AF=0.16;AO=27;DP=184;FAO=28;FDP=175;FR=.;FRO=147;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=75;FWDB=-0.0469245;FXX=0.0591366;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5233;QD=3.2186;RBI=0.0640644;REFB=-0.0072403;REVB=-0.0436158;RO=147;SAF=19;SAR=8;SRF=72;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277211;STB=0.692681;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0219476;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:175:147:147:27:28:0.16:8:19:72:75:8:20:72:75 chr3 75787240 . A G 75.72 PASS AF=0.116883;AO=18;DP=154;FAO=18;FDP=154;FR=.;FRO=136;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=70;FSRR=66;FWDB=0.0215591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.644;QD=1.96674;RBI=0.0288515;REFB=-1.34365e-05;REVB=0.0191733;RO=123;SAF=10;SAR=8;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136283;STB=0.536192;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000629977;OID=.;OPOS=75787240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:154:154:123:136:18:18:0.116883:8:10:67:56:8:10:70:66 chr3 75787279 . A T 44.53 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.0546549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4809;QD=2.04754;RBI=0.0626562;REFB=-0.00993059;REVB=-0.0306373;RO=73;SAF=4;SAR=6;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563846;STB=0.533914;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.030893;OID=.;OPOS=75787279;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:85:87:73:77:10:10:0.114943:6:4:26:47:6:4:28:49 chr3 75787288 . T C 57.82 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=-0.0290442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.158;QD=2.59854;RBI=0.030224;REFB=-0.00559303;REVB=0.00836203;RO=77;SAF=2;SAR=10;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268543;STB=0.696142;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0610243;OID=.;OPOS=75787288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:89:89:77:77:12:12:0.134831:10:2:26:51:10:2:26:51 chr3 75787298 . T C 49.72 PASS AF=0.136986;AO=9;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=-0.0231176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.189;QD=2.72422;RBI=0.0249052;REFB=-0.00701916;REVB=0.00926524;RO=63;SAF=1;SAR=8;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310253;STB=0.759351;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0383687;OID=.;OPOS=75787298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:63:63:9:10:0.136986:8:1:18:45:9:1:18:45 chr3 75787372 . A T 114.79 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0258891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.77;QD=7.06384;RBI=0.0274894;REFB=-0.0181677;REVB=-0.00924247;RO=47;SAF=6;SAR=11;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143537;STB=0.581034;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0383395;OID=.;OPOS=75787372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:48:17:17:0.261538:11:6:22:25:11:6:22:26 chr3 75787382 . T C 734.92 PASS AF=0.731707;AO=60;DP=82;FAO=60;FDP=82;FR=.;FRO=22;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00905799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.521;QD=35.8499;RBI=0.00908695;REFB=-0.0151768;REVB=0.000724956;RO=21;SAF=29;SAR=31;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345008;STB=0.507734;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00879899;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:21:22:60:60:0.731707:31:29:10:11:31:29:10:12 chr3 75787405 . C T 201.18 PASS AF=0.258621;AO=30;DP=117;FAO=30;FDP=116;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.00956895;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.168;QD=6.93721;RBI=0.0171619;REFB=-0.00136861;REVB=-0.0142466;RO=85;SAF=16;SAR=14;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105868;STB=0.567461;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00355617;OID=.;OPOS=75787405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:85:86:30:30:0.258621:14:16:38:47:14:16:38:48 chr3 75787416 . C T 246.86 PASS AF=0.26087;AO=37;DP=139;FAO=36;FDP=138;FR=.;FRO=102;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=0.0111665;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7183;QD=7.15529;RBI=0.106586;REFB=-0.000713151;REVB=-0.105999;RO=101;SAF=17;SAR=20;SRF=40;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792296;STB=0.559724;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.000587236;OID=.;OPOS=75787416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:101:102:37:36:0.26087:20:17:40:61:19:17:40:62 chr3 75787424 . C G 299.7 PASS AF=0.280822;AO=37;DP=140;FAO=41;FDP=146;FR=.;FRO=105;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=65;FWDB=0.0121209;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.945;QD=8.21097;RBI=0.0166264;REFB=-0.000465364;REVB=0.0113807;RO=102;SAF=18;SAR=19;SRF=40;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117019;STB=0.577145;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00164959;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:146:102:105:37:41:0.280822:19:18:40:62:21:20:40:65 chr3 75787427 . T C 198.52 PASS AF=0.215278;AO=31;DP=143;FAO=31;FDP=144;FR=.;FRO=113;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=69;FWDB=0.00993175;FXX=0.0399973;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.285;QD=5.51438;RBI=0.0291606;REFB=3.49511e-05;REVB=-0.0274172;RO=105;SAF=15;SAR=16;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822136;STB=0.574536;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.000213872;OID=.;OPOS=75787427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:105:113:31:31:0.215278:16:15:44:61:16:15:44:69 chr3 75787458 . G A 59.09 PASS AF=0.0904523;AO=18;DP=199;FAO=18;FDP=199;FR=.;FRO=181;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=66;FSRR=115;FWDB=0.00375229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.918;QD=1.18765;RBI=0.00522618;REFB=0.000151279;REVB=0.00363775;RO=181;SAF=12;SAR=6;SRF=66;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344576;STB=0.755997;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0014626;OID=.;OPOS=75787458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:199:199:181:181:18:18:0.0904523:6:12:66:115:6:12:66:115 chr3 75787464 . C T 482.95 PASS AF=0.312195;AO=64;DP=206;FAO=64;FDP=205;FR=.;FRO=141;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=92;FWDB=-0.0218683;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.706;QD=9.42347;RBI=0.0607766;REFB=0.0284236;REVB=0.056706;RO=142;SAF=31;SAR=33;SRF=49;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167848;STB=0.594753;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0491063;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:142:141:64:64:0.312195:33:31:49:93:33:31:49:92 chr3 75787486 . C T 586.53 PASS AF=0.327511;AO=68;DP=224;FAO=75;FDP=229;FR=.;FRO=154;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=58;FSRR=96;FWDB=-0.00923992;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.019;QD=10.2451;RBI=0.0179328;REFB=-0.00759509;REVB=0.0153691;RO=155;SAF=34;SAR=34;SRF=57;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15909;STB=0.552537;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0151441;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:229:155:154:68:75:0.327511:34:34:57:98:41:34:58:96 chr3 75787516 . C G 499.24 PASS AF=0.289916;AO=67;DP=231;FAO=69;FDP=238;FR=.;FRO=169;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=65;FSRR=104;FWDB=-0.00275518;FXX=0.0165282;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.957;QD=8.39051;RBI=0.0171524;REFB=-0.00384264;REVB=-0.0169296;RO=160;SAF=32;SAR=35;SRF=64;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946949;STB=0.556952;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0113428;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:238:160:169:67:69:0.289916:35:32:64:96:37:32:65:104 chr3 75787519 . CT AG,CG 685.76 PASS AF=0.296296,0.0617284;AO=71,14;DP=246;FAO=72,15;FDP=243;FR=.;FRO=156;FSAF=34,7;FSAR=38,8;FSRF=61;FSRR=95;FWDB=0.0168553,-0.00565059;FXX=0.0161937;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=114.262,153.55;QD=11.2883;RBI=0.0368848,0.0062675;REFB=0.00686238,-0.00330642;REVB=0.0328083,0.00271152;RO=154;SAF=34,7;SAR=37,7;SRF=61;SRR=93;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0989317,0.120406;STB=0.556059,0.56987;STBP=0.25,0.568;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00770206,0.0217724;OID=.,.;OPOS=75787519,75787520;OREF=CT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:243:154:156:71,14:72,15:0.296296,0.0617284:37,7:34,7:61:93:38,8:34,7:61:95 chr3 75787576 . A G 47.28 PASS AF=0.0772727;AO=17;DP=222;FAO=17;FDP=220;FR=.;FRO=203;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=92;FSRR=111;FWDB=0.0105672;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.711;QD=0.859654;RBI=0.0107878;REFB=-0.000445805;REVB=0.00217042;RO=197;SAF=7;SAR=10;SRF=90;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051932;STB=0.538876;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0023998;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:222:220:197:203:17:17:0.0772727:10:7:90:107:10:7:92:111 chr3 75787583 . AC GA 55.72 PASS AF=0.0825688;AO=17;DP=215;FAO=18;FDP=218;FR=.;FRO=200;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=94;FSRR=106;FWDB=0.0352034;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.676;QD=1.02244;RBI=0.0364448;REFB=-0.00585181;REVB=-0.00943083;RO=198;SAF=9;SAR=8;SRF=93;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677067;STB=0.527493;STBP=0.823;TYPE=mnp;VARB=0.0542676;OID=.;OPOS=75787583;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:215:218:198:200:17:18:0.0825688:8:9:93:105:9:9:94:106 chr3 75787620 . T C 89.97 PASS AF=0.112195;AO=23;DP=205;FAO=23;FDP=205;FR=.;FRO=182;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=101;FSRR=81;FWDB=0.0106744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1401;QD=1.7556;RBI=0.0358341;REFB=-0.000759452;REVB=0.0342073;RO=181;SAF=12;SAR=11;SRF=100;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381466;STB=0.529587;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00546959;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:205:205:181:182:23:23:0.112195:11:12:100:81:11:12:101:81 chr3 75787637 . C T 480.48 PASS AF=0.327957;AO=60;DP=184;FAO=61;FDP=186;FR=.;FRO=125;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=73;FSRR=52;FWDB=-0.0136963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.647;QD=10.3328;RBI=0.0148096;REFB=0.000167834;REVB=-0.00563344;RO=119;SAF=32;SAR=28;SRF=67;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346157;STB=0.540168;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.000338324;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:119:125:60:61:0.327957:28:32:67:52:29:32:73:52 chr3 75787645 . GAA G 218.82 PASS AF=0.328947;AO=42;DP=167;FAO=50;FDP=152;FR=.;FRO=102;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=-0.0333557;FXX=0.089815;HRUN=4;LEN=2;MLLD=31.6733;QD=5.7585;RBI=0.0368962;REFB=0.0126608;REVB=0.015771;RO=84;SAF=24;SAR=18;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.546014;STBP=0.442;TYPE=del;VARB=-0.0330616;OID=.;OPOS=75787646;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328947:42:167:50:152:102:26:24:60:42:99:84:24:18:48:36 chr3 75787679 . T C 552.87 PASS AF=0.338384;AO=66;DP=198;FAO=67;FDP=198;FR=.;FRO=131;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=64;FSRR=67;FWDB=0.00446211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.584;QD=11.169;RBI=0.0173605;REFB=0.00617916;REVB=-0.0167773;RO=129;SAF=40;SAR=26;SRF=64;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128504;STB=0.582735;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0114992;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:129:131:66:67:0.338384:26:40:64:65:26:41:64:67 chr3 75787688 . T A 603.18 PASS AF=0.358852;AO=73;DP=211;FAO=75;FDP=209;FR=.;FRO=134;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=73;FWDB=-0.0225935;FXX=0.0187785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7711;QD=11.544;RBI=0.0748299;REFB=-0.0207342;REVB=0.0713376;RO=134;SAF=44;SAR=29;SRF=61;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167958;STB=0.584322;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0368045;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:209:134:134:73:75:0.358852:29:44:61:73:31:44:61:73 chr3 75787702 . C G 981.19 PASS AF=0.461883;AO=103;DP=223;FAO=103;FDP=223;FR=.;FRO=120;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=70;FWDB=-0.0269645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4229;QD=17.5997;RBI=0.0555026;REFB=-0.0121499;REVB=-0.0485124;RO=119;SAF=55;SAR=48;SRF=49;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118062;STB=0.562867;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0135089;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:119:120:103:103:0.461883:48:55:49:70:48:55:50:70 chr3 75787726 . G A 3020.17 PASS AF=0.876543;AO=213;DP=243;FAO=213;FDP=243;FR=.;FRO=30;FSAF=100;FSAR=113;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0187661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.032;QD=49.7147;RBI=0.0208511;REFB=0.00215981;REVB=-0.00908854;RO=30;SAF=100;SAR=113;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149742;STB=0.507904;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0015666;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:30:30:213:213:0.876543:113:100:16:14:113:100:16:14 chr3 75787728 . C T 115.53 PASS AF=0.117886;AO=29;DP=248;FAO=29;FDP=246;FR=.;FRO=217;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=103;FSRR=114;FWDB=-0.0113397;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1514;QD=1.87859;RBI=0.0488288;REFB=-0.0157243;REVB=-0.0474938;RO=217;SAF=16;SAR=13;SRF=103;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095969;STB=0.56771;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0138762;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:246:217:217:29:29:0.117886:13:16:103:114:13:16:103:114 chr3 75787732 . A C 267.86 PASS AF=0.189516;AO=47;DP=248;FAO=47;FDP=248;FR=.;FRO=201;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=89;FSRR=112;FWDB=0.0212204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.6211;QD=4.32038;RBI=0.0279093;REFB=0.00204022;REVB=-0.0181279;RO=200;SAF=30;SAR=17;SRF=89;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247247;STB=0.656646;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00600613;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:200:201:47:47:0.189516:17:30:89:111:17:30:89:112 chr3 75787739 . A T 3523.2 PASS AF=0.978992;AO=189;DP=242;FAO=233;FDP=238;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=106;FSAR=127;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.020692;FXX=0.0124476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.244;QD=59.2135;RBI=0.0421376;REFB=-0.1396;REVB=0.0367071;RO=7;SAF=99;SAR=90;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324793;STB=0.51152;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000614444;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:242:238:7:5:189:233:0.978992:90:99:7:0:127:106:5:0 chr3 75787770 . C T 250.04 PASS AF=0.179389;AO=47;DP=262;FAO=47;FDP=262;FR=.;FRO=215;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=98;FSRR=117;FWDB=-0.0144909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.554;QD=3.8174;RBI=0.0202825;REFB=-0.00681746;REVB=-0.0141914;RO=215;SAF=27;SAR=20;SRF=98;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152484;STB=0.596668;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0377156;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:215:215:47:47:0.179389:20:27:98:117:20:27:98:117 chr3 75787794 . A G 1520.62 PASS AF=0.523132;AO=146;DP=282;FAO=147;FDP=281;FR=.;FRO=134;FSAF=78;FSAR=69;FSRF=60;FSRR=74;FWDB=0.00565408;FXX=0.00354597;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.352;QD=21.6459;RBI=0.0120984;REFB=-0.0241153;REVB=0.0106959;RO=133;SAF=77;SAR=69;SRF=59;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730334;STB=0.539461;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0226149;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:281:133:134:146:147:0.523132:69:77:59:74:69:78:60:74 chr3 75787809 . T C 261.19 PASS AF=0.172414;AO=50;DP=290;FAO=50;FDP=290;FR=.;FRO=240;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=124;FSRR=116;FWDB=0.0025424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.511;QD=3.60264;RBI=0.00348132;REFB=-0.00879863;REVB=-0.00237819;RO=240;SAF=20;SAR=30;SRF=124;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151019;STB=0.596646;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0323729;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:240:240:50:50:0.172414:30:20:124:116:30:20:124:116 chr3 75787829 . C G 522.14 PASS AF=0.254072;AO=77;DP=305;FAO=78;FDP=307;FR=.;FRO=229;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=114;FSRR=115;FWDB=-0.0329921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.49;QD=6.80307;RBI=0.0331823;REFB=-0.00499619;REVB=-0.0035484;RO=227;SAF=36;SAR=41;SRF=114;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435381;STB=0.527101;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0255502;OID=.;OPOS=75787829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:307:227:229:77:78:0.254072:41:36:114:113:42:36:114:115 chr3 75787840 . C A 81.01 PASS AF=0.0882353;AO=27;DP=306;FAO=27;FDP=306;FR=.;FRO=279;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=133;FSRR=146;FWDB=0.00900289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.105;QD=1.05896;RBI=0.0101105;REFB=0.000582766;REVB=0.00460113;RO=278;SAF=15;SAR=12;SRF=133;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909156;STB=0.571582;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.004988;OID=.;OPOS=75787840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:306:306:278:279:27:27:0.0882353:12:15:133:145:12:15:133:146 chr3 75787863 . AT TA 37.0 PASS AF=0.0634328;AO=17;DP=268;FAO=17;FDP=268;FR=.;FRO=251;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=115;FSRR=136;FWDB=-0.00264055;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.784;QD=0.552181;RBI=0.0042477;REFB=-0.0011024;REVB=-0.00332723;RO=250;SAF=9;SAR=8;SRF=114;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780178;STB=0.566356;STBP=0.563;TYPE=mnp;VARB=0.0151786;OID=.;OPOS=75787863;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:268:268:250:251:17:17:0.0634328:8:9:114:136:8:9:115:136 chr3 75787869 . CA TG 1034.13 PASS AF=0.442688;AO=112;DP=254;FAO=112;FDP=253;FR=.;FRO=141;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=64;FSRR=77;FWDB=-0.00882313;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.42;QD=16.3499;RBI=0.0244887;REFB=-0.0048853;REVB=-0.022844;RO=140;SAF=50;SAR=62;SRF=64;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108383;STB=0.504208;STBP=0.897;TYPE=mnp;VARB=0.00452858;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:140:141:112:112:0.442688:62:50:64:76:62:50:64:77 chr3 75787876 . G T 1031.18 PASS AF=0.442231;AO=110;DP=250;FAO=111;FDP=251;FR=.;FRO=140;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=65;FSRR=75;FWDB=0.0100094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.55;QD=16.4332;RBI=0.0218893;REFB=-0.0176671;REVB=-0.0194667;RO=138;SAF=50;SAR=60;SRF=65;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166205;STB=0.50778;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0226623;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:251:138:140:110:111:0.442231:60:50:65:73:61:50:65:75 chr3 75787880 . A G 784.67 PASS AF=0.368421;AO=91;DP=246;FAO=91;FDP=247;FR=.;FRO=156;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=75;FSRR=81;FWDB=-0.0157211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.743;QD=12.7072;RBI=0.034183;REFB=0.00432522;REVB=-0.0303533;RO=154;SAF=40;SAR=51;SRF=75;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530972;STB=0.526239;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0113184;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:154:156:91:91:0.368421:51:40:75:79:51:40:75:81 chr3 75787918 . C T 65.64 PASS AF=0.0959596;AO=19;DP=198;FAO=19;FDP=198;FR=.;FRO=179;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=81;FSRR=98;FWDB=-0.0171855;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.457;QD=1.32615;RBI=0.0216989;REFB=-0.0013034;REVB=-0.0132477;RO=179;SAF=12;SAR=7;SRF=81;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211495;STB=0.659176;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0191019;OID=.;OPOS=75787918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:198:198:179:179:19:19:0.0959596:7:12:81:98:7:12:81:98 chr3 75787926 . T C 70.25 PASS AF=0.104972;AO=18;DP=181;FAO=19;FDP=181;FR=.;FRO=162;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=90;FWDB=-0.00501435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.822;QD=1.55239;RBI=0.00643259;REFB=-0.00131326;REVB=-0.0040292;RO=157;SAF=11;SAR=7;SRF=70;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197517;STB=0.618706;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0291579;OID=.;OPOS=75787926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:181:181:157:162:18:19:0.104972:7:11:70:87:8:11:72:90 chr3 75787927 . A G 405.29 PASS AF=0.308989;AO=51;DP=172;FAO=55;FDP=178;FR=.;FRO=123;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=60;FSRR=63;FWDB=-0.00394653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.741;QD=9.10757;RBI=0.00425383;REFB=-0.00282127;REVB=0.00158745;RO=115;SAF=18;SAR=33;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194269;STB=0.588203;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0072543;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:178:115:123:51:55:0.308989:33:18:59:56:35:20:60:63 chr3 75787949 . C T 494.63 PASS AF=0.380645;AO=57;DP=153;FAO=59;FDP=155;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.0261141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.446;QD=12.7646;RBI=0.0263962;REFB=-0.0268741;REVB=-0.00384873;RO=96;SAF=21;SAR=36;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915475;STB=0.548444;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0330459;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:96:96:57:59:0.380645:36:21:43:53:37:22:43:53 chr3 75787962 . G C 230.25 PASS AF=0.267717;AO=33;DP=126;FAO=34;FDP=127;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.00107444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6425;QD=7.25204;RBI=0.0426022;REFB=0.0019844;REVB=-0.0425886;RO=93;SAF=9;SAR=24;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239092;STB=0.616864;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0135339;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:93:93:33:34:0.267717:24:9:42:51:24:10:41:52 chr3 75787996 . C T 112.35 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0394679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9366;QD=5.28693;RBI=0.0396882;REFB=-0.00342268;REVB=-0.00417612;RO=65;SAF=8;SAR=10;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040797;STB=0.514496;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00693342;OID=.;OPOS=75787996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:65:67:18:18:0.211765:10:8:31:34:10:8:31:36 chr3 75788010 . A C 1008.44 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.125;QD=59.3201;RBI=0.0406571;REFB=0;REVB=0.0103409;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66143e-05;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:35:32:0:0:35:33:0:0 chr3 75788023 . C T 84.46 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00816411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1223;QD=4.96842;RBI=0.0616572;REFB=0.00323577;REVB=-0.0611143;RO=54;SAF=8;SAR=6;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890582;STB=0.55688;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00904585;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:54:54:14:14:0.205882:6:8:27:27:6:8:27:27 chr3 75788076 . A C 146.44 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0370257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1834;QD=9.2976;RBI=0.0804339;REFB=0.00139876;REVB=0.0714053;RO=42;SAF=13;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176668;STB=0.597601;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00298145;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:42:43:20:20:0.31746:7:13:21:21:7:13:22:21 chr3 75788088 . C T 127.42 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00334268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8229;QD=7.17875;RBI=0.0502606;REFB=-0.0239054;REVB=-0.0501493;RO=52;SAF=12;SAR=7;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116033;STB=0.570477;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0831422;OID=.;OPOS=75788088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:7:12:28:24:7:12:28:24 chr3 75788115 . G A 295.05 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.014501;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5518;QD=12.6902;RBI=0.0175555;REFB=-0.000984165;REVB=0.00989515;RO=59;SAF=20;SAR=14;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517149;STB=0.529698;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00101678;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:59:59:34:34:0.365591:14:20:32:27:14:20:32:27 chr3 75788152 . T G 374.62 PASS AF=0.356589;AO=46;DP=129;FAO=46;FDP=129;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.0098633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.899;QD=11.616;RBI=0.0281002;REFB=0.012765;REVB=0.0263122;RO=83;SAF=25;SAR=21;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422187;STB=0.524169;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0126828;OID=.;OPOS=75788152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:83:83:46:46:0.356589:21:25:42:41:21:25:42:41 chr3 75788156 . C T 31.79 PASS AF=0.0775194;AO=10;DP=129;FAO=10;FDP=129;FR=.;FRO=119;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=-0.0186346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.153;QD=0.985642;RBI=0.0516725;REFB=-0.00547382;REVB=-0.0481955;RO=118;SAF=5;SAR=5;SRF=63;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376344;STB=0.527078;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0263328;OID=.;OPOS=75788156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:129:129:118:119:10:10:0.0775194:5:5:63:55:5:5:63:56 chr3 75788158 . G C 390.73 PASS AF=0.361538;AO=47;DP=130;FAO=47;FDP=130;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0100909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.4;QD=12.0226;RBI=0.0374053;REFB=0.00145956;REVB=-0.0360185;RO=81;SAF=24;SAR=23;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224583;STB=0.520149;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00469853;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:81:83:47:47:0.361538:23:24:43:38:23:24:45:38 chr3 75788226 . CA GG 352.62 PASS AF=0.306122;AO=45;DP=147;FAO=45;FDP=147;FR=.;FRO=102;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=-0.0225502;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=283.129;QD=9.595;RBI=0.022965;REFB=0.00166709;REVB=-0.00434487;RO=102;SAF=21;SAR=24;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280485;STB=0.516356;STBP=0.836;TYPE=mnp;VARB=-0.00349784;OID=.;OPOS=75788226;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:102:102:45:45:0.306122:24:21:50:52:24:21:50:52 chr3 75788245 . C T 320.06 PASS AF=0.297872;AO=42;DP=141;FAO=42;FDP=141;FR=.;FRO=99;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0241532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.66;QD=9.07969;RBI=0.0243567;REFB=-0.0148804;REVB=0.00314185;RO=98;SAF=18;SAR=24;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737506;STB=0.546916;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0247986;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:98:99:42:42:0.297872:24:18:48:50:24:18:49:50 chr3 75788258 . C A 351.65 PASS AF=0.335878;AO=44;DP=131;FAO=44;FDP=131;FR=.;FRO=87;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.00374632;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.896;QD=10.7372;RBI=0.00577724;REFB=-0.00335182;REVB=-0.0043979;RO=87;SAF=20;SAR=24;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458554;STB=0.52645;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00680101;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:87:87:44:44:0.335878:24:20:43:44:24:20:43:44 chr3 75788281 . T C 250.18 PASS AF=0.31;AO=31;DP=100;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.000994322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.428;QD=10.0073;RBI=0.00301228;REFB=0.0069915;REVB=0.00284345;RO=69;SAF=11;SAR=20;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815308;STB=0.547914;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.0111498;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:69:69:31:31:0.31:20:11:29:40:20:11:29:40 chr3 75788292 . T A 194.68 PASS AF=0.27957;AO=25;DP=92;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0240611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.247;QD=8.37315;RBI=0.0260594;REFB=0.0058344;REVB=-0.0100079;RO=67;SAF=9;SAR=16;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741673;STB=0.525024;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0127886;OID=.;OPOS=75788292;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:67:67:25:26:0.27957:16:9:28:39:16:10:28:39 chr3 75788314 . T C 82.14 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0140248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.86;QD=4.56309;RBI=0.0198275;REFB=-0.00356965;REVB=-0.0140156;RO=57;SAF=4;SAR=10;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225263;STB=0.640815;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0304917;OID=.;OPOS=75788314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:72:72:57:58:14:14:0.194444:10:4:26:31:10:4:26:32 chr3 75790444 . G A 1150.0 PASS AF=0.734375;AO=92;DP=126;FAO=94;FDP=128;FR=.;FRO=34;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00696561;FXX=0.0153834;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.379;QD=35.9374;RBI=0.0190618;REFB=-0.00944506;REVB=-0.0177435;RO=34;SAF=46;SAR=46;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741272;STB=0.536301;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00336245;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:34:34:92:94:0.734375:46:46:12:22:48:46:12:22 chr3 75790446 . GG TA 85.06 PASS AF=0.142857;AO=17;DP=129;FAO=18;FDP=126;FR=.;FRO=108;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.0229521;FXX=0.023254;HRUN=4;LEN=2;MLLD=284.272;QD=2.70027;RBI=0.0233688;REFB=-0.0055569;REVB=-0.00439356;RO=106;SAF=4;SAR=13;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321824;STB=0.736565;STBP=0.044;TYPE=mnp;VARB=0.0227768;OID=.;OPOS=75790446;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:129:126:106:108:17:18:0.142857:13:4:51:55:14:4:52:56 chr3 75790448 . T C 31.83 PASS AF=0.0775194;AO=10;DP=128;FAO=10;FDP=129;FR=.;FRO=119;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=-0.018243;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.755;QD=0.98701;RBI=0.0182436;REFB=-0.00234467;REVB=0.000139585;RO=118;SAF=5;SAR=5;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660728;STB=0.550288;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0234544;OID=.;OPOS=75790448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:128:129:118:119:10:10:0.0775194:5:5:52:66:5:5:53:66 chr3 75790466 . G T 127.3 PASS AF=0.163265;AO=24;DP=147;FAO=24;FDP=147;FR=.;FRO=123;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=-0.0501146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.674;QD=3.46401;RBI=0.0506669;REFB=-0.000826901;REVB=-0.00746048;RO=122;SAF=9;SAR=15;SRF=57;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120051;STB=0.582539;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00466433;OID=.;OPOS=75790466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:122:123:24:24:0.163265:15:9:57:65:15:9:58:65 chr3 75790513 . T C 2119.3 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338102;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.338;QD=62.7942;RBI=0.01248;REFB=0;REVB=0.0120133;RO=0;SAF=59;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88934e-05;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:76:59:0:0:76:59:0:0 chr3 75790811 . G T 30.82 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.0143234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7563;QD=2.28269;RBI=0.0470132;REFB=-0.00370156;REVB=0.0447781;RO=47;SAF=3;SAR=3;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216773;STB=0.666174;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00568775;OID=.;OPOS=75790811;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:47:48:6:6:0.111111:3:3:32:15:3:3:33:15 chr3 75790814 . C T 30.74 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.000650488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8704;QD=2.27721;RBI=0.0243836;REFB=0.00126665;REVB=0.0243749;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224908;STB=0.666174;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00934545;OID=.;OPOS=75790814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:3:3:33:15:3:3:33:15 chr3 75790822 . A G 527.75 PASS AF=0.82;AO=38;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0353147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.177;QD=42.2201;RBI=0.0392943;REFB=-0.137826;REVB=0.0172311;RO=12;SAF=25;SAR=13;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462144;STB=0.503369;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0162405;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:50:50:12:9:38:41:0.82:13:25:9:3:13:28:6:3 chr3 75790838 . C T 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.070373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1637;QD=3.24565;RBI=0.0765845;REFB=-0.0113327;REVB=-0.030213;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19019;STB=0.633732;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0366854;OID=.;OPOS=75790838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:3:3:23:12:3:3:23:12 chr3 75790860 . C T 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0308786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.26;QD=3.54006;RBI=0.0322389;REFB=-0.0111696;REVB=-0.00926598;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371121;STB=0.526228;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0565296;OID=.;OPOS=75790860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:3:3:17:15:3:3:17:15 chr3 75986663 . C A 2980.47 PASS AF=0.491028;AO=258;DP=571;FAO=301;FDP=613;FR=.;FRO=312;FSAF=131;FSAR=170;FSRF=143;FSRR=169;FWDB=0.0153283;FXX=0.00162864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.151;QD=19.4484;RBI=0.0585164;REFB=-0.0195701;REVB=0.0564731;RO=313;SAF=124;SAR=134;SRF=144;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204684;STB=0.511929;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0161171;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:571:613:313:312:258:301:0.491028:134:124:144:169:170:131:143:169 chr3 75986686 . A G 3000.57 PASS AF=0.462798;AO=306;DP=666;FAO=311;FDP=672;FR=.;FRO=361;FSAF=136;FSAR=175;FSRF=157;FSRR=204;FWDB=0.00732016;FXX=0.00148586;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1606;QD=17.8605;RBI=0.0828804;REFB=-0.0278199;REVB=-0.0825565;RO=352;SAF=134;SAR=172;SRF=156;SRR=196;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520331;STB=0.501308;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0302259;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:666:672:352:361:306:311:0.462798:172:134:156:196:175:136:157:204 chr3 75986717 . G A 274.55 PASS AF=0.111111;AO=79;DP=711;FAO=79;FDP=711;FR=.;FRO=632;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=248;FSRR=384;FWDB=0.00299126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.252;QD=1.54458;RBI=0.0115295;REFB=-0.00416697;REVB=-0.0111347;RO=627;SAF=40;SAR=39;SRF=248;SRR=379;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140082;STB=0.600998;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0422852;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:711:711:627:632:79:79:0.111111:39:40:248:379:39:40:248:384 chr3 75986719 . G C 2714.66 PASS AF=0.427746;AO=295;DP=700;FAO=296;FDP=692;FR=.;FRO=396;FSAF=124;FSAR=172;FSRF=161;FSRR=235;FWDB=0.00563401;FXX=0.0239771;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5551;QD=15.6917;RBI=0.023929;REFB=-0.00839094;REVB=0.0232563;RO=364;SAF=123;SAR=172;SRF=149;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783936;STB=0.507277;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0127328;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:700:692:364:396:295:296:0.427746:172:123:149:215:172:124:161:235 chr3 77526605 . A C 158.34 PASS AF=0.133574;AO=37;DP=277;FAO=37;FDP=277;FR=.;FRO=240;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=118;FSRR=122;FWDB=0.0290233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.036;QD=2.28642;RBI=0.0333953;REFB=-0.00151093;REVB=-0.0165195;RO=240;SAF=16;SAR=21;SRF=118;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756008;STB=0.55152;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0112073;OID=.;OPOS=77526605;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:240:240:37:37:0.133574:21:16:118:122:21:16:118:122 chr3 77860987 . A G 221.62 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00792739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3257;QD=18.4681;RBI=0.0215952;REFB=-0.00971634;REVB=-0.0200875;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678553;STB=0.538427;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0130671;OID=.;OPOS=77860987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:10:12:16:10:10:12:16:10 chr3 78685233 . G A 42.34 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0149506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.636;QD=2.28889;RBI=0.0149525;REFB=-0.00136661;REVB=0.000241357;RO=64;SAF=2;SAR=7;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230213;STB=0.68012;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.012309;OID=.;OPOS=78685233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:64:65:9:9:0.121622:7:2:25:39:7:2:26:39 chr3 78700901 . G T 1200.51 PASS AF=0.603352;AO=108;DP=179;FAO=108;FDP=179;FR=.;FRO=71;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.00367335;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.081;QD=26.8271;RBI=0.0169268;REFB=-0.0290685;REVB=-0.0165235;RO=70;SAF=54;SAR=54;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726923;STB=0.541892;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0190821;OID=.;OPOS=78700901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:70:71:108:108:0.603352:54:54:42:28:54:54:43:28 chr3 78717343 . C T 564.54 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0554277;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.355;QD=22.1388;RBI=0.0557471;REFB=-0.015532;REVB=-0.00595932;RO=45;SAF=26;SAR=30;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561506;STB=0.525937;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0122829;OID=.;OPOS=78717343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:45:46:56:56:0.54902:30:26:24:21:30:26:24:22 chr3 80677187 . T C 1228.17 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00295451;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.181;QD=61.4085;RBI=0.0193584;REFB=0;REVB=-0.0191317;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247476;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr3 81643167 . T C 1434.73 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=100;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00542836;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5082;QD=57.9691;RBI=0.0203444;REFB=-0.00513519;REVB=0.0196069;RO=5;SAF=37;SAR=57;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000639122;STB=0.500338;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-8.31583e-05;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:100:99:5:5:94:94:0.949495:57:37:2:3:57:37:2:3 chr3 81698130 . T C 270.2 PASS AF=0.367816;AO=30;DP=85;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0097238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.749;QD=12.423;RBI=0.0133518;REFB=-0.00982241;REVB=0.00914976;RO=52;SAF=13;SAR=17;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157356;STB=0.61021;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.014067;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:52:55:30:32:0.367816:17:13:30:22:19:13:32:23 chr3 81792730 . G A 734.53 PASS AF=0.594828;AO=68;DP=115;FAO=69;FDP=116;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0621324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.078;QD=25.3285;RBI=0.0829207;REFB=0.0289297;REVB=-0.0549128;RO=47;SAF=23;SAR=45;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184757;STB=0.595302;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.019938;OID=.;OPOS=81792730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:47:47:68:69:0.594828:45:23:27:20:45:24:27:20 chr3 81810702 . A AG 1667.24 PASS AF=1;AO=143;DP=170;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.9098;QD=43.3049;RBI=0.156212;REFB=0;REVB=0.0700104;RO=26;SAF=72;SAR=71;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00177814;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:143:170:154:154:0:74:80:0:0:30:26:72:71:15:11 chr3 81810725 . C T 454.21 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.041577;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1215;QD=16.3679;RBI=0.0521792;REFB=-0.0174777;REVB=-0.0315281;RO=60;SAF=29;SAR=21;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127384;STB=0.575574;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0266499;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:60:61:50:50:0.45045:21:29:27:33:21:29:27:34 chr3 86411485 . A G 955.07 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2598;QD=58.7736;RBI=0.0555356;REFB=0;REVB=-0.00332148;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189354;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr3 86995839 . T C,TC 737.15 PASS AF=0,1;AO=3,43;DP=51;FAO=0,47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089517,0.0520132;FXX=0.040808;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.46698,29.0664;QD=62.7364;RBI=0.0230802,0.103551;REFB=0,0;REVB=0.0212735,0.0895399;RO=4;SAF=1,15;SAR=2,28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.149914,-0.0262724;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00352728;OID=.,.;OPOS=86995839,86995840;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:51:47:4:0:3,43:0,47:0,1:2,28:1,15:2:2:0,31:0,16:0:0 chr3 87295049 . T C 1227.47 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.23;QD=61.3733;RBI=0.00207621;REFB=0;REVB=0.00133103;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10923e-06;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:42:35:0:0:42:38:0:0 chr3 87304561 . G A 524.41 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.00986307;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.089;QD=23.569;RBI=0.0148025;REFB=-0.017299;REVB=0.0110378;RO=40;SAF=25;SAR=24;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192309;STB=0.605258;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0159172;OID=.;OPOS=87304561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:40:40:49:49:0.550562:24:25:11:29:24:25:11:29 chr3 87791778 . C T 1587.77 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7912;QD=64.1523;RBI=0.0690347;REFB=0;REVB=-0.0506426;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000494184;OID=.;OPOS=87791778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr3 88101694 . G T 3912.88 PASS AF=1;AO=252;DP=253;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124859;FXX=0.00393685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4677;QD=61.8637;RBI=0.0303586;REFB=0.0264723;REVB=-0.0276721;RO=1;SAF=107;SAR=145;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327634;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000494009;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:253:253:1:0:252:253:1:145:107:0:1:146:107:0:0 chr3 88105264 . A C 2213.56 PASS AF=0.922619;AO=155;DP=169;FAO=155;FDP=168;FR=.;FRO=13;FSAF=54;FSAR=101;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0325317;FXX=0.00591681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.722;QD=52.7038;RBI=0.0327627;REFB=-0.110531;REVB=0.00388339;RO=8;SAF=54;SAR=101;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654353;STB=0.553712;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000765235;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:169:168:8:13:155:155:0.922619:101:54:8:0:101:54:13:0 chr3 88105818 . T C 803.39 PASS AF=1;AO=47;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0653;QD=57.3849;RBI=0.139836;REFB=0;REVB=0.137237;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130483;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:47:56:1:27:20:0:0:35:21:0:0 chr3 88105879 . TACTTC T,TACTTA 426.31 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=25,4;DP=33;FAO=26,4;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335207,0.0080368;FXX=0.0908816;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=240.064,51.4154;QD=56.8415;RBI=0.0390413,0.0196529;REFB=0,0;REVB=0.0388972,-0.0179344;RO=0;SAF=10,2;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00339229,0.038642;OID=.,.;OPOS=88105880,88105884;OREF=ACTTC,C;OALT=-,A;OMAPALT=T,TACTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.866667,0.133333:25,4:33:26,4:30:0:10,2:16,2:0:0:21:0:10,2:15,2:0:0 chr3 88106054 . T A 138.36 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00975424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3706;QD=11.7751;RBI=0.0208432;REFB=0.00331799;REVB=-0.0184199;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314431;STB=0.673366;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00641437;OID=.;OPOS=88106054;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:10:6:20:10:10:6:20:11 chr3 88189341 . T C 1838.77 PASS AF=0.976;AO=122;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0425858;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4862;QD=58.8407;RBI=0.0527644;REFB=-0.165211;REVB=0.0311534;RO=0;SAF=51;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80326e-08;STB=0.510343;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00301909;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:125:125:0:3:122:122:0.976:71:51:0:0:71:51:0:3 chr3 88190768 . C A 1283.41 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.044;QD=61.8513;RBI=0.0170107;REFB=0;REVB=0.00595719;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.75636e-06;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr3 88190809 . C T 1755.48 PASS AF=1;AO=101;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300498;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.601;QD=61.0601;RBI=0.0124382;REFB=0;REVB=-0.0120698;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.40793e-06;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:101:115:1:56:45:0:0:60:55:0:0 chr3 88191144 . A G,T 881.72 PASS AF=0.111111,0.805556;AO=8,56;DP=70;FAO=8,58;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=4,43;FSAR=4,15;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0189875,-0.0198403;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=230.386,281.741;QD=48.9846;RBI=0.030454,0.0270527;REFB=-0.0155551,0.00853081;REVB=0.0238101,0.0183905;RO=0;SAF=4,42;SAR=4,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.528678;STBP=1,0.209;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0370762,-0.000147976;OID=.,.;OPOS=88191144,88191144;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:70:72:0:6:8,56:8,58:0.111111,0.805556:4,14:4,42:0:0:4,15:4,43:3:3 chr3 88191170 . TGGGGA TGGG,TGGGA 629.81 PASS AF=0,0.985915;AO=26,36;DP=77;FAO=0,70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=0,44;FSAR=0,26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0257051,-0.0100439;FXX=0.077912;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=179.556,15.2212;QD=35.4824;RBI=0.0284689,0.11693;REFB=-0.0391002,-0.0551704;REVB=0.0122363,-0.116498;RO=4;SAF=14,24;SAR=12,12;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.115702,-0.0718749;STB=0.5,0.505616;STBP=1,0.531;TYPE=del,del;VARB=0.166166,-0.000306295;OID=.,.;OPOS=88191174,88191171;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.985915:26,36:77:0,70:71:1:0,44:0,26:1:0:6:4:14,24:12,12:4:0 chr3 88192423 . A G 707.77 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.884;QD=62.9128;RBI=0.0729205;REFB=0;REVB=0.00192596;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255977;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr3 88192484 . T C 949.78 PASS AF=0.972222;AO=66;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0215041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2921;QD=52.7654;RBI=0.170448;REFB=-0.159985;REVB=0.169086;RO=5;SAF=17;SAR=49;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458149;STB=0.509257;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00871828;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:5:2:66:70:0.972222:49:17:0:5:53:17:0:2 chr3 88199298 . T C 1197.89 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00900498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.4;QD=60.6528;RBI=0.0354549;REFB=0;REVB=0.0342923;RO=0;SAF=57;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22468e-05;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:21:57:0:0:21:58:0:0 chr3 88480404 . C T 762.63 PASS AF=0.404651;AO=87;DP=215;FAO=87;FDP=215;FR=.;FRO=128;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=66;FSRR=62;FWDB=-0.0627348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4082;QD=14.1884;RBI=0.0629625;REFB=-0.00406493;REVB=0.005349;RO=127;SAF=45;SAR=42;SRF=66;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259018;STB=0.500963;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00362882;OID=.;OPOS=88480404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:127:128:87:87:0.404651:42:45:66:61:42:45:66:62 chr3 93593119 . T C 255.98 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00561477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4655;QD=11.2517;RBI=0.0629256;REFB=-0.0098292;REVB=0.0626746;RO=58;SAF=14;SAR=17;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043272;STB=0.53456;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0204282;OID=.;OPOS=93593119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:60:31:31:0.340659:17:14:24:34:17:14:24:36 chr3 96327750 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00759465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.364;QD=11.6341;RBI=0.00839039;REFB=0.000796779;REVB=0.00356651;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406149;STB=0.745234;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00190047;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:8:2:9:7:8:2:9:7 chr3 96963004 . C T 2046.07 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.807;QD=62.4755;RBI=0.0540925;REFB=0;REVB=-0.0536506;RO=0;SAF=56;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00949e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70386e-05;OID=.;OPOS=96963004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:75:56:0:0:75:56:0:0 chr3 97194242 . C T 943.67 PASS AF=0.494737;AO=94;DP=190;FAO=94;FDP=190;FR=.;FRO=96;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.00676752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.4;QD=19.8668;RBI=0.0079996;REFB=-0.0101276;REVB=0.00426546;RO=96;SAF=46;SAR=48;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000203602;STB=0.500112;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00978016;OID=.;OPOS=97194242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:96:96:94:94:0.494737:48:46:47:49:48:46:47:49 chr3 97331269 . A C 685.64 PASS AF=0.540323;AO=64;DP=121;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0521762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7818;QD=22.1175;RBI=0.102019;REFB=0.00856195;REVB=0.0876671;RO=57;SAF=27;SAR=37;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790297;STB=0.533695;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00638891;OID=.;OPOS=97331269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:57:57:64:67:0.540323:37:27:19:38:40:27:19:38 chr3 97365038 . G A 2816.37 PASS AF=0.994505;AO=179;DP=179;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0039597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.68;QD=61.8982;RBI=0.00912998;REFB=-0.0618975;REVB=0.00822662;RO=0;SAF=86;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502618;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000346667;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:182:0:1:179:181:0.994505:93:86:0:0:95:86:0:1 chr3 97365074 . A G 2677.59 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.802;QD=62.2696;RBI=0.0303589;REFB=0;REVB=0.012542;RO=0;SAF=83;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103547;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:172:0:0:171:172:1:88:83:0:0:89:83:0:0 chr3 97591050 . TGGGGGA TGGGGA,TGGGGGG 37.17 PASS AF=0.254545,0.0363636;AO=19,3;DP=57;FAO=14,2;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=8,1;FSAR=6,1;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0443897,-0.0333985;FXX=0.017854;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=9.45413,243.609;QD=2.70304;RBI=0.0552515,0.0334778;REFB=-0.121161,-0.00231904;REVB=0.0328981,0.00230342;RO=30;SAF=11,1;SAR=8,2;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0489346,-0.205384;STB=0.543416,0.512074;STBP=0.719,0.864;TYPE=del,snp;VARB=0.171876,-0.0125239;OID=.,.;OPOS=97591051,97591056;OREF=G,A;OALT=-,G;OMAPALT=TGGGGA,TGGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254545,0.0363636:19,3:57:14,2:55:39:8,1:6,1:20:19:29:30:11,1:8,2:16:14 chr3 97591153 . C T 342.88 PASS AF=0.378378;AO=32;DP=101;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0081547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.362;QD=12.356;RBI=0.0209458;REFB=-0.0129456;REVB=0.0192932;RO=69;SAF=11;SAR=21;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129725;STB=0.528388;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0195152;OID=.;OPOS=97591153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:111:69:69:32:42:0.378378:21:11:31:38:25:17:31:38 chr3 97593485 . C T 180.87 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0244086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.084;QD=13.9131;RBI=0.030658;REFB=-0.0282317;REVB=-0.0185509;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127383;STB=0.572945;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0372782;OID=.;OPOS=97593485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:11:20:11:10:11:20 chr3 97607290 . G A 250.14 PASS AF=0.31;AO=31;DP=100;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0588934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.773;QD=10.0058;RBI=0.0594099;REFB=-0.00920966;REVB=-0.00781706;RO=69;SAF=17;SAR=14;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315284;STB=0.518483;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0205579;OID=.;OPOS=97607290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:69:69:31:31:0.31:14:17:36:33:14:17:36:33 chr3 97660084 . C T 286.4 PASS AF=0.304;AO=38;DP=125;FAO=38;FDP=125;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.0397279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.005;QD=9.16482;RBI=0.0464176;REFB=-0.00654653;REVB=-0.0240059;RO=85;SAF=21;SAR=17;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042854;STB=0.523736;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0179977;OID=.;OPOS=97660084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:85:87:38:38:0.304:17:21:50:35:17:21:51:36 chr3 97660106 . A C 823.39 PASS AF=0.688679;AO=72;DP=105;FAO=73;FDP=106;FR=.;FRO=33;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0151888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.97;QD=31.0712;RBI=0.0159176;REFB=-0.0133605;REVB=-0.00476152;RO=33;SAF=40;SAR=32;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596126;STB=0.500782;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00602217;OID=.;OPOS=97660106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:33:33:72:73:0.688679:32:40:18:15:33:40:18:15 chr3 97664725 . C T 520.48 PASS AF=0.504587;AO=52;DP=106;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0524432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.912;QD=19.1002;RBI=0.0546985;REFB=-0.0018718;REVB=-0.0155446;RO=54;SAF=21;SAR=31;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339696;STB=0.51463;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00204751;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:54:54:52:55:0.504587:31:21:22:32:31:24:22:32 chr3 97673268 . A C 3420.29 PASS AF=1;AO=217;DP=222;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015582;FXX=0.0224205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.714;QD=62.7576;RBI=0.0223002;REFB=0;REVB=-0.015953;RO=0;SAF=92;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16987e-05;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:218:0:0:217:218:1:125:92:0:0:125:93:0:0 chr3 97726747 . T A 2178.67 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.936;QD=63.1499;RBI=0.038915;REFB=0;REVB=0.0256776;RO=0;SAF=56;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61419e-06;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:82:56:0:0:82:56:0:0 chr3 97806680 . C T 470.8 PASS AF=0.554217;AO=45;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0148818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.198;QD=22.6891;RBI=0.0168351;REFB=-0.0237602;REVB=-0.00787085;RO=36;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071791;STB=0.539732;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0198083;OID=.;OPOS=97806680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:37:45:46:0.554217:24:21:20:16:24:22:21:16 chr3 97851998 . A C 408.53 PASS AF=0.384;AO=48;DP=125;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0650567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8721;QD=13.073;RBI=0.0724863;REFB=0.00169369;REVB=-0.0319672;RO=77;SAF=21;SAR=27;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329388;STB=0.518698;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00323378;OID=.;OPOS=97851998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:77:77:48:48:0.384:27:21:36:41:27:21:36:41 chr3 97852058 . A G 56.62 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0205417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.753;QD=3.06067;RBI=0.0320772;REFB=0.00164411;REVB=0.0246371;RO=63;SAF=5;SAR=6;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126014;STB=0.508669;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0121185;OID=.;OPOS=97852058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:74:74:63:63:11:11:0.148649:6:5:28:35:6:5:28:35 chr3 97852066 . T C 57.09 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0140449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.903;QD=3.1281;RBI=0.0257977;REFB=-0.0166065;REVB=-0.0216393;RO=62;SAF=5;SAR=6;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365514;STB=0.502508;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0795256;OID=.;OPOS=97852066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:73:73:62:62:11:11:0.150685:6:5:28:34:6:5:28:34 chr3 97852083 . C T 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0515795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.303;QD=14.6163;RBI=0.0523761;REFB=-0.00781966;REVB=-0.00909979;RO=38;SAF=9;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164402;STB=0.593681;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00954289;OID=.;OPOS=97852083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:19:9:18:20:19:9:18:20 chr3 97868419 . G A 372.8 PASS AF=0.270833;AO=52;DP=192;FAO=52;FDP=192;FR=.;FRO=140;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=59;FSRR=81;FWDB=0.00412921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.762;QD=7.7667;RBI=0.0433075;REFB=0.0112055;REVB=-0.0431102;RO=140;SAF=20;SAR=32;SRF=59;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047219;STB=0.527976;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0354355;OID=.;OPOS=97868419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:140:140:52:52:0.270833:32:20:59:81:32:20:59:81 chr3 97868616 . C T 307.4 PASS AF=0.288732;AO=41;DP=143;FAO=41;FDP=142;FR=.;FRO=101;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.00411652;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2858;QD=8.65925;RBI=0.00950657;REFB=0.000295043;REVB=-0.00856908;RO=101;SAF=17;SAR=24;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742269;STB=0.55074;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00157517;OID=.;OPOS=97868616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:101:101:41:41:0.288732:24:17:48:53:24:17:49:52 chr3 97868795 . A G 327.67 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00805743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.427;QD=15.2403;RBI=0.0103687;REFB=-0.0163575;REVB=0.00652594;RO=49;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100986;STB=0.550874;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0182406;OID=.;OPOS=97868795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:50:36:36:0.418605:19:17:28:21:19:17:28:22 chr3 97868970 . T A 730.24 PASS AF=0.37069;AO=86;DP=232;FAO=86;FDP=232;FR=.;FRO=146;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=67;FSRR=79;FWDB=0.033684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2156;QD=12.5903;RBI=0.0403569;REFB=-0.0137335;REVB=0.0222276;RO=146;SAF=43;SAR=43;SRF=67;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457006;STB=0.525856;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0229844;OID=.;OPOS=97868970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:146:146:86:86:0.37069:43:43:67:79:43:43:67:79 chr3 97887865 . G A 371.62 PASS AF=0.4;AO=43;DP=109;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=48;FWDB=-0.0887865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.26;QD=13.5136;RBI=0.0888785;REFB=-0.00577602;REVB=0.00404157;RO=66;SAF=18;SAR=25;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166124;STB=0.587264;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00739552;OID=.;OPOS=97887865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:66:66:43:44:0.4:25:18:18:48:26:18:18:48 chr3 97887985 . T A 103.24 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0198885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.263;QD=4.91607;RBI=0.0211479;REFB=-0.00580639;REVB=0.00718904;RO=67;SAF=9;SAR=8;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139471;STB=0.588215;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0195624;OID=.;OPOS=97887985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:67:67:17:17:0.202381:8:9:28:39:8:9:28:39 chr3 97888042 . A T 60.57 PASS AF=0.164179;AO=12;DP=67;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0118011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.083;QD=3.61629;RBI=0.0202549;REFB=-0.0123593;REVB=-0.0164619;RO=54;SAF=7;SAR=5;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149018;STB=0.656556;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.038733;OID=.;OPOS=97888042;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:67:67:54:56:12:11:0.164179:5:7:25:29:4:7:25:31 chr3 97888197 . C T 208.25 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0037338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.172;QD=9.35947;RBI=0.0357168;REFB=-0.00268172;REVB=-0.0355211;RO=58;SAF=13;SAR=14;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215523;STB=0.509584;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0069156;OID=.;OPOS=97888197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:62:27:27:0.303371:14:13:29:29:14:13:29:33 chr3 97888337 . C T 404.71 PASS AF=0.372093;AO=48;DP=129;FAO=48;FDP=129;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0179802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.385;QD=12.549;RBI=0.0224179;REFB=-0.0195985;REVB=-0.0133894;RO=81;SAF=15;SAR=33;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129387;STB=0.573983;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0320245;OID=.;OPOS=97888337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:81:81:48:48:0.372093:33:15:34:47:33:15:34:47 chr3 97888438 . G C 491.64 PASS AF=0.613333;AO=43;DP=72;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.034973;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7083;QD=26.2207;RBI=0.0566536;REFB=-0.0069752;REVB=-0.0445704;RO=29;SAF=22;SAR=21;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465878;STB=0.528377;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00775127;OID=.;OPOS=97888438;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:29:29:43:46:0.613333:21:22:13:16:22:24:13:16 chr3 97957349 . G A 431.63 PASS AF=0.349315;AO=43;DP=140;FAO=51;FDP=146;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.028252;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.845;QD=11.8253;RBI=0.0284857;REFB=-0.0121535;REVB=0.0036413;RO=97;SAF=20;SAR=23;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353664;STB=0.522572;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0221904;OID=.;OPOS=97957349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:146:97:95:43:51:0.349315:23:20:48:49:27:24:48:47 chr3 97983257 . C G 2166.12 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.022802;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.395;QD=62.3344;RBI=0.0252891;REFB=0.0175622;REVB=0.0109366;RO=0;SAF=65;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43793e-08;STB=0.503816;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000131683;OID=.;OPOS=97983257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:139:0:1:138:138:0.992806:73:65:0:0:73:65:1:0 chr3 97983265 . C A 314.43 PASS AF=0.308271;AO=41;DP=133;FAO=41;FDP=133;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=-0.00848401;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.48;QD=9.45665;RBI=0.017857;REFB=-0.0168936;REVB=0.0157129;RO=91;SAF=26;SAR=15;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193153;STB=0.609321;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0380157;OID=.;OPOS=97983265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:91:92:41:41:0.308271:15:26:43:48:15:26:44:48 chr3 97983374 . A G 422.22 PASS AF=0.333333;AO=53;DP=163;FAO=54;FDP=162;FR=.;FRO=108;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=-0.000300099;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.127;QD=10.4251;RBI=0.011999;REFB=-0.00430768;REVB=-0.0119953;RO=106;SAF=34;SAR=19;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135771;STB=0.576242;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00864567;OID=.;OPOS=97983374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:106:108:53:54:0.333333:19:34:56:50:20:34:56:52 chr3 97983391 . C G,T 2278.42 PASS AF=0.348387,0.651613;AO=54,101;DP=155;FAO=54,101;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=36,53;FSAR=18,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025931,-0.0381354;FXX=0.012738;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.196,197.46;QD=58.7979;RBI=0.0348889,0.0502442;REFB=0,0;REVB=-0.0233413,-0.0327135;RO=0;SAF=36,53;SAR=18,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.11453e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000912597,-0.000490099;OID=.,.;OPOS=97983391,97983391;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:155:155:0:0:54,101:54,101:0.348387,0.651613:18,48:36,53:0:0:18,48:36,53:0:0 chr3 97983487 . TTGTAACCAC T 258.14 PASS AF=0.396396;AO=42;DP=118;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.00733398;FXX=0.125974;HRUN=2;LEN=9;MLLD=269.367;QD=9.30224;RBI=0.0119074;REFB=0.00100592;REVB=-0.00938073;RO=59;SAF=15;SAR=27;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731369;STB=0.529173;STBP=0.645;TYPE=del;VARB=-0.00138132;OID=.;OPOS=97983488;OREF=TGTAACCAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396396:42:118:44:111:67:17:27:29:38:99:59:15:27:25:34 chr3 97983561 . G C 1684.19 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361174;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.123;QD=60.6915;RBI=0.0367848;REFB=0;REVB=-0.006975;RO=0;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98385e-06;OID=.;OPOS=97983561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:110:111:1:63:47:0:0:63:48:0:0 chr3 97983711 . T C 990.72 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0436217;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.309;QD=57.4331;RBI=0.0635952;REFB=-0.136874;REVB=0.0462763;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141028;STB=0.50746;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00154202;OID=.;OPOS=97983711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:69:1:1:66:68:0.985507:33:33:1:0:33:35:0:1 chr3 97983942 . A C,G 3126.81 PASS AF=0.0480769,0.951923;AO=8,199;DP=209;FAO=10,198;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=6,88;FSAR=4,110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011431,0.0161925;FXX=0.0142173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.9971,123.864;QD=60.131;RBI=0.0129496,0.0359705;REFB=-0.0536837,-0.0272541;REVB=-0.00608478,0.0321198;RO=0;SAF=5,89;SAR=3,110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.184566,-0.000153457;OID=.,.;OPOS=97983942,97983942;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:209:208:0:0:8,199:10,198:0.0480769,0.951923:3,110:5,89:0:0:4,110:6,88:0:0 chr3 97983981 . G A 1350.47 PASS AF=0.639344;AO=117;DP=183;FAO=117;FDP=183;FR=.;FRO=66;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0483513;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3148;QD=29.5185;RBI=0.0570414;REFB=-0.0181636;REVB=-0.0302633;RO=66;SAF=57;SAR=60;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858125;STB=0.504625;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0105295;OID=.;OPOS=97983981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:66:66:117:117:0.639344:60:57:33:33:60:57:33:33 chr3 98002587 . A G 461.12 PASS AF=0.480392;AO=48;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.014095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.641;QD=18.0832;RBI=0.0610093;REFB=0.0022752;REVB=0.0593587;RO=53;SAF=36;SAR=12;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354845;STB=0.70043;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00156454;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:53:48:49:0.480392:12:36:21:32:12:37:21:32 chr3 98250986 . C T 464.52 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0131356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0076;QD=16.5901;RBI=0.0149695;REFB=0.0196527;REVB=-0.00717933;RO=60;SAF=22;SAR=29;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081595;STB=0.539667;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0236822;OID=.;OPOS=98250986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:60:61:51:51:0.455357:29:22:21:39:29:22:22:39 chr3 98304467 . T C 1066.35 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123155;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.129;QD=60.076;RBI=0.0156164;REFB=0;REVB=0.00960218;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.6779e-06;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr3 98492784 . C G 1272.83 PASS AF=0.612022;AO=112;DP=187;FAO=112;FDP=183;FR=.;FRO=71;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.00794525;FXX=0.0265943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.442;QD=27.8215;RBI=0.0439778;REFB=-0.00482846;REVB=0.0432541;RO=69;SAF=46;SAR=66;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00358576;STB=0.500907;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00364085;OID=.;OPOS=98492784;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:183:69:71:112:112:0.612022:66:46:28:41:66:46:29:42 chr3 98540982 . A G 885.39 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.587;QD=58.0586;RBI=0.051404;REFB=0;REVB=0.0504411;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344323;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:37:23:0:0:38:23:0:0 chr3 98541012 . G A 953.22 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.384;QD=58.6596;RBI=0.0161028;REFB=0;REVB=0.00190823;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158412;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:40:24:0:0:40:25:0:0 chr3 98541116 . G A 1300.42 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0651538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.791;QD=60.4847;RBI=0.0989121;REFB=-0.0375425;REVB=0.0744217;RO=1;SAF=45;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104115;STB=0.505493;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000562716;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:40:45:1:0:40:45:1:0 chr3 98544135 . A G 41.35 PASS AF=0.0970149;AO=6;DP=134;FAO=13;FDP=134;FR=.;FRO=121;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=95;FWDB=-0.0164838;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=187.221;QD=1.23444;RBI=0.0392356;REFB=-0.0012809;REVB=-0.0356051;RO=120;SAF=6;SAR=0;SRF=25;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.650825;STB=0.934736;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0200853;OID=.;OPOS=98544135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:134:134:120:121:6:13:0.0970149:0:6:25:95:2:11:26:95 chr3 100084203 . C G 439.37 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0175957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.689;QD=19.313;RBI=0.0212176;REFB=0.00795912;REVB=0.0118565;RO=47;SAF=18;SAR=26;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109562;STB=0.560691;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00869457;OID=.;OPOS=100084203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:26:18:14:33:26:18:14:33 chr3 100170553 . G A 218.07 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0681043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.391;QD=11.4774;RBI=0.0833364;REFB=-0.0030558;REVB=-0.0480287;RO=49;SAF=10;SAR=17;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266335;STB=0.653734;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00510337;OID=.;OPOS=100170553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:17:10:30:19:17:10:30:19 chr3 100170628 . A G 236.38 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0150688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9707;QD=11.2562;RBI=0.0614348;REFB=0.0484286;REVB=0.0595581;RO=55;SAF=21;SAR=8;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279621;STB=0.66304;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0533683;OID=.;OPOS=100170628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:8:21:27:28:8:21:27:28 chr3 100170634 . T C 178.36 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.036572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6487;QD=8.80784;RBI=0.0830424;REFB=0.00256306;REVB=0.0745556;RO=57;SAF=20;SAR=4;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455424;STB=0.774396;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00542246;OID=.;OPOS=100170634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:57:24:24:0.296296:4:20:28:29:4:20:28:29 chr3 100174722 . G A 431.62 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0225522;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.185;QD=22.4217;RBI=0.0230334;REFB=-0.0246299;REVB=0.00468379;RO=35;SAF=20;SAR=22;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870819;STB=0.547923;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0170222;OID=.;OPOS=100174722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:35:35:42:42:0.545455:22:20:13:22:22:20:13:22 chr3 100374740 . T C 487.97 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0217194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9267;QD=19.7159;RBI=0.0219014;REFB=-0.0195596;REVB=-0.00281729;RO=51;SAF=24;SAR=24;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454847;STB=0.525242;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0281914;OID=.;OPOS=100374740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:24:24:28:23:24:24:28:23 chr3 100413645 . T G 684.44 PASS AF=0.345833;AO=83;DP=241;FAO=83;FDP=240;FR=.;FRO=157;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=71;FSRR=86;FWDB=0.00986958;FXX=0.00414921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.223;QD=11.4073;RBI=0.0126713;REFB=0.000681549;REVB=0.00794686;RO=153;SAF=34;SAR=49;SRF=68;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405819;STB=0.528498;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00126596;OID=.;OPOS=100413645;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:153:157:83:83:0.345833:49:34:68:85:49:34:71:86 chr3 100467018 . T C 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.000745359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.516;QD=27.235;RBI=0.00946344;REFB=-0.0176197;REVB=0.00943404;RO=14;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148729;STB=0.508228;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0108881;OID=.;OPOS=100467018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:11:12:7:7:11:12:7:7 chr3 100468407 . C CAGTT 324.75 PASS AF=0.377358;AO=36;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.00602011;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=4;MLLD=260.101;QD=12.2547;RBI=0.00642506;REFB=-0.00801491;REVB=0.00224493;RO=65;SAF=23;SAR=13;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277467;STB=0.501037;STBP=0.993;TYPE=ins;VARB=0.0121011;OID=.;OPOS=100468408;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377358:36:106:40:106:66:26:14:43:23:99:65:23:13:43:22 chr3 100558404 . T C 756.44 PASS AF=0.395455;AO=87;DP=220;FAO=87;FDP=220;FR=.;FRO=133;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=52;FSRR=81;FWDB=-0.0297767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.707;QD=13.7534;RBI=0.0301831;REFB=-0.00979354;REVB=0.00493617;RO=133;SAF=35;SAR=52;SRF=52;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126973;STB=0.507134;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0159543;OID=.;OPOS=100558404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:133:133:87:87:0.395455:52:35:52:81:52:35:52:81 chr3 100560860 . G A 449.63 PASS AF=0.263374;AO=64;DP=243;FAO=64;FDP=243;FR=.;FRO=179;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=124;FWDB=0.0147338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2427;QD=7.40136;RBI=0.0399007;REFB=-0.0163961;REVB=-0.0370808;RO=176;SAF=24;SAR=40;SRF=54;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931688;STB=0.554662;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0356497;OID=.;OPOS=100560860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:176:179:64:64:0.263374:40:24:54:122:40:24:55:124 chr3 100581767 . C T 406.12 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00117856;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0062;QD=14.0043;RBI=0.0253647;REFB=0.00857562;REVB=-0.0253373;RO=69;SAF=19;SAR=28;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331158;STB=0.518707;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0146996;OID=.;OPOS=100581767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:69:47:47:0.405172:28:19:30:39:28:19:30:39 chr3 100617680 . C T 2210.95 PASS AF=0.97931;AO=142;DP=145;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0164053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.846;QD=60.9917;RBI=0.0216403;REFB=-0.0653392;REVB=0.0141127;RO=2;SAF=72;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133903;STB=0.503594;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000987073;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:145:2:3:142:142:0.97931:70:72:0:2:70:72:1:2 chr3 100949842 . G A 2143.03 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0213818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0932;QD=62.1169;RBI=0.0383222;REFB=0.0226449;REVB=-0.0318027;RO=1;SAF=60;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613445;STB=0.503225;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.000943115;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:77:60:0:1:77:60:0:1 chr3 100963154 . G A 2358.38 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178226;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.307;QD=63.3122;RBI=0.0247937;REFB=0.0796345;REVB=0.0172362;RO=0;SAF=76;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85252e-08;STB=0.503268;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000118542;OID=.;OPOS=100963154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:149:0:1:148:148:0.993289:72:76:0:0:72:76:1:0 chr3 101043906 . G A 1569.08 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4033;QD=59.7743;RBI=0.0321667;REFB=0;REVB=-0.0288711;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45713e-05;OID=.;OPOS=101043906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:50:54:0:0:51:54:0:0 chr3 101044310 . TTA T,TT,TTT 88.61 PASS AF=0.245455,0,0;AO=18,14,19;DP=131;FAO=27,0,0;FDP=110;FR=.;FRO=83;FSAF=17,0,0;FSAR=10,0,0;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.105604,0.0638257,-0.0433513;FXX=0.0350846;HRUN=7,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=13.3267,7.51191,9.21753;QD=3.2223;RBI=0.147517,0.151516,0.0811645;REFB=-0.0127976,-0.0490745,-0.0381244;REVB=-0.102999,-0.137417,-0.0686173;RO=61;SAF=10,11,1;SAR=8,3,18;SRF=28;SRR=33;SSEN=0,0.318584,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.119436,0.415892,-0.638788;STB=0.549892,0.5,0.5;STBP=0.572,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0321544,-0.0238621,0;OID=.,.,.;OPOS=101044311,101044312,101044312;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245455,0,0:18,14,19:131:27,0,0:110:83:17,0,0:10,0,0:47:36:86:61:10,11,1:8,3,18:28:33 chr3 101080694 . T C 1866.08 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012131;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.7;QD=60.6855;RBI=0.0146824;REFB=-0.134967;REVB=-0.00827112;RO=1;SAF=49;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959622;STB=0.50505;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000473586;OID=.;OPOS=101080694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:123:1:1:122:122:0.99187:73:49:1:0:73:49:1:0 chr3 101085413 . G A 1847.98 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0133476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.196;QD=59.6122;RBI=0.0147935;REFB=-0.0396528;REVB=-0.00637873;RO=1;SAF=56;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840784;STB=0.500665;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000436796;OID=.;OPOS=101085413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:1:2:122:122:0.983871:66:56:1:0:66:56:1:1 chr3 101219889 . G C 913.39 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147418;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.858;QD=57.9929;RBI=0.0392944;REFB=0;REVB=0.0364243;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52003e-05;OID=.;OPOS=101219889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:21:41:0:0:22:41:0:0 chr3 101221069 . T C 1172.77 PASS AF=0.987342;AO=75;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0488772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1287;QD=59.3806;RBI=0.0959865;REFB=-0.129109;REVB=-0.08261;RO=3;SAF=32;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694269;STB=0.507461;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00194745;OID=.;OPOS=101221069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:3:1:75:78:0.987342:43:32:1:2:45:33:1:0 chr3 101231921 . T C 3573.59 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.897;QD=62.6946;RBI=0.0353643;REFB=0;REVB=0.0243244;RO=0;SAF=106;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1692e-06;OID=.;OPOS=101231921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:228:0:0:224:228:1:118:106:0:0:121:107:0:0 chr3 101285219 . T TC 31.96 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=36;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0598249;FXX=0.47045;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.0718;QD=7.10295;RBI=0.185664;REFB=-0.100256;REVB=-0.175762;RO=29;SAF=2;SAR=3;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166146;STB=0.666172;STBP=0.348;TYPE=ins;VARB=0.0579815;OID=.;OPOS=101285220;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:5:36:6:18:12:3:3:3:9:31:29:2:3:12:17 chr3 101285224 . G A 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0130426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.271;QD=17.3194;RBI=0.0132737;REFB=-0.0112022;REVB=-0.00246615;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186679;STB=0.588128;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00815526;OID=.;OPOS=101285224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:8:8:5:12:8:8:6:12 chr3 101334753 . C A 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00149184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.16;QD=11.5764;RBI=0.00156907;REFB=0.014654;REVB=0.000486206;RO=40;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718351;STB=0.54163;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0159778;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:13:10:20:20:13:10:20:20 chr3 101366361 . C A 34.95 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.027113;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.224;QD=1.88909;RBI=0.0486599;REFB=-0.0024035;REVB=-0.0404063;RO=65;SAF=1;SAR=7;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523158;STB=0.890804;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0566645;OID=.;OPOS=101366361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:74:74:65:66:8:8:0.108108:7:1:38:27:7:1:39:27 chr3 101484335 . G A 2771.64 PASS AF=0.968421;AO=179;DP=186;FAO=184;FDP=190;FR=.;FRO=6;FSAF=87;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0130147;FXX=0.00523533;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2547;QD=58.3503;RBI=0.0241528;REFB=-0.0583807;REVB=0.0203464;RO=6;SAF=86;SAR=93;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297212;STB=0.514998;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00491541;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:186:190:6:6:179:184:0.968421:93:86:0:6:97:87:0:6 chr3 101520537 . C T 603.6 PASS AF=0.415663;AO=68;DP=165;FAO=69;FDP=166;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.000986604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.343;QD=14.5446;RBI=0.00145876;REFB=0.000978661;REVB=-0.00107452;RO=96;SAF=24;SAR=44;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115542;STB=0.565391;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00112154;OID=.;OPOS=101520537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:96:97:68:69:0.415663:44:24:44:52:45:24:44:53 chr3 101576029 . T TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 77.76 PASS AF=0.164706;AO=12;DP=87;FAO=14;FDP=85;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.01068;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=23;MLLD=568.786;QD=3.65945;RBI=0.0112072;REFB=0.00223855;REVB=-0.00339686;RO=71;SAF=3;SAR=9;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354691;STB=0.709159;STBP=0.096;TYPE=ins;VARB=-0.00983013;OID=.;OPOS=101576030;OREF=-;OALT=ACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC;OMAPALT=TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.164706:12:87:14:85:71:4:10:38:33:77:71:3:9:38:33 chr3 103879569 . G A 8212.71 PASS AF=1;AO=514;DP=515;FAO=518;FDP=518;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=363;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.235;QD=63.4186;RBI=0.0508168;REFB=0;REVB=-0.0206533;RO=0;SAF=152;SAR=362;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78852e-06;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:515:518:0:0:514:518:1:362:152:0:0:363:155:0:0 chr3 103879597 . AAT A,AA,AAA 2899.62 PASS AF=0.0732984,0.722513,0.204188;AO=36,41,119;DP=221;FAO=14,138,39;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19,14;FSAR=12,119,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021982,0.0192982,0.018008;FXX=0.0353517;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=174.333,176.907,175.015;QD=60.7251;RBI=0.0555633,0.0523431,0.035792;REFB=0,0,0;REVB=0.0510301,0.0486558,0.0309319;RO=16;SAF=0,3,30;SAR=36,38,89;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.857965,-0.179676,0.0193894;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00696642,-0.019595,0.0844191;OID=.,.,.;OPOS=103879598,103879599,103879599;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0732984,0.722513,0.204188:36,41,119:221:14,138,39:191:0:2,19,14:12,119,25:0:0:43:16:0,3,30:36,38,89:3:13 chr3 105260596 . T C 721.36 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0180045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.519;QD=54.4425;RBI=0.0182916;REFB=-0.0576592;REVB=-0.00322806;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.50746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000265691;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:53:0:1:51:52:0.981132:33:18:0:0:33:19:0:1 chr3 105266274 . T C 1251.23 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179339;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.08;QD=61.7892;RBI=0.0553668;REFB=0;REVB=0.0523818;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692953;OID=.;OPOS=105266274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr3 105421034 . C T 790.0 PASS AF=0.427184;AO=88;DP=206;FAO=88;FDP=206;FR=.;FRO=118;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=66;FSRR=52;FWDB=-0.0196662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.293;QD=15.3398;RBI=0.0236309;REFB=0.000630942;REVB=-0.0131018;RO=117;SAF=42;SAR=46;SRF=66;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887073;STB=0.546885;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000833196;OID=.;OPOS=105421034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:117:118:88:88:0.427184:46:42:66:51:46:42:66:52 chr3 105422844 . C T 320.01 PASS AF=0.267442;AO=46;DP=172;FAO=46;FDP=172;FR=.;FRO=126;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=0.00258281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.3378;QD=7.44199;RBI=0.0281576;REFB=-0.00655976;REVB=-0.0280389;RO=123;SAF=23;SAR=23;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499433;STB=0.505811;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0143626;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:123:126:46:46:0.267442:23:23:61:62:23:23:62:64 chr3 105438957 . T G 1303.04 PASS AF=0.556054;AO=123;DP=224;FAO=124;FDP=223;FR=.;FRO=99;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=0.0178864;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.128;QD=23.3728;RBI=0.0241697;REFB=-0.0135973;REVB=-0.0162559;RO=99;SAF=70;SAR=53;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12695;STB=0.566709;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0192958;OID=.;OPOS=105438957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:99:99:123:124:0.556054:53:70:41:58:54:70:41:58 chr3 105439026 . G A 1047.42 PASS AF=0.507177;AO=106;DP=209;FAO=106;FDP=209;FR=.;FRO=103;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=65;FWDB=0.000762407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.464;QD=20.0464;RBI=0.00345711;REFB=0.00395505;REVB=0.00337199;RO=102;SAF=59;SAR=47;SRF=37;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172055;STB=0.591726;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00490108;OID=.;OPOS=105439026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:102:103:106:106:0.507177:47:59:37:65:47:59:38:65 chr3 105586436 . C A 448.44 PASS AF=0.32948;AO=57;DP=176;FAO=57;FDP=173;FR=.;FRO=116;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=76;FWDB=-0.0706982;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3883;QD=10.3687;RBI=0.0709083;REFB=0.00519053;REVB=-0.00545456;RO=113;SAF=27;SAR=30;SRF=39;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151149;STB=0.587409;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0159653;OID=.;OPOS=105586436;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:173:113:116:57:57:0.32948:30:27:39:74:30:27:40:76 chr3 106617500 . C T 742.32 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407096;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.547;QD=57.1011;RBI=0.0462556;REFB=0;REVB=-0.0219615;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123697;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr3 107096547 . G A 1048.27 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0168669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.873;QD=58.2371;RBI=0.0210075;REFB=-0.151216;REVB=-0.0125229;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00034865;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:33:38:0:0:33:38:1:0 chr3 107646728 . G A 1801.62 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00435856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.287;QD=61.0718;RBI=0.0553234;REFB=0;REVB=0.0551514;RO=0;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12566e-05;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:118:0:0:108:118:1:46:62:0:0:56:62:0:0 chr3 107646807 . G T 3265.49 PASS AF=0.986111;AO=213;DP=219;FAO=213;FDP=216;FR=.;FRO=3;FSAF=108;FSAR=105;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0385353;FXX=0.013698;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.191;QD=60.4721;RBI=0.0391579;REFB=-0.104577;REVB=0.00695512;RO=3;SAF=108;SAR=105;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00422419;STB=0.502217;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00017809;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:219:216:3:3:213:213:0.986111:105:108:2:1:105:108:2:1 chr3 107646895 . T C 2743.34 PASS AF=0.906542;AO=197;DP=212;FAO=194;FDP=214;FR=.;FRO=20;FSAF=75;FSAR=119;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.0377458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0306;QD=51.2775;RBI=0.073325;REFB=0.0215155;REVB=-0.0628634;RO=15;SAF=76;SAR=121;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457714;STB=0.528601;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0123804;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:212:214:15:20:197:194:0.906542:121:76:1:14:119:75:2:18 chr3 108072298 . T C 821.78 PASS AF=0.609756;AO=75;DP=123;FAO=75;FDP=123;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00684663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.112;QD=26.7245;RBI=0.00844538;REFB=-0.00617583;REVB=0.0049445;RO=48;SAF=36;SAR=39;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04433;STB=0.524051;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00548278;OID=.;OPOS=108072298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:48:48:75:75:0.609756:39:36:26:22:39:36:26:22 chr3 108072425 . C T 635.37 PASS AF=0.352941;AO=78;DP=221;FAO=78;FDP=221;FR=.;FRO=143;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=72;FSRR=71;FWDB=0.00438189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.685;QD=11.4999;RBI=0.0941356;REFB=0.00132888;REVB=-0.0940336;RO=143;SAF=42;SAR=36;SRF=72;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398065;STB=0.522674;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00263354;OID=.;OPOS=108072425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:143:143:78:78:0.352941:36:42:72:71:36:42:72:71 chr3 108072524 . G A 388.11 PASS AF=0.32;AO=48;DP=150;FAO=48;FDP=150;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.0340745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.174;QD=10.3496;RBI=0.0346432;REFB=0.00190735;REVB=-0.00625103;RO=102;SAF=22;SAR=26;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833233;STB=0.54826;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00407578;OID=.;OPOS=108072524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:102:102:48:48:0.32:26:22:54:48:26:22:54:48 chr3 108096098 . C G 1032.88 PASS AF=0.567251;AO=97;DP=172;FAO=97;FDP=171;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=19;FSRR=55;FWDB=0.00289508;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.844;QD=24.161;RBI=0.0060003;REFB=-0.00235782;REVB=0.00525567;RO=73;SAF=38;SAR=59;SRF=19;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112108;STB=0.558754;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00149181;OID=.;OPOS=108096098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:73:74:97:97:0.567251:59:38:19:54:60:37:19:55 chr3 108403086 . T C 2472.4 PASS AF=1;AO=138;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=89;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.422;QD=61.4261;RBI=0.0299598;REFB=0;REVB=0.00655768;RO=0;SAF=68;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128962;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:138:161:1:70:68:0:0:72:89:0:0 chr3 108557820 . T C 1150.09 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116392;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.145;QD=60.531;RBI=0.0117412;REFB=0;REVB=0.00154416;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193357;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr3 108634973 . C A 1785.62 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9715;QD=61.0469;RBI=0.0132988;REFB=0;REVB=0.0132414;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02726e-05;OID=.;OPOS=108634973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:64:53:0:0:64:53:0:0 chr3 108639423 . C T 194.12 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=43;FWDB=-0.00733792;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5215;QD=9.46916;RBI=0.00737283;REFB=-0.0103541;REVB=0.000716645;RO=54;SAF=4;SAR=21;SRF=13;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150891;STB=0.596129;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0240654;OID=.;OPOS=108639423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:54:57:25:25:0.304878:21:4:13:41:21:4:14:43 chr3 108703587 . C T 1695.05 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2421;QD=60.5375;RBI=0.0374779;REFB=0;REVB=-0.0219509;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001858;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:61:51:0:0:61:51:0:0 chr3 108754238 . A T 1539.54 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00484076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.553;QD=58.6493;RBI=0.0137224;REFB=0.0808203;REVB=0.0128402;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-6.98797e-05;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:54:50:0:0:54:50:1:0 chr3 108867128 . A G 1951.53 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.901;QD=61.9535;RBI=0.0887759;REFB=0;REVB=-0.0868598;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000396078;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:63:63:0:0:63:63:0:0 chr3 109047928 . C T 407.3 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00327988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.281;QD=22.9465;RBI=0.00335812;REFB=-0.0146724;REVB=-0.000720624;RO=31;SAF=19;SAR=21;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962073;STB=0.552848;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0154723;OID=.;OPOS=109047928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:21:19:11:20:21:19:11:20 chr3 109052732 . T C 404.06 PASS AF=0.333333;AO=49;DP=148;FAO=49;FDP=147;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=-0.0118197;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.495;QD=10.9948;RBI=0.0227358;REFB=-0.00434976;REVB=-0.019422;RO=97;SAF=25;SAR=24;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101687;STB=0.561379;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0076232;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:97:98:49:49:0.333333:24:25:58:39:24:25:59:39 chr3 109178707 . C G 505.79 PASS AF=0.692308;AO=45;DP=66;FAO=45;FDP=65;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0286015;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.262;QD=31.1254;RBI=0.0299152;REFB=-0.0211468;REVB=0.00876772;RO=20;SAF=24;SAR=21;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189886;STB=0.510283;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00917222;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:20:20:45:45:0.692308:21:24:10:10:21:24:10:10 chr3 109178758 . C T 879.07 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9134;QD=57.6436;RBI=0.0685129;REFB=0;REVB=0.0601016;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145205;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125928;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:1:0:60:61:1:32:28:0:1:33:28:0:0 chr3 110611137 . G A 1783.09 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3152;QD=59.936;RBI=0.0406158;REFB=0;REVB=-0.000349507;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170645;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:119:0:0:115:119:1:56:59:0:0:59:60:0:0 chr3 110611201 . C T 1990.47 PASS AF=0.930556;AO=131;DP=142;FAO=134;FDP=144;FR=.;FRO=10;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.00870026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8485;QD=55.2907;RBI=0.0289855;REFB=-0.2019;REVB=0.027649;RO=9;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622893;STB=0.536227;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00596678;OID=.;OPOS=110611201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:142:144:9:10:131:134:0.930556:64:67:0:9:64:70:0:10 chr3 110790879 . G A 796.39 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000419459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.22;QD=63.7111;RBI=0.124056;REFB=0;REVB=0.124055;RO=0;SAF=42;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908278;OID=.;OPOS=110790879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:7:42:0:0:8:42:0:0 chr3 110863855 . A C 371.76 PASS AF=0.321678;AO=46;DP=135;FAO=46;FDP=143;FR=.;FRO=97;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.00176349;FXX=0.0337815;HRUN=8;LEN=1;MLLD=149.342;QD=10.399;RBI=0.0418093;REFB=-0.00341114;REVB=-0.0417721;RO=89;SAF=19;SAR=27;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813692;STB=0.54215;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00860726;OID=.;OPOS=110863855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:143:89:97:46:46:0.321678:27:19:43:46:27:19:46:51 chr3 111286375 . G C 210.35 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0135267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.244;QD=9.78372;RBI=0.0298019;REFB=-0.00450541;REVB=-0.0265553;RO=58;SAF=14;SAR=13;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616026;STB=0.530098;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00915587;OID=.;OPOS=111286375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:59:27:27:0.313953:13:14:27:31:13:14:28:31 chr3 111298145 . A G 690.93 PASS AF=0.607477;AO=64;DP=107;FAO=65;FDP=107;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0690757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8582;QD=25.8291;RBI=0.0851489;REFB=-0.00674023;REVB=-0.0497884;RO=43;SAF=33;SAR=31;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544171;STB=0.521695;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00465927;OID=.;OPOS=111298145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:43:42:64:65:0.607477:31:33:19:24:32:33:19:23 chr3 111313457 . T C 1489.77 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0678936;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1782;QD=62.0736;RBI=0.0855867;REFB=-0.179502;REVB=0.0521109;RO=3;SAF=48;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0089248;STB=0.505049;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0117571;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:3:1:93:95:0.989583:45:48:2:1:46:49:1:0 chr3 111313854 . C T 445.06 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.891;QD=57.4267;RBI=0.0147353;REFB=0;REVB=0.0112225;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32795e-05;OID=.;OPOS=111313854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr3 111356083 . G C 3186.25 PASS AF=1;AO=187;DP=212;FAO=211;FDP=211;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=102;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138346;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4128;QD=60.4029;RBI=0.0154698;REFB=0;REVB=0.00692234;RO=0;SAF=93;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439708;OID=.;OPOS=111356083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:211:0:0:187:211:1:94:93:0:0:109:102:0:0 chr3 111604541 . G C 808.61 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0372946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.867;QD=53.907;RBI=0.041108;REFB=0.0120386;REVB=-0.017291;RO=2;SAF=31;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294628;STB=0.51562;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.000235821;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:27:31:2:0:27:31:2:0 chr3 111672825 . C T 518.6 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0081133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4358;QD=19.387;RBI=0.0343056;REFB=-0.00289291;REVB=0.0333324;RO=52;SAF=22;SAR=32;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134395;STB=0.578955;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0032768;OID=.;OPOS=111672825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:52:53:54:54:0.504673:32:22:29:23:32:22:30:23 chr3 111677526 . G A 1339.4 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.033;QD=62.2978;RBI=0.0192355;REFB=0;REVB=-0.00487028;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62952e-05;OID=.;OPOS=111677526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chr3 111694438 . T A,C 1536.34 PASS AF=0.0648148,0.925926;AO=7,98;DP=106;FAO=7,100;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=2,59;FSAR=5,41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0119164,0.0106146;FXX=0.0270246;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.249,108.813;QD=56.9015;RBI=0.0264784,0.0212719;REFB=0.0633204,-0.0117723;REVB=-0.0236454,0.0184342;RO=1;SAF=2,57;SAR=5,41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.173072,-0.00824921;STB=0.599698,0.504201;STBP=0.285,0.464;TYPE=snp,snp;VARB=0.152749,-0.000804208;OID=.,.;OPOS=111694438,111694438;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:106:108:1:1:7,98:7,100:0.0648148,0.925926:5,41:2,57:1:0:5,41:2,59:1:0 chr3 111732608 . G A 2170.93 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061684;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3979;QD=60.3035;RBI=0.0337492;REFB=0;REVB=0.0331807;RO=0;SAF=79;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344845;OID=.;OPOS=111732608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:131:144:0:0:131:144:1:52:79:0:0:65:79:0:0 chr3 111732609 . T A 44.71 PASS AF=0.0896552;AO=13;DP=145;FAO=13;FDP=145;FR=.;FRO=132;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=79;FSRR=53;FWDB=0.0250748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.0551;QD=1.23327;RBI=0.039341;REFB=-0.0182246;REVB=0.0303144;RO=132;SAF=2;SAR=11;SRF=79;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492692;STB=0.873862;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0182992;OID=.;OPOS=111732609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:145:145:132:132:13:13:0.0896552:11:2:79:53:11:2:79:53 chr3 111760771 . A G 263.52 PASS AF=0.295082;AO=36;DP=123;FAO=36;FDP=122;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.0322378;FXX=0.00812942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.36;QD=8.63989;RBI=0.0322384;REFB=-0.00694854;REVB=0.000196377;RO=85;SAF=21;SAR=15;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12114;STB=0.575301;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0150672;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:85:86:36:36:0.295082:15:21:41:44:15:21:41:45 chr3 111765834 . G A 1137.61 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692697;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.559;QD=60.6727;RBI=0.0197347;REFB=0;REVB=0.018479;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312234;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr3 111794198 . G A 216.3 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0137649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.344;QD=11.0925;RBI=0.0624884;REFB=-0.017942;REVB=-0.0609535;RO=51;SAF=10;SAR=17;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138308;STB=0.580427;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0348677;OID=.;OPOS=111794198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:17:10:25:26:17:10:25:26 chr3 111799845 . A T 5542.76 PASS AF=1;AO=346;DP=347;FAO=346;FDP=346;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057418;FXX=0.00288176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5301;QD=64.0781;RBI=0.0633964;REFB=0;REVB=-0.0268753;RO=0;SAF=154;SAR=192;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.56554e-05;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:347:346:0:0:346:346:1:192:154:0:0:192:154:0:0 chr3 111828384 . G GT 325.17 PASS AF=0.460733;AO=73;DP=191;FAO=88;FDP=191;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.128651;FXX=0.00520806;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.5233;QD=6.80974;RBI=0.13606;REFB=-0.0441904;REVB=-0.0442856;RO=111;SAF=28;SAR=45;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064394;STB=0.509067;STBP=0.826;TYPE=ins;VARB=0.0175864;OID=.;OPOS=111828385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460733:73:191:88:191:103:37:51:45:58:99:111:28:45:49:62 chr3 111828423 . G A 2470.2 PASS AF=0.97619;AO=163;DP=168;FAO=164;FDP=168;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=92;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0426573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.961;QD=58.8142;RBI=0.0427953;REFB=-0.0184776;REVB=0.00343382;RO=4;SAF=72;SAR=91;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142111;STB=0.507501;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000326709;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:168:168:4:4:163:164:0.97619:91:72:3:1:92:72:3:1 chr3 111898387 . A G 278.15 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.00623734;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.736;QD=10.908;RBI=0.0358945;REFB=3.62199e-05;REVB=0.0353484;RO=67;SAF=25;SAR=10;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150115;STB=0.587249;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000167349;OID=.;OPOS=111898387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:67:67:35:35:0.343137:10:25:40:27:10:25:40:27 chr3 111918215 . CA CG,TG 1471.34 PASS AF=0.421569,0.578431;AO=42,59;DP=106;FAO=43,59;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=22,22;FSAR=21,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645961,0.00116624;FXX=0.0377323;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=94.8766,231.11;QD=57.6995;RBI=0.0326382,0.00614156;REFB=0,0;REVB=-0.0319926,-0.00602982;RO=0;SAF=21,22;SAR=21,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00371348,-0.00166419;OID=.,.;OPOS=111918216,111918215;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:106:102:0:0:42,59:43,59:0.421569,0.578431:21,37:21,22:0:0:21,37:22,22:0:0 chr3 111921116 . C A 1207.82 PASS AF=0.690789;AO=101;DP=150;FAO=105;FDP=152;FR=.;FRO=47;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0122064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2297;QD=31.7846;RBI=0.0386241;REFB=-0.038367;REVB=0.0366446;RO=45;SAF=43;SAR=58;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109581;STB=0.518591;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0126084;OID=.;OPOS=111921116;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:45:47:101:105:0.690789:58:43:20:25:62:43:22:25 chr3 111921225 . G T 993.89 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174026;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.739;QD=59.3365;RBI=0.0406348;REFB=0;REVB=0.0367196;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43449e-05;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:64:67:1:44:20:0:0:47:20:0:0 chr3 111923123 . G A 1138.63 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108796;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.883;QD=60.7269;RBI=0.011085;REFB=0;REVB=0.00212421;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78994e-05;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr3 111962851 . T C 723.47 PASS AF=0.5;AO=71;DP=142;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.01404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.341;QD=20.3793;RBI=0.0183521;REFB=-0.0154185;REVB=-0.0118186;RO=66;SAF=35;SAR=36;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00617354;STB=0.50704;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0156246;OID=.;OPOS=111962851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:66:71:71:71:0.5:36:35:33:33:36:35:36:35 chr3 111981849 . C T 346.39 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.100275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.083;QD=16.8972;RBI=0.102609;REFB=-0.00466605;REVB=-0.0217586;RO=42;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128462;STB=0.501319;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00772233;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:45:37:37:0.45122:18:19:21:21:18:19:23:22 chr3 111981878 . T C 367.62 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0376931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.41;QD=19.3483;RBI=0.0383777;REFB=-0.0224234;REVB=-0.0072165;RO=37;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513261;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0302376;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:38:37:38:0.5:17:20:20:17:17:21:20:18 chr3 111981924 . T C 315.52 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00789044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5598;QD=25.2417;RBI=0.0161233;REFB=-0.0132079;REVB=0.0140607;RO=22;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871115;STB=0.548352;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.012773;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:11:17:11:11:11:17:11:11 chr3 111985107 . T C 1694.58 PASS AF=0.600775;AO=153;DP=256;FAO=155;FDP=258;FR=.;FRO=103;FSAF=77;FSAR=78;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0154956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.937;QD=26.2726;RBI=0.0167965;REFB=-0.0118919;REVB=0.00648153;RO=101;SAF=77;SAR=76;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279;STB=0.512279;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00705314;OID=.;OPOS=111985107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:258:101:103:153:155:0.600775:76:77:47:54:78:77:48:55 chr3 111996554 . T C 618.6 PASS AF=0.617978;AO=55;DP=89;FAO=55;FDP=89;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0147665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.049;QD=27.8023;RBI=0.0185084;REFB=-0.0310266;REVB=0.0111585;RO=34;SAF=18;SAR=37;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130599;STB=0.571213;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0176194;OID=.;OPOS=111996554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:34:34:55:55:0.617978:37:18:17:17:37:18:17:17 chr3 112059768 . C G 1135.06 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.624;QD=60.5364;RBI=0.0497303;REFB=0;REVB=0.0206423;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115011;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:41:33:0:0:41:34:0:0 chr3 112066562 . G A 2531.05 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0412239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.236;QD=60.9891;RBI=0.0415512;REFB=0.000857004;REVB=-0.0052051;RO=1;SAF=55;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00857321;STB=0.504504;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=1.80471e-05;OID=.;OPOS=112066562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:166:1:1:165:165:0.993976:110:55:1:0:110:55:1:0 chr3 112081560 . T TTA 1011.07 PASS AF=0.862069;AO=66;DP=111;FAO=75;FDP=87;FR=.;FRO=12;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0662882;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=2;MLLD=190.19;QD=46.486;RBI=0.0920908;REFB=-0.141676;REVB=0.0639265;RO=37;SAF=32;SAR=34;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889634;STB=0.516745;STBP=0.434;TYPE=ins;VARB=0.0259931;OID=.;OPOS=112081561;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.862069:66:111:75:87:12:34:41:4:8:59:37:32:34:13:24 chr3 112184772 . A G 428.5 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0405429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.919;QD=22.2597;RBI=0.0405675;REFB=-0.0138486;REVB=-0.00141355;RO=34;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670518;STB=0.53027;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0103195;OID=.;OPOS=112184772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:35:42:42:0.545455:22:20:19:15:22:20:19:16 chr3 112185025 . G A 441.58 PASS AF=0.351351;AO=52;DP=148;FAO=52;FDP=148;FR=.;FRO=96;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=-0.010521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.879;QD=11.9347;RBI=0.0106629;REFB=-0.00493082;REVB=0.00173349;RO=96;SAF=26;SAR=26;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945517;STB=0.554034;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00929805;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:96:96:52:52:0.351351:26:26:56:40:26:26:56:40 chr3 112190137 . G T 2198.12 PASS AF=0.973684;AO=147;DP=154;FAO=148;FDP=152;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=102;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0308295;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.32;QD=57.8453;RBI=0.0311543;REFB=-0.16602;REVB=0.00448749;RO=2;SAF=45;SAR=102;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206638;STB=0.520831;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00075012;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:154:152:2:4:147:148:0.973684:102:45:2:0:102:46:4:0 chr3 112256630 . A G 487.56 PASS AF=0.575;AO=45;DP=79;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0230462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.739;QD=24.3782;RBI=0.0249401;REFB=-0.0200967;REVB=-0.00953328;RO=33;SAF=22;SAR=23;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168096;STB=0.587463;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0187678;OID=.;OPOS=112256630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:33:34:45:46:0.575:23:22:9:24:23:23:10:24 chr3 112299732 . A G 414.81 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0226442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1445;QD=29.1098;RBI=0.0419037;REFB=-0.0273082;REVB=-0.0352584;RO=18;SAF=20;SAR=19;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057265;STB=0.531093;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0334752;OID=.;OPOS=112299732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:18:39:39:0.684211:19:20:11:7:19:20:11:7 chr3 112546320 . C T 738.56 PASS AF=0.409756;AO=84;DP=205;FAO=84;FDP=205;FR=.;FRO=121;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=-0.00852431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.516;QD=14.4109;RBI=0.00987141;REFB=0.00400381;REVB=-0.00497803;RO=120;SAF=41;SAR=43;SRF=64;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474877;STB=0.52408;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00584991;OID=.;OPOS=112546320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:120:121:84:84:0.409756:43:41:64:56:43:41:64:57 chr3 112546473 . G A 418.17 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.00178515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.163;QD=14.4196;RBI=0.0273523;REFB=-0.0113004;REVB=0.0272939;RO=66;SAF=16;SAR=32;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682287;STB=0.540863;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0188036;OID=.;OPOS=112546473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:66:68:48:48:0.413793:32:16:26:40:32:16:27:41 chr3 112642568 . C G 370.55 PASS AF=0.266667;AO=51;DP=195;FAO=52;FDP=195;FR=.;FRO=143;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=66;FSRR=77;FWDB=-0.00461618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9061;QD=7.601;RBI=0.0758927;REFB=0.0130789;REVB=0.0757522;RO=143;SAF=30;SAR=21;SRF=66;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156858;STB=0.584383;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0338157;OID=.;OPOS=112642568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:143:143:51:52:0.266667:21:30:66:77:22:30:66:77 chr3 112647832 . A C 184.36 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0446616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.841;QD=8.19367;RBI=0.0480913;REFB=0.000512235;REVB=-0.0178358;RO=64;SAF=5;SAR=20;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365579;STB=0.717757;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000604592;OID=.;OPOS=112647832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:65:25:25:0.277778:20:5:30:34:20:5:30:35 chr3 112647988 . C T 237.05 PASS AF=0.304762;AO=32;DP=105;FAO=32;FDP=105;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=50;FWDB=-0.028638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.507;QD=9.03059;RBI=0.0311802;REFB=-0.00977017;REVB=-0.0123316;RO=73;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151671;STB=0.588328;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0229264;OID=.;OPOS=112647988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:73:73:32:32:0.304762:18:14:23:50:18:14:23:50 chr3 112648125 . G T 618.28 PASS AF=0.361809;AO=72;DP=198;FAO=72;FDP=199;FR=.;FRO=127;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=75;FWDB=0.0081203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.359;QD=12.4277;RBI=0.0126112;REFB=-0.0112595;REVB=-0.00964903;RO=126;SAF=30;SAR=42;SRF=51;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137546;STB=0.504744;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00659862;OID=.;OPOS=112648125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:126:127:72:72:0.361809:42:30:51:75:42:30:52:75 chr3 112648222 . T C 576.78 PASS AF=0.318966;AO=74;DP=233;FAO=74;FDP=232;FR=.;FRO=158;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=72;FSRR=86;FWDB=0.0493219;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9421;QD=9.94441;RBI=0.0536356;REFB=0.00184671;REVB=0.0210743;RO=158;SAF=33;SAR=41;SRF=72;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116296;STB=0.506707;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00352509;OID=.;OPOS=112648222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:158:158:74:74:0.318966:41:33:72:86:41:33:72:86 chr3 112710242 . T C 615.8 PASS AF=0.650602;AO=53;DP=82;FAO=54;FDP=83;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00612255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.001;QD=29.6773;RBI=0.0062622;REFB=-0.020152;REVB=-0.00131511;RO=26;SAF=19;SAR=34;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008173;STB=0.516123;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0103751;OID=.;OPOS=112710242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:26:29:53:54:0.650602:34:19:9:17:34:20:12:17 chr3 112727184 . A T 1312.17 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0102196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.799;QD=59.6439;RBI=0.0114633;REFB=0.00186529;REVB=-0.00519286;RO=2;SAF=26;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100413;STB=0.505301;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=2.94421e-06;OID=.;OPOS=112727184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:60:26:1:1:60:26:1:1 chr3 112935138 . C G 278.9 PASS AF=0.310924;AO=37;DP=122;FAO=37;FDP=119;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.0316003;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.531;QD=9.3747;RBI=0.0316011;REFB=0.00110909;REVB=0.000218607;RO=82;SAF=14;SAR=23;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000413354;STB=0.500241;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0038066;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:82:82:37:37:0.310924:23:14:31:51:23:14:31:51 chr3 112991312 . C T 720.49 PASS AF=0.697674;AO=58;DP=84;FAO=60;FDP=86;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0250166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.963;QD=33.5113;RBI=0.0446189;REFB=-0.00721834;REVB=0.0369461;RO=26;SAF=21;SAR=37;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139287;STB=0.511417;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00420818;OID=.;OPOS=112991312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:26:26:58:60:0.697674:37:21:10:16:39:21:10:16 chr3 112991959 . C T 2158.92 PASS AF=0.623333;AO=186;DP=300;FAO=187;FDP=300;FR=.;FRO=113;FSAF=115;FSAR=72;FSRF=78;FSRR=35;FWDB=0.0702015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.601;QD=28.7856;RBI=0.0726771;REFB=-0.000945297;REVB=-0.0188069;RO=105;SAF=114;SAR=72;SRF=72;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521879;STB=0.530358;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.000596755;OID=.;OPOS=112991959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:105:113:186:187:0.623333:72:114:72:33:72:115:78:35 chr3 112992173 . C T 869.66 PASS AF=0.502857;AO=87;DP=177;FAO=88;FDP=175;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=0.0511046;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2187;QD=19.878;RBI=0.0554871;REFB=-0.00383041;REVB=0.0216134;RO=86;SAF=36;SAR=51;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00635924;STB=0.503401;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00130807;OID=.;OPOS=112992173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:86:87:87:88:0.502857:51:36:35:51:51:37:36:51 chr3 112997554 . A G 772.83 PASS AF=0.590164;AO=72;DP=122;FAO=72;FDP=122;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0408104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3344;QD=25.3387;RBI=0.0456252;REFB=0.0119982;REVB=0.0204002;RO=49;SAF=31;SAR=41;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483814;STB=0.521246;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00842672;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:49:50:72:72:0.590164:41:31:18:31:41:31:19:31 chr3 112998265 . A G 1303.06 PASS AF=0.556561;AO=123;DP=223;FAO=123;FDP=221;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=85;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=-0.00477506;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.996;QD=23.5848;RBI=0.00702473;REFB=-0.00575536;REVB=-0.00515225;RO=92;SAF=38;SAR=85;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449882;STB=0.544638;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00420693;OID=.;OPOS=112998265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:221:92:98:123:123:0.556561:85:38:33:59:85:38:39:59 chr3 113010466 . T C 4790.88 PASS AF=1;AO=307;DP=308;FAO=308;FDP=308;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.334;QD=62.2193;RBI=0.0194269;REFB=0;REVB=0.0171622;RO=0;SAF=140;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04269e-05;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:308:308:0:0:307:308:1:167:140:0:0:167:141:0:0 chr3 113022870 . T C 2104.68 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00372633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8364;QD=62.3608;RBI=0.00740603;REFB=0;REVB=0.00640029;RO=0;SAF=52;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105175;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:82:52:0:0:83:52:0:0 chr3 113049063 . C T 436.08 PASS AF=0.565789;AO=39;DP=72;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00325423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.787;QD=22.9515;RBI=0.0246749;REFB=-0.0214176;REVB=0.0244594;RO=33;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776686;STB=0.560947;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0148737;OID=.;OPOS=113049063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:33:33:39:43:0.565789:19:20:20:13:23:20:20:13 chr3 113367616 . GTTTTTTTT GTTTTTT,GTTTTTTT,GTTTTTTTG 264.11 PASS AF=0.010989,0.725275,0.0549451;AO=10,35,5;DP=93;FAO=1,66,5;FDP=91;FR=.;FRO=19;FSAF=1,42,5;FSAR=0,24,0;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00177578,-0.00575576,0.116125;FXX=0.0215031;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=9.45601,6.51549,10.5945;QD=11.6092;RBI=0.145192,0.267132,0.230128;REFB=-0.0240538,-0.0447572,-0.0787873;REVB=0.145181,0.26707,0.198681;RO=22;SAF=8,22,5;SAR=2,13,0;SRF=16;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.115241,-0.0761579,0.616241;STB=0.984409,0.537725,0.99667;STBP=0.543,0.237,0.185;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0521787,0.0261081,-0.197524;OID=.,.,.;OPOS=113367617,113367617,113367624;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=GTTTTTT,GTTTTTTT,GTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.010989,0.725275,0.0549451:10,35,5:93:1,66,5:91:19:1,42,5:0,24,0:15:4:23:22:8,22,5:2,13,0:16:6 chr3 113373930 . A G 1434.38 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1121;QD=63.0495;RBI=0.0353874;REFB=0;REVB=-0.0315588;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.27771e-05;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:53:38:0:0:53:38:0:0 chr3 113377505 . T G 301.09 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0244641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.591;QD=14.1692;RBI=0.0282463;REFB=0.00770656;REVB=0.0141195;RO=51;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155734;STB=0.588185;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0132169;OID=.;OPOS=113377505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:17:17:18:33:17:17:18:33 chr3 113557787 . AGCC A 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235237;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=3;MLLD=346.116;QD=59.8615;RBI=0.0235341;REFB=0;REVB=-0.000696595;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.20072e-05;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:36:35:35:0:13:22:0:0:4:0:13:22:0:0 chr3 113588445 . T C 192.24 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0713774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8198;QD=23.3012;RBI=0.0794993;REFB=-0.0152687;REVB=0.0350056;RO=12;SAF=13;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25187;STB=0.670786;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0422877;OID=.;OPOS=113588445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:14:19:19:0.575758:6:13:4:8:6:13:4:10 chr3 113655207 . C T 573.05 PASS AF=0.382857;AO=67;DP=175;FAO=67;FDP=175;FR=.;FRO=108;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=0.0276567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8254;QD=13.0982;RBI=0.0277019;REFB=0.00786966;REVB=0.00158082;RO=108;SAF=33;SAR=34;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323089;STB=0.51826;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.0125887;OID=.;OPOS=113655207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:108:108:67:67:0.382857:34:33:50:58:34:33:50:58 chr3 113673125 . A G 443.34 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0151065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5312;QD=17.9129;RBI=0.0151397;REFB=-0.0176121;REVB=-0.00100207;RO=53;SAF=21;SAR=24;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414647;STB=0.518211;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0247045;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:24:21:27:26:24:21:27:27 chr3 113801826 . C T 268.51 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0173031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6997;QD=13.9485;RBI=0.0228163;REFB=-0.029612;REVB=-0.0148724;RO=46;SAF=8;SAR=23;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234517;STB=0.634541;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0144576;OID=.;OPOS=113801826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:23:8:21:25:23:8:21:25 chr3 113858350 . C T 2881.63 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032515;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.192;QD=62.644;RBI=0.0459038;REFB=0;REVB=0.0457885;RO=0;SAF=100;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415481;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:184:0:0:180:184:1:80:100:0:0:80:104:0:0 chr3 113890815 . C T 2926.35 PASS AF=0.974227;AO=189;DP=194;FAO=189;FDP=194;FR=.;FRO=5;FSAF=88;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0051537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.858;QD=60.3372;RBI=0.0350201;REFB=0.000385096;REVB=-0.0346388;RO=4;SAF=88;SAR=101;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.001363;STB=0.501699;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-4.68519e-05;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:194:194:4:5:189:189:0.974227:101:88:2:2:101:88:2:3 chr3 113955164 . T G 232.7 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.00128419;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.287;QD=10.2288;RBI=0.0172926;REFB=0.00969924;REVB=-0.0172448;RO=62;SAF=17;SAR=12;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921449;STB=0.553663;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0171008;OID=.;OPOS=113955164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:62:29:29:0.318681:12:17:41:21:12:17:41:21 chr3 113955265 . G A 423.31 PASS AF=0.335404;AO=55;DP=164;FAO=54;FDP=161;FR=.;FRO=107;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=-0.0255361;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.795;QD=10.517;RBI=0.0287412;REFB=-0.00606716;REVB=-0.0131897;RO=105;SAF=28;SAR=27;SRF=61;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082505;STB=0.558985;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00903966;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:161:105:107:55:54:0.335404:27:28:61:44:27:27:63:44 chr3 113955320 . C T 388.23 PASS AF=0.343066;AO=47;DP=137;FAO=47;FDP=137;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0660373;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4587;QD=11.3353;RBI=0.0701088;REFB=0.000887655;REVB=-0.0235442;RO=88;SAF=21;SAR=26;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887684;STB=0.505802;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.00355246;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:88:90:47:47:0.343066:26:21:40:48:26:21:41:49 chr3 113955820 . G C 447.54 PASS AF=0.357616;AO=54;DP=151;FAO=54;FDP=151;FR=.;FRO=97;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.00437339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.007;QD=11.8555;RBI=0.00488744;REFB=0.00317793;REVB=-0.00218187;RO=97;SAF=17;SAR=37;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256271;STB=0.646765;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00461637;OID=.;OPOS=113955820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:97:97:54:54:0.357616:37:17:52:45:37:17:52:45 chr3 116301660 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.241;QD=52.6132;RBI=0.0378484;REFB=0;REVB=0.00614067;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251092;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr3 116683964 . G C 8924.81 PASS AF=1;AO=564;DP=572;FAO=568;FDP=568;FR=.;FRO=0;FSAF=277;FSAR=291;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268005;FXX=0.0173007;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.357;QD=62.8508;RBI=0.0353666;REFB=-0.0725919;REVB=0.0230767;RO=5;SAF=275;SAR=289;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00482951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351648;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:572:568:5:0:564:568:1:289:275:1:4:291:277:0:0 chr3 118269774 . A G 673.67 PASS AF=0.430233;AO=74;DP=172;FAO=74;FDP=172;FR=.;FRO=98;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=0.0176507;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.624;QD=15.6668;RBI=0.0176671;REFB=-0.0159668;REVB=0.000761222;RO=98;SAF=39;SAR=35;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455925;STB=0.525436;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.01665;OID=.;OPOS=118269774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:98:98:74:74:0.430233:35:39:56:42:35:39:56:42 chr3 118381320 . C A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.595;QD=64.1537;RBI=0.0293921;REFB=0;REVB=-0.021712;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53934e-06;OID=.;OPOS=118381320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr3 118649060 . G T 936.78 PASS AF=0.587413;AO=84;DP=143;FAO=84;FDP=143;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0138016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.002;QD=26.2037;RBI=0.0281557;REFB=-0.00132947;REVB=0.024541;RO=59;SAF=31;SAR=53;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010724;STB=0.505826;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000886635;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:59:59:84:84:0.587413:53:31:21:38:53:31:21:38 chr3 118865332 . A G 718.48 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8117;QD=62.4762;RBI=0.118065;REFB=0;REVB=0.0404128;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0035422;OID=.;OPOS=118865332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:42:46:1:21:21:0:0:21:25:0:0 chr3 118865609 . C T 873.24 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.629;QD=57.2616;RBI=0.0233592;REFB=0;REVB=0.0212795;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5425e-05;OID=.;OPOS=118865609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:30:31:0:0 chr3 118867047 . C G 1062.88 PASS AF=0.961538;AO=73;DP=79;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0305714;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.354;QD=54.5066;RBI=0.0351434;REFB=-0.0669124;REVB=0.0173334;RO=4;SAF=44;SAR=29;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358372;STB=0.510635;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00241337;OID=.;OPOS=118867047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:79:78:4:3:73:75:0.961538:29:44:1:3:30:45:1:2 chr3 118909159 . A G 704.14 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.166;QD=62.5905;RBI=0.0492046;REFB=0;REVB=0.0106634;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248712;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:32:12:0:0:32:13:0:0 chr3 118945796 . G C 3575.66 PASS AF=1;AO=227;DP=228;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321237;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.611;QD=63.0073;RBI=0.0434067;REFB=0;REVB=0.0291925;RO=0;SAF=94;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39026e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00676e-05;OID=.;OPOS=118945796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:227:0:0:227:227:1:133:94:0:0:133:94:0:0 chr3 119118104 . A G 801.19 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1806;QD=57.2279;RBI=0.0768741;REFB=0;REVB=0.06725;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501291;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr3 119133183 . G A 1407.91 PASS AF=0.949495;AO=93;DP=99;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0429027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.801;QD=56.8854;RBI=0.049173;REFB=0.00159403;REVB=0.0240278;RO=4;SAF=45;SAR=48;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182945;STB=0.514116;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-9.02043e-05;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:99:99:4:5:93:94:0.949495:48:45:1:3:49:45:1:4 chr3 119196166 . T C 2212.35 PASS AF=0.980645;AO=150;DP=155;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0127154;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4144;QD=57.093;RBI=0.0970214;REFB=-0.0925928;REVB=0.0961846;RO=4;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237636;STB=0.509201;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00282733;OID=.;OPOS=119196166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:155:155:4:3:150:152:0.980645:78:72:0:4:80:72:0:3 chr3 119197285 . A G 2224.95 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00786967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8302;QD=62.2364;RBI=0.0303182;REFB=-0.129174;REVB=-0.029279;RO=0;SAF=59;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35412e-08;STB=0.50303;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000943483;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:143:0:1:141:142:0.993007:82:59:0:0:82:60:0:1 chr3 119248301 . G A 6202.45 PASS AF=1;AO=389;DP=391;FAO=390;FDP=390;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=245;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409999;FXX=0.00763339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0529;QD=63.6149;RBI=0.053605;REFB=-0.0457105;REVB=-0.0345327;RO=1;SAF=145;SAR=244;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00327988;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191468;OID=.;OPOS=119248301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:391:390:1:0:389:390:1:244:145:1:0:245:145:0:0 chr3 119248321 . A G 4957.11 PASS AF=1;AO=141;DP=333;FAO=345;FDP=345;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=130;FSAR=215;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203119;FXX=0.0389961;HRUN=9;LEN=1;MLLD=231.952;QD=57.4738;RBI=0.00745202;REFB=-0.0794348;REVB=-0.00716986;RO=0;SAF=80;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122194;OID=.;OPOS=119248321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:333:345:0:0:141:345:1:61:80:0:0:215:130:0:0 chr3 119305169 . G A 413.9 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00277441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.796;QD=21.5013;RBI=0.0176381;REFB=-0.0176262;REVB=-0.0174185;RO=31;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164496;STB=0.548405;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0164208;OID=.;OPOS=119305169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:31:36:41:41:0.532468:19:22:23:8:19:22:23:13 chr3 119327653 . T C 1199.12 PASS AF=0.555556;AO=110;DP=199;FAO=110;FDP=198;FR=.;FRO=88;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=-0.000800227;FXX=0.00502487;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.244;QD=24.2246;RBI=0.0124237;REFB=0.00412762;REVB=0.0123979;RO=87;SAF=58;SAR=52;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918574;STB=0.552372;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00271859;OID=.;OPOS=119327653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:87:88:110:110:0.555556:52:58:36:51:52:58:36:52 chr3 119331874 . C T 752.18 PASS AF=0.621622;AO=69;DP=113;FAO=69;FDP=111;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0074228;FXX=0.0263135;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.012;QD=27.1056;RBI=0.0315471;REFB=0.00729031;REVB=-0.0306615;RO=42;SAF=34;SAR=35;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382588;STB=0.520746;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00471964;OID=.;OPOS=119331874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:42:42:69:69:0.621622:35:34:23:19:35:34:23:19 chr3 119331892 . C G 861.04 PASS AF=0.636364;AO=77;DP=121;FAO=77;FDP=121;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0152102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.764;QD=28.464;RBI=0.0415984;REFB=-0.0324528;REVB=-0.038718;RO=44;SAF=38;SAR=39;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349083;STB=0.518879;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0218351;OID=.;OPOS=119331892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:44:44:77:77:0.636364:39:38:24:20:39:38:24:20 chr3 119338956 . A G 1625.81 PASS AF=0.642534;AO=142;DP=221;FAO=142;FDP=221;FR=.;FRO=79;FSAF=69;FSAR=73;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0193848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.07;QD=29.4265;RBI=0.020939;REFB=-0.00701477;REVB=0.00791666;RO=78;SAF=69;SAR=73;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430497;STB=0.525377;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00334138;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:78:79:142:142:0.642534:73:69:43:35:73:69:44:35 chr3 119367390 . T C 1914.99 PASS AF=1;AO=121;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.809;QD=61.774;RBI=0.0319546;REFB=0;REVB=0.0313053;RO=0;SAF=66;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39671e-05;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:121:124:1:55:66:0:0:55:69:0:0 chr3 119395662 . C G 2852.02 PASS AF=0.994536;AO=182;DP=184;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-2.70767e-05;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9926;QD=62.3393;RBI=0.00639363;REFB=-0.0821964;REVB=-0.00639358;RO=0;SAF=108;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29044e-08;STB=0.502304;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000298978;OID=.;OPOS=119395662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:183:0:1:182:182:0.994536:74:108:0:0:74:108:1:0 chr3 119426307 . T C 772.63 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0464547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4176;QD=61.8103;RBI=0.0732107;REFB=-0.0309903;REVB=0.0565842;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192048;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00108468;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:24:25:0:1:24:25:0:1 chr3 119434527 . G C 3105.59 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.237;QD=61.8028;RBI=0.0197685;REFB=0;REVB=-0.000219466;RO=0;SAF=108;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04012e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:201:0:0:201:201:1:93:108:0:0:93:108:0:0 chr3 119530472 . GTGCAGGGGC G 391.47 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0125967;FXX=0.0537577;HRUN=1;LEN=9;MLLD=276.24;QD=17.794;RBI=0.0224896;REFB=-0.00521156;REVB=-0.0186308;RO=40;SAF=14;SAR=26;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245048;STB=0.514844;STBP=0.837;TYPE=del;VARB=0.00634064;OID=.;OPOS=119530473;OREF=TGCAGGGGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:40:89:40:88:48:14:26:18:30:99:40:14:26:15:25 chr3 119533910 . T C 3229.37 PASS AF=1;AO=208;DP=212;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202436;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.255;QD=61.2202;RBI=0.0221966;REFB=-0.0174596;REVB=0.00910405;RO=1;SAF=107;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309558;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:211:1:0:208:211:1:101:107:0:1:104:107:0:0 chr3 119886548 . G C 1251.28 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.628;QD=61.0381;RBI=0.0352778;REFB=0;REVB=0.0277846;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202713;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:79:82:1:46:33:0:0:49:33:0:0 chr3 119886776 . T A 3044.29 PASS AF=1;AO=197;DP=201;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194086;FXX=0.0198995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.95;QD=61.813;RBI=0.0385154;REFB=0;REVB=0.0332677;RO=0;SAF=91;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31184e-06;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:197:0:0:197:197:1:106:91:0:0:106:91:0:0 chr3 120389316 . T A 1079.84 PASS AF=0.584795;AO=100;DP=172;FAO=100;FDP=171;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0059096;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.724;QD=25.2593;RBI=0.008195;REFB=-0.0276466;REVB=0.00567756;RO=70;SAF=40;SAR=60;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227014;STB=0.514703;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0179108;OID=.;OPOS=120389316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:70:71:100:100:0.584795:60:40:26:44:60:40:26:45 chr3 120500093 . C T 503.97 PASS AF=0.638889;AO=46;DP=72;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0599348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.523;QD=27.9984;RBI=0.0797646;REFB=0.0184576;REVB=0.0526328;RO=26;SAF=20;SAR=26;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119811;STB=0.565189;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00862122;OID=.;OPOS=120500093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:26:26:46:46:0.638889:26:20:16:10:26:20:16:10 chr3 121137976 . C T 1403.05 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.162;QD=61.0024;RBI=0.027852;REFB=0.0127617;REVB=0.00950597;RO=1;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104166;STB=0.505375;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=2.08524e-05;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:90:91:0.98913:45:45:0:1:46:45:0:1 chr3 121138015 . C T 1225.17 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8243;QD=61.2586;RBI=0.0483648;REFB=0;REVB=0.00341468;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218893;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:41:37:0:0:41:39:0:0 chr3 121143384 . C CT 2100.84 PASS AF=1;AO=170;DP=198;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214546;FXX=0.0215042;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.9808;QD=46.1724;RBI=0.0256473;REFB=0;REVB=0.0140529;RO=25;SAF=75;SAR=95;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388747;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000220043;OID=.;OPOS=121143385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:170:198:182:182:0:82:100:0:0:39:25:75:95:15:10 chr3 121154974 . T C 2722.59 PASS AF=0.994413;AO=176;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0443604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.083;QD=60.84;RBI=0.0458217;REFB=0.0203524;REVB=-0.0114799;RO=3;SAF=78;SAR=98;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00721517;STB=0.502538;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000905839;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:179:179:3:1:176:178:0.994413:98:78:2:1:98:80:0:1 chr3 121208176 . T C 1043.69 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1055;QD=59.6392;RBI=0.090249;REFB=0;REVB=0.085522;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082541;OID=.;OPOS=121208176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr3 121208833 . G C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.227;QD=64.1538;RBI=0.0333163;REFB=0;REVB=-0.0321879;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.09177e-05;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr3 121238749 . G A 1708.12 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695146;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2811;QD=60.4643;RBI=0.102457;REFB=0;REVB=-0.102221;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031328;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:112:113:1:64:48:0:0:65:48:0:0 chr3 121263720 . C A 2170.78 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7706;QD=62.0224;RBI=0.0358632;REFB=0;REVB=0.0276239;RO=0;SAF=59;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212839;OID=.;OPOS=121263720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:140:0:0:136:140:1:77:59:0:0:77:63:0:0 chr3 121340536 . T C 3536.03 PASS AF=1;AO=225;DP=227;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10217;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0589;QD=62.8627;RBI=0.102437;REFB=0;REVB=-0.0073914;RO=0;SAF=113;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12178e-05;OID=.;OPOS=121340536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:225:0:0:225:225:1:112:113:0:0:112:113:0:0 chr3 121341383 . T C 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0107805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.263;QD=18.1913;RBI=0.0155352;REFB=-0.00628258;REVB=0.0111859;RO=45;SAF=14;SAR=26;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950437;STB=0.553164;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00750288;OID=.;OPOS=121341383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:26:14:20:25:26:14:20:25 chr3 121350966 . C G 1014.15 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.782;QD=58.7915;RBI=0.0951218;REFB=0;REVB=0.0458481;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474782;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:39:30:0:0 chr3 121351315 . G A,GGGCTCAGGCTCA 311.85 PASS AF=0.114583,0.260417;AO=12,27;DP=97;FAO=11,25;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=2,16;FSAR=9,9;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0220165,-0.00796469;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,12;MLLD=195.207,114.694;QD=12.9938;RBI=0.0231464,0.0421949;REFB=-0.00886137,-0.011359;REVB=-0.00714336,-0.0414363;RO=56;SAF=2,19;SAR=10,8;SRF=31;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.488405,0.187734;STB=0.83765,0.530096;STBP=0.024,0.753;TYPE=snp,ins;VARB=0.0357014,0.0490489;OID=.,.;OPOS=121351315,121351316;OREF=G,-;OALT=A,GGCTCAGGCTCA;OMAPALT=A,GGGCTCAGGCTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:97:96:56:60:12,27:11,25:0.114583,0.260417:10,8:2,19:31:25:9,9:2,16:36:24 chr3 121353254 . T C 204.54 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0243736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.73;QD=22.7262;RBI=0.0258647;REFB=-0.0122872;REVB=-0.00865494;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267581;STB=0.64985;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00868179;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:7:13:5:11:7:13:5:11 chr3 121354583 . G A 1039.12 PASS AF=0.625;AO=90;DP=144;FAO=90;FDP=144;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0118623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.152;QD=28.8646;RBI=0.0563002;REFB=-0.00434565;REVB=0.0550364;RO=54;SAF=41;SAR=49;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309615;STB=0.516746;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00279057;OID=.;OPOS=121354583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:54:54:90:90:0.625:49:41:27:27:49:41:27:27 chr3 121372875 . A G 205.81 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0233989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5649;QD=23.5211;RBI=0.0234077;REFB=-0.0252903;REVB=0.000644616;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766705;STB=0.542815;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.023357;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:10:10:6:9:10:10:6:9 chr3 121373058 . T C 603.43 PASS AF=0.646341;AO=53;DP=82;FAO=53;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0292121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0589;QD=29.4357;RBI=0.0292367;REFB=-0.0206808;REVB=-0.00119796;RO=29;SAF=37;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264747;STB=0.644044;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0119824;OID=.;OPOS=121373058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:29:29:53:53:0.646341:16:37:9:20:16:37:9:20 chr3 121373111 . T C 344.8 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0133185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.806;QD=21.892;RBI=0.035912;REFB=-0.0133389;REVB=0.033351;RO=28;SAF=18;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183609;STB=0.601027;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00680443;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:17:18:8:20:17:18:8:20 chr3 121374361 . G A 340.89 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0323419;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.106;QD=25.7278;RBI=0.0338221;REFB=-0.0024349;REVB=-0.00989629;RO=20;SAF=12;SAR=21;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628893;STB=0.534524;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00104225;OID=.;OPOS=121374361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:20:20:33:33:0.622642:21:12:9:11:21:12:9:11 chr3 121414061 . C T 589.85 PASS AF=0.541284;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00623134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.255;QD=21.6459;RBI=0.0159581;REFB=-0.0232446;REVB=0.0146912;RO=50;SAF=20;SAR=39;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158896;STB=0.587396;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0193743;OID=.;OPOS=121414061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:50:59:59:0.541284:39:20:26:24:39:20:26:24 chr3 121415720 . T C 787.46 PASS AF=0.560606;AO=74;DP=132;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00284122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.035;QD=23.8623;RBI=0.014575;REFB=-0.00799735;REVB=0.0142954;RO=58;SAF=39;SAR=35;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00789343;STB=0.504309;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00619744;OID=.;OPOS=121415720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:58:58:74:74:0.560606:35:39:30:28:35:39:30:28 chr3 121435621 . T C 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00384871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4198;QD=12.8606;RBI=0.018445;REFB=0.00266719;REVB=-0.018039;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206125;STB=0.624625;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00433404;OID=.;OPOS=121435621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:4:4:2:5:4:4 chr3 121435624 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00495903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.746;QD=12.8607;RBI=0.0181069;REFB=-0.00603511;REVB=-0.0174146;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206125;STB=0.624625;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0121526;OID=.;OPOS=121435624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:4:4:2:5:4:4 chr3 121488995 . C G 435.51 PASS AF=0.494382;AO=41;DP=84;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00587731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6445;QD=19.5734;RBI=0.0136374;REFB=-0.0110011;REVB=-0.0123059;RO=42;SAF=24;SAR=17;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130331;STB=0.505152;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00947461;OID=.;OPOS=121488995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:89:42:45:41:44:0.494382:17:24:24:18:20:24:25:20 chr3 121526204 . G A 71.33 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0563387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9908;QD=7.71157;RBI=0.0807395;REFB=-0.00426594;REVB=-0.0578344;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181351;STB=0.613797;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00559964;OID=.;OPOS=121526204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:7:3:12:15:7:3:12:15 chr3 121563355 . T C 1138.86 PASS AF=0.601156;AO=103;DP=173;FAO=104;FDP=173;FR=.;FRO=69;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.03187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7339;QD=26.3319;RBI=0.0549064;REFB=-0.0076562;REVB=0.0447104;RO=69;SAF=59;SAR=44;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521902;STB=0.501139;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00531677;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:69:69:103:104:0.601156:44:59:40:29:44:60:40:29 chr3 121641693 . G A 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.984;QD=59.9371;RBI=0.0136051;REFB=0;REVB=0.00365916;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65084e-05;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr3 121642048 . A T 1551.23 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7832;QD=59.6628;RBI=0.0811753;REFB=0;REVB=-0.0717899;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000638372;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:46:58:0:0:46:58:0:0 chr3 121643170 . A T 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.866;QD=62.0063;RBI=0.0358823;REFB=0;REVB=-0.0250099;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31675e-06;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr3 121643804 . C T 2265.07 PASS AF=0.987097;AO=152;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0433067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.5822;QD=58.4534;RBI=0.0902454;REFB=-0.0397952;REVB=-0.0791755;RO=0;SAF=74;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65373e-08;STB=0.506578;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000109975;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:155:155:0:2:152:153:0.987097:78:74:0:0:78:75:2:0 chr3 121646641 . A G 1850.84 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159582;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.662;QD=61.6947;RBI=0.0206208;REFB=0;REVB=-0.0130595;RO=0;SAF=51;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180165;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:120:0:0:120:120:1:69:51:0:0:69:51:0:0 chr3 121647286 . C T 2224.02 PASS AF=0.986111;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0314514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.345;QD=61.7784;RBI=0.0322958;REFB=-0.0460238;REVB=0.00733666;RO=2;SAF=59;SAR=83;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113193;STB=0.505952;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00052132;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:144:2:2:142:142:0.986111:83:59:0:2:83:59:0:2 chr3 121647396 . C T 760.23 PASS AF=0.532847;AO=73;DP=137;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00728593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4335;QD=22.1964;RBI=0.0120862;REFB=-0.00890939;REVB=-0.00964325;RO=60;SAF=23;SAR=50;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931756;STB=0.570781;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0070311;OID=.;OPOS=121647396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:60:64:73:73:0.532847:50:23:25:35:50:23:29:35 chr3 121648168 . G A 914.06 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.441;QD=58.0353;RBI=0.0662232;REFB=0;REVB=-0.00817244;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103598;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:59:63:1:21:38:0:0:21:42:0:0 chr3 121712051 . A C 1529.0 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8867;QD=59.3785;RBI=0.0850203;REFB=0;REVB=0.0832778;RO=0;SAF=63;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552766;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:101:103:1:38:63:0:0:38:65:0:0 chr3 121825197 . G A 2681.72 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323165;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.198;QD=62.3655;RBI=0.0409572;REFB=0;REVB=-0.0251623;RO=0;SAF=98;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50212e-05;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:74:98:0:0:74:98:0:0 chr3 121836966 . TGA T 965.18 PASS AF=1;AO=61;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587775;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.564;QD=58.4957;RBI=0.0723456;REFB=0;REVB=0.0421794;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000330699;OID=.;OPOS=121836967;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:65:66:66:0:28:38:0:0:5:0:26:35:0:0 chr3 121838319 . G A 1924.87 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.125;QD=61.596;RBI=0.0117409;REFB=0;REVB=-0.011107;RO=0;SAF=62;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60238e-06;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:123:125:1:61:62:0:0:63:62:0:0 chr3 121838791 . T C 2342.83 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897606;FXX=0.0602373;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.061;QD=60.0726;RBI=0.018138;REFB=0;REVB=0.0157613;RO=0;SAF=53;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01932e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104038;OID=.;OPOS=121838791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:153:156:0:0:152:156:1:99:53:0:0:100:56:0:0 chr3 122003045 . G C 3972.9 PASS AF=1;AO=228;DP=260;FAO=258;FDP=258;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=134;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.774;QD=61.5953;RBI=0.0325828;REFB=0;REVB=0.0156007;RO=0;SAF=122;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142627;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:260:258:0:0:228:258:1:106:122:0:0:124:134:0:0 chr3 122003832 . G C 1856.81 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4401;QD=61.3821;RBI=0.0670294;REFB=0;REVB=-0.0657456;RO=0;SAF=60;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191111;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:61:60:0:0:61:60:0:0 chr3 122103120 . G A 960.97 PASS AF=0.603896;AO=76;DP=140;FAO=93;FDP=154;FR=.;FRO=61;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0244212;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.25;QD=24.9604;RBI=0.0528288;REFB=-0.0211461;REVB=0.0468454;RO=61;SAF=43;SAR=33;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339913;STB=0.545725;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0132365;OID=.;OPOS=122103120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:154:61:61:76:93:0.603896:33:43:32:29:34:59:32:29 chr3 122140919 . T C 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00569753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.122;QD=20.9025;RBI=0.0276284;REFB=-0.0122739;REVB=-0.0270345;RO=28;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765345;STB=0.542347;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0102543;OID=.;OPOS=122140919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:16:17:17:11:16:17:17:11 chr3 122145470 . C A 360.07 PASS AF=0.333333;AO=45;DP=135;FAO=45;FDP=135;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.00786097;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=319.892;QD=10.6688;RBI=0.00789787;REFB=0.00412775;REVB=-0.000762519;RO=90;SAF=25;SAR=20;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258908;STB=0.514943;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00802775;OID=.;OPOS=122145470;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:90:90:45:45:0.333333:20:25:48:42:20:25:48:42 chr3 122186188 . C T 1414.85 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.067;QD=62.8824;RBI=0.0450595;REFB=0;REVB=0.0422776;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2347e-05;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:49:41:0:0:49:41:0:0 chr3 122259606 . T C 937.81 PASS AF=0.410853;AO=106;DP=258;FAO=106;FDP=258;FR=.;FRO=152;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=71;FSRR=81;FWDB=-0.0045382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.469;QD=14.5397;RBI=0.0258355;REFB=-0.0108123;REVB=0.0254338;RO=150;SAF=49;SAR=57;SRF=70;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464111;STB=0.502867;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0188225;OID=.;OPOS=122259606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:150:152:106:106:0.410853:57:49:70:80:57:49:71:81 chr3 122259640 . T C 854.93 PASS AF=0.411255;AO=95;DP=231;FAO=95;FDP=231;FR=.;FRO=136;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=68;FSRR=68;FWDB=-0.0169098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.624;QD=14.804;RBI=0.0285821;REFB=-0.00677259;REVB=0.0230433;RO=136;SAF=47;SAR=48;SRF=68;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553771;STB=0.503098;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00656252;OID=.;OPOS=122259640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:136:136:95:95:0.411255:48:47:68:68:48:47:68:68 chr3 122277268 . G A 290.08 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.00741013;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.687;QD=11.3757;RBI=0.031993;REFB=-0.00096254;REVB=0.031123;RO=67;SAF=11;SAR=25;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104203;STB=0.509549;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00179914;OID=.;OPOS=122277268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:67:66:36:36:0.352941:25:11:21:46:25:11:21:45 chr3 122288210 . G A 173.58 PASS AF=0.44186;AO=17;DP=40;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0333243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8457;QD=16.1466;RBI=0.0506727;REFB=-0.0819911;REVB=0.0381734;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113674;STB=0.579127;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.044985;OID=.;OPOS=122288210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:23:24:17:19:0.44186:7:10:16:7:9:10:16:8 chr3 122296647 . G A 5469.63 PASS AF=0.526474;AO=527;DP=1001;FAO=527;FDP=1001;FR=.;FRO=474;FSAF=268;FSAR=259;FSRF=253;FSRR=221;FWDB=0.0206512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8833;QD=21.8567;RBI=0.038272;REFB=-0.0192307;REVB=0.0322222;RO=437;SAF=268;SAR=259;SRF=219;SRR=218;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00618184;STB=0.511949;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0157175;OID=.;OPOS=122296647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1001:1001:437:474:527:527:0.526474:259:268:219:218:259:268:253:221 chr3 122345822 . GA G 34.84 PASS AF=0.26;AO=29;DP=105;FAO=26;FDP=100;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.110751;FXX=0.0565984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.06504;QD=1.39365;RBI=0.147714;REFB=-0.0933236;REVB=0.0977425;RO=55;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230402;STB=0.572716;STBP=0.437;TYPE=del;VARB=0.0689458;OID=.;OPOS=122345823;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26:29:105:26:100:74:12:14:27:47:34:55:16:13:19:36 chr3 122354037 . A G 223.39 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0294166;FXX=0.0172384;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.281;QD=15.6766;RBI=0.0553795;REFB=-0.0258679;REVB=-0.0469207;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205806;STB=0.597495;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0118904;OID=.;OPOS=122354037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:19:26:20:21:0.368421:10:10:14:5:11:10:17:9 chr3 122354792 . G A 470.03 PASS AF=0.315789;AO=60;DP=190;FAO=60;FDP=190;FR=.;FRO=130;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=75;FWDB=-0.0210855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.681;QD=9.89531;RBI=0.0224132;REFB=0.00703337;REVB=0.00759957;RO=129;SAF=28;SAR=32;SRF=54;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572868;STB=0.530068;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.0145136;OID=.;OPOS=122354792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:129:130:60:60:0.315789:32:28:54:75:32:28:55:75 chr3 122437321 . T C 577.6 PASS AF=0.552083;AO=52;DP=95;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0148574;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5738;QD=24.0667;RBI=0.0375285;REFB=-0.016213;REVB=0.0344623;RO=42;SAF=20;SAR=32;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172406;STB=0.519462;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0123222;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:42:43:52:53:0.552083:32:20:17:25:33:20:18:25 chr3 122630323 . T G 407.73 PASS AF=0.302198;AO=54;DP=181;FAO=55;FDP=182;FR=.;FRO=127;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=81;FWDB=-0.00196042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6259;QD=8.96107;RBI=0.00998196;REFB=-0.00303958;REVB=0.00978756;RO=126;SAF=16;SAR=38;SRF=46;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094059;STB=0.541981;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00828204;OID=.;OPOS=122630323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:126:127:54:55:0.302198:38:16:46:80:38:17:46:81 chr3 122630346 . T C 319.7 PASS AF=0.287582;AO=44;DP=153;FAO=44;FDP=153;FR=.;FRO=109;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=74;FWDB=0.00693779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4201;QD=8.35822;RBI=0.0331769;REFB=0.0244118;REVB=0.0324433;RO=108;SAF=9;SAR=35;SRF=35;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189645;STB=0.610814;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0674689;OID=.;OPOS=122630346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:108:109:44:44:0.287582:35:9:35:73:35:9:35:74 chr3 122631896 . A T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0153429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.807;QD=9.75995;RBI=0.0440465;REFB=0.00217808;REVB=-0.0412879;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233803;STB=0.644727;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00325836;OID=.;OPOS=122631896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:6:6:2:5:6:6 chr3 122642590 . G A 346.97 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0186032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.988;QD=14.6093;RBI=0.0187356;REFB=0.002876;REVB=0.00222366;RO=57;SAF=13;SAR=25;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504846;STB=0.528686;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00454473;OID=.;OPOS=122642590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:25:13:22:35:25:13:22:35 chr3 122680141 . A G 830.08 PASS AF=0.566176;AO=77;DP=136;FAO=77;FDP=136;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0566854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.378;QD=24.4142;RBI=0.0567029;REFB=-0.00481726;REVB=0.00141168;RO=58;SAF=33;SAR=44;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158108;STB=0.505352;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00521918;OID=.;OPOS=122680141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:58:59:77:77:0.566176:44:33:26:32:44:33:26:33 chr3 122843110 . G T 876.12 PASS AF=0.371429;AO=100;DP=277;FAO=104;FDP=280;FR=.;FRO=176;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=95;FSRR=81;FWDB=-0.00642529;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.204;QD=12.516;RBI=0.010458;REFB=0.00136667;REVB=0.00825145;RO=169;SAF=35;SAR=65;SRF=93;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225578;STB=0.611089;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00314544;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:280:169:176:100:104:0.371429:65:35:93:76:66:38:95:81 chr3 122864436 . G A 2529.38 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.049;QD=61.6921;RBI=0.0233654;REFB=0;REVB=-0.00295576;RO=0;SAF=61;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05943e-05;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:103:61:0:0:103:61:0:0 chr3 122869147 . G C 402.06 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.011459;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.7712;QD=21.7331;RBI=0.0202521;REFB=0.00162088;REVB=0.0166985;RO=32;SAF=16;SAR=24;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00524493;STB=0.505615;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.000722323;OID=.;OPOS=122869147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:32:34:40:40:0.540541:24:16:13:19:24:16:14:20 chr3 122991021 . A T 435.05 PASS AF=0.413223;AO=48;DP=120;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.00271244;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.835;QD=14.382;RBI=0.00272289;REFB=-0.0104417;REVB=0.000238325;RO=71;SAF=24;SAR=24;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223184;STB=0.524115;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0149346;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:71:71:48:50:0.413223:24:24:34:37:24:26:34:37 chr3 122991038 . C T 1988.5 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.535;QD=62.1408;RBI=0.0224242;REFB=0;REVB=0.0172247;RO=0;SAF=63;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01179e-05;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:128:0:0:122:128:1:59:63:0:0:63:65:0:0 chr3 123167249 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.083;QD=47.8222;RBI=0.0519318;REFB=0;REVB=0.0506413;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131626;OID=.;OPOS=123167249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr3 123303821 . G C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0209157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.833;QD=19.1804;RBI=0.021334;REFB=-0.0359089;REVB=0.00420391;RO=11;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332207;STB=0.693347;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0167695;OID=.;OPOS=123303821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:11:2:5:6:11:2:5:6 chr3 123331774 . T TTAAG 234.28 PASS AF=0.628571;AO=14;DP=36;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0568377;FXX=0.0540395;HRUN=3;LEN=4;MLLD=259.311;QD=26.7749;RBI=0.0573079;REFB=-0.013266;REVB=-0.00732576;RO=15;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390763;STB=0.608913;STBP=0.145;TYPE=ins;VARB=0.00599099;OID=.;OPOS=123331775;OREF=-;OALT=TAAG;OMAPALT=TTAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.628571:14:36:22:35:13:4:18:5:8:99:15:2:12:7:8 chr3 123357037 . A G 939.57 PASS AF=0.554878;AO=90;DP=163;FAO=91;FDP=164;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=-0.00630441;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.02;QD=22.9164;RBI=0.00642719;REFB=0.00444466;REVB=0.00125029;RO=69;SAF=36;SAR=54;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437539;STB=0.517045;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00377297;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:69:73:90:91:0.554878:54:36:24:45:54:37:27:46 chr3 123359271 . C T 525.27 PASS AF=0.39726;AO=58;DP=146;FAO=58;FDP=146;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.011556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.879;QD=14.3908;RBI=0.0118463;REFB=-0.0116694;REVB=0.00260672;RO=88;SAF=33;SAR=25;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131978;STB=0.507446;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0203146;OID=.;OPOS=123359271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:88:88:58:58:0.39726:25:33:49:39:25:33:49:39 chr3 123368013 . A G 428.82 PASS AF=0.545455;AO=41;DP=76;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.036317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2723;QD=22.2763;RBI=0.0386498;REFB=-0.0351918;REVB=-0.0132243;RO=35;SAF=18;SAR=23;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153108;STB=0.513201;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0345306;OID=.;OPOS=123368013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:35:35:41:42:0.545455:23:18:16:19:24:18:16:19 chr3 123418913 . G A 1705.08 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.932;QD=59.3072;RBI=0.00837321;REFB=-0.125956;REVB=-0.00627651;RO=0;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427283;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:115:115:0:0:113:115:1:52:61:0:0:54:61:0:0 chr3 123419116 . GTTC G 3013.65 PASS AF=0.938849;AO=251;DP=268;FAO=261;FDP=278;FR=.;FRO=17;FSAF=147;FSAR=114;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00463695;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=250.019;QD=43.3619;RBI=0.0362547;REFB=-0.0079167;REVB=0.035957;RO=0;SAF=141;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516242;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=0.000420951;OID=.;OPOS=123419117;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.938849:251:268:261:278:17:147:114:14:3:5:0:141:110:0:0 chr3 123419288 . C T 2322.82 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.632;QD=63.639;RBI=0.0403257;REFB=0;REVB=0.0202137;RO=0;SAF=58;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34332e-05;OID=.;OPOS=123419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:146:0:0:139:146:1:81:58:0:0:84:62:0:0 chr3 123419573 . G T 3048.33 PASS AF=0.990099;AO=200;DP=202;FAO=200;FDP=202;FR=.;FRO=2;FSAF=111;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.012965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2276;QD=60.3629;RBI=0.0604175;REFB=-0.0741498;REVB=-0.05901;RO=1;SAF=111;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427174;STB=0.504464;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000297905;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:202:202:1:2:200:200:0.990099:89:111:1:0:89:111:2:0 chr3 123419733 . A G 2588.76 PASS AF=1;AO=163;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393965;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.999;QD=62.0061;RBI=0.0490283;REFB=0;REVB=0.0291837;RO=0;SAF=91;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187278;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:163:167:1:72:91:0:0:72:95:0:0 chr3 123451773 . G C 2733.85 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.754;QD=62.4881;RBI=0.0306168;REFB=0;REVB=0.0230135;RO=0;SAF=73;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21537e-05;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:102:73:0:0:102:73:0:0 chr3 123452838 . G A 3295.33 PASS AF=0.977477;AO=216;DP=224;FAO=217;FDP=222;FR=.;FRO=5;FSAF=90;FSAR=127;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0181805;FXX=0.00892817;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.744;QD=59.3753;RBI=0.0221906;REFB=-0.10824;REVB=0.0127237;RO=5;SAF=89;SAR=127;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171908;STB=0.504291;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.000201816;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:224:222:5:5:216:217:0.977477:127:89:4:1:127:90:3:2 chr3 123457893 . G A 742.61 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0448379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7802;QD=53.0433;RBI=0.0467767;REFB=-0.142585;REVB=0.0133274;RO=1;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122428;STB=0.508658;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0113929;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:38:16:0:1:38:16:1:1 chr3 123634046 . G A 2167.34 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0089691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1642;QD=61.924;RBI=0.0252701;REFB=0.0706057;REVB=-0.0236249;RO=1;SAF=61;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061347;STB=0.503184;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000260766;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:140:1:1:138:139:0.992857:77:61:0:1:78:61:0:1 chr3 123650179 . T G 260.52 PASS AF=0.33;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00604979;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.401;QD=10.4209;RBI=0.0196322;REFB=-0.00569571;REVB=0.0186768;RO=67;SAF=18;SAR=15;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439462;STB=0.525532;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0137534;OID=.;OPOS=123650179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:67:67:33:33:0.33:15:18:34:33:15:18:34:33 chr3 123665902 . T G 525.36 PASS AF=0.330049;AO=66;DP=201;FAO=67;FDP=203;FR=.;FRO=136;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=62;FSRR=74;FWDB=0.00614196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0104;QD=10.3519;RBI=0.0884001;REFB=0.00557305;REVB=0.0881865;RO=135;SAF=37;SAR=29;SRF=61;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126619;STB=0.564369;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0116916;OID=.;OPOS=123665902;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:135:136:66:67:0.330049:29:37:61:74:30:37:62:74 chr3 123699299 . G A 1408.49 PASS AF=0.683908;AO=119;DP=174;FAO=119;FDP=174;FR=.;FRO=55;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.0168328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2357;QD=32.3791;RBI=0.0895823;REFB=0.0237145;REVB=0.0879866;RO=55;SAF=56;SAR=63;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961382;STB=0.551527;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0106159;OID=.;OPOS=123699299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:55:55:119:119:0.683908:63:56:17:38:63:56:17:38 chr3 123946895 . G A 521.48 PASS AF=0.315556;AO=60;DP=214;FAO=71;FDP=225;FR=.;FRO=154;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=75;FSRR=79;FWDB=-0.0227372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4742;QD=9.27069;RBI=0.0406484;REFB=-0.0147166;REVB=0.0336944;RO=154;SAF=25;SAR=35;SRF=75;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869719;STB=0.524965;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0386568;OID=.;OPOS=123946895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:225:154:154:60:71:0.315556:35:25:75:79:39:32:75:79 chr3 124044949 . C T 871.45 PASS AF=0.411765;AO=84;DP=235;FAO=105;FDP=255;FR=.;FRO=150;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=49;FSRR=101;FWDB=0.0627312;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.189;QD=13.6698;RBI=0.063094;REFB=-0.0205362;REVB=-0.00675636;RO=150;SAF=33;SAR=51;SRF=49;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800502;STB=0.609742;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0331859;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:255:150:150:84:105:0.411765:51:33:49:101:51:54:49:101 chr3 124196094 . A T 2132.96 PASS AF=0.972414;AO=139;DP=144;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=95;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00150282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.125;QD=58.8401;RBI=0.0085164;REFB=-0.133373;REVB=-0.00838275;RO=0;SAF=95;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52083;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00125791;OID=.;OPOS=124196094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:144:145:0:4:139:141:0.972414:44:95:0:0:46:95:0:4 chr3 124351316 . G A 2269.28 PASS AF=0.980769;AO=151;DP=156;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0338007;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9927;QD=58.1865;RBI=0.0430436;REFB=-0.0105165;REVB=0.0266508;RO=3;SAF=81;SAR=70;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199454;STB=0.510203;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.000702287;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:156:3:3:151:153:0.980769:70:81:0:3:72:81:0:3 chr3 124351424 . T C 2543.93 PASS AF=0.976744;AO=168;DP=172;FAO=168;FDP=172;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=105;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0015057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.876;QD=59.1611;RBI=0.0327824;REFB=-0.0486091;REVB=0.0327478;RO=4;SAF=63;SAR=105;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00588881;STB=0.503096;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00183122;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:172:172:4:4:168:168:0.976744:105:63:2:2:105:63:2:2 chr3 124376653 . G A 302.73 PASS AF=0.305344;AO=40;DP=131;FAO=40;FDP=131;FR=.;FRO=91;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.00842373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.457;QD=9.24376;RBI=0.0110261;REFB=-0.00328973;REVB=0.00711441;RO=91;SAF=18;SAR=22;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530666;STB=0.531019;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00782139;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:91:91:40:40:0.305344:22:18:45:46:22:18:45:46 chr3 124379748 . G C 2102.43 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000607235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.568;QD=62.759;RBI=0.00657721;REFB=0;REVB=-0.00654912;RO=0;SAF=69;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.2274e-06;OID=.;OPOS=124379748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:65:69:0:0:65:69:0:0 chr3 124379817 . T C 2734.92 PASS AF=0.972826;AO=179;DP=184;FAO=179;FDP=184;FR=.;FRO=5;FSAF=84;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0419755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4259;QD=59.4547;RBI=0.090991;REFB=-0.125937;REVB=0.0807306;RO=3;SAF=84;SAR=95;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147936;STB=0.512819;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0123391;OID=.;OPOS=124379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:184:184:3:5:179:179:0.972826:95:84:0:3:95:84:0:5 chr3 124385301 . T C 491.56 PASS AF=0.516484;AO=42;DP=86;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0246228;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.538;QD=21.6071;RBI=0.0359549;REFB=-0.0276703;REVB=0.0262006;RO=44;SAF=24;SAR=18;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242897;STB=0.503779;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0242921;OID=.;OPOS=124385301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:91:44:44:42:47:0.516484:18:24:24:20:21:26:24:20 chr3 124385361 . A G 540.92 PASS AF=0.495652;AO=56;DP=114;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00717825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.714;QD=18.8145;RBI=0.00768413;REFB=-0.00489072;REVB=-0.00274199;RO=57;SAF=31;SAR=25;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08893;STB=0.557097;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00379813;OID=.;OPOS=124385361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:57:58:56:57:0.495652:25:31:26:31:25:32:26:32 chr3 124385942 . T C 475.53 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0514606;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0248;QD=14.9774;RBI=0.0532525;REFB=0.0153525;REVB=-0.0136978;RO=73;SAF=31;SAR=22;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123502;STB=0.573361;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0294366;OID=.;OPOS=124385942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:73:74:53:53:0.417323:22:31:34:39:22:31:34:40 chr3 124385960 . C T 649.86 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.017617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4256;QD=18.7011;RBI=0.0185952;REFB=-0.00341347;REVB=-0.00595167;RO=73;SAF=35;SAR=31;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611628;STB=0.533875;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00360249;OID=.;OPOS=124385960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:73:73:66:66:0.47482:31:35:34:39:31:35:34:39 chr3 124412634 . G T 837.08 PASS AF=0.983333;AO=60;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.908;QD=55.8052;RBI=0.0175269;REFB=0.0634905;REVB=0.0124773;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.507244;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00100724;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:60:59:0.983333:35:25:0:0:34:25:0:1 chr3 124438980 . C A 140.48 PASS AF=0.215686;AO=22;DP=103;FAO=22;FDP=102;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.0525306;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2893;QD=5.50919;RBI=0.0623567;REFB=0.0104362;REVB=-0.033599;RO=75;SAF=15;SAR=7;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359673;STB=0.722698;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0615099;OID=.;OPOS=124438980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:75:80:22:22:0.215686:7:15:29:46:7:15:31:49 chr3 124439127 . T A 467.17 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0114705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2838;QD=28.3134;RBI=0.0261691;REFB=0.0148497;REVB=0.0235213;RO=23;SAF=23;SAR=20;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917652;STB=0.549906;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00995129;OID=.;OPOS=124439127;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:23:43:43:0.651515:20:23:9:14:20:23:9:14 chr3 124451284 . T C 352.26 PASS AF=0.457831;AO=36;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00378135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.699;QD=16.9762;RBI=0.0130953;REFB=0.00355893;REVB=0.0125375;RO=44;SAF=26;SAR=10;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358284;STB=0.712679;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00146311;OID=.;OPOS=124451284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:45:36:38:0.457831:10:26:16:28:10:28:16:29 chr3 124451312 . T G 457.24 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0165564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.078;QD=20.5503;RBI=0.0199511;REFB=-0.00814563;REVB=0.0111324;RO=44;SAF=20;SAR=25;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150198;STB=0.58309;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0162131;OID=.;OPOS=124451312;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:25:20:27:17:25:20:27:17 chr3 124456742 . G C 255.71 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00110441;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.218;QD=21.7626;RBI=0.0321662;REFB=-0.00131956;REVB=0.0321472;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388191;STB=0.510629;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00167919;OID=.;OPOS=124456742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:23:24:24:0.510638:12:12:10:12:12:12:11:12 chr3 124462808 . C T 767.35 PASS AF=0.516556;AO=77;DP=152;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00430875;FXX=0.0382141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.331;QD=20.3271;RBI=0.017927;REFB=-0.0030772;REVB=-0.0174015;RO=70;SAF=50;SAR=27;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14804;STB=0.588056;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00318115;OID=.;OPOS=124462808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:70:73:77:78:0.516556:27:50:34:36:27:51:35:38 chr3 124515308 . A G 734.05 PASS AF=0.543046;AO=65;DP=150;FAO=82;FDP=151;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00731818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.235;QD=19.445;RBI=0.0452794;REFB=-0.00869542;REVB=0.0446841;RO=66;SAF=34;SAR=31;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348981;STB=0.522939;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00807446;OID=.;OPOS=124515308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:66:69:65:82:0.543046:31:34:32:34:48:34:32:37 chr3 124515509 . G A 529.67 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00606533;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2092;QD=23.2821;RBI=0.0106715;REFB=-0.0090037;REVB=0.00878024;RO=39;SAF=24;SAR=26;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671081;STB=0.536421;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0131522;OID=.;OPOS=124515509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:39:41:50:50:0.549451:26:24:22:17:26:24:23:18 chr3 124646594 . A G 2314.54 PASS AF=0.99359;AO=152;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169745;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.17;QD=59.3472;RBI=0.0179773;REFB=-0.0545454;REVB=-0.00592012;RO=1;SAF=96;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00492963;STB=0.502512;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00130112;OID=.;OPOS=124646594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:156:156:1:1:152:155:0.99359:56:96:1:0:56:99:1:0 chr3 124646705 . A AAAG,AAG 2508.09 PASS AF=0.994048,0;AO=111,39;DP=197;FAO=167,0;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=69,0;FSAR=98,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222653,0.0142275;FXX=0.111105;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=210.719,194.377;QD=59.7164;RBI=0.0691415,0.0707376;REFB=-0.113035,-0.135546;REVB=0.0654584,0.0692921;RO=30;SAF=63,1;SAR=48,38;SRF=8;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.120327,-0.608158;STB=0.502538,0.5;STBP=0.516,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00116927,0;OID=.,.;OPOS=124646706,124646706;OREF=-,-;OALT=AAG,AG;OMAPALT=AAAG,AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.994048,0:111,39:197:167,0:168:1:69,0:98,0:0:1:6:30:63,1:48,38:8:22 chr3 124688787 . A AT 251.21 PASS AF=1;AO=4;DP=38;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.203357;FXX=0.124961;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.0382;QD=35.8871;RBI=0.260306;REFB=0;REVB=-0.162497;RO=32;SAF=3;SAR=1;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428116;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0276769;OID=.;OPOS=124688788;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:38:28:28:0:11:17:0:0:5:32:3:1:11:21 chr3 124688791 . A T 244.58 PASS AF=0.8125;AO=19;DP=30;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00576429;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=40.4366;QD=30.572;RBI=0.0185634;REFB=-0.149902;REVB=0.0176457;RO=9;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150532;STB=0.619468;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0117019;OID=.;OPOS=124688791;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:30:32:9:6:19:26:0.8125:13:6:5:4:19:7:5:1 chr3 124692689 . C T 2905.3 PASS AF=1;AO=181;DP=186;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116255;FXX=0.0364564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7333;QD=62.8173;RBI=0.0110776;REFB=0;REVB=-0.0110164;RO=0;SAF=87;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16977e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000988567;OID=.;OPOS=124692689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:185:0:0:181:185:1:94:87:0:0:94:91:0:0 chr3 124728626 . A G 2420.01 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7839;QD=61.2662;RBI=0.0691445;REFB=0;REVB=-0.0683043;RO=0;SAF=80;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135528;OID=.;OPOS=124728626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:78:80:0:0:78:80:0:0 chr3 124731485 . C G 2409.77 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314135;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.214;QD=61.3954;RBI=0.0338283;REFB=0;REVB=0.0125516;RO=0;SAF=82;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.86153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80966e-05;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:75:82:0:0:75:82:0:0 chr3 124731689 . T A 893.5 PASS AF=0.382353;AO=104;DP=274;FAO=104;FDP=272;FR=.;FRO=168;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=81;FSRR=87;FWDB=0.0248776;FXX=0.007299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.623;QD=13.1397;RBI=0.0250471;REFB=0.000211568;REVB=-0.00290972;RO=164;SAF=39;SAR=65;SRF=79;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119442;STB=0.568168;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.000288574;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:272:164:168:104:104:0.382353:65:39:79:85:65:39:81:87 chr3 124732618 . A G 370.31 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00128245;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.215;QD=36.1273;RBI=0.0188984;REFB=0.00254212;REVB=0.0188549;RO=11;SAF=12;SAR=18;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118157;STB=0.564313;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.000809072;OID=.;OPOS=124732618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:11:11:30:30:0.731707:18:12:7:4:18:12:7:4 chr3 124733627 . A C 1034.3 PASS AF=0.39404;AO=119;DP=303;FAO=119;FDP=302;FR=.;FRO=183;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=94;FSRR=89;FWDB=-0.0112686;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.448;QD=13.6993;RBI=0.0309715;REFB=-0.00769028;REVB=-0.0288488;RO=182;SAF=64;SAR=55;SRF=94;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230777;STB=0.514685;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0122149;OID=.;OPOS=124733627;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:302:182:183:119:119:0.39404:55:64:94:88:55:64:94:89 chr3 124733649 . T G 4761.27 PASS AF=1;AO=286;DP=286;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0086596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.156;QD=63.9097;RBI=0.0346532;REFB=0;REVB=0.0335538;RO=0;SAF=145;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5642e-06;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:286:298:0:0:286:298:1:141:145:0:0:151:147:0:0 chr3 124738107 . C T 737.34 PASS AF=0.503311;AO=75;DP=152;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.000735035;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2057;QD=19.5321;RBI=0.00538419;REFB=0.0149015;REVB=-0.00533378;RO=76;SAF=41;SAR=34;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054323;STB=0.523905;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0170038;OID=.;OPOS=124738107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:76:75:75:76:0.503311:34:41:46:30:34:42:45:30 chr3 124739892 . G A 1381.95 PASS AF=0.596244;AO=126;DP=211;FAO=127;FDP=213;FR=.;FRO=86;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0092546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.958;QD=25.9521;RBI=0.0124787;REFB=-0.00309206;REVB=0.00837084;RO=85;SAF=62;SAR=64;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247561;STB=0.514026;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00213142;OID=.;OPOS=124739892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:213:85:86:126:127:0.596244:64:62:39:46:65:62:39:47 chr3 124746049 . A G 616.04 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0177501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.197;QD=23.4683;RBI=0.0256945;REFB=-0.00743136;REVB=-0.018578;RO=45;SAF=31;SAR=29;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130907;STB=0.507152;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00621588;OID=.;OPOS=124746049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:45:45:60:60:0.571429:29:31:24:21:29:31:24:21 chr3 124746182 . C A 1404.96 PASS AF=0.600939;AO=126;DP=215;FAO=128;FDP=213;FR=.;FRO=85;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.0032121;FXX=0.0138882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.943;QD=26.3843;RBI=0.00363297;REFB=-0.0184984;REVB=0.00169731;RO=84;SAF=59;SAR=67;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076183;STB=0.539802;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0134854;OID=.;OPOS=124746182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:84:85:126:128:0.600939:67:59:48:36:67:61:49:36 chr3 124746347 . T C 1836.24 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364997;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.786;QD=61.208;RBI=0.00728361;REFB=0;REVB=-0.00630307;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.50654e-06;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:117:120:1:67:50:0:0:69:51:0:0 chr3 124748226 . G A 495.74 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00490212;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.295;QD=16.2539;RBI=0.0293741;REFB=-0.00660662;REVB=0.0289622;RO=67;SAF=30;SAR=24;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047977;STB=0.522927;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0118562;OID=.;OPOS=124748226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:68:54:54:0.442623:24:30:34:33:24:30:35:33 chr3 124802881 . A G 783.2 PASS AF=0.592;AO=64;DP=117;FAO=74;FDP=125;FR=.;FRO=51;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.010617;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.362;QD=25.0623;RBI=0.0162759;REFB=-0.0303399;REVB=0.0123363;RO=47;SAF=33;SAR=31;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862767;STB=0.570672;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0201414;OID=.;OPOS=124802881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:125:47:51:64:74:0.592:31:33:19:28:35:39:18:33 chr3 124802888 . C T 772.96 PASS AF=0.590164;AO=72;DP=122;FAO=72;FDP=122;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0303081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.305;QD=25.3428;RBI=0.030821;REFB=0.0107355;REVB=0.00559956;RO=49;SAF=38;SAR=34;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134122;STB=0.576519;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00594807;OID=.;OPOS=124802888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:49:50:72:72:0.590164:34:38:17:32:34:38:17:33 chr3 124837684 . T C 3301.57 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.219;QD=62.0014;RBI=0.0363508;REFB=0;REVB=0.0338395;RO=0;SAF=110;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60265e-05;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:213:0:0:211:213:1:101:110:0:0:102:111:0:0 chr3 124839470 . G A 3262.43 PASS AF=0.932203;AO=219;DP=236;FAO=220;FDP=236;FR=.;FRO=16;FSAF=130;FSAR=90;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00999314;FXX=0.0247924;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.366;QD=55.2954;RBI=0.0146539;REFB=-0.0988893;REVB=0.0107179;RO=13;SAF=130;SAR=89;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194689;STB=0.502392;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.000341277;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:236:236:13:16:219:220:0.932203:89:130:10:3:90:130:10:6 chr3 125235852 . A ATTTAT 1032.39 PASS AF=0.924051;AO=66;DP=88;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0134572;FXX=0.0595167;HRUN=3;LEN=5;MLLD=244.129;QD=52.273;RBI=0.0188987;REFB=-0.0800588;REVB=-0.0132689;RO=13;SAF=37;SAR=29;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171948;STB=0.510116;STBP=0.515;TYPE=ins;VARB=0.00658614;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.924051:66:88:73:79:6:39:34:4:2:22:13:37:29:8:5 chr3 125653291 . A G 75.82 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0281305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.567;QD=5.83212;RBI=0.0355172;REFB=-0.00324725;REVB=0.0216829;RO=39;SAF=8;SAR=3;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355361;STB=0.72686;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00818451;OID=.;OPOS=125653291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:51:52:39:41:11:11:0.211538:3:8:17:22:3:8:18:23 chr3 125692141 . G A 637.82 PASS AF=0.374384;AO=76;DP=203;FAO=76;FDP=203;FR=.;FRO=127;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=82;FWDB=0.0180178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.459;QD=12.5679;RBI=0.0188852;REFB=-0.00887667;REVB=0.00565742;RO=127;SAF=32;SAR=44;SRF=45;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768469;STB=0.543385;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0141385;OID=.;OPOS=125692141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:127:127:76:76:0.374384:44:32:45:82:44:32:45:82 chr3 125725268 . TAACA T 184.63 PASS AF=0.339623;AO=30;DP=108;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00957066;FXX=0.045041;HRUN=2;LEN=4;MLLD=206.075;QD=6.96734;RBI=0.0247368;REFB=-0.00206383;REVB=0.0228103;RO=55;SAF=9;SAR=21;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301475;STB=0.635281;STBP=0.051;TYPE=del;VARB=0.00397601;OID=.;OPOS=125725269;OREF=AACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.339623:30:108:36:106:70:11:25:35:35:99:55:9:21:31:24 chr3 125726048 . G C 360.59 PASS AF=0.343511;AO=41;DP=127;FAO=45;FDP=131;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0146199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.732;QD=11.0105;RBI=0.0158642;REFB=-0.0133491;REVB=0.00615887;RO=86;SAF=19;SAR=22;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666902;STB=0.56816;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0226098;OID=.;OPOS=125726048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:131:86:86:41:45:0.343511:22:19:35:51:22:23:35:51 chr3 125769757 . C T 960.21 PASS AF=0.572327;AO=91;DP=161;FAO=91;FDP=159;FR=.;FRO=68;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0390633;FXX=0.0185174;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.029;QD=24.1562;RBI=0.0393501;REFB=-0.00287475;REVB=0.00474273;RO=68;SAF=46;SAR=45;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274275;STB=0.514922;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00229905;OID=.;OPOS=125769757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:68:68:91:91:0.572327:45:46:32:36:45:46:32:36 chr3 125775227 . CT C,CC 1530.62 PASS AF=0.33,0.67;AO=36,63;DP=100;FAO=33,67;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=0,52;FSAR=33,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404922,0.00188219;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.0434,106.726;QD=61.2248;RBI=0.0975876,0.083591;REFB=0,0;REVB=0.0887903,0.0835698;RO=0;SAF=0,52;SAR=36,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.51607e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00424013,0.0166523;OID=.,.;OPOS=125775228,125775228;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.33,0.67:36,63:100:33,67:100:0:0,52:33,15:0:0:99:0:0,52:36,11:0:0 chr3 125786879 . T C 1561.19 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4233;QD=63.7219;RBI=0.0422509;REFB=0;REVB=0.0238227;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12399e-05;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:51:46:0:0:51:47:0:0 chr3 125826059 . T C 653.23 PASS AF=0.364055;AO=79;DP=216;FAO=79;FDP=217;FR=.;FRO=138;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=-0.0626742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9185;QD=12.0411;RBI=0.0771207;REFB=0.0186607;REVB=0.0449395;RO=137;SAF=30;SAR=49;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125053;STB=0.568999;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0302858;OID=.;OPOS=125826059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:137:138:79:79:0.364055:49:30:67:70:49:30:67:71 chr3 126152466 . G A 591.3 PASS AF=0.35;AO=70;DP=200;FAO=70;FDP=200;FR=.;FRO=130;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=-0.00800015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.456;QD=11.8259;RBI=0.0185327;REFB=-0.00238292;REVB=0.016717;RO=130;SAF=31;SAR=39;SRF=65;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653479;STB=0.537303;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0042053;OID=.;OPOS=126152466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:130:130:70:70:0.35:39:31:65:65:39:31:65:65 chr3 126152474 . C T 493.59 PASS AF=0.315;AO=63;DP=200;FAO=63;FDP=200;FR=.;FRO=137;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=70;FSRR=67;FWDB=0.0480021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.179;QD=9.87175;RBI=0.0486433;REFB=-0.00675508;REVB=-0.00787199;RO=129;SAF=27;SAR=36;SRF=63;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703651;STB=0.556653;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0140809;OID=.;OPOS=126152474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:129:137:63:63:0.315:36:27:63:66:36:27:70:67 chr3 126169230 . C T 2064.79 PASS AF=0.94702;AO=142;DP=151;FAO=143;FDP=151;FR=.;FRO=8;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0211128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.637;QD=54.6963;RBI=0.0223782;REFB=-0.0953892;REVB=-0.00741866;RO=2;SAF=59;SAR=83;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113193;STB=0.522724;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00128466;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:151:151:2:8:142:143:0.94702:83:59:0:2:84:59:0:8 chr3 126169472 . T C 223.41 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.914;QD=49.6464;RBI=0.0693757;REFB=0;REVB=0.0235459;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055226;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:18:0:0:16:18:1:12:4:0:0:13:5:0:0 chr3 126194076 . T C 969.54 PASS AF=0.614286;AO=84;DP=138;FAO=86;FDP=140;FR=.;FRO=54;FSAF=64;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0309762;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.083;QD=27.7012;RBI=0.0312454;REFB=-0.024166;REVB=0.0040926;RO=52;SAF=63;SAR=21;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178814;STB=0.6028;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0182397;OID=.;OPOS=126194076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:52:54:84:86:0.614286:21:63:28:24:22:64:28:26 chr3 126202257 . G A 4935.29 PASS AF=0.583333;AO=448;DP=763;FAO=448;FDP=768;FR=.;FRO=320;FSAF=195;FSAR=253;FSRF=172;FSRR=148;FWDB=-0.00831712;FXX=0.00646822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.844;QD=25.7046;RBI=0.0133588;REFB=-0.0418189;REVB=0.0104539;RO=311;SAF=195;SAR=253;SRF=164;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704032;STB=0.54284;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0306628;OID=.;OPOS=126202257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:763:768:311:320:448:448:0.583333:253:195:164:147:253:195:172:148 chr3 126329910 . A G 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.478;QD=62.3458;RBI=0.0386796;REFB=0;REVB=-0.014675;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88823e-05;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr3 126708453 . T C 129.81 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0106965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.526;QD=7.2119;RBI=0.0182111;REFB=-0.0141881;REVB=0.0147387;RO=53;SAF=8;SAR=11;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284774;STB=0.670754;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0333114;OID=.;OPOS=126708453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:53:19:19:0.263889:11:8:35:18:11:8:35:18 chr3 126708459 . C T 112.06 PASS AF=0.24;AO=16;DP=72;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0146964;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4214;QD=5.97651;RBI=0.0182615;REFB=-0.0154336;REVB=-0.0108397;RO=55;SAF=9;SAR=7;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118782;STB=0.613214;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.047065;OID=.;OPOS=126708459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:55:57:16:18:0.24:7:9:36:19:9:9:37:20 chr3 126722304 . C T 560.83 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00652967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.807;QD=16.1389;RBI=0.00710206;REFB=-0.000450336;REVB=0.00279331;RO=77;SAF=21;SAR=39;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110999;STB=0.570756;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000528612;OID=.;OPOS=126722304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:77:79:60:60:0.431655:39:21:35:42:39:21:37:42 chr3 126741674 . G A 251.01 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00257295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.826;QD=10.2453;RBI=0.0134774;REFB=-0.0109269;REVB=0.0132296;RO=65;SAF=16;SAR=15;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00807402;STB=0.504282;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0217285;OID=.;OPOS=126741674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:65:67:31:31:0.316327:15:16:34:31:15:16:35:32 chr3 126746690 . A G 344.04 PASS AF=0.291667;AO=47;DP=166;FAO=49;FDP=168;FR=.;FRO=119;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=75;FSRR=44;FWDB=0.0260119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.244;QD=8.19144;RBI=0.0270745;REFB=0.00345184;REVB=0.00751072;RO=119;SAF=27;SAR=20;SRF=75;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704965;STB=0.557354;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00933648;OID=.;OPOS=126746690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:119:119:47:49:0.291667:20:27:75:44:22:27:75:44 chr3 126746731 . T G 185.06 PASS AF=0.252252;AO=29;DP=111;FAO=28;FDP=111;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=9.74093e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1199;QD=6.66871;RBI=0.0434328;REFB=-0.0131308;REVB=-0.0434327;RO=77;SAF=21;SAR=8;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123759;STB=0.575165;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0130876;OID=.;OPOS=126746731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:77:83:29:28:0.252252:8:21:49:28:8:20:52:31 chr3 126754711 . G A 747.14 PASS AF=0.4;AO=83;DP=213;FAO=86;FDP=215;FR=.;FRO=129;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=74;FSRR=55;FWDB=0.0218452;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5054;QD=13.9003;RBI=0.0742034;REFB=-0.0048265;REVB=0.070915;RO=129;SAF=37;SAR=46;SRF=74;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137604;STB=0.585638;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00807015;OID=.;OPOS=126754711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:215:129:129:83:86:0.4:46:37:74:55:49:37:74:55 chr3 126916371 . T C 1133.14 PASS AF=0.939759;AO=76;DP=81;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=56;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.076016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1594;QD=54.6089;RBI=0.0766113;REFB=-0.0693284;REVB=-0.00953188;RO=5;SAF=21;SAR=55;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100235;STB=0.551007;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0031795;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:81:83:5:5:76:78:0.939759:55:21:5:0:56:22:5:0 chr3 126916433 . T TTTC 702.09 PASS AF=0.964286;AO=46;DP=70;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0293783;FXX=0.13844;HRUN=3;LEN=3;MLLD=267.373;QD=50.1493;RBI=0.0421094;REFB=0.0169955;REVB=0.0301682;RO=17;SAF=13;SAR=33;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109565;STB=0.527767;STBP=0.091;TYPE=ins;VARB=-0.000227145;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.964286:46:70:54:56:2:17:37:2:0:8:17:13:33:8:9 chr3 126916998 . AAT A,AAA 97.92 PASS AF=0.608696,0;AO=7,2;DP=31;FAO=14,0;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=4,0;FSAR=10,0;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0910969,-0.0164524;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.7411,14.3068;QD=17.0293;RBI=0.0911056,0.119608;REFB=-0.0948515,0.0718453;REVB=-0.0012557,-0.118471;RO=19;SAF=1,0;SAR=6,2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.393613,-0.485011;STB=0.522355,0.5;STBP=0.863,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0658849,0;OID=.,.;OPOS=126916999,126917000;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.608696,0:7,2:31:14,0:23:9:4,0:10,0:3:6:55:19:1,0:6,2:8:11 chr3 127294890 . TC T 42.97 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.132996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.6188;QD=9.54777;RBI=0.215788;REFB=-0.137526;REVB=0.169931;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390506;STB=0.555446;STBP=0.634;TYPE=del;VARB=0.138495;OID=.;OPOS=127294891;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:10:18:10:18:8:5:5:3:5:38:7:7:3:1:6 chr3 127323830 . C T 1848.92 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1979;QD=60.6204;RBI=0.0583031;REFB=0;REVB=0.0573015;RO=0;SAF=45;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00605712;OID=.;OPOS=127323830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:122:0:0:117:122:1:72:45:0:0:73:49:0:0 chr3 127394820 . C T 2249.44 PASS AF=0.629747;AO=191;DP=312;FAO=199;FDP=316;FR=.;FRO=117;FSAF=95;FSAR=104;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=0.0640317;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.703;QD=28.4739;RBI=0.0798004;REFB=-0.0444155;REVB=0.047624;RO=116;SAF=90;SAR=101;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383732;STB=0.516292;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0208339;OID=.;OPOS=127394820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:316:116:117:191:199:0.629747:101:90:61:55:104:95:61:56 chr3 127409941 . T C 765.33 PASS AF=0.49375;AO=78;DP=161;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.0100347;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.089;QD=19.1332;RBI=0.0104347;REFB=-0.0128738;REVB=-0.00286131;RO=81;SAF=46;SAR=32;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904557;STB=0.501056;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0115478;OID=.;OPOS=127409941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:81:81:78:79:0.49375:32:46:47:34:33:46:47:34 chr3 127410915 . C T 249.5 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.038274;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.203;QD=14.0562;RBI=0.0397435;REFB=-0.00726714;REVB=-0.0107076;RO=42;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00968843;STB=0.520148;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.014424;OID=.;OPOS=127410915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:42:42:29:29:0.408451:12:17:25:17:12:17:26:16 chr3 127434580 . G A 616.13 PASS AF=0.597826;AO=55;DP=93;FAO=55;FDP=92;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0022233;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5282;QD=26.7881;RBI=0.0246069;REFB=0.00419793;REVB=0.0245063;RO=36;SAF=28;SAR=27;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539897;STB=0.534429;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00143611;OID=.;OPOS=127434580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:36:37:55:55:0.597826:27:28:21:15:27:28:22:15 chr3 127454545 . T C 742.22 PASS AF=0.541985;AO=71;DP=131;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00489036;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.917;QD=22.6632;RBI=0.0350722;REFB=0.00885734;REVB=-0.0347296;RO=59;SAF=29;SAR=42;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139882;STB=0.580413;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0123439;OID=.;OPOS=127454545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:59:60:71:71:0.541985:42:29:34:25:42:29:35:25 chr3 127641968 . C A 370.94 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.335;QD=54.9537;RBI=0.0139678;REFB=0;REVB=-0.0102735;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49376e-05;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:14:12:0:0:14:13:0:0 chr3 127703085 . G A 203.69 PASS AF=0.284314;AO=28;DP=100;FAO=29;FDP=102;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=-0.0984187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3187;QD=7.98794;RBI=0.0989138;REFB=-0.016982;REVB=-0.00988439;RO=69;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198133;STB=0.611115;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0682496;OID=.;OPOS=127703085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:69:73:28:29:0.284314:15:13:21:48:15:14:24:49 chr3 127983495 . T C 2127.03 PASS AF=1;AO=87;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.905;QD=63.0231;RBI=0.0661717;REFB=0;REVB=0.0150026;RO=0;SAF=25;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302731;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:87:135:1:62:25:0:0:63:72:0:0 chr3 128181537 . C T 2884.72 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.603;QD=63.0541;RBI=0.00611303;REFB=0;REVB=-0.00480826;RO=0;SAF=105;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39171e-06;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:78:105:0:0:78:105:0:0 chr3 128182074 . G A 1750.31 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229605;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.346;QD=60.8805;RBI=0.0051977;REFB=0;REVB=0.00466307;RO=0;SAF=40;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012952;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:75:40:0:0:75:40:0:0 chr3 128204685 . A AG 32.65 PASS AF=0.0983607;AO=19;DP=130;FAO=12;FDP=122;FR=.;FRO=110;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=-0.0197918;FXX=0.0239981;HRUN=0;LEN=1;MLLD=72.7706;QD=1.07051;RBI=0.0979042;REFB=-0.00819996;REVB=-0.0958828;RO=108;SAF=6;SAR=13;SRF=62;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320395;STB=0.680783;STBP=0.196;TYPE=ins;VARB=0.143755;OID=.;OPOS=128204686;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0983607:19:130:12:122:110:4:8:59:51:32:108:6:13:62:46 chr3 128204951 . C T 218.52 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0188379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.056;QD=31.2177;RBI=0.0213414;REFB=-0.0102003;REVB=0.0100295;RO=7;SAF=15;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249802;STB=0.659829;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00171021;OID=.;OPOS=128204951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:7:8:20:20:0.714286:5:15:2:5:5:15:2:6 chr3 128205860 . G C 939.8 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106042;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6749;QD=58.7372;RBI=0.0295123;REFB=0;REVB=-0.0275413;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140128;OID=.;OPOS=128205860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr3 128292213 . A G 4546.1 PASS AF=1;AO=286;DP=286;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001118;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.48;QD=63.3603;RBI=0.0103795;REFB=0.0616603;REVB=0.0103191;RO=0;SAF=171;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31957e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.92198e-05;OID=.;OPOS=128292213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:286:287:0:0:286:287:1:115:171:0:0:117:170:0:0 chr3 128292844 . A G 856.05 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0505565;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.885;QD=54.3525;RBI=0.0506579;REFB=-0.200052;REVB=-0.00320337;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171613;STB=0.517851;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00182329;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:63:1:2:61:61:0.968254:34:27:1:0:34:27:2:0 chr3 128292858 . T C 922.25 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889579;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.229;QD=58.5552;RBI=0.0319133;REFB=0;REVB=0.0306484;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95341e-05;OID=.;OPOS=128292858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:35:27:0:0:35:28:0:0 chr3 128344786 . G A 368.48 PASS AF=0.323944;AO=45;DP=141;FAO=46;FDP=142;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.012034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.039;QD=10.3798;RBI=0.0209453;REFB=0.0133465;REVB=0.0171433;RO=96;SAF=22;SAR=23;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011417;STB=0.500613;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.0274475;OID=.;OPOS=128344786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:96:96:45:46:0.323944:23:22:46:50:24:22:46:50 chr3 128356852 . C T 2260.72 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.653;QD=61.9376;RBI=0.0579276;REFB=0;REVB=0.0472336;RO=0;SAF=61;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152864;OID=.;OPOS=128356852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:146:0:0:136:146:1:75:61:0:0:85:61:0:0 chr3 128392630 . G C 1233.08 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.638;QD=60.8928;RBI=0.0319572;REFB=0;REVB=-0.0260355;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05076e-05;OID=.;OPOS=128392630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:38:41:0:0:38:43:0:0 chr3 128890350 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.414;QD=52.6131;RBI=0.0277805;REFB=0;REVB=0.0135961;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55268e-05;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr3 128973598 . C G 1454.07 PASS AF=0.59375;AO=133;DP=224;FAO=133;FDP=224;FR=.;FRO=91;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0055737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5663;QD=25.9655;RBI=0.017592;REFB=-0.0294756;REVB=-0.0166857;RO=90;SAF=70;SAR=63;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362211;STB=0.521859;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0268739;OID=.;OPOS=128973598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:90:91:133:133:0.59375:63:70:43:47:63:70:43:48 chr3 128976396 . T C 785.5 PASS AF=0.58871;AO=73;DP=124;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0126053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.681;QD=25.3388;RBI=0.0160997;REFB=-0.00275217;REVB=0.0100152;RO=50;SAF=39;SAR=34;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555225;STB=0.526204;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00209844;OID=.;OPOS=128976396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:50:51:73:73:0.58871:34:39:23:27:34:39:24:27 chr3 128979256 . C G 379.36 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0493111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.52;QD=21.9918;RBI=0.0500997;REFB=-0.0165077;REVB=-0.00885438;RO=30;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266789;STB=0.521728;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0149362;OID=.;OPOS=128979256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:30:31:38:38:0.550725:19:19:14:16:19:19:14:17 chr3 128984583 . C T 519.15 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.012013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.952;QD=25.6372;RBI=0.0289516;REFB=-0.00760087;REVB=-0.0263417;RO=33;SAF=20;SAR=28;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162191;STB=0.588201;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00344615;OID=.;OPOS=128984583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:28:20:7:26:28:20:7:26 chr3 129023630 . G A 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0525968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6589;QD=27.3838;RBI=0.0536801;REFB=-0.0311297;REVB=0.0107301;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157689;STB=0.588075;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0140909;OID=.;OPOS=129023630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:7:3:0:3:7:3:0:3 chr3 129035021 . T C 1135.55 PASS AF=0.506787;AO=112;DP=230;FAO=112;FDP=221;FR=.;FRO=109;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=-0.00984561;FXX=0.0432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5092;QD=20.5529;RBI=0.0157883;REFB=-0.0353558;REVB=0.0123423;RO=103;SAF=47;SAR=65;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106932;STB=0.501202;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0297466;OID=.;OPOS=129035021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:221:103:109:112:112:0.506787:65:47:42:61:65:47:46:63 chr3 129130087 . C T 1232.91 PASS AF=0.593583;AO=108;DP=184;FAO=111;FDP=187;FR=.;FRO=76;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0332891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6611;QD=26.3725;RBI=0.0785389;REFB=-0.0394548;REVB=0.0711351;RO=75;SAF=44;SAR=64;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116549;STB=0.562021;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0255257;OID=.;OPOS=129130087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:187:75:76:108:111:0.593583:64:44:42:33:65:46:43:33 chr3 129195166 . G T 711.0 PASS AF=0.598214;AO=67;DP=112;FAO=67;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00282743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.444;QD=25.3928;RBI=0.00518171;REFB=-0.026209;REVB=0.00434233;RO=45;SAF=39;SAR=28;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533288;STB=0.52902;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0182918;OID=.;OPOS=129195166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:45:45:67:67:0.598214:28:39:23:22:28:39:23:22 chr3 129210977 . G C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00662448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.466;QD=15.7844;RBI=0.0172818;REFB=-0.0134083;REVB=-0.0159617;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135697;STB=0.578829;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0173793;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:7:10:10:4:7:10 chr3 129262077 . G A 854.31 PASS AF=0.538462;AO=84;DP=158;FAO=84;FDP=156;FR=.;FRO=72;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=23;FWDB=0.0342822;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3864;QD=21.9053;RBI=0.0352158;REFB=-0.0297935;REVB=-0.00805498;RO=71;SAF=57;SAR=27;SRF=49;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111616;STB=0.50105;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0227;OID=.;OPOS=129262077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:71:72:84:84:0.538462:27:57:49:22:27:57:49:23 chr3 129279597 . C T 1113.73 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.341;QD=58.6174;RBI=0.058856;REFB=0;REVB=0.0430761;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011048;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:76:0:0:70:76:1:45:25:0:0:48:28:0:0 chr3 129281980 . C T 1767.75 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000693725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5699;QD=60.957;RBI=0.00264567;REFB=0;REVB=-0.0025531;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83953e-06;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:50:65:0:0:50:66:0:0 chr3 129286413 . G C 653.19 PASS AF=0.449664;AO=67;DP=149;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.00864274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0033;QD=17.5353;RBI=0.0250715;REFB=0.00674628;REVB=-0.0235347;RO=82;SAF=30;SAR=37;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703549;STB=0.539094;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00877204;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:82:82:67:67:0.449664:37:30:31:51:37:30:31:51 chr3 129286635 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00412832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.511;QD=10.7535;RBI=0.0068871;REFB=-0.00580634;REVB=-0.00551263;RO=26;SAF=2;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449471;STB=0.774172;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0140837;OID=.;OPOS=129286635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:11:2:13:13:11:2:13:13 chr3 129291751 . T C 607.29 PASS AF=0.426667;AO=64;DP=150;FAO=64;FDP=150;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=60;FWDB=-0.0266209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9757;QD=16.1945;RBI=0.053027;REFB=-0.0218794;REVB=-0.0458605;RO=86;SAF=31;SAR=33;SRF=26;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188927;STB=0.605133;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0299917;OID=.;OPOS=129291751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:86:86:64:64:0.426667:33:31:26:60:33:31:26:60 chr3 129293183 . T C 5254.99 PASS AF=0.99115;AO=332;DP=340;FAO=336;FDP=339;FR=.;FRO=3;FSAF=178;FSAR=158;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00901049;FXX=0.0116615;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.887;QD=62.0058;RBI=0.0179006;REFB=-0.0796188;REVB=-0.0154675;RO=1;SAF=176;SAR=156;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270298;STB=0.504178;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000355418;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:340:339:1:3:332:336:0.99115:156:176:1:0:158:178:3:0 chr3 129293256 . T C 1888.29 PASS AF=0.413655;AO=205;DP=490;FAO=206;FDP=498;FR=.;FRO=292;FSAF=112;FSAR=94;FSRF=159;FSRR=133;FWDB=-0.0551511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0654;QD=15.167;RBI=0.0672701;REFB=-0.0122348;REVB=-0.0385178;RO=282;SAF=112;SAR=93;SRF=150;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151294;STB=0.500491;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0178472;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:490:498:282:292:205:206:0.413655:93:112:150:132:94:112:159:133 chr3 129297223 . C G 332.83 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0270393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4517;QD=16.6415;RBI=0.0271886;REFB=0.00466738;REVB=-0.00284456;RO=42;SAF=19;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267234;STB=0.515291;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0038104;OID=.;OPOS=129297223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:44:36:36:0.45:17:19:21:21:17:19:22:22 chr3 129367024 . T A 2098.59 PASS AF=0.948052;AO=145;DP=153;FAO=146;FDP=154;FR=.;FRO=8;FSAF=58;FSAR=88;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0443184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.891;QD=54.5088;RBI=0.0457126;REFB=-0.078963;REVB=-0.0112037;RO=5;SAF=57;SAR=88;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399006;STB=0.532254;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000972988;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:153:154:5:8:145:146:0.948052:88:57:5:0:88:58:8:0 chr3 129538635 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.596;QD=56.8268;RBI=0.0285125;REFB=-0.00390224;REVB=0.026519;RO=1;SAF=42;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111145;STB=0.505881;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=6.8365e-05;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:22:42:1:0:22:42:1:0 chr3 129546729 . T C 1407.58 PASS AF=0.98913;AO=87;DP=88;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0304519;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.431;QD=61.1993;RBI=0.0307198;REFB=0.0333411;REVB=-0.00404789;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000288895;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:92:0:1:87:91:0.98913:40:47:0:0:43:48:0:1 chr3 129695642 . AG A 134.25 PASS AF=0.526316;AO=35;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.014143;FXX=0.0104156;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.30087;QD=5.65269;RBI=0.199053;REFB=-0.0956669;REVB=0.19855;RO=45;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760563;STB=0.512772;STBP=0.809;TYPE=del;VARB=0.0827983;OID=.;OPOS=129695643;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:35:95:50:95:45:28:22:24:21:99:45:19:16:21:24 chr3 129695714 . T C 406.81 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00470488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.747;QD=17.4973;RBI=0.00553827;REFB=-0.00696032;REVB=-0.00292173;RO=51;SAF=24;SAR=18;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223154;STB=0.512494;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00878751;OID=.;OPOS=129695714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:18:24:28:23:18:24:28:23 chr3 129695954 . T C 1571.3 PASS AF=0.99;AO=96;DP=97;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0419488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9288;QD=62.8522;RBI=0.0702485;REFB=0.0248994;REVB=0.0563485;RO=1;SAF=59;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797081;STB=0.504201;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00135444;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:100:1:1:96:99:0.99:37:59:1:0:40:59:1:0 chr3 129696041 . A G 2197.72 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.257;QD=63.2437;RBI=0.00643095;REFB=0;REVB=0.00384534;RO=0;SAF=71;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77604e-06;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:68:71:0:0:68:71:0:0 chr3 129800823 . T G 156.09 PASS AF=0.169492;AO=30;DP=177;FAO=30;FDP=177;FR=.;FRO=147;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=93;FWDB=0.009076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.379;QD=3.52744;RBI=0.0361036;REFB=0.00266236;REVB=0.0349441;RO=144;SAF=13;SAR=17;SRF=52;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965138;STB=0.5566;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00880902;OID=.;OPOS=129800823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:144:147:30:30:0.169492:17:13:52:92:17:13:54:93 chr3 129800888 . G A 398.99 PASS AF=0.232472;AO=63;DP=272;FAO=63;FDP=271;FR=.;FRO=208;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=81;FSRR=127;FWDB=0.012944;FXX=0.00367634;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.173;QD=5.88919;RBI=0.0280703;REFB=-0.00581419;REVB=-0.0249077;RO=207;SAF=34;SAR=29;SRF=80;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193326;STB=0.613925;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.011677;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:207:208:63:63:0.232472:29:34:80:127:29:34:81:127 chr3 129800895 . G A 451.17 PASS AF=0.249084;AO=68;DP=273;FAO=68;FDP=273;FR=.;FRO=205;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=78;FSRR=127;FWDB=0.0269842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.91;QD=6.61051;RBI=0.0278733;REFB=-0.00163063;REVB=-0.00698358;RO=202;SAF=36;SAR=32;SRF=77;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185281;STB=0.610724;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0124489;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:202:205:68:68:0.249084:32:36:77:125:32:36:78:127 chr3 130098349 . G A 2867.69 PASS AF=0.994565;AO=182;DP=184;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00808609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2219;QD=62.3411;RBI=0.0137652;REFB=-0.0447413;REVB=-0.0111398;RO=1;SAF=89;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509195;STB=0.502645;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00226788;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:184:1:1:182:183:0.994565:93:89:0:1:94:89:0:1 chr3 130103709 . G A 971.66 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0272;QD=58.8885;RBI=0.0287521;REFB=0;REVB=-0.0216843;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289109;OID=.;OPOS=130103709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr3 130103723 . G A 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00315639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.035;QD=18.1751;RBI=0.00961713;REFB=-0.0119927;REVB=0.0090844;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014659;STB=0.508191;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0091612;OID=.;OPOS=130103723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:15:16:16:16:15:16:16:16 chr3 130104062 . T C 1952.25 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.948;QD=61.9763;RBI=0.00607617;REFB=0;REVB=0.00427279;RO=0;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88119e-06;OID=.;OPOS=130104062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:126:0:0:123:126:1:62:61:0:0:65:61:0:0 chr3 130104206 . A G 1350.07 PASS AF=0.942857;AO=98;DP=105;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0154535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.9237;QD=51.4312;RBI=0.0274319;REFB=-0.0801693;REVB=0.0226649;RO=4;SAF=48;SAR=50;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178319;STB=0.500866;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00294208;OID=.;OPOS=130104206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:105:105:4:6:98:99:0.942857:50:48:1:3:51:48:3:3 chr3 130110550 . A G 322.57 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00578166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.044;QD=19.5496;RBI=0.0194115;REFB=0.00430755;REVB=-0.0185305;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109176;STB=0.560571;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00257454;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:17:17:20:12:17:17:20:12 chr3 130114082 . C G 1258.04 PASS AF=0.639535;AO=110;DP=173;FAO=110;FDP=172;FR=.;FRO=62;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00399928;FXX=0.0171419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.949;QD=29.2567;RBI=0.0185077;REFB=-0.00287652;REVB=0.0180705;RO=62;SAF=44;SAR=66;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090231;STB=0.548685;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00170691;OID=.;OPOS=130114082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:62:62:110:110:0.639535:66:44:33:29:66:44:33:29 chr3 130116707 . C T 624.44 PASS AF=0.421687;AO=70;DP=166;FAO=70;FDP=166;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.00594382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.326;QD=15.0466;RBI=0.0158635;REFB=-0.0111316;REVB=-0.0147079;RO=96;SAF=38;SAR=32;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658662;STB=0.536861;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0150696;OID=.;OPOS=130116707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:96:96:70:70:0.421687:32:38:46:50:32:38:46:50 chr3 130124491 . G A 292.28 PASS AF=0.302326;AO=39;DP=129;FAO=39;FDP=129;FR=.;FRO=90;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.0263409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.597;QD=9.06279;RBI=0.0828123;REFB=0.00510813;REVB=0.0785114;RO=90;SAF=19;SAR=20;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244773;STB=0.514324;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0180178;OID=.;OPOS=130124491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:90:90:39:39:0.302326:20:19:42:48:20:19:42:48 chr3 130125116 . G C 387.18 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=0.0173785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2269;QD=12.9059;RBI=0.017539;REFB=-0.0063592;REVB=-0.00236761;RO=74;SAF=17;SAR=29;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070069;STB=0.539666;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.011529;OID=.;OPOS=130125116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:74:74:46:46:0.383333:29:17:23:51:29:17:23:51 chr3 130128232 . G A 361.15 PASS AF=0.328467;AO=45;DP=139;FAO=45;FDP=137;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=62;FWDB=0.00171584;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.814;QD=10.5446;RBI=0.00221253;REFB=0.00272734;REVB=-0.00139684;RO=91;SAF=16;SAR=29;SRF=29;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474487;STB=0.521854;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00582339;OID=.;OPOS=130128232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:91:92:45:45:0.328467:29:16:29:62:29:16:30:62 chr3 130129322 . G C 296.53 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0376552;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.456;QD=13.1789;RBI=0.0456638;REFB=-0.0141749;REVB=0.0258315;RO=56;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102825;STB=0.558789;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0184027;OID=.;OPOS=130129322;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:15:19:26:30:15:19:26:30 chr3 130134492 . T C 231.0 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0183677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2372;QD=12.3199;RBI=0.0187921;REFB=-0.0065581;REVB=0.00397129;RO=46;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043994;STB=0.519986;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0213975;OID=.;OPOS=130134492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:47:27:28:0.373333:13:14:22:24:14:14:22:25 chr3 130134563 . G A 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0290532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.507;QD=16.5724;RBI=0.0319397;REFB=-0.0213186;REVB=0.0132687;RO=35;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578148;STB=0.532446;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.019745;OID=.;OPOS=130134563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:18:12:12:23:18:12:12:23 chr3 130162395 . A G 837.49 PASS AF=1;AO=56;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185151;FXX=0.031741;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.8171;QD=54.9171;RBI=0.0388253;REFB=0;REVB=-0.0341261;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0344101;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:56:61:1:27:29:0:0:32:29:0:0 chr3 130174334 . G A 1767.59 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.741;QD=60.9513;RBI=0.0254195;REFB=0;REVB=-0.00295423;RO=0;SAF=63;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3855e-05;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:53:63:0:0:53:63:0:0 chr3 130187817 . T C 2002.32 PASS AF=0.977612;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0348559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.193;QD=59.7708;RBI=0.0446391;REFB=-0.0739604;REVB=0.0278876;RO=2;SAF=56;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211632;STB=0.505461;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.000416348;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:134:2:3:131:131:0.977612:75:56:1:1:75:56:2:1 chr3 130190630 . G A 1807.8 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255195;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.086;QD=61.2814;RBI=0.0255536;REFB=0;REVB=-0.00132003;RO=0;SAF=49;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96206e-05;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:69:49:0:0:69:49:0:0 chr3 130190720 . AT A 31.44 PASS AF=0.204082;AO=9;DP=50;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.140338;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.387;QD=2.56633;RBI=0.154454;REFB=0.00154661;REVB=0.0645081;RO=35;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129177;STB=0.575186;STBP=0.656;TYPE=del;VARB=0.0219218;OID=.;OPOS=130190721;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204082:9:50:10:49:39:3:7:15:24:31:35:3:6:12:23 chr3 130287194 . AG AA,A 250.86 PASS AF=0.0352941,0.482353;AO=3,30;DP=80;FAO=3,41;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=2,18;FSAR=1,23;FSRF=3;FSRR=38;FWDB=-0.141596,-0.234115;FXX=0.0229859;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.8382,13.8489;QD=11.805;RBI=0.141631,0.298153;REFB=-0.0547116,-0.0536214;REVB=-0.00313796,-0.184621;RO=34;SAF=2,12;SAR=1,18;SRF=3;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0.221239;SSSB=0.652949,0.337123;STB=0.938817,0.69442;STBP=0.671,0.006;TYPE=snp,del;VARB=-0.0188053,-0.0161019;OID=.,.;OPOS=130287195,130287195;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0352941,0.482353:3,30:80:3,41:85:41:2,18:1,23:3:38:99:34:2,12:1,18:3:31 chr3 130308846 . TTA T,TAA,TTT 136.76 PASS AF=0.434783,0,0;AO=14,2,2;DP=53;FAO=20,0,0;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=14,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.123098,0.0057729,0.00303704;FXX=0.041658;HRUN=7,7,6;LEN=2,1,1;MLLD=17.5752,11.7012,10.6141;QD=11.8921;RBI=0.237212,0.00613295,0.00954501;REFB=-0.0423516,0.0215709,-0.0278696;REVB=0.202772,0.00207042,0.00904896;RO=29;SAF=9,2,0;SAR=5,0,2;SRF=14;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.183728,0.469434,-0.454367;STB=0.621369,0.5,0.5;STBP=0.168,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.058292,0,0;OID=.,.,.;OPOS=130308847,130308847,130308848;OREF=TA,T,A;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TAA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783,0,0:14,2,2:53:20,0,0:46:26:14,0,0:6,0,0:13:13:99:29:9,2,0:5,0,2:14:15 chr3 130311398 . C T 1187.48 PASS AF=0.553299;AO=109;DP=191;FAO=109;FDP=197;FR=.;FRO=88;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.00667238;FXX=0.00505025;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.165;QD=24.1112;RBI=0.0203331;REFB=-0.00726767;REVB=-0.0192072;RO=82;SAF=60;SAR=49;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110555;STB=0.517578;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00610014;OID=.;OPOS=130311398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:197:82:88:109:109:0.553299:49:60:44:38:49:60:45:43 chr3 130368069 . A G 1580.93 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167389;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.403;QD=60.2261;RBI=0.0334915;REFB=0;REVB=0.0290084;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039893;OID=.;OPOS=130368069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:103:105:1:61:42:0:0:63:42:0:0 chr3 130395749 . A G 1176.0 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00613841;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.464;QD=57.3657;RBI=0.0220001;REFB=-0.0329701;REVB=-0.0211264;RO=3;SAF=31;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198057;STB=0.510471;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00138939;OID=.;OPOS=130395749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:82:3:3:79:79:0.963415:48:31:2:1:48:31:2:1 chr3 130449222 . A G 1062.64 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.09675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5495;QD=59.8673;RBI=0.0968054;REFB=0;REVB=-0.00327505;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366764;OID=.;OPOS=130449222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:31:38:0:0:31:40:0:0 chr3 130718472 . G A 297.34 PASS AF=0.282895;AO=40;DP=147;FAO=43;FDP=152;FR=.;FRO=109;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=-0.0530211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4134;QD=7.82478;RBI=0.0545538;REFB=-0.00483923;REVB=0.0128405;RO=105;SAF=17;SAR=23;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163166;STB=0.533276;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0157199;OID=.;OPOS=130718472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:152:105:109:40:43:0.282895:23:17:46:59:26:17:48:61 chr3 130733046 . CTT CTC,CT,TCT,TTC 94.35 PASS AF=0.155556,0.844444,0,0;AO=6,13,3,2;DP=41;FAO=7,38,0,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21,0,0;FSAR=7,17,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015771,-0.0701788,-0.0156542,-0.0183444;FXX=0.062487;HRUN=11,11,2,2;LEN=1,1,2,3;MLLD=142.983,2.65771,143.334,144.472;QD=8.38704;RBI=0.182621,0.268914,0.247936,0.174206;REFB=0.0254148,0.10661,0.0235908,0.0231489;REVB=-0.181939,-0.259595,-0.247441,-0.173238;RO=7;SAF=0,9,0,0;SAR=6,4,3,2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.787422,-0.0161289,-0.722194,-0.67228;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0.0855766,-0.0132839,0.00211162,0;OID=.,.,.,.;OPOS=130733048,130733047,130733046,130733046;OREF=T,T,CT,CTT;OALT=C,-,TC,TTC;OMAPALT=CTC,CT,TCT,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:41:45:7:0:6,13,3,2:7,38,0,0:0.155556,0.844444,0,0:6,4,3,2:0,9,0,0:5:2:7,17,0,0:0,21,0,0:0:0 chr3 130852185 . TG CA 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365419;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=310.32;QD=60.9786;RBI=0.0366354;REFB=0;REVB=0.00261554;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.32419e-05;OID=.;OPOS=130852185;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr3 130947435 . A T 655.26 PASS AF=0.488889;AO=66;DP=135;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=0.00279635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.171;QD=19.4151;RBI=0.0203893;REFB=-0.031472;REVB=-0.0201967;RO=69;SAF=39;SAR=27;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222461;STB=0.622718;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.026176;OID=.;OPOS=130947435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:69:69:66:66:0.488889:27:39:24:45:27:39:24:45 chr3 130992385 . T C 938.11 PASS AF=0.497326;AO=93;DP=188;FAO=93;FDP=187;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.0320547;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.699;QD=20.0665;RBI=0.0326363;REFB=-0.0250307;REVB=-0.00613362;RO=94;SAF=41;SAR=52;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550832;STB=0.50303;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.028071;OID=.;OPOS=130992385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:94:94:93:93:0.497326:52:41:42:52:52:41:42:52 chr3 131102053 . A G 783.42 PASS AF=0.510067;AO=75;DP=148;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.00395577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.261;QD=21.0314;RBI=0.0107626;REFB=-0.0167244;REVB=0.0100092;RO=72;SAF=24;SAR=51;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094938;STB=0.54412;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0170022;OID=.;OPOS=131102053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:72:73:75:76:0.510067:51:24:30:42:51:25:30:43 chr3 131136797 . T C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.737;QD=59.9376;RBI=0.0439487;REFB=0;REVB=0.0112545;RO=0;SAF=40;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22431e-05;OID=.;OPOS=131136797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:61:40:0:0:61:40:0:0 chr3 131947937 . A G 921.31 PASS AF=0.571429;AO=88;DP=155;FAO=88;FDP=154;FR=.;FRO=66;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.00985695;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7233;QD=23.9301;RBI=0.0701435;REFB=-0.0155657;REVB=-0.0694475;RO=65;SAF=44;SAR=44;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781185;STB=0.545444;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0126388;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:65:66:88:88:0.571429:44:44:39:26:44:44:40:26 chr3 132218623 . G T 2584.31 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.514;QD=61.8997;RBI=0.0140223;REFB=0;REVB=0.011409;RO=0;SAF=62;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3834e-06;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:105:62:0:0:105:62:0:0 chr3 132322085 . ATTTTTTG ATTTTTG,ATTTTTGT 49.35 PASS AF=0.180556,0.0555556;AO=21,3;DP=79;FAO=13,4;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=10,4;FSAR=3,0;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0523561,-0.0247068;FXX=0.121936;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.61847,31.7583;QD=2.74177;RBI=0.200806,0.0733908;REFB=-0.10231,-0.026149;REVB=-0.193861,-0.0691071;RO=41;SAF=13,3;SAR=8,0;SRF=25;SRR=16;SSEN=0.454545,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0110722,0.457623;STB=0.712183,0.997216;STBP=0.12,0.045;TYPE=del,mnp;VARB=0.144615,0.0103408;OID=.,.;OPOS=132322086,132322091;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTTG,ATTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180556,0.0555556:21,3:79:13,4:72:55:10,4:3,0:29:26:34:41:13,3:8,0:25:16 chr3 132360883 . C T 1656.68 PASS AF=0.973913;AO=110;DP=114;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00130502;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.529;QD=57.6238;RBI=0.0174641;REFB=-0.0622734;REVB=-0.0174153;RO=3;SAF=51;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102732;STB=0.505057;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.000265872;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:114:115:3:3:110:112:0.973913:59:51:2:1:59:53:2:1 chr3 132401600 . C T 919.87 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.6826;QD=58.4043;RBI=0.0710372;REFB=0;REVB=0.0481994;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709813;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr3 132436967 . A G 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0118842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0729;QD=25.3154;RBI=0.0610054;REFB=-0.0189885;REVB=0.0598366;RO=12;SAF=6;SAR=14;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113138;STB=0.572452;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0140999;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:13:20:20:0.606061:14:6:2:10:14:6:2:11 chr3 133114893 . C T 804.85 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.553;QD=64.3883;RBI=0.026166;REFB=0;REVB=0.013307;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138922;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr3 133167363 . G A 161.91 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0437422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2507;QD=13.7797;RBI=0.0847535;REFB=-0.0321956;REVB=0.0725932;RO=29;SAF=13;SAR=4;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438635;STB=0.513874;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0377082;OID=.;OPOS=133167363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:29:17:18:0.382979:4:13:23:6:4:14:23:6 chr3 133329943 . G A 677.9 PASS AF=0.575221;AO=62;DP=110;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.003019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.545;QD=23.9964;RBI=0.00584759;REFB=-0.0254464;REVB=-0.00500798;RO=48;SAF=29;SAR=33;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242779;STB=0.510285;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0193141;OID=.;OPOS=133329943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:48:48:62:65:0.575221:33:29:21:27:35:30:21:27 chr3 133368362 . T G 861.95 PASS AF=0.544218;AO=80;DP=147;FAO=80;FDP=147;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00404163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.743;QD=23.4544;RBI=0.0296158;REFB=-0.00936481;REVB=0.0293388;RO=65;SAF=31;SAR=49;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500324;STB=0.53551;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00789739;OID=.;OPOS=133368362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:65:67:80:80:0.544218:49:31:29:36:49:31:31:36 chr3 133465283 . A G 7062.92 PASS AF=0.986985;AO=454;DP=461;FAO=455;FDP=461;FR=.;FRO=6;FSAF=236;FSAR=219;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0403145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5114;QD=61.2835;RBI=0.0468936;REFB=-0.00885462;REVB=-0.0239532;RO=5;SAF=236;SAR=218;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665871;STB=0.502415;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000424222;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:461:461:5:6:454:455:0.986985:218:236:1:4:219:236:2:4 chr3 133474328 . G A 1140.15 PASS AF=0.590909;AO=104;DP=176;FAO=104;FDP=176;FR=.;FRO=72;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.0108749;FXX=0.0167588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.068;QD=25.9125;RBI=0.0185055;REFB=0.00536935;REVB=0.014973;RO=72;SAF=43;SAR=61;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00249084;STB=0.501351;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00418334;OID=.;OPOS=133474328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:72:72:104:104:0.590909:61:43:30:42:61:43:30:42 chr3 133485133 . A G 1715.95 PASS AF=0.982906;AO=114;DP=119;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0161939;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4574;QD=58.665;RBI=0.0215115;REFB=-0.0338578;REVB=0.0141599;RO=1;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683276;STB=0.501948;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00118227;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:117:1:2:114:115:0.982906:69:45:0:1:70:45:1:1 chr3 133524717 . G C 1741.08 PASS AF=0.334351;AO=219;DP=655;FAO=219;FDP=655;FR=.;FRO=436;FSAF=107;FSAR=112;FSRF=224;FSRR=212;FWDB=-0.007554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.488;QD=10.6325;RBI=0.0112672;REFB=-0.00220725;REVB=0.00835981;RO=436;SAF=107;SAR=112;SRF=224;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294034;STB=0.516753;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00459537;OID=.;OPOS=133524717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:655:655:436:436:219:219:0.334351:112:107:224:212:112:107:224:212 chr3 133547245 . G A 251.44 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0253349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2793;QD=19.721;RBI=0.0257661;REFB=-0.00300752;REVB=0.00469405;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193566;STB=0.607764;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00139908;OID=.;OPOS=133547245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:18:7:13:13:18:7 chr3 133547692 . G A 1355.58 PASS AF=0.539749;AO=126;DP=236;FAO=129;FDP=239;FR=.;FRO=110;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=0.0040102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.449;QD=22.6875;RBI=0.0148004;REFB=-0.0151005;REVB=0.0142468;RO=110;SAF=60;SAR=66;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263472;STB=0.51267;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0148747;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:239:110:110:126:129:0.539749:66:60:49:61:68:61:49:61 chr3 133648223 . C T 92.55 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=40;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.0188517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3133;QD=8.81385;RBI=0.0591322;REFB=-0.00607365;REVB=0.0560466;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326504;STB=0.695393;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0185123;OID=.;OPOS=133648223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:42:30:30:10:12:0.285714:6:4:5:25:7:5:5:25 chr3 133666209 . C T 621.57 PASS AF=0.354839;AO=74;DP=213;FAO=77;FDP=217;FR=.;FRO=140;FSAF=20;FSAR=57;FSRF=53;FSRR=87;FWDB=-0.00373149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.725;QD=11.4576;RBI=0.00737749;REFB=-0.0105281;REVB=-0.00636422;RO=125;SAF=19;SAR=55;SRF=53;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212514;STB=0.590942;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0153899;OID=.;OPOS=133666209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:217:125:140:74:77:0.354839:55:19:53:72:57:20:53:87 chr3 133670073 . T C 293.44 PASS AF=0.369565;AO=32;DP=90;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.00661493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.212;QD=12.7584;RBI=0.022268;REFB=-0.00715405;REVB=0.0212628;RO=58;SAF=22;SAR=10;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375096;STB=0.68568;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00779964;OID=.;OPOS=133670073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:58:58:32:34:0.369565:10:22:20:38:12:22:20:38 chr3 133941320 . C T 1530.29 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5011;QD=58.2967;RBI=0.0248405;REFB=-0.116488;REVB=0.0242472;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022996;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:104:105:0:0:103:105:1:52:51:0:0:54:51:0:0 chr3 134075522 . A G 2735.98 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287715;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.403;QD=62.1813;RBI=0.0287809;REFB=-0.0844415;REVB=-0.000734702;RO=1;SAF=88;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5293e-05;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:176:1:0:176:176:1:88:88:1:0:88:88:0:0 chr3 134077470 . C G 4121.48 PASS AF=0.98524;AO=267;DP=271;FAO=267;FDP=271;FR=.;FRO=4;FSAF=132;FSAR=135;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0284947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.302;QD=60.8336;RBI=0.0307414;REFB=-0.0213966;REVB=0.0115361;RO=4;SAF=132;SAR=135;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000158044;STB=0.500083;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=4.58794e-05;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:271:271:4:4:267:267:0.98524:135:132:2:2:135:132:2:2 chr3 134077489 . T C 1513.93 PASS AF=0.54717;AO=145;DP=265;FAO=145;FDP=265;FR=.;FRO=120;FSAF=80;FSAR=65;FSRF=60;FSRR=60;FWDB=-0.0155785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.653;QD=22.8518;RBI=0.0156482;REFB=-0.0159635;REVB=0.00147435;RO=120;SAF=80;SAR=65;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432706;STB=0.523557;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0103902;OID=.;OPOS=134077489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:120:120:145:145:0.54717:65:80:60:60:65:80:60:60 chr3 134079064 . C T 1351.35 PASS AF=0.557018;AO=126;DP=227;FAO=127;FDP=228;FR=.;FRO=101;FSAF=53;FSAR=74;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=0.0310421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.11;QD=23.708;RBI=0.0313819;REFB=-0.00355682;REVB=-0.0046058;RO=99;SAF=52;SAR=74;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00961464;STB=0.500675;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00237999;OID=.;OPOS=134079064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:99:101:126:127:0.557018:74:52:42:57:74:53:42:59 chr3 134278270 . C T 150.39 PASS AF=0.36;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0132008;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.898;QD=12.031;RBI=0.0133597;REFB=-0.00605665;REVB=-0.00205431;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836898;STB=0.559934;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00870466;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:33:32:18:18:0.36:9:9:14:19:9:9:13:19 chr3 134280395 . T A 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.207;QD=63.052;RBI=0.0279937;REFB=0;REVB=-0.0088596;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84845e-06;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:55:36:0:0:55:36:0:0 chr3 134322163 . C A 1615.57 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.141;QD=59.8358;RBI=0.00303279;REFB=0;REVB=0.000918941;RO=0;SAF=42;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68432e-06;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:108:0:0:102:108:1:60:42:0:0:65:43:0:0 chr3 134322742 . A G 1508.78 PASS AF=0.946429;AO=105;DP=112;FAO=106;FDP=112;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00474422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.131;QD=53.8851;RBI=0.00607956;REFB=0.0447601;REVB=0.00380177;RO=6;SAF=52;SAR=53;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000487668;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00184232;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:112:112:6:6:105:106:0.946429:53:52:3:3:53:53:3:3 chr3 134323156 . A G 1952.1 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.1543;QD=61.9715;RBI=0.0505839;REFB=0;REVB=0.00562183;RO=0;SAF=54;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142985;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:72:54:0:0:72:54:0:0 chr3 134499419 . G A 562.01 PASS AF=0.649351;AO=50;DP=77;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00269774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4891;QD=29.1952;RBI=0.00278893;REFB=0.00291963;REVB=-0.000707329;RO=27;SAF=27;SAR=23;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378973;STB=0.520575;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00161917;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:27:27:50:50:0.649351:23:27:13:14:23:27:13:14 chr3 134898742 . C T 3126.72 PASS AF=1;AO=197;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.326;QD=62.8486;RBI=0.0357516;REFB=-0.115006;REVB=0.0356748;RO=2;SAF=99;SAR=98;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961933;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018036;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:199:199:2:0:197:199:1:98:99:0:2:100:99:0:0 chr3 135720851 . G T 747.2 PASS AF=0.578512;AO=68;DP=127;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00940406;FXX=0.0620107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.621;QD=24.7007;RBI=0.012709;REFB=0.00865646;REVB=0.00854881;RO=46;SAF=29;SAR=39;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389991;STB=0.549137;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00703092;OID=.;OPOS=135720851;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:121:46:51:68:70:0.578512:39:29:22:24:41:29:27:24 chr3 135745911 . G A 511.52 PASS AF=0.666667;AO=45;DP=68;FAO=46;FDP=69;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0153923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.353;QD=29.6534;RBI=0.0260441;REFB=0.0034963;REVB=-0.0210089;RO=23;SAF=23;SAR=22;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128557;STB=0.572115;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00136654;OID=.;OPOS=135745911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:23:23:45:46:0.666667:22:23:7:16:22:24:7:16 chr3 136573440 . A G 331.67 PASS AF=0.344262;AO=42;DP=121;FAO=42;FDP=122;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0570383;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7533;QD=10.8743;RBI=0.0590444;REFB=-0.0110044;REVB=-0.0152604;RO=79;SAF=27;SAR=15;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145377;STB=0.588335;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0243973;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:79:80:42:42:0.344262:15:27:41:38:15:27:41:39 chr3 136574501 . A G 417.29 PASS AF=0.344828;AO=50;DP=145;FAO=50;FDP=145;FR=.;FRO=95;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.0541783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8569;QD=11.5115;RBI=0.0541971;REFB=-0.00319638;REVB=0.00142653;RO=95;SAF=26;SAR=24;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288393;STB=0.51655;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00865778;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:95:95:50:50:0.344828:24:26:47:48:24:26:47:48 chr3 136574578 . T TTAA 337.34 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0168379;FXX=0.0306091;HRUN=2;LEN=3;MLLD=261.569;QD=14.2038;RBI=0.0173645;REFB=-0.0163522;REVB=-0.00424372;RO=61;SAF=20;SAR=17;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730337;STB=0.538884;STBP=0.575;TYPE=ins;VARB=0.0264419;OID=.;OPOS=136574579;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.389474:37:100:37:95:58:20:17:35:23:99:61:20:17:37:24 chr3 136649463 . C T 130.96 PASS AF=0.227273;AO=19;DP=87;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0158682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.184;QD=5.95289;RBI=0.0158891;REFB=-0.0103424;REVB=-0.000815442;RO=67;SAF=9;SAR=10;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491422;STB=0.516002;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0317101;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:67:68:19:20:0.227273:10:9:32:35:11:9:32:36 chr3 137786442 . T C 357.24 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0387051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.596;QD=13.6091;RBI=0.0388446;REFB=-0.0138465;REVB=-0.00328973;RO=62;SAF=24;SAR=18;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926969;STB=0.547922;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0236258;OID=.;OPOS=137786442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:63:42:42:0.4:18:24:30:32:18:24:31:32 chr3 137787047 . C T 485.57 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.00398697;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.082;QD=18.8569;RBI=0.018515;REFB=0.00212204;REVB=0.0180806;RO=48;SAF=28;SAR=23;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105762;STB=0.564008;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00206409;OID=.;OPOS=137787047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:48:52:51:51:0.495146:23:28:32:16:23:28:35:17 chr3 137787192 . T C 673.47 PASS AF=0.503759;AO=67;DP=133;FAO=67;FDP=133;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0628336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7696;QD=20.2546;RBI=0.0628681;REFB=-0.0205588;REVB=0.00208406;RO=65;SAF=33;SAR=34;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272949;STB=0.511217;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0249375;OID=.;OPOS=137787192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:66:67:67:0.503759:34:33:34:31:34:33:34:32 chr3 137787963 . T G 1238.44 PASS AF=0.524017;AO=120;DP=231;FAO=120;FDP=229;FR=.;FRO=109;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=0.0206138;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.309;QD=21.6322;RBI=0.0213143;REFB=0.000527007;REVB=-0.00541935;RO=111;SAF=56;SAR=64;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952928;STB=0.500585;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.000459057;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:229:111:109:120:120:0.524017:64:56:53:58:64:56:51:58 chr3 137807259 . G A 1044.79 PASS AF=0.520833;AO=100;DP=192;FAO=100;FDP=192;FR=.;FRO=92;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=0.00787012;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.444;QD=21.7664;RBI=0.022269;REFB=-0.0259658;REVB=0.0208319;RO=91;SAF=61;SAR=39;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151144;STB=0.511542;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0226142;OID=.;OPOS=137807259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:91:92:100:100:0.520833:39:61:54:37:39:61:54:38 chr3 137843106 . T C 497.52 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0109723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.686;QD=26.5344;RBI=0.0114207;REFB=-0.0113089;REVB=0.00316887;RO=29;SAF=29;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133018;STB=0.572679;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00644989;OID=.;OPOS=137843106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:29:46:46:0.613333:17:29:13:16:17:29:13:16 chr3 137843476 . G T 511.28 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0801331;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.795;QD=21.3035;RBI=0.0810853;REFB=-0.00590084;REVB=-0.0123898;RO=47;SAF=29;SAR=20;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220452;STB=0.621641;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00548904;OID=.;OPOS=137843476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:47:47:49:49:0.510417:20:29:16:31:20:29:16:31 chr3 137843521 . AAG A,AAA 64.39 PASS AF=0.14876,0;AO=20,6;DP=136;FAO=18,0;FDP=121;FR=.;FRO=103;FSAF=7,0;FSAR=11,0;FSRF=71;FSRR=32;FWDB=0.00904389,-0.0485524;FXX=0.0162588;HRUN=5,4;LEN=2,1;MLLD=26.1309,23.0428;QD=2.12857;RBI=0.059444,0.0641226;REFB=-0.032537,0.000935445;REVB=-0.058752,0.0418852;RO=102;SAF=6,0;SAR=14,6;SRF=75;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.514412,-0.631798;STB=0.740064,0.5;STBP=0.045,1;TYPE=del,snp;VARB=0.144635,0;OID=.,.;OPOS=137843522,137843523;OREF=AG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.14876,0:20,6:136:18,0:121:103:7,0:11,0:71:32:65:102:6,0:14,6:75:27 chr3 137850003 . A G 676.09 PASS AF=0.59596;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00380933;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.308;QD=27.3166;RBI=0.00581824;REFB=-0.0194153;REVB=-0.00439784;RO=38;SAF=21;SAR=38;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701018;STB=0.540467;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00872418;OID=.;OPOS=137850003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:38:40:59:59:0.59596:38:21:17:21:38:21:18:22 chr3 137880743 . G A 272.2 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.012191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5181;QD=24.1955;RBI=0.0791535;REFB=-0.0604509;REVB=-0.078209;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105204;STB=0.565003;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0361676;OID=.;OPOS=137880743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:20:24:25:0.555556:9:15:10:10:9:16:10:10 chr3 137881265 . T A 423.82 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0149503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.233;QD=33.9054;RBI=0.0241003;REFB=-0.0349232;REVB=0.0189027;RO=16;SAF=17;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110193;STB=0.559965;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0106669;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:17:17:5:11:17:17:5:11 chr3 138033181 . C T 1116.04 PASS AF=0.939024;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0771166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7009;QD=54.4412;RBI=0.0860398;REFB=-0.0789847;REVB=0.038156;RO=3;SAF=36;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378151;STB=0.532459;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0261613;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:82:82:3:5:77:77:0.939024:41:36:3:0:41:36:5:0 chr3 138187568 . C T 5889.68 PASS AF=1;AO=374;DP=381;FAO=375;FDP=375;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=210;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300166;FXX=0.0183241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.403;QD=62.8233;RBI=0.0300262;REFB=-0.0770976;REVB=0.000760296;RO=3;SAF=165;SAR=209;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00679963;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3788e-05;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:381:375:3:0:374:375:1:209:165:0:3:210:165:0:0 chr3 138191232 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00119372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.978;QD=21.377;RBI=0.00970189;REFB=-0.0114888;REVB=-0.00962817;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174487;STB=0.509795;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0112497;OID=.;OPOS=138191232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:10:13:12:10:10:13:12:10 chr3 138191448 . A T 1261.42 PASS AF=0.528384;AO=119;DP=233;FAO=121;FDP=229;FR=.;FRO=108;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.0295723;FXX=0.0255308;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.541;QD=22.0336;RBI=0.0297233;REFB=-0.0103801;REVB=-0.00299191;RO=106;SAF=65;SAR=54;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737069;STB=0.503999;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0100894;OID=.;OPOS=138191448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:229:106:108:119:121:0.528384:54:65:57:49:55:66:58:50 chr3 138218994 . T C 1716.66 PASS AF=0.580882;AO=158;DP=271;FAO=158;FDP=272;FR=.;FRO=114;FSAF=87;FSAR=71;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=0.00472701;FXX=0.00366287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9074;QD=25.245;RBI=0.0172161;REFB=-0.0219398;REVB=-0.0165545;RO=112;SAF=87;SAR=71;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252966;STB=0.510275;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0243689;OID=.;OPOS=138218994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:272:112:114:158:158:0.580882:71:87:58:54:71:87:60:54 chr3 138289163 . T C 252.69 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.00790499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.619;QD=10.4202;RBI=0.00795263;REFB=-0.00521472;REVB=0.000869122;RO=66;SAF=23;SAR=8;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164851;STB=0.597101;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00992441;OID=.;OPOS=138289163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:66:31:31:0.319588:8:23:41:25:8:23:41:25 chr3 138289221 . C T 2669.02 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000778453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.399;QD=61.7114;RBI=0.0053981;REFB=0;REVB=0.00534167;RO=0;SAF=96;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12855e-05;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:173:0:0:171:173:1:75:96:0:0:75:98:0:0 chr3 138329862 . G A 1847.85 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00370221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.403;QD=59.608;RBI=0.0077058;REFB=-0.113871;REVB=0.00675818;RO=1;SAF=55;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703814;STB=0.507352;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00048731;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:1:2:122:122:0.983871:67:55:0:1:67:55:0:2 chr3 138724757 . C G 591.32 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0144632;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8922;QD=24.1355;RBI=0.0193221;REFB=0.00362211;REVB=0.0128124;RO=44;SAF=36;SAR=18;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163449;STB=0.589894;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00396804;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:54:54:0.55102:18:36:21:23:18:36:21:23 chr3 138739617 . A G 645.85 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.223;QD=61.5091;RBI=0.0330371;REFB=0;REVB=0.0327255;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905106;OID=.;OPOS=138739617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:36:42:1:15:21:0:0:21:21:0:0 chr3 138762707 . C G 472.09 PASS AF=0.308458;AO=62;DP=200;FAO=62;FDP=201;FR=.;FRO=139;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=83;FWDB=-0.0125564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.244;QD=9.39482;RBI=0.0199753;REFB=0.00431647;REVB=-0.0155354;RO=137;SAF=29;SAR=33;SRF=56;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708461;STB=0.545293;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00635938;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:137:139:62:62:0.308458:33:29:56:81:33:29:56:83 chr3 138763599 . T C 1657.27 PASS AF=0.595142;AO=113;DP=250;FAO=147;FDP=247;FR=.,HEALED;FRO=98;FSAF=86;FSAR=61;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=0.0238381;FXX=0.0119995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.245;QD=26.8384;RBI=0.0474267;REFB=-0.0270077;REVB=0.0410005;RO=91;SAF=65;SAR=48;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120438;STB=0.550934;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.013993;OID=.;OPOS=138763599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:247:91:98:113:147:0.595142:48:65:39:52:61:86:45:53 chr3 138763600 . G C 89.83 PASS AF=0.11583;AO=31;DP=249;FAO=30;FDP=259;FR=.;FRO=229;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=118;FSRR=111;FWDB=0.0121297;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.5028;QD=1.38733;RBI=0.0558489;REFB=-0.0112731;REVB=-0.0545158;RO=218;SAF=20;SAR=11;SRF=116;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145403;STB=0.605941;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.229824;OID=.;OPOS=138763600;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:249:259:218:229:31:30:0.11583:11:20:116:102:11:19:118:111 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG 4194.22 PASS AF=0,1;AO=34,209;DP=293;FAO=0,274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=0,139;FSAR=0,135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135024,0.00875857;FXX=0.0519013;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=241.161,251.901;QD=61.2295;RBI=0.0239266,0.0284054;REFB=0,0;REVB=0.0197527,0.0270214;RO=0;SAF=5,103;SAR=29,106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0525345,6.85583e-05;OID=.,.;OPOS=138763635,138763628;OREF=GCTG,TGC;OALT=-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:34,209:293:0,274:274:0:0,139:0,135:0:0:23:0:5,103:29,106:0:0 chr3 139062964 . G T 107.65 PASS AF=0.141975;AO=23;DP=162;FAO=23;FDP=162;FR=.;FRO=139;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=78;FWDB=-0.014374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.766;QD=2.65794;RBI=0.0212182;REFB=-0.0134268;REVB=-0.0156077;RO=139;SAF=6;SAR=17;SRF=61;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241936;STB=0.666319;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0474496;OID=.;OPOS=139062964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:139:139:23:23:0.141975:17:6:61:78:17:6:61:78 chr3 139102120 . C A 1521.96 PASS AF=0.989796;AO=93;DP=93;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.951;QD=62.121;RBI=0.0177395;REFB=-0.0774143;REVB=0.0132913;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.504504;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000232347;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:98:0:1:93:97:0.989796:55:38:0:0:55:42:0:1 chr3 139303248 . G A 1357.98 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.929;QD=62.4359;RBI=0.031729;REFB=0;REVB=0.031201;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77513e-05;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr3 139318241 . A T 463.91 PASS AF=0.40458;AO=50;DP=127;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=56;FWDB=-0.0108415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.768;QD=14.1653;RBI=0.0127413;REFB=-0.0121505;REVB=-0.00669348;RO=70;SAF=16;SAR=34;SRF=20;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416097;STB=0.514162;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0155081;OID=.;OPOS=139318241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:131:70:78:50:53:0.40458:34:16:20:50:37:16:22:56 chr3 139328739 . C T 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.617;QD=53.273;RBI=0.025543;REFB=0;REVB=0.0118848;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452103;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr3 140178485 . G A 249.27 PASS AF=0.28125;AO=33;DP=127;FAO=36;FDP=128;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=-0.00837249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.804;QD=7.78954;RBI=0.019872;REFB=0.00199552;REVB=-0.0180221;RO=92;SAF=14;SAR=19;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403022;STB=0.508767;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00500328;OID=.;OPOS=140178485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:92:92:33:36:0.28125:19:14:42:50:20:16:42:50 chr3 140401693 . A G 604.03 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0669899;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.984;QD=58.9296;RBI=0.0670075;REFB=-0.1244;REVB=-0.0015325;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520237;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00289172;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:2:1:40:40:0.97561:17:23:0:2:17:23:0:1 chr3 140697301 . T C 363.78 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0212267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.748;QD=13.8582;RBI=0.0252742;REFB=-0.0125152;REVB=0.013719;RO=62;SAF=18;SAR=25;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119292;STB=0.567392;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0224685;OID=.;OPOS=140697301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:62:43:43:0.409524:25:18:33:29:25:18:33:29 chr3 140785175 . C A 428.13 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00187416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.348;QD=30.5809;RBI=0.0019016;REFB=-0.0229449;REVB=-0.000321903;RO=17;SAF=20;SAR=19;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042258;STB=0.522924;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0118638;OID=.;OPOS=140785175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:17:39:39:0.696429:19:20:10:7:19:20:10:7 chr3 141162185 . T G 81.34 PASS AF=0.529412;AO=6;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0168769;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.663;QD=19.1383;RBI=0.0257869;REFB=-0.0769182;REVB=0.0194971;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.578784;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00911993;OID=.;OPOS=141162185;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:17:17:5:6:6:9:0.529412:2:4:4:1:3:6:5:1 chr3 141327474 . G A 236.7 PASS AF=0.32967;AO=29;DP=91;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0097356;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3434;QD=10.4043;RBI=0.0102819;REFB=0.0064806;REVB=-0.00330686;RO=62;SAF=11;SAR=18;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267902;STB=0.646457;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0138999;OID=.;OPOS=141327474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:61:29:30:0.32967:18:11:38:24:18:12:38:23 chr3 141331222 . G A 804.24 PASS AF=0.360595;AO=97;DP=272;FAO=97;FDP=269;FR=.;FRO=172;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=65;FSRR=107;FWDB=-0.0407657;FXX=0.011029;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7638;QD=11.959;RBI=0.0411296;REFB=-0.0103646;REVB=-0.00545915;RO=172;SAF=40;SAR=57;SRF=65;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404487;STB=0.522913;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0153675;OID=.;OPOS=141331222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:269:172:172:97:97:0.360595:57:40:65:107:57:40:65:107 chr3 141497168 . C T 1651.26 PASS AF=0.416092;AO=181;DP=435;FAO=181;FDP=435;FR=.;FRO=254;FSAF=72;FSAR=109;FSRF=118;FSRR=136;FWDB=-0.0196939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.56;QD=15.184;RBI=0.0217663;REFB=-0.0139058;REVB=-0.00926957;RO=253;SAF=72;SAR=109;SRF=118;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736377;STB=0.540022;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0195992;OID=.;OPOS=141497168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:435:253:254:181:181:0.416092:109:72:118:135:109:72:118:136 chr3 141497469 . A T 561.83 PASS AF=0.297959;AO=73;DP=249;FAO=73;FDP=245;FR=.;FRO=172;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=72;FSRR=100;FWDB=-0.0208253;FXX=0.0160636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4423;QD=9.17267;RBI=0.0469262;REFB=-0.00726132;REVB=-0.042052;RO=150;SAF=29;SAR=44;SRF=71;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907841;STB=0.515541;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.012691;OID=.;OPOS=141497469;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:245:150:172:73:73:0.297959:44:29:71:79:44:29:72:100 chr3 141923506 . C T 623.69 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.493;QD=59.3988;RBI=0.17467;REFB=0;REVB=0.016171;RO=1;SAF=1;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449624;OID=.;OPOS=141923506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:42:1:0:40:42:1:39:1:1:0:39:3:0:0 chr3 141932356 . G A 1211.53 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.869;QD=60.5767;RBI=0.0195525;REFB=0;REVB=-0.000445186;RO=0;SAF=26;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875728;OID=.;OPOS=141932356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:51:26:0:0:52:28:0:0 chr3 142139172 . T C 1373.75 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110061;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.414;QD=62.4433;RBI=0.0155238;REFB=0;REVB=-0.0109478;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01122e-06;OID=.;OPOS=142139172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr3 142168331 . C T 1821.95 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.134;QD=61.2421;RBI=0.0934261;REFB=0;REVB=0.0613832;RO=1;SAF=66;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904619;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77927e-05;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:1:0:118:119:1:52:66:0:1:53:66:0:0 chr3 142222284 . A G 1680.75 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.683;QD=59.4955;RBI=0.0439828;REFB=-0.069816;REVB=0.042529;RO=1;SAF=45;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703426;STB=0.503703;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000263499;OID=.;OPOS=142222284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:113:1:1:112:112:0.99115:67:45:0:1:67:45:0:1 chr3 142277536 . A G 2914.38 PASS AF=1;AO=185;DP=187;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126649;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.058;QD=62.6748;RBI=0.127872;REFB=0;REVB=-0.0176476;RO=0;SAF=64;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56854e-05;OID=.;OPOS=142277536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:187:186:0:0:185:186:1:121:64:0:0:121:65:0:0 chr3 142277575 . A T 2483.76 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013935;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.708;QD=61.7083;RBI=0.0139403;REFB=0;REVB=-0.00038334;RO=0;SAF=63;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117201;OID=.;OPOS=142277575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:97:63:0:0:98:63:0:0 chr3 142281612 . A G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.11;QD=64.1535;RBI=0.00821751;REFB=0;REVB=0.00725558;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72802e-06;OID=.;OPOS=142281612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr3 142392596 . T TC 1554.28 PASS AF=1;AO=147;DP=165;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.169929;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.0302;QD=40.1103;RBI=0.181334;REFB=0;REVB=-0.0632943;RO=14;SAF=67;SAR=80;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00223603;OID=.;OPOS=142392597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:147:165:155:155:0:70:85:0:0:31:14:67:80:9:5 chr3 142408606 . G A 1881.17 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270606;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.75;QD=61.6776;RBI=0.0152467;REFB=0;REVB=0.0150046;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32953e-06;OID=.;OPOS=142408606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:61:61:0:0:61:61:0:0 chr3 142503605 . G A 2269.99 PASS AF=0.648649;AO=192;DP=295;FAO=192;FDP=296;FR=.;FRO=104;FSAF=86;FSAR=106;FSRF=65;FSRR=39;FWDB=0.0115218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.269;QD=30.6755;RBI=0.0120896;REFB=-0.0116538;REVB=-0.00366126;RO=102;SAF=86;SAR=106;SRF=65;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122023;STB=0.562081;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00569174;OID=.;OPOS=142503605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:296:102:104:192:192:0.648649:106:86:65:37:106:86:65:39 chr3 142524858 . G A 736.87 PASS AF=0.496552;AO=73;DP=147;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0226117;FXX=0.0136045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.317;QD=20.3273;RBI=0.0535643;REFB=-0.00979107;REVB=-0.0485577;RO=74;SAF=28;SAR=45;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592457;STB=0.547563;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0185899;OID=.;OPOS=142524858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:74:73:73:72:0.496552:45:28:33:41:45:27:34:39 chr3 142670616 . A G 206.59 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00201713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.3;QD=11.0179;RBI=0.00276285;REFB=-0.00794522;REVB=0.00188801;RO=47;SAF=9;SAR=17;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164899;STB=0.584251;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0114487;OID=.;OPOS=142670616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:49:26:26:0.346667:17:9:23:24:17:9:23:26 chr3 142730774 . T G 935.96 PASS AF=0.930556;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0729737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2127;QD=51.9978;RBI=0.074076;REFB=0.047196;REVB=-0.0127313;RO=5;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772332;STB=0.540971;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.015724;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:5:5:67:67:0.930556:28:39:0:5:28:39:0:5 chr3 142779294 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.442;QD=62.6696;RBI=0.0189426;REFB=0;REVB=0.0170925;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69951e-05;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr3 142841740 . C T 164.88 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233282;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.378;QD=47.1089;RBI=0.0233298;REFB=0;REVB=-0.000270761;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297055;OID=.;OPOS=142841740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr3 143293012 . A G 460.55 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0178969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4091;QD=23.9249;RBI=0.0207475;REFB=0.0230898;REVB=-0.0104958;RO=33;SAF=12;SAR=32;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188092;STB=0.603724;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0168298;OID=.;OPOS=143293012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:32:12:16:17:32:12:16:17 chr3 143692018 . C G 584.16 PASS AF=0.43662;AO=62;DP=142;FAO=62;FDP=142;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=-0.0388624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.8166;QD=16.4552;RBI=0.0976159;REFB=0.0275588;REVB=0.0895465;RO=79;SAF=32;SAR=30;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131009;STB=0.575845;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0351367;OID=.;OPOS=143692018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:79:80:62:62:0.43662:30:32:51:28:30:32:52:28 chr3 143704516 . C T 1583.8 PASS AF=0.575875;AO=148;DP=258;FAO=148;FDP=257;FR=.;FRO=109;FSAF=53;FSAR=95;FSRF=40;FSRR=69;FWDB=0.0124432;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.287;QD=24.6507;RBI=0.0205569;REFB=-0.00629355;REVB=-0.0163631;RO=107;SAF=53;SAR=95;SRF=40;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131832;STB=0.504079;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00492361;OID=.;OPOS=143704516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:257:107:109:148:148:0.575875:95:53:40:67:95:53:40:69 chr3 145782812 . T C 203.49 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0263865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.835;QD=12.3326;RBI=0.0284176;REFB=-0.010235;REVB=-0.0105503;RO=40;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280455;STB=0.653724;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0165947;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:9:16:15:25:9:16:16:25 chr3 145783440 . T C 1145.5 PASS AF=0.442029;AO=119;DP=275;FAO=122;FDP=276;FR=.;FRO=154;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=77;FSRR=77;FWDB=-0.0178758;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.408;QD=16.6014;RBI=0.020769;REFB=-0.0111395;REVB=-0.0105739;RO=149;SAF=60;SAR=59;SRF=75;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000848095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00903978;OID=.;OPOS=145783440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:276:149:154:119:122:0.442029:59:60:75:74:61:61:77:77 chr3 145803138 . T C 44.02 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.083566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7222;QD=6.52193;RBI=0.0976337;REFB=0.0187045;REVB=0.0504883;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227677;STB=0.631788;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.039217;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:19:20:7:7:0.259259:5:2:9:10:5:2:9:11 chr3 145803142 . T A 36.24 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0334144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.835;QD=6.58904;RBI=0.0453396;REFB=-0.0019175;REVB=-0.0306457;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316032;STB=0.53322;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00402577;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:13:16:6:6:0.272727:4:2:4:9:4:2:6:10 chr3 145939847 . C G 1152.39 PASS AF=0.471774;AO=113;DP=246;FAO=117;FDP=248;FR=.;FRO=131;FSAF=41;FSAR=76;FSRF=48;FSRR=83;FWDB=-0.0168069;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3034;QD=18.587;RBI=0.0523325;REFB=-0.0185776;REVB=0.0495602;RO=126;SAF=38;SAR=75;SRF=46;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304538;STB=0.509221;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0227542;OID=.;OPOS=145939847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:248:126:131:113:117:0.471774:75:38:46:80:76:41:48:83 chr3 146177815 . C T 784.65 PASS AF=0.368421;AO=90;DP=246;FAO=91;FDP=247;FR=.;FRO=156;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=71;FSRR=85;FWDB=0.0192604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4171;QD=12.7068;RBI=0.0680505;REFB=-0.0132393;REVB=-0.0652679;RO=156;SAF=50;SAR=40;SRF=71;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112209;STB=0.5664;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0219677;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:156:156:90:91:0.368421:40:50:71:85:40:51:71:85 chr3 146289323 . T C 303.38 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8882;QD=52.7615;RBI=0.037565;REFB=0;REVB=0.0306866;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00998277;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:18:23:1:7:11:0:0:9:14:0:0 chr3 148316555 . T C 999.26 PASS AF=0.542373;AO=97;DP=177;FAO=96;FDP=177;FR=.;FRO=81;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=-0.041168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.751;QD=22.5821;RBI=0.0428107;REFB=0.0168668;REVB=-0.0117452;RO=77;SAF=55;SAR=42;SRF=51;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798651;STB=0.54901;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.0130392;OID=.;OPOS=148316555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:77:81:97:96:0.542373:42:55:51:26:42:54:54:27 chr3 148459395 . C T 975.99 PASS AF=0.985294;AO=68;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4924;QD=57.4112;RBI=0.0207825;REFB=-0.0346612;REVB=-0.00231795;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.507934;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000852373;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:68:67:0.985294:36:32:0:0:36:31:1:0 chr3 148460467 . C A 3183.8 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269528;FXX=0.00480746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.929;QD=61.5227;RBI=0.0347152;REFB=0.0311798;REVB=0.0218789;RO=1;SAF=93;SAR=114;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00416039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.72814e-05;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:208:207:1:0:207:207:1:114:93:0:1:114:93:0:0 chr3 148460700 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0881773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.524;QD=33.4285;RBI=0.0886588;REFB=0;REVB=0.00922687;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00358642;OID=.;OPOS=148460700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr3 148597612 . C T 1596.09 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614045;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.827;QD=59.1144;RBI=0.0174803;REFB=0;REVB=-0.0163664;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133149;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:104:108:1:52:52:0:0:53:55:0:0 chr3 148727133 . G A 180.54 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00412364;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.062;QD=12.6697;RBI=0.0191818;REFB=0.00157755;REVB=-0.0187334;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203854;STB=0.599274;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00385918;OID=.;OPOS=148727133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:35:22:22:0.385965:9:13:13:20:9:13:15:20 chr3 148759325 . T C 221.79 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00999328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2767;QD=10.1973;RBI=0.0671427;REFB=-0.00165511;REVB=-0.0663948;RO=59;SAF=11;SAR=17;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154662;STB=0.590506;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00174823;OID=.;OPOS=148759325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:59:28:28:0.321839:17:11:31:28:17:11:31:28 chr3 148786108 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.596;QD=61.0491;RBI=0.0329108;REFB=0;REVB=-0.0323;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14099e-05;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr3 148789089 . C T 455.18 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00773087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0009;QD=28.4486;RBI=0.0258644;REFB=0.00752238;REVB=-0.024682;RO=22;SAF=15;SAR=27;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951948;STB=0.551862;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00809772;OID=.;OPOS=148789089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:22:42:42:0.65625:27:15:11:11:27:15:11:11 chr3 148916235 . T A 1381.46 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00470815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6442;QD=61.3982;RBI=0.0244762;REFB=-0.01191;REVB=-0.0240191;RO=0;SAF=28;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.000113048;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:61:28:0:0:61:28:1:0 chr3 149093238 . A G 1554.65 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.761;QD=59.7943;RBI=0.0225201;REFB=0;REVB=0.0218769;RO=0;SAF=39;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03052e-05;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:63:39:0:0:63:41:0:0 chr3 149216629 . C T 4742.71 PASS AF=1;AO=297;DP=300;FAO=297;FDP=297;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786577;FXX=0.00999967;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.71;QD=63.8749;RBI=0.00786937;REFB=-0.0135718;REVB=0.000238178;RO=1;SAF=164;SAR=133;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00357247;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111642;OID=.;OPOS=149216629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:300:297:1:0:297:297:1:133:164:0:1:133:164:0:0 chr3 149220517 . C T 1695.22 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6498;QD=60.5435;RBI=0.0267848;REFB=0;REVB=0.00352395;RO=0;SAF=38;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.45401e-05;OID=.;OPOS=149220517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:71:38:0:0:73:39:0:0 chr3 149238595 . C A,CTTAA 433.89 PASS AF=0.0410959,0.328767;AO=6,46;DP=147;FAO=6,48;FDP=146;FR=.;FRO=92;FSAF=2,27;FSAR=4,21;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.0153165,-0.0151523;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,4;MLLD=176.033,143.031;QD=11.8873;RBI=0.0156103,0.0165058;REFB=-0.00764598,-0.00737582;REVB=-0.00301461,0.00654601;RO=93;SAF=2,25;SAR=4,21;SRF=50;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.202037,0.00681628;STB=0.692706,0.512653;STBP=0.35,0.835;TYPE=snp,ins;VARB=0.0312908,0.0190041;OID=.,.;OPOS=149238595,149238596;OREF=C,-;OALT=A,TTAA;OMAPALT=A,CTTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:147:146:93:92:6,46:6,48:0.0410959,0.328767:4,21:2,25:50:43:4,21:2,27:50:42 chr3 149459341 . A G 395.76 PASS AF=0.28125;AO=53;DP=192;FAO=54;FDP=192;FR=.;FRO=138;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=78;FSRR=60;FWDB=-0.0116644;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.532;QD=8.24499;RBI=0.0461124;REFB=-0.00319171;REVB=-0.0446127;RO=128;SAF=24;SAR=29;SRF=72;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131924;STB=0.573074;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00978049;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:128:138:53:54:0.28125:29:24:72:56:29:25:78:60 chr3 149678534 . C T 1044.3 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.454;QD=59.6743;RBI=0.0384567;REFB=0;REVB=0.0369578;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32774e-05;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr3 150347833 . G A 524.09 PASS AF=0.886364;AO=36;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00337714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.861;QD=47.6447;RBI=0.0125864;REFB=-0.0164443;REVB=-0.0121249;RO=5;SAF=15;SAR=21;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881072;STB=0.548711;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0022697;OID=.;OPOS=150347833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:44:44:5:5:36:39:0.886364:21:15:4:1:24:15:4:1 chr3 150403749 . T C 196.69 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0222477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.882;QD=18.2964;RBI=0.0646362;REFB=0.00374865;REVB=-0.0606867;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115994;STB=0.565971;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00517282;OID=.;OPOS=150403749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:12:8:12:11:12:8:12:11 chr3 150421419 . G A 1155.06 PASS AF=0.579235;AO=105;DP=182;FAO=106;FDP=183;FR=.;FRO=77;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.00150354;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.141;QD=25.2473;RBI=0.0026042;REFB=-0.0203765;REVB=-0.00212632;RO=75;SAF=55;SAR=50;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438596;STB=0.52012;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0150065;OID=.;OPOS=150421419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:75:77:105:106:0.579235:50:55:35:40:50:56:37:40 chr3 151011969 . G A 255.68 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0325911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.066;QD=29.2202;RBI=0.0332417;REFB=-0.0459027;REVB=-0.0065445;RO=12;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926435;STB=0.551078;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.029288;OID=.;OPOS=151011969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:10:13:5:7:10:13:5:7 chr3 151012497 . T C 2643.2 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00463143;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.824;QD=62.1929;RBI=0.0131039;REFB=0;REVB=0.0122582;RO=0;SAF=88;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30794e-05;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:170:0:0:168:170:1:80:88:0:0:82:88:0:0 chr3 151046308 . G A 770.26 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0169922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.446;QD=55.0185;RBI=0.024802;REFB=-0.0781365;REVB=0.0180666;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00012508;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:1:0:31:24:1:0 chr3 151056598 . A C 236.27 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.347;QD=49.7415;RBI=0.0533011;REFB=0;REVB=0.0340509;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599976;OID=.;OPOS=151056598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:15:3:0:0:16:3:0:0 chr3 151056616 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0452494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.756;QD=13.6307;RBI=0.053013;REFB=-0.03152;REVB=-0.02762;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291009;STB=0.517199;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0266674;OID=.;OPOS=151056616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:7:1:1:8:7:1:1:8 chr3 151082923 . T C 597.06 PASS AF=0.530973;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.00732061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.477;QD=21.1348;RBI=0.0249835;REFB=-0.00746738;REVB=0.0238869;RO=53;SAF=28;SAR=32;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196133;STB=0.607442;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00862578;OID=.;OPOS=151082923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:53:53:60:60:0.530973:32:28:37:16:32:28:37:16 chr3 151112568 . G A 338.41 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0274387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.654;QD=12.5337;RBI=0.0581691;REFB=-0.0124439;REVB=-0.0512909;RO=66;SAF=20;SAR=21;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460287;STB=0.521434;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0195443;OID=.;OPOS=151112568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:67:41:41:0.37963:21:20:35:31:21:20:35:32 chr3 151134104 . AGCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT A 50.0 PASS AO=85;DP=448;LEN=87;RO=363;SAF=26;SAR=131;SRF=150;SRR=141;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=151134105;OREF=GCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:448:363:85:131:26:150:141 chr3 151143447 . G T 1059.87 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.017;QD=59.7107;RBI=0.0248816;REFB=0;REVB=0.0226994;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113586;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:40:30:0:0:41:30:0:0 chr3 151150968 . TTTTTTTTTTT GTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTT,TGTTTTTTTTT 383.21 PASS AF=0,0.52381,0.285714;AO=2,15,2;DP=50;FAO=0,22,12;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=0,16,11;FSAR=0,6,1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00504306,0.00531181,0.00539482;FXX=0.192271;HRUN=13,13,13;LEN=11,1,1;MLLD=165.858,175.629,205.186;QD=36.4962;RBI=0.0874746,0.0902837,0.085739;REFB=-0.172066,-0.203692,-0.0918847;REVB=-0.0873291,-0.0901273,-0.0855691;RO=0;SAF=0,12,2;SAR=2,3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.639865,0.854835;STBP=1,0.017,0.006;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0.0765452,0.0145836,-0.00606309;OID=.,.,.;OPOS=151150968,151150968,151150969;OREF=TTTTTTTTTTT,T,T;OALT=GTTTTTTTTTA,G,G;OMAPALT=GTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTT,TGTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:50:42:0:8:2,15,2:0,22,12:0,0.52381,0.285714:2,3,0:0,12,2:0:0:0,6,1:0,16,11:2:6 chr3 151154666 . T C 3294.71 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217209;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.036;QD=61.8724;RBI=0.0088348;REFB=-0.0962166;REVB=0.00856363;RO=1;SAF=99;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423468;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194825;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:212:213:1:0:211:213:1:112:99:0:1:114:99:0:0 chr3 151155620 . G A 2007.0 PASS AF=1;AO=125;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041312;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7451;QD=61.7539;RBI=0.0426325;REFB=0;REVB=0.0105284;RO=0;SAF=67;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00543746;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:125:130:1:58:67:0:0:58:72:0:0 chr3 151165678 . T C 502.77 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203078;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.375;QD=59.1488;RBI=0.0249839;REFB=0;REVB=0.0145529;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562767;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr3 151165915 . T C 484.98 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=124;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.016321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7217;QD=15.6446;RBI=0.0423164;REFB=-0.0226102;REVB=0.0390423;RO=69;SAF=27;SAR=27;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800156;STB=0.540308;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0310322;OID=.;OPOS=151165915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:70:54:54:0.435484:27:27:29:40:27:27:30:40 chr3 151166422 . C T 1189.32 PASS AF=1;AO=69;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.357;QD=60.9907;RBI=0.069347;REFB=0;REVB=0.0290563;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156069;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:69:78:1:34:35:0:0:37:41:0:0 chr3 151166957 . AT A 412.79 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=90;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00424632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.752;QD=18.7633;RBI=0.013142;REFB=-0.00489401;REVB=0.0124371;RO=48;SAF=23;SAR=18;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842066;STB=0.555714;STBP=0.343;TYPE=del;VARB=0.00523945;OID=.;OPOS=151166958;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477273:41:90:42:88:46:23:19:30:16:99:48:23:18:31:17 chr3 151171439 . A C 1618.84 PASS AF=0.905109;AO=101;DP=132;FAO=124;FDP=137;FR=.;FRO=13;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.00927472;FXX=0.00724585;HRUN=6;LEN=1;MLLD=154.454;QD=47.2655;RBI=0.0320436;REFB=-0.160571;REVB=0.030672;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.54961;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00264387;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:132:137:0:13:101:124:0.905109:49:52:0:0:59:65:0:13 chr3 151171542 . A G 1050.89 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0075621;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.005;QD=60.0509;RBI=0.022143;REFB=0;REVB=0.0208117;RO=0;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429662;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:48:21:0:0:49:21:0:0 chr3 151463421 . G T 339.1 PASS AF=0.291925;AO=47;DP=161;FAO=47;FDP=161;FR=.;FRO=114;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=0.0229574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.301;QD=8.42476;RBI=0.0233026;REFB=-0.00322846;REVB=0.00399648;RO=113;SAF=19;SAR=28;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472537;STB=0.524989;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00712103;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:113:114:47:47:0.291925:28:19:50:63:28:19:50:64 chr3 151545601 . G A 246.76 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0592061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.32;QD=11.3454;RBI=0.0598279;REFB=0.00306978;REVB=0.00860339;RO=54;SAF=19;SAR=11;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191947;STB=0.59508;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.006009;OID=.;OPOS=151545601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:57:30:30:0.344828:11:19:25:29:11:19:28:29 chr3 152180931 . T C 48.46 PASS AF=0.156863;AO=7;DP=47;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00529148;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=148.767;QD=3.80043;RBI=0.0499055;REFB=-0.00603933;REVB=-0.0496242;RO=37;SAF=7;SAR=0;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.647573;STB=0.776956;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00818447;OID=.;OPOS=152180931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:47:51:37:43:7:8:0.156863:0:7:23:14:1:7:27:16 chr3 152181040 . T C 39.12 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0247624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.488;QD=12.0357;RBI=0.11578;REFB=-0.0559919;REVB=0.113101;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260267;STB=0.555365;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0414565;OID=.;OPOS=152181040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:7:7:5:6:0.461538:1:4:4:3:2:4:4:3 chr3 152637565 . C T 415.18 PASS AF=0.337838;AO=50;DP=148;FAO=50;FDP=148;FR=.;FRO=98;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=57;FWDB=-0.0165096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.286;QD=11.221;RBI=0.0211638;REFB=-0.00547684;REVB=-0.0132416;RO=98;SAF=19;SAR=31;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461888;STB=0.526603;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00952426;OID=.;OPOS=152637565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:98:98:50:50:0.337838:31:19:41:57:31:19:41:57 chr3 152852044 . C T 318.47 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00646589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.202;QD=18.7333;RBI=0.00903209;REFB=0.00854364;REVB=-0.00630642;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961915;STB=0.559405;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0271531;OID=.;OPOS=152852044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:34:33:34:0.5:19:14:18:16:20:14:18:16 chr3 152852070 . T C 645.59 PASS AF=0.59375;AO=54;DP=93;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0210976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.466;QD=26.8994;RBI=0.0346628;REFB=-0.0184724;REVB=0.0275027;RO=39;SAF=18;SAR=36;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185236;STB=0.607438;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0138841;OID=.;OPOS=152852070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:39:39:54:57:0.59375:36:18:22:17:39:18:22:17 chr3 152852188 . T C 1255.57 PASS AF=0.689189;AO=101;DP=147;FAO=102;FDP=148;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00944976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.209;QD=33.9343;RBI=0.0247062;REFB=-0.0052995;REVB=0.0228275;RO=44;SAF=37;SAR=64;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092592;STB=0.544988;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00252792;OID=.;OPOS=152852188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:44:46:101:102:0.689189:64:37:23:21:65:37:23:23 chr3 152881396 . T G 174.27 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.284;QD=46.4728;RBI=0.0845841;REFB=0;REVB=0.0739326;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346352;OID=.;OPOS=152881396;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:2:12:0:0:2:13:0:0 chr3 152881457 . TTTTT CTTTC 46.92 PASS AF=0.428571;AO=2;DP=20;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00837566;FXX=0.439824;HRUN=21;LEN=5;MLLD=122.48;QD=13.4051;RBI=0.114843;REFB=-0.105756;REVB=-0.114537;RO=0;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.66603;STBP=0.405;TYPE=mnp;VARB=0.01776;OID=.;OPOS=152881457;OREF=TTTTT;OALT=CTTTC;OMAPALT=CTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:14:0:8:2:6:0.428571:0:2:0:0:1:5:5:3 chr3 152882853 . C A 162.67 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0308736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4914;QD=13.0132;RBI=0.0909089;REFB=0.00202317;REVB=-0.0855059;RO=32;SAF=6;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284762;STB=0.666481;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00793294;OID=.;OPOS=152882853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:12:6:19:13:12:6:19:13 chr3 152884465 . G A 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00236192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.384;QD=4.70072;RBI=0.00238506;REFB=0.003891;REVB=-0.000331442;RO=29;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181373;STB=0.51216;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0155575;OID=.;OPOS=152884465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:4:3:12:17:4:3:12:17 chr3 152885599 . A T 696.79 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109552;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.224;QD=54.6506;RBI=0.011387;REFB=-0.062203;REVB=0.00310621;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00115566;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:0:1:50:50:0.980392:28:22:0:0:28:22:0:1 chr3 152885818 . G A 1055.75 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.249;QD=59.4786;RBI=0.0307206;REFB=0;REVB=0.0145216;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69551e-05;OID=.;OPOS=152885818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:35:34:0:0:37:34:0:0 chr3 152885859 . A G 263.08 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00301687;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.728;QD=12.5277;RBI=0.0224024;REFB=-0.00321359;REVB=0.0221984;RO=52;SAF=12;SAR=19;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12545;STB=0.578403;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0100262;OID=.;OPOS=152885859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:52:53:31:31:0.369048:19:12:26:26:19:12:27:26 chr3 153202348 . G A 188.77 PASS AF=0.262136;AO=27;DP=103;FAO=27;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.027114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.327;QD=7.33096;RBI=0.0275816;REFB=-0.0121563;REVB=-0.00505713;RO=76;SAF=15;SAR=12;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683167;STB=0.541095;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.033772;OID=.;OPOS=153202348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:76:76:27:27:0.262136:12:15:38:38:12:15:38:38 chr3 153725166 . G A 723.57 PASS AF=0.5;AO=71;DP=142;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0246278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.542;QD=20.3823;RBI=0.0324556;REFB=-0.00793871;REVB=-0.0211385;RO=71;SAF=30;SAR=41;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00698615;OID=.;OPOS=153725166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:71:71:71:71:0.5:41:30:30:41:41:30:30:41 chr3 153725172 . C T 715.28 PASS AF=0.487013;AO=74;DP=157;FAO=75;FDP=154;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.0027062;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5151;QD=18.5786;RBI=0.0530839;REFB=0.021721;REVB=-0.0530149;RO=78;SAF=34;SAR=40;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462466;STB=0.518488;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0176101;OID=.;OPOS=153725172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:154:78:79:74:75:0.487013:40:34:32:46:41:34:33:46 chr3 153725251 . T C 1209.97 PASS AF=0.551887;AO=115;DP=207;FAO=117;FDP=212;FR=.;FRO=95;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=36;FSRR=59;FWDB=-0.0543418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8283;QD=22.8296;RBI=0.0715417;REFB=-0.0131211;REVB=-0.0465315;RO=92;SAF=49;SAR=66;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291767;STB=0.522298;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0101943;OID=.;OPOS=153725251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:212:92:95:115:117:0.551887:66:49:36:56:67:50:36:59 chr3 153839866 . G C 4294.06 PASS AF=0.972125;AO=279;DP=287;FAO=279;FDP=287;FR=.;FRO=8;FSAF=138;FSAR=141;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0292249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.497;QD=59.8475;RBI=0.0302718;REFB=-0.0776515;REVB=-0.00789239;RO=7;SAF=138;SAR=141;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102452;STB=0.503634;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00104606;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:287:287:7:8:279:279:0.972125:141:138:5:2:141:138:5:3 chr3 153839959 . CT TC 902.96 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0197488;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=2;MLLD=65.312;QD=56.435;RBI=0.0265207;REFB=0.027023;REVB=0.0177011;RO=1;SAF=17;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103783;STB=0.505375;STBP=0.617;TYPE=mnp;VARB=-0.00308604;OID=.;OPOS=153839959;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:64:1:1:62:63:0.984375:45:17:0:1:46:17:0:1 chr3 154886278 . T C 1097.58 PASS AF=0.573034;AO=102;DP=178;FAO=102;FDP=178;FR=.;FRO=76;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0107568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1059;QD=24.6647;RBI=0.0109048;REFB=-0.0105682;REVB=-0.00179002;RO=76;SAF=44;SAR=58;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127772;STB=0.506946;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0068146;OID=.;OPOS=154886278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:76:76:102:102:0.573034:58:44:34:42:58:44:34:42 chr3 155200562 . C T 1424.82 PASS AF=0.590909;AO=130;DP=223;FAO=130;FDP=220;FR=.;FRO=90;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.00763241;FXX=0.0178563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9667;QD=25.9057;RBI=0.0114558;REFB=-0.00222109;REVB=-0.00854289;RO=88;SAF=73;SAR=57;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292691;STB=0.516263;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00167355;OID=.;OPOS=155200562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:220:88:90:130:130:0.590909:57:73:46:42:57:73:47:43 chr3 155241740 . A G 1355.48 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499686;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.235;QD=63.0455;RBI=0.00817159;REFB=0;REVB=0.00646577;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220054;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr3 155481609 . G A 500.14 PASS AF=0.514851;AO=50;DP=103;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00774013;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1299;QD=19.8076;RBI=0.0368121;REFB=-0.00117457;REVB=-0.0359892;RO=45;SAF=16;SAR=34;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136492;STB=0.575727;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000596483;OID=.;OPOS=155481609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:45:49:50:52:0.514851:34:16:21:24:36:16:22:27 chr3 155485302 . C T 721.54 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.419;QD=61.4079;RBI=0.0365891;REFB=0;REVB=-0.0109049;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441038;OID=.;OPOS=155485302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:44:47:1:24:20:0:0:25:22:0:0 chr3 155571275 . T C 250.13 PASS AF=0.31;AO=31;DP=100;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=0.0125239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.877;QD=10.0052;RBI=0.0127109;REFB=0.0096303;REVB=-0.00217262;RO=69;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23258;STB=0.635002;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0283218;OID=.;OPOS=155571275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:69:69:31:31:0.31:15:16:22:47:15:16:22:47 chr3 155632314 . A G 186.21 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00179758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.25;QD=12.414;RBI=0.0129374;REFB=-0.0172372;REVB=-0.012812;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233079;STB=0.639881;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0318517;OID=.;OPOS=155632314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:37:23:23:0.383333:14:9:21:13:14:9:23:14 chr3 156249214 . T C 1278.2 PASS AF=0.610811;AO=113;DP=187;FAO=113;FDP=185;FR=.;FRO=72;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0240179;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6778;QD=27.6367;RBI=0.0289788;REFB=-0.0130855;REVB=0.0162146;RO=72;SAF=53;SAR=60;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123309;STB=0.506668;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00664476;OID=.;OPOS=156249214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:72:72:113:113:0.610811:60:53:35:37:60:53:35:37 chr3 156266774 . C T 295.07 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00613988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9907;QD=28.1021;RBI=0.0164745;REFB=-0.0157489;REVB=-0.0152876;RO=16;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100354;STB=0.555511;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00915114;OID=.;OPOS=156266774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:18:8:7:9:18:8:7:9 chr3 156544584 . C T 3711.4 PASS AF=0.991597;AO=234;DP=237;FAO=236;FDP=238;FR=.;FRO=2;FSAF=109;FSAR=127;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0660519;FXX=0.00418393;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5446;QD=62.3765;RBI=0.0717262;REFB=-0.103461;REVB=0.0279607;RO=2;SAF=107;SAR=127;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000695289;STB=0.500322;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000742264;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:237:238:2:2:234:236:0.991597:127:107:1:1:127:109:1:1 chr3 156877276 . CAA C,CGA 250.92 PASS AF=0.290323,0.0537634;AO=27,5;DP=94;FAO=27,5;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=15,2;FSAR=12,3;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0276775,-0.0771251;FXX=0.0106372;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=200.025,57.4619;QD=10.7923;RBI=0.0281494,0.0935594;REFB=-0.00543615,-0.0124767;REVB=-0.00513245,-0.0529631;RO=60;SAF=15,2;SAR=12,3;SRF=28;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.104106,-0.0710658;STB=0.555514,0.570268;STBP=0.526,0.776;TYPE=del,snp;VARB=0.014467,-0.0101083;OID=.,.;OPOS=156877277,156877277;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290323,0.0537634:27,5:94:27,5:93:61:15,2:12,3:29:32:99:60:15,2:12,3:28:32 chr3 156983414 . T C 518.42 PASS AF=0.355932;AO=63;DP=174;FAO=63;FDP=177;FR=.;FRO=114;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=0.0129899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.147;QD=11.7158;RBI=0.0422608;REFB=-0.00652022;REVB=-0.0402149;RO=111;SAF=22;SAR=41;SRF=47;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884797;STB=0.549371;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0122111;OID=.;OPOS=156983414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:177:111:114:63:63:0.355932:41:22:47:64:41:22:48:66 chr3 157081324 . A G 467.33 PASS AF=0.362416;AO=54;DP=149;FAO=54;FDP=149;FR=.;FRO=95;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.00605709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6653;QD=12.5457;RBI=0.00784507;REFB=0.00240996;REVB=0.00498566;RO=94;SAF=26;SAR=28;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679926;STB=0.53524;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00502699;OID=.;OPOS=157081324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:94:95:54:54:0.362416:28:26:51:43:28:26:51:44 chr3 157131788 . A C 762.08 PASS AF=0.427083;AO=80;DP=191;FAO=82;FDP=192;FR=.;FRO=110;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=71;FWDB=0.0116708;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.747;QD=15.8767;RBI=0.0189475;REFB=-0.00884446;REVB=0.0149265;RO=111;SAF=41;SAR=39;SRF=39;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167282;STB=0.589956;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0141994;OID=.;OPOS=157131788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:111:110:80:82:0.427083:39:41:39:72:40:42:39:71 chr3 157155314 . C A 3274.18 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.549;QD=62.0698;RBI=0.043791;REFB=0;REVB=-0.0382551;RO=0;SAF=111;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72784e-05;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:211:0:0:211:211:1:100:111:0:0:100:111:0:0 chr3 157161198 . A AT,T 709.37 PASS AF=0.576923,0.423077;AO=24,23;DP=56;FAO=30,22;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13,9;FSAR=17,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285485,0.0375349;FXX=0.0370302;HRUN=0,8;LEN=1,1;MLLD=109.552,109.082;QD=54.5666;RBI=0.0285844,0.0376702;REFB=0,0;REVB=0.00143237,0.0031901;RO=3;SAF=12,8;SAR=12,15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0341895,0.00340136;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00905423,-0.00183318;OID=.,.;OPOS=157161199,157161198;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:58:56:52:3:0:24,23:30,22:0.576923,0.423077:12,15:12,8:1:2:17,13:13,9:0:0 chr3 157815088 . G A 2143.47 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00875482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9316;QD=62.1296;RBI=0.0169403;REFB=-0.0967247;REVB=0.0145026;RO=1;SAF=74;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760583;STB=0.503936;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00174775;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:138:1:1:136:137:0.992754:62:74:0:1:63:74:0:1 chr3 158952315 . C A 881.16 PASS AF=0.588235;AO=80;DP=136;FAO=80;FDP=136;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00551899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.026;QD=25.9163;RBI=0.00831811;REFB=0.00613054;REVB=0.00622348;RO=55;SAF=37;SAR=43;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770526;STB=0.500739;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00454087;OID=.;OPOS=158952315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:55:56:80:80:0.588235:43:37:26:29:43:37:26:30 chr3 159744438 . C T 341.91 PASS AF=0.37963;AO=36;DP=100;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.0490871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.056;QD=12.6631;RBI=0.0538029;REFB=-0.0145008;REVB=-0.0220275;RO=64;SAF=20;SAR=16;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255577;STB=0.517882;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0216749;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:108:64:67:36:41:0.37963:16:20:37:27:16:25:39:28 chr3 159744440 . C T 364.5 PASS AF=0.398148;AO=42;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0162934;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.326;QD=13.4998;RBI=0.025112;REFB=0.00254506;REVB=0.0191086;RO=65;SAF=26;SAR=16;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555986;STB=0.537053;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00266789;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:65:42:43:0.398148:16:26:37:28:16:27:37:28 chr3 160142810 . A G 237.05 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00276903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4099;QD=19.7544;RBI=0.00798966;REFB=-0.0469904;REVB=-0.00749447;RO=23;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24328;STB=0.659034;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0275166;OID=.;OPOS=160142810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:25:23:23:0.479167:7:16:10:13:7:16:10:15 chr3 160414759 . G A 758.17 PASS AF=0.418719;AO=85;DP=200;FAO=85;FDP=203;FR=.;FRO=118;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=64;FWDB=-0.00423157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.192;QD=14.9393;RBI=0.0100153;REFB=-0.0170788;REVB=-0.00907745;RO=115;SAF=40;SAR=45;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100517;STB=0.507565;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0235775;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:203:115:118:85:85:0.418719:45:40:53:62:45:40:54:64 chr3 160436316 . A G 289.79 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00231033;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5967;QD=13.7994;RBI=0.00831886;REFB=-0.0124743;REVB=0.00799161;RO=51;SAF=13;SAR=20;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836258;STB=0.547713;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0190798;OID=.;OPOS=160436316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:51:51:33:33:0.392857:20:13:24:27:20:13:24:27 chr3 160939775 . TT AA,TA 90.08 PASS AF=0.0869565,0.652174;AO=3,11;DP=23;FAO=2,15;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=1,9;FSAR=1,6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0499299,-0.0385665;FXX=0;HRUN=30,30;LEN=2,1;MLLD=18.5494,11.9265;QD=15.6667;RBI=0.0702744,0.0626427;REFB=-0.115955,-0.258702;REVB=0.0494519,0.0493634;RO=9;SAF=2,8;SAR=1,3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.23456,0.241378;STB=0.623829,0.519974;STBP=0.784,0.844;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0380661,-0.00299848;OID=.,.;OPOS=160939775,160939776;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:23:23:9:6:3,11:2,15:0.0869565,0.652174:1,3:2,8:4:5:1,6:1,9:4:2 chr3 160967354 . G A,T 1482.39 PASS AF=0.903846,0.0865385;AO=94,9;DP=104;FAO=94,9;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=49,0;FSAR=45,9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0312318,-0.0507557;FXX=0.0095229;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.2594,25.1915;QD=57.0151;RBI=0.0397693,0.0616588;REFB=-0.103503,-0.0512432;REVB=-0.0246205,-0.0350095;RO=1;SAF=49,0;SAR=45,9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00957862,-0.81244;STB=0.505049,0.997961;STBP=0.518,0.037;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00551929,0.121029;OID=.,.;OPOS=160967354,160967354;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:104:104:1:1:94,9:94,9:0.903846,0.0865385:45,9:49,0:1:0:45,9:49,0:1:0 chr3 161062631 . T C 164.54 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00377472;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.685;QD=9.40218;RBI=0.00651632;REFB=-0.0083956;REVB=0.00531167;RO=48;SAF=9;SAR=13;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177351;STB=0.604557;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.016002;OID=.;OPOS=161062631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:48:48:22:22:0.314286:13:9:27:21:13:9:27:21 chr3 161062848 . G A 343.9 PASS AF=0.371681;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.00464971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.725;QD=12.1735;RBI=0.00553566;REFB=-0.00190854;REVB=-0.00300394;RO=69;SAF=20;SAR=22;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294894;STB=0.524967;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00376679;OID=.;OPOS=161062848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:69:71:42:42:0.371681:22:20:31:38:22:20:31:40 chr3 161186963 . TC CT,TT 49.18 PASS AF=0.152174,0.0434783;AO=5,4;DP=46;FAO=7,2;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=2,1;FSAR=5,1;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0348616,-0.00134331;FXX=0;HRUN=9,1;LEN=2,1;MLLD=21.6301,193.054;QD=4.27671;RBI=0.131816,0.0206036;REFB=-0.0776596,-0.00427934;REVB=0.127123,0.0205598;RO=30;SAF=2,1;SAR=3,3;SRF=21;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.344874,-0.472922;STB=0.798079,0.665196;STBP=0.131,0.703;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0263202,0.0181805;OID=.,.;OPOS=161186963,161186964;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:46:46:30:37:5,4:7,2:0.152174,0.0434783:3,3:2,1:21:9:5,1:2,1:25:12 chr3 161221705 . A C 860.28 PASS AF=0.690909;AO=75;DP=110;FAO=76;FDP=110;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0240737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4311;QD=31.2829;RBI=0.0244593;REFB=-0.00800357;REVB=0.00432572;RO=34;SAF=27;SAR=48;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502087;STB=0.523852;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00205464;OID=.;OPOS=161221705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:34:34:75:76:0.690909:48:27:15:19:48:28:15:19 chr3 164714532 . C A,T 1679.96 PASS AF=0.0442478,0.955752;AO=4,108;DP=112;FAO=5,108;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=5,43;FSAR=0,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318902,-0.0210145;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.643,89.2522;QD=59.4677;RBI=0.0329261,0.0221788;REFB=0,0;REVB=-0.00819422,-0.00709169;RO=0;SAF=4,43;SAR=0,65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.75032e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.143067,-0.00423729;OID=.,.;OPOS=164714532,164714532;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:112:113:0:0:4,108:5,108:0.0442478,0.955752:0,65:4,43:0:0:0,65:5,43:0:0 chr3 164730804 . T C 642.12 PASS AF=0.579439;AO=62;DP=107;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0119278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3773;QD=24.0044;RBI=0.0119336;REFB=0.0198205;REVB=-0.000371829;RO=45;SAF=25;SAR=37;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101837;STB=0.555606;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0100902;OID=.;OPOS=164730804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:45:45:62:62:0.579439:37:25:24:21:37:25:24:21 chr3 164764719 . C A 667.19 PASS AF=0.37037;AO=80;DP=216;FAO=80;FDP=216;FR=.;FRO=136;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=63;FSRR=73;FWDB=-0.0149834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.25;QD=12.3553;RBI=0.0151328;REFB=-0.00635239;REVB=-0.00212086;RO=136;SAF=39;SAR=41;SRF=63;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270123;STB=0.515295;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0102825;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:136:136:80:80:0.37037:41:39:63:73:41:39:63:73 chr3 164773057 . G A 224.97 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=97;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0193138;FXX=0.0404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.766;QD=9.4726;RBI=0.0280891;REFB=-0.0220236;REVB=-0.0203954;RO=63;SAF=12;SAR=17;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110738;STB=0.549965;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.040123;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:63:66:29:29:0.305263:17:12:32:31:17:12:32:34 chr3 164783165 . T C 514.17 PASS AF=0.344262;AO=63;DP=184;FAO=63;FDP=183;FR=.;FRO=120;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=74;FWDB=0.0103543;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.84;QD=11.2387;RBI=0.0146051;REFB=0.00632851;REVB=0.0103004;RO=120;SAF=30;SAR=33;SRF=46;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107504;STB=0.561366;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00998689;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:120:120:63:63:0.344262:33:30:46:74:33:30:46:74 chr3 164793758 . C A 2219.1 PASS AF=0.542416;AO=189;DP=369;FAO=211;FDP=389;FR=.;FRO=178;FSAF=98;FSAR=113;FSRF=79;FSRR=99;FWDB=0.00985338;FXX=0.00256404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.315;QD=22.8185;RBI=0.0108667;REFB=-0.0163185;REVB=-0.00458205;RO=177;SAF=84;SAR=105;SRF=79;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00168792;STB=0.509502;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0133542;OID=.;OPOS=164793758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:389:177:178:189:211:0.542416:105:84:79:98:113:98:79:99 chr3 165491280 . C T 682.23 PASS AF=0.559322;AO=66;DP=118;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0133255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.709;QD=23.1265;RBI=0.015516;REFB=-0.0212713;REVB=-0.00794848;RO=51;SAF=34;SAR=32;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667603;STB=0.532058;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0157221;OID=.;OPOS=165491280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:51:52:66:66:0.559322:32:34:22:29:32:34:23:29 chr3 166900401 . C G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5089;QD=56.9551;RBI=0.0608124;REFB=0;REVB=-0.0425595;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000712427;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr3 166966436 . C T 6172.27 PASS AF=0.98044;AO=397;DP=406;FAO=401;FDP=409;FR=.;FRO=8;FSAF=176;FSAR=225;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0295738;FXX=0.009685;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.997;QD=60.3645;RBI=0.0295819;REFB=-0.036775;REVB=0.000694647;RO=8;SAF=172;SAR=225;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00255984;STB=0.501213;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=6.74881e-05;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:406:409:8:8:397:401:0.98044:225:172:4:4:225:176:4:4 chr3 167000256 . G C 1062.44 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.647;QD=59.8558;RBI=0.0140407;REFB=0;REVB=-0.00637579;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93981e-06;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:44:26:0:0:44:27:0:0 chr3 167051726 . A G 1577.08 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000163397;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.0457;QD=57.3483;RBI=0.0209354;REFB=0;REVB=0.0209347;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306194;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:110:0:0:100:110:1:43:57:0:0:53:57:0:0 chr3 167051727 . A G 30.68 PASS AF=0.0810811;AO=9;DP=111;FAO=9;FDP=111;FR=.;FRO=102;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.0263718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.095;QD=1.10563;RBI=0.0274443;REFB=-0.0185538;REVB=0.00759722;RO=102;SAF=1;SAR=8;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488418;STB=0.896635;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.099955;OID=.;OPOS=167051727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:111:111:102:102:9:9:0.0810811:8:1:57:45:8:1:57:45 chr3 167077691 . T A 1301.03 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.513;QD=61.954;RBI=0.0236398;REFB=0;REVB=0.0107989;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25527e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:41:42:0:0:41:43:0:0 chr3 167159980 . A G 80.97 PASS AF=0.5;AO=7;DP=22;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0504573;FXX=0.0908678;HRUN=9;LEN=1;MLLD=20.3576;QD=16.1938;RBI=0.0705109;REFB=0.000305804;REVB=-0.0492529;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295447;STB=0.526974;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.0569273;OID=.;OPOS=167159980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:22:20:3:8:7:10:0.5:5:2:1:2:7:3:2:6 chr3 167164187 . A G 607.0 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00465042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.697;QD=20.9308;RBI=0.00715674;REFB=0.00224903;REVB=0.00543989;RO=55;SAF=18;SAR=43;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861423;STB=0.547486;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00200699;OID=.;OPOS=167164187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:55:61:61:0.525862:43:18:21:34:43:18:21:34 chr3 167167186 . T A 575.31 PASS AF=0.597701;AO=51;DP=87;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0118091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.984;QD=26.4512;RBI=0.0118111;REFB=-0.020335;REVB=0.000221709;RO=35;SAF=26;SAR=25;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081738;STB=0.547842;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0136875;OID=.;OPOS=167167186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:35:35:51:52:0.597701:25:26:14:21:25:27:14:21 chr3 167184878 . T C 510.89 PASS AF=0.519608;AO=48;DP=97;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0379275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.337;QD=20.035;RBI=0.0396885;REFB=-0.0309679;REVB=-0.011691;RO=49;SAF=19;SAR=29;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160954;STB=0.556847;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0305105;OID=.;OPOS=167184878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:102:49:49:48:53:0.519608:29:19:28:21:29:24:28:21 chr3 167217960 . C T 2104.9 PASS AF=0.985507;AO=134;DP=138;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0150143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9029;QD=61.0115;RBI=0.0378776;REFB=-0.0163874;REVB=-0.0347748;RO=2;SAF=60;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126726;STB=0.500754;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00148612;OID=.;OPOS=167217960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:138:2:2:134:136:0.985507:74:60:0:2:75:61:1:1 chr3 167217964 . A G 2162.66 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.895;QD=62.6857;RBI=0.0301164;REFB=0;REVB=0.00939652;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93606e-05;OID=.;OPOS=167217964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:135:138:1:73:62:0:0:76:62:0:0 chr3 167320010 . T C 477.62 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.0124766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.927;QD=15.407;RBI=0.0414413;REFB=-0.0183474;REVB=-0.0395185;RO=71;SAF=21;SAR=32;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239788;STB=0.634184;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0319624;OID=.;OPOS=167320010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:71:71:53:53:0.427419:32:21:45:26:32:21:45:26 chr3 168538993 . A G 2769.35 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.986;QD=62.5841;RBI=0.0327401;REFB=0;REVB=0.0325906;RO=0;SAF=87;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81388e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:177:0:0:171:177:1:84:87:0:0:84:93:0:0 chr3 168546914 . C T 3320.76 PASS AF=0.9819;AO=217;DP=221;FAO=217;FDP=221;FR=.;FRO=4;FSAF=94;FSAR=123;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0210941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.866;QD=60.1043;RBI=0.0287609;REFB=-0.154531;REVB=0.0195507;RO=3;SAF=94;SAR=123;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149595;STB=0.510416;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000453043;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:221:221:3:4:217:217:0.9819:123:94:3:0:123:94:4:0 chr3 168833604 . C CT,T 34.4 PASS AF=0.261905,0.0238095;AO=14,2;DP=43;FAO=11,1;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7,1;FSAR=4,0;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.102136,-0.00973058;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=8.25369,55.9733;QD=3.27598;RBI=0.204439,0.0674585;REFB=-0.170795,-0.0601529;REVB=0.177098,0.066753;RO=25;SAF=11,2;SAR=3,0;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.287281,0.457423;STB=0.502388,0.987394;STBP=1,0.483;TYPE=ins,snp;VARB=0.137456,0.0446507;OID=.,.;OPOS=168833605,168833604;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:43:42:25:30:14,2:11,1:0.261905,0.0238095:3,0:11,2:14:11:4,0:7,1:19:11 chr3 169098992 . G A 189.83 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0112082;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.037;QD=20.522;RBI=0.0325486;REFB=-0.0188892;REVB=0.0305579;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704129;STB=0.539731;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0178585;OID=.;OPOS=169098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:10:8:10:9:10:8 chr3 169485639 . C T 563.81 PASS AF=0.53271;AO=58;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00669013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.736;QD=21.077;RBI=0.0243269;REFB=0.0029811;REVB=-0.0233889;RO=49;SAF=32;SAR=26;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10265;STB=0.548476;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00277307;OID=.;OPOS=169485639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:50:58:57:0.53271:26:32:21:28:26:31:22:28 chr3 169490099 . A T 303.34 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00539381;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=287.208;QD=25.8164;RBI=0.0211071;REFB=-0.00354803;REVB=-0.0204063;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108497;STB=0.561358;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00163538;OID=.;OPOS=169490099;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:20:27:27:0.574468:11:16:8:10:11:16:9:11 chr3 169513320 . A T 655.04 PASS AF=0.488889;AO=66;DP=135;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00819547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7656;QD=19.4086;RBI=0.0511273;REFB=0.00696656;REVB=0.0504662;RO=69;SAF=25;SAR=41;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108559;STB=0.560065;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0044403;OID=.;OPOS=169513320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:69:69:66:66:0.488889:41:25:34:35:41:25:34:35 chr3 169518455 . T C 462.11 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00902145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.135;QD=24.3217;RBI=0.0249666;REFB=-0.0253536;REVB=0.0232797;RO=32;SAF=27;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160296;STB=0.50879;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0183818;OID=.;OPOS=169518455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:17:27:19:13:17:27:19:13 chr3 169539812 . C G 707.73 PASS AF=0.616822;AO=66;DP=107;FAO=66;FDP=107;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00831963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6072;QD=26.4573;RBI=0.00909295;REFB=0.0303838;REVB=0.00366954;RO=41;SAF=33;SAR=33;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258186;STB=0.514014;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0181947;OID=.;OPOS=169539812;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:41:41:66:66:0.616822:33:33:22:19:33:33:22:19 chr3 169540397 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7199;QD=56.1875;RBI=0.0412302;REFB=0;REVB=0.0349829;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293454;OID=.;OPOS=169540397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr3 169558025 . C T 797.96 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0536487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.5785;QD=53.1972;RBI=0.0542761;REFB=-0.00744295;REVB=0.00822914;RO=2;SAF=28;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324978;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344204;OID=.;OPOS=169558025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:57:58:0.966667:29:28:2:0:29:29:1:1 chr3 169572621 . G T 929.74 PASS AF=0.567568;AO=84;DP=148;FAO=84;FDP=148;FR=.;FRO=64;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.00720594;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.747;QD=25.1282;RBI=0.0133727;REFB=-0.00214792;REVB=0.0112652;RO=63;SAF=46;SAR=38;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956333;STB=0.547826;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00163615;OID=.;OPOS=169572621;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:63:64:84:84:0.567568:38:46:42:21:38:46:42:22 chr3 169643955 . C T 651.6 PASS AF=0.6875;AO=55;DP=82;FAO=55;FDP=80;FR=.;FRO=25;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0183108;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.366;QD=32.5799;RBI=0.0185777;REFB=-0.0217681;REVB=-0.00313781;RO=25;SAF=35;SAR=20;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470056;STB=0.525414;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00832923;OID=.;OPOS=169643955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:25:25:55:55:0.6875:20:35:14:11:20:35:14:11 chr3 169644710 . G C 355.19 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0354893;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2397;QD=24.0806;RBI=0.040776;REFB=-0.0293191;REVB=0.0200797;RO=24;SAF=14;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128065;STB=0.507038;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0151153;OID=.;OPOS=169644710;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:24:24:35:35:0.59322:21:14:10:14:21:14:10:14 chr3 169654216 . G A 338.51 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00578527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.195;QD=26.5498;RBI=0.0215057;REFB=0.000490929;REVB=-0.0207129;RO=19;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829829;STB=0.545539;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.000625255;OID=.;OPOS=169654216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:19:13:10:9:19:13:10:9 chr3 169713483 . C T 858.26 PASS AF=0.568345;AO=79;DP=137;FAO=79;FDP=139;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0153416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8301;QD=24.6981;RBI=0.0154205;REFB=-0.0219189;REVB=0.00155751;RO=57;SAF=31;SAR=48;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782557;STB=0.540429;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0163768;OID=.;OPOS=169713483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:57:60:79:79:0.568345:48:31:28:29:48:31:29:31 chr3 169802847 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATA 34.9 PASS AF=0.2,0;AO=10,2;DP=46;FAO=9,0;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4,0;FSAR=5,0;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.117236,-3.82542e-05;FXX=0.0217344;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.8201,16.9475;QD=3.10179;RBI=0.211341,0.0686699;REFB=-0.0542148,-0.0487759;REVB=0.175843,0.0686699;RO=28;SAF=5,1;SAR=5,1;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.566355,0.5;STBP=0.678,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.119737,0;OID=.,.;OPOS=169802848,169802853;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0:10,2:46:9,0:45:36:4,0:5,0:19:17:35:28:5,1:5,1:14:14 chr3 169802930 . G T 993.35 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412097;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.871;QD=59.3046;RBI=0.0102421;REFB=0;REVB=-0.00937647;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0283e-06;OID=.;OPOS=169802930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:29:37:0:0:29:38:0:0 chr3 169805832 . A C 382.64 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0459883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.358;QD=25.509;RBI=0.046631;REFB=-0.00514958;REVB=0.00771537;RO=23;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174155;STB=0.509532;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00361586;OID=.;OPOS=169805832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:20:17:10:13:20:17:10:13 chr3 169813154 . CT C,TT 30.43 PASS AF=0.195122,0;AO=6,3;DP=41;FAO=8,0;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=4,0;FSAR=4,0;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00814628,-0.0142155;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=8.25353,205.273;QD=2.96921;RBI=0.216844,0.0434241;REFB=-0.0382291,0.00180844;REVB=0.216691,-0.0410314;RO=25;SAF=4,1;SAR=2,2;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.265819,-0.117477;STB=0.560826,0.5;STBP=0.758,1;TYPE=del,snp;VARB=0.110467,0;OID=.,.;OPOS=169813155,169813154;OREF=T,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:41:41:25:33:6,3:8,0:0.195122,0:2,2:4,1:11:14:4,0:4,0:14:19 chr3 169894680 . G A 1426.76 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=96;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00504853;FXX=0.0208312;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.363;QD=60.7133;RBI=0.00511322;REFB=0.0418281;REVB=-0.000810828;RO=1;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104175;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389138;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:96:94:1:2:91:92:0.978723:45:46:0:1:46:46:1:1 chr3 169962666 . TAAAAAAT CAATAAAT,TAAAAA,TAAAAAT 229.29 PASS AF=0,0.0526316,0.842105;AO=2,6,17;DP=44;FAO=0,2,32;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=0,2,25;FSAR=0,0,7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0149796,-0.076554,0.0569929;FXX=0.136333;HRUN=1,6,6;LEN=4,2,1;MLLD=107.188,13.6424,11.0027;QD=24.1352;RBI=0.0280741,0.151461,0.190172;REFB=-0.0438708,-0.0773269,-0.131914;REVB=0.0237438,0.13069,0.181431;RO=10;SAF=0,6,17;SAR=2,0,0;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.57573,0.748076,0.839009;STB=0.5,0.5,0.537015;STBP=1,1,0.35;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,-0.0140277,0.0881273;OID=.,.,.;OPOS=169962666,169962672,169962667;OREF=TAAA,AT,A;OALT=CAAT,-,-;OMAPALT=CAATAAAT,TAAAAA,TAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:15:44:38:10:4:2,6,17:0,2,32:0,0.0526316,0.842105:2,0,0:0,6,17:5:5:0,0,7:0,2,25:4:0 chr3 170078232 . C A,T 790.28 PASS AF=0.04,0.96;AO=3,47;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205056,0.0126455;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.1339,116.651;QD=63.2221;RBI=0.0222624,0.0137702;REFB=0,0;REVB=-0.00866805,0.00545076;RO=0;SAF=2,16;SAR=1,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0227484,-0.00250373;OID=.,.;OPOS=170078232,170078232;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:3,47:2,48:0.04,0.96:1,31:2,16:0:0:1,31:1,17:0:0 chr3 170204122 . G A 1120.69 PASS AF=0.585227;AO=94;DP=167;FAO=103;FDP=176;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.00102826;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.219;QD=25.4702;RBI=0.0169527;REFB=-0.0200842;REVB=0.0169215;RO=70;SAF=36;SAR=58;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140746;STB=0.502092;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0143789;OID=.;OPOS=170204122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:176:70:73:94:103:0.585227:58:36:28:42:63:40:28:45 chr3 170607849 . A T 229.53 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.000883393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.323;QD=22.3932;RBI=0.0134409;REFB=-0.00238087;REVB=-0.0134119;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468796;STB=0.526291;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00169176;OID=.;OPOS=170607849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:7:15:12:7:7:15:12:7 chr3 170825905 . C G 2584.78 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.059;QD=61.911;RBI=0.0482386;REFB=0;REVB=0.0302359;RO=0;SAF=77;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08121e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16172e-05;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:167:0:0:166:167:1:89:77:0:0:89:78:0:0 chr3 170893070 . G A 810.3 PASS AF=0.884058;AO=61;DP=69;FAO=61;FDP=69;FR=.;FRO=8;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0156435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.601;QD=46.9736;RBI=0.017588;REFB=-0.00786634;REVB=0.00803849;RO=6;SAF=43;SAR=18;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263185;STB=0.506312;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-1.42606e-06;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:69:69:6:8:61:61:0.884058:18:43:5:1:18:43:6:2 chr3 171065030 . AG AC,CA 461.93 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=28,3;DP=34;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255862,0.00531238;FXX=0.0588062;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=156.232,142.021;QD=57.7413;RBI=0.029657,0.016284;REFB=0,0;REVB=0.0149961,0.015393;RO=0;SAF=1,0;SAR=27,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00155069,-0.0105241;OID=.,.;OPOS=171065031,171065030;OREF=G,AG;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:34:32:0:0:28,3:30,2:0.9375,0.0625:27,3:1,0:0:0:29,2:1,0:0:0 chr3 171087469 . G A 75.14 PASS AF=0.588235;AO=6;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0185911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.887;QD=17.6788;RBI=0.0221218;REFB=-0.0573166;REVB=-0.0119894;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.571284;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0118594;OID=.;OPOS=171087469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:17:17:5:7:6:10:0.588235:2:4:2:3:4:6:3:4 chr3 171338237 . T G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7472;QD=59.1426;RBI=0.0320365;REFB=0;REVB=0.00166502;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141602;OID=.;OPOS=171338237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr3 171395468 . A G 2457.89 PASS AF=0.993827;AO=160;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00355216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1123;QD=60.6885;RBI=0.00605361;REFB=-0.0800488;REVB=-0.00490186;RO=1;SAF=78;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606121;STB=0.503144;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-5.55899e-05;OID=.;OPOS=171395468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:1:1:160:161:0.993827:82:78:1:0:82:79:1:0 chr3 171404478 . C A 398.33 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00442328;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.015;QD=12.9538;RBI=0.00579239;REFB=-0.00737003;REVB=-0.00373984;RO=76;SAF=23;SAR=24;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973598;STB=0.555225;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0106118;OID=.;OPOS=171404478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:76:76:47:47:0.382114:24:23:44:32:24:23:44:32 chr3 171510238 . C T 1897.52 PASS AF=0.653061;AO=160;DP=245;FAO=160;FDP=245;FR=.;FRO=85;FSAF=69;FSAR=91;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.0225559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.12;QD=30.9799;RBI=0.0226846;REFB=-0.00527895;REVB=0.0024134;RO=84;SAF=69;SAR=91;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827348;STB=0.546583;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00242845;OID=.;OPOS=171510238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:84:85:160:160:0.653061:91:69:47:37:91:69:48:37 chr3 171510841 . C T 858.68 PASS AF=0.568345;AO=79;DP=139;FAO=79;FDP=139;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0126729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.886;QD=24.7101;RBI=0.0126862;REFB=-0.00384275;REVB=-0.000581379;RO=60;SAF=29;SAR=50;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000359504;STB=0.500196;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267687;OID=.;OPOS=171510841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:60:60:79:79:0.568345:50:29:22:38:50:29:22:38 chr3 171510898 . A G 697.77 PASS AF=0.54918;AO=67;DP=125;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.000693845;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.222;QD=22.8777;RBI=0.00270949;REFB=-0.00498575;REVB=0.00261915;RO=55;SAF=32;SAR=35;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10982;STB=0.560002;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00439164;OID=.;OPOS=171510898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:122:55:55:67:67:0.54918:35:32:19:36:35:32:19:36 chr3 171511020 . T G 293.25 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0165813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1704;QD=23.0002;RBI=0.040551;REFB=-0.0067799;REVB=0.037006;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672487;STB=0.537165;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0047288;OID=.;OPOS=171511020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:13:16:14:8:13:16:14:8 chr3 171511139 . C T 162.87 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00745508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.022;QD=17.6071;RBI=0.00856665;REFB=-0.000515185;REVB=0.00422011;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866726;STB=0.560893;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000232698;OID=.;OPOS=171511139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:14:14:0.378378:5:9:13:5:5:9:14:5 chr3 171511355 . G A 996.76 PASS AF=0.590604;AO=88;DP=149;FAO=88;FDP=149;FR=.;FRO=61;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0298427;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.044;QD=26.7586;RBI=0.0309103;REFB=-0.0312675;REVB=-0.00805357;RO=60;SAF=46;SAR=42;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294362;STB=0.512669;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0152964;OID=.;OPOS=171511355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:60:61:88:88:0.590604:42:46:29:31:42:46:30:31 chr3 171844787 . A T 2467.3 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.886;QD=61.2993;RBI=0.0119023;REFB=0;REVB=0.00794282;RO=0;SAF=70;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73541e-05;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:156:161:0:0:156:161:1:86:70:0:0:88:73:0:0 chr3 171969077 . C G 258.76 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0313553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.963;QD=11.7618;RBI=0.0326752;REFB=-0.00237644;REVB=-0.0091931;RO=56;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224139;STB=0.623553;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00485696;OID=.;OPOS=171969077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:56:57:31:31:0.352273:12:19:23:33:12:19:24:33 chr3 172117183 . CAAA AACA,ACAA,CAA,CAAC,CACA,CGAC,GACA 218.76 PASS AF=0,0.0454545,0.590909,0.136364,0.113636,0.0454545,0.0681818;AO=2,2,12,4,3,2,3;DP=41;FAO=0,2,26,6,5,2,3;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,8,0,0,0,0;FSAR=0,2,18,6,5,2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537138,-0.0472017,-0.196193,-0.0562113,-0.0487367,-0.0359674,-0.0346902;FXX=0.0638162;HRUN=2,2,10,10,10,10,2;LEN=3,2,1,1,1,3,3;MLLD=78.1881,75.4957,4.44113,117.433,112.343,109.65,99.5301;QD=19.8872;RBI=0.101649,0.0909075,0.311943,0.0787343,0.0745387,0.0682354,0.0707797;REFB=-0.0188754,-0.00923118,-0.106648,-0.0361716,-0.0289725,-0.03783,-0.0213308;REVB=-0.0862981,-0.0776929,-0.242521,-0.0551306,-0.0563981,-0.0579863,-0.0616957;RO=2;SAF=0,0,6,0,0,0,0;SAR=2,2,6,4,3,2,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0.128507,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,del,snp,snp,mnp,mnp;VARB=0.0921096,-0.177226,-0.0866663,0.0940162,0.0720244,0.103429,0.111344;OID=.,.,.,.,.,.,.;OPOS=172117183,172117183,172117184,172117186,172117185,172117184,172117183;OREF=CAA,CA,A,A,A,AAA,CAA;OALT=AAC,AC,-,C,C,GAC,GAC;OMAPALT=AACA,ACAA,CAA,CAAC,CACA,CGAC,GACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:42:41:44:2:0:2,2,12,4,3,2,3:0,2,26,6,5,2,3:0,0.0454545,0.590909,0.136364,0.113636,0.0454545,0.0681818:2,2,6,4,3,2,3:0,0,6,0,0,0,0:0:2:0,2,18,6,5,2,3:0,0,8,0,0,0,0:0:0 chr3 172165727 . C T 516.74 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=74;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.000924223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.492;QD=27.932;RBI=0.0110781;REFB=-0.00781942;REVB=0.0110394;RO=27;SAF=21;SAR=26;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097713;STB=0.553169;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00505728;OID=.;OPOS=172165727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:27:27:47:47:0.635135:26:21:16:11:26:21:16:11 chr3 172166033 . G A 1801.5 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346432;FXX=0.0330551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8589;QD=61.5897;RBI=0.0351377;REFB=0;REVB=0.00587393;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132381;OID=.;OPOS=172166033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:60:57:0:0:60:57:0:0 chr3 172224303 . A G 743.26 PASS AF=0.949153;AO=50;DP=53;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00228833;FXX=0.0166639;HRUN=7;LEN=1;MLLD=162.954;QD=50.3907;RBI=0.0446854;REFB=0.0297028;REVB=0.0446267;RO=3;SAF=26;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512726;STB=0.527263;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=2.41495e-05;OID=.;OPOS=172224303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:53:59:3:3:50:56:0.949153:24:26:3:0:30:26:3:0 chr3 172365832 . T G 323.35 PASS AF=0.532258;AO=21;DP=63;FAO=33;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0246265;FXX=0.0158705;HRUN=7;LEN=1;MLLD=33.5059;QD=20.8609;RBI=0.0971817;REFB=-0.0345744;REVB=0.0940096;RO=14;SAF=2;SAR=19;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199577;STB=0.603797;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0357589;OID=.;OPOS=172365832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:14:28:21:33:0.532258:19:2:3:11:25:8:12:16 chr3 172428782 . T C 3693.77 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.662;QD=62.0802;RBI=0.0690739;REFB=0;REVB=0.0534485;RO=0;SAF=82;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33151e-05;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:221:238:0:0:220:238:1:138:82:0:0:148:90:0:0 chr3 172489076 . C T 971.97 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.999;QD=58.907;RBI=0.0245896;REFB=0;REVB=-0.0178735;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33525e-06;OID=.;OPOS=172489076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr3 172514294 . G A 1782.13 PASS AF=0.991736;AO=117;DP=122;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309979;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.6525;QD=58.9133;RBI=0.0347176;REFB=-0.0458597;REVB=0.0156347;RO=1;SAF=71;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102123;STB=0.505375;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00100144;OID=.;OPOS=172514294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:121:1:1:117:120:0.991736:46:71:0:1:46:74:0:1 chr3 174581888 . T C 901.78 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.799;QD=58.1791;RBI=0.0121664;REFB=0;REVB=0.00910319;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33197e-05;OID=.;OPOS=174581888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:34:28:0:0 chr3 174814738 . G A 838.32 PASS AF=0.553191;AO=78;DP=141;FAO=78;FDP=141;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.00840673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.17;QD=23.7821;RBI=0.0118669;REFB=-0.00332957;REVB=0.00837558;RO=63;SAF=37;SAR=41;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076999;STB=0.542015;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00234544;OID=.;OPOS=174814738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:63:63:78:78:0.553191:41:37:24:39:41:37:24:39 chr3 174814920 . A G 519.05 PASS AF=0.643836;AO=47;DP=73;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.00439985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.084;QD=28.4409;RBI=0.0227342;REFB=0.00469204;REVB=0.0223044;RO=26;SAF=31;SAR=16;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304774;STB=0.665629;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00157667;OID=.;OPOS=174814920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:26:26:47:47:0.643836:16:31:5:21:16:31:5:21 chr3 174951756 . T C 1015.76 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138063;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.188;QD=58.0433;RBI=0.0222242;REFB=-0.0557455;REVB=0.0174155;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013701;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000596745;OID=.;OPOS=174951756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:34:35:0:1:34:35:0:1 chr3 175165078 . A AT 632.93 PASS AF=0.938776;AO=6;DP=50;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0510506;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=152.428;QD=51.6674;RBI=0.0512551;REFB=-0.0803291;REVB=-0.00457467;RO=44;SAF=6;SAR=0;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611804;STB=0.542838;STBP=0.039;TYPE=ins;VARB=0.00503172;OID=.;OPOS=175165079;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.938776:6:50:46:49:3:30:16:0:3:13:44:6:0:25:19 chr3 175165079 . C T 589.44 PASS AF=0.84;AO=42;DP=50;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0105313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.648;QD=47.1554;RBI=0.0146852;REFB=-0.0986172;REVB=0.0102346;RO=5;SAF=26;SAR=16;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821452;STB=0.50101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344019;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:5:8:42:42:0.84:16:26:5:0:16:26:5:3 chr3 175189447 . G A 439.38 PASS AF=0.617647;AO=28;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0228956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.708;QD=25.8457;RBI=0.0254743;REFB=-0.0317892;REVB=0.0111683;RO=25;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114493;STB=0.56654;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0190849;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:26:28:42:0.617647:13:15:10:15:17:25:11:15 chr3 175327309 . G A 5490.66 PASS AF=1;AO=340;DP=340;FAO=345;FDP=345;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=200;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.76;QD=63.6599;RBI=0.0428054;REFB=0;REVB=-0.040447;RO=0;SAF=144;SAR=196;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01345e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.2245e-05;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:340:345:0:0:340:345:1:196:144:0:0:200:145:0:0 chr3 175345143 . C G,T 1806.84 PASS AF=0.95082,0.0409836;AO=116,5;DP=123;FAO=116,5;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=45,0;FSAR=71,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00635811,0.00308225;FXX=0.00812942;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=255.4,200.87;QD=59.2406;RBI=0.0198398,0.00830859;REFB=0.00807336,0.00313654;REVB=0.0187935,0.00771572;RO=1;SAF=45,0;SAR=71,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.010436,-0.767767;STB=0.505494,0.996613;STBP=0.264,0.075;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000167648,0.15911;OID=.,.;OPOS=175345143,175345143;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:123:122:1:1:116,5:116,5:0.95082,0.0409836:71,5:45,0:1:0:71,5:45,0:1:0 chr3 175473047 . T C 3582.31 PASS AF=1;AO=228;DP=230;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349548;FXX=0.00434764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7231;QD=62.5732;RBI=0.035599;REFB=0;REVB=-0.00674166;RO=1;SAF=130;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77439e-05;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:230:229:1:0:228:229:1:98:130:0:1:99:130:0:0 chr3 176765269 . T C 601.12 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.7369;QD=58.6459;RBI=0.0142343;REFB=-0.15814;REVB=0.00546643;RO=1;SAF=9;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148932;STB=0.507933;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00273873;OID=.;OPOS=176765269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:31:9:0:1:31:9:0:1 chr3 176838513 . GC G,GG 699.41 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=10,33;DP=43;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.074941,0.000686979;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.333,126.429;QD=62.1694;RBI=0.0863247,0.0436466;REFB=0,0;REVB=0.0428462,0.0436412;RO=0;SAF=2,18;SAR=8,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.64315e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000210689,0.00431207;OID=.,.;OPOS=176838514,176838514;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0222222,0.977778:10,33:43:1,44:45:0:1,19:0,25:0:0:9:0:2,18:8,15:0:0 chr3 178546026 . T C 1146.99 PASS AF=0.525581;AO=113;DP=215;FAO=113;FDP=215;FR=.;FRO=102;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.00161778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.747;QD=21.3394;RBI=0.00737311;REFB=0.00634106;REVB=0.00719344;RO=101;SAF=63;SAR=50;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199547;STB=0.513471;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00519193;OID=.;OPOS=178546026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:101:102:113:113:0.525581:50:63:54:47:50:63:54:48 chr3 178560581 . A C 774.71 PASS AF=0.5;AO=75;DP=146;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00989694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.087;QD=20.6591;RBI=0.0216863;REFB=-0.0273685;REVB=-0.0192962;RO=71;SAF=33;SAR=42;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968395;STB=0.546804;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0276756;OID=.;OPOS=178560581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:71:75:75:75:0.5:42:33:39:32:42:33:40:35 chr3 178742690 . T C 2370.85 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315518;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.459;QD=61.1832;RBI=0.0374565;REFB=0;REVB=0.020186;RO=0;SAF=24;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32565e-06;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:155:155:1:131:24:0:0:131:24:0:0 chr3 178815528 . G A 2641.56 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3432;QD=60.7256;RBI=0.0300424;REFB=0;REVB=0.0171703;RO=0;SAF=75;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00349767;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:169:174:0:0:169:174:1:94:75:0:0:99:75:0:0 chr3 178976777 . C T 910.15 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0379762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5775;QD=54.3372;RBI=0.0468373;REFB=-0.0504736;REVB=0.0274142;RO=2;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000433733;STB=0.50023;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0125154;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:33:32:1:1:33:32:1:1 chr3 179096508 . C G 1563.99 PASS AF=0.895161;AO=111;DP=130;FAO=111;FDP=124;FR=.;FRO=13;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0339023;FXX=0.0461503;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6892;QD=50.4513;RBI=0.0410692;REFB=-0.0328373;REVB=0.0231801;RO=13;SAF=47;SAR=64;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788555;STB=0.504171;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00437247;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:130:124:13:13:111:111:0.895161:64:47:5:8:64:47:5:8 chr3 179096509 . T G 40.62 PASS AF=0.0916031;AO=12;DP=131;FAO=12;FDP=131;FR=.;FRO=119;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=65;FWDB=-7.3656e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.7798;QD=1.2402;RBI=0.0142357;REFB=-0.0072195;REVB=0.0142355;RO=119;SAF=4;SAR=8;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144102;STB=0.613562;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.168147;OID=.;OPOS=179096509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:131:131:119:119:12:12:0.0916031:8:4:54:65:8:4:54:65 chr3 179114529 . GATTAATTAA GATTAA,GATTAATAAG 609.73 PASS AF=0.853659,0.146341;AO=34,6;DP=41;FAO=35,6;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=21,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151878,0.0442288;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=244.769,62.3231;QD=59.4855;RBI=0.0330916,0.049307;REFB=0,0;REVB=0.0294004,-0.0217944;RO=0;SAF=14,1;SAR=20,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.48532e-08,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000989087,0.0861603;OID=.,.;OPOS=179114530,179114536;OREF=ATTA,TAA;OALT=-,AAG;OMAPALT=GATTAA,GATTAATAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.853659,0.146341:34,6:41:35,6:41:0:14,1:21,5:0:0:33:0:14,1:20,5:0:0 chr3 179137273 . A G 2810.48 PASS AF=0.994475;AO=178;DP=179;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.012;QD=62.11;RBI=0.0193186;REFB=0.0902824;REVB=0.0144954;RO=0;SAF=85;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502645;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-5.67791e-05;OID=.;OPOS=179137273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:181:0:1:178:180:0.994475:93:85:0:0:94:86:0:1 chr3 179298999 . C T 840.08 PASS AF=0.384615;AO=95;DP=247;FAO=95;FDP=247;FR=.;FRO=152;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=69;FSRR=83;FWDB=-0.00929164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.364;QD=13.6045;RBI=0.0441296;REFB=0.000912643;REVB=-0.0431403;RO=152;SAF=37;SAR=58;SRF=69;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726038;STB=0.54095;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00167779;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:152:152:95:95:0.384615:58:37:69:83:58:37:69:83 chr3 179333403 . G A 722.85 PASS AF=0.539062;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0540466;FXX=0.022899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.361;QD=22.5891;RBI=0.0714425;REFB=-0.00236999;REVB=-0.0467226;RO=58;SAF=23;SAR=46;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042408;STB=0.520225;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00177103;OID=.;OPOS=179333403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:58:59:69:69:0.539062:46:23:22:36:46:23:22:37 chr3 180666557 . A T 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.010962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.29;QD=12.3035;RBI=0.0153322;REFB=0.00291821;REVB=0.0107196;RO=42;SAF=5;SAR=21;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359138;STB=0.717292;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00558858;OID=.;OPOS=180666557;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:21:5:20:22:21:5:21:22 chr3 181431226 . GAAAAAAAAAAAT GAAAAAAAAAAT,GAAAAAAAAAATC 53.67 PASS AF=0.368421,0.263158;AO=6,4;DP=21;FAO=7,5;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=1,1;FSAR=6,4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0607345,0.144337;FXX=0.0951928;HRUN=11,11;LEN=1,2;MLLD=4.64871,21.5475;QD=11.2982;RBI=0.394605,0.218921;REFB=-0.167921,-0.0503346;REVB=-0.389903,-0.1646;RO=5;SAF=0,0;SAR=6,4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.751961,-0.700982;STB=0.705189,0.665925;STBP=0.254,0.476;TYPE=del,mnp;VARB=0.0817861,-0.0227638;OID=.,.;OPOS=181431227,181431237;OREF=A,AT;OALT=-,TC;OMAPALT=GAAAAAAAAAAT,GAAAAAAAAAATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.368421,0.263158:6,4:21:7,5:19:7:1,1:6,4:3:4:33:5:0,0:6,4:2:3 chr3 182631792 . C A 2528.12 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0665377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5891;QD=61.6615;RBI=0.0678728;REFB=0;REVB=-0.0133962;RO=0;SAF=71;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184555;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:93:71:0:0:93:71:0:0 chr3 182790249 . G A 1480.52 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0060041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.482;QD=58.6345;RBI=0.0244614;REFB=0.0269837;REVB=0.0237131;RO=0;SAF=36;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61321e-08;STB=0.503875;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.000376372;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:0:1:99:100:0.990099:63:36:0:0:64:36:0:1 chr3 182871962 . C T 635.91 PASS AF=0.337607;AO=77;DP=231;FAO=79;FDP=234;FR=.;FRO=155;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=63;FSRR=92;FWDB=-0.0466532;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.629;QD=10.8703;RBI=0.0473745;REFB=-0.00625068;REVB=-0.00823559;RO=151;SAF=26;SAR=51;SRF=62;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908253;STB=0.555777;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0143961;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:234:151:155:77:79:0.337607:51:26:62:89:53:26:63:92 chr3 182897920 . A G 491.5 PASS AF=0.552941;AO=46;DP=84;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00440979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.954;QD=23.1293;RBI=0.0178038;REFB=0.00408691;REVB=-0.017249;RO=38;SAF=26;SAR=20;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033671;STB=0.514133;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00519453;OID=.;OPOS=182897920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:38:46:47:0.552941:20:26:23:15:20:27:23:15 chr3 182925403 . GT G,GC 1715.94 PASS AF=0.140496,0.859504;AO=20,96;DP=121;FAO=17,104;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=15,66;FSAR=2,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967494,0.00406073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.699,85.7184;QD=56.7251;RBI=0.0146541,0.022807;REFB=0,0;REVB=0.0110062,0.0224426;RO=0;SAF=17,61;SAR=3,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.020939,-0.000772642;OID=.,.;OPOS=182925404,182925404;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.140496,0.859504:20,96:121:17,104:121:0:15,66:2,38:0:0:59:0:17,61:3,35:0:0 chr3 182925406 . T C 93.17 PASS AF=0.168;AO=20;DP=125;FAO=21;FDP=125;FR=.;FRO=104;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=65;FSRR=39;FWDB=-0.0769866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.7377;QD=2.98149;RBI=0.0781547;REFB=-0.0311022;REVB=0.0134616;RO=104;SAF=18;SAR=2;SRF=65;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454665;STB=0.751959;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.184706;OID=.;OPOS=182925406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:125:125:104:104:20:21:0.168:2:18:65:39:3:18:65:39 chr3 183017965 . T A 420.65 PASS AF=0.385827;AO=48;DP=126;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0378717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3452;QD=13.2489;RBI=0.05365;REFB=-0.00844761;REVB=0.0380007;RO=76;SAF=29;SAR=19;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128363;STB=0.564908;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.013884;OID=.;OPOS=183017965;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:76:78:48:49:0.385827:19:29:37:39:20:29:38:40 chr3 183027542 . T G 636.73 PASS AF=0.662651;AO=55;DP=83;FAO=55;FDP=83;FR=.;FRO=28;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0177466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4737;QD=30.6857;RBI=0.0199811;REFB=0.0257952;REVB=0.00918148;RO=27;SAF=30;SAR=25;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016495;STB=0.515413;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00999059;OID=.;OPOS=183027542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:27:28:55:55:0.662651:25:30:14:13:25:30:14:14 chr3 183211906 . A G 2341.73 PASS AF=1;AO=145;DP=148;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857896;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.152;QD=64.1569;RBI=0.00860832;REFB=0;REVB=-0.000710358;RO=0;SAF=60;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01063e-05;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:146:0:0:145:146:1:85:60:0:0:85:61:0:0 chr3 183368216 . A T 385.71 PASS AF=0.324503;AO=49;DP=150;FAO=49;FDP=151;FR=.;FRO=102;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=0.0101456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.813;QD=10.2174;RBI=0.0257995;REFB=-0.00372986;REVB=0.0237209;RO=101;SAF=17;SAR=32;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155355;STB=0.59372;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0100407;OID=.;OPOS=183368216;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:101:102:49:49:0.324503:32:17:48:53:32:17:49:53 chr3 183368891 . C T 491.83 PASS AF=0.40146;AO=55;DP=137;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.0909136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.712;QD=14.3599;RBI=0.0909205;REFB=0.000168734;REVB=-0.00112574;RO=82;SAF=23;SAR=32;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748095;STB=0.542212;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.000331573;OID=.;OPOS=183368891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:82:82:55:55:0.40146:32:23:40:42:32:23:40:42 chr3 183432983 . C T 205.19 PASS AF=0.287234;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-3.51185e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.239;QD=8.73143;RBI=0.0118355;REFB=-0.0098775;REVB=-0.0118355;RO=65;SAF=13;SAR=14;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979904;STB=0.556219;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0202066;OID=.;OPOS=183432983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:65:67:27:27:0.287234:14:13:26:39:14:13:27:40 chr3 183476685 . G A 1731.62 PASS AF=0.966942;AO=117;DP=121;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0209143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.913;QD=57.2436;RBI=0.0209839;REFB=0.0152543;REVB=0.00170766;RO=4;SAF=67;SAR=50;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00465215;STB=0.502451;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00196021;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:121:121:4:4:117:117:0.966942:50:67:2:2:50:67:2:2 chr3 183493743 . CGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGA CGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGA,CGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGC 261.36 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=11,6;DP=23;FAO=14,7;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14,7;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575639,0.203586;FXX=0.124948;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=154.826,36.5831;QD=49.7825;RBI=0.0575639,0.203586;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=11,6;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0266391,0.0421624;OID=.,.;OPOS=183493744,183493770;OREF=GGA,A;OALT=-,C;OMAPALT=CGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGA,CGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.666667,0.333333:11,6:23:14,7:21:0:14,7:0,0:0:0:49:0:11,6:0,0:0:0 chr3 183521133 . A G 1896.15 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.959;QD=61.6635;RBI=0.0500784;REFB=0;REVB=-0.00878055;RO=0;SAF=48;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31061e-05;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:75:48:0:0:75:48:0:0 chr3 183524193 . T C 761.61 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.011784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.6118;QD=60.9286;RBI=0.0133795;REFB=-0.273006;REVB=0.00633629;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.010304;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:50:0:1:48:49:0.98:34:14:0:0:34:15:1:0 chr3 183533964 . T C 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0766299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0712;QD=60.2257;RBI=0.0797603;REFB=0;REVB=-0.022126;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161731;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr3 183637722 . T G 405.63 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0781266;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6094;QD=22.2264;RBI=0.0894959;REFB=0.0321428;REVB=0.043655;RO=31;SAF=18;SAR=22;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129218;STB=0.502074;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0211328;OID=.;OPOS=183637722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:31:33:40:40:0.547945:22:18:14:17:22:18:15:18 chr3 183660585 . G A 687.46 PASS AF=0.438596;AO=75;DP=171;FAO=75;FDP=171;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.0256675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.273;QD=16.081;RBI=0.0633611;REFB=-0.00118019;REVB=0.0579293;RO=95;SAF=34;SAR=41;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000710344;STB=0.503069;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00229986;OID=.;OPOS=183660585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:95:96:75:75:0.438596:41:34:43:52:41:34:43:53 chr3 183682960 . G A 771.17 PASS AF=0.659794;AO=64;DP=98;FAO=64;FDP=97;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.055054;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.734;QD=31.8008;RBI=0.0555911;REFB=0.00157674;REVB=0.00770874;RO=33;SAF=25;SAR=39;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613037;STB=0.533167;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.000653145;OID=.;OPOS=183682960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:33:33:64:64:0.659794:39:25:16:17:39:25:16:17 chr3 183685534 . A G 1513.42 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0925205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8946;QD=58.7735;RBI=0.095199;REFB=0;REVB=0.0224233;RO=1;SAF=53;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886831;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551518;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:103:103:1:0:102:103:1:49:53:1:0:49:54:0:0 chr3 183696402 . A G 2023.09 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.283;QD=62.2488;RBI=0.0622071;REFB=0;REVB=-0.0142634;RO=0;SAF=47;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18937e-05;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:130:0:0:121:130:1:74:47:0:0:76:54:0:0 chr3 183699516 . T C 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0208532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.582;QD=9.8582;RBI=0.0264486;REFB=-0.00395404;REVB=-0.0162688;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228504;STB=0.637472;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00726176;OID=.;OPOS=183699516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:5:8:12:17:5:8:12:17 chr3 183753777 . G A 251.02 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0839156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5894;QD=19.6881;RBI=0.14867;REFB=0.00615084;REVB=0.122723;RO=23;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117931;STB=0.587088;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00929602;OID=.;OPOS=183753777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:23:25:26:26:0.509804:16:10:12:11:16:10:14:11 chr3 183754294 . G C 555.1 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0219725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0714;QD=22.4282;RBI=0.0336091;REFB=0.00295577;REVB=0.0254318;RO=47;SAF=19;SAR=33;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035691;STB=0.519677;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00257236;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:33:19:19:28:33:19:19:28 chr3 183754585 . C T 684.92 PASS AF=0.623762;AO=63;DP=101;FAO=63;FDP=101;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0113893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6287;QD=27.1256;RBI=0.021459;REFB=0.00559645;REVB=-0.0181871;RO=38;SAF=28;SAR=35;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387922;STB=0.521058;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00375901;OID=.;OPOS=183754585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:38:38:63:63:0.623762:35:28:19:19:35:28:19:19 chr3 183755822 . G A 1572.93 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0471;QD=59.9212;RBI=0.0362301;REFB=0;REVB=0.00470399;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157544;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:52:53:0:0:52:53:0:0 chr3 183756391 . C G 164.75 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=-0.0131218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2518;QD=14.3264;RBI=0.0160716;REFB=-0.0177606;REVB=0.00927983;RO=27;SAF=2;SAR=16;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088437;STB=0.545401;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0360268;OID=.;OPOS=183756391;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:16:2:4:23:16:2:4:24 chr3 183756637 . C T 1717.56 PASS AF=0.71134;AO=138;DP=195;FAO=138;FDP=194;FR=.;FRO=56;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.012464;FXX=0.00512794;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.37;QD=35.4137;RBI=0.0271632;REFB=-0.0227613;REVB=0.0241348;RO=56;SAF=64;SAR=74;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191243;STB=0.510227;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00881506;OID=.;OPOS=183756637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:56:56:138:138:0.71134:74:64:24:32:74:64:24:32 chr3 183756702 . G A 385.38 PASS AF=0.278947;AO=53;DP=190;FAO=53;FDP=190;FR=.;FRO=137;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=66;FSRR=71;FWDB=0.00740033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.157;QD=8.11326;RBI=0.0154921;REFB=-0.0016846;REVB=-0.0136103;RO=137;SAF=23;SAR=30;SRF=66;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058937;STB=0.534736;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00440402;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:137:137:53:53:0.278947:30:23:66:71:30:23:66:71 chr3 183774762 . C A 548.21 PASS AF=0.4;AO=60;DP=149;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0231546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.097;QD=14.619;RBI=0.0344869;REFB=-0.0112978;REVB=0.025558;RO=88;SAF=27;SAR=33;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00484726;STB=0.503368;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0138736;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:88:90:60:60:0.4:33:27:40:48:33:27:40:50 chr3 183778010 . G C 2277.44 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250178;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.193;QD=63.7046;RBI=0.0400405;REFB=0;REVB=0.0312626;RO=0;SAF=85;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55492e-05;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:58:85:0:0:58:85:0:0 chr3 183818416 . G A 959.11 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196242;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.382;QD=59.0223;RBI=0.0281024;REFB=0;REVB=-0.0201155;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109312;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:38:26:0:0:39:26:0:0 chr3 183861243 . A G 1387.58 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.724;QD=62.3632;RBI=0.0595298;REFB=0;REVB=0.0564238;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132743;OID=.;OPOS=183861243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:45:43:0:0:45:44:0:0 chr3 183863084 . AAG A 677.75 PASS AF=0.938462;AO=50;DP=61;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0560784;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=2;MLLD=273.243;QD=41.7079;RBI=0.0606141;REFB=-0.0149799;REVB=0.0230061;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.324176;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.502537;STBP=0.907;TYPE=del;VARB=0.000828231;OID=.;OPOS=183863085;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.938462:50:61:61:65:4:28:33:2:2:5:0:24:26:0:0 chr3 183887876 . G C 57.89 PASS AF=0.11194;AO=15;DP=131;FAO=15;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=115;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=70;FSRR=45;FWDB=-0.00501809;FXX=0.0359686;HRUN=5;LEN=1;MLLD=24.4754;QD=1.72795;RBI=0.0410647;REFB=-0.0470657;REVB=-0.040757;RO=92;SAF=0;SAR=15;SRF=59;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.746538;STB=0.943427;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0903914;OID=.;OPOS=183887876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:131:134:92:115:15:15:0.11194:15:0:59:33:14:1:70:45 chr3 183900680 . G C 1194.29 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3949;QD=59.7144;RBI=0.0263637;REFB=-0.11621;REVB=0.00642276;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122951;STB=0.506492;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00201652;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:41:38:1:0:41:38:1:0 chr3 183900729 . T C 765.33 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.9;QD=63.7777;RBI=0.0297223;REFB=0;REVB=-0.0124518;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75331e-05;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr3 183907032 . G C,T 4502.43 PASS AF=0.941558,0.0584416;AO=272,14;DP=287;FAO=290,18;FDP=308;FR=.;FRO=0;FSAF=128,11;FSAR=162,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518233,0.0134482;FXX=0.00323614;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.629,117.357;QD=58.4731;RBI=0.0155301,0.0227078;REFB=0,0;REVB=0.0146399,0.0182973;RO=0;SAF=126,8;SAR=146,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.61567e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00239048,0.0230568;OID=.,.;OPOS=183907032,183907032;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:287:308:0:0:272,14:290,18:0.941558,0.0584416:146,6:126,8:0:0:162,7:128,11:0:0 chr3 183907033 . T C 51.11 PASS AF=0.0696203;AO=21;DP=315;FAO=22;FDP=316;FR=.;FRO=294;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=136;FSRR=158;FWDB=0.0191386;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.9174;QD=0.646906;RBI=0.0237281;REFB=-0.0150581;REVB=0.0140264;RO=294;SAF=4;SAR=17;SRF=136;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309102;STB=0.732357;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0320752;OID=.;OPOS=183907033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:315:316:294:294:21:22:0.0696203:17:4:136:158:17:5:136:158 chr3 183967005 . C T 335.43 PASS AF=0.538462;AO=33;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00846486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5783;QD=20.642;RBI=0.0189964;REFB=0.0163503;REVB=0.0170062;RO=30;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676215;STB=0.521956;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0228987;OID=.;OPOS=183967005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:33:35:0.538462:15:18:14:16:17:18:14:16 chr3 183975365 . C T 1600.69 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00317946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.435;QD=58.2068;RBI=0.0234871;REFB=-0.0857611;REVB=0.0232709;RO=2;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146011;STB=0.503816;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000424607;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:2:1:108:109:0.990909:64:44:0:2:65:44:0:1 chr3 183996068 . C T 3012.91 PASS AF=0.989744;AO=192;DP=195;FAO=193;FDP=195;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=116;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0175856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.925;QD=61.8032;RBI=0.0366778;REFB=-0.209183;REVB=0.0321871;RO=3;SAF=76;SAR=116;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827751;STB=0.50108;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00099429;OID=.;OPOS=183996068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:195:195:3:2:192:193:0.989744:116:76:2:1:116:77:1:1 chr3 184037533 . A C,G 1893.15 PASS AF=0.0634921,0.936508;AO=6,117;DP=123;FAO=8,118;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=4,40;FSAR=4,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419341,0.00501236;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.3,79.4889;QD=60.1;RBI=0.0101091,0.020238;REFB=0,0;REVB=-0.00919828,0.0196075;RO=0;SAF=2,39;SAR=4,78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00838125,0.00264718;OID=.,.;OPOS=184037533,184037533;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:123:126:0:0:6,117:8,118:0.0634921,0.936508:4,78:2,39:0:0:4,78:4,40:0:0 chr3 184039666 . A G 1591.13 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224849;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8125;QD=64.2882;RBI=0.0203421;REFB=0;REVB=-0.0202175;RO=0;SAF=31;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00066224;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:68:31:0:0:68:31:0:0 chr3 184075047 . A G 1507.0 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.695;QD=58.5243;RBI=0.0150076;REFB=-0.106312;REVB=0.00571558;RO=1;SAF=48;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978215;STB=0.505154;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00180816;OID=.;OPOS=184075047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:54:48:1:0:54:48:1:0 chr3 184075648 . CGGGGT CGGG,CGGGT 211.73 PASS AF=0,0.75;AO=5,19;DP=40;FAO=0,27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=0,23;FSAR=0,4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0623534,0.133524;FXX=0.099975;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=187.884,14.9252;QD=23.526;RBI=0.0740022,0.282793;REFB=0.00591312,-0.0943795;REVB=0.0398545,0.249285;RO=11;SAF=2,19;SAR=3,0;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.059321,0.847128;STB=0.5,0.657008;STBP=1,0.02;TYPE=del,del;VARB=0,0.0864065;OID=.,.;OPOS=184075652,184075649;OREF=GT,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.75:5,19:40:0,27:36:9:0,23:0,4:4:5:21:11:2,19:3,0:5:6 chr3 184099378 . C A 301.78 PASS AF=0.35;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0333432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.787;QD=12.0714;RBI=0.0339844;REFB=0.000549492;REVB=0.00657021;RO=64;SAF=18;SAR=17;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086103;STB=0.544185;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00104528;OID=.;OPOS=184099378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:65:35:35:0.35:17:18:28:36:17:18:29:36 chr3 184289152 . A G 704.92 PASS AF=0.401015;AO=76;DP=196;FAO=79;FDP=197;FR=.;FRO=118;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=60;FWDB=0.00325766;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.976;QD=14.3132;RBI=0.0178751;REFB=-0.00922248;REVB=-0.0175757;RO=118;SAF=36;SAR=40;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192913;STB=0.501285;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0161493;OID=.;OPOS=184289152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:118:118:76:79:0.401015:40:36:58:60:40:39:58:60 chr3 184300041 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC,TGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGT 412.73 PASS AF=0.62069,0.0689655,0.310345;AO=15,4,6;DP=33;FAO=18,2,9;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0,2;FSAR=7,2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054705,0.054709,0.00561407;FXX=0.147016;HRUN=1,1,1;LEN=6,5,7;MLLD=94.9505,173.744,81.8187;QD=56.9288;RBI=0.109094,0.0566932,0.161159;REFB=0,0,0;REVB=0.0943865,-0.0148677,0.161061;RO=0;SAF=6,2,2;SAR=9,2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.014289,0.0806067,0.0264708;OID=.,.,.;OPOS=184300042,184300061,184300041;OREF=GTGTGT,TGTGT,AGTGTGT;OALT=-,CGCGC,TGTGTGA;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC,TGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:69:33:29:0:0:15,4,6:18,2,9:0.62069,0.0689655,0.310345:9,2,4:6,2,2:0:0:7,2,7:11,0,2:0:0 chr3 184550501 . A G,T 1167.98 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=75,3;DP=78;FAO=75,3;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=46,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186988,-0.0218922;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.0109,161.292;QD=59.8963;RBI=0.0329914,0.0218998;REFB=0,0;REVB=-0.0271807,-0.000579552;RO=0;SAF=29,0;SAR=46,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.89405e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000563417,0.14849;OID=.,.;OPOS=184550501,184550501;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:78:78:0:0:75,3:75,3:0.961538,0.0384615:46,3:29,0:0:0:46,3:29,0:0:0 chr3 184573555 . C T 248.34 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0246089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.972;QD=16.2848;RBI=0.0256361;REFB=-0.0119045;REVB=-0.00718394;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983069;STB=0.555515;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00887589;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:18:10:15:18:18:10:15:18 chr3 184647413 . T C 1377.75 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930228;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.635;QD=62.6252;RBI=0.0174393;REFB=0;REVB=0.0147512;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64721e-05;OID=.;OPOS=184647413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:36:51:0:0:36:52:0:0 chr3 184795895 . A G 463.51 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0217932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.087;QD=52.9727;RBI=0.0252232;REFB=0.00773705;REVB=0.012699;RO=2;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406014;STB=0.521726;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-3.88198e-05;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:22:11:0:2:22:11:0:2 chr3 184795963 . G C 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.00534602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.035;QD=18.6408;RBI=0.0120049;REFB=0.0127199;REVB=-0.0107489;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287029;STB=0.660189;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00813128;OID=.;OPOS=184795963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:1:12:9:5:1:12 chr3 184797765 . C T 453.37 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0145415;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.862;QD=22.1156;RBI=0.0193848;REFB=-0.00488306;REVB=-0.0128186;RO=38;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252146;STB=0.513898;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0048198;OID=.;OPOS=184797765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:38:38:44:44:0.536585:21:23:21:17:21:23:21:17 chr3 184798067 . T C 370.63 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.005644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.698;QD=17.2388;RBI=0.0139076;REFB=-0.0166402;REVB=0.0127109;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114368;STB=0.56407;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0216479;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:22:17:26:21:22:17:26:21 chr3 184798097 . G A 385.53 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0646514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8066;QD=20.2909;RBI=0.0654417;REFB=0.00354871;REVB=-0.0101395;RO=36;SAF=21;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813774;STB=0.551489;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00516153;OID=.;OPOS=184798097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:18:21:16:20:18:21:16:21 chr3 184922294 . C T 593.05 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0267107;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.714;QD=24.2062;RBI=0.0277949;REFB=0.00559658;REVB=0.00768708;RO=44;SAF=24;SAR=30;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828179;STB=0.545438;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0038548;OID=.;OPOS=184922294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:54:54:0.55102:30:24:24:20:30:24:24:20 chr3 185046975 . T C 2550.69 PASS AF=0.971264;AO=169;DP=174;FAO=169;FDP=174;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0153109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.546;QD=58.6366;RBI=0.0268791;REFB=-0.145501;REVB=0.0220921;RO=0;SAF=80;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51366;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000433934;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:174:174:0:5:169:169:0.971264:89:80:0:0:89:80:0:5 chr3 185146702 . C T 315.51 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.016075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4117;QD=22.5366;RBI=0.0439928;REFB=-0.0325085;REVB=-0.0409507;RO=24;SAF=14;SAR=18;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151573;STB=0.583284;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0182361;OID=.;OPOS=185146702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:18:14:6:18:18:14:6:18 chr3 185300589 . T C 708.8 PASS AF=0.587719;AO=66;DP=114;FAO=67;FDP=114;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.022856;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.869;QD=24.8702;RBI=0.0234253;REFB=-0.0284663;REVB=-0.00513311;RO=47;SAF=21;SAR=45;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221951;STB=0.615055;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0244123;OID=.;OPOS=185300589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:47:47:66:67:0.587719:45:21:28:19:45:22:28:19 chr3 185331165 . C A 589.4 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=99;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0305728;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.298;QD=23.814;RBI=0.0309824;REFB=-0.0303988;REVB=-0.00502078;RO=44;SAF=20;SAR=34;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911979;STB=0.556054;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0225679;OID=.;OPOS=185331165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:45:54:54:0.545455:34:20:21:23:34:20:22:23 chr3 185348402 . C T 841.4 PASS AF=0.546053;AO=83;DP=152;FAO=83;FDP=152;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0721065;FXX=0.00653552;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.4433;QD=22.142;RBI=0.0774343;REFB=-0.0207259;REVB=0.0282261;RO=67;SAF=40;SAR=43;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353581;STB=0.516985;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0202816;OID=.;OPOS=185348402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:67:69:83:83:0.546053:43:40:32:35:44:39:35:34 chr3 185775273 . TGA T,TAG,TG 237.44 PASS AF=0,0,0.863636;AO=5,3,16;DP=44;FAO=0,0,38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=0,0,18;FSAR=0,0,20;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00387191,0.0152838,0.282823;FXX=0;HRUN=1,1,5;LEN=2,2,1;MLLD=66.1656,94.305,9.69067;QD=21.5851;RBI=0.123555,0.113031,0.294052;REFB=-0.00638564,-0.0289802,-0.151838;REVB=-0.123494,-0.111993,0.0804839;RO=18;SAF=0,0,6;SAR=5,3,10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.760438,-0.696566,-0.313419;STB=0.5,0.5,0.503595;STBP=1,1,0.934;TYPE=del,mnp,del;VARB=0,0,0.131189;OID=.,.,.;OPOS=185775274,185775274,185775275;OREF=GA,GA,A;OALT=-,AG,-;OMAPALT=T,TAG,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.863636:5,3,16:44:0,0,38:44:6:0,0,18:0,0,20:3:3:16:18:0,0,6:5,3,10:13:5 chr3 185866733 . T C 1984.43 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301291;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.253;QD=62.0133;RBI=0.0303561;REFB=0;REVB=-0.0037057;RO=0;SAF=37;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4405e-05;OID=.;OPOS=185866733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:128:0:0:124:128:1:87:37:0:0:90:38:0:0 chr3 185867550 . G C 981.98 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=76;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0074788;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.298;QD=51.6834;RBI=0.00975392;REFB=-0.076068;REVB=0.00626151;RO=6;SAF=32;SAR=38;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018597;STB=0.509861;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000342661;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:76:76:6:6:70:70:0.921053:38:32:2:4:38:32:2:4 chr3 185990096 . C T 248.6 PASS AF=0.25;AO=32;DP=143;FAO=37;FDP=148;FR=.;FRO=111;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.0167298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.946;QD=6.71895;RBI=0.0180445;REFB=-0.00129883;REVB=0.00676143;RO=111;SAF=21;SAR=11;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195786;STB=0.632718;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0046778;OID=.;OPOS=185990096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:148:111:111:32:37:0.25:11:21:56:55:12:25:56:55 chr3 186006566 . T C 513.28 PASS AF=0.391892;AO=58;DP=148;FAO=58;FDP=148;FR=.;FRO=90;FSAF=45;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=31;FWDB=-0.0150796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.158;QD=13.8724;RBI=0.0198018;REFB=0.00129977;REVB=-0.0128342;RO=88;SAF=45;SAR=13;SRF=59;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145881;STB=0.594203;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0016504;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:88:90:58:58:0.391892:13:45:59:29:13:45:59:31 chr3 186006618 . G C 772.27 PASS AF=0.47093;AO=81;DP=173;FAO=81;FDP=172;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.0016093;FXX=0.00578001;HRUN=6;LEN=1;MLLD=148.789;QD=17.9597;RBI=0.00378324;REFB=-0.0204612;REVB=-0.0034239;RO=86;SAF=47;SAR=34;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757776;STB=0.540063;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.019229;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:86:91:81:81:0.47093:34:47:43:43:34:47:46:45 chr3 186015283 . A G 177.66 PASS AF=0.242991;AO=23;DP=110;FAO=26;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.0118761;FXX=0.0272702;HRUN=8;LEN=1;MLLD=300.947;QD=6.64138;RBI=0.0127034;REFB=-0.000971076;REVB=-0.00450947;RO=53;SAF=8;SAR=15;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106985;STB=0.61467;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000127584;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:53:81:23:26:0.242991:15:8:23:30:17:9:40:41 chr3 186337713 . T C 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9628;QD=63.8665;RBI=0.0645768;REFB=0;REVB=0.0299969;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163096;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:34:14:0:0:34:14:0:0 chr3 186338382 . G C 1935.49 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.29;QD=60.9604;RBI=0.0262063;REFB=-0.0162528;REVB=-0.0110506;RO=0;SAF=58;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33106e-08;STB=0.504273;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000124817;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:127:0:1:126:126:0.992126:68:58:0:0:68:58:1:0 chr3 186338425 . A C 1659.86 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.669;QD=60.3585;RBI=0.0483022;REFB=0;REVB=-0.0086178;RO=0;SAF=28;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50806e-05;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:110:0:0:101:110:1:73:28:0:0:74:36:0:0 chr3 186370333 . G T 327.6 PASS AF=0.373832;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0258379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.337;QD=12.2467;RBI=0.0353978;REFB=0.00452267;REVB=-0.0241951;RO=67;SAF=19;SAR=21;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035617;STB=0.520326;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0104327;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:67:40:40:0.373832:21:19:34:33:21:19:34:33 chr3 186389559 . T C 192.18 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0110724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.703;QD=9.85552;RBI=0.0159668;REFB=-0.00263609;REVB=0.0115039;RO=52;SAF=10;SAR=15;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116578;STB=0.575069;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00527313;OID=.;OPOS=186389559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:53:25:25:0.320513:15:10:26:26:15:10:27:26 chr3 186390627 . C T 335.23 PASS AF=0.304965;AO=39;DP=144;FAO=43;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=98;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.0405606;FXX=0.0275843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.423;QD=9.51003;RBI=0.0441476;REFB=-0.0108368;REVB=0.0174312;RO=63;SAF=16;SAR=23;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106909;STB=0.580629;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0210198;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:141:63:98:39:43:0.304965:23:16:32:31:26:17:50:48 chr3 186395180 . T C 740.71 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571733;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0931;QD=55.9024;RBI=0.0574014;REFB=0;REVB=0.00511259;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243675;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:50:53:1:15:35:0:0:15:38:0:0 chr3 186395436 . C T 132.46 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0016093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.005;QD=9.13521;RBI=0.00707359;REFB=0.00617599;REVB=-0.00688809;RO=40;SAF=4;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215754;STB=0.630174;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0135436;OID=.;OPOS=186395436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:14:4:15:25:14:4:15:25 chr3 186395572 . A T 84.18 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0644737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1302;QD=10.2037;RBI=0.0694762;REFB=-0.0234134;REVB=-0.0258858;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503109;STB=0.530331;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0607102;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:11:11:6:5:11:11 chr3 186440243 . G A 840.57 PASS AF=0.557143;AO=78;DP=139;FAO=78;FDP=140;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0191628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.669;QD=24.0162;RBI=0.0192104;REFB=-0.0276333;REVB=-0.00135211;RO=61;SAF=37;SAR=41;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256293;STB=0.517288;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0255553;OID=.;OPOS=186440243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:61:62:78:78:0.557143:41:37:27:34:41:37:27:35 chr3 186443018 . T C 1540.31 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.976;QD=59.8177;RBI=0.0449026;REFB=0;REVB=0.0448091;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18791e-05;OID=.;OPOS=186443018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:101:103:1:60:41:0:0:60:43:0:0 chr3 186459927 . T C 282.65 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0525888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5083;QD=28.9902;RBI=0.0535836;REFB=0.0062219;REVB=0.0102773;RO=14;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594869;STB=0.532761;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00527452;OID=.;OPOS=186459927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:12:13:6:8:12:13:6:8 chr3 186504148 . T C 2478.84 PASS AF=0.970588;AO=163;DP=169;FAO=165;FDP=170;FR=.;FRO=5;FSAF=74;FSAR=91;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0076218;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.791;QD=58.3257;RBI=0.0210961;REFB=0.0123134;REVB=-0.0196711;RO=1;SAF=72;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656325;STB=0.516338;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.000200422;OID=.;OPOS=186504148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:169:170:1:5:163:165:0.970588:91:72:1:0:91:74:5:0 chr3 186570892 . T G 1170.47 PASS AF=0.623529;AO=104;DP=169;FAO=106;FDP=170;FR=.;FRO=64;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.0182896;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.726;QD=27.5404;RBI=0.0203372;REFB=-0.0298276;REVB=-0.00889339;RO=64;SAF=64;SAR=40;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425297;STB=0.523524;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0174273;OID=.;OPOS=186570892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:64:64:104:106:0.623529:40:64:43:21:41:65:43:21 chr3 186937466 . C T 690.11 PASS AF=0.394089;AO=81;DP=203;FAO=80;FDP=203;FR=.;FRO=123;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=71;FWDB=-0.0393525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7824;QD=13.5982;RBI=0.0434719;REFB=-0.00133359;REVB=-0.0184713;RO=122;SAF=36;SAR=45;SRF=51;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287132;STB=0.509089;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00155931;OID=.;OPOS=186937466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:122:123:81:80:0.394089:45:36:51:71:45:35:52:71 chr3 186937568 . A G 1688.26 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102808;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.689;QD=59.7613;RBI=0.0110918;REFB=0;REVB=0.00416318;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100954;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:110:113:1:66:44:0:0:68:45:0:0 chr3 186954285 . A G 2094.0 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3;QD=62.5075;RBI=0.0292515;REFB=0;REVB=0.0199214;RO=0;SAF=52;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87091e-05;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:82:52:0:0:82:52:0:0 chr3 187009180 . G A 378.12 PASS AF=0.303571;AO=51;DP=166;FAO=51;FDP=168;FR=.;FRO=117;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=-0.00503137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.335;QD=9.00275;RBI=0.00692915;REFB=-0.0121511;REVB=-0.00476429;RO=115;SAF=26;SAR=25;SRF=45;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141128;STB=0.580975;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0252839;OID=.;OPOS=187009180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:115:117:51:51:0.303571:25:26:45:70:25:26:46:71 chr3 187088656 . C T 1030.54 PASS AF=0.608974;AO=95;DP=157;FAO=95;FDP=156;FR=.;FRO=61;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0155829;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1809;QD=26.424;RBI=0.0352091;REFB=-0.0254953;REVB=0.031573;RO=61;SAF=45;SAR=50;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225192;STB=0.512193;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00945567;OID=.;OPOS=187088656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:61:61:95:95:0.608974:50:45:27:34:50:45:27:34 chr3 187088812 . C T 190.72 PASS AF=0.261682;AO=28;DP=107;FAO=28;FDP=107;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=0.00722716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.109;QD=7.12976;RBI=0.0177255;REFB=-0.00329401;REVB=-0.0161852;RO=79;SAF=15;SAR=13;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205951;STB=0.622856;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00865508;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:79:79:28:28:0.261682:13:15:29:50:13:15:29:50 chr3 187088903 . C A 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0382017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2037;QD=14.697;RBI=0.038236;REFB=-0.0213055;REVB=0.00161853;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089233;STB=0.551904;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0314251;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:9:14:11:5:9:14 chr3 187088926 . G A 689.19 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9679;QD=62.6534;RBI=0.020651;REFB=0;REVB=0.00142207;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54804e-05;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr3 187089031 . C A 207.89 PASS AF=0.277228;AO=28;DP=101;FAO=28;FDP=101;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.03419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.325;QD=8.23341;RBI=0.0430905;REFB=-0.0116336;REVB=-0.0262266;RO=72;SAF=11;SAR=17;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810811;STB=0.553907;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0353087;OID=.;OPOS=187089031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:72:73:28:28:0.277228:17:11:33:39:17:11:34:39 chr3 187416634 . C A 569.61 PASS AF=0.339623;AO=72;DP=212;FAO=72;FDP=212;FR=.;FRO=140;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=76;FSRR=64;FWDB=0.0696516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8077;QD=10.7473;RBI=0.0696694;REFB=0.00826955;REVB=-0.00157615;RO=138;SAF=40;SAR=32;SRF=76;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00561512;STB=0.508472;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0157344;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:138:140:72:72:0.339623:32:40:76:62:32:40:76:64 chr3 187416666 . C T 1450.94 PASS AF=0.605505;AO=132;DP=218;FAO=132;FDP=218;FR=.;FRO=86;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=0.0228794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7302;QD=26.6227;RBI=0.0266334;REFB=-0.0188174;REVB=0.0136335;RO=83;SAF=71;SAR=61;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291435;STB=0.517309;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0122513;OID=.;OPOS=187416666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:83:86:132:132:0.605505:61:71:48:35:61:71:50:36 chr3 187416719 . T C 549.48 PASS AF=0.395062;AO=64;DP=164;FAO=64;FDP=162;FR=.;FRO=98;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=-0.0194358;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.338;QD=13.5674;RBI=0.0259639;REFB=-0.0202003;REVB=-0.0172154;RO=96;SAF=33;SAR=31;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278035;STB=0.521455;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0319685;OID=.;OPOS=187416719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:96:98:64:64:0.395062:31:33:52:44:31:33:54:44 chr3 187419816 . T C 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0131864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.948;QD=19.0373;RBI=0.0132116;REFB=-0.00543758;REVB=-0.000814803;RO=45;SAF=17;SAR=25;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796585;STB=0.544367;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00951711;OID=.;OPOS=187419816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:25:17:22:23:25:17:22:23 chr3 187443314 . G A 891.25 PASS AF=0.546667;AO=82;DP=149;FAO=82;FDP=150;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0572549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8509;QD=23.7666;RBI=0.0624172;REFB=-0.011831;REVB=0.0248551;RO=66;SAF=36;SAR=46;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375873;STB=0.52624;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00954687;OID=.;OPOS=187443314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:66:68:82:82:0.546667:46:36:26:40:46:36:26:42 chr3 187447032 . G A 487.48 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=132;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0227825;FXX=0.0151504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.942;QD=14.9994;RBI=0.0231073;REFB=0.00161697;REVB=0.00386052;RO=75;SAF=26;SAR=28;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811328;STB=0.549158;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0014766;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:75:76:54:54:0.415385:28:26:42:33:28:26:43:33 chr3 187450128 . C T 93.9 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0285886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2778;QD=10.1512;RBI=0.0286452;REFB=-0.0452228;REVB=0.0018004;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238515;STB=0.540473;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0284537;OID=.;OPOS=187450128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:23:25:12:12:0.324324:6:6:11:12:6:6:11:14 chr3 187897059 . G A 477.11 PASS AF=0.367089;AO=58;DP=161;FAO=58;FDP=158;FR=.;FRO=100;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=64;FWDB=0.0269928;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.398;QD=12.0786;RBI=0.0365051;REFB=0.0162686;REVB=-0.0245768;RO=93;SAF=22;SAR=36;SRF=29;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799157;STB=0.513055;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0337154;OID=.;OPOS=187897059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:158:93:100:58:58:0.367089:36:22:29:64:36:22:36:64 chr3 187897424 . A C 208.34 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00230742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.003;QD=9.36372;RBI=0.00390771;REFB=-0.00200111;REVB=-0.00315373;RO=61;SAF=11;SAR=16;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119494;STB=0.565132;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00425164;OID=.;OPOS=187897424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:61:62:27:27:0.303371:16:11:31:30:16:11:31:31 chr3 187897614 . C G 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00431488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.268;QD=21.3989;RBI=0.00634322;REFB=-0.00833067;REVB=-0.00464955;RO=28;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163573;STB=0.590343;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00557912;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:19:15:18:10:19:15:18:10 chr3 187897954 . T A 937.98 PASS AF=0.377163;AO=109;DP=289;FAO=109;FDP=289;FR=.;FRO=180;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=100;FSRR=80;FWDB=0.0289513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3315;QD=12.9825;RBI=0.0398318;REFB=-0.00308422;REVB=0.0273568;RO=173;SAF=44;SAR=65;SRF=93;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146746;STB=0.594646;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00478538;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:173:180:109:109:0.377163:65:44:93:80:65:44:100:80 chr3 187898092 . T G 811.45 PASS AF=0.585938;AO=75;DP=128;FAO=75;FDP=128;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0174684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.136;QD=25.3577;RBI=0.018411;REFB=-0.0185463;REVB=-0.00581537;RO=52;SAF=34;SAR=41;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524981;STB=0.523954;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0164085;OID=.;OPOS=187898092;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:52:53:75:75:0.585938:41:34:20:32:41:34:21:32 chr3 187898593 . G A 103.2 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.049033;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.227;QD=9.17343;RBI=0.0512799;REFB=-0.000911843;REVB=0.0150131;RO=32;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126123;STB=0.577235;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00157787;OID=.;OPOS=187898593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:32:32:13:13:0.288889:9:4:13:19:9:4:13:19 chr3 188327461 . C T 433.11 PASS AF=0.359155;AO=51;DP=141;FAO=51;FDP=142;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=58;FSRR=33;FWDB=-0.0108246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.887;QD=12.2003;RBI=0.0132104;REFB=-0.00842613;REVB=-0.00757254;RO=89;SAF=25;SAR=26;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167576;STB=0.593964;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0167112;OID=.;OPOS=188327461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:89:91:51:51:0.359155:26:25:57:32:26:25:58:33 chr3 188464248 . G GT 2045.89 PASS AF=1;AO=168;DP=184;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.190489;FXX=0.0277762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.1747;QD=46.7633;RBI=0.195845;REFB=0;REVB=-0.0454865;RO=8;SAF=79;SAR=89;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134035;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00146394;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:168:184:175:175:0:84:91:0:0:38:8:79:89:5:3 chr3 189033292 . C G 682.42 PASS AF=0.402116;AO=76;DP=189;FAO=76;FDP=189;FR=.;FRO=113;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=-0.00222365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.812;QD=14.4427;RBI=0.004408;REFB=-0.0295444;REVB=-0.00380602;RO=111;SAF=30;SAR=46;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117691;STB=0.507695;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0469274;OID=.;OPOS=189033292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:111:113:76:76:0.402116:46:30:45:66:46:30:46:67 chr3 189711924 . T A 440.14 PASS AF=0.377778;AO=51;DP=136;FAO=51;FDP=135;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.0295811;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7429;QD=13.0411;RBI=0.0378637;REFB=-0.0224011;REVB=-0.0236352;RO=84;SAF=23;SAR=28;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105302;STB=0.559621;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0285887;OID=.;OPOS=189711924;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:84:84:51:51:0.377778:28:23:30:54:28:23:30:54 chr3 189713205 . T C 630.49 PASS AF=0.595745;AO=56;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0432127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9684;QD=26.8292;RBI=0.0438135;REFB=0.000493191;REVB=-0.00723104;RO=38;SAF=18;SAR=38;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162555;STB=0.588874;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.000899153;OID=.;OPOS=189713205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:38:38:56:56:0.595745:38:18:20:18:38:18:20:18 chr3 190023552 . T C 146.32 PASS AF=0.6;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.000814401;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.538;QD=23.4115;RBI=0.0192696;REFB=-0.00495359;REVB=0.0192524;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194206;STB=0.608559;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00420601;OID=.;OPOS=190023552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:10:10:15:15:0.6:7:8:8:2:7:8:8:2 chr3 190024457 . A G 746.64 PASS AF=0.550388;AO=71;DP=129;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.000840223;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.839;QD=23.1515;RBI=0.0271055;REFB=-0.0114433;REVB=0.0270925;RO=57;SAF=29;SAR=42;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068754;STB=0.534127;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00956539;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:57:58:71:71:0.550388:42:29:28:29:42:29:28:30 chr3 190030680 . A G 779.57 PASS AF=0.490798;AO=79;DP=167;FAO=80;FDP=163;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=0.00389774;FXX=0.0355009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.865;QD=19.1305;RBI=0.041333;REFB=-0.0101955;REVB=0.0411488;RO=71;SAF=33;SAR=46;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04614;STB=0.527066;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0084676;OID=.;OPOS=190030680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:163:71:83:79:80:0.490798:46:33:26:45:47:33:30:53 chr3 190333162 . TG T,TT 2211.9 PASS AF=1,0;AO=123,22;DP=145;FAO=143,0;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=60,0;FSAR=83,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133973,-0.0153172;FXX=0.0137922;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=313.235,298.196;QD=61.8713;RBI=0.0242078,0.0219266;REFB=0,0;REVB=0.0201626,0.0156894;RO=0;SAF=54,6;SAR=69,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.17051e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=8.33692e-05,0;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:123,22:145:143,0:143:0:60,0:83,0:0:0:12:0:54,6:69,16:0:0 chr3 190578566 . A G 888.61 PASS AF=0.390152;AO=103;DP=263;FAO=103;FDP=264;FR=.;FRO=161;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=73;FSRR=88;FWDB=0.0286221;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.156;QD=13.4638;RBI=0.0297603;REFB=-0.00213245;REVB=-0.0081518;RO=159;SAF=46;SAR=57;SRF=73;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136534;STB=0.504199;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00406563;OID=.;OPOS=190578566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:264:159:161:103:103:0.390152:57:46:73:86:57:46:73:88 chr3 190999910 . T TA 245.07 PASS AF=0.978723;AO=12;DP=82;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.256215;FXX=0.397385;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.90644;QD=20.8571;RBI=0.256393;REFB=-0.0741431;REVB=-0.00956004;RO=68;SAF=7;SAR=5;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121621;STB=0.507459;STBP=0.603;TYPE=ins;VARB=0.0110517;OID=.;OPOS=190999911;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.978723:12:82:46:47:1:13:33:0:1:3:68:7:5:33:35 chr3 190999917 . C A 1163.69 PASS AF=1;AO=66;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6891;QD=59.6762;RBI=0.0428121;REFB=0;REVB=0.0130578;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00409193;OID=.;OPOS=190999917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:66:78:1:33:33:0:0:39:39:0:0 chr3 191047532 . A G 9218.66 PASS AF=1;AO=565;DP=569;FAO=580;FDP=580;FR=.;FRO=0;FSAF=268;FSAR=312;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434739;FXX=0.00514571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.698;QD=63.577;RBI=0.0764573;REFB=-0.0396415;REVB=0.0628946;RO=2;SAF=265;SAR=300;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359031;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75858e-05;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:569:580:2:0:565:580:1:300:265:2:0:312:268:0:0 chr3 191074873 . C G 868.15 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.225;QD=57.8767;RBI=0.00649142;REFB=0;REVB=-0.000701491;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70938e-06;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr3 191093053 . T C 254.4 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0124668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.448;QD=15.4184;RBI=0.0227478;REFB=-0.00191482;REVB=-0.0190273;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120979;STB=0.524399;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00177533;OID=.;OPOS=191093053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:37:28:29:0.439394:16:12:15:21:16:13:15:22 chr3 191093080 . A G 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0124707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.893;QD=17.9427;RBI=0.0210649;REFB=0.0244588;REVB=0.0169769;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137259;STB=0.507687;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0225834;OID=.;OPOS=191093080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:16:12:12:17:16:12:12:17 chr3 191093175 . T A 180.53 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.041669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7066;QD=16.047;RBI=0.0486226;REFB=0.0123848;REVB=-0.0250569;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157432;STB=0.59081;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0385145;OID=.;OPOS=191093175;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:13:6:12:14:13:6:12:14 chr3 191093310 . A G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0192551;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.141;QD=14.904;RBI=0.0376409;REFB=-0.0132259;REVB=-0.0323431;RO=34;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194285;STB=0.611021;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0205479;OID=.;OPOS=191093310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:19:7:15:19:19:7:15:19 chr3 191097966 . T C 1502.52 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00992067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.991;QD=63.2638;RBI=0.0384457;REFB=0;REVB=0.0371436;RO=0;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84831e-05;OID=.;OPOS=191097966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:57:37:0:0:58:37:0:0 chr3 191100561 . C A 1006.29 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4842;QD=58.3356;RBI=0.0702496;REFB=0;REVB=-0.0505595;RO=2;SAF=30;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309275;OID=.;OPOS=191100561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:2:0:67:69:1:37:30:1:1:38:31:0:0 chr3 191810914 . TA CG 400.24 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0174944;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.127;QD=15.851;RBI=0.023211;REFB=-0.0131699;REVB=-0.0152543;RO=56;SAF=18;SAR=26;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742213;STB=0.547096;STBP=0.41;TYPE=mnp;VARB=0.0206929;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:57:44:44:0.435644:26:18:27:29:26:18:28:29 chr3 192078484 . CTTTTTTTTTT CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTC,TCTTTTTTTTT 344.96 PASS AF=0.954545,0.00649351,0.038961;AO=36,10,11;DP=156;FAO=147,1,6;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=70,1,0;FSAR=77,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.218318,0.177761,0.0482363;FXX=0.0374977;HRUN=10,10,1;LEN=1,1,2;MLLD=3.83792,16.128,19.6842;QD=8.9601;RBI=0.540415,0.258045,0.0499765;REFB=0,0,0;REVB=0.494353,0.187051,-0.0130734;RO=59;SAF=17,10,0;SAR=19,0,11;SRF=26;SRR=33;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0344926,0.708567,-0.686955;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0226867,-0.162111,-0.256195;OID=.,.,.;OPOS=192078485,192078494,192078484;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTC,TCTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:8:156:154:59:0:36,10,11:147,1,6:0.954545,0.00649351,0.038961:19,0,11:17,10,0:26:33:77,0,6:70,1,0:0:0 chr3 192447403 . G A 721.12 PASS AF=0.591304;AO=68;DP=115;FAO=68;FDP=115;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00980221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.099;QD=25.0824;RBI=0.0109725;REFB=-0.000923613;REVB=-0.00493083;RO=47;SAF=30;SAR=38;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445844;STB=0.52425;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.000767488;OID=.;OPOS=192447403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:47:47:68:68:0.591304:38:30:18:29:38:30:18:29 chr3 192447418 . A G 770.11 PASS AF=0.605042;AO=68;DP=114;FAO=72;FDP=119;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.000554131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.581;QD=25.8859;RBI=0.0174998;REFB=-0.013232;REVB=0.017491;RO=42;SAF=26;SAR=42;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188728;STB=0.511349;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0115886;OID=.;OPOS=192447418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:42:47:68:72:0.605042:42:26:15:27:44:28:17:30 chr3 192515557 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00655379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.363;QD=60.2044;RBI=0.0533335;REFB=0;REVB=-0.0529293;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29782e-05;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr3 192994543 . A G 686.12 PASS AF=0.453988;AO=73;DP=162;FAO=74;FDP=163;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=0.0278849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0937;QD=16.8374;RBI=0.0425503;REFB=-0.00209615;REVB=0.0321397;RO=88;SAF=34;SAR=39;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562791;STB=0.530351;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00229618;OID=.;OPOS=192994543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:88:89:73:74:0.453988:39:34:36:52:40:34:36:53 chr3 193031926 . C T 1005.77 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0607119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.318;QD=56.663;RBI=0.0633353;REFB=0.0244447;REVB=-0.0180395;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.508194;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0021612;OID=.;OPOS=193031926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:39:30:1:0:40:30:1:0 chr3 193036794 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.896;QD=57.8843;RBI=0.0215973;REFB=0;REVB=-0.00688992;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38061e-05;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr3 193042776 . T C 1493.44 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370178;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.471;QD=63.5507;RBI=0.03702;REFB=0;REVB=0.000400117;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19637e-05;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:48:45:0:0:49:45:0:0 chr3 193080344 . C T 2603.02 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.361;QD=61.9766;RBI=0.0315611;REFB=0;REVB=-0.0114603;RO=0;SAF=87;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99687e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70077e-05;OID=.;OPOS=193080344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:81:87:0:0:81:87:0:0 chr3 193081122 . G T 2887.06 PASS AF=0.994595;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00491841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6632;QD=62.4229;RBI=0.0116457;REFB=-0.072342;REVB=-0.0105561;RO=1;SAF=78;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606499;STB=0.503184;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00057436;OID=.;OPOS=193081122;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:185:1:1:184:184:0.994595:106:78:1:0:106:78:1:0 chr3 193096529 . C T 1990.33 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582673;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.588;QD=62.1979;RBI=0.0191675;REFB=0;REVB=0.0182604;RO=0;SAF=57;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200703;OID=.;OPOS=193096529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:71:57:0:0:71:57:0:0 chr3 193120359 . GA G 626.17 PASS AF=0.529412;AO=61;DP=120;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0112749;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.062;QD=21.0477;RBI=0.013736;REFB=-0.0258337;REVB=0.00784579;RO=56;SAF=35;SAR=26;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179043;STB=0.516274;STBP=0.691;TYPE=del;VARB=0.0205911;OID=.;OPOS=193120360;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:61:120:63:119:56:37:26:31:25:99:56:35:26:31:25 chr3 193180592 . G A 463.12 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00137925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.288;QD=17.4762;RBI=0.00597513;REFB=0.00711581;REVB=0.00581377;RO=56;SAF=27;SAR=23;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380952;STB=0.521188;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00663923;OID=.;OPOS=193180592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:23:27:28:28:23:27:28:28 chr3 193183817 . A G 494.79 PASS AF=0.552941;AO=45;DP=84;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0501122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.171;QD=23.2841;RBI=0.0540257;REFB=-0.0192712;REVB=0.0201875;RO=27;SAF=29;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168124;STB=0.588794;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.020978;OID=.;OPOS=193183817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:27:38:45:47:0.552941:16:29:11:16:18:29:16:22 chr3 193209178 . T C 313.98 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.055912;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9167;QD=24.1526;RBI=0.0559616;REFB=-0.0147081;REVB=0.00235369;RO=20;SAF=10;SAR=21;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061492;STB=0.526445;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0250716;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:20:21:31:31:0.596154:21:10:8:12:21:10:8:13 chr3 193210768 . A G 676.63 PASS AF=0.575221;AO=64;DP=112;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00598449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.749;QD=23.9514;RBI=0.0157371;REFB=-0.00560296;REVB=0.0145549;RO=48;SAF=29;SAR=35;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858318;STB=0.542844;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00482797;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:48:48:64:65:0.575221:35:29:27:21:35:30:27:21 chr3 193342020 . A C 400.96 PASS AF=0.326667;AO=49;DP=150;FAO=49;FDP=150;FR=.;FRO=101;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.00371863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.967;QD=10.6922;RBI=0.00573759;REFB=-0.0159547;REVB=0.00436941;RO=101;SAF=17;SAR=32;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211028;STB=0.622172;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0251162;OID=.;OPOS=193342020;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:101:101:49:49:0.326667:32:17:53:48:32:17:53:48 chr3 193355074 . T C 2301.51 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.54;QD=63.49;RBI=0.030729;REFB=0;REVB=0.0306676;RO=0;SAF=45;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46218e-05;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:142:145:1:97:45:0:0:100:45:0:0 chr3 194061826 . C T 1092.81 PASS AF=0.587209;AO=101;DP=172;FAO=101;FDP=172;FR=.;FRO=71;FSAF=63;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0174127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.22;QD=25.4141;RBI=0.0343096;REFB=-0.020933;REVB=0.0295626;RO=69;SAF=63;SAR=38;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165871;STB=0.596056;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0180817;OID=.;OPOS=194061826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:69:71:101:101:0.587209:38:63:28:41:38:63:28:43 chr3 194061906 . TG CA,CG 2011.18 PASS AF=0.402985,0.597015;AO=52,81;DP=133;FAO=54,80;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=18,47;FSAR=36,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310378,0.00643632;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=199.378,77.9238;QD=60.0351;RBI=0.0310744,0.0290413;REFB=0,0;REVB=0.00150906,-0.0283191;RO=0;SAF=17,47;SAR=35,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.31071e-08,-3.25769e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00298349,-0.00268558;OID=.,.;OPOS=194061906,194061906;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:133:134:0:0:52,81:54,80:0.402985,0.597015:35,34:17,47:0:0:36,33:18,47:0:0 chr3 194062519 . C T 173.21 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0255804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7807;QD=27.7127;RBI=0.0394502;REFB=-0.00444639;REVB=-0.0300327;RO=8;SAF=14;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398026;STB=0.723841;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00331309;OID=.;OPOS=194062519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:3:14:2:6:3:14:2:6 chr3 194062565 . C G,T 405.4 PASS AF=0.0967742,0.870968;AO=2,26;DP=29;FAO=3,27;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=2,16;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0164304,0.120545;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.889,49.0361;QD=52.3102;RBI=0.0165148,0.120663;REFB=0.0296247,-0.089329;REVB=0.00166806,-0.00533811;RO=1;SAF=2,15;SAR=0,11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.029965;STB=0.665547,0.521723;STBP=0.558,0.307;TYPE=snp,snp;VARB=0.111152,0.00819197;OID=.,.;OPOS=194062565,194062565;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:29:31:1:1:2,26:3,27:0.0967742,0.870968:0,11:2,15:1:0:1,11:2,16:0:1 chr3 194063153 . G A 322.43 PASS AF=0.318182;AO=40;DP=128;FAO=42;FDP=132;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0127196;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.513;QD=9.77067;RBI=0.0129721;REFB=-0.0123888;REVB=-0.00254716;RO=73;SAF=15;SAR=25;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151038;STB=0.597327;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0200618;OID=.;OPOS=194063153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:132:73:90:40:42:0.318182:25:15:37:36:26:16:47:43 chr3 194063300 . T C 3022.65 PASS AF=1;AO=188;DP=192;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513757;FXX=0.0206175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3169;QD=63.6347;RBI=0.0515468;REFB=0;REVB=0.00419621;RO=0;SAF=76;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000665535;OID=.;OPOS=194063300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:190:0:0:188:190:1:112:76:0:0:112:78:0:0 chr3 194118874 . T C 2919.62 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00984322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.216;QD=62.7875;RBI=0.0235991;REFB=0;REVB=0.0214482;RO=0;SAF=73;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872492;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:186:0:0:183:186:1:110:73:0:0:113:73:0:0 chr3 194124427 . C T 274.13 PASS AF=0.273381;AO=38;DP=139;FAO=38;FDP=139;FR=.;FRO=101;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=65;FWDB=-0.012379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.879;QD=7.88858;RBI=0.015947;REFB=-0.0010331;REVB=-0.0100532;RO=100;SAF=15;SAR=23;SRF=35;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058179;STB=0.529467;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00303223;OID=.;OPOS=194124427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:100:101:38:38:0.273381:23:15:35:65:23:15:36:65 chr3 194313832 . T C 749.0 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637873;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.819;QD=63.7443;RBI=0.00780035;REFB=0;REVB=-0.00448968;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.09853e-05;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:47:0:0:43:47:1:29:14:0:0:29:18:0:0 chr3 194337901 . T C 3034.05 PASS AF=1;AO=195;DP=201;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136563;FXX=0.0247512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.764;QD=61.6051;RBI=0.00908121;REFB=0;REVB=-0.00897794;RO=0;SAF=92;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.25431e-05;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:197:0:0:195:197:1:103:92:0:0:103:94:0:0 chr3 194338423 . CG GG,TC,TG 1216.46 PASS AF=0.0594059,0,0.841584;AO=6,51,81;DP=146;FAO=6,0,85;FDP=101;FR=.;FRO=10;FSAF=4,0,43;FSAR=2,0,42;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00448219,0.0147017,-0.00149086;FXX=0.308198;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=104.007,47.5964,114.774;QD=48.1766;RBI=0.0149301,0.0198978,0.00389786;REFB=0.0522957,-0.280503,-0.0457962;REVB=-0.0142414,0.0134083,-0.00360148;RO=3;SAF=4,20,41;SAR=2,31,40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.029854,-0.0108477;STB=0.608323,0.5,0.500619;STBP=0.531,1,0.947;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.0359561,0.0605305,0.000145995;OID=.,.,.;OPOS=194338423,194338423,194338423;OREF=C,CG,C;OALT=G,TC,T;OMAPALT=GG,TC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:42:146:101:3:10:6,51,81:6,0,85:0.0594059,0,0.841584:2,31,40:4,20,41:2:1:2,0,42:4,0,43:5:5 chr3 194349178 . C T 905.09 PASS AF=0.435556;AO=98;DP=225;FAO=98;FDP=225;FR=.;FRO=127;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=0.0661798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.934;QD=16.0904;RBI=0.0694813;REFB=0.00748585;REVB=0.0211633;RO=127;SAF=52;SAR=46;SRF=65;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191195;STB=0.510636;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00963822;OID=.;OPOS=194349178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:127:127:98:98:0.435556:46:52:65:62:46:52:65:62 chr3 194353875 . G T 739.2 PASS AF=0.533835;AO=67;DP=132;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.0244526;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.927;QD=22.2317;RBI=0.103548;REFB=-0.017543;REVB=0.100619;RO=63;SAF=31;SAR=36;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087204;STB=0.551872;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0154607;OID=.;OPOS=194353875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:63:62:67:71:0.533835:36:31:23:40:38:33:22:40 chr3 194373832 . TG CA 4015.65 PASS AF=1;AO=256;DP=266;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274715;FXX=0.0375926;HRUN=2;LEN=2;MLLD=328.628;QD=62.7446;RBI=0.0084067;REFB=0;REVB=0.00794517;RO=0;SAF=109;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000147741;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:266:256:0:0:256:256:1:147:109:0:0:147:109:0:0 chr3 194387300 . C T 578.15 PASS AF=0.595506;AO=47;DP=83;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0235384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.508;QD=25.9842;RBI=0.0235393;REFB=-0.0276099;REVB=0.000200652;RO=36;SAF=20;SAR=27;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145883;STB=0.570381;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0218622;OID=.;OPOS=194387300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:89:36:36:47:53:0.595506:27:20:9:27:31:22:9:27 chr3 194408704 . A G 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.436;QD=53.2703;RBI=0.0229904;REFB=0;REVB=-0.0111421;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24648e-05;OID=.;OPOS=194408704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr3 194790799 . C G 273.26 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.00833508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.9389;QD=24.8418;RBI=0.0579232;REFB=-0.0517484;REVB=0.0573204;RO=16;SAF=7;SAR=18;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146468;STB=0.601894;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0207215;OID=.;OPOS=194790799;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:19:25:25:0.568182:18:7:2:14:18:7:2:17 chr3 194842785 . C G 324.76 PASS AF=0.378641;AO=38;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.000606236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0495;QD=12.612;RBI=0.0324067;REFB=0.000783904;REVB=0.0324011;RO=64;SAF=18;SAR=20;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802005;STB=0.552879;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.000900231;OID=.;OPOS=194842785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:38:39:0.378641:20:18:35:29:21:18:35:29 chr3 194842877 . A G 1785.86 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.421;QD=61.0551;RBI=0.0111917;REFB=0;REVB=0.00737293;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33762e-06;OID=.;OPOS=194842877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:64:52:0:0:64:53:0:0 chr3 194842911 . A G 264.09 PASS AF=0.364706;AO=30;DP=86;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00582865;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.065;QD=12.4276;RBI=0.0130598;REFB=-0.015303;REVB=0.011687;RO=54;SAF=13;SAR=17;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115516;STB=0.554173;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0288307;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:54:54:30:31:0.364706:17:13:29:25:17:14:29:25 chr3 195076877 . C G 896.19 PASS AF=0.561644;AO=82;DP=146;FAO=82;FDP=146;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0150874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.133;QD=24.5531;RBI=0.016704;REFB=-0.0257794;REVB=0.00716893;RO=62;SAF=40;SAR=42;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860051;STB=0.546353;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0200819;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:62:64:82:82:0.561644:42:40:37:25:42:40:38:26 chr3 195242526 . C T 323.34 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.1;QD=53.8906;RBI=0.0297538;REFB=0;REVB=0.01437;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131456;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr3 195345828 . AG GA 646.23 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214288;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=2;MLLD=120.279;QD=60.114;RBI=0.0254712;REFB=-0.0897337;REVB=-0.013769;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170712;STB=0.509087;STBP=0.524;TYPE=mnp;VARB=-0.000324084;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:27:15:0:1:27:15:0:1 chr3 195345953 . C T 329.25 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.108103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0267;QD=31.3574;RBI=0.109882;REFB=-0.0265321;REVB=0.0196952;RO=14;SAF=19;SAR=9;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771622;STB=0.54214;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0152454;OID=.;OPOS=195345953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:9:19:11:3:9:19:11:3 chr3 195346477 . C T 694.33 PASS AF=0.49635;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0296345;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0551;QD=20.2725;RBI=0.0536392;REFB=-0.0301806;REVB=0.0447097;RO=63;SAF=30;SAR=38;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448622;STB=0.533467;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0247565;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:63:69:68:68:0.49635:38:30:31:32:38:30:35:34 chr3 195346861 . T C 36.32 PASS AF=0.0734463;AO=13;DP=177;FAO=13;FDP=177;FR=.;FRO=164;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=101;FWDB=-0.0542175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.384;QD=0.820892;RBI=0.0587699;REFB=-0.00109939;REVB=0.0226796;RO=163;SAF=6;SAR=7;SRF=62;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092478;STB=0.572836;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0115419;OID=.;OPOS=195346861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:177:177:163:164:13:13:0.0734463:7:6:62:101:7:6:63:101 chr3 195346906 . C T 362.12 PASS AF=0.310127;AO=48;DP=157;FAO=49;FDP=158;FR=.;FRO=109;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=68;FWDB=0.0177367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8727;QD=9.16751;RBI=0.0249544;REFB=-0.00582357;REVB=0.0175536;RO=108;SAF=16;SAR=32;SRF=40;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048488;STB=0.521926;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0152255;OID=.;OPOS=195346906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:108:109:48:49:0.310127:32:16:40:68:32:17:41:68 chr3 195399505 . C T 546.44 PASS AF=0.338308;AO=68;DP=201;FAO=68;FDP=201;FR=.;FRO=133;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=70;FSRR=63;FWDB=-0.0227682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.541;QD=10.8744;RBI=0.0228863;REFB=-0.00365384;REVB=-0.00232196;RO=133;SAF=28;SAR=40;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132754;STB=0.576109;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00867289;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:133:133:68:68:0.338308:40:28:70:63:40:28:70:63 chr3 195404649 . A G 365.88 PASS AF=0.544118;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0201325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8164;QD=21.5226;RBI=0.0213806;REFB=-0.0202276;REVB=0.00719806;RO=31;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798342;STB=0.548661;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0200729;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:36:37:0.544118:23:13:14:17:24:13:14:17 chr3 195447886 . G C 1936.33 PASS AF=0.513441;AO=190;DP=372;FAO=191;FDP=372;FR=.;FRO=181;FSAF=102;FSAR=89;FSRF=111;FSRR=70;FWDB=0.0319756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.355;QD=20.8207;RBI=0.0415528;REFB=-0.0334057;REVB=0.0265366;RO=181;SAF=102;SAR=88;SRF=111;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690332;STB=0.53893;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.028741;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:372:181:181:190:191:0.513441:88:102:111:70:89:102:111:70 chr3 195451880 . AG GA 304.38 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0173617;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=2;MLLD=84.8207;QD=18.7311;RBI=0.0264512;REFB=0.0131315;REVB=-0.019956;RO=32;SAF=8;SAR=24;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254124;STB=0.652072;STBP=0.023;TYPE=mnp;VARB=-0.0260924;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:32:33:32:32:0.492308:24:8:16:16:24:8:17:16 chr3 195452005 . C T 233.15 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.085435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8091;QD=16.9563;RBI=0.0858853;REFB=-0.0131635;REVB=-0.00878334;RO=29;SAF=5;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331276;STB=0.688957;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0160074;OID=.;OPOS=195452005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:21:5:14:15:21:5:14:15 chr3 195452732 . G A 190.72 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00808614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4923;QD=13.3841;RBI=0.075273;REFB=0.00867481;REVB=0.0748374;RO=33;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512572;STB=0.540947;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0152527;OID=.;OPOS=195452732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:8:15:20:13:8:15:20:14 chr3 195452799 . C T 32.82 PASS AF=0.0826446;AO=10;DP=121;FAO=10;FDP=121;FR=.;FRO=111;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=48;FWDB=0.0524475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4032;QD=1.08505;RBI=0.0837015;REFB=-0.00323002;REVB=0.0652318;RO=111;SAF=6;SAR=4;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374037;STB=0.530551;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0336602;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:121:121:111:111:10:10:0.0826446:4:6:63:48:4:6:63:48 chr3 195452951 . G C 873.65 PASS AF=0.634146;AO=78;DP=123;FAO=78;FDP=123;FR=.;FRO=45;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0613918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5728;QD=28.4114;RBI=0.0854044;REFB=0.0290807;REVB=-0.0593713;RO=45;SAF=45;SAR=33;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300291;STB=0.516248;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.0195314;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:45:45:78:78:0.634146:33:45:24:21:33:45:24:21 chr3 195452987 . G A 453.46 PASS AF=0.38806;AO=52;DP=134;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.0361612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7395;QD=13.536;RBI=0.0486897;REFB=-0.0151284;REVB=-0.0326046;RO=82;SAF=27;SAR=25;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085196;STB=0.548164;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0231183;OID=.;OPOS=195452987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:82:82:52:52:0.38806:25:27:49:33:25:27:49:33 chr3 195452991 . C T 491.75 PASS AF=0.40146;AO=55;DP=137;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=0.0610801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7303;QD=14.3577;RBI=0.107201;REFB=0.0241137;REVB=0.0880985;RO=81;SAF=30;SAR=25;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050535;STB=0.531617;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0222231;OID=.;OPOS=195452991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:81:82:55:55:0.40146:25:30:48:33:25:30:49:33 chr3 195453014 . G A 462.68 PASS AF=0.393939;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.010204;FXX=0.0222206;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.015;QD=14.0206;RBI=0.0102139;REFB=-0.0129416;REVB=0.000450013;RO=73;SAF=28;SAR=24;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00991495;STB=0.530024;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.018396;OID=.;OPOS=195453014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:132:73:80:52:52:0.393939:24:28:40:33:24:28:47:33 chr3 195453064 . T G 1061.48 PASS AF=0.666667;AO=90;DP=135;FAO=90;FDP=135;FR=.;FRO=45;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0201892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7953;QD=31.4514;RBI=0.0287316;REFB=0.00459214;REVB=-0.0204427;RO=45;SAF=54;SAR=36;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704908;STB=0.537985;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00432444;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:45:45:90:90:0.666667:36:54:22:23:36:54:22:23 chr3 195453243 . C T 417.85 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0331435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.587;QD=12.9565;RBI=0.0331773;REFB=-0.0165693;REVB=0.00149768;RO=80;SAF=17;SAR=32;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145955;STB=0.583133;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0257097;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:80:80:49:49:0.379845:32:17:38:42:32:17:38:42 chr3 195453257 . G A 355.74 PASS AF=0.349206;AO=44;DP=126;FAO=44;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0630699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2063;QD=11.2932;RBI=0.0642303;REFB=-0.0101547;REVB=0.0121541;RO=82;SAF=16;SAR=28;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753671;STB=0.543359;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0123957;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:82:82:44:44:0.349206:28:16:35:47:28:16:35:47 chr3 195453288 . A C 31.01 PASS AF=0.0873786;AO=8;DP=102;FAO=9;FDP=103;FR=.;FRO=94;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=59;FWDB=-0.0199651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.116;QD=1.20432;RBI=0.0199652;REFB=-0.00084862;REVB=-5.16435e-05;RO=94;SAF=1;SAR=7;SRF=35;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325272;STB=0.810448;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00776311;OID=.;OPOS=195453288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:102:103:94:94:8:9:0.0873786:7:1:35:59:8:1:35:59 chr3 195453406 . G C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0230417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.263;QD=7.12431;RBI=0.0372539;REFB=-0.0225816;REVB=0.0292735;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45446;STB=0.773598;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0577983;OID=.;OPOS=195453406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:3:15:3:4:3:15 chr3 195453412 . C T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0133189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.524;QD=6.92898;RBI=0.0140526;REFB=-0.00170429;REVB=0.00448127;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488322;STB=0.799199;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00401137;OID=.;OPOS=195453412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:3:12:2:4:3:12 chr3 195456561 . C G 254.57 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.00497421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.428;QD=13.0549;RBI=0.02249;REFB=-0.00254897;REVB=0.021933;RO=47;SAF=17;SAR=13;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151583;STB=0.577215;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00385031;OID=.;OPOS=195456561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:47:48:30:30:0.384615:13:17:33:14:13:17:33:15 chr3 195477791 . G A 588.57 PASS AF=0.342466;AO=61;DP=206;FAO=75;FDP=219;FR=.;FRO=144;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=75;FSRR=69;FWDB=0.0259149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.455;QD=10.7501;RBI=0.0306681;REFB=-0.012294;REVB=0.0163996;RO=144;SAF=41;SAR=20;SRF=75;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190127;STB=0.581136;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.024382;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:219:144:144:61:75:0.342466:20:41:75:69:27:48:75:69 chr3 195479256 . T C 422.3 PASS AF=0.323529;AO=53;DP=169;FAO=55;FDP=170;FR=.;FRO=115;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=78;FWDB=-0.100411;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.433;QD=9.9365;RBI=0.108925;REFB=-0.00379009;REVB=0.0422191;RO=116;SAF=31;SAR=22;SRF=38;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297814;STB=0.670621;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00739972;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:116:115:53:55:0.323529:22:31:38:78:23:32:37:78 chr3 195489009 . C A 2503.64 PASS AF=0.363858;AO=298;DP=820;FAO=298;FDP=819;FR=.;FRO=521;FSAF=119;FSAR=179;FSRF=313;FSRR=208;FWDB=-0.0368869;FXX=0.0012195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.169;QD=12.2278;RBI=0.0370662;REFB=-0.0151694;REVB=-0.00364145;RO=518;SAF=119;SAR=179;SRF=311;SRR=207;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224364;STB=0.626733;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.021823;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:820:819:518:521:298:298:0.363858:179:119:311:207:179:119:313:208 chr3 195489067 . C G 2426.45 PASS AF=0.346915;AO=296;DP=858;FAO=298;FDP=859;FR=.;FRO=561;FSAF=124;FSAR=174;FSRF=298;FSRR=263;FWDB=0.012115;FXX=0.00116278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.567;QD=11.2989;RBI=0.0268479;REFB=0.0178272;REVB=-0.0239591;RO=559;SAF=124;SAR=172;SRF=297;SRR=262;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129869;STB=0.575377;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0340503;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:858:859:559:561:296:298:0.346915:172:124:297:262:174:124:298:263 chr3 195495916 . G C 534.0 PASS AF=0.327014;AO=68;DP=211;FAO=69;FDP=211;FR=.;FRO=142;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=72;FSRR=70;FWDB=8.68146e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.817;QD=10.1232;RBI=0.00109573;REFB=-0.00543832;REVB=0.00109229;RO=130;SAF=21;SAR=47;SRF=66;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238283;STB=0.643;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0102994;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:130:142:68:69:0.327014:47:21:66:64:48:21:72:70 chr3 195497143 . C T 1373.67 PASS AF=0.534413;AO=128;DP=243;FAO=132;FDP=247;FR=.;FRO=115;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.028435;FXX=0.00803181;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.247;QD=22.2457;RBI=0.0340627;REFB=-0.0171984;REVB=0.0187542;RO=112;SAF=59;SAR=69;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105507;STB=0.500461;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0142842;OID=.;OPOS=195497143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:247:112:115:128:132:0.534413:69:59:53:59:69:63:55:60 chr3 195497174 . C G 912.77 PASS AF=0.408163;AO=100;DP=246;FAO=100;FDP=245;FR=.;FRO=145;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=65;FSRR=80;FWDB=0.0266779;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.903;QD=14.9024;RBI=0.0317646;REFB=-0.00359923;REVB=0.0172418;RO=143;SAF=45;SAR=55;SRF=65;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00482778;STB=0.501031;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00719711;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:143:145:100:100:0.408163:55:45:65:78:55:45:65:80 chr3 195497743 . T C 185.82 PASS AF=0.252252;AO=28;DP=112;FAO=28;FDP=111;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.00210622;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.272;QD=6.6961;RBI=0.0390203;REFB=-0.00785718;REVB=-0.0389634;RO=83;SAF=19;SAR=9;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234168;STB=0.642043;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0180159;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:83:83:28:28:0.252252:9:19:41:42:9:19:41:42 chr3 195501149 . C T 378.2 PASS AF=0.315152;AO=51;DP=163;FAO=52;FDP=165;FR=.;FRO=113;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=77;FWDB=0.0108279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9077;QD=9.16855;RBI=0.037513;REFB=-0.0127519;REVB=0.0359163;RO=112;SAF=23;SAR=28;SRF=36;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158684;STB=0.599964;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0341541;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:112:113:51:52:0.315152:28:23:36:76:28:24:36:77 chr3 195505664 . G A 269.47 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00459728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.703;QD=14.1826;RBI=0.0311853;REFB=0.000375263;REVB=0.0308446;RO=45;SAF=12;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153905;STB=0.587572;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.000609793;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:19:12:24:21:19:12:24:21 chr3 195505788 . G C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0154455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.312;QD=16.8984;RBI=0.0431505;REFB=-0.0222859;REVB=0.0402914;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339319;STB=0.699557;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0227832;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:8:2:5:4:8:2:5:4 chr3 195510827 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0408027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.239;QD=8.2545;RBI=0.0550382;REFB=-0.029866;REVB=-0.0369371;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469147;STB=0.798934;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0628689;OID=.;OPOS=195510827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:7:5:5:1:7:5 chr3 195512107 . T A 134.54 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102844;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.611;QD=44.8469;RBI=0.0502427;REFB=0;REVB=0.0491788;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769892;OID=.;OPOS=195512107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr3 195515594 . C G 927.98 PASS AF=0.389286;AO=102;DP=272;FAO=109;FDP=280;FR=.;FRO=171;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=91;FSRR=80;FWDB=-0.0227326;FXX=0.014084;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.896;QD=13.2569;RBI=0.0233802;REFB=-0.0352966;REVB=-0.00546447;RO=166;SAF=58;SAR=44;SRF=89;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361557;STB=0.500033;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0465261;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:280:166:171:102:109:0.389286:44:58:89:77:51:58:91:80 chr3 195515617 . G C 1241.82 PASS AF=0.436667;AO=129;DP=298;FAO=131;FDP=300;FR=.;FRO=169;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=93;FSRR=76;FWDB=0.0418258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2746;QD=16.5575;RBI=0.0752703;REFB=-0.0149916;REVB=0.0625797;RO=168;SAF=64;SAR=65;SRF=92;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524305;STB=0.526191;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0177653;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:300:168:169:129:131:0.436667:65:64:92:76:65:66:93:76 chr3 195516630 . G T 479.08 PASS AF=0.357576;AO=59;DP=165;FAO=59;FDP=165;FR=.;FRO=106;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=68;FWDB=-0.00473653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.971;QD=11.614;RBI=0.0155577;REFB=-0.0118386;REVB=-0.0148191;RO=105;SAF=28;SAR=31;SRF=38;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12825;STB=0.575318;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0210197;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:105:106:59:59:0.357576:31:28:38:67:31:28:38:68 chr3 195516878 . T C 362.9 PASS AF=0.465116;AO=32;DP=78;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0160993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.519;QD=16.8789;RBI=0.0331505;REFB=-0.0209189;REVB=0.0289788;RO=45;SAF=7;SAR=25;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154151;STB=0.551444;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0202978;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:86:45:46:32:40:0.465116:25:7:15:30:30:10:15:31 chr3 195517258 . G A 392.37 PASS AF=0.313253;AO=52;DP=167;FAO=52;FDP=166;FR=.;FRO=114;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=-0.00868863;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.93;QD=9.45478;RBI=0.0153387;REFB=-0.000941173;REVB=-0.0126406;RO=112;SAF=30;SAR=22;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132732;STB=0.571003;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00227919;OID=.;OPOS=195517258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:112:114:52:52:0.313253:22:30:52:60:22:30:54:60 chr3 195517321 . G A 237.92 PASS AF=0.214286;AO=39;DP=182;FAO=39;FDP=182;FR=.;FRO=143;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=75;FSRR=68;FWDB=-0.0187154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.647;QD=5.22892;RBI=0.0192995;REFB=-0.00483594;REVB=0.00471216;RO=139;SAF=30;SAR=9;SRF=74;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327019;STB=0.709563;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0294815;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:139:143:39:39:0.214286:9:30:74:65:9:30:75:68 chr3 195517553 . A C 423.45 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.000581086;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.966;QD=16.1315;RBI=0.0173507;REFB=-0.00791369;REVB=0.017341;RO=58;SAF=22;SAR=25;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123643;STB=0.568937;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0089385;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:58:58:47:47:0.447619:25:22:20:38:25:22:20:38 chr3 195518112 . T TGTCTCCTGCGTAACA 135.67 PASS AF=0.144231;AO=29;DP=220;FAO=30;FDP=208;FR=.;FRO=178;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=89;FSRR=89;FWDB=-0.0161707;FXX=0.0414727;HRUN=1;LEN=15;MLLD=419.478;QD=2.60893;RBI=0.0161777;REFB=-0.000104422;REVB=0.000474018;RO=182;SAF=10;SAR=19;SRF=88;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179204;STB=0.615208;STBP=0.174;TYPE=ins;VARB=0.000571692;OID=.;OPOS=195518113;OREF=-;OALT=GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=TGTCTCCTGCGTAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.144231:29:220:30:208:178:11:19:89:89:99:182:10:19:88:94 chr3 195518330 . C G 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0111605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.748;QD=12.0243;RBI=0.0250799;REFB=0.0074789;REVB=-0.0224598;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140483;STB=0.583194;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0191491;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:11:9:7:5:11:9 chr3 195605929 . G A 99.38 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00915411;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.022;QD=7.22764;RBI=0.00946675;REFB=-0.00204357;REVB=0.00241278;RO=41;SAF=9;SAR=5;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16129;STB=0.599855;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00287637;OID=.;OPOS=195605929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:41:41:14:14:0.254545:5:9:21:20:5:9:21:20 chr3 195647997 . T A 59.38 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.118454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.881;QD=15.8337;RBI=0.119672;REFB=0.00265323;REVB=-0.0170367;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287934;STB=0.666295;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00761195;OID=.;OPOS=195647997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:1:6:4:4:1:6 chr3 195666742 . G C 41.81 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00248698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6422;QD=4.28853;RBI=0.0457811;REFB=0.00468786;REVB=-0.0457135;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181045;STB=0.632727;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0291195;OID=.;OPOS=195666742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:31:32:7:7:0.179487:3:4:13:18:3:4:13:19 chr3 195668011 . G A 88.66 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0150424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3764;QD=14.7775;RBI=0.0903286;REFB=-0.0373568;REVB=-0.0890673;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235046;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0747443;OID=.;OPOS=195668011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:13:11:11:0.458333:4:7:4:7:4:7:6:7 chr3 195668043 . T C 34.87 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.963;QD=7.74922;RBI=0.0558882;REFB=-0.0435999;REVB=-0.0558882;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0928643;OID=.;OPOS=195668043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:18:18:7:12:5:6:0.333333:5:0:0:7:6:0:0:12 chr3 195668443 . GA G,GG 292.59 PASS AF=0.336449,0.0280374;AO=27,7;DP=103;FAO=36,3;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=22,0;FSAR=14,3;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.00505525,-0.00406999;FXX=0.0092584;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=240.076,242.204;QD=10.9381;RBI=0.00688398,0.00464851;REFB=-0.021368,-0.018985;REVB=0.00467265,0.00224585;RO=68;SAF=15,1;SAR=12,6;SRF=42;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0766187,-0.508209;STB=0.504502,0.997289;STBP=0.942,0.031;TYPE=del,snp;VARB=0.0416753,-0.00152226;OID=.,.;OPOS=195668444,195668444;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.336449,0.0280374:27,7:103:36,3:107:68:22,0:14,3:42:26:99:68:15,1:12,6:42:26 chr3 195668466 . G A 50.01 PASS AF=0.119565;AO=10;DP=91;FAO=11;FDP=92;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.00659689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.622;QD=2.17438;RBI=0.0318737;REFB=-0.00677103;REVB=-0.0311836;RO=80;SAF=7;SAR=3;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172628;STB=0.652069;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0314928;OID=.;OPOS=195668466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:91:92:80:81:10:11:0.119565:3:7:45:35:3:8:46:35 chr3 195668478 . A G 1166.11 PASS AF=0.88172;AO=81;DP=94;FAO=82;FDP=93;FR=.;FRO=11;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.022164;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2152;QD=50.1553;RBI=0.0233023;REFB=0.00309628;REVB=-0.00719423;RO=11;SAF=45;SAR=36;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184722;STB=0.510478;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00100258;OID=.;OPOS=195668478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:94:93:11:11:81:82:0.88172:36:45:7:4:37:45:7:4 chr3 195690251 . A G 74.8 PASS AF=0.141509;AO=15;DP=107;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.0103695;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.575;QD=2.82266;RBI=0.0125815;REFB=-0.00168909;REVB=0.0071251;RO=91;SAF=10;SAR=5;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151915;STB=0.605119;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00783659;OID=.;OPOS=195690251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:107:106:91:91:15:15:0.141509:5:10:50:41:5:10:50:41 chr3 195692311 . T C 37.03 PASS AF=0.0599369;AO=19;DP=318;FAO=19;FDP=317;FR=.;FRO=298;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=168;FSRR=130;FWDB=0.00660098;FXX=0.00314456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.284;QD=0.467287;RBI=0.045056;REFB=-0.000453843;REVB=-0.0445699;RO=294;SAF=10;SAR=9;SRF=169;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515456;STB=0.535391;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0110778;OID=.;OPOS=195692311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:318:317:294:298:19:19:0.0599369:9:10:169:125:9:10:168:130 chr3 195692347 . G A 60.79 PASS AF=0.0737463;AO=25;DP=339;FAO=25;FDP=339;FR=.;FRO=314;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=178;FSRR=136;FWDB=0.00801161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.195;QD=0.717297;RBI=0.0140819;REFB=-0.00133954;REVB=-0.0115808;RO=314;SAF=13;SAR=12;SRF=178;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531568;STB=0.543609;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0171813;OID=.;OPOS=195692347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:339:339:314:314:25:25:0.0737463:12:13:178:136:12:13:178:136 chr3 195701278 . C T 235.37 PASS AF=0.182979;AO=43;DP=235;FAO=43;FDP=235;FR=.;FRO=192;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=72;FSRR=120;FWDB=0.0438147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.762;QD=4.00637;RBI=0.0440589;REFB=0.000686226;REVB=-0.00463241;RO=189;SAF=25;SAR=18;SRF=69;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274132;STB=0.6639;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00694538;OID=.;OPOS=195701278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:189:192:43:43:0.182979:18:25:69:120:18:25:72:120 chr3 195701285 . G T 304.94 PASS AF=0.201521;AO=53;DP=263;FAO=53;FDP=263;FR=.;FRO=210;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=84;FSRR=126;FWDB=0.0195725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.944;QD=4.63785;RBI=0.0201707;REFB=0.0024122;REVB=-0.00487586;RO=209;SAF=26;SAR=27;SRF=84;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114897;STB=0.572512;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00950623;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:209:210:53:53:0.201521:27:26:84:125:27:26:84:126 chr3 195701304 . C T 867.7 PASS AF=0.35082;AO=107;DP=305;FAO=107;FDP=305;FR=.;FRO=198;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=78;FSRR=120;FWDB=0.0224749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.588;QD=11.3797;RBI=0.0267173;REFB=-0.00139038;REVB=0.0144464;RO=198;SAF=55;SAR=52;SRF=78;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13693;STB=0.57766;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00416167;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:198:198:107:107:0.35082:52:55:78:120:52:55:78:120 chr3 195701310 . C CAA 538.25 PASS AF=0.349835;AO=101;DP=310;FAO=106;FDP=303;FR=.;FRO=197;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=79;FSRR=118;FWDB=0.00492903;FXX=0.0194168;HRUN=1;LEN=2;MLLD=39.4767;QD=7.1056;RBI=0.00845149;REFB=0.0128529;REVB=-0.00686529;RO=202;SAF=51;SAR=50;SRF=85;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980869;STB=0.570315;STBP=0.077;TYPE=ins;VARB=-0.023599;OID=.;OPOS=195701311;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.349835:101:310:106:303:197:54:52:79:118:99:202:51:50:85:117 chr3 195701331 . G A 1224.14 PASS AF=0.393678;AO=137;DP=348;FAO=137;FDP=348;FR=.;FRO=211;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=87;FSRR=124;FWDB=-0.00434803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.873;QD=14.0706;RBI=0.0478221;REFB=0.00371289;REVB=0.047624;RO=209;SAF=69;SAR=68;SRF=86;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993934;STB=0.555324;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00508489;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:209:211:137:137:0.393678:68:69:86:123:68:69:87:124 chr3 195701388 . GC AA 934.34 PASS AF=0.357367;AO=113;DP=321;FAO=114;FDP=319;FR=.;FRO=205;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=95;FSRR=110;FWDB=-0.0198436;FXX=0.00623034;HRUN=2;LEN=2;MLLD=190.711;QD=11.7158;RBI=0.0243777;REFB=-0.00834314;REVB=0.0141598;RO=203;SAF=51;SAR=62;SRF=93;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00776875;STB=0.504706;STBP=0.901;TYPE=mnp;VARB=0.0173807;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:319:203:205:113:114:0.357367:62:51:93:110:62:52:95:110 chr3 195702731 . G C 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00540967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.617;QD=12.0519;RBI=0.0114474;REFB=-0.00879197;REVB=0.0100885;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140406;STB=0.583156;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0122194;OID=.;OPOS=195702731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:9:4:4:5:9:4 chr3 195710989 . G A 564.69 PASS AF=0.301961;AO=62;DP=260;FAO=77;FDP=255;FR=.,HEALED;FRO=178;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=99;FSRR=79;FWDB=-0.0439399;FXX=0.01923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.805;QD=8.85783;RBI=0.0464874;REFB=-0.00597014;REVB=0.0151777;RO=140;SAF=16;SAR=46;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285671;STB=0.615941;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0582657;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:255:140:178:62:77:0.301961:46:16:67:73:47:30:99:79 chr3 195710993 . A G 658.66 PASS AF=0.315018;AO=86;DP=273;FAO=86;FDP=273;FR=.;FRO=187;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=104;FSRR=83;FWDB=0.00719745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.613;QD=9.65063;RBI=0.00812235;REFB=-0.00569533;REVB=-0.00376421;RO=185;SAF=33;SAR=53;SRF=102;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198684;STB=0.617983;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00705297;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:185:187:86:86:0.315018:53:33:102:83:53:33:104:83 chr3 195711016 . G A 2137.57 PASS AF=0.62013;AO=190;DP=306;FAO=191;FDP=308;FR=.;FRO=117;FSAF=109;FSAR=82;FSRF=43;FSRR=74;FWDB=-0.0141195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1346;QD=27.7606;RBI=0.0166353;REFB=-0.0109239;REVB=0.00879603;RO=116;SAF=109;SAR=81;SRF=43;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142704;STB=0.577025;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00550369;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:308:116:117:190:191:0.62013:81:109:43:73:82:109:43:74 chr3 195925458 . A C 480.93 PASS AF=0.547619;AO=44;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.0637688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.931;QD=22.9016;RBI=0.0639332;REFB=-0.0080486;REVB=-0.00458183;RO=38;SAF=9;SAR=35;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718252;STB=0.545787;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00526203;OID=.;OPOS=195925458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:44:46:0.547619:35:9:10:28:37:9:10:28 chr3 195936382 . G A 697.6 PASS AF=0.618557;AO=60;DP=98;FAO=60;FDP=97;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.000238156;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.783;QD=28.7671;RBI=0.00230226;REFB=-0.00113282;REVB=0.00228991;RO=37;SAF=32;SAR=28;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108431;STB=0.558885;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000821881;OID=.;OPOS=195936382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:37:37:60:60:0.618557:28:32:14:23:28:32:14:23 chr3 195941216 . C G 690.12 PASS AF=0.356223;AO=83;DP=233;FAO=83;FDP=233;FR=.;FRO=150;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=70;FSRR=80;FWDB=-0.00493663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.847;QD=11.8476;RBI=0.00509514;REFB=-0.00680613;REVB=0.001261;RO=149;SAF=28;SAR=55;SRF=69;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149548;STB=0.587765;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0102325;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:149:150:83:83:0.356223:55:28:69:80:55:28:70:80 chr3 195956827 . T C 327.63 PASS AF=0.323077;AO=42;DP=130;FAO=42;FDP=130;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0709673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6992;QD=10.0808;RBI=0.0759852;REFB=0.00496186;REVB=-0.0271548;RO=88;SAF=19;SAR=23;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254832;STB=0.501477;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.012119;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:88:88:42:42:0.323077:23:19:40:48:23:19:40:48 chr3 196054439 . T G 201.9 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0367616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.539;QD=9.9703;RBI=0.0389632;REFB=-0.00642899;REVB=-0.0129117;RO=55;SAF=7;SAR=19;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150816;STB=0.589075;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0134693;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:55:26:26:0.320988:19:7:21:34:19:7:21:34 chr3 196199204 . G T 310.63 PASS AF=0.31746;AO=40;DP=128;FAO=40;FDP=126;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.00954136;FXX=0.0307669;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2902;QD=9.86131;RBI=0.0447129;REFB=-0.00668939;REVB=-0.043683;RO=88;SAF=14;SAR=26;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115494;STB=0.558051;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0135002;OID=.;OPOS=196199204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:88:86:40:40:0.31746:26:14:39:49:26:14:37:49 chr3 196294104 . C G 2161.8 PASS AF=0.992806;AO=136;DP=136;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00978235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.969;QD=62.21;RBI=0.0100712;REFB=-0.100992;REVB=-0.0023949;RO=0;SAF=60;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503225;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-8.73966e-06;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:139:0:1:136:138:0.992806:76:60:0:0:77:61:0:1 chr3 196311779 . C G 195.85 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0152936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6073;QD=25.2714;RBI=0.033774;REFB=-0.01917;REVB=0.0301129;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022539;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00512381;OID=.;OPOS=196311779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:11:12:19:19:0.612903:11:8:5:6:11:8:5:7 chr3 196386964 . C G 2859.86 PASS AF=0.942308;AO=195;DP=210;FAO=196;FDP=208;FR=.;FRO=12;FSAF=79;FSAR=117;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0218524;FXX=0.00952336;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.059;QD=54.9974;RBI=0.0376554;REFB=-0.222587;REVB=0.030666;RO=5;SAF=79;SAR=116;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194118;STB=0.530422;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00197267;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:210:208:5:12:195:196:0.942308:116:79:4:1:117:79:11:1 chr3 196435534 . T C 1525.88 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.801;QD=59.8386;RBI=0.0312943;REFB=0;REVB=4.12047e-06;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00439e-05;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:58:43:0:0:59:43:0:0 chr3 196438826 . G T 1207.73 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6676;QD=61.1511;RBI=0.0465289;REFB=0;REVB=0.0183702;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459928;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr3 196443803 . T C 2187.44 PASS AF=0.420139;AO=239;DP=573;FAO=242;FDP=576;FR=.;FRO=334;FSAF=94;FSAR=148;FSRF=103;FSRR=231;FWDB=0.0232147;FXX=0.00173307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1966;QD=15.1906;RBI=0.0435308;REFB=-0.0128325;REVB=0.036824;RO=332;SAF=94;SAR=145;SRF=103;SRR=229;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933152;STB=0.549933;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0281358;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:573:576:332:334:239:242:0.420139:145:94:103:229:148:94:103:231 chr3 196448103 . C T 123.18 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00666074;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.21;QD=7.03904;RBI=0.0165043;REFB=-0.00405379;REVB=-0.0151005;RO=50;SAF=9;SAR=9;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12136;STB=0.571351;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0114089;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:50:52:18:18:0.257143:9:9:30:20:9:9:31:21 chr3 196511870 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00437054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.297;QD=9.84386;RBI=0.00443153;REFB=0.0124281;REVB=0.000732709;RO=20;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368419;STB=0.726777;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0191247;OID=.;OPOS=196511870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:2:8:10:10:2:8:10:10 chr3 196511920 . C T 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00517707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.334;QD=11.2546;RBI=0.0387625;REFB=-0.0242229;REVB=-0.0384152;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523804;STB=0.822616;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0338216;OID=.;OPOS=196511920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:1:7:5:7:1:7:5:7 chr3 196529926 . C A 48.09 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0372561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.656;QD=2.49799;RBI=0.0439653;REFB=-0.0107455;REVB=-0.0233439;RO=67;SAF=4;SAR=6;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225095;STB=0.516097;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0397228;OID=.;OPOS=196529926;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:67:67:10:10:0.12987:6:4:28:39:6:4:28:39 chr3 196529978 . C T 78.7 PASS AF=0.148515;AO=15;DP=101;FAO=15;FDP=101;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0572352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7863;QD=3.11675;RBI=0.0593648;REFB=0.00357458;REVB=0.0157577;RO=85;SAF=6;SAR=9;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506165;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0155998;OID=.;OPOS=196529978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:101:101:85:86:15:15:0.148515:9:6:34:51:9:6:35:51 chr3 196530013 . A G 52.76 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.0172436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.422;QD=2.54243;RBI=0.0234027;REFB=-0.00498196;REVB=-0.0158223;RO=71;SAF=5;SAR=6;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11203;STB=0.582815;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0372183;OID=.;OPOS=196530013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:83:71:72:11:11:0.13253:6:5:26:45:6:5:26:46 chr3 196557130 . A G 59.74 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00296405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.177;QD=3.51389;RBI=0.00379658;REFB=-0.00389176;REVB=0.00237243;RO=57;SAF=5;SAR=6;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671327;STB=0.545372;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.020239;OID=.;OPOS=196557130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:6:5:29:28:6:5:29:28 chr3 196613075 . C T 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00734418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.649;QD=16.0716;RBI=0.0135182;REFB=-0.00662091;REVB=-0.0113492;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197298;STB=0.611464;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0102734;OID=.;OPOS=196613075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:10:19:16:19:10:19:16:19 chr3 196660820 . C T 534.41 PASS AF=0.415493;AO=58;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.039179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.567;QD=15.0538;RBI=0.0409469;REFB=-0.00723848;REVB=-0.0119021;RO=83;SAF=18;SAR=40;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204072;STB=0.60633;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0101669;OID=.;OPOS=196660820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:83:83:58:59:0.415493:40:18:41:42:40:19:41:42 chr3 196673831 . A G 244.5 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0023373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.906;QD=10.8667;RBI=0.00654576;REFB=-0.00460807;REVB=0.00611424;RO=60;SAF=11;SAR=19;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156168;STB=0.590985;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00805982;OID=.;OPOS=196673831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:19:11:30:30:19:11:30:30 chr3 196674359 . CGGGGGGGCA CCGGGGGGCA,CGGGGGGCA,CGGGGGGCGA,CGGGGGGGGC 31.4 PASS AF=0,0.122449,0.102041,0;AO=3,7,3,2;DP=52;FAO=0,6,5,0;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=0,4,5,0;FSAR=0,2,0,0;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.0371063,0.139565,-0.025739,-0.0613961;FXX=0.019996;HRUN=7,7,7,1;LEN=1,1,2,2;MLLD=24.1177,6.82119,103.53,134.144;QD=2.56289;RBI=0.0816051,0.155261,0.0366407,0.061397;REFB=-0.0824368,-0.134508,-0.023745,0.00119805;REVB=0.0726809,0.0680253,-0.0260776,0.000330664;RO=25;SAF=3,3,3,0;SAR=0,4,0,2;SRF=22;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.45053,-0.543092,0.45053,-0.729564;STB=0.5,0.5997,0.996849,0.5;STBP=1,0.702,0.133,1;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.116315,0.111863,0;OID=.,.,.,.;OPOS=196674360,196674360,196674366,196674367;OREF=G,G,GC,CA;OALT=C,-,CG,GC;OMAPALT=CCGGGGGGCA,CGGGGGGCA,CGGGGGGCGA,CGGGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.122449,0.102041,0:3,7,3,2:52:0,6,5,0:49:38:0,4,5,0:0,2,0,0:29:9:19:25:3,3,3,0:0,4,0,2:22:3 chr3 196674749 . C T 1507.03 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0386586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8947;QD=58.5254;RBI=0.0428576;REFB=-0.133813;REVB=0.0185009;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.504347;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00094707;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:57:45:0:0:57:45:0:1 chr3 196674879 . A G 2238.71 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0360143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6819;QD=62.6212;RBI=0.0409285;REFB=0.0704992;REVB=-0.0194451;RO=1;SAF=56;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556148;STB=0.50289;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0010703;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:143:1:1:141:142:0.993007:85:56:0:1:86:56:0:1 chr3 196674916 . A C 1694.99 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.158;QD=60.5352;RBI=0.0145316;REFB=0;REVB=8.7084e-05;RO=0;SAF=42;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62384e-05;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:70:42:0:0:70:42:0:0 chr3 196674972 . CTG CGC,TCG 1197.46 PASS AF=0.0864198,0.91358;AO=5,72;DP=81;FAO=7,74;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=6,18;FSAR=1,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00715442,-0.00464978;FXX=0.0240935;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=109.95,212.923;QD=59.1339;RBI=0.0206745,0.014131;REFB=0,0;REVB=-0.0193972,0.0133441;RO=0;SAF=4,17;SAR=1,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.54913e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0610105,-0.00765469;OID=.,.;OPOS=196674973,196674972;OREF=TG,CT;OALT=GC,TC;OMAPALT=CGC,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:81:81:0:0:5,72:7,74:0.0864198,0.91358:1,55:4,17:0:0:1,56:6,18:0:0 chr3 196770355 . TAAGG T 2650.82 PASS AF=1;AO=213;DP=220;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449433;FXX=0.0316728;HRUN=2;LEN=4;MLLD=157.936;QD=49.548;RBI=0.0476358;REFB=0;REVB=0.0157884;RO=0;SAF=59;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.98825e-05;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:213:220:214:214:0:60:154:0:0:46:0:59:154:0:0 chr3 196771245 . G A 1157.31 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389003;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.545;QD=60.9108;RBI=0.0427081;REFB=0;REVB=-0.0176282;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020398;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr3 197020780 . G A,GA,GAA 576.79 PASS AF=0.0697674,0.899225,0.00775194;AO=10,46,20;DP=191;FAO=9,116,1;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=5,59,0;FSAR=4,57,1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0168486,0.0967937,0.0519375;FXX=0.0851004;HRUN=1,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=220.198,7.10263,9.40088;QD=17.8849;RBI=0.0244014,0.0970347,0.0522587;REFB=0.00209691,0.0892723,0.0528158;REVB=-0.0176509,0.00683488,0.0057857;RO=113;SAF=4,21,9;SAR=6,25,11;SRF=66;SRR=47;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.204241,-0.153442,-0.168728;STB=0.555432,0.504419,0.985111;STBP=0.618,0.475,0.528;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0364823,-0.00930591,-0.036888;OID=.,.,.;OPOS=197020780,197020781,197020781;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:191:129:113:3:10,46,20:9,116,1:0.0697674,0.899225,0.00775194:6,25,11:4,21,9:66:47:4,57,1:5,59,0:1:2 chr3 197495334 . G A 1377.48 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8296;QD=62.6128;RBI=0.0207648;REFB=0;REVB=0.0159873;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134179;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:40:47:0:0:40:48:0:0 chr3 197566254 . T C 1739.84 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.020759;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.6927;QD=58.9777;RBI=0.0209385;REFB=-0.133212;REVB=0.00273551;RO=2;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141723;STB=0.507461;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000403878;OID=.;OPOS=197566254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:66:50:0:2:66:50:0:2 chr3 197670652 . G A 620.53 PASS AF=0.591398;AO=56;DP=94;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00336999;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.629;QD=26.6896;RBI=0.0339833;REFB=-0.019525;REVB=-0.0338158;RO=33;SAF=29;SAR=27;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604408;STB=0.510401;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0124957;OID=.;OPOS=197670652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:33:38:56:55:0.591398:27:29:20:13:26:29:21:17 chr3 197846850 . G A 52.66 PASS AF=0.0707071;AO=17;DP=299;FAO=21;FDP=297;FR=.,HEALED;FRO=276;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=131;FSRR=145;FWDB=-0.110664;FXX=0.00668874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1527;QD=0.709219;RBI=0.11258;REFB=-0.00249309;REVB=0.0206815;RO=199;SAF=11;SAR=6;SRF=129;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00146848;STB=0.589389;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0235103;OID=.;OPOS=197846850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:299:297:199:276:17:21:0.0707071:6:11:129:70:9:12:131:145 chr4 53428 . G A 3851.02 PASS AF=0.987903;AO=244;DP=248;FAO=245;FDP=248;FR=.;FRO=3;FSAF=125;FSAR=120;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0363134;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.584;QD=62.1132;RBI=0.0524282;REFB=-0.145661;REVB=0.0378159;RO=1;SAF=125;SAR=119;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398864;STB=0.50214;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.000241906;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:248:248:1:3:244:245:0.987903:119:125:0:1:120:125:1:2 chr4 60303 . G A 114.74 PASS AF=0.0946292;AO=37;DP=392;FAO=37;FDP=391;FR=.;FRO=354;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=175;FSRR=179;FWDB=-0.0407201;FXX=0.00255096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.421;QD=1.17385;RBI=0.0520824;REFB=-0.0042063;REVB=-0.0324723;RO=352;SAF=14;SAR=23;SRF=174;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140686;STB=0.605796;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0516353;OID=.;OPOS=60303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:391:352:354:37:37:0.0946292:23:14:174:178:23:14:175:179 chr4 67727 . G GT 99.16 PASS AF=0.154348;AO=84;DP=465;FAO=71;FDP=460;FR=.;FRO=389;FSAF=65;FSAR=6;FSRF=233;FSRR=156;FWDB=-0.0255328;FXX=0.0274836;HRUN=0;LEN=1;MLLD=64.5933;QD=0.86226;RBI=0.0317704;REFB=-0.00355379;REVB=-0.018906;RO=372;SAF=77;SAR=7;SRF=217;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547238;STB=0.854726;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0754914;OID=.;OPOS=67728;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.154348:84:465:71:460:389:65:6:233:156:99:372:77:7:217:155 chr4 67785 . T C 113.41 PASS AF=0.134409;AO=27;DP=177;FAO=25;FDP=186;FR=.;FRO=161;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=108;FSRR=53;FWDB=-0.0283246;FXX=0.0158722;HRUN=13;LEN=1;MLLD=104.188;QD=2.43894;RBI=0.123714;REFB=-0.0183396;REVB=-0.120428;RO=147;SAF=25;SAR=2;SRF=102;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454197;STB=0.828089;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0141125;OID=.;OPOS=67785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:186:147:161:27:25:0.134409:2:25:102:45:2:23:108:53 chr4 67786 . T C 109.31 PASS AF=0.128866;AO=24;DP=188;FAO=25;FDP=194;FR=.;FRO=169;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=112;FSRR=57;FWDB=-0.0469841;FXX=0.00512794;HRUN=13;LEN=1;MLLD=122.744;QD=2.25387;RBI=0.0963248;REFB=-0.0191548;REVB=-0.084089;RO=163;SAF=20;SAR=4;SRF=108;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273249;STB=0.706373;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0342168;OID=.;OPOS=67786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:194:163:169:24:25:0.128866:4:20:108:55:4:21:112:57 chr4 67787 . T C 49.04 PASS AF=0.0833333;AO=16;DP=193;FAO=16;FDP=192;FR=.;FRO=176;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=112;FSRR=64;FWDB=-0.038699;FXX=0.0103087;HRUN=13;LEN=1;MLLD=140.529;QD=1.02173;RBI=0.0951626;REFB=-0.00963351;REVB=-0.0869386;RO=173;SAF=13;SAR=3;SRF=111;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234211;STB=0.698759;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0439829;OID=.;OPOS=67787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:193:192:173:176:16:16:0.0833333:3:13:111:62:3:13:112:64 chr4 85944 . C T 226.72 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.019245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.511;QD=15.6358;RBI=0.078124;REFB=-0.00384035;REVB=-0.0757165;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236231;STB=0.513359;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00397506;OID=.;OPOS=85944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:12:14:18:14:12:14:18:14 chr4 85995 . C CA 382.78 PASS AF=0.925;AO=32;DP=47;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0516709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.118;QD=38.2781;RBI=0.211587;REFB=0.00153289;REVB=-0.205181;RO=11;SAF=20;SAR=12;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521987;STB=0.517799;STBP=0.485;TYPE=ins;VARB=0.00365864;OID=.;OPOS=85996;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.925:32:47:37:40:3:21:16:1:2:4:11:20:12:8:3 chr4 86022 . CAG ATA 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259025;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=3;MLLD=195.659;QD=41.0878;RBI=0.0386791;REFB=0;REVB=-0.0287251;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.96099e-05;OID=.;OPOS=86022;OREF=CAG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr4 86040 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.001;QD=37.4885;RBI=0.0657784;REFB=0;REVB=0.0169762;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213261;OID=.;OPOS=86040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr4 86042 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0551493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.114;QD=30.7904;RBI=0.0647013;REFB=0.0427226;REVB=0.0338351;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.000428266;OID=.;OPOS=86042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:0:1:7:1:0:1 chr4 86044 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.251;QD=30.7902;RBI=0.0512997;REFB=0.133225;REVB=0.0249218;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0086949;OID=.;OPOS=86044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:0:1:7:1:0:1 chr4 86738 . A G 1523.86 PASS AF=0.989796;AO=93;DP=95;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0387562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.608;QD=62.1985;RBI=0.0459743;REFB=-0.0826042;REVB=0.0247305;RO=1;SAF=47;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998082;STB=0.504949;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00010616;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:98:1:1:93:97:0.989796:46:47:1:0:47:50:1:0 chr4 87277 . G C 1341.42 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144742;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9044;QD=62.3914;RBI=0.0254848;REFB=0;REVB=-0.0209755;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42258e-05;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:85:86:1:41:44:0:0:41:45:0:0 chr4 87313 . G GA 1131.68 PASS AF=0.990385;AO=96;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0838398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.2603;QD=43.5263;RBI=0.110487;REFB=0.124848;REVB=0.0719598;RO=4;SAF=47;SAR=49;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386607;STB=0.504761;STBP=0.465;TYPE=ins;VARB=-0.00165141;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990385:96:104:103:104:1:52:51:1:0:16:4:47:49:4:0 chr4 376888 . C A 437.91 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.011283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.819;QD=21.6254;RBI=0.0125889;REFB=-0.0133105;REVB=0.00558336;RO=38;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118643;STB=0.565436;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00925917;OID=.;OPOS=376888;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:23:20:23:15:23:20:23:15 chr4 420688 . C T 1177.61 PASS AF=0.44523;AO=124;DP=274;FAO=126;FDP=283;FR=.;FRO=157;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=64;FSRR=93;FWDB=0.00162451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2794;QD=16.6446;RBI=0.066249;REFB=-0.0272605;REVB=-0.0662291;RO=150;SAF=53;SAR=71;SRF=63;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00750574;STB=0.516341;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0328039;OID=.;OPOS=420688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:283:150:157:124:126:0.44523:71:53:63:87:71:55:64:93 chr4 648643 . G A 959.84 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041689;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.085;QD=59.067;RBI=0.0512255;REFB=0;REVB=-0.029767;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93474e-05;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr4 663908 . A G 757.32 PASS AF=0.514085;AO=72;DP=141;FAO=73;FDP=142;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.00684643;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.179;QD=21.3329;RBI=0.00784134;REFB=-0.00383225;REVB=-0.0038227;RO=69;SAF=36;SAR=36;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580303;STB=0.528382;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00499863;OID=.;OPOS=663908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:69:69:72:73:0.514085:36:36:39:30:36:37:39:30 chr4 677103 . G A 1625.11 PASS AF=0.569288;AO=152;DP=267;FAO=152;FDP=267;FR=.;FRO=115;FSAF=66;FSAR=86;FSRF=51;FSRR=64;FWDB=-0.00170831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.415;QD=24.3462;RBI=0.0023671;REFB=-0.0369426;REVB=0.00163855;RO=114;SAF=66;SAR=86;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352423;STB=0.504057;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.023954;OID=.;OPOS=677103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:114:115:152:152:0.569288:86:66:50:64:86:66:51:64 chr4 755129 . C T 2328.87 PASS AF=0.546599;AO=217;DP=397;FAO=217;FDP=397;FR=.;FRO=180;FSAF=95;FSAR=122;FSRF=76;FSRR=104;FWDB=-0.0134326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.173;QD=23.4647;RBI=0.0314873;REFB=-0.00427014;REVB=0.0284783;RO=180;SAF=95;SAR=122;SRF=76;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132158;STB=0.507181;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00383198;OID=.;OPOS=755129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:397:180:180:217:217:0.546599:122:95:76:104:122:95:76:104 chr4 762285 . A G 860.61 PASS AF=0.488764;AO=86;DP=179;FAO=87;FDP=178;FR=.;FRO=91;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.00711146;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.052;QD=19.3395;RBI=0.00736746;REFB=0.0128483;REVB=0.00192524;RO=91;SAF=45;SAR=41;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880948;STB=0.539643;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0111157;OID=.;OPOS=762285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:91:91:86:87:0.488764:41:45:39:52:42:45:40:51 chr4 762963 . A G 141.19 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.011155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.737;QD=13.4467;RBI=0.0264485;REFB=0.0029079;REVB=-0.023981;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117931;STB=0.523779;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00176602;OID=.;OPOS=762963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:26:15:16:0.380952:11:4:9:16:11:5:9:17 chr4 780286 . C G 1369.32 PASS AF=0.443804;AO=122;DP=316;FAO=154;FDP=347;FR=.;FRO=193;FSAF=81;FSAR=73;FSRF=107;FSRR=86;FWDB=0.026871;FXX=0.0169967;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.037;QD=15.7846;RBI=0.028175;REFB=-0.0412629;REVB=0.00847223;RO=186;SAF=78;SAR=44;SRF=106;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789425;STB=0.51588;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0494962;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:347:186:193:122:154:0.443804:44:78:106:80:73:81:107:86 chr4 843695 . A G 2233.9 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.181;QD=63.3732;RBI=0.0166716;REFB=0;REVB=0.00415618;RO=0;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47253e-05;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:69:71:0:0:70:71:0:0 chr4 843720 . T C 3292.76 PASS AF=0.986301;AO=214;DP=219;FAO=216;FDP=219;FR=.;FRO=3;FSAF=99;FSAR=117;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0135959;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2096;QD=60.1417;RBI=0.0135967;REFB=-0.0104337;REVB=-0.000154407;RO=4;SAF=98;SAR=116;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00732339;STB=0.501725;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.000930808;OID=.;OPOS=843720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:219:219:4:3:214:216:0.986301:116:98:1:3:117:99:1:2 chr4 858941 . T C 2368.32 PASS AF=0.993631;AO=153;DP=154;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0171851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.926;QD=60.3394;RBI=0.0437671;REFB=-0.0827177;REVB=0.0402521;RO=0;SAF=90;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71982e-08;STB=0.503759;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0002553;OID=.;OPOS=858941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:157:0:1:153:156:0.993631:63:90:0:0:66:90:0:1 chr4 860191 . C CG 1031.36 PASS AF=1;AO=22;DP=201;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626478;FXX=0.353518;HRUN=0;LEN=1;MLLD=55.5025;QD=32.23;RBI=0.0885182;REFB=0;REVB=-0.0625358;RO=177;SAF=3;SAR=19;SRF=83;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00131024;OID=.;OPOS=860192;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:201:128:128:0:15:113:0:0:9:177:3:19:83:94 chr4 860192 . A G 3164.46 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441401;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.647;QD=63.9284;RBI=0.0170268;REFB=0;REVB=-0.0164447;RO=0;SAF=84;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55208e-05;OID=.;OPOS=860192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:197:198:1:113:84:0:0:113:85:0:0 chr4 946226 . T C 266.6 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0215782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.094;QD=44.4336;RBI=0.0471899;REFB=-0.00343875;REVB=-0.0419675;RO=2;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11466;STB=0.562436;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00725198;OID=.;OPOS=946226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:24:24:2:2:20:20:0.833333:7:13:0:2:7:13:0:2 chr4 950156 . C T 318.78 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0210222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.685;QD=15.7423;RBI=0.0374652;REFB=-0.0116902;REVB=0.0310114;RO=46;SAF=19;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213681;STB=0.51205;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0165157;OID=.;OPOS=950156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:16:19:24:22:16:19:24:22 chr4 951879 . C T 748.93 PASS AF=0.467456;AO=79;DP=169;FAO=79;FDP=169;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0927649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1528;QD=17.7263;RBI=0.101323;REFB=-0.0184179;REVB=0.0407555;RO=90;SAF=39;SAR=40;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459958;STB=0.502547;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0220114;OID=.;OPOS=951879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:90:90:79:79:0.467456:40:39:44:46:40:39:44:46 chr4 961373 . G A 7474.2 PASS AF=0.989627;AO=474;DP=474;FAO=477;FDP=482;FR=.;FRO=5;FSAF=264;FSAR=213;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0191122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.141;QD=62.0266;RBI=0.0205381;REFB=-0.108367;REVB=0.00751919;RO=0;SAF=261;SAR=213;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06559e-08;STB=0.50469;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000154021;OID=.;OPOS=961373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:474:482:0:5:474:477:0.989627:213:261:0:0:213:264:5:0 chr4 961397 . C T 9447.58 PASS AF=1;AO=592;DP=596;FAO=594;FDP=594;FR=.;FRO=0;FSAF=402;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124743;FXX=0.00834711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.269;QD=63.6201;RBI=0.0337689;REFB=0.0820307;REVB=0.0337458;RO=4;SAF=402;SAR=190;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00104365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94371e-05;OID=.;OPOS=961397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:596:594:4:0:592:594:1:190:402:3:1:192:402:0:0 chr4 982852 . G A 9471.98 PASS AF=1;AO=600;DP=604;FAO=604;FDP=604;FR=.;FRO=0;FSAF=277;FSAR=327;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489123;FXX=0.00657884;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.459;QD=62.7283;RBI=0.0537213;REFB=-0.0170749;REVB=0.0222164;RO=3;SAF=274;SAR=326;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00201038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39479e-05;OID=.;OPOS=982852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:604:604:3:0:600:604:1:326:274:2:1:327:277:0:0 chr4 983060 . T C 3292.51 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.048;QD=62.1228;RBI=0.0107222;REFB=0;REVB=-0.00879868;RO=0;SAF=97;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79697e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50969e-05;OID=.;OPOS=983060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:212:0:0:212:212:1:115:97:0:0:115:97:0:0 chr4 983809 . C T 3365.95 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332086;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2277;QD=62.3323;RBI=0.0333494;REFB=0;REVB=0.00306103;RO=0;SAF=136;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144719;OID=.;OPOS=983809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:216:0:0:216:216:1:80:136:0:0:80:136:0:0 chr4 985727 . A G 7928.44 PASS AF=1;AO=484;DP=486;FAO=504;FDP=504;FR=.;FRO=0;FSAF=231;FSAR=273;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.7;QD=62.9242;RBI=0.0383556;REFB=0;REVB=0.0371257;RO=0;SAF=226;SAR=258;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50586e-06;OID=.;OPOS=985727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:486:504:0:0:484:504:1:258:226:0:0:273:231:0:0 chr4 1020562 . A AC,C 71.52 PASS AF=0.147059,0;AO=17,5;DP=102;FAO=15,0;FDP=102;FR=.;FRO=87;FSAF=1,0;FSAR=14,0;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.0334403,0.00307059;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=67.4416,124.818;QD=2.80453;RBI=0.0840488,0.00891752;REFB=-0.00529838,-0.0101214;REVB=-0.0771099,-0.0083722;RO=80;SAF=1,0;SAR=16,5;SRF=40;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.625565,-0.50263;STB=0.903314,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0663738,0;OID=.,.;OPOS=1020563,1020562;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:102:102:80:87:17,5:15,0:0.147059,0:16,5:1,0:40:40:14,0:1,0:40:47 chr4 1050653 . G A 1027.04 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00822984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.23;QD=55.5159;RBI=0.0266519;REFB=-0.214333;REVB=0.0253495;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150093;STB=0.504259;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000942337;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:74:1:3:71:71:0.959459:40:31:1:0:40:31:1:2 chr4 1052125 . T C 817.14 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00770236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.39;QD=57.3433;RBI=0.0170657;REFB=0;REVB=0.0152287;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26409e-05;OID=.;OPOS=1052125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr4 1052166 . A C 898.36 PASS AF=1;AO=53;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.625;QD=57.0384;RBI=0.0378765;REFB=0;REVB=0.0373182;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333982;OID=.;OPOS=1052166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:53:63:1:36:17:0:0:43:20:0:0 chr4 1066871 . C T 1493.57 PASS AF=0.453216;AO=153;DP=340;FAO=155;FDP=342;FR=.;FRO=187;FSAF=64;FSAR=91;FSRF=78;FSRR=109;FWDB=0.0262631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.803;QD=17.4686;RBI=0.0293698;REFB=0.00253424;REVB=-0.0131468;RO=186;SAF=62;SAR=91;SRF=77;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898556;STB=0.502371;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00308576;OID=.;OPOS=1066871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:342:186:187:153:155:0.453216:91:62:77:109:91:64:78:109 chr4 1075271 . C T 2354.64 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237205;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.407;QD=61.1594;RBI=0.0267814;REFB=0;REVB=0.0266762;RO=0;SAF=80;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88198e-05;OID=.;OPOS=1075271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:74:80:0:0:74:80:0:0 chr4 1087265 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.098;QD=52.6128;RBI=0.0403993;REFB=0;REVB=0.0386797;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875767;OID=.;OPOS=1087265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr4 1087326 . TG CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 1009.09 PASS AF=0.185714,0.814286;AO=13,52;DP=74;FAO=13,57;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=13,38;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102165,0.0159588;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=2,21;MLLD=170.932,597.651;QD=57.662;RBI=0.0190696,0.0161866;REFB=0,0;REVB=-0.0161019,-0.00270626;RO=4;SAF=13,33;SAR=0,19;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.053748;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.00506155,0.00254465;OID=.,.;OPOS=1087326,1087328;OREF=TG,-;OALT=CC,CTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC;OMAPALT=CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:74:74:70:4:0:13,52:13,57:0.185714,0.814286:0,19:13,33:4:0:0,19:13,38:0:0 chr4 1087329 . C T 1001.96 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00532442;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.211;QD=54.1599;RBI=0.0149228;REFB=-0.0770756;REVB=0.0139406;RO=0;SAF=51;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34984e-08;STB=0.518863;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.000749599;OID=.;OPOS=1087329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:74:0:4:70:70:0.945946:19:51:0:0:19:51:4:0 chr4 1087338 . C T 1971.26 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.875;QD=61.1243;RBI=0.050542;REFB=-0.113332;REVB=0.0473221;RO=1;SAF=63;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725512;STB=0.503816;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000282864;OID=.;OPOS=1087338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:65:63:0:1:65:63:0:1 chr4 1090625 . G A 1090.37 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0053234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.494;QD=57.3882;RBI=0.0241456;REFB=-0.073495;REVB=0.0235514;RO=2;SAF=34;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00203049;STB=0.501073;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0018141;OID=.;OPOS=1090625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:40:34:1:1:40:34:1:1 chr4 1164552 . A G 2093.18 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190621;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.648;QD=62.4829;RBI=0.0209957;REFB=0;REVB=0.00880088;RO=0;SAF=77;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68125e-05;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:132:134:1:55:77:0:0:56:78:0:0 chr4 1164568 . G A 619.66 PASS AF=0.369231;AO=72;DP=195;FAO=72;FDP=195;FR=.;FRO=123;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=70;FSRR=53;FWDB=0.0128553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.919;QD=12.7109;RBI=0.0535498;REFB=-0.0134999;REVB=0.0519839;RO=123;SAF=28;SAR=44;SRF=70;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2002;STB=0.613514;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0223626;OID=.;OPOS=1164568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:123:123:72:72:0.369231:44:28:70:53:44:28:70:53 chr4 1165741 . A G 5356.86 PASS AF=1;AO=334;DP=334;FAO=340;FDP=340;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000348577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.34;QD=63.0218;RBI=0.00546868;REFB=0;REVB=-0.00545756;RO=0;SAF=170;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.10053e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69452e-06;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:334:340:0:0:334:340:1:164:170:0:0:167:173:0:0 chr4 1165764 . C T 4967.38 PASS AF=1;AO=304;DP=311;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124898;FXX=0.00931648;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.086;QD=62.2869;RBI=0.0241522;REFB=0.0082854;REVB=0.020672;RO=4;SAF=159;SAR=145;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.21038e-06;OID=.;OPOS=1165764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:311:319:4:0:304:319:1:145:159:0:4:155:164:0:0 chr4 1194594 . A T 2732.48 PASS AF=1;AO=174;DP=178;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146043;FXX=0.016853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.881;QD=62.4567;RBI=0.0213946;REFB=0;REVB=0.0156347;RO=0;SAF=58;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15842e-05;OID=.;OPOS=1194594;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:175:0:0:174:175:1:116:58:0:0:117:58:0:0 chr4 1194630 . T C 2235.94 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.659;QD=63.4309;RBI=0.0237049;REFB=0;REVB=0.00626226;RO=0;SAF=49;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50572e-06;OID=.;OPOS=1194630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:92:49:0:0:92:49:0:0 chr4 1244416 . A G 3064.1 PASS AF=0.990148;AO=200;DP=202;FAO=201;FDP=203;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0108319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.579;QD=60.3764;RBI=0.0108621;REFB=0.0350341;REVB=-0.000809584;RO=2;SAF=78;SAR=122;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077436;STB=0.504065;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000103493;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:202:203:2:2:200:201:0.990148:122:78:0:2:122:79:0:2 chr4 1244879 . A G 2258.25 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283124;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.489;QD=63.6127;RBI=0.0345698;REFB=0;REVB=0.0198364;RO=0;SAF=63;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8854e-05;OID=.;OPOS=1244879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:78:63:0:0:79:63:0:0 chr4 1326646 . C T 403.03 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00556556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.207;QD=14.9269;RBI=0.00560233;REFB=-0.00291017;REVB=-0.000640795;RO=61;SAF=28;SAR=18;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248715;STB=0.634787;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00466558;OID=.;OPOS=1326646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:62:46:46:0.425926:18:28:22:39:18:28:23:39 chr4 1330759 . T C 1219.36 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781871;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7577;QD=61.7396;RBI=0.0629409;REFB=0;REVB=0.0624533;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596289;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr4 1343405 . T C 3840.74 PASS AF=1;AO=242;DP=243;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141129;FXX=0.00411506;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.393;QD=63.4834;RBI=0.0162135;REFB=0.0514774;REVB=0.00798144;RO=1;SAF=120;SAR=122;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59268e-05;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:243:242:1:0:242:242:1:122:120:1:0:122:120:0:0 chr4 1349029 . G A 927.98 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0289949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3871;QD=53.0273;RBI=0.0940212;REFB=-0.0886484;REVB=0.0894387;RO=3;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367782;STB=0.525633;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0168911;OID=.;OPOS=1349029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:70:70:3:4:66:66:0.942857:37:29:0:3:37:29:0:4 chr4 1374695 . C A 2950.19 PASS AF=0.975369;AO=196;DP=200;FAO=198;FDP=203;FR=.;FRO=5;FSAF=85;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00396866;FXX=0.0145624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.555;QD=58.1317;RBI=0.0146924;REFB=-0.101677;REVB=-0.0141463;RO=3;SAF=84;SAR=112;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125838;STB=0.510821;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=9.44733e-05;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:200:203:3:5:196:198:0.975369:112:84:0:3:113:85:0:5 chr4 1374774 . C T 2215.29 PASS AF=0.992958;AO=116;DP=145;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0125011;FXX=0.0206882;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.5408;QD=62.4026;RBI=0.0253451;REFB=0.130017;REVB=-0.0220477;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.50289;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00119273;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:145:142:0:1:116:141:0.992958:61:55:0:0:86:55:0:1 chr4 1377615 . A G 1526.73 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317161;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.885;QD=59.8716;RBI=0.0378935;REFB=0;REVB=0.0207367;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115208;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:54:48:0:0:54:48:0:0 chr4 1388583 . A G 306.25 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.186;QD=53.2606;RBI=0.0322785;REFB=0;REVB=-0.0317452;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296829;OID=.;OPOS=1388583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr4 1685211 . T C 1609.56 PASS AF=0.990826;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00544873;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.964;QD=59.0663;RBI=0.0492403;REFB=0.11353;REVB=0.0489379;RO=1;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724621;STB=0.503759;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000394735;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:1:1:106:108:0.990826:65:41:0:1:66:42:0:1 chr4 1701317 . G A 2087.48 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505253;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.114;QD=62.7814;RBI=0.00585363;REFB=0;REVB=-0.00295582;RO=0;SAF=73;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163202;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:60:73:0:0:60:73:0:0 chr4 1719361 . C T 789.9 PASS AF=0.5;AO=81;DP=163;FAO=81;FDP=162;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.00504226;FXX=0.00613459;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.842;QD=19.5038;RBI=0.00519817;REFB=0.00658915;REVB=-0.00126356;RO=80;SAF=40;SAR=41;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732811;STB=0.537;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00534308;OID=.;OPOS=1719361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:80:81:81:81:0.5:41:40:46:34:41:40:46:35 chr4 1737502 . C T 1864.24 PASS AF=0.969231;AO=124;DP=130;FAO=126;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0461169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3488;QD=57.3613;RBI=0.0522832;REFB=-0.124205;REVB=0.0246327;RO=6;SAF=48;SAR=76;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204423;STB=0.504279;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0015087;OID=.;OPOS=1737502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:130:130:6:4:124:126:0.969231:76:48:1:5:78:48:1:3 chr4 1739518 . CGCCATCCCTGCCATC CGCCATC,CGCCAT 1324.79 PASS AF=0.907407,0.0925926;AO=82,24;DP=135;FAO=98,10;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=28,10;FSAR=70,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900018,0.00231612;FXX=0.205867;HRUN=3,3;LEN=9,10;MLLD=278.409,265.803;QD=49.0661;RBI=0.0197444,0.0192587;REFB=0,0;REVB=0.0175738,0.0191189;RO=0;SAF=15,24;SAR=67,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.446729,0.446729;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00143077,0.0122782;OID=.,.;OPOS=1739519,1739524;OREF=GCCATCCCT,CCCTGCCATC;OALT=-,-;OMAPALT=CGCCATC,CGCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.907407,0.0925926:82,24:135:98,10:108:0:28,10:70,0:0:0:9:0:15,24:67,0:0:0 chr4 1739592 . A G 2865.04 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.801;QD=62.9679;RBI=0.0548182;REFB=0;REVB=-0.0547164;RO=0;SAF=73;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76413e-05;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:109:73:0:0:109:73:0:0 chr4 1807894 . G A 1357.68 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0396;QD=62.4219;RBI=0.111556;REFB=0;REVB=0.00368912;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619473;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:49:37:0:0:50:37:0:0 chr4 1809127 . CGT C,TGC 4001.38 PASS AF=0.907407,0.0814815;AO=196,46;DP=297;FAO=245,22;FDP=270;FR=.;FRO=3;FSAF=78,19;FSAR=167,3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0428406,-0.00893896;FXX=0.0939566;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=81.7308,77.9147;QD=59.2798;RBI=0.0636236,0.0310554;REFB=-0.157482,-0.0554714;REVB=0.0470387,-0.0297411;RO=3;SAF=64,22;SAR=132,24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0106996,0.0552153;STB=0.504451,0.666488;STBP=0.266,0.005;TYPE=del,mnp;VARB=0.0148428,0.0673296;OID=.,.;OPOS=1809128,1809127;OREF=GT,CGT;OALT=-,TGC;OMAPALT=C,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:69:297:270:3:3:196,46:245,22:0.907407,0.0814815:132,24:64,22:0:3:167,3:78,19:0:3 chr4 1815990 . G A 1215.77 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227486;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.831;QD=60.7887;RBI=0.0235638;REFB=-0.095836;REVB=0.00614456;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117174;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr4 1818594 . C T 3355.92 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0626;QD=61.2953;RBI=0.0350609;REFB=0;REVB=0.0349602;RO=0;SAF=100;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133661;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:205:219:0:0:204:219:1:104:100:0:0:110:109:0:0 chr4 1954945 . A G 3175.49 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118015;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.128;QD=63.8289;RBI=0.0137041;REFB=-0.0896472;REVB=-0.00696607;RO=1;SAF=97;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0048848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148794;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:199:1:0:198:199:1:101:97:1:0:102:97:0:0 chr4 1986542 . C T 289.63 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0117814;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5441;QD=13.4709;RBI=0.020169;REFB=-0.00327552;REVB=-0.0163703;RO=51;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917256;STB=0.552842;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0065143;OID=.;OPOS=1986542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:51:53:33:33:0.383721:19:14:26:25:19:14:27:26 chr4 1988188 . C CCT,T 117.8 PASS AF=0.325581,0;AO=9,2;DP=46;FAO=14,0;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=4,0;FSAR=10,0;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.029848,-0.0741085;FXX=0.0227221;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=154.251,155.268;QD=10.958;RBI=0.0300163,0.0744104;REFB=-0.000438403,-0.00379529;REVB=0.00317344,0.00669633;RO=32;SAF=0,1;SAR=9,1;SRF=12;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.705555,0.112018;STB=0.572411,0.5;STBP=0.543,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00155311,0;OID=.,.;OPOS=1988189,1988188;OREF=-,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:43:32:29:9,2:14,0:0.325581,0:9,1:0,1:12:20:10,0:4,0:11:18 chr4 1988193 . T C 107.86 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0389528;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.484;QD=9.58763;RBI=0.0435843;REFB=-0.0215505;REVB=-0.0195517;RO=30;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148237;STB=0.555473;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0335244;OID=.;OPOS=1988193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:13:14:0.311111:10:3:10:20:10:4:11:20 chr4 2160894 . C T 457.16 PASS AF=0.425;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00820872;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.562;QD=15.2388;RBI=0.0417292;REFB=-0.00569815;REVB=-0.0409139;RO=67;SAF=21;SAR=30;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980274;STB=0.547245;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00753852;OID=.;OPOS=2160894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:67:69:51:51:0.425:30:21:34:33:30:21:34:35 chr4 2175733 . A G 868.14 PASS AF=0.457711;AO=92;DP=201;FAO=92;FDP=201;FR=.;FRO=109;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=0.0230156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1745;QD=17.2764;RBI=0.0230293;REFB=0.0102734;REVB=-0.000795449;RO=109;SAF=41;SAR=51;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489767;STB=0.52714;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0100252;OID=.;OPOS=2175733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:109:109:92:92:0.457711:51:41:54:55:51:41:54:55 chr4 2176454 . G A 241.94 PASS AF=0.473684;AO=25;DP=55;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0032738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.284;QD=16.9783;RBI=0.0443015;REFB=-0.00766716;REVB=-0.0441804;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243689;STB=0.648751;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00536963;OID=.;OPOS=2176454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:30:30:25:27:0.473684:12:13:8:22:12:15:8:22 chr4 2181080 . T C 422.1 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.00855835;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0894;QD=22.8163;RBI=0.0444893;REFB=-0.000247315;REVB=0.0436584;RO=33;SAF=16;SAR=25;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158219;STB=0.586589;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00125948;OID=.;OPOS=2181080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:25:16:7:26:25:16:7:26 chr4 2194946 . C T 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00798158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.429;QD=12.3035;RBI=0.00800387;REFB=-0.00404086;REVB=-0.000596929;RO=41;SAF=10;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865399;STB=0.551684;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00372705;OID=.;OPOS=2194946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:43:26:26:0.376812:16:10:19:22:16:10:20:23 chr4 2194953 . G A 201.51 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0214908;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.375;QD=11.6817;RBI=0.0403323;REFB=-0.0111603;REVB=-0.0341297;RO=43;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471404;STB=0.535685;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0217031;OID=.;OPOS=2194953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:43:44:25:25:0.362319:15:10:19:24:15:10:20:24 chr4 2195024 . T G 303.23 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0516833;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.866;QD=14.4394;RBI=0.051707;REFB=-0.0113853;REVB=-0.00156472;RO=49;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482346;STB=0.532145;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0213402;OID=.;OPOS=2195024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:50:34:34:0.404762:20:14:18:31:20:14:18:32 chr4 2214791 . G T 174.28 PASS AF=0.385965;AO=20;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0256145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.818;QD=12.2298;RBI=0.030373;REFB=-0.021507;REVB=-0.0163222;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468398;STB=0.554091;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0203168;OID=.;OPOS=2214791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:20:22:0.385965:10:10:16:19:10:12:16:19 chr4 2252174 . G C 132.54 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0165915;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8917;QD=14.3287;RBI=0.0403116;REFB=0.00217921;REVB=0.0367389;RO=21;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401765;STB=0.743451;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000986969;OID=.;OPOS=2252174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:4:11:7:14:4:11:7:15 chr4 2252201 . C T 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0142411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.819;QD=18.1182;RBI=0.017833;REFB=-0.014682;REVB=0.0107335;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281921;STB=0.659828;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.01386;OID=.;OPOS=2252201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:6:14:7:11:6:14 chr4 2257022 . C CG 71.51 PASS AF=0.194737;AO=47;DP=192;FAO=37;FDP=190;FR=.;FRO=153;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=76;FWDB=-0.072205;FXX=0.0206175;HRUN=0;LEN=1;MLLD=51.7015;QD=1.50544;RBI=0.109441;REFB=-0.0135171;REVB=-0.0822421;RO=137;SAF=33;SAR=14;SRF=64;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298349;STB=0.619245;STBP=0.124;TYPE=ins;VARB=0.183503;OID=.;OPOS=2257023;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194737:47:192:37:190:153:24:13:77:76:71:137:33:14:64:73 chr4 2275835 . G A 851.01 PASS AF=0.384906;AO=102;DP=266;FAO=102;FDP=265;FR=.;FRO=163;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=104;FWDB=0.0835827;FXX=0.00375926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6316;QD=12.8455;RBI=0.0850358;REFB=-0.0243136;REVB=-0.0156532;RO=157;SAF=53;SAR=49;SRF=57;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168471;STB=0.596363;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.052669;OID=.;OPOS=2275835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:157:163:102:102:0.384906:49:53:57:100:49:53:59:104 chr4 2306053 . A G 495.36 PASS AF=0.461538;AO=52;DP=116;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00191933;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.703;QD=16.9354;RBI=0.0226301;REFB=-0.0157175;REVB=-0.0225485;RO=62;SAF=30;SAR=22;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914415;STB=0.544538;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0160414;OID=.;OPOS=2306053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:62:63:52:54:0.461538:22:30:30:32:23:31:31:32 chr4 2341194 . T C 2619.29 PASS AF=0.558621;AO=243;DP=435;FAO=243;FDP=435;FR=.;FRO=192;FSAF=145;FSAR=98;FSRF=114;FSRR=78;FWDB=-0.000606948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.792;QD=24.0855;RBI=0.00181698;REFB=0.0138348;REVB=0.00171261;RO=192;SAF=145;SAR=98;SRF=114;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00249914;STB=0.501355;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0135279;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:435:192:192:243:243:0.558621:98:145:114:78:98:145:114:78 chr4 2451694 . T C 1659.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.02;QD=60.3489;RBI=0.016639;REFB=0;REVB=0.0126728;RO=0;SAF=38;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88079e-06;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:72:38:0:0:72:38:0:0 chr4 2460571 . C T 2053.14 PASS AF=1;AO=131;DP=134;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097209;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1755;QD=62.2164;RBI=0.103088;REFB=0;REVB=0.0343147;RO=0;SAF=46;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000969544;OID=.;OPOS=2460571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:132:0:0:131:132:1:85:46:0:0:85:47:0:0 chr4 2461888 . A G 1979.14 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.869;QD=60.4319;RBI=0.0481425;REFB=-0.164694;REVB=0.0420636;RO=0;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500178;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000731455;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:0:2:129:129:0.984733:63:66:0:0:63:66:1:1 chr4 2743999 . A G 5584.13 PASS AF=1;AO=356;DP=357;FAO=357;FDP=357;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=214;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531765;FXX=0.00279322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.585;QD=62.5673;RBI=0.0269484;REFB=-0.0894149;REVB=-0.0264185;RO=1;SAF=142;SAR=214;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29912e-05;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:357:357:1:0:356:357:1:214:142:1:0:214:143:0:0 chr4 2744087 . G A 1153.04 PASS AF=0.465649;AO=122;DP=262;FAO=122;FDP=262;FR=.;FRO=140;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=61;FSRR=79;FWDB=0.00615548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5248;QD=17.6037;RBI=0.00619749;REFB=-0.01936;REVB=-0.000720378;RO=139;SAF=56;SAR=66;SRF=61;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196285;STB=0.512559;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0205759;OID=.;OPOS=2744087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:139:140:122:122:0.465649:66:56:61:78:66:56:61:79 chr4 2746481 . C T 177.5 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.00443385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.712;QD=14.49;RBI=0.0384268;REFB=-0.0310882;REVB=0.0381702;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344972;STB=0.696024;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0238603;OID=.;OPOS=2746481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:10:9:24:6:10:9:24:6 chr4 2757858 . G A 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00836186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.596;QD=14.6537;RBI=0.0128538;REFB=-0.0213833;REVB=-0.00976212;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128818;STB=0.576719;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0161109;OID=.;OPOS=2757858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:3:5:6:2:3:5 chr4 2828630 . G T 2248.65 PASS AF=1;AO=117;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.096683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.702;QD=62.8993;RBI=0.102214;REFB=0;REVB=0.0331678;RO=0;SAF=32;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129883;OID=.;OPOS=2828630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:117:143:1:85:32:0:0:105:38:0:0 chr4 2829373 . T TC 41.33 PASS AF=0.140845;AO=16;DP=72;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.00512627;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=84.5402;QD=2.32854;RBI=0.00685907;REFB=-0.00315068;REVB=0.0045572;RO=56;SAF=14;SAR=2;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443575;STB=0.684522;STBP=0.266;TYPE=ins;VARB=0.0901804;OID=.;OPOS=2829374;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.140845:16:72:10:71:61:8:2:38:23:41:56:14:2:33:23 chr4 2928413 . T C 2288.61 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.565;QD=60.2265;RBI=0.041191;REFB=0;REVB=0.0268746;RO=1;SAF=76;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155831;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:152:152:1:0:150:152:1:74:76:0:1:76:76:0:0 chr4 3039150 . T C 2611.81 PASS AF=1;AO=169;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0806716;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.587;QD=61.4542;RBI=0.0808818;REFB=-0.0650004;REVB=-0.00582731;RO=1;SAF=84;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563237;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355243;OID=.;OPOS=3039150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:171:170:1:0:169:170:1:85:84:1:0:85:85:0:0 chr4 3219613 . A C 4739.14 PASS AF=1;AO=297;DP=298;FAO=297;FDP=297;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134906;FXX=0.00335559;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.72;QD=63.8268;RBI=0.0262576;REFB=-0.00248589;REVB=0.022527;RO=1;SAF=136;SAR=161;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00295316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64967e-05;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:298:297:1:0:297:297:1:161:136:0:1:161:136:0:0 chr4 3231661 . G A 521.53 PASS AF=0.419118;AO=56;DP=135;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0166068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.244;QD=15.3391;RBI=0.0245239;REFB=-0.00219928;REVB=-0.0180453;RO=79;SAF=22;SAR=34;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15882;STB=0.592878;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00333348;OID=.;OPOS=3231661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:79:79:56:57:0.419118:34:22:43:36:35:22:43:36 chr4 3318413 . A G 474.31 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0166305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.759;QD=18.9724;RBI=0.0210106;REFB=-0.00506921;REVB=0.0128403;RO=53;SAF=21;SAR=26;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306486;STB=0.517055;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00470024;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:26:21:22:31:26:21:22:31 chr4 3319553 . C T 1317.23 PASS AF=0.465517;AO=135;DP=290;FAO=135;FDP=290;FR=.;FRO=155;FSAF=43;FSAR=92;FSRF=93;FSRR=62;FWDB=0.0216644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.686;QD=18.1687;RBI=0.023799;REFB=-0.0322879;REVB=0.00985113;RO=155;SAF=43;SAR=92;SRF=93;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2784;STB=0.653891;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0445411;OID=.;OPOS=3319553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:155:155:135:135:0.465517:92:43:93:62:92:43:93:62 chr4 3417845 . G C 454.95 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.0181121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.059;QD=18.0179;RBI=0.0306857;REFB=-0.0248326;REVB=-0.0247702;RO=52;SAF=25;SAR=23;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162559;STB=0.58382;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0283732;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:52:53:48:48:0.475248:23:25:36:16:23:25:36:17 chr4 3424231 . C T 818.36 PASS AF=0.440594;AO=89;DP=202;FAO=89;FDP=202;FR=.;FRO=113;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=-0.00431978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.994;QD=16.2052;RBI=0.0177763;REFB=0.000914338;REVB=-0.0172435;RO=113;SAF=47;SAR=42;SRF=46;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121303;STB=0.567379;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00113754;OID=.;OPOS=3424231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:113:113:89:89:0.440594:42:47:46:67:42:47:46:67 chr4 3444503 . G A 526.78 PASS AF=0.504587;AO=54;DP=107;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=-0.000838632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4318;QD=19.3315;RBI=0.030317;REFB=-0.0315412;REVB=0.0303054;RO=53;SAF=32;SAR=22;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118714;STB=0.564683;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0339083;OID=.;OPOS=3444503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:53:54:54:55:0.504587:22:32:38:15:22:33:39:15 chr4 3446132 . C G 3036.48 PASS AF=1;AO=149;DP=198;FAO=195;FDP=195;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=100;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305868;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.085;QD=62.2869;RBI=0.0386171;REFB=0;REVB=0.023574;RO=0;SAF=69;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016492;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:198:195:0:0:149:195:1:80:69:0:0:95:100:0:0 chr4 3449652 . G A 1039.89 PASS AF=0.50237;AO=102;DP=208;FAO=106;FDP=211;FR=.;FRO=105;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.00109935;FXX=0.014018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6755;QD=19.7135;RBI=0.0187158;REFB=0.00725398;REVB=0.0186835;RO=103;SAF=37;SAR=65;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071609;STB=0.52658;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00879145;OID=.;OPOS=3449652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:211:103:105:102:106:0.50237:65:37:45:58:65:41:46:59 chr4 3475252 . T C 12012.4 PASS AF=1;AO=761;DP=774;FAO=764;FDP=764;FR=.;FRO=0;FSAF=367;FSAR=397;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150789;FXX=0.0141934;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2696;QD=62.8921;RBI=0.0282769;REFB=-0.0576956;REVB=-0.0239209;RO=4;SAF=365;SAR=396;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625274;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:774:764:4:0:761:764:1:396:365:3:1:397:367:0:0 chr4 3494600 . A G 801.32 PASS AF=0.427136;AO=85;DP=199;FAO=85;FDP=199;FR=.;FRO=114;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=0.0091755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6772;QD=16.1068;RBI=0.0303075;REFB=-0.00985554;REVB=0.0288852;RO=113;SAF=43;SAR=42;SRF=67;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892773;STB=0.546929;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0180247;OID=.;OPOS=3494600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:113:114:85:85:0.427136:42:43:67:46:42:43:67:47 chr4 3494826 . A C 283.24 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0161555;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.376;QD=14.5249;RBI=0.0197883;REFB=-0.00849623;REVB=-0.0114271;RO=48;SAF=18;SAR=14;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160714;STB=0.581347;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0125307;OID=.;OPOS=3494826;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:48:46:32:32:0.410256:14:18:34:14:14:18:32:14 chr4 3494847 . G A 323.23 PASS AF=0.433735;AO=35;DP=81;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0100644;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.244;QD=15.5775;RBI=0.0118451;REFB=-0.0202581;REVB=-0.00624626;RO=45;SAF=22;SAR=13;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412718;STB=0.526108;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0184621;OID=.;OPOS=3494847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:45:47:35:36:0.433735:13:22:30:15:13:23:32:15 chr4 3494898 . C T 540.17 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.000727583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.004;QD=18.0057;RBI=0.0024799;REFB=0.00104894;REVB=0.00237077;RO=62;SAF=36;SAR=21;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186894;STB=0.607962;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00133295;OID=.;OPOS=3494898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:63:57:57:0.475:21:36:27:35:21:36:27:36 chr4 3526786 . C T 643.63 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0014383;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.255;QD=22.5836;RBI=0.0014547;REFB=-0.012588;REVB=-0.000217826;RO=51;SAF=22;SAR=41;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380788;STB=0.520864;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.010242;OID=.;OPOS=3526786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:51:51:63:63:0.552632:41:22:20:31:41:22:20:31 chr4 3589689 . C A 552.15 PASS AF=0.484127;AO=52;DP=116;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0855611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2072;QD=17.5284;RBI=0.0891215;REFB=-0.0308352;REVB=0.0249386;RO=64;SAF=25;SAR=27;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429033;STB=0.557358;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0422258;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:126:64:65:52:61:0.484127:27:25:28:36:27:34:29:36 chr4 3589719 . CA C 417.89 PASS AF=0.504065;AO=59;DP=123;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0706528;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.5902;QD=13.5899;RBI=0.115742;REFB=0.00708811;REVB=-0.0916759;RO=60;SAF=30;SAR=29;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773146;STB=0.512063;STBP=0.797;TYPE=del;VARB=-0.00715166;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.504065:59:123:62:123:61:32:30:30:31:99:60:30:29:30:30 chr4 3590683 . T G 356.14 PASS AF=0.305732;AO=48;DP=157;FAO=48;FDP=157;FR=.;FRO=109;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=0.00462885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.77;QD=9.07354;RBI=0.01878;REFB=-0.000474642;REVB=0.0182006;RO=106;SAF=30;SAR=18;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225533;STB=0.621959;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00123737;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:106:109:48:48:0.305732:18:30:46:60:18:30:49:60 chr4 3590711 . G T 343.99 PASS AF=0.316547;AO=44;DP=139;FAO=44;FDP=139;FR=.;FRO=95;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.0558741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2816;QD=9.89909;RBI=0.0563231;REFB=-0.013364;REVB=0.00709806;RO=94;SAF=26;SAR=18;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119994;STB=0.566306;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0312611;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:94:95:44:44:0.316547:18:26:46:48:18:26:47:48 chr4 3590730 . G A 266.93 PASS AF=0.307692;AO=36;DP=117;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0140606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.575;QD=9.12572;RBI=0.03297;REFB=-0.00771176;REVB=0.0298214;RO=81;SAF=22;SAR=14;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111683;STB=0.565434;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0129497;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:81:81:36:36:0.307692:14:22:42:39:14:22:42:39 chr4 3590817 . T C 410.02 PASS AF=0.442105;AO=41;DP=91;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0289829;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.354;QD=17.2639;RBI=0.0592889;REFB=-0.0262265;REVB=-0.0517219;RO=49;SAF=25;SAR=16;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1384;STB=0.590113;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0485783;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:49:53:41:42:0.442105:16:25:23:26:17:25:23:30 chr4 3590823 . GACAC CACAG,G,GAC 686.6 PASS AF=0.0185185,0.574074,0.388889;AO=4,21,13;DP=73;FAO=1,31,21;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=0,20,12;FSAR=1,11,9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0467331,0.0282066,0.0795601;FXX=0.270234;HRUN=1,1,1;LEN=5,4,2;MLLD=54.1425,57.9578,32.088;QD=50.8589;RBI=0.0484161,0.0529573,0.0914759;REFB=-0.0445981,-0.0454654,-0.20548;REVB=0.0126544,0.0448203,0.0451446;RO=1;SAF=1,16,10;SAR=3,5,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.272709,-0.0279913,-0.0431971;STB=0.989913,0.512187,0.519981;STBP=0.496,0.541,0.515;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0266917,0.0873908,0.0945689;OID=.,.,.;OPOS=3590823,3590824,3590824;OREF=GACAC,ACAC,AC;OALT=CACAG,-,-;OMAPALT=CACAG,G,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:73:54:1:1:4,21,13:1,31,21:0.0185185,0.574074,0.388889:3,5,3:1,16,10:1:0:1,11,9:0,20,12:1:0 chr4 3590878 . C T 1211.92 PASS AF=0.490119;AO=124;DP=253;FAO=124;FDP=253;FR=.;FRO=129;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=58;FSRR=71;FWDB=0.00591077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3032;QD=19.1608;RBI=0.0673091;REFB=-0.0359592;REVB=0.0670491;RO=128;SAF=54;SAR=70;SRF=57;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922603;STB=0.507311;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0439835;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:128:129:124:124:0.490119:70:54:57:71:70:54:58:71 chr4 3590911 . A C 1537.01 PASS AF=0.466077;AO=157;DP=338;FAO=158;FDP=339;FR=.;FRO=181;FSAF=75;FSAR=83;FSRF=84;FSRR=97;FWDB=0.00650072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6484;QD=18.1358;RBI=0.0460213;REFB=0.00136775;REVB=0.0455599;RO=180;SAF=75;SAR=82;SRF=83;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161224;STB=0.505674;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00139063;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:339:180:181:157:158:0.466077:82:75:83:97:83:75:84:97 chr4 3591015 . A C 1498.36 PASS AF=0.378495;AO=174;DP=468;FAO=176;FDP=465;FR=.;FRO=289;FSAF=77;FSAR=99;FSRF=129;FSRR=160;FWDB=-0.00202354;FXX=0.00641012;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.8152;QD=12.8891;RBI=0.028162;REFB=-0.000639525;REVB=-0.0280893;RO=275;SAF=76;SAR=98;SRF=126;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236562;STB=0.50559;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00124746;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:468:465:275:289:174:176:0.378495:98:76:126:149:99:77:129:160 chr4 3591049 . C T 1022.06 PASS AF=0.33;AO=127;DP=388;FAO=132;FDP=400;FR=.;FRO=268;FSAF=62;FSAR=70;FSRF=113;FSRR=155;FWDB=0.0313974;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.4204;QD=10.2206;RBI=0.0553649;REFB=-0.010705;REVB=0.0456013;RO=261;SAF=61;SAR=66;SRF=112;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604515;STB=0.532438;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0218448;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:400:261:268:127:132:0.33:66:61:112:149:70:62:113:155 chr4 3591069 . C T 956.67 PASS AF=0.340845;AO=117;DP=353;FAO=121;FDP=355;FR=.;FRO=234;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=104;FSRR=130;FWDB=-0.0150624;FXX=0.00560208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.4;QD=10.7793;RBI=0.0359654;REFB=-0.00577814;REVB=-0.0326594;RO=223;SAF=53;SAR=64;SRF=99;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105226;STB=0.512193;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00928872;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:355:223:234:117:121:0.340845:64:53:99:124:65:56:104:130 chr4 3769798 . T C 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0126124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.6;QD=7.34931;RBI=0.0137316;REFB=-0.00710885;REVB=0.00542992;RO=34;SAF=12;SAR=1;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497659;STB=0.841441;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0191591;OID=.;OPOS=3769798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:34:39:13:13:0.25:1:12:22:12:1:12:24:15 chr4 3770069 . G C 55.84 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.123615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1864;QD=10.6356;RBI=0.123695;REFB=-0.0536992;REVB=0.00444904;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743475;STB=0.545336;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00587401;OID=.;OPOS=3770069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:4:9:6:2:4:9 chr4 4190576 . CG GC 32.48 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=84;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.00466191;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.592;QD=1.54685;RBI=0.00974705;REFB=0.00169745;REVB=-0.00855988;RO=74;SAF=6;SAR=2;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279456;STB=0.731116;STBP=0.214;TYPE=mnp;VARB=-0.0147653;OID=.;OPOS=4190576;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:74:76:8:8:0.0952381:2:6:38:36:2:6:38:38 chr4 4190595 . G C 38.44 PASS AF=0.105882;AO=9;DP=85;FAO=9;FDP=85;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0156459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3531;QD=1.80916;RBI=0.0693492;REFB=0.00142367;REVB=0.0675612;RO=76;SAF=5;SAR=4;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654534;STB=0.549628;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00771614;OID=.;OPOS=4190595;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:85:85:76:76:9:9:0.105882:4:5:38:38:4:5:38:38 chr4 4199634 . A T 1014.07 PASS AF=0.560694;AO=96;DP=173;FAO=97;FDP=173;FR=.;FRO=76;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0522316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.448;QD=23.4468;RBI=0.0539589;REFB=-0.00230288;REVB=-0.0135433;RO=76;SAF=48;SAR=48;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320078;STB=0.51508;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00161857;OID=.;OPOS=4199634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:76:76:96:97:0.560694:48:48:41:35:48:49:41:35 chr4 4204299 . T C 536.77 PASS AF=0.515152;AO=48;DP=96;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00671822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.606;QD=21.6876;RBI=0.00901357;REFB=-0.00651663;REVB=0.00600916;RO=48;SAF=23;SAR=25;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376119;STB=0.524366;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00602671;OID=.;OPOS=4204299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:48:48:48:51:0.515152:25:23:25:23:27:24:25:23 chr4 4228273 . TCCACAGCAG T 50.0 PASS AO=154;DP=475;LEN=9;RO=321;SAF=114;SAR=85;SRF=121;SRR=155;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=4228274;OREF=CCACAGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:475:321:154:85:114:121:155 chr4 4237439 . T G 46.98 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0368185;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4998;QD=2.93624;RBI=0.0369184;REFB=-0.00824023;REVB=-0.00271323;RO=52;SAF=4;SAR=5;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044528;STB=0.508752;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0374443;OID=.;OPOS=4237439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:64:64:52:55:9:9:0.140625:5:4:25:27:5:4:25:30 chr4 4237495 . A G 76.58 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.105058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.07;QD=3.69072;RBI=0.105078;REFB=-0.00483036;REVB=-0.00204521;RO=69;SAF=5;SAR=9;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456325;STB=0.530343;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0447928;OID=.;OPOS=4237495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:83:83:69:69:14:14:0.168675:9:5:27:42:9:5:27:42 chr4 4237511 . C T 63.41 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00413512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.44;QD=3.33737;RBI=0.0288268;REFB=-0.00481389;REVB=-0.0285286;RO=63;SAF=4;SAR=8;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124708;STB=0.579303;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0303554;OID=.;OPOS=4237511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:76:76:63:64:12:12:0.157895:8:4:27:36:8:4:27:37 chr4 4239587 . G T 209.2 PASS AF=0.190476;AO=36;DP=191;FAO=36;FDP=189;FR=.;FRO=153;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=81;FWDB=0.0165282;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1367;QD=4.42757;RBI=0.0409282;REFB=0.005247;REVB=0.0374424;RO=153;SAF=25;SAR=11;SRF=72;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289738;STB=0.682998;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0290108;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:189:153:153:36:36:0.190476:11:25:72:81:11:25:72:81 chr4 4249297 . C T 1207.89 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.848;QD=61.159;RBI=0.0499684;REFB=0;REVB=0.0424177;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142228;OID=.;OPOS=4249297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:40:38:0:0:41:38:0:0 chr4 4249300 . T C 1097.39 PASS AF=0.961538;AO=76;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0301738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.91;QD=56.2765;RBI=0.0605061;REFB=-0.0328298;REVB=-0.0524455;RO=2;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000638683;STB=0.506154;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00105883;OID=.;OPOS=4249300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:2:3:76:75:0.961538:39:37:1:1:38:37:1:2 chr4 4249855 . G A 1263.8 PASS AF=0.574879;AO=119;DP=209;FAO=119;FDP=207;FR=.;FRO=88;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.0176737;FXX=0.00956892;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.73;QD=24.4213;RBI=0.0227974;REFB=-0.0379718;REVB=0.0144;RO=87;SAF=48;SAR=71;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812829;STB=0.546824;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0288265;OID=.;OPOS=4249855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:207:87:88:119:119:0.574879:71:48:44:43:71:48:45:43 chr4 4249909 . C T 1780.71 PASS AF=0.97541;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.127339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5668;QD=58.3839;RBI=0.130807;REFB=-0.180346;REVB=0.0299214;RO=3;SAF=56;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00906028;STB=0.504621;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00407315;OID=.;OPOS=4249909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:121:122:3:3:118:119:0.97541:62:56:2:1:62:57:2:1 chr4 4276132 . T C 2196.12 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0396897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.803;QD=62.3012;RBI=0.0500865;REFB=-0.119111;REVB=0.0305513;RO=1;SAF=72;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694102;STB=0.503649;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000299421;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:141:1:1:140:140:0.992908:68:72:0:1:68:72:0:1 chr4 4304337 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.496;QD=52.6132;RBI=0.0277699;REFB=0;REVB=0.0200352;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206044;OID=.;OPOS=4304337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr4 4304605 . G A 250.06 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00635921;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.933;QD=14.0878;RBI=0.00660314;REFB=-0.0114722;REVB=0.00177816;RO=42;SAF=17;SAR=11;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644146;STB=0.544873;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0263357;OID=.;OPOS=4304605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:28:29:0.408451:11:17:23:19:11:18:23:19 chr4 4322570 . G A 559.9 PASS AF=0.495726;AO=57;DP=116;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00954169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5658;QD=19.142;RBI=0.0385945;REFB=0.00120786;REVB=-0.0373964;RO=59;SAF=33;SAR=24;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458157;STB=0.521412;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00148399;OID=.;OPOS=4322570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:59:59:57:58:0.495726:24:33:37:22:24:34:37:22 chr4 4322665 . T C 477.77 PASS AF=0.409091;AO=52;DP=130;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00943517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.088;QD=14.478;RBI=0.0284495;REFB=-0.017249;REVB=0.0268394;RO=77;SAF=24;SAR=28;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749984;STB=0.53362;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0256663;OID=.;OPOS=4322665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:77:78:52:54:0.409091:28:24:41:36:28:26:42:36 chr4 4322770 . T C 333.5 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00221517;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.058;QD=14.0422;RBI=0.0403889;REFB=-0.00524884;REVB=0.0403281;RO=58;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144956;STB=0.508248;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0103027;OID=.;OPOS=4322770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:58:37:37:0.389474:18:19:29:29:18:19:29:29 chr4 4419197 . C A 692.12 PASS AF=0.457317;AO=70;DP=160;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.000513853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.941;QD=16.881;RBI=0.00324152;REFB=-0.0142134;REVB=-0.00320053;RO=88;SAF=32;SAR=38;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00882026;STB=0.510511;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0153204;OID=.;OPOS=4419197;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:164:88:89:70:75:0.457317:38:32:41:47:39:36:41:48 chr4 5448429 . A G 693.57 PASS AF=0.446429;AO=75;DP=169;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=0.00826511;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.848;QD=16.5135;RBI=0.0415435;REFB=0.00121501;REVB=-0.040713;RO=90;SAF=36;SAR=39;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680213;STB=0.545704;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00124503;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:90:93:75:75:0.446429:39:36:37:53:39:36:37:56 chr4 5570221 . G A 6381.17 PASS AF=1;AO=394;DP=395;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=226;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106427;FXX=0.0025062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.314;QD=64.1324;RBI=0.0349174;REFB=0;REVB=0.0349012;RO=0;SAF=225;SAR=169;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47756e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23034e-05;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:395:398:0:0:394:398:1:169:225:0:0:172:226:0:0 chr4 5624670 . T C 817.65 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0676016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.163;QD=57.3788;RBI=0.0676133;REFB=0;REVB=-0.00125449;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170122;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr4 5690902 . T A,C 2035.14 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=6,126;DP=132;FAO=6,126;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=4,72;FSAR=2,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00841643,-0.011484;FXX=0.0294096;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.812,170.266;QD=61.6708;RBI=0.0280104,0.0286755;REFB=0,0;REVB=0.0267161,0.0262755;RO=0;SAF=4,72;SAR=2,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0185727,-8.36675e-05;OID=.,.;OPOS=5690902,5690902;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:132:132:0:0:6,126:6,126:0.0454545,0.954545:2,54:4,72:0:0:2,54:4,72:0:0 chr4 5743509 . C T 2197.62 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.766;QD=63.2409;RBI=0.0353329;REFB=0;REVB=0.0241159;RO=0;SAF=44;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26867e-05;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:138:139:1:94:44:0:0:95:44:0:0 chr4 5743512 . T C 2101.9 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.535;QD=62.2784;RBI=0.0591064;REFB=0;REVB=0.0175916;RO=0;SAF=44;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31511e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012894;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:134:135:1:90:44:0:0:91:44:0:0 chr4 5749904 . T C 736.54 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6135;QD=55.5876;RBI=0.0974145;REFB=0;REVB=-0.0926195;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000824646;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:18:34:0:0:19:34:0:0 chr4 5749961 . G C 1135.1 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3169;QD=60.5385;RBI=0.0505081;REFB=0;REVB=0.0468222;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355753;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:32:42:0:0:33:42:0:0 chr4 5755542 . C A 3755.56 PASS AF=1;AO=234;DP=237;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232173;FXX=0.0124995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.57;QD=63.385;RBI=0.023789;REFB=0;REVB=0.00518376;RO=0;SAF=118;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27869e-06;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:237:0:0:234:237:1:116:118:0:0:119:118:0:0 chr4 5795412 . C T 2997.36 PASS AF=1;AO=189;DP=191;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111894;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2626;QD=63.4362;RBI=0.117314;REFB=0;REVB=0.0352434;RO=0;SAF=72;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569201;OID=.;OPOS=5795412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:189:0:0:189:189:1:117:72:0:0:117:72:0:0 chr4 5838513 . C G 1019.27 PASS AF=0.46087;AO=106;DP=232;FAO=106;FDP=230;FR=.;FRO=124;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=0.0958186;FXX=0.00862032;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4272;QD=17.7264;RBI=0.0976221;REFB=0.0188693;REVB=0.0186782;RO=125;SAF=61;SAR=45;SRF=53;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147854;STB=0.575457;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0193309;OID=.;OPOS=5838513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:230:125:124:106:106:0.46087:45:61:53:72:45:61:54:70 chr4 5841350 . A G 832.09 PASS AF=0.488506;AO=85;DP=174;FAO=85;FDP=174;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0324305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.578;QD=19.1285;RBI=0.0355874;REFB=-0.00741951;REVB=-0.0146536;RO=87;SAF=44;SAR=41;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636414;STB=0.54056;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00880361;OID=.;OPOS=5841350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:87:89:85:85:0.488506:41:44:39:48:41:44:39:50 chr4 5975538 . G A 2175.74 PASS AF=0.96732;AO=148;DP=153;FAO=148;FDP=153;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=92;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0291175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.853;QD=56.8821;RBI=0.0309369;REFB=-0.0313723;REVB=0.0104528;RO=5;SAF=56;SAR=92;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145708;STB=0.507668;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000344226;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:153:153:5:5:148:148:0.96732:92:56:3:2:92:56:3:2 chr4 5990110 . C A 1435.55 PASS AF=0.561181;AO=133;DP=237;FAO=133;FDP=237;FR=.;FRO=104;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=0.00817313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.964;QD=24.2287;RBI=0.0088141;REFB=-0.0170484;REVB=0.00329974;RO=103;SAF=61;SAR=72;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00595882;STB=0.501277;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0120813;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:103:104:133:133:0.561181:72:61:48:55:72:61:48:56 chr4 5990339 . G A 2297.35 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.371;QD=63.3751;RBI=0.00943776;REFB=0;REVB=-0.000699534;RO=0;SAF=65;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43793e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00265e-05;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:145:0:0:138:145:1:73:65:0:0:79:66:0:0 chr4 5990551 . G A 532.04 PASS AF=0.543478;AO=49;DP=91;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00795671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.426;QD=23.1324;RBI=0.0210051;REFB=0.0232547;REVB=-0.0194398;RO=41;SAF=32;SAR=17;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259704;STB=0.629869;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0243962;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:41:42:49:50:0.543478:17:32:14:27:18:32:15:27 chr4 5990599 . T C 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.755;QD=58.238;RBI=0.0358895;REFB=0;REVB=0.0331172;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90846e-05;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr4 5990791 . A G 1496.2 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00091906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.244;QD=62.998;RBI=0.0336655;REFB=0;REVB=0.0336529;RO=0;SAF=62;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52789e-05;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:92:95:1:30:62:0:0:32:63:0:0 chr4 5991384 . T C 775.03 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00367198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2724;QD=53.45;RBI=0.0364829;REFB=-0.0125715;REVB=-0.0362977;RO=1;SAF=17;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269235;STB=0.507957;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.000948532;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:39:17:1:0:39:17:1:1 chr4 5991476 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9912;QD=51.9161;RBI=0.027299;REFB=0;REVB=0.0230447;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012733;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr4 6293696 . C G 10622.1 PASS AF=1;AO=666;DP=669;FAO=669;FDP=669;FR=.;FRO=0;FSAF=353;FSAR=316;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454083;FXX=0.00149251;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.573;QD=63.5105;RBI=0.0459437;REFB=0;REVB=-0.00699383;RO=0;SAF=350;SAR=316;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57707e-05;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:669:669:0:0:666:669:1:316:350:0:0:316:353:0:0 chr4 6302519 . G A 1302.0 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1165;QD=61.9999;RBI=0.032995;REFB=0;REVB=-0.0285047;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07688e-05;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:50:34:0:0:50:34:0:0 chr4 6302707 . C T 1169.68 PASS AF=1;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156286;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.687;QD=61.5621;RBI=0.0187069;REFB=0;REVB=0.0102809;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313693;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr4 6303022 . C T 1530.04 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.328;QD=63.7518;RBI=0.00360166;REFB=0;REVB=-0.00330123;RO=0;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33607e-06;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:38:57:0:0:39:57:0:0 chr4 6303955 . G A 2090.8 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.458;QD=62.4119;RBI=0.0118659;REFB=0;REVB=0.000191693;RO=0;SAF=66;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79407e-06;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:134:0:0:130:134:1:64:66:0:0:67:67:0:0 chr4 6304087 . A G 3018.7 PASS AF=1;AO=189;DP=192;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049084;FXX=0.0155432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.841;QD=63.5517;RBI=0.0693136;REFB=0;REVB=-0.0691396;RO=0;SAF=102;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.75008e-05;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:190:0:0:189:190:1:87:102:0:0:88:102:0:0 chr4 6304242 . T C 1286.6 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0542272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7689;QD=60.5457;RBI=0.0797959;REFB=-0.0411651;REVB=-0.0585389;RO=1;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997231;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000203977;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:47:37:0:1:47:37:0:1 chr4 6304286 . C T 1434.39 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.249;QD=63.0503;RBI=0.0179671;REFB=0;REVB=-0.00962471;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22912e-05;OID=.;OPOS=6304286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr4 6304344 . G A 2296.58 PASS AF=0.980892;AO=150;DP=157;FAO=154;FDP=157;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00746886;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.782;QD=58.5115;RBI=0.0153259;REFB=-0.129816;REVB=0.0133828;RO=0;SAF=94;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512395;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000100978;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:157:0:3:150:154:0.980892:56:94:0:0:59:95:0:3 chr4 6325086 . G A 3357.07 PASS AF=1;AO=214;DP=215;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.925;QD=62.168;RBI=0.0540549;REFB=0;REVB=0.0478955;RO=0;SAF=96;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73936e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00735e-05;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:216:0:0:214:216:1:118:96:0:0:120:96:0:0 chr4 6382919 . C T 234.35 PASS AF=0.269841;AO=34;DP=126;FAO=34;FDP=126;FR=.;FRO=92;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=-0.0302435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.111;QD=7.43962;RBI=0.0302557;REFB=-0.00337798;REVB=-0.000858071;RO=89;SAF=18;SAR=16;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674686;STB=0.534317;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0103574;OID=.;OPOS=6382919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:89:92:34:34:0.269841:16:18:52:37:16:18:53:39 chr4 6415618 . G A 342.02 PASS AF=0.367521;AO=39;DP=113;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00805606;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.285;QD=11.6931;RBI=0.0087846;REFB=-0.0174974;REVB=0.00350271;RO=68;SAF=6;SAR=33;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418103;STB=0.681238;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0305984;OID=.;OPOS=6415618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:68:74:39:43:0.367521:33:6:31:37:33:10:36:38 chr4 6536979 . G A 467.51 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0045657;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.44;QD=13.852;RBI=0.00927395;REFB=-0.0211532;REVB=-0.00807221;RO=82;SAF=24;SAR=29;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638769;STB=0.536121;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0292239;OID=.;OPOS=6536979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:82:82:53:53:0.392593:29:24:42:40:29:24:42:40 chr4 6576997 . G A 600.31 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=143;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00305092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.762;QD=16.792;RBI=0.00339135;REFB=-0.0167453;REVB=-0.00148093;RO=80;SAF=33;SAR=30;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614086;STB=0.534254;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0210707;OID=.;OPOS=6576997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:80:80:63:63:0.440559:30:33:37:43:30:33:37:43 chr4 6594947 . A C 930.18 PASS AF=0.446429;AO=97;DP=223;FAO=100;FDP=224;FR=.;FRO=124;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=-0.0895014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0698;QD=16.6103;RBI=0.104746;REFB=0.00281968;REVB=-0.0544164;RO=124;SAF=56;SAR=41;SRF=54;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143042;STB=0.579984;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00402863;OID=.;OPOS=6594947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:124:124:97:100:0.446429:41:56:54:70:42:58:54:70 chr4 6596360 . G A 2018.06 PASS AF=0.507732;AO=197;DP=390;FAO=197;FDP=388;FR=.;FRO=191;FSAF=103;FSAR=94;FSRF=101;FSRR=90;FWDB=-0.00935232;FXX=0.00512807;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.867;QD=20.8048;RBI=0.0128096;REFB=-0.00961383;REVB=0.00875325;RO=191;SAF=103;SAR=94;SRF=101;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537174;STB=0.502937;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0100236;OID=.;OPOS=6596360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:388:191:191:197:197:0.507732:94:103:101:90:94:103:101:90 chr4 6599954 . T TC 53.93 PASS AF=0.0727903;AO=68;DP=584;FAO=42;FDP=577;FR=.;FRO=535;FSAF=3;FSAR=39;FSRF=240;FSRR=295;FWDB=-0.00281669;FXX=0.00173007;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.4796;QD=0.373832;RBI=0.0362043;REFB=-0.0181836;REVB=-0.0360946;RO=501;SAF=2;SAR=66;SRF=230;SRR=271;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.6277;STB=0.904164;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.107064;OID=.;OPOS=6599955;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0727903:68:584:42:577:535:3:39:240:295:53:501:2:66:230:271 chr4 6600012 . A G 2633.94 PASS AF=0.515936;AO=256;DP=498;FAO=259;FDP=502;FR=.;FRO=243;FSAF=88;FSAR=171;FSRF=75;FSRR=168;FWDB=0.00241543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.831;QD=20.9875;RBI=0.0206459;REFB=-0.0285014;REVB=-0.0205042;RO=242;SAF=86;SAR=170;SRF=75;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262268;STB=0.516973;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0283543;OID=.;OPOS=6600012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:498:502:242:243:256:259:0.515936:170:86:75:167:171:88:75:168 chr4 6606864 . A G 831.25 PASS AF=0.641026;AO=75;DP=117;FAO=75;FDP=117;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0239139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.184;QD=28.4189;RBI=0.0273323;REFB=-0.0157897;REVB=0.0132354;RO=38;SAF=35;SAR=40;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208311;STB=0.503432;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00953242;OID=.;OPOS=6606864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:38:42:75:75:0.641026:40:35:19:19:40:35:20:22 chr4 6619165 . A G 1696.39 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0200074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.19;QD=59.5226;RBI=0.0249239;REFB=-0.0990438;REVB=0.0148629;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.504201;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-9.76032e-05;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:0:1:113:113:0.991228:54:59:0:0:54:59:1:0 chr4 6619204 . G A 1535.26 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321183;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.437;QD=63.969;RBI=0.0431492;REFB=0;REVB=-0.0288143;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586489;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:44:52:0:0:44:52:0:0 chr4 6698667 . T C 2186.31 PASS AF=1;AO=135;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021211;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.761;QD=62.9155;RBI=0.0313701;REFB=0;REVB=0.0231123;RO=0;SAF=63;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63109e-05;OID=.;OPOS=6698667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:135:139:1:72:63:0:0:76:63:0:0 chr4 6698706 . A C 2358.08 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00299143;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6637;QD=63.3041;RBI=0.0570341;REFB=-0.0754113;REVB=-0.0569556;RO=0;SAF=68;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87518e-08;STB=0.503105;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00014246;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:149:0:1:148:148:0.993289:80:68:0:0:80:68:0:1 chr4 6711295 . T C 773.16 PASS AF=0.516556;AO=76;DP=152;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.02029;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.501;QD=20.4809;RBI=0.0203008;REFB=-0.00726651;REVB=-0.000660511;RO=76;SAF=33;SAR=43;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362585;STB=0.514282;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00664985;OID=.;OPOS=6711295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:76:73:76:78:0.516556:43:33:36:40:45:33:33:40 chr4 6884329 . T C 1599.51 PASS AF=0.973214;AO=107;DP=110;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00421983;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=175.621;QD=57.1255;RBI=0.00971408;REFB=-0.0936738;REVB=0.00874965;RO=3;SAF=60;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231377;STB=0.512193;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000178561;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:110:112:3:3:107:109:0.973214:47:60:3:0:49:60:3:0 chr4 6956059 . T C 1062.65 PASS AF=0.41637;AO=116;DP=280;FAO=117;FDP=281;FR=.;FRO=164;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=75;FSRR=89;FWDB=0.0383124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9114;QD=15.1267;RBI=0.0412752;REFB=0.00786145;REVB=0.0153557;RO=161;SAF=52;SAR=64;SRF=74;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119379;STB=0.507593;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00972919;OID=.;OPOS=6956059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:281:161:164:116:117:0.41637:64:52:74:87:65:52:75:89 chr4 7044357 . A G 475.43 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222072;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.554;QD=55.9335;RBI=0.0225351;REFB=0.0142878;REVB=-0.00383032;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-5.13483e-05;OID=.;OPOS=7044357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:33:33:0.970588:20:13:1:0:20:13:1:0 chr4 7044380 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00271197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.953;QD=21.3535;RBI=0.0217279;REFB=-0.0232023;REVB=-0.021558;RO=9;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345162;STB=0.697348;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0100765;OID=.;OPOS=7044380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:10:3:6:3:10:3:6:3 chr4 7044600 . G A 1993.48 PASS AF=0.531165;AO=191;DP=361;FAO=196;FDP=369;FR=.;FRO=173;FSAF=87;FSAR=109;FSRF=41;FSRR=132;FWDB=0.0701815;FXX=0.00270263;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.631;QD=21.6096;RBI=0.0722973;REFB=-0.0726466;REVB=0.0173624;RO=164;SAF=84;SAR=107;SRF=35;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201219;STB=0.600437;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0637107;OID=.;OPOS=7044600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:369:164:173:191:196:0.531165:107:84:35:129:109:87:41:132 chr4 7057106 . G C 1570.61 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417152;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.446;QD=64.1066;RBI=0.0421986;REFB=0;REVB=-0.00636918;RO=0;SAF=36;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89179e-05;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:62:36:0:0:62:36:0:0 chr4 7325840 . G T 954.99 PASS AF=0.457014;AO=101;DP=220;FAO=101;FDP=221;FR=.;FRO=120;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=0.0359048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.135;QD=17.285;RBI=0.0404915;REFB=-0.00555503;REVB=0.0187192;RO=118;SAF=49;SAR=52;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144672;STB=0.512588;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00749302;OID=.;OPOS=7325840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:118:120:101:101:0.457014:52:49:59:59:52:49:61:59 chr4 7398094 . C G 1517.88 PASS AF=0.468468;AO=156;DP=333;FAO=156;FDP=333;FR=.;FRO=177;FSAF=78;FSAR=78;FSRF=85;FSRR=92;FWDB=0.0248246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3029;QD=18.2328;RBI=0.0250315;REFB=-0.0189674;REVB=0.00321128;RO=176;SAF=78;SAR=78;SRF=84;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218671;STB=0.510509;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0211558;OID=.;OPOS=7398094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:176:177:156:156:0.468468:78:78:84:92:78:78:85:92 chr4 7435194 . G A 261.52 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.0295023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.7983;QD=17.1489;RBI=0.0311413;REFB=-0.00992037;REVB=-0.00996969;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230079;STB=0.627658;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0232203;OID=.;OPOS=7435194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:12:17:26:6:12:17:26:6 chr4 7435379 . A G 2966.44 PASS AF=0.970732;AO=200;DP=204;FAO=199;FDP=205;FR=.;FRO=6;FSAF=99;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0160882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1544;QD=57.8818;RBI=0.105574;REFB=-0.0563158;REVB=-0.104341;RO=4;SAF=99;SAR=101;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00914818;STB=0.509683;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000778501;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:204:205:4:6:200:199:0.970732:101:99:1:3:100:99:1:5 chr4 7461826 . C CCCA 1418.25 PASS AF=0.980583;AO=90;DP=128;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0238671;FXX=0.0884877;HRUN=3;LEN=3;MLLD=234.982;QD=55.0777;RBI=0.0285539;REFB=-0.0140396;REVB=0.0156744;RO=36;SAF=37;SAR=53;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180058;STB=0.511361;STBP=0.154;TYPE=ins;VARB=0.000434268;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.980583:90:128:101:103:2:43:58:2:0:3:36:37:53:27:9 chr4 7655855 . C T 3554.35 PASS AF=0.958848;AO=233;DP=243;FAO=233;FDP=243;FR=.;FRO=10;FSAF=118;FSAR=115;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00274735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8852;QD=58.5079;RBI=0.0872736;REFB=-0.0742792;REVB=0.0872304;RO=5;SAF=118;SAR=115;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00374498;STB=0.50438;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0193468;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:243:243:5:10:233:233:0.958848:115:118:3:2:115:118:4:6 chr4 7714490 . T C 2656.23 PASS AF=0.967033;AO=175;DP=182;FAO=176;FDP=182;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=123;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0582429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6843;QD=58.3788;RBI=0.061386;REFB=-0.00719743;REVB=-0.0193908;RO=6;SAF=52;SAR=123;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00988949;STB=0.505288;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0014562;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:182:182:6:6:175:176:0.967033:123:52:1:5:123:53:1:5 chr4 7716061 . C T 352.52 PASS AF=0.419355;AO=38;DP=92;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0215585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.243;QD=15.1621;RBI=0.0219347;REFB=-0.0234253;REVB=-0.00404474;RO=53;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188366;STB=0.512873;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.029681;OID=.;OPOS=7716061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:53:54:38:39:0.419355:23:15:20:33:23:16:21:33 chr4 7716932 . T C 2188.49 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.833;QD=62.9781;RBI=0.0589416;REFB=0;REVB=0.0175955;RO=0;SAF=42;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.62864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63538e-05;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:131:139:0:0:131:139:1:89:42:0:0:90:49:0:0 chr4 7770723 . G T 2107.38 PASS AF=0.489559;AO=211;DP=432;FAO=211;FDP=431;FR=.;FRO=220;FSAF=71;FSAR=140;FSRF=103;FSRR=117;FWDB=0.0180074;FXX=0.00231476;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.132;QD=19.558;RBI=0.0185314;REFB=-0.00437476;REVB=0.00437565;RO=220;SAF=71;SAR=140;SRF=103;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1305;STB=0.57173;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00391608;OID=.;OPOS=7770723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:431:220:220:211:211:0.489559:140:71:103:117:140:71:103:117 chr4 7776580 . G A 833.25 PASS AF=0.441748;AO=91;DP=206;FAO=91;FDP=206;FR=.;FRO=115;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=0.0138378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.816;QD=16.1796;RBI=0.0229964;REFB=-0.0168592;REVB=-0.0183671;RO=113;SAF=47;SAR=44;SRF=47;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100106;STB=0.559987;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0155833;OID=.;OPOS=7776580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:113:115:91:91:0.441748:44:47:47:66:44:47:47:68 chr4 7783163 . G A 669.15 PASS AF=0.403226;AO=75;DP=186;FAO=75;FDP=186;FR=.;FRO=111;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=68;FWDB=0.0251159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.013;QD=14.3904;RBI=0.026147;REFB=-0.0299996;REVB=0.00726999;RO=111;SAF=44;SAR=31;SRF=43;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209687;STB=0.617579;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0487346;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:111:111:75:75:0.403226:31:44:43:68:31:44:43:68 chr4 7845067 . G A 277.99 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.031832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.679;QD=13.728;RBI=0.0339192;REFB=-0.00279938;REVB=-0.0117147;RO=49;SAF=5;SAR=27;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312589;STB=0.681537;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00287699;OID=.;OPOS=7845067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:27:5:18:31:27:5:18:31 chr4 7941901 . A C 1625.87 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.205;QD=59.1226;RBI=0.016343;REFB=-0.0673071;REVB=0.00788627;RO=1;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855298;STB=0.504504;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000168012;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:55:54:0:1:55:54:0:1 chr4 8031471 . A G 1002.33 PASS AF=0.502463;AO=101;DP=202;FAO=102;FDP=203;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=70;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=-0.027344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.844;QD=19.7504;RBI=0.0327894;REFB=0.00881321;REVB=-0.0180956;RO=99;SAF=32;SAR=69;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125765;STB=0.572051;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0102846;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:99:101:101:102:0.502463:69:32:44:55:70:32:45:56 chr4 8062689 . TG CA 2288.68 PASS AF=1;AO=140;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625173;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=197.08;QD=63.1359;RBI=0.0143857;REFB=0;REVB=-0.0129562;RO=0;SAF=69;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.93313e-05;OID=.;OPOS=8062689;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:140:145:1:71:69:0:0:75:70:0:0 chr4 8207083 . A G 531.15 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0371689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.977;QD=18.3156;RBI=0.0420634;REFB=0.00318054;REVB=-0.0196927;RO=60;SAF=25;SAR=31;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281984;STB=0.515619;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00496813;OID=.;OPOS=8207083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:31:25:25:35:31:25:25:35 chr4 8228731 . T C 4046.78 PASS AF=1;AO=257;DP=258;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.271;QD=61.548;RBI=0.0224682;REFB=-0.0456269;REVB=0.0223759;RO=1;SAF=102;SAR=155;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465073;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121216;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:258:263:1:0:257:263:1:155:102:1:0:158:105:0:0 chr4 8228894 . T C 3377.48 PASS AF=1;AO=214;DP=219;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117574;FXX=0.013698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.687;QD=62.5459;RBI=0.0177873;REFB=0;REVB=0.0133473;RO=0;SAF=109;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.91009e-05;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:219:216:0:0:214:216:1:105:109:0:0:106:110:0:0 chr4 8229218 . A G 3917.79 PASS AF=1;AO=252;DP=252;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.756;QD=62.1871;RBI=0.0352667;REFB=0;REVB=0.00302831;RO=0;SAF=104;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53245e-05;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:252:252:0:0:252:252:1:148:104:0:0:148:104:0:0 chr4 8229326 . T C 1148.22 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410726;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.124;QD=60.4324;RBI=0.0434126;REFB=0;REVB=-0.0140605;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.57551e-05;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:73:76:1:47:26:0:0:48:28:0:0 chr4 8242466 . A G 8020.85 PASS AF=1;AO=498;DP=498;FAO=509;FDP=509;FR=.;FRO=0;FSAF=240;FSAR=269;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134828;FXX=0.00972744;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.205;QD=63.0323;RBI=0.014774;REFB=0;REVB=-0.00604014;RO=0;SAF=235;SAR=263;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70861e-05;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:498:509:0:0:498:509:1:263:235:0:0:269:240:0:0 chr4 8358361 . G A 367.78 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0566168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0646;QD=13.8785;RBI=0.075032;REFB=-0.0201939;REVB=-0.0492376;RO=63;SAF=19;SAR=24;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530945;STB=0.530021;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.030366;OID=.;OPOS=8358361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:24:19:31:32:24:19:31:32 chr4 8375342 . G A 1123.39 PASS AF=0.449438;AO=120;DP=267;FAO=120;FDP=267;FR=.;FRO=147;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=73;FSRR=74;FWDB=0.00571615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.868;QD=16.8298;RBI=0.0131662;REFB=-0.00970877;REVB=0.0118606;RO=147;SAF=63;SAR=57;SRF=73;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282505;STB=0.515649;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0113488;OID=.;OPOS=8375342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:147:147:120:120:0.449438:57:63:73:74:57:63:73:74 chr4 8394836 . G C 507.04 PASS AF=0.408759;AO=56;DP=138;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=0.0170973;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.692;QD=14.8041;RBI=0.0182181;REFB=0.00784277;REVB=-0.0062914;RO=80;SAF=38;SAR=18;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765516;STB=0.540322;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.011847;OID=.;OPOS=8394836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:80:81:56:56:0.408759:18:38:49:31:18:38:50:31 chr4 8454639 . A G 599.06 PASS AF=0.466165;AO=61;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.00531347;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.076;QD=18.0168;RBI=0.0150699;REFB=-0.0116025;REVB=-0.0141021;RO=72;SAF=33;SAR=28;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120557;STB=0.566919;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0123442;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:72:71:61:62:0.466165:28:33:30:42:28:34:30:41 chr4 8589023 . G A 599.4 PASS AF=0.42236;AO=66;DP=165;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=61;FWDB=-0.0177663;FXX=0.024241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7602;QD=14.8918;RBI=0.0338593;REFB=-0.0117315;REVB=0.0288238;RO=85;SAF=20;SAR=46;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579265;STB=0.533779;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0170061;OID=.;OPOS=8589023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:161:85:93:66:68:0.42236:46:20:30:55:48:20:32:61 chr4 8594574 . T C 301.98 PASS AF=0.35;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0679686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5841;QD=12.0791;RBI=0.0680183;REFB=-0.0338639;REVB=-0.00259876;RO=58;SAF=17;SAR=18;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531396;STB=0.534227;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0477709;OID=.;OPOS=8594574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:58:65:35:35:0.35:18:17:31:27:18:17:35:30 chr4 8601278 . C T 429.98 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0288941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0388;QD=17.9159;RBI=0.0335171;REFB=0.000269264;REVB=-0.0169862;RO=52;SAF=21;SAR=23;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152969;STB=0.508543;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.000123464;OID=.;OPOS=8601278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:23:21:24:28:23:21:24:28 chr4 8601298 . G A 1258.02 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1619;QD=61.3666;RBI=0.0563191;REFB=0;REVB=-0.0469253;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371877;OID=.;OPOS=8601298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:42:39:0:0:42:40:0:0 chr4 8602884 . T C 1377.42 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0991;QD=62.6099;RBI=0.0482328;REFB=0;REVB=-0.00236422;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260828;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:46:41:0:0:47:41:0:0 chr4 8602935 . A G 2395.72 PASS AF=1;AO=144;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.138;QD=63.8858;RBI=0.0280516;REFB=0;REVB=-0.0172677;RO=0;SAF=76;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407837;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:144:150:1:68:76:0:0:74:76:0:0 chr4 8616096 . T C 2644.91 PASS AF=0.99422;AO=170;DP=171;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00657213;FXX=0.0114279;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.021;QD=61.154;RBI=0.100986;REFB=-0.0472211;REVB=-0.100772;RO=1;SAF=82;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537804;STB=0.502793;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00018265;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:173:1:1:170:172:0.99422:88:82:0:1:89:83:0:1 chr4 8616179 . T C 3895.47 PASS AF=1;AO=244;DP=244;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0599468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0319;QD=63.8602;RBI=0.0599993;REFB=0;REVB=-0.00250952;RO=0;SAF=129;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.06917e-05;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:244:0:0:244:244:1:115:129:0:0:115:129:0:0 chr4 8621194 . A G 2777.59 PASS AF=1;AO=175;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.583;QD=62.0692;RBI=0.00113215;REFB=0;REVB=0.000371739;RO=0;SAF=76;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99293e-06;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:175:179:1:99:76:0:0:102:77:0:0 chr4 8951506 . C G 46.17 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=0.0148961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.314;QD=2.25209;RBI=0.0167304;REFB=0.00116885;REVB=0.00761665;RO=72;SAF=4;SAR=6;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300873;STB=0.711249;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0133923;OID=.;OPOS=8951506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:82:72:72:10:10:0.121951:6:4:47:25:6:4:47:25 chr4 8951816 . A G 505.67 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137833;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.955;QD=59.4901;RBI=0.0159779;REFB=0;REVB=-0.00808184;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133514;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr4 8951845 . C A 209.26 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0269492;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.286;QD=24.6191;RBI=0.0291561;REFB=0.00662162;REVB=-0.0111275;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126225;STB=0.507035;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00458347;OID=.;OPOS=8951845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:14:14:20:20:0.588235:14:6:4:10:14:6:4:10 chr4 8952116 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0146563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3799;QD=9.49182;RBI=0.0160222;REFB=0.00564352;REVB=-0.00647341;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227806;STB=0.609518;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.0151026;OID=.;OPOS=8952116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:15:18:9:9:0.333333:5:4:10:5:5:4:11:7 chr4 9370603 . A G 45.62 PASS AF=0.119048;AO=10;DP=83;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.039965;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4315;QD=2.17246;RBI=0.0645241;REFB=0.0028402;REVB=-0.0506572;RO=72;SAF=5;SAR=5;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842882;STB=0.571289;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.0267615;OID=.;OPOS=9370603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:84:72:74:10:10:0.119048:5:5:31:41:5:5:31:43 chr4 9370690 . G C 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00800313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3983;QD=58.5827;RBI=0.0966484;REFB=0;REVB=-0.0963165;RO=0;SAF=3;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104304;OID=.;OPOS=9370690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:30:3:0:0:30:3:0:0 chr4 9388888 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.052;QD=47.8224;RBI=0.0612163;REFB=0;REVB=-0.0081548;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177269;OID=.;OPOS=9388888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr4 9446325 . AG A 608.32 PASS AF=0.416667;AO=63;DP=169;FAO=70;FDP=168;FR=.;FRO=98;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.00830433;FXX=0.0232545;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.059;QD=14.4837;RBI=0.0107803;REFB=-0.00440448;REVB=0.00687405;RO=97;SAF=33;SAR=30;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108392;STB=0.558119;STBP=0.202;TYPE=del;VARB=0.00545842;OID=.;OPOS=9446326;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:63:169:70:168:98:37:33:42:56:99:97:33:30:41:56 chr4 9784631 . C T 664.71 PASS AF=0.45283;AO=72;DP=155;FAO=72;FDP=159;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.0170356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.095;QD=16.7222;RBI=0.0415428;REFB=-0.00909772;REVB=-0.0378892;RO=77;SAF=41;SAR=31;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104717;STB=0.541457;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0112336;OID=.;OPOS=9784631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:159:77:87:72:72:0.45283:31:41:43:34:31:41:43:44 chr4 9784642 . C A 731.24 PASS AF=0.45614;AO=78;DP=171;FAO=78;FDP=171;FR=.;FRO=93;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0020946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.28;QD=17.105;RBI=0.00282425;REFB=-0.00165299;REVB=0.00189447;RO=92;SAF=45;SAR=33;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758169;STB=0.539362;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00242236;OID=.;OPOS=9784642;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:92:93:78:78:0.45614:33:45:46:46:33:45:47:46 chr4 9785134 . T C 502.12 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00265821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.116;QD=18.5969;RBI=0.00505906;REFB=-0.0264975;REVB=-0.00430442;RO=53;SAF=22;SAR=31;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863269;STB=0.539211;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0308701;OID=.;OPOS=9785134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:53:55:53:53:0.490741:31:22:27:26:31:22:27:28 chr4 9785265 . G T 365.14 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00378348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.601;QD=16.0503;RBI=0.00955322;REFB=0.00391132;REVB=0.00877208;RO=52;SAF=20;SAR=19;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04562;STB=0.525679;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00497996;OID=.;OPOS=9785265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:19:20:29:23:19:20:29:23 chr4 9785558 . G T 775.46 PASS AF=0.5;AO=76;DP=150;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.0392347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4253;QD=20.6789;RBI=0.0420975;REFB=0.021801;REVB=-0.0152591;RO=74;SAF=43;SAR=33;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119568;STB=0.573314;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0210303;OID=.;OPOS=9785558;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:74:75:76:75:0.5:33:43:32:42:32:43:32:43 chr4 9909923 . G A 493.04 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00179626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.53;QD=22.932;RBI=0.00682642;REFB=-0.011547;REVB=-0.00658585;RO=37;SAF=23;SAR=24;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457412;STB=0.535929;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.010276;OID=.;OPOS=9909923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:37:39:47:47:0.546512:24:23:16:21:24:23:16:23 chr4 9922130 . C T 925.82 PASS AF=0.48;AO=94;DP=197;FAO=96;FDP=200;FR=.;FRO=104;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=0.017458;FXX=0.0196069;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8599;QD=18.5163;RBI=0.0244295;REFB=-0.00517212;REVB=0.0170887;RO=99;SAF=53;SAR=41;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645677;STB=0.542162;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00664125;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:200:99:104:94:96:0.48:41:53:49:50:43:53:49:55 chr4 9982330 . A G 1419.06 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148699;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1065;QD=63.0691;RBI=0.0171364;REFB=0;REVB=0.00851722;RO=0;SAF=29;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99908e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152817;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:60:29:0:0:61:29:0:0 chr4 9998440 . C T 716.47 PASS AF=0.486301;AO=71;DP=146;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=54;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00335589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.781;QD=19.6292;RBI=0.0189703;REFB=0.00193988;REVB=-0.0186711;RO=74;SAF=54;SAR=17;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263598;STB=0.644116;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00144048;OID=.;OPOS=9998440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:74:75:71:71:0.486301:17:54:38:36:17:54:39:36 chr4 9998493 . A G 3858.66 PASS AF=1;AO=242;DP=242;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.871;QD=63.7795;RBI=0.0294557;REFB=0;REVB=0.0191238;RO=0;SAF=136;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88883e-05;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:242:0:0:242:242:1:106:136:0:0:106:136:0:0 chr4 10022981 . C T 1706.67 PASS AF=0.974576;AO=115;DP=118;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0343965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.71;QD=57.8533;RBI=0.0404827;REFB=-0.191513;REVB=0.0213478;RO=1;SAF=58;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811748;STB=0.504127;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00102985;OID=.;OPOS=10022981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:118:1:3:115:115:0.974576:57:58:1:0:57:58:2:1 chr4 10090178 . T C 2121.68 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.112;QD=62.8647;RBI=0.0119736;REFB=0;REVB=-0.0105654;RO=0;SAF=77;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.86475e-06;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:58:77:0:0:58:77:0:0 chr4 10441551 . C T 82.68 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0244196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7534;QD=9.18691;RBI=0.0734061;REFB=-0.0108628;REVB=-0.0692253;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631833;STB=0.538393;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0205807;OID=.;OPOS=10441551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:15:10:5:6:15:10 chr4 10442602 . C CTACTT,T 539.42 PASS AF=0.472727,0.0545455;AO=46,8;DP=111;FAO=52,6;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=36,6;FSAR=16,0;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0120778,-0.0102932;FXX=0.0090082;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=112.847,205.598;QD=19.6152;RBI=0.0130281,0.0135269;REFB=-0.00562513,-0.0111975;REVB=0.00488438,0.00877655;RO=55;SAF=34,7;SAR=12,1;SRF=23;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.331656,0.534224;STB=0.640811,0.998394;STBP=0.006,0.002;TYPE=ins,snp;VARB=0.00717563,-0.000635403;OID=.,.;OPOS=10442603,10442602;OREF=-,C;OALT=TACTT,T;OMAPALT=CTACTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:55:52:46,8:52,6:0.472727,0.0545455:12,1:34,7:23:32:16,0:36,6:22:30 chr4 10446385 . C T 1587.97 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.358;QD=64.1606;RBI=0.00601;REFB=0;REVB=-0.00370743;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46825e-05;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:50:48:0:0:50:49:0:0 chr4 10446906 . A G 335.45 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.0424965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.289;QD=16.9846;RBI=0.0464807;REFB=-0.00704722;REVB=0.0188282;RO=43;SAF=9;SAR=27;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748499;STB=0.504199;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0133318;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:27:9:11:32:27:9:11:32 chr4 10447168 . C G 1078.36 PASS AF=0.444444;AO=115;DP=261;FAO=116;FDP=261;FR=.;FRO=145;FSAF=82;FSAR=34;FSRF=102;FSRR=43;FWDB=-0.0160466;FXX=0.00760427;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.34;QD=16.5267;RBI=0.0207056;REFB=-0.0145343;REVB=-0.0130854;RO=145;SAF=81;SAR=34;SRF=102;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00108469;STB=0.502307;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0136072;OID=.;OPOS=10447168;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:145:145:115:116:0.444444:34:81:102:43:34:82:102:43 chr4 10447985 . AT AA,A 417.38 PASS AF=0,0.505747;AO=5,40;DP=86;FAO=0,44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=0,19;FSAR=0,25;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.157596,-0.149617;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.818,27.2259;QD=19.19;RBI=0.158635,0.150699;REFB=-0.0140796,-0.0258303;REVB=-0.0181242,-0.0180284;RO=38;SAF=5,17;SAR=0,23;SRF=16;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.650736,0.0035508;STB=0.5,0.505048;STBP=1,0.939;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0187504;OID=.,.;OPOS=10447986,10447986;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.505747:5,40:86:0,44:87:43:0,19:0,25:19:24:99:38:5,17:0,23:16:22 chr4 10502937 . T G 2613.14 PASS AF=0.994152;AO=168;DP=170;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0580325;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5283;QD=61.126;RBI=0.0653186;REFB=-0.0869952;REVB=0.0299792;RO=1;SAF=86;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550198;STB=0.50289;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00010361;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:171:1:1:168:170:0.994152:82:86:1:0:84:86:1:0 chr4 10573410 . C A 555.05 PASS AF=0.55914;AO=51;DP=92;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00798588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.116;QD=23.8729;RBI=0.010806;REFB=-0.020617;REVB=-0.00727982;RO=39;SAF=22;SAR=29;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242148;STB=0.509407;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0165946;OID=.;OPOS=10573410;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:39:41:51:52:0.55914:29:22:18:21:29:23:19:22 chr4 10586530 . T C 314.02 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.000494814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.964;QD=16.974;RBI=0.0229845;REFB=-0.022076;REVB=-0.0229792;RO=37;SAF=10;SAR=24;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170078;STB=0.579558;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0262378;OID=.;OPOS=10586530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:40:34:34:0.459459:24:10:17:20:24:10:17:23 chr4 10669462 . C G 89.12 PASS AF=0.107914;AO=34;DP=278;FAO=30;FDP=278;FR=.;FRO=248;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=115;FSRR=133;FWDB=0.0244656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2171;QD=1.28236;RBI=0.0487305;REFB=-0.00854149;REVB=-0.0421437;RO=244;SAF=30;SAR=4;SRF=111;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541854;STB=0.863061;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.119716;OID=.;OPOS=10669462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:278:278:244:248:34:30:0.107914:4:30:111:133:4:26:115:133 chr4 13545700 . G C 35.91 PASS AF=0.0820896;AO=11;DP=134;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=-0.0596166;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.264;QD=1.07197;RBI=0.0671085;REFB=-0.00218963;REVB=-0.0308126;RO=122;SAF=2;SAR=9;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367477;STB=0.799155;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0972517;OID=.;OPOS=13545700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:134:134:122:123:11:11:0.0820896:9:2:61:61:9:2:61:62 chr4 13545792 . G C,T 3456.89 PASS AF=0.105727,0.894273;AO=26,200;DP=226;FAO=24,203;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=13,86;FSAR=11,117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000146758,0.0146176;FXX=0.00438577;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.735,122.843;QD=60.9143;RBI=0.0205241,0.0364107;REFB=0,0;REVB=-0.0205235,0.0333476;RO=0;SAF=15,84;SAR=11,116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.34403e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0497699,-0.00629721;OID=.,.;OPOS=13545792,13545792;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:69:226:227:0:0:26,200:24,203:0.105727,0.894273:11,116:15,84:0:0:11,117:13,86:0:0 chr4 13548796 . T G 1748.63 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.125;QD=60.8218;RBI=0.0328539;REFB=0;REVB=0.0250727;RO=0;SAF=75;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04159e-05;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:40:75:0:0:40:75:0:0 chr4 13574326 . C CG 41.07 PASS AF=0.140845;AO=21;DP=143;FAO=20;FDP=142;FR=.;FRO=122;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=53;FWDB=0.0053631;FXX=0.00699252;HRUN=0;LEN=1;MLLD=108.411;QD=1.1569;RBI=0.00537815;REFB=-0.00369138;REVB=0.000402111;RO=119;SAF=1;SAR=20;SRF=70;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.678396;STB=0.948191;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.177367;OID=.;OPOS=13574327;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.140845:21:143:20:142:122:1:19:69:53:41:119:1:20:70:49 chr4 13601337 . G A 836.18 PASS AF=0.494186;AO=85;DP=173;FAO=85;FDP=172;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.00979554;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.308;QD=19.446;RBI=0.0157189;REFB=-0.0111934;REVB=0.0122935;RO=87;SAF=33;SAR=52;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892544;STB=0.549207;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00986647;OID=.;OPOS=13601337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:87:87:85:85:0.494186:52:33:42:45:52:33:42:45 chr4 13606576 . A T 2322.34 PASS AF=0.891304;AO=164;DP=183;FAO=164;FDP=184;FR=.;FRO=20;FSAF=73;FSAR=91;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.013113;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9655;QD=50.4857;RBI=0.0144993;REFB=0.0115851;REVB=-0.0061871;RO=14;SAF=73;SAR=91;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617683;STB=0.527867;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0095533;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:183:184:14:20:164:164:0.891304:91:73:12:2:91:73:14:6 chr4 15003721 . A G 1135.5 PASS AF=0.431095;AO=121;DP=283;FAO=122;FDP=283;FR=.;FRO=161;FSAF=48;FSAR=74;FSRF=78;FSRR=83;FWDB=0.0226562;FXX=0.0139368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0315;QD=16.0494;RBI=0.0241692;REFB=-0.00515379;REVB=-0.00841691;RO=162;SAF=48;SAR=73;SRF=78;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891288;STB=0.553016;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00713312;OID=.;OPOS=15003721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:162:161:121:122:0.431095:73:48:78:84:74:48:78:83 chr4 15003896 . C G 509.47 PASS AF=0.490909;AO=50;DP=106;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=53;FWDB=0.0334861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.653;QD=18.526;RBI=0.0418309;REFB=-0.0256046;REVB=-0.02507;RO=55;SAF=11;SAR=39;SRF=3;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270426;STB=0.650648;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0249192;OID=.;OPOS=15003896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:55:56:50:54:0.490909:39:11:3:52:41:13:3:53 chr4 15004499 . C T 349.39 PASS AF=0.507246;AO=32;DP=72;FAO=35;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=0;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=33;FWDB=0;FXX=0.0416609;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.107;QD=20.2544;RBI=0.00867092;REFB=-0.0260776;REVB=-0.00867092;RO=20;SAF=0;SAR=32;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0208245;OID=.;OPOS=15004499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:69:20:33:32:35:0.507246:32:0:0:20:35:0:0:33 chr4 15004655 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.872;QD=39.2067;RBI=0.0402963;REFB=0;REVB=0.0120735;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011317;OID=.;OPOS=15004655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr4 15042142 . T G 919.71 PASS AF=0.410359;AO=103;DP=251;FAO=103;FDP=251;FR=.;FRO=148;FSAF=64;FSAR=39;FSRF=62;FSRR=86;FWDB=0.12246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7925;QD=14.6567;RBI=0.123258;REFB=9.01841e-05;REVB=0.0140049;RO=144;SAF=64;SAR=39;SRF=61;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206977;STB=0.61946;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00019001;OID=.;OPOS=15042142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:144:148:103:103:0.410359:39:64:61:83:39:64:62:86 chr4 15482360 . C T 1772.52 PASS AF=0.491758;AO=176;DP=366;FAO=179;FDP=364;FR=.;FRO=185;FSAF=102;FSAR=77;FSRF=104;FSRR=81;FWDB=-0.00951757;FXX=0.00546433;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.1;QD=19.4783;RBI=0.0144697;REFB=-0.00730182;REVB=0.0108989;RO=185;SAF=100;SAR=76;SRF=104;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00572069;STB=0.503971;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0064768;OID=.;OPOS=15482360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:364:185:185:176:179:0.491758:76:100:104:81:77:102:104:81 chr4 15690233 . C A 156.56 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.9;QD=44.732;RBI=0.0359965;REFB=0;REVB=0.0252138;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290777;OID=.;OPOS=15690233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:14:0:0:12:14:1:8:4:0:0:10:4:0:0 chr4 15717400 . C CG 31.34 PASS AF=0.1;AO=22;DP=134;FAO=13;FDP=130;FR=.;FRO=117;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=79;FWDB=-0.134442;FXX=0.00763301;HRUN=0;LEN=1;MLLD=17.9182;QD=0.964191;RBI=0.1935;REFB=-0.0450152;REVB=-0.139168;RO=105;SAF=12;SAR=10;SRF=31;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31886;STB=0.744689;STBP=0.089;TYPE=ins;VARB=0.0925492;OID=.;OPOS=15717401;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1:22:134:13:130:117:8:5:38:79:31:105:12:10:31:74 chr4 15818391 . G A 236.12 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0309278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.247;QD=16.5697;RBI=0.0311226;REFB=-0.0103986;REVB=0.00347632;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270068;STB=0.505924;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0153326;OID=.;OPOS=15818391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:26:27:0.473684:14:12:13:17:15:12:13:17 chr4 15937731 . T C 3532.66 PASS AF=0.991489;AO=217;DP=224;FAO=233;FDP=235;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0853629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6923;QD=60.1303;RBI=0.09379;REFB=0.0196528;REVB=0.0388554;RO=6;SAF=87;SAR=130;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00360663;STB=0.503703;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.000233536;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:224:235:6:2:217:233:0.991489:130:87:2:4:134:99:0:2 chr4 15964485 . G A 840.37 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000981651;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.95;QD=56.0249;RBI=0.00846557;REFB=0.0344763;REVB=-0.00840846;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.509801;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000278884;OID=.;OPOS=15964485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:0:1:59:59:0.983333:34:25:0:0:34:25:1:0 chr4 15964573 . A G 1325.18 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0346243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.881;QD=60.928;RBI=0.0397526;REFB=-0.141473;REVB=-0.0195302;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119932;STB=0.506328;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000791739;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:47:39:1:0:47:39:1:0 chr4 15992831 . C T 433.05 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0197364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.13;QD=16.9824;RBI=0.0265649;REFB=0.00103792;REVB=0.0177811;RO=54;SAF=22;SAR=25;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493449;STB=0.507334;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0010772;OID=.;OPOS=15992831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:55:47:47:0.460784:25:22:25:29:25:22:25:30 chr4 16164193 . T TTA 498.54 PASS AF=0.394366;AO=50;DP=150;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.00430635;FXX=0.0206882;HRUN=3;LEN=2;MLLD=340.394;QD=14.0433;RBI=0.0109004;REFB=0.000545963;REVB=-0.0100136;RO=95;SAF=26;SAR=24;SRF=55;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676715;STB=0.542239;STBP=0.443;TYPE=ins;VARB=-0.000899902;OID=.;OPOS=16164194;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394366:50:150:56:142:86:28:28:49:37:99:95:26:24:55:40 chr4 16198378 . A G 288.96 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00974204;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.361;QD=25.1266;RBI=0.0199014;REFB=-0.0202526;REVB=0.017354;RO=20;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269899;STB=0.635658;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0146138;OID=.;OPOS=16198378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:20:25:26:0.565217:16:9:14:6:16:10:14:6 chr4 16675898 . C A 804.74 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0240191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.157;QD=51.0948;RBI=0.0332361;REFB=-0.088426;REVB=0.0229721;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.537024;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000495145;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:63:63:0:4:59:59:0.936508:34:25:0:0:34:25:4:0 chr4 17488286 . T G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.87;QD=64.1534;RBI=0.0209375;REFB=0;REVB=0.0203308;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57622e-05;OID=.;OPOS=17488286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr4 17506042 . G A 1749.34 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.849;QD=60.8468;RBI=0.0567015;REFB=0;REVB=-0.0390414;RO=0;SAF=38;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58688e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19701e-06;OID=.;OPOS=17506042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:77:38:0:0:77:38:0:0 chr4 17511595 . A T 819.99 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.777;QD=55.5925;RBI=0.0379951;REFB=0.0149341;REVB=-0.0361277;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145145;STB=0.50769;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000216123;OID=.;OPOS=17511595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:32:26:0:1:32:26:0:1 chr4 17511634 . G A 465.05 PASS AF=0.844444;AO=36;DP=44;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0553837;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.0875;QD=41.3373;RBI=0.0555289;REFB=-0.124705;REVB=0.00401386;RO=5;SAF=15;SAR=21;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881072;STB=0.546075;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00852898;OID=.;OPOS=17511634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:44:45:5:7:36:38:0.844444:21:15:4:1:22:16:5:2 chr4 17517099 . A G 733.68 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0310326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4388;QD=61.1404;RBI=0.0711344;REFB=-0.049722;REVB=-0.0640084;RO=2;SAF=30;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303164;STB=0.507933;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000328762;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:2:1:46:47:0.979167:16:30:2:0:16:31:1:0 chr4 17528480 . G A 1665.41 PASS AF=0.942623;AO=114;DP=122;FAO=115;FDP=122;FR=.;FRO=7;FSAF=91;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00127009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.713;QD=54.6035;RBI=0.001383;REFB=0.0430667;REVB=-0.000547339;RO=7;SAF=91;SAR=23;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103905;STB=0.552846;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00174135;OID=.;OPOS=17528480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:122:122:7:7:114:115:0.942623:23:91:1:6:24:91:1:6 chr4 17586703 . T C 2115.9 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.32;QD=62.6933;RBI=0.0115349;REFB=0;REVB=-0.00616036;RO=0;SAF=46;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46752e-06;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:88:46:0:0:88:47:0:0 chr4 17627294 . A G 1712.22 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.084;QD=60.6095;RBI=0.0237092;REFB=0;REVB=0.0054765;RO=0;SAF=46;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90406e-05;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:111:113:1:65:46:0:0:67:46:0:0 chr4 17627332 . T C 1140.34 PASS AF=0.898876;AO=80;DP=89;FAO=80;FDP=89;FR=.;FRO=9;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00316962;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.789;QD=51.2512;RBI=0.00378933;REFB=-0.00240679;REVB=0.00207666;RO=7;SAF=38;SAR=42;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00707179;STB=0.514379;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=9.18848e-05;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:89:89:7:9:80:80:0.898876:42:38:3:4:42:38:3:6 chr4 17634213 . A G 2140.42 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6534;QD=62.4941;RBI=0.0874033;REFB=0;REVB=0.0541542;RO=0;SAF=78;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141835;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:137:0:0:133:137:1:55:78:0:0:58:79:0:0 chr4 17643848 . G A 492.73 PASS AF=0.863636;AO=34;DP=45;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0360799;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1054;QD=44.7938;RBI=0.102039;REFB=-0.158519;REVB=0.095447;RO=6;SAF=11;SAR=23;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152473;STB=0.588188;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0386284;OID=.;OPOS=17643848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:44:6:6:34:38:0.863636:23:11:5:1:24:14:6:0 chr4 17660082 . C T 2336.05 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033794;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2145;QD=64.0013;RBI=0.0545334;REFB=0;REVB=0.0544285;RO=0;SAF=72;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191119;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:74:72:0:0:74:72:0:0 chr4 17694943 . A G 2197.16 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9219;QD=63.2275;RBI=0.0741822;REFB=0;REVB=-0.0725635;RO=0;SAF=52;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264983;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:87:52:0:0:87:52:0:0 chr4 17711076 . T C 2342.71 PASS AF=0.468992;AO=242;DP=516;FAO=242;FDP=516;FR=.;FRO=274;FSAF=133;FSAR=109;FSRF=144;FSRR=130;FWDB=0.000904231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.888;QD=18.1605;RBI=0.0150898;REFB=-0.0141787;REVB=-0.0150627;RO=272;SAF=133;SAR=109;SRF=144;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195604;STB=0.512858;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0156066;OID=.;OPOS=17711076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:516:516:272:274:242:242:0.468992:109:133:144:128:109:133:144:130 chr4 17829990 . G C 672.79 PASS AF=0.402116;AO=76;DP=187;FAO=76;FDP=189;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=-0.0167897;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8367;QD=14.239;RBI=0.0312984;REFB=-0.0147961;REVB=0.026414;RO=111;SAF=36;SAR=40;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135643;STB=0.50781;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0210276;OID=.;OPOS=17829990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:189:111:113:76:76:0.402116:40:36:54:57:40:36:55:58 chr4 17846522 . T C 484.75 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=130;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=53;FWDB=0.0594415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.596;QD=14.9155;RBI=0.0594428;REFB=-0.00918885;REVB=0.000387009;RO=76;SAF=11;SAR=43;SRF=23;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142174;STB=0.580587;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0101891;OID=.;OPOS=17846522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:76:76:54:54:0.415385:43:11:23:53:43:11:23:53 chr4 17847281 . A C 103.49 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0586716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7071;QD=18.8168;RBI=0.106475;REFB=0.029981;REVB=0.0888516;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670073;STB=0.538397;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0193546;OID=.;OPOS=17847281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:5:5:5:7:5:5 chr4 20492417 . G T 2181.32 PASS AF=1;AO=118;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=79;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171245;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.88;QD=62.7719;RBI=0.056277;REFB=0;REVB=0.0536083;RO=0;SAF=71;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70835e-06;OID=.;OPOS=20492417;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:118:139:1:47:71:0:0:60:79:0:0 chr4 20520993 . T C 910.82 PASS AF=0.90411;AO=66;DP=73;FAO=66;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0275873;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0813;QD=49.9081;RBI=0.0499139;REFB=-0.0689671;REVB=0.0415973;RO=4;SAF=47;SAR=19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590426;STB=0.562989;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0129041;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:73:73:4:7:66:66:0.90411:19:47:1:3:19:47:1:6 chr4 20611726 . C G 1050.65 PASS AF=0.471616;AO=105;DP=225;FAO=108;FDP=229;FR=.;FRO=121;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=0.0077303;FXX=0.00865763;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.7254;QD=18.3519;RBI=0.0481527;REFB=-0.00841484;REVB=-0.0475281;RO=115;SAF=44;SAR=61;SRF=51;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02367;STB=0.510375;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0112893;OID=.;OPOS=20611726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:229:115:121:105:108:0.471616:61:44:51:64:61:47:55:66 chr4 20852166 . A G 565.7 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00234277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.726;QD=22.1841;RBI=0.00426013;REFB=-0.00540429;REVB=-0.00355811;RO=46;SAF=29;SAR=27;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00319544;STB=0.501753;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00270798;OID=.;OPOS=20852166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:46:56:56:0.54902:27:29:24:22:27:29:24:22 chr4 20852244 . A G 775.71 PASS AF=0.548148;AO=73;DP=134;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0444992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.501;QD=22.9839;RBI=0.0467796;REFB=0.0109477;REVB=0.0144277;RO=55;SAF=37;SAR=36;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841354;STB=0.554121;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0121842;OID=.;OPOS=20852244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:55:61:73:74:0.548148:36:37:22:33:36:38:24:37 chr4 21950259 . A G 10366.1 PASS AF=1;AO=627;DP=627;FAO=658;FDP=658;FR=.;FRO=0;FSAF=277;FSAR=381;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.177;QD=63.016;RBI=0.00659796;REFB=0;REVB=0.00525326;RO=0;SAF=272;SAR=355;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87481e-06;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:57:627:658:0:0:627:658:1:355:272:0:0:381:277:0:0 chr4 22416195 . C G 1116.9 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8657;QD=60.3728;RBI=0.10854;REFB=0;REVB=0.0761015;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075237;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr4 22439914 . A C 3208.24 PASS AF=1;AO=207;DP=209;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187021;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.257;QD=61.6969;RBI=0.0388706;REFB=-0.0360063;REVB=0.0340757;RO=0;SAF=101;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163571;OID=.;OPOS=22439914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:208:0:0:207:208:1:106:101:0:0:106:102:0:0 chr4 22444691 . A AT 198.96 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566869;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=129.588;QD=41.8857;RBI=0.0566923;REFB=0;REVB=-0.000777161;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474595;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.33961e-05;OID=.;OPOS=22444692;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:19:19:0:6:13:0:0:4:17:0:2:6:11 chr4 22444692 . C T 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0101145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.742;QD=40.5912;RBI=0.0191032;REFB=0.00740039;REVB=-0.0162058;RO=2;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762947;STB=0.541619;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00148582;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:11:6:0:2:11:6:0:2 chr4 22457478 . C T 2510.14 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00256441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9801;QD=60.8518;RBI=0.018907;REFB=-0.0771784;REVB=0.0187323;RO=1;SAF=66;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715541;STB=0.503759;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-2.75029e-05;OID=.;OPOS=22457478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:1:1:164:164:0.993939:98:66:1:0:98:66:1:0 chr4 22820504 . A T 2230.67 PASS AF=0.979452;AO=143;DP=146;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0321847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.493;QD=61.1143;RBI=0.0329707;REFB=-0.0722769;REVB=-0.00715641;RO=1;SAF=67;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621611;STB=0.504085;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000252158;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:146:146:1:3:143:143:0.979452:76:67:0:1:76:67:2:1 chr4 23815522 . C T 635.6 PASS AF=0.45098;AO=69;DP=153;FAO=69;FDP=153;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.000891295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.154;QD=16.617;RBI=0.00633093;REFB=-0.0208718;REVB=-0.00626787;RO=84;SAF=29;SAR=40;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441775;STB=0.524583;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0187881;OID=.;OPOS=23815522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:84:84:69:69:0.45098:40:29:39:45:40:29:39:45 chr4 23815662 . C T 699.68 PASS AF=0.460123;AO=75;DP=163;FAO=75;FDP=163;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.0129328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.424;QD=17.17;RBI=0.020413;REFB=0.00721607;REVB=-0.0157935;RO=88;SAF=37;SAR=38;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104417;STB=0.557835;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00819856;OID=.;OPOS=23815662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:88:88:75:75:0.460123:38:37:34:54:38:37:34:54 chr4 23815924 . T C 3020.47 PASS AF=1;AO=187;DP=189;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512018;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.168;QD=63.5889;RBI=0.0375717;REFB=0;REVB=0.0372212;RO=0;SAF=94;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.83816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74858e-06;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:190:0:0:187:190:1:93:94:0:0:95:95:0:0 chr4 24534687 . T C 475.86 PASS AF=0.388489;AO=53;DP=139;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.0253902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3657;QD=13.6937;RBI=0.0267342;REFB=0.00149447;REVB=-0.00836981;RO=84;SAF=20;SAR=33;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711421;STB=0.541628;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00268191;OID=.;OPOS=24534687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:84:85:53:54:0.388489:33:20:37:47:34:20:37:48 chr4 24801315 . G A 428.8 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0188121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.253;QD=17.1521;RBI=0.033464;REFB=-0.0241095;REVB=0.0276757;RO=54;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692196;STB=0.53746;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.025648;OID=.;OPOS=24801315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:56:44:44:0.44:23:21:22:32:23:21:23:33 chr4 24801354 . C T 536.73 PASS AF=0.628205;AO=48;DP=78;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00314003;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.874;QD=27.5248;RBI=0.0129043;REFB=-0.00498758;REVB=0.0125164;RO=30;SAF=26;SAR=22;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053002;STB=0.525502;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00460807;OID=.;OPOS=24801354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:30:29:48:49:0.628205:22:26:14:16:22:27:14:15 chr4 24801949 . C T 279.86 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0137653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.827;QD=16.9614;RBI=0.0446117;REFB=-0.0489184;REVB=0.0424349;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020818;STB=0.520425;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0669215;OID=.;OPOS=24801949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:18:13:15:19:18:13:16:19 chr4 24801976 . T C 499.26 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0021133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.108;QD=21.4737;RBI=0.0218753;REFB=-0.00936469;REVB=0.021773;RO=45;SAF=24;SAR=24;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876599;STB=0.548367;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00939528;OID=.;OPOS=24801976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:24:24:18:27:24:24:18:27 chr4 24802323 . G C 1651.0 PASS AF=0.966102;AO=112;DP=119;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0148174;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.77;QD=55.966;RBI=0.0247993;REFB=-0.0811367;REVB=0.0198859;RO=3;SAF=17;SAR=95;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172198;STB=0.505823;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.000981109;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:118:3:4:112:114:0.966102:95:17:1:2:96:18:1:3 chr4 24810094 . G A 1088.69 PASS AF=0.396825;AO=125;DP=314;FAO=125;FDP=315;FR=.;FRO=190;FSAF=83;FSAR=42;FSRF=87;FSRR=103;FWDB=-0.00551379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0271;QD=13.8246;RBI=0.0315575;REFB=-0.0231444;REVB=0.0310721;RO=189;SAF=83;SAR=42;SRF=86;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229746;STB=0.627619;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0372991;OID=.;OPOS=24810094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:315:189:190:125:125:0.396825:42:83:86:103:42:83:87:103 chr4 24896688 . T C 172.19 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.121598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0195;QD=26.4901;RBI=0.13412;REFB=-0.0249427;REVB=0.0565873;RO=8;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013827;STB=0.53394;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0155516;OID=.;OPOS=24896688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:8:9:17:17:0.653846:6:11:5:3:6:11:5:4 chr4 25001439 . T C 3442.46 PASS AF=0.974026;AO=226;DP=231;FAO=225;FDP=231;FR=.;FRO=6;FSAF=100;FSAR=125;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0188435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1652;QD=59.6097;RBI=0.023446;REFB=-0.014878;REVB=-0.0139512;RO=4;SAF=101;SAR=125;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00177881;STB=0.505836;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00240373;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:231:231:4:6:226:225:0.974026:125:101:2:2:125:100:4:2 chr4 25005193 . G A 2782.38 PASS AF=1;AO=176;DP=179;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130084;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.936;QD=62.5254;RBI=0.0131269;REFB=0;REVB=-0.00175994;RO=0;SAF=68;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1378e-05;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:178:0:0:176:178:1:108:68:0:0:110:68:0:0 chr4 25032135 . C T 1595.2 PASS AF=0.433673;AO=169;DP=392;FAO=170;FDP=392;FR=.;FRO=222;FSAF=99;FSAR=71;FSRF=138;FSRR=84;FWDB=-0.00843517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.526;QD=16.2776;RBI=0.00863501;REFB=-0.0207413;REVB=0.00184698;RO=222;SAF=99;SAR=70;SRF=138;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380655;STB=0.52303;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0256988;OID=.;OPOS=25032135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:392:222:222:169:170:0.433673:70:99:138:84:71:99:138:84 chr4 25253995 . C T 475.52 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.00413112;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.128;QD=15.0958;RBI=0.0401289;REFB=-0.0042916;REVB=-0.0399157;RO=73;SAF=26;SAR=27;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114706;STB=0.506441;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00584402;OID=.;OPOS=25253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:73:73:53:53:0.420635:27:26:35:38:27:26:35:38 chr4 25278988 . T C 600.91 PASS AF=0.516949;AO=60;DP=116;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0517575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2628;QD=20.3699;RBI=0.0522622;REFB=-0.0177026;REVB=0.00724525;RO=56;SAF=32;SAR=28;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169093;STB=0.591043;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0127999;OID=.;OPOS=25278988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:56:57:60:61:0.516949:28:32:19:37:28:33:20:37 chr4 25363901 . T A 2313.76 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298579;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.877;QD=63.8279;RBI=0.043882;REFB=0;REVB=0.0321579;RO=0;SAF=73;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025292;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:72:73:0:0:72:73:0:0 chr4 25408516 . T A 427.96 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0122337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.426;QD=19.4529;RBI=0.0122386;REFB=0.00136465;REVB=-0.000346349;RO=45;SAF=24;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124732;STB=0.569288;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00152552;OID=.;OPOS=25408516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:19:24:19:26:19:24:19:26 chr4 25419283 . T C 833.24 PASS AF=0.462366;AO=86;DP=188;FAO=86;FDP=186;FR=.;FRO=100;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=-0.0227333;FXX=0.0106377;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.711;QD=17.9192;RBI=0.0229997;REFB=-0.0124597;REVB=0.00349072;RO=98;SAF=43;SAR=43;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0098211;STB=0.505375;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0164466;OID=.;OPOS=25419283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:186:98:100:86:86:0.462366:43:43:50:48:43:43:51:49 chr4 25678199 . A G 1846.98 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034509;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.644;QD=60.5568;RBI=0.0374089;REFB=-0.0358835;REVB=-0.0144414;RO=1;SAF=62;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760015;STB=0.503936;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000160785;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:120:121:0.991803:58:62:1:0:58:63:1:0 chr4 25749303 . C A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.627;QD=60.2046;RBI=0.0181853;REFB=0;REVB=-0.00175809;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28757e-05;OID=.;OPOS=25749303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:48:25:0:0:48:25:0:0 chr4 25915648 . G A 365.77 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.00243097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.355;QD=18.7575;RBI=0.00493066;REFB=-0.00883916;REVB=0.00428973;RO=38;SAF=11;SAR=26;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03787;STB=0.509086;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00988565;OID=.;OPOS=25915648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:38:40:37:38:0.487179:26:11:10:28:27:11:11:29 chr4 25915858 . C A 1683.08 PASS AF=0.483333;AO=167;DP=355;FAO=174;FDP=360;FR=.;FRO=186;FSAF=111;FSAR=63;FSRF=97;FSRR=89;FWDB=0.0257913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.023;QD=18.7009;RBI=0.0386162;REFB=-0.00377601;REVB=0.0287406;RO=175;SAF=106;SAR=61;SRF=94;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951607;STB=0.562843;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00400602;OID=.;OPOS=25915858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:360:175:186:167:174:0.483333:61:106:94:81:63:111:97:89 chr4 26585881 . C T 849.77 PASS AF=0.446701;AO=88;DP=198;FAO=88;FDP=197;FR=.;FRO=109;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=-0.00508946;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.996;QD=17.2543;RBI=0.0237461;REFB=-0.0154791;REVB=0.0231943;RO=107;SAF=37;SAR=51;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120673;STB=0.567111;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0195962;OID=.;OPOS=26585881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:107:109:88:88:0.446701:51:37:58:49:51:37:59:50 chr4 26586850 . C T 201.6 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00782055;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.425;QD=20.1603;RBI=0.025825;REFB=-0.00148589;REVB=-0.0246124;RO=18;SAF=15;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368302;STB=0.710307;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00214871;OID=.;OPOS=26586850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:20:20:20:0.5:5:15:6:12:5:15:7:13 chr4 26673761 . T A 3540.01 PASS AF=0.996139;AO=133;DP=260;FAO=258;FDP=259;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=137;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653136;FXX=0.00384601;HRUN=9;LEN=1;MLLD=26.5711;QD=54.672;RBI=0.0654402;REFB=0;REVB=-0.00406792;RO=28;SAF=76;SAR=57;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603427;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0132499;OID=.;OPOS=26673761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:260:259:28:0:133:258:0.996139:57:76:21:7:121:137:0:0 chr4 26673787 . A G 6139.07 PASS AF=0.987437;AO=387;DP=398;FAO=393;FDP=398;FR=.;FRO=5;FSAF=173;FSAR=220;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0376573;FXX=0.00499988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.828;QD=61.6992;RBI=0.0385413;REFB=-0.0617329;REVB=0.00820707;RO=4;SAF=172;SAR=215;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00109802;STB=0.500512;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=8.717e-05;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:398:398:4:5:387:393:0.987437:215:172:2:2:220:173:2:3 chr4 27004011 . G A 1504.81 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0770832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5459;QD=61.4209;RBI=0.0879639;REFB=-0.103612;REVB=-0.0423773;RO=2;SAF=40;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231177;STB=0.506023;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00924897;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:98:98:2:1:96:97:0.989796:56:40:2:0:56:41:1:0 chr4 28712912 . C G 1279.49 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0244989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.9365;QD=58.8272;RBI=0.0351318;REFB=-0.158475;REVB=-0.0251803;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.509802;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00382424;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:87:0:2:84:85:0.977011:50:34:0:0:50:35:0:2 chr4 28712968 . A G 1548.48 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0938;QD=63.8547;RBI=0.0106759;REFB=0;REVB=-0.00804745;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76681e-06;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:55:42:0:0:55:42:0:0 chr4 31146018 . A G 325.82 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00496161;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6205;QD=14.6436;RBI=0.0959368;REFB=-0.00597617;REVB=0.0958084;RO=53;SAF=11;SAR=25;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851366;STB=0.548451;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0117583;OID=.;OPOS=31146018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:53:53:36:36:0.404494:25:11:20:33:25:11:20:33 chr4 31147272 . A C 663.77 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=129;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00649164;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.093;QD=20.582;RBI=0.0153928;REFB=-0.0078441;REVB=0.0139569;RO=63;SAF=24;SAR=42;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118471;STB=0.565325;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00741575;OID=.;OPOS=31147272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:63:66:66:0.511628:42:24:31:32:42:24:31:32 chr4 34967868 . G T 1072.45 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436041;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5929;QD=59.5808;RBI=0.0438348;REFB=0;REVB=0.00449136;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795016;OID=.;OPOS=34967868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:70:72:1:40:30:0:0:42:30:0:0 chr4 34967963 . C T 152.69 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0205897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1664;QD=8.72495;RBI=0.026206;REFB=-0.00857136;REVB=-0.0162117;RO=49;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583016;STB=0.534718;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0250795;OID=.;OPOS=34967963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:13:8:21:28:13:8:21:28 chr4 36081878 . C T 1735.38 PASS AF=0.983051;AO=112;DP=114;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0451925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7775;QD=58.8265;RBI=0.0465269;REFB=-0.0525267;REVB=0.0110628;RO=2;SAF=62;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015068;STB=0.507691;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000200792;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:118:2:2:112:116:0.983051:50:62:2:0:52:64:2:0 chr4 36212049 . C A 584.42 PASS AF=0.406061;AO=66;DP=164;FAO=67;FDP=165;FR=.;FRO=98;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=0.00513057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9498;QD=14.1676;RBI=0.0986468;REFB=0.0337555;REVB=-0.0985133;RO=98;SAF=33;SAR=33;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325156;STB=0.528648;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0590028;OID=.;OPOS=36212049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:98:98:66:67:0.406061:33:33:46:52:33:34:45:53 chr4 36230470 . G A 253.59 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0156267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.073;QD=17.489;RBI=0.0229267;REFB=-0.0120131;REVB=-0.0167762;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744682;STB=0.541854;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0128664;OID=.;OPOS=36230470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:18:10:13:17:18:10:13:17 chr4 36258197 . T C 7090.39 PASS AF=0.987069;AO=456;DP=463;FAO=458;FDP=464;FR=.;FRO=6;FSAF=213;FSAR=245;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.000546808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.045;QD=61.124;RBI=0.0412018;REFB=-0.160649;REVB=0.0411982;RO=5;SAF=212;SAR=244;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00968005;STB=0.503879;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000688706;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:463:464:5:6:456:458:0.987069:244:212:0:5:245:213:1:5 chr4 36292018 . T A 1453.33 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.284;QD=63.1884;RBI=0.0396391;REFB=0;REVB=0.0377533;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120719;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:57:35:0:0:57:35:0:0 chr4 36310049 . C T 712.33 PASS AF=0.460606;AO=76;DP=166;FAO=76;FDP=165;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.0260734;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.422;QD=17.2687;RBI=0.02639;REFB=-0.00166898;REVB=0.00407561;RO=89;SAF=26;SAR=50;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999183;STB=0.555541;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00181893;OID=.;OPOS=36310049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:89:89:76:76:0.460606:50:26:39:50:50:26:39:50 chr4 36340753 . G A 977.03 PASS AF=0.455752;AO=103;DP=224;FAO=103;FDP=226;FR=.;FRO=123;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=-0.0213496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.126;QD=17.2925;RBI=0.0371217;REFB=-0.00993257;REVB=-0.0303679;RO=121;SAF=45;SAR=58;SRF=57;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337336;STB=0.519068;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0132345;OID=.;OPOS=36340753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:226:121:123:103:103:0.455752:58:45:57:64:58:45:58:65 chr4 36345377 . G A 2083.78 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.9;QD=62.6702;RBI=0.00895168;REFB=0;REVB=-0.00808136;RO=0;SAF=76;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57343e-06;OID=.;OPOS=36345377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:57:76:0:0:57:76:0:0 chr4 37327583 . A C 439.45 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00571487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.078;QD=21.9723;RBI=0.0163663;REFB=-0.0249709;REVB=0.0153361;RO=37;SAF=17;SAR=25;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000566078;STB=0.504852;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.018707;OID=.;OPOS=37327583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:42:43:0.5375:25:17:15:22:26:17:15:22 chr4 37445885 . T C 501.69 PASS AF=0.365269;AO=61;DP=162;FAO=61;FDP=167;FR=.;FRO=106;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.00795762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5878;QD=12.0165;RBI=0.032053;REFB=-0.0089948;REVB=-0.0310495;RO=101;SAF=27;SAR=34;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00778486;STB=0.500497;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0120478;OID=.;OPOS=37445885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:167:101:106:61:61:0.365269:34:27:44:57:34:27:47:59 chr4 37592128 . G A 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.000579132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.635;QD=12.7898;RBI=0.0271529;REFB=-0.00547972;REVB=0.0271468;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161688;STB=0.594464;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00758501;OID=.;OPOS=37592128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:15:8:7:7:15:8 chr4 37593173 . G A 399.22 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0274709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.107;QD=15.3545;RBI=0.0278533;REFB=0.00715928;REVB=0.00459911;RO=57;SAF=13;SAR=32;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201622;STB=0.625058;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0107641;OID=.;OPOS=37593173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:57:59:45:45:0.432692:32:13:27:30:32:13:29:30 chr4 37612486 . T A 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.438;QD=57.5433;RBI=0.00583624;REFB=0;REVB=0.00255856;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86238e-05;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr4 37903756 . T C 1714.16 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0715831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2337;QD=60.1459;RBI=0.125882;REFB=0;REVB=-0.103548;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000994844;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:60:53:0:0:60:54:0:0 chr4 37904082 . T C 476.74 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00124799;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4728;QD=21.6702;RBI=0.0106148;REFB=0.00295505;REVB=0.0105412;RO=42;SAF=21;SAR=25;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452962;STB=0.524989;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00361962;OID=.;OPOS=37904082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:25:21:17:25:25:21:17:25 chr4 37904089 . C T 466.5 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0122176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.909;QD=22.4819;RBI=0.0353255;REFB=-0.0134094;REVB=-0.0331454;RO=37;SAF=20;SAR=25;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552612;STB=0.523151;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0122994;OID=.;OPOS=37904089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:38:45:45:0.542169:25:20:14:23:25:20:15:23 chr4 37962186 . G C 1210.17 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266375;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0823;QD=61.2745;RBI=0.0357807;REFB=0;REVB=0.0356814;RO=0;SAF=56;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162516;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:23:56:0:0:23:56:0:0 chr4 38016395 . T G 897.73 PASS AF=0.454976;AO=96;DP=213;FAO=96;FDP=211;FR=.;FRO=115;FSAF=13;FSAR=83;FSRF=23;FSRR=92;FWDB=-0.00935245;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.295;QD=17.0185;RBI=0.00938379;REFB=-0.00694111;REVB=0.000766274;RO=117;SAF=13;SAR=83;SRF=23;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1161;STB=0.567722;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00870772;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:211:117:115:96:96:0.454976:83:13:23:94:83:13:23:92 chr4 38023302 . C G 526.7 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0291238;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.307;QD=24.4978;RBI=0.0304644;REFB=-0.0251852;REVB=0.00893777;RO=37;SAF=22;SAR=27;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347109;STB=0.51901;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0187316;OID=.;OPOS=38023302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:37:49:49:0.569767:27:22:15:22:27:22:15:22 chr4 38062233 . T A 477.38 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00625963;FXX=0.0322546;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.714;QD=21.2167;RBI=0.00690173;REFB=0.0022711;REVB=-0.00290705;RO=38;SAF=20;SAR=26;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115032;STB=0.501474;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00182704;OID=.;OPOS=38062233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:90:38:44:46:46:0.511111:26:20:16:22:26:20:19:25 chr4 38258908 . G T 724.06 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0739659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8962;QD=54.6461;RBI=0.0846823;REFB=0.100138;REVB=0.0412328;RO=1;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030361;STB=0.516123;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0161423;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:15:37:0:1:15:37:0:1 chr4 38259004 . C CG,G 768.33 PASS AF=1,0;AO=9,5;DP=70;FAO=62,0;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136858,-0.00747407;FXX=0.0461467;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=69.396,96.8555;QD=49.5697;RBI=0.0270304,0.0436065;REFB=0,0;REVB=0.0233096,0.0429612;RO=53;SAF=6,0;SAR=3,5;SRF=41;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.162757,-0.712736;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0014242,0.0721052;OID=.,.;OPOS=38259005,38259004;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:62:53:0:9,5:62,0:1,0:3,5:6,0:41:12:17,0:45,0:0:0 chr4 38259005 . T G 622.42 PASS AF=0.753623;AO=52;DP=68;FAO=52;FDP=69;FR=.;FRO=17;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00499411;FXX=0.0142837;HRUN=8;LEN=1;MLLD=95.0384;QD=36.0825;RBI=0.0314686;REFB=-0.0651892;REVB=0.0310698;RO=16;SAF=40;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181927;STB=0.609373;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00149153;OID=.;OPOS=38259005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:16:17:52:52:0.753623:12:40:7:9:12:40:7:10 chr4 38259310 . T C 1179.81 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0766986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8016;QD=60.5033;RBI=0.0781472;REFB=0;REVB=0.0149772;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243005;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:47:30:0:0:47:31:0:0 chr4 38628725 . C T 820.63 PASS AF=0.494118;AO=84;DP=170;FAO=84;FDP=170;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0656873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5357;QD=19.3088;RBI=0.0733102;REFB=-0.00974931;REVB=0.032551;RO=86;SAF=40;SAR=44;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218887;STB=0.512055;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0105142;OID=.;OPOS=38628725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:86:86:84:84:0.494118:44:40:43:43:44:40:43:43 chr4 38702437 . A G 524.62 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0183579;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.233;QD=18.7363;RBI=0.0217459;REFB=0.0137402;REVB=0.0116564;RO=51;SAF=25;SAR=30;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140989;STB=0.508194;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0152235;OID=.;OPOS=38702437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:57:55:55:0.491071:30:25:24:27:30:25:25:32 chr4 38776070 . C T 303.13 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0623549;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1733;QD=14.4346;RBI=0.117662;REFB=0.0194422;REVB=-0.0997804;RO=50;SAF=13;SAR=21;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187086;STB=0.606275;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.031572;OID=.;OPOS=38776070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:21:13:28:22:21:13:28:22 chr4 38798648 . C A 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.727;QD=59.8328;RBI=0.00562304;REFB=0;REVB=0.00127566;RO=0;SAF=62;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87513e-06;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:40:62:0:0:40:62:0:0 chr4 38798935 . C T 229.54 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0282852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.325;QD=22.3938;RBI=0.0283499;REFB=0.00266558;REVB=-0.00191382;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367314;STB=0.533303;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.002635;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:12:10:9:9:12:10:10:9 chr4 38799710 . T C 177.6 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0749536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6715;QD=21.5275;RBI=0.0749619;REFB=-0.0179484;REVB=0.001115;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464767;STB=0.510193;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0131113;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:10:7:7:8:10:8:7:8 chr4 38829832 . T C 446.92 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2071;QD=57.6675;RBI=0.0707484;REFB=0;REVB=-0.0614512;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000530984;OID=.;OPOS=38829832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr4 38830012 . G C 895.81 PASS AF=0.941176;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0261621;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.138;QD=52.6947;RBI=0.0264158;REFB=-0.0538673;REVB=-0.00365243;RO=4;SAF=26;SAR=38;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672975;STB=0.535703;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00236697;OID=.;OPOS=38830012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:68:4:4:64:64:0.941176:38:26:4:0:38:26:4:0 chr4 38830350 . A G 1587.47 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0899489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1894;QD=64.1401;RBI=0.0974766;REFB=0;REVB=-0.0375616;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336799;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:48:50:0:0:48:51:0:0 chr4 38937372 . T C 187.18 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0363407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7695;QD=13.37;RBI=0.0363714;REFB=-0.00614746;REVB=0.0014932;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142791;STB=0.592514;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0100215;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:33:22:23:0.410714:11:11:21:12:12:11:21:12 chr4 38972732 . C G 623.69 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00802206;FXX=0.022899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9922;QD=19.4904;RBI=0.0260151;REFB=-0.000265937;REVB=0.0247474;RO=64;SAF=36;SAR=27;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941838;STB=0.548299;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000773912;OID=.;OPOS=38972732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:128:64:65:63:63:0.492188:27:36:30:34:27:36:31:34 chr4 38995374 . T C 3157.03 PASS AF=0.990385;AO=204;DP=208;FAO=206;FDP=208;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0120243;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.546;QD=60.7121;RBI=0.0244466;REFB=-0.131867;REVB=0.021285;RO=2;SAF=96;SAR=108;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873839;STB=0.504587;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000508942;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:208:2:2:204:206:0.990385:108:96:0:2:108:98:0:2 chr4 39064162 . A C 665.35 PASS AF=0.449367;AO=72;DP=163;FAO=71;FDP=158;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=-0.00617537;FXX=0.053889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4059;QD=16.8443;RBI=0.0306823;REFB=0.00016271;REVB=0.0300544;RO=78;SAF=43;SAR=29;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304985;STB=0.503508;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00256621;OID=.;OPOS=39064162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:158:78:87:72:71:0.449367:29:43:49:29:29:42:52:35 chr4 39094738 . G A 279.06 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0262894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.734;QD=10.4322;RBI=0.0504245;REFB=-0.00751206;REVB=-0.043029;RO=71;SAF=17;SAR=19;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123351;STB=0.57109;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0168951;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:71:71:36:36:0.336449:19:17:26:45:19:17:26:45 chr4 39207318 . A G 541.85 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0365226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7509;QD=16.6723;RBI=0.0397204;REFB=-0.00371755;REVB=0.0156146;RO=72;SAF=32;SAR=26;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515743;STB=0.528775;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00598399;OID=.;OPOS=39207318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:72:58:58:0.446154:26:32:36:36:26:32:36:36 chr4 39216221 . C T 736.31 PASS AF=0.415842;AO=84;DP=205;FAO=84;FDP=202;FR=.;FRO=118;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=-0.0047919;FXX=0.0146334;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.552;QD=14.5804;RBI=0.0660068;REFB=-0.0107484;REVB=-0.0658326;RO=117;SAF=38;SAR=46;SRF=54;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960785;STB=0.508074;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0134796;OID=.;OPOS=39216221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:202:117:118:84:84:0.415842:46:38:54:63:46:38:55:63 chr4 39299266 . A G 1281.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3068;QD=61.7558;RBI=0.00394549;REFB=0;REVB=0.00378924;RO=0;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02586e-05;OID=.;OPOS=39299266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:53:30:0:0:53:30:0:0 chr4 39303925 . A G 1123.4 PASS AF=0.509009;AO=111;DP=220;FAO=113;FDP=222;FR=.;FRO=109;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=0.0157545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.325;QD=20.2415;RBI=0.0159092;REFB=-0.00966824;REVB=0.00221317;RO=109;SAF=61;SAR=50;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985008;STB=0.553121;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0102147;OID=.;OPOS=39303925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:222:109:109:111:113:0.509009:50:61:48:61:51:62:48:61 chr4 39448529 . G A 549.88 PASS AF=0.409091;AO=62;DP=152;FAO=63;FDP=154;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.00650388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.202;QD=14.2825;RBI=0.00948334;REFB=-0.0114788;REVB=0.0069017;RO=90;SAF=33;SAR=29;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690168;STB=0.530275;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0188959;OID=.;OPOS=39448529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:90:91:62:63:0.409091:29:33:42:48:30:33:43:48 chr4 39448542 . C G 1970.83 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.684;QD=62.0734;RBI=0.0357188;REFB=0;REVB=-0.0113453;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1221e-05;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:61:66:0:0:61:66:0:0 chr4 39450229 . C A 216.71 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0304161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.1;QD=13.3361;RBI=0.0306861;REFB=-0.0281082;REVB=0.00406197;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409778;STB=0.523448;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.032653;OID=.;OPOS=39450229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:15:11:18:21:15:11:18:21 chr4 39458051 . A G 972.13 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0205776;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.443;QD=56.3553;RBI=0.0660859;REFB=-0.153963;REVB=0.0628005;RO=2;SAF=26;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349656;STB=0.518513;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00147987;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:69:2:2:67:67:0.971014:41:26:2:0:41:26:2:0 chr4 39459724 . T C 2281.13 PASS AF=0.974026;AO=146;DP=154;FAO=150;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=73;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0268761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.988;QD=59.2501;RBI=0.0395648;REFB=-0.0845034;REVB=0.0290353;RO=0;SAF=70;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96177e-08;STB=0.503401;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=7.61358e-05;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:154:154:0:1:146:150:0.974026:76:70:0:0:77:73:1:0 chr4 39460490 . C G 613.96 PASS AF=0.373684;AO=71;DP=191;FAO=71;FDP=190;FR=.;FRO=119;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=-0.00595349;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.463;QD=12.9255;RBI=0.00813741;REFB=-0.0192511;REVB=-0.00554738;RO=120;SAF=28;SAR=43;SRF=57;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913645;STB=0.554192;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0350051;OID=.;OPOS=39460490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:120:119:71:71:0.373684:43:28:57:63:43:28:57:62 chr4 39460797 . G A 280.01 PASS AF=0.248677;AO=38;DP=179;FAO=47;FDP=189;FR=.;FRO=142;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=104;FSRR=38;FWDB=0.0274073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8247;QD=5.92604;RBI=0.0595745;REFB=-0.0231882;REVB=0.0528957;RO=122;SAF=22;SAR=16;SRF=86;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169772;STB=0.563355;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0813564;OID=.;OPOS=39460797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:189:122:142:38:47:0.248677:16:22:86:36:16:31:104:38 chr4 39472842 . T A 240.07 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00545502;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.017;QD=16.5566;RBI=0.0485001;REFB=-0.00213392;REVB=0.0481923;RO=31;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25855;STB=0.645463;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00368856;OID=.;OPOS=39472842;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:17:10:20:11:17:10:20:11 chr4 39501086 . G A 213.23 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0778457;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4894;QD=10.2762;RBI=0.115312;REFB=0.00493178;REVB=0.0850706;RO=57;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704233;STB=0.535816;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0105184;OID=.;OPOS=39501086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:57:56:27:27:0.325301:14:13:24:33:14:13:24:32 chr4 39921942 . A G 329.74 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00266489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.157;QD=20.9362;RBI=0.0187507;REFB=-0.0274999;REVB=0.0185604;RO=29;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279907;STB=0.655178;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0201625;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:23:11:19:10:23:11:19:10 chr4 40045139 . T C 955.94 PASS AF=0.439655;AO=102;DP=232;FAO=102;FDP=232;FR=.;FRO=130;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=60;FSRR=70;FWDB=-0.000985576;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.128;QD=16.4817;RBI=0.00179517;REFB=-0.0063102;REVB=0.00150043;RO=122;SAF=48;SAR=54;SRF=53;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357759;STB=0.505091;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00547275;OID=.;OPOS=40045139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:122:130:102:102:0.439655:54:48:53:69:54:48:60:70 chr4 40079556 . C T 407.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-7.53393e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.206;QD=22.947;RBI=0.00305897;REFB=-0.0137876;REVB=0.00305804;RO=30;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195129;STB=0.503879;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00997093;OID=.;OPOS=40079556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:31:40:40:0.56338:21:19:15:15:21:19:15:16 chr4 40121562 . G A 1543.16 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.726;QD=58.7871;RBI=0.0409801;REFB=-0.058369;REVB=-0.0156609;RO=0;SAF=65;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370043;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:105:105:0:0:104:105:1:39:65:0:0:40:65:0:0 chr4 40138676 . A G 550.19 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.042977;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6927;QD=20.5679;RBI=0.0438239;REFB=0.00953237;REVB=-0.0085736;RO=51;SAF=26;SAR=30;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011587;STB=0.506378;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00735765;OID=.;OPOS=40138676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:51:51:56:56:0.523364:30:26:23:28:30:26:23:28 chr4 40155927 . T C 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00279656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.447;QD=16.7138;RBI=0.00402005;REFB=-0.00703097;REVB=0.00288791;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121298;STB=0.562465;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00892494;OID=.;OPOS=40155927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:36:36:0.45:22:14:22:21:22:14:22:22 chr4 40337908 . T C 2409.71 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170919;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.55;QD=61.3939;RBI=0.0244348;REFB=0;REVB=0.0174621;RO=0;SAF=74;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.87047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12215e-06;OID=.;OPOS=40337908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:83:74:0:0:83:74:0:0 chr4 40356422 . A G 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8017;QD=58.4164;RBI=0.0217136;REFB=0;REVB=0.0216012;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19925e-05;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr4 40428010 . T C 3235.61 PASS AF=1;AO=210;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00772611;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.165;QD=61.0493;RBI=0.0233293;REFB=-0.0719612;REVB=0.0220128;RO=1;SAF=92;SAR=118;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514997;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358586;OID=.;OPOS=40428010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:211:212:1:0:210:212:1:118:92:1:0:118:94:0:0 chr4 40438576 . A G 3173.17 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118791;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.395;QD=61.6149;RBI=0.0139915;REFB=0;REVB=-0.00739254;RO=0;SAF=104;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44785e-06;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:202:206:0:0:201:206:1:97:104:0:0:97:109:0:0 chr4 40440215 . T C 3686.42 PASS AF=0.979339;AO=237;DP=242;FAO=237;FDP=242;FR=.;FRO=5;FSAF=125;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.000449023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.604;QD=60.9326;RBI=0.0165214;REFB=-0.0382918;REVB=0.0165153;RO=4;SAF=125;SAR=112;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00879519;STB=0.50678;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000299112;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:242:242:4:5:237:237:0.979339:112:125:1:3:112:125:1:4 chr4 40440854 . G C 848.94 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.773;QD=57.555;RBI=0.0380643;REFB=0;REVB=0.0347626;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435887;OID=.;OPOS=40440854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr4 40778146 . C T 790.37 PASS AF=0.428571;AO=84;DP=196;FAO=84;FDP=196;FR=.;FRO=112;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=0.00308204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.771;QD=16.1301;RBI=0.00536228;REFB=-0.00771584;REVB=-0.00438806;RO=112;SAF=40;SAR=44;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152631;STB=0.508514;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00930369;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:112:112:84:84:0.428571:44:40:55:57:44:40:55:57 chr4 40778162 . T G 664.22 PASS AF=0.384615;AO=75;DP=196;FAO=75;FDP=195;FR=.;FRO=120;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=0.0116226;FXX=0.00510178;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.185;QD=13.625;RBI=0.0116319;REFB=-0.0101041;REVB=0.000467148;RO=115;SAF=34;SAR=41;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828844;STB=0.549194;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0158542;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:115:120:75:75:0.384615:41:34:61:54:41:34:64:56 chr4 40810747 . A G 1400.39 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.546;QD=61.5556;RBI=0.0124437;REFB=0.113121;REVB=-0.00413799;RO=1;SAF=54;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129832;STB=0.506848;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.000501822;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:36:54:0:1:36:54:0:1 chr4 41015823 . G A,T 3554.19 PASS AF=0.548936,0.451064;AO=129,105;DP=234;FAO=129,106;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=63,47;FSAR=66,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633155,-0.009068;FXX=0.00423711;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.6451,226.121;QD=60.4969;RBI=0.0640116,0.00919263;REFB=0,0;REVB=0.00941453,-0.00150852;RO=0;SAF=63,46;SAR=66,59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00648061,0.00873949;OID=.,.;OPOS=41015823,41015823;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:234:235:0:0:129,105:129,106:0.548936,0.451064:66,59:63,46:0:0:66,59:63,47:0:0 chr4 41015899 . C T 3056.48 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.967;QD=63.6767;RBI=0.00856223;REFB=0;REVB=0.00150128;RO=0;SAF=88;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90255e-06;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:192:192:1:104:88:0:0:104:88:0:0 chr4 41016484 . T C 254.4 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.00232262;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.62;QD=20.3523;RBI=0.0178199;REFB=-0.0369757;REVB=-0.0176679;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199526;STB=0.625327;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0300281;OID=.;OPOS=41016484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:25:24:25:0.5:14:10:5:19:14:11:5:20 chr4 41631718 . C T 468.61 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0130444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.464;QD=15.6203;RBI=0.0309999;REFB=0.00183643;REVB=-0.0281219;RO=68;SAF=15;SAR=37;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125234;STB=0.570456;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0021433;OID=.;OPOS=41631718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:68:52:52:0.433333:37:15:27:41:37:15:27:41 chr4 41633322 . C A 1414.91 PASS AF=0.541502;AO=137;DP=253;FAO=137;FDP=253;FR=.;FRO=116;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=-0.0267046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.792;QD=22.3702;RBI=0.0388854;REFB=-0.024817;REVB=0.0282655;RO=116;SAF=63;SAR=74;SRF=65;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844735;STB=0.546024;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0222632;OID=.;OPOS=41633322;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:116:116:137:137:0.541502:74:63:65:51:74:63:65:51 chr4 41634777 . G C 182.0 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=10;FWDB=0.0112398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.721;QD=9.57889;RBI=0.0317673;REFB=-0.00551592;REVB=-0.0297124;RO=51;SAF=16;SAR=8;SRF=41;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195497;STB=0.616936;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00993297;OID=.;OPOS=41634777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:52:24:24:0.315789:8:16:41:10:8:16:42:10 chr4 41635034 . A G 827.82 PASS AF=0.565217;AO=75;DP=135;FAO=78;FDP=138;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.024644;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.517;QD=23.9949;RBI=0.0497333;REFB=-0.0125514;REVB=0.0431981;RO=60;SAF=37;SAR=38;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103339;STB=0.557956;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00930969;OID=.;OPOS=41635034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:60:60:75:78:0.565217:38:37:22:38:39:39:22:38 chr4 41673554 . CT C,CTT,TT 59.11 PASS AF=0.00952381,0.157143,0.0047619;AO=24,42,13;DP=217;FAO=2,33,1;FDP=210;FR=.;FRO=174;FSAF=1,11,1;FSAR=1,22,0;FSRF=107;FSRR=67;FWDB=0.0275688,-0.0442451,-0.00369013;FXX=0.0582934;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,1;MLLD=9.94519,7.41326,179.309;QD=1.12597;RBI=0.0284175,0.0444903,0.00641081;REFB=0.0469893,-0.0563057,-0.000303389;REVB=0.00689349,-0.00466405,-0.00524228;RO=105;SAF=15,17,9;SAR=9,25,4;SRF=58;SRR=47;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0952981,-0.178362,0.176073;STB=0.612569,0.726026,0.987956;STBP=0.767,0.008,0.481;TYPE=del,ins,snp;VARB=-0.0562967,0.0517173,0.0646436;OID=.,.,.;OPOS=41673555,41673555,41673554;OREF=T,-,C;OALT=-,T,T;OMAPALT=C,CTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:217:210:105:174:24,42,13:2,33,1:0.00952381,0.157143,0.0047619:9,25,4:15,17,9:58:47:1,22,0:1,11,1:107:67 chr4 41699387 . GTTTTTTT GTTTTTTG,GTTT,GTTTT 357.52 PASS AF=0.25,0.475,0.275;AO=2,9,6;DP=50;FAO=10,19,11;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,11;FSAR=10,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263398,-0.0344698,-0.0458696;FXX=0.310291;HRUN=16,16,16;LEN=1,4,3;MLLD=136.154,13.3422,10.0693;QD=35.7524;RBI=0.0828371,0.144614,0.183009;REFB=0,0,0;REVB=0.0785379,0.140446,0.177167;RO=0;SAF=0,9,6;SAR=2,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0374321,0.0247953,-0.0650068;OID=.,.,.;OPOS=41699394,41699388,41699388;OREF=T,TTTT,TTT;OALT=G,-,-;OMAPALT=GTTTTTTG,GTTT,GTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.475,0.275:2,9,6:50:10,19,11:40:0:0,18,11:10,1,0:0:0:78:0:0,9,6:2,0,0:0:0 chr4 41984118 . C T 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.561;QD=63.4762;RBI=0.0177893;REFB=0;REVB=0.00738226;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66251e-05;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr4 41985101 . A G 6186.89 PASS AF=1;AO=388;DP=388;FAO=388;FDP=388;FR=.;FRO=0;FSAF=184;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.985;QD=63.7824;RBI=0.0661334;REFB=0;REVB=0.032845;RO=0;SAF=184;SAR=204;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53548e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23777e-05;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:388:388:0:0:388:388:1:204:184:0:0:204:184:0:0 chr4 41985478 . A G 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.443;QD=61.3748;RBI=0.0411129;REFB=0;REVB=0.040616;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83719e-05;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr4 41985689 . C T 1421.86 PASS AF=1;AO=78;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185236;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4779;QD=62.4991;RBI=0.208913;REFB=0;REVB=-0.0966027;RO=0;SAF=14;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017634;OID=.;OPOS=41985689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:78:91:1:64:14:0:0:64:27:0:0 chr4 41986857 . A G 2087.34 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036949;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5004;QD=62.7772;RBI=0.0728716;REFB=0;REVB=0.0628095;RO=0;SAF=71;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50541e-05;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:62:71:0:0:62:71:0:0 chr4 41987892 . G A 1512.23 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198274;FXX=0.0194156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.944;QD=59.8904;RBI=0.0216049;REFB=0;REVB=0.00858169;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201246;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chr4 41988385 . TAC T 968.21 PASS AF=1;AO=62;DP=69;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229294;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.434;QD=59.5824;RBI=0.0229355;REFB=0;REVB=-0.000532621;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.6131e-07;OID=.;OPOS=41988386;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:69:65:65:0:35:30:0:0:5:0:33:29:0:0 chr4 41992677 . C G 18447.6 PASS AF=0.990025;AO=1181;DP=1203;FAO=1191;FDP=1203;FR=.;FRO=12;FSAF=580;FSAR=611;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0427259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9142;QD=61.3386;RBI=0.0506428;REFB=-0.1789;REVB=0.0271882;RO=17;SAF=572;SAR=609;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00281942;STB=0.502366;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00162144;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:1203:1203:17:12:1181:1191:0.990025:609:572:10:7:611:580:3:9 chr4 42003671 . A G 1169.28 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00147428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.611;QD=59.2042;RBI=0.00907823;REFB=-0.0983894;REVB=-0.00895772;RO=1;SAF=49;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956196;STB=0.504949;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-5.29312e-05;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:28:49:1:0:28:50:1:0 chr4 42020142 . A G 2668.32 PASS AF=0.983051;AO=173;DP=177;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0337057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1479;QD=60.301;RBI=0.0504443;REFB=-0.121058;REVB=0.0375307;RO=1;SAF=76;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488211;STB=0.507613;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00111896;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:177:177:1:3:173:174:0.983051:97:76:0:1:97:77:0:3 chr4 42022464 . C A 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.364;QD=64.0205;RBI=0.049741;REFB=0;REVB=0.0047589;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89473e-05;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr4 42040991 . G GT,T 34.18 PASS AF=0.213115,0.0163934;AO=11,4;DP=62;FAO=13,1;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=6,0;FSAR=7,1;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0133583,-0.00179657;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=7.54658,162.773;QD=2.24129;RBI=0.125212,0.0113807;REFB=-0.0543634,-0.000548768;REVB=-0.124498,-0.011238;RO=42;SAF=3,3;SAR=8,1;SRF=24;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.36413,0.202198;STB=0.538402,0.990184;STBP=0.779,0.482;TYPE=ins,snp;VARB=0.039765,-0.00706542;OID=.,.;OPOS=42040992,42040991;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:62:61:42:47:11,4:13,1:0.213115,0.0163934:8,1:3,3:24:18:7,1:6,0:24:23 chr4 42895423 . C T 915.59 PASS AF=0.449541;AO=96;DP=206;FAO=98;FDP=218;FR=.;FRO=120;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=40;FSRR=80;FWDB=-0.0516327;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1599;QD=16.7997;RBI=0.0921795;REFB=-0.0205543;REVB=-0.0763618;RO=110;SAF=35;SAR=61;SRF=39;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104954;STB=0.514386;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0265048;OID=.;OPOS=42895423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:218:110:120:96:98:0.449541:61:35:39:71:63:35:40:80 chr4 44626641 . A G 1768.24 PASS AF=0.96748;AO=119;DP=123;FAO=119;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0587733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.332;QD=57.5038;RBI=0.061155;REFB=-0.0253543;REVB=0.0169007;RO=4;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321664;STB=0.516946;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00178211;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:123:123:4:4:119:119:0.96748:57:62:0:4:57:62:0:4 chr4 44652030 . C T 644.0 PASS AF=0.390374;AO=73;DP=188;FAO=73;FDP=187;FR=.;FRO=114;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=73;FWDB=-0.000664764;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.612;QD=13.7753;RBI=0.0510716;REFB=-0.00971751;REVB=-0.0510672;RO=114;SAF=27;SAR=46;SRF=41;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118923;STB=0.506701;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0144468;OID=.;OPOS=44652030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:114:114:73:73:0.390374:46:27:41:73:46:27:41:73 chr4 44704757 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.241;QD=60.0309;RBI=0.0123303;REFB=0;REVB=0.000799371;RO=0;SAF=21;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73587e-05;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:51:21:0:0:51:21:0:0 chr4 44704938 . T A 537.66 PASS AF=0.471074;AO=55;DP=119;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0029748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.172;QD=17.7737;RBI=0.0212774;REFB=-0.0249633;REVB=0.0210684;RO=63;SAF=33;SAR=22;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514482;STB=0.53324;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0311361;OID=.;OPOS=44704938;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:63:64:55:57:0.471074:22:33:41:22:23:34:42:22 chr4 46086060 . T C 455.34 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=33;FWDB=0.0346461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5548;QD=22.7669;RBI=0.0592564;REFB=0.00395302;REVB=0.0480726;RO=36;SAF=17;SAR=27;SRF=3;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283464;STB=0.653787;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00151978;OID=.;OPOS=46086060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:27:17:3:33:27:17:3:33 chr4 46314593 . T C 2312.65 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.24271e-05;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.572;QD=63.7972;RBI=0.00192045;REFB=0;REVB=-0.00192018;RO=0;SAF=61;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11288e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35411e-07;OID=.;OPOS=46314593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:84:61:0:0:84:61:0:0 chr4 46334702 . A G 2141.0 PASS AF=0.972028;AO=139;DP=143;FAO=139;FDP=143;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00565587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2974;QD=59.8881;RBI=0.00595977;REFB=-0.0125934;REVB=0.00187882;RO=4;SAF=46;SAR=93;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200075;STB=0.510525;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00124946;OID=.;OPOS=46334702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:143:143:4:4:139:139:0.972028:93:46:0:4:93:46:0:4 chr4 46928746 . A T 767.92 PASS AF=0.907692;AO=54;DP=63;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.104513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9468;QD=47.2565;RBI=0.104721;REFB=-0.219127;REVB=-0.00658947;RO=4;SAF=23;SAR=31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751871;STB=0.548371;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0188823;OID=.;OPOS=46928746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:63:65:4:6:54:59:0.907692:31:23:4:0:31:28:6:0 chr4 46928834 . C T 1513.18 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0220114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.878;QD=57.645;RBI=0.0221963;REFB=-0.0162802;REVB=-0.00285886;RO=1;SAF=50;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939557;STB=0.504853;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=4.9365e-05;OID=.;OPOS=46928834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:105:1:1:103:104:0.990476:53:50:1:0:53:51:1:0 chr4 46995366 . G T 2103.74 PASS AF=0.953947;AO=145;DP=152;FAO=145;FDP=152;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0392556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2874;QD=55.3616;RBI=0.0471909;REFB=-0.0230309;REVB=-0.0261913;RO=6;SAF=52;SAR=93;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158243;STB=0.503656;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0010809;OID=.;OPOS=46995366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:152:152:6:7:145:145:0.953947:93:52:1:5:93:52:2:5 chr4 47034626 . C G 988.35 PASS AF=0.472477;AO=103;DP=218;FAO=103;FDP=218;FR=.;FRO=115;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=-0.00591429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.905;QD=18.1349;RBI=0.0127241;REFB=-0.0225613;REVB=0.011266;RO=115;SAF=49;SAR=54;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356701;STB=0.51969;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0214973;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:115:115:103:103:0.472477:54:49:59:56:54:49:59:56 chr4 47322190 . T C 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.18874e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.17;QD=58.2371;RBI=0.0296736;REFB=0;REVB=-0.0296736;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014796;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr4 47428335 . C CT,T 387.64 PASS AF=0.396135,0;AO=57,9;DP=210;FAO=82,0;FDP=207;FR=.;FRO=125;FSAF=46,0;FSAR=36,0;FSRF=73;FSRR=52;FWDB=0.0492033,-0.00685103;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=12.0016,268.777;QD=7.49061;RBI=0.149704,0.0149879;REFB=-0.0470019,-0.00106872;REVB=-0.141387,-0.0133304;RO=128;SAF=34,2;SAR=23,7;SRF=79;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.025774,-0.39725;STB=0.514159,0.5;STBP=0.781,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0102921,0;OID=.,.;OPOS=47428336,47428335;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:207:128:125:57,9:82,0:0.396135,0:23,7:34,2:79:49:36,0:46,0:73:52 chr4 47560015 . A G 419.97 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0205767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1712;QD=14.6075;RBI=0.0376723;REFB=0.0114582;REVB=-0.0315563;RO=67;SAF=24;SAR=24;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540877;STB=0.530422;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0212618;OID=.;OPOS=47560015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:24:24:30:37:24:24:30:37 chr4 47560163 . C A 856.56 PASS AF=0.404255;AO=94;DP=235;FAO=95;FDP=235;FR=.;FRO=140;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=70;FSRR=70;FWDB=0.00141646;FXX=0.0126045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.356;QD=14.5798;RBI=0.0160851;REFB=0.00748393;REVB=0.0160226;RO=139;SAF=43;SAR=51;SRF=70;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492198;STB=0.521992;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.0122756;OID=.;OPOS=47560163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:139:140:94:95:0.404255:51:43:70:69:51:44:70:70 chr4 47584046 . G A 1094.36 PASS AF=0.441948;AO=117;DP=266;FAO=118;FDP=267;FR=.;FRO=149;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=76;FSRR=73;FWDB=-0.0267581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.369;QD=16.395;RBI=0.0305422;REFB=-0.0106654;REVB=-0.014725;RO=148;SAF=56;SAR=61;SRF=75;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283146;STB=0.515076;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0132246;OID=.;OPOS=47584046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:148:149:117:118:0.441948:61:56:75:73:61:57:76:73 chr4 47589203 . G A 689.21 PASS AF=0.390863;AO=77;DP=197;FAO=77;FDP=197;FR=.;FRO=120;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=57;FSRR=63;FWDB=0.00264936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.137;QD=13.9941;RBI=0.0113234;REFB=0.0030558;REVB=-0.0110091;RO=119;SAF=38;SAR=39;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247241;STB=0.511275;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00497274;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:119:120:77:77:0.390863:39:38:56:63:39:38:57:63 chr4 47667064 . T C 1410.0 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0161831;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4694;QD=61.3042;RBI=0.0661222;REFB=-0.0826819;REVB=0.0641113;RO=1;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108952;STB=0.505746;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00105346;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:90:91:0.98913:43:47:0:1:43:48:0:1 chr4 47839929 . C T 1024.37 PASS AF=0.455319;AO=106;DP=234;FAO=107;FDP=235;FR=.;FRO=128;FSAF=36;FSAR=71;FSRF=43;FSRR=85;FWDB=-0.0224846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.462;QD=17.4361;RBI=0.0277386;REFB=-0.0105305;REVB=0.0162442;RO=116;SAF=36;SAR=70;SRF=43;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324047;STB=0.500312;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0156982;OID=.;OPOS=47839929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:116:128:106:107:0.455319:70:36:43:73:71:36:43:85 chr4 47887536 . T C 652.15 PASS AF=0.547009;AO=64;DP=117;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0107032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.891;QD=22.2958;RBI=0.017751;REFB=-0.00810149;REVB=-0.0141612;RO=53;SAF=35;SAR=29;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093285;STB=0.551092;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00512096;OID=.;OPOS=47887536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:53:53:64:64:0.547009:29:35:23:30:29:35:23:30 chr4 47887991 . G A 974.91 PASS AF=0.425197;AO=108;DP=257;FAO=108;FDP=254;FR=.;FRO=146;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=75;FSRR=71;FWDB=-0.0308969;FXX=0.0116727;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.535;QD=15.353;RBI=0.0568285;REFB=-0.0225532;REVB=-0.0476954;RO=146;SAF=51;SAR=57;SRF=75;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428;STB=0.523847;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0286516;OID=.;OPOS=47887991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:254:146:146:108:108:0.425197:57:51:75:71:57:51:75:71 chr4 47901476 . G A 651.29 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00689412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.324;QD=18.878;RBI=0.00754502;REFB=-0.00478339;REVB=-0.0030657;RO=72;SAF=35;SAR=31;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155064;STB=0.508584;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00422596;OID=.;OPOS=47901476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:72:72:66:66:0.478261:31:35:37:35:31:35:37:35 chr4 47945295 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00893924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.171;QD=14.1383;RBI=0.0223193;REFB=-0.0200765;REVB=-0.0204509;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220592;STB=0.627922;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0240969;OID=.;OPOS=47945295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:13:7:8:6:13:7 chr4 47945455 . C G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0114418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.422;QD=7.46474;RBI=0.0115484;REFB=-0.0147673;REVB=-0.00156592;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172632;STB=0.611882;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0287494;OID=.;OPOS=47945455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:6:1:4:13:6:1:4:13 chr4 48037926 . A G 666.0 PASS AF=0.455696;AO=72;DP=158;FAO=72;FDP=158;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0239903;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.63;QD=16.8607;RBI=0.0239904;REFB=0.000728085;REVB=5.42211e-05;RO=86;SAF=37;SAR=35;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00221676;STB=0.501231;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.000868948;OID=.;OPOS=48037926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:86:86:72:72:0.455696:35:37:44:42:35:37:44:42 chr4 48069696 . G C 1129.37 PASS AF=0.62963;AO=100;DP=161;FAO=102;FDP=162;FR=.;FRO=60;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=17;FWDB=-0.0204076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8261;QD=27.8858;RBI=0.024071;REFB=0.0038138;REVB=0.0127649;RO=61;SAF=50;SAR=50;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143858;STB=0.580232;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00223491;OID=.;OPOS=48069696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:61:60:100:102:0.62963:50:50:43:18:51:51:43:17 chr4 48069725 . G A 757.49 PASS AF=0.586777;AO=70;DP=120;FAO=71;FDP=121;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.00679164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.074;QD=25.041;RBI=0.0296904;REFB=-0.0147343;REVB=0.0289032;RO=50;SAF=35;SAR=35;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168731;STB=0.593565;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00960459;OID=.;OPOS=48069725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:50:50:70:71:0.586777:35:35:36:14:36:35:36:14 chr4 48088540 . G A 2127.86 PASS AF=0.470968;AO=145;DP=310;FAO=146;FDP=310;FR=.,HEALED;FRO=104;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=79;FSRR=25;FWDB=-0.0247564;FXX=0.00958436;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.542;QD=27.4563;RBI=0.0421599;REFB=-0.0108992;REVB=-0.0341259;RO=101;SAF=80;SAR=65;SRF=79;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181016;STB=0.590401;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0242208;OID=.;OPOS=48088540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:101:104:145:146:0.470968:65:80:79:22:66:80:79:25 chr4 48170669 . A G 293.84 PASS AF=0.417722;AO=31;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0228934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.937;QD=14.8779;RBI=0.0238778;REFB=-0.00753439;REVB=0.0067854;RO=46;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783568;STB=0.546151;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00750394;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:46:46:31:33:0.417722:18:13:16:30:19:14:16:30 chr4 48172266 . G A 219.39 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00760165;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.007;QD=11.2507;RBI=0.0865277;REFB=0.00256666;REVB=-0.0861931;RO=47;SAF=10;SAR=17;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246512;STB=0.617503;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00722176;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:47:51:27:27:0.346154:17:10:28:19:17:10:28:23 chr4 48492434 . G C 1530.32 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.807;QD=63.7633;RBI=0.0301313;REFB=0;REVB=0.0235112;RO=0;SAF=3;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116298;OID=.;OPOS=48492434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:92:3:0:0:93:3:0:0 chr4 48582909 . G A 347.21 PASS AF=0.344;AO=43;DP=127;FAO=43;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=0.0521162;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.327;QD=11.1107;RBI=0.0522595;REFB=0.0116368;REVB=0.00386632;RO=67;SAF=21;SAR=22;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684838;STB=0.58728;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0181021;OID=.;OPOS=48582909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:67:82:43:43:0.344:22:21:37:30:22:21:51:31 chr4 48588742 . C T 387.92 PASS AF=0.43;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00483365;FXX=0.00990001;HRUN=6;LEN=1;MLLD=265.925;QD=15.5168;RBI=0.00765246;REFB=0.000554657;REVB=0.00593262;RO=57;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631374;STB=0.535446;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.000506503;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:57:57:43:43:0.43:23:20:23:34:23:20:23:34 chr4 48993993 . CTTG C 672.19 PASS AF=0.492537;AO=97;DP=203;FAO=99;FDP=201;FR=.;FRO=102;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=-0.00472698;FXX=0.0242707;HRUN=2;LEN=3;MLLD=221.144;QD=13.3769;RBI=0.0144397;REFB=-0.00476119;REVB=-0.013644;RO=94;SAF=45;SAR=52;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228858;STB=0.513004;STBP=0.713;TYPE=del;VARB=0.00467955;OID=.;OPOS=48993994;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492537:97:203:99:201:102:46:53:50:52:99:94:45:52:46:48 chr4 49063872 . C A 409.65 PASS AF=0.417391;AO=44;DP=110;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00141869;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.675;QD=14.2486;RBI=0.0257319;REFB=-0.0128026;REVB=-0.0256927;RO=61;SAF=22;SAR=22;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845113;STB=0.525162;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0212308;OID=.;OPOS=49063872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:115:61:67:44:48:0.417391:22:22:30:31:23:25:32:35 chr4 52714354 . A ATTTC,C 513.4 PASS AF=0.456897,0.0344828;AO=38,5;DP=121;FAO=53,4;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=35,4;FSAR=18,0;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00825457,0.00824281;FXX=0.0333306;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=201.963,137.954;QD=17.7035;RBI=0.0245079,0.0297199;REFB=-0.000686207,-5.33879e-05;REVB=-0.023076,-0.0285539;RO=62;SAF=30,5;SAR=8,0;SRF=30;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.371681,0.554171;STB=0.566317,0.997156;STBP=0.203,0.052;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00222418,0.00647127;OID=.,.;OPOS=52714355,52714354;OREF=-,A;OALT=TTTC,C;OMAPALT=ATTTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:116:62:59:38,5:53,4:0.456897,0.0344828:8,0:30,5:30:32:18,0:35,4:32:27 chr4 52752812 . A T 750.23 PASS AF=0.410628;AO=85;DP=204;FAO=85;FDP=207;FR=.;FRO=122;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=52;FSRR=70;FWDB=0.00374232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.071;QD=14.4971;RBI=0.00915789;REFB=-0.0134479;REVB=0.00835835;RO=119;SAF=37;SAR=48;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713838;STB=0.50544;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0204199;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:207:119:122:85:85:0.410628:48:37:51:68:48:37:52:70 chr4 52780048 . G C 667.13 PASS AF=0.381643;AO=79;DP=207;FAO=79;FDP=207;FR=.;FRO=128;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=62;FSRR=66;FWDB=0.0102816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.346;QD=12.8914;RBI=0.0184893;REFB=0.0013955;REVB=-0.0153669;RO=127;SAF=31;SAR=48;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981431;STB=0.558125;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.001673;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:127:128:79:79:0.381643:48:31:61:66:48:31:62:66 chr4 52889602 . T A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0103043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.914;QD=18.0506;RBI=0.0107184;REFB=-0.0166223;REVB=-0.0029505;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573375;STB=0.533264;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0104567;OID=.;OPOS=52889602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:8:2:2:6:8:2:2:6 chr4 52938243 . T C 480.09 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=122;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0108231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2272;QD=15.7405;RBI=0.0257829;REFB=-0.0160629;REVB=-0.0234012;RO=69;SAF=14;SAR=39;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2826;STB=0.659166;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0158983;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:69:53:53:0.434426:39:14:36:33:39:14:36:33 chr4 53463164 . G C 3175.22 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00642965;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.596;QD=64.1458;RBI=0.0216285;REFB=0;REVB=-0.0206507;RO=0;SAF=91;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.522e-05;OID=.;OPOS=53463164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:198:0:0:198:198:1:107:91:0:0:107:91:0:0 chr4 53463803 . C A 452.55 PASS AF=0.54321;AO=42;DP=80;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0146689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.26;QD=22.3484;RBI=0.0149868;REFB=-0.0228255;REVB=-0.00307035;RO=36;SAF=15;SAR=27;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774363;STB=0.545158;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0199415;OID=.;OPOS=53463803;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:36:37:42:44:0.54321:27:15:16:20:29:15:16:21 chr4 53494241 . C T 801.91 PASS AF=0.429952;AO=87;DP=207;FAO=89;FDP=207;FR=.;FRO=118;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=-0.00887914;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6745;QD=15.4958;RBI=0.0193424;REFB=-0.00063942;REVB=0.017184;RO=119;SAF=41;SAR=46;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254154;STB=0.522472;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000904839;OID=.;OPOS=53494241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:119:118:87:89:0.429952:46:41:59:60:48:41:59:59 chr4 53610272 . C T 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.013994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.444;QD=17.6943;RBI=0.0193542;REFB=0.00997054;REVB=-0.0133699;RO=38;SAF=20;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211195;STB=0.623505;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00644069;OID=.;OPOS=53610272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:15:20:13:25:15:20:13:26 chr4 53610275 . T C 358.04 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00197378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.285;QD=19.6186;RBI=0.0123527;REFB=0.0225978;REVB=0.012194;RO=36;SAF=13;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186153;STB=0.603601;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0146174;OID=.;OPOS=53610275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:24:13:20:16:24:13:20:16 chr4 53610788 . CAAAAAAAAG ACAAAAAAAG,CAAAAAAAG,CAAAAAAAGA 65.27 PASS AF=0.08,0.26,0.08;AO=3,15,4;DP=56;FAO=4,13,4;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=0,7,0;FSAR=4,6,4;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0516565,-0.0890431,-0.00199978;FXX=0.107124;HRUN=1,8,8;LEN=2,1,2;MLLD=14.6014,7.24342,14.8412;QD=5.22131;RBI=0.0582387,0.103103,0.0550145;REFB=-0.039976,-0.109131,-0.0706344;REVB=0.0268951,0.051977,-0.0549782;RO=19;SAF=0,9,0;SAR=3,6,4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.555072,0.221869,-0.613472;STB=0.996681,0.608534,0.996681;STBP=0.081,0.358,0.081;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=-0.0835153,0.116624,-0.189016;OID=.,.,.;OPOS=53610788,53610789,53610796;OREF=CA,A,AG;OALT=AC,-,GA;OMAPALT=ACAAAAAAAG,CAAAAAAAG,CAAAAAAAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:56:50:19:29:3,15,4:4,13,4:0.08,0.26,0.08:3,6,4:0,9,0:7:12:4,6,4:0,7,0:11:18 chr4 53611668 . T C 182.54 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.636;QD=45.6339;RBI=0.0629885;REFB=0;REVB=0.0616584;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936137;OID=.;OPOS=53611668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:5:10:0:0:5:11:0:0 chr4 53652758 . A T 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186;QD=58.2386;RBI=0.0176554;REFB=0;REVB=0.00151721;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63511e-05;OID=.;OPOS=53652758;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr4 53729429 . G A 609.63 PASS AF=0.432432;AO=64;DP=148;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=0.0100447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.962;QD=16.4765;RBI=0.0781033;REFB=0.00617938;REVB=0.0774546;RO=84;SAF=33;SAR=31;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112384;STB=0.562717;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00647834;OID=.;OPOS=53729429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:84:84:64:64:0.432432:31:33:34:50:31:33:34:50 chr4 53732943 . T A 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0203779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.938;QD=18.4582;RBI=0.0207046;REFB=-0.00334091;REVB=0.00366318;RO=41;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358482;STB=0.519989;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00301687;OID=.;OPOS=53732943;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:18:20:20:21:18:20:20:21 chr4 53751932 . C T 790.51 PASS AF=0.535714;AO=75;DP=140;FAO=75;FDP=140;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00868191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1096;QD=22.586;RBI=0.0370844;REFB=-0.0156652;REVB=0.0360538;RO=65;SAF=25;SAR=50;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759109;STB=0.541655;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0151178;OID=.;OPOS=53751932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:65:65:75:75:0.535714:50:25:27:38:50:25:27:38 chr4 53822307 . A G 964.86 PASS AF=0.485437;AO=100;DP=206;FAO=100;FDP=206;FR=.;FRO=106;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=0.00416653;FXX=0.00483068;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.623;QD=18.7352;RBI=0.0492856;REFB=-0.0204903;REVB=0.0491091;RO=105;SAF=41;SAR=59;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150508;STB=0.585278;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0295211;OID=.;OPOS=53822307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:105:106:100:100:0.485437:59:41:60:45:59:41:61:45 chr4 54011603 . C T 1883.05 PASS AF=0.524781;AO=180;DP=343;FAO=180;FDP=343;FR=.;FRO=163;FSAF=86;FSAR=94;FSRF=81;FSRR=82;FWDB=-0.0167874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.206;QD=21.9598;RBI=0.0320212;REFB=0.00306681;REVB=-0.027268;RO=163;SAF=86;SAR=94;SRF=81;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167028;STB=0.509112;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.0031156;OID=.;OPOS=54011603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:343:163:163:180:180:0.524781:94:86:81:82:94:86:81:82 chr4 54232110 . G A 500.16 PASS AF=0.44;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0157774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.826;QD=16.0052;RBI=0.0317226;REFB=-0.00874661;REVB=-0.0275208;RO=69;SAF=32;SAR=23;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607642;STB=0.538357;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00926402;OID=.;OPOS=54232110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:69:70:55:55:0.44:23:32:36:33:23:32:36:34 chr4 54310281 . T G 409.38 PASS AF=0.431193;AO=45;DP=107;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00976349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6896;QD=15.023;RBI=0.0387113;REFB=-0.0308262;REVB=0.0374598;RO=58;SAF=15;SAR=30;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693716;STB=0.533085;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0331482;OID=.;OPOS=54310281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:58:62:45:47:0.431193:30:15:23:35:32:15:23:39 chr4 54352468 . GC G 268.56 PASS AF=0.504348;AO=55;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0701914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.1696;QD=9.34123;RBI=0.0776379;REFB=0.0142467;REVB=0.0331785;RO=57;SAF=33;SAR=22;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149341;STB=0.573469;STBP=0.132;TYPE=del;VARB=-0.0144612;OID=.;OPOS=54352469;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.504348:55:115:58:115:57:34:24:25:32:99:57:33:22:25:32 chr4 54966643 . C T 1820.15 PASS AF=0.481675;AO=184;DP=382;FAO=184;FDP=382;FR=.;FRO=198;FSAF=64;FSAR=120;FSRF=102;FSRR=96;FWDB=0.00409719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.126;QD=19.0592;RBI=0.0143778;REFB=-0.0137883;REVB=0.0137816;RO=183;SAF=64;SAR=120;SRF=87;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122549;STB=0.590317;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.013376;OID=.;OPOS=54966643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:382:183:198:184:184:0.481675:120:64:87:96:120:64:102:96 chr4 54966667 . C T 4024.74 PASS AF=0.956989;AO=267;DP=279;FAO=267;FDP=279;FR=.;FRO=12;FSAF=111;FSAR=156;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0382518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.491;QD=57.7023;RBI=0.0382693;REFB=-0.210031;REVB=0.0011571;RO=7;SAF=111;SAR=156;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029114;STB=0.525639;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00640707;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:279:279:7:12:267:267:0.956989:156:111:7:0:156:111:12:0 chr4 54966830 . G A 3805.53 PASS AF=0.980469;AO=250;DP=258;FAO=251;FDP=256;FR=.;FRO=5;FSAF=106;FSAR=145;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00778321;FXX=0.00775164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.483;QD=59.4615;RBI=0.0124815;REFB=-0.0201398;REVB=0.0097576;RO=2;SAF=106;SAR=144;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00117688;STB=0.507541;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=9.11671e-05;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:258:256:2:5:250:251:0.980469:144:106:1:1:145:106:4:1 chr4 54966919 . T C 1285.99 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04043;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.077;QD=61.9755;RBI=0.0412317;REFB=0;REVB=-0.00809133;RO=0;SAF=3;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248492;OID=.;OPOS=54966919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:80:3:0:0:80:3:0:0 chr4 55141055 . A G 3819.82 PASS AF=1;AO=202;DP=241;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361271;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.505;QD=63.3995;RBI=0.0409239;REFB=-0.0340715;REVB=0.0192249;RO=0;SAF=98;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15355e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58083e-05;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:241:241:0:0:202:241:1:104:98:0:0:135:106:0:0 chr4 55161391 . T C 4679.64 PASS AF=1;AO=291;DP=291;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.072;QD=63.8859;RBI=0.0345638;REFB=0;REVB=0.0318347;RO=0;SAF=138;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88874e-05;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:291:293:0:0:291:293:1:153:138:0:0:153:140:0:0 chr4 55161517 . A G 6379.63 PASS AF=1;AO=397;DP=397;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=219;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00831183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.988;QD=64.1169;RBI=0.0100716;REFB=0;REVB=-0.00568774;RO=0;SAF=179;SAR=218;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05576e-06;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:397:398:0:0:397:398:1:218:179:0:0:219:179:0:0 chr4 55599436 . T C 464.86 PASS AF=0.5;AO=45;DP=88;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.102475;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.7454;QD=19.7813;RBI=0.106129;REFB=-0.00591571;REVB=-0.0276096;RO=42;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025824;STB=0.521892;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00463553;OID=.;OPOS=55599436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:94:42:47:45:47:0.5:27:18:18:24:27:20:18:29 chr4 55946081 . A G 3940.76 PASS AF=1;AO=235;DP=235;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.036;QD=63.818;RBI=0.0383727;REFB=0;REVB=0.0383497;RO=0;SAF=133;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302212;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:235:247:0:0:235:247:1:102:133:0:0:112:135:0:0 chr4 55972974 . T A 1259.26 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00640077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.133;QD=59.2595;RBI=0.0248108;REFB=-0.11923;REVB=0.0239709;RO=2;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197263;STB=0.505153;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000738836;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:85:85:2:1:83:84:0.988235:47:36:0:2:48:36:0:1 chr4 56262374 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.645;QD=43.4856;RBI=0.00552208;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82404e-05;OID=.;OPOS=56262374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr4 56291620 . CAA C 2065.25 PASS AF=1;AO=159;DP=165;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111086;FXX=0.0386719;HRUN=2;LEN=2;MLLD=81.7993;QD=47.477;RBI=0.0193033;REFB=0;REVB=-0.0157866;RO=0;SAF=86;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0016634;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:159:165:174:174:0:86:88:0:0:38:0:86:73:0:0 chr4 56299011 . TTC T,TTT 39.76 PASS AF=0.153846,0;AO=10,4;DP=77;FAO=10,0;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=7,0;FSAR=3,0;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0478566,0.0107618;FXX=0.0441112;HRUN=6,5;LEN=2,1;MLLD=24.1211,19.3164;QD=2.44705;RBI=0.0684937,0.0669922;REFB=-0.0278614,-0.00150408;REVB=-0.0490013,0.0661221;RO=53;SAF=7,2;SAR=3,2;SRF=31;SRR=22;SSEN=0.489362,0;SSEP=0,0;SSSB=0.152657,-0.0864315;STB=0.608469,0.5;STBP=0.495,1;TYPE=del,snp;VARB=0.146008,0;OID=.,.;OPOS=56299012,56299013;OREF=TC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846,0:10,4:77:10,0:65:55:7,0:3,0:32:23:40:53:7,2:3,2:31:22 chr4 56300685 . C T 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.376;QD=58.7795;RBI=0.0129627;REFB=0;REVB=0.00850216;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43604e-05;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:45:20:0:0:45:20:0:0 chr4 56301049 . G GA 1189.03 PASS AF=1;AO=97;DP=124;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.423;QD=41.0011;RBI=0.184734;REFB=0;REVB=0.0937386;RO=27;SAF=55;SAR=42;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888666;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00262436;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:124:116:116:0:69:47:0:0:22:27:55:42:21:6 chr4 56306111 . G A 2373.39 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235374;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.593;QD=64.1458;RBI=0.0272155;REFB=0;REVB=-0.0136629;RO=0;SAF=54;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95573e-05;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:148:148:1:94:54:0:0:94:54:0:0 chr4 56309992 . A G 1425.59 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.867;QD=62.6631;RBI=0.0550291;REFB=0;REVB=-0.0137352;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25561e-05;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:54:36:0:0:54:37:0:0 chr4 56318462 . G A 1173.41 PASS AF=0.941176;AO=81;DP=86;FAO=80;FDP=85;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0175404;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8699;QD=55.2193;RBI=0.0626348;REFB=-0.0246851;REVB=-0.0601286;RO=5;SAF=34;SAR=47;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425632;STB=0.523316;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00780459;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:86:85:5:5:81:80:0.941176:47:34:4:1:47:33:4:1 chr4 56367796 . T G 767.77 PASS AF=1;AO=37;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.143;QD=63.9809;RBI=0.0788326;REFB=0;REVB=0.0112767;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00371422;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:37:48:1:19:18:0:0:20:28:0:0 chr4 56502307 . G T 1170.21 PASS AF=0.9875;AO=67;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0756658;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1704;QD=58.5106;RBI=0.106283;REFB=-0.0450069;REVB=0.0746382;RO=1;SAF=36;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129467;STB=0.506328;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00203602;OID=.;OPOS=56502307;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:67:79:0.9875:31:36:1:0:40:39:1:0 chr4 56756531 . T C 404.04 PASS AF=0.429907;AO=45;DP=106;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00375386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.19;QD=15.1044;RBI=0.0227492;REFB=-0.0147969;REVB=0.0224374;RO=61;SAF=18;SAR=27;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04492;STB=0.517277;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0254508;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:61:61:45:46:0.429907:27:18:27:34:27:19:27:34 chr4 56771089 . G A 218.07 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00396407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.372;QD=11.4773;RBI=0.0100162;REFB=-0.0197569;REVB=-0.0091984;RO=49;SAF=7;SAR=20;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340343;STB=0.697999;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0412611;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:20:7:27:22:20:7:27:22 chr4 56874517 . A C 291.54 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0054933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.438;QD=17.1493;RBI=0.0103292;REFB=0.00052415;REVB=-0.00874736;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192442;STB=0.607794;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.000360442;OID=.;OPOS=56874517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:19:13:22:14:19:13:22:14 chr4 57154755 . A ACTCTTC 163.18 PASS AF=0.209302;AO=26;DP=130;FAO=27;FDP=129;FR=.;FRO=102;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=-0.0345077;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=6;MLLD=192.575;QD=5.05991;RBI=0.0493202;REFB=-0.0197552;REVB=-0.0352377;RO=102;SAF=7;SAR=19;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357347;STB=0.725401;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.0628481;OID=.;OPOS=57154756;OREF=-;OALT=CTCTTC;OMAPALT=ACTCTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209302:26:130:27:129:102:7:20:55:47:99:102:7:19:56:46 chr4 57180563 . G C 841.47 PASS AF=0.521472;AO=84;DP=160;FAO=85;FDP=163;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=69;FSRF=18;FSRR=60;FWDB=0.0146722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.331;QD=20.6495;RBI=0.0154018;REFB=-0.025294;REVB=-0.00468427;RO=75;SAF=16;SAR=68;SRF=17;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487103;STB=0.531965;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0338405;OID=.;OPOS=57180563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:75:78:84:85:0.521472:68:16:17:58:69:16:18:60 chr4 57181629 . C T 1596.02 PASS AF=0.39738;AO=182;DP=458;FAO=182;FDP=458;FR=.;FRO=276;FSAF=47;FSAR=135;FSRF=80;FSRR=196;FWDB=0.00312762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.244;QD=13.9391;RBI=0.0289693;REFB=-0.00587992;REVB=0.0288;RO=276;SAF=47;SAR=135;SRF=80;SRR=196;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432997;STB=0.524277;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00846837;OID=.;OPOS=57181629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:458:458:276:276:182:182:0.39738:135:47:80:196:135:47:80:196 chr4 57181632 . G C 7039.41 PASS AF=1;AO=411;DP=411;FAO=455;FDP=455;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=327;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.151;QD=61.8849;RBI=0.0670036;REFB=0;REVB=0.0423133;RO=0;SAF=117;SAR=294;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96435e-05;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:411:455:0:0:411:455:1:294:117:0:0:327:128:0:0 chr4 57181995 . C T 984.14 PASS AF=0.487437;AO=97;DP=199;FAO=97;FDP=199;FR=.;FRO=102;FSAF=23;FSAR=74;FSRF=24;FSRR=78;FWDB=0.0163275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3133;QD=19.7817;RBI=0.0163554;REFB=0.0173242;REVB=-0.0009556;RO=100;SAF=23;SAR=74;SRF=24;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367093;STB=0.50129;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.016325;OID=.;OPOS=57181995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:100:102:97:97:0.487437:74:23:24:76:74:23:24:78 chr4 57182647 . G A 467.19 PASS AF=0.351515;AO=57;DP=159;FAO=58;FDP=165;FR=.;FRO=107;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=-0.00371575;FXX=0.00602373;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.362;QD=11.3257;RBI=0.0162875;REFB=-0.0114487;REVB=0.015858;RO=102;SAF=26;SAR=31;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071394;STB=0.542699;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0272836;OID=.;OPOS=57182647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:165:102:107:57:58:0.351515:31:26:53:49:32:26:55:52 chr4 57182758 . C T 980.2 PASS AF=0.446352;AO=101;DP=233;FAO=104;FDP=233;FR=.;FRO=129;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=-0.0128045;FXX=0.0210075;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.423;QD=16.8275;RBI=0.0128414;REFB=-0.0355245;REVB=0.00097273;RO=127;SAF=37;SAR=64;SRF=56;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07858;STB=0.528556;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0484135;OID=.;OPOS=57182758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:127:129:101:104:0.446352:64:37:56:71:64:40:56:73 chr4 57194329 . G T 692.41 PASS AF=0.383178;AO=80;DP=211;FAO=82;FDP=214;FR=.;FRO=132;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=87;FWDB=-0.0881396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2042;QD=12.9423;RBI=0.102011;REFB=0.0172089;REVB=-0.0513579;RO=131;SAF=32;SAR=48;SRF=44;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748295;STB=0.547591;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0309075;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:214:131:132:80:82:0.383178:48:32:44:87:48:34:45:87 chr4 57196155 . C T 255.08 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00943195;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2999;QD=12.7539;RBI=0.0875996;REFB=-0.0191735;REVB=-0.0870904;RO=49;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110398;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0354591;OID=.;OPOS=57196155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:50:30:30:0.375:15:15:24:25:15:15:25:25 chr4 57197402 . TTTT CTTT,TTTC 1732.88 PASS AF=0.32567,0.367816;AO=10,7;DP=189;FAO=85,96;FDP=261;FR=.;FRO=80;FSAF=50,84;FSAR=35,12;FSRF=58;FSRR=22;FWDB=-0.118669,-0.141266;FXX=0.0678547;HRUN=13,13;LEN=1,1;MLLD=58.9998,94.7793;QD=26.5575;RBI=0.147531,0.16382;REFB=0.0361888,0.0312605;REVB=-0.0876529,-0.0829529;RO=0;SAF=10,0;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.57012,0.626285;STBP=0.072,0.008;TYPE=snp,snp;VARB=0.132466,-0.0731095;OID=.,.;OPOS=57197402,57197405;OREF=T,T;OALT=C,C;OMAPALT=CTTT,TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:189:261:0:80:10,7:85,96:0.32567,0.367816:0,7:10,0:0:0:35,12:50,84:58:22 chr4 57204777 . A C 423.07 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00542638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6787;QD=23.8351;RBI=0.024146;REFB=0.00399501;REVB=0.0235284;RO=30;SAF=13;SAR=28;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275559;STB=0.651546;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00330983;OID=.;OPOS=57204777;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:28:13:20:10:28:13:20:10 chr4 57211352 . T C 498.54 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00315831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.553;QD=18.1289;RBI=0.0035909;REFB=0.00183521;REVB=-0.00170869;RO=57;SAF=30;SAR=23;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135118;STB=0.57492;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00197482;OID=.;OPOS=57211352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:23:30:24:33:23:30:24:33 chr4 57219592 . G A 391.75 PASS AF=0.40708;AO=45;DP=112;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00607538;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.907;QD=13.8672;RBI=0.0281531;REFB=-0.0171942;REVB=-0.0274898;RO=67;SAF=24;SAR=21;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00422993;STB=0.503679;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0373205;OID=.;OPOS=57219592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:67:67:45:46:0.40708:21:24:36:31:21:25:36:31 chr4 57219613 . C T 470.35 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=133;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.000439756;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.951;QD=14.2531;RBI=0.00249683;REFB=-0.00360226;REVB=0.0024578;RO=76;SAF=28;SAR=25;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117381;STB=0.502007;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00605892;OID=.;OPOS=57219613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:76:79:53:53:0.401515:25:28:41:35:25:28:42:37 chr4 57270197 . T C 910.87 PASS AF=0.432314;AO=95;DP=227;FAO=99;FDP=229;FR=.;FRO=130;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=74;FWDB=0.00206146;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.436;QD=15.9104;RBI=0.0183412;REFB=-0.0107232;REVB=0.018225;RO=130;SAF=59;SAR=36;SRF=56;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197942;STB=0.593836;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0118136;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:229:130:130:95:99:0.432314:36:59:56:74:40:59:56:74 chr4 57333822 . G T 3094.39 PASS AF=0.436842;AO=215;DP=754;FAO=332;FDP=760;FR=.;FRO=428;FSAF=174;FSAR=158;FSRF=222;FSRR=206;FWDB=0.00576575;FXX=0.0039318;HRUN=7;LEN=1;MLLD=190.925;QD=16.2863;RBI=0.0130492;REFB=-0.0148806;REVB=0.0117063;RO=235;SAF=171;SAR=44;SRF=119;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328031;STB=0.50305;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0175752;OID=.;OPOS=57333822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:754:760:235:428:215:332:0.436842:44:171:119:116:158:174:222:206 chr4 57368807 . C T 485.26 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0163309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.148;QD=17.8077;RBI=0.0166465;REFB=-0.0139875;REVB=-0.00322596;RO=57;SAF=22;SAR=30;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14656;STB=0.581364;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0169061;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:57:52:52:0.477064:30:22:33:24:30:22:33:24 chr4 57516896 . G A 639.66 PASS AF=0.488722;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0197777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.308;QD=19.2379;RBI=0.0314728;REFB=-0.021668;REVB=0.0244823;RO=68;SAF=30;SAR=35;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143657;STB=0.579286;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.020366;OID=.;OPOS=57516896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:68:65:65:0.488722:35:30:42:26:35:30:42:26 chr4 57660802 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4136;QD=47.8222;RBI=0.0441386;REFB=0;REVB=0.0435022;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136408;OID=.;OPOS=57660802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr4 57797414 . C T 526.91 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00680561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2451;QD=56.9632;RBI=0.00757607;REFB=-0.156862;REVB=0.00332875;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199188;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00270158;OID=.;OPOS=57797414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:23:13:0:1:23:13:0:1 chr4 57798189 . G A 1062.33 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.876;QD=59.8496;RBI=0.0425743;REFB=0;REVB=0.0423268;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114014;OID=.;OPOS=57798189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr4 57843320 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=8;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2676;QD=43.4858;RBI=0.104367;REFB=0;REVB=-0.0559744;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157257;OID=.;OPOS=57843320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:8:12:1:3:5:0:0:6:6:0:0 chr4 57889677 . C T 1509.16 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.079014;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.013;QD=59.7688;RBI=0.080907;REFB=0;REVB=0.0173992;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000420698;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:49:52:0:0:49:52:0:0 chr4 62383135 . C T 871.19 PASS AF=0.458128;AO=93;DP=203;FAO=93;FDP=203;FR=.;FRO=110;FSAF=59;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=0.017731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.685;QD=17.1664;RBI=0.0185458;REFB=-0.0087729;REVB=0.00543664;RO=108;SAF=59;SAR=34;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18742;STB=0.608878;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0114357;OID=.;OPOS=62383135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:108:110:93:93:0.458128:34:59:48:60:34:59:48:62 chr4 62598689 . C T 2560.4 PASS AF=0.994048;AO=164;DP=167;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197084;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.742;QD=60.9618;RBI=0.0267769;REFB=-0.0664348;REVB=-0.0181268;RO=1;SAF=57;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827487;STB=0.504273;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000225971;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:168:1:1:164:167:0.994048:107:57:1:0:109:58:1:0 chr4 62800728 . T C 622.18 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.0375253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7994;QD=18.1659;RBI=0.0376714;REFB=0.0245364;REVB=0.0033155;RO=73;SAF=28;SAR=36;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530485;STB=0.529403;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0103779;OID=.;OPOS=62800728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:73:64:64:0.467153:36:28:28:45:36:28:28:45 chr4 62845388 . G C 3588.82 PASS AF=0.964;AO=240;DP=250;FAO=241;FDP=250;FR=.;FRO=9;FSAF=125;FSAR=116;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0126739;FXX=0.00793619;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.307;QD=57.4212;RBI=0.0127121;REFB=0.0194945;REVB=-0.000984531;RO=9;SAF=124;SAR=116;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179989;STB=0.509347;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=1.2624e-05;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:250:250:9:9:240:241:0.964:116:124:7:2:116:125:7:2 chr4 62845490 . A G 524.25 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00149195;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.468;QD=17.1885;RBI=0.00170971;REFB=0.000229839;REVB=0.000834977;RO=65;SAF=33;SAR=23;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651246;STB=0.540808;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.000234302;OID=.;OPOS=62845490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:65:66:56:56:0.459016:23:33:34:31:23:33:34:32 chr4 66197804 . C T 483.44 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00102416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.784;QD=17.5796;RBI=0.0106086;REFB=0.000848124;REVB=0.010559;RO=58;SAF=26;SAR=26;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327117;STB=0.518175;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.000834432;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:58:52:52:0.472727:26:26:31:27:26:26:31:27 chr4 68374597 . C T 1972.9 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9974;QD=61.1753;RBI=0.029116;REFB=-0.000598626;REVB=0.0125345;RO=0;SAF=53;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=9.48079e-05;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:0:1:128:128:0.992248:75:53:0:0:75:53:0:1 chr4 68376708 . T C 1103.05 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.509;QD=58.8291;RBI=0.015218;REFB=0.0119478;REVB=-0.0105828;RO=2;SAF=36;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255518;STB=0.506665;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-8.12656e-05;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:2:1:73:74:0.986667:37:36:2:0:37:37:1:0 chr4 68380215 . G A 3417.21 PASS AF=1;AO=215;DP=218;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110964;FXX=0.00884917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4249;QD=61.0216;RBI=0.0710531;REFB=-0.0323107;REVB=0.0701813;RO=2;SAF=98;SAR=117;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00078203;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151824;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:218:224:2:0:215:224:1:117:98:1:1:126:98:0:0 chr4 68383921 . ACT ACA,ACTT,CAT 40.97 PASS AF=0.0384615,0.320513,0;AO=3,18,3;DP=78;FAO=3,25,0;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=3,11,0;FSAR=0,14,0;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0219048,-0.0338599,-0.0471889;FXX=0.0126566;HRUN=7,7,5;LEN=1,1,2;MLLD=78.1157,6.65972,72.9222;QD=2.10106;RBI=0.0240947,0.075185,0.0481882;REFB=0.00497327,-0.155263,-0.00698815;REVB=-0.0100367,0.0671289,-0.00976284;RO=39;SAF=3,10,3;SAR=0,8,0;SRF=10;SRR=29;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.642092,0.339768,0.642092;STB=0.997494,0.568704,0.5;STBP=0.026,0.416,1;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.0528954,0.170847,0.0243305;OID=.,.,.;OPOS=68383923,68383923,68383921;OREF=T,-,AC;OALT=A,T,CA;OMAPALT=ACA,ACTT,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:78:78:39:50:3,18,3:3,25,0:0.0384615,0.320513,0:0,8,0:3,10,3:10:29:0,14,0:3,11,0:17:33 chr4 68384008 . C T 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.205;QD=60.2037;RBI=0.0181162;REFB=0;REVB=0.0152737;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70731e-05;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr4 68436883 . T C 589.55 PASS AF=0.442857;AO=62;DP=141;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.0800838;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.044;QD=16.8441;RBI=0.0828144;REFB=-0.00772683;REVB=0.0210907;RO=78;SAF=30;SAR=32;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997443;STB=0.555538;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0108094;OID=.;OPOS=68436883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:78:78:62:62:0.442857:32:30:30:48:32:30:30:48 chr4 68780399 . A G 6409.72 PASS AF=1;AO=401;DP=406;FAO=408;FDP=408;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=222;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451593;FXX=0.0121062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.563;QD=62.8404;RBI=0.066595;REFB=-0.0589186;REVB=0.0489442;RO=1;SAF=184;SAR=217;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00258684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46382e-05;OID=.;OPOS=68780399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:406:408:1:0:401:408:1:217:184:1:0:222:186:0:0 chr4 68784774 . T C 3737.82 PASS AF=1;AO=234;DP=238;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222022;FXX=0.0124995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.879;QD=63.0855;RBI=0.0247618;REFB=0.0256253;REVB=0.0109639;RO=1;SAF=106;SAR=128;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00370878;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515246;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:238:237:1:0:234:237:1:128:106:0:1:130:107:0:0 chr4 68812283 . C T 1474.59 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030626;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.836;QD=63.4231;RBI=0.0379395;REFB=0;REVB=0.0223932;RO=0;SAF=31;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69758e-05;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:62:31:0:0:62:31:0:0 chr4 68995529 . C T 3727.83 PASS AF=1;AO=234;DP=236;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268218;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9504;QD=63.4525;RBI=0.0374622;REFB=0;REVB=0.0261536;RO=0;SAF=102;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111043;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:235:0:0:234:235:1:132:102:0:0:132:103:0:0 chr4 69078113 . T C 2068.36 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185178;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.675;QD=62.6775;RBI=0.00749086;REFB=0;REVB=-0.00725836;RO=0;SAF=75;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22554e-07;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:57:75:0:0:57:75:0:0 chr4 69094507 . T A 1415.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000846729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.841;QD=62.9066;RBI=0.0064572;REFB=0;REVB=-0.00640144;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42524e-06;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr4 69094575 . T G 1290.29 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8571;QD=61.4425;RBI=0.0531919;REFB=0;REVB=0.0525981;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193889;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:82:84:1:48:34:0:0:48:36:0:0 chr4 69095197 . T C 1453.74 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0087099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3258;QD=63.206;RBI=0.0210921;REFB=0;REVB=0.0192098;RO=0;SAF=30;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11712e-05;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:61:30:0:0:62:30:0:0 chr4 69203080 . T C 660.24 PASS AF=0.485507;AO=64;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0206415;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.109;QD=19.1375;RBI=0.0311423;REFB=-0.0204511;REVB=-0.0233188;RO=67;SAF=22;SAR=42;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158248;STB=0.585243;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0224606;OID=.;OPOS=69203080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:67:71:64:67:0.485507:42:22:34:33:42:25:38:33 chr4 69203551 . A T 1538.69 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156116;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.559;QD=64.1119;RBI=0.0183452;REFB=0;REVB=0.00963441;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07154e-05;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:0:0:97:96:1:44:53:0:0:44:52:0:0 chr4 69340500 . A G 2102.23 PASS AF=0.985507;AO=134;DP=138;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0490749;FXX=0.0349626;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.358;QD=60.9342;RBI=0.0506022;REFB=-0.0161705;REVB=0.0123385;RO=3;SAF=57;SAR=77;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102514;STB=0.500976;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000934677;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:138:138:3:2:134:136:0.985507:77:57:2:1:77:59:1:1 chr4 69536084 . A C 365.25 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0089705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.08;QD=14.3235;RBI=0.0262941;REFB=-0.0130406;REVB=0.0247166;RO=60;SAF=18;SAR=24;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226889;STB=0.512814;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0236301;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:60:42:42:0.411765:24:18:27:33:24:18:27:33 chr4 69687987 . C A 1509.73 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=108;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0112551;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.335;QD=56.4385;RBI=0.0116248;REFB=-0.0222554;REVB=0.00290867;RO=3;SAF=39;SAR=64;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00258565;STB=0.501247;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.000622735;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:107:3:3:103:104:0.971963:64:39:1:2:65:39:1:2 chr4 69795626 . C T 337.67 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0260068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3313;QD=15.0075;RBI=0.0261417;REFB=0.0031293;REVB=0.00265321;RO=53;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466832;STB=0.526397;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.00390561;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:20:17:22:31:20:17:22:31 chr4 69962870 . TA T 53.04 PASS AF=0.484848;AO=17;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0046577;FXX=0.0294031;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.53724;QD=6.42944;RBI=0.0587232;REFB=-0.100576;REVB=-0.0585382;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.393939;SSSB=-0.332704;STB=0.660802;STBP=0.087;TYPE=del;VARB=0.0979896;OID=.;OPOS=69962871;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:17:34:16:33:17:4:12:9:8:52:15:4:13:9:6 chr4 69964337 . AT TC 291.97 PASS AF=0.327586;AO=38;DP=117;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00388846;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.991;QD=10.0679;RBI=0.00885633;REFB=-0.0184455;REVB=-0.00795704;RO=77;SAF=16;SAR=22;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128888;STB=0.570481;STBP=0.297;TYPE=mnp;VARB=0.0266978;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:77:78:38:38:0.327586:22:16:41:36:22:16:41:37 chr4 69972949 . C G 1387.6 PASS AF=0.535714;AO=135;DP=252;FAO=135;FDP=252;FR=.;FRO=117;FSAF=64;FSAR=71;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=-0.00301866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.411;QD=22.0254;RBI=0.0070248;REFB=-0.00883191;REVB=0.00634315;RO=117;SAF=64;SAR=71;SRF=61;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402705;STB=0.521963;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00717511;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:117:117:135:135:0.535714:71:64:61:56:71:64:61:56 chr4 69973913 . T C 1110.91 PASS AF=0.525;AO=104;DP=199;FAO=105;FDP=200;FR=.;FRO=95;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.0114269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.973;QD=22.2182;RBI=0.0126751;REFB=0.000343559;REVB=0.00548487;RO=95;SAF=36;SAR=68;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411068;STB=0.51908;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.000240077;OID=.;OPOS=69973913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:95:95:104:105:0.525:68:36:37:58:68:37:37:58 chr4 70079838 . T C 545.43 PASS AF=0.533981;AO=54;DP=103;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00347819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.806;QD=21.1818;RBI=0.010979;REFB=-0.00218118;REVB=0.0104135;RO=48;SAF=30;SAR=24;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120032;STB=0.510376;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00229392;OID=.;OPOS=70079838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:48:54:55:0.533981:24:30:26:22:24:31:26:22 chr4 70079963 . G A 869.69 PASS AF=0.43379;AO=95;DP=219;FAO=95;FDP=219;FR=.;FRO=124;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=64;FSRR=60;FWDB=-0.0196807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.062;QD=15.8848;RBI=0.0203144;REFB=0.00462352;REVB=-0.00503416;RO=122;SAF=46;SAR=49;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242475;STB=0.518066;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00667235;OID=.;OPOS=70079963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:122:124:95:95:0.43379:49:46:62:60:49:46:64:60 chr4 70080093 . C T 292.38 PASS AF=0.349057;AO=37;DP=106;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0112969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9736;QD=11.0332;RBI=0.0617541;REFB=-0.00111029;REVB=-0.060712;RO=67;SAF=16;SAR=21;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117538;STB=0.567531;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00143261;OID=.;OPOS=70080093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:69:37:37:0.349057:21:16:36:31:21:16:37:32 chr4 70146230 . G A 765.49 PASS AF=0.50641;AO=75;DP=153;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0189695;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8259;QD=19.6278;RBI=0.0236543;REFB=-0.00512632;REVB=0.014131;RO=78;SAF=36;SAR=39;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647705;STB=0.532714;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00465112;OID=.;OPOS=70146230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:78:77:75:79:0.50641:39:36:32:46:42:37:31:46 chr4 70146704 . G A 990.51 PASS AF=0.472477;AO=103;DP=219;FAO=103;FDP=218;FR=.;FRO=115;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=-0.0228509;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.287;QD=18.1745;RBI=0.0251677;REFB=0.00117151;REVB=-0.0105476;RO=114;SAF=44;SAR=59;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364636;STB=0.522686;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00199366;OID=.;OPOS=70146704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:114:115:103:103:0.472477:59:44:53:61:59:44:54:61 chr4 70156313 . T A 277.64 PASS AF=0.313559;AO=36;DP=118;FAO=37;FDP=118;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0232445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.741;QD=9.41153;RBI=0.0444021;REFB=-0.0039079;REVB=-0.0378317;RO=81;SAF=14;SAR=22;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678066;STB=0.547072;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0163769;OID=.;OPOS=70156313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:81:81:36:37:0.313559:22:14:36:45:23:14:36:45 chr4 70156392 . A G 426.07 PASS AF=0.344595;AO=48;DP=146;FAO=51;FDP=148;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.0115309;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.904;QD=11.5154;RBI=0.0147976;REFB=-0.018079;REVB=0.00927393;RO=94;SAF=25;SAR=23;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109345;STB=0.550245;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0349593;OID=.;OPOS=70156392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:94:97:48:51:0.344595:23:25:40:54:25:26:42:55 chr4 70160277 . T G 185.54 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=6.07751e-05;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1109;QD=13.7435;RBI=0.00938436;REFB=-0.00480643;REVB=-0.00938417;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228388;STB=0.631456;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00587207;OID=.;OPOS=70160277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:32:22:22:0.407407:7:15:15:17:7:15:15:17 chr4 70160309 . C G 222.73 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=1.01e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.383;QD=12.5483;RBI=0.028272;REFB=-0.00824562;REVB=-0.0282719;RO=44;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200084;STB=0.622945;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0147659;OID=.;OPOS=70160309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:26:27:0.380282:10:16:19:25:10:17:19:25 chr4 70296603 . A G 1664.45 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0714042;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.896;QD=59.4445;RBI=0.0983353;REFB=-0.121874;REVB=-0.0676112;RO=1;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825659;STB=0.504347;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000728077;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:1:1:111:111:0.991071:57:54:0:1:57:54:0:1 chr4 70296618 . G C 257.15 PASS AF=0.248408;AO=39;DP=158;FAO=39;FDP=157;FR=.;FRO=118;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=-0.0296108;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.079;QD=6.55168;RBI=0.0372252;REFB=-3.8449e-05;REVB=-0.0225593;RO=116;SAF=16;SAR=23;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133661;STB=0.574206;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-2.8427e-05;OID=.;OPOS=70296618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:116:118:39:39:0.248408:23:16:60:56:23:16:60:58 chr4 70296641 . A G 355.49 PASS AF=0.310345;AO=45;DP=145;FAO=45;FDP=145;FR=.;FRO=100;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.027661;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.631;QD=9.80673;RBI=0.027709;REFB=-0.015662;REVB=-0.00163032;RO=100;SAF=23;SAR=22;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368345;STB=0.521437;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.023562;OID=.;OPOS=70296641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:100:100:45:45:0.310345:22:23:48:52:22:23:48:52 chr4 70296644 . A G 378.93 PASS AF=0.324138;AO=47;DP=145;FAO=47;FDP=145;FR=.;FRO=98;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.00787182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.475;QD=10.4532;RBI=0.0166523;REFB=-0.0116907;REVB=-0.0146743;RO=94;SAF=24;SAR=23;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614362;STB=0.520965;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00802043;OID=.;OPOS=70296644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:94:98:47:47:0.324138:23:24:43:51:23:24:47:51 chr4 70296648 . T G 391.21 PASS AF=0.347826;AO=48;DP=139;FAO=48;FDP=138;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.00197008;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.899;QD=11.3395;RBI=0.00963689;REFB=-0.000492851;REVB=-0.00943337;RO=89;SAF=25;SAR=23;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934516;STB=0.542478;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00167298;OID=.;OPOS=70296648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:89:90:48:48:0.347826:23:25:39:50:23:25:41:49 chr4 70296653 . GCCT TGGG 329.34 PASS AF=0.323308;AO=40;DP=134;FAO=43;FDP=133;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0193141;FXX=0.029195;HRUN=1;LEN=4;MLLD=311.131;QD=9.90495;RBI=0.0214869;REFB=-0.00278174;REVB=0.0094154;RO=85;SAF=18;SAR=22;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314189;STB=0.529769;STBP=0.623;TYPE=mnp;VARB=0.00672631;OID=.;OPOS=70296653;OREF=GCCT;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:85:90:40:43:0.323308:22:18:36:49:22:21:40:50 chr4 70296660 . A G 375.38 PASS AF=0.345865;AO=46;DP=132;FAO=46;FDP=133;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0200893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.691;QD=11.2896;RBI=0.0252612;REFB=0.00107634;REVB=-0.015315;RO=86;SAF=23;SAR=23;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528105;STB=0.53382;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00145509;OID=.;OPOS=70296660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:86:87:46:46:0.345865:23:23:39:47:23:23:39:48 chr4 70296662 . C T 974.17 PASS AF=0.643939;AO=84;DP=132;FAO=85;FDP=132;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00639523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.579;QD=29.5203;RBI=0.0692096;REFB=0.0046086;REVB=0.0689135;RO=46;SAF=37;SAR=47;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250285;STB=0.519476;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00161026;OID=.;OPOS=70296662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:46:47:84:85:0.643939:47:37:22:24:48:37:23:24 chr4 70296734 . T C 277.02 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00669393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.334;QD=11.3069;RBI=0.00669395;REFB=0.00346943;REVB=1.74393e-05;RO=65;SAF=11;SAR=22;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255317;STB=0.648185;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00493461;OID=.;OPOS=70296734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:65:65:33:33:0.336735:22:11:36:29:22:11:36:29 chr4 70355211 . T C 1830.77 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.02287;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.498;QD=60.5215;RBI=0.0276396;REFB=-0.0509094;REVB=-0.0155213;RO=1;SAF=67;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703708;STB=0.503649;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000141898;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:121:1:1:119:120:0.991736:52:67:1:0:52:68:1:0 chr4 70513139 . C T 1471.43 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4777;QD=63.2874;RBI=0.0223989;REFB=0;REVB=-0.0154565;RO=1;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101945;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53942e-06;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:1:0:92:93:1:46:46:0:1:47:46:0:0 chr4 70599952 . C T 1476.04 PASS AF=0.419271;AO=161;DP=385;FAO=161;FDP=384;FR=.;FRO=223;FSAF=87;FSAR=74;FSRF=114;FSRR=109;FWDB=-0.0323569;FXX=0.00518121;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2746;QD=15.3754;RBI=0.0600103;REFB=-0.0118315;REVB=-0.0505398;RO=221;SAF=87;SAR=74;SRF=114;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256124;STB=0.516997;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0147447;OID=.;OPOS=70599952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:384:221:223:161:161:0.419271:74:87:114:107:74:87:114:109 chr4 70821025 . A G 420.65 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0200713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1712;QD=18.0924;RBI=0.0592104;REFB=-0.0189376;REVB=0.0557047;RO=49;SAF=13;SAR=30;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923848;STB=0.54761;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0319983;OID=.;OPOS=70821025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:50:43:43:0.462366:30:13:19:30:30:13:19:31 chr4 70898907 . C T 953.55 PASS AF=0.550898;AO=92;DP=167;FAO=92;FDP=167;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.00602239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.921;QD=22.8396;RBI=0.0161604;REFB=-0.00730624;REVB=0.0149963;RO=75;SAF=42;SAR=50;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523706;STB=0.528576;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00612675;OID=.;OPOS=70898907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:75:75:92:92:0.550898:50:42:39:36:50:42:39:36 chr4 70898953 . C T 509.79 PASS AF=0.417266;AO=55;DP=139;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0184724;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2956;QD=14.6702;RBI=0.0525506;REFB=-0.0065297;REVB=-0.0491969;RO=74;SAF=31;SAR=24;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655281;STB=0.54101;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0059394;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:74:81:55:58:0.417266:24:31:37:37:26:32:39:42 chr4 70944452 . G A 4392.73 PASS AF=0.989399;AO=272;DP=284;FAO=280;FDP=283;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=142;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433839;FXX=0.003521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.631;QD=62.0881;RBI=0.0331214;REFB=-0.0701516;REVB=0.032836;RO=0;SAF=142;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59966e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000844966;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:284:283:0:0:272:280:0.989399:130:142:0:0:138:142:0:0 chr4 71114956 . G T 1366.1 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00320962;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0466;QD=61.3978;RBI=0.00572359;REFB=0.0793434;REVB=-0.00473896;RO=1;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997626;STB=0.505262;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000732001;OID=.;OPOS=71114956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:47:41:0:1:47:41:0:1 chr4 71201388 . C T 993.59 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0232674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1614;QD=57.5997;RBI=0.041472;REFB=0.15529;REVB=0.03433;RO=1;SAF=44;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106223;STB=0.505616;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00187927;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:24:44:1:0:24:44:1:0 chr4 71201597 . C T 435.65 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0111349;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.456;QD=17.9651;RBI=0.0116726;REFB=-0.00568939;REVB=0.00350181;RO=50;SAF=23;SAR=21;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787711;STB=0.548365;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00626641;OID=.;OPOS=71201597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:50:53:44:44:0.453608:21:23:22:28:21:23:23:30 chr4 71232388 . G A 533.7 PASS AF=0.4;AO=62;DP=156;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=48;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.00976904;FXX=0.00640985;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.629;QD=13.7729;RBI=0.010064;REFB=-0.0134864;REVB=0.00241875;RO=93;SAF=48;SAR=14;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246879;STB=0.640434;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0255691;OID=.;OPOS=71232388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:93:93:62:62:0.4:14:48:54:39:14:48:54:39 chr4 71232430 . T C 1248.21 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.71;QD=58.7393;RBI=0.0227331;REFB=-0.161273;REVB=0.0203096;RO=2;SAF=29;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315381;STB=0.504672;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00311773;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:2:1:82:84:0.988235:53:29:2:0:53:31:0:1 chr4 71255767 . A G 588.78 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0206673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.606;QD=26.4622;RBI=0.025442;REFB=-0.00581669;REVB=0.0148378;RO=36;SAF=28;SAR=25;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14386;STB=0.578386;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00611618;OID=.;OPOS=71255767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:36:53:53:0.595506:25:28:12:24:25:28:12:24 chr4 71339723 . G A 391.53 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0145818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5259;QD=19.3347;RBI=0.0188935;REFB=-0.0187452;REVB=-0.012014;RO=40;SAF=19;SAR=21;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50649;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0216178;OID=.;OPOS=71339723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:41:40:40:0.493827:21:19:19:21:21:19:20:21 chr4 71339728 . C T 450.44 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00544559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.536;QD=21.7082;RBI=0.0403045;REFB=-0.0152584;REVB=-0.0399349;RO=38;SAF=22;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221121;STB=0.506021;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0112837;OID=.;OPOS=71339728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:39:44:44:0.53012:22:22:20:18:22:22:20:19 chr4 71346701 . C G 289.17 PASS AF=0.464789;AO=31;DP=65;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=32;FWDB=0.040665;FXX=0.0273935;HRUN=7;LEN=1;MLLD=137.614;QD=16.2911;RBI=0.0408729;REFB=-0.0138097;REVB=0.00411643;RO=31;SAF=6;SAR=25;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545673;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0137051;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:71:31:38:31:33:0.464789:25:6:6:25:26:7:6:32 chr4 71384488 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.679;QD=63.3368;RBI=0.0412545;REFB=0;REVB=0.00336229;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70579e-05;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr4 71396989 . C T 657.57 PASS AF=0.532787;AO=60;DP=117;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0560408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3913;QD=21.5596;RBI=0.0586003;REFB=-0.0220032;REVB=0.0171299;RO=55;SAF=29;SAR=31;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136795;STB=0.566208;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0289195;OID=.;OPOS=71396989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:122:55:57:60:65:0.532787:31:29:18:37:33:32:20:37 chr4 71657772 . G A 1996.19 PASS AF=1;AO=125;DP=131;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946638;FXX=0.0444412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.994;QD=61.8974;RBI=0.0401952;REFB=0;REVB=0.0390645;RO=0;SAF=48;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810767;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:129:0:0:125:129:1:77:48:0:0:78:51:0:0 chr4 71704965 . C T 2075.7 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.89;QD=62.4272;RBI=0.085384;REFB=0;REVB=0.0396027;RO=0;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188445;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:133:0:0:121:133:1:60:61:0:0:63:70:0:0 chr4 71849697 . C T 942.29 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879584;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.035;QD=58.8931;RBI=0.0109505;REFB=0;REVB=-0.00652277;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93783e-05;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr4 71849888 . G T 2375.51 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.765;QD=63.7722;RBI=0.0422716;REFB=0;REVB=0.0217942;RO=0;SAF=77;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59808e-05;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:137:149:0:0:137:149:1:60:77:0:0:61:88:0:0 chr4 71853812 . GTTT GTGT,G,GT,GTT,TGTT 251.34 PASS AF=0.0689655,0.0344828,0.137931,0,0.758621;AO=2,4,6,5,4;DP=36;FAO=2,1,4,0,22;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1,0,0,20;FSAR=1,0,4,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373886,-0.206948,-0.262529,-0.738956,0.0436563;FXX=0.19439;HRUN=13,13,13,13,1;LEN=1,3,2,1,2;MLLD=150.021,10.4127,9.65832,3.99306,18.6401;QD=34.6677;RBI=0.0608285,0.209713,0.265246,0.75161,0.191389;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.0479812,-0.0339455,-0.0378687,-0.137337,-0.186343;RO=0;SAF=1,4,5,4,2;SAR=1,0,1,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,-3.18042e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,mnp;VARB=0.0535645,-0.0935511,0.10836,-0.17262,0.0349789;OID=.,.,.,.,.;OPOS=71853814,71853813,71853813,71853813,71853812;OREF=T,TTT,TT,T,GT;OALT=G,-,-,-,TG;OMAPALT=GTGT,G,GT,GTT,TGTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/5:15:36:29:0:0:2,4,6,5,4:2,1,4,0,22:0.0689655,0.0344828,0.137931,0,0.758621:1,0,1,1,2:1,4,5,4,2:0:0:1,0,4,0,2:1,1,0,0,20:0:0 chr4 72425863 . C T 770.58 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.233;QD=55.0417;RBI=0.04539;REFB=-0.0232574;REVB=0.0340289;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000367202;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:34:21:0:0:34:21:1:0 chr4 72433545 . A C 584.7 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0113179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.393;QD=17.8534;RBI=0.0185422;REFB=-0.0121015;REVB=0.0146874;RO=68;SAF=25;SAR=36;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869436;STB=0.548904;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.014959;OID=.;OPOS=72433545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:70:61:61:0.465649:36:25:34:34:36:25:35:35 chr4 72433642 . TG T,TT 661.63 PASS AF=0.441718,0.00613497;AO=62,17;DP=170;FAO=72,1;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=29,1;FSAR=43,0;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.0286807,-0.0300274;FXX=0.0355009;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=259.092,257.532;QD=16.2363;RBI=0.0286978,0.0304987;REFB=-0.00469992,-0.00328338;REVB=-0.00099202,-0.00534149;RO=88;SAF=27,6;SAR=35,11;SRF=38;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00389679,-0.103916;STB=0.523828,0.991142;STBP=0.599,0.261;TYPE=del,snp;VARB=0.00578021,-0.0169837;OID=.,.;OPOS=72433643,72433643;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441718,0.00613497:62,17:170:72,1:163:90:29,1:43,0:40:50:99:88:27,6:35,11:38:50 chr4 72434406 . G C 529.51 PASS AF=0.431818;AO=46;DP=131;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=0.0258061;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8702;QD=16.0457;RBI=0.0263959;REFB=-0.00415655;REVB=-0.0055491;RO=62;SAF=14;SAR=32;SRF=18;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170525;STB=0.540045;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00593151;OID=.;OPOS=72434406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:62:75:46:57:0.431818:32:14:18:44:42:15:24:51 chr4 72436804 . G A 3079.23 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956464;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.976;QD=63.8183;RBI=0.0279022;REFB=0;REVB=0.0262117;RO=0;SAF=100;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25322e-05;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:193:0:0:193:193:1:93:100:0:0:93:100:0:0 chr4 72618296 . T C 3450.79 PASS AF=1;AO=221;DP=224;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126448;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.055;QD=62.4577;RBI=0.0285055;REFB=-0.0891054;REVB=0.0255474;RO=1;SAF=105;SAR=116;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321481;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:224:221:1:0:221:221:1:116:105:1:0:116:105:0:0 chr4 72618334 . A C 695.81 PASS AF=0.381395;AO=82;DP=216;FAO=82;FDP=215;FR=.;FRO=133;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=71;FWDB=0.0158633;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.32;QD=12.9454;RBI=0.0192808;REFB=0.000835415;REVB=-0.0109592;RO=131;SAF=37;SAR=45;SRF=61;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158547;STB=0.509315;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00126818;OID=.;OPOS=72618334;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:131:133:82:82:0.381395:45:37:61:70:45:37:62:71 chr4 72649774 . G A 327.5 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0555134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3398;QD=15.2327;RBI=0.0567756;REFB=-0.00685525;REVB=0.0119048;RO=50;SAF=10;SAR=26;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227784;STB=0.629554;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0115285;OID=.;OPOS=72649774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:26:10:24:26:26:10:24:26 chr4 73414285 . TC T,TT 1747.97 PASS AF=1,0;AO=26,87;DP=113;FAO=113,0;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=63,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371413,-0.056074;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=275.804,265.654;QD=61.8749;RBI=0.0418409,0.0672096;REFB=0,0;REVB=-0.0192661,-0.0370517;RO=0;SAF=1,49;SAR=25,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.08431e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000711023,0;OID=.,.;OPOS=73414286,73414286;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:26,87:113:113,0:113:0:50,0:63,0:0:0:9:0:1,49:25,38:0:0 chr4 73433122 . GAAA GAA,GAAG 451.9 PASS AF=0.415929,0.079646;AO=48,10;DP=113;FAO=47,9;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=27,1;FSAR=20,8;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.153839,-0.0746465;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.6354,25.7464;QD=15.9964;RBI=0.15474,0.0751519;REFB=0.00856648,-0.00186735;REVB=-0.0166685,-0.00870166;RO=52;SAF=28,2;SAR=20,8;SRF=17;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.236583,-0.19794;STB=0.620765,0.787957;STBP=0.03,0.113;TYPE=del,snp;VARB=-0.025792,0.0514336;OID=.,.;OPOS=73433123,73433125;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415929,0.079646:48,10:113:47,9:113:57:27,1:20,8:20:37:99:52:28,2:20,8:17:35 chr4 73830903 . T C 63.47 PASS AF=0.10303;AO=17;DP=165;FAO=17;FDP=165;FR=.;FRO=148;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=71;FSRR=77;FWDB=0.0102258;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.135;QD=1.53871;RBI=0.0241373;REFB=-0.00119576;REVB=-0.0218642;RO=148;SAF=6;SAR=11;SRF=71;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154994;STB=0.615862;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0132415;OID=.;OPOS=73830903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:165:165:148:148:17:17:0.10303:11:6:71:77:11:6:71:77 chr4 73930552 . G A 400.63 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0311833;FXX=0.0188661;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.705;QD=15.409;RBI=0.0404892;REFB=-0.0142655;REVB=-0.0258259;RO=58;SAF=15;SAR=30;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129093;STB=0.503596;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0254328;OID=.;OPOS=73930552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:58:59:45:45:0.432692:30:15:20:38:30:15:20:39 chr4 73956736 . G A 223.65 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0203318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.053;QD=17.5414;RBI=0.0209018;REFB=-0.00855049;REVB=0.00484777;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885263;STB=0.568571;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00903606;OID=.;OPOS=73956736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:27:23:24:0.470588:12:11:10:16:12:12:10:17 chr4 73991006 . T C 1677.13 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.509;QD=60.4371;RBI=0.0103403;REFB=0;REVB=-0.0100777;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27708e-05;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:66:44:0:0:67:44:0:0 chr4 74285239 . C T 255.13 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0143533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3955;QD=16.7298;RBI=0.0433558;REFB=0.0162254;REVB=-0.040911;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298245;STB=0.670942;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0276221;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:28:29:0.47541:16:12:24:8:17:12:24:8 chr4 74302071 . T A 440.2 PASS AF=0.454545;AO=41;DP=95;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.000408046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.794;QD=17.7858;RBI=0.0220102;REFB=-0.0138393;REVB=0.0220064;RO=54;SAF=23;SAR=18;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208995;STB=0.609708;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0131821;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:54:54:41:45:0.454545:18:23:19:35:20:25:19:35 chr4 74302870 . T C 689.13 PASS AF=0.451807;AO=74;DP=165;FAO=75;FDP=166;FR=.;FRO=91;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.0293535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0474;QD=16.6055;RBI=0.0378065;REFB=-0.00301167;REVB=0.0238266;RO=91;SAF=42;SAR=32;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00719095;STB=0.507206;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00360556;OID=.;OPOS=74302870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:91:91:74:75:0.451807:32:42:51:40:32:43:51:40 chr4 74318330 . A G 1309.41 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0266662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.208;QD=57.5563;RBI=0.0285195;REFB=-0.19742;REVB=0.0101131;RO=3;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270559;STB=0.507438;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00270388;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:91:91:3:4:87:87:0.956044:51:36:0:3:51:36:1:3 chr4 74347531 . GTTTTTTTTG GTTTTTTTGT,GTTTTTTTTTG,TGTTTTTTTG 32.67 PASS AF=0.031746,0.111111,0.0634921;AO=3,12,4;DP=65;FAO=2,7,4;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=2,1,4;FSAR=0,6,0;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.117065,0.00182177,-0.0967037;FXX=0.0156226;HRUN=8,8,1;LEN=2,1,2;MLLD=114.798,7.39656,23.9846;QD=2.07403;RBI=0.117225,0.0200966,0.0970011;REFB=0.00580631,-0.0148679,0.00722015;REVB=-0.00611481,0.0200139,-0.00759073;RO=30;SAF=3,4,4;SAR=0,8,0;SRF=10;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.62513,0,0.67581;STB=0.995232,0.812577,0.99751;STBP=0.118,0.115,0.018;TYPE=mnp,ins,mnp;VARB=0.120005,0.0608355,0.0525733;OID=.,.,.;OPOS=74347539,74347532,74347531;OREF=TG,-,GT;OALT=GT,T,TG;OMAPALT=GTTTTTTTGT,GTTTTTTTTTG,TGTTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:65:63:30:50:3,12,4:2,7,4:0.031746,0.111111,0.0634921:0,8,0:3,4,4:10:20:0,6,0:2,1,4:23:27 chr4 74447510 . A C 2172.93 PASS AF=0.900585;AO=153;DP=170;FAO=154;FDP=171;FR=.;FRO=17;FSAF=78;FSAR=76;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00709755;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.404;QD=50.8289;RBI=0.0207538;REFB=-0.0106249;REVB=-0.0195024;RO=16;SAF=77;SAR=76;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106266;STB=0.508128;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00023955;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:170:171:16:17:153:154:0.900585:76:77:9:7:76:78:10:7 chr4 74714098 . G A 1185.25 PASS AF=0.469697;AO=121;DP=262;FAO=124;FDP=264;FR=.;FRO=140;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=69;FSRR=71;FWDB=-0.0420699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.081;QD=17.9583;RBI=0.0436026;REFB=-0.00920757;REVB=-0.0114592;RO=139;SAF=61;SAR=60;SRF=69;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748284;STB=0.508063;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0102102;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:264:139:140:121:124:0.469697:60:61:69:70:61:63:69:71 chr4 74847598 . C T 2084.33 PASS AF=0.5086;AO=207;DP=408;FAO=207;FDP=407;FR=.;FRO=200;FSAF=111;FSAR=96;FSRF=87;FSRR=113;FWDB=0.0139649;FXX=0.00488986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2531;QD=20.4848;RBI=0.0174849;REFB=-0.0233502;REVB=0.0105215;RO=198;SAF=111;SAR=96;SRF=87;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865129;STB=0.549643;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0217177;OID=.;OPOS=74847598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:407:198:200:207:207:0.5086:96:111:87:111:96:111:87:113 chr4 74863997 . T C 2418.97 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.075419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8517;QD=60.4742;RBI=0.0907918;REFB=-0.100332;REVB=0.0505483;RO=1;SAF=79;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591051;STB=0.503105;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000806582;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:1:1:159:159:0.99375:80:79:0:1:80:79:0:1 chr4 74963049 . C T 505.45 PASS AF=0.41791;AO=55;DP=133;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.00840784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.172;QD=15.088;RBI=0.00859622;REFB=-0.0288595;REVB=-0.00178977;RO=77;SAF=21;SAR=34;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854571;STB=0.513829;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0406323;OID=.;OPOS=74963049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:77:78:55:56:0.41791:34:21:30:47:35:21:31:47 chr4 75023609 . T C 4834.99 PASS AF=0.984375;AO=313;DP=319;FAO=315;FDP=320;FR=.;FRO=5;FSAF=187;FSAR=128;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.144958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2386;QD=60.4374;RBI=0.158926;REFB=0.112828;REVB=-0.0651506;RO=5;SAF=186;SAR=127;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012647;STB=0.506596;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0125184;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:319:320:5:5:313:315:0.984375:127:186:5:0:128:187:5:0 chr4 75023709 . C T 2273.64 PASS AF=0.441392;AO=236;DP=537;FAO=241;FDP=546;FR=.;FRO=305;FSAF=132;FSAR=109;FSRF=161;FSRR=144;FWDB=0.0108725;FXX=0.00546438;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.302;QD=16.6567;RBI=0.0135091;REFB=-0.0132552;REVB=-0.00801778;RO=291;SAF=128;SAR=108;SRF=156;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00632826;STB=0.511165;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0157929;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:537:546:291:305:236:241:0.441392:108:128:156:135:109:132:161:144 chr4 75046465 . C G 1692.08 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8938;QD=59.8968;RBI=0.0157123;REFB=0;REVB=0.000647582;RO=0;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022868;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:110:113:1:46:64:0:0:49:64:0:0 chr4 75168785 . A G 674.19 PASS AF=0.540984;AO=66;DP=122;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.051388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1768;QD=22.1046;RBI=0.0643847;REFB=-0.0263861;REVB=0.03879;RO=56;SAF=27;SAR=39;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136689;STB=0.57494;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0119468;OID=.;OPOS=75168785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:56:56:66:66:0.540984:39:27:32:24:39:27:32:24 chr4 75248434 . A G 906.35 PASS AF=0.508475;AO=90;DP=178;FAO=90;FDP=177;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0330006;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.23;QD=20.4824;RBI=0.0330198;REFB=0.00283049;REVB=-0.00112551;RO=85;SAF=37;SAR=53;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851243;STB=0.547217;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00238462;OID=.;OPOS=75248434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:85:87:90:90:0.508475:53:37:43:42:53:37:44:43 chr4 75254282 . G A 751.25 PASS AF=0.415385;AO=81;DP=195;FAO=81;FDP=195;FR=.;FRO=114;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=0.0103977;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.867;QD=15.4101;RBI=0.0210559;REFB=-0.00122851;REVB=-0.0183096;RO=112;SAF=35;SAR=46;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570492;STB=0.50907;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00197529;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:112:114:81:81:0.415385:46:35:49:63:46:35:51:63 chr4 75675841 . A T 498.92 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00480763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.247;QD=24.0442;RBI=0.0123558;REFB=-0.0174019;REVB=0.0113821;RO=36;SAF=23;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522904;STB=0.528676;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0128602;OID=.;OPOS=75675841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:24:23:20:16:24:23:20:16 chr4 76407217 . A ACT,T 633.55 PASS AF=0.387879,0.0545455;AO=64,9;DP=168;FAO=64,9;FDP=165;FR=.;FRO=92;FSAF=33,7;FSAR=31,2;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=0.00575971,0.011536;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=241.613,80.6159;QD=15.3588;RBI=0.0275424,0.0140548;REFB=0.00565561,-0.0285114;REVB=-0.0269335,0.00802854;RO=91;SAF=33,7;SAR=31,2;SRF=59;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.140062,0.173648;STB=0.555114,0.67814;STBP=0.267,0.3;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00961353,0.0127658;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:165:91:92:64,9:64,9:0.387879,0.0545455:31,2:33,7:59:32:31,2:33,7:56:36 chr4 76407219 . T C 704.54 PASS AF=0.447059;AO=76;DP=167;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=-0.0114925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.974;QD=16.5774;RBI=0.0568866;REFB=-0.00233472;REVB=-0.0557136;RO=91;SAF=43;SAR=33;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166489;STB=0.516926;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00287706;OID=.;OPOS=76407219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:91:94:76:76:0.447059:33:43:53:38:33:43:56:38 chr4 76489582 . G A 2210.89 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0057607;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.943;QD=62.7203;RBI=0.0146841;REFB=-0.0920585;REVB=0.0135069;RO=1;SAF=61;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00773073;STB=0.504064;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000159442;OID=.;OPOS=76489582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:141:1:1:140:140:0.992908:79:61:1:0:79:61:1:0 chr4 76703899 . A AT,T 48.89 PASS AF=0.306452,0.0322581;AO=13,3;DP=64;FAO=19,2;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=5,0;FSAR=14,2;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0578289,0.0271816;FXX=0.0158705;HRUN=7,4;LEN=1,1;MLLD=7.52573,17.709;QD=3.15431;RBI=0.14023,0.130493;REFB=-0.0853326,-0.0827122;REVB=0.127751,0.127631;RO=41;SAF=4,1;SAR=9,2;SRF=23;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.307615,-0.217133;STB=0.709918,0.995385;STBP=0.033,0.11;TYPE=ins,snp;VARB=0.0628438,-0.0404229;OID=.,.;OPOS=76703900,76703899;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:64:62:41:41:13,3:19,2:0.306452,0.0322581:9,2:4,1:23:18:14,2:5,0:23:18 chr4 76720885 . T C 1701.69 PASS AF=0.982759;AO=112;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000886607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.833;QD=58.6791;RBI=0.00572703;REFB=-0.129875;REVB=-0.00565799;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.507691;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000426057;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:0:2:112:114:0.982759:64:48:0:0:64:50:0:2 chr4 76722353 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4797;QD=59.018;RBI=0.0600783;REFB=0;REVB=-0.0300993;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405822;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr4 76787673 . T C 1866.36 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.854;QD=60.2051;RBI=0.126651;REFB=-0.0611081;REVB=0.121832;RO=1;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736426;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159088;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:120:124:1:0:119:124:1:64:55:0:1:67:57:0:0 chr4 76793228 . A G 2496.56 PASS AF=0.987952;AO=164;DP=166;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0163982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.495;QD=60.1581;RBI=0.118222;REFB=-0.0174858;REVB=-0.117079;RO=2;SAF=77;SAR=87;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121981;STB=0.506409;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000243859;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:166:2:2:164:164:0.987952:87:77:2:0:87:77:2:0 chr4 76794345 . T G 3770.0 PASS AF=0.987755;AO=242;DP=243;FAO=242;FDP=245;FR=.;FRO=3;FSAF=119;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0243823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.023;QD=61.551;RBI=0.0369832;REFB=-0.0629885;REVB=0.0278076;RO=0;SAF=119;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506024;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.000509341;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:243:245:0:3:242:242:0.987755:123:119:0:0:123:119:0:3 chr4 76805902 . C T 2235.35 PASS AF=1;AO=145;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203268;FXX=0.0263141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2819;QD=60.4148;RBI=0.0239941;REFB=0;REVB=0.0127489;RO=0;SAF=77;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139902;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:148:0:0:145:148:1:68:77:0:0:69:79:0:0 chr4 76807218 . C G 2026.17 PASS AF=0.784615;AO=153;DP=195;FAO=153;FDP=195;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=123;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=-0.0352547;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0403;QD=41.5626;RBI=0.075032;REFB=0.0127608;REVB=-0.0662337;RO=42;SAF=30;SAR=123;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019146;STB=0.51017;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00349558;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:42:42:153:153:0.784615:123:30:7:35:123:30:7:35 chr4 76807249 . C G 1875.47 PASS AF=0.748718;AO=146;DP=195;FAO=146;FDP=195;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=121;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=0.00320068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5923;QD=38.4711;RBI=0.0159713;REFB=0.0139908;REVB=-0.0156473;RO=47;SAF=25;SAR=121;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326286;STB=0.522863;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0107338;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:47:49:146:146:0.748718:121:25:10:37:121:25:11:38 chr4 76807252 . C A 1855.0 PASS AF=0.74359;AO=145;DP=194;FAO=145;FDP=195;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=120;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=0.00198259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1224;QD=38.0513;RBI=0.00474138;REFB=-0.0363131;REVB=0.00430697;RO=49;SAF=24;SAR=121;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647301;STB=0.529197;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0128491;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:49:50:145:145:0.74359:121:24:12:37:120:25:12:38 chr4 76807270 . C T 1722.75 PASS AF=0.698565;AO=141;DP=207;FAO=146;FDP=209;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=121;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=0.0272352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.062;QD=32.9712;RBI=0.0289645;REFB=-0.0219831;REVB=0.00985827;RO=62;SAF=23;SAR=118;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106535;STB=0.556284;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0101858;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:209:62:63:141:146:0.698565:118:23:17:45:121:25:18:45 chr4 76807288 . A G 1677.32 PASS AF=0.666667;AO=144;DP=217;FAO=144;FDP=216;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=120;FSRF=21;FSRR=51;FWDB=-0.0365243;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.899;QD=31.0615;RBI=0.0365475;REFB=-0.0232513;REVB=-0.00130182;RO=72;SAF=24;SAR=120;SRF=21;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126292;STB=0.568172;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00971099;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:72:72:144:144:0.666667:120:24:21:51:120:24:21:51 chr4 76807302 . A G 1634.84 PASS AF=0.638393;AO=143;DP=223;FAO=143;FDP=224;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=119;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=0.00224094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.632;QD=29.1936;RBI=0.0346893;REFB=0.0192956;REVB=-0.0346168;RO=80;SAF=24;SAR=119;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208283;STB=0.611633;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0233093;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:80:81:143:143:0.638393:119:24:30:50:119:24:30:51 chr4 76807304 . A G 1583.61 PASS AF=0.634703;AO=139;DP=220;FAO=139;FDP=219;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=115;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=0.00455999;FXX=0.0135129;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.629;QD=28.9244;RBI=0.0046795;REFB=0.00866907;REVB=-0.00105081;RO=80;SAF=24;SAR=115;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203681;STB=0.610602;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00404782;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:80:80:139:139:0.634703:115:24:30:50:115:24:30:50 chr4 76807313 . C A 1488.5 PASS AF=0.597345;AO=135;DP=226;FAO=135;FDP=226;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=111;FSRF=34;FSRR=57;FWDB=-0.0075785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.429;QD=26.3451;RBI=0.00856222;REFB=-0.00852463;REVB=-0.00398471;RO=89;SAF=24;SAR=111;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215874;STB=0.614881;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00153783;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:89:91:135:135:0.597345:111:24:34:55:111:24:34:57 chr4 76807325 . T A 749.77 PASS AF=0.444444;AO=80;DP=180;FAO=80;FDP=180;FR=.;FRO=100;FSAF=21;FSAR=59;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.0135905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.743;QD=16.6616;RBI=0.0135924;REFB=-0.00811442;REVB=0.000230475;RO=100;SAF=21;SAR=59;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223066;STB=0.624848;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00905625;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:100:100:80:80:0.444444:59:21:46:54:59:21:46:54 chr4 76807334 . T C 464.93 PASS AF=0.351515;AO=26;DP=163;FAO=58;FDP=165;FR=.;FRO=107;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=-0.029287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.773;QD=11.2711;RBI=0.0303044;REFB=-0.00110606;REVB=0.00778654;RO=103;SAF=19;SAR=7;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33083;STB=0.564896;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00417368;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:103:107:26:58:0.351515:7:19:49:54:36:22:51:56 chr4 76809386 . A G 4243.1 PASS AF=1;AO=271;DP=272;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227372;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3647;QD=62.6288;RBI=0.0318019;REFB=-0.0577366;REVB=0.0222347;RO=1;SAF=137;SAR=134;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346761;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184077;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:272:271:1:0:271:271:1:134:137:1:0:134:137:0:0 chr4 76836137 . A G 523.42 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0743149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5256;QD=17.4475;RBI=0.0745569;REFB=-0.0234747;REVB=-0.00600188;RO=64;SAF=27;SAR=29;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171398;STB=0.509526;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.035048;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:56:56:0.466667:29:27:32:32:29:27:32:32 chr4 76857309 . C T 459.89 PASS AF=0.439655;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.013972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9272;QD=15.8582;RBI=0.0146397;REFB=-0.00428152;REVB=-0.00437085;RO=65;SAF=26;SAR=25;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636872;STB=0.535616;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0050663;OID=.;OPOS=76857309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:65:51:51:0.439655:25:26:29:36:25:26:29:36 chr4 76857388 . C T 389.01 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0238313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.903;QD=16.2088;RBI=0.0240029;REFB=-0.0212321;REVB=-0.00286501;RO=51;SAF=17;SAR=24;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169794;STB=0.533868;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0275584;OID=.;OPOS=76857388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:51:55:41:41:0.427083:24:17:22:29:24:17:26:29 chr4 76878688 . G A 556.4 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.000169407;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.273;QD=18.5468;RBI=0.00986197;REFB=-0.0179026;REVB=-0.00986051;RO=62;SAF=26;SAR=32;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784413;STB=0.543451;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0271762;OID=.;OPOS=76878688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:62:62:58:58:0.483333:32:26:33:29:32:26:33:29 chr4 76878807 . T C 332.51 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=0.031366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.896;QD=11.8753;RBI=0.0372835;REFB=-0.0259212;REVB=0.0201553;RO=71;SAF=10;SAR=31;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111597;STB=0.564225;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0425656;OID=.;OPOS=76878807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:71:71:41:41:0.366071:31:10:23:48:31:10:23:48 chr4 76942943 . C G 2333.46 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0225674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9365;QD=60.2182;RBI=0.0472087;REFB=0.00788303;REVB=-0.0414654;RO=0;SAF=76;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60413e-08;STB=0.503268;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000316662;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:0:1:153:154:0.993548:77:76:0:0:78:76:1:0 chr4 76943137 . G C 2254.97 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2103;QD=63.5202;RBI=0.0903906;REFB=0;REVB=0.0211146;RO=0;SAF=62;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466098;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:80:62:0:0:80:62:0:0 chr4 76955914 . T C 1366.08 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.962;QD=62.0945;RBI=0.0100277;REFB=0;REVB=0.00393029;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30137e-05;OID=.;OPOS=76955914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:44:41:0:0:44:44:0:0 chr4 76956188 . T C 1529.09 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00730669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.378;QD=56.6329;RBI=0.00844621;REFB=-0.0657075;REVB=-0.00423684;RO=2;SAF=53;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175692;STB=0.504497;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-8.58491e-06;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:108:2:3:105:105:0.972222:52:53:2:0:52:53:2:1 chr4 77033590 . C T 734.34 PASS AF=0.405797;AO=84;DP=207;FAO=84;FDP=207;FR=.;FRO=123;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=74;FWDB=-0.0408864;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.809;QD=14.1902;RBI=0.046535;REFB=-0.0235888;REVB=-0.0222217;RO=121;SAF=34;SAR=50;SRF=49;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000215061;STB=0.503944;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.036158;OID=.;OPOS=77033590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:121:123:84:84:0.405797:50:34:49:72:50:34:49:74 chr4 77055474 . A G 734.28 PASS AF=0.436464;AO=78;DP=181;FAO=79;FDP=181;FR=.;FRO=102;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=34;FSRR=68;FWDB=-0.0112289;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.56;QD=16.2271;RBI=0.0115831;REFB=-0.0097032;REVB=0.00284255;RO=100;SAF=24;SAR=54;SRF=34;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375631;STB=0.510902;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0137497;OID=.;OPOS=77055474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:100:102:78:79:0.436464:54:24:34:66:54:25:34:68 chr4 77057501 . A G 1259.06 PASS AF=0.496124;AO=128;DP=258;FAO=128;FDP=258;FR=.;FRO=130;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=55;FSRR=75;FWDB=0.00952474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.637;QD=19.5203;RBI=0.0197746;REFB=0.00515546;REVB=0.0173296;RO=127;SAF=56;SAR=72;SRF=55;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00408813;STB=0.507395;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00501686;OID=.;OPOS=77057501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:127:130:128:128:0.496124:72:56:55:72:72:56:55:75 chr4 77065318 . C CTGT,T 869.75 PASS AF=0.413793,0.0591133;AO=81,12;DP=214;FAO=84,12;FDP=203;FR=.;FRO=107;FSAF=37,6;FSAR=47,6;FSRF=67;FSRR=40;FWDB=0.00480008,-0.0217339;FXX=0.00975562;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=158.964,197.205;QD=17.1379;RBI=0.00493147,0.0223466;REFB=-0.01979,-0.00796284;REVB=0.00113078,-0.00519708;RO=119;SAF=36,6;SAR=45,6;SRF=73;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.177762,-0.13382;STB=0.602912,0.613266;STBP=0.013,0.416;TYPE=ins,snp;VARB=0.0170378,0.0132655;OID=.,.;OPOS=77065319,77065318;OREF=-,C;OALT=TGT,T;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:203:119:107:81,12:84,12:0.413793,0.0591133:45,6:36,6:73:46:47,6:37,6:67:40 chr4 77065580 . T C 509.3 PASS AF=0.544444;AO=47;DP=92;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00316283;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.211;QD=22.6354;RBI=0.00815688;REFB=-0.00581782;REVB=0.00751872;RO=41;SAF=13;SAR=34;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135424;STB=0.555646;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00516737;OID=.;OPOS=77065580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:41:41:47:49:0.544444:34:13:17:24:34:15:17:24 chr4 77081814 . G C 406.99 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00801832;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.799;QD=17.3186;RBI=0.00835068;REFB=-0.00539922;REVB=0.00233248;RO=52;SAF=10;SAR=32;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326992;STB=0.68459;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00498098;OID=.;OPOS=77081814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:52:52:42:42:0.446809:32:10:28:24:32:10:28:24 chr4 77105911 . A G 157.28 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0135768;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.334;QD=23.3005;RBI=0.0526866;REFB=-0.01175;REVB=0.0509073;RO=12;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802345;STB=0.51218;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00967566;OID=.;OPOS=77105911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:12:11:16:16:0.592593:4:12:8:4:4:12:8:3 chr4 77177570 . C T 814.82 PASS AF=0.439024;AO=87;DP=202;FAO=90;FDP=205;FR=.;FRO=115;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=0.036894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7712;QD=15.8988;RBI=0.0494181;REFB=0.00489112;REVB=0.0328783;RO=115;SAF=47;SAR=40;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367545;STB=0.516294;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00431225;OID=.;OPOS=77177570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:205:115:115:87:90:0.439024:40:47:58:57:42:48:58:57 chr4 77631425 . T A 1339.62 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010165;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.281;QD=62.3081;RBI=0.0108482;REFB=0;REVB=-0.00378901;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11768e-05;OID=.;OPOS=77631425;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:49:36:0:0:49:37:0:0 chr4 77637502 . A C 2140.3 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.24;QD=62.9501;RBI=0.0160589;REFB=0;REVB=-0.0159266;RO=0;SAF=60;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21358e-05;OID=.;OPOS=77637502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:76:60:0:0:76:60:0:0 chr4 77660162 . G C 1682.96 PASS AF=1;AO=101;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8659;QD=59.0513;RBI=0.0804705;REFB=0;REVB=0.0331034;RO=0;SAF=63;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00415214;OID=.;OPOS=77660162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:101:114:1:38:63:0:0:45:69:0:0 chr4 77662231 . C T 125.69 PASS AF=0.178295;AO=23;DP=129;FAO=23;FDP=129;FR=.;FRO=106;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=68;FWDB=0.0756647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.089;QD=3.89744;RBI=0.0780606;REFB=0.00244117;REVB=0.0191912;RO=106;SAF=12;SAR=11;SRF=38;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208705;STB=0.632735;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00859825;OID=.;OPOS=77662231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:106:106:23:23:0.178295:11:12:38:68:11:12:38:68 chr4 77675505 . C T 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.565;QD=59.9375;RBI=0.0193714;REFB=0;REVB=-0.00504247;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18066e-05;OID=.;OPOS=77675505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr4 77959751 . AT A,TA 37.32 PASS AF=0.133929,0.0357143;AO=22,12;DP=117;FAO=15,4;FDP=112;FR=.;FRO=93;FSAF=6,1;FSAR=9,3;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.123182,-0.0279651;FXX=0.0427314;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.6956,22.4241;QD=1.33295;RBI=0.215744,0.180766;REFB=-0.11384,-0.0543274;REVB=-0.177121,-0.178589;RO=62;SAF=3,1;SAR=19,11;SRF=25;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.417074,-0.501408;STB=0.507682,0.667677;STBP=0.967,0.547;TYPE=del,mnp;VARB=0.150251,0.00542873;OID=.,.;OPOS=77959752,77959751;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:117:112:62:93:22,12:15,4:0.133929,0.0357143:19,11:3,1:25:37:9,3:6,1:38:55 chr4 78638730 . T C 1621.36 PASS AF=0.99115;AO=106;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134404;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2958;QD=57.3932;RBI=0.118375;REFB=-0.115054;REVB=0.117609;RO=4;SAF=79;SAR=27;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065278;STB=0.507461;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00158972;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:4:1:106:112:0.99115:27:79:0:4:33:79:0:1 chr4 78669454 . A G 1018.67 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.016373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.894;QD=56.5926;RBI=0.0263673;REFB=-0.0755195;REVB=0.0206679;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516662;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000809366;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:0:2:70:70:0.972222:41:29:0:0:41:29:2:0 chr4 78740132 . G C 1108.68 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3793;QD=59.9286;RBI=0.0142826;REFB=0;REVB=0.0026919;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116518;OID=.;OPOS=78740132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr4 78882331 . CAAAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAAAAAC,CAAACAAAAAAA,CAACAAAAAAA 380.44 PASS AF=0.434783,0.195652,0.0869565,0.282609;AO=13,2,7,3;DP=43;FAO=20,9,4,13;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,0,0;FSAR=20,0,4,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463563,0.0289875,0.0129465,0.0123858;FXX=0.0212721;HRUN=15,15,0,15;LEN=3,1,1,1;MLLD=7.25406,122.646,100.66,94.2073;QD=33.0816;RBI=0.142659,0.0453117,0.0930965,0.0948648;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.134917,-0.0348265,-0.0921919,-0.0940527;RO=0;SAF=0,2,0,0;SAR=13,0,7,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,ins,snp;VARB=0.0513584,0.0637243,-0.0548637,0.00731889;OID=.,.,.,.;OPOS=78882332,78882341,78882335,78882334;OREF=AAA,A,-,A;OALT=-,C,C,C;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAAAC,CAAACAAAAAAA,CAACAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.434783,0.195652,0.0869565,0.282609:13,2,7,3:43:20,9,4,13:46:0:0,9,0,0:20,0,4,13:0:0:77:0:0,2,0,0:13,0,7,3:0:0 chr4 78987157 . A G 2374.31 PASS AF=0.787879;AO=180;DP=231;FAO=182;FDP=231;FR=.;FRO=49;FSAF=57;FSAR=125;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00292097;FXX=0.00858332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.558;QD=41.1137;RBI=0.0226172;REFB=-0.018894;REVB=0.0224278;RO=49;SAF=57;SAR=123;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233594;STB=0.513219;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00509018;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:49:49:180:182:0.787879:123:57:18:31:125:57:18:31 chr4 79186047 . G A 1363.05 PASS AF=0.779412;AO=105;DP=135;FAO=106;FDP=136;FR=.;FRO=30;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0745435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6359;QD=40.0898;RBI=0.0756404;REFB=0.0410824;REVB=-0.012835;RO=30;SAF=44;SAR=61;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660383;STB=0.534098;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0123233;OID=.;OPOS=79186047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:30:30:105:106:0.779412:61:44:8:22:62:44:8:22 chr4 79186171 . G A 1977.75 PASS AF=0.984733;AO=128;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00658029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.216;QD=60.3894;RBI=0.052698;REFB=-0.139014;REVB=0.0522855;RO=1;SAF=71;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826413;STB=0.508473;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000459516;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:1:2:128:129:0.984733:57:71:0:1:58:71:0:2 chr4 79205699 . T A 2884.58 PASS AF=0.813433;AO=217;DP=267;FAO=218;FDP=268;FR=.;FRO=50;FSAF=115;FSAR=103;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00562305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.512;QD=43.0535;RBI=0.00829064;REFB=-0.0182812;REVB=0.0060923;RO=50;SAF=115;SAR=102;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00352984;STB=0.501407;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00379746;OID=.;OPOS=79205699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:268:50:50:217:218:0.813433:102:115:26:24:103:115:26:24 chr4 79238649 . T C 2913.98 PASS AF=0.811808;AO=219;DP=271;FAO=220;FDP=271;FR=.;FRO=51;FSAF=98;FSAR=122;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0824706;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.088;QD=43.0107;RBI=0.0827347;REFB=0.00326313;REVB=0.00660593;RO=51;SAF=97;SAR=122;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997947;STB=0.504781;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.000689618;OID=.;OPOS=79238649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:51:51:219:220:0.811808:122:97:24:27:122:98:24:27 chr4 79240063 . A G 1576.59 PASS AF=0.851852;AO=115;DP=135;FAO=115;FDP=135;FR=.;FRO=20;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0522974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8696;QD=46.7139;RBI=0.0740185;REFB=0.0116359;REVB=-0.0523805;RO=20;SAF=54;SAR=61;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504362;STB=0.526738;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00248895;OID=.;OPOS=79240063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:135:135:20:20:115:115:0.851852:61:54:13:7:61:54:13:7 chr4 79284694 . C T 1392.09 PASS AF=0.80303;AO=105;DP=133;FAO=106;FDP=132;FR=.;FRO=26;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00546476;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.326;QD=42.1844;RBI=0.00687649;REFB=-0.00631897;REVB=-0.00417403;RO=26;SAF=53;SAR=52;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00177585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149217;OID=.;OPOS=79284694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:26:26:105:106:0.80303:52:53:13:13:53:53:13:13 chr4 79387464 . A G 2608.36 PASS AF=0.994318;AO=159;DP=163;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.067667;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.3498;QD=59.281;RBI=0.0876376;REFB=-0.105028;REVB=0.0556913;RO=3;SAF=63;SAR=96;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00993236;STB=0.50259;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00361829;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:176:3:1:159:175:0.994318:96:63:2:1:96:79:0:1 chr4 79387586 . A G 1117.81 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0804994;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3954;QD=58.8323;RBI=0.080544;REFB=0.0654419;REVB=-0.00268063;RO=1;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010633;STB=0.505616;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00247688;OID=.;OPOS=79387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:44:31:0:1:44:31:0:1 chr4 79432455 . A C 277.59 PASS AF=0.194332;AO=48;DP=247;FAO=48;FDP=247;FR=.;FRO=199;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=116;FSRR=83;FWDB=0.0169088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.832;QD=4.49539;RBI=0.0421083;REFB=-0.00131737;REVB=-0.0385642;RO=198;SAF=25;SAR=23;SRF=115;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778893;STB=0.550293;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00630124;OID=.;OPOS=79432455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:198:199:48:48:0.194332:23:25:115:83:23:25:116:83 chr4 79455714 . C G 36.64 PASS AF=0.0703518;AO=14;DP=199;FAO=14;FDP=199;FR=.;FRO=185;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=97;FSRR=88;FWDB=-0.0334226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.24;QD=0.736464;RBI=0.0418817;REFB=-5.814e-05;REVB=0.025239;RO=184;SAF=6;SAR=8;SRF=97;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107423;STB=0.588446;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000826684;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:199:199:184:185:14:14:0.0703518:8:6:97:87:8:6:97:88 chr4 79455733 . C T 60.03 PASS AF=0.0923077;AO=18;DP=195;FAO=18;FDP=195;FR=.;FRO=177;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=96;FSRR=81;FWDB=-0.0276949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6549;QD=1.23147;RBI=0.0310741;REFB=-0.00183417;REVB=-0.0140922;RO=176;SAF=6;SAR=12;SRF=95;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241936;STB=0.686665;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0220993;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:195:195:176:177:18:18:0.0923077:12:6:95:81:12:6:96:81 chr4 79820010 . C T 501.3 PASS AF=0.822222;AO=37;DP=45;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00691307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.603;QD=44.5597;RBI=0.0245036;REFB=0.0175964;REVB=0.0235082;RO=8;SAF=25;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064471;STB=0.53474;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00301662;OID=.;OPOS=79820010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:8:8:37:37:0.822222:12:25:4:4:12:25:4:4 chr4 79845007 . C A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.87095e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.224;QD=57.8847;RBI=0.0174963;REFB=0;REVB=0.0174962;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69721e-05;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr4 80329343 . T C 942.62 PASS AF=0.656;AO=82;DP=126;FAO=82;FDP=125;FR=.;FRO=43;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0537076;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.338;QD=30.1639;RBI=0.053753;REFB=-0.0194836;REVB=0.00220949;RO=43;SAF=38;SAR=44;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308229;STB=0.51663;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00751053;OID=.;OPOS=80329343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:43:43:82:82:0.656:44:38:22:21:44:38:22:21 chr4 80329344 . G C 39.53 PASS AF=0.0916667;AO=11;DP=120;FAO=11;FDP=120;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=0.00305754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.2315;QD=1.31782;RBI=0.0173433;REFB=-0.0065612;REVB=-0.0170716;RO=109;SAF=7;SAR=4;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173725;STB=0.636116;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0924535;OID=.;OPOS=80329344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:120:120:109:109:11:11:0.0916667:4:7:53:56:4:7:53:56 chr4 80827062 . T C 2819.27 PASS AF=0.941748;AO=194;DP=206;FAO=194;FDP=206;FR=.;FRO=12;FSAF=107;FSAR=87;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00259505;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.081;QD=54.7431;RBI=0.00424299;REFB=0.00854749;REVB=0.00335689;RO=11;SAF=107;SAR=87;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193282;STB=0.512813;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00019173;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:206:206:11:12:194:194:0.941748:87:107:4:7:87:107:4:8 chr4 80828555 . G A 89.9 PASS AF=0.125749;AO=21;DP=167;FAO=21;FDP=167;FR=.;FRO=146;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=87;FSRR=59;FWDB=-0.00291438;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.981;QD=2.15336;RBI=0.0168894;REFB=-0.000424502;REVB=-0.0166361;RO=144;SAF=14;SAR=7;SRF=86;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927024;STB=0.566459;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00365802;OID=.;OPOS=80828555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:167:167:144:146:21:21:0.125749:7:14:86:58:7:14:87:59 chr4 80905990 . C G 127.07 PASS AF=0.764706;AO=11;DP=15;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0472547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.519;QD=29.8991;RBI=0.0472547;REFB=-0.0524428;REVB=0;RO=4;SAF=11;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0132106;OID=.;OPOS=80905990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:17:4:4:11:13:0.764706:0:11:4:0:0:13:4:0 chr4 80977078 . T A,G 1981.24 PASS AF=0.0534351,0.946565;AO=9,122;DP=131;FAO=7,124;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=4,47;FSAR=3,77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967885,-0.0200135;FXX=0.00757518;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.48,69.3523;QD=60.4959;RBI=0.0178589,0.055386;REFB=0,0;REVB=-0.0150087,0.0516437;RO=0;SAF=4,47;SAR=5,75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,2.98065e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.178409,-0.00182221;OID=.,.;OPOS=80977078,80977078;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:131:131:0:0:9,122:7,124:0.0534351,0.946565:5,75:4,47:0:0:3,77:4,47:0:0 chr4 81124596 . G C 333.34 PASS AF=0.178674;AO=62;DP=347;FAO=62;FDP=347;FR=.;FRO=285;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=144;FSRR=141;FWDB=0.0312594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3251;QD=3.84256;RBI=0.0588565;REFB=0.00179619;REVB=0.0498692;RO=283;SAF=22;SAR=40;SRF=144;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201328;STB=0.625077;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0076882;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:347:283:285:62:62:0.178674:40:22:144:139:40:22:144:141 chr4 81222462 . C A 154.8 PASS AF=0.183673;AO=27;DP=147;FAO=27;FDP=147;FR=.;FRO=120;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=63;FWDB=-0.00940626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.693;QD=4.2122;RBI=0.032647;REFB=-0.00276953;REVB=-0.0312626;RO=118;SAF=16;SAR=11;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140049;STB=0.595802;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0178407;OID=.;OPOS=81222462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:118:120:27:27:0.183673:11:16:57:61:11:16:57:63 chr4 81504292 . G A 348.87 PASS AF=0.144712;AO=78;DP=540;FAO=78;FDP=539;FR=.;FRO=461;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=233;FSRR=228;FWDB=-0.0784617;FXX=0.00369679;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.373;QD=2.58901;RBI=0.0808314;REFB=-0.000650076;REVB=-0.0194289;RO=459;SAF=33;SAR=45;SRF=232;SRR=227;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106559;STB=0.570552;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00322705;OID=.;OPOS=81504292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:540:539:459:461:78:78:0.144712:45:33:232:227:45:33:233:228 chr4 81529518 . T C 1840.9 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.657;QD=61.3633;RBI=0.0700032;REFB=0;REVB=0.0692278;RO=0;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73256e-05;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:61:59:0:0:61:59:0:0 chr4 81884722 . G A 2584.72 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.792;QD=61.9094;RBI=0.00798129;REFB=0;REVB=-0.00776007;RO=0;SAF=67;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07576e-06;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:100:67:0:0:100:67:0:0 chr4 81967150 . G A 803.7 PASS AF=0.752941;AO=63;DP=84;FAO=64;FDP=85;FR=.;FRO=21;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0542314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.563;QD=37.8211;RBI=0.0542893;REFB=-0.0294483;REVB=-0.00250691;RO=20;SAF=31;SAR=32;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639336;STB=0.541164;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0096108;OID=.;OPOS=81967150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:20:21:63:64:0.752941:32:31:7:13:32:32:7:14 chr4 81967188 . C T 1232.43 PASS AF=1;AO=61;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.52;QD=61.6217;RBI=0.0990575;REFB=0;REVB=0.0125288;RO=0;SAF=15;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7396e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038146;OID=.;OPOS=81967188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:61:80:1:46:15:0:0:45:35:0:0 chr4 81974809 . T C 79.42 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=47;FWDB=-0.014014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.352;QD=4.12594;RBI=0.0151165;REFB=-0.0104107;REVB=-0.00566689;RO=63;SAF=2;SAR=12;SRF=16;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216423;STB=0.646464;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0430436;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:77:77:63:63:14:14:0.181818:12:2:16:47:12:2:16:47 chr4 81975088 . G A 468.96 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292268;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.404;QD=58.6198;RBI=0.032172;REFB=0;REVB=0.0134472;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101025;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr4 81977658 . T A 32.0 PASS AF=0.108696;AO=5;DP=50;FAO=5;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0294465;FXX=0.079984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=24.2923;QD=2.78294;RBI=0.0314954;REFB=-0.0390174;REVB=-0.0111742;RO=28;SAF=1;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427489;STB=0.806483;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0602455;OID=.;OPOS=81977658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:50:46:28:36:5:5:0.108696:4:1:16:12:4:1:20:16 chr4 81977730 . A T 2330.16 PASS AF=0.963855;AO=158;DP=166;FAO=160;FDP=166;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=107;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0317943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.438;QD=56.1484;RBI=0.0320942;REFB=-0.251056;REVB=0.0043774;RO=0;SAF=52;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82821e-08;STB=0.500085;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00233311;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:166:166:0:6:158:160:0.963855:106:52:0:0:107:53:2:4 chr4 82025509 . G T 1641.25 PASS AF=0.772455;AO=129;DP=169;FAO=129;FDP=167;FR=.;FRO=38;FSAF=46;FSAR=83;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0034344;FXX=0.0233904;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.072;QD=39.3113;RBI=0.00497568;REFB=-0.002367;REVB=0.00360032;RO=36;SAF=46;SAR=83;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229659;STB=0.516799;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.000785249;OID=.;OPOS=82025509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:36:38:129:129:0.772455:83:46:11:25:83:46:11:27 chr4 83274634 . C T 1319.4 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0795795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4581;QD=62.0894;RBI=0.0795832;REFB=0;REVB=-0.00076806;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277171;OID=.;OPOS=83274634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:35:49:0:0:35:50:0:0 chr4 83551007 . G A 67.1 PASS AF=0.12605;AO=15;DP=120;FAO=15;FDP=119;FR=.;FRO=104;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=61;FSRR=43;FWDB=-0.0698942;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.338;QD=2.25547;RBI=0.0716422;REFB=-0.00686056;REVB=-0.015729;RO=97;SAF=13;SAR=2;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43496;STB=0.797635;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.067029;OID=.;OPOS=83551007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:120:119:97:104:15:15:0.12605:2:13:54:43:2:13:61:43 chr4 83551119 . T C 80.89 PASS AF=0.189189;AO=14;DP=74;FAO=14;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.145672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.998;QD=4.37223;RBI=0.145685;REFB=-0.00823579;REVB=-0.00194503;RO=60;SAF=8;SAR=6;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895271;STB=0.558056;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0510412;OID=.;OPOS=83551119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:74:74:60:60:14:14:0.189189:6:8:30:30:6:8:30:30 chr4 83582064 . G T 40.36 PASS AF=0.0980392;AO=10;DP=102;FAO=10;FDP=102;FR=.;FRO=92;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=-0.0252904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.874;QD=1.58258;RBI=0.0286301;REFB=-0.00105358;REVB=0.0134194;RO=92;SAF=2;SAR=8;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338985;STB=0.766106;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.012848;OID=.;OPOS=83582064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:102:102:92:92:10:10:0.0980392:8:2:44:48:8:2:44:48 chr4 83778839 . T C 977.34 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.584;QD=57.4905;RBI=0.0489618;REFB=-0.160815;REVB=0.0467695;RO=1;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136944;STB=0.507244;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000492174;OID=.;OPOS=83778839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:34:32:0:1:34:33:0:1 chr4 83788344 . A T 2677.62 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.002;QD=62.2703;RBI=0.0446255;REFB=0;REVB=0.0442519;RO=0;SAF=80;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08555e-05;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:92:80:0:0:92:80:0:0 chr4 83792555 . C A 1075.76 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498752;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8892;QD=59.7646;RBI=0.0515953;REFB=0;REVB=0.0132114;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314965;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:43:28:0:0:44:28:0:0 chr4 83838217 . G A 3052.0 PASS AF=1;AO=197;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110421;FXX=0.0149246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5407;QD=61.6566;RBI=0.0179893;REFB=0;REVB=-0.0142017;RO=0;SAF=85;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249195;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:198:0:0:197:198:1:112:85:0:0:113:85:0:0 chr4 83839799 . A G 1400.31 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.068;QD=61.552;RBI=0.0279581;REFB=0.00751415;REVB=-0.00997341;RO=1;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869721;STB=0.504586;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-2.92621e-05;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:54:36:0:1:54:36:0:1 chr4 83848960 . TTTTTG ATTTTA,TTTTTA 2132.08 PASS AF=0.0362319,0.963768;AO=5,73;DP=140;FAO=5,133;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=0,75;FSAR=5,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236947,-0.0607012;FXX=0.0142847;HRUN=6,1;LEN=6,1;MLLD=160.929,130.304;QD=61.7993;RBI=0.0127647,0.0617969;REFB=0,0;REVB=0.0125428,0.011585;RO=0;SAF=0,62;SAR=5,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0171385,0.00262682;OID=.,.;OPOS=83848960,83848965;OREF=TTTTTG,G;OALT=ATTTTA,A;OMAPALT=ATTTTA,TTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:140:138:0:0:5,73:5,133:0.0362319,0.963768:5,11:0,62:0:0:5,58:0,75:0:0 chr4 83848976 . CAGAA C 2093.65 PASS AF=1;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136195;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=4;MLLD=251.918;QD=62.967;RBI=0.0194898;REFB=0;REVB=0.0139413;RO=0;SAF=65;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.93075e-05;OID=.;OPOS=83848977;OREF=AGAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:133:136:133:133:0:65:68:0:0:11:0:65:68:0:0 chr4 83900043 . A G 2602.95 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.99;QD=61.975;RBI=0.00177809;REFB=0;REVB=-0.000736151;RO=0;SAF=57;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03529e-06;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:110:57:0:0:110:58:0:0 chr4 84191031 . A G 955.03 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.767;QD=58.7712;RBI=0.0668404;REFB=0;REVB=0.0200989;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357004;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr4 84205872 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.73;QD=49.5992;RBI=0.0794508;REFB=0;REVB=0.0698513;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277932;OID=.;OPOS=84205872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr4 84230619 . T C 800.79 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000886007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2807;QD=57.1991;RBI=0.0114925;REFB=0;REVB=0.0114583;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010333;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr4 84364751 . A G 104.07 PASS AF=0.15;AO=21;DP=140;FAO=21;FDP=140;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=68;FWDB=0.00424164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.834;QD=2.97334;RBI=0.0446506;REFB=-0.00145818;REVB=0.0444487;RO=119;SAF=10;SAR=11;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608615;STB=0.540687;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0081018;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:119:119:21:21:0.15:11:10:51:68:11:10:51:68 chr4 84370091 . A G 62.96 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.00307567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.712;QD=3.27043;RBI=0.00338363;REFB=-0.00332608;REVB=0.00141039;RO=61;SAF=7;SAR=5;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292945;STB=0.662901;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0283707;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:61:65:12:12:0.155844:5:7:21:40:5:7:25:40 chr4 84374480 . C T 150.23 PASS AF=0.147321;AO=32;DP=222;FAO=33;FDP=224;FR=.;FRO=191;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=93;FSRR=98;FWDB=-0.0397767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7624;QD=2.68259;RBI=0.0420677;REFB=-0.0010437;REVB=0.0136933;RO=190;SAF=20;SAR=12;SRF=92;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180022;STB=0.601727;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00944693;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:224:190:191:32:33:0.147321:12:20:92:98:13:20:93:98 chr4 84376743 . A T 3098.43 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069105;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9416;QD=63.8851;RBI=0.0691714;REFB=0;REVB=-0.00303009;RO=0;SAF=70;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86153e-05;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:194:0:0:192:194:1:122:70:0:0:122:72:0:0 chr4 84380955 . G T 96.25 PASS AF=0.165138;AO=18;DP=108;FAO=18;FDP=109;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.0091919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.808;QD=3.53202;RBI=0.0096368;REFB=-0.00776039;REVB=-0.00289431;RO=89;SAF=12;SAR=6;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259913;STB=0.678591;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.02944;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:108:109:89:91:18:18:0.165138:6:12:41:48:6:12:41:50 chr4 84382552 . A T 144.91 PASS AF=0.175676;AO=26;DP=148;FAO=26;FDP=148;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=77;FWDB=-0.0239861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.069;QD=3.91641;RBI=0.02454;REFB=-0.000961017;REVB=0.00518461;RO=120;SAF=7;SAR=19;SRF=45;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153845;STB=0.595103;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00466012;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:120:122:26:26:0.175676:19:7:45:75:19:7:45:77 chr4 84383810 . C T 172.44 PASS AF=0.157658;AO=36;DP=223;FAO=35;FDP=222;FR=.;FRO=187;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=92;FSRR=95;FWDB=-0.023438;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.295;QD=3.107;RBI=0.0298638;REFB=-0.00632209;REVB=-0.018507;RO=179;SAF=16;SAR=20;SRF=92;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894097;STB=0.553656;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0350952;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:179:187:36:35:0.157658:20:16:92:87:20:15:92:95 chr4 85762385 . T C 185.8 PASS AF=0.151163;AO=39;DP=258;FAO=39;FDP=258;FR=.;FRO=219;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=95;FSRR=124;FWDB=-0.0196878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.311;QD=2.88059;RBI=0.0206364;REFB=-0.005019;REVB=-0.00618501;RO=216;SAF=15;SAR=24;SRF=94;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670322;STB=0.543187;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.034083;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:216:219:39:39:0.151163:24:15:94:122:24:15:95:124 chr4 86021741 . C T 2180.86 PASS AF=0.992806;AO=122;DP=138;FAO=138;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.09;QD=62.7587;RBI=0.0327553;REFB=0;REVB=0.00735431;RO=0;SAF=59;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.40753e-05;OID=.;OPOS=86021741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:138:139:0:0:122:138:0.992806:63:59:0:0:70:68:0:0 chr4 86021765 . C T 2641.86 PASS AF=0.994186;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0779549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.735;QD=61.4386;RBI=0.0795187;REFB=-0.120332;REVB=-0.0156923;RO=1;SAF=78;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606301;STB=0.503184;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000846783;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:172:1:1:171:171:0.994186:93:78:1:0:93:78:1:0 chr4 86021800 . A T 120.28 PASS AF=0.139037;AO=26;DP=187;FAO=26;FDP=187;FR=.;FRO=161;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=75;FSRR=86;FWDB=0.0481979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.884;QD=2.57289;RBI=0.0517637;REFB=0.000101159;REVB=0.0188798;RO=158;SAF=10;SAR=16;SRF=73;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100168;STB=0.571373;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.000106454;OID=.;OPOS=86021800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:158:161:26:26:0.139037:16:10:73:85:16:10:75:86 chr4 86021967 . C T 1210.62 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.853;QD=60.5311;RBI=0.0300239;REFB=0;REVB=0.0292793;RO=1;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3986e-05;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:1:0:77:80:1:36:41:0:1:39:41:0:0 chr4 86021976 . T A 68.37 PASS AF=0.215686;AO=12;DP=52;FAO=11;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0557681;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.2175;QD=5.36203;RBI=0.0601416;REFB=0.000654519;REVB=-0.0225151;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718642;STB=0.74623;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.16152;OID=.;OPOS=86021976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:51:25:37:12:11:0.215686:7:5:12:13:9:2:17:20 chr4 87024409 . T C 919.41 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.652;QD=58.3753;RBI=0.0642068;REFB=0;REVB=0.0344071;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199795;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr4 87684031 . A G 53.74 PASS AF=0.0969697;AO=15;DP=164;FAO=16;FDP=165;FR=.;FRO=149;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=77;FSRR=72;FWDB=-0.0111061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4453;QD=1.30286;RBI=0.02888;REFB=-0.00339259;REVB=-0.0266591;RO=147;SAF=10;SAR=5;SRF=77;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170823;STB=0.657918;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0961225;OID=.;OPOS=87684031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:164:165:147:149:15:16:0.0969697:5:10:77:70:5:11:77:72 chr4 87809387 . G T 1549.26 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.735;QD=63.8871;RBI=0.0283354;REFB=0;REVB=-0.0220534;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39538e-06;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:53:43:0:0:53:44:0:0 chr4 88056925 . A G,T 542.92 PASS AF=0.918919,0.0810811;AO=33,3;DP=37;FAO=34,3;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798664,0.00637699;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.576,166.949;QD=58.6945;RBI=0.0245008,0.0239149;REFB=0,0;REVB=-0.0231626,0.023049;RO=0;SAF=22,2;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00400362,0.0553711;OID=.,.;OPOS=88056925,88056925;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:37:37:0:0:33,3:34,3:0.918919,0.0810811:11,1:22,2:0:0:11,2:23,1:0:0 chr4 88057353 . G A 885.75 PASS AF=0.766667;AO=69;DP=91;FAO=69;FDP=90;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0255884;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7253;QD=39.3667;RBI=0.0838339;REFB=-0.0107697;REVB=-0.0798334;RO=19;SAF=27;SAR=42;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564185;STB=0.543271;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00280355;OID=.;OPOS=88057353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:19:21:69:69:0.766667:42:27:10:9:42:27:12:9 chr4 88059415 . G A 1978.36 PASS AF=0.795812;AO=145;DP=183;FAO=152;FDP=191;FR=.;FRO=39;FSAF=63;FSAR=89;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0337475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0895;QD=41.4316;RBI=0.064186;REFB=-0.0451331;REVB=0.0545981;RO=38;SAF=63;SAR=82;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369242;STB=0.517165;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0136464;OID=.;OPOS=88059415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:191:38:39:145:152:0.795812:82:63:13:25:89:63:13:26 chr4 88059642 . GGTGTGTGT G 208.21 PASS AF=0.586957;AO=23;DP=29;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.0067588;FXX=0.132051;HRUN=2;LEN=8;MLLD=311.317;QD=18.1054;RBI=0.0581227;REFB=-0.0317235;REVB=0.0577284;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.859923;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.00864803;OID=.;OPOS=88059643;OREF=GTGTGTGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586957:23:29:27:46:19:3:24:17:2:99:0:3:20:0:0 chr4 88116518 . A G 75.82 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.124102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7384;QD=5.8324;RBI=0.126911;REFB=0.00476404;REVB=-0.0265568;RO=41;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959717;STB=0.561929;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0126024;OID=.;OPOS=88116518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:7:4:18:23:7:4:18:23 chr4 88258483 . T C,TC 1618.22 PASS AF=0.963964,0.036036;AO=94,13;DP=115;FAO=107,4;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=40,1;FSAR=67,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243548,0.0262782;FXX=0.0347796;HRUN=6,0;LEN=1,1;MLLD=129.381,119.317;QD=58.3141;RBI=0.0245195,0.0273897;REFB=0,0;REVB=-0.00283763,-0.00772337;RO=3;SAF=40,0;SAR=54,13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0342355,-0.844812;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00101953,0.0127736;OID=.,.;OPOS=88258483,88258484;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:115:111:3:0:94,13:107,4:0.963964,0.036036:54,13:40,0:3:0:67,3:40,1:0:0 chr4 88308235 . G A 1037.28 PASS AF=0.835165;AO=76;DP=92;FAO=76;FDP=91;FR=.;FRO=15;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0291949;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2562;QD=45.5948;RBI=0.0291957;REFB=-0.0330072;REVB=0.000224411;RO=15;SAF=33;SAR=43;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929706;STB=0.549508;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00734159;OID=.;OPOS=88308235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:92:91:15:15:76:76:0.835165:43:33:11:4:43:33:11:4 chr4 88333461 . C A 468.06 PASS AF=0.745455;AO=41;DP=55;FAO=41;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=272.071;QD=34.0405;RBI=0.0124014;REFB=-0.0312861;REVB=0.0124014;RO=14;SAF=0;SAR=41;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00593866;OID=.;OPOS=88333461;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:14:14:41:41:0.745455:41:0:0:14:41:0:0:14 chr4 88401616 . A G 115.22 PASS AF=0.117886;AO=29;DP=246;FAO=29;FDP=246;FR=.;FRO=217;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=101;FSRR=116;FWDB=0.0372934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.059;QD=1.8735;RBI=0.0413924;REFB=-0.00169759;REVB=0.0179592;RO=215;SAF=9;SAR=20;SRF=100;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199724;STB=0.642422;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0185201;OID=.;OPOS=88401616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:215:217:29:29:0.117886:20:9:100:115:20:9:101:116 chr4 88416188 . G T 182.88 PASS AF=0.158798;AO=37;DP=233;FAO=37;FDP=233;FR=.;FRO=196;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=99;FSRR=97;FWDB=-0.0246004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.735;QD=3.13963;RBI=0.0332741;REFB=-0.00483288;REVB=-0.0224051;RO=196;SAF=15;SAR=22;SRF=99;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128607;STB=0.584161;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0238789;OID=.;OPOS=88416188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:196:196:37:37:0.158798:22:15:99:97:22:15:99:97 chr4 88416223 . A G 150.51 PASS AF=0.141631;AO=33;DP=231;FAO=33;FDP=233;FR=.;FRO=200;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=98;FSRR=102;FWDB=1.84324e-05;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.322;QD=2.58383;RBI=0.0764823;REFB=-0.00264544;REVB=-0.0764823;RO=198;SAF=10;SAR=23;SRF=98;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250003;STB=0.665136;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0212671;OID=.;OPOS=88416223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:233:198:200:33:33:0.141631:23:10:98:100:23:10:98:102 chr4 88534065 . G A 71.06 PASS AF=0.135135;AO=15;DP=111;FAO=15;FDP=111;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=66;FWDB=-0.0134212;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1851;QD=2.56077;RBI=0.0164526;REFB=-0.00195677;REVB=0.00951624;RO=95;SAF=7;SAR=8;SRF=29;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211482;STB=0.636198;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.015533;OID=.;OPOS=88534065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:111:111:95:96:15:15:0.135135:8:7:29:66:8:7:30:66 chr4 88536362 . G A 62.62 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=-0.0703162;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5585;QD=7.15708;RBI=0.0885388;REFB=-0.0914636;REVB=-0.0538029;RO=24;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269879;STB=0.507919;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.115618;OID=.;OPOS=88536362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:35:24:26:9:9:0.257143:8:1:1:23:8:1:3:23 chr4 88536818 . A G 48.87 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3654;QD=32.5773;RBI=0.177682;REFB=0;REVB=-0.0597889;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00754694;OID=.;OPOS=88536818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:1:0:5:6:1:3:2:1:0:3:3:0:0 chr4 88583135 . A T 895.26 PASS AF=0.784091;AO=69;DP=88;FAO=69;FDP=88;FR=.;FRO=19;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0285226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.836;QD=40.6936;RBI=0.0682623;REFB=-0.0651136;REVB=0.0620178;RO=19;SAF=30;SAR=39;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015938;STB=0.508523;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0134777;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:19:19:69:69:0.784091:39:30:9:10:39:30:9:10 chr4 88732692 . G A 41.34 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00134616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3997;QD=2.66708;RBI=0.0092693;REFB=-0.00517689;REVB=0.00917103;RO=53;SAF=6;SAR=2;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373486;STB=0.772779;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0423101;OID=.;OPOS=88732692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:53:54:8:8:0.129032:2:6:23:30:2:6:23:31 chr4 88732746 . A G 106.86 PASS AF=0.183673;AO=17;DP=97;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.00826655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.838;QD=4.36174;RBI=0.0313754;REFB=-0.00837791;REVB=0.0302668;RO=78;SAF=7;SAR=10;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637406;STB=0.551224;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0529186;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:78:80:17:18:0.183673:10:7:36:42:11:7:36:44 chr4 88732918 . A T 93.44 PASS AF=0.153226;AO=19;DP=124;FAO=19;FDP=124;FR=.;FRO=105;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=0.0323332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7726;QD=3.01412;RBI=0.043402;REFB=0.00299394;REVB=-0.0289534;RO=105;SAF=9;SAR=10;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00890419;STB=0.505956;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0211626;OID=.;OPOS=88732918;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:124:124:105:105:19:19:0.153226:10:9:49:56:10:9:49:56 chr4 88766701 . A C 42.23 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.017295;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8235;QD=2.91209;RBI=0.0546521;REFB=0.00653088;REVB=0.0518434;RO=49;SAF=4;SAR=4;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123214;STB=0.534397;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0325479;OID=.;OPOS=88766701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:57:58:49:50:8:8:0.137931:4:4:24:25:4:4:23:27 chr4 88767008 . G A 962.24 PASS AF=0.784946;AO=73;DP=93;FAO=73;FDP=93;FR=.;FRO=20;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0243756;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.235;QD=41.3866;RBI=0.040355;REFB=-0.0265075;REVB=0.0321613;RO=20;SAF=36;SAR=37;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576721;STB=0.530808;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00791321;OID=.;OPOS=88767008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:20:20:73:73:0.784946:37:36:7:13:37:36:7:13 chr4 88813503 . T C 6305.46 PASS AF=1;AO=390;DP=393;FAO=395;FDP=395;FR=.;FRO=0;FSAF=188;FSAR=207;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301905;FXX=0.00503766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.417;QD=63.8527;RBI=0.0206368;REFB=-0.0150429;REVB=0.0204147;RO=1;SAF=187;SAR=203;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00234517;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14971e-05;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:393:395:1:0:390:395:1:203:187:0:1:207:188:0:0 chr4 88898941 . C T 1488.89 PASS AF=0.810219;AO=107;DP=141;FAO=111;FDP=137;FR=.;FRO=26;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0256819;FXX=0.0283668;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0519;QD=43.4712;RBI=0.0326455;REFB=-0.00150451;REVB=-0.0201536;RO=25;SAF=58;SAR=49;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208228;STB=0.510353;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000517339;OID=.;OPOS=88898941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:137:25:26:107:111:0.810219:49:58:15:10:53:58:15:11 chr4 88902692 . T C 33.4 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.0185074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.763;QD=1.6493;RBI=0.0221601;REFB=-0.00151056;REVB=0.0121879;RO=72;SAF=3;SAR=5;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337078;STB=0.533895;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0171738;OID=.;OPOS=88902692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:81:72:73:8:8:0.0987654:5:3:29:43:5:3:30:43 chr4 88903853 . C T 150.19 PASS AF=0.142241;AO=33;DP=233;FAO=33;FDP=232;FR=.;FRO=199;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=71;FSRR=128;FWDB=-0.0221158;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.001;QD=2.58952;RBI=0.0373473;REFB=-0.00727677;REVB=-0.030095;RO=196;SAF=10;SAR=23;SRF=70;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777952;STB=0.552295;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0381195;OID=.;OPOS=88903853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:196:199:33:33:0.142241:23:10:70:126:23:10:71:128 chr4 88921446 . G C 50.57 PASS AF=0.0945946;AO=14;DP=150;FAO=14;FDP=148;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=74;FWDB=0.00524025;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4815;QD=1.36671;RBI=0.0246643;REFB=0.00376183;REVB=0.0241012;RO=134;SAF=8;SAR=6;SRF=58;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162124;STB=0.610532;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0431653;OID=.;OPOS=88921446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:150:148:134:134:14:14:0.0945946:6:8:58:76:6:8:60:74 chr4 88921512 . G A 43.76 PASS AF=0.0866667;AO=13;DP=149;FAO=13;FDP=150;FR=.;FRO=137;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=77;FWDB=-0.0276546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.508;QD=1.16701;RBI=0.0278049;REFB=-0.00210933;REVB=0.00288733;RO=134;SAF=7;SAR=6;SRF=58;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122037;STB=0.590911;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0201223;OID=.;OPOS=88921512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:149:150:134:137:13:13:0.0866667:6:7:58:76:6:7:60:77 chr4 89182518 . T C 1042.97 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0297052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.105;QD=55.625;RBI=0.050032;REFB=-0.0120374;REVB=0.0402592;RO=3;SAF=33;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00952139;STB=0.505038;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.000341974;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:3:72:72:0.96:39:33:1:2:39:33:1:2 chr4 89319296 . T C 688.63 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.7326;QD=58.6066;RBI=0.0766281;REFB=-0.156002;REVB=0.0526599;RO=2;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157633;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:47:2:0:44:47:1:25:19:0:2:27:20:0:0 chr4 89397091 . A G 2454.18 PASS AF=1;AO=159;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.21837e-05;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.967;QD=60.9733;RBI=0.00676576;REFB=0;REVB=0.00676547;RO=1;SAF=83;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193376;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:161:1:0:159:161:1:76:83:0:1:77:84:0:0 chr4 89415396 . T C 2779.39 PASS AF=0.953368;AO=184;DP=193;FAO=184;FDP=193;FR=.;FRO=9;FSAF=101;FSAR=83;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0073192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2461;QD=57.604;RBI=0.00763767;REFB=0.0199856;REVB=-0.00218252;RO=9;SAF=101;SAR=83;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305297;STB=0.516056;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00945861;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:193:193:9:9:184:184:0.953368:83:101:8:1:83:101:8:1 chr4 89504991 . G A 833.09 PASS AF=0.726316;AO=61;DP=90;FAO=69;FDP=95;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00164173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.97;QD=35.0776;RBI=0.00676363;REFB=-0.0430719;REVB=0.00656136;RO=26;SAF=30;SAR=31;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167891;STB=0.504586;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0134317;OID=.;OPOS=89504991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:95:26:26:61:69:0.726316:31:30:12:14:36:33:12:14 chr4 89505014 . CA AT 648.89 PASS AF=0.6875;AO=54;DP=81;FAO=55;FDP=80;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.000828099;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=2;MLLD=293.504;QD=32.4444;RBI=0.0183288;REFB=-0.00335134;REVB=-0.0183101;RO=24;SAF=24;SAR=30;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031904;STB=0.513807;STBP=0.719;TYPE=mnp;VARB=0.00125984;OID=.;OPOS=89505014;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:24:25:54:55:0.6875:30:24:12:12:31:24:12:13 chr4 89577214 . A T 1165.5 PASS AF=0.746032;AO=94;DP=126;FAO=94;FDP=126;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=66;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0232082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.563;QD=36.9998;RBI=0.0232272;REFB=-0.0167761;REVB=-0.000940949;RO=32;SAF=28;SAR=66;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598397;STB=0.532042;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00430327;OID=.;OPOS=89577214;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:32:32:94:94:0.746032:66:28:13:19:66:28:13:19 chr4 89617387 . A G 2326.78 PASS AF=0.838095;AO=174;DP=210;FAO=176;FDP=210;FR=.;FRO=34;FSAF=85;FSAR=91;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0921452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.407;QD=44.3196;RBI=0.0943168;REFB=-0.0163539;REVB=0.0201222;RO=35;SAF=83;SAR=91;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118031;STB=0.502005;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00328789;OID=.;OPOS=89617387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:35:34:174:176:0.838095:91:83:18:17:91:85:16:18 chr4 89618837 . T C 3917.61 PASS AF=1;AO=246;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115818;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.837;QD=63.701;RBI=0.0224325;REFB=-0.0337175;REVB=0.0192114;RO=1;SAF=157;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00302647;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43168e-05;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:247:246:1:0:246:246:1:89:157:1:0:89:157:0:0 chr4 89619276 . A G 2735.02 PASS AF=1;AO=170;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378542;FXX=0.089469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.66;QD=63.2375;RBI=0.0503966;REFB=0;REVB=0.0332698;RO=0;SAF=56;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308279;OID=.;OPOS=89619276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:173:0:0:170:173:1:114:56:0:0:115:58:0:0 chr4 89619277 . T G 67.04 PASS AF=0.101064;AO=18;DP=187;FAO=19;FDP=188;FR=.;FRO=169;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=112;FWDB=0.065714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9733;QD=1.42639;RBI=0.069887;REFB=-0.022542;REVB=-0.0237881;RO=169;SAF=1;SAR=17;SRF=57;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460585;STB=0.795022;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.110435;OID=.;OPOS=89619277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:187:188:169:169:18:19:0.101064:17:1:57:112:17:2:57:112 chr4 89625427 . G C 182.3 PASS AF=0.198718;AO=31;DP=157;FAO=31;FDP=156;FR=.;FRO=125;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=-0.0019862;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.957;QD=4.67443;RBI=0.00202388;REFB=-0.00387045;REVB=-0.000388689;RO=124;SAF=17;SAR=14;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823017;STB=0.554694;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0135835;OID=.;OPOS=89625427;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:124:125:31:31:0.198718:14:17:60:64:14:17:60:65 chr4 89647798 . AAC AAA,AA,A,AAT 549.04 PASS AF=0,0,1,0;AO=18,6,12,4;DP=45;FAO=0,0,37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,28,0;FSAR=0,0,9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188355,0.0216771,0.0236591,0.00896331;FXX=0.0512689;HRUN=1,1,7,1;LEN=1,1,2,1;MLLD=219.685,224.652,227.017,80.6902;QD=59.3552;RBI=0.0189078,0.0217174,0.0236608,0.115725;REFB=0,0,0,0;REVB=0.00165163,0.00132184,0.000283068,-0.115377;RO=0;SAF=9,6,8,4;SAR=9,0,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=-0.0183781,-0.022825,0.00105218,0;OID=.,.,.,.;OPOS=89647800,89647800,89647799,89647800;OREF=C,C,AC,C;OALT=A,-,-,T;OMAPALT=AAA,AA,A,AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1,0:18,6,12,4:45:0,0,37,0:37:0:0,0,28,0:0,0,9,0:0:0:3:0:9,6,8,4:9,0,4,0:0:0 chr4 89653257 . G A 132.36 PASS AF=0.139423;AO=29;DP=208;FAO=29;FDP=208;FR=.;FRO=179;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=72;FSRR=107;FWDB=-0.038425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3397;QD=2.54546;RBI=0.0423178;REFB=0.00431559;REVB=-0.017729;RO=179;SAF=14;SAR=15;SRF=72;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103607;STB=0.569666;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0491105;OID=.;OPOS=89653257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:179:179:29:29:0.139423:15:14:72:107:15:14:72:107 chr4 89668859 . C T 135.6 PASS AF=0.140845;AO=29;DP=212;FAO=30;FDP=213;FR=.;FRO=183;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=92;FSRR=91;FWDB=0.0257836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8767;QD=2.54638;RBI=0.0470757;REFB=0.00166993;REVB=-0.0393869;RO=183;SAF=13;SAR=16;SRF=92;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691518;STB=0.559697;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0107965;OID=.;OPOS=89668859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:183:183:29:30:0.140845:16:13:92:91:17:13:92:91 chr4 89670155 . C T 2440.26 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00500457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.635;QD=60.6276;RBI=0.0126371;REFB=-0.127523;REVB=-0.0116039;RO=1;SAF=95;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498251;STB=0.502617;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-5.5209e-05;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:1:1:160:160:0.993789:65:95:1:0:65:95:1:0 chr4 90034686 . A G 51.92 PASS AF=0.127907;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.000164439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.953;QD=2.41495;RBI=0.0205157;REFB=-0.00164128;REVB=0.020515;RO=75;SAF=4;SAR=7;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159832;STB=0.614351;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0150857;OID=.;OPOS=90034686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:86:75:75:11:11:0.127907:7:4:37:38:7:4:37:38 chr4 90168415 . A T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.842;QD=58.0611;RBI=0.0182129;REFB=0;REVB=0.0181572;RO=0;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89867e-05;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:17:44:0:0:17:44:0:0 chr4 90168572 . C T 1985.97 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0209;QD=62.0616;RBI=0.016086;REFB=0;REVB=-0.00109217;RO=0;SAF=53;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26435e-05;OID=.;OPOS=90168572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:74:53:0:0:75:53:0:0 chr4 90169925 . A G 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.736;QD=59.5009;RBI=0.0449483;REFB=0;REVB=0.0446746;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101303;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr4 90170118 . A G 99.69 PASS AF=0.148936;AO=20;DP=138;FAO=21;FDP=141;FR=.;FRO=120;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=75;FWDB=-0.064117;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1228;QD=2.82805;RBI=0.0718012;REFB=0.00117562;REVB=-0.0323174;RO=118;SAF=13;SAR=7;SRF=45;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329749;STB=0.699111;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0139939;OID=.;OPOS=90170118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:118:120:20:21:0.148936:7:13:45:73:8:13:45:75 chr4 91230579 . G A 181.07 PASS AF=0.241379;AO=28;DP=115;FAO=28;FDP=116;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.0232014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.72;QD=6.24386;RBI=0.0278103;REFB=-0.00629491;REVB=-0.0153332;RO=87;SAF=17;SAR=11;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169368;STB=0.598817;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0258307;OID=.;OPOS=91230579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:87:88:28:28:0.241379:11:17:41:46:11:17:42:46 chr4 91584992 . A G 2124.14 PASS AF=0.79798;AO=158;DP=200;FAO=158;FDP=198;FR=.;FRO=40;FSAF=74;FSAR=84;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0256074;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.327;QD=42.912;RBI=0.0287691;REFB=-0.00761265;REVB=-0.0131121;RO=39;SAF=74;SAR=84;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00255222;STB=0.503724;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.000944246;OID=.;OPOS=91584992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:198:39:40:158:158:0.79798:84:74:18:21:84:74:18:22 chr4 91585060 . A T 1091.16 PASS AF=0.72;AO=86;DP=122;FAO=90;FDP=125;FR=.;FRO=35;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00669376;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.924;QD=34.9172;RBI=0.0340415;REFB=-0.0424402;REVB=0.0333769;RO=35;SAF=35;SAR=51;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591668;STB=0.53633;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0163485;OID=.;OPOS=91585060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:35:35:86:90:0.72:51:35:18:17:55:35:18:17 chr4 92240278 . A T 2369.4 PASS AF=1;AO=97;DP=169;FAO=168;FDP=168;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=82;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542396;FXX=0.011764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0257;QD=56.4143;RBI=0.0871564;REFB=0;REVB=0.0869874;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00657307;OID=.;OPOS=92240278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:168:0:0:97:168:1:38:59:0:0:86:82:0:0 chr4 92240802 . C A,T 1736.79 PASS AF=0.0336134,0.957983;AO=5,105;DP=112;FAO=4,114;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=4,62;FSAR=0,52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00970104,0.0102455;FXX=0.0403193;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.489,88.8096;QD=58.3797;RBI=0.0155351,0.0272553;REFB=0.00284635,0.0411872;REVB=-0.0121338,0.0252563;RO=1;SAF=5,61;SAR=0,44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.00771683;STB=0.5,0.503999;STBP=1,0.517;TYPE=snp,snp;VARB=0.053824,0.00312407;OID=.,.;OPOS=92240802,92240802;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:112:119:1:1:5,105:4,114:0.0336134,0.957983:0,44:5,61:1:0:0,52:4,62:1:0 chr4 92240803 . A T 50.55 PASS AF=0.103175;AO=12;DP=125;FAO=13;FDP=126;FR=.;FRO=113;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=67;FSRR=46;FWDB=-0.016775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.5423;QD=1.60488;RBI=0.0583685;REFB=-0.00597554;REVB=0.055906;RO=113;SAF=1;SAR=11;SRF=67;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572075;STB=0.933018;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00994094;OID=.;OPOS=92240803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:125:126:113:113:12:13:0.103175:11:1:67:46:12:1:67:46 chr4 92246344 . G A 3470.62 PASS AF=0.986784;AO=224;DP=228;FAO=224;FDP=227;FR=.;FRO=3;FSAF=103;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0375013;FXX=0.00438577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.261;QD=61.1564;RBI=0.0413282;REFB=-0.164372;REVB=0.0173686;RO=3;SAF=103;SAR=121;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00320653;STB=0.501683;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00127877;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:228:227:3:3:224:224:0.986784:121:103:1:2:121:103:1:2 chr4 94316763 . T G 308.13 PASS AF=0.264706;AO=44;DP=169;FAO=45;FDP=170;FR=.;FRO=125;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=70;FWDB=0.0775254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3387;QD=7.25012;RBI=0.106673;REFB=-0.000790633;REVB=-0.0732735;RO=124;SAF=23;SAR=21;SRF=55;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978591;STB=0.568276;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00228116;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:124:125:44:45:0.264706:21:23:55:69:21:24:55:70 chr4 94411803 . G A 1273.55 PASS AF=0.196522;AO=226;DP=1148;FAO=226;FDP=1150;FR=.;FRO=924;FSAF=107;FSAR=119;FSRF=443;FSRR=481;FWDB=0.0162485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.599;QD=4.42975;RBI=0.0228755;REFB=-0.000190402;REVB=0.016102;RO=915;SAF=107;SAR=119;SRF=439;SRR=476;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825129;STB=0.50482;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000796715;OID=.;OPOS=94411803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1148:1150:915:924:226:226:0.196522:119:107:439:476:119:107:443:481 chr4 95134165 . C G 1460.11 PASS AF=1;AO=84;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259775;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.024;QD=58.9942;RBI=0.0392777;REFB=0;REVB=0.0294603;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00623701;OID=.;OPOS=95134165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:84:99:1:47:37:0:0:54:45:0:0 chr4 95169682 . G T 1757.77 PASS AF=0.924242;AO=122;DP=132;FAO=122;FDP=132;FR=.;FRO=10;FSAF=46;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0240341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.169;QD=53.2657;RBI=0.0247919;REFB=-0.0179369;REVB=-0.00608292;RO=10;SAF=46;SAR=76;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428144;STB=0.522584;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.019866;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:132:132:10:10:122:122:0.924242:76:46:1:9:76:46:1:9 chr4 95170839 . G A 2803.11 PASS AF=0.994475;AO=179;DP=180;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00153685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.225;QD=61.9473;RBI=0.0158373;REFB=-0.0225907;REVB=-0.0157626;RO=1;SAF=87;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00544065;STB=0.502825;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=2.05793e-05;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:181:1:1:179:180:0.994475:92:87:1:0:92:88:1:0 chr4 95173779 . T C 1458.06 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140956;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.282;QD=63.3939;RBI=0.0514368;REFB=0;REVB=0.0494678;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501922;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:40:51:0:0:40:52:0:0 chr4 95186055 . A G 1043.35 PASS AF=0.787879;AO=78;DP=99;FAO=78;FDP=99;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00395013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.768;QD=42.1554;RBI=0.0061031;REFB=-0.00858962;REVB=-0.00465234;RO=21;SAF=30;SAR=48;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380398;STB=0.52032;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00233233;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:21:21:78:78:0.787879:48:30:10:11:48:30:10:11 chr4 95197520 . C T 3095.19 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.788;QD=63.8183;RBI=0.0167863;REFB=0;REVB=0.00543314;RO=0;SAF=98;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.01947e-06;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:194:194:1:96:98:0:0:96:98:0:0 chr4 95211610 . T C 1268.47 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000894032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.906;QD=60.4034;RBI=0.0135577;REFB=-0.0796078;REVB=-0.0135281;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507245;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-1.57785e-05;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:0:1:82:83:0.988095:48:34:0:0:49:34:1:0 chr4 95223325 . C A 157.19 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0396977;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.006;QD=13.9723;RBI=0.0412882;REFB=-0.00389607;REVB=0.0113492;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672545;STB=0.548756;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00751731;OID=.;OPOS=95223325;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:28:17:17:0.377778:9:8:8:12:9:8:11:17 chr4 95494484 . C CT 69.08 PASS AF=0.358209;AO=8;DP=72;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00568014;FXX=0.042851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.0029;QD=4.12397;RBI=0.144568;REFB=-0.0685741;REVB=-0.144456;RO=63;SAF=4;SAR=4;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281083;STB=0.631861;STBP=0.095;TYPE=ins;VARB=0.0265249;OID=.;OPOS=95494485;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358209:8:72:24:67:43:9:15:25:18:69:63:4:4:33:30 chr4 95503902 . T C 1573.86 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.047344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1685;QD=58.8359;RBI=0.0596372;REFB=-0.0447361;REVB=0.0362649;RO=1;SAF=44;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106631;STB=0.505617;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000605744;OID=.;OPOS=95503902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:1:1:105:106:0.990654:61:44:1:0:62:44:1:0 chr4 95531417 . A G 1751.78 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.781;QD=59.8898;RBI=0.0127455;REFB=-0.0490732;REVB=-0.00746484;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.504064;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=8.96726e-05;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:116:116:0.991453:61:55:0:0:61:55:0:1 chr4 95539215 . C T 1892.78 PASS AF=0.75;AO=146;DP=195;FAO=147;FDP=196;FR=.;FRO=49;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00902211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.787;QD=38.6282;RBI=0.016861;REFB=-1.6708e-05;REVB=0.0142441;RO=48;SAF=65;SAR=81;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00616339;STB=0.50515;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=2.38688e-05;OID=.;OPOS=95539215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:48:49:146:147:0.75:81:65:22:26:81:66:23:26 chr4 95539267 . G A 2332.92 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.046;QD=60.9913;RBI=0.0235682;REFB=0;REVB=-0.0107498;RO=0;SAF=53;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28998e-05;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:153:0:0:151:153:1:98:53:0:0:98:55:0:0 chr4 95561459 . A G 1229.79 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0246992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.383;QD=59.9899;RBI=0.0351322;REFB=-0.118677;REVB=0.0249845;RO=1;SAF=53;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885059;STB=0.504586;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000685185;OID=.;OPOS=95561459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:27:53:1:0:27:54:1:0 chr4 95578588 . G A 2906.59 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109707;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.993;QD=62.5074;RBI=0.0181699;REFB=0.092136;REVB=-0.0144841;RO=0;SAF=86;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440112;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:186:0:0:183:186:1:97:86:0:0:97:89:0:0 chr4 95587587 . T C 2666.92 PASS AF=0.988571;AO=173;DP=176;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0544017;FXX=0.0056815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.4001;QD=60.9582;RBI=0.087299;REFB=-0.0229988;REVB=-0.0682757;RO=2;SAF=67;SAR=106;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00258174;STB=0.501356;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00014188;OID=.;OPOS=95587587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:176:175:2:2:173:173:0.988571:106:67:1:1:106:67:1:1 chr4 96075965 . C T 51.89 PASS AF=0.0858586;AO=16;DP=197;FAO=17;FDP=198;FR=.;FRO=181;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=80;FSRR=101;FWDB=-0.0151214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.805;QD=1.04827;RBI=0.0151346;REFB=-0.00219875;REVB=0.000631314;RO=181;SAF=8;SAR=8;SRF=80;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664624;STB=0.579353;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0219805;OID=.;OPOS=96075965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:197:198:181:181:16:17:0.0858586:8:8:80:101:8:9:80:101 chr4 96076113 . CTTTT CTTTC,CTT,CTTT,TTTCT 182.15 PASS AF=0.315789,0.105263,0.578947,0;AO=5,5,14,3;DP=40;FAO=12,4,22,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,22,0;FSAR=12,1,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285474,-0.101601,-0.293136,-0.0265544;FXX=0.116252;HRUN=13,13,13,2;LEN=1,2,1,4;MLLD=174.628,9.79467,3.17716,180.487;QD=19.1741;RBI=0.0301213,0.105834,0.296062,0.0318345;REFB=0.0156117,0.0622276,0.0876788,0.0140101;REVB=-0.00960932,-0.029632,-0.0415185,-0.0175584;RO=3;SAF=0,5,14,0;SAR=5,0,0,3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.794084,0,0,-0.767807;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.00261612,0.256714,-0.308687,0.0187502;OID=.,.,.,.;OPOS=96076117,96076114,96076114,96076113;OREF=T,TT,T,CTTT;OALT=C,-,-,TTTC;OMAPALT=CTTTC,CTT,CTTT,TTTCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:90:40:38:3:0:5,5,14,3:12,4,22,0:0.315789,0.105263,0.578947,0:5,0,0,3:0,5,14,0:3:0:12,1,0,0:0,3,22,0:0:0 chr4 96106322 . A G 214.7 PASS AF=0.170124;AO=40;DP=240;FAO=41;FDP=241;FR=.;FRO=200;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=78;FSRR=122;FWDB=0.00540238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.564;QD=3.56343;RBI=0.00540658;REFB=-0.00483128;REVB=-0.000213084;RO=199;SAF=15;SAR=25;SRF=78;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231063;STB=0.521335;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0245237;OID=.;OPOS=96106322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:199:200:40:41:0.170124:25:15:78:121:26:15:78:122 chr4 96169733 . G T 1120.75 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9002;QD=58.9871;RBI=0.0637105;REFB=-0.0275618;REVB=-0.0605246;RO=1;SAF=27;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171998;STB=0.509088;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000134205;OID=.;OPOS=96169733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:48:27:1:0:48:27:1:0 chr4 96256616 . A G 2264.2 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799237;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7097;QD=63.3342;RBI=0.0882778;REFB=0;REVB=0.0374857;RO=0;SAF=64;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644546;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:142:143:1:78:64:0:0:79:64:0:0 chr4 96256673 . G A 2669.14 PASS AF=0.983051;AO=173;DP=176;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00809497;FXX=0.00561766;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.32;QD=60.3196;RBI=0.0428555;REFB=-0.0997728;REVB=-0.042084;RO=3;SAF=74;SAR=99;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312939;STB=0.501595;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000481667;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:176:177:3:3:173:174:0.983051:99:74:1:2:100:74:1:2 chr4 97270063 . C A 1423.53 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121326;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.984;QD=59.9381;RBI=0.019577;REFB=0;REVB=0.0153642;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756554;OID=.;OPOS=97270063;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:95:0:0:87:95:1:52:35:0:0:56:39:0:0 chr4 98893437 . A G 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.713;QD=62.0176;RBI=0.0121321;REFB=0;REVB=0.00349808;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53929e-05;OID=.;OPOS=98893437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr4 98893476 . C T 1171.28 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.226;QD=60.8456;RBI=0.00543977;REFB=0;REVB=0.00514601;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82246e-06;OID=.;OPOS=98893476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr4 98902407 . A G 176.51 PASS AF=0.192547;AO=31;DP=162;FAO=31;FDP=161;FR=.;FRO=130;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=75;FWDB=-0.0337109;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.561;QD=4.3853;RBI=0.0344315;REFB=-0.00092889;REVB=-0.00700783;RO=129;SAF=19;SAR=12;SRF=56;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22629;STB=0.650437;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00408057;OID=.;OPOS=98902407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:129:130:31:31:0.192547:12:19:56:73:12:19:55:75 chr4 99218108 . G GA 1497.13 PASS AF=1;AO=116;DP=122;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282206;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=154.369;QD=49.9043;RBI=0.0335265;REFB=0;REVB=0.0181004;RO=3;SAF=48;SAR=68;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012442;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.02785e-05;OID=.;OPOS=99218109;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:116:122:120:120:0:50:70:0:0:26:3:48:68:2:1 chr4 99802070 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.338;QD=56.7066;RBI=0.019839;REFB=0;REVB=0.0186112;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20723e-05;OID=.;OPOS=99802070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr4 99850125 . A G 34.78 PASS AF=0.0628743;AO=18;DP=323;FAO=21;FDP=334;FR=.;FRO=313;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=138;FSRR=175;FWDB=-0.00638227;FXX=0.0147488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.016;QD=0.416541;RBI=0.00959156;REFB=-0.000663731;REVB=-0.00715992;RO=276;SAF=3;SAR=15;SRF=129;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329839;STB=0.872306;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.132705;OID=.;OPOS=99850125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:323:334:276:313:18:21:0.0628743:15:3:129:147:19:2:138:175 chr4 99850126 . A G 4259.01 PASS AF=0.88724;AO=302;DP=336;FAO=299;FDP=337;FR=.;FRO=38;FSAF=132;FSAR=167;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00286565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5905;QD=50.552;RBI=0.0223004;REFB=-0.00503944;REVB=-0.0221155;RO=24;SAF=133;SAR=169;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254621;STB=0.51139;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00406635;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:337:24:38:302:299:0.88724:169:133:11:13:167:132:13:25 chr4 100045574 . T C 695.83 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.109;QD=60.5072;RBI=0.0453367;REFB=0.00528685;REVB=0.0405196;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-7.83005e-05;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:0:1:45:45:0.978261:26:19:0:0:26:19:0:1 chr4 100045616 . C T 588.65 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0143239;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.111;QD=58.8647;RBI=0.0298075;REFB=0.0162257;REVB=-0.0261402;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00373063;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:0:1:23:16:0:1 chr4 100045647 . A G 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.468;QD=58.1357;RBI=0.041687;REFB=0;REVB=0.0147518;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169218;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr4 100048414 . T C 1815.23 PASS AF=1;AO=99;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131641;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.457;QD=60.5076;RBI=0.0357458;REFB=-0.119856;REVB=0.0332335;RO=0;SAF=30;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424458;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:121:120:0:0:99:120:1:69:30:0:0:74:46:0:0 chr4 100052733 . C A 1454.86 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00696083;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.486;QD=59.3822;RBI=0.0248366;REFB=0;REVB=0.0238413;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229348;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:46:51:0:0:47:51:0:0 chr4 100062819 . A G 1952.29 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.403;QD=61.9775;RBI=0.0249549;REFB=0;REVB=0.00200897;RO=0;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17974e-05;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:124:126:1:60:64:0:0:61:65:0:0 chr4 100064247 . G T 2082.31 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2682;QD=62.626;RBI=0.111621;REFB=0;REVB=-0.0138284;RO=0;SAF=60;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000599419;OID=.;OPOS=100064247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:73:60:0:0:73:60:0:0 chr4 100064305 . C G 2275.87 PASS AF=0.986301;AO=143;DP=148;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00987534;FXX=0.0201329;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.113;QD=62.3526;RBI=0.0189852;REFB=0.0464769;REVB=0.0162147;RO=2;SAF=63;SAR=80;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117386;STB=0.506097;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000468207;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:146:2:2:143:144:0.986301:80:63:0:2:81:63:0:2 chr4 100140306 . A T 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.917;QD=64.021;RBI=0.020636;REFB=0;REVB=0.0179869;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35464e-05;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:51:47:0:0:51:47:0:0 chr4 100235053 . A G 4676.91 PASS AF=0.974603;AO=305;DP=314;FAO=307;FDP=315;FR=.;FRO=8;FSAF=165;FSAR=142;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0235482;FXX=0.00316446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4899;QD=59.3893;RBI=0.0447112;REFB=0.0134284;REVB=-0.0380075;RO=8;SAF=163;SAR=142;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077988;STB=0.504146;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00176256;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:314:315:8:8:305:307:0.974603:142:163:3:5:142:165:3:5 chr4 100266133 . T C 6910.19 PASS AF=1;AO=419;DP=421;FAO=439;FDP=439;FR=.;FRO=0;FSAF=213;FSAR=226;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503336;FXX=0.00227268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.456;QD=62.963;RBI=0.0612324;REFB=0;REVB=0.0348703;RO=0;SAF=194;SAR=225;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360212;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:421:439:0:0:419:439:1:225:194:0:0:226:213:0:0 chr4 100268190 . A C 5015.95 PASS AF=1;AO=318;DP=318;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0757812;FXX=0.0031249;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0602;QD=62.8959;RBI=0.0763419;REFB=0;REVB=-0.00923569;RO=0;SAF=159;SAR=159;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325156;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:318:319:0:0:318:319:1:159:159:0:0:159:160:0:0 chr4 100510859 . T C 1321.25 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.738;QD=62.1766;RBI=0.0441006;REFB=0;REVB=0.0219192;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98947e-05;OID=.;OPOS=100510859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:47:37:0:0:48:37:0:0 chr4 100516022 . C G 2269.34 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00935199;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.62;QD=63.4782;RBI=0.0123195;REFB=0;REVB=-0.00801931;RO=0;SAF=51;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35701e-05;OID=.;OPOS=100516022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:142:143:1:91:51:0:0:91:52:0:0 chr4 100570681 . T A 2050.96 PASS AF=0.93038;AO=141;DP=153;FAO=147;FDP=158;FR=.;FRO=11;FSAF=56;FSAR=91;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0278255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1384;QD=51.9231;RBI=0.0748917;REFB=-0.00387654;REVB=0.0695306;RO=7;SAF=55;SAR=86;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362935;STB=0.508017;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00201368;OID=.;OPOS=100570681;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:153:158:7:11:141:147:0.93038:86:55:3:4:91:56:3:8 chr4 100574195 . A G 2441.84 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120228;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6625;QD=61.4299;RBI=0.0897663;REFB=0;REVB=-0.0889576;RO=0;SAF=71;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37756e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176486;OID=.;OPOS=100574195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:159:0:0:159:159:1:88:71:0:0:88:71:0:0 chr4 100574725 . TG T,TT 42.37 PASS AF=0.0669456,0.0502092;AO=49,16;DP=238;FAO=16,12;FDP=239;FR=.;FRO=211;FSAF=10,1;FSAR=6,11;FSRF=98;FSRR=113;FWDB=-0.0470576,0.0215147;FXX=0.0164602;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.90646,20.258;QD=0.709064;RBI=0.0471425,0.0445817;REFB=-0.0858054,-0.0530186;REVB=-0.00282796,0.0390467;RO=149;SAF=25,1;SAR=24,15;SRF=71;SRR=78;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0422304,-0.534069;STB=0.647262,0.897053;STBP=0.226,0.006;TYPE=del,snp;VARB=0.0685251,-0.00256389;OID=.,.;OPOS=100574726,100574726;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0669456,0.0502092:49,16:238:16,12:239:211:10,1:6,11:98:113:16:149:25,1:24,15:71:78 chr4 100574821 . C G 988.54 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00190854;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.8296;QD=54.9187;RBI=0.0104328;REFB=-0.130526;REVB=-0.0102567;RO=1;SAF=7;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756558;STB=0.525416;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00333956;OID=.;OPOS=100574821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:1:3:69:69:0.958333:62:7:0:1:62:7:1:2 chr4 100575711 . C T 3853.62 PASS AF=1;AO=249;DP=251;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119758;FXX=0.00796781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.404;QD=61.9056;RBI=0.0123616;REFB=-0.0595597;REVB=-0.00306426;RO=0;SAF=107;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.63314e-06;OID=.;OPOS=100575711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:251:249:0:0:249:249:1:142:107:0:0:142:107:0:0 chr4 101401161 . TAAC T 2532.02 PASS AF=0.936709;AO=215;DP=233;FAO=222;FDP=237;FR=.;FRO=15;FSAF=96;FSAR=126;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0090171;FXX=0.0206603;HRUN=2;LEN=3;MLLD=222.887;QD=42.7345;RBI=0.00906839;REFB=-0.0401773;REVB=-0.000963101;RO=0;SAF=93;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51077;STBP=0.215;TYPE=del;VARB=0.00169567;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.936709:215:233:222:237:15:96:126:9:6:6:0:93:122:0:0 chr4 102751276 . C T 1461.39 PASS AF=0.816176;AO=109;DP=136;FAO=111;FDP=136;FR=.;FRO=25;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00339335;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.733;QD=42.9821;RBI=0.00725347;REFB=-0.0116308;REVB=-0.00641077;RO=24;SAF=62;SAR=47;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937941;STB=0.503117;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00171374;OID=.;OPOS=102751276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:24:25:109:111:0.816176:47:62:13:11:47:64:14:11 chr4 102816467 . C G 1034.1 PASS AF=0.661654;AO=87;DP=134;FAO=88;FDP=133;FR=.;FRO=45;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00794952;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.535;QD=31.1008;RBI=0.015688;REFB=-0.00165713;REVB=0.0135247;RO=45;SAF=52;SAR=35;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153961;STB=0.579941;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000747115;OID=.;OPOS=102816467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:45:45:87:88:0.661654:35:52:16:29:36:52:16:29 chr4 102965043 . T C 1695.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.687;QD=60.5453;RBI=0.00607587;REFB=0;REVB=-0.00135284;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89726e-06;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:50:62:0:0:50:62:0:0 chr4 103225513 . T C 1642.43 PASS AF=0.828947;AO=125;DP=151;FAO=126;FDP=152;FR=.;FRO=26;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0515784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.121;QD=43.2219;RBI=0.0517646;REFB=0.000266325;REVB=-0.0043875;RO=26;SAF=57;SAR=68;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107764;STB=0.506416;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=9.07098e-05;OID=.;OPOS=103225513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:26:26:125:126:0.828947:68:57:11:15:68:58:11:15 chr4 103228734 . C T 1017.03 PASS AF=0.80198;AO=81;DP=101;FAO=81;FDP=101;FR=.;FRO=20;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0125023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2799;QD=40.2783;RBI=0.0566113;REFB=-0.00403754;REVB=0.0552135;RO=20;SAF=32;SAR=49;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372509;STB=0.519851;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00149625;OID=.;OPOS=103228734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:20:20:81:81:0.80198:49:32:6:14:49:32:6:14 chr4 103514658 . T C 1692.85 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.331;QD=60.4588;RBI=0.0117971;REFB=0;REVB=0.00139281;RO=0;SAF=92;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63881e-05;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:112:0:0:107:112:1:15:92:0:0:15:97:0:0 chr4 103555992 . A G 2410.35 PASS AF=0.774059;AO=185;DP=239;FAO=185;FDP=239;FR=.;FRO=54;FSAF=98;FSAR=87;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0455771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3223;QD=40.3406;RBI=0.0456935;REFB=0.0144781;REVB=-0.00325982;RO=54;SAF=98;SAR=87;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676871;STB=0.535975;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00344144;OID=.;OPOS=103555992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:54:54:185:185:0.774059:87:98:20:34:87:98:20:34 chr4 103557077 . G A 741.27 PASS AF=0.709302;AO=60;DP=85;FAO=61;FDP=86;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0236043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.289;QD=34.4777;RBI=0.0272129;REFB=0.00356355;REVB=-0.0135418;RO=25;SAF=21;SAR=39;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759443;STB=0.542526;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0014914;OID=.;OPOS=103557077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:25:25:60:61:0.709302:39:21:12:13:40:21:12:13 chr4 103611845 . C T 82.94 PASS AF=0.150943;AO=16;DP=106;FAO=16;FDP=106;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0532351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4392;QD=3.12993;RBI=0.0583058;REFB=-0.00499323;REVB=-0.0237821;RO=90;SAF=6;SAR=10;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131121;STB=0.58883;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0368388;OID=.;OPOS=103611845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:106:106:90:90:16:16:0.150943:10:6:43:47:10:6:43:47 chr4 103808862 . T C 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0279936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.497;QD=7.71924;RBI=0.0282368;REFB=0.0063499;REVB=-0.00369748;RO=38;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777007;STB=0.548211;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0259454;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:5:8:21:17:5:8:21:17 chr4 103822404 . G A 35.38 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0218657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.261;QD=2.35836;RBI=0.0241632;REFB=0.000393645;REVB=0.0102836;RO=53;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510509;STB=0.538351;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00329061;OID=.;OPOS=103822404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:53:53:7:7:0.116667:4:3:25:28:4:3:25:28 chr4 103911069 . C A,T 1013.99 PASS AF=0.902778,0.0833333;AO=65,6;DP=72;FAO=65,6;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=22,6;FSAR=43,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0370232,0.0171262;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=122.669,25.4259;QD=56.3329;RBI=0.0386154,0.0535496;REFB=-0.0469324,0.0118066;REVB=-0.0109741,-0.0507371;RO=0;SAF=22,6;SAR=43,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.511108,0.5;STBP=0.286,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00226872,0.0863667;OID=.,.;OPOS=103911069,103911069;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:72:72:0:1:65,6:65,6:0.902778,0.0833333:43,0:22,6:0:0:43,0:22,6:1:0 chr4 106159644 . T A 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.341;QD=60.5107;RBI=0.0180445;REFB=-0.0550028;REVB=-0.00515208;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218529;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000117229;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:0:1:21:24:0:1 chr4 106160243 . TG GT,TT 101.71 PASS AF=0.0769231,0.184615;AO=6,11;DP=65;FAO=5,12;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=1,8;FSAR=4,4;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.232176,0.0404898;FXX=0.0151492;HRUN=12,1;LEN=2,1;MLLD=13.4447,91.4062;QD=6.25928;RBI=0.232176,0.0404898;REFB=-0.210411,-0.00879947;REVB=0.000170556,5.27882e-06;RO=46;SAF=1,9;SAR=5,2;SRF=23;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.400469,0.419042;STB=0.792708,0.620484;STBP=0.234,0.378;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0227639,0.00141504;OID=.,.;OPOS=106160243,106160244;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:76:65:65:46:48:6,11:5,12:0.0769231,0.184615:5,2:1,9:23:23:4,4:1,8:25:23 chr4 106160365 . A C 1542.7 PASS AF=0.760736;AO=123;DP=163;FAO=124;FDP=163;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=84;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.000686139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.163;QD=37.8578;RBI=0.0102722;REFB=0.00101272;REVB=-0.0102492;RO=39;SAF=39;SAR=84;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347006;STB=0.516776;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00030798;OID=.;OPOS=106160365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:39:39:123:124:0.760736:84:39:15:24:84:40:15:24 chr4 106163447 . G GT,T 72.22 PASS AF=0.286957,0.00869565;AO=17,12;DP=119;FAO=33,1;FDP=115;FR=.;FRO=81;FSAF=6,1;FSAR=27,0;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=-0.0331619,-0.00270228;FXX=0.0170926;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=9.15795,205.991;QD=2.51185;RBI=0.0838802,0.00519235;REFB=-0.065468,-0.00335246;REVB=-0.0770466,-0.00443376;RO=81;SAF=2,3;SAR=15,9;SRF=37;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.491432,-0.268471;STB=0.665848,0.992781;STBP=0.044,0.261;TYPE=ins,snp;VARB=0.0638679,0.0328638;OID=.,.;OPOS=106163448,106163447;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:119:115:81:81:17,12:33,1:0.286957,0.00869565:15,9:2,3:37:44:27,0:6,1:29:52 chr4 106196951 . A G 630.82 PASS AF=0.822581;AO=50;DP=62;FAO=51;FDP=62;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0308459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.944;QD=40.6982;RBI=0.04149;REFB=-0.0305623;REVB=0.0277479;RO=11;SAF=27;SAR=23;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898524;STB=0.545437;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0111182;OID=.;OPOS=106196951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:11:11:50:51:0.822581:23:27:3:8:24:27:3:8 chr4 106317429 . C G 1072.93 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0257441;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.971;QD=58.7909;RBI=0.0410816;REFB=0.0204516;REVB=0.0320147;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116761;STB=0.506171;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-4.75828e-05;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:71:72:0.986301:40:31:0:1:40:32:0:1 chr4 106328199 . TA T,TG 236.21 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,17;DP=19;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408213,-0.0013488;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=254.932,275.355;QD=49.7293;RBI=0.0040824,0.00341795;REFB=0,0;REVB=4.69814e-05,0.00314056;RO=0;SAF=1,6;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0215025,0.000673593;OID=.,.;OPOS=106328200,106328200;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:2,17:19:1,18:19:0:0,7:1,11:0:0:6:0:1,6:1,11:0:0 chr4 106474096 . T C 1530.01 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.853;QD=63.7505;RBI=0.00518096;REFB=0;REVB=-0.00354049;RO=0;SAF=27;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61219e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15134e-05;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:69:27:0:0:69:27:0:0 chr4 106580340 . A G 134.18 PASS AF=0.184615;AO=24;DP=130;FAO=24;FDP=130;FR=.;FRO=106;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=-0.000379319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0003;QD=4.12867;RBI=0.056349;REFB=0.0138164;REVB=0.0563477;RO=106;SAF=12;SAR=12;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843373;STB=0.553802;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0438106;OID=.;OPOS=106580340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:106:106:24:24:0.184615:12:12:46:60:12:12:46:60 chr4 106861730 . A G 1998.6 PASS AF=0.992424;AO=128;DP=130;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.120674;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.281;QD=60.5636;RBI=0.121706;REFB=0.028092;REVB=0.0158161;RO=1;SAF=47;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010003;STB=0.50495;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000549306;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:132:1:1:128:131:0.992424:81:47:1:0:81:50:1:0 chr4 106863575 . G A 176.81 PASS AF=0.221374;AO=28;DP=131;FAO=29;FDP=131;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=63;FWDB=-0.024022;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.827;QD=5.3989;RBI=0.0244613;REFB=0.00310126;REVB=0.00461498;RO=101;SAF=6;SAR=22;SRF=38;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245543;STB=0.667184;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0086548;OID=.;OPOS=106863575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:101:102:28:29:0.221374:22:6:38:63:23:6:39:63 chr4 107168431 . G C 2350.16 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000214078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7907;QD=63.9498;RBI=0.0225021;REFB=0;REVB=0.0225011;RO=0;SAF=60;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68936e-05;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:146:147:1:86:60:0:0:87:60:0:0 chr4 108356274 . G A 360.25 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0446409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0105;QD=32.0222;RBI=0.0578212;REFB=0.0303925;REVB=0.036749;RO=15;SAF=16;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810959;STB=0.544349;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0148651;OID=.;OPOS=108356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:14:16:6:9:14:16:6:9 chr4 108575989 . G A 256.71 PASS AF=0.170139;AO=43;DP=289;FAO=49;FDP=288;FR=.,HEALED;FRO=239;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=104;FSRR=135;FWDB=-0.0918102;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.987;QD=3.56539;RBI=0.1005;REFB=-0.010172;REVB=-0.0408794;RO=189;SAF=21;SAR=22;SRF=99;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456503;STB=0.56213;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0508569;OID=.;OPOS=108575989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:288:189:239:43:49:0.170139:22:21:99:90:24:25:104:135 chr4 108641300 . T C 5954.85 PASS AF=0.992228;AO=376;DP=382;FAO=383;FDP=386;FR=.;FRO=3;FSAF=215;FSAR=168;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0148123;FXX=0.0102561;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.901;QD=61.7083;RBI=0.0828586;REFB=-0.0889788;REVB=-0.0815239;RO=5;SAF=209;SAR=167;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00619504;STB=0.501798;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00015279;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:382:386:5:3:376:383:0.992228:167:209:4:1:168:215:1:2 chr4 108931039 . T C 1691.18 PASS AF=0.991379;AO=107;DP=112;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.18029;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9485;QD=58.3167;RBI=0.183966;REFB=-0.158564;REVB=-0.0365941;RO=4;SAF=27;SAR=80;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652823;STB=0.507245;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00774718;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:116:4:1:107:115:0.991379:80:27:4:0:81:34:1:0 chr4 108969883 . G A 2454.59 PASS AF=0.806034;AO=184;DP=237;FAO=187;FDP=232;FR=.;FRO=45;FSAF=93;FSAR=94;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0649066;FXX=0.0210962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1289;QD=42.3205;RBI=0.0682285;REFB=-0.00953148;REVB=0.02103;RO=43;SAF=91;SAR=93;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476186;STB=0.519909;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00172533;OID=.;OPOS=108969883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:232:43:45:184:187:0.806034:93:91:27:16:94:93:27:18 chr4 109541499 . C T 2920.25 PASS AF=0.857143;AO=201;DP=239;FAO=216;FDP=252;FR=.;FRO=36;FSAF=88;FSAR=128;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0339645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9807;QD=46.3531;RBI=0.0691463;REFB=0.00270143;REVB=0.0602297;RO=38;SAF=84;SAR=117;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572676;STB=0.529799;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.000829852;OID=.;OPOS=109541499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:252:38:36:201:216:0.857143:117:84:23:15:128:88:22:14 chr4 109541603 . T A 444.68 PASS AF=0.790698;AO=34;DP=43;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00352348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.826;QD=41.3653;RBI=0.0138178;REFB=-0.0528367;REVB=0.013361;RO=9;SAF=11;SAR=23;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098583;STB=0.553351;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00470425;OID=.;OPOS=109541603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:9:9:34:34:0.790698:23:11:5:4:23:11:5:4 chr4 109674116 . A G 1151.64 PASS AF=0.838384;AO=81;DP=97;FAO=83;FDP=99;FR=.;FRO=16;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0296603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.696;QD=46.531;RBI=0.0569606;REFB=-0.0189494;REVB=0.048629;RO=15;SAF=35;SAR=46;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301567;STB=0.512919;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00316502;OID=.;OPOS=109674116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:97:99:15:16:81:83:0.838384:46:35:8:7:48:35:8:8 chr4 109735133 . T C 38.29 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.00175871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.729;QD=2.25235;RBI=0.00444698;REFB=-0.00404047;REVB=0.00408443;RO=59;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103337;STB=0.572536;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0445589;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:59:60:8:8:0.117647:6:2:19:40:6:2:19:41 chr4 109745336 . T G 899.49 PASS AF=0.766667;AO=68;DP=93;FAO=69;FDP=90;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00949606;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.152;QD=39.9773;RBI=0.0107625;REFB=-0.0202747;REVB=0.00506519;RO=19;SAF=26;SAR=42;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522366;STB=0.538134;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00552483;OID=.;OPOS=109745336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:19:21:68:69:0.766667:42:26:5:14:42:27:5:16 chr4 109769899 . C T 1770.69 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.222;QD=60.0234;RBI=0.0288206;REFB=-0.0727895;REVB=0.0265004;RO=0;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07878e-08;STB=0.503999;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000427825;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:0:1:117:117:0.991525:55:62:0:0:55:62:1:0 chr4 110581363 . T A 583.37 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000450921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7109;QD=54.2673;RBI=0.0669064;REFB=-0.112801;REVB=-0.0669049;RO=3;SAF=17;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758422;STB=0.54052;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00595479;OID=.;OPOS=110581363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:43:43:3:3:40:40:0.930233:23:17:3:0:23:17:3:0 chr4 110661937 . G A 712.44 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00173298;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.512;QD=63.3283;RBI=0.0058277;REFB=0;REVB=-0.00556407;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05574e-05;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr4 110667590 . C T 1321.41 PASS AF=0.814516;AO=101;DP=125;FAO=101;FDP=124;FR=.;FRO=23;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0260943;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.146;QD=42.6262;RBI=0.030798;REFB=-0.0327672;REVB=-0.0163587;RO=23;SAF=42;SAR=59;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088203;STB=0.50469;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00605636;OID=.;OPOS=110667590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:23:23:101:101:0.814516:59:42:9:14:59:42:9:14 chr4 110678925 . T C 1296.72 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8044;QD=61.7483;RBI=0.0693386;REFB=0;REVB=0.0161319;RO=0;SAF=21;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391758;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:62:21:0:0:63:21:0:0 chr4 110681505 . C T 34.36 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0186634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.257;QD=2.21649;RBI=0.0193987;REFB=0.000312034;REVB=0.00529052;RO=55;SAF=6;SAR=1;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512816;STB=0.878308;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00493108;OID=.;OPOS=110681505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:1:6:22:33:1:6:22:33 chr4 110737389 . T C 3076.76 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371332;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.477;QD=63.767;RBI=0.0390478;REFB=0;REVB=-0.0120771;RO=0;SAF=83;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.41226e-05;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:193:0:0:193:193:1:110:83:0:0:110:83:0:0 chr4 110740230 . A T 1040.23 PASS AF=0.747826;AO=84;DP=113;FAO=86;FDP=115;FR=.;FRO=29;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.000141503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.948;QD=36.182;RBI=0.0166489;REFB=-0.00844261;REVB=0.0166483;RO=29;SAF=47;SAR=37;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129968;STB=0.510114;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0025276;OID=.;OPOS=110740230;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:29:29:84:86:0.747826:37:47:17:12:39:47:17:12 chr4 110757224 . G A 96.7 PASS AF=0.104478;AO=28;DP=271;FAO=28;FDP=268;FR=.;FRO=240;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=120;FSRR=120;FWDB=0.0084423;FXX=0.0147053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.192;QD=1.44332;RBI=0.0216147;REFB=-0.00128379;REVB=-0.0198978;RO=227;SAF=14;SAR=14;SRF=112;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081518;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010288;OID=.;OPOS=110757224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:271:268:227:240:28:28:0.104478:14:14:112:115:14:14:120:120 chr4 110757287 . G A 111.66 PASS AF=0.124424;AO=27;DP=217;FAO=27;FDP=217;FR=.;FRO=190;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=100;FSRR=90;FWDB=0.00163671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.914;QD=2.0583;RBI=0.0176376;REFB=0.000373419;REVB=0.0175615;RO=190;SAF=17;SAR=10;SRF=100;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131775;STB=0.592265;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00267999;OID=.;OPOS=110757287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:190:190:27:27:0.124424:10:17:100:90:10:17:100:90 chr4 110772874 . C G 1499.05 PASS AF=0.859375;AO=109;DP=127;FAO=110;FDP=128;FR=.;FRO=18;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.000722545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.026;QD=46.8454;RBI=0.0241565;REFB=-0.0241557;REVB=0.0241457;RO=18;SAF=59;SAR=50;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704813;STB=0.536357;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00351633;OID=.;OPOS=110772874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:127:128:18:18:109:110:0.859375:50:59:5:13:51:59:5:13 chr4 110773108 . C T 145.02 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.120663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.7753;QD=25.2203;RBI=0.130857;REFB=-0.00886859;REVB=0.0506354;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262065;STB=0.64686;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00126785;OID=.;OPOS=110773108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:8:8:15:15:0.652174:10:5:6:2:10:5:6:2 chr4 110791361 . G A 79.87 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0508133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0871;QD=5.80888;RBI=0.0561942;REFB=-0.0060242;REVB=-0.0239958;RO=43;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150926;STB=0.594708;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0200728;OID=.;OPOS=110791361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:43:43:12:12:0.218182:7:5:13:30:7:5:13:30 chr4 110791413 . C T 78.64 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.00216094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.83;QD=4.91522;RBI=0.0949843;REFB=-0.0049893;REVB=-0.0949597;RO=50;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378161;STB=0.740086;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0248882;OID=.;OPOS=110791413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:50:51:13:13:0.203125:5:8:15:35:5:8:15:36 chr4 110791414 . G A 567.6 PASS AF=0.761905;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000678103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.104;QD=36.038;RBI=0.0182358;REFB=-0.034609;REVB=0.0182232;RO=14;SAF=14;SAR=34;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133258;STB=0.565781;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00279252;OID=.;OPOS=110791414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:63:63:14:15:48:48:0.761905:34:14:8:6:34:14:8:7 chr4 110791543 . C T 155.2 PASS AF=0.180645;AO=28;DP=156;FAO=28;FDP=155;FR=.;FRO=127;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=72;FWDB=-0.000659261;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.99;QD=4.00527;RBI=0.00443921;REFB=0.00340328;REVB=-0.00438998;RO=125;SAF=19;SAR=9;SRF=54;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311523;STB=0.69782;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0105581;OID=.;OPOS=110791543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:125:127:28:28:0.180645:9:19:54:71:9:19:55:72 chr4 110901147 . A G 186.54 PASS AF=0.154472;AO=38;DP=246;FAO=38;FDP=246;FR=.;FRO=208;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=89;FSRR=119;FWDB=-0.0293608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.229;QD=3.03322;RBI=0.0332597;REFB=0.000211476;REVB=-0.0156254;RO=208;SAF=9;SAR=29;SRF=89;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27016;STB=0.68078;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00124822;OID=.;OPOS=110901147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:208:208:38:38:0.154472:29:9:89:119:29:9:89:119 chr4 110901198 . G A 4408.32 PASS AF=1;AO=278;DP=278;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.893;QD=63.2018;RBI=0.0146829;REFB=0;REVB=-0.00269322;RO=0;SAF=120;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05552e-06;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:278:279:0:0:278:279:1:158:120:0:0:159:120:0:0 chr4 110902111 . A T 2354.33 PASS AF=0.753086;AO=183;DP=242;FAO=183;FDP=243;FR=.;FRO=60;FSAF=83;FSAR=100;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0744167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2836;QD=38.7544;RBI=0.0782082;REFB=-0.00794974;REVB=-0.0240558;RO=59;SAF=83;SAR=100;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175122;STB=0.511542;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00196424;OID=.;OPOS=110902111;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:59:60:183:183:0.753086:100:83:29:30:100:83:30:30 chr4 110914427 . A T 3092.35 PASS AF=1;AO=199;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9757;QD=60.933;RBI=0.0531212;REFB=0;REVB=0.0103968;RO=0;SAF=132;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564687;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:203:0:0:199:203:1:67:132:0:0:71:132:0:0 chr4 110932389 . G GC 70.7 PASS AF=0.184358;AO=32;DP=180;FAO=33;FDP=179;FR=.;FRO=146;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=95;FSRR=51;FWDB=0.0808645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.1166;QD=1.57998;RBI=0.0836827;REFB=0.00844331;REVB=-0.0215342;RO=137;SAF=25;SAR=7;SRF=87;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224823;STB=0.677554;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=-0.0214948;OID=.;OPOS=110932390;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184358:32:180:33:179:146:27:6:95:51:70:137:25:7:87:50 chr4 110971030 . G T 822.96 PASS AF=0.72043;AO=65;DP=93;FAO=67;FDP=93;FR=.;FRO=26;FSAF=51;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0321109;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5676;QD=35.3959;RBI=0.0668863;REFB=-0.043416;REVB=-0.0586742;RO=26;SAF=49;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117955;STB=0.565947;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0164657;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:26:26:65:67:0.72043:16:49:15:11:16:51:15:11 chr4 111398208 . A G 1144.22 PASS AF=0.831776;AO=88;DP=106;FAO=89;FDP=107;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=62;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0154996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5268;QD=42.7745;RBI=0.0382902;REFB=0.00321922;REVB=0.0350129;RO=18;SAF=27;SAR=61;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702847;STB=0.537952;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00050557;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:106:107:18:18:88:89:0.831776:61:27:9:9:62:27:9:9 chr4 112252643 . G T 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6378;QD=62.3478;RBI=0.0469058;REFB=0;REVB=-0.0464498;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000724604;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr4 113108802 . C CTAA 1550.85 PASS AF=0.78481;AO=120;DP=160;FAO=124;FDP=158;FR=.;FRO=34;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0102618;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.193;QD=39.2619;RBI=0.0128298;REFB=-0.0349012;REVB=0.00770068;RO=34;SAF=49;SAR=71;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111708;STB=0.508195;STBP=0.693;TYPE=ins;VARB=0.00712383;OID=.;OPOS=113108803;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=CTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.78481:120:160:124:158:34:52:72:13:21:99:34:49:71:13:21 chr4 113178894 . ATTTGT A 520.98 PASS AF=0.631068;AO=57;DP=101;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0109138;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=5;MLLD=231.31;QD=20.2321;RBI=0.0373564;REFB=-0.0105906;REVB=0.0357266;RO=32;SAF=37;SAR=20;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995189;STB=0.522442;STBP=0.585;TYPE=del;VARB=0.00573223;OID=.;OPOS=113178895;OREF=TTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631068:57:101:65:103:38:39:26:25:13:99:32:37:20:25:7 chr4 113198805 . G C 816.12 PASS AF=0.849315;AO=62;DP=74;FAO=62;FDP=73;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0683384;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.495;QD=44.7186;RBI=0.0706661;REFB=-0.0240311;REVB=-0.0179876;RO=10;SAF=10;SAR=52;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063567;STB=0.529771;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00449607;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:74:73:10:11:62:62:0.849315:52:10:3:7:52:10:3:8 chr4 113198889 . AC TT 842.75 PASS AF=0.839506;AO=58;DP=71;FAO=68;FDP=81;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=54;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0422795;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.235;QD=41.6175;RBI=0.154024;REFB=-0.0863619;REVB=0.148107;RO=13;SAF=12;SAR=46;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217173;STB=0.60464;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0217364;OID=.;OPOS=113198889;OREF=AC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:71:81:13:13:58:68:0.839506:46:12:9:4:54:14:9:4 chr4 113199075 . A G 1529.95 PASS AF=0.814286;AO=114;DP=140;FAO=114;FDP=140;FR=.;FRO=26;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0111006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8354;QD=43.7129;RBI=0.0128149;REFB=-0.00857759;REVB=0.00640294;RO=26;SAF=53;SAR=61;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039215;STB=0.52084;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00161649;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:26:26:114:114:0.814286:61:53:15:11:61:53:15:11 chr4 113344925 . C T 73.67 PASS AF=0.152174;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.00299357;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.882;QD=3.20295;RBI=0.00824848;REFB=-0.0049679;REVB=-0.00768609;RO=77;SAF=11;SAR=3;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428384;STB=0.792532;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0201997;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:93:92:77:78:14:14:0.152174:3:11:34:43:3:11:34:44 chr4 113347609 . CTT CTC,CT 315.37 PASS AF=0.15534,0.84466;AO=11,32;DP=103;FAO=16,87;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=15,24;FSAR=1,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112088,-0.146299;FXX=0.0720656;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=161.125,3.87707;QD=12.2472;RBI=0.0131652,0.770989;REFB=-0.00418834,0.147301;REVB=-0.0069054,0.756981;RO=42;SAF=10,14;SAR=1,18;SRF=5;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.786628,0.348029;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0185198,0.0731282;OID=.,.;OPOS=113347611,113347610;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.15534,0.84466:11,32:103:16,87:103:0:15,24:1,63:0:0:73:42:10,14:1,18:5:37 chr4 113352397 . G A 203.78 PASS AF=0.202312;AO=35;DP=173;FAO=35;FDP=173;FR=.;FRO=138;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=94;FWDB=-0.00904645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.924;QD=4.71159;RBI=0.0146229;REFB=-0.000505875;REVB=0.0114888;RO=138;SAF=13;SAR=22;SRF=44;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741474;STB=0.545956;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00172139;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:138:138:35:35:0.202312:22:13:44:94:22:13:44:94 chr4 113352628 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000930911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.202;QD=63.8714;RBI=0.0139984;REFB=0;REVB=0.0139674;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47223e-05;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:36:12:0:0:36:12:0:0 chr4 113352899 . G A 113.78 PASS AF=0.128713;AO=26;DP=197;FAO=26;FDP=202;FR=.;FRO=176;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=104;FWDB=-0.0256452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.367;QD=2.25314;RBI=0.0560361;REFB=-0.0060207;REVB=-0.0498234;RO=171;SAF=15;SAR=11;SRF=71;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20207;STB=0.643071;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0366231;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:202:171:176:26:26:0.128713:11:15:71:100:11:15:72:104 chr4 113353285 . T C 1558.82 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000172489;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.045;QD=59.9548;RBI=0.0266938;REFB=0;REVB=-0.0266933;RO=0;SAF=36;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105788;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:103:104:1:67:36:0:0:68:36:0:0 chr4 113353311 . G A 756.57 PASS AF=0.73494;AO=60;DP=85;FAO=61;FDP=83;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0519578;FXX=0.0348797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.81;QD=36.4612;RBI=0.0543027;REFB=-0.0349593;REVB=0.015785;RO=22;SAF=19;SAR=41;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521084;STB=0.529481;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0128344;OID=.;OPOS=113353311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:22:22:60:61:0.73494:41:19:9:13:42:19:9:13 chr4 113353433 . A C 203.48 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0332718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.196;QD=30.1447;RBI=0.0418675;REFB=0.0375184;REVB=-0.0254141;RO=8;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254457;STB=0.514041;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00486941;OID=.;OPOS=113353433;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:11:8:3:5:11:8:3:5 chr4 113353449 . A G 300.21 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00610216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.434;QD=37.5259;RBI=0.022863;REFB=-0.033743;REVB=0.0220336;RO=7;SAF=13;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207065;STB=0.511269;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0090756;OID=.;OPOS=113353449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:12:13:4:3:12:13:4:3 chr4 113359703 . A G 2352.19 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.19524e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.306;QD=61.096;RBI=0.0148761;REFB=0;REVB=0.014876;RO=0;SAF=60;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82207e-05;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:93:60:0:0:93:61:0:0 chr4 113362316 . A G 98.51 PASS AF=0.150376;AO=20;DP=133;FAO=20;FDP=133;FR=.;FRO=113;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.00603144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.558;QD=2.9627;RBI=0.0161778;REFB=-0.000357054;REVB=-0.0150114;RO=113;SAF=7;SAR=13;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218145;STB=0.646424;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00192715;OID=.;OPOS=113362316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:133:133:113:113:20:20:0.150376:13:7:59:54:13:7:59:54 chr4 113362609 . G A 1025.15 PASS AF=0.785714;AO=76;DP=98;FAO=77;FDP=98;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0287717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.082;QD=41.843;RBI=0.0304288;REFB=-0.0495538;REVB=-0.00990466;RO=22;SAF=26;SAR=50;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130944;STB=0.560836;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0140364;OID=.;OPOS=113362609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:22:21:76:77:0.785714:50:26:14:8:50:27:13:8 chr4 113362622 . C G 1571.66 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666156;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1326;QD=64.1492;RBI=0.0150256;REFB=0;REVB=-0.0134682;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63528e-05;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr4 113436044 . T G 1201.13 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.745;QD=60.0566;RBI=0.0152885;REFB=0;REVB=-0.00395028;RO=0;SAF=23;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441743;OID=.;OPOS=113436044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:0:0:78:80:1:55:23:0:0:56:24:0:0 chr4 113436546 . G A 2346.69 PASS AF=0.823256;AO=177;DP=215;FAO=177;FDP=215;FR=.;FRO=38;FSAF=116;FSAR=61;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0168629;FXX=0.00462942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.59;QD=43.6593;RBI=0.0620045;REFB=-0.0390903;REVB=0.0596674;RO=34;SAF=116;SAR=61;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00712742;STB=0.510863;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00540071;OID=.;OPOS=113436546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:34:38:177:177:0.823256:61:116:23:11:61:116:27:11 chr4 113462395 . T C 780.24 PASS AF=0.732558;AO=63;DP=86;FAO=63;FDP=86;FR=.;FRO=23;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00820785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.702;QD=36.2903;RBI=0.0120612;REFB=0.0183399;REVB=-0.00883763;RO=23;SAF=35;SAR=28;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387556;STB=0.520827;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00493001;OID=.;OPOS=113462395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:23:23:63:63:0.732558:28:35:11:12:28:35:11:12 chr4 113462397 . G C 792.76 PASS AF=0.759036;AO=63;DP=83;FAO=63;FDP=83;FR=.;FRO=20;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0261862;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7445;QD=38.2054;RBI=0.030078;REFB=0.0205832;REVB=-0.0147975;RO=20;SAF=35;SAR=28;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00252631;STB=0.501355;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00983641;OID=.;OPOS=113462397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:20:20:63:63:0.759036:28:35:11:9:28:35:11:9 chr4 113505203 . A G 1241.11 PASS AF=0.742647;AO=99;DP=137;FAO=101;FDP=136;FR=.;FRO=35;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0684164;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.049;QD=36.5034;RBI=0.075698;REFB=-0.0323192;REVB=0.0323943;RO=37;SAF=36;SAR=63;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373363;STB=0.52779;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00840474;OID=.;OPOS=113505203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:37:35:99:101:0.742647:63:36:16:21:65:36:16:19 chr4 113506711 . C T 104.09 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.00859588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9457;QD=5.07757;RBI=0.0239487;REFB=0.00421111;REVB=-0.0223529;RO=64;SAF=9;SAR=8;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101563;STB=0.556457;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0383942;OID=.;OPOS=113506711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:64:65:17:17:0.207317:8:9:39:25:8:9:39:26 chr4 113544993 . G T 92.33 PASS AF=0.147287;AO=19;DP=130;FAO=19;FDP=129;FR=.;FRO=110;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.0100795;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3175;QD=2.86291;RBI=0.0321938;REFB=-0.0121395;REVB=-0.0305752;RO=108;SAF=7;SAR=12;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178718;STB=0.620562;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0576485;OID=.;OPOS=113544993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:130:129:108:110:19:19:0.147287:12:7:55:53:12:7:56:54 chr4 113575873 . C G 574.65 PASS AF=0.786885;AO=48;DP=61;FAO=48;FDP=61;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00204569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.81;QD=37.682;RBI=0.00889958;REFB=0.0272992;REVB=0.00866127;RO=13;SAF=22;SAR=26;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128015;STB=0.500687;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00587011;OID=.;OPOS=113575873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:13:13:48:48:0.786885:26:22:6:7:26:22:6:7 chr4 114081490 . A G 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0316122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.63;QD=2.84376;RBI=0.0322579;REFB=0.00315459;REVB=-0.00642171;RO=40;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217121;STB=0.516075;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.0261564;OID=.;OPOS=114081490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:4:2:14:26:4:2:14:26 chr4 114309839 . C T 2623.86 PASS AF=0.788462;AO=203;DP=260;FAO=205;FDP=260;FR=.;FRO=55;FSAF=90;FSAR=115;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.000465062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.978;QD=40.367;RBI=0.0112817;REFB=-0.0201253;REVB=0.0112721;RO=56;SAF=90;SAR=113;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524848;STB=0.530432;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00466646;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:56:55:203:205:0.788462:113:90:32:24:115:90:32:23 chr4 114341210 . T C 1208.9 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.23;QD=61.2102;RBI=0.0472044;REFB=0;REVB=-0.00418398;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52095e-05;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr4 114341631 . T C 755.2 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0892628;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.639;QD=54.9239;RBI=0.0895635;REFB=0.0229735;REVB=0.00733307;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.512816;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000120069;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:35:19:0:0:35:19:1:0 chr4 114376933 . G A 2482.42 PASS AF=0.870192;AO=181;DP=210;FAO=181;FDP=208;FR=.;FRO=27;FSAF=78;FSAR=103;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00795287;FXX=0.00952336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.164;QD=47.7388;RBI=0.022438;REFB=-0.0200471;REVB=-0.0209813;RO=27;SAF=78;SAR=103;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043288;STB=0.52286;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00137934;OID=.;OPOS=114376933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:27:27:181:181:0.870192:103:78:7:20:103:78:7:20 chr4 114822485 . G A 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.282;QD=58.42;RBI=0.0227884;REFB=0.00521226;REVB=-0.00563028;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=4.02172e-06;OID=.;OPOS=114822485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:34:38:0:0:34:38:1:0 chr4 114823010 . CTACCCTGTAACTTCCATCAAATTAGCATGCTTGCGGATGGTA C,CTACCCTGTAACTTCCATCAAATTAGCATGCTTGCGGATGGTAGGT 135.54 PASS AF=0.5,0.5;AO=6,6;DP=31;FAO=6,6;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431112,0.0167113;FXX=0.142755;HRUN=1,0;LEN=42,3;MLLD=709.696,63.074;QD=45.1782;RBI=0.052403,0.0378708;REFB=0,0;REVB=-0.0297909,0.0339843;RO=16;SAF=6,0;SAR=0,6;SRF=16;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.861835;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=-0.00288193,0.0307569;OID=.,.;OPOS=114823011,114823053;OREF=TACCCTGTAACTTCCATCAAATTAGCATGCTTGCGGATGGTA,-;OALT=-,GGT;OMAPALT=C,CTACCCTGTAACTTCCATCAAATTAGCATGCTTGCGGATGGTAGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.5:6,6:31:6,6:12:0:6,1:0,5:0:0:40:16:6,0:0,6:16:0 chr4 115544713 . CA CG,TG 1846.7 PASS AF=0.21875,0.765625;AO=26,101;DP=130;FAO=28,98;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=11,51;FSAR=17,47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0282025,0.0175393;FXX=0.0153834;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=63.0929,131.059;QD=57.7095;RBI=0.0369802,0.0276839;REFB=0.00613739,-0.0238393;REVB=-0.0239198,-0.021419;RO=0;SAF=10,53;SAR=16,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.71087e-08,4.11453e-08;STB=0.541637,0.509613;STBP=0.133,0.23;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00112945,0.0002046;OID=.,.;OPOS=115544714,115544713;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:130:128:0:2:26,101:28,98:0.21875,0.765625:16,48:10,53:0:0:17,47:11,51:2:0 chr4 115589302 . A G 2566.21 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3389;QD=61.8364;RBI=0.0490998;REFB=0;REVB=0.0465217;RO=0;SAF=68;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1686e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010909;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:98:68:0:0:98:68:0:0 chr4 119237348 . T C 1534.2 PASS AF=0.798611;AO=115;DP=144;FAO=115;FDP=144;FR=.;FRO=29;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0555851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.258;QD=42.6167;RBI=0.0556196;REFB=-0.0346325;REVB=0.00195833;RO=29;SAF=52;SAR=63;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378805;STB=0.520152;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00654003;OID=.;OPOS=119237348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:29:29:115:115:0.798611:63:52:16:13:63:52:16:13 chr4 119273712 . C G 765.38 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0230007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4637;QD=61.2306;RBI=0.176957;REFB=0.0529646;REVB=-0.175456;RO=1;SAF=46;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186209;STB=0.599952;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00146826;OID=.;OPOS=119273712;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:48:49:0.98:2:46:0:1:2:47:0:1 chr4 119736796 . A C 2502.48 PASS AF=0.730909;AO=201;DP=277;FAO=201;FDP=275;FR=.;FRO=74;FSAF=81;FSAR=120;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.0156534;FXX=0.00721996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9797;QD=36.3997;RBI=0.0291108;REFB=0.00205848;REVB=0.0245441;RO=71;SAF=81;SAR=120;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333131;STB=0.514518;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00098696;OID=.;OPOS=119736796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:275:71:74:201:201:0.730909:120:81:24:47:120:81:26:48 chr4 119944611 . G T 120.05 PASS AF=0.161972;AO=23;DP=142;FAO=23;FDP=142;FR=.;FRO=119;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=0.0118259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2158;QD=3.38175;RBI=0.0638475;REFB=-0.002103;REVB=-0.0627428;RO=116;SAF=13;SAR=10;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505116;STB=0.544296;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00931788;OID=.;OPOS=119944611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:116:119:23:23:0.161972:10:13:61:55:10:13:61:58 chr4 119947961 . AAAG A 1087.74 PASS AF=0.75;AO=109;DP=161;FAO=117;FDP=156;FR=.;FRO=39;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0219274;FXX=0.0658643;HRUN=3;LEN=3;MLLD=188.311;QD=27.8909;RBI=0.0220606;REFB=0.00200808;REVB=0.00242119;RO=37;SAF=56;SAR=53;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641664;STB=0.529896;STBP=0.199;TYPE=del;VARB=-0.000361645;OID=.;OPOS=119947962;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:109:161:117:156:39:59:58:15:24:99:37:56:53:14:23 chr4 119947985 . G C 1575.97 PASS AF=0.78125;AO=125;DP=160;FAO=125;FDP=160;FR=.;FRO=35;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00962508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1408;QD=39.3994;RBI=0.0357699;REFB=0.00501484;REVB=-0.0344506;RO=35;SAF=59;SAR=66;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029736;STB=0.515825;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00167248;OID=.;OPOS=119947985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:35:35:125:125:0.78125:66:59:14:21:66:59:14:21 chr4 119951647 . A G 1454.39 PASS AF=0.828358;AO=97;DP=122;FAO=111;FDP=134;FR=.;FRO=23;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.1157;QD=43.4145;RBI=0.0884924;REFB=-0.0619324;REVB=0.041982;RO=23;SAF=57;SAR=40;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561594;STB=0.513511;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0150464;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:134:23:23:97:111:0.828358:40:57:10:13:54:57:10:13 chr4 120072078 . T C 2058.91 PASS AF=0.802083;AO=153;DP=191;FAO=154;FDP=192;FR=.;FRO=38;FSAF=70;FSAR=84;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00514715;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.815;QD=42.8939;RBI=0.0109617;REFB=-0.0100393;REVB=0.00967806;RO=37;SAF=70;SAR=83;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305876;STB=0.519503;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00220175;OID=.;OPOS=120072078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:37:38:153:154:0.802083:83:70:20:17:84:70:21:17 chr4 120133549 . T G 103.46 PASS AF=0.172727;AO=19;DP=109;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=0.107212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2513;QD=3.76219;RBI=0.107654;REFB=0.00387207;REVB=-0.0097545;RO=90;SAF=8;SAR=11;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275512;STB=0.521716;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0145345;OID=.;OPOS=120133549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:90:91:19:19:0.172727:11:8:36:54:11:8:36:55 chr4 120158685 . T G 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.082;QD=62.3147;RBI=0.018384;REFB=0;REVB=0.016185;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0251e-06;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr4 120181724 . A G 205.44 PASS AF=0.175676;AO=39;DP=221;FAO=39;FDP=222;FR=.;FRO=183;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=81;FSRR=102;FWDB=-0.00355457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.376;QD=3.70158;RBI=0.00560592;REFB=-0.00189354;REVB=0.00433489;RO=182;SAF=11;SAR=28;SRF=81;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22414;STB=0.642959;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0147864;OID=.;OPOS=120181724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:182:183:39:39:0.175676:28:11:81:101:28:11:81:102 chr4 120214030 . T G 1259.51 PASS AF=0.773438;AO=96;DP=126;FAO=99;FDP=128;FR=.;FRO=29;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0964351;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9861;QD=39.3597;RBI=0.0966267;REFB=-0.0181313;REVB=-0.00608093;RO=30;SAF=39;SAR=57;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580077;STB=0.523866;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00546747;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:30:29:96:99:0.773438:57:39:16:14:58:41:15:14 chr4 120215314 . A G 1913.2 PASS AF=0.761421;AO=138;DP=185;FAO=150;FDP=197;FR=.;FRO=47;FSAF=66;FSAR=84;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00105676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.18;QD=38.8467;RBI=0.0155794;REFB=-0.00250298;REVB=0.0155435;RO=46;SAF=65;SAR=73;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00340787;STB=0.506786;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000806903;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:197:46:47:138:150:0.761421:73:65:22:24:84:66:22:25 chr4 120239831 . A G 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.956;QD=64.4098;RBI=0.0504491;REFB=0;REVB=0.00292594;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218539;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr4 120239878 . G A 947.34 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104115;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.703;QD=58.2978;RBI=0.0126176;REFB=0;REVB=0.00712775;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749747;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:32:32:0:0:32:33:0:0 chr4 120240238 . T C 1029.52 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729115;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.757;QD=59.6825;RBI=0.0905134;REFB=0;REVB=0.0536338;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129581;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr4 120241849 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214;QD=57.7114;RBI=0.00921718;REFB=0;REVB=-0.00915348;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64225e-05;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr4 120241902 . T C 1400.38 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.017554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.914;QD=61.5551;RBI=0.0176632;REFB=-0.082337;REVB=0.00196148;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=8.81156e-05;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:55:35:0:0:55:35:0:1 chr4 120325630 . G A 2474.87 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.045;QD=61.4875;RBI=0.02941;REFB=0;REVB=-0.0207993;RO=0;SAF=69;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34141e-07;OID=.;OPOS=120325630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:92:69:0:0:92:69:0:0 chr4 120325654 . GCCCCTG GCCCTG,GCCCTGC 2040.81 PASS AF=0.99422,0;AO=157,7;DP=177;FAO=172,0;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=75,0;FSAR=97,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0974565,-0.00797291;FXX=0.0225976;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=16.518,5.01217;QD=47.1864;RBI=0.11144,0.0102527;REFB=0.00125338,-0.0254723;REVB=0.0540464,0.00644596;RO=4;SAF=68,2;SAR=89,5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0208987,0.250326;STB=0.502564,0.5;STBP=0.51,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000103548,0;OID=.,.;OPOS=120325655,120325658;OREF=C,CTG;OALT=-,TGC;OMAPALT=GCCCTG,GCCCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.99422,0:157,7:177:172,0:173:1:75,0:97,0:0:1:9:4:68,2:89,5:0:4 chr4 120325732 . C A 3539.92 PASS AF=0.952381;AO=238;DP=256;FAO=240;FDP=252;FR=.;FRO=12;FSAF=85;FSAR=155;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0350396;FXX=0.0194545;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.872;QD=56.1892;RBI=0.0401374;REFB=-0.0916288;REVB=0.0195765;RO=9;SAF=83;SAR=155;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406851;STB=0.528782;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000572906;OID=.;OPOS=120325732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:256:252:9:12:238:240:0.952381:155:83:8:1:155:85:11:1 chr4 120325820 . T A 6660.48 PASS AF=1;AO=418;DP=419;FAO=422;FDP=422;FR=.;FRO=0;FSAF=247;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.785;QD=63.1325;RBI=0.0211586;REFB=0;REVB=-0.00168792;RO=0;SAF=243;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00507e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37749e-06;OID=.;OPOS=120325820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:419:422:0:0:418:422:1:175:243:0:0:175:247:0:0 chr4 120330155 . C T 1043.42 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0062964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4872;QD=57.1738;RBI=0.0523619;REFB=-0.0796475;REVB=-0.051982;RO=2;SAF=23;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103653;STB=0.510635;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00120705;OID=.;OPOS=120330155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:2:1:71:72:0.986301:48:23:1:1:49:23:1:0 chr4 120330272 . C G 614.49 PASS AF=0.954545;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00116434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.8612;QD=55.8631;RBI=0.0104001;REFB=-0.152731;REVB=-0.0103347;RO=2;SAF=11;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248513;STB=0.511805;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00823961;OID=.;OPOS=120330272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:44:2:2:40:42:0.954545:29:11:1:1:30:12:1:1 chr4 120330379 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.625;QD=33.4284;RBI=0.094738;REFB=0;REVB=0.0875495;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235517;OID=.;OPOS=120330379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr4 120330448 . GC AA 717.48 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263044;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.783;QD=62.3892;RBI=0.0302156;REFB=0;REVB=0.0148682;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0016284;OID=.;OPOS=120330448;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr4 120330539 . G A 937.23 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4114;QD=58.5767;RBI=0.0359567;REFB=0;REVB=0.0317622;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326931;OID=.;OPOS=120330539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr4 120423729 . T C 1461.46 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000353587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.882;QD=61.5352;RBI=0.0811432;REFB=-0.0615427;REVB=0.0811424;RO=0;SAF=24;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124108;OID=.;OPOS=120423729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:95:95:0:0:93:95:1:69:24:0:0:71:24:0:0 chr4 120474859 . A G 2494.6 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573881;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.159;QD=61.5951;RBI=0.0585136;REFB=0;REVB=0.011421;RO=0;SAF=59;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73609e-05;OID=.;OPOS=120474859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:162:0:0:158:162:1:99:59:0:0:102:60:0:0 chr4 120528327 . G A 1630.26 PASS AF=0.965217;AO=111;DP=117;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0230246;FXX=0.0170926;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.262;QD=56.7047;RBI=0.0234166;REFB=-0.0519256;REVB=0.00426699;RO=1;SAF=47;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999396;STB=0.506188;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=5.895e-05;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:117:115:1:4:111:111:0.965217:64:47:1:0:64:47:1:3 chr4 120868354 . C T 820.65 PASS AF=0.873239;AO=56;DP=65;FAO=62;FDP=71;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0243146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.835;QD=46.2339;RBI=0.0404988;REFB=-0.0367792;REVB=0.0323876;RO=9;SAF=23;SAR=33;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208304;STB=0.507202;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0046097;OID=.;OPOS=120868354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:65:71:9:9:56:62:0.873239:33:23:3:6:38:24:3:6 chr4 121706201 . A G 1349.9 PASS AF=0.766423;AO=103;DP=135;FAO=105;FDP=137;FR=.;FRO=32;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00782382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.66;QD=39.4132;RBI=0.0144856;REFB=0.0199009;REVB=-0.012191;RO=31;SAF=46;SAR=57;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404506;STB=0.526799;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00588359;OID=.;OPOS=121706201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:31:32:103:105:0.766423:57:46:11:20:57:48:11:21 chr4 121738049 . T C 978.46 PASS AF=0.795699;AO=74;DP=93;FAO=74;FDP=93;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00118334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.188;QD=42.0844;RBI=0.0175094;REFB=0.00472073;REVB=-0.0174694;RO=19;SAF=27;SAR=47;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106559;STB=0.556958;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00152468;OID=.;OPOS=121738049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:19:19:74:74:0.795699:47:27:12:7:47:27:12:7 chr4 121957051 . C T 2540.27 PASS AF=0.758491;AO=201;DP=266;FAO=201;FDP=265;FR=.;FRO=64;FSAF=108;FSAR=93;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00942548;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.288;QD=38.3437;RBI=0.0355536;REFB=-0.0616419;REVB=-0.0342815;RO=63;SAF=108;SAR=93;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00106897;STB=0.501472;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0204522;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:63:64:201:201:0.758491:93:108:34:29:93:108:34:30 chr4 121957559 . G A 1832.8 PASS AF=0.764706;AO=140;DP=184;FAO=143;FDP=187;FR=.;FRO=44;FSAF=72;FSAR=71;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00708034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6853;QD=39.2042;RBI=0.0466393;REFB=-0.00569106;REVB=0.0460988;RO=44;SAF=70;SAR=70;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051012;STB=0.525922;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00332201;OID=.;OPOS=121957559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:187:44:44:140:143:0.764706:70:70:27:17:71:72:27:17 chr4 121957734 . T C 1749.22 PASS AF=0.846154;AO=132;DP=156;FAO=132;FDP=156;FR=.;FRO=24;FSAF=78;FSAR=54;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0274428;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.819;QD=44.8517;RBI=0.0422641;REFB=0.0133281;REVB=-0.0321425;RO=24;SAF=78;SAR=54;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102564;STB=0.505434;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00260435;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:24:24:132:132:0.846154:54:78:15:9:54:78:15:9 chr4 121958691 . T C 805.02 PASS AF=0.722222;AO=63;DP=91;FAO=65;FDP=90;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0500075;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.255;QD=35.7785;RBI=0.0508594;REFB=-0.0338875;REVB=0.00926963;RO=25;SAF=19;SAR=44;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834544;STB=0.536165;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0135813;OID=.;OPOS=121958691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:25:25:63:65:0.722222:44:19:11:14:44:21:11:14 chr4 121966807 . C T 768.33 PASS AF=0.782051;AO=59;DP=76;FAO=61;FDP=78;FR=.;FRO=17;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0232923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.073;QD=39.4017;RBI=0.0307534;REFB=0.00730223;REVB=-0.0200808;RO=17;SAF=31;SAR=28;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229088;STB=0.515402;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00197132;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:17:17:59:61:0.782051:28:31:8:9:28:33:8:9 chr4 122250272 . C G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.798;QD=58.6004;RBI=0.0184631;REFB=0;REVB=0.00393355;RO=0;SAF=17;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09146e-05;OID=.;OPOS=122250272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:47:17:0:0:47:17:0:0 chr4 122257950 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.741;QD=58.4195;RBI=0.0129244;REFB=0;REVB=-0.0111285;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60826e-05;OID=.;OPOS=122257950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr4 122683007 . G A 2049.11 PASS AF=0.75814;AO=163;DP=215;FAO=163;FDP=215;FR=.;FRO=52;FSAF=66;FSAR=97;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.013266;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.081;QD=38.1231;RBI=0.0341208;REFB=0.0160358;REVB=-0.0314364;RO=51;SAF=66;SAR=97;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122598;STB=0.504551;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00504346;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:51:52:163:163:0.75814:97:66:22:29:97:66:22:30 chr4 122687491 . G C 1870.32 PASS AF=0.829412;AO=141;DP=170;FAO=141;FDP=170;FR=.;FRO=29;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00814009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0381;QD=44.0075;RBI=0.0222973;REFB=-0.0322433;REVB=-0.0207583;RO=29;SAF=73;SAR=68;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666383;STB=0.535328;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00586305;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:29:29:141:141:0.829412:68:73:9:20:68:73:9:20 chr4 122742217 . T C 2258.98 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0817025;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.992;QD=60.2394;RBI=0.0929953;REFB=-0.0413877;REVB=0.0444167;RO=1;SAF=59;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079931;STB=0.504201;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000316859;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:150:1:1:149:149:0.993333:90:59:1:0:90:59:1:0 chr4 122782720 . T A 114.85 PASS AF=0.141243;AO=25;DP=177;FAO=25;FDP=177;FR=.;FRO=152;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=65;FSRR=87;FWDB=0.00308943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.516;QD=2.5954;RBI=0.017046;REFB=-0.00206491;REVB=0.0167637;RO=150;SAF=15;SAR=10;SRF=64;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217366;STB=0.64512;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00909647;OID=.;OPOS=122782720;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:150:152:25:25:0.141243:10:15:64:86:10:15:65:87 chr4 122800889 . C T 1147.45 PASS AF=0.854369;AO=87;DP=102;FAO=88;FDP=103;FR=.;FRO=15;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0186691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.734;QD=44.5612;RBI=0.0298991;REFB=0.00504016;REVB=-0.0233543;RO=15;SAF=45;SAR=42;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00446007;STB=0.501548;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.000950033;OID=.;OPOS=122800889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:102:103:15:15:87:88:0.854369:42:45:8:7:42:46:8:7 chr4 123008808 . C T 1465.33 PASS AF=0.772727;AO=116;DP=152;FAO=119;FDP=154;FR=.;FRO=35;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00438383;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.522;QD=38.0604;RBI=0.0199618;REFB=-0.00253066;REVB=-0.0194744;RO=35;SAF=59;SAR=57;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397779;STB=0.518009;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000975856;OID=.;OPOS=123008808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:35:35:116:119:0.772727:57:59:21:14:57:62:21:14 chr4 123145751 . T A 1622.66 PASS AF=0.812903;AO=126;DP=155;FAO=126;FDP=155;FR=.;FRO=29;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0123321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.45;QD=41.8752;RBI=0.0146535;REFB=0.00577132;REVB=0.00791478;RO=29;SAF=59;SAR=67;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031527;STB=0.516741;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.000957396;OID=.;OPOS=123145751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:29:29:126:126:0.812903:67:59:11:18:67:59:11:18 chr4 123192383 . T C 1617.47 PASS AF=0.758824;AO=129;DP=170;FAO=129;FDP=170;FR=.;FRO=41;FSAF=43;FSAR=86;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00117307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.694;QD=38.058;RBI=0.0234014;REFB=0.00446918;REVB=0.023372;RO=41;SAF=43;SAR=86;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763789;STB=0.540766;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00192038;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:41:41:129:129:0.758824:86:43:20:21:86:43:20:21 chr4 123229132 . C T 1765.67 PASS AF=0.832298;AO=134;DP=162;FAO=134;FDP=161;FR=.;FRO=27;FSAF=57;FSAR=77;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0109389;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.109;QD=43.8676;RBI=0.0115506;REFB=-0.00950035;REVB=0.00370888;RO=27;SAF=57;SAR=77;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00616152;STB=0.503267;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00188062;OID=.;OPOS=123229132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:27:27:134:134:0.832298:77:57:12:15:77:57:12:15 chr4 123302210 . CA C,CC 61.42 PASS AF=0.203252,0.00813008;AO=39,10;DP=127;FAO=25,1;FDP=123;FR=.;FRO=97;FSAF=8,0;FSAR=17,1;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.10036,-0.0483635;FXX=0.0390594;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.95614,24.7363;QD=1.99755;RBI=0.170014,0.0750088;REFB=-0.0929328,-0.0273669;REVB=-0.137233,-0.0573349;RO=59;SAF=23,0;SAR=16,10;SRF=25;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.175558,-0.665469;STB=0.619997,0.989405;STBP=0.18,0.514;TYPE=del,snp;VARB=0.0618671,-0.0256013;OID=.,.;OPOS=123302211,123302211;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203252,0.00813008:39,10:127:25,1:123:97:8,0:17,1:45:52:47:59:23,0:16,10:25:34 chr4 123536963 . G A 2900.04 PASS AF=0.994652;AO=171;DP=171;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0505844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.816;QD=62.033;RBI=0.0516034;REFB=0.0114273;REVB=0.0102046;RO=0;SAF=84;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502702;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-2.74984e-05;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:171:187:0:1:171:186:0.994652:87:84:0:0:92:94:0:1 chr4 123747942 . G A 34.53 PASS AF=0.0758621;AO=11;DP=135;FAO=11;FDP=145;FR=.;FRO=134;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=134;FSRR=0;FWDB=-0.0177796;FXX=0.00684885;HRUN=6;LEN=1;MLLD=166.166;QD=0.952666;RBI=0.0177796;REFB=-0.00371598;REVB=0;RO=122;SAF=11;SAR=0;SRF=122;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0417511;OID=.;OPOS=123747942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:135:145:122:134:11:11:0.0758621:0:11:122:0:0:11:134:0 chr4 123814308 . C T 109.05 PASS AF=0.129534;AO=25;DP=193;FAO=25;FDP=193;FR=.;FRO=168;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=80;FSRR=88;FWDB=0.00755246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.769;QD=2.26;RBI=0.0211817;REFB=0.00433338;REVB=0.0197895;RO=168;SAF=9;SAR=16;SRF=80;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148781;STB=0.603306;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0306753;OID=.;OPOS=123814308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:168:168:25:25:0.129534:16:9:80:88:16:9:80:88 chr4 123838758 . A G 3835.01 PASS AF=1;AO=241;DP=242;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032624;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.44;QD=62.1054;RBI=0.0389927;REFB=0.0351536;REVB=0.0213566;RO=1;SAF=99;SAR=142;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00334482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101254;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:242:247:1:0:241:247:1:142:99:0:1:144:103:0:0 chr4 123843716 . T C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.587;QD=61.8523;RBI=0.0107278;REFB=0;REVB=0.00721208;RO=0;SAF=24;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12105e-06;OID=.;OPOS=123843716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:59:24:0:0:59:24:0:0 chr4 123949556 . G A 770.34 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00989298;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.713;QD=55.0244;RBI=0.0132894;REFB=0.000992899;REVB=0.00887344;RO=2;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214185;STB=0.505616;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-3.28023e-05;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:2:1:54:55:0.982143:43:11:0:2:44:11:0:1 chr4 124323738 . T C 255.27 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.000284751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.852;QD=36.4672;RBI=0.0128523;REFB=-0.0194887;REVB=-0.0128492;RO=6;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183856;STB=0.599914;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00526841;OID=.;OPOS=124323738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:10:12:6:0:10:12:6:0 chr4 124324221 . T G 385.25 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00450766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.047;QD=23.3483;RBI=0.0104436;REFB=-0.0197638;REVB=0.0094207;RO=28;SAF=22;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033981;STB=0.518689;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00696972;OID=.;OPOS=124324221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:16:22:15:13:16:22:15:13 chr4 124324242 . CCTT C 379.17 PASS AF=0.698413;AO=41;DP=66;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0123847;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=3;MLLD=278.661;QD=24.0742;RBI=0.0147256;REFB=-0.0565077;REVB=-0.0079664;RO=19;SAF=27;SAR=14;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23522;STB=0.606034;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.0199259;OID=.;OPOS=124324243;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.698413:41:66:44:63:19:27:17:5:14:94:19:27:14:5:14 chr4 126237971 . C T 59.46 PASS AF=0.171875;AO=10;DP=63;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00301034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5079;QD=3.71636;RBI=0.0263672;REFB=-0.00540832;REVB=0.0261948;RO=53;SAF=4;SAR=6;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429439;STB=0.560718;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0427718;OID=.;OPOS=126237971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:63:64:53:53:10:11:0.171875:6:4:23:30:7:4:23:30 chr4 126238924 . A T 1914.43 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.845;QD=61.7557;RBI=0.0272503;REFB=0;REVB=0.0167893;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03546e-05;OID=.;OPOS=126238924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:57:67:0:0:57:67:0:0 chr4 126239986 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.916;QD=60.0308;RBI=0.00363065;REFB=0;REVB=0.00194957;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04126e-05;OID=.;OPOS=126239986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr4 126240510 . T C 1731.13 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5992;QD=60.7414;RBI=0.0505502;REFB=0;REVB=0.0268676;RO=0;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381464;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:58:54:0:0:58:56:0:0 chr4 126241871 . C T 764.31 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.493;QD=55.586;RBI=0.0235613;REFB=0;REVB=-0.000614791;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188588;OID=.;OPOS=126241871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:27:26:0:0:29:26:0:0 chr4 126329789 . T C 2623.7 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522927;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.573;QD=62.0994;RBI=0.0289577;REFB=0;REVB=0.0284817;RO=0;SAF=70;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38023e-06;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:99:70:0:0:99:70:0:0 chr4 126369872 . G C 2297.68 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484373;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.623;QD=63.8246;RBI=0.0490811;REFB=0;REVB=-0.0079237;RO=0;SAF=47;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12068e-05;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:143:144:1:96:47:0:0:97:47:0:0 chr4 126372742 . G A 133.87 PASS AF=0.168831;AO=26;DP=154;FAO=26;FDP=154;FR=.;FRO=128;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=62;FSRR=66;FWDB=-0.00155174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.822;QD=3.4772;RBI=0.00517018;REFB=-0.000514834;REVB=0.00493182;RO=125;SAF=12;SAR=14;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338953;STB=0.519023;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00347028;OID=.;OPOS=126372742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:125:128:26:26:0.168831:14:12:61:64:14:12:62:66 chr4 126372975 . A C 161.4 PASS AF=0.151111;AO=34;DP=225;FAO=34;FDP=225;FR=.;FRO=191;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=98;FSRR=93;FWDB=0.00686284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.144;QD=2.86934;RBI=0.0102276;REFB=-0.00391592;REVB=0.0075832;RO=191;SAF=16;SAR=18;SRF=98;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544317;STB=0.536029;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0225672;OID=.;OPOS=126372975;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:191:191:34:34:0.151111:18:16:98:93:18:16:98:93 chr4 126373789 . G A 2176.79 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.18;QD=63.0955;RBI=0.0249007;REFB=0;REVB=-0.00272983;RO=0;SAF=63;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.57773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22516e-05;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:136:138:1:73:63:0:0:73:65:0:0 chr4 126397321 . C T 1882.37 PASS AF=0.752475;AO=150;DP=200;FAO=152;FDP=202;FR=.;FRO=50;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0377843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.912;QD=37.2746;RBI=0.0382612;REFB=-0.023198;REVB=-0.00602214;RO=50;SAF=76;SAR=74;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312605;STB=0.518101;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00814836;OID=.;OPOS=126397321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:50:50:150:152:0.752475:74:76:22:28:74:78:22:28 chr4 126402890 . G A 1525.12 PASS AF=0.804196;AO=109;DP=137;FAO=115;FDP=143;FR=.;FRO=28;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0249173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.907;QD=42.6606;RBI=0.0283208;REFB=-0.0395089;REVB=0.013461;RO=28;SAF=47;SAR=62;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150383;STB=0.506664;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0075228;OID=.;OPOS=126402890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:143:28:28:109:115:0.804196:62:47:11:17:66:49:11:17 chr4 126412575 . A G 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.834;QD=59.6764;RBI=0.0503865;REFB=0;REVB=-0.0398573;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000582686;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr4 129805644 . C T 61.93 PASS AF=0.104839;AO=15;DP=125;FAO=13;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=107;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=46;FWDB=-0.0577712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7233;QD=1.99779;RBI=0.0583638;REFB=-0.00256507;REVB=-0.00829607;RO=96;SAF=2;SAR=13;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562649;STB=0.927042;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0907555;OID=.;OPOS=129805644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:125:124:96:107:15:13:0.104839:13:2:58:38:12:1:61:46 chr4 129867280 . T A 996.98 PASS AF=0.792079;AO=80;DP=101;FAO=80;FDP=101;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0212878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.249;QD=39.4844;RBI=0.0439295;REFB=-0.0319824;REVB=0.0384269;RO=21;SAF=28;SAR=52;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277798;STB=0.514815;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00856234;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:21:21:80:80:0.792079:52:28:6:15:52:28:6:15 chr4 129924977 . C A 1576.97 PASS AF=0.95614;AO=109;DP=114;FAO=109;FDP=114;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00610454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1054;QD=55.3324;RBI=0.0218649;REFB=0.0152821;REVB=-0.0209955;RO=5;SAF=50;SAR=59;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284979;STB=0.515031;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00394341;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:114:114:5:5:109:109:0.95614:59:50:4:1:59:50:4:1 chr4 130030652 . A G 1227.39 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.902;QD=61.3693;RBI=0.0698458;REFB=0;REVB=0.0160665;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172767;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr4 133367588 . T C 2323.67 PASS AF=0.986577;AO=146;DP=150;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0196063;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7575;QD=62.3805;RBI=0.0358567;REFB=-0.0507538;REVB=0.0300216;RO=0;SAF=79;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98198e-08;STB=0.507352;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000529076;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:149:0:2:146:147:0.986577:67:79:0:0:67:80:0:2 chr4 134082967 . T C 830.4 PASS AF=0.189122;AO=150;DP=813;FAO=153;FDP=809;FR=.;FRO=656;FSAF=82;FSAR=71;FSRF=340;FSRR=316;FWDB=-0.000498089;FXX=0.0158149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.836;QD=4.10582;RBI=0.0830509;REFB=0.00036103;REVB=0.0830494;RO=611;SAF=82;SAR=68;SRF=322;SRR=289;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256805;STB=0.514359;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00157408;OID=.;OPOS=134082967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:813:809:611:656:150:153:0.189122:68:82:322:289:71:82:340:316 chr4 134112139 . CA AC,C 195.77 PASS AF=0.0198675,0.350993;AO=8,46;DP=153;FAO=3,53;FDP=151;FR=.;FRO=95;FSAF=0,9;FSAR=3,44;FSRF=66;FSRR=29;FWDB=-0.0129983,0.174932;FXX=0.013071;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=147.198,8.88015;QD=5.186;RBI=0.0131467,0.201144;REFB=-0.00746218,-0.11851;REVB=-0.00196995,-0.0992859;RO=72;SAF=0,9;SAR=8,37;SRF=49;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.699028,-0.526493;STB=0.997831,0.83384;STBP=0.017,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0434082,0.181472;OID=.,.;OPOS=134112139,134112140;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:153:151:72:95:8,46:3,53:0.0198675,0.350993:8,37:0,9:49:23:3,44:0,9:66:29 chr4 134710268 . G A 2197.7 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.574;QD=63.2431;RBI=0.0396083;REFB=0;REVB=-0.0172406;RO=0;SAF=51;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83518e-05;OID=.;OPOS=134710268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:88:51:0:0:88:51:0:0 chr4 135121066 . T G 1867.8 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.312;QD=61.2392;RBI=0.0171731;REFB=0;REVB=-0.0136887;RO=0;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94919e-07;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:56:65:0:0:57:65:0:0 chr4 135121368 . G T 1513.11 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.306;QD=59.9251;RBI=0.0342232;REFB=0;REVB=0.0165772;RO=0;SAF=32;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80932e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04403e-05;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:68:32:0:0:69:32:0:0 chr4 135121601 . C T 670.36 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.717;QD=62.3587;RBI=0.0440829;REFB=0;REVB=0.0241562;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92766e-05;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:19:24:0:0 chr4 135121643 . G C 385.59 PASS AF=0.705882;AO=32;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00772713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4775;QD=30.2422;RBI=0.00996779;REFB=-0.00820456;REVB=0.00629668;RO=14;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231172;STB=0.611589;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00546801;OID=.;OPOS=135121643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:15:32:36:0.705882:18:14:12:2:21:15:12:3 chr4 136236633 . T C 78.13 PASS AF=0.147059;AO=15;DP=102;FAO=15;FDP=102;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=24;FWDB=-0.00474451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.625;QD=3.06387;RBI=0.0262331;REFB=-0.00102606;REVB=-0.0258005;RO=86;SAF=7;SAR=8;SRF=62;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324039;STB=0.714046;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00588405;OID=.;OPOS=136236633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:102:102:86:87:15:15:0.147059:8:7:62:24:8:7:63:24 chr4 138449683 . A G 1308.75 PASS AF=0.751825;AO=103;DP=137;FAO=103;FDP=137;FR=.;FRO=34;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0310532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.268;QD=38.2117;RBI=0.0311743;REFB=-0.0213304;REVB=0.00274563;RO=34;SAF=53;SAR=50;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204341;STB=0.510914;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00700426;OID=.;OPOS=138449683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:34:34:103:103:0.751825:50:53:16:18:50:53:16:18 chr4 138453453 . G A 1997.26 PASS AF=0.741935;AO=160;DP=217;FAO=161;FDP=217;FR=.;FRO=56;FSAF=76;FSAR=85;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.022594;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.558;QD=36.8158;RBI=0.0287219;REFB=-0.0112336;REVB=0.017733;RO=53;SAF=76;SAR=84;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458383;STB=0.520545;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00369119;OID=.;OPOS=138453453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:53:56:160:161:0.741935:84:76:20:33:85:76:22:34 chr4 139086246 . A G 1536.65 PASS AF=0.989899;AO=92;DP=93;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00270107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.284;QD=62.0868;RBI=0.0746554;REFB=-0.0673499;REVB=0.0746065;RO=1;SAF=42;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111534;STB=0.505881;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000271654;OID=.;OPOS=139086246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:99:1:1:92:98:0.989899:50:42:1:0:56:42:1:0 chr4 139100372 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.522;QD=58.2396;RBI=0.0238768;REFB=0;REVB=0.0103097;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55458e-05;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr4 139135799 . T C 8143.55 PASS AF=1;AO=508;DP=521;FAO=518;FDP=518;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=350;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378752;FXX=0.0244816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.614;QD=62.8845;RBI=0.0379869;REFB=0;REVB=0.00291137;RO=1;SAF=168;SAR=340;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00140238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291132;OID=.;OPOS=139135799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:521:518:1:0:508:518:1:340:168:0:1:350:168:0:0 chr4 140005294 . A G 4319.7 PASS AF=0.992806;AO=276;DP=278;FAO=276;FDP=278;FR=.;FRO=2;FSAF=130;FSAR=146;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.036509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1458;QD=62.154;RBI=0.0764713;REFB=-0.0257241;REVB=-0.0671934;RO=2;SAF=130;SAR=146;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00727854;STB=0.503817;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-6.91302e-05;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:278:278:2:2:276:276:0.992806:146:130:2:0:146:130:2:0 chr4 140021554 . G A 53.65 PASS AF=0.130952;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=84;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0237618;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.05;QD=2.55475;RBI=0.0255457;REFB=-0.00524246;REVB=0.00937874;RO=73;SAF=7;SAR=4;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127611;STB=0.590943;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0459225;OID=.;OPOS=140021554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:85:84:73:73:11:11:0.130952:4:7:39:34:4:7:39:34 chr4 140076485 . C T 37.41 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0166781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.513;QD=2.13784;RBI=0.0167984;REFB=0.000790427;REVB=-0.00200664;RO=62;SAF=1;SAR=7;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476539;STB=0.860999;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0037994;OID=.;OPOS=140076485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:62:62:8:8:0.114286:7:1:32:30:7:1:32:30 chr4 140310520 . T C 142.64 PASS AF=0.164706;AO=28;DP=170;FAO=28;FDP=170;FR=.;FRO=142;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=76;FSRR=66;FWDB=0.00266018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.934;QD=3.35612;RBI=0.0146009;REFB=-0.00387135;REVB=-0.0143565;RO=139;SAF=5;SAR=23;SRF=76;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478548;STB=0.806967;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0190698;OID=.;OPOS=140310520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:139:142:28:28:0.164706:23:5:76:63:23:5:76:66 chr4 140417671 . G C 1733.53 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.975;QD=59.7768;RBI=0.0372899;REFB=-0.102;REVB=-0.012147;RO=1;SAF=36;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013006;STB=0.506848;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.000726675;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:114:115:0.991379:78:36:1:0:79:36:1:0 chr4 140606425 . G A 1903.38 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0414635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1624;QD=59.949;RBI=0.0419199;REFB=-0.0390228;REVB=0.00616881;RO=2;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141789;STB=0.507461;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00268413;OID=.;OPOS=140606425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:127:2:2:125:125:0.984252:66:59:0:2:66:59:0:2 chr4 140606447 . G T 1987.98 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.147;QD=62.1245;RBI=0.0194801;REFB=0;REVB=0.0189527;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29066e-05;OID=.;OPOS=140606447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:64:64:0:0:64:64:0:0 chr4 140640703 . G T 77.57 PASS AF=0.116129;AO=16;DP=156;FAO=18;FDP=155;FR=.,HEALED;FRO=137;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=67;FSRR=70;FWDB=0.022436;FXX=0.00640985;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.182;QD=2.00186;RBI=0.0414309;REFB=-0.00776475;REVB=-0.0348303;RO=110;SAF=10;SAR=6;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100933;STB=0.657832;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0449776;OID=.;OPOS=140640703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:156:155:110:137:16:18:0.116129:6:10:60:50:6:12:67:70 chr4 140651584 . TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC 408.02 PASS AF=0,1;AO=4,20;DP=30;FAO=0,29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468183,0.0473616;FXX=0.0333222;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=246.256,271.194;QD=56.2782;RBI=0.0475939,0.049187;REFB=0,0;REVB=0.00855737,0.0132754;RO=0;SAF=3,17;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000124072;OID=.,.;OPOS=140651609,140651585;OREF=CTGC,CTG;OALT=-,-;OMAPALT=TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,20:30:0,29:29:0:0,21:0,8:0:0:4:0:3,17:1,3:0:0 chr4 141264871 . A G 58.03 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=94;FAO=12;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0615894;FXX=0.0106372;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216.447;QD=2.49613;RBI=0.0616714;REFB=-0.00178795;REVB=0.00317888;RO=59;SAF=4;SAR=8;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787169;STB=0.60133;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0109756;OID=.;OPOS=141264871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:94:93:59:81:12:12:0.129032:8:4:20:39:8:4:36:45 chr4 141317068 . G A 80.96 PASS AF=0.102222;AO=23;DP=225;FAO=23;FDP=225;FR=.;FRO=202;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=90;FSRR=112;FWDB=-0.0390854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9843;QD=1.43935;RBI=0.0599462;REFB=-0.00193578;REVB=0.045452;RO=200;SAF=12;SAR=11;SRF=90;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871461;STB=0.568071;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0176455;OID=.;OPOS=141317068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:225:225:200:202:23:23:0.102222:11:12:90:110:11:12:90:112 chr4 141448595 . CTTTTT CTTTTC,CTT,CTTT 537.53 PASS AF=0.136986,0.0958904,0.767123;AO=3,15,26;DP=78;FAO=10,7,56;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,55;FSAR=10,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549999,-0.127854,-0.257109;FXX=0.0874891;HRUN=14,14,14;LEN=1,3,2;MLLD=162.459,10.3982,8.11253;QD=29.4539;RBI=0.0784646,0.143875,0.305106;REFB=0,0,0;REVB=0.0559617,0.0659799,0.16427;RO=0;SAF=0,15,25;SAR=3,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.08431e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0175069,0.133199,-0.123516;OID=.,.,.;OPOS=141448600,141448596,141448596;OREF=T,TTT,TT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTTC,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.136986,0.0958904,0.767123:3,15,26:78:10,7,56:73:0:0,7,55:10,0,1:0:0:49:0:0,15,25:3,0,1:0:0 chr4 141499166 . G A 82.78 PASS AF=0.11413;AO=21;DP=183;FAO=21;FDP=184;FR=.;FRO=163;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=108;FWDB=-0.00464896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.921;QD=1.79955;RBI=0.0057485;REFB=-0.00182269;REVB=0.00338119;RO=162;SAF=8;SAR=13;SRF=54;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642068;STB=0.541651;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0187712;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:183:184:162:163:21:21:0.11413:13:8:54:108:13:8:55:108 chr4 141543997 . G A 178.96 PASS AF=0.167488;AO=34;DP=203;FAO=34;FDP=203;FR=.;FRO=169;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=112;FWDB=-0.0130147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.023;QD=3.5263;RBI=0.014002;REFB=-0.00598543;REVB=-0.00516472;RO=166;SAF=10;SAR=24;SRF=57;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727544;STB=0.541754;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0342084;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:166:169:34:34:0.167488:24:10:57:109:24:10:57:112 chr4 141600320 . A G 558.95 PASS AF=0.727273;AO=47;DP=66;FAO=48;FDP=66;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0300505;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.767;QD=33.8756;RBI=0.044254;REFB=-0.00789172;REVB=0.0324866;RO=18;SAF=19;SAR=28;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380796;STB=0.517945;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00266629;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:18:18:47:48:0.727273:28:19:6:12:29:19:6:12 chr4 141832504 . T C 931.21 PASS AF=0.782609;AO=71;DP=91;FAO=72;FDP=92;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00159055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3551;QD=40.4876;RBI=0.0203083;REFB=0.00185567;REVB=-0.0202459;RO=20;SAF=27;SAR=44;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051465;STB=0.528563;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00122254;OID=.;OPOS=141832504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:20:20:71:72:0.782609:44:27:10:10:45:27:10:10 chr4 141974816 . A C 870.24 PASS AF=0.788235;AO=57;DP=85;FAO=67;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00529663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.669;QD=40.9525;RBI=0.179719;REFB=-0.0295479;REVB=0.179641;RO=17;SAF=32;SAR=25;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392632;STB=0.50704;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00729818;OID=.;OPOS=141974816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:17:18:57:67:0.788235:25:32:8:9:35:32:8:10 chr4 142654084 . C A 1837.14 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.928;QD=61.2381;RBI=0.016528;REFB=0;REVB=0.00975793;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41289e-05;OID=.;OPOS=142654084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:120:0:0:114:120:1:63:51:0:0:68:52:0:0 chr4 143033826 . G A 1251.95 PASS AF=0.784;AO=97;DP=124;FAO=98;FDP=125;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=0.00217782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.327;QD=40.0623;RBI=0.00695005;REFB=-0.0237117;REVB=-0.00660002;RO=27;SAF=36;SAR=61;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11774;STB=0.561468;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00611966;OID=.;OPOS=143033826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:27:27:97:98:0.784:61:36:3:24:62:36:3:24 chr4 143235865 . C G 119.04 PASS AF=0.105919;AO=34;DP=321;FAO=34;FDP=321;FR=.;FRO=287;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=133;FSRR=154;FWDB=0.0159763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.616;QD=1.48341;RBI=0.022075;REFB=-0.000496638;REVB=-0.0152336;RO=285;SAF=19;SAR=15;SRF=132;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117433;STB=0.584726;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00392055;OID=.;OPOS=143235865;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:285:287:34:34:0.105919:15:19:132:153:15:19:133:154 chr4 143268702 . A G 197.78 PASS AF=0.139752;AO=45;DP=322;FAO=45;FDP=322;FR=.;FRO=277;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=127;FSRR=150;FWDB=0.00175303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.134;QD=2.45688;RBI=0.0203488;REFB=-0.00347307;REVB=-0.0202732;RO=276;SAF=23;SAR=22;SRF=127;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652836;STB=0.545184;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0201453;OID=.;OPOS=143268702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:276:277:45:45:0.139752:22:23:127:149:22:23:127:150 chr4 144135718 . G A 1607.65 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0302581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.829;QD=57.9334;RBI=0.0426333;REFB=-0.0516635;REVB=-0.0300341;RO=1;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078464;STB=0.508195;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0054463;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:111:1:2:109:109:0.981982:60:49:0:1:60:49:0:2 chr4 144442611 . T C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.3801;QD=59.0114;RBI=0.0619929;REFB=0;REVB=-0.0426175;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55531e-05;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr4 144442735 . C T 610.13 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4855;QD=61.013;RBI=0.0539813;REFB=0;REVB=-0.00787385;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000777882;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:25:15:0:0 chr4 144467104 . T C 2065.98 PASS AF=1;AO=129;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527695;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.695;QD=62.1347;RBI=0.023761;REFB=0;REVB=-0.0231676;RO=0;SAF=44;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.62415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07587e-05;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:129:133:1:85:44:0:0:85:48:0:0 chr4 144617842 . G T 1725.43 PASS AF=0.839744;AO=131;DP=156;FAO=131;FDP=156;FR=.;FRO=25;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0184524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.818;QD=44.2417;RBI=0.0186937;REFB=-0.0155264;REVB=0.00299369;RO=25;SAF=68;SAR=63;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366627;STB=0.519432;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00245781;OID=.;OPOS=144617842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:25:25:131:131:0.839744:63:68:16:9:63:68:16:9 chr4 144618610 . G C 2382.39 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512865;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.933;QD=61.087;RBI=0.0571822;REFB=0;REVB=-0.0252883;RO=0;SAF=71;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34828e-05;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:155:156:1:84:71:0:0:84:72:0:0 chr4 144620628 . G A 100.26 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0160985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.849;QD=8.02065;RBI=0.0318177;REFB=-0.0024829;REVB=0.0274446;RO=37;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943789;STB=0.558193;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00971709;OID=.;OPOS=144620628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:7:6:20:17:7:6:20:17 chr4 144620758 . C T 532.9 PASS AF=0.754098;AO=40;DP=61;FAO=46;FDP=61;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0138878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.5608;QD=34.9444;RBI=0.0145578;REFB=-0.0115495;REVB=-0.00436567;RO=8;SAF=22;SAR=18;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930706;STB=0.552345;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0019661;OID=.;OPOS=144620758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:61:61:8:15:40:46:0.754098:18:22:2:6:24:22:4:11 chr4 144621779 . A G 427.36 PASS AF=0.785714;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0479047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.271;QD=40.7008;RBI=0.0479902;REFB=0.00112167;REVB=0.00286332;RO=9;SAF=17;SAR=16;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115813;STB=0.562552;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.000116025;OID=.;OPOS=144621779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:9:9:33:33:0.785714:16:17:2:7:16:17:2:7 chr4 144801662 . C G 1005.77 PASS AF=0.46087;AO=106;DP=260;FAO=106;FDP=230;FR=.;FRO=124;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=51;FSRR=73;FWDB=0.0112818;FXX=0.122133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.406;QD=17.4916;RBI=0.039992;REFB=-0.000699386;REVB=-0.0383677;RO=123;SAF=51;SAR=55;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728793;STB=0.537808;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00101258;OID=.;OPOS=144801662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:230:123:124:106:106:0.46087:55:51:50:73:55:51:51:73 chr4 144920596 . G A 584.65 PASS AF=0.857143;AO=40;DP=57;FAO=48;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0342465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.509;QD=41.7609;RBI=0.0346649;REFB=-0.0189773;REVB=-0.00536965;RO=8;SAF=16;SAR=24;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320805;STB=0.526305;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00470941;OID=.;OPOS=144920596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:56:8:8:40:48:0.857143:24:16:4:4:32:16:4:4 chr4 145041686 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7606;QD=33.4283;RBI=0.124891;REFB=0;REVB=-0.120834;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00854709;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr4 145581059 . A G 1070.19 PASS AF=0.739496;AO=88;DP=119;FAO=88;FDP=119;FR=.;FRO=31;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00635478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.166;QD=35.9728;RBI=0.0377564;REFB=-0.00145539;REVB=-0.0372177;RO=31;SAF=49;SAR=39;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983709;STB=0.552655;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000242392;OID=.;OPOS=145581059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:31:31:88:88:0.739496:39:49:11:20:39:49:11:20 chr4 146054799 . G C 131.37 PASS AF=0.160494;AO=26;DP=162;FAO=26;FDP=162;FR=.;FRO=136;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=67;FSRR=69;FWDB=-0.0392433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9316;QD=3.24374;RBI=0.0392456;REFB=-0.01062;REVB=-0.000419623;RO=134;SAF=9;SAR=17;SRF=67;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198992;STB=0.625265;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0623873;OID=.;OPOS=146054799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:134:136:26:26:0.160494:17:9:67:67:17:9:67:69 chr4 146479247 . C A 58.13 PASS AF=0.178571;AO=7;DP=55;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=37;FWDB=-0.0710353;FXX=0.0666556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.55;QD=4.1518;RBI=0.0713054;REFB=-0.0109207;REVB=-0.00620018;RO=48;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094339;STB=0.661374;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0584489;OID=.;OPOS=146479247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:55:56:48:46:7:10:0.178571:6:1:9:39:9:1:9:37 chr4 146576418 . G C 236.46 PASS AF=0.17037;AO=46;DP=273;FAO=46;FDP=270;FR=.;FRO=224;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=100;FSRR=124;FWDB=0.00667569;FXX=0.0109886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8076;QD=3.50318;RBI=0.0449521;REFB=-0.00278331;REVB=0.0444536;RO=216;SAF=27;SAR=19;SRF=100;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159502;STB=0.615347;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0154794;OID=.;OPOS=146576418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:270:216:224:46:46:0.17037:19:27:100:116:19:27:100:124 chr4 147177468 . T G 488.28 PASS AF=0.728814;AO=43;DP=59;FAO=43;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.000641046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.16;QD=33.1038;RBI=0.0106922;REFB=-0.0102354;REVB=0.010673;RO=16;SAF=23;SAR=20;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456111;STB=0.524631;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00381378;OID=.;OPOS=147177468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:16:16:43:43:0.728814:20:23:10:6:20:23:10:6 chr4 147501225 . A G 116.77 PASS AF=0.145349;AO=25;DP=172;FAO=25;FDP=172;FR=.;FRO=147;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=89;FWDB=0.0189903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1263;QD=2.7155;RBI=0.0255366;REFB=-0.0035816;REVB=0.017073;RO=146;SAF=10;SAR=15;SRF=58;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00363142;STB=0.504851;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0190532;OID=.;OPOS=147501225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:146:147:25:25:0.145349:15:10:58:88:15:10:58:89 chr4 147501301 . A G 170.31 PASS AF=0.156951;AO=35;DP=224;FAO=35;FDP=223;FR=.;FRO=188;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=83;FSRR=105;FWDB=0.0330383;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.756;QD=3.05489;RBI=0.0332601;REFB=-0.00395657;REVB=0.00383486;RO=187;SAF=16;SAR=19;SRF=82;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242041;STB=0.513317;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0235932;OID=.;OPOS=147501301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:187:188:35:35:0.156951:19:16:82:105:19:16:83:105 chr4 147560319 . G A 3887.67 PASS AF=0.759494;AO=297;DP=392;FAO=300;FDP=395;FR=.;FRO=95;FSAF=143;FSAR=157;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=0.0467282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.508;QD=39.3688;RBI=0.047656;REFB=0.00849675;REVB=-0.00935795;RO=93;SAF=140;SAR=157;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331888;STB=0.521056;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00280127;OID=.;OPOS=147560319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:395:93:95:297:300:0.759494:157:140:37:56:157:143:37:58 chr4 147788709 . C T 191.66 PASS AF=0.139683;AO=43;DP=314;FAO=44;FDP=315;FR=.;FRO=271;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=135;FSRR=136;FWDB=-0.00135795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.557;QD=2.43378;RBI=0.0118401;REFB=0.000272502;REVB=0.011762;RO=266;SAF=22;SAR=21;SRF=132;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196848;STB=0.501587;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00165964;OID=.;OPOS=147788709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:315:266:271:43:44:0.139683:21:22:132:134:22:22:135:136 chr4 147824735 . C CA 981.05 PASS AF=0.743421;AO=16;DP=154;FAO=113;FDP=152;FR=.;FRO=39;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0522781;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=113.791;QD=25.8171;RBI=0.107407;REFB=-0.107173;REVB=0.0938261;RO=136;SAF=1;SAR=15;SRF=73;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58149;STB=0.532971;STBP=0.186;TYPE=ins;VARB=0.0432459;OID=.;OPOS=147824736;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.743421:16:154:113:152:39:58:55:15:24:99:136:1:15:73:63 chr4 147824736 . G A 1104.96 PASS AF=0.657895;AO=94;DP=152;FAO=100;FDP=152;FR=.;FRO=52;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.00677566;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.56;QD=29.0779;RBI=0.0233791;REFB=-0.0630097;REVB=0.0223758;RO=51;SAF=58;SAR=36;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210871;STB=0.599091;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0218609;OID=.;OPOS=147824736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:51:52:94:100:0.657895:36:58:15:36:42:58:15:37 chr4 147824864 . G A 107.15 PASS AF=0.159091;AO=21;DP=132;FAO=21;FDP=132;FR=.;FRO=111;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=69;FWDB=-0.0105044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8727;QD=3.24686;RBI=0.0261654;REFB=-0.000298396;REVB=-0.0239642;RO=110;SAF=5;SAR=16;SRF=42;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210121;STB=0.63877;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000709632;OID=.;OPOS=147824864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:110:111:21:21:0.159091:16:5:42:68:16:5:42:69 chr4 148461037 . T C 261.44 PASS AF=0.191667;AO=46;DP=240;FAO=46;FDP=240;FR=.;FRO=194;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=67;FSRR=127;FWDB=0.0329232;FXX=0.00414921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7922;QD=4.3573;RBI=0.0544909;REFB=0.00517555;REVB=0.0434202;RO=194;SAF=25;SAR=21;SRF=67;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253918;STB=0.656897;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0225382;OID=.;OPOS=148461037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:194:194:46:46:0.191667:21:25:67:127:21:25:67:127 chr4 148461073 . G A 209.72 PASS AF=0.186275;AO=37;DP=203;FAO=38;FDP=204;FR=.;FRO=166;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=105;FWDB=-0.0157403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.605;QD=4.11217;RBI=0.0202002;REFB=-0.00407171;REVB=0.0126607;RO=166;SAF=22;SAR=15;SRF=61;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286399;STB=0.667085;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0168102;OID=.;OPOS=148461073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:166:166:37:38:0.186275:15:22:61:105:16:22:61:105 chr4 149000024 . C T 1228.33 PASS AF=1;AO=63;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.674;QD=61.4163;RBI=0.0453174;REFB=0;REVB=0.0323068;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168869;OID=.;OPOS=149000024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:63:80:1:32:31:0:0:35:45:0:0 chr4 149002016 . ATTTTTTTA ATTTTTTA,ATTTTTTAT,TATTTTTTA 225.18 PASS AF=0.627119,0,0.305085;AO=22,4,12;DP=59;FAO=37,0,18;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=20,0,2;FSAR=17,0,16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.380215,-0.31907,-0.242924;FXX=0.063482;HRUN=7,7,1;LEN=1,2,2;MLLD=5.60556,9.28158,14.7168;QD=15.2663;RBI=0.40992,0.322825,0.26993;REFB=-0.0475372,-0.0343189,0.034123;REVB=-0.153204,-0.0490907,-0.117685;RO=7;SAF=12,4,2;SAR=10,0,10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.176103,0.784402,0.0285;STB=0.503977,0.5,0.639816;STBP=0.903,1,0.079;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.132422,0,-0.089865;OID=.,.,.;OPOS=149002017,149002023,149002016;OREF=T,TA,AT;OALT=-,AT,TA;OMAPALT=ATTTTTTA,ATTTTTTAT,TATTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:75:59:59:7:4:22,4,12:37,0,18:0.627119,0,0.305085:10,0,10:12,4,2:1:6:17,0,16:20,0,2:2:2 chr4 149356516 . A G 2426.6 PASS AF=0.787234;AO=185;DP=235;FAO=185;FDP=235;FR=.;FRO=50;FSAF=85;FSAR=100;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0209556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.66;QD=41.3038;RBI=0.0248825;REFB=-0.00547643;REVB=-0.0134166;RO=48;SAF=85;SAR=100;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401098;STB=0.5172;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00149978;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:48:50:185:185:0.787234:100:85:27:21:100:85:27:23 chr4 149357475 . C T 583.04 PASS AF=0.765625;AO=47;DP=62;FAO=49;FDP=64;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.000111396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.196;QD=36.4403;RBI=0.0231403;REFB=-0.0021414;REVB=0.02314;RO=15;SAF=20;SAR=27;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739503;STB=0.543546;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00109558;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:62:64:15:15:47:49:0.765625:27:20:4:11:27:22:4:11 chr4 149358014 . G C 552.21 PASS AF=0.886364;AO=39;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0083838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.115;QD=50.2004;RBI=0.0193611;REFB=-0.038196;REVB=0.0174518;RO=5;SAF=14;SAR=25;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094241;STB=0.505048;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00513409;OID=.;OPOS=149358014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:44:44:5:5:39:39:0.886364:25:14:2:3:25:14:2:3 chr4 151120185 . C T 198.32 PASS AF=0.18;AO=36;DP=204;FAO=36;FDP=200;FR=.;FRO=164;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=97;FSRR=67;FWDB=-0.00352636;FXX=0.0196069;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.874;QD=3.96637;RBI=0.00387715;REFB=0.00381745;REVB=-0.00161155;RO=157;SAF=21;SAR=15;SRF=95;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289767;STB=0.506869;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.0182103;OID=.;OPOS=151120185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:200:157:164:36:36:0.18:15:21:95:62:15:21:97:67 chr4 151177340 . CC TG 1471.08 PASS AF=0.980392;AO=98;DP=108;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0173059;FXX=0.0555504;HRUN=3;LEN=2;MLLD=299.001;QD=57.6893;RBI=0.0251473;REFB=-0.0691247;REVB=0.0182453;RO=0;SAF=2;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.602;TYPE=mnp;VARB=0.000237247;OID=.;OPOS=151177340;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:102:0:2:98:100:0.980392:96:2:0:0:98:2:0:2 chr4 151199070 . C G 2165.49 PASS AF=0.812183;AO=160;DP=198;FAO=160;FDP=197;FR=.;FRO=37;FSAF=94;FSAR=66;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0137441;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.451;QD=43.9694;RBI=0.0139375;REFB=0.0200395;REVB=0.00231414;RO=37;SAF=94;SAR=66;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726888;STB=0.503856;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00476851;OID=.;OPOS=151199070;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:37:37:160:160:0.812183:66:94:21:16:66:94:21:16 chr4 151356766 . C A 142.53 PASS AF=0.153439;AO=29;DP=189;FAO=29;FDP=189;FR=.;FRO=160;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=85;FSRR=75;FWDB=-0.0277896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3288;QD=3.01645;RBI=0.0315739;REFB=0.00101822;REVB=0.0149883;RO=158;SAF=12;SAR=17;SRF=84;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150223;STB=0.598915;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00492018;OID=.;OPOS=151356766;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:158:160:29:29:0.153439:17:12:84:74:17:12:85:75 chr4 151505322 . T A 1268.85 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214442;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.67;QD=61.8949;RBI=0.0263182;REFB=0;REVB=-0.0152575;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116168;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:50:31:0:0:51:31:0:0 chr4 151719263 . A G 44.5 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=87;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.00748734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.813;QD=2.04614;RBI=0.00763366;REFB=-0.000314457;REVB=-0.00148744;RO=77;SAF=4;SAR=6;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665589;STB=0.549196;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00470097;OID=.;OPOS=151719263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:87:87:77:77:10:10:0.114943:6:4:35:42:6:4:35:42 chr4 151769986 . C A 180.93 PASS AF=0.219697;AO=29;DP=132;FAO=29;FDP=132;FR=.;FRO=103;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=87;FSRR=16;FWDB=0.00190704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3834;QD=5.4828;RBI=0.0804953;REFB=-0.000187766;REVB=-0.0804727;RO=103;SAF=26;SAR=3;SRF=87;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146961;STB=0.592965;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00102018;OID=.;OPOS=151769986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:103:103:29:29:0.219697:3:26:87:16:3:26:87:16 chr4 152041502 . C G 901.93 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.783;QD=58.189;RBI=0.028216;REFB=0;REVB=-0.0228562;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175701;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:42:19:0:0:42:20:0:0 chr4 152054218 . T A 85.86 PASS AF=0.182927;AO=15;DP=82;FAO=15;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=-0.0271783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.078;QD=4.18843;RBI=0.0339315;REFB=0.00334503;REVB=0.0203147;RO=66;SAF=4;SAR=11;SRF=20;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559295;STB=0.546655;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0169325;OID=.;OPOS=152054218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:82:82:66:67:15:15:0.182927:11:4:20:46:11:4:21:46 chr4 152070633 . T A 2802.48 PASS AF=0.978495;AO=181;DP=185;FAO=182;FDP=186;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=105;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.005082;FXX=0.0106377;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.004;QD=60.2684;RBI=0.0063726;REFB=-0.0448082;REVB=0.00384491;RO=4;SAF=77;SAR=104;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313709;STB=0.501693;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=5.50599e-05;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:185:186:4:4:181:182:0.978495:104:77:2:2:105:77:2:2 chr4 152201018 . G GCAGGT,T 1199.18 PASS AF=0.894366,0.0422535;AO=122,6;DP=144;FAO=127,6;FDP=142;FR=.;FRO=9;FSAF=69,6;FSAR=58,0;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0221916,2.14907e-05;FXX=0.00699252;HRUN=1,2;LEN=5,1;MLLD=132.201,123.541;QD=33.7798;RBI=0.057872,0.051421;REFB=-0.0238728,0.0156882;REVB=0.0534481,0.051421;RO=10;SAF=65,6;SAR=57,0;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0241418,0.715304;STB=0.508236,0.997327;STBP=0.483,0.074;TYPE=ins,snp;VARB=0.00272118,-0.00905902;OID=.,.;OPOS=152201019,152201018;OREF=-,G;OALT=CAGGT,T;OMAPALT=GCAGGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:144:142:10:9:122,6:127,6:0.894366,0.0422535:57,0:65,6:7:3:58,0:69,6:6:3 chr4 152212603 . T G 1935.13 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6874;QD=60.949;RBI=0.105836;REFB=-0.0648609;REVB=0.104472;RO=0;SAF=50;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017398;OID=.;OPOS=152212603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:127:127:0:0:126:127:1:76:50:0:0:77:50:0:0 chr4 152498625 . C T 1855.83 PASS AF=0.810345;AO=140;DP=174;FAO=141;FDP=174;FR=.;FRO=33;FSAF=55;FSAR=86;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00346079;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.494;QD=42.6628;RBI=0.036026;REFB=-0.0101582;REVB=0.0358594;RO=33;SAF=55;SAR=85;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117836;STB=0.506789;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0019516;OID=.;OPOS=152498625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:33:33:140:141:0.810345:85:55:14:19:86:55:14:19 chr4 153243212 . T A,TA 35.81 PASS AF=0.0909091,0.227273;AO=2,3;DP=19;FAO=2,5;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2,2;FSAR=0,3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0213088,0.036119;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=182.273,13.2178;QD=6.51112;RBI=0.022594,0.0998465;REFB=-0.0132153,-0.0377939;REVB=-0.00751146,-0.0930846;RO=14;SAF=0,1;SAR=2,2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.644719,-0.402031;STB=0.993586,0.646488;STBP=0.215,0.468;TYPE=snp,ins;VARB=0.168617,0.049873;OID=.,.;OPOS=153243212,153243213;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:19:22:14:15:2,3:2,5:0.0909091,0.227273:2,2:0,1:10:4:0,3:2,2:9:6 chr4 153243476 . CAAAAAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAAAAAAT 175.18 PASS AF=0.277778,0.277778,0.444444;AO=3,4,2;DP=17;FAO=5,5,8;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,8;FSAR=5,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0647637,-0.0540767,-0.00451034;FXX=0.217297;HRUN=18,18,18;LEN=5,6,1;MLLD=8.82025,10.5729,139.249;QD=38.9282;RBI=0.100701,0.0840585,0.0424838;REFB=0,0,0;REVB=-0.0771131,-0.0643548,-0.0422437;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=3,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0115831,0.0143885,-0.00345443;OID=.,.,.;OPOS=153243477,153243477,153243488;OREF=AAAAA,AAAAAA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.277778,0.277778,0.444444:3,4,2:17:5,5,8:18:0:0,0,8:5,5,0:0:0:27:0:0,0,2:3,4,0:0:0 chr4 153268123 . G A 2587.4 PASS AF=0.596899;AO=228;DP=382;FAO=231;FDP=387;FR=.;FRO=156;FSAF=140;FSAR=91;FSRF=74;FSRR=82;FWDB=-0.0113216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.922;QD=26.7431;RBI=0.0319577;REFB=-0.00655713;REVB=0.029885;RO=154;SAF=137;SAR=91;SRF=73;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965884;STB=0.554305;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00503746;OID=.;OPOS=153268123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:387:154:156:228:231:0.596899:91:137:73:81:91:140:74:82 chr4 153690842 . T C 1930.98 PASS AF=0.85119;AO=143;DP=168;FAO=143;FDP=168;FR=.;FRO=25;FSAF=75;FSAR=68;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0156078;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0883;QD=45.9758;RBI=0.0361563;REFB=-0.0171895;REVB=0.0326141;RO=25;SAF=75;SAR=68;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798134;STB=0.542253;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00375571;OID=.;OPOS=153690842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:25:25:143:143:0.85119:68:75:6:19:68:75:6:19 chr4 153896358 . C T 560.18 PASS AF=0.196078;AO=100;DP=510;FAO=100;FDP=510;FR=.;FRO=410;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=172;FSRR=238;FWDB=0.0360988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.481;QD=4.39353;RBI=0.038668;REFB=0.00264099;REVB=0.0138596;RO=404;SAF=36;SAR=64;SRF=166;SRR=238;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695884;STB=0.550436;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00994497;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:510:510:404:410:100:100:0.196078:64:36:166:238:64:36:172:238 chr4 153896765 . G C 2997.43 PASS AF=0.827206;AO=221;DP=268;FAO=225;FDP=272;FR=.;FRO=47;FSAF=139;FSAR=86;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0624225;FXX=0.0109087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5495;QD=44.0799;RBI=0.105714;REFB=-0.000700862;REVB=-0.085317;RO=46;SAF=139;SAR=82;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517701;STB=0.523234;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000359238;OID=.;OPOS=153896765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:272:46:47:221:225:0.827206:82:139:22:24:86:139:23:24 chr4 153897770 . G A 207.11 PASS AF=0.193548;AO=36;DP=187;FAO=36;FDP=186;FR=.;FRO=150;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=87;FWDB=-0.00428717;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.035;QD=4.45401;RBI=0.00756273;REFB=-0.00760545;REVB=-0.00623018;RO=150;SAF=21;SAR=15;SRF=63;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207222;STB=0.629559;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.034023;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:150:150:36:36:0.193548:15:21:63:87:15:21:63:87 chr4 153898178 . A G 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5364;QD=62.6667;RBI=0.0614332;REFB=0;REVB=0.0340018;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221373;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr4 153898199 . G GA,T 48.27 PASS AF=0.217391,0;AO=7,4;DP=47;FAO=10,0;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00562657,0.0013412;FXX=0.0212721;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=75.8741,180.807;QD=4.19703;RBI=0.0580759,0.022333;REFB=-0.00359124,-0.00468636;REVB=-0.0578027,-0.0222927;RO=36;SAF=0,0;SAR=7,4;SRF=13;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.64613,-0.531787;STB=0.779304,0.5;STBP=0.096,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.117127,0;OID=.,.;OPOS=153898200,153898199;OREF=-,G;OALT=A,T;OMAPALT=GA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:46:36:36:7,4:10,0:0.217391,0:7,4:0,0:13:23:9,0:1,0:12:24 chr4 154215524 . G A 1790.98 PASS AF=0.84375;AO=134;DP=159;FAO=135;FDP=160;FR=.;FRO=25;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0205243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.05;QD=44.7745;RBI=0.06096;REFB=0.00775783;REVB=-0.057401;RO=25;SAF=61;SAR=73;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285602;STB=0.51565;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00193622;OID=.;OPOS=154215524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:25:25:134:135:0.84375:73:61:9:16:73:62:9:16 chr4 154256204 . GTT G,GTTT 37.16 PASS AF=0.131429,0;AO=23,28;DP=175;FAO=23,0;FDP=175;FR=.;FRO=152;FSAF=10,0;FSAR=13,0;FSRF=61;FSRR=91;FWDB=-0.0190482,0.0346216;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=24.2731,9.61991;QD=0.849469;RBI=0.135369,0.298765;REFB=0.0145228,-0.0198413;REVB=0.134022,-0.296753;RO=113;SAF=11,3;SAR=12,25;SRF=50;SRR=63;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0458629,-0.513309;STB=0.529776,0.5;STBP=0.768,1;TYPE=del,ins;VARB=-0.0457289,-0.00360532;OID=.,.;OPOS=154256205,154256205;OREF=TT,-;OALT=-,T;OMAPALT=G,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.131429,0:23,28:175:23,0:175:152:10,0:13,0:61:91:35:113:11,3:12,25:50:63 chr4 154387597 . G C 142.22 PASS AF=0.163743;AO=28;DP=172;FAO=28;FDP=171;FR=.;FRO=143;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=71;FSRR=72;FWDB=-0.0163291;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1333;QD=3.32671;RBI=0.0354797;REFB=0.00575595;REVB=-0.0314987;RO=143;SAF=17;SAR=11;SRF=71;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142313;STB=0.59304;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0356929;OID=.;OPOS=154387597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:143:143:28:28:0.163743:11:17:71:72:11:17:71:72 chr4 154478222 . C T 1488.15 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0498;QD=63.3257;RBI=0.0793989;REFB=0;REVB=-0.0473713;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000723281;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:40:54:0:0:40:54:0:0 chr4 154479430 . T C 1066.57 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1742;QD=58.4424;RBI=0.0141952;REFB=-0.15388;REVB=-0.004353;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.001116;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:36:36:0:0:36:36:0:1 chr4 154525458 . C T 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.424;QD=56.9334;RBI=0.0428163;REFB=0;REVB=-0.0141508;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88815e-05;OID=.;OPOS=154525458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr4 154631543 . A T 1759.4 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.68;QD=60.6691;RBI=0.034708;REFB=0;REVB=-0.0224943;RO=0;SAF=51;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72139e-05;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:64:51:0:0:64:52:0:0 chr4 154709856 . A C,G 1924.76 PASS AF=0.944882,0.0551181;AO=115,11;DP=127;FAO=120,7;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=52,2;FSAR=68,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209259,-0.0134141;FXX=0.00781189;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.032,134.328;QD=60.6225;RBI=0.037146,0.025057;REFB=0,0;REVB=0.0306909,0.021164;RO=0;SAF=49,5;SAR=66,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.49054e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0012957,0.0127159;OID=.,.;OPOS=154709856,154709856;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:127:127:0:0:115,11:120,7:0.944882,0.0551181:66,6:49,5:0:0:68,5:52,2:0:0 chr4 155156207 . G A 1513.42 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.145;QD=59.9376;RBI=0.0212502;REFB=0;REVB=0.0138737;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67869e-06;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:47:53:0:0:48:53:0:0 chr4 155241572 . G A 1964.82 PASS AF=0.766497;AO=151;DP=197;FAO=151;FDP=197;FR=.;FRO=46;FSAF=60;FSAR=91;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0125328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.392;QD=39.8949;RBI=0.0183901;REFB=-0.0228994;REVB=-0.0134583;RO=44;SAF=59;SAR=92;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182179;STB=0.50909;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00851918;OID=.;OPOS=155241572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:44:46:151:151:0.766497:92:59:19:25:91:60:20:26 chr4 155243573 . C T 3014.7 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00645643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2491;QD=63.4673;RBI=0.0247163;REFB=0;REVB=-0.0238581;RO=0;SAF=85;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09351e-05;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:190:0:0:189:190:1:104:85:0:0:104:86:0:0 chr4 155243604 . T C 2319.86 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0177287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2706;QD=62.2781;RBI=0.0320418;REFB=-0.00942742;REVB=0.0266902;RO=2;SAF=68;SAR=79;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137807;STB=0.507245;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000109874;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:2:147:147:0.986577:79:68:2:0:79:68:2:0 chr4 155244401 . TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT 405.08 PASS AF=1,0;AO=20,4;DP=34;FAO=35,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734038,0.00481153;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=4,3;MLLD=237.573,231.412;QD=46.2948;RBI=0.0387069,0.0358204;REFB=0,0;REVB=0.0380045,0.0354958;RO=0;SAF=16,3;SAR=4,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000476927,0.0339551;OID=.,.;OPOS=155244402,155244423;OREF=TTTG,TTG;OALT=-,-;OMAPALT=TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:20,4:34:35,0:35:0:24,0:11,0:0:0:7:0:16,3:4,1:0:0 chr4 155244475 . G T 414.9 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034319;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.189;QD=57.2281;RBI=0.0357135;REFB=0;REVB=-0.00988245;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023646;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr4 155256177 . A G 1696.47 PASS AF=0.790419;AO=132;DP=169;FAO=132;FDP=167;FR=.;FRO=35;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0221982;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.929;QD=40.634;RBI=0.0235051;REFB=-0.0160657;REVB=0.0077283;RO=35;SAF=70;SAR=62;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503479;STB=0.526764;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00457668;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:35:35:132:132:0.790419:62:70:23:12:62:70:23:12 chr4 155256205 . G A 1750.25 PASS AF=0.991453;AO=109;DP=110;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0409512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.279;QD=59.8374;RBI=0.0431644;REFB=-0.0262955;REVB=0.0136442;RO=0;SAF=64;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64032e-08;STB=0.505262;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000124735;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:117:0:1:109:116:0.991453:45:64:0:0:47:69:0:1 chr4 155287535 . T C 100.38 PASS AF=0.139073;AO=21;DP=151;FAO=21;FDP=151;FR=.;FRO=130;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=0.0535644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.808;QD=2.65907;RBI=0.0555961;REFB=-0.00102382;REVB=-0.0148925;RO=130;SAF=11;SAR=10;SRF=67;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106372;STB=0.507258;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00624424;OID=.;OPOS=155287535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:130:130:21:21:0.139073:10:11:67:63:10:11:67:63 chr4 155295076 . A G 115.4 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0342235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7432;QD=5.84314;RBI=0.048995;REFB=-0.00700707;REVB=-0.0350608;RO=61;SAF=8;SAR=10;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386779;STB=0.524053;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0365634;OID=.;OPOS=155295076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:61:61:18:18:0.227848:10:8:29:32:10:8:29:32 chr4 155407680 . A G 629.37 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301643;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4481;QD=61.4019;RBI=0.0343028;REFB=0;REVB=0.0163337;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244185;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr4 155410822 . G A 4260.11 PASS AF=1;AO=270;DP=271;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9735;QD=62.8799;RBI=0.0124849;REFB=0;REVB=0.0124123;RO=0;SAF=146;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04656e-05;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:271:271:0:0:270:271:1:124:146:0:0:124:147:0:0 chr4 155411065 . T C 4687.51 PASS AF=1;AO=299;DP=303;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098921;FXX=0.0131575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.341;QD=62.5001;RBI=0.0120827;REFB=0;REVB=-0.00693822;RO=0;SAF=127;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2698e-05;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:303:300:0:0:299:300:1:172:127:0:0:172:128:0:0 chr4 155411104 . A C 4679.18 PASS AF=1;AO=302;DP=304;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196355;FXX=0.00657873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8495;QD=61.9759;RBI=0.0202747;REFB=-0.0324852;REVB=0.00505098;RO=1;SAF=137;SAR=165;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307686;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:304:302:1:0:302:302:1:165:137:1:0:165:137:0:0 chr4 155468170 . T C 878.99 PASS AF=0.734043;AO=69;DP=95;FAO=69;FDP=94;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00355678;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.464;QD=37.4039;RBI=0.00934695;REFB=-0.0238478;REVB=0.00864378;RO=25;SAF=28;SAR=41;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236449;STB=0.512685;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00745517;OID=.;OPOS=155468170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:25:25:69:69:0.734043:41:28:9:16:41:28:9:16 chr4 155486381 . C T 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0128285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.722;QD=2.58562;RBI=0.0170486;REFB=0.00366617;REVB=0.0112287;RO=60;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165675;STB=0.619727;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0334;OID=.;OPOS=155486381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:3:6:32:28:3:6:32:28 chr4 155488821 . C T 96.43 PASS AF=0.158333;AO=19;DP=120;FAO=19;FDP=120;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.000846488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.717;QD=3.21434;RBI=0.0463853;REFB=-0.00214246;REVB=-0.0463776;RO=101;SAF=7;SAR=12;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233306;STB=0.654385;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0115509;OID=.;OPOS=155488821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:120:120:101:101:19:19:0.158333:12:7:56:45:12:7:56:45 chr4 155490832 . C T 205.88 PASS AF=0.205882;AO=35;DP=171;FAO=35;FDP=170;FR=.;FRO=135;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=78;FWDB=-0.0158312;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.418;QD=4.8443;RBI=0.017719;REFB=-0.00943516;REVB=0.00795835;RO=135;SAF=16;SAR=19;SRF=57;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045195;STB=0.528055;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0345333;OID=.;OPOS=155490832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:135:135:35:35:0.205882:19:16:57:78:19:16:57:78 chr4 155491759 . G A 118.45 PASS AF=0.138298;AO=26;DP=188;FAO=26;FDP=188;FR=.;FRO=162;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=63;FSRR=99;FWDB=0.0741962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2624;QD=2.52023;RBI=0.0765746;REFB=0.00358278;REVB=0.0189365;RO=162;SAF=8;SAR=18;SRF=63;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112444;STB=0.577174;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0203244;OID=.;OPOS=155491759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:162:162:26:26:0.138298:18:8:63:99:18:8:63:99 chr4 155507590 . T C 855.0 PASS AF=0.704762;AO=73;DP=104;FAO=74;FDP=105;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0264731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3171;QD=32.5714;RBI=0.0264842;REFB=-0.0213399;REVB=-0.00076526;RO=28;SAF=23;SAR=50;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456279;STB=0.510201;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00687249;OID=.;OPOS=155507590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:28:31:73:74:0.704762:50:23:11:17:50:24:11:20 chr4 155511824 . T C 56.82 PASS AF=0.117117;AO=12;DP=110;FAO=13;FDP=111;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=64;FWDB=0.00329014;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.544;QD=2.04756;RBI=0.00336996;REFB=-0.00446347;REVB=-0.000729106;RO=98;SAF=6;SAR=6;SRF=33;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201541;STB=0.665528;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0416381;OID=.;OPOS=155511824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:110:111:98:98:12:13:0.117117:6:6:33:65:6:7:34:64 chr4 155708333 . A C 80.29 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.019619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.663;QD=5.18015;RBI=0.0281212;REFB=-0.0274219;REVB=-0.0201469;RO=48;SAF=11;SAR=2;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429773;STB=0.787473;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0760163;OID=.;OPOS=155708333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:48:49:13:13:0.209677:2:11:26:22:2:11:26:23 chr4 155720274 . T C 492.87 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883522;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.6;QD=59.7418;RBI=0.012769;REFB=0;REVB=-0.00921873;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22374e-05;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr4 156135676 . C T 2618.46 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2535;QD=61.9753;RBI=0.0495223;REFB=0;REVB=0.0260985;RO=0;SAF=69;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90465e-05;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:169:0:0:168:169:1:99:69:0:0:100:69:0:0 chr4 156136027 . C T 2076.63 PASS AF=0.992647;AO=133;DP=135;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00685908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.665;QD=61.0773;RBI=0.0794916;REFB=-0.0918402;REVB=0.0791951;RO=2;SAF=60;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128432;STB=0.503311;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000529832;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:135:136:2:1:133:135:0.992647:73:60:0:2:75:60:0:1 chr4 156273768 . T C 1087.65 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102475;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.219;QD=58.7918;RBI=0.0421591;REFB=-0.134096;REVB=0.0408948;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111301;STB=0.505881;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000369155;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:31:42:1:0:31:42:1:0 chr4 156274377 . T C 1218.38 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0284432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8689;QD=58.7171;RBI=0.079806;REFB=-0.0967394;REVB=0.0745653;RO=2;SAF=49;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500123;STB=0.502642;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00249085;OID=.;OPOS=156274377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:32:49:1:1:32:49:1:1 chr4 156276289 . C T 1320.83 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.121;QD=62.1568;RBI=0.0209568;REFB=0;REVB=-0.00359178;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21323e-05;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr4 156276317 . A G 906.12 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.047788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1443;QD=56.6324;RBI=0.056473;REFB=-0.162022;REVB=0.0300917;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00164793;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:31:32:0:1:31:32:0:1 chr4 156281371 . T C 2968.79 PASS AF=0.81685;AO=223;DP=273;FAO=223;FDP=273;FR=.;FRO=50;FSAF=113;FSAR=110;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0605162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.525;QD=43.4987;RBI=0.0658606;REFB=-0.0552982;REVB=0.0259884;RO=48;SAF=113;SAR=110;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161884;STB=0.512218;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0130417;OID=.;OPOS=156281371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:48:50:223:223:0.81685:110:113:22:26:110:113:22:28 chr4 156289900 . C T 1486.71 PASS AF=0.775641;AO=111;DP=147;FAO=121;FDP=156;FR=.;FRO=35;FSAF=48;FSAR=73;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00899529;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.602;QD=38.1208;RBI=0.022233;REFB=-0.0284919;REVB=0.020332;RO=29;SAF=47;SAR=64;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235476;STB=0.540263;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00531551;OID=.;OPOS=156289900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:156:29:35:111:121:0.775641:64:47:14:15:73:48:20:15 chr4 156376084 . TA T 799.14 PASS AF=0.819048;AO=81;DP=109;FAO=86;FDP=105;FR=.;FRO=19;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0227665;FXX=0.0366939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.0967;QD=30.4434;RBI=0.113641;REFB=0.0111877;REVB=0.111337;RO=19;SAF=29;SAR=52;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639207;STB=0.531958;STBP=0.169;TYPE=del;VARB=0.00147533;OID=.;OPOS=156376085;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.819048:81:109:86:105:19:31:55:10:9:47:19:29:52:10:9 chr4 156380807 . T G 2897.64 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.251;QD=62.9921;RBI=0.0152698;REFB=0;REVB=-0.0106705;RO=0;SAF=83;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1751e-06;OID=.;OPOS=156380807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:184:0:0:182:184:1:99:83:0:0:101:83:0:0 chr4 156382707 . T A 2735.89 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00316805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.601;QD=61.8281;RBI=0.0106734;REFB=-0.0161761;REVB=0.0101924;RO=1;SAF=77;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006142;STB=0.503225;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=6.84427e-05;OID=.;OPOS=156382707;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:177:1:1:176:176:0.99435:99:77:1:0:99:77:1:0 chr4 156632391 . A G 1492.12 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0100559;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=289.436;QD=57.3894;RBI=0.0104103;REFB=0.000531765;REVB=-0.00269324;RO=2;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175656;STB=0.509257;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-2.03956e-05;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:53:49:0:2:53:49:0:2 chr4 156680340 . G T 4145.9 PASS AF=0.985348;AO=268;DP=273;FAO=269;FDP=273;FR=.;FRO=4;FSAF=121;FSAR=148;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0281488;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.067;QD=60.7458;RBI=0.0466918;REFB=-0.0364597;REVB=0.0372528;RO=4;SAF=120;SAR=148;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00148032;STB=0.500743;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000393315;OID=.;OPOS=156680340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:273:273:4:4:268:269:0.985348:148:120:2:2:148:121:2:2 chr4 156706482 . G A 668.02 PASS AF=0.830769;AO=53;DP=65;FAO=54;FDP=65;FR=.;FRO=11;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.040726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5844;QD=41.1088;RBI=0.044006;REFB=-0.0138033;REVB=0.016671;RO=10;SAF=30;SAR=23;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794703;STB=0.547927;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00221757;OID=.;OPOS=156706482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:10:11:53:54:0.830769:23:30:3:7:24:30:3:8 chr4 156787340 . G A 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.258;QD=60.1633;RBI=0.0244477;REFB=0;REVB=0.0184246;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23165e-05;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:54:54:0:0:54:54:0:0 chr4 156847230 . AA GA,GG 1064.86 PASS AF=0.986486,0.0135135;AO=70,6;DP=76;FAO=73,1;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315342,-0.00354633;FXX=0.0512755;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=26.37,17.5103;QD=57.5598;RBI=0.0744184,0.0376512;REFB=0,0;REVB=-0.0743516,-0.0374838;RO=0;SAF=29,4;SAR=41,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00238888,0.0534761;OID=.,.;OPOS=156847230,156847230;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:76:74:0:0:70,6:73,1:0.986486,0.0135135:41,2:29,4:0:0:44,0:29,1:0:0 chr4 156847236 . AAGG AAAG,AAG,AAGA,AG 864.58 PASS AF=0,0,0,1;AO=20,41,3,11;DP=76;FAO=0,0,0,71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,29;FSAR=0,0,0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694202,0.00906317,-0.00451792,-0.0588412;FXX=0.0533262;HRUN=2,2,2,8;LEN=1,1,1,2;MLLD=8.15822,14.3391,8.442,19.8887;QD=48.7088;RBI=0.121322,0.05386,0.0617466,0.0710221;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0994983,-0.053092,-0.0615811,0.0397725;RO=1;SAF=6,17,1,8;SAR=14,24,2,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0707039,-0.0267986,-0.266641,-0.052924;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,del;VARB=0,-0.00403206,0,0.00114234;OID=.,.,.,.;OPOS=156847238,156847238,156847239,156847237;OREF=G,G,G,AG;OALT=A,-,A,-;OMAPALT=AAAG,AAG,AAGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 4/4:0,0,0,1:20,41,3,11:76:0,0,0,71:71:0:0,0,0,29:0,0,0,42:0:0:5:1:6,17,1,8:14,24,2,3:1:0 chr4 157684248 . T C 2083.01 PASS AF=0.845304;AO=134;DP=183;FAO=153;FDP=181;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000373174;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.082;QD=46.0334;RBI=0.0510771;REFB=-0.0273464;REVB=0.0510757;RO=29;SAF=76;SAR=58;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170006;STB=0.50401;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00572826;OID=.;OPOS=157684248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:29:28:134:153:0.845304:58:76:15:14:75:78:15:13 chr4 158043559 . C T 1989.39 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.446;QD=62.1683;RBI=0.054326;REFB=0;REVB=-0.0277928;RO=0;SAF=58;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152594;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:70:58:0:0:70:58:0:0 chr4 158065038 . T C 2828.17 PASS AF=0.994505;AO=180;DP=180;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.802;QD=62.1575;RBI=0.0353108;REFB=0.0417999;REVB=0.00797309;RO=0;SAF=88;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22177e-08;STB=0.502825;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-4.29184e-05;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:180:182:0:1:180:181:0.994505:92:88:0:0:93:88:1:0 chr4 158238830 . T C 4097.69 PASS AF=0.792839;AO=307;DP=388;FAO=310;FDP=391;FR=.;FRO=81;FSAF=115;FSAR=195;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.0220968;FXX=0.00255096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.311;QD=41.9201;RBI=0.0230876;REFB=-0.00351843;REVB=0.00669091;RO=79;SAF=113;SAR=194;SRF=26;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162526;STB=0.505629;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00106684;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:391:79:81:307:310:0.792839:194:113:26:53:195:115:28:53 chr4 159076826 . C T 2612.31 PASS AF=0.971751;AO=172;DP=178;FAO=172;FDP=177;FR=.;FRO=5;FSAF=83;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0165005;FXX=0.0111726;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.954;QD=59.0352;RBI=0.0206424;REFB=-0.0386583;REVB=-0.0124033;RO=1;SAF=83;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531821;STB=0.507995;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-2.23194e-05;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:178:177:1:5:172:172:0.971751:89:83:0:1:89:83:1:4 chr4 159092633 . A G 3026.77 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419042;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.27;QD=63.0576;RBI=0.0433088;REFB=-0.0381845;REVB=-0.0109405;RO=1;SAF=77;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283004;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:193:192:1:0:191:192:1:114:77:1:0:114:78:0:0 chr4 159601676 . C T 1339.7 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.87;QD=62.3116;RBI=0.0529362;REFB=0;REVB=0.0519044;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217143;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr4 159826773 . T G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=348.415;QD=56.9569;RBI=0.0218064;REFB=0;REVB=0.0154568;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35035e-05;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr4 159894250 . C T 1771.31 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00447728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.063;QD=58.0759;RBI=0.0120414;REFB=0.0897394;REVB=0.011178;RO=3;SAF=71;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339862;STB=0.50179;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.000674378;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:122:3:3:119:119:0.97541:48:71:2:1:48:71:2:1 chr4 159894305 . T C 2248.83 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00731099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.349;QD=62.9043;RBI=0.0265166;REFB=0;REVB=0.0254889;RO=0;SAF=78;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61924e-05;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:143:0:0:137:143:1:59:78:0:0:65:78:0:0 chr4 159894391 . G A 1822.5 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.546;QD=61.2604;RBI=0.0263422;REFB=0;REVB=0.00204159;RO=0;SAF=53;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20573e-05;OID=.;OPOS=159894391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:66:53:0:0:66:53:0:0 chr4 160280308 . TG GT 55.85 PASS AF=0.234043;AO=5;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.13529;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=24.7764;QD=4.75323;RBI=0.140542;REFB=-0.0194671;REVB=0.0380623;RO=31;SAF=1;SAR=4;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251625;STB=0.832593;STBP=0.033;TYPE=mnp;VARB=0.000859573;OID=.;OPOS=160280308;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:47:47:31:34:5:11:0.234043:4:1:12:19:10:1:14:20 chr4 160428588 . G A 1532.47 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00377349;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.988;QD=59.5132;RBI=0.0131235;REFB=0;REVB=0.0125692;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2365e-05;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:101:103:1:49:52:0:0:50:53:0:0 chr4 162307060 . G T 2745.96 PASS AF=0.804598;AO=209;DP=261;FAO=210;FDP=261;FR=.;FRO=51;FSAF=104;FSAR=106;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.004984;FXX=0.00381665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.645;QD=42.0837;RBI=0.0201836;REFB=0.00301624;REVB=-0.0195586;RO=51;SAF=104;SAR=105;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451184;STB=0.502846;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.000845963;OID=.;OPOS=162307060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:51:51:209:210:0.804598:105:104:26:25:106:104:26:25 chr4 164048199 . G C 2074.69 PASS AF=0.978571;AO=125;DP=132;FAO=137;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=53;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0375492;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5429;QD=59.277;RBI=0.0435891;REFB=0.0609536;REVB=0.0221373;RO=1;SAF=47;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100016;STB=0.509258;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000292429;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:140:1:2:125:137:0.978571:78:47:1:0:84:53:2:0 chr4 164085425 . T C 3540.73 PASS AF=0.96;AO=237;DP=248;FAO=240;FDP=250;FR=.;FRO=10;FSAF=110;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0453511;FXX=0.00398391;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.688;QD=56.6517;RBI=0.054051;REFB=-0.147775;REVB=0.0294073;RO=10;SAF=108;SAR=129;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355165;STB=0.518517;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00104558;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:248:250:10:10:237:240:0.96:129:108:0:10:130:110:0:10 chr4 164393117 . T A 1189.29 PASS AF=0.850467;AO=91;DP=108;FAO=91;FDP=107;FR=.;FRO=16;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.001263;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.899;QD=44.4595;RBI=0.0761008;REFB=-0.0624236;REVB=-0.0760903;RO=16;SAF=46;SAR=45;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336621;STB=0.517875;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0083788;OID=.;OPOS=164393117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:108:107:16:16:91:91:0.850467:45:46:10:6:45:46:10:6 chr4 164466824 . C T 2432.34 PASS AF=0.76378;AO=191;DP=250;FAO=194;FDP=254;FR=.;FRO=60;FSAF=98;FSAR=96;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=7.71613e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.802;QD=38.3046;RBI=0.0200608;REFB=-0.018693;REVB=-0.0200606;RO=59;SAF=95;SAR=96;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274802;STB=0.514535;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0063992;OID=.;OPOS=164466824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:254:59:60:191:194:0.76378:96:95:33:26:96:98:34:26 chr4 165878335 . A G 2953.12 PASS AF=1;AO=113;DP=182;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019749;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8033;QD=63.1684;RBI=0.0203004;REFB=0;REVB=-0.00469927;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17713e-05;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:187:0:0:113:187:1:48:65:0:0:116:71:0:0 chr4 166000194 . CA C,CG 1221.35 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=12,68;DP=80;FAO=6,75;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=1,55;FSAR=5,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00475382,-0.00282631;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.48,148.636;QD=60.3137;RBI=0.0382937,0.0568216;REFB=0,0;REVB=0.0379975,0.0567513;RO=0;SAF=1,55;SAR=11,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00699578,0.0024595;OID=.,.;OPOS=166000195,166000195;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0740741,0.925926:12,68:80:6,75:81:0:1,55:5,20:0:0:10:0:1,55:11,13:0:0 chr4 166021811 . G C 1002.16 PASS AF=0.747748;AO=83;DP=111;FAO=83;FDP=111;FR=.;FRO=28;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0338027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1108;QD=36.1139;RBI=0.0452035;REFB=0.041162;REVB=0.0300123;RO=28;SAF=39;SAR=44;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139295;STB=0.574395;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00856563;OID=.;OPOS=166021811;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:28:28:83:83:0.747748:44:39:5:23:44:39:5:23 chr4 166264119 . A G 165.34 PASS AF=0.148305;AO=35;DP=237;FAO=35;FDP=236;FR=.;FRO=201;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=93;FSRR=108;FWDB=-0.0368702;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.272;QD=2.80238;RBI=0.0407031;REFB=-0.00409432;REVB=-0.0172432;RO=199;SAF=17;SAR=18;SRF=92;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300675;STB=0.519639;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0249809;OID=.;OPOS=166264119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:199:201:35:35:0.148305:18:17:92:107:18:17:93:108 chr4 167012381 . G A 4778.13 PASS AF=1;AO=308;DP=310;FAO=308;FDP=308;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254564;FXX=0.0064514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9798;QD=62.0536;RBI=0.0365857;REFB=-0.0431877;REVB=-0.0262771;RO=1;SAF=149;SAR=159;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00319044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49158e-05;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:310:308:1:0:308:308:1:159:149:1:0:159:149:0:0 chr4 167012480 . T C 3600.44 PASS AF=1;AO=228;DP=229;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00758844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.33;QD=62.8897;RBI=0.0219641;REFB=0;REVB=0.0206116;RO=0;SAF=110;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12789e-05;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:229:0:0:228:229:1:118:110:0:0:119:110:0:0 chr4 168584259 . T A 694.19 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0435791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1087;QD=60.3644;RBI=0.0705852;REFB=-0.0601977;REVB=0.055526;RO=1;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159327;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00106437;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:29:16:0:1:29:16:0:1 chr4 169083694 . A C,G 2312.35 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=138,11;DP=149;FAO=145,5;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=84,1;FSAR=61,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511903,-0.0340308;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.666,8.33135;QD=61.6626;RBI=0.024172,0.11639;REFB=0,0;REVB=0.0236237,-0.111304;RO=0;SAF=83,1;SAR=55,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.61292e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000396661,0.218302;OID=.,.;OPOS=169083694,169083694;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:149:150:0:0:138,11:145,5:0.966667,0.0333333:55,10:83,1:0:0:61,4:84,1:0:0 chr4 169086441 . A G 782.66 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.185;QD=63.8904;RBI=0.0278154;REFB=0;REVB=0.00980803;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82628e-05;OID=.;OPOS=169086441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:23:26:0:0 chr4 169141748 . T A 56.02 PASS AF=0.0631579;AO=30;DP=476;FAO=30;FDP=475;FR=.;FRO=445;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=202;FSRR=243;FWDB=-0.0132948;FXX=0.00835056;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.369;QD=0.471717;RBI=0.0260206;REFB=-0.000625284;REVB=-0.0223678;RO=427;SAF=6;SAR=24;SRF=192;SRR=235;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286746;STB=0.756869;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0439357;OID=.;OPOS=169141748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:476:475:427:445:30:30:0.0631579:24:6:192:235:24:6:202:243 chr4 169158471 . T G 218.21 PASS AF=0.166023;AO=44;DP=261;FAO=43;FDP=259;FR=.;FRO=216;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=112;FSRR=104;FWDB=0.0096685;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1775;QD=3.36997;RBI=0.0715625;REFB=0.00831937;REVB=0.0709064;RO=215;SAF=15;SAR=29;SRF=112;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233504;STB=0.66236;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.042115;OID=.;OPOS=169158471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:259:215:216:44:43:0.166023:29:15:112:103:29:14:112:104 chr4 169158489 . G C 213.03 PASS AF=0.164062;AO=41;DP=252;FAO=42;FDP=256;FR=.;FRO=214;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=101;FSRR=113;FWDB=-0.0846674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2435;QD=3.32855;RBI=0.084927;REFB=0.00154844;REVB=-0.00663462;RO=205;SAF=13;SAR=28;SRF=98;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213906;STB=0.619888;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00770223;OID=.;OPOS=169158489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:256:205:214:41:42:0.164062:28:13:98:107:28:14:101:113 chr4 169158531 . T C 146.26 PASS AF=0.143498;AO=32;DP=223;FAO=32;FDP=223;FR=.;FRO=191;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=87;FSRR=104;FWDB=-0.00114018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.664;QD=2.62354;RBI=0.0180881;REFB=-0.00111804;REVB=0.0180521;RO=191;SAF=12;SAR=20;SRF=87;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105257;STB=0.570889;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00731819;OID=.;OPOS=169158531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:191:191:32:32:0.143498:20:12:87:104:20:12:87:104 chr4 169176996 . G A 107.26 PASS AF=0.132275;AO=23;DP=188;FAO=25;FDP=189;FR=.;FRO=164;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=69;FSRR=95;FWDB=0.0140814;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.924;QD=2.26994;RBI=0.0284478;REFB=0.00136845;REVB=-0.0247182;RO=146;SAF=9;SAR=14;SRF=66;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783071;STB=0.555362;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00821239;OID=.;OPOS=169176996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:146:164:23:25:0.132275:14:9:66:80:16:9:69:95 chr4 169195109 . C A 178.58 PASS AF=0.145522;AO=39;DP=269;FAO=39;FDP=268;FR=.;FRO=229;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=142;FSRR=87;FWDB=0.0930196;FXX=0.00371733;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6094;QD=2.66537;RBI=0.0931526;REFB=-0.00209155;REVB=0.004976;RO=228;SAF=25;SAR=14;SRF=141;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310364;STB=0.519217;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.013855;OID=.;OPOS=169195109;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:268:228:229:39:39:0.145522:14:25:141:87:14:25:142:87 chr4 169197297 . C T 53.04 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.0249332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4365;QD=2.02074;RBI=0.0569234;REFB=0.00131447;REVB=-0.0511724;RO=93;SAF=5;SAR=7;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817391;STB=0.5599;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0171055;OID=.;OPOS=169197297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:105:105:93:93:12:12:0.114286:7:5:45:48:7:5:45:48 chr4 169299528 . T C 1834.48 PASS AF=0.760638;AO=143;DP=188;FAO=143;FDP=188;FR=.;FRO=45;FSAF=73;FSAR=70;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0101565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.416;QD=39.0315;RBI=0.0244259;REFB=0.0121604;REVB=0.0222142;RO=45;SAF=73;SAR=70;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894804;STB=0.547643;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00497104;OID=.;OPOS=169299528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:45:45:143:143:0.760638:70:73:14:31:70:73:14:31 chr4 169315760 . C A 2064.62 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.953;QD=62.5642;RBI=0.0124804;REFB=0;REVB=0.00377403;RO=0;SAF=48;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.49395e-06;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:84:48:0:0:84:48:0:0 chr4 169327191 . C T 864.1 PASS AF=0.755556;AO=68;DP=90;FAO=68;FDP=90;FR=.;FRO=22;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00714078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.239;QD=38.4043;RBI=0.01695;REFB=-0.0175641;REVB=0.0153725;RO=22;SAF=34;SAR=34;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103727;STB=0.555539;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00425542;OID=.;OPOS=169327191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:22:22:68:68:0.755556:34:34:6:16:34:34:6:16 chr4 169336662 . T C 651.03 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8938;QD=62.0024;RBI=0.0620551;REFB=0;REVB=0.0561945;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110393;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr4 169341435 . A G 3790.33 PASS AF=1;AO=239;DP=242;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000195534;FXX=0.0204073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.54;QD=63.1721;RBI=0.0142883;REFB=0.0350259;REVB=-0.014287;RO=2;SAF=117;SAR=122;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00807665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238169;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:242:240:2:0:239:240:1:122:117:2:0:123:117:0:0 chr4 169362557 . C G 1140.06 PASS AF=0.773109;AO=89;DP=118;FAO=92;FDP=119;FR=.;FRO=27;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00425933;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3163;QD=38.3213;RBI=0.0253419;REFB=-0.0237907;REVB=-0.0249814;RO=27;SAF=39;SAR=50;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801058;STB=0.545445;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00785536;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:27:27:89:92:0.773109:50:39:7:20:50:42:7:20 chr4 169369820 . T A 1004.14 PASS AF=0.840909;AO=74;DP=88;FAO=74;FDP=88;FR=.;FRO=14;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00656159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.261;QD=45.6428;RBI=0.0173643;REFB=-0.00516528;REVB=0.0160769;RO=14;SAF=33;SAR=41;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269345;STB=0.514335;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00073771;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:14:14:74:74:0.840909:41:33:5:9:41:33:5:9 chr4 169369853 . A T 932.88 PASS AF=0.833333;AO=70;DP=84;FAO=70;FDP=84;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0567979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.798;QD=44.4227;RBI=0.0581562;REFB=-0.02381;REVB=-0.0124957;RO=13;SAF=26;SAR=44;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201842;STB=0.502552;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00558271;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:84:84:13:14:70:70:0.833333:44:26:4:9:44:26:5:9 chr4 169369920 . C T 700.27 PASS AF=0.846154;AO=55;DP=65;FAO=55;FDP=65;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0201196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.385;QD=43.0937;RBI=0.0471312;REFB=-0.0392288;REVB=-0.042621;RO=10;SAF=19;SAR=36;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145484;STB=0.507766;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00526158;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:10:10:55:55:0.846154:36:19:3:7:36:19:3:7 chr4 169393595 . A G 1273.86 PASS AF=0.792;AO=99;DP=126;FAO=99;FDP=125;FR=.;FRO=26;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0582466;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1995;QD=40.7636;RBI=0.0676532;REFB=0.00852566;REVB=0.0344135;RO=26;SAF=47;SAR=52;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504832;STB=0.526883;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00170798;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:26:26:99:99:0.792:52:47:9:17:52:47:9:17 chr4 169621191 . G A 2006.64 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000938282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5011;QD=62.2214;RBI=0.0242612;REFB=0;REVB=0.024243;RO=0;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88489e-05;OID=.;OPOS=169621191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:68:60:0:0:69:60:0:0 chr4 169630204 . T G 46.3 PASS AF=0.1;AO=12;DP=120;FAO=12;FDP=120;FR=.;FRO=108;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=0.0272223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.643;QD=1.54335;RBI=0.0281749;REFB=0.000954465;REVB=0.00726435;RO=108;SAF=6;SAR=6;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219038;STB=0.516639;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00855914;OID=.;OPOS=169630204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:120:120:108:108:12:12:0.1:6:6:56:52:6:6:56:52 chr4 169806527 . A G 1830.56 PASS AF=0.836364;AO=136;DP=163;FAO=138;FDP=165;FR=.;FRO=27;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0264565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2985;QD=44.3773;RBI=0.0474646;REFB=-0.0291993;REVB=0.0394074;RO=26;SAF=64;SAR=72;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00893085;STB=0.506595;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00932659;OID=.;OPOS=169806527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:26:27:136:138:0.836364:72:64:13:13:72:66:14:13 chr4 169846359 . GCT G 1148.41 PASS AF=1;AO=64;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678333;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.692;QD=57.4206;RBI=0.0688582;REFB=0;REVB=0.0118362;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000251906;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:82:80:80:0:40:40:0:0:6:0:30:34:0:0 chr4 169928842 . G T 5422.21 PASS AF=1;AO=339;DP=343;FAO=340;FDP=340;FR=.;FRO=0;FSAF=161;FSAR=179;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646793;FXX=0.0087461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.806;QD=63.7907;RBI=0.0647056;REFB=0;REVB=0.00184589;RO=0;SAF=160;SAR=179;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53389e-05;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:343:340:0:0:339:340:1:179:160:0:0:179:161:0:0 chr4 170398605 . TG GT 53.45 PASS AF=0.109375;AO=14;DP=128;FAO=14;FDP=128;FR=.;FRO=114;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=-0.0646161;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=62.2249;QD=1.67021;RBI=0.110086;REFB=-0.0157718;REVB=-0.0891278;RO=103;SAF=13;SAR=1;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.616363;STB=0.930011;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.12524;OID=.;OPOS=170398605;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:128:128:103:114:14:14:0.109375:1:13:42:61:1:13:50:64 chr4 170476978 . T C 1740.32 PASS AF=0.844595;AO=125;DP=148;FAO=125;FDP=148;FR=.;FRO=23;FSAF=53;FSAR=72;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.017867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.509;QD=47.0358;RBI=0.018304;REFB=0.0249466;REVB=-0.00397582;RO=23;SAF=53;SAR=72;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162364;STB=0.508608;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00362367;OID=.;OPOS=170476978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:23:23:125:125:0.844595:72:53:11:12:72:53:11:12 chr4 170581570 . G A 3051.87 PASS AF=0.990196;AO=201;DP=204;FAO=202;FDP=204;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0625077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8377;QD=59.8405;RBI=0.0639444;REFB=-0.0475632;REVB=-0.0134787;RO=3;SAF=99;SAR=102;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00445989;STB=0.504854;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000285732;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:204:204:3:2:201:202:0.990196:102:99:1:2:102:100:0:2 chr4 170663235 . C T 1406.9 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.36;QD=62.5291;RBI=0.023991;REFB=0;REVB=0.0115606;RO=0;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57532e-05;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:56:33:0:0:57:33:0:0 chr4 170678993 . T C 4227.9 PASS AF=1;AO=247;DP=278;FAO=271;FDP=271;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=84;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472885;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.389;QD=62.4045;RBI=0.0595786;REFB=0;REVB=0.0362409;RO=1;SAF=72;SAR=175;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027162;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053562;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:278:271:1:0:247:271:1:175:72:0:1:187:84:0:0 chr4 170987636 . A G 1461.33 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00922702;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=304.914;QD=57.3069;RBI=0.00928821;REFB=-0.0332311;REVB=-0.00106441;RO=1;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104252;STB=0.50099;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=4.38812e-05;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:1:2:100:100:0.980392:45:55:0:1:45:55:1:1 chr4 171010816 . G A 1143.14 PASS AF=0.356322;AO=93;DP=261;FAO=93;FDP=261;FR=.,HEALED;FRO=126;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=87;FSRR=39;FWDB=0.0166461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.01;QD=17.5193;RBI=0.0173278;REFB=-0.00586867;REVB=-0.00481254;RO=116;SAF=36;SAR=57;SRF=87;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351072;STB=0.669784;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0166426;OID=.;OPOS=171010816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:116:126:93:93:0.356322:57:36:87:29:57:36:87:39 chr4 172735897 . C G 3042.43 PASS AF=0.989744;AO=192;DP=195;FAO=193;FDP=195;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0140902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8548;QD=62.4088;RBI=0.0525634;REFB=-0.0751084;REVB=-0.0506396;RO=2;SAF=92;SAR=100;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000409733;STB=0.50024;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000323205;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:195:195:2:2:192:193:0.989744:100:92:1:1:101:92:1:1 chr4 174062875 . A G 1475.74 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354968;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.766;QD=63.4728;RBI=0.0526593;REFB=0;REVB=0.0525396;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122109;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr4 174090004 . G A 4074.6 PASS AF=1;AO=262;DP=263;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01088;FXX=0.00380214;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.216;QD=62.2076;RBI=0.0254023;REFB=0.093068;REVB=0.0229544;RO=1;SAF=139;SAR=123;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00341756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.14872e-05;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:263:262:1:0:262:262:1:123:139:1:0:123:139:0:0 chr4 174253178 . T C 1918.09 PASS AF=0.861446;AO=139;DP=173;FAO=143;FDP=166;FR=.;FRO=23;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0127555;FXX=0.0404601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.996;QD=46.2191;RBI=0.0270043;REFB=-0.0389778;REVB=0.0238019;RO=23;SAF=55;SAR=84;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470176;STB=0.522734;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0146649;OID=.;OPOS=174253178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:166:23:23:139:143:0.861446:84:55:13:10:85:58:13:10 chr4 174292521 . C T 36.49 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0192151;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.188;QD=1.99945;RBI=0.0308849;REFB=-0.00801341;REVB=-0.0241797;RO=62;SAF=4;SAR=4;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190729;STB=0.534162;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.052571;OID=.;OPOS=174292521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:74:73:62:65:8:8:0.109589:4:4:30:32:4:4:30:35 chr4 174537221 . T C 2127.35 PASS AF=0.894118;AO=152;DP=170;FAO=152;FDP=170;FR=.;FRO=18;FSAF=77;FSAR=75;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0211208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1044;QD=50.0554;RBI=0.0263491;REFB=-0.00575064;REVB=0.015754;RO=18;SAF=77;SAR=75;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00982268;STB=0.505187;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0012271;OID=.;OPOS=174537221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:170:170:18:18:152:152:0.894118:75:77:10:8:75:77:10:8 chr4 174537356 . T A 2780.56 PASS AF=0.855319;AO=201;DP=235;FAO=201;FDP=235;FR=.;FRO=34;FSAF=100;FSAR=101;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0155074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.375;QD=47.3287;RBI=0.022323;REFB=-0.0338681;REVB=0.0160573;RO=32;SAF=100;SAR=101;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250124;STB=0.508869;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00605765;OID=.;OPOS=174537356;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:32:34:201:201:0.855319:101:100:19:13:101:100:19:15 chr4 174537471 . G A 1623.0 PASS AF=0.709677;AO=132;DP=186;FAO=132;FDP=186;FR=.;FRO=54;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0276717;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.38;QD=34.9032;RBI=0.0277283;REFB=-0.0177002;REVB=0.00177186;RO=53;SAF=70;SAR=62;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415284;STB=0.519573;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00933891;OID=.;OPOS=174537471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:53:54:132:132:0.709677:62:70:24:29:62:70:25:29 chr4 174537658 . C T 397.26 PASS AF=0.685185;AO=36;DP=53;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00898141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.209;QD=29.4269;RBI=0.043502;REFB=-0.0206314;REVB=-0.0425647;RO=16;SAF=23;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461294;STB=0.511105;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0121798;OID=.;OPOS=174537658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:16:17:36:37:0.685185:13:23:9:7:14:23:10:7 chr4 175158212 . G T 92.28 PASS AF=0.147287;AO=19;DP=130;FAO=19;FDP=129;FR=.;FRO=110;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.0518985;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5726;QD=2.86129;RBI=0.0552693;REFB=-0.00745308;REVB=-0.0190064;RO=109;SAF=7;SAR=12;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172995;STB=0.627829;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0403946;OID=.;OPOS=175158212;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:130:129:109:110:19:19:0.147287:12:7:55:54:12:7:57:53 chr4 175158412 . T C 609.82 PASS AF=0.761194;AO=51;DP=67;FAO=51;FDP=67;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00980799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.887;QD=36.4072;RBI=0.0271729;REFB=-0.0134698;REVB=0.0253411;RO=16;SAF=18;SAR=33;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126748;STB=0.568238;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00433553;OID=.;OPOS=175158412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:16:16:51:51:0.761194:33:18:10:6:33:18:10:6 chr4 175225452 . G A 74.68 PASS AF=0.115385;AO=18;DP=156;FAO=18;FDP=156;FR=.;FRO=138;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=59;FSRR=79;FWDB=-0.023871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.7;QD=1.91493;RBI=0.0298245;REFB=-0.00314935;REVB=-0.0178795;RO=137;SAF=6;SAR=12;SRF=58;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116545;STB=0.588135;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0248002;OID=.;OPOS=175225452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:156:156:137:138:18:18:0.115385:12:6:58:79:12:6:59:79 chr4 175237408 . T C 205.32 PASS AF=0.18408;AO=36;DP=202;FAO=37;FDP=201;FR=.;FRO=164;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=72;FSRR=92;FWDB=-0.0174653;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.846;QD=4.08588;RBI=0.0200917;REFB=-0.00530964;REVB=0.00993168;RO=166;SAF=13;SAR=23;SRF=74;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112778;STB=0.57493;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0235525;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:166:164:36:37:0.18408:23:13:74:92:24:13:72:92 chr4 175241132 . C A 1082.01 PASS AF=0.708661;AO=88;DP=126;FAO=90;FDP=127;FR=.;FRO=37;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0265681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1632;QD=34.079;RBI=0.0461289;REFB=0.0313328;REVB=-0.0377096;RO=38;SAF=39;SAR=49;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470033;STB=0.528163;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.012801;OID=.;OPOS=175241132;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:38:37:88:90:0.708661:49:39:20:18:50:40:20:17 chr4 175443156 . C T 1180.08 PASS AF=0.721805;AO=95;DP=132;FAO=96;FDP=133;FR=.;FRO=37;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00947131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.344;QD=35.4912;RBI=0.0188699;REFB=0.00452541;REVB=0.0163207;RO=36;SAF=45;SAR=50;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562355;STB=0.534986;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00172193;OID=.;OPOS=175443156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:36:37:95:96:0.721805:50:45:21:15:51:45:22:15 chr4 175598334 . T C 3886.63 PASS AF=1;AO=240;DP=242;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259725;FXX=0.00809684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.897;QD=63.4551;RBI=0.00339705;REFB=-0.0190975;REVB=0.00218958;RO=1;SAF=106;SAR=134;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57089e-05;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:242:245:1:0:240:245:1:134:106:0:1:135:110:0:0 chr4 175688138 . A G 81.56 PASS AF=0.133333;AO=18;DP=135;FAO=18;FDP=135;FR=.;FRO=117;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=0.0109233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.385;QD=2.41671;RBI=0.0110019;REFB=-0.00386407;REVB=0.001313;RO=116;SAF=9;SAR=9;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431894;STB=0.525897;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0176451;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:135:135:116:117:18:18:0.133333:9:9:54:62:9:9:55:62 chr4 175688141 . G A 60.78 PASS AF=0.160584;AO=19;DP=135;FAO=22;FDP=137;FR=.;FRO=115;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.016526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.853;QD=1.77451;RBI=0.0166238;REFB=-0.00714441;REVB=0.00180038;RO=114;SAF=8;SAR=11;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668955;STB=0.518232;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0435673;OID=.;OPOS=175688141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:135:137:114:115:19:22:0.160584:11:8:54:60:11:11:55:60 chr4 176555585 . A C 2998.66 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7716;QD=63.4637;RBI=0.0367907;REFB=0;REVB=-0.0308887;RO=0;SAF=93;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00559e-05;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:96:93:0:0:96:93:0:0 chr4 177073026 . G A 1865.4 PASS AF=1;AO=103;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.12;QD=61.1607;RBI=0.0320882;REFB=0;REVB=0.0279652;RO=0;SAF=34;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71861e-06;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:103:122:1:69:34:0:0:69:53:0:0 chr4 177087322 . C T 1208.32 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.033;QD=61.1806;RBI=0.0319579;REFB=0;REVB=0.0314453;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14437e-05;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:47:31:0:0:48:31:0:0 chr4 177113779 . T C 2015.22 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.538;QD=62.0069;RBI=0.0174625;REFB=0;REVB=0.0143181;RO=0;SAF=58;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31453e-06;OID=.;OPOS=177113779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:128:130:1:70:58:0:0:72:58:0:0 chr4 177113956 . A G 3359.09 PASS AF=0.986667;AO=218;DP=225;FAO=222;FDP=225;FR=.;FRO=3;FSAF=105;FSAR=117;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.13605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.395;QD=59.7171;RBI=0.136848;REFB=-0.186834;REVB=-0.0147557;RO=6;SAF=101;SAR=117;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274587;STB=0.507042;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000980803;OID=.;OPOS=177113956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:225:225:6:3:218:222:0.986667:117:101:6:0:117:105:3:0 chr4 177137988 . C T 2119.0 PASS AF=0.958621;AO=139;DP=145;FAO=139;FDP=145;FR=.;FRO=6;FSAF=83;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.05861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7777;QD=58.4552;RBI=0.067977;REFB=0.0274628;REVB=-0.0344346;RO=6;SAF=83;SAR=56;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331321;STB=0.517439;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0187194;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:145:145:6:6:139:139:0.958621:56:83:6:0:56:83:6:0 chr4 177605081 . CTCA C 1604.27 PASS AF=0.964912;AO=110;DP=114;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00531857;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=3;MLLD=288.438;QD=56.2903;RBI=0.00937131;REFB=0.0199347;REVB=-0.00771585;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.50096;STBP=0.899;TYPE=del;VARB=-0.000819964;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.964912:110:114:110:114:4:58:52:2:2:8:0:58:52:0:0 chr4 178102691 . C G 2801.52 PASS AF=0.812977;AO=212;DP=261;FAO=213;FDP=262;FR=.;FRO=49;FSAF=105;FSAR=108;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0120889;FXX=0.00380214;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6557;QD=42.7713;RBI=0.0514587;REFB=0.0588192;REVB=0.0500185;RO=48;SAF=104;SAR=108;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112385;STB=0.504409;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0134245;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:48:49:212:213:0.812977:108:104:22:26:108:105:23:26 chr4 178274835 . A C 272.89 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0540962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0685;QD=45.4811;RBI=0.0613684;REFB=-0.112691;REVB=0.0289773;RO=2;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577469;STB=0.531222;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0155614;OID=.;OPOS=178274835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:15:7:0:2:15:7:0:2 chr4 178281754 . G A 1651.14 PASS AF=0.914062;AO=116;DP=128;FAO=117;FDP=128;FR=.;FRO=11;FSAF=73;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0219689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.449;QD=51.5982;RBI=0.031667;REFB=-0.156998;REVB=0.0228072;RO=11;SAF=73;SAR=43;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921175;STB=0.547644;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00378212;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:128:128:11:11:116:117:0.914062:43:73:1:10:44:73:1:10 chr4 178359960 . G C 1510.84 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.838;QD=63.6143;RBI=0.0481709;REFB=0;REVB=-0.0360075;RO=0;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42029e-05;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:37:57:0:0:38:57:0:0 chr4 178378317 . C A 469.64 PASS AF=0.745455;AO=41;DP=55;FAO=41;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0110085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.726;QD=34.1558;RBI=0.0410199;REFB=0.0109522;REVB=-0.0395151;RO=14;SAF=25;SAR=16;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524476;STB=0.528288;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00364466;OID=.;OPOS=178378317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:55:55:14:14:41:41:0.745455:16:25:10:4:16:25:10:4 chr4 178881982 . G T 854.09 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.062;QD=56.0057;RBI=0.0148832;REFB=-0.0535535;REVB=0.00791583;RO=1;SAF=43;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108509;STB=0.505745;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000204863;OID=.;OPOS=178881982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:17:43:1:0:17:43:1:0 chr4 179037990 . C A,T 1155.9 PASS AF=0.141026,0.858974;AO=11,67;DP=78;FAO=11,67;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=10,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192708,-0.0273493;FXX=0.0126566;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=20.5694,182.803;QD=59.2771;RBI=0.0210968,0.0276601;REFB=0,0;REVB=0.00858543,-0.00413492;RO=0;SAF=1,26;SAR=10,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00579936,0.00126838;OID=.,.;OPOS=179037990,179037990;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:55:78:78:0:0:11,67:11,67:0.141026,0.858974:10,41:1,26:0:0:10,41:1,26:0:0 chr4 179038006 . A G 53.33 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.00186934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.319;QD=2.60155;RBI=0.0100335;REFB=0.00304781;REVB=0.00985785;RO=71;SAF=1;SAR=10;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439417;STB=0.830033;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0929893;OID=.;OPOS=179038006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:82:82:71:71:11:11:0.134146:10:1:26:45:10:1:26:45 chr4 179327856 . G A 2050.0 PASS AF=0.985185;AO=129;DP=132;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0910116;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.944;QD=60.7407;RBI=0.116724;REFB=-0.0376582;REVB=-0.0730855;RO=2;SAF=72;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170948;STB=0.50108;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00175241;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:135:2:2:129:133:0.985185:57:72:1:1:57:76:1:1 chr4 183549831 . T G 164.87 PASS AF=0.179191;AO=30;DP=171;FAO=31;FDP=173;FR=.;FRO=142;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=77;FSRR=65;FWDB=-0.0219358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.702;QD=3.81207;RBI=0.0662561;REFB=-0.00846731;REVB=0.0625195;RO=139;SAF=13;SAR=17;SRF=75;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135641;STB=0.600158;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0420454;OID=.;OPOS=183549831;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:139:142:30:31:0.179191:17:13:75:64:18:13:77:65 chr4 183601847 . T C 160.6 PASS AF=0.130137;AO=38;DP=292;FAO=38;FDP=292;FR=.;FRO=254;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=105;FSRR=149;FWDB=0.0728377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1402;QD=2.19999;RBI=0.0951122;REFB=0.000895281;REVB=0.0611638;RO=254;SAF=14;SAR=24;SRF=105;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597355;STB=0.541092;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00271134;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:254:254:38:38:0.130137:24:14:105:149:24:14:105:149 chr4 183652175 . T C 4681.5 PASS AF=1;AO=301;DP=302;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.77;QD=62.0066;RBI=0.0480353;REFB=-0.0553509;REVB=0.0435976;RO=0;SAF=145;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73842e-05;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:302:302:0:0:301:302:1:156:145:0:0:157:145:0:0 chr4 183674697 . C T 2627.35 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188731;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.428;QD=62.1857;RBI=0.00950379;REFB=0;REVB=0.0093145;RO=0;SAF=86;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187205;OID=.;OPOS=183674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:169:0:0:170:169:1:84:86:0:0:84:85:0:0 chr4 184426387 . C T 330.73 PASS AF=0.134583;AO=79;DP=587;FAO=79;FDP=587;FR=.;FRO=508;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=244;FSRR=264;FWDB=0.0117108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.013;QD=2.25369;RBI=0.0306792;REFB=-0.00950106;REVB=-0.0283561;RO=507;SAF=34;SAR=45;SRF=244;SRR=263;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657277;STB=0.543524;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0584489;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:587:587:507:508:79:79:0.134583:45:34:244:263:45:34:244:264 chr4 184596850 . A G 689.34 PASS AF=0.857143;AO=54;DP=63;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00215968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6987;QD=43.7676;RBI=0.00645103;REFB=0.0361293;REVB=0.00607879;RO=8;SAF=23;SAR=31;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043828;STB=0.513574;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00724537;OID=.;OPOS=184596850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:8:9:54:54:0.857143:31:23:2:6:31:23:3:6 chr4 184600601 . A G 1553.31 PASS AF=0.78;AO=116;DP=149;FAO=117;FDP=150;FR=.;FRO=33;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.000502532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.762;QD=41.4216;RBI=0.0155521;REFB=-0.00806976;REVB=-0.015544;RO=33;SAF=55;SAR=61;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296798;STB=0.514707;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0016232;OID=.;OPOS=184600601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:33:33:116:117:0.78:61:55:18:15:61:56:18:15 chr4 184614874 . C T 1408.66 PASS AF=0.751634;AO=114;DP=153;FAO=115;FDP=153;FR=.;FRO=38;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00312751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.674;QD=36.8278;RBI=0.0122342;REFB=0.000989918;REVB=-0.0118277;RO=37;SAF=55;SAR=59;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354734;STB=0.514251;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.000296286;OID=.;OPOS=184614874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:37:38:114:115:0.751634:59:55:15:22:60:55:16:22 chr4 184931818 . G A 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0207215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.584;QD=3.4399;RBI=0.0348728;REFB=-0.00382747;REVB=0.0280488;RO=50;SAF=6;SAR=3;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136219;STB=0.595021;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0165371;OID=.;OPOS=184931818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:50:50:9:9:0.152542:3:6:28:22:3:6:28:22 chr4 185012398 . T C 115.17 PASS AF=0.165414;AO=22;DP=133;FAO=22;FDP=133;FR=.;FRO=111;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=0.000915681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4515;QD=3.46377;RBI=0.0207562;REFB=-0.00887671;REVB=-0.020736;RO=110;SAF=10;SAR=12;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579038;STB=0.534215;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0655441;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:110:111:22:22:0.165414:12:10:55:55:12:10:55:56 chr4 185200094 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.765;QD=61.336;RBI=0.00940695;REFB=0;REVB=0.00592969;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64083e-05;OID=.;OPOS=185200094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr4 185310218 . C T 876.5 PASS AF=0.729167;AO=69;DP=94;FAO=70;FDP=96;FR=.;FRO=26;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0297484;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.9421;QD=36.521;RBI=0.0372396;REFB=-0.00478317;REVB=-0.0224014;RO=25;SAF=36;SAR=33;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602614;STB=0.538931;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00224783;OID=.;OPOS=185310218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:25:26:69:70:0.729167:33:36:10:15:33:37:10:16 chr4 185587165 . A G 2312.75 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.424;QD=63.8;RBI=0.026163;REFB=0;REVB=0.00420333;RO=0;SAF=56;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42797e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:88:56:0:0:89:56:0:0 chr4 185622046 . C T 113.26 PASS AF=0.161765;AO=22;DP=136;FAO=22;FDP=136;FR=.;FRO=114;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=0.0121787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4923;QD=3.3313;RBI=0.0954635;REFB=-0.0164787;REVB=-0.0946835;RO=114;SAF=11;SAR=11;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783006;STB=0.551424;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0578496;OID=.;OPOS=185622046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:114:114:22:22:0.161765:11:11:50:64:11:11:50:64 chr4 185652147 . G A 44.78 PASS AF=0.11236;AO=9;DP=90;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=58;FWDB=-0.000316083;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.763;QD=2.01267;RBI=0.00295613;REFB=-0.00153785;REVB=0.00293918;RO=80;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336303;STB=0.707521;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0179256;OID=.;OPOS=185652147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:90:89:80:79:9:10:0.11236:4:5:22:58:5:5:21:58 chr4 185655171 . C T 4607.34 PASS AF=0.780702;AO=356;DP=456;FAO=356;FDP=456;FR=.;FRO=100;FSAF=137;FSAR=219;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.0264422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.514;QD=40.4152;RBI=0.0272451;REFB=-0.0327001;REVB=0.00656543;RO=97;SAF=137;SAR=219;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592185;STB=0.535348;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00795673;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:456:456:97:100:356:356:0.780702:219:137:51:46:219:137:54:46 chr4 185655190 . C G 3756.43 PASS AF=0.796703;AO=247;DP=368;FAO=290;FDP=364;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=116;FSAR=174;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0418399;FXX=0.00546433;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.137;QD=41.2795;RBI=0.0576568;REFB=-0.0516533;REVB=0.0396703;RO=73;SAF=90;SAR=157;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525102;STB=0.515357;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0153743;OID=.;OPOS=185655190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:364:73:74:247:290:0.796703:157:90:35:38:174:116:35:39 chr4 185678110 . A G 1951.0 PASS AF=0.843023;AO=144;DP=171;FAO=145;FDP=172;FR=.;FRO=27;FSAF=62;FSAR=83;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0336454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.774;QD=45.3721;RBI=0.0337212;REFB=0.00394344;REVB=-0.00225994;RO=27;SAF=62;SAR=82;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00421768;STB=0.502701;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.000914868;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:27:27:144:145:0.843023:82:62:12:15:83:62:12:15 chr4 185678118 . C G 2541.35 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399001;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1878;QD=61.6085;RBI=0.0652683;REFB=0;REVB=0.0516521;RO=0;SAF=70;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156315;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:165:0:0:163:165:1:93:70:0:0:93:72:0:0 chr4 185686032 . C T 1359.21 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0342;QD=62.4926;RBI=0.063574;REFB=0;REVB=0.0634899;RO=0;SAF=27;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248433;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:58:27:0:0:59:28:0:0 chr4 185687863 . A G 55.91 PASS AF=0.115044;AO=13;DP=113;FAO=13;FDP=113;FR=.;FRO=100;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=0.0153657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.083;QD=1.97912;RBI=0.0330781;REFB=0.00119467;REVB=-0.0292926;RO=99;SAF=3;SAR=10;SRF=58;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418883;STB=0.795911;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0194252;OID=.;OPOS=185687863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:113:113:99:100:13:13:0.115044:10:3:58:41:10:3:58:42 chr4 185735054 . G A 1370.77 PASS AF=0.795455;AO=105;DP=132;FAO=105;FDP=132;FR=.;FRO=27;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00906158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.578;QD=41.5385;RBI=0.0240442;REFB=-0.0651191;REVB=-0.0222713;RO=27;SAF=44;SAR=61;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389654;STB=0.52075;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0190125;OID=.;OPOS=185735054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:27:27:105:105:0.795455:61:44:14:13:61:44:14:13 chr4 185940991 . GAAAAA GAAAA,GAAAAG 1445.08 PASS AF=0.927632,0.0723684;AO=43,18;DP=152;FAO=141,11;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=63,11;FSAR=78,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.544292,0.160917;FXX=0.00653552;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.1605,7.12819;QD=38.0284;RBI=0.83225,0.261723;REFB=0,0;REVB=0.629591,0.206409;RO=79;SAF=20,12;SAR=23,6;SRF=40;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0.329412,0;SSSB=-0.0465451,0.206546;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0302991,-0.123458;OID=.,.;OPOS=185940992,185940996;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAAAA,GAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.927632,0.0723684:43,18:152:141,11:152:0:63,11:78,0:0:0:19:79:20,12:23,6:40:39 chr4 186091487 . G A 2314.96 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00608837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.399;QD=62.9922;RBI=0.0492408;REFB=0.0649287;REVB=-0.0488629;RO=1;SAF=72;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638362;STB=0.503355;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000689651;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:74:72:0:1:74:72:0:1 chr4 186097045 . C T 1865.44 PASS AF=0.934783;AO=127;DP=139;FAO=129;FDP=138;FR=.;FRO=9;FSAF=83;FSAR=46;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.019037;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.805;QD=54.0709;RBI=0.0191036;REFB=-0.0607128;REVB=0.00159425;RO=8;SAF=82;SAR=45;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128641;STB=0.501654;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00184913;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:139:138:8:9:127:129:0.934783:45:82:6:2:46:83:6:3 chr4 186294198 . C T 272.38 PASS AF=0.220513;AO=43;DP=195;FAO=43;FDP=195;FR=.;FRO=152;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=97;FWDB=0.111064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7377;QD=5.58732;RBI=0.144132;REFB=0.00407089;REVB=0.0918628;RO=152;SAF=24;SAR=19;SRF=55;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246966;STB=0.649643;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0119995;OID=.;OPOS=186294198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:152:152:43:43:0.220513:19:24:55:97:19:24:55:97 chr4 186299260 . A G 83.19 PASS AF=0.206349;AO=12;DP=64;FAO=13;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=7;FWDB=-0.0297908;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.494;QD=5.28185;RBI=0.0330772;REFB=-0.00815223;REVB=-0.014374;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167272;STB=0.726245;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0250787;OID=.;OPOS=186299260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:64:63:28:50:12:13:0.206349:4:8:22:6:5:8:43:7 chr4 186339584 . A G 940.94 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.384;QD=57.0264;RBI=0.0161818;REFB=0.0142122;REVB=-0.010652;RO=1;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129424;STB=0.506847;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-6.16365e-05;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:36:29:0:1:36:29:0:1 chr4 186347055 . G A 1999.17 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193232;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.278;QD=62.4742;RBI=0.0295909;REFB=0;REVB=0.0224106;RO=0;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521879;OID=.;OPOS=186347055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:128:0:0:128:128:1:59:69:0:0:59:69:0:0 chr4 186357523 . C G 1572.02 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111035;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5027;QD=59.8864;RBI=0.012957;REFB=0;REVB=-0.00667804;RO=0;SAF=41;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35155e-05;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:63:41:0:0:63:42:0:0 chr4 186361876 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.649;QD=58.5996;RBI=0.00430946;REFB=0;REVB=-0.00315398;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.6732e-06;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:44:20:0:0:44:20:0:0 chr4 186379371 . G A 2408.86 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7734;QD=64.2362;RBI=0.0500318;REFB=0;REVB=-0.0429851;RO=0;SAF=53;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205457;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:97:53:0:0:97:53:0:0 chr4 186391868 . T C 168.43 PASS AF=0.169312;AO=32;DP=189;FAO=32;FDP=189;FR=.;FRO=157;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=70;FSRR=87;FWDB=-0.0287005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.303;QD=3.56457;RBI=0.0307831;REFB=-0.0078286;REVB=-0.0111304;RO=157;SAF=12;SAR=20;SRF=70;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937424;STB=0.560837;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0369358;OID=.;OPOS=186391868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:157:157:32:32:0.169312:20:12:70:87:20:12:70:87 chr4 186391898 . C T 122.5 PASS AF=0.146893;AO=26;DP=176;FAO=26;FDP=177;FR=.;FRO=151;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=89;FWDB=0.0234543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.765;QD=2.76839;RBI=0.0238578;REFB=-0.00355584;REVB=-0.00436938;RO=149;SAF=8;SAR=18;SRF=61;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139554;STB=0.595387;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.019942;OID=.;OPOS=186391898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:149:151:26:26:0.146893:18:8:61:88:18:8:62:89 chr4 186423637 . G A 2759.61 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5896;QD=62.3641;RBI=0.0475296;REFB=0;REVB=-0.0398898;RO=0;SAF=61;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135943;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:177:0:0:176:177:1:115:61:0:0:116:61:0:0 chr4 186507298 . AAT A 422.54 PASS AF=0.930233;AO=38;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.02755;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=190.161;QD=39.3057;RBI=0.0372265;REFB=-0.0570368;REVB=0.0250363;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.542835;STBP=0.073;TYPE=del;VARB=0.00600452;OID=.;OPOS=186507299;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.930233:38:43:40:43:3:24:16:0:3:5:0:22:16:0:0 chr4 186528433 . T C 992.51 PASS AF=0.848837;AO=71;DP=85;FAO=73;FDP=86;FR=.;FRO=13;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0224853;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.522;QD=46.163;RBI=0.0255623;REFB=-0.00869341;REVB=-0.0121592;RO=12;SAF=43;SAR=28;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174253;STB=0.512192;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00131252;OID=.;OPOS=186528433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:86:12:13:71:73:0.848837:28:43:8:4:28:45:9:4 chr4 187004074 . C T 89.18 PASS AF=0.157407;AO=17;DP=107;FAO=17;FDP=108;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.01523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.783;QD=3.303;RBI=0.0183959;REFB=-0.00318204;REVB=-0.0103178;RO=89;SAF=12;SAR=5;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2969;STB=0.690039;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0161446;OID=.;OPOS=187004074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:107:108:89:91:17:17:0.157407:5:12:42:47:5:12:44:47 chr4 187004217 . C T 781.16 PASS AF=0.828947;AO=50;DP=65;FAO=63;FDP=76;FR=.;FRO=13;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0545689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5158;QD=41.1136;RBI=0.0589374;REFB=-0.0266376;REVB=0.0222676;RO=13;SAF=30;SAR=20;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846391;STB=0.532309;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00687383;OID=.;OPOS=187004217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:76:13:13:50:63:0.828947:20:30:5:8:27:36:5:8 chr4 187074833 . A G 298.49 PASS AF=0.19697;AO=51;DP=261;FAO=52;FDP=264;FR=.;FRO=212;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=89;FSRR=123;FWDB=-0.00395014;FXX=0.0149248;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.857;QD=4.52262;RBI=0.0126585;REFB=-0.00329809;REVB=0.0120264;RO=209;SAF=31;SAR=20;SRF=89;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231688;STB=0.639123;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00890311;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:264:209:212:51:52:0.19697:20:31:89:120:21:31:89:123 chr4 187077206 . A G 281.16 PASS AF=0.210762;AO=47;DP=218;FAO=47;FDP=223;FR=.;FRO=176;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=81;FSRR=95;FWDB=-0.0255361;FXX=0.00888849;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.293;QD=5.04329;RBI=0.025788;REFB=-0.0124005;REVB=-0.00359507;RO=170;SAF=26;SAR=21;SRF=76;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134882;STB=0.573026;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0379752;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:223:170:176:47:47:0.210762:21:26:76:94:21:26:81:95 chr4 187078785 . A G 495.8 PASS AF=0.172906;AO=96;DP=562;FAO=97;FDP=561;FR=.;FRO=464;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=222;FSRR=242;FWDB=-0.0113268;FXX=0.00177933;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.277;QD=3.5351;RBI=0.02125;REFB=-0.00427328;REVB=0.0179796;RO=463;SAF=42;SAR=54;SRF=221;SRR=242;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05215;STB=0.529249;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0209782;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:562:561:463:464:96:97:0.172906:54:42:221:242:54:43:222:242 chr4 187078866 . C T 187.34 PASS AF=0.134146;AO=44;DP=326;FAO=44;FDP=328;FR=.;FRO=284;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=120;FSRR=164;FWDB=-0.0288342;FXX=0.00303942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.1832;QD=2.28458;RBI=0.0288389;REFB=-0.00514141;REVB=0.000522737;RO=279;SAF=20;SAR=24;SRF=117;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045694;STB=0.528077;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0420583;OID=.;OPOS=187078866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:328:279:284:44:44:0.134146:24:20:117:162:24:20:120:164 chr4 187079047 . A G 129.81 PASS AF=0.201835;AO=22;DP=109;FAO=22;FDP=109;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.00306222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8838;QD=4.7638;RBI=0.00360029;REFB=0.00103709;REVB=0.00189338;RO=86;SAF=12;SAR=10;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867317;STB=0.549955;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00499466;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:86:87:22:22:0.201835:10:12:41:45:10:12:42:45 chr4 187113041 . C G 54.16 PASS AF=0.117117;AO=13;DP=97;FAO=13;FDP=111;FR=.;FRO=98;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.0501898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.6877;QD=1.95175;RBI=0.167287;REFB=-0.00278762;REVB=-0.159581;RO=79;SAF=10;SAR=3;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2571;STB=0.724488;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0654439;OID=.;OPOS=187113041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:97:111:79:98:13:13:0.117117:3:10:46:33:3:10:52:46 chr4 187120211 . C A 638.15 PASS AF=0.757143;AO=53;DP=70;FAO=53;FDP=70;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0107595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.032;QD=36.4659;RBI=0.0291915;REFB=-0.0514203;REVB=-0.0271363;RO=17;SAF=24;SAR=29;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457617;STB=0.524581;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0108168;OID=.;OPOS=187120211;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:17:17:53:53:0.757143:29:24:6:11:29:24:6:11 chr4 187122319 . T G 1183.82 PASS AF=0.801724;AO=92;DP=114;FAO=93;FDP=116;FR=.;FRO=23;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0304476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7468;QD=40.8215;RBI=0.0311986;REFB=-0.0181691;REVB=-0.00680428;RO=21;SAF=39;SAR=53;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13479;STB=0.580628;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00423443;OID=.;OPOS=187122319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:21:23:92:93:0.801724:53:39:17:4:54:39:19:4 chr4 187133576 . A C 1047.86 PASS AF=0.741379;AO=82;DP=112;FAO=86;FDP=116;FR=.;FRO=30;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0508796;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.601;QD=36.1332;RBI=0.0543741;REFB=-0.0235172;REVB=0.0191784;RO=30;SAF=43;SAR=39;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288704;STB=0.517681;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0079842;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:30:30:82:86:0.741379:39:43:14:16:40:46:14:16 chr4 187158034 . G A 100.98 PASS AF=0.168142;AO=19;DP=113;FAO=19;FDP=113;FR=.;FRO=94;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=-0.0239801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5377;QD=3.57439;RBI=0.0478448;REFB=0.00718314;REVB=-0.0414015;RO=91;SAF=5;SAR=14;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215063;STB=0.657638;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0598654;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:91:94:19:19:0.168142:14:5:38:53:14:5:41:53 chr4 187173012 . T G 1617.48 PASS AF=0.82069;AO=119;DP=145;FAO=119;FDP=145;FR=.;FRO=26;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0126674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.265;QD=44.6201;RBI=0.0127554;REFB=-0.0073639;REVB=-0.00149595;RO=26;SAF=50;SAR=69;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105642;STB=0.556117;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00229045;OID=.;OPOS=187173012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:26:26:119:119:0.82069:69:50:19:7:69:50:19:7 chr4 187179210 . T C 89.23 PASS AF=0.163265;AO=16;DP=97;FAO=16;FDP=98;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=71;FWDB=-0.037534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1025;QD=3.64189;RBI=0.0376075;REFB=-0.00453819;REVB=-0.00235136;RO=81;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262369;STB=0.64829;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0101703;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:97:98:81:82:16:16:0.163265:12:4:10:71:12:4:11:71 chr4 187201211 . A G 589.32 PASS AF=0.790323;AO=49;DP=62;FAO=49;FDP=62;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0233665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.697;QD=38.0208;RBI=0.0256365;REFB=0.00189066;REVB=0.0105469;RO=13;SAF=20;SAR=29;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823352;STB=0.544218;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.000364088;OID=.;OPOS=187201211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:13:13:49:49:0.790323:29:20:8:5:29:20:8:5 chr4 187205301 . T C 1899.12 PASS AF=0.850299;AO=141;DP=166;FAO=142;FDP=167;FR=.;FRO=25;FSAF=65;FSAR=77;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0338241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8884;QD=45.4878;RBI=0.0339239;REFB=-0.0361248;REVB=-0.00259981;RO=25;SAF=65;SAR=76;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404821;STB=0.520839;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00660103;OID=.;OPOS=187205301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:25:25:141:142:0.850299:76:65:8:17:77:65:8:17 chr4 187422331 . C A 1928.6 PASS AF=0.88125;AO=141;DP=160;FAO=141;FDP=160;FR=.;FRO=19;FSAF=55;FSAR=86;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0172649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2876;QD=48.215;RBI=0.0202351;REFB=0.06186;REVB=-0.0105539;RO=19;SAF=55;SAR=86;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017608;STB=0.509306;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00868046;OID=.;OPOS=187422331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:160:160:19:19:141:141:0.88125:86:55:6:13:86:55:6:13 chr4 187510280 . G A 1501.93 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0242113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.478;QD=61.3035;RBI=0.0256653;REFB=-0.0689015;REVB=0.00851581;RO=1;SAF=43;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109;STB=0.511361;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000856184;OID=.;OPOS=187510280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:1:2:95:96:0.979592:52:43:1:0:53:43:2:0 chr4 187516880 . A G 1524.73 PASS AF=0.990385;AO=99;DP=100;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.244;QD=58.6433;RBI=0.0506808;REFB=-0.00222031;REVB=0.0484989;RO=1;SAF=61;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771347;STB=0.506023;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=8.49553e-05;OID=.;OPOS=187516880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:104:1:1:99:103:0.990385:38:61:1:0:41:62:0:1 chr4 187517758 . G A 1293.72 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0187196;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.133;QD=59.4813;RBI=0.047671;REFB=0.0508163;REVB=0.0438418;RO=2;SAF=61;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116252;STB=0.506139;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00078332;OID=.;OPOS=187517758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:24:61:1:1:24:61:1:1 chr4 187519206 . C G 3129.6 PASS AF=0.990385;AO=199;DP=203;FAO=206;FDP=208;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=122;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00244354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.926;QD=60.1847;RBI=0.030483;REFB=-0.0506367;REVB=0.0303849;RO=0;SAF=84;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505882;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0003244;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:203:208:0:2:199:206:0.990385:115:84:0:0:122:84:2:0 chr4 187522528 . C T 2370.4 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.828;QD=64.0649;RBI=0.0148968;REFB=0;REVB=-0.0107544;RO=0;SAF=78;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04948e-07;OID=.;OPOS=187522528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:70:78:0:0:70:78:0:0 chr4 187525020 . A C 853.42 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793326;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.554;QD=57.8589;RBI=0.0793421;REFB=0;REVB=-0.00122947;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231561;OID=.;OPOS=187525020;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr4 187534363 . G A 3178.28 PASS AF=0.878327;AO=228;DP=260;FAO=231;FDP=263;FR=.;FRO=32;FSAF=76;FSAR=155;FSRF=32;FSRR=0;FWDB=0.00709047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.559;QD=48.3389;RBI=0.00709382;REFB=-0.0894247;REVB=0.000218098;RO=21;SAF=73;SAR=155;SRF=21;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119206;STB=0.586949;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00102206;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:263:21:32:228:231:0.878327:155:73:21:0:155:76:32:0 chr4 187534375 . A G 4163.15 PASS AF=1;AO=266;DP=271;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881445;FXX=0.0147053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.275;QD=62.1365;RBI=0.00943247;REFB=0.0216963;REVB=0.00335814;RO=2;SAF=114;SAR=152;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00103742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153518;OID=.;OPOS=187534375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:271:268:2:0:266:268:1:152:114:1:1:153:115:0:0 chr4 187538330 . G A 2015.32 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.004471;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.277;QD=62.0098;RBI=0.0115525;REFB=0;REVB=0.0106523;RO=0;SAF=56;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41784e-05;OID=.;OPOS=187538330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:73:56:0:0:73:57:0:0 chr4 187538942 . T G 3769.83 PASS AF=1;AO=204;DP=260;FAO=256;FDP=256;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=115;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607679;FXX=0.015384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.208;QD=58.9036;RBI=0.0674314;REFB=0;REVB=-0.0292275;RO=0;SAF=94;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00713706;OID=.;OPOS=187538942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:260:256:0:0:204:256:1:110:94:0:0:141:115:0:0 chr4 187539217 . G A,T 774.13 PASS AF=0.981818,0.0181818;AO=52,3;DP=55;FAO=54,1;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961285,-0.0028814;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.3528,49.6555;QD=56.3005;RBI=0.0689445,0.0278655;REFB=0,0;REVB=0.0682711,-0.0277161;RO=0;SAF=31,1;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.93989e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0020983,0.175209;OID=.,.;OPOS=187539217,187539217;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:55:55:0:0:52,3:54,1:0.981818,0.0181818:21,2:31,1:0:0:23,0:31,1:0:0 chr4 187540150 . A G 1037.99 PASS AF=0.810526;AO=77;DP=95;FAO=77;FDP=95;FR=.;FRO=18;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0444568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3202;QD=43.7048;RBI=0.0454317;REFB=-0.00335328;REVB=-0.00936133;RO=18;SAF=36;SAR=41;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510438;STB=0.527216;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000685653;OID=.;OPOS=187540150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:18:18:77:77:0.810526:41:36:11:7:41:36:11:7 chr4 187540634 . GT G,GG 1468.95 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=14,80;DP=94;FAO=2,92;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=1,56;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310372,0.02905;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=254.161,268.121;QD=62.5086;RBI=0.0334732,0.0295644;REFB=0,0;REVB=-0.0125359,-0.00549121;RO=0;SAF=9,48;SAR=5,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0262618,0.00255676;OID=.,.;OPOS=187540635,187540635;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0212766,0.978723:14,80:94:2,92:94:0:1,56:1,36:0:0:4:0:9,48:5,32:0:0 chr4 187540654 . T A 1378.14 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236293;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.839;QD=62.6429;RBI=0.023649;REFB=0;REVB=0.000963446;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74447e-05;OID=.;OPOS=187540654;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:36:52:0:0:36:52:0:0 chr4 187540918 . G C 1375.22 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6632;QD=62.5101;RBI=0.0304491;REFB=0;REVB=0.0294031;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133474;OID=.;OPOS=187540918;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr4 187541761 . G A 1965.0 PASS AF=0.977273;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0167643;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.192;QD=59.5456;RBI=0.0235587;REFB=-0.0420597;REVB=-0.0165521;RO=3;SAF=60;SAR=69;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202109;STB=0.510637;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000945387;OID=.;OPOS=187541761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:132:3:3:129:129:0.977273:69:60:0:3:69:60:0:3 chr4 187542316 . T C 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.494;QD=63.5784;RBI=0.00940945;REFB=0;REVB=-0.00316985;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98602e-05;OID=.;OPOS=187542316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr4 187542736 . T C 2353.98 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268283;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.561;QD=61.1422;RBI=0.0393075;REFB=0;REVB=0.0392158;RO=0;SAF=76;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2784e-06;OID=.;OPOS=187542736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:78:76:0:0:78:76:0:0 chr4 187549428 . C T 1616.75 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=112;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315995;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.542;QD=59.3301;RBI=0.0337281;REFB=-0.0998531;REVB=0.0117925;RO=1;SAF=54;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870927;STB=0.504586;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00015845;OID=.;OPOS=187549428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:109:1:1:108:108:0.990826:54:54:1:0:54:54:1:0 chr4 187557893 . T C 5084.41 PASS AF=1;AO=323;DP=325;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183851;FXX=0.00615366;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2075;QD=62.9648;RBI=0.0348936;REFB=-0.0515541;REVB=0.0296572;RO=0;SAF=167;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17592e-06;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:325:323:0:0:323:323:1:156:167:0:0:156:167:0:0 chr4 188924979 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.975;QD=52.6132;RBI=0.0119523;REFB=0;REVB=-0.00943398;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00281e-05;OID=.;OPOS=188924979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr4 188925176 . T C,TGAC 1486.49 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=4,89;DP=95;FAO=5,90;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=4,45;FSAR=1,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499004,0.0165145;FXX=0.0104156;HRUN=4,0;LEN=1,3;MLLD=74.3383,286.961;QD=62.5892;RBI=0.010915,0.0195493;REFB=0,0;REVB=-0.0097076,-0.0104617;RO=1;SAF=3,45;SAR=1,44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119989,-0.0104156;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0167805,0.000930944;OID=.,.;OPOS=188925176,188925177;OREF=T,-;OALT=C,GAC;OMAPALT=C,TGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:95:95:1:0:4,89:5,90:0.0526316,0.947368:1,44:3,45:1:0:1,45:4,45:0:0 chr4 189012728 . G C 3008.15 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.367;QD=63.3296;RBI=0.0101267;REFB=0;REVB=-0.00970067;RO=0;SAF=85;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.97526e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37493e-06;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:190:0:0:185:190:1:100:85:0:0:104:86:0:0 chr4 189012809 . C T 1993.21 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260989;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.608;QD=61.3296;RBI=0.0312031;REFB=-0.0692173;REVB=0.0171021;RO=0;SAF=67;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-5.19423e-05;OID=.;OPOS=189012809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:130:0:1:129:129:0.992308:62:67:0:0:62:67:0:1 chr4 189022324 . C T 2649.45 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929934;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.818;QD=61.9754;RBI=0.0349187;REFB=0;REVB=0.0336577;RO=0;SAF=71;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03789e-05;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:170:171:1:99:71:0:0:100:71:0:0 chr4 189060983 . G C 1280.88 PASS AF=0.945055;AO=84;DP=89;FAO=86;FDP=91;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0754438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8842;QD=56.3025;RBI=0.0805983;REFB=0.0684067;REVB=-0.0283603;RO=5;SAF=29;SAR=55;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411365;STB=0.521363;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00342291;OID=.;OPOS=189060983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:89:91:5:5:84:86:0.945055:55:29:0:5:56:30:0:5 chr4 190630715 . G A 137.04 PASS AF=0.129032;AO=32;DP=248;FAO=32;FDP=248;FR=.;FRO=216;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=117;FSRR=99;FWDB=-0.0448849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4887;QD=2.21033;RBI=0.0529069;REFB=-0.0057061;REVB=-0.0280087;RO=214;SAF=15;SAR=17;SRF=116;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925853;STB=0.563214;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0390693;OID=.;OPOS=190630715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:214:216:32:32:0.129032:17:15:116:98:17:15:117:99 chr4 190630778 . GC AT 2583.27 PASS AF=0.62259;AO=225;DP=371;FAO=226;FDP=363;FR=.;FRO=137;FSAF=100;FSAR=126;FSRF=71;FSRR=66;FWDB=-0.00982064;FXX=0.0396815;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.239;QD=28.4658;RBI=0.00993821;REFB=-0.0388223;REVB=-0.00152417;RO=118;SAF=100;SAR=125;SRF=65;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685085;STB=0.528786;STBP=0.164;TYPE=mnp;VARB=0.0218903;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:363:118:137:225:226:0.62259:125:100:65:53:126:100:71:66 chr4 190630786 . A G 2795.15 PASS AF=0.613065;AO=244;DP=397;FAO=244;FDP=398;FR=.;FRO=154;FSAF=101;FSAR=143;FSRF=81;FSRR=73;FWDB=0.00996777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.629;QD=28.092;RBI=0.0141252;REFB=-0.0242508;REVB=-0.0100082;RO=153;SAF=101;SAR=143;SRF=80;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079101;STB=0.543995;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0185806;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:398:153:154:244:244:0.613065:143:101:80:73:143:101:81:73 chr4 190630805 . G C 76.55 PASS AF=0.0751174;AO=32;DP=423;FAO=32;FDP=426;FR=.;FRO=394;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=188;FSRR=206;FWDB=-0.0307854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9933;QD=0.718804;RBI=0.0596601;REFB=-0.00365938;REVB=0.0511037;RO=391;SAF=13;SAR=19;SRF=185;SRR=206;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767162;STB=0.566239;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0499175;OID=.;OPOS=190630805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:423:426:391:394:32:32:0.0751174:19:13:185:206:19:13:188:206 chr4 190815066 . CAG C,CG,CGG,GCG 734.42 PASS AF=0,1,0,0;AO=8,33,14,3;DP=59;FAO=0,48,0,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,0,0;FSAR=0,26,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0954633,0.146396,0.191854,-0.0498496;FXX=0.020404;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=50.8165,60.9771,53.9431,95.5712;QD=61.2017;RBI=0.0958726,0.146489,0.192804,0.0506243;REFB=0,0,0,0;REVB=0.00884851,-0.00521259,-0.0191138,-0.00882216;RO=0;SAF=6,14,1,3;SAR=2,19,13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=5.58669e-08,4.71297e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0,0.000701464,-0.00350284,0;OID=.,.,.,.;OPOS=190815067,190815067,190815067,190815066;OREF=AG,A,A,CA;OALT=-,-,G,GC;OMAPALT=C,CG,CGG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:59:48:0:0:8,33,14,3:0,48,0,0:0,1,0,0:2,19,13,0:6,14,1,3:0:0:0,26,0,0:0,22,0,0:0:0 chr4 190874206 . T A 301.31 PASS AF=0.227907;AO=47;DP=213;FAO=49;FDP=215;FR=.;FRO=166;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=86;FSRR=80;FWDB=0.000679799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.405;QD=5.60571;RBI=0.00331074;REFB=0.00548775;REVB=0.0032402;RO=166;SAF=24;SAR=23;SRF=86;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094784;STB=0.521813;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0090923;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:215:166:166:47:49:0.227907:23:24:86:80:25:24:86:80 chr4 190874234 . C T 383.01 PASS AF=0.221429;AO=61;DP=279;FAO=62;FDP=280;FR=.;FRO=218;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=119;FSRR=99;FWDB=-0.00814383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.974;QD=5.47155;RBI=0.0106538;REFB=-0.00357441;REVB=-0.00686889;RO=217;SAF=28;SAR=33;SRF=119;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113932;STB=0.57301;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0120115;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:280:217:218:61:62:0.221429:33:28:119:98:34:28:119:99 chr4 190874255 . A T 89.14 PASS AF=0.0972222;AO=26;DP=286;FAO=28;FDP=288;FR=.;FRO=260;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=137;FSRR=123;FWDB=-0.0206875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.875;QD=1.23811;RBI=0.0226744;REFB=-0.00619004;REVB=-0.00928185;RO=259;SAF=13;SAR=13;SRF=137;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344365;STB=0.55634;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0560252;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:286:288:259:260:26:28:0.0972222:13:13:137:122:15:13:137:123 chr4 190874256 . C T 62.74 PASS AF=0.0798611;AO=23;DP=289;FAO=23;FDP=288;FR=.;FRO=265;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=143;FSRR=122;FWDB=0.00548438;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.567;QD=0.871388;RBI=0.026957;REFB=-0.00120703;REVB=-0.0263932;RO=263;SAF=8;SAR=15;SRF=141;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214745;STB=0.673758;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0153005;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:289:288:263:265:23:23:0.0798611:15:8:141:122:15:8:143:122 chr4 190874290 . T A 153.87 PASS AF=0.127586;AO=37;DP=291;FAO=37;FDP=290;FR=.;FRO=253;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=135;FSRR=118;FWDB=0.0195306;FXX=0.00343631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.551;QD=2.12238;RBI=0.0294744;REFB=-0.00104729;REVB=0.0220748;RO=253;SAF=15;SAR=22;SRF=135;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16155;STB=0.611051;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0110338;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:290:253:253:37:37:0.127586:22:15:135:118:22:15:135:118 chr4 190876192 . A C 243.32 PASS AF=0.170819;AO=47;DP=278;FAO=48;FDP=281;FR=.;FRO=233;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=89;FSRR=144;FWDB=-0.0130261;FXX=0.00354597;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.726;QD=3.46357;RBI=0.0138296;REFB=-0.00030268;REVB=0.00464531;RO=231;SAF=32;SAR=15;SRF=88;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374613;STB=0.741322;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00350171;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:281:231:233:47:48:0.170819:15:32:88:143:15:33:89:144 chr4 190876195 . C T 1086.44 PASS AF=0.419014;AO=117;DP=283;FAO=119;FDP=284;FR=.;FRO=165;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=67;FSRR=98;FWDB=-0.0254661;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.816;QD=15.302;RBI=0.0279626;REFB=-0.00403721;REVB=-0.0115494;RO=163;SAF=57;SAR=60;SRF=67;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797627;STB=0.547389;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00524451;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:284:163:165:117:119:0.419014:60:57:67:96:61:58:67:98 chr4 190876196 . G A 48.17 PASS AF=0.0706714;AO=19;DP=282;FAO=20;FDP=283;FR=.;FRO=263;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=123;FSRR=140;FWDB=0.00314643;FXX=0.0070173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.568;QD=0.680893;RBI=0.0185673;REFB=0.00126045;REVB=-0.0182987;RO=257;SAF=2;SAR=17;SRF=121;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423007;STB=0.819405;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0306344;OID=.;OPOS=190876196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:282:283:257:263:19:20:0.0706714:17:2:121:136:17:3:123:140 chr4 190876204 . G A 1795.3 PASS AF=0.587591;AO=146;DP=282;FAO=161;FDP=274;FR=.;FRO=113;FSAF=69;FSAR=92;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=0.0121348;FXX=0.0743218;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5302;QD=26.2088;RBI=0.0605078;REFB=-0.00669297;REVB=0.0592785;RO=113;SAF=69;SAR=77;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171613;STB=0.509553;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00456204;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:274:113:113:146:161:0.587591:77:69:51:62:92:69:51:62 chr4 190876242 . G A 2835.98 PASS AF=0.677966;AO=240;DP=354;FAO=240;FDP=354;FR=.;FRO=114;FSAF=113;FSAR=127;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=-0.0204657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2528;QD=32.045;RBI=0.0408227;REFB=0.000772987;REVB=-0.0353221;RO=114;SAF=113;SAR=127;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123028;STB=0.506585;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.000538947;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:114:114:240:240:0.677966:127:113:56:58:127:113:56:58 chr4 190876256 . C T 114.42 PASS AF=0.0983146;AO=35;DP=356;FAO=35;FDP=356;FR=.;FRO=321;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=150;FSRR=171;FWDB=-0.0751781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.505;QD=1.28567;RBI=0.0752358;REFB=0.000265122;REVB=-0.00294475;RO=321;SAF=22;SAR=13;SRF=150;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194686;STB=0.644094;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00537964;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:356:321:321:35:35:0.0983146:13:22:150:171:13:22:150:171 chr4 190876269 . T C 53.5 PASS AF=0.0683761;AO=24;DP=350;FAO=24;FDP=351;FR=.;FRO=327;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=156;FSRR=171;FWDB=0.0166155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.56;QD=0.609681;RBI=0.0190167;REFB=0.000763623;REVB=0.00924988;RO=326;SAF=11;SAR=13;SRF=155;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188673;STB=0.517506;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.0108061;OID=.;OPOS=190876269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:350:351:326:327:24:24:0.0683761:13:11:155:171:13:11:156:171 chr4 190876278 . G A 93.06 PASS AF=0.0901163;AO=32;DP=345;FAO=31;FDP=344;FR=.;FRO=313;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=146;FSRR=167;FWDB=-0.0227061;FXX=0.00289847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.691;QD=1.08207;RBI=0.0230588;REFB=-0.000927571;REVB=0.0040179;RO=313;SAF=20;SAR=12;SRF=146;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188713;STB=0.631954;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00933242;OID=.;OPOS=190876278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:345:344:313:313:32:31:0.0901163:12:20:146:167:12:19:146:167 chr4 190876293 . C A 105.6 PASS AF=0.0993789;AO=32;DP=322;FAO=32;FDP=322;FR=.;FRO=290;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=133;FSRR=157;FWDB=-0.024588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9857;QD=1.31179;RBI=0.0288473;REFB=0.00284695;REVB=-0.0150862;RO=288;SAF=20;SAR=12;SRF=133;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197115;STB=0.647915;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0201123;OID=.;OPOS=190876293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:288:290:32:32:0.0993789:12:20:133:155:12:20:133:157 chr4 190878563 . C A 147.99 PASS AF=0.151515;AO=30;DP=197;FAO=30;FDP=198;FR=.;FRO=168;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=71;FSRR=97;FWDB=-0.0143815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8848;QD=2.98973;RBI=0.0218043;REFB=0.00391509;REVB=-0.0163891;RO=160;SAF=14;SAR=16;SRF=68;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539752;STB=0.537705;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0195661;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:160:168:30:30:0.151515:16:14:68:92:16:14:71:97 chr4 190878597 . C T 731.92 PASS AF=0.398148;AO=84;DP=217;FAO=86;FDP=216;FR=.;FRO=130;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=60;FSRR=70;FWDB=-0.0303808;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.005;QD=13.5541;RBI=0.031218;REFB=-0.0164268;REVB=0.00718139;RO=130;SAF=27;SAR=57;SRF=60;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161442;STB=0.595729;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0295419;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:130:130:84:86:0.398148:57:27:60:70:59:27:60:70 chr4 190878654 . C G 226.56 PASS AF=0.186957;AO=39;DP=226;FAO=43;FDP=230;FR=.;FRO=187;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=72;FSRR=115;FWDB=-0.06182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3311;QD=3.94019;RBI=0.0779208;REFB=-0.0111389;REVB=-0.0474335;RO=184;SAF=21;SAR=18;SRF=71;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195842;STB=0.602451;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0405045;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:230:184:187:39:43:0.186957:18:21:71:113:21:22:72:115 chr4 190881933 . A G 89.08 PASS AF=0.255319;AO=9;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0092216;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.1376;QD=7.58131;RBI=0.0483312;REFB=-0.00931087;REVB=-0.0474433;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424743;STB=0.762224;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0086141;OID=.;OPOS=190881933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:47:47:24:34:9:12:0.255319:7:2:14:10:10:2:16:18 chr4 190881969 . G A 77.59 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.118663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.044;QD=3.83175;RBI=0.120008;REFB=-0.00105099;REVB=-0.0179197;RO=67;SAF=3;SAR=11;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336624;STB=0.725867;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00455913;OID=.;OPOS=190881969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:81:67:67:14:14:0.17284:11:3:31:36:11:3:31:36 chr4 190881992 . T C 66.2 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.00181588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.1;QD=2.9752;RBI=0.00670457;REFB=-0.00531283;REVB=0.00645398;RO=73;SAF=3;SAR=10;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311477;STB=0.703088;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0219776;OID=.;OPOS=190881992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:73:76:13:13:0.146067:10:3:34:39:10:3:34:42 chr4 190881997 . A G 73.35 PASS AF=0.152174;AO=13;DP=92;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00568235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.719;QD=3.18893;RBI=0.0241842;REFB=-0.00406213;REVB=-0.0235072;RO=77;SAF=3;SAR=10;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298186;STB=0.729241;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.019691;OID=.;OPOS=190881997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:92:92:77:78:13:14:0.152174:10:3:35:42:11:3:36:42 chr4 190903860 . G T 89.24 PASS AF=0.1;AO=26;DP=260;FAO=26;FDP=260;FR=.;FRO=234;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=130;FSRR=104;FWDB=-0.00592496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.068;QD=1.37285;RBI=0.00779629;REFB=0.00422545;REVB=0.00506726;RO=234;SAF=10;SAR=16;SRF=130;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204993;STB=0.651049;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0461875;OID=.;OPOS=190903860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:260:260:234:234:26:26:0.1:16:10:130:104:16:10:130:104 chr4 190904382 . A G 87.79 PASS AF=0.160714;AO=16;DP=110;FAO=18;FDP=112;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=31;FWDB=-0.00227737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.967;QD=3.13548;RBI=0.0136358;REFB=-0.0037866;REVB=-0.0134442;RO=93;SAF=13;SAR=3;SRF=63;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217908;STB=0.551827;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0182557;OID=.;OPOS=190904382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:110:112:93:94:16:18:0.160714:3:13:63:30:5:13:63:31 chr4 190906025 . G A 1164.31 PASS AF=0.305118;AO=154;DP=500;FAO=155;FDP=508;FR=.;FRO=353;FSAF=97;FSAR=58;FSRF=178;FSRR=175;FWDB=-0.0215525;FXX=0.0097464;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.992;QD=9.16778;RBI=0.0252554;REFB=-0.0211599;REVB=0.0131652;RO=344;SAF=97;SAR=57;SRF=170;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165481;STB=0.586251;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0438126;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:500:508:344:353:154:155:0.305118:57:97:170:174:58:97:178:175 chr5 163205 . G C 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00560596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.552;QD=16.0341;RBI=0.009606;REFB=-0.0115572;REVB=-0.00780054;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556976;STB=0.541625;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0146326;OID=.;OPOS=163205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:10:10:12:15:10:10:12:16 chr5 163260 . A C 787.13 PASS AF=1;AO=40;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.955;QD=56.2235;RBI=0.0522172;REFB=0;REVB=-0.0183601;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124035;OID=.;OPOS=163260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:40:56:1:22:18:0:0:26:30:0:0 chr5 163266 . C G 243.38 PASS AF=0.482759;AO=24;DP=54;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0223562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.637;QD=16.7851;RBI=0.0233145;REFB=-0.0311433;REVB=0.00661539;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652725;STB=0.534458;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0242838;OID=.;OPOS=163266;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:30:30:24:28:0.482759:12:12:17:13:14:14:17:13 chr5 191928 . G A 748.98 PASS AF=0.4875;AO=78;DP=160;FAO=78;FDP=160;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=-0.0383011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.48;QD=18.7246;RBI=0.0577821;REFB=-0.0372157;REVB=0.0432642;RO=82;SAF=25;SAR=53;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929627;STB=0.505131;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0447018;OID=.;OPOS=191928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:82:82:78:78:0.4875:53:25:27:55:53:25:27:55 chr5 422955 . C G 250.73 PASS AF=0.319588;AO=30;DP=88;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0230825;FXX=0.010203;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.1712;QD=10.3395;RBI=0.0483162;REFB=-0.0120375;REVB=-0.0424459;RO=58;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191217;STB=0.625085;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.027828;OID=.;OPOS=422955;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:97:58:66:30:31:0.319588:12:18:25:33:13:18:26:40 chr5 453567 . G A 221.75 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00715463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.639;QD=18.4794;RBI=0.00852941;REFB=-0.0303672;REVB=-0.0046435;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16014;STB=0.590826;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0295768;OID=.;OPOS=453567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:13:9:15:11:13:9:15:11 chr5 462465 . C A 1676.6 PASS AF=0.510836;AO=165;DP=324;FAO=165;FDP=323;FR=.;FRO=158;FSAF=69;FSAR=96;FSRF=76;FSRR=82;FWDB=-0.0210013;FXX=0.00308632;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.701;QD=20.7629;RBI=0.023132;REFB=-0.0206471;REVB=0.00969705;RO=156;SAF=69;SAR=96;SRF=76;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622837;STB=0.531253;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0149909;OID=.;OPOS=462465;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:323:156:158:165:165:0.510836:96:69:76:80:96:69:76:82 chr5 472951 . T C 2636.51 PASS AF=0.453507;AO=277;DP=619;FAO=278;FDP=613;FR=.;FRO=335;FSAF=160;FSAR=118;FSRF=200;FSRR=135;FWDB=-0.000859878;FXX=0.0096929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.415;QD=17.204;RBI=0.0795392;REFB=0.0029964;REVB=-0.0795346;RO=330;SAF=160;SAR=117;SRF=198;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227152;STB=0.512053;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0038679;OID=.;OPOS=472951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:619:613:330:335:277:278:0.453507:117:160:198:132:118:160:200:135 chr5 472952 . T G 71.8 PASS AF=0.0652866;AO=41;DP=625;FAO=41;FDP=628;FR=.;FRO=587;FSAF=37;FSAR=4;FSRF=326;FSRR=261;FWDB=0.00117101;FXX=0.00475428;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.554;QD=0.457313;RBI=0.0621236;REFB=-0.000423279;REVB=-0.0621126;RO=465;SAF=39;SAR=2;SRF=269;SRR=196;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50467;STB=0.870812;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0830943;OID=.;OPOS=472952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:625:628:465:587:41:41:0.0652866:2:39:269:196:4:37:326:261 chr5 475104 . A G 1180.37 PASS AF=0.48249;AO=121;DP=255;FAO=124;FDP=257;FR=.;FRO=133;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=54;FSRR=79;FWDB=-0.00158989;FXX=0.00772171;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.351;QD=18.3714;RBI=0.0138794;REFB=-0.0149562;REVB=-0.0137881;RO=133;SAF=54;SAR=67;SRF=54;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389064;STB=0.515568;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0201422;OID=.;OPOS=475104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:257:133:133:121:124:0.48249:67:54:54:79:70:54:54:79 chr5 482186 . C G 1054.99 PASS AF=0.443548;AO=110;DP=247;FAO=110;FDP=248;FR=.;FRO=138;FSAF=35;FSAR=75;FSRF=47;FSRR=91;FWDB=0.0421371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2407;QD=17.0159;RBI=0.0580278;REFB=0.00139266;REVB=0.039896;RO=137;SAF=34;SAR=76;SRF=47;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390491;STB=0.514211;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00172642;OID=.;OPOS=482186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:137:138:110:110:0.443548:76:34:47:90:75:35:47:91 chr5 601966 . T A 5207.74 PASS AF=1;AO=328;DP=336;FAO=329;FDP=329;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=205;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422893;FXX=0.0237382;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2634;QD=63.316;RBI=0.0469215;REFB=0.0195127;REVB=0.0203284;RO=0;SAF=124;SAR=204;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032723;OID=.;OPOS=601966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:336:329:0:0:328:329:1:204:124:0:0:205:124:0:0 chr5 678062 . A G 2454.19 PASS AF=0.503119;AO=242;DP=481;FAO=242;FDP=481;FR=.;FRO=239;FSAF=105;FSAR=137;FSRF=115;FSRR=124;FWDB=-0.017041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.719;QD=20.409;RBI=0.0171521;REFB=-0.0195595;REVB=0.00194928;RO=237;SAF=105;SAR=137;SRF=113;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392885;STB=0.523762;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0168649;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:481:237:239:242:242:0.503119:137:105:113:124:137:105:115:124 chr5 716953 . C T 597.53 PASS AF=0.252717;AO=87;DP=363;FAO=93;FDP=368;FR=.;FRO=275;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=125;FSRR=150;FWDB=-0.013515;FXX=0.00270995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6591;QD=6.49494;RBI=0.022981;REFB=-0.00570612;REVB=-0.0185869;RO=275;SAF=36;SAR=51;SRF=126;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572363;STB=0.510344;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0212719;OID=.;OPOS=716953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:368:275:275:87:93:0.252717:51:36:126:149:52:41:125:150 chr5 741736 . G T 198.52 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.878;QD=44.1165;RBI=0.0207226;REFB=-0.1687;REVB=-0.0139417;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0040578;OID=.;OPOS=741736;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:9:8:0:0:9:8:1:0 chr5 745306 . A C 31.9 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.015078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.329;QD=1.4837;RBI=0.0280816;REFB=-0.00280084;REVB=-0.0236903;RO=78;SAF=6;SAR=2;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264582;STB=0.712861;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0536277;OID=.;OPOS=745306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:78:78:8:8:0.0930233:2:6:41:37:2:6:41:37 chr5 748594 . T C 427.24 PASS AF=0.393701;AO=48;DP=125;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0235622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.289;QD=13.4565;RBI=0.0244237;REFB=-0.00211698;REVB=0.00642969;RO=77;SAF=19;SAR=29;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00765745;STB=0.501639;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00324162;OID=.;OPOS=748594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:77:77:48:50:0.393701:29:19:31:46:30:20:31:46 chr5 748621 . C G 363.4 PASS AF=0.340909;AO=45;DP=131;FAO=45;FDP=132;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.00162685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9841;QD=11.012;RBI=0.028584;REFB=-0.0185844;REVB=-0.0285377;RO=86;SAF=18;SAR=27;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625955;STB=0.532696;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0330127;OID=.;OPOS=748621;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:86:87:45:45:0.340909:27:18:39:47:27:18:39:48 chr5 766910 . C T 3899.84 PASS AF=0.691649;AO=323;DP=467;FAO=323;FDP=467;FR=.;FRO=144;FSAF=154;FSAR=169;FSRF=57;FSRR=87;FWDB=0.00587056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.694;QD=33.4034;RBI=0.00782451;REFB=-0.00219707;REVB=0.00517295;RO=141;SAF=154;SAR=169;SRF=56;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455274;STB=0.525071;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.000959686;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:467:467:141:144:323:323:0.691649:169:154:56:85:169:154:57:87 chr5 766939 . G A 1046.01 PASS AF=0.286869;AO=142;DP=495;FAO=142;FDP=495;FR=.;FRO=353;FSAF=50;FSAR=92;FSRF=172;FSRR=181;FWDB=-0.013011;FXX=0.00402406;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.446;QD=8.45261;RBI=0.0218692;REFB=-0.002012;REVB=0.0175777;RO=345;SAF=50;SAR=92;SRF=167;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165793;STB=0.599387;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00601281;OID=.;OPOS=766939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:495:495:345:353:142:142:0.286869:92:50:167:178:92:50:172:181 chr5 767033 . A C 2051.96 PASS AF=0.6917;AO=160;DP=240;FAO=175;FDP=253;FR=.;FRO=78;FSAF=84;FSAR=91;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=-0.0171986;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.907;QD=32.442;RBI=0.0231488;REFB=-0.0244868;REVB=0.0154943;RO=78;SAF=82;SAR=78;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093678;STB=0.53748;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0100934;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:253:78:78:160:175:0.6917:78:82:28:50:91:84:28:50 chr5 796221 . G A 85.08 PASS AF=0.26087;AO=10;DP=44;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00839138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.152;QD=7.39812;RBI=0.0239304;REFB=-0.00719754;REVB=0.022411;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745757;STB=0.562393;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.018635;OID=.;OPOS=796221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:44:46:31:34:10:12:0.26087:7:3:11:20:8:4:14:20 chr5 796272 . T A 38.99 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.123403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.8833;QD=3.31855;RBI=0.125026;REFB=-0.0397359;REVB=-0.020085;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486349;STB=0.552353;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.153872;OID=.;OPOS=796272;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:47:47:29:39:8:8:0.170213:5:3:12:17:5:3:17:22 chr5 796277 . T C 78.6 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0383902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.129;QD=6.41616;RBI=0.0642472;REFB=-0.0281948;REVB=-0.0515161;RO=37;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870945;STB=0.567442;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0524341;OID=.;OPOS=796277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:37:38:11:11:0.22449:7:4:16:21:7:4:17:21 chr5 796297 . C T 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.026388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.893;QD=7.25973;RBI=0.0272491;REFB=-0.0214781;REVB=0.00679614;RO=29;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18748;STB=0.618537;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0695722;OID=.;OPOS=796297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:7:3:13:16:7:3:13:16 chr5 796328 . T C 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00923091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2279;QD=7.629;RBI=0.0101816;REFB=0.00644174;REVB=0.00429585;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542234;STB=0.51882;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0193131;OID=.;OPOS=796328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:5:3:8:11:5:3:8:12 chr5 796333 . G A 44.07 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0461694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.571;QD=6.52899;RBI=0.052232;REFB=-0.00149884;REVB=0.0244248;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008787;STB=0.521678;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00646078;OID=.;OPOS=796333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:19:20:7:7:0.259259:4:3:8:11:4:3:8:12 chr5 796343 . C CTCT 36.97 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0423272;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=3;MLLD=187.68;QD=6.43006;RBI=0.0510388;REFB=0.000398906;REVB=-0.0285196;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225245;STB=0.646563;STBP=0.422;TYPE=ins;VARB=-0.0027531;OID=.;OPOS=796344;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=CTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:6:24:6:23:17:2:4:9:8:36:17:2:4:9:8 chr5 796352 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.016059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.801;QD=9.56919;RBI=0.0167248;REFB=-0.00294083;REVB=-0.00467177;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.561641;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0050665;OID=.;OPOS=796352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:7:8:5:3:7:8 chr5 825280 . C T 223.84 PASS AF=0.153846;AO=46;DP=300;FAO=46;FDP=299;FR=.;FRO=253;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=126;FSRR=127;FWDB=0.0195696;FXX=0.00333322;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.012;QD=2.99447;RBI=0.0442578;REFB=0.000626626;REVB=-0.0396961;RO=249;SAF=16;SAR=30;SRF=126;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205814;STB=0.629004;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00573063;OID=.;OPOS=825280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:299:249:253:46:46:0.153846:30:16:126:123:30:16:126:127 chr5 825286 . G T 272.88 PASS AF=0.175325;AO=47;DP=302;FAO=54;FDP=308;FR=.;FRO=254;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=131;FSRR=123;FWDB=0.00328278;FXX=0.0064514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.676;QD=3.54385;RBI=0.00464683;REFB=-0.00572624;REVB=-0.00328883;RO=255;SAF=13;SAR=34;SRF=131;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310868;STB=0.636159;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00715695;OID=.;OPOS=825286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:308:255:254:47:54:0.175325:34:13:131:124:35:19:131:123 chr5 825297 . A G 371.11 PASS AF=0.204473;AO=64;DP=313;FAO=64;FDP=313;FR=.;FRO=249;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=125;FSRR=124;FWDB=-0.00400282;FXX=0.00318461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0129;QD=4.74257;RBI=0.009646;REFB=0.000712725;REVB=-0.00877626;RO=249;SAF=23;SAR=41;SRF=125;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18614;STB=0.615192;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00264214;OID=.;OPOS=825297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:249:249:64:64:0.204473:41:23:125:124:41:23:125:124 chr5 837556 . T G 56.56 PASS AF=0.066838;AO=25;DP=388;FAO=26;FDP=389;FR=.;FRO=363;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=173;FSRR=190;FWDB=0.0634635;FXX=0.00256404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1018;QD=0.581566;RBI=0.0650304;REFB=-0.00291391;REVB=-0.0141894;RO=363;SAF=19;SAR=6;SRF=174;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301636;STB=0.735617;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0445201;OID=.;OPOS=837556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:388:389:363:363:25:26:0.066838:6:19:174:189:7:19:173:190 chr5 840342 . A G 917.37 PASS AF=0.370242;AO=106;DP=290;FAO=107;FDP=289;FR=.;FRO=182;FSAF=66;FSAR=41;FSRF=95;FSRR=87;FWDB=0.00923968;FXX=0.00687262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.568;QD=12.6971;RBI=0.0195703;REFB=-0.0121423;REVB=-0.0172518;RO=181;SAF=65;SAR=41;SRF=94;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107166;STB=0.561355;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0187504;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:289:181:182:106:107:0.370242:41:65:94:87:41:66:95:87 chr5 840506 . C T 159.87 PASS AF=0.220339;AO=26;DP=119;FAO=26;FDP=118;FR=.;FRO=92;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=61;FWDB=0.0677357;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.437;QD=5.41923;RBI=0.0692132;REFB=-0.00138243;REVB=-0.0142247;RO=88;SAF=18;SAR=8;SRF=30;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422;STB=0.759915;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00731803;OID=.;OPOS=840506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:88:92:26:26:0.220339:8:18:30:58:8:18:31:61 chr5 843723 . C A 1335.39 PASS AF=0.271307;AO=190;DP=705;FAO=191;FDP=704;FR=.;FRO=513;FSAF=94;FSAR=97;FSRF=234;FSRR=279;FWDB=0.00686756;FXX=0.00141842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.155;QD=7.58743;RBI=0.0120259;REFB=-0.0186332;REVB=-0.00987215;RO=508;SAF=94;SAR=96;SRF=234;SRR=274;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424295;STB=0.526263;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0421659;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:705:704:508:513:190:191:0.271307:96:94:234:274:97:94:234:279 chr5 878525 . T A 378.74 PASS AF=0.165929;AO=75;DP=452;FAO=75;FDP=452;FR=.;FRO=377;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=212;FSRR=165;FWDB=-0.0205317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.017;QD=3.35169;RBI=0.0234546;REFB=-0.00233599;REVB=-0.0113389;RO=375;SAF=26;SAR=49;SRF=212;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28024;STB=0.676954;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.01116;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:452:452:375:377:75:75:0.165929:49:26:212:163:49:26:212:165 chr5 1009145 . C G 1363.88 PASS AF=0.950495;AO=96;DP=101;FAO=96;FDP=101;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.039;QD=54.015;RBI=0.0285988;REFB=-0.052047;REVB=0.0285988;RO=5;SAF=0;SAR=96;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00397152;OID=.;OPOS=1009145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:101:101:5:5:96:96:0.950495:96:0:0:5:96:0:0:5 chr5 1009167 . G C,T 460.28 PASS AF=0.375,0.5;AO=15,20;DP=41;FAO=15,20;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0;FSAR=15,20;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0,0;FXX=0.0243843;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=86.9242,105.764;QD=46.0284;RBI=0.000944787,0.00248753;REFB=0.0375228,0.00708853;REVB=-0.000944787,0.00248753;RO=5;SAF=0,0;SAR=15,20;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00283737,-0.00465312;OID=.,.;OPOS=1009167,1009167;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:41:40:5:5:15,20:15,20:0.375,0.5:15,20:0,0:0:5:15,20:0,0:0:5 chr5 1009169 . G C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=21;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3973;QD=10.5421;RBI=0.0352886;REFB=0.00544185;REVB=0.0352886;RO=21;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00271846;OID=.;OPOS=1009169;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:11:0:0:21:11:0:0:21 chr5 1036900 . C T 576.78 PASS AF=0.422078;AO=65;DP=154;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.0128227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.048;QD=14.9813;RBI=0.013884;REFB=-0.00843221;REVB=0.00532404;RO=88;SAF=26;SAR=39;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575719;STB=0.529403;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0110694;OID=.;OPOS=1036900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:88:89:65:65:0.422078:39:26:40:48:39:26:40:49 chr5 1036962 . C A 223.21 PASS AF=0.358025;AO=27;DP=82;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0606583;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7678;QD=11.0227;RBI=0.0606812;REFB=-0.0361994;REVB=0.0016701;RO=47;SAF=8;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20359;STB=0.606859;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0665736;OID=.;OPOS=1036962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:47:52:27:29:0.358025:19:8:22:25:21:8:22:30 chr5 1038526 . A G 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.009;QD=55.5192;RBI=0.0215806;REFB=-0.0521208;REVB=0.00509704;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252499;STB=0.513505;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00427054;OID=.;OPOS=1038526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:18:15:0:1:18:15:0:1 chr5 1052360 . C T 841.65 PASS AF=0.393305;AO=94;DP=244;FAO=94;FDP=239;FR=.;FRO=145;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=62;FSRR=83;FWDB=0.00814694;FXX=0.020491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.906;QD=14.0862;RBI=0.0229151;REFB=0.00140664;REVB=-0.021418;RO=130;SAF=56;SAR=38;SRF=58;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155922;STB=0.601755;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00339532;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:239:130:145:94:94:0.393305:38:56:58:72:38:56:62:83 chr5 1057615 . A G 631.08 PASS AF=0.389189;AO=72;DP=185;FAO=72;FDP=185;FR=.;FRO=113;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=-0.0147283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.324;QD=13.645;RBI=0.0148855;REFB=-0.00714072;REVB=0.00215766;RO=113;SAF=31;SAR=41;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061389;STB=0.534638;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0112107;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:113:113:72:72:0.389189:41:31:55:58:41:31:55:58 chr5 1063998 . G A 2890.33 PASS AF=0.498264;AO=286;DP=576;FAO=287;FDP=576;FR=.;FRO=289;FSAF=152;FSAR=135;FSRF=138;FSRR=151;FWDB=0.00305597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.035;QD=20.0718;RBI=0.00555118;REFB=-0.00467039;REVB=0.00463429;RO=287;SAF=151;SAR=135;SRF=136;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495487;STB=0.526153;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00471601;OID=.;OPOS=1063998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:576:576:287:289:286:287:0.498264:135:151:136:151:135:152:138:151 chr5 1065399 . C T 536.33 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00696507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.651;QD=15.8911;RBI=0.0213782;REFB=-0.00840565;REVB=0.0202118;RO=75;SAF=31;SAR=27;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817316;STB=0.552848;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0115909;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:75:77:58:58:0.42963:27:31:34:41:27:31:34:43 chr5 1081767 . C T 3820.15 PASS AF=1;AO=238;DP=240;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.29;QD=63.6691;RBI=0.026098;REFB=0;REVB=0.01253;RO=0;SAF=89;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97602e-05;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:240:240:0:0:238:240:1:149:89:0:0:151:89:0:0 chr5 1216775 . A G 929.85 PASS AF=0.45;AO=99;DP=222;FAO=99;FDP=220;FR=.;FRO=121;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=67;FSRR=54;FWDB=-0.00684918;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1531;QD=16.9063;RBI=0.014404;REFB=-0.0220968;REVB=-0.0126714;RO=121;SAF=54;SAR=45;SRF=67;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827119;STB=0.504586;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0247717;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:220:121:121:99:99:0.45:45:54:67:54:45:54:67:54 chr5 1279439 . G A 1146.61 PASS AF=0.371585;AO=135;DP=366;FAO=136;FDP=366;FR=.;FRO=230;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=89;FSRR=141;FWDB=0.00754109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.722;QD=12.5313;RBI=0.0161151;REFB=-0.0110579;REVB=0.0142418;RO=228;SAF=61;SAR=74;SRF=87;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079804;STB=0.539419;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0187597;OID=.;OPOS=1279439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:366:228:230:135:136:0.371585:74:61:87:141:75:61:89:141 chr5 1364242 . C G 448.24 PASS AF=0.5;AO=36;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0778838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8579;QD=18.6765;RBI=0.116399;REFB=-0.00511676;REVB=-0.0865038;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162027;STB=0.533884;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000316538;OID=.;OPOS=1364242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:48:36:48:0.5:19:17:14:31:30:18:15:33 chr5 1364617 . G C 616.48 PASS AF=0.467153;AO=63;DP=129;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.077765;FXX=0.0143875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7559;QD=17.9993;RBI=0.0781126;REFB=-0.0222001;REVB=-0.00736057;RO=66;SAF=33;SAR=30;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00602341;STB=0.508938;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0270147;OID=.;OPOS=1364617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:137:66:73:63:64:0.467153:30:33:35:31:30:34:40:33 chr5 1394815 . A G 636.2 PASS AF=0.579439;AO=60;DP=105;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0162357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.57;QD=23.7832;RBI=0.0187351;REFB=-0.0080842;REVB=-0.00934916;RO=44;SAF=28;SAR=32;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271756;STB=0.519265;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00504468;OID=.;OPOS=1394815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:44:45:60:62:0.579439:32:28:19:25:33:29:19:26 chr5 1411412 . T C 605.05 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.0397563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3052;QD=19.0567;RBI=0.0415006;REFB=-0.00246835;REVB=0.0119055;RO=64;SAF=34;SAR=28;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200482;STB=0.613806;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00296734;OID=.;OPOS=1411412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:65:62:62:0.488189:28:34:21:43:28:34:21:44 chr5 1443088 . G A 562.76 PASS AF=0.4;AO=64;DP=165;FAO=66;FDP=165;FR=.;FRO=99;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.00521212;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.486;QD=13.6426;RBI=0.00522981;REFB=-0.00313405;REVB=-0.000429801;RO=99;SAF=21;SAR=43;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209056;STB=0.61341;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00407698;OID=.;OPOS=1443088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:99:99:64:66:0.4:43:21:51:48:44:22:51:48 chr5 1443253 . C T 496.04 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0133697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.069;QD=17.8754;RBI=0.0145436;REFB=-0.0153609;REVB=0.00572438;RO=57;SAF=29;SAR=24;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360387;STB=0.515726;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0167205;OID=.;OPOS=1443253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:58:53:53:0.477477:24:29:29:28:24:29:30:28 chr5 1463203 . A T 143.93 PASS AF=0.479167;AO=19;DP=42;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0158782;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=22.5641;QD=11.9944;RBI=0.0240519;REFB=-0.0441041;REVB=-0.0180659;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253151;STB=0.585729;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.155446;OID=.;OPOS=1463203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:48:23:25:19:23:0.479167:9:10:18:5:9:14:19:6 chr5 1466919 . G A 1499.17 PASS AF=0.552;AO=137;DP=249;FAO=138;FDP=250;FR=.;FRO=112;FSAF=57;FSAR=81;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.0141929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.727;QD=23.9867;RBI=0.0438936;REFB=0.00202417;REVB=0.0415356;RO=112;SAF=57;SAR=80;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998381;STB=0.555567;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00129639;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:250:112:112:137:138:0.552:80:57:60:52:81:57:60:52 chr5 1467004 . A G 749.04 PASS AF=0.503311;AO=75;DP=149;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.0291684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.359;QD=19.8422;RBI=0.029191;REFB=-0.0227874;REVB=0.00114789;RO=74;SAF=35;SAR=40;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930121;STB=0.550632;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0212246;OID=.;OPOS=1467004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:74:75:75:76:0.503311:40:35:27:47:41:35:27:48 chr5 1708983 . G A 2263.7 PASS AF=0.993464;AO=144;DP=144;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.998;QD=59.1818;RBI=0.0308009;REFB=0.0102842;REVB=0.00784459;RO=0;SAF=78;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.18654e-08;STB=0.503649;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-9.66871e-05;OID=.;OPOS=1708983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:153:0:1:144:152:0.993464:66:78:0:0:68:84:0:1 chr5 1814783 . T C 657.56 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.731;QD=59.7781;RBI=0.0521106;REFB=-0.134728;REVB=0.0343947;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00103065;OID=.;OPOS=1814783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:23:20:1:0:23:20:1:0 chr5 1877638 . CAA C 481.78 PASS AF=0.447059;AO=76;DP=171;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=-0.00737387;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=2;MLLD=166.215;QD=11.336;RBI=0.0073826;REFB=-0.00353112;REVB=-0.000358855;RO=91;SAF=34;SAR=42;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062799;STB=0.536268;STBP=0.431;TYPE=del;VARB=0.00431099;OID=.;OPOS=1877639;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447059:76:171:76:170:94:34:42:36:58:99:91:34:42:35:56 chr5 1878212 . G A 806.23 PASS AF=0.415525;AO=90;DP=221;FAO=91;FDP=219;FR=.;FRO=128;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=83;FSRR=45;FWDB=0.00750137;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1862;QD=14.7256;RBI=0.0427579;REFB=-0.0123619;REVB=0.0420947;RO=123;SAF=55;SAR=35;SRF=80;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432694;STB=0.520595;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0317441;OID=.;OPOS=1878212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:219:123:128:90:91:0.415525:35:55:80:43:35:56:83:45 chr5 2184901 . C T 1075.17 PASS AF=0.45122;AO=111;DP=247;FAO=111;FDP=246;FR=.;FRO=135;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=67;FSRR=68;FWDB=-0.00457947;FXX=0.00806419;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.638;QD=17.4824;RBI=0.0210254;REFB=-0.013204;REVB=-0.0205206;RO=134;SAF=54;SAR=57;SRF=67;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133488;STB=0.505385;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.016295;OID=.;OPOS=2184901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:134:135:111:111:0.45122:57:54:67:67:57:54:67:68 chr5 2755485 . C T 78.82 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0272513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.468;QD=28.6601;RBI=0.030593;REFB=0.0740291;REVB=-0.0139031;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459355;STB=0.533258;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00754969;OID=.;OPOS=2755485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:11:2:2:8:9:0.818182:5:3:1:1:6:3:1:1 chr5 3600334 . T C 2479.5 PASS AF=0.533482;AO=238;DP=449;FAO=239;FDP=448;FR=.;FRO=209;FSAF=101;FSAR=138;FSRF=93;FSRR=116;FWDB=-0.0132163;FXX=0.00665174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3958;QD=22.1384;RBI=0.0474437;REFB=-0.0147313;REVB=-0.0455657;RO=201;SAF=101;SAR=137;SRF=88;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115615;STB=0.510662;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0132308;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:449:448:201:209:238:239:0.533482:137:101:88:113:138:101:93:116 chr5 3610658 . T C 2350.82 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.08;QD=63.9679;RBI=0.0715991;REFB=0;REVB=0.025998;RO=0;SAF=64;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.29726e-05;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:83:64:0:0:83:64:0:0 chr5 5140632 . T C 667.6 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00294258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.875;QD=47.6855;RBI=0.00419227;REFB=-0.145073;REVB=-0.00298603;RO=5;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109009;STB=0.558116;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00272341;OID=.;OPOS=5140632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:56:56:5:5:51:51:0.910714:19:32:0:5:19:32:0:5 chr5 5146377 . T C 961.16 PASS AF=0.487179;AO=93;DP=194;FAO=95;FDP=195;FR=.;FRO=100;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.00526563;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.105;QD=19.7162;RBI=0.0107828;REFB=-0.000114374;REVB=-0.00940969;RO=101;SAF=49;SAR=44;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393943;STB=0.524062;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000171454;OID=.;OPOS=5146377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:101:100:93:95:0.487179:44:49:49:52:44:51:49:51 chr5 5146395 . A G 949.07 PASS AF=0.494737;AO=94;DP=190;FAO=94;FDP=190;FR=.;FRO=96;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.00782112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.893;QD=19.9803;RBI=0.0137658;REFB=-0.0108916;REVB=-0.0113282;RO=93;SAF=45;SAR=49;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508288;STB=0.505493;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0120075;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:93:96:94:94:0.494737:49:45:44:49:49:45:47:49 chr5 5182385 . CAA CA,CAAC,C,CAC 371.72 PASS AF=0,0.206897,0.724138,0.0689655;AO=5,6,12,4;DP=29;FAO=0,6,21,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,0;FSAR=0,6,21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0,0;FXX=0;HRUN=4,0,4,4;LEN=1,1,2,1;MLLD=9.96983,108.357,24.1973,94.7231;QD=51.2723;RBI=0.257674,0.00488841,0.10926,0.00373167;REFB=0,0,0,0;REVB=0.257674,-0.00488841,0.10926,-0.00373167;RO=0;SAF=0,0,0,0;SAR=5,6,12,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,ins,del,snp;VARB=0,0.11765,0.0536652,0.0252808;OID=.,.,.,.;OPOS=5182386,5182388,5182386,5182387;OREF=A,-,AA,A;OALT=-,C,-,C;OMAPALT=CA,CAAC,C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.206897,0.724138,0.0689655:5,6,12,4:29:0,6,21,2:29:0:0,0,0,0:0,6,21,2:0:0:33:0:0,0,0,0:5,6,12,4:0:0 chr5 5200281 . C T 633.32 PASS AF=0.615385;AO=54;DP=96;FAO=56;FDP=91;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00743495;FXX=0.089991;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.816;QD=27.8384;RBI=0.0344346;REFB=-0.0185258;REVB=-0.0336224;RO=29;SAF=32;SAR=22;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138252;STB=0.601852;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00567387;OID=.;OPOS=5200281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:91:29:35:54:56:0.615385:22:32:11:18:22:34:12:23 chr5 5460569 . C T 1477.61 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240824;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8348;QD=63.5531;RBI=0.0245204;REFB=0;REVB=-0.0046141;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017058;OID=.;OPOS=5460569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr5 5460619 . G C 1556.37 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00989895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.349;QD=58.7309;RBI=0.0336921;REFB=0.0430175;REVB=0.0322051;RO=1;SAF=40;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117156;STB=0.506172;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=8.54506e-05;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:65:40:1:0:65:40:1:0 chr5 5462148 . G A 699.05 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0488215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.825;QD=54.8276;RBI=0.0489001;REFB=-0.106723;REVB=-0.00277126;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165169;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000741053;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:28:22:0:1:28:22:0:1 chr5 6337241 . T A 771.16 PASS AF=0.465517;AO=76;DP=169;FAO=81;FDP=174;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.0153725;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.939;QD=17.7277;RBI=0.0184852;REFB=-0.0238884;REVB=-0.010266;RO=92;SAF=32;SAR=44;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679495;STB=0.52123;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0278077;OID=.;OPOS=6337241;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:174:92:93:76:81:0.465517:44:32:45:47:45:36:45:48 chr5 6602544 . T C 2370.36 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0640191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5668;QD=64.0637;RBI=0.0746143;REFB=0;REVB=0.0383256;RO=0;SAF=70;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103852;OID=.;OPOS=6602544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:78:70:0:0:78:70:0:0 chr5 6604787 . C T 376.03 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0224368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.257;QD=15.8326;RBI=0.02301;REFB=-0.0124598;REVB=-0.00510352;RO=54;SAF=12;SAR=28;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819588;STB=0.542351;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0170922;OID=.;OPOS=6604787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:55:40:40:0.421053:28:12:20:34:28:12:20:35 chr5 6633042 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0916091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0014;QD=18.7695;RBI=0.0932397;REFB=0.0762081;REVB=-0.0173608;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0268315;OID=.;OPOS=6633042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:3:0:2:4:3:0 chr5 6633779 . C G 280.63 PASS AF=0.6;AO=23;DP=41;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0126074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.697;QD=24.9451;RBI=0.0228258;REFB=-0.0708133;REVB=0.0190282;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621324;STB=0.51484;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0522143;OID=.;OPOS=6633779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:16:18:23:27:0.6:12:11:9:7:13:14:10:8 chr5 6645016 . A G 391.72 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0235597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7636;QD=19.3441;RBI=0.0271152;REFB=-0.0046123;REVB=0.0134231;RO=41;SAF=10;SAR=30;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154514;STB=0.58642;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00566503;OID=.;OPOS=6645016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:30:10:16:25:30:10:16:25 chr5 6651970 . A G 361.36 PASS AF=0.390909;AO=42;DP=111;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=49;FWDB=0.00153316;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.392;QD=13.1405;RBI=0.00153427;REFB=-0.00945433;REVB=-5.82622e-05;RO=65;SAF=12;SAR=30;SRF=18;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115993;STB=0.507933;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0147176;OID=.;OPOS=6651970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:65:67:42:43:0.390909:30:12:18:47:31:12:18:49 chr5 6652009 . G A 489.18 PASS AF=0.390071;AO=55;DP=142;FAO=55;FDP=141;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=59;FWDB=-0.000118918;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3467;QD=13.8775;RBI=0.0331169;REFB=0.0126472;REVB=0.0331166;RO=86;SAF=17;SAR=38;SRF=27;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00611965;STB=0.503462;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0198209;OID=.;OPOS=6652009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:86:86:55:55:0.390071:38:17:27:59:38:17:27:59 chr5 6656210 . G A 554.22 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.00681583;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.6155;QD=16.6682;RBI=0.032703;REFB=-0.0101858;REVB=-0.0319849;RO=74;SAF=28;SAR=31;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422417;STB=0.523558;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0129741;OID=.;OPOS=6656210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:74:74:59:59:0.443609:31:28:32:42:31:28:32:42 chr5 6748659 . T C 799.23 PASS AF=0.471591;AO=83;DP=176;FAO=83;FDP=176;FR=.;FRO=93;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0303633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.167;QD=18.1644;RBI=0.032685;REFB=0.0138322;REVB=0.0120986;RO=92;SAF=40;SAR=43;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00349198;STB=0.504662;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.014136;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:92:93:83:83:0.471591:43:40:44:48:43:40:44:49 chr5 7866821 . T C 607.68 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0123038;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4441;QD=19.2914;RBI=0.0213024;REFB=-0.00724252;REVB=0.0173899;RO=65;SAF=32;SAR=30;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362694;STB=0.516124;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00952297;OID=.;OPOS=7866821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:65:64:62:62:0.492063:30:32:31:34:30:32:31:33 chr5 7866967 . G C 618.86 PASS AF=0.43125;AO=69;DP=158;FAO=69;FDP=160;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.00800869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.351;QD=15.4715;RBI=0.0166767;REFB=-0.0118521;REVB=-0.0146278;RO=89;SAF=28;SAR=41;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124559;STB=0.575968;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.020457;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:89:91:69:69:0.43125:41:28:47:42:41:28:49:42 chr5 7867768 . CT CC,C,TC 487.81 PASS AF=0.02,0.91,0.07;AO=5,25,6;DP=103;FAO=2,91,7;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=0,51,0;FSAR=2,40,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.518308,1.05506,0.0767046;FXX=0.0384578;HRUN=7,7,2;LEN=1,1,2;MLLD=15.8076,6.85986,169.915;QD=19.5122;RBI=0.532936,1.08487,0.0957316;REFB=0.0153706,0.0113856,-0.0214874;REVB=0.124005,0.252601,-0.0572796;RO=51;SAF=0,2,0;SAR=5,23,6;SRF=40;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.723383,-0.751999,-0.747831;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0787195,0.0538904,0.0835222;OID=.,.,.;OPOS=7867769,7867769,7867768;OREF=T,T,CT;OALT=C,-,TC;OMAPALT=CC,C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:23:103:100:51:0:5,25,6:2,91,7:0.02,0.91,0.07:5,23,6:0,2,0:40:11:2,40,7:0,51,0:0:0 chr5 7868030 . T C 807.23 PASS AF=0.438144;AO=85;DP=194;FAO=85;FDP=194;FR=.;FRO=109;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=0.0100737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.305;QD=16.6439;RBI=0.010079;REFB=0.000301702;REVB=-0.000324761;RO=109;SAF=34;SAR=51;SRF=49;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514441;STB=0.528656;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.000352174;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:109:109:85:85:0.438144:51:34:49:60:51:34:49:60 chr5 7878424 . T A 422.3 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00863295;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2845;QD=20.5999;RBI=0.0465345;REFB=-0.0134547;REVB=0.0457268;RO=38;SAF=19;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434784;STB=0.501172;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0127832;OID=.;OPOS=7878424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:38:40:42:42:0.512195:23:19:17:21:23:19:18:22 chr5 7889216 . G A 821.29 PASS AF=0.512346;AO=83;DP=162;FAO=83;FDP=162;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.00891394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.223;QD=20.2789;RBI=0.00895063;REFB=0.00535062;REVB=0.000809598;RO=79;SAF=37;SAR=46;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252941;STB=0.513886;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00219187;OID=.;OPOS=7889216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:79:79:83:83:0.512346:46:37:33:46:46:37:33:46 chr5 7889304 . C T 979.54 PASS AF=0.476636;AO=102;DP=214;FAO=102;FDP=214;FR=.;FRO=112;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=40;FSRR=72;FWDB=-0.0226427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.725;QD=18.3092;RBI=0.0235031;REFB=-0.00166511;REVB=-0.00630116;RO=112;SAF=40;SAR=62;SRF=40;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351597;STB=0.519376;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00139333;OID=.;OPOS=7889304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:112:112:102:102:0.476636:62:40:40:72:62:40:40:72 chr5 7891506 . C G 534.79 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00822718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.499;QD=23.507;RBI=0.00827677;REFB=0.0042167;REVB=0.000904651;RO=41;SAF=22;SAR=28;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062264;STB=0.534159;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00293575;OID=.;OPOS=7891506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:28:22:15:26:28:22:15:26 chr5 8619227 . C T 179.02 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00674299;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.331;QD=12.3459;RBI=0.00873176;REFB=-0.0398889;REVB=-0.00554759;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298274;STB=0.517226;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0229158;OID=.;OPOS=8619227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:11:11:17:19:11:11:17:19 chr5 8619258 . G A 249.36 PASS AF=0.426471;AO=24;DP=63;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00352561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.855;QD=14.6684;RBI=0.0232076;REFB=-0.0127011;REVB=0.0229382;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137697;STB=0.522433;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0134175;OID=.;OPOS=8619258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:39:39:24:29:0.426471:12:12:19:20:16:13:19:20 chr5 9041924 . T C 1206.28 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.168;QD=59.5693;RBI=0.051714;REFB=-0.166972;REVB=0.0486904;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000831301;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:37:43:0:0:37:43:0:1 chr5 9041935 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.137;QD=59.6793;RBI=0.0314226;REFB=0;REVB=-0.0281862;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45639e-05;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr5 9053945 . C T 551.43 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7156;QD=59.6138;RBI=0.0199892;REFB=0;REVB=-0.0057209;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09893e-05;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:19:16:0:0:20:17:0:0 chr5 9108333 . C T 523.07 PASS AF=0.425373;AO=57;DP=134;FAO=57;FDP=134;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.00848705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.703;QD=15.6139;RBI=0.0272248;REFB=0.0105203;REVB=0.0258682;RO=75;SAF=27;SAR=30;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207428;STB=0.518541;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.0160666;OID=.;OPOS=9108333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:75:77:57:57:0.425373:30:27:34:41:30:27:34:43 chr5 9122926 . C T 743.39 PASS AF=0.451429;AO=78;DP=175;FAO=79;FDP=175;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0380513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.11;QD=16.9917;RBI=0.0402735;REFB=-0.0558321;REVB=-0.0131929;RO=76;SAF=33;SAR=45;SRF=24;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100517;STB=0.522721;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0567997;OID=.;OPOS=9122926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:76:96:78:79:0.451429:45:33:24:52:46:33:44:52 chr5 9190404 . G A 911.57 PASS AF=0.469388;AO=92;DP=197;FAO=92;FDP=196;FR=.;FRO=104;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=-0.00273159;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.275;QD=18.6034;RBI=0.0163714;REFB=-0.0109126;REVB=0.0161419;RO=105;SAF=38;SAR=54;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134815;STB=0.577009;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0142371;OID=.;OPOS=9190404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:105:104:92:92:0.469388:54:38:58:47:54:38:58:46 chr5 9265602 . C T 1465.76 PASS AF=0.550781;AO=141;DP=256;FAO=141;FDP=256;FR=.;FRO=115;FSAF=77;FSAR=64;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=-0.00504796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.198;QD=22.9024;RBI=0.0257032;REFB=-0.00261935;REVB=-0.0252027;RO=114;SAF=77;SAR=64;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524629;STB=0.530558;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00164053;OID=.;OPOS=9265602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:114:115:141:141:0.550781:64:77:55:59:64:77:55:60 chr5 9280957 . C A 896.67 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1862;QD=57.8494;RBI=0.0721848;REFB=0;REVB=-0.0075106;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210669;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:59:62:1:33:26:0:0:36:26:0:0 chr5 9761013 . C A 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.052372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.703;QD=18.4947;RBI=0.0530137;REFB=0.00654295;REVB=-0.00822401;RO=30;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186722;STB=0.604579;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00678832;OID=.;OPOS=9761013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:20:10:16:14:20:10:16:14 chr5 9761022 . C T 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00319627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3072;QD=19.8662;RBI=0.0161458;REFB=-0.0215301;REVB=-0.0158263;RO=34;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488821;STB=0.527141;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0163821;OID=.;OPOS=9761022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:20:16:17:17:20:16:17:17 chr5 10237036 . A G 533.55 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00727853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.588;QD=19.9459;RBI=0.0180566;REFB=-0.000238854;REVB=0.0165246;RO=51;SAF=28;SAR=27;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677972;STB=0.532416;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000272402;OID=.;OPOS=10237036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:52:55:55:0.514019:27:28:22:29:27:28:23:29 chr5 10239261 . G A 673.09 PASS AF=0.468966;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0053942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.63;QD=18.5681;RBI=0.00539439;REFB=-0.00180229;REVB=-4.50596e-05;RO=76;SAF=43;SAR=25;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154862;STB=0.589626;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00216235;OID=.;OPOS=10239261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:77:68:68:0.468966:25:43:36:40:25:43:36:41 chr5 10239278 . C T 616.25 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.00106869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.927;QD=17.3591;RBI=0.0120572;REFB=0.013211;REVB=0.0120097;RO=76;SAF=40;SAR=24;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138114;STB=0.577593;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0107556;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:76:78:64:64:0.450704:24:40:37:39:24:40:38:40 chr5 10250430 . G A 4114.01 PASS AF=0.959322;AO=274;DP=294;FAO=283;FDP=295;FR=.;FRO=12;FSAF=158;FSAR=125;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0739646;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.7119;QD=55.7832;RBI=0.151009;REFB=-0.123444;REVB=0.131655;RO=8;SAF=158;SAR=116;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248933;STB=0.501032;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00709728;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:294:295:8:12:274:283:0.959322:116:158:1:7:125:158:7:5 chr5 10250443 . T C 4925.99 PASS AF=0.993769;AO=317;DP=321;FAO=319;FDP=321;FR=.;FRO=2;FSAF=168;FSAR=151;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0106574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.638;QD=61.3831;RBI=0.0120431;REFB=-0.0652343;REVB=0.0056085;RO=3;SAF=168;SAR=149;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00352835;STB=0.500166;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000216053;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:321:321:3:2:317:319:0.993769:149:168:1:2:151:168:1:1 chr5 10254817 . A G 2361.78 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.082;QD=63.832;RBI=0.0341542;REFB=0;REVB=0.028228;RO=0;SAF=72;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99082e-05;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:148:0:0:140:148:1:68:72:0:0:71:77:0:0 chr5 10256161 . T C 2753.73 PASS AF=0.994382;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00821765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.269;QD=61.8817;RBI=0.02188;REFB=-0.0539179;REVB=0.0202782;RO=0;SAF=81;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43551e-08;STB=0.50259;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000201501;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:178:0:1:177:177:0.994382:96:81:0:0:96:81:0:1 chr5 10261966 . G A 1302.1 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0813;QD=62.0047;RBI=0.0809217;REFB=0;REVB=-0.0808822;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477452;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:46:37:0:0:46:38:0:0 chr5 10564846 . C T 8620.6 PASS AF=0.990893;AO=542;DP=546;FAO=544;FDP=549;FR=.;FRO=5;FSAF=244;FSAR=300;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0243858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3326;QD=62.8094;RBI=0.0505959;REFB=-0.107143;REVB=0.0443315;RO=3;SAF=243;SAR=299;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023194;STB=0.503233;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000542118;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:546:549:3:5:542:544:0.990893:299:243:2:1:300:244:4:1 chr5 10624866 . T G 764.51 PASS AF=0.47619;AO=80;DP=168;FAO=80;FDP=168;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=0.018385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.631;QD=18.2027;RBI=0.022091;REFB=-0.00303398;REVB=0.0122476;RO=87;SAF=35;SAR=45;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150353;STB=0.57998;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00430677;OID=.;OPOS=10624866;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:87:88:80:80:0.47619:45:35:52:35:45:35:52:36 chr5 10624887 . T C 2612.78 PASS AF=0.994152;AO=168;DP=170;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00761847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.433;QD=61.1178;RBI=0.0198076;REFB=-0.0558013;REVB=-0.0182838;RO=0;SAF=87;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99687e-08;STB=0.50303;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=5.90528e-05;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:171:0:1:168:170:0.994152:81:87:0:0:82:88:0:1 chr5 10638180 . T C 3103.26 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.496;QD=61.4506;RBI=0.0217676;REFB=0;REVB=0.0209584;RO=0;SAF=100;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12374e-05;OID=.;OPOS=10638180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:202:0:0:197:202:1:97:100:0:0:99:103:0:0 chr5 10649412 . G C 2230.75 PASS AF=0.494407;AO=219;DP=447;FAO=221;FDP=447;FR=.;FRO=226;FSAF=132;FSAR=89;FSRF=107;FSRR=119;FWDB=-0.0161921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.279;QD=19.9619;RBI=0.018344;REFB=-0.0103273;REVB=0.00862083;RO=225;SAF=131;SAR=88;SRF=107;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114935;STB=0.56346;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00981107;OID=.;OPOS=10649412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:447:225:226:219:221:0.494407:88:131:107:118:89:132:107:119 chr5 10649784 . G A 1513.96 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.05148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.252;QD=62.4315;RBI=0.0804144;REFB=0.0728482;REVB=0.0617761;RO=1;SAF=33;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074689;STB=0.503936;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-9.1591e-05;OID=.;OPOS=10649784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:63:33:0:1:63:33:0:1 chr5 10650150 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.65839e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.606;QD=40.7618;RBI=0.0420769;REFB=0;REVB=0.0420769;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374847;OID=.;OPOS=10650150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr5 10761182 . A G 833.87 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.088;QD=57.5083;RBI=0.0605268;REFB=0;REVB=-0.030168;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000475793;OID=.;OPOS=10761182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr5 10973239 . C T 491.31 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.020513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.933;QD=25.1952;RBI=0.0205935;REFB=-0.0110526;REVB=-0.00181929;RO=32;SAF=19;SAR=27;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525681;STB=0.502876;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00469405;OID=.;OPOS=10973239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:27:19:13:19:27:19:13:19 chr5 13701525 . T C 193.08 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0356972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0942;QD=10.0298;RBI=0.0363918;REFB=-0.00164514;REVB=-0.00707628;RO=52;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198475;STB=0.511619;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0040555;OID=.;OPOS=13701525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:14:11:22:30:14:11:22:30 chr5 13701536 . T C 188.85 PASS AF=0.352941;AO=19;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0235605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.741;QD=11.109;RBI=0.0240532;REFB=-0.0120202;REVB=-0.00484352;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287184;STB=0.55124;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.030561;OID=.;OPOS=13701536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:44:19:24:0.352941:8:11:11:24:14:10:15:29 chr5 13717471 . T C 1058.85 PASS AF=0.46383;AO=109;DP=235;FAO=109;FDP=235;FR=.;FRO=126;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=67;FSRR=59;FWDB=-0.00915268;FXX=0.00843846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.474;QD=18.0229;RBI=0.0269363;REFB=0.00231396;REVB=-0.0253336;RO=122;SAF=60;SAR=49;SRF=65;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170492;STB=0.510114;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00267859;OID=.;OPOS=13717471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:122:126:109:109:0.46383:49:60:65:57:49:60:67:59 chr5 13719022 . T G 1020.88 PASS AF=0.46875;AO=103;DP=223;FAO=105;FDP=224;FR=.;FRO=119;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=55;FSRR=64;FWDB=0.00788185;FXX=0.0218331;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7651;QD=18.2301;RBI=0.00815807;REFB=0.00170967;REVB=-0.00210492;RO=118;SAF=52;SAR=51;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456113;STB=0.527652;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0030565;OID=.;OPOS=13719022;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:118:119:103:105:0.46875:51:52:54:64:51:54:55:64 chr5 13719089 . G A 990.41 PASS AF=0.47907;AO=101;DP=214;FAO=103;FDP=215;FR=.;FRO=112;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=0.00370934;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.035;QD=18.4263;RBI=0.0125469;REFB=-0.0162141;REVB=0.011986;RO=113;SAF=52;SAR=49;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997559;STB=0.502528;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0156667;OID=.;OPOS=13719089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:113:112:101:103:0.47907:49:52:57:56:51:52:56:56 chr5 13809150 . T C 754.17 PASS AF=0.506494;AO=77;DP=154;FAO=78;FDP=154;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.00844582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.568;QD=19.5888;RBI=0.0257451;REFB=-0.00228268;REVB=-0.0243203;RO=75;SAF=41;SAR=36;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153878;STB=0.570748;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00172569;OID=.;OPOS=13809150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:75:76:77:78:0.506494:36:41:27:48:37:41:29:47 chr5 13811775 . T C 987.95 PASS AF=0.47032;AO=103;DP=220;FAO=103;FDP=219;FR=.;FRO=116;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=-0.00582336;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3232;QD=18.0448;RBI=0.0156553;REFB=-0.00383554;REVB=0.0145319;RO=114;SAF=47;SAR=56;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166373;STB=0.514079;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00539351;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:114:116:103:103:0.47032:56:47:54:60:56:47:56:60 chr5 13829799 . G A 716.17 PASS AF=0.445087;AO=77;DP=174;FAO=77;FDP=173;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.0295648;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.524;QD=16.5587;RBI=0.0296806;REFB=-0.00192743;REVB=-0.00261926;RO=96;SAF=29;SAR=48;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740704;STB=0.541258;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00223316;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:96:96:77:77:0.445087:48:29:43:53:48:29:43:53 chr5 13845045 . G A 500.1 PASS AF=0.391608;AO=56;DP=143;FAO=56;FDP=143;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=-0.0162256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.48;QD=13.9887;RBI=0.0224203;REFB=-0.0164275;REVB=-0.0154726;RO=87;SAF=31;SAR=25;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185925;STB=0.604804;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0266568;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:87:87:56:56:0.391608:25:31:33:54:25:31:33:54 chr5 13865980 . T C 531.54 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0112674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.398;QD=22.862;RBI=0.0571175;REFB=-0.0161783;REVB=0.0559951;RO=43;SAF=19;SAR=31;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940773;STB=0.551826;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0174777;OID=.;OPOS=13865980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:31:19:21:22:31:19:21:22 chr5 13882841 . A G 388.46 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0593874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1184;QD=21.2855;RBI=0.0612942;REFB=-0.00926048;REVB=-0.0151695;RO=33;SAF=11;SAR=27;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128845;STB=0.554474;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0132914;OID=.;OPOS=13882841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:34:38:39:0.534247:27:11:14:19:27:12:14:20 chr5 13894894 . T A 731.05 PASS AF=0.438889;AO=79;DP=169;FAO=79;FDP=180;FR=.;FRO=101;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-6.46091e-06;FXX=0.00552456;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.9127;QD=16.2455;RBI=0.020933;REFB=-0.0121411;REVB=-0.020933;RO=90;SAF=33;SAR=46;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800826;STB=0.543941;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0129349;OID=.;OPOS=13894894;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:180:90:101:79:79:0.438889:46:33:45:45:46:33:50:51 chr5 13900345 . A G 3541.98 PASS AF=1;AO=225;DP=227;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116347;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.81;QD=62.9685;RBI=0.0356689;REFB=0;REVB=0.0356499;RO=0;SAF=97;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60859e-05;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:225:0:0:225:225:1:128:97:0:0:128:97:0:0 chr5 13902220 . T C 245.63 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00677926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.796;QD=23.9637;RBI=0.0079219;REFB=0.0185254;REVB=0.00409856;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147834;STB=0.582208;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00849451;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:6:12:11:12:6:12 chr5 13913885 . A G 3916.48 PASS AF=1;AO=251;DP=251;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.2;QD=62.1664;RBI=0.0272369;REFB=0;REVB=-0.0190205;RO=0;SAF=123;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54949e-05;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:251:252:0:0:251:252:1:128:123:0:0:129:123:0:0 chr5 13931340 . C T 1171.59 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1315;QD=60.8616;RBI=0.0240635;REFB=0;REVB=0.0175914;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273099;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr5 13944512 . A C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8752;QD=61.3755;RBI=0.0667949;REFB=0;REVB=-0.0659214;RO=0;SAF=57;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000387045;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:23:57:0:0:23:57:0:0 chr5 14184021 . C CA 996.59 PASS AF=1;AO=12;DP=112;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550393;FXX=0.045041;HRUN=0;LEN=1;MLLD=96.7118;QD=37.6071;RBI=0.00575779;REFB=0;REVB=-0.00169084;RO=98;SAF=1;SAR=11;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521885;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000471662;OID=.;OPOS=14184022;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:112:106:106:0:46:60:0:0:21:98:1:11:48:50 chr5 14184022 . G A,T 1580.43 PASS AF=0.889908,0.110092;AO=96,12;DP=109;FAO=97,12;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=47,1;FSAR=50,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848067,-0.00356625;FXX=0.0180164;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.879,49.6148;QD=57.9975;RBI=0.00993281,0.0185987;REFB=0,0;REVB=-0.00517097,-0.0182536;RO=0;SAF=47,1;SAR=49,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.53995e-08,-3.23983e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000614533,0.0687847;OID=.,.;OPOS=14184022,14184022;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:48:109:109:0:0:96,12:97,12:0.889908,0.110092:49,11:47,1:0:0:50,11:47,1:0:0 chr5 14184079 . G A 1943.87 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00756887;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.558;QD=60.2752;RBI=0.0139946;REFB=-0.0186838;REVB=-0.0117712;RO=2;SAF=62;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150798;STB=0.507935;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.000179652;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:129:2:2:127:127:0.984496:65:62:2:0:65:62:2:0 chr5 14420027 . A C 1086.21 PASS AF=0.52657;AO=108;DP=202;FAO=109;FDP=207;FR=.;FRO=98;FSAF=66;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=-0.0780618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3947;QD=20.9896;RBI=0.0792353;REFB=-0.0130241;REVB=0.0135864;RO=94;SAF=65;SAR=43;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612561;STB=0.526687;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0115;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:207:94:98:108:109:0.52657:43:65:50:44:43:66:54:44 chr5 14709412 . A AT 300.69 PASS AF=1;AO=27;DP=38;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.182413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.7674;QD=34.364;RBI=0.250428;REFB=-0.0166979;REVB=0.17158;RO=9;SAF=9;SAR=18;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586931;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00465168;OID=.;OPOS=14709413;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:38:35:35:0:11:24:0:0:5:9:9:18:2:7 chr5 14871635 . A AG 62.61 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=91;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=-0.0917258;FXX=0.0740649;HRUN=0;LEN=1;MLLD=182.462;QD=3.33926;RBI=0.0943478;REFB=-0.0059644;REVB=-0.0220881;RO=73;SAF=7;SAR=9;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520382;STB=0.60857;STBP=0.368;TYPE=ins;VARB=0.029856;OID=.;OPOS=14871636;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213333:16:91:16:75:59:7:9:18:41:62:73:7:9:29:44 chr5 16666180 . A G 251.86 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.010489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9471;QD=14.8154;RBI=0.0204314;REFB=0.0342686;REVB=0.0175335;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030399;STB=0.517229;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0445452;OID=.;OPOS=16666180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:14:15:19:20:14:15:19:20 chr5 16673975 . C G 1027.2 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.489;QD=59.5478;RBI=0.0565496;REFB=0;REVB=0.0184037;RO=0;SAF=12;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60989e-05;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:54:12:0:0:54:15:0:0 chr5 16769273 . G A 388.88 PASS AF=0.47619;AO=39;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=37;FWDB=-0.0211874;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7467;QD=18.5181;RBI=0.0250899;REFB=-0.00570549;REVB=-0.0134386;RO=44;SAF=9;SAR=30;SRF=7;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102385;STB=0.552322;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00475986;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:39:40:0.47619:30:9:7:37:31:9:7:37 chr5 19721490 . T C 4377.46 PASS AF=0.982578;AO=274;DP=282;FAO=282;FDP=287;FR=.;FRO=5;FSAF=99;FSAR=183;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0192257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2141;QD=61.0099;RBI=0.0194988;REFB=-0.0188103;REVB=-0.00325184;RO=4;SAF=95;SAR=179;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00463345;STB=0.500935;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00153104;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:282:287:4:5:274:282:0.982578:179:95:2:2:183:99:2:3 chr5 21751367 . CTT C 215.56 PASS AF=0.465753;AO=25;DP=76;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0874843;FXX=0.0394685;HRUN=3;LEN=2;MLLD=36.134;QD=11.8116;RBI=0.102483;REFB=0.00187587;REVB=0.0533794;RO=31;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156815;STB=0.581535;STBP=0.226;TYPE=del;VARB=6.04303e-05;OID=.;OPOS=21751368;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465753:25:76:34:73:39:20:14:17:22:99:31:16:9:15:16 chr5 21752050 . A G 1372.59 PASS AF=0.466667;AO=134;DP=296;FAO=140;FDP=300;FR=.;FRO=160;FSAF=66;FSAR=74;FSRF=65;FSRR=95;FWDB=-0.00152865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.889;QD=18.3012;RBI=0.00693422;REFB=-0.00531103;REVB=-0.00676362;RO=158;SAF=64;SAR=70;SRF=64;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715002;STB=0.53501;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00586424;OID=.;OPOS=21752050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:300:158:160:134:140:0.466667:70:64:64:94:74:66:65:95 chr5 21752056 . A G 1362.81 PASS AF=0.472603;AO=138;DP=292;FAO=138;FDP=292;FR=.;FRO=154;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=61;FSRR=93;FWDB=0.00932519;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.121;QD=18.6686;RBI=0.00941655;REFB=0.00698896;REVB=-0.00130857;RO=153;SAF=65;SAR=73;SRF=61;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696295;STB=0.539818;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00650994;OID=.;OPOS=21752056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:153:154:138:138:0.472603:73:65:61:92:73:65:61:93 chr5 21842436 . A G 660.86 PASS AF=0.5;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0270252;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7805;QD=20.026;RBI=0.052462;REFB=0.0125232;REVB=0.0449656;RO=66;SAF=19;SAR=47;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140209;STB=0.577643;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0112878;OID=.;OPOS=21842436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:66:66:66:66:0.5:47:19:28:38:47:19:28:38 chr5 23526968 . T C 35.06 PASS AF=0.2;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0640728;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.814;QD=4.67518;RBI=0.0959278;REFB=-0.0392571;REVB=-0.071392;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370753;STB=0.691574;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.193565;OID=.;OPOS=23526968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:31:30:18:23:6:6:0.2:1:5:10:8:1:5:15:8 chr5 24537505 . G A 426.88 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0150856;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.619;QD=14.1116;RBI=0.0150857;REFB=-0.0055295;REVB=-6.70019e-05;RO=71;SAF=31;SAR=18;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249023;STB=0.63643;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00823881;OID=.;OPOS=24537505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:71:72:49:49:0.404959:18:31:28:43:18:31:29:43 chr5 26198575 . G T 926.95 PASS AF=0.413386;AO=105;DP=254;FAO=105;FDP=254;FR=.;FRO=149;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=68;FSRR=81;FWDB=0.026886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3827;QD=14.5977;RBI=0.0278166;REFB=-0.00395016;REVB=-0.00713467;RO=147;SAF=44;SAR=61;SRF=66;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319067;STB=0.52232;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00563857;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:147:149:105:105:0.413386:61:44:66:81:61:44:68:81 chr5 26198591 . C T 1000.43 PASS AF=0.431373;AO=109;DP=255;FAO=110;FDP=255;FR=.;FRO=145;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=65;FSRR=80;FWDB=-0.00638234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.587;QD=15.6929;RBI=0.00922487;REFB=-0.0129752;REVB=-0.00666063;RO=145;SAF=46;SAR=63;SRF=65;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274533;STB=0.517479;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0171886;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:145:145:109:110:0.431373:63:46:65:80:64:46:65:80 chr5 26903557 . G A,T 1724.04 PASS AF=0.94958,0.0336134;AO=110,7;DP=119;FAO=113,4;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=59,0;FSAR=54,4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00522498,-0.0430119;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=196.766,17.3469;QD=57.951;RBI=0.00888823,0.0795891;REFB=0.00807678,-0.00699442;REVB=-0.00719028,-0.0669656;RO=2;SAF=57,2;SAR=53,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.000617094,-0.0955799;STB=0.500385,0.995773;STBP=0.87,0.167;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000504207,0.111459;OID=.,.;OPOS=26903557,26903557;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:119:119:2:2:110,7:113,4:0.94958,0.0336134:53,5:57,2:1:1:54,4:59,0:1:1 chr5 31299727 . G C 260.4 PASS AF=0.383721;AO=24;DP=78;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00678571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.078;QD=12.1115;RBI=0.00896068;REFB=-0.00972473;REVB=-0.00585217;RO=53;SAF=4;SAR=20;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418222;STB=0.590108;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0330761;OID=.;OPOS=31299727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:86:53:53:24:33:0.383721:20:4:25:28:22:11:25:28 chr5 31401447 . A G 777.87 PASS AF=0.570312;AO=72;DP=127;FAO=73;FDP=128;FR=.;FRO=55;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00329737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.176;QD=24.3083;RBI=0.00344521;REFB=0.00242569;REVB=-0.000998405;RO=53;SAF=41;SAR=31;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134596;STB=0.569304;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00180265;OID=.;OPOS=31401447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:53:55:72:73:0.570312:31:41:21:32:32:41:22:33 chr5 31423007 . T C 929.0 PASS AF=0.4689;AO=96;DP=207;FAO=98;FDP=209;FR=.;FRO=111;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=-0.00303834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.917;QD=17.7799;RBI=0.0041969;REFB=-0.00340013;REVB=-0.00289525;RO=110;SAF=40;SAR=56;SRF=45;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00753524;STB=0.503431;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00378569;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:209:110:111:96:98:0.4689:56:40:45:65:58:40:46:65 chr5 32058115 . A G 375.23 PASS AF=0.425532;AO=38;DP=93;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0122198;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.435;QD=15.9672;RBI=0.019662;REFB=-0.0131818;REVB=-0.0154036;RO=54;SAF=2;SAR=36;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.579347;STB=0.755085;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0186229;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:54:54:38:40:0.425532:36:2:19:35:36:4:20:34 chr5 32087253 . A G 1551.79 PASS AF=0.440318;AO=163;DP=376;FAO=166;FDP=377;FR=.;FRO=211;FSAF=86;FSAR=80;FSRF=119;FSRR=92;FWDB=0.0115928;FXX=0.00789453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.899;QD=16.4646;RBI=0.0122036;REFB=-0.0182337;REVB=0.00381268;RO=210;SAF=86;SAR=77;SRF=119;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398917;STB=0.525773;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0254275;OID=.;OPOS=32087253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:377:210:211:163:166:0.440318:77:86:119:91:80:86:119:92 chr5 32087374 . A G 947.77 PASS AF=0.417323;AO=106;DP=258;FAO=106;FDP=254;FR=.;FRO=148;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=77;FSRR=71;FWDB=-0.000409512;FXX=0.0193043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9658;QD=14.9255;RBI=0.00148113;REFB=-0.0119346;REVB=0.00142339;RO=139;SAF=47;SAR=59;SRF=69;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543585;STB=0.544904;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0153156;OID=.;OPOS=32087374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:254:139:148:106:106:0.417323:59:47:69:70:59:47:77:71 chr5 32087802 . A G 210.09 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=49;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00133851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.236;QD=15.2795;RBI=0.00621698;REFB=-0.0245642;REVB=-0.00607118;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986702;STB=0.579121;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0288689;OID=.;OPOS=32087802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:55:25:30:19:25:0.454545:11:8:13:12:16:9:15:15 chr5 32229677 . G A 321.22 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00194756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.015;QD=16.2642;RBI=0.0329893;REFB=-0.0102857;REVB=-0.0329318;RO=44;SAF=20;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261182;STB=0.514697;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0129358;OID=.;OPOS=32229677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:15:20:24:20:15:20:24:20 chr5 32403346 . C T 3381.74 PASS AF=1;AO=216;DP=216;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9809;QD=62.3362;RBI=0.0203732;REFB=0;REVB=-0.0181615;RO=0;SAF=107;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85195e-05;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:217:0:0:216:217:1:109:107:0:0:109:108:0:0 chr5 32789852 . T C 394.28 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0221201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.882;QD=17.3311;RBI=0.0227036;REFB=0.0056403;REVB=0.0051139;RO=50;SAF=20;SAR=21;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903122;STB=0.550537;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.004255;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:41:41:0.450549:21:20:29:21:21:20:29:21 chr5 32790616 . T C 909.42 PASS AF=0.441441;AO=97;DP=221;FAO=98;FDP=222;FR=.;FRO=124;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=-0.00399354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.414;QD=16.3858;RBI=0.0052075;REFB=-0.0158317;REVB=-0.00334211;RO=124;SAF=38;SAR=59;SRF=56;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623602;STB=0.530871;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0157213;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:124:124:97:98:0.441441:59:38:56:68:59:39:56:68 chr5 33278049 . T C 1607.03 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.442;QD=60.0757;RBI=0.0308755;REFB=0;REVB=0.0184711;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09386e-05;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:56:51:0:0:56:51:0:0 chr5 33462034 . G A 579.94 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0108814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.443;QD=17.1835;RBI=0.0184262;REFB=0.00222055;REVB=0.0148701;RO=74;SAF=36;SAR=25;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116341;STB=0.564823;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00213154;OID=.;OPOS=33462034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:74:61:61:0.451852:25:36:35:39:25:36:35:39 chr5 33535060 . G A 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3598;QD=57.882;RBI=0.0439327;REFB=0;REVB=-0.0370392;RO=0;SAF=8;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245567;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:52:8:0:0:52:8:0:0 chr5 33624430 . A G 1171.73 PASS AF=0.50655;AO=116;DP=229;FAO=116;FDP=229;FR=.;FRO=113;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.00160354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.585;QD=20.4668;RBI=0.0069104;REFB=-0.00151924;REVB=0.00672177;RO=112;SAF=56;SAR=60;SRF=56;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154584;STB=0.510694;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00146837;OID=.;OPOS=33624430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:112:113:116:116:0.50655:60:56:56:56:60:56:57:56 chr5 33751454 . A T 307.89 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0010084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.443;QD=20.8737;RBI=0.0328862;REFB=-0.0153428;REVB=0.0328708;RO=27;SAF=23;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302112;STB=0.668047;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00693941;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:9:23:10:17:9:23:10:17 chr5 33938447 . G A 1513.21 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0196163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.004;QD=56.5686;RBI=0.0224698;REFB=-0.167293;REVB=0.0109586;RO=3;SAF=41;SAR=63;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334566;STB=0.517644;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00108257;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:107:107:3:3:104:104:0.971963:63:41:3:0:63:41:3:0 chr5 33954511 . T C 796.99 PASS AF=0.488095;AO=82;DP=169;FAO=82;FDP=168;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0135865;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.859;QD=18.9761;RBI=0.0154759;REFB=-0.00824908;REVB=0.00741016;RO=85;SAF=36;SAR=46;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729415;STB=0.537374;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00867899;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:85:86:82:82:0.488095:46:36:44:41:46:36:44:42 chr5 33963870 . C T 706.18 PASS AF=0.47619;AO=70;DP=150;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0321321;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.306;QD=19.2158;RBI=0.0329932;REFB=0.00463604;REVB=-0.00748883;RO=79;SAF=29;SAR=41;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158112;STB=0.500701;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00549817;OID=.;OPOS=33963870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:147:79:77:70:70:0.47619:41:29:34:45:41:29:32:45 chr5 33989518 . C T 1695.87 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.774;QD=60.5666;RBI=0.0517171;REFB=0;REVB=0.0382854;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51682e-05;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:50:61:0:0:51:61:0:0 chr5 33994116 . A T 630.09 PASS AF=0.4;AO=47;DP=138;FAO=56;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.00924934;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.076;QD=18.0026;RBI=0.0344045;REFB=-0.0167739;REVB=0.0331379;RO=68;SAF=26;SAR=21;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373363;STB=0.523735;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0245756;OID=.;OPOS=33994116;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:68:74:47:56:0.4:21:26:40:28:25:31:44:30 chr5 33998883 . A G 2277.34 PASS AF=0.968553;AO=154;DP=159;FAO=154;FDP=159;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0200144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5627;QD=57.2915;RBI=0.0330305;REFB=0.00547244;REVB=-0.0262761;RO=5;SAF=60;SAR=94;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246284;STB=0.512952;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000373637;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:159:159:5:5:154:154:0.968553:94:60:0:5:94:60:0:5 chr5 34004707 . C T 448.86 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00801787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0331;QD=21.3745;RBI=0.0293568;REFB=-0.00385271;REVB=0.0282407;RO=40;SAF=20;SAR=24;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393333;STB=0.521729;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00340194;OID=.;OPOS=34004707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:24:20:20:20:24:20:20:20 chr5 34008100 . C T 2041.38 PASS AF=0.515625;AO=197;DP=385;FAO=198;FDP=384;FR=.;FRO=186;FSAF=91;FSAR=107;FSRF=84;FSRR=102;FWDB=0.0681524;FXX=0.00518121;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1986;QD=21.2644;RBI=0.0682265;REFB=-0.00438252;REVB=-0.00317726;RO=184;SAF=90;SAR=107;SRF=82;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999084;STB=0.503894;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0042999;OID=.;OPOS=34008100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:384:184:186:197:198:0.515625:107:90:82:102:107:91:84:102 chr5 34020277 . C T 331.28 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00791589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.88;QD=13.6612;RBI=0.0168974;REFB=-0.00767507;REVB=-0.0149285;RO=60;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360467;STB=0.520537;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.013536;OID=.;OPOS=34020277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:21:16:24:36:21:16:24:36 chr5 34038537 . A G 1696.16 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0201838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.576;QD=59.5145;RBI=0.0334513;REFB=-0.132585;REVB=-0.0266759;RO=1;SAF=44;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693169;STB=0.503649;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000129469;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:114:1:1:112:113:0.991228:68:44:0:1:68:45:0:1 chr5 34802384 . A G 792.48 PASS AF=0.479532;AO=82;DP=172;FAO=82;FDP=171;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=0.00763406;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.233;QD=18.5375;RBI=0.0246475;REFB=0.00735692;REVB=-0.0234355;RO=89;SAF=42;SAR=40;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101356;STB=0.555922;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00879693;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:89:89:82:82:0.479532:40:42:36:53:40:42:36:53 chr5 34811154 . G T 183.56 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0810013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5327;QD=9.92208;RBI=0.0810017;REFB=-0.00515025;REVB=0.000263134;RO=50;SAF=7;SAR=17;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13963;STB=0.582415;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00857346;OID=.;OPOS=34811154;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:17:7:20:30:17:7:20:30 chr5 34998877 . C A 576.49 PASS AF=0.418919;AO=61;DP=148;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=-0.046427;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0837;QD=15.5807;RBI=0.0477052;REFB=-0.00913545;REVB=-0.0109689;RO=86;SAF=31;SAR=30;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153995;STB=0.581056;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0130287;OID=.;OPOS=34998877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:86:86:61:62:0.418919:30:31:31:55:31:31:31:55 chr5 35010138 . A G 4325.41 PASS AF=0.992832;AO=271;DP=274;FAO=277;FDP=279;FR=.;FRO=2;FSAF=144;FSAR=133;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0451117;FXX=0.00711718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.318;QD=62.013;RBI=0.0461105;REFB=-0.0454671;REVB=-0.00954515;RO=1;SAF=138;SAR=133;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034427;STB=0.503448;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00011409;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:274:279:1:2:271:277:0.992832:133:138:1:0:133:144:2:0 chr5 35033605 . G A 1420.43 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00729191;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.597;QD=63.1302;RBI=0.0102985;REFB=0;REVB=0.00727229;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00177e-05;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr5 35037115 . C T 791.97 PASS AF=0.506667;AO=75;DP=149;FAO=76;FDP=150;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0104214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.39;QD=21.1193;RBI=0.0136606;REFB=-0.0113323;REVB=0.00883208;RO=74;SAF=44;SAR=31;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115621;STB=0.56607;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00978788;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:74:74:75:76:0.506667:31:44:34:40:31:45:34:40 chr5 35641582 . A C 927.04 PASS AF=0.415638;AO=101;DP=243;FAO=101;FDP=243;FR=.;FRO=142;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=66;FSRR=76;FWDB=-0.0212706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.623;QD=15.26;RBI=0.0259331;REFB=-0.00793002;REVB=0.0148354;RO=139;SAF=46;SAR=55;SRF=64;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521307;STB=0.505497;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0127166;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:139:142:101:101:0.415638:55:46:64:75:55:46:66:76 chr5 35643634 . A G 482.89 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0213775;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.026;QD=18.5725;RBI=0.0232245;REFB=-0.0125961;REVB=-0.00907641;RO=53;SAF=25;SAR=26;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176867;STB=0.5098;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0145007;OID=.;OPOS=35643634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:53:51:51:0.490385:26:25:27:26:26:25:27:26 chr5 35644621 . T C 1536.81 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0518303;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7518;QD=62.7269;RBI=0.0531362;REFB=-0.0801769;REVB=0.0117081;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.505746;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000499864;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:43:54:0:0:43:54:0:1 chr5 35654711 . C T 1566.21 PASS AF=0.478916;AO=159;DP=331;FAO=159;FDP=332;FR=.;FRO=173;FSAF=89;FSAR=70;FSRF=73;FSRR=100;FWDB=-0.0335316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.514;QD=18.8701;RBI=0.042502;REFB=0.0105419;REVB=-0.0261161;RO=171;SAF=89;SAR=70;SRF=72;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130394;STB=0.571581;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0127704;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:332:171:173:159:159:0.478916:70:89:72:99:70:89:73:100 chr5 35700598 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0251591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.786;QD=12.7823;RBI=0.0253201;REFB=-0.0114208;REVB=-0.00285122;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044472;STB=0.526264;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0104452;OID=.;OPOS=35700598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:9:5:4:6:9:5 chr5 35702306 . A G 442.75 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0110601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.268;QD=22.705;RBI=0.0170987;REFB=0.0113001;REVB=-0.01304;RO=35;SAF=16;SAR=27;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096243;STB=0.553048;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00982619;OID=.;OPOS=35702306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:27:16:17:18:27:16:17:18 chr5 35709095 . C T 2598.33 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.029;QD=61.1371;RBI=0.0208272;REFB=0;REVB=0.0141832;RO=0;SAF=80;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.35852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191729;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:170:0:0:163:170:1:83:80:0:0:88:82:0:0 chr5 35709184 . G C 1893.99 PASS AF=0.941176;AO=129;DP=136;FAO=128;FDP=136;FR=.;FRO=8;FSAF=50;FSAR=78;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00448459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1919;QD=55.7056;RBI=0.0225869;REFB=0.00197462;REVB=0.0221372;RO=6;SAF=50;SAR=79;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536828;STB=0.529533;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000933889;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:136:136:6:8:129:128:0.941176:79:50:6:0:78:50:7:1 chr5 35764696 . C T 749.53 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7636;QD=55.5211;RBI=0.0274574;REFB=0;REVB=0.00142382;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113508;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:20:32:0:0:20:34:0:0 chr5 35776368 . C T 191.25 PASS AF=0.25;AO=29;DP=116;FAO=29;FDP=116;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=60;FWDB=-0.0128632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.532;QD=6.59497;RBI=0.0164256;REFB=0.00233243;REVB=-0.0102147;RO=87;SAF=6;SAR=23;SRF=27;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168995;STB=0.603741;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00732379;OID=.;OPOS=35776368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:87:87:29:29:0.25:23:6:27:60:23:6:27:60 chr5 35788565 . A G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.367;QD=51.9128;RBI=0.0298597;REFB=0;REVB=-0.00121179;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341928;OID=.;OPOS=35788565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr5 35910529 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.903;QD=56.9556;RBI=0.0235041;REFB=0;REVB=0.0231512;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77936e-05;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr5 35962984 . A G 669.75 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.746;QD=62.3026;RBI=0.0836667;REFB=0;REVB=0.0485367;RO=0;SAF=5;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208298;OID=.;OPOS=35962984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:38:5:0:0:38:5:0:0 chr5 35965970 . A C 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0242095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.937;QD=14.6985;RBI=0.024292;REFB=-0.00953908;REVB=0.00199982;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1295;STB=0.574986;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0130309;OID=.;OPOS=35965970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:10:13:7:9:10:13 chr5 36155318 . C CTT,CTTT 174.93 PASS AF=0.451613,0.016129;AO=11,9;DP=76;FAO=28,1;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13,0;FSAR=15,1;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00791784,0.00434259;FXX=0.0746157;HRUN=4,4;LEN=2,3;MLLD=24.2079,25.6151;QD=11.2858;RBI=0.144553,0.100382;REFB=-0.00157441,-0.00130502;REVB=-0.144336,-0.100288;RO=50;SAF=5,1;SAR=6,8;SRF=28;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.129954,-0.553825;STB=0.505297,0.989048;STBP=0.944,0.474;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0185988,0.0472558;OID=.,.;OPOS=36155319,36155319;OREF=-,-;OALT=TT,TTT;OMAPALT=CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613,0.016129:11,9:76:28,1:62:33:13,0:15,1:15:18:99:50:5,1:6,8:28:22 chr5 36171780 . A G 821.15 PASS AF=0.42723;AO=91;DP=213;FAO=91;FDP=213;FR=.;FRO=122;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=-0.0195818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.99;QD=15.4206;RBI=0.0222847;REFB=-0.00378314;REVB=0.0106378;RO=122;SAF=44;SAR=47;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851714;STB=0.504749;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00545329;OID=.;OPOS=36171780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:122:122:91:91:0.42723:47:44:60:62:47:44:60:62 chr5 36193223 . CAG C 145.71 PASS AF=0.421053;AO=17;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.03654;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.75;QD=15.3382;RBI=0.0371337;REFB=-0.0202963;REVB=-0.00661397;RO=20;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068596;STB=0.567475;STBP=0.666;TYPE=del;VARB=0.0270672;OID=.;OPOS=36193224;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:17:39:16:38:22:2:14:4:18:99:20:2:15:3:17 chr5 36193232 . T C 118.92 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0133721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.306;QD=13.2131;RBI=0.013374;REFB=-0.0167205;REVB=0.000227785;RO=21;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911277;STB=0.545386;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0287938;OID=.;OPOS=36193232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:12:2:4:17:12:2:4:18 chr5 36257018 . A G 1726.28 PASS AF=0.916667;AO=119;DP=130;FAO=121;FDP=132;FR=.;FRO=11;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.000433038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9083;QD=52.3114;RBI=0.0330423;REFB=-0.170896;REVB=0.0330395;RO=11;SAF=49;SAR=70;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954804;STB=0.549541;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0104539;OID=.;OPOS=36257018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:130:132:11:11:119:121:0.916667:70:49:11:0:71:50:11:0 chr5 36269551 . G C 1654.85 PASS AF=1;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329575;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.494;QD=60.7283;RBI=0.0280049;REFB=0;REVB=0.0278103;RO=0;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246947;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:109:0:0:109:109:1:60:49:0:0:60:49:0:0 chr5 36985303 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0611462;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.377;QD=10.6692;RBI=0.0649809;REFB=-0.0508837;REVB=0.0219923;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756198;STB=0.565086;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0247732;OID=.;OPOS=36985303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:4:6:9:8:4:6:9:9 chr5 37057334 . GT G 90.58 PASS AF=0.285714;AO=49;DP=120;FAO=34;FDP=119;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.0192651;FXX=0.00833264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.4306;QD=3.04473;RBI=0.170875;REFB=-0.0792424;REVB=-0.169785;RO=66;SAF=12;SAR=37;SRF=24;SRR=42;SSEN=0.580645;SSEP=0;SSSB=-0.148907;STB=0.785034;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0841416;OID=.;OPOS=37057335;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:49:120:34:119:85:4:30:35:50:90:66:12:37:24:42 chr5 37226961 . G A 231.98 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0149833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.019;QD=14.9664;RBI=0.0594854;REFB=-0.0145864;REVB=-0.0575675;RO=35;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175336;STB=0.583271;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0209305;OID=.;OPOS=37226961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:35:26:27:0.435484:17:9:18:17:17:10:18:17 chr5 37294473 . T C 2273.43 PASS AF=0.993377;AO=149;DP=150;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0193337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.145;QD=60.2232;RBI=0.0844483;REFB=-0.103888;REVB=0.0822053;RO=0;SAF=60;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000253316;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:150:151:0:1:149:150:0.993377:89:60:0:0:89:61:0:1 chr5 37309371 . TAGAA TA,TAGAG 251.35 PASS AF=0.412698,0.047619;AO=26,3;DP=62;FAO=26,3;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12,2;FSAR=14,1;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0147778,0.0269493;FXX=0.0307645;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=227.335,38.268;QD=15.959;RBI=0.0149142,0.0769026;REFB=-0.00891995,-0.0177593;REVB=0.00201258,-0.072026;RO=27;SAF=12,2;SAR=14,1;SRF=8;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.153459,0.381814;STB=0.631487,0.842186;STBP=0.119,0.468;TYPE=del,snp;VARB=0.0128202,0.126789;OID=.,.;OPOS=37309372,37309375;OREF=AGA,A;OALT=-,G;OMAPALT=TA,TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412698,0.047619:26,3:62:26,3:63:34:12,2:14,1:8:26:99:27:12,2:14,1:8:19 chr5 37364443 . C T 1002.6 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597807;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.075;QD=58.1219;RBI=0.00965908;REFB=0;REVB=-0.00758687;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011021;OID=.;OPOS=37364443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:66:69:1:33:33:0:0:35:34:0:0 chr5 37700516 . C T 3105.65 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.645;QD=63.7057;RBI=0.0239498;REFB=0;REVB=-0.0237639;RO=0;SAF=81;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20913e-05;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:195:195:1:114:81:0:0:114:81:0:0 chr5 38475507 . G A 709.44 PASS AF=0.486301;AO=71;DP=147;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.0144141;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3672;QD=19.4366;RBI=0.0222712;REFB=0.0156456;REVB=-0.0169776;RO=76;SAF=42;SAR=29;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218845;STB=0.624203;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0164015;OID=.;OPOS=38475507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:76:75:71:71:0.486301:29:42:27:49:29:42:26:49 chr5 38822040 . A G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9601;QD=58.139;RBI=0.121045;REFB=0;REVB=-0.11735;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00205603;OID=.;OPOS=38822040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr5 38823254 . C T 1587.71 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4374;QD=64.1498;RBI=0.021841;REFB=0;REVB=0.0130264;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74148e-05;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:45:53:0:0:45:54:0:0 chr5 38823306 . A G 591.17 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0373798;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5903;QD=21.895;RBI=0.0470859;REFB=-0.0175744;REVB=-0.0286328;RO=49;SAF=33;SAR=26;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695822;STB=0.503816;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0185557;OID=.;OPOS=38823306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:49:49:59:59:0.546296:26:33:27:22:26:33:27:22 chr5 38884071 . T G 923.97 PASS AF=0.52;AO=91;DP=175;FAO=91;FDP=175;FR=.;FRO=84;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0135459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.348;QD=21.1194;RBI=0.0191239;REFB=0.00580807;REVB=-0.0134993;RO=84;SAF=48;SAR=43;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492301;STB=0.526968;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00575026;OID=.;OPOS=38884071;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:84:84:91:91:0.52:43:48:49:35:43:48:49:35 chr5 38921788 . G A 962.86 PASS AF=0.346154;AO=116;DP=337;FAO=117;FDP=338;FR=.;FRO=221;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=104;FSRR=117;FWDB=0.00769565;FXX=0.00294977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.382;QD=11.3948;RBI=0.00857841;REFB=-0.0084661;REVB=-0.00379027;RO=219;SAF=58;SAR=58;SRF=103;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340957;STB=0.522015;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0155477;OID=.;OPOS=38921788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:338:219:221:116:117:0.346154:58:58:103:116:58:59:104:117 chr5 38941154 . ATTTT ATTTA,ATTT 137.6 PASS AF=0.0698925,0.263441;AO=15,46;DP=191;FAO=13,49;FDP=186;FR=.;FRO=124;FSAF=13,30;FSAR=0,19;FSRF=5;FSRR=119;FWDB=-0.0830418,-0.0650984;FXX=0.0312484;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=188.794,7.88858;QD=2.95923;RBI=0.0875071,0.119686;REFB=-0.0155517,-0.147246;REVB=-0.0275962,0.100434;RO=104;SAF=15,24;SAR=0,22;SRF=0;SRR=104;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.905313,0.64666;STB=0.999798,0.861519;STBP=0,0;TYPE=snp,del;VARB=0.162399,0.177739;OID=.,.;OPOS=38941158,38941155;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0698925,0.263441:15,46:191:13,49:186:124:13,30:0,19:5:119:70:104:15,24:0,22:0:104 chr5 38941661 . TAA AAA,TA,T 84.34 PASS AF=0.0322581,0.419355,0.16129;AO=2,8,6;DP=31;FAO=1,13,5;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=1,2,0;FSAR=0,11,5;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00922081,0.117556,0.0736734;FXX=0.0312402;HRUN=1,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=191.8,10.5515,21.2031;QD=10.883;RBI=0.0136985,0.122061,0.0757501;REFB=0.0046143,-0.0558698,-0.0227945;REVB=0.0101304,-0.0328569,-0.0176158;RO=10;SAF=2,0,0;SAR=0,8,6;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.378906,0.378906;SSSB=0.463326,-0.836042,-0.823519;STB=0.981786,0.855754,0.998586;STBP=0.608,0.002,0;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0125476,0.0108483,0.0986827;OID=.,.,.;OPOS=38941661,38941662,38941662;OREF=T,A,AA;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,TA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:31:31:10:12:2,8,6:1,13,5:0.0322581,0.419355,0.16129:0,8,6:2,0,0:9:1:0,11,5:1,2,0:11:1 chr5 38942090 . T A,C 1676.17 PASS AF=0.0333333,0.941667;AO=5,112;DP=120;FAO=4,113;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=0,57;FSAR=4,56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0209039,-0.0204601;FXX=0.00826378;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.204,161.321;QD=55.8722;RBI=0.0339943,0.077857;REFB=0.0115074,-0.122047;REVB=-0.0268074,0.0751206;RO=2;SAF=0,57;SAR=5,55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0169498;STB=0.5,0.513041;STBP=1,0.11;TYPE=snp,snp;VARB=0.286004,0.000727293;OID=.,.;OPOS=38942090,38942090;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:120:120:2:3:5,112:4,113:0.0333333,0.941667:5,55:0,57:0:2:4,56:0,57:0:3 chr5 38950776 . G A 1535.31 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00656665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.59;QD=62.6656;RBI=0.006657;REFB=-0.105103;REVB=-0.00109304;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.505746;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000126827;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:0:1:97:97:0.989796:54:43:0:0:54:43:1:0 chr5 39108309 . A G 532.11 PASS AF=0.604938;AO=46;DP=78;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00718855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.53;QD=26.277;RBI=0.00890807;REFB=-0.0177793;REVB=-0.00526103;RO=29;SAF=23;SAR=23;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855599;STB=0.573404;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0094215;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:29:32:46:49:0.604938:23:23:11:18:23:26:11:21 chr5 39108322 . A G 416.14 PASS AF=0.594203;AO=40;DP=68;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0173203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.11;QD=24.1239;RBI=0.0210138;REFB=0.00546174;REVB=-0.011899;RO=27;SAF=21;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113354;STB=0.562734;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.003864;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:27:28:40:41:0.594203:19:21:10:17:20:21:10:18 chr5 39119723 . C A 303.47 PASS AF=0.464789;AO=31;DP=69;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00166534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.745;QD=17.0971;RBI=0.00180991;REFB=-0.00958314;REVB=-0.000708814;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130478;STB=0.599255;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0102252;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:36:38:31:33:0.464789:18:13:20:16:20:13:22:16 chr5 39341378 . G A 558.11 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=48;FSRF=11;FSRR=49;FWDB=-0.00933054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3685;QD=18.9189;RBI=0.0558989;REFB=-0.0100922;REVB=-0.0551147;RO=58;SAF=10;SAR=48;SRF=11;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267608;STB=0.509602;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00980382;OID=.;OPOS=39341378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:60:58:58:0.491525:48:10:11:47:48:10:11:49 chr5 39388486 . G T 31.8 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0421264;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.314;QD=1.61014;RBI=0.0521883;REFB=-0.00153111;REVB=-0.0308056;RO=69;SAF=2;SAR=6;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260158;STB=0.704163;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0831669;OID=.;OPOS=39388486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:80:79:69:71:8:8:0.101266:6:2:32:37:6:2:33:38 chr5 40692940 . G A 483.06 PASS AF=0.384615;AO=54;DP=141;FAO=55;FDP=143;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=-0.00459419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0085;QD=13.512;RBI=0.0581469;REFB=-0.00259257;REVB=-0.0579652;RO=86;SAF=32;SAR=22;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163453;STB=0.591959;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00317659;OID=.;OPOS=40692940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:86:88:54:55:0.384615:22:32:38:48:23:32:38:50 chr5 40852451 . C G 3042.92 PASS AF=0.989744;AO=193;DP=195;FAO=193;FDP=195;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00334363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1461;QD=62.4189;RBI=0.0418286;REFB=0.0365922;REVB=-0.0416947;RO=1;SAF=83;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570304;STB=0.500732;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.000680914;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:195:195:1:2:193:193:0.989744:110:83:1:0:110:83:1:1 chr5 40853048 . C T 604.98 PASS AF=0.521368;AO=60;DP=115;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00547294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5917;QD=20.6829;RBI=0.0134633;REFB=-0.00537987;REVB=-0.0123007;RO=44;SAF=32;SAR=28;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116757;STB=0.522515;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00464959;OID=.;OPOS=40853048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:44:56:60:61:0.521368:28:32:30:14:29:32:32:24 chr5 40964852 . A C 3768.81 PASS AF=1;AO=234;DP=236;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2389;QD=63.3414;RBI=0.0390043;REFB=0;REVB=0.00866906;RO=0;SAF=92;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89374e-05;OID=.;OPOS=40964852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:238:0:0:234:238:1:142:92:0:0:144:94:0:0 chr5 40972111 . C T 5043.4 PASS AF=1;AO=322;DP=326;FAO=322;FDP=322;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137819;FXX=0.0212759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.371;QD=62.6509;RBI=0.0297289;REFB=0.00367904;REVB=-0.0263413;RO=3;SAF=155;SAR=167;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008491;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202977;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:326:322:3:0:322:322:1:167:155:0:3:167:155:0:0 chr5 40998196 . T C 261.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0245944;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.229;QD=16.8493;RBI=0.0295133;REFB=-0.00624834;REVB=-0.0163141;RO=33;SAF=21;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299775;STB=0.669299;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00772519;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:33:29:29:0.467742:8:21:14:19:8:21:14:19 chr5 40998235 . C T 279.03 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0758273;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.782;QD=16.1755;RBI=0.0759368;REFB=-0.00927884;REVB=-0.00407718;RO=38;SAF=23;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332843;STB=0.688495;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0144163;OID=.;OPOS=40998235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:8:23:16:22:8:23:16:22 chr5 41000343 . G A 858.75 PASS AF=0.536913;AO=80;DP=149;FAO=80;FDP=149;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0229038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.323;QD=23.0538;RBI=0.0317586;REFB=-0.00600877;REVB=0.0220006;RO=68;SAF=37;SAR=43;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00682626;STB=0.50733;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00420344;OID=.;OPOS=41000343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:68:69:80:80:0.536913:43:37:32:36:43:37:33:36 chr5 41008780 . A G 3136.67 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00619882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.994;QD=61.5033;RBI=0.0319985;REFB=0;REVB=0.0313924;RO=0;SAF=103;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89455e-06;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:204:0:0:200:204:1:97:103:0:0:100:104:0:0 chr5 41033163 . T C 329.65 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00973195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.98;QD=20.9301;RBI=0.0305201;REFB=-0.00498343;REVB=0.0289269;RO=29;SAF=20;SAR=13;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246347;STB=0.639808;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00268469;OID=.;OPOS=41033163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:13:20:9:20:13:21:9:20 chr5 41033909 . ATCTATCTATCTATC A,ATCTATCTATCTA 59.97 PASS AF=0.7,0;AO=6,4;DP=25;FAO=7,0;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0236495,-0.00217797;FXX=0.28551;HRUN=1,1;LEN=14,2;MLLD=458.3,138.307;QD=23.9879;RBI=0.0594332,0.0150667;REFB=-0.0417619,-0.0736935;REVB=0.0545253,-0.0149085;RO=12;SAF=4,0;SAR=2,4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.181968,-0.685298;STB=0.615098,0.5;STBP=0.403,1;TYPE=del,del;VARB=0.00754502,0;OID=.,.;OPOS=41033910,41033922;OREF=TCTATCTATCTATC,TC;OALT=-,-;OMAPALT=A,ATCTATCTATCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7,0:6,4:25:7,0:10:3:5,0:2,0:3:0:20:12:4,0:2,4:6:6 chr5 41033931 . C T 53.93 PASS AF=0.32;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0458667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.332;QD=8.62891;RBI=0.0613918;REFB=-0.0339701;REVB=0.0408068;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478097;STB=0.845217;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0942098;OID=.;OPOS=41033931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:24:25:15:17:7:8:0.32:6:1:8:7:7:1:10:7 chr5 41042284 . G T 1661.37 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4818;QD=59.8691;RBI=0.0974818;REFB=0;REVB=0.0626038;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18158e-05;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:111:0:0:107:111:1:56:51:0:0:60:51:0:0 chr5 41049389 . T C 585.66 PASS AF=0.508475;AO=56;DP=116;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0103277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.167;QD=19.8529;RBI=0.0246576;REFB=-0.00406252;REVB=0.0223906;RO=57;SAF=24;SAR=32;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737567;STB=0.541511;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00698806;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:57:58:56:60:0.508475:32:24:29:28:34:26:30:28 chr5 41049397 . C T 623.22 PASS AF=0.512195;AO=62;DP=121;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00853872;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.738;QD=20.2674;RBI=0.00862788;REFB=-0.0456982;REVB=0.00123713;RO=59;SAF=25;SAR=37;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124458;STB=0.567434;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0316405;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:59:60:62:63:0.512195:37:25:32:27:37:26:33:27 chr5 41061715 . CA TG 744.1 PASS AF=0.392694;AO=86;DP=219;FAO=86;FDP=219;FR=.;FRO=133;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=57;FSRR=76;FWDB=0.0088759;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=235.97;QD=13.5909;RBI=0.0183376;REFB=0.00396628;REVB=0.0160464;RO=132;SAF=47;SAR=39;SRF=56;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131093;STB=0.571276;STBP=0.101;TYPE=mnp;VARB=-0.00563958;OID=.;OPOS=41061715;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:132:133:86:86:0.392694:39:47:56:76:39:47:57:76 chr5 41064588 . C T 341.83 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.00122733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.647;QD=15.8993;RBI=0.0191995;REFB=-0.0236777;REVB=-0.0191602;RO=49;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133287;STB=0.574749;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0260442;OID=.;OPOS=41064588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:21:16:15:34:21:16:15:34 chr5 41158863 . G A 2375.05 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215439;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.019;QD=64.1904;RBI=0.0281097;REFB=0;REVB=-0.0180559;RO=0;SAF=70;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94458e-05;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:148:148:1:78:70:0:0:78:70:0:0 chr5 41199959 . G T 476.8 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0365825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.599;QD=19.4613;RBI=0.0369249;REFB=-0.00197035;REVB=0.00501686;RO=49;SAF=16;SAR=31;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872614;STB=0.55096;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00263365;OID=.;OPOS=41199959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:51:47:47:0.479592:31:16:21:28:31:16:22:29 chr5 41310957 . C G 159.76 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=33;FWDB=0.0491826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.949;QD=11.6189;RBI=0.0505701;REFB=0.00516428;REVB=0.0117647;RO=34;SAF=4;SAR=16;SRF=2;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29748;STB=0.671107;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00695856;OID=.;OPOS=41310957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:35:20:20:0.363636:16:4:2:32:16:4:2:33 chr5 41312164 . A C 303.96 PASS AF=0.330508;AO=39;DP=121;FAO=39;FDP=118;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=58;FSRR=21;FWDB=-0.037569;FXX=0.0247913;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0313;QD=10.3037;RBI=0.038436;REFB=-0.0144115;REVB=-0.00811793;RO=78;SAF=25;SAR=14;SRF=57;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117478;STB=0.570413;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0265765;OID=.;OPOS=41312164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:118:78:79:39:39:0.330508:14:25:57:21:14:25:58:21 chr5 42700044 . A G 1971.72 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0555;QD=61.6161;RBI=0.0864552;REFB=0;REVB=0.0460754;RO=0;SAF=65;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261498;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:114:128:0:0:114:128:1:49:65:0:0:62:66:0:0 chr5 42719239 . A C 1507.22 PASS AF=0.980952;AO=101;DP=103;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00745654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.651;QD=57.4178;RBI=0.0200582;REFB=-0.0020411;REVB=0.0186207;RO=1;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886767;STB=0.509257;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=1.00583e-05;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:105:1:2:101:103:0.980952:53:48:0:1:53:50:0:2 chr5 42720068 . T A,TA 652.05 PASS AF=0.0408163,0.877551;AO=2,40;DP=50;FAO=2,43;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=2,22;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00506895,-0.00110901;FXX=0;HRUN=6,2;LEN=1,1;MLLD=32.6087,273.245;QD=53.2287;RBI=0.0287851,0.0346235;REFB=-0.0797322,-0.0669275;REVB=-0.0283352,0.0346057;RO=8;SAF=2,21;SAR=0,19;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.742825,0.123674;STB=0.996649,0.543458;STBP=0.03,0.077;TYPE=snp,ins;VARB=0.0190738,0.00141418;OID=.,.;OPOS=42720068,42720069;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:50:49:8:4:2,40:2,43:0.0408163,0.877551:0,19:2,21:1:7:0,21:2,22:0:4 chr5 43120098 . A G 528.78 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.9338;QD=58.7531;RBI=0.047976;REFB=0;REVB=-0.0387682;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334335;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:19:17:0:0 chr5 43492978 . G A 740.01 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201355;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.753;QD=56.9241;RBI=0.0214381;REFB=0;REVB=0.0213433;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49241e-05;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr5 43509348 . T A 2300.52 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00406945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2126;QD=59.3683;RBI=0.0445693;REFB=-0.195906;REVB=0.0443831;RO=1;SAF=56;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00487928;STB=0.505101;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00250899;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:155:155:1:2:153:153:0.987097:97:56:0:1:97:56:0:2 chr5 43527135 . A C 2210.61 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.373;QD=62.2708;RBI=0.0167626;REFB=-0.0572624;REVB=0.0068566;RO=1;SAF=77;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061354;STB=0.503225;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000144098;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:142:1:1:141:141:0.992958:64:77:1:0:64:77:1:0 chr5 43609343 . C T 2086.31 PASS AF=0.507282;AO=206;DP=407;FAO=209;FDP=412;FR=.;FRO=203;FSAF=100;FSAR=109;FSRF=88;FSRR=115;FWDB=-0.0126595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.646;QD=20.2554;RBI=0.0224712;REFB=-0.0083067;REVB=0.0185659;RO=200;SAF=99;SAR=107;SRF=86;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457453;STB=0.52224;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00733505;OID=.;OPOS=43609343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:412:200:203:206:209:0.507282:107:99:86:114:109:100:88:115 chr5 43613046 . A G 872.54 PASS AF=0.451923;AO=94;DP=208;FAO=94;FDP=208;FR=.;FRO=114;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=0.0147286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.612;QD=16.7795;RBI=0.0203701;REFB=-0.00477842;REVB=-0.0140716;RO=114;SAF=38;SAR=56;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613567;STB=0.534053;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0051019;OID=.;OPOS=43613046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:114:114:94:94:0.451923:56:38:53:61:56:38:53:61 chr5 43647996 . C CAA 97.48 PASS AF=0.307692;AO=18;DP=68;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0453297;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=36.8098;QD=5.99864;RBI=0.0453299;REFB=-0.000533167;REVB=0.00011537;RO=47;SAF=14;SAR=4;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326394;STB=0.638293;STBP=0.159;TYPE=ins;VARB=0.00204846;OID=.;OPOS=43647997;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:18:68:20:65:45:14:6:23:22:97:47:14:4:25:22 chr5 43653243 . C T 534.89 PASS AF=0.385542;AO=64;DP=165;FAO=64;FDP=166;FR=.;FRO=102;FSAF=13;FSAR=51;FSRF=92;FSRR=10;FWDB=0.0511398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1188;QD=12.8889;RBI=0.0639243;REFB=-0.0150186;REVB=-0.038354;RO=96;SAF=13;SAR=51;SRF=86;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.65957;STB=0.870922;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0266676;OID=.;OPOS=43653243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:96:102:64:64:0.385542:51:13:86:10:51:13:92:10 chr5 44066809 . G A 362.53 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=89;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0280032;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.229;QD=16.4787;RBI=0.0313808;REFB=-0.0305441;REVB=-0.0141625;RO=49;SAF=16;SAR=22;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02851;STB=0.522091;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0285288;OID=.;OPOS=44066809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:49:49:38:39:0.443182:22:16:22:27:23:16:22:27 chr5 44809162 . G C 223.99 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00383836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.659;QD=10.6662;RBI=0.025747;REFB=0.00268035;REVB=0.0254593;RO=56;SAF=14;SAR=14;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818368;STB=0.547585;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00651592;OID=.;OPOS=44809162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:14:14:32:24:14:14:32:24 chr5 49698180 . G A 2494.42 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0480331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.005;QD=60.8395;RBI=0.0505756;REFB=-0.108424;REVB=-0.015834;RO=1;SAF=89;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531691;STB=0.502793;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000262131;OID=.;OPOS=49698180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:74:89:1:0:74:89:1:0 chr5 50040593 . T C 545.51 PASS AF=0.387879;AO=64;DP=165;FAO=64;FDP=165;FR=.;FRO=101;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=-0.0205887;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.021;QD=13.2245;RBI=0.0210142;REFB=-0.00424301;REVB=-0.00420775;RO=101;SAF=28;SAR=36;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840964;STB=0.547514;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00742132;OID=.;OPOS=50040593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:101:101:64:64:0.387879:36:28:52:49:36:28:52:49 chr5 50053015 . G A 1147.96 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00963518;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.811;QD=59.6341;RBI=0.0117613;REFB=0;REVB=0.0067447;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157466;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:41:34:0:0:42:35:0:0 chr5 50463442 . T G 441.18 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0136938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.038;QD=16.19;RBI=0.0138623;REFB=-0.00746959;REVB=0.00215497;RO=60;SAF=21;SAR=28;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214662;STB=0.511995;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00873906;OID=.;OPOS=50463442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:49:49:0.449541:28:21:27:33:28:21:27:33 chr5 50690278 . GA G,GG 162.93 PASS AF=0.753425,0.246575;AO=17,17;DP=82;FAO=55,18;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=15,9;FSAR=40,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119898,0.0462162;FXX=0.109743;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=3.83863,16.9255;QD=8.92777;RBI=0.300978,0.119215;REFB=0.303634,0.237361;REVB=-0.276066,-0.109892;RO=17;SAF=4,9;SAR=13,8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0685931,0.205826;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0123573,-0.0657704;OID=.,.;OPOS=50690279,50690279;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.753425,0.246575:17,17:82:55,18:73:0:15,9:40,9:0:0:47:17:4,9:13,8:5:12 chr5 52087584 . T TA,TCA 243.8 PASS AF=0,1;AO=3,16;DP=21;FAO=0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726902,0.0258758;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=144.164,199.611;QD=48.7608;RBI=0.0146875,0.026614;REFB=0,0;REVB=-0.0127626,-0.00622482;RO=2;SAF=0,3;SAR=3,13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.692188,-0.0963741;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.000148708;OID=.,.;OPOS=52087585,52087585;OREF=-,-;OALT=A,CA;OMAPALT=TA,TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,16:21:0,20:20:0:0,3:0,17:0:0:4:2:0,3:3,13:1:1 chr5 52096889 . C A 3155.62 PASS AF=1;AO=204;DP=208;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00128635;FXX=0.00961492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.457;QD=61.2742;RBI=0.0202721;REFB=-0.0335777;REVB=0.0202312;RO=0;SAF=81;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24948e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59715e-05;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:208:206:0:0:204:206:1:123:81:0:0:124:82:0:0 chr5 52157374 . T C 659.96 PASS AF=0.447205;AO=72;DP=161;FAO=72;FDP=161;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=28;FSRR=61;FWDB=0.0913994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4757;QD=16.3966;RBI=0.0960696;REFB=0.00106946;REVB=0.029589;RO=89;SAF=21;SAR=51;SRF=28;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271939;STB=0.515147;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.000915122;OID=.;OPOS=52157374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:89:89:72:72:0.447205:51:21:28:61:51:21:28:61 chr5 52193287 . C T 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00581316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6573;QD=19.4077;RBI=0.00948127;REFB=0.00828835;REVB=0.0074901;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150324;STB=0.583867;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00828353;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:19:11:15:13:19:11:15:13 chr5 52248291 . T C 512.8 PASS AF=0.61039;AO=46;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0139303;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.39;QD=26.6391;RBI=0.0339386;REFB=-0.0176164;REVB=0.030948;RO=30;SAF=17;SAR=29;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487058;STB=0.520547;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0091751;OID=.;OPOS=52248291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:46:47:0.61039:29:17:13:17:29:18:13:17 chr5 52347369 . C T 354.48 PASS AF=0.438202;AO=36;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.00321258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8088;QD=15.9316;RBI=0.0151439;REFB=-0.0134473;REVB=-0.0147992;RO=50;SAF=9;SAR=27;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114635;STB=0.538811;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0212413;OID=.;OPOS=52347369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:50:50:36:39:0.438202:27:9:17:33:28:11:17:33 chr5 52351413 . G A 1234.53 PASS AF=0.493927;AO=112;DP=229;FAO=122;FDP=247;FR=.;FRO=125;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=-0.000310696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.641;QD=19.9924;RBI=0.00776451;REFB=-0.0206358;REVB=-0.00775829;RO=94;SAF=53;SAR=59;SRF=64;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172814;STB=0.551176;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0170089;OID=.;OPOS=52351413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:247:94:125:112:122:0.493927:59:53:64:30:67:55:69:56 chr5 52379277 . C T 621.13 PASS AF=0.467153;AO=61;DP=134;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0416126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.935;QD=18.1352;RBI=0.0553017;REFB=0.00591951;REVB=-0.0364235;RO=73;SAF=37;SAR=24;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126279;STB=0.552984;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.010825;OID=.;OPOS=52379277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:73:73:61:64:0.467153:24:37:35:38:27:37:35:38 chr5 52389428 . A G 115.42 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0623189;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0682;QD=10.2592;RBI=0.0643446;REFB=0.00983723;REVB=0.0160183;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119092;STB=0.582161;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00784842;OID=.;OPOS=52389428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:30:31:14:14:0.311111:8:6:16:14:8:6:17:14 chr5 52389455 . A G 138.38 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0159265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.302;QD=11.777;RBI=0.0193264;REFB=0.00374857;REVB=0.0109479;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159409;STB=0.509422;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00885236;OID=.;OPOS=52389455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:7:9:17:14:7:9:17:14 chr5 52389811 . T TAAAG 118.91 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0903667;FXX=0;HRUN=4;LEN=4;MLLD=223.25;QD=10.5695;RBI=0.0909455;REFB=-0.0212909;REVB=-0.0102439;RO=28;SAF=2;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.525707;STB=0.838224;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0370534;OID=.;OPOS=52389812;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:14:45:15:45:30:2:13:18:12:99:28:2:12:16:12 chr5 52390026 . A AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T 111.47 PASS AF=0.205882,0.0588235;AO=10,5;DP=81;FAO=14,4;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=7,4;FSAR=7,0;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0124247,-0.00523839;FXX=0.0555478;HRUN=2,2;LEN=25,1;MLLD=770.159,482.988;QD=6.5572;RBI=0.0161909,0.0114687;REFB=0.00033564,-0.000739624;REVB=-0.0103813,-0.0102024;RO=66;SAF=4,4;SAR=6,1;SRF=35;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.158137,0.288228;STB=0.546809,0.997602;STBP=0.685,0.01;TYPE=ins,snp;VARB=0.00186527,-0.00892176;OID=.,.;OPOS=52390027,52390026;OREF=-,A;OALT=ATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T;OMAPALT=AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:81:68:66:50:10,5:14,4:0.205882,0.0588235:6,1:4,4:35:31:7,0:7,4:22:28 chr5 52402939 . TGGGGGGGA TGGGGGGA,TGGGGGGAT,TGGGGGGGGA 56.01 PASS AF=0.22807,0,0;AO=39,4,12;DP=112;FAO=26,0,0;FDP=114;FR=.;FRO=88;FSAF=9,0,0;FSAR=17,0,0;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.0297383,0.029566,0.0447465;FXX=0.0172399;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=6.77812,25.3863,7.33683;QD=1.96518;RBI=0.0455988,0.036325,0.056386;REFB=-0.0751991,-0.0298355,0.0785163;REVB=-0.0345672,0.0211035,0.0343093;RO=53;SAF=8,4,6;SAR=31,0,6;SRF=23;SRR=30;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.285934,0.554529,0.0822344;STB=0.560928,0.5,0.5;STBP=0.506,1,1;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.109291,0,-0.0392942;OID=.,.,.;OPOS=52402940,52402946,52402940;OREF=G,GA,-;OALT=-,AT,G;OMAPALT=TGGGGGGA,TGGGGGGAT,TGGGGGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22807,0,0:39,4,12:112:26,0,0:114:88:9,0,0:17,0,0:37:51:60:53:8,4,6:31,0,6:23:30 chr5 52778870 . CG C,GC 324.93 PASS AF=0.683673,0.0102041;AO=41,9;DP=103;FAO=67,1;FDP=98;FR=.;FRO=30;FSAF=9,0;FSAR=58,1;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.00664199,-0.0241957;FXX=0.0754646;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=9.21181,95.2331;QD=13.2623;RBI=0.104792,0.0451035;REFB=-0.054742,0.00818329;REVB=0.104581,-0.0380644;RO=36;SAF=4,0;SAR=37,9;SRF=8;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.232538,-0.658375;STB=0.52084,0.983697;STBP=0.667,0.556;TYPE=del,mnp;VARB=0.0720479,0.0784589;OID=.,.;OPOS=52778871,52778870;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:98:36:30:41,9:67,1:0.683673,0.0102041:37,9:4,0:8:28:58,1:9,0:5:25 chr5 52856502 . G C 466.17 PASS AF=0.42623;AO=51;DP=121;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.00620066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.273;QD=15.2844;RBI=0.0286814;REFB=-0.0152632;REVB=-0.0280031;RO=67;SAF=22;SAR=29;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473641;STB=0.533278;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0174421;OID=.;OPOS=52856502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:67:70:51:52:0.42623:29:22:32:35:29:23:35:35 chr5 52856504 . G C 1877.84 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.068;QD=61.5686;RBI=0.024359;REFB=0;REVB=0.0100832;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31014e-05;OID=.;OPOS=52856504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:64:58:0:0:64:58:0:0 chr5 52942083 . A C 1033.64 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447573;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.219;QD=58.2332;RBI=0.0448225;REFB=-0.137875;REVB=-0.00241695;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563615;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:71:0:0:70:71:1:36:34:0:0:36:35:0:0 chr5 52942197 . A G 2165.22 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.078;QD=62.3084;RBI=0.0349106;REFB=-0.0348533;REVB=0.0250258;RO=0;SAF=62;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76477e-05;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:137:139:0:0:137:139:1:75:62:0:0:77:62:0:0 chr5 52979097 . G A 338.7 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0657932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.861;QD=15.2227;RBI=0.0658782;REFB=-0.0188761;REVB=-0.00334709;RO=52;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216129;STB=0.501222;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0336799;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:20:17:24:28:20:17:24:28 chr5 53344135 . T C 334.69 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.00153481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.886;QD=33.4692;RBI=0.00160023;REFB=-0.0214771;REVB=0.000452892;RO=12;SAF=4;SAR=24;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707146;STB=0.538436;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00913228;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:24:4:1:11:24:4:1:11 chr5 53606295 . T C 1293.98 PASS AF=0.445513;AO=138;DP=311;FAO=139;FDP=312;FR=.;FRO=173;FSAF=58;FSAR=81;FSRF=88;FSRR=85;FWDB=0.023372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7357;QD=16.5895;RBI=0.0416932;REFB=0.0150673;REVB=-0.0345265;RO=172;SAF=58;SAR=80;SRF=87;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864867;STB=0.551218;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0174113;OID=.;OPOS=53606295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:312:172:173:138:139:0.445513:80:58:87:85:81:58:88:85 chr5 53814394 . T C 1412.0 PASS AF=0.927273;AO=101;DP=110;FAO=102;FDP=110;FR=.;FRO=8;FSAF=81;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0320697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.965;QD=51.3453;RBI=0.0338621;REFB=-0.00665306;REVB=-0.0108708;RO=6;SAF=80;SAR=21;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11796;STB=0.556477;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000402827;OID=.;OPOS=53814394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:110:110:6:8:101:102:0.927273:21:80:0:6:21:81:2:6 chr5 53815495 . A C 2319.75 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.774;QD=61.046;RBI=0.0397688;REFB=0;REVB=-0.0121395;RO=0;SAF=66;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71352e-05;OID=.;OPOS=53815495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:86:66:0:0:86:66:0:0 chr5 53815721 . G C 1441.68 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286769;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.85;QD=62.0079;RBI=0.0289388;REFB=-0.0366591;REVB=0.00388476;RO=1;SAF=37;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126395;STB=0.506665;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00081147;OID=.;OPOS=53815721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:55:37:1:0:55:37:1:0 chr5 53815918 . A C 615.85 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.912;QD=55.9865;RBI=0.0143842;REFB=0.001435;REVB=-0.00949331;RO=2;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624129;STB=0.515144;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000288169;OID=.;OPOS=53815918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:44:44:2:1:41:43:0.977273:14:27:0:2:16:27:0:1 chr5 53816341 . G A 794.96 PASS AF=0.59375;AO=58;DP=98;FAO=57;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=7;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=3;FWDB=-0.0144437;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.334;QD=33.1234;RBI=0.0331469;REFB=-0.028839;REVB=0.0298345;RO=29;SAF=8;SAR=50;SRF=26;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549679;STB=0.824953;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00759871;OID=.;OPOS=53816341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:29:31:58:57:0.59375:50:8:26:3:50:7:28:3 chr5 53816782 . T C 1934.37 PASS AF=0.922581;AO=136;DP=148;FAO=143;FDP=155;FR=.;FRO=12;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00021459;FXX=0.0189861;HRUN=6;LEN=1;MLLD=122.262;QD=49.9193;RBI=0.02724;REFB=-0.105656;REVB=0.0272392;RO=12;SAF=67;SAR=69;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244929;STB=0.510521;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00260818;OID=.;OPOS=53816782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:148:155:12:12:136:143:0.922581:69:67:4:8:76:67:4:8 chr5 53840239 . GAA GA,G,TGA 584.95 PASS AF=1,0,0;AO=49,25,4;DP=89;FAO=103,0,0;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0,0;FSAR=60,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.216255,-0.110337,-0.175036;FXX=0.0190458;HRUN=8,8,1;LEN=1,2,2;MLLD=7.9328,10.4308,5.94581;QD=22.7165;RBI=0.232512,0.118838,0.194845;REFB=0.0273325,0.0341802,0.0273358;REVB=-0.0854158,-0.0441381,-0.0855971;RO=8;SAF=14,16,3;SAR=35,9,1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0283188,0.122739,0.37999;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.014305,0.012704,0;OID=.,.,.;OPOS=53840240,53840240,53840239;OREF=A,AA,GA;OALT=-,-,TG;OMAPALT=GA,G,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:103:8:0:49,25,4:103,0,0:1,0,0:35,9,1:14,16,3:3:5:60,0,0:43,0,0:0:0 chr5 54252345 . T C 564.64 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.016434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.972;QD=24.2855;RBI=0.0239874;REFB=-0.0166862;REVB=0.0174733;RO=41;SAF=21;SAR=31;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527164;STB=0.528864;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0136412;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:31:21:14:27:31:21:14:27 chr5 54253555 . A G 489.54 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00747651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1173;QD=17.0275;RBI=0.0263918;REFB=0.0163718;REVB=0.0253107;RO=62;SAF=33;SAR=20;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906383;STB=0.550542;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0178724;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:53:53:0.46087:20:33:33:29:20:33:33:29 chr5 54253581 . A G 521.6 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00445868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4727;QD=16.9626;RBI=0.0518705;REFB=-0.00833745;REVB=0.0516785;RO=67;SAF=34;SAR=22;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114095;STB=0.563624;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00990576;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:67:67:56:56:0.455285:22:34:33:34:22:34:33:34 chr5 54403957 . T C 1138.45 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171984;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8769;QD=60.7174;RBI=0.0367265;REFB=0;REVB=0.0324508;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48222e-05;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr5 54404015 . C T 1899.61 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499953;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.959;QD=61.7759;RBI=0.051314;REFB=0;REVB=0.0115582;RO=0;SAF=48;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39486e-05;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:74:48:0:0:74:49:0:0 chr5 54404057 . C G 679.72 PASS AF=0.466216;AO=61;DP=142;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=0.028058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.337;QD=18.3709;RBI=0.0285897;REFB=1.99129e-05;REVB=0.00548814;RO=79;SAF=23;SAR=38;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107399;STB=0.505539;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-1.14819e-06;OID=.;OPOS=54404057;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:148:79:79:61:69:0.466216:38:23:29:50:43:26:29:50 chr5 54410099 . G A 467.22 PASS AF=0.49;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0192749;FXX=0.0196059;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.338;QD=18.6886;RBI=0.0203473;REFB=-0.00725252;REVB=-0.00651823;RO=49;SAF=24;SAR=25;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128891;STB=0.560057;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00617318;OID=.;OPOS=54410099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:49:51:49:49:0.49:25:24:31:18:25:24:31:20 chr5 54410120 . A C 1466.01 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034767;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0331;QD=58.6404;RBI=0.0364;REFB=0.0718633;REVB=0.0107804;RO=1;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102003;STB=0.505375;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00327241;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:46:53:0:1:46:53:0:1 chr5 54420799 . A C 643.71 PASS AF=0.492424;AO=64;DP=131;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0251274;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9072;QD=19.5062;RBI=0.0289623;REFB=0.0194686;REVB=0.0144024;RO=67;SAF=33;SAR=31;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00626382;STB=0.507934;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0213589;OID=.;OPOS=54420799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:67:67:64:65:0.492424:31:33:35:32:31:34:34:33 chr5 54439466 . G A 291.61 PASS AF=0.3;AO=39;DP=125;FAO=39;FDP=130;FR=.;FRO=91;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.0106038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.181;QD=8.97254;RBI=0.0187859;REFB=-0.0112729;REVB=-0.0155071;RO=86;SAF=19;SAR=20;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951365;STB=0.572072;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0272469;OID=.;OPOS=54439466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:130:86:91:39:39:0.3:20:19:35:51:20:19:35:56 chr5 54459961 . A G 476.7 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00419693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3344;QD=19.4569;RBI=0.0658303;REFB=-0.00816931;REVB=-0.0656963;RO=51;SAF=15;SAR=32;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170881;STB=0.595307;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00826445;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:32:15:25:26:32:15:25:26 chr5 54466544 . A G 510.56 PASS AF=0.55814;AO=47;DP=84;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0374805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.467;QD=23.7471;RBI=0.0464316;REFB=-0.00399688;REVB=0.0274063;RO=37;SAF=17;SAR=30;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144134;STB=0.519364;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00267825;OID=.;OPOS=54466544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:37:38:47:48:0.55814:30:17:14:23:31:17:15:23 chr5 54572163 . T C 1052.15 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00847168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.391;QD=54.6574;RBI=0.022678;REFB=-0.16115;REVB=0.0210363;RO=3;SAF=28;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222002;STB=0.519935;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000802713;OID=.;OPOS=54572163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:77:3:4:73:73:0.948052:45:28:2:1:45:28:3:1 chr5 54645411 . G A 684.35 PASS AF=1;AO=36;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.002;QD=62.2138;RBI=0.0655442;REFB=0;REVB=0.0392472;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589266;OID=.;OPOS=54645411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:36:44:1:20:16:0:0:26:18:0:0 chr5 54674296 . A G 1268.04 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021703;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.396;QD=61.8558;RBI=0.00444069;REFB=0;REVB=0.00387421;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39466e-07;OID=.;OPOS=54674296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:38:44:0:0:38:44:0:0 chr5 54941617 . A G 288.83 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0111319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.112;QD=21.006;RBI=0.0261859;REFB=0.00865341;REVB=0.0237019;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266087;STB=0.521458;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00604577;OID=.;OPOS=54941617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:25:29:30:0.545455:16:13:12:13:17:13:12:13 chr5 54960609 . A G 1147.43 PASS AF=0.525581;AO=113;DP=215;FAO=113;FDP=215;FR=.;FRO=102;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=-0.0152367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.519;QD=21.3476;RBI=0.0237119;REFB=-0.0235162;REVB=0.0181686;RO=102;SAF=58;SAR=55;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031065;STB=0.516982;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0218968;OID=.;OPOS=54960609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:102:102:113:113:0.525581:55:58:56:46:55:58:56:46 chr5 54960673 . C G 730.73 PASS AF=0.518248;AO=70;DP=137;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0264632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.141;QD=21.3351;RBI=0.0265242;REFB=0.0199507;REVB=-0.00179757;RO=64;SAF=26;SAR=44;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603921;STB=0.522221;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0206864;OID=.;OPOS=54960673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:64:66:70:71:0.518248:44:26:28:36:44:27:28:38 chr5 54960687 . C T 613.93 PASS AF=0.512397;AO=60;DP=119;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0361961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.975;QD=20.2951;RBI=0.0364305;REFB=-0.0146014;REVB=0.0041261;RO=57;SAF=20;SAR=40;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843482;STB=0.536169;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0158649;OID=.;OPOS=54960687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:57:59:60:62:0.512397:40:20:24:33:41:21:24:35 chr5 54990005 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00796835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.145;QD=17.6891;RBI=0.053036;REFB=-0.0111237;REVB=-0.052434;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772372;STB=0.543819;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00978118;OID=.;OPOS=54990005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:8:13:18:8:8:13:18:8 chr5 55058992 . C A 1891.85 PASS AF=0.941606;AO=127;DP=136;FAO=129;FDP=137;FR=.;FRO=8;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0584388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8136;QD=55.2365;RBI=0.0584602;REFB=-0.0303297;REVB=0.0015834;RO=9;SAF=56;SAR=71;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070484;STB=0.532253;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00263928;OID=.;OPOS=55058992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:136:137:9:8:127:129:0.941606:71:56:9:0:71:58:8:0 chr5 55062764 . T C 608.74 PASS AF=0.530435;AO=60;DP=114;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0345102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.101;QD=21.1734;RBI=0.034791;REFB=-0.00959135;REVB=-0.00441127;RO=54;SAF=25;SAR=35;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406881;STB=0.525539;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00739122;OID=.;OPOS=55062764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:54:54:60:61:0.530435:35:25:25:29:36:25:25:29 chr5 55063821 . G A 491.12 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00291402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=349.543;QD=19.8433;RBI=0.00325618;REFB=-0.000107638;REVB=0.00145299;RO=51;SAF=22;SAR=26;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687348;STB=0.503815;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00012028;OID=.;OPOS=55063821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:26:22:23:28:26:22:23:28 chr5 55081694 . A G 413.97 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0230828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.937;QD=16.5589;RBI=0.0237892;REFB=-0.0163359;REVB=0.00575425;RO=56;SAF=23;SAR=20;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000840471;STB=0.504902;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0197024;OID=.;OPOS=55081694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:57:43:43:0.43:20:23:30:26:20:23:30:27 chr5 55082474 . C T 2264.74 PASS AF=1;AO=148;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313361;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.269;QD=60.3931;RBI=0.0287645;REFB=0;REVB=0.0285933;RO=0;SAF=74;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298669;OID=.;OPOS=55082474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:148:150:1:74:74:0:0:74:76:0:0 chr5 55149407 . T C 762.79 PASS AF=0.470588;AO=80;DP=169;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.028459;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.485;QD=17.948;RBI=0.0285033;REFB=-0.00868864;REVB=-0.0015887;RO=89;SAF=32;SAR=48;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0044526;STB=0.506111;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0100877;OID=.;OPOS=55149407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:89:90:80:80:0.470588:48:32:36:53:48:32:37:53 chr5 55155402 . C T 554.74 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.073309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0009;QD=15.5172;RBI=0.0753395;REFB=-0.0182381;REVB=0.0173733;RO=79;SAF=29;SAR=31;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362134;STB=0.527128;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0269385;OID=.;OPOS=55155402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:79:83:60:60:0.41958:31:29:41:38:31:29:44:39 chr5 55246001 . A G 707.19 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=26.2565;QD=52.3843;RBI=0.0514517;REFB=-0.0524651;REVB=0.00632035;RO=1;SAF=18;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254311;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202919;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:54:1:0:50:54:1:32:18:1:0:33:21:0:0 chr5 55406952 . T C 438.13 PASS AF=0.445455;AO=48;DP=109;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00496699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.839;QD=15.932;RBI=0.00826057;REFB=-0.0153109;REVB=0.00660045;RO=61;SAF=28;SAR=20;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124739;STB=0.562474;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0214445;OID=.;OPOS=55406952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:61:61:48:49:0.445455:20:28:28:33:21:28:28:33 chr5 55407542 . C T 231.04 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0103909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.589;QD=16.5029;RBI=0.0238866;REFB=-0.00690309;REVB=-0.0215081;RO=29;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397878;STB=0.52939;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0110106;OID=.;OPOS=55407542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:16:10:10:19:16:10:10:20 chr5 55760879 . C T 381.43 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00493301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.591;QD=22.4371;RBI=0.0352445;REFB=-0.000907017;REVB=0.0348976;RO=30;SAF=18;SAR=20;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113609;STB=0.562468;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000609369;OID=.;OPOS=55760879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:20:18:10:20:20:18:10:20 chr5 55831021 . A G 1222.44 PASS AF=0.436066;AO=133;DP=307;FAO=133;FDP=305;FR=.;FRO=172;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=65;FSRR=107;FWDB=-0.00270162;FXX=0.00973994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.59;QD=16.0319;RBI=0.0216053;REFB=0.0032618;REVB=-0.0214357;RO=167;SAF=55;SAR=78;SRF=61;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505059;STB=0.520857;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00566291;OID=.;OPOS=55831021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:305:167:172:133:133:0.436066:78:55:61:106:78:55:65:107 chr5 56161787 . G A 1434.34 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.412;QD=63.0479;RBI=0.0284177;REFB=0;REVB=0.0243213;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95977e-05;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:40:50:0:0:40:51:0:0 chr5 56177743 . G A 1735.42 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0340334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7585;QD=59.8421;RBI=0.0362398;REFB=-0.0581913;REVB=-0.0124519;RO=1;SAF=49;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959259;STB=0.50505;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000925477;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:116:116:1:1:115:115:0.991379:66:49:1:0:66:49:1:0 chr5 56177848 . TCAA T 348.26 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283221;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=3;MLLD=230.44;QD=55.7221;RBI=0.0868244;REFB=0;REVB=0.0820751;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000458102;OID=.;OPOS=56177849;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:26:25:25:0:13:12:0:0:4:0:11:12:0:0 chr5 56178217 . A C 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.204;QD=62.9774;RBI=0.0484057;REFB=0;REVB=0.0444296;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359687;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr5 56526565 . G T 1261.96 PASS AF=1;AO=73;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259436;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.552;QD=61.5592;RBI=0.0597831;REFB=0;REVB=0.0538604;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164456;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:73:82:1:40:33:0:0:45:37:0:0 chr5 56526783 . G A 1958.84 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00174578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.253;QD=60.2719;RBI=0.0176622;REFB=-0.0430256;REVB=0.0175757;RO=2;SAF=54;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126693;STB=0.506666;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000911273;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:2:2:128:128:0.984615:74:54:0:2:74:54:0:2 chr5 57750267 . A C 1880.51 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0176499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6412;QD=59.6986;RBI=0.0295184;REFB=-0.0299072;REVB=-0.0236604;RO=2;SAF=65;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000731243;STB=0.500385;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00327614;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:2:2:124:124:0.984127:59:65:1:1:59:65:1:1 chr5 57750350 . C G 530.06 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00383504;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.716;QD=17.6686;RBI=0.00392904;REFB=-0.00594651;REVB=-0.0008543;RO=63;SAF=23;SAR=33;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09384;STB=0.556606;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00651241;OID=.;OPOS=57750350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:63:64:56:56:0.466667:33:23:32:31:33:23:33:31 chr5 57754132 . G C 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.206;QD=57.3824;RBI=0.0436195;REFB=0;REVB=-0.0384788;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52096e-05;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr5 57754808 . G A 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0403;QD=61.5351;RBI=0.0197499;REFB=0;REVB=-0.0193835;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9482e-05;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:33:48:0:0:33:48:0:0 chr5 57754851 . A G 493.9 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0423806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6868;QD=16.1936;RBI=0.0612796;REFB=0.00839583;REVB=-0.0442614;RO=68;SAF=29;SAR=25;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218926;STB=0.512228;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.010362;OID=.;OPOS=57754851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:68:54:54:0.442623:25:29:38:30:25:29:38:30 chr5 57755703 . C T 525.57 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0374612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.296;QD=21.6728;RBI=0.0376771;REFB=-0.0246935;REVB=-0.00402724;RO=47;SAF=14;SAR=36;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416618;STB=0.523037;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0278036;OID=.;OPOS=57755703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:36:14:15:32:36:14:15:32 chr5 57825920 . A G 175.42 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0162391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.488;QD=20.0477;RBI=0.0166232;REFB=-0.0125855;REVB=0.00355249;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521025;STB=0.51427;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0198604;OID=.;OPOS=57825920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:9:9:7:9:9:9:8:9 chr5 58267557 . C A,T 1458.64 PASS AF=0.040404,0.929293;AO=4,92;DP=99;FAO=4,92;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=0,45;FSAR=4,47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0103111,0.0195847;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=247.503,90.5927;QD=58.9348;RBI=0.0108116,0.023217;REFB=-0.0642642,-0.0163566;REVB=-0.00325158,-0.0124686;RO=1;SAF=0,45;SAR=4,47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.00998003;STB=0.995652,0.504922;STBP=0.213,0.701;TYPE=snp,snp;VARB=0.0396708,-0.00718805;OID=.,.;OPOS=58267557,58267557;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:99:99:1:3:4,92:4,92:0.040404,0.929293:4,47:0,45:0:1:4,47:0,45:1:2 chr5 58267723 . A C 145.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.339;QD=44.6767;RBI=0.0985098;REFB=0;REVB=-0.00101714;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676765;OID=.;OPOS=58267723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr5 58489384 . G A 2337.32 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588231;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4533;QD=64.0362;RBI=0.0665303;REFB=0;REVB=-0.0310825;RO=0;SAF=68;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334388;OID=.;OPOS=58489384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:78:68:0:0:78:68:0:0 chr5 59984897 . A T 1974.02 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.647;QD=61.2099;RBI=0.0319745;REFB=-0.0703003;REVB=0.00294417;RO=0;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=4.97576e-05;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:129:0:1:128:128:0.992248:66:62:0:0:66:62:1:0 chr5 60050522 . G A 651.32 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0047937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.944;QD=18.8789;RBI=0.0195625;REFB=0.00180551;REVB=-0.018966;RO=72;SAF=24;SAR=42;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132984;STB=0.573748;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0015041;OID=.;OPOS=60050522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:72:72:66:66:0.478261:42:24:36:36:42:24:36:36 chr5 60241142 . G A 3048.57 PASS AF=1;AO=166;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=94;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6741;QD=62.2158;RBI=0.167935;REFB=-0.100721;REVB=0.16536;RO=2;SAF=93;SAR=73;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162041;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:196:2:0:166:196:1:73:93:1:1:102:94:0:0 chr5 60839907 . C A 159.46 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0175427;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.552;QD=17.239;RBI=0.0187103;REFB=0.000107771;REVB=0.00650594;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320338;STB=0.688807;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-8.77425e-05;OID=.;OPOS=60839907;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:20:17:17:0.459459:4:13:8:10:4:13:9:11 chr5 60982841 . G A 776.27 PASS AF=0.39207;AO=89;DP=227;FAO=89;FDP=227;FR=.;FRO=138;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=-0.044644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.587;QD=13.6787;RBI=0.0545746;REFB=-0.00788595;REVB=-0.0313895;RO=136;SAF=40;SAR=49;SRF=72;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860385;STB=0.54837;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00998843;OID=.;OPOS=60982841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:136:138:89:89:0.39207:49:40:72:64:49:40:73:65 chr5 61684882 . GA G 98.58 PASS AF=0.794118;AO=15;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00929772;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.55626;QD=11.5972;RBI=0.260248;REFB=0.0405588;REVB=0.260082;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.37037;SSSB=0.279744;STB=0.511103;STBP=0.855;TYPE=del;VARB=0.0456036;OID=.;OPOS=61684883;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.794118:15:34:27:34:7:9:18:2:5:18:12:6:9:1:11 chr5 61694379 . T C 1290.56 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285848;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.847;QD=62.1957;RBI=0.0345247;REFB=0;REVB=0.0193614;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70249e-05;OID=.;OPOS=61694379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr5 61697859 . C T 1171.23 PASS AF=0.975309;AO=73;DP=75;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0178541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.732;QD=57.8384;RBI=0.0435581;REFB=-0.117598;REVB=0.0397308;RO=2;SAF=34;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270097;STB=0.513885;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00050754;OID=.;OPOS=61697859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:81:2:2:73:79:0.975309:39:34:2:0:44:35:2:0 chr5 63257349 . G A 357.91 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0308011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.73;QD=12.7825;RBI=0.0315566;REFB=-0.0287888;REVB=0.00686402;RO=69;SAF=19;SAR=24;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102241;STB=0.558113;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0446251;OID=.;OPOS=63257349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:69:69:43:43:0.383929:24:19:37:32:24:19:37:32 chr5 63905068 . A G 1237.32 PASS AF=0.48659;AO=127;DP=261;FAO=127;FDP=261;FR=.;FRO=134;FSAF=52;FSAR=75;FSRF=72;FSRR=62;FWDB=-0.00661702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3526;QD=18.9628;RBI=0.0229154;REFB=0.004336;REVB=-0.0219393;RO=132;SAF=52;SAR=75;SRF=71;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12012;STB=0.566234;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00577024;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:132:134:127:127:0.48659:75:52:71:61:75:52:72:62 chr5 63907999 . TC T 121.47 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00367485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.7639;QD=12.1467;RBI=0.0382171;REFB=-0.0433096;REVB=0.03804;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845586;STB=0.547896;STBP=0.532;TYPE=del;VARB=0.0626842;OID=.;OPOS=63908000;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475:19:40:19:40:21:8:11:7:14:99:21:8:11:7:14 chr5 64018730 . A G 486.27 PASS AF=0.418605;AO=53;DP=128;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00613784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1646;QD=15.0782;RBI=0.0571113;REFB=0.0182641;REVB=0.0567805;RO=75;SAF=28;SAR=25;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917747;STB=0.545542;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0249944;OID=.;OPOS=64018730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:75:75:53:54:0.418605:25:28:33:42:26:28:33:42 chr5 64019300 . A C 201.41 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0193946;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.582;QD=11.8479;RBI=0.0432003;REFB=-0.0185682;REVB=-0.038602;RO=42;SAF=6;SAR=19;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156484;STB=0.58583;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0318977;OID=.;OPOS=64019300;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:42:43:25:25:0.367647:19:6:15:27:19:6:15:28 chr5 64020241 . T C 164.39 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0119253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.027;QD=13.6991;RBI=0.0119294;REFB=0.00676542;REVB=0.000313435;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324644;STB=0.687305;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0148048;OID=.;OPOS=64020241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:7:11:9:21:7:11:9:21 chr5 64023924 . C A 342.52 PASS AF=0.37069;AO=39;DP=114;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=14;FWDB=0.00458218;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4268;QD=11.8112;RBI=0.00840544;REFB=-0.00650694;REVB=-0.00704663;RO=58;SAF=28;SAR=11;SRF=45;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787459;STB=0.555778;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00608314;OID=.;OPOS=64023924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:58:73:39:43:0.37069:11:28:45:13:11:32:59:14 chr5 64023969 . G GT,T 36.28 PASS AF=0.0969697,0.00606061;AO=28,6;DP=167;FAO=16,1;FDP=165;FR=.;FRO=148;FSAF=7,0;FSAR=9,1;FSRF=80;FSRR=68;FWDB=-0.0446104,-0.0160079;FXX=0.0350857;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=50.1688,109.6;QD=0.879555;RBI=0.0689483,0.0515266;REFB=-0.00462516,-0.0104199;REVB=-0.0525717,-0.048977;RO=127;SAF=9,4;SAR=19,2;SRF=74;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.328122,0.0781825;STB=0.592171,0.990909;STBP=0.463,0.302;TYPE=ins,snp;VARB=0.0962463,0.1376;OID=.,.;OPOS=64023970,64023969;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:167:165:127:148:28,6:16,1:0.0969697,0.00606061:19,2:9,4:74:53:9,1:7,0:80:68 chr5 64023981 . C T 698.18 PASS AF=0.378995;AO=77;DP=215;FAO=83;FDP=219;FR=.;FRO=136;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=83;FWDB=-0.00914925;FXX=0.0179364;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.143;QD=12.7522;RBI=0.00942993;REFB=-0.0148468;REVB=-0.00228357;RO=124;SAF=39;SAR=38;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112848;STB=0.55757;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0228656;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:219:124:136:77:83:0.378995:38:39:50:74:43:40:53:83 chr5 64070617 . A AAATTATGAC 50.0 PASS AO=77;DP=252;LEN=9;RO=175;SAF=38;SAR=66;SRF=78;SRR=70;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=64070618;OREF=-;OALT=AATTATGAC;OMAPALT=AAATTATGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:252:175:77:66:38:78:70 chr5 64097145 . C G 389.4 PASS AF=0.43;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0772453;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.385;QD=15.5759;RBI=0.0774072;REFB=-0.00448007;REVB=-0.00500407;RO=57;SAF=18;SAR=25;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020731;STB=0.511656;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00926044;OID=.;OPOS=64097145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:57:57:43:43:0.43:25:18:25:32:25:18:25:32 chr5 64267595 . T C 338.85 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0210377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.303;QD=17.1572;RBI=0.0210405;REFB=-0.0327432;REVB=0.000339097;RO=42;SAF=12;SAR=24;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168252;STB=0.599073;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0289742;OID=.;OPOS=64267595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:42:36:37:0.468354:24:12:21:21:25:12:21:21 chr5 64552788 . T C 102.46 PASS AF=0.5;AO=7;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0808498;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.177;QD=22.7688;RBI=0.0866264;REFB=-0.0886535;REVB=0.0311037;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206743;STB=0.555432;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0303195;OID=.;OPOS=64552788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:18:18:5:5:7:9:0.5:3:4:3:2:5:4:3:2 chr5 64553490 . T A 639.7 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0166839;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.882;QD=18.8146;RBI=0.0166894;REFB=0.000805358;REVB=0.000430769;RO=71;SAF=32;SAR=33;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404295;STB=0.522381;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.000902092;OID=.;OPOS=64553490;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:71:71:65:65:0.477941:33:32:38:33:33:32:38:33 chr5 64766859 . T G 485.3 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0263843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.926;QD=16.4509;RBI=0.0290641;REFB=-0.0103574;REVB=0.0121897;RO=65;SAF=27;SAR=26;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168983;STB=0.50943;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0122669;OID=.;OPOS=64766859;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:26:27:32:33:26:27:32:33 chr5 64814436 . C T 302.07 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00519037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.29;QD=14.3845;RBI=0.00936781;REFB=-0.00936818;REVB=-0.00779845;RO=50;SAF=13;SAR=21;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00261212;STB=0.501483;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0135836;OID=.;OPOS=64814436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:21:13:19:31:21:13:19:31 chr5 64881936 . A G 351.33 PASS AF=0.417582;AO=37;DP=90;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0897275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.696;QD=15.4431;RBI=0.0897514;REFB=-0.000450751;REVB=-0.00207415;RO=53;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121833;STB=0.575335;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00148103;OID=.;OPOS=64881936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:53:37:38:0.417582:18:19:21:32:18:20:21:32 chr5 64892939 . T G 1109.29 PASS AF=0.511848;AO=99;DP=213;FAO=108;FDP=211;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.00874351;FXX=0.014018;HRUN=5;LEN=1;MLLD=305.534;QD=21.0293;RBI=0.013744;REFB=-0.0136104;REVB=0.0106042;RO=78;SAF=62;SAR=37;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105774;STB=0.585283;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00809571;OID=.;OPOS=64892939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:211:78:97:99:108:0.511848:37:62:39:39:42:66:42:55 chr5 64926104 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0151889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.268;QD=10.6345;RBI=0.0152236;REFB=0.0157937;REVB=0.00102673;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0221992;OID=.;OPOS=64926104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:8:5:3:5:8:5 chr5 64926174 . C T 156.5 PASS AF=0.425;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0740122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1314;QD=15.6504;RBI=0.0838843;REFB=-0.0215855;REVB=-0.0394813;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407305;STB=0.545941;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0249017;OID=.;OPOS=64926174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:21:23:17:17:0.425:8:9:12:9:8:9:14:9 chr5 64926315 . G A 201.98 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00969424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.998;QD=12.0585;RBI=0.0189286;REFB=0.00765266;REVB=-0.0162577;RO=41;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709222;STB=0.547382;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.0107448;OID=.;OPOS=64926315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:12:13:24:17:12:13:25:17 chr5 65317181 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00116134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.236;QD=17.0333;RBI=0.0237719;REFB=-0.00672502;REVB=-0.0237436;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151944;STB=0.586981;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00528504;OID=.;OPOS=65317181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:10:12:7:11:10:12 chr5 65350374 . A G 718.46 PASS AF=0.452941;AO=77;DP=170;FAO=77;FDP=170;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0166605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.739;QD=16.9049;RBI=0.0208547;REFB=0.00734242;REVB=-0.0125438;RO=93;SAF=35;SAR=42;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00775903;STB=0.504309;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00766158;OID=.;OPOS=65350374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:93:93:77:77:0.452941:42:35:43:50:42:35:43:50 chr5 65350481 . C T 393.73 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00437165;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.617;QD=16.7543;RBI=0.0181995;REFB=0.00176173;REVB=0.0176666;RO=54;SAF=15;SAR=26;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445795;STB=0.518263;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00319173;OID=.;OPOS=65350481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:54:53:41:41:0.43617:26:15:22:32:26:15:21:32 chr5 66166614 . G A 388.18 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0725783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1659;QD=18.2673;RBI=0.0735332;REFB=0.00471842;REVB=-0.0118121;RO=44;SAF=17;SAR=23;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104735;STB=0.562815;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00406251;OID=.;OPOS=66166614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:44:45:40:40:0.470588:23:17:14:30:23:17:14:31 chr5 66459878 . G C 594.42 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0141443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9065;QD=17.8773;RBI=0.0208647;REFB=-0.00328249;REVB=0.0153387;RO=66;SAF=31;SAR=31;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141152;STB=0.526307;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00105793;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:133:66:71:62:62:0.466165:31:31:32:34:31:31:32:39 chr5 66462464 . AG A,GC 2812.6 PASS AF=0.970085,0.0299145;AO=31,7;DP=199;FAO=227,7;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=146,0;FSAR=81,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.72771,-0.000572154;FXX=0.0126577;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=17.7822,167.074;QD=48.0786;RBI=0.727846,0.142544;REFB=-0.0376333,0.0724884;REVB=0.0140779,-0.142543;RO=136;SAF=15,0;SAR=16,7;SRF=131;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.247059,0;SSSB=-0.682829,-0.850766;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00775452,0.138395;OID=.,.;OPOS=66462465,66462464;OREF=G,AG;OALT=-,GC;OMAPALT=A,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:199:234:136:0:31,7:227,7:0.970085,0.0299145:16,7:15,0:131:5:81,7:146,0:0:0 chr5 66480004 . T C 1325.85 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4729;QD=60.9587;RBI=0.055989;REFB=0;REVB=0.0301898;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121473;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:87:87:0:0:86:87:1:46:40:0:0:46:41:0:0 chr5 67494070 . A T 331.87 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0380433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1029;QD=11.9594;RBI=0.0549567;REFB=-0.0139892;REVB=0.0396603;RO=70;SAF=23;SAR=18;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176268;STB=0.600474;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0192462;OID=.;OPOS=67494070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:70:41:41:0.369369:18:23:28:42:18:23:28:42 chr5 67522722 . C T 715.76 PASS AF=0.469136;AO=76;DP=162;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=-0.00313337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.674;QD=17.6731;RBI=0.00315578;REFB=-0.000384588;REVB=-0.000375437;RO=86;SAF=35;SAR=41;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975256;STB=0.553893;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000486102;OID=.;OPOS=67522722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:86:86:76:76:0.469136:41:35:31:55:41:35:31:55 chr5 68266553 . A T 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.731;QD=60.3757;RBI=0.0699344;REFB=0;REVB=-0.0139105;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226219;OID=.;OPOS=68266553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr5 68417643 . C T 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.019;QD=60.2549;RBI=0.0188618;REFB=0;REVB=0.0145125;RO=0;SAF=47;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26689e-06;OID=.;OPOS=68417643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:62:47:0:0:62:47:0:0 chr5 68419054 . A T 1102.31 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289712;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.904;QD=60.4005;RBI=0.0426739;REFB=0;REVB=-0.0313326;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57355e-05;OID=.;OPOS=68419054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr5 68616331 . C T 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5083;QD=56.9364;RBI=0.0710782;REFB=0;REVB=0.038761;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013691;OID=.;OPOS=68616331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr5 68688608 . T C 43.05 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.0056644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3413;QD=2.32714;RBI=0.0315244;REFB=-0.00694615;REVB=0.0310113;RO=65;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242215;STB=0.672164;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0474344;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:74:74:65:65:9:9:0.121622:4:5:23:42:4:5:23:42 chr5 68720419 . T G 541.05 PASS AF=0.723077;AO=47;DP=65;FAO=47;FDP=65;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.000443565;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.042;QD=33.2953;RBI=0.00405055;REFB=-0.00281685;REVB=0.00402619;RO=15;SAF=26;SAR=21;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519031;STB=0.500662;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00073343;OID=.;OPOS=68720419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:15:18:47:47:0.723077:21:26:10:5:21:26:10:8 chr5 68774966 . A G 148.19 PASS AF=0.185714;AO=26;DP=140;FAO=26;FDP=140;FR=.;FRO=114;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.0304815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.035;QD=4.23402;RBI=0.0334757;REFB=-0.00292172;REVB=0.0138383;RO=113;SAF=18;SAR=8;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276659;STB=0.673607;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0207725;OID=.;OPOS=68774966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:113:114:26:26:0.185714:8:18:54:59:8:18:55:59 chr5 68775065 . C T 340.26 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0227579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.555;QD=48.6079;RBI=0.0269415;REFB=-0.000730732;REVB=0.0144194;RO=2;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488675;STB=0.526296;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-1.60318e-05;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:18:8:0:2:18:8:0:2 chr5 70308251 . C T 429.15 PASS AF=0.346939;AO=51;DP=147;FAO=51;FDP=147;FR=.;FRO=96;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=0.011746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.543;QD=11.6776;RBI=0.0398488;REFB=-0.000605968;REVB=-0.0380783;RO=95;SAF=25;SAR=26;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667443;STB=0.541283;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.001019;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:95:96:51:51:0.346939:26:25:41:54:26:25:41:55 chr5 70751818 . T G 240.65 PASS AF=0.142105;AO=56;DP=379;FAO=54;FDP=380;FR=.;FRO=326;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=149;FSRR=177;FWDB=-0.0443836;FXX=0.00523546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6773;QD=2.53317;RBI=0.0443966;REFB=-0.00440036;REVB=0.00107249;RO=317;SAF=27;SAR=29;SRF=141;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484303;STB=0.505098;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0391783;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:380:317:326:56:54:0.142105:29:27:141:176:29:25:149:177 chr5 70800538 . G A 93.34 PASS AF=0.135135;AO=20;DP=148;FAO=20;FDP=148;FR=.;FRO=128;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=-0.0248188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.91;QD=2.52265;RBI=0.0274582;REFB=-0.00227706;REVB=-0.0117464;RO=128;SAF=10;SAR=10;SRF=61;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294505;STB=0.52025;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0162907;OID=.;OPOS=70800538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:148:148:128:128:20:20:0.135135:10:10:61:67:10:10:61:67 chr5 70806457 . G A 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0205965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.658;QD=5.84507;RBI=0.0244975;REFB=-0.0155383;REVB=-0.0132631;RO=37;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00392707;STB=0.502533;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0571464;OID=.;OPOS=70806457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:7:3:11:26:7:3:11:26 chr5 70806958 . G A 57.59 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0371629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.91;QD=3.19952;RBI=0.0469068;REFB=-0.00174109;REVB=-0.028621;RO=61;SAF=4;SAR=7;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806514;STB=0.555453;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0106744;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:61:61:11:11:0.152778:7:4:26:35:7:4:26:35 chr5 70809169 . A G 72.55 PASS AF=0.137615;AO=15;DP=109;FAO=15;FDP=109;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=-0.0125137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.734;QD=2.66222;RBI=0.024742;REFB=-0.00579538;REVB=0.0213442;RO=93;SAF=6;SAR=9;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385959;STB=0.532032;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.060358;OID=.;OPOS=70809169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:109:109:93:94:15:15:0.137615:9:6:40:53:9:6:41:53 chr5 70840233 . C T 100.31 PASS AF=0.166667;AO=19;DP=113;FAO=19;FDP=114;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.0340255;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3904;QD=3.51949;RBI=0.0376289;REFB=0.00344101;REVB=-0.0160686;RO=94;SAF=13;SAR=6;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237739;STB=0.660845;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.028346;OID=.;OPOS=70840233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:94:95:19:19:0.166667:6:13:47:47:6:13:47:48 chr5 70849021 . G T 91.49 PASS AF=0.156522;AO=18;DP=115;FAO=18;FDP=115;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=0.000225778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.097;QD=3.18242;RBI=0.0238142;REFB=-0.00392514;REVB=-0.0238131;RO=93;SAF=4;SAR=14;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337834;STB=0.728897;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.019932;OID=.;OPOS=70849021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:115:115:93:97:18:18:0.156522:14:4:44:49:14:4:46:51 chr5 70945075 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.938;QD=63.5819;RBI=0.0583997;REFB=0;REVB=0.0276016;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263421;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr5 71146741 . T G 295.45 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00791992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.073;QD=42.2068;RBI=0.00791992;REFB=0.00946568;REVB=0;RO=4;SAF=24;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231881;OID=.;OPOS=71146741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:24:24:0.857143:0:24:4:0:0:24:4:0 chr5 71146757 . T C 1573.17 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0288826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5403;QD=58.81;RBI=0.0291128;REFB=0.0266684;REVB=0.00365363;RO=1;SAF=59;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797668;STB=0.504201;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00035565;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:47:59:1:0:47:59:1:0 chr5 71146882 . T C 7114.08 PASS AF=1;AO=453;DP=469;FAO=460;FDP=460;FR=.;FRO=0;FSAF=238;FSAR=222;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.71645e-05;FXX=0.0212761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.155;QD=61.8616;RBI=0.0132399;REFB=-0.00343596;REVB=0.0132396;RO=7;SAF=232;SAR=221;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00657854;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83068e-05;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:469:460:7:0:453:460:1:221:232:2:5:222:238:0:0 chr5 71146889 . A G 6812.93 PASS AF=0.977679;AO=433;DP=447;FAO=438;FDP=448;FR=.;FRO=10;FSAF=232;FSAR=206;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0182689;FXX=0.00222712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.351;QD=60.8298;RBI=0.0240249;REFB=-0.0394212;REVB=0.0156027;RO=10;SAF=227;SAR=206;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00104666;STB=0.500665;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000424996;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:447:448:10:10:433:438:0.977679:206:227:5:5:206:232:5:5 chr5 71465361 . T A 1590.03 PASS AF=0.824675;AO=114;DP=142;FAO=127;FDP=154;FR=.;FRO=27;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0401875;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1202;QD=41.2995;RBI=0.0440448;REFB=-0.0539701;REVB=0.0180252;RO=26;SAF=56;SAR=58;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507674;STB=0.519332;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00701717;OID=.;OPOS=71465361;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:154:26:27:114:127:0.824675:58:56:9:17:66:61:10:17 chr5 71490962 . A G 563.95 PASS AF=0.79661;AO=47;DP=59;FAO=47;FDP=59;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00877661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7816;QD=38.2339;RBI=0.0209579;REFB=-0.00453713;REVB=0.0190317;RO=12;SAF=22;SAR=25;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834818;STB=0.544774;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00267268;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:12:12:47:47:0.79661:25:22:3:9:25:22:3:9 chr5 71495041 . T C 1572.64 PASS AF=0.816993;AO=121;DP=150;FAO=125;FDP=153;FR=.;FRO=28;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0146488;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0105;QD=41.1147;RBI=0.0163379;REFB=0.000353946;REVB=0.0072345;RO=27;SAF=64;SAR=57;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00358554;STB=0.502197;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.000569245;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:27:28:121:125:0.816993:57:64:14:13:61:64:14:14 chr5 71756102 . G A 6500.49 PASS AF=1;AO=409;DP=412;FAO=414;FDP=414;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=229;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086941;FXX=0.00240958;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5002;QD=62.8067;RBI=0.0589728;REFB=-0.0625876;REVB=0.0583284;RO=1;SAF=183;SAR=226;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260102;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025381;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:412:414:1:0:409:414:1:226:183:1:0:229:185:0:0 chr5 71756670 . C T 810.64 PASS AF=0.771084;AO=59;DP=77;FAO=64;FDP=83;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0246605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.119;QD=39.0672;RBI=0.0251703;REFB=-0.0294969;REVB=-0.00504051;RO=18;SAF=22;SAR=37;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582262;STB=0.524313;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00879248;OID=.;OPOS=71756670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:83:18:19:59:64:0.771084:37:22:9:9:37:27:10:9 chr5 72144209 . C T 66.82 PASS AF=0.0913043;AO=21;DP=229;FAO=21;FDP=230;FR=.;FRO=209;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=96;FSRR=113;FWDB=-0.0254757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.214;QD=1.16212;RBI=0.0316567;REFB=-0.0013804;REVB=-0.0187919;RO=205;SAF=13;SAR=8;SRF=95;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183612;STB=0.643219;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0212092;OID=.;OPOS=72144209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:229:230:205:209:21:21:0.0913043:8:13:95:110:8:13:96:113 chr5 72174432 . C G 2236.08 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1842;QD=63.4348;RBI=0.0640252;REFB=0;REVB=-0.0640023;RO=0;SAF=68;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151181;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:72:68:0:0:72:69:0:0 chr5 72184098 . C T 1591.0 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267011;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.21;QD=64.2829;RBI=0.032158;REFB=0;REVB=-0.0179218;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256602;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr5 72347223 . A G 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0142202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.543;QD=3.51285;RBI=0.0153552;REFB=-0.00161941;REVB=0.00579379;RO=52;SAF=5;SAR=5;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507921;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0153448;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:62:63:52:53:10:10:0.15873:5:5:26:26:5:5:26:27 chr5 72384255 . A G 70.28 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0117464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.058;QD=4.39258;RBI=0.0245609;REFB=-0.0010919;REVB=0.0215699;RO=51;SAF=3;SAR=9;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224002;STB=0.642602;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00822035;OID=.;OPOS=72384255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:51:52:12:12:0.1875:9:3:21:30:9:3:21:31 chr5 72385914 . A G 46.65 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0171136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.4745;QD=2.3619;RBI=0.0493964;REFB=0.000894932;REVB=0.0463372;RO=67;SAF=7;SAR=3;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271498;STB=0.694266;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00446123;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:79:79:67:69:10:10:0.126582:3:7:32:35:3:7:33:36 chr5 72395915 . G A 1219.23 PASS AF=0.757812;AO=96;DP=127;FAO=97;FDP=128;FR=.;FRO=31;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.01115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.787;QD=38.101;RBI=0.0174598;REFB=-0.00892601;REVB=0.0134358;RO=31;SAF=45;SAR=51;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051142;STB=0.528296;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00244538;OID=.;OPOS=72395915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:31:31:96:97:0.757812:51:45:18:13:52:45:18:13 chr5 72419410 . A G 3394.68 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916538;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.746;QD=62.2876;RBI=0.0102778;REFB=0;REVB=0.00465066;RO=0;SAF=92;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19591e-06;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:216:218:0:0:215:218:1:123:92:0:0:126:92:0:0 chr5 72419456 . C G 113.51 PASS AF=0.148387;AO=23;DP=155;FAO=23;FDP=155;FR=.;FRO=132;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=0.0100745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5272;QD=2.92921;RBI=0.0495503;REFB=0.00299123;REVB=-0.0485153;RO=132;SAF=10;SAR=13;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00594693;STB=0.503987;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0213226;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:132:132:23:23:0.148387:13:10:58:74:13:10:58:74 chr5 72419617 . C A 208.89 PASS AF=0.170213;AO=39;DP=233;FAO=40;FDP=235;FR=.;FRO=195;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=93;FSRR=102;FWDB=-0.0179826;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.111;QD=3.55563;RBI=0.0195139;REFB=-0.0013048;REVB=0.00757762;RO=193;SAF=22;SAR=17;SRF=92;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11244;STB=0.581187;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00644245;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:235:193:195:39:40:0.170213:17:22:92:101:17:23:93:102 chr5 72744119 . C G 248.04 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0199045;FXX=0.0312402;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.644;QD=32.0057;RBI=0.0218039;REFB=-0.038964;REVB=0.00890073;RO=9;SAF=12;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11173;STB=0.561348;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0121384;OID=.;OPOS=72744119;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:32:31:9:9:22:22:0.709677:10:12:3:6:10:12:3:6 chr5 72795160 . AATCTC A 86.63 PASS AF=0.2;AO=26;DP=134;FAO=27;FDP=135;FR=.;FRO=108;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=72;FWDB=-0.0360331;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=307.081;QD=2.56695;RBI=0.0371307;REFB=-0.00181301;REVB=-0.00896143;RO=105;SAF=5;SAR=21;SRF=36;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242854;STB=0.657304;STBP=0.117;TYPE=del;VARB=0.00771592;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:26:134:27:135:108:5:22:36:72:86:105:5:21:36:69 chr5 72795176 . G A 147.26 PASS AF=0.204918;AO=25;DP=122;FAO=25;FDP=122;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=64;FWDB=-0.00994844;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.331;QD=4.82813;RBI=0.0134884;REFB=-0.00551671;REVB=-0.00910859;RO=96;SAF=5;SAR=20;SRF=32;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215579;STB=0.64394;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0178907;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:96:97:25:25:0.204918:20:5:32:64:20:5:33:64 chr5 72798845 . A G 121.94 PASS AF=0.204082;AO=19;DP=91;FAO=20;FDP=98;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0262793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.9576;QD=4.97724;RBI=0.0447276;REFB=-0.00614988;REVB=0.0361933;RO=72;SAF=7;SAR=12;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635093;STB=0.539709;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0350571;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:98:72:78:19:20:0.204082:12:7:30:42:12:8:35:43 chr5 72874907 . A C 2358.76 PASS AF=0.806306;AO=179;DP=222;FAO=179;FDP=222;FR=.;FRO=43;FSAF=88;FSAR=91;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0311365;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1736;QD=42.5002;RBI=0.0324504;REFB=-0.0116956;REVB=0.00914027;RO=43;SAF=88;SAR=91;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00968191;STB=0.505135;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00315528;OID=.;OPOS=72874907;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:43:43:179:179:0.806306:91:88:20:23:91:88:20:23 chr5 73072354 . T C 1977.96 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019563;FXX=0.0378759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244;QD=62.2981;RBI=0.0195701;REFB=0;REVB=-0.000526217;RO=0;SAF=33;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52426e-05;OID=.;OPOS=73072354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:122:127:1:89:33:0:0:91:36:0:0 chr5 73076511 . C A 3199.56 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173077;FXX=0.00952336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1359;QD=61.53;RBI=0.0921555;REFB=-0.0522736;REVB=-0.0921393;RO=2;SAF=110;SAR=98;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000525063;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04864e-05;OID=.;OPOS=73076511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:210:208:2:0:208:208:1:98:110:1:1:98:110:0:0 chr5 73090261 . T C 1572.98 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.021;QD=59.9232;RBI=0.025907;REFB=0;REVB=0.0243371;RO=0;SAF=37;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03417e-05;OID=.;OPOS=73090261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:68:37:0:0:68:37:0:0 chr5 73091228 . C T 1592.24 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193973;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.681;QD=60.0846;RBI=0.00997716;REFB=0;REVB=-0.00978678;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20143e-06;OID=.;OPOS=73091228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:54:52:0:0:53:53:0:0 chr5 73136566 . A G 502.87 PASS AF=0.733333;AO=44;DP=60;FAO=44;FDP=60;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0321589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4699;QD=33.5249;RBI=0.0515839;REFB=0.0273448;REVB=0.0403325;RO=16;SAF=19;SAR=25;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341194;STB=0.518425;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00785935;OID=.;OPOS=73136566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:16:16:44:44:0.733333:25:19:8:8:25:19:8:8 chr5 73144845 . A G 2314.55 PASS AF=1;AO=141;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671812;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.488;QD=63.8496;RBI=0.0611403;REFB=0;REVB=0.0607701;RO=0;SAF=65;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.52843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78875e-05;OID=.;OPOS=73144845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:141:145:1:76:65:0:0:79:66:0:0 chr5 73163831 . C T 1182.02 PASS AF=0.794872;AO=93;DP=118;FAO=93;FDP=117;FR=.;FRO=24;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0191236;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.855;QD=40.411;RBI=0.0193515;REFB=-0.00901715;REVB=-0.00296068;RO=24;SAF=52;SAR=41;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681424;STB=0.503631;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0029973;OID=.;OPOS=73163831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:24:24:93:93:0.794872:41:52:13:11:41:52:13:11 chr5 73163965 . C A 1551.82 PASS AF=0.788462;AO=122;DP=158;FAO=123;FDP=156;FR=.;FRO=33;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0469931;FXX=0.0126574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3501;QD=39.7904;RBI=0.0831314;REFB=-0.0366513;REVB=-0.0685746;RO=33;SAF=67;SAR=55;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259123;STB=0.508049;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0181732;OID=.;OPOS=73163965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:33:33:122:123:0.788462:55:67:16:17:55:68:17:16 chr5 73179672 . C T 155.78 PASS AF=0.155;AO=31;DP=199;FAO=31;FDP=200;FR=.;FRO=169;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=62;FSRR=107;FWDB=-0.0186378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.297;QD=3.11566;RBI=0.0203897;REFB=0.00109751;REVB=-0.00826864;RO=168;SAF=9;SAR=22;SRF=62;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113417;STB=0.573583;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00618365;OID=.;OPOS=73179672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:168:169:31:31:0.155:22:9:62:106:22:9:62:107 chr5 73207372 . T A 1477.46 PASS AF=0.810219;AO=111;DP=137;FAO=111;FDP=137;FR=.;FRO=26;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0186356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.764;QD=43.1374;RBI=0.0257585;REFB=0.0120866;REVB=-0.0177824;RO=26;SAF=56;SAR=55;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160781;STB=0.500855;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00199599;OID=.;OPOS=73207372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:26:26:111:111:0.810219:55:56:13:13:55:56:13:13 chr5 73471334 . G C 2696.24 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7424;QD=62.3409;RBI=0.0557279;REFB=0;REVB=-0.0498575;RO=0;SAF=101;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.44772e-05;OID=.;OPOS=73471334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:72:101:0:0:72:101:0:0 chr5 73613858 . A G 1076.11 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00217473;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.976;QD=57.3923;RBI=0.0137299;REFB=0.0233592;REVB=0.0135566;RO=2;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230622;STB=0.512192;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.000659579;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:75:2:2:73:73:0.973333:40:33:0:2:40:33:0:2 chr5 73613972 . G C 2470.61 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.643;QD=61.3817;RBI=0.0238288;REFB=0;REVB=0.0235795;RO=0;SAF=79;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03326e-05;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:82:79:0:0:82:79:0:0 chr5 73930751 . C T 1501.59 PASS AF=0.807143;AO=113;DP=140;FAO=113;FDP=140;FR=.;FRO=27;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0192587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7074;QD=42.9024;RBI=0.0203436;REFB=-0.0100715;REVB=0.00655483;RO=27;SAF=56;SAR=57;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00832091;STB=0.504424;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00502403;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:27:27:113:113:0.807143:57:56:14:13:57:56:14:13 chr5 73931246 . T C 761.64 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591262;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.812;QD=55.3922;RBI=0.0621505;REFB=-0.0371598;REVB=-0.0191516;RO=1;SAF=10;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313497;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:44:10:1:0:44:11:0:0 chr5 73931280 . A C 48.0 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=47;FWDB=-0.0785583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6079;QD=2.59478;RBI=0.0836177;REFB=-0.013346;REVB=0.0286448;RO=59;SAF=1;SAR=9;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349187;STB=0.742512;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.106557;OID=.;OPOS=73931280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:74:74:59:64:10:10:0.135135:9:1:17:42:9:1:17:47 chr5 73932315 . T C 1468.39 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261469;FXX=0.0297;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.864;QD=59.9343;RBI=0.0205658;REFB=0;REVB=-0.020399;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691935;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr5 73981270 . T C 2000.12 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.083405;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.645;QD=60.6096;RBI=0.0885378;REFB=0.0212086;REVB=0.0297076;RO=2;SAF=64;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000221592;STB=0.500117;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000142371;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:132:2:2:130:130:0.984848:66:64:1:1:66:64:1:1 chr5 73992881 . A G 617.52 PASS AF=0.784615;AO=51;DP=65;FAO=51;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0428342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.553;QD=38.0015;RBI=0.0442725;REFB=0.0055861;REVB=0.0111929;RO=14;SAF=27;SAR=24;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118317;STB=0.50635;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00101054;OID=.;OPOS=73992881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:14:14:51:51:0.784615:24:27:7:7:24:27:7:7 chr5 74046474 . A C 510.55 PASS AF=0.758621;AO=44;DP=58;FAO=44;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0553473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0891;QD=35.2101;RBI=0.0596537;REFB=0.041023;REVB=0.0222541;RO=14;SAF=21;SAR=23;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101924;STB=0.505492;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.0141976;OID=.;OPOS=74046474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:14:14:44:44:0.758621:23:21:7:7:23:21:7:7 chr5 74323529 . G C 58.51 PASS AF=0.114754;AO=14;DP=124;FAO=14;FDP=122;FR=.;FRO=108;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=-0.0179309;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5603;QD=1.91833;RBI=0.0262895;REFB=0.00237235;REVB=0.0192255;RO=108;SAF=8;SAR=6;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120431;STB=0.587289;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0186553;OID=.;OPOS=74323529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:124:122:108:108:14:14:0.114754:6:8:51:57:6:8:51:57 chr5 74324548 . G A 117.5 PASS AF=0.171875;AO=22;DP=128;FAO=22;FDP=128;FR=.;FRO=106;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=-0.0208525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.991;QD=3.67194;RBI=0.0277603;REFB=-0.0035686;REVB=-0.018325;RO=106;SAF=13;SAR=9;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197846;STB=0.628037;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0127588;OID=.;OPOS=74324548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:106:106:22:22:0.171875:9:13:46:60:9:13:46:60 chr5 74951901 . G A 1969.74 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.685;QD=62.0391;RBI=0.0474521;REFB=0;REVB=-0.00299237;RO=0;SAF=43;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89121e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103568;OID=.;OPOS=74951901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:83:43:0:0:84:43:0:0 chr5 74970024 . T C 1613.2 PASS AF=0.941176;AO=112;DP=119;FAO=112;FDP=119;FR=.;FRO=7;FSAF=77;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00429111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.021;QD=54.2252;RBI=0.0288924;REFB=-0.155127;REVB=0.028572;RO=7;SAF=77;SAR=35;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860027;STB=0.545446;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000426223;OID=.;OPOS=74970024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:119:119:7:7:112:112:0.941176:35:77:0:7:35:77:0:7 chr5 75001582 . A G 1495.87 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0478822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.192;QD=62.328;RBI=0.0483987;REFB=-0.115926;REVB=0.00705216;RO=1;SAF=46;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101972;STB=0.505375;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000236357;OID=.;OPOS=75001582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:49:46:1:0:49:46:1:0 chr5 75003678 . T C 3226.37 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602508;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.93;QD=62.0456;RBI=0.0273736;REFB=0;REVB=0.0267023;RO=0;SAF=94;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89292e-05;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:208:0:0:208:208:1:114:94:0:0:114:94:0:0 chr5 75591710 . C G 112.96 PASS AF=0.160584;AO=22;DP=137;FAO=22;FDP=137;FR=.;FRO=115;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=-0.00360675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0757;QD=3.298;RBI=0.0055763;REFB=-0.00708934;REVB=-0.00425282;RO=114;SAF=10;SAR=12;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578763;STB=0.534543;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0379382;OID=.;OPOS=75591710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:114:115:22:22:0.160584:12:10:57:57:12:10:57:58 chr5 75594743 . G A 94.6 PASS AF=0.13245;AO=18;DP=157;FAO=20;FDP=151;FR=.,HEALED;FRO=131;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=72;FWDB=-0.0120813;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.197;QD=2.50604;RBI=0.018685;REFB=0.00500223;REVB=0.0142538;RO=108;SAF=7;SAR=11;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024272;STB=0.543004;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0325787;OID=.;OPOS=75594743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:157:151:108:131:18:20:0.13245:11:7:44:64:10:10:59:72 chr5 75884734 . G A 1350.53 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0387582;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4467;QD=61.3876;RBI=0.0393151;REFB=-0.0589364;REVB=-0.00659369;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.505493;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00038333;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:88:0:1:87:87:0.988636:45:42:0:0:45:42:0:1 chr5 75913949 . T C 73.77 PASS AF=0.134454;AO=16;DP=119;FAO=16;FDP=119;FR=.;FRO=103;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.013446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.062;QD=2.47964;RBI=0.0154714;REFB=-0.00197462;REVB=-0.00765323;RO=101;SAF=6;SAR=10;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065744;STB=0.546986;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0135775;OID=.;OPOS=75913949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:119:119:101:103:16:16:0.134454:10:6:43:58:10:6:44:59 chr5 75923294 . T G 1931.31 PASS AF=0.780612;AO=145;DP=191;FAO=153;FDP=196;FR=.;FRO=43;FSAF=85;FSAR=68;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00721673;FXX=0.0297015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.184;QD=39.4144;RBI=0.00960055;REFB=0.00215747;REVB=0.00633161;RO=43;SAF=80;SAR=65;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173807;STB=0.509735;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.000359133;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:196:43:43:145:153:0.780612:65:80:22:21:68:85:22:21 chr5 75923307 . A G 2844.42 PASS AF=0.978723;AO=182;DP=186;FAO=184;FDP=188;FR=.;FRO=4;FSAF=100;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0181734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.496;QD=60.5196;RBI=0.0186764;REFB=-0.0375256;REVB=0.00430514;RO=3;SAF=100;SAR=82;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673197;STB=0.506284;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=3.70788e-05;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:186:188:3:4:182:184:0.978723:82:100:1:2:84:100:1:3 chr5 75960865 . T C 1011.77 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609008;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1715;QD=59.5156;RBI=0.0843896;REFB=0;REVB=0.0584182;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510333;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr5 76003254 . AAAAC TAAAT 1775.53 PASS AF=1;AO=95;DP=124;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253391;FXX=0.0319974;HRUN=4;LEN=5;MLLD=269.288;QD=58.6951;RBI=0.0253391;REFB=0;REVB=1.88815e-05;RO=0;SAF=31;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000106462;OID=.;OPOS=76003254;OREF=AAAAC;OALT=TAAAT;OMAPALT=TAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:121:0:0:95:121:1:64:31:0:0:73:48:0:0 chr5 76128521 . G A 1605.13 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1719;QD=60.0049;RBI=0.0519094;REFB=0;REVB=-0.0345047;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16145e-05;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:52:55:0:0:52:55:0:0 chr5 76129053 . T C 1100.51 PASS AF=1;AO=76;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4398;QD=52.4054;RBI=0.0791496;REFB=-0.192463;REVB=0.0502144;RO=7;SAF=35;SAR=41;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857458;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0285179;OID=.;OPOS=76129053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:83:84:7:0:76:84:1:41:35:7:0:41:43:0:0 chr5 76173624 . CT C 37.91 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0225682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.4467;QD=1.57962;RBI=0.0226512;REFB=0.00367896;REVB=-0.00193732;RO=80;SAF=5;SAR=11;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181611;STB=0.621055;STBP=0.316;TYPE=del;VARB=-0.0165613;OID=.;OPOS=76173625;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:16:96:16:96:80:5:11:36:44:37:80:5:11:36:44 chr5 76704849 . T C 1555.88 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000446119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.926;QD=63.5053;RBI=0.0112157;REFB=0;REVB=0.0112069;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54733e-05;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:96:98:1:48:48:0:0:50:48:0:0 chr5 76708987 . A G 3178.3 PASS AF=0.906504;AO=221;DP=264;FAO=223;FDP=246;FR=.;FRO=23;FSAF=115;FSAR=108;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00466044;FXX=0.0716954;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.269;QD=51.6796;RBI=0.00690137;REFB=-0.00913842;REVB=0.00509011;RO=22;SAF=114;SAR=107;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020748;STB=0.508708;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00457546;OID=.;OPOS=76708987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:264:246:22:23:221:223:0.906504:107:114:14:8:108:115:14:9 chr5 76708988 . T G 43.43 PASS AF=0.0783582;AO=22;DP=267;FAO=21;FDP=268;FR=.;FRO=247;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=117;FSRR=130;FWDB=0.0126156;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.0807;QD=0.6482;RBI=0.0410779;REFB=-0.0144808;REVB=0.0390927;RO=245;SAF=14;SAR=8;SRF=115;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191823;STB=0.632902;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0796382;OID=.;OPOS=76708988;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:267:268:245:247:22:21:0.0783582:8:14:115:130:8:13:117:130 chr5 76722443 . G A 1098.25 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8864;QD=60.1781;RBI=0.0494744;REFB=0;REVB=0.0144305;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201624;OID=.;OPOS=76722443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr5 76722876 . AC A,AA 114.84 PASS AF=0.857143,0;AO=3,7;DP=12;FAO=12,0;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=2,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0780229,-0.163384;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.6741,27.6947;QD=32.8115;RBI=0.128115,0.163513;REFB=-0.0708006,-0.0154484;REVB=-0.101617,0.00649165;RO=2;SAF=0,2;SAR=3,5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.145918;STB=0.545383,0.5;STBP=0.644,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000788442,-0.0410374;OID=.,.;OPOS=76722877,76722877;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143,0:3,7:12:12,0:14:2:2,0:10,0:0:2:10:2:0,2:3,5:0:2 chr5 76722891 . T C 215.14 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0557431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1618;QD=37.4153;RBI=0.0560582;REFB=0.0208335;REVB=-0.00593495;RO=4;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114826;STB=0.562439;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00183534;OID=.;OPOS=76722891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:14:5:0:4:14:5:0:4 chr5 76734084 . C T 2420.93 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.529;QD=61.2892;RBI=0.0488167;REFB=0;REVB=0.0332931;RO=0;SAF=76;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35311e-05;OID=.;OPOS=76734084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:157:158:1:81:76:0:0:82:76:0:0 chr5 76916335 . G GC 760.09 PASS AF=0.8125;AO=77;DP=103;FAO=78;FDP=96;FR=.;FRO=18;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0483295;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.1951;QD=31.6705;RBI=0.102154;REFB=-0.0130016;REVB=0.0899984;RO=26;SAF=36;SAR=41;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515791;STB=0.528083;STBP=0.262;TYPE=ins;VARB=0.00445941;OID=.;OPOS=76916336;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125:77:103:78:96:18:36:42:11:7:48:26:36:41:15:11 chr5 76926578 . T C 3229.15 PASS AF=0.968326;AO=214;DP=221;FAO=214;FDP=221;FR=.;FRO=7;FSAF=107;FSAR=107;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0246615;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.921;QD=58.4461;RBI=0.0309199;REFB=-0.147056;REVB=-0.0186507;RO=4;SAF=107;SAR=107;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502262;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.000428081;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:221:221:4:7:214:214:0.968326:107:107:2:2:107:107:4:3 chr5 77412011 . A G 56.92 PASS AF=0.126316;AO=11;DP=95;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.000662659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.904;QD=2.39679;RBI=0.00621125;REFB=0.00404523;REVB=0.0061758;RO=83;SAF=7;SAR=4;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255135;STB=0.707151;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0430949;OID=.;OPOS=77412011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:83:83:11:12:0.126316:4:7:35:48:4:8:35:48 chr5 77425028 . A T 233.48 PASS AF=0.152905;AO=49;DP=326;FAO=50;FDP=327;FR=.;FRO=277;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=132;FSRR=145;FWDB=0.00173147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.015;QD=2.85598;RBI=0.00178516;REFB=0.00127183;REVB=-0.000434518;RO=277;SAF=25;SAR=24;SRF=132;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433632;STB=0.536755;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00756914;OID=.;OPOS=77425028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:327:277:277:49:50:0.152905:24:25:132:145:24:26:132:145 chr5 77473165 . A G 122.79 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0667025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.033;QD=5.91767;RBI=0.0722852;REFB=-0.000222926;REVB=0.0278555;RO=37;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367035;STB=0.600434;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0013185;OID=.;OPOS=77473165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:64:19:19:0.228916:13:6:3:34:13:6:28:36 chr5 77745853 . C A,CA 679.62 PASS AF=0,1;AO=5,38;DP=54;FAO=0,50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458589,0.0777603;FXX=0.0384541;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=254.992,24.3502;QD=54.3695;RBI=0.00902647,0.15896;REFB=0,0;REVB=0.00777475,0.138642;RO=11;SAF=4,31;SAR=1,7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.531405,0.296363;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00699539;OID=.,.;OPOS=77745853,77745854;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:54:50:11:0:5,38:0,50:0,1:1,7:4,31:3:8:0,15:0,35:0:0 chr5 77781152 . TTACAA T 68.58 PASS AF=0.167742;AO=25;DP=159;FAO=26;FDP=155;FR=.;FRO=129;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=60;FWDB=-0.00517707;FXX=0.0189861;HRUN=3;LEN=5;MLLD=227.306;QD=1.76977;RBI=0.00568734;REFB=-0.0060941;REVB=0.00235452;RO=124;SAF=14;SAR=11;SRF=67;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253734;STB=0.535418;STBP=0.747;TYPE=del;VARB=0.0291385;OID=.;OPOS=77781153;OREF=TACAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.167742:25:159:26:155:129:15:11:69:60:68:124:14:11:67:57 chr5 77781390 . G A 74.99 PASS AF=0.141509;AO=15;DP=106;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.0164195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.51;QD=2.8299;RBI=0.0177114;REFB=-0.00134026;REVB=0.00664029;RO=91;SAF=8;SAR=7;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894592;STB=0.561322;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00850437;OID=.;OPOS=77781390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:106:106:91:91:15:15:0.141509:7:8:42:49:7:8:42:49 chr5 77781785 . C CT 1163.66 PASS AF=1;AO=99;DP=112;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.4173;QD=43.9118;RBI=0.118961;REFB=0;REVB=0.0563495;RO=8;SAF=43;SAR=56;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000302873;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:99:112:106:106:0:46:60:0:0:22:8:43:56:6:2 chr5 77784433 . T C 114.61 PASS AF=0.116935;AO=29;DP=248;FAO=29;FDP=248;FR=.;FRO=219;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=107;FSRR=112;FWDB=0.0274539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8033;QD=1.84856;RBI=0.0431181;REFB=-0.00107222;REVB=-0.0332484;RO=218;SAF=11;SAR=18;SRF=106;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134668;STB=0.597569;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0111028;OID=.;OPOS=77784433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:218:219:29:29:0.116935:18:11:106:112:18:11:107:112 chr5 77784438 . T A 107.79 PASS AF=0.11336;AO=28;DP=247;FAO=28;FDP=247;FR=.;FRO=219;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=106;FSRR=113;FWDB=-0.0225419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.567;QD=1.74553;RBI=0.0307316;REFB=-0.00422324;REVB=-0.0208877;RO=219;SAF=11;SAR=17;SRF=106;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114017;STB=0.58169;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0287242;OID=.;OPOS=77784438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:219:219:28:28:0.11336:17:11:106:113:17:11:106:113 chr5 77784738 . A G 1181.68 PASS AF=0.787402;AO=84;DP=115;FAO=100;FDP=127;FR=.;FRO=27;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0133595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.439;QD=37.2182;RBI=0.0747487;REFB=-0.00703625;REVB=0.0735452;RO=25;SAF=49;SAR=35;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736877;STB=0.515474;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00667497;OID=.;OPOS=77784738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:127:25:27:84:100:0.787402:35:49:15:10:48:52:16:11 chr5 78181477 . C T 110.24 PASS AF=0.112403;AO=29;DP=259;FAO=29;FDP=258;FR=.;FRO=229;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=107;FSRR=122;FWDB=0.00566225;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.378;QD=1.70921;RBI=0.0389054;REFB=-0.00362863;REVB=-0.0384911;RO=227;SAF=15;SAR=14;SRF=106;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623501;STB=0.54426;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0229899;OID=.;OPOS=78181477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:227:229:29:29:0.112403:14:15:106:121:14:15:107:122 chr5 78320085 . T C 150.38 PASS AF=0.169591;AO=28;DP=170;FAO=29;FDP=171;FR=.;FRO=142;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=82;FSRR=60;FWDB=-0.00737117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.274;QD=3.51769;RBI=0.0184741;REFB=-0.00898014;REVB=-0.0169398;RO=133;SAF=17;SAR=11;SRF=75;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569602;STB=0.5374;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0451254;OID=.;OPOS=78320085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:133:142:28:29:0.169591:11:17:75:58:11:18:82:60 chr5 78340257 . C G 2547.86 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.789;QD=61.7663;RBI=0.0177376;REFB=0;REVB=-0.0166339;RO=0;SAF=72;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.86896e-06;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:93:72:0:0:93:72:0:0 chr5 78340286 . A G 2373.41 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282041;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.206;QD=61.2493;RBI=0.0216198;REFB=0;REVB=0.0214351;RO=0;SAF=65;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.5426e-07;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:155:0:0:155:155:1:90:65:0:0:90:65:0:0 chr5 78351636 . A C 1428.48 PASS AF=1;AO=77;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0999785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7338;QD=58.9065;RBI=0.105576;REFB=0;REVB=-0.0339217;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00716562;OID=.;OPOS=78351636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:77:97:1:48:29:0:0:50:47:0:0 chr5 78373431 . C T 918.09 PASS AF=0.752475;AO=76;DP=101;FAO=76;FDP=101;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0184031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.098;QD=36.36;RBI=0.0207455;REFB=0.00797779;REVB=0.00957608;RO=25;SAF=30;SAR=46;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562531;STB=0.530086;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00223154;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:25:25:76:76:0.752475:46:30:7:18:46:30:7:18 chr5 78532658 . C G,T 221.51 PASS AF=0.166667,0.708333;AO=2,16;DP=22;FAO=4,17;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=1,7;FSAR=3,10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0134353,0.144951;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.834,69.3226;QD=36.9185;RBI=0.0136086,0.149529;REFB=-0.0108088,-0.00504797;REVB=0.00216451,0.0367195;RO=2;SAF=0,7;SAR=2,9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.639851,-0.012825;STB=0.69129,0.538876;STBP=0.36,0.483;TYPE=snp,snp;VARB=0.0437727,0.00289126;OID=.,.;OPOS=78532658,78532658;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:22:24:2:3:2,16:4,17:0.166667,0.708333:2,9:0,7:1:1:3,10:1,7:2:1 chr5 78573790 . A T 133.5 PASS AF=0.146597;AO=28;DP=191;FAO=28;FDP=191;FR=.;FRO=163;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=75;FSRR=88;FWDB=0.00607118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6862;QD=2.79579;RBI=0.00663654;REFB=0.00375529;REVB=0.00268038;RO=163;SAF=9;SAR=19;SRF=75;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183311;STB=0.62359;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.021138;OID=.;OPOS=78573790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:163:163:28:28:0.146597:19:9:75:88:19:9:75:88 chr5 78596044 . T C 241.59 PASS AF=0.181818;AO=43;DP=242;FAO=44;FDP=242;FR=.;FRO=198;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=89;FSRR=109;FWDB=0.0117572;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.795;QD=3.99315;RBI=0.0124565;REFB=-0.00350264;REVB=-0.00411479;RO=199;SAF=19;SAR=24;SRF=89;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702099;STB=0.514671;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0146286;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:199:198:43:44:0.181818:24:19:89:110:25:19:89:109 chr5 78617534 . T G 88.52 PASS AF=0.15;AO=18;DP=120;FAO=18;FDP=120;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.00834394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.16;QD=2.95081;RBI=0.00908644;REFB=-0.00185444;REVB=-0.0035975;RO=101;SAF=8;SAR=10;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763756;STB=0.547257;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0100888;OID=.;OPOS=78617534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:120:120:101:102:18:18:0.15:10:8:51:50:10:8:51:51 chr5 78985833 . G A 9012.16 PASS AF=0.774664;AO=684;DP=885;FAO=691;FDP=892;FR=.;FRO=201;FSAF=316;FSAR=375;FSRF=83;FSRR=118;FWDB=0.0408511;FXX=0.00111981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1451;QD=40.4133;RBI=0.0916665;REFB=-0.0338743;REVB=0.0820605;RO=187;SAF=316;SAR=368;SRF=83;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00740126;STB=0.510089;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00943177;OID=.;OPOS=78985833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:885:892:187:201:684:691:0.774664:368:316:83:104:375:316:83:118 chr5 79024779 . A G 1865.57 PASS AF=0.790055;AO=142;DP=181;FAO=143;FDP=181;FR=.;FRO=38;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00716208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.14;QD=41.228;RBI=0.0103475;REFB=-0.0269831;REVB=0.00746831;RO=38;SAF=66;SAR=76;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766182;STB=0.539709;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00804896;OID=.;OPOS=79024779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:38:38:142:143:0.790055:76:66:25:13:76:67:25:13 chr5 79025085 . A G 587.66 PASS AF=0.790323;AO=43;DP=67;FAO=49;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0345592;FXX=0.0158705;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.768;QD=37.9133;RBI=0.0356026;REFB=-0.0155037;REVB=-0.00855596;RO=15;SAF=12;SAR=31;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105692;STB=0.568691;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00175959;OID=.;OPOS=79025085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:67:62:15:13:43:49:0.790323:31:12:7:8:36:13:7:6 chr5 79025317 . A G 376.4 PASS AF=0.769231;AO=30;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0168172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.266;QD=38.6048;RBI=0.0192373;REFB=-0.0241944;REVB=-0.009341;RO=8;SAF=17;SAR=13;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749586;STB=0.553995;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0122336;OID=.;OPOS=79025317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:8:9:30:30:0.769231:13:17:3:5:13:17:3:6 chr5 79025634 . G A 454.57 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0204952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.111;QD=33.6716;RBI=0.0217186;REFB=-0.0389437;REVB=-0.00718626;RO=13;SAF=16;SAR=24;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289183;STB=0.526704;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0113878;OID=.;OPOS=79025634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:13:14:40:40:0.740741:24:16:6:7:24:16:7:7 chr5 79026360 . G A 448.12 PASS AF=0.75;AO=39;DP=52;FAO=39;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00770376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.461;QD=34.4709;RBI=0.0109568;REFB=-0.0142621;REVB=0.00779129;RO=13;SAF=17;SAR=22;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608513;STB=0.532845;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00414579;OID=.;OPOS=79026360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:13:13:39:39:0.75:22:17:4:9:22:17:4:9 chr5 79026370 . T G 448.72 PASS AF=0.729167;AO=35;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.000282007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.0488;QD=37.3937;RBI=0.0798789;REFB=0.0241197;REVB=0.0798784;RO=12;SAF=16;SAR=19;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591329;STB=0.54104;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0074975;OID=.;OPOS=79026370;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:12:13:35:35:0.729167:19:16:4:8:19:16:4:9 chr5 79026539 . A C 644.28 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0128454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5824;QD=52.5942;RBI=0.0715292;REFB=0.00604564;REVB=0.0703663;RO=5;SAF=26;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374138;STB=0.519991;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.000118094;OID=.;OPOS=79026539;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:49:5:5:44:44:0.897959:18:26:2:3:18:26:2:3 chr5 79027605 . T C 553.51 PASS AF=0.877193;AO=34;DP=56;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00610881;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.089;QD=38.8428;RBI=0.118297;REFB=-0.0832569;REVB=0.118139;RO=5;SAF=27;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131088;STB=0.533885;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0123354;OID=.;OPOS=79027605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:56:57:5:7:34:50:0.877193:7:27:2:3:22:28:2:5 chr5 79027700 . T C 666.84 PASS AF=0.84127;AO=52;DP=60;FAO=53;FDP=63;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0364424;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.6013;QD=42.3387;RBI=0.0822992;REFB=0.00797619;REVB=-0.073791;RO=8;SAF=29;SAR=23;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459655;STB=0.526624;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00370041;OID=.;OPOS=79027700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:60:63:8:10:52:53:0.84127:23:29:3:5:23:30:4:6 chr5 79028472 . C T 803.56 PASS AF=0.837838;AO=55;DP=67;FAO=62;FDP=74;FR=.;FRO=12;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0176804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.563;QD=43.4357;RBI=0.0914364;REFB=-0.0053333;REVB=0.0897107;RO=11;SAF=36;SAR=19;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575601;STB=0.526067;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00155548;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:67:74:11:12:55:62:0.837838:19:36:9:2:25:37:9:3 chr5 79028513 . A G 620.45 PASS AF=0.757143;AO=52;DP=70;FAO=53;FDP=70;FR=.;FRO=17;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0099631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.219;QD=35.4544;RBI=0.0153246;REFB=-0.0409324;REVB=0.0116439;RO=17;SAF=27;SAR=25;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317003;STB=0.514621;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00438355;OID=.;OPOS=79028513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:17:17:52:53:0.757143:25:27:10:7:25:28:10:7 chr5 79028586 . C T 472.87 PASS AF=0.759259;AO=41;DP=54;FAO=41;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00333089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.401;QD=35.0273;RBI=0.046631;REFB=0.0178739;REVB=-0.0465119;RO=13;SAF=17;SAR=24;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214605;STB=0.511579;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0053583;OID=.;OPOS=79028586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:13:13:41:41:0.759259:24:17:6:7:24:17:6:7 chr5 79029288 . C A 933.87 PASS AF=0.752577;AO=71;DP=95;FAO=73;FDP=97;FR=.;FRO=24;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0175468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.429;QD=38.5099;RBI=0.0187705;REFB=-0.00837448;REVB=0.00666649;RO=23;SAF=32;SAR=39;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126897;STB=0.515424;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00213972;OID=.;OPOS=79029288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:23:24:71:73:0.752577:39:32:11:12:41:32:12:12 chr5 79029383 . T G 1062.33 PASS AF=0.855556;AO=77;DP=90;FAO=77;FDP=90;FR=.;FRO=13;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00417014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.588;QD=47.2146;RBI=0.0109436;REFB=0.0147177;REVB=-0.0101179;RO=13;SAF=39;SAR=38;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748461;STB=0.539782;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00261308;OID=.;OPOS=79029383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:90:90:13:13:77:77:0.855556:38:39:3:10:38:39:3:10 chr5 79029749 . A G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.863;QD=34.6655;RBI=0.0362904;REFB=-0.0470792;REVB=0.0286244;RO=1;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126911;STB=0.57128;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00505811;OID=.;OPOS=79029749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:3:7:0:1:3:7:0:1 chr5 79030045 . A G 534.15 PASS AF=0.789474;AO=44;DP=57;FAO=45;FDP=57;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.000569973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.171;QD=37.484;RBI=0.021468;REFB=-0.0129823;REVB=0.0214604;RO=12;SAF=18;SAR=26;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314123;STB=0.514699;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00285836;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:12:12:44:45:0.789474:26:18:4:8:27:18:4:8 chr5 79030212 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.10072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9499;QD=30.7903;RBI=0.101318;REFB=0.0955637;REVB=0.0109908;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.599732;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0203597;OID=.;OPOS=79030212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:6:2:1:0:6:2:1:0 chr5 79030338 . A G 344.4 PASS AF=0.756757;AO=26;DP=35;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00379333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.696;QD=37.232;RBI=0.0588289;REFB=-0.0358039;REVB=0.0587065;RO=9;SAF=17;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502359;STB=0.513069;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00937124;OID=.;OPOS=79030338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:35:37:9:9:26:28:0.756757:9:17:5:4:11:17:5:4 chr5 79030346 . A G 475.85 PASS AF=0.782609;AO=36;DP=46;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.019605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.541;QD=41.3786;RBI=0.0302341;REFB=-0.0133137;REVB=0.0230161;RO=10;SAF=21;SAR=15;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690949;STB=0.503729;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0058787;OID=.;OPOS=79030346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:10:10:36:36:0.782609:15:21:6:4:15:21:6:4 chr5 79031372 . G C 448.13 PASS AF=0.75;AO=39;DP=52;FAO=39;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00252842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.157;QD=34.4713;RBI=0.00578098;REFB=-0.00459475;REVB=0.00519873;RO=13;SAF=12;SAR=27;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139947;OID=.;OPOS=79031372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:13:13:39:39:0.75:27:12:4:9:27:12:4:9 chr5 79032666 . C T 238.57 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00737389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.091;QD=27.2651;RBI=0.00840924;REFB=-0.045166;REVB=0.00404242;RO=13;SAF=11;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129186;STB=0.571365;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.012001;OID=.;OPOS=79032666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:11:11:4:9:11:11:4:9 chr5 79032711 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0220227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.292;QD=19.8497;RBI=0.0220231;REFB=-0.00345887;REVB=-0.000139075;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294963;STB=0.666455;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00137539;OID=.;OPOS=79032711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:3:10:6:9:3:10 chr5 79033306 . A C 572.17 PASS AF=0.774194;AO=48;DP=62;FAO=48;FDP=62;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00992104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.882;QD=36.914;RBI=0.0151042;REFB=-0.00435968;REVB=0.0113891;RO=12;SAF=17;SAR=31;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783945;STB=0.535218;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.000972945;OID=.;OPOS=79033306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:62:62:12:14:48:48:0.774194:31:17:2:10:31:17:3:11 chr5 79034662 . C G 650.74 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0168874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.879;QD=54.2281;RBI=0.0169191;REFB=-0.0923889;REVB=-0.0010357;RO=4;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694461;STB=0.53702;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00177928;OID=.;OPOS=79034662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:4:4:44:44:0.916667:25:19:0:4:25:19:0:4 chr5 79048562 . C T 89.84 PASS AF=0.153846;AO=18;DP=117;FAO=18;FDP=117;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.0196925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.69;QD=3.07154;RBI=0.0312616;REFB=-0.00330193;REVB=-0.0242795;RO=99;SAF=7;SAR=11;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973639;STB=0.565397;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0122073;OID=.;OPOS=79048562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:117:117:99:99:18:18:0.153846:11:7:46:53:11:7:46:53 chr5 79277817 . A C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.63;QD=64.4147;RBI=0.03776;REFB=0;REVB=-0.00662967;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66568e-05;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr5 79286568 . C T 2260.65 PASS AF=0.963415;AO=146;DP=154;FAO=158;FDP=164;FR=.;FRO=6;FSAF=96;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.140326;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.9636;QD=55.1378;RBI=0.208382;REFB=-0.139477;REVB=0.154051;RO=8;SAF=86;SAR=60;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164465;STB=0.502268;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00514966;OID=.;OPOS=79286568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:154:164:8:6:146:158:0.963415:60:86:6:2:62:96:4:2 chr5 79616083 . G C 1631.58 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382415;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.425;QD=59.8744;RBI=0.0440486;REFB=0;REVB=-0.0218602;RO=0;SAF=37;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10424e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3519e-06;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:106:109:1:69:37:0:0:69:40:0:0 chr5 79617616 . G T 402.69 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0250922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4988;QD=31.5832;RBI=0.0542645;REFB=0.0270831;REVB=-0.0481147;RO=15;SAF=22;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437962;STB=0.523796;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0342338;OID=.;OPOS=79617616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:15:36:36:0.705882:14:22:8:7:14:22:8:7 chr5 79733079 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.048;QD=45.8062;RBI=0.0263138;REFB=0;REVB=0.00656313;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034983;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr5 79734297 . T C 614.41 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.159;QD=61.4412;RBI=0.103492;REFB=0;REVB=0.0990753;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848708;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:38:40:1:18:20:0:0:20:20:0:0 chr5 79734409 . G A 1153.02 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141609;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.966;QD=59.8969;RBI=0.0418887;REFB=0;REVB=0.0394225;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338441;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:75:77:1:42:33:0:0:44:33:0:0 chr5 79735858 . A G 2380.06 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337371;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.6;QD=61.0272;RBI=0.0347694;REFB=0;REVB=-0.0084092;RO=0;SAF=60;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125232;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:155:156:1:95:60:0:0:95:61:0:0 chr5 79745469 . A G 1680.87 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2688;QD=60.0312;RBI=0.0730764;REFB=0;REVB=-0.0492442;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000507667;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:49:63:0:0:49:63:0:0 chr5 79815658 . T C 2462.69 PASS AF=0.988166;AO=162;DP=169;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00439884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.594;QD=58.2886;RBI=0.0522432;REFB=-0.171384;REVB=0.0520577;RO=0;SAF=69;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28947e-08;STB=0.50505;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0021662;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:169:0:2:162:167:0.988166:93:69:0:0:98:69:0:2 chr5 79855372 . A G 804.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.12;QD=64.3845;RBI=0.0276574;REFB=0;REVB=-0.0273666;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97939e-05;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:28:22:0:0 chr5 79966029 . G A 1418.49 PASS AF=0.854839;AO=80;DP=124;FAO=106;FDP=124;FR=.;FRO=18;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0151743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.363;QD=45.7577;RBI=0.02598;REFB=-0.0551908;REVB=-0.0210879;RO=15;SAF=21;SAR=59;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983752;STB=0.527481;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.014977;OID=.;OPOS=79966029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:124:124:15:18:80:106:0.854839:59:21:8:7:61:45:11:7 chr5 80149981 . A G 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.771;QD=58.2376;RBI=0.0669735;REFB=0;REVB=-0.0145461;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65036e-05;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr5 80168937 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.745;QD=61.0491;RBI=0.0246845;REFB=0;REVB=-0.0229005;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29998e-05;OID=.;OPOS=80168937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr5 80409729 . T C 140.58 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0201541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.605;QD=31.2404;RBI=0.0355976;REFB=-0.0124959;REVB=0.0293428;RO=4;SAF=1;SAR=13;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210178;STB=0.618844;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00912646;OID=.;OPOS=80409729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:13:1:1:3:13:1:1:3 chr5 80502736 . C G 32.6 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0104291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.612;QD=2.77408;RBI=0.0184457;REFB=-0.0026597;REVB=-0.0152144;RO=41;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190586;STB=0.637873;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0138954;OID=.;OPOS=80502736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:3:3:14:27:3:3:14:27 chr5 80736444 . A G 1387.09 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.221;QD=61.6483;RBI=0.0190106;REFB=0;REVB=0.00867441;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018793;OID=.;OPOS=80736444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:85:90:1:45:40:0:0:48:42:0:0 chr5 80756849 . AAAAAAA AAAAAAT,AAAAATA 2581.53 PASS AF=0.897727,0.0965909;AO=55,29;DP=189;FAO=158,17;FDP=176;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=72,14;FSAR=86,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00210005,-0.041951;FXX=0.0880783;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=126.767,117.119;QD=58.6712;RBI=0.0510703,0.0690872;REFB=0.070583,-0.0700426;REVB=0.0510271,0.0548922;RO=0;SAF=34,24;SAR=21,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.503448,0.517221;STBP=0.319,0.649;TYPE=snp,snp;VARB=0.0016578,-0.00417599;OID=.,.;OPOS=80756855,80756854;OREF=A,A;OALT=T,T;OMAPALT=AAAAAAT,AAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.897727,0.0965909:55,29:189:158,17:176:1:72,14:86,3:1:0:52:0:34,24:21,5:0:0 chr5 81549216 . C T 2027.21 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.066;QD=62.3758;RBI=0.0199285;REFB=0;REVB=-0.00528664;RO=0;SAF=57;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84075e-06;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:73:57:0:0:73:57:0:0 chr5 81549240 . C A 1774.13 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0242301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.059;QD=59.1375;RBI=0.0262108;REFB=0.0623636;REVB=-0.00999558;RO=2;SAF=50;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186163;STB=0.509802;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.000156123;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:68:50:2:0:68:50:2:0 chr5 81572184 . G C 1623.35 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0477;QD=59.5726;RBI=0.0213634;REFB=0;REVB=-0.00617014;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95345e-05;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:107:109:1:53:54:0:0:53:56:0:0 chr5 82648943 . G A 744.82 PASS AF=0.656863;AO=67;DP=101;FAO=67;FDP=102;FR=.;FRO=35;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0346909;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5037;QD=29.2085;RBI=0.0616478;REFB=0.00155293;REVB=-0.0509607;RO=33;SAF=35;SAR=32;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327401;STB=0.50704;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00137267;OID=.;OPOS=82648943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:33:35:67:67:0.656863:32:35:19:14:32:35:19:16 chr5 82648977 . T G 1084.39 PASS AF=0.704545;AO=86;DP=136;FAO=93;FDP=132;FR=.;FRO=39;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.000150297;FXX=0.0571388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.446;QD=32.8604;RBI=0.0833167;REFB=-0.00102868;REVB=0.0833165;RO=37;SAF=42;SAR=44;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016205;STB=0.500246;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00132195;OID=.;OPOS=82648977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:132:37:39:86:93:0.704545:44:42:17:20:50:43:18:21 chr5 82808072 . C T 166.9 PASS AF=0.144;AO=36;DP=250;FAO=36;FDP=250;FR=.;FRO=214;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=89;FSRR=125;FWDB=0.0181745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6816;QD=2.67045;RBI=0.0688176;REFB=0.0112577;REVB=0.0663743;RO=211;SAF=26;SAR=10;SRF=88;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381433;STB=0.753084;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0667063;OID=.;OPOS=82808072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:211:214:36:36:0.144:10:26:88:123:10:26:89:125 chr5 82833145 . G A 491.97 PASS AF=0.75;AO=37;DP=56;FAO=42;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0536776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.335;QD=35.141;RBI=0.0558435;REFB=-0.0207556;REVB=-0.0154017;RO=13;SAF=12;SAR=25;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00914486;STB=0.512814;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.011389;OID=.;OPOS=82833145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:56:56:13:13:37:42:0.75:25:12:4:9:27:15:4:9 chr5 82833369 . A G 806.64 PASS AF=0.680412;AO=66;DP=97;FAO=66;FDP=97;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00168927;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=295.047;QD=33.2634;RBI=0.00200332;REFB=-0.0181167;REVB=-0.00107687;RO=31;SAF=32;SAR=34;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580888;STB=0.531319;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00495334;OID=.;OPOS=82833369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:31:31:66:66:0.680412:34:32:12:19:34:32:12:19 chr5 82834299 . G A 1892.52 PASS AF=0.79235;AO=144;DP=183;FAO=145;FDP=183;FR=.;FRO=38;FSAF=74;FSAR=71;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00444157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.215;QD=41.3666;RBI=0.0186002;REFB=-0.0343062;REVB=0.0180621;RO=36;SAF=74;SAR=70;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156909;STB=0.502149;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00865454;OID=.;OPOS=82834299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:36:38:144:145:0.79235:70:74:17:19:71:74:19:19 chr5 82834630 . T C 539.06 PASS AF=0.803571;AO=45;DP=56;FAO=45;FDP=56;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0525395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.859;QD=38.5044;RBI=0.0532324;REFB=-0.00699658;REVB=-0.00856107;RO=11;SAF=21;SAR=24;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379574;STB=0.520375;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0012698;OID=.;OPOS=82834630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:11:11:45:45:0.803571:24:21:4:7:24:21:4:7 chr5 82835545 . A G 914.66 PASS AF=0.755319;AO=70;DP=94;FAO=71;FDP=94;FR=.;FRO=23;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.000409214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.465;QD=38.9216;RBI=0.00318914;REFB=-0.0043094;REVB=0.00316278;RO=23;SAF=38;SAR=32;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00980693;STB=0.50331;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00161493;OID=.;OPOS=82835545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:23:23:70:71:0.755319:32:38:12:11:33:38:12:11 chr5 82835724 . T A 393.3 PASS AF=0.775;AO=31;DP=40;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00198618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.007;QD=39.3298;RBI=0.0229056;REFB=-0.00876246;REVB=0.0228193;RO=9;SAF=18;SAR=13;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369181;STB=0.519987;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0020426;OID=.;OPOS=82835724;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:9:9:31:31:0.775:13:18:6:3:13:18:6:3 chr5 82837631 . G T 773.13 PASS AF=0.775;AO=62;DP=80;FAO=62;FDP=80;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0634379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0265;QD=38.6564;RBI=0.0662191;REFB=-0.0234484;REVB=-0.0189896;RO=18;SAF=22;SAR=40;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182662;STB=0.597974;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00599223;OID=.;OPOS=82837631;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:18:18:62:62:0.775:40:22:14:4:40:22:14:4 chr5 82875800 . C T 2406.69 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.049695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.128;QD=60.1673;RBI=0.0566128;REFB=0.0701273;REVB=-0.0271186;RO=1;SAF=79;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059848;STB=0.503144;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000300673;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:160:1:1:159:159:0.99375:80:79:1:0:80:79:1:0 chr5 82940273 . C G 2702.51 PASS AF=0.781362;AO=198;DP=255;FAO=218;FDP=279;FR=.;FRO=61;FSAF=96;FSAR=122;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.00665794;FXX=0.00711718;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.866;QD=38.7457;RBI=0.0137709;REFB=-0.0796115;REVB=0.0120544;RO=56;SAF=91;SAR=107;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020459;STB=0.506782;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0247776;OID=.;OPOS=82940273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:279:56:61:198:218:0.781362:107:91:23:33:122:96:25:36 chr5 85582712 . T C 717.38 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0143058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.7;QD=51.2415;RBI=0.0179619;REFB=-0.14768;REVB=0.0108617;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154433;STB=0.523801;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00193018;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:55:56:1:3:52:53:0.946429:30:22:0:1:30:23:0:3 chr5 85583507 . T G 289.6 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.909;QD=52.655;RBI=0.0427736;REFB=0;REVB=0.00641713;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476609;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:15:7:0:0 chr5 85586831 . C T 230.14 PASS AF=0.152174;AO=49;DP=321;FAO=49;FDP=322;FR=.;FRO=273;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=121;FSRR=152;FWDB=0.0394616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.538;QD=2.8589;RBI=0.0404004;REFB=-0.00291074;REVB=-0.00865852;RO=272;SAF=17;SAR=32;SRF=120;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126451;STB=0.58533;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0115245;OID=.;OPOS=85586831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:322:272:273:49:49:0.152174:32:17:120:152:32:17:121:152 chr5 86513974 . A G 3897.28 PASS AF=0.962963;AO=259;DP=269;FAO=260;FDP=270;FR=.;FRO=10;FSAF=79;FSAR=181;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.011528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0781;QD=57.7375;RBI=0.0539557;REFB=0.00659822;REVB=-0.0527098;RO=10;SAF=78;SAR=181;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248542;STB=0.512832;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.000179794;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:269:270:10:10:259:260:0.962963:181:78:6:4:181:79:6:4 chr5 87497977 . C T 1013.62 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0444261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.244;QD=57.921;RBI=0.0550834;REFB=-0.13769;REVB=-0.0325653;RO=1;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974824;STB=0.505153;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000658972;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:48:21:0:1:48:21:0:1 chr5 87498849 . G A 2921.78 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.854;QD=62.834;RBI=0.037987;REFB=0;REVB=0.00114497;RO=0;SAF=85;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11607e-05;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:186:0:0:180:186:1:95:85:0:0:97:89:0:0 chr5 87968864 . A G 544.14 PASS AF=0.149068;AO=119;DP=806;FAO=120;FDP=805;FR=.;FRO=685;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=368;FSRR=317;FWDB=-0.0253379;FXX=0.00124068;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.682;QD=2.70378;RBI=0.0278672;REFB=-0.00511706;REVB=0.0116004;RO=685;SAF=62;SAR=57;SRF=368;SRR=317;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211021;STB=0.517532;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0292123;OID=.;OPOS=87968864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:806:805:685:685:119:120:0.149068:57:62:368:317:58:62:368:317 chr5 89769646 . GG AC,GA 1113.76 PASS AF=0.156627,0.795181;AO=12,53;DP=84;FAO=13,66;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=13,18;FSAR=0,48;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0251225,0.0458254;FXX=0.0119033;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=33.1839,47.1903;QD=53.6751;RBI=0.0253574,0.0480193;REFB=-0.0267669,-0.0873919;REVB=-0.00344319,0.0143488;RO=0;SAF=12,13;SAR=0,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.99863,0.516124;STBP=0.016,0.305;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0283379,-0.0109323;OID=.,.;OPOS=89769646,89769647;OREF=GG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:67:84:83:0:4:12,53:13,66:0.156627,0.795181:0,40:12,13:0:0:0,48:13,18:2:2 chr5 89769728 . T C 883.54 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6274;QD=57.9371;RBI=0.041874;REFB=0;REVB=0.038449;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173179;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:27:32:0:0:28:33:0:0 chr5 89810077 . G A 449.44 PASS AF=0.683333;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0529666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2155;QD=29.9629;RBI=0.0799415;REFB=-0.01164;REVB=-0.0598764;RO=19;SAF=18;SAR=23;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106545;STB=0.505782;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00391717;OID=.;OPOS=89810077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:19:19:41:41:0.683333:23:18:8:11:23:18:8:11 chr5 89812725 . CACTG C 52.38 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.000603274;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=259.376;QD=3.67564;RBI=0.0156779;REFB=-0.00677372;REVB=-0.0156663;RO=43;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210946;STB=0.519437;STBP=0.923;TYPE=del;VARB=0.0341579;OID=.;OPOS=89812726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:9:56:9:57:48:3:6:17:31:52:43:3:6:15:28 chr5 89816299 . C A 1536.38 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.58;QD=63.3558;RBI=0.0704347;REFB=0;REVB=0.00753251;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152775;OID=.;OPOS=89816299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:51:45:0:0:51:46:0:0 chr5 89816309 . A AT 327.88 PASS AF=0.784091;AO=50;DP=96;FAO=69;FDP=88;FR=.;FRO=19;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0285716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.42438;QD=14.9035;RBI=0.0344106;REFB=-0.0772406;REVB=0.0191769;RO=40;SAF=27;SAR=23;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929505;STB=0.538248;STBP=0.196;TYPE=ins;VARB=0.0794491;OID=.;OPOS=89816310;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.784091:50:96:69:88:19:34:35:6:13:28:40:27:23:17:23 chr5 89820984 . T C 1872.61 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0100243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.527;QD=58.98;RBI=0.0100335;REFB=-0.111033;REVB=0.000430825;RO=0;SAF=49;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506689;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000429663;OID=.;OPOS=89820984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:127:127:0:3:124:124:0.976378:75:49:0:0:75:49:2:1 chr5 89979589 . G A 117.1 PASS AF=0.135417;AO=26;DP=192;FAO=26;FDP=192;FR=.;FRO=166;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=77;FSRR=89;FWDB=-0.00629816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0996;QD=2.43967;RBI=0.0184135;REFB=0.0055523;REVB=0.0173029;RO=166;SAF=10;SAR=16;SRF=77;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102079;STB=0.56997;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0385677;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:166:166:26:26:0.135417:16:10:77:89:16:10:77:89 chr5 89979698 . C T 78.52 PASS AF=0.122449;AO=18;DP=149;FAO=18;FDP=147;FR=.;FRO=129;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=-0.0171379;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3404;QD=2.13659;RBI=0.0178569;REFB=-0.00507764;REVB=-0.00501614;RO=131;SAF=6;SAR=12;SRF=62;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177125;STB=0.632408;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0471384;OID=.;OPOS=89979698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:149:147:131:129:18:18:0.122449:12:6:62:69:12:6:62:67 chr5 89979846 . A G 1801.65 PASS AF=0.85906;AO=128;DP=149;FAO=128;FDP=149;FR=.;FRO=21;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0077618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5171;QD=48.3665;RBI=0.0101562;REFB=-0.0214514;REVB=-0.00654999;RO=20;SAF=68;SAR=60;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590216;STB=0.534586;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00535587;OID=.;OPOS=89979846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:149:149:20:21:128:128:0.85906:60:68:6:14:60:68:6:15 chr5 89985746 . A G 217.17 PASS AF=0.201087;AO=37;DP=184;FAO=37;FDP=184;FR=.;FRO=147;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=85;FWDB=-0.0330161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.076;QD=4.72106;RBI=0.0347306;REFB=-0.000474802;REVB=0.0107773;RO=146;SAF=18;SAR=19;SRF=61;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884726;STB=0.551859;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00276825;OID=.;OPOS=89985746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:146:147:37:37:0.201087:19:18:61:85:19:18:62:85 chr5 89985882 . A G 78.25 PASS AF=0.117284;AO=19;DP=162;FAO=19;FDP=162;FR=.;FRO=143;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=82;FWDB=-0.00827033;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.93;QD=1.93198;RBI=0.00895134;REFB=0.000567999;REVB=0.00342464;RO=143;SAF=5;SAR=14;SRF=61;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217229;STB=0.657944;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00328204;OID=.;OPOS=89985882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:162:162:143:143:19:19:0.117284:14:5:61:82:14:5:61:82 chr5 89988504 . A G 214.46 PASS AF=0.194737;AO=37;DP=190;FAO=37;FDP=190;FR=.;FRO=153;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=118;FSRR=35;FWDB=0.0119061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2843;QD=4.51502;RBI=0.0208388;REFB=0.000832646;REVB=-0.0171026;RO=152;SAF=29;SAR=8;SRF=117;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259859;STB=0.514643;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00352097;OID=.;OPOS=89988504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:152:153:37:37:0.194737:8:29:117:35:8:29:118:35 chr5 89989779 . G A 374.41 PASS AF=0.215278;AO=63;DP=276;FAO=62;FDP=288;FR=.;FRO=226;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=99;FSRR=127;FWDB=0.0378819;FXX=0.00346009;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1073;QD=5.20009;RBI=0.0631931;REFB=-0.0124371;REVB=-0.05058;RO=211;SAF=29;SAR=34;SRF=100;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173979;STB=0.523458;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0482155;OID=.;OPOS=89989779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:288:211:226:63:62:0.215278:34:29:100:111:33:29:99:127 chr5 89990324 . A G 63.76 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0362685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0439;QD=4.7233;RBI=0.0441056;REFB=-0.0173828;REVB=0.0250977;RO=44;SAF=3;SAR=7;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277039;STB=0.683837;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0484568;OID=.;OPOS=89990324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:7:3:23:21:7:3:23:21 chr5 90020923 . T G 98.51 PASS AF=0.143885;AO=20;DP=142;FAO=20;FDP=139;FR=.;FRO=119;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=0.00670884;FXX=0.0279701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.016;QD=2.83484;RBI=0.0134055;REFB=-0.00848737;REVB=-0.011606;RO=105;SAF=11;SAR=9;SRF=61;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039935;STB=0.510504;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0380565;OID=.;OPOS=90020923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:142:139:105:119:20:20:0.143885:9:11:61:44:9:11:64:55 chr5 90024735 . G A 201.84 PASS AF=0.176744;AO=36;DP=213;FAO=38;FDP=215;FR=.;FRO=177;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=65;FSRR=112;FWDB=-0.0160891;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.113;QD=3.75511;RBI=0.0213966;REFB=-0.00528096;REVB=-0.0141051;RO=156;SAF=12;SAR=24;SRF=56;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363779;STB=0.547268;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0327971;OID=.;OPOS=90024735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:215:156:177:36:38:0.176744:24:12:56:100:26:12:65:112 chr5 90052289 . G A 57.54 PASS AF=0.10274;AO=15;DP=147;FAO=15;FDP=146;FR=.;FRO=131;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=60;FWDB=-0.0343627;FXX=0.0135126;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2476;QD=1.57652;RBI=0.0706244;REFB=0.00350161;REVB=-0.0617009;RO=131;SAF=6;SAR=9;SRF=71;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169151;STB=0.625851;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0364688;OID=.;OPOS=90052289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:147:146:131:131:15:15:0.10274:9:6:71:60:9:6:71:60 chr5 90052372 . C T 57.08 PASS AF=0.0969697;AO=16;DP=165;FAO=16;FDP=165;FR=.;FRO=149;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=80;FWDB=-0.00215118;FXX=0.0119753;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.788;QD=1.38374;RBI=0.00215657;REFB=-2.25157e-05;REVB=0.000152303;RO=147;SAF=6;SAR=10;SRF=68;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106253;STB=0.581292;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00020658;OID=.;OPOS=90052372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:165:165:147:149:16:16:0.0969697:10:6:68:79:10:6:69:80 chr5 90107108 . A G 2414.44 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.375;QD=61.125;RBI=0.0749084;REFB=0;REVB=0.0349888;RO=0;SAF=61;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03787e-05;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:158:0:0:153:158:1:92:61:0:0:95:63:0:0 chr5 90119293 . C T 1382.61 PASS AF=0.832;AO=102;DP=124;FAO=104;FDP=125;FR=.;FRO=21;FSAF=35;FSAR=69;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0135401;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9809;QD=44.2437;RBI=0.12426;REFB=0.037415;REVB=0.12352;RO=22;SAF=35;SAR=67;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406512;STB=0.517115;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00698938;OID=.;OPOS=90119293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:22:21:102:104:0.832:67:35:10:12:69:35:9:12 chr5 90119324 . G A 1679.31 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.374;QD=59.4445;RBI=0.011305;REFB=-0.0176658;REVB=-0.00472691;RO=1;SAF=33;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060485;STB=0.503144;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-2.05261e-06;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:111:112:0.99115:78:33:0:1:79:33:0:1 chr5 90151589 . G A 241.0 PASS AF=0.20098;AO=41;DP=204;FAO=41;FDP=204;FR=.;FRO=163;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=80;FSRR=83;FWDB=0.0183337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.476;QD=4.72549;RBI=0.0201816;REFB=-0.00152519;REVB=0.00843634;RO=156;SAF=24;SAR=17;SRF=73;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149857;STB=0.575779;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00859709;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:156:163:41:41:0.20098:17:24:73:83:17:24:80:83 chr5 90449154 . G A 115.33 PASS AF=0.13198;AO=26;DP=197;FAO=26;FDP=197;FR=.;FRO=171;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=73;FSRR=98;FWDB=0.0011004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.62;QD=2.34162;RBI=0.00143531;REFB=-0.00264756;REVB=0.000921537;RO=167;SAF=9;SAR=17;SRF=70;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097116;STB=0.57384;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0155618;OID=.;OPOS=90449154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:167:171:26:26:0.13198:17:9:70:97:17:9:73:98 chr5 92956623 . T TCGA 948.02 PASS AF=0.782609;AO=72;DP=94;FAO=72;FDP=92;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.00188741;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.364;QD=41.2182;RBI=0.0050199;REFB=-0.0466619;REVB=0.00465156;RO=21;SAF=21;SAR=51;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788806;STB=0.538451;STBP=0.226;TYPE=ins;VARB=0.0131179;OID=.;OPOS=92956624;OREF=-;OALT=CGA;OMAPALT=TCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.782609:72:94:72:92:20:21:51:3:17:99:21:21:51:3:18 chr5 93731985 . A G 3276.03 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101565;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.782;QD=62.1048;RBI=0.0123229;REFB=0;REVB=-0.00697842;RO=0;SAF=101;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02666e-05;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:211:0:0:209:211:1:108:101:0:0:109:102:0:0 chr5 93752765 . T C 79.96 PASS AF=0.206349;AO=14;DP=62;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0140709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.3324;QD=5.07668;RBI=0.0869832;REFB=-0.00284274;REVB=0.0858376;RO=48;SAF=3;SAR=11;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374718;STB=0.804368;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00592829;OID=.;OPOS=93752765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:62:63:48:50:14:13:0.206349:11:3:24:24:11:2:25:25 chr5 93987532 . C A 904.4 PASS AF=0.839506;AO=68;DP=81;FAO=68;FDP=81;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00485943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.014;QD=44.6616;RBI=0.021599;REFB=0.00753519;REVB=-0.0210453;RO=13;SAF=26;SAR=42;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250731;STB=0.513365;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00136625;OID=.;OPOS=93987532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:13:13:68:68:0.839506:42:26:6:7:42:26:6:7 chr5 94749723 . G A 126.77 PASS AF=0.153846;AO=26;DP=169;FAO=26;FDP=169;FR=.;FRO=143;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=71;FSRR=72;FWDB=-0.0011744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.321;QD=3.00054;RBI=0.00737905;REFB=0.00115663;REVB=-0.007285;RO=139;SAF=13;SAR=13;SRF=68;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137762;STB=0.502956;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00572313;OID=.;OPOS=94749723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:139:143:26:26:0.153846:13:13:68:71:13:13:71:72 chr5 94772540 . C T 966.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3648;QD=58.5704;RBI=0.0922889;REFB=0;REVB=-0.0271275;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591216;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:66:0:0:61:66:1:30:31:0:0:31:35:0:0 chr5 94783994 . G A,GA 39.28 PASS AF=0.00833333,0.108333;AO=10,15;DP=120;FAO=1,13;FDP=120;FR=.;FRO=106;FSAF=1,4;FSAR=0,9;FSRF=39;FSRR=67;FWDB=-0.0819698,-0.158391;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=31.5609,14.8601;QD=1.30937;RBI=0.0893063,0.162649;REFB=-0.0197132,-0.0427144;REVB=-0.0354481,-0.0369723;RO=95;SAF=6,3;SAR=4,12;SRF=36;SRR=59;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.253779,-0.261899;STB=0.992628,0.559963;STBP=0.258,0.686;TYPE=snp,ins;VARB=0.0272765,0.140309;OID=.,.;OPOS=94783994,94783995;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:120:120:95:106:10,15:1,13:0.00833333,0.108333:4,12:6,3:36:59:0,9:1,4:39:67 chr5 94785958 . G A 351.05 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0495998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0648;QD=34.2489;RBI=0.0511869;REFB=-0.0177825;REVB=0.0126471;RO=12;SAF=8;SAR=21;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378021;STB=0.520647;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00566487;OID=.;OPOS=94785958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:21:8:4:8:21:8:4:8 chr5 94852462 . G T 67.64 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0512951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1552;QD=3.18313;RBI=0.0653097;REFB=-0.00759712;REVB=-0.0404249;RO=69;SAF=7;SAR=6;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154235;STB=0.526468;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0233284;OID=.;OPOS=94852462;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:69:72:13:13:0.152941:6:7:38:31:6:7:41:31 chr5 94860194 . G C 86.74 PASS AF=0.131944;AO=19;DP=144;FAO=19;FDP=144;FR=.;FRO=125;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=67;FSRR=58;FWDB=-0.00779138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3306;QD=2.40949;RBI=0.052002;REFB=0.002502;REVB=-0.051415;RO=122;SAF=10;SAR=9;SRF=65;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814204;STB=0.508428;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0394384;OID=.;OPOS=94860194;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:144:144:122:125:19:19:0.131944:9:10:65:57:9:10:67:58 chr5 94957676 . A T 849.55 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0468699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4617;QD=53.0968;RBI=0.0575652;REFB=0.0166024;REVB=-0.033421;RO=3;SAF=30;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154529;STB=0.508194;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00148306;OID=.;OPOS=94957676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:31:30:2:1:31:30:2:1 chr5 95084131 . G A 2416.65 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.627;QD=61.1809;RBI=0.00933018;REFB=0;REVB=-0.00160653;RO=0;SAF=58;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67454e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14605e-05;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:157:158:1:99:58:0:0:100:58:0:0 chr5 95091194 . C T 2695.13 PASS AF=0.988636;AO=174;DP=179;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00666984;FXX=0.022221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.281;QD=61.253;RBI=0.0315047;REFB=-0.133465;REVB=0.0307906;RO=2;SAF=85;SAR=89;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105754;STB=0.505555;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000279609;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:179:176:2:2:174:174:0.988636:89:85:0:2:89:85:0:2 chr5 95091201 . A G 2646.99 PASS AF=0.946524;AO=177;DP=187;FAO=177;FDP=187;FR=.;FRO=10;FSAF=89;FSAR=88;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00819888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.911;QD=56.6202;RBI=0.00916505;REFB=0.0110952;REVB=0.0040959;RO=8;SAF=89;SAR=88;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207809;STB=0.510844;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00181207;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:187:187:8:10:177:177:0.946524:88:89:2:6:88:89:3:7 chr5 95152313 . A G 598.74 PASS AF=0.816667;AO=48;DP=59;FAO=49;FDP=60;FR=.;FRO=11;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0382413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.667;QD=39.916;RBI=0.047146;REFB=-0.0144062;REVB=0.0275745;RO=11;SAF=33;SAR=15;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162018;STB=0.507243;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00317115;OID=.;OPOS=95152313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:59:60:11:11:48:49:0.816667:15:33:8:3:15:34:8:3 chr5 95194571 . T C 2940.92 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5473;QD=63.2456;RBI=0.098412;REFB=0;REVB=-0.0778373;RO=0;SAF=104;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000438167;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:186:0:0:186:186:1:82:104:0:0:82:104:0:0 chr5 95194593 . G T 2954.94 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152637;FXX=0.0312484;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.513;QD=63.547;RBI=0.0162048;REFB=0;REVB=-0.00544216;RO=0;SAF=101;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658401;OID=.;OPOS=95194593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:186:0:0:184:186:1:83:101:0:0:84:102:0:0 chr5 95222277 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.44;QD=61.3755;RBI=0.022615;REFB=0;REVB=-0.0179473;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.57196e-06;OID=.;OPOS=95222277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr5 95224783 . T C 379.83 PASS AF=0.789474;AO=30;DP=38;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0118846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.367;QD=39.982;RBI=0.0341756;REFB=-0.0324642;REVB=0.0320426;RO=8;SAF=8;SAR=22;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731872;STB=0.53951;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00506254;OID=.;OPOS=95224783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:8:8:30:30:0.789474:22:8:1:7:22:8:1:7 chr5 95234350 . A G 572.7 PASS AF=0.774194;AO=47;DP=62;FAO=48;FDP=62;FR=.;FRO=14;FSAF=45;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0202992;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.421;QD=36.9481;RBI=0.0238391;REFB=-0.0183076;REVB=-0.0124998;RO=12;SAF=44;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359738;STB=0.74244;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0056325;OID=.;OPOS=95234350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:12:14:47:48:0.774194:3:44:7:5:3:45:7:7 chr5 95234377 . C T 833.68 PASS AF=0.705882;AO=72;DP=102;FAO=72;FDP=102;FR=.;FRO=30;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00691145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3638;QD=32.6934;RBI=0.0173618;REFB=-0.00475122;REVB=0.0159268;RO=28;SAF=52;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154589;STB=0.596746;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00192812;OID=.;OPOS=95234377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:28:30:72:72:0.705882:20:52:13:15:20:52:13:17 chr5 95234392 . A C 1164.6 PASS AF=0.746032;AO=94;DP=126;FAO=94;FDP=126;FR=.;FRO=32;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0245193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.105;QD=36.9715;RBI=0.0271678;REFB=-0.0240141;REVB=0.0117002;RO=29;SAF=55;SAR=39;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306728;STB=0.530114;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00863188;OID=.;OPOS=95234392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:29:32:94:94:0.746032:39:55:15:14:39:55:15:17 chr5 95236415 . G A 822.4 PASS AF=0.8;AO=64;DP=80;FAO=64;FDP=80;FR=.;FRO=16;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0475567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.976;QD=41.1199;RBI=0.0482167;REFB=-0.032196;REVB=-0.00795075;RO=16;SAF=35;SAR=29;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644295;STB=0.534445;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00850897;OID=.;OPOS=95236415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:80:80:16:16:64:64:0.8:29:35:6:10:29:35:6:10 chr5 95236459 . C T 763.44 PASS AF=0.810811;AO=59;DP=73;FAO=60;FDP=74;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00717962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.696;QD=41.2668;RBI=0.00759512;REFB=-0.0234681;REVB=-0.00247768;RO=14;SAF=32;SAR=27;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919134;STB=0.546747;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00370348;OID=.;OPOS=95236459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:73:74:14:14:59:60:0.810811:27:32:4:10:28:32:4:10 chr5 95728440 . A G 147.65 PASS AF=0.184397;AO=26;DP=141;FAO=26;FDP=141;FR=.;FRO=115;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.0383934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3146;QD=4.18868;RBI=0.0664326;REFB=0.0023956;REVB=0.0542147;RO=115;SAF=13;SAR=13;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499938;STB=0.53189;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0175584;OID=.;OPOS=95728440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:115:115:26:26:0.184397:13:13:53:62:13:13:53:62 chr5 95728898 . C G 1843.79 PASS AF=0.861635;AO=137;DP=160;FAO=137;FDP=159;FR=.;FRO=22;FSAF=52;FSAR=85;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0748775;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.596;QD=46.3848;RBI=0.0749569;REFB=-0.0537747;REVB=0.00344937;RO=22;SAF=52;SAR=85;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206912;STB=0.510954;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00936654;OID=.;OPOS=95728898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:22:22:137:137:0.861635:85:52:10:12:85:52:10:12 chr5 95728974 . G C 773.15 PASS AF=0.782051;AO=61;DP=78;FAO=61;FDP=78;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.018028;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.564;QD=39.6486;RBI=0.0272599;REFB=-0.0319682;REVB=0.0204474;RO=17;SAF=23;SAR=38;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400557;STB=0.521463;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00868545;OID=.;OPOS=95728974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:17:17:61:61:0.782051:38:23:8:9:38:23:8:9 chr5 95865526 . G A 767.89 PASS AF=0.5;AO=79;DP=158;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.0502646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3707;QD=19.4403;RBI=0.0666044;REFB=-0.00598888;REVB=0.0436991;RO=78;SAF=35;SAR=44;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168823;STB=0.506401;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0100113;OID=.;OPOS=95865526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:78:79:79:79:0.5:44:35:36:42:44:35:36:43 chr5 96231000 . G T 3913.45 PASS AF=1;AO=252;DP=253;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00296589;FXX=0.00393685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.489;QD=61.8728;RBI=0.0173526;REFB=0.0357524;REVB=-0.0170972;RO=1;SAF=124;SAR=128;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00370972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.19751e-05;OID=.;OPOS=96231000;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:253:253:1:0:252:253:1:128:124:0:1:129:124:0:0 chr5 96232142 . T A 1697.92 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.15053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.158;QD=59.576;RBI=0.15059;REFB=-0.0409707;REVB=0.00424033;RO=0;SAF=7;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56796e-08;STB=0.529406;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=9.40671e-05;OID=.;OPOS=96232142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:114:0:1:112:113:0.991228:105:7:0:0:105:8:1:0 chr5 96235896 . A G 1163.53 PASS AF=0.975;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00153949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.624;QD=58.1766;RBI=0.0121213;REFB=0.0179068;REVB=0.0120232;RO=2;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215028;STB=0.511361;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.000607511;OID=.;OPOS=96235896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:2:2:77:78:0.975:43:34:0:2:43:35:0:2 chr5 96237326 . G A 3186.06 PASS AF=0.972603;AO=207;DP=213;FAO=213;FDP=219;FR=.;FRO=6;FSAF=103;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00125232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4529;QD=58.193;RBI=0.0513813;REFB=0.0272776;REVB=0.051366;RO=6;SAF=102;SAR=105;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855078;STB=0.508696;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.000175087;OID=.;OPOS=96237326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:213:219:6:6:207:213:0.972603:105:102:2:4:110:103:1:5 chr5 96245343 . C T 2235.63 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00490077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.138;QD=63.422;RBI=0.00934992;REFB=0;REVB=-0.00796263;RO=0;SAF=68;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00372e-05;OID=.;OPOS=96245343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:73:68:0:0:73:68:0:0 chr5 96245439 . C T 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.661;QD=60.0767;RBI=0.0220872;REFB=0;REVB=0.00736962;RO=0;SAF=47;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85498e-05;OID=.;OPOS=96245439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:60:47:0:0:60:47:0:0 chr5 96249115 . C T 2975.1 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.91;QD=63.3;RBI=0.0216173;REFB=0;REVB=-0.0215414;RO=0;SAF=106;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37712e-05;OID=.;OPOS=96249115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:188:0:0:186:188:1:80:106:0:0:80:108:0:0 chr5 96350710 . G A 2662.47 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202095;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.708;QD=62.2799;RBI=0.0301102;REFB=0;REVB=-0.0223204;RO=0;SAF=80;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11358e-06;OID=.;OPOS=96350710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:171:0:0:171:171:1:91:80:0:0:91:80:0:0 chr5 96498783 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.71;QD=60.2045;RBI=0.0981257;REFB=0;REVB=0.0980351;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395095;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr5 96503523 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.109;QD=61.3363;RBI=0.0380283;REFB=0;REVB=0.0330829;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138938;OID=.;OPOS=96503523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr5 96512865 . T A 1755.91 PASS AF=0.983193;AO=119;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0103139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.569;QD=59.0223;RBI=0.0306836;REFB=0.00494256;REVB=0.0288982;RO=0;SAF=66;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00457e-08;STB=0.507691;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-7.65576e-05;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:0:2:119:117:0.983193:53:66:0:0:53:64:2:0 chr5 96512871 . T A 1914.21 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.908;QD=61.7488;RBI=0.0283626;REFB=0;REVB=0.0044149;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71875e-05;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:57:66:0:0:57:67:0:0 chr5 96513471 . G C 1302.36 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396273;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0795;QD=62.0171;RBI=0.0570922;REFB=0;REVB=-0.0410999;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000457617;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:83:84:1:41:42:0:0:41:43:0:0 chr5 96518792 . T G 1471.42 PASS AF=0.990099;AO=91;DP=93;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.016872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6237;QD=58.2742;RBI=0.0600107;REFB=0.0286093;REVB=0.0575901;RO=2;SAF=50;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203474;STB=0.50495;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00251627;OID=.;OPOS=96518792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:101:2:1:91:100:0.990099:41:50:1:1:50:50:1:0 chr5 97014421 . T C 57.14 PASS AF=0.101351;AO=16;DP=148;FAO=15;FDP=148;FR=.;FRO=133;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=72;FWDB=0.0512144;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.1864;QD=1.5443;RBI=0.0611314;REFB=-0.000435573;REVB=0.0333786;RO=130;SAF=10;SAR=6;SRF=59;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206208;STB=0.625503;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0073647;OID=.;OPOS=97014421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:148:148:130:133:16:15:0.101351:6:10:59:71:6:9:61:72 chr5 98115828 . A G 1131.55 PASS AF=0.709924;AO=93;DP=132;FAO=93;FDP=131;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=64;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00453843;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.533;QD=34.551;RBI=0.00471725;REFB=-0.0184434;REVB=-0.00128652;RO=38;SAF=29;SAR=64;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668517;STB=0.535906;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00786117;OID=.;OPOS=98115828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:38:38:93:93:0.709924:64:29:16:22:64:29:16:22 chr5 98131450 . GAGT G 429.72 PASS AF=0.75;AO=32;DP=40;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0255136;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=3;MLLD=280.72;QD=39.0653;RBI=0.0258039;REFB=0.00868315;REVB=-0.00385987;RO=6;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132808;STB=0.546191;STBP=0.325;TYPE=del;VARB=-0.00215223;OID=.;OPOS=98131451;OREF=AGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:32:40:33:44:11:15:18:3:8:82:6:14:18:0:6 chr5 98131505 . A G 579.53 PASS AF=0.839286;AO=47;DP=56;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0197403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.833;QD=41.3947;RBI=0.0303178;REFB=-0.0134432;REVB=0.0230107;RO=9;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125802;STB=0.567137;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00366162;OID=.;OPOS=98131505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:9:9:47:47:0.839286:29:18:0:9:29:18:0:9 chr5 99921841 . G C 1250.25 PASS AF=0.683544;AO=107;DP=160;FAO=108;FDP=158;FR=.;FRO=50;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00611187;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.234;QD=31.6519;RBI=0.039757;REFB=-0.00274345;REVB=-0.0392844;RO=48;SAF=63;SAR=44;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644681;STB=0.542754;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00142254;OID=.;OPOS=99921841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:48:50:107:108:0.683544:44:63:23:25:44:64:23:27 chr5 100068875 . C T 227.86 PASS AF=0.170635;AO=43;DP=252;FAO=43;FDP=252;FR=.;FRO=209;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=117;FSRR=92;FWDB=-0.0286246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9698;QD=3.61683;RBI=0.0699243;REFB=-0.00701849;REVB=-0.0637968;RO=208;SAF=21;SAR=22;SRF=117;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956905;STB=0.559089;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0341545;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:208:209:43:43:0.170635:22:21:117:91:22:21:117:92 chr5 100145388 . A C 72.38 PASS AF=0.173333;AO=12;DP=74;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00757472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2037;QD=3.86004;RBI=0.0174242;REFB=-0.0154251;REVB=0.0156917;RO=62;SAF=7;SAR=5;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841963;STB=0.583204;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0429831;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:75:62:62:12:13:0.173333:5:7:32:30:5:8:32:30 chr5 100146443 . T C 53.09 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=52;FSRR=5;FWDB=0.0797269;FXX=0.182905;HRUN=9;LEN=1;MLLD=13.1955;QD=3.16967;RBI=0.0848129;REFB=-0.0941274;REVB=0.0289282;RO=36;SAF=7;SAR=1;SRF=35;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419994;STB=0.583977;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0941987;OID=.;OPOS=100146443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:82:67:36:57:8:8:0.119403:1:7:35:1:1:7:52:5 chr5 100146447 . G T 170.72 PASS AF=0.192308;AO=28;DP=154;FAO=30;FDP=156;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=70;FWDB=-0.0293011;FXX=0.0126574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.286;QD=4.3774;RBI=0.0440834;REFB=-0.00257723;REVB=-0.0329361;RO=122;SAF=8;SAR=20;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194355;STB=0.59453;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0128772;OID=.;OPOS=100146447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:122:126:28:30:0.192308:20:8:52:70:20:10:56:70 chr5 101466768 . C G 2419.67 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.542;QD=61.2576;RBI=0.142942;REFB=0;REVB=0.129845;RO=0;SAF=85;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224673;OID=.;OPOS=101466768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:158:0:0:155:158:1:70:85:0:0:73:85:0:0 chr5 101575091 . C T 1147.41 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0995343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7576;QD=60.3899;RBI=0.100506;REFB=0;REVB=-0.0139396;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000934487;OID=.;OPOS=101575091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:34:41:0:0:34:42:0:0 chr5 102365186 . G A 1380.99 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9833;QD=61.3772;RBI=0.0336991;REFB=-0.0657329;REVB=-0.017675;RO=1;SAF=46;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101917;STB=0.505375;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000824104;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:43:46:1:0:43:46:1:0 chr5 102365426 . C CAG 1306.98 PASS AF=0.762963;AO=100;DP=136;FAO=103;FDP=135;FR=.;FRO=32;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0128145;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.509;QD=38.7254;RBI=0.0223623;REFB=-0.00516761;REVB=0.0183265;RO=33;SAF=44;SAR=56;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651285;STB=0.535702;STBP=0.163;TYPE=ins;VARB=0.00115566;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.762963:100:136:103:135:32:44:59:9:23:99:33:44:56:10:23 chr5 102365429 . T A 143.25 PASS AF=0.192308;AO=25;DP=130;FAO=25;FDP=130;FR=.;FRO=105;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=0.0302453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8415;QD=4.40769;RBI=0.0838593;REFB=0.00203526;REVB=0.0782151;RO=105;SAF=4;SAR=21;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390093;STB=0.754261;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00503702;OID=.;OPOS=102365429;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:105:105:25:25:0.192308:21:4:44:61:21:4:44:61 chr5 102512570 . C A,CA 2373.15 PASS AF=0,1;AO=6,150;DP=165;FAO=0,163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=0,80;FSAR=0,83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112674,-0.120817;FXX=0.00609719;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.31653,24.7691;QD=58.2369;RBI=0.191214,0.190463;REFB=0,0;REVB=-0.154491,-0.147239;RO=2;SAF=4,73;SAR=2,77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.173071,-0.0128515;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00226037;OID=.,.;OPOS=102512570,102512571;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:14:165:163:2:0:6,150:0,163:0,1:2,77:4,73:2:0:0,83:0,80:0:0 chr5 102614327 . C T 158.43 PASS AF=0.104911;AO=48;DP=447;FAO=47;FDP=448;FR=.;FRO=401;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=243;FSRR=158;FWDB=-0.0570929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1127;QD=1.41453;RBI=0.0620678;REFB=0.00141117;REVB=0.0243478;RO=399;SAF=25;SAR=23;SRF=241;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104822;STB=0.585658;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0149206;OID=.;OPOS=102614327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:448:399:401:48:47:0.104911:23:25:241:158:23:24:243:158 chr5 102891695 . A G 2658.1 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.198;QD=62.1777;RBI=0.0384448;REFB=0;REVB=0.00754179;RO=0;SAF=78;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09678e-05;OID=.;OPOS=102891695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:93:78:0:0:93:78:0:0 chr5 105889178 . T C 2512.96 PASS AF=0.776423;AO=189;DP=242;FAO=191;FDP=246;FR=.;FRO=55;FSAF=81;FSAR=110;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0024468;FXX=0.0120477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.244;QD=40.8612;RBI=0.0263162;REFB=-0.0102835;REVB=-0.0262022;RO=50;SAF=81;SAR=108;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365653;STB=0.515221;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00267968;OID=.;OPOS=105889178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:246:50:55:189:191:0.776423:108:81:26:24:110:81:27:28 chr5 107197420 . G A 2386.65 PASS AF=0.791304;AO=182;DP=230;FAO=182;FDP=230;FR=.;FRO=48;FSAF=84;FSAR=98;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0543998;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4561;QD=41.5069;RBI=0.0715428;REFB=-0.0567721;REVB=0.0464654;RO=48;SAF=84;SAR=98;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397852;STB=0.521124;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0135878;OID=.;OPOS=107197420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:48:48:182:182:0.791304:98:84:27:21:98:84:27:21 chr5 107197502 . G A 2242.39 PASS AF=0.780269;AO=173;DP=221;FAO=174;FDP=223;FR=.;FRO=49;FSAF=79;FSAR=95;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.000427481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.568;QD=40.2223;RBI=0.0197805;REFB=-0.0425468;REVB=0.0197758;RO=48;SAF=79;SAR=94;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348959;STB=0.521408;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.016049;OID=.;OPOS=107197502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:223:48:49:173:174:0.780269:94:79:26:22:95:79:27:22 chr5 108672755 . T A 3438.66 PASS AF=0.974026;AO=224;DP=230;FAO=225;FDP=231;FR=.;FRO=6;FSAF=96;FSAR=129;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0123669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.531;QD=59.5439;RBI=0.0124885;REFB=-0.0199924;REVB=0.00173847;RO=6;SAF=96;SAR=128;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204593;STB=0.51076;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=6.84152e-05;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:230:231:6:6:224:225:0.974026:128:96:5:1:129:96:5:1 chr5 108672946 . C T 110.4 PASS AF=0.168;AO=21;DP=125;FAO=21;FDP=125;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=70;FSRR=34;FWDB=0.00298391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.025;QD=3.53264;RBI=0.114556;REFB=-0.00647705;REVB=-0.114518;RO=99;SAF=19;SAR=2;SRF=67;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421898;STB=0.793154;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.020578;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:99:104:21:21:0.168:2:19:67:32:2:19:70:34 chr5 108713970 . C T 1316.41 PASS AF=0.711538;AO=111;DP=157;FAO=111;FDP=156;FR=.;FRO=45;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0272562;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3186;QD=33.754;RBI=0.0445211;REFB=-0.0126698;REVB=-0.0352026;RO=45;SAF=55;SAR=56;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155299;STB=0.508316;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00424544;OID=.;OPOS=108713970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:45:45:111:111:0.711538:56:55:21:24:56:55:21:24 chr5 109035302 . T TAAAG 1362.55 PASS AF=0.967033;AO=87;DP=94;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0061615;FXX=0.0807999;HRUN=1;LEN=4;MLLD=263.662;QD=59.8922;RBI=0.0252675;REFB=-0.118604;REVB=0.0245048;RO=3;SAF=45;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116154;STB=0.506252;STBP=0.473;TYPE=ins;VARB=0.00120918;OID=.;OPOS=109035303;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.967033:87:94:88:91:3:46:42:1:2:7:3:45:42:1:2 chr5 109035496 . A G 1268.35 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.012257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.501;QD=60.3975;RBI=0.0122572;REFB=-0.0855924;REVB=6.59903e-05;RO=1;SAF=41;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011412;STB=0.506023;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000447037;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:42:41:1:0:42:41:1:0 chr5 109117171 . A G 4098.42 PASS AF=0.985348;AO=265;DP=275;FAO=269;FDP=273;FR=.;FRO=4;FSAF=190;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00157867;FXX=0.00727246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4624;QD=60.0502;RBI=0.0189388;REFB=-0.0475723;REVB=0.0188729;RO=4;SAF=189;SAR=76;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736075;STB=0.503632;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00348976;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:275:273:4:4:265:269:0.985348:76:189:2:2:79:190:2:2 chr5 109181682 . A T 2372.31 PASS AF=0.993671;AO=152;DP=152;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.485;QD=60.0584;RBI=0.0219751;REFB=-0.0231692;REVB=0.0159397;RO=0;SAF=77;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000294299;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:152:158:0:1:152:157:0.993671:75:77:0:0:77:80:1:0 chr5 109190935 . TCTC T 3347.32 PASS AF=1;AO=212;DP=218;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286385;FXX=0.0272715;HRUN=1;LEN=3;MLLD=159.651;QD=62.5668;RBI=0.029746;REFB=0;REVB=0.00804122;RO=0;SAF=99;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-7.13131e-05;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:212:218:214:214:0:101:113:0:0:18:0:99:113:0:0 chr5 109960989 . A G 124.82 PASS AF=0.198113;AO=21;DP=106;FAO=21;FDP=106;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.00036849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.996;QD=4.71004;RBI=0.00965798;REFB=-0.00253196;REVB=-0.00965094;RO=81;SAF=15;SAR=6;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286007;STB=0.698438;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0140815;OID=.;OPOS=109960989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:81:85:21:21:0.198113:6:15:40:41:6:15:40:45 chr5 109973902 . T G 64.3 PASS AF=0.127273;AO=14;DP=109;FAO=14;FDP=110;FR=.;FRO=96;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=0.0455163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6982;QD=2.33815;RBI=0.0455928;REFB=0.000483019;REVB=0.00263897;RO=94;SAF=6;SAR=8;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173344;STB=0.501324;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00446207;OID=.;OPOS=109973902;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:109:110:94:96:14:14:0.127273:8:6:39:55:8:6:41:55 chr5 110079450 . T C 150.92 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.00274151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.631;QD=6.70736;RBI=0.0343064;REFB=0.00107819;REVB=0.0341967;RO=68;SAF=10;SAR=12;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381391;STB=0.523305;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00740469;OID=.;OPOS=110079450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:68:68:22:22:0.244444:12:10:33:35:12:10:33:35 chr5 110784822 . A G 3141.52 PASS AF=1;AO=204;DP=207;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358909;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4679;QD=61.298;RBI=0.0518496;REFB=0.0966003;REVB=-0.0374195;RO=1;SAF=89;SAR=115;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311979;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:207:205:1:0:204:205:1:115:89:0:1:116:89:0:0 chr5 110819753 . G C 1524.86 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000842704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.053;QD=59.7984;RBI=0.01331;REFB=0;REVB=0.0132833;RO=0;SAF=35;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24509e-06;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:66:35:0:0:67:35:0:0 chr5 111065696 . C CAAAG 60.65 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=85;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0372932;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=4;MLLD=243.386;QD=2.88793;RBI=0.0409499;REFB=-0.00162917;REVB=-0.0169148;RO=70;SAF=5;SAR=7;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172774;STB=0.606124;STBP=0.404;TYPE=ins;VARB=0.00786464;OID=.;OPOS=111065697;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:12:85:12:84:72:5:7:39:33:60:70:5:7:39:31 chr5 111066697 . T C 173.25 PASS AF=0.165;AO=33;DP=200;FAO=33;FDP=200;FR=.;FRO=167;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=60;FSRR=107;FWDB=-0.0184552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.782;QD=3.46501;RBI=0.028347;REFB=-0.00506218;REVB=-0.0215165;RO=167;SAF=15;SAR=18;SRF=60;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126383;STB=0.581348;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0308149;OID=.;OPOS=111066697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:167:167:33:33:0.165:18:15:60:107:18:15:60:107 chr5 111500816 . C CTAAAA 1023.75 PASS AF=0.507692;AO=93;DP=200;FAO=99;FDP=195;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=80;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=-0.00147971;FXX=0.0200995;HRUN=1;LEN=5;MLLD=270.169;QD=21;RBI=0.00214848;REFB=-0.0113534;REVB=-0.00155769;RO=99;SAF=19;SAR=74;SRF=61;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42421;STB=0.733107;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.011349;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507692:93:200:99:195:96:19:80:58:38:99:99:19:74:61:38 chr5 111504479 . C T 3326.38 PASS AF=1;AO=214;DP=217;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027474;FXX=0.0137608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.67;QD=61.8862;RBI=0.0274742;REFB=-0.0609414;REVB=0.000107223;RO=1;SAF=114;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00474041;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77531e-05;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:217:215:1:0:214:215:1:100:114:0:1:101:114:0:0 chr5 111506069 . G A 2011.68 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00299964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.894;QD=61.4252;RBI=0.0116632;REFB=-0.147073;REVB=0.0112708;RO=1;SAF=51;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922689;STB=0.504761;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000127179;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:131:1:1:129:130:0.992366:78:51:1:0:78:52:1:0 chr5 111519740 . T C 3677.63 PASS AF=0.946768;AO=248;DP=264;FAO=249;FDP=263;FR=.;FRO=14;FSAF=151;FSAR=98;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0162886;FXX=0.00754688;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.953;QD=55.9335;RBI=0.0668866;REFB=0.0941301;REVB=0.064873;RO=12;SAF=151;SAR=97;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040381;STB=0.525564;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00100684;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:264:263:12:14:248:249:0.946768:97:151:2:10:98:151:2:12 chr5 111530284 . A G 1305.98 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000230881;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7872;QD=61.458;RBI=0.0429279;REFB=0;REVB=0.0429272;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124128;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:39:45:0:0:40:45:0:0 chr5 111545670 . C G 2141.79 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272107;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.154;QD=62.9939;RBI=0.0330304;REFB=0;REVB=-0.0187239;RO=0;SAF=63;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74373e-05;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:72:63:0:0:73:63:0:0 chr5 111611076 . A G 151.91 PASS AF=0.25;AO=22;DP=85;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.00920707;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.892;QD=6.90476;RBI=0.020784;REFB=-0.00412716;REVB=0.0186335;RO=63;SAF=6;SAR=16;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228703;STB=0.637681;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0209323;OID=.;OPOS=111611076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:63:66:22:22:0.25:16:6:28:35:16:6:29:37 chr5 112162854 . T C 2040.55 PASS AF=0.763033;AO=161;DP=217;FAO=161;FDP=211;FR=.;FRO=50;FSAF=68;FSAR=93;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00371349;FXX=0.036528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.639;QD=38.6835;RBI=0.0491005;REFB=-0.017247;REVB=0.0489598;RO=47;SAF=68;SAR=93;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106229;STB=0.504277;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00408991;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:211:47:50:161:161:0.763033:93:68:21:26:93:68:22:28 chr5 112164561 . G A 1605.57 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6249;QD=60.0214;RBI=0.0287779;REFB=0;REVB=0.0165411;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82803e-05;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:56:49:0:0:58:49:0:0 chr5 112175211 . TAAAAG T 108.22 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0360755;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=5;MLLD=210.139;QD=15.4593;RBI=0.0797091;REFB=-0.0136468;REVB=0.0710781;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150655;STB=0.564015;STBP=0.508;TYPE=del;VARB=0.0141707;OID=.;OPOS=112175212;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714:14:28:15:28:13:5:10:6:7:83:11:5:9:6:5 chr5 112175770 . G A 1349.75 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0263788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.246;QD=59.989;RBI=0.0346019;REFB=0.0181445;REVB=-0.0223931;RO=2;SAF=46;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000958779;STB=0.500506;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.000956928;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:42:46:1:1:42:46:1:1 chr5 112176325 . G A 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184872;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.935;QD=57.2348;RBI=0.0218401;REFB=-0.091284;REVB=0.0116282;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0003;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:44:22:0:0:44:22:1:0 chr5 112176559 . T G 1963.62 PASS AF=0.977273;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0641811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.667;QD=59.5037;RBI=0.0724423;REFB=-0.0961176;REVB=0.0335958;RO=3;SAF=62;SAR=67;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00804168;STB=0.504233;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00298015;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:132:3:3:129:129:0.977273:67:62:2:1:67:62:2:1 chr5 112176756 . T A 1601.84 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00707577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.864;QD=58.7831;RBI=0.0899614;REFB=0;REVB=0.0896827;RO=2;SAF=40;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143773;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628816;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:2:0:105:109:1:65:40:0:2:68:41:0:0 chr5 112177171 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.835;QD=51.9166;RBI=0.0214159;REFB=0;REVB=0.00492151;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32769e-05;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr5 112179909 . C A 110.03 PASS AF=0.197802;AO=17;DP=92;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0176865;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6628;QD=4.83665;RBI=0.0326778;REFB=-0.0014124;REVB=-0.0274778;RO=74;SAF=15;SAR=2;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539087;STB=0.803564;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00721941;OID=.;OPOS=112179909;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:74:73:17:18:0.197802:2:15:36:38:3:15:35:38 chr5 112197082 . C T 152.04 PASS AF=0.150235;AO=32;DP=213;FAO=32;FDP=213;FR=.;FRO=181;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=102;FSRR=79;FWDB=-0.0190382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.784;QD=2.85518;RBI=0.0390951;REFB=-0.0128273;REVB=-0.0341463;RO=180;SAF=11;SAR=21;SRF=101;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274757;STB=0.683159;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0663387;OID=.;OPOS=112197082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:180:181:32:32:0.150235:21:11:101:79:21:11:102:79 chr5 112200098 . A G 1127.78 PASS AF=0.830189;AO=88;DP=106;FAO=88;FDP=106;FR=.;FRO=18;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0843549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9676;QD=42.5577;RBI=0.0883456;REFB=-0.0530497;REVB=0.0262525;RO=18;SAF=45;SAR=43;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390788;STB=0.520784;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00821337;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:18:18:88:88:0.830189:43:45:7:11:43:45:7:11 chr5 112203564 . T A 649.43 PASS AF=0.791045;AO=53;DP=67;FAO=53;FDP=67;FR=.;FRO=14;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0172182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.116;QD=38.7717;RBI=0.017503;REFB=0.00188547;REVB=0.00314437;RO=13;SAF=28;SAR=25;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809619;STB=0.550543;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.000556936;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:67:67:13:14:53:53:0.791045:25:28:4:9:25:28:4:10 chr5 112228670 . G A 233.07 PASS AF=0.234483;AO=23;DP=145;FAO=34;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=111;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=64;FWDB=-0.0363619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.844;QD=6.42964;RBI=0.0675517;REFB=-0.0220308;REVB=0.0569302;RO=74;SAF=2;SAR=21;SRF=11;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18799;STB=0.53275;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0739495;OID=.;OPOS=112228670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:74:111:23:34:0.234483:21:2:11:63:21:13:47:64 chr5 112228765 . C A 74.37 PASS AF=0.159091;AO=15;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.0558883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5949;QD=3.3804;RBI=0.0564202;REFB=-0.0145727;REVB=-0.00772895;RO=70;SAF=2;SAR=13;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396971;STB=0.755877;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0812085;OID=.;OPOS=112228765;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:70:74:15:14:0.159091:13:2:27:43:12:2:28:46 chr5 112312676 . T C 3967.13 PASS AF=0.992278;AO=256;DP=259;FAO=257;FDP=259;FR=.;FRO=2;FSAF=126;FSAR=131;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0329554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.339;QD=61.2684;RBI=0.034439;REFB=-0.0680814;REVB=0.0099991;RO=1;SAF=125;SAR=131;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379855;STB=0.503937;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000249707;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:259:259:1:2:256:257:0.992278:131:125:1:0:131:126:2:0 chr5 112328377 . A G 1272.07 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9203;QD=60.5746;RBI=0.0790821;REFB=-0.101455;REVB=0.0567664;RO=0;SAF=48;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025131;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:83:84:0:0:82:84:1:34:48:0:0:34:50:0:0 chr5 112346429 . TGTGT TG,TGTTG,TGTTT,TT,TTGT 134.56 PASS AF=0.642857,0.285714,0,0,0.0714286;AO=4,2,2,6,4;DP=24;FAO=9,4,0,0,1;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9,4,0,0,0;FSAR=0,0,0,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602917,0.694864,0.0610746,-0.0101746,0.0603448;FXX=0.0666222;HRUN=1,1,1,1,1;LEN=3,2,1,3,1;MLLD=119.292,11.1781,113.889,107.832,115.703;QD=38.4464;RBI=0.159761,0.935488,0.590879,0.381909,0.0998536;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.147947,-0.62634,0.587714,0.381773,0.0795566;RO=4;SAF=4,1,2,5,4;SAR=0,1,0,1,0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.719948,0,0.623114,0.297985,0.719948;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,mnp,snp,del,del;VARB=0.0237416,-2.0629,0,0,0.110606;OID=.,.,.,.,.;OPOS=112346431,112346432,112346432,112346430,112346430;OREF=TGT,GT,G,GTG,G;OALT=-,TG,T,-,-;OMAPALT=TG,TGTTG,TGTTT,TT,TTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.642857,0.285714,0,0,0.0714286:4,2,2,6,4:24:9,4,0,0,1:14:0:9,4,0,0,0:0,0,0,0,1:0:0:20:4:4,1,2,5,4:0,1,0,1,0:2:2 chr5 112346434 . T G 33.17 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.00530445;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=94.2862;QD=4.91373;RBI=0.187149;REFB=-0.0242097;REVB=-0.187074;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333477;STB=0.687022;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0178576;OID=.;OPOS=112346434;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:24:27:17:21:6:6:0.222222:2:4:15:2:2:4:18:3 chr5 112349070 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.475;QD=57.7124;RBI=0.0232091;REFB=0;REVB=-0.0227948;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03656e-05;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr5 112349297 . T C 216.5 PASS AF=0.214286;AO=36;DP=168;FAO=36;FDP=168;FR=.;FRO=132;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=76;FWDB=0.0773646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3016;QD=5.15468;RBI=0.0782034;REFB=0.00356234;REVB=-0.0114233;RO=130;SAF=15;SAR=21;SRF=54;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00167672;STB=0.506107;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0115902;OID=.;OPOS=112349297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:130:132:36:36:0.214286:21:15:54:76:21:15:56:76 chr5 112349379 . T C 1302.37 PASS AF=0.766917;AO=102;DP=133;FAO=102;FDP=133;FR=.;FRO=31;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00946757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.79;QD=39.1691;RBI=0.0149798;REFB=-0.0116473;REVB=0.0116086;RO=31;SAF=39;SAR=63;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117815;STB=0.562913;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00472006;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:31:31:102:102:0.766917:63:39:20:11:63:39:20:11 chr5 112350707 . G A 1550.1 PASS AF=0.833333;AO=114;DP=137;FAO=115;FDP=138;FR=.;FRO=23;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0597217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.276;QD=44.9304;RBI=0.0611748;REFB=-0.0169419;REVB=-0.0132547;RO=22;SAF=55;SAR=59;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192127;STB=0.513041;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00274766;OID=.;OPOS=112350707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:22:23:114:115:0.833333:59:55:12:10:59:56:13:10 chr5 112351785 . TTA T,TTAA,TT,TTT 146.63 PASS AF=0.305556,0.0277778,0,0;AO=26,14,14,5;DP=118;FAO=33,3,0,0;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=10,2,0,0;FSAR=23,1,0,0;FSRF=52;FSRR=20;FWDB=0.157275,-0.137142,0.136691,-0.0425098;FXX=0.0442439;HRUN=5,7,7,7;LEN=2,1,1,1;MLLD=18.2684,7.07497,8.97589,15.7067;QD=5.43085;RBI=0.180979,0.191714,0.190802,0.0637455;REFB=-0.0503689,0.0119663,-0.0071468,0.0440538;REVB=-0.0895417,0.133963,-0.133121,-0.0475016;RO=42;SAF=6,14,9,0;SAR=20,0,5,5;SRF=31;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.523913,0.72249,-0.133182,-0.714663;STB=0.768172,0.562108,0.5,0.5;STBP=0.001,0.86,1,1;TYPE=del,ins,del,snp;VARB=0.115255,-0.0360124,-0.0437209,0;OID=.,.,.,.;OPOS=112351786,112351787,112351787,112351787;OREF=TA,-,A,A;OALT=-,A,-,T;OMAPALT=T,TTAA,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556,0.0277778,0,0:26,14,14,5:118:33,3,0,0:108:72:10,2,0,0:23,1,0,0:52:20:99:42:6,14,9,0:20,0,5,5:31:11 chr5 112357922 . T C 72.01 PASS AF=0.130081;AO=16;DP=123;FAO=16;FDP=123;FR=.;FRO=107;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=0.0135531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.704;QD=2.34193;RBI=0.0135546;REFB=0.000847085;REVB=-0.000201581;RO=107;SAF=3;SAR=13;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335583;STB=0.741229;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00508659;OID=.;OPOS=112357922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:123:123:107:107:16:16:0.130081:13:3:46:61:13:3:46:61 chr5 112358131 . T C 742.57 PASS AF=0.876923;AO=57;DP=65;FAO=57;FDP=65;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00798326;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.044;QD=45.6965;RBI=0.0304866;REFB=3.03382e-05;REVB=-0.0294228;RO=8;SAF=31;SAR=26;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679471;STB=0.536204;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.000163821;OID=.;OPOS=112358131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:65:65:8:8:57:57:0.876923:26:31:2:6:26:31:2:6 chr5 112379289 . G A 1519.72 PASS AF=0.729412;AO=124;DP=170;FAO=124;FDP=170;FR=.;FRO=46;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00681482;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.798;QD=35.7582;RBI=0.0109487;REFB=-0.00711817;REVB=-0.00856926;RO=38;SAF=54;SAR=70;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866975;STB=0.523587;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00284776;OID=.;OPOS=112379289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:38:46:124:124:0.729412:70:54:24:14:70:54:24:22 chr5 112384802 . G A 2523.06 PASS AF=1;AO=163;DP=166;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733243;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3805;QD=61.538;RBI=0.0751692;REFB=0;REVB=0.0165517;RO=0;SAF=58;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647569;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:164:0:0:163:164:1:105:58:0:0:105:59:0:0 chr5 112399791 . G A 3286.31 PASS AF=0.944444;AO=216;DP=231;FAO=221;FDP=234;FR=.;FRO=13;FSAF=132;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.023166;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.246;QD=56.1762;RBI=0.0723789;REFB=-0.136338;REVB=0.0685715;RO=14;SAF=131;SAR=85;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554659;STB=0.52535;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00513076;OID=.;OPOS=112399791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:231:234:14:13:216:221:0.944444:85:131:2:12:89:132:2:11 chr5 112439941 . T C 2553.87 PASS AF=0.994048;AO=160;DP=161;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00817712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1548;QD=60.8064;RBI=0.117123;REFB=0.0204201;REVB=0.116837;RO=1;SAF=93;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704865;STB=0.502645;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000266289;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:168:1:1:160:167:0.994048:67:93:0:1:73:94:1:0 chr5 112479004 . T C 1914.07 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.156;QD=61.7442;RBI=0.0077085;REFB=0;REVB=0.00753457;RO=0;SAF=49;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33541e-06;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:75:49:0:0:75:49:0:0 chr5 112823998 . C T 7063.34 PASS AF=0.833066;AO=503;DP=610;FAO=519;FDP=623;FR=.;FRO=104;FSAF=201;FSAR=318;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=0.0295775;FXX=0.00319995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.472;QD=45.3505;RBI=0.0343556;REFB=-0.0357991;REVB=0.017478;RO=105;SAF=191;SAR=312;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135957;STB=0.502909;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0070118;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:610:623:105:104:503:519:0.833066:312:191:44:61:318:201:42:62 chr5 112824039 . T C 4211.67 PASS AF=0.982014;AO=269;DP=274;FAO=273;FDP=278;FR=.;FRO=5;FSAF=111;FSAR=162;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0629504;FXX=0.0071426;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.963;QD=60.5995;RBI=0.0954814;REFB=-0.102582;REVB=0.0717909;RO=5;SAF=109;SAR=160;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00741458;STB=0.503855;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.000594074;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:274:278:5:5:269:273:0.982014:160:109:1:4:162:111:1:4 chr5 112824045 . C T 167.92 PASS AF=0.142308;AO=37;DP=261;FAO=37;FDP=260;FR=.;FRO=223;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=91;FSRR=132;FWDB=-0.028799;FXX=0.00383127;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.627;QD=2.58334;RBI=0.0386784;REFB=-0.00951685;REVB=-0.0258193;RO=223;SAF=16;SAR=21;SRF=92;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260483;STB=0.521394;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.050331;OID=.;OPOS=112824045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:260:223:223:37:37:0.142308:21:16:92:131:21:16:91:132 chr5 112824048 . T TGCC 463.12 PASS AF=0.485149;AO=42;DP=247;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.065573;FXX=0.198397;HRUN=1;LEN=3;MLLD=143.958;QD=18.3414;RBI=0.0735157;REFB=-0.075477;REVB=0.0332377;RO=199;SAF=4;SAR=38;SRF=100;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.577707;STB=0.784197;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0576775;OID=.;OPOS=112824049;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=TGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485149:42:247:49:101:52:6:43:28:24:99:199:4:38:100:99 chr5 112824054 . C T 128.7 PASS AF=0.148352;AO=27;DP=182;FAO=27;FDP=182;FR=.;FRO=155;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=98;FWDB=-0.0245278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.029;QD=2.82856;RBI=0.0420529;REFB=-0.00852266;REVB=-0.0341589;RO=154;SAF=10;SAR=17;SRF=56;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00923905;STB=0.502401;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0502783;OID=.;OPOS=112824054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:154:155:27:27:0.148352:17:10:56:98:17:10:57:98 chr5 112824060 . C T 87.76 PASS AF=0.126582;AO=20;DP=159;FAO=20;FDP=158;FR=.;FRO=138;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=92;FWDB=-0.021741;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7546;QD=2.22185;RBI=0.0401919;REFB=-0.00909784;REVB=-0.0338041;RO=139;SAF=6;SAR=14;SRF=47;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544576;STB=0.53369;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0354845;OID=.;OPOS=112824060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:159:158:139:138:20:20:0.126582:14:6:47:92:14:6:46:92 chr5 112824069 . T C 437.43 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=55;FWDB=-0.0361226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.358;QD=15.6225;RBI=0.0363117;REFB=-0.0216713;REVB=0.00370103;RO=63;SAF=21;SAR=28;SRF=8;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331461;STB=0.68213;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0328323;OID=.;OPOS=112824069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:28:21:8:55:28:21:8:55 chr5 112889370 . G C 152.09 PASS AF=0.150235;AO=32;DP=213;FAO=32;FDP=213;FR=.;FRO=181;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=89;FSRR=92;FWDB=0.0102997;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9294;QD=2.85606;RBI=0.0119082;REFB=0.00279521;REVB=0.00597676;RO=181;SAF=12;SAR=20;SRF=89;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150913;STB=0.600412;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0207068;OID=.;OPOS=112889370;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:181:181:32:32:0.150235:20:12:89:92:20:12:89:92 chr5 113589389 . T A 1657.87 PASS AF=0.778443;AO=130;DP=170;FAO=130;FDP=167;FR=.;FRO=37;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.003296;FXX=0.017646;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.87;QD=39.7096;RBI=0.0174049;REFB=0.0126023;REVB=0.01709;RO=37;SAF=63;SAR=67;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120337;STB=0.506405;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00337194;OID=.;OPOS=113589389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:167:37:37:130:130:0.778443:67:63:19:18:67:63:19:18 chr5 113698544 . G C 3133.74 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.553;QD=63.9539;RBI=0.00377359;REFB=0;REVB=-0.001507;RO=0;SAF=105;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50633e-07;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:91:105:0:0:91:105:0:0 chr5 113698631 . T C,TGCC 3048.1 PASS AF=0.0350195,0.85214;AO=12,188;DP=279;FAO=9,219;FDP=257;FR=.;FRO=29;FSAF=6,106;FSAR=3,113;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0189829,0.00908622;FXX=0.0190832;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=102.775,141.583;QD=47.4413;RBI=0.0190712,0.0400828;REFB=-0.0776962,-0.0981962;REVB=-0.00183342,0.0390394;RO=68;SAF=8,92;SAR=4,96;SRF=42;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0659339,-0.0638654;STB=0.583163,0.532075;STBP=0.654,0.005;TYPE=snp,ins;VARB=0.0249797,0.00800207;OID=.,.;OPOS=113698631,113698632;OREF=T,-;OALT=C,GCC;OMAPALT=C,TGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:279:257:68:29:12,188:9,219:0.0350195,0.85214:4,96:8,92:42:26:3,113:6,106:22:7 chr5 113829121 . A G 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.51;QD=63.6142;RBI=0.0162835;REFB=0;REVB=0.00910721;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.5364e-06;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:59:36:0:0:59:36:0:0 chr5 114460539 . T C 2405.48 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.552;QD=64.146;RBI=0.0242581;REFB=0;REVB=0.0228353;RO=0;SAF=65;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00316e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76208e-05;OID=.;OPOS=114460539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:150:0:0:146:150:1:81:65:0:0:84:66:0:0 chr5 114462355 . C T 2018.23 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721386;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.965;QD=62.0994;RBI=0.010264;REFB=0;REVB=0.00730134;RO=0;SAF=65;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58173e-06;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:65:65:0:0:65:65:0:0 chr5 114469724 . T C 143.66 PASS AF=0.170886;AO=26;DP=157;FAO=27;FDP=158;FR=.;FRO=131;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=0.0180367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7061;QD=3.63694;RBI=0.0192449;REFB=-0.00768532;REVB=0.00671124;RO=131;SAF=10;SAR=16;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124749;STB=0.561624;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.028177;OID=.;OPOS=114469724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:131:131:26:27:0.170886:16:10:63:68:16:11:63:68 chr5 114480364 . C T 384.99 PASS AF=0.23622;AO=60;DP=255;FAO=60;FDP=254;FR=.;FRO=194;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=102;FSRR=92;FWDB=0.0135344;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.568;QD=6.06288;RBI=0.0220391;REFB=0.00353723;REVB=-0.0173937;RO=194;SAF=42;SAR=18;SRF=102;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231656;STB=0.64055;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00897268;OID=.;OPOS=114480364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:254:194:194:60:60:0.23622:18:42:102:92:18:42:102:92 chr5 114860161 . G A 127.18 PASS AF=0.12987;AO=30;DP=228;FAO=30;FDP=231;FR=.;FRO=201;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=91;FSRR=110;FWDB=-0.0267154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3652;QD=2.2023;RBI=0.0400819;REFB=-0.00283203;REVB=-0.0298805;RO=198;SAF=16;SAR=14;SRF=91;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931099;STB=0.569741;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0209408;OID=.;OPOS=114860161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:231:198:201:30:30:0.12987:14:16:91:107:14:16:91:110 chr5 115110090 . A C 200.45 PASS AF=0.195531;AO=35;DP=179;FAO=35;FDP=179;FR=.;FRO=144;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=68;FSRR=76;FWDB=0.0358676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2284;QD=4.47942;RBI=0.0399158;REFB=0.00459327;REVB=0.0175154;RO=141;SAF=13;SAR=22;SRF=65;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11768;STB=0.583067;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0226455;OID=.;OPOS=115110090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:141:144:35:35:0.195531:22:13:65:76:22:13:68:76 chr5 115176589 . A G 213.61 PASS AF=0.192708;AO=37;DP=192;FAO=37;FDP=192;FR=.;FRO=155;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=68;FSRR=87;FWDB=0.00237177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.073;QD=4.45012;RBI=0.0402236;REFB=-0.0064285;REVB=-0.0401536;RO=152;SAF=24;SAR=13;SRF=67;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264302;STB=0.667319;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0346613;OID=.;OPOS=115176589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:152:155:37:37:0.192708:13:24:67:85:13:24:68:87 chr5 115188660 . A G 54.09 PASS AF=0.1375;AO=11;DP=80;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0773366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7613;QD=2.70457;RBI=0.0784314;REFB=0.000194155;REVB=0.0130585;RO=69;SAF=5;SAR=6;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647481;STB=0.545372;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00181839;OID=.;OPOS=115188660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:80:80:69:69:11:11:0.1375:6:5:35:34:6:5:35:34 chr5 115249078 . C T 98.02 PASS AF=0.175258;AO=17;DP=97;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.00438844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.523;QD=4.04209;RBI=0.00440118;REFB=0.00178028;REVB=-0.000334576;RO=79;SAF=6;SAR=11;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102212;STB=0.572974;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00765055;OID=.;OPOS=115249078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:97:97:79:80:17:17:0.175258:11:6:34:45:11:6:35:45 chr5 115249271 . G A 1045.1 PASS AF=0.396667;AO=118;DP=300;FAO=119;FDP=300;FR=.;FRO=181;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=86;FSRR=95;FWDB=0.00892626;FXX=0.00332215;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0759;QD=13.9347;RBI=0.0090392;REFB=-0.0111569;REVB=0.00142442;RO=182;SAF=57;SAR=61;SRF=86;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113935;STB=0.502329;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.021687;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:182:181:118:119:0.396667:61:57:86:96:62:57:86:95 chr5 115298232 . G C 187.99 PASS AF=0.157676;AO=38;DP=244;FAO=38;FDP=241;FR=.;FRO=203;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=108;FSRR=95;FWDB=0.0250084;FXX=0.0163259;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.999;QD=3.12018;RBI=0.0331924;REFB=-0.0037476;REVB=-0.0218247;RO=202;SAF=18;SAR=20;SRF=107;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719656;STB=0.548994;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0166711;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:241:202:203:38:38:0.157676:20:18:107:95:20:18:108:95 chr5 115298364 . T C 1926.59 PASS AF=0.786096;AO=140;DP=180;FAO=147;FDP=187;FR=.;FRO=40;FSAF=78;FSAR=69;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0168202;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.084;QD=41.2104;RBI=0.0537664;REFB=-0.0460603;REVB=0.0510676;RO=40;SAF=76;SAR=64;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701602;STB=0.533271;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0133446;OID=.;OPOS=115298364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:187:40:40:140:147:0.786096:64:76:15:25:69:78:15:25 chr5 115298378 . C T 221.89 PASS AF=0.203209;AO=21;DP=188;FAO=38;FDP=187;FR=.,HEALED;FRO=149;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=77;FSRR=72;FWDB=0.00907794;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.301;QD=4.74629;RBI=0.0222983;REFB=-0.0246784;REVB=-0.0203668;RO=123;SAF=13;SAR=8;SRF=74;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231478;STB=0.618985;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0801339;OID=.;OPOS=115298378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:123:149:21:38:0.203209:8:13:74:49:24:14:77:72 chr5 115298475 . T C 183.61 PASS AF=0.202703;AO=30;DP=148;FAO=30;FDP=148;FR=.;FRO=118;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=-0.075718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.249;QD=4.96247;RBI=0.075718;REFB=0.00125653;REVB=8.20997e-05;RO=117;SAF=17;SAR=13;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472349;STB=0.53316;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00830096;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:117:118:30:30:0.202703:13:17:62:55:13:17:62:56 chr5 115298518 . A G 121.72 PASS AF=0.147727;AO=24;DP=172;FAO=26;FDP=176;FR=.;FRO=150;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=73;FSRR=77;FWDB=-0.0290945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7258;QD=2.76628;RBI=0.0451436;REFB=-0.0113754;REVB=0.0345175;RO=148;SAF=14;SAR=10;SRF=71;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130933;STB=0.544071;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0531854;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:176:148:150:24:26:0.147727:10:14:71:77:12:14:73:77 chr5 115298977 . C T 933.71 PASS AF=0.197183;AO=165;DP=842;FAO=168;FDP=852;FR=.;FRO=684;FSAF=86;FSAR=82;FSRF=368;FSRR=316;FWDB=-0.0142556;FXX=0.00117232;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6462;QD=4.38361;RBI=0.0434012;REFB=0.00189117;REVB=0.0409932;RO=677;SAF=83;SAR=82;SRF=361;SRR=316;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392998;STB=0.520989;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00780299;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:842:852:677:684:165:168:0.197183:82:83:361:316:82:86:368:316 chr5 115341611 . G T 3828.46 PASS AF=1;AO=247;DP=250;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818541;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.497;QD=61.5013;RBI=0.0125901;REFB=0;REVB=0.00956602;RO=1;SAF=124;SAR=123;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81402e-05;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:250:249:1:0:247:249:1:123:124:0:1:125:124:0:0 chr5 115341638 . G C 3510.75 PASS AF=1;AO=223;DP=225;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156747;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7379;QD=62.692;RBI=0.0163143;REFB=0;REVB=0.00452337;RO=0;SAF=107;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.5343e-05;OID=.;OPOS=115341638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:224:0:0:223:224:1:116:107:0:0:117:107:0:0 chr5 115362148 . A G 2038.73 PASS AF=0.917722;AO=145;DP=158;FAO=145;FDP=158;FR=.;FRO=13;FSAF=63;FSAR=82;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0439736;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.2222;QD=51.6135;RBI=0.048612;REFB=-0.149114;REVB=0.0207232;RO=1;SAF=63;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748871;STB=0.527816;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00570768;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:158:158:1:13:145:145:0.917722:82:63:1:0:82:63:10:3 chr5 115394551 . C T 198.26 PASS AF=0.143813;AO=43;DP=299;FAO=43;FDP=299;FR=.;FRO=256;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=120;FSRR=136;FWDB=0.0054625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.365;QD=2.65231;RBI=0.0116998;REFB=-0.0010395;REVB=-0.0103463;RO=255;SAF=19;SAR=24;SRF=120;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371111;STB=0.523201;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00621897;OID=.;OPOS=115394551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:255:256:43:43:0.143813:24:19:120:135:24:19:120:136 chr5 115394626 . G T 169.86 PASS AF=0.154867;AO=35;DP=226;FAO=35;FDP=226;FR=.;FRO=191;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=90;FSRR=101;FWDB=-0.0171728;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.549;QD=3.00628;RBI=0.0227103;REFB=-0.00281275;REVB=-0.0148611;RO=183;SAF=18;SAR=17;SRF=87;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499313;STB=0.560339;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0135943;OID=.;OPOS=115394626;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:183:191:35:35:0.154867:17:18:87:96:16:19:90:101 chr5 115428381 . T G 100.55 PASS AF=0.115044;AO=26;DP=226;FAO=26;FDP=226;FR=.;FRO=200;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=81;FSRR=119;FWDB=-0.0112738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.256;QD=1.7797;RBI=0.01352;REFB=-0.00207866;REVB=-0.00746278;RO=199;SAF=12;SAR=14;SRF=81;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689241;STB=0.550686;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0182782;OID=.;OPOS=115428381;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:199:200:26:26:0.115044:14:12:81:118:14:12:81:119 chr5 115781974 . GTGTGT G 52.69 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287279;FXX=0.221976;HRUN=1;LEN=5;MLLD=228.076;QD=30.1066;RBI=0.0287279;REFB=-0.0682859;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0146241;OID=.;OPOS=115781975;OREF=TGTGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:6:8:6:7:1:6:0:1:0:7:1:6:0:1:0 chr5 115811220 . T C 1082.96 PASS AF=0.877551;AO=76;DP=88;FAO=86;FDP=98;FR=.;FRO=12;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0138785;FXX=0.0392118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.007;QD=44.2024;RBI=0.0197282;REFB=-0.0229144;REVB=-0.014021;RO=11;SAF=34;SAR=42;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172657;STB=0.501424;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00405057;OID=.;OPOS=115811220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:88:98:11:12:76:86:0.877551:42:34:5:6:42:44:6:6 chr5 115813726 . A G 2400.68 PASS AF=1;AO=155;DP=159;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473702;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4932;QD=61.1638;RBI=0.0558074;REFB=0;REVB=0.0295047;RO=0;SAF=92;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169472;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:157:0:0:155:157:1:63:92:0:0:64:93:0:0 chr5 118484804 . G A 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.562;QD=61.5358;RBI=0.04725;REFB=0;REVB=-0.0250119;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7939e-05;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr5 118506603 . A C 83.74 PASS AF=0.172414;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00610644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0945;QD=3.84993;RBI=0.0176945;REFB=-0.000259615;REVB=-0.0166075;RO=72;SAF=4;SAR=11;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31727;STB=0.709949;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00143954;OID=.;OPOS=118506603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:87:72:72:15:15:0.172414:11:4:37:35:11:4:37:35 chr5 118506685 . G A 56.02 PASS AF=0.110236;AO=14;DP=127;FAO=14;FDP=127;FR=.;FRO=113;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=-0.00529681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.168;QD=1.76452;RBI=0.00949118;REFB=0.00228892;REVB=-0.00787568;RO=113;SAF=5;SAR=9;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158664;STB=0.616973;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0199671;OID=.;OPOS=118506685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:127:127:113:113:14:14:0.110236:9:5:55:58:9:5:55:58 chr5 118811533 . G A 1098.53 PASS AF=0.8;AO=86;DP=108;FAO=88;FDP=110;FR=.;FRO=22;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0332986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.892;QD=39.9466;RBI=0.0376105;REFB=-0.00380035;REVB=0.0174859;RO=21;SAF=38;SAR=48;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480653;STB=0.52062;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00171132;OID=.;OPOS=118811533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:21:22:86:88:0.8:48:38:12:9:49:39:12:10 chr5 118827842 . T C 140.16 PASS AF=0.158192;AO=28;DP=177;FAO=28;FDP=177;FR=.;FRO=149;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=105;FWDB=0.0140373;FXX=0.0220982;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.589;QD=3.16743;RBI=0.0155488;REFB=-0.00315907;REVB=-0.00668732;RO=145;SAF=7;SAR=21;SRF=41;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535171;STB=0.548351;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0149601;OID=.;OPOS=118827842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:145:149:28:28:0.158192:21:7:41:104:21:7:44:105 chr5 118832317 . A G 35.81 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0504517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8643;QD=1.93556;RBI=0.0825906;REFB=0.0139097;REVB=0.0653898;RO=66;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417849;STB=0.531834;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.109497;OID=.;OPOS=118832317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:66:66:8:8:0.108108:5:3:27:39:5:3:27:39 chr5 118845139 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0728;QD=49.5984;RBI=0.0886772;REFB=0;REVB=0.0668555;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425837;OID=.;OPOS=118845139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr5 118861713 . A G 778.0 PASS AF=0.84507;AO=59;DP=71;FAO=60;FDP=71;FR=.;FRO=11;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.016438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.226;QD=43.831;RBI=0.0168818;REFB=0.00887826;REVB=0.00384556;RO=10;SAF=26;SAR=33;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669445;STB=0.540083;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00108264;OID=.;OPOS=118861713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:71:10:11:59:60:0.84507:33:26:2:8:34:26:2:9 chr5 118969960 . C T 54.49 PASS AF=0.139241;AO=11;DP=79;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00265561;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=230.458;QD=2.75873;RBI=0.00813564;REFB=-0.00181497;REVB=0.00769002;RO=68;SAF=1;SAR=10;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570226;STB=0.901859;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0110763;OID=.;OPOS=118969960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:79:68:68:11:11:0.139241:10:1:37:31:10:1:37:31 chr5 120021819 . G A 1488.63 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195575;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.779;QD=59.5452;RBI=0.0290968;REFB=0;REVB=0.0215437;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33389e-05;OID=.;OPOS=120021819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:50:49:0:0:50:50:0:0 chr5 121413208 . C T 452.93 PASS AF=0.189815;AO=82;DP=432;FAO=82;FDP=432;FR=.;FRO=350;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=143;FSRR=207;FWDB=0.019747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.918;QD=4.19382;RBI=0.0212737;REFB=-0.00275694;REVB=0.00791365;RO=348;SAF=38;SAR=44;SRF=141;SRR=207;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766943;STB=0.544955;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0135173;OID=.;OPOS=121413208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:432:348:350:82:82:0.189815:44:38:141:207:44:38:143:207 chr5 121518309 . G A 5004.81 PASS AF=1;AO=318;DP=318;FAO=318;FDP=318;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.002;QD=62.9536;RBI=0.0715373;REFB=0;REVB=-0.0695411;RO=0;SAF=147;SAR=171;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05917e-05;OID=.;OPOS=121518309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:318:318:0:0:318:318:1:171:147:0:0:171:147:0:0 chr5 122343365 . TC CT,TT 112.52 PASS AF=0.358974,0;AO=5,5;DP=40;FAO=14,0;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=10,0;FSAR=4,0;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0399437,-0.00946434;FXX=0.0714116;HRUN=11,1;LEN=2,1;MLLD=33.4543,146.374;QD=11.5408;RBI=0.0887651,0.0194865;REFB=-0.0809615,-0.0046426;REVB=0.0792701,0.0170338;RO=15;SAF=5,3;SAR=0,2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.666652,-0.0804279;STB=0.510189,0.5;STBP=0.962,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0175971,0.0809283;OID=.,.;OPOS=122343365,122343366;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:40:39:15:20:5,5:14,0:0.358974,0:0,2:5,3:10:5:4,0:10,0:14:6 chr5 122435627 . G A 309.73 PASS AF=0.150224;AO=68;DP=447;FAO=67;FDP=446;FR=.;FRO=379;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=154;FSRR=225;FWDB=-0.0194072;FXX=0.00888869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6726;QD=2.77786;RBI=0.048962;REFB=-0.00814119;REVB=0.0449515;RO=366;SAF=27;SAR=41;SRF=144;SRR=222;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00489903;STB=0.516223;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.035089;OID=.;OPOS=122435627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:446:366:379:68:67:0.150224:41:27:144:222:41:26:154:225 chr5 122758268 . G C 2362.67 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0895584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.244;QD=60.9722;RBI=0.0902372;REFB=0;REVB=0.0110477;RO=0;SAF=46;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145742;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:141:155:0:0:141:155:1:95:46:0:0:95:60:0:0 chr5 122950330 . G C 1606.89 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7741;QD=64.2758;RBI=0.0478594;REFB=0;REVB=-0.0224358;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041136;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:56:43:0:0:56:44:0:0 chr5 122950911 . G A 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.114;QD=59.4998;RBI=0.0428214;REFB=0;REVB=0.0266463;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.36141e-06;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr5 122990902 . A T 1532.94 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00545123;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.748;QD=57.8468;RBI=0.0123219;REFB=-0.144255;REVB=0.0110505;RO=2;SAF=43;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215561;STB=0.505617;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000218344;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:106:106:2:1:104:105:0.990566:61:43:2:0:61:44:1:0 chr5 123973360 . T TTA 98.32 PASS AF=0.923077;AO=7;DP=56;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0991174;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=2;MLLD=94.8904;QD=30.2513;RBI=0.107084;REFB=-0.159124;REVB=0.0405317;RO=44;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054626;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=ins;VARB=0.0452975;OID=.;OPOS=123973361;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:7:56:12:13:1:6:6:0:1:7:44:2:5:11:33 chr5 123983915 . G T 434.95 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0328597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2519;QD=54.369;RBI=0.0531843;REFB=-0.00418293;REVB=0.0418188;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00125782;OID=.;OPOS=123983915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:13:18:1:0:13:18:1:0 chr5 123984763 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.305;QD=62.6686;RBI=0.0535241;REFB=0;REVB=0.0177298;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177709;OID=.;OPOS=123984763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr5 124686701 . C T 159.06 PASS AF=0.193333;AO=25;DP=150;FAO=29;FDP=150;FR=.,HEALED;FRO=121;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=93;FWDB=0.103779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9812;QD=4.24162;RBI=0.103852;REFB=-0.0154977;REVB=0.00389078;RO=93;SAF=4;SAR=21;SRF=27;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236462;STB=0.628829;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0586727;OID=.;OPOS=124686701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:93:121:25:29:0.193333:21:4:27:66:25:4:28:93 chr5 125696140 . G A 1523.17 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00220025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.708;QD=58.5835;RBI=0.00473156;REFB=-0.0819687;REVB=-0.00418886;RO=0;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=7.75667e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:62:41:0:0:62:41:1:0 chr5 125828803 . A G 2274.18 PASS AF=0.993421;AO=142;DP=143;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00296101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.427;QD=59.8468;RBI=0.0314507;REFB=-0.0582937;REVB=0.031311;RO=1;SAF=71;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665036;STB=0.503496;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000122059;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:152:1:1:142:151:0.993421:71:71:1:0:80:71:1:0 chr5 125887715 . T G 45.06 PASS AF=0.0848485;AO=14;DP=166;FAO=14;FDP=165;FR=.;FRO=151;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=76;FSRR=75;FWDB=-0.00663944;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.575;QD=1.09227;RBI=0.00800289;REFB=0.00336427;REVB=0.00446811;RO=151;SAF=4;SAR=10;SRF=75;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245196;STB=0.701463;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0447536;OID=.;OPOS=125887715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:166:165:151:151:14:14:0.0848485:10:4:75:76:10:4:76:75 chr5 125939409 . C T 1742.6 PASS AF=0.820988;AO=133;DP=165;FAO=133;FDP=162;FR=.;FRO=29;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00359007;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9538;QD=43.0273;RBI=0.0127975;REFB=0.039205;REVB=-0.0122836;RO=29;SAF=67;SAR=66;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303394;STB=0.5161;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00886402;OID=.;OPOS=125939409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:162:29:29:133:133:0.820988:66:67:12:17:66:67:12:17 chr5 126171999 . T C 81.73 PASS AF=0.122581;AO=19;DP=155;FAO=19;FDP=155;FR=.;FRO=136;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=78;FWDB=0.0425369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6321;QD=2.10918;RBI=0.0429281;REFB=0.000602219;REVB=0.00578255;RO=136;SAF=6;SAR=13;SRF=58;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145263;STB=0.603661;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00223418;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:155:155:136:136:19:19:0.122581:13:6:58:78:13:6:58:78 chr5 126674869 . G A 2154.75 PASS AF=0.827225;AO=157;DP=190;FAO=158;FDP=191;FR=.;FRO=33;FSAF=87;FSAR=71;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0237531;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.23;QD=45.1256;RBI=0.0267287;REFB=0.00265774;REVB=-0.0122562;RO=33;SAF=86;SAR=71;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406718;STB=0.521962;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00022503;OID=.;OPOS=126674869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:33:33:157:158:0.827225:71:86:14:19:71:87:14:19 chr5 126746277 . C T 2373.87 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0355016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9147;QD=63.3032;RBI=0.0377977;REFB=-0.122885;REVB=-0.0129732;RO=1;SAF=61;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053746;STB=0.502824;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00131535;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:150:150:1:1:149:149:0.993333:88:61:0:1:88:61:0:1 chr5 126887569 . G A 203.15 PASS AF=0.24031;AO=31;DP=129;FAO=31;FDP=129;FR=.;FRO=98;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.0470735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.447;QD=6.29912;RBI=0.0489655;REFB=-0.0129537;REVB=-0.0134799;RO=98;SAF=11;SAR=20;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122462;STB=0.574663;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0295954;OID=.;OPOS=126887569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:98:98:31:31:0.24031:20:11:44:54:20:11:44:54 chr5 126890472 . C T 52.23 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0244923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3638;QD=3.07236;RBI=0.151961;REFB=-0.00528811;REVB=-0.149975;RO=58;SAF=4;SAR=6;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816453;STB=0.556771;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0532638;OID=.;OPOS=126890472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:6:4:27:31:6:4:27:31 chr5 126993249 . G C 1788.15 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.189;QD=60.6152;RBI=0.00785111;REFB=0;REVB=-0.00112671;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14104e-06;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:118:0:0:112:118:1:56:56:0:0:58:60:0:0 chr5 126993263 . A T 2156.79 PASS AF=0.972222;AO=139;DP=146;FAO=140;FDP=144;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0283989;FXX=0.0136977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.68;QD=59.9109;RBI=0.0287361;REFB=-0.143171;REVB=-0.00438928;RO=4;SAF=75;SAR=64;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112654;STB=0.505801;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00089791;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:146:144:4:4:139:140:0.972222:64:75:3:1:64:76:3:1 chr5 126993282 . G A 2616.63 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4906;QD=61.9322;RBI=0.0509605;REFB=0;REVB=0.00183274;RO=0;SAF=95;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00435e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90148e-05;OID=.;OPOS=126993282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:74:95:0:0:74:95:0:0 chr5 126993958 . C T 1438.14 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=104;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0216501;FXX=0.0192289;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.55;QD=56.3977;RBI=0.0219369;REFB=-0.176318;REVB=0.00353573;RO=1;SAF=52;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903516;STB=0.500393;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00058707;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:104:102:1:2:99:100:0.980392:47:52:1:0:48:52:1:1 chr5 127614472 . A G 2838.24 PASS AF=1;AO=179;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5356;QD=62.3789;RBI=0.0574833;REFB=0;REVB=-0.0230977;RO=1;SAF=84;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056338;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75103e-05;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:1:0:179:182:1:95:84:1:0:95:87:0:0 chr5 127622491 . T C 1614.76 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000869311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.093;QD=59.2572;RBI=0.00137752;REFB=0;REVB=-0.00106858;RO=1;SAF=41;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118024;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:1:0:106:109:1:65:41:1:0:66:43:0:0 chr5 127666295 . CTTC CTC,CTTT 1420.75 PASS AF=0.122951,0.778689;AO=13,91;DP=124;FAO=15,95;FDP=122;FR=.;FRO=12;FSAF=15,62;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=-0.0130903,0.0107488;FXX=0.00812942;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=21.1677,120.33;QD=46.5819;RBI=0.105415,0.0490897;REFB=-0.0201581,0.0154008;REVB=-0.104599,0.0478984;RO=13;SAF=13,59;SAR=0,32;SRF=0;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.348315,0;SSSB=0.869314,0.158936;STB=0.999259,0.576907;STBP=0,0;TYPE=del,snp;VARB=0.00366676,3.40117e-05;OID=.,.;OPOS=127666296,127666298;OREF=T,C;OALT=-,T;OMAPALT=CTC,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.122951,0.778689:13,91:124:15,95:122:12:15,62:0,33:0:12:67:13:13,59:0,32:0:13 chr5 127685135 . C T 1546.57 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.683;QD=63.7763;RBI=0.0138733;REFB=0;REVB=0.0133034;RO=0;SAF=32;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41696e-05;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:62:32:0:0:63:34:0:0 chr5 128430757 . T C 5550.65 PASS AF=1;AO=352;DP=355;FAO=355;FDP=355;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342432;FXX=0.00560208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.826;QD=62.5426;RBI=0.0427835;REFB=-0.0568817;REVB=0.0256483;RO=1;SAF=160;SAR=192;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48333e-05;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:355:355:1:0:352:355:1:192:160:0:1:193:162:0:0 chr5 128797105 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.285;QD=45.8068;RBI=0.0520331;REFB=0;REVB=0.0219033;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416853;OID=.;OPOS=128797105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr5 128797156 . C G 1743.4 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0157063;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.845;QD=58.1135;RBI=0.0157124;REFB=-0.155387;REVB=0.000439274;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512193;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000416686;OID=.;OPOS=128797156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:0:3:117:117:0.975:60:57:0:0:60:57:0:3 chr5 128797315 . T TCCCGGC 1958.47 PASS AF=0.45614;AO=183;DP=495;FAO=208;FDP=456;FR=.;FRO=248;FSAF=65;FSAR=143;FSRF=175;FSRR=73;FWDB=-0.0284474;FXX=0.0769215;HRUN=3;LEN=6;MLLD=235.264;QD=17.1795;RBI=0.0284516;REFB=-0.0147567;REVB=-0.000489174;RO=274;SAF=58;SAR=125;SRF=195;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409497;STB=0.709658;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0152844;OID=.;OPOS=128797316;OREF=-;OALT=CCCGGC;OMAPALT=TCCCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45614:183:495:208:456:248:65:143:175:73:99:274:58:125:195:79 chr5 128863471 . A G 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.187;QD=59.8332;RBI=0.0213041;REFB=0;REVB=-0.00517417;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.393e-05;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:62:40:0:0:62:40:0:0 chr5 129072943 . G T 1284.22 PASS AF=0.967033;AO=84;DP=88;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0948198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7295;QD=56.4491;RBI=0.0952631;REFB=0.0773673;REVB=0.00917942;RO=3;SAF=35;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559992;STB=0.502585;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.020123;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:91:3:3:84:88:0.967033:49:35:1:2:52:36:1:2 chr5 129520679 . G A 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0192384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.805;QD=2.64357;RBI=0.0301084;REFB=-0.00407861;REVB=-0.0231603;RO=42;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247898;STB=0.707173;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0232005;OID=.;OPOS=129520679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:42:43:6:6:0.122449:5:1:14:28:5:1:15:28 chr5 129521126 . A G 541.96 PASS AF=0.734375;AO=46;DP=63;FAO=47;FDP=64;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0164216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.22;QD=33.8725;RBI=0.0187415;REFB=-0.00900634;REVB=-0.00903191;RO=16;SAF=20;SAR=26;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315955;STB=0.506377;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00178491;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:16:17:46:47:0.734375:26:20:8:8:26:21:8:9 chr5 129521440 . C T 221.41 PASS AF=0.142442;AO=49;DP=345;FAO=49;FDP=344;FR=.;FRO=295;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=122;FSRR=173;FWDB=-0.0100722;FXX=0.00289847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.967;QD=2.57452;RBI=0.0133179;REFB=-0.00188653;REVB=-0.00871302;RO=294;SAF=24;SAR=25;SRF=121;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101307;STB=0.565553;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0112623;OID=.;OPOS=129521440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:344:294:295:49:49:0.142442:25:24:121:173:25:24:122:173 chr5 130766662 . T C 1419.36 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00591726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.837;QD=61.7115;RBI=0.0160791;REFB=-0.0790563;REVB=0.0149507;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00152581;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:0:1:91:91:0.98913:50:41:0:0:50:41:0:1 chr5 130805475 . C T 1448.06 PASS AF=0.791367;AO=111;DP=139;FAO=110;FDP=139;FR=.;FRO=29;FSAF=40;FSAR=70;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0179288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.442;QD=41.6707;RBI=0.0283836;REFB=-0.0271104;REVB=-0.0220042;RO=27;SAF=40;SAR=71;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476015;STB=0.518878;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0104082;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:27:29:111:110:0.791367:71:40:13:14:70:40:13:16 chr5 130808198 . T C 138.33 PASS AF=0.209091;AO=23;DP=110;FAO=23;FDP=110;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.0213866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.146;QD=5.03026;RBI=0.0291937;REFB=0.00214874;REVB=0.0198717;RO=87;SAF=15;SAR=8;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146354;STB=0.592023;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00861423;OID=.;OPOS=130808198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:87:87:23:23:0.209091:8:15:47:40:8:15:47:40 chr5 131008194 . T C 667.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.959;QD=62.0603;RBI=0.0163612;REFB=0;REVB=0.0149633;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408519;OID=.;OPOS=131008194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:16:26:0:0:17:26:0:0 chr5 131066725 . C A 1525.69 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.945;QD=59.831;RBI=0.0292177;REFB=0;REVB=-0.0019917;RO=0;SAF=37;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.59352e-05;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:65:37:0:0:65:37:0:0 chr5 131283376 . C T 1186.75 PASS AF=0.828829;AO=92;DP=111;FAO=92;FDP=111;FR=.;FRO=19;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0302273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8308;QD=42.7657;RBI=0.0436341;REFB=0.0326269;REVB=-0.0314681;RO=19;SAF=43;SAR=49;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359651;STB=0.519125;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00927427;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:19:19:92:92:0.828829:49:43:11:8:49:43:11:8 chr5 131396478 . C T 1970.5 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00157675;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.466;QD=61.1009;RBI=0.0218713;REFB=-0.127841;REVB=-0.0218144;RO=1;SAF=72;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065543;STB=0.503448;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000333828;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:129:1:1:126:128:0.992248:54:72:1:0:56:72:1:0 chr5 131411460 . T C 3442.83 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213506;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.509;QD=62.3136;RBI=0.062335;REFB=-0.110334;REVB=0.0585645;RO=1;SAF=120;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00474087;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601303;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:221:221:1:0:220:221:1:100:120:0:1:100:121:0:0 chr5 131411466 . C A 154.06 PASS AF=0.147826;AO=32;DP=220;FAO=34;FDP=230;FR=.;FRO=196;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=105;FSRR=91;FWDB=-0.0781676;FXX=0.012875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.325;QD=2.67921;RBI=0.148466;REFB=-0.00569378;REVB=-0.126222;RO=188;SAF=14;SAR=18;SRF=102;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133598;STB=0.530417;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0489248;OID=.;OPOS=131411466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:230:188:196:32:34:0.147826:18:14:102:86:17:17:105:91 chr5 131534013 . C G 260.76 PASS AF=0.178832;AO=49;DP=271;FAO=49;FDP=274;FR=.;FRO=225;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=137;FSRR=88;FWDB=-0.0727035;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2048;QD=3.80673;RBI=0.0805448;REFB=0.00116471;REVB=0.0346651;RO=218;SAF=24;SAR=25;SRF=131;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143915;STB=0.597408;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00651025;OID=.;OPOS=131534013;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:274:218:225:49:49:0.178832:25:24:131:87:25:24:137:88 chr5 131553428 . T TA 2370.75 PASS AF=0.804444;AO=172;DP=240;FAO=181;FDP=225;FR=.;FRO=44;FSAF=71;FSAR=110;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00087459;FXX=0.0624974;HRUN=0;LEN=1;MLLD=280.235;QD=42.1467;RBI=0.00396638;REFB=-0.0059102;REVB=0.00386875;RO=64;SAF=69;SAR=103;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354669;STB=0.53552;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.00144671;OID=.;OPOS=131553429;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.804444:172:240:181:225:44:71:110:25:19:99:64:69:103:30:34 chr5 131602166 . T C 134.33 PASS AF=0.165563;AO=25;DP=152;FAO=25;FDP=151;FR=.;FRO=126;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=-0.0180577;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8578;QD=3.5585;RBI=0.0186976;REFB=0.00211404;REVB=0.00484944;RO=126;SAF=12;SAR=13;SRF=59;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150358;STB=0.509817;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0119659;OID=.;OPOS=131602166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:126:126:25:25:0.165563:13:12:59:67:13:12:59:67 chr5 131607080 . A G 2957.8 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0268;QD=62.932;RBI=0.0597315;REFB=0;REVB=-0.059656;RO=0;SAF=106;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17431e-05;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:188:0:0:186:188:1:80:106:0:0:82:106:0:0 chr5 131607282 . C G 1318.51 PASS AF=0.814516;AO=101;DP=124;FAO=101;FDP=124;FR=.;FRO=23;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0106827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.953;QD=42.5327;RBI=0.016492;REFB=-0.0425534;REVB=0.0125644;RO=23;SAF=36;SAR=65;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327536;STB=0.501742;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00820771;OID=.;OPOS=131607282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:23:23:101:101:0.814516:65:36:8:15:65:36:8:15 chr5 131607297 . A G 1861.25 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00780379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6994;QD=59.0873;RBI=0.0680046;REFB=-0.0623656;REVB=-0.0675554;RO=3;SAF=43;SAR=80;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319909;STB=0.511109;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000489227;OID=.;OPOS=131607297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:3:2:123:124:0.984127:80:43:3:0:80:44:2:0 chr5 131607320 . C T 1464.48 PASS AF=0.857143;AO=108;DP=126;FAO=108;FDP=126;FR=.;FRO=18;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.000540559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.14;QD=46.4914;RBI=0.0099363;REFB=-0.0421424;REVB=0.00992159;RO=18;SAF=42;SAR=66;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00762447;OID=.;OPOS=131607320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:126:126:18:18:108:108:0.857143:66:42:7:11:66:42:7:11 chr5 131607494 . C T 800.1 PASS AF=0.859155;AO=61;DP=71;FAO=61;FDP=71;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00336442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.069;QD=45.0758;RBI=0.017397;REFB=-0.00861106;REVB=0.0170685;RO=10;SAF=21;SAR=40;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127501;STB=0.568048;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00432765;OID=.;OPOS=131607494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:10:10:61:61:0.859155:40:21:8:2:40:21:8:2 chr5 131607588 . G T 67.48 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0232268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.091;QD=4.65358;RBI=0.0252243;REFB=-0.0071296;REVB=-0.00983767;RO=46;SAF=6;SAR=5;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561472;STB=0.545372;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0364404;OID=.;OPOS=131607588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:57:58:46:47:11:11:0.189655:5:6:23:23:5:6:23:24 chr5 131701279 . T C 112.41 PASS AF=0.158273;AO=22;DP=139;FAO=22;FDP=139;FR=.;FRO=117;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=0.00207743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.798;QD=3.23469;RBI=0.0545317;REFB=-0.00284844;REVB=-0.0544921;RO=116;SAF=9;SAR=13;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148185;STB=0.594297;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0192636;OID=.;OPOS=131701279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:116:117:22:22:0.158273:13:9:61:55:13:9:61:56 chr5 131705949 . T C 3320.18 PASS AF=0.969027;AO=217;DP=226;FAO=219;FDP=226;FR=.;FRO=7;FSAF=120;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0568937;FXX=0.00877155;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8703;QD=58.7642;RBI=0.0783427;REFB=0.00874634;REVB=-0.0538579;RO=7;SAF=118;SAR=99;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324958;STB=0.517072;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000237841;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:226:226:7:7:217:219:0.969027:99:118:0:7:99:120:0:7 chr5 131721174 . A G 4772.62 PASS AF=1;AO=297;DP=299;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0886373;FXX=0.00333322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.67;QD=63.8477;RBI=0.0887263;REFB=-0.0258796;REVB=-0.00397288;RO=1;SAF=140;SAR=157;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53834e-05;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:299:299:1:0:297:299:1:157:140:1:0:159:140:0:0 chr5 131731304 . A T 648.7 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0331026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.025;QD=57.6626;RBI=0.0345442;REFB=-0.200834;REVB=-0.00987503;RO=1;SAF=16;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284424;STB=0.529398;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000509746;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:45:45:1:2:43:43:0.955556:27:16:1:0:27:16:2:0 chr5 131755651 . C T 860.95 PASS AF=0.844156;AO=64;DP=78;FAO=65;FDP=77;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.03536;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.37;QD=44.7247;RBI=0.037496;REFB=-0.0296088;REVB=0.0124748;RO=11;SAF=23;SAR=41;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00127301;STB=0.506022;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00223487;OID=.;OPOS=131755651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:78:77:11:12:64:65:0.844156:41:23:4:7:41:24:4:8 chr5 131796498 . T C 652.64 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000472542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.545;QD=60.7106;RBI=0.0114298;REFB=0;REVB=0.01142;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203511;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:13:27:0:0:16:27:0:0 chr5 131805735 . C T 2413.42 PASS AF=0.751004;AO=187;DP=249;FAO=187;FDP=249;FR=.;FRO=62;FSAF=106;FSAR=81;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0219281;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.677;QD=38.7698;RBI=0.0230683;REFB=-0.0160939;REVB=0.00716273;RO=59;SAF=106;SAR=81;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266824;STB=0.520916;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00505186;OID=.;OPOS=131805735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:59:62:187:187:0.751004:81:106:30:29:81:106:30:32 chr5 131818828 . CT C 633.19 PASS AF=0.712963;AO=74;DP=113;FAO=77;FDP=108;FR=.;FRO=31;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0996662;FXX=0.052627;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.9257;QD=23.4513;RBI=0.0996849;REFB=0.010842;REVB=0.00192736;RO=30;SAF=36;SAR=38;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725697;STB=0.500963;STBP=0.963;TYPE=del;VARB=-0.00198266;OID=.;OPOS=131818829;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.712963:74:113:77:108:31:37:40:15:16:99:30:36:38:15:15 chr5 131819126 . C T 117.94 PASS AF=0.197917;AO=18;DP=95;FAO=19;FDP=96;FR=.;FRO=77;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.0542247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.224;QD=4.91424;RBI=0.0567567;REFB=-0.0107178;REVB=0.0167631;RO=77;SAF=8;SAR=10;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203502;STB=0.536386;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0301287;OID=.;OPOS=131819126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:77:77:18:19:0.197917:10:8:33:44:10:9:33:44 chr5 131822055 . T C 57.79 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0366978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9384;QD=3.91777;RBI=0.0457875;REFB=-0.0100987;REVB=-0.0273819;RO=46;SAF=2;SAR=8;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251607;STB=0.70355;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0646812;OID=.;OPOS=131822055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:57:59:46:49:10:10:0.169492:8:2:17:29:8:2:20:29 chr5 131822224 . T C 76.5 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00321918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.205;QD=4.56722;RBI=0.0313578;REFB=-0.00752621;REVB=-0.0311921;RO=54;SAF=6;SAR=7;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185348;STB=0.618872;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.029681;OID=.;OPOS=131822224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:67:67:54:54:13:13:0.19403:7:6:33:21:7:6:33:21 chr5 131892357 . C T 711.34 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0543847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1836;QD=52.692;RBI=0.0611967;REFB=-0.0158029;REVB=0.0280597;RO=2;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040906;STB=0.521731;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00151015;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:22:30:0:2:22:30:0:2 chr5 131995964 . A G 1008.16 PASS AF=0.783505;AO=75;DP=96;FAO=76;FDP=97;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00515473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.065;QD=41.5735;RBI=0.0154207;REFB=-0.00313509;REVB=0.0145337;RO=19;SAF=24;SAR=51;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00183283;STB=0.507574;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00135333;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:19:21:75:76:0.783505:51:24:6:13:52:24:6:15 chr5 131996500 . A C 1291.79 PASS AF=0.707006;AO=101;DP=147;FAO=111;FDP=157;FR=.;FRO=46;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0171652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.478;QD=32.9118;RBI=0.0301812;REFB=-0.0197166;REVB=0.0248247;RO=46;SAF=58;SAR=43;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566507;STB=0.529228;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00739172;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:157:46:46:101:111:0.707006:43:58:22:24:47:64:22:24 chr5 132030414 . T A 905.87 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0597689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3024;QD=56.617;RBI=0.0777702;REFB=-0.0881421;REVB=-0.0497582;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013302;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00587854;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:28:35:1:0:28:35:1:0 chr5 132031972 . T C 632.77 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0830922;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.9139;QD=53.8526;RBI=0.0931286;REFB=-0.0646819;REVB=0.0420549;RO=4;SAF=16;SAR=27;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216722;STB=0.511574;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00170392;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:47:47:4:4:43:43:0.914894:27:16:2:2:27:16:2:2 chr5 132042146 . C T 2708.12 PASS AF=0.994318;AO=172;DP=173;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00215076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.164;QD=61.5483;RBI=0.00776208;REFB=-0.0466252;REVB=0.00745816;RO=1;SAF=55;SAR=117;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405116;STB=0.502092;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000238323;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:176:1:1:172:175:0.994318:117:55:0:1:119:56:0:1 chr5 132091792 . G A 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0611687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.559;QD=3.67722;RBI=0.0652618;REFB=-0.00137755;REVB=-0.0227484;RO=44;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30958;STB=0.710525;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0075887;OID=.;OPOS=132091792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:3:5:16:28:3:5:16:28 chr5 132098242 . A G 3126.77 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139355;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9812;QD=63.8115;RBI=0.0472982;REFB=0;REVB=-0.0451987;RO=0;SAF=92;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.90543e-05;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:196:0:0:194:196:1:102:92:0:0:103:93:0:0 chr5 132099999 . A G 3639.26 PASS AF=1;AO=230;DP=233;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788881;FXX=0.012875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.609;QD=63.2915;RBI=0.00879494;REFB=0;REVB=-0.00388813;RO=0;SAF=110;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84708e-07;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:233:230:0:0:230:230:1:120:110:0:0:120:110:0:0 chr5 132150948 . T G 3552.86 PASS AF=0.978814;AO=230;DP=238;FAO=231;FDP=236;FR=.;FRO=5;FSAF=103;FSAR=128;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0160033;FXX=0.00840301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.086;QD=60.2179;RBI=0.0170851;REFB=0.00195209;REVB=0.00598295;RO=4;SAF=102;SAR=128;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00186411;STB=0.503301;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-1.69626e-05;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:238:236:4:5:230:231:0.978814:128:102:2:2:128:103:3:2 chr5 132198199 . G A 1039.19 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0292698;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.409;QD=56.942;RBI=0.0358862;REFB=0.0068121;REVB=-0.0207628;RO=2;SAF=25;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00836958;STB=0.504427;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.000201112;OID=.;OPOS=132198199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:46:25:1:1:46:25:1:1 chr5 132534059 . T G 3518.89 PASS AF=0.823899;AO=260;DP=317;FAO=262;FDP=318;FR=.;FRO=56;FSAF=137;FSAR=125;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0228613;FXX=0.0093455;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.571;QD=44.2628;RBI=0.0480526;REFB=-0.0276317;REVB=0.042266;RO=54;SAF=134;SAR=126;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013077;STB=0.502262;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00581808;OID=.;OPOS=132534059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:318:54:56:260:262:0.823899:126:134:30:24:125:137:30:26 chr5 132535046 . G A 1588.14 PASS AF=0.777778;AO=125;DP=161;FAO=126;FDP=162;FR=.;FRO=36;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0133879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.101;QD=39.2133;RBI=0.0274656;REFB=-0.0117194;REVB=0.0239817;RO=36;SAF=56;SAR=69;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102692;STB=0.504445;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00211565;OID=.;OPOS=132535046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:36:36:125:126:0.777778:69:56:17:19:69:57:17:19 chr5 133186592 . G A 191.1 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5527;QD=47.7751;RBI=0.0348793;REFB=0;REVB=-0.0347297;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119181;OID=.;OPOS=133186592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr5 133186603 . A C 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9207;QD=48.728;RBI=0.0276813;REFB=0;REVB=0.00237542;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321063;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr5 133316638 . ATTTTTTTT ATTTTTTT,ATTTTTTTC,TATTTTTTT 45.72 PASS AF=0.0658683,0.0479042,0.0239521;AO=25,8,19;DP=164;FAO=11,8,4;FDP=167;FR=.;FRO=144;FSAF=9,8,4;FSAR=2,0,0;FSRF=73;FSRR=71;FWDB=-0.00578805,0.0347846,-0.00647602;FXX=0.0118336;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=6.60317,22.7085,86.3163;QD=1.09499;RBI=0.0832991,0.0707238,0.033574;REFB=-0.106417,-0.0434848,-0.00486103;REVB=0.0830978,0.0615783,-0.0329436;RO=85;SAF=7,8,18;SAR=18,0,1;SRF=46;SRR=39;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.33188,0.577598,0.620791;STB=0.79968,0.998671,0.997413;STBP=0.059,0.002,0.035;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0154795,0.15766,0.0371279;OID=.,.,.;OPOS=133316639,133316646,133316638;OREF=T,T,AT;OALT=-,C,TA;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTC,TATTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:164:167:85:144:25,8,19:11,8,4:0.0658683,0.0479042,0.0239521:18,0,1:7,8,18:46:39:2,0,0:9,8,4:73:71 chr5 133477802 . C T 102.23 PASS AF=0.117117;AO=26;DP=223;FAO=26;FDP=222;FR=.;FRO=196;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=93;FSRR=103;FWDB=-0.0100453;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.276;QD=1.84189;RBI=0.0101834;REFB=-0.00375339;REVB=-0.00167147;RO=196;SAF=15;SAR=11;SRF=93;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127063;STB=0.589993;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0249841;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:196:196:26:26:0.117117:11:15:93:103:11:15:93:103 chr5 133481467 . G A 136.2 PASS AF=0.212121;AO=21;DP=99;FAO=21;FDP=99;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.0373709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.295;QD=5.50289;RBI=0.0399044;REFB=-0.00851031;REVB=0.0139919;RO=78;SAF=10;SAR=11;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837932;STB=0.552277;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0340863;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:78:78:21:21:0.212121:11:10:32:46:11:10:32:46 chr5 133481986 . G T 1082.25 PASS AF=0.822917;AO=78;DP=95;FAO=79;FDP=96;FR=.;FRO=17;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0127305;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.134;QD=45.0937;RBI=0.0146944;REFB=0.0116114;REVB=0.007339;RO=17;SAF=36;SAR=42;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623478;STB=0.531638;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00236862;OID=.;OPOS=133481986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:95:96:17:17:78:79:0.822917:42:36:11:6:42:37:11:6 chr5 133726149 . GAAAAAAAAG AGAAAAAAAG,GAAAAAAAAGA,GAAAAAAAGA,GAAAAAAAG 189.24 PASS AF=0,0.117647,0,0.75;AO=3,11,8,18;DP=69;FAO=0,8,0,51;FDP=68;FR=.;FRO=9;FSAF=0,1,0,18;FSAR=0,7,0,33;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.285675,0.0510155,0.406058,0.761273;FXX=0.0422476;HRUN=1,6,8,8;LEN=2,1,2,1;MLLD=16.6975,8.30522,5.23499,7.58741;QD=11.1317;RBI=0.350317,0.298944,0.496098,0.800108;REFB=-0.0254701,-0.227456,-0.149509,-0.0301065;REVB=-0.202761,-0.294559,-0.285008,-0.246245;RO=11;SAF=0,0,0,3;SAR=3,11,8,15;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.793296,-0.851146,-0.839205,-0.538332;STB=0.5,0.599716,0.5,0.521731;STBP=1,0.63,1,0.484;TYPE=mnp,ins,mnp,del;VARB=0.183172,0.13708,0,0.0594808;OID=.,.,.,.;OPOS=133726149,133726159,133726157,133726150;OREF=GA,-,AG,A;OALT=AG,A,GA,-;OMAPALT=AGAAAAAAAG,GAAAAAAAAGA,GAAAAAAAGA,GAAAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:30:69:68:11:9:3,11,8,18:0,8,0,51:0,0.117647,0,0.75:3,11,8,15:0,0,0,3:10:1:0,7,0,33:0,1,0,18:2:7 chr5 133861425 . TGG TG,T,TTG 3499.84 PASS AF=0.0113852,0.170778,0.759013;AO=72,62,157;DP=448;FAO=6,90,400;FDP=527;FR=.;FRO=31;FSAF=6,12,161;FSAR=0,78,239;FSRF=28;FSRR=3;FWDB=-0.0757276,-0.0378045,0.0230742;FXX=0.0186216;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=7.48384,10.137,11.1;QD=26.5642;RBI=0.135617,0.067394,0.32436;REFB=0.0621725,0.0338504,-0.0364354;REVB=-0.112505,-0.0557922,0.323538;RO=64;SAF=20,22,98;SAR=52,40,59;SRF=26;SRR=38;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.128194,-0.050686,0.121635;STB=0.996931,0.762395,0.536898;STBP=0.267,0,0;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0678601,0.0143174,0.0220176;OID=.,.,.;OPOS=133861426,133861426,133861426;OREF=G,GG,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TG,T,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0113852,0.170778,0.759013:72,62,157:448:6,90,400:527:31:6,12,161:0,78,239:28:3:99:64:20,22,98:52,40,59:26:38 chr5 133909475 . G A 1145.41 PASS AF=0.701493;AO=94;DP=136;FAO=94;FDP=134;FR=.;FRO=40;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0434869;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.372;QD=34.1913;RBI=0.122637;REFB=-0.0257884;REVB=0.114668;RO=40;SAF=40;SAR=54;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165873;STB=0.588979;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00792595;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:40:40:94:94:0.701493:54:40:29:11:54:40:29:11 chr5 133956668 . G A 45.63 PASS AF=0.103774;AO=11;DP=106;FAO=11;FDP=106;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0121839;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.864;QD=1.72205;RBI=0.0131784;REFB=0.00150387;REVB=0.00502231;RO=95;SAF=4;SAR=7;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168503;STB=0.627353;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.011119;OID=.;OPOS=133956668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:106:106:95:95:11:11:0.103774:7:4:48:47:7:4:48:47 chr5 134193894 . G A 62.53 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=78;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.022231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.494;QD=3.20666;RBI=0.0457186;REFB=-0.00615683;REVB=-0.0399496;RO=66;SAF=5;SAR=7;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028801;STB=0.519618;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0342215;OID=.;OPOS=134193894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:78:78:66:66:12:12:0.153846:7:5:29:37:7:5:29:37 chr5 134195058 . TTC T,TT,TTT 113.36 PASS AF=0.344828,0,0;AO=14,8,6;DP=63;FAO=20,0,0;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=8,0,0;FSAR=12,0,0;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0925208,-0.598201,-0.476851;FXX=0.0169463;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=17.5873,10.0684,15.137;QD=7.81789;RBI=0.174656,0.603972,0.479433;REFB=-0.0533663,-0.0143439,0.0399747;REVB=-0.148137,-0.0832955,0.0496858;RO=25;SAF=1,6,3;SAR=13,2,3;SRF=6;SRR=19;SSEN=0.52381,0.449198,0;SSEP=0,0.722222,0;SSSB=-0.38705,0.55173,0.322386;STB=0.503594,0.5,0.5;STBP=0.989,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0756074,0.00622516,0;OID=.,.,.;OPOS=134195059,134195060,134195060;OREF=TC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828,0,0:14,8,6:63:20,0,0:58:38:8,0,0:12,0,0:15:23:99:25:1,6,3:13,2,3:6:19 chr5 134235613 . A C 977.52 PASS AF=0.787234;AO=74;DP=94;FAO=74;FDP=94;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0143876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.029;QD=41.5966;RBI=0.0154233;REFB=0.00905708;REVB=0.00555645;RO=20;SAF=25;SAR=49;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00540121;STB=0.502886;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00295433;OID=.;OPOS=134235613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:20:20:74:74:0.787234:49:25:7:13:49:25:7:13 chr5 134262271 . C A 79.11 PASS AF=0.114286;AO=22;DP=175;FAO=20;FDP=175;FR=.;FRO=155;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=83;FSRR=72;FWDB=-0.08826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4921;QD=1.80834;RBI=0.0915078;REFB=-0.000606461;REVB=-0.0241629;RO=153;SAF=6;SAR=16;SRF=81;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32148;STB=0.797866;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000796754;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:175:175:153:155:22:20:0.114286:16:6:81:72:16:4:83:72 chr5 134343799 . A G 2377.39 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.587;QD=60.9588;RBI=0.00771955;REFB=0;REVB=0.00549181;RO=0;SAF=79;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70733e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54848e-07;OID=.;OPOS=134343799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:156:0:0:151:156:1:72:79:0:0:75:81:0:0 chr5 134364518 . C G 456.12 PASS AF=0.645833;AO=21;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0750042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.1679;QD=38.0103;RBI=0.111579;REFB=0.0134975;REVB=-0.0826094;RO=9;SAF=15;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165124;STB=0.539206;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.074409;OID=.;OPOS=134364518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:48:48:9:9:21:31:0.645833:6:15:4:5:12:19:4:5 chr5 134368721 . CAA CA,C 361.21 PASS AF=1,0;AO=45,15;DP=75;FAO=78,0;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.135585,-0.0694975;FXX=0.0249969;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.23409,7.67653;QD=18.5236;RBI=0.19629,0.1031;REFB=0.0537059,0.0639461;REVB=-0.141938,-0.0761553;RO=7;SAF=23,8;SAR=22,7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0207632,0.0596536;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0153426,-0.0293791;OID=.,.;OPOS=134368722,134368722;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:45,15:75:78,0:78:0:38,0:40,0:0:0:5:7:23,8:22,7:3:4 chr5 134782414 . G T 1168.94 PASS AF=0.963855;AO=79;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0128687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.852;QD=56.3345;RBI=0.0163182;REFB=-0.115756;REVB=0.0100339;RO=4;SAF=38;SAR=41;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00173215;STB=0.506939;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000842972;OID=.;OPOS=134782414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:4:3:79:80:0.963855:41:38:2:2:42:38:2:1 chr5 134782450 . T A 1226.81 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7302;QD=61.3407;RBI=0.0858025;REFB=0;REVB=0.0831437;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509498;OID=.;OPOS=134782450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:80:0:0:75:80:1:37:38:0:0:42:38:0:0 chr5 134782510 . T C 2176.39 PASS AF=0.979021;AO=140;DP=144;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0017318;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.367;QD=60.8781;RBI=0.050112;REFB=-0.0299764;REVB=-0.050082;RO=2;SAF=76;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115603;STB=0.502617;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-6.68886e-05;OID=.;OPOS=134782510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:144:143:2:3:140:140:0.979021:64:76:1:1:64:76:2:1 chr5 134782576 . T G 2810.43 PASS AF=0.964646;AO=183;DP=193;FAO=191;FDP=198;FR=.;FRO=7;FSAF=104;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0752293;FXX=0.00502487;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.2188;QD=56.7763;RBI=0.100736;REFB=-0.0668427;REVB=0.0669951;RO=9;SAF=100;SAR=83;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915926;STB=0.509206;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0049216;OID=.;OPOS=134782576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:193:198:9:7:183:191:0.964646:83:100:4:5:87:104:2:5 chr5 134785511 . C T 1726.57 PASS AF=0.839744;AO=131;DP=157;FAO=131;FDP=156;FR=.;FRO=25;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00152073;FXX=0.00636902;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.825;QD=44.2711;RBI=0.0166378;REFB=-0.0121621;REVB=0.0165681;RO=25;SAF=64;SAR=67;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389192;STB=0.520628;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0028714;OID=.;OPOS=134785511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:25:25:131:131:0.839744:67:64:9:16:67:64:9:16 chr5 134871440 . A C 2218.11 PASS AF=0.829268;AO=167;DP=203;FAO=170;FDP=205;FR=.;FRO=35;FSAF=84;FSAR=86;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0256777;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2661;QD=43.2802;RBI=0.0304785;REFB=-0.0190189;REVB=-0.0164193;RO=35;SAF=83;SAR=84;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803747;STB=0.542426;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00440448;OID=.;OPOS=134871440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:205:35:35:167:170:0.829268:84:83:26:9:86:84:26:9 chr5 134986196 . C T 814.16 PASS AF=0.818182;AO=63;DP=77;FAO=63;FDP=77;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0241702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.828;QD=42.2942;RBI=0.0301082;REFB=-0.0132253;REVB=0.0179529;RO=14;SAF=32;SAR=31;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755841;STB=0.54035;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00257036;OID=.;OPOS=134986196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:77:77:14:14:63:63:0.818182:31:32:4:10:31:32:4:10 chr5 135178124 . T C 1499.57 PASS AF=0.962963;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.043582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9676;QD=55.5395;RBI=0.043582;REFB=-0.0276256;REVB=2.84297e-05;RO=4;SAF=53;SAR=51;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000675383;STB=0.500356;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00100194;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:108:108:4:4:104:104:0.962963:51:53:2:2:51:53:2:2 chr5 135207382 . C T 1937.22 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018993;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.189;QD=61.991;RBI=0.02479;REFB=0;REVB=0.0159314;RO=0;SAF=73;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65093e-05;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:52:73:0:0:52:73:0:0 chr5 135258105 . G A 101.27 PASS AF=0.132184;AO=23;DP=169;FAO=23;FDP=174;FR=.;FRO=151;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=63;FSRR=88;FWDB=-0.00515188;FXX=0.011363;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.198;QD=2.32796;RBI=0.00936356;REFB=-0.00238306;REVB=-0.00781885;RO=145;SAF=14;SAR=9;SRF=62;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225736;STB=0.661981;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0135535;OID=.;OPOS=135258105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:174:145:151:23:23:0.132184:9:14:62:83:9:14:63:88 chr5 135276201 . AGTT A 97.34 PASS AF=0.177083;AO=12;DP=95;FAO=17;FDP=96;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.015151;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=262.39;QD=4.05588;RBI=0.0318441;REFB=-0.0110949;REVB=-0.0280088;RO=57;SAF=3;SAR=9;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437159;STB=0.70564;STBP=0.079;TYPE=del;VARB=0.0537061;OID=.;OPOS=135276202;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177083:12:95:17:96:79:5:12:43:36:97:57:3:9:35:22 chr5 135276314 . C T 124.04 PASS AF=0.194444;AO=21;DP=108;FAO=21;FDP=108;FR=.;FRO=87;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.00280893;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.9;QD=4.59405;RBI=0.0114433;REFB=-0.00592138;REVB=-0.0110932;RO=85;SAF=3;SAR=18;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376692;STB=0.74178;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0190268;OID=.;OPOS=135276314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:85:87:21:21:0.194444:18:3:32:53:18:3:32:55 chr5 135276847 . T C 162.67 PASS AF=0.157143;AO=33;DP=210;FAO=33;FDP=210;FR=.;FRO=177;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=82;FSRR=95;FWDB=0.0208216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.613;QD=3.0984;RBI=0.0249981;REFB=-0.0029049;REVB=0.0138335;RO=177;SAF=9;SAR=24;SRF=82;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257403;STB=0.670859;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0133562;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:177:177:33:33:0.157143:24:9:82:95:24:9:82:95 chr5 135282630 . C T 73.83 PASS AF=0.108108;AO=19;DP=186;FAO=20;FDP=185;FR=.;FRO=165;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=80;FSRR=85;FWDB=-0.0141213;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9233;QD=1.59637;RBI=0.020232;REFB=8.27874e-05;REVB=-0.0144887;RO=157;SAF=9;SAR=10;SRF=78;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281991;STB=0.531168;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00144591;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:186:185:157:165:19:20:0.108108:10:9:78:79:11:9:80:85 chr5 135287029 . T C 111.74 PASS AF=0.15493;AO=22;DP=142;FAO=22;FDP=142;FR=.;FRO=120;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=-0.0102894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.221;QD=3.14753;RBI=0.0172933;REFB=0.00278452;REVB=0.0138992;RO=120;SAF=16;SAR=6;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314563;STB=0.709989;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0170587;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:120:120:22:22:0.15493:6:16:58:62:6:16:58:62 chr5 135382989 . G C 2008.41 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.672;QD=62.2762;RBI=0.00282324;REFB=0;REVB=0.000556012;RO=0;SAF=53;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03168e-06;OID=.;OPOS=135382989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:76:53:0:0:76:53:0:0 chr5 135513085 . T TC 2155.43 PASS AF=1;AO=134;DP=142;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.090712;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=64.2586;QD=62.0267;RBI=0.0910337;REFB=0;REVB=0.00764554;RO=4;SAF=72;SAR=62;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000426814;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:134:142:139:139:0:73:66:0:0:12:4:72:62:3:1 chr5 136304985 . T C 1923.89 PASS AF=0.756345;AO=148;DP=199;FAO=149;FDP=197;FR=.;FRO=48;FSAF=64;FSAR=85;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0409582;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.865;QD=39.0638;RBI=0.0555368;REFB=-0.0468918;REVB=0.0375068;RO=48;SAF=63;SAR=85;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347292;STB=0.51743;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0173004;OID=.;OPOS=136304985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:197:48:48:148:149:0.756345:85:63:24:24:85:64:24:24 chr5 136312039 . A G 1536.44 PASS AF=0.779874;AO=121;DP=159;FAO=124;FDP=159;FR=.;FRO=35;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0107212;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.869;QD=38.6527;RBI=0.0462515;REFB=0.00754915;REVB=0.0449917;RO=35;SAF=64;SAR=57;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422324;STB=0.519612;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00280647;OID=.;OPOS=136312039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:35:35:121:124:0.779874:57:64:22:13:57:67:22:13 chr5 137028029 . T C 2354.63 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416449;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0509;QD=61.1592;RBI=0.0617989;REFB=0;REVB=0.0456597;RO=0;SAF=69;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26182e-05;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:85:69:0:0:85:69:0:0 chr5 137206560 . A C 1136.11 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0473665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6041;QD=59.0185;RBI=0.0677731;REFB=-0.0393211;REVB=-0.0484727;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133266;STB=0.506848;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-6.25894e-05;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:35:40:0:1:36:40:0:1 chr5 137244517 . G A 1862.82 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000565661;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.509;QD=61.581;RBI=0.00488613;REFB=0;REVB=-0.00485327;RO=0;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51278e-05;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:65:56:0:0:65:56:0:0 chr5 137259179 . T C 4110.59 PASS AF=0.992509;AO=265;DP=267;FAO=265;FDP=267;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=142;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000318539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2804;QD=61.5819;RBI=0.00217697;REFB=-0.0422893;REVB=0.00215354;RO=2;SAF=123;SAR=142;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0076884;STB=0.504032;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=6.73782e-05;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:267:267:2:2:265:265:0.992509:142:123:2:0:142:123:2:0 chr5 137261630 . AT AA,A 34.18 PASS AF=0.03,0.11;AO=5,16;DP=101;FAO=3,11;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=3,7;FSAR=0,4;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.0182952,-0.0795705;FXX=0.0384578;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=25.3289,8.81569;QD=1.36712;RBI=0.0185656,0.086739;REFB=-0.0251785,-0.0473619;REVB=0.00315736,0.0345283;RO=59;SAF=3,8;SAR=2,8;SRF=33;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0439639,-0.0740033;STB=0.996945,0.668818;STBP=0.053,0.235;TYPE=snp,del;VARB=0.078965,0.0169733;OID=.,.;OPOS=137261631,137261631;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.03,0.11:5,16:101:3,11:100:86:3,7:0,4:38:48:25:59:3,8:2,8:33:26 chr5 137347498 . G A 1972.04 PASS AF=0.970149;AO=130;DP=134;FAO=130;FDP=134;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0221422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.983;QD=58.867;RBI=0.0226452;REFB=0.0198393;REVB=0.00474642;RO=3;SAF=52;SAR=78;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179258;STB=0.504672;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.000931377;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:134:134:3:4:130:130:0.970149:78:52:0:3:78:52:1:3 chr5 137372207 . A T 2062.29 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.288;QD=62.4937;RBI=0.0456227;REFB=0;REVB=0.0415665;RO=0;SAF=47;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100272;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:132:0:0:130:132:1:83:47:0:0:84:48:0:0 chr5 137475787 . C T 1848.24 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0052646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.379;QD=59.6206;RBI=0.00544125;REFB=-0.0246518;REVB=-0.00137521;RO=1;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812055;STB=0.500398;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.000119695;OID=.;OPOS=137475787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:1:2:122:122:0.983871:58:64:0:1:58:64:1:1 chr5 137476416 . T C 2352.64 PASS AF=0.987342;AO=156;DP=158;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0290464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3811;QD=59.5605;RBI=0.0291285;REFB=-0.0563686;REVB=0.00218487;RO=1;SAF=67;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704773;STB=0.50091;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00253603;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:158:1:2:156:156:0.987342:89:67:1:0:89:67:1:1 chr5 137492962 . T C 112.8 PASS AF=0.183486;AO=20;DP=109;FAO=20;FDP=109;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.00071191;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.682;QD=4.1396;RBI=0.0112276;REFB=-0.000599564;REVB=-0.011205;RO=88;SAF=13;SAR=7;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27311;STB=0.678493;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00237883;OID=.;OPOS=137492962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:88:89:20:20:0.183486:7:13:38:50:7:13:38:51 chr5 137677566 . G A 175.93 PASS AF=0.131902;AO=41;DP=326;FAO=43;FDP=326;FR=.;FRO=283;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=153;FSRR=130;FWDB=-0.0159745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.227;QD=2.15859;RBI=0.0186284;REFB=-0.0064012;REVB=-0.00958298;RO=284;SAF=24;SAR=17;SRF=153;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598351;STB=0.515341;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0554696;OID=.;OPOS=137677566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:284:283:41:43:0.131902:17:24:153:131:19:24:153:130 chr5 137708434 . C T 3320.8 PASS AF=1;AO=213;DP=213;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.132;QD=62.0711;RBI=0.0291257;REFB=0;REVB=0.0101258;RO=0;SAF=103;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7985e-05;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:214:0:0:213:214:1:110:103:0:0:111:103:0:0 chr5 137717213 . G A 1558.26 PASS AF=1;AO=86;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475073;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.995;QD=64.2583;RBI=0.0684231;REFB=0;REVB=0.049242;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175216;OID=.;OPOS=137717213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:86:97:1:46:40:0:0:51:46:0:0 chr5 137717265 . G A 1555.21 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.176;QD=59.8158;RBI=0.0256519;REFB=0;REVB=-0.00725946;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.339e-05;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:102:104:1:53:49:0:0:55:49:0:0 chr5 137754695 . T C 2648.57 PASS AF=1;AO=168;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118555;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4382;QD=62.3193;RBI=0.0139124;REFB=0;REVB=0.00728031;RO=0;SAF=84;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389737;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:168:170:1:84:84:0:0:84:86:0:0 chr5 137781792 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.876;QD=56.7054;RBI=0.0042672;REFB=0;REVB=0.0033683;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09309e-06;OID=.;OPOS=137781792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr5 137892170 . G A 1804.15 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.809;QD=61.1576;RBI=0.00933953;REFB=0;REVB=0.00451866;RO=0;SAF=65;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18662e-05;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:53:65:0:0:53:65:0:0 chr5 137902339 . T C 1481.54 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0118466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.793;QD=58.6748;RBI=0.0118692;REFB=-0.158731;REVB=-0.000731656;RO=1;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825052;STB=0.504347;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000406453;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:1:100:100:0.990099:57:43:0:1:57:43:0:1 chr5 138632030 . G T 510.68 PASS AF=0.796296;AO=42;DP=54;FAO=43;FDP=54;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00110442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.794;QD=37.8281;RBI=0.00979809;REFB=-0.00142377;REVB=-0.00973564;RO=10;SAF=6;SAR=36;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104917;STB=0.552213;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000475246;OID=.;OPOS=138632030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:10:11:42:43:0.796296:36:6:3:7:37:6:3:8 chr5 138665756 . G A 1194.35 PASS AF=0.742424;AO=94;DP=131;FAO=98;FDP=132;FR=.;FRO=34;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.000554501;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.223;QD=36.1926;RBI=0.0194572;REFB=-0.0246418;REVB=-0.0194493;RO=34;SAF=38;SAR=56;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339192;STB=0.522239;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00453988;OID=.;OPOS=138665756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:34:34:94:98:0.742424:56:38:16:18:60:38:16:18 chr5 138705188 . C CATT 1216.68 PASS AF=0.87;AO=79;DP=100;FAO=87;FDP=100;FR=.;FRO=13;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00770266;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=273.189;QD=48.6671;RBI=0.0181024;REFB=0.0140799;REVB=-0.0163819;RO=13;SAF=50;SAR=29;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267992;STB=0.506381;STBP=0.767;TYPE=ins;VARB=-0.00217448;OID=.;OPOS=138705189;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.87:79:100:87:100:13:51:36:7:6:62:13:50:29:7:6 chr5 138713959 . A C 2204.07 PASS AF=1;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036212;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.567;QD=63.4266;RBI=0.0543498;REFB=0;REVB=0.0405289;RO=0;SAF=81;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33281e-07;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:139:0:0:139:139:1:58:81:0:0:58:81:0:0 chr5 138720108 . C T 166.92 PASS AF=0.164103;AO=31;DP=194;FAO=32;FDP=195;FR=.;FRO=163;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=80;FSRR=83;FWDB=0.0374084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.433;QD=3.42396;RBI=0.085531;REFB=0.00618544;REVB=0.0769166;RO=163;SAF=17;SAR=14;SRF=80;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738244;STB=0.533782;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.0284574;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:163:163:31:32:0.164103:14:17:80:83:15:17:80:83 chr5 138720156 . C T 2631.34 PASS AF=0.799213;AO=202;DP=254;FAO=203;FDP=254;FR=.;FRO=51;FSAF=102;FSAR=101;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00421047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.574;QD=41.4384;RBI=0.0420256;REFB=-0.0175585;REVB=0.0418141;RO=47;SAF=101;SAR=101;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189425;STB=0.505411;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00369809;OID=.;OPOS=138720156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:47:51:202:203:0.799213:101:101:26:21:101:102:27:24 chr5 138728483 . A G 3237.56 PASS AF=1;AO=208;DP=212;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584567;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2633;QD=61.6678;RBI=0.0627962;REFB=0;REVB=0.0229385;RO=1;SAF=109;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435043;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127766;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:212:210:1:0:208:210:1:99:109:1:0:99:111:0:0 chr5 138728533 . C T 168.61 PASS AF=0.161765;AO=33;DP=205;FAO=33;FDP=204;FR=.;FRO=171;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=78;FSRR=93;FWDB=0.028919;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0646;QD=3.30613;RBI=0.0348875;REFB=-0.00160721;REVB=0.0195149;RO=171;SAF=22;SAR=11;SRF=77;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275778;STB=0.675219;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.010029;OID=.;OPOS=138728533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:171:171:33:33:0.161765:11:22:77:94:11:22:78:93 chr5 138730037 . T C 61.9 PASS AF=0.212766;AO=8;DP=45;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.0677703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.106;QD=5.26792;RBI=0.0685974;REFB=-0.0118364;REVB=0.01062;RO=37;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14575;STB=0.513487;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0550866;OID=.;OPOS=138730037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:45:47:37:37:8:10:0.212766:7:1:7:30:8:2:7:30 chr5 138732579 . C T 1737.6 PASS AF=0.781609;AO=133;DP=170;FAO=136;FDP=174;FR=.;FRO=38;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00282004;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.021;QD=39.9448;RBI=0.0427468;REFB=-0.03744;REVB=0.0426537;RO=36;SAF=62;SAR=71;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199436;STB=0.52088;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00928834;OID=.;OPOS=138732579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:174:36:38:133:136:0.781609:71:62:15:21:73:63:14:24 chr5 138773090 . A G 1595.09 PASS AF=0.852941;AO=116;DP=136;FAO=116;FDP=136;FR=.;FRO=20;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00652077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7204;QD=46.9143;RBI=0.0174541;REFB=-0.0412713;REVB=0.0161903;RO=20;SAF=64;SAR=52;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144786;STB=0.507675;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00949762;OID=.;OPOS=138773090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:136:136:20:20:116:116:0.852941:52:64:10:10:52:64:10:10 chr5 138856982 . C T 118.8 PASS AF=0.147929;AO=25;DP=169;FAO=25;FDP=169;FR=.;FRO=144;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=71;FSRR=73;FWDB=0.0119143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.952;QD=2.81171;RBI=0.0122127;REFB=-0.0025465;REVB=-0.00268317;RO=142;SAF=13;SAR=12;SRF=71;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254564;STB=0.522935;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0132886;OID=.;OPOS=138856982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:142:144:25:25:0.147929:12:13:71:71:12:13:71:73 chr5 138857919 . T C 3790.57 PASS AF=1;AO=238;DP=239;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140364;FXX=0.0123962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.869;QD=63.4405;RBI=0.0217164;REFB=-0.0466595;REVB=0.0165704;RO=1;SAF=106;SAR=132;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00359705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76834e-05;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:239:239:1:0:238:239:1:132:106:0:1:132:107:0:0 chr5 138857925 . C G 109.47 PASS AF=0.116183;AO=28;DP=240;FAO=28;FDP=241;FR=.;FRO=213;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=94;FSRR=119;FWDB=0.0394489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.927;QD=1.81686;RBI=0.0481611;REFB=0.00259118;REVB=-0.0276275;RO=211;SAF=16;SAR=12;SRF=93;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161728;STB=0.613504;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0211815;OID=.;OPOS=138857925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:211:213:28:28:0.116183:12:16:93:118:12:16:94:119 chr5 138861078 . C T 60.43 PASS AF=0.11194;AO=15;DP=134;FAO=15;FDP=134;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=80;FSRR=39;FWDB=-0.0056441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.948;QD=1.80381;RBI=0.0229437;REFB=-0.00305613;REVB=-0.0222386;RO=119;SAF=10;SAR=5;SRF=80;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770303;STB=0.505611;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0264208;OID=.;OPOS=138861078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:134:134:119:119:15:15:0.11194:5:10:80:39:5:10:80:39 chr5 138861146 . C G 1878.67 PASS AF=0.878981;AO=138;DP=157;FAO=138;FDP=157;FR=.;FRO=19;FSAF=71;FSAR=67;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0532175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.849;QD=47.8641;RBI=0.0537484;REFB=-0.0273074;REVB=-0.00753573;RO=19;SAF=71;SAR=67;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213874;STB=0.511308;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00433132;OID=.;OPOS=138861146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:157:157:19:19:138:138:0.878981:67:71:8:11:67:71:8:11 chr5 139007275 . T C 106.44 PASS AF=0.17757;AO=19;DP=107;FAO=19;FDP=107;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=0.0082742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.891;QD=3.97887;RBI=0.0482351;REFB=-0.00203556;REVB=0.0475201;RO=87;SAF=9;SAR=10;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156892;STB=0.604771;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00887817;OID=.;OPOS=139007275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:87:88:19:19:0.17757:10:9:52:35:10:9:53:35 chr5 139713682 . T C 2569.03 PASS AF=0.795082;AO=193;DP=245;FAO=194;FDP=244;FR=.;FRO=50;FSAF=94;FSAR=100;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0088788;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.346;QD=42.1152;RBI=0.018118;REFB=-0.0179329;REVB=0.0157933;RO=47;SAF=94;SAR=99;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01657;STB=0.50727;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00284171;OID=.;OPOS=139713682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:47:50:193:194:0.795082:99:94:25:22:100:94:26:24 chr5 139722345 . G A 1222.31 PASS AF=0.853211;AO=91;DP=109;FAO=93;FDP=109;FR=.;FRO=16;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0162394;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.215;QD=44.8554;RBI=0.0272869;REFB=-0.014311;REVB=0.0219284;RO=16;SAF=35;SAR=56;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015661;STB=0.507767;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0033872;OID=.;OPOS=139722345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:109:109:16:16:91:93:0.853211:56:35:7:9:57:36:7:9 chr5 139740367 . A G 123.6 PASS AF=0.188034;AO=22;DP=117;FAO=22;FDP=117;FR=.;FRO=95;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.0172504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6906;QD=4.22573;RBI=0.0382962;REFB=0.00601132;REVB=0.034191;RO=95;SAF=8;SAR=14;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349375;STB=0.522368;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0316893;OID=.;OPOS=139740367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:95:95:22:22:0.188034:14:8:37:58:14:8:37:58 chr5 139745154 . T C 85.4 PASS AF=0.123457;AO=20;DP=162;FAO=20;FDP=162;FR=.;FRO=142;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=66;FSRR=76;FWDB=-0.0118527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.123;QD=2.10858;RBI=0.0130445;REFB=0.00171167;REVB=0.00544744;RO=141;SAF=6;SAR=14;SRF=65;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208278;STB=0.651007;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0106615;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:162:162:141:142:20:20:0.123457:14:6:65:76:14:6:66:76 chr5 139838290 . A G 2435.37 PASS AF=0.820628;AO=182;DP=222;FAO=183;FDP=223;FR=.;FRO=40;FSAF=82;FSAR=101;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0032821;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9796;QD=43.6838;RBI=0.0167784;REFB=0.0237536;REVB=-0.0164543;RO=40;SAF=81;SAR=101;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00690748;STB=0.50419;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00521345;OID=.;OPOS=139838290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:40:40:182:183:0.820628:101:81:17:23:101:82:17:23 chr5 139936760 . G T 85.33 PASS AF=0.15534;AO=16;DP=104;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.0280339;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6831;QD=3.31394;RBI=0.0736138;REFB=-0.0103328;REVB=-0.0680669;RO=87;SAF=7;SAR=9;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715775;STB=0.548052;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0564042;OID=.;OPOS=139936760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:104:103:87:87:16:16:0.15534:9:7:43:44:9:7:43:44 chr5 139936980 . A G 186.52 PASS AF=0.154472;AO=38;DP=245;FAO=38;FDP=246;FR=.;FRO=208;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=92;FSRR=116;FWDB=-0.037686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.219;QD=3.0329;RBI=0.039671;REFB=-0.00600206;REVB=0.0123917;RO=207;SAF=17;SAR=21;SRF=91;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100974;STB=0.504329;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0310919;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:246:207:208:38:38:0.154472:21:17:91:116:21:17:92:116 chr5 139940233 . G A 79.38 PASS AF=0.114943;AO=20;DP=175;FAO=20;FDP=174;FR=.;FRO=154;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=73;FSRR=81;FWDB=-0.0314525;FXX=0.00571396;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.894;QD=1.82492;RBI=0.0328851;REFB=-0.00189326;REVB=-0.00960049;RO=152;SAF=9;SAR=11;SRF=72;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293855;STB=0.521366;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.024351;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:175:174:152:154:20:20:0.114943:11:9:72:80:11:9:73:81 chr5 139940302 . G A 110.63 PASS AF=0.132979;AO=25;DP=187;FAO=25;FDP=188;FR=.;FRO=163;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=88;FSRR=75;FWDB=0.0163239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.115;QD=2.35383;RBI=0.0170309;REFB=-0.000617721;REVB=0.0048563;RO=162;SAF=15;SAR=10;SRF=88;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729629;STB=0.553102;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00451028;OID=.;OPOS=139940302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:162:163:25:25:0.132979:10:15:88:74:10:15:88:75 chr5 139941228 . A G 1314.63 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0259794;FXX=0.0222198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.8758;QD=59.7561;RBI=0.0693071;REFB=0.0286917;REVB=0.0642538;RO=2;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017542;STB=0.509257;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=8.33365e-05;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:88:2:2:86:86:0.977273:53:33:0:2:53:33:0:2 chr5 139948616 . T A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0446357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.992;QD=39.318;RBI=0.0462729;REFB=0.00263562;REVB=-0.0122;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=1.85277e-06;OID=.;OPOS=139948616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:0:1:7:6:0:1 chr5 140047900 . C A 1272.18 PASS AF=0.816667;AO=98;DP=120;FAO=98;FDP=120;FR=.;FRO=22;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0073007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.321;QD=42.406;RBI=0.0106854;REFB=-0.0276467;REVB=-0.0078024;RO=22;SAF=51;SAR=47;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383624;STB=0.520404;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00633255;OID=.;OPOS=140047900;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:22:22:98:98:0.816667:47:51:9:13:47:51:9:13 chr5 140048209 . T C 1397.49 PASS AF=0.776978;AO=107;DP=139;FAO=108;FDP=139;FR=.;FRO=31;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.024494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9665;QD=40.2154;RBI=0.0579774;REFB=-0.010344;REVB=0.0525492;RO=31;SAF=57;SAR=50;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088388;STB=0.545664;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00171623;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:31:31:107:108:0.776978:50:57:10:21:51:57:10:21 chr5 140048267 . T C 2335.64 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.77;QD=61.0624;RBI=0.0396138;REFB=0;REVB=0.0385804;RO=0;SAF=75;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68127e-05;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:78:75:0:0:78:75:0:0 chr5 140052271 . A G 912.17 PASS AF=0.821429;AO=69;DP=84;FAO=69;FDP=84;FR=.;FRO=15;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.019057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.57;QD=43.4366;RBI=0.0246628;REFB=-0.0264993;REVB=-0.0156551;RO=15;SAF=33;SAR=36;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00388869;STB=0.502074;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00565768;OID=.;OPOS=140052271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:84:84:15:15:69:69:0.821429:36:33:7:8:36:33:7:8 chr5 140099026 . A AAG,G 88.67 PASS AF=0.363636,0.545455;AO=2,3;DP=19;FAO=4,6;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0;FSAR=4,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=4.68638e-16,5.05865e-16;FXX=0.153728;HRUN=17,17;LEN=2,1;MLLD=24.8639,14.9382;QD=32.2454;RBI=0.0954537,0.110263;REFB=0.0755754,0.204795;REVB=-0.0954537,-0.110263;RO=14;SAF=0,0;SAR=2,3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.455784,-0.545187;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0837647,0.0540951;OID=.,.;OPOS=140099027,140099026;OREF=-,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:19:11:14:1:2,3:4,6:0.363636,0.545455:2,3:0,0:3:11:4,6:0,0:0:1 chr5 140167463 . C T 77.48 PASS AF=0.12;AO=18;DP=150;FAO=18;FDP=150;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=69;FWDB=0.0466728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.407;QD=2.06609;RBI=0.0515115;REFB=0.000710399;REVB=-0.0217965;RO=130;SAF=7;SAR=11;SRF=61;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100936;STB=0.578859;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00343034;OID=.;OPOS=140167463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:150:150:130:132:18:18:0.12:11:7:61:69:11:7:63:69 chr5 140167770 . G A 1232.88 PASS AF=0.846847;AO=94;DP=112;FAO=94;FDP=111;FR=.;FRO=17;FSAF=33;FSAR=61;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00465754;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.428;QD=44.4283;RBI=0.0180036;REFB=0.0109831;REVB=-0.0173907;RO=18;SAF=33;SAR=61;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00589606;STB=0.509624;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00222479;OID=.;OPOS=140167770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:112:111:18:17:94:94:0.846847:61:33:6:12:61:33:5:12 chr5 140168070 . A G 140.96 PASS AF=0.185185;AO=26;DP=136;FAO=25;FDP=135;FR=.;FRO=110;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=-0.035086;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1107;QD=4.17664;RBI=0.169109;REFB=-0.00494235;REVB=-0.16543;RO=109;SAF=11;SAR=15;SRF=58;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138564;STB=0.578109;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0507928;OID=.;OPOS=140168070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:109:110:26:25:0.185185:15:11:58:51:14:11:59:51 chr5 140168151 . G T 136.7 PASS AF=0.192;AO=24;DP=125;FAO=24;FDP=125;FR=.;FRO=101;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.0168547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.121;QD=4.37441;RBI=0.0169415;REFB=-0.00817521;REVB=0.0017127;RO=101;SAF=8;SAR=16;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185983;STB=0.618683;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0297035;OID=.;OPOS=140168151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:101:101:24:24:0.192:16:8:48:53:16:8:48:53 chr5 140174622 . G A 199.76 PASS AF=0.175115;AO=38;DP=217;FAO=38;FDP=217;FR=.;FRO=179;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=84;FSRR=95;FWDB=0.0976315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3487;QD=3.68226;RBI=0.165431;REFB=0.0100311;REVB=0.13355;RO=178;SAF=18;SAR=20;SRF=84;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00229123;STB=0.503648;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.039961;OID=.;OPOS=140174622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:178:179:38:38:0.175115:20:18:84:94:20:18:84:95 chr5 140174865 . G C 127.55 PASS AF=0.12931;AO=30;DP=230;FAO=30;FDP=232;FR=.;FRO=202;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=83;FSRR=119;FWDB=-0.0312231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.207;QD=2.19921;RBI=0.0568555;REFB=0.00135911;REVB=0.0475149;RO=200;SAF=11;SAR=19;SRF=81;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509898;STB=0.540529;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.0117202;OID=.;OPOS=140174865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:232:200:202:30:30:0.12931:19:11:81:119:19:11:83:119 chr5 140181734 . A G 119.0 PASS AF=0.213483;AO=19;DP=89;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0178307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.1432;QD=5.34814;RBI=0.0217283;REFB=-0.00989607;REVB=-0.0124171;RO=70;SAF=9;SAR=10;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122197;STB=0.576391;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0410518;OID=.;OPOS=140181734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:70:70:19:19:0.213483:10:9:40:30:10:9:40:30 chr5 140181892 . T C 102.48 PASS AF=0.16129;AO=20;DP=123;FAO=20;FDP=124;FR=.;FRO=104;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=0.00488161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.446;QD=3.30587;RBI=0.0356223;REFB=-0.00399221;REVB=-0.0352862;RO=103;SAF=11;SAR=9;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168427;STB=0.506519;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0180742;OID=.;OPOS=140181892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:103:104:20:20:0.16129:9:11:58:45:9:11:58:46 chr5 140182101 . G T 145.44 PASS AF=0.152284;AO=30;DP=199;FAO=30;FDP=197;FR=.;FRO=167;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=83;FSRR=84;FWDB=0.0538604;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.278;QD=2.95316;RBI=0.0548785;REFB=0.00328411;REVB=0.0105215;RO=165;SAF=12;SAR=18;SRF=81;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117187;STB=0.582767;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0199973;OID=.;OPOS=140182101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:197:165:167:30:30:0.152284:18:12:81:84:18:12:83:84 chr5 140183058 . G A 81.02 PASS AF=0.148148;AO=16;DP=108;FAO=16;FDP=108;FR=.;FRO=92;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.0154116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2887;QD=3.00091;RBI=0.0667379;REFB=0.000717574;REVB=0.0649341;RO=92;SAF=3;SAR=13;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450607;STB=0.806404;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0012796;OID=.;OPOS=140183058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:108:108:92:92:16:16:0.148148:13:3:50:42:13:3:50:42 chr5 140186937 . G T 67.79 PASS AF=0.105882;AO=18;DP=170;FAO=18;FDP=170;FR=.;FRO=152;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=72;FSRR=80;FWDB=0.00479396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.345;QD=1.59506;RBI=0.0225358;REFB=-0.00196475;REVB=0.02202;RO=152;SAF=2;SAR=16;SRF=72;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474605;STB=0.860028;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0194415;OID=.;OPOS=140186937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:170:170:152:152:18:18:0.105882:16:2:72:80:16:2:72:80 chr5 140186979 . GG AA 33.44 PASS AF=0.0758621;AO=11;DP=144;FAO=11;FDP=145;FR=.;FRO=134;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=84;FWDB=0.000264383;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=80.682;QD=0.9226;RBI=0.00747764;REFB=0.00273599;REVB=0.00747296;RO=133;SAF=1;SAR=10;SRF=50;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383291;STB=0.843619;STBP=0.039;TYPE=mnp;VARB=-0.0315134;OID=.;OPOS=140186979;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:144:145:133:134:11:11:0.0758621:10:1:50:83:10:1:50:84 chr5 140186982 . C A 33.23 PASS AF=0.0753425;AO=11;DP=144;FAO=11;FDP=146;FR=.;FRO=135;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=84;FWDB=-0.0584398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.304;QD=0.91028;RBI=0.0587025;REFB=0.00232647;REVB=0.00554798;RO=133;SAF=1;SAR=10;SRF=49;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377833;STB=0.846151;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0119792;OID=.;OPOS=140186982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:144:146:133:135:11:11:0.0753425:10:1:49:84:10:1:51:84 chr5 140187048 . G C 37.32 PASS AF=0.0751445;AO=13;DP=173;FAO=13;FDP=173;FR=.;FRO=160;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=56;FSRR=104;FWDB=-0.0300336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.715;QD=0.862983;RBI=0.0318097;REFB=0.000273091;REVB=-0.0104806;RO=160;SAF=12;SAR=1;SRF=56;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.582999;STB=0.948238;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00360644;OID=.;OPOS=140187048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:173:173:160:160:13:13:0.0751445:1:12:56:104:1:12:56:104 chr5 140187102 . A G 81.27 PASS AF=0.121019;AO=19;DP=157;FAO=19;FDP=157;FR=.;FRO=138;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=58;FSRR=80;FWDB=-0.0172189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.578;QD=2.07068;RBI=0.0298254;REFB=-0.000700703;REVB=-0.0243529;RO=138;SAF=12;SAR=7;SRF=58;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257552;STB=0.680391;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0040058;OID=.;OPOS=140187102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:157:157:138:138:19:19:0.121019:7:12:58:80:7:12:58:80 chr5 140187322 . C T 121.89 PASS AF=0.152439;AO=25;DP=164;FAO=25;FDP=164;FR=.;FRO=139;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=69;FSRR=70;FWDB=0.0582635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.445;QD=2.97282;RBI=0.0591941;REFB=0.00105025;REVB=0.0104547;RO=139;SAF=7;SAR=18;SRF=69;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282848;STB=0.68936;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00774061;OID=.;OPOS=140187322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:139:139:25:25:0.152439:18:7:69:70:18:7:69:70 chr5 140188383 . T G 148.14 PASS AF=0.17284;AO=28;DP=162;FAO=28;FDP=162;FR=.;FRO=134;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=72;FWDB=-0.0440683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.852;QD=3.65782;RBI=0.044074;REFB=0.000115999;REVB=0.000710914;RO=134;SAF=20;SAR=8;SRF=62;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323448;STB=0.70907;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00139852;OID=.;OPOS=140188383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:134:134:28:28:0.17284:8:20:62:72:8:20:62:72 chr5 140188401 . A G 101.75 PASS AF=0.169643;AO=19;DP=112;FAO=19;FDP=112;FR=.;FRO=93;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0430217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8529;QD=3.63397;RBI=0.0492578;REFB=-0.00100994;REVB=-0.0239889;RO=93;SAF=12;SAR=7;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20077;STB=0.63144;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00521569;OID=.;OPOS=140188401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:93:93:19:19:0.169643:7:12:44:49:7:12:44:49 chr5 140188575 . G C 359.14 PASS AF=0.257576;AO=51;DP=198;FAO=51;FDP=198;FR=.;FRO=147;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=86;FWDB=0.046824;FXX=0.00502487;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0904;QD=7.25543;RBI=0.0580775;REFB=-0.0023044;REVB=0.0343586;RO=145;SAF=19;SAR=32;SRF=61;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062619;STB=0.533098;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00848978;OID=.;OPOS=140188575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:145:147:51:51:0.257576:32:19:61:84:32:19:61:86 chr5 140201420 . T C 79.38 PASS AF=0.125874;AO=18;DP=143;FAO=18;FDP=143;FR=.;FRO=125;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=72;FWDB=-0.0663729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.199;QD=2.22047;RBI=0.066785;REFB=-0.00522961;REVB=-0.00740767;RO=125;SAF=5;SAR=13;SRF=53;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195432;STB=0.639362;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0329689;OID=.;OPOS=140201420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:143:143:125:125:18:18:0.125874:13:5:53:72:13:5:53:72 chr5 140203432 . C T 65.17 PASS AF=0.141304;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=92;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.0168238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.892;QD=2.83344;RBI=0.081453;REFB=-0.00413613;REVB=-0.0796966;RO=70;SAF=6;SAR=7;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262893;STB=0.634071;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.023239;OID=.;OPOS=140203432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:84:92:70:79:13:13:0.141304:7:6:47:23:7:6:49:30 chr5 140209467 . T G 94.24 PASS AF=0.153226;AO=19;DP=121;FAO=19;FDP=124;FR=.;FRO=105;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.0382014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6708;QD=3.03995;RBI=0.0534602;REFB=-1.7945e-06;REVB=-0.0373985;RO=102;SAF=8;SAR=11;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879635;STB=0.54712;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0025714;OID=.;OPOS=140209467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:121:124:102:105:19:19:0.153226:11:8:50:52:11:8:50:55 chr5 140221139 . G A 70.74 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.00267899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.724;QD=2.82951;RBI=0.0339011;REFB=0.00208728;REVB=0.0337951;RO=86;SAF=6;SAR=8;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426829;STB=0.52937;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.010296;OID=.;OPOS=140221139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:100:100:86:86:14:14:0.14:8:6:34:52:8:6:34:52 chr5 140222157 . A C 109.69 PASS AF=0.116183;AO=28;DP=243;FAO=28;FDP=241;FR=.;FRO=213;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=107;FSRR=106;FWDB=-0.0017592;FXX=0.00823011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.931;QD=1.82058;RBI=0.0183921;REFB=-0.00376737;REVB=-0.0183078;RO=211;SAF=14;SAR=14;SRF=107;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885702;STB=0.502073;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0316393;OID=.;OPOS=140222157;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:241:211:213:28:28:0.116183:14:14:107:104:14:14:107:106 chr5 140222641 . A G 204.22 PASS AF=0.214286;AO=33;DP=139;FAO=33;FDP=154;FR=.;FRO=121;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=81;FSRR=40;FWDB=0.00100699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.784;QD=5.30443;RBI=0.147396;REFB=-0.0124134;REVB=-0.147392;RO=105;SAF=17;SAR=16;SRF=81;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335005;STB=0.622153;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.055163;OID=.;OPOS=140222641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:154:105:121:33:33:0.214286:16:17:81:24:16:17:81:40 chr5 140228164 . C A 488.12 PASS AF=0.633803;AO=44;DP=72;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00570386;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.723;QD=27.5;RBI=0.0311106;REFB=-0.0227974;REVB=0.0305833;RO=26;SAF=32;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255545;STB=0.629519;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0212672;OID=.;OPOS=140228164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:26:26:44:45:0.633803:12:32:10:16:13:32:10:16 chr5 140229086 . C G 1704.01 PASS AF=0.71134;AO=136;DP=193;FAO=138;FDP=194;FR=.;FRO=56;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0302761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7254;QD=35.1343;RBI=0.0307978;REFB=-0.00957998;REVB=-0.00564468;RO=56;SAF=60;SAR=76;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268047;STB=0.514433;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00402897;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:56:56:136:138:0.71134:76:60:22:34:77:61:22:34 chr5 140229368 . G C 1775.41 PASS AF=0.732673;AO=143;DP=198;FAO=148;FDP=202;FR=.;FRO=54;FSAF=93;FSAR=55;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0111276;FXX=0.0194165;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.7729;QD=35.1567;RBI=0.0111923;REFB=-0.0528941;REVB=0.00120163;RO=53;SAF=88;SAR=55;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104279;STB=0.561243;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0134327;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:202:53:54:143:148:0.732673:55:88:22:31:55:93:22:32 chr5 140229526 . T G 4053.55 PASS AF=0.770732;AO=316;DP=410;FAO=316;FDP=410;FR=.;FRO=94;FSAF=152;FSAR=164;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.0405578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.159;QD=39.5469;RBI=0.0415001;REFB=-0.0571515;REVB=0.00879307;RO=94;SAF=152;SAR=164;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101982;STB=0.505413;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0166186;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:410:94:94:316:316:0.770732:164:152:43:51:164:152:43:51 chr5 140230370 . AA CC 1717.09 PASS AF=0.801205;AO=133;DP=165;FAO=133;FDP=166;FR=.;FRO=33;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0189044;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=112.113;QD=41.3757;RBI=0.0333309;REFB=-0.014289;REVB=-0.0274514;RO=32;SAF=68;SAR=65;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383265;STB=0.517295;STBP=0.367;TYPE=mnp;VARB=0.00362634;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:32:33:133:133:0.801205:65:68:13:19:65:68:14:19 chr5 140231237 . T C 1377.12 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6565;QD=62.5963;RBI=0.115729;REFB=0;REVB=0.115658;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635751;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr5 140232950 . G C 668.23 PASS AF=0.80597;AO=54;DP=67;FAO=54;FDP=67;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0230801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5463;QD=39.8946;RBI=0.0689023;REFB=0.00402948;REVB=0.0649218;RO=13;SAF=28;SAR=26;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072362;STB=0.503875;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00115249;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:67:67:13:13:54:54:0.80597:26:28:7:6:26:28:7:6 chr5 140235901 . G A 135.87 PASS AF=0.168919;AO=25;DP=148;FAO=25;FDP=148;FR=.;FRO=123;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=0.0200994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2001;QD=3.67222;RBI=0.0210401;REFB=-0.00774389;REVB=-0.00622092;RO=122;SAF=15;SAR=10;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138604;STB=0.586887;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0454749;OID=.;OPOS=140235901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:122:123:25:25:0.168919:10:15:60:62:10:15:61:62 chr5 140236950 . C G 3817.62 PASS AF=0.821637;AO=281;DP=342;FAO=281;FDP=342;FR=.;FRO=61;FSAF=110;FSAR=171;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0250993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.092;QD=44.6505;RBI=0.0271731;REFB=-0.00766322;REVB=0.0104116;RO=61;SAF=110;SAR=171;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522349;STB=0.52765;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00161338;OID=.;OPOS=140236950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:61:61:281:281:0.821637:171:110:33:28:171:110:33:28 chr5 140237109 . T G 5676.95 PASS AF=0.838;AO=418;DP=502;FAO=419;FDP=500;FR=.;FRO=81;FSAF=233;FSAR=186;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.0158901;FXX=0.00398398;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1059;QD=45.4156;RBI=0.0159099;REFB=-0.00813174;REVB=-0.000794388;RO=79;SAF=232;SAR=186;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339864;STB=0.520248;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00141291;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:500:79:81:418:419:0.838:186:232:35:44:186:233:35:46 chr5 140237387 . T G 980.05 PASS AF=0.766355;AO=75;DP=99;FAO=82;FDP=107;FR=.;FRO=25;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0781982;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6677;QD=36.6372;RBI=0.0854761;REFB=-0.00932355;REVB=0.0345139;RO=24;SAF=40;SAR=35;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716459;STB=0.529915;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0195381;OID=.;OPOS=140237387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:107:24:25:75:82:0.766355:35:40:9:15:42:40:9:16 chr5 140237548 . A G 1479.35 PASS AF=0.754717;AO=119;DP=158;FAO=120;FDP=159;FR=.;FRO=39;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0102867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.992;QD=37.2163;RBI=0.0139354;REFB=-0.0127905;REVB=-0.00940105;RO=39;SAF=56;SAR=63;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195785;STB=0.50929;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00419687;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:39:39:119:120:0.754717:63:56:20:19:63:57:20:19 chr5 140242451 . GCCA GCA,GCAG 1140.6 PASS AF=0.811321,0.0471698;AO=85,6;DP=106;FAO=86,5;FDP=106;FR=.;FRO=15;FSAF=30,0;FSAR=56,5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.041115,-0.0196305;FXX=0.00934492;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=28.8661,14.6795;QD=43.0417;RBI=0.0445104,0.0447457;REFB=0.0683383,0.0633583;REVB=-0.0170509,-0.0402097;RO=15;SAF=30,0;SAR=55,6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0939597,-0.769537;STB=0.550357,0.998002;STBP=0.025,0.01;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0163588,-0.0302612;OID=.,.;OPOS=140242452,140242453;OREF=C,CA;OALT=-,AG;OMAPALT=GCA,GCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.811321,0.0471698:85,6:106:86,5:106:15:30,0:56,5:10:5:75:15:30,0:55,6:10:5 chr5 140242479 . T A 1310.85 PASS AF=0.826446;AO=100;DP=121;FAO=100;FDP=121;FR=.;FRO=21;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0215706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.337;QD=43.3337;RBI=0.0291767;REFB=0.00423636;REVB=-0.0196466;RO=20;SAF=42;SAR=58;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573581;STB=0.526735;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.000859752;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:20:21:100:100:0.826446:58:42:12:8:58:42:12:9 chr5 140250252 . T C 2555.26 PASS AF=0.786561;AO=199;DP=255;FAO=199;FDP=253;FR=.;FRO=54;FSAF=93;FSAR=106;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=0.0254098;FXX=0.00784283;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.746;QD=40.3994;RBI=0.0271961;REFB=-0.0289969;REVB=0.00969377;RO=54;SAF=93;SAR=106;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769894;STB=0.540845;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00608895;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:253:54:54:199:199:0.786561:106:93:15:39:106:93:15:39 chr5 140255271 . G C 594.45 PASS AF=0.793651;AO=49;DP=62;FAO=50;FDP=63;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0483098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5435;QD=37.7427;RBI=0.0553172;REFB=0.0290347;REVB=0.0269473;RO=13;SAF=26;SAR=23;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333086;STB=0.519737;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.0044878;OID=.;OPOS=140255271;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:62:63:13:13:49:50:0.793651:23:26:8:5:24:26:8:5 chr5 140255792 . C A 577.42 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0317825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3538;QD=44.4165;RBI=0.0620365;REFB=0.0204192;REVB=-0.0532767;RO=6;SAF=18;SAR=28;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131813;STB=0.507039;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00263327;OID=.;OPOS=140255792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:52:52:6:6:46:46:0.884615:28:18:2:4:28:18:2:4 chr5 140263290 . T G 3087.6 PASS AF=0.838235;AO=228;DP=272;FAO=228;FDP=272;FR=.;FRO=44;FSAF=131;FSAR=97;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00627051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.43;QD=45.4058;RBI=0.0293039;REFB=-0.0441053;REVB=-0.0286251;RO=43;SAF=131;SAR=97;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615112;STB=0.534534;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00547715;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:43:44:228:228:0.838235:97:131:16:27:97:131:16:28 chr5 140307284 . G A 181.44 PASS AF=0.218045;AO=29;DP=135;FAO=29;FDP=133;FR=.;FRO=104;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=-0.0142763;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.127;QD=5.45682;RBI=0.0166576;REFB=-0.00475732;REVB=0.00858276;RO=102;SAF=7;SAR=22;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278566;STB=0.661437;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0114736;OID=.;OPOS=140307284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:102:104:29:29:0.218045:22:7:45:57:22:7:44:60 chr5 140307746 . C G 135.78 PASS AF=0.21;AO=21;DP=100;FAO=21;FDP=100;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=0.0163053;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.9;QD=5.43107;RBI=0.020036;REFB=0.00142211;REVB=-0.0116438;RO=78;SAF=7;SAR=14;SRF=52;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401696;STB=0.749786;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0047408;OID=.;OPOS=140307746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:78:79:21:21:0.21:14:7:52:26:14:7:53:26 chr5 140307969 . C G 154.82 PASS AF=0.182432;AO=27;DP=149;FAO=27;FDP=148;FR=.;FRO=121;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=73;FSRR=48;FWDB=-9.23978e-05;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8455;QD=4.18437;RBI=0.0528506;REFB=-0.00278156;REVB=-0.0528505;RO=122;SAF=12;SAR=15;SRF=74;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205549;STB=0.627679;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00733603;OID=.;OPOS=140307969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:122:121:27:27:0.182432:15:12:74:48:15:12:73:48 chr5 140309016 . C T 160.14 PASS AF=0.164021;AO=31;DP=189;FAO=31;FDP=189;FR=.;FRO=158;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=85;FSRR=73;FWDB=-0.0286488;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.513;QD=3.38916;RBI=0.0289678;REFB=-0.00234757;REVB=0.00428695;RO=157;SAF=16;SAR=15;SRF=83;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161089;STB=0.518291;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0093986;OID=.;OPOS=140309016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:157:158:31:31:0.164021:15:16:83:74:15:16:85:73 chr5 140346468 . T A 472.03 PASS AF=0.193548;AO=84;DP=431;FAO=84;FDP=434;FR=.;FRO=350;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=177;FSRR=173;FWDB=0.0236673;FXX=0.00686483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.114;QD=4.35049;RBI=0.024801;REFB=-0.00931872;REVB=-0.00741252;RO=341;SAF=40;SAR=44;SRF=170;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289339;STB=0.523804;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0393648;OID=.;OPOS=140346468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:431:434:341:350:84:84:0.193548:44:40:170:171:44:40:177:173 chr5 140346712 . T C 296.78 PASS AF=0.175227;AO=57;DP=327;FAO=58;FDP=331;FR=.;FRO=273;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=144;FSRR=129;FWDB=-0.0289968;FXX=0.00301196;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.457;QD=3.58645;RBI=0.0427696;REFB=-0.00623408;REVB=-0.0314392;RO=269;SAF=28;SAR=29;SRF=142;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474557;STB=0.536816;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0282532;OID=.;OPOS=140346712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:331:269:273:57:58:0.175227:29:28:142:127:30:28:144:129 chr5 140475852 . T C 619.93 PASS AF=0.875;AO=48;DP=55;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0371093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7478;QD=44.2807;RBI=0.038241;REFB=-0.0395587;REVB=0.00923441;RO=7;SAF=20;SAR=28;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322789;STB=0.518317;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00301946;OID=.;OPOS=140475852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:56:7:7:48:49:0.875:28:20:2:5:28:21:2:5 chr5 140476653 . GC AA 770.19 PASS AF=0.707865;AO=62;DP=89;FAO=63;FDP=89;FR=.;FRO=26;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0103518;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=278.681;QD=34.6152;RBI=0.0140738;REFB=0.00242659;REVB=0.00953478;RO=26;SAF=36;SAR=26;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873259;STB=0.543675;STBP=0.199;TYPE=mnp;VARB=-0.00132686;OID=.;OPOS=140476653;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:26:26:62:63:0.707865:26:36:11:15:27:36:11:15 chr5 140480852 . G A 644.85 PASS AF=0.868852;AO=51;DP=61;FAO=53;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.037975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.805;QD=42.2852;RBI=0.0522201;REFB=0.0170642;REVB=-0.0358446;RO=8;SAF=25;SAR=26;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610962;STB=0.53398;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00169451;OID=.;OPOS=140480852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:61:61:8:8:51:53:0.868852:26:25:2:6:26:27:2:6 chr5 140481475 . A T 947.5 PASS AF=0.825581;AO=70;DP=85;FAO=71;FDP=86;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0334521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.442;QD=44.0696;RBI=0.0379225;REFB=-0.0355381;REVB=0.0178626;RO=15;SAF=27;SAR=43;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280561;STB=0.513123;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00788508;OID=.;OPOS=140481475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:85:86:15:15:70:71:0.825581:43:27:7:8:43:28:7:8 chr5 140482483 . G A 375.44 PASS AF=0.68;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0179872;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.364;QD=30.0354;RBI=0.0189028;REFB=-0.00168712;REVB=-0.00581164;RO=16;SAF=19;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107903;STB=0.558789;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000623348;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:16:16:34:34:0.68:15:19:6:10:15:19:6:10 chr5 140502343 . CC TT 1196.54 PASS AF=0.873786;AO=90;DP=106;FAO=90;FDP=103;FR=.;FRO=13;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0281496;FXX=0.0282992;HRUN=5;LEN=2;MLLD=272.586;QD=46.4677;RBI=0.0291351;REFB=-0.0323924;REVB=0.00751378;RO=13;SAF=41;SAR=49;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729003;STB=0.538638;STBP=0.037;TYPE=mnp;VARB=0.00392504;OID=.;OPOS=140502343;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:106:103:13:13:90:90:0.873786:49:41:2:11:49:41:2:11 chr5 140503237 . A G 1021.9 PASS AF=0.777778;AO=77;DP=99;FAO=77;FDP=99;FR=.;FRO=22;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00969116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.441;QD=41.2888;RBI=0.023019;REFB=-0.0183662;REVB=0.0208795;RO=22;SAF=29;SAR=48;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260638;STB=0.51392;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00405546;OID=.;OPOS=140503237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:22:22:77:77:0.777778:48:29:7:15:48:29:7:15 chr5 140516407 . G A 276.06 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0545644;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.52;QD=38.0772;RBI=0.055208;REFB=-0.0564698;REVB=0.00840547;RO=6;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145702;STB=0.578884;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0125853;OID=.;OPOS=140516407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:29:29:6:6:23:23:0.793103:16:7:0:6:16:7:0:6 chr5 140517174 . T C 126.02 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0130137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.334;QD=6.46269;RBI=0.0132244;REFB=-0.00284625;REVB=-0.00235146;RO=59;SAF=7;SAR=12;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15423;STB=0.59494;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00824729;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:59:19:19:0.24359:12:7:29:30:12:7:29:30 chr5 140531175 . T C 1265.26 PASS AF=1;AO=64;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1512;QD=60.9763;RBI=0.0678436;REFB=0;REVB=-0.0115724;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384101;OID=.;OPOS=140531175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:64:83:1:43:21:0:0:48:35:0:0 chr5 140559532 . G C 291.71 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0146271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4414;QD=33.3384;RBI=0.0225453;REFB=-0.0305051;REVB=0.0171563;RO=10;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945892;STB=0.551683;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0133144;OID=.;OPOS=140559532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:35:35:10:10:25:25:0.714286:13:12:3:7:13:12:3:7 chr5 140559596 . T G 1539.55 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00836829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.83;QD=58.6496;RBI=0.0105007;REFB=-0.0243223;REVB=-0.0063432;RO=1;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075924;STB=0.503936;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000209028;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:103:104:0.990476:62:41:0:1:63:41:0:1 chr5 140559781 . G A 834.61 PASS AF=0.396624;AO=94;DP=237;FAO=94;FDP=237;FR=.;FRO=143;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=64;FSRR=79;FWDB=0.032216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.833;QD=14.0863;RBI=0.0322285;REFB=-0.0163386;REVB=-0.000897445;RO=143;SAF=47;SAR=47;SRF=64;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563673;STB=0.531639;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0323435;OID=.;OPOS=140559781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:143:143:94:94:0.396624:47:47:64:79:47:47:64:79 chr5 140559914 . T C 167.96 PASS AF=0.143426;AO=36;DP=250;FAO=36;FDP=251;FR=.;FRO=215;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=85;FSRR=130;FWDB=0.00597971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.218;QD=2.67669;RBI=0.00618808;REFB=-0.00111243;REVB=0.0015923;RO=214;SAF=18;SAR=18;SRF=84;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13866;STB=0.589593;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00814463;OID=.;OPOS=140559914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:251:214:215:36:36:0.143426:18:18:84:130:18:18:85:130 chr5 140563574 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.158;QD=54.5162;RBI=0.0155662;REFB=0;REVB=0.0155662;RO=0;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9065e-05;OID=.;OPOS=140563574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:25:0:0:0:25:0:0:0 chr5 140563616 . G A 62.23 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8013;QD=35.5596;RBI=0.0334304;REFB=0;REVB=0.0334304;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255416;OID=.;OPOS=140563616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr5 140567608 . C T 1078.16 PASS AF=0.974359;AO=59;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0914861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.8338;QD=55.2901;RBI=0.0927956;REFB=-0.012571;REVB=-0.0155343;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500676;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00439002;OID=.;OPOS=140567608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:78:0:2:59:76:0.974359:36:23:0:0:36:40:1:1 chr5 140568034 . C A,CA 1570.37 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=9,99;DP=115;FAO=7,105;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=7,53;FSAR=0,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232954,0.0190005;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.368,24.9184;QD=56.0847;RBI=0.00938357,0.157028;REFB=0,0;REVB=-0.00908981,-0.155874;RO=6;SAF=9,51;SAR=0,48;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.798541,0.00164052;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.058825,0.0043055;OID=.,.;OPOS=140568034,140568035;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:115:112:6:0:9,99:7,105:0.0625,0.9375:0,48:9,51:3:3:0,52:7,53:0:0 chr5 140568796 . A G 738.71 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.046971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.716;QD=54.7196;RBI=0.0594983;REFB=-0.117136;REVB=0.0365209;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.51219;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00177476;OID=.;OPOS=140568796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:33:20:0:0:33:20:1:0 chr5 140573844 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00763399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.29;QD=15.7004;RBI=0.010985;REFB=-0.0172757;REVB=0.00789891;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681493;STB=0.503932;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0277932;OID=.;OPOS=140573844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:9:10:8:7:9:10 chr5 140574860 . T C 595.91 PASS AF=0.87037;AO=46;DP=53;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0179737;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7475;QD=44.1413;RBI=0.0954079;REFB=0.014537;REVB=0.0936995;RO=7;SAF=25;SAR=21;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637487;STB=0.531901;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0015877;OID=.;OPOS=140574860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:54:7:7:46:47:0.87037:21:25:2:5:22:25:2:5 chr5 140683265 . G A 89.56 PASS AF=0.119565;AO=22;DP=184;FAO=22;FDP=184;FR=.;FRO=162;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=75;FSRR=87;FWDB=-0.0529591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.253;QD=1.94696;RBI=0.0529611;REFB=-0.00165097;REVB=0.000465047;RO=162;SAF=8;SAR=14;SRF=75;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126129;STB=0.589765;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0129929;OID=.;OPOS=140683265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:184:184:162:162:22:22:0.119565:14:8:75:87:14:8:75:87 chr5 140710705 . G A 120.98 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0401564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.88;QD=6.91309;RBI=0.0410562;REFB=-0.00139866;REVB=-0.00854838;RO=52;SAF=6;SAR=12;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294025;STB=0.679048;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00262427;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:52:18:18:0.257143:12:6:30:22:12:6:30:22 chr5 140720516 . C G 45.2 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0116394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.319;QD=3.22821;RBI=0.0140134;REFB=-0.00205634;REVB=-0.00780394;RO=48;SAF=1;SAR=7;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415074;STB=0.806806;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0199658;OID=.;OPOS=140720516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:7:1:20:28:7:1:20:28 chr5 140725828 . C T 1414.23 PASS AF=0.756579;AO=115;DP=153;FAO=115;FDP=152;FR=.;FRO=37;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0822649;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8274;QD=37.2165;RBI=0.0829519;REFB=-0.0101489;REVB=0.010654;RO=33;SAF=62;SAR=53;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355076;STB=0.512865;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00231613;OID=.;OPOS=140725828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:33:37:115:115:0.756579:53:62:15:18:53:62:18:19 chr5 140729869 . A G 856.33 PASS AF=0.804878;AO=64;DP=80;FAO=66;FDP=82;FR=.;FRO=16;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0228445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.592;QD=41.7724;RBI=0.0231624;REFB=0.0248277;REVB=0.00382419;RO=16;SAF=30;SAR=34;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817021;STB=0.539471;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00624426;OID=.;OPOS=140729869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:80:82:16:16:64:66:0.804878:34:30:11:5:34:32:11:5 chr5 140736520 . G A 106.89 PASS AF=0.183673;AO=18;DP=98;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=0.00796375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.87;QD=4.36299;RBI=0.00796776;REFB=-0.000941168;REVB=0.00025261;RO=80;SAF=10;SAR=8;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904954;STB=0.558077;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00519918;OID=.;OPOS=140736520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:80:80:18:18:0.183673:8:10:50:30:8:10:50:30 chr5 140739779 . C G 2947.29 PASS AF=0.768707;AO=226;DP=294;FAO=226;FDP=294;FR=.;FRO=68;FSAF=125;FSAR=101;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.00147625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.075;QD=40.0992;RBI=0.00183138;REFB=-0.0160638;REVB=-0.0010838;RO=60;SAF=125;SAR=101;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476299;STB=0.536218;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00400934;OID=.;OPOS=140739779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:60:68:226:226:0.768707:101:125:26:34:101:125:27:41 chr5 140750044 . T C 9104.84 PASS AF=0.989813;AO=579;DP=590;FAO=583;FDP=589;FR=.;FRO=6;FSAF=270;FSAR=313;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0410573;FXX=0.00169489;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.454;QD=61.8325;RBI=0.0436808;REFB=-0.0636055;REVB=0.0149103;RO=5;SAF=267;SAR=312;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557151;STB=0.50379;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000247542;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:590:589:5:6:579:583:0.989813:312:267:4:1:313:270:5:1 chr5 140751128 . C G 911.28 PASS AF=0.881579;AO=65;DP=76;FAO=67;FDP=76;FR=.;FRO=9;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00379198;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4679;QD=47.962;RBI=0.0598087;REFB=0.00365223;REVB=0.0596883;RO=9;SAF=28;SAR=37;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545177;STB=0.526058;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000376256;OID=.;OPOS=140751128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:9:9:65:67:0.881579:37:28:6:3:37:30:6:3 chr5 140763029 . A G 1091.07 PASS AF=0.816327;AO=80;DP=98;FAO=80;FDP=98;FR=.;FRO=18;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00902886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7697;QD=44.5334;RBI=0.037408;REFB=-0.0202663;REVB=0.0363021;RO=18;SAF=51;SAR=29;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0098093;STB=0.505227;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00479388;OID=.;OPOS=140763029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:18:18:80:80:0.816327:29:51:11:7:29:51:11:7 chr5 140763100 . C T 828.51 PASS AF=0.810127;AO=64;DP=80;FAO=64;FDP=79;FR=.;FRO=15;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.137041;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3184;QD=41.9499;RBI=0.14068;REFB=-0.0657416;REVB=0.0317913;RO=16;SAF=40;SAR=24;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120527;STB=0.557359;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0313679;OID=.;OPOS=140763100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:80:79:16:15:64:64:0.810127:24:40:5:11:24:40:5:10 chr5 140768941 . G A 85.0 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=84;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.00333597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.181;QD=4.04762;RBI=0.0123709;REFB=-0.000454827;REVB=0.0119126;RO=69;SAF=3;SAR=12;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431816;STB=0.783925;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00227894;OID=.;OPOS=140768941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:84:84:69:69:15:15:0.178571:12:3:37:32:12:3:37:32 chr5 140773388 . G T 1002.47 PASS AF=0.869048;AO=73;DP=84;FAO=73;FDP=84;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0117304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.072;QD=47.7365;RBI=0.0270224;REFB=0.0243467;REVB=-0.0243435;RO=11;SAF=28;SAR=45;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519594;STB=0.502762;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00489556;OID=.;OPOS=140773388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:84:84:11:11:73:73:0.869048:45:28:4:7:45:28:4:7 chr5 140774288 . T C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.284;QD=59.9375;RBI=0.0203598;REFB=0;REVB=0.00308533;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94096e-05;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr5 140778256 . G A 732.15 PASS AF=0.805556;AO=58;DP=71;FAO=58;FDP=72;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0184994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.266;QD=40.6748;RBI=0.166634;REFB=-0.0666988;REVB=-0.165604;RO=13;SAF=32;SAR=26;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489441;STB=0.532153;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0157758;OID=.;OPOS=140778256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:71:72:13:14:58:58:0.805556:26:32:9:4:26:32:10:4 chr5 140783596 . C T 1037.95 PASS AF=0.872093;AO=75;DP=86;FAO=75;FDP=86;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0224672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.202;QD=48.2767;RBI=0.0229389;REFB=-0.0406362;REVB=0.00462782;RO=11;SAF=33;SAR=42;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00355014;STB=0.501886;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00580974;OID=.;OPOS=140783596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:86:11:11:75:75:0.872093:42:33:5:6:42:33:5:6 chr5 140784055 . T C 557.89 PASS AF=0.807018;AO=47;DP=59;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00639115;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.574;QD=39.1503;RBI=0.00639115;REFB=-0.0291327;REVB=7.86888e-07;RO=11;SAF=28;SAR=19;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149527;STB=0.505616;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00574075;OID=.;OPOS=140784055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:59:57:11:11:47:46:0.807018:19:28:7:4:18:28:7:4 chr5 140784427 . T C 653.57 PASS AF=0.80303;AO=53;DP=66;FAO=53;FDP=66;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0079645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.854;QD=39.61;RBI=0.013614;REFB=-0.0149525;REVB=0.0110412;RO=13;SAF=28;SAR=25;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00374718;STB=0.502007;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00269021;OID=.;OPOS=140784427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:13:13:53:53:0.80303:25:28:7:6:25:28:7:6 chr5 140788264 . C T 580.85 PASS AF=0.786885;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=61;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0105235;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.684;QD=38.0883;RBI=0.0280414;REFB=-0.0184435;REVB=-0.0259918;RO=13;SAF=28;SAR=20;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492352;STB=0.526451;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00702772;OID=.;OPOS=140788264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:63:61:13:13:48:48:0.786885:20:28:6:7:20:28:6:7 chr5 140789933 . G A 2807.63 PASS AF=0.812977;AO=210;DP=260;FAO=213;FDP=262;FR=.;FRO=49;FSAF=110;FSAR=103;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0190527;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.173;QD=42.8646;RBI=0.0297028;REFB=0.014326;REVB=0.022787;RO=49;SAF=109;SAR=101;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00413497;STB=0.502655;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00241323;OID=.;OPOS=140789933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:262:49:49:210:213:0.812977:101:109:26:23:103:110:26:23 chr5 140793007 . A G 2527.99 PASS AF=0.828947;AO=187;DP=226;FAO=189;FDP=228;FR=.;FRO=39;FSAF=88;FSAR=101;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0203353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.599;QD=44.3506;RBI=0.033005;REFB=-0.00353831;REVB=0.0259963;RO=39;SAF=88;SAR=99;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137949;STB=0.508104;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.000668394;OID=.;OPOS=140793007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:228:39:39:187:189:0.828947:99:88:20:19:101:88:20:19 chr5 140797630 . G T 2430.31 PASS AF=0.828054;AO=179;DP=219;FAO=183;FDP=221;FR=.;FRO=38;FSAF=71;FSAR=112;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0196889;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.49;QD=43.9875;RBI=0.038062;REFB=-0.0400749;REVB=0.032574;RO=37;SAF=71;SAR=108;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338264;STB=0.517974;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00739804;OID=.;OPOS=140797630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:221:37:38:179:183:0.828054:108:71:11:26:112:71:11:27 chr5 140801104 . T C 565.38 PASS AF=0.710145;AO=49;DP=69;FAO=49;FDP=69;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0176088;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=263.012;QD=32.7755;RBI=0.0176793;REFB=-0.00827008;REVB=-0.00157652;RO=19;SAF=18;SAR=31;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590889;STB=0.537299;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00289489;OID=.;OPOS=140801104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:19:20:49:49:0.710145:31:18:5:14:31:18:5:15 chr5 140801298 . C A 2193.39 PASS AF=0.837696;AO=159;DP=190;FAO=160;FDP=191;FR=.;FRO=31;FSAF=62;FSAR=98;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0142693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6714;QD=45.9348;RBI=0.0542507;REFB=0.0246159;REVB=0.0523404;RO=31;SAF=62;SAR=97;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538402;STB=0.527988;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00381147;OID=.;OPOS=140801298;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:31:31:159:160:0.837696:97:62:7:24:98:62:7:24 chr5 140803241 . C A 546.26 PASS AF=0.8;AO=40;DP=50;FAO=40;FDP=50;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.105352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8599;QD=43.701;RBI=0.110385;REFB=0.0393772;REVB=0.0329528;RO=10;SAF=24;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383586;STB=0.520651;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.0115628;OID=.;OPOS=140803241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:10:10:40:40:0.8:16:24:5:5:16:24:5:5 chr5 140807256 . A C 1235.52 PASS AF=0.854545;AO=94;DP=110;FAO=94;FDP=110;FR=.;FRO=16;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0060453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7019;QD=44.928;RBI=0.0187494;REFB=-0.0151222;REVB=-0.017748;RO=16;SAF=38;SAR=56;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044578;STB=0.523672;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00616232;OID=.;OPOS=140807256;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:110:110:16:16:94:94:0.854545:56:38:9:7:56:38:9:7 chr5 140857798 . T C 1063.16 PASS AF=0.781818;AO=86;DP=111;FAO=86;FDP=110;FR=.;FRO=24;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0304139;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.427;QD=38.6604;RBI=0.0341735;REFB=-0.0274737;REVB=0.0155828;RO=24;SAF=45;SAR=41;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265577;STB=0.514174;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00823962;OID=.;OPOS=140857798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:24:24:86:86:0.781818:41:45:11:13:41:45:11:13 chr5 140858245 . C T 1781.63 PASS AF=0.819277;AO=136;DP=166;FAO=136;FDP=166;FR=.;FRO=30;FSAF=54;FSAR=82;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00454343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.503;QD=42.9308;RBI=0.0177456;REFB=-0.0295224;REVB=0.0171541;RO=30;SAF=54;SAR=82;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059493;STB=0.531588;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00561675;OID=.;OPOS=140858245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:30:30:136:136:0.819277:82:54:17:13:82:54:17:13 chr5 140859053 . A T 1376.76 PASS AF=0.696203;AO=93;DP=160;FAO=110;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=33;FSAR=77;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0403406;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9857;QD=34.8546;RBI=0.0552938;REFB=-0.0248921;REVB=0.0378158;RO=40;SAF=18;SAR=75;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0512334;OID=.;OPOS=140859053;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:40:40:93:110:0.696203:75:18:12:28:77:33:12:28 chr5 140940449 . G GT,GTT 176.79 PASS AF=0.928571,0;AO=27,9;DP=62;FAO=52,0;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=32,0;FSAR=20,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0406153,-0.0282126;FXX=0.0175408;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.96027,8.5394;QD=12.6279;RBI=0.0637627,0.0382479;REFB=0.0122048,0.00443869;REVB=0.0491536,0.0258254;RO=24;SAF=15,7;SAR=12,2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0598413,0.213607;STB=0.508667,0.5;STBP=0.694,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00979584,-0.0423114;OID=.,.;OPOS=140940450,140940450;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571,0:27,9:62:52,0:56:4:32,0:20,0:2:2:9:24:15,7:12,2:15:9 chr5 141014494 . T C 2470.58 PASS AF=0.783333;AO=188;DP=240;FAO=188;FDP=240;FR=.;FRO=52;FSAF=73;FSAR=115;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00749999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.128;QD=41.1764;RBI=0.0287178;REFB=0.00472642;REVB=-0.0277212;RO=52;SAF=73;SAR=115;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473908;STB=0.525184;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00152781;OID=.;OPOS=141014494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:52:52:188:188:0.783333:115:73:26:26:115:73:26:26 chr5 141016288 . T G 3897.81 PASS AF=0.825;AO=289;DP=354;FAO=297;FDP=360;FR=.;FRO=63;FSAF=153;FSAR=144;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.017801;FXX=0.0136983;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.859;QD=43.309;RBI=0.0218657;REFB=-0.0196844;REVB=0.0126979;RO=63;SAF=146;SAR=143;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366474;STB=0.520699;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00515729;OID=.;OPOS=141016288;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:360:63:63:289:297:0.825:143:146:25:38:144:153:25:38 chr5 141019110 . C A 858.45 PASS AF=0.688073;AO=74;DP=109;FAO=75;FDP=109;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.036251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2407;QD=31.5029;RBI=0.0446427;REFB=-0.00843642;REVB=0.0260544;RO=33;SAF=30;SAR=44;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167307;STB=0.595563;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00256137;OID=.;OPOS=141019110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:33:34:74:75:0.688073:44:30:23:10:45:30:24:10 chr5 141019569 . G C 665.21 PASS AF=0.708861;AO=54;DP=77;FAO=56;FDP=79;FR=.;FRO=23;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0428951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.794;QD=33.6816;RBI=0.0453857;REFB=-0.0161086;REVB=0.0148282;RO=20;SAF=34;SAR=20;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660546;STB=0.550156;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0071912;OID=.;OPOS=141019569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:20:23:54:56:0.708861:20:34:15:5:21:35:18:5 chr5 141019830 . C G 1175.93 PASS AF=0.850467;AO=84;DP=101;FAO=91;FDP=107;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.060196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.308;QD=43.9599;RBI=0.0603662;REFB=-0.00631392;REVB=-0.00452981;RO=16;SAF=16;SAR=68;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284553;STB=0.515249;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000868338;OID=.;OPOS=141019830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:101:107:16:16:84:91:0.850467:68:16:4:12:74:17:4:12 chr5 141023974 . G A 1454.7 PASS AF=0.756757;AO=112;DP=148;FAO=112;FDP=148;FR=.;FRO=36;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0189066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.718;QD=39.3162;RBI=0.0189911;REFB=-0.00921613;REVB=0.00178946;RO=36;SAF=57;SAR=55;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293847;STB=0.515679;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00306776;OID=.;OPOS=141023974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:36:36:112:112:0.756757:55:57:16:20:55:57:16:20 chr5 141029021 . G C 1282.03 PASS AF=0.72028;AO=101;DP=141;FAO=103;FDP=143;FR=.;FRO=40;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0346934;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4435;QD=35.8609;RBI=0.0609643;REFB=-0.0156222;REVB=0.05013;RO=39;SAF=51;SAR=50;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441395;STB=0.526625;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00873455;OID=.;OPOS=141029021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:39:40:101:103:0.72028:50:51:23:16:51:52:24:16 chr5 141029072 . G A 904.48 PASS AF=0.731959;AO=71;DP=97;FAO=71;FDP=97;FR=.;FRO=26;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0491069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0717;QD=37.2983;RBI=0.0502015;REFB=-0.0399533;REVB=-0.0104261;RO=26;SAF=39;SAR=32;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00545996;STB=0.50293;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0137655;OID=.;OPOS=141029072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:26:26:71:71:0.731959:32:39:14:12:32:39:14:12 chr5 141059157 . TC GT,TG 1105.27 PASS AF=0,0.649123;AO=7,46;DP=124;FAO=0,74;FDP=114;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=19;FSAF=0,21;FSAR=0,53;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0484836,-0.046578;FXX=0.0086949;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=120.614,135.231;QD=38.7813;RBI=0.0517656,0.0743155;REFB=-0.0977967,-0.0843222;REVB=0.0181388,0.0579075;RO=15;SAF=0,15;SAR=7,31;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.731833,-0.0377927;STB=0.5,0.505205;STBP=1,0.859;TYPE=mnp,snp;VARB=0.12977,0.0297041;OID=.,.;OPOS=141059157,141059158;OREF=TC,C;OALT=GT,G;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:124:114:15:19:7,46:0,74:0,0.649123:7,31:0,15:6:9:0,53:0,21:5:14 chr5 141059649 . A G 308.34 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=29;FAO=24;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0191958;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.718;QD=47.4367;RBI=0.0307502;REFB=-0.0599559;REVB=0.0240228;RO=2;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245642;STB=0.532682;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00782655;OID=.;OPOS=141059649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:26:2:2:23:24:0.923077:8:15:1:1:5:19:1:1 chr5 141243646 . A G 371.5 PASS AF=0.179487;AO=68;DP=393;FAO=70;FDP=390;FR=.;FRO=320;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=153;FSRR=167;FWDB=-0.0161649;FXX=0.0126579;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.681;QD=3.81026;RBI=0.0223967;REFB=-0.00551834;REVB=0.0155019;RO=322;SAF=29;SAR=39;SRF=153;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637135;STB=0.541008;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0245756;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:390:322:320:68:70:0.179487:39:29:153:169:40:30:153:167 chr5 141309824 . G A 52.98 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0875886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6285;QD=2.40838;RBI=0.0879289;REFB=-0.00589618;REVB=0.00772899;RO=74;SAF=7;SAR=5;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119628;STB=0.572123;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0318467;OID=.;OPOS=141309824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:88:88:74:76:12:12:0.136364:5:7:36:38:5:7:38:38 chr5 141324954 . AC ACCTGCTGCTG,TG 1314.42 PASS AF=0.715976,0.0710059;AO=129,22;DP=338;FAO=242,24;FDP=338;FR=.;FRO=72;FSAF=183,21;FSAR=59,3;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0538788,-0.0131921;FXX=0.0087974;HRUN=2,1;LEN=9,2;MLLD=136.561,163.648;QD=15.5553;RBI=0.0578916,0.03949;REFB=-0.0619593,-0.016348;REVB=-0.0211782,-0.0372213;RO=160;SAF=72,19;SAR=57,3;SRF=137;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.319006,0.0190169;STB=0.554802,0.793047;STBP=0.002,0.005;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0353948,0.0249799;OID=.,.;OPOS=141324956,141324954;OREF=-,AC;OALT=CTGCTGCTG,TG;OMAPALT=ACCTGCTGCTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:338:160:72:129,22:242,24:0.715976,0.0710059:57,3:72,19:137:23:59,3:183,21:41:31 chr5 141325249 . T C 5087.6 PASS AF=0.990881;AO=323;DP=334;FAO=326;FDP=329;FR=.;FRO=3;FSAF=133;FSAR=193;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00503009;FXX=0.0149696;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.526;QD=61.8554;RBI=0.0211326;REFB=0.0339294;REVB=0.0205253;RO=2;SAF=130;SAR=193;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00118997;STB=0.502439;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.000144291;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:334:329:2:3:323:326:0.990881:193:130:1:1:193:133:2:1 chr5 141335241 . A G 742.97 PASS AF=0.797297;AO=59;DP=74;FAO=59;FDP=74;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0242042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.656;QD=40.1604;RBI=0.0252211;REFB=0.00464675;REVB=-0.00708954;RO=15;SAF=23;SAR=36;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157085;STB=0.584116;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000669374;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:15:15:59:59:0.797297:36:23:12:3:36:23:12:3 chr5 141335284 . G A 834.19 PASS AF=0.701923;AO=70;DP=101;FAO=73;FDP=104;FR=.;FRO=31;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0114277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4928;QD=32.0843;RBI=0.0246933;REFB=-0.0034894;REVB=0.0218899;RO=27;SAF=40;SAR=30;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707951;STB=0.51557;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00588837;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:27:31:70:73:0.701923:30:40:19:8:32:41:19:12 chr5 141335498 . C T 125.22 PASS AF=0.15894;AO=24;DP=153;FAO=24;FDP=151;FR=.;FRO=127;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=-0.0122034;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.012;QD=3.31694;RBI=0.0127744;REFB=-0.00475587;REVB=0.00377682;RO=128;SAF=12;SAR=12;SRF=64;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509925;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0200022;OID=.;OPOS=141335498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:128:127:24:24:0.15894:12:12:64:64:12:12:65:62 chr5 141336264 . G T 1130.05 PASS AF=0.845361;AO=77;DP=93;FAO=82;FDP=97;FR=.;FRO=15;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0219699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.007;QD=46.6001;RBI=0.0227532;REFB=-0.00321845;REVB=0.00591853;RO=14;SAF=36;SAR=41;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301009;STB=0.514747;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000500358;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:93:97:14:15:77:82:0.845361:41:36:8:6:46:36:8:7 chr5 141337126 . C T 1127.64 PASS AF=0.830189;AO=88;DP=106;FAO=88;FDP=106;FR=.;FRO=18;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.110113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7967;QD=42.5525;RBI=0.110625;REFB=0.0232236;REVB=0.0106327;RO=17;SAF=42;SAR=46;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338004;STB=0.522722;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00340485;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:17:18:88:88:0.830189:46:42:10:7:46:42:11:7 chr5 141337225 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.633;QD=56.9999;RBI=0.0504593;REFB=0;REVB=0.00982411;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229312;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:29:25:0:0 chr5 141391532 . G A 3986.23 PASS AF=1;AO=255;DP=256;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272415;FXX=0.00772171;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2653;QD=62.0425;RBI=0.0281787;REFB=0.0277685;REVB=-0.00720694;RO=1;SAF=113;SAR=142;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146566;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:256:257:1:0:255:257:1:142:113:1:0:144:113:0:0 chr5 141531735 . C T 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.581;QD=58.0584;RBI=0.0640892;REFB=0;REVB=0.0285611;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78639e-05;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr5 141774022 . G A 464.19 PASS AF=0.16184;AO=95;DP=590;FAO=95;FDP=587;FR=.;FRO=492;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=217;FSRR=275;FWDB=-0.00663539;FXX=0.00508466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.595;QD=3.16312;RBI=0.0066354;REFB=-0.00088642;REVB=1.04854e-05;RO=491;SAF=50;SAR=45;SRF=217;SRR=274;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109465;STB=0.571108;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00361501;OID=.;OPOS=141774022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:590:587:491:492:95:95:0.16184:45:50:217:274:45:50:217:275 chr5 141774052 . G A 634.73 PASS AF=0.175287;AO=122;DP=696;FAO=122;FDP=696;FR=.;FRO=574;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=258;FSRR=316;FWDB=-0.00384795;FXX=0.0014347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.114;QD=3.64789;RBI=0.0549841;REFB=0.00660155;REVB=0.0548492;RO=572;SAF=57;SAR=65;SRF=256;SRR=316;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025796;STB=0.514716;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.028427;OID=.;OPOS=141774052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:696:696:572:574:122:122:0.175287:65:57:256:316:65:57:258:316 chr5 141973349 . C G 1587.36 PASS AF=0.81457;AO=123;DP=155;FAO=123;FDP=151;FR=.;FRO=28;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00281314;FXX=0.0258048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5619;QD=42.0492;RBI=0.00697783;REFB=0.00404317;REVB=0.00638564;RO=27;SAF=60;SAR=63;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272895;STB=0.517629;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00117862;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:151:27:28:123:123:0.81457:63:60:11:16:63:60:11:17 chr5 141973501 . T C 1509.7 PASS AF=0.782313;AO=114;DP=146;FAO=115;FDP=147;FR=.;FRO=32;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0112107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.213;QD=41.0802;RBI=0.0194074;REFB=-0.00162353;REVB=0.015842;RO=32;SAF=51;SAR=63;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00410799;STB=0.501318;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.000486443;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:32:32:114:115:0.782313:63:51:14:18:64:51:14:18 chr5 142254679 . A G 1933.18 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000114531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.16;QD=61.8618;RBI=0.0278012;REFB=0;REVB=-0.027801;RO=0;SAF=53;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.66488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.52472e-05;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:70:53:0:0:70:55:0:0 chr5 142593652 . C T 1896.39 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.743;QD=61.6712;RBI=0.0104248;REFB=0;REVB=0.0101326;RO=0;SAF=83;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54622e-06;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:40:83:0:0:40:83:0:0 chr5 145246085 . T G 5887.62 PASS AF=1;AO=363;DP=365;FAO=378;FDP=378;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=225;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025785;FXX=0.00263845;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.382;QD=62.3028;RBI=0.00788876;REFB=-0.0452504;REVB=0.00745546;RO=1;SAF=147;SAR=216;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00220406;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26403e-05;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:365:378:1:0:363:378:1:216:147:0:1:225:153:0:0 chr5 145393364 . C T 117.0 PASS AF=0.184211;AO=21;DP=114;FAO=21;FDP=114;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0114185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.424;QD=4.10517;RBI=0.0136225;REFB=-0.00293139;REVB=0.00742907;RO=92;SAF=15;SAR=6;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328034;STB=0.706872;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0120707;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:92:93:21:21:0.184211:6:15:42:50:6:15:43:50 chr5 145439647 . T C 2843.51 PASS AF=1;AO=178;DP=183;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453027;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.577;QD=62.4948;RBI=0.0455066;REFB=0;REVB=-0.00430323;RO=0;SAF=53;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.3803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167875;OID=.;OPOS=145439647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:182:0:0:178:182:1:125:53:0:0:127:55:0:0 chr5 145442203 . G C 159.1 PASS AF=0.218487;AO=26;DP=119;FAO=26;FDP=119;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0212615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0073;QD=5.34793;RBI=0.0227045;REFB=0.0103901;REVB=0.00796517;RO=91;SAF=14;SAR=12;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828691;STB=0.550929;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.0483869;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:91:93:26:26:0.218487:12:14:43:48:12:14:44:49 chr5 145477855 . T C 1902.87 PASS AF=0.773684;AO=136;DP=179;FAO=147;FDP=190;FR=.;FRO=43;FSAF=72;FSAR=75;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0150006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.46;QD=40.0603;RBI=0.0155779;REFB=-0.0221036;REVB=0.00420128;RO=43;SAF=64;SAR=72;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446914;STB=0.526675;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00703715;OID=.;OPOS=145477855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:190:43:43:136:147:0.773684:72:64:16:27:75:72:16:27 chr5 145483844 . A T 952.96 PASS AF=0.760417;AO=73;DP=97;FAO=73;FDP=96;FR=.;FRO=23;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.002672;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7923;QD=39.7067;RBI=0.0152469;REFB=0.00192326;REVB=-0.0150109;RO=23;SAF=35;SAR=38;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200405;STB=0.510727;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00165216;OID=.;OPOS=145483844;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:23:23:73:73:0.760417:38:35:10:13:38:35:10:13 chr5 145499996 . C T 1974.31 PASS AF=0.78534;AO=150;DP=191;FAO=150;FDP=191;FR=.;FRO=41;FSAF=68;FSAR=82;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.045055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8125;QD=41.3468;RBI=0.0770029;REFB=0.0299245;REVB=-0.0624459;RO=40;SAF=68;SAR=82;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00864949;STB=0.502182;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.0103029;OID=.;OPOS=145499996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:40:41:150:150:0.78534:82:68:19:21:82:68:19:22 chr5 145508340 . A G 1999.57 PASS AF=0.794737;AO=150;DP=189;FAO=151;FDP=190;FR=.;FRO=39;FSAF=65;FSAR=86;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0183817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.144;QD=42.0962;RBI=0.0183824;REFB=-0.0187505;REVB=-0.000162976;RO=36;SAF=64;SAR=86;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476506;STB=0.533028;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00454736;OID=.;OPOS=145508340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:36:39:150:151:0.794737:86:64:20:16:86:65:23:16 chr5 145508636 . TA CC 809.48 PASS AF=0.761905;AO=64;DP=85;FAO=64;FDP=84;FR=.;FRO=20;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00573058;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=2;MLLD=118.154;QD=38.5466;RBI=0.0266502;REFB=0.00389029;REVB=-0.0260268;RO=19;SAF=33;SAR=31;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271084;STB=0.508194;STBP=0.801;TYPE=mnp;VARB=-0.000940101;OID=.;OPOS=145508636;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:19:20:64:64:0.761905:31:33:11:8:31:33:11:9 chr5 145519821 . G A 555.04 PASS AF=0.690141;AO=47;DP=70;FAO=49;FDP=71;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0172983;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.936;QD=31.2699;RBI=0.0177155;REFB=-0.0187163;REVB=0.00382233;RO=22;SAF=16;SAR=31;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450992;STB=0.519198;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0102303;OID=.;OPOS=145519821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:22:22:47:49:0.690141:31:16:6:16:33:16:6:16 chr5 145523105 . G A 673.41 PASS AF=0.774648;AO=55;DP=71;FAO=55;FDP=71;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.021262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0001;QD=37.9388;RBI=0.0218823;REFB=0.0283642;REVB=0.00517302;RO=16;SAF=24;SAR=31;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532909;STB=0.528569;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0070504;OID=.;OPOS=145523105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:16:16:55:55:0.774648:31:24:5:11:31:24:5:11 chr5 145537108 . C T 83.17 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00407115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.304;QD=3.78042;RBI=0.00464476;REFB=-0.00433132;REVB=-0.00223596;RO=73;SAF=6;SAR=9;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201218;STB=0.632114;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0214018;OID=.;OPOS=145537108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:88:88:73:73:15:15:0.170455:9:6:41:32:9:6:41:32 chr5 145539996 . T G 426.66 PASS AF=0.767442;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0240782;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5199;QD=39.689;RBI=0.0249541;REFB=-0.0410968;REVB=0.00655362;RO=10;SAF=14;SAR=19;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551458;STB=0.529822;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0124895;OID=.;OPOS=145539996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:44:43:10:10:33:33:0.767442:19:14:3:7:19:14:3:7 chr5 145543972 . G A 785.07 PASS AF=0.824324;AO=61;DP=74;FAO=61;FDP=74;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00148619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.739;QD=42.4361;RBI=0.0232957;REFB=-0.0014858;REVB=-0.0232483;RO=13;SAF=21;SAR=40;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420809;STB=0.522489;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.000404155;OID=.;OPOS=145543972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:13:13:61:61:0.824324:40:21:6:7:40:21:6:7 chr5 145886722 . CA C 72.1 PASS AF=0.337748;AO=44;DP=162;FAO=51;FDP=151;FR=.;FRO=100;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=61;FWDB=-0.182557;FXX=0.0958026;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.08155;QD=1.9099;RBI=0.184092;REFB=-0.0981544;REVB=-0.0237288;RO=75;SAF=19;SAR=25;SRF=23;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144849;STB=0.541089;STBP=0.504;TYPE=del;VARB=0.013837;OID=.;OPOS=145886723;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337748:44:162:51:151:100:23:28:39:61:72:75:19:25:23:52 chr5 145890028 . A G 1470.92 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.331;QD=63.2656;RBI=0.0227541;REFB=0;REVB=-0.0111374;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63632e-06;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:47:45:0:0:48:45:0:0 chr5 145894896 . G C 83.08 PASS AF=0.146552;AO=17;DP=116;FAO=17;FDP=116;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=0.0175358;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.188;QD=2.86481;RBI=0.0579244;REFB=-0.00696252;REVB=-0.0552062;RO=98;SAF=6;SAR=11;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112178;STB=0.572707;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0408215;OID=.;OPOS=145894896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:116:116:98:99:17:17:0.146552:11:6:43:55:11:6:43:56 chr5 145935658 . G A 1789.32 PASS AF=0.747368;AO=137;DP=184;FAO=142;FDP=190;FR=.;FRO=48;FSAF=75;FSAR=67;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00178566;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.913;QD=37.6699;RBI=0.0369738;REFB=-0.0205717;REVB=-0.0369307;RO=47;SAF=73;SAR=64;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200444;STB=0.508708;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00588399;OID=.;OPOS=145935658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:190:47:48:137:142:0.747368:64:73:27:20:67:75:27:21 chr5 146722556 . T C 113.71 PASS AF=0.176991;AO=18;DP=111;FAO=20;FDP=113;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=92;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=-0.000391409;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.574;QD=4.02496;RBI=0.00641375;REFB=-0.00216304;REVB=0.00640179;RO=65;SAF=8;SAR=10;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215336;STB=0.535679;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0171999;OID=.;OPOS=146722556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:65:92:18:20:0.176991:10:8:30:35:10:10:42:50 chr5 146773682 . G A 46.53 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0212758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.255;QD=2.29759;RBI=0.0213511;REFB=-0.000111866;REVB=-0.00179054;RO=71;SAF=4;SAR=6;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00711948;STB=0.505144;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.000625372;OID=.;OPOS=146773682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:71:71:10:10:0.123457:6:4:28:43:6:4:28:43 chr5 146798035 . G A 169.98 PASS AF=0.236842;AO=26;DP=111;FAO=27;FDP=114;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=0.0266111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8821;QD=5.96436;RBI=0.0297734;REFB=0.00707847;REVB=-0.0133532;RO=84;SAF=16;SAR=10;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216886;STB=0.625951;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0266081;OID=.;OPOS=146798035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:84:87:26:27:0.236842:10:16:37:47:11:16:37:50 chr5 146971253 . C T 158.4 PASS AF=1;AO=11;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2629;QD=45.2567;RBI=0.0500613;REFB=0;REVB=0.00269092;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589806;OID=.;OPOS=146971253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:11:14:1:9:2:0:0:11:3:0:0 chr5 147286013 . A T 99.23 PASS AF=0.165217;AO=18;DP=115;FAO=19;FDP=115;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.00935611;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0695;QD=3.45162;RBI=0.00964975;REFB=-0.00930985;REVB=-0.00236239;RO=96;SAF=8;SAR=10;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833496;STB=0.583094;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0369375;OID=.;OPOS=147286013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:96:96:18:19:0.165217:10:8:49:47:11:8:50:46 chr5 147468614 . A G 1237.84 PASS AF=0.693878;AO=101;DP=149;FAO=102;FDP=147;FR=.;FRO=45;FSAF=73;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00793202;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6218;QD=33.6828;RBI=0.0400539;REFB=-0.0233721;REVB=-0.0392607;RO=46;SAF=73;SAR=28;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24019;STB=0.607678;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0544469;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:46:45:101:102:0.693878:28:73:16:30:29:73:18:27 chr5 147480080 . G A 1078.72 PASS AF=0.758621;AO=87;DP=115;FAO=88;FDP=116;FR=.;FRO=28;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00983512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1336;QD=37.1971;RBI=0.0100424;REFB=-0.014211;REVB=-0.00202991;RO=28;SAF=37;SAR=50;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509936;STB=0.525371;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00683047;OID=.;OPOS=147480080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:28:28:87:88:0.758621:50:37:15:13:50:38:15:13 chr5 147499891 . G T 565.95 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=75;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0599452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1411;QD=29.7868;RBI=0.0644856;REFB=-0.0565081;REVB=0.0237688;RO=25;SAF=14;SAR=36;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960707;STB=0.556143;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0117363;OID=.;OPOS=147499891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:25:26:50:50:0.657895:36:14:4:21:36:14:4:22 chr5 147516598 . T C 1207.89 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00625059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.656;QD=57.5185;RBI=0.00734411;REFB=-0.043124;REVB=0.00385565;RO=3;SAF=37;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368519;STB=0.519476;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000827478;OID=.;OPOS=147516598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:81:81:0.964286:44:37:3:0:44:37:3:0 chr5 147554889 . A C 2190.43 PASS AF=0.728033;AO=174;DP=241;FAO=174;FDP=239;FR=.;FRO=65;FSAF=95;FSAR=79;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0154161;FXX=0.0123962;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.943;QD=36.6599;RBI=0.0267332;REFB=-0.0252084;REVB=0.0218405;RO=65;SAF=95;SAR=79;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510508;STB=0.52724;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0102467;OID=.;OPOS=147554889;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:239:65:65:174:174:0.728033:79:95:29:36:79:95:29:36 chr5 147593497 . C A 274.59 PASS AF=0.180851;AO=51;DP=282;FAO=51;FDP=282;FR=.;FRO=231;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=125;FSRR=106;FWDB=-0.00282089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.101;QD=3.89483;RBI=0.0199057;REFB=0.00206769;REVB=-0.0197048;RO=231;SAF=16;SAR=35;SRF=125;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293939;STB=0.686201;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.01003;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:231:231:51:51:0.180851:35:16:125:106:35:16:125:106 chr5 147665537 . ATCTTCT ATC,ATCT 724.75 PASS AF=0.0625,0.669643;AO=23,48;DP=124;FAO=7,75;FDP=112;FR=.;FRO=30;FSAF=3,40;FSAR=4,35;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0119235,0.0093534;FXX=0.0819605;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=224.355,227.102;QD=25.8839;RBI=0.0454652,0.0598695;REFB=-0.0356311,-0.0339769;REVB=0.0438739,0.0591344;RO=20;SAF=9,30;SAR=14,18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0925459,0.0710759;STB=0.557973,0.509552;STBP=0.781,0.798;TYPE=del,del;VARB=0.0139211,0.0153757;OID=.,.;OPOS=147665540,147665538;OREF=TTCT,TCT;OALT=-,-;OMAPALT=ATC,ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0625,0.669643:23,48:124:7,75:112:30:3,40:4,35:15:15:99:20:9,30:14,18:10:10 chr5 147665620 . A G 852.6 PASS AF=0.715686;AO=73;DP=102;FAO=73;FDP=102;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0360163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.925;QD=33.4352;RBI=0.0386809;REFB=-0.0334892;REVB=0.0141081;RO=29;SAF=26;SAR=47;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163523;STB=0.587965;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0124735;OID=.;OPOS=147665620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:29:29:73:73:0.715686:47:26:19:10:47:26:19:10 chr5 147692967 . G T 90.9 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.0273249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.982;QD=5.05026;RBI=0.0294535;REFB=-0.000606256;REVB=-0.0109936;RO=55;SAF=4;SAR=11;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902031;STB=0.563386;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00256569;OID=.;OPOS=147692967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:71:72:55:57:15:15:0.208333:11:4:18:37:11:4:19:38 chr5 147703416 . C T 790.3 PASS AF=0.759036;AO=63;DP=83;FAO=63;FDP=83;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0087973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.005;QD=38.0866;RBI=0.00970833;REFB=0.00565868;REVB=-0.00410598;RO=20;SAF=19;SAR=44;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101015;STB=0.554283;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00173049;OID=.;OPOS=147703416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:20:20:63:63:0.759036:44:19:10:10:44:19:10:10 chr5 147778631 . A G 172.49 PASS AF=0.145098;AO=37;DP=255;FAO=37;FDP=255;FR=.;FRO=218;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=115;FSRR=103;FWDB=0.0102117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7952;QD=2.70572;RBI=0.0178319;REFB=-0.00622546;REVB=-0.0146184;RO=218;SAF=21;SAR=16;SRF=115;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516765;STB=0.534527;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.04588;OID=.;OPOS=147778631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:218:218:37:37:0.145098:16:21:115:103:16:21:115:103 chr5 147822069 . A T 2095.98 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=139;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000645333;FXX=0.0143875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.905;QD=61.1964;RBI=0.00287543;REFB=0.00905946;REVB=0.00280207;RO=1;SAF=67;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693957;STB=0.500054;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-7.37815e-05;OID=.;OPOS=147822069;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:137:1:2:135:135:0.985401:68:67:0:1:68:67:1:1 chr5 147856333 . G A 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00588553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.238;QD=62.1619;RBI=0.00799581;REFB=0;REVB=-0.00541235;RO=0;SAF=26;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36373e-06;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:59:26:0:0:59:26:0:0 chr5 148206440 . G A 1989.44 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.635;QD=62.1701;RBI=0.0146543;REFB=0;REVB=-0.0045862;RO=0;SAF=74;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71657e-06;OID=.;OPOS=148206440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:54:74:0:0:54:74:0:0 chr5 148206473 . G C 1866.51 PASS AF=0.884354;AO=126;DP=147;FAO=130;FDP=147;FR=.;FRO=17;FSAF=85;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.00873324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.053;QD=50.7893;RBI=0.0675532;REFB=-0.128098;REVB=0.0669863;RO=17;SAF=85;SAR=41;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135176;STB=0.565713;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00249748;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:147:147:17:17:126:130:0.884354:41:85:2:15:45:85:2:15 chr5 148207447 . G C 187.92 PASS AF=0.14539;AO=41;DP=282;FAO=41;FDP=282;FR=.;FRO=241;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=81;FSRR=160;FWDB=0.0104273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.817;QD=2.66549;RBI=0.0120206;REFB=-4.30394e-05;REVB=0.00598054;RO=238;SAF=17;SAR=24;SRF=81;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101456;STB=0.57077;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00030666;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:238:241:41:41:0.14539:24:17:81:157:24:17:81:160 chr5 148207633 . G A 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.789;QD=58.2372;RBI=0.0186364;REFB=0;REVB=-0.00935404;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.46926e-05;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr5 148386525 . T G 202.5 PASS AF=0.242188;AO=30;DP=128;FAO=31;FDP=128;FR=.;FRO=97;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=67;FSRR=30;FWDB=-0.0124678;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1057;QD=6.32796;RBI=0.0393988;REFB=-0.00760717;REVB=-0.0373741;RO=98;SAF=17;SAR=13;SRF=67;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154742;STB=0.61116;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0280447;OID=.;OPOS=148386525;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:98:97:30:31:0.242188:13:17:67:31:14:17:67:30 chr5 148406386 . T C 172.08 PASS AF=0.215385;AO=28;DP=130;FAO=28;FDP=130;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.0234765;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.352;QD=5.29487;RBI=0.0249188;REFB=-0.0120257;REVB=-0.00835484;RO=102;SAF=6;SAR=22;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332745;STB=0.709515;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0372325;OID=.;OPOS=148406386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:102:102:28:28:0.215385:22:6:46:56:22:6:46:56 chr5 148407708 . A C 1323.81 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433369;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5087;QD=62.2968;RBI=0.0436925;REFB=0;REVB=0.00556328;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275511;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:36:48:0:0:37:48:0:0 chr5 148408101 . A G 98.76 PASS AF=0.158333;AO=19;DP=120;FAO=19;FDP=120;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.0226267;FXX=0.0163921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.088;QD=3.29195;RBI=0.0237576;REFB=-0.000548016;REVB=-0.0072427;RO=99;SAF=9;SAR=10;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269474;STB=0.526288;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00283732;OID=.;OPOS=148408101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:120:120:99:101:19:19:0.158333:10:9:49:50:10:9:51:50 chr5 148610276 . C A 6358.55 PASS AF=1;AO=399;DP=399;FAO=406;FDP=406;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=261;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.221;QD=62.6458;RBI=0.0458236;REFB=0;REVB=-0.00414566;RO=0;SAF=143;SAR=256;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65121e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17645e-05;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:399:406:0:0:399:406:1:256:143:0:0:261:145:0:0 chr5 148627252 . G A 2477.65 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991062;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.096;QD=61.5565;RBI=0.0214263;REFB=0;REVB=-0.0189964;RO=0;SAF=69;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38249e-05;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:161:161:1:92:69:0:0:92:69:0:0 chr5 148699940 . A C 851.14 PASS AF=0.781609;AO=64;DP=87;FAO=68;FDP=87;FR=.;FRO=19;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.00438332;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.558;QD=39.1327;RBI=0.0764344;REFB=0.00799306;REVB=0.0763086;RO=19;SAF=36;SAR=28;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123638;STB=0.558388;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00133654;OID=.;OPOS=148699940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:19:19:64:68:0.781609:28:36:16:3:28:40:16:3 chr5 148700031 . A T 890.93 PASS AF=0.781609;AO=68;DP=91;FAO=68;FDP=87;FR=.;FRO=19;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0224934;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.328;QD=40.9621;RBI=0.0260599;REFB=0.0162077;REVB=-0.0131593;RO=19;SAF=32;SAR=36;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150895;STB=0.580622;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0111743;OID=.;OPOS=148700031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:87:19:19:68:68:0.781609:36:32:16:3:36:32:16:3 chr5 148720087 . T G 1484.45 PASS AF=0.764331;AO=117;DP=155;FAO=120;FDP=157;FR=.;FRO=37;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0950227;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6088;QD=37.8204;RBI=0.10024;REFB=-0.0398058;REVB=0.0319163;RO=37;SAF=60;SAR=57;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240352;STB=0.511515;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00740512;OID=.;OPOS=148720087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:37:37:117:120:0.764331:57:60:17:20:59:61:17:20 chr5 148986244 . G C 1312.74 PASS AF=0.784615;AO=101;DP=129;FAO=102;FDP=130;FR=.;FRO=28;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0040231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1303;QD=40.392;RBI=0.0401213;REFB=-0.0224506;REVB=-0.039919;RO=28;SAF=47;SAR=54;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287277;STB=0.51405;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00386778;OID=.;OPOS=148986244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:28:28:101:102:0.784615:54:47:15:13:54:48:15:13 chr5 148989122 . C T 194.33 PASS AF=0.2;AO=30;DP=173;FAO=35;FDP=175;FR=.;FRO=140;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=61;FSRR=79;FWDB=0.00813844;FXX=0.016853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.728;QD=4.44182;RBI=0.00818217;REFB=-0.0124155;REVB=0.000844771;RO=140;SAF=11;SAR=19;SRF=60;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826809;STB=0.553522;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0482091;OID=.;OPOS=148989122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:140:140:30:35:0.2:19:11:60:80:22:13:61:79 chr5 148989216 . C T 126.83 PASS AF=0.153846;AO=26;DP=169;FAO=26;FDP=169;FR=.;FRO=143;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=67;FSRR=76;FWDB=-0.00463656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.528;QD=3.00195;RBI=0.0166716;REFB=-0.00224986;REVB=0.0160139;RO=143;SAF=15;SAR=11;SRF=67;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137798;STB=0.591231;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0137711;OID=.;OPOS=148989216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:143:143:26:26:0.153846:11:15:67:76:11:15:67:76 chr5 148996328 . G A 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.010796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.555;QD=2.84582;RBI=0.0122049;REFB=-0.000120742;REVB=-0.00569267;RO=47;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423376;STB=0.796366;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000544195;OID=.;OPOS=148996328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:2:5:16:31:2:5:16:31 chr5 149001551 . A C 90.85 PASS AF=0.155172;AO=18;DP=116;FAO=18;FDP=116;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.00421424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.911;QD=3.13274;RBI=0.011515;REFB=-0.000530252;REVB=-0.0107162;RO=98;SAF=6;SAR=12;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151978;STB=0.602293;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00392004;OID=.;OPOS=149001551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:116:116:98:98:18:18:0.155172:12:6:44:54:12:6:44:54 chr5 149006640 . C T 434.77 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0284979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3292;QD=37.8059;RBI=0.0353472;REFB=-0.0214924;REVB=0.0209116;RO=11;SAF=20;SAR=14;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656501;STB=0.521264;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00575663;OID=.;OPOS=149006640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:11:12:34:34:0.73913:14:20:8:3:14:20:8:4 chr5 149006837 . A G 437.79 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0226364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.402;QD=38.9149;RBI=0.0242166;REFB=-0.0179726;REVB=0.00860443;RO=11;SAF=14;SAR=20;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225186;STB=0.512188;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00219857;OID=.;OPOS=149006837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:11:11:34:34:0.755556:20:14:4:7:20:14:4:7 chr5 149008403 . A G 3595.13 PASS AF=0.987395;AO=232;DP=238;FAO=235;FDP=238;FR=.;FRO=3;FSAF=126;FSAR=109;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0205265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.481;QD=60.4224;RBI=0.0259581;REFB=-0.154771;REVB=-0.0158898;RO=6;SAF=123;SAR=109;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146228;STB=0.501654;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000513389;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:238:238:6:3:232:235:0.987395:109:123:5:1:109:126:2:1 chr5 149008484 . G A 151.29 PASS AF=0.124161;AO=37;DP=298;FAO=37;FDP=298;FR=.;FRO=261;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=117;FSRR=144;FWDB=-0.00445836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.298;QD=2.03069;RBI=0.0267446;REFB=-0.00106151;REVB=-0.0263703;RO=261;SAF=15;SAR=22;SRF=117;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05515;STB=0.538355;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00886628;OID=.;OPOS=149008484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:261:261:37:37:0.124161:22:15:117:144:22:15:117:144 chr5 149008521 . A G 3479.05 PASS AF=1;AO=223;DP=224;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641873;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0069;QD=62.4046;RBI=0.0646829;REFB=-0.0779615;REVB=0.00799169;RO=0;SAF=95;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034105;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:224:223:0:0:223:223:1:128:95:0:0:128:95:0:0 chr5 149212243 . G C 140.94 PASS AF=0.151832;AO=29;DP=190;FAO=29;FDP=191;FR=.;FRO=162;FSAF=27;FSAR=2;FSRF=143;FSRR=19;FWDB=-0.025393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0975;QD=2.9517;RBI=0.060322;REFB=-0.00157708;REVB=0.0547169;RO=161;SAF=27;SAR=2;SRF=142;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182003;STB=0.625035;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00892682;OID=.;OPOS=149212243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:161:162:29:29:0.151832:2:27:142:19:2:27:143:19 chr5 149212430 . G A 3038.83 PASS AF=0.779605;AO=237;DP=306;FAO=237;FDP=304;FR=.;FRO=67;FSAF=94;FSAR=143;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00339067;FXX=0.00977167;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.657;QD=39.9846;RBI=0.00577048;REFB=-0.0357027;REVB=-0.00466924;RO=66;SAF=94;SAR=143;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118075;STB=0.504891;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0106213;OID=.;OPOS=149212430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:304:66:67:237:237:0.779605:143:94:28:38:143:94:28:39 chr5 149212471 . G A 228.56 PASS AF=0.190698;AO=41;DP=218;FAO=41;FDP=215;FR=.;FRO=174;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=126;FWDB=-0.0264398;FXX=0.0137608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.097;QD=4.2522;RBI=0.0264863;REFB=0.00176759;REVB=0.00156866;RO=167;SAF=8;SAR=33;SRF=43;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114478;STB=0.592259;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00606278;OID=.;OPOS=149212471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:215:167:174:41:41:0.190698:33:8:43:124:33:8:48:126 chr5 149216256 . C T 751.53 PASS AF=0.779221;AO=60;DP=77;FAO=60;FDP=77;FR=.;FRO=17;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0204244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0468;QD=39.0406;RBI=0.0658709;REFB=-0.0381852;REVB=0.0626244;RO=17;SAF=28;SAR=32;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965192;STB=0.551647;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0085439;OID=.;OPOS=149216256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:17:17:60:60:0.779221:32:28:4:13:32:28:4:13 chr5 149216304 . C T 724.32 PASS AF=0.786667;AO=57;DP=74;FAO=59;FDP=75;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0358954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.034;QD=38.6303;RBI=0.0405516;REFB=-0.00875895;REVB=0.0188667;RO=16;SAF=24;SAR=33;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997495;STB=0.54934;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00154282;OID=.;OPOS=149216304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:74:75:16:16:57:59:0.786667:33:24:3:13:35:24:3:13 chr5 149360877 . T C 1700.72 PASS AF=0.991304;AO=112;DP=114;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0349858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4381;QD=59.1554;RBI=0.0379765;REFB=-0.0819665;REVB=0.0147718;RO=1;SAF=50;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940112;STB=0.504761;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0057878;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:115:1:1:112:114:0.991304:62:50:1:0:62:52:1:0 chr5 149374932 . T C 92.54 PASS AF=0.157895;AO=17;DP=114;FAO=18;FDP=114;FR=.;FRO=96;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=67;FWDB=0.0233062;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.989;QD=3.24712;RBI=0.0312691;REFB=-0.005295;REVB=-0.0208465;RO=95;SAF=5;SAR=12;SRF=28;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000938241;STB=0.530169;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0222518;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:114:114:95:96:17:18:0.157895:12:5:28:67:12:6:29:67 chr5 149406271 . C T 124.5 PASS AF=0.189655;AO=22;DP=118;FAO=22;FDP=116;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.00123006;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.249;QD=4.29313;RBI=0.0224009;REFB=-0.00130137;REVB=-0.0223671;RO=95;SAF=13;SAR=9;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109476;STB=0.557091;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00651591;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:95:94:22:22:0.189655:9:13:48:47:9:13:49:45 chr5 149433398 . AGGGGGGGGT AGGCGGGGGGT,AGGGGGGGT,AGGGGGGGTG 167.99 PASS AF=0.15625,0.09375,0.104167;AO=10,20,5;DP=91;FAO=15,9,10;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=10,8,10;FSAR=5,1,0;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=-0.0244607,-0.186889,-0.122068;FXX=0.0303;HRUN=0,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=233.281,6.69328,19.9507;QD=6.99961;RBI=0.0641784,0.257376,0.148363;REFB=-0.0124665,-0.0817456,-0.0533589;REVB=-0.0593342,-0.176961,-0.0843261;RO=33;SAF=6,19,5;SAR=4,1,0;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0076195,0.611694,0.601644;STB=0.509791,0.769909,0.998558;STBP=0.965,0.141,0.009;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.0447539,0.0519502,-0.00396844;OID=.,.,.;OPOS=149433401,149433399,149433406;OREF=-,G,GT;OALT=C,-,TG;OMAPALT=AGGCGGGGGGT,AGGGGGGGT,AGGGGGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15625,0.09375,0.104167:10,20,5:91:15,9,10:96:62:10,8,10:5,1,0:42:20:81:33:6,19,5:4,1,0:20:13 chr5 149440465 . G A 954.77 PASS AF=0.740741;AO=80;DP=108;FAO=80;FDP=108;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00253389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.916;QD=35.3618;RBI=0.0668886;REFB=0.00421704;REVB=0.0668406;RO=28;SAF=28;SAR=52;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130778;STB=0.570157;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00191051;OID=.;OPOS=149440465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:28:28:80:80:0.740741:52:28:17:11:52:28:17:11 chr5 149441393 . C T 538.96 PASS AF=0.331658;AO=66;DP=199;FAO=66;FDP=199;FR=.;FRO=133;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=69;FWDB=-0.0139713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9958;QD=10.8334;RBI=0.0954811;REFB=-0.00880169;REVB=-0.0944534;RO=131;SAF=35;SAR=31;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571952;STB=0.532796;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0164219;OID=.;OPOS=149441393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:131:133:66:66:0.331658:31:35:63:68:31:35:64:69 chr5 149450132 . T C 60.45 PASS AF=0.144578;AO=12;DP=83;FAO=12;FDP=83;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=53;FWDB=-0.0993263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.129;QD=2.91348;RBI=0.100564;REFB=-0.00618155;REVB=0.0157315;RO=71;SAF=3;SAR=9;SRF=18;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0057833;STB=0.503993;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.038025;OID=.;OPOS=149450132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:83:83:71:71:12:12:0.144578:9:3:18:53:9:3:18:53 chr5 149456811 . G A 2830.7 PASS AF=0.838057;AO=203;DP=244;FAO=207;FDP=247;FR=.;FRO=40;FSAF=106;FSAR=101;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0158787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.542;QD=45.8413;RBI=0.0230199;REFB=-0.0346796;REVB=-0.0166668;RO=40;SAF=103;SAR=100;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00547934;STB=0.502094;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0066459;OID=.;OPOS=149456811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:247:40:40:203:207:0.838057:100:103:21:19:101:106:21:19 chr5 149460343 . G A 1188.34 PASS AF=0.865979;AO=84;DP=97;FAO=84;FDP=97;FR=.;FRO=13;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0140604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.367;QD=49.0035;RBI=0.0140932;REFB=0.0098279;REVB=0.000960836;RO=13;SAF=44;SAR=40;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231918;STB=0.512312;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00143502;OID=.;OPOS=149460343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:97:97:13:13:84:84:0.865979:40:44:8:5:40:44:8:5 chr5 149460445 . G A 1677.12 PASS AF=0.864286;AO=119;DP=138;FAO=121;FDP=140;FR=.;FRO=19;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0317442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.182;QD=47.9177;RBI=0.0322899;REFB=-0.0111247;REVB=0.00591132;RO=19;SAF=60;SAR=59;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605117;STB=0.532683;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00151433;OID=.;OPOS=149460445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:138:140:19:19:119:121:0.864286:59:60:14:5:61:60:14:5 chr5 149493472 . C A,T 1719.13 PASS AF=0.026087,0.973913;AO=6,108;DP=114;FAO=3,112;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=3,43;FSAR=0,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462924,0.0203379;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.0981,126.719;QD=59.796;RBI=0.0164143,0.0238716;REFB=0,0;REVB=-0.015748,0.0124989;RO=0;SAF=3,43;SAR=3,65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.75032e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.102022,-0.000826481;OID=.,.;OPOS=149493472,149493472;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:114:115:0:0:6,108:3,112:0.026087,0.973913:3,65:3,43:0:0:0,69:3,43:0:0 chr5 149495050 . T C 7026.22 PASS AF=1;AO=451;DP=456;FAO=452;FDP=452;FR=.;FRO=0;FSAF=270;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109317;FXX=0.0109407;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.585;QD=62.1789;RBI=0.0194496;REFB=-0.0130099;REVB=0.0160868;RO=4;SAF=269;SAR=182;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603129;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93422e-05;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:456:452:4:0:451:452:1:182:269:1:3:182:270:0:0 chr5 149563715 . T C 2332.74 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0786282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2839;QD=60.1998;RBI=0.0880427;REFB=0.00686093;REVB=-0.0396121;RO=1;SAF=74;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638536;STB=0.503355;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000601676;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:154:154:0.993548:80:74:1:0:80:74:1:0 chr5 149583300 . T C 856.59 PASS AF=0.876712;AO=63;DP=72;FAO=64;FDP=73;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0415261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.034;QD=46.9365;RBI=0.0420912;REFB=0.000726248;REVB=-0.00687425;RO=8;SAF=26;SAR=37;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824877;STB=0.502849;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.000488555;OID=.;OPOS=149583300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:72:73:8:9:63:64:0.876712:37:26:3:5:37:27:4:5 chr5 149583336 . T C 573.94 PASS AF=0.824561;AO=47;DP=57;FAO=47;FDP=57;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00566935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.734;QD=40.2767;RBI=0.0198218;REFB=-0.00554903;REVB=0.0189937;RO=10;SAF=22;SAR=25;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104793;STB=0.505616;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.000681699;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:10:10:47:47:0.824561:25:22:5:5:25:22:5:5 chr5 149585025 . A C 2865.84 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.019;QD=62.9854;RBI=0.020077;REFB=0;REVB=0.014821;RO=0;SAF=116;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34608e-07;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:66:116:0:0:66:116:0:0 chr5 149597160 . A G 1673.17 PASS AF=0.846154;AO=121;DP=144;FAO=121;FDP=143;FR=.;FRO=22;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0058509;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3473;QD=46.802;RBI=0.010499;REFB=0.00438621;REVB=-0.00871759;RO=22;SAF=67;SAR=54;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109311;STB=0.505795;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.000977214;OID=.;OPOS=149597160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:22:22:121:121:0.846154:54:67:13:9:54:67:13:9 chr5 149602608 . A G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.206;QD=59.9372;RBI=0.0267478;REFB=0;REVB=0.0106408;RO=0;SAF=36;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72572e-05;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:65:36:0:0:65:36:0:0 chr5 149644597 . T G 6092.45 PASS AF=1;AO=384;DP=385;FAO=384;FDP=384;FR=.;FRO=0;FSAF=192;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324445;FXX=0.00259734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.319;QD=63.463;RBI=0.0327828;REFB=0.0664965;REVB=0.00469739;RO=1;SAF=192;SAR=192;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247909;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08439e-05;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:385:384:1:0:384:384:1:192:192:1:0:192:192:0:0 chr5 149677851 . A G 2424.35 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114107;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.3;QD=61.3759;RBI=0.0146529;REFB=0;REVB=0.00919255;RO=0;SAF=56;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111462;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:102:56:0:0:102:56:0:0 chr5 149824223 . T C 537.65 PASS AF=0.829787;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00824424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=364.92;QD=45.7578;RBI=0.0113895;REFB=0.0120532;REVB=0.00785831;RO=8;SAF=16;SAR=23;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291856;STB=0.515687;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00151552;OID=.;OPOS=149824223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:47:47:8:8:39:39:0.829787:23:16:4:4:23:16:4:4 chr5 149826526 . C T 955.25 PASS AF=0.808989;AO=72;DP=89;FAO=72;FDP=89;FR=.;FRO=17;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0018787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.849;QD=42.9324;RBI=0.00765882;REFB=0.0185799;REVB=0.00742483;RO=17;SAF=37;SAR=35;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477763;STB=0.525486;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00398443;OID=.;OPOS=149826526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:17:17:72:72:0.808989:35:37:11:6:35:37:11:6 chr5 149919739 . G C 2825.57 PASS AF=0.994536;AO=180;DP=182;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=125;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0062634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.484;QD=61.7612;RBI=0.00909248;REFB=0.0296075;REVB=0.00659112;RO=1;SAF=125;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00857649;STB=0.504347;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-2.46479e-06;OID=.;OPOS=149919739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:182:183:1:1:180:182:0.994536:55:125:0:1:57:125:0:1 chr5 149923178 . A G 2199.46 PASS AF=0.804762;AO=169;DP=210;FAO=169;FDP=210;FR=.;FRO=41;FSAF=94;FSAR=75;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0205273;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.968;QD=41.8945;RBI=0.0327336;REFB=-0.028842;REVB=0.0254975;RO=39;SAF=94;SAR=75;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033755;STB=0.518272;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00694971;OID=.;OPOS=149923178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:39:41:169:169:0.804762:75:94:18:21:75:94:19:22 chr5 149998128 . G A 119.57 PASS AF=0.158621;AO=23;DP=146;FAO=23;FDP=145;FR=.;FRO=122;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=60;FWDB=-0.0138026;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.733;QD=3.29863;RBI=0.0139545;REFB=-0.00364334;REVB=-0.00205283;RO=122;SAF=15;SAR=8;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195983;STB=0.623363;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0169278;OID=.;OPOS=149998128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:122:122:23:23:0.158621:8:15:61:61:8:15:62:60 chr5 150051779 . G C 2011.95 PASS AF=0.784314;AO=155;DP=200;FAO=160;FDP=204;FR=.;FRO=44;FSAF=67;FSAR=93;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0313927;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.279;QD=39.45;RBI=0.0353112;REFB=-0.038331;REVB=0.0161673;RO=44;SAF=62;SAR=93;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158046;STB=0.512257;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00701548;OID=.;OPOS=150051779;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:204:44:44:155:160:0.784314:93:62:16:28:93:67:16:28 chr5 150051958 . T C 7074.8 PASS AF=1;AO=436;DP=437;FAO=444;FDP=444;FR=.;FRO=0;FSAF=238;FSAR=206;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460121;FXX=0.0044842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.707;QD=63.7369;RBI=0.0191049;REFB=0.0107229;REVB=0.0185425;RO=1;SAF=236;SAR=200;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0020184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1413e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:437:444:1:0:436:444:1:200:236:1:0:206:238:0:0 chr5 150056296 . C T 1818.51 PASS AF=0.745;AO=150;DP=204;FAO=149;FDP=200;FR=.;FRO=51;FSAF=94;FSAR=55;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00250821;FXX=0.0196069;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.957;QD=36.3702;RBI=0.0122437;REFB=-0.0146919;REVB=0.011984;RO=52;SAF=94;SAR=56;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254698;STB=0.516887;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00544964;OID=.;OPOS=150056296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:200:52:51:150:149:0.745:56:94:30:22:55:94:29:22 chr5 150056307 . C A 1450.19 PASS AF=0.622642;AO=132;DP=214;FAO=132;FDP=212;FR=.;FRO=80;FSAF=89;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0528375;FXX=0.0139528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.4351;QD=27.3621;RBI=0.0528469;REFB=-0.0169807;REVB=0.000998053;RO=76;SAF=89;SAR=43;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172784;STB=0.594941;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0107806;OID=.;OPOS=150056307;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:212:76:80:132:132:0.622642:43:89:33:43:43:89:35:45 chr5 150088545 . G A 580.29 PASS AF=0.8;AO=45;DP=57;FAO=48;FDP=60;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0126017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.83;QD=38.686;RBI=0.0127983;REFB=-0.0203237;REVB=-0.00223433;RO=12;SAF=18;SAR=27;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404114;STB=0.517038;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00480345;OID=.;OPOS=150088545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:57:60:12:12:45:48:0.8:27:18:6:6:28:20:6:6 chr5 150089766 . G A 479.99 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0130808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.749;QD=47.9992;RBI=0.0167742;REFB=0.00116597;REVB=-0.0105008;RO=5;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797687;STB=0.542833;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.000222013;OID=.;OPOS=150089766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:5:5:35:35:0.875:16:19:1:4:16:19:1:4 chr5 150090781 . C T 2262.79 PASS AF=0.839024;AO=162;DP=196;FAO=172;FDP=205;FR=.;FRO=33;FSAF=93;FSAR=79;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00678263;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.326;QD=44.1519;RBI=0.00760606;REFB=0.00818272;REVB=0.00344209;RO=34;SAF=92;SAR=70;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322903;STB=0.509036;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00132786;OID=.;OPOS=150090781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:205:34:33:162:172:0.839024:70:92:16:18:79:93:16:17 chr5 150097883 . G C 982.4 PASS AF=0.9;AO=70;DP=78;FAO=72;FDP=80;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00260316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.537;QD=49.1198;RBI=0.010228;REFB=-0.028897;REVB=0.00989117;RO=7;SAF=36;SAR=34;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391361;STB=0.513885;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00461186;OID=.;OPOS=150097883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:78:80:7:8:70:72:0.9:34:36:2:5:35:37:3:5 chr5 150158164 . C G 1680.55 PASS AF=0.776471;AO=132;DP=169;FAO=132;FDP=170;FR=.;FRO=38;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00928827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.865;QD=39.5423;RBI=0.0267517;REFB=-0.0140474;REVB=0.0250874;RO=37;SAF=66;SAR=66;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555918;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341516;OID=.;OPOS=150158164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:37:38:132:132:0.776471:66:66:19:18:66:66:19:19 chr5 150158199 . C T 1596.68 PASS AF=0.766467;AO=127;DP=167;FAO=128;FDP=167;FR=.;FRO=39;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0701158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4347;QD=38.2439;RBI=0.0741772;REFB=-0.0140885;REVB=0.0242079;RO=40;SAF=61;SAR=66;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200905;STB=0.514465;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00440241;OID=.;OPOS=150158199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:40:39:127:128:0.766467:66:61:21:19:67:61:21:18 chr5 150158226 . A C 1190.22 PASS AF=0.783333;AO=93;DP=120;FAO=94;FDP=120;FR=.;FRO=26;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0155791;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.096;QD=39.6739;RBI=0.018061;REFB=-0.0195766;REVB=0.00913729;RO=26;SAF=46;SAR=47;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494444;STB=0.52728;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00519761;OID=.;OPOS=150158226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:26:26:93:94:0.783333:47:46:16:10:48:46:16:10 chr5 150227966 . C A 661.07 PASS AF=0.771429;AO=54;DP=71;FAO=54;FDP=70;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00131378;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.256;QD=37.7756;RBI=0.0191102;REFB=-0.0206679;REVB=0.019065;RO=16;SAF=22;SAR=32;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704543;STB=0.537764;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00511396;OID=.;OPOS=150227966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:16:16:54:54:0.771429:32:22:4:12:32:22:4:12 chr5 150227998 . C T 70.31 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0237127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9872;QD=4.39437;RBI=0.0688991;REFB=0.00178286;REVB=0.06469;RO=52;SAF=6;SAR=6;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477761;STB=0.531198;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00924599;OID=.;OPOS=150227998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:52:52:12:12:0.1875:6:6:24:28:6:6:24:28 chr5 150257616 . A G 80.68 PASS AF=0.16129;AO=15;DP=93;FAO=15;FDP=93;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0251404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2079;QD=3.46995;RBI=0.0388694;REFB=0.00173433;REVB=0.0296443;RO=78;SAF=3;SAR=12;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369524;STB=0.750816;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00681127;OID=.;OPOS=150257616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:93:93:78:78:15:15:0.16129:12:3:37:41:12:3:37:41 chr5 150275787 . C T 469.09 PASS AF=0.813953;AO=35;DP=43;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00357482;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.461;QD=43.6361;RBI=0.0202074;REFB=-0.0386848;REVB=0.0198887;RO=8;SAF=17;SAR=18;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382818;STB=0.520627;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00384107;OID=.;OPOS=150275787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:8:8:35:35:0.813953:18:17:3:5:18:17:3:5 chr5 150311773 . T C 128.3 PASS AF=0.148718;AO=28;DP=194;FAO=29;FDP=195;FR=.;FRO=166;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=81;FSRR=85;FWDB=-0.0178389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0585;QD=2.63177;RBI=0.0179389;REFB=-0.0105185;REVB=-0.00189214;RO=166;SAF=9;SAR=19;SRF=81;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216448;STB=0.624326;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0679223;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:166:166:28:29:0.148718:19:9:81:85:19:10:81:85 chr5 150323428 . A G 194.81 PASS AF=0.20625;AO=33;DP=160;FAO=33;FDP=160;FR=.;FRO=127;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=0.0217303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.088;QD=4.87019;RBI=0.0220094;REFB=-0.00128214;REVB=-0.00349381;RO=127;SAF=14;SAR=19;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820683;STB=0.551114;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00489154;OID=.;OPOS=150323428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:127:127:33:33:0.20625:19:14:62:65:19:14:62:65 chr5 150407455 . T TC 2378.94 PASS AF=1;AO=52;DP=420;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081328;FXX=0.275528;HRUN=0;LEN=1;MLLD=114.621;QD=31.1993;RBI=0.107815;REFB=0;REVB=-0.0707803;RO=365;SAF=4;SAR=48;SRF=232;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.658476;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.011279;OID=.;OPOS=150407456;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:420:305:305:0:128:177:0:0:56:365:4:48:232:133 chr5 150407456 . T C 6606.93 PASS AF=1;AO=418;DP=429;FAO=424;FDP=424;FR=.;FRO=0;FSAF=243;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188709;FXX=0.0116547;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.045;QD=62.3295;RBI=0.0389228;REFB=-0.0410005;REVB=0.0340422;RO=4;SAF=239;SAR=179;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00132549;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332356;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:429:424:4:0:418:424:1:179:239:2:2:181:243:0:0 chr5 150408215 . C A 694.29 PASS AF=0.652174;AO=61;DP=92;FAO=60;FDP=92;FR=.;FRO=32;FSAF=0;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=32;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.8513;QD=30.1865;RBI=0.0152202;REFB=-0.0393525;REVB=0.0152202;RO=22;SAF=0;SAR=61;SRF=0;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0200151;OID=.;OPOS=150408215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:22:32:61:60:0.652174:61:0:0:22:60:0:0:32 chr5 150415196 . G A 800.38 PASS AF=0.744186;AO=64;DP=86;FAO=64;FDP=86;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0117535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.405;QD=37.2269;RBI=0.0293009;REFB=-0.0174324;REVB=0.0268402;RO=22;SAF=26;SAR=38;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894966;STB=0.548062;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00431818;OID=.;OPOS=150415196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:22:22:64:64:0.744186:38:26:13:9:38:26:13:9 chr5 150429444 . G A 928.76 PASS AF=0.735849;AO=78;DP=108;FAO=78;FDP=106;FR=.;FRO=28;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00551097;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.268;QD=35.0476;RBI=0.0218097;REFB=0.010235;REVB=0.0211019;RO=26;SAF=38;SAR=40;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119826;STB=0.503387;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00355794;OID=.;OPOS=150429444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:26:28:78:78:0.735849:40:38:12:14:40:38:14:14 chr5 150429452 . G A 985.36 PASS AF=0.732143;AO=82;DP=114;FAO=82;FDP=112;FR=.;FRO=30;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0157194;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5164;QD=35.1914;RBI=0.0635232;REFB=-0.0078197;REVB=-0.0615475;RO=29;SAF=44;SAR=38;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947699;STB=0.500875;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0031068;OID=.;OPOS=150429452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:29:30:82:82:0.732143:38:44:15:14:38:44:16:14 chr5 150484787 . C T 172.16 PASS AF=0.12766;AO=42;DP=328;FAO=42;FDP=329;FR=.;FRO=287;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=141;FSRR=146;FWDB=-0.00304304;FXX=0.00303021;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5568;QD=2.0931;RBI=0.00874576;REFB=0.00250817;REVB=0.00819929;RO=284;SAF=19;SAR=23;SRF=138;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426991;STB=0.534014;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0132901;OID=.;OPOS=150484787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:329:284:287:42:42:0.12766:23:19:138:146:23:19:141:146 chr5 150489390 . A G 119.66 PASS AF=0.152866;AO=24;DP=157;FAO=24;FDP=157;FR=.;FRO=133;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=74;FWDB=-0.0141025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.494;QD=3.04877;RBI=0.0141614;REFB=0.000569235;REVB=0.00129018;RO=132;SAF=8;SAR=16;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141283;STB=0.59813;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00315717;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:132:133:24:24:0.152866:16:8:58:74:16:8:59:74 chr5 150518988 . G A 120.68 PASS AF=0.142857;AO=26;DP=181;FAO=26;FDP=182;FR=.;FRO=156;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=72;FSRR=84;FWDB=0.00890035;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3219;QD=2.65222;RBI=0.00921724;REFB=-0.00112433;REVB=-0.00239612;RO=155;SAF=13;SAR=13;SRF=72;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451304;STB=0.532942;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00770488;OID=.;OPOS=150518988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:155:156:26:26:0.142857:13:13:72:83:13:13:72:84 chr5 150565008 . C T 64.16 PASS AF=0.136842;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=62;FWDB=0.114686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6594;QD=2.7014;RBI=0.124441;REFB=-0.00803917;REVB=0.0482973;RO=82;SAF=4;SAR=9;SRF=20;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994151;STB=0.567902;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0616021;OID=.;OPOS=150565008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:95:95:82:82:13:13:0.136842:9:4:20:62:9:4:20:62 chr5 150585033 . G A 522.19 PASS AF=0.292887;AO=70;DP=239;FAO=70;FDP=239;FR=.;FRO=169;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=101;FSRR=68;FWDB=-0.00744975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.405;QD=8.73956;RBI=0.00775584;REFB=-0.0104826;REVB=-0.00215737;RO=168;SAF=39;SAR=31;SRF=101;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545043;STB=0.529195;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0250272;OID=.;OPOS=150585033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:168:169:70:70:0.292887:31:39:101:67:31:39:101:68 chr5 150632832 . G A 346.64 PASS AF=0.607143;AO=33;DP=55;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0400776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6354;QD=24.7599;RBI=0.0666023;REFB=-0.0429044;REVB=0.0531944;RO=20;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399756;STB=0.511055;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0206216;OID=.;OPOS=150632832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:20:22:33:34:0.607143:20:13:9:11:21:13:9:13 chr5 150639409 . A G 1923.53 PASS AF=0.737089;AO=156;DP=213;FAO=157;FDP=213;FR=.;FRO=56;FSAF=75;FSAR=82;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0301676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.888;QD=36.1226;RBI=0.0310267;REFB=-0.00582093;REVB=-0.00725084;RO=56;SAF=75;SAR=81;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00817627;STB=0.503536;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00243402;OID=.;OPOS=150639409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:56:56:156:157:0.737089:81:75:26:30:82:75:26:30 chr5 150639439 . A G 2621.12 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4196;QD=62.0383;RBI=0.075663;REFB=0;REVB=-0.0659638;RO=0;SAF=85;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251576;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:84:85:0:0:84:85:0:0 chr5 150647012 . A G 2158.14 PASS AF=0.788732;AO=168;DP=213;FAO=168;FDP=213;FR=.;FRO=45;FSAF=75;FSAR=93;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0372387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.513;QD=40.5285;RBI=0.0382777;REFB=-0.0436074;REVB=0.00885771;RO=44;SAF=75;SAR=93;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121753;STB=0.509056;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0114457;OID=.;OPOS=150647012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:44:45:168:168:0.788732:93:75:21:23:93:75:22:23 chr5 150657130 . G T 127.1 PASS AF=0.162162;AO=24;DP=142;FAO=24;FDP=148;FR=.;FRO=124;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=-0.0360597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.069;QD=3.4352;RBI=0.0620934;REFB=-0.00744568;REVB=-0.0505498;RO=118;SAF=13;SAR=11;SRF=48;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171303;STB=0.601367;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0306214;OID=.;OPOS=150657130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:148:118:124:24:24:0.162162:11:13:48:70:11:13:52:72 chr5 150657173 . T C 114.03 PASS AF=0.178862;AO=19;DP=119;FAO=22;FDP=123;FR=.;FRO=101;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=-0.00931871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.788;QD=3.70827;RBI=0.0106488;REFB=-0.00527794;REVB=-0.00515346;RO=99;SAF=9;SAR=10;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632319;STB=0.560921;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0201752;OID=.;OPOS=150657173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:99:101:19:22:0.178862:10:9:42:57:11:11:43:58 chr5 150664201 . G T 155.67 PASS AF=0.15;AO=33;DP=219;FAO=33;FDP=220;FR=.;FRO=187;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=83;FSRR=104;FWDB=-0.0515557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3059;QD=2.83033;RBI=0.0586552;REFB=0.00611199;REVB=0.0279723;RO=186;SAF=20;SAR=13;SRF=82;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209494;STB=0.635961;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0361579;OID=.;OPOS=150664201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:186:187:33:33:0.15:13:20:82:104:13:20:83:104 chr5 150666843 . A C 77.57 PASS AF=0.154639;AO=14;DP=96;FAO=15;FDP=97;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=-0.0713821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6997;QD=3.19893;RBI=0.0825861;REFB=0.00460466;REVB=0.0415338;RO=82;SAF=7;SAR=7;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185663;STB=0.59708;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0326263;OID=.;OPOS=150666843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:96:97:82:82:14:15:0.154639:7:7:29:53:8:7:29:53 chr5 150667016 . T C 3881.78 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000168185;FXX=0.0039681;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.354;QD=61.8611;RBI=0.0140612;REFB=-0.072068;REVB=-0.0140602;RO=1;SAF=103;SAR=147;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460548;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76413e-05;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:251:251:1:0:250:251:1:147:103:1:0:148:103:0:0 chr5 150695279 . A C 129.44 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.0148593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1342;QD=7.19088;RBI=0.0747367;REFB=0.00164761;REVB=0.0732446;RO=53;SAF=12;SAR=7;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380513;STB=0.523028;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00146088;OID=.;OPOS=150695279;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:53:19:19:0.263889:7:12:35:18:7:12:35:18 chr5 150695791 . G T 224.03 PASS AF=0.294118;AO=30;DP=102;FAO=30;FDP=102;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=0.0132836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0507;QD=8.78532;RBI=0.0400049;REFB=0.0111329;REVB=-0.0377351;RO=72;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326301;STB=0.690449;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.025589;OID=.;OPOS=150695791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:72:72:30:30:0.294118:12:18:23:49:12:18:23:49 chr5 150696447 . C T 2154.18 PASS AF=0.76;AO=170;DP=224;FAO=171;FDP=225;FR=.;FRO=54;FSAF=74;FSAR=97;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0399135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.253;QD=38.2965;RBI=0.0907405;REFB=0.0413372;REVB=-0.0814907;RO=52;SAF=74;SAR=96;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401475;STB=0.519876;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0176916;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:52:54:170:171:0.76:96:74:18:34:97:74:19:35 chr5 150696498 . G A 2258.92 PASS AF=0.753191;AO=177;DP=235;FAO=177;FDP=235;FR=.;FRO=58;FSAF=82;FSAR=95;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00392727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.848;QD=38.4498;RBI=0.0134166;REFB=-0.0149431;REVB=0.0128289;RO=58;SAF=82;SAR=95;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039261;STB=0.520898;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00497802;OID=.;OPOS=150696498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:58:58:177:177:0.753191:95:82:22:36:95:82:22:36 chr5 150696540 . C T 1836.46 PASS AF=0.775956;AO=142;DP=183;FAO=142;FDP=183;FR=.;FRO=41;FSAF=68;FSAR=74;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.000547524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.642;QD=40.1412;RBI=0.0332748;REFB=0.0134646;REVB=-0.0332703;RO=41;SAF=68;SAR=74;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271294;STB=0.514434;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00393833;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:41:41:142:142:0.775956:74:68:17:24:74:68:17:24 chr5 150704857 . G T 573.85 PASS AF=0.344498;AO=72;DP=209;FAO=72;FDP=209;FR=.;FRO=137;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=69;FSRR=68;FWDB=-0.00996971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.895;QD=10.9827;RBI=0.0121509;REFB=0.000595553;REVB=-0.00694624;RO=137;SAF=34;SAR=38;SRF=69;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360627;STB=0.520611;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00100861;OID=.;OPOS=150704857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:137:137:72:72:0.344498:38:34:69:68:38:34:69:68 chr5 150723747 . C T 198.76 PASS AF=0.156489;AO=41;DP=262;FAO=41;FDP=262;FR=.;FRO=221;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=99;FSRR=122;FWDB=-0.0104639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.329;QD=3.03457;RBI=0.014082;REFB=-0.000692342;REVB=-0.00942389;RO=220;SAF=22;SAR=19;SRF=99;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111166;STB=0.574302;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00259554;OID=.;OPOS=150723747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:220:221:41:41:0.156489:19:22:99:121:19:22:99:122 chr5 150723806 . G A 3743.95 PASS AF=0.979675;AO=239;DP=245;FAO=241;FDP=246;FR=.;FRO=5;FSAF=97;FSAR=144;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0178424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1541;QD=60.8773;RBI=0.0220189;REFB=0.0510703;REVB=0.0129027;RO=5;SAF=97;SAR=142;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158998;STB=0.508371;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0077141;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:245:246:5:5:239:241:0.979675:142:97:4:1:144:97:4:1 chr5 150886725 . G A 2082.65 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000929961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.017;QD=62.6361;RBI=0.127572;REFB=0;REVB=-0.127569;RO=0;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000522588;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:66:67:0:0:66:67:0:0 chr5 150886882 . G A 5850.83 PASS AF=0.971795;AO=379;DP=390;FAO=379;FDP=390;FR=.;FRO=11;FSAF=180;FSAR=199;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0137748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.136;QD=60.0085;RBI=0.0371003;REFB=-0.0415435;REVB=0.0344484;RO=10;SAF=180;SAR=199;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368331;STB=0.500577;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.000441119;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:390:390:10:11:379:379:0.971795:199:180:4:6:199:180:5:6 chr5 150891733 . A G 2140.54 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.548;QD=62.9571;RBI=0.105102;REFB=0;REVB=-0.0992402;RO=0;SAF=73;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.72667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58298e-05;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:134:136:1:61:73:0:0:61:75:0:0 chr5 150901111 . A G 2653.78 PASS AF=0.994186;AO=170;DP=174;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000645951;FXX=0.0171419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.291;QD=61.7159;RBI=0.00887159;REFB=-0.0895838;REVB=0.00884804;RO=1;SAF=88;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537804;STB=0.502793;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00043345;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:172:1:1:170:171:0.994186:82:88:1:0:82:89:1:0 chr5 150901261 . C T 1377.12 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.708;QD=62.5965;RBI=0.0160669;REFB=0;REVB=0.0145934;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84814e-05;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr5 150901300 . G A 1157.37 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00543522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.67;QD=59.3521;RBI=0.0248534;REFB=-0.103092;REVB=0.0242518;RO=1;SAF=32;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145596;STB=0.50769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000643839;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:45:32:1:0:45:32:1:0 chr5 150901613 . A G 912.25 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0361835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6361;QD=55.2881;RBI=0.0504264;REFB=-0.0813407;REVB=0.0351222;RO=2;SAF=41;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871163;STB=0.504614;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00138583;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:23:41:1:1:23:41:1:1 chr5 150905485 . C T 300.25 PASS AF=0.182119;AO=55;DP=304;FAO=55;FDP=302;FR=.;FRO=247;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=108;FSRR=139;FWDB=0.00847806;FXX=0.00983574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.52;QD=3.97683;RBI=0.0101928;REFB=-0.00217318;REVB=0.00565817;RO=246;SAF=28;SAR=27;SRF=108;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906788;STB=0.558633;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00863936;OID=.;OPOS=150905485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:302:246:247:55:55:0.182119:27:28:108:138:27:28:108:139 chr5 150914184 . A T 2018.07 PASS AF=1;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646254;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.7;QD=62.5759;RBI=0.0652701;REFB=0;REVB=-0.00915076;RO=0;SAF=35;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63749e-05;OID=.;OPOS=150914184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:129:0:0:129:129:1:94:35:0:0:94:35:0:0 chr5 150923405 . A G 1578.83 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0485;QD=58.4752;RBI=0.0603193;REFB=0.0987163;REVB=-0.0592622;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.504853;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00240088;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:51:56:0:0:51:56:0:1 chr5 150924769 . G A 66.72 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.000425607;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9984;QD=5.23329;RBI=0.0550067;REFB=0.0113839;REVB=-0.055005;RO=43;SAF=7;SAR=3;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185093;STB=0.638716;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0562021;OID=.;OPOS=150924769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:53:51:43:41:10:10:0.196078:3:7:24:19:3:7:22:19 chr5 150925144 . A G 822.49 PASS AF=0.983607;AO=54;DP=56;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0052207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.301;QD=53.9339;RBI=0.0509955;REFB=-0.092366;REVB=0.0507276;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184775;STB=0.509431;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00072398;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:61:1:1:54:60:0.983607:29:25:1:0:34:26:1:0 chr5 150930186 . C T 1565.16 PASS AF=0.816901;AO=116;DP=142;FAO=116;FDP=142;FR=.;FRO=26;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0102774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.026;QD=44.0889;RBI=0.0215886;REFB=-0.00818751;REVB=0.0189853;RO=25;SAF=59;SAR=57;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036248;STB=0.515656;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00146261;OID=.;OPOS=150930186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:25:26:116:116:0.816901:57:59:10:15:57:59:11:15 chr5 150930345 . C T 2045.61 PASS AF=0.785366;AO=158;DP=203;FAO=161;FDP=205;FR=.;FRO=44;FSAF=77;FSAR=84;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.039927;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.519;QD=39.9144;RBI=0.0439094;REFB=-0.00201708;REVB=-0.0182719;RO=42;SAF=74;SAR=84;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252801;STB=0.519793;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000592216;OID=.;OPOS=150930345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:205:42:44:158:161:0.785366:84:74:17:25:84:77:17:27 chr5 150942919 . A G 1253.09 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.052;QD=61.1265;RBI=0.0113599;REFB=0;REVB=0.0112094;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02932e-05;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:30:50:0:0:32:50:0:0 chr5 150946966 . G A 145.75 PASS AF=0.125448;AO=36;DP=271;FAO=35;FDP=279;FR=.;FRO=244;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=114;FSRR=130;FWDB=-0.0391443;FXX=0.0244747;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2078;QD=2.08964;RBI=0.0408923;REFB=-0.00466582;REVB=-0.0118284;RO=235;SAF=18;SAR=18;SRF=113;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243375;STB=0.516199;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0183206;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:279:235:244:36:35:0.125448:18:18:113:122:18:17:114:130 chr5 150948016 . C T 85.73 PASS AF=0.15534;AO=16;DP=103;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=0.0544861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.627;QD=3.32921;RBI=0.0929868;REFB=-0.00269609;REVB=0.0753512;RO=86;SAF=6;SAR=10;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282994;STB=0.690641;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0184573;OID=.;OPOS=150948016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:103:103:86:87:16:16:0.15534:10:6:52:34:10:6:53:34 chr5 151083909 . T C 64.34 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0189919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.313;QD=3.47797;RBI=0.0194376;REFB=-0.00308802;REVB=0.00413876;RO=62;SAF=5;SAR=7;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841963;STB=0.556723;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0191838;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:62:62:12:12:0.162162:7:5:30:32:7:5:30:32 chr5 151084036 . T C 312.57 PASS AF=0.30597;AO=41;DP=134;FAO=41;FDP=134;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=-0.0166027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.455;QD=9.33041;RBI=0.0167269;REFB=-0.00904344;REVB=-0.0020343;RO=93;SAF=16;SAR=25;SRF=36;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00393245;STB=0.502296;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.01955;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:93:93:41:41:0.30597:25:16:36:57:25:16:36:57 chr5 151167380 . A T 473.74 PASS AF=0.671875;AO=40;DP=61;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00623614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.653;QD=29.6086;RBI=0.00665696;REFB=-0.0161588;REVB=0.0023293;RO=21;SAF=23;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00230829;STB=0.503354;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00643175;OID=.;OPOS=151167380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:21:21:40:43:0.671875:17:23:12:9:18:25:12:9 chr5 151255217 . C T 1733.4 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.398;QD=59.7724;RBI=0.0111921;REFB=-0.0139716;REVB=-0.000613686;RO=1;SAF=62;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759815;STB=0.503999;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000189952;OID=.;OPOS=151255217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:53:62:1:0:53:62:1:0 chr5 151771817 . C T 5095.21 PASS AF=1;AO=322;DP=325;FAO=326;FDP=326;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017594;FXX=0.00911826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.44;QD=62.5179;RBI=0.0369527;REFB=0.046581;REVB=0.0324954;RO=1;SAF=127;SAR=195;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244015;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02021e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:325:326:1:0:322:326:1:195:127:0:1:199:127:0:0 chr5 151784183 . G A 1265.87 PASS AF=0.713287;AO=98;DP=140;FAO=102;FDP=143;FR=.;FRO=41;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.043483;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.96;QD=35.4088;RBI=0.0439351;REFB=-0.0342789;REVB=0.00628659;RO=41;SAF=56;SAR=42;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139736;STB=0.569129;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0137715;OID=.;OPOS=151784183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:41:41:98:102:0.713287:42:56:13:28:45:57:13:28 chr5 151784506 . CA AC,C 118.54 PASS AF=0.0194175,0.407767;AO=7,25;DP=103;FAO=2,42;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=1,11;FSAR=1,31;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0322998,-0.050583;FXX=0.0282992;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=20.5537,8.71635;QD=4.60361;RBI=0.0975299,0.0793381;REFB=-0.0179531,-0.112068;REVB=-0.0920262,-0.061122;RO=51;SAF=1,5;SAR=6,20;SRF=29;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.494188,-0.447555;STB=0.524347,0.639274;STBP=0.872,0.024;TYPE=mnp,del;VARB=0.0831277,0.10716;OID=.,.;OPOS=151784506,151784507;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:103:103:51:59:7,25:2,42:0.0194175,0.407767:6,20:1,5:29:22:1,31:1,11:28:31 chr5 153029960 . T C 109.68 PASS AF=0.13089;AO=25;DP=191;FAO=25;FDP=191;FR=.;FRO=166;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=81;FSRR=85;FWDB=-0.00547729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.063;QD=2.29701;RBI=0.0273612;REFB=-0.00109201;REVB=-0.0268074;RO=166;SAF=14;SAR=11;SRF=81;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907086;STB=0.562528;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00701328;OID=.;OPOS=153029960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:166:166:25:25:0.13089:11:14:81:85:11:14:81:85 chr5 153175042 . C T 406.28 PASS AF=0.305085;AO=54;DP=177;FAO=54;FDP=177;FR=.;FRO=123;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=66;FWDB=-0.0127638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.989;QD=9.18147;RBI=0.0127708;REFB=-0.00711971;REVB=-0.000422778;RO=121;SAF=25;SAR=29;SRF=57;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00969351;STB=0.500315;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0164542;OID=.;OPOS=153175042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:121:123:54:54:0.305085:29:25:57:64:29:25:57:66 chr5 153413390 . C T 1361.04 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.523;QD=61.8655;RBI=0.00936649;REFB=0;REVB=0.00501962;RO=1;SAF=57;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155307;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88776e-06;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:1:0:87:88:1:30:57:0:1:31:57:0:0 chr5 153429459 . T C 2669.78 PASS AF=0.994382;AO=168;DP=170;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0565183;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9096;QD=59.995;RBI=0.0650138;REFB=-0.0391714;REVB=0.0321322;RO=2;SAF=60;SAR=108;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155966;STB=0.504;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00230515;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:178:2:1:168:177:0.994382:108:60:2:0:115:62:1:0 chr5 153432733 . T C 739.65 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.635;QD=54.7889;RBI=0.0731555;REFB=-0.115078;REVB=0.0714183;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144938;STB=0.50746;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00155386;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:54:1:1:52:53:0.981481:32:20:0:1:33:20:0:1 chr5 153432970 . C T 2299.78 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0270882;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9835;QD=63.0077;RBI=0.0389316;REFB=0.0368167;REVB=-0.0279624;RO=1;SAF=59;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00799172;STB=0.504201;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000144097;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:1:1:144:145:0.993151:85:59:1:0:86:59:1:0 chr5 153729217 . A G 145.06 PASS AF=0.219048;AO=23;DP=105;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0441674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.049;QD=5.52616;RBI=0.0446748;REFB=-0.00156428;REVB=-0.00671453;RO=82;SAF=3;SAR=20;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52661;STB=0.833016;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00493857;OID=.;OPOS=153729217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:82:82:23:23:0.219048:20:3:42:40:20:3:42:40 chr5 153783753 . C T 85.03 PASS AF=0.0876133;AO=29;DP=333;FAO=29;FDP=331;FR=.;FRO=302;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=131;FSRR=171;FWDB=-0.0423064;FXX=0.0119399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.006;QD=1.02754;RBI=0.0432345;REFB=-0.002557;REVB=-0.00891;RO=293;SAF=8;SAR=21;SRF=126;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194455;STB=0.655106;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0304896;OID=.;OPOS=153783753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:333:331:293:302:29:29:0.0876133:21:8:126:167:21:8:131:171 chr5 153798056 . C T 61.25 PASS AF=0.12069;AO=14;DP=116;FAO=14;FDP=116;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=-0.0047118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.244;QD=2.11196;RBI=0.0175849;REFB=0.000297311;REVB=-0.0169419;RO=102;SAF=8;SAR=6;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15865;STB=0.61298;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00229859;OID=.;OPOS=153798056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:116:116:102:102:14:14:0.12069:6:8:45:57:6:8:45:57 chr5 154181821 . AG A,GA 40.68 PASS AF=0.175824,0.010989;AO=28,11;DP=94;FAO=16,1;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=6,0;FSAR=10,1;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.140413,-0.0290948;FXX=0.0421008;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=8.09511,114.719;QD=1.7882;RBI=0.146609,0.16537;REFB=-0.0956874,-0.0025602;REVB=-0.0421724,-0.16279;RO=45;SAF=14,0;SAR=14,11;SRF=22;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0119401,-0.730269;STB=0.537743,0.988525;STBP=0.776,0.501;TYPE=del,mnp;VARB=0.0926173,0.0642848;OID=.,.;OPOS=154181822,154181821;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:94:91:45:74:28,11:16,1:0.175824,0.010989:14,11:14,0:22:23:10,1:6,0:31:43 chr5 154268902 . C T 2191.79 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3434;QD=63.0732;RBI=0.0675583;REFB=0;REVB=0.066761;RO=0;SAF=63;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186791;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:130:139:0:0:129:139:1:66:63:0:0:75:64:0:0 chr5 154271948 . G A 1916.94 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=127;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00389351;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6816;QD=60.8552;RBI=0.0258285;REFB=-0.0733747;REVB=-0.0255333;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=5.5886e-05;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:126:0:1:124:125:0.992063:58:66:0:0:58:67:0:1 chr5 154291409 . C T 1776.57 PASS AF=1;AO=117;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292712;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.791;QD=59.2189;RBI=0.0818071;REFB=-0.158643;REVB=0.0763911;RO=2;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025657;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:2:0:117:120:1:66:51:0:2:69:51:0:0 chr5 154300940 . A C 1971.41 PASS AF=0.977273;AO=129;DP=134;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.058703;FXX=0.0149243;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6698;QD=59.7396;RBI=0.0688026;REFB=-0.0560275;REVB=0.0358852;RO=3;SAF=52;SAR=77;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00313181;STB=0.501648;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00116057;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:132:3:3:129:129:0.977273:77:52:1:2:77:52:1:2 chr5 154306972 . T C 2769.17 PASS AF=1;AO=176;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8412;QD=61.8809;RBI=0.0573705;REFB=-0.10326;REVB=0.0383294;RO=1;SAF=90;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526001;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584256;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:179:179:1:0:176:179:1:86:90:1:0:88:91:0:0 chr5 154395158 . G T 45.77 PASS AF=0.119048;AO=10;DP=86;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=-0.0210673;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.414;QD=2.17954;RBI=0.028374;REFB=-0.00137318;REVB=-0.0190067;RO=74;SAF=5;SAR=5;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200509;STB=0.630709;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0115735;OID=.;OPOS=154395158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:86:84:74:74:10:10:0.119048:5:5:25:49:5:5:26:48 chr5 154395458 . G A 45.88 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0295593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.332;QD=3.33653;RBI=0.0307194;REFB=-0.00602767;REVB=-0.00836213;RO=43;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22501;STB=0.698507;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.033457;OID=.;OPOS=154395458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:53:55:43:47:8:8:0.145455:6:2:18:25:6:2:22:25 chr5 154395682 . G A 163.3 PASS AF=0.157895;AO=33;DP=209;FAO=33;FDP=209;FR=.;FRO=176;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=76;FSRR=100;FWDB=-0.0305349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.577;QD=3.1254;RBI=0.0305364;REFB=-0.00429376;REVB=-0.000310897;RO=175;SAF=13;SAR=20;SRF=75;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045838;STB=0.532914;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0208985;OID=.;OPOS=154395682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:175:176:33:33:0.157895:20:13:75:100:20:13:76:100 chr5 154396505 . G A 150.38 PASS AF=0.157068;AO=30;DP=192;FAO=30;FDP=191;FR=.;FRO=161;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=84;FSRR=77;FWDB=-0.0128276;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4638;QD=3.14939;RBI=0.0338139;REFB=-0.00533924;REVB=-0.0312864;RO=160;SAF=16;SAR=14;SRF=84;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107074;STB=0.509797;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0273211;OID=.;OPOS=154396505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:160:161:30:30:0.157068:14:16:84:76:14:16:84:77 chr5 154397106 . C T 1495.27 PASS AF=0.79021;AO=113;DP=143;FAO=113;FDP=143;FR=.;FRO=30;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0234063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.218;QD=41.8257;RBI=0.0234162;REFB=0.00214064;REVB=0.000682713;RO=29;SAF=45;SAR=68;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740037;STB=0.543371;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.000382995;OID=.;OPOS=154397106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:29:30:113:113:0.79021:68:45:17:12:68:45:18:12 chr5 154788287 . C CAGG,G 1182.99 PASS AF=0.71875,0.0390625;AO=88,7;DP=128;FAO=92,5;FDP=128;FR=.;FRO=31;FSAF=40,4;FSAR=52,1;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0340589,-0.0335997;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=146.721,141.43;QD=36.9684;RBI=0.0389461,0.0347594;REFB=0.0164566,0.00938612;REVB=-0.018889,-0.00890369;RO=31;SAF=38,5;SAR=50,2;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00618553,0.348447;STB=0.503959,0.815983;STBP=0.891,0.183;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00958201,0.095728;OID=.,.;OPOS=154788288,154788287;OREF=-,C;OALT=AGG,G;OMAPALT=CAGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:31:31:88,7:92,5:0.71875,0.0390625:50,2:38,5:13:18:52,1:40,4:13:18 chr5 155771579 . T C 3409.17 PASS AF=0.982301;AO=220;DP=229;FAO=222;FDP=226;FR=.;FRO=4;FSAF=80;FSAR=142;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0247719;FXX=0.0173905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.049;QD=60.3393;RBI=0.0259177;REFB=-0.103601;REVB=0.00762089;RO=1;SAF=78;SAR=142;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606909;STB=0.507448;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000180438;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:229:226:1:4:220:222:0.982301:142:78:1:0:142:80:3:1 chr5 156346464 . G A 104.11 PASS AF=0.12973;AO=24;DP=185;FAO=24;FDP=185;FR=.;FRO=161;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=106;FSRR=55;FWDB=-0.0029956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5434;QD=2.25101;RBI=0.0225869;REFB=0.00459802;REVB=0.0223874;RO=157;SAF=18;SAR=6;SRF=104;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131294;STB=0.596006;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0197032;OID=.;OPOS=156346464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:157:161:24:24:0.12973:6:18:104:53:6:18:106:55 chr5 156376703 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.295;QD=56.1916;RBI=0.042279;REFB=0;REVB=0.00686923;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372237;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr5 156479424 . A C 5186.87 PASS AF=1;AO=326;DP=328;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218535;FXX=0.0120478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.895;QD=63.2545;RBI=0.0445479;REFB=-0.0577297;REVB=0.0388193;RO=0;SAF=157;SAR=169;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243535;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:328:328:0:0:326:328:1:169:157:0:0:171:157:0:0 chr5 156479426 . T C 266.1 PASS AF=0.160714;AO=53;DP=335;FAO=54;FDP=336;FR=.;FRO=282;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=131;FSRR=151;FWDB=0.0103931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.795;QD=3.16785;RBI=0.011685;REFB=-0.000485388;REVB=0.00534075;RO=282;SAF=29;SAR=24;SRF=131;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106485;STB=0.56061;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00239704;OID=.;OPOS=156479426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:336:282:282:53:54:0.160714:24:29:131:151:25:29:131:151 chr5 156479508 . CAGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT C 50.0 PASS AO=72;DP=455;LEN=66;RO=383;SAF=46;SAR=88;SRF=150;SRR=171;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=156479509;OREF=AGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:455:383:72:88:46:150:171 chr5 156479509 . A G 6660.6 PASS AF=1;AO=414;DP=414;FAO=421;FDP=421;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=245;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113956;FXX=0.00941154;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.582;QD=63.2836;RBI=0.0120771;REFB=0;REVB=-0.00399948;RO=0;SAF=173;SAR=241;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48446e-06;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:414:421:0:0:414:421:1:241:173:0:0:245:176:0:0 chr5 156479556 . C T 53.12 PASS AF=0.0712074;AO=21;DP=324;FAO=23;FDP=323;FR=.;FRO=300;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=111;FSRR=189;FWDB=0.0214201;FXX=0.0182365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.674;QD=0.657878;RBI=0.0315145;REFB=-0.00538466;REVB=-0.0231159;RO=302;SAF=2;SAR=19;SRF=114;SRR=188;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363592;STB=0.724009;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0702701;OID=.;OPOS=156479556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:324:323:302:300:21:23:0.0712074:19:2:114:188:19:4:111:189 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG 2745.77 PASS AF=0.507772,0.305699,0.186528;AO=92,53,31;DP=250;FAO=98,59,36;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=38,15,2;FSAR=60,44,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129279,0.00325159,-0.00140824;FXX=0.237145;HRUN=2,1,1;LEN=15,3,5;MLLD=143.887,228.208,90.7192;QD=56.9071;RBI=0.0361246,0.011694,0.0290029;REFB=0,0,0;REVB=-0.0337321,-0.0112328,-0.0289687;RO=0;SAF=36,12,2;SAR=56,41,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0.00128949,0.0297758,0.0163782;OID=.,.,.;OPOS=156479558,156479569,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,-,CGTCA;OALT=-,GTT,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.507772,0.305699,0.186528:92,53,31:250:98,59,36:193:0:38,15,2:60,44,34:0:0:99:0:36,12,2:56,41,29:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=112;DP=455;LEN=51;RO=343;SAF=46;SAR=88;SRF=150;SRR=171;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:455:343:112:88:46:150:171 chr5 156482459 . G T 2162.05 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0808506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2047;QD=62.2171;RBI=0.138912;REFB=-0.0109686;REVB=-0.112959;RO=1;SAF=73;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725827;STB=0.503816;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.000767072;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:65:73:0:1:65:73:0:1 chr5 156531736 . C A 2140.58 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.526;QD=62.9583;RBI=0.0529136;REFB=0;REVB=-0.00057518;RO=0;SAF=62;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.46355e-05;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:74:62:0:0:74:62:0:0 chr5 156721863 . T TC 2247.55 PASS AF=1;AO=195;DP=253;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104756;FXX=0.0123962;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.1574;QD=37.616;RBI=0.106229;REFB=0;REVB=-0.0176286;RO=41;SAF=116;SAR=79;SRF=33;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00145872;OID=.;OPOS=156721864;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:195:253:239:239:0:148:91:0:0:44:41:116:79:33:8 chr5 156898690 . A G 2788.91 PASS AF=1;AO=155;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=89;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.895;QD=62.6722;RBI=0.035057;REFB=0;REVB=0.0350213;RO=0;SAF=85;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17816e-05;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:155:178:1:70:85:0:0:89:89:0:0 chr5 156899869 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.104;QD=51.1838;RBI=0.0434172;REFB=0;REVB=0.00746517;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280588;OID=.;OPOS=156899869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr5 156904633 . C T 1463.73 PASS AF=0.99;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0464884;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.221;QD=58.5492;RBI=0.0485395;REFB=-0.12208;REVB=-0.0139612;RO=1;SAF=42;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111598;STB=0.505881;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00012856;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:1:1:99:99:0.99:57:42:1:0:57:42:1:0 chr5 157164962 . T C 122.1 PASS AF=0.194444;AO=20;DP=106;FAO=21;FDP=108;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.0315738;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5908;QD=4.52216;RBI=0.0567577;REFB=-0.00503168;REVB=0.0471649;RO=85;SAF=11;SAR=9;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055971;STB=0.505295;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0225137;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:85:87:20:21:0.194444:9:11:43:42:10:11:45:42 chr5 157183739 . G A 76.26 PASS AF=0.145631;AO=15;DP=107;FAO=15;FDP=103;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=-0.0292863;FXX=0.0373797;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.377;QD=2.96142;RBI=0.0295896;REFB=0.00184566;REVB=-0.00422634;RO=84;SAF=8;SAR=7;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130994;STB=0.604992;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.0103638;OID=.;OPOS=157183739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:107:103:84:88:15:15:0.145631:7:8:36:48:7:8:36:52 chr5 157183746 . GAAAAAAAAAATGA GAAAAAAAAAAATG,GAAAAAAAAAATG,GAAAAAAAAATGA 229.69 PASS AF=0.0847458,0.542373,0.20339;AO=7,15,9;DP=61;FAO=5,32,12;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=0,4,7;FSAR=5,28,5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0721775,0.0214337,-0.14959;FXX=0.0483793;HRUN=1,2,10;LEN=3,1,1;MLLD=12.3183,11.1386,7.20306;QD=15.5721;RBI=0.146518,0.0590215,0.311229;REFB=0.0338884,0.0402047,-0.00419568;REVB=0.127507,-0.0549921,-0.272921;RO=8;SAF=0,2,5;SAR=7,13,4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.770815,-0.343571,0.0450094;STB=0.997067,0.622134,0.583194;STBP=0.057,0.044,0.429;TYPE=mnp,del,del;VARB=-0.067091,0.00110911,0.0682272;OID=.,.,.;OPOS=157183757,157183759,157183747;OREF=TGA,A,A;OALT=ATG,-,-;OMAPALT=GAAAAAAAAAAATG,GAAAAAAAAAATG,GAAAAAAAAATGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0847458,0.542373,0.20339:7,15,9:61:5,32,12:59:10:0,4,7:5,28,5:4:6:38:8:0,2,5:7,13,4:4:4 chr5 157213497 . A G 3578.43 PASS AF=0.991342;AO=229;DP=231;FAO=229;FDP=231;FR=.;FRO=2;FSAF=119;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0813669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.057;QD=61.9641;RBI=0.0816213;REFB=-0.0924668;REVB=0.00643976;RO=2;SAF=119;SAR=110;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00794091;STB=0.504166;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000201563;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:231:231:2:2:229:229:0.991342:110:119:2:0:110:119:2:0 chr5 158122989 . ATTTTTG ATTTTG,ATTTTTT 57.0 PASS AF=0.352941,0;AO=10,4;DP=58;FAO=18,0;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=11,0;FSAR=7,0;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0448627,-0.0327449;FXX=0.0892698;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=11.1159,107.861;QD=4.47023;RBI=0.143279,0.0357686;REFB=0.0148169,-0.000483299;REVB=0.136074,-0.0143933;RO=28;SAF=9,1;SAR=1,3;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.497197,-0.35417;STB=0.543771,0.5;STBP=0.654,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0253977,0;OID=.,.;OPOS=158122990,158122995;OREF=T,G;OALT=-,T;OMAPALT=ATTTTG,ATTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941,0:10,4:58:18,0:51:33:11,0:7,0:18:15:58:28:9,1:1,3:16:12 chr5 158204425 . A G 2319.39 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.346;QD=61.0366;RBI=0.0198013;REFB=0;REVB=0.00712106;RO=0;SAF=64;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45532e-05;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:88:64:0:0:88:64:0:0 chr5 159505208 . C A 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.125;QD=56.9358;RBI=0.0383969;REFB=0;REVB=-0.0360722;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06789e-05;OID=.;OPOS=159505208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr5 159659273 . C T 1275.6 PASS AF=0.798387;AO=99;DP=124;FAO=99;FDP=124;FR=.;FRO=25;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0109862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3522;QD=41.1483;RBI=0.0194087;REFB=-0.00417431;REVB=-0.016;RO=24;SAF=42;SAR=57;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343066;STB=0.513307;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00164721;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:24:25:99:99:0.798387:57:42:8:16:57:42:9:16 chr5 159665599 . G A 2426.71 PASS AF=0.987654;AO=160;DP=163;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0317192;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.557;QD=59.9187;RBI=0.0376041;REFB=-0.0841765;REVB=-0.0201979;RO=2;SAF=78;SAR=82;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114624;STB=0.506023;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000395538;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:162:2:2:160:160:0.987654:82:78:0:2:82:78:0:2 chr5 159775741 . G A 2758.24 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251718;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0999;QD=62.6873;RBI=0.0285315;REFB=0;REVB=-0.0134323;RO=0;SAF=86;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63864e-05;OID=.;OPOS=159775741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:174:176:1:88:86:0:0:89:87:0:0 chr5 159776047 . A G 1202.17 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.603;QD=60.1086;RBI=0.0310681;REFB=0;REVB=-0.00622026;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23648e-05;OID=.;OPOS=159776047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:79:80:1:46:33:0:0:47:33:0:0 chr5 159776637 . C T 2259.34 PASS AF=0.963855;AO=158;DP=166;FAO=160;FDP=166;FR=.;FRO=6;FSAF=92;FSAR=68;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0353473;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.2015;QD=54.4419;RBI=0.0752667;REFB=-0.0693094;REVB=-0.0664503;RO=2;SAF=89;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105707;STB=0.503393;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00133853;OID=.;OPOS=159776637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:166:166:2:6:158:160:0.963855:69:89:2:0:68:92:4:2 chr5 159831803 . A G 95.14 PASS AF=0.138889;AO=20;DP=144;FAO=20;FDP=144;FR=.;FRO=124;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=76;FWDB=0.031021;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.791;QD=2.6429;RBI=0.0348777;REFB=-0.00521606;REVB=-0.0159423;RO=119;SAF=6;SAR=14;SRF=48;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141611;STB=0.583247;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0245866;OID=.;OPOS=159831803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:144:144:119:124:20:20:0.138889:14:6:48:71:14:6:48:76 chr5 159835658 . A G 3719.53 PASS AF=1;AO=225;DP=226;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.758;QD=63.3111;RBI=0.068435;REFB=0;REVB=0.0223305;RO=0;SAF=99;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39757e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58757e-05;OID=.;OPOS=159835658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:226:235:0:0:225:235:1:126:99:0:0:126:109:0:0 chr5 159901408 . C A 54.29 PASS AF=0.0784314;AO=20;DP=255;FAO=20;FDP=255;FR=.;FRO=235;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=119;FSRR=116;FWDB=-0.00330018;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.207;QD=0.851658;RBI=0.0149155;REFB=-0.00154877;REVB=-0.0145459;RO=229;SAF=14;SAR=6;SRF=114;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233128;STB=0.68138;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0437776;OID=.;OPOS=159901408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:255:255:229:235:20:20:0.0784314:6:14:114:115:6:14:119:116 chr5 159912418 . C G 113.61 PASS AF=0.176471;AO=21;DP=119;FAO=21;FDP=119;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=-0.0545802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4775;QD=3.81895;RBI=0.0547612;REFB=-0.00369309;REVB=0.00444868;RO=97;SAF=6;SAR=15;SRF=37;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136109;STB=0.585745;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0127186;OID=.;OPOS=159912418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:97:98:21:21:0.176471:15:6:37:60:15:6:37:61 chr5 159992771 . G T 1596.34 PASS AF=0.732955;AO=129;DP=176;FAO=129;FDP=176;FR=.;FRO=47;FSAF=85;FSAR=44;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.000188004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.995;QD=36.2805;RBI=0.00298305;REFB=-0.0272328;REVB=0.00297712;RO=47;SAF=85;SAR=44;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13489;STB=0.572165;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0105535;OID=.;OPOS=159992771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:47:47:129:129:0.732955:44:85:19:28:44:85:19:28 chr5 160097496 . A G 1682.91 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169534;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9132;QD=60.6456;RBI=0.0558214;REFB=0;REVB=-0.0557956;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402602;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:111:111:1:57:54:0:0:57:54:0:0 chr5 160097632 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.024;QD=58.6001;RBI=0.0400558;REFB=0;REVB=0.00439368;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163771;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr5 160212590 . T C 114.69 PASS AF=0.147239;AO=24;DP=163;FAO=24;FDP=163;FR=.;FRO=139;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=65;FWDB=0.0019545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.857;QD=2.81442;RBI=0.0304004;REFB=-0.00621184;REVB=-0.0303375;RO=139;SAF=16;SAR=8;SRF=74;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175606;STB=0.618543;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0339947;OID=.;OPOS=160212590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:139:139:24:24:0.147239:8:16:74:65:8:16:74:65 chr5 160721347 . G A 74.02 PASS AF=0.111111;AO=19;DP=171;FAO=19;FDP=171;FR=.;FRO=152;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=87;FWDB=0.00219912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.873;QD=1.73136;RBI=0.0148181;REFB=-0.00346183;REVB=-0.014654;RO=152;SAF=10;SAR=9;SRF=65;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120844;STB=0.587066;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0251485;OID=.;OPOS=160721347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:171:171:152:152:19:19:0.111111:9:10:65:87:9:10:65:87 chr5 161113004 . G A 168.22 PASS AF=0.144578;AO=36;DP=250;FAO=36;FDP=249;FR=.;FRO=213;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=103;FSRR=110;FWDB=0.0170756;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.316;QD=2.70227;RBI=0.0173438;REFB=-0.000663136;REVB=0.00303824;RO=206;SAF=15;SAR=21;SRF=102;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101029;STB=0.557699;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00491495;OID=.;OPOS=161113004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:249:206:213:36:36:0.144578:21:15:102:104:21:15:103:110 chr5 161114522 . T C 56.15 PASS AF=0.109375;AO=15;DP=128;FAO=14;FDP=128;FR=.;FRO=114;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.00712829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.097;QD=1.75477;RBI=0.0104314;REFB=-0.000729247;REVB=-0.0076159;RO=113;SAF=8;SAR=7;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354196;STB=0.507801;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00522095;OID=.;OPOS=161114522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:128:128:113:114:15:14:0.109375:7:8:57:56:7:7:58:56 chr5 161119071 . G T 2980.59 PASS AF=0.994737;AO=189;DP=191;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.029798;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8131;QD=62.7493;RBI=0.035714;REFB=-0.0717417;REVB=-0.0196868;RO=0;SAF=80;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85098e-08;STB=0.502283;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000198478;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:190:0:1:189:189:0.994737:109:80:0:0:109:80:0:1 chr5 161119125 . C G 93.91 PASS AF=0.117347;AO=23;DP=199;FAO=23;FDP=196;FR=.;FRO=173;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=71;FSRR=102;FWDB=-0.0114985;FXX=0.0150746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3602;QD=1.91644;RBI=0.0421268;REFB=-0.00606769;REVB=-0.0405272;RO=160;SAF=6;SAR=17;SRF=65;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200148;STB=0.646923;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0468002;OID=.;OPOS=161119125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:199:196:160:173:23:23:0.117347:17:6:65:95:17:6:71:102 chr5 161128761 . C G 1817.95 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6635;QD=61.1076;RBI=0.0986053;REFB=0;REVB=-0.085097;RO=0;SAF=40;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000558057;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:78:40:0:0:78:41:0:0 chr5 161128914 . C T 80.44 PASS AF=0.15625;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.0085696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.969;QD=3.35152;RBI=0.00874528;REFB=0.0013173;REVB=0.00174407;RO=81;SAF=12;SAR=3;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434701;STB=0.792853;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00947484;OID=.;OPOS=161128914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:96:96:81:81:15:15:0.15625:3:12:37:44:3:12:37:44 chr5 161325934 . A C 1473.42 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.395;QD=63.3727;RBI=0.0617715;REFB=0;REVB=0.0492796;RO=1;SAF=49;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957698;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53002e-05;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:1:0:92:93:1:43:49:1:0:43:50:0:0 chr5 161528280 . C T 1785.97 PASS AF=0.991597;AO=115;DP=116;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00992789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.084;QD=60.0325;RBI=0.0101189;REFB=-0.0236196;REVB=-0.00195672;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.504201;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000169992;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:119:0:1:115:118:0.991597:57:58:0:0:59:59:1:0 chr5 161582493 . CAT C,CGT 2565.13 PASS AF=0.976331,0.0236686;AO=154,6;DP=160;FAO=165,4;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=98,0;FSAR=67,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391507,0.00540094;FXX=0.0116952;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=234.087,130.483;QD=60.7131;RBI=0.0149194,0.0241051;REFB=0,0;REVB=0.0143965,0.0234922;RO=0;SAF=97,0;SAR=57,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.81504e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000470005,-0.0838891;OID=.,.;OPOS=161582494,161582494;OREF=AT,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.976331,0.0236686:154,6:160:165,4:169:0:98,0:67,4:0:0:3:0:97,0:57,6:0:0 chr5 161904930 . A G 188.68 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0192091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.887;QD=29.0282;RBI=0.0290646;REFB=0.00763533;REVB=0.021812;RO=8;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139101;STB=0.57684;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00307458;OID=.;OPOS=161904930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:9:9:6:2:9:9:6:2 chr5 162210532 . A G 1087.1 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.455;QD=59.5673;RBI=0.0283689;REFB=0;REVB=0.0237717;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69063e-05;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:32:39:0:0:33:40:0:0 chr5 162870726 . C G 1258.96 PASS AF=0.793651;AO=97;DP=126;FAO=100;FDP=126;FR=.;FRO=26;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0464071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.551;QD=39.967;RBI=0.0489643;REFB=0.0188923;REVB=-0.0156169;RO=26;SAF=36;SAR=61;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379813;STB=0.517699;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00473467;OID=.;OPOS=162870726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:26:26:97:100:0.793651:61:36:12:14:62:38:12:14 chr5 162890953 . G A 1639.31 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.134;QD=60.1583;RBI=0.0291762;REFB=0;REVB=-0.0206602;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12303e-05;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:106:109:1:53:53:0:0:54:55:0:0 chr5 162902516 . T C 788.59 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.731;QD=55.3396;RBI=0.0346504;REFB=-0.126383;REVB=-0.0136773;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177894;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000707246;OID=.;OPOS=162902516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:30:26:1:0:30:26:1:0 chr5 167489093 . A T 96.76 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00898137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.641;QD=4.9622;RBI=0.00915966;REFB=-0.00715091;REVB=-0.00179843;RO=61;SAF=6;SAR=10;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12786;STB=0.575562;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0308338;OID=.;OPOS=167489093;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:61:62:16:16:0.205128:10:6:29:32:10:6:29:33 chr5 167645888 . T C 230.27 PASS AF=0.213483;AO=38;DP=176;FAO=38;FDP=178;FR=.;FRO=140;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=71;FWDB=-0.0545717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4571;QD=5.17457;RBI=0.0596891;REFB=-0.00709218;REVB=-0.0241809;RO=135;SAF=19;SAR=19;SRF=64;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329476;STB=0.505615;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0222616;OID=.;OPOS=167645888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:135:140:38:38:0.213483:19:19:64:71:19:19:69:71 chr5 167850748 . A G 7453.26 PASS AF=1;AO=468;DP=468;FAO=471;FDP=471;FR=.;FRO=0;FSAF=230;FSAR=241;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.569;QD=63.2974;RBI=0.03122;REFB=0;REVB=-0.00831782;RO=0;SAF=228;SAR=240;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58469e-06;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:468:471:0:0:468:471:1:240:228:0:0:241:230:0:0 chr5 167858370 . TGT TTG 3296.68 PASS AF=1;AO=180;DP=222;FAO=217;FDP=217;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=114;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501787;FXX=0.0136357;HRUN=1;LEN=2;MLLD=63.1458;QD=60.7682;RBI=0.056542;REFB=-0.0351111;REVB=0.0260593;RO=1;SAF=78;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606439;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00158163;OID=.;OPOS=167858371;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:180:222:217:217:0:114:103:0:0:13:1:78:102:1:0 chr5 167858373 . C G 171.29 PASS AF=0.163636;AO=36;DP=220;FAO=36;FDP=220;FR=.;FRO=184;FSAF=33;FSAR=3;FSRF=83;FSRR=101;FWDB=0.00948095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0967;QD=3.11432;RBI=0.0206795;REFB=-0.051227;REVB=0.0183781;RO=183;SAF=33;SAR=3;SRF=82;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623158;STB=0.9077;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0685887;OID=.;OPOS=167858373;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:183:184:36:36:0.163636:3:33:82:101:3:33:83:101 chr5 167868779 . A G 3964.41 PASS AF=0.992278;AO=256;DP=258;FAO=257;FDP=259;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0960189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.053;QD=61.2264;RBI=0.0981698;REFB=-0.0430953;REVB=0.0204372;RO=2;SAF=122;SAR=134;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00706139;STB=0.503703;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.000128068;OID=.;OPOS=167868779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:258:259:2:2:256:257:0.992278:134:122:0:2:134:123:0:2 chr5 167868809 . C T 3312.15 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.257;QD=61.9093;RBI=0.0232375;REFB=0;REVB=-0.012175;RO=0;SAF=99;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85394e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18545e-05;OID=.;OPOS=167868809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:214:0:0:210:214:1:111:99:0:0:112:102:0:0 chr5 167895953 . T C 2708.04 PASS AF=0.822314;AO=199;DP=243;FAO=199;FDP=242;FR=.;FRO=43;FSAF=84;FSAR=115;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00116287;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7328;QD=44.761;RBI=0.0076388;REFB=0.00277813;REVB=-0.00754977;RO=41;SAF=84;SAR=115;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136259;STB=0.51202;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.000936465;OID=.;OPOS=167895953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:242:41:43:199:199:0.822314:115:84:19:22:115:84:21:22 chr5 167913510 . G A 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.529;QD=60.8828;RBI=0.0283614;REFB=0;REVB=0.026362;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6863e-05;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr5 167943827 . G A 1716.51 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313933;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.53;QD=60.7614;RBI=0.0314529;REFB=0;REVB=0.00193467;RO=0;SAF=67;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94026e-05;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:46:67:0:0:46:67:0:0 chr5 167957055 . G A 2651.69 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313782;FXX=0.01734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.487;QD=62.3928;RBI=0.031388;REFB=0;REVB=0.0007868;RO=0;SAF=50;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147808;OID=.;OPOS=167957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:170:170:1:120:50:0:0:120:50:0:0 chr5 168093302 . ATTTTTTG ATTT,ATTTTTG,ATTTTTTA 401.5 PASS AF=0.539683,0.0952381,0.0793651;AO=24,8,5;DP=64;FAO=34,6,5;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=14,1,5;FSAR=20,5,0;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0128055,-0.0632416,-0.0156789;FXX=0.0307645;HRUN=6,6,1;LEN=4,1,1;MLLD=200.574,9.47394,66.3973;QD=25.4923;RBI=0.0162344,0.0831317,0.0850267;REFB=-0.038549,-0.179485,-0.0558514;REVB=-0.00997866,-0.0539571,-0.0835686;RO=14;SAF=11,2,5;SAR=13,6,0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0.340157,0.340157,0;SSSB=0.020029,-0.212868,0.727435;STB=0.511621,0.749063,0.997743;STBP=0.862,0.203,0.016;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0172389,0.0127269,-0.00106237;OID=.,.,.;OPOS=168093306,168093303,168093309;OREF=TTTG,T,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTT,ATTTTTG,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.539683,0.0952381,0.0793651:24,8,5:64:34,6,5:63:18:14,1,5:20,5,0:8:10:99:14:11,2,5:13,6,0:6:8 chr5 168093522 . G A 1252.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176368;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.056;QD=61.8273;RBI=0.0419308;REFB=0;REVB=0.0418937;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521317;OID=.;OPOS=168093522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr5 168098463 . A G 2351.86 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.372;QD=61.0874;RBI=0.0129509;REFB=0;REVB=-0.0123425;RO=0;SAF=61;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18983e-05;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:93:61:0:0:93:61:0:0 chr5 168212951 . A G 1472.61 PASS AF=0.989474;AO=74;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.223902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.086;QD=62.0046;RBI=0.22399;REFB=0;REVB=0.00627506;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220601;OID=.;OPOS=168212951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:0:74:94:0.989474:37:37:0:0:38:56:0:0 chr5 168233474 . G A 135.74 PASS AF=0.183824;AO=24;DP=136;FAO=25;FDP=136;FR=.;FRO=111;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=0.034849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.33;QD=3.99224;RBI=0.0442487;REFB=0.00207788;REVB=0.027267;RO=111;SAF=10;SAR=14;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553694;STB=0.516039;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00615516;OID=.;OPOS=168233474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:111:111:24:25:0.183824:14:10:51:60:14:11:51:60 chr5 168250350 . C G 113.31 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.126342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.753;QD=5.46091;RBI=0.126772;REFB=-0.00517225;REVB=-0.0104357;RO=63;SAF=6;SAR=12;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183756;STB=0.616534;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0180695;OID=.;OPOS=168250350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:63:65:18:18:0.216867:12:6:30:33:12:6:31:34 chr5 168671698 . A T 3761.93 PASS AF=1;AO=237;DP=237;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000244141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.761;QD=63.4924;RBI=0.0396152;REFB=0;REVB=-0.0396145;RO=0;SAF=104;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9558e-05;OID=.;OPOS=168671698;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:237:0:0:237:237:1:133:104:0:0:133:104:0:0 chr5 168690612 . A G 7287.5 PASS AF=1;AO=460;DP=461;FAO=463;FDP=463;FR=.;FRO=0;FSAF=216;FSAR=247;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414531;FXX=0.00215513;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.567;QD=62.959;RBI=0.0277371;REFB=-0.111126;REVB=-0.0274256;RO=1;SAF=214;SAR=246;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80671e-05;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:461:463:1:0:460:463:1:246:214:0:1:247:216:0:0 chr5 169021610 . C T 117.33 PASS AF=0.24;AO=17;DP=74;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.00174811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.05;QD=6.25771;RBI=0.0088915;REFB=-0.0137446;REVB=0.00871796;RO=57;SAF=11;SAR=6;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354652;STB=0.690245;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0445223;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:57:57:17:18:0.24:6:11:20:37:7:11:20:37 chr5 169028481 . T C 73.69 PASS AF=0.153846;AO=14;DP=91;FAO=14;FDP=91;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.0108936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.43;QD=3.23918;RBI=0.0230383;REFB=0.00123678;REVB=0.0203;RO=75;SAF=8;SAR=6;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1797;STB=0.62945;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00676767;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:91:91:75:77:14:14:0.153846:6:8:32:43:6:8:32:45 chr5 169031150 . T C 251.59 PASS AF=0.186722;AO=45;DP=241;FAO=45;FDP=241;FR=.;FRO=196;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=94;FSRR=102;FWDB=-0.00270375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2986;QD=4.17578;RBI=0.0161667;REFB=0.000322685;REVB=-0.0159391;RO=195;SAF=27;SAR=18;SRF=93;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158648;STB=0.597963;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00125156;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:195:196:45:45:0.186722:18:27:93:102:18:27:94:102 chr5 169129422 . A G 93.96 PASS AF=0.136986;AO=20;DP=146;FAO=20;FDP=146;FR=.;FRO=126;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=70;FSRR=56;FWDB=-0.0131702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.893;QD=2.57419;RBI=0.0278716;REFB=0.00333752;REVB=0.0245637;RO=125;SAF=8;SAR=12;SRF=70;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199409;STB=0.632303;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0187815;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:146:146:125:126:20:20:0.136986:12:8:70:55:12:8:70:56 chr5 169267784 . G A 228.46 PASS AF=0.209945;AO=38;DP=180;FAO=38;FDP=181;FR=.;FRO=143;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=65;FSRR=78;FWDB=-0.00839817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5444;QD=5.04874;RBI=0.016893;REFB=0.00561062;REVB=-0.0146575;RO=142;SAF=15;SAR=23;SRF=65;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821256;STB=0.548409;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0212153;OID=.;OPOS=169267784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:142:143:38:38:0.209945:23:15:65:77:23:15:65:78 chr5 169435713 . A C 262.9 PASS AF=0.16358;AO=53;DP=323;FAO=53;FDP=324;FR=.;FRO=271;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=118;FSRR=153;FWDB=-0.00607231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.836;QD=3.24564;RBI=0.030035;REFB=-0.00327091;REVB=-0.0294147;RO=270;SAF=30;SAR=23;SRF=117;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170396;STB=0.607975;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0170804;OID=.;OPOS=169435713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:324:270:271:53:53:0.16358:23:30:117:153:23:30:118:153 chr5 169454941 . C G 2271.32 PASS AF=1;AO=120;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9799;QD=57.5019;RBI=0.125713;REFB=0;REVB=0.119286;RO=0;SAF=82;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365753;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:120:158:1:38:82:0:0:76:82:0:0 chr5 169461547 . C T 1977.87 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.025062;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8208;QD=61.3293;RBI=0.0276448;REFB=-0.086798;REVB=-0.0116676;RO=1;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714602;STB=0.503759;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000305308;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:129:1:1:128:128:0.992248:66:62:0:1:66:62:0:1 chr5 169504743 . T C 3422.61 PASS AF=0.800613;AO=249;DP=315;FAO=261;FDP=326;FR=.;FRO=65;FSAF=154;FSAR=107;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00352741;FXX=0.00305801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.038;QD=41.9952;RBI=0.00361053;REFB=-0.004329;REVB=-0.000770283;RO=60;SAF=143;SAR=106;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00338814;STB=0.504281;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00125754;OID=.;OPOS=169504743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:326:60:65:249:261:0.800613:106:143:35:25:107:154:37:28 chr5 169535522 . T C 3520.62 PASS AF=1;AO=224;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104552;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.283;QD=62.8683;RBI=0.0407449;REFB=0;REVB=0.0393806;RO=0;SAF=107;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60261e-05;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:224:0:0:224:224:1:117:107:0:0:117:107:0:0 chr5 169695446 . C T 543.0 PASS AF=0.775862;AO=45;DP=64;FAO=45;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=40;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0117172;FXX=0.0937354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.543;QD=37.4481;RBI=0.0528527;REFB=-0.0179769;REVB=-0.0515376;RO=13;SAF=40;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433035;STB=0.523354;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0040479;OID=.;OPOS=169695446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:64:58:13:13:45:45:0.775862:5:40:11:2:5:40:11:2 chr5 169715038 . A G 159.37 PASS AF=0.198529;AO=27;DP=136;FAO=27;FDP=136;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=-0.0296996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8875;QD=4.68736;RBI=0.0298321;REFB=-0.000960658;REVB=0.00280862;RO=108;SAF=8;SAR=19;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223145;STB=0.645254;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00489098;OID=.;OPOS=169715038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:108:109:27:27:0.198529:19:8:50:58:19:8:51:58 chr5 169910084 . G T 1432.37 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.8587;QD=62.9613;RBI=0.0928336;REFB=0;REVB=-0.082388;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308066;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr5 170294132 . G A 1480.12 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.421;QD=58.6185;RBI=0.0218599;REFB=-0.0314388;REVB=-0.00460886;RO=1;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870439;STB=0.504586;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000456663;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:54:46:0:1:54:46:0:1 chr5 170338106 . G A 751.54 PASS AF=0.779221;AO=60;DP=77;FAO=60;FDP=77;FR=.;FRO=17;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0131881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.243;QD=39.041;RBI=0.0143343;REFB=0.00680544;REVB=0.00561661;RO=17;SAF=28;SAR=32;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472395;STB=0.525297;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0029954;OID=.;OPOS=170338106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:17:17:60:60:0.779221:32:28:6:11:32:28:6:11 chr5 170395512 . A T 2421.11 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.365;QD=61.2939;RBI=0.0528246;REFB=0;REVB=0.00952051;RO=0;SAF=68;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.412e-05;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:157:158:1:89:68:0:0:90:68:0:0 chr5 171201499 . G C 183.92 PASS AF=0.169903;AO=35;DP=206;FAO=35;FDP=206;FR=.;FRO=171;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=121;FWDB=-0.0263606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5616;QD=3.57123;RBI=0.0458165;REFB=0.00360204;REVB=0.0374736;RO=169;SAF=6;SAR=29;SRF=49;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212436;STB=0.643331;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0188616;OID=.;OPOS=171201499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:169:171:35:35:0.169903:29:6:49:120:29:6:50:121 chr5 171472417 . A G 844.5 PASS AF=0.940299;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00605412;FXX=0.0289813;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.7602;QD=50.418;RBI=0.0462625;REFB=-0.129826;REVB=-0.0458646;RO=4;SAF=35;SAR=27;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050958;STB=0.527018;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00299933;OID=.;OPOS=171472417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:66:67:4:4:62:63:0.940299:27:35:4:0:28:35:4:0 chr5 171481606 . A G 2393.67 PASS AF=1;AO=156;DP=158;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330092;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.456;QD=61.3762;RBI=0.016322;REFB=0;REVB=0.0159848;RO=0;SAF=107;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262394;OID=.;OPOS=171481606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:156:0:0:156:156:1:49:107:0:0:49:107:0:0 chr5 171533629 . A G 1128.91 PASS AF=0.771186;AO=89;DP=116;FAO=91;FDP=118;FR=.;FRO=27;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.03675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.948;QD=38.268;RBI=0.0379272;REFB=-0.0225296;REVB=0.00937603;RO=25;SAF=45;SAR=44;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388114;STB=0.51745;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0046269;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:25:27:89:91:0.771186:44:45:15:10:44:47:16:11 chr5 171533656 . C T 2249.19 PASS AF=0.793578;AO=173;DP=221;FAO=173;FDP=218;FR=.;FRO=45;FSAF=96;FSAR=77;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0139169;FXX=0.013574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.197;QD=41.2695;RBI=0.0218561;REFB=-0.00888961;REVB=0.0168526;RO=42;SAF=96;SAR=77;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115744;STB=0.513752;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00213209;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:218:42:45:173:173:0.793578:77:96:22:20:77:96:22:23 chr5 171533782 . T C 362.0 PASS AF=0.211268;AO=59;DP=280;FAO=60;FDP=284;FR=.;FRO=224;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=112;FSRR=112;FWDB=0.0164622;FXX=0.00699276;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5556;QD=5.09862;RBI=0.0180906;REFB=-0.000280086;REVB=-0.00750118;RO=221;SAF=27;SAR=32;SRF=112;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631423;STB=0.539507;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00187382;OID=.;OPOS=171533782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:284:221:224:59:60:0.211268:32:27:112:109:33:27:112:112 chr5 171621212 . C G 112.35 PASS AF=0.157143;AO=22;DP=140;FAO=22;FDP=140;FR=.;FRO=118;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=46;FWDB=0.0324916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1825;QD=3.20989;RBI=0.0324919;REFB=-0.00393796;REVB=-0.000144755;RO=117;SAF=14;SAR=8;SRF=72;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284531;STB=0.523524;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0264861;OID=.;OPOS=171621212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:117:118:22:22:0.157143:8:14:72:45:8:14:72:46 chr5 171636926 . C T 851.47 PASS AF=1;AO=47;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.778;QD=57.7267;RBI=0.0542567;REFB=0;REVB=0.0532173;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50381e-05;OID=.;OPOS=171636926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:47:59:1:14:33:0:0:26:33:0:0 chr5 171760569 . A G 92.5 PASS AF=0.175258;AO=15;DP=93;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=61;FWDB=-0.0112383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.982;QD=3.81462;RBI=0.0804592;REFB=-0.01027;REVB=-0.0796705;RO=78;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223941;STB=0.697193;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0926396;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:93:97:78:80:15:17:0.175258:9:6:19:59:9:8:19:61 chr5 171800780 . G C 800.74 PASS AF=0.882353;AO=60;DP=70;FAO=60;FDP=68;FR=.;FRO=8;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0210956;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.382;QD=47.1025;RBI=0.0218654;REFB=0.00952634;REVB=0.00575093;RO=7;SAF=32;SAR=28;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357888;STB=0.525683;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00223112;OID=.;OPOS=171800780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:70:68:7:8:60:60:0.882353:28:32:5:2:28:32:6:2 chr5 171849471 . G A 946.71 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.021942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.524;QD=55.6889;RBI=0.0223468;REFB=-0.0297375;REVB=-0.00423467;RO=2;SAF=42;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021968;STB=0.511624;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000509141;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:24:42:2:0:24:42:2:0 chr5 172196711 . G T 1585.07 PASS AF=0.990826;AO=105;DP=105;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0439899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.421;QD=58.1676;RBI=0.0639256;REFB=-0.058808;REVB=0.0463828;RO=0;SAF=39;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000851743;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:109:0:1:105:108:0.990826:66:39:0:0:70:38:1:0 chr5 172261462 . G A 43.66 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0194273;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.681;QD=3.01111;RBI=0.0230582;REFB=-0.00593118;REVB=0.0124202;RO=49;SAF=5;SAR=3;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116015;STB=0.575031;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0460774;OID=.;OPOS=172261462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:58:49:50:8:8:0.137931:3:5:26:23:3:5:27:23 chr5 172294194 . G T 1901.06 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00358367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.587;QD=59.8759;RBI=0.00762157;REFB=-0.111652;REVB=0.00672649;RO=0;SAF=46;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.78502e-08;STB=0.506249;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000476786;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:0:2:125:125:0.984252:79:46:0:0:79:46:0:2 chr5 172342668 . C T 1530.0 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0892;QD=63.7501;RBI=0.0360717;REFB=0;REVB=0.0356719;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216649;OID=.;OPOS=172342668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr5 172381973 . A AGGT 2386.44 PASS AF=0.926554;AO=161;DP=183;FAO=164;FDP=177;FR=.;FRO=13;FSAF=102;FSAR=62;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0176692;FXX=0.027471;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.308;QD=53.9309;RBI=0.0206414;REFB=-0.0177654;REVB=-0.0106707;RO=14;SAF=100;SAR=61;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00350739;STB=0.500513;STBP=0.963;TYPE=ins;VARB=0.00102674;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.926554:161:183:164:177:13:102:62:8:5:35:14:100:61:9:5 chr5 172447762 . G A 1030.75 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00725466;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.423;QD=59.7535;RBI=0.0215387;REFB=0;REVB=-0.0202802;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124059;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:35:33:0:0:35:34:0:0 chr5 172631051 . T G 107.2 PASS AF=0.277778;AO=14;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0278007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9818;QD=7.94069;RBI=0.0373246;REFB=-8.74498e-05;REVB=0.0249048;RO=39;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280563;STB=0.642158;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00601514;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:14:15:0.277778:6:8:13:26:7:8:13:26 chr5 172660519 . A T 140.94 PASS AF=0.339286;AO=20;DP=59;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0627212;FXX=0.0508388;HRUN=14;LEN=1;MLLD=122.814;QD=10.0671;RBI=0.0632059;REFB=-0.0498366;REVB=-0.00781257;RO=34;SAF=4;SAR=16;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141752;STB=0.698373;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0174902;OID=.;OPOS=172660519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:34:37:20:19:0.339286:16:4:10:24:17:2:10:27 chr5 172662024 . T C 846.58 PASS AF=0.708738;AO=73;DP=102;FAO=73;FDP=103;FR=.;FRO=30;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00603586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.347;QD=32.877;RBI=0.0419161;REFB=-0.0207235;REVB=-0.0414793;RO=29;SAF=41;SAR=32;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604092;STB=0.537587;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00486035;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:29:30:73:73:0.708738:32:41:13:16:32:41:13:17 chr5 172681229 . G A 1362.51 PASS AF=0.950495;AO=98;DP=101;FAO=96;FDP=101;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0136877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3698;QD=53.9608;RBI=0.0572795;REFB=0.0459403;REVB=-0.0556201;RO=3;SAF=38;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016469;STB=0.500216;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.0305546;OID=.;OPOS=172681229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:101:101:3:5:98:96:0.950495:60:38:2:1:58:38:2:3 chr5 172750436 . G A 95.4 PASS AF=0.132911;AO=21;DP=157;FAO=21;FDP=158;FR=.;FRO=137;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=78;FWDB=0.0549516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0692;QD=2.41529;RBI=0.0557937;REFB=-0.000559116;REVB=-0.00965716;RO=135;SAF=14;SAR=7;SRF=58;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293045;STB=0.699404;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00579149;OID=.;OPOS=172750436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:157:158:135:137:21:21:0.132911:7:14:58:77:7:14:59:78 chr5 173376506 . A G 54.77 PASS AF=0.113043;AO=13;DP=118;FAO=13;FDP=115;FR=.;FRO=102;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=0.013829;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5652;QD=1.90499;RBI=0.0155576;REFB=0.00364693;REVB=-0.00712716;RO=94;SAF=3;SAR=10;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260398;STB=0.719068;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0138149;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:118:115:94:102:13:13:0.113043:10:3:40:54:10:3:47:55 chr5 173385886 . GAAAAAAA GAAAAAA,GAAAAAAT 43.44 PASS AF=0.158537,0.0731707;AO=20,3;DP=82;FAO=13,6;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=3,6;FSAR=10,0;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.0526034,-0.0486221;FXX=0.03529;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.61075,191.463;QD=2.11918;RBI=0.224156,0.0580207;REFB=-0.0821134,-0.00906833;REVB=-0.217897,-0.031659;RO=43;SAF=4,3;SAR=16,0;SRF=13;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.160868,0.599085;STB=0.591109,0.998746;STBP=0.516,0;TYPE=del,snp;VARB=-0.0325949,0.131427;OID=.,.;OPOS=173385887,173385893;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.158537,0.0731707:20,3:82:13,6:82:63:3,6:10,0:20:43:19:43:4,3:16,0:13:30 chr5 174156168 . T C 1929.34 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.29;QD=60.7666;RBI=0.0195191;REFB=0.0818151;REVB=-0.0133557;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.503999;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000300444;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:0:1:126:126:0.992126:62:64:0:0:62:64:0:1 chr5 174178774 . G A 902.78 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.123766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.168;QD=55.5555;RBI=0.125951;REFB=0.0661154;REVB=0.0233627;RO=2;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00138569;STB=0.50746;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000122083;OID=.;OPOS=174178774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:2:1:63:64:0.984615:33:30:1:1:33:31:0:1 chr5 174422374 . C T 175.09 PASS AF=0.169231;AO=33;DP=195;FAO=33;FDP=195;FR=.;FRO=162;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=79;FSRR=83;FWDB=0.0244039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.517;QD=3.59162;RBI=0.0248623;REFB=0.00197032;REVB=-0.00475215;RO=160;SAF=16;SAR=17;SRF=79;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114401;STB=0.502331;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00849539;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:160:162:33:33:0.169231:17:16:79:81:17:16:79:83 chr5 174541854 . A G 2359.27 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.441;QD=60.8844;RBI=0.0179731;REFB=0;REVB=0.0171544;RO=0;SAF=72;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70733e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106566;OID=.;OPOS=174541854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:155:0:0:151:155:1:79:72:0:0:83:72:0:0 chr5 174542146 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.158;QD=57.6799;RBI=0.0572359;REFB=0;REVB=0.0500485;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71796e-05;OID=.;OPOS=174542146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:19:12:0:0 chr5 174542179 . A G 428.81 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2899;QD=57.1749;RBI=0.0675211;REFB=0;REVB=-0.0499762;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016179;OID=.;OPOS=174542179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr5 174868840 . T C 1749.42 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.941;QD=60.8495;RBI=0.0263797;REFB=0;REVB=0.0154691;RO=0;SAF=46;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75006e-06;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:69:46:0:0:69:46:0:0 chr5 174870150 . C T 1394.86 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00345065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.137;QD=59.3556;RBI=0.0119928;REFB=-0.0600303;REVB=0.0114857;RO=3;SAF=54;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256049;STB=0.513511;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.000423947;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:3:3:91:91:0.968085:37:54:3:0:37:54:3:0 chr5 174937193 . C T 190.68 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.00428195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.644;QD=7.70427;RBI=0.0374551;REFB=-0.0137317;REVB=-0.0372096;RO=73;SAF=7;SAR=19;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142735;STB=0.586669;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0451872;OID=.;OPOS=174937193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:73:73:26:26:0.262626:19:7:27:46:19:7:27:46 chr5 175055271 . G A 107.75 PASS AF=0.161538;AO=21;DP=129;FAO=21;FDP=130;FR=.;FRO=109;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=64;FWDB=0.027927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.876;QD=3.31529;RBI=0.0322143;REFB=-0.00437806;REVB=0.0160576;RO=108;SAF=11;SAR=10;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136036;STB=0.592345;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0212642;OID=.;OPOS=175055271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:108:109:21:21:0.161538:10:11:45:63:10:11:45:64 chr5 175307256 . T C 33.59 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0406168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4546;QD=3.53577;RBI=0.047569;REFB=-0.00460599;REVB=-0.0247605;RO=32;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137895;STB=0.509771;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0384681;OID=.;OPOS=175307256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:2:4:21:11:2:4:21:11 chr5 175307373 . G A 222.92 PASS AF=0.189573;AO=39;DP=211;FAO=40;FDP=211;FR=.;FRO=171;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=78;FSRR=93;FWDB=0.00482053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7521;QD=4.22604;RBI=0.0335842;REFB=-0.00297216;REVB=0.0332364;RO=170;SAF=20;SAR=19;SRF=78;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069431;STB=0.535527;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0119794;OID=.;OPOS=175307373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:170:171:39:40:0.189573:19:20:78:92:20:20:78:93 chr5 175717557 . C T 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00188554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.811;QD=3.64931;RBI=0.0442148;REFB=0.00376369;REVB=-0.0441746;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175342;STB=0.621241;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0194659;OID=.;OPOS=175717557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:3:3:20:11:3:3:20:11 chr5 175811094 . C CGT 1312.6 PASS AF=0.90566;AO=96;DP=113;FAO=96;FDP=106;FR=.;FRO=10;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0541531;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.148;QD=49.5319;RBI=0.0712774;REFB=-0.0646167;REVB=0.0463456;RO=14;SAF=49;SAR=47;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196438;STB=0.500983;STBP=0.942;TYPE=ins;VARB=0.00444538;OID=.;OPOS=175811095;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.90566:96:113:96:106:10:49:47:5:5:37:14:49:47:6:8 chr5 175934527 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTC,TATTTTTT 46.53 PASS AF=0.2,0.0571429,0.0857143;AO=7,2,5;DP=36;FAO=7,2,3;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4,0,1;FSAR=3,2,2;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.149217,0.177677,0.0289815;FXX=0.0540395;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.82127,22.0501,22.7122;QD=5.31815;RBI=0.18387,0.18223,0.0998484;REFB=-0.105792,-0.0636225,-0.0584664;REVB=-0.107435,-0.0404817,-0.0955498;RO=17;SAF=4,0,2;SAR=3,2,3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.160269,-0.626525,-0.342308;STB=0.564179,0.996021,0.760375;STBP=0.774,0.089,0.448;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.11932,0.0931348,0.0725548;OID=.,.,.;OPOS=175934528,175934534,175934527;OREF=T,T,AT;OALT=-,C,TA;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTC,TATTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:36:35:17:23:7,2,5:7,2,3:0.2,0.0571429,0.0857143:3,2,3:4,0,2:12:5:3,2,2:4,0,1:15:8 chr5 175954622 . G A 215.13 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0221962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.972;QD=37.4145;RBI=0.0721276;REFB=0.00426772;REVB=0.0686274;RO=4;SAF=12;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409274;STB=0.522365;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.000125386;OID=.;OPOS=175954622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:7:12:3:1:7:12:3:1 chr5 175955814 . A G 334.89 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.287;QD=53.5828;RBI=0.0292278;REFB=0;REVB=0.0262456;RO=0;SAF=22;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94243e-05;OID=.;OPOS=175955814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:2:22:0:0:2:23:0:0 chr5 175956271 . A C 2041.6 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.934;QD=62.3389;RBI=0.0148588;REFB=0;REVB=0.00651835;RO=0;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12913e-06;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:131:0:0:128:131:1:68:60:0:0:68:63:0:0 chr5 176002144 . A C 1510.08 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0047465;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.213;QD=58.6438;RBI=0.0228485;REFB=0.04449;REVB=-0.02235;RO=1;SAF=86;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00548601;STB=0.50289;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.000200472;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:103:1:1:102:102:0.990291:16:86:1:0:16:86:1:0 chr5 176004475 . G GC 199.14 PASS AF=0.885714;AO=9;DP=71;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0345933;FXX=0.499929;HRUN=0;LEN=1;MLLD=82.6645;QD=22.7584;RBI=0.0441632;REFB=-0.0338954;REVB=0.0274536;RO=56;SAF=9;SAR=0;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666161;STB=0.539975;STBP=0.314;TYPE=ins;VARB=0.0217114;OID=.;OPOS=176004476;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.885714:9:71:31:35:4:8:23:0:4:15:56:9:0:30:26 chr5 176004476 . T C,G 1001.13 PASS AF=0.876712,0.123288;AO=57,9;DP=66;FAO=64,9;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32,9;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129949,0.0255942;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.1081,122.81;QD=54.8564;RBI=0.051637,0.051426;REFB=0,0;REVB=0.0499751,0.0446046;RO=0;SAF=31,9;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.19358e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0258234,0.0269154;OID=.,.;OPOS=176004476,176004476;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:66:73:0:0:57,9:64,9:0.876712,0.123288:26,0:31,9:0:0:32,0:32,9:0:0 chr5 176005477 . C T 2237.73 PASS AF=0.993007;AO=140;DP=144;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0039153;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.021;QD=62.5939;RBI=0.0837576;REFB=-0.0890164;REVB=0.0836661;RO=0;SAF=62;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35543e-08;STB=0.503105;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00025912;OID=.;OPOS=176005477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:143:0:1:140:142:0.993007:78:62:0:0:80:62:0:1 chr5 176011264 . T C 1227.88 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.803;QD=61.3939;RBI=0.0485515;REFB=0;REVB=0.0250324;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013681;OID=.;OPOS=176011264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:43:36:0:0:43:37:0:0 chr5 176017455 . C T 2351.91 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.162;QD=61.0886;RBI=0.0225155;REFB=0;REVB=-0.0066159;RO=0;SAF=82;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88242e-05;OID=.;OPOS=176017455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:72:82:0:0:72:82:0:0 chr5 176024880 . C T 1697.77 PASS AF=0.915385;AO=118;DP=131;FAO=119;FDP=130;FR=.;FRO=11;FSAF=32;FSAR=87;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.010824;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.152;QD=52.239;RBI=0.0175347;REFB=-0.0534217;REVB=0.0137952;RO=7;SAF=32;SAR=86;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932665;STB=0.57332;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000586242;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:131:130:7:11:118:119:0.915385:86:32:7:0:87:32:11:0 chr5 176025938 . T C 1017.56 PASS AF=0.96;AO=69;DP=73;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0234346;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.62;QD=54.27;RBI=0.0244126;REFB=-0.177486;REVB=-0.00684082;RO=1;SAF=45;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103906;STB=0.513144;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0017323;OID=.;OPOS=176025938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:73:75:1:3:69:72:0.96:24:45:1:0:26:46:1:2 chr5 176026119 . TCTCAAAGACCCAGGATCCTCCTTC T 74.23 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.2997;HRUN=1;LEN=24;MLLD=251.437;QD=42.4168;RBI=0.0135261;REFB=0;REVB=-0.0135261;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.82958e-05;OID=.;OPOS=176026120;OREF=CTCAAAGACCCAGGATCCTCCTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:8:7:7:0:0:7:0:0:3:0:0:7:0:0 chr5 176026146 . C T 340.59 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.306;QD=52.3985;RBI=0.0845583;REFB=0;REVB=0.0837228;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799253;OID=.;OPOS=176026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr5 176069831 . G A 3898.48 PASS AF=1;AO=246;DP=249;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4107;QD=62.1272;RBI=0.00886746;REFB=0;REVB=0.00439936;RO=0;SAF=94;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94599e-06;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:249:251:0:0:246:251:1:152:94:0:0:156:95:0:0 chr5 176081907 . C T 2253.13 PASS AF=0.842365;AO=169;DP=201;FAO=171;FDP=203;FR=.;FRO=32;FSAF=105;FSAR=66;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00109786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6788;QD=44.3967;RBI=0.0216963;REFB=0.0158721;REVB=0.0216685;RO=32;SAF=105;SAR=64;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112;STB=0.507041;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00237488;OID=.;OPOS=176081907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:32:32:169:171:0.842365:64:105:21:11:66:105:21:11 chr5 176297545 . C T 2430.26 PASS AF=0.810573;AO=181;DP=226;FAO=184;FDP=227;FR=.;FRO=43;FSAF=86;FSAR=98;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.025671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.782;QD=42.8239;RBI=0.0428175;REFB=-0.0436607;REVB=0.0342686;RO=44;SAF=84;SAR=97;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300769;STB=0.512817;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00799572;OID=.;OPOS=176297545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:227:44:43:181:184:0.810573:97:84:24:20:98:86:23:20 chr5 176492207 . T C 1696.12 PASS AF=0.837662;AO=127;DP=152;FAO=129;FDP=154;FR=.;FRO=25;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0166418;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.892;QD=44.0551;RBI=0.0271763;REFB=-0.0175154;REVB=0.0214849;RO=25;SAF=66;SAR=61;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123183;STB=0.505135;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00261342;OID=.;OPOS=176492207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:25:25:127:129:0.837662:61:66:12:13:63:66:12:13 chr5 176517132 . TA CG 32.34 PASS AF=0.625;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00225206;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=113.429;QD=16.1699;RBI=0.0938588;REFB=-0.0607531;REVB=0.0938317;RO=3;SAF=4;SAR=0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.705357;STB=0.57112;STBP=0.776;TYPE=mnp;VARB=0.0401853;OID=.;OPOS=176517132;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:4:5:0.625:0:4:2:1:1:4:2:1 chr5 176517136 . C CGTGT,T 56.51 PASS AF=0.125,0.75;AO=2,5;DP=8;FAO=1,6;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1,4;FSAR=0,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0569587,-0.106036;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=130.582,59.8811;QD=28.2542;RBI=0.0934197,0.214558;REFB=-0.0673392,-0.0434229;REVB=-0.074047,0.186524;RO=1;SAF=1,4;SAR=1,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.0951258;STB=0.5,0.555378;STBP=1,0.618;TYPE=ins,snp;VARB=0.0126784,0.0011967;OID=.,.;OPOS=176517137,176517136;OREF=-,C;OALT=GTGT,T;OMAPALT=CGTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:8:8:1:1:2,5:1,6:0.125,0.75:1,1:1,4:1:0:0,2:1,4:1:0 chr5 176517170 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.363;QD=58.1417;RBI=0.0137807;REFB=0;REVB=0.0119447;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111609;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr5 176517292 . A G 2236.88 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.63;QD=62.1357;RBI=0.0671305;REFB=0;REVB=-0.0627192;RO=0;SAF=69;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328065;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:144:0:0:139:144:1:70:69:0:0:74:70:0:0 chr5 176517326 . T C 2167.04 PASS AF=0.985816;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0107745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.565;QD=61.4763;RBI=0.018815;REFB=-0.0599113;REVB=0.0154245;RO=2;SAF=64;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125085;STB=0.506578;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.000670487;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:141:2:2:139:139:0.985816:75:64:0:2:75:64:0:2 chr5 176517461 . T G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.327;QD=62.0082;RBI=0.0376867;REFB=0;REVB=0.00572277;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82895e-05;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:52:32:0:0:52:32:0:0 chr5 176517797 . C T 1449.26 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0189732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.816;QD=57.3963;RBI=0.0195053;REFB=-0.128746;REVB=0.00452493;RO=2;SAF=46;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201745;STB=0.510636;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000276826;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:53:46:2:0:53:46:2:0 chr5 176518784 . C T 2811.34 PASS AF=0.994475;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0315768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.753;QD=62.129;RBI=0.0315803;REFB=-0.0355109;REVB=0.000467934;RO=0;SAF=78;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000153448;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:181:0:1:180:180:0.994475:102:78:0:0:102:78:1:0 chr5 176520243 . G A 1509.25 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017903;FXX=0.0190458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.382;QD=58.6118;RBI=0.031875;REFB=0.117315;REVB=0.0263723;RO=1;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854764;STB=0.504424;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000203461;OID=.;OPOS=176520243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:1:1:100:102:0.990291:55:45:0:1:56:46:0:1 chr5 176636882 . C T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.554;QD=61.8525;RBI=0.0481097;REFB=0;REVB=-0.019213;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68088e-05;OID=.;OPOS=176636882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr5 176637149 . G A 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.207;QD=61.261;RBI=0.0203265;REFB=0;REVB=-0.00618231;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62165e-06;OID=.;OPOS=176637149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:65:54:0:0:65:54:0:0 chr5 176637240 . G T 1324.78 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8216;QD=60.9096;RBI=0.0417095;REFB=0.090167;REVB=0.0366273;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000858711;OID=.;OPOS=176637240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:44:42:0:0:44:42:0:1 chr5 176637576 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.621;QD=62.67;RBI=0.049617;REFB=0;REVB=0.0179732;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124595;OID=.;OPOS=176637576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr5 176815124 . T C 3696.68 PASS AF=0.867314;AO=267;DP=311;FAO=268;FDP=309;FR=.;FRO=41;FSAF=107;FSAR=161;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00647167;FXX=0.0127791;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.879;QD=47.8534;RBI=0.00647401;REFB=-0.00639332;REVB=-0.000174081;RO=40;SAF=107;SAR=160;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569308;STB=0.528773;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000991062;OID=.;OPOS=176815124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:309:40:41:267:268:0.867314:160:107:25:15:161:107:25:16 chr5 176831826 . C G 5688.81 PASS AF=1;AO=364;DP=370;FAO=366;FDP=366;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0068633;FXX=0.0161286;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.705;QD=62.1727;RBI=0.0131663;REFB=-0.0437684;REVB=0.011236;RO=0;SAF=197;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30585e-05;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:370:366:0:0:364:366:1:167:197:0:0:169:197:0:0 chr5 176885178 . A G 996.97 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9372;QD=57.7955;RBI=0.0347068;REFB=0;REVB=-0.0342142;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72204e-05;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:69:0:0:67:69:1:44:23:0:0:45:24:0:0 chr5 176915143 . C T 88.49 PASS AF=0.195122;AO=15;DP=82;FAO=16;FDP=82;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0449726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9371;QD=4.31641;RBI=0.0488783;REFB=-0.00217613;REVB=-0.0191455;RO=66;SAF=8;SAR=7;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152965;STB=0.526121;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00940811;OID=.;OPOS=176915143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:82:82:66:66:15:16:0.195122:7:8:36:30:7:9:35:31 chr5 176917078 . T C 1054.93 PASS AF=0.804124;AO=78;DP=98;FAO=78;FDP=97;FR=.;FRO=19;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0195563;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.006;QD=43.5023;RBI=0.0253239;REFB=-0.024086;REVB=-0.0160889;RO=18;SAF=39;SAR=39;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586258;STB=0.536073;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00438913;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:18:19:78:78:0.804124:39:39:6:12:39:39:6:13 chr5 176930135 . G A 2408.91 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000410949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.207;QD=64.2377;RBI=0.0688278;REFB=0;REVB=0.0688265;RO=0;SAF=59;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08473e-05;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:91:59:0:0:91:59:0:0 chr5 176930171 . AGAG A 183.22 PASS AF=0.186441;AO=33;DP=177;FAO=33;FDP=177;FR=.;FRO=144;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=84;FWDB=-0.0270263;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.362;QD=4.14065;RBI=0.0327695;REFB=-0.0156596;REVB=0.0185317;RO=137;SAF=16;SAR=17;SRF=55;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107788;STB=0.555675;STBP=0.491;TYPE=del;VARB=0.0665506;OID=.;OPOS=176930172;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186441:33:177:33:177:144:16:17:60:84:99:137:16:17:55:82 chr5 176936590 . T C 277.34 PASS AF=0.215962;AO=46;DP=213;FAO=46;FDP=213;FR=.;FRO=167;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=57;FSRR=110;FWDB=-0.0175976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.056;QD=5.20825;RBI=0.0232031;REFB=-0.000249921;REVB=-0.0151231;RO=166;SAF=18;SAR=28;SRF=57;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065597;STB=0.541867;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00100694;OID=.;OPOS=176936590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:166:167:46:46:0.215962:28:18:57:109:28:18:57:110 chr5 176936650 . T C 1932.74 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0713375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8508;QD=61.8478;RBI=0.0877359;REFB=0;REVB=0.0510739;RO=0;SAF=51;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84659e-05;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:73:51:0:0:74:51:0:0 chr5 176936819 . C G 80.51 PASS AF=0.235294;AO=11;DP=53;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=-0.0165273;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2458;QD=6.31443;RBI=0.077975;REFB=-0.0202935;REVB=0.0762034;RO=40;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169891;STB=0.577348;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0542584;OID=.;OPOS=176936819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:53:51:40:39:11:12:0.235294:8:3:7:33:9:3:7:32 chr5 176951276 . A G 3940.13 PASS AF=1;AO=211;DP=254;FAO=254;FDP=254;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=122;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.259;QD=62.0492;RBI=0.0723308;REFB=0;REVB=0.0700769;RO=0;SAF=110;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360172;OID=.;OPOS=176951276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:254:0:0:211:254:1:101:110:0:0:132:122:0:0 chr5 177022652 . A G 1075.08 PASS AF=0.986111;AO=57;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5344;QD=59.7266;RBI=0.0870312;REFB=0;REVB=0.0559539;RO=0;SAF=47;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175764;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:0:57:71:0.986111:10:47:0:0:16:55:0:0 chr5 177031346 . CGTG CGCG,GCGC 1741.21 PASS AF=0.95,0.05;AO=97,6;DP=124;FAO=114,6;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=64,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126894,-0.0971237;FXX=0.0322555;HRUN=1,4;LEN=1,4;MLLD=108.509,81.6292;QD=58.0403;RBI=0.13423,0.104749;REFB=0,0;REVB=0.043767,0.0392347;RO=0;SAF=46,0;SAR=51,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00050173,0.0410505;OID=.,.;OPOS=177031348,177031346;OREF=T,CGTG;OALT=C,GCGC;OMAPALT=CGCG,GCGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:124:120:0:0:97,6:114,6:0.95,0.05:51,6:46,0:0:0:64,6:50,0:0:0 chr5 177032050 . C G 834.24 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2158;QD=57.5335;RBI=0.114838;REFB=0;REVB=0.0964868;RO=0;SAF=4;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166489;OID=.;OPOS=177032050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:54:4:0:0:54:4:0:0 chr5 177035964 . T C 3471.26 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.221;QD=62.5452;RBI=0.110069;REFB=0;REVB=-0.0148906;RO=0;SAF=102;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118284;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:222:0:0:220:222:1:118:102:0:0:120:102:0:0 chr5 177158620 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.877;QD=57.6807;RBI=0.0596335;REFB=0;REVB=-0.00374112;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138385;OID=.;OPOS=177158620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr5 177161891 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3974;QD=42.1825;RBI=0.0566283;REFB=0;REVB=-0.0480357;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000623471;OID=.;OPOS=177161891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr5 177180236 . G A 2421.08 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.203;QD=61.2931;RBI=0.0201281;REFB=0;REVB=-0.0200506;RO=0;SAF=96;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.02337e-06;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:62:96:0:0:62:96:0:0 chr5 177220348 . C T 785.44 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0616;QD=64.1171;RBI=0.0712544;REFB=0;REVB=0.0610843;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112652;OID=.;OPOS=177220348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr5 177302646 . T C 590.24 PASS AF=1;AO=10;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.537;QD=62.1306;RBI=0.0896058;REFB=0;REVB=0.0452236;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119706;OID=.;OPOS=177302646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:10:38:1:5:5:0:0:13:25:0:0 chr5 177310717 . A G 234.1 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101417;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.948;QD=49.2846;RBI=0.0654631;REFB=0;REVB=-0.0646728;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156291;OID=.;OPOS=177310717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:17:19:1:9:8:0:0:9:10:0:0 chr5 177422876 . T C 4917.59 PASS AF=1;AO=315;DP=317;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119871;FXX=0.00943367;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.561;QD=62.4455;RBI=0.0244093;REFB=-0.00911697;REVB=-0.0212632;RO=2;SAF=174;SAR=141;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00545084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64575e-05;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:317:315:2:0:315:315:1:141:174:2:0:141:174:0:0 chr5 177422908 . A G 4543.84 PASS AF=1;AO=283;DP=283;FAO=286;FDP=286;FR=.;FRO=0;FSAF=159;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164625;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.714;QD=63.5502;RBI=0.0185328;REFB=0;REVB=0.0184595;RO=0;SAF=157;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07577e-06;OID=.;OPOS=177422908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:283:286:0:0:283:286:1:126:157:0:0:127:159:0:0 chr5 177547247 . T C 2569.06 PASS AF=1;AO=162;DP=172;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780589;FXX=0.0514256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.981;QD=61.9051;RBI=0.0783173;REFB=0;REVB=-0.00635655;RO=0;SAF=4;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.34988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430322;OID=.;OPOS=177547247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:166:0:0:162:166:1:158:4:0:0:158:8:0:0 chr5 177550723 . T C 2403.02 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114743;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.237;QD=61.2233;RBI=0.0675292;REFB=0;REVB=0.0665473;RO=0;SAF=152;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09257e-05;OID=.;OPOS=177550723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:155:157:1:3:152:0:0:3:154:0:0 chr5 177612734 . T C 3271.2 PASS AF=0.948052;AO=219;DP=231;FAO=219;FDP=231;FR=.;FRO=12;FSAF=98;FSAR=121;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0144976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.307;QD=56.6441;RBI=0.0159876;REFB=-0.0273304;REVB=0.00673986;RO=11;SAF=98;SAR=121;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00900187;STB=0.507124;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.000394134;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:231:231:11:12:219:219:0.948052:121:98:6:5:121:98:7:5 chr5 177612744 . A G 3328.88 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990466;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.378;QD=61.9327;RBI=0.0101784;REFB=-0.00465056;REVB=-0.00234465;RO=1;SAF=96;SAR=119;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398694;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56719e-06;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:216:215:1:0:215:215:1:119:96:0:1:119:96:0:0 chr5 177612983 . G A 1822.49 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.838;QD=61.2602;RBI=0.036268;REFB=0;REVB=0.0329443;RO=0;SAF=64;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50453e-05;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:55:64:0:0:55:64:0:0 chr5 177613123 . T C 1070.0 PASS AF=0.948718;AO=73;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0495861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.508;QD=54.872;RBI=0.0626091;REFB=-0.0517872;REVB=0.0382245;RO=4;SAF=39;SAR=34;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460772;STB=0.523803;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0021315;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:78:4:4:73:74:0.948718:34:39:4:0:34:40:4:0 chr5 177613168 . C T 1491.08 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1427;QD=57.9058;RBI=0.0625904;REFB=-0.103475;REVB=0.0609116;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225257;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:101:103:0:0:99:103:1:45:54:0:0:46:57:0:0 chr5 177613296 . C T 1482.52 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0279546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.907;QD=61.1349;RBI=0.0282885;REFB=0.00336556;REVB=-0.0043336;RO=2;SAF=54;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172359;STB=0.508927;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.000165331;OID=.;OPOS=177613296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:94:95:0.979381:40:54:2:0:40:55:2:0 chr5 177614001 . T C 1358.33 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161636;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.099;QD=61.0483;RBI=0.0373103;REFB=-0.0892115;REVB=0.0336273;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000345735;OID=.;OPOS=177614001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:0:1:86:88:0.988764:43:43:0:0:44:44:0:1 chr5 177614090 . G C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.719;QD=59.1432;RBI=0.0114696;REFB=0;REVB=0.00936986;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01285e-05;OID=.;OPOS=177614090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr5 177614094 . C G 906.48 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0810371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.641;QD=56.6551;RBI=0.0818737;REFB=-0.122626;REVB=0.0116742;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00128394;OID=.;OPOS=177614094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:31:32:0:0:31:32:1:0 chr5 177614137 . C T 868.47 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.337;QD=57.8979;RBI=0.0480408;REFB=0;REVB=0.0385752;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18527e-05;OID=.;OPOS=177614137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:22:37:0:0:23:37:0:0 chr5 177614183 . T C 766.84 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.568;QD=63.9034;RBI=0.0124093;REFB=0;REVB=0.00560343;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86277e-05;OID=.;OPOS=177614183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:27:21:0:0 chr5 177669413 . T G 2583.54 PASS AF=0.994083;AO=167;DP=168;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-9.77052e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.891;QD=61.149;RBI=0.00232397;REFB=-0.0474254;REVB=0.00232192;RO=0;SAF=59;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502283;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=6.00019e-05;OID=.;OPOS=177669413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:169:0:1:167:168:0.994083:108:59:0:0:109:59:0:1 chr5 177715291 . G A 465.86 PASS AF=0.769231;AO=40;DP=53;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00500135;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.346;QD=35.8355;RBI=0.0066437;REFB=-0.0350149;REVB=0.00437324;RO=12;SAF=18;SAR=22;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507122;STB=0.52733;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0105281;OID=.;OPOS=177715291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:53:52:12:12:40:40:0.769231:22:18:4:8:22:18:4:8 chr5 177715581 . T C 1977.25 PASS AF=0.671233;AO=96;DP=224;FAO=147;FDP=219;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=106;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0425144;FXX=0.0135129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.657;QD=36.1141;RBI=0.0639603;REFB=-0.0649435;REVB=0.0477855;RO=58;SAF=67;SAR=29;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15231;STB=0.569217;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0228602;OID=.;OPOS=177715581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:219:58:57:96:147:0.671233:29:67:29:29:41:106:29:28 chr5 177989153 . G A 107.51 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0401238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.784;QD=22.6329;RBI=0.0413826;REFB=-0.0192864;REVB=-0.0101294;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.592433;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0127368;OID=.;OPOS=177989153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:6:7:11:12:0.631579:8:3:3:3:8:4:4:3 chr5 178049444 . C G 103.41 PASS AF=0.136095;AO=23;DP=170;FAO=23;FDP=169;FR=.;FRO=146;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=64;FSRR=82;FWDB=0.0151985;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.747;QD=2.44764;RBI=0.0195786;REFB=0.00563269;REVB=0.0123422;RO=146;SAF=6;SAR=17;SRF=64;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24022;STB=0.666887;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0274113;OID=.;OPOS=178049444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:146:146:23:23:0.136095:17:6:64:82:17:6:64:82 chr5 178139442 . T G 99.32 PASS AF=0.152672;AO=20;DP=131;FAO=20;FDP=131;FR=.;FRO=111;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=71;FSRR=40;FWDB=0.00259963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.345;QD=3.03259;RBI=0.0106691;REFB=-0.00128788;REVB=-0.0103475;RO=111;SAF=12;SAR=8;SRF=71;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532765;STB=0.535449;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00817044;OID=.;OPOS=178139442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:111:111:20:20:0.152672:8:12:71:40:8:12:71:40 chr5 178140090 . C T 97.86 PASS AF=0.161017;AO=20;DP=118;FAO=19;FDP=118;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=-0.0515663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5951;QD=3.3172;RBI=0.0942256;REFB=-0.0085199;REVB=-0.078863;RO=98;SAF=8;SAR=12;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635195;STB=0.574506;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0364637;OID=.;OPOS=178140090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:118:118:98:99:20:19:0.161017:12:8:44:54:12:7:45:54 chr5 178309899 . CAAAAAT CAAAA,CAAAAT 57.12 PASS AF=0,0.482759;AO=3,10;DP=29;FAO=0,14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=0,5;FSAR=0,9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000747162,0.188522;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=196.983,11.8107;QD=7.87859;RBI=0.0037655,0.189674;REFB=-0.00223944,-0.0581454;REVB=-0.00369063,-0.0208766;RO=13;SAF=3,1;SAR=0,9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.576447,-0.623598;STB=0.5,0.626683;STBP=1,0.226;TYPE=del,del;VARB=0,0.0947321;OID=.,.;OPOS=178309904,178309900;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAAAA,CAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.482759:3,10:29:0,14:29:15:0,5:0,9:9:6:58:13:3,1:0,9:9:4 chr5 178310446 . C T 798.82 PASS AF=0.837838;AO=61;DP=74;FAO=62;FDP=74;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0700511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.152;QD=43.1793;RBI=0.070056;REFB=0.00439274;REVB=0.000835984;RO=12;SAF=22;SAR=39;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373857;STB=0.518762;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00020942;OID=.;OPOS=178310446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:74:74:12:12:61:62:0.837838:39:22:3:9:40:22:3:9 chr5 178359989 . T C 2696.02 PASS AF=0.803213;AO=200;DP=250;FAO=200;FDP=249;FR=.;FRO=49;FSAF=86;FSAR=114;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00988699;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.448;QD=43.3095;RBI=0.0233653;REFB=-0.0331803;REVB=0.0211704;RO=50;SAF=86;SAR=114;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647296;STB=0.532188;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00983816;OID=.;OPOS=178359989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:249:50:49:200:200:0.803213:114:86:30:20:114:86:29:20 chr5 178368465 . C CCAAA 2675.06 PASS AF=0.800781;AO=186;DP=295;FAO=205;FDP=256;FR=.;FRO=51;FSAF=74;FSAR=131;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0114996;FXX=0.0921953;HRUN=3;LEN=4;MLLD=290;QD=41.7978;RBI=0.0244245;REFB=-0.026703;REVB=0.0215479;RO=93;SAF=67;SAR=119;SRF=34;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362077;STB=0.519223;STBP=0.234;TYPE=ins;VARB=0.00593157;OID=.;OPOS=178368466;OREF=-;OALT=CAAA;OMAPALT=CCAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.800781:186:295:205:256:51:74:131:23:28:99:93:67:119:34:59 chr5 178373452 . G A 1185.05 PASS AF=0.865385;AO=90;DP=102;FAO=90;FDP=104;FR=.;FRO=14;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.019106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.877;QD=45.5787;RBI=0.0191846;REFB=-0.0559256;REVB=-0.00173483;RO=12;SAF=38;SAR=52;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550551;STB=0.539783;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00690797;OID=.;OPOS=178373452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:102:104:12:14:90:90:0.865385:52:38:8:4:52:38:10:4 chr5 178391902 . A C 1587.8 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.505;QD=64.1537;RBI=0.0327282;REFB=0;REVB=0.0140601;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41405e-05;OID=.;OPOS=178391902;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:56:43:0:0:56:43:0:0 chr5 178395849 . C A 3202.15 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.588;QD=61.8774;RBI=0.033679;REFB=0;REVB=-0.00478434;RO=0;SAF=93;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55892e-05;OID=.;OPOS=178395849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:207:0:0:206:207:1:113:93:0:0:113:94:0:0 chr5 178395883 . C T 2131.63 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0855209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2569;QD=62.695;RBI=0.0856363;REFB=0;REVB=0.0044457;RO=0;SAF=64;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234833;OID=.;OPOS=178395883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:134:136:1:70:64:0:0:71:65:0:0 chr5 178408835 . C T 1899.01 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.146636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8731;QD=60.7684;RBI=0.150568;REFB=-0.0530667;REVB=-0.0341844;RO=1;SAF=63;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772532;STB=0.504064;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000302996;OID=.;OPOS=178408835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:61:63:0:1:61:63:0:1 chr5 178410151 . C T 1622.39 PASS AF=0.933884;AO=111;DP=121;FAO=113;FDP=121;FR=.;FRO=8;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0364326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.586;QD=53.6326;RBI=0.0428401;REFB=-0.185026;REVB=0.0225374;RO=7;SAF=64;SAR=47;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656328;STB=0.537729;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00206319;OID=.;OPOS=178410151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:121:121:7:8:111:113:0.933884:47:64:0:7:49:64:0:8 chr5 178410213 . T C 1288.8 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.019;QD=61.3712;RBI=0.011007;REFB=0;REVB=0.00254297;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21901e-05;OID=.;OPOS=178410213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:84:0:0:76:84:1:44:32:0:0:47:37:0:0 chr5 178410234 . A G 1204.25 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270354;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.626;QD=60.2123;RBI=0.0385136;REFB=0.00392933;REVB=-0.0274296;RO=1;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996677;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177536;OID=.;OPOS=178410234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:80:1:0:79:80:1:47:32:0:1:48:32:0:0 chr5 178410437 . G A 1491.63 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00079294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.948;QD=63.4737;RBI=0.00520888;REFB=0;REVB=0.00514817;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.002e-06;OID=.;OPOS=178410437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:55:39:0:0:55:39:0:0 chr5 178410469 . G A 1452.44 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014633;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.62;QD=58.6842;RBI=0.0155896;REFB=0;REVB=-0.00537703;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347871;OID=.;OPOS=178410469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:96:99:1:55:41:0:0:55:44:0:0 chr5 178410519 . T G 1000.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.902;QD=58.858;RBI=0.0193131;REFB=0;REVB=0.00221268;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06664e-05;OID=.;OPOS=178410519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:37:31:0:0 chr5 178412667 . G A 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0128223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.821;QD=28.2241;RBI=0.0475852;REFB=-0.059218;REVB=-0.0458251;RO=4;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378887;STB=0.521241;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00952008;OID=.;OPOS=178412667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:5:7:2:2:5:7:2:2 chr5 178413816 . T C 2465.63 PASS AF=0.755639;AO=190;DP=260;FAO=201;FDP=266;FR=.;FRO=65;FSAF=111;FSAR=90;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=0.00754338;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.659;QD=37.0771;RBI=0.0103002;REFB=-0.0241958;REVB=0.00701373;RO=61;SAF=106;SAR=84;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609611;STB=0.527154;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00826316;OID=.;OPOS=178413816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:266:61:65:190:201:0.755639:84:106:42:19:90:111:43:22 chr5 178413947 . T C 1554.93 PASS AF=0.776398;AO=122;DP=160;FAO=125;FDP=161;FR=.;FRO=36;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0130472;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.438;QD=38.6319;RBI=0.0142681;REFB=0.00888986;REVB=0.00577486;RO=37;SAF=53;SAR=69;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117226;STB=0.552686;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00257118;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:37:36:122:125:0.776398:69:53:26:11:71:54:24:12 chr5 178415937 . A G 880.2 PASS AF=0.857143;AO=65;DP=77;FAO=66;FDP=77;FR=.;FRO=11;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00656876;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.915;QD=45.7246;RBI=0.0537331;REFB=-0.0328358;REVB=-0.0533301;RO=10;SAF=36;SAR=29;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136202;STB=0.502195;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00454568;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:10:11:65:66:0.857143:29:36:5:5:29:37:6:5 chr5 178415982 . A G 1859.37 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.008;QD=61.4668;RBI=0.0129775;REFB=0;REVB=-0.00441779;RO=0;SAF=63;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18625e-06;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:58:63:0:0:58:63:0:0 chr5 178416063 . G A 1882.24 PASS AF=0.848485;AO=140;DP=167;FAO=140;FDP=165;FR=.;FRO=25;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0202078;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.649;QD=45.63;RBI=0.0247501;REFB=-0.02089;REVB=0.0142903;RO=24;SAF=69;SAR=71;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210676;STB=0.508011;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00281893;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:24:25:140:140:0.848485:71:69:10:14:71:69:11:14 chr5 178416288 . G A 1927.15 PASS AF=0.77;AO=152;DP=200;FAO=154;FDP=200;FR=.;FRO=46;FSAF=64;FSAR=90;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00429671;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.051;QD=38.543;RBI=0.0387473;REFB=-0.050488;REVB=0.0385083;RO=46;SAF=63;SAR=89;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477896;STB=0.524917;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00784818;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:46:46:152:154:0.77:89:63:24:22:90:64:24:22 chr5 178419279 . G GGGCAAGGTCT 285.2 PASS AF=1;AO=17;DP=37;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436217;FXX=0.374883;HRUN=2;LEN=10;MLLD=283.584;QD=57.0392;RBI=0.0706447;REFB=0;REVB=0.0555682;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160346;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000200123;OID=.;OPOS=178419280;OREF=-;OALT=GGCAAGGTCT;OMAPALT=GGGCAAGGTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:17:37:20:20:0:11:9:0:0:3:17:11:6:8:9 chr5 178419288 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2943;QD=59.8376;RBI=0.0959527;REFB=0;REVB=-0.0183654;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553358;OID=.;OPOS=178419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr5 178459283 . A G 1565.39 PASS AF=0.811189;AO=115;DP=144;FAO=116;FDP=143;FR=.;FRO=27;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0284242;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4321;QD=43.7871;RBI=0.0287962;REFB=0.033642;REVB=0.00461327;RO=26;SAF=44;SAR=71;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836331;STB=0.539951;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00636379;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:26:27:115:116:0.811189:71:44:16:10:71:45:16:11 chr5 178459426 . A C 1290.57 PASS AF=0.765152;AO=101;DP=132;FAO=101;FDP=132;FR=.;FRO=31;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0131121;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.397;QD=39.1083;RBI=0.0148901;REFB=-0.0103487;REVB=0.00705606;RO=30;SAF=43;SAR=58;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046859;STB=0.521563;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00504331;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:30:31:101:101:0.765152:58:43:16:14:58:43:16:15 chr5 178507069 . T C 1476.55 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00245027;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.721;QD=62.1706;RBI=0.0103192;REFB=0.00661658;REVB=0.0100241;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=4.55745e-06;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:55:39:0:0:55:39:0:1 chr5 178507090 . G A 1116.06 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.179;QD=60.3277;RBI=0.0126281;REFB=0;REVB=0.0100195;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06506e-06;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:39:34:0:0:40:34:0:0 chr5 178540975 . G A 148.59 PASS AF=0.117117;AO=39;DP=333;FAO=39;FDP=333;FR=.;FRO=294;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=140;FSRR=154;FWDB=0.00605824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.961;QD=1.7849;RBI=0.0064847;REFB=-0.00459678;REVB=-0.0023128;RO=292;SAF=12;SAR=27;SRF=140;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220753;STB=0.653839;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0299109;OID=.;OPOS=178540975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:292:294:39:39:0.117117:27:12:140:152:27:12:140:154 chr5 178581859 . G A 152.39 PASS AF=0.172619;AO=29;DP=167;FAO=29;FDP=168;FR=.;FRO=139;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=87;FWDB=-0.00127417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.919;QD=3.62823;RBI=0.00838461;REFB=-0.000651313;REVB=0.00828723;RO=138;SAF=12;SAR=17;SRF=51;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594202;STB=0.534223;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00319968;OID=.;OPOS=178581859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:138:139:29:29:0.172619:17:12:51:87:17:12:52:87 chr5 178634619 . C T 2818.28 PASS AF=0.989071;AO=181;DP=184;FAO=181;FDP=183;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111177;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.693;QD=61.6017;RBI=0.0408371;REFB=-0.0292197;REVB=0.0392946;RO=2;SAF=88;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000287653;STB=0.500151;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=5.77585e-05;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:184:183:2:2:181:181:0.989071:93:88:1:1:93:88:1:1 chr5 178634672 . C T 111.5 PASS AF=0.142857;AO=24;DP=168;FAO=24;FDP=168;FR=.;FRO=144;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=71;FSRR=73;FWDB=-0.0193359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.277;QD=2.65476;RBI=0.0246252;REFB=-0.011241;REVB=-0.0152486;RO=144;SAF=9;SAR=15;SRF=71;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151082;STB=0.602324;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0552682;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:144:144:24:24:0.142857:15:9:71:73:15:9:71:73 chr5 178770981 . A G 9520.48 PASS AF=1;AO=600;DP=601;FAO=602;FDP=602;FR=.;FRO=0;FSAF=305;FSAR=297;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.447;QD=63.259;RBI=0.0222928;REFB=0;REVB=-0.00644071;RO=0;SAF=303;SAR=297;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.5829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.02226e-06;OID=.;OPOS=178770981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:52:601:602:0:0:600:602:1:297:303:0:0:297:305:0:0 chr5 178949560 . AG GT 1291.05 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347039;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.732;QD=62.2191;RBI=0.0484694;REFB=0;REVB=0.0338368;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.52717e-05;OID=.;OPOS=178949560;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:44:37:0:0:44:39:0:0 chr5 178949580 . C T 1265.14 PASS AF=0.82906;AO=96;DP=117;FAO=97;FDP=117;FR=.;FRO=20;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0221213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.191;QD=43.2528;RBI=0.0241362;REFB=-0.00324414;REVB=-0.00965431;RO=20;SAF=40;SAR=56;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604683;STB=0.532704;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000841088;OID=.;OPOS=178949580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:20:20:96:97:0.82906:56:40:12:8:57:40:12:8 chr5 178949781 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0994488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.734;QD=53.9111;RBI=0.0994506;REFB=0;REVB=-0.000595038;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103797;OID=.;OPOS=178949781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr5 178951598 . G A 836.43 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00290692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1015;QD=55.7621;RBI=0.00367069;REFB=0.117069;REVB=-0.00224138;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.50704;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00268221;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:60:1:1:57:59:0.983333:33:24:0:1:35:24:0:1 chr5 179036433 . G A 387.55 PASS AF=0.177885;AO=74;DP=415;FAO=74;FDP=416;FR=.;FRO=342;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=149;FSRR=193;FWDB=-0.00792552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.051;QD=3.72647;RBI=0.0139715;REFB=0.000177341;REVB=0.011506;RO=341;SAF=36;SAR=38;SRF=148;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684572;STB=0.541889;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.000961906;OID=.;OPOS=179036433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:416:341:342:74:74:0.177885:38:36:148:193:38:36:149:193 chr5 179069468 . A G 424.76 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0445029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3407;QD=24.2722;RBI=0.0819597;REFB=0.00385996;REVB=-0.068825;RO=29;SAF=27;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24094;STB=0.632298;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00314516;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:14:27:10:19:14:27:10:19 chr5 179071866 . A G 1917.61 PASS AF=0.777778;AO=147;DP=189;FAO=147;FDP=189;FR=.;FRO=42;FSAF=77;FSAR=70;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0219052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6028;QD=40.5844;RBI=0.0234106;REFB=0.000161912;REVB=0.00825931;RO=42;SAF=77;SAR=70;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997343;STB=0.505305;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-8.66327e-05;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:42:42:147:147:0.777778:70:77:23:19:70:77:23:19 chr5 179078940 . T C 2037.05 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.729;QD=62.2001;RBI=0.0379937;REFB=0;REVB=0.0366686;RO=0;SAF=46;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96976e-05;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:131:0:0:129:131:1:83:46:0:0:85:46:0:0 chr5 179079104 . G A 58.17 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0358149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.535;QD=5.17074;RBI=0.0418209;REFB=-0.0206766;REVB=0.0215935;RO=36;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178715;STB=0.615148;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.09726;OID=.;OPOS=179079104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:45:45:36:36:9:9:0.2:5:4:11:25:5:4:11:25 chr5 179126090 . C T 6633.83 PASS AF=0.968539;AO=428;DP=445;FAO=431;FDP=445;FR=.;FRO=14;FSAF=174;FSAR=257;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0217928;FXX=0.0022421;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.067;QD=59.6299;RBI=0.0249328;REFB=-0.00262528;REVB=-0.0121128;RO=13;SAF=172;SAR=256;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00100905;STB=0.501522;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=1.2154e-06;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:445:445:13:14:428:431:0.968539:256:172:5:8:257:174:5:9 chr5 179203933 . A G 2314.99 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0450029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.698;QD=62.993;RBI=0.049329;REFB=-0.00720625;REVB=-0.0202014;RO=1;SAF=57;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827016;STB=0.504347;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=6.0211e-05;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:89:57:1:0:89:57:1:0 chr5 179260153 . C T 2193.0 PASS AF=0.974194;AO=147;DP=153;FAO=151;FDP=155;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0159306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.1233;QD=56.5936;RBI=0.0159731;REFB=-0.0825578;REVB=-0.00116476;RO=4;SAF=68;SAR=79;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145354;STB=0.507608;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000431148;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:153:155:4:4:147:151:0.974194:79:68:3:1:82:69:3:1 chr5 179260213 . G A 2082.26 PASS AF=0.971429;AO=137;DP=140;FAO=136;FDP=140;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0425881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4314;QD=59.4933;RBI=0.053608;REFB=-0.0648077;REVB=-0.0325587;RO=1;SAF=60;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785746;STB=0.516391;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00768213;OID=.;OPOS=179260213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:140:140:1:4:137:136:0.971429:77:60:1:0:77:59:4:0 chr5 179264731 . T C 3337.57 PASS AF=0.990826;AO=214;DP=218;FAO=216;FDP=218;FR=.;FRO=2;FSAF=108;FSAR=108;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0189082;FXX=0.0090905;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.187;QD=61.2399;RBI=0.0196305;REFB=-0.104839;REVB=-0.00527585;RO=1;SAF=107;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443181;STB=0.504587;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=4.53228e-05;OID=.;OPOS=179264731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:218:218:1:2:214:216:0.990826:107:107:1:0:108:108:2:0 chr5 179264734 . G A 2207.08 PASS AF=0.810427;AO=168;DP=208;FAO=171;FDP=211;FR=.;FRO=40;FSAF=92;FSAR=79;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00883282;FXX=0.014018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3694;QD=41.8403;RBI=0.0206529;REFB=-0.00819898;REVB=-0.0186688;RO=40;SAF=89;SAR=79;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289579;STB=0.516737;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00273138;OID=.;OPOS=179264734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:211:40:40:168:171:0.810427:79:89:18:22:79:92:18:22 chr5 179267949 . T C 3105.55 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.803;QD=61.8021;RBI=0.036712;REFB=0;REVB=0.0314962;RO=0;SAF=93;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25367e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96652e-05;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:201:0:0:200:201:1:107:93:0:0:107:94:0:0 chr5 179280379 . T C 2861.03 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00394123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.028;QD=62.8799;RBI=0.0043686;REFB=0;REVB=0.00188451;RO=0;SAF=67;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0648e-07;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:182:0:0:178:182:1:111:67:0:0:111:71:0:0 chr5 179285752 . G A 6970.37 PASS AF=0.991031;AO=441;DP=446;FAO=442;FDP=446;FR=.;FRO=4;FSAF=220;FSAR=222;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0442225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.299;QD=62.5145;RBI=0.0540886;REFB=-0.175217;REVB=0.0311439;RO=2;SAF=220;SAR=221;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430012;STB=0.50002;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.000557055;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:446:446:2:4:441:442:0.991031:221:220:0:2:222:220:2:2 chr5 179287576 . C G 1606.96 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.851;QD=64.2784;RBI=0.0181451;REFB=0;REVB=0.0179015;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44835e-06;OID=.;OPOS=179287576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:54:43:0:0:56:44:0:0 chr5 179287585 . GC CT 1356.69 PASS AF=0.988889;AO=85;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204439;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.955;QD=60.2971;RBI=0.0372028;REFB=-0.0020728;REVB=0.0310821;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=mnp;VARB=0.000452611;OID=.;OPOS=179287585;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:0:1:85:89:0.988889:44:41:0:0:46:43:0:1 chr5 179287622 . G A,GTA 993.59 PASS AF=0.0540541,0.905405;AO=4,64;DP=78;FAO=4,67;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=3,35;FSAR=1,32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0560861,0.0246981;FXX=0.0133316;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=62.8505,202.368;QD=53.7078;RBI=0.0566892,0.045741;REFB=0.0400031,-0.0411533;REVB=0.0082469,0.0384999;RO=7;SAF=3,32;SAR=1,32;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0448885,-0.0397529;STB=0.666019,0.520542;STBP=0.715,0.122;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0010774,0.00847104;OID=.,.;OPOS=179287622,179287623;OREF=G,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:78:74:7:3:4,64:4,67:0.0540541,0.905405:1,32:3,32:5:2:1,32:3,35:3:0 chr5 179287871 . C T 788.17 PASS AF=0.673077;AO=70;DP=104;FAO=70;FDP=104;FR=.;FRO=34;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00895891;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.371;QD=30.3143;RBI=0.0718334;REFB=-0.0244136;REVB=-0.0712725;RO=32;SAF=43;SAR=27;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125719;STB=0.508947;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0121372;OID=.;OPOS=179287871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:32:34:70:70:0.673077:27:43:19:13:27:43:20:14 chr5 179287973 . T C 1741.15 PASS AF=0.745946;AO=138;DP=185;FAO=138;FDP=185;FR=.;FRO=47;FSAF=53;FSAR=85;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0187271;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.439;QD=37.6465;RBI=0.0390401;REFB=-0.0103848;REVB=0.0342553;RO=43;SAF=53;SAR=85;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162112;STB=0.50029;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00357527;OID=.;OPOS=179287973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:43:47:138:138:0.745946:85:53:18:25:85:53:18:29 chr5 179290845 . T G 4034.34 PASS AF=0.985075;AO=263;DP=268;FAO=264;FDP=268;FR=.;FRO=4;FSAF=163;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0162393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.7;QD=60.214;RBI=0.0284482;REFB=-0.0481447;REVB=0.0233578;RO=5;SAF=162;SAR=101;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000599982;STB=0.501853;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.000226048;OID=.;OPOS=179290845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:268:268:5:4:263:264:0.985075:101:162:3:2:101:163:2:2 chr5 179529124 . G A 36.62 PASS AF=0.0884956;AO=11;DP=112;FAO=10;FDP=113;FR=.;FRO=103;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=76;FWDB=-0.0937942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.126;QD=1.29628;RBI=0.0937976;REFB=0.000127772;REVB=0.00080183;RO=99;SAF=4;SAR=7;SRF=25;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156075;STB=0.542402;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00261266;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:112:113:99:103:11:10:0.0884956:7:4:25:74:7:3:27:76 chr5 179555407 . T C 2261.33 PASS AF=0.794521;AO=173;DP=220;FAO=174;FDP=219;FR=.;FRO=45;FSAF=87;FSAR=87;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0142396;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.645;QD=41.3028;RBI=0.0199425;REFB=-0.00587243;REVB=0.0139619;RO=45;SAF=86;SAR=87;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140808;STB=0.506849;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00163889;OID=.;OPOS=179555407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:45:45:173:174:0.794521:87:86:24:21:87:87:24:21 chr5 179563435 . T C 3267.52 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8789;QD=61.9436;RBI=0.0196747;REFB=0;REVB=-0.0138948;RO=0;SAF=88;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.74049e-05;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:211:0:0:211:211:1:123:88:0:0:123:88:0:0 chr5 179727706 . A G 89.2 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.031199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.18;QD=3.71684;RBI=0.03126;REFB=-0.00379684;REVB=-0.00195273;RO=79;SAF=10;SAR=6;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166434;STB=0.60513;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0328804;OID=.;OPOS=179727706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:96:96:79:80:16:16:0.166667:6:10:39:40:6:10:40:40 chr5 179729519 . A G 2752.55 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0731428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.461;QD=62.558;RBI=0.073238;REFB=0;REVB=-0.00373214;RO=0;SAF=77;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253605;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:176:176:1:99:77:0:0:99:77:0:0 chr5 179740827 . T C 13593.9 PASS AF=0.817738;AO=998;DP=1223;FAO=1005;FDP=1229;FR=.;FRO=224;FSAF=447;FSAR=558;FSRF=77;FSRR=147;FWDB=-0.0128784;FXX=0.00162468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8256;QD=44.2436;RBI=0.0372774;REFB=-0.033928;REVB=0.0349822;RO=224;SAF=445;SAR=553;SRF=77;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360227;STB=0.518717;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00839686;OID=.;OPOS=179740827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1223:1229:224:224:998:1005:0.817738:553:445:77:147:558:447:77:147 chr5 179996111 . C T 1787.48 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00429058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.318;QD=60.0832;RBI=0.0282013;REFB=-0.0771296;REVB=-0.027873;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.504347;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=9.29911e-05;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:0:1:118:118:0.991597:57:61:0:0:57:61:0:1 chr5 180046344 . G C 7656.99 PASS AF=0.806452;AO=574;DP=713;FAO=575;FDP=713;FR=.;FRO=138;FSAF=315;FSAR=260;FSRF=60;FSRR=78;FWDB=0.00694053;FXX=0.00140054;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2243;QD=42.9565;RBI=0.0257627;REFB=-0.0395494;REVB=0.0248102;RO=136;SAF=314;SAR=260;SRF=59;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411995;STB=0.521988;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0131367;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:713:713:136:138:574:575:0.806452:260:314:59:77:260:315:60:78 chr5 180046426 . C CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG 363.78 PASS AF=0.440476;AO=31;DP=207;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00769656;FXX=0.424628;HRUN=0;LEN=22;MLLD=679.122;QD=17.3227;RBI=0.00778697;REFB=-0.00374738;REVB=-0.00118318;RO=162;SAF=12;SAR=19;SRF=73;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834328;STB=0.510199;STBP=0.88;TYPE=ins;VARB=0.00425901;OID=.;OPOS=180046427;OREF=-;OALT=TGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG;OMAPALT=CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440476:31:207:37:84:47:12:25:16:31:99:162:12:19:73:89 chr5 180046492 . CAG C 1306.28 PASS AF=0.70625;AO=96;DP=158;FAO=113;FDP=160;FR=.;FRO=47;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00510517;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=2;MLLD=297.228;QD=32.6569;RBI=0.00571454;REFB=-0.0197097;REVB=0.00256772;RO=39;SAF=61;SAR=35;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182724;STB=0.506607;STBP=0.803;TYPE=del;VARB=0.00762531;OID=.;OPOS=180046493;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.70625:96:158:113:160:47:65:48:26:21:99:39:61:35:26:13 chr5 180120192 . G T 46.82 PASS AF=0.106796;AO=11;DP=103;FAO=11;FDP=103;FR=.;FRO=92;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.00738207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.339;QD=1.81816;RBI=0.0169958;REFB=-0.00244137;REVB=-0.0153089;RO=92;SAF=3;SAR=8;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205197;STB=0.65619;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0163173;OID=.;OPOS=180120192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:103:103:92:92:11:11:0.106796:8:3:40:52:8:3:40:52 chr5 180166461 . C G 789.89 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130616;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.114;QD=57.4465;RBI=0.0249813;REFB=0;REVB=-0.0212946;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132614;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr5 180218668 . A G 209.37 PASS AF=0.198895;AO=36;DP=182;FAO=36;FDP=181;FR=.;FRO=145;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=82;FSRR=63;FWDB=-0.00796817;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.308;QD=4.62704;RBI=0.00974834;REFB=-0.00326993;REVB=-0.0056159;RO=144;SAF=24;SAR=12;SRF=81;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140351;STB=0.585888;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0145552;OID=.;OPOS=180218668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:144:145:36:36:0.198895:12:24:81:63:12:24:82:63 chr5 180276402 . C T 2316.72 PASS AF=0.987179;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0273027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7167;QD=59.403;RBI=0.0449839;REFB=-0.0558082;REVB=0.0357508;RO=2;SAF=91;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150952;STB=0.507811;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00652085;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:156:2:2:153:154:0.987179:62:91:0:2:63:91:0:2 chr5 180278393 . C G 630.94 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.047;QD=61.5555;RBI=0.084947;REFB=0;REVB=-0.00742494;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367475;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:18:21:0:0:18:23:0:0 chr5 180329359 . T C 1062.16 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7135;QD=59.8399;RBI=0.0328942;REFB=0;REVB=0.0328218;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252448;OID=.;OPOS=180329359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr5 180335743 . C T 2900.01 PASS AF=0.851406;AO=205;DP=248;FAO=212;FDP=249;FR=.;FRO=37;FSAF=108;FSAR=104;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0105749;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.934;QD=46.5866;RBI=0.0371087;REFB=-0.0198377;REVB=0.03557;RO=37;SAF=108;SAR=97;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118205;STB=0.508643;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00456456;OID=.;OPOS=180335743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:249:37:37:205:212:0.851406:97:108:21:16:104:108:21:16 chr5 180336849 . C T 99.43 PASS AF=0.145833;AO=20;DP=140;FAO=21;FDP=144;FR=.;FRO=123;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=75;FWDB=-0.0304762;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.674;QD=2.7619;RBI=0.0805639;REFB=0.00330277;REVB=-0.0745771;RO=117;SAF=15;SAR=5;SRF=48;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41747;STB=0.762478;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0158796;OID=.;OPOS=180336849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:144:117:123:20:21:0.145833:5:15:48:69:6:15:48:75 chr5 180338368 . A G 3443.42 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11673;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.65;QD=62.6076;RBI=0.118174;REFB=0;REVB=0.0184152;RO=0;SAF=115;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12641e-05;OID=.;OPOS=180338368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:220:0:0:220:220:1:105:115:0:0:105:115:0:0 chr5 180374523 . G A 2613.4 PASS AF=0.852679;AO=191;DP=224;FAO=191;FDP=224;FR=.;FRO=33;FSAF=115;FSAR=76;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0110598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.539;QD=46.6679;RBI=0.0117668;REFB=-0.010003;REVB=-0.00401711;RO=33;SAF=115;SAR=76;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764323;STB=0.504042;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00165323;OID=.;OPOS=180374523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:33:33:191:191:0.852679:76:115:19:14:76:115:19:14 chr5 180374534 . G A 3757.3 PASS AF=1;AO=238;DP=240;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138466;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1619;QD=63.1479;RBI=0.0668593;REFB=-0.0761248;REVB=0.0654097;RO=1;SAF=144;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00504318;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411589;OID=.;OPOS=180374534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:240:238:1:0:238:238:1:94:144:0:1:94:144:0:0 chr5 180376208 . T G 1601.06 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558536;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.361;QD=59.8529;RBI=0.0219649;REFB=0;REVB=0.0212429;RO=0;SAF=38;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43627e-05;OID=.;OPOS=180376208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:67:38:0:0:69:38:0:0 chr5 180376223 . G C 1804.12 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0711826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3309;QD=61.1567;RBI=0.0717336;REFB=0;REVB=0.00887386;RO=0;SAF=40;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308411;OID=.;OPOS=180376223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:77:40:0:0:78:40:0:0 chr5 180376972 . C G 747.06 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.324;QD=63.5798;RBI=0.0172186;REFB=0;REVB=-0.00499835;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23615e-05;OID=.;OPOS=180376972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:28:19:0:0 chr5 180376974 . T G 747.09 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.577;QD=63.5819;RBI=0.0342804;REFB=0;REVB=0.0339745;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111529;OID=.;OPOS=180376974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:28:19:0:0 chr5 180377331 . T C 1970.93 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.201;QD=62.0766;RBI=0.0638112;REFB=0;REVB=0.0637493;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40966e-05;OID=.;OPOS=180377331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:62:64:0:0:63:64:0:0 chr5 180377470 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.883;QD=61.6819;RBI=0.03852;REFB=0;REVB=0.0366623;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116816;OID=.;OPOS=180377470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr5 180430895 . G A 2114.44 PASS AF=0.805128;AO=156;DP=195;FAO=157;FDP=195;FR=.;FRO=38;FSAF=82;FSAR=75;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0334915;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0241;QD=43.3732;RBI=0.0340011;REFB=-0.0130525;REVB=0.00586472;RO=36;SAF=82;SAR=74;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581121;STB=0.529961;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00406646;OID=.;OPOS=180430895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:36:38:156:157:0.805128:74:82:13:23:75:82:14:24 chr5 180432416 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125091;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.351;QD=64.1539;RBI=0.0125322;REFB=0;REVB=-0.00076024;RO=0;SAF=39;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49504e-05;OID=.;OPOS=180432416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:10:39:0:0:10:39:0:0 chr5 180472498 . C T 1641.82 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.699;QD=60.2504;RBI=0.0664202;REFB=0;REVB=-0.0616441;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.46432e-05;OID=.;OPOS=180472498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:65:44:0:0:65:44:0:0 chr5 180472513 . A G 1952.27 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.995;QD=61.9767;RBI=0.0515321;REFB=0;REVB=-0.0271612;RO=0;SAF=50;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66988e-06;OID=.;OPOS=180472513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:76:50:0:0:76:50:0:0 chr5 180481228 . T C 30.83 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=74;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0212875;FXX=0.0405351;HRUN=16;LEN=1;MLLD=121.524;QD=1.73673;RBI=0.136158;REFB=-0.0111774;REVB=-0.134484;RO=64;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45922;STB=0.85954;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0748627;OID=.;OPOS=180481228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:74:71:64:64:7:7:0.0985915:1:6:29:35:1:6:29:35 chr5 180486247 . G T 145.3 PASS AF=0.122867;AO=36;DP=293;FAO=36;FDP=293;FR=.;FRO=257;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=125;FSRR=132;FWDB=0.0177549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.424;QD=1.98359;RBI=0.0194045;REFB=0.000127531;REVB=-0.00782911;RO=251;SAF=16;SAR=20;SRF=124;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627391;STB=0.536918;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.000730383;OID=.;OPOS=180486247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:251:257:36:36:0.122867:20:16:124:127:20:16:125:132 chr5 180486785 . G C 483.19 PASS AF=0.736842;AO=42;DP=58;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0254858;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.318;QD=33.9083;RBI=0.0254911;REFB=-0.0073909;REVB=0.000517905;RO=15;SAF=13;SAR=29;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861567;STB=0.546631;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00207146;OID=.;OPOS=180486785;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:58:57:15:15:42:42:0.736842:29:13:7:8:29:13:7:8 chr5 180551462 . G A 148.07 PASS AF=0.152284;AO=29;DP=197;FAO=30;FDP=197;FR=.;FRO=167;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=80;FSRR=87;FWDB=0.0218669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4446;QD=3.0064;RBI=0.0369909;REFB=0.00779681;REVB=0.0298356;RO=167;SAF=13;SAR=16;SRF=80;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394403;STB=0.539012;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0301661;OID=.;OPOS=180551462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:167:167:29:30:0.152284:16:13:80:87:17:13:80:87 chr5 180600638 . T C 3062.97 PASS AF=1;AO=192;DP=194;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560521;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.451;QD=63.8119;RBI=0.0509085;REFB=0;REVB=0.050599;RO=0;SAF=93;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59524e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76876e-05;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:192:0:0:192:192:1:99:93:0:0:99:93:0:0 chr5 180600702 . G C 2450.33 PASS AF=0.913514;AO=168;DP=184;FAO=169;FDP=185;FR=.;FRO=16;FSAF=61;FSAR=108;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0111284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.801;QD=52.9802;RBI=0.0111302;REFB=-0.0165059;REVB=-0.000201787;RO=14;SAF=60;SAR=108;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883111;STB=0.552461;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000823039;OID=.;OPOS=180600702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:184:185:14:16:168:169:0.913514:108:60:13:1:108:61:15:1 chr5 180615933 . T C 1933.57 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.241;QD=61.8741;RBI=0.016789;REFB=0;REVB=0.0110853;RO=0;SAF=55;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95388e-06;OID=.;OPOS=180615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:70:55:0:0:70:55:0:0 chr5 180618713 . A AC 2161.57 PASS AF=1;AO=179;DP=212;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.1672;QD=41.9723;RBI=0.240169;REFB=-0.00017715;REVB=-0.174034;RO=25;SAF=82;SAR=97;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885388;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000363498;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:179:212:206:206:0:97:109:0:0:35:25:82:97:21:4 chr5 180626927 . A G 3697.46 PASS AF=0.967611;AO=239;DP=250;FAO=239;FDP=247;FR=.;FRO=8;FSAF=116;FSAR=123;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00668071;FXX=0.0119995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.919;QD=59.878;RBI=0.00685571;REFB=-0.000642576;REVB=0.00153911;RO=8;SAF=116;SAR=123;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317339;STB=0.516665;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=1.22594e-05;OID=.;OPOS=180626927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:250:247:8:8:239:239:0.967611:123:116:8:0:123:116:8:0 chr5 180645350 . G T 1816.53 PASS AF=0.826347;AO=138;DP=167;FAO=138;FDP=167;FR=.;FRO=29;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00918716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.833;QD=43.5097;RBI=0.019985;REFB=-0.00505508;REVB=-0.0177481;RO=28;SAF=70;SAR=68;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477239;STB=0.528183;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00123708;OID=.;OPOS=180645350;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:28:29:138:138:0.826347:68:70:10:18:68:70:10:19 chr5 180648971 . C A 1955.17 PASS AF=0.741784;AO=157;DP=213;FAO=158;FDP=213;FR=.;FRO=55;FSAF=88;FSAR=70;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.00170143;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.445;QD=36.7169;RBI=0.0196986;REFB=0.000763642;REVB=-0.019625;RO=55;SAF=87;SAR=70;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588088;STB=0.530492;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.000342258;OID=.;OPOS=180648971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:55:55:157:158:0.741784:70:87:37:18:70:88:37:18 chr5 180651231 . G A 487.56 PASS AF=0.755102;AO=37;DP=49;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0282964;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.16;QD=39.8009;RBI=0.0369677;REFB=-0.0126097;REVB=0.0237892;RO=10;SAF=28;SAR=9;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804048;STB=0.556231;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00434317;OID=.;OPOS=180651231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:49:49:10:12:37:37:0.755102:9:28:9:1:9:28:11:1 chr5 180662357 . G A 121.73 PASS AF=0.154839;AO=24;DP=154;FAO=24;FDP=155;FR=.;FRO=131;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=75;FSRR=56;FWDB=-0.00495036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.682;QD=3.1413;RBI=0.0267409;REFB=-0.004117;REVB=0.0262787;RO=130;SAF=14;SAR=10;SRF=74;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183823;STB=0.509364;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0189743;OID=.;OPOS=180662357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:130:131:24:24:0.154839:10:14:74:56:10:14:75:56 chr6 203878 . C T 557.77 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00254305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.803;QD=22.0899;RBI=0.00340436;REFB=-0.010403;REVB=-0.0022633;RO=46;SAF=26;SAR=29;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945319;STB=0.551866;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00972048;OID=.;OPOS=203878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:46:55:55:0.544554:29:26:27:19:29:26:27:19 chr6 203909 . A G 492.18 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00511381;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.523;QD=19.4921;RBI=0.00975184;REFB=-3.31171e-05;REVB=0.00830346;RO=44;SAF=25;SAR=26;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825329;STB=0.504852;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=3.68543e-05;OID=.;OPOS=203909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:44:50:51:51:0.50495:26:25:22:22:26:25:25:25 chr6 204072 . G T 880.32 PASS AF=0.55102;AO=81;DP=148;FAO=81;FDP=147;FR=.;FRO=66;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0158426;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.852;QD=23.9543;RBI=0.0368293;REFB=-0.00588359;REVB=-0.0332476;RO=67;SAF=56;SAR=25;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152941;STB=0.57954;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00452268;OID=.;OPOS=204072;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:67:66:81:81:0.55102:25:56:35:32:25:56:35:31 chr6 335175 . A T 610.56 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.487;QD=61.0558;RBI=0.00589395;REFB=0;REVB=0.00580136;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54663e-06;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:23:15:0:0:24:16:0:0 chr6 348906 . G A 303.12 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=8.31151e-05;FXX=0.0337041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.074;QD=14.0987;RBI=0.00734737;REFB=-0.0012815;REVB=-0.0073469;RO=52;SAF=14;SAR=20;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869633;STB=0.504948;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00191064;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:52:52:34:34:0.395349:20:14:21:31:20:14:21:31 chr6 350829 . G A 1384.47 PASS AF=0.605;AO=121;DP=200;FAO=121;FDP=200;FR=.;FRO=79;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00183708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.042;QD=27.6894;RBI=0.00372546;REFB=-0.000774209;REVB=0.00324102;RO=78;SAF=61;SAR=60;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049449;STB=0.52412;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.000439225;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:78:79:121:121:0.605:60:61:34:44:60:61:35:44 chr6 350940 . T TA 173.48 PASS AF=0.327273;AO=36;DP=116;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0248709;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.0164;QD=6.30825;RBI=0.0330219;REFB=0.00109616;REVB=-0.021723;RO=78;SAF=13;SAR=23;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181119;STB=0.593634;STBP=0.182;TYPE=ins;VARB=-0.00409343;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327273:36:116:36:110:74:14:22:39:35:99:78:13:23:40:38 chr6 553928 . T C 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0123103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.617;QD=17.716;RBI=0.012814;REFB=-0.0106706;REVB=0.00355745;RO=42;SAF=14;SAR=23;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215902;STB=0.512064;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.019216;OID=.;OPOS=553928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:23:14:15:27:23:14:15:27 chr6 564145 . A G 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.0253151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9868;QD=16.4789;RBI=0.0310764;REFB=0.0125142;REVB=0.0180246;RO=25;SAF=2;SAR=17;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372811;STB=0.521449;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0131933;OID=.;OPOS=564145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:17:2:3:22:17:2:3:22 chr6 656143 . C A 1438.42 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0211774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1211;QD=61.8677;RBI=0.0498657;REFB=-0.0672487;REVB=-0.0451454;RO=1;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839106;STB=0.504424;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000230844;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:56:36:0:1:56:36:0:1 chr6 1395043 . T C 1859.08 PASS AF=0.570946;AO=169;DP=296;FAO=169;FDP=296;FR=.;FRO=127;FSAF=76;FSAR=93;FSRF=68;FSRR=59;FWDB=-0.0120886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.297;QD=25.1227;RBI=0.0121565;REFB=-0.000299683;REVB=0.00128287;RO=127;SAF=76;SAR=93;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680088;STB=0.536878;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000232347;OID=.;OPOS=1395043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:127:127:169:169:0.570946:93:76:68:59:93:76:68:59 chr6 1523145 . C A,G 1094.1 PASS AF=0.373626,0.516484;AO=34,47;DP=91;FAO=34,47;FDP=91;FR=.;FRO=10;FSAF=26,34;FSAR=8,13;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.00329398,-0.0450415;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=137.421,39.3444;QD=48.0924;RBI=0.0156266,0.0669554;REFB=0.0636361,0.0143904;REVB=-0.0152755,-0.0495407;RO=1;SAF=26,34;SAR=8,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0548779,0.0347981;STB=0.692187,0.638827;STBP=0,0;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00829625,-0.021914;OID=.,.;OPOS=1523145,1523145;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:91:91:1:10:34,47:34,47:0.373626,0.516484:8,13:26,34:0:1:8,13:26,34:0:10 chr6 1742794 . A G 1571.65 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.101933;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3695;QD=58.2091;RBI=0.102451;REFB=-0.110289;REVB=0.0102811;RO=1;SAF=49;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958731;STB=0.50505;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00128926;OID=.;OPOS=1742794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:106:107:0.990741:57:49:1:0:58:49:1:0 chr6 2623820 . G A 489.11 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0207891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0657;QD=17.0124;RBI=0.0848925;REFB=-0.0229028;REVB=0.0823076;RO=62;SAF=21;SAR=32;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867755;STB=0.548369;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0229471;OID=.;OPOS=2623820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:53:53:0.46087:32:21:30:32:32:21:30:32 chr6 2624053 . T A 679.8 PASS AF=0.462025;AO=73;DP=158;FAO=73;FDP=158;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=0.000107049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.545;QD=17.2101;RBI=0.00646029;REFB=-0.00796568;REVB=-0.00645941;RO=85;SAF=30;SAR=43;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588682;STB=0.5326;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0108809;OID=.;OPOS=2624053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:85:85:73:73:0.462025:43:30:30:55:43:30:30:55 chr6 2664375 . C A 285.99 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0796392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.46;QD=21.999;RBI=0.0796492;REFB=-0.029158;REVB=0.00126266;RO=23;SAF=9;SAR=20;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110188;STB=0.561256;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0147697;OID=.;OPOS=2664375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:20:9:10:13:20:9:10:13 chr6 2667031 . A G 362.66 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00647809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.58;QD=20.7235;RBI=0.00669598;REFB=-0.00666688;REVB=0.00169428;RO=33;SAF=15;SAR=22;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145715;STB=0.580701;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00592596;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:22:15:19:14:22:15:19:14 chr6 2679676 . G A 529.51 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.00222669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.398;QD=20.5636;RBI=0.0263055;REFB=-0.0114271;REVB=0.0262111;RO=48;SAF=14;SAR=40;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996301;STB=0.56286;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0151452;OID=.;OPOS=2679676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:49:54:54:0.524272:40:14:17:31:40:14:18:31 chr6 2749381 . C T 859.81 PASS AF=0.368231;AO=102;DP=277;FAO=102;FDP=277;FR=.;FRO=175;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=91;FSRR=84;FWDB=0.00495063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.252;QD=12.416;RBI=0.0408552;REFB=-0.0053513;REVB=-0.0405542;RO=175;SAF=56;SAR=46;SRF=91;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325939;STB=0.518441;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0091275;OID=.;OPOS=2749381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:175:175:102:102:0.368231:46:56:91:84:46:56:91:84 chr6 2766465 . T C 456.52 PASS AF=0.474227;AO=45;DP=99;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.023578;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7961;QD=18.8254;RBI=0.0384516;REFB=-0.0310883;REVB=-0.0303745;RO=51;SAF=35;SAR=10;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138901;STB=0.563513;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0303383;OID=.;OPOS=2766465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:51:51:45:46:0.474227:10:35:34:17:11:35:34:17 chr6 2889071 . A C 267.61 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00324839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.421;QD=21.8456;RBI=0.00967412;REFB=-0.0190896;REVB=0.00911244;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166825;STB=0.593009;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0125907;OID=.;OPOS=2889071;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:7:17:13:12:7:17 chr6 2955802 . T C 709.11 PASS AF=0.398058;AO=82;DP=205;FAO=82;FDP=206;FR=.;FRO=124;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=-0.00332763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.429;QD=13.7692;RBI=0.0125542;REFB=-0.00211917;REVB=-0.0121052;RO=120;SAF=33;SAR=49;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517202;STB=0.535315;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00293493;OID=.;OPOS=2955802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:120:124:82:82:0.398058:49:33:54:66:49:33:57:67 chr6 2959513 . C T 925.69 PASS AF=0.625954;AO=82;DP=131;FAO=82;FDP=131;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00634264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3073;QD=28.2653;RBI=0.0152657;REFB=0.00201721;REVB=-0.0138857;RO=49;SAF=40;SAR=42;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026868;STB=0.514538;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.000874244;OID=.;OPOS=2959513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:49:49:82:82:0.625954:42:40:22:27:42:40:22:27 chr6 2994218 . C T 284.27 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00878164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.122;QD=21.8672;RBI=0.0919;REFB=0.0223084;REVB=0.0914795;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466917;STB=0.532601;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0125985;OID=.;OPOS=2994218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:23:28:29:0.557692:13:15:11:12:13:16:11:12 chr6 3010390 . C T 1526.72 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0936427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6674;QD=62.315;RBI=0.0936648;REFB=-0.0383704;REVB=0.00203529;RO=1;SAF=47;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099842;STB=0.505262;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000582918;OID=.;OPOS=3010390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:50:47:1:0:50:47:1:0 chr6 3015790 . A G 3899.85 PASS AF=1;AO=242;DP=242;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.248;QD=63.671;RBI=0.00702984;REFB=0;REVB=-0.00226298;RO=0;SAF=112;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82571e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50532e-06;OID=.;OPOS=3015790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:245:0:0:242:245:1:130:112:0:0:133:112:0:0 chr6 3015865 . C T 1313.56 PASS AF=0.543478;AO=125;DP=231;FAO=125;FDP=230;FR=.;FRO=105;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=-0.0267169;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.897;QD=22.8446;RBI=0.0276869;REFB=-0.00400005;REVB=0.00726422;RO=100;SAF=63;SAR=62;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522609;STB=0.538755;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00365063;OID=.;OPOS=3015865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:100:105:125:125:0.543478:62:63:44:56:62:63:44:61 chr6 3077141 . T C 4135.8 PASS AF=0.981685;AO=268;DP=277;FAO=268;FDP=273;FR=.;FRO=5;FSAF=116;FSAR=152;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0332595;FXX=0.017985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.26;QD=60.5978;RBI=0.0372104;REFB=-0.0502338;REVB=-0.0166858;RO=4;SAF=116;SAR=152;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0052236;STB=0.500612;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=8.64272e-05;OID=.;OPOS=3077141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:277:273:4:5:268:268:0.981685:152:116:1:3:152:116:2:3 chr6 3154871 . A C 142.4 PASS AF=0.141593;AO=30;DP=227;FAO=32;FDP=226;FR=.;FRO=194;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=69;FSRR=125;FWDB=0.0140718;FXX=0.0130999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.843;QD=2.52042;RBI=0.0185155;REFB=-0.000614308;REVB=-0.0120336;RO=195;SAF=13;SAR=17;SRF=70;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985424;STB=0.572611;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00562918;OID=.;OPOS=3154871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:195:194:30:32:0.141593:17:13:70:125:18:14:69:125 chr6 3225759 . C A 71.44 PASS AF=0.117241;AO=17;DP=145;FAO=17;FDP=145;FR=.;FRO=128;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=74;FWDB=-0.0362213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.689;QD=1.97087;RBI=0.0371784;REFB=-0.00246132;REVB=0.00838156;RO=127;SAF=9;SAR=8;SRF=53;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137985;STB=0.594095;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0122206;OID=.;OPOS=3225759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:145:145:127:128:17:17:0.117241:8:9:53:74:8:9:54:74 chr6 3255327 . G A 908.17 PASS AF=0.514286;AO=90;DP=175;FAO=90;FDP=175;FR=.;FRO=85;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0183953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9385;QD=20.7582;RBI=0.0551268;REFB=4.65615e-06;REVB=-0.0519671;RO=85;SAF=48;SAR=42;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00348572;STB=0.501912;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.000399465;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:85:85:90:90:0.514286:42:48:45:40:42:48:45:40 chr6 3255340 . A C 1107.84 PASS AF=0.531707;AO=108;DP=206;FAO=109;FDP=205;FR=.;FRO=96;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=0.029245;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.585;QD=21.6165;RBI=0.0329344;REFB=-0.00669819;REVB=-0.015146;RO=97;SAF=57;SAR=51;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019608;STB=0.505298;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00610933;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:97:96:108:109:0.531707:51:57:49:48:51:58:50:46 chr6 3264440 . C G 1295.09 PASS AF=0.58;AO=115;DP=198;FAO=116;FDP=200;FR=.;FRO=84;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.00144121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.67;QD=25.9018;RBI=0.0302304;REFB=-0.020996;REVB=-0.030196;RO=83;SAF=56;SAR=59;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00542483;STB=0.50138;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0114312;OID=.;OPOS=3264440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:83:84:115:116:0.58:59:56:41:42:59:57:41:43 chr6 3264487 . T C 1077.32 PASS AF=0.534392;AO=100;DP=192;FAO=101;FDP=189;FR=.;FRO=88;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.0917765;FXX=0.0454523;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.824;QD=22.8005;RBI=0.0922755;REFB=-0.0208128;REVB=0.00958391;RO=86;SAF=51;SAR=49;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112254;STB=0.502986;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0125125;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:189:86:88:100:101:0.534392:49:51:45:41:50:51:45:43 chr6 3264502 . G C 1117.26 PASS AF=0.535714;AO=105;DP=196;FAO=105;FDP=196;FR=.;FRO=91;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.0124402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.603;QD=22.8011;RBI=0.014309;REFB=-0.000187648;REVB=-0.0070703;RO=91;SAF=50;SAR=55;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034258;STB=0.518713;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.000113725;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:91:91:105:105:0.535714:55:50:47:44:55:50:47:44 chr6 3264527 . T C 906.29 PASS AF=0.55625;AO=87;DP=160;FAO=89;FDP=160;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0206969;FXX=0.0123449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0638;QD=22.6572;RBI=0.0410739;REFB=-0.0233325;REVB=-0.0354783;RO=69;SAF=39;SAR=48;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831788;STB=0.545521;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.027183;OID=.;OPOS=3264527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:69:71:87:89:0.55625:48:39:38:31:48:41:40:31 chr6 3438738 . G A 294.85 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00199337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.18;QD=12.8193;RBI=0.0365377;REFB=-0.0013171;REVB=0.0364833;RO=58;SAF=14;SAR=20;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172267;STB=0.598668;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00275403;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:20:14:33:25:20:14:33:25 chr6 3439595 . G GA 62.0 PASS AF=0.257576;AO=16;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00471185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.3391;QD=3.75752;RBI=0.11479;REFB=0.000156414;REVB=0.114693;RO=48;SAF=12;SAR=4;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228824;STB=0.664413;STBP=0.146;TYPE=ins;VARB=-0.0217148;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257576:16:66:17:66:49:13:4:28:21:61:48:12:4:28:20 chr6 3727811 . C G 487.77 PASS AF=0.333333;AO=61;DP=183;FAO=61;FDP=183;FR=.;FRO=122;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=74;FWDB=-0.0179678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.281;QD=10.6616;RBI=0.0214639;REFB=-0.0115254;REVB=-0.0117412;RO=121;SAF=20;SAR=41;SRF=47;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768472;STB=0.54794;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0211329;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:121:122:61:61:0.333333:41:20:47:74:41:20:48:74 chr6 4031998 . A G,T 219.46 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=16,2;DP=18;FAO=17,1;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245179,0.0184517;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.657,174.168;QD=48.7683;RBI=0.0402794,0.0528248;REFB=0,0;REVB=0.0319578,0.0494974;RO=0;SAF=9,1;SAR=7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00374268,0.0582638;OID=.,.;OPOS=4031998,4031998;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:18:18:0:0:16,2:17,1:0.944444,0.0555556:7,1:9,1:0:0:7,1:10,0:0:0 chr6 4069166 . C T 1601.9 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00538201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2109;QD=64.076;RBI=0.00952291;REFB=0;REVB=0.00785619;RO=0;SAF=34;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92882e-05;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:65:34:0:0:65:35:0:0 chr6 4074612 . A C 2789.99 PASS AF=0.946078;AO=188;DP=202;FAO=193;FDP=204;FR=.;FRO=11;FSAF=83;FSAR=110;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0483582;FXX=0.00487781;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.575;QD=54.7056;RBI=0.0484078;REFB=-0.103542;REVB=-0.00219019;RO=4;SAF=78;SAR=110;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237878;STB=0.526151;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000983221;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:202:204:4:11:188:193:0.946078:110:78:4:0:110:83:10:1 chr6 4428223 . C G 195.61 PASS AF=0.434783;AO=21;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00721238;FXX=0.0212721;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.083;QD=17.0095;RBI=0.00937081;REFB=-0.0122126;REVB=-0.00598278;RO=25;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696018;STB=0.521205;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0160649;OID=.;OPOS=4428223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:26:21:20:0.434783:7:14:15:10:7:13:16:10 chr6 5086070 . A G 613.2 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.581;QD=61.3202;RBI=0.0310753;REFB=0;REVB=-0.03052;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267147;OID=.;OPOS=5086070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr6 5086211 . G C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.701;QD=59.6795;RBI=0.0266624;REFB=0;REVB=0.0208561;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7736e-05;OID=.;OPOS=5086211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:44:26:0:0:44:26:0:0 chr6 5086558 . C A 4439.26 PASS AF=0.98951;AO=283;DP=286;FAO=283;FDP=286;FR=.;FRO=3;FSAF=135;FSAR=148;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000245455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.095;QD=62.0876;RBI=0.0397899;REFB=-0.173258;REVB=0.0397892;RO=1;SAF=135;SAR=148;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321122;STB=0.501511;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000303742;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:286:286:1:3:283:283:0.98951:148:135:0:1:148:135:1:2 chr6 5109650 . C T 1136.84 PASS AF=0.54359;AO=106;DP=196;FAO=106;FDP=195;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=0.0191088;FXX=0.00510178;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.726;QD=23.3198;RBI=0.0539158;REFB=-0.00109293;REVB=-0.0504159;RO=86;SAF=45;SAR=61;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544135;STB=0.519968;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00066591;OID=.;OPOS=5109650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:86:89:106:106:0.54359:61:45:31:55:61:45:34:55 chr6 5139012 . C A 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0910771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4719;QD=55.6467;RBI=0.118584;REFB=0;REVB=-0.0759421;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00369173;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr6 5431340 . A G 2064.91 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.356;QD=62.573;RBI=0.0319544;REFB=0;REVB=0.0277428;RO=0;SAF=48;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79537e-05;OID=.;OPOS=5431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:84:48:0:0:84:48:0:0 chr6 6003985 . C T 2321.75 PASS AF=0.468085;AO=241;DP=518;FAO=242;FDP=517;FR=.;FRO=275;FSAF=124;FSAR=118;FSRF=115;FSRR=160;FWDB=0.0396919;FXX=0.00193046;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.041;QD=17.9632;RBI=0.0402951;REFB=-0.0172356;REVB=0.00694623;RO=269;SAF=123;SAR=118;SRF=114;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829886;STB=0.550017;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0181768;OID=.;OPOS=6003985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:518:517:269:275:241:242:0.468085:118:123:114:155:118:124:115:160 chr6 6145726 . A G 798.59 PASS AF=0.435897;AO=82;DP=192;FAO=85;FDP=195;FR=.;FRO=110;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.0144695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.52;QD=16.3814;RBI=0.0155057;REFB=-0.00948965;REVB=-0.00557331;RO=110;SAF=45;SAR=37;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597803;STB=0.507601;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.011402;OID=.;OPOS=6145726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:195:110:110:82:85:0.435897:37:45:61:49:39:46:61:49 chr6 6174866 . G A 821.26 PASS AF=0.512346;AO=83;DP=162;FAO=83;FDP=162;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.00431859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.733;QD=20.2781;RBI=0.00627385;REFB=-0.00593313;REVB=-0.00455093;RO=79;SAF=33;SAR=50;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984373;STB=0.554109;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0064472;OID=.;OPOS=6174866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:79:79:83:83:0.512346:50:33:40:39:50:33:40:39 chr6 6320808 . T G 5484.25 PASS AF=1;AO=339;DP=343;FAO=344;FDP=344;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=211;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522679;FXX=0.00578018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4169;QD=63.7704;RBI=0.0799385;REFB=0;REVB=-0.0604833;RO=0;SAF=129;SAR=210;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159683;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:343:344:0:0:339:344:1:210:129:0:0:211:133:0:0 chr6 6938928 . C T 1479.46 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.6763;QD=57.4549;RBI=0.0689216;REFB=-0.0965472;REVB=0.0662639;RO=2;SAF=44;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240943;STB=0.504347;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00177285;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:103:2:1:101:102:0.990291:57:44:1:1:57:45:0:1 chr6 7229346 . T C 819.38 PASS AF=0.542254;AO=77;DP=142;FAO=77;FDP=142;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0854095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.066;QD=23.0812;RBI=0.0854257;REFB=0.00333793;REVB=0.00166545;RO=64;SAF=32;SAR=45;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173238;STB=0.598009;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00213479;OID=.;OPOS=7229346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:64:65:77:77:0.542254:45:32:40:24:45:32:41:24 chr6 7230680 . G T 372.35 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0288905;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.693;QD=17.9443;RBI=0.0294046;REFB=-0.00561775;REVB=0.0054745;RO=42;SAF=22;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104047;STB=0.569983;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0105122;OID=.;OPOS=7230680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:44:39:39:0.46988:17:22:19:23:17:22:19:25 chr6 7231843 . G A 398.89 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0714937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5115;QD=18.3398;RBI=0.0717547;REFB=-0.0163575;REVB=-0.00611381;RO=46;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462231;STB=0.525761;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0192408;OID=.;OPOS=7231843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:23:18:18:28:23:18:18:28 chr6 7246778 . T C 1566.09 PASS AF=0.527972;AO=144;DP=279;FAO=151;FDP=286;FR=.;FRO=135;FSAF=71;FSAR=80;FSRF=44;FSRR=91;FWDB=0.00651695;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.263;QD=21.9033;RBI=0.0108059;REFB=-0.0164028;REVB=-0.00861951;RO=135;SAF=64;SAR=80;SRF=44;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107807;STB=0.568896;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0128111;OID=.;OPOS=7246778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:286:135:135:144:151:0.527972:80:64:44:91:80:71:44:91 chr6 7247248 . T C 884.49 PASS AF=0.552795;AO=74;DP=148;FAO=89;FDP=161;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0243981;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.849;QD=21.975;RBI=0.0269907;REFB=-0.0270928;REVB=0.0115426;RO=69;SAF=29;SAR=45;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139436;STB=0.507468;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0219012;OID=.;OPOS=7247248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:161:69:72:74:89:0.552795:45:29:26:43:57:32:27:45 chr6 7288544 . A C 294.46 PASS AF=0.54;AO=23;DP=47;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0381881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4685;QD=23.5568;RBI=0.093446;REFB=-0.0431697;REVB=0.0852867;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825497;STB=0.531227;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0435704;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:23:23:23:27:0.54:15:8:10:13:17:10:10:13 chr6 7289957 . CCA C 326.98 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00673023;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=2;MLLD=224.169;QD=14.8626;RBI=0.00696358;REFB=-0.010371;REVB=0.00178759;RO=40;SAF=15;SAR=31;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460512;STB=0.516659;STBP=0.764;TYPE=del;VARB=0.00949593;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522727:46:89:46:88:42:15:31:15:27:99:40:15:31:15:25 chr6 7295283 . T A 113.01 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0835579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6877;QD=9.41708;RBI=0.0836295;REFB=0.00157941;REVB=-0.00345992;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687996;STB=0.541608;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0164696;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:7:7:19:15:7:7:19:15 chr6 7374207 . T G 273.22 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0226665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.065;QD=12.7078;RBI=0.0231237;REFB=0.00322067;REVB=0.00457564;RO=54;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947895;STB=0.554314;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00606935;OID=.;OPOS=7374207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:15:17:24:30:15:17:24:30 chr6 7387236 . G A 313.85 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0107009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.598;QD=14.5977;RBI=0.0120049;REFB=-0.00604643;REVB=-0.00544127;RO=51;SAF=22;SAR=13;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207207;STB=0.617579;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00765276;OID=.;OPOS=7387236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:13:22:22:29:13:22:22:29 chr6 7393452 . C T 285.56 PASS AF=0.557692;AO=30;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.000830774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.416;QD=21.9662;RBI=0.178359;REFB=-0.00985658;REVB=-0.178358;RO=22;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160632;STB=0.564843;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00441066;OID=.;OPOS=7393452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:23:30:29:0.557692:11:19:18:4:10:19:18:5 chr6 7563983 . T G 3731.06 PASS AF=1;AO=235;DP=237;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310464;FXX=0.00843846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7095;QD=63.5074;RBI=0.0324371;REFB=0;REVB=0.0093961;RO=0;SAF=98;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.158e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.70089e-06;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:235:0:0:235:235:1:137:98:0:0:137:98:0:0 chr6 7572262 . A G 1199.29 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337469;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.67;QD=60.7234;RBI=0.0399037;REFB=0;REVB=0.0212944;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31015e-05;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:40:36:0:0:42:37:0:0 chr6 7576527 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7045;QD=59.5006;RBI=0.0197036;REFB=0;REVB=-0.0144983;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.2197e-05;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr6 7580958 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.571;QD=58.5856;RBI=0.0417549;REFB=0;REVB=-0.0358192;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269196;OID=.;OPOS=7580958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr6 7585967 . G C 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.331;QD=63.5774;RBI=0.0238011;REFB=0;REVB=0.0127509;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35876e-05;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr6 7601720 . C T 1817.27 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0551658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.426;QD=61.0848;RBI=0.0553407;REFB=0;REVB=0.00439656;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397227;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:63:55:0:0:63:56:0:0 chr6 7727522 . G C,GAGC 211.17 PASS AF=0.025641,0.320513;AO=3,24;DP=83;FAO=2,25;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=1,14;FSAR=1,11;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0353385,-0.00921956;FXX=0.0249969;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=163.06,165.371;QD=10.8292;RBI=0.0387449,0.016146;REFB=-0.0209109,-0.0351304;REVB=0.0158856,0.0132549;RO=56;SAF=2,14;SAR=1,10;SRF=32;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0867799,0.0144173;STB=0.546706,0.507457;STBP=0.86,0.929;TYPE=snp,ins;VARB=0.120423,0.0655073;OID=.,.;OPOS=7727522,7727523;OREF=G,-;OALT=C,AGC;OMAPALT=C,GAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:83:78:56:51:3,24:2,25:0.025641,0.320513:1,10:2,14:32:24:1,11:1,14:28:23 chr6 7862630 . TG T,TC 3289.67 PASS AF=0.0460829,0.953917;AO=58,160;DP=218;FAO=10,207;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=10,112;FSAR=0,95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188027,0.047215;FXX=0.00458695;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.5492,96.5087;QD=60.6391;RBI=0.0619888,0.0596488;REFB=0,0;REVB=0.0590684,0.0364516;RO=0;SAF=58,65;SAR=0,95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0337266,0.0230289;OID=.,.;OPOS=7862631,7862631;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0460829,0.953917:58,160:218:10,207:217:0:10,112:0,95:0:0:9:0:58,65:0,95:0:0 chr6 7881864 . AG CC 254.25 PASS AF=0.246667;AO=37;DP=151;FAO=37;FDP=150;FR=.;FRO=113;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=66;FSRR=47;FWDB=0.0123949;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=2;MLLD=118.888;QD=6.7801;RBI=0.023366;REFB=0.0054326;REVB=-0.0198074;RO=112;SAF=11;SAR=26;SRF=66;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360252;STB=0.713611;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=-0.0113579;OID=.;OPOS=7881864;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:112:113:37:37:0.246667:26:11:66:46:26:11:66:47 chr6 7881931 . T C 368.37 PASS AF=0.323944;AO=46;DP=142;FAO=46;FDP=142;FR=.;FRO=96;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=68;FWDB=-0.021787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.169;QD=10.3766;RBI=0.0280368;REFB=0.00435722;REVB=0.0176462;RO=95;SAF=14;SAR=32;SRF=27;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280955;STB=0.5102;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00906521;OID=.;OPOS=7881931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:95:96:46:46:0.323944:32:14:27:68:32:14:28:68 chr6 7883073 . C T 414.05 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00278626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.229;QD=19.0368;RBI=0.0105268;REFB=-0.00216203;REVB=-0.0101514;RO=44;SAF=23;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191325;STB=0.515782;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00298935;OID=.;OPOS=7883073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:19:23:25:19:19:23:26:19 chr6 7910859 . CG C 121.94 PASS AF=0.851852;AO=15;DP=28;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.158664;FXX=0.0357015;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.64715;QD=18.0654;RBI=0.276183;REFB=0.166118;REVB=0.226059;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.6;SSSB=0.15898;STB=0.516115;STBP=0.741;TYPE=del;VARB=0.0233798;OID=.;OPOS=7910860;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.851852:15:28:23:27:4:8:15:1:3:9:7:6:9:1:6 chr6 7986847 . G A 2674.65 PASS AF=1;AO=172;DP=174;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063828;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0423;QD=62.2012;RBI=0.065712;REFB=0;REVB=0.0156223;RO=0;SAF=58;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8398e-05;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:172:0:0:172:172:1:114:58:0:0:114:58:0:0 chr6 7988189 . T C 2544.17 PASS AF=0.976744;AO=168;DP=172;FAO=168;FDP=172;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=86;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0261512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.5;QD=59.1667;RBI=0.0486684;REFB=-0.0189114;REVB=-0.0410454;RO=2;SAF=82;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000266658;STB=0.506092;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000462949;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:172:172:2:4:168:168:0.976744:86:82:1:1:86:82:3:1 chr6 8015129 . T C 1142.4 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0477208;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.761;QD=59.3456;RBI=0.0481067;REFB=-0.109219;REVB=0.00608143;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.50877;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00038964;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:0:1:76:76:0.987013:48:28:0:0:48:28:1:0 chr6 8428137 . A AAGT 198.71 PASS AF=0.5;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00922493;FXX=0.116252;HRUN=1;LEN=3;MLLD=199.047;QD=20.9165;RBI=0.0197269;REFB=-0.0237825;REVB=0.0174371;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0167968;OID=.;OPOS=8428138;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=AAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:18:42:19:38:19:7:12:7:12:99:20:6:12:8:12 chr6 8430049 . G A 605.0 PASS AF=0.437086;AO=66;DP=151;FAO=66;FDP=151;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0758738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9715;QD=16.0265;RBI=0.0788962;REFB=-0.0123595;REVB=-0.0216281;RO=84;SAF=23;SAR=43;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193022;STB=0.604975;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0169045;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:84:85:66:66:0.437086:43:23:45:39:43:23:45:40 chr6 8435454 . T C 1096.61 PASS AF=0.521327;AO=80;DP=181;FAO=110;FDP=211;FR=.;FRO=101;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=0.142228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.881;QD=20.7888;RBI=0.142441;REFB=-0.0542347;REVB=-0.00778327;RO=89;SAF=19;SAR=61;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157983;STB=0.510009;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0434605;OID=.;OPOS=8435454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:211:89:101:80:110:0.521327:61:19:33:56:62:48:42:59 chr6 9776058 . G A 340.4 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00401227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3508;QD=18.1545;RBI=0.0361351;REFB=-0.0131279;REVB=-0.0359116;RO=36;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255318;STB=0.537225;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0200507;OID=.;OPOS=9776058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:39:36:36:0.48:15:21:20:16:15:21:20:19 chr6 10439968 . T C 1086.32 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.295;QD=59.5241;RBI=0.0150814;REFB=0;REVB=0.00332759;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92218e-05;OID=.;OPOS=10439968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:37:36:0:0 chr6 10587038 . C G 1289.82 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7086;QD=61.42;RBI=0.0350397;REFB=0;REVB=0.0176146;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454157;OID=.;OPOS=10587038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:44:39:0:0:45:39:0:0 chr6 10729020 . C T 899.47 PASS AF=0.569444;AO=80;DP=144;FAO=82;FDP=144;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0433185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9402;QD=24.9853;RBI=0.0442627;REFB=0.0204743;REVB=-0.00909331;RO=63;SAF=37;SAR=43;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878137;STB=0.538218;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0268419;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:63:62:80:82:0.569444:43:37:36:27:43:39:35:27 chr6 10753107 . T A 2738.63 PASS AF=1;AO=175;DP=178;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126754;FXX=0.0112353;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.3278;QD=62.2415;RBI=0.0318331;REFB=0.023602;REVB=0.0292006;RO=1;SAF=85;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525988;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85354e-05;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:178:176:1:0:175:176:1:90:85:0:1:91:85:0:0 chr6 10763312 . G A 876.01 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.546;QD=57.443;RBI=0.0116067;REFB=0;REVB=0.00970276;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09372e-05;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:32:29:0:0 chr6 10764727 . A G 2546.1 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.79;QD=61.7236;RBI=0.0135795;REFB=0;REVB=-0.00466049;RO=0;SAF=85;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15385e-06;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:80:85:0:0:80:85:0:0 chr6 10891781 . C T 1339.0 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.304;QD=62.2789;RBI=0.0428175;REFB=0;REVB=0.0409443;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7054e-05;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:50:36:0:0:50:36:0:0 chr6 10955408 . C T 2001.79 PASS AF=0.977612;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0258952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2139;QD=59.755;RBI=0.0285237;REFB=-0.0333687;REVB=-0.0119598;RO=3;SAF=54;SAR=77;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346411;STB=0.501823;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.000675178;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:134:3:3:131:131:0.977612:77:54:1:2:77:54:1:2 chr6 10981053 . G A 71.05 PASS AF=0.27027;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0146436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.138;QD=7.6811;RBI=0.0152144;REFB=-0.00163377;REVB=-0.0041282;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417813;STB=0.586782;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00549835;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:37:25:27:9:10:0.27027:5:4:12:13:6:4:14:13 chr6 11185257 . A T 438.42 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0617066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3194;QD=50.1051;RBI=0.11862;REFB=-0.160212;REVB=-0.101307;RO=0;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.615303;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0101567;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:0:3:32:32:0.914286:27:5:0:0:27:5:3:0 chr6 11185533 . G A 1174.94 PASS AF=0.491597;AO=117;DP=238;FAO=117;FDP=238;FR=.;FRO=121;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=50;FSRR=71;FWDB=0.00852605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.454;QD=19.747;RBI=0.00873188;REFB=-0.0108359;REVB=0.00188473;RO=120;SAF=51;SAR=66;SRF=50;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180653;STB=0.511754;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0121316;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:120:121:117:117:0.491597:66:51:50:70:66:51:50:71 chr6 11190626 . A G 2144.33 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407332;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.53;QD=63.0685;RBI=0.00519385;REFB=0;REVB=0.00322244;RO=0;SAF=51;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22902e-07;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:85:51:0:0:85:51:0:0 chr6 11192575 . C T 2130.55 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1089;QD=62.6631;RBI=0.0400534;REFB=0;REVB=0.0167314;RO=1;SAF=54;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605505;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156603;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:136:1:0:132:136:1:78:54:0:1:82:54:0:0 chr6 11576130 . T C 2414.47 PASS AF=0.970414;AO=161;DP=171;FAO=164;FDP=169;FR=.;FRO=5;FSAF=91;FSAR=73;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.101598;FXX=0.0116952;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9066;QD=57.1472;RBI=0.144067;REFB=-0.0946988;REVB=0.102143;RO=4;SAF=88;SAR=73;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211333;STB=0.507352;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00390406;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:171:169:4:5:161:164:0.970414:73:88:4:0:73:91:4:1 chr6 11581374 . T C 557.62 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0188618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5861;QD=17.5628;RBI=0.0355315;REFB=-0.0220335;REVB=0.0301118;RO=65;SAF=22;SAR=37;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159534;STB=0.585669;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0243809;OID=.;OPOS=11581374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:68:59:59:0.464567:37:22:35:30:37:22:36:32 chr6 11644302 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6773;QD=39.2066;RBI=0.046279;REFB=0;REVB=0.012806;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00194879;OID=.;OPOS=11644302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr6 11644518 . C T 1548.75 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000458923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7561;QD=63.866;RBI=0.0304941;REFB=0;REVB=0.0304907;RO=0;SAF=35;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127967;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:61:35:0:0:61:36:0:0 chr6 12122645 . A G 1469.79 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100258;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.69;QD=61.8861;RBI=0.0110183;REFB=0.00398797;REVB=-0.0045703;RO=1;SAF=40;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117038;STB=0.506171;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-6.44954e-05;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:92:94:0.989474:52:40:1:0:54:40:1:0 chr6 12122773 . T C 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00946452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.781;QD=14.0443;RBI=0.00968187;REFB=0.00396592;REVB=0.00203996;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103452;STB=0.558782;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00512173;OID=.;OPOS=12122773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:14:14:16:24:14:14:16:24 chr6 12124587 . C G 731.87 PASS AF=0.639175;AO=62;DP=97;FAO=62;FDP=97;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0557201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.12;QD=30.1804;RBI=0.0564255;REFB=-0.0131885;REVB=0.00889449;RO=35;SAF=30;SAR=32;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751711;STB=0.540708;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0082212;OID=.;OPOS=12124587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:35:35:62:62:0.639175:32:30:13:22:32:30:13:22 chr6 12294258 . A G 2046.08 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000672792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.673;QD=62.4756;RBI=0.00739011;REFB=0;REVB=0.00735942;RO=0;SAF=57;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29681e-06;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:74:57:0:0:74:57:0:0 chr6 12296255 . G T 2249.21 PASS AF=1;AO=140;DP=144;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144126;FXX=0.0275843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.808;QD=63.8074;RBI=0.04482;REFB=0;REVB=-0.0424395;RO=0;SAF=83;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55987e-05;OID=.;OPOS=12296255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:141:0:0:140:141:1:57:83:0:0:58:83:0:0 chr6 13185117 . A C 493.21 PASS AF=0.442177;AO=57;DP=137;FAO=65;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=15;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.103768;FXX=0.0392131;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.48719;QD=13.4206;RBI=0.182792;REFB=-0.0931872;REVB=0.150483;RO=29;SAF=2;SAR=55;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.703056;STB=0.654154;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.103513;OID=.;OPOS=13185117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:147:29:51:57:65:0.442177:55:2:18:11:50:15:27:24 chr6 13288648 . A G 525.16 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00478369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.851;QD=26.9315;RBI=0.0105278;REFB=-0.00409186;REVB=-0.00937822;RO=30;SAF=11;SAR=37;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278947;STB=0.653146;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00262785;OID=.;OPOS=13288648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:30:30:48:48:0.615385:37:11:17:13:37:11:17:13 chr6 13288679 . GCTCTCT GCTCT,GCTCTCA 284.98 PASS AF=0.531915,0.0425532;AO=24,2;DP=48;FAO=25,2;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=4,0;FSAR=21,2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0143553,-0.00889016;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=196.487,105.168;QD=24.2533;RBI=0.0345812,0.0421965;REFB=-0.0491567,-0.0629937;REVB=0.0314608,0.0412494;RO=18;SAF=4,0;SAR=20,2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.379726,-0.545442;STB=0.743141,0.995483;STBP=0.006,0.088;TYPE=del,snp;VARB=0.0511633,-0.0337659;OID=.,.;OPOS=13288680,13288685;OREF=CT,T;OALT=-,A;OMAPALT=GCTCT,GCTCTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.531915,0.0425532:24,2:48:25,2:47:20:4,0:21,2:12:8:99:18:4,0:20,2:10:8 chr6 13295502 . T C 734.95 PASS AF=0.486486;AO=72;DP=148;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00981254;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.883;QD=19.8635;RBI=0.0122377;REFB=-0.0206615;REVB=-0.00731265;RO=76;SAF=31;SAR=41;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015895;STB=0.50878;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0140726;OID=.;OPOS=13295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:76:76:72:72:0.486486:41:31:34:42:41:31:34:42 chr6 13295515 . A C 709.19 PASS AF=0.483871;AO=73;DP=153;FAO=75;FDP=155;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0492122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.983;QD=18.3016;RBI=0.0495407;REFB=0.00198737;REVB=-0.00569601;RO=80;SAF=29;SAR=44;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271904;STB=0.506193;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00192363;OID=.;OPOS=13295515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:80:80:73:75:0.483871:44:29:34:46:44:31:34:46 chr6 13295536 . C T 659.97 PASS AF=0.461039;AO=71;DP=155;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0385829;FXX=0.0064512;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.7473;QD=17.142;RBI=0.0392419;REFB=0.00816994;REVB=-0.007161;RO=83;SAF=28;SAR=43;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275732;STB=0.508582;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.010648;OID=.;OPOS=13295536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:83:83:71:71:0.461039:43:28:35:48:43:28:34:49 chr6 13361088 . A G 1828.99 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297547;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.763;QD=61.4785;RBI=0.0322133;REFB=0;REVB=-0.0123431;RO=0;SAF=68;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00649e-05;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:119:119:1:51:68:0:0:51:68:0:0 chr6 13470113 . A T 1265.56 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134264;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.509;QD=61.7348;RBI=0.0574362;REFB=0;REVB=0.0558449;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025959;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr6 13487087 . G A 297.75 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0121736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.461;QD=15.88;RBI=0.0253023;REFB=0.00429097;REVB=0.0221813;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075955;STB=0.542831;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00364025;OID=.;OPOS=13487087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:19:14:21:21:19:14:21:21 chr6 13547958 . C T 1360.97 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597925;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1201;QD=62.5732;RBI=0.0251853;REFB=0;REVB=0.0244652;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118048;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr6 13548165 . A G 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.02;QD=56.9478;RBI=0.0422103;REFB=-0.0460983;REVB=-0.0378718;RO=1;SAF=8;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549407;STB=0.529395;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000461452;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:28:8:1:0:28:8:1:0 chr6 13794110 . C A 333.71 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0245323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.487;QD=21.8825;RBI=0.0306102;REFB=0.00111788;REVB=-0.0183072;RO=27;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275391;STB=0.515202;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.000986233;OID=.;OPOS=13794110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:19:15:11:16:19:15:11:16 chr6 13801615 . T C 169.03 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0166748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9526;QD=13.0021;RBI=0.0354999;REFB=0.00230409;REVB=0.03134;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00171319;STB=0.507774;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00145089;OID=.;OPOS=13801615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:11:9:14:17:11:9:14:18 chr6 13978275 . A C 672.98 PASS AF=0.36;AO=81;DP=226;FAO=81;FDP=225;FR=.;FRO=144;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=83;FWDB=0.0247633;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1695;QD=11.9641;RBI=0.0326685;REFB=0.00829781;REVB=0.0213075;RO=143;SAF=38;SAR=43;SRF=61;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482266;STB=0.529346;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0236533;OID=.;OPOS=13978275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:143:144:81:81:0.36:43:38:61:82:43:38:61:83 chr6 13978618 . C G 433.1 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0172618;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.407;QD=17.8597;RBI=0.0193634;REFB=-0.0114044;REVB=-0.0087732;RO=53;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168643;STB=0.50943;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0128176;OID=.;OPOS=13978618;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:53:53:44:44:0.453608:24:20:25:28:24:20:25:28 chr6 13978802 . TCTC T 319.32 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=84;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00263711;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=3;MLLD=229.769;QD=15.5768;RBI=0.0220014;REFB=-0.0354117;REVB=-0.0218427;RO=46;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782607;STB=0.502091;STBP=0.97;TYPE=del;VARB=0.0487678;OID=.;OPOS=13978803;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.426829:34:84:35:82:47:17:18:23:24:99:46:16:18:22:24 chr6 13978837 . G T 318.95 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0341326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.824;QD=15.7508;RBI=0.034264;REFB=-0.0246861;REVB=0.00299745;RO=46;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650886;STB=0.536702;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0415527;OID=.;OPOS=13978837;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:16:19:22:24:16:19:22:24 chr6 13978854 . G T 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0206589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.333;QD=20.3419;RBI=0.0364364;REFB=-0.00595559;REVB=-0.0300136;RO=34;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877635;STB=0.548606;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00555438;OID=.;OPOS=13978854;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:19:18:20:14:19:18:20:14 chr6 13979526 . A G 232.11 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0110772;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=231.448;QD=14.7372;RBI=0.0130269;REFB=-0.0142285;REVB=-0.00685527;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398143;STB=0.537163;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0136209;OID=.;OPOS=13979526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:36:27:27:0.428571:14:13:15:19:14:13:15:21 chr6 13980527 . G A 471.84 PASS AF=0.407692;AO=52;DP=128;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=55;FSRR=22;FWDB=-0.00434084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.398;QD=14.5183;RBI=0.00587289;REFB=-0.0177353;REVB=-0.00395575;RO=72;SAF=35;SAR=17;SRF=54;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094053;STB=0.536411;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0227039;OID=.;OPOS=13980527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:72:77:52:53:0.407692:17:35:54:18:18:35:55:22 chr6 14131804 . G A 1549.65 PASS AF=0.583333;AO=140;DP=240;FAO=140;FDP=240;FR=.;FRO=100;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.0082262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.535;QD=25.8275;RBI=0.0142461;REFB=-0.0230382;REVB=0.011631;RO=100;SAF=65;SAR=75;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352307;STB=0.51909;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0168624;OID=.;OPOS=14131804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:100:100:140:140:0.583333:75:65:51:49:75:65:51:49 chr6 15501481 . C T 284.95 PASS AF=0.308943;AO=38;DP=123;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0102043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.957;QD=9.26674;RBI=0.0169587;REFB=0.000867008;REVB=0.0135451;RO=85;SAF=16;SAR=22;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182502;STB=0.606391;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00243665;OID=.;OPOS=15501481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:85:85:38:38:0.308943:22:16:49:36:22:16:49:36 chr6 15513482 . G A 1189.47 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1679;QD=60.9982;RBI=0.0194214;REFB=0;REVB=0.00254202;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128709;OID=.;OPOS=15513482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:47:30:0:0:47:31:0:0 chr6 15523316 . A G 558.4 PASS AF=0.416107;AO=59;DP=146;FAO=62;FDP=149;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0213573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3694;QD=14.9905;RBI=0.0270535;REFB=-0.00326824;REVB=0.0166058;RO=85;SAF=24;SAR=35;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683251;STB=0.540611;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00335991;OID=.;OPOS=15523316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:85:87:59:62:0.416107:35:24:40:45:37:25:41:46 chr6 15533540 . CA AC,C 72.5 PASS AF=0.0361446,0.349398;AO=6,30;DP=86;FAO=3,29;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=0,13;FSAR=3,16;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=-0.00359776,0.115466;FXX=0.0459717;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=158.346,7.66293;QD=3.49386;RBI=0.154412,0.272205;REFB=-0.00746834,-0.142609;REVB=-0.15437,-0.246502;RO=40;SAF=0,13;SAR=6,17;SRF=35;SRR=5;SSEN=0,0.338983;SSEP=0,0;SSSB=-0.81298,-0.433607;STB=0.998152,0.695533;STBP=0.004,0.012;TYPE=mnp,del;VARB=0.165885,0.170285;OID=.,.;OPOS=15533540,15533541;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:63:86:83:40:51:6,30:3,29:0.0361446,0.349398:6,17:0,13:35:5:3,16:0,13:39:12 chr6 15586009 . G T 1968.54 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.541;QD=62.0014;RBI=0.0331274;REFB=0;REVB=-0.011162;RO=0;SAF=48;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25092e-05;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:79:48:0:0:79:48:0:0 chr6 16145325 . A G 2047.89 PASS AF=0.977941;AO=133;DP=138;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00223801;FXX=0.0144917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.038;QD=60.232;RBI=0.0113549;REFB=-0.103243;REVB=0.0111322;RO=1;SAF=52;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583254;STB=0.50909;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.000195767;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:136:1:3:133:133:0.977941:81:52:0:1:81:52:0:3 chr6 16148176 . G A 731.65 PASS AF=0.518248;AO=71;DP=137;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.00190151;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.866;QD=21.3621;RBI=0.00575087;REFB=-0.00460817;REVB=-0.0054274;RO=66;SAF=35;SAR=36;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337004;STB=0.518513;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00382862;OID=.;OPOS=16148176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:66:66:71:71:0.518248:36:35:30:36:36:35:30:36 chr6 16205318 . ATG ATGA,TGA 36.33 PASS AF=0.0842105,0.0421053;AO=10,5;DP=96;FAO=8,4;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=1,0;FSAR=7,4;FSRF=28;FSRR=55;FWDB=-0.05373,0.0235166;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=21.6377,40.1246;QD=1.52979;RBI=0.0837534,0.0248483;REFB=-0.00813561,0.00604293;REVB=-0.0642473,-0.00802531;RO=80;SAF=1,0;SAR=9,5;SRF=27;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.377681,-0.439483;STB=0.765246,0.996628;STBP=0.167,0.103;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.0387204,0.146663;OID=.,.;OPOS=16205321,16205318;OREF=-,ATG;OALT=A,TGA;OMAPALT=ATGA,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:96:95:80:83:10,5:8,4:0.0842105,0.0421053:9,5:1,0:27:53:7,4:1,0:28:55 chr6 16279052 . GT TG 44.34 PASS AF=0.075188;AO=21;DP=270;FAO=20;FDP=266;FR=.;FRO=246;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=133;FSRR=113;FWDB=-0.0275017;FXX=0.0148143;HRUN=4;LEN=2;MLLD=49.3669;QD=0.666721;RBI=0.0607313;REFB=-0.00430537;REVB=-0.0541475;RO=228;SAF=20;SAR=1;SRF=117;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542986;STB=0.933938;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.163788;OID=.;OPOS=16279052;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:270:266:228:246:21:20:0.075188:1:20:117:111:1:19:133:113 chr6 16290761 . T A 2977.09 PASS AF=0.984456;AO=188;DP=191;FAO=190;FDP=193;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0338394;FXX=0.0252513;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.745;QD=61.7013;RBI=0.0346428;REFB=-0.110559;REVB=0.00741745;RO=3;SAF=80;SAR=108;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00282081;STB=0.501478;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.000362411;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:191:193:3:3:188:190:0.984456:108:80:1:2:109:81:1:2 chr6 16306866 . G A 1123.59 PASS AF=0.58427;AO=103;DP=177;FAO=104;FDP=178;FR=.;FRO=74;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0207718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.654;QD=25.2493;RBI=0.0214739;REFB=-0.00840577;REVB=-0.00544632;RO=74;SAF=46;SAR=57;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517851;STB=0.52979;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00558604;OID=.;OPOS=16306866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:74:74:103:104:0.58427:57:46:38:36:58:46:38:36 chr6 16327330 . T C 803.36 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00518226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4831;QD=55.4041;RBI=0.0106448;REFB=0.0330638;REVB=-0.00929822;RO=1;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116468;STB=0.506171;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00782008;OID=.;OPOS=16327330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:40:17:0:1:40:17:0:1 chr6 16327615 . A G 1062.64 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.091;QD=59.8672;RBI=0.0299145;REFB=0;REVB=0.0149462;RO=0;SAF=48;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57746e-05;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:22:48:0:0:23:48:0:0 chr6 16327654 . G A 58.58 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=10;FWDB=-0.00859375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.268;QD=3.34732;RBI=0.00899004;REFB=-0.000968623;REVB=-0.00263975;RO=59;SAF=6;SAR=5;SRF=49;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40306;STB=0.753097;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00408117;OID=.;OPOS=16327654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:59:59:11:11:0.157143:5:6:49:10:5:6:49:10 chr6 16327909 . A C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0592457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.946;QD=16.1984;RBI=0.0611604;REFB=-0.00843854;REVB=-0.0151838;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00034001;OID=.;OPOS=16327909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chr6 16327912 . CTGA C,CTGC 115.19 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,9;DP=11;FAO=1,10;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00062188,-0.00062188;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=200.943,184.635;QD=41.8872;RBI=0.000703256,0.00141303;REFB=0,0;REVB=0.000328381,0.00126882;RO=0;SAF=1,1;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.016981,-0.00024628;OID=.,.;OPOS=16327913,16327915;OREF=TGA,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:2,9:11:1,10:11:0:0,2:1,8:0:0:11:0:1,1:1,8:0:0 chr6 17293563 . G C 447.74 PASS AF=0.331395;AO=57;DP=172;FAO=57;FDP=172;FR=.;FRO=115;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=0.0525441;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.33;QD=10.4126;RBI=0.0525535;REFB=-0.0157816;REVB=0.0009936;RO=115;SAF=28;SAR=29;SRF=67;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106101;STB=0.560964;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0347163;OID=.;OPOS=17293563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:115:115:57:57:0.331395:29:28:67:48:29:28:67:48 chr6 17543302 . A G 1957.03 PASS AF=0.93662;AO=132;DP=142;FAO=133;FDP=142;FR=.;FRO=9;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0114511;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.438;QD=55.1276;RBI=0.0306825;REFB=-0.112215;REVB=-0.0284656;RO=8;SAF=60;SAR=72;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224066;STB=0.515123;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.000632471;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:142:142:8:9:132:133:0.93662:72:60:2:6:72:61:2:7 chr6 17629616 . G A 1212.91 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0246075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.253;QD=59.8967;RBI=0.0246747;REFB=-0.0985125;REVB=-0.00182024;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126242;STB=0.506665;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000271715;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:43:37:1:0:43:37:1:0 chr6 17633061 . C T 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1434;QD=63.8667;RBI=0.0649436;REFB=0;REVB=-0.0150806;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000524462;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr6 17665479 . G C 300.37 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0432168;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.576;QD=13.8102;RBI=0.0476475;REFB=-0.0157284;REVB=-0.0200646;RO=53;SAF=18;SAR=16;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415379;STB=0.523667;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0253605;OID=.;OPOS=17665479;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:16:18:26:27:16:18:26:27 chr6 17675246 . T C 527.74 PASS AF=0.402685;AO=60;DP=148;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=62;FWDB=0.0408891;FXX=0.0132442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.125;QD=14.1676;RBI=0.0462422;REFB=-0.000362629;REVB=-0.0215968;RO=88;SAF=18;SAR=42;SRF=26;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00573272;STB=0.502392;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.000261974;OID=.;OPOS=17675246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:88:89:60:60:0.402685:42:18:26:62:42:18:27:62 chr6 17688798 . G A 451.64 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0250472;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.658;QD=17.2052;RBI=0.0263392;REFB=0.00228766;REVB=-0.00814809;RO=56;SAF=21;SAR=28;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175092;STB=0.509745;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00201301;OID=.;OPOS=17688798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:56:56:49:49:0.466667:28:21:23:33:28:21:23:33 chr6 17731096 . A G 357.33 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00541247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.356;QD=14.4375;RBI=0.0380239;REFB=-0.00163147;REVB=0.0376367;RO=60;SAF=19;SAR=20;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397513;STB=0.522562;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00193674;OID=.;OPOS=17731096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:20:19:27:33:20:19:27:33 chr6 17737690 . T A 246.82 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00151386;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.3605;QD=17.3209;RBI=0.0176903;REFB=-0.0111831;REVB=0.0176254;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319064;STB=0.508766;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00584276;OID=.;OPOS=17737690;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:14:14:15:13:14:14:15:14 chr6 17764530 . C T 1713.99 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00736917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0934;QD=59.6172;RBI=0.0366086;REFB=-0.11888;REVB=-0.0358593;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.504853;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00385198;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:0:1:114:114:0.991304:63:51:0:0:63:51:1:0 chr6 17794494 . G A 2720.29 PASS AF=0.994318;AO=172;DP=174;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00993164;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.836;QD=61.8248;RBI=0.0105099;REFB=0.0567864;REVB=0.00343811;RO=0;SAF=86;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502824;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-3.98595e-05;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:176:0:1:172:175:0.994318:86:86:0:0:87:88:1:0 chr6 18122506 . G A 449.01 PASS AF=0.475248;AO=49;DP=103;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.018317;FXX=0.0194156;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.456;QD=17.7825;RBI=0.0243341;REFB=-0.0173272;REVB=0.0160199;RO=50;SAF=30;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104775;STB=0.550844;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0188514;OID=.;OPOS=18122506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:50:53:49:48:0.475248:19:30:25:25:19:29:27:26 chr6 18139214 . G A 271.69 PASS AF=0.418919;AO=32;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0108749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.261;QD=14.6858;RBI=0.022935;REFB=0.00104031;REVB=-0.0201928;RO=41;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260904;STB=0.527045;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00153136;OID=.;OPOS=18139214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:43:32:31:0.418919:18:14:19:22:18:13:20:23 chr6 18161563 . G A 385.14 PASS AF=0.534247;AO=37;DP=72;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0230056;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.567;QD=21.1038;RBI=0.0248376;REFB=-0.0151473;REVB=-0.00936194;RO=34;SAF=16;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00768224;STB=0.502497;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0133773;OID=.;OPOS=18161563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:34:37:39:0.534247:21:16:15:19:22:17:15:19 chr6 18188091 . T C 981.06 PASS AF=0.505208;AO=96;DP=192;FAO=97;FDP=192;FR=.;FRO=95;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=0.00797941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.81;QD=20.4387;RBI=0.00798702;REFB=-0.012944;REVB=-0.000348567;RO=96;SAF=58;SAR=38;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777478;STB=0.53632;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00997177;OID=.;OPOS=18188091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:96:95:96:97:0.505208:38:58:50:46:39:58:50:45 chr6 18215303 . T C 5877.26 PASS AF=1;AO=373;DP=377;FAO=375;FDP=375;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=223;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402956;FXX=0.0053049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.863;QD=62.6908;RBI=0.07211;REFB=0.0139251;REVB=-0.0598006;RO=2;SAF=150;SAR=223;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426045;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37071e-05;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:377:375:2:0:373:375:1:223:150:0:2:223:152:0:0 chr6 18466677 . A T 1138.13 PASS AF=1;AO=63;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0806;QD=60.7005;RBI=0.0716487;REFB=0;REVB=-0.0244595;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052608;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:63:75:1:29:34:0:0:32:43:0:0 chr6 18466750 . C T 293.04 PASS AF=0.304688;AO=39;DP=128;FAO=39;FDP=128;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.00014545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.313;QD=9.15755;RBI=0.0119945;REFB=-0.00244642;REVB=-0.0119936;RO=89;SAF=29;SAR=10;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327313;STB=0.692729;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00541923;OID=.;OPOS=18466750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:89:89:39:39:0.304688:10:29:43:46:10:29:43:46 chr6 18836419 . G C 287.95 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00636405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.021;QD=18.5775;RBI=0.00988522;REFB=0.0102866;REVB=0.00756416;RO=30;SAF=21;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166583;STB=0.602581;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00895061;OID=.;OPOS=18836419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:10:21:15:15:10:21:15:16 chr6 19838862 . C T 4636.47 PASS AF=0.514253;AO=448;DP=875;FAO=451;FDP=877;FR=.;FRO=426;FSAF=296;FSAR=155;FSRF=280;FSRR=146;FWDB=0.00729142;FXX=0.00113894;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6359;QD=21.1469;RBI=0.00825297;REFB=-0.0110112;REVB=-0.0038661;RO=426;SAF=294;SAR=154;SRF=280;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00101778;STB=0.500516;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0105396;OID=.;OPOS=19838862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:875:877:426:426:448:451:0.514253:154:294:280:146:155:296:280:146 chr6 20282269 . T C 502.04 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200411;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.857;QD=55.7825;RBI=0.0306627;REFB=-0.0132513;REVB=0.0232067;RO=2;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343768;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:2:0:34:36:1:18:16:0:2:20:16:0:0 chr6 20599619 . C T 1055.44 PASS AF=0.590361;AO=98;DP=166;FAO=98;FDP=166;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00210809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.685;QD=25.4322;RBI=0.0063551;REFB=-0.0168863;REVB=-0.00599527;RO=66;SAF=40;SAR=58;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920386;STB=0.544421;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0126052;OID=.;OPOS=20599619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:66:68:98:98:0.590361:58:40:35:31:58:40:35:33 chr6 20599628 . C T 529.26 PASS AF=0.391304;AO=62;DP=160;FAO=63;FDP=161;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.035428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.262;QD=13.1494;RBI=0.038174;REFB=-0.00624556;REVB=-0.0142166;RO=97;SAF=31;SAR=31;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947634;STB=0.560611;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0156553;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:97:98:62:63:0.391304:31:31:40:57:31:32:40:58 chr6 21201493 . G A 751.51 PASS AF=0.444444;AO=80;DP=179;FAO=80;FDP=180;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=0.00981002;FXX=0.00552456;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.529;QD=16.7003;RBI=0.018279;REFB=-0.00394733;REVB=0.0154236;RO=99;SAF=36;SAR=44;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361977;STB=0.522542;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00453824;OID=.;OPOS=21201493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:99:100:80:80:0.444444:44:36:41:58:44:36:41:59 chr6 22287745 . C T 513.05 PASS AF=0.371257;AO=60;DP=165;FAO=62;FDP=167;FR=.;FRO=105;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=0.0133284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.49;QD=12.2886;RBI=0.0156587;REFB=-0.0082686;REVB=-0.00821876;RO=105;SAF=28;SAR=32;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075398;STB=0.552952;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.013057;OID=.;OPOS=22287745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:105:105:60:62:0.371257:32:28:42:63:32:30:42:63 chr6 22570064 . C T 1956.98 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276367;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.009;QD=62.1265;RBI=0.0276652;REFB=0;REVB=-0.00125497;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84323e-06;OID=.;OPOS=22570064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:62:64:0:0:62:64:0:0 chr6 24147409 . C A 246.93 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.102628;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1552;QD=11.224;RBI=0.102727;REFB=-0.0220353;REVB=0.00451042;RO=56;SAF=14;SAR=16;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269199;STB=0.512187;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0417448;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:56:58:30:30:0.340909:16:14:26:30:16:14:26:32 chr6 24174955 . G C 2163.4 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462879;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.614;QD=63.1651;RBI=0.0491434;REFB=0;REVB=-0.0165078;RO=0;SAF=85;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76369e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170244;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:137:137:1:52:85:0:0:52:85:0:0 chr6 24291203 . T C 362.79 PASS AF=0.394495;AO=40;DP=110;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0150835;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.733;QD=13.3132;RBI=0.036019;REFB=0.00058991;REVB=0.0327087;RO=67;SAF=16;SAR=24;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119285;STB=0.564451;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000764034;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:67:66:40:43:0.394495:24:16:34:33:26:17:33:33 chr6 24358002 . G A 1136.19 PASS AF=0.601156;AO=102;DP=173;FAO=104;FDP=173;FR=.;FRO=69;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00068083;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.791;QD=26.2703;RBI=0.0248476;REFB=-0.0268338;REVB=-0.0248383;RO=69;SAF=51;SAR=51;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053937;STB=0.506725;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0178481;OID=.;OPOS=24358002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:69:69:102:104:0.601156:51:51:34:35:51:53:34:35 chr6 24358202 . G A 471.83 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00868902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.563;QD=20.9704;RBI=0.0138709;REFB=0.00747979;REVB=-0.0108121;RO=44;SAF=14;SAR=32;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125312;STB=0.569548;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00787604;OID=.;OPOS=24358202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:32:14:19:25:32:14:19:25 chr6 24403455 . C T 1750.86 PASS AF=0.543333;AO=163;DP=300;FAO=163;FDP=300;FR=.;FRO=137;FSAF=90;FSAR=73;FSRF=75;FSRR=62;FWDB=0.024437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.104;QD=23.3448;RBI=0.0245012;REFB=-0.0129398;REVB=-0.00177293;RO=135;SAF=90;SAR=73;SRF=75;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00287015;STB=0.50217;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0108533;OID=.;OPOS=24403455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:135:137:163:163:0.543333:73:90:75:60:73:90:75:62 chr6 24411018 . A G 1110.19 PASS AF=0.632911;AO=99;DP=157;FAO=100;FDP=158;FR=.;FRO=58;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0410736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.507;QD=28.1061;RBI=0.0425423;REFB=-0.019723;REVB=-0.0110818;RO=58;SAF=44;SAR=55;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382849;STB=0.518468;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0112384;OID=.;OPOS=24411018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:58:58:99:100:0.632911:55:44:29:29:55:45:29:29 chr6 24418786 . T C 852.8 PASS AF=0.586466;AO=78;DP=133;FAO=78;FDP=133;FR=.;FRO=55;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0050603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.984;QD=25.6482;RBI=0.00825315;REFB=-0.000244031;REVB=0.0065198;RO=55;SAF=42;SAR=36;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854983;STB=0.50465;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.000142011;OID=.;OPOS=24418786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:55:55:78:78:0.586466:36:42:29:26:36:42:29:26 chr6 24424231 . G T 106.47 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0031729;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.125;QD=9.67882;RBI=0.0576813;REFB=-0.00121799;REVB=-0.057594;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324398;STB=0.677706;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00567857;OID=.;OPOS=24424231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:31:13:13:0.295455:8:5:19:9:8:5:20:11 chr6 24425609 . T A 339.0 PASS AF=0.423913;AO=35;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.047965;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.9969;QD=14.7391;RBI=0.0544061;REFB=-0.100116;REVB=0.0256784;RO=34;SAF=23;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17187;STB=0.568504;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.059796;OID=.;OPOS=24425609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:34:53:35:39:0.423913:12:23:16:18:16:23:25:28 chr6 24425671 . A G 329.07 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0113921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5555;QD=13.4314;RBI=0.0175449;REFB=0.0198906;REVB=-0.0133433;RO=61;SAF=20;SAR=17;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106424;STB=0.560715;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0259937;OID=.;OPOS=24425671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:37:37:0.377551:17:20:27:34:17:20:27:34 chr6 24425690 . A G 297.38 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.00380451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.512;QD=13.3652;RBI=0.00530226;REFB=-0.010208;REVB=-0.00369319;RO=55;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17052;STB=0.597193;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0179765;OID=.;OPOS=24425690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:15:19:22:33:15:19:22:33 chr6 24433483 . T C 694.37 PASS AF=0.589286;AO=66;DP=112;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0189995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.905;QD=24.7989;RBI=0.023411;REFB=-0.0024349;REVB=0.0136781;RO=46;SAF=29;SAR=37;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878571;STB=0.547764;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00193274;OID=.;OPOS=24433483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:46:46:66:66:0.589286:37:29:15:31:37:29:15:31 chr6 24437445 . G A 1828.08 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187319;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.211;QD=60.4322;RBI=0.0242105;REFB=-0.0928701;REVB=0.0153383;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=4.81287e-06;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:66:54:0:0:66:54:1:0 chr6 24445829 . G A 441.29 PASS AF=0.380597;AO=51;DP=134;FAO=51;FDP=134;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.00577124;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.971;QD=13.1728;RBI=0.00586128;REFB=0.00151494;REVB=-0.0010234;RO=83;SAF=28;SAR=23;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207677;STB=0.511788;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00280849;OID=.;OPOS=24445829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:83:83:51:51:0.380597:23:28:44:39:23:28:44:39 chr6 24463020 . G C 976.22 PASS AF=0.497409;AO=96;DP=193;FAO=96;FDP=193;FR=.;FRO=97;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.0235197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1547;QD=20.2325;RBI=0.0283868;REFB=-0.00688395;REVB=-0.0158945;RO=96;SAF=38;SAR=58;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294971;STB=0.51936;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00813583;OID=.;OPOS=24463020;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:96:97:96:96:0.497409:58:38:41:55:58:38:42:55 chr6 24588884 . C T 555.13 PASS AF=0.34359;AO=67;DP=195;FAO=67;FDP=195;FR=.;FRO=128;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=71;FSRR=57;FWDB=-0.0123205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4672;QD=11.3872;RBI=0.0258731;REFB=-0.0174965;REVB=-0.0227513;RO=124;SAF=41;SAR=26;SRF=71;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465069;STB=0.538864;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0276021;OID=.;OPOS=24588884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:124:128:67:67:0.34359:26:41:71:53:26:41:71:57 chr6 24596478 . T G 1492.51 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9586;QD=60.9187;RBI=0.0446382;REFB=-0.112486;REVB=0.025209;RO=1;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106505;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118401;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:92:98:1:0:90:98:1:44:46:0:1:47:51:0:0 chr6 24653273 . G C 489.09 PASS AF=0.392857;AO=54;DP=139;FAO=55;FDP=140;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0160234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.571;QD=13.9739;RBI=0.0227315;REFB=-0.0120293;REVB=0.0161236;RO=81;SAF=34;SAR=20;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160629;STB=0.588752;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0167607;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:81:85:54:55:0.392857:20:34:39:42:20:35:42:43 chr6 24653376 . G A 1262.91 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.496;QD=61.6056;RBI=0.0504144;REFB=0;REVB=0.00238968;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.82951e-05;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chr6 24804808 . G C 636.31 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038853;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.403;QD=62.079;RBI=0.0447521;REFB=0;REVB=0.022208;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159878;OID=.;OPOS=24804808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr6 24805826 . GA G 1165.14 PASS AF=1;AO=80;DP=87;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135532;FXX=0.0574647;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.64;QD=56.8361;RBI=0.0135532;REFB=0;REVB=4.22709e-05;RO=1;SAF=50;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937607;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.42713e-05;OID=.;OPOS=24805827;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:87:82:82:0:51:31:0:0:6:1:50:30:1:0 chr6 24825511 . A G 1472.56 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2517;QD=63.3358;RBI=0.0668766;REFB=0;REVB=-0.0640445;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300931;OID=.;OPOS=24825511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr6 24828490 . C T 2369.99 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.8204;QD=64.0539;RBI=0.0404478;REFB=0;REVB=0.0190053;RO=0;SAF=67;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71333e-05;OID=.;OPOS=24828490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:81:67:0:0:81:67:0:0 chr6 24869300 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.020075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.408;QD=13.9486;RBI=0.0241823;REFB=0.00186899;REVB=-0.0134825;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091655;STB=0.529377;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00245977;OID=.;OPOS=24869300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:27:17:17:0.386364:8:9:11:14:8:9:13:14 chr6 25042112 . A G 1227.95 PASS AF=0.56;AO=112;DP=200;FAO=112;FDP=200;FR=.;FRO=88;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=27;FSRR=61;FWDB=-0.00891538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.8;QD=24.5589;RBI=0.0207265;REFB=0.0044411;REVB=-0.0187111;RO=87;SAF=59;SAR=53;SRF=27;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173033;STB=0.596049;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00218626;OID=.;OPOS=25042112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:87:88:112:112:0.56:53:59:27:60:53:59:27:61 chr6 25084718 . A G 513.44 PASS AF=0.310502;AO=68;DP=220;FAO=68;FDP=219;FR=.;FRO=151;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=89;FWDB=0.016699;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6975;QD=9.37788;RBI=0.0557066;REFB=-0.0128893;REVB=0.0531448;RO=150;SAF=32;SAR=36;SRF=61;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767761;STB=0.5417;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0328093;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:150:151:68:68:0.310502:36:32:61:89:36:32:62:89 chr6 25106745 . A G 410.58 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0213081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.336;QD=14.6636;RBI=0.0213114;REFB=-0.015973;REVB=0.000376445;RO=65;SAF=23;SAR=24;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128369;STB=0.507221;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.025013;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:47:47:0.419643:24:23:31:34:24:23:31:34 chr6 25106783 . G A 236.05 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0798285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6497;QD=19.2696;RBI=0.0865784;REFB=0.0127625;REVB=0.0335147;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00659676;STB=0.503728;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.0492223;OID=.;OPOS=25106783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:14:9:10:16:14:9:10:16 chr6 25420344 . C G 2829.89 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0075096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.749;QD=62.1954;RBI=0.0146385;REFB=-0.0465878;REVB=-0.0125655;RO=1;SAF=92;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514689;STB=0.502702;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000341791;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:1:1:181:181:0.994505:89:92:1:0:89:92:1:0 chr6 25420350 . A C 1196.3 PASS AF=0.596685;AO=108;DP=182;FAO=108;FDP=181;FR=.;FRO=73;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.00692492;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.65;QD=26.4376;RBI=0.0221709;REFB=-0.0151276;REVB=-0.0210617;RO=71;SAF=52;SAR=56;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702276;STB=0.537794;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00914187;OID=.;OPOS=25420350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:71:73:108:108:0.596685:56:52:41:30:56:52:42:31 chr6 25426768 . G A 191.0 PASS AF=0.44;AO=20;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0133247;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.52;QD=15.2803;RBI=0.0174985;REFB=0.00265608;REVB=0.0113424;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048064;STB=0.511226;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00359952;OID=.;OPOS=25426768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:28:20:22:0.44:11:9:12:12:13:9:12:16 chr6 25435758 . A G 223.21 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00116496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9353;QD=10.5039;RBI=0.0927679;REFB=0.0103755;REVB=-0.0927606;RO=53;SAF=14;SAR=14;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532256;STB=0.505878;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0223575;OID=.;OPOS=25435758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:57:28:28:0.329412:14:14:29:24:14:14:29:28 chr6 25511008 . C CAT 329.78 PASS AF=0.59322;AO=22;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.168013;FXX=0.0327815;HRUN=0;LEN=2;MLLD=160.939;QD=22.3577;RBI=0.168709;REFB=-0.0176291;REVB=0.0153162;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303746;STB=0.575299;STBP=0.17;TYPE=ins;VARB=0.0136853;OID=.;OPOS=25511009;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59322:22:58:35:59:24:14:21:14:10:99:27:7:15:17:10 chr6 25605091 . G A 468.49 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00384902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7747;QD=18.019;RBI=0.0481404;REFB=0.0044657;REVB=0.0479863;RO=54;SAF=24;SAR=26;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857491;STB=0.547545;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00590586;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:26:24:21:33:26:24:21:33 chr6 25726621 . C T 1582.88 PASS AF=0.572;AO=143;DP=250;FAO=143;FDP=250;FR=.;FRO=107;FSAF=63;FSAR=80;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=-0.019321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.566;QD=25.326;RBI=0.0218747;REFB=-0.0298836;REVB=-0.0102568;RO=107;SAF=63;SAR=80;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00642603;STB=0.503487;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.019147;OID=.;OPOS=25726621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:107:107:143:143:0.572:80:63:48:59:80:63:48:59 chr6 25726675 . G A 488.44 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.00725835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.102;QD=15.2638;RBI=0.00815561;REFB=-0.00948459;REVB=-0.00371892;RO=73;SAF=18;SAR=36;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863581;STB=0.545437;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0108949;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:73:74:54:54:0.421875:36:18:30:43:36:18:30:44 chr6 25727265 . C T 525.43 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=134;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.00458369;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.706;QD=15.8025;RBI=0.0214778;REFB=-0.0157973;REVB=-0.020983;RO=77;SAF=28;SAR=29;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156479;STB=0.505011;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0190205;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:77:76:57:57:0.428571:29:28:39:38:29:28:38:38 chr6 25727334 . C T 830.76 PASS AF=0.485714;AO=85;DP=175;FAO=85;FDP=175;FR=.;FRO=90;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=-0.00474701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3931;QD=18.9887;RBI=0.0602779;REFB=0.0204016;REVB=-0.0600907;RO=86;SAF=47;SAR=38;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155767;STB=0.518767;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0170544;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:86:90:85:85:0.485714:38:47:49:37:38:47:53:37 chr6 25727517 . G A 245.72 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0339848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.557;QD=20.0587;RBI=0.0341332;REFB=0.00223784;REVB=0.00317962;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00666255;STB=0.532844;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00197138;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:25:24:24:0.489796:14:10:9:13:14:10:12:13 chr6 25769349 . T C 391.69 PASS AF=0.394958;AO=46;DP=114;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0497018;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6059;QD=13.1659;RBI=0.0970853;REFB=-0.0153921;REVB=-0.0833983;RO=68;SAF=13;SAR=33;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261602;STB=0.614379;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0242219;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:68:72:46:47:0.394958:33:13:35:33:33:14:34:38 chr6 25813150 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.691;QD=58.2385;RBI=0.0688891;REFB=0;REVB=0.0107114;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177289;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr6 25849620 . A G 1622.44 PASS AF=0.965217;AO=111;DP=115;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0236855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2185;QD=56.4327;RBI=0.0279103;REFB=-0.0106735;REVB=0.0147642;RO=3;SAF=57;SAR=54;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243288;STB=0.508234;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=3.84587e-05;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:115:115:3:4:111:111:0.965217:54:57:3:0:54:57:3:1 chr6 25850845 . C T 280.58 PASS AF=0.296875;AO=38;DP=128;FAO=38;FDP=128;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.00752309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.944;QD=8.76797;RBI=0.00993769;REFB=0.00517533;REVB=0.00649313;RO=89;SAF=15;SAR=23;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535335;STB=0.535998;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0125541;OID=.;OPOS=25850845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:89:90:38:38:0.296875:23:15:39:50:23:15:40:50 chr6 25862466 . C T 1656.01 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394986;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.54;QD=60.2185;RBI=0.040571;REFB=0;REVB=0.00926674;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45217e-05;OID=.;OPOS=25862466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:59:50:0:0:60:50:0:0 chr6 25914801 . G A 401.91 PASS AF=0.369231;AO=48;DP=128;FAO=48;FDP=130;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0102721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.418;QD=12.3665;RBI=0.0816881;REFB=0.00514886;REVB=-0.0810397;RO=78;SAF=32;SAR=16;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161677;STB=0.594554;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.0113571;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:78:82:48:48:0.369231:16:32:41:37:16:32:43:39 chr6 25914853 . G A 824.61 PASS AF=0.584615;AO=76;DP=130;FAO=76;FDP=130;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.015642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.031;QD=25.3725;RBI=0.0175298;REFB=-0.00140758;REVB=-0.00791339;RO=54;SAF=39;SAR=37;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182491;STB=0.509928;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.000984123;OID=.;OPOS=25914853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:54:54:76:76:0.584615:37:39:29:25:37:39:29:25 chr6 25914901 . G A 335.31 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00216838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.92;QD=12.1932;RBI=0.0109388;REFB=-0.00151517;REVB=-0.0107218;RO=67;SAF=21;SAR=20;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538709;STB=0.521266;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00198238;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:69:41:41:0.372727:20:21:31:36:20:21:33:36 chr6 25916979 . C T 506.81 PASS AF=0.393333;AO=59;DP=153;FAO=59;FDP=150;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.00772022;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.433;QD=13.515;RBI=0.0165503;REFB=-0.00465371;REVB=-0.0146394;RO=83;SAF=33;SAR=26;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180599;STB=0.532852;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00564285;OID=.;OPOS=25916979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:150:83:91:59:59:0.393333:26:33:45:38:26:33:46:45 chr6 25925987 . G A 1401.85 PASS AF=0.552743;AO=131;DP=237;FAO=131;FDP=237;FR=.;FRO=106;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0214754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5358;QD=23.66;RBI=0.0214785;REFB=0.0285571;REVB=0.000362593;RO=105;SAF=65;SAR=66;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00856215;STB=0.502512;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0244182;OID=.;OPOS=25925987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:105:106:131:131:0.552743:66:65:51:54:66:65:52:54 chr6 26017542 . T C 1066.65 PASS AF=0.522167;AO=106;DP=203;FAO=106;FDP=203;FR=.;FRO=97;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=0.0178824;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=306.706;QD=21.0177;RBI=0.0184356;REFB=-0.0149977;REVB=0.00448223;RO=97;SAF=44;SAR=62;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159488;STB=0.587279;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0124665;OID=.;OPOS=26017542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:97:97:106:106:0.522167:62:44:58:39:62:44:58:39 chr6 26027433 . G A 288.51 PASS AF=0.319328;AO=38;DP=118;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=0.0171532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.581;QD=9.69791;RBI=0.0193687;REFB=-0.00155196;REVB=0.0089953;RO=80;SAF=13;SAR=25;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101844;STB=0.511939;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00295363;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:80:81:38:38:0.319328:25:13:28:52:25:13:29:52 chr6 26033506 . G A 3477.6 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000379815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.791;QD=62.3785;RBI=0.0100512;REFB=0;REVB=-0.010044;RO=0;SAF=113;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2172e-05;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:223:0:0:220:223:1:107:113:0:0:107:116:0:0 chr6 26044369 . A G 2620.42 PASS AF=0.994152;AO=169;DP=170;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00217438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.343;QD=61.2963;RBI=0.0399846;REFB=-0.0202752;REVB=0.0399255;RO=1;SAF=83;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550223;STB=0.50289;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=5.01108e-05;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:171:1:1:169:170:0.994152:86:83:0:1:86:84:0:1 chr6 26044373 . C T 1197.47 PASS AF=0.664557;AO=105;DP=158;FAO=105;FDP=158;FR=.;FRO=53;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0320442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.762;QD=30.3157;RBI=0.0598793;REFB=0.0269318;REVB=-0.0505836;RO=52;SAF=53;SAR=52;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00293245;STB=0.504761;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0121647;OID=.;OPOS=26044373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:52:53:105:105:0.664557:52:53:26:26:52:53:26:27 chr6 26045905 . G C 742.0 PASS AF=0.514286;AO=71;DP=139;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.021765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2036;QD=21.2;RBI=0.0994462;REFB=0.00561165;REVB=0.0970352;RO=68;SAF=29;SAR=42;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108758;STB=0.562357;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00603049;OID=.;OPOS=26045905;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:68:68:71:72:0.514286:42:29:36:32:43:29:36:32 chr6 26045929 . T C 2031.28 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000864257;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1214;QD=62.5009;RBI=0.00167734;REFB=0;REVB=0.00143754;RO=0;SAF=64;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133568;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:66:64:0:0:66:64:0:0 chr6 26056549 . A G 2979.1 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000987942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.418;QD=63.3851;RBI=0.00765108;REFB=0;REVB=0.00758703;RO=0;SAF=120;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00451e-06;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:187:188:1:67:120:0:0:67:121:0:0 chr6 26091179 . C G 1000.37 PASS AF=0.422053;AO=111;DP=263;FAO=111;FDP=263;FR=.;FRO=152;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=70;FSRR=82;FWDB=-0.023946;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1248;QD=15.2147;RBI=0.0252277;REFB=-0.00450531;REVB=-0.00793901;RO=151;SAF=53;SAR=58;SRF=70;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144162;STB=0.509824;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00520871;OID=.;OPOS=26091179;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:151:152:111:111:0.422053:58:53:70:81:58:53:70:82 chr6 26093180 . T C 453.89 PASS AF=0.523256;AO=44;DP=87;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.032945;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7607;QD=21.1109;RBI=0.0480909;REFB=-0.0384502;REVB=0.0350337;RO=39;SAF=6;SAR=38;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148541;STB=0.578596;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0318264;OID=.;OPOS=26093180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:39:41:44:45:0.523256:38:6:9:30:39:6:9:32 chr6 26096748 . G C 888.36 PASS AF=0.606061;AO=80;DP=132;FAO=80;FDP=132;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0157746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.143;QD=26.92;RBI=0.0160821;REFB=-0.0149314;REVB=-0.00312975;RO=50;SAF=34;SAR=46;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539438;STB=0.529946;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0099681;OID=.;OPOS=26096748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:50:52:80:80:0.606061:46:34:25:25:46:34:26:26 chr6 26104355 . G A 686.38 PASS AF=0.388626;AO=80;DP=207;FAO=82;FDP=211;FR=.;FRO=129;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=-0.00332481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0637;QD=13.012;RBI=0.0549401;REFB=0.00486697;REVB=-0.0548394;RO=124;SAF=42;SAR=38;SRF=61;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357093;STB=0.519293;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00948314;OID=.;OPOS=26104355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:211:124:129:80:82:0.388626:38:42:61:63:40:42:62:67 chr6 26184041 . A G 590.94 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0281467;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.6131;QD=24.3688;RBI=0.0445128;REFB=0.0109098;REVB=-0.0344841;RO=42;SAF=27;SAR=27;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760922;STB=0.536069;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0102744;OID=.;OPOS=26184041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:42:43:54:54:0.556701:27:27:25:17:27:27:25:18 chr6 26184102 . G A 599.5 PASS AF=0.429487;AO=67;DP=155;FAO=67;FDP=156;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.00215359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.347;QD=15.3719;RBI=0.0375317;REFB=-0.0334219;REVB=0.0374699;RO=87;SAF=41;SAR=26;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121396;STB=0.568423;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0388772;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:87:89:67:67:0.429487:26:41:43:44:26:41:44:45 chr6 26189305 . C T 466.93 PASS AF=0.455357;AO=49;DP=109;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0105728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.052;QD=16.676;RBI=0.010635;REFB=0.00607018;REVB=-0.00114899;RO=60;SAF=20;SAR=29;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00833722;STB=0.51199;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00494742;OID=.;OPOS=26189305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:60:61:49:51:0.455357:29:20:24:36:29:22:25:36 chr6 26199222 . G A 2397.66 PASS AF=0.600551;AO=217;DP=362;FAO=218;FDP=363;FR=.;FRO=145;FSAF=92;FSAR=126;FSRF=71;FSRR=74;FWDB=0.0737275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0125;QD=26.4205;RBI=0.0741852;REFB=0.0199009;REVB=-0.00822752;RO=145;SAF=91;SAR=126;SRF=72;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581891;STB=0.527451;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0132293;OID=.;OPOS=26199222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:363:145:145:217:218:0.600551:126:91:72:73:126:92:71:74 chr6 26199822 . A G 938.42 PASS AF=0.431624;AO=101;DP=234;FAO=101;FDP=234;FR=.;FRO=133;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=79;FWDB=0.00463783;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=267.349;QD=16.0413;RBI=0.00467244;REFB=-0.0175257;REVB=0.000567617;RO=127;SAF=55;SAR=46;SRF=49;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158208;STB=0.57825;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0179096;OID=.;OPOS=26199822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:127:133:101:101:0.431624:46:55:49:78:46:55:54:79 chr6 26200083 . A G 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.311;QD=58.7809;RBI=0.00438636;REFB=0;REVB=-0.00387175;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37795e-05;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr6 26200256 . C T 527.51 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.0057153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.424;QD=20.8914;RBI=0.0681041;REFB=0.000345906;REVB=-0.0678639;RO=47;SAF=28;SAR=25;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132075;STB=0.576532;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0004628;OID=.;OPOS=26200256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:48:53:53:0.524752:25:28:32:15:25:28:33:15 chr6 26200677 . A G 171.05 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0477832;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.044;QD=16.6875;RBI=0.0484712;REFB=-0.00220192;REVB=0.00813791;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098029;STB=0.555495;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00543725;OID=.;OPOS=26200677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:23:17:18:0.439024:9:8:9:15:10:8:8:15 chr6 26200707 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0244251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.505;QD=14.1699;RBI=0.0244937;REFB=0.00778426;REVB=-0.00183204;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305863;STB=0.660047;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0136288;OID=.;OPOS=26200707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:7:3:7:4:7:3:7:5 chr6 26205204 . C T 625.43 PASS AF=0.376963;AO=71;DP=193;FAO=72;FDP=191;FR=.;FRO=119;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=79;FWDB=-0.00659188;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.875;QD=13.098;RBI=0.00805331;REFB=-0.0043369;REVB=0.00462633;RO=120;SAF=37;SAR=34;SRF=41;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198318;STB=0.610125;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0105039;OID=.;OPOS=26205204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:191:120:119:71:72:0.376963:34:37:41:79:35:37:40:79 chr6 26205293 . G A 791.33 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404229;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.103;QD=64.5987;RBI=0.0414347;REFB=0;REVB=0.00910064;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130668;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr6 26205356 . T A 76.33 PASS AF=0.4;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00791607;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=228.171;QD=12.2134;RBI=0.0187565;REFB=-0.0190468;REVB=-0.0170042;RO=2;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586432;STB=0.655949;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0208601;OID=.;OPOS=26205356;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:22:25:2:15:9:10:0.4:3:6:1:1:4:6:5:10 chr6 26205500 . C T 270.67 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00281247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1423;QD=16.9171;RBI=0.0165094;REFB=0.0142527;REVB=-0.016268;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101576;STB=0.548824;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0127761;OID=.;OPOS=26205500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:34:30:30:0.46875:14:16:14:19:14:16:15:19 chr6 26205604 . C T 689.21 PASS AF=0.544715;AO=64;DP=120;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=49;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=14;FWDB=0.00361893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.656;QD=22.4133;RBI=0.0146238;REFB=-0.00870874;REVB=0.014169;RO=56;SAF=46;SAR=18;SRF=42;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334307;STB=0.510914;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00722308;OID=.;OPOS=26205604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:56:56:64:67:0.544715:18:46:42:14:18:49:42:14 chr6 26205718 . T C 317.93 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0117999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.36;QD=15.5088;RBI=0.0239006;REFB=-0.00770201;REVB=-0.0207846;RO=47;SAF=23;SAR=12;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155385;STB=0.587969;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00814379;OID=.;OPOS=26205718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:12:23:24:23:12:23:24:23 chr6 26205939 . A AG 425.18 PASS AF=0.6;AO=56;DP=105;FAO=60;FDP=100;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0922764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.0044;QD=17.0072;RBI=0.096018;REFB=0.0135109;REVB=-0.0265426;RO=47;SAF=31;SAR=25;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712544;STB=0.53011;STBP=0.456;TYPE=ins;VARB=-0.014396;OID=.;OPOS=26205940;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:56:105:60:100:40:33:27:19:21:99:47:31:25:22:25 chr6 26216656 . T C 1377.98 PASS AF=0.509294;AO=137;DP=266;FAO=137;FDP=269;FR=.;FRO=132;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=69;FSRR=63;FWDB=-0.0467032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0709;QD=20.4905;RBI=0.054137;REFB=-0.0172528;REVB=0.0273792;RO=129;SAF=61;SAR=76;SRF=66;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591088;STB=0.53815;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0174059;OID=.;OPOS=26216656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:269:129:132:137:137:0.509294:76:61:66:63:76:61:69:63 chr6 26234883 . A G 843.47 PASS AF=0.535032;AO=82;DP=156;FAO=84;FDP=157;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0279857;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.407;QD=21.4898;RBI=0.0312682;REFB=-0.0138989;REVB=0.0139464;RO=74;SAF=40;SAR=42;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806236;STB=0.540502;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0117813;OID=.;OPOS=26234883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:74:73:82:84:0.535032:42:40:43:31:43:41:42:31 chr6 26234952 . A G 605.46 PASS AF=0.516949;AO=60;DP=118;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0413147;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.561;QD=20.5242;RBI=0.0459885;REFB=-0.0158358;REVB=-0.0202001;RO=56;SAF=33;SAR=27;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10628;STB=0.565702;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0149193;OID=.;OPOS=26234952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:57:60:61:0.516949:27:33:24:32:27:34:24:33 chr6 26247198 . A G 377.17 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.01957;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.106;QD=18.1766;RBI=0.0254258;REFB=-0.00941071;REVB=0.0162323;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358647;STB=0.532451;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00807673;OID=.;OPOS=26247198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:42:44:39:39:0.46988:21:18:21:21:21:18:23:21 chr6 26285503 . C T 3049.42 PASS AF=0.989744;AO=192;DP=194;FAO=193;FDP=195;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00228189;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.297;QD=62.5521;RBI=0.00289628;REFB=-0.152296;REVB=-0.00178365;RO=2;SAF=92;SAR=100;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102386;STB=0.505376;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=6.89735e-05;OID=.;OPOS=26285503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:194:195:2:2:192:193:0.989744:100:92:2:0:101:92:2:0 chr6 26285560 . A G 3025.43 PASS AF=0.989691;AO=192;DP=195;FAO=192;FDP=194;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0293242;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.207;QD=62.38;RBI=0.0498749;REFB=-0.0846621;REVB=0.0403435;RO=2;SAF=93;SAR=99;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101297;STB=0.505319;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000362761;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:195:194:2:2:192:192:0.989691:99:93:2:0:99:93:2:0 chr6 26285683 . T C 1598.67 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.536;QD=59.7632;RBI=0.112608;REFB=0;REVB=0.0119586;RO=0;SAF=8;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106762;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:93:107:0:0:93:107:1:85:8:0:0:85:22:0:0 chr6 26285759 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.276;QD=60.9781;RBI=0.0564595;REFB=0;REVB=-0.00478996;RO=0;SAF=4;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170983;OID=.;OPOS=26285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:35:4:0:0:35:4:0:0 chr6 26286748 . C T 1559.16 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0290039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.992;QD=57.7467;RBI=0.0633589;REFB=-0.0220002;REVB=-0.0563305;RO=1;SAF=65;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114343;STB=0.502207;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000122914;OID=.;OPOS=26286748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:1:2:106:106:0.981481:41:65:0:1:41:65:1:1 chr6 26299899 . G GT 2610.19 PASS AF=1;AO=43;DP=371;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=228;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175254;FXX=0.20911;HRUN=0;LEN=1;MLLD=34.5953;QD=35.3924;RBI=0.175414;REFB=0;REVB=0.00749587;RO=318;SAF=35;SAR=8;SRF=192;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305424;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00536903;OID=.;OPOS=26299900;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:371:295:295:0:228:67:0:0:16:318:35:8:192:126 chr6 26299900 . C G,T 5570.9 PASS AF=0.122283,0.877717;AO=44,317;DP=362;FAO=45,323;FDP=368;FR=.;FRO=0;FSAF=36,194;FSAR=9,129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189977,-0.00877487;FXX=0.0134045;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.192,46.7369;QD=60.5532;RBI=0.0190332,0.0377735;REFB=0,0;REVB=0.0011608,-0.0367402;RO=0;SAF=35,191;SAR=9,126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.53238e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0267165,0.00027553;OID=.,.;OPOS=26299900,26299900;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:362:368:0:0:44,317:45,323:0.122283,0.877717:9,126:35,191:0:0:9,129:36,194:0:0 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 887.14 PASS AF=0.71028;AO=76;DP=109;FAO=76;FDP=107;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00416831;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=16;MLLD=376.944;QD=33.1641;RBI=0.00603594;REFB=-0.00137748;REVB=0.00436553;RO=31;SAF=29;SAR=47;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16189;STB=0.587037;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.000460891;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.71028:76:109:76:107:31:29:47:21:10:99:31:29:47:21:10 chr6 26305796 . C T 1352.13 PASS AF=0.9375;AO=90;DP=96;FAO=90;FDP=96;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0633395;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7342;QD=56.3389;RBI=0.0636351;REFB=-0.0315904;REVB=-0.00612598;RO=4;SAF=31;SAR=59;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310525;STB=0.524188;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00648811;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:96:96:4:6:90:90:0.9375:59:31:0:4:59:31:0:6 chr6 26305801 . C G 1436.02 PASS AF=0.96875;AO=91;DP=97;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0170307;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.727;QD=59.8341;RBI=0.0274426;REFB=-0.0216255;REVB=0.0215187;RO=3;SAF=29;SAR=62;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022383;STB=0.511809;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000344975;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:96:3:3:91:93:0.96875:62:29:0:3:62:31:0:3 chr6 26311503 . G A 1025.49 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00037229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.949;QD=55.4319;RBI=0.00222097;REFB=0.016433;REVB=-0.00218954;RO=3;SAF=32;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422864;STB=0.522382;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.000121873;OID=.;OPOS=26311503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:3:3:71:71:0.959459:39:32:3:0:39:32:3:0 chr6 26319404 . G A 2273.17 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0451217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.309;QD=60.2164;RBI=0.0481012;REFB=0.041416;REVB=-0.016666;RO=1;SAF=52;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00482929;STB=0.502538;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000241952;OID=.;OPOS=26319404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:150:150:0.993377:98:52:0:1:98:52:0:1 chr6 26327810 . G C 2464.31 PASS AF=0.981928;AO=163;DP=166;FAO=163;FDP=166;FR=.;FRO=3;FSAF=108;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00405512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.655;QD=59.381;RBI=0.0122286;REFB=-0.0699399;REVB=0.0115367;RO=3;SAF=108;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000157224;STB=0.500083;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00116504;OID=.;OPOS=26327810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:166:166:3:3:163:163:0.981928:55:108:2:1:55:108:2:1 chr6 26365595 . T C 928.76 PASS AF=0.54878;AO=90;DP=165;FAO=90;FDP=164;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.00849351;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.099;QD=22.6528;RBI=0.00850064;REFB=0.00599919;REVB=-0.000348184;RO=74;SAF=39;SAR=51;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219085;STB=0.511961;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00441098;OID=.;OPOS=26365595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:74:74:90:90:0.54878:51:39:34:40:51:39:34:40 chr6 26368938 . C T 309.45 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0127686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.836;QD=11.902;RBI=0.0138832;REFB=-0.00110733;REVB=0.00545045;RO=66;SAF=15;SAR=23;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510661;STB=0.529273;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00192802;OID=.;OPOS=26368938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:66:38:38:0.365385:23:15:29:37:23:15:29:37 chr6 26370605 . T C 1374.12 PASS AF=0.5;AO=137;DP=274;FAO=137;FDP=274;FR=.;FRO=137;FSAF=82;FSAR=55;FSRF=71;FSRR=66;FWDB=0.00605416;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.244;QD=20.0601;RBI=0.0142187;REFB=0.00243536;REVB=-0.0128654;RO=137;SAF=82;SAR=55;SRF=71;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748599;STB=0.541086;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00233748;OID=.;OPOS=26370605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:137:137:137:137:0.5:55:82:71:66:55:82:71:66 chr6 26370707 . T C 1498.36 PASS AF=0.508711;AO=145;DP=288;FAO=146;FDP=287;FR=.;FRO=141;FSAF=58;FSAR=88;FSRF=57;FSRR=84;FWDB=0.0180648;FXX=0.00692018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.01;QD=20.883;RBI=0.0312536;REFB=-0.0198104;REVB=0.0255039;RO=140;SAF=57;SAR=88;SRF=56;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647342;STB=0.503582;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0182533;OID=.;OPOS=26370707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:287:140:141:145:146:0.508711:88:57:56:84:88:58:57:84 chr6 26370748 . G A 1302.89 PASS AF=0.523013;AO=123;DP=237;FAO=125;FDP=239;FR=.;FRO=114;FSAF=45;FSAR=80;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=-0.0207687;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.534;QD=21.8057;RBI=0.0225091;REFB=-0.0204502;REVB=0.00867873;RO=114;SAF=45;SAR=78;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674615;STB=0.539766;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0150735;OID=.;OPOS=26370748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:239:114:114:123:125:0.523013:78:45:50:64:80:45:50:64 chr6 26374549 . T C 262.29 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.00133101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.358;QD=12.6403;RBI=0.00140757;REFB=-0.00813307;REVB=-0.000457884;RO=52;SAF=8;SAR=23;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116622;STB=0.567317;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0200429;OID=.;OPOS=26374549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:23:8:18:34:23:8:18:34 chr6 26390963 . C T 1331.69 PASS AF=0.467354;AO=136;DP=291;FAO=136;FDP=291;FR=.;FRO=155;FSAF=78;FSAR=58;FSRF=89;FSRR=66;FWDB=-0.0244775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.409;QD=18.305;RBI=0.0662012;REFB=-0.00748409;REVB=-0.0615098;RO=154;SAF=78;SAR=58;SRF=89;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00432662;STB=0.500362;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00820377;OID=.;OPOS=26390963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:154:155:136:136:0.467354:58:78:89:65:58:78:89:66 chr6 26391005 . C A 1545.71 PASS AF=0.487578;AO=147;DP=314;FAO=157;FDP=322;FR=.;FRO=165;FSAF=94;FSAR=63;FSRF=94;FSRR=71;FWDB=0.0106635;FXX=0.00617265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.273;QD=19.2014;RBI=0.0131725;REFB=-0.0128471;REVB=0.00773337;RO=165;SAF=93;SAR=54;SRF=94;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637016;STB=0.515383;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0138214;OID=.;OPOS=26391005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:322:165:165:147:157:0.487578:54:93:94:71:63:94:94:71 chr6 26393021 . G A 3916.54 PASS AF=1;AO=245;DP=250;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271913;FXX=0.0199992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.595;QD=63.9436;RBI=0.0326121;REFB=0.0437623;REVB=-0.0180051;RO=1;SAF=131;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201415;OID=.;OPOS=26393021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:250:245:1:0:245:245:1:114:131:1:0:114:131:0:0 chr6 26405835 . G A 1089.61 PASS AF=0.609756;AO=96;DP=161;FAO=100;FDP=164;FR=.;FRO=64;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0754901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0016;QD=26.5759;RBI=0.0892768;REFB=-0.0523571;REVB=0.0476612;RO=64;SAF=55;SAR=41;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089001;STB=0.541883;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0448726;OID=.;OPOS=26405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:64:64:96:100:0.609756:41:55:29:35:44:56:29:35 chr6 26406255 . G A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.017827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.773;QD=13.7844;RBI=0.0178338;REFB=-0.0163147;REVB=-0.000491829;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13115;STB=0.574897;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0248971;OID=.;OPOS=26406255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:11:12:13:20:11:12:13:20 chr6 26410227 . G A 1483.43 PASS AF=0.621495;AO=132;DP=212;FAO=133;FDP=214;FR=.;FRO=81;FSAF=75;FSAR=58;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-5.75894e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4288;QD=27.7277;RBI=0.0347075;REFB=0.00127187;REVB=0.0347074;RO=78;SAF=74;SAR=58;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774052;STB=0.545428;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.000718939;OID=.;OPOS=26410227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:78:81:132:133:0.621495:58:74:35:43:58:75:36:45 chr6 26413744 . C A 1155.84 PASS AF=0.530516;AO=110;DP=205;FAO=113;FDP=213;FR=.;FRO=100;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.00737013;FXX=0.0318167;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.408;QD=21.7059;RBI=0.0203718;REFB=-0.00907208;REVB=-0.0189918;RO=94;SAF=49;SAR=61;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910334;STB=0.536567;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0101605;OID=.;OPOS=26413744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:213:94:100:110:113:0.530516:61:49:52:42:63:50:52:48 chr6 26422336 . T C 332.25 PASS AF=0.33871;AO=34;DP=117;FAO=42;FDP=124;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=0.00436139;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.539;QD=10.7176;RBI=0.00608621;REFB=-0.0238934;REVB=-0.00424503;RO=83;SAF=28;SAR=6;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318459;STB=0.570257;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0576665;OID=.;OPOS=26422336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:124:83:82:34:42:0.33871:6:28:51:32:12:30:51:31 chr6 26422354 . C T 318.57 PASS AF=0.325397;AO=41;DP=126;FAO=41;FDP=126;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.00933409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.505;QD=10.1135;RBI=0.0219244;REFB=-0.0106072;REVB=-0.0198381;RO=85;SAF=30;SAR=11;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203035;STB=0.618631;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0271894;OID=.;OPOS=26422354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:85:85:41:41:0.325397:11:30:49:36:11:30:49:36 chr6 26423317 . G A 1998.46 PASS AF=0.546784;AO=187;DP=341;FAO=187;FDP=342;FR=.;FRO=155;FSAF=58;FSAR=129;FSRF=58;FSRR=97;FWDB=0.00410188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.157;QD=23.3738;RBI=0.0234773;REFB=-0.0426277;REVB=-0.0231162;RO=150;SAF=58;SAR=129;SRF=56;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589192;STB=0.533054;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0365173;OID=.;OPOS=26423317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:342:150:155:187:187:0.546784:129:58:56:94:129:58:58:97 chr6 26426487 . G A 625.4 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00591378;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.331;QD=23.1628;RBI=0.00921034;REFB=0.00749371;REVB=-0.00706098;RO=47;SAF=27;SAR=34;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104913;STB=0.557358;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00565574;OID=.;OPOS=26426487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:61:61:0.564815:34:27:27:20:34:27:27:20 chr6 26426513 . C T 464.67 PASS AF=0.371795;AO=54;DP=149;FAO=58;FDP=156;FR=.;FRO=98;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.00740244;FXX=0.0370348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.48;QD=11.9146;RBI=0.0183893;REFB=-0.00419589;REVB=-0.0168336;RO=82;SAF=27;SAR=27;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528088;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00799569;OID=.;OPOS=26426513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:156:82:98:54:58:0.371795:27:27:41:41:27:31:48:50 chr6 26430981 . A G 249.69 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0111247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.768;QD=18.4959;RBI=0.043616;REFB=-0.00271606;REVB=0.0421735;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426759;STB=0.519299;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00304186;OID=.;OPOS=26430981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:27:27:27:0.5:11:16:16:9:11:16:17:10 chr6 26431033 . C G 96.12 PASS AF=0.178947;AO=16;DP=94;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0137024;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.553;QD=4.04729;RBI=0.0137107;REFB=-5.06466e-06;REVB=-0.00047634;RO=72;SAF=12;SAR=4;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232813;STB=0.683978;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00263946;OID=.;OPOS=26431033;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:94:95:72:78:16:17:0.178947:4:12:42:30:4:13:44:34 chr6 26431340 . A G 709.65 PASS AF=0.557377;AO=66;DP=121;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0152267;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.266;QD=23.2671;RBI=0.0224331;REFB=-0.00225875;REVB=-0.016474;RO=54;SAF=31;SAR=35;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208647;STB=0.511625;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00179804;OID=.;OPOS=26431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:54:54:66:68:0.557377:35:31:24:30:36:32:24:30 chr6 26443853 . C A 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.017722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.509;QD=19.0234;RBI=0.0210703;REFB=-0.0334222;REVB=-0.0113968;RO=35;SAF=13;SAR=22;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182007;STB=0.601433;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0413726;OID=.;OPOS=26443853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:22:13:20:15:22:13:20:15 chr6 26446209 . C T 716.77 PASS AF=0.581197;AO=68;DP=117;FAO=68;FDP=117;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00482107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.692;QD=24.5049;RBI=0.0286046;REFB=0.0023585;REVB=-0.0281954;RO=49;SAF=23;SAR=45;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753313;STB=0.541119;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00158363;OID=.;OPOS=26446209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:49:49:68:68:0.581197:45:23:21:28:45:23:21:28 chr6 26466225 . A C 2803.48 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0771;QD=62.6475;RBI=0.00185359;REFB=0;REVB=-0.000215462;RO=0;SAF=86;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72829e-05;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:179:0:0:176:179:1:90:86:0:0:92:87:0:0 chr6 26501897 . T C 1142.94 PASS AF=0.461832;AO=117;DP=261;FAO=121;FDP=262;FR=.;FRO=141;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=77;FSRR=64;FWDB=-0.00274055;FXX=0.0113203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.653;QD=17.4495;RBI=0.00584524;REFB=-0.0122283;REVB=-0.00516297;RO=143;SAF=55;SAR=62;SRF=79;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816374;STB=0.531446;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0138567;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:143:141:117:121:0.461832:62:55:79:64:62:59:77:64 chr6 26505362 . G A 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00514107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6805;QD=14.8588;RBI=0.0243607;REFB=0.0214929;REVB=-0.023812;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912949;STB=0.551693;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0147731;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:18:15:25:21:18:15:25:21 chr6 26505403 . C A 223.89 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00469232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7195;QD=19.4683;RBI=0.0053435;REFB=-0.0196126;REVB=0.00255639;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142702;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:22:22:0.478261:11:11:12:11:11:11:12:12 chr6 26509330 . C G 447.85 PASS AF=0.366197;AO=52;DP=141;FAO=52;FDP=142;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=58;FWDB=-0.0483144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1326;QD=12.6154;RBI=0.051345;REFB=-0.00855331;REVB=-0.017379;RO=77;SAF=28;SAR=24;SRF=19;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305514;STB=0.614519;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0214803;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:77:90:52:52:0.366197:24:28:19:58:24:28:32:58 chr6 26521435 . C G 1109.91 PASS AF=0.421603;AO=120;DP=286;FAO=121;FDP=287;FR=.;FRO=166;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=74;FSRR=92;FWDB=-0.00238658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.856;QD=15.4691;RBI=0.0198499;REFB=-0.0112466;REVB=-0.0197059;RO=164;SAF=65;SAR=55;SRF=73;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998521;STB=0.557513;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0153252;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:287:164:166:120:121:0.421603:55:65:73:91:55:66:74:92 chr6 26521520 . T C 955.66 PASS AF=0.394928;AO=109;DP=276;FAO=109;FDP=276;FR=.;FRO=167;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=63;FSRR=104;FWDB=0.00387067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.329;QD=13.8502;RBI=0.0251014;REFB=0.00412118;REVB=0.0248012;RO=166;SAF=47;SAR=62;SRF=63;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572447;STB=0.533573;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00591741;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:166:167:109:109:0.394928:62:47:63:103:62:47:63:104 chr6 26538268 . T C 174.52 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00568516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.298;QD=8.21253;RBI=0.0182109;REFB=-0.00920188;REVB=0.0173008;RO=60;SAF=11;SAR=13;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302627;STB=0.523271;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0155865;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:60:61:24:24:0.282353:13:11:26:34:13:11:26:35 chr6 26545632 . G A 158.57 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0238059;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5349;QD=8.13184;RBI=0.0691194;REFB=-0.00977206;REVB=-0.0648905;RO=57;SAF=8;SAR=14;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940897;STB=0.561986;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0191707;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:57:56:22:22:0.282051:14:8:25:32:14:8:25:31 chr6 26546048 . C T 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00726692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.296;QD=14.1961;RBI=0.0081027;REFB=-0.00697769;REVB=-0.00358409;RO=30;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153618;STB=0.584833;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00909015;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:23:23:0.418182:11:12:11:19:11:12:12:20 chr6 26546808 . T C 213.14 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0294055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.359;QD=12.5373;RBI=0.03493;REFB=0.00103236;REVB=0.0188528;RO=42;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258706;STB=0.646955;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00148291;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:13:13:11:31:13:13:11:31 chr6 26553815 . C G 502.02 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0201308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0925;QD=22.067;RBI=0.0263137;REFB=0.00192772;REVB=0.0169458;RO=43;SAF=20;SAR=28;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823619;STB=0.545435;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00141197;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:28:20:22:21:28:20:22:21 chr6 26554426 . T C 948.39 PASS AF=0.544379;AO=92;DP=169;FAO=92;FDP=169;FR=.;FRO=77;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.00351975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6252;QD=22.4471;RBI=0.0433987;REFB=-0.0163059;REVB=0.0432557;RO=77;SAF=45;SAR=47;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506198;STB=0.527632;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0135044;OID=.;OPOS=26554426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:77:77:92:92:0.544379:47:45:33:44:47:45:33:44 chr6 26555484 . A G 574.27 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.00667079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.282;QD=16.5258;RBI=0.0385051;REFB=0.00243597;REVB=0.0379228;RO=77;SAF=24;SAR=37;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00401786;STB=0.502344;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00312301;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:77:78:61:61:0.438849:37:24:30:47:37:24:31:47 chr6 26556769 . G T 855.62 PASS AF=0.411255;AO=95;DP=231;FAO=95;FDP=231;FR=.;FRO=136;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=61;FSRR=75;FWDB=-0.00450695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.079;QD=14.8159;RBI=0.00718911;REFB=-0.0203056;REVB=-0.00560095;RO=135;SAF=46;SAR=49;SRF=61;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340407;STB=0.521052;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0275722;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:135:136:95:95:0.411255:49:46:61:74:49:46:61:75 chr6 26572165 . G T 572.17 PASS AF=0.435714;AO=61;DP=138;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.000785882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.224;QD=16.3478;RBI=0.00177886;REFB=-0.000991814;REVB=-0.00159585;RO=66;SAF=27;SAR=34;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759295;STB=0.50746;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.000985346;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:66:79:61:61:0.435714:34:27:24:42:34:27:36:43 chr6 26575798 . CT C 492.65 PASS AF=0.448113;AO=86;DP=214;FAO=95;FDP=212;FR=.;FRO=117;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=65;FSRR=52;FWDB=-0.0599003;FXX=0.0139528;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.3342;QD=9.29524;RBI=0.0649847;REFB=0.0584851;REVB=-0.0251985;RO=113;SAF=33;SAR=53;SRF=63;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178404;STB=0.556689;STBP=0.139;TYPE=del;VARB=-0.0775946;OID=.;OPOS=26575799;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448113:86:214:95:212:117:43:52:65:52:99:113:33:53:63:50 chr6 26577326 . C A 1146.94 PASS AF=0.434629;AO=121;DP=283;FAO=123;FDP=283;FR=.;FRO=160;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=71;FSRR=89;FWDB=-0.0219644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.104;QD=16.2112;RBI=0.0269737;REFB=-0.0139232;REVB=0.0156571;RO=160;SAF=69;SAR=52;SRF=71;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129447;STB=0.575498;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0190116;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:160:160:121:123:0.434629:52:69:71:89:52:71:71:89 chr6 26577370 . C T 1329.11 PASS AF=0.416901;AO=148;DP=355;FAO=148;FDP=355;FR=.;FRO=207;FSAF=80;FSAR=68;FSRF=90;FSRR=117;FWDB=0.00333986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.467;QD=14.9759;RBI=0.020679;REFB=-0.00312953;REVB=0.0204075;RO=206;SAF=80;SAR=68;SRF=89;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11298;STB=0.561448;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00316341;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:355:206:207:148:148:0.416901:68:80:89:117:68:80:90:117 chr6 26595168 . T C 1075.19 PASS AF=0.330918;AO=126;DP=402;FAO=137;FDP=414;FR=.;FRO=277;FSAF=51;FSAR=86;FSRF=142;FSRR=135;FWDB=0.0261838;FXX=0.00480758;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6515;QD=10.3884;RBI=0.0377995;REFB=-0.0177434;REVB=-0.0272619;RO=273;SAF=40;SAR=86;SRF=140;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240118;STB=0.595558;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0422302;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:414:273:277:126:137:0.330918:86:40:140:133:86:51:142:135 chr6 26597333 . A G 756.84 PASS AF=0.377682;AO=87;DP=232;FAO=88;FDP=233;FR=.;FRO=145;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=66;FSRR=79;FWDB=-0.0140125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.986;QD=12.993;RBI=0.0154058;REFB=0.00308649;REVB=-0.00640231;RO=143;SAF=37;SAR=50;SRF=65;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327456;STB=0.514746;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00492171;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:233:143:145:87:88:0.377682:50:37:65:78:50:38:66:79 chr6 26598188 . A G 908.55 PASS AF=0.492063;AO=82;DP=193;FAO=93;FDP=189;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.0641067;FXX=0.0207243;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.2131;QD=19.2285;RBI=0.150173;REFB=-0.00666269;REVB=-0.135803;RO=72;SAF=44;SAR=38;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431666;STB=0.529512;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00593235;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:189:72:96:82:93:0.492063:38:44:35:37:44:49:45:51 chr6 26701786 . C T 1036.79 PASS AF=0.490741;AO=106;DP=215;FAO=106;FDP=216;FR=.;FRO=110;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=0.0322976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.926;QD=19.1998;RBI=0.0323497;REFB=0.0018041;REVB=-0.00183617;RO=107;SAF=57;SAR=49;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729171;STB=0.546921;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00203093;OID=.;OPOS=26701786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:107:110:106:106:0.490741:49:57:49:58:49:57:49:61 chr6 26745250 . A G 67.79 PASS AF=0.119403;AO=16;DP=135;FAO=16;FDP=134;FR=.;FRO=118;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=0.0117887;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.8;QD=2.02361;RBI=0.0157636;REFB=-0.00210823;REVB=-0.0104651;RO=106;SAF=12;SAR=4;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257554;STB=0.726632;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0208737;OID=.;OPOS=26745250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:135:134:106:118:16:16:0.119403:4:12:59:47:4:12:59:59 chr6 26745257 . G A 72.67 PASS AF=0.120567;AO=17;DP=141;FAO=17;FDP=141;FR=.;FRO=124;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=61;FWDB=-0.0278326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7734;QD=2.0616;RBI=0.0279698;REFB=-0.0133099;REVB=-0.00276657;RO=123;SAF=13;SAR=4;SRF=62;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331307;STB=0.735135;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0247269;OID=.;OPOS=26745257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:141:141:123:124:17:17:0.120567:4:13:62:61:4:13:63:61 chr6 26745260 . A G 71.14 PASS AF=0.118881;AO=16;DP=142;FAO=17;FDP=143;FR=.;FRO=126;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=64;FSRR=62;FWDB=-0.0023519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.521;QD=1.98987;RBI=0.00839868;REFB=-0.000499637;REVB=-0.00806265;RO=119;SAF=12;SAR=4;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283123;STB=0.735562;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00705905;OID=.;OPOS=26745260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:142:143:119:126:16:17:0.118881:4:12:63:56:4:13:64:62 chr6 26745262 . T C 72.05 PASS AF=0.118881;AO=17;DP=142;FAO=17;FDP=143;FR=.;FRO=126;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=64;FSRR=62;FWDB=-0.0156221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3627;QD=2.01539;RBI=0.0177997;REFB=0.00112857;REVB=0.00853112;RO=124;SAF=13;SAR=4;SRF=62;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335077;STB=0.735562;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0130877;OID=.;OPOS=26745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:142:143:124:126:17:17:0.118881:4:13:62:62:4:13:64:62 chr6 26745286 . A G 244.03 PASS AF=0.210526;AO=40;DP=190;FAO=40;FDP=190;FR=.;FRO=150;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=74;FSRR=76;FWDB=0.0548712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.536;QD=5.13738;RBI=0.0557147;REFB=0.000610957;REVB=0.00965819;RO=150;SAF=15;SAR=25;SRF=74;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153194;STB=0.594872;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00470597;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:150:150:40:40:0.210526:25:15:74:76:25:15:74:76 chr6 26745312 . A G 293.07 PASS AF=0.228426;AO=44;DP=197;FAO=45;FDP=197;FR=.;FRO=152;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=71;FSRR=81;FWDB=0.000379362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.428;QD=5.95074;RBI=0.0422539;REFB=0.00261523;REVB=0.0422522;RO=152;SAF=16;SAR=28;SRF=71;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135121;STB=0.589033;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00460268;OID=.;OPOS=26745312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:152:152:44:45:0.228426:28:16:71:81:29:16:71:81 chr6 26758631 . AT GC 36.5 PASS AF=0.0884956;AO=10;DP=114;FAO=10;FDP=113;FR=.;FRO=103;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=-0.00936105;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.811;QD=1.29195;RBI=0.0100341;REFB=5.20673e-05;REVB=-0.0036131;RO=102;SAF=4;SAR=6;SRF=40;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939568;STB=0.511089;STBP=0.964;TYPE=mnp;VARB=-0.000701897;OID=.;OPOS=26758631;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:114:113:102:103:10:10:0.0884956:6:4:40:62:6:4:40:63 chr6 26758634 . ATGC TCAA 39.7 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=107;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=-0.0131322;FXX=0.0280348;HRUN=2;LEN=4;MLLD=222.705;QD=1.52675;RBI=0.0173808;REFB=0.00341847;REVB=0.0113858;RO=93;SAF=4;SAR=6;SRF=36;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157723;STB=0.516097;STBP=0.933;TYPE=mnp;VARB=-0.0299695;OID=.;OPOS=26758634;OREF=ATGC;OALT=TCAA;OMAPALT=TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:107:104:93:94:10:10:0.0961538:6:4:36:57:6:4:36:58 chr6 27059510 . C T 401.52 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.000305326;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.629;QD=14.6007;RBI=0.0693457;REFB=-0.0115737;REVB=-0.069345;RO=62;SAF=18;SAR=28;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802123;STB=0.555441;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0346106;OID=.;OPOS=27059510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:62:64:46:46:0.418182:28:18:29:33:28:18:31:33 chr6 27114374 . G A 688.99 PASS AF=0.367713;AO=82;DP=226;FAO=82;FDP=223;FR=.;FRO=141;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=69;FSRR=72;FWDB=0.00977729;FXX=0.0132737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2946;QD=12.3586;RBI=0.0173722;REFB=0.0173204;REVB=0.0143596;RO=141;SAF=46;SAR=36;SRF=69;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801673;STB=0.545443;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0252149;OID=.;OPOS=27114374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:223:141:141:82:82:0.367713:36:46:69:72:36:46:69:72 chr6 27114425 . G A 48.67 PASS AF=0.0714286;AO=20;DP=274;FAO=20;FDP=280;FR=.;FRO=260;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=133;FSRR=127;FWDB=0.00637922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.627;QD=0.695217;RBI=0.00956132;REFB=0.00093895;REVB=0.0071221;RO=253;SAF=10;SAR=10;SRF=132;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242666;STB=0.510704;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0104354;OID=.;OPOS=27114425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:274:280:253:260:20:20:0.0714286:10:10:132:121:10:10:133:127 chr6 27181610 . G A 1291.49 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.543;QD=61.4996;RBI=0.0838801;REFB=0;REVB=0.0513208;RO=0;SAF=27;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00968e-05;OID=.;OPOS=27181610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:54:27:0:0:55:29:0:0 chr6 27181701 . T C 1369.79 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.118243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3998;QD=60.2104;RBI=0.118243;REFB=-0.0142076;REVB=0.000240398;RO=1;SAF=30;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155337;STB=0.503995;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00038703;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:91:91:1:2:89:89:0.978022:59:30:1:0:59:30:1:1 chr6 27277402 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.334;QD=64.4154;RBI=0.015057;REFB=0;REVB=0.0103639;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46301e-06;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr6 27356867 . A G 2307.83 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.176;QD=61.1345;RBI=0.0276861;REFB=0;REVB=-0.003919;RO=0;SAF=64;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43167e-05;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:87:64:0:0:87:64:0:0 chr6 27356902 . A G 2070.59 PASS AF=0.951389;AO=137;DP=144;FAO=137;FDP=144;FR=.;FRO=7;FSAF=54;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00834232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7191;QD=57.5164;RBI=0.034409;REFB=-0.0104734;REVB=-0.0333824;RO=7;SAF=54;SAR=83;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384189;STB=0.520228;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00783627;OID=.;OPOS=27356902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:144:144:7:7:137:137:0.951389:83:54:0:7:83:54:0:7 chr6 27356925 . T G 1875.45 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.213;QD=61.4902;RBI=0.040729;REFB=0;REVB=0.0374179;RO=0;SAF=39;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68302e-05;OID=.;OPOS=27356925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:119:122:1:80:39:0:0:83:39:0:0 chr6 27369873 . C T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.219;QD=58.1384;RBI=0.0234153;REFB=0;REVB=-0.0217828;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199007;OID=.;OPOS=27369873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr6 27369892 . C T 323.3 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.839;QD=53.8831;RBI=0.0505525;REFB=0;REVB=0.0106939;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256395;OID=.;OPOS=27369892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr6 27370046 . T G 871.05 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00487351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6952;QD=54.4406;RBI=0.0724821;REFB=-0.158791;REVB=0.0723181;RO=1;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125883;STB=0.513154;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00405619;OID=.;OPOS=27370046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:64:1:2:61:62:0.96875:37:24:0:1:37:25:0:2 chr6 27370473 . T C 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0986;QD=52.6045;RBI=0.0231238;REFB=0;REVB=-0.0171318;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000948276;OID=.;OPOS=27370473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr6 27371011 . C T 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.256;QD=63.5775;RBI=0.057768;REFB=0;REVB=0.0572163;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268951;OID=.;OPOS=27371011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr6 27371193 . G A 2139.35 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0041583;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2193;QD=62.0102;RBI=0.0154426;REFB=0.136554;REVB=0.0148722;RO=0;SAF=55;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50303;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000734658;OID=.;OPOS=27371193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:138:0:1:137:137:0.992754:82:55:0:0:82:55:0:1 chr6 27425185 . C A 2294.13 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190414;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.582;QD=61.1769;RBI=0.0131668;REFB=0;REVB=0.0130284;RO=0;SAF=82;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.67496e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54799e-05;OID=.;OPOS=27425185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:149:150:1:67:82:0:0:68:82:0:0 chr6 27435707 . G A 1521.07 PASS AF=0.981651;AO=105;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0413437;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.2164;QD=55.819;RBI=0.0519157;REFB=-0.0149691;REVB=0.0313997;RO=0;SAF=38;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11471e-08;STB=0.502896;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00360554;OID=.;OPOS=27435707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:109:0:2:105:107:0.981651:67:38:0:0:69:38:1:1 chr6 27471515 . A G 1819.52 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.932;QD=61.1605;RBI=0.0131935;REFB=0;REVB=0.00894845;RO=0;SAF=87;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0272e-06;OID=.;OPOS=27471515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:31:87:0:0:32:87:0:0 chr6 27515519 . A C 740.1 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.047;QD=56.9306;RBI=0.0583653;REFB=0;REVB=0.0328834;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162741;OID=.;OPOS=27515519;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr6 27551315 . AC AA,AG 2955.35 PASS AF=0.309179,0.608696;AO=64,87;DP=209;FAO=64,126;FDP=207;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29,49;FSAR=35,77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020175,0.0100096;FXX=0.0189564;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.158,77.203;QD=57.1081;RBI=0.0238585,0.0113477;REFB=0,0;REVB=0.0127356,0.00534579;RO=0;SAF=28,25;SAR=36,62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.36481e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0404521,0.00123558;OID=.,.;OPOS=27551316,27551316;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=AA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.309179,0.608696:64,87:209:64,126:207:0:29,49:35,77:0:0:99:0:28,25:36,62:0:0 chr6 27551317 . A G 42.33 PASS AF=0.0730594;AO=15;DP=218;FAO=16;FDP=219;FR=.;FRO=203;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=134;FWDB=-0.0317301;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=163.834;QD=0.773137;RBI=0.0510891;REFB=-0.0048537;REVB=-0.0400412;RO=203;SAF=9;SAR=6;SRF=69;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282571;STB=0.698953;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0278275;OID=.;OPOS=27551317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:218:219:203:203:15:16:0.0730594:6:9:69:134:7:9:69:134 chr6 27560587 . A G 1182.05 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00875495;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=269.377;QD=58.3727;RBI=0.0116128;REFB=-0.05518;REVB=0.00762944;RO=2;SAF=39;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000295811;STB=0.500156;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=8.65775e-05;OID=.;OPOS=27560587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:2:2:79:79:0.975309:40:39:1:1:40:39:1:1 chr6 27573463 . G A 1492.72 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282785;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.751;QD=63.5199;RBI=0.0283897;REFB=0;REVB=0.00251098;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8154e-05;OID=.;OPOS=27573463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:94:0:0:89:94:1:43:46:0:0:47:47:0:0 chr6 27792221 . C T 1164.85 PASS AF=0.903226;AO=82;DP=93;FAO=84;FDP=93;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0255405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2079;QD=50.1011;RBI=0.0260991;REFB=-0.0372258;REVB=-0.00537084;RO=11;SAF=24;SAR=58;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538429;STB=0.508786;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0260092;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:93:11:9:82:84:0.903226:58:24:3:8:59:25:2:7 chr6 27792228 . T C 1441.53 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.533;QD=62.0011;RBI=0.0237958;REFB=0;REVB=0.0225756;RO=0;SAF=27;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.95165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222446;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:93:0:0:92:93:1:65:27:0:0:66:27:0:0 chr6 27858421 . A G 457.78 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0324159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1992;QD=17.778;RBI=0.0559698;REFB=0.00101032;REVB=-0.045627;RO=54;SAF=21;SAR=28;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154081;STB=0.585601;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00185505;OID=.;OPOS=27858421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:28:21:32:22:28:21:32:22 chr6 27860568 . C G 373.04 PASS AF=0.217857;AO=61;DP=281;FAO=61;FDP=280;FR=.;FRO=219;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=93;FSRR=126;FWDB=-0.00111993;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6474;QD=5.32915;RBI=0.0350307;REFB=0.000333244;REVB=0.0350128;RO=216;SAF=22;SAR=39;SRF=91;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814509;STB=0.552663;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.000949646;OID=.;OPOS=27860568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:280:216:219:61:61:0.217857:39:22:91:125:39:22:93:126 chr6 27879397 . T C 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00816499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8839;QD=16.7543;RBI=0.00896291;REFB=0.0012696;REVB=-0.00369686;RO=28;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978835;STB=0.555508;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00138003;OID=.;OPOS=27879397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:16:8:12:16:16:8:12:16 chr6 28059020 . G A 834.4 PASS AF=0.424658;AO=90;DP=217;FAO=93;FDP=219;FR=.;FRO=126;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=72;FSRR=54;FWDB=0.0023123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.102;QD=15.2402;RBI=0.0052804;REFB=0.00523221;REVB=-0.0047472;RO=123;SAF=45;SAR=45;SRF=72;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883796;STB=0.544143;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00500943;OID=.;OPOS=28059020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:219:123:126:90:93:0.424658:45:45:72:51:47:46:72:54 chr6 28059217 . G C 642.13 PASS AF=0.488722;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.00287573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.895;QD=19.3121;RBI=0.0200572;REFB=-0.0114779;REVB=0.01985;RO=68;SAF=16;SAR=49;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183734;STB=0.602201;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0149136;OID=.;OPOS=28059217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:68:65:65:0.488722:49:16:28:40:49:16:28:40 chr6 28104634 . G T 1113.56 PASS AF=0.368421;AO=133;DP=363;FAO=133;FDP=361;FR=.;FRO=228;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=112;FSRR=116;FWDB=0.0319788;FXX=0.00550949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.164;QD=12.3387;RBI=0.0336726;REFB=-0.00524087;REVB=-0.010545;RO=225;SAF=63;SAR=70;SRF=111;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219161;STB=0.511096;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00643008;OID=.;OPOS=28104634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:361:225:228:133:133:0.368421:70:63:111:114:70:63:112:116 chr6 28120898 . G A 131.62 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=8.16684e-05;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.854;QD=8.77434;RBI=0.00812319;REFB=-0.00824623;REVB=-0.00812278;RO=41;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710869;STB=0.533296;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0151181;OID=.;OPOS=28120898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:42:18:18:0.3:9:9:18:23:9:9:19:23 chr6 28121278 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00503609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.554;QD=17.0326;RBI=0.00815222;REFB=-0.0181495;REVB=0.00641065;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674485;STB=0.53842;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0198944;OID=.;OPOS=28121278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:12:6:6:16:12:6:6:16 chr6 28198122 . C T 807.78 PASS AF=0.546763;AO=76;DP=139;FAO=76;FDP=139;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0122027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.659;QD=23.2454;RBI=0.088762;REFB=-0.0119098;REVB=-0.0879192;RO=63;SAF=37;SAR=39;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174838;STB=0.50956;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0111374;OID=.;OPOS=28198122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:63:63:76:76:0.546763:39:37:32:31:39:37:32:31 chr6 28228342 . A G 1283.96 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.601;QD=61.1409;RBI=0.0417532;REFB=0;REVB=0.00745145;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121454;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:81:84:1:38:43:0:0:40:44:0:0 chr6 28239915 . G A 466.17 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0159857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.019;QD=25.1984;RBI=0.0292571;REFB=0.0181406;REVB=0.0245038;RO=30;SAF=18;SAR=26;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069736;STB=0.503815;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0129603;OID=.;OPOS=28239915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:26:18:12:18:26:18:12:18 chr6 28239932 . T TG 817.88 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382784;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.8612;QD=48.1103;RBI=0.0437312;REFB=0;REVB=-0.0211467;RO=2;SAF=25;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00740824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000256224;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:70:68:68:0:25:43:0:0:15:2:25:42:1:1 chr6 28239943 . G A 373.14 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0145156;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.639;QD=22.9625;RBI=0.0249069;REFB=0.020124;REVB=-0.0202399;RO=28;SAF=15;SAR=22;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692236;STB=0.538038;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.0184133;OID=.;OPOS=28239943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:28:28:37:37:0.569231:22:15:9:19:22:15:9:19 chr6 28269663 . A G 642.61 PASS AF=0.458333;AO=65;DP=143;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.0202796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1211;QD=17.8504;RBI=0.025837;REFB=-0.0294616;REVB=0.016009;RO=75;SAF=21;SAR=44;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955414;STB=0.54544;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0282048;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:75:78:65:66:0.458333:44:21:31:44:44:22:32:46 chr6 28294550 . T C 2245.4 PASS AF=0.986207;AO=142;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00669488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.346;QD=61.942;RBI=0.014828;REFB=-0.192871;REVB=0.0132305;RO=1;SAF=66;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715026;STB=0.500436;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000278652;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:145:1:2:142:143:0.986207:76:66:1:0:76:67:1:1 chr6 28297313 . T A 1310.14 PASS AF=0.556054;AO=124;DP=223;FAO=124;FDP=223;FR=.;FRO=99;FSAF=81;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0364364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.108;QD=23.5003;RBI=0.0556348;REFB=-0.00785116;REVB=-0.0420431;RO=98;SAF=81;SAR=43;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212101;STB=0.613572;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00571829;OID=.;OPOS=28297313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:98:99:124:124:0.556054:43:81:39:59:43:81:40:59 chr6 28327371 . G C 362.78 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0214784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.259;QD=18.1388;RBI=0.0342739;REFB=0.0017771;REVB=0.0267092;RO=42;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182243;STB=0.60151;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00170938;OID=.;OPOS=28327371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:21:17:27:15:21:17:27:15 chr6 28331573 . T A 447.64 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.046955;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.134;QD=20.3471;RBI=0.0473975;REFB=0.015185;REVB=-0.00646117;RO=44;SAF=13;SAR=31;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0168608;OID=.;OPOS=28331573;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:44:44:44:44:0.5:31:13:14:30:31:13:13:31 chr6 28359170 . A G 1751.94 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364811;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.412;QD=60.937;RBI=0.0367306;REFB=0;REVB=-0.00427397;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50685e-05;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:57:58:0:0:57:58:0:0 chr6 28359186 . C T 619.54 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0188738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8561;QD=19.5129;RBI=0.0621264;REFB=-0.0259501;REVB=-0.0591901;RO=63;SAF=32;SAR=31;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287537;STB=0.519734;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0304251;OID=.;OPOS=28359186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:64:63:63:0.496063:31:32:30:33:31:32:30:34 chr6 28456854 . AC GC,GT 744.22 PASS AF=0.425926,0.574074;AO=23,31;DP=54;FAO=23,31;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=15,12;FSAR=8,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374395,0.0431388;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=94.0204,78.3881;QD=55.1274;RBI=0.108297,0.0511712;REFB=0,0;REVB=0.10162,0.0275233;RO=0;SAF=15,12;SAR=8,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.47712e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00945542,-0.0203385;OID=.,.;OPOS=28456854,28456854;OREF=A,AC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:54:54:0:0:23,31:23,31:0.425926,0.574074:8,19:15,12:0:0:8,19:15,12:0:0 chr6 28478555 . A T 490.42 PASS AF=0.469027;AO=47;DP=108;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=54;FWDB=0.00491779;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.11;QD=17.3599;RBI=0.0355026;REFB=-0.0292412;REVB=0.0351604;RO=58;SAF=4;SAR=43;SRF=5;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00347659;STB=0.54322;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0307864;OID=.;OPOS=28478555;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:113:58:60:47:53:0.469027:43:4:5:53:49:4:6:54 chr6 28483482 . A C 2362.17 PASS AF=0.947059;AO=161;DP=170;FAO=161;FDP=170;FR=.;FRO=9;FSAF=68;FSAR=93;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0181983;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.196;QD=55.5805;RBI=0.0255538;REFB=-0.012321;REVB=-0.0179393;RO=6;SAF=68;SAR=93;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401467;STB=0.519164;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=6.6274e-05;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:170:170:6:9:161:161:0.947059:93:68:6:0:93:68:7:2 chr6 28497339 . G A 785.07 PASS AF=0.506329;AO=80;DP=159;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=-0.00561903;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.97;QD=19.8752;RBI=0.00596949;REFB=-0.00769679;REVB=0.00201528;RO=77;SAF=39;SAR=41;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122823;STB=0.57005;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0074308;OID=.;OPOS=28497339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:77:78:80:80:0.506329:41:39:27:50:41:39:27:51 chr6 28503705 . G A 221.73 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0058913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.729;QD=12.3183;RBI=0.0058929;REFB=-0.0156466;REVB=0.000137607;RO=45;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049236;STB=0.528281;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0210213;OID=.;OPOS=28503705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:15:12:18:27:15:12:18:27 chr6 28510975 . C T 825.97 PASS AF=0.494118;AO=84;DP=171;FAO=84;FDP=170;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.0116592;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.637;QD=19.4347;RBI=0.016457;REFB=0.00575061;REVB=-0.0116144;RO=85;SAF=45;SAR=39;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915642;STB=0.553215;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00728451;OID=.;OPOS=28510975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:85:86:84:84:0.494118:39:45:37:48:39:45:37:49 chr6 28542424 . G A 909.12 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.932;QD=57.7218;RBI=0.0275735;REFB=0;REVB=0.0228665;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34471e-05;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:27:35:0:0:28:35:0:0 chr6 28542520 . C T 1916.5 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00937195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.919;QD=60.8413;RBI=0.0190681;REFB=-0.101343;REVB=0.016606;RO=0;SAF=67;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162024;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:123:126:0:0:123:126:1:56:67:0:0:58:68:0:0 chr6 28543089 . G T 322.32 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0253975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.94;QD=16.5291;RBI=0.0273257;REFB=0.00638412;REVB=-0.0100827;RO=39;SAF=7;SAR=28;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110934;STB=0.562925;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00582461;OID=.;OPOS=28543089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:43:35:35:0.448718:28:7:11:28:28:7:12:31 chr6 28601934 . A T 1157.4 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0377181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.839;QD=59.3541;RBI=0.0423521;REFB=-0.0484064;REVB=0.0192626;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.505617;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000456842;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:44:33:0:0:44:33:0:1 chr6 28611289 . C T 737.26 PASS AF=0.46988;AO=77;DP=165;FAO=78;FDP=166;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.00528248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.255;QD=17.7654;RBI=0.00676164;REFB=-0.00990437;REVB=0.0042208;RO=88;SAF=31;SAR=46;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513654;STB=0.524044;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0143473;OID=.;OPOS=28611289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:88:88:77:78:0.46988:46:31:40:48:46:32:40:48 chr6 28616066 . T A 1609.17 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251466;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.724;QD=60.1557;RBI=0.0719139;REFB=0;REVB=0.0673741;RO=0;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76752e-05;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:65:42:0:0:65:42:0:0 chr6 28626098 . G A 771.0 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00186958;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.076;QD=55.0713;RBI=0.00295035;REFB=0.00710978;REVB=-0.00228238;RO=1;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125691;STB=0.506491;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000175484;OID=.;OPOS=28626098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:54:55:0.982143:37:17:0:1:38:17:0:1 chr6 28663716 . A G 1588.83 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=112;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0205628;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.694;QD=57.2552;RBI=0.0365513;REFB=-0.200634;REVB=-0.0302187;RO=3;SAF=62;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224113;STB=0.507811;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00258656;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:112:111:3:2:108:109:0.981982:46:62:3:0:46:63:2:0 chr6 28663754 . T C 2311.79 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.086;QD=63.7734;RBI=0.0625984;REFB=0;REVB=0.0389056;RO=0;SAF=72;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.133e-05;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:73:72:0:0:73:72:0:0 chr6 28678357 . T C 268.96 PASS AF=0.397436;AO=32;DP=79;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0285312;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.523;QD=13.793;RBI=0.0292812;REFB=-0.023147;REVB=-0.00658492;RO=45;SAF=21;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222281;STB=0.609065;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.028448;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:47:32:31:0.397436:11:21:20:25:11:20:22:25 chr6 28687542 . T C 1190.83 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.054;QD=60.2951;RBI=0.0167116;REFB=0;REVB=0.0135161;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168171;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:48:29:0:0:50:29:0:0 chr6 28697086 . C T 1713.11 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.026;QD=60.6409;RBI=0.0236203;REFB=0;REVB=-0.0101367;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.76758e-05;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:63:50:0:0:63:50:0:0 chr6 28703244 . T C 2326.69 PASS AF=0.957576;AO=158;DP=165;FAO=158;FDP=165;FR=.;FRO=7;FSAF=74;FSAR=84;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00595279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.748;QD=56.4045;RBI=0.010431;REFB=-0.0133246;REVB=0.0085657;RO=6;SAF=74;SAR=84;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254348;STB=0.51046;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.000685614;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:165:165:6:7:158:158:0.957576:84:74:5:1:84:74:5:2 chr6 28715537 . T C 662.31 PASS AF=0.382653;AO=75;DP=196;FAO=75;FDP=196;FR=.;FRO=121;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=0.0202211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.996;QD=13.5166;RBI=0.0207159;REFB=-0.000450629;REVB=0.00450054;RO=118;SAF=34;SAR=41;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469349;STB=0.500755;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.000758776;OID=.;OPOS=28715537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:118:121:75:75:0.382653:41:34:54:64:41:34:55:66 chr6 28715564 . C G 792.0 PASS AF=0.415888;AO=88;DP=212;FAO=89;FDP=214;FR=.;FRO=125;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=-0.0133973;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.885;QD=14.8037;RBI=0.030382;REFB=-0.00709267;REVB=-0.0272686;RO=121;SAF=43;SAR=45;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268021;STB=0.511202;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00369701;OID=.;OPOS=28715564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:121:125:88:89:0.415888:45:43:56:65:46:43:58:67 chr6 28715604 . G C 2944.3 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113465;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8393;QD=62.9797;RBI=0.0133487;REFB=-0.0451207;REVB=0.00703164;RO=1;SAF=89;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06148e-05;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:187:1:0:186:187:1:97:89:0:1:98:89:0:0 chr6 28726169 . C G 413.56 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0187448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.895;QD=16.3787;RBI=0.0201015;REFB=0.00953661;REVB=0.00725963;RO=55;SAF=25;SAR=20;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280433;STB=0.521055;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0228004;OID=.;OPOS=28726169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:56:45:45:0.445545:20:25:29:26:20:25:29:27 chr6 28731385 . A G 240.71 PASS AF=0.344828;AO=26;DP=83;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00489359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.791;QD=11.0669;RBI=0.0199226;REFB=-0.00608655;REVB=0.0193123;RO=56;SAF=12;SAR=14;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240476;STB=0.526706;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0133318;OID=.;OPOS=28731385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:56:57:26:30:0.344828:14:12:27:29:17:13:27:30 chr6 28732220 . G T 752.81 PASS AF=0.521739;AO=72;DP=141;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.00357355;FXX=0.0349626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.326;QD=21.8206;RBI=0.00645627;REFB=-0.00611625;REVB=-0.0053771;RO=65;SAF=39;SAR=33;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510456;STB=0.523803;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00330176;OID=.;OPOS=28732220;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:138:65:66:72:72:0.521739:33:39:39:26:33:39:39:27 chr6 28746625 . C A 867.77 PASS AF=0.415584;AO=93;DP=229;FAO=96;FDP=231;FR=.;FRO=135;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=75;FSRR=60;FWDB=0.0441058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4638;QD=15.0263;RBI=0.0496185;REFB=-0.00705738;REVB=-0.0227305;RO=129;SAF=46;SAR=47;SRF=73;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741172;STB=0.532461;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0122101;OID=.;OPOS=28746625;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:231:129:135:93:96:0.415584:47:46:73:56:48:48:75:60 chr6 28757551 . G A 426.42 PASS AF=0.404959;AO=48;DP=119;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.0146854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3303;QD=14.0965;RBI=0.066166;REFB=0.0176054;REVB=0.0645157;RO=71;SAF=20;SAR=28;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398722;STB=0.511917;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0253401;OID=.;OPOS=28757551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:71:72:48:49:0.404959:28:20:27:44:29:20:28:44 chr6 28757560 . G T 740.3 PASS AF=0.57377;AO=70;DP=122;FAO=70;FDP=122;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00101985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.338;QD=24.2722;RBI=0.0190989;REFB=-0.0301501;REVB=0.0190717;RO=52;SAF=27;SAR=43;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148906;STB=0.508122;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00630277;OID=.;OPOS=28757560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:52:52:70:70:0.57377:43:27:21:31:43:27:21:31 chr6 28757573 . A G 459.98 PASS AF=0.444444;AO=47;DP=113;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0154986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.669;QD=15.7257;RBI=0.0179686;REFB=-0.00577976;REVB=0.00909201;RO=64;SAF=17;SAR=30;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146899;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00729605;OID=.;OPOS=28757573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:64:65:47:52:0.444444:30:17:24:40:32:20:25:40 chr6 28757630 . A T 475.56 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00448187;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=293.831;QD=19.2146;RBI=0.00528419;REFB=-0.000628477;REVB=0.00279921;RO=51;SAF=15;SAR=32;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760219;STB=0.538445;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000616214;OID=.;OPOS=28757630;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:52:47:47:0.474747:32:15:20:31:32:15:20:32 chr6 28758526 . C T 340.23 PASS AF=0.29932;AO=44;DP=147;FAO=44;FDP=147;FR=.;FRO=103;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=-0.00596543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.559;QD=9.25786;RBI=0.0083914;REFB=-0.000611443;REVB=-0.00590162;RO=103;SAF=20;SAR=24;SRF=40;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808076;STB=0.547149;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00127937;OID=.;OPOS=28758526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:103:103:44:44:0.29932:24:20:40:63:24:20:40:63 chr6 28758580 . T C 410.59 PASS AF=0.294118;AO=55;DP=186;FAO=55;FDP=187;FR=.;FRO=132;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=83;FWDB=0.0205216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.337;QD=8.7826;RBI=0.0213271;REFB=-0.00527616;REVB=-0.00580569;RO=130;SAF=26;SAR=29;SRF=48;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126465;STB=0.572414;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0139567;OID=.;OPOS=28758580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:130:132:55:55:0.294118:29:26:48:82:29:26:49:83 chr6 28763736 . C T 640.64 PASS AF=0.411429;AO=72;DP=176;FAO=72;FDP=175;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=0.032971;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3188;QD=14.6431;RBI=0.0348174;REFB=-0.00163898;REVB=0.0111877;RO=101;SAF=33;SAR=39;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079491;STB=0.550153;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00219434;OID=.;OPOS=28763736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:101:103:72:72:0.411429:39:33:54:47:39:33:56:47 chr6 28763800 . G A 813.01 PASS AF=0.512346;AO=78;DP=159;FAO=83;FDP=162;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.0179557;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.124;QD=20.0743;RBI=0.0187421;REFB=-0.0331712;REVB=0.00537182;RO=78;SAF=34;SAR=44;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118135;STB=0.507273;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0307561;OID=.;OPOS=28763800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:78:79:78:83:0.512346:44:34:35:43:45:38:35:44 chr6 28763825 . G A 601.49 PASS AF=0.432258;AO=67;DP=156;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.000900307;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.659;QD=15.5223;RBI=0.0101711;REFB=-0.0194141;REVB=-0.0101312;RO=88;SAF=23;SAR=44;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165884;STB=0.592892;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.018288;OID=.;OPOS=28763825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:88:88:67:67:0.432258:44:23:44:44:44:23:44:44 chr6 28770593 . C T 437.46 PASS AF=0.4;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0156646;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.81;QD=13.9986;RBI=0.0265173;REFB=-0.00702374;REVB=-0.021396;RO=74;SAF=20;SAR=30;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207262;STB=0.51655;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00999447;OID=.;OPOS=28770593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:74:75:50:50:0.4:30:20:31:43:30:20:32:43 chr6 28770596 . A AC 1244.12 PASS AF=1;AO=105;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.192526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.3236;QD=39.185;RBI=0.228833;REFB=0;REVB=-0.123686;RO=16;SAF=37;SAR=68;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152085;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00132031;OID=.;OPOS=28770597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:105:127:127:127:0:55:72:0:0:25:16:37:68:15:1 chr6 28775667 . A G 476.65 PASS AF=0.367089;AO=58;DP=160;FAO=58;FDP=158;FR=.;FRO=100;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=-0.00165124;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.412;QD=12.067;RBI=0.00647403;REFB=-0.00582001;REVB=0.00625991;RO=99;SAF=21;SAR=37;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025897;STB=0.512197;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0093271;OID=.;OPOS=28775667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:99:100:58:58:0.367089:37:21:38:61:37:21:38:62 chr6 28779881 . T C 419.86 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.0329312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.937;QD=14.6039;RBI=0.0341291;REFB=0.0105503;REVB=-0.00896293;RO=67;SAF=15;SAR=33;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189296;STB=0.510661;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00456365;OID=.;OPOS=28779881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:33:15:22:45:33:15:22:45 chr6 28779928 . G A 454.5 PASS AF=0.38806;AO=48;DP=131;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.020595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.541;QD=13.5672;RBI=0.0271803;REFB=-0.009492;REVB=0.0177374;RO=81;SAF=20;SAR=28;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174347;STB=0.502349;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0126406;OID=.;OPOS=28779928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:81:82:48:52:0.38806:28:20:35:46:30:22:35:47 chr6 28785085 . C T 1683.35 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0615635;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.268;QD=59.5878;RBI=0.0617157;REFB=0.0288543;REVB=0.00433228;RO=1;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759679;STB=0.503999;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=4.53215e-05;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:113:1:1:112:112:0.99115:62:50:0:1:62:50:0:1 chr6 28791134 . G A 1453.37 PASS AF=0.99;AO=98;DP=102;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00366116;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.082;QD=58.1348;RBI=0.0306125;REFB=-0.0620719;REVB=0.0303928;RO=1;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886572;STB=0.504586;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000230931;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:100:1:1:98:99:0.99:53:45:0:1:54:45:0:1 chr6 28806217 . GGA G,GAA 499.36 PASS AF=0.361111,0.638889;AO=11,23;DP=37;FAO=13,23;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=6,6;FSAR=7,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514013,-0.0194839;FXX=0.0270197;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=21.4316,31.9409;QD=55.4845;RBI=0.0708093,0.0550447;REFB=0,0;REVB=0.0487018,0.051481;RO=0;SAF=5,6;SAR=6,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,2.9951e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0293057,0.0074424;OID=.,.;OPOS=28806218,28806218;OREF=GA,G;OALT=-,A;OMAPALT=G,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.361111,0.638889:11,23:37:13,23:36:0:6,6:7,17:0:0:99:0:5,6:6,17:0:0 chr6 28806297 . T C 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.0147021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.71;QD=13.046;RBI=0.0487942;REFB=-0.0148433;REVB=-0.0465266;RO=48;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2258;STB=0.628125;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0181126;OID=.;OPOS=28806297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:15:15:14:34:15:15:14:34 chr6 28831451 . A G 403.65 PASS AF=0.53012;AO=38;DP=76;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0260635;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.2631;QD=19.4528;RBI=0.0278956;REFB=-0.0675266;REVB=-0.0099427;RO=38;SAF=15;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729301;STB=0.54882;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0544308;OID=.;OPOS=28831451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:83:38:39:38:44:0.53012:23:15:18:20:27:17:19:20 chr6 28849157 . T C 894.3 PASS AF=0.442922;AO=97;DP=219;FAO=97;FDP=219;FR=.;FRO=122;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=80;FSRR=42;FWDB=0.00900505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4517;QD=16.3342;RBI=0.0520576;REFB=0.014732;REVB=-0.0512728;RO=118;SAF=60;SAR=37;SRF=78;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451128;STB=0.522173;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0207857;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:118:122:97:97:0.442922:37:60:78:40:37:60:80:42 chr6 28908873 . C T 564.23 PASS AF=0.390533;AO=65;DP=168;FAO=66;FDP=169;FR=.;FRO=103;FSAF=47;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=-0.00467997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.099;QD=13.3545;RBI=0.00770642;REFB=0.00732617;REVB=-0.00612264;RO=100;SAF=46;SAR=19;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207147;STB=0.618991;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00810752;OID=.;OPOS=28908873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:100:103:65:66:0.390533:19:46:53:47:19:47:55:48 chr6 28911802 . G A 2059.84 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0625997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1325;QD=60.1412;RBI=0.12889;REFB=-0.22507;REVB=0.112667;RO=1;SAF=63;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664825;STB=0.510343;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00427996;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:137:137:1:3:134:134:0.978102:71:63:0:1:71:63:0:3 chr6 28963248 . T G 5231.1 PASS AF=1;AO=332;DP=336;FAO=333;FDP=333;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879118;FXX=0.00892831;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3639;QD=62.836;RBI=0.0601468;REFB=-0.117072;REVB=0.0595009;RO=2;SAF=166;SAR=166;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00571264;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317432;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:336:333:2:0:332:333:1:166:166:0:2:167:166:0:0 chr6 29068745 . T C 574.09 PASS AF=0.349754;AO=71;DP=203;FAO=71;FDP=203;FR=.;FRO=132;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=-0.00494174;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.407;QD=11.3121;RBI=0.0119071;REFB=-0.00750916;REVB=-0.0108332;RO=131;SAF=26;SAR=45;SRF=67;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168396;STB=0.594011;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0132736;OID=.;OPOS=29068745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:131:132:71:71:0.349754:45:26:67:64:45:26:67:65 chr6 29068759 . C A 3118.24 PASS AF=1;AO=193;DP=196;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451299;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0764;QD=63.3146;RBI=0.0477865;REFB=0;REVB=-0.0157112;RO=0;SAF=85;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160314;OID=.;OPOS=29068759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:197:0:0:193:197:1:108:85:0:0:108:89:0:0 chr6 29069337 . A T 6315.61 PASS AF=1;AO=342;DP=393;FAO=395;FDP=395;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=208;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258256;FXX=0.00252519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.354;QD=63.9556;RBI=0.0988151;REFB=0;REVB=0.0987813;RO=0;SAF=207;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06694e-05;OID=.;OPOS=29069337;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:393:395:0:0:342:395:1:135:207:0:0:187:208:0:0 chr6 29080004 . A G 3017.01 PASS AF=0.560484;AO=278;DP=496;FAO=278;FDP=496;FR=.;FRO=218;FSAF=128;FSAR=150;FSRF=113;FSRR=105;FWDB=-0.00717734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.789;QD=24.3307;RBI=0.0498001;REFB=0.00444189;REVB=0.0492802;RO=218;SAF=128;SAR=150;SRF=113;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047063;STB=0.525511;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00338679;OID=.;OPOS=29080004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:496:496:218:218:278:278:0.560484:150:128:113:105:150:128:113:105 chr6 29080344 . G A 1474.91 PASS AF=0.488673;AO=149;DP=310;FAO=151;FDP=309;FR=.;FRO=158;FSAF=82;FSAR=69;FSRF=81;FSRR=77;FWDB=-0.00885559;FXX=0.00961508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8445;QD=19.0927;RBI=0.0123339;REFB=-0.00712699;REVB=0.00858513;RO=157;SAF=80;SAR=69;SRF=78;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375299;STB=0.51561;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00903915;OID=.;OPOS=29080344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:309:157:158:149:151:0.488673:69:80:78:79:69:82:81:77 chr6 29080349 . A G 4783.48 PASS AF=1;AO=305;DP=307;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476405;FXX=0.00324665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.161;QD=62.3255;RBI=0.0128423;REFB=0.0117113;REVB=0.0119259;RO=1;SAF=162;SAR=143;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28061e-06;OID=.;OPOS=29080349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:307:307:1:0:305:307:1:143:162:1:0:144:163:0:0 chr6 29080386 . T C 1544.37 PASS AF=0.506536;AO=155;DP=307;FAO=155;FDP=306;FR=.;FRO=151;FSAF=86;FSAR=69;FSRF=76;FSRR=75;FWDB=0.0101794;FXX=0.00325722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.899;QD=20.1878;RBI=0.0214804;REFB=0.00765429;REVB=0.0189153;RO=149;SAF=86;SAR=69;SRF=74;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524118;STB=0.525589;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00714463;OID=.;OPOS=29080386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:306:149:151:155:155:0.506536:69:86:74:75:69:86:76:75 chr6 29080450 . G A 3815.69 PASS AF=1;AO=240;DP=242;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156905;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2927;QD=63.3309;RBI=0.0178089;REFB=0;REVB=0.00842405;RO=0;SAF=125;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231058;OID=.;OPOS=29080450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:242:241:0:0:240:241:1:115:125:0:0:116:125:0:0 chr6 29141507 . T C 855.25 PASS AF=0.411255;AO=95;DP=231;FAO=95;FDP=231;FR=.;FRO=136;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=61;FSRR=75;FWDB=0.0291393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3657;QD=14.8095;RBI=0.0358599;REFB=-0.00805199;REVB=0.0209006;RO=135;SAF=40;SAR=55;SRF=60;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250532;STB=0.5165;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0121337;OID=.;OPOS=29141507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:135:136:95:95:0.411255:55:40:60:75:55:40:61:75 chr6 29141743 . A G 6484.95 PASS AF=1;AO=410;DP=414;FAO=413;FDP=413;FR=.;FRO=0;FSAF=207;FSAR=206;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771722;FXX=0.00481916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3502;QD=62.8082;RBI=0.0777769;REFB=-0.0906543;REVB=0.0096792;RO=0;SAF=206;SAR=204;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107438;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:414:413:0:0:410:413:1:204:206:0:0:206:207:0:0 chr6 29141772 . A G 6345.14 PASS AF=1;AO=392;DP=396;FAO=396;FDP=396;FR=.;FRO=0;FSAF=211;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229126;FXX=0.00751861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.861;QD=64.0924;RBI=0.0234588;REFB=0;REVB=0.00503292;RO=0;SAF=211;SAR=181;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57348e-05;OID=.;OPOS=29141772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:396:396:0:0:392:396:1:181:211:0:0:185:211:0:0 chr6 29142317 . C T 207.44 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.000429909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5526;QD=11.2128;RBI=0.0148929;REFB=-0.00590523;REVB=0.0148867;RO=48;SAF=18;SAR=8;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00628793;STB=0.503647;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00478034;OID=.;OPOS=29142317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:8:18:33:15:8:18:33:15 chr6 29274486 . T C 941.17 PASS AF=0.564417;AO=89;DP=161;FAO=92;FDP=163;FR=.;FRO=71;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0191683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6991;QD=23.0962;RBI=0.0974914;REFB=-0.0157373;REVB=0.0955884;RO=67;SAF=49;SAR=40;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342152;STB=0.52821;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.011712;OID=.;OPOS=29274486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:67:71:89:92:0.564417:40:49:34:33:42:50:34:37 chr6 29275499 . A T 242.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00507091;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.301;QD=12.4354;RBI=0.00626445;REFB=-0.000960317;REVB=0.0036782;RO=48;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563564;STB=0.526204;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0013055;OID=.;OPOS=29275499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:48:49:29:29:0.371795:13:16:24:24:13:16:25:24 chr6 29275507 . T C 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.695;QD=61.0482;RBI=0.0183544;REFB=0;REVB=0.0152545;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95133e-05;OID=.;OPOS=29275507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr6 29323076 . T C 279.64 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00698937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9286;QD=12.4283;RBI=0.0158062;REFB=-0.0134689;REVB=-0.0141769;RO=57;SAF=11;SAR=22;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162641;STB=0.593691;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0288448;OID=.;OPOS=29323076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:22:11:27:30:22:11:27:30 chr6 29323259 . G A 936.5 PASS AF=1;AO=56;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000627276;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.415;QD=58.5309;RBI=0.0551662;REFB=0;REVB=0.0551626;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140753;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133422;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:1:0:56:64:1:33:23:0:1:40:24:0:0 chr6 29323276 . C T 455.29 PASS AF=0.55;AO=43;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0123269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.865;QD=22.7643;RBI=0.0206766;REFB=-0.0148991;REVB=-0.0166003;RO=36;SAF=15;SAR=28;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141814;STB=0.503801;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0113442;OID=.;OPOS=29323276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:43:44:0.55:28:15:12:24:29:15:12:24 chr6 29323655 . G A 116.28 PASS AF=0.565217;AO=10;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0331749;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.709;QD=20.2219;RBI=0.0380502;REFB=-0.0134523;REVB=-0.0186345;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916023;STB=0.571322;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0155756;OID=.;OPOS=29323655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:24:23:10:10:10:13:0.565217:6:4:3:7:7:6:3:7 chr6 29323838 . A C 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.000281637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.409;QD=18.8281;RBI=0.00678149;REFB=-0.0102433;REVB=-0.00677564;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155711;STB=0.576846;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0105867;OID=.;OPOS=29323838;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:22:20:20:0.47619:8:12:9:12:8:12:10:12 chr6 29364787 . C T 3084.39 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934554;FXX=0.00492587;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6648;QD=61.0771;RBI=0.0984128;REFB=0;REVB=0.030841;RO=1;SAF=80;SAR=121;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746997;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:203:202:1:0:201:202:1:121:80:1:0:121:81:0:0 chr6 29365325 . A G 1205.76 PASS AF=0.592391;AO=109;DP=184;FAO=109;FDP=184;FR=.;FRO=75;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.000119385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.524;QD=26.2122;RBI=0.0126603;REFB=0.00934714;REVB=0.0126598;RO=74;SAF=46;SAR=63;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129083;STB=0.572657;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0063135;OID=.;OPOS=29365325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:74:75:109:109:0.592391:63:46:44:30:63:46:45:30 chr6 29365423 . A T 2064.92 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000738543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.675;QD=62.5734;RBI=0.006495;REFB=0;REVB=0.00645287;RO=0;SAF=58;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.015e-06;OID=.;OPOS=29365423;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:74:58:0:0:74:58:0:0 chr6 29385237 . T C 3521.17 PASS AF=0.991228;AO=226;DP=228;FAO=226;FDP=228;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=134;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0413049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5409;QD=61.775;RBI=0.0447976;REFB=-0.0925875;REVB=-0.0173415;RO=2;SAF=92;SAR=134;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102447;STB=0.505376;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000983671;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:228:228:2:2:226:226:0.991228:134:92:2:0:134:92:2:0 chr6 29395180 . A G 983.87 PASS AF=0.597403;AO=91;DP=153;FAO=92;FDP=154;FR=.;FRO=62;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0135415;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.95;QD=25.555;RBI=0.0154503;REFB=-0.00435135;REVB=-0.00743918;RO=62;SAF=45;SAR=46;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040223;STB=0.523838;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00291482;OID=.;OPOS=29395180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:62:62:91:92:0.597403:46:45:34:28:47:45:34:28 chr6 29395499 . C G 250.88 PASS AF=0.373494;AO=29;DP=81;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00150921;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.994;QD=12.0905;RBI=0.0300521;REFB=-0.0194367;REVB=0.0300142;RO=52;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201;STB=0.60963;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0188403;OID=.;OPOS=29395499;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:52:52:29:31:0.373494:12:17:21:31:13:18:21:31 chr6 29407893 . A G 547.55 PASS AF=0.347368;AO=66;DP=189;FAO=66;FDP=190;FR=.;FRO=124;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=-0.0094893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1408;QD=11.5274;RBI=0.0560355;REFB=-0.0198434;REVB=-0.0552262;RO=117;SAF=27;SAR=39;SRF=45;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286232;STB=0.506908;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0332448;OID=.;OPOS=29407893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:117:124:66:66:0.347368:39:27:45:72:39:27:52:72 chr6 29408270 . C T 1011.84 PASS AF=0.433198;AO=107;DP=247;FAO=107;FDP=247;FR=.;FRO=140;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=69;FSRR=71;FWDB=-0.0131698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.711;QD=16.3861;RBI=0.0134146;REFB=-0.014036;REVB=-0.00255098;RO=136;SAF=42;SAR=65;SRF=66;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956504;STB=0.558123;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0179165;OID=.;OPOS=29408270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:136:140:107:107:0.433198:65:42:66:70:65:42:69:71 chr6 29408528 . A G 3888.44 PASS AF=1;AO=243;DP=247;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393156;FXX=0.0161284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.67;QD=63.745;RBI=0.0415539;REFB=-0.03131;REVB=0.0134538;RO=1;SAF=141;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106656;OID=.;OPOS=29408528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:247:244:1:0:243:244:1:102:141:1:0:102:142:0:0 chr6 29408554 . A C 784.95 PASS AF=0.378486;AO=80;DP=238;FAO=95;FDP=251;FR=.;FRO=156;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=85;FSRR=71;FWDB=-0.0131276;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.393;QD=12.5092;RBI=0.0139855;REFB=-0.0229786;REVB=0.00482277;RO=155;SAF=56;SAR=24;SRF=84;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196355;STB=0.528341;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0371592;OID=.;OPOS=29408554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:251:155:156:80:95:0.378486:24:56:84:71:39:56:85:71 chr6 29408717 . C A 567.4 PASS AF=0.354167;AO=67;DP=186;FAO=68;FDP=192;FR=.;FRO=124;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=-0.0221037;FXX=0.0103087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.775;QD=11.8208;RBI=0.0267059;REFB=-0.00662423;REVB=-0.0149878;RO=118;SAF=39;SAR=28;SRF=51;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167422;STB=0.593245;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0179905;OID=.;OPOS=29408717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:192:118:124:67:68:0.354167:28:39:51:67:28:40:55:69 chr6 29408720 . A G 607.39 PASS AF=0.364103;AO=70;DP=194;FAO=71;FDP=195;FR=.;FRO=124;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=0.0349586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7351;QD=12.4593;RBI=0.0453536;REFB=-0.00353523;REVB=-0.0288937;RO=122;SAF=43;SAR=27;SRF=54;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192381;STB=0.617265;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00542673;OID=.;OPOS=29408720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:122:124:70:71:0.364103:27:43:54:68:27:44:54:70 chr6 29429732 . TG CA 1866.73 PASS AF=0.515759;AO=177;DP=347;FAO=180;FDP=349;FR=.;FRO=169;FSAF=97;FSAR=83;FSRF=74;FSRR=95;FWDB=0.0264967;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.381;QD=21.3952;RBI=0.0277343;REFB=-0.0162327;REVB=0.00819242;RO=167;SAF=95;SAR=82;SRF=72;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936184;STB=0.548836;STBP=0.054;TYPE=mnp;VARB=0.0155161;OID=.;OPOS=29429732;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:349:167:169:177:180:0.515759:82:95:72:95:83:97:74:95 chr6 29429765 . A G 1403.25 PASS AF=0.430636;AO=148;DP=349;FAO=149;FDP=346;FR=.;FRO=197;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=105;FSRR=92;FWDB=0.000979547;FXX=0.0114282;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.114;QD=16.2226;RBI=0.0132215;REFB=-0.00434453;REVB=0.0131852;RO=196;SAF=68;SAR=80;SRF=104;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729667;STB=0.539781;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00667943;OID=.;OPOS=29429765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:346:196:197:148:149:0.430636:80:68:104:92:80:69:105:92 chr6 29430170 . T C 950.67 PASS AF=0.428571;AO=93;DP=238;FAO=108;FDP=252;FR=.;FRO=144;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=78;FSRR=66;FWDB=0.0221094;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.114;QD=15.0899;RBI=0.0254235;REFB=-0.037663;REVB=-0.012551;RO=145;SAF=53;SAR=40;SRF=78;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350923;STB=0.518825;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0509075;OID=.;OPOS=29430170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:252:145:144:93:108:0.428571:40:53:78:67:46:62:78:66 chr6 29430524 . C A 418.71 PASS AF=0.428571;AO=46;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00202122;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.463;QD=14.9541;RBI=0.00880512;REFB=-0.0119602;REVB=0.00857;RO=63;SAF=18;SAR=28;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229234;STB=0.506132;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.012771;OID=.;OPOS=29430524;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:64:46:48:0.428571:28:18:26:37:28:20:26:38 chr6 29430891 . A G 656.24 PASS AF=0.367442;AO=78;DP=214;FAO=79;FDP=215;FR=.;FRO=136;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=70;FSRR=66;FWDB=-0.00495888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.952;QD=12.2092;RBI=0.0108039;REFB=-0.0117367;REVB=-0.00959862;RO=135;SAF=45;SAR=33;SRF=70;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660136;STB=0.535068;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0206151;OID=.;OPOS=29430891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:135:136:78:79:0.367442:33:45:70:65:34:45:70:66 chr6 29431450 . TA T 492.67 PASS AF=0.358382;AO=59;DP=173;FAO=62;FDP=173;FR=.;FRO=111;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=78;FWDB=-0.0110955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.018;QD=11.3912;RBI=0.0149528;REFB=-0.00977667;REVB=-0.0100238;RO=110;SAF=22;SAR=37;SRF=33;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914245;STB=0.562405;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=0.0185045;OID=.;OPOS=29431451;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358382:59:173:62:173:111:24:38:33:78:99:110:22:37:33:77 chr6 29431698 . A G 1629.84 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640928;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2199;QD=60.3643;RBI=0.0660066;REFB=0;REVB=0.0157792;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309796;OID=.;OPOS=29431698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:108:0:0:103:108:1:50:53:0:0:52:56:0:0 chr6 29523670 . C A 701.29 PASS AF=0.625;AO=65;DP=104;FAO=65;FDP=104;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00242699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.285;QD=26.9727;RBI=0.016055;REFB=-0.00893064;REVB=-0.0158705;RO=39;SAF=20;SAR=45;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13684;STB=0.574444;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00640504;OID=.;OPOS=29523670;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:39:39:65:65:0.625:45:20:19:20:45:20:19:20 chr6 29523676 . C G 1624.26 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1523;QD=60.1578;RBI=0.0701542;REFB=0;REVB=-0.0622835;RO=0;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66713e-05;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:65:42:0:0:66:42:0:0 chr6 29523859 . G C 1023.52 PASS AF=0.502415;AO=104;DP=207;FAO=104;FDP=207;FR=.;FRO=103;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.0101593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.225;QD=19.7781;RBI=0.0102076;REFB=-0.0153277;REVB=-0.000991125;RO=103;SAF=50;SAR=54;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832655;STB=0.545699;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0131645;OID=.;OPOS=29523859;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:103:103:104:104:0.502415:54:50:59:44:54:50:59:44 chr6 29523872 . A G 1127.62 PASS AF=0.518519;AO=109;DP=213;FAO=112;FDP=216;FR=.;FRO=104;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=0.000997759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.848;QD=20.8819;RBI=0.00238664;REFB=-0.0220468;REVB=0.00216807;RO=102;SAF=51;SAR=58;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629302;STB=0.531394;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0197487;OID=.;OPOS=29523872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:216:102:104:109:112:0.518519:58:51:55:47:59:53:56:48 chr6 29524003 . A G 1419.69 PASS AF=0.47651;AO=142;DP=295;FAO=142;FDP=298;FR=.;FRO=156;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=77;FSRR=79;FWDB=0.0120505;FXX=0.00666644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.376;QD=19.0562;RBI=0.0127324;REFB=-0.0138295;REVB=0.00411098;RO=152;SAF=76;SAR=66;SRF=74;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455332;STB=0.521827;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0147905;OID=.;OPOS=29524003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:298:152:156:142:142:0.47651:66:76:74:78:66:76:77:79 chr6 29555809 . C T 5321.34 PASS AF=0.985465;AO=339;DP=344;FAO=339;FDP=344;FR=.;FRO=5;FSAF=152;FSAR=187;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0641936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1042;QD=61.876;RBI=0.0788527;REFB=-0.109219;REVB=0.0457923;RO=5;SAF=152;SAR=187;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00424682;STB=0.502226;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0096575;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:344:344:5:5:339:339:0.985465:187:152:3:2:187:152:3:2 chr6 29555864 . C T 1705.59 PASS AF=0.469333;AO=176;DP=375;FAO=176;FDP=375;FR=.;FRO=199;FSAF=79;FSAR=97;FSRF=92;FSRR=107;FWDB=0.00203022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.196;QD=18.193;RBI=0.0056889;REFB=-0.0303243;REVB=-0.0053143;RO=198;SAF=79;SAR=97;SRF=92;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153065;STB=0.5072;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.034526;OID=.;OPOS=29555864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:375:198:199:176:176:0.469333:97:79:92:106:97:79:92:107 chr6 29556692 . G C 1230.82 PASS AF=0.515021;AO=117;DP=230;FAO=120;FDP=233;FR=.;FRO=113;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=0.0242451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.497;QD=21.13;RBI=0.0376133;REFB=-0.0095901;REVB=0.0287565;RO=113;SAF=47;SAR=70;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778609;STB=0.543051;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00958942;OID=.;OPOS=29556692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:233:113:113:117:120:0.515021:70:47:55:58:72:48:55:58 chr6 29570753 . G A 331.01 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00160536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.814;QD=13.6498;RBI=0.0113423;REFB=-0.00836585;REVB=0.0112281;RO=60;SAF=13;SAR=24;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566349;STB=0.532356;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0151374;OID=.;OPOS=29570753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:24:13:24:36:24:13:24:36 chr6 29570841 . A G 305.41 PASS AF=0.371429;AO=37;DP=102;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.028925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.01;QD=11.6345;RBI=0.0312094;REFB=-0.0217091;REVB=-0.0117206;RO=65;SAF=13;SAR=24;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216089;STB=0.521116;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0555773;OID=.;OPOS=29570841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:65:66:37:39:0.371429:24:13:24:41:26:13:24:42 chr6 29571043 . G A 674.06 PASS AF=0.364865;AO=81;DP=222;FAO=81;FDP=222;FR=.;FRO=141;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=84;FWDB=-0.00678699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8228;QD=12.1451;RBI=0.0175126;REFB=-0.0037964;REVB=0.016144;RO=141;SAF=40;SAR=41;SRF=57;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100602;STB=0.556965;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00690979;OID=.;OPOS=29571043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:141:141:81:81:0.364865:41:40:57:84:41:40:57:84 chr6 29576393 . A G 383.92 PASS AF=0.373984;AO=46;DP=123;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0725099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0062;QD=12.4854;RBI=0.0880962;REFB=-0.0182797;REVB=0.0500326;RO=77;SAF=29;SAR=17;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181466;STB=0.603471;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.030827;OID=.;OPOS=29576393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:77:77:46:46:0.373984:17:29:36:41:17:29:36:41 chr6 29581041 . A G 911.27 PASS AF=0.366438;AO=107;DP=292;FAO=107;FDP=292;FR=.;FRO=185;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=88;FSRR=97;FWDB=-0.00307801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5198;QD=12.4831;RBI=0.0479148;REFB=-0.00602177;REVB=-0.0478159;RO=185;SAF=44;SAR=63;SRF=88;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733552;STB=0.541539;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0114219;OID=.;OPOS=29581041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:185:185:107:107:0.366438:63:44:88:97:63:44:88:97 chr6 29581110 . A G 1048.67 PASS AF=0.346774;AO=128;DP=373;FAO=129;FDP=372;FR=.;FRO=243;FSAF=52;FSAR=77;FSRF=111;FSRR=132;FWDB=0.0057361;FXX=0.00268089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.654;QD=11.276;RBI=0.0103866;REFB=-0.00368535;REVB=-0.00865902;RO=243;SAF=52;SAR=76;SRF=111;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594633;STB=0.535927;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00867233;OID=.;OPOS=29581110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:372:243:243:128:129:0.346774:76:52:111:132:77:52:111:132 chr6 29581113 . A G 1075.23 PASS AF=0.350267;AO=131;DP=376;FAO=131;FDP=374;FR=.;FRO=243;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=113;FSRR=130;FWDB=-0.00849785;FXX=0.00795735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.132;QD=11.4998;RBI=0.00861626;REFB=-0.00185672;REVB=-0.00142358;RO=245;SAF=55;SAR=76;SRF=113;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048225;STB=0.529832;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0034825;OID=.;OPOS=29581113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:374:245:243:131:131:0.350267:76:55:113:132:76:55:113:130 chr6 29625001 . A G 1530.03 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5866;QD=63.7513;RBI=0.0142016;REFB=0;REVB=-0.0112108;RO=0;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33147e-05;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:38:58:0:0:38:58:0:0 chr6 29634003 . G C 924.73 PASS AF=0.497297;AO=92;DP=185;FAO=92;FDP=185;FR=.;FRO=93;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.00159066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.048;QD=19.9942;RBI=0.0468799;REFB=0.0045711;REVB=-0.0468529;RO=92;SAF=46;SAR=46;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059322;STB=0.529723;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00469954;OID=.;OPOS=29634003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:92:93:92:92:0.497297:46:46:40:52:46:46:41:52 chr6 29634012 . A G 2822.4 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472507;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.637;QD=62.7199;RBI=0.00472587;REFB=0;REVB=-8.72229e-05;RO=0;SAF=82;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57236e-06;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:179:180:1:97:82:0:0:98:82:0:0 chr6 29691857 . C G 339.19 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0234332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.316;QD=11.5963;RBI=0.0248256;REFB=-0.00142661;REVB=0.00819718;RO=74;SAF=21;SAR=21;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753664;STB=0.538443;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00179861;OID=.;OPOS=29691857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:75:42:42:0.358974:21:21:42:32:21:21:42:33 chr6 29693011 . C T 1571.59 PASS AF=0.99;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0269864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3279;QD=62.8636;RBI=0.0272674;REFB=-0.0340307;REVB=-0.00390457;RO=1;SAF=58;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810823;STB=0.504273;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00211151;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:1:1:98:99:0.99:40:58:1:0:41:58:1:0 chr6 29695854 . G A 371.21 PASS AF=0.333333;AO=46;DP=138;FAO=46;FDP=138;FR=.;FRO=92;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=0.0415879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9309;QD=10.7597;RBI=0.0969055;REFB=0.0202632;REVB=0.0875278;RO=91;SAF=20;SAR=26;SRF=34;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726278;STB=0.537201;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0425571;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:91:92:46:46:0.333333:26:20:34:57:26:20:35:57 chr6 29695859 . G C 1027.82 PASS AF=0.656716;AO=87;DP=133;FAO=88;FDP=134;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0130546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.786;QD=30.6812;RBI=0.0398233;REFB=0.0271915;REVB=0.0376228;RO=46;SAF=35;SAR=52;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215496;STB=0.513201;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0143801;OID=.;OPOS=29695859;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:46:46:87:88:0.656716:52:35:20:26:53:35:20:26 chr6 29718220 . G A 389.07 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0388089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4729;QD=16.5559;RBI=0.0403794;REFB=-0.011014;REVB=-0.0111518;RO=51;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754294;STB=0.530406;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0254057;OID=.;OPOS=29718220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:53:41:41:0.43617:21:20:21:30:21:20:23:30 chr6 29759517 . G A 430.83 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0030308;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.232;QD=19.8083;RBI=0.00314839;REFB=-0.00496735;REVB=-0.000852411;RO=44;SAF=24;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325417;STB=0.51807;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00481141;OID=.;OPOS=29759517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:44:44:43:43:0.494253:19:24:23:21:19:24:23:21 chr6 29759811 . C G 295.74 PASS AF=0.360825;AO=30;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0121727;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.523;QD=12.1956;RBI=0.0187005;REFB=-0.0189509;REVB=-0.0141962;RO=46;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108113;STB=0.563278;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0347675;OID=.;OPOS=29759811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:62:30:35:0.360825:16:14:21:25:18:17:24:38 chr6 29759823 . TT CC 290.09 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.00325127;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=227.267;QD=11.8402;RBI=0.00347401;REFB=1.49149e-05;REVB=0.00122393;RO=64;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768704;STB=0.544255;STBP=0.541;TYPE=mnp;VARB=-3.29089e-05;OID=.;OPOS=29759823;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:64:34:34:0.346939:19:15:24:40:19:15:24:40 chr6 29759876 . G A 216.37 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0155833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.32;QD=11.096;RBI=0.0162299;REFB=-0.00343104;REVB=-0.00453554;RO=51;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204052;STB=0.617893;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00868003;OID=.;OPOS=29759876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:12:15:19:32:12:15:19:32 chr6 29759885 . G A 227.82 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00168607;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.3185;QD=11.2502;RBI=0.00574424;REFB=-0.00682551;REVB=-0.00549121;RO=53;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175073;STB=0.601327;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00815172;OID=.;OPOS=29759885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:12:16:22:31:12:16:22:31 chr6 29759923 . T C 332.0 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0184009;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5574;QD=16;RBI=0.0193811;REFB=0.00724443;REVB=-0.00608563;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705094;STB=0.50972;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00947095;OID=.;OPOS=29759923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:47:36:36:0.433735:19:17:23:25:19:17:23:24 chr6 29759996 . T C 526.3 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00571469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3263;QD=27.34;RBI=0.0464573;REFB=0.0182142;REVB=-0.0461044;RO=29;SAF=20;SAR=28;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223753;STB=0.51219;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0148698;OID=.;OPOS=29759996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:29:48:48:0.623377:28:20:13:16:28:20:13:16 chr6 29760352 . CGCGGGCGCCGTGGATGGAGCA C 211.22 PASS AF=0.342105;AO=24;DP=82;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00502797;FXX=0.0952268;HRUN=1;LEN=21;MLLD=453.028;QD=11.1168;RBI=0.0188421;REFB=-0.0149503;REVB=-0.0181588;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237482;STB=0.564265;STBP=0.442;TYPE=del;VARB=0.0261925;OID=.;OPOS=29760353;OREF=GCGGGCGCCGTGGATGGAGCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:24:82:26:76:50:16:10:26:24:99:32:16:8:22:10 chr6 29764938 . TT CA 169.77 PASS AF=0.207407;AO=28;DP=133;FAO=28;FDP=135;FR=.;FRO=107;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=0.00307206;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=209.667;QD=5.03008;RBI=0.0059697;REFB=0.0026366;REVB=0.00511856;RO=105;SAF=14;SAR=14;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544006;STB=0.53331;STBP=0.694;TYPE=mnp;VARB=-0.0107007;OID=.;OPOS=29764938;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:105:107:28:28:0.207407:14:14:48:57:14:14:49:58 chr6 29764955 . A T 203.27 PASS AF=0.217687;AO=32;DP=146;FAO=32;FDP=147;FR=.;FRO=115;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=-0.00603774;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.34;QD=5.53115;RBI=0.0450699;REFB=0.00119193;REVB=-0.0446636;RO=112;SAF=18;SAR=14;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179207;STB=0.605486;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00352632;OID=.;OPOS=29764955;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:112:115:32:32:0.217687:14:18:47:65:14:18:49:66 chr6 29764971 . A G 254.8 PASS AF=0.233918;AO=40;DP=172;FAO=40;FDP=171;FR=.;FRO=131;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=75;FWDB=0.0314172;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.872;QD=5.96027;RBI=0.0521646;REFB=-0.000914034;REVB=-0.0416426;RO=131;SAF=21;SAR=19;SRF=55;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132311;STB=0.574301;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00380579;OID=.;OPOS=29764971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:131:131:40:40:0.233918:19:21:55:76:19:21:56:75 chr6 29764995 . TC GA 279.62 PASS AF=0.237569;AO=43;DP=181;FAO=43;FDP=181;FR=.;FRO=138;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=76;FWDB=0.00547035;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=205.853;QD=6.17946;RBI=0.0276073;REFB=-0.00151898;REVB=0.0270599;RO=137;SAF=24;SAR=19;SRF=62;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132385;STB=0.582486;STBP=0.214;TYPE=mnp;VARB=0.00464221;OID=.;OPOS=29764995;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:137:138:43:43:0.237569:19:24:62:75:19:24:62:76 chr6 29765001 . G A 475.9 PASS AF=0.32967;AO=60;DP=182;FAO=60;FDP=182;FR=.;FRO=122;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=68;FSRR=54;FWDB=-0.00984287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4254;QD=10.4594;RBI=0.0769505;REFB=-0.00411377;REVB=0.0763184;RO=122;SAF=17;SAR=43;SRF=68;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327367;STB=0.689038;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0105823;OID=.;OPOS=29765001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:122:122:60:60:0.32967:43:17:68:54:43:17:68:54 chr6 29794860 . C T 982.0 PASS AF=0.623188;AO=86;DP=138;FAO=86;FDP=138;FR=.;FRO=52;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00880117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.989;QD=28.4638;RBI=0.0204816;REFB=-0.00392944;REVB=-0.0184942;RO=52;SAF=45;SAR=41;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109618;STB=0.559274;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00131355;OID=.;OPOS=29794860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:52:52:86:86:0.623188:41:45:19:33:41:45:19:33 chr6 29795636 . G A 945.24 PASS AF=0.452489;AO=99;DP=227;FAO=100;FDP=221;FR=.;FRO=121;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=48;FSRR=73;FWDB=-0.000750069;FXX=0.034933;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9878;QD=17.1084;RBI=0.0545061;REFB=-0.0043229;REVB=0.054501;RO=116;SAF=46;SAR=53;SRF=44;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842758;STB=0.540468;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00711472;OID=.;OPOS=29795636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:221:116:121:99:100:0.452489:53:46:44:72:53:47:48:73 chr6 29795657 . G A 789.66 PASS AF=0.463687;AO=83;DP=179;FAO=83;FDP=179;FR=.;FRO=96;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=62;FWDB=0.0470526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5531;QD=17.6459;RBI=0.0490421;REFB=-0.00616281;REVB=0.0138269;RO=95;SAF=36;SAR=47;SRF=34;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753645;STB=0.543932;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00912564;OID=.;OPOS=29795657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:95:96:83:83:0.463687:47:36:34:61:47:36:34:62 chr6 29795993 . G A 566.38 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.0204196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.126;QD=21.3727;RBI=0.0205744;REFB=-0.0177934;REVB=-0.00251916;RO=49;SAF=32;SAR=25;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228947;STB=0.625365;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0173659;OID=.;OPOS=29795993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:25:32:14:35:25:32:14:35 chr6 29796327 . C T 869.2 PASS AF=0.465969;AO=89;DP=191;FAO=89;FDP=191;FR=.;FRO=102;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=63;FSRR=39;FWDB=0.0246532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.054;QD=18.2032;RBI=0.028727;REFB=-0.000128295;REVB=-0.0147467;RO=98;SAF=47;SAR=42;SRF=61;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904463;STB=0.548227;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000164043;OID=.;OPOS=29796327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:98:102:89:89:0.465969:42:47:61:37:42:47:63:39 chr6 29796434 . AC A 625.12 PASS AF=0.545977;AO=91;DP=173;FAO=95;FDP=174;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0970283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.9877;QD=14.3706;RBI=0.14233;REFB=0.0185152;REVB=0.104131;RO=76;SAF=34;SAR=57;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163131;STB=0.587473;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=-0.00718624;OID=.;OPOS=29796435;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545977:91:173:95:174:79:34:61:43:36:99:76:34:57:43:33 chr6 29797639 . C T 1000.87 PASS AF=0.536313;AO=96;DP=178;FAO=96;FDP=179;FR=.;FRO=83;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=-0.0205659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.754;QD=22.3657;RBI=0.0219912;REFB=-0.00375412;REVB=0.00778838;RO=80;SAF=44;SAR=52;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491575;STB=0.522819;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00296268;OID=.;OPOS=29797639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:80:83:96:96:0.536313:52:44:32:48:52:44:34:49 chr6 29797696 . A G 1299.94 PASS AF=0.58794;AO=115;DP=199;FAO=117;FDP=199;FR=.;FRO=82;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=-0.0214847;FXX=0.00499975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8136;QD=26.1294;RBI=0.0272719;REFB=-0.00208381;REVB=-0.0167978;RO=83;SAF=51;SAR=64;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551728;STB=0.536469;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00208776;OID=.;OPOS=29797696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:83:82:115:117:0.58794:64:51:31:52:64:53:30:52 chr6 29798140 . A G 900.42 PASS AF=0.569536;AO=86;DP=154;FAO=86;FDP=151;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00314654;FXX=0.0320492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.708;QD=23.8522;RBI=0.0122413;REFB=-0.00234532;REVB=0.01183;RO=62;SAF=38;SAR=48;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575531;STB=0.521896;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00201257;OID=.;OPOS=29798140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:151:62:65:86:86:0.569536:48:38:32:30:48:38:32:33 chr6 29855580 . GCCCTGACCCT GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT 4354.86 PASS AF=0.745875,0.155116,0.0924092;AO=207,41,27;DP=307;FAO=226,47,28;FDP=303;FR=.;FRO=2;FSAF=102,32,13;FSAR=124,15,15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0444982,0.0674511,-0.122778;FXX=0.0648128;HRUN=1,1,1;LEN=6,1,1;MLLD=250.195,74.1122,145.85;QD=57.4899;RBI=0.0457807,0.0676802,0.12278;REFB=-0.0370061,-0.0232995,-0.0237464;REVB=0.0107602,0.00556371,-0.00072458;RO=3;SAF=92,31,12;SAR=115,10,15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.00306214,0.0701979,0.0209024;STB=0.504,0.531236,0.531228;STBP=0.212,0.076,0.232;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00532414,0.0234838,-0.0114191;OID=.,.,.;OPOS=29855581,29855590,29855586;OREF=CCCTGA,T,A;OALT=-,A,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.745875,0.155116,0.0924092:207,41,27:307:226,47,28:303:2:102,32,13:124,15,15:0:2:99:3:92,31,12:115,10,15:1:2 chr6 29855849 . A C 178.99 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00213466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4934;QD=10.8475;RBI=0.0436286;REFB=-0.0145568;REVB=-0.0435764;RO=42;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678471;STB=0.533399;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0363409;OID=.;OPOS=29855849;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:43:23:23:0.348485:15:8:17:25:15:8:17:26 chr6 29855858 . C A 168.46 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0397683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.645;QD=10.3665;RBI=0.0449006;REFB=-0.00788726;REVB=-0.0208457;RO=42;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490245;STB=0.522367;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0161332;OID=.;OPOS=29855858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:43:22:22:0.338462:14:8:17:25:14:8:17:26 chr6 29855862 . AGA GAT 184.98 PASS AF=0.363636;AO=22;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00148765;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=3;MLLD=182.504;QD=11.211;RBI=0.0188476;REFB=-0.0249738;REVB=-0.0187888;RO=42;SAF=8;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490245;STB=0.549408;STBP=0.574;TYPE=mnp;VARB=0.0409713;OID=.;OPOS=29855862;OREF=AGA;OALT=GAT;OMAPALT=GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:22:24:0.363636:14:8:17:25:16:8:17:25 chr6 29855901 . A G 1135.21 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.897;QD=60.5446;RBI=0.0165783;REFB=0;REVB=0.00782522;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87964e-06;OID=.;OPOS=29855901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr6 29855940 . G A 242.5 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0250175;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6314;QD=12.4359;RBI=0.0522338;REFB=-0.00184553;REVB=-0.0458529;RO=49;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295143;STB=0.516945;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00204475;OID=.;OPOS=29855940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:49:49:29:29:0.371795:17:12:19:30:17:12:19:30 chr6 29855945 . A G 240.56 PASS AF=0.367089;AO=30;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.062659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.254;QD=12.1802;RBI=0.0656915;REFB=-0.0035741;REVB=-0.0197288;RO=48;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413381;STB=0.544048;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.011122;OID=.;OPOS=29855945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:50:30:29:0.367089:17:13:19:29:16:13:19:31 chr6 29856279 . G T 696.21 PASS AF=0.379747;AO=71;DP=214;FAO=90;FDP=237;FR=.;FRO=147;FSAF=70;FSAR=20;FSRF=86;FSRR=61;FWDB=0.0127938;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.112;QD=11.7504;RBI=0.0480463;REFB=-0.0294035;REVB=0.0463116;RO=140;SAF=62;SAR=9;SRF=83;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439498;STB=0.645016;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0421616;OID=.;OPOS=29856279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:237:140:147:71:90:0.379747:9:62:83:57:20:70:86:61 chr6 29856285 . C T 67.54 PASS AF=0.0873016;AO=22;DP=242;FAO=22;FDP=252;FR=.;FRO=230;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=148;FSRR=82;FWDB=-0.0422611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.883;QD=1.07201;RBI=0.0486011;REFB=-0.00275535;REVB=-0.0240013;RO=219;SAF=14;SAR=8;SRF=140;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372417;STB=0.507036;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0458859;OID=.;OPOS=29856285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:242:252:219:230:22:22:0.0873016:8:14:140:79:8:14:148:82 chr6 29856287 . C G 98.79 PASS AF=0.105469;AO=26;DP=255;FAO=27;FDP=256;FR=.;FRO=229;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=148;FSRR=81;FWDB=-0.0799076;FXX=0.00775164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6996;QD=1.54362;RBI=0.124266;REFB=-0.0255243;REVB=-0.0951669;RO=223;SAF=18;SAR=8;SRF=146;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518907;STB=0.520216;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0756998;OID=.;OPOS=29856287;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:255:256:223:229:26:27:0.105469:8:18:146:77:9:18:148:81 chr6 29856330 . G A 1053.49 PASS AF=0.389776;AO=122;DP=306;FAO=122;FDP=313;FR=.;FRO=191;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=109;FSRR=82;FWDB=-0.0237866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.132;QD=13.4631;RBI=0.0305326;REFB=-0.0133461;REVB=0.0191426;RO=184;SAF=70;SAR=52;SRF=102;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212237;STB=0.501926;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0221672;OID=.;OPOS=29856330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:313:184:191:122:122:0.389776:52:70:102:82:52:70:109:82 chr6 29856347 . C T 3132.35 PASS AF=0.79085;AO=242;DP=306;FAO=242;FDP=306;FR=.;FRO=64;FSAF=144;FSAR=98;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0194351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.442;QD=40.9458;RBI=0.0220739;REFB=-0.0141116;REVB=0.010466;RO=64;SAF=144;SAR=98;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821929;STB=0.543617;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00351488;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:64:64:242:242:0.79085:98:144:25:39:98:144:25:39 chr6 29856368 . C T 314.85 PASS AF=0.187919;AO=57;DP=298;FAO=56;FDP=298;FR=.;FRO=242;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=142;FSRR=100;FWDB=0.0266612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7194;QD=4.2261;RBI=0.0788434;REFB=0.00342496;REVB=0.0741987;RO=236;SAF=23;SAR=34;SRF=136;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220402;STB=0.6541;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0153151;OID=.;OPOS=29856368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:236:242:57:56:0.187919:34:23:136:100:34:22:142:100 chr6 29856389 . A G 285.37 PASS AF=0.185714;AO=51;DP=281;FAO=52;FDP=280;FR=.;FRO=228;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=131;FSRR=97;FWDB=-0.040873;FXX=0.00709195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.533;QD=4.07668;RBI=0.0428363;REFB=-0.00171407;REVB=-0.0128198;RO=230;SAF=23;SAR=28;SRF=131;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152433;STB=0.606424;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00833354;OID=.;OPOS=29856389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:280:230:228:51:52:0.185714:28:23:131:99:29:23:131:97 chr6 29856402 . A C 277.28 PASS AF=0.184116;AO=51;DP=276;FAO=51;FDP=277;FR=.;FRO=226;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=118;FSRR=108;FWDB=-0.0411895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.124;QD=4.00409;RBI=0.0411946;REFB=-0.00315626;REVB=-0.000645471;RO=225;SAF=23;SAR=28;SRF=118;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947542;STB=0.55792;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.014078;OID=.;OPOS=29856402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:277:225:226:51:51:0.184116:28:23:118:107:28:23:118:108 chr6 29856426 . C T 214.46 PASS AF=0.18018;AO=40;DP=224;FAO=40;FDP=222;FR=.;FRO=182;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=76;FSRR=106;FWDB=0.0183833;FXX=0.0133327;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.58;QD=3.86412;RBI=0.0260798;REFB=-0.00849061;REVB=-0.018499;RO=177;SAF=20;SAR=20;SRF=73;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113232;STB=0.567534;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.024115;OID=.;OPOS=29856426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:222:177:182:40:40:0.18018:20:20:73:104:20:20:76:106 chr6 29856427 . G A 766.99 PASS AF=0.39819;AO=88;DP=219;FAO=88;FDP=221;FR=.;FRO=133;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=58;FSRR=75;FWDB=-0.00455539;FXX=0.0045043;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.797;QD=13.8821;RBI=0.00504565;REFB=-0.0209781;REVB=0.00216957;RO=131;SAF=36;SAR=52;SRF=57;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285036;STB=0.516698;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0573556;OID=.;OPOS=29856427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:221:131:133:88:88:0.39819:52:36:57:74:52:36:58:75 chr6 29856438 . C T 214.15 PASS AF=0.185714;AO=39;DP=211;FAO=39;FDP=210;FR=.;FRO=171;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=73;FSRR=98;FWDB=0.0609569;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.913;QD=4.07906;RBI=0.0613621;REFB=0.00257915;REVB=-0.00704026;RO=170;SAF=18;SAR=21;SRF=72;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495126;STB=0.528483;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.022727;OID=.;OPOS=29856438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:170:171:39:39:0.185714:21:18:72:98:21:18:73:98 chr6 29856439 . T G 764.29 PASS AF=0.417476;AO=85;DP=204;FAO=86;FDP=206;FR=.;FRO=120;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=-0.0723864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.262;QD=14.8405;RBI=0.0753684;REFB=-0.00818142;REVB=-0.0209905;RO=117;SAF=34;SAR=51;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383965;STB=0.532829;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00893995;OID=.;OPOS=29856439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:117:120:85:86:0.417476:51:34:51:66:52:34:54:66 chr6 29856445 . C T 771.79 PASS AF=0.431579;AO=81;DP=172;FAO=82;FDP=190;FR=.;FRO=108;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.0208945;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7881;QD=16.2483;RBI=0.0336929;REFB=-0.0438064;REVB=-0.0264316;RO=90;SAF=32;SAR=49;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153962;STB=0.54586;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0423757;OID=.;OPOS=29856445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:190:90:108:81:82:0.431579:49:32:50:40:49:33:52:56 chr6 29856550 . C G 1556.29 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00881076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.469;QD=58.7278;RBI=0.0092878;REFB=-0.132462;REVB=-0.00293832;RO=1;SAF=52;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903911;STB=0.504761;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000412188;OID=.;OPOS=29856550;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:53:52:1:0:53:52:1:0 chr6 29856552 . C T 523.85 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0109469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.857;QD=19.956;RBI=0.012408;REFB=-0.00473747;REVB=0.00584148;RO=51;SAF=32;SAR=22;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159452;STB=0.587953;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00667297;OID=.;OPOS=29856552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:22:32:21:30:22:32:21:30 chr6 29856633 . T C 1804.42 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8242;QD=60.6527;RBI=0.0277479;REFB=0;REVB=-0.0213276;RO=0;SAF=47;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15423e-05;OID=.;OPOS=29856633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:71:47:0:0:71:48:0:0 chr6 29856686 . C G 2105.4 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00841342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.165;QD=61.9235;RBI=0.022728;REFB=0.114258;REVB=0.0211134;RO=0;SAF=61;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=2.82238e-05;OID=.;OPOS=29856686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:0:1:135:135:0.992647:74:61:0:0:74:61:0:1 chr6 29856693 . C T 589.12 PASS AF=0.439716;AO=62;DP=142;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.00366359;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.499;QD=16.7127;RBI=0.0157088;REFB=-0.00810457;REVB=0.0152756;RO=79;SAF=22;SAR=40;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18197;STB=0.601753;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00830213;OID=.;OPOS=29856693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:79:79:62:62:0.439716:40:22:42:37:40:22:42:37 chr6 29856718 . G C 2287.01 PASS AF=0.993103;AO=139;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0437719;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.431;QD=63.0899;RBI=0.0504501;REFB=-0.0901091;REVB=0.0250847;RO=1;SAF=57;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576327;STB=0.50289;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000408691;OID=.;OPOS=29856718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:139:144:0.993103:82:57:0:1:86:58:0:1 chr6 29910336 . C G 230.71 PASS AF=0.193396;AO=41;DP=212;FAO=41;FDP=212;FR=.;FRO=171;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=83;FSRR=88;FWDB=0.0662879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5738;QD=4.35296;RBI=0.066671;REFB=0.023658;REVB=0.00713698;RO=169;SAF=24;SAR=17;SRF=82;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128848;STB=0.58074;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.102352;OID=.;OPOS=29910336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:169:171:41:41:0.193396:17:24:82:87:17:24:83:88 chr6 29910340 . A G 231.49 PASS AF=0.194313;AO=41;DP=211;FAO=41;FDP=211;FR=.;FRO=170;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=83;FSRR=87;FWDB=0.00785019;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.876;QD=4.38834;RBI=0.00972367;REFB=-0.00219399;REVB=0.00573796;RO=169;SAF=24;SAR=17;SRF=83;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1214;STB=0.578409;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0118088;OID=.;OPOS=29910340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:169:170:41:41:0.194313:17:24:83:86:17:24:83:87 chr6 29910358 . C G 479.56 PASS AF=0.314433;AO=61;DP=194;FAO=61;FDP=194;FR=.;FRO=133;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=66;FSRR=67;FWDB=0.00464894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7883;QD=9.88789;RBI=0.00918242;REFB=-0.00358744;REVB=0.00791859;RO=133;SAF=30;SAR=31;SRF=66;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525496;STB=0.503042;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00790196;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:133:133:61:61:0.314433:31:30:66:67:31:30:66:67 chr6 29910378 . C T 315.59 PASS AF=0.261364;AO=46;DP=176;FAO=46;FDP=176;FR=.;FRO=130;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=66;FSRR=64;FWDB=-0.0311219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.282;QD=7.17258;RBI=0.0323509;REFB=-0.00323752;REVB=-0.00883206;RO=129;SAF=24;SAR=22;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221324;STB=0.510381;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00857079;OID=.;OPOS=29910378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:129:130:46:46:0.261364:22:24:65:64:22:24:66:64 chr6 29910538 . C T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.026372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.464;QD=6.78773;RBI=0.026372;REFB=-0.0161158;REVB=-3.97858e-05;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408334;STB=0.751342;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0523326;OID=.;OPOS=29910538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:17:6:5:3:17:6 chr6 29910558 . T C 232.14 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.023763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6007;QD=23.8087;RBI=0.118718;REFB=-0.00846581;REVB=-0.116316;RO=16;SAF=16;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240744;STB=0.62488;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00635068;OID=.;OPOS=29910558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:22:22:0.564103:6:16:7:9:6:16:8:9 chr6 29910581 . C A 169.47 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0239297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.84;QD=16.5341;RBI=0.0270028;REFB=-0.0151493;REVB=0.0125107;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129221;STB=0.575672;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0203611;OID=.;OPOS=29910581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:23:18:18:0.439024:7:11:10:11:7:11:11:12 chr6 29910583 . C T 179.86 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0650694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6364;QD=17.9856;RBI=0.0697303;REFB=-0.0506176;REVB=0.0250656;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936717;STB=0.554319;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0155141;OID=.;OPOS=29910583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:21:19:19:0.475:8:11:9:10:8:11:10:11 chr6 29910586 . G A 228.22 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.000323485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.181;QD=21.7349;RBI=0.00655752;REFB=-0.024256;REVB=-0.00654953;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202888;STB=0.61393;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0273915;OID=.;OPOS=29910586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:8:14:8:12:8:14:8:12 chr6 29910604 . C A 707.35 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000235505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.669;QD=49.6384;RBI=0.0235405;REFB=-0.0722262;REVB=0.0235393;RO=4;SAF=25;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293948;STB=0.51563;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0047165;OID=.;OPOS=29910604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:4:4:53:53:0.929825:28:25:1:3:28:25:1:3 chr6 29910688 . A G 36.03 PASS AF=0.0820896;AO=11;DP=134;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=70;FWDB=-0.0426637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.76;QD=1.07539;RBI=0.0528851;REFB=-0.00309951;REVB=-0.0312514;RO=123;SAF=5;SAR=6;SRF=53;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270642;STB=0.521938;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0602772;OID=.;OPOS=29910688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:134:134:123:123:11:11:0.0820896:6:5:53:70:6:5:53:70 chr6 29910698 . G A 1189.25 PASS AF=0.708029;AO=97;DP=137;FAO=97;FDP=137;FR=.;FRO=40;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0262777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.676;QD=34.7227;RBI=0.0262785;REFB=-0.0235434;REVB=-0.000194261;RO=40;SAF=48;SAR=49;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926388;STB=0.549636;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00541614;OID=.;OPOS=29910698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:40:40:97:97:0.708029:49:48:13:27:49:48:13:27 chr6 29910700 . G T 169.01 PASS AF=0.205882;AO=28;DP=136;FAO=28;FDP=136;FR=.;FRO=108;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=-0.01709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.994;QD=4.97089;RBI=0.0297414;REFB=-0.0123368;REVB=-0.0243409;RO=107;SAF=7;SAR=21;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337029;STB=0.709146;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0296743;OID=.;OPOS=29910700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:107:108:28:28:0.205882:21:7:54:53:21:7:54:54 chr6 29910703 . G T 1195.12 PASS AF=0.718519;AO=97;DP=135;FAO=97;FDP=135;FR=.;FRO=38;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0223322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.335;QD=35.4108;RBI=0.0296421;REFB=-0.0246713;REVB=0.0194917;RO=38;SAF=47;SAR=50;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751239;STB=0.540222;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0125935;OID=.;OPOS=29910703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:38:38:97:97:0.718519:50:47:13:25:50:47:13:25 chr6 29910716 . CA CG,GG 200.32 PASS AF=0.0503597,0.18705;AO=7,26;DP=139;FAO=7,26;FDP=139;FR=.;FRO=106;FSAF=5,6;FSAR=2,20;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=-0.0240136,-0.0259442;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=180.692,197.055;QD=5.76465;RBI=0.0241641,0.0262512;REFB=-0.00784361,-0.00562637;REVB=0.00269215,0.00400336;RO=106;SAF=5,6;SAR=2,20;SRF=50;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.244591,-0.32945;STB=0.724366,0.710488;STBP=0.256,0.032;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00666388,0.0262137;OID=.,.;OPOS=29910717,29910716;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:139:139:106:106:7,26:7,26:0.0503597,0.18705:2,20:5,6:50:56:2,20:5,6:50:56 chr6 29910730 . T A 143.02 PASS AF=0.192308;AO=24;DP=129;FAO=25;FDP=130;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.0335119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.148;QD=4.40055;RBI=0.0336562;REFB=-0.00845742;REVB=0.00311396;RO=105;SAF=6;SAR=18;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304929;STB=0.667395;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0379847;OID=.;OPOS=29910730;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:105:105:24:25:0.192308:18:6:50:55:18:7:50:55 chr6 29910742 . G C 125.7 PASS AF=0.178295;AO=23;DP=129;FAO=23;FDP=129;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=0.0059035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8023;QD=3.89758;RBI=0.0151011;REFB=0.00510868;REVB=-0.0138994;RO=105;SAF=6;SAR=17;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266869;STB=0.677865;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0271339;OID=.;OPOS=29910742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:105:106:23:23:0.178295:17:6:48:57:17:6:49:57 chr6 29910752 . G C 117.42 PASS AF=0.171875;AO=22;DP=128;FAO=22;FDP=128;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=-0.00437414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.458;QD=3.66935;RBI=0.0056739;REFB=0.00396683;REVB=-0.00361387;RO=104;SAF=6;SAR=16;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276253;STB=0.674533;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0176508;OID=.;OPOS=29910752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:104:106:22:22:0.171875:16:6:50:54:16:6:50:56 chr6 29911056 . A G 92.97 PASS AF=0.134228;AO=20;DP=149;FAO=20;FDP=149;FR=.;FRO=129;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=70;FSRR=59;FWDB=-0.0075691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2248;QD=2.49596;RBI=0.012297;REFB=-0.0041835;REVB=0.00969149;RO=129;SAF=14;SAR=6;SRF=70;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20607;STB=0.643416;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0197854;OID=.;OPOS=29911056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:149:149:129:129:20:20:0.134228:6:14:70:59:6:14:70:59 chr6 29911063 . TA GG 84.95 PASS AF=0.125828;AO=18;DP=152;FAO=19;FDP=151;FR=.;FRO=132;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=73;FSRR=59;FWDB=-0.0259426;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=2;MLLD=90.951;QD=2.25022;RBI=0.0589607;REFB=-0.00404372;REVB=-0.0529466;RO=131;SAF=14;SAR=4;SRF=73;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294538;STB=0.672986;STBP=0.129;TYPE=mnp;VARB=0.0251801;OID=.;OPOS=29911063;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:152:151:131:132:18:19:0.125828:4:14:73:58:5:14:73:59 chr6 29911092 . G T 188.7 PASS AF=0.203822;AO=32;DP=157;FAO=32;FDP=157;FR=.;FRO=125;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=0.0132141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.874;QD=4.80763;RBI=0.0177057;REFB=-0.0016362;REVB=-0.0117846;RO=125;SAF=18;SAR=14;SRF=69;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135702;STB=0.508469;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00707446;OID=.;OPOS=29911092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:125:125:32:32:0.203822:14:18:69:56:14:18:69:56 chr6 29911112 . CCGG CCAC,TGAA 2143.89 PASS AF=0.212766,0.787234;AO=27,111;DP=139;FAO=30,111;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=17,59;FSAR=13,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439636,0.018822;FXX=0.013985;HRUN=2,2;LEN=2,4;MLLD=36.6398,145.504;QD=60.8195;RBI=0.0535284,0.0196312;REFB=0,0;REVB=-0.0305367,0.00557817;RO=0;SAF=14,59;SAR=13,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.39874e-08,-3.41849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.00729616,0.00330058;OID=.,.;OPOS=29911114,29911112;OREF=GG,CCGG;OALT=AC,TGAA;OMAPALT=CCAC,TGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:139:141:0:0:27,111:30,111:0.212766,0.787234:13,52:14,59:0:0:13,52:17,59:0:0 chr6 29911119 . G C,T 2104.63 PASS AF=0.767123,0.205479;AO=111,30;DP=146;FAO=112,30;FDP=146;FR=.;FRO=4;FSAF=60,19;FSAR=52,11;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0374119,-0.0036872;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=140.407,86.1808;QD=57.6612;RBI=0.0374403,0.0048219;REFB=-0.116182,0.00945057;REVB=-0.00145933,0.0031073;RO=4;SAF=59,19;SAR=52,11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0351237,0.142573;STB=0.518515,0.576871;STBP=0.04,0.027;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00434185,0.0237842;OID=.,.;OPOS=29911119,29911119;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:146:146:4:4:111,30:112,30:0.767123,0.205479:52,11:59,19:0:4:52,11:60,19:0:4 chr6 29911154 . C A 202.57 PASS AF=0.214286;AO=33;DP=156;FAO=33;FDP=154;FR=.;FRO=121;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=69;FWDB=0.00281053;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9177;QD=5.26144;RBI=0.0326937;REFB=0.00597449;REVB=0.0325726;RO=122;SAF=21;SAR=12;SRF=53;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254294;STB=0.659975;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0115014;OID=.;OPOS=29911154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:122:121:33:33:0.214286:12:21:53:69:12:21:52:69 chr6 29911190 . G A 117.79 PASS AF=0.185841;AO=21;DP=113;FAO=21;FDP=113;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=62;FWDB=0.0217584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.105;QD=4.16956;RBI=0.025906;REFB=-0.00151611;REVB=0.0140603;RO=92;SAF=16;SAR=5;SRF=30;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51766;STB=0.823078;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0100815;OID=.;OPOS=29911190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:92:92:21:21:0.185841:5:16:30:62:5:16:30:62 chr6 29911198 . T C 180.59 PASS AF=0.252336;AO=27;DP=107;FAO=27;FDP=107;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.00380465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.366;QD=6.75112;RBI=0.0251866;REFB=-0.0116854;REVB=-0.0248975;RO=79;SAF=15;SAR=12;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168794;STB=0.605673;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0384516;OID=.;OPOS=29911198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:79:80:27:27:0.252336:12:15:33:46:12:15:33:47 chr6 29911203 . A C 730.89 PASS AF=0.677778;AO=60;DP=89;FAO=61;FDP=90;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0116124;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9325;QD=32.484;RBI=0.0557466;REFB=0.0104386;REVB=0.0545237;RO=29;SAF=20;SAR=40;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119127;STB=0.566053;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0027707;OID=.;OPOS=29911203;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:29:29:60:61:0.677778:40:20:15:14:41:20:15:14 chr6 29911207 . G A 257.06 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.000538298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4707;QD=11.4249;RBI=0.0401879;REFB=-0.0255886;REVB=0.0401843;RO=59;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200529;STB=0.615314;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0280664;OID=.;OPOS=29911207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:59:31:31:0.344444:15:16:20:39:15:16:20:39 chr6 29911218 . G A 248.87 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0152174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.602;QD=11.851;RBI=0.0360693;REFB=-0.0141152;REVB=0.0327021;RO=52;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157411;STB=0.587041;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0183767;OID=.;OPOS=29911218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:54:30:30:0.357143:16:14:17:35:16:14:18:36 chr6 29911225 . A G 312.69 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0344057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.913;QD=17.1339;RBI=0.0424386;REFB=-0.00636541;REVB=-0.0248451;RO=39;SAF=9;SAR=25;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236495;STB=0.633401;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00488663;OID=.;OPOS=29911225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:25:9:19:20:25:9:19:20 chr6 29911239 . TT CA,TG 372.25 PASS AF=0.113924,0.392405;AO=9,31;DP=79;FAO=9,31;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=6,12;FSAR=3,19;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.00135143,-0.0248248;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=104.59,51.6537;QD=18.8482;RBI=0.00240849,0.0474648;REFB=0.00765524,0.0189382;REVB=0.0019936,-0.0404554;RO=39;SAF=6,12;SAR=3,19;SRF=10;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.474412,0.141792;STB=0.799467,0.579429;STBP=0.072,0.279;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0135861,-0.0158635;OID=.,.;OPOS=29911239,29911240;OREF=TT,T;OALT=CA,G;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:79:79:39:39:9,31:9,31:0.113924,0.392405:3,19:6,12:10:29:3,19:6,12:10:29 chr6 29911256 . T G 1391.15 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000737275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.266;QD=62.5237;RBI=0.0276801;REFB=0;REVB=0.0276703;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53367e-05;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:89:0:0:85:89:1:54:31:0:0:58:31:0:0 chr6 29911296 . G A 264.15 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.00889907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.809;QD=10.7818;RBI=0.0276687;REFB=-0.0176241;REVB=0.0261985;RO=66;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141818;STB=0.582098;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0314293;OID=.;OPOS=29911296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:66:32:32:0.326531:17:15:23:43:17:15:23:43 chr6 29911306 . C T 280.3 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.0254164;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.751;QD=11.6792;RBI=0.0257132;REFB=-0.00755946;REVB=-0.00389532;RO=62;SAF=14;SAR=19;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816395;STB=0.551151;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0286458;OID=.;OPOS=29911306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:62:63:33:33:0.34375:19:14:22:40:19:14:22:41 chr6 29911319 . G T 307.44 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0159586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.971;QD=13.2231;RBI=0.01748;REFB=-0.0153506;REVB=-0.00713263;RO=57;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278909;STB=0.509429;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0287644;OID=.;OPOS=29911319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:58:35:35:0.376344:20:15:23:34:20:15:24:34 chr6 29912087 . G T 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0135979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.46;QD=13.9472;RBI=0.0136047;REFB=-0.0123766;REVB=-0.000430145;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228288;STB=0.513259;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0180729;OID=.;OPOS=29912087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:9:18:11:6:9:18 chr6 29912108 . G C 342.41 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0667003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0639;QD=21.4005;RBI=0.0985488;REFB=-0.00502342;REVB=0.0725461;RO=29;SAF=12;SAR=23;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327315;STB=0.518109;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0065306;OID=.;OPOS=29912108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:23:12:11:18:23:12:11:18 chr6 29912147 . C T 125.55 PASS AF=0.2;AO=20;DP=101;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0205347;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.459;QD=5.02214;RBI=0.0219846;REFB=-0.003421;REVB=0.0078517;RO=79;SAF=8;SAR=12;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231181;STB=0.52064;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0112302;OID=.;OPOS=29912147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:79:80:20:20:0.2:12:8:33:46:12:8:34:46 chr6 29912280 . T C 461.69 PASS AF=0.412698;AO=51;DP=125;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.0187723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.033;QD=14.6569;RBI=0.0315847;REFB=-0.00989632;REVB=0.0254007;RO=74;SAF=26;SAR=25;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750844;STB=0.547601;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0171304;OID=.;OPOS=29912280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:74:74:51:52:0.412698:25:26:43:31:26:26:43:31 chr6 29912315 . A C 189.08 PASS AF=0.220588;AO=30;DP=135;FAO=30;FDP=136;FR=.;FRO=106;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=70;FSRR=36;FWDB=-0.00667588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.102;QD=5.56114;RBI=0.0287999;REFB=-0.00326905;REVB=-0.0280155;RO=101;SAF=18;SAR=12;SRF=67;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852532;STB=0.549968;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0126572;OID=.;OPOS=29912315;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:101:106:30:30:0.220588:12:18:67:34:12:18:70:36 chr6 29912333 . C T 438.67 PASS AF=0.346667;AO=52;DP=150;FAO=52;FDP=150;FR=.;FRO=98;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=67;FSRR=31;FWDB=-0.0150149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4809;QD=11.698;RBI=0.0347548;REFB=0.00373682;REVB=-0.0313441;RO=94;SAF=34;SAR=18;SRF=67;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755508;STB=0.521806;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0115774;OID=.;OPOS=29912333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:94:98:52:52:0.346667:18:34:67:27:18:34:67:31 chr6 29912348 . A G 228.44 PASS AF=0.230769;AO=36;DP=157;FAO=36;FDP=156;FR=.;FRO=120;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=85;FSRR=35;FWDB=-0.030651;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0576;QD=5.85741;RBI=0.0407663;REFB=-0.00980204;REVB=-0.0268776;RO=119;SAF=23;SAR=13;SRF=85;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107668;STB=0.559777;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0353267;OID=.;OPOS=29912348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:119:120:36:36:0.230769:13:23:85:34:13:23:85:35 chr6 29912368 . C T 576.88 PASS AF=0.382857;AO=68;DP=176;FAO=67;FDP=175;FR=.;FRO=108;FSAF=49;FSAR=18;FSRF=76;FSRR=32;FWDB=0.0122956;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.69;QD=13.1858;RBI=0.0481961;REFB=-0.0159399;REVB=-0.0466014;RO=105;SAF=49;SAR=19;SRF=74;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209095;STB=0.52127;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.023283;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:105:108:68:67:0.382857:19:49:74:31:18:49:76:32 chr6 29912398 . A G 492.91 PASS AF=0.365269;AO=56;DP=162;FAO=61;FDP=167;FR=.;FRO=106;FSAF=46;FSAR=15;FSRF=77;FSRR=29;FWDB=-0.00902643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.171;QD=11.8061;RBI=0.0100909;REFB=-0.0160744;REVB=-0.00451106;RO=104;SAF=45;SAR=11;SRF=75;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133134;STB=0.523125;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0267302;OID=.;OPOS=29912398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:167:104:106:56:61:0.365269:11:45:75:29:15:46:77:29 chr6 29912413 . TG T 156.01 PASS AF=0.337931;AO=44;DP=146;FAO=49;FDP=145;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=76;FSRR=20;FWDB=0.078988;FXX=0.0136045;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.814;QD=4.30371;RBI=0.14447;REFB=0.0174798;REVB=-0.120964;RO=88;SAF=34;SAR=10;SRF=71;SRR=17;SSEN=0.361702;SSEP=0;SSSB=-0.0583879;STB=0.515619;STBP=0.823;TYPE=del;VARB=-0.0298166;OID=.;OPOS=29912414;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337931:44:146:49:145:96:38:11:76:20:99:88:34:10:71:17 chr6 29912830 . T C 373.69 PASS AF=0.307229;AO=49;DP=164;FAO=51;FDP=166;FR=.;FRO=115;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=65;FWDB=0.00746327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.152;QD=9.0046;RBI=0.01356;REFB=-0.0138711;REVB=-0.0113213;RO=114;SAF=24;SAR=25;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614951;STB=0.551867;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.03234;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:114:115:49:51:0.307229:25:24:50:64:25:26:50:65 chr6 29912852 . T C 297.18 PASS AF=0.27044;AO=43;DP=158;FAO=43;FDP=159;FR=.;FRO=116;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=-0.00808649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.746;QD=7.4763;RBI=0.0120051;REFB=-0.00732183;REVB=0.0088731;RO=115;SAF=22;SAR=21;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516001;STB=0.53359;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0149645;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:115:116:43:43:0.27044:21:22:54:61:21:22:54:62 chr6 29912856 . A T 321.35 PASS AF=0.280488;AO=46;DP=164;FAO=46;FDP=164;FR=.;FRO=118;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=0.00587823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.351;QD=7.83777;RBI=0.00664763;REFB=-0.0108632;REVB=-0.00310443;RO=117;SAF=26;SAR=20;SRF=54;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12601;STB=0.571171;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.035825;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:117:118:46:46:0.280488:20:26:54:63:20:26:55:63 chr6 29913042 . C T 3264.58 PASS AF=0.990654;AO=212;DP=215;FAO=212;FDP=214;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0160867;FXX=0.00465095;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.132;QD=61.0202;RBI=0.0238882;REFB=-0.0763254;REVB=0.0176596;RO=1;SAF=97;SAR=115;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488606;STB=0.5004;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=8.08696e-05;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:215:214:1:2:212:212:0.990654:115:97:1:0:115:97:1:1 chr6 29913067 . T C 1192.66 PASS AF=0.566502;AO=111;DP=198;FAO=115;FDP=203;FR=.;FRO=88;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.00140217;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2732;QD=23.5008;RBI=0.0396034;REFB=0.0050217;REVB=0.0395785;RO=87;SAF=52;SAR=59;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301528;STB=0.518144;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00417445;OID=.;OPOS=29913067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:203:87:88:111:115:0.566502:59:52:44:43:61:54:45:43 chr6 29913070 . G C 211.2 PASS AF=0.186869;AO=37;DP=198;FAO=37;FDP=198;FR=.;FRO=161;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=76;FSRR=85;FWDB=-0.0189093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.142;QD=4.26671;RBI=0.0222564;REFB=-0.00480246;REVB=0.0117382;RO=161;SAF=21;SAR=16;SRF=76;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122506;STB=0.577415;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0182509;OID=.;OPOS=29913070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:161:161:37:37:0.186869:16:21:76:85:16:21:76:85 chr6 29913074 . A G 1152.8 PASS AF=0.564103;AO=99;DP=185;FAO=110;FDP=195;FR=.;FRO=85;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0278472;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9264;QD=23.6473;RBI=0.0425325;REFB=-0.0390389;REVB=0.0321488;RO=75;SAF=51;SAR=48;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144252;STB=0.501399;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.019866;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:195:75:85:99:110:0.564103:48:51:40:35:56:54:42:43 chr6 29913078 . A G 1099.03 PASS AF=0.559783;AO=101;DP=185;FAO=103;FDP=184;FR=.;FRO=81;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00644598;FXX=0.0264536;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.807;QD=23.892;RBI=0.0295748;REFB=-0.00464569;REVB=-0.0288638;RO=80;SAF=52;SAR=49;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824335;STB=0.506015;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00325869;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:80:81:101:103:0.559783:49:52:42:38:51:52:42:39 chr6 29913274 . T C 59.47 PASS AF=0.087963;AO=19;DP=216;FAO=19;FDP=216;FR=.;FRO=197;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=97;FSRR=100;FWDB=0.00662113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.917;QD=1.10131;RBI=0.0146656;REFB=0.000103965;REVB=0.0130859;RO=196;SAF=8;SAR=11;SRF=96;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807708;STB=0.565276;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00299578;OID=.;OPOS=29913274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:216:216:196:197:19:19:0.087963:11:8:96:100:11:8:97:100 chr6 29913282 . C T 74.32 PASS AF=0.0973451;AO=22;DP=226;FAO=22;FDP=226;FR=.;FRO=204;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=99;FSRR=105;FWDB=-0.0108111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.181;QD=1.31541;RBI=0.0245333;REFB=-2.8073e-05;REVB=-0.0220227;RO=203;SAF=8;SAR=14;SRF=98;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144776;STB=0.611326;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000137158;OID=.;OPOS=29913282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:226:226:203:204:22:22:0.0973451:14:8:98:105:14:8:99:105 chr6 29913306 . C A 50.1 PASS AF=0.0821918;AO=17;DP=219;FAO=18;FDP=219;FR=.;FRO=201;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=93;FSRR=108;FWDB=0.0220118;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.882;QD=0.915068;RBI=0.0230155;REFB=-0.00376779;REVB=-0.00672277;RO=195;SAF=4;SAR=13;SRF=92;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278959;STB=0.735369;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0280621;OID=.;OPOS=29913306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:219:219:195:201:17:18:0.0821918:13:4:92:103:14:4:93:108 chr6 29976838 . A G 2178.57 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000121716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8899;QD=63.1469;RBI=0.036222;REFB=0;REVB=-0.0362218;RO=0;SAF=75;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134003;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:63:75:0:0:63:75:0:0 chr6 29976842 . T G 768.61 PASS AF=0.532374;AO=72;DP=137;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.02897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.052;QD=22.1183;RBI=0.0292748;REFB=-0.0315389;REVB=0.00421342;RO=65;SAF=36;SAR=36;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865049;STB=0.552954;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0295314;OID=.;OPOS=29976842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:65:65:72:74:0.532374:36:36:39:26:38:36:39:26 chr6 29977350 . T G 766.7 PASS AF=0.576;AO=71;DP=121;FAO=72;FDP=125;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0111244;FXX=0.0157468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.2615;QD=24.5344;RBI=0.0602419;REFB=-0.0252205;REVB=-0.0592059;RO=48;SAF=33;SAR=38;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830792;STB=0.542923;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0252205;OID=.;OPOS=29977350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:125:48:53:71:72:0.576:38:33:17:31:39:33:19:34 chr6 29977357 . A C 759.79 PASS AF=0.581967;AO=72;DP=123;FAO=71;FDP=122;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00288515;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.94;QD=24.911;RBI=0.00824429;REFB=-0.010384;REVB=-0.00772297;RO=51;SAF=32;SAR=40;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558559;STB=0.533199;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00616776;OID=.;OPOS=29977357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:51:51:72:71:0.581967:40:32:19:32:39:32:19:32 chr6 29977359 . G GC 436.99 PASS AF=0.575;AO=64;DP=123;FAO=69;FDP=120;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0298211;FXX=0.0322555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.43;QD=14.5664;RBI=0.107478;REFB=-0.0222085;REVB=0.103258;RO=55;SAF=27;SAR=37;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348196;STB=0.539183;STBP=0.352;TYPE=ins;VARB=0.0162888;OID=.;OPOS=29977360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575:64:123:69:120:51:32:37:19:32:99:55:27:37:21:34 chr6 30003797 . A G 914.7 PASS AF=0.505556;AO=91;DP=180;FAO=91;FDP=180;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.00136053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.132;QD=20.3266;RBI=0.00538749;REFB=-0.00710312;REVB=0.00521287;RO=88;SAF=39;SAR=52;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178563;STB=0.506492;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00634757;OID=.;OPOS=30003797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:88:89:91:91:0.505556:52:39:36:52:52:39:37:52 chr6 30025179 . G A 625.77 PASS AF=0.449664;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.0256444;FXX=0.0132442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.801;QD=16.7993;RBI=0.0267937;REFB=-0.00263795;REVB=0.00776308;RO=82;SAF=36;SAR=31;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132764;STB=0.573798;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00393348;OID=.;OPOS=30025179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:82:82:67:67:0.449664:31:36:33:49:31:36:33:49 chr6 30025285 . C T 394.43 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.020438;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.382;QD=14.884;RBI=0.029875;REFB=-0.0107688;REVB=-0.0217899;RO=58;SAF=12;SAR=33;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332701;STB=0.531967;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0143477;OID=.;OPOS=30025285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:61:45:45:0.424528:33:12:17:41:33:12:19:42 chr6 30032495 . A G 605.19 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0266368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9752;QD=20.6901;RBI=0.0347105;REFB=0.0118977;REVB=0.0222552;RO=56;SAF=36;SAR=25;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952111;STB=0.552412;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0114156;OID=.;OPOS=30032495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:56:61:61:0.521368:25:36:27:29:25:36:27:29 chr6 30036471 . C A 821.4 PASS AF=0.469613;AO=85;DP=181;FAO=85;FDP=181;FR=.;FRO=96;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=0.0248895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6216;QD=18.1524;RBI=0.0458984;REFB=0.00817059;REVB=-0.0385639;RO=90;SAF=40;SAR=45;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349464;STB=0.523212;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0115986;OID=.;OPOS=30036471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:90:96:85:85:0.469613:45:40:39:51:45:40:41:55 chr6 30038712 . C T 1284.07 PASS AF=0.464789;AO=131;DP=285;FAO=132;FDP=284;FR=.;FRO=152;FSAF=77;FSAR=55;FSRF=75;FSRR=77;FWDB=-0.00561397;FXX=0.00699276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.97;QD=18.0855;RBI=0.00765427;REFB=-0.00873844;REVB=0.005203;RO=152;SAF=77;SAR=54;SRF=75;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929244;STB=0.548686;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00858671;OID=.;OPOS=30038712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:284:152:152:131:132:0.464789:54:77:75:77:55:77:75:77 chr6 30038720 . C T 1361.13 PASS AF=0.47099;AO=138;DP=293;FAO=138;FDP=293;FR=.;FRO=155;FSAF=80;FSAR=58;FSRF=73;FSRR=82;FWDB=-0.0153354;FXX=0.00340124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.434;QD=18.582;RBI=0.0161604;REFB=0.0064786;REVB=-0.00509722;RO=153;SAF=80;SAR=58;SRF=73;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986669;STB=0.557927;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00932219;OID=.;OPOS=30038720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:153:155:138:138:0.47099:58:80:73:80:58:80:73:82 chr6 30038823 . A G 1242.53 PASS AF=0.452962;AO=129;DP=288;FAO=130;FDP=287;FR=.;FRO=157;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=48;FSRR=109;FWDB=-0.00262053;FXX=0.0034721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7264;QD=17.3175;RBI=0.0245957;REFB=-0.00016573;REVB=-0.0244557;RO=154;SAF=67;SAR=62;SRF=48;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203708;STB=0.617836;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00018955;OID=.;OPOS=30038823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:287:154:157:129:130:0.452962:62:67:48:106:62:68:48:109 chr6 30038830 . C G 1059.5 PASS AF=0.423913;AO=116;DP=276;FAO=117;FDP=276;FR=.;FRO=159;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=49;FSRR=110;FWDB=-0.005729;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.849;QD=15.3551;RBI=0.0229533;REFB=-0.000535649;REVB=-0.0222269;RO=159;SAF=57;SAR=59;SRF=49;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191743;STB=0.603721;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00060988;OID=.;OPOS=30038830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:159:159:116:117:0.423913:59:57:49:110:60:57:49:110 chr6 30039098 . T C 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.000808722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.391;QD=15.3078;RBI=0.0288098;REFB=-0.0104974;REVB=-0.0287985;RO=46;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518502;STB=0.529262;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0140871;OID=.;OPOS=30039098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:19:15:18:28:19:15:18:28 chr6 30039240 . G T 1393.04 PASS AF=0.462025;AO=146;DP=317;FAO=146;FDP=316;FR=.;FRO=170;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=95;FSRR=75;FWDB=0.0197763;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.778;QD=17.6335;RBI=0.0281379;REFB=-0.00932597;REVB=-0.020016;RO=169;SAF=73;SAR=73;SRF=94;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054669;STB=0.531641;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00927813;OID=.;OPOS=30039240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:316:169:170:146:146:0.462025:73:73:94:75:73:73:95:75 chr6 30039364 . C A 592.43 PASS AF=0.43662;AO=59;DP=141;FAO=62;FDP=142;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.0158005;FXX=0.0206882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.378;QD=16.6882;RBI=0.0170948;REFB=-0.00523558;REVB=0.00652507;RO=79;SAF=26;SAR=33;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802959;STB=0.532248;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00594146;OID=.;OPOS=30039364;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:79:80:59:62:0.43662:33:26:41:38:33:29:42:38 chr6 30041009 . A G 737.89 PASS AF=0.537879;AO=71;DP=132;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.000179089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.537;QD=22.3604;RBI=0.0157614;REFB=-0.0199256;REVB=-0.0157604;RO=60;SAF=32;SAR=39;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572966;STB=0.534597;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0173217;OID=.;OPOS=30041009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:60:61:71:71:0.537879:39:32:23:37:39:32:23:38 chr6 30043486 . T C 753.9 PASS AF=0.503401;AO=76;DP=143;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=-0.0687964;FXX=0.0067563;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6454;QD=20.5142;RBI=0.103692;REFB=-0.0327558;REVB=-0.0775823;RO=67;SAF=32;SAR=44;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690949;STB=0.539481;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0415102;OID=.;OPOS=30043486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:147:67:73:76:74:0.503401:44:32:23:44:43:31:25:48 chr6 30071330 . C T 594.58 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0218009;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.486;QD=19.1799;RBI=0.097544;REFB=0.0128066;REVB=0.0950766;RO=63;SAF=30;SAR=31;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731307;STB=0.540399;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0194548;OID=.;OPOS=30071330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:63:63:61:61:0.491935:31:30:36:27:31:30:36:27 chr6 30075843 . T C 468.71 PASS AF=0.367347;AO=54;DP=147;FAO=54;FDP=147;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.0214746;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=140.387;QD=12.7539;RBI=0.0228195;REFB=-0.00132927;REVB=-0.00771817;RO=85;SAF=32;SAR=22;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030974;STB=0.507801;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00261007;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:85:93:54:54:0.367347:22:32:48:37:22:32:54:39 chr6 30075864 . A G 523.06 PASS AF=0.396104;AO=61;DP=154;FAO=61;FDP=154;FR=.;FRO=93;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=0.00298301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8707;QD=13.5859;RBI=0.082144;REFB=-0.0193622;REVB=-0.0820898;RO=92;SAF=38;SAR=23;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403669;STB=0.520074;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0201422;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:92:93:61:61:0.396104:23:38:54:38:23:38:55:38 chr6 30122154 . T C 1701.21 PASS AF=0.902256;AO=119;DP=133;FAO=120;FDP=133;FR=.;FRO=13;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.00894941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.533;QD=51.1643;RBI=0.00894951;REFB=-0.0098637;REVB=-4.10748e-05;RO=13;SAF=68;SAR=51;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826109;STB=0.543617;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00202763;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:133:133:13:13:119:120:0.902256:51:68:13:0:52:68:13:0 chr6 30131515 . C A 1236.43 PASS AF=0.514894;AO=120;DP=234;FAO=121;FDP=235;FR=.;FRO=114;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=61;FSRR=53;FWDB=-0.014548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0004;QD=21.0456;RBI=0.108286;REFB=-0.0142309;REVB=0.107304;RO=114;SAF=52;SAR=68;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908923;STB=0.547257;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0122004;OID=.;OPOS=30131515;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:114:114:120:121:0.514894:68:52:61:53:68:53:61:53 chr6 30131527 . G T 1191.19 PASS AF=0.510917;AO=116;DP=232;FAO=117;FDP=229;FR=.;FRO=112;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=0.0107159;FXX=0.0129305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9204;QD=20.8068;RBI=0.0113765;REFB=-0.0261529;REVB=-0.00382005;RO=110;SAF=56;SAR=60;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395395;STB=0.515;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0206312;OID=.;OPOS=30131527;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:229:110:112:116:117:0.510917:60:56:58:52:60:57:58:54 chr6 30131546 . A G 938.27 PASS AF=0.466981;AO=99;DP=212;FAO=99;FDP=212;FR=.;FRO=113;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=0.0032046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.94;QD=17.7032;RBI=0.00797084;REFB=-0.0189124;REVB=-0.00729828;RO=107;SAF=52;SAR=47;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194124;STB=0.520541;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0246934;OID=.;OPOS=30131546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:107:113:99:99:0.466981:47:52:54:53:47:52:55:58 chr6 30140342 . T C 2864.42 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8276;QD=62.9542;RBI=0.0199394;REFB=0;REVB=0.0197758;RO=0;SAF=94;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26532e-05;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:88:94:0:0:88:94:0:0 chr6 30154199 . T C 544.06 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.00323573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.934;QD=19.9654;RBI=0.0198188;REFB=-0.00781747;REVB=-0.0195528;RO=46;SAF=21;SAR=35;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477194;STB=0.528526;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00677404;OID=.;OPOS=30154199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:46:53:56:56:0.513761:35:21:17:29:35:21:17:36 chr6 30166266 . C T 612.47 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0177119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.182;QD=20.0809;RBI=0.0384985;REFB=-0.0148816;REVB=-0.0341822;RO=60;SAF=35;SAR=27;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876364;STB=0.548311;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0144204;OID=.;OPOS=30166266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:60:62:62:0.508197:27:35:28:32:27:35:28:32 chr6 30227583 . C G 188.52 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0215332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4503;QD=9.1959;RBI=0.0238634;REFB=-0.00661903;REVB=0.0102852;RO=57;SAF=9;SAR=16;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158314;STB=0.593705;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0247415;OID=.;OPOS=30227583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:57:25:25:0.304878:16:9:28:29:16:9:28:29 chr6 30228230 . A C 557.23 PASS AF=0.421053;AO=57;DP=146;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.0158413;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.832;QD=14.664;RBI=0.0242954;REFB=-0.0279304;REVB=0.0184207;RO=89;SAF=28;SAR=29;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076049;STB=0.548405;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.044818;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:152:89:88:57:64:0.421053:29:28:50:39:33:31:50:38 chr6 30228379 . A G 184.23 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00786592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.764;QD=10.0948;RBI=0.0777217;REFB=-0.0176627;REVB=-0.0773226;RO=49;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822783;STB=0.548049;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0338214;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:13:11:19:30:13:11:19:30 chr6 30228398 . CG C 102.16 PASS AF=0.396825;AO=23;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0151322;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.6134;QD=6.48653;RBI=0.0740922;REFB=-0.017333;REVB=0.0725304;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558879;STB=0.511619;STBP=0.908;TYPE=del;VARB=0.0486187;OID=.;OPOS=30228399;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396825:23:64:25:63:38:11:14:16:22:99:33:11:12:14:19 chr6 30229013 . A G 459.94 PASS AF=0.505618;AO=42;DP=88;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0288851;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.501;QD=20.6714;RBI=0.0293035;REFB=-0.0196735;REVB=0.0049343;RO=44;SAF=21;SAR=21;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627519;STB=0.517338;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0161568;OID=.;OPOS=30229013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:44:44:42:45:0.505618:21:21:25:19:21:24:25:19 chr6 30229034 . C CT 312.38 PASS AF=0.471154;AO=43;DP=106;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0916946;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.5133;QD=12.0146;RBI=0.10724;REFB=0.0213494;REVB=0.0556104;RO=57;SAF=22;SAR=21;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863787;STB=0.515487;STBP=0.771;TYPE=ins;VARB=-0.0213316;OID=.;OPOS=30229035;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471154:43:106:49:104:55:28:21:33:22:99:57:22:21:34:23 chr6 30229401 . C T 912.18 PASS AF=0.529412;AO=88;DP=167;FAO=90;FDP=170;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.0193584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.61;QD=21.4631;RBI=0.0201639;REFB=-0.0121217;REVB=-0.00564222;RO=76;SAF=40;SAR=48;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742027;STB=0.531639;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0105789;OID=.;OPOS=30229401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:76:80:88:90:0.529412:48:40:28:48:48:42:32:48 chr6 30229457 . C T 890.68 PASS AF=0.508571;AO=89;DP=175;FAO=89;FDP=175;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0425485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5533;QD=20.3583;RBI=0.0702261;REFB=-0.0318952;REVB=-0.0558688;RO=86;SAF=39;SAR=50;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660899;STB=0.536306;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0515902;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:86:86:89:89:0.508571:50:39:44:42:50:39:44:42 chr6 30229463 . G A 872.55 PASS AF=0.494382;AO=88;DP=178;FAO=88;FDP=178;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.0178494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.459;QD=19.6079;RBI=0.019418;REFB=-0.0231773;REVB=-0.00764582;RO=90;SAF=39;SAR=49;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728415;STB=0.540109;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0274956;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:90:90:88:88:0.494382:49:39:47:43:49:39:47:43 chr6 30230085 . T C 314.78 PASS AF=0.323077;AO=33;DP=121;FAO=42;FDP=130;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0417171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.924;QD=9.68553;RBI=0.0419759;REFB=-0.0281176;REVB=-0.00465459;RO=87;SAF=12;SAR=21;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22919;STB=0.538443;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0684203;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:130:87:88:33:42:0.323077:21:12:48:39:21:21:49:39 chr6 30230128 . T C 86.11 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00556081;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6469;QD=5.14081;RBI=0.0312945;REFB=-0.0244896;REVB=-0.0307965;RO=42;SAF=6;SAR=8;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227747;STB=0.578611;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0202479;OID=.;OPOS=30230128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:66:67:42:53:14:14:0.208955:8:6:26:16:8:6:28:25 chr6 30231071 . G A 629.18 PASS AF=0.382979;AO=72;DP=189;FAO=72;FDP=188;FR=.;FRO=116;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=0.0154537;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0416;QD=13.3869;RBI=0.0156583;REFB=-0.00335252;REVB=0.00252328;RO=116;SAF=42;SAR=30;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825469;STB=0.546666;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00548937;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:116:116:72:72:0.382979:30:42:59:57:30:42:59:57 chr6 30231108 . G T 753.13 PASS AF=0.409524;AO=86;DP=210;FAO=86;FDP=210;FR=.;FRO=124;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.0896758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.372;QD=14.3453;RBI=0.0918148;REFB=-0.0125215;REVB=-0.019703;RO=124;SAF=45;SAR=41;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415089;STB=0.52325;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0168046;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:124:124:86:86:0.409524:41:45:60:64:41:45:60:64 chr6 30297529 . T C 671.04 PASS AF=0.447853;AO=73;DP=163;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=-0.0116158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.455;QD=16.4673;RBI=0.0146434;REFB=-0.00640979;REVB=0.00891631;RO=88;SAF=37;SAR=36;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129694;STB=0.577231;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00687736;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:88:90:73:73:0.447853:36:37:33:55:36:37:33:57 chr6 30309508 . T C 618.35 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.00885216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.418;QD=16.061;RBI=0.0154115;REFB=0.000959059;REVB=0.0126156;RO=85;SAF=30;SAR=38;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765253;STB=0.545963;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00108658;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:85:86:68:68:0.441558:38:30:44:41:38:30:45:41 chr6 30313247 . A G 2423.22 PASS AF=0.522523;AO=232;DP=446;FAO=232;FDP=444;FR=.;FRO=212;FSAF=121;FSAR=111;FSRF=112;FSRR=100;FWDB=-0.0410667;FXX=0.0044842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4551;QD=21.8308;RBI=0.0429477;REFB=-0.0214038;REVB=0.0125712;RO=210;SAF=121;SAR=111;SRF=110;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00197191;STB=0.50323;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.022462;OID=.;OPOS=30313247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:446:444:210:212:232:232:0.522523:111:121:110:100:111:121:112:100 chr6 30313340 . G C 913.95 PASS AF=0.594203;AO=83;DP=138;FAO=82;FDP=138;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=65;FSRF=14;FSRR=42;FWDB=0.000818951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.01;QD=26.4913;RBI=0.00777253;REFB=-0.027666;REVB=0.00772927;RO=53;SAF=18;SAR=65;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294814;STB=0.525554;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0175504;OID=.;OPOS=30313340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:53:56:83:82:0.594203:65:18:13:40:65:17:14:42 chr6 30314566 . TC GA 879.83 PASS AF=0.489011;AO=88;DP=181;FAO=89;FDP=182;FR=.;FRO=93;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.00181773;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=2;MLLD=290.342;QD=19.3369;RBI=0.00843574;REFB=-0.0274278;REVB=0.00823757;RO=92;SAF=49;SAR=39;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226757;STB=0.512497;STBP=0.733;TYPE=mnp;VARB=0.0283824;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:92:93:88:89:0.489011:39:49:49:43:39:50:50:43 chr6 30457732 . T C 588.17 PASS AF=0.488;AO=48;DP=125;FAO=61;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.00219437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.978;QD=18.8216;RBI=0.00358472;REFB=-0.0385007;REVB=0.0028346;RO=34;SAF=29;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107056;STB=0.576135;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0632356;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:34:64:48:61:0.488:19:29:21:13:32:29:21:43 chr6 30458064 . G A 1542.82 PASS AF=0.489028;AO=156;DP=317;FAO=156;FDP=319;FR=.;FRO=163;FSAF=89;FSAR=67;FSRF=75;FSRR=88;FWDB=0.0165177;FXX=0.0031249;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.63;QD=19.3457;RBI=0.0265312;REFB=-0.0235502;REVB=0.0207623;RO=161;SAF=89;SAR=67;SRF=74;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102999;STB=0.556624;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0205074;OID=.;OPOS=30458064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:319:161:163:156:156:0.489028:67:89:74:87:67:89:75:88 chr6 30521137 . G A 777.96 PASS AF=0.48503;AO=81;DP=166;FAO=81;FDP=167;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=0.00473398;FXX=0.00595203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.767;QD=18.6337;RBI=0.00590768;REFB=-0.0169662;REVB=-0.00353414;RO=83;SAF=37;SAR=44;SRF=27;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123436;STB=0.556545;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0142752;OID=.;OPOS=30521137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:83:86:81:81:0.48503:44:37:27:56:44:37:30:56 chr6 30530245 . T C 800.6 PASS AF=0.515924;AO=80;DP=156;FAO=81;FDP=157;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00476836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.003;QD=20.3974;RBI=0.0146827;REFB=-0.00983202;REVB=-0.0138869;RO=75;SAF=38;SAR=42;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309778;STB=0.516552;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00874406;OID=.;OPOS=30530245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:75:76:80:81:0.515924:42:38:33:42:42:39:34:42 chr6 30558477 . G GA 1394.28 PASS AF=0.559659;AO=191;DP=375;FAO=197;FDP=352;FR=.;FRO=155;FSAF=79;FSAR=118;FSRF=77;FSRR=78;FWDB=0.122884;FXX=0.0249301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.4427;QD=15.8441;RBI=0.168311;REFB=-0.0102;REVB=0.115015;RO=183;SAF=78;SAR=113;SRF=95;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100438;STB=0.543133;STBP=0.076;TYPE=ins;VARB=0.0108913;OID=.;OPOS=30558478;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.559659:191:375:197:352:155:79:118:77:78:99:183:78:113:95:88 chr6 30570221 . TGGGG TGGGC,TGGG 131.38 PASS AF=0.156627,0.228916;AO=4,16;DP=85;FAO=13,19;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=13,15;FSAR=0,4;FSRF=10;FSRR=41;FWDB=-0.0274803,0.0709723;FXX=0.0568117;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=231.497,10.335;QD=6.33177;RBI=0.0280273,0.262003;REFB=-0.0109673,-0.147001;REVB=0.00551049,0.252208;RO=40;SAF=4,13;SAR=0,3;SRF=7;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.741173,0.664453;STB=0.999447,0.87066;STBP=0,0.002;TYPE=snp,del;VARB=0.17451,-0.0473128;OID=.,.;OPOS=30570225,30570222;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TGGGC,TGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.156627,0.228916:4,16:85:13,19:83:51:13,15:0,4:10:41:46:40:4,13:0,3:7:33 chr6 30575603 . A G 1355.85 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6606;QD=62.338;RBI=0.0140089;REFB=0;REVB=0.00551891;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39032e-05;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr6 30656456 . C T 249.94 PASS AF=0.195556;AO=44;DP=227;FAO=44;FDP=225;FR=.;FRO=181;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=82;FSRR=99;FWDB=-0.0096025;FXX=0.00881018;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6001;QD=4.44344;RBI=0.0340486;REFB=-0.00683811;REVB=0.0326665;RO=181;SAF=19;SAR=25;SRF=81;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204835;STB=0.517304;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0423821;OID=.;OPOS=30656456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:225:181:181:44:44:0.195556:25:19:81:100:25:19:82:99 chr6 30672463 . G A 579.1 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0321997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.771;QD=21.6488;RBI=0.0395285;REFB=-0.0431227;REVB=0.0229278;RO=46;SAF=29;SAR=29;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175547;STB=0.504671;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0267536;OID=.;OPOS=30672463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:49:58:58:0.542056:29:29:24:22:29:29:24:25 chr6 30672805 . AG GA 35.44 PASS AF=0.0827586;AO=12;DP=146;FAO=12;FDP=145;FR=.;FRO=133;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=76;FWDB=-0.0255009;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=2;MLLD=71.7077;QD=0.977719;RBI=0.0255013;REFB=-0.00315337;REVB=-0.000153759;RO=127;SAF=7;SAR=5;SRF=56;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162125;STB=0.639009;STBP=0.39;TYPE=mnp;VARB=0.114142;OID=.;OPOS=30672805;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:146:145:127:133:12:12:0.0827586:5:7:56:71:5:7:57:76 chr6 30693163 . C T 725.8 PASS AF=0.626168;AO=67;DP=108;FAO=67;FDP=107;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0132541;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.124;QD=27.1329;RBI=0.0788416;REFB=0.0252405;REVB=0.0777196;RO=40;SAF=37;SAR=30;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0015599;STB=0.51027;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0157691;OID=.;OPOS=30693163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:40:40:67:67:0.626168:30:37:22:18:30:37:21:19 chr6 30711805 . C G 2293.36 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.457;QD=63.7044;RBI=0.0463472;REFB=0;REVB=0.0463245;RO=0;SAF=64;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54811e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:144:0:0:140:144:1:76:64:0:0:77:67:0:0 chr6 30782105 . T C 772.95 PASS AF=0.458101;AO=81;DP=180;FAO=82;FDP=179;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.0305308;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.159;QD=17.2727;RBI=0.0329025;REFB=-0.00327146;REVB=-0.0122657;RO=98;SAF=33;SAR=48;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926533;STB=0.544086;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00310822;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:98:97:81:82:0.458101:48:33:49:49:48:34:48:49 chr6 30782235 . G A 501.97 PASS AF=0.397163;AO=56;DP=141;FAO=56;FDP=141;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.00342974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.075;QD=14.2402;RBI=0.00353983;REFB=0.00660344;REVB=-0.000875921;RO=85;SAF=27;SAR=29;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012362;STB=0.506975;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00998731;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:85:85:56:56:0.397163:29:27:40:45:29:27:40:45 chr6 30782245 . G A 789.22 PASS AF=0.564885;AO=73;DP=131;FAO=74;FDP=131;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00853512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.255;QD=24.0982;RBI=0.0118134;REFB=-0.00729325;REVB=0.00816755;RO=57;SAF=35;SAR=38;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464027;STB=0.505575;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0055408;OID=.;OPOS=30782245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:57:57:73:74:0.564885:38:35:27:30:38:36:27:30 chr6 30782303 . C T 288.38 PASS AF=0.361702;AO=30;DP=91;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.00383086;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.331;QD=12.2716;RBI=0.00421345;REFB=-0.0155388;REVB=0.00175434;RO=55;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059372;STB=0.518845;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.028505;OID=.;OPOS=30782303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:55:60:30:34:0.361702:17:13:21:34:20:14:23:37 chr6 30782361 . G A 284.0 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.010829;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.93;QD=12.6221;RBI=0.0124008;REFB=0.000634851;REVB=-0.00604254;RO=57;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155612;STB=0.589125;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00102709;OID=.;OPOS=30782361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:57:57:33:33:0.366667:15:18:23:34:15:18:23:34 chr6 30782407 . A G 359.45 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.00759038;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.185;QD=14.6714;RBI=0.0110238;REFB=-0.0217684;REVB=-0.00799439;RO=59;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227302;STB=0.62861;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.031829;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:59:59:39:39:0.397959:16:23:22:37:16:23:22:37 chr6 30857072 . G C 1767.52 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.977;QD=60.9489;RBI=0.0261495;REFB=0;REVB=-0.0238078;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26556e-05;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:60:56:0:0:60:56:0:0 chr6 30858857 . C T 5538.51 PASS AF=1;AO=346;DP=346;FAO=346;FDP=346;FR=.;FRO=0;FSAF=177;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6559;QD=64.0291;RBI=0.0109539;REFB=0;REVB=-0.00256252;RO=0;SAF=177;SAR=169;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27942e-05;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:346:346:0:0:346:346:1:169:177:0:0:169:177:0:0 chr6 30864829 . T C 3133.0 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.782;QD=63.9387;RBI=0.0205901;REFB=0;REVB=0.0203982;RO=0;SAF=86;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12121e-05;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:110:86:0:0:110:86:0:0 chr6 30876238 . G A 1267.74 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411784;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.081;QD=61.8408;RBI=0.0538873;REFB=0;REVB=0.0347589;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105361;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr6 30877760 . A C 2481.06 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.847;QD=60.885;RBI=0.0183516;REFB=0;REVB=0.0167625;RO=0;SAF=76;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668399;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:163:0:0:158:163:1:82:76:0:0:87:76:0:0 chr6 30881103 . C A 837.24 PASS AF=0.502924;AO=87;DP=171;FAO=86;FDP=171;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0149072;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.2154;QD=19.5846;RBI=0.0159987;REFB=-0.0175892;REVB=0.00580793;RO=71;SAF=44;SAR=43;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358701;STB=0.502923;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0172389;OID=.;OPOS=30881103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:71:85:87:86:0.502924:43:44:39:32:43:43:42:43 chr6 30882203 . T C 999.88 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0043;QD=57.1361;RBI=0.0428885;REFB=-0.0240677;REVB=-0.0409322;RO=0;SAF=53;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00414967;OID=.;OPOS=30882203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:0:1:67:69:0.985714:14:53:0:0:14:55:1:0 chr6 30887972 . C T 1164.15 PASS AF=0.42517;AO=125;DP=294;FAO=125;FDP=294;FR=.;FRO=169;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=81;FSRR=88;FWDB=0.00308496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.76;QD=15.8388;RBI=0.014329;REFB=-0.0166309;REVB=-0.0139929;RO=169;SAF=47;SAR=78;SRF=81;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11;STB=0.56133;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0234591;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:169:169:125:125:0.42517:78:47:81:88:78:47:81:88 chr6 30888161 . T C 707.75 PASS AF=0.407035;AO=80;DP=200;FAO=81;FDP=199;FR=.;FRO=118;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=-0.00406865;FXX=0.0148508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.927;QD=14.2261;RBI=0.0101018;REFB=-0.00860107;REVB=0.00924625;RO=111;SAF=47;SAR=33;SRF=61;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403267;STB=0.533006;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0130604;OID=.;OPOS=30888161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:111:118:80:81:0.407035:33:47:61:50:34:47:62:56 chr6 30889389 . T C 415.54 PASS AF=0.33557;AO=50;DP=150;FAO=50;FDP=149;FR=.;FRO=99;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=0.0104101;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7979;QD=11.1554;RBI=0.0104102;REFB=0.00686864;REVB=-3.03897e-05;RO=96;SAF=29;SAR=21;SRF=61;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660289;STB=0.538897;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0100461;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:96:99:50:50:0.33557:21:29:61:35:21:29:63:36 chr6 30893127 . G A 505.97 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=0.00124052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4188;QD=16.3216;RBI=0.0185402;REFB=0.000676486;REVB=0.0184986;RO=68;SAF=32;SAR=23;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380765;STB=0.525835;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.000766861;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:68:69:55:55:0.443548:23:32:37:31:23:32:37:32 chr6 30893728 . C T 2293.25 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215016;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3268;QD=61.1534;RBI=0.0259975;REFB=0;REVB=0.0146134;RO=0;SAF=72;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422147;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:78:72:0:0:78:72:0:0 chr6 30893941 . G A 635.72 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.02822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.039;QD=20.0227;RBI=0.0282521;REFB=0.0101336;REVB=-0.00134578;RO=62;SAF=35;SAR=29;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104401;STB=0.552503;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00861904;OID=.;OPOS=30893941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:62:63:64:64:0.503937:29:35:41:21:29:35:41:22 chr6 30899524 . T C 751.61 PASS AF=0.603448;AO=70;DP=116;FAO=70;FDP=116;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0132165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0728;QD=25.9176;RBI=0.0733114;REFB=-0.00769413;REVB=-0.0721102;RO=46;SAF=36;SAR=34;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691343;STB=0.537539;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00690597;OID=.;OPOS=30899524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:46:46:70:70:0.603448:34:36:28:18:34:36:28:18 chr6 30900427 . TAGA GAGA,T 1365.19 PASS AF=0.483516,0.516484;AO=43,47;DP=92;FAO=44,47;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=21,22;FSAR=23,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125556,-0.00833716;FXX=0.0108684;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=79.4859,118.799;QD=60.0082;RBI=0.0406768,0.0333976;REFB=0,0;REVB=0.0386905,0.0323402;RO=0;SAF=21,22;SAR=22,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0168589,0.0121012;OID=.,.;OPOS=30900427,30900428;OREF=T,AGA;OALT=G,-;OMAPALT=GAGA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:92:91:0:0:43,47:44,47:0.483516,0.516484:22,25:21,22:0:0:23,25:21,22:0:0 chr6 30919391 . G A 62.68 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0179594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.745;QD=20.8937;RBI=0.0330206;REFB=-0.0199846;REVB=0.0277096;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144485;STB=0.58313;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0137002;OID=.;OPOS=30919391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:1:3:4:4:1:3 chr6 30920124 . G A 478.42 PASS AF=0.522222;AO=46;DP=89;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0417337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.707;QD=21.263;RBI=0.043716;REFB=-0.0123484;REVB=-0.013015;RO=43;SAF=25;SAR=21;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208803;STB=0.60857;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00706782;OID=.;OPOS=30920124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:43:43:46:47:0.522222:21:25:13:30:22:25:13:30 chr6 30954245 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.822;QD=58.1395;RBI=0.0533056;REFB=0;REVB=0.0297707;RO=0;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011774;OID=.;OPOS=30954245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:27:5:0:0:27:5:0:0 chr6 30993377 . T A 643.33 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0814014;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7996;QD=20.9214;RBI=0.0831864;REFB=-0.0137871;REVB=-0.0171401;RO=59;SAF=34;SAR=30;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199107;STB=0.510949;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0166081;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:59:59:64:64:0.520325:30:34:30:29:30:34:30:29 chr6 30993499 . C T 680.59 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0309079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.783;QD=21.2686;RBI=0.0309122;REFB=-0.011825;REVB=0.000519408;RO=58;SAF=29;SAR=38;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615931;STB=0.535353;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0268262;OID=.;OPOS=30993499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:58:61:67:67:0.523438:38:29:21:37:38:29:22:39 chr6 30993533 . A G 401.93 PASS AF=0.429825;AO=38;DP=103;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0116464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.106;QD=14.1029;RBI=0.0437231;REFB=-0.0365006;REVB=0.0421434;RO=61;SAF=15;SAR=23;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170048;STB=0.507325;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0439642;OID=.;OPOS=30993533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:114:61:65:38:49:0.429825:23:15:25:36:30:19:26:39 chr6 30993567 . G T 516.07 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00379393;FXX=0.0256388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.406;QD=18.1076;RBI=0.0518402;REFB=-0.0262478;REVB=-0.0517012;RO=58;SAF=23;SAR=32;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206738;STB=0.515146;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0284996;OID=.;OPOS=30993567;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:114:58:59:55:55:0.482456:32:23:23:35:32:23:23:36 chr6 30993776 . A T 118.58 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.00226118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.579;QD=12.8199;RBI=0.0173905;REFB=-0.00678432;REVB=-0.0172428;RO=23;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399383;STB=0.538869;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00758302;OID=.;OPOS=30993776;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:23:13:14:0.378378:11:2:4:19:11:3:4:19 chr6 30993958 . A G 616.25 PASS AF=0.43871;AO=68;DP=156;FAO=68;FDP=155;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=58;FSRR=29;FWDB=-0.00162686;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2014;QD=15.9032;RBI=0.00747326;REFB=-0.0165846;REVB=-0.00729403;RO=86;SAF=30;SAR=38;SRF=58;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230654;STB=0.624544;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0168531;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:86:87:68:68:0.43871:38:30:58:28:38:30:58:29 chr6 30996487 . GACC G 59.65 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00827893;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=3;MLLD=154.068;QD=14.0364;RBI=0.0113063;REFB=-0.0254263;REVB=0.00770011;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228386;STB=0.660682;STBP=0.327;TYPE=del;VARB=0.0379713;OID=.;OPOS=30996488;OREF=ACC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:7:18:8:17:9:3:5:1:8:59:9:2:5:1:8 chr6 30997692 . G C 608.32 PASS AF=0.6625;AO=53;DP=80;FAO=53;FDP=80;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0105814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.861;QD=30.4159;RBI=0.0122188;REFB=-0.00380654;REVB=-0.00611006;RO=27;SAF=23;SAR=30;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531686;STB=0.528812;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00219781;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:27:27:53:53:0.6625:30:23:14:13:30:23:14:13 chr6 31002452 . A G 737.42 PASS AF=0.507042;AO=71;DP=142;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00442473;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.887;QD=20.7725;RBI=0.00547961;REFB=-0.00466981;REVB=-0.00323232;RO=70;SAF=28;SAR=43;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583607;STB=0.534836;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00496952;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:70:70:71:72:0.507042:43:28:32:38:44:28:32:38 chr6 31002527 . A G 1617.7 PASS AF=0.538462;AO=152;DP=281;FAO=154;FDP=286;FR=.;FRO=132;FSAF=63;FSAR=91;FSRF=59;FSRR=73;FWDB=-0.0656324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3842;QD=22.6251;RBI=0.0696889;REFB=-0.000286645;REVB=-0.0234293;RO=129;SAF=62;SAR=90;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042763;STB=0.51796;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000213293;OID=.;OPOS=31002527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:286:129:132:152:154:0.538462:90:62:59:70:91:63:59:73 chr6 31084075 . G C 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8602;QD=45.7988;RBI=0.0281996;REFB=0;REVB=0.0277836;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133704;OID=.;OPOS=31084075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr6 31084163 . A G 418.64 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.354;QD=55.818;RBI=0.0547427;REFB=0;REVB=0.0232819;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887031;OID=.;OPOS=31084163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:18:12:0:0 chr6 31084191 . T C 72.65 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0580832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.58;QD=8.54651;RBI=0.0580838;REFB=-0.0263633;REVB=0.000279795;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446589;STB=0.582123;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0565338;OID=.;OPOS=31084191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:18:24:10:10:0.294118:6:4:1:17:6:4:7:17 chr6 31084288 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.126;QD=39.2068;RBI=0.0588122;REFB=0;REVB=-0.0416607;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31914e-06;OID=.;OPOS=31084288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr6 31084684 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.515;QD=54.5173;RBI=0.0131938;REFB=0;REVB=0.00900148;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104443;OID=.;OPOS=31084684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr6 31084792 . C T 1042.06 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.936;QD=59.5464;RBI=0.0542471;REFB=0;REVB=0.0536665;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38276e-05;OID=.;OPOS=31084792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:70:0:0:64:70:1:23:41:0:0:29:41:0:0 chr6 31088202 . A G 2290.98 PASS AF=1;AO=144;DP=147;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409745;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.484;QD=60.6882;RBI=0.0557558;REFB=0;REVB=-0.0378127;RO=0;SAF=49;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31597e-05;OID=.;OPOS=31088202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:151:0:0:144:151:1:95:49:0:0:95:56:0:0 chr6 31097453 . T G 1862.04 PASS AF=0.947761;AO=124;DP=132;FAO=127;FDP=134;FR=.;FRO=7;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.054451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2706;QD=55.5832;RBI=0.0584198;REFB=-0.114585;REVB=0.0211651;RO=7;SAF=65;SAR=59;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0047992;STB=0.502707;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00898368;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:132:134:7:7:124:127:0.947761:59:65:4:3:61:66:4:3 chr6 31105891 . A G 391.11 PASS AF=1;AO=22;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.092;QD=55.8734;RBI=0.0343378;REFB=0;REVB=0.0265572;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203665;OID=.;OPOS=31105891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:22:28:1:10:12:0:0:13:15:0:0 chr6 31106268 . A G 405.6 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.014142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.57;QD=17.2596;RBI=0.0243642;REFB=0.0107781;REVB=0.0198398;RO=52;SAF=14;SAR=28;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556482;STB=0.531235;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0131643;OID=.;OPOS=31106268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:28:14:20:32:28:14:20:32 chr6 31110391 . G C 767.42 PASS AF=0.509804;AO=77;DP=153;FAO=78;FDP=153;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.00467271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.786;QD=20.0632;RBI=0.0130638;REFB=0.00220999;REVB=0.0121995;RO=74;SAF=38;SAR=39;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102907;STB=0.55599;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0024235;OID=.;OPOS=31110391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:74:75:77:78:0.509804:39:38:28:46:40:38:28:47 chr6 31111180 . T C 1081.07 PASS AF=0.569832;AO=99;DP=179;FAO=102;FDP=179;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0178485;FXX=0.0271724;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9771;QD=24.158;RBI=0.029095;REFB=-0.00777369;REVB=-0.0229771;RO=72;SAF=40;SAR=59;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101597;STB=0.504075;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00641479;OID=.;OPOS=31111180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:72:77:99:102:0.569832:59:40:29:43:60:42:31:46 chr6 31112602 . G C 835.26 PASS AF=0.528302;AO=83;DP=158;FAO=84;FDP=159;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.000885421;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.678;QD=21.0128;RBI=0.0150388;REFB=0.00315936;REVB=0.0150127;RO=74;SAF=35;SAR=48;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148608;STB=0.574489;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00269747;OID=.;OPOS=31112602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:74:75:83:84:0.528302:48:35:44:30:48:36:44:31 chr6 31112737 . C A 492.29 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0162368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.712;QD=22.6338;RBI=0.0171988;REFB=-0.0343042;REVB=-0.00567164;RO=40;SAF=10;SAR=37;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246828;STB=0.637082;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0284563;OID=.;OPOS=31112737;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:37:10:18:22:37:10:18:22 chr6 31113030 . A G 775.82 PASS AF=0.509677;AO=79;DP=155;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00675776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.483;QD=20.0211;RBI=0.00967094;REFB=-0.0208739;REVB=-0.00691808;RO=75;SAF=45;SAR=34;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115077;STB=0.56009;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0215009;OID=.;OPOS=31113030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:75:76:79:79:0.509677:34:45:33:42:34:45:34:42 chr6 31113052 . G A 745.18 PASS AF=0.461988;AO=79;DP=171;FAO=79;FDP=171;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.00463596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.671;QD=17.4312;RBI=0.00690411;REFB=-0.00844983;REVB=0.00511611;RO=91;SAF=42;SAR=37;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359309;STB=0.522893;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0114161;OID=.;OPOS=31113052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:91:92:79:79:0.461988:37:42:45:46:37:42:45:47 chr6 31113275 . AG GA 48.41 PASS AF=0.0588235;AO=25;DP=57;FAO=2;FDP=34;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.0540326;FXX=0.433261;HRUN=1;LEN=2;MLLD=109.101;QD=5.69581;RBI=0.0542918;REFB=-0.0472914;REVB=0.00529827;RO=29;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136664;STB=0.821652;STBP=0.735;TYPE=mnp;VARB=0.0455773;OID=.;OPOS=31113275;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:57:34:29:32:25:2:0.0588235:18:7:5:24:1:1:5:27 chr6 31116246 . G A 1078.59 PASS AF=0.519231;AO=105;DP=205;FAO=108;FDP=208;FR=.;FRO=100;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=-0.0152879;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.8;QD=20.7421;RBI=0.0172528;REFB=-0.00139631;REVB=0.00799625;RO=91;SAF=50;SAR=55;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312057;STB=0.506271;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00111426;OID=.;OPOS=31116246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:208:91:100:105:108:0.519231:55:50:43:48:58:50:45:55 chr6 31118565 . C G 526.69 PASS AF=0.470588;AO=55;DP=118;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=17;FWDB=0.0138658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.479;QD=17.7038;RBI=0.0140469;REFB=0.00210236;REVB=-0.00224792;RO=63;SAF=37;SAR=18;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643354;STB=0.532009;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0027489;OID=.;OPOS=31118565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:63:63:55:56:0.470588:18:37:46:17:18:38:46:17 chr6 31122315 . G C 742.17 PASS AF=0.514286;AO=72;DP=140;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=56;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=-0.0742216;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.739;QD=21.205;RBI=0.0842038;REFB=-0.00870869;REVB=-0.0397672;RO=67;SAF=16;SAR=56;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123732;STB=0.574715;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00992419;OID=.;OPOS=31122315;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:67:68:72:72:0.514286:56:16:22:45:56:16:23:45 chr6 31122482 . G A 929.8 PASS AF=0.592857;AO=83;DP=142;FAO=83;FDP=140;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00303653;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.147;QD=26.5656;RBI=0.0259292;REFB=-0.00750859;REVB=0.0257508;RO=57;SAF=35;SAR=48;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923482;STB=0.550179;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0043453;OID=.;OPOS=31122482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:57:57:83:83:0.592857:48:35:31:26:48:35:31:26 chr6 31122500 . G A 1109.13 PASS AF=0.632911;AO=100;DP=158;FAO=100;FDP=158;FR=.;FRO=58;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00322434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.911;QD=28.0792;RBI=0.0334947;REFB=-0.0207795;REVB=0.0333391;RO=58;SAF=41;SAR=59;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505887;STB=0.527326;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0149372;OID=.;OPOS=31122500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:58:58:100:100:0.632911:59:41:28:30:59:41:28:30 chr6 31124849 . C T 652.92 PASS AF=0.481752;AO=65;DP=136;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0248342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1137;QD=19.0633;RBI=0.0260924;REFB=0.00493376;REVB=0.00800483;RO=71;SAF=29;SAR=36;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708812;STB=0.534564;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00502497;OID=.;OPOS=31124849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:71:71:65:66:0.481752:36:29:37:34:36:30:37:34 chr6 31125158 . C T 1138.75 PASS AF=0.513636;AO=114;DP=220;FAO=113;FDP=220;FR=.;FRO=107;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=0.0100845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.713;QD=20.7045;RBI=0.033008;REFB=-0.0239635;REVB=0.0314298;RO=106;SAF=50;SAR=64;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544494;STB=0.534842;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0232906;OID=.;OPOS=31125158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:106:107:114:113:0.513636:64:50:53:53:64:49:54:53 chr6 31129616 . A G 715.92 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=147;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=-0.0314978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.275;QD=19.3492;RBI=0.0319865;REFB=0.00341798;REVB=0.00556987;RO=75;SAF=22;SAR=49;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109675;STB=0.501111;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00217903;OID=.;OPOS=31129616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:75:77:71:71:0.47973:49:22:24:51:49:22:24:53 chr6 31129642 . A C 695.12 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=-0.0105057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.762;QD=16.9543;RBI=0.0161282;REFB=-0.0196048;REVB=0.0122371;RO=86;SAF=26;SAR=49;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010099;STB=0.507679;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0252728;OID=.;OPOS=31129642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:86:89:75:75:0.457317:49:26:29:57:49:26:32:57 chr6 31132414 . G A 234.02 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0255323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7401;QD=24.6334;RBI=0.0354288;REFB=0.0106883;REVB=0.0245622;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945677;STB=0.552584;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.0110809;OID=.;OPOS=31132414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:11:11:6:10:11:11:6:10 chr6 31133943 . C A 1116.13 PASS AF=0.6;AO=102;DP=171;FAO=102;FDP=170;FR=.;FRO=68;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0272756;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.629;QD=26.262;RBI=0.0279646;REFB=0.00469591;REVB=0.0061696;RO=67;SAF=53;SAR=49;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239472;STB=0.515727;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00287383;OID=.;OPOS=31133943;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:67:68:102:102:0.6:49:53:37:30:49:53:38:30 chr6 31134118 . C CGAG 360.36 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00438816;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.879;QD=13.8602;RBI=0.0138225;REFB=-0.00588675;REVB=0.0131075;RO=59;SAF=18;SAR=24;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412516;STB=0.505615;STBP=0.941;TYPE=ins;VARB=0.00867012;OID=.;OPOS=31134119;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403846:42:104:42:104:62:18:24:26:36:99:59:18:24:23:36 chr6 31138107 . G A 747.15 PASS AF=0.506667;AO=76;DP=154;FAO=76;FDP=150;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.00215859;FXX=0.032256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.481;QD=19.924;RBI=0.028142;REFB=-0.013002;REVB=-0.0280591;RO=73;SAF=38;SAR=38;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793817;STB=0.53999;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.013071;OID=.;OPOS=31138107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:150:73:74:76:76:0.506667:38:38:30:43:38:38:31:43 chr6 31138310 . C T 1656.29 PASS AF=0.559567;AO=154;DP=275;FAO=155;FDP=277;FR=.;FRO=122;FSAF=74;FSAR=81;FSRF=52;FSRR=70;FWDB=-0.0137463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.787;QD=23.9176;RBI=0.017207;REFB=-0.0091339;REVB=0.01035;RO=120;SAF=74;SAR=80;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449393;STB=0.522635;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00804165;OID=.;OPOS=31138310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:277:120:122:154:155:0.559567:80:74:51:69:81:74:52:70 chr6 31138377 . C T 2023.91 PASS AF=0.566667;AO=187;DP=332;FAO=187;FDP=330;FR=.;FRO=143;FSAF=79;FSAR=108;FSRF=48;FSRR=95;FWDB=-0.00420789;FXX=0.00602391;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.632;QD=24.5323;RBI=0.00423072;REFB=0.00289571;REVB=-0.000438917;RO=141;SAF=79;SAR=108;SRF=47;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734206;STB=0.539;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00291317;OID=.;OPOS=31138377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:330:141:143:187:187:0.566667:108:79:47:94:108:79:48:95 chr6 31165566 . T C 1181.9 PASS AF=0.483607;AO=118;DP=244;FAO=118;FDP=244;FR=.;FRO=126;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=66;FSRR=60;FWDB=-0.0237923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3033;QD=19.3755;RBI=0.0305848;REFB=-0.00227163;REVB=-0.0192186;RO=126;SAF=65;SAR=53;SRF=66;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025551;STB=0.514065;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00236709;OID=.;OPOS=31165566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:126:126:118:118:0.483607:53:65:66:60:53:65:66:60 chr6 31165962 . G A 1070.33 PASS AF=0.571429;AO=100;DP=175;FAO=100;FDP=175;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.00936799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.202;QD=24.4647;RBI=0.00987725;REFB=-0.0173314;REVB=-0.00313063;RO=73;SAF=47;SAR=53;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461708;STB=0.52444;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0117587;OID=.;OPOS=31165962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:73:75:100:100:0.571429:53:47:30:43:53:47:31:44 chr6 31170228 . G C 1099.28 PASS AF=0.534653;AO=106;DP=201;FAO=108;FDP=202;FR=.;FRO=94;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.014899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.865;QD=21.7678;RBI=0.0295491;REFB=-0.0244162;REVB=-0.025518;RO=94;SAF=60;SAR=46;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204814;STB=0.506117;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0215516;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:94:94:106:108:0.534653:46:60:51:43:48:60:51:43 chr6 31236853 . G A 372.98 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0460576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0247;QD=20.4371;RBI=0.0660181;REFB=-0.00827968;REVB=0.0472978;RO=35;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351444;STB=0.51947;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0103603;OID=.;OPOS=31236853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:18:20:17:18:18:20:17:18 chr6 31237124 . T C 231.38 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00567356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8776;QD=14.6905;RBI=0.0279586;REFB=-0.046503;REVB=0.0273769;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655511;STB=0.537163;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0681036;OID=.;OPOS=31237124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:13:14:21:15:13:14:21:15 chr6 31237162 . C G 185.36 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0598263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6632;QD=12.3576;RBI=0.0602165;REFB=0.0124966;REVB=-0.00684401;RO=37;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00255754;STB=0.501474;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0245439;OID=.;OPOS=31237162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:10:13:21:16:10:13:21:16 chr6 31237255 . G A 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0107845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.825;QD=24.9292;RBI=0.0267701;REFB=-0.000782789;REVB=0.0245017;RO=19;SAF=10;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113987;STB=0.563058;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.000983255;OID=.;OPOS=31237255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:15:10:5:14:15:10:5:14 chr6 31237323 . A G 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00243767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.002;QD=15.2295;RBI=0.00982896;REFB=-0.00433205;REVB=-0.00952188;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148183;STB=0.584821;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00497324;OID=.;OPOS=31237323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:11:8:8:20:11:8:8:20 chr6 31237333 . T A 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0187315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.956;QD=13.5795;RBI=0.018761;REFB=-0.000144054;REVB=0.00105104;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143955;STB=0.583241;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=7.85523e-05;OID=.;OPOS=31237333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:10:7:8:20:10:7:8:20 chr6 31237767 . T C 45.72 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.022881;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.75;QD=5.37852;RBI=0.0459058;REFB=-0.00410129;REVB=-0.0397971;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159261;STB=0.607154;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0484223;OID=.;OPOS=31237767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:35:34:27:27:7:7:0.205882:5:2:11:16:5:2:11:16 chr6 31237769 . G A 42.47 PASS AF=0.2;AO=8;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0350567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.3;QD=4.85415;RBI=0.0429463;REFB=-0.000315395;REVB=-0.0248076;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21139;STB=0.596042;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0014305;OID=.;OPOS=31237769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:27:28:8:7:0.2:6:2:11:16:5:2:11:17 chr6 31237771 . G A 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.106283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0939;QD=5.90493;RBI=0.114175;REFB=0.0285566;REVB=0.0417111;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21139;STB=0.638971;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.0509434;OID=.;OPOS=31237771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:6:2:11:16:6:2:11:16 chr6 31237773 . TG CC 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0167307;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.992;QD=5.90506;RBI=0.0224678;REFB=-0.0103905;REVB=-0.0149962;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21139;STB=0.638971;STBP=0.396;TYPE=mnp;VARB=0.0292434;OID=.;OPOS=31237773;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:6:2:11:16:6:2:11:16 chr6 31237776 . C T 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00298282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.435;QD=5.01788;RBI=0.0501079;REFB=-0.00871896;REVB=0.0500191;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159261;STB=0.607154;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0261596;OID=.;OPOS=31237776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:5:2:11:16:5:2:11:16 chr6 31237786 . A T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0169692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.269;QD=7.52631;RBI=0.0283326;REFB=-0.0175001;REVB=-0.0226888;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213607;STB=0.636033;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0345325;OID=.;OPOS=31237786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:7:2:9:15:7:2:9:15 chr6 31237802 . A G 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0167007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.901;QD=7.48171;RBI=0.0223428;REFB=0.00149421;REVB=-0.014842;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928416;STB=0.548093;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00491;OID=.;OPOS=31237802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:7:3:10:17:7:3:10:18 chr6 31237833 . T C 84.51 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0738254;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9711;QD=9.13607;RBI=0.0761814;REFB=-0.0279111;REVB=-0.0187994;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717141;STB=0.54396;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0817259;OID=.;OPOS=31237833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:38:37:26:26:11:11:0.297297:7:4:11:15:7:4:11:15 chr6 31238135 . G A 35.97 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0175146;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.246;QD=5.32882;RBI=0.0181688;REFB=-0.00118361;REVB=-0.00483135;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604803;STB=0.540403;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00303802;OID=.;OPOS=31238135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:13:8:2:4:13:8 chr6 31238138 . C T 44.1 PASS AF=0.25;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0149697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.033;QD=6.29958;RBI=0.0185933;REFB=-0.00219541;REVB=-0.011028;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604803;STB=0.536739;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0108962;OID=.;OPOS=31238138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:28:21:21:6:7:0.25:2:4:13:8:3:4:13:8 chr6 31238147 . C G 52.61 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00318412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.449;QD=6.78853;RBI=0.0691509;REFB=-0.00659229;REVB=-0.0690775;RO=23;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342276;STB=0.521685;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0168067;OID=.;OPOS=31238147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:3:5:15:8:3:5:15:8 chr6 31238230 . GGGGG CGGGA 95.71 PASS AF=0.413793;AO=10;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0126805;FXX=0.0333222;HRUN=5;LEN=5;MLLD=212.371;QD=13.2017;RBI=0.0194582;REFB=-0.00950335;REVB=-0.014759;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687321;STB=0.517213;STBP=0.92;TYPE=mnp;VARB=0.0244363;OID=.;OPOS=31238230;OREF=GGGGG;OALT=CGGGA;OMAPALT=CGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:29:15:17:10:12:0.413793:4:6:8:7:6:6:9:8 chr6 31238259 . G T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0329697;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.091;QD=14.1955;RBI=0.0329957;REFB=-0.00927306;REVB=-0.0013106;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964467;STB=0.50561;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.01358;OID=.;OPOS=31238259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:9:13:9:6:9:13 chr6 31238490 . T C 278.84 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00404608;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.1;QD=13.438;RBI=0.0126509;REFB=-0.0345184;REVB=0.0119865;RO=51;SAF=12;SAR=20;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106065;STB=0.560709;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0301089;OID=.;OPOS=31238490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:20:12:24:27:20:12:24:27 chr6 31238492 . C A 255.88 PASS AF=0.395062;AO=26;DP=75;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00195342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.579;QD=12.6361;RBI=0.0218715;REFB=-0.0155819;REVB=0.0217841;RO=47;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310136;STB=0.559068;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0270273;OID=.;OPOS=31238492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:81:47:49:26:32:0.395062:14:12:23:24:20:12:23:26 chr6 31238851 . T C 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0209264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.907;QD=17.0702;RBI=0.0230128;REFB=-0.0217146;REVB=0.0095748;RO=35;SAF=20;SAR=11;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124163;STB=0.506962;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0281153;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:11:20:23:12:11:20:23:12 chr6 31238942 . G T 87.42 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0106699;FXX=0.105249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.196;QD=5.14228;RBI=0.0279545;REFB=-0.00740493;REVB=-0.0258381;RO=53;SAF=8;SAR=6;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090802;STB=0.563231;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0258392;OID=.;OPOS=31238942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:76:68:53:54:14:14:0.205882:6:8:34:19:6:8:35:19 chr6 31238957 . A C 212.95 PASS AF=0.269565;AO=31;DP=115;FAO=31;FDP=115;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=0.00207307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.641;QD=7.40704;RBI=0.0349284;REFB=0.00994151;REVB=-0.0348668;RO=84;SAF=18;SAR=13;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487583;STB=0.529051;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.0252176;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:84:84:31:31:0.269565:13:18:52:32:13:18:52:32 chr6 31238983 . G C 416.58 PASS AF=0.327273;AO=54;DP=164;FAO=54;FDP=165;FR=.;FRO=111;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=0.00134368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7742;QD=10.0989;RBI=0.0192281;REFB=0.0201915;REVB=-0.0191811;RO=110;SAF=32;SAR=22;SRF=64;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129384;STB=0.507934;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0489968;OID=.;OPOS=31238983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:110:111:54:54:0.327273:22:32:64:46:23:31:65:46 chr6 31239101 . G T 689.8 PASS AF=0.404255;AO=76;DP=188;FAO=76;FDP=188;FR=.;FRO=112;FSAF=20;FSAR=56;FSRF=44;FSRR=68;FWDB=0.0449438;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.504;QD=14.6767;RBI=0.0595969;REFB=-0.0158332;REVB=0.0391388;RO=112;SAF=20;SAR=56;SRF=44;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161061;STB=0.591004;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00936869;OID=.;OPOS=31239101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:112:112:76:76:0.404255:56:20:44:68:56:20:44:68 chr6 31239108 . T A 714.12 PASS AF=0.419355;AO=78;DP=186;FAO=78;FDP=186;FR=.;FRO=108;FSAF=19;FSAR=59;FSRF=41;FSRR=67;FWDB=-0.0177924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.755;QD=15.3574;RBI=0.0287574;REFB=-0.00160916;REVB=0.0225924;RO=108;SAF=19;SAR=59;SRF=41;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171357;STB=0.596536;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00392268;OID=.;OPOS=31239108;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:108:108:78:78:0.419355:59:19:41:67:59:19:41:67 chr6 31239407 . G T 762.74 PASS AF=0.532847;AO=73;DP=137;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0098937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0526;QD=22.2696;RBI=0.0493209;REFB=0.00855887;REVB=0.0483183;RO=62;SAF=44;SAR=29;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880939;STB=0.556378;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00601586;OID=.;OPOS=31239407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:62:64:73:73:0.532847:29:44:31:31:29:44:31:33 chr6 31239417 . C T 732.65 PASS AF=0.522059;AO=68;DP=133;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0129056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.737;QD=21.5485;RBI=0.0170188;REFB=-0.0127856;REVB=0.0110944;RO=65;SAF=45;SAR=23;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144537;STB=0.562725;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0113932;OID=.;OPOS=31239417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:65:65:68:71:0.522059:23:45:33:32:26:45:33:32 chr6 31239506 . C G 351.87 PASS AF=0.463415;AO=30;DP=74;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0023192;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.504;QD=17.1641;RBI=0.00604275;REFB=-0.0339754;REVB=0.00557998;RO=43;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574973;STB=0.530623;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0453402;OID=.;OPOS=31239506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:82:43:44:30:38:0.463415:13:17:22:21:16:22:23:21 chr6 31239722 . A C 327.87 PASS AF=0.578947;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00102834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2242;QD=23.0081;RBI=0.0106281;REFB=-0.030502;REVB=-0.0105782;RO=21;SAF=8;SAR=24;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763978;STB=0.509954;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0268954;OID=.;OPOS=31239722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:21:24:32:33:0.578947:24:8:7:14:24:9:7:17 chr6 31239752 . C T 589.81 PASS AF=0.586957;AO=52;DP=90;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0106011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.164;QD=25.6439;RBI=0.0637262;REFB=-0.01346;REVB=0.0628382;RO=37;SAF=17;SAR=35;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065996;STB=0.548992;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.011825;OID=.;OPOS=31239752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:37:38:52:54:0.586957:35:17:15:22:37:17:16:22 chr6 31239802 . C G 667.66 PASS AF=0.585586;AO=59;DP=105;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0512415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6822;QD=24.0599;RBI=0.0802658;REFB=-0.0747753;REVB=0.061781;RO=45;SAF=22;SAR=37;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775115;STB=0.552749;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0535455;OID=.;OPOS=31239802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:111:45:46:59:65:0.585586:37:22:21:24:43:22:21:25 chr6 31239821 . G T 705.29 PASS AF=0.557377;AO=68;DP=122;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0193885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.025;QD=23.1244;RBI=0.0281751;REFB=-0.0215803;REVB=0.0204432;RO=54;SAF=25;SAR=43;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499495;STB=0.52733;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0141639;OID=.;OPOS=31239821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:54:54:68:68:0.557377:43:25:23:31:43:25:23:31 chr6 31239827 . C T 719.65 PASS AF=0.556452;AO=69;DP=124;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00448477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.507;QD=23.2146;RBI=0.040693;REFB=-0.00674619;REVB=0.0404451;RO=55;SAF=26;SAR=43;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658722;STB=0.536044;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00470929;OID=.;OPOS=31239827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:55:55:69:69:0.556452:43:26:25:30:43:26:25:30 chr6 31322470 . C G 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0203863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.705;QD=12.9138;RBI=0.0222567;REFB=-0.0117986;REVB=-0.00893078;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236643;STB=0.634216;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0227957;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:13:11:9:28:13:11:9:28 chr6 31322888 . A G 455.53 PASS AF=0.55;AO=43;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0267121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.229;QD=22.7765;RBI=0.0298106;REFB=-0.0218138;REVB=-0.013234;RO=35;SAF=10;SAR=33;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116613;STB=0.563223;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0210058;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:36:43:44:0.55:33:10:12:23:34:10:12:24 chr6 31322996 . C T 692.13 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0199917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4284;QD=21.1337;RBI=0.0221983;REFB=0.00039983;REVB=0.00964853;RO=63;SAF=35;SAR=33;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752578;STB=0.541346;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.000170318;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:63:68:68:0.519084:33:35:27:36:33:35:27:36 chr6 31323296 . A G 492.35 PASS AF=0.494845;AO=47;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00357346;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.372;QD=20.303;RBI=0.00792051;REFB=-0.031754;REVB=0.00706858;RO=44;SAF=23;SAR=24;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010585;STB=0.504948;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.024992;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:49:47:48:0.494845:24:23:21:23:25:23:23:26 chr6 31323945 . A C 134.6 PASS AF=0.246914;AO=20;DP=81;FAO=20;FDP=81;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0260516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.918;QD=6.64691;RBI=0.0314666;REFB=-0.0078522;REVB=-0.0176483;RO=61;SAF=12;SAR=8;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741041;STB=0.545409;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0163884;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:61:20:20:0.246914:8:12:33:28:8:12:33:28 chr6 31323953 . C G 134.61 PASS AF=0.246914;AO=19;DP=80;FAO=20;FDP=81;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0060741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.312;QD=6.64722;RBI=0.0226346;REFB=-0.00356495;REVB=0.0218044;RO=61;SAF=11;SAR=8;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047619;STB=0.545409;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0158063;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:61:61:19:20:0.246914:8:11:33:28:8:12:33:28 chr6 31323958 . T G 135.01 PASS AF=0.25;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00501806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.409;QD=6.7503;RBI=0.00758015;REFB=-0.00500015;REVB=0.00568135;RO=60;SAF=12;SAR=8;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628271;STB=0.538423;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0299129;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:60:60:20:20:0.25:8:12:33:27:8:12:33:27 chr6 31323960 . G C 135.18 PASS AF=0.25;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00124909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.517;QD=6.75895;RBI=0.0373023;REFB=-0.0161847;REVB=-0.0372814;RO=60;SAF=12;SAR=8;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833332;STB=0.550969;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0296585;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:60:60:20:20:0.25:8:12:32:28:8:12:32:28 chr6 31324003 . TC GT 37.87 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=0.00018792;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.168;QD=2.19528;RBI=0.00634158;REFB=0.00139006;REVB=0.00633879;RO=61;SAF=7;SAR=1;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302361;STB=0.740018;STBP=0.237;TYPE=mnp;VARB=-0.00737782;OID=.;OPOS=31324003;OREF=TC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:69:61:61:8:8:0.115942:1:7:42:19:1:7:42:19 chr6 31324024 . C A 672.22 PASS AF=0.774648;AO=55;DP=71;FAO=55;FDP=71;FR=.;FRO=16;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0405789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.462;QD=37.8716;RBI=0.100017;REFB=-0.0476746;REVB=0.0914158;RO=16;SAF=36;SAR=19;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753195;STB=0.540322;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.003553;OID=.;OPOS=31324024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:71:71:16:16:55:55:0.774648:19:36:13:3:19:36:13:3 chr6 31324025 . G A 83.2 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.0497737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.817;QD=4.75424;RBI=0.0785584;REFB=0.0302574;REVB=0.0607783;RO=56;SAF=13;SAR=1;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509985;STB=0.847191;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0346513;OID=.;OPOS=31324025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:56:56:14:14:0.2:1:13:36:20:1:13:36:20 chr6 31324036 . T A 645.26 PASS AF=0.739726;AO=54;DP=73;FAO=54;FDP=73;FR=.;FRO=19;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=-0.00938362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.441;QD=35.3566;RBI=0.00961408;REFB=-0.0109538;REVB=-0.00209245;RO=19;SAF=35;SAR=19;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168055;STB=0.589893;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00432249;OID=.;OPOS=31324036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:19:19:54:54:0.739726:19:35:18:1:19:35:18:1 chr6 31324051 . C A 478.46 PASS AF=0.592105;AO=46;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.0610384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2382;QD=25.182;RBI=0.0764235;REFB=0.00950928;REVB=-0.0459876;RO=28;SAF=29;SAR=17;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149006;STB=0.575202;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00824418;OID=.;OPOS=31324051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:31:46:45:0.592105:17:29:23:5:16:29:25:6 chr6 31324064 . T A 728.4 PASS AF=0.709302;AO=60;DP=86;FAO=61;FDP=86;FR=.;FRO=25;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=1;FWDB=0.0222093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.069;QD=33.8792;RBI=0.0284355;REFB=-0.00524653;REVB=0.0177574;RO=25;SAF=37;SAR=23;SRF=24;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210036;STB=0.612775;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00127507;OID=.;OPOS=31324064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:25:25:60:61:0.709302:23:37:24:1:24:37:24:1 chr6 31324151 . C T 1325.9 PASS AF=0.956522;AO=88;DP=92;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0121825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.369;QD=57.6477;RBI=0.0123033;REFB=0.0320292;REVB=0.00171954;RO=4;SAF=41;SAR=47;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440122;STB=0.523251;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.000357025;OID=.;OPOS=31324151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:92:4:4:88:88:0.956522:47:41:4:0:47:41:4:0 chr6 31324200 . G C 1337.21 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.667;QD=62.1958;RBI=0.00608481;REFB=0;REVB=-0.00475749;RO=0;SAF=29;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93424e-06;OID=.;OPOS=31324200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:57:29:0:0:57:29:0:0 chr6 31324516 . C A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3971;QD=39.2067;RBI=0.0848661;REFB=0;REVB=0.050748;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00402797;OID=.;OPOS=31324516;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr6 31324525 . CC TG 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456978;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=340.451;QD=35.5759;RBI=0.0502409;REFB=0;REVB=-0.0208771;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000213983;OID=.;OPOS=31324525;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 31324531 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.148942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9901;QD=35.5758;RBI=0.148942;REFB=0;REVB=-4.57471e-05;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00670385;OID=.;OPOS=31324531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 31324536 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1015;QD=35.5759;RBI=0.0535023;REFB=0;REVB=0.012137;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00309667;OID=.;OPOS=31324536;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 31324547 . G C 67.18 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032203;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.649;QD=38.3877;RBI=0.0323449;REFB=0;REVB=0.00302657;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0033726;OID=.;OPOS=31324547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 31324549 . T C 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00456619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.759;QD=28.5373;RBI=0.00897846;REFB=0.0069957;REVB=0.00773062;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00605974;OID=.;OPOS=31324549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr6 31324615 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.009;QD=35.5758;RBI=0.0211931;REFB=0;REVB=0.000687569;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00187934;OID=.;OPOS=31324615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 31324702 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.981;QD=39.3172;RBI=0.0382976;REFB=-0.0229582;REVB=-0.00207496;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00817958;OID=.;OPOS=31324702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:0:1:6:7:0:1 chr6 31324705 . A C 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.312;QD=39.318;RBI=0.025221;REFB=0.0983213;REVB=0.0144014;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00194065;OID=.;OPOS=31324705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:0:1:6:7:0:1 chr6 31324742 . TG CC,CG 264.82 PASS AF=0.619048,0.380952;AO=13,8;DP=21;FAO=13,8;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=6,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993847,0.00974899;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=141.199,63.1794;QD=50.4426;RBI=0.0329009,0.0224703;REFB=0,0;REVB=-0.0313639,-0.0202452;RO=0;SAF=7,2;SAR=6,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0177563,0.00481783;OID=.,.;OPOS=31324742,31324742;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:56:21:21:0:0:13,8:13,8:0.619048,0.380952:6,6:7,2:0:0:6,6:7,2:0:0 chr6 31324750 . G A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00591303;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.32;QD=8.24622;RBI=0.0157501;REFB=-0.00933337;REVB=0.014598;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211684;STB=0.633402;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00930514;OID=.;OPOS=31324750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:7:8:5:2:7:8 chr6 31324764 . C A 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0411902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.883;QD=21.5453;RBI=0.0422108;REFB=-0.0124751;REVB=0.00922612;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12611;STB=0.571326;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00797359;OID=.;OPOS=31324764;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:4:6:6:8:4:6 chr6 31324788 . T C 428.26 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.859;QD=57.1006;RBI=0.048194;REFB=0;REVB=0.0322899;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564665;OID=.;OPOS=31324788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:24:30:1:12:12:0:0:12:18:0:0 chr6 31324790 . A G 428.53 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.478;QD=57.1372;RBI=0.0365522;REFB=0;REVB=0.0156313;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111847;OID=.;OPOS=31324790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:12:17:0:0:12:18:0:0 chr6 31324825 . T TC 183.84 PASS AF=1;AO=4;DP=40;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428608;FXX=0.342759;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.0568;QD=31.9719;RBI=0.102314;REFB=0;REVB=-0.0929037;RO=35;SAF=2;SAR=2;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110797;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00134797;OID=.;OPOS=31324826;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:40:23:23:0:15:8:0:0:4:35:2:2:21:14 chr6 31324829 . GG AC,CA 503.8 PASS AF=0.114286,0.885714;AO=4,29;DP=33;FAO=4,31;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124286,0.0170251;FXX=0.0277701;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=118.697,144.935;QD=57.5767;RBI=0.0278125,0.0285803;REFB=0,0;REVB=0.0248811,0.0229561;RO=0;SAF=2,16;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.100813,-0.00256647;OID=.,.;OPOS=31324829,31324829;OREF=GG,GG;OALT=AC,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:33:35:0:0:4,29:4,31:0.114286,0.885714:2,13:2,16:0:0:2,14:2,17:0:0 chr6 31324851 . A AT 170.42 PASS AF=0.465116;AO=18;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0218943;FXX=0.0227221;HRUN=0;LEN=1;MLLD=100.906;QD=15.8529;RBI=0.0257358;REFB=0.00182796;REVB=-0.0135268;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436846;STB=0.511616;STBP=0.916;TYPE=ins;VARB=-0.00222547;OID=.;OPOS=31324852;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465116:18:43:20:43:23:10:10:12:11:99:22:9:9:12:10 chr6 31324887 . GG CT 192.48 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=5.5942e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=274.462;QD=17.1096;RBI=0.0182055;REFB=-0.0231021;REVB=-0.0182054;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853572;STB=0.560915;STBP=0.494;TYPE=mnp;VARB=0.0172507;OID=.;OPOS=31324887;OREF=GG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:19:20:0.444444:9:10:11:14:9:11:11:14 chr6 31324892 . G C 195.47 PASS AF=0.465116;AO=16;DP=40;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0450658;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.518;QD=18.1829;RBI=0.0459058;REFB=-0.025884;REVB=-0.00874155;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663586;STB=0.561424;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0238373;OID=.;OPOS=31324892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:23:23:16:20:0.465116:8:8:10:13:9:11:10:13 chr6 31324895 . G C 181.86 PASS AF=0.431818;AO=20;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0335302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.975;QD=16.5331;RBI=0.034111;REFB=-0.0278664;REVB=0.0062681;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108155;STB=0.526288;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00284271;OID=.;OPOS=31324895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:25:20:19:0.431818:9:11:10:13:9:10:12:13 chr6 31324911 . C G 198.05 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0129266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.937;QD=19.3216;RBI=0.0216395;REFB=-0.0438157;REVB=0.0173542;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167203;STB=0.588147;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0128671;OID=.;OPOS=31324911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:21:19:20:0.487805:7:12:9:11:8:12:9:12 chr6 31324921 . C T 162.9 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0466542;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.57;QD=18.1004;RBI=0.0512046;REFB=-0.00408056;REVB=0.021102;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154455;STB=0.588131;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00251339;OID=.;OPOS=31324921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:11:8:10:7:11:8 chr6 31324925 . A G 563.65 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0116499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8748;QD=57.81;RBI=0.0245399;REFB=-0.0403951;REVB=-0.0215982;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00356023;OID=.;OPOS=31324925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:1:0:19:19:1:0 chr6 31324931 . A C,G 561.86 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=35,3;DP=38;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950519,-0.0411204;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.841,56.1512;QD=59.1434;RBI=0.0205828,0.0426809;REFB=0,0;REVB=0.0182566,0.0114358;RO=0;SAF=16,3;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.1382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0011436,0.134542;OID=.,.;OPOS=31324931,31324931;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:38:38:0:0:35,3:36,2:0.947368,0.0526316:19,0:16,3:0:0:19,0:17,2:0:0 chr6 31371430 . T C 617.46 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0145269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6111;QD=19.1459;RBI=0.0508027;REFB=0.0171824;REVB=-0.0486815;RO=65;SAF=40;SAR=23;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637743;STB=0.532071;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0180101;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:66:63:63:0.488372:23:40:37:28:23:40:38:28 chr6 31466051 . T A 1424.45 PASS AF=0.638743;AO=120;DP=186;FAO=122;FDP=191;FR=.;FRO=69;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0109828;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.581;QD=29.8313;RBI=0.0194024;REFB=-0.0175566;REVB=0.0159947;RO=65;SAF=52;SAR=68;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059095;STB=0.524386;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0100932;OID=.;OPOS=31466051;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:191:65:69:120:122:0.638743:68:52:34:31:70:52:34:35 chr6 31473546 . A G 1978.28 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0251363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.21;QD=60.4056;RBI=0.0254004;REFB=-0.153987;REVB=0.00365367;RO=1;SAF=63;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748387;STB=0.507811;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000690967;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:1:2:129:129:0.984733:66:63:1:0:66:63:2:0 chr6 31477681 . A G 2259.53 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981725;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.309;QD=63.6489;RBI=0.0476971;REFB=0;REVB=-0.0466759;RO=0;SAF=55;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80524e-07;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:87:55:0:0:88:54:0:0 chr6 31496791 . C G 287.77 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0251543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0779;QD=10.5605;RBI=0.0512572;REFB=-0.00423925;REVB=0.0446605;RO=72;SAF=23;SAR=14;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141597;STB=0.581939;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00921728;OID=.;OPOS=31496791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:72:37:37:0.33945:14:23:36:36:14:23:36:36 chr6 31496915 . G A 220.3 PASS AF=0.291262;AO=30;DP=103;FAO=30;FDP=103;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=52;FWDB=0.00267938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.306;QD=8.5552;RBI=0.00286568;REFB=0.000125451;REVB=-0.00101639;RO=73;SAF=5;SAR=25;SRF=21;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212243;STB=0.627923;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000285712;OID=.;OPOS=31496915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:73:73:30:30:0.291262:25:5:21:52:25:5:21:52 chr6 31496925 . G A 1374.81 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.219;QD=62.4913;RBI=0.0244543;REFB=0;REVB=-0.0113006;RO=0;SAF=20;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89213e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08297e-05;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:67:20:0:0:68:20:0:0 chr6 31497706 . C T 5701.81 PASS AF=1;AO=364;DP=366;FAO=365;FDP=365;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=211;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579741;FXX=0.00273217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.839;QD=62.4856;RBI=0.0580639;REFB=-0.0440249;REVB=0.00322855;RO=2;SAF=153;SAR=211;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00619605;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182567;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:366:365:2:0:364:365:1:211:153:2:0:211:154:0:0 chr6 31506624 . T C 2064.91 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.603;QD=62.573;RBI=0.0186838;REFB=0;REVB=-0.0126836;RO=0;SAF=65;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62662e-06;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:67:65:0:0:67:65:0:0 chr6 31506648 . G T 1836.85 PASS AF=0.97619;AO=122;DP=126;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0747993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8163;QD=58.3127;RBI=0.0761248;REFB=-0.142258;REVB=-0.0141437;RO=2;SAF=54;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172672;STB=0.505279;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0097691;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:126:126:2:3:122:123:0.97619:68:54:2:0:68:55:2:1 chr6 31506801 . G A 388.53 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0444884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.733;QD=18.5013;RBI=0.0505603;REFB=0.00108523;REVB=-0.0240235;RO=44;SAF=16;SAR=24;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12868;STB=0.571395;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00122062;OID=.;OPOS=31506801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:24:16:12:32:24:16:12:32 chr6 31509432 . G A 2402.64 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.589;QD=61.2137;RBI=0.0314331;REFB=0;REVB=-0.0312176;RO=0;SAF=73;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44084e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49484e-05;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:84:73:0:0:84:73:0:0 chr6 31510105 . A G 3299.12 PASS AF=1;AO=211;DP=214;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259497;FXX=0.0139528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8157;QD=62.2475;RBI=0.0629856;REFB=0;REVB=-0.0573916;RO=0;SAF=121;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152685;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:212:0:0:211:212:1:90:121:0:0:90:122:0:0 chr6 31525448 . C T 384.88 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0322936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.994;QD=15.3954;RBI=0.0412291;REFB=-0.0176105;REVB=-0.0256312;RO=59;SAF=23;SAR=18;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00175132;STB=0.50099;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0227272;OID=.;OPOS=31525448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:18:23:33:26:18:23:33:26 chr6 31525912 . C T 2322.6 PASS AF=0.957576;AO=156;DP=166;FAO=158;FDP=165;FR=.;FRO=7;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0127104;FXX=0.00602373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.893;QD=56.3054;RBI=0.0145917;REFB=-0.0417694;REVB=-0.00716678;RO=5;SAF=83;SAR=73;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277942;STB=0.513887;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000441765;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:166:165:5:7:156:158:0.957576:73:83:5:0:74:84:6:1 chr6 31528326 . G C 661.34 PASS AF=0.465278;AO=66;DP=144;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.0118277;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.476;QD=18.3705;RBI=0.0187603;REFB=-0.0172491;REVB=0.0145621;RO=76;SAF=33;SAR=33;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127119;STB=0.569064;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0112674;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:76:77:66:67:0.465278:33:33:28:48:34:33:28:49 chr6 31540556 . T C 169.37 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0212975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.122;QD=16.5239;RBI=0.0213655;REFB=-0.0102404;REVB=-0.00170316;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271173;STB=0.655563;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0299856;OID=.;OPOS=31540556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:6:12:9:14:6:12:9:14 chr6 31555130 . A G 694.07 PASS AF=0.426966;AO=75;DP=177;FAO=76;FDP=178;FR=.;FRO=102;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=-0.0265057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.803;QD=15.5971;RBI=0.0266487;REFB=-0.030962;REVB=-0.00275667;RO=101;SAF=34;SAR=41;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00807681;STB=0.50359;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0380175;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:101:102:75:76:0.426966:41:34:45:56:42:34:45:57 chr6 31556581 . T A 465.21 PASS AF=0.417323;AO=44;DP=120;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.086492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2388;QD=14.6523;RBI=0.0865983;REFB=-0.00460962;REVB=0.00428991;RO=76;SAF=20;SAR=24;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227958;STB=0.520005;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00916528;OID=.;OPOS=31556581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:127:76:74:44:53:0.417323:24:20:33:43:29:24:31:43 chr6 31556656 . A T 161.03 PASS AF=0.305556;AO=14;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=-0.173945;FXX=0.0399947;HRUN=8;LEN=1;MLLD=21.1462;QD=8.94593;RBI=0.246391;REFB=-0.0233839;REVB=-0.174504;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240982;STB=0.531221;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0295972;OID=.;OPOS=31556656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:23:50:14:22:0.305556:8:6:5:18:17:5:13:37 chr6 31590898 . C T 662.78 PASS AF=0.475177;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=53;FSRR=21;FWDB=0.00549694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1881;QD=18.8022;RBI=0.0401685;REFB=-0.00804857;REVB=-0.0397906;RO=73;SAF=34;SAR=33;SRF=52;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194551;STB=0.609912;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0107595;OID=.;OPOS=31590898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:73:74:67:67:0.475177:33:34:52:21:33:34:53:21 chr6 31594628 . T A 2272.85 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000490244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5191;QD=63.5763;RBI=0.0124112;REFB=0;REVB=0.0124015;RO=0;SAF=81;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.26383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48578e-05;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:61:81:0:0:62:81:0:0 chr6 31595882 . C A 1656.31 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.02;QD=60.2295;RBI=0.0820097;REFB=0;REVB=0.00124788;RO=0;SAF=40;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92542e-05;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:68:40:0:0:69:41:0:0 chr6 31598489 . A G 1192.25 PASS AF=0.50211;AO=116;DP=235;FAO=119;FDP=237;FR=.;FRO=118;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=40;FSRR=78;FWDB=0.0111095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.16;QD=20.1223;RBI=0.0234549;REFB=-0.00945233;REVB=-0.0206569;RO=115;SAF=45;SAR=71;SRF=38;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557537;STB=0.520941;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00947076;OID=.;OPOS=31598489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:237:115:118:116:119:0.50211:71:45:38:77:74:45:40:78 chr6 31601344 . T C 1619.08 PASS AF=0.933884;AO=113;DP=121;FAO=113;FDP=121;FR=.;FRO=8;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0617417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8305;QD=53.5232;RBI=0.0655031;REFB=0.027469;REVB=-0.0218772;RO=8;SAF=59;SAR=54;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00277572;STB=0.501465;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0375897;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:121:121:8:8:113:113:0.933884:54:59:4:4:54:59:4:4 chr6 31602967 . G A 1004.09 PASS AF=0.497462;AO=98;DP=198;FAO=98;FDP=197;FR=.;FRO=99;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.0368465;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.384;QD=20.3875;RBI=0.0369466;REFB=-0.0100827;REVB=-0.00271898;RO=96;SAF=47;SAR=51;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192063;STB=0.502439;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00968575;OID=.;OPOS=31602967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:96:99:98:98:0.497462:51:47:44:52:51:47:47:52 chr6 31603770 . A G 1435.38 PASS AF=0.573276;AO=132;DP=232;FAO=133;FDP=232;FR=.;FRO=99;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.00210469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8419;QD=24.7479;RBI=0.037091;REFB=0.0189073;REVB=0.0370312;RO=99;SAF=66;SAR=66;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279116;STB=0.513483;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.0135355;OID=.;OPOS=31603770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:99:99:132:133:0.573276:66:66:46:53:67:66:46:53 chr6 31604010 . C G 199.83 PASS AF=0.348315;AO=30;DP=83;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00408652;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.3352;QD=8.98127;RBI=0.0103746;REFB=-0.0253392;REVB=0.00953588;RO=48;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505127;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.134554;OID=.;OPOS=31604010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:89:48:58:30:31:0.348315:20:10:16:32:20:11:21:37 chr6 31604044 . T G 1482.56 PASS AF=0.945946;AO=98;DP=105;FAO=105;FDP=111;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=74;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0232138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3549;QD=53.4255;RBI=0.0422145;REFB=-0.101247;REVB=-0.0352588;RO=5;SAF=27;SAR=71;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801106;STB=0.544109;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0259802;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:105:111:5:6:98:105:0.945946:71:27:5:0:74:31:6:0 chr6 31604591 . C T 530.59 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=40;FWDB=0.0161387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6521;QD=22.8211;RBI=0.0314322;REFB=-0.00120851;REVB=0.0269727;RO=43;SAF=8;SAR=42;SRF=3;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159576;STB=0.586732;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00182484;OID=.;OPOS=31604591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:42:8:3:40:42:8:3:40 chr6 31610686 . A G 1523.28 PASS AF=0.451253;AO=161;DP=360;FAO=162;FDP=359;FR=.;FRO=197;FSAF=92;FSAR=70;FSRF=98;FSRR=99;FWDB=-0.00359556;FXX=0.00554001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.724;QD=16.9724;RBI=0.0248597;REFB=-0.00538734;REVB=-0.0245983;RO=197;SAF=92;SAR=69;SRF=98;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742066;STB=0.538958;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00752774;OID=.;OPOS=31610686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:359:197:197:161:162:0.451253:69:92:98:99:70:92:98:99 chr6 31617054 . AGGGGGGGA ACGGGGGGA,AGGGGGGA,AGGGGGGAG 229.63 PASS AF=0,0.512195,0.207317;AO=11,26,4;DP=82;FAO=0,42,17;FDP=82;FR=.;FRO=23;FSAF=0,7,17;FSAR=0,35,0;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=-0.0398954,-0.251145,-0.0203319;FXX=0.03529;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=76.5836,6.90802,168.919;QD=11.2015;RBI=0.232029,0.260738,0.0306316;REFB=0.00678119,-0.0521273,5.3612e-05;REVB=-0.228573,-0.0700739,-0.0229109;RO=16;SAF=0,7,4;SAR=11,19,0;SRF=2;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.74794,0.1363,0.79999;STB=0.5,0.554431,0.999441;STBP=1,0.441,0;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.102836,0.00418521;OID=.,.,.;OPOS=31617055,31617055,31617061;OREF=G,G,GA;OALT=C,-,AG;OMAPALT=ACGGGGGGA,AGGGGGGA,AGGGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.512195,0.207317:11,26,4:82:0,42,17:82:23:0,7,17:0,35,0:2:21:54:16:0,7,4:11,19,0:2:14 chr6 31627523 . C T 5824.51 PASS AF=0.966837;AO=379;DP=392;FAO=379;FDP=392;FR=.;FRO=13;FSAF=175;FSAR=204;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0374672;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.779;QD=59.4338;RBI=0.0401315;REFB=-0.0205728;REVB=0.0143786;RO=4;SAF=175;SAR=204;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577578;STB=0.500007;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873483;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:392:392:4:13:379:379:0.966837:204:175:3:1:204:175:6:7 chr6 31630241 . C T 971.09 PASS AF=0.553571;AO=93;DP=169;FAO=93;FDP=168;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.00404785;FXX=0.00591681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.284;QD=23.1211;RBI=0.00472918;REFB=-0.0268085;REVB=-0.00244541;RO=75;SAF=41;SAR=52;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565122;STB=0.53079;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0241324;OID=.;OPOS=31630241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:75:75:93:93:0.553571:52:41:28:47:52:41:28:47 chr6 31632134 . C A 650.41 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.00351967;FXX=0.059697;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5693;QD=20.648;RBI=0.0707977;REFB=-0.00532388;REVB=0.0707101;RO=61;SAF=43;SAR=21;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016107;STB=0.51475;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00359643;OID=.;OPOS=31632134;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:126:61:62:64:64:0.507937:21:43:40:21:21:43:40:22 chr6 31634758 . G A 3425.55 PASS AF=1;AO=217;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011167;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.54;QD=62.5671;RBI=0.0408226;REFB=0;REVB=0.0392656;RO=0;SAF=96;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64718e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38423e-05;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:219:0:0:217:219:1:121:96:0:0:123:96:0:0 chr6 31639979 . C T 1581.04 PASS AF=0.535461;AO=151;DP=282;FAO=151;FDP=282;FR=.;FRO=131;FSAF=76;FSAR=75;FSRF=58;FSRR=73;FWDB=0.0275234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3437;QD=22.4261;RBI=0.0275765;REFB=-0.0296509;REVB=0.00171069;RO=130;SAF=76;SAR=75;SRF=57;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550427;STB=0.528121;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0266619;OID=.;OPOS=31639979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:130:131:151:151:0.535461:75:76:57:73:75:76:58:73 chr6 31655438 . G A 671.91 PASS AF=0.465753;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=146;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.00234367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.835;QD=18.4085;RBI=0.00752751;REFB=-0.000250261;REVB=0.00715337;RO=72;SAF=32;SAR=36;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00152529;STB=0.515734;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000253573;OID=.;OPOS=31655438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:72:78:68:68:0.465753:36:32:34:38:36:32:39:39 chr6 31657413 . T C 2671.14 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00771394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.284;QD=62.1195;RBI=0.035569;REFB=0;REVB=0.0347224;RO=0;SAF=79;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95647e-05;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:168:172:0:0:168:172:1:89:79:0:0:91:81:0:0 chr6 31661164 . C T 731.78 PASS AF=0.431694;AO=79;DP=183;FAO=79;FDP=183;FR=.;FRO=104;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=68;FWDB=0.00737405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.561;QD=15.9953;RBI=0.0140864;REFB=-0.00811754;REVB=-0.0120021;RO=103;SAF=44;SAR=35;SRF=35;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217882;STB=0.618083;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0118332;OID=.;OPOS=31661164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:103:104:79:79:0.431694:35:44:35:68:35:44:36:68 chr6 31675501 . G A 1472.62 PASS AF=0.446328;AO=158;DP=354;FAO=158;FDP=354;FR=.;FRO=196;FSAF=58;FSAR=100;FSRF=82;FSRR=114;FWDB=0.0124497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.837;QD=16.6397;RBI=0.0269484;REFB=-0.0113504;REVB=-0.0239002;RO=191;SAF=58;SAR=100;SRF=79;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487954;STB=0.530058;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0140073;OID=.;OPOS=31675501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:191:196:158:158:0.446328:100:58:79:112:100:58:82:114 chr6 31687008 . G A 1296.15 PASS AF=0.558559;AO=120;DP=222;FAO=124;FDP=222;FR=.;FRO=98;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=0.00934906;FXX=0.0176983;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.782;QD=23.354;RBI=0.0338003;REFB=0.00778332;REVB=0.0324816;RO=97;SAF=67;SAR=53;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00135822;STB=0.504756;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00568981;OID=.;OPOS=31687008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:97:98:120:124:0.558559:53:67:54:43:57:67:54:44 chr6 31691657 . G A 838.52 PASS AF=0.521739;AO=84;DP=161;FAO=84;FDP=161;FR=.;FRO=77;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.0122276;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.383;QD=20.8327;RBI=0.0174562;REFB=-0.0227021;REVB=-0.0124582;RO=74;SAF=47;SAR=37;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543045;STB=0.5312;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0171282;OID=.;OPOS=31691657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:74:77:84:84:0.521739:37:47:46:28:37:47:48:29 chr6 31733650 . G A 1456.33 PASS AF=0.525926;AO=142;DP=258;FAO=142;FDP=270;FR=.;FRO=128;FSAF=58;FSAR=84;FSRF=46;FSRR=82;FWDB=-0.021234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.771;QD=21.5752;RBI=0.0212567;REFB=-0.0290116;REVB=0.000982388;RO=116;SAF=58;SAR=84;SRF=46;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101946;STB=0.524283;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.026945;OID=.;OPOS=31733650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:270:116:128:142:142:0.525926:84:58:46:70:84:58:46:82 chr6 31745284 . C T 586.82 PASS AF=0.416149;AO=66;DP=161;FAO=67;FDP=161;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=0.0204319;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0776;QD=14.5795;RBI=0.0844301;REFB=-0.0201087;REVB=0.0819205;RO=94;SAF=32;SAR=34;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847877;STB=0.536802;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0340881;OID=.;OPOS=31745284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:94:94:66:67:0.416149:34:32:38:56:35:32:39:55 chr6 31762843 . GG CT 112.37 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00231324;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=2;MLLD=168.688;QD=15.4996;RBI=0.0141262;REFB=0.00057935;REVB=-0.0139355;RO=16;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410341;STB=0.742812;STBP=0.039;TYPE=mnp;VARB=-0.000724299;OID=.;OPOS=31762843;OREF=GG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:2:11:8:8:2:11:8:8 chr6 31777946 . C T 579.24 PASS AF=0.39645;AO=67;DP=169;FAO=67;FDP=169;FR=.;FRO=102;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.00159801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4581;QD=13.7097;RBI=0.0207718;REFB=0.00833476;REVB=-0.0207102;RO=102;SAF=34;SAR=33;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184948;STB=0.510417;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0128136;OID=.;OPOS=31777946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:102:102:67:67:0.39645:33:34:50:52:33:34:50:52 chr6 31778272 . G A 1157.33 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0974844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.503;QD=59.3503;RBI=0.102097;REFB=-0.0685637;REVB=0.0303402;RO=1;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126197;STB=0.506665;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000568402;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:37:40:0:1:37:40:0:1 chr6 31778529 . C T 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00873384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.186;QD=24.2038;RBI=0.0125566;REFB=-0.0288479;REVB=0.00902159;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198581;STB=0.610988;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0179041;OID=.;OPOS=31778529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:7:11:4:8:7:11:4:8 chr6 31779309 . G A 138.93 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0246163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.999;QD=7.50951;RBI=0.0247025;REFB=0.00421193;REVB=0.00206102;RO=54;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447503;STB=0.527;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0126467;OID=.;OPOS=31779309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:54:54:20:20:0.27027:10:10:25:29:10:10:25:29 chr6 31795550 . C T 600.77 PASS AF=0.555556;AO=54;DP=98;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00384981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.239;QD=24.2735;RBI=0.00773863;REFB=-0.00141966;REVB=0.00671307;RO=44;SAF=37;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10587;STB=0.560863;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00132845;OID=.;OPOS=31795550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:44:44:54:55:0.555556:17:37:25:19:17:38:25:19 chr6 31797587 . C G 195.09 PASS AF=0.328947;AO=24;DP=77;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.000857266;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.621;QD=10.2677;RBI=0.00617417;REFB=-0.00983789;REVB=-0.00611437;RO=51;SAF=15;SAR=9;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158289;STB=0.574408;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0230143;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:51:51:24:25:0.328947:9:15:25:26:10:15:25:26 chr6 31797769 . A AAAGTT 589.51 PASS AF=0.364583;AO=65;DP=196;FAO=70;FDP=192;FR=.;FRO=122;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=68;FSRR=54;FWDB=-0.0243023;FXX=0.0253794;HRUN=3;LEN=5;MLLD=242.233;QD=12.2814;RBI=0.0266411;REFB=-0.0191477;REVB=-0.0109155;RO=122;SAF=32;SAR=33;SRF=68;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742332;STB=0.545442;STBP=0.375;TYPE=ins;VARB=0.0309852;OID=.;OPOS=31797770;OREF=-;OALT=AAGTT;OMAPALT=AAAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.364583:65:196:70:192:122:34:36:68:54:99:122:32:33:68:54 chr6 31797927 . T G 153.03 PASS AF=0.432432;AO=21;DP=41;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00446772;FXX=0.119019;HRUN=24;LEN=1;MLLD=171.535;QD=16.5441;RBI=0.0251793;REFB=-0.0108794;REVB=-0.0247798;RO=19;SAF=19;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220508;STB=0.62008;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00572928;OID=.;OPOS=31797927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:37:19:21:21:16:0.432432:2:19:15:4:2:14:16:5 chr6 31838441 . T C 2335.73 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.077;QD=61.0648;RBI=0.0402518;REFB=0;REVB=-0.00226024;RO=0;SAF=71;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78632e-05;OID=.;OPOS=31838441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:152:153:1:81:71:0:0:81:72:0:0 chr6 31838713 . G A 2623.36 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.991;QD=62.0913;RBI=0.0226382;REFB=0;REVB=0.00288991;RO=0;SAF=69;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3853e-05;OID=.;OPOS=31838713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:169:0:0:166:169:1:97:69:0:0:100:69:0:0 chr6 31839309 . C T 3121.12 PASS AF=1;AO=195;DP=199;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476664;FXX=0.0150746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1095;QD=63.6962;RBI=0.0481399;REFB=0;REVB=-0.00673526;RO=0;SAF=88;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32729e-05;OID=.;OPOS=31839309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:196:0:0:195:196:1:107:88:0:0:107:89:0:0 chr6 31839331 . C T 2388.33 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214012;FXX=0.00628891;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.388;QD=60.4641;RBI=0.0242146;REFB=-0.0090257;REVB=0.0113284;RO=1;SAF=80;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613879;STB=0.503225;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00023211;OID=.;OPOS=31839331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:1:1:157:157:0.993671:77:80:0:1:77:80:0:1 chr6 31860337 . T C 2084.98 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.548;QD=62.7062;RBI=0.042657;REFB=0;REVB=0.0282321;RO=0;SAF=71;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30444e-06;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:133:0:0:131:133:1:60:71:0:0:62:71:0:0 chr6 31860526 . A C 737.33 PASS AF=0.496732;AO=76;DP=153;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0534202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.997;QD=19.2766;RBI=0.0535824;REFB=-0.00619618;REVB=0.00416679;RO=76;SAF=44;SAR=32;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119897;STB=0.562916;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0078963;OID=.;OPOS=31860526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:76:77:76:76:0.496732:32:44:34:42:32:44:35:42 chr6 31864547 . G T 279.2 PASS AF=0.365591;AO=32;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=0.0483437;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.019;QD=12.0084;RBI=0.0497693;REFB=-0.0114954;REVB=0.011827;RO=58;SAF=24;SAR=8;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107683;STB=0.508316;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0375388;OID=.;OPOS=31864547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:59:32:34:0.365591:8:24:39:19:10:24:41:18 chr6 31914935 . A G 2558.75 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.322;QD=61.6566;RBI=0.032274;REFB=0;REVB=-0.0220074;RO=0;SAF=76;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3113e-06;OID=.;OPOS=31914935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:166:0:0:162:166:1:86:76:0:0:87:79:0:0 chr6 31915819 . C T 436.9 PASS AF=0.345679;AO=53;DP=159;FAO=56;FDP=162;FR=.;FRO=106;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0138617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.102;QD=10.7876;RBI=0.0153368;REFB=-0.00895711;REVB=0.0065628;RO=106;SAF=28;SAR=25;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436978;STB=0.517851;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0153719;OID=.;OPOS=31915819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:106:106:53:56:0.345679:25:28:52:54:27:29:52:54 chr6 31928799 . T C 1179.55 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0104095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0337;QD=58.2495;RBI=0.0557195;REFB=-0.0456873;REVB=-0.0547385;RO=2;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255712;STB=0.51351;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000534621;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:2:2:79:79:0.975309:36:43:0:2:36:43:0:2 chr6 31929014 . A C 2960.01 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000294791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2235;QD=63.3158;RBI=0.00523762;REFB=0;REVB=-0.00522932;RO=0;SAF=130;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30099e-05;OID=.;OPOS=31929014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:187:0:0:185:187:1:55:130:0:0:56:131:0:0 chr6 31936668 . T C 1810.17 PASS AF=0.991803;AO=118;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0350207;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.772;QD=59.35;RBI=0.0371034;REFB=-0.0618325;REVB=0.0122561;RO=1;SAF=80;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123336;STB=0.506023;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000886742;OID=.;OPOS=31936668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:123:122:1:1:118:121:0.991803:38:80:0:1:41:80:0:1 chr6 31938412 . G T 1046.04 PASS AF=0.576471;AO=97;DP=169;FAO=98;FDP=170;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=-0.00961945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.871;QD=24.6128;RBI=0.00965323;REFB=-0.00387621;REVB=0.000806831;RO=72;SAF=41;SAR=56;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726937;STB=0.541658;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00297414;OID=.;OPOS=31938412;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:72:72:97:98:0.576471:56:41:24:48:56:42:24:48 chr6 31938451 . T C 836.43 PASS AF=0.537931;AO=78;DP=147;FAO=78;FDP=145;FR=.;FRO=67;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0106658;FXX=0.0268438;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.58;QD=23.0739;RBI=0.0121479;REFB=-0.0185567;REVB=0.00581498;RO=61;SAF=42;SAR=36;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376197;STB=0.528154;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0187055;OID=.;OPOS=31938451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:61:67:78:78:0.537931:36:42:30:31:36:42:32:35 chr6 31948448 . A G 56.67 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0128183;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.311;QD=2.38618;RBI=0.0497777;REFB=-0.00721952;REVB=-0.048099;RO=84;SAF=4;SAR=8;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246294;STB=0.680258;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0469511;OID=.;OPOS=31948448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:96:95:84:83:12:12:0.126316:8:4:45:39:8:4:45:38 chr6 31973511 . G A 762.36 PASS AF=0.484663;AO=79;DP=163;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.000504899;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.736;QD=18.7081;RBI=0.0499849;REFB=-0.0263755;REVB=0.0499824;RO=76;SAF=48;SAR=31;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062702;STB=0.562811;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0176965;OID=.;OPOS=31973511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:76:84:79:79:0.484663:31:48:41:35:31:48:41:43 chr6 31974671 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0367936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.894;QD=18.6446;RBI=0.0451057;REFB=0.0209334;REVB=0.0260913;RO=13;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13299;STB=0.576802;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.021486;OID=.;OPOS=31974671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:12:2:3:10:12:2:3:10 chr6 31975151 . T G 501.97 PASS AF=0.342541;AO=62;DP=178;FAO=62;FDP=181;FR=.;FRO=119;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=68;FSRR=51;FWDB=-0.0265747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.019;QD=11.0931;RBI=0.0427279;REFB=-0.0115583;REVB=-0.0334583;RO=116;SAF=35;SAR=27;SRF=65;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483032;STB=0.504626;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0310624;OID=.;OPOS=31975151;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:181:116:119:62:62:0.342541:27:35:65:51:27:35:68:51 chr6 31977391 . C T 2252.01 PASS AF=0.73251;AO=178;DP=243;FAO=178;FDP=243;FR=.;FRO=65;FSAF=89;FSAR=89;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.010817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.708;QD=37.0701;RBI=0.0337587;REFB=-0.0333582;REVB=0.0319788;RO=65;SAF=89;SAR=89;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385803;STB=0.502057;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0115021;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:65:65:178:178:0.73251:89:89:32:33:89:89:32:33 chr6 31977528 . C G 45.49 PASS AF=0.0612245;AO=24;DP=392;FAO=24;FDP=392;FR=.;FRO=368;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=163;FSRR=205;FWDB=-0.00658984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.383;QD=0.46419;RBI=0.00796847;REFB=-0.00178503;REVB=-0.00448002;RO=368;SAF=13;SAR=11;SRF=163;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104312;STB=0.59183;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0290137;OID=.;OPOS=31977528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:392:392:368:368:24:24:0.0612245:11:13:163:205:11:13:163:205 chr6 31977548 . G A 1765.11 PASS AF=0.493075;AO=179;DP=364;FAO=178;FDP=361;FR=.;FRO=183;FSAF=69;FSAR=109;FSRF=84;FSRR=99;FWDB=-0.00446144;FXX=0.00824153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.924;QD=19.558;RBI=0.0142455;REFB=-0.00702317;REVB=0.0135288;RO=179;SAF=69;SAR=110;SRF=83;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738702;STB=0.537461;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00600909;OID=.;OPOS=31977548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:361:179:183:179:178:0.493075:110:69:83:96:109:69:84:99 chr6 31978746 . G A 1282.13 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587458;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182;QD=60.3355;RBI=0.0196965;REFB=0;REVB=0.0188001;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053303;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:78:85:1:46:32:0:0:48:37:0:0 chr6 32006317 . C T 1548.22 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0611502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6886;QD=61.9288;RBI=0.0612387;REFB=-0.0852522;REVB=-0.00329287;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00101154;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:98:99:0.99:57:41:0:0:57:42:1:0 chr6 32006337 . C A 1016.42 PASS AF=0.96;AO=70;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0277059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8532;QD=54.2092;RBI=0.0839211;REFB=0.00680998;REVB=0.0792158;RO=3;SAF=18;SAR=52;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072511;STB=0.520331;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00447081;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:3:3:70:72:0.96:52:18:3:0:53:19:2:1 chr6 32006858 . C A 1548.7 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6217;QD=63.8639;RBI=0.116577;REFB=0;REVB=0.0524638;RO=0;SAF=46;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000948433;OID=.;OPOS=32006858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:51:46:0:0:51:46:0:0 chr6 32024395 . C T 585.56 PASS AF=0.428571;AO=65;DP=155;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=-0.0248665;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6444;QD=15.2093;RBI=0.0491016;REFB=-0.00699484;REVB=0.0423394;RO=88;SAF=23;SAR=42;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607296;STB=0.52763;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0128681;OID=.;OPOS=32024395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:88:88:65:66:0.428571:42:23:36:52:42:24:36:52 chr6 32025980 . G A 922.31 PASS AF=0.648;AO=81;DP=125;FAO=81;FDP=125;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0431718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3681;QD=29.514;RBI=0.0434916;REFB=-0.0141471;REVB=0.00526483;RO=43;SAF=31;SAR=50;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130462;STB=0.57481;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00492048;OID=.;OPOS=32025980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:43:44:81:81:0.648:50:31:25:18:50:31:26:18 chr6 32026107 . C T 222.8 PASS AF=0.578947;AO=20;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.019926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.687;QD=23.4523;RBI=0.0250538;REFB=-0.0145734;REVB=0.015187;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103819;STB=0.519213;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00459028;OID=.;OPOS=32026107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:20:22:0.578947:12:8:8:7:12:10:8:8 chr6 32029226 . A G 1237.01 PASS AF=0.526316;AO=120;DP=228;FAO=120;FDP=228;FR=.;FRO=108;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.00390283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.52;QD=21.702;RBI=0.0295806;REFB=-0.00768116;REVB=-0.029322;RO=107;SAF=52;SAR=68;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459136;STB=0.523073;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00676641;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:107:108:120:120:0.526316:68:52:52:55:68:52:52:56 chr6 32029415 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00677057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.687;QD=16.2716;RBI=0.00782133;REFB=-0.0030773;REVB=-0.00391568;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745182;STB=0.542801;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00259226;OID=.;OPOS=32029415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:11:7:7:8:11:7 chr6 32029431 . G A 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00883655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.544;QD=15.9162;RBI=0.0469252;REFB=-0.0127122;REVB=0.0460857;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192087;STB=0.609603;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00854295;OID=.;OPOS=32029431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:12:3:5:8:12:3 chr6 32032743 . G A 441.7 PASS AF=0.416667;AO=36;DP=125;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0207717;FXX=0.0399968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.93;QD=14.7233;RBI=0.0207872;REFB=-0.0299342;REVB=0.000802557;RO=65;SAF=7;SAR=29;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382192;STB=0.563647;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0338782;OID=.;OPOS=32032743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:120:65:70:36:50:0.416667:29:7:32:33:29:21:37:33 chr6 32049423 . C T 286.35 PASS AF=0.485714;AO=29;DP=67;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.054238;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.196;QD=16.3626;RBI=0.0545118;REFB=-0.0356757;REVB=-0.00545689;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974348;STB=0.512813;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0514806;OID=.;OPOS=32049423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:25:36:29:34:0.485714:14:15:10:15:19:15:15:21 chr6 32050067 . T C 1216.67 PASS AF=0.597826;AO=109;DP=184;FAO=110;FDP=184;FR=.;FRO=74;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=55;FSRR=19;FWDB=-0.0347714;FXX=0.0160419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.766;QD=26.4494;RBI=0.0355473;REFB=-0.0167999;REVB=0.00738627;RO=69;SAF=64;SAR=45;SRF=51;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11508;STB=0.564842;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00798682;OID=.;OPOS=32050067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:69:74:109:110:0.597826:45:64:51:18:45:65:55:19 chr6 32064450 . A AC 45.89 PASS AF=0.219178;AO=21;DP=74;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0919506;FXX=0.0135117;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.0276;QD=2.51468;RBI=0.11532;REFB=-0.0183046;REVB=-0.0695975;RO=50;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347071;STB=0.523436;STBP=0.862;TYPE=ins;VARB=0.106348;OID=.;OPOS=32064451;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219178:21:74:16:73:57:6:10:23:34:45:50:9:12:20:30 chr6 32097290 . C T 1164.92 PASS AF=0.545894;AO=113;DP=206;FAO=113;FDP=207;FR=.;FRO=94;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=0.0340313;FXX=0.00480746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.815;QD=22.5105;RBI=0.034577;REFB=-0.00922835;REVB=-0.00611894;RO=92;SAF=51;SAR=62;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228574;STB=0.516755;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00749813;OID=.;OPOS=32097290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:92:94:113:113:0.545894:62:51:39:53:62:51:39:55 chr6 32119898 . T C 10783.1 PASS AF=0.984241;AO=683;DP=696;FAO=687;FDP=698;FR=.;FRO=11;FSAF=319;FSAR=368;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00116198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.782;QD=61.7945;RBI=0.0158064;REFB=-0.0410255;REVB=-0.0157636;RO=10;SAF=317;SAR=366;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929635;STB=0.5056;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000935572;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:696:698:10:11:683:687:0.984241:366:317:8:2:368:319:9:2 chr6 32122386 . C G 3295.16 PASS AF=1;AO=145;DP=213;FAO=211;FDP=211;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=107;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.359;QD=62.4675;RBI=0.0804899;REFB=0;REVB=0.0781757;RO=0;SAF=105;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158978;OID=.;OPOS=32122386;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:211:0:0:145:211:1:40:105:0:0:104:107:0:0 chr6 32122472 . C A 1197.13 PASS AF=0.618497;AO=107;DP=173;FAO=107;FDP=173;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=76;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0172485;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.318;QD=27.6793;RBI=0.0182626;REFB=-0.0215587;REVB=0.0060009;RO=64;SAF=31;SAR=76;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936743;STB=0.552856;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0099866;OID=.;OPOS=32122472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:64:66:107:107:0.618497:76:31:26:38:76:31:27:39 chr6 32134510 . G A 1015.04 PASS AF=0.510309;AO=96;DP=192;FAO=99;FDP=194;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=0.126328;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.715;QD=20.9286;RBI=0.145489;REFB=-0.0312797;REVB=0.0721683;RO=96;SAF=37;SAR=59;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493336;STB=0.51914;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0356444;OID=.;OPOS=32134510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:194:96:95:96:99:0.510309:59:37:42:54:60:39:41:54 chr6 32147696 . G A 1724.06 PASS AF=0.557491;AO=160;DP=286;FAO=160;FDP=287;FR=.;FRO=127;FSAF=85;FSAR=75;FSRF=71;FSRR=56;FWDB=0.0118701;FXX=0.0034721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.877;QD=24.0287;RBI=0.0169971;REFB=-0.0149086;REVB=0.0121657;RO=125;SAF=85;SAR=75;SRF=70;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233522;STB=0.51237;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0124118;OID=.;OPOS=32147696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:287:125:127:160:160:0.557491:75:85:70:55:75:85:71:56 chr6 32148031 . A G 364.68 PASS AF=0.438202;AO=38;DP=90;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0344351;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.196;QD=16.3899;RBI=0.0380501;REFB=0.00711156;REVB=0.0161876;RO=50;SAF=18;SAR=20;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265743;STB=0.507201;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00647161;OID=.;OPOS=32148031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:50:50:38:39:0.438202:20:18:25:25:20:19:25:25 chr6 32151994 . A T 1660.09 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.88;QD=60.367;RBI=0.0357054;REFB=0;REVB=-0.0224023;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06222e-05;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:51:58:0:0:51:59:0:0 chr6 32154998 . C T 540.79 PASS AF=0.386503;AO=62;DP=171;FAO=63;FDP=163;FR=.;FRO=100;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=61;FWDB=0.00894502;FXX=0.0467809;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5877;QD=13.271;RBI=0.0154394;REFB=-0.00394444;REVB=-0.0125842;RO=93;SAF=28;SAR=34;SRF=36;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699927;STB=0.543701;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00370267;OID=.;OPOS=32154998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:163:93:100:62:63:0.386503:34:28:36:57:34:29:39:61 chr6 32159956 . T C 170.34 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00932643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.998;QD=17.0341;RBI=0.0137548;REFB=-0.013431;REVB=-0.0101099;RO=21;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113565;STB=0.583236;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0177647;OID=.;OPOS=32159956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:13:5:8:13:13:5:9:13 chr6 32163541 . A C 539.91 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00536137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1061;QD=24.5414;RBI=0.016037;REFB=-0.0149552;REVB=-0.0151143;RO=38;SAF=19;SAR=31;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976156;STB=0.55355;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00871997;OID=.;OPOS=32163541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:50:50:0.568182:31:19:19:19:31:19:19:19 chr6 32168771 . G T 804.41 PASS AF=0.5125;AO=80;DP=158;FAO=82;FDP=160;FR=.;FRO=78;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.00132016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.355;QD=20.1102;RBI=0.0249076;REFB=-0.0282578;REVB=-0.0248726;RO=77;SAF=43;SAR=37;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422626;STB=0.519823;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0216265;OID=.;OPOS=32168771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:77:78:80:82:0.5125:37:43:45:32:38:44:45:33 chr6 32172065 . T G 3966.7 PASS AF=1;AO=255;DP=255;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.373;QD=62.2227;RBI=0.0247001;REFB=0;REVB=-0.0185976;RO=0;SAF=131;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28684e-05;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:255:0:0:255:255:1:124:131:0:0:124:131:0:0 chr6 32184705 . G A 1223.81 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1542;QD=61.1905;RBI=0.0694152;REFB=0;REVB=0.0335003;RO=0;SAF=23;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.58558e-05;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:56:23:0:0:56:24:0:0 chr6 32188383 . T C 246.68 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00441085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.983;QD=15.9149;RBI=0.0212311;REFB=-0.00138637;REVB=-0.0207679;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230268;STB=0.628946;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000912621;OID=.;OPOS=32188383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:14:14:25:9:14:14:25:9 chr6 32190390 . T G 970.15 PASS AF=0.519126;AO=95;DP=183;FAO=95;FDP=183;FR=.;FRO=88;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.0590546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9054;QD=21.2054;RBI=0.0785975;REFB=-0.00359503;REVB=-0.0518665;RO=85;SAF=52;SAR=43;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562574;STB=0.533788;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00258175;OID=.;OPOS=32190390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:85:88:95:95:0.519126:43:52:41:44:43:52:42:46 chr6 32190406 . A G 987.88 PASS AF=0.518919;AO=95;DP=185;FAO=96;FDP=185;FR=.;FRO=89;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-6.53361e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.695;QD=21.3595;RBI=0.0171545;REFB=-0.0168732;REVB=0.0171544;RO=88;SAF=51;SAR=44;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622574;STB=0.533934;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0186151;OID=.;OPOS=32190406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:88:89:95:96:0.518919:44:51:41:47:45:51:41:48 chr6 32191620 . C T 2109.86 PASS AF=0.942308;AO=145;DP=156;FAO=147;FDP=156;FR=.;FRO=9;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0496929;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5309;QD=54.0989;RBI=0.0521908;REFB=-0.132233;REVB=0.0159529;RO=3;SAF=65;SAR=80;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174967;STB=0.513254;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00377199;OID=.;OPOS=32191620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:156:156:3:9:145:147:0.942308:80:65:0:3:81:66:2:7 chr6 32191658 . T TAGC,TAGCAGCAGC 893.47 PASS AF=0.333333,0.297101;AO=37,24;DP=176;FAO=46,41;FDP=138;FR=.;FRO=51;FSAF=14,8;FSAR=32,33;FSRF=48;FSRR=3;FWDB=-0.0135784,-0.0464674;FXX=0.0612203;HRUN=1,1;LEN=3,9;MLLD=163.151,162.249;QD=25.8977;RBI=0.0523208,0.0625844;REFB=-0.058721,-0.0300633;REVB=0.0505282,0.0419237;RO=110;SAF=12,0;SAR=25,24;SRF=63;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.307306,-0.766317;STB=0.801831,0.865019;STBP=0,0;TYPE=ins,ins;VARB=0.0712203,-0.00468714;OID=.,.;OPOS=32191659,32191659;OREF=-,-;OALT=AGC,AGCAGCAGC;OMAPALT=TAGC,TAGCAGCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.297101:37,24:176:46,41:138:51:14,8:32,33:48:3:99:110:12,0:25,24:63:47 chr6 32223531 . A C 342.37 PASS AF=0.266055;AO=29;DP=109;FAO=29;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.01011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.313;QD=12.564;RBI=0.014059;REFB=-0.027421;REVB=-0.0097696;RO=65;SAF=11;SAR=18;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205378;STB=0.615641;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0574157;OID=.;OPOS=32223531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:66:29:29:0.266055:18:11:36:29:18:11:36:30 chr6 32261770 . GA GG,GT 1762.62 PASS AF=0.762295,0.237705;AO=74,29;DP=121;FAO=93,29;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57,10;FSAR=36,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177106,0.0172129;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.374,204.454;QD=57.7909;RBI=0.0416761,0.0372909;REFB=0,0;REVB=0.0377258,0.0330806;RO=0;SAF=45,10;SAR=29,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.97903e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000703562,0.00593441;OID=.,.;OPOS=32261771,32261771;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=GG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.762295,0.237705:74,29:121:93,29:122:0:57,10:36,19:0:0:99:0:45,10:29,19:0:0 chr6 32261772 . T G 49.83 PASS AF=0.109375;AO=14;DP=127;FAO=14;FDP=128;FR=.;FRO=114;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=-0.0174567;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=88.143;QD=1.55731;RBI=0.0217153;REFB=-0.00221848;REVB=-0.0129158;RO=113;SAF=11;SAR=3;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359145;STB=0.769101;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.1512;OID=.;OPOS=32261772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:127:128:113:114:14:14:0.109375:3:11:56:57:3:11:56:58 chr6 32268501 . A T 1992.92 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332234;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.84;QD=62.2788;RBI=0.0335878;REFB=0;REVB=0.00493412;RO=0;SAF=68;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21903e-05;OID=.;OPOS=32268501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:126:128:1:58:68:0:0:59:69:0:0 chr6 32290927 . G T 2883.6 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3171;QD=63.0294;RBI=0.0363617;REFB=0;REVB=-0.0346076;RO=0;SAF=71;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91669e-05;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:183:0:0:182:183:1:111:71:0:0:112:71:0:0 chr6 32291270 . CAG C 1065.4 PASS AF=1;AO=70;DP=75;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172168;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.488;QD=60.0225;RBI=0.0455276;REFB=0;REVB=0.0421467;RO=0;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.1104e-05;OID=.;OPOS=32291271;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:75:71:71:0:24:47:0:0:6:0:23:47:0:0 chr6 32291359 . T G 1832.74 PASS AF=0.976;AO=121;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0133058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9632;QD=58.6477;RBI=0.0133696;REFB=-0.00162868;REVB=0.00130402;RO=4;SAF=66;SAR=55;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125434;STB=0.502848;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000121193;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:125:4:3:121:122:0.976:55:66:3:1:55:67:2:1 chr6 32298372 . A G 1561.34 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0917251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.058;QD=63.7284;RBI=0.0918662;REFB=0;REVB=0.00509034;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22195e-05;OID=.;OPOS=32298372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:47:50:0:0:48:50:0:0 chr6 32301804 . G C 1861.36 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0381572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.522;QD=60.5321;RBI=0.0389418;REFB=0.019428;REVB=-0.00777761;RO=1;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785219;STB=0.504132;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000184366;OID=.;OPOS=32301804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:60:62:0:1:60:62:0:1 chr6 32303672 . T A 249.17 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.00662625;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5518;QD=10.1702;RBI=0.0204643;REFB=-0.00789868;REVB=-0.0193619;RO=66;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24879;STB=0.648557;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0289415;OID=.;OPOS=32303672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:66:67:31:31:0.316327:13:18:24:42:13:18:24:43 chr6 32307260 . T G 1295.56 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784703;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.054;QD=60.9674;RBI=0.100445;REFB=-0.0809739;REVB=0.100138;RO=1;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101866;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645813;OID=.;OPOS=32307260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:86:85:1:0:84:85:1:46:38:0:1:47:38:0:0 chr6 32307382 . G A 947.87 PASS AF=0.985075;AO=63;DP=64;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0464063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7363;QD=56.5893;RBI=0.0760325;REFB=-0.0116683;REVB=0.0602278;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.506665;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00195207;OID=.;OPOS=32307382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:67:1:1:63:66:0.985075:35:28:0:1:37:29:0:1 chr6 32310986 . C G 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.607;QD=58.4205;RBI=0.0225103;REFB=-0.172895;REVB=-0.0175062;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150114;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000929414;OID=.;OPOS=32310986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:41:31:1:0:41:31:1:0 chr6 32317922 . TTTTC T 981.24 PASS AF=0.823529;AO=93;DP=105;FAO=98;FDP=119;FR=.;FRO=21;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0310812;FXX=0.0403193;HRUN=4;LEN=4;MLLD=269.947;QD=32.9829;RBI=0.0425596;REFB=-0.0292252;REVB=0.0290737;RO=0;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.316456;SSSB=0;STB=0.524995;STBP=0.25;TYPE=del;VARB=0.00493494;OID=.;OPOS=32317923;OREF=TTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529:93:105:98:119:21:38:60:11:10:60:0:35:58:0:0 chr6 32333093 . A G 2390.8 PASS AF=0.9875;AO=158;DP=161;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0395566;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.435;QD=59.7701;RBI=0.0450215;REFB=-0.14833;REVB=0.0214991;RO=1;SAF=74;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563063;STB=0.500397;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000294036;OID=.;OPOS=32333093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:161:160:1:2:158:158:0.9875:84:74:0:1:84:74:1:1 chr6 32333098 . C T 2387.09 PASS AF=0.981481;AO=158;DP=162;FAO=159;FDP=162;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0148503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.094;QD=58.9404;RBI=0.0175863;REFB=0.0977185;REVB=0.00942043;RO=1;SAF=73;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556477;STB=0.503743;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00022979;OID=.;OPOS=32333098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:162:162:1:3:158:159:0.981481:85:73:0:1:85:74:2:1 chr6 32333955 . T C 1062.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9054;QD=59.8484;RBI=0.129934;REFB=0;REVB=0.127121;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107176;OID=.;OPOS=32333955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr6 32334224 . C G 410.71 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.408;QD=56.6497;RBI=0.0247513;REFB=0;REVB=-0.00371136;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108076;OID=.;OPOS=32334224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr6 32336586 . A G 2946.37 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094314;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.871;QD=63.3627;RBI=0.0101408;REFB=0;REVB=0.00372629;RO=0;SAF=96;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202512;OID=.;OPOS=32336586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:186:0:0:186:186:1:90:96:0:0:90:96:0:0 chr6 32337686 . A G 1576.02 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268378;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.554;QD=60.0388;RBI=0.0288426;REFB=0;REVB=0.0105656;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101324;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:49:55:0:0:49:56:0:0 chr6 32363816 . T C 481.98 PASS AF=0.5;AO=48;DP=93;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00887824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2558;QD=20.5098;RBI=0.0375371;REFB=-0.0155972;REVB=-0.0364721;RO=45;SAF=21;SAR=27;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842485;STB=0.532046;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0187969;OID=.;OPOS=32363816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:45:47:48:47:0.5:27:21:24:21:26:21:24:23 chr6 32363844 . C T 490.45 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0269623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.452;QD=17.2086;RBI=0.0292722;REFB=0.00310961;REVB=0.0113972;RO=60;SAF=26;SAR=27;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104411;STB=0.561919;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00268904;OID=.;OPOS=32363844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:61:53:53:0.464912:27:26:36:24:27:26:37:24 chr6 32363955 . T C 964.08 PASS AF=0.516484;AO=94;DP=183;FAO=94;FDP=182;FR=.;FRO=88;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0021466;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.686;QD=21.1885;RBI=0.0236193;REFB=0.0019716;REVB=-0.0235215;RO=87;SAF=45;SAR=49;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136339;STB=0.504799;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.0021577;OID=.;OPOS=32363955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:87:88:94:94:0.516484:49:45:43:44:49:45:43:45 chr6 32370835 . T C 890.93 PASS AF=0.502825;AO=89;DP=178;FAO=89;FDP=177;FR=.;FRO=88;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=-0.0128157;FXX=0.00561766;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.8226;QD=20.1339;RBI=0.014244;REFB=0.00138807;REVB=0.0062169;RO=88;SAF=45;SAR=44;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875916;STB=0.548102;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00125453;OID=.;OPOS=32370835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:88:88:89:89:0.502825:44:45:53:35:44:45:53:35 chr6 32410987 . A G 2257.69 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.8652;QD=62.7135;RBI=0.0212313;REFB=-0.0917645;REVB=0.0186962;RO=1;SAF=70;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674494;STB=0.503546;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=1.59736e-05;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:143:143:0.993056:73:70:1:0:73:70:1:0 chr6 32411035 . A C 2254.88 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.562;QD=63.5178;RBI=0.0216124;REFB=0;REVB=-0.0132141;RO=0;SAF=65;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2093e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24076e-05;OID=.;OPOS=32411035;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:77:65:0:0:77:65:0:0 chr6 32411646 . T G 3496.54 PASS AF=0.978448;AO=227;DP=232;FAO=227;FDP=232;FR=.;FRO=5;FSAF=105;FSAR=122;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.040027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5254;QD=60.2851;RBI=0.0457826;REFB=-0.0427545;REVB=-0.0222235;RO=4;SAF=105;SAR=122;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952803;STB=0.507305;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00213213;OID=.;OPOS=32411646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:232:232:4:5:227:227:0.978448:122:105:3:1:122:105:4:1 chr6 32412480 . G A 2029.93 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0180579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.849;QD=61.5131;RBI=0.0322915;REFB=-0.108992;REVB=-0.0267704;RO=1;SAF=61;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772787;STB=0.504064;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000123929;OID=.;OPOS=32412480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:70:61:1:0:70:61:1:0 chr6 32487170 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0304027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.081;QD=19.646;RBI=0.0324292;REFB=0.00889867;REVB=-0.0112842;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898424;STB=0.505145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0340366;OID=.;OPOS=32487170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:5:3:4:7:5:3 chr6 32487172 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0123947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.487;QD=11.953;RBI=0.0148766;REFB=0.0421534;REVB=0.00822715;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117224;STB=0.507025;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0462488;OID=.;OPOS=32487172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:7:4:3:5:7:4 chr6 32487175 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0339762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.687;QD=14.3343;RBI=0.0345291;REFB=0.0348883;REVB=-0.0061543;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133598;STB=0.578146;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0264293;OID=.;OPOS=32487175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:7:3:4:5:7:3 chr6 32487205 . C T 65.75 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0158089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8638;QD=11.4345;RBI=0.0555773;REFB=-0.0544236;REVB=-0.0532814;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565464;STB=0.533905;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0753918;OID=.;OPOS=32487205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:7:7:4:5:7:7 chr6 32487214 . T C 267.17 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0509799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1093;QD=42.7469;RBI=0.0646288;REFB=0.0133131;REVB=-0.0397232;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401764;STB=0.559946;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.017571;OID=.;OPOS=32487214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:1:3:22:22:0.88:11:11:1:0:11:11:3:0 chr6 32487229 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.033948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.779;QD=8.30753;RBI=0.0353739;REFB=-0.00190241;REVB=-0.00994202;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801251;STB=0.549873;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00541327;OID=.;OPOS=32487229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:10:8:3:5:10:8 chr6 32487268 . A G 410.34 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3929;QD=54.7118;RBI=0.015631;REFB=0;REVB=-0.0095501;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404293;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134436;OID=.;OPOS=32487268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:30:1:0:28:30:1:11:17:0:1:12:18:0:0 chr6 32487277 . T C 52.35 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0105203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5971;QD=6.54388;RBI=0.0158926;REFB=0.00500536;REVB=-0.011912;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265732;STB=0.671955;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0172862;OID=.;OPOS=32487277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:2:6:13:11:2:6:13:11 chr6 32487309 . T C 191.04 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3711;QD=47.7589;RBI=0.00747557;REFB=0;REVB=0.00668765;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89487e-05;OID=.;OPOS=32487309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:14:16:1:7:7:0:0:9:7:0:0 chr6 32489749 . G C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.044;QD=63.6149;RBI=0.035453;REFB=0;REVB=0.0218944;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69724e-05;OID=.;OPOS=32489749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:50:45:0:0:50:45:0:0 chr6 32489791 . AG CT 1075.91 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499792;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.219;QD=59.7727;RBI=0.0284446;REFB=0;REVB=0.0280021;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-6.1618e-05;OID=.;OPOS=32489791;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:69:72:1:39:30:0:0:39:33:0:0 chr6 32489794 . G A 1000.76 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.754;QD=57.1861;RBI=0.0201094;REFB=-0.120867;REVB=0.0164012;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129488;STB=0.506847;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000529643;OID=.;OPOS=32489794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:36:32:0:1:36:33:0:1 chr6 32489825 . T A 665.85 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4572;QD=59.1867;RBI=0.0339042;REFB=-0.0226842;REVB=0.0112686;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015915;STB=0.508193;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00255073;OID=.;OPOS=32489825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:42:44:0.977778:29:13:0:1:30:14:0:1 chr6 32489853 . A C 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.163;QD=54.5173;RBI=0.0331767;REFB=0;REVB=-0.0278208;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626965;OID=.;OPOS=32489853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:18:6:0:0:19:6:0:0 chr6 32489856 . C A 338.78 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1263;QD=54.2044;RBI=0.0693929;REFB=0;REVB=-0.00818257;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115583;OID=.;OPOS=32489856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr6 32489874 . T A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.065151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.186;QD=46.848;RBI=0.0674337;REFB=0;REVB=0.0173971;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329551;OID=.;OPOS=32489874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr6 32489877 . C A 158.86 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0053;QD=45.3873;RBI=0.0478203;REFB=0;REVB=0.0257085;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278168;OID=.;OPOS=32489877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr6 32497901 . C T 112.74 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0017716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.955;QD=28.1844;RBI=0.00845857;REFB=-0.0117004;REVB=-0.00827096;RO=4;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807907;STB=0.545377;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00457605;OID=.;OPOS=32497901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:4:8:2:2:4:8:2:2 chr6 32497905 . G A,T 163.65 PASS AF=0.75,0.1875;AO=12,3;DP=16;FAO=12,3;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8,2;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00015236,0.00523134;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=107.69,140.646;QD=40.912;RBI=0.027796,0.0265861;REFB=0.124657,0.022224;REVB=0.0277956,0.0260664;RO=1;SAF=8,2;SAR=4,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0998765,0.266641;STB=0.55546,0.665547;STBP=0.307,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=0.00134981,-0.00835425;OID=.,.;OPOS=32497905,32497905;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:16:16:1:1:12,3:12,3:0.75,0.1875:4,1:8,2:0:1:4,1:8,2:0:1 chr6 32497914 . C T 137.97 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0203439;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.114;QD=29.0461;RBI=0.0294922;REFB=-0.026;REVB=0.0213521;RO=5;SAF=11;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228263;STB=0.62837;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0211957;OID=.;OPOS=32497914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:3:11:2:3:3:11:2:3 chr6 32497943 . A G 192.78 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0139006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.558;QD=40.5858;RBI=0.0533379;REFB=-0.0254962;REVB=0.0514947;RO=2;SAF=11;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762947;STB=0.541619;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00220897;OID=.;OPOS=32497943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:6:11:2:0:6:11:2:0 chr6 32497961 . TT GC 222.84 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824088;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=155.759;QD=49.5196;RBI=0.0089191;REFB=0;REVB=0.00341149;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.08074e-05;OID=.;OPOS=32497961;OREF=TT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:7:11:0:0 chr6 32517807 . T C 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000659827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0684;QD=54.4804;RBI=0.0265529;REFB=0.0201267;REVB=-0.0265447;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00134924;OID=.;OPOS=32517807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:18:13:0:1:18:13:0:1 chr6 32546704 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0151017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.513;QD=14.0436;RBI=0.015761;REFB=-0.0621301;REVB=0.00451089;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422723;STB=0.749163;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0725617;OID=.;OPOS=32546704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:4:0:3:2:4:0 chr6 32546743 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.846;QD=40.7629;RBI=0.0431546;REFB=0;REVB=-0.0411044;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00040408;OID=.;OPOS=32546743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 32546795 . T A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2121;QD=40.7627;RBI=0.0167031;REFB=0;REVB=0.00348854;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484829;OID=.;OPOS=32546795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 32546828 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.016;QD=40.7628;RBI=0.0290801;REFB=0;REVB=0.0183536;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250521;OID=.;OPOS=32546828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 32546846 . C T 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0936159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0815;QD=32.8213;RBI=0.120296;REFB=-0.0101244;REVB=0.0755462;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00042741;OID=.;OPOS=32546846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:4:5:0:1:4:5:0:1 chr6 32546865 . A AC 72.71 PASS AF=1;AO=2;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106762;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=84.4056;QD=36.3557;RBI=0.106778;REFB=0;REVB=0.00185806;RO=7;SAF=1;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720733;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00593466;OID=.;OPOS=32546866;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:9:8:8:0:3:5:0:0:4:7:1:1:3:4 chr6 32546866 . T C 47.35 PASS AF=0.875;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0361775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.87;QD=23.6735;RBI=0.0380689;REFB=-0.190633;REVB=-0.0118502;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0337348;OID=.;OPOS=32546866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:8:8:1:1:6:7:0.875:4:2:0:1:4:3:0:1 chr6 32547980 . AGG GGA 53.04 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0197641;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.409;QD=8.15949;RBI=0.0725059;REFB=-0.0017018;REVB=-0.0697602;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478256;STB=0.849313;STBP=0.041;TYPE=mnp;VARB=0.00344614;OID=.;OPOS=32547980;OREF=AGG;OALT=GGA;OMAPALT=GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:13:18:7:8:0.307692:2:5:3:10:2:6:3:15 chr6 32547988 . T C 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0160821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.8;QD=29.0288;RBI=0.0163326;REFB=0.00940726;REVB=0.00284965;RO=8;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401912;STB=0.72552;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00188571;OID=.;OPOS=32547988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:15:3:6:2:15:3:6:2 chr6 32547990 . TG AA,TA 346.83 PASS AF=0.307692,0.692308;AO=8,18;DP=26;FAO=8,18;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6,3;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563569,-0.0601851;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=177.511,71.2355;QD=53.3587;RBI=0.0591606,0.0611014;REFB=0,0;REVB=0.0179965,0.0105419;RO=0;SAF=6,3;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,3.32e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.016597,0.000209759;OID=.,.;OPOS=32547990,32547991;OREF=TG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:53:26:26:0:0:8,18:8,18:0.307692,0.692308:2,15:6,3:0:0:2,15:6,3:0:0 chr6 32547997 . T G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.00414244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.36;QD=7.62907;RBI=0.00569344;REFB=-0.00926012;REVB=-0.00390583;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611367;STB=0.862963;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0107205;OID=.;OPOS=32547997;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:2:6:3:17:2:6:3:17 chr6 32548026 . G C 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0427221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3267;QD=27.4998;RBI=0.0571422;REFB=0.0502474;REVB=0.0379481;RO=10;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365188;STB=0.705631;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0252145;OID=.;OPOS=32548026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:16:3:6:4:16:3:6:4 chr6 32548066 . G T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00906859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.015;QD=21.1715;RBI=0.0137481;REFB=-0.0198302;REVB=-0.010333;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367814;STB=0.71016;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0017038;OID=.;OPOS=32548066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:9:3:6:2:9:3:6:2 chr6 32548520 . C T 149.44 PASS AF=0.210084;AO=25;DP=119;FAO=25;FDP=119;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.00135027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.384;QD=5.02328;RBI=0.00873378;REFB=-0.0024905;REVB=-0.00862877;RO=93;SAF=13;SAR=12;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871676;STB=0.501009;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0164319;OID=.;OPOS=32548520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:93:94:25:25:0.210084:12:13:49:44:12:13:49:45 chr6 32548534 . C T 68.8 PASS AF=0.122137;AO=16;DP=131;FAO=16;FDP=131;FR=.;FRO=115;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=-0.0510373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6273;QD=2.10067;RBI=0.0871946;REFB=0.00163191;REVB=0.0706972;RO=115;SAF=9;SAR=7;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050568;STB=0.535978;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00939981;OID=.;OPOS=32548534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:131:131:115:115:16:16:0.122137:7:9:60:55:7:9:60:55 chr6 32548544 . TG GA 96.87 PASS AF=0.144928;AO=19;DP=136;FAO=20;FDP=138;FR=.;FRO=118;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=-0.0164132;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.303;QD=2.80786;RBI=0.0168019;REFB=-0.00218286;REVB=0.00359317;RO=110;SAF=14;SAR=5;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286809;STB=0.721576;STBP=0.039;TYPE=mnp;VARB=0.0186854;OID=.;OPOS=32548544;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:136:138:110:118:19:20:0.144928:5:14:57:53:5:15:59:59 chr6 32548550 . G A 151.49 PASS AF=0.188406;AO=26;DP=138;FAO=26;FDP=138;FR=.;FRO=112;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=65;FSRR=47;FWDB=-0.0096886;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.166;QD=4.39091;RBI=0.0153377;REFB=-0.000564999;REVB=0.0118901;RO=111;SAF=9;SAR=17;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289463;STB=0.685793;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0131038;OID=.;OPOS=32548550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:111:112:26:26:0.188406:17:9:64:47:17:9:65:47 chr6 32548554 . G C 81.28 PASS AF=0.133858;AO=17;DP=140;FAO=17;FDP=127;FR=.;FRO=110;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.00821216;FXX=0.0928505;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2753;QD=2.56012;RBI=0.0178636;REFB=0.00638553;REVB=-0.015864;RO=108;SAF=9;SAR=8;SRF=60;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03293;STB=0.521876;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.064935;OID=.;OPOS=32548554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:140:127:108:110:17:17:0.133858:8:9:60:48:8:9:61:49 chr6 32548556 . C T 178.52 PASS AF=0.211679;AO=29;DP=126;FAO=29;FDP=137;FR=.;FRO=108;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=-0.0105869;FXX=0.00724585;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.256;QD=5.21228;RBI=0.014464;REFB=-0.00209881;REVB=0.00985521;RO=97;SAF=12;SAR=17;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128019;STB=0.61764;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00963567;OID=.;OPOS=32548556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:137:97:108:29:29:0.211679:17:12:50:47:17:12:61:47 chr6 32548581 . A G 129.14 PASS AF=0.169014;AO=24;DP=141;FAO=24;FDP=142;FR=.;FRO=118;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=-0.0143156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.567;QD=3.63779;RBI=0.0178745;REFB=-0.00635815;REVB=-0.0107033;RO=116;SAF=13;SAR=11;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422376;STB=0.527624;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0320665;OID=.;OPOS=32548581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:116:118:24:24:0.169014:11:13:59:57:11:13:60:58 chr6 32548628 . G A 65.82 PASS AF=0.125;AO=15;DP=120;FAO=15;FDP=120;FR=.;FRO=105;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=-0.0469528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.085;QD=2.19413;RBI=0.047487;REFB=-0.00344492;REVB=0.00710236;RO=105;SAF=11;SAR=4;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329123;STB=0.733022;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0822398;OID=.;OPOS=32548628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:120:120:105:105:15:15:0.125:4:11:49:56:4:11:49:56 chr6 32548632 . T A 290.36 PASS AF=0.324786;AO=38;DP=117;FAO=38;FDP=117;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.00020766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.735;QD=9.92694;RBI=0.00574477;REFB=-0.00827319;REVB=-0.00574102;RO=79;SAF=16;SAR=22;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128747;STB=0.574735;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0171644;OID=.;OPOS=32548632;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:79:79:38:38:0.324786:22:16:42:37:22:16:42:37 chr6 32549401 . TC CC,CT 334.74 PASS AF=0.818182,0;AO=26,6;DP=33;FAO=27,0;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=11,0;FSAR=16,0;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0188749,-0.0116001;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=56.1748,125.879;QD=40.5743;RBI=0.0406961,0.0186264;REFB=0.0750323,0.0505298;REVB=-0.0360543,-0.0145733;RO=0;SAF=11,3;SAR=15,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.517308,0.5;STBP=0.696,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0189847,0;OID=.,.;OPOS=32549401,32549401;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:0:6:26,6:27,0:0.818182,0:15,3:11,3:0:0:16,0:11,0:3:3 chr6 32549416 . C T 50.69 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.00720531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.044;QD=2.8556;RBI=0.0137972;REFB=0.00179752;REVB=-0.0117663;RO=61;SAF=5;SAR=5;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173481;STB=0.619493;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0179226;OID=.;OPOS=32549416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:61:61:10:10:0.140845:5:5:22:39:5:5:22:39 chr6 32549424 . C T 32.19 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.011258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.098;QD=1.51503;RBI=0.0261851;REFB=0.000205004;REVB=-0.0236415;RO=77;SAF=2;SAR=6;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205376;STB=0.666223;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0027196;OID=.;OPOS=32549424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:85:85:77:77:8:8:0.0941176:6:2:32:45:6:2:32:45 chr6 32549428 . G T 35.93 PASS AF=0.0957447;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.0100813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.558;QD=1.52891;RBI=0.0186491;REFB=-0.00320485;REVB=-0.0156894;RO=85;SAF=2;SAR=7;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229019;STB=0.684337;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0471759;OID=.;OPOS=32549428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:94:94:85:85:9:9:0.0957447:7:2:34:51:7:2:34:51 chr6 32549452 . C G 171.41 PASS AF=0.175824;AO=32;DP=182;FAO=32;FDP=182;FR=.;FRO=150;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=67;FSRR=83;FWDB=0.00607694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.235;QD=3.76726;RBI=0.068484;REFB=0.00195809;REVB=0.0682139;RO=150;SAF=18;SAR=14;SRF=67;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147885;STB=0.594628;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00796515;OID=.;OPOS=32549452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:150:150:32:32:0.175824:14:18:67:83:14:18:67:83 chr6 32549464 . T C 99.65 PASS AF=0.117371;AO=25;DP=212;FAO=25;FDP=213;FR=.;FRO=188;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=88;FSRR=100;FWDB=0.000158516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.602;QD=1.87139;RBI=0.0284556;REFB=-0.00334917;REVB=-0.0284551;RO=187;SAF=16;SAR=9;SRF=87;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216228;STB=0.650627;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0168383;OID=.;OPOS=32549464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:187:188:25:25:0.117371:9:16:87:100:9:16:88:100 chr6 32549475 . T C 3794.83 PASS AF=1;AO=236;DP=237;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654862;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.659;QD=63.2471;RBI=0.0274759;REFB=0.0145575;REVB=0.0266841;RO=1;SAF=124;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52333e-07;OID=.;OPOS=32549475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:237:240:1:0:236:240:1:112:124:0:1:115:125:0:0 chr6 32549481 . C T 157.28 PASS AF=0.132143;AO=37;DP=273;FAO=37;FDP=280;FR=.;FRO=243;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=117;FSRR=126;FWDB=-0.0248046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9266;QD=2.24687;RBI=0.0291536;REFB=-0.00241074;REVB=-0.0153188;RO=234;SAF=20;SAR=17;SRF=108;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100427;STB=0.551138;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0186286;OID=.;OPOS=32549481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:280:234:243:37:37:0.132143:17:20:108:126:17:20:117:126 chr6 32549497 . G A 1170.15 PASS AF=0.397015;AO=133;DP=333;FAO=133;FDP=335;FR=.;FRO=202;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=99;FSRR=103;FWDB=0.0102337;FXX=0.0029761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.444;QD=13.972;RBI=0.0209434;REFB=-0.0134015;REVB=-0.0182729;RO=199;SAF=61;SAR=72;SRF=97;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309437;STB=0.519033;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0216678;OID=.;OPOS=32549497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:335:199:202:133:133:0.397015:72:61:97:102:72:61:99:103 chr6 32549501 . A C,T 5199.14 PASS AF=0.739766,0.260234;AO=249,89;DP=339;FAO=253,89;FDP=342;FR=.;FRO=0;FSAF=126,37;FSAR=127,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102629,-0.0240997;FXX=0.00291537;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.438,123.405;QD=60.8086;RBI=0.0240423,0.0292182;REFB=0,0;REVB=0.0217417,0.0165199;RO=0;SAF=125,37;SAR=124,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00689511,-0.00928287;OID=.,.;OPOS=32549501,32549501;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:339:342:0:0:249,89:253,89:0.739766,0.260234:124,52:125,37:0:0:127,52:126,37:0:0 chr6 32549525 . C G 298.19 PASS AF=0.144737;AO=66;DP=450;FAO=66;FDP=456;FR=.;FRO=390;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=183;FSRR=207;FWDB=-0.019949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8519;QD=2.6157;RBI=0.026028;REFB=0.00043554;REVB=-0.0167181;RO=383;SAF=31;SAR=35;SRF=181;SRR=202;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373994;STB=0.5004;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00347702;OID=.;OPOS=32549525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:450:456:383:390:66:66:0.144737:35:31:181:202:35:31:183:207 chr6 32549531 . T C 320.62 PASS AF=0.149573;AO=70;DP=468;FAO=70;FDP=468;FR=.;FRO=398;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=186;FSRR=212;FWDB=-0.00914573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.5;QD=2.74032;RBI=0.0254755;REFB=0.0046936;REVB=-0.0237772;RO=397;SAF=33;SAR=37;SRF=185;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705308;STB=0.503492;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.020316;OID=.;OPOS=32549531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:468:468:397:398:70:70:0.149573:37:33:185:212:37:33:186:212 chr6 32549540 . C T 392.49 PASS AF=0.164609;AO=78;DP=486;FAO=80;FDP=486;FR=.;FRO=406;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=195;FSRR=211;FWDB=0.0018446;FXX=0.00613484;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.559;QD=3.23035;RBI=0.0175296;REFB=-0.0029918;REVB=0.0174323;RO=407;SAF=32;SAR=46;SRF=194;SRR=213;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087093;STB=0.567956;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0144225;OID=.;OPOS=32549540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:486:486:407:406:78:80:0.164609:46:32:194:213:48:32:195:211 chr6 32549548 . G A 406.42 PASS AF=0.163022;AO=81;DP=503;FAO=82;FDP=503;FR=.;FRO=421;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=194;FSRR=227;FWDB=-0.0344528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.572;QD=3.23196;RBI=0.040076;REFB=-0.0025217;REVB=0.0204717;RO=417;SAF=38;SAR=43;SRF=192;SRR=225;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113595;STB=0.512431;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0129764;OID=.;OPOS=32549548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:503:503:417:421:81:82:0.163022:43:38:192:225:43:39:194:227 chr6 32549581 . G A 193.5 PASS AF=0.109344;AO=55;DP=503;FAO=55;FDP=503;FR=.;FRO=448;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=190;FSRR=258;FWDB=-0.00490027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.066;QD=1.5388;RBI=0.0218249;REFB=-0.00462063;REVB=-0.0212676;RO=445;SAF=25;SAR=30;SRF=188;SRR=257;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406236;STB=0.527463;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0355658;OID=.;OPOS=32549581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:503:503:445:448:55:55:0.109344:30:25:188:257:30:25:190:258 chr6 32549582 . GTC TCT 409.81 PASS AF=0.169072;AO=80;DP=488;FAO=82;FDP=485;FR=.;FRO=403;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=169;FSRR=234;FWDB=-0.0142499;FXX=0.00614741;HRUN=3;LEN=3;MLLD=50.9069;QD=3.37988;RBI=0.0254328;REFB=-0.00366442;REVB=-0.0210658;RO=389;SAF=34;SAR=46;SRF=161;SRR=228;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148302;STB=0.516654;STBP=0.734;TYPE=mnp;VARB=0.0341008;OID=.;OPOS=32549582;OREF=GTC;OALT=TCT;OMAPALT=TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:488:485:389:403:80:82:0.169072:46:34:161:228:46:36:169:234 chr6 32549587 . T G 142.19 PASS AF=0.0970464;AO=47;DP=474;FAO=46;FDP=474;FR=.;FRO=428;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=176;FSRR=252;FWDB=-0.0288122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2553;QD=1.1999;RBI=0.0288938;REFB=-0.00193037;REVB=0.00217032;RO=420;SAF=20;SAR=27;SRF=172;SRR=248;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201657;STB=0.501703;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0332931;OID=.;OPOS=32549587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:474:474:420:428:47:46:0.0970464:27:20:172:248:27:19:176:252 chr6 32549588 . G A 335.88 PASS AF=0.153518;AO=71;DP=468;FAO=72;FDP=469;FR=.;FRO=397;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=163;FSRR=234;FWDB=-0.00923553;FXX=0.00212761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.072;QD=2.86463;RBI=0.00982493;REFB=-0.000826589;REVB=0.00335172;RO=389;SAF=29;SAR=42;SRF=161;SRR=228;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726132;STB=0.506843;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00651161;OID=.;OPOS=32549588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:468:469:389:397:71:72:0.153518:42:29:161:228:43:29:163:234 chr6 32549589 . A C 642.32 PASS AF=0.224138;AO=104;DP=463;FAO=104;FDP=464;FR=.;FRO=360;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=146;FSRR=214;FWDB=-0.0228812;FXX=0.00854683;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.096;QD=5.53727;RBI=0.02496;REFB=-0.00464176;REVB=-0.0099725;RO=355;SAF=42;SAR=62;SRF=145;SRR=210;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00610974;STB=0.501376;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0196981;OID=.;OPOS=32549589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:464:355:360:104:104:0.224138:62:42:145:210:62:42:146:214 chr6 32549596 . T C 7043.93 PASS AF=1;AO=441;DP=445;FAO=442;FDP=442;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=262;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835563;FXX=0.00674142;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2322;QD=63.746;RBI=0.0134808;REFB=0;REVB=0.010579;RO=1;SAF=180;SAR=261;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182551;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048279;OID=.;OPOS=32549596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:445:442:1:0:441:442:1:261:180:0:1:262:180:0:0 chr6 32549607 . T G 298.18 PASS AF=0.160105;AO=61;DP=426;FAO=61;FDP=381;FR=.;FRO=320;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=132;FSRR=188;FWDB=-0.0155014;FXX=0.105631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.137;QD=3.13053;RBI=0.0160046;REFB=0.00111046;REVB=0.00398167;RO=319;SAF=23;SAR=38;SRF=132;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496996;STB=0.531195;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0079047;OID=.;OPOS=32549607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:381:319:320:61:61:0.160105:38:23:132:187:38:23:132:188 chr6 32549611 . T A 2740.82 PASS AF=0.599515;AO=247;DP=413;FAO=247;FDP=412;FR=.;FRO=165;FSAF=99;FSAR=148;FSRF=70;FSRR=95;FWDB=-0.0181528;FXX=0.00722874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.43;QD=26.6099;RBI=0.0185369;REFB=0.002315;REVB=-0.00375396;RO=164;SAF=99;SAR=148;SRF=69;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152853;STB=0.50973;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00181966;OID=.;OPOS=32549611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:412:164:165:247:247:0.599515:148:99:69:95:148:99:70:95 chr6 32551928 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0143551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3212;QD=18.8847;RBI=0.0688683;REFB=0.0112327;REVB=0.0673556;RO=5;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233315;STB=0.631318;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00157556;OID=.;OPOS=32551928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:1:7:5:0:1:7:5:0 chr6 32551947 . CGC CTC,CTG,TTC 185.93 PASS AF=0.368421,0.315789,0.210526;AO=7,6,4;DP=20;FAO=7,6,4;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=6,6,4;FSAR=1,0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.010007,0.0196836,0.0177307;FXX=0.049975;HRUN=1,1,2;LEN=1,2,2;MLLD=156.574,154.275,133.953;QD=39.1433;RBI=0.0719409,0.0237073,0.0572956;REFB=0.0161031,-0.00551444,0.0192213;REVB=0.0712415,-0.0132133,0.0544831;RO=2;SAF=6,6,4;SAR=1,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.125389,0,0;STB=0.571243,0.5,0.5;STBP=0.663,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0401044,-0.010429,-0.00677942;OID=.,.,.;OPOS=32551948,32551948,32551947;OREF=G,GC,CG;OALT=T,TG,TT;OMAPALT=CTC,CTG,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:20:19:2:2:7,6,4:7,6,4:0.368421,0.315789,0.210526:1,0,0:6,6,4:2:0:1,0,0:6,6,4:2:0 chr6 32551957 . GC CT,TT 197.58 PASS AF=0.388889,0.555556;AO=6,10;DP=18;FAO=7,10;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6,10;FSAR=1,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174032,0.0324989;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=158.394,162.632;QD=43.9073;RBI=0.0375427,0.0420582;REFB=0.0314368,0.0032983;REVB=-0.0332654,-0.0266966;RO=0;SAF=5,10;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.538356,0.5;STBP=0.653,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0218207,-0.0282011;OID=.,.;OPOS=32551957,32551957;OREF=GC,GC;OALT=CT,TT;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:50:18:18:0:1:6,10:7,10:0.388889,0.555556:1,0:5,10:0:0:1,0:6,10:1:0 chr6 32551970 . T G 192.39 PASS AF=0.678571;AO=17;DP=29;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0196544;FXX=0.096743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.855;QD=27.4845;RBI=0.0443519;REFB=0.00472953;REVB=0.0397593;RO=9;SAF=14;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148112;STB=0.528271;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.000904719;OID=.;OPOS=32551970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:29:28:9:9:17:19:0.678571:3:14:6:3:5:14:6:3 chr6 32551995 . AG CT,GG 215.57 PASS AF=0.235294,0.382353;AO=9,13;DP=36;FAO=8,13;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=4,8;FSAR=4,5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.035901,-0.000652604;FXX=0.0555401;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=147.177,115.345;QD=25.3608;RBI=0.0359725,0.0292557;REFB=-0.0101676,0.010256;REVB=0.00226725,0.0292484;RO=12;SAF=5,8;SAR=4,5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.286527,-0.205785;STB=0.713848,0.628964;STBP=0.17,0.253;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0316006,-0.00908106;OID=.,.;OPOS=32551995,32551995;OREF=AG,A;OALT=CT,G;OMAPALT=CT,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:36:34:12:13:9,13:8,13:0.235294,0.382353:4,5:5,8:10:2:4,5:4,8:11:2 chr6 32551998 . G A 203.07 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0122828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.559;QD=21.9534;RBI=0.0136502;REFB=-0.0403999;REVB=-0.00595496;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512063;STB=0.528673;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00829452;OID=.;OPOS=32551998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:7:13:12:5:7:13:12:5 chr6 32552016 . C A 34.58 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0296941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.475;QD=4.46136;RBI=0.0343817;REFB=-0.0146595;REVB=-0.0173308;RO=25;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504241;STB=0.840992;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0820836;OID=.;OPOS=32552016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:1:5:10:15:1:5:10:15 chr6 32552059 . G A,T 305.29 PASS AF=0.12,0.84;AO=3,21;DP=25;FAO=3,21;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=0,10;FSAR=3,11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0442494,0.0168674;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.8254,77.6391;QD=48.8457;RBI=0.0457628,0.0401415;REFB=-0.0607153,-0.000844202;REVB=0.0116716,-0.0364257;RO=0;SAF=0,10;SAR=3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.51176e-08;STB=0.5,0.521719;STBP=1,0.501;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00908862,0.00502658;OID=.,.;OPOS=32552059,32552059;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:25:25:0:1:3,21:3,21:0.12,0.84:3,11:0,10:0:0:3,11:0,10:0:1 chr6 32552067 . C T 190.92 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0419126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3046;QD=30.5465;RBI=0.0549031;REFB=0.0470394;REVB=-0.0354638;RO=7;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181538;STB=0.599893;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0286373;OID=.;OPOS=32552067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:9:9:1:6:9:9:1:6 chr6 32552085 . G T 49.81 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00280513;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.259;QD=11.0697;RBI=0.0108864;REFB=-0.0033537;REVB=-0.0105188;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350103;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00523746;OID=.;OPOS=32552085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:20:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:7:4:5:2:7:4 chr6 32557435 . A C 143.82 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.219493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.907;QD=44.2512;RBI=0.226963;REFB=0;REVB=0.0577518;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105718;OID=.;OPOS=32557435;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:11:13:1:9:2:0:0:10:3:0:0 chr6 32557477 . G A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00617674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.94;QD=6.52592;RBI=0.00973674;REFB=-0.00125806;REVB=-0.00752676;RO=20;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50137;STB=0.826583;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00651182;OID=.;OPOS=32557477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:1:6:9:11:1:6:9:11 chr6 32557478 . C A 50.45 PASS AF=0.185185;AO=5;DP=27;FAO=5;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00846502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.358;QD=7.47418;RBI=0.00851456;REFB=0.00279365;REVB=-0.000917154;RO=19;SAF=3;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385029;STB=0.526212;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00391818;OID=.;OPOS=32557478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:27:27:19:19:5:5:0.185185:2:3:12:7:2:3:12:7 chr6 32557483 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5673;QD=55.6537;RBI=0.0103303;REFB=0;REVB=0.00562502;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173847;OID=.;OPOS=32557483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr6 32557486 . T A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00331496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.847;QD=6.52646;RBI=0.037416;REFB=0.00369425;REVB=-0.0372689;RO=19;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48202;STB=0.826583;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.012856;OID=.;OPOS=32557486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:19:20:7:7:0.259259:1:6:9:10:1:6:9:11 chr6 32557489 . A T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00758073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.317;QD=5.78807;RBI=0.0305247;REFB=-0.00275481;REVB=-0.0295684;RO=22;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565666;STB=0.856123;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0358664;OID=.;OPOS=32557489;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:22:23:7:7:0.233333:1:6:8:14:1:6:9:14 chr6 32557506 . T C 122.73 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0612079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5157;QD=16.3638;RBI=0.063317;REFB=-0.0427971;REVB=-0.016206;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901033;STB=0.566573;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0455014;OID=.;OPOS=32557506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:14:14:0.466667:7:7:9:6:7:7:10:6 chr6 32605234 . G A 244.85 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00843216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9104;QD=26.4702;RBI=0.0547286;REFB=-0.0464999;REVB=0.0540751;RO=14;SAF=5;SAR=17;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119403;STB=0.571362;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0295996;OID=.;OPOS=32605234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:17:5:5:9:18:5:5:9 chr6 32605257 . C A 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.606;QD=57.1045;RBI=0.0245982;REFB=0;REVB=0.0243488;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59695e-05;OID=.;OPOS=32605257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr6 32605266 . G A 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.014039;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.2141;QD=3.44013;RBI=0.0245241;REFB=-0.00806382;REVB=0.0201082;RO=49;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940911;STB=0.512792;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0146995;OID=.;OPOS=32605266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:58:59:49:50:9:9:0.152542:6:3:16:33:6:3:16:34 chr6 32605271 . C T 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.0367682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.348;QD=5.32584;RBI=0.0373109;REFB=-0.00502404;REVB=-0.00634054;RO=48;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12732;STB=0.579995;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0256716;OID=.;OPOS=32605271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:8:5:14:34:8:5:14:34 chr6 32605274 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.178;QD=58.2396;RBI=0.0129955;REFB=0;REVB=0.0101348;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79913e-06;OID=.;OPOS=32605274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:42:20:0:0:42:20:0:0 chr6 32605295 . C T 586.86 PASS AF=0.757576;AO=50;DP=66;FAO=50;FDP=66;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0350157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.9782;QD=35.5675;RBI=0.0670256;REFB=-0.0391297;REVB=0.0571518;RO=16;SAF=19;SAR=31;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325653;STB=0.517503;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.015069;OID=.;OPOS=32605295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:16:16:50:50:0.757576:31:19:5:11:31:19:5:11 chr6 32605325 . C T 59.73 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0366858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.613;QD=3.51382;RBI=0.0442122;REFB=-0.00512385;REVB=-0.0246753;RO=57;SAF=4;SAR=7;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743289;STB=0.550468;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0419201;OID=.;OPOS=32605325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:7:4:24:33:7:4:24:33 chr6 32605326 . A G 690.42 PASS AF=0.820896;AO=55;DP=67;FAO=55;FDP=67;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0017085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.844;QD=41.2191;RBI=0.00189969;REFB=-0.00235754;REVB=-0.000830578;RO=11;SAF=23;SAR=32;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175308;STB=0.500279;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259079;OID=.;OPOS=32605326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:11:12:55:55:0.820896:32:23:4:7:32:23:5:7 chr6 32606711 . C T 125.29 PASS AF=0.2;AO=21;DP=100;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0339522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2747;QD=5.01168;RBI=0.0343494;REFB=-0.00356762;REVB=0.00520853;RO=78;SAF=9;SAR=12;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257274;STB=0.540942;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.015566;OID=.;OPOS=32606711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:78:80:21:20:0.2:12:9:35:43:12:8:36:44 chr6 32606717 . TAGAG T 96.28 PASS AF=0.175258;AO=15;DP=95;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0223404;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=278.452;QD=3.97014;RBI=0.0326467;REFB=0.000217725;REVB=-0.0238058;RO=75;SAF=3;SAR=12;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349019;STB=0.637137;STBP=0.223;TYPE=del;VARB=-0.00155978;OID=.;OPOS=32606718;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175258:15:95:17:97:80:5:12:36:44:96:75:3:12:34:41 chr6 32606728 . AG A,AT 924.31 PASS AF=0.806818,0;AO=69,5;DP=93;FAO=71,0;FDP=88;FR=.;FRO=17;FSAF=30,0;FSAR=41,0;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00686671,0.00926312;FXX=0.0434735;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.649,98.4896;QD=42.0139;RBI=0.00686763,0.0362528;REFB=0.017577,0.0106478;REVB=0.000111938,-0.0350494;RO=16;SAF=30,1;SAR=39,4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0215128,-0.241343;STB=0.525613,0.5;STBP=0.354,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00272082,0;OID=.,.;OPOS=32606729,32606729;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.806818,0:69,5:93:71,0:88:17:30,0:41,0:5:12:99:16:30,1:39,4:6:10 chr6 32606732 . G A 921.74 PASS AF=0.771739;AO=70;DP=91;FAO=71;FDP=92;FR=.;FRO=21;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00230836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.499;QD=40.0755;RBI=0.00930723;REFB=-0.00296983;REVB=-0.00901643;RO=21;SAF=30;SAR=40;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850266;STB=0.546587;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000863999;OID=.;OPOS=32606732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:21:21:70:71:0.771739:40:30:5:16:40:31:5:16 chr6 32606756 . G A 84.0 PASS AF=0.177778;AO=12;DP=88;FAO=16;FDP=90;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0044611;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3068;QD=3.73324;RBI=0.0052247;REFB=-0.00156477;REVB=-0.00271957;RO=74;SAF=1;SAR=11;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500323;STB=0.724279;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.025886;OID=.;OPOS=32606756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:88:90:74:74:12:16:0.177778:11:1:31:43:13:3:31:43 chr6 32606773 . G T 77.6 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.00616621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.137;QD=3.83187;RBI=0.00719988;REFB=0.00260715;REVB=0.00371701;RO=67;SAF=3;SAR=11;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25382;STB=0.67131;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0147149;OID=.;OPOS=32606773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:81:67:67:14:14:0.17284:11:3:26:41:11:3:26:41 chr6 32609097 . T C 304.12 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0599418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.612;QD=19.9422;RBI=0.0678303;REFB=-0.0126067;REVB=0.0317479;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158627;STB=0.587942;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00611002;OID=.;OPOS=32609097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:17:15:19:10:17:15:19:10 chr6 32609105 . GT AC,AT 872.87 PASS AF=0.467742,0.532258;AO=29,33;DP=63;FAO=29,33;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19,16;FSAR=10,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198746,0.00322547;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=122.244,49.7;QD=56.314;RBI=0.0432082,0.0351991;REFB=0,0;REVB=0.0431625,0.035051;RO=0;SAF=19,16;SAR=10,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.60901e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00454576,-0.0157062;OID=.,.;OPOS=32609105,32609105;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:63:62:0:0:29,33:29,33:0.467742,0.532258:10,17:19,16:0:0:10,17:19,16:0:0 chr6 32609126 . T C 717.06 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0142231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.637;QD=51.2187;RBI=0.0154796;REFB=0.0216852;REVB=0.00610919;RO=3;SAF=27;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495172;STB=0.526306;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.000760127;OID=.;OPOS=32609126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:3:3:53:53:0.946429:26:27:3:0:26:27:3:0 chr6 32609147 . A T 175.57 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0173318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.558;QD=13.7698;RBI=0.0241304;REFB=-0.00510722;REVB=-0.0167894;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509175;STB=0.529382;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0114327;OID=.;OPOS=32609147;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:10:10:17:14:10:10:17:14 chr6 32609169 . T C 70.81 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00419096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.138;QD=7.26272;RBI=0.00558861;REFB=-0.00746653;REVB=0.00369708;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204136;STB=0.512795;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0208833;OID=.;OPOS=32609169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:15:14:5:5:15:14 chr6 32609173 . C G 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0289731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.404;QD=7.03219;RBI=0.046627;REFB=-0.000338299;REVB=-0.0365327;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654726;STB=0.541309;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.000105047;OID=.;OPOS=32609173;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:13:13:4:5:13:13 chr6 32609181 . C T 52.13 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0226884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.774;QD=6.3183;RBI=0.0276324;REFB=0.000729325;REVB=0.015773;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171963;STB=0.610409;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00754605;OID=.;OPOS=32609181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:3:5:12:13:3:5:12:13 chr6 32609192 . A G 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00150062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.663;QD=32.2578;RBI=0.0119126;REFB=0.0149004;REVB=-0.0118177;RO=8;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051041;STB=0.528026;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00412858;OID=.;OPOS=32609192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:10:11:5:3:10:11:5:3 chr6 32609207 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.311;QD=47.8221;RBI=0.0450672;REFB=0;REVB=0.0262339;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176868;OID=.;OPOS=32609207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr6 32609746 . C T 304.31 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00921783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6948;QD=32.898;RBI=0.0866927;REFB=-0.0132435;REVB=0.0862012;RO=11;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191901;STB=0.604321;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.024008;OID=.;OPOS=32609746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:11:15:10:1:11:15:10:1 chr6 32609806 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0186271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.535;QD=11.0866;RBI=0.0295117;REFB=-0.00534169;REVB=-0.0228904;RO=25;SAF=12;SAR=1;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.584724;STB=0.861194;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00811718;OID=.;OPOS=32609806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:1:12:13:12:1:12:13:12 chr6 32609813 . T C 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.108;QD=60.2308;RBI=0.021694;REFB=0;REVB=0.00942321;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50957e-05;OID=.;OPOS=32609813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr6 32609855 . A C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0166711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.37;QD=9.19977;RBI=0.06129;REFB=-0.00312812;REVB=-0.0589791;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478256;STB=0.788742;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0111737;OID=.;OPOS=32609855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:10:3:5:2:10:3 chr6 32609873 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.463;QD=44.6898;RBI=0.0657081;REFB=0;REVB=0.0288302;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184013;OID=.;OPOS=32609873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr6 32609952 . T C 204.61 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0997729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2917;QD=16.3691;RBI=0.101682;REFB=-0.0345995;REVB=-0.0196108;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226359;STB=0.629094;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0447898;OID=.;OPOS=32609952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:12:9:19:10:12:9:19:10 chr6 32609969 . T G 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0130404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.063;QD=14.0543;RBI=0.0159651;REFB=0.00827611;REVB=0.0092105;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340546;STB=0.699078;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0115234;OID=.;OPOS=32609969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:16:9:24:10:16:9:25:10 chr6 32609974 . T G 207.85 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.00115843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.377;QD=13.4099;RBI=0.00539763;REFB=-0.00755638;REVB=-0.00527185;RO=35;SAF=9;SAR=16;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377277;STB=0.710954;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0139894;OID=.;OPOS=32609974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:35:37:25:25:0.403226:16:9:26:9:16:9:27:10 chr6 32610002 . C A 210.26 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00685116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.415;QD=11.8454;RBI=0.00712493;REFB=0.0222201;REVB=0.00195607;RO=45;SAF=9;SAR=17;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364587;STB=0.70892;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00437999;OID=.;OPOS=32610002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:17:9:31:14:17:9:31:14 chr6 32610008 . CC CA,TG 1022.12 PASS AF=0.394366,0.605634;AO=27,42;DP=70;FAO=28,43;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=11,29;FSAR=17,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176548,0.00385899;FXX=0.013887;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=23.3404,228.509;QD=57.5844;RBI=0.026058,0.00391909;REFB=0,0;REVB=-0.0191657,0.000683731;RO=0;SAF=11,29;SAR=16,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.5146e-08,3.36943e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0312866,-0.00569535;OID=.,.;OPOS=32610009,32610008;OREF=C,CC;OALT=A,TG;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:70:71:0:0:27,42:28,43:0.394366,0.605634:16,13:11,29:0:0:17,14:11,29:0:0 chr6 32610044 . T C 256.27 PASS AF=0.38961;AO=31;DP=78;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0597052;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2064;QD=13.3126;RBI=0.0727555;REFB=0.0317182;REVB=-0.041577;RO=47;SAF=13;SAR=18;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249825;STB=0.635427;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0478249;OID=.;OPOS=32610044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:47:47:31:30:0.38961:18:13:31:16:17:13:31:16 chr6 32610047 . T C 1142.49 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.256;QD=58.589;RBI=0.034225;REFB=-0.105686;REVB=0.0289971;RO=2;SAF=43;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00324573;STB=0.507461;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000228209;OID=.;OPOS=32610047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:2:1:76:77:0.987179:33:43:1:1:33:44:0:1 chr6 32610050 . T C 226.21 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.000250017;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.092;QD=11.171;RBI=0.026845;REFB=-0.00308502;REVB=-0.0268439;RO=50;SAF=11;SAR=17;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290152;STB=0.647516;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00511102;OID=.;OPOS=32610050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:50:53:28:28:0.345679:17:11:33:17:17:11:33:20 chr6 32610059 . T G 1216.13 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0235924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.359;QD=58.6087;RBI=0.023703;REFB=-0.152506;REVB=-0.00228722;RO=1;SAF=42;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111412;STB=0.511625;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00029151;OID=.;OPOS=32610059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:1:2:81:81:0.975904:39:42:1:0:39:42:2:0 chr6 32610099 . TC T 106.69 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0511879;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.733;QD=12.5513;RBI=0.0690973;REFB=0.0138458;REVB=-0.0464138;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790844;STB=0.545396;STBP=0.661;TYPE=del;VARB=-0.0206114;OID=.;OPOS=32610100;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:16:35:16:34:18:5:11:7:11:99:18:5:11:7:11 chr6 32610105 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0304658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.39;QD=18.3447;RBI=0.0321347;REFB=-0.00594699;REVB=0.0102212;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350497;STB=0.519976;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00920382;OID=.;OPOS=32610105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:7:11:11:6:7:11 chr6 32610109 . A C 399.8 PASS AF=0.967742;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0436293;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.185;QD=51.5869;RBI=0.0785404;REFB=-0.103275;REVB=0.0653076;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488676;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00393251;OID=.;OPOS=32610109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:31:1:1:27:30:0.967742:18:9:1:0:19:11:1:0 chr6 32610134 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00387767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.536;QD=12.0157;RBI=0.00679032;REFB=-0.00562144;REVB=-0.00557424;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32987;STB=0.699353;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00425705;OID=.;OPOS=32610134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:5:2:4:2:5:2 chr6 32610146 . G T 49.4 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.572;QD=32.9348;RBI=0.0618952;REFB=0;REVB=0.0615547;RO=0;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215417;OID=.;OPOS=32610146;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:1:3:0:0:3:3:0:0 chr6 32610150 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.792;QD=33.4285;RBI=0.00668312;REFB=0;REVB=-0.000358321;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75564e-05;OID=.;OPOS=32610150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 32610403 . C A 808.13 PASS AF=0.513333;AO=77;DP=150;FAO=77;FDP=150;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0072796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.953;QD=21.55;RBI=0.035402;REFB=-0.00317467;REVB=-0.0346454;RO=73;SAF=30;SAR=47;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130248;STB=0.571636;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00350973;OID=.;OPOS=32610403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:73:73:77:77:0.513333:47:30:39:34:47:30:39:34 chr6 32610436 . T C 761.26 PASS AF=0.496644;AO=74;DP=149;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0289914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.114;QD=20.4366;RBI=0.0308332;REFB=-0.0298512;REVB=0.0104968;RO=74;SAF=42;SAR=32;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158659;STB=0.583943;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0415814;OID=.;OPOS=32610436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:74:75:74:74:0.496644:32:42:29:45:32:42:30:45 chr6 32610461 . A G 2106.46 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141689;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.812;QD=62.8795;RBI=0.024957;REFB=0;REVB=0.0205449;RO=0;SAF=64;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41817e-05;OID=.;OPOS=32610461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:70:64:0:0:70:64:0:0 chr6 32610478 . C G 565.7 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0342971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.215;QD=18.3966;RBI=0.0345115;REFB=-0.0141521;REVB=0.00384051;RO=64;SAF=19;SAR=40;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247709;STB=0.637584;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0100632;OID=.;OPOS=32610478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:64:59:59:0.479675:40:19:37:27:40:19:37:27 chr6 32610481 . T C 540.3 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0298537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.225;QD=18.0099;RBI=0.030895;REFB=-0.0147524;REVB=0.00795331;RO=63;SAF=19;SAR=38;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245264;STB=0.636315;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00680595;OID=.;OPOS=32610481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:63:57:57:0.475:38:19:37:26:38:19:37:26 chr6 32610487 . C G 520.05 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0621102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.253;QD=18.2474;RBI=0.0639768;REFB=0.00331057;REVB=0.015341;RO=59;SAF=18;SAR=37;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282988;STB=0.65703;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00296701;OID=.;OPOS=32610487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:37:18:37:22:37:18:37:22 chr6 32610495 . A G 1607.08 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8;QD=64.2833;RBI=0.119407;REFB=0;REVB=-0.0632067;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000768158;OID=.;OPOS=32610495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr6 32610535 . A C,T 746.81 PASS AF=0.981818,0.0181818;AO=50,2;DP=53;FAO=54,1;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648008,-0.00231754;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.96,127.485;QD=54.3137;RBI=0.0664824,0.0106667;REFB=-0.109891,-0.0704535;REVB=0.0148583,0.0104119;RO=1;SAF=20,1;SAR=30,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0229535,-0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000511321,0.177867;OID=.,.;OPOS=32610535,32610535;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:53:55:1:0:50,2:54,1:0.981818,0.0181818:30,1:20,1:1:0:31,0:23,1:0:0 chr6 32610695 . C A,T 497.49 PASS AF=0.0555556,0.916667;AO=2,33;DP=36;FAO=2,33;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=0,8;FSAR=2,25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00342279,-0.0013441;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=31.7746,251.916;QD=55.2765;RBI=0.0178234,0.00253109;REFB=-0.0503059,0.00610135;REVB=0.0174916,-0.00214472;RO=1;SAF=0,8;SAR=2,25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0183273;STB=0.5,0.509798;STBP=1,0.63;TYPE=snp,snp;VARB=0.023041,0.00035511;OID=.,.;OPOS=32610695,32610695;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:1:1:2,33:2,33:0.0555556,0.916667:2,25:0,8:0:1:2,25:0,8:0:1 chr6 32610704 . TG CC,CG 491.29 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,32;DP=34;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=2,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333134,-0.0293289;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=23.0089,111.779;QD=57.7984;RBI=0.0426946,0.0309473;REFB=0,0;REVB=0.0267029,0.0098769;RO=0;SAF=0,7;SAR=2,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00833225,-0.00163071;OID=.,.;OPOS=32610704,32610704;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:2,32:2,32:0.0588235,0.941176:2,25:0,7:0:0:2,25:0,7:0:0 chr6 32610718 . C T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00180664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.666;QD=58.1382;RBI=0.0310493;REFB=0;REVB=0.0309967;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017374;OID=.;OPOS=32610718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr6 32610736 . G A 323.18 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0308781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1865;QD=47.8784;RBI=0.0315345;REFB=0.0757592;REVB=-0.00640049;RO=2;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488216;STB=0.526295;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00738407;OID=.;OPOS=32610736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:18:7:0:2:18:7:0:2 chr6 32610747 . G C 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0565496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.023;QD=49.3979;RBI=0.0573038;REFB=0.0430662;REVB=0.00926612;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280632;STB=0.515138;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.000423049;OID=.;OPOS=32610747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:16:7:0:1:16:7:0:1 chr6 32610751 . A G 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.119133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.302;QD=47.8126;RBI=0.121125;REFB=-0.0127526;REVB=0.0218772;RO=1;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318424;STB=0.517225;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00209768;OID=.;OPOS=32610751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:14:7:0:1:14:7:0:1 chr6 32610757 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.262;QD=51.9167;RBI=0.0230099;REFB=0;REVB=0.0112209;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.3964e-05;OID=.;OPOS=32610757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr6 32610769 . A C 109.07 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0352252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.456;QD=36.3557;RBI=0.0353446;REFB=-0.0947965;REVB=-0.00290299;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555452;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00261832;OID=.;OPOS=32610769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:4:7:0:0:4:7:0:1 chr6 32628022 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7548;QD=37.4885;RBI=0.0369669;REFB=0;REVB=0.0129281;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151622;OID=.;OPOS=32628022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 32628045 . CAT GGA 62.37 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595125;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=92.2038;QD=35.6381;RBI=0.154637;REFB=0;REVB=0.142727;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00527353;OID=.;OPOS=32628045;OREF=CAT;OALT=GGA;OMAPALT=GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:5:7:1:4:1:0:0:6:1:0:0 chr6 32628064 . TC CG 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452142;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=299.291;QD=35.5759;RBI=0.0599193;REFB=0;REVB=0.0393192;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000788496;OID=.;OPOS=32628064;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 32628602 . G GC 881.26 PASS AF=1;AO=65;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.6387;QD=44.6209;RBI=0.172466;REFB=0;REVB=0.162757;RO=14;SAF=30;SAR=35;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838277;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00351615;OID=.;OPOS=32628603;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:79:79:79:0:40:39:0:0:16:14:30:35:10:4 chr6 32628621 . T C 1308.47 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.283;QD=61.5751;RBI=0.0359215;REFB=0;REVB=0.0335368;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120031;OID=.;OPOS=32628621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:43:41:0:0:43:42:0:0 chr6 32629137 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.287;QD=55.0987;RBI=0.0107281;REFB=0;REVB=-0.00394415;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50066e-05;OID=.;OPOS=32629137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr6 32629141 . C T 315.2 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240309;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.105;QD=50.4312;RBI=0.0482821;REFB=-0.185093;REVB=-0.0418769;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516116;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00232575;OID=.;OPOS=32629141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:9:15:0:0:9:15:1:0 chr6 32629146 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0473137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9202;QD=8.30755;RBI=0.0473314;REFB=0.00436269;REVB=-0.00129228;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187422;STB=0.615111;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00534337;OID=.;OPOS=32629146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:12:6:4:4:12:6 chr6 32629161 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.52;QD=53.9098;RBI=0.0165299;REFB=0;REVB=-0.0142971;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.70202e-05;OID=.;OPOS=32629161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr6 32629170 . C G 45.21 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0272758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2644;QD=8.61124;RBI=0.0341674;REFB=-0.0277371;REVB=0.0205777;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795555;STB=0.549158;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0568578;OID=.;OPOS=32629170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:9:5:3:4:9:5 chr6 32629193 . C T 228.69 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7107;QD=48.1462;RBI=0.160014;REFB=0;REVB=0.0371057;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701691;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333085;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:19:1:0:16:19:1:6:10:0:1:7:12:0:0 chr6 32629227 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0093965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.128;QD=13.9591;RBI=0.0282545;REFB=-0.00357809;REVB=0.0266462;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252798;STB=0.65172;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00211883;OID=.;OPOS=32629227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:3:4:2:5:3:4 chr6 32629763 . GCT CTG,GTT 127.93 PASS AF=0,0.309091;AO=3,15;DP=55;FAO=0,17;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=0,14;FSAR=0,3;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00602751,-0.0063558;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=3,1;MLLD=89.3674,176.396;QD=9.30376;RBI=0.235675,0.0468078;REFB=-0.00880813,-0.0066616;REVB=-0.235598,-0.0463743;RO=27;SAF=0,14;SAR=3,1;SRF=14;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.567561,0.612191;STB=0.5,0.817803;STBP=1,0.003;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0209968;OID=.,.;OPOS=32629763,32629764;OREF=GCT,C;OALT=CTG,T;OMAPALT=CTG,GTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:55:55:27:38:3,15:0,17:0,0.309091:3,1:0,14:14:13:0,3:0,14:14:24 chr6 32629802 . A G 1540.53 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.533;QD=59.8263;RBI=0.0182532;REFB=0;REVB=0.00700404;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77561e-05;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:52:51:0:0:52:51:0:0 chr6 32629809 . C T 236.81 PASS AF=0.289474;AO=33;DP=114;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0311272;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5459;QD=8.3092;RBI=0.0311863;REFB=-0.0028469;REVB=-0.00191805;RO=81;SAF=17;SAR=16;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404744;STB=0.523896;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00501228;OID=.;OPOS=32629809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:81:81:33:33:0.289474:16:17:39:42:16:17:39:42 chr6 32629847 . A G 1904.55 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.773;QD=60.9457;RBI=0.0741941;REFB=0;REVB=-0.0729072;RO=1;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736617;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305061;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:125:125:1:0:124:125:1:64:60:0:1:65:60:0:0 chr6 32629859 . A G 267.88 PASS AF=0.310345;AO=36;DP=116;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.00105227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.007;QD=9.23725;RBI=0.00291782;REFB=-0.00196557;REVB=-0.00272147;RO=77;SAF=16;SAR=20;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119404;STB=0.521224;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00505946;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:77:80:36:36:0.310345:20:16:35:42:20:16:38:42 chr6 32629889 . G A 761.12 PASS AF=0.684783;AO=62;DP=91;FAO=63;FDP=92;FR=.;FRO=29;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00524372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.369;QD=33.0923;RBI=0.0682892;REFB=-0.00822091;REVB=0.0680876;RO=28;SAF=35;SAR=27;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992527;STB=0.54478;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00512445;OID=.;OPOS=32629889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:28:29:62:63:0.684783:27:35:11:17:28:35:12:17 chr6 32629891 . C T 207.05 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0085294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.878;QD=9.10087;RBI=0.055926;REFB=-0.00091267;REVB=0.0552718;RO=64;SAF=10;SAR=17;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227858;STB=0.634641;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00464204;OID=.;OPOS=32629891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:64:27:27:0.296703:17:10:36:28:17:10:36:28 chr6 32629904 . AT GC,GT 1280.09 PASS AF=0.686047,0.313953;AO=59,26;DP=85;FAO=59,27;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32,10;FSAR=27,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128873,0.022404;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=161.925,128.258;QD=59.5393;RBI=0.0130505,0.0228123;REFB=0,0;REVB=0.00205743,-0.00429694;RO=0;SAF=32,9;SAR=27,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.96591e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00105866,0.00775952;OID=.,.;OPOS=32629904,32629904;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:85:86:0:0:59,26:59,27:0.686047,0.313953:27,17:32,9:0:0:27,17:32,10:0:0 chr6 32629935 . C G 1041.53 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4301;QD=59.5162;RBI=0.033593;REFB=0;REVB=-0.0135033;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154043;OID=.;OPOS=32629935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:36:32:0:0:36:34:0:0 chr6 32629955 . C T 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0365533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128;QD=8.24047;RBI=0.0379641;REFB=-0.00333067;REVB=-0.010253;RO=40;SAF=6;SAR=10;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178582;STB=0.607972;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00824601;OID=.;OPOS=32629955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:10:6:21:19:10:6:21:19 chr6 32632608 . C G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0463;QD=35.5735;RBI=0.0425736;REFB=0;REVB=-0.0131784;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00248411;OID=.;OPOS=32632608;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 32632650 . C T 564.02 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00486465;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.976;QD=57.8481;RBI=0.0166444;REFB=-0.15339;REVB=0.0159176;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00047825;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:0:1:23:15:0:1 chr6 32632687 . A G 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.54;QD=63.5792;RBI=0.0101576;REFB=0;REVB=0.00759084;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58445e-06;OID=.;OPOS=32632687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr6 32632694 . C G 648.17 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0687202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7141;QD=57.6148;RBI=0.0790438;REFB=0.0133558;REVB=-0.039057;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177216;STB=0.51851;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00286904;OID=.;OPOS=32632694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:1:2:43:43:0.955556:26:17:0:1:26:17:0:2 chr6 32632700 . T A 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.759;QD=62.9798;RBI=0.0396601;REFB=0;REVB=0.0171066;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120731;OID=.;OPOS=32632700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr6 32632714 . G C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.485;QD=63.583;RBI=0.0159678;REFB=0;REVB=-0.00640166;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84386e-05;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr6 32632724 . C T 676.79 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0509379;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.181;QD=60.1595;RBI=0.0530904;REFB=-0.0837394;REVB=0.014964;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000347664;OID=.;OPOS=32632724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:27:17:0:0:27:17:0:1 chr6 32632744 . C T 601.18 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.142;QD=58.6515;RBI=0.0277713;REFB=-0.0849823;REVB=0.0128822;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00108919;OID=.;OPOS=32632744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:22:18:0:1:22:18:0:1 chr6 32632781 . AG TA 492.19 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0862403;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=124.462;QD=51.8098;RBI=0.0862405;REFB=-0.0141484;REVB=0.000179225;RO=3;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683165;STB=0.536565;STBP=0.141;TYPE=mnp;VARB=0.0016408;OID=.;OPOS=32632781;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:19:16:0:3:19:16:0:3 chr6 32632820 . C G 224.2 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00125292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7735;QD=42.7051;RBI=0.00878725;REFB=0.0352092;REVB=-0.00869747;RO=2;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834716;STB=0.545407;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00484681;OID=.;OPOS=32632820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:10:9:0:2:10:9:0:2 chr6 32632832 . A T 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.651;QD=50.4065;RBI=0.022815;REFB=0;REVB=-0.0169889;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49271e-05;OID=.;OPOS=32632832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr6 32634300 . G C 638.06 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0236134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4759;QD=59.354;RBI=0.0553194;REFB=-0.0301712;REVB=-0.0500265;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253524;STB=0.512814;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00018093;OID=.;OPOS=32634300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:18:23:0:1:19:23:0:1 chr6 32634302 . A G 655.08 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046284;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.319;QD=62.3881;RBI=0.0484614;REFB=0;REVB=0.0143629;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180301;OID=.;OPOS=32634302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr6 32634306 . A T 746.92 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4347;QD=63.5679;RBI=0.0315783;REFB=0;REVB=0.0312136;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285985;OID=.;OPOS=32634306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr6 32634318 . C A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0243205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.545;QD=13.0369;RBI=0.0245133;REFB=-0.00229801;REVB=0.00306832;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123489;STB=0.572317;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00339745;OID=.;OPOS=32634318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:7:11:16:16:7:11:16:16 chr6 32634331 . G A,C 731.16 PASS AF=0.625,0.375;AO=30,18;DP=48;FAO=30,18;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14,11;FSAR=16,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291028,0.00627209;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.951,126.536;QD=60.9303;RBI=0.0310476,0.00750948;REFB=0,0;REVB=-0.0108159,-0.00412954;RO=0;SAF=14,11;SAR=16,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.56309e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00289197,-0.0274111;OID=.,.;OPOS=32634331,32634331;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:48:48:0:0:30,18:30,18:0.625,0.375:16,7:14,11:0:0:16,7:14,11:0:0 chr6 32634341 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.62;QD=63.2863;RBI=0.0299696;REFB=0;REVB=-0.00949288;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94984e-05;OID=.;OPOS=32634341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr6 32634350 . T C 703.28 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.835;QD=61.1552;RBI=0.179767;REFB=-0.0744072;REVB=0.178681;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184398;OID=.;OPOS=32634350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:46:1:0:44:46:1:21:23:0:1:23:23:0:0 chr6 32634373 . C T 685.19 PASS AF=1;AO=34;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.282;QD=62.29;RBI=0.0326794;REFB=0;REVB=0.0326407;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000375535;OID=.;OPOS=32634373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:34:44:1:16:18:0:0:25:19:0:0 chr6 32634387 . C T 620.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.746;QD=60.5131;RBI=0.041573;REFB=0;REVB=0.013066;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122917;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr6 32636376 . C G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0675971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.064;QD=16.1989;RBI=0.0703171;REFB=0.00867514;REVB=0.0193682;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0038018;OID=.;OPOS=32636376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:1:2:1:4:1:2 chr6 32636434 . A G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126119;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.174;QD=37.8931;RBI=0.0167753;REFB=-0.0426072;REVB=-0.0110612;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000442646;OID=.;OPOS=32636434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:0:1:5:7:0:1 chr6 32709309 . A G 1825.66 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365992;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.245;QD=61.3668;RBI=0.0436084;REFB=0;REVB=0.0237106;RO=0;SAF=45;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15375e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65587e-05;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:74:45:0:0:74:45:0:0 chr6 32713030 . T C 5495.31 PASS AF=0.988889;AO=354;DP=361;FAO=356;FDP=360;FR=.;FRO=4;FSAF=166;FSAR=190;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0188635;FXX=0.00277001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.428;QD=61.059;RBI=0.022734;REFB=0.0644254;REVB=-0.0126887;RO=4;SAF=164;SAR=190;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614218;STB=0.503165;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.000356802;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:361:360:4:4:354:356:0.988889:190:164:3:1:190:166:3:1 chr6 32713598 . T C 40.39 PASS AF=0.0704846;AO=16;DP=227;FAO=16;FDP=227;FR=.;FRO=211;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=115;FSRR=96;FWDB=0.00281483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.874;QD=0.711641;RBI=0.00381263;REFB=-0.000246153;REVB=-0.00257155;RO=211;SAF=6;SAR=10;SRF=115;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184884;STB=0.655281;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0032694;OID=.;OPOS=32713598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:227:227:211:211:16:16:0.0704846:10:6:115:96:10:6:115:96 chr6 32713602 . T C 54.99 PASS AF=0.0818966;AO=19;DP=233;FAO=19;FDP=232;FR=.;FRO=213;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=117;FSRR=96;FWDB=-0.0132613;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.294;QD=0.948036;RBI=0.0222514;REFB=-0.00213717;REVB=0.0178679;RO=213;SAF=7;SAR=12;SRF=117;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205842;STB=0.662934;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0160305;OID=.;OPOS=32713602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:233:232:213:213:19:19:0.0818966:12:7:117:96:12:7:117:96 chr6 32713608 . G A 80.63 PASS AF=0.0967742;AO=24;DP=248;FAO=24;FDP=248;FR=.;FRO=224;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=122;FSRR=102;FWDB=-0.0144862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1456;QD=1.30053;RBI=0.0291718;REFB=-0.000738547;REVB=-0.0253208;RO=223;SAF=12;SAR=12;SRF=122;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567423;STB=0.540289;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00892831;OID=.;OPOS=32713608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:248:248:223:224:24:24:0.0967742:12:12:122:101:12:12:122:102 chr6 32713625 . C T 60.08 PASS AF=0.0797101;AO=22;DP=276;FAO=22;FDP=276;FR=.;FRO=254;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=136;FSRR=118;FWDB=0.00403728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.28;QD=0.870789;RBI=0.0178053;REFB=-0.000743737;REVB=-0.0173416;RO=254;SAF=7;SAR=15;SRF=136;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24684;STB=0.697157;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0110679;OID=.;OPOS=32713625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:276:276:254:254:22:22:0.0797101:15:7:136:118:15:7:136:118 chr6 32713827 . C T 163.79 PASS AF=0.134276;AO=38;DP=283;FAO=38;FDP=283;FR=.;FRO=245;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=130;FSRR=115;FWDB=0.0136407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.51;QD=2.31499;RBI=0.0213128;REFB=0.00143813;REVB=-0.0163757;RO=243;SAF=18;SAR=20;SRF=129;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727488;STB=0.549139;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00943922;OID=.;OPOS=32713827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:243:245:38:38:0.134276:20:18:129:114:20:18:130:115 chr6 32714164 . T C 35.41 PASS AF=0.0694444;AO=15;DP=220;FAO=15;FDP=216;FR=.;FRO=201;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=115;FSRR=86;FWDB=0.0292513;FXX=0.018181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.072;QD=0.655686;RBI=0.0296063;REFB=-0.00150542;REVB=-0.00457131;RO=205;SAF=7;SAR=8;SRF=119;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123632;STB=0.597181;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0189326;OID=.;OPOS=32714164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:220:216:205:201:15:15:0.0694444:8:7:119:86:8:7:115:86 chr6 32724258 . C T 1577.02 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.464;QD=58.9539;RBI=0.0425541;REFB=-0.0995347;REVB=-0.0165482;RO=0;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616585;OID=.;OPOS=32724258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:106:107:0:0:105:107:1:64:41:0:0:65:42:0:0 chr6 32725062 . T A 1329.04 PASS AF=1;AO=80;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.012;QD=61.8159;RBI=0.128694;REFB=0;REVB=0.126733;RO=1;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155191;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020935;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:1:0:80:86:1:30:50:0:1:35:51:0:0 chr6 32725559 . C T 148.48 PASS AF=0.165714;AO=29;DP=175;FAO=29;FDP=175;FR=.;FRO=146;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=68;FSRR=78;FWDB=-0.0217026;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.838;QD=3.3938;RBI=0.0270578;REFB=-0.00666485;REVB=-0.0161593;RO=146;SAF=10;SAR=19;SRF=68;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159474;STB=0.604331;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0268079;OID=.;OPOS=32725559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:146:146:29:29:0.165714:19:10:68:78:19:10:68:78 chr6 32725567 . C T 208.79 PASS AF=0.196721;AO=36;DP=182;FAO=36;FDP=183;FR=.;FRO=147;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=67;FSRR=80;FWDB=-0.0117013;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.89;QD=4.56375;RBI=0.0141298;REFB=-0.00368844;REVB=-0.00792029;RO=129;SAF=16;SAR=20;SRF=67;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951296;STB=0.509197;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.016915;OID=.;OPOS=32725567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:129:147:36:36:0.196721:20:16:67:62:20:16:67:80 chr6 32725572 . G A 49.96 PASS AF=0.0851064;AO=16;DP=190;FAO=16;FDP=188;FR=.;FRO=172;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=79;FSRR=93;FWDB=-0.0249862;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.302;QD=1.06294;RBI=0.0325905;REFB=0.000997487;REVB=0.0209244;RO=174;SAF=6;SAR=10;SRF=79;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928948;STB=0.578919;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0363627;OID=.;OPOS=32725572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:190:188:174:172:16:16:0.0851064:10:6:79:95:10:6:79:93 chr6 32725596 . C G 46.23 PASS AF=0.0784314;AO=16;DP=204;FAO=16;FDP=204;FR=.;FRO=188;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=90;FSRR=98;FWDB=0.00690794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2739;QD=0.906437;RBI=0.00729468;REFB=0.00268937;REVB=0.00234366;RO=188;SAF=7;SAR=9;SRF=90;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468119;STB=0.538177;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.032736;OID=.;OPOS=32725596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:204:204:188:188:16:16:0.0784314:9:7:90:98:9:7:90:98 chr6 32725619 . TG CA 2045.07 PASS AF=0.782828;AO=154;DP=197;FAO=155;FDP=198;FR=.;FRO=43;FSAF=74;FSAR=81;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0593287;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=2;MLLD=131.317;QD=41.3146;RBI=0.0644819;REFB=-0.0179351;REVB=-0.025259;RO=40;SAF=73;SAR=81;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101016;STB=0.512489;STBP=0.504;TYPE=mnp;VARB=0.00835011;OID=.;OPOS=32725619;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:40:43:154:155:0.782828:81:73:20:20:81:74:23:20 chr6 32725625 . T C 2072.32 PASS AF=0.795918;AO=155;DP=195;FAO=156;FDP=196;FR=.;FRO=40;FSAF=75;FSAR=81;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00825978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.195;QD=42.2923;RBI=0.00850003;REFB=-0.00219994;REVB=-0.0020066;RO=40;SAF=75;SAR=80;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255388;STB=0.514132;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.000713503;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:40:40:155:156:0.795918:80:75:22:18:81:75:22:18 chr6 32725653 . C T 66.03 PASS AF=0.0969388;AO=19;DP=196;FAO=19;FDP=196;FR=.;FRO=177;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=84;FSRR=93;FWDB=-0.0188385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.757;QD=1.34758;RBI=0.0553305;REFB=-0.00966978;REVB=-0.0520247;RO=174;SAF=13;SAR=6;SRF=81;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260451;STB=0.688406;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0327096;OID=.;OPOS=32725653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:196:196:174:177:19:19:0.0969388:6:13:81:93:6:13:84:93 chr6 32725663 . A G 45.05 PASS AF=0.0810811;AO=15;DP=185;FAO=15;FDP=185;FR=.;FRO=170;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=81;FSRR=89;FWDB=-0.0250259;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.516;QD=0.974119;RBI=0.0296182;REFB=-0.0021377;REVB=-0.0158411;RO=169;SAF=11;SAR=4;SRF=81;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289471;STB=0.73513;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0292235;OID=.;OPOS=32725663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:185:185:169:170:15:15:0.0810811:4:11:81:88:4:11:81:89 chr6 32726769 . A G 59.07 PASS AF=0.0756579;AO=24;DP=305;FAO=23;FDP=304;FR=.;FRO=281;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=135;FSRR=146;FWDB=0.00678073;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.943;QD=0.777262;RBI=0.0202855;REFB=0.00223501;REVB=0.0191186;RO=277;SAF=16;SAR=8;SRF=134;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209701;STB=0.657983;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0218258;OID=.;OPOS=32726769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:305:304:277:281:24:23:0.0756579:8:16:134:143:8:15:135:146 chr6 32726788 . T C 105.39 PASS AF=0.0962099;AO=33;DP=343;FAO=33;FDP=343;FR=.;FRO=310;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=147;FSRR=163;FWDB=-0.0184885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.344;QD=1.22907;RBI=0.0207085;REFB=-0.0018238;REVB=0.00932841;RO=309;SAF=20;SAR=13;SRF=146;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160718;STB=0.618449;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0348994;OID=.;OPOS=32726788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:343:309:310:33:33:0.0962099:13:20:146:163:13:20:147:163 chr6 32726803 . C T 3316.19 PASS AF=0.75;AO=264;DP=352;FAO=264;FDP=352;FR=.;FRO=88;FSAF=122;FSAR=142;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.00273705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.515;QD=37.6839;RBI=0.0120976;REFB=0.0152138;REVB=0.011784;RO=85;SAF=122;SAR=142;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147255;STB=0.50951;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00408289;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:85:88:264:264:0.75:142:122:42:43:142:122:44:44 chr6 32726838 . C T 4084.93 PASS AF=0.801567;AO=306;DP=382;FAO=307;FDP=383;FR=.;FRO=76;FSAF=136;FSAR=171;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.000764019;FXX=0.0026041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.192;QD=42.6625;RBI=0.00748359;REFB=0.0159676;REVB=0.00744449;RO=76;SAF=135;SAR=171;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223381;STB=0.51143;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00357682;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:383:76:76:306:307:0.801567:171:135:38:38:171:136:38:38 chr6 32729459 . C T 2714.64 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0848;QD=62.4055;RBI=0.0302581;REFB=0;REVB=0.01843;RO=0;SAF=93;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71403e-05;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:81:93:0:0:81:93:0:0 chr6 32729642 . G C 3940.52 PASS AF=1;AO=249;DP=250;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.477;QD=62.0555;RBI=0.0439655;REFB=0;REVB=0.0396559;RO=0;SAF=137;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.5295e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22913e-05;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:250:254:0:0:249:254:1:112:137:0:0:115:139:0:0 chr6 32796653 . C A 976.83 PASS AF=0.440678;AO=103;DP=235;FAO=104;FDP=236;FR=.;FRO=132;FSAF=89;FSAR=15;FSRF=88;FSRR=44;FWDB=-0.00327888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.834;QD=16.5564;RBI=0.00637612;REFB=-0.0136017;REVB=0.00546844;RO=130;SAF=88;SAR=15;SRF=88;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275044;STB=0.664142;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.014136;OID=.;OPOS=32796653;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:236:130:132:103:104:0.440678:15:88:88:42:15:89:88:44 chr6 32796685 . A G 1213.64 PASS AF=0.439863;AO=128;DP=293;FAO=128;FDP=291;FR=.;FRO=163;FSAF=121;FSAR=7;FSRF=103;FSRR=60;FWDB=-0.00224684;FXX=0.00682571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.575;QD=16.6823;RBI=0.0271033;REFB=-0.0198979;REVB=-0.02701;RO=161;SAF=121;SAR=7;SRF=103;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580937;STB=0.837861;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0158645;OID=.;OPOS=32796685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:291:161:163:128:128:0.439863:7:121:103:58:7:121:103:60 chr6 32796751 . T C 2468.93 PASS AF=0.564792;AO=228;DP=406;FAO=231;FDP=409;FR=.;FRO=178;FSAF=113;FSAR=118;FSRF=94;FSRR=84;FWDB=-0.0504565;FXX=0.00243896;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0661;QD=24.146;RBI=0.0516142;REFB=-0.0103921;REVB=0.0108705;RO=177;SAF=112;SAR=116;SRF=94;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321104;STB=0.516929;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00733903;OID=.;OPOS=32796751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:409:177:178:228:231:0.564792:116:112:94:83:118:113:94:84 chr6 32797297 . T C 366.98 PASS AF=0.453488;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0140196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8666;QD=17.0687;RBI=0.0771838;REFB=0.00794064;REVB=-0.0758998;RO=47;SAF=9;SAR=29;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153406;STB=0.570246;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0230405;OID=.;OPOS=32797297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:38:39:0.453488:29:9:17:30:29:10:17:30 chr6 32800224 . C A 486.42 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0126408;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.832;QD=18.89;RBI=0.0285141;REFB=-0.019139;REVB=0.025559;RO=52;SAF=31;SAR=20;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293348;STB=0.516251;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0170854;OID=.;OPOS=32800224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:20:31:30:22:20:31:30:22 chr6 32800412 . C T 578.69 PASS AF=0.371585;AO=66;DP=181;FAO=68;FDP=183;FR=.;FRO=115;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=0.0207919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.115;QD=12.649;RBI=0.0481963;REFB=-0.0138616;REVB=0.0434808;RO=115;SAF=29;SAR=37;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140062;STB=0.568391;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0245837;OID=.;OPOS=32800412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:183:115:115:66:68:0.371585:37:29:65:50:37:31:65:50 chr6 32811629 . G T 397.67 PASS AF=0.357724;AO=34;DP=125;FAO=44;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=43;FSAR=1;FSRF=72;FSRR=3;FWDB=0.0334897;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4311;QD=12.9322;RBI=0.059247;REFB=0.00162978;REVB=-0.0488738;RO=72;SAF=33;SAR=1;SRF=70;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170337;STB=0.599249;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0149677;OID=.;OPOS=32811629;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:72:75:34:44:0.357724:1:33:70:2:1:43:72:3 chr6 32826233 . A G 779.41 PASS AF=0.517241;AO=75;DP=145;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0201337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.909;QD=21.5009;RBI=0.0268711;REFB=-0.0149708;REVB=-0.0177958;RO=70;SAF=34;SAR=41;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475402;STB=0.526093;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0109669;OID=.;OPOS=32826233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:70:70:75:75:0.517241:41:34:28:42:41:34:28:42 chr6 32904981 . G A 1353.22 PASS AF=0.498182;AO=136;DP=274;FAO=137;FDP=275;FR=.;FRO=138;FSAF=82;FSAR=55;FSRF=70;FSRR=68;FWDB=0.0186762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.176;QD=19.6833;RBI=0.0217075;REFB=-0.00375941;REVB=0.0110642;RO=138;SAF=81;SAR=55;SRF=70;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826201;STB=0.546778;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00433798;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:275:138:138:136:137:0.498182:55:81:70:68:55:82:70:68 chr6 32917544 . C T 700.13 PASS AF=0.472973;AO=70;DP=148;FAO=70;FDP=148;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.00294198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.257;QD=18.9224;RBI=0.00574194;REFB=-0.00122824;REVB=0.00493098;RO=78;SAF=32;SAR=38;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327697;STB=0.518138;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00151269;OID=.;OPOS=32917544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:78:78:70:70:0.472973:38:32:33:45:38:32:33:45 chr6 32939894 . G T 651.9 PASS AF=1;AO=28;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.883;QD=62.0855;RBI=0.0526841;REFB=0;REVB=-0.00398507;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19245e-05;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:28:42:1:24:4:0:0:26:16:0:0 chr6 32942302 . G A 741.79 PASS AF=0.507042;AO=71;DP=144;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0156357;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.837;QD=20.8954;RBI=0.0158354;REFB=-0.0224153;REVB=-0.00250682;RO=73;SAF=29;SAR=42;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665282;STB=0.527504;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0194245;OID=.;OPOS=32942302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:73:70:71:72:0.507042:42:29:35:38:42:30:33:37 chr6 32946034 . T C 427.62 PASS AF=0.343949;AO=51;DP=155;FAO=54;FDP=157;FR=.;FRO=103;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=-0.0122605;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.763;QD=10.8947;RBI=0.0162305;REFB=-0.00952346;REVB=-0.0106353;RO=102;SAF=28;SAR=23;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101926;STB=0.534389;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.015866;OID=.;OPOS=32946034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:102:103:51:54:0.343949:23:28:47:55:26:28:48:55 chr6 32948607 . C CCT,CT,T 690.58 PASS AF=0,0.106383,0.893617;AO=6,10,33;DP=57;FAO=0,5,42;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,15;FSAR=0,5,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140178,0.019367,0.0248536;FXX=0.020829;HRUN=9,0,9;LEN=2,1,1;MLLD=253.406,256.792,257.725;QD=58.7723;RBI=0.0141562,0.019502,0.0249974;REFB=0,0,0;REVB=0.00197475,0.00229089,0.00267728;RO=6;SAF=4,3,6;SAR=2,7,27;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.251221,-0.199126;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.00258717,0.00136718,-0.00189792;OID=.,.,.;OPOS=32948608,32948608,32948607;OREF=-,-,C;OALT=CT,T,T;OMAPALT=CCT,CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:16:57:47:6:0:6,10,33:0,5,42:0,0.106383,0.893617:2,7,27:4,3,6:4:2:0,5,27:0,0,15:0:0 chr6 32948804 . C T 2358.29 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=156;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00472606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3546;QD=60.0838;RBI=0.0294272;REFB=-0.0260156;REVB=-0.0290452;RO=1;SAF=89;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531557;STB=0.502793;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=6.91168e-05;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:157:1:1:155:156:0.993631:66:89:1:0:67:89:1:0 chr6 32974551 . G T 463.03 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0240995;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.44;QD=27.2374;RBI=0.0250849;REFB=-0.0114992;REVB=-0.00696183;RO=24;SAF=18;SAR=25;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00130933;STB=0.507039;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00674787;OID=.;OPOS=32974551;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:24:25:43:43:0.632353:25:18:10:14:25:18:10:15 chr6 32974934 . G A 515.55 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00371139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.363;QD=16.111;RBI=0.0416394;REFB=-0.0117403;REVB=-0.0414737;RO=69;SAF=26;SAR=30;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711361;STB=0.527923;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00984904;OID=.;OPOS=32974934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:72:56:56:0.4375:30:26:37:32:30:26:37:35 chr6 32975014 . T C 460.4 PASS AF=0.409449;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0165215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8047;QD=14.5006;RBI=0.0212951;REFB=0.00465436;REVB=0.0134358;RO=75;SAF=26;SAR=26;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119047;STB=0.566904;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00518919;OID=.;OPOS=32975014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:75:75:52:52:0.409449:26:26:46:29:26:26:46:29 chr6 32975257 . C T 825.12 PASS AF=0.362637;AO=99;DP=274;FAO=99;FDP=273;FR=.;FRO=174;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=73;FSRR=101;FWDB=0.0356698;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.826;QD=12.0896;RBI=0.0364799;REFB=0.000301465;REVB=0.00764532;RO=174;SAF=37;SAR=62;SRF=73;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540825;STB=0.530692;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.000528323;OID=.;OPOS=32975257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:273:174:174:99:99:0.362637:62:37:73:101:62:37:73:101 chr6 32975869 . G A 356.27 PASS AF=0.322981;AO=45;DP=146;FAO=52;FDP=161;FR=.;FRO=109;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=67;FWDB=0.00191015;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0666;QD=8.85136;RBI=0.0413772;REFB=-0.033448;REVB=0.0413331;RO=94;SAF=12;SAR=33;SRF=30;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747932;STB=0.514433;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0979698;OID=.;OPOS=32975869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:161:94:109:45:52:0.322981:33:12:30:64:33:19:42:67 chr6 32975870 . C A 52.15 PASS AF=0.0925926;AO=15;DP=157;FAO=15;FDP=162;FR=.;FRO=147;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=51;FSRR=96;FWDB=-0.0284333;FXX=0.00613459;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.1225;QD=1.28764;RBI=0.0401692;REFB=-0.0267778;REVB=0.0283745;RO=141;SAF=13;SAR=2;SRF=45;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.588936;STB=0.908251;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0328117;OID=.;OPOS=32975870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:157:162:141:147:15:15:0.0925926:2:13:45:96:2:13:51:96 chr6 33036434 . GT G,GC,GG 519.16 PASS AF=0.0263158,0.0526316,0.921053;AO=10,3,25;DP=38;FAO=1,2,35;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2,33;FSAR=0,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215361,8.44188e-05,0.0266341;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=34.5789,23.8546,44.001;QD=54.6484;RBI=0.0487147,0.0535332,0.0491294;REFB=0,0,0;REVB=0.0436958,0.0535332,0.0412834;RO=0;SAF=9,3,24;SAR=1,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.8593e-08,0,3.20334e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00818017,-0.0570595,0.00470248;OID=.,.,.;OPOS=33036435,33036435,33036435;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0263158,0.0526316,0.921053:10,3,25:38:1,2,35:38:0:1,2,33:0,0,2:0:0:8:0:9,3,24:1,0,1:0:0 chr6 33036505 . G C 1793.53 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.222;QD=60.2868;RBI=0.0321254;REFB=0;REVB=0.020568;RO=0;SAF=44;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0422e-05;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:115:119:1:71:44:0:0:73:46:0:0 chr6 33036853 . A C 2886.39 PASS AF=1;AO=183;DP=187;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083183;FXX=0.0160419;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.904;QD=62.7476;RBI=0.0138724;REFB=-0.0684923;REVB=-0.0111017;RO=1;SAF=79;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045562;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46742e-05;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:184:1:0:183:184:1:104:79:0:1:105:79:0:0 chr6 33036950 . CA CG,TG 3012.13 PASS AF=0.436548,0.563452;AO=86,111;DP=200;FAO=86,111;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=44,56;FSAR=42,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768788,0.0208169;FXX=0.0149993;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=78.2629,89.724;QD=61.1599;RBI=0.0197465,0.0261251;REFB=0,0;REVB=-0.0181885,-0.0157853;RO=0;SAF=44,56;SAR=42,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000526789,0.000316074;OID=.,.;OPOS=33036951,33036950;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:200:197:0:0:86,111:86,111:0.436548,0.563452:42,55:44,56:0:0:42,55:44,56:0:0 chr6 33036959 . G A 3007.21 PASS AF=1;AO=194;DP=198;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997293;FXX=0.0298493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.774;QD=61.6864;RBI=0.00998572;REFB=0;REVB=0.000505263;RO=0;SAF=104;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299894;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:195:0:0:194:195:1:90:104:0:0:91:104:0:0 chr6 33036971 . C T 3104.66 PASS AF=0.985;AO=196;DP=200;FAO=197;FDP=200;FR=.;FRO=3;FSAF=106;FSAR=91;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0439992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.198;QD=62.0932;RBI=0.0644783;REFB=-0.00799393;REVB=-0.0471331;RO=4;SAF=105;SAR=91;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177935;STB=0.506976;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000125875;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:200:200:4:3:196:197:0.985:91:105:4:0:91:106:3:0 chr6 33036977 . G A 749.04 PASS AF=0.415385;AO=81;DP=196;FAO=81;FDP=195;FR=.;FRO=114;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=63;FSRR=51;FWDB=0.0307577;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.041;QD=15.365;RBI=0.031642;REFB=-0.00596322;REVB=0.00742827;RO=110;SAF=42;SAR=39;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372619;STB=0.519995;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00933908;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:110:114:81:81:0.415385:39:42:61:49:39:42:63:51 chr6 33036999 . T C 2331.15 PASS AF=0.952096;AO=152;DP=163;FAO=159;FDP=167;FR=.;FRO=8;FSAF=80;FSAR=79;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.000868283;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5898;QD=55.836;RBI=0.0428438;REFB=-0.0489084;REVB=0.042835;RO=8;SAF=77;SAR=75;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468946;STB=0.523807;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0162591;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:163:167:8:8:152:159:0.952096:75:77:8:0:79:80:8:0 chr6 33037061 . G C 618.66 PASS AF=0.433962;AO=68;DP=158;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.0564794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2973;QD=15.5638;RBI=0.0575266;REFB=0.015186;REVB=0.0109263;RO=90;SAF=37;SAR=31;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451128;STB=0.528832;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0560953;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:90:90:68:69:0.433962:31:37:45:45:31:38:45:45 chr6 33037080 . G A 1923.1 PASS AF=0.948529;AO=129;DP=136;FAO=129;FDP=136;FR=.;FRO=7;FSAF=70;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0256791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.614;QD=56.5618;RBI=0.0275179;REFB=-0.128722;REVB=0.00989039;RO=2;SAF=70;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158348;STB=0.520651;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.000621935;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:136:136:2:7:129:129:0.948529:59:70:0:2:59:70:1:6 chr6 33037419 . G A 3132.62 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146468;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.603;QD=61.7265;RBI=0.00266432;REFB=0;REVB=0.0022256;RO=0;SAF=112;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22992e-05;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:203:0:0:203:203:1:91:112:0:0:91:112:0:0 chr6 33037424 . T C 3241.26 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171544;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.437;QD=62.0337;RBI=0.0666265;REFB=0;REVB=0.0643803;RO=0;SAF=112;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181974;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:209:0:0:209:209:1:97:112:0:0:97:112:0:0 chr6 33037522 . T C 3629.3 PASS AF=1;AO=230;DP=230;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.532;QD=63.1182;RBI=0.0439472;REFB=0;REVB=0.00021363;RO=0;SAF=126;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05403e-05;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:230:230:0:0:230:230:1:104:126:0:0:104:126:0:0 chr6 33037557 . C T 1158.61 PASS AF=0.55102;AO=96;DP=183;FAO=108;FDP=196;FR=.;FRO=88;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.0325867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.752;QD=23.6452;RBI=0.0336686;REFB=-0.00850437;REVB=0.00846652;RO=87;SAF=48;SAR=48;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349317;STB=0.50133;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00609026;OID=.;OPOS=33037557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:196:87:88:96:108:0.55102:48:48:47:40:50:58:47:41 chr6 33037560 . G A 1155.78 PASS AF=0.548718;AO=107;DP=197;FAO=107;FDP=195;FR=.;FRO=88;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.0233188;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.23;QD=23.7083;RBI=0.0234748;REFB=-0.0215338;REVB=-0.00270185;RO=88;SAF=58;SAR=49;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663516;STB=0.503617;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00568743;OID=.;OPOS=33037560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:195:88:88:107:107:0.548718:49:58:47:41:49:58:47:41 chr6 33037579 . AT TG 2589.44 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518198;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.462;QD=62.0226;RBI=0.0537514;REFB=0;REVB=0.0142801;RO=0;SAF=87;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.64958e-05;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:166:167:1:79:87:0:0:80:87:0:0 chr6 33037611 . C T 412.73 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0159051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.257;QD=13.6439;RBI=0.016241;REFB=-0.0115296;REVB=-0.00328606;RO=73;SAF=17;SAR=31;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237382;STB=0.634352;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0158268;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:73:73:48:48:0.396694:31:17:42:31:31:17:42:31 chr6 33037626 . C G 1504.74 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.824;QD=63.3574;RBI=0.0386496;REFB=0;REVB=-0.0113469;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26822e-05;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:95:0:0:90:95:1:48:42:0:0:49:46:0:0 chr6 33037639 . GC AT 175.86 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0244101;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=126.608;QD=8.27589;RBI=0.0261031;REFB=-0.000897216;REVB=-0.00924767;RO=60;SAF=6;SAR=18;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370705;STB=0.717603;STBP=0.015;TYPE=mnp;VARB=0.00156275;OID=.;OPOS=33037639;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:60:61:24:24:0.282353:18:6:33:27:18:6:33:28 chr6 33048457 . C G 581.51 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=115;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0297841;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.996;QD=20.4039;RBI=0.0297929;REFB=0.0156302;REVB=0.000724288;RO=48;SAF=24;SAR=35;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605756;STB=0.550164;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0715675;OID=.;OPOS=33048457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:48:55:59:59:0.517544:35:24:23:25:35:24:28:27 chr6 33048459 . TTT GCA 584.18 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=115;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00152171;FXX=0.0173898;HRUN=4;LEN=3;MLLD=263.19;QD=20.679;RBI=0.00902251;REFB=0.00164763;REVB=-0.00889326;RO=53;SAF=25;SAR=34;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745076;STB=0.536884;STBP=0.459;TYPE=mnp;VARB=-0.00217557;OID=.;OPOS=33048459;OREF=TTT;OALT=GCA;OMAPALT=GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:53:54:59:59:0.522124:34:25:27:26:34:25:27:27 chr6 33048464 . AGGG AGTT 827.51 PASS AF=0.518182;AO=44;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=3;FWDB=0.0481632;FXX=0.0265463;HRUN=3;LEN=2;MLLD=111.737;QD=30.0913;RBI=0.0575311;REFB=-0.0324477;REVB=-0.0314663;RO=27;SAF=12;SAR=32;SRF=26;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467379;STB=0.659613;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0166843;OID=.;OPOS=33048466;OREF=GG;OALT=TT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518182:44:110:57:110:31:25:32:28:3:99:27:12:32:26:1 chr6 33048538 . T C 733.12 PASS AF=0.45614;AO=78;DP=172;FAO=78;FDP=171;FR=.;FRO=93;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=0.0178857;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.839;QD=17.1489;RBI=0.0241258;REFB=-0.00118926;REVB=0.0161912;RO=92;SAF=46;SAR=32;SRF=32;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233039;STB=0.626004;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00171371;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:92:93:78:78:0.45614:32:46:32:60:32:46:33:60 chr6 33048542 . C T 2571.54 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00340956;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.416;QD=61.227;RBI=0.0113431;REFB=-0.0405832;REVB=0.0108185;RO=1;SAF=79;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537758;STB=0.502824;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000156617;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:168:1:1:167:167:0.994048:88:79:0:1:88:79:0:1 chr6 33048599 . CT AG,AT 2227.08 PASS AF=0.37415,0.62585;AO=55,90;DP=149;FAO=55,92;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=35,28;FSAR=20,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111575,-0.0102773;FXX=0.0134219;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=149.036,111.417;QD=60.6008;RBI=0.0372616,0.0220367;REFB=0,0;REVB=-0.0355519,-0.0194934;RO=0;SAF=35,28;SAR=20,62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.67221e-08,6.01361e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0091434,0.00642622;OID=.,.;OPOS=33048599,33048599;OREF=CT,C;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:149:147:0:0:55,90:55,92:0.37415,0.62585:20,62:35,28:0:0:20,64:35,28:0:0 chr6 33048602 . C A 1047.42 PASS AF=0.610738;AO=91;DP=149;FAO=91;FDP=149;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=63;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00359106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4039;QD=28.1187;RBI=0.0327805;REFB=-0.0408488;REVB=-0.0325832;RO=57;SAF=28;SAR=63;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218445;STB=0.622365;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0173158;OID=.;OPOS=33048602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:57:58:91:91:0.610738:63:28:34:23:63:28:35:23 chr6 33048606 . G C 910.53 PASS AF=0.585714;AO=82;DP=142;FAO=82;FDP=140;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0239165;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5802;QD=26.0152;RBI=0.0343974;REFB=-0.0168878;REVB=0.0247222;RO=56;SAF=27;SAR=55;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189864;STB=0.611306;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00678095;OID=.;OPOS=33048606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:56:58:82:82:0.585714:55:27:32:24:55:27:34:24 chr6 33048640 . A G 731.86 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=126;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0771522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1725;QD=23.2338;RBI=0.0927929;REFB=0.0105266;REVB=-0.0515563;RO=56;SAF=25;SAR=45;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192815;STB=0.605538;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0112724;OID=.;OPOS=33048640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:56:56:70:70:0.555556:45:25:33:23:45:25:33:23 chr6 33048686 . G A 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00324416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.9767;QD=55.4101;RBI=0.0306873;REFB=0.0209603;REVB=0.0305153;RO=1;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129222;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=7.93666e-06;OID=.;OPOS=33048686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:36:21:0:1:36:21:0:1 chr6 33048689 . G A 758.85 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0162573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.859;QD=53.2526;RBI=0.0162576;REFB=0.0062449;REVB=-0.000101562;RO=2;SAF=20;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970894;STB=0.505153;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=2.52945e-05;OID=.;OPOS=33048689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:35:20:1:1:35:20:1:1 chr6 33048694 . A G 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.549;QD=54.8826;RBI=0.0274963;REFB=0.0340991;REVB=-0.0235722;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140687;STB=0.50746;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00020593;OID=.;OPOS=33048694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:33:21:0:1:33:21:0:1 chr6 33052736 . G A 106.47 PASS AF=0.17094;AO=20;DP=116;FAO=20;FDP=117;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.00844089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8456;QD=3.63993;RBI=0.0224861;REFB=-0.00189537;REVB=-0.0208416;RO=96;SAF=4;SAR=16;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369492;STB=0.742163;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00900599;OID=.;OPOS=33052736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:96:97:20:20:0.17094:16:4:45:51:16:4:45:52 chr6 33052743 . T C 135.92 PASS AF=0.190476;AO=24;DP=126;FAO=24;FDP=126;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=0.0105762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.393;QD=4.3148;RBI=0.0108924;REFB=0.00278558;REVB=0.00260526;RO=101;SAF=5;SAR=19;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356496;STB=0.727336;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.043877;OID=.;OPOS=33052743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:101:102:24:24:0.190476:19:5:47:54:19:5:47:55 chr6 33052768 . T C 268.05 PASS AF=0.267516;AO=39;DP=154;FAO=42;FDP=157;FR=.;FRO=115;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=-0.0253236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4006;QD=6.82917;RBI=0.0335247;REFB=-0.00458265;REVB=-0.0219687;RO=115;SAF=15;SAR=24;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118747;STB=0.572901;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0160614;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:115:115:39:42:0.267516:24:15:55:60:26:16:55:60 chr6 33052803 . G A 476.75 PASS AF=0.331492;AO=60;DP=181;FAO=60;FDP=181;FR=.;FRO=121;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=-0.022034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.559;QD=10.536;RBI=0.0220483;REFB=0.00233533;REVB=-0.000793128;RO=120;SAF=23;SAR=37;SRF=55;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895879;STB=0.549175;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00379049;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:120:121:60:60:0.331492:37:23:55:65:37:23:55:66 chr6 33052950 . T C 567.88 PASS AF=0.36413;AO=67;DP=184;FAO=67;FDP=184;FR=.;FRO=117;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=64;FWDB=-0.0121965;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.914;QD=12.3452;RBI=0.0197556;REFB=-0.00980831;REVB=-0.0155411;RO=116;SAF=37;SAR=30;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115703;STB=0.562947;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.022169;OID=.;OPOS=33052950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:116:117:67:67:0.36413:30:37:52:64:30:37:53:64 chr6 33052958 . C T 565.47 PASS AF=0.36612;AO=67;DP=183;FAO=67;FDP=183;FR=.;FRO=116;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=65;FWDB=0.0100269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.477;QD=12.36;RBI=0.0118842;REFB=0.00574023;REVB=-0.00637923;RO=116;SAF=36;SAR=31;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108631;STB=0.561659;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0109894;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:116:116:67:67:0.36612:31:36:51:65:31:36:51:65 chr6 33052986 . T C 510.05 PASS AF=0.360465;AO=62;DP=172;FAO=62;FDP=172;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=-0.0116343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.303;QD=11.8616;RBI=0.0126894;REFB=0.00246689;REVB=0.00506593;RO=109;SAF=32;SAR=30;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949664;STB=0.550882;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00755229;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:109:110:62:62:0.360465:30:32:47:62:30:32:48:62 chr6 33053609 . G A 925.35 PASS AF=0.407692;AO=105;DP=259;FAO=106;FDP=260;FR=.;FRO=154;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=80;FSRR=74;FWDB=0.0334897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.318;QD=14.2362;RBI=0.0356377;REFB=-0.0138283;REVB=-0.0121854;RO=152;SAF=41;SAR=64;SRF=78;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131659;STB=0.579828;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0152206;OID=.;OPOS=33053609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:260:152:154:105:106:0.407692:64:41:78:74:65:41:80:74 chr6 33053682 . G A 710.3 PASS AF=0.401961;AO=80;DP=201;FAO=82;FDP=204;FR=.;FRO=122;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=-0.0336897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5211;QD=13.9274;RBI=0.0757039;REFB=-0.0118349;REVB=0.0677945;RO=121;SAF=28;SAR=52;SRF=59;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15313;STB=0.593976;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0203677;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:204:121:122:80:82:0.401961:52:28:59:62:54:28:60:62 chr6 33053968 . T A 66.98 PASS AF=0.104651;AO=18;DP=171;FAO=18;FDP=172;FR=.;FRO=154;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=90;FSRR=64;FWDB=0.0549957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9821;QD=1.55756;RBI=0.0614862;REFB=0.00102582;REVB=0.0274959;RO=153;SAF=14;SAR=4;SRF=90;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254126;STB=0.695671;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00596825;OID=.;OPOS=33053968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:171:172:153:154:18:18:0.104651:4:14:90:63:4:14:90:64 chr6 33053971 . T C 85.26 PASS AF=0.118644;AO=21;DP=177;FAO=21;FDP=177;FR=.;FRO=156;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=92;FSRR=64;FWDB=0.0021799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.658;QD=1.92679;RBI=0.05253;REFB=-8.4629e-05;REVB=0.0524848;RO=154;SAF=16;SAR=5;SRF=91;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235072;STB=0.671357;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000820756;OID=.;OPOS=33053971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:177:177:154:156:21:21:0.118644:5:16:91:63:5:16:92:64 chr6 33053982 . G C 95.39 PASS AF=0.123656;AO=24;DP=183;FAO=23;FDP=186;FR=.;FRO=163;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=100;FSRR=63;FWDB=-0.0535837;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.298;QD=2.05137;RBI=0.0564454;REFB=-0.00268246;REVB=-0.0177448;RO=155;SAF=18;SAR=6;SRF=93;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21095;STB=0.674586;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0349219;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:183:186:155:163:24:23:0.123656:6:18:93:62:5:18:100:63 chr6 33054046 . T G 72.12 PASS AF=0.106383;AO=16;DP=191;FAO=20;FDP=188;FR=.;FRO=168;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=111;FSRR=57;FWDB=0.00888887;FXX=0.0358956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.907;QD=1.53453;RBI=0.0176357;REFB=-0.00142804;REVB=-0.0152317;RO=164;SAF=15;SAR=1;SRF=113;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414336;STB=0.726233;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0101899;OID=.;OPOS=33054046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:191:188:164:168:16:20:0.106383:1:15:113:51:3:17:111:57 chr6 33054057 . G A 92.58 PASS AF=0.10917;AO=25;DP=229;FAO=25;FDP=229;FR=.;FRO=204;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=112;FSRR=92;FWDB=0.0259181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.63;QD=1.61712;RBI=0.0260472;REFB=-0.00453702;REVB=-0.00258962;RO=202;SAF=15;SAR=10;SRF=111;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633723;STB=0.546391;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0238512;OID=.;OPOS=33054057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:229:229:202:204:25:25:0.10917:10:15:111:91:10:15:112:92 chr6 33080359 . CT TG 320.62 PASS AF=0.320312;AO=41;DP=129;FAO=41;FDP=128;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.013656;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.811;QD=10.0193;RBI=0.0173574;REFB=-0.00362351;REVB=0.0107141;RO=86;SAF=15;SAR=26;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133289;STB=0.58182;STBP=0.231;TYPE=mnp;VARB=0.00788735;OID=.;OPOS=33080359;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:86:87:41:41:0.320312:26:15:41:45:26:15:42:45 chr6 33136310 . G T 561.27 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.011751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.627;QD=23.6322;RBI=0.0194319;REFB=0.00579067;REVB=-0.0154763;RO=43;SAF=17;SAR=35;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041565;STB=0.522852;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00316721;OID=.;OPOS=33136310;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:43:52:52:0.547368:35:17:16:27:35:17:16:27 chr6 33138955 . G A 608.55 PASS AF=0.408284;AO=65;DP=166;FAO=69;FDP=169;FR=.;FRO=100;FSAF=50;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=0.000597621;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.146;QD=14.4035;RBI=0.00410002;REFB=-0.0153099;REVB=0.00405624;RO=100;SAF=50;SAR=15;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323755;STB=0.644816;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0224315;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:169:100:100:65:69:0.408284:15:50:50:50:19:50:50:50 chr6 33141161 . A G 2319.14 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224456;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.44;QD=61.03;RBI=0.0227286;REFB=0;REVB=0.0035755;RO=0;SAF=61;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84104e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49106e-06;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:151:152:1:90:61:0:0:90:62:0:0 chr6 33141475 . C T 244.29 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0172496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.496;QD=18.7915;RBI=0.124022;REFB=-0.00862819;REVB=0.122816;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15717;STB=0.576865;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0144253;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:26:25:26:0.5:12:13:9:17:13:13:9:17 chr6 33141920 . G C 1076.97 PASS AF=1;AO=61;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.501;QD=59.8317;RBI=0.0303053;REFB=0;REVB=0.0237011;RO=0;SAF=13;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018229;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:61:72:1:48:13:0:0:56:16:0:0 chr6 33144243 . T A 2353.72 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306992;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.737;QD=61.1355;RBI=0.0306994;REFB=0;REVB=0.0001137;RO=0;SAF=71;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135211;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:152:154:1:81:71:0:0:83:71:0:0 chr6 33163451 . G A 2073.33 PASS AF=1;AO=122;DP=136;FAO=133;FDP=133;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.081;QD=62.3556;RBI=0.0630007;REFB=0;REVB=0.0480849;RO=0;SAF=45;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03226e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200475;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:133:0:0:122:133:1:77:45:0:0:84:49:0:0 chr6 33172447 . TG T 52.15 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.078105;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.596;QD=6.3217;RBI=0.123595;REFB=-0.00640094;REVB=-0.0957883;RO=20;SAF=11;SAR=1;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.296386;SSSB=0.630954;STB=0.876571;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0103528;OID=.;OPOS=33172448;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:12:34:12:33:21:11:1:9:12:52:20:11:1:8:12 chr6 33176958 . C T 2739.05 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=178;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00705451;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0796;QD=61.8994;RBI=0.055959;REFB=0.0435645;REVB=-0.0555125;RO=1;SAF=70;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00446995;STB=0.502347;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000289835;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:177:1:1:176:176:0.99435:106:70:0:1:106:70:0:1 chr6 33234454 . G A 895.54 PASS AF=0.511494;AO=89;DP=175;FAO=89;FDP=174;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0252185;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.74;QD=20.5872;RBI=0.0304406;REFB=-0.00205448;REVB=0.0170487;RO=84;SAF=45;SAR=44;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365623;STB=0.522845;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00233116;OID=.;OPOS=33234454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:84:85:89:89:0.511494:44:45:39:45:44:45:39:46 chr6 33235755 . G A 701.27 PASS AF=0.358974;AO=83;DP=235;FAO=84;FDP=234;FR=.;FRO=150;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=94;FWDB=0.0216612;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.828;QD=11.9875;RBI=0.0243073;REFB=-0.0104799;REVB=-0.011029;RO=151;SAF=45;SAR=38;SRF=57;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185372;STB=0.610348;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0215055;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:234:151:150:83:84:0.358974:38:45:57:94:38:46:56:94 chr6 33239423 . C G 509.75 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0566361;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7211;QD=23.4366;RBI=0.0608279;REFB=0.00224993;REVB=-0.0221899;RO=40;SAF=26;SAR=22;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112341;STB=0.568753;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00280013;OID=.;OPOS=33239423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:40:39:48:48:0.551724:22:26:27:13:22:26:27:12 chr6 33239479 . G A 1261.74 PASS AF=0.615385;AO=112;DP=182;FAO=112;FDP=182;FR=.;FRO=70;FSAF=69;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.030186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0853;QD=27.7306;RBI=0.0308663;REFB=-0.0266244;REVB=0.00644472;RO=70;SAF=69;SAR=43;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942407;STB=0.505093;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0162623;OID=.;OPOS=33239479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:70:70:112:112:0.615385:43:69:44:26:43:69:44:26 chr6 33256397 . G A 430.21 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0134707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.46;QD=22.6428;RBI=0.0148672;REFB=0.00772677;REVB=-0.00629064;RO=34;SAF=28;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143855;STB=0.5794;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00613946;OID=.;OPOS=33256397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:14:28:17:17:14:28:17:17 chr6 33256471 . T C 917.36 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.991;QD=58.2448;RBI=0.0551652;REFB=0;REVB=0.0214813;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136296;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:37:25:0:0:38:25:0:0 chr6 33261727 . AC CA 31.79 PASS AF=0.0840336;AO=12;DP=122;FAO=10;FDP=119;FR=.;FRO=109;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=70;FWDB=-0.0297584;FXX=0.0245881;HRUN=4;LEN=2;MLLD=135.621;QD=1.06846;RBI=0.0301431;REFB=-0.00284777;REVB=0.0048007;RO=104;SAF=11;SAR=1;SRF=34;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633784;STB=0.929415;STBP=0.017;TYPE=mnp;VARB=0.173139;OID=.;OPOS=33261727;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:122:119:104:109:12:10:0.0840336:1:11:34:70:1:9:39:70 chr6 33272855 . G C 782.74 PASS AF=0.439153;AO=83;DP=189;FAO=83;FDP=189;FR=.;FRO=106;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=0.0135054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3355;QD=16.5659;RBI=0.0176758;REFB=0.000460879;REVB=-0.0114035;RO=106;SAF=45;SAR=38;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426095;STB=0.523719;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.000586337;OID=.;OPOS=33272855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:106:106:83:83:0.439153:38:45:53:53:38:45:53:53 chr6 33283766 . T C 1383.01 PASS AF=0.513109;AO=137;DP=266;FAO=137;FDP=267;FR=.;FRO=130;FSAF=61;FSAR=76;FSRF=51;FSRR=79;FWDB=-0.00288999;FXX=0.0037312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.127;QD=20.7192;RBI=0.0216416;REFB=-0.00986746;REVB=-0.0214478;RO=127;SAF=61;SAR=76;SRF=51;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390997;STB=0.526239;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0102614;OID=.;OPOS=33283766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:127:130:137:137:0.513109:76:61:51:76:76:61:51:79 chr6 33333446 . C T 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00943385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.26;QD=13.774;RBI=0.0192062;REFB=-0.00974031;REVB=0.0167296;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557524;STB=0.532225;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0158839;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:12:8:14:17:12:8:14:17 chr6 33333876 . G C 308.19 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=49;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00318201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.662;QD=24.1715;RBI=0.00359506;REFB=-0.027737;REVB=-0.0016731;RO=20;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212194;STB=0.595684;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.021151;OID=.;OPOS=33333876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:20:21:29:30:0.588235:14:15:16:4:14:16:16:5 chr6 33373341 . C T 1210.94 PASS AF=0.539171;AO=115;DP=218;FAO=117;FDP=217;FR=.;FRO=100;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.0229308;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.574;QD=22.3215;RBI=0.0251565;REFB=-0.00758995;REVB=0.0103455;RO=99;SAF=56;SAR=59;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189326;STB=0.508607;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00644358;OID=.;OPOS=33373341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:99:100:115:117:0.539171:59:56:46:53:61:56:46:54 chr6 33377484 . G C 381.5 PASS AF=0.66;AO=31;DP=48;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0353886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7988;QD=30.52;RBI=0.0376904;REFB=-0.0520795;REVB=0.0129697;RO=17;SAF=18;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337771;STB=0.51604;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0284864;OID=.;OPOS=33377484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:17:17:31:33:0.66:13:18:9:8:14:19:9:8 chr6 33382288 . G A 2563.11 PASS AF=0.988506;AO=160;DP=163;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=115;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0161515;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.0471;QD=58.9221;RBI=0.052717;REFB=-0.16892;REVB=0.0501818;RO=1;SAF=50;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942027;STB=0.50862;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00899585;OID=.;OPOS=33382288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:174:1:2:160:172:0.988506:110:50:1:0:115:57:2:0 chr6 33384061 . G C 328.98 PASS AF=0.373737;AO=36;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0168762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8108;QD=13.292;RBI=0.0456475;REFB=-0.00224946;REVB=-0.0424133;RO=61;SAF=8;SAR=28;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229285;STB=0.633801;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00400026;OID=.;OPOS=33384061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:62:36:37:0.373737:28:8:24:37:29:8:24:38 chr6 33385953 . A G 534.83 PASS AF=0.701493;AO=47;DP=67;FAO=47;FDP=67;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0243458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.164;QD=31.9304;RBI=0.0304684;REFB=-0.0315139;REVB=0.0183194;RO=20;SAF=28;SAR=19;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109507;STB=0.559253;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00890687;OID=.;OPOS=33385953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:20:20:47:47:0.701493:19:28:8:12:19:28:8:12 chr6 33399801 . G C 52.83 PASS AF=0.0992908;AO=14;DP=145;FAO=14;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=127;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=83;FWDB=0.0209963;FXX=0.0408136;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.5274;QD=1.49858;RBI=0.0224846;REFB=-0.0176311;REVB=0.0080442;RO=101;SAF=5;SAR=9;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631604;STB=0.510529;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.106424;OID=.;OPOS=33399801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:145:141:101:127:14:14:0.0992908:9:5:41:60:9:5:44:83 chr6 33406556 . A G 457.37 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0439792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8185;QD=20.556;RBI=0.0440173;REFB=-0.00416439;REVB=0.00183032;RO=41;SAF=13;SAR=32;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00397648;STB=0.530478;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00341371;OID=.;OPOS=33406556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:44:45:45:0.505618:32:13:12:29:32:13:15:29 chr6 33408542 . G A 415.32 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00735813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.467;QD=15.241;RBI=0.0525582;REFB=0.00140291;REVB=0.0520406;RO=61;SAF=17;SAR=30;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687436;STB=0.544311;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00231132;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:62:47:47:0.431193:30:17:26:35:30:17:27:35 chr6 33422976 . T G 1453.39 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3588;QD=63.1908;RBI=0.12249;REFB=0;REVB=0.1154;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00092767;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:51:41:0:0:51:41:0:0 chr6 33425001 . C A 703.17 PASS AF=0.548387;AO=68;DP=124;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0935727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8193;QD=22.6828;RBI=0.0967234;REFB=0.00875169;REVB=0.0244861;RO=55;SAF=31;SAR=37;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880124;STB=0.544105;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00627699;OID=.;OPOS=33425001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:55:56:68:68:0.548387:37:31:31:24:37:31:31:25 chr6 33541507 . A G 107.32 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00619737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.198;QD=5.64859;RBI=0.0156056;REFB=-0.00131615;REVB=-0.0143222;RO=59;SAF=4;SAR=13;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355775;STB=0.724313;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00414278;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:59:59:17:17:0.223684:13:4:30:29:13:4:30:29 chr6 33560896 . A G 510.89 PASS AF=0.440945;AO=52;DP=123;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0210728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.192;QD=16.0909;RBI=0.0282012;REFB=-0.0228526;REVB=-0.0187416;RO=69;SAF=30;SAR=22;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568826;STB=0.541386;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0347671;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:127:69:71:52:56:0.440945:22:30:36:33:22:34:38:33 chr6 33636907 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.715;QD=60.2305;RBI=0.0342213;REFB=0;REVB=0.00590243;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160773;OID=.;OPOS=33636907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr6 33638180 . C T 574.34 PASS AF=0.404908;AO=66;DP=163;FAO=66;FDP=163;FR=.;FRO=97;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=-0.0370967;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.016;QD=14.0943;RBI=0.0377594;REFB=-0.0137854;REVB=-0.00704324;RO=92;SAF=31;SAR=35;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132562;STB=0.563765;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0168848;OID=.;OPOS=33638180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:92:97:66:66:0.404908:35:31:55:37:35:31:56:41 chr6 33641379 . T C 2002.21 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.812;QD=62.084;RBI=0.0130921;REFB=0;REVB=-0.00314653;RO=0;SAF=72;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41431e-05;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:57:72:0:0:57:72:0:0 chr6 33643558 . G A 2830.62 PASS AF=0.491694;AO=289;DP=595;FAO=296;FDP=602;FR=.;FRO=306;FSAF=137;FSAR=159;FSRF=157;FSRR=149;FWDB=0.0876874;FXX=0.00165835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0229;QD=18.8081;RBI=0.119971;REFB=-0.033131;REVB=0.081877;RO=305;SAF=130;SAR=159;SRF=156;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579525;STB=0.525577;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0355849;OID=.;OPOS=33643558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:595:602:305:306:289:296:0.491694:159:130:156:149:159:137:157:149 chr6 33648228 . C T 3120.01 PASS AF=0.980952;AO=205;DP=209;FAO=206;FDP=210;FR=.;FRO=4;FSAF=100;FSAR=106;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00873022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.585;QD=59.4288;RBI=0.0301954;REFB=-0.0398103;REVB=0.0289058;RO=4;SAF=100;SAR=105;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000444758;STB=0.500278;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.000464816;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:209:210:4:4:205:206:0.980952:105:100:2:2:106:100:2:2 chr6 33651129 . C T 1192.46 PASS AF=0.475096;AO=124;DP=262;FAO=124;FDP=261;FR=.;FRO=137;FSAF=41;FSAR=83;FSRF=65;FSRR=72;FWDB=0.0512255;FXX=0.00381665;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.216;QD=18.2753;RBI=0.0526801;REFB=-0.0139265;REVB=0.0122938;RO=126;SAF=41;SAR=83;SRF=60;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142491;STB=0.580598;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0116485;OID=.;OPOS=33651129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:126:137:124:124:0.475096:83:41:60:66:83:41:65:72 chr6 33653448 . C T 2508.09 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00820595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.675;QD=61.5483;RBI=0.0574015;REFB=0;REVB=0.0568119;RO=0;SAF=105;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65452e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39063e-05;OID=.;OPOS=33653448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:163:0:0:160:163:1:55:105:0:0:58:105:0:0 chr6 33659472 . C G 2652.95 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1625;QD=61.3398;RBI=0.0758371;REFB=0;REVB=0.0732886;RO=1;SAF=74;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525833;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234134;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:173:1:0:164:173:1:90:74:0:1:99:74:0:0 chr6 33690796 . CA TG 1924.86 PASS AF=1;AO=122;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349116;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.26;QD=62.0922;RBI=0.0103521;REFB=0;REVB=0.00974565;RO=0;SAF=38;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2916e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.57061e-07;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:122:124:1:84:38:0:0:86:38:0:0 chr6 33739960 . A G 2542.17 PASS AF=0.976744;AO=168;DP=172;FAO=168;FDP=172;FR=.;FRO=4;FSAF=90;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0496512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5736;QD=59.1203;RBI=0.0543601;REFB=-0.0928657;REVB=0.022131;RO=3;SAF=90;SAR=78;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439522;STB=0.500835;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00494819;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:172:172:3:4:168:168:0.976744:78:90:2:1:78:90:2:2 chr6 33740025 . C T 281.52 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=0;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=45;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1896;QD=14.6243;RBI=0.0702924;REFB=-0.0283838;REVB=0.0702924;RO=45;SAF=0;SAR=32;SRF=0;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0576452;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:32:0:0:45:32:0:0:45 chr6 33762625 . A G 427.12 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0288559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.899;QD=24.7603;RBI=0.0288655;REFB=0.00337681;REVB=0.00074386;RO=28;SAF=26;SAR=15;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281478;STB=0.654014;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00201851;OID=.;OPOS=33762625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:15:26:7:21:15:26:7:21 chr6 33768897 . A G 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0116426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.171;QD=14.9204;RBI=0.0264264;REFB=-0.00590076;REVB=0.0237235;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103392;STB=0.558556;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00808481;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:15:13:21:16:15:13:21:16 chr6 33990447 . T C 494.33 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.000896907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.628;QD=18.8315;RBI=0.00539489;REFB=-0.013121;REVB=0.00531981;RO=50;SAF=17;SAR=35;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145299;STB=0.597555;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0162729;OID=.;OPOS=33990447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:53:52:52:0.495238:35:17:24:26:35:17:27:26 chr6 34003685 . T C 699.19 PASS AF=0.5;AO=69;DP=139;FAO=69;FDP=138;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0282349;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8669;QD=20.2665;RBI=0.0291493;REFB=-0.00163152;REVB=-0.00724353;RO=68;SAF=39;SAR=30;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987449;STB=0.558064;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00127648;OID=.;OPOS=34003685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:68:69:69:69:0.5:30:39:31:37:30:39:31:38 chr6 34008006 . A G 1083.62 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213138;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.478;QD=60.201;RBI=0.0239934;REFB=0;REVB=0.0110184;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140213;OID=.;OPOS=34008006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr6 34212743 . A C,G 2893.5 PASS AF=0.0631579,0.931579;AO=9,177;DP=188;FAO=12,177;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0;FSAR=12,177;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0,0;FXX=0.0104161;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.744,59.0312;QD=60.9158;RBI=0.00213141,0.0276144;REFB=0.0256053,0.00425565;REVB=-0.00213141,-0.0276144;RO=1;SAF=0,0;SAR=9,177;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.142056,0.000277165;OID=.,.;OPOS=34212743,34212743;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:188:190:1:1:9,177:12,177:0.0631579,0.931579:9,177:0,0:0:1:12,177:0,0:0:1 chr6 34213296 . T C 1471.4 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.484;QD=63.2858;RBI=0.012557;REFB=0;REVB=-0.00319577;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01042e-05;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:53:39:0:0:53:40:0:0 chr6 34213868 . A G 464.68 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.669;QD=58.0845;RBI=0.033587;REFB=0;REVB=-0.0184027;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100723;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr6 34214322 . C G 1517.76 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0126837;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.103;QD=55.6977;RBI=0.0127413;REFB=-0.0716136;REVB=0.00120977;RO=3;SAF=46;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122093;STB=0.511589;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000673044;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:3:4:105:105:0.963303:59:46:2:1:59:46:3:1 chr6 34502687 . T C 4738.22 PASS AF=1;AO=291;DP=291;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.292;QD=64.03;RBI=0.0446454;REFB=0;REVB=0.0431318;RO=0;SAF=119;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49693e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:291:296:0:0:291:296:1:172:119:0:0:174:122:0:0 chr6 34507311 . A G 299.78 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0142037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.607;QD=16.4265;RBI=0.0149209;REFB=-0.00564022;REVB=0.00457054;RO=40;SAF=7;SAR=26;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279957;STB=0.659123;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00621847;OID=.;OPOS=34507311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:26:7:18:22:26:7:18:22 chr6 34557374 . A G 871.69 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343983;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.071;QD=58.1124;RBI=0.0385286;REFB=0;REVB=-0.0173552;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17841e-05;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr6 34949607 . C T 2827.61 PASS AF=1;AO=178;DP=184;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483055;FXX=0.0271724;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.392;QD=63.1869;RBI=0.00492928;REFB=0;REVB=0.000981625;RO=0;SAF=77;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147786;OID=.;OPOS=34949607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:184:179:0:0:178:179:1:101:77:0:0:102:77:0:0 chr6 34977663 . C A 417.81 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0248049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.487;QD=53.9114;RBI=0.0265303;REFB=-0.117933;REVB=-0.00941144;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00217216;OID=.;OPOS=34977663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:1:0:15:15:1:0 chr6 34985252 . C T 805.76 PASS AF=0.40625;AO=91;DP=224;FAO=91;FDP=224;FR=.;FRO=133;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=75;FSRR=58;FWDB=-0.00977847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.523;QD=14.3885;RBI=0.00994498;REFB=-0.0286514;REVB=-0.00181222;RO=131;SAF=41;SAR=50;SRF=74;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120125;STB=0.567056;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0466086;OID=.;OPOS=34985252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:131:133:91:91:0.40625:50:41:74:57:50:41:75:58 chr6 35027927 . T C 3794.01 PASS AF=0.987705;AO=240;DP=244;FAO=241;FDP=244;FR=.;FRO=3;FSAF=120;FSAR=121;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0098831;FXX=0.00408147;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.88;QD=62.1969;RBI=0.0352478;REFB=0.0824562;REVB=-0.0338339;RO=1;SAF=119;SAR=121;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398844;STB=0.502075;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.000300169;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:244:244:1:3:240:241:0.987705:121:119:1:0:121:120:2:1 chr6 35050506 . G A 1859.63 PASS AF=1;AO=116;DP=119;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231493;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2998;QD=60.4756;RBI=0.0351295;REFB=0;REVB=0.0264233;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139599;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:123:0:0:116:123:1:65:51:0:0:68:55:0:0 chr6 35108989 . TCCCCC TCCCC,TCCCCT 113.54 PASS AF=0.446809,0.0425532;AO=17,2;DP=48;FAO=21,2;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10,0;FSAR=11,2;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.201443,-0.0276175;FXX=0.020829;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=14.1103,153.931;QD=9.66261;RBI=0.203187,0.0320107;REFB=0.0403314,-0.00292153;REVB=0.0265651,-0.0161853;RO=20;SAF=7,0;SAR=10,2;SRF=5;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.304348,0;SSSB=0.164156,-0.423248;STB=0.576852,0.993151;STBP=0.348,0.298;TYPE=del,snp;VARB=-0.048539,0.0982513;OID=.,.;OPOS=35108990,35108994;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TCCCC,TCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446809,0.0425532:17,2:48:21,2:47:24:10,0:11,2:8:16:99:20:7,0:10,2:5:15 chr6 35109032 . CGCGGCCTG C 186.48 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0255745;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=8;MLLD=285.043;QD=24.0623;RBI=0.0260935;REFB=-0.0150688;REVB=0.00517838;RO=9;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243222;STB=0.657928;STBP=0.061;TYPE=del;VARB=0.00989792;OID=.;OPOS=35109033;OREF=GCGGCCTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580645:18:31:18:31:13:4:14:7:6:99:9:4:14:5:4 chr6 35203203 . T G 1117.6 PASS AF=0.964706;AO=64;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0107488;FXX=0.0116266;HRUN=6;LEN=1;MLLD=153.885;QD=52.593;RBI=0.0746308;REFB=0.00631557;REVB=0.0738527;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507203;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00152017;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:0:3:64:82:0.964706:29:35:0:0:38:44:1:2 chr6 35216740 . G A 405.53 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0297483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7699;QD=17.2566;RBI=0.0300353;REFB=0.000813836;REVB=-0.00414283;RO=50;SAF=18;SAR=24;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109932;STB=0.547148;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00172311;OID=.;OPOS=35216740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:50:52:42:42:0.446809:24:18:16:34:24:18:18:34 chr6 35260503 . C T 1352.47 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.437;QD=62.1825;RBI=0.0519069;REFB=0;REVB=0.00854365;RO=0;SAF=28;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17361e-05;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:57:28:0:0:58:29:0:0 chr6 35260530 . C T 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3712;QD=59.6759;RBI=0.10608;REFB=0;REVB=0.0772154;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127782;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr6 35263555 . A G 1539.6 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0221166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2681;QD=61.5841;RBI=0.0390377;REFB=0.0061776;REVB=0.0321683;RO=2;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158058;STB=0.508332;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000321167;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:59:39:0:2:59:39:0:2 chr6 35285720 . A C 918.18 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00316764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5193;QD=54.0107;RBI=0.0243928;REFB=0.00289783;REVB=-0.0241863;RO=3;SAF=30;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171527;STB=0.509088;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.000968261;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:35:30:2:1:35:30:2:1 chr6 35391787 . C T 264.63 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=0.0414245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.568;QD=13.0683;RBI=0.0420669;REFB=-0.00178982;REVB=-0.00732383;RO=50;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239322;STB=0.635235;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00420501;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:17:14:12:38:17:14:12:38 chr6 35395010 . C T 915.41 PASS AF=0.479167;AO=92;DP=192;FAO=92;FDP=192;FR=.;FRO=100;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=75;FWDB=0.0293776;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.593;QD=19.0709;RBI=0.0297455;REFB=-0.0123605;REVB=-0.0046639;RO=98;SAF=52;SAR=40;SRF=24;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293786;STB=0.660012;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.018775;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:98:100:92:92:0.479167:40:52:24:74:40:52:25:75 chr6 35395795 . G C 757.8 PASS AF=0.331104;AO=85;DP=288;FAO=99;FDP=299;FR=.;FRO=200;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=49;FSRR=151;FWDB=-0.015483;FXX=0.00333322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8756;QD=10.1378;RBI=0.0271316;REFB=-0.0111841;REVB=0.02228;RO=196;SAF=39;SAR=46;SRF=48;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269979;STB=0.627428;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0214786;OID=.;OPOS=35395795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:299:196:200:85:99:0.331104:46:39:48:148:57:42:49:151 chr6 35423662 . A C 1458.67 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03216;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.665;QD=63.4203;RBI=0.0322602;REFB=0;REVB=-0.00254095;RO=0;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53045e-05;OID=.;OPOS=35423662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:89:92:1:56:33:0:0:56:36:0:0 chr6 35441516 . CAAAAAA ACAAAAA,CAAAAA,CAAAAAT 586.59 PASS AF=0,0.904762,0.0952381;AO=12,52,10;DP=129;FAO=0,114,12;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,5;FSAR=0,86,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.180941,-0.224421,-0.0863181;FXX=0.038165;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=12.9614,6.1937,164.002;QD=18.6218;RBI=0.224816,0.236189,0.0905131;REFB=0,0,0;REVB=-0.133426,0.0736216,-0.027236;RO=22;SAF=0,7,5;SAR=12,45,5;SRF=4;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.744791,-0.0532487,0.370495;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.000804698,0.0265536;OID=.,.,.;OPOS=35441516,35441517,35441522;OREF=CA,A,A;OALT=AC,-,T;OMAPALT=ACAAAAA,CAAAAA,CAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:45:129:126:22:0:12,52,10:0,114,12:0,0.904762,0.0952381:12,45,5:0,7,5:4:18:0,86,7:0,28,5:0:0 chr6 35442122 . C T 825.1 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=152;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.024642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3568;QD=21.4312;RBI=0.0248469;REFB=-0.0449698;REVB=-0.00318425;RO=70;SAF=54;SAR=28;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211394;STB=0.610192;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0577132;OID=.;OPOS=35442122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:70:72:82:82:0.532468:28:54:29:41:28:54:31:41 chr6 35442679 . G A 441.16 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00750656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.868;QD=17.4718;RBI=0.0156436;REFB=-0.0160731;REVB=0.013725;RO=52;SAF=17;SAR=30;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170835;STB=0.586409;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0192759;OID=.;OPOS=35442679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:54:47:47:0.465347:30:17:28:24:30:17:28:26 chr6 35447912 . A AG 431.96 PASS AF=0.535211;AO=16;DP=157;FAO=76;FDP=142;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0131015;FXX=0.0273954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.996;QD=12.1678;RBI=0.0414848;REFB=-0.0284492;REVB=-0.0393617;RO=140;SAF=12;SAR=4;SRF=61;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370083;STB=0.534238;STBP=0.394;TYPE=ins;VARB=0.0247127;OID=.;OPOS=35447913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535211:16:157:76:142:66:39:37:29:37:99:140:12:4:61:79 chr6 35447913 . A G 548.35 PASS AF=0.407895;AO=61;DP=149;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.00915388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.06;QD=14.4301;RBI=0.017003;REFB=-0.0507263;REVB=0.0143286;RO=87;SAF=27;SAR=34;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423066;STB=0.518679;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0523672;OID=.;OPOS=35447913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:87:90:61:62:0.407895:34:27:42:45:35:27:42:48 chr6 35452346 . C T 876.99 PASS AF=0.478495;AO=88;DP=185;FAO=89;FDP=186;FR=.;FRO=97;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.0142125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.793;QD=18.86;RBI=0.0415238;REFB=-0.00975236;REVB=0.0390158;RO=96;SAF=31;SAR=57;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856051;STB=0.552796;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0118776;OID=.;OPOS=35452346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:96:97:88:89:0.478495:57:31:42:54:58:31:43:54 chr6 35465786 . A C 1030.38 PASS AF=0.431818;AO=113;DP=263;FAO=114;FDP=264;FR=.;FRO=150;FSAF=39;FSAR=75;FSRF=68;FSRR=82;FWDB=0.020872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9383;QD=15.6119;RBI=0.0448644;REFB=-0.00299043;REVB=-0.0397137;RO=143;SAF=38;SAR=75;SRF=61;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978955;STB=0.567206;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00467088;OID=.;OPOS=35465786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:264:143:150:113:114:0.431818:75:38:61:82:75:39:68:82 chr6 35477025 . C G 917.73 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160454;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1367;QD=57.358;RBI=0.0427149;REFB=0;REVB=0.0395867;RO=0;SAF=13;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183634;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:50:13:0:0:50:14:0:0 chr6 35479574 . G C 1178.45 PASS AF=1;AO=70;DP=74;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370836;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.579;QD=58.1953;RBI=0.0470694;REFB=-0.0230826;REVB=0.0289886;RO=1;SAF=23;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75127e-05;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:81:1:0:70:81:1:47:23:1:0:54:27:0:0 chr6 35543445 . C T 1086.52 PASS AF=0.598802;AO=100;DP=167;FAO=100;FDP=167;FR=.;FRO=67;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.000179641;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.315;QD=26.0245;RBI=0.0124559;REFB=-0.0232163;REVB=0.0124546;RO=66;SAF=45;SAR=55;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191354;STB=0.506964;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0258518;OID=.;OPOS=35543445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:66:67:100:100:0.598802:55:45:28:38:55:45:29:38 chr6 35543449 . A AG 30.61 PASS AF=0.16129;AO=25;DP=163;FAO=25;FDP=155;FR=.;FRO=130;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=61;FSRR=69;FWDB=-0.0759951;FXX=0.0251557;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.6459;QD=0.789907;RBI=0.106491;REFB=-0.0597942;REVB=-0.0745993;RO=137;SAF=12;SAR=13;SRF=63;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257654;STB=0.559007;STBP=0.551;TYPE=ins;VARB=0.0748041;OID=.;OPOS=35543450;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16129:25:163:25:155:130:10:15:61:69:30:137:12:13:63:74 chr6 35610590 . A G 743.7 PASS AF=0.514286;AO=72;DP=141;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=0.00684991;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.813;QD=21.2485;RBI=0.00998107;REFB=-0.00264709;REVB=-0.0072595;RO=67;SAF=28;SAR=44;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567125;STB=0.533889;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00334416;OID=.;OPOS=35610590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:67:68:72:72:0.514286:44:28:22:45:44:28:22:46 chr6 35705892 . T C 767.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.516;QD=63.92;RBI=0.0219471;REFB=0;REVB=-0.0201502;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85684e-05;OID=.;OPOS=35705892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:36:11:0:0:36:12:0:0 chr6 35715085 . G A 985.92 PASS AF=0.536723;AO=95;DP=176;FAO=95;FDP=177;FR=.;FRO=82;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0134425;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.495;QD=22.2807;RBI=0.0144523;REFB=-0.0127581;REVB=0.00530715;RO=80;SAF=52;SAR=43;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293546;STB=0.516388;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0113036;OID=.;OPOS=35715085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:80:82:95:95:0.536723:43:52:41:39:43:52:42:40 chr6 35745655 . C T 412.98 PASS AF=0.477778;AO=41;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0220412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.817;QD=18.3547;RBI=0.0221107;REFB=0.000460157;REVB=0.00175099;RO=47;SAF=12;SAR=29;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121048;STB=0.545278;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00153198;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:47:47:41:43:0.477778:29:12:19:28:29:14:19:28 chr6 35748931 . T C 857.2 PASS AF=0.533333;AO=80;DP=150;FAO=80;FDP=150;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.036927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1798;QD=22.8586;RBI=0.0376365;REFB=-0.0207757;REVB=-0.00727311;RO=70;SAF=37;SAR=43;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198565;STB=0.510874;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0247006;OID=.;OPOS=35748931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:70:70:80:80:0.533333:43:37:34:36:43:37:34:36 chr6 35755658 . A G 429.87 PASS AF=0.349315;AO=51;DP=146;FAO=51;FDP=146;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.00491413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.488;QD=11.7774;RBI=0.0184409;REFB=-0.0108368;REVB=-0.0177741;RO=95;SAF=23;SAR=28;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259465;STB=0.514867;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0197501;OID=.;OPOS=35755658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:95:95:51:51:0.349315:28:23:45:50:28:23:45:50 chr6 35923246 . T C 709.84 PASS AF=0.496454;AO=69;DP=141;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0217436;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.704;QD=20.1373;RBI=0.0302371;REFB=0.0227374;REVB=0.0210118;RO=71;SAF=26;SAR=43;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110031;STB=0.563374;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0148356;OID=.;OPOS=35923246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:71:71:69:70:0.496454:43:26:35:36:44:26:35:36 chr6 35992332 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00340879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.706;QD=10.3792;RBI=0.00537473;REFB=-0.0211141;REVB=-0.00415547;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743536;STB=0.504494;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0379536;OID=.;OPOS=35992332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:9:7:4:5:9:7 chr6 36098410 . A C,G 455.48 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=30,2;DP=32;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898988,0.0109603;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=269.174,222.572;QD=56.9348;RBI=0.00941131,0.0131344;REFB=0,0;REVB=0.00278476,-0.00723771;RO=0;SAF=3,2;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.84607e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.001082,-0.00192744;OID=.,.;OPOS=36098410,36098410;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:30,2:30,2:0.9375,0.0625:27,0:3,2:0:0:27,0:3,2:0:0 chr6 36198577 . G C 1704.82 PASS AF=1;AO=110;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121468;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.026;QD=59.8183;RBI=0.0308567;REFB=0;REVB=-0.0283653;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419962;OID=.;OPOS=36198577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:110:114:1:49:61:0:0:53:61:0:0 chr6 36260858 . C T 537.55 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=11;FWDB=0.012863;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5916;QD=21.2892;RBI=0.0510214;REFB=0.00313129;REVB=0.0493734;RO=47;SAF=28;SAR=26;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212641;STB=0.616256;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0029169;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:47:47:54:54:0.534653:26:28:36:11:26:28:36:11 chr6 36260914 . C T 490.09 PASS AF=0.407407;AO=50;DP=137;FAO=55;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.000806633;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.411;QD=14.5211;RBI=0.00924505;REFB=-0.0253739;REVB=-0.00920979;RO=63;SAF=21;SAR=29;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090307;STB=0.506854;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0249455;OID=.;OPOS=36260914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:63:80:50:55:0.407407:29:21:21:42:31:24:34:46 chr6 36262153 . G A 920.67 PASS AF=0.465;AO=93;DP=200;FAO=93;FDP=200;FR=.;FRO=107;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=0.00929177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0161;QD=18.4135;RBI=0.0112601;REFB=-0.0045598;REVB=0.00636027;RO=105;SAF=39;SAR=54;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00970147;STB=0.500662;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00697129;OID=.;OPOS=36262153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:105:107:93:93:0.465:54:39:43:62:54:39:45:62 chr6 36270130 . C A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0108352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.142;QD=18.7121;RBI=0.0152652;REFB=-0.0125547;REVB=-0.0107529;RO=19;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314214;STB=0.680337;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0132762;OID=.;OPOS=36270130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:14:4:10:9:14:4:10:9 chr6 36393816 . A G 2017.96 PASS AF=1;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228407;FXX=0.0227256;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.222;QD=62.5725;RBI=0.0315508;REFB=0;REVB=0.0217659;RO=0;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25052e-05;OID=.;OPOS=36393816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:129:0:0:129:129:1:65:64:0:0:65:64:0:0 chr6 36418781 . T TG 292.24 PASS AF=0.5;AO=43;DP=89;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0127818;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.1986;QD=13.2837;RBI=0.0497695;REFB=0.0333765;REVB=0.0481002;RO=45;SAF=17;SAR=26;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00446926;STB=0.511797;STBP=0.859;TYPE=ins;VARB=-0.0361255;OID=.;OPOS=36418782;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:43:89:44:88:44:18:26:17:27:99:45:17:26:18:27 chr6 36446975 . G C 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0342444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5233;QD=21.7157;RBI=0.0393737;REFB=0.0161308;REVB=-0.0194321;RO=38;SAF=21;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00302189;STB=0.50741;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.0144741;OID=.;OPOS=36446975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:39:44:44:0.53012:23:21:18:20:23:21:18:21 chr6 36455838 . C T 157.12 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0260189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.178;QD=9.6688;RBI=0.0330397;REFB=0.00805757;REVB=-0.0203627;RO=44;SAF=13;SAR=8;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784417;STB=0.545989;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0234588;OID=.;OPOS=36455838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:8:13:30:14:8:13:30:14 chr6 36490133 . G A 834.71 PASS AF=0.608;AO=76;DP=125;FAO=76;FDP=125;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00480148;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=304.402;QD=26.7108;RBI=0.00490698;REFB=-0.0100505;REVB=0.00101207;RO=44;SAF=23;SAR=53;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163714;STB=0.572953;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00481871;OID=.;OPOS=36490133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:44:49:76:76:0.608:53:23:23:21:53:23:23:26 chr6 36645696 . A G 2380.07 PASS AF=0.660317;AO=196;DP=307;FAO=208;FDP=315;FR=.;FRO=107;FSAF=99;FSAR=109;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=-0.00342652;FXX=0.00943367;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6663;QD=30.2231;RBI=0.00864672;REFB=-0.0214013;REVB=0.00793881;RO=104;SAF=95;SAR=101;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160982;STB=0.509765;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0089891;OID=.;OPOS=36645696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:315:104:107:196:208:0.660317:101:95:53:51:109:99:54:53 chr6 36651971 . C A 346.79 PASS AF=0.352459;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=122;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0306519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1659;QD=11.3701;RBI=0.0311017;REFB=-0.0149676;REVB=-0.0052701;RO=77;SAF=16;SAR=27;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195657;STB=0.620158;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0317546;OID=.;OPOS=36651971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:77:79:43:43:0.352459:27:16:42:35:27:16:44:35 chr6 36653597 . C T 448.97 PASS AF=0.374101;AO=52;DP=139;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.00125736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.1;QD=12.9201;RBI=0.0205807;REFB=-0.00542216;REVB=-0.0205423;RO=87;SAF=18;SAR=34;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156513;STB=0.58922;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0104909;OID=.;OPOS=36653597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:87:87:52:52:0.374101:34:18:42:45:34:18:42:45 chr6 36713263 . A G 3503.69 PASS AF=0.55938;AO=325;DP=583;FAO=325;FDP=581;FR=.;FRO=256;FSAF=117;FSAR=208;FSRF=103;FSRR=153;FWDB=-0.0444358;FXX=0.00343047;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1097;QD=24.1218;RBI=0.045309;REFB=-0.02049;REVB=-0.00885228;RO=255;SAF=117;SAR=208;SRF=102;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348211;STB=0.520016;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0148983;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:583:581:255:256:325:325:0.55938:208:117:102:153:208:117:103:153 chr6 36766292 . C T 477.74 PASS AF=0.410853;AO=53;DP=130;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.00545491;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0358;QD=14.8136;RBI=0.0218796;REFB=-0.0290537;REVB=-0.0211887;RO=71;SAF=24;SAR=29;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698208;STB=0.520134;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0416608;OID=.;OPOS=36766292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:71:76:53:53:0.410853:29:24:37:34:29:24:37:39 chr6 36789940 . C CG 108.32 PASS AF=0.359116;AO=57;DP=200;FAO=65;FDP=181;FR=.;FRO=116;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=70;FWDB=-0.0408768;FXX=0.0054942;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.80944;QD=2.39372;RBI=0.113758;REFB=-0.0702482;REVB=-0.10616;RO=116;SAF=21;SAR=36;SRF=52;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966916;STB=0.512474;STBP=0.797;TYPE=ins;VARB=-0.00543367;OID=.;OPOS=36789941;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.359116:57:200:65:181:116:27:38:46:70:99:116:21:36:52:64 chr6 36824399 . C T 323.9 PASS AF=0.341667;AO=41;DP=120;FAO=41;FDP=120;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=-0.0489426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.326;QD=10.7966;RBI=0.053562;REFB=-0.0220444;REVB=0.0217603;RO=79;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172378;STB=0.598628;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0602689;OID=.;OPOS=36824399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:79:79:41:41:0.341667:22:19:25:54:22:19:25:54 chr6 36922684 . A C 5183.86 PASS AF=1;AO=326;DP=327;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01607;FXX=0.00303942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3645;QD=63.2178;RBI=0.019868;REFB=0;REVB=-0.0116831;RO=0;SAF=138;SAR=188;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27733e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43816e-05;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:327:328:0:0:326:328:1:188:138:0:0:189:139:0:0 chr6 36931162 . A G 851.31 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00604445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.111;QD=55.8233;RBI=0.0370995;REFB=0.0560302;REVB=-0.0366038;RO=1;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129304;STB=0.506847;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0105239;OID=.;OPOS=36931162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:36:24:0:1:36:24:0:1 chr6 36976637 . G C 3882.37 PASS AF=1;AO=247;DP=251;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151029;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.422;QD=61.8704;RBI=0.0315676;REFB=-0.0747772;REVB=0.0277203;RO=0;SAF=97;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96805e-05;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:251:251:0:0:247:251:1:150:97:0:0:153:98:0:0 chr6 36978834 . A G 915.62 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.267;QD=58.1344;RBI=0.020143;REFB=0;REVB=0.0184825;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11708e-05;OID=.;OPOS=36978834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:40:22:0:0:40:23:0:0 chr6 36995222 . G A 771.97 PASS AF=0.513158;AO=77;DP=151;FAO=78;FDP=152;FR=.;FRO=74;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.00100528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.4;QD=20.3151;RBI=0.036009;REFB=-0.00146538;REVB=0.035995;RO=74;SAF=45;SAR=32;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124052;STB=0.570488;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00133209;OID=.;OPOS=36995222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:74:74:77:78:0.513158:32:45:33:41:32:46:33:41 chr6 37180237 . G A 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00408592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7663;QD=20.4485;RBI=0.00485463;REFB=0.0414234;REVB=-0.00262157;RO=43;SAF=20;SAR=24;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324439;STB=0.517962;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0461324;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:24:20:18:25:24:20:18:25 chr6 37180355 . G A 496.46 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0239401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.53;QD=20.9036;RBI=0.0368152;REFB=-0.0134853;REVB=-0.0279683;RO=47;SAF=23;SAR=25;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164209;STB=0.590491;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0164432;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:25:23:14:33:25:23:14:33 chr6 37180523 . A G 1210.47 PASS AF=0.637427;AO=108;DP=171;FAO=109;FDP=171;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=67;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00356697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8228;QD=28.3151;RBI=0.00576876;REFB=0.0144238;REVB=-0.0045338;RO=62;SAF=42;SAR=66;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243642;STB=0.505506;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00951793;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:62:62:108:109:0.637427:66:42:22:40:67:42:23:39 chr6 37250112 . A G 295.42 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0361018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.418;QD=15.3464;RBI=0.0403594;REFB=-0.00209225;REVB=0.0180429;RO=43;SAF=5;SAR=28;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138953;STB=0.59489;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0030671;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:28:5:10:33:28:5:11:33 chr6 37252210 . C T 542.57 PASS AF=0.509091;AO=55;DP=109;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00575976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.483;QD=19.7299;RBI=0.00924074;REFB=-0.00507341;REVB=0.0072261;RO=54;SAF=24;SAR=31;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740816;STB=0.535515;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00413475;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:54:54:55:56:0.509091:31:24:28:26:31:25:28:26 chr6 37288036 . A G 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0419488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.319;QD=16.8122;RBI=0.0422498;REFB=-0.0179429;REVB=0.00503439;RO=47;SAF=19;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314336;STB=0.517638;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0208911;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:19:19:22:25:19:19:22:25 chr6 37329001 . A G 543.98 PASS AF=0.453125;AO=56;DP=129;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.00624305;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.459;QD=16.9994;RBI=0.0103739;REFB=-0.0148268;REVB=0.00828508;RO=73;SAF=18;SAR=38;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993329;STB=0.560061;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0177989;OID=.;OPOS=37329001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:73:70:56:58:0.453125:38:18:30:43:39:19:30:40 chr6 37349033 . G A 609.65 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0125434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.682;QD=18.0638;RBI=0.0145439;REFB=0.00348946;REVB=-0.00736114;RO=72;SAF=20;SAR=43;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212285;STB=0.618206;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00470109;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:72:63:63:0.466667:43:20:38:34:43:20:38:34 chr6 37450914 . T C 725.32 PASS AF=0.62;AO=62;DP=100;FAO=62;FDP=100;FR=.;FRO=38;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0098123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.484;QD=29.0126;RBI=0.0105194;REFB=0.00878108;REVB=0.00379166;RO=38;SAF=43;SAR=19;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110268;STB=0.560038;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0042509;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:38:38:62:62:0.62:19:43:21:17:19:43:21:17 chr6 37603102 . TG CA 415.49 PASS AF=0.347518;AO=49;DP=147;FAO=49;FDP=141;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=0.0264355;FXX=0.0408136;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.15;QD=11.7871;RBI=0.0295008;REFB=-0.0144451;REVB=0.0130944;RO=90;SAF=23;SAR=26;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793056;STB=0.544242;STBP=0.456;TYPE=mnp;VARB=0.031197;OID=.;OPOS=37603102;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:141:90:92:49:49:0.347518:26:23:36:54:26:23:37:55 chr6 37604885 . A G 819.96 PASS AF=0.542254;AO=77;DP=142;FAO=77;FDP=142;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0131175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.458;QD=23.0974;RBI=0.0132226;REFB=-0.000337403;REVB=0.00166329;RO=65;SAF=31;SAR=46;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00225965;STB=0.501236;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.000292484;OID=.;OPOS=37604885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:65:65:77:77:0.542254:46:31:26:39:46:31:26:39 chr6 37623566 . C T 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0852009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.396;QD=61.8518;RBI=0.0878569;REFB=0;REVB=0.0214391;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120626;OID=.;OPOS=37623566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr6 37800789 . A C 494.83 PASS AF=0.405797;AO=55;DP=136;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00978401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.734;QD=14.3428;RBI=0.0235488;REFB=-0.0017103;REVB=-0.0214201;RO=81;SAF=31;SAR=24;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125748;STB=0.560702;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00246408;OID=.;OPOS=37800789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:81:82:55:56:0.405797:24:31:36:45:25:31:37:45 chr6 38110010 . G A 927.92 PASS AF=0.363636;AO=112;DP=309;FAO=112;FDP=308;FR=.;FRO=196;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=92;FSRR=104;FWDB=-0.00277536;FXX=0.00323614;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.005;QD=12.0509;RBI=0.0038447;REFB=-0.0140789;REVB=0.00266066;RO=196;SAF=56;SAR=56;SRF=92;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344138;STB=0.519477;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0227953;OID=.;OPOS=38110010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:308:196:196:112:112:0.363636:56:56:92:104:56:56:92:104 chr6 38120660 . C T 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=37;FWDB=0.0291588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.011;QD=9.19077;RBI=0.0332891;REFB=-0.00648172;REVB=-0.0160601;RO=42;SAF=3;SAR=17;SRF=5;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746135;STB=0.512036;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0157569;OID=.;OPOS=38120660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:44:20:20:0.3125:17:3:5:37:17:3:7:37 chr6 38121211 . A G 247.38 PASS AF=0.300885;AO=34;DP=113;FAO=34;FDP=113;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0105877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.507;QD=8.75687;RBI=0.0129097;REFB=-0.00673726;REVB=-0.00738648;RO=78;SAF=17;SAR=17;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304357;STB=0.522111;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0138737;OID=.;OPOS=38121211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:78:79:34:34:0.300885:17:17:41:37:17:17:42:37 chr6 38750888 . A G 2083.82 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.111;QD=62.6713;RBI=0.00964707;REFB=0;REVB=-0.00645119;RO=0;SAF=55;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.64569e-06;OID=.;OPOS=38750888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:78:55:0:0:78:55:0:0 chr6 38773293 . G A 1248.42 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0523661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.774;QD=60.1647;RBI=0.0809982;REFB=-0.0353611;REVB=-0.061794;RO=1;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902111;STB=0.504761;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00272742;OID=.;OPOS=38773293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:52:30:0:1:52:30:0:1 chr6 38781866 . C G 900.33 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5285;QD=58.0858;RBI=0.0153926;REFB=0;REVB=0.0125786;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237457;OID=.;OPOS=38781866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:28:34:0:0 chr6 38800209 . T C 381.6 PASS AF=0.412371;AO=24;DP=98;FAO=40;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0898264;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2769;QD=15.7362;RBI=0.0950012;REFB=-0.0510252;REVB=-0.0309263;RO=28;SAF=19;SAR=5;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853146;STB=0.566977;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0712943;OID=.;OPOS=38800209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:28:57:24:40:0.412371:5:19:22:6:20:20:22:35 chr6 38825329 . C T 501.28 PASS AF=0.461538;AO=53;DP=115;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0357423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2383;QD=17.1377;RBI=0.053257;REFB=-0.0268762;REVB=-0.0394817;RO=61;SAF=22;SAR=31;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590024;STB=0.527438;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0424511;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:61:63:53:54:0.461538:31:22:29:32:31:23:30:33 chr6 38841101 . G A 165.99 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0341337;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.009;QD=11.4474;RBI=0.0343396;REFB=-0.00181195;REVB=-0.00375481;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138884;STB=0.580357;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00348945;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:37:37:21:21:0.362069:11:10:13:24:11:10:13:24 chr6 38843426 . C T 1040.11 PASS AF=0.415162;AO=114;DP=275;FAO=115;FDP=277;FR=.;FRO=162;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=77;FSRR=85;FWDB=-0.0250131;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2055;QD=15.0196;RBI=0.0275197;REFB=-0.011188;REVB=-0.0114751;RO=161;SAF=46;SAR=68;SRF=76;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733854;STB=0.53971;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0117327;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:277:161:162:114:115:0.415162:68:46:76:85:68:47:77:85 chr6 38951998 . C T 183.56 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0159352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.302;QD=9.92234;RBI=0.039485;REFB=-0.00528032;REVB=-0.0361267;RO=48;SAF=11;SAR=13;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118298;STB=0.568329;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0124825;OID=.;OPOS=38951998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:48:50:24:24:0.324324:13:11:27:21:13:11:28:22 chr6 39033602 . A G 1903.63 PASS AF=0.962121;AO=126;DP=131;FAO=127;FDP=132;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0175602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.453;QD=57.6858;RBI=0.0263781;REFB=-0.0104406;REVB=0.0196836;RO=5;SAF=46;SAR=80;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182552;STB=0.509293;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000325533;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:131:132:5:5:126:127:0.962121:80:46:3:2:80:47:3:2 chr6 39041502 . A C 840.97 PASS AF=0.386179;AO=94;DP=246;FAO=95;FDP=246;FR=.;FRO=151;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=68;FSRR=83;FWDB=-0.0110413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.145;QD=13.6742;RBI=0.014869;REFB=-0.0192172;REVB=-0.00995876;RO=150;SAF=48;SAR=46;SRF=67;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697582;STB=0.533691;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0282466;OID=.;OPOS=39041502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:150:151:94:95:0.386179:46:48:67:83:47:48:68:83 chr6 39282036 . T C 1523.17 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00657575;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1644;QD=63.4656;RBI=0.0144887;REFB=0;REVB=0.0129105;RO=0;SAF=58;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606401;OID=.;OPOS=39282036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:37:58:0:0:38:58:0:0 chr6 39282806 . G T 523.23 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580444;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.956;QD=59.7977;RBI=0.0204052;REFB=0;REVB=0.0195622;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14627e-05;OID=.;OPOS=39282806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr6 39283083 . G A 2241.48 PASS AF=1;AO=138;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357249;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5924;QD=63.1403;RBI=0.0457644;REFB=0;REVB=-0.0286026;RO=0;SAF=54;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484333;OID=.;OPOS=39283083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:138:142:1:84:54:0:0:85:57:0:0 chr6 39284050 . G T 2862.99 PASS AF=0.983696;AO=175;DP=182;FAO=181;FDP=184;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129607;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.671;QD=62.2389;RBI=0.0412867;REFB=0;REVB=0.0391996;RO=0;SAF=45;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125715;OID=.;OPOS=39284050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:182:184:0:0:175:181:0.983696:130:45:0:0:134:47:0:0 chr6 39284184 . A G 7548.8 PASS AF=1;AO=470;DP=471;FAO=477;FDP=477;FR=.;FRO=0;FSAF=232;FSAR=245;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106468;FXX=0.00209201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.324;QD=63.3023;RBI=0.0333396;REFB=0;REVB=0.0315939;RO=0;SAF=228;SAR=242;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00998e-05;OID=.;OPOS=39284184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:471:477:0:0:470:477:1:242:228:0:0:245:232:0:0 chr6 39325078 . A G 1171.26 PASS AF=0.382682;AO=137;DP=358;FAO=137;FDP=358;FR=.;FRO=221;FSAF=66;FSAR=71;FSRF=96;FSRR=125;FWDB=-0.000733784;FXX=0.0055554;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.909;QD=13.0867;RBI=0.00563543;REFB=-0.00841769;REVB=-0.00558745;RO=220;SAF=66;SAR=71;SRF=95;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549649;STB=0.529335;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0121628;OID=.;OPOS=39325078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:358:220:221:137:137:0.382682:71:66:95:125:71:66:96:125 chr6 39585500 . T C 268.99 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00063446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.983;QD=16.8119;RBI=0.0155067;REFB=-0.0100619;REVB=0.0154937;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401565;STB=0.522565;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00933769;OID=.;OPOS=39585500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:12:18:19:15:12:18:19:15 chr6 39851818 . G A 1579.54 PASS AF=1;AO=77;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.279;QD=60.1729;RBI=0.0536989;REFB=0;REVB=0.00118958;RO=0;SAF=21;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025093;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:77:105:1:56:21:0:0:56:49:0:0 chr6 39865047 . T C 804.93 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.514;QD=64.3942;RBI=0.0743347;REFB=0;REVB=0.0737462;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327236;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr6 41102353 . C T 480.17 PASS AF=0.485714;AO=50;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0569077;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2613;QD=18.2921;RBI=0.0737172;REFB=0.014303;REVB=-0.0468586;RO=53;SAF=23;SAR=27;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284483;STB=0.515146;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.013038;OID=.;OPOS=41102353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:54:50:51:0.485714:27:23:26:27:27:24:27:27 chr6 41162518 . T C 1425.53 PASS AF=0.547325;AO=133;DP=243;FAO=133;FDP=243;FR=.;FRO=110;FSAF=56;FSAR=77;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=0.0145409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.653;QD=23.4654;RBI=0.0216759;REFB=-0.00173998;REVB=0.016075;RO=110;SAF=56;SAR=77;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513178;STB=0.527957;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00139221;OID=.;OPOS=41162518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:110:110:133:133:0.547325:77:56:53:57:77:56:53:57 chr6 41165899 . G A 706.29 PASS AF=0.46875;AO=71;DP=160;FAO=75;FDP=160;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.00789235;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.149;QD=17.6571;RBI=0.0173717;REFB=0.0120437;REVB=0.0154753;RO=83;SAF=32;SAR=39;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305072;STB=0.502092;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0115584;OID=.;OPOS=41165899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:83:85:71:75:0.46875:39:32:40:43:40:35:40:45 chr6 41196156 . C T 1549.05 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.943;QD=63.8785;RBI=0.0499489;REFB=0;REVB=0.0499157;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57404e-05;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:43:53:0:0:44:53:0:0 chr6 41196492 . C A 456.19 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=130;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.00290081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.928;QD=13.9296;RBI=0.0707042;REFB=-0.0108827;REVB=-0.0706447;RO=78;SAF=27;SAR=25;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340575;STB=0.523032;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0157498;OID=.;OPOS=41196492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:78:79:52:52:0.396947:25:27:38:40:25:27:38:41 chr6 41196605 . T C 1635.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.331;QD=60.0154;RBI=0.0368838;REFB=0;REVB=-0.0128471;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73659e-05;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:59:49:0:0:59:50:0:0 chr6 41196727 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.722;QD=62.9827;RBI=0.0414843;REFB=0;REVB=0.013076;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129102;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr6 41197785 . T C 1755.95 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0231584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.904;QD=59.0234;RBI=0.0598632;REFB=-0.100345;REVB=0.0552023;RO=0;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000326154;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:0:2:117:117:0.983193:56:61:0:0:56:61:0:2 chr6 41197857 . C T 1607.8 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0716316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.448;QD=59.0019;RBI=0.0748219;REFB=-0.131763;REVB=0.0216156;RO=1;SAF=60;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784589;STB=0.504131;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000497912;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:48:60:1:0:48:60:1:0 chr6 41270223 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3519;QD=57.5442;RBI=0.0318906;REFB=0;REVB=-0.0286651;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252252;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr6 41303592 . T C 789.03 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234052;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.34;QD=64.4109;RBI=0.0267204;REFB=0;REVB=0.0128911;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1895e-05;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr6 41309552 . T C 1299.72 PASS AF=0.977273;AO=81;DP=82;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0159403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.139;QD=59.0784;RBI=0.0159682;REFB=-0.071295;REVB=-0.000943173;RO=1;SAF=46;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101833;STB=0.509802;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00126833;OID=.;OPOS=41309552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:88:1:2:81:86:0.977273:35:46:1:0:36:50:2:0 chr6 41318438 . A G 1589.56 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.399;QD=59.9836;RBI=0.0272481;REFB=0;REVB=-0.00170319;RO=0;SAF=40;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08581e-05;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:66:40:0:0:66:40:0:0 chr6 41621618 . A G 1171.43 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.46;QD=60.8536;RBI=0.0154479;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=77;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49357e-05;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:0:77:0:0:0:77:0:0 chr6 41621625 . G A 1045.84 PASS AF=0.91358;AO=74;DP=81;FAO=74;FDP=81;FR=.;FRO=7;FSAF=74;FSAR=0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0226626;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.024;QD=51.6466;RBI=0.0226626;REFB=0.0451405;REVB=0;RO=7;SAF=74;SAR=0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164418;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:81:81:7:7:74:74:0.91358:0:74:7:0:0:74:7:0 chr6 41652514 . C T 157.9 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.00301204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.565;QD=12.1463;RBI=0.00596364;REFB=-0.00759616;REVB=-0.00514709;RO=33;SAF=6;SAR=13;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45546;STB=0.761567;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0216623;OID=.;OPOS=41652514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:13:6:25:8:13:6:25:8 chr6 41652604 . T C 67.89 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0150401;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0843;QD=12.3442;RBI=0.0440127;REFB=-0.000446989;REVB=0.0413632;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484318;STB=0.782205;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00157354;OID=.;OPOS=41652604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:12:13:9:9:0.409091:4:5:12:0:4:5:13:0 chr6 41721634 . A T 841.13 PASS AF=0.460317;AO=86;DP=189;FAO=87;FDP=189;FR=.;FRO=102;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=0.00389833;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8288;QD=17.8017;RBI=0.0039217;REFB=0.026091;REVB=-0.000427474;RO=102;SAF=50;SAR=36;SRF=60;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00688491;STB=0.501128;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0243362;OID=.;OPOS=41721634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:102:102:86:87:0.460317:36:50:60:42:36:51:60:42 chr6 41721682 . G GT 650.22 PASS AF=0.485577;AO=100;DP=213;FAO=101;FDP=208;FR=.;FRO=107;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=65;FSRR=42;FWDB=-0.0325953;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.7636;QD=12.5042;RBI=0.0381055;REFB=0.0277477;REVB=-0.0197376;RO=111;SAF=54;SAR=46;SRF=66;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526428;STB=0.532812;STBP=0.369;TYPE=ins;VARB=-0.0304419;OID=.;OPOS=41721683;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485577:100:213:101:208:107:55:46:65:42:99:111:54:46:66:45 chr6 41753084 . C T 943.68 PASS AF=0.446903;AO=94;DP=218;FAO=101;FDP=226;FR=.;FRO=125;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=55;FSRR=70;FWDB=0.00182737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.452;QD=16.7023;RBI=0.0274208;REFB=-0.0327668;REVB=0.0273598;RO=123;SAF=39;SAR=55;SRF=55;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335872;STB=0.519383;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0324274;OID=.;OPOS=41753084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:226:123:125:94:101:0.446903:55:39:55:68:60:41:55:70 chr6 41754573 . C CCTT,T 325.26 PASS AF=0.956522,0;AO=22,2;DP=44;FAO=22,0;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8,0;FSAR=14,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00655886,0.0114942;FXX=0.410151;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=152.935,41.2895;QD=56.5664;RBI=0.0183301,0.082319;REFB=-0.123257,0.0892802;REVB=0.0171165,0.0815126;RO=20;SAF=8,2;SAR=14,0;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0125498,0.58092;STB=0.529385,0.5;STBP=0.28,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00712128,0;OID=.,.;OPOS=41754574,41754573;OREF=-,C;OALT=CTT,T;OMAPALT=CCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:23:20:1:22,2:22,0:0.956522,0:14,0:8,2:7:13:14,0:8,0:1:0 chr6 41754576 . C T 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0792112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.25;QD=12.2759;RBI=0.0795629;REFB=-0.0130786;REVB=-0.00747173;RO=32;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223477;STB=0.633068;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0155204;OID=.;OPOS=41754576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:13:4:13:19:13:4:13:19 chr6 41773576 . G C 351.17 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=23;FWDB=-0.00293603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.579;QD=23.4113;RBI=0.0191;REFB=-0.000555349;REVB=0.018873;RO=24;SAF=6;SAR=29;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126241;STB=0.573492;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.000598704;OID=.;OPOS=41773576;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:25:35:35:0.583333:29:6:2:22:29:6:2:23 chr6 41800629 . T C 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00603275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.92;QD=12.7896;RBI=0.0145609;REFB=-0.00346772;REVB=0.0132524;RO=45;SAF=21;SAR=7;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238015;STB=0.63769;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00653186;OID=.;OPOS=41800629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:7:21:25:20:7:21:25:20 chr6 41889409 . C A 617.56 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.00939576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.749;QD=16.0405;RBI=0.0110218;REFB=-0.0242206;REVB=0.00576194;RO=85;SAF=40;SAR=28;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120768;STB=0.503936;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0303057;OID=.;OPOS=41889409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:85:86:68:68:0.441558:28:40:49:36:28:40:50:36 chr6 41903782 . A C 963.75 PASS AF=0.764151;AO=80;DP=106;FAO=81;FDP=106;FR=.;FRO=25;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0200964;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.021;QD=36.3681;RBI=0.0215797;REFB=-0.0120208;REVB=-0.00786247;RO=23;SAF=35;SAR=45;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538172;STB=0.53047;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0032197;OID=.;OPOS=41903782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:23:25:80:81:0.764151:45:35:13:10:46:35:14:11 chr6 42044945 . G A 2102.68 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4194;QD=62.7666;RBI=0.0220598;REFB=0;REVB=-0.013034;RO=0;SAF=57;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2876e-06;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:77:57:0:0:77:57:0:0 chr6 42123317 . A C 5493.8 PASS AF=1;AO=342;DP=342;FAO=345;FDP=345;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.329;QD=63.6962;RBI=0.015192;REFB=0;REVB=0.00921754;RO=0;SAF=172;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315078;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:342:345:0:0:342:345:1:170:172:0:0:171:174:0:0 chr6 42162388 . A G 3912.27 PASS AF=1;AO=244;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287604;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.757;QD=63.6141;RBI=0.029516;REFB=-0.0366916;REVB=0.00663571;RO=0;SAF=128;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.71315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101866;OID=.;OPOS=42162388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:247:246:0:0:244:246:1:116:128:0:0:117:129:0:0 chr6 42185564 . A C 1891.68 PASS AF=0.482587;AO=190;DP=404;FAO=194;FDP=402;FR=.;FRO=208;FSAF=101;FSAR=93;FSRF=96;FSRR=112;FWDB=0.00526015;FXX=0.0147055;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.093;QD=18.8227;RBI=0.0238341;REFB=-0.0134443;REVB=-0.0232464;RO=210;SAF=99;SAR=91;SRF=98;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051884;STB=0.530541;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0120779;OID=.;OPOS=42185564;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:402:210:208:190:194:0.482587:91:99:98:112:93:101:96:112 chr6 42236228 . C CG 51.81 PASS AF=0.122905;AO=33;DP=182;FAO=22;FDP=179;FR=.;FRO=157;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=68;FSRR=89;FWDB=-0.00996443;FXX=0.0110491;HRUN=0;LEN=1;MLLD=129.209;QD=1.15786;RBI=0.0128809;REFB=-0.00371915;REVB=-0.00816264;RO=144;SAF=7;SAR=26;SRF=68;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360332;STB=0.607023;STBP=0.332;TYPE=ins;VARB=0.179866;OID=.;OPOS=42236229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.122905:33:182:22:179:157:7:15:68:89:51:144:7:26:68:76 chr6 42600319 . A G 2146.53 PASS AF=0.960784;AO=147;DP=153;FAO=147;FDP=153;FR=.;FRO=6;FSAF=61;FSAR=86;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0163633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.389;QD=56.1186;RBI=0.0206313;REFB=-0.131261;REVB=-0.0125656;RO=6;SAF=61;SAR=86;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651521;STB=0.50343;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00240945;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:153:153:6:6:147:147:0.960784:86:61:3:3:86:61:3:3 chr6 42666061 . T C 2419.07 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0904;QD=61.2423;RBI=0.0901062;REFB=0;REVB=0.0871614;RO=0;SAF=84;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44084e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190665;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:157:158:1:73:84:0:0:74:84:0:0 chr6 42666145 . C T 2786.39 PASS AF=0.978378;AO=181;DP=185;FAO=181;FDP=185;FR=.;FRO=4;FSAF=83;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0334263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1653;QD=60.2463;RBI=0.0618783;REFB=-0.107639;REVB=0.0520731;RO=4;SAF=83;SAR=98;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00864764;STB=0.504544;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0166147;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:185:185:4:4:181:181:0.978378:98:83:1:3:98:83:1:3 chr6 42666164 . G C 2406.93 PASS AF=0.953216;AO=160;DP=168;FAO=163;FDP=171;FR=.;FRO=8;FSAF=74;FSAR=89;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0392222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.69;QD=56.3024;RBI=0.0508721;REFB=-0.0143314;REVB=0.0323974;RO=8;SAF=74;SAR=86;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487054;STB=0.525638;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000790257;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:168:171:8:8:160:163:0.953216:86:74:8:0:89:74:8:0 chr6 42689755 . A G 2202.53 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136291;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4286;QD=63.382;RBI=0.0138639;REFB=0;REVB=-0.00254053;RO=0;SAF=65;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000894132;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:74:65:0:0:74:65:0:0 chr6 42713618 . A G 3368.49 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641619;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.116;QD=62.3794;RBI=0.0277006;REFB=0;REVB=0.0269473;RO=0;SAF=113;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52555e-05;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:0:0:215:216:1:102:113:0:0:103:113:0:0 chr6 42932200 . G T 917.02 PASS AF=0.355556;AO=111;DP=314;FAO=112;FDP=315;FR=.;FRO=203;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=72;FSRR=131;FWDB=0.0353101;FXX=0.00630895;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3605;QD=11.6447;RBI=0.055841;REFB=-0.00710456;REVB=-0.0432598;RO=203;SAF=44;SAR=67;SRF=73;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442771;STB=0.531966;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0131014;OID=.;OPOS=42932200;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:315:203:203:111:112:0.355556:67:44:73:130:67:45:72:131 chr6 42932202 . C T 893.55 PASS AF=0.352564;AO=108;DP=310;FAO=110;FDP=312;FR=.;FRO=202;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=72;FSRR=130;FWDB=0.00461847;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.144;QD=11.4558;RBI=0.00703476;REFB=-0.0107048;REVB=-0.00530637;RO=200;SAF=42;SAR=66;SRF=72;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350551;STB=0.529724;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0222411;OID=.;OPOS=42932202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:312:200:202:108:110:0.352564:66:42:72:128:66:44:72:130 chr6 42942779 . A G 387.74 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00633943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.797;QD=15.9893;RBI=0.00668062;REFB=-0.00816142;REVB=0.00210767;RO=55;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00951768;STB=0.500505;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0120092;OID=.;OPOS=42942779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:22:19:26:29:22:19:26:30 chr6 42989057 . T C 1356.19 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0893614;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.351;QD=60.9525;RBI=0.095705;REFB=0.0681696;REVB=0.0342635;RO=1;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885804;STB=0.504672;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=1.05027e-05;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:89:1:1:88:88:0.988764:53:35:0:1:53:35:0:1 chr6 43014298 . TT CC 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190063;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.829;QD=58.5878;RBI=0.0653421;REFB=0;REVB=0.0625168;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000239667;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr6 43030628 . T TG 30.05 PASS AF=0.25;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0207199;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.9632;QD=2.73216;RBI=0.217835;REFB=-0.0342836;REVB=-0.216847;RO=31;SAF=1;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638912;STB=0.892092;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0108561;OID=.;OPOS=43030629;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:11:45:11:44:33:1:10:19:14:30:31:1:10:19:12 chr6 43034266 . G A 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00851298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.318;QD=19.6971;RBI=0.01392;REFB=-0.0103574;REVB=-0.0110134;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102867;STB=0.557981;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00925986;OID=.;OPOS=43034266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:14:8:10:11:14:8 chr6 43039372 . G A 34.21 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.073637;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.4851;QD=3.04074;RBI=0.101474;REFB=-0.0296946;REVB=-0.0698183;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910079;STB=0.692333;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.131227;OID=.;OPOS=43039372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:44:45:28:39:6:6:0.133333:1:5:22:6:1:5:26:13 chr6 43148987 . G C 1453.72 PASS AF=0.520147;AO=142;DP=275;FAO=142;FDP=273;FR=.;FRO=131;FSAF=64;FSAR=78;FSRF=58;FSRR=73;FWDB=-0.010931;FXX=0.00727246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.257;QD=21.3;RBI=0.029537;REFB=-0.0264476;REVB=0.0274399;RO=130;SAF=64;SAR=78;SRF=57;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108273;STB=0.503858;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0260928;OID=.;OPOS=43148987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:273:130:131:142:142:0.520147:78:64:57:73:78:64:58:73 chr6 43152573 . A G 257.14 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0165634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.631;QD=23.3764;RBI=0.0520093;REFB=0.00558236;REVB=-0.0493013;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299524;STB=0.666532;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0047107;OID=.;OPOS=43152573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:9:15:5:15:9:15:5:15 chr6 43154091 . C G 1462.02 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00107858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.619;QD=56.2314;RBI=0.00778358;REFB=-0.0357111;REVB=0.00770849;RO=2;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155504;STB=0.502173;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=5.38228e-06;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:2:3:101:101:0.971154:60:41:0:2:60:41:1:2 chr6 43184132 . A C 414.49 PASS AF=0.446602;AO=44;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00545841;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.639;QD=16.0965;RBI=0.022664;REFB=-0.0150096;REVB=0.0219969;RO=58;SAF=18;SAR=26;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932417;STB=0.543916;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0188813;OID=.;OPOS=43184132;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:57:44:46:0.446602:26:18:29:29:27:19:28:29 chr6 43196909 . CG CC,C 61.7 PASS AF=0.384615,0.307692;AO=3,4;DP=11;FAO=5,4;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1,2;FSAR=4,2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0380342,0.0917292;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=20.3261,12.4193;QD=18.984;RBI=0.16409,0.164934;REFB=-0.0787689,-0.0430656;REVB=0.159622,-0.137072;RO=4;SAF=1,2;SAR=2,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.348651,-0.201109;STB=0.760793,0.624412;STBP=0.154,0.615;TYPE=snp,del;VARB=0.10025,-0.117861;OID=.,.;OPOS=43196910,43196910;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.384615,0.307692:3,4:11:5,4:13:4:1,2:4,2:3:1:25:4:1,2:2,2:3:1 chr6 43230970 . G C 268.53 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.0285138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.641;QD=11.6751;RBI=0.0330871;REFB=0.0317138;REVB=0.0167845;RO=60;SAF=6;SAR=26;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201008;STB=0.617789;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0594803;OID=.;OPOS=43230970;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:26:6:19:41:26:6:19:41 chr6 43251912 . A G 258.4 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.04668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1198;QD=16.4064;RBI=0.0760482;REFB=0.0115046;REVB=-0.0600359;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157106;STB=0.588176;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0219275;OID=.;OPOS=43251912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:14:15:12:22:14:15:12:22 chr6 43270097 . T C 2274.17 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4598;QD=63.6132;RBI=0.0327492;REFB=0;REVB=0.00954506;RO=0;SAF=74;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91262e-05;OID=.;OPOS=43270097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:69:74:0:0:69:74:0:0 chr6 43270151 . C T 475.33 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0230133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.937;QD=15.09;RBI=0.0276473;REFB=-0.0180507;REVB=0.015322;RO=73;SAF=25;SAR=28;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644639;STB=0.536192;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0245138;OID=.;OPOS=43270151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:73:73:53:53:0.420635:28:25:39:34:28:25:39:34 chr6 43273604 . A G 940.52 PASS AF=0.595745;AO=84;DP=141;FAO=84;FDP=141;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00226746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.424;QD=26.6813;RBI=0.0108892;REFB=-0.018533;REVB=0.0106505;RO=57;SAF=33;SAR=51;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10158;STB=0.555197;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0153047;OID=.;OPOS=43273604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:57:57:84:84:0.595745:51:33:30:27:51:33:30:27 chr6 43306346 . A G 2202.8 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464141;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.746;QD=63.3901;RBI=0.0361368;REFB=0;REVB=0.0358374;RO=0;SAF=67;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52145e-05;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:139:139:1:72:67:0:0:72:67:0:0 chr6 43336771 . C T 34.84 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206286;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=287.253;QD=23.2234;RBI=0.026253;REFB=-0.054321;REVB=0.0162383;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00102418;OID=.;OPOS=43336771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr6 43488144 . A G 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00319396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.315;QD=11.5908;RBI=0.0273759;REFB=-0.0159632;REVB=-0.0271889;RO=43;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983002;STB=0.564654;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0269302;OID=.;OPOS=43488144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:44:25:25:0.362319:10:15:22:21:10:15:22:22 chr6 43492578 . G A 1044.21 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685469;FXX=0.0666578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.217;QD=59.669;RBI=0.00692626;REFB=0;REVB=0.000993118;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054426;OID=.;OPOS=43492578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:28:39:0:0:30:40:0:0 chr6 44081718 . G A 2864.71 PASS AF=0.994737;AO=161;DP=184;FAO=189;FDP=190;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=100;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176839;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7816;QD=60.3096;RBI=0.216385;REFB=0;REVB=0.215662;RO=1;SAF=99;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761251;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265292;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:184:190:1:0:161:189:0.994737:62:99:0:1:89:100:0:0 chr6 44108155 . T TC 38.21 PASS AF=0.2125;AO=24;DP=87;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=-0.118775;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=30.8469;QD=1.91071;RBI=0.167597;REFB=-0.0151576;REVB=-0.118242;RO=61;SAF=4;SAR=20;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287317;STB=0.841565;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.0762722;OID=.;OPOS=44108156;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2125:24:87:17:80:63:1:16:19:44:38:61:4:20:21:40 chr6 44115169 . G A 563.2 PASS AF=0.434783;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0284718;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.704;QD=16.3245;RBI=0.0402159;REFB=0.000202172;REVB=0.028402;RO=78;SAF=20;SAR=40;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137876;STB=0.577293;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.000265685;OID=.;OPOS=44115169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:78:78:60:60:0.434783:40:20:36:42:40:20:36:42 chr6 44117607 . C T 168.38 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.00605431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.493;QD=12.9522;RBI=0.0179675;REFB=-0.00116832;REVB=0.0169168;RO=32;SAF=1;SAR=19;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452239;STB=0.775129;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00198284;OID=.;OPOS=44117607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:19:1:7:25:19:1:7:25 chr6 44117664 . C T 223.88 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0077919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.193;QD=18.2755;RBI=0.0287789;REFB=-0.0274355;REVB=0.027704;RO=25;SAF=4;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230508;STB=0.655019;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0257943;OID=.;OPOS=44117664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:26:22:23:0.469388:18:4:9:16:19:4:10:16 chr6 44119676 . A G 553.93 PASS AF=0.533333;AO=57;DP=106;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00965201;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8114;QD=21.1019;RBI=0.0619734;REFB=-0.0177124;REVB=-0.0612172;RO=39;SAF=29;SAR=28;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924109;STB=0.503574;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0141974;OID=.;OPOS=44119676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:39:49:57:56:0.533333:28:29:15:24:27:29:25:24 chr6 44137663 . A G 425.21 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0233932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.296;QD=15.3229;RBI=0.0289079;REFB=-0.0028485;REVB=0.0169831;RO=62;SAF=24;SAR=24;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00377658;OID=.;OPOS=44137663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:63:48:48:0.432432:24:24:31:31:24:24:31:32 chr6 44145063 . T C 1039.09 PASS AF=0.540984;AO=99;DP=183;FAO=99;FDP=183;FR=.;FRO=84;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0450453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9323;QD=22.7122;RBI=0.0500756;REFB=-0.00327467;REVB=-0.0218742;RO=81;SAF=52;SAR=47;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464276;STB=0.500664;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00432091;OID=.;OPOS=44145063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:81:84:99:99:0.540984:47:52:43:38:47:52:44:40 chr6 44218120 . A G 37.43 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0168731;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.89;QD=8.80759;RBI=0.0378601;REFB=-0.0160301;REVB=0.0338923;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597745;STB=0.847941;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0563703;OID=.;OPOS=44218120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:5:1:8:2:5:1:8:3 chr6 44223010 . G T 400.24 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00522898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.759;QD=15.851;RBI=0.0116391;REFB=-0.0114828;REVB=0.0103984;RO=57;SAF=21;SAR=23;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00361567;STB=0.502029;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0138542;OID=.;OPOS=44223010;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:23:21:27:30:23:21:27:30 chr6 44232772 . CGCCCCCA CGCCCCA,CGCCCCAC,GCGCCCCA 404.82 PASS AF=0.669173,0,0.120301;AO=56,5,17;DP=142;FAO=89,0,16;FDP=133;FR=.;FRO=28;FSAF=46,0,16;FSAR=43,0,0;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.142149,-0.144306,-0.119044;FXX=0.0699252;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,3;MLLD=6.89364,15.7106,17.3156;QD=12.1749;RBI=0.236971,0.224515,0.147069;REFB=-0.145684,-0.0467115,-0.0817055;REVB=0.189602,0.171997,0.0863582;RO=37;SAF=26,4,17;SAR=30,1,0;SRF=8;SRR=29;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.18547,0.605694,0.849445;STB=0.563647,0.5,0.999347;STBP=0.022,1,0;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.165126,0,0.0531228;OID=.,.,.;OPOS=44232774,44232778,44232772;OREF=C,CA,CGC;OALT=-,AC,GCG;OMAPALT=CGCCCCA,CGCCCCAC,GCGCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:142:133:37:28:56,5,17:89,0,16:0.669173,0,0.120301:30,1,0:26,4,17:8:29:43,0,0:46,0,16:7:21 chr6 44243559 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.573;QD=49.5984;RBI=0.136681;REFB=0;REVB=0.0359459;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000949849;OID=.;OPOS=44243559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr6 44247951 . T G 2440.16 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.494;QD=60.625;RBI=0.0234785;REFB=-0.145226;REVB=-0.00315412;RO=0;SAF=71;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37756e-08;STB=0.503496;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000165036;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:0:1:159:160:0.993789:88:71:0:0:89:71:1:0 chr6 44250165 . A G 1568.44 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316407;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.438;QD=60.3245;RBI=0.0348133;REFB=0;REVB=-0.01452;RO=0;SAF=63;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28431e-05;OID=.;OPOS=44250165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:104:0:0:104:104:1:41:63:0:0:41:63:0:0 chr6 44253749 . A G 1193.83 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414696;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7298;QD=61.2222;RBI=0.0648518;REFB=0;REVB=-0.04986;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116676;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:41:36:0:0:42:36:0:0 chr6 44255459 . G A 4381.39 PASS AF=0.97;AO=290;DP=303;FAO=291;FDP=300;FR=.;FRO=9;FSAF=116;FSAR=175;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0194079;FXX=0.0228006;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.526;QD=58.4185;RBI=0.0317228;REFB=-0.0892734;REVB=0.0250932;RO=9;SAF=116;SAR=174;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00265362;STB=0.501433;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00100396;OID=.;OPOS=44255459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:303:300:9:9:290:291:0.97:174:116:4:5:175:116:4:5 chr6 44268135 . C T 2516.09 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.93;QD=61.368;RBI=0.0297307;REFB=0;REVB=-0.0147391;RO=0;SAF=86;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28022e-05;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:162:164:1:76:86:0:0:77:87:0:0 chr6 44268371 . T C 2704.99 PASS AF=0.988701;AO=175;DP=178;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0731596;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.869;QD=61.1297;RBI=0.10474;REFB=-0.0729406;REVB=0.0749539;RO=1;SAF=78;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488236;STB=0.505101;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00075754;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:178:177:1:2:175:175:0.988701:97:78:0:1:97:78:0:2 chr6 44269192 . TC T,TT 745.55 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=10,43;DP=53;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030014,0.0273553;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=245.178,251.348;QD=56.2681;RBI=0.0587886,0.0535277;REFB=0,0;REVB=0.0505495,0.0460098;RO=0;SAF=4,22;SAR=6,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0433485,0.00122517;OID=.,.;OPOS=44269193,44269193;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0188679,0.981132:10,43:53:1,52:53:0:0,26:1,26:0:0:7:0:4,22:6,21:0:0 chr6 44275011 . T C 2277.38 PASS AF=1;AO=148;DP=151;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273194;FXX=0.0261421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.677;QD=61.1376;RBI=0.0277705;REFB=0;REVB=-0.004985;RO=0;SAF=55;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73376e-06;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:149:0:0:148:149:1:93:55:0:0:93:56:0:0 chr6 44310854 . G A 2218.42 PASS AF=0.986014;AO=139;DP=147;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00683584;FXX=0.027209;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.73;QD=62.0537;RBI=0.0466921;REFB=-0.0323738;REVB=0.046189;RO=2;SAF=72;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000485663;STB=0.500149;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000517153;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:147:143:2:2:139:141:0.986014:67:72:1:1:69:72:1:1 chr6 44320548 . T A 2239.55 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257801;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0533;QD=63.5334;RBI=0.0454277;REFB=0;REVB=0.0453545;RO=0;SAF=64;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157651;OID=.;OPOS=44320548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:140:141:1:76:64:0:0:77:64:0:0 chr6 44336151 . C T 143.94 PASS AF=0.218182;AO=23;DP=109;FAO=24;FDP=110;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=0.109962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5621;QD=5.2341;RBI=0.110216;REFB=0.0162413;REVB=-0.00747946;RO=86;SAF=5;SAR=18;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248393;STB=0.622231;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0541514;OID=.;OPOS=44336151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:86:86:23:24:0.218182:18:5:33:53:18:6:33:53 chr6 44371714 . C T 1591.07 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247414;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.212;QD=64.2857;RBI=0.0293742;REFB=0;REVB=-0.0158337;RO=0;SAF=37;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.74967e-05;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:61:37:0:0:62:37:0:0 chr6 44403438 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.764;QD=61.684;RBI=0.0301319;REFB=0;REVB=-0.027992;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95838e-05;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr6 44413463 . T A 2374.12 PASS AF=0.892473;AO=164;DP=192;FAO=166;FDP=186;FR=.;FRO=20;FSAF=85;FSAR=81;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00228316;FXX=0.0362676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.769;QD=51.0563;RBI=0.0247437;REFB=0.0152713;REVB=0.0246382;RO=20;SAF=84;SAR=80;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436628;STB=0.522786;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00130622;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:192:186:20:20:164:166:0.892473:80:84:6:14:81:85:6:14 chr6 44413464 . G A 72.8 PASS AF=0.100503;AO=20;DP=198;FAO=20;FDP=199;FR=.;FRO=179;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=89;FSRR=90;FWDB=-0.0113266;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.5956;QD=1.46329;RBI=0.0261856;REFB=-0.0147638;REVB=0.0236091;RO=178;SAF=6;SAR=14;SRF=88;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237834;STB=0.728448;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0199193;OID=.;OPOS=44413464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:198:199:178:179:20:20:0.100503:14:6:88:90:15:5:89:90 chr6 44982593 . G A 332.99 PASS AF=0.389474;AO=36;DP=94;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0286212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7123;QD=14.0205;RBI=0.0287312;REFB=0.0195351;REVB=-0.00251222;RO=56;SAF=15;SAR=21;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664263;STB=0.516618;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.0367155;OID=.;OPOS=44982593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:56:58:36:37:0.389474:21:15:20:36:22:15:22:36 chr6 46107752 . C G 324.76 PASS AF=0.377551;AO=36;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00650316;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5328;QD=13.2555;RBI=0.0517078;REFB=-0.0180145;REVB=0.0512973;RO=59;SAF=20;SAR=16;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330184;STB=0.509972;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0423535;OID=.;OPOS=46107752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:61:36:37:0.377551:16:20:31:28:17:20:32:29 chr6 46128688 . G C 374.41 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.00285307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.243;QD=15.6003;RBI=0.0127184;REFB=0.00206566;REVB=-0.0123942;RO=56;SAF=19;SAR=21;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191046;STB=0.607386;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00389474;OID=.;OPOS=46128688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:21:19:37:19:21:19:37:19 chr6 46128745 . C T 311.77 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0425712;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9654;QD=16.4092;RBI=0.102845;REFB=-0.017345;REVB=-0.09362;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233865;STB=0.51315;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0176378;OID=.;OPOS=46128745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:42:42:34:34:0.447368:17:17:22:20:17:17:22:20 chr6 46129345 . G A 367.86 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00605657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.649;QD=13.8813;RBI=0.0268343;REFB=-0.00928822;REVB=0.0261418;RO=63;SAF=20;SAR=23;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450604;STB=0.525471;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0135476;OID=.;OPOS=46129345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:23:20:32:31:23:20:32:31 chr6 46135489 . T C 84.78 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00496249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.989;QD=10.9393;RBI=0.0119135;REFB=-0.00995083;REVB=-0.0108307;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416209;STB=0.524954;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0156116;OID=.;OPOS=46135489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:12:8:4:7:12:8 chr6 46135984 . G T 270.47 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.000404151;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7321;QD=13.8704;RBI=0.0269564;REFB=-0.00182903;REVB=-0.0269534;RO=44;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480183;STB=0.550223;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00306048;OID=.;OPOS=46135984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:47:31:31:0.397436:19:12:19:25:19:12:22:25 chr6 46190377 . A C 363.52 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00412765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7672;QD=23.8373;RBI=0.0323445;REFB=0.00578625;REVB=0.0320801;RO=25;SAF=18;SAR=18;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447471;STB=0.524577;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00500093;OID=.;OPOS=46190377;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:18:18:11:14:18:18:11:14 chr6 46517742 . C T 81.43 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.00676562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.494;QD=4.52389;RBI=0.0243144;REFB=0.000909445;REVB=-0.0233541;RO=58;SAF=8;SAR=6;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865855;STB=0.555478;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00517745;OID=.;OPOS=46517742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:72:72:58:58:14:14:0.194444:6:8:37:21:6:8:37:21 chr6 46620252 . C G 703.11 PASS AF=0.465839;AO=75;DP=161;FAO=75;FDP=161;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=59;FWDB=0.00723285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0207;QD=17.4684;RBI=0.0353995;REFB=0.00997691;REVB=-0.0346527;RO=86;SAF=39;SAR=36;SRF=27;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197925;STB=0.609247;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0139119;OID=.;OPOS=46620252;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:86:86:75:75:0.465839:36:39:27:59:36:39:27:59 chr6 46623698 . T C 1729.01 PASS AF=1;AO=106;DP=110;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169995;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.557;QD=60.667;RBI=0.0532776;REFB=0;REVB=0.0504928;RO=0;SAF=30;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59566e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547183;OID=.;OPOS=46623698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:114:0:0:106:114:1:76:30:0:0:80:34:0:0 chr6 46657057 . A G 3132.7 PASS AF=1;AO=193;DP=195;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.846;QD=63.9326;RBI=0.0135577;REFB=0;REVB=0.0135183;RO=0;SAF=83;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70977e-06;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:196:0:0:193:196:1:110:83:0:0:112:84:0:0 chr6 46657457 . A G 1560.93 PASS AF=0.598291;AO=140;DP=234;FAO=140;FDP=234;FR=.;FRO=94;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.012981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.208;QD=26.6825;RBI=0.0129915;REFB=-0.000974684;REVB=0.000523709;RO=94;SAF=68;SAR=72;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00271072;STB=0.501466;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.000582573;OID=.;OPOS=46657457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:94:94:140:140:0.598291:72:68:46:48:72:68:46:48 chr6 46658905 . C G 207.49 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00227876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8319;QD=11.2157;RBI=0.0485269;REFB=0.00785656;REVB=-0.0484734;RO=47;SAF=7;SAR=19;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264563;STB=0.661667;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0156572;OID=.;OPOS=46658905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:48:26:26:0.351351:19:7:23:24:19:7:24:24 chr6 46672943 . A G 3256.44 PASS AF=1;AO=209;DP=212;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785347;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.156;QD=61.7335;RBI=0.0351676;REFB=-0.0898961;REVB=0.0342795;RO=0;SAF=110;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26248e-06;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:211:0:0:209:211:1:99:110:0:0:99:112:0:0 chr6 46684222 . C T 531.67 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=-0.0394155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3713;QD=15.5231;RBI=0.124007;REFB=-0.061627;REVB=-0.117576;RO=78;SAF=16;SAR=42;SRF=24;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398765;STB=0.528535;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0686824;OID=.;OPOS=46684222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:79:58:58:0.423358:42:16:24:54:42:16:25:54 chr6 46766321 . TTA T,TTT 141.65 PASS AF=0.536232,0;AO=24,15;DP=112;FAO=37,0;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=30,0;FSAR=7,0;FSRF=30;FSRR=2;FWDB=-0.0341211,-0.0406012;FXX=0.158517;HRUN=7,8;LEN=2,1;MLLD=10.5821,7.14149;QD=8.21156;RBI=0.197124,0.0430842;REFB=-0.0237563,0.087206;REVB=0.194148,0.0144151;RO=43;SAF=23,2;SAR=1,13;SRF=32;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.543194,-0.671518;STB=0.608646,0.5;STBP=0.183,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0887181,0;OID=.,.;OPOS=46766322,46766323;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536232,0:24,15:112:37,0:69:32:30,0:7,0:30:2:99:43:23,2:1,13:32:11 chr6 46824448 . A G 618.08 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00504137;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.8299;QD=50.4553;RBI=0.0333172;REFB=0.0904926;REVB=0.0329336;RO=4;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935784;STB=0.55127;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00781134;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:49:49:4:6:43:43:0.877551:18:25:0:4:18:25:1:5 chr6 46826508 . G A 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.914;QD=64.41;RBI=0.0207572;REFB=0;REVB=-0.0048673;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63388e-05;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr6 46826715 . T A 2407.79 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011234;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.389;QD=61.345;RBI=0.0117596;REFB=0;REVB=0.00347637;RO=0;SAF=78;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48232e-05;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:79:78:0:0:79:78:0:0 chr6 46826844 . T C 2926.94 PASS AF=0.974227;AO=189;DP=194;FAO=189;FDP=194;FR=.;FRO=5;FSAF=86;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0387946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.781;QD=60.3493;RBI=0.0420354;REFB=-0.130405;REVB=0.016185;RO=2;SAF=86;SAR=103;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915558;STB=0.511847;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000482088;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:194:194:2:5:189:189:0.974227:103:86:0:2:103:86:0:5 chr6 46826910 . G A 2434.01 PASS AF=0.975904;AO=162;DP=166;FAO=162;FDP=166;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00893247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.143;QD=58.6509;RBI=0.0124208;REFB=-0.0443709;REVB=0.00863053;RO=1;SAF=96;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715494;STB=0.50852;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000218495;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:166:166:1:4:162:162:0.975904:66:96:0:1:66:96:1:3 chr6 46826979 . A G 1215.11 PASS AF=0.529148;AO=118;DP=223;FAO=118;FDP=223;FR=.;FRO=105;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=0.000867138;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.44;QD=21.7957;RBI=0.00786539;REFB=-0.00988561;REVB=0.00781744;RO=105;SAF=56;SAR=62;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150753;STB=0.508235;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00821977;OID=.;OPOS=46826979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:105:105:118:118:0.529148:62:56:48:57:62:56:48:57 chr6 46827073 . A G 755.37 PASS AF=0.407583;AO=84;DP=209;FAO=86;FDP=211;FR=.;FRO=125;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=75;FWDB=-0.00316506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.047;QD=14.3198;RBI=0.0107422;REFB=-0.0170124;REVB=0.0102654;RO=125;SAF=34;SAR=50;SRF=50;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00527045;STB=0.504287;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0258424;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:125:125:84:86:0.407583:50:34:50:75:51:35:50:75 chr6 46827126 . C T 2312.58 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.216;QD=63.7953;RBI=0.0208551;REFB=0;REVB=0.00333442;RO=0;SAF=56;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22841e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1974e-05;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:89:56:0:0:89:56:0:0 chr6 46827239 . C T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00314458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.152;QD=18.0505;RBI=0.013519;REFB=-0.0241166;REVB=-0.0131482;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18104;STB=0.605828;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0071547;OID=.;OPOS=46827239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:8:2:3:5:8:2:3:5 chr6 46832813 . G A 705.0 PASS AF=0.46875;AO=75;DP=160;FAO=75;FDP=160;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.00643657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.671;QD=17.625;RBI=0.00693122;REFB=-0.0101105;REVB=0.00257145;RO=84;SAF=35;SAR=40;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432191;STB=0.520863;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0117449;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:84:85:75:75:0.46875:40:35:43:41:40:35:43:42 chr6 46834685 . G A 2752.57 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0002938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.138;QD=62.5583;RBI=0.00674965;REFB=0;REVB=0.00674325;RO=0;SAF=72;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71822e-06;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:175:176:1:103:72:0:0:103:73:0:0 chr6 46856100 . G A 2130.38 PASS AF=0.965278;AO=139;DP=144;FAO=139;FDP=144;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00676263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.994;QD=59.1772;RBI=0.0103523;REFB=0.0304638;REVB=0.00783816;RO=5;SAF=68;SAR=71;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204972;STB=0.51079;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.000493747;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:144:144:5:5:139:139:0.965278:71:68:4:1:71:68:4:1 chr6 47563692 . C T 2044.16 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000388517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9796;QD=61.9443;RBI=0.0223926;REFB=0;REVB=0.0223892;RO=0;SAF=33;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426924;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:132:0:0:128:132:1:95:33:0:0:96:36:0:0 chr6 47594302 . T C 1366.0 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.908;QD=62.0909;RBI=0.0202307;REFB=0;REVB=-0.0146804;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41681e-05;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:45:40:0:0:47:41:0:0 chr6 47594722 . G A 694.84 PASS AF=0.558333;AO=67;DP=120;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.000269004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.81;QD=23.1613;RBI=0.000502055;REFB=-0.0136164;REVB=-0.000423906;RO=53;SAF=38;SAR=29;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318093;STB=0.517393;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00854645;OID=.;OPOS=47594722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:53:53:67:67:0.558333:29:38:28:25:29:38:28:25 chr6 47624239 . A G 242.41 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0226284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.336;QD=14.9175;RBI=0.0789431;REFB=0.00256174;REVB=-0.0756305;RO=37;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139248;STB=0.578891;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00539586;OID=.;OPOS=47624239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:16:12:21:16:16:12:21:16 chr6 47624299 . A G 255.73 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0183618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.374;QD=15.7371;RBI=0.0183978;REFB=0.00156984;REVB=0.00115033;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227593;STB=0.619167;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0015259;OID=.;OPOS=47624299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:36:29:29:0.446154:16:13:24:11:16:13:24:12 chr6 47626833 . C A 457.39 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00605962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.4504;QD=14.2935;RBI=0.0128371;REFB=-0.00587986;REVB=0.0113169;RO=69;SAF=18;SAR=34;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111104;STB=0.587277;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00860444;OID=.;OPOS=47626833;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:76:52:52:0.40625:34:18:31:38:34:18:37:39 chr6 47646791 . TG GT 30.4 PASS AF=0.0833333;AO=11;DP=132;FAO=11;FDP=132;FR=.;FRO=121;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=79;FWDB=0.0149938;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=149.186;QD=0.921112;RBI=0.0718982;REFB=-0.000795361;REVB=-0.0703174;RO=108;SAF=6;SAR=5;SRF=41;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192961;STB=0.677128;STBP=0.289;TYPE=mnp;VARB=0.0971376;OID=.;OPOS=47646791;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:132:132:108:121:11:11:0.0833333:5:6:41:67:5:6:42:79 chr6 47646842 . A G 467.9 PASS AF=0.429752;AO=51;DP=120;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.00689762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.477;QD=15.4677;RBI=0.00742688;REFB=0.00179919;REVB=-0.00275342;RO=69;SAF=16;SAR=35;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1199;STB=0.571199;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00282624;OID=.;OPOS=47646842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:69:69:51:52:0.429752:35:16:29:40:36:16:29:40 chr6 47649222 . T G 461.01 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0233622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.855;QD=17.234;RBI=0.0245746;REFB=-0.00978737;REVB=-0.00762372;RO=55;SAF=26;SAR=24;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095762;STB=0.552552;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0115158;OID=.;OPOS=47649222;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:57:50:50:0.46729:24:26:23:32:24:26:24:33 chr6 47649265 . T A 601.68 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00788683;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.661;QD=20.056;RBI=0.0318849;REFB=-0.0145322;REVB=-0.0308941;RO=59;SAF=24;SAR=37;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590693;STB=0.532589;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0153056;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:59:59:61:61:0.508333:37:24:27:32:37:24:27:32 chr6 47649573 . CA TG 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00561587;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.164;QD=12.9748;RBI=0.0572956;REFB=0.00314567;REVB=0.0570197;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857139;STB=0.550477;STBP=0.65;TYPE=mnp;VARB=-0.0030627;OID=.;OPOS=47649573;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:9:9:5:7:9:9 chr6 47649694 . A G 443.07 PASS AF=0.341463;AO=56;DP=164;FAO=56;FDP=164;FR=.;FRO=108;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=63;FSRR=45;FWDB=-0.0184023;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.123;QD=10.8066;RBI=0.0184914;REFB=-0.00251889;REVB=0.00181349;RO=106;SAF=33;SAR=23;SRF=62;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00515986;STB=0.504042;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00496277;OID=.;OPOS=47649694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:106:108:56:56:0.341463:23:33:62:44:23:33:63:45 chr6 47654742 . A T 218.11 PASS AF=0.253846;AO=33;DP=130;FAO=33;FDP=130;FR=.;FRO=97;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.0250792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.661;QD=6.71113;RBI=0.0263476;REFB=-0.00549864;REVB=-0.00807649;RO=96;SAF=14;SAR=19;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157519;STB=0.598089;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0213581;OID=.;OPOS=47654742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:96:97:33:33:0.253846:19:14:53:43:19:14:54:43 chr6 47682604 . A C 3034.65 PASS AF=0.990099;AO=199;DP=202;FAO=200;FDP=202;FR=.;FRO=2;FSAF=102;FSAR=98;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0256978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.339;QD=60.092;RBI=0.0298162;REFB=-0.0813412;REVB=0.0151205;RO=3;SAF=101;SAR=98;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139341;STB=0.504854;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000122395;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:202:202:3:2:199:200:0.990099:98:101:3:0:98:102:2:0 chr6 47684591 . G A 495.06 PASS AF=0.363095;AO=60;DP=167;FAO=61;FDP=168;FR=.;FRO=107;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.00110109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.306;QD=11.7872;RBI=0.00755729;REFB=0.00790388;REVB=-0.00747665;RO=105;SAF=34;SAR=26;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802575;STB=0.550298;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.011144;OID=.;OPOS=47684591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:105:107:60:61:0.363095:26:34:52:53:26:35:53:54 chr6 47791205 . G A 818.52 PASS AF=0.562963;AO=75;DP=136;FAO=76;FDP=135;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0176128;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.704;QD=24.2525;RBI=0.0190691;REFB=0.0121698;REVB=0.0073089;RO=58;SAF=39;SAR=36;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670306;STB=0.53507;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00948705;OID=.;OPOS=47791205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:58:59:75:76:0.562963:36:39:35:23:37:39:35:24 chr6 47847179 . A G 247.3 PASS AF=0.295652;AO=34;DP=115;FAO=34;FDP=115;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.0349501;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1831;QD=8.60155;RBI=0.0847447;REFB=0.0028652;REVB=0.077202;RO=80;SAF=13;SAR=21;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00648767;STB=0.500271;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00656588;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:80:81:34:34:0.295652:21:13:31:49:21:13:31:50 chr6 47847401 . A G 224.15 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0204778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.203;QD=11.9545;RBI=0.0209107;REFB=-0.0153517;REVB=0.00423287;RO=46;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117053;STB=0.542826;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0251861;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:47:27:28:0.373333:19:8:18:28:19:9:18:29 chr6 49403282 . T C 856.38 PASS AF=0.511905;AO=85;DP=168;FAO=86;FDP=168;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.0272173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.618;QD=20.39;RBI=0.0276047;REFB=-0.0136164;REVB=-0.00460813;RO=82;SAF=33;SAR=52;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133131;STB=0.509613;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0158487;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:82:82:85:86:0.511905:52:33:33:49:53:33:33:49 chr6 49411477 . G C 725.6 PASS AF=0.484076;AO=76;DP=156;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0201736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9826;QD=18.4867;RBI=0.0216219;REFB=-0.0139638;REVB=-0.00778046;RO=80;SAF=25;SAR=51;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848894;STB=0.551186;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0166463;OID=.;OPOS=49411477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:80:81:76:76:0.484076:51:25:33:47:51:25:34:47 chr6 49412433 . C T 274.99 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0404129;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.202;QD=21.5675;RBI=0.040666;REFB=0.00596451;REVB=-0.00452987;RO=22;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187809;STB=0.596341;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00653967;OID=.;OPOS=49412433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:19:9:12:10:19:9:12:11 chr6 49425521 . C T 626.6 PASS AF=0.558559;AO=61;DP=110;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0279132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.37;QD=22.5801;RBI=0.0297614;REFB=-0.00314299;REVB=0.0103245;RO=48;SAF=26;SAR=35;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251145;STB=0.505079;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00226973;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:48:49:61:62:0.558559:35:26:19:29:36:26:20:29 chr6 49439805 . G A 516.78 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=73;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0110715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.267;QD=27.934;RBI=0.0191074;REFB=-0.0595178;REVB=-0.0155729;RO=26;SAF=25;SAR=22;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712175;STB=0.531901;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0257589;OID=.;OPOS=49439805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:26:27:47:47:0.635135:22:25:11:15:22:25:12:15 chr6 49459978 . A G 868.63 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2446;QD=56.0407;RBI=0.0617915;REFB=0;REVB=-0.00935888;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017801;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658386;OID=.;OPOS=49459978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:62:1:0:59:62:1:33:26:1:0:34:28:0:0 chr6 49460152 . A G 784.9 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6504;QD=57.0834;RBI=0.0491835;REFB=0;REVB=0.0302179;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693567;OID=.;OPOS=49460152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr6 49485266 . C A 462.45 PASS AF=0.366013;AO=55;DP=152;FAO=56;FDP=153;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=61;FWDB=-0.0207914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.542;QD=12.0901;RBI=0.021196;REFB=-0.0102503;REVB=-0.00412194;RO=97;SAF=24;SAR=31;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075176;STB=0.537559;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0184798;OID=.;OPOS=49485266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:97:97:55:56:0.366013:31:24:36:61:32:24:36:61 chr6 49518914 . C G 3760.0 PASS AF=1;AO=238;DP=246;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474406;FXX=0.0538441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.255;QD=61.1383;RBI=0.0476325;REFB=0;REVB=0.00427218;RO=0;SAF=89;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416756;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:246:246:0:0:238:246:1:149:89:0:0:155:91:0:0 chr6 49580194 . C T 346.09 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0126537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.138;QD=24.7207;RBI=0.0128734;REFB=-0.00264704;REVB=-0.00236821;RO=22;SAF=9;SAR=25;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288771;STB=0.659304;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00216981;OID=.;OPOS=49580194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:25:9:14:8:25:9:14:8 chr6 49580247 . C T 279.03 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00986343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.485;QD=27.2219;RBI=0.0123946;REFB=-0.0172181;REVB=0.00750585;RO=15;SAF=6;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234302;STB=0.646132;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0094111;OID=.;OPOS=49580247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:25:25:0.609756:19:6:8:7:19:6:9:7 chr6 49696473 . G T 350.08 PASS AF=0.385321;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0679574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.418;QD=12.8468;RBI=0.0703813;REFB=0.00739776;REVB=-0.0183119;RO=61;SAF=20;SAR=22;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140064;STB=0.545273;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0136004;OID=.;OPOS=49696473;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:109:61:67:42:42:0.385321:22:20:21:40:22:20:27:40 chr6 49701523 . A G 1520.05 PASS AF=1;AO=91;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.686;QD=59.61;RBI=0.0552376;REFB=0;REVB=0.0547361;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460364;OID=.;OPOS=49701523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:91:102:1:51:40:0:0:61:41:0:0 chr6 50683009 . T C 269.27 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.108454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8234;QD=14.1719;RBI=0.108789;REFB=-0.01159;REVB=0.00853891;RO=44;SAF=8;SAR=23;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109493;STB=0.506604;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.019098;OID=.;OPOS=50683009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:45:31:31:0.407895:23:8:11:33:23:8:12:33 chr6 51480486 . G T 236.45 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0345719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.43;QD=11.2594;RBI=0.0570892;REFB=-0.0110262;REVB=-0.0454308;RO=54;SAF=12;SAR=17;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219183;STB=0.620356;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0227661;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:55:29:29:0.345238:17:12:33:21:17:12:33:22 chr6 51483961 . T C 644.47 PASS AF=0.456954;AO=68;DP=151;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=0.00421622;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.095;QD=17.072;RBI=0.0196363;REFB=-0.00943157;REVB=-0.0191783;RO=81;SAF=32;SAR=36;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949656;STB=0.551392;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0117572;OID=.;OPOS=51483961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:81:82:68:69:0.456954:36:32:46:35:36:33:47:35 chr6 51491884 . T C 354.41 PASS AF=0.37069;AO=43;DP=117;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.00091744;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.628;QD=12.2212;RBI=0.00982924;REFB=-0.011458;REVB=0.00978633;RO=70;SAF=23;SAR=20;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380308;STB=0.526282;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0160597;OID=.;OPOS=51491884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:70:73:43:43:0.37069:20:23:35:35:20:23:36:37 chr6 51524403 . G A 397.74 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00764202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.666;QD=18.0789;RBI=0.0199209;REFB=-0.00807775;REVB=0.0183967;RO=47;SAF=26;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1019;STB=0.557007;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00721049;OID=.;OPOS=51524403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:15:26:25:22:15:26:25:22 chr6 51586771 . G A 1001.96 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0123803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.576;QD=57.2548;RBI=0.0531112;REFB=-0.155613;REVB=0.0516481;RO=1;SAF=39;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011966;STB=0.506327;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00137001;OID=.;OPOS=51586771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:29:39:1:0:30:39:1:0 chr6 51613177 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.9052;QD=58.5859;RBI=0.0249986;REFB=0;REVB=0.0168494;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032356;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr6 51720838 . T C 1508.16 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0166181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.812;QD=57.4537;RBI=0.0166874;REFB=0.0494155;REVB=-0.00151896;RO=2;SAF=55;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01694;STB=0.508927;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.000126155;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:2:2:103:103:0.980952:48:55:2:0:48:55:2:0 chr6 51875250 . A C 1661.45 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430504;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.809;QD=60.4162;RBI=0.0432444;REFB=0;REVB=0.00409206;RO=0;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89435e-05;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:63:46:0:0:63:47:0:0 chr6 51890823 . G A 2478.98 PASS AF=0.535308;AO=233;DP=438;FAO=235;FDP=439;FR=.;FRO=204;FSAF=113;FSAR=122;FSRF=92;FSRR=112;FWDB=0.0234555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.495;QD=22.5875;RBI=0.0263148;REFB=-0.0155816;REVB=0.0119293;RO=204;SAF=112;SAR=121;SRF=92;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255427;STB=0.513915;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0132702;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:439:204:204:233:235:0.535308:121:112:92:112:122:113:92:112 chr6 51914956 . G A 460.79 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00941237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.393;QD=17.2259;RBI=0.041785;REFB=0.00161767;REVB=0.0407111;RO=57;SAF=30;SAR=20;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187689;STB=0.604436;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.000750537;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:57:50:50:0.46729:20:30:23:34:20:30:23:34 chr6 51924774 . A G 1586.92 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6184;QD=64.118;RBI=0.0719168;REFB=0;REVB=-0.00497902;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428832;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:47:51:0:0:48:51:0:0 chr6 51947237 . G A 348.12 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00595143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.512;QD=13.787;RBI=0.0185594;REFB=-0.00683281;REVB=0.0175793;RO=61;SAF=24;SAR=16;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108736;STB=0.50617;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0100255;OID=.;OPOS=51947237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:61:40:40:0.39604:16:24:36:25:16:24:36:25 chr6 52272033 . C T 788.92 PASS AF=0.663265;AO=65;DP=100;FAO=65;FDP=98;FR=.;FRO=33;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0344861;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5446;QD=32.2007;RBI=0.0631387;REFB=-0.0104056;REVB=-0.0528885;RO=35;SAF=36;SAR=29;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117739;STB=0.55383;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00437253;OID=.;OPOS=52272033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:35:33:65:65:0.663265:29:36:13:22:29:36:13:20 chr6 52272471 . C A 69.36 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00696438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.221;QD=6.30584;RBI=0.0192506;REFB=-0.00272382;REVB=0.0179467;RO=33;SAF=9;SAR=1;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539316;STB=0.860884;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0427151;OID=.;OPOS=52272471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:33:34:10:10:0.227273:1:9:17:16:1:9:17:17 chr6 52360283 . T A 2000.41 PASS AF=1;AO=125;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014134;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.492;QD=61.551;RBI=0.0328632;REFB=0;REVB=0.0328328;RO=1;SAF=70;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085605;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88162e-06;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:1:0:125:130:1:55:70:0:1:60:70:0:0 chr6 52360331 . G A 715.41 PASS AF=0.503546;AO=68;DP=137;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0192959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.99;QD=20.2954;RBI=0.0197384;REFB=-0.0117177;REVB=-0.00415579;RO=68;SAF=41;SAR=27;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121737;STB=0.582224;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0100549;OID=.;OPOS=52360331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:141:68:70:68:71:0.503546:27:41:32:36:27:44:32:38 chr6 52362844 . T A 178.78 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0109126;FXX=0.0212721;HRUN=6;LEN=1;MLLD=76.874;QD=15.5457;RBI=0.0111624;REFB=-0.0106123;REVB=0.0023486;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256938;STB=0.504582;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.030414;OID=.;OPOS=52362844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:27:19:19:0.413043:9:10:12:12:9:10:14:13 chr6 52374319 . T TAC 2716.94 PASS AF=0.988701;AO=171;DP=183;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00581362;FXX=0.0327851;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.762;QD=61.3997;RBI=0.0250667;REFB=-0.00416133;REVB=0.0243832;RO=2;SAF=85;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4298e-05;STB=0.500032;STBP=0.86;TYPE=ins;VARB=9.26067e-05;OID=.;OPOS=52374320;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988701:171:183:175:177:2:87:88:1:1:6:2:85:86:1:1 chr6 52617731 . C G 2070.56 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225683;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.311;QD=62.7444;RBI=0.0304852;REFB=0;REVB=-0.0204943;RO=0;SAF=57;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05073e-05;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:132:132:1:75:57:0:0:75:57:0:0 chr6 52659054 . A G 591.5 PASS AF=0.508333;AO=60;DP=121;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0517852;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3948;QD=19.7167;RBI=0.0722173;REFB=-0.0321833;REVB=0.0503353;RO=60;SAF=25;SAR=35;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136157;STB=0.58205;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0268504;OID=.;OPOS=52659054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:60:59:60:61:0.508333:35:25:34:26:36:25:34:25 chr6 52701143 . C T 1189.15 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000718842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.553;QD=60.9823;RBI=0.0161639;REFB=0;REVB=-0.0161479;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3002e-05;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr6 52843131 . G T 691.35 PASS AF=0.530769;AO=66;DP=126;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00863414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5519;QD=21.2724;RBI=0.0782695;REFB=-0.0277981;REVB=0.0777918;RO=57;SAF=30;SAR=36;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588165;STB=0.547766;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0441787;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:130:57:61:66:69:0.530769:36:30:22:35:36:33:23:38 chr6 52844045 . G A 813.34 PASS AF=0.529412;AO=81;DP=153;FAO=81;FDP=153;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00336195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.743;QD=21.2639;RBI=0.0266146;REFB=-0.0323354;REVB=0.0264014;RO=72;SAF=30;SAR=51;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079057;STB=0.543368;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0281846;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:72:72:81:81:0.529412:51:30:33:39:51:30:33:39 chr6 52878637 . T C 1116.72 PASS AF=0.458015;AO=119;DP=260;FAO=120;FDP=262;FR=.;FRO=142;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=87;FSRR=55;FWDB=0.0367831;FXX=0.0113203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.332;QD=17.0491;RBI=0.0460988;REFB=-0.0495258;REVB=0.0277868;RO=139;SAF=56;SAR=63;SRF=87;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150687;STB=0.574238;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0390373;OID=.;OPOS=52878637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:262:139:142:119:120:0.458015:63:56:87:52:63:57:87:55 chr6 52930375 . CGA CGAC,GAC 102.96 PASS AF=0.140845,0.00469484;AO=33,11;DP=217;FAO=30,1;FDP=213;FR=.;FRO=182;FSAF=9,1;FSAR=21,0;FSRF=78;FSRR=104;FWDB=-0.0399583,-0.0354821;FXX=0.00930189;HRUN=0,4;LEN=1,3;MLLD=79.5504,87.9732;QD=1.93345;RBI=0.0412389,0.0367653;REFB=-0.00402188,-0.00372396;REVB=-0.0101972,-0.0096285;RO=165;SAF=12,10;SAR=21,1;SRF=67;SRR=98;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0574712,0.498673;STB=0.61882,0.991515;STBP=0.186,0.25;TYPE=ins,mnp;VARB=0.143609,0.102128;OID=.,.;OPOS=52930378,52930375;OREF=-,CGA;OALT=C,GAC;OMAPALT=CGAC,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:217:213:165:182:33,11:30,1:0.140845,0.00469484:21,1:12,10:67:98:21,0:9,1:78:104 chr6 52963071 . A G 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0123169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.941;QD=19.9408;RBI=0.0124202;REFB=0.00720965;REVB=0.00159894;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184591;STB=0.602371;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00696217;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:14:18:10:19:14:18:10:19 chr6 53363486 . CGGGCT C,CG 1224.24 PASS AF=0,0.954545;AO=13,88;DP=109;FAO=0,105;FDP=110;FR=.;FRO=5;FSAF=0,44;FSAR=0,61;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0263151,0.0351262;FXX=0.0265463;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=213.011,235.456;QD=44.5178;RBI=0.0428307,0.0614209;REFB=-0.0653512,-0.0671343;REVB=0.0337932,0.0503852;RO=0;SAF=1,40;SAR=12,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.38835,0.38835;SSEP=0,0;SSSB=3.00075e-08,5.43431e-08;STB=0.5,0.500889;STBP=1,0.961;TYPE=del,del;VARB=0,0.00312589;OID=.,.;OPOS=53363487,53363488;OREF=GGGCT,GGCT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.954545:13,88:109:0,105:110:5:0,44:0,61:2:3:3:0:1,40:12,48:0:0 chr6 53363487 . GGGCT G 50.0 PASS AO=56;DP=134;LEN=4;RO=78;SAF=42;SAR=48;SRF=15;SRR=29;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=53363488;OREF=GGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:134:78:56:48:42:15:29 chr6 53370107 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.741;QD=51.1841;RBI=0.0390301;REFB=0;REVB=0.0382125;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339822;OID=.;OPOS=53370107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:8:12:0:0 chr6 53514843 . T C 93.21 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00400478;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8606;QD=8.28569;RBI=0.00487217;REFB=-0.00491669;REVB=0.00277486;RO=30;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310806;STB=0.66637;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00572669;OID=.;OPOS=53514843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:46:45:30:33:12:12:0.266667:3:9:15:15:3:9:18:15 chr6 53516876 . T G 7432.03 PASS AF=1;AO=467;DP=468;FAO=470;FDP=470;FR=.;FRO=0;FSAF=234;FSAR=236;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000579986;FXX=0.0042372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.643;QD=63.2514;RBI=0.0361814;REFB=-0.000758398;REVB=-0.0361768;RO=0;SAF=231;SAR=236;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19576e-05;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:468:470:0:0:467:470:1:236:231:0:0:236:234:0:0 chr6 53519062 . A G 811.04 PASS AF=0.437811;AO=87;DP=201;FAO=88;FDP=201;FR=.;FRO=113;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=0.0151506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6707;QD=16.14;RBI=0.0166282;REFB=0.0109551;REVB=0.00685252;RO=114;SAF=46;SAR=41;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091556;STB=0.556294;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0156639;OID=.;OPOS=53519062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:114:113:87:88:0.437811:41:46:50:64:41:47:49:64 chr6 53519605 . C T 943.56 PASS AF=0.484536;AO=94;DP=195;FAO=94;FDP=194;FR=.;FRO=100;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=0.00802525;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.638;QD=19.4548;RBI=0.0803778;REFB=-0.0194627;REVB=-0.0799761;RO=99;SAF=47;SAR=47;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705636;STB=0.536075;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0186272;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:99:100:94:94:0.484536:47:47:42:57:47:47:43:57 chr6 53519857 . G A 680.11 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0105667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2325;QD=21.2535;RBI=0.0284939;REFB=0.000637491;REVB=-0.0264622;RO=61;SAF=31;SAR=36;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395568;STB=0.521733;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00109211;OID=.;OPOS=53519857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:61:61:67:67:0.523438:36:31:31:30:36:31:31:30 chr6 53660063 . C T 472.12 PASS AF=0.372414;AO=54;DP=145;FAO=54;FDP=145;FR=.;FRO=91;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.0111551;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.83;QD=13.0241;RBI=0.0287157;REFB=-0.00857626;REVB=0.0264605;RO=91;SAF=19;SAR=35;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150788;STB=0.585936;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00959994;OID=.;OPOS=53660063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:91:91:54:54:0.372414:35:19:44:47:35:19:44:47 chr6 53764673 . G A 670.65 PASS AF=0.462585;AO=68;DP=147;FAO=68;FDP=147;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.0160294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3055;QD=18.2489;RBI=0.017069;REFB=-0.0104572;REVB=-0.00586612;RO=79;SAF=24;SAR=44;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281232;STB=0.51562;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0119161;OID=.;OPOS=53764673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:79:79:68:68:0.462585:44:24:30:49:44:24:30:49 chr6 53989526 . G A 1589.86 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.514;QD=59.9946;RBI=0.0160219;REFB=0;REVB=0.00606544;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29945e-05;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:48:58:0:0:48:58:0:0 chr6 54002335 . T A 276.44 PASS AF=0.4;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00772454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.255;QD=13.8219;RBI=0.010453;REFB=-0.000565428;REVB=-0.00704242;RO=48;SAF=11;SAR=20;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000781212;STB=0.506892;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.000904911;OID=.;OPOS=54002335;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:48:48:31:32:0.4:20:11:17:31:21:11:17:31 chr6 54054686 . T A 1149.32 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07003;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.576;QD=60.4905;RBI=0.0847964;REFB=0;REVB=0.0478145;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302582;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:41:33:0:0:43:33:0:0 chr6 54079968 . G A 3069.7 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302683;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.178;QD=61.394;RBI=0.0319783;REFB=-0.0027355;REVB=0.0103172;RO=1;SAF=99;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70916e-05;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:201:200:1:0:200:200:1:101:99:1:0:101:99:0:0 chr6 54186147 . T C 687.17 PASS AF=0.475862;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0900496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9214;QD=18.9564;RBI=0.0931028;REFB=0.0120593;REVB=0.0236474;RO=76;SAF=23;SAR=46;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153742;STB=0.58534;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0119903;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:76:69:69:0.475862:46:23:37:39:46:23:37:39 chr6 54191970 . T A 548.01 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.069692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8711;QD=23.5703;RBI=0.0702655;REFB=-0.00670023;REVB=0.00895959;RO=41;SAF=20;SAR=31;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039505;STB=0.528167;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00367631;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:42:51:51:0.548387:31:20:18:23:31:20:19:23 chr6 55142337 . A G 2994.07 PASS AF=1;AO=188;DP=190;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.148;QD=62.3765;RBI=0.0284745;REFB=0;REVB=-0.00615748;RO=1;SAF=86;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550471;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52495e-05;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:190:192:1:0:188:192:1:102:86:1:0:105:87:0:0 chr6 55196587 . C T 659.95 PASS AF=0.566372;AO=63;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0113613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.808;QD=23.361;RBI=0.0149565;REFB=-0.0264933;REVB=-0.00972713;RO=49;SAF=32;SAR=31;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634603;STB=0.537685;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.016169;OID=.;OPOS=55196587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:49:49:63:64:0.566372:31:32:21:28:31:33:21:28 chr6 55266625 . T C 770.86 PASS AF=0.982143;AO=56;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00278398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1013;QD=55.0615;RBI=0.0109275;REFB=-0.0922752;REVB=0.0105669;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000967764;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:56:55:0.982143:26:30:0:0:25:30:0:1 chr6 55428657 . G GC 312.15 PASS AF=1;AO=7;DP=63;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126899;FXX=0.403161;HRUN=0;LEN=1;MLLD=122.291;QD=33.7462;RBI=0.0126899;REFB=0;REVB=-1.83179e-05;RO=56;SAF=2;SAR=5;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417661;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00520756;OID=.;OPOS=55428658;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:7:63:37:37:0:37:0:0:0:3:56:2:5:37:19 chr6 55428658 . A C,G 891.01 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=55,7;DP=62;FAO=60,2;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36,2;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165066,0.0379927;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.317,70.1976;QD=57.4843;RBI=0.0278317,0.0402913;REFB=0,0;REVB=0.0224083,-0.0134142;RO=0;SAF=36,2;SAR=19,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.75811e-08,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000345545,-0.00142484;OID=.,.;OPOS=55428658,55428658;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:62:62:0:0:55,7:60,2:0.967742,0.0322581:19,5:36,2:0:0:24,0:36,2:0:0 chr6 55428724 . A C 320.92 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0450359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4053;QD=21.3944;RBI=0.0451364;REFB=-0.0221682;REVB=-0.00301083;RO=27;SAF=24;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279977;STB=0.655638;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0177858;OID=.;OPOS=55428724;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:9:24:11:16:9:24:11:16 chr6 55739553 . A G 754.4 PASS AF=0.473054;AO=79;DP=169;FAO=79;FDP=167;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=9.65878e-06;FXX=0.0118336;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.975;QD=18.0694;RBI=0.00355066;REFB=0.00581941;REVB=0.00355065;RO=88;SAF=28;SAR=51;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111608;STB=0.561855;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00515233;OID=.;OPOS=55739553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:88:88:79:79:0.473054:51:28:41:47:51:28:41:47 chr6 55925801 . G T 316.99 PASS AF=0.308271;AO=40;DP=134;FAO=41;FDP=133;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=67;FWDB=-0.057966;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.757;QD=9.53351;RBI=0.0580847;REFB=-0.0118044;REVB=-0.00371255;RO=92;SAF=8;SAR=32;SRF=25;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120804;STB=0.549747;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0261412;OID=.;OPOS=55925801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:92:92:40:41:0.308271:32:8:25:67:32:9:25:67 chr6 55933913 . T C 594.09 PASS AF=0.616279;AO=48;DP=81;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00207099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.952;QD=27.6322;RBI=0.0147567;REFB=-0.0145377;REVB=0.0146107;RO=33;SAF=19;SAR=29;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025237;STB=0.502143;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0100926;OID=.;OPOS=55933913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:86:33:33:48:53:0.616279:29:19:12:21:34:19:12:21 chr6 56029620 . T TA 32.56 PASS AF=0.151316;AO=29;DP=152;FAO=23;FDP=152;FR=.;FRO=129;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=76;FSRR=53;FWDB=-0.00387842;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=89.1043;QD=0.856859;RBI=0.0378923;REFB=-0.0033784;REVB=-0.0376933;RO=123;SAF=4;SAR=25;SRF=75;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589855;STB=0.877947;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.137158;OID=.;OPOS=56029621;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.151316:29:152:23:152:129:3:20:76:53:32:123:4:25:75:48 chr6 56044578 . T C 698.66 PASS AF=0.563025;AO=67;DP=119;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.000708175;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.934;QD=23.4844;RBI=0.0115249;REFB=-0.00291973;REVB=0.0115032;RO=52;SAF=31;SAR=36;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319455;STB=0.517446;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00414382;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:52:52:67:67:0.563025:36:31:22:30:36:31:22:30 chr6 56323875 . C T 930.43 PASS AF=0.363333;AO=107;DP=297;FAO=109;FDP=300;FR=.;FRO=191;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=89;FSRR=102;FWDB=-0.00765288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.907;QD=12.4058;RBI=0.0191566;REFB=-0.00874794;REVB=-0.0175616;RO=188;SAF=45;SAR=62;SRF=88;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542728;STB=0.52842;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0123697;OID=.;OPOS=56323875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:300:188:191:107:109:0.363333:62:45:88:100:63:46:89:102 chr6 56351972 . G C 939.75 PASS AF=0.370748;AO=109;DP=295;FAO=109;FDP=294;FR=.;FRO=185;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=93;FSRR=92;FWDB=6.38437e-05;FXX=0.00338972;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.503;QD=12.7858;RBI=0.0399988;REFB=0.0059009;REVB=0.0399988;RO=184;SAF=53;SAR=56;SRF=92;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153034;STB=0.51036;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00994576;OID=.;OPOS=56351972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:294:184:185:109:109:0.370748:56:53:92:92:56:53:93:92 chr6 56417282 . C T 2335.71 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.056;QD=61.0643;RBI=0.0235036;REFB=0;REVB=-0.00695507;RO=0;SAF=79;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.3138e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3927e-05;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:152:153:1:73:79:0:0:73:80:0:0 chr6 56417545 . T C 1007.54 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0093603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.104;QD=58.4083;RBI=0.0176297;REFB=0;REVB=0.0149396;RO=0;SAF=16;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81669e-05;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:68:69:1:52:16:0:0:53:16:0:0 chr6 56810539 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.342;QD=53.2772;RBI=0.0107265;REFB=0;REVB=-0.00757982;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9868e-08;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr6 57244780 . G A 470.85 PASS AF=0.372414;AO=54;DP=145;FAO=54;FDP=145;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.00595447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.712;QD=12.9889;RBI=0.00633845;REFB=-0.00285109;REVB=-0.00217262;RO=91;SAF=22;SAR=32;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121383;STB=0.569046;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00612471;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:91:91:54:54:0.372414:32:22:47:44:32:22:47:44 chr6 57246884 . A G 1784.14 PASS AF=0.429213;AO=188;DP=447;FAO=191;FDP=445;FR=.;FRO=254;FSAF=78;FSAR=113;FSRF=109;FSRR=145;FWDB=-0.00189285;FXX=0.00447417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.851;QD=16.0372;RBI=0.0134021;REFB=-0.00349087;REVB=-0.0132678;RO=251;SAF=78;SAR=110;SRF=110;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246396;STB=0.512203;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00428529;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:445:251:254:188:191:0.429213:110:78:110:141:113:78:109:145 chr6 57246969 . G A 1018.89 PASS AF=0.337766;AO=124;DP=374;FAO=127;FDP=376;FR=.;FRO=249;FSAF=43;FSAR=84;FSRF=106;FSRR=143;FWDB=-0.0289193;FXX=0.00265245;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.306;QD=10.8392;RBI=0.0324488;REFB=-0.00401216;REVB=-0.0147175;RO=247;SAF=42;SAR=82;SRF=106;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112379;STB=0.561825;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00933311;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:376:247:249:124:127:0.337766:82:42:106:141:84:43:106:143 chr6 57246982 . G T 812.09 PASS AF=0.313783;AO=102;DP=340;FAO=107;FDP=341;FR=.;FRO=234;FSAF=35;FSAR=72;FSRF=94;FSRR=140;FWDB=-0.0526516;FXX=0.00292389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.614;QD=9.52595;RBI=0.0528092;REFB=-0.00790393;REVB=-0.00407788;RO=230;SAF=34;SAR=68;SRF=93;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920355;STB=0.555891;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0111276;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:341:230:234:102:107:0.313783:68:34:93:137:72:35:94:140 chr6 57254927 . A G 485.2 PASS AF=0.377483;AO=57;DP=151;FAO=57;FDP=151;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=-0.0102775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.688;QD=12.8529;RBI=0.0162126;REFB=-0.0048654;REVB=0.0125388;RO=93;SAF=17;SAR=40;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314894;STB=0.676127;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00959044;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:93:94:57:57:0.377483:40:17:54:39:40:17:54:40 chr6 57254950 . A AT 211.18 PASS AF=0.418803;AO=41;DP=129;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.130172;FXX=0.0639949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.6893;QD=7.21994;RBI=0.148759;REFB=-0.0371326;REVB=-0.0720031;RO=83;SAF=14;SAR=27;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19579;STB=0.666596;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0340818;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418803:41:129:49:117:68:14:35:38:30:99:83:14:27:42:41 chr6 57254955 . G A 292.01 PASS AF=0.4;AO=24;DP=104;FAO=34;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00339278;FXX=0.205588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.519;QD=13.7414;RBI=0.0464054;REFB=-0.0185757;REVB=-0.0462812;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118604;STB=0.576961;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0371854;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:85:26:47:24:34:0.4:15:9:13:13:19:15:27:20 chr6 57254986 . G A 118.53 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0219074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4158;QD=7.77219;RBI=0.0445368;REFB=-0.01571;REVB=-0.0387762;RO=42;SAF=11;SAR=6;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652814;STB=0.543158;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0417738;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:44:17:17:0.278689:6:11:25:17:6:11:26:18 chr6 57255001 . C A 63.9 PASS AF=0.196078;AO=9;DP=48;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.015808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0945;QD=5.01209;RBI=0.044842;REFB=-0.00389727;REVB=-0.0419633;RO=39;SAF=6;SAR=3;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679225;STB=0.600648;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0130682;OID=.;OPOS=57255001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:48:51:39:41:9:10:0.196078:3:6:24:15:3:7:24:17 chr6 57372361 . C A 1449.66 PASS AF=0.625;AO=130;DP=210;FAO=130;FDP=208;FR=.;FRO=78;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0151725;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8757;QD=27.8782;RBI=0.0151896;REFB=0.00426053;REVB=0.000721444;RO=78;SAF=63;SAR=67;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0017838;STB=0.500962;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00276282;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:78:78:130:130:0.625:67:63:38:40:67:63:38:40 chr6 57393112 . T C 221.54 PASS AF=0.329412;AO=27;DP=83;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00980759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.315;QD=10.4252;RBI=0.0141201;REFB=0.00350194;REVB=-0.0101582;RO=56;SAF=12;SAR=15;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105175;STB=0.577126;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0043187;OID=.;OPOS=57393112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:56:57:27:28:0.329412:15:12:30:26:16:12:31:26 chr6 57393125 . A G 527.51 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0439424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.892;QD=20.8915;RBI=0.0465786;REFB=-0.031135;REVB=0.0154477;RO=47;SAF=25;SAR=28;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514076;STB=0.523356;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0212396;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:48:53:53:0.524752:28:25:25:22:28:25:25:23 chr6 57393144 . A T 542.53 PASS AF=0.487179;AO=55;DP=118;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00121399;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.594;QD=18.5481;RBI=0.0230255;REFB=-0.0132977;REVB=-0.0229935;RO=58;SAF=31;SAR=24;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753174;STB=0.539602;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00859314;OID=.;OPOS=57393144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:58:60:55:57:0.487179:24:31:28:30:26:31:28:32 chr6 57393160 . G A 107.15 PASS AF=0.159091;AO=21;DP=132;FAO=21;FDP=132;FR=.;FRO=111;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=0.00922562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.529;QD=3.24698;RBI=0.0132994;REFB=-0.000786508;REVB=-0.00957924;RO=111;SAF=12;SAR=9;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14155;STB=0.59346;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00553252;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:111:111:21:21:0.159091:9:12:51:60:9:12:51:60 chr6 57398154 . T C 1214.42 PASS AF=0.531532;AO=118;DP=221;FAO=118;FDP=222;FR=.;FRO=104;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=37;FSRR=67;FWDB=0.0507305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5342;QD=21.8815;RBI=0.0558172;REFB=-0.00141531;REVB=-0.0232804;RO=103;SAF=58;SAR=60;SRF=37;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113359;STB=0.563743;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00170425;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:103:104:118:118:0.531532:60:58:37:66:60:58:37:67 chr6 57398157 . A G 1261.7 PASS AF=0.545045;AO=120;DP=221;FAO=121;FDP=222;FR=.;FRO=101;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=34;FSRR=67;FWDB=0.0197839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.574;QD=22.7334;RBI=0.0262844;REFB=-0.024951;REVB=0.017305;RO=101;SAF=59;SAR=61;SRF=34;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130527;STB=0.572524;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0186057;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:101:101:120:121:0.545045:61:59:34:67:61:60:34:67 chr6 57398163 . A G 1442.11 PASS AF=0.54918;AO=134;DP=245;FAO=134;FDP=244;FR=.;FRO=110;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=38;FSRR=72;FWDB=0.0283374;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.123;QD=23.6412;RBI=0.0285308;REFB=-0.00484777;REVB=-0.00331631;RO=109;SAF=60;SAR=74;SRF=38;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835075;STB=0.547083;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00626653;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:109:110:134:134:0.54918:74:60:38:71:74:60:38:72 chr6 57398186 . G GA 194.23 PASS AF=0.25614;AO=69;DP=286;FAO=73;FDP=285;FR=.;FRO=212;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=89;FSRR=123;FWDB=0.150135;FXX=0.00349638;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.8595;QD=2.72608;RBI=0.180717;REFB=-0.00385972;REVB=-0.100588;RO=201;SAF=24;SAR=45;SRF=84;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930594;STB=0.528129;STBP=0.596;TYPE=ins;VARB=-0.00323713;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25614:69:286:73:285:212:28:45:89:123:99:201:24:45:84:117 chr6 57398201 . T C 1930.24 PASS AF=0.555215;AO=181;DP=326;FAO=181;FDP=326;FR=.;FRO=145;FSAF=83;FSAR=98;FSRF=57;FSRR=88;FWDB=-0.0173984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.5328;QD=23.6839;RBI=0.0199846;REFB=0.0126986;REVB=-0.00983259;RO=142;SAF=83;SAR=98;SRF=54;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642602;STB=0.529457;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0148593;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:142:145:181:181:0.555215:98:83:54:88:98:83:57:88 chr6 57398207 . G T 108.07 PASS AF=0.0988024;AO=32;DP=336;FAO=33;FDP=334;FR=.;FRO=301;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=131;FSRR=170;FWDB=0.0368472;FXX=0.0059522;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1942;QD=1.29419;RBI=0.0487664;REFB=0.00486475;REVB=-0.0319444;RO=304;SAF=13;SAR=19;SRF=133;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384735;STB=0.538294;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0450403;OID=.;OPOS=57398207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:334:304:301:32:33:0.0988024:19:13:133:171:20:13:131:170 chr6 57398226 . T G 903.75 PASS AF=0.410042;AO=98;DP=334;FAO=98;FDP=239;FR=.;FRO=141;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=58;FSRR=83;FWDB=-0.0238499;FXX=0.292891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.019;QD=15.1254;RBI=0.0368886;REFB=0.00289923;REVB=0.0281416;RO=140;SAF=52;SAR=46;SRF=57;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129341;STB=0.570006;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00336899;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:239:140:141:98:98:0.410042:46:52:57:83:46:52:58:83 chr6 57398264 . A G 1906.16 PASS AF=0.580328;AO=177;DP=305;FAO=177;FDP=305;FR=.;FRO=128;FSAF=82;FSAR=95;FSRF=58;FSRR=70;FWDB=-0.00493141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.77;QD=24.9988;RBI=0.0201099;REFB=-0.00127005;REVB=0.0194959;RO=127;SAF=82;SAR=95;SRF=57;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112286;STB=0.504286;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00081189;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:127:128:177:177:0.580328:95:82:57:70:95:82:58:70 chr6 57398270 . C T 534.63 PASS AF=0.256667;AO=77;DP=300;FAO=77;FDP=300;FR=.;FRO=223;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=107;FSRR=116;FWDB=-0.0288741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.659;QD=7.12834;RBI=0.0340437;REFB=-0.00663363;REVB=-0.018035;RO=223;SAF=31;SAR=46;SRF=107;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980421;STB=0.558296;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0170164;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:223:223:77:77:0.256667:46:31:107:116:46:31:107:116 chr6 57467084 . A G 242.4 PASS AF=0.176245;AO=46;DP=261;FAO=46;FDP=261;FR=.;FRO=215;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=110;FSRR=105;FWDB=-0.00417734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.311;QD=3.71497;RBI=0.0101024;REFB=-0.00249398;REVB=-0.00919823;RO=212;SAF=24;SAR=22;SRF=108;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159029;STB=0.508335;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0117541;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:212:215:46:46:0.176245:22:24:108:104:22:24:110:105 chr6 57467093 . A G 240.24 PASS AF=0.169065;AO=47;DP=278;FAO=47;FDP=278;FR=.;FRO=231;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=117;FSRR=114;FWDB=0.0148234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.438;QD=3.45673;RBI=0.0255159;REFB=-0.00110284;REVB=0.0207685;RO=230;SAF=22;SAR=25;SRF=116;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468589;STB=0.531901;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00378257;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:230:231:47:47:0.169065:25:22:116:114:25:22:117:114 chr6 57467100 . G C 1734.95 PASS AF=0.571429;AO=160;DP=280;FAO=160;FDP=280;FR=.;FRO=120;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=0.00688461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.234;QD=24.785;RBI=0.00688799;REFB=-0.0152575;REVB=-0.000215587;RO=120;SAF=78;SAR=82;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230483;STB=0.512498;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0102436;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:120:120:160:160:0.571429:82:78:62:58:82:78:62:58 chr6 57467107 . C T 271.95 PASS AF=0.177083;AO=51;DP=288;FAO=51;FDP=288;FR=.;FRO=237;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=119;FSRR=118;FWDB=-0.0250052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.405;QD=3.77714;RBI=0.0450293;REFB=-0.0027034;REVB=-0.0374483;RO=236;SAF=23;SAR=28;SRF=118;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634731;STB=0.542116;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0149987;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:236:237:51:51:0.177083:28:23:118:118:28:23:119:118 chr6 57467175 . A G 804.22 PASS AF=0.380165;AO=92;DP=243;FAO=92;FDP=242;FR=.;FRO=150;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=75;FSRR=75;FWDB=0.0020405;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.38;QD=13.2929;RBI=0.00481827;REFB=-0.00571672;REVB=-0.00436487;RO=149;SAF=44;SAR=48;SRF=74;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201693;STB=0.513481;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00784805;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:242:149:150:92:92:0.380165:48:44:74:75:48:44:75:75 chr6 57512476 . G A 2546.99 PASS AF=0.556075;AO=238;DP=428;FAO=238;FDP=428;FR=.;FRO=190;FSAF=123;FSAR=115;FSRF=93;FSRR=97;FWDB=0.00697428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.495;QD=23.8036;RBI=0.00732117;REFB=0.00236417;REVB=-0.00222689;RO=188;SAF=123;SAR=115;SRF=93;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180102;STB=0.512137;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00189611;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:428:428:188:190:238:238:0.556075:115:123:93:95:115:123:93:97 chr6 57512510 . T G 7038.5 PASS AF=0.944223;AO=469;DP=498;FAO=474;FDP=502;FR=.;FRO=28;FSAF=227;FSAR=247;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.000135235;FXX=0.00396818;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.803;QD=56.0836;RBI=0.0428867;REFB=-0.0868241;REVB=0.0428865;RO=25;SAF=226;SAR=243;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272472;STB=0.516805;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00110719;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:498:502:25:28:469:474:0.944223:243:226:5:20:247:227:5:23 chr6 57512529 . C A 739.95 PASS AF=0.231068;AO=115;DP=510;FAO=119;FDP=515;FR=.;FRO=396;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=182;FSRR=214;FWDB=-0.00312603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.699;QD=5.74722;RBI=0.0244422;REFB=-0.00192609;REVB=-0.0242415;RO=391;SAF=52;SAR=63;SRF=178;SRR=213;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00396323;STB=0.504505;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00624527;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:510:515:391:396:115:119:0.231068:63:52:178:213:65:54:182:214 chr6 57512565 . T C 2313.66 PASS AF=0.543269;AO=198;DP=388;FAO=226;FDP=416;FR=.;FRO=190;FSAF=103;FSAR=123;FSRF=81;FSRR=109;FWDB=0.0557651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.183;QD=22.2467;RBI=0.055967;REFB=9.55294e-05;REVB=-0.00474902;RO=188;SAF=77;SAR=121;SRF=80;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034056;STB=0.513582;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=3.25863e-05;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:416:188:190:198:226:0.543269:121:77:80:108:123:103:81:109 chr6 57512678 . G A 420.22 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.048781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2755;QD=17.1518;RBI=0.0523889;REFB=-0.0184316;REVB=-0.0191052;RO=52;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066387;STB=0.534813;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0244636;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:52:54:44:44:0.44898:25:19:19:33:25:19:20:34 chr6 58141869 . C T 362.0 PASS AF=0.261084;AO=53;DP=205;FAO=53;FDP=203;FR=.;FRO=150;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=68;FSRR=82;FWDB=0.00862936;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.476;QD=7.13297;RBI=0.0207945;REFB=-0.00366444;REVB=-0.0189194;RO=148;SAF=38;SAR=15;SRF=68;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325937;STB=0.698559;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0077676;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:203:148:150:53:53:0.261084:15:38:68:80:15:38:68:82 chr6 58141876 . C T 1857.73 PASS AF=0.7343;AO=150;DP=205;FAO=152;FDP=207;FR=.;FRO=55;FSAF=69;FSAR=83;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=-0.00617578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.601;QD=35.8982;RBI=0.0289459;REFB=-0.016665;REVB=0.0282794;RO=55;SAF=68;SAR=82;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137069;STB=0.572259;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00986611;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:207:55:55:150:152:0.7343:82:68:40:15:83:69:40:15 chr6 58141878 . A G 376.97 PASS AF=0.2657;AO=55;DP=208;FAO=55;FDP=207;FR=.;FRO=152;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=83;FWDB=0.00852198;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.458;QD=7.2844;RBI=0.0113588;REFB=-0.00581431;REVB=0.00750993;RO=153;SAF=40;SAR=15;SRF=69;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349046;STB=0.705594;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0145899;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:153:152:55:55:0.2657:15:40:69:84:15:40:69:83 chr6 58141886 . G C 2993.92 PASS AF=0.948837;AO=204;DP=215;FAO=204;FDP=215;FR=.;FRO=11;FSAF=104;FSAR=100;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00735527;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.722;QD=55.7008;RBI=0.00790794;REFB=-0.00680054;REVB=-0.00290438;RO=10;SAF=104;SAR=100;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043623;STB=0.520451;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000133457;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:215:215:10:11:204:204:0.948837:100:104:10:0:100:104:10:1 chr6 58141920 . G C 281.11 PASS AF=0.221106;AO=44;DP=199;FAO=44;FDP=199;FR=.;FRO=155;FSAF=36;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=88;FWDB=0.0192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.392;QD=5.65051;RBI=0.0192214;REFB=-0.00171768;REVB=-0.000908546;RO=155;SAF=36;SAR=8;SRF=67;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500352;STB=0.807334;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00683431;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:155:155:44:44:0.221106:8:36:67:88:8:36:67:88 chr6 58141935 . T C 216.1 PASS AF=0.213018;AO=36;DP=171;FAO=36;FDP=169;FR=.;FRO=133;FSAF=32;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=79;FWDB=0.0119881;FXX=0.0116952;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5703;QD=5.1147;RBI=0.0180184;REFB=0.00365157;REVB=-0.0134517;RO=134;SAF=32;SAR=4;SRF=55;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61878;STB=0.885117;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0113318;OID=.;OPOS=58141935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:169:134:133:36:36:0.213018:4:32:55:79:4:32:54:79 chr6 58141946 . C T 1419.96 PASS AF=0.774648;AO=107;DP=139;FAO=110;FDP=142;FR=.;FRO=32;FSAF=40;FSAR=70;FSRF=27;FSRR=5;FWDB=0.0690185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.6826;QD=39.9989;RBI=0.0846521;REFB=-0.10249;REVB=0.0490146;RO=32;SAF=40;SAR=67;SRF=27;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204599;STB=0.609863;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.029809;OID=.;OPOS=58141946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:32:32:107:110:0.774648:67:40:27:5:70:40:27:5 chr6 61944740 . C A 800.75 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7368;QD=57.1966;RBI=0.0767561;REFB=0;REVB=-0.0666995;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108494;OID=.;OPOS=61944740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr6 62284356 . CA C 2514.27 PASS AF=1;AO=202;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502383;FXX=0.0142173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.0899;QD=48.3514;RBI=0.0505277;REFB=0;REVB=-0.00540009;RO=0;SAF=92;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00025384;OID=.;OPOS=62284357;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:202:208:208:208:0:95:113:0:0:45:0:92:110:0:0 chr6 62284512 . T C 4738.32 PASS AF=1;AO=292;DP=296;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018582;FXX=0.0100331;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.859;QD=64.0313;RBI=0.0517838;REFB=0;REVB=0.048335;RO=0;SAF=135;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95643e-05;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:296:296:0:0:292:296:1:157:135:0:0:161:135:0:0 chr6 62442604 . A G 1865.58 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102383;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0513;QD=61.6722;RBI=0.020145;REFB=0;REVB=0.0173493;RO=0;SAF=53;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128613;OID=.;OPOS=62442604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:68:53:0:0:68:53:0:0 chr6 62887099 . C T 733.74 PASS AF=0.525926;AO=70;DP=134;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0366239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9087;QD=21.7405;RBI=0.039244;REFB=-0.0135174;REVB=-0.0140989;RO=64;SAF=35;SAR=35;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543576;STB=0.526308;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00850799;OID=.;OPOS=62887099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:64:64:70:71:0.525926:35:35:28:36:36:35:28:36 chr6 64694354 . C T 864.67 PASS AF=0.521212;AO=86;DP=166;FAO=86;FDP=165;FR=.;FRO=79;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.00897408;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.335;QD=20.9617;RBI=0.00997429;REFB=-0.0177628;REVB=0.00435343;RO=79;SAF=45;SAR=41;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919567;STB=0.550389;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0179516;OID=.;OPOS=64694354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:79:79:86:86:0.521212:41:45:33:46:41:45:33:46 chr6 65016868 . A G 478.16 PASS AF=0.335196;AO=60;DP=179;FAO=60;FDP=179;FR=.;FRO=119;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=-0.00428596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.6;QD=10.6852;RBI=0.00715329;REFB=-0.0133564;REVB=-0.00572714;RO=115;SAF=29;SAR=31;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241001;STB=0.525024;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0290336;OID=.;OPOS=65016868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:115:119:60:60:0.335196:31:29:58:57:31:29:62:57 chr6 65016977 . TGA T 184.23 PASS AF=0.389831;AO=20;DP=62;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0543967;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=2;MLLD=110.159;QD=12.4904;RBI=0.0744105;REFB=-0.107063;REVB=-0.0507732;RO=29;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268718;STB=0.628629;STBP=0.115;TYPE=del;VARB=0.189397;OID=.;OPOS=65016978;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.389831:20:62:23:59:36:8:15:20:16:99:29:6:14:16:13 chr6 65149185 . T A 778.57 PASS AF=0.631579;AO=70;DP=113;FAO=72;FDP=114;FR=.;FRO=42;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0103257;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4949;QD=27.3181;RBI=0.0157364;REFB=-0.0220667;REVB=0.011875;RO=43;SAF=36;SAR=34;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995805;STB=0.562604;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00907393;OID=.;OPOS=65149185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:43:42:70:72:0.631579:34:36:16:27:34:38:15:27 chr6 65300143 . G C 398.93 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0192587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1522;QD=20.9965;RBI=0.0457248;REFB=0.00204941;REVB=0.0414712;RO=36;SAF=20;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237836;STB=0.513151;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.000636404;OID=.;OPOS=65300143;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:20:20:17:19:20:20:17:19 chr6 65301167 . C T 523.54 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=133;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0481725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1243;QD=15.7457;RBI=0.105046;REFB=-0.0290252;REVB=0.0933492;RO=75;SAF=16;SAR=41;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234923;STB=0.636522;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0397238;OID=.;OPOS=65301167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:75:76:57:57:0.428571:41:16:37:38:41:16:38:38 chr6 65301211 . T C 593.57 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.00763905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.307;QD=17.458;RBI=0.0111328;REFB=0.00626459;REVB=-0.00809835;RO=72;SAF=18;SAR=44;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219651;STB=0.623991;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00844124;OID=.;OPOS=65301211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:72:74:62:62:0.455882:44:18:36:36:44:18:37:37 chr6 65301217 . G A 609.74 PASS AF=0.463235;AO=63;DP=136;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.00477031;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3863;QD=17.9334;RBI=0.0382991;REFB=0.00265227;REVB=0.0380009;RO=73;SAF=19;SAR=44;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22516;STB=0.625551;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00374315;OID=.;OPOS=65301217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:73:73:63:63:0.463235:44:19:38:35:44:19:38:35 chr6 65301408 . A G 805.82 PASS AF=0.529801;AO=80;DP=152;FAO=80;FDP=151;FR=.;FRO=71;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.02253;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3735;QD=21.3463;RBI=0.0381;REFB=-0.0125257;REVB=-0.0307247;RO=70;SAF=44;SAR=36;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103336;STB=0.5598;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0101029;OID=.;OPOS=65301408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:70:71:80:80:0.529801:36:44:30:40:36:44:30:41 chr6 65301504 . A G 2191.43 PASS AF=0.980263;AO=147;DP=151;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0078071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.904;QD=57.6692;RBI=0.0081936;REFB=-0.17134;REVB=0.00248679;RO=1;SAF=72;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629935;STB=0.503092;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=4.70633e-05;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:151:152:1:3:147:149:0.980263:75:72:0:1:76:73:1:2 chr6 65301679 . T C 268.57 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.014727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.7083;QD=13.9515;RBI=0.0287963;REFB=0.0140466;REVB=-0.0247456;RO=43;SAF=17;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378422;STB=0.541919;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.0202848;OID=.;OPOS=65301679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:43:46:31:31:0.402597:14:17:22:21:14:17:22:24 chr6 65301734 . G A 322.83 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.0320522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.546;QD=11.7392;RBI=0.0399387;REFB=-0.0134591;REVB=-0.0238276;RO=70;SAF=19;SAR=21;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100275;STB=0.557259;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.021635;OID=.;OPOS=65301734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:70:70:40:40:0.363636:21:19:27:43:21:19:27:43 chr6 65301787 . G C 376.03 PASS AF=0.40367;AO=43;DP=108;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.0590821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.363;QD=13.7992;RBI=0.0929046;REFB=0.0297635;REVB=0.0716978;RO=65;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120302;STB=0.57422;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0299068;OID=.;OPOS=65301787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:65:65:43:44:0.40367:23:20:23:42:23:21:23:42 chr6 65301824 . T C 362.02 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.00493869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.012;QD=15.4051;RBI=0.0113724;REFB=0.00324504;REVB=-0.0102441;RO=55;SAF=17;SAR=22;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116713;STB=0.565675;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00460181;OID=.;OPOS=65301824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:22:17:18:37:22:17:18:37 chr6 65301854 . G A 248.96 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.00318553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9409;QD=14.0258;RBI=0.0334171;REFB=0.0104281;REVB=0.0332649;RO=42;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166616;STB=0.603262;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.015827;OID=.;OPOS=65301854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:42:42:28:29:0.408451:15:13:13:29:15:14:13:29 chr6 65303100 . T C 749.25 PASS AF=0.467456;AO=78;DP=167;FAO=79;FDP=169;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.015955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9399;QD=17.7337;RBI=0.0244639;REFB=-0.0237719;REVB=0.0185451;RO=89;SAF=24;SAR=54;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925282;STB=0.549537;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.030539;OID=.;OPOS=65303100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:89:90:78:79:0.467456:54:24:35:54:54:25:36:54 chr6 65622463 . A G 523.43 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0175016;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1356;QD=23.7921;RBI=0.0376181;REFB=-0.03915;REVB=0.0332989;RO=40;SAF=11;SAR=38;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570991;STB=0.535196;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.028818;OID=.;OPOS=65622463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:40:39:49:49:0.556818:38:11:11:29:38:11:11:28 chr6 66005888 . C T 3202.26 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616679;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.269;QD=61.582;RBI=0.0217917;REFB=-0.0579758;REVB=-0.0209009;RO=0;SAF=108;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74848e-05;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:208:0:0:208:208:1:100:108:0:0:100:108:0:0 chr6 66005970 . G A 1730.71 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.161;QD=60.7266;RBI=0.0511517;REFB=0;REVB=-0.019408;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78095e-05;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:55:58:0:0:55:59:0:0 chr6 66044927 . T C 435.49 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0196165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.473;QD=23.8625;RBI=0.108369;REFB=-0.0162945;REVB=0.106579;RO=31;SAF=28;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727108;STB=0.539981;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00937206;OID=.;OPOS=66044927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:14:28:18:13:14:28:18:13 chr6 66063513 . G A 196.11 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0163556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.237;QD=25.304;RBI=0.0175577;REFB=-0.00391738;REVB=0.00638497;RO=12;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24728;STB=0.638628;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00117159;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:31:31:12:12:19:19:0.612903:14:5:7:5:14:5:7:5 chr6 68599166 . A G 3117.85 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292104;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.892;QD=63.9559;RBI=0.0374382;REFB=0;REVB=-0.0234173;RO=0;SAF=69;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07408e-07;OID=.;OPOS=68599166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:195:0:0:195:195:1:126:69:0:0:126:69:0:0 chr6 68599169 . A T 653.67 PASS AF=0.391534;AO=66;DP=181;FAO=74;FDP=189;FR=.;FRO=115;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=74;FWDB=0.0152652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.872;QD=13.8342;RBI=0.0165314;REFB=-0.0134393;REVB=0.00634511;RO=115;SAF=29;SAR=37;SRF=41;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955112;STB=0.522794;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.020868;OID=.;OPOS=68599169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:189:115:115:66:74:0.391534:37:29:41:74:45:29:41:74 chr6 69666684 . A G 2177.73 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0592468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5642;QD=63.1226;RBI=0.0642974;REFB=0;REVB=-0.0249794;RO=0;SAF=51;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024188;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:87:51:0:0:87:51:0:0 chr6 70071173 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.242;QD=64.4145;RBI=0.0450769;REFB=0;REVB=0.011727;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194559;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr6 70407465 . A T 1928.28 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.411;QD=61.7049;RBI=0.0382812;REFB=0;REVB=0.00994296;RO=0;SAF=52;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98071e-05;OID=.;OPOS=70407465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:72:52:0:0:73:52:0:0 chr6 70778378 . GC CT 159.8 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0170934;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=2;MLLD=112.931;QD=10.1462;RBI=0.0212867;REFB=-0.0148226;REVB=0.0126862;RO=41;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212139;STB=0.612457;STBP=0.231;TYPE=mnp;VARB=0.0282944;OID=.;OPOS=70778378;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:41:42:21:21:0.333333:11:10:12:29:11:10:13:29 chr6 70812123 . A G 505.31 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00087884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.635;QD=22.7105;RBI=0.0215161;REFB=0.00697755;REVB=0.0214981;RO=39;SAF=13;SAR=35;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623435;STB=0.526305;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00468675;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:41:48:48:0.539326:35:13:13:26:35:13:13:28 chr6 70890224 . G A 939.89 PASS AF=0.477157;AO=94;DP=197;FAO=94;FDP=197;FR=.;FRO=103;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=-0.00754037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.582;QD=19.084;RBI=0.0171887;REFB=0.00117838;REVB=-0.0154465;RO=96;SAF=42;SAR=52;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672935;STB=0.531113;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00108387;OID=.;OPOS=70890224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:96:103:94:94:0.477157:52:42:36:60:52:42:40:63 chr6 70916888 . A C 504.17 PASS AF=0.376543;AO=58;DP=159;FAO=61;FDP=162;FR=.;FRO=101;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.00309086;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.275;QD=12.4485;RBI=0.00623365;REFB=-0.0107089;REVB=-0.0054134;RO=100;SAF=29;SAR=29;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522526;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0180141;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:100:101:58:61:0.376543:29:29:50:50:28:33:51:50 chr6 70917559 . A AT,T 581.47 PASS AF=1,0;AO=33,5;DP=46;FAO=38,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400854,-0.00215143;FXX=0.155521;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=86.6661,164.705;QD=61.2078;RBI=0.0434484,0.00478461;REFB=0,0;REVB=-0.0167609,-0.00427362;RO=6;SAF=17,0;SAR=16,5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00432944,-0.739739;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000757759,0;OID=.,.;OPOS=70917560,70917559;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:38:6:0:33,5:38,0:1,0:16,5:17,0:3:3:21,0:17,0:0:0 chr6 70944257 . T C 416.1 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00689433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.724;QD=16.9838;RBI=0.00764969;REFB=-0.00137976;REVB=0.00331449;RO=55;SAF=13;SAR=30;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220057;STB=0.623989;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00173779;OID=.;OPOS=70944257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:30:13:28:27:30:13:28:27 chr6 71012575 . T C 300.48 PASS AF=0.285714;AO=35;DP=139;FAO=42;FDP=147;FR=.;FRO=105;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.0075889;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.182;QD=8.17632;RBI=0.0217521;REFB=-0.0128019;REVB=-0.0203853;RO=101;SAF=7;SAR=28;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389339;STB=0.632303;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0284157;OID=.;OPOS=71012575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:147:101:105:35:42:0.285714:28:7:49:52:29:13:51:54 chr6 71238105 . A G 616.42 PASS AF=0.604396;AO=53;DP=89;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0301427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.373;QD=27.0954;RBI=0.0332395;REFB=-0.0294625;REVB=0.0140102;RO=36;SAF=22;SAR=31;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632082;STB=0.534871;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0144372;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:36:36:53:55:0.604396:31:22:12:24:32:23:12:24 chr6 71546702 . C T 488.36 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=52;FWDB=0.0521259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6609;QD=15.3813;RBI=0.0555115;REFB=0.00938033;REVB=-0.0190898;RO=72;SAF=10;SAR=44;SRF=20;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139586;STB=0.586884;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0122403;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:72:73:54:54:0.425197:44:10:20:52:44:10:21:52 chr6 71547572 . A T 529.78 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.0622779;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8961;QD=14.8191;RBI=0.0623564;REFB=-0.00843877;REVB=-0.00312843;RO=83;SAF=22;SAR=36;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199801;STB=0.501793;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0168557;OID=.;OPOS=71547572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:83:85:58:58:0.405594:36:22:30:53:36:22:32:53 chr6 71665986 . G A 777.25 PASS AF=0.535714;AO=72;DP=140;FAO=75;FDP=140;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0116871;FXX=0.0666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.653;QD=22.2072;RBI=0.0516698;REFB=-0.0181455;REVB=0.0503307;RO=55;SAF=31;SAR=41;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248263;STB=0.504352;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0140172;OID=.;OPOS=71665986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:55:65:72:75:0.535714:41:31:22:33:42:33:28:37 chr6 72889472 . A G 2141.6 PASS AF=0.904762;AO=151;DP=167;FAO=152;FDP=168;FR=.;FRO=16;FSAF=84;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0156392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.564;QD=50.9904;RBI=0.0169751;REFB=-0.0182945;REVB=0.00660056;RO=16;SAF=84;SAR=67;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785379;STB=0.540824;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00527471;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:167:168:16:16:151:152:0.904762:67:84:2:14:68:84:2:14 chr6 72889473 . A C 35.47 PASS AF=0.0882353;AO=15;DP=171;FAO=15;FDP=170;FR=.;FRO=155;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=84;FSRR=71;FWDB=-0.103668;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.032;QD=0.834644;RBI=0.105853;REFB=-0.00338779;REVB=-0.021392;RO=155;SAF=1;SAR=14;SRF=84;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552135;STB=0.932757;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.206544;OID=.;OPOS=72889473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:171:170:155:155:15:15:0.0882353:14:1:84:71:14:1:84:71 chr6 72892257 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.18;QD=57.6786;RBI=0.0289354;REFB=0;REVB=0.00766555;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257326;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr6 73111492 . A G 717.67 PASS AF=0.518519;AO=70;DP=135;FAO=70;FDP=135;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=2.29389e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.292;QD=21.2642;RBI=0.017776;REFB=-0.000360637;REVB=-0.0177759;RO=65;SAF=31;SAR=39;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839441;STB=0.546136;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000354856;OID=.;OPOS=73111492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:65:65:70:70:0.518519:39:31:35:30:39:31:35:30 chr6 73935135 . G C 435.61 PASS AF=0.366906;AO=51;DP=139;FAO=51;FDP=139;FR=.;FRO=88;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=-0.0275147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5016;QD=12.5355;RBI=0.0482014;REFB=0.00190494;REVB=-0.0395767;RO=87;SAF=23;SAR=28;SRF=55;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198775;STB=0.615769;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00487966;OID=.;OPOS=73935135;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:87:88:51:51:0.366906:28:23:55:32:28:23:56:32 chr6 74019376 . T C 584.34 PASS AF=0.384181;AO=68;DP=177;FAO=68;FDP=177;FR=.;FRO=109;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=0.00253692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.038;QD=13.2053;RBI=0.010195;REFB=-0.0211078;REVB=-0.00987433;RO=108;SAF=26;SAR=42;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390152;STB=0.52554;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0284221;OID=.;OPOS=74019376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:108:109:68:68:0.384181:42:26:45:63:42:26:46:63 chr6 74079041 . A C 3668.76 PASS AF=1;AO=233;DP=234;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200418;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.982;QD=62.983;RBI=0.0583533;REFB=-0.0215118;REVB=0.0548036;RO=1;SAF=97;SAR=136;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488773;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574841;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:233:1:0:233:233:1:136:97:1:0:136:97:0:0 chr6 74079464 . C T 352.86 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0107381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.408;QD=15.8587;RBI=0.0178998;REFB=-0.0125137;REVB=-0.0143211;RO=51;SAF=22;SAR=16;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510809;STB=0.528749;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0183594;OID=.;OPOS=74079464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:16:22:32:19:16:22:32:19 chr6 74135016 . C T 838.62 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0848278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3686;QD=54.1045;RBI=0.0850953;REFB=-0.0883208;REVB=0.00674273;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178047;STB=0.502187;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00620412;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:1:2:60:60:0.967742:26:34:0:1:26:34:1:1 chr6 74155346 . G T 1973.53 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00755823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.693;QD=61.1948;RBI=0.019205;REFB=-0.012126;REVB=-0.0176552;RO=1;SAF=58;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812287;STB=0.504273;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=6.6659e-07;OID=.;OPOS=74155346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:70:58:1:0:70:58:1:0 chr6 74161503 . A G 1963.79 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.579;QD=61.8516;RBI=0.0376379;REFB=0;REVB=0.0214542;RO=0;SAF=48;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14089e-05;OID=.;OPOS=74161503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:127:0:0:123:127:1:75:48:0:0:77:50:0:0 chr6 74161801 . G T 2253.2 PASS AF=0.986842;AO=149;DP=152;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0168787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2613;QD=59.2947;RBI=0.0168911;REFB=-0.0109401;REVB=-0.000647785;RO=2;SAF=52;SAR=97;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00418007;STB=0.502224;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000861672;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:152:152:2:2:149:150:0.986842:97:52:1:1:98:52:1:1 chr6 74466377 . C T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.381;QD=58.7807;RBI=0.0309101;REFB=0;REVB=0.0234457;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168872;OID=.;OPOS=74466377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:45:20:0:0:45:20:0:0 chr6 74493432 . A C 1533.22 PASS AF=0.55303;AO=146;DP=265;FAO=146;FDP=264;FR=.;FRO=118;FSAF=74;FSAR=72;FSRF=67;FSRR=51;FWDB=-0.00587198;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.141;QD=23.2307;RBI=0.027265;REFB=0.0024875;REVB=0.0266252;RO=118;SAF=74;SAR=72;SRF=67;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501469;STB=0.527263;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00179694;OID=.;OPOS=74493432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:264:118:118:146:146:0.55303:72:74:67:51:72:74:67:51 chr6 74497009 . A G 585.32 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00973008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.2914;QD=21.0925;RBI=0.0911636;REFB=0.000739004;REVB=0.0906428;RO=49;SAF=31;SAR=28;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430415;STB=0.502907;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.000205261;OID=.;OPOS=74497009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:52:59:59:0.531532:28:31:26:23:28:31:27:25 chr6 74497152 . G A 386.56 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0290663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.293;QD=18.1909;RBI=0.0305179;REFB=0.00205499;REVB=0.00930019;RO=45;SAF=19;SAR=21;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157782;STB=0.587703;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0020924;OID=.;OPOS=74497152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:21:19:14:31:21:19:14:31 chr6 74521947 . C T 429.16 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0148738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.929;QD=17.6972;RBI=0.0186347;REFB=-0.0106225;REVB=-0.011226;RO=52;SAF=18;SAR=26;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893985;STB=0.55553;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0146039;OID=.;OPOS=74521947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:53:44:44:0.453608:26:18:26:26:26:18:27:26 chr6 74533192 . T G 1153.53 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.13;QD=60.7119;RBI=0.0184637;REFB=0;REVB=-0.0042474;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10194e-05;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr6 75797302 . C T 509.16 PASS AF=0.38961;AO=60;DP=156;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.0231132;FXX=0.0128197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1821;QD=13.2249;RBI=0.0590808;REFB=-0.0121361;REVB=0.054372;RO=95;SAF=32;SAR=28;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04188;STB=0.520375;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.021002;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:95:94:60:60:0.38961:28:32:47:48:28:32:47:47 chr6 75841722 . A T 824.61 PASS AF=0.395745;AO=93;DP=235;FAO=93;FDP=235;FR=.;FRO=142;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=-0.0102931;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.706;QD=14.0359;RBI=0.0107847;REFB=-0.00418958;REVB=-0.00321908;RO=141;SAF=41;SAR=52;SRF=68;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447756;STB=0.523163;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00638386;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:141:142:93:93:0.395745:52:41:68:73:52:41:68:74 chr6 75848181 . A G 576.39 PASS AF=0.409938;AO=66;DP=161;FAO=66;FDP=161;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=0.0113315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.18;QD=14.3203;RBI=0.0187685;REFB=-0.00415747;REVB=-0.0149617;RO=94;SAF=29;SAR=37;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026132;STB=0.51101;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00621411;OID=.;OPOS=75848181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:94:95:66:66:0.409938:37:29:39:55:37:29:40:55 chr6 76138146 . C CAG 473.63 PASS AF=0.37415;AO=53;DP=147;FAO=55;FDP=147;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.0110884;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=305.532;QD=12.888;RBI=0.0129742;REFB=-0.0145051;REVB=0.00673624;RO=92;SAF=29;SAR=24;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163259;STB=0.503349;STBP=0.96;TYPE=ins;VARB=0.0244095;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37415:53:147:55:147:92:29:26:49:43:99:92:29:24:49:43 chr6 76369054 . A G 2277.44 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019835;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.934;QD=63.7045;RBI=0.0239334;REFB=0;REVB=0.0133934;RO=0;SAF=60;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91361e-05;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:83:60:0:0:83:60:0:0 chr6 76425594 . A C 744.86 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.005;QD=56.2159;RBI=0.0249951;REFB=0;REVB=0.0230678;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97649e-05;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:24:29:0:0 chr6 76570815 . ATGTG ATG,ATGTT 174.92 PASS AF=0.372549,0.0588235;AO=13,2;DP=51;FAO=19,3;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=6,2;FSAR=13,1;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0156373,0.0143625;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=175.773,175.938;QD=13.7192;RBI=0.0221065,0.0143635;REFB=-0.00950503,-0.00911041;REVB=0.0156259,-0.000175636;RO=21;SAF=5,1;SAR=8,1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.195695,-0.069002;STB=0.586604,0.692622;STBP=0.363,0.576;TYPE=del,snp;VARB=0.0115326,0.025242;OID=.,.;OPOS=76570816,76570819;OREF=TG,G;OALT=-,T;OMAPALT=ATG,ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372549,0.0588235:13,2:51:19,3:51:29:6,2:13,1:13:16:99:21:5,1:8,1:12:9 chr6 76604573 . T G 167.7 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.0017308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.617;QD=8.38479;RBI=0.0083785;REFB=-0.0105788;REVB=0.00819778;RO=57;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919219;STB=0.55441;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0187825;OID=.;OPOS=76604573;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:57:57:23:23:0.2875:15:8:16:41:15:8:16:41 chr6 76625079 . T C 724.03 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00877404;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.411;QD=22.1077;RBI=0.0116727;REFB=0.00346253;REVB=-0.00769865;RO=60;SAF=34;SAR=36;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160638;STB=0.512447;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00290844;OID=.;OPOS=76625079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:60:61:70:70:0.534351:36:34:28:32:36:34:28:33 chr6 76626756 . T C 543.88 PASS AF=0.383234;AO=64;DP=162;FAO=64;FDP=167;FR=.;FRO=103;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.0168062;FXX=0.00595203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.9665;QD=13.027;RBI=0.0187252;REFB=-0.0154258;REVB=0.00825736;RO=98;SAF=32;SAR=32;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508979;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0226482;OID=.;OPOS=76626756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:167:98:103:64:64:0.383234:32:32:49:49:32:32:53:50 chr6 76631823 . C T 549.13 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00501462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.485;QD=26.4638;RBI=0.00973735;REFB=-0.00912641;REVB=-0.00834684;RO=33;SAF=30;SAR=20;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277756;STB=0.515145;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00726447;OID=.;OPOS=76631823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:33:50:50:0.60241:20:30:21:12:20:30:21:12 chr6 76640781 . C T 765.92 PASS AF=0.37395;AO=90;DP=238;FAO=89;FDP=238;FR=.;FRO=149;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=75;FSRR=74;FWDB=-0.0832921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.931;QD=12.8726;RBI=0.090663;REFB=-0.00286812;REVB=0.0358079;RO=145;SAF=47;SAR=43;SRF=73;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205608;STB=0.508453;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00358762;OID=.;OPOS=76640781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:145:149:90:89:0.37395:43:47:73:72:43:46:75:74 chr6 78172260 . C G 634.64 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=53;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=3;FWDB=-0.00642902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8686;QD=23.078;RBI=0.0152028;REFB=-0.0124687;REVB=0.0137766;RO=47;SAF=53;SAR=9;SRF=45;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189351;STB=0.581005;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0131028;OID=.;OPOS=78172260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:47:48:62:62:0.563636:9:53:45:2:9:53:45:3 chr6 78172992 . G A 1286.96 PASS AF=0.54185;AO=123;DP=227;FAO=123;FDP=227;FR=.;FRO=104;FSAF=72;FSAR=51;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=0.01047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.242;QD=22.6776;RBI=0.0123594;REFB=-0.0180752;REVB=0.00656777;RO=101;SAF=72;SAR=51;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676587;STB=0.539732;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0168233;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:101:104:123:123:0.54185:51:72:51:50:51:72:52:52 chr6 79577384 . A G 865.06 PASS AF=0.478495;AO=80;DP=179;FAO=89;FDP=186;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.0147748;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.378;QD=18.6034;RBI=0.0184057;REFB=-0.0180105;REVB=-0.0109761;RO=98;SAF=36;SAR=44;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799514;STB=0.55117;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.016325;OID=.;OPOS=79577384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:186:98:97:80:89:0.478495:44:36:52:46:50:39:52:45 chr6 79595167 . A ACTTAT 533.7 PASS AF=0.730159;AO=45;DP=66;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0404097;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=5;MLLD=256.759;QD=33.8858;RBI=0.0411002;REFB=-0.0212575;REVB=-0.00750218;RO=18;SAF=26;SAR=19;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120068;STB=0.500356;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0058171;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.730159:45:66:46:63:17:27:19:10:7:99:18:26:19:10:8 chr6 79612800 . G A 257.39 PASS AF=0.326923;AO=31;DP=101;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.000241929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.236;QD=9.89942;RBI=0.0313862;REFB=-0.0117857;REVB=-0.0313853;RO=67;SAF=16;SAR=15;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11293;STB=0.547917;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0228222;OID=.;OPOS=79612800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:67:70:31:34:0.326923:15:16:41:26:16:18:42:28 chr6 79650269 . T G 33.74 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=43;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0213276;FXX=0.0232504;HRUN=23;LEN=1;MLLD=120.787;QD=3.21344;RBI=0.0338502;REFB=-0.00967823;REVB=0.0262863;RO=35;SAF=5;SAR=2;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043515;STB=0.639009;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0232091;OID=.;OPOS=79650269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:42:35:36:7:6:0.142857:2:5:26:9:1:5:26:10 chr6 79650272 . T G 40.68 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0241561;FXX=0;HRUN=23;LEN=1;MLLD=191.515;QD=3.69819;RBI=0.0243387;REFB=-0.00128305;REVB=0.00297608;RO=36;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352577;STB=0.740174;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00874441;OID=.;OPOS=79650272;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:44:36:37:7:7:0.159091:4:3:26:10:4:3:27:10 chr6 79650276 . T G 41.15 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.000204358;FXX=0;HRUN=23;LEN=1;MLLD=164.818;QD=3.74084;RBI=0.135956;REFB=-0.0260379;REVB=-0.135956;RO=33;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106208;STB=0.538349;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0436384;OID=.;OPOS=79650276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:33:37:7:7:0.159091:2:5:21:12:2:5:25:12 chr6 79650277 . T G 37.04 PASS AF=0.162791;AO=6;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0231347;FXX=0;HRUN=23;LEN=1;MLLD=110.174;QD=3.44562;RBI=0.0762766;REFB=-0.0165342;REVB=-0.0726836;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216181;STB=0.733618;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0249339;OID=.;OPOS=79650277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:43:43:31:36:6:7:0.162791:3:3:21:10:4:3:26:10 chr6 79650278 . T G 62.92 PASS AF=0.209302;AO=8;DP=44;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0391284;FXX=0.0227221;HRUN=23;LEN=1;MLLD=137.055;QD=5.85324;RBI=0.0907851;REFB=-0.0274119;REVB=-0.08192;RO=33;SAF=6;SAR=2;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121451;STB=0.508753;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0481424;OID=.;OPOS=79650278;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:44:43:33:34:8:9:0.209302:2:6:22:11:3:6:23:11 chr6 79656477 . T G 715.74 PASS AF=0.510791;AO=70;DP=139;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.00708874;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.75;QD=20.5968;RBI=0.101432;REFB=-0.00136837;REVB=0.101184;RO=65;SAF=44;SAR=26;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22757;STB=0.623069;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00100413;OID=.;OPOS=79656477;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:65:68:70:71:0.510791:26:44:24:41:27:44:25:43 chr6 79657391 . G A 331.5 PASS AF=0.359649;AO=41;DP=116;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0291471;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.3;QD=11.6315;RBI=0.0305599;REFB=0.00539277;REVB=-0.00918439;RO=74;SAF=16;SAR=25;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125083;STB=0.584374;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0101702;OID=.;OPOS=79657391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:74:73:41:41:0.359649:25:16:37:37:25:16:38:35 chr6 79679577 . A G 1419.17 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318863;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.02;QD=63.0742;RBI=0.0347428;REFB=0;REVB=0.013796;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09416e-05;OID=.;OPOS=79679577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:88:90:1:50:38:0:0:52:38:0:0 chr6 79707184 . C A 1060.84 PASS AF=0.555556;AO=100;DP=180;FAO=100;FDP=180;FR=.;FRO=80;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0662697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3542;QD=23.5743;RBI=0.0701307;REFB=0.00439347;REVB=-0.0229485;RO=80;SAF=51;SAR=49;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692641;STB=0.537728;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00326704;OID=.;OPOS=79707184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:80:80:100:100:0.555556:49:51:34:46:49:51:34:46 chr6 79708000 . A C 1987.87 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9886;QD=62.121;RBI=0.0392415;REFB=0;REVB=-3.91152e-05;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182105;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:64:64:0:0:64:64:0:0 chr6 79918309 . G A 1233.12 PASS AF=1;AO=63;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168956;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.2032;QD=60.1523;RBI=0.169762;REFB=0;REVB=-0.0165308;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204508;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:63:82:1:38:25:0:0:43:39:0:0 chr6 80196498 . T C 1016.5 PASS AF=0.947368;AO=71;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0071565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1433;QD=53.5001;RBI=0.110523;REFB=-0.0182775;REVB=0.110291;RO=2;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325786;STB=0.532249;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00458477;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:76:76:2:4:71:72:0.947368:28:43:0:2:29:43:0:4 chr6 80228541 . A G 4423.37 PASS AF=0.970199;AO=292;DP=303;FAO=293;FDP=302;FR=.;FRO=9;FSAF=144;FSAR=149;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0467961;FXX=0.00983574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.19;QD=58.5877;RBI=0.0500539;REFB=-0.133375;REVB=0.017763;RO=5;SAF=144;SAR=148;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00984903;STB=0.511842;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00324729;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:303:302:5:9:292:293:0.970199:148:144:4:1:149:144:8:1 chr6 80411572 . C A 1690.47 PASS AF=0.974359;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.020058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8933;QD=57.7939;RBI=0.0500883;REFB=-0.131312;REVB=-0.0458967;RO=3;SAF=59;SAR=55;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00897247;STB=0.504727;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00346415;OID=.;OPOS=80411572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:117:117:3:3:114:114:0.974359:55:59:1:2:55:59:1:2 chr6 80513565 . G GCTCTCTGATATGCCATC 839.23 PASS AF=0.924242;AO=57;DP=70;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00119636;FXX=0.0958773;HRUN=1;LEN=17;MLLD=520.984;QD=50.8622;RBI=0.0153528;REFB=0.00180744;REVB=0.0153061;RO=6;SAF=36;SAR=21;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00676016;STB=0.513289;STBP=0.478;TYPE=ins;VARB=0.000102549;OID=.;OPOS=80513566;OREF=-;OALT=CTCTCTGATATGCCATC;OMAPALT=GCTCTCTGATATGCCATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.924242:57:70:61:66:5:39:22:4:1:20:6:36:21:4:2 chr6 80580038 . T G 2279.47 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321059;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.065;QD=59.9861;RBI=0.0422926;REFB=-0.034716;REVB=0.0275296;RO=0;SAF=63;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502824;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000192889;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:0:1:151:151:0.993421:88:63:0:0:88:63:0:1 chr6 80626375 . T C 1772.13 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5842;QD=60.0723;RBI=0.0828651;REFB=-0.0977999;REVB=0.0827121;RO=1;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105414;OID=.;OPOS=80626375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:116:118:1:0:114:118:1:57:57:0:1:61:57:0:0 chr6 80837253 . GA AT,TA 632.52 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=2,31;DP=35;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532792,0.236325;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=32.0047,32.882;QD=56.2235;RBI=0.0533164,0.236325;REFB=0,0;REVB=0.00199279,0.000264589;RO=0;SAF=1,16;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.114208,0.0041871;OID=.,.;OPOS=80837253,80837253;OREF=GA,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:35:45:0:0:2,31:1,44:0.0222222,0.977778:1,15:1,16:0:0:1,15:0,29:0:0 chr6 82457147 . C G 321.81 PASS AF=0.382979;AO=33;DP=91;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.00376654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.068;QD=13.6939;RBI=0.0129675;REFB=-0.000228738;REVB=0.0124085;RO=55;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121901;STB=0.534577;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.000371594;OID=.;OPOS=82457147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:55:58:33:36:0.382979:20:13:16:39:23:13:18:40 chr6 82458639 . G T 554.11 PASS AF=0.41958;AO=58;DP=139;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0181681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.631;QD=15.4995;RBI=0.0552387;REFB=-0.020698;REVB=-0.0521655;RO=81;SAF=28;SAR=30;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270167;STB=0.507819;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0276039;OID=.;OPOS=82458639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:143:81:83:58:60:0.41958:30:28:37:44:31:29:39:44 chr6 82900811 . G A 243.92 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00771595;FXX=0.0108684;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.227;QD=10.7216;RBI=0.00810219;REFB=-0.000210287;REVB=-0.00247176;RO=59;SAF=15;SAR=15;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677539;STB=0.538436;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00054959;OID=.;OPOS=82900811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:61:30:30:0.32967:15:15:26:33:15:15:27:34 chr6 82933309 . C T 282.36 PASS AF=0.417722;AO=30;DP=75;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.035372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0631;QD=14.2969;RBI=0.0369957;REFB=-0.00257207;REVB=0.0108399;RO=45;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589438;STB=0.526543;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00388863;OID=.;OPOS=82933309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:45:46:30:33:0.417722:13:17:23:22:15:18:23:23 chr6 83075914 . G A 425.02 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=75;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0191406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3711;QD=21.5199;RBI=0.075812;REFB=-0.0204311;REVB=-0.0733559;RO=33;SAF=16;SAR=25;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757059;STB=0.556405;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0308063;OID=.;OPOS=83075914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:33:37:41:42:0.531646:25:16:10:23:26:16:10:27 chr6 83078381 . C T 389.31 PASS AF=0.43;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0293614;FXX=0.00990001;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.8932;QD=15.5724;RBI=0.0557024;REFB=-0.0480163;REVB=-0.0473357;RO=52;SAF=25;SAR=18;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617107;STB=0.551878;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.057033;OID=.;OPOS=83078381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:52:57:43:43:0.43:18:25:27:25:18:25:28:29 chr6 83079178 . GAAAAAG GAAAAG,GAAAAGA 51.35 PASS AF=0.375,0;AO=11,2;DP=32;FAO=12,0;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4,0;FSAR=8,0;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0720237,-0.15649;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.7121,23.1532;QD=6.41912;RBI=0.229091,0.213705;REFB=-0.00748894,-0.0324777;REVB=0.217475,0.145537;RO=15;SAF=5,2;SAR=6,0;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.482759,0;SSSB=-0.0771943,0.528044;STB=0.638063,0.5;STBP=0.245,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00960782,0;OID=.,.;OPOS=83079179,83079183;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAAG,GAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0:11,2:32:12,0:32:20:4,0:8,0:11:9:52:15:5,2:6,0:8:7 chr6 83080386 . C CTTTG 122.95 PASS AF=0.205357;AO=19;DP=114;FAO=23;FDP=112;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.00739318;FXX=0.0175423;HRUN=3;LEN=4;MLLD=248.606;QD=4.3909;RBI=0.00966336;REFB=-0.00150708;REVB=-0.00622265;RO=83;SAF=9;SAR=10;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409026;STB=0.530617;STBP=0.76;TYPE=ins;VARB=0.00493107;OID=.;OPOS=83080387;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205357:19:114:23:112:89:11:12:46:43:99:83:9:10:42:41 chr6 83667045 . C T 468.12 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=133;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0278013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.322;QD=14.0789;RBI=0.0288546;REFB=-0.0199344;REVB=0.00772491;RO=80;SAF=26;SAR=27;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632693;STB=0.535701;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.022042;OID=.;OPOS=83667045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:80:80:53:53:0.398496:27:26:44:36:27:26:44:36 chr6 83839889 . G C 479.54 PASS AF=0.371795;AO=58;DP=156;FAO=58;FDP=156;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=-0.00944689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.196;QD=12.2959;RBI=0.0161133;REFB=0.00244392;REVB=-0.0130536;RO=97;SAF=32;SAR=26;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197198;STB=0.608089;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00314712;OID=.;OPOS=83839889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:97:98:58:58:0.371795:26:32:36:61:26:32:37:61 chr6 83949261 . T C 464.83 PASS AF=0.367347;AO=44;DP=139;FAO=54;FDP=147;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.0165755;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.63;QD=12.6485;RBI=0.0240203;REFB=-0.0156292;REVB=-0.0173847;RO=95;SAF=25;SAR=19;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000286706;STB=0.532648;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0272126;OID=.;OPOS=83949261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:147:95:93:44:54:0.367347:19:25:54:41:20:34:54:39 chr6 84233831 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.326;QD=40.7629;RBI=0.0448877;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684864;OID=.;OPOS=84233831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr6 84303342 . T C 654.3 PASS AF=0.532787;AO=62;DP=122;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0116971;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.949;QD=21.4524;RBI=0.0147599;REFB=-0.0135495;REVB=0.00900183;RO=56;SAF=19;SAR=43;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133556;STB=0.550515;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0106632;OID=.;OPOS=84303342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:56:57:62:65:0.532787:43:19:25:31:43:22:25:32 chr6 84563147 . G A 118.83 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0617026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.51;QD=22.6343;RBI=0.0625495;REFB=-0.000845958;REVB=0.010258;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141855;STB=0.580516;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-6.58975e-05;OID=.;OPOS=84563147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:9:4:4:4:9:4:4:4 chr6 84563410 . G A 2208.71 PASS AF=0.545685;AO=210;DP=409;FAO=215;FDP=394;FR=.;FRO=179;FSAF=60;FSAR=155;FSRF=60;FSRR=119;FWDB=0.000864696;FXX=0.0366739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5127;QD=22.4235;RBI=0.0320339;REFB=-0.0427825;REVB=-0.0320222;RO=167;SAF=56;SAR=154;SRF=50;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335311;STB=0.530819;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0457226;OID=.;OPOS=84563410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:394:167:179:210:215:0.545685:154:56:50:117:155:60:60:119 chr6 85473644 . C CCGGCCCAGACGT 393.83 PASS AF=0.191099;AO=64;DP=406;FAO=73;FDP=382;FR=.;FRO=309;FSAF=5;FSAR=68;FSRF=141;FSRR=168;FWDB=-0.066477;FXX=0.0154635;HRUN=2;LEN=12;MLLD=270.791;QD=4.12386;RBI=0.0665793;REFB=-0.00791154;REVB=0.00368964;RO=331;SAF=5;SAR=59;SRF=153;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57844;STB=0.893642;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0313723;OID=.;OPOS=85473645;OREF=-;OALT=CGGCCCAGACGT;OMAPALT=CCGGCCCAGACGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191099:64:406:73:382:309:5:68:141:168:99:331:5:59:153:178 chr6 85473659 . C G 250.83 PASS AF=0.163142;AO=56;DP=310;FAO=54;FDP=331;FR=.;FRO=277;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=83;FSRR=194;FWDB=-0.0675557;FXX=0.00600583;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0169;QD=3.03112;RBI=0.0738923;REFB=-0.00735;REVB=0.0299384;RO=253;SAF=30;SAR=26;SRF=60;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391426;STB=0.680905;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0296877;OID=.;OPOS=85473659;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:331:253:277:56:54:0.163142:26:30:60:193:26:28:83:194 chr6 86199233 . A G 847.34 PASS AF=0.444444;AO=88;DP=198;FAO=88;FDP=198;FR=.;FRO=110;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=-0.00233229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.334;QD=17.118;RBI=0.0254244;REFB=-0.00225637;REVB=0.0253172;RO=110;SAF=47;SAR=41;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684327;STB=0.503803;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00318168;OID=.;OPOS=86199233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:110:110:88:88:0.444444:41:47:58:52:41:47:58:52 chr6 86205323 . T G 169.0 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00413226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.174;QD=10.3999;RBI=0.0842117;REFB=-0.00669842;REVB=0.0841103;RO=38;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135168;STB=0.537781;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00902446;OID=.;OPOS=86205323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:43:22:22:0.338462:10:12:16:22:10:12:21:22 chr6 86303091 . G A 847.79 PASS AF=0.483696;AO=82;DP=178;FAO=89;FDP=184;FR=.;FRO=95;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.0577819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5714;QD=18.4303;RBI=0.0579244;REFB=-0.00541902;REVB=0.00406147;RO=96;SAF=48;SAR=34;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10426;STB=0.576043;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00982812;OID=.;OPOS=86303091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:184:96:95:82:89:0.483696:34:48:46:50:34:55:45:50 chr6 86445651 . A G 661.73 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0695259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6902;QD=20.3608;RBI=0.0701763;REFB=0.00351614;REVB=0.00953248;RO=63;SAF=40;SAR=26;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103214;STB=0.561084;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00229015;OID=.;OPOS=86445651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:63:64:66:66:0.507692:26:40:31:32:26:40:31:33 chr6 86445706 . C T 468.66 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00222134;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4446;QD=16.8887;RBI=0.0204127;REFB=-0.00160161;REVB=0.0202915;RO=59;SAF=32;SAR=19;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197851;STB=0.606105;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00062049;OID=.;OPOS=86445706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:60:51:51:0.459459:19:32:25:34:19:32:26:34 chr6 87796233 . G A 56.76 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0416748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8593;QD=11.9489;RBI=0.044096;REFB=0.0134169;REVB=0.0144105;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110679;STB=0.567382;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.021489;OID=.;OPOS=87796233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:2:9:7:1:2:9 chr6 87965528 . T C 430.66 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00654978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.036;QD=20.0309;RBI=0.00696258;REFB=0.0003171;REVB=-0.00236176;RO=43;SAF=29;SAR=14;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695009;STB=0.538628;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00064254;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:14:29:26:17:14:29:26:17 chr6 87968565 . A G 135.84 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.058921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.321;QD=8.49005;RBI=0.0599544;REFB=-0.00188162;REVB=0.0110838;RO=44;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126319;STB=0.580032;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00858688;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:45:19:19:0.296875:12:7:12:32:12:7:12:33 chr6 87969737 . C T 145.83 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0143317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.05;QD=25.3616;RBI=0.0162893;REFB=0.00525632;REVB=0.00774246;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808139;STB=0.55484;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00289285;OID=.;OPOS=87969737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:8:8:14:15:0.652174:7:7:3:5:7:8:3:5 chr6 87970301 . C G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0297386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.096;QD=9.56965;RBI=0.0352979;REFB=0.00413609;REVB=0.0190147;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149874;STB=0.608437;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0094843;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:4:4:5:9:4:4:5:10 chr6 87994015 . A G 183.93 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.000875087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9122;QD=17.9442;RBI=0.129204;REFB=0.0146718;REVB=0.129201;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20486;STB=0.617515;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0198684;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:5:14:12:10:5:14:12:10 chr6 87994572 . G A 286.05 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00903212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.366;QD=20.432;RBI=0.0112754;REFB=-0.0177001;REVB=0.00674946;RO=26;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642943;STB=0.535691;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0135372;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:15:15:15:11:15:15:15:11 chr6 88108048 . AGAT A 411.44 PASS AF=0.5;AO=40;DP=84;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0144144;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=3;MLLD=236.95;QD=20.0702;RBI=0.0184575;REFB=-0.00663408;REVB=0.0115284;RO=41;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781336;STB=0.536524;STBP=0.537;TYPE=del;VARB=0.00658519;OID=.;OPOS=88108049;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:40:84:41:82:41:21:20:18:23:99:41:21:19:18:23 chr6 88182704 . G C 666.54 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=62;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=17;FWDB=0.00506604;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.661;QD=19.3201;RBI=0.00905546;REFB=-0.0185805;REVB=0.00750577;RO=71;SAF=62;SAR=5;SRF=54;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355367;STB=0.701569;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0141676;OID=.;OPOS=88182704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:71:71:67:67:0.485507:5:62:54:17:5:62:54:17 chr6 88221892 . T G 379.76 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00697832;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.64;QD=14.8927;RBI=0.00785122;REFB=-0.0165446;REVB=-0.00359786;RO=55;SAF=21;SAR=22;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156607;STB=0.501824;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0251286;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:59:43:43:0.421569:22:21:26:29:22:21:29:30 chr6 88224164 . T C 155.64 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00949591;FXX=0.041658;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.8962;QD=13.5337;RBI=0.0182733;REFB=0.00231124;REVB=0.0156122;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145043;STB=0.585004;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00211454;OID=.;OPOS=88224164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:14:15:11:6:14:15 chr6 88315741 . TA T 295.45 PASS AF=0.380952;AO=77;DP=217;FAO=80;FDP=210;FR=.;FRO=130;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=58;FSRR=72;FWDB=-0.0346646;FXX=0.0454525;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.2118;QD=5.62769;RBI=0.0911612;REFB=-0.00428166;REVB=0.0843132;RO=111;SAF=30;SAR=47;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272496;STB=0.537589;STBP=0.4;TYPE=del;VARB=0.00774089;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:77:217:80:210:130:31:49:58:72:99:111:30:47:46:65 chr6 88366708 . C T 350.41 PASS AF=0.392523;AO=41;DP=106;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00110266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.377;QD=13.0994;RBI=0.00367824;REFB=-0.00288765;REVB=0.00350907;RO=65;SAF=22;SAR=19;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808303;STB=0.53776;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00895038;OID=.;OPOS=88366708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:65:65:41:42:0.392523:19:22:30:35:20:22:30:35 chr6 89388023 . T C 530.24 PASS AF=0.463415;AO=56;DP=122;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.00997288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.047;QD=17.2436;RBI=0.0243908;REFB=-0.012302;REVB=0.0222588;RO=66;SAF=19;SAR=37;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734941;STB=0.533587;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0145134;OID=.;OPOS=89388023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:66:66:56:57:0.463415:37:19:27:39:37:20:27:39 chr6 89675453 . GCCCC GCCCA,GCCC 363.75 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=2,27;DP=42;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348403,0.216041;FXX=0.0425441;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=193.185,10.2308;QD=32.3336;RBI=0.0520868,0.224977;REFB=0,0;REVB=-0.0519701,0.0627771;RO=9;SAF=2,19;SAR=0,8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.602534,0.133687;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0111282,0.00353552;OID=.,.;OPOS=89675457,89675454;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=GCCCA,GCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0222222,0.977778:2,27:42:1,44:45:0:1,24:0,20:0:0:6:9:2,19:0,8:4:5 chr6 89676206 . T G 325.01 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00250461;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9726;QD=14.9428;RBI=0.0633197;REFB=-0.00952963;REVB=-0.0632702;RO=51;SAF=17;SAR=19;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139886;STB=0.567668;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.012333;OID=.;OPOS=89676206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:51:51:36:36:0.413793:19:17:31:20:19:17:30:21 chr6 89676500 . G C 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0484755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.609;QD=17.6421;RBI=0.052072;REFB=-0.000989561;REVB=-0.0190163;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186168;STB=0.608447;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00128153;OID=.;OPOS=89676500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:4:3:6:3:4:3 chr6 89793894 . G C 543.36 PASS AF=0.483051;AO=55;DP=117;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0150186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.549;QD=18.4189;RBI=0.0150333;REFB=-0.00857571;REVB=-0.000663498;RO=60;SAF=21;SAR=34;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151549;STB=0.513884;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0104312;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:60:61:55:57:0.483051:34:21:22:38:35:22:22:39 chr6 89806689 . T C 490.54 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0329512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.723;QD=22.2971;RBI=0.0426828;REFB=-0.0114619;REVB=0.02713;RO=41;SAF=28;SAR=19;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133558;STB=0.573627;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0169898;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:19:28:18:23:19:28:18:23 chr6 89806992 . A C 375.39 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0046526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.737;QD=15.8058;RBI=0.00981778;REFB=-0.00187926;REVB=-0.00864535;RO=55;SAF=17;SAR=23;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496584;STB=0.528016;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00249558;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:55:40:40:0.421053:23:17:26:29:23:17:26:29 chr6 89888744 . C T 345.88 PASS AF=0.346774;AO=43;DP=125;FAO=43;FDP=124;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0296146;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1807;QD=11.1574;RBI=0.0330252;REFB=0.015941;REVB=-0.0146164;RO=82;SAF=20;SAR=23;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398214;STB=0.518788;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.038774;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:82:81:43:43:0.346774:23:20:41:41:23:20:40:41 chr6 89907873 . G A 3777.01 PASS AF=1;AO=246;DP=251;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277414;FXX=0.0158724;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.952;QD=60.9195;RBI=0.0294984;REFB=-0.12215;REVB=-0.0100285;RO=2;SAF=116;SAR=130;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000438913;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213083;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:251:248:2:0:246:248:1:130:116:1:1:131:117:0:0 chr6 89913209 . C T 1539.47 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.535;QD=58.6463;RBI=0.018212;REFB=-0.148541;REVB=0.0127439;RO=0;SAF=41;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05495e-08;STB=0.506023;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000332471;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:63:41:0:0:63:41:1:0 chr6 89913218 . T A 1155.38 PASS AF=0.88172;AO=82;DP=93;FAO=82;FDP=93;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0213727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9862;QD=49.6936;RBI=0.0274532;REFB=-0.0302856;REVB=-0.0172303;RO=11;SAF=33;SAR=49;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517026;STB=0.527411;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0120502;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:11:11:82:82:0.88172:49:33:2:9:49:33:2:9 chr6 89926962 . T C 367.89 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.0326297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0104;QD=13.8824;RBI=0.0336894;REFB=0.0198267;REVB=-0.00838305;RO=63;SAF=16;SAR=27;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627192;STB=0.535357;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0296785;OID=.;OPOS=89926962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:27:16:20:43:27:16:20:43 chr6 89967498 . G A 570.27 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0517841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.889;QD=20.5501;RBI=0.051956;REFB=0.00528417;REVB=-0.00422337;RO=52;SAF=28;SAR=30;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514716;STB=0.532408;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00860864;OID=.;OPOS=89967498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:53:58:58:0.522523:30:28:22:30:30:28:22:31 chr6 89981413 . T C 1525.73 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.06;QD=59.8326;RBI=0.0180133;REFB=0;REVB=-0.0179735;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93447e-05;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:61:41:0:0:61:41:0:0 chr6 90039670 . G C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.51;QD=61.2129;RBI=0.0170928;REFB=0;REVB=-0.0141448;RO=0;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09772e-06;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:51:28:0:0:51:28:0:0 chr6 90315789 . A G 1556.43 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.295;QD=58.7332;RBI=0.0384255;REFB=-0.127325;REVB=0.00225257;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000760295;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:58:47:0:0:58:47:0:1 chr6 90326360 . C T 940.96 PASS AF=0.56962;AO=90;DP=157;FAO=90;FDP=158;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00486686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.567;QD=23.8218;RBI=0.035416;REFB=0.0155364;REVB=-0.03508;RO=67;SAF=39;SAR=51;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000397208;STB=0.503009;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.0145447;OID=.;OPOS=90326360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:67:68:90:90:0.56962:51:39:29:38:51:39:29:39 chr6 90327873 . G A 1658.75 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9755;QD=60.318;RBI=0.0374753;REFB=0;REVB=0.0284465;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37294e-05;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:60:50:0:0:60:50:0:0 chr6 90333599 . A G 1734.38 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245706;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.938;QD=60.8555;RBI=0.0261676;REFB=0;REVB=0.00900152;RO=0;SAF=39;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199645;OID=.;OPOS=90333599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:114:0:0:113:114:1:74:39:0:0:74:40:0:0 chr6 90334263 . A G 398.76 PASS AF=0.609375;AO=37;DP=62;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0324984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.555;QD=24.9227;RBI=0.034255;REFB=-0.00470973;REVB=0.0108288;RO=25;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445811;STB=0.533101;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00236336;OID=.;OPOS=90334263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:25:25:37:39:0.609375:17:20:12:13:17:22:12:13 chr6 90340276 . G A 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00961665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.288;QD=62.614;RBI=0.0206102;REFB=0;REVB=0.0182291;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11024e-05;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr6 90362783 . A C 3025.72 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847195;FXX=0.0245086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.073;QD=60.8184;RBI=0.0264415;REFB=0;REVB=0.0250475;RO=0;SAF=92;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000879897;OID=.;OPOS=90362783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:199:0:0:192:199:1:100:92:0:0:105:94:0:0 chr6 90371202 . G A 2681.02 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265984;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9043;QD=61.9888;RBI=0.0277417;REFB=0;REVB=-0.00788218;RO=0;SAF=93;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268659;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:170:173:0:0:170:173:1:77:93:0:0:80:93:0:0 chr6 90383870 . G A 76.07 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0256511;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.447;QD=10.867;RBI=0.0257333;REFB=0.00149404;REVB=-0.00205454;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261436;STB=0.606938;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00401887;OID=.;OPOS=90383870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:16:18:10:10:0.357143:5:5:12:4:5:5:12:6 chr6 90390443 . C A 784.9 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.273;QD=57.0838;RBI=0.0103917;REFB=0;REVB=-0.00045699;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8761e-05;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:30:25:0:0 chr6 90402482 . G A 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.901;QD=63.0521;RBI=0.0201906;REFB=0;REVB=0.0135616;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93876e-05;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:39:52:0:0:39:52:0:0 chr6 90402840 . C G 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.612;QD=58.1337;RBI=0.0142459;REFB=0;REVB=0.00504525;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18911e-05;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr6 90418262 . C T 3421.94 PASS AF=1;AO=218;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000748579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.077;QD=62.5012;RBI=0.0079883;REFB=0;REVB=0.00795315;RO=0;SAF=90;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16529e-06;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:219:0:0:218:219:1:128:90:0:0:129:90:0:0 chr6 90435009 . TC CT,TCT 35.44 PASS AF=0.0162602,0.0813008;AO=8,14;DP=123;FAO=2,10;FDP=123;FR=.;FRO=111;FSAF=0,7;FSAR=2,3;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=-0.0610021,-0.0761776;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=108.922,105.55;QD=1.15237;RBI=0.0648257,0.078102;REFB=-0.00483739,-0.0053564;REVB=-0.0219344,-0.0172307;RO=99;SAF=6,10;SAR=2,4;SRF=43;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.334433,0.338312;STB=0.994655,0.709895;STBP=0.19,0.161;TYPE=mnp,ins;VARB=0.109639,0.150327;OID=.,.;OPOS=90435009,90435011;OREF=TC,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:123:123:99:111:8,14:2,10:0.0162602,0.0813008:2,4:6,10:43:56:2,3:0,7:52:59 chr6 90448092 . C T 1785.82 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00761177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.927;QD=61.0535;RBI=0.0236715;REFB=0;REVB=0.0224143;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82578e-05;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:60:57:0:0:60:57:0:0 chr6 90455084 . A G 1472.39 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.383;QD=63.3287;RBI=0.0657933;REFB=0;REVB=0.0104619;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194409;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:53:40:0:0:53:40:0:0 chr6 90459454 . G A 1152.92 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.022;QD=60.6798;RBI=0.0406788;REFB=0;REVB=-0.0143471;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39289e-05;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr6 90638390 . G A 292.57 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.0622438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.569;QD=17.21;RBI=0.0623615;REFB=-0.00346142;REVB=-0.00382914;RO=36;SAF=13;SAR=19;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188764;STB=0.60489;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00993239;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:19:13:8:28:19:13:8:28 chr6 90638553 . T G 322.79 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0181168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2779;QD=20.1742;RBI=0.0287209;REFB=-0.0145616;REVB=0.0222861;RO=28;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886647;STB=0.568143;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.010803;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:30:33:34:0.53125:14:19:19:9:15:19:21:9 chr6 90641522 . T C 1782.03 PASS AF=0.60223;AO=160;DP=271;FAO=162;FDP=269;FR=.;FRO=107;FSAF=70;FSAR=92;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=0.00520079;FXX=0.011029;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.545;QD=26.4985;RBI=0.0127267;REFB=-0.00624896;REVB=0.0116156;RO=107;SAF=69;SAR=91;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619534;STB=0.532897;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00544252;OID=.;OPOS=90641522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:269:107:107:160:162:0.60223:91:69:55:52:92:70:55:52 chr6 90660754 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0406508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.557;QD=11.6341;RBI=0.0415131;REFB=-0.0181227;REVB=-0.0084173;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334607;STB=0.6996;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0344348;OID=.;OPOS=90660754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:10:6:7:3:10:6 chr6 93967851 . C T 2874.82 PASS AF=1;AO=179;DP=181;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368998;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.932;QD=62.4961;RBI=0.0369053;REFB=0;REVB=-0.000633552;RO=0;SAF=93;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775374;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:184:0:0:179:184:1:86:93:0:0:91:93:0:0 chr6 93982124 . A G 1828.98 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415662;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.008;QD=61.4784;RBI=0.0489578;REFB=0;REVB=0.0258674;RO=0;SAF=51;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152359;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:119:119:1:68:51:0:0:68:51:0:0 chr6 94067981 . C T 1854.39 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118558;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.845;QD=61.8129;RBI=0.0467874;REFB=0;REVB=0.0452604;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250072;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:120:0:0:117:120:1:61:56:0:0:61:59:0:0 chr6 96035175 . T C 721.14 PASS AF=0.372807;AO=85;DP=228;FAO=85;FDP=228;FR=.;FRO=143;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=69;FSRR=74;FWDB=-0.0112925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.861;QD=12.6516;RBI=0.0491552;REFB=-5.64338e-06;REVB=0.0478405;RO=143;SAF=42;SAR=43;SRF=69;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128638;STB=0.507276;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000140416;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:143:143:85:85:0.372807:43:42:69:74:43:42:69:74 chr6 96055915 . G C 1502.82 PASS AF=0.344569;AO=183;DP=536;FAO=184;FDP=534;FR=.;FRO=350;FSAF=91;FSAR=93;FSRF=150;FSRR=200;FWDB=-0.015194;FXX=0.00743481;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.298;QD=11.2571;RBI=0.0498311;REFB=-0.0269499;REVB=0.0474582;RO=346;SAF=91;SAR=92;SRF=146;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868761;STB=0.543296;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0452414;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:536:534:346:350:183:184:0.344569:92:91:146:200:93:91:150:200 chr6 96386151 . G A 3083.6 PASS AF=0.985437;AO=203;DP=207;FAO=203;FDP=206;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=122;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00413343;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.14;QD=59.8757;RBI=0.00456608;REFB=-0.0316353;REVB=0.00194006;RO=3;SAF=81;SAR=122;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772569;STB=0.504057;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-4.03041e-07;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:207:206:3:3:203:203:0.985437:122:81:2:1:122:81:2:1 chr6 96651740 . A G 1286.21 PASS AF=1;AO=83;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247943;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3144;QD=61.2481;RBI=0.0273806;REFB=0;REVB=0.0116164;RO=1;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032837;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:1:0:83:84:1:53:30:0:1:54:30:0:0 chr6 96652370 . G GC 638.81 PASS AF=1;AO=5;DP=46;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750932;FXX=0.0444346;HRUN=0;LEN=1;MLLD=144.979;QD=59.424;RBI=0.0786081;REFB=0;REVB=0.0232432;RO=38;SAF=1;SAR=4;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000113904;OID=.;OPOS=96652371;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:46:43:43:0:20:23:0:0:4:38:1:4:17:21 chr6 96652371 . T C 477.37 PASS AF=0.822222;AO=35;DP=44;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.000323433;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=1;MLLD=144.852;QD=42.4332;RBI=0.0238665;REFB=-0.0762498;REVB=0.0238643;RO=8;SAF=17;SAR=18;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816556;STB=0.542146;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00103323;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:44:45:8:8:35:37:0.822222:18:17:2:6:19:18:2:6 chr6 96652582 . G T 731.64 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029434;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.58;QD=63.6209;RBI=0.0296316;REFB=0;REVB=0.00341616;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61442e-05;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr6 96652706 . G A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.013;QD=60.8832;RBI=0.0248294;REFB=0;REVB=0.0231517;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50149e-05;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr6 96653038 . T C 5113.89 PASS AF=1;AO=294;DP=305;FAO=332;FDP=332;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079551;FXX=0.00895496;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2259;QD=61.6132;RBI=0.0847038;REFB=-0.0796695;REVB=0.0290925;RO=1;SAF=127;SAR=167;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00284738;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266064;OID=.;OPOS=96653038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:305:332:1:0:294:332:1:167:127:0:1:187:145:0:0 chr6 96653208 . C G 1175.22 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040586;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9868;QD=61.0502;RBI=0.0441677;REFB=0;REVB=-0.017423;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000880714;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr6 96661315 . T C 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00784483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.35;QD=44.0893;RBI=0.0532888;REFB=-0.0321778;REVB=0.0527082;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0126085;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:1:0:10:7:1:0 chr6 96661410 . A G 873.27 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135277;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.446;QD=56.34;RBI=0.0138636;REFB=-0.116848;REVB=-0.0030331;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149779;STB=0.50746;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000535256;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:1:1:59:61:0.983871:28:31:1:0:28:33:1:0 chr6 96730731 . G C 527.16 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.677;QD=58.5737;RBI=0.010648;REFB=0;REVB=0.00827301;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001155;OID=.;OPOS=96730731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr6 96974255 . G T 264.92 PASS AF=0.330097;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0116733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2475;QD=10.2881;RBI=0.0404776;REFB=0.0203118;REVB=-0.0387579;RO=69;SAF=18;SAR=16;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158634;STB=0.591784;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0414004;OID=.;OPOS=96974255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:69:69:34:34:0.330097:16:18:27:42:16:18:27:42 chr6 96999725 . C T 928.28 PASS AF=0.4329;AO=96;DP=227;FAO=100;FDP=231;FR=.;FRO=131;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=60;FSRR=71;FWDB=-0.0537683;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0366;QD=16.0741;RBI=0.057785;REFB=-0.0128944;REVB=-0.0211677;RO=119;SAF=46;SAR=50;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00857117;STB=0.523805;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0104859;OID=.;OPOS=96999725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:231:119:131:96:100:0.4329:50:46:56:63:50:50:60:71 chr6 97058553 . A G 847.6 PASS AF=0.535032;AO=84;DP=157;FAO=84;FDP=157;FR=.;FRO=73;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00822549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.409;QD=21.595;RBI=0.0122461;REFB=-0.004993;REVB=-0.00907241;RO=73;SAF=46;SAR=38;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120397;STB=0.506587;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00410293;OID=.;OPOS=97058553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:73:73:84:84:0.535032:38:46:41:32:38:46:41:32 chr6 97063522 . C G 501.61 PASS AF=0.358382;AO=59;DP=171;FAO=62;FDP=173;FR=.;FRO=111;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.0613365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5859;QD=11.5979;RBI=0.062044;REFB=0.0194923;REVB=-0.00934303;RO=111;SAF=37;SAR=22;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143013;STB=0.59319;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0357969;OID=.;OPOS=97063522;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:111:111:59:62:0.358382:22:37:56:55:22:40:56:55 chr6 97063555 . A G 452.83 PASS AF=0.322222;AO=58;DP=180;FAO=58;FDP=180;FR=.;FRO=122;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=-0.0365885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.6075;QD=10.0629;RBI=0.0379217;REFB=-0.00226546;REVB=-0.00996649;RO=121;SAF=39;SAR=19;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213864;STB=0.621471;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00482649;OID=.;OPOS=97063555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:121:122:58:58:0.322222:19:39:60:61:19:39:61:61 chr6 97339078 . A G 2044.79 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=135;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034775;FXX=0.0222206;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.418;QD=61.9632;RBI=0.0648568;REFB=-0.129881;REVB=0.0547459;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00071901;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:132:0:1:131:131:0.992424:64:67:0:0:64:67:0:1 chr6 97339088 . C T 2333.8 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0819593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1647;QD=63.0757;RBI=0.0825759;REFB=0.121538;REVB=-0.0100722;RO=1;SAF=77;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613682;STB=0.503225;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00404587;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:70:77:1:0:70:77:1:0 chr6 97362855 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0501977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.772;QD=12.396;RBI=0.059696;REFB=-0.0134984;REVB=-0.032308;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0133159;OID=.;OPOS=97362855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:3:2:2:3:3:2 chr6 99283376 . T G 306.67 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370786;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2827;QD=53.3335;RBI=0.0420069;REFB=0;REVB=-0.0197423;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160385;OID=.;OPOS=99283376;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:19:23:1:13:6:0:0:13:10:0:0 chr6 99284532 . T C 1240.8 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4452;QD=59.7975;RBI=0.0257837;REFB=-0.0574382;REVB=0.0212765;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.506848;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000477915;OID=.;OPOS=99284532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:81:82:0.987952:45:36:0:0:46:36:1:0 chr6 99771540 . T C 1540.74 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114578;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.914;QD=59.8346;RBI=0.041992;REFB=0;REVB=0.0403986;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360362;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:101:103:1:54:47:0:0:56:47:0:0 chr6 99817419 . T C,TC 1353.33 PASS AF=0,0.978022;AO=6,86;DP=100;FAO=0,89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=0,29;FSAR=0,60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0186913,0.0174008;FXX=0.0108684;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=245.591,269.481;QD=59.487;RBI=0.0235596,0.0203963;REFB=-0.138867,-0.0981985;REVB=0.0143418,0.0106405;RO=5;SAF=4,27;SAR=2,59;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.120202,-0.0572413;STB=0.5,0.516663;STBP=1,0.078;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000590199;OID=.,.;OPOS=99817419,99817420;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:100:91:5:2:6,86:0,89:0,0.978022:2,59:4,27:4:1:0,60:0,29:2:0 chr6 99817601 . A G 1084.21 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0080013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.479;QD=58.606;RBI=0.0188964;REFB=0.035332;REVB=-0.0171188;RO=1;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013709;STB=0.507244;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00112461;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:34:39:0:1:34:39:0:1 chr6 99819379 . T C 1054.18 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0100135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8305;QD=56.9826;RBI=0.0206855;REFB=-0.163286;REVB=0.0181002;RO=2;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286401;STB=0.515147;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00433081;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:32:40:0:2:32:40:0:2 chr6 99825348 . T C 308.4 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.105056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.1465;QD=11.2146;RBI=0.119514;REFB=-0.00565594;REVB=-0.0569808;RO=70;SAF=18;SAR=21;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106676;STB=0.556457;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0073357;OID=.;OPOS=99825348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:70:71:39:39:0.354545:21:18:39:31:21:18:39:32 chr6 99842056 . C A 698.44 PASS AF=0.535433;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0173276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.553;QD=21.9983;RBI=0.0211895;REFB=-0.023688;REVB=0.0121963;RO=57;SAF=27;SAR=41;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559939;STB=0.504705;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0189329;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:57:59:68:68:0.535433:41:27:23:34:41:27:24:35 chr6 99883694 . T C 772.86 PASS AF=0.673684;AO=63;DP=94;FAO=64;FDP=95;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0117614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.842;QD=32.5416;RBI=0.0127213;REFB=-0.0101049;REVB=0.00484772;RO=31;SAF=27;SAR=36;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259532;STB=0.511671;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00450145;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:31:31:63:64:0.673684:36:27:12:19:37:27:12:19 chr6 99883704 . T C 1374.32 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00639572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.849;QD=61.0811;RBI=0.00976153;REFB=-0.159393;REVB=0.00737443;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.506848;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000589842;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:0:1:88:89:0.988889:52:36:0:0:53:36:1:0 chr6 99893938 . T C 891.4 PASS AF=0.55414;AO=84;DP=154;FAO=87;FDP=157;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.000560589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.17;QD=22.7108;RBI=0.000701963;REFB=-0.00292583;REVB=-0.000422484;RO=69;SAF=40;SAR=44;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495552;STB=0.537056;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00229956;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:69:70:84:87:0.55414:44:40:37:32:47:40:38:32 chr6 99956560 . T C 511.22 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.00456714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.796;QD=17.0407;RBI=0.0153295;REFB=-0.0103018;REVB=0.0146334;RO=61;SAF=31;SAR=24;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00601915;STB=0.503082;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0113458;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:65:55:55:0.458333:24:31:34:27:24:31:37:28 chr6 100868721 . G A 788.98 PASS AF=0.372093;AO=91;DP=256;FAO=96;FDP=258;FR=.;FRO=162;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=55;FSRR=107;FWDB=0.018063;FXX=0.00769201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2387;QD=12.2322;RBI=0.0225403;REFB=-0.00131535;REVB=0.0134831;RO=137;SAF=42;SAR=49;SRF=50;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105176;STB=0.576072;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00448338;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:258:137:162:91:96:0.372093:49:42:50:87:52:44:55:107 chr6 100868779 . G T 888.72 PASS AF=0.382353;AO=105;DP=272;FAO=104;FDP=272;FR=.;FRO=168;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=56;FSRR=112;FWDB=0.0015042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3056;QD=13.0694;RBI=0.0325173;REFB=0.00257309;REVB=0.0324825;RO=161;SAF=45;SAR=60;SRF=51;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126047;STB=0.557772;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00517301;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:161:168:105:104:0.382353:60:45:51:110:60:44:56:112 chr6 100964147 . G C 1313.14 PASS AF=0.621622;AO=115;DP=186;FAO=115;FDP=185;FR=.;FRO=70;FSAF=69;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.000295583;FXX=0.0106946;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.34;QD=28.3923;RBI=0.00725767;REFB=0.00666842;REVB=0.00725165;RO=69;SAF=69;SAR=46;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168424;STB=0.505642;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0040848;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:69:70:115:115:0.621622:46:69:43:26:46:69:43:27 chr6 101094554 . A G 2831.42 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.561;QD=62.5729;RBI=0.0604792;REFB=0;REVB=0.0458167;RO=0;SAF=81;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36265e-05;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:166:181:0:0:166:181:1:85:81:0:0:96:85:0:0 chr6 101296389 . G A 531.01 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0118078;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.024;QD=18.0002;RBI=0.0196493;REFB=0.00178767;REVB=-0.0157058;RO=63;SAF=24;SAR=32;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467128;STB=0.52238;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00205333;OID=.;OPOS=101296389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:63:62:56:56:0.474576:32:24:24:39:32:24:24:38 chr6 101405050 . T G 257.2 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0101065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.974;QD=13.7173;RBI=0.0146108;REFB=-0.00487738;REVB=0.0105516;RO=44;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00340999;STB=0.507145;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00850075;OID=.;OPOS=101405050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:19:11:16:28:19:11:17:28 chr6 102503317 . G A 795.08 PASS AF=0.613445;AO=71;DP=118;FAO=73;FDP=119;FR=.;FRO=46;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00382865;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.689;QD=26.7253;RBI=0.0140695;REFB=-0.0271997;REVB=0.0135386;RO=47;SAF=39;SAR=32;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345152;STB=0.518548;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0170618;OID=.;OPOS=102503317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:47:46:71:73:0.613445:32:39:28:19:32:41:28:18 chr6 104031012 . G A 302.13 PASS AF=0.30303;AO=40;DP=132;FAO=40;FDP=132;FR=.;FRO=92;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.0044896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.869;QD=9.15547;RBI=0.0101913;REFB=0.000921643;REVB=-0.0091491;RO=90;SAF=19;SAR=21;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364076;STB=0.520538;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00213265;OID=.;OPOS=104031012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:90:92:40:40:0.30303:21:19:40:50:21:19:41:51 chr6 104031076 . A C 438.46 PASS AF=0.293269;AO=60;DP=207;FAO=61;FDP=208;FR=.;FRO=147;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=70;FSRR=77;FWDB=-0.00356812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.163;QD=8.43194;RBI=0.015311;REFB=-0.00391622;REVB=0.0148894;RO=147;SAF=20;SAR=40;SRF=70;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1805;STB=0.60988;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0113575;OID=.;OPOS=104031076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:147:147:60:61:0.293269:40:20:70:77:41:20:70:77 chr6 105300250 . A G 150.98 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0104111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.61;QD=13.1283;RBI=0.0155675;REFB=-0.00244163;REVB=0.0115739;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274891;STB=0.512181;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00493641;OID=.;OPOS=105300250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:29:16:17:0.369565:11:5:9:20:12:5:9:20 chr6 105300252 . TAAAAAAAAAC TAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAACAG,TAAAAAAAAC 263.38 PASS AF=0.135135,0.621622,0.0540541;AO=4,9,6;DP=39;FAO=5,23,2;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=1,6,0;FSAR=4,17,2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0361688,-0.00557906,0.0401989;FXX=0.0263089;HRUN=9,3,9;LEN=1,2,1;MLLD=3.93654,236.642,3.76718;QD=28.4738;RBI=0.0954584,0.00629434,0.118209;REFB=0.150045,-0.0310783,-0.284512;REVB=0.0883409,0.00291424,-0.111163;RO=5;SAF=0,2,0;SAR=4,7,6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.766476,-0.38587,-0.795839;STB=0.571121,0.507456,0.992254;STBP=0.781,0.946,0.385;TYPE=ins,ins,del;VARB=0.317252,0.0164345,0.224982;OID=.,.,.;OPOS=105300253,105300263,105300253;OREF=-,-,A;OALT=A,AG,-;OMAPALT=TAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAACAG,TAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.135135,0.621622,0.0540541:4,9,6:39:5,23,2:37:7:1,6,0:4,17,2:2:5:22:5:0,2,0:4,7,6:4:1 chr6 105307435 . G A 201.9 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.0442249;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.888;QD=27.8483;RBI=0.0490019;REFB=-0.00648389;REVB=0.0211032;RO=10;SAF=1;SAR=18;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199808;STB=0.608602;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00114463;OID=.;OPOS=105307435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:10:10:19:19:0.655172:18:1:0:10:18:1:0:10 chr6 105526774 . G T 214.51 PASS AF=0.350649;AO=26;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00679284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.26;QD=11.1436;RBI=0.0146878;REFB=0.00153837;REVB=0.0130226;RO=49;SAF=9;SAR=17;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984274;STB=0.560701;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00226164;OID=.;OPOS=105526774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:50:26:27:0.350649:17:9:21:28:18:9:21:29 chr6 105530994 . GTA G,GTG 364.83 PASS AF=0.289062,0.078125;AO=33,10;DP=130;FAO=37,10;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=18,8;FSAR=19,2;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0123987,0.0784999;FXX=0.022899;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=260.365,49.7708;QD=11.4009;RBI=0.0134028,0.0984633;REFB=-0.0027148,-0.0102408;REVB=0.00508987,-0.0594373;RO=80;SAF=15,8;SAR=18,2;SRF=35;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0206734,0.425151;STB=0.52891,0.809738;STBP=0.683,0.047;TYPE=del,snp;VARB=0.0157369,0.0127532;OID=.,.;OPOS=105530995,105530996;OREF=TA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289062,0.078125:33,10:130:37,10:128:81:18,8:19,2:36:45:99:80:15,8:18,2:35:45 chr6 105726036 . C T 540.66 PASS AF=0.359116;AO=65;DP=181;FAO=65;FDP=181;FR=.;FRO=116;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=-0.00251512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.422;QD=11.9482;RBI=0.00695929;REFB=-0.00321738;REVB=-0.00648891;RO=116;SAF=31;SAR=34;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550303;STB=0.531331;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00638214;OID=.;OPOS=105726036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:116:116:65:65:0.359116:34:31:61:55:34:31:61:55 chr6 106352263 . C T 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00386529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.212;QD=13.7478;RBI=0.0324396;REFB=-0.0133557;REVB=-0.0322085;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950431;STB=0.554557;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0189508;OID=.;OPOS=106352263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:9:13:16:16:9:13:16:16 chr6 106352349 . T C 570.89 PASS AF=0.4;AO=66;DP=165;FAO=66;FDP=165;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.0179674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.233;QD=13.8397;RBI=0.0184271;REFB=-0.00841419;REVB=0.00409033;RO=98;SAF=35;SAR=31;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010539;STB=0.503039;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0145798;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:98:99:66:66:0.4:31:35:51:47:31:35:52:47 chr6 106959424 . A G 292.85 PASS AF=0.5;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0959518;FXX=0.0312451;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.244;QD=18.8932;RBI=0.0960188;REFB=-0.0267729;REVB=-0.00358689;RO=30;SAF=15;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044706;STB=0.532338;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0221409;OID=.;OPOS=106959424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:31:31:31:0.5:16:15:13:17:16:15:13:18 chr6 106959959 . GAA GA,GAG,GGA 942.36 PASS AF=0.985714,0,0.0142857;AO=18,41,5;DP=67;FAO=69,0,1;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0,1;FSAR=34,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109993,-0.309752,-0.107621;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=19.7056,7.807,6.28034;QD=53.8493;RBI=0.215465,0.479997,0.216458;REFB=0,0,0;REVB=-0.185275,-0.366675,-0.187808;RO=0;SAF=12,21,3;SAR=6,20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.02085e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00407065,0,-0.0121356;OID=.,.,.;OPOS=106959960,106959961,106959960;OREF=A,A,A;OALT=-,G,G;OMAPALT=GA,GAG,GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.985714,0,0.0142857:18,41,5:67:69,0,1:70:0:35,0,1:34,0,0:0:0:3:0:12,21,3:6,20,2:0:0 chr6 106959999 . C G 1481.65 PASS AF=0.96;AO=96;DP=100;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00670849;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.535;QD=59.266;RBI=0.0263879;REFB=-0.0885009;REVB=0.0255209;RO=2;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166343;STB=0.506871;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000887159;OID=.;OPOS=106959999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:100:100:2:4:96:96:0.96:56:40:0:2:56:40:1:3 chr6 106960039 . G A 667.82 PASS AF=0.53125;AO=64;DP=120;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=-0.0119605;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.99;QD=20.8694;RBI=0.0161715;REFB=-0.0627478;REVB=-0.010884;RO=54;SAF=29;SAR=35;SRF=12;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199572;STB=0.582683;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0630335;OID=.;OPOS=106960039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:128:54:60:64:68:0.53125:35:29:12:42:37:31:17:43 chr6 106960447 . G A 344.41 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0260611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0109;QD=21.8675;RBI=0.0362668;REFB=-0.0373059;REVB=0.0252211;RO=26;SAF=11;SAR=24;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613929;STB=0.539303;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0306109;OID=.;OPOS=106960447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:26:28:35:35:0.555556:24:11:10:16:24:11:11:17 chr6 106967185 . A C 233.12 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0323226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9463;QD=24.539;RBI=0.0428656;REFB=-0.00530138;REVB=0.0281551;RO=15;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667244;STB=0.555503;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00664722;OID=.;OPOS=106967185;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:16:22:22:0.578947:7:15:9:6:7:15:9:7 chr6 106987370 . A C 2874.35 PASS AF=0.994565;AO=183;DP=186;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0066258;FXX=0.0107521;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.307;QD=62.4859;RBI=0.0181422;REFB=0.110788;REVB=-0.016889;RO=1;SAF=93;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0052609;STB=0.502762;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000571275;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:184:1:1:183:183:0.994565:90:93:0:1:90:93:0:1 chr6 106992464 . A G 1482.58 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0103833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.561;QD=61.1372;RBI=0.0120312;REFB=-0.0264677;REVB=0.00607768;RO=0;SAF=35;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50291;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=7.03847e-05;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:0:2:95:95:0.979381:60:35:0:0:60:35:1:1 chr6 106999822 . G A 314.65 PASS AF=0.361111;AO=40;DP=108;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0492301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.392;QD=11.6538;RBI=0.0492337;REFB=0.00244453;REVB=0.000595716;RO=68;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10827;STB=0.549738;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00411188;OID=.;OPOS=106999822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:68:69:40:39:0.361111:19:21:29:39:19:20:30:39 chr6 107113715 . G A 753.15 PASS AF=0.390135;AO=87;DP=223;FAO=87;FDP=223;FR=.;FRO=136;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=71;FSRR=65;FWDB=-0.0358308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.238;QD=13.5095;RBI=0.0383945;REFB=0.00247437;REVB=-0.0137946;RO=134;SAF=33;SAR=54;SRF=69;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148751;STB=0.588474;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00338479;OID=.;OPOS=107113715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:134:136:87:87:0.390135:54:33:69:65:54:33:71:65 chr6 107351293 . G T 238.86 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0200336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6535;QD=11.7954;RBI=0.0373111;REFB=-0.0014522;REVB=-0.0314766;RO=52;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396451;STB=0.522836;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00184716;OID=.;OPOS=107351293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:29:29:0.358025:18:11:18:34:18:11:18:34 chr6 107388504 . C T 1243.72 PASS AF=0.535714;AO=120;DP=224;FAO=120;FDP=224;FR=.;FRO=104;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=-0.0216794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.769;QD=22.2094;RBI=0.0222169;REFB=-0.00875208;REVB=-0.00485725;RO=102;SAF=64;SAR=56;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775434;STB=0.546635;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0083945;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:102:104:120:120:0.535714:56:64:45:57:56:64:45:59 chr6 107391396 . G A 704.87 PASS AF=0.587719;AO=67;DP=114;FAO=67;FDP=114;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0144287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7112;QD=24.7323;RBI=0.0220434;REFB=0.0139003;REVB=0.016665;RO=44;SAF=35;SAR=32;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168657;STB=0.50485;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.0071949;OID=.;OPOS=107391396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:44:47:67:67:0.587719:32:35:24:20:32:35:24:23 chr6 107454303 . A C 927.49 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00391867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.892;QD=52.9993;RBI=0.0390251;REFB=-0.0250706;REVB=0.0388278;RO=1;SAF=58;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00807881;STB=0.516826;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000335401;OID=.;OPOS=107454303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:70:1:4:66:66:0.942857:8:58:1:0:8:58:3:1 chr6 107565060 . T C 2293.95 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.29;QD=63.7208;RBI=0.0137551;REFB=0;REVB=0.000735388;RO=0;SAF=75;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13135e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63969e-05;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:68:75:0:0:68:76:0:0 chr6 107780479 . C G 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0701944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7797;QD=24.1898;RBI=0.0721641;REFB=0.0810287;REVB=0.0167453;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629385;STB=0.535653;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0370128;OID=.;OPOS=107780479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:9:3:2:4:9:3:2:4 chr6 107780483 . A G 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0253642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.241;QD=24.4123;RBI=0.100898;REFB=0.0488253;REVB=0.0976578;RO=5;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166212;STB=0.509417;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0167396;OID=.;OPOS=107780483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:9:2:1:4:9:2:1:4 chr6 108026146 . C T 1029.67 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137701;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.35;QD=59.6913;RBI=0.0196485;REFB=0;REVB=0.0140161;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36114e-07;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr6 108026317 . G T 4550.57 PASS AF=1;AO=245;DP=289;FAO=289;FDP=289;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=133;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.149;QD=62.9837;RBI=0.062672;REFB=0;REVB=0.0488129;RO=0;SAF=111;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232796;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:289:289:0:0:245:289:1:134:111:0:0:156:133:0:0 chr6 108026402 . A C 3120.11 PASS AF=0.882591;AO=218;DP=248;FAO=218;FDP=247;FR=.;FRO=29;FSAF=101;FSAR=117;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0149667;FXX=0.0040321;HRUN=6;LEN=1;MLLD=184.859;QD=50.528;RBI=0.0176129;REFB=-0.0148122;REVB=-0.00928495;RO=4;SAF=101;SAR=117;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00126605;STB=0.502296;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.000276408;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:247:4:29:218:218:0.882591:117:101:2:2:117:101:14:15 chr6 108026455 . A G 2464.73 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.509;QD=61.2356;RBI=0.0252015;REFB=0;REVB=0.0141841;RO=0;SAF=71;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88224e-05;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:157:161:0:0:157:161:1:86:71:0:0:89:72:0:0 chr6 108029109 . T C 452.61 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0314435;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.474;QD=14.4834;RBI=0.0329055;REFB=-0.00917016;REVB=-0.00969952;RO=72;SAF=23;SAR=28;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051176;STB=0.537092;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0111759;OID=.;OPOS=108029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:74:51:51:0.408:28:23:36:36:28:23:38:36 chr6 108068003 . C T 1645.95 PASS AF=0.530612;AO=156;DP=295;FAO=156;FDP=294;FR=.;FRO=138;FSAF=70;FSAR=86;FSRF=75;FSRR=63;FWDB=0.00843489;FXX=0.00338972;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4845;QD=22.3938;RBI=0.0159753;REFB=-0.00770494;REVB=-0.013567;RO=136;SAF=70;SAR=86;SRF=73;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753686;STB=0.544536;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00756347;OID=.;OPOS=108068003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:294:136:138:156:156:0.530612:86:70:73:63:86:70:75:63 chr6 108233929 . G A,T 756.75 PASS AF=0.979592,0.0204082;AO=45,2;DP=47;FAO=48,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135065,-0.0225371;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.7625,55.9473;QD=61.7758;RBI=0.0138819,0.0729005;REFB=0,0;REVB=-0.00320669,-0.0693293;RO=0;SAF=22,0;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00253428,-0.0583115;OID=.,.;OPOS=108233929,108233929;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:47:49:0:0:45,2:48,1:0.979592,0.0204082:23,2:22,0:0:0:25,1:23,0:0:0 chr6 108277287 . C A 4801.77 PASS AF=1;AO=306;DP=307;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617298;FXX=0.00324665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.981;QD=62.5638;RBI=0.0253794;REFB=0;REVB=-0.0246172;RO=0;SAF=130;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.42906e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59993e-05;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:307:307:0:0:306:307:1:176:130:0:0:177:130:0:0 chr6 108882570 . C T 270.97 PASS AF=0.318584;AO=36;DP=113;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0111734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.259;QD=9.59174;RBI=0.0162332;REFB=-0.00660722;REVB=0.0117759;RO=76;SAF=18;SAR=18;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614087;STB=0.530956;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0115295;OID=.;OPOS=108882570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:76:77:36:36:0.318584:18:18:42:34:18:18:42:35 chr6 109197379 . T C 367.07 PASS AF=0.423077;AO=42;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00644507;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.205;QD=14.1179;RBI=0.00647835;REFB=-0.00330069;REVB=0.000655812;RO=59;SAF=14;SAR=28;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136817;STB=0.592062;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00280152;OID=.;OPOS=109197379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:60:42:44:0.423077:28:14:27:32:30:14:28:32 chr6 109197433 . C T 549.11 PASS AF=0.533333;AO=55;DP=104;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.00238328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.709;QD=20.9185;RBI=0.0141746;REFB=-0.0104705;REVB=-0.0139728;RO=49;SAF=26;SAR=29;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162753;STB=0.584746;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00710914;OID=.;OPOS=109197433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:49:49:55:56:0.533333:29:26:14:35:30:26:14:35 chr6 109233725 . T C 448.11 PASS AF=0.371429;AO=51;DP=139;FAO=52;FDP=140;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0194285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.573;QD=12.8032;RBI=0.0212225;REFB=0.0106235;REVB=0.00853963;RO=88;SAF=17;SAR=34;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180124;STB=0.606894;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0151274;OID=.;OPOS=109233725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:88:88:51:52:0.371429:34:17:43:45:35:17:43:45 chr6 109583186 . A G 1062.49 PASS AF=0.578035;AO=97;DP=170;FAO=100;FDP=173;FR=.;FRO=73;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.00241115;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.209;QD=24.5662;RBI=0.0218543;REFB=0.00918318;REVB=0.0217209;RO=72;SAF=45;SAR=52;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653657;STB=0.506704;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00517074;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:173:72:73:97:100:0.578035:52:45:34:38:55:45:34:39 chr6 109586062 . C T 792.02 PASS AF=0.36965;AO=95;DP=257;FAO=95;FDP=257;FR=.;FRO=162;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=73;FSRR=89;FWDB=-0.00489881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.372;QD=12.3272;RBI=0.0188374;REFB=-0.00258777;REVB=-0.0181892;RO=162;SAF=48;SAR=47;SRF=73;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060871;STB=0.534418;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00385087;OID=.;OPOS=109586062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:162:162:95:95:0.36965:47:48:73:89:47:48:73:89 chr6 109591433 . T C 161.65 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.00349628;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.987;QD=11.9737;RBI=0.00503095;REFB=-0.0019763;REVB=-0.00361753;RO=30;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273935;STB=0.591914;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00327153;OID=.;OPOS=109591433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:34:20:20:0.37037:12:8:5:25:12:8:9:25 chr6 109665191 . C T 354.35 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00575449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.58;QD=21.4755;RBI=0.055125;REFB=0.0139246;REVB=0.0548239;RO=30;SAF=18;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822854;STB=0.545429;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00565779;OID=.;OPOS=109665191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:18:18:12:18:18:18:12:18 chr6 109674055 . C T 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0161567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.394;QD=26.4135;RBI=0.0166012;REFB=-0.00385956;REVB=-0.00381596;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789566;STB=0.543691;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00321428;OID=.;OPOS=109674055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:12:13:7:10:12:13:7:10 chr6 109689431 . A G 872.48 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010321;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.034;QD=58.1655;RBI=0.017519;REFB=0;REVB=0.0141561;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394535;OID=.;OPOS=109689431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr6 109761437 . A G 611.71 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=52;FSRF=26;FSRR=60;FWDB=0.00751693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7444;QD=15.8886;RBI=0.0388964;REFB=0.0113276;REVB=0.0381631;RO=86;SAF=16;SAR=52;SRF=26;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880199;STB=0.549281;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0178328;OID=.;OPOS=109761437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:86:86:68:68:0.441558:52:16:26:60:52:16:26:60 chr6 109761493 . C T 171.25 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=0;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=34;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0039;QD=12.4545;RBI=0.033588;REFB=-0.00484852;REVB=0.033588;RO=33;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00887402;OID=.;OPOS=109761493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:34:21:21:0.381818:21:0:0:33:21:0:0:34 chr6 109762332 . C T 2075.65 PASS AF=0.600639;AO=188;DP=314;FAO=188;FDP=313;FR=.;FRO=125;FSAF=48;FSAR=140;FSRF=13;FSRR=112;FWDB=-0.0127006;FXX=0.00318461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.237;QD=26.5259;RBI=0.0127047;REFB=-0.0165729;REVB=0.000324162;RO=125;SAF=48;SAR=140;SRF=13;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160802;STB=0.586152;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00805109;OID=.;OPOS=109762332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:313:125:125:188:188:0.600639:140:48:13:112:140:48:13:112 chr6 109764535 . G T 441.13 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0123404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.395;QD=17.4707;RBI=0.0132536;REFB=-0.0133621;REVB=-0.00483451;RO=54;SAF=20;SAR=27;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364739;STB=0.520334;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0148097;OID=.;OPOS=109764535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:27:20:25:29:27:20:25:29 chr6 109766660 . G A 439.06 PASS AF=0.377778;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=135;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0511708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.494;QD=13.0093;RBI=0.0515748;REFB=-0.01462;REVB=-0.00644321;RO=82;SAF=15;SAR=36;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159797;STB=0.600536;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0269631;OID=.;OPOS=109766660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:82:84:51:51:0.377778:36:15:35:47:36:15:37:47 chr6 109767930 . GC TT 778.89 PASS AF=0.442211;AO=68;DP=183;FAO=88;FDP=199;FR=.;FRO=111;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.0107384;FXX=0.0245086;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.377;QD=15.6561;RBI=0.0298047;REFB=-0.0341148;REVB=0.027803;RO=107;SAF=29;SAR=39;SRF=47;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141137;STB=0.543895;STBP=0.302;TYPE=mnp;VARB=0.0353813;OID=.;OPOS=109767930;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:199:107:111:68:88:0.442211:39:29:47:60:55:33:50:61 chr6 109768295 . G A 221.99 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00665935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0053;QD=14.5569;RBI=0.102006;REFB=-0.00549099;REVB=0.101788;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244776;STB=0.513913;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00435608;OID=.;OPOS=109768295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:18:17:12:14:18:17 chr6 109775436 . T C 266.62 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0108608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.505;QD=24.8021;RBI=0.0122892;REFB=-0.0352353;REVB=0.00575049;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322235;STB=0.525308;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0275202;OID=.;OPOS=109775436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:18:24:25:0.581395:13:11:9:9:14:11:9:9 chr6 109827716 . C T 641.04 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=-0.018744;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.881;QD=21.5477;RBI=0.0548948;REFB=-0.0289889;REVB=-0.0515956;RO=55;SAF=21;SAR=43;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724173;STB=0.539603;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0199031;OID=.;OPOS=109827716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:55:55:64:64:0.537815:43:21:14:41:43:21:14:41 chr6 109885479 . T C 343.9 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0237936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4604;QD=16.3762;RBI=0.0239589;REFB=-0.00416739;REVB=0.00280941;RO=47;SAF=12;SAR=25;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00588792;STB=0.503309;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0091429;OID=.;OPOS=109885479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:25:12:15:32:25:12:15:32 chr6 109906329 . GCTT G 479.51 PASS AF=0.582418;AO=16;DP=86;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0057247;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=3;MLLD=190.323;QD=21.0772;RBI=0.094632;REFB=-0.0473818;REVB=0.0944587;RO=14;SAF=15;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337108;STB=0.510152;STBP=0.859;TYPE=del;VARB=0.0350962;OID=.;OPOS=109906330;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.582418:16:86:53:91:38:36:17:25:13:99:14:15:1:11:3 chr6 109954252 . C T 615.76 PASS AF=0.548673;AO=57;DP=117;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.000575549;FXX=0.0583285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3294;QD=21.7967;RBI=0.0312388;REFB=-0.0184921;REVB=-0.0312335;RO=45;SAF=25;SAR=32;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317102;STB=0.51265;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0136572;OID=.;OPOS=109954252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:113:45:51:57:62:0.548673:32:25:18:27:36:26:20:31 chr6 110064928 . A T 650.25 PASS AF=0.478261;AO=65;DP=137;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0203509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.631;QD=18.8479;RBI=0.0224705;REFB=-0.00276571;REVB=-0.00952702;RO=72;SAF=26;SAR=39;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109663;STB=0.563739;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00276158;OID=.;OPOS=110064928;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:72:72:65:66:0.478261:39:26:37:35:40:26:37:35 chr6 110074412 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0126668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.32;QD=20.4561;RBI=0.0126861;REFB=-0.0117777;REVB=-0.000698945;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155953;STB=0.588131;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00796706;OID=.;OPOS=110074412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:9:6:10:7:9:6 chr6 110106234 . A G 295.58 PASS AF=0.261905;AO=41;DP=166;FAO=44;FDP=168;FR=.;FRO=124;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=0.0200941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.387;QD=7.03765;RBI=0.0249309;REFB=-0.00731594;REVB=-0.0147572;RO=122;SAF=25;SAR=16;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168074;STB=0.607927;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0187431;OID=.;OPOS=110106234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:122:124:41:44:0.261905:16:25:58:64:17:27:58:66 chr6 110107517 . T C 809.33 PASS AF=0.567164;AO=75;DP=134;FAO=76;FDP=134;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0270878;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0205;QD=24.1592;RBI=0.0361839;REFB=-0.000975409;REVB=0.0239902;RO=57;SAF=37;SAR=38;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955186;STB=0.544764;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000776838;OID=.;OPOS=110107517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:57:58:75:76:0.567164:38:37:35:22:38:38:35:23 chr6 110146303 . G A 587.38 PASS AF=0.430657;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=-0.0377735;FXX=0.021427;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.198;QD=17.1499;RBI=0.0387131;REFB=-0.0438797;REVB=0.00847733;RO=65;SAF=19;SAR=40;SRF=16;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852097;STB=0.512816;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0352811;OID=.;OPOS=110146303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:137:65:73:59:59:0.430657:40:19:16:49:40:19:25:48 chr6 110301661 . A G 247.33 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.024063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.145;QD=13.7403;RBI=0.0292528;REFB=-0.00124017;REVB=-0.0166343;RO=42;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029198;STB=0.510138;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00205459;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:43:29:29:0.402778:16:13:20:22:16:13:20:23 chr6 110421361 . C T 940.99 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112582;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6199;QD=58.8117;RBI=0.0366934;REFB=0;REVB=-0.0349236;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107097;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr6 110746526 . T C 744.28 PASS AF=0.486667;AO=73;DP=150;FAO=73;FDP=150;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0620341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0179;QD=19.8474;RBI=0.0620771;REFB=0.00166955;REVB=0.002312;RO=76;SAF=35;SAR=38;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542199;STB=0.526212;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00249812;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:76:77:73:73:0.486667:38:35:32:44:38:35:33:44 chr6 110777962 . A G 487.86 PASS AF=0.390071;AO=55;DP=141;FAO=55;FDP=141;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=0.0314012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9705;QD=13.8399;RBI=0.0379792;REFB=-0.0113477;REVB=-0.0213632;RO=85;SAF=24;SAR=31;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125015;STB=0.574047;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0155096;OID=.;OPOS=110777962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:85:86:55:55:0.390071:31:24:47:38:31:24:48:38 chr6 110778128 . T C 290.8 PASS AF=0.345794;AO=35;DP=105;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0100868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.023;QD=10.8712;RBI=0.0104198;REFB=-0.0129768;REVB=0.00261309;RO=68;SAF=16;SAR=19;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354123;STB=0.50693;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0218847;OID=.;OPOS=110778128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:68:70:35:37:0.345794:19:16:29:39:21:16:31:39 chr6 110797704 . CG CC,GC 3045.62 PASS AF=0.689655,0.134483;AO=196,39;DP=291;FAO=200,39;FDP=290;FR=.;FRO=51;FSAF=32,34;FSAR=168,5;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.000733024,0.0149975;FXX=0.00343631;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=213.865,155.65;QD=42.0085;RBI=0.00506252,0.0167373;REFB=-0.0107981,-0.0266761;REVB=0.00500917,0.00743049;RO=51;SAF=29,34;SAR=167,5;SRF=32;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.287215,0.368596;STB=0.642431,0.711912;STBP=0,0.006;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0172483,-0.060265;OID=.,.;OPOS=110797705,110797704;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:290:51:51:196,39:200,39:0.689655,0.134483:167,5:29,34:32:19:168,5:32,34:32:19 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCAC,CCCA 4286.79 PASS AF=0.854167,0.0625,0.0833333;AO=211,26,27;DP=276;FAO=246,18,24;FDP=288;FR=.;FRO=0;FSAF=78,16,4;FSAR=168,2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513372,0.0469082,0.0394882;FXX=0.023728;HRUN=4,4,4;LEN=4,4,4;MLLD=151.415,128.056,118.613;QD=59.5387;RBI=0.0518574,0.0475813,0.0401667;REFB=0,0,0;REVB=0.0073273,0.00797505,0.00735126;RO=0;SAF=44,24,7;SAR=167,2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.21284e-08,-4.41836e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=0.00521473,-0.0235861,0.00348377;OID=.,.,.;OPOS=110797707,110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCAC,CCCA;OMAPALT=CACC,CCAC,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:70:276:288:0:0:211,26,27:246,18,24:0.854167,0.0625,0.0833333:167,2,20:44,24,7:0:0:168,2,20:78,16,4:0:0 chr6 110797713 . C T 3204.79 PASS AF=0.779874;AO=248;DP=318;FAO=248;FDP=318;FR=.;FRO=70;FSAF=80;FSAR=168;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.00505091;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.427;QD=40.3118;RBI=0.012821;REFB=-0.0423463;REVB=0.0117841;RO=48;SAF=80;SAR=168;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108612;STB=0.569816;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00576762;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:48:70:248:248:0.779874:168:80:31:17:168:80:43:27 chr6 110964409 . G A 262.83 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00639478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.744;QD=12.6664;RBI=0.0316894;REFB=-0.00813646;REVB=-0.0310375;RO=50;SAF=19;SAR=12;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809747;STB=0.535835;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0386587;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:50:52:31:31:0.373494:12:19:27:23:12:19:29:23 chr6 111280038 . C T 539.3 PASS AF=0.396226;AO=63;DP=159;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=52;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=0.0742036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.61;QD=13.5673;RBI=0.07464;REFB=-0.00733933;REVB=0.00805967;RO=95;SAF=11;SAR=52;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314615;STB=0.684324;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00961657;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:95:96:63:63:0.396226:52:11:38:57:52:11:39:57 chr6 111283592 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.648;QD=57.2023;RBI=0.0534547;REFB=0;REVB=-0.0533093;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000582059;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr6 111587266 . T C 953.51 PASS AF=0.653543;AO=83;DP=127;FAO=83;FDP=127;FR=.;FRO=44;FSAF=58;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=-0.00906387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.731;QD=30.0319;RBI=0.0139522;REFB=0.00249476;REVB=0.0106071;RO=44;SAF=58;SAR=25;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578897;STB=0.531171;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00128986;OID=.;OPOS=111587266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:44:44:83:83:0.653543:25:58:34:10:25:58:34:10 chr6 111589293 . A C 179.72 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0305391;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2907;QD=13.3128;RBI=0.0558705;REFB=-0.0112931;REVB=0.0467854;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00985331;OID=.;OPOS=111589293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:30:32:21:22:0.407407:10:11:15:15:11:11:16:16 chr6 111620758 . G A 308.14 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0167246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.009;QD=20.8909;RBI=0.017807;REFB=-0.0111162;REVB=0.00611366;RO=27;SAF=12;SAR=20;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371045;STB=0.520535;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0100721;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:20:12:9:18:20:12:9:18 chr6 111688479 . C CT,T 36.26 PASS AF=0.217391,0;AO=21,5;DP=100;FAO=20,0;FDP=92;FR=.;FRO=72;FSAF=9,0;FSAR=11,0;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.035467,-0.00796932;FXX=0.0107515;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=7.52584,65.3917;QD=1.57671;RBI=0.0589711,0.0121496;REFB=-0.138277,-0.00826903;REVB=-0.0471135,-0.00917076;RO=69;SAF=10,1;SAR=11,4;SRF=37;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0745431,-0.338995;STB=0.504391,0.5;STBP=0.981,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0907632,0;OID=.,.;OPOS=111688480,111688479;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:100:92:69:72:21,5:20,0:0.217391,0:11,4:10,1:37:32:11,0:9,0:32:40 chr6 111695073 . C T 270.75 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0224685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.778;QD=16.9216;RBI=0.0469855;REFB=-0.00691935;REVB=-0.0412651;RO=34;SAF=12;SAR=18;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257355;STB=0.644078;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0097447;OID=.;OPOS=111695073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:18:12:23:11:18:12:23:11 chr6 111695268 . C T 754.46 PASS AF=0.608696;AO=70;DP=115;FAO=70;FDP=115;FR=.;FRO=45;FSAF=49;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0124075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.849;QD=26.2422;RBI=0.0261194;REFB=-0.0213864;REVB=0.0229843;RO=45;SAF=49;SAR=21;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134164;STB=0.573078;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0123019;OID=.;OPOS=111695268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:45:45:70:70:0.608696:21:49:24:21:21:49:24:21 chr6 111695887 . G A 177.9 PASS AF=0.529412;AO=13;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00957538;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8339;QD=20.9294;RBI=0.00957882;REFB=-0.016888;REVB=-0.000256799;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282428;STB=0.56369;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0232621;OID=.;OPOS=111695887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:16:13:18:0.529412:5:8:5:11:10:8:5:11 chr6 111696257 . G A 1064.66 PASS AF=0.608696;AO=97;DP=160;FAO=98;FDP=161;FR=.;FRO=63;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00625051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3061;QD=26.4512;RBI=0.0185984;REFB=0.0200223;REVB=0.0175166;RO=63;SAF=53;SAR=44;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119882;STB=0.562322;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.011408;OID=.;OPOS=111696257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:63:63:97:98:0.608696:44:53:24:39:45:53:24:39 chr6 111696852 . T C 455.38 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0368264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1912;QD=20.699;RBI=0.0461011;REFB=-0.0284384;REVB=-0.0277332;RO=38;SAF=25;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245245;STB=0.501278;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0295038;OID=.;OPOS=111696852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:43:45:45:0.511364:20:25:20:18:20:25:24:19 chr6 111901453 . G T 2403.55 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00382048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.021;QD=61.237;RBI=0.015469;REFB=0;REVB=0.0149898;RO=0;SAF=59;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65036e-06;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:97:59:0:0:98:59:0:0 chr6 112041139 . T G,TG 83.16 PASS AF=0,0.148352;AO=8,25;DP=181;FAO=0,27;FDP=182;FR=.;FRO=155;FSAF=0,3;FSAR=0,24;FSRF=86;FSRR=69;FWDB=-0.022255,-0.0303092;FXX=0.00546418;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=187.629,54.1998;QD=1.82776;RBI=0.0295775,0.0384504;REFB=-0.0026158,-0.00399118;REVB=-0.0194818,-0.0236598;RO=147;SAF=0,4;SAR=8,21;SRF=86;SRR=61;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.533333,-0.527865;STB=0.5,0.884183;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.061424;OID=.,.;OPOS=112041139,112041140;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:84:181:182:147:155:8,25:0,27:0,0.148352:8,21:0,4:86:61:0,24:0,3:86:69 chr6 112408581 . G C 1404.41 PASS AF=0.518657;AO=139;DP=268;FAO=139;FDP=268;FR=.;FRO=129;FSAF=79;FSAR=60;FSRF=52;FSRR=77;FWDB=-0.00456216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.103;QD=20.9614;RBI=0.00830451;REFB=-0.0237609;REVB=-0.00693913;RO=127;SAF=79;SAR=60;SRF=50;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152031;STB=0.579285;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0266646;OID=.;OPOS=112408581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:127:129:139:139:0.518657:60:79:50:77:60:79:52:77 chr6 112457390 . C T 2494.4 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000932616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.847;QD=60.8391;RBI=0.00325015;REFB=-0.109516;REVB=-0.00311347;RO=0;SAF=66;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29745e-08;STB=0.502564;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000132615;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:0:1:163:163:0.993902:97:66:0:0:97:66:0:1 chr6 112462021 . G T 271.53 PASS AF=0.170418;AO=53;DP=311;FAO=53;FDP=311;FR=.;FRO=258;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=125;FSRR=133;FWDB=-0.00151388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.916;QD=3.49236;RBI=0.00449351;REFB=-0.00267925;REVB=-0.00423082;RO=255;SAF=27;SAR=26;SRF=124;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299618;STB=0.520671;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0158759;OID=.;OPOS=112462021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:255:258:53:53:0.170418:26:27:124:131:26:27:125:133 chr6 112493872 . A G 812.33 PASS AF=0.378486;AO=95;DP=251;FAO=95;FDP=251;FR=.;FRO=156;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=79;FSRR=77;FWDB=0.0069406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.839;QD=12.9454;RBI=0.0105065;REFB=0.00225525;REVB=-0.00788765;RO=156;SAF=45;SAR=50;SRF=79;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360605;STB=0.520348;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00384351;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:156:156:95:95:0.378486:50:45:79:77:50:45:79:77 chr6 112506481 . C T 832.93 PASS AF=0.447761;AO=90;DP=203;FAO=90;FDP=201;FR=.;FRO=111;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=-0.070664;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2102;QD=16.5757;RBI=0.076549;REFB=0.0108138;REVB=-0.0294337;RO=111;SAF=47;SAR=43;SRF=67;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815163;STB=0.535163;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0184322;OID=.;OPOS=112506481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:201:111:111:90:90:0.447761:43:47:67:44:43:47:65:46 chr6 112508769 . TG GT 1310.62 PASS AF=1;AO=135;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767117;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.042;QD=37.1807;RBI=0.10797;REFB=0;REVB=0.0759795;RO=0;SAF=57;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000591987;OID=.;OPOS=112508769;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:142:141:0:0:135:141:1:78:57:0:0:83:58:0:0 chr6 112521387 . A C 880.21 PASS AF=0.551282;AO=82;DP=153;FAO=86;FDP=156;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.099259;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.052;QD=22.5695;RBI=0.0994594;REFB=0.00485375;REVB=-0.0063116;RO=68;SAF=30;SAR=52;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382946;STB=0.514136;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00311682;OID=.;OPOS=112521387;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:68:70:82:86:0.551282:52:30:22:46:54:32:24:46 chr6 112671933 . G A 288.99 PASS AF=0.352941;AO=35;DP=101;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0112444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.459;QD=11.3328;RBI=0.0137511;REFB=-0.00322744;REVB=-0.00791546;RO=65;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163447;STB=0.588188;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00687689;OID=.;OPOS=112671933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:65:66:35:36:0.352941:17:18:24:41:18:18:24:42 chr6 114181914 . GTTT GTTG,GT,TGTT 165.66 PASS AF=0.0909091,0.545455,0.363636;AO=3,3,2;DP=25;FAO=2,12,8;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,5;FSAR=2,1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367128,-0.108892,-0.153935;FXX=0.153787;HRUN=12,12,1;LEN=1,2,2;MLLD=166.985,15.0453,15.6178;QD=30.1205;RBI=0.0639114,0.124083,0.159374;REFB=0,0,0;REVB=-0.0523148,-0.05949,-0.0412814;RO=2;SAF=1,3,1;SAR=2,0,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.111102,0.692188,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.008108,0.0641169,-0.0572091;OID=.,.,.;OPOS=114181917,114181915,114181914;OREF=T,TT,GT;OALT=G,-,TG;OMAPALT=GTTG,GT,TGTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:43:25:22:2:0:3,3,2:2,12,8:0.0909091,0.545455,0.363636:2,0,1:1,3,1:1:1:2,1,3:0,11,5:0:0 chr6 114378970 . C T 165.59 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0360535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7655;QD=7.98034;RBI=0.0384725;REFB=0.00657213;REVB=-0.0134269;RO=60;SAF=13;SAR=10;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988537;STB=0.559235;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.017836;OID=.;OPOS=114378970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:60:23:23:0.277108:10:13:29:31:10:13:29:31 chr6 116262976 . G A 83.53 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00228199;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7928;QD=5.66298;RBI=0.0117585;REFB=0.00661863;REVB=-0.0115349;RO=35;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476853;STB=0.654742;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0145244;OID=.;OPOS=116262976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:35:46:13:13:0.220339:9:4:12:23:9:4:23:23 chr6 116263095 . AG A,AA 122.84 PASS AF=0.433333,0.0333333;AO=6,8;DP=32;FAO=13,1;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7,0;FSAR=6,1;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0363828,-0.0343583;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.255,201.134;QD=16.3786;RBI=0.0365734,0.0356051;REFB=-0.0107055,-0.00752914;REVB=-0.00372891,-0.00933959;RO=14;SAF=3,4;SAR=3,4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.622855,0.986207;STBP=0.268,0.505;TYPE=del,snp;VARB=0.00911571,0.0250081;OID=.,.;OPOS=116263096,116263096;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333,0.0333333:6,8:32:13,1:30:16:7,0:6,1:5:11:64:14:3,4:3,4:7:7 chr6 116263181 . T C 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00490721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.978;QD=13.9471;RBI=0.00521516;REFB=-0.00540442;REVB=-0.00176555;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151563;STB=0.588131;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00761839;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:10:7:15:12:10:7:15:12 chr6 116325142 . C T 1444.49 PASS AF=0.978947;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0153989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.954;QD=60.8205;RBI=0.0171748;REFB=-0.0641148;REVB=-0.00760578;RO=2;SAF=36;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256049;STB=0.513155;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000230494;OID=.;OPOS=116325142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:95:2:2:92:93:0.978947:56:36:2:0:56:37:2:0 chr6 116442355 . T G 403.24 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=-0.0093506;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.566;QD=16.4588;RBI=0.0106246;REFB=-0.0113973;REVB=0.00504466;RO=54;SAF=26;SAR=16;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113414;STB=0.570788;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0120924;OID=.;OPOS=116442355;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:54:56:42:42:0.428571:16:26:39:15:16:26:41:15 chr6 116499416 . A G 954.67 PASS AF=0.593333;AO=88;DP=150;FAO=89;FDP=150;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0168824;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0844;QD=25.4579;RBI=0.0174292;REFB=-0.0300283;REVB=-0.00433138;RO=59;SAF=39;SAR=49;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098516;STB=0.561784;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0324063;OID=.;OPOS=116499416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:59:61:88:89:0.593333:49:39:34:25:50:39:36:25 chr6 116571255 . G A 1033.07 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.786;QD=59.0325;RBI=0.0825652;REFB=0;REVB=-0.0772514;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167153;OID=.;OPOS=116571255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:36:33:0:0:37:33:0:0 chr6 116574455 . G A 608.6 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026495;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7133;QD=60.8597;RBI=0.0416345;REFB=-0.119932;REVB=-0.0321161;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173193;OID=.;OPOS=116574455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:41:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr6 116575083 . C A 2333.85 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259463;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.758;QD=61.0158;RBI=0.00344775;REFB=0;REVB=-0.00227043;RO=0;SAF=74;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60783e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151242;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:153:153:1:79:74:0:0:79:74:0:0 chr6 116599665 . T C 933.88 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0195799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3888;QD=54.1377;RBI=0.0463082;REFB=-0.00534705;REVB=-0.0419652;RO=3;SAF=55;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250781;STB=0.51327;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0027589;OID=.;OPOS=116599665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:11:55:3:0:11:55:3:0 chr6 116600465 . T TCAC 753.81 PASS AF=0.890625;AO=56;DP=67;FAO=57;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00115382;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.584;QD=47.1128;RBI=0.00436429;REFB=-0.0437309;REVB=0.004209;RO=10;SAF=22;SAR=34;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316224;STB=0.521184;STBP=0.382;TYPE=ins;VARB=0.0048688;OID=.;OPOS=116600466;OREF=-;OALT=CAC;OMAPALT=TCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.890625:56:67:57:64:7:22:35:4:3:33:10:22:34:5:5 chr6 116600774 . C G 689.53 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000891335;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.75;QD=61.2911;RBI=0.0256675;REFB=0;REVB=0.025652;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43048e-05;OID=.;OPOS=116600774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:21:24:0:0 chr6 116600810 . G A 918.23 PASS AF=0.930556;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0830451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1251;QD=51.013;RBI=0.0833495;REFB=-0.140501;REVB=0.00711629;RO=5;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922979;STB=0.549005;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.039375;OID=.;OPOS=116600810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:5:5:67:67:0.930556:23:44:0:5:23:44:0:5 chr6 116757557 . T C 506.52 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395027;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6882;QD=59.59;RBI=0.0398354;REFB=0;REVB=0.00513748;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351571;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:22:12:0:0 chr6 116783330 . G A 619.7 PASS AF=0.460432;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0147182;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.731;QD=17.8329;RBI=0.0200839;REFB=-0.0035518;REVB=0.0136652;RO=74;SAF=25;SAR=39;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10787;STB=0.55674;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00371401;OID=.;OPOS=116783330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:74:75:64:64:0.460432:39:25:37:37:39:25:37:38 chr6 116783390 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.863;QD=53.9109;RBI=0.0345184;REFB=0;REVB=-0.00455293;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198043;OID=.;OPOS=116783390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr6 116875427 . G A 2943.71 PASS AF=0.994681;AO=186;DP=187;FAO=187;FDP=188;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.768;QD=62.6322;RBI=0.0242802;REFB=-0.0843588;REVB=0.0100851;RO=0;SAF=98;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502538;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000105976;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:188:0:1:186:187:0.994681:88:98:0:0:89:98:1:0 chr6 116875493 . T C 364.28 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0472394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4993;QD=21.1178;RBI=0.0503466;REFB=0.0450289;REVB=-0.0174131;RO=31;SAF=18;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00215929;STB=0.508231;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0400915;OID=.;OPOS=116875493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:32:37:37:0.536232:19:18:15:16:19:18:15:17 chr6 116911546 . G A 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0375836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.232;QD=17.4006;RBI=0.0493914;REFB=-0.0204343;REVB=-0.0320466;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212182;STB=0.622446;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0147237;OID=.;OPOS=116911546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:7:6:9:4:7:6 chr6 116950734 . G A 124.05 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0350481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4347;QD=7.51838;RBI=0.0833159;REFB=-0.0075495;REVB=-0.0755855;RO=47;SAF=10;SAR=8;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286231;STB=0.505114;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0193631;OID=.;OPOS=116950734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:48:18:18:0.272727:8:10:26:21:8:10:27:21 chr6 116950833 . T C 165.93 PASS AF=0.328358;AO=23;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0131834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0012;QD=9.90601;RBI=0.0259634;REFB=-0.0135128;REVB=-0.0223673;RO=44;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468933;STB=0.510195;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.032575;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:45:23:22:0.328358:15:8:17:27:14:8:17:28 chr6 116973182 . T C 330.82 PASS AF=0.333333;AO=41;DP=126;FAO=42;FDP=126;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.0621985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9104;QD=10.5021;RBI=0.062668;REFB=0.0140336;REVB=0.00765712;RO=84;SAF=26;SAR=15;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104391;STB=0.566476;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0241527;OID=.;OPOS=116973182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:84:84:41:42:0.333333:15:26:46:38:15:27:46:38 chr6 117113653 . T C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.056;QD=64.4126;RBI=0.0293649;REFB=0;REVB=-0.00497008;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79193e-05;OID=.;OPOS=117113653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr6 117114025 . G A 769.88 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6282;QD=55.9911;RBI=0.044921;REFB=0;REVB=-0.0419654;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176691;OID=.;OPOS=117114025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:32:20:0:0:33:22:0:0 chr6 117114223 . T A 932.54 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0110152;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.765;QD=55.674;RBI=0.0231327;REFB=-0.142386;REVB=-0.0203417;RO=2;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286092;STB=0.515147;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00222047;OID=.;OPOS=117114223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:67:2:2:65:65:0.970149:32:33:0:2:32:33:0:2 chr6 117114403 . G A 1716.27 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163023;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7411;QD=60.753;RBI=0.019564;REFB=0;REVB=-0.010816;RO=0;SAF=36;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.66798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133359;OID=.;OPOS=117114403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:112:113:1:76:36:0:0:77:36:0:0 chr6 117121894 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=60;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.237;QD=60.2043;RBI=0.0150655;REFB=0;REVB=-0.0145609;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12008e-05;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:60:73:1:29:31:0:0:35:38:0:0 chr6 117130704 . G A 1492.51 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7175;QD=58.5298;RBI=0.0215218;REFB=-0.0426134;REVB=-0.0123074;RO=1;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903647;STB=0.504761;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000119774;OID=.;OPOS=117130704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:52:49:0:1:52:49:0:1 chr6 117679105 . T A 308.91 PASS AF=0.397727;AO=33;DP=86;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00706432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0618;QD=14.0413;RBI=0.0261511;REFB=-0.0125367;REVB=0.0251789;RO=53;SAF=17;SAR=16;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468331;STB=0.508448;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0174216;OID=.;OPOS=117679105;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:53:53:33:35:0.397727:16:17:25:28:18:17:25:28 chr6 117708971 . C T 341.26 PASS AF=0.362069;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=116;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00816334;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.725;QD=11.7677;RBI=0.0277632;REFB=-0.00302882;REVB=-0.0265359;RO=74;SAF=25;SAR=17;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107428;STB=0.561534;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00469695;OID=.;OPOS=117708971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:74:74:42:42:0.362069:17:25:37:37:17:25:37:37 chr6 117724379 . C T 457.04 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00638042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.346;QD=23.141;RBI=0.00917284;REFB=0.0163555;REVB=-0.00659024;RO=35;SAF=13;SAR=31;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192494;STB=0.606259;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00890238;OID=.;OPOS=117724379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:31:13:18:17:31:13:18:17 chr6 117725578 . T A 1522.28 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.326;QD=58.549;RBI=0.0333549;REFB=-0.123153;REVB=0.00911854;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.504672;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000203426;OID=.;OPOS=117725578;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:0:1:101:103:0.990385:51:50:0:0:53:50:0:1 chr6 117730819 . G A 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0266423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.981;QD=15.6938;RBI=0.0293318;REFB=-0.0182523;REVB=-0.0122696;RO=41;SAF=8;SAR=24;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140487;STB=0.579779;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0217043;OID=.;OPOS=117730819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:24:8:15:26:24:8:15:26 chr6 117842669 . T A 549.01 PASS AF=0.543689;AO=55;DP=102;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0444648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0173;QD=21.3209;RBI=0.0556031;REFB=-0.0240911;REVB=0.0333855;RO=47;SAF=27;SAR=28;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1235;STB=0.57096;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0216501;OID=.;OPOS=117842669;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:47:47:55:56:0.543689:28:27:30:17:29:27:30:17 chr6 117869286 . G T 379.09 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00449829;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.886;QD=17.8393;RBI=0.0185187;REFB=-0.019936;REVB=-0.0179641;RO=45;SAF=24;SAR=15;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595258;STB=0.540317;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0191384;OID=.;OPOS=117869286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:85:45:46:39:39:0.458824:15:24:25:20:15:24:25:21 chr6 117869424 . G A 512.07 PASS AF=0.389937;AO=60;DP=157;FAO=62;FDP=159;FR=.;FRO=97;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=65;FWDB=0.00194724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8567;QD=12.8823;RBI=0.0098223;REFB=0.00217608;REVB=0.00962735;RO=95;SAF=29;SAR=31;SRF=31;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172339;STB=0.594576;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00262748;OID=.;OPOS=117869424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:95:97:60:62:0.389937:31:29:31:64:32:30:32:65 chr6 117869491 . G A 2658.97 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.796;QD=62.1982;RBI=0.0198108;REFB=0;REVB=-0.00390332;RO=0;SAF=86;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.77944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12484e-06;OID=.;OPOS=117869491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:85:86:0:0:85:86:0:0 chr6 117883731 . C A,CA 72.43 PASS AF=0,0.5;AO=5,10;DP=45;FAO=0,22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=0,11;FSAR=0,11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00915583,0.0340072;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=312.537,7.63205;QD=6.58472;RBI=0.016432,0.237011;REFB=-0.00498638,-0.0799987;REVB=0.0136449,0.234559;RO=29;SAF=4,3;SAR=1,7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.347276,-0.263961;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.150297;OID=.,.;OPOS=117883731,117883732;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:71:45:44:29:22:5,10:0,22:0,0.5:1,7:4,3:15:14:0,11:0,11:11:11 chr6 117896488 . C CT,T 35.69 PASS AF=0.180556,0;AO=10,5;DP=82;FAO=13,0;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=8,0;FSAR=5,0;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.198011,-0.00469234;FXX=0.0136968;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=8.36044,151.619;QD=1.98269;RBI=0.262285,0.0138158;REFB=-0.0281372,0.000452875;REVB=-0.172002,-0.0129946;RO=60;SAF=2,4;SAR=8,1;SRF=36;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.47381,0.234698;STB=0.533282,0.5;STBP=0.836,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0165654,0;OID=.,.;OPOS=117896489,117896488;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:82:72:60:59:10,5:13,0:0.180556,0:8,1:2,4:36:24:5,0:8,0:34:25 chr6 119149149 . C G 2064.93 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.284;QD=62.5736;RBI=0.00287172;REFB=0;REVB=0.000929072;RO=0;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21496e-06;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:68:64:0:0:68:64:0:0 chr6 119341279 . G A 308.82 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0425091;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2883;QD=11.7645;RBI=0.0443955;REFB=-0.0094984;REVB=0.012804;RO=66;SAF=15;SAR=23;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165639;STB=0.515364;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.015034;OID=.;OPOS=119341279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:66:67:38:38:0.361905:23:15:27:39:23:15:28:39 chr6 119510941 . C A 2710.28 PASS AF=0.947368;AO=178;DP=188;FAO=180;FDP=190;FR=.;FRO=10;FSAF=96;FSAR=84;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0134134;FXX=0.0104161;HRUN=6;LEN=1;MLLD=111.348;QD=57.0585;RBI=0.0142838;REFB=-0.0543404;REVB=-0.00490994;RO=1;SAF=96;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493328;STB=0.503526;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00116958;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:188:190:1:10:178:180:0.947368:82:96:1:0:84:96:6:4 chr6 119669877 . C T 1384.25 PASS AF=0.427746;AO=148;DP=346;FAO=148;FDP=346;FR=.;FRO=198;FSAF=55;FSAR=93;FSRF=102;FSRR=96;FWDB=0.0672962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2581;QD=16.0029;RBI=0.0719317;REFB=0.00777145;REVB=0.0254046;RO=198;SAF=55;SAR=93;SRF=102;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151107;STB=0.584122;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0101182;OID=.;OPOS=119669877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:198:198:148:148:0.427746:93:55:102:96:93:55:102:96 chr6 120336327 . C A 1223.08 PASS AF=0.384211;AO=139;DP=372;FAO=146;FDP=380;FR=.;FRO=234;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=134;FSRR=100;FWDB=-0.0065423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5729;QD=12.8746;RBI=0.0197766;REFB=-0.00715419;REVB=-0.0186631;RO=231;SAF=79;SAR=60;SRF=133;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838146;STB=0.511154;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0138136;OID=.;OPOS=120336327;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:380:231:234:139:146:0.384211:60:79:133:98:65:81:134:100 chr6 120336384 . G A 1688.06 PASS AF=0.365138;AO=197;DP=540;FAO=199;FDP=545;FR=.;FRO=346;FSAF=94;FSAR=105;FSRF=183;FSRR=163;FWDB=-0.019369;FXX=0.00183147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.967;QD=12.3894;RBI=0.0332535;REFB=-0.0198873;REVB=-0.0270303;RO=341;SAF=94;SAR=103;SRF=179;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536377;STB=0.535859;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0300335;OID=.;OPOS=120336384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:540:545:341:346:197:199:0.365138:103:94:179:162:105:94:183:163 chr6 120583498 . G A 73.32 PASS AF=0.2;AO=12;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0352801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4282;QD=4.5118;RBI=0.036027;REFB=-0.0115446;REVB=0.00729783;RO=50;SAF=7;SAR=5;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128032;STB=0.530758;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0115113;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:65:65:50:52:12:13:0.2:5:7:24:26:6:7:26:26 chr6 120583501 . T G 87.38 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.020454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.975;QD=5.46133;RBI=0.0204648;REFB=0.00272133;REVB=0.00066491;RO=50;SAF=8;SAR=6;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885439;STB=0.555973;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.00962734;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:6:8:25:25:6:8:25:25 chr6 120583509 . A G 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0046148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.262;QD=6.07069;RBI=0.014157;REFB=0.00145571;REVB=-0.0133838;RO=46;SAF=8;SAR=6;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878256;STB=0.554945;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0064572;OID=.;OPOS=120583509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:6:8:23:23:6:8:23:23 chr6 120583521 . A T 85.63 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0339463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.906;QD=6.00904;RBI=0.044861;REFB=-0.00184645;REVB=-0.0293284;RO=43;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156193;STB=0.606881;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0211498;OID=.;OPOS=120583521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:56:57:43:44:13:13:0.22807:5:8:21:22:5:8:21:23 chr6 120583526 . C G 81.61 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00221659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.161;QD=6.04533;RBI=0.00371292;REFB=-0.00948355;REVB=0.00297867;RO=41;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276553;STB=0.666389;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0101252;OID=.;OPOS=120583526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:41:42:12:12:0.222222:4:8:18:23:4:8:19:23 chr6 120583533 . A G 50.44 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0233616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.398;QD=4.92097;RBI=0.0234423;REFB=0.00798536;REVB=0.00194452;RO=33;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390207;STB=0.758397;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0403943;OID=.;OPOS=120583533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:2:6:14:19:2:6:14:19 chr6 121577370 . T C 595.84 PASS AF=0.409639;AO=68;DP=166;FAO=68;FDP=166;FR=.;FRO=98;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=-0.0217526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.325;QD=14.3577;RBI=0.0231008;REFB=-0.00915494;REVB=0.00777613;RO=97;SAF=35;SAR=33;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854994;STB=0.550728;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.010363;OID=.;OPOS=121577370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:97:98:68:68:0.409639:33:35:42:55:33:35:42:56 chr6 121620608 . G T 946.34 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0886475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.023;QD=58.2362;RBI=0.0898948;REFB=0;REVB=-0.0149228;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179759;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:0:0:59:65:1:28:31:0:0:33:32:0:0 chr6 121629167 . G A 811.89 PASS AF=0.43;AO=85;DP=199;FAO=86;FDP=200;FR=.;FRO=114;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=-0.0671278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3575;QD=16.2378;RBI=0.0671299;REFB=-0.00591406;REVB=0.000535687;RO=112;SAF=42;SAR=43;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021328;STB=0.508378;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00684962;OID=.;OPOS=121629167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:112:114:85:86:0.43:43:42:53:59:44:42:54:60 chr6 121632008 . T A 1698.07 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723934;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4059;QD=60.6453;RBI=0.0612872;REFB=0;REVB=0.0608581;RO=0;SAF=45;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205957;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:67:45:0:0:67:45:0:0 chr6 121901599 . A G 579.99 PASS AF=0.495868;AO=54;DP=115;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.119782;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0793;QD=19.1733;RBI=0.131528;REFB=-0.0357945;REVB=0.0543313;RO=61;SAF=20;SAR=34;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561411;STB=0.522621;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0391857;OID=.;OPOS=121901599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:121:61:61:54:60:0.495868:34:20:26:35:37:23:26:35 chr6 123066514 . T C 759.33 PASS AF=0.462428;AO=79;DP=172;FAO=80;FDP=173;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.00391361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.789;QD=17.5568;RBI=0.00718771;REFB=0.00418049;REVB=0.00602884;RO=92;SAF=34;SAR=45;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681441;STB=0.536718;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.00548015;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:92:93:79:80:0.462428:45:34:46:46:45:35:47:46 chr6 123066585 . G A 383.87 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0262984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7227;QD=13.7097;RBI=0.0322638;REFB=-0.0103868;REVB=0.0186909;RO=66;SAF=15;SAR=30;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865081;STB=0.554814;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0177779;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:67:45:45:0.401786:30:15:27:39:30:15:28:39 chr6 123101544 . C T 467.66 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0241219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.214;QD=20.1145;RBI=0.030387;REFB=-0.0251822;REVB=-0.0184799;RO=46;SAF=30;SAR=16;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238218;STB=0.62732;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.025987;OID=.;OPOS=123101544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:46:47:46:46:0.494624:16:30:18:28:16:30:19:28 chr6 123101646 . GA G,GG 423.95 PASS AF=0.233333,0.766667;AO=12,15;DP=35;FAO=7,23;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4,18;FSAR=3,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145459,0.013488;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=255.083,261.109;QD=56.5263;RBI=0.109193,0.116001;REFB=0,0;REVB=0.108219,0.115214;RO=8;SAF=8,14;SAR=4,1;SRF=0;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.444442,0.70067;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0179332,8.86392e-05;OID=.,.;OPOS=123101647,123101647;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.233333,0.766667:12,15:35:7,23:30:0:4,18:3,5:0:0:20:8:8,14:4,1:0:8 chr6 123594510 . T TA 2496.05 PASS AF=1;AO=241;DP=345;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=202;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127204;FXX=0.0161285;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.3992;QD=32.7351;RBI=0.12739;REFB=0;REVB=-0.00688967;RO=94;SAF=77;SAR=164;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.20937e-05;OID=.;OPOS=123594511;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:241:345:305:305:0:103:202:0:0:38:94:77:164:39:55 chr6 123658825 . G T 6113.46 PASS AF=1;AO=385;DP=386;FAO=386;FDP=386;FR=.;FRO=0;FSAF=205;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4601;QD=63.3519;RBI=0.0258198;REFB=-0.0633915;REVB=-0.0133909;RO=1;SAF=205;SAR=180;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0026439;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2784e-06;OID=.;OPOS=123658825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:386:386:1:0:385:386:1:180:205:0:1:181:205:0:0 chr6 123687288 . A C,T 2779.39 PASS AF=0.917098,0.0466321;AO=176,9;DP=191;FAO=177,9;FDP=193;FR=.;FRO=7;FSAF=89,0;FSAR=88,9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0623099,0.0423903;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=133.469,14.045;QD=57.6039;RBI=0.0623926,0.0580003;REFB=-0.0106291,0.0286164;REVB=0.0032126,-0.0395866;RO=3;SAF=89,0;SAR=87,9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0157725,-0.826066;STB=0.502825,0.998187;STBP=0.692,0.024;TYPE=snp,snp;VARB=0.00212249,0.161365;OID=.,.;OPOS=123687288,123687288;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:191:193:3:7:176,9:177,9:0.917098,0.0466321:87,9:89,0:3:0:88,9:89,0:3:4 chr6 123702499 . G A 1952.19 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.668;QD=61.9742;RBI=0.0257186;REFB=0;REVB=-0.0179173;RO=0;SAF=51;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5472e-05;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:75:51:0:0:75:51:0:0 chr6 123758492 . C T 872.61 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300141;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.289;QD=58.1741;RBI=0.0301484;REFB=0;REVB=0.00284302;RO=0;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36751e-05;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:18:42:0:0:18:42:0:0 chr6 123758515 . T C 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0215481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.888;QD=9.99296;RBI=0.0300019;REFB=-0.00501076;REVB=0.0208756;RO=36;SAF=13;SAR=4;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022962;STB=0.513661;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0118628;OID=.;OPOS=123758515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:4:13:27:9:4:13:27:9 chr6 123833457 . G C 2265.78 PASS AF=1;AO=141;DP=147;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031831;FXX=0.0340113;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.349;QD=63.8247;RBI=0.0211591;REFB=0;REVB=0.0209183;RO=0;SAF=83;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20835e-05;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:142:0:0:141:142:1:58:83:0:0:58:84:0:0 chr6 124603378 . A G 308.93 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0413221;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.964;QD=13.1461;RBI=0.0457294;REFB=-0.0136608;REVB=0.0195873;RO=58;SAF=16;SAR=19;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918951;STB=0.510996;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0218298;OID=.;OPOS=124603378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:58:59:35:35:0.37234:19:16:27:31:19:16:28:31 chr6 124603390 . A G 1363.49 PASS AF=0.968085;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0386114;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.1804;QD=58.021;RBI=0.0430501;REFB=0.00487726;REVB=0.0190386;RO=2;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210544;STB=0.516126;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000788512;OID=.;OPOS=124603390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:2:3:90:91:0.968085:44:46:0:2:45:46:0:3 chr6 124676484 . C T 117.26 PASS AF=0.116279;AO=30;DP=258;FAO=30;FDP=258;FR=.;FRO=228;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=113;FSRR=115;FWDB=-0.0130744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.394;QD=1.81804;RBI=0.0370066;REFB=-0.00194161;REVB=-0.03462;RO=228;SAF=17;SAR=13;SRF=113;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088612;STB=0.562814;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0151478;OID=.;OPOS=124676484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:228:228:30:30:0.116279:13:17:113:115:13:17:113:115 chr6 125284457 . T C 3354.77 PASS AF=1;AO=216;DP=218;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218765;FXX=0.013698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.562;QD=62.1254;RBI=0.0418421;REFB=-0.145054;REVB=0.0356677;RO=1;SAF=109;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649717;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:218:216:1:0:216:216:1:107:109:1:0:107:109:0:0 chr6 125573194 . A G 565.91 PASS AF=0.445255;AO=61;DP=137;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0090975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.866;QD=16.5229;RBI=0.0255388;REFB=-0.0108177;REVB=-0.0238635;RO=73;SAF=28;SAR=33;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100234;STB=0.559036;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0163161;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:73:76:61:61:0.445255:33:28:41:32:33:28:43:33 chr6 126210395 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.622;QD=39.204;RBI=0.0608196;REFB=0;REVB=0.0601751;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112822;OID=.;OPOS=126210395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr6 126250397 . TT AA 88.28 PASS AF=0.65;AO=2;DP=17;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0182328;FXX=0;HRUN=13;LEN=2;MLLD=31.1583;QD=17.6562;RBI=0.0276594;REFB=-0.110318;REVB=0.0207993;RO=0;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545388;STBP=0.717;TYPE=mnp;VARB=0.026088;OID=.;OPOS=126250397;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:17:20:0:7:2:13:0.65:1:1:0:0:10:3:1:6 chr6 126278230 . G C 5180.27 PASS AF=0.990991;AO=330;DP=333;FAO=330;FDP=333;FR=.;FRO=3;FSAF=169;FSAR=161;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0350683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5428;QD=62.2255;RBI=0.0359336;REFB=-0.0290192;REVB=-0.00783863;RO=3;SAF=169;SAR=161;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307434;STB=0.501611;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00107183;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:333:333:3:3:330:330:0.990991:161:169:1:2:161:169:1:2 chr6 127476516 . G A 979.39 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5739;QD=57.6114;RBI=0.116469;REFB=-0.140504;REVB=0.0314185;RO=1;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00481904;OID=.;OPOS=127476516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:68:1:0:67:68:1:39:28:0:1:40:28:0:0 chr6 127609691 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.037;QD=46.8479;RBI=0.110588;REFB=0;REVB=-0.00278937;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100258;OID=.;OPOS=127609691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr6 127768472 . G A 424.31 PASS AF=0.505882;AO=40;DP=82;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0229004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.435;QD=19.9675;RBI=0.0350586;REFB=-0.000153074;REVB=-0.0265458;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650782;STB=0.53008;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=1.69988e-05;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:42:42:40:43:0.505882:19:21:25:17:20:23:25:17 chr6 127768762 . G A 329.93 PASS AF=0.433735;AO=35;DP=88;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0120473;FXX=0.0674082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.402;QD=15.9004;RBI=0.0126242;REFB=-0.0108283;REVB=-0.0037727;RO=40;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053695;STB=0.558266;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0128946;OID=.;OPOS=127768762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:83:40:47:35:36:0.433735:13:22:23:17:14:22:24:23 chr6 127771452 . T G 209.54 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00313396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6576;QD=18.6258;RBI=0.0637735;REFB=-0.0121565;REVB=0.0636964;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584432;STB=0.516114;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0210006;OID=.;OPOS=127771452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:21:21:0.466667:12:9:10:13:12:9:11:13 chr6 127797341 . C T 627.74 PASS AF=0.448276;AO=65;DP=145;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=0.0199651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.533;QD=17.317;RBI=0.0205962;REFB=-0.0127891;REVB=0.00505962;RO=80;SAF=34;SAR=31;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642176;STB=0.535726;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0155797;OID=.;OPOS=127797341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:80:80:65:65:0.448276:31:34:47:33:31:34:47:33 chr6 127835997 . G GC 40.23 PASS AF=0.145251;AO=34;DP=184;FAO=26;FDP=179;FR=.;FRO=153;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=76;FSRR=77;FWDB=-0.0359734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.0773;QD=0.898935;RBI=0.0401163;REFB=-0.0504024;REVB=0.0177547;RO=150;SAF=7;SAR=27;SRF=76;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40532;STB=0.816067;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.143309;OID=.;OPOS=127835998;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.145251:34:184:26:179:153:4:22:76:77:40:150:7:27:76:74 chr6 128388799 . G T 577.13 PASS AF=0.296703;AO=79;DP=273;FAO=81;FDP=273;FR=.;FRO=192;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=75;FSRR=117;FWDB=0.016286;FXX=0.00727246;HRUN=6;LEN=1;MLLD=68.9537;QD=8.45608;RBI=0.0178994;REFB=-0.0214818;REVB=0.00742667;RO=164;SAF=31;SAR=48;SRF=72;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564895;STB=0.505869;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0593742;OID=.;OPOS=128388799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:164:192:79:81:0.296703:48:31:72:92:50:31:75:117 chr6 128403745 . A G 2784.57 PASS AF=0.973545;AO=179;DP=185;FAO=184;FDP=189;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=113;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0209056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4266;QD=58.9326;RBI=0.0957039;REFB=-0.135621;REVB=-0.0933926;RO=5;SAF=68;SAR=111;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337187;STB=0.517005;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00505971;OID=.;OPOS=128403745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:185:189:5:5:179:184:0.973545:111:68:5:0:113:71:5:0 chr6 129381026 . C A 1540.36 PASS AF=0.93913;AO=108;DP=115;FAO=108;FDP=115;FR=.;FRO=7;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00587332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.762;QD=53.5778;RBI=0.00820124;REFB=-0.0201585;REVB=0.00572402;RO=7;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065621;STB=0.534647;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000512683;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:115:115:7:7:108:108:0.93913:47:61:0:7:47:61:0:7 chr6 129571330 . G A 432.1 PASS AF=0.468085;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00227576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.387;QD=18.387;RBI=0.0132876;REFB=0.00123907;REVB=0.0130912;RO=50;SAF=17;SAR=26;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044441;STB=0.529664;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00126771;OID=.;OPOS=129571330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:50:50:43:44:0.468085:26:17:22:28:27:17:22:28 chr6 129612808 . A G 1886.79 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0220635;FXX=0.0158718;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.577;QD=60.8641;RBI=0.0222453;REFB=0.0669786;REVB=0.00283893;RO=1;SAF=46;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613062;STB=0.503225;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=4.92514e-05;OID=.;OPOS=129612808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:124:1:1:123:123:0.991935:77:46:0:1:77:46:0:1 chr6 129635800 . G A 617.61 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0154107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3288;QD=19.1507;RBI=0.0395714;REFB=-0.0167287;REVB=-0.0364473;RO=66;SAF=32;SAR=31;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667772;STB=0.503692;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0142049;OID=.;OPOS=129635800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:66:63:63:0.488372:31:32:34:32:31:32:34:32 chr6 129722389 . A G 1338.67 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0115164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.759;QD=58.8428;RBI=0.0337421;REFB=-0.128055;REVB=0.0317159;RO=3;SAF=31;SAR=57;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00129595;STB=0.500684;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.000563162;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:91:3:3:88:88:0.967033:57:31:1:2:57:31:1:2 chr6 129722425 . G A 1475.48 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.032386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7585;QD=57.3003;RBI=0.0541704;REFB=-0.0509371;REVB=0.0434232;RO=2;SAF=37;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145942;STB=0.507691;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0010085;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:64:37:0:2:64:37:0:2 chr6 129762112 . G A 561.93 PASS AF=0.465116;AO=57;DP=125;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0015548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.334;QD=17.4241;RBI=0.00449218;REFB=0.00389992;REVB=-0.00421453;RO=66;SAF=26;SAR=31;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131619;STB=0.507425;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00413726;OID=.;OPOS=129762112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:129:66:69:57:60:0.465116:31:26:31:35:33:27:32:37 chr6 129807629 . C T 654.49 PASS AF=0.547009;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00810307;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.69;QD=22.3758;RBI=0.0189107;REFB=0.0027834;REVB=-0.0170867;RO=53;SAF=26;SAR=38;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554054;STB=0.530368;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00274483;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:53:53:64:64:0.547009:38:26:25:28:38:26:25:28 chr6 129807699 . G C 747.71 PASS AF=0.559055;AO=70;DP=126;FAO=71;FDP=127;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0103955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.903;QD=23.5499;RBI=0.010398;REFB=-0.0071311;REVB=0.000228915;RO=56;SAF=28;SAR=42;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537573;STB=0.525232;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00400894;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:56:56:70:71:0.559055:42:28:26:30:42:29:26:30 chr6 129807714 . G A 508.52 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.0115949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8523;QD=16.6729;RBI=0.0265723;REFB=0.000351428;REVB=-0.0239091;RO=66;SAF=24;SAR=31;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424886;STB=0.518715;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.000636565;OID=.;OPOS=129807714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:67:55:55:0.45082:31:24:26:40:31:24:27:40 chr6 129814566 . G A 552.15 PASS AF=0.377907;AO=65;DP=169;FAO=65;FDP=172;FR=.;FRO=107;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=-0.0180412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.359;QD=12.8408;RBI=0.0211136;REFB=-0.00377984;REVB=-0.010968;RO=103;SAF=22;SAR=43;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166677;STB=0.596073;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00766994;OID=.;OPOS=129814566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:103:107:65:65:0.377907:43:22:50:53:43:22:52:55 chr6 129921946 . ATTTTTTTC ATTTTTTC,ATTTTTTTCT 40.05 PASS AF=0.391304,0;AO=16,6;DP=45;FAO=18,0;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7,0;FSAR=11,0;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0283807,-0.0432356;FXX=0;HRUN=7,3;LEN=1,1;MLLD=7.38298,9.40978;QD=3.4829;RBI=0.0392619,0.321029;REFB=-0.0390855,-0.106097;REVB=-0.0271299,-0.318104;RO=17;SAF=6,0;SAR=10,6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.193565,-0.745554;STB=0.547211,0.5;STBP=0.625,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0239831,0.0162331;OID=.,.;OPOS=129921947,129921955;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=ATTTTTTC,ATTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304,0:16,6:45:18,0:46:28:7,0:11,0:13:15:41:17:6,0:10,6:10:7 chr6 129927014 . A G 1149.37 PASS AF=0.569892;AO=105;DP=185;FAO=106;FDP=186;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=67;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0112767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.232;QD=24.7176;RBI=0.0305806;REFB=-0.00556375;REVB=-0.0284255;RO=80;SAF=39;SAR=66;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145623;STB=0.580586;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00438822;OID=.;OPOS=129927014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:80:80:105:106:0.569892:66:39:44:36:67:39:44:36 chr6 130031215 . T C 4082.47 PASS AF=1;AO=262;DP=263;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397414;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5868;QD=62.0908;RBI=0.0736644;REFB=-0.0229846;REVB=0.0620247;RO=0;SAF=138;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120081;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:263:263:0:0:262:263:1:124:138:0:0:125:138:0:0 chr6 130374102 . C A 1282.49 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8281;QD=61.8069;RBI=0.118971;REFB=0;REVB=-0.116333;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000689506;OID=.;OPOS=130374102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr6 130381246 . T C 1948.07 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152461;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.08;QD=61.3565;RBI=0.0250329;REFB=0;REVB=0.0198545;RO=0;SAF=71;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629167;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:127:0:0:123:127:1:52:71:0:0:55:72:0:0 chr6 130537005 . G A 572.45 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0194304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.159;QD=22.0172;RBI=0.0265734;REFB=-0.00989325;REVB=-0.0181274;RO=47;SAF=33;SAR=24;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921188;STB=0.550544;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00793868;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:47:57:57:0.548077:24:33:22:25:24:33:22:25 chr6 131160876 . G T 1384.89 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.7;QD=62.2422;RBI=0.0486923;REFB=0;REVB=0.0483675;RO=1;SAF=57;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44441e-05;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:1:0:87:89:1:30:57:1:0:30:59:0:0 chr6 131161504 . T C 109.91 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0411009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.458;QD=14.6548;RBI=0.0433051;REFB=-0.0220211;REVB=-0.01364;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967959;STB=0.516104;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.035552;OID=.;OPOS=131161504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:8:5:6:10:8:5:7:10 chr6 131184770 . T G 343.97 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.01242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.084;QD=16.3795;RBI=0.0282482;REFB=-0.0164347;REVB=0.0253713;RO=47;SAF=21;SAR=16;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01453;STB=0.508171;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0216931;OID=.;OPOS=131184770;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:16:21:26:21:16:21:26:21 chr6 131481275 . GA G,GG 49.22 PASS AF=0.246377,0.057971;AO=23,4;DP=70;FAO=17,4;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=6,0;FSAR=11,4;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=-0.0613603,-0.0613161;FXX=0.0142837;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.33027,24.9548;QD=2.85327;RBI=0.0668955,0.0631415;REFB=-0.128714,-0.0606287;REVB=0.0266445,0.0150727;RO=35;SAF=8,0;SAR=15,4;SRF=7;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.184365,-0.487506;STB=0.606203,0.99608;STBP=0.354,0.153;TYPE=del,snp;VARB=0.128331,0.0857418;OID=.,.;OPOS=131481276,131481276;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246377,0.057971:23,4:70:17,4:69:48:6,0:11,4:11:37:33:35:8,0:15,4:7:28 chr6 131995313 . A G 4056.26 PASS AF=1;AO=260;DP=260;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.506;QD=62.404;RBI=0.0145018;REFB=0;REVB=0.00948515;RO=0;SAF=126;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23775e-06;OID=.;OPOS=131995313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:260:260:0:0:260:260:1:134:126:0:0:134:126:0:0 chr6 132022376 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0338895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7291;QD=14.6538;RBI=0.110635;REFB=-0.0255106;REVB=-0.105317;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309389;STB=0.681384;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0321762;OID=.;OPOS=132022376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:2:6:3:5:2:6 chr6 132022419 . G A 710.47 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102059;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.858;QD=56.8378;RBI=0.012715;REFB=0;REVB=0.00758361;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354298;OID=.;OPOS=132022419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:26:24:0:0 chr6 132212742 . A C 1667.44 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406617;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.529;QD=60.6341;RBI=0.0170377;REFB=0;REVB=-0.0165454;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287989;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:51:59:0:0:51:59:0:0 chr6 132212808 . C T 1270.89 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.598;QD=61.2478;RBI=0.0608625;REFB=0;REVB=0.00819587;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30812e-05;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:35:47:0:0:36:47:0:0 chr6 132271952 . G C 7310.73 PASS AF=1;AO=460;DP=466;FAO=469;FDP=469;FR=.;FRO=0;FSAF=249;FSAR=220;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327716;FXX=0.00424619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.686;QD=62.3516;RBI=0.0539824;REFB=-0.0892251;REVB=0.0428966;RO=5;SAF=246;SAR=214;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00690133;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6532e-05;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:466:469:5:0:460:469:1:214:246:1:4:220:249:0:0 chr6 132271959 . T G 7510.34 PASS AF=1;AO=474;DP=477;FAO=476;FDP=476;FR=.;FRO=0;FSAF=249;FSAR=227;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0627202;FXX=0.00418401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8822;QD=63.1121;RBI=0.0627705;REFB=-0.0671608;REVB=0.00251056;RO=1;SAF=248;SAR=226;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0021078;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162421;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:477:476:1:0:474:476:1:226:248:0:1:227:249:0:0 chr6 132271980 . T G 7565.81 PASS AF=1;AO=358;DP=482;FAO=482;FDP=482;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=230;FSAR=252;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387462;FXX=0.00413215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6263;QD=62.7868;RBI=0.0665589;REFB=0;REVB=0.0541186;RO=0;SAF=200;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00362864;OID=.;OPOS=132271980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:482:482:0:0:358:482:1:158:200:0:0:252:230:0:0 chr6 132791117 . C T 443.07 PASS AF=0.517647;AO=42;DP=83;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0214608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.727;QD=20.8504;RBI=0.0222782;REFB=-0.0196321;REVB=-0.00597958;RO=41;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970352;STB=0.562871;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.019741;OID=.;OPOS=132791117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:41:41:42:44:0.517647:20:22:17:24:20:24:17:24 chr6 132859609 . T A 3477.67 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.85;QD=62.6607;RBI=0.0601576;REFB=0;REVB=0.046773;RO=0;SAF=96;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2597e-05;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:222:0:0:220:222:1:124:96:0:0:124:98:0:0 chr6 132938842 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.886;QD=62.982;RBI=0.0187711;REFB=0;REVB=0.0120177;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143016;OID=.;OPOS=132938842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr6 133015227 . C T 1186.26 PASS AF=0.467925;AO=124;DP=266;FAO=124;FDP=265;FR=.;FRO=141;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=73;FSRR=68;FWDB=-0.0247996;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.453;QD=17.9059;RBI=0.0256392;REFB=-0.00126706;REVB=0.00650768;RO=141;SAF=66;SAR=58;SRF=73;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140497;STB=0.507753;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00131955;OID=.;OPOS=133015227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:141:141:124:124:0.467925:58:66:73:68:58:66:73:68 chr6 133070995 . G T 2140.57 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.584;QD=62.958;RBI=0.0256794;REFB=0;REVB=-0.00310022;RO=0;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54349e-05;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:69:67:0:0:69:67:0:0 chr6 133594108 . A G 98.97 PASS AF=0.121827;AO=24;DP=197;FAO=24;FDP=197;FR=.;FRO=173;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=70;FSRR=103;FWDB=0.00458128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3369;QD=2.00958;RBI=0.0373832;REFB=7.85045e-05;REVB=-0.0371014;RO=172;SAF=9;SAR=15;SRF=70;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418316;STB=0.527347;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.000450778;OID=.;OPOS=133594108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:197:197:172:173:24:24:0.121827:15:9:70:102:15:9:70:103 chr6 133594112 . T C 85.12 PASS AF=0.11399;AO=22;DP=193;FAO=22;FDP=193;FR=.;FRO=171;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=69;FSRR=102;FWDB=0.0273222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.021;QD=1.76414;RBI=0.0293552;REFB=-0.00272067;REVB=-0.0107344;RO=157;SAF=8;SAR=14;SRF=68;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898474;STB=0.537353;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0479609;OID=.;OPOS=133594112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:193:193:157:171:22:22:0.11399:14:8:68:89:14:8:69:102 chr6 133594117 . G T 82.13 PASS AF=0.112903;AO=21;DP=186;FAO=21;FDP=186;FR=.;FRO=165;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=66;FSRR=99;FWDB=-0.00159716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.452;QD=1.76617;RBI=0.0285293;REFB=-0.000934274;REVB=-0.0284845;RO=165;SAF=8;SAR=13;SRF=66;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245865;STB=0.517744;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00863037;OID=.;OPOS=133594117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:186:186:165:165:21:21:0.112903:13:8:66:99:13:8:66:99 chr6 133594120 . G A 77.96 PASS AF=0.11236;AO=20;DP=178;FAO=20;FDP=178;FR=.;FRO=158;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=97;FWDB=-0.00498929;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.945;QD=1.7518;RBI=0.0130515;REFB=-0.0015806;REVB=-0.0120602;RO=157;SAF=8;SAR=12;SRF=61;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147642;STB=0.512928;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0168749;OID=.;OPOS=133594120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:178:178:157:158:20:20:0.11236:12:8:61:96:12:8:61:97 chr6 133594123 . A G 34.75 PASS AF=0.0722892;AO=11;DP=161;FAO=12;FDP=166;FR=.;FRO=154;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=94;FWDB=-0.028032;FXX=0.0404601;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.0423;QD=0.837274;RBI=0.0309191;REFB=-0.000567476;REVB=-0.0130459;RO=148;SAF=8;SAR=3;SRF=58;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349309;STB=0.742056;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00166047;OID=.;OPOS=133594123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:161:166:148:154:11:12:0.0722892:3:8:58:90:4:8:60:94 chr6 133594129 . T C 63.41 PASS AF=0.101796;AO=17;DP=168;FAO=17;FDP=167;FR=.;FRO=150;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=92;FWDB=-0.0116764;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.264;QD=1.51884;RBI=0.0121286;REFB=6.67453e-05;REVB=0.00328095;RO=144;SAF=6;SAR=11;SRF=57;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551196;STB=0.532488;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.000676016;OID=.;OPOS=133594129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:168:167:144:150:17:17:0.101796:11:6:57:87:11:6:58:92 chr6 133594140 . A G 37.28 PASS AF=0.0784314;AO=12;DP=153;FAO=12;FDP=153;FR=.;FRO=141;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=88;FWDB=-0.030383;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1418;QD=0.97477;RBI=0.0306796;REFB=-0.00820999;REVB=-0.00425576;RO=138;SAF=4;SAR=8;SRF=52;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529467;STB=0.542784;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0283326;OID=.;OPOS=133594140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:153:153:138:141:12:12:0.0784314:8:4:52:86:8:4:53:88 chr6 133789728 . G A 357.03 PASS AF=0.5;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00521159;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.634;QD=19.2988;RBI=0.0229417;REFB=-0.00774486;REVB=-0.0223419;RO=35;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621944;STB=0.527312;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0134807;OID=.;OPOS=133789728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:35:37:36:37:0.5:16:20:17:18:16:21:19:18 chr6 133849966 . C T 475.32 PASS AF=0.388489;AO=53;DP=138;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.00150385;FXX=0.0141834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.331;QD=13.6781;RBI=0.027514;REFB=-0.00547547;REVB=-0.0274729;RO=82;SAF=31;SAR=22;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118053;STB=0.563462;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0075362;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:82:85:53:54:0.388489:22:31:39:43:23:31:40:45 chr6 133850246 . AC A 492.96 PASS AF=0.516556;AO=73;DP=152;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0867671;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.1003;QD=13.0585;RBI=0.0960799;REFB=0.0159753;REVB=0.0412652;RO=69;SAF=35;SAR=38;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0.414462;SSSB=-0.0373736;STB=0.535159;STBP=0.381;TYPE=del;VARB=-0.007055;OID=.;OPOS=133850247;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516556:73:152:78:151:73:36:42:39:34:99:69:35:38:36:33 chr6 133850669 . C A 141.41 PASS AF=0.5;AO=11;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0177827;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.11;QD=21.7546;RBI=0.0350005;REFB=-0.0199917;REVB=0.0301464;RO=4;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.043306;OID=.;OPOS=133850669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:27:26:4:9:11:13:0.5:11:0:0:4:13:0:0:9 chr6 133852127 . A T 207.9 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0456379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4823;QD=17.6934;RBI=0.0493204;REFB=-0.00547856;REVB=-0.0186997;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191144;STB=0.615913;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00118345;OID=.;OPOS=133852127;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:11:10:7:18:11:10:7:19 chr6 134311339 . T A 1118.92 PASS AF=0.518692;AO=110;DP=215;FAO=111;FDP=214;FR=.;FRO=103;FSAF=40;FSAR=71;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.00663337;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0696;QD=20.9144;RBI=0.0245921;REFB=-0.00363478;REVB=0.0236806;RO=102;SAF=40;SAR=70;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115795;STB=0.567688;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00414031;OID=.;OPOS=134311339;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:102:103:110:111:0.518692:70:40:50:52:71:40:51:52 chr6 135286230 . T C 115.67 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00865724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.497;QD=11.0158;RBI=0.0110895;REFB=-0.0118631;REVB=0.00693032;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043696;STB=0.547876;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0294797;OID=.;OPOS=135286230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:13:14:0.333333:7:6:14:14:8:6:14:14 chr6 135287533 . A G 811.54 PASS AF=0.581395;AO=74;DP=130;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0106294;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.807;QD=25.1639;RBI=0.0153999;REFB=-0.000217703;REVB=0.0111433;RO=53;SAF=39;SAR=35;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000980018;STB=0.500621;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.000172771;OID=.;OPOS=135287533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:53:54:74:75:0.581395:35:39:28:25:36:39:28:26 chr6 135358567 . T G 789.35 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726268;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.436;QD=64.4364;RBI=0.0526114;REFB=0;REVB=0.0521077;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133153;OID=.;OPOS=135358567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr6 135358916 . G A 377.12 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.0233657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2601;QD=13.9676;RBI=0.0233709;REFB=0.003323;REVB=0.000494067;RO=64;SAF=26;SAR=18;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897235;STB=0.55051;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00611448;OID=.;OPOS=135358916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:64:44:44:0.407407:18:26:43:21:18:26:43:21 chr6 135375762 . G A 1142.42 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124769;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.01;QD=59.3467;RBI=0.0146503;REFB=-0.0367615;REVB=-0.00767846;RO=1;SAF=22;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868409;STB=0.504586;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=3.09944e-05;OID=.;OPOS=135375762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:54:22:0:1:54:22:0:1 chr6 135523774 . A G 559.74 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00629853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.929;QD=23.3226;RBI=0.00897938;REFB=-0.00609333;REVB=-0.00639983;RO=44;SAF=26;SAR=26;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379015;STB=0.520825;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00537056;OID=.;OPOS=135523774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:26:26:20:24:26:26:20:24 chr6 135539919 . T C 141.37 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=73;FAO=15;FDP=66;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=37;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.051181;FXX=0.119984;HRUN=8;LEN=1;MLLD=21.077;QD=8.56774;RBI=0.109862;REFB=-0.0490391;REVB=-0.0972117;RO=25;SAF=9;SAR=1;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297573;STB=0.789228;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0121909;OID=.;OPOS=135539919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:73:66:25:37:10:15:0.227273:1:9:19:6:1:14:27:10 chr6 135813322 . G A,GA 92.71 PASS AF=0,0.26506;AO=5,24;DP=86;FAO=0,22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=0,10;FSAR=0,12;FSRF=56;FSRR=5;FWDB=-0.0742652,-0.0283976;FXX=0.0119033;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=43.4633,100.686;QD=4.46816;RBI=0.256774,0.098299;REFB=-0.0013817,-0.00270433;REVB=-0.2458,-0.0941077;RO=56;SAF=1,16;SAR=4,8;SRF=51;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.731993,-0.390115;STB=0.5,0.823103;STBP=1,0.022;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0697423;OID=.,.;OPOS=135813322,135813323;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:93:86:83:56:61:5,24:0,22:0,0.26506:4,8:1,16:51:5:0,12:0,10:56:5 chr6 136359280 . C CG 178.02 PASS AF=0.36;AO=68;DP=227;FAO=81;FDP=225;FR=.;FRO=144;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=87;FWDB=-0.115873;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.74007;QD=3.16473;RBI=0.115967;REFB=-0.0215319;REVB=-0.00466272;RO=133;SAF=31;SAR=37;SRF=59;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014303;STB=0.531714;STBP=0.479;TYPE=ins;VARB=-0.0845905;OID=.;OPOS=136359281;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:68:227:81:225:144:36:45:57:87:99:133:31:37:59:74 chr6 136359323 . T TAGC 299.28 PASS AF=0.297872;AO=35;DP=195;FAO=42;FDP=141;FR=.;FRO=99;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0427491;FXX=0.0275843;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.542;QD=8.49018;RBI=0.0432037;REFB=-0.0371098;REVB=0.00625051;RO=157;SAF=12;SAR=23;SRF=56;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019535;STB=0.55382;STBP=0.411;TYPE=ins;VARB=0.0762045;OID=.;OPOS=136359324;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297872:35:195:42:141:99:14:28:40:59:99:157:12:23:56:101 chr6 136359446 . A C 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00580925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.79;QD=18.6423;RBI=0.0172462;REFB=-0.0197087;REVB=-0.0162384;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161807;STB=0.600747;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0149834;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:10:11:8:15:10:11:8:16 chr6 136516257 . T C 318.48 PASS AF=0.325397;AO=41;DP=126;FAO=41;FDP=126;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.0185725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.356;QD=10.1104;RBI=0.0189403;REFB=0.000980714;REVB=0.00371424;RO=85;SAF=17;SAR=24;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176093;STB=0.510199;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00223371;OID=.;OPOS=136516257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:85:85:41:41:0.325397:24:17:34:51:24:17:34:51 chr6 136554628 . G A 156.26 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00638936;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.916;QD=21.5536;RBI=0.0184647;REFB=-0.00724864;REVB=-0.0173241;RO=12;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883617;STB=0.536539;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00392855;OID=.;OPOS=136554628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:11:5:5:7:11:5:5:8 chr6 136582401 . A T 59.54 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0326148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0827;QD=6.10637;RBI=0.0423341;REFB=-0.00321248;REVB=-0.0269898;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661456;STB=0.542762;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0447854;OID=.;OPOS=136582401;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:39:39:28:30:9:9:0.230769:4:5:14:14:4:5:15:15 chr6 136582417 . G A 170.47 PASS AF=0.302632;AO=22;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.019056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.135;QD=8.97233;RBI=0.0190714;REFB=-0.00824018;REVB=-0.000765629;RO=53;SAF=10;SAR=12;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428639;STB=0.508584;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0184207;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:53:22:23:0.302632:12:10:26:27:12:11:26:27 chr6 136582497 . G T 713.39 PASS AF=0.35865;AO=81;DP=232;FAO=85;FDP=237;FR=.;FRO=152;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=0.00581811;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205;QD=12.0403;RBI=0.0228047;REFB=-0.00610147;REVB=-0.02205;RO=149;SAF=41;SAR=40;SRF=75;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032044;STB=0.512207;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00968213;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:237:149:152:81:85:0.35865:40:41:75:74:43:42:78:74 chr6 136590613 . T C 63.8 PASS AF=0.111888;AO=16;DP=144;FAO=16;FDP=143;FR=.;FRO=127;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=68;FSRR=59;FWDB=0.0154837;FXX=0.0137922;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.847;QD=1.78469;RBI=0.0162278;REFB=0.00304424;REVB=-0.00485761;RO=122;SAF=6;SAR=10;SRF=68;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221045;STB=0.641073;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0356238;OID=.;OPOS=136590613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:144:143:122:127:16:16:0.111888:10:6:68:54:10:6:68:59 chr6 136590640 . A C 110.49 PASS AF=0.14557;AO=22;DP=160;FAO=23;FDP=158;FR=.;FRO=135;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=66;FSRR=69;FWDB=0.0104089;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.67;QD=2.79711;RBI=0.0326182;REFB=-0.00322968;REVB=-0.0309128;RO=136;SAF=9;SAR=13;SRF=65;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877574;STB=0.54642;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0191452;OID=.;OPOS=136590640;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:136:135:22:23:0.14557:13:9:65:71:13:10:66:69 chr6 136590698 . C T 53.97 PASS AF=0.105263;AO=14;DP=133;FAO=14;FDP=133;FR=.;FRO=119;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=-0.0049417;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6342;QD=1.62309;RBI=0.0996804;REFB=-0.011601;REVB=-0.0995578;RO=119;SAF=5;SAR=9;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148484;STB=0.611011;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0732907;OID=.;OPOS=136590698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:133:133:119:119:14:14:0.105263:9:5:57:62:9:5:57:62 chr6 136590712 . C T 55.8 PASS AF=0.108527;AO=14;DP=128;FAO=14;FDP=129;FR=.;FRO=115;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=-0.00318172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0208;QD=1.73037;RBI=0.0149459;REFB=-0.0034079;REVB=-0.0146034;RO=114;SAF=5;SAR=9;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153509;STB=0.61001;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0271959;OID=.;OPOS=136590712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:128:129:114:115:14:14:0.108527:9:5:55:59:9:5:55:60 chr6 136597004 . A G 258.99 PASS AF=0.243902;AO=40;DP=164;FAO=40;FDP=164;FR=.;FRO=124;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=-0.00567726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.619;QD=6.31688;RBI=0.00692158;REFB=-0.00526234;REVB=-0.00395942;RO=122;SAF=20;SAR=20;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924387;STB=0.560946;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0130251;OID=.;OPOS=136597004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:122:124:40:40:0.243902:20:20:52:70:20:20:52:72 chr6 136597262 . T C 536.11 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0180679;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.638;QD=15.768;RBI=0.0207428;REFB=-0.0132736;REVB=-0.010189;RO=76;SAF=25;SAR=33;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168298;STB=0.510306;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0165888;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:76:78:58:58:0.426471:33:25:34:42:33:25:35:43 chr6 136597281 . A T 467.02 PASS AF=0.448276;AO=51;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0118836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.364;QD=16.104;RBI=0.0365925;REFB=0.00202575;REVB=-0.0346091;RO=62;SAF=24;SAR=27;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347095;STB=0.513364;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00165356;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:62:64:51:52:0.448276:27:24:27:35:28:24:28:36 chr6 136597288 . A C 362.15 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0166263;FXX=0.0265463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.778;QD=13.169;RBI=0.0305373;REFB=-0.00331495;REVB=-0.0256143;RO=63;SAF=21;SAR=22;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462724;STB=0.543007;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0248278;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:67:43:43:0.390909:22:21:28:35:22:21:28:39 chr6 136599393 . G C 457.07 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.037944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.834;QD=23.1428;RBI=0.0380569;REFB=-0.0137929;REVB=-0.00293032;RO=35;SAF=24;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940574;STB=0.551701;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0101347;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:20:24:15:20:20:24:15:20 chr6 136599404 . T C 394.47 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0237936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.184;QD=19.9729;RBI=0.026085;REFB=-0.0115426;REVB=0.0106907;RO=39;SAF=23;SAR=17;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212587;STB=0.617681;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0106232;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:17:23:13:26:17:23:13:26 chr6 136599822 . C G 301.9 PASS AF=0.266667;AO=44;DP=166;FAO=44;FDP=165;FR=.;FRO=121;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=68;FWDB=0.00295914;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.164;QD=7.31871;RBI=0.00612363;REFB=-0.00528108;REVB=0.00536119;RO=121;SAF=17;SAR=27;SRF=53;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658614;STB=0.539212;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0183055;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:121:121:44:44:0.266667:27:17:53:68:27:17:53:68 chr6 136599836 . G A 227.05 PASS AF=0.229299;AO=36;DP=157;FAO=36;FDP=157;FR=.;FRO=121;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=70;FWDB=-0.00989622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.797;QD=5.78465;RBI=0.021407;REFB=-0.0187608;REVB=-0.0189822;RO=119;SAF=13;SAR=23;SRF=49;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673922;STB=0.549021;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0418724;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:119:121:36:36:0.229299:23:13:49:70:23:13:51:70 chr6 136599842 . G A 224.91 PASS AF=0.228758;AO=35;DP=153;FAO=35;FDP=153;FR=.;FRO=118;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=69;FWDB=-0.0795173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8771;QD=5.87995;RBI=0.0801125;REFB=-0.00549453;REVB=-0.00974789;RO=118;SAF=13;SAR=22;SRF=49;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580101;STB=0.535511;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0353245;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:118:118:35:35:0.228758:22:13:49:69:22:13:49:69 chr6 136682172 . G A 2397.12 PASS AF=1;AO=156;DP=161;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333777;FXX=0.0248432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9137;QD=61.0731;RBI=0.0924328;REFB=0;REVB=0.086196;RO=1;SAF=89;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704773;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411524;OID=.;OPOS=136682172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:157:1:0:156:157:1:67:89:0:1:68:89:0:0 chr6 136934321 . T C 481.65 PASS AF=0.374194;AO=58;DP=155;FAO=58;FDP=155;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=0.0377911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.6396;QD=12.4297;RBI=0.0438541;REFB=-0.00225578;REVB=0.0222489;RO=95;SAF=27;SAR=31;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112334;STB=0.569602;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00336932;OID=.;OPOS=136934321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:95:97:58:58:0.374194:31:27:54:41:31:27:56:41 chr6 136944063 . A G 440.0 PASS AF=0.389313;AO=51;DP=132;FAO=51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0212236;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.932;QD=13.4351;RBI=0.0212914;REFB=-0.00734158;REVB=0.00169716;RO=80;SAF=20;SAR=31;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505876;STB=0.528671;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0112666;OID=.;OPOS=136944063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:80:80:51:51:0.389313:31:20:35:45:31:20:35:45 chr6 136977382 . A G 422.29 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0180032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.807;QD=14.9484;RBI=0.0751199;REFB=-0.0232649;REVB=0.0729306;RO=65;SAF=23;SAR=25;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180929;STB=0.510162;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0366153;OID=.;OPOS=136977382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:48:48:0.424779:25:23:30:35:25:23:30:35 chr6 137325847 . C T 956.41 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324089;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7886;QD=58.856;RBI=0.0587582;REFB=0;REVB=0.0490122;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688136;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:35:29:0:0:35:30:0:0 chr6 137815503 . T C 347.92 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0119181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.784;QD=14.8052;RBI=0.0137381;REFB=-0.00543188;REVB=0.00683324;RO=55;SAF=14;SAR=24;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744065;STB=0.548626;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00782702;OID=.;OPOS=137815503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:56:38:38:0.404255:24:14:24:31:24:14:25:31 chr6 138413269 . A G 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9328;QD=61.0479;RBI=0.0422039;REFB=0;REVB=-0.0412099;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200609;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr6 138413333 . G C 1296.69 PASS AF=0.966667;AO=85;DP=91;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0227445;FXX=0.0217368;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.77;QD=57.6307;RBI=0.0376209;REFB=-0.153122;REVB=0.029967;RO=4;SAF=37;SAR=48;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160614;STB=0.503137;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00107703;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:91:90:4:3:85:87:0.966667:48:37:1:3:50:37:1:2 chr6 138539183 . A AG 76.19 PASS AF=0.308642;AO=24;DP=83;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.1362;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.7009;QD=3.76247;RBI=0.13892;REFB=-0.0171518;REVB=0.0273547;RO=54;SAF=8;SAR=16;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340194;STB=0.68951;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=0.0103319;OID=.;OPOS=138539184;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308642:24:83:25:81:56:9:16:36:20:76:54:8:16:34:20 chr6 138539315 . A G 570.09 PASS AF=0.352332;AO=68;DP=193;FAO=68;FDP=193;FR=.;FRO=125;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=71;FSRR=54;FWDB=-0.0125444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3752;QD=11.8152;RBI=0.033473;REFB=0.00942463;REVB=0.0310335;RO=125;SAF=27;SAR=41;SRF=71;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193518;STB=0.610328;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0156261;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:125:125:68:68:0.352332:41:27:71:54:41:27:71:54 chr6 138539556 . T C 605.99 PASS AF=0.606742;AO=54;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0384014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.051;QD=27.2355;RBI=0.0424701;REFB=-0.00198611;REVB=0.0181395;RO=35;SAF=27;SAR=27;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103091;STB=0.505616;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00164409;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:35:35:54:54:0.606742:27:27:17:18:27:27:17:18 chr6 138584685 . T G 865.16 PASS AF=0.398438;AO=97;DP=251;FAO=102;FDP=256;FR=.;FRO=154;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=87;FSRR=67;FWDB=-0.0411706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.216;QD=13.5181;RBI=0.0444634;REFB=-0.0202468;REVB=-0.016792;RO=153;SAF=46;SAR=51;SRF=87;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102399;STB=0.568276;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0225453;OID=.;OPOS=138584685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:256:153:154:97:102:0.398438:51:46:87:66:56:46:87:67 chr6 138753337 . C T 1379.34 PASS AF=0.988889;AO=85;DP=85;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00578867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.002;QD=61.3038;RBI=0.0508125;REFB=-0.159048;REVB=0.0504817;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000566509;OID=.;OPOS=138753337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:90:0:1:85:89:0.988889:43:42:0:0:46:43:0:1 chr6 138754323 . A G 2386.03 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.39;QD=61.1803;RBI=0.0110211;REFB=0;REVB=0.00376882;RO=0;SAF=78;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07997e-05;OID=.;OPOS=138754323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:154:156:1:76:78:0:0:78:78:0:0 chr6 139013015 . G A 509.87 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0250064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.545;QD=16.8553;RBI=0.0278727;REFB=-0.0215903;REVB=-0.0123114;RO=66;SAF=27;SAR=28;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681622;STB=0.537963;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0239058;OID=.;OPOS=139013015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:66:55:55:0.454545:28:27:37:29:28:27:37:29 chr6 139013227 . TC T 219.2 PASS AF=0.4;AO=52;DP=136;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.00155783;FXX=0.0073524;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.4044;QD=6.49492;RBI=0.0487355;REFB=-0.0308267;REVB=0.0487106;RO=76;SAF=26;SAR=26;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0.329741;SSSB=-0.055454;STB=0.540726;STBP=0.466;TYPE=del;VARB=0.0552062;OID=.;OPOS=139013228;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:52:136:54:135:81:27:27:46:35:99:76:26:26:42:34 chr6 139013263 . A C 263.59 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.000851769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.679;QD=10.4392;RBI=0.00220066;REFB=0.0036592;REVB=0.00202914;RO=68;SAF=21;SAR=12;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232029;STB=0.513505;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00700418;OID=.;OPOS=139013263;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:68:68:33:33:0.326733:12:21:42:26:12:21:42:26 chr6 139013283 . T TC 143.55 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=85;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00492754;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.7618;QD=6.83559;RBI=0.00573166;REFB=0.0116552;REVB=-0.00292766;RO=58;SAF=15;SAR=12;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777054;STB=0.524458;STBP=0.761;TYPE=ins;VARB=-0.0229907;OID=.;OPOS=139013284;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:27:85:28:84:56:16:12:34:22:99:58:15:12:36:22 chr6 139017815 . A G 4020.88 PASS AF=0.967153;AO=264;DP=274;FAO=265;FDP=274;FR=.;FRO=9;FSAF=130;FSAR=135;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0416589;FXX=0.00363623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.354;QD=58.6989;RBI=0.0968876;REFB=0.0181946;REVB=-0.0874742;RO=7;SAF=130;SAR=134;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031432;STB=0.505167;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.000577521;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:274:274:7:9:264:265:0.967153:134:130:3:4:135:130:3:6 chr6 139017832 . C T 992.37 PASS AF=0.43083;AO=109;DP=253;FAO=109;FDP=253;FR=.;FRO=144;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=68;FSRR=76;FWDB=-0.0194867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.568;QD=15.6897;RBI=0.0196511;REFB=0.00104968;REVB=0.00253611;RO=144;SAF=52;SAR=57;SRF=68;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496395;STB=0.502762;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.00136123;OID=.;OPOS=139017832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:144:144:109:109:0.43083:57:52:68:76:57:52:68:76 chr6 139094638 . A G 892.24 PASS AF=0.955882;AO=57;DP=60;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00189711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5149;QD=52.4848;RBI=0.0292924;REFB=-0.037781;REVB=-0.0292309;RO=3;SAF=43;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317757;STB=0.516478;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0203152;OID=.;OPOS=139094638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:68:3:3:57:65:0.955882:14:43:3:0:21:44:3:0 chr6 139113869 . T TTAAC 295.72 PASS AF=0.409639;AO=31;DP=84;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0126007;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=4;MLLD=224.156;QD=14.2514;RBI=0.0131728;REFB=-0.0123754;REVB=-0.00383986;RO=50;SAF=19;SAR=12;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123982;STB=0.576961;STBP=0.262;TYPE=ins;VARB=0.0188388;OID=.;OPOS=139113870;OREF=-;OALT=TAAC;OMAPALT=TTAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409639:31:84:34:83:49:21:13:24:25:99:50:19:12:25:25 chr6 139180200 . T C 635.28 PASS AF=0.54386;AO=62;DP=114;FAO=62;FDP=114;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00973563;FXX=0.0256388;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0605;QD=22.2905;RBI=0.0103841;REFB=-0.00445526;REVB=0.00361194;RO=51;SAF=33;SAR=29;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669074;STB=0.532248;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0012999;OID=.;OPOS=139180200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:52:62:62:0.54386:29:33:23:28:29:33:24:28 chr6 139206937 . A G 483.43 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00765281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.373;QD=20.7928;RBI=0.0107302;REFB=-0.00538687;REVB=-0.00752141;RO=46;SAF=21;SAR=26;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283223;STB=0.515676;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00506764;OID=.;OPOS=139206937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:26:21:22:24:26:21:22:24 chr6 139266402 . G A 713.85 PASS AF=0.47973;AO=70;DP=147;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.011373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.698;QD=19.2932;RBI=0.0241262;REFB=-0.0196228;REVB=0.0212774;RO=77;SAF=37;SAR=33;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11881;STB=0.56144;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0232319;OID=.;OPOS=139266402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:77:77:70:71:0.47973:33:37:31:46:34:37:31:46 chr6 139562440 . G C 186.88 PASS AF=0.347222;AO=23;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00426696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.497;QD=10.3824;RBI=0.041494;REFB=0.00828431;REVB=0.0412741;RO=46;SAF=15;SAR=8;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027582;STB=0.515139;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.0164899;OID=.;OPOS=139562440;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:23:25:0.347222:8:15:31:15:8:17:31:16 chr6 139563914 . C G 1010.1 PASS AF=0.363036;AO=88;DP=304;FAO=110;FDP=303;FR=.,HEALED;FRO=174;FSAF=41;FSAR=69;FSRF=84;FSRR=90;FWDB=0.00734038;FXX=0.00328937;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6001;QD=13.3346;RBI=0.101549;REFB=-0.0329969;REVB=0.101284;RO=165;SAF=19;SAR=69;SRF=75;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316072;STB=0.56952;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0860995;OID=.;OPOS=139563914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:303:165:174:88:110:0.363036:69:19:75:90:69:41:84:90 chr6 139609755 . T C 666.57 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.000628762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1435;QD=19.3209;RBI=0.0102747;REFB=-0.0095724;REVB=-0.0102555;RO=70;SAF=32;SAR=35;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339223;STB=0.522381;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0104684;OID=.;OPOS=139609755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:70:71:67:67:0.485507:35:32:36:34:35:32:37:34 chr6 139693456 . CA AA,C,CT,TC 36.45 PASS AF=0,0.10559,0.0248447,0;AO=6,25,6,6;DP=155;FAO=0,17,4,0;FDP=161;FR=.;FRO=140;FSAF=0,4,3,0;FSAR=0,13,1,0;FSRF=46;FSRR=94;FWDB=-0.0190389,-0.243327,-0.0283602,-0.14727;FXX=0.024241;HRUN=1,7,7,1;LEN=1,1,1,2;MLLD=190.703,9.52968,64.5923,16.291;QD=0.905561;RBI=0.0245426,0.261524,0.0348863,0.149692;REFB=-0.00226376,-0.0723098,-0.00281095,-0.0346045;REVB=-0.0154874,0.0958488,-0.0203163,0.0268176;RO=83;SAF=1,19,5,0;SAR=5,6,1,6;SRF=15;SRR=68;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0249607,0.640521,0.630368,-0.426314;STB=0.5,0.602838,0.851931,0.5;STBP=1,0.398,0.327,1;TYPE=snp,del,snp,mnp;VARB=0,0.0335137,0.0995437,0;OID=.,.,.,.;OPOS=139693456,139693457,139693457,139693456;OREF=C,A,A,CA;OALT=A,-,T,TC;OMAPALT=AA,C,CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:155:161:83:140:6,25,6,6:0,17,4,0:0,0.10559,0.0248447,0:5,6,1,6:1,19,5,0:15:68:0,13,1,0:0,4,3,0:46:94 chr6 141004964 . G GT,GTC,T 4031.14 PASS AF=0.916968,0.0469314,0.0361011;AO=217,30,28;DP=292;FAO=254,13,10;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=99,13,10;FSAR=155,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390628,-0.0479117,-0.119677;FXX=0.0280692;HRUN=0,0,2;LEN=1,2,1;MLLD=40.6858,21.9668,19.9955;QD=58.2113;RBI=0.0412811,0.0512367,0.119923;REFB=0,0,0;REVB=0.0133501,0.0181566,0.00767779;RO=12;SAF=63,30,28;SAR=154,0,0;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0445695,0.85989,0.856377;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.000905522,-0.00157302,0.0466492;OID=.,.,.;OPOS=141004965,141004965,141004964;OREF=-,-,G;OALT=T,TC,T;OMAPALT=GT,GTC,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:292:277:12:0:217,30,28:254,13,10:0.916968,0.0469314,0.0361011:154,0,0:63,30,28:8:4:155,0,0:99,13,10:0:0 chr6 141807392 . G A 694.33 PASS AF=0.426966;AO=76;DP=178;FAO=76;FDP=178;FR=.;FRO=102;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.0096141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.339;QD=15.6029;RBI=0.012577;REFB=-0.00110332;REVB=0.0081087;RO=102;SAF=41;SAR=35;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204668;STB=0.511432;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00154003;OID=.;OPOS=141807392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:102:102:76:76:0.426966:35:41:53:49:35:41:53:49 chr6 142688969 . A G 836.6 PASS AF=0.549296;AO=77;DP=141;FAO=78;FDP=142;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.00793243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7487;QD=23.5661;RBI=0.0572882;REFB=0.031728;REVB=0.0567364;RO=64;SAF=38;SAR=39;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595352;STB=0.529489;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0250984;OID=.;OPOS=142688969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:64:64:77:78:0.549296:39:38:27:37:40:38:27:37 chr6 142691549 . A C 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000752325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.84;QD=28.0295;RBI=0.0197441;REFB=-0.0117958;REVB=0.0197297;RO=17;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764135;STB=0.504213;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00852631;OID=.;OPOS=142691549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:14:13:8:9:14:13:8:9 chr6 142703137 . C T 475.1 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00180043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.96;QD=17.7607;RBI=0.00273283;REFB=-0.000217031;REVB=-0.00205592;RO=53;SAF=30;SAR=21;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175995;STB=0.601711;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000356175;OID=.;OPOS=142703137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:53:56:51:51:0.476636:21:30:21:32:21:30:22:34 chr6 142714117 . G A 327.5 PASS AF=0.325581;AO=40;DP=125;FAO=42;FDP=129;FR=.;FRO=87;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=-0.0028553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.176;QD=10.1549;RBI=0.002977;REFB=-0.000523276;REVB=0.000842517;RO=85;SAF=20;SAR=20;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145099;STB=0.573736;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000893986;OID=.;OPOS=142714117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:129:85:87:40:42:0.325581:20:20:32:53:22:20:32:55 chr6 142718801 . G A 1668.01 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0169083;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.427;QD=58.5266;RBI=0.0199774;REFB=0.00692035;REVB=-0.0106398;RO=2;SAF=48;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00242758;STB=0.501279;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.000385473;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:114:2:2:112:112:0.982456:64:48:1:1:64:48:1:1 chr6 142738314 . CTTCTT C,CTTCAT 576.76 PASS AF=0.441441,0.0990991;AO=48,15;DP=118;FAO=49,11;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=24,5;FSAR=25,6;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00565331,0.0133712;FXX=0.0512777;HRUN=2,4;LEN=5,1;MLLD=238.465,108.948;QD=20.784;RBI=0.00623061,0.0199782;REFB=-0.0061818,-0.00376909;REVB=0.00261927,-0.0148438;RO=52;SAF=24,7;SAR=24,8;SRF=22;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0720141,0.0544304;STB=0.529833,0.519253;STBP=0.576,0.888;TYPE=del,snp;VARB=0.00496098,0.0292228;OID=.,.;OPOS=142738315,142738318;OREF=TTCTT,T;OALT=-,A;OMAPALT=C,CTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441441,0.0990991:48,15:118:49,11:111:51:24,5:25,6:22:29:99:52:24,7:24,8:22:30 chr6 142758631 . A G 2307.48 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6402;QD=61.1252;RBI=0.0551153;REFB=0;REVB=-0.0524194;RO=0;SAF=67;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29592e-05;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:84:67:0:0:84:67:0:0 chr6 143074700 . T C 2153.61 PASS AF=1;AO=135;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750624;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.182;QD=62.4234;RBI=0.0809529;REFB=0;REVB=0.0806042;RO=0;SAF=76;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236636;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:135:138:1:59:76:0:0:61:77:0:0 chr6 143091263 . A G 1812.8 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.124;QD=60.9343;RBI=0.00821517;REFB=0;REVB=-0.000753584;RO=0;SAF=46;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21735e-08;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:117:119:1:71:46:0:0:72:47:0:0 chr6 143382110 . T C 2883.08 PASS AF=0.502636;AO=285;DP=561;FAO=286;FDP=569;FR=.;FRO=283;FSAF=144;FSAR=142;FSRF=128;FSRR=155;FWDB=-0.0542323;FXX=0.00350257;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7497;QD=20.2677;RBI=0.0849915;REFB=-0.0155868;REVB=-0.0654401;RO=274;SAF=144;SAR=141;SRF=128;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342042;STB=0.525455;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0158739;OID=.;OPOS=143382110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:561:569:274:283:285:286:0.502636:141:144:128:146:142:144:128:155 chr6 143745915 . A G 1317.83 PASS AF=0.914286;AO=97;DP=105;FAO=96;FDP=105;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0231131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4652;QD=50.2032;RBI=0.0261387;REFB=-0.05316;REVB=0.0122072;RO=5;SAF=37;SAR=60;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00182426;STB=0.516369;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0218218;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:105:105:5:9:97:96:0.914286:60:37:2:3:60:36:5:4 chr6 143792675 . T C 257.89 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.000594589;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.0452;QD=23.4442;RBI=0.0208816;REFB=-0.00398298;REVB=0.0208731;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565085;STB=0.53147;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00272382;OID=.;OPOS=143792675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:20:24:24:0.545455:14:10:7:13:14:10:7:13 chr6 143816859 . C T 1835.8 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.336;QD=60.19;RBI=0.0325379;REFB=0;REVB=0.00914566;RO=1;SAF=67;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394666;OID=.;OPOS=143816859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:1:0:118:122:1:51:67:0:1:55:67:0:0 chr6 143823112 . G A 471.36 PASS AF=0.360248;AO=58;DP=159;FAO=58;FDP=161;FR=.;FRO=103;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.00295555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.437;QD=11.7108;RBI=0.0106417;REFB=-0.00216191;REVB=-0.0102231;RO=101;SAF=30;SAR=28;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090901;STB=0.557434;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00474254;OID=.;OPOS=143823112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:101:103:58:58:0.360248:28:30:44:57:28:30:44:59 chr6 143823157 . T C 377.24 PASS AF=0.315436;AO=47;DP=146;FAO=47;FDP=149;FR=.;FRO=102;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=0.00206329;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.572;QD=10.1272;RBI=0.0166691;REFB=-0.000619183;REVB=0.0165409;RO=98;SAF=23;SAR=24;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233517;STB=0.51958;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00130282;OID=.;OPOS=143823157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:98:102:47:47:0.315436:24:23:46:52:24:23:47:55 chr6 144262783 . G T 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0113099;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.935;QD=21.8719;RBI=0.0127715;REFB=-0.0294992;REVB=-0.00593265;RO=23;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106725;STB=0.559328;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0234478;OID=.;OPOS=144262783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:17:11:12:11:17:11:12:11 chr6 144537771 . T C 508.47 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=46;FSRF=13;FSRR=53;FWDB=-0.01748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.345;QD=16.8089;RBI=0.0198452;REFB=-0.00298603;REVB=0.00939567;RO=65;SAF=9;SAR=46;SRF=13;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613423;STB=0.53178;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00428126;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:66:55:55:0.454545:46:9:13:52:46:9:13:53 chr6 144869785 . A G 1444.41 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00343199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.491;QD=60.8173;RBI=0.0206922;REFB=0.139151;REVB=0.0204056;RO=1;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104194;STB=0.510867;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.000425637;OID=.;OPOS=144869785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:93:93:0.978947:45:48:0:1:45:48:0:2 chr6 144876008 . C T 335.53 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00456249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.88;QD=13.2884;RBI=0.00789283;REFB=-0.00567881;REVB=0.00644054;RO=60;SAF=14;SAR=25;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18945;STB=0.608437;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00780105;OID=.;OPOS=144876008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:62:39:39:0.386139:25:14:32:28:25:14:33:29 chr6 144878337 . G T 3172.85 PASS AF=0.990385;AO=184;DP=208;FAO=206;FDP=208;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=93;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.988;QD=61.0164;RBI=0.0766163;REFB=0;REVB=0.0352235;RO=0;SAF=75;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343863;OID=.;OPOS=144878337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:208:208:0:0:184:206:0.990385:109:75:0:0:113:93:0:0 chr6 145051594 . G A 1558.48 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.523;QD=63.6115;RBI=0.0442749;REFB=0;REVB=-0.0129906;RO=0;SAF=9;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49157e-05;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:96:98:1:87:9:0:0:89:9:0:0 chr6 145172505 . A G 2331.06 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000166869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4098;QD=63.8647;RBI=0.0138173;REFB=0;REVB=0.0138163;RO=0;SAF=76;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26422e-05;OID=.;OPOS=145172505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:70:76:0:0:70:76:0:0 chr6 145822992 . A G 553.19 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0431242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9148;QD=22.1275;RBI=0.0437897;REFB=-0.00624552;REVB=0.00760558;RO=47;SAF=27;SAR=25;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117099;STB=0.559027;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00928863;OID=.;OPOS=145822992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:48:52:52:0.52:25:27:18:29:25:27:19:29 chr6 145823642 . G A 480.63 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0128594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.862;QD=20.2372;RBI=0.0158532;REFB=-0.010109;REVB=0.0092714;RO=48;SAF=27;SAR=20;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106271;STB=0.558931;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0137463;OID=.;OPOS=145823642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:20:27:22:26:20:27:22:26 chr6 146112348 . T C 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9788;QD=58.1334;RBI=0.048757;REFB=0;REVB=0.0418032;RO=0;SAF=2;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094865;OID=.;OPOS=146112348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:30:2:0:0:30:2:0:0 chr6 146185504 . G A,GA 34.1 PASS AF=0,0.166667;AO=5,5;DP=36;FAO=0,6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=0,4;FSAR=0,2;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=-0.00419179,0.00633509;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=142.867,58.6133;QD=3.78855;RBI=0.0302118,0.0245776;REFB=-0.00414332,-0.0035734;REVB=-0.0299196,-0.0237471;RO=24;SAF=4,0;SAR=1,5;SRF=3;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.69077,-0.57088;STB=0.5,0.87427;STBP=1,0.242;TYPE=snp,ins;VARB=0.0441001,0.0565392;OID=.,.;OPOS=146185504,146185505;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:36:36:24:30:5,5:0,6:0,0.166667:1,5:4,0:3:21:0,2:0,4:4:26 chr6 146234644 . G A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.8751;QD=58.4189;RBI=0.0216994;REFB=0;REVB=-0.00234653;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234362;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr6 146243916 . T C 557.02 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=144;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=46;FSRF=13;FSRR=71;FWDB=0.008767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.884;QD=15.4727;RBI=0.0691875;REFB=0.0216371;REVB=0.0686298;RO=84;SAF=14;SAR=46;SRF=13;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123634;STB=0.568729;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0200219;OID=.;OPOS=146243916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:84:84:60:60:0.416667:46:14:13:71:46:14:13:71 chr6 146755140 . G A 581.44 PASS AF=0.541284;AO=57;DP=106;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00139978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9577;QD=21.3372;RBI=0.00820988;REFB=-0.017024;REVB=0.00808966;RO=44;SAF=26;SAR=31;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169193;STB=0.510315;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0115207;OID=.;OPOS=146755140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:44:50:57:59:0.541284:31:26:21:23:32:27:24:26 chr6 146755324 . T C 586.1 PASS AF=0.541284;AO=57;DP=107;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.012722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.512;QD=21.5084;RBI=0.0138732;REFB=-0.0221514;REVB=-0.00553324;RO=50;SAF=24;SAR=33;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337365;STB=0.508968;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0210363;OID=.;OPOS=146755324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:50:50:57:59:0.541284:33:24:23:27:33:26:23:27 chr6 146755515 . T G 2843.78 PASS AF=0.994536;AO=174;DP=175;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.782;QD=62.1592;RBI=0.0279255;REFB=-0.0250686;REVB=0.0181692;RO=1;SAF=77;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488215;STB=0.502487;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=8.73905e-05;OID=.;OPOS=146755515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:175:183:1:1:174:182:0.994536:97:77:0:1:100:82:0:1 chr6 146755566 . G A 526.05 PASS AF=0.448819;AO=54;DP=126;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=51;FWDB=0.0163326;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.001;QD=16.5686;RBI=0.0246222;REFB=-0.00893185;REVB=-0.0184254;RO=68;SAF=24;SAR=30;SRF=19;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171178;STB=0.604445;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0121826;OID=.;OPOS=146755566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:68:70:54:57:0.448819:30:24:19:49:31:26:19:51 chr6 146755842 . C A 1191.32 PASS AF=0.443662;AO=126;DP=284;FAO=126;FDP=284;FR=.;FRO=158;FSAF=49;FSAR=77;FSRF=78;FSRR=80;FWDB=0.0263041;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.824;QD=16.7792;RBI=0.0294702;REFB=-0.00802263;REVB=0.0132886;RO=142;SAF=49;SAR=77;SRF=65;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683399;STB=0.559686;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00841297;OID=.;OPOS=146755842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:142:158:126:126:0.443662:77:49:65:77:77:49:78:80 chr6 147049868 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.969;QD=59.1432;RBI=0.0390319;REFB=0;REVB=-0.0388906;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82961e-05;OID=.;OPOS=147049868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:28:38:0:0:28:39:0:0 chr6 147136212 . A T 1285.2 PASS AF=0.583756;AO=115;DP=197;FAO=115;FDP=197;FR=.;FRO=82;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.0312425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.105;QD=26.0955;RBI=0.0335087;REFB=0.00677612;REVB=-0.0121135;RO=81;SAF=51;SAR=64;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575032;STB=0.533848;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00437343;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:81:82:115:115:0.583756:64:51:42:39:64:51:43:39 chr6 147136244 . A G 1040.98 PASS AF=0.593939;AO=97;DP=165;FAO=98;FDP=165;FR=.;FRO=67;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0119164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8612;QD=25.2358;RBI=0.0153972;REFB=-0.0166548;REVB=-0.00975051;RO=67;SAF=43;SAR=54;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710598;STB=0.535973;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0270866;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:67:67:97:98:0.593939:54:43:36:31:54:44:36:31 chr6 147635385 . C G 459.32 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00932451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.844;QD=14.3537;RBI=0.0301891;REFB=-0.000667902;REVB=-0.028713;RO=76;SAF=22;SAR=30;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400927;STB=0.522607;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00125479;OID=.;OPOS=147635385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:76:76:52:52:0.40625:30:22:35:41:30:22:35:41 chr6 147635413 . A G 588.84 PASS AF=0.442857;AO=62;DP=140;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0192764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.742;QD=16.8239;RBI=0.0194626;REFB=0.0105334;REVB=0.00268525;RO=77;SAF=22;SAR=40;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130307;STB=0.56975;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0123968;OID=.;OPOS=147635413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:77:78:62:62:0.442857:40:22:37:40:40:22:37:41 chr6 147680359 . A G 797.75 PASS AF=0.520548;AO=76;DP=146;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0112818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7253;QD=21.8562;RBI=0.0353475;REFB=-0.000427663;REVB=-0.0334988;RO=70;SAF=42;SAR=34;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016634;STB=0.509128;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.000183061;OID=.;OPOS=147680359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:70:70:76:76:0.520548:34:42:40:30:34:42:40:30 chr6 147830073 . C T 2400.59 PASS AF=0.442708;AO=255;DP=576;FAO=255;FDP=576;FR=.;FRO=321;FSAF=148;FSAR=107;FSRF=186;FSRR=135;FWDB=0.0527384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.035;QD=16.6707;RBI=0.0537884;REFB=-0.00711367;REVB=0.0105761;RO=318;SAF=148;SAR=107;SRF=184;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182982;STB=0.500545;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00923839;OID=.;OPOS=147830073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:576:576:318:321:255:255:0.442708:107:148:184:134:107:148:186:135 chr6 147886107 . C G 772.0 PASS AF=0.509677;AO=78;DP=154;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0136537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0865;QD=19.9227;RBI=0.0219391;REFB=-0.0479528;REVB=0.0171726;RO=75;SAF=43;SAR=35;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280915;STB=0.508873;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0450858;OID=.;OPOS=147886107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:75:76:78:79:0.509677:35:43:39:36:36:43:40:36 chr6 148792617 . A G 290.44 PASS AF=0.350515;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=47;FWDB=0.0474981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2586;QD=11.9769;RBI=0.0520461;REFB=-0.00511222;REVB=-0.0212773;RO=63;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25219;STB=0.643488;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0101005;OID=.;OPOS=148792617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:63:63:34:34:0.350515:18:16:16:47:18:16:16:47 chr6 149700491 . G A 467.69 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.036361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1295;QD=20.1159;RBI=0.0390258;REFB=-0.015372;REVB=-0.0141737;RO=47;SAF=23;SAR=23;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12623;STB=0.569863;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0147849;OID=.;OPOS=149700491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:23:23:17:30:23:23:17:30 chr6 149721690 . G A 306.95 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=0.0259402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.74;QD=18.0556;RBI=0.0314386;REFB=-0.037206;REVB=-0.0177621;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339356;STB=0.687399;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0245693;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:15:18:6:29:15:18:6:29 chr6 149721965 . T C 125.6 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0226377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.8464;QD=6.44078;RBI=0.0272185;REFB=0.00589875;REVB=-0.0151124;RO=56;SAF=8;SAR=11;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182358;STB=0.60364;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0179017;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:56:59:19:19:0.24359:11:8:32:24:11:8:33:26 chr6 149722040 . A G 635.72 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108023;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.712;QD=62.021;RBI=0.0312362;REFB=0;REVB=-0.0293089;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117979;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr6 149730846 . G A 432.27 PASS AF=0.387597;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=129;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0276548;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7924;QD=13.4037;RBI=0.038724;REFB=-0.00603714;REVB=-0.0271065;RO=78;SAF=20;SAR=30;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678372;STB=0.535018;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0112324;OID=.;OPOS=149730846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:78:79:50:50:0.387597:30:20:36:42:30:20:36:43 chr6 149953981 . C T 2511.12 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.32;QD=61.6227;RBI=0.0291099;REFB=0;REVB=0.0150179;RO=0;SAF=62;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61635e-06;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:101:62:0:0:101:62:0:0 chr6 149983216 . G A 954.77 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.006636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0693;QD=57.001;RBI=0.0208686;REFB=-0.0100905;REVB=-0.0197854;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0019575;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:67:0:1:66:66:0.985075:23:43:0:0:23:43:1:0 chr6 150004779 . A G 2058.19 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.314;QD=61.9003;RBI=0.0288798;REFB=0;REVB=-0.0170718;RO=0;SAF=60;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025217;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:133:0:0:130:133:1:70:60:0:0:73:60:0:0 chr6 150039123 . C T 328.3 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0226464;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.739;QD=17.7461;RBI=0.0264339;REFB=-0.0211921;REVB=-0.0136343;RO=39;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167343;STB=0.509364;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0198931;OID=.;OPOS=150039123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:39:35:35:0.472973:23:12:14:25:23:12:14:25 chr6 150039148 . G A 797.95 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.609;QD=54.0981;RBI=0.0264406;REFB=-0.143566;REVB=0.0101974;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.506491;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00088017;OID=.;OPOS=150039148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:0:1:56:58:0.983051:37:19:0:0:38:20:0:1 chr6 150067675 . A G 1607.1 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.718;QD=64.2839;RBI=0.0152079;REFB=0;REVB=-0.00728084;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27203e-05;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:98:100:1:43:55:0:0:43:57:0:0 chr6 150093678 . C T 670.4 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.905;QD=59.591;RBI=0.0239888;REFB=0.0145152;REVB=0.016124;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000359788;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:45:0:1:42:44:0.977778:19:23:0:0:22:22:1:0 chr6 150093682 . C T 706.27 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0724;QD=62.7794;RBI=0.0620797;REFB=0;REVB=0.00472805;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103188;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr6 150114745 . G A 920.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.912;QD=58.414;RBI=0.00565319;REFB=0;REVB=-0.00122611;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67284e-05;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr6 150209717 . C G 488.14 PASS AF=0.449153;AO=52;DP=119;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.037354;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9566;QD=16.5471;RBI=0.0453858;REFB=-0.00876207;REVB=0.0257789;RO=64;SAF=22;SAR=30;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122586;STB=0.568324;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0112254;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:64:65:52:53:0.449153:30:22:35:29:31:22:35:30 chr6 150210681 . G A 659.93 PASS AF=0.426901;AO=73;DP=171;FAO=73;FDP=171;FR=.;FRO=98;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=0.000212881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.173;QD=15.4369;RBI=0.00687276;REFB=0.000878633;REVB=-0.00686946;RO=96;SAF=37;SAR=36;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811444;STB=0.538968;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00225496;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:96:98:73:73:0.426901:36:37:41:55:36:37:43:55 chr6 150210685 . C T 676.78 PASS AF=0.43787;AO=74;DP=169;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=-0.00966052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.854;QD=16.0185;RBI=0.0198548;REFB=-0.0190545;REVB=-0.0173461;RO=94;SAF=38;SAR=36;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989157;STB=0.551853;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0237466;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:94:95:74:74:0.43787:36:38:39:55:36:38:40:55 chr6 150210723 . C T 449.4 PASS AF=0.374101;AO=52;DP=137;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=0.0100242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.045;QD=12.9324;RBI=0.0209424;REFB=-2.33223e-05;REVB=-0.0183874;RO=85;SAF=29;SAR=23;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183619;STB=0.596344;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-4.29845e-05;OID=.;OPOS=150210723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:85:87:52:52:0.374101:23:29:33:52:23:29:35:52 chr6 150211100 . T C 576.85 PASS AF=0.422078;AO=65;DP=154;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.0339794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.086;QD=14.9832;RBI=0.0346125;REFB=-0.0150305;REVB=0.00658977;RO=89;SAF=33;SAR=32;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071666;STB=0.540107;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00656096;OID=.;OPOS=150211100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:89:89:65:65:0.422078:32:33:39:50:32:33:39:50 chr6 150211123 . A T 536.1 PASS AF=0.402597;AO=62;DP=154;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.00380695;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.097;QD=13.9247;RBI=0.00656268;REFB=-0.00634047;REVB=0.00534564;RO=92;SAF=29;SAR=33;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000373613;STB=0.509858;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00988069;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:92:92:62:62:0.402597:33:29:43:49:32:30:43:49 chr6 150267527 . A C 2109.12 PASS AF=0.992754;AO=133;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0321723;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9964;QD=61.134;RBI=0.113139;REFB=-0.0617604;REVB=0.108469;RO=1;SAF=54;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597912;STB=0.502994;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00603917;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:137:138:1:1:133:137:0.992754:79:54:0:1:83:54:0:1 chr6 150716533 . T A 274.29 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00274549;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.334;QD=12.9077;RBI=0.0133822;REFB=-0.00305948;REVB=-0.0130976;RO=53;SAF=18;SAR=14;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459798;STB=0.526299;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00561829;OID=.;OPOS=150716533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:14:18:32:21:14:18:32:21 chr6 150716696 . TG CA,CG 605.33 PASS AF=0.414634,0.585366;AO=17,24;DP=41;FAO=17,24;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7,8;FSAR=10,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171135,-0.0205531;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=179.801,177.322;QD=59.0561;RBI=0.0193686,0.0254905;REFB=0,0;REVB=-0.00907028,-0.0150775;RO=0;SAF=7,8;SAR=10,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00631611,0.00866873;OID=.,.;OPOS=150716696,150716696;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:41:41:0:0:17,24:17,24:0.414634,0.585366:10,16:7,8:0:0:10,16:7,8:0:0 chr6 150722187 . T C 2199.66 PASS AF=0.980263;AO=147;DP=151;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0360549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.343;QD=57.8859;RBI=0.0485192;REFB=-0.0757849;REVB=0.0324677;RO=2;SAF=70;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121916;STB=0.509315;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000792796;OID=.;OPOS=150722187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:152:2:3:147:149:0.980263:77:70:0:2:79:70:0:3 chr6 151055031 . C T 747.87 PASS AF=0.410628;AO=85;DP=207;FAO=85;FDP=207;FR=.;FRO=122;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=0.00988781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.943;QD=14.4515;RBI=0.0184012;REFB=-0.00375031;REVB=0.0155189;RO=122;SAF=38;SAR=47;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473293;STB=0.526514;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00503596;OID=.;OPOS=151055031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:122:122:85:85:0.410628:47:38:60:62:47:38:60:62 chr6 151121915 . G A 747.18 PASS AF=0.378261;AO=87;DP=231;FAO=87;FDP=230;FR=.;FRO=143;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=77;FSRR=66;FWDB=-0.00472867;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.06;QD=12.9944;RBI=0.00739959;REFB=-0.0082741;REVB=-0.00569154;RO=144;SAF=29;SAR=58;SRF=78;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235085;STB=0.630922;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0130679;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:144:143:87:87:0.378261:58:29:78:66:58:29:77:66 chr6 151152257 . A G 2460.76 PASS AF=0.987805;AO=162;DP=164;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00206433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.377;QD=60.0185;RBI=0.0141707;REFB=-0.0638052;REVB=0.0140195;RO=0;SAF=73;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24896e-08;STB=0.506756;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=1.85755e-06;OID=.;OPOS=151152257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:164:0:2:162:162:0.987805:89:73:0:0:89:73:2:0 chr6 151152656 . T C 2191.25 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.874;QD=62.6072;RBI=0.00985087;REFB=0;REVB=-0.00462185;RO=0;SAF=55;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96542e-05;OID=.;OPOS=151152656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:128:140:0:0:128:140:1:73:55:0:0:82:58:0:0 chr6 151336739 . C G 4571.11 PASS AF=1;AO=286;DP=286;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157405;FXX=0.00344816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9273;QD=63.268;RBI=0.0602472;REFB=0;REVB=-0.0581546;RO=0;SAF=141;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.62749e-05;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:286:289:0:0:286:289:1:145:141:0:0:148:141:0:0 chr6 151669875 . A G 601.73 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=53;FSRF=10;FSRR=54;FWDB=-0.00772206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.9496;QD=19.1024;RBI=0.00813784;REFB=-0.0109025;REVB=0.00256792;RO=62;SAF=9;SAR=53;SRF=9;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511164;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0112467;OID=.;OPOS=151669875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:62:64:62:62:0.492063:53:9:9:53:53:9:10:54 chr6 151670897 . T C 945.27 PASS AF=0.554878;AO=91;DP=165;FAO=91;FDP=164;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0010355;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.938;QD=23.0554;RBI=0.0191693;REFB=-0.0258406;REVB=0.0191413;RO=73;SAF=38;SAR=53;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400992;STB=0.521877;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0170865;OID=.;OPOS=151670897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:73:73:91:91:0.554878:53:38:34:39:53:38:34:39 chr6 151671182 . C T 1433.35 PASS AF=0.59276;AO=131;DP=221;FAO=131;FDP=221;FR=.;FRO=90;FSAF=73;FSAR=58;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.00884109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.996;QD=25.9429;RBI=0.0268711;REFB=-0.0141578;REVB=0.025375;RO=86;SAF=73;SAR=58;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678292;STB=0.541559;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00987606;OID=.;OPOS=151671182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:86:90:131:131:0.59276:58:73:40:46:58:73:41:49 chr6 151672812 . G A 629.39 PASS AF=0.558559;AO=57;DP=107;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.059298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.584;QD=22.6808;RBI=0.0597053;REFB=-0.00732704;REVB=-0.00696191;RO=49;SAF=25;SAR=32;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885874;STB=0.513365;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0049616;OID=.;OPOS=151672812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:49:49:57:62:0.558559:32:25:22:27:36:26:22:27 chr6 151674114 . ATT ATTGAG,GAG 290.69 PASS AF=0.537037,0.037037;AO=25,2;DP=54;FAO=29,2;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16,2;FSAR=13,0;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.000715814,0.00938029;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,3;MLLD=202.753,175.335;QD=21.5329;RBI=0.0219628,0.0152498;REFB=-0.0252353,-0.0162685;REVB=0.0219512,0.0120236;RO=23;SAF=13,2;SAR=12,0;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0357422,0.502119;STB=0.532601,0.994841;STBP=0.669,0.169;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0173731,0.0224261;OID=.,.;OPOS=151674117,151674114;OREF=-,ATT;OALT=GAG,GAG;OMAPALT=ATTGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:25,2:29,2:0.537037,0.037037:12,0:13,2:11:12:13,0:16,2:11:12 chr6 151674593 . G T 797.28 PASS AF=0.530201;AO=79;DP=151;FAO=79;FDP=149;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0059819;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3695;QD=21.4034;RBI=0.00600839;REFB=0.000121376;REVB=-0.000563533;RO=70;SAF=38;SAR=41;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00403555;STB=0.502211;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00058633;OID=.;OPOS=151674593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:70:70:79:79:0.530201:41:38:34:36:41:38:34:36 chr6 151894505 . T C 1312.01 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0365277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.934;QD=59.637;RBI=0.0929899;REFB=0.0678769;REVB=-0.0855152;RO=1;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885627;STB=0.509257;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0192797;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:1:2:86:86:0.977273:53:33:0:1:53:33:0:2 chr6 151936677 . G A 1415.31 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7802;QD=62.9029;RBI=0.0595467;REFB=0;REVB=-0.0594992;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341962;OID=.;OPOS=151936677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:53:37:0:0:53:37:0:0 chr6 151939181 . G A 1478.42 PASS AF=0.96875;AO=92;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.028418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.46;QD=61.6008;RBI=0.0311271;REFB=-0.159914;REVB=-0.0127008;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00111189;OID=.;OPOS=151939181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:96:96:0:1:92:93:0.96875:53:39:0:0:54:39:1:0 chr6 152201875 . T C 2192.14 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933835;FXX=0.0273954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.079;QD=61.7503;RBI=0.0129376;REFB=0;REVB=0.00895418;RO=0;SAF=57;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254753;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:142:0:0:132:142:1:75:57:0:0:75:67:0:0 chr6 152201876 . A C 44.45 PASS AF=0.0884354;AO=13;DP=147;FAO=13;FDP=147;FR=.;FRO=134;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=58;FSRR=76;FWDB=-0.0907302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.817;QD=1.20941;RBI=0.0912214;REFB=-0.0365278;REVB=0.00945383;RO=134;SAF=10;SAR=3;SRF=58;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380019;STB=0.794336;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0535272;OID=.;OPOS=152201876;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:147:147:134:134:13:13:0.0884354:3:10:58:76:3:10:58:76 chr6 152265522 . G C 925.91 PASS AF=0.505376;AO=86;DP=179;FAO=94;FDP=186;FR=.;FRO=92;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=-0.00391759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.744;QD=19.912;RBI=0.0087484;REFB=-0.00936907;REVB=0.00782221;RO=92;SAF=45;SAR=41;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624519;STB=0.537258;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00601097;OID=.;OPOS=152265522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:186:92:92:86:94:0.505376:41:45:42:50:44:50:42:50 chr6 152420095 . G A 676.39 PASS AF=0.51145;AO=67;DP=131;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0054327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.833;QD=20.653;RBI=0.0112053;REFB=-0.0103655;REVB=0.00980023;RO=64;SAF=33;SAR=34;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204867;STB=0.511275;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.01184;OID=.;OPOS=152420095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:64:64:67:67:0.51145:34:33:33:31:34:33:33:31 chr6 152422335 . C T 1933.21 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.726;QD=61.8627;RBI=0.0327574;REFB=0;REVB=0.0231398;RO=0;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55547e-07;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:61:64:0:0:61:64:0:0 chr6 152464839 . A G 997.02 PASS AF=0.502488;AO=101;DP=201;FAO=101;FDP=201;FR=.;FRO=100;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=-0.000244885;FXX=0.00495025;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.96;QD=19.8411;RBI=0.00993328;REFB=0.00269246;REVB=0.00993026;RO=99;SAF=48;SAR=53;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177876;STB=0.512327;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00253154;OID=.;OPOS=152464839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:99:100:101:101:0.502488:53:48:49:50:53:48:50:50 chr6 152466674 . T C 345.44 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.017942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.592;QD=13.957;RBI=0.0207719;REFB=-0.009431;REVB=-0.0104671;RO=60;SAF=13;SAR=25;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483074;STB=0.523548;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0123065;OID=.;OPOS=152466674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:60:61:38:38:0.383838:25:13:23:37:25:13:23:38 chr6 152469188 . C G 570.9 PASS AF=0.53211;AO=57;DP=108;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0498516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0831;QD=20.9503;RBI=0.0498608;REFB=0.00551943;REVB=-0.000957775;RO=50;SAF=28;SAR=29;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584199;STB=0.5401;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0103157;OID=.;OPOS=152469188;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:50:51:57:58:0.53211:29:28:28:22:30:28:29:22 chr6 152469331 . C T 704.56 PASS AF=0.423913;AO=77;DP=201;FAO=78;FDP=184;FR=.;FRO=106;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=63;FWDB=-0.000491937;FXX=0.0845729;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.175;QD=15.3164;RBI=0.0088307;REFB=-0.00625925;REVB=0.00881698;RO=99;SAF=25;SAR=52;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987049;STB=0.554106;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00870108;OID=.;OPOS=152469331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:184:99:106:77:78:0.423913:52:25:41:58:53:25:43:63 chr6 152470773 . T G 495.44 PASS AF=0.552941;AO=48;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.076882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7883;QD=23.315;RBI=0.0988214;REFB=0.051105;REVB=-0.0620873;RO=36;SAF=19;SAR=29;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834266;STB=0.543671;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0461194;OID=.;OPOS=152470773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:38:48:47:0.552941:29:19:18:18:28:19:19:19 chr6 152489294 . T C 352.46 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0417905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.296;QD=18.3094;RBI=0.0470083;REFB=0.00104812;REVB=0.0215252;RO=40;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525798;STB=0.535392;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000808778;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:36:37:0.480519:16:20:20:20:16:21:20:20 chr6 152529260 . G A 733.27 PASS AF=0.365546;AO=88;DP=239;FAO=87;FDP=238;FR=.;FRO=151;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=82;FSRR=69;FWDB=0.00999421;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0481;QD=12.3238;RBI=0.0199829;REFB=-0.00037713;REVB=0.0173042;RO=151;SAF=46;SAR=42;SRF=82;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227442;STB=0.501799;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.000978965;OID=.;OPOS=152529260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:151:151:88:87:0.365546:42:46:82:69:40:47:82:69 chr6 152540278 . A C 2130.44 PASS AF=0.942675;AO=148;DP=157;FAO=148;FDP=157;FR=.;FRO=9;FSAF=65;FSAR=83;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0100666;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=230.764;QD=54.2788;RBI=0.0103698;REFB=-0.0709468;REVB=0.002489;RO=9;SAF=65;SAR=83;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493399;STB=0.525997;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00032009;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:157:157:9:9:148:148:0.942675:83:65:8:1:83:65:8:1 chr6 152558009 . G A 481.41 PASS AF=0.374194;AO=58;DP=156;FAO=58;FDP=155;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=-0.00667074;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.546;QD=12.4236;RBI=0.00680247;REFB=-0.00709575;REVB=0.00133223;RO=95;SAF=27;SAR=31;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135162;STB=0.582293;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0123301;OID=.;OPOS=152558009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:95:97:58:58:0.374194:31:27:56:39:31:27:58:39 chr6 152615200 . G A 1809.63 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00407056;FXX=0.00826378;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.659;QD=60.3212;RBI=0.0158305;REFB=-0.0261548;REVB=0.0152982;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.504064;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=4.54021e-05;OID=.;OPOS=152615200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:0:1:119:119:0.991667:61:58:0:0:61:58:0:1 chr6 152647681 . A T 2998.29 PASS AF=0.994764;AO=189;DP=190;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00154002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1086;QD=62.7914;RBI=0.0750334;REFB=-0.0595862;REVB=-0.0750175;RO=1;SAF=92;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514781;STB=0.502702;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=9.09651e-05;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:190:191:1:1:189:190:0.994764:97:92:1:0:98:92:1:0 chr6 152651759 . C G 438.45 PASS AF=0.689655;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0360654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.6;QD=30.2377;RBI=0.0489665;REFB=-0.0177828;REVB=0.033121;RO=18;SAF=24;SAR=16;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740674;STB=0.540126;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0068556;OID=.;OPOS=152651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:18:40:40:0.689655:16:24:13:5:16:24:13:5 chr6 152652034 . A T 1713.07 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.833;QD=60.6397;RBI=0.0305476;REFB=0;REVB=0.025813;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09809e-05;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:53:59:0:0:54:59:0:0 chr6 152658142 . T C 914.79 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0102102;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.1671;QD=55.4419;RBI=0.0817935;REFB=-0.0856416;REVB=0.0811537;RO=2;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224828;STB=0.511901;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00471095;OID=.;OPOS=152658142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:41:23:0:2:41:23:0:2 chr6 152660451 . G A 505.04 PASS AF=0.356322;AO=61;DP=174;FAO=62;FDP=174;FR=.;FRO=112;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=74;FWDB=-0.0116472;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6173;QD=11.6101;RBI=0.0523748;REFB=0.0156947;REVB=0.0510633;RO=113;SAF=32;SAR=29;SRF=38;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213197;STB=0.613082;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0268642;OID=.;OPOS=152660451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:113:112:61:62:0.356322:29:32:38:75:30:32:38:74 chr6 152665261 . C A 958.71 PASS AF=0.508108;AO=94;DP=185;FAO=94;FDP=185;FR=.;FRO=91;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.00577039;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.747;QD=20.7288;RBI=0.0154794;REFB=-0.00412833;REVB=-0.0143636;RO=91;SAF=45;SAR=49;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239984;STB=0.513175;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00366005;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:91:91:94:94:0.508108:49:45:46:45:49:45:46:45 chr6 152675854 . A G 1096.05 PASS AF=0.433213;AO=116;DP=275;FAO=120;FDP=277;FR=.;FRO=157;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=81;FSRR=76;FWDB=-0.0433696;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.801;QD=15.8274;RBI=0.0436786;REFB=-0.012127;REVB=-0.0051862;RO=156;SAF=59;SAR=57;SRF=81;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109343;STB=0.509024;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0181317;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:277:156:157:116:120:0.433213:57:59:81:75:60:60:81:76 chr6 152683413 . G T 1528.17 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747682;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.77;QD=59.9282;RBI=0.029731;REFB=0;REVB=-0.0287755;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65059e-05;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:45:57:0:0:45:57:0:0 chr6 152694184 . T C 1394.32 PASS AF=0.578475;AO=129;DP=223;FAO=129;FDP=223;FR=.;FRO=94;FSAF=76;FSAR=53;FSRF=58;FSRR=36;FWDB=0.00656101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.791;QD=25.0101;RBI=0.024151;REFB=0.000305608;REVB=0.0232427;RO=94;SAF=76;SAR=53;SRF=58;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224766;STB=0.512186;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.000181732;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:94:94:129:129:0.578475:53:76:58:36:53:76:58:36 chr6 152708310 . G A 1342.73 PASS AF=0.419718;AO=149;DP=355;FAO=149;FDP=355;FR=.;FRO=206;FSAF=91;FSAR=58;FSRF=116;FSRR=90;FWDB=-0.0285117;FXX=0.00280891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7208;QD=15.1294;RBI=0.0348651;REFB=0.00160143;REVB=0.0200663;RO=206;SAF=91;SAR=58;SRF=116;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514771;STB=0.528692;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00234063;OID=.;OPOS=152708310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:355:206:206:149:149:0.419718:58:91:116:90:58:91:116:90 chr6 152772264 . A G 2477.4 PASS AF=0.993865;AO=160;DP=161;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000503877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8871;QD=60.7951;RBI=0.0293604;REFB=-0.0437355;REVB=0.0293561;RO=1;SAF=78;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576741;STB=0.502994;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000234747;OID=.;OPOS=152772264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:163:1:1:160:162:0.993865:82:78:0:1:83:79:0:1 chr6 152776750 . G A 540.06 PASS AF=0.442748;AO=56;DP=130;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0809629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3458;QD=16.4904;RBI=0.0836584;REFB=-0.0142457;REVB=0.0210654;RO=71;SAF=13;SAR=43;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28426;STB=0.659809;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00993749;OID=.;OPOS=152776750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:71:73:56:58:0.442748:43:13:34:37:44:14:36:37 chr6 152777819 . G A 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.89;QD=59.8655;RBI=0.0425887;REFB=0;REVB=-0.0394739;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.37158e-05;OID=.;OPOS=152777819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:50:54:0:0:50:54:0:0 chr6 153080061 . T C 421.04 PASS AF=0.428571;AO=47;DP=111;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.00223651;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0225;QD=15.0371;RBI=0.0176157;REFB=-0.0236715;REVB=0.0174731;RO=61;SAF=26;SAR=21;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143655;STB=0.57124;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0295565;OID=.;OPOS=153080061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:61:64:47:48:0.428571:21:26:25:36:21:27:28:36 chr6 153296541 . G C 947.05 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491048;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1033;QD=58.2802;RBI=0.0533895;REFB=0;REVB=-0.0209561;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000961228;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:38:26:0:0:39:26:0:0 chr6 153315744 . T A 846.19 PASS AF=0.451923;AO=90;DP=210;FAO=94;FDP=208;FR=.;FRO=114;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=0.0130746;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4949;QD=16.2729;RBI=0.0289709;REFB=-0.0206251;REVB=0.0258528;RO=110;SAF=46;SAR=44;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290206;STB=0.51752;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0227452;OID=.;OPOS=153315744;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:110:114:90:94:0.451923:44:46:53:57:44:50:57:57 chr6 153315921 . G A 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.624;QD=57.6766;RBI=0.0334221;REFB=0;REVB=-0.000166136;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184407;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr6 153323594 . C T 2030.3 PASS AF=0.497561;AO=203;DP=410;FAO=204;FDP=410;FR=.;FRO=206;FSAF=105;FSAR=99;FSRF=106;FSRR=100;FWDB=-0.0112304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9002;QD=19.8079;RBI=0.0123328;REFB=-0.00304244;REVB=-0.00509654;RO=202;SAF=104;SAR=99;SRF=105;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00682746;STB=0.500072;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0040568;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:410:202:206:203:204:0.497561:99:104:105:97:99:105:106:100 chr6 153323709 . T C 101.23 PASS AF=0.172414;AO=19;DP=115;FAO=20;FDP=116;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.0991881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7441;QD=3.49055;RBI=0.102542;REFB=-0.00895345;REVB=-0.0260122;RO=93;SAF=7;SAR=12;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135333;STB=0.574837;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.010389;OID=.;OPOS=153323709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:93:96:19:20:0.172414:12:7:44:49:12:8:47:49 chr6 153365100 . A C 907.28 PASS AF=0.553333;AO=83;DP=150;FAO=83;FDP=150;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.048643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.556;QD=24.1941;RBI=0.0504737;REFB=-0.00625611;REVB=-0.0134704;RO=67;SAF=39;SAR=44;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304841;STB=0.516636;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00571912;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:67:67:83:83:0.553333:44:39:29:38:44:39:29:38 chr6 153741613 . G C 1036.53 PASS AF=0.616438;AO=90;DP=146;FAO=90;FDP=146;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0554701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4174;QD=28.398;RBI=0.0624107;REFB=0.00825603;REVB=0.0286036;RO=56;SAF=39;SAR=51;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477383;STB=0.525848;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00450445;OID=.;OPOS=153741613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:56:56:90:90:0.616438:51:39:28:28:51:39:28:28 chr6 153987576 . G A 114.91 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0680815;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7848;QD=8.20777;RBI=0.0868729;REFB=-0.000279506;REVB=-0.0539611;RO=41;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219963;STB=0.641418;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00127622;OID=.;OPOS=153987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:41:40:16:16:0.285714:6:10:18:23:6:10:17:23 chr6 154414446 . A T 4988.16 PASS AF=1;AO=319;DP=321;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313513;FXX=0.00623034;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.266;QD=62.5475;RBI=0.0878326;REFB=-0.0287486;REVB=-0.0820467;RO=2;SAF=160;SAR=159;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=1.85595e-05;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15137e-05;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:321:319:2:0:319:319:1:159:160:1:1:159:160:0:0 chr6 154414563 . A G 1295.36 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.684;QD=61.6838;RBI=0.031692;REFB=0;REVB=0.0236967;RO=1;SAF=40;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116855;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47605e-05;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:84:1:0:77:84:1:37:40:1:0:40:44:0:0 chr6 154414573 . C T 817.83 PASS AF=0.897059;AO=61;DP=68;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.036431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7739;QD=48.1074;RBI=0.0368375;REFB=-0.0539925;REVB=-0.00545762;RO=7;SAF=28;SAR=33;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104461;STB=0.555537;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00893231;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:68:68:7:7:61:61:0.897059:33:28:7:0:33:28:7:0 chr6 154771277 . A G 1861.81 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8539;QD=60.5468;RBI=0.0273672;REFB=0.00872425;REVB=-0.0240435;RO=1;SAF=61;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772447;STB=0.504064;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.000139193;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:61:61:1:0:61:61:1:0 chr6 155451352 . G A 323.03 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.884;QD=53.8389;RBI=0.0391923;REFB=0;REVB=-0.0388931;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106562;OID=.;OPOS=155451352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr6 155485554 . G A 2522.43 PASS AF=1;AO=162;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1349;QD=61.1498;RBI=0.0969952;REFB=0;REVB=-0.096207;RO=0;SAF=80;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3647e-05;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:162:165:1:82:80:0:0:85:80:0:0 chr6 155561760 . T C 2768.5 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.268;QD=62.565;RBI=0.0397872;REFB=0;REVB=0.0396174;RO=0;SAF=78;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14061e-05;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:177:0:0:176:177:1:98:78:0:0:99:78:0:0 chr6 155577823 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.843;QD=64.1534;RBI=0.0295228;REFB=0;REVB=0.0174999;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01266e-05;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr6 155578592 . A AT 531.41 PASS AF=1;AO=12;DP=106;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.166436;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.35429;QD=20.8396;RBI=0.205575;REFB=0.0121938;REVB=-0.120666;RO=91;SAF=8;SAR=4;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000964872;OID=.;OPOS=155578593;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:106:102:102:0:57:45:0:0:7:91:8:4:51:40 chr6 155578599 . A T 1421.03 PASS AF=0.991071;AO=96;DP=100;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.085475;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.869;QD=50.7511;RBI=0.0893958;REFB=-0.0937903;REVB=0.0261845;RO=4;SAF=51;SAR=45;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00237675;STB=0.504586;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00723732;OID=.;OPOS=155578599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:112:4:1:96:111:0.991071:45:51:2:2:54:57:0:1 chr6 155578756 . A T 1287.34 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000107306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.218;QD=60.5808;RBI=0.016007;REFB=-0.0710146;REVB=0.0160066;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.507461;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=2.85007e-05;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:51:33:0:0:51:33:1:0 chr6 155596901 . T C,G 1778.61 PASS AF=0.97479,0.0252101;AO=111,6;DP=118;FAO=116,3;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=73,2;FSAR=43,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101844,-0.0106746;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=299.371,252.023;QD=59.7853;RBI=0.0333401,0.0324259;REFB=0,0;REVB=0.0317465,0.0306185;RO=0;SAF=69,4;SAR=42,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.61903e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00106906,0.033217;OID=.,.;OPOS=155596901,155596901;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:118:119:0:0:111,6:116,3:0.97479,0.0252101:42,2:69,4:0:0:43,1:73,2:0:0 chr6 155597147 . C T 3202.28 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222609;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.21;QD=61.5822;RBI=0.0235395;REFB=-0.0372942;REVB=-0.00765252;RO=0;SAF=103;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78195e-06;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:208:0:0:208:208:1:105:103:0:0:105:103:0:0 chr6 155606325 . C T 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.584;QD=60.1634;RBI=0.0235294;REFB=0;REVB=-0.00432769;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03642e-05;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:54:54:0:0:54:54:0:0 chr6 155750035 . C T 1696.17 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0526326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8971;QD=59.5146;RBI=0.0573846;REFB=-0.0391057;REVB=0.0228648;RO=1;SAF=66;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999513;STB=0.505262;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00336843;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:47:66:0:1:47:66:0:1 chr6 155761246 . G T 162.5 PASS AF=0.344262;AO=19;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0121082;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.035;QD=10.6557;RBI=0.0126817;REFB=-0.0112695;REVB=0.00377041;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625928;STB=0.53015;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0199216;OID=.;OPOS=155761246;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:19:21:0.344262:11:8:19:21:13:8:17:23 chr6 157405930 . G A 1207.09 PASS AF=0.392655;AO=139;DP=354;FAO=139;FDP=354;FR=.;FRO=215;FSAF=79;FSAR=60;FSRF=112;FSRR=103;FWDB=-0.00657701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.575;QD=13.6395;RBI=0.0200423;REFB=-0.00821158;REVB=0.0189324;RO=214;SAF=79;SAR=60;SRF=111;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542282;STB=0.529108;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0155697;OID=.;OPOS=157405930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:214:215:139:139:0.392655:60:79:111:103:60:79:112:103 chr6 157801040 . T A 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.061;QD=61.774;RBI=0.0818552;REFB=0;REVB=-0.00511484;RO=0;SAF=6;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88996e-05;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:118:6:0:0:118:6:0:0 chr6 157801186 . G A 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.854;QD=54.7461;RBI=0.0199024;REFB=-0.0232612;REVB=0.0139731;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229721;STB=0.51219;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000351203;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:33:20:1:0:33:20:1:0 chr6 157801516 . A G 4145.04 PASS AF=1;AO=263;DP=263;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.493;QD=62.5667;RBI=0.0155187;REFB=0;REVB=0.00828837;RO=0;SAF=105;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87933e-06;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:263:265:0:0:263:265:1:158:105:0:0:160:105:0:0 chr6 158132992 . G A 686.81 PASS AF=0.470968;AO=73;DP=155;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=0.00437576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5093;QD=17.7242;RBI=0.0395844;REFB=0.0143354;REVB=0.0393418;RO=82;SAF=38;SAR=35;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504919;STB=0.527943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0156192;OID=.;OPOS=158132992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:82:82:73:73:0.470968:35:38:47:35:35:38:47:35 chr6 158133074 . A AT 368.88 PASS AF=0.45;AO=61;DP=142;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0341383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.4426;QD=10.5394;RBI=0.0426349;REFB=-0.00537708;REVB=0.0255404;RO=80;SAF=33;SAR=28;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092171;STB=0.546758;STBP=0.346;TYPE=ins;VARB=0.0058345;OID=.;OPOS=158133075;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:61:142:63:140:77:34:29:35:42:99:80:33:28:36:44 chr6 158497717 . T C 441.92 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0142467;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4122;QD=19.0073;RBI=0.0355382;REFB=0.00409352;REVB=-0.0325576;RO=48;SAF=16;SAR=28;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22663;STB=0.631313;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00438185;OID=.;OPOS=158497717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:48:49:44:44:0.473118:28:16:29:19:28:16:30:19 chr6 158499302 . G T 1241.79 PASS AF=0.583333;AO=111;DP=191;FAO=112;FDP=192;FR=.;FRO=80;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.00177533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.284;QD=25.8705;RBI=0.0162884;REFB=-0.00835278;REVB=-0.0161914;RO=80;SAF=56;SAR=55;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641165;STB=0.532781;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00768531;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:80:80:111:112:0.583333:55:56:47:33:55:57:47:33 chr6 158505088 . A G 937.02 PASS AF=0.582781;AO=87;DP=150;FAO=88;FDP=151;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00234003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.375;QD=24.8216;RBI=0.00483117;REFB=-0.00106181;REVB=0.00422664;RO=63;SAF=43;SAR=44;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262205;STB=0.511825;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.000833614;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:63:63:87:88:0.582781:44:43:29:34:45:43:29:34 chr6 158507981 . G A 814.14 PASS AF=0.554745;AO=75;DP=138;FAO=76;FDP=137;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.01422;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7365;QD=23.7705;RBI=0.0265845;REFB=-0.0269657;REVB=0.0224617;RO=60;SAF=33;SAR=42;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089226;STB=0.54879;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0249551;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:60:61:75:76:0.554745:42:33:20:40:43:33:20:41 chr6 158509750 . A G 927.48 PASS AF=0.570513;AO=84;DP=151;FAO=89;FDP=156;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=61;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.113411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4114;QD=23.7816;RBI=0.120468;REFB=-0.0077296;REVB=-0.0406271;RO=67;SAF=23;SAR=61;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136767;STB=0.549538;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00633759;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:156:67:67:84:89:0.570513:61:23:28:39:61:28:28:39 chr6 158517308 . A G 205.15 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0196867;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3726;QD=22.1788;RBI=0.0248542;REFB=0.0034366;REVB=-0.0151712;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178195;STB=0.585828;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.003068;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:17:20:20:0.540541:13:7:10:8:13:7:9:8 chr6 158571501 . G A 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1789;QD=57.1003;RBI=0.0385839;REFB=0;REVB=-0.0291761;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421086;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr6 158735087 . C T 1606.9 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2151;QD=64.2758;RBI=0.0560986;REFB=0;REVB=-0.0477912;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398509;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:59:41:0:0:59:41:0:0 chr6 158735090 . T C 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00599627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.084;QD=59.9371;RBI=0.0213615;REFB=0;REVB=-0.0205027;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68936e-05;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:58:43:0:0:58:43:0:0 chr6 158870081 . A G 1061.84 PASS AF=0.601227;AO=98;DP=162;FAO=98;FDP=163;FR=.;FRO=65;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0115771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.287;QD=26.0574;RBI=0.0115922;REFB=0.0204733;REVB=-0.000592023;RO=64;SAF=45;SAR=53;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412793;STB=0.519408;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0135231;OID=.;OPOS=158870081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:64:65:98:98:0.601227:53:45:33:31:53:45:33:32 chr6 158914622 . G A 3566.8 PASS AF=0.50142;AO=352;DP=721;FAO=353;FDP=704;FR=.;FRO=351;FSAF=173;FSAR=180;FSRF=198;FSRR=153;FWDB=-0.0188984;FXX=0.026279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.424;QD=20.2659;RBI=0.0227582;REFB=-0.0189735;REVB=-0.0126802;RO=341;SAF=173;SAR=179;SRF=193;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671145;STB=0.536862;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0190795;OID=.;OPOS=158914622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:721:704:341:351:352:353:0.50142:179:173:193:148:180:173:198:153 chr6 158923434 . G C 964.02 PASS AF=0.471963;AO=101;DP=214;FAO=101;FDP=214;FR=.;FRO=113;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=0.00667976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8399;QD=18.019;RBI=0.0191433;REFB=-0.0121782;REVB=-0.01794;RO=108;SAF=44;SAR=57;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694734;STB=0.55051;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0120988;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:108:113:101:101:0.471963:57:44:55:53:57:44:60:53 chr6 158924088 . T C 1847.0 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000830425;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.03;QD=61.058;RBI=0.135615;REFB=0;REVB=0.135612;RO=0;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101412;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:53:67:0:0:54:67:0:0 chr6 158924595 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00182242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.088;QD=13.4417;RBI=0.00223138;REFB=-0.0383649;REVB=-0.00128756;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825183;STB=0.548295;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0387657;OID=.;OPOS=158924595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:3:10:7:3:3:10 chr6 158932817 . G C 671.91 PASS AF=0.565217;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0142928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9384;QD=23.3706;RBI=0.0681893;REFB=-0.00230679;REVB=0.0666746;RO=50;SAF=35;SAR=30;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147563;STB=0.508062;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00228433;OID=.;OPOS=158932817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:50:65:65:0.565217:30:35:26:24:30:35:26:24 chr6 159055990 . A T 120.19 PASS AF=0.236842;AO=17;DP=68;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0295986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.2677;QD=6.32559;RBI=0.0313578;REFB=-0.0843539;REVB=-0.0103555;RO=46;SAF=3;SAR=14;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270533;STB=0.602872;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.131544;OID=.;OPOS=159055990;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:76:46:58:17:18:0.236842:14:3:16:30:14:4:19:39 chr6 159065758 . C G 837.8 PASS AF=0.333333;AO=106;DP=318;FAO=106;FDP=318;FR=.;FRO=212;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=99;FSRR=113;FWDB=-0.0192757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.61;QD=10.5384;RBI=0.0206057;REFB=-0.0180313;REVB=-0.00728305;RO=212;SAF=46;SAR=60;SRF=99;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389131;STB=0.522267;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.040952;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:212:212:106:106:0.333333:60:46:99:113:60:46:99:113 chr6 159178345 . C T 3397.58 PASS AF=1;AO=207;DP=209;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725556;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2417;QD=61.7741;RBI=0.0725736;REFB=-0.0854249;REVB=0.00161696;RO=2;SAF=86;SAR=121;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109476;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207958;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:209:220:2:0:207:220:1:121:86:2:0:123:97:0:0 chr6 159398633 . T C 764.19 PASS AF=0.503401;AO=74;DP=147;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.00311622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.225;QD=20.7943;RBI=0.0187512;REFB=-0.0220187;REVB=0.0184904;RO=73;SAF=31;SAR=43;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104761;STB=0.557702;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0256323;OID=.;OPOS=159398633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:73:73:74:74:0.503401:43:31:39:34:43:31:39:34 chr6 159398700 . C T 841.0 PASS AF=0.526667;AO=79;DP=149;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.010389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.535;QD=22.4265;RBI=0.0154463;REFB=0.000889197;REVB=0.0114306;RO=70;SAF=36;SAR=43;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062576;STB=0.531036;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00109823;OID=.;OPOS=159398700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:70:71:79:79:0.526667:43:36:37:33:43:36:37:34 chr6 159398764 . G A 916.38 PASS AF=0.529412;AO=89;DP=169;FAO=90;FDP=170;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0187493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6057;QD=21.5619;RBI=0.0464559;REFB=-0.0058169;REVB=-0.0425043;RO=80;SAF=38;SAR=51;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106757;STB=0.555062;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00365958;OID=.;OPOS=159398764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:80:80:89:90:0.529412:51:38:44:36:51:39:44:36 chr6 159399348 . A G 158.57 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0149205;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.83;QD=15.1017;RBI=0.0258402;REFB=-0.00192897;REVB=-0.0210972;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132462;STB=0.576513;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00150603;OID=.;OPOS=159399348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:10:15:8:9:10:15 chr6 159407446 . C T 734.16 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.000991619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.418;QD=19.4479;RBI=0.00437355;REFB=0.014506;REVB=0.00425965;RO=76;SAF=39;SAR=36;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542693;STB=0.529902;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0159082;OID=.;OPOS=159407446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:76:76:75:75:0.496689:36:39:35:41:36:39:35:41 chr6 159414899 . T C 491.12 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00159342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.232;QD=19.8433;RBI=0.00641317;REFB=0.00809758;REVB=-0.00621206;RO=51;SAF=25;SAR=23;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262297;STB=0.514557;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00579965;OID=.;OPOS=159414899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:23:25:28:23:23:25:28:23 chr6 159420574 . T C 536.33 PASS AF=0.504505;AO=55;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0316622;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.513;QD=19.3272;RBI=0.0367501;REFB=-0.0237564;REVB=-0.0186568;RO=53;SAF=24;SAR=31;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192774;STB=0.514507;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0247539;OID=.;OPOS=159420574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:55:55:56:0.504505:31:24:22:31:32:24:22:33 chr6 159650978 . A G 3106.42 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.895;QD=63.7214;RBI=0.0326384;REFB=0;REVB=0.0177343;RO=0;SAF=92;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144964;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:195:0:0:194:195:1:102:92:0:0:103:92:0:0 chr6 159670100 . A G 769.05 PASS AF=0.855072;AO=59;DP=70;FAO=59;FDP=69;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.00189979;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.661;QD=44.5825;RBI=0.055784;REFB=0.00312279;REVB=0.0557516;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.596121;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000132047;OID=.;OPOS=159670100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:69:0:10:59:59:0.855072:38:21:0:0:38:21:10:0 chr6 159692405 . C T 4169.58 PASS AF=1;AO=267;DP=268;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219239;FXX=0.00743467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.879;QD=62.4656;RBI=0.0250373;REFB=0;REVB=0.0120917;RO=0;SAF=142;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71568e-05;OID=.;OPOS=159692405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:268:267:0:0:267:267:1:125:142:0:0:124:143:0:0 chr6 160114168 . T C 1535.5 PASS AF=0.460227;AO=162;DP=352;FAO=162;FDP=352;FR=.;FRO=190;FSAF=90;FSAR=72;FSRF=110;FSRR=80;FWDB=-0.0428542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0679;QD=17.4489;RBI=0.110493;REFB=-0.0160795;REVB=-0.101845;RO=186;SAF=90;SAR=72;SRF=110;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035351;STB=0.512819;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0169016;OID=.;OPOS=160114168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:186:190:162:162:0.460227:72:90:110:76:72:90:110:80 chr6 160169258 . G T 646.62 PASS AF=0.440994;AO=71;DP=161;FAO=71;FDP=161;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=0.00740184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.536;QD=16.0652;RBI=0.00911209;REFB=0.00137771;REVB=-0.00531441;RO=90;SAF=39;SAR=32;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159866;STB=0.588936;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00123518;OID=.;OPOS=160169258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:90:90:71:71:0.440994:32:39:35:55:32:39:35:55 chr6 160182617 . C T 762.26 PASS AF=0.416244;AO=82;DP=198;FAO=82;FDP=197;FR=.;FRO=115;FSAF=20;FSAR=62;FSRF=26;FSRR=89;FWDB=-0.0114569;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6533;QD=15.4773;RBI=0.0285718;REFB=-0.0402072;REVB=0.0261742;RO=115;SAF=20;SAR=62;SRF=26;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025605;STB=0.514302;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0820196;OID=.;OPOS=160182617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:115:115:82:82:0.416244:62:20:26:89:62:20:26:89 chr6 160198359 . C T 628.05 PASS AF=0.451389;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.017719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9323;QD=17.4457;RBI=0.018488;REFB=-0.00845178;REVB=-0.00527651;RO=77;SAF=31;SAR=34;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667731;STB=0.529993;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00824339;OID=.;OPOS=160198359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:77:79:65:65:0.451389:34:31:42:35:34:31:42:37 chr6 160201295 . C A 315.59 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00612926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.926;QD=15.0279;RBI=0.0163752;REFB=-0.01728;REVB=-0.0151848;RO=49;SAF=17;SAR=18;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067231;STB=0.538022;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.02728;OID=.;OPOS=160201295;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:18:17:27:22:18:17:27:22 chr6 160206716 . T C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0289242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6333;QD=8.73785;RBI=0.0289265;REFB=0.0199481;REVB=-0.000367545;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452536;STB=0.788843;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0270874;OID=.;OPOS=160206716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:2:7:7:12:2:7:7:13 chr6 160211636 . G A 1184.03 PASS AF=0.324094;AO=151;DP=469;FAO=152;FDP=469;FR=.;FRO=317;FSAF=67;FSAR=85;FSRF=144;FSRR=173;FWDB=0.00307609;FXX=0.00212761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.049;QD=10.0983;RBI=0.0198963;REFB=-0.0048745;REVB=0.0196571;RO=316;SAF=67;SAR=84;SRF=144;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143083;STB=0.509212;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00936124;OID=.;OPOS=160211636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:469:469:316:317:151:152:0.324094:84:67:144:172:85:67:144:173 chr6 160211645 . GGTT G 666.41 PASS AF=0.327273;AO=104;DP=427;FAO=144;FDP=440;FR=.;FRO=296;FSAF=58;FSAR=86;FSRF=130;FSRR=166;FWDB=0.0139255;FXX=0.0243897;HRUN=5;LEN=3;MLLD=282.511;QD=6.0583;RBI=0.0166852;REFB=-0.00484361;REVB=0.0091911;RO=282;SAF=50;SAR=54;SRF=122;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060108;STB=0.525204;STBP=0.474;TYPE=del;VARB=0.00847261;OID=.;OPOS=160211646;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327273:104:427:144:440:296:58:86:130:166:99:282:50:54:122:160 chr6 160224346 . T C 148.06 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.021849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.206;QD=9.40067;RBI=0.0399417;REFB=0.000291923;REVB=0.0334359;RO=43;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265872;STB=0.657032;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.000412198;OID=.;OPOS=160224346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:7:13:18:25:7:13:18:25 chr6 160234625 . G C 1246.27 PASS AF=0.567839;AO=112;DP=198;FAO=113;FDP=199;FR=.;FRO=86;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.0291577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3071;QD=25.0507;RBI=0.0693339;REFB=-0.0027976;REVB=0.0629048;RO=86;SAF=49;SAR=63;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590155;STB=0.501494;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00240835;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:86:86:112:113:0.567839:63:49:37:49:64:49:37:49 chr6 160328620 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.38;QD=57.237;RBI=0.00623071;REFB=0;REVB=0.00525218;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67144e-05;OID=.;OPOS=160328620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr6 160448324 . C G 406.83 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0240174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0481;QD=17.4979;RBI=0.041907;REFB=-0.0112849;REVB=-0.0343418;RO=50;SAF=21;SAR=21;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505374;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0153638;OID=.;OPOS=160448324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:51:42:42:0.451613:21:21:25:25:21:21:26:25 chr6 160453978 . A G 279.69 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=84;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00543379;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.275;QD=13.4788;RBI=0.0055998;REFB=-0.00303393;REVB=0.00135338;RO=49;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472854;STB=0.503826;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00330096;OID=.;OPOS=160453978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:49:51:31:32:0.385542:17:14:20:29:18:14:22:29 chr6 160464289 . G A 889.26 PASS AF=0.4;AO=102;DP=255;FAO=102;FDP=255;FR=.;FRO=153;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=57;FSRR=96;FWDB=0.00347574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.874;QD=13.9492;RBI=0.0145975;REFB=-0.0172132;REVB=-0.0141777;RO=151;SAF=50;SAR=52;SRF=57;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120677;STB=0.570798;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0203011;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:151:153:102:102:0.4:52:50:57:94:52:50:57:96 chr6 160468278 . A G 1950.23 PASS AF=1;AO=125;DP=128;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221493;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7995;QD=59.0978;RBI=0.0556674;REFB=-0.106289;REVB=0.0510712;RO=1;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736657;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0052444;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:132:1:0:125:132:1:64:61:0:1:71:61:0:0 chr6 160494409 . A G 3005.53 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.146;QD=63.2743;RBI=0.0121176;REFB=0;REVB=0.0106643;RO=0;SAF=76;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53106e-05;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:190:0:0:188:190:1:112:76:0:0:112:78:0:0 chr6 160505199 . C G 1548.47 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.913;QD=58.4329;RBI=0.0680806;REFB=0;REVB=0.0208958;RO=0;SAF=42;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244416;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:106:0:0:104:106:1:62:42:0:0:62:44:0:0 chr6 160505207 . A G 207.01 PASS AF=0.28866;AO=27;DP=96;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0107443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.444;QD=8.53629;RBI=0.0107465;REFB=-0.00649601;REVB=-0.000221154;RO=69;SAF=10;SAR=17;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631512;STB=0.547547;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0179811;OID=.;OPOS=160505207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:69:69:27:28:0.28866:17:10:29:40:18:10:29:40 chr6 160517481 . C T 800.92 PASS AF=0.395652;AO=91;DP=230;FAO=91;FDP=230;FR=.;FRO=139;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=72;FSRR=67;FWDB=-0.0287985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.742;QD=13.9291;RBI=0.0365005;REFB=-0.010489;REVB=-0.0224261;RO=139;SAF=48;SAR=43;SRF=72;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102266;STB=0.505746;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0216799;OID=.;OPOS=160517481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:139:139:91:91:0.395652:43:48:72:67:43:48:72:67 chr6 160524773 . T A 285.32 PASS AF=0.5;AO=20;DP=58;FAO=28;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0547305;FXX=0.0344768;HRUN=9;LEN=1;MLLD=27.0698;QD=20.3796;RBI=0.0653818;REFB=-0.0463743;REVB=0.035768;RO=18;SAF=16;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260883;STB=0.660651;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0138023;OID=.;OPOS=160524773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:58:56:18:21:20:28:0.5:4:16:10:8:6:22:10:11 chr6 160526904 . TCAAA T 231.52 PASS AF=0.307692;AO=30;DP=106;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.000560036;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=4;MLLD=246.037;QD=8.90461;RBI=0.0145927;REFB=0.0041666;REVB=0.014582;RO=67;SAF=14;SAR=16;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20496;STB=0.567266;STBP=0.35;TYPE=del;VARB=-0.00857932;OID=.;OPOS=160526905;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:30:106:32:104:72:16:16:43:29:99:67:14:16:43:24 chr6 160543123 . T C 604.38 PASS AF=0.252336;AO=22;DP=109;FAO=27;FDP=107;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=41;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0323116;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.3866;QD=22.5937;RBI=0.0640814;REFB=0.00873109;REVB=0.0553388;RO=41;SAF=4;SAR=18;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177449;STB=0.502616;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0332937;OID=.;OPOS=160543123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:41:41:22:27:0.252336:18:4:12:29:19:8:12:29 chr6 160551204 . G C 3731.27 PASS AF=1;AO=232;DP=240;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454729;FXX=0.0408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.414;QD=63.511;RBI=0.0530035;REFB=0;REVB=0.0272322;RO=0;SAF=108;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.33126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106599;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:240:235:0:0:232:235:1:124:108:0:0:126:109:0:0 chr6 160560845 . A G 2308.53 PASS AF=1;AO=151;DP=154;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632773;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.685;QD=60.7508;RBI=0.0632928;REFB=0;REVB=-0.00139866;RO=0;SAF=58;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0586e-05;OID=.;OPOS=160560845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:152:0:0:151:152:1:93:58:0:0:94:58:0:0 chr6 160560897 . CTGGTAAGT C 881.3 PASS AF=0.807229;AO=65;DP=78;FAO=67;FDP=83;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=51;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00503867;FXX=0.0777691;HRUN=1;LEN=8;MLLD=297.216;QD=42.4721;RBI=0.0119599;REFB=0.00299274;REVB=-0.0108467;RO=0;SAF=14;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.564555;STBP=0.036;TYPE=del;VARB=-0.000508249;OID=.;OPOS=160560898;OREF=TGGTAAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.807229:65:78:67:83:16:16:51:8:8:97:0:14:51:0:0 chr6 160645832 . C T 874.6 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.047733;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.776;QD=56.4256;RBI=0.0481802;REFB=-0.106174;REVB=-0.00654952;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000478431;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:0:1:61:61:0.983871:37:24:0:0:37:24:1:0 chr6 160670282 . A C 2663.32 PASS AF=0.545259;AO=253;DP=459;FAO=253;FDP=464;FR=.;FRO=211;FSAF=134;FSAR=119;FSRF=85;FSRR=126;FWDB=-0.000493274;FXX=0.00215049;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.933;QD=22.9597;RBI=0.000523632;REFB=-0.0316397;REVB=-0.000175702;RO=206;SAF=134;SAR=119;SRF=81;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112448;STB=0.557466;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0319872;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:459:464:206:211:253:253:0.545259:119:134:81:125:119:134:85:126 chr6 160769811 . C T 222.62 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0171521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.163;QD=12.9055;RBI=0.0256538;REFB=-0.00365345;REVB=-0.0190767;RO=42;SAF=21;SAR=5;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552141;STB=0.818915;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0046619;OID=.;OPOS=160769811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:42:26:27:0.391304:5:21:12:30:5:22:12:30 chr6 160858188 . G A 996.11 PASS AF=0.464286;AO=104;DP=224;FAO=104;FDP=224;FR=.;FRO=120;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=-0.00990285;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.838;QD=17.7877;RBI=0.0106611;REFB=0.000977678;REVB=-0.00394881;RO=119;SAF=52;SAR=52;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284011;STB=0.512715;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00108324;OID=.;OPOS=160858188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:119:120:104:104:0.464286:52:52:63:56:51:53:64:56 chr6 160872151 . C T 429.68 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.00459747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.467;QD=14.5654;RBI=0.00677672;REFB=-0.00656606;REVB=0.00497867;RO=69;SAF=20;SAR=29;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284271;STB=0.516008;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0107781;OID=.;OPOS=160872151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:69:49:49:0.415254:29:20:30:39:29:20:30:39 chr6 160961137 . T C 731.77 PASS AF=0.40404;AO=80;DP=198;FAO=80;FDP=198;FR=.;FRO=118;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=68;FWDB=-0.000762975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.025;QD=14.7832;RBI=0.0336446;REFB=0.000591977;REVB=0.0336359;RO=117;SAF=39;SAR=41;SRF=49;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729791;STB=0.538092;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.000789222;OID=.;OPOS=160961137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:117:118:80:80:0.40404:41:39:49:68:41:39:50:68 chr6 161007496 . G C 663.69 PASS AF=0.384615;AO=74;DP=194;FAO=75;FDP=195;FR=.;FRO=120;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=65;FSRR=55;FWDB=0.00958395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.083;QD=13.6141;RBI=0.0118921;REFB=-0.0177734;REVB=-0.00704066;RO=110;SAF=32;SAR=42;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723661;STB=0.562509;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0261408;OID=.;OPOS=161007496;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:110:120:74:75:0.384615:42:32:55:55:42:33:65:55 chr6 161007538 . G C 577.31 PASS AF=0.336406;AO=73;DP=217;FAO=73;FDP=217;FR=.;FRO=144;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=78;FSRR=66;FWDB=-0.0228883;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.014;QD=10.6417;RBI=0.036677;REFB=-0.00910974;REVB=0.0286588;RO=140;SAF=26;SAR=47;SRF=74;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20132;STB=0.62455;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0274241;OID=.;OPOS=161007538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:140:144:73:73:0.336406:47:26:74:66:47:26:78:66 chr6 161032668 . A G 307.9 PASS AF=0.244681;AO=46;DP=188;FAO=46;FDP=188;FR=.;FRO=142;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=74;FSRR=68;FWDB=-0.0121759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.098;QD=6.55108;RBI=0.0172498;REFB=-0.000111805;REVB=0.012219;RO=141;SAF=21;SAR=25;SRF=73;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767261;STB=0.548731;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.000263776;OID=.;OPOS=161032668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:141:142:46:46:0.244681:25:21:73:68:25:21:74:68 chr6 161085267 . C T 600.66 PASS AF=0.417178;AO=66;DP=161;FAO=68;FDP=163;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.0108512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.562;QD=14.7402;RBI=0.0219522;REFB=-0.00649619;REVB=-0.0190828;RO=95;SAF=28;SAR=38;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303558;STB=0.506757;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00978273;OID=.;OPOS=161085267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:95:95:66:68:0.417178:38:28:43:52:38:30:43:52 chr6 161173946 . T G 5733.07 PASS AF=1;AO=359;DP=359;FAO=367;FDP=367;FR=.;FRO=0;FSAF=200;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.861;QD=62.4858;RBI=0.019848;REFB=0;REVB=0.0187791;RO=0;SAF=195;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81109e-05;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:359:367:0:0:359:367:1:164:195:0:0:167:200:0:0 chr6 161469774 . G A 1006.37 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129176;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6047;QD=60.0817;RBI=0.0164542;REFB=0;REVB=-0.0101921;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306463;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr6 161538250 . G A 4311.69 PASS AF=1;AO=272;DP=279;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305969;FXX=0.0320273;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.07;QD=63.4072;RBI=0.0594694;REFB=0;REVB=0.0509945;RO=0;SAF=145;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32859e-05;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:279:272:0:0:272:272:1:127:145:0:0:127:145:0:0 chr6 161790964 . C T 1015.16 PASS AF=0.57485;AO=96;DP=167;FAO=96;FDP=167;FR=.;FRO=71;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0118265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.839;QD=24.3152;RBI=0.0225585;REFB=-0.0044215;REVB=-0.0192099;RO=71;SAF=55;SAR=41;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521642;STB=0.528372;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00377262;OID=.;OPOS=161790964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:71:71:96:96:0.57485:41:55:36:35:41:55:36:35 chr6 161807855 . C G 4150.27 PASS AF=1;AO=246;DP=246;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.244;QD=62.1763;RBI=0.0562267;REFB=0;REVB=0.0557766;RO=0;SAF=110;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.6708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43589e-05;OID=.;OPOS=161807855;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:246:267:0:0:246:267:1:136:110:0:0:156:111:0:0 chr6 162137099 . CATCTT C 746.46 PASS AF=0.470238;AO=73;DP=171;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.00282395;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=5;MLLD=287.516;QD=17.7728;RBI=0.00339534;REFB=-0.00628246;REVB=-0.00188511;RO=87;SAF=30;SAR=43;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374292;STB=0.510264;STBP=0.809;TYPE=del;VARB=0.00667833;OID=.;OPOS=162137100;OREF=ATCTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470238:73:171:79:168:89:34:45:40:49:99:87:30:43:39:48 chr6 163587146 . C G 686.19 PASS AF=0.395122;AO=74;DP=199;FAO=81;FDP=205;FR=.;FRO=124;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=72;FSRR=52;FWDB=-0.0184222;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.769;QD=13.389;RBI=0.0192841;REFB=-0.0146678;REVB=0.00570089;RO=121;SAF=43;SAR=31;SRF=70;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00289339;STB=0.507868;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0339259;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:205:121:124:74:81:0.395122:31:43:70:51:35:46:72:52 chr6 163587266 . C A 507.31 PASS AF=0.326425;AO=63;DP=194;FAO=63;FDP=193;FR=.;FRO=130;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=0.015251;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.804;QD=10.5141;RBI=0.0225464;REFB=-0.00823433;REVB=0.0166056;RO=128;SAF=31;SAR=32;SRF=64;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00924417;STB=0.505345;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.019856;OID=.;OPOS=163587266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:128:130:63:63:0.326425:32:31:64:64:32:31:65:65 chr6 163612783 . C A 346.03 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=32;FWDB=0.0268089;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3247;QD=19.2238;RBI=0.071925;REFB=0.0111625;REVB=0.066742;RO=36;SAF=3;SAR=33;SRF=4;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753844;STB=0.542228;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0100397;OID=.;OPOS=163612783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:36:36:36:36:0.5:33:3:4:32:33:3:4:32 chr6 163736204 . T C 435.64 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00104879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.802;QD=18.5379;RBI=0.00667759;REFB=-0.00313752;REVB=-0.00659471;RO=50;SAF=20;SAR=24;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333475;STB=0.518583;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00294099;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:24:20:21:29:24:20:21:29 chr6 163986964 . C A 132.69 PASS AF=0.176471;AO=24;DP=134;FAO=24;FDP=136;FR=.;FRO=112;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=-0.00832835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.778;QD=3.90254;RBI=0.0135554;REFB=-0.00407636;REVB=-0.0106952;RO=110;SAF=10;SAR=14;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837769;STB=0.561677;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0178451;OID=.;OPOS=163986964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:110:112:24:24:0.176471:14:10:53:57:14:10:55:57 chr6 166308198 . A G 1460.7 PASS AF=0.38009;AO=165;DP=440;FAO=168;FDP=442;FR=.;FRO=274;FSAF=72;FSAR=96;FSRF=132;FSRR=142;FWDB=-0.00783668;FXX=0.0045044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.043;QD=13.219;RBI=0.00944853;REFB=-0.00717486;REVB=0.00527837;RO=275;SAF=71;SAR=94;SRF=133;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597696;STB=0.533329;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0112677;OID=.;OPOS=166308198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:440:442:275:274:165:168:0.38009:94:71:133:142:96:72:132:142 chr6 166309245 . A T 823.84 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00429948;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.921;QD=55.8534;RBI=0.00682951;REFB=-0.0329518;REVB=0.0053063;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136737;STB=0.507244;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=5.33961e-06;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:58:58:0.983051:34:24:0:1:34:24:0:1 chr6 166309249 . G T 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.0049;QD=57.0997;RBI=0.0345618;REFB=0;REVB=-0.0238444;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284375;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr6 166309288 . T C 911.75 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7331;QD=57.8892;RBI=0.027383;REFB=0;REVB=0.00100774;RO=0;SAF=14;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023267;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:48:14:0:0:48:15:0:0 chr6 166309667 . G C 664.7 PASS AF=0.610526;AO=56;DP=96;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00297101;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.909;QD=27.9874;RBI=0.0147739;REFB=-0.0113973;REVB=0.014472;RO=37;SAF=24;SAR=32;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428561;STB=0.514991;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00762004;OID=.;OPOS=166309667;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:37:37:56:58:0.610526:32:24:18:19:32:26:18:19 chr6 166571157 . G A,T 1326.76 PASS AF=0.977011,0.0229885;AO=79,6;DP=86;FAO=85,2;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40,1;FSAR=45,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175115,-0.0120507;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.552,19.4574;QD=61.0006;RBI=0.0334744,0.0588813;REFB=0,0;REVB=0.0285286,-0.057635;RO=0;SAF=38,1;SAR=41,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000262023,0.0573831;OID=.,.;OPOS=166571157,166571157;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:86:87:0:0:79,6:85,2:0.977011,0.0229885:41,5:38,1:0:0:45,1:40,1:0:0 chr6 166571164 . T G 1293.68 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0258759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.182;QD=59.4795;RBI=0.0268167;REFB=-0.128294;REVB=0.0070409;RO=1;SAF=39;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011992;STB=0.512497;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00138044;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:1:2:85:85:0.977011:46:39:1:0:46:39:2:0 chr6 166572005 . T C 2549.3 PASS AF=0.994012;AO=164;DP=165;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00172563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.864;QD=61.0612;RBI=0.0543165;REFB=0.0856771;REVB=-0.0542891;RO=1;SAF=75;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531702;STB=0.502793;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000325656;OID=.;OPOS=166572005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:167:1:1:164:166:0.994012:89:75:0:1:89:77:0:1 chr6 166579270 . C T 664.56 PASS AF=0.534884;AO=62;DP=119;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0083515;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.231;QD=20.6066;RBI=0.00960781;REFB=0.00891289;REVB=0.00474998;RO=57;SAF=22;SAR=40;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775288;STB=0.550446;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00810267;OID=.;OPOS=166579270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:129:57:60:62:69:0.534884:40:22:25:32:47:22:25:35 chr6 166580188 . G A 602.86 PASS AF=0.476923;AO=60;DP=129;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0112965;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.109;QD=18.5496;RBI=0.0151206;REFB=-0.0231347;REVB=0.0100509;RO=69;SAF=25;SAR=35;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115786;STB=0.557981;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0200038;OID=.;OPOS=166580188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:69:68:60:62:0.476923:35:25:37:32:36:26:36:32 chr6 166720806 . G C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.617;QD=37.4871;RBI=0.0203724;REFB=0;REVB=-0.012479;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00228541;OID=.;OPOS=166720806;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 166721211 . G T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0076013;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.106;QD=56.9569;RBI=0.00805173;REFB=0;REVB=-0.00265531;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.173e-05;OID=.;OPOS=166721211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr6 166721224 . C G 724.39 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.754;QD=54.6711;RBI=0.0247935;REFB=-0.00924073;REVB=0.0207091;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=2.34374e-05;OID=.;OPOS=166721224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:0:1:29:23:0:1 chr6 166736362 . C T 492.42 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00944685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.231;QD=20.0987;RBI=0.0222606;REFB=0.00503265;REVB=0.0201567;RO=49;SAF=23;SAR=25;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650582;STB=0.540582;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00409007;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:25:23:20:29:25:23:20:30 chr6 166739646 . T C 118.3 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0117487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.36;QD=12.7892;RBI=0.0138675;REFB=-0.00700287;REVB=-0.00736709;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266846;STB=0.654953;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0188548;OID=.;OPOS=166739646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:23:14:14:0.378378:9:5:13:8:9:5:14:9 chr6 166739684 . G A 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.87;QD=58.5802;RBI=0.0207703;REFB=0;REVB=-0.00382321;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.92908e-05;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr6 166755975 . T C 3819.02 PASS AF=1;AO=233;DP=239;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759427;FXX=0.0122444;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.382;QD=63.1242;RBI=0.00824664;REFB=0;REVB=-0.00321466;RO=0;SAF=87;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.63171e-06;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:239:242:0:0:233:242:1:146:87:0:0:149:93:0:0 chr6 166755979 . A C 3853.29 PASS AF=1;AO=242;DP=242;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.044;QD=63.6908;RBI=0.0114445;REFB=0;REVB=-0.00776653;RO=0;SAF=91;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73221e-06;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:242:0:0:242:242:1:151:91:0:0:151:91:0:0 chr6 166778679 . T G 1405.45 PASS AF=0.97;AO=93;DP=98;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0133006;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9085;QD=56.2182;RBI=0.0963973;REFB=0.0127128;REVB=0.0954753;RO=3;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287087;STB=0.514016;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=6.75522e-05;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:100:3:3:93:97:0.97:48:45:0:3:52:45:0:3 chr6 166826255 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.489;QD=57.7123;RBI=0.0239287;REFB=0;REVB=-0.0110966;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56894e-05;OID=.;OPOS=166826255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr6 166826304 . T C,G 1007.55 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=65,4;DP=69;FAO=66,3;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35,3;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242858,0.00224977;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.315,70.6832;QD=58.4088;RBI=0.0303189,0.0179027;REFB=0,0;REVB=-0.0181503,-0.0177608;RO=0;SAF=34,4;SAR=31,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.90682e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00142911,0.105464;OID=.,.;OPOS=166826304,166826304;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:69:69:0:0:65,4:66,3:0.956522,0.0434783:31,0:34,4:0:0:31,0:35,3:0:0 chr6 166952264 . G A 1677.33 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.622;QD=60.4443;RBI=0.0116784;REFB=0;REVB=-0.00748416;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75236e-05;OID=.;OPOS=166952264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:57:54:0:0:57:54:0:0 chr6 167040463 . A G 916.83 PASS AF=0.455814;AO=99;DP=215;FAO=98;FDP=215;FR=.;FRO=117;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=0.0299767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3125;QD=17.0573;RBI=0.0314569;REFB=-0.0092351;REVB=-0.0095358;RO=116;SAF=49;SAR=50;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030128;STB=0.521817;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0127594;OID=.;OPOS=167040463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:116:117:99:98:0.455814:50:49:61:55:50:48:62:55 chr6 167271711 . T C 1156.28 PASS AF=0.6;AO=103;DP=175;FAO=105;FDP=175;FR=.;FRO=70;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0170449;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.046;QD=26.4293;RBI=0.0239182;REFB=-0.0186622;REVB=0.0167796;RO=66;SAF=47;SAR=56;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316659;STB=0.507644;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.016527;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:66:70:103:105:0.6:56:47:33:33:56:49:34:36 chr6 167271716 . T C 1125.15 PASS AF=0.595376;AO=102;DP=171;FAO=103;FDP=173;FR=.;FRO=70;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.00079245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.384;QD=26.015;RBI=0.00258844;REFB=-0.0185007;REVB=0.00246415;RO=69;SAF=47;SAR=55;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238918;STB=0.507996;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0118131;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:69:70:102:103:0.595376:55:47:34:35:55:48:34:36 chr6 167352104 . C A,T 1840.45 PASS AF=0.926829,0.0731707;AO=117,6;DP=123;FAO=114,9;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=54,0;FSAR=60,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265054,-0.0385482;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=115.811,10.2452;QD=59.8521;RBI=0.050307,0.0484601;REFB=0,0;REVB=0.0427581,0.0293669;RO=0;SAF=54,0;SAR=63,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00209308,0.208578;OID=.,.;OPOS=167352104,167352104;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:123:123:0:0:117,6:114,9:0.926829,0.0731707:63,6:54,0:0:0:60,9:54,0:0:0 chr6 167549775 . T C 809.13 PASS AF=0.525974;AO=81;DP=154;FAO=81;FDP=154;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.02361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.707;QD=21.0162;RBI=0.0247794;REFB=-0.00864794;REVB=0.00752248;RO=69;SAF=43;SAR=38;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00769698;STB=0.511408;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00567363;OID=.;OPOS=167549775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:69:73:81:81:0.525974:38:43:36:33:38:43:37:36 chr6 167550042 . C T 2373.42 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0011281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.179;QD=63.2911;RBI=0.052433;REFB=-0.139569;REVB=0.0524208;RO=0;SAF=79;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503546;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000146377;OID=.;OPOS=167550042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:0:1:149:149:0.993333:70:79:0:0:70:79:0:1 chr6 167571048 . T C 3688.17 PASS AF=1;AO=234;DP=235;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629011;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1496;QD=63.0456;RBI=0.00884959;REFB=-0.0715613;REVB=0.00622493;RO=1;SAF=98;SAR=136;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00349148;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61873e-05;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:235:234:1:0:234:234:1:136:98:0:1:136:98:0:0 chr6 167590541 . G A 865.66 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5733;QD=57.7104;RBI=0.0669378;REFB=0;REVB=-0.0610669;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256102;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:35:25:0:0 chr6 167590574 . G C 594.47 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.368;QD=60.9708;RBI=0.0182896;REFB=0;REVB=-0.00249962;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38276e-05;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr6 167591956 . C T 388.69 PASS AF=0.228782;AO=62;DP=272;FAO=62;FDP=271;FR=.;FRO=209;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=162;FWDB=-0.000381769;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1844;QD=5.73716;RBI=0.128232;REFB=0.00873636;REVB=0.128232;RO=203;SAF=20;SAR=42;SRF=47;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142145;STB=0.591792;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0301681;OID=.;OPOS=167591956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:203:209:62:62:0.228782:42:20:47:156:42:20:47:162 chr6 167592524 . T C 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.128;QD=60.8816;RBI=0.0557648;REFB=0;REVB=0.0550377;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81212e-05;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr6 167592576 . G A 1551.27 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8327;QD=62.6774;RBI=0.0247075;REFB=-0.11438;REVB=-0.0236737;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191975;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:99:0:0:98:99:1:54:44:0:0:55:44:0:0 chr6 167719436 . G A 824.65 PASS AF=0.491228;AO=84;DP=173;FAO=84;FDP=171;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=-0.00402361;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.036;QD=19.29;RBI=0.0116801;REFB=-0.0180252;REVB=0.0109652;RO=84;SAF=41;SAR=43;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972322;STB=0.555635;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0165693;OID=.;OPOS=167719436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:171:84:87:84:84:0.491228:43:41:50:34:43:41:52:35 chr6 167728774 . TGT CAC,CGT 1042.38 PASS AF=0.520548,0.479452;AO=38,30;DP=78;FAO=38,35;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=21,14;FSAR=17,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00120025,0.00871779;FXX=0.0759398;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=120.527,84.4344;QD=57.1167;RBI=0.0126286,0.0134907;REFB=0,0;REVB=0.0125715,-0.0102956;RO=0;SAF=21,11;SAR=17,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.53998e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00237311,-0.001034;OID=.,.;OPOS=167728774,167728774;OREF=TGT,T;OALT=CAC,C;OMAPALT=CAC,CGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:78:73:0:0:38,30:38,35:0.520548,0.479452:17,19:21,11:0:0:17,21:21,14:0:0 chr6 167753691 . C T 1447.87 PASS AF=0.436111;AO=156;DP=360;FAO=157;FDP=360;FR=.;FRO=203;FSAF=70;FSAR=87;FSRF=82;FSRR=121;FWDB=0.0584218;FXX=0.00552471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3832;QD=16.0875;RBI=0.0585014;REFB=-0.00155119;REVB=-0.00304987;RO=203;SAF=70;SAR=86;SRF=82;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463907;STB=0.52404;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00275208;OID=.;OPOS=167753691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:360:203:203:156:157:0.436111:86:70:82:121:87:70:82:121 chr6 167754661 . A G 1510.64 PASS AF=0.990385;AO=98;DP=99;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00456042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.264;QD=58.1015;RBI=0.0159724;REFB=-0.016589;REVB=0.0153075;RO=1;SAF=48;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097792;STB=0.504853;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000123891;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:104:1:1:98:103:0.990385:50:48:1:0:52:51:1:0 chr6 167754702 . C T 1701.33 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.44;QD=60.224;RBI=0.0318931;REFB=0;REVB=-0.0179504;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585294;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:110:113:1:53:57:0:0:53:60:0:0 chr6 167796280 . C T 645.86 PASS AF=0.371859;AO=73;DP=199;FAO=74;FDP=199;FR=.;FRO=125;FSAF=51;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=63;FWDB=-0.00143021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.097;QD=12.9821;RBI=0.00869495;REFB=-0.00156584;REVB=-0.00857651;RO=125;SAF=50;SAR=23;SRF=62;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220142;STB=0.627881;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00264896;OID=.;OPOS=167796280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:125:125:73:74:0.371859:23:50:62:63:23:51:62:63 chr6 167796309 . C T 617.1 PASS AF=0.364078;AO=75;DP=206;FAO=75;FDP=206;FR=.;FRO=131;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=0.0147889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.048;QD=11.9825;RBI=0.0179816;REFB=-0.00853419;REVB=-0.0102287;RO=130;SAF=53;SAR=22;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269113;STB=0.651419;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0132601;OID=.;OPOS=167796309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:130:131:75:75:0.364078:22:53:62:68:22:53:63:68 chr6 167796319 . T C 707.71 PASS AF=0.40099;AO=79;DP=200;FAO=81;FDP=202;FR=.;FRO=121;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=62;FWDB=-0.0138784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.143;QD=14.0141;RBI=0.016913;REFB=-0.00257037;REVB=0.00966649;RO=119;SAF=54;SAR=25;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228092;STB=0.611656;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0139653;OID=.;OPOS=167796319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:119:121:79:81:0.40099:25:54:57:62:27:54:59:62 chr6 167797844 . C T 2868.47 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01895;FXX=0.00543449;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.629;QD=62.6988;RBI=0.0195773;REFB=-0.0826868;REVB=-0.00491581;RO=0;SAF=92;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08703e-06;OID=.;OPOS=167797844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:183:0:0:183:183:1:91:92:0:0:91:92:0:0 chr6 168323664 . A G 728.96 PASS AF=0.632653;AO=62;DP=98;FAO=62;FDP=98;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0521521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7145;QD=29.7535;RBI=0.0718104;REFB=-0.00141964;REVB=-0.0493649;RO=36;SAF=31;SAR=31;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056448;STB=0.530602;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.000235854;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:36:36:62:62:0.632653:31:31:21:15:31:31:21:15 chr6 168343838 . T C 727.42 PASS AF=0.510791;AO=71;DP=139;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.0132527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5919;QD=20.9329;RBI=0.0381654;REFB=-0.0112138;REVB=0.0357906;RO=68;SAF=34;SAR=37;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467958;STB=0.52573;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00904902;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:68:68:71:71:0.510791:37:34:29:39:37:34:29:39 chr6 168349011 . C T 295.29 PASS AF=0.485294;AO=31;DP=65;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0956019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3105;QD=17.3698;RBI=0.0958114;REFB=-0.0253698;REVB=0.00633222;RO=34;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188256;STB=0.608629;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0298381;OID=.;OPOS=168349011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:34:35:31:33:0.485294:12:19:14:20:12:21:15:20 chr6 168352105 . G A 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00640216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.014;QD=18.9419;RBI=0.00999198;REFB=-0.00109865;REVB=-0.0076715;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138083;STB=0.507688;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00113734;OID=.;OPOS=168352105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:21:16:17:21:21:16:17:21 chr6 168376865 . AT AC,GA 98.2 PASS AF=0.387097,0;AO=12,2;DP=30;FAO=12,0;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5,0;FSAR=7,0;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0112683,-0.0232507;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=112.501,35.393;QD=12.6715;RBI=0.0121657,0.0572905;REFB=-0.0111228,-0.0693515;REVB=-0.00458581,-0.0523603;RO=16;SAF=5,2;SAR=7,0;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.245241,0.69647;STB=0.599845,0.5;STBP=0.43,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0427966,0;OID=.,.;OPOS=168376866,168376865;OREF=T,AT;OALT=C,GA;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:31:16:19:12,2:12,0:0.387097,0:7,0:5,2:3:13:7,0:5,0:5:14 chr6 168376869 . C T 62.7 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0302777;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.955;QD=8.08968;RBI=0.0305358;REFB=-0.00257933;REVB=-0.00396163;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196504;STB=0.512168;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0112223;OID=.;OPOS=168376869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:6:3:7:15:6:3:7:15 chr6 168377309 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0522015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3114;QD=17.229;RBI=0.0748519;REFB=-0.0135931;REVB=0.0536452;RO=6;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260084;STB=0.655787;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0174049;OID=.;OPOS=168377309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:1:7:4:2:1:7:4:2 chr6 168440826 . C T 407.62 PASS AF=0.434343;AO=42;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0751188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4049;QD=16.4695;RBI=0.0751294;REFB=-0.00723792;REVB=0.00126026;RO=57;SAF=21;SAR=21;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448478;STB=0.513634;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0134559;OID=.;OPOS=168440826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:56:42:43:0.434343:21:21:31:26:21:22:30:26 chr6 168457801 . A G 1001.86 PASS AF=0.46696;AO=99;DP=220;FAO=106;FDP=227;FR=.;FRO=121;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=-0.00254964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.781;QD=17.654;RBI=0.013587;REFB=-0.0131456;REVB=0.0133457;RO=120;SAF=51;SAR=48;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149896;STB=0.511633;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.013555;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:227:120:121:99:106:0.46696:48:51:62:58:54:52:62:59 chr6 168457966 . G A 356.51 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.00202455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.67;QD=12.6198;RBI=0.0144968;REFB=-0.0130681;REVB=-0.0143548;RO=70;SAF=25;SAR=18;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210731;STB=0.619612;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0295219;OID=.;OPOS=168457966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:43:43:0.380531:18:25:27:43:18:25:27:43 chr6 168459790 . G T 1575.61 PASS AF=0.606838;AO=137;DP=211;FAO=142;FDP=234;FR=.;FRO=92;FSAF=79;FSAR=63;FSRF=66;FSRR=26;FWDB=0.0178906;FXX=0.00425514;HRUN=7;LEN=1;MLLD=47.781;QD=26.9335;RBI=0.0488471;REFB=-0.0318292;REVB=0.0454529;RO=74;SAF=79;SAR=58;SRF=63;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190053;STB=0.565066;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0189715;OID=.;OPOS=168459790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:234:74:92:137:142:0.606838:58:79:63:11:63:79:66:26 chr6 168459792 . G A 1469.87 PASS AF=0.550781;AO=140;DP=256;FAO=141;FDP=256;FR=.;FRO=115;FSAF=80;FSAR=61;FSRF=66;FSRR=49;FWDB=-0.00797595;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=220.019;QD=22.9667;RBI=0.0108829;REFB=-0.00739908;REVB=-0.00740421;RO=115;SAF=80;SAR=60;SRF=66;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00210198;STB=0.502993;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00461833;OID=.;OPOS=168459792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:115:115:140:141:0.550781:60:80:66:49:61:80:66:49 chr6 168459845 . G C 2121.56 PASS AF=0.557143;AO=194;DP=347;FAO=195;FDP=350;FR=.;FRO=155;FSAF=102;FSAR=93;FSRF=69;FSRR=86;FWDB=-0.0291707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.431;QD=24.2464;RBI=0.0303095;REFB=-0.02492;REVB=0.00823014;RO=153;SAF=101;SAR=93;SRF=69;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565294;STB=0.534466;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0216454;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:350:153:155:194:195:0.557143:93:101:69:84:93:102:69:86 chr6 168479604 . G A 1277.96 PASS AF=0.507937;AO=128;DP=252;FAO=128;FDP=252;FR=.;FRO=124;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=70;FSRR=54;FWDB=0.0100855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.807;QD=20.2851;RBI=0.0139863;REFB=-0.0197335;REVB=0.0096902;RO=124;SAF=65;SAR=63;SRF=70;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050995;STB=0.527929;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.018081;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:124:124:128:128:0.507937:63:65:70:54:63:65:70:54 chr6 168482110 . C T 1328.48 PASS AF=0.572072;AO=93;DP=221;FAO=127;FDP=222;FR=.,HEALED;FRO=95;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.0176429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.91;QD=23.9365;RBI=0.0430443;REFB=-0.0564259;REVB=0.0392624;RO=91;SAF=55;SAR=38;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587937;STB=0.518566;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0405436;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:91:95:93:127:0.572072:38:55:48:43:67:60:49:46 chr6 168482111 . G T 124.61 PASS AF=0.131222;AO=27;DP=208;FAO=29;FDP=221;FR=.;FRO=192;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=107;FSRR=85;FWDB=-0.0253839;FXX=0.0045043;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.3947;QD=2.25536;RBI=0.0375037;REFB=-0.0271134;REVB=0.0276078;RO=180;SAF=1;SAR=26;SRF=105;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.678158;STB=0.928971;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0671802;OID=.;OPOS=168482111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:221:180:192:27:29:0.131222:26:1:105:75:27:2:107:85 chr6 168694594 . C T 3425.79 PASS AF=0.991031;AO=221;DP=223;FAO=221;FDP=223;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=137;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0295738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6782;QD=61.4491;RBI=0.0311832;REFB=-0.0171345;REVB=-0.0098883;RO=0;SAF=84;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6821e-08;STB=0.50114;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000516825;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:223:223:0:2:221:221:0.991031:137:84:0:0:137:84:1:1 chr6 168695309 . C T 3019.75 PASS AF=0.975962;AO=202;DP=207;FAO=203;FDP=208;FR=.;FRO=5;FSAF=131;FSAR=72;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.000261592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3945;QD=58.072;RBI=0.0054753;REFB=-0.018972;REVB=-0.00546905;RO=1;SAF=131;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362237;STB=0.509362;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000948651;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:207:208:1:5:202:203:0.975962:71:131:1:0:72:131:5:0 chr6 168695345 . G A 4316.44 PASS AF=1;AO=274;DP=274;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000514702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0697;QD=63.0137;RBI=0.0212759;REFB=0;REVB=0.0212696;RO=0;SAF=151;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.14392e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2693e-05;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:274:274:0:0:274:274:1:123:151:0:0:123:151:0:0 chr6 168708751 . A G 508.7 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00599736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.033;QD=23.3883;RBI=0.00697369;REFB=-0.00270837;REVB=-0.00355864;RO=39;SAF=16;SAR=32;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686776;STB=0.537799;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0022543;OID=.;OPOS=168708751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:32:16:16:23:32:16:16:23 chr6 168708793 . C G 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.000179075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.219;QD=19.5008;RBI=0.000214076;REFB=-0.0179805;REVB=-0.000117306;RO=35;SAF=13;SAR=23;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165369;STB=0.592064;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0239554;OID=.;OPOS=168708793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:23:13:19:16:23:13:19:16 chr6 168708816 . T G 326.48 PASS AF=0.514706;AO=30;DP=64;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00456734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.082;QD=19.2048;RBI=0.00554178;REFB=-0.0109031;REVB=-0.00313858;RO=33;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919343;STB=0.574542;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0109878;OID=.;OPOS=168708816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:33:33:30:35:0.514706:20:10:14:19:24:11:15:18 chr6 168709385 . T C 1323.21 PASS AF=0.478723;AO=133;DP=281;FAO=135;FDP=282;FR=.;FRO=147;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=65;FSRR=82;FWDB=-0.0084669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.643;QD=18.7689;RBI=0.012876;REFB=-0.0196188;REVB=-0.0097007;RO=146;SAF=68;SAR=65;SRF=65;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627305;STB=0.532054;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0233098;OID=.;OPOS=168709385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:282:146:147:133:135:0.478723:65:68:65:81:67:68:65:82 chr6 168842113 . T G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0508117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.962;QD=10.075;RBI=0.0522992;REFB=-0.01367;REVB=-0.0123846;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583904;STB=0.535624;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0271717;OID=.;OPOS=168842113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:8:6:3:5:8:6 chr6 169619933 . T TTTCCTTCC 71.93 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.035504;FXX=0.0312451;HRUN=3;LEN=8;MLLD=261.116;QD=4.64078;RBI=0.0430106;REFB=-0.00809213;REVB=-0.0242771;RO=61;SAF=2;SAR=10;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370817;STB=0.718761;STBP=0.136;TYPE=ins;VARB=0.0333476;OID=.;OPOS=169619934;OREF=-;OALT=TTCCTTCC;OMAPALT=TTTCCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.193548:12:74:12:62:50:2:10:19:31:71:61:2:10:26:35 chr6 169620425 . C G 387.47 PASS AF=0.409091;AO=44;DP=109;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0423144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9814;QD=14.0899;RBI=0.0461312;REFB=0.00387632;REVB=0.0183733;RO=64;SAF=16;SAR=28;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302659;STB=0.513865;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00310307;OID=.;OPOS=169620425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:64:65:44:45:0.409091:28:16:25:39:28:17:26:39 chr6 169621536 . A G 626.42 PASS AF=0.481203;AO=63;DP=132;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.00784175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.102;QD=18.8398;RBI=0.0115545;REFB=-0.0110083;REVB=0.00848602;RO=69;SAF=25;SAR=38;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19932;STB=0.612913;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00949064;OID=.;OPOS=169621536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:69:69:63:64:0.481203:38:25:42:27:39:25:42:27 chr6 169622490 . G A 310.99 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0164771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0993;QD=13.9772;RBI=0.0563967;REFB=0.0107131;REVB=-0.053936;RO=54;SAF=18;SAR=17;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349485;STB=0.519886;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0149335;OID=.;OPOS=169622490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:17:18:26:28:17:18:26:28 chr6 169632219 . G A 383.47 PASS AF=0.275;AO=52;DP=200;FAO=55;FDP=200;FR=.,HEALED;FRO=145;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=74;FSRR=71;FWDB=0.0346475;FXX=0.0196069;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3862;QD=7.66946;RBI=0.0394765;REFB=-0.0133231;REVB=-0.0189194;RO=107;SAF=30;SAR=22;SRF=72;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117562;STB=0.525538;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0573468;OID=.;OPOS=169632219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:107:145:52:55:0.275:22:30:72:35:25:30:74:71 chr6 169637763 . G C 742.79 PASS AF=0.408654;AO=82;DP=204;FAO=85;FDP=208;FR=.;FRO=123;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=-0.00401871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0717;QD=14.2844;RBI=0.00915349;REFB=-0.00502163;REVB=0.00822413;RO=122;SAF=44;SAR=38;SRF=68;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223092;STB=0.525695;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00683291;OID=.;OPOS=169637763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:208:122:123:82:85:0.408654:38:44:68:54:41:44:69:54 chr6 170033086 . G A 2166.64 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136173;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.655;QD=63.2596;RBI=0.0192631;REFB=0;REVB=-0.0136247;RO=0;SAF=74;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.51641e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59307e-06;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:137:137:1:63:74:0:0:63:74:0:0 chr6 170059627 . G A 1508.28 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0890552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.138;QD=61.5624;RBI=0.0890995;REFB=-0.114226;REVB=-0.00280921;RO=0;SAF=33;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011342;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:98:0:0:95:98:1:62:33:0:0:65:33:0:0 chr6 170068180 . A G 3947.99 PASS AF=1;AO=248;DP=248;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428777;FXX=0.0040159;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4178;QD=63.6773;RBI=0.106846;REFB=-0.0729561;REVB=-0.0978654;RO=0;SAF=105;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52333e-05;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:248:248:0:0:248:248:1:143:105:0:0:142:106:0:0 chr6 170070723 . A G 887.76 PASS AF=1;AO=54;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.867;QD=58.2136;RBI=0.0589975;REFB=0;REVB=0.0155187;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352394;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:54:61:1:30:24:0:0:32:29:0:0 chr6 170102267 . A G 2329.93 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00978078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5244;QD=62.9711;RBI=0.043624;REFB=-0.108441;REVB=-0.0425134;RO=0;SAF=81;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00316e-08;STB=0.50303;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000599829;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:148:0:1:146:147:0.993243:65:81:0:0:65:82:1:0 chr6 170103508 . G GT 827.35 PASS AF=1;AO=64;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205884;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.6087;QD=47.277;RBI=0.0953417;REFB=0;REVB=-0.0930922;RO=5;SAF=26;SAR=38;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00145442;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:71:70:70:0:27:43:0:0:15:5:26:38:1:4 chr6 170159124 . T C 509.02 PASS AF=0.376543;AO=60;DP=161;FAO=61;FDP=162;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.0113478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.825;QD=12.5683;RBI=0.0409174;REFB=-0.00427346;REVB=0.0393123;RO=100;SAF=31;SAR=29;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367628;STB=0.510325;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00690095;OID=.;OPOS=170159124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:100:101:60:61:0.376543:29:31:52:48:30:31:53:48 chr6 170190200 . G A 3319.62 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406814;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.235;QD=61.7603;RBI=0.0492468;REFB=-0.0812005;REVB=0.0277538;RO=1;SAF=114;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416048;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327029;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:215:1:0:208:215:1:94:114:1:0:98:117:0:0 chr6 170190418 . T G 456.3 PASS AF=0.55;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.000621587;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.631;QD=22.8152;RBI=0.00376076;REFB=-0.0190529;REVB=-0.00370903;RO=36;SAF=23;SAR=21;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00413794;STB=0.502277;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.013255;OID=.;OPOS=170190418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:36:36:44:44:0.55:21:23:19:17:21:23:19:17 chr6 170190659 . G T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0021759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.976;QD=18.1539;RBI=0.028432;REFB=-0.00713958;REVB=-0.0283486;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028018;STB=0.515908;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00914648;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:10:15:12:9:10:15 chr6 170485349 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.043;QD=39.2068;RBI=0.13052;REFB=0;REVB=0.116416;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649436;OID=.;OPOS=170485349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr6 170592945 . C T 752.39 PASS AF=0.572581;AO=71;DP=124;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0105731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.101;QD=24.2708;RBI=0.0188869;REFB=-0.0143335;REVB=-0.0156501;RO=53;SAF=37;SAR=34;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204666;STB=0.511159;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0103189;OID=.;OPOS=170592945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:53:53:71:71:0.572581:34:37:29:24:34:37:29:24 chr6 170597276 . C T 470.92 PASS AF=0.509804;AO=41;DP=105;FAO=52;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0369491;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.55;QD=18.4676;RBI=0.042394;REFB=-0.0300375;REVB=-0.020785;RO=51;SAF=32;SAR=9;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457064;STB=0.624114;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0360719;OID=.;OPOS=170597276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:102:51:50:41:52:0.509804:9:32:17:34:21:31:17:33 chr6 170597305 . C T 575.76 PASS AF=0.48;AO=57;DP=124;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0309527;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0532;QD=18.4242;RBI=0.0313908;REFB=-0.0200238;REVB=0.00522617;RO=65;SAF=22;SAR=35;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148244;STB=0.591449;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0273958;OID=.;OPOS=170597305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:65:65:57:60:0.48:35:22:35:30:38:22:35:30 chr6 170598352 . C T 1317.81 PASS AF=0.360092;AO=157;DP=436;FAO=157;FDP=436;FR=.;FRO=279;FSAF=64;FSAR=93;FSRF=123;FSRR=156;FWDB=-0.0100993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.962;QD=12.09;RBI=0.0103845;REFB=-0.0093928;REVB=-0.00241679;RO=275;SAF=64;SAR=93;SRF=122;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415776;STB=0.521826;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0166691;OID=.;OPOS=170598352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:436:436:275:279:157:157:0.360092:93:64:122:153:93:64:123:156 chr6 170598368 . TCTC T 561.61 PASS AF=0.26936;AO=80;DP=271;FAO=80;FDP=297;FR=.;FRO=217;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=87;FSRR=130;FWDB=-0.0010649;FXX=0.0630895;HRUN=1;LEN=3;MLLD=227.571;QD=7.56377;RBI=0.0276261;REFB=-0.0206069;REVB=-0.0276056;RO=159;SAF=29;SAR=51;SRF=55;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209908;STB=0.529863;STBP=0.531;TYPE=del;VARB=0.0557797;OID=.;OPOS=170598369;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26936:80:271:80:297:217:29:51:87:130:99:159:29:51:55:104 chr6 170627651 . G A 84.08 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0583982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8953;QD=11.5967;RBI=0.0586114;REFB=-0.0436969;REVB=0.00499484;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451956;STB=0.758674;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0361838;OID=.;OPOS=170627651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:2:16:5:6:2:16 chr6 170713682 . A T 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00568938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.828;QD=15.4998;RBI=0.0138707;REFB=-0.00513995;REVB=-0.0126502;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105199;STB=0.545926;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00680793;OID=.;OPOS=170713682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:40:31:31:0.43662:18:13:20:18:18:13:20:20 chr6 170845354 . A G 167.24 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0160088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.829;QD=11.7363;RBI=0.0591671;REFB=-0.0272116;REVB=0.0569602;RO=36;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102039;STB=0.559323;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.037889;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:8:13:19:17:8:13:19:17 chr6 170862300 . G C 1145.45 PASS AF=0.470588;AO=120;DP=255;FAO=120;FDP=255;FR=.;FRO=135;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=49;FSRR=86;FWDB=-0.0672335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.373;QD=17.9679;RBI=0.0674214;REFB=-0.00104938;REVB=0.0050295;RO=134;SAF=46;SAR=74;SRF=48;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256013;STB=0.511464;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.001131;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:134:135:120:120:0.470588:74:46:48:86:74:46:49:86 chr6 170878793 . T C 629.61 PASS AF=0.346667;AO=77;DP=225;FAO=78;FDP=225;FR=.;FRO=147;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=81;FSRR=66;FWDB=0.0190342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.987;QD=11.193;RBI=0.0204527;REFB=-0.0143381;REVB=-0.00748403;RO=145;SAF=28;SAR=49;SRF=81;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224071;STB=0.626548;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0333278;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:145:147:77:78:0.346667:49:28:81:64:50:28:81:66 chr6 170887693 . G C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0148233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.494;QD=19.1804;RBI=0.0371569;REFB=-0.0171365;REVB=-0.0340721;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468504;STB=0.761572;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0150802;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:11:0:8:5:11:0 chr7 228527 . TG GT 512.44 PASS AF=0.514286;AO=37;DP=101;FAO=54;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=1;FSAR=53;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0402421;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=62.0619;QD=19.5214;RBI=0.0406709;REFB=-0.0155949;REVB=0.00588991;RO=28;SAF=1;SAR=36;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.724064;STB=0.93303;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0869069;OID=.;OPOS=228527;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:105:28:37:37:54:0.514286:36:1:14:14:53:1:18:19 chr7 299850 . G T 1674.55 PASS AF=0.452196;AO=174;DP=386;FAO=175;FDP=387;FR=.;FRO=212;FSAF=85;FSAR=90;FSRF=100;FSRR=112;FWDB=0.00554851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.413;QD=17.308;RBI=0.0113973;REFB=-0.0109984;REVB=0.00995549;RO=211;SAF=84;SAR=90;SRF=100;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087652;STB=0.507687;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0123047;OID=.;OPOS=299850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:387:211:212:174:175:0.452196:90:84:100:111:90:85:100:112 chr7 299881 . A G 1848.62 PASS AF=0.476543;AO=189;DP=402;FAO=193;FDP=405;FR=.;FRO=212;FSAF=87;FSAR=106;FSRF=111;FSRR=101;FWDB=-0.0523908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1741;QD=18.2579;RBI=0.055491;REFB=-0.00216519;REVB=-0.0182879;RO=213;SAF=85;SAR=104;SRF=112;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733659;STB=0.538191;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00230092;OID=.;OPOS=299881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:405:213:212:189:193:0.476543:104:85:112:101:106:87:111:101 chr7 470239 . A G 4000.75 PASS AF=1;AO=256;DP=257;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.233;QD=62.2684;RBI=0.0301939;REFB=0;REVB=-0.0191398;RO=0;SAF=109;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5692e-05;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:257:257:0:0:256:257:1:147:109:0:0:148:109:0:0 chr7 470281 . A G 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.419;QD=61.0552;RBI=0.0166797;REFB=0;REVB=0.015192;RO=0;SAF=44;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26857e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23103e-06;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:73:44:0:0:73:44:0:0 chr7 470316 . A G 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6228;QD=59.0157;RBI=0.0718116;REFB=0;REVB=-0.0228403;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687257;OID=.;OPOS=470316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr7 540741 . G A 1684.12 PASS AF=0.575646;AO=156;DP=271;FAO=156;FDP=271;FR=.;FRO=115;FSAF=88;FSAR=68;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=0.00311609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.89;QD=24.8579;RBI=0.0228501;REFB=-0.0103169;REVB=-0.0226366;RO=114;SAF=88;SAR=68;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640736;STB=0.532998;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00688313;OID=.;OPOS=540741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:114:115:156:156:0.575646:68:88:55:59:68:88:56:59 chr7 590199 . A G 838.7 PASS AF=0.483333;AO=86;DP=179;FAO=87;FDP=180;FR=.;FRO=93;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.000116241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.802;QD=18.6379;RBI=0.014759;REFB=-0.0134078;REVB=-0.0147585;RO=90;SAF=48;SAR=38;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105465;STB=0.557201;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0133845;OID=.;OPOS=590199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:90:93:86:87:0.483333:38:48:40:50:39:48:41:52 chr7 624220 . GT G,GG 8506.92 PASS AF=0.0448029,0.955197;AO=133,413;DP=566;FAO=25,533;FDP=558;FR=.;FRO=0;FSAF=8,241;FSAR=17,292;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586717,-0.0418558;FXX=0.00711731;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.491,167.044;QD=60.9815;RBI=0.0612871,0.0436706;REFB=0,0;REVB=0.0177129,0.0124582;RO=1;SAF=69,166;SAR=64,247;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00736917,0.00192856;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0122236,0.000285682;OID=.,.;OPOS=624221,624221;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0448029,0.955197:133,413:566:25,533:558:0:8,241:17,292:0:0:9:1:69,166:64,247:0:1 chr7 624222 . A G 676.38 PASS AF=0.219081;AO=117;DP=543;FAO=124;FDP=566;FR=.;FRO=442;FSAF=75;FSAR=49;FSRF=175;FSRR=267;FWDB=0.000943094;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.5787;QD=4.78008;RBI=0.0440958;REFB=-0.0249298;REVB=-0.0440857;RO=426;SAF=69;SAR=48;SRF=175;SRR=251;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227545;STB=0.659224;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.136911;OID=.;OPOS=624222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:543:566:426:442:117:124:0.219081:48:69:175:251:49:75:175:267 chr7 772174 . G A 1556.49 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.576;QD=59.865;RBI=0.0499794;REFB=0;REVB=-0.0112106;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49265e-05;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:52:52:0:0:52:52:0:0 chr7 808810 . C G 294.43 PASS AF=0.365591;AO=33;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0221485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.464;QD=12.6638;RBI=0.0262402;REFB=-0.0123829;REVB=0.0140711;RO=59;SAF=18;SAR=15;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156075;STB=0.500321;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0291725;OID=.;OPOS=808810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:33:34:0.365591:15:18:33:26:15:19:33:26 chr7 810219 . T C 2314.39 PASS AF=0.479508;AO=233;DP=488;FAO=234;FDP=488;FR=.;FRO=254;FSAF=90;FSAR=144;FSRF=101;FSRR=153;FWDB=-0.0359377;FXX=0.00408155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7561;QD=18.9704;RBI=0.0381613;REFB=-0.0142335;REVB=0.012836;RO=253;SAF=89;SAR=144;SRF=100;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132842;STB=0.507135;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0151474;OID=.;OPOS=810219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:488:488:253:254:233:234:0.479508:144:89:100:153:144:90:101:153 chr7 814788 . G A 1453.95 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0991;QD=61.8701;RBI=0.0693393;REFB=0.0503666;REVB=-0.0677731;RO=1;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903078;STB=0.504761;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00369799;OID=.;OPOS=814788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:52:41:0:1:52:41:0:1 chr7 881668 . C T 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.06077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.271;QD=61.8672;RBI=0.0645312;REFB=0.0189153;REVB=0.0217089;RO=1;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854209;STB=0.504503;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=7.28691e-05;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:55:37:0:1:55:37:0:1 chr7 882831 . T G 39.66 PASS AF=0.2;AO=6;DP=34;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.023275;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=86.7706;QD=4.53266;RBI=0.0627572;REFB=-0.0141124;REVB=-0.0582815;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265819;STB=0.612587;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0134015;OID=.;OPOS=882831;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:34:35:25:28:6:7:0.2:2:4:11:14:3:4:12:16 chr7 882895 . C G 721.75 PASS AF=0.981132;AO=49;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0536223;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1726;QD=54.4715;RBI=0.084361;REFB=0.000311313;REVB=0.0651262;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.512816;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00827887;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:0:1:49:52:0.981132:31:18:0:0:33:19:1:0 chr7 926827 . T C 2864.89 PASS AF=0.989189;AO=182;DP=185;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0140106;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.197;QD=61.9436;RBI=0.0156075;REFB=-0.136266;REVB=0.00687726;RO=1;SAF=86;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493378;STB=0.505102;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000317953;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:185:185:1:2:182:183:0.989189:96:86:0:1:97:86:0:2 chr7 933369 . T C 344.6 PASS AF=0.299363;AO=47;DP=157;FAO=47;FDP=157;FR=.;FRO=110;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=75;FSRR=35;FWDB=-0.00608323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.674;QD=8.7795;RBI=0.0402637;REFB=-0.0172178;REVB=0.0398015;RO=109;SAF=39;SAR=8;SRF=74;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251495;STB=0.647669;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0299337;OID=.;OPOS=933369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:109:110:47:47:0.299363:8:39:74:35:8:39:75:35 chr7 940181 . C T 1930.97 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=129;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130622;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.181;QD=60.3427;RBI=0.0130635;REFB=0.0362437;REVB=0.000186839;RO=1;SAF=49;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959768;STB=0.504854;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000315917;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:128:1:1:125:127:0.992188:76:49:1:0:76:51:1:0 chr7 940258 . G GGGCAAAGGCA 290.69 PASS AF=0.275;AO=35;DP=167;FAO=44;FDP=160;FR=.;FRO=116;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=65;FWDB=-0.0208315;FXX=0.0303012;HRUN=4;LEN=10;MLLD=285.09;QD=7.26721;RBI=0.0316973;REFB=-0.0125842;REVB=-0.0238907;RO=122;SAF=13;SAR=22;SRF=54;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933965;STB=0.575777;STBP=0.249;TYPE=ins;VARB=0.0297943;OID=.;OPOS=940259;OREF=-;OALT=GGCAAAGGCA;OMAPALT=GGGCAAAGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275:35:167:44:160:116:15:29:51:65:99:122:13:22:54:68 chr7 960450 . C T 695.27 PASS AF=0.396907;AO=77;DP=196;FAO=77;FDP=194;FR=.;FRO=117;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=83;FWDB=0.00945786;FXX=0.0102036;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.065;QD=14.3355;RBI=0.0191191;REFB=-0.0119688;REVB=0.016616;RO=116;SAF=28;SAR=49;SRF=34;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838516;STB=0.548844;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0181545;OID=.;OPOS=960450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:116:117:77:77:0.396907:49:28:34:82:49:28:34:83 chr7 994943 . G C 526.46 PASS AF=0.412587;AO=56;DP=140;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0006409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.266;QD=14.7262;RBI=0.0203445;REFB=-0.0173024;REVB=-0.0203344;RO=83;SAF=30;SAR=26;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697073;STB=0.555853;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0260808;OID=.;OPOS=994943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:83:84:56:59:0.412587:26:30:39:44:26:33:39:45 chr7 995003 . G C 604.12 PASS AF=0.516949;AO=60;DP=115;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0186416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.835;QD=20.4785;RBI=0.0639294;REFB=-0.0177075;REVB=0.0611511;RO=55;SAF=28;SAR=32;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526964;STB=0.54097;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.021439;OID=.;OPOS=995003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:55:57:60:61:0.516949:32:28:29:26:33:28:31:26 chr7 1023013 . C T 2761.7 PASS AF=1;AO=150;DP=177;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4473;QD=61.3711;RBI=0.0309228;REFB=0;REVB=-0.0302748;RO=0;SAF=54;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124661;OID=.;OPOS=1023013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:177:180:0:0:150:180:1:96:54:0:0:122:58:0:0 chr7 1024902 . G A 411.47 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0915827;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1869;QD=15.2396;RBI=0.0917651;REFB=-0.00332329;REVB=-0.00578301;RO=59;SAF=32;SAR=15;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224581;STB=0.526445;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00479596;OID=.;OPOS=1024902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:59:61:47:47:0.435185:15:32:39:20:15:32:39:22 chr7 1097409 . C G 51.95 PASS AF=0.0971429;AO=17;DP=183;FAO=17;FDP=175;FR=.,HEALED;FRO=158;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=75;FSRR=83;FWDB=0.0386808;FXX=0.0489104;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.8775;QD=1.18738;RBI=0.0414251;REFB=-0.0154676;REVB=-0.0148268;RO=113;SAF=9;SAR=8;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311493;STB=0.549238;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.116173;OID=.;OPOS=1097409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:183:175:113:158:17:17:0.0971429:8:9:57:56:8:9:75:83 chr7 1098233 . CAGA C 300.06 PASS AF=0.5;AO=30;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00602715;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.031;QD=18.7534;RBI=0.0126321;REFB=-0.0139185;REVB=0.0111016;RO=30;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300353;STB=0.515615;STBP=0.82;TYPE=del;VARB=0.0167022;OID=.;OPOS=1098234;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:30:65:32:64:32:16:16:17:15:99:30:16:14:17:13 chr7 1098404 . C T 432.29 PASS AF=0.356643;AO=51;DP=143;FAO=51;FDP=143;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.00189738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.999;QD=12.092;RBI=0.0188959;REFB=-0.00980007;REVB=-0.0188004;RO=91;SAF=24;SAR=27;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760356;STB=0.54678;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0209947;OID=.;OPOS=1098404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:91:92:51:51:0.356643:27:24:49:42:27:24:50:42 chr7 1131378 . C T 1064.74 PASS AF=0.472103;AO=104;DP=226;FAO=110;FDP=233;FR=.;FRO=123;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=49;FSRR=74;FWDB=0.100197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1071;QD=18.2788;RBI=0.110185;REFB=-0.0107544;REVB=0.0458394;RO=122;SAF=39;SAR=65;SRF=49;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274928;STB=0.505862;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0129564;OID=.;OPOS=1131378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:233:122:123:104:110:0.472103:65:39:49:73:65:45:49:74 chr7 1131394 . G A 1179.84 PASS AF=0.515556;AO=116;DP=222;FAO=116;FDP=225;FR=.;FRO=109;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=43;FSRR=66;FWDB=-0.00371669;FXX=0.00442458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.48;QD=20.9749;RBI=0.0107003;REFB=-0.0249754;REVB=0.010034;RO=106;SAF=45;SAR=71;SRF=40;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974175;STB=0.503343;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0200117;OID=.;OPOS=1131394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:225:106:109:116:116:0.515556:71:45:40:66:71:45:43:66 chr7 1132153 . G A 882.77 PASS AF=0.517647;AO=86;DP=168;FAO=88;FDP=170;FR=.;FRO=82;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=0.0205626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.666;QD=20.771;RBI=0.0209194;REFB=-0.022719;REVB=-0.00384721;RO=82;SAF=43;SAR=43;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976535;STB=0.552929;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0275656;OID=.;OPOS=1132153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:82:82:86:88:0.517647:43:43:32:50:44:44:32:50 chr7 1132671 . C G 392.31 PASS AF=0.565217;AO=38;DP=68;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00715706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5964;QD=22.7425;RBI=0.0247805;REFB=-0.0564258;REVB=0.0237244;RO=28;SAF=18;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349726;STB=0.508924;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0337789;OID=.;OPOS=1132671;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:28:30:38:39:0.565217:20:18:12:16:20:19:14:16 chr7 1132691 . C T 187.6 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0715068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6281;QD=12.7185;RBI=0.0774658;REFB=-0.020476;REVB=0.0297947;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156588;STB=0.589966;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.050009;OID=.;OPOS=1132691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:10:13:15:21:10:13:15:21 chr7 1132824 . TTC T 155.81 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0456498;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=251.523;QD=21.491;RBI=0.0458305;REFB=-0.0061824;REVB=0.00406538;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126582;STB=0.525521;STBP=0.728;TYPE=del;VARB=0.00363322;OID=.;OPOS=1132825;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.655172:19:31:19:29:10:10:9:6:4:56:11:10:9:6:5 chr7 1133171 . G T 460.53 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00981926;FXX=0.0350846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.509;QD=16.7467;RBI=0.0411558;REFB=-0.0125128;REVB=0.0399673;RO=58;SAF=20;SAR=30;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647627;STB=0.537298;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0167691;OID=.;OPOS=1133171;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:58:60:50:50:0.454545:30:20:27:31:30:20:28:32 chr7 1133305 . C G 2410.45 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01215;FXX=0.0125778;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9509;QD=61.4128;RBI=0.0131915;REFB=0;REVB=-0.00513754;RO=0;SAF=61;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60301e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358607;OID=.;OPOS=1133305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:157:0:0:157:157:1:96:61:0:0:96:61:0:0 chr7 1481919 . C A 2721.95 PASS AF=0.988764;AO=176;DP=181;FAO=176;FDP=178;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0191174;FXX=0.0165737;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.171;QD=61.1673;RBI=0.0219256;REFB=-0.102272;REVB=0.0107358;RO=1;SAF=71;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665728;STB=0.501127;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=9.77213e-05;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:181:178:1:2:176:176:0.988764:105:71:1:0:105:71:1:1 chr7 1482009 . G C 780.57 PASS AF=0.399103;AO=89;DP=223;FAO=89;FDP=223;FR=.;FRO=134;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=76;FSRR=58;FWDB=-0.00307586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.047;QD=14.0012;RBI=0.00307788;REFB=-0.000339151;REVB=0.000111441;RO=133;SAF=47;SAR=42;SRF=76;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465689;STB=0.523611;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.000514243;OID=.;OPOS=1482009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:133:134:89:89:0.399103:42:47:76:57:42:47:76:58 chr7 1484572 . A G 855.04 PASS AF=1;AO=40;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130267;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4392;QD=56.0682;RBI=0.130833;REFB=0;REVB=0.0121572;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000663376;OID=.;OPOS=1484572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:40:61:1:9:31:0:0:22:39:0:0 chr7 1484948 . G A 344.34 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0133864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.715;QD=13.1178;RBI=0.0144598;REFB=-0.00097318;REVB=0.00546721;RO=64;SAF=20;SAR=21;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0036825;STB=0.502091;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00166667;OID=.;OPOS=1484948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:64:41:41:0.390476:21:20:31:33:21:20:31:33 chr7 1533513 . A G 4668.89 PASS AF=0.912921;AO=323;DP=360;FAO=325;FDP=356;FR=.;FRO=31;FSAF=176;FSAR=149;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=-0.0165418;FXX=0.0111108;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.85;QD=52.4594;RBI=0.026507;REFB=0.0189722;REVB=-0.0207121;RO=31;SAF=175;SAR=148;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068757;STB=0.535952;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00136656;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:360:356:31:31:323:325:0.912921:148:175:4:27:149:176:4:27 chr7 1538614 . G A 2999.46 PASS AF=0.990196;AO=194;DP=198;FAO=202;FDP=204;FR=.;FRO=2;FSAF=110;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00986778;FXX=0.0192298;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.034;QD=58.813;RBI=0.0282299;REFB=0.107849;REVB=0.0264491;RO=2;SAF=110;SAR=84;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00132582;STB=0.50044;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000120425;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:198:204:2:2:194:202:0.990196:84:110:1:1:92:110:1:1 chr7 1542697 . G A 3275.48 PASS AF=1;AO=210;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221236;FXX=0.00934536;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.675;QD=61.8015;RBI=0.0286449;REFB=0.026539;REVB=0.0181955;RO=1;SAF=97;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419732;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60491e-05;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:213:212:1:0:210:212:1:113:97:0:1:114:98:0:0 chr7 1542814 . T C,G 1032.65 PASS AF=0.915493,0.084507;AO=64,6;DP=70;FAO=65,6;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38,1;FSAR=27,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343316,-0.0253712;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.029,97.4582;QD=58.1777;RBI=0.0352073,0.0286641;REFB=0,0;REVB=0.00780365,0.0133391;RO=0;SAF=37,1;SAR=27,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.1743e-08,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000138452,-0.00167912;OID=.,.;OPOS=1542814,1542814;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:70:71:0:0:64,6:65,6:0.915493,0.084507:27,5:37,1:0:0:27,5:38,1:0:0 chr7 1543981 . C A 3347.65 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.143;QD=62.2819;RBI=0.0345672;REFB=0;REVB=0.0163464;RO=0;SAF=122;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34961e-05;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:0:0:215:215:1:93:122:0:0:93:122:0:0 chr7 1544128 . G T 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.988;QD=59.8544;RBI=0.0230571;REFB=0;REVB=0.0158964;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1898e-05;OID=.;OPOS=1544128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr7 1586653 . A AGCC 455.26 PASS AF=0.736842;AO=35;DP=66;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0162721;FXX=0.123058;HRUN=1;LEN=3;MLLD=249.683;QD=31.9482;RBI=0.0395467;REFB=-0.0687879;REVB=-0.0360438;RO=27;SAF=26;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290546;STB=0.655855;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0158207;OID=.;OPOS=1586654;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.736842:35:66:42:57:15:31:11:3:12:99:27:26:9:11:16 chr7 1586662 . T C 887.09 PASS AF=0.925373;AO=58;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0246854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.643;QD=52.9603;RBI=0.0695193;REFB=-0.09966;REVB=0.0649889;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165496;STB=0.505515;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0016745;OID=.;OPOS=1586662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:1:3:58:62:0.925373:28:30:0:1:28:34:2:1 chr7 1588391 . A G 820.0 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291719;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5452;QD=56.552;RBI=0.0296312;REFB=0;REVB=-0.00519669;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146082;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:30:28:0:0 chr7 1588549 . G A 1072.28 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00964656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.622;QD=57.1882;RBI=0.0138011;REFB=-0.138678;REVB=0.00986983;RO=1;SAF=44;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106301;STB=0.511108;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000132637;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:29:44:1:0:29:44:2:0 chr7 1588768 . G A 613.78 PASS AF=0.934783;AO=42;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.04753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3971;QD=53.3723;RBI=0.0742211;REFB=-0.0703096;REVB=0.0570059;RO=2;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107263;STB=0.502707;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0053497;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:46:46:2:3:42:43:0.934783:26:16:1:1:27:16:1:2 chr7 1595068 . G A 748.16 PASS AF=0.446927;AO=80;DP=179;FAO=80;FDP=179;FR=.;FRO=99;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=73;FWDB=0.0168576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.669;QD=16.7186;RBI=0.0169779;REFB=-0.00433664;REVB=0.00201749;RO=99;SAF=36;SAR=44;SRF=26;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193588;STB=0.606891;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00445388;OID=.;OPOS=1595068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:99:99:80:80:0.446927:44:36:26:73:44:36:26:73 chr7 1878377 . A G 2115.27 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.803;QD=62.6748;RBI=0.0135603;REFB=0;REVB=-0.0132617;RO=0;SAF=67;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98315e-06;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:134:135:1:67:67:0:0:68:67:0:0 chr7 1937784 . A G 650.94 PASS AF=0.460526;AO=69;DP=155;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.00589831;FXX=0.0256394;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.266;QD=17.13;RBI=0.038544;REFB=-0.0259852;REVB=0.03809;RO=85;SAF=28;SAR=41;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596797;STB=0.508194;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0310269;OID=.;OPOS=1937784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:152:85:82:69:70:0.460526:41:28:34:51:42:28:34:48 chr7 1976457 . C T 2257.42 PASS AF=0.48927;AO=228;DP=466;FAO=228;FDP=466;FR=.;FRO=238;FSAF=82;FSAR=146;FSRF=86;FSRR=152;FWDB=0.047609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.634;QD=19.377;RBI=0.047642;REFB=-0.0297715;REVB=0.00177407;RO=237;SAF=82;SAR=146;SRF=86;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00324661;STB=0.500939;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0339141;OID=.;OPOS=1976457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:466:466:237:238:228:228:0.48927:146:82:86:151:146:82:86:152 chr7 2257612 . G A 992.69 PASS AF=0.464286;AO=104;DP=224;FAO=104;FDP=224;FR=.;FRO=120;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=72;FSRR=48;FWDB=0.0570856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5371;QD=17.7266;RBI=0.0574424;REFB=-0.00656429;REVB=-0.0063919;RO=120;SAF=56;SAR=48;SRF=72;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060344;STB=0.533327;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00829369;OID=.;OPOS=2257612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:120:120:104:104:0.464286:48:56:72:48:48:56:72:48 chr7 2297006 . A G 1801.5 PASS AF=0.511696;AO=175;DP=341;FAO=175;FDP=342;FR=.;FRO=167;FSAF=72;FSAR=103;FSRF=72;FSRR=95;FWDB=-0.0219038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.396;QD=21.0702;RBI=0.0519612;REFB=-0.00611163;REVB=-0.0471189;RO=166;SAF=72;SAR=103;SRF=72;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204212;STB=0.5099;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00617386;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:342:166:167:175:175:0.511696:103:72:72:94:103:72:72:95 chr7 2303986 . T C 397.22 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0201487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4764;QD=14.1862;RBI=0.0294703;REFB=0.00866901;REVB=-0.0215064;RO=66;SAF=19;SAR=27;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120307;STB=0.506786;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.012834;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:27:19:28:38:27:19:28:38 chr7 2394991 . C T 302.6 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0820438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.032;QD=31.8525;RBI=0.0834038;REFB=-0.00158441;REVB=0.0150002;RO=12;SAF=17;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00817936;STB=0.504481;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00145488;OID=.;OPOS=2394991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:9:17:8:4:9:17:8:4 chr7 2472429 . C A 791.23 PASS AF=0.479532;AO=82;DP=171;FAO=82;FDP=171;FR=.;FRO=89;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.0167225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.64;QD=18.5083;RBI=0.0308032;REFB=-0.0291328;REVB=-0.0258688;RO=85;SAF=46;SAR=36;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00752184;STB=0.511404;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0300976;OID=.;OPOS=2472429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:85:89:82:82:0.479532:36:46:47:38:36:46:48:41 chr7 2472455 . A T 649.56 PASS AF=0.457516;AO=70;DP=153;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.00274633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1205;QD=16.982;RBI=0.012426;REFB=-0.00679194;REVB=-0.0121187;RO=83;SAF=37;SAR=33;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251723;STB=0.513976;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00752773;OID=.;OPOS=2472455;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:83:83:70:70:0.457516:33:37:46:37:33:37:46:37 chr7 2473804 . G T 226.79 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0196617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.212;QD=11.0628;RBI=0.0196837;REFB=0.000418511;REVB=-0.000930094;RO=46;SAF=19;SAR=9;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322559;STB=0.549097;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00127911;OID=.;OPOS=2473804;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:46:54:28:28:0.341463:9:19:30:16:9:19:33:21 chr7 2552881 . AGATG A 422.5 PASS AF=0.447619;AO=43;DP=109;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.00484343;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=4;MLLD=233.021;QD=16.0953;RBI=0.00982883;REFB=-0.0450161;REVB=0.0085526;RO=55;SAF=14;SAR=29;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425361;STB=0.502702;STBP=0.974;TYPE=del;VARB=0.0439675;OID=.;OPOS=2552882;OREF=GATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447619:43:109:47:105:58:16:31:20:38:99:55:14:29:20:35 chr7 2611878 . T C 2838.69 PASS AF=1;AO=180;DP=183;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815897;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.429;QD=63.082;RBI=0.0193716;REFB=0;REVB=0.0175696;RO=0;SAF=105;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35976e-05;OID=.;OPOS=2611878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:180:0:0:180:180:1:75:105:0:0:75:105:0:0 chr7 2613042 . G C 2368.98 PASS AF=1;AO=152;DP=155;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150577;FXX=0.030673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.904;QD=59.9742;RBI=0.0264603;REFB=0;REVB=-0.0217581;RO=1;SAF=69;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569688;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612317;OID=.;OPOS=2613042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:155:158:1:0:152:158:1:83:69:0:1:87:71:0:0 chr7 2623351 . G A 985.21 PASS AF=0.545977;AO=94;DP=173;FAO=95;FDP=174;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.0574078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4606;QD=22.6486;RBI=0.0672082;REFB=-0.0149866;REVB=0.0349469;RO=74;SAF=37;SAR=57;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660948;STB=0.549285;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0127225;OID=.;OPOS=2623351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:74:79:94:95:0.545977:57:37:35:39:57:38:40:39 chr7 2636689 . C T 484.67 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.100818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7616;QD=18.822;RBI=0.100981;REFB=-0.0336502;REVB=-0.00573212;RO=52;SAF=24;SAR=27;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187402;STB=0.60321;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0427858;OID=.;OPOS=2636689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:27:24:14:38:27:24:14:38 chr7 2752487 . G A 531.99 PASS AF=1;AO=25;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360116;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.16;QD=59.1098;RBI=0.0363717;REFB=0;REVB=0.00510485;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118824;OID=.;OPOS=2752487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:25:36:1:15:10:0:0:20:16:0:0 chr7 2946338 . G A 1624.71 PASS AF=0.468144;AO=169;DP=362;FAO=169;FDP=361;FR=.;FRO=192;FSAF=89;FSAR=80;FSRF=96;FSRR=96;FWDB=0.0103142;FXX=0.00824153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6961;QD=18.0023;RBI=0.0219838;REFB=-0.00526319;REVB=-0.0194141;RO=192;SAF=89;SAR=80;SRF=96;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257354;STB=0.514179;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00508361;OID=.;OPOS=2946338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:361:192:192:169:169:0.468144:80:89:96:96:80:89:96:96 chr7 2946461 . T C 1208.0 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.692;QD=60.3999;RBI=0.09725;REFB=0;REVB=-0.0123406;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660693;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:80:0:0:74:80:1:50:24:0:0:51:29:0:0 chr7 2959080 . G A 995.47 PASS AF=0.483568;AO=103;DP=213;FAO=103;FDP=213;FR=.;FRO=110;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=0.0140657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.5;QD=18.6943;RBI=0.0594443;REFB=-0.00874437;REVB=0.0577562;RO=109;SAF=59;SAR=44;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1406;STB=0.575097;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00791183;OID=.;OPOS=2959080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:109:110:103:103:0.483568:44:59:46:63:44:59:47:63 chr7 4188904 . ACCCCCCAG ACCCCCAGC 48.91 PASS AF=0.0461538;AO=13;DP=341;FAO=15;FDP=325;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=290;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=137;FSRR=153;FWDB=-0.0987428;FXX=0.0356073;HRUN=6;LEN=3;MLLD=86.4219;QD=0.601964;RBI=0.102043;REFB=-0.0145406;REVB=-0.0257409;RO=166;SAF=6;SAR=7;SRF=74;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174682;STB=0.919833;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.23139;OID=.;OPOS=4188910;OREF=CAG;OALT=AGC;OMAPALT=ACCCCCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0461538:13:341:15:325:290:1:14:137:153:13:166:6:7:74:92 chr7 4189048 . C A 398.31 PASS AF=0.30814;AO=53;DP=172;FAO=53;FDP=172;FR=.;FRO=119;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=70;FWDB=0.0149345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.731;QD=9.26291;RBI=0.0150512;REFB=-0.00931977;REVB=-0.00187051;RO=118;SAF=17;SAR=36;SRF=49;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121673;STB=0.568666;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0241618;OID=.;OPOS=4189048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:118:119:53:53:0.30814:36:17:49:69:36:17:49:70 chr7 4189075 . G C 573.89 PASS AF=0.432624;AO=61;DP=142;FAO=61;FDP=141;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.00536724;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0172;QD=16.2806;RBI=0.0273314;REFB=-0.0056019;REVB=0.0267992;RO=80;SAF=23;SAR=38;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769927;STB=0.543106;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00729956;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:80:80:61:61:0.432624:38:23:36:44:38:23:36:44 chr7 4213877 . T C 1010.65 PASS AF=0.449153;AO=106;DP=237;FAO=106;FDP=236;FR=.;FRO=130;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=77;FWDB=-0.0196913;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.567;QD=17.1297;RBI=0.020355;REFB=0.00494002;REVB=-0.00515538;RO=128;SAF=54;SAR=52;SRF=52;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101799;STB=0.555935;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00284361;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:128:130:106:106:0.449153:52:54:52:76:52:54:53:77 chr7 4213940 . T C 924.87 PASS AF=0.429185;AO=100;DP=233;FAO=100;FDP=233;FR=.;FRO=133;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=50;FSRR=83;FWDB=0.0133156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.87;QD=15.8776;RBI=0.0155788;REFB=-0.00464387;REVB=-0.00808673;RO=132;SAF=37;SAR=63;SRF=50;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960104;STB=0.503629;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00551334;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:132:133:100:100:0.429185:63:37:50:82:63:37:50:83 chr7 4213975 . A G 591.94 PASS AF=0.4;AO=68;DP=170;FAO=68;FDP=170;FR=.;FRO=102;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=64;FWDB=0.00610453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.129;QD=13.928;RBI=0.00875039;REFB=0.00576741;REVB=-0.0062693;RO=101;SAF=23;SAR=45;SRF=38;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443;STB=0.522651;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00728498;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:101:102:68:68:0.4:45:23:38:63:45:23:38:64 chr7 4304937 . C A 569.15 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0546644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.892;QD=24.219;RBI=0.0547532;REFB=-0.00659238;REVB=0.00311651;RO=41;SAF=32;SAR=21;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498256;STB=0.502729;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00373563;OID=.;OPOS=4304937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:21:32:25:16:21:32:25:16 chr7 4714912 . C T 852.5 PASS AF=0.508772;AO=84;DP=169;FAO=87;FDP=171;FR=.;FRO=84;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.0490472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4205;QD=19.9415;RBI=0.0491589;REFB=-0.0308217;REVB=0.00331267;RO=84;SAF=47;SAR=37;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330747;STB=0.521699;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.019614;OID=.;OPOS=4714912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:84:84:84:87:0.508772:37:47:50:34:39:48:50:34 chr7 4780514 . G T 5617.46 PASS AF=1;AO=353;DP=355;FAO=358;FDP=358;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330484;FXX=0.00831002;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.813;QD=62.7649;RBI=0.03358;REFB=0;REVB=0.00595143;RO=0;SAF=187;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212964;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:355:358:0:0:353:358:1:166:187:0:0:167:191:0:0 chr7 4802029 . T G 2470.99 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.294;QD=61.0121;RBI=0.0542189;REFB=0;REVB=0.0282691;RO=0;SAF=72;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71578e-05;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:157:162:0:0:156:162:1:84:72:0:0:86:76:0:0 chr7 4823396 . C T 1919.66 PASS AF=0.471429;AO=197;DP=421;FAO=198;FDP=420;FR=.;FRO=222;FSAF=101;FSAR=97;FSRF=96;FSRR=126;FWDB=0.0148662;FXX=0.00237524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.841;QD=18.2824;RBI=0.01819;REFB=-0.0260933;REVB=-0.010482;RO=214;SAF=100;SAR=97;SRF=89;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868688;STB=0.540998;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0302855;OID=.;OPOS=4823396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:420:214:222:197:198:0.471429:97:100:89:125:97:101:96:126 chr7 4841470 . T C 5168.06 PASS AF=0.987988;AO=326;DP=334;FAO=329;FDP=333;FR=.;FRO=4;FSAF=133;FSAR=196;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0123806;FXX=0.0147925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.62;QD=62.0788;RBI=0.0129265;REFB=-0.0148487;REVB=0.00371695;RO=3;SAF=131;SAR=195;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728172;STB=0.501925;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=9.95399e-05;OID=.;OPOS=4841470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:334:333:3:4:326:329:0.987988:195:131:0:3:196:133:1:3 chr7 4959807 . G A 340.14 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00835418;FXX=0.048187;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.194;QD=17.2223;RBI=0.0118447;REFB=-0.00252506;REVB=0.00839669;RO=43;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202482;STB=0.511357;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00274732;OID=.;OPOS=4959807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:79:43:43:36:36:0.455696:16:20:23:20:16:20:23:20 chr7 5096958 . T C 565.2 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.00160566;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.027;QD=22.1648;RBI=0.0032666;REFB=-0.0143651;REVB=-0.00284473;RO=45;SAF=29;SAR=27;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14955;STB=0.586033;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0130769;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:45:46:56:56:0.54902:27:29:15:30:27:29:15:31 chr7 5104275 . G A 378.2 PASS AF=0.527027;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0229959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.4;QD=20.443;RBI=0.0256017;REFB=-0.0352336;REVB=-0.0112533;RO=34;SAF=17;SAR=21;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030831;STB=0.529397;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0293797;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:34:35:38:39:0.527027:21:17:14:20:21:18:14:21 chr7 5104359 . G A 198.37 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00265291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.824;QD=13.2249;RBI=0.0105873;REFB=-0.0146172;REVB=-0.0102495;RO=36;SAF=8;SAR=16;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264134;STB=0.651558;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0255683;OID=.;OPOS=5104359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:16:8:21:15:16:8:21:15 chr7 5105133 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0274225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.359;QD=18.2512;RBI=0.0297068;REFB=-0.00875856;REVB=-0.0114238;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291666;STB=0.666444;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00868492;OID=.;OPOS=5105133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:10:5:10:5:10:5:10:5 chr7 5112035 . C T 1009.61 PASS AF=0.447257;AO=104;DP=236;FAO=106;FDP=237;FR=.;FRO=131;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=0.00975911;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.17;QD=17.0399;RBI=0.0939482;REFB=-0.0157017;REVB=0.0934399;RO=130;SAF=48;SAR=56;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154675;STB=0.510351;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0204072;OID=.;OPOS=5112035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:130:131:104:106:0.447257:56:48:62:68:57:49:63:68 chr7 5161512 . G T 519.98 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.092;QD=59.4258;RBI=0.0423765;REFB=0;REVB=0.0401279;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05692e-05;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:20:15:0:0 chr7 5166500 . A G 483.16 PASS AF=0.472222;AO=50;DP=117;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0180028;FXX=0.0769165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8851;QD=17.8947;RBI=0.0268245;REFB=-0.025;REVB=-0.019886;RO=50;SAF=26;SAR=24;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127682;STB=0.536545;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.032473;OID=.;OPOS=5166500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:108:50:57:50:51:0.472222:24:26:33:17:25:26:33:24 chr7 5172098 . CT TG 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0568736;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.195;QD=5.00556;RBI=0.0568819;REFB=-0.0012411;REVB=-0.000966615;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107049;STB=0.571196;STBP=0.758;TYPE=mnp;VARB=0.014603;OID=.;OPOS=5172098;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:3:3:9:13:3:3:9:13 chr7 5172102 . A G 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0263535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5916;QD=4.81096;RBI=0.0337832;REFB=-0.0148172;REVB=-0.0211375;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128769;STB=0.585928;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0118564;OID=.;OPOS=5172102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:9:14:3:3:9:14 chr7 5172115 . A G 52.53 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0390758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.278;QD=6.77851;RBI=0.0392156;REFB=0.00706971;REVB=0.00330877;RO=23;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267706;STB=0.668882;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0169735;OID=.;OPOS=5172115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:3:5:9:14:3:5:9:14 chr7 5254227 . C G 4250.73 PASS AF=1;AO=270;DP=270;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0965596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7329;QD=62.7414;RBI=0.0969367;REFB=0;REVB=0.00854192;RO=0;SAF=129;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189648;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:270:271:0:0:270:271:1:141:129:0:0:141:130:0:0 chr7 5271656 . GCTTCC G 1103.51 PASS AF=0.833333;AO=84;DP=99;FAO=85;FDP=102;FR=.;FRO=17;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00333694;FXX=0.0810738;HRUN=1;LEN=5;MLLD=206.495;QD=43.2748;RBI=0.0264482;REFB=-0.030233;REVB=0.0262368;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.519626;STBP=0.371;TYPE=del;VARB=0.0071087;OID=.;OPOS=5271657;OREF=CTTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:84:99:85:102:17:40:45:10:7:90:0:38:46:0:0 chr7 5327564 . G A 578.55 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=53;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0293889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2131;QD=17.0163;RBI=0.046925;REFB=-0.0126107;REVB=0.036582;RO=75;SAF=53;SAR=8;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4118;STB=0.733981;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0226862;OID=.;OPOS=5327564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:75:75:61:61:0.448529:8:53:43:32:8:53:43:32 chr7 5346735 . T C 614.17 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0310263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.913;QD=58.4925;RBI=0.0633615;REFB=0.0361909;REVB=0.0552453;RO=0;SAF=35;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507039;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00195657;OID=.;OPOS=5346735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:0:1:40:41:0.97619:5:35:0:0:6:35:1:0 chr7 5353057 . C T 71.6 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.00486929;FXX=0.0129853;HRUN=5;LEN=1;MLLD=97.2442;QD=3.76858;RBI=0.0153119;REFB=-0.0102784;REVB=-0.014517;RO=62;SAF=7;SAR=6;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108125;STB=0.577347;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0391958;OID=.;OPOS=5353057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:76:62:63:13:13:0.171053:6:7:28:34:6:7:28:35 chr7 5372406 . G T 1593.97 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301606;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.834;QD=64.4029;RBI=0.0751091;REFB=0;REVB=0.0687875;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161813;OID=.;OPOS=5372406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:46:50:0:0:49:50:0:0 chr7 5427517 . G A 1072.71 PASS AF=0.472103;AO=110;DP=233;FAO=110;FDP=233;FR=.;FRO=123;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=72;FSRR=51;FWDB=-0.00228411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9174;QD=18.4156;RBI=0.0813651;REFB=-0.00548286;REVB=0.081333;RO=122;SAF=48;SAR=62;SRF=72;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146043;STB=0.578344;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00764269;OID=.;OPOS=5427517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:122:123:110:110:0.472103:62:48:72:50:62:48:72:51 chr7 5427652 . G A 1076.53 PASS AF=0.511848;AO=106;DP=210;FAO=108;FDP=211;FR=.;FRO=103;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=41;FSRR=62;FWDB=-0.102671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.318;QD=20.4082;RBI=0.103516;REFB=-0.000142055;REVB=0.0132038;RO=103;SAF=47;SAR=59;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414903;STB=0.518518;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=1.19814e-05;OID=.;OPOS=5427652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:103:103:106:108:0.511848:59:47:41:62:61:47:41:62 chr7 5427720 . A G 1984.93 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328857;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.096;QD=62.5176;RBI=0.0253495;REFB=0;REVB=-0.0251353;RO=0;SAF=56;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94862e-06;OID=.;OPOS=5427720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:127:0:0:127:127:1:71:56:0:0:71:56:0:0 chr7 5427942 . C CGGT 34.74 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0161393;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=3;MLLD=178.46;QD=4.21105;RBI=0.0162803;REFB=-0.0320871;REVB=-0.00213773;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357909;STB=0.705223;STBP=0.322;TYPE=ins;VARB=0.0522566;OID=.;OPOS=5427943;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=CGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:6:39:6:33:27:4:2:11:16:34:31:4:2:11:20 chr7 5434135 . A G 1843.73 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.675;QD=60.4501;RBI=0.0113366;REFB=0;REVB=-0.00765424;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187776;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:121:122:0:0:120:122:1:62:58:0:0:63:59:0:0 chr7 5460550 . C T 2573.77 PASS AF=0.476534;AO=264;DP=554;FAO=264;FDP=554;FR=.;FRO=290;FSAF=132;FSAR=132;FSRF=143;FSRR=147;FWDB=-0.00567951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.323;QD=18.5832;RBI=0.00639171;REFB=-0.00428129;REVB=0.00293208;RO=290;SAF=132;SAR=132;SRF=143;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00657279;STB=0.50361;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00410264;OID=.;OPOS=5460550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:554:554:290:290:264:264:0.476534:132:132:143:147:132:132:143:147 chr7 5468375 . T G 62.28 PASS AF=0.16;AO=8;DP=76;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=50;FSRR=13;FWDB=-0.00160441;FXX=0.0131562;HRUN=27;LEN=1;MLLD=118.407;QD=3.32137;RBI=0.0609084;REFB=-0.000454386;REVB=-0.0608872;RO=61;SAF=6;SAR=2;SRF=48;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619529;STB=0.715821;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.000434838;OID=.;OPOS=5468375;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:76:75:61:63:8:12:0.16:2:6:48:13:1:11:50:13 chr7 5487423 . C G 545.5 PASS AF=0.384615;AO=61;DP=165;FAO=65;FDP=169;FR=.;FRO=104;FSAF=58;FSAR=7;FSRF=74;FSRR=30;FWDB=-0.0100106;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2188;QD=12.9111;RBI=0.0399093;REFB=-0.0196128;REVB=-0.0386334;RO=86;SAF=54;SAR=7;SRF=68;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197205;STB=0.698948;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0124402;OID=.;OPOS=5487423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:169:86:104:61:65:0.384615:7:54:68:18:7:58:74:30 chr7 5487457 . CT AC,CC 2857.98 PASS AF=0.437186,0.562814;AO=81,101;DP=198;FAO=87,112;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=72,79;FSAR=15,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036942,0.00789101;FXX=0.0568693;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=217.386,135.715;QD=57.4469;RBI=0.0480891,0.0506209;REFB=0,0;REVB=0.047947,0.0500021;RO=0;SAF=67,77;SAR=14,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.54989e-08,5.66415e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00212009,0.00679096;OID=.,.;OPOS=5487457,5487458;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:198:199:0:0:81,101:87,112:0.437186,0.562814:14,24:67,77:0:0:15,33:72,79:0:0 chr7 5515624 . T G 3541.96 PASS AF=1;AO=223;DP=223;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.638;QD=62.6895;RBI=0.0138242;REFB=0;REVB=-0.0123136;RO=0;SAF=117;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41699e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18382e-05;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:226:0:0:223:226:1:106:117:0:0:109:117:0:0 chr7 5518331 . A G 428.33 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6428;QD=57.1106;RBI=0.0614098;REFB=0;REVB=0.0546181;RO=0;SAF=2;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56306e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135344;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:28:2:0:0:28:2:0:0 chr7 5518333 . A T 197.35 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0228262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.021;QD=26.3139;RBI=0.0244704;REFB=-0.0317503;REVB=0.0088185;RO=11;SAF=1;SAR=18;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11111;STB=0.562426;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0184829;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:18:1:1:10:18:1:1:10 chr7 5528883 . G A 713.67 PASS AF=0.628866;AO=61;DP=97;FAO=61;FDP=97;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00534339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.149;QD=29.4295;RBI=0.00763008;REFB=-0.0114946;REVB=0.00544668;RO=36;SAF=30;SAR=31;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896055;STB=0.548579;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00596714;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:36:36:61:61:0.628866:31:30:13:23:31:30:13:23 chr7 5529758 . G A 390.32 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0125009;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.199;QD=20.543;RBI=0.0181367;REFB=-0.0168016;REVB=0.0131404;RO=33;SAF=13;SAR=26;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879471;STB=0.51999;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0165322;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:37:39:39:0.513158:26:13:8:25:26:13:11:26 chr7 5540769 . A C 4704.5 PASS AF=1;AO=301;DP=301;FAO=301;FDP=301;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8231;QD=62.5182;RBI=0.0160711;REFB=0;REVB=-0.0156441;RO=0;SAF=138;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77781e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37591e-05;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:301:301:0:0:301:301:1:163:138:0:0:163:138:0:0 chr7 5541657 . G A 359.54 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0234291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8214;QD=17.3274;RBI=0.0236707;REFB=-0.00281321;REVB=0.00337338;RO=45;SAF=22;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879276;STB=0.54927;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0027948;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:16:22:22:23:16:22:22:23 chr7 5643145 . T C 319.8 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0532497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0438;QD=18.5389;RBI=0.0532779;REFB=0.0104099;REVB=-0.00173344;RO=35;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116399;STB=0.50649;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0115907;OID=.;OPOS=5643145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:19:15:15:20:19:15:15:20 chr7 5911403 . G A 280.06 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0186172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3388;QD=20.0045;RBI=0.0420551;REFB=-0.0199583;REVB=0.0377098;RO=26;SAF=21;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071765;STB=0.545158;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0150937;OID=.;OPOS=5911403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:29:30:0.535714:8:21:17:9:8:22:17:9 chr7 5965258 . T C 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0941532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.28;QD=5.21552;RBI=0.0950312;REFB=0.00974504;REVB=-0.0128884;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275267;STB=0.682326;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0367544;OID=.;OPOS=5965258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:9:12:2:4:9:12 chr7 5965334 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0436094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.406;QD=22.3414;RBI=0.0479167;REFB=-0.0205541;REVB=0.0198552;RO=14;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135573;STB=0.576524;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0125417;OID=.;OPOS=5965334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:13:5:6:8:13:5:6:8 chr7 5983012 . A G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.026598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.891;QD=23.0877;RBI=0.0433231;REFB=-2.54884e-05;REVB=0.0341971;RO=18;SAF=5;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214046;STB=0.620667;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=5.22164e-05;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:17:5:8:10:17:5:8:10 chr7 6013049 . C G 47.05 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.19672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.315;QD=11.0703;RBI=0.196745;REFB=-0.0229186;REVB=0.00312687;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358511;STB=0.780525;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00744466;OID=.;OPOS=6013049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:7:10:7:7:0.411765:5:2:5:2:5:2:8:2 chr7 6026775 . T C 1371.5 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0146439;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.881;QD=60.2857;RBI=0.0210488;REFB=0.0520794;REVB=0.0151198;RO=1;SAF=25;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00734866;STB=0.505928;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000144946;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:91:1:2:89:89:0.978022:64:25:0:1:64:25:1:1 chr7 6026988 . G A 2735.75 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00322707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.03;QD=61.8249;RBI=0.00780432;REFB=0.00197639;REVB=-0.00710587;RO=1;SAF=90;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550317;STB=0.50289;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-1.8632e-05;OID=.;OPOS=6026988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:177:1:1:176:176:0.99435:86:90:0:1:86:90:0:1 chr7 6036980 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.602;QD=52.6123;RBI=0.0755325;REFB=0;REVB=-0.0744203;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00167215;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr7 6063283 . C T 1376.1 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0194748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.856;QD=59.1869;RBI=0.0240271;REFB=-0.040107;REVB=-0.0140724;RO=3;SAF=45;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101827;STB=0.505375;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=7.18472e-05;OID=.;OPOS=6063283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:90:90:0.967742:45:45:2:1:45:45:2:1 chr7 6071060 . G A 1949.5 PASS AF=0.992188;AO=122;DP=126;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0476041;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.776;QD=60.922;RBI=0.0492609;REFB=-0.0243008;REVB=0.0126686;RO=0;SAF=50;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83711e-08;STB=0.504504;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000227664;OID=.;OPOS=6071060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:128:0:1:122:127:0.992188:72:50:0:0:72:55:1:0 chr7 6075523 . G A 205.63 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=90;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00153627;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.629;QD=8.94054;RBI=0.0192895;REFB=-0.00271412;REVB=0.0192282;RO=63;SAF=14;SAR=13;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063033;STB=0.546891;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0112917;OID=.;OPOS=6075523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:63:65:27:27:0.293478:13:14:36:27:13:14:38:27 chr7 6075823 . A T 2048.89 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.279;QD=61.6207;RBI=0.0223712;REFB=0.0482977;REVB=0.0178383;RO=0;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00046703;OID=.;OPOS=6075823;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:0:1:132:132:0.992481:68:64:0:0:68:64:0:1 chr7 6189780 . T C 2510.47 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0863674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6728;QD=60.8599;RBI=0.089514;REFB=0.0652349;REVB=-0.0235251;RO=1;SAF=81;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583882;STB=0.503067;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00305874;OID=.;OPOS=6189780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:1:1:164:164:0.993939:83:81:1:0:83:81:1:0 chr7 6193464 . T G 4742.04 PASS AF=1;AO=300;DP=300;FAO=303;FDP=303;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474171;FXX=0.0098036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.506;QD=62.6011;RBI=0.0480177;REFB=0;REVB=0.00757099;RO=0;SAF=149;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8632e-05;OID=.;OPOS=6193464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:300:303:0:0:300:303:1:151:149:0:0:152:151:0:0 chr7 6193521 . G C 1765.35 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.43;QD=60.3539;RBI=0.0514521;REFB=0;REVB=0.0154583;RO=0;SAF=31;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50672e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23559e-05;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:107:117:0:0:106:117:1:75:31:0:0:82:35:0:0 chr7 6194274 . T C 2601.47 PASS AF=1;AO=167;DP=172;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495266;FXX=0.0290681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.533;QD=62.3106;RBI=0.00495271;REFB=0;REVB=-2.24285e-05;RO=0;SAF=78;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90935e-05;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:167:0:0:167:167:1:89:78:0:0:89:78:0:0 chr7 6199072 . G C 1885.87 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109403;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.532;QD=61.8317;RBI=0.0227947;REFB=0;REVB=0.0199977;RO=0;SAF=60;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3261e-05;OID=.;OPOS=6199072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:61:60:0:0:62:60:0:0 chr7 6202413 . T C 1098.62 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6267;QD=60.1983;RBI=0.0183397;REFB=0;REVB=0.00338203;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.68215e-05;OID=.;OPOS=6202413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr7 6204999 . A C 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.444;QD=61.5346;RBI=0.022381;REFB=0;REVB=0.016579;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1454e-06;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr7 6370077 . C T 618.33 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0173296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.097;QD=16.0606;RBI=0.020715;REFB=-0.0246098;REVB=-0.0113488;RO=86;SAF=37;SAR=31;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210151;STB=0.511714;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0292378;OID=.;OPOS=6370077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:86:86:68:68:0.441558:31:37:45:41:31:37:45:41 chr7 6370144 . G A 1525.66 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.709;QD=59.8296;RBI=0.00781711;REFB=0;REVB=0.00238579;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25098e-06;OID=.;OPOS=6370144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:100:102:1:47:53:0:0:48:54:0:0 chr7 6370194 . C T 1523.53 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5472;QD=58.5972;RBI=0.0438595;REFB=-0.0355976;REVB=0.000315571;RO=1;SAF=62;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117132;STB=0.506172;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000523111;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:1:1:102:103:0.990385:40:62:0:1:40:63:0:1 chr7 6370305 . C G,T 1351.45 PASS AF=0.967033,0.032967;AO=76,9;DP=85;FAO=88,3;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40,1;FSAR=48,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026188,0.00567755;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.7259,71.8157;QD=59.4044;RBI=0.043716,0.00570671;REFB=0,0;REVB=0.035004,0.000576189;RO=0;SAF=35,6;SAR=41,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0246556,0.0235001;OID=.,.;OPOS=6370305,6370305;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:85:91:0:0:76,9:88,3:0.967033,0.032967:41,3:35,6:0:0:48,2:40,1:0:0 chr7 6370406 . C T 702.48 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0330506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.294;QD=51.0896;RBI=0.0394472;REFB=-0.186531;REVB=0.0215346;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018468;STB=0.528291;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0012737;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:55:55:1:3:52:52:0.945455:27:25:1:0:27:25:3:0 chr7 6370575 . C T 383.78 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.064381;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.6266;QD=14.7608;RBI=0.0646191;REFB=-0.00149019;REVB=0.00554286;RO=59;SAF=18;SAR=26;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679535;STB=0.533913;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00136892;OID=.;OPOS=6370575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:60:44:44:0.423077:26:18:28:31:26:18:28:32 chr7 6456302 . C T 5203.67 PASS AF=1;AO=328;DP=329;FAO=329;FDP=329;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524634;FXX=0.00303021;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7691;QD=63.2665;RBI=0.0244625;REFB=0;REVB=0.0238933;RO=0;SAF=155;SAR=173;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.34203e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50535e-05;OID=.;OPOS=6456302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:329:329:0:0:328:329:1:173:155:0:0:174:155:0:0 chr7 6461534 . C T 734.18 PASS AF=0.434066;AO=79;DP=183;FAO=79;FDP=182;FR=.;FRO=103;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=-0.0486546;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4421;QD=16.1359;RBI=0.05784;REFB=-0.00439115;REVB=-0.0312762;RO=101;SAF=30;SAR=49;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791156;STB=0.539387;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00445332;OID=.;OPOS=6461534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:101:103:79:79:0.434066:49:30:46:55:49:30:46:57 chr7 6656830 . G A 2458.66 PASS AF=0.987879;AO=162;DP=165;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00409382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.731;QD=59.604;RBI=0.0153079;REFB=-0.108659;REVB=0.0147503;RO=3;SAF=88;SAR=74;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00730868;STB=0.500486;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=2.07616e-05;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:165:3:2:162:163:0.987879:74:88:1:2:75:88:1:1 chr7 6656897 . A G 2306.52 PASS AF=0.987179;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.046874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3617;QD=59.1417;RBI=0.107565;REFB=-0.0167157;REVB=-0.0968141;RO=2;SAF=84;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111904;STB=0.505882;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0026247;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:156:2:2:153:154:0.987179:69:84:2:0:70:84:2:0 chr7 6660790 . G A 1556.35 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.666;QD=63.5243;RBI=0.0380505;REFB=0;REVB=-0.0165169;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93351e-05;OID=.;OPOS=6660790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:53:44:0:0:54:44:0:0 chr7 6713936 . C T 299.02 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0128781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.573;QD=16.1634;RBI=0.0245935;REFB=-0.00692098;REVB=0.0209521;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748084;STB=0.542084;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00895688;OID=.;OPOS=6713936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:16:17:18:23:16:17:18:23 chr7 6713940 . CAG C 248.06 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00972654;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.352;QD=14.38;RBI=0.0165205;REFB=-0.0253241;REVB=0.0133537;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582233;STB=0.519025;STBP=0.803;TYPE=del;VARB=0.0210301;OID=.;OPOS=6713941;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42029:29:72:29:69:40:14:15:18:22:99:35:15:14:16:19 chr7 6713985 . A G 705.82 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0159266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.473;QD=58.8182;RBI=0.0316065;REFB=-0.216918;REVB=0.0273004;RO=2;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034276;STB=0.501824;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00263469;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:2:2:46:46:0.958333:25:21:1:1:25:21:1:1 chr7 6714028 . G A 158.73 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0161641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.932;QD=17.1597;RBI=0.0226794;REFB=-0.0088593;REVB=0.0159084;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844149;STB=0.54833;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0118161;OID=.;OPOS=6714028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:10:10:10:7:10:10 chr7 6776956 . A G 592.38 PASS AF=0.452555;AO=61;DP=136;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.00438692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.478;QD=17.2957;RBI=0.0455179;REFB=-0.00902231;REVB=-0.045306;RO=75;SAF=30;SAR=31;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410774;STB=0.52705;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0128741;OID=.;OPOS=6776956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:75:75:61:62:0.452555:31:30:40:35:32:30:40:35 chr7 6777043 . C T 530.34 PASS AF=0.438462;AO=56;DP=131;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00366346;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.837;QD=16.3182;RBI=0.0128916;REFB=0.00746127;REVB=-0.0123601;RO=71;SAF=30;SAR=26;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707929;STB=0.543215;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00937128;OID=.;OPOS=6777043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:71:73:56:57:0.438462:26:30:43:28:27:30:44:29 chr7 6803602 . C T 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=-0.031562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.838;QD=4.1017;RBI=0.0317478;REFB=0.000920966;REVB=0.00342951;RO=40;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873581;STB=0.558687;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0039963;OID=.;OPOS=6803602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:6:2:8:32:6:2:8:32 chr7 7283569 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6453;QD=59.0174;RBI=0.00448092;REFB=0;REVB=0.0035498;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05239e-05;OID=.;OPOS=7283569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr7 7495735 . T C 2834.78 PASS AF=0.994505;AO=182;DP=183;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00936073;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.062;QD=62.3029;RBI=0.0147019;REFB=-0.159473;REVB=0.0113368;RO=0;SAF=82;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000212513;OID=.;OPOS=7495735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:182:0:1:182:181:0.994505:100:82:0:0:100:81:1:0 chr7 7514235 . C G 1748.76 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9145;QD=60.8264;RBI=0.0281164;REFB=0;REVB=0.0233815;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96676e-05;OID=.;OPOS=7514235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:63:51:0:0:63:52:0:0 chr7 7571094 . G C 1683.96 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187197;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.127;QD=60.6832;RBI=0.0213664;REFB=0;REVB=0.0212842;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240553;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:107:111:1:48:59:0:0:50:61:0:0 chr7 7646651 . G T 1880.48 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471264;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.931;QD=61.655;RBI=0.0481109;REFB=0;REVB=0.00968296;RO=0;SAF=71;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42804e-05;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:51:71:0:0:51:71:0:0 chr7 7646687 . A G 2284.66 PASS AF=0.993421;AO=149;DP=150;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00250161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.373;QD=60.1226;RBI=0.0112079;REFB=-0.0179264;REVB=0.0109252;RO=0;SAF=79;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=4.38131e-06;OID=.;OPOS=7646687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:152:0:1:149:151:0.993421:70:79:0:0:71:80:0:1 chr7 8125964 . C T 690.42 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=160;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.00931714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.676;QD=17.2604;RBI=0.0116396;REFB=-0.0140482;REVB=-0.00697644;RO=86;SAF=36;SAR=38;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320382;STB=0.517762;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0163821;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:86:86:74:74:0.4625:38:36:39:47:38:36:39:47 chr7 8132252 . T C 790.4 PASS AF=0.523179;AO=79;DP=152;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00139693;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.501;QD=20.9379;RBI=0.00826474;REFB=-0.0125874;REVB=-0.00814583;RO=73;SAF=39;SAR=40;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604725;STB=0.530115;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0110741;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:73:72:79:79:0.523179:40:39:31:42:40:39:31:41 chr7 8153053 . T C 560.89 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0250179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.037;QD=21.7821;RBI=0.0620397;REFB=-0.00117717;REVB=-0.0567718;RO=47;SAF=31;SAR=25;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719283;STB=0.539427;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.000892464;OID=.;OPOS=8153053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:25:31:30:17:25:31:30:17 chr7 8196529 . A T 1512.98 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.345;QD=59.9199;RBI=0.0223345;REFB=0;REVB=-0.0146939;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22441e-05;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr7 8475410 . A G 461.71 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0327649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1739;QD=19.4404;RBI=0.0516559;REFB=-0.00303717;REVB=-0.0399348;RO=45;SAF=19;SAR=27;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488818;STB=0.518979;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00720648;OID=.;OPOS=8475410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:45:49:46:46:0.484211:27:19:21:24:27:19:22:27 chr7 8792148 . T C 1647.35 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0088718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9716;QD=58.3133;RBI=0.0089235;REFB=-0.0419918;REVB=-0.000959229;RO=2;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155607;STB=0.508195;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-2.28839e-05;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:2:2:111:111:0.982301:60:51:0:2:60:51:0:2 chr7 11509561 . G C 717.08 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=149;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.0122952;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.882;QD=19.3805;RBI=0.0548066;REFB=-0.00350041;REVB=-0.0534097;RO=76;SAF=33;SAR=38;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106466;STB=0.555308;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00394143;OID=.;OPOS=11509561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:76:77:71:71:0.47973:38:33:44:32:38:33:44:33 chr7 11521542 . T C 620.92 PASS AF=0.463768;AO=62;DP=142;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0104677;FXX=0.0416638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1982;QD=17.9977;RBI=0.0109751;REFB=0.00104102;REVB=-0.00329852;RO=74;SAF=33;SAR=29;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615387;STB=0.525933;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.000333116;OID=.;OPOS=11521542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:138:74:74:62:64:0.463768:29:33:44:30:29:35:44:30 chr7 11581121 . T C 2639.7 PASS AF=0.961538;AO=175;DP=182;FAO=175;FDP=182;FR=.;FRO=7;FSAF=77;FSAR=98;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.002868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.405;QD=58.0155;RBI=0.0157964;REFB=0.0233627;REVB=0.0155339;RO=6;SAF=77;SAR=98;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00682868;STB=0.500446;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=1.83316e-06;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:182:182:6:7:175:175:0.961538:98:77:2:4:98:77:3:4 chr7 11581134 . T C 953.31 PASS AF=0.502674;AO=94;DP=187;FAO=94;FDP=187;FR=.;FRO=93;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0080621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.999;QD=20.3917;RBI=0.0215583;REFB=-0.0187881;REVB=-0.0199941;RO=93;SAF=41;SAR=53;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338182;STB=0.518587;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0185036;OID=.;OPOS=11581134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:93:93:94:94:0.502674:53:41:44:49:53:41:44:49 chr7 11582681 . T C 795.58 PASS AF=0.488095;AO=82;DP=168;FAO=82;FDP=168;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.0302181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2321;QD=18.9423;RBI=0.0312346;REFB=-0.00408219;REVB=-0.00790323;RO=85;SAF=32;SAR=50;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00944017;STB=0.502742;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00468769;OID=.;OPOS=11582681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:85:86:82:82:0.488095:50:32:34:51:50:32:34:52 chr7 11675855 . C T 724.28 PASS AF=0.463855;AO=78;DP=165;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.0802327;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7971;QD=17.4525;RBI=0.0884352;REFB=-0.0196564;REVB=-0.0371952;RO=86;SAF=40;SAR=38;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209493;STB=0.517609;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0226843;OID=.;OPOS=11675855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:86:89:78:77:0.463855:38:40:46:40:38:39:48:41 chr7 11676065 . G C 576.33 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00539308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.23;QD=24.0139;RBI=0.0216029;REFB=-0.000226931;REVB=-0.0209189;RO=42;SAF=30;SAR=23;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072914;STB=0.535064;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000126946;OID=.;OPOS=11676065;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:43:53:53:0.552083:23:30:20:22:23:30:21:22 chr7 12269417 . C G 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0408971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.816;QD=59.173;RBI=0.0426443;REFB=-0.0612954;REVB=0.0120816;RO=1;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956081;STB=0.505049;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000960166;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:49:27:0:1:49:27:0:1 chr7 12271997 . G A 887.91 PASS AF=1;AO=52;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7981;QD=58.2239;RBI=0.0632855;REFB=0;REVB=-0.0518051;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36445e-05;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:52:61:1:20:32:0:0:28:33:0:0 chr7 12370794 . T C 828.62 PASS AF=0.518519;AO=83;DP=162;FAO=84;FDP=162;FR=.;FRO=78;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0401093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.235;QD=20.4597;RBI=0.107084;REFB=-0.0015364;REVB=0.0992882;RO=77;SAF=55;SAR=28;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865283;STB=0.533887;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00234429;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:77:78:83:84:0.518519:28:55:44:33:29:55:46:32 chr7 12376811 . A C 819.77 PASS AF=0.438776;AO=86;DP=196;FAO=86;FDP=196;FR=.;FRO=110;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=0.00450744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.842;QD=16.7301;RBI=0.00567737;REFB=-0.00128463;REVB=-0.00345188;RO=110;SAF=36;SAR=50;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00896272;STB=0.504988;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00160653;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:110:110:86:86:0.438776:50:36:47:63:50:36:47:63 chr7 12391319 . G T 538.1 PASS AF=0.561798;AO=49;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0136244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.171;QD=24.184;RBI=0.0231186;REFB=-0.0173566;REVB=-0.0186774;RO=36;SAF=21;SAR=28;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762018;STB=0.539452;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0105133;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:39:49:50:0.561798:28:21:12:24:29:21:13:26 chr7 12393966 . A G 1052.65 PASS AF=0.925;AO=74;DP=80;FAO=74;FDP=80;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0155283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1707;QD=52.6325;RBI=0.0573687;REFB=-0.12452;REVB=0.0552271;RO=6;SAF=26;SAR=48;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974729;STB=0.55171;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00992;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:80:80:6:6:74:74:0.925:48:26:6:0:48:26:6:0 chr7 12393974 . A C 1159.41 PASS AF=0.975;AO=58;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0133074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.281;QD=57.9705;RBI=0.0167718;REFB=0.00938638;REVB=0.0102081;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192485;STB=0.516125;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.000195879;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:1:2:58:78:0.975:34:24:1:0:48:30:2:0 chr7 12394053 . G T 1606.86 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.957;QD=64.2744;RBI=0.0322118;REFB=0;REVB=-0.0195449;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28926e-05;OID=.;OPOS=12394053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chr7 12395813 . T C 1840.12 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.122;QD=61.3374;RBI=0.0194369;REFB=0;REVB=-0.0193535;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.29341e-05;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:59:61:0:0:59:61:0:0 chr7 12399246 . A C 374.58 PASS AF=0.430108;AO=39;DP=92;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.080002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6085;QD=16.1111;RBI=0.10992;REFB=-0.0174221;REVB=0.0753803;RO=53;SAF=21;SAR=18;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00895564;STB=0.512676;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0257281;OID=.;OPOS=12399246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:53:53:39:40:0.430108:18:21:29:24:19:21:29:24 chr7 12400837 . G A 1576.37 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00830741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.18;QD=63.6917;RBI=0.00840199;REFB=0;REVB=0.0012571;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137477;OID=.;OPOS=12400837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:97:99:1:47:50:0:0:49:50:0:0 chr7 12406989 . C G 1816.01 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045492;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.724;QD=60.5338;RBI=0.0895203;REFB=0;REVB=0.0894047;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492034;OID=.;OPOS=12406989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:120:0:0:106:120:1:49:57:0:0:62:58:0:0 chr7 12410112 . G A 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.000738544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.049;QD=13.9955;RBI=0.00106588;REFB=-0.000664833;REVB=0.000768543;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793142;STB=0.510197;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000792894;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:42:29:29:0.408451:14:15:21:19:14:15:21:21 chr7 12417407 . C T 1175.84 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0195915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.738;QD=59.5361;RBI=0.0220642;REFB=0.00494099;REVB=-0.0101488;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108815;STB=0.505746;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000165494;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:43:35:0:1:43:35:0:1 chr7 12419108 . A T 432.9 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00406506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.319;QD=18.2272;RBI=0.0293298;REFB=-0.00691777;REVB=-0.0290468;RO=50;SAF=21;SAR=23;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135683;STB=0.569764;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0112392;OID=.;OPOS=12419108;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:51:44:44:0.463158:23:21:31:19:23:21:31:20 chr7 12428608 . C A 589.9 PASS AF=0.55102;AO=53;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00294004;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.818;QD=24.0777;RBI=0.0040205;REFB=0.00647708;REVB=-0.00274236;RO=45;SAF=20;SAR=33;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200072;STB=0.518452;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00519045;OID=.;OPOS=12428608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:44:53:54:0.55102:33:20:18:27:34:20:18:26 chr7 12428803 . G A 691.49 PASS AF=0.469136;AO=66;DP=152;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.0124426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.855;QD=17.0739;RBI=0.0135879;REFB=-0.0112888;REVB=0.00546008;RO=80;SAF=23;SAR=43;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547398;STB=0.505871;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0144089;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:162:80:86:66:76:0.469136:43:23:32:48:45:31:36:50 chr7 12610594 . A G 537.48 PASS AF=0.495575;AO=54;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0343531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3475;QD=19.026;RBI=0.0771424;REFB=-0.0127453;REVB=-0.0690711;RO=41;SAF=23;SAR=31;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891815;STB=0.523462;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0131484;OID=.;OPOS=12610594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:41:57:54:56:0.495575:31:23:13:28:33:23:26:31 chr7 12611252 . T C 935.79 PASS AF=0.482587;AO=96;DP=201;FAO=97;FDP=201;FR=.;FRO=104;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=41;FSRR=63;FWDB=0.0452694;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.278;QD=18.6227;RBI=0.0534045;REFB=-0.0159313;REVB=0.0283324;RO=101;SAF=35;SAR=61;SRF=38;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116601;STB=0.518539;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0185001;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:101:104:96:97:0.482587:61:35:38:63:62:35:41:63 chr7 12620804 . C T 775.76 PASS AF=0.423469;AO=83;DP=196;FAO=83;FDP=196;FR=.;FRO=113;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=-0.0101502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.285;QD=15.8319;RBI=0.0101797;REFB=0.00644478;REVB=0.000773836;RO=113;SAF=37;SAR=46;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150028;STB=0.50838;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00747817;OID=.;OPOS=12620804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:113:113:83:83:0.423469:46:37:52:61:46:37:52:61 chr7 12636026 . T C 1026.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8325;QD=59.4971;RBI=0.0820619;REFB=0;REVB=0.0818182;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486307;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr7 12729604 . T G 318.48 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0243554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.844;QD=15.7275;RBI=0.0628478;REFB=-0.0303942;REVB=-0.0579367;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06345;STB=0.528979;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.060014;OID=.;OPOS=12729604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:46:35:35:0.432099:18:17:20:16:18:17:20:26 chr7 12730362 . A G 581.92 PASS AF=0.417722;AO=66;DP=159;FAO=66;FDP=158;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=62;FWDB=-0.00884209;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.801;QD=14.7321;RBI=0.0106648;REFB=-0.000726842;REVB=0.00596289;RO=92;SAF=32;SAR=34;SRF=30;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166706;STB=0.593023;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00136049;OID=.;OPOS=12730362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:92:92:66:66:0.417722:34:32:30:62:34:32:30:62 chr7 13935307 . C T 437.07 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=24;FWDB=-0.00922271;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.408;QD=26.8969;RBI=0.00938527;REFB=-0.0116107;REVB=0.00173924;RO=24;SAF=4;SAR=37;SRF=0;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228453;STB=0.622402;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0071452;OID=.;OPOS=13935307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:37:4:0:24:37:4:0:24 chr7 14025727 . C T 2215.55 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100876;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.515;QD=63.3014;RBI=0.0126245;REFB=0;REVB=0.00759069;RO=0;SAF=67;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61422e-05;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:139:140:1:72:67:0:0:73:67:0:0 chr7 14025766 . T A 2351.46 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9221;QD=61.0768;RBI=0.0307685;REFB=0;REVB=-0.0168056;RO=0;SAF=75;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127679;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:79:75:0:0:79:75:0:0 chr7 14758273 . C T 2991.09 PASS AF=0.980392;AO=196;DP=200;FAO=200;FDP=204;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=124;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00809783;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4363;QD=58.6488;RBI=0.00820554;REFB=-0.110204;REVB=-0.00132518;RO=3;SAF=74;SAR=122;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189115;STB=0.507669;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00204759;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:200:204:3:4:196:200:0.980392:122:74:3:0:124:76:3:1 chr7 15433724 . CAA CAAA,C 132.16 PASS AF=0,0.37931;AO=7,22;DP=58;FAO=0,22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=0,17;FSAR=0,5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0215597,-0.00969819;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=10.6086,34.0634;QD=9.11468;RBI=0.236143,0.131917;REFB=-0.0742663,0.0387699;REVB=-0.235156,0.13156;RO=28;SAF=2,17;SAR=5,5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0.333333;SSEP=0,0;SSSB=-0.263679,0.305269;STB=0.5,0.705682;STBP=1,0.023;TYPE=ins,del;VARB=0.0988993,-0.0323092;OID=.,.;OPOS=15433725,15433725;OREF=-,AA;OALT=A,-;OMAPALT=CAAA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.37931:7,22:58:0,22:58:36:0,17:0,5:17:19:99:28:2,17:5,5:14:14 chr7 15651692 . T C 377.96 PASS AF=0.4;AO=44;DP=107;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.0518284;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4073;QD=12.5988;RBI=0.0525088;REFB=-0.0084654;REVB=-0.00842542;RO=63;SAF=9;SAR=35;SRF=17;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971841;STB=0.564488;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.010966;OID=.;OPOS=15651692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:120:63:72:44:48:0.4:35:9:17:46:35:13:26:46 chr7 15651770 . C T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9024;QD=56.7042;RBI=0.0728549;REFB=0;REVB=-0.0103923;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830754;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chr7 15652068 . T G 1395.57 PASS AF=0.470968;AO=145;DP=310;FAO=146;FDP=310;FR=.;FRO=164;FSAF=83;FSAR=63;FSRF=81;FSRR=83;FWDB=0.00346006;FXX=0.00321533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.464;QD=18.0074;RBI=0.0301811;REFB=-0.00355313;REVB=0.0299822;RO=164;SAF=83;SAR=62;SRF=81;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762313;STB=0.539772;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00342407;OID=.;OPOS=15652068;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:164:164:145:146:0.470968:62:83:81:83:63:83:81:83 chr7 16129083 . T C 32.27 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0240533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6138;QD=3.00165;RBI=0.1338;REFB=-0.0164677;REVB=0.131621;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2643;STB=0.676339;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0329272;OID=.;OPOS=16129083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:43:43:34:37:6:6:0.139535:2:4:15:19:2:4:17:20 chr7 16129085 . T G 59.76 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0018004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.73;QD=5.5587;RBI=0.0337236;REFB=-0.0206671;REVB=0.0336755;RO=33;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289624;STB=0.676533;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0648638;OID=.;OPOS=16129085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:43:33:34:9:9:0.209302:3:6:14:19:3:6:15:19 chr7 16129172 . A G 657.34 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.131759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.917;QD=59.7577;RBI=0.13182;REFB=-0.113365;REVB=0.00401279;RO=2;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409436;STB=0.510633;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00427639;OID=.;OPOS=16129172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:2:1:42:43:0.977273:23:19:1:1:23:20:0:1 chr7 16566645 . C G 1154.0 PASS AF=0.429066;AO=124;DP=289;FAO=124;FDP=289;FR=.;FRO=165;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=72;FSRR=93;FWDB=0.0277106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6502;QD=15.9724;RBI=0.0472016;REFB=0.0134094;REVB=0.0382115;RO=165;SAF=68;SAR=56;SRF=72;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114675;STB=0.563756;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0217275;OID=.;OPOS=16566645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:165:165:124:124:0.429066:56:68:72:93:56:68:72:93 chr7 16639615 . A C 647.52 PASS AF=0.44375;AO=71;DP=160;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.0310391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2514;QD=16.1881;RBI=0.0682992;REFB=-0.0113579;REVB=0.0608387;RO=89;SAF=36;SAR=35;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00142269;STB=0.500792;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0138413;OID=.;OPOS=16639615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:89:89:71:71:0.44375:35:36:45:44:35:36:45:44 chr7 16666725 . C T 927.58 PASS AF=0.555556;AO=88;DP=162;FAO=90;FDP=162;FR=.;FRO=72;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0284189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.718;QD=22.9032;RBI=0.0296206;REFB=-0.0114845;REVB=-0.00835127;RO=72;SAF=47;SAR=41;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627653;STB=0.503721;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.010716;OID=.;OPOS=16666725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:72:72:88:90:0.555556:41:47:39:33:42:48:39:33 chr7 16666741 . T G 569.68 PASS AF=0.416667;AO=63;DP=154;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.0215835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8834;QD=14.6073;RBI=0.0243819;REFB=0.00259079;REVB=0.0113415;RO=91;SAF=30;SAR=33;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538877;STB=0.53845;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0030015;OID=.;OPOS=16666741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:91:91:63:65:0.416667:33:30:48:43:35:30:48:43 chr7 16666759 . G C 563.82 PASS AF=0.414966;AO=59;DP=145;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.00724286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0335;QD=15.3421;RBI=0.037094;REFB=0.0045915;REVB=0.0363801;RO=85;SAF=30;SAR=29;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00963222;STB=0.518389;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.00694668;OID=.;OPOS=16666759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:85:86:59:61:0.414966:29:30:44:41:31:30:45:41 chr7 16816000 . T C 1369.76 PASS AF=0.476027;AO=118;DP=299;FAO=139;FDP=292;FR=.,HEALED;FRO=150;FSAF=52;FSAR=87;FSRF=55;FSRR=95;FWDB=-0.0139543;FXX=0.0234106;HRUN=6;LEN=1;MLLD=222.353;QD=18.7639;RBI=0.0391322;REFB=-0.0223295;REVB=-0.0365597;RO=101;SAF=47;SAR=71;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752243;STB=0.504128;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0162433;OID=.;OPOS=16816000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:292:101:150:118:139:0.476027:71:47:49:52:87:52:55:95 chr7 16832382 . T A 323.93 PASS AF=0.289308;AO=45;DP=158;FAO=46;FDP=159;FR=.;FRO=113;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=67;FSRR=46;FWDB=-0.00196621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.297;QD=8.14913;RBI=0.023782;REFB=-0.000486044;REVB=0.0237006;RO=113;SAF=24;SAR=21;SRF=67;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732533;STB=0.53561;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00199572;OID=.;OPOS=16832382;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:113:113:45:46:0.289308:21:24:67:46:21:25:67:46 chr7 16834551 . C A 3389.09 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897518;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.732;QD=62.4717;RBI=0.0112548;REFB=0;REVB=-0.00679099;RO=0;SAF=99;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.25314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18504e-05;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:218:217:0:0:217:217:1:118:99:0:0:118:99:0:0 chr7 16872913 . G A 793.53 PASS AF=0.526667;AO=79;DP=151;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0315616;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2962;QD=21.1609;RBI=0.0420966;REFB=0.0168167;REVB=-0.0278567;RO=71;SAF=38;SAR=41;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103217;STB=0.505658;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0189513;OID=.;OPOS=16872913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:71:71:79:79:0.526667:41:38:35:36:41:38:35:36 chr7 16899197 . C T 175.6 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0123707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.592;QD=13.7725;RBI=0.0133469;REFB=-0.00407942;REVB=-0.00501066;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696766;STB=0.540235;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00475681;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:16:15:11:9:16:15 chr7 16913394 . A G 1175.85 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9296;QD=59.5366;RBI=0.0194974;REFB=-0.0535423;REVB=0.0123426;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00105408;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:33:45:0:0:33:45:0:1 chr7 17831806 . C T 2087.63 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981062;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.062;QD=62.7858;RBI=0.0145604;REFB=0;REVB=-0.010759;RO=0;SAF=64;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122387;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:69:64:0:0:69:64:0:0 chr7 17854532 . G T 615.07 PASS AF=0.455782;AO=63;DP=135;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00434745;FXX=0.0067563;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.772;QD=16.7365;RBI=0.0057907;REFB=-0.00923338;REVB=-0.00382517;RO=72;SAF=28;SAR=35;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269223;STB=0.518987;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0104493;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:147:72:80:63:67:0.455782:35:28:34:38:35:32:41:39 chr7 18767343 . A G 1136.18 PASS AF=0.489362;AO=112;DP=233;FAO=115;FDP=235;FR=.;FRO=120;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=0.0249005;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.261;QD=19.3392;RBI=0.0276626;REFB=0.00242889;REVB=0.0120492;RO=119;SAF=40;SAR=72;SRF=61;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150594;STB=0.575582;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00211411;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:235:119:120:112:115:0.489362:72:40:61:58:73:42:61:59 chr7 18977653 . G A 892.37 PASS AF=0.459596;AO=91;DP=198;FAO=91;FDP=198;FR=.;FRO=107;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.0267745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.059;QD=18.0276;RBI=0.0326763;REFB=-0.0299246;REVB=0.0187315;RO=106;SAF=42;SAR=49;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851967;STB=0.501954;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0230564;OID=.;OPOS=18977653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:106:107:91:91:0.459596:49:42:48:58:49:42:49:58 chr7 18993870 . C T 1062.91 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.09;QD=59.8823;RBI=0.0220947;REFB=0;REVB=-0.00370449;RO=1;SAF=10;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449374;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3955e-06;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:1:0:69:71:1:59:10:1:0:59:12:0:0 chr7 19155074 . T C 331.22 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0120938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.26;QD=13.6585;RBI=0.0134728;REFB=-0.0217408;REVB=0.00593781;RO=59;SAF=20;SAR=17;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892822;STB=0.545632;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0345308;OID=.;OPOS=19155074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:60:37:37:0.381443:17:20:27:32:17:20:28:32 chr7 19184732 . C A 818.84 PASS AF=0.477528;AO=84;DP=178;FAO=85;FDP=178;FR=.;FRO=93;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=59;FSRR=34;FWDB=0.0296946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3377;QD=18.4008;RBI=0.060522;REFB=-0.0112604;REVB=0.0527366;RO=93;SAF=47;SAR=37;SRF=59;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730087;STB=0.543433;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0134776;OID=.;OPOS=19184732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:93:93:84:85:0.477528:37:47:59:34:38:47:59:34 chr7 19760985 . A G 1346.09 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129933;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.844;QD=62.609;RBI=0.140016;REFB=0;REVB=0.0521712;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368413;OID=.;OPOS=19760985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:53:33:0:0:53:33:0:0 chr7 20178175 . C T 303.93 PASS AF=0.366667;AO=23;DP=89;FAO=33;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00351173;FXX=0.1089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.624;QD=13.5079;RBI=0.0118073;REFB=-0.0200883;REVB=0.011273;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114669;STB=0.515686;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0380201;OID=.;OPOS=20178175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:29:49:23:33:0.366667:13:10:16:13:18:15:21:28 chr7 20180717 . C G 525.7 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00620967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.141;QD=17.5232;RBI=0.00776318;REFB=-0.0039456;REVB=0.00465908;RO=64;SAF=19;SAR=37;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854591;STB=0.547602;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00515699;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:56:56:0.466667:37:19:27:37:37:19:27:37 chr7 20198440 . G A 699.1 PASS AF=0.462963;AO=75;DP=162;FAO=75;FDP=162;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.0235282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4846;QD=17.2618;RBI=0.028398;REFB=-0.0203816;REVB=-0.0159018;RO=87;SAF=31;SAR=44;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112656;STB=0.562494;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0272673;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:87:87:75:75:0.462963:44:31:46:41:44:31:46:41 chr7 20201395 . G C 490.07 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00118743;FXX=0.0430997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.649;QD=17.66;RBI=0.043809;REFB=0.0101655;REVB=-0.0437929;RO=52;SAF=18;SAR=34;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145595;STB=0.589986;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.014351;OID=.;OPOS=20201395;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:52:59:52:52:0.468468:34:18:26:26:34:18:30:29 chr7 20666235 . G C 211.57 PASS AF=0.431034;AO=21;DP=54;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.125489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1549;QD=14.591;RBI=0.125535;REFB=-0.0210348;REVB=-0.00339042;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468065;STB=0.55429;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.033893;OID=.;OPOS=20666235;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:33:33:21:25:0.431034:12:9:14:19:12:13:14:19 chr7 20685484 . C A 619.27 PASS AF=0.43125;AO=69;DP=160;FAO=69;FDP=160;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=-0.0483226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5142;QD=15.4817;RBI=0.0578264;REFB=0.0282837;REVB=-0.031762;RO=90;SAF=30;SAR=39;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360897;STB=0.522797;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.0387225;OID=.;OPOS=20685484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:90:91:69:69:0.43125:39:30:36:54:39:30:36:55 chr7 20687181 . C T 757.34 PASS AF=0.462428;AO=80;DP=173;FAO=80;FDP=173;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.0180403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.712;QD=17.5107;RBI=0.0342344;REFB=0.0060799;REVB=-0.0290953;RO=93;SAF=31;SAR=49;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430248;STB=0.523861;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0070707;OID=.;OPOS=20687181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:93:93:80:80:0.462428:49:31:40:53:49:31:40:53 chr7 20691047 . T C 966.69 PASS AF=0.522222;AO=94;DP=181;FAO=94;FDP=180;FR=.;FRO=86;FSAF=64;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.0238935;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.098;QD=21.4819;RBI=0.0243592;REFB=-0.0118276;REVB=0.00474038;RO=85;SAF=64;SAR=30;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172962;STB=0.59826;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0090652;OID=.;OPOS=20691047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:85:86:94:94:0.522222:30:64:42:43:30:64:42:44 chr7 20698270 . A G 1285.92 PASS AF=0.523207;AO=124;DP=236;FAO=124;FDP=237;FR=.;FRO=113;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=-0.00743252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.346;QD=21.7034;RBI=0.0106861;REFB=-0.0184934;REVB=-0.00767795;RO=111;SAF=54;SAR=70;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834201;STB=0.545746;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0188724;OID=.;OPOS=20698270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:111:113:124:124:0.523207:70:54:59:52:70:54:60:53 chr7 20706430 . G A 308.14 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0368642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4745;QD=20.891;RBI=0.052782;REFB=0.000226622;REVB=0.0377752;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586384;STB=0.505841;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.000205385;OID=.;OPOS=20706430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:17:15:12:14:17:15:13:14 chr7 20721245 . C G 1392.62 PASS AF=0.472313;AO=144;DP=306;FAO=145;FDP=307;FR=.;FRO=162;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=60;FSRR=102;FWDB=-0.0960854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7089;QD=18.1449;RBI=0.0961465;REFB=0.0105479;REVB=-0.00342698;RO=160;SAF=67;SAR=77;SRF=59;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093492;STB=0.552562;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.010884;OID=.;OPOS=20721245;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:307:160:162:144:145:0.472313:77:67:59:101:77:68:60:102 chr7 20768013 . G A 655.29 PASS AF=0.439024;AO=72;DP=164;FAO=72;FDP=164;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=-0.00268979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.995;QD=15.9827;RBI=0.00516652;REFB=-0.00386898;REVB=-0.00441112;RO=92;SAF=45;SAR=27;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629611;STB=0.535134;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00467125;OID=.;OPOS=20768013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:92:92:72:72:0.439024:27:45:52:40:27:45:52:40 chr7 20778646 . G A 3240.57 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.548;QD=61.7252;RBI=0.0327068;REFB=0;REVB=0.0201749;RO=0;SAF=79;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.57844e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09112e-05;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:196:210:0:0:196:210:1:117:79:0:0:118:92:0:0 chr7 20793027 . C T 453.39 PASS AF=0.433333;AO=50;DP=119;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.000904489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7226;QD=15.113;RBI=0.023926;REFB=-0.0227989;REVB=-0.0239089;RO=67;SAF=19;SAR=31;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040551;STB=0.536571;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0339127;OID=.;OPOS=20793027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:67:68:50:52:0.433333:31:19:28:39:33:19:29:39 chr7 20822196 . A AC 715.62 PASS AF=1;AO=59;DP=67;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211295;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.7923;QD=44.7265;RBI=0.152595;REFB=0;REVB=0.151125;RO=7;SAF=14;SAR=45;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00316311;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:67:64:64:0:17:47:0:0:14:7:14:45:4:3 chr7 20822304 . C CA 396.2 PASS AF=1;AO=33;DP=40;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014294;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.7256;QD=42.8323;RBI=0.0461355;REFB=0;REVB=0.0438653;RO=7;SAF=22;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178466;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00158252;OID=.;OPOS=20822305;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:40:37:37:0:22:15:0:0:7:7:22:11:1:6 chr7 20824614 . C T 4215.75 PASS AF=1;AO=222;DP=266;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166446;FXX=0.00370357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.002;QD=62.6878;RBI=0.0238536;REFB=0;REVB=0.0170866;RO=0;SAF=127;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56336e-05;OID=.;OPOS=20824614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:266:269:0:0:222:269:1:95:127:0:0:136:133:0:0 chr7 20826452 . T G 1929.37 PASS AF=0.837209;AO=135;DP=166;FAO=144;FDP=172;FR=.;FRO=28;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0093679;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=246.429;QD=44.8691;RBI=0.0196287;REFB=0.00375549;REVB=0.017249;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.541661;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000387659;OID=.;OPOS=20826452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:172:0:28:135:144:0.837209:73:62:0:0:78:66:20:8 chr7 21603886 . A G 291.42 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0264156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.619;QD=16.894;RBI=0.0264629;REFB=-0.0221025;REVB=0.00158242;RO=36;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262221;STB=0.507242;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0203507;OID=.;OPOS=21603886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:16:16:19:17:16:16:19:18 chr7 21628237 . C T 3546.56 PASS AF=1;AO=222;DP=226;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743256;FXX=0.00873324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.982;QD=62.4944;RBI=0.00993883;REFB=0;REVB=0.00659829;RO=0;SAF=100;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81586e-05;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:227:0:0:222:227:1:122:100:0:0:125:102:0:0 chr7 21630982 . A G 873.62 PASS AF=0.473404;AO=89;DP=188;FAO=89;FDP=188;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.00248352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5207;QD=18.5876;RBI=0.0315344;REFB=-0.0107847;REVB=-0.0314365;RO=99;SAF=35;SAR=54;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137151;STB=0.575843;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0087571;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:99:99:89:89:0.473404:54:35:53:46:54:35:53:46 chr7 21640405 . A G 1090.2 PASS AF=0.421986;AO=119;DP=283;FAO=119;FDP=282;FR=.;FRO=163;FSAF=47;FSAR=72;FSRF=86;FSRR=77;FWDB=-0.00748722;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2947;QD=15.4638;RBI=0.0447177;REFB=-0.00158142;REVB=0.0440864;RO=163;SAF=47;SAR=72;SRF=86;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139111;STB=0.577585;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00316609;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:282:163:163:119:119:0.421986:72:47:86:77:72:47:86:77 chr7 21659645 . T C 797.76 PASS AF=0.512658;AO=81;DP=158;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0250365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1434;QD=20.1966;RBI=0.0459146;REFB=-0.00415007;REVB=0.038488;RO=77;SAF=36;SAR=45;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553388;STB=0.530403;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00435094;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:77:77:81:81:0.512658:45:36:39:38:45:36:39:38 chr7 21723431 . G A 827.66 PASS AF=0.455026;AO=85;DP=189;FAO=86;FDP=189;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=-0.0257661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6117;QD=17.5166;RBI=0.0266313;REFB=-0.0168697;REVB=-0.00673303;RO=103;SAF=34;SAR=51;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142944;STB=0.581636;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0211605;OID=.;OPOS=21723431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:103:103:85:86:0.455026:51:34:56:47:52:34:56:47 chr7 21778449 . C T 338.74 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00637085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.913;QD=15.2241;RBI=0.022971;REFB=0.00342003;REVB=-0.0220698;RO=52;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07852;STB=0.544311;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00840726;OID=.;OPOS=21778449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:20:17:20:32:20:17:20:32 chr7 21856151 . G A 1181.67 PASS AF=0.515556;AO=116;DP=225;FAO=116;FDP=225;FR=.;FRO=109;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=0.00333257;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.241;QD=21.0074;RBI=0.0207827;REFB=0.00834144;REVB=-0.0205138;RO=107;SAF=57;SAR=59;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346232;STB=0.502491;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00752732;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:107:109:116:116:0.515556:59:57:53:54:59:57:53:56 chr7 21901566 . T C 3796.66 PASS AF=0.995918;AO=241;DP=245;FAO=244;FDP=245;FR=.;FRO=1;FSAF=122;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00607751;FXX=0.00809684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.733;QD=61.9863;RBI=0.0240276;REFB=-0.0725844;REVB=0.0232463;RO=4;SAF=122;SAR=119;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157477;STB=0.502041;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00082231;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:245:245:4:1:241:244:0.995918:119:122:0:4:122:122:0:1 chr7 21924014 . A G 1717.31 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00443035;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.966;QD=59.7327;RBI=0.0140024;REFB=-0.0901841;REVB=0.013283;RO=1;SAF=44;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673582;STB=0.503545;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000165439;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:115:1:1:114:114:0.991304:70:44:0:1:70:44:0:1 chr7 21932044 . C T 1641.75 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.533;QD=60.2478;RBI=0.0171618;REFB=0;REVB=0.0170916;RO=0;SAF=73;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46292e-05;OID=.;OPOS=21932044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:36:73:0:0:36:73:0:0 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 1617.21 PASS AF=0.918699;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=123;FR=.;FRO=10;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0219304;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=7;MLLD=306.731;QD=52.5921;RBI=0.0220315;REFB=-0.0138941;REVB=-0.00210821;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504733;STBP=0.731;TYPE=del;VARB=0.00131965;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.918699:112:116:113:123:10:63:50:5:5:33:0:62:50:0:0 chr7 22197507 . A G 1862.36 PASS AF=0.984;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00747816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6641;QD=59.5956;RBI=0.0248104;REFB=-0.0644408;REVB=0.0236565;RO=1;SAF=27;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492388;STB=0.505154;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00248457;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:125:1:2:123:123:0.984:96:27:0:1:96:27:0:2 chr7 22202117 . G A 1599.01 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152211;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.002;QD=59.2227;RBI=0.0169409;REFB=0;REVB=-0.00743725;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228879;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:105:108:1:59:46:0:0:59:49:0:0 chr7 22478207 . G T 862.5 PASS AF=0.447236;AO=89;DP=199;FAO=89;FDP=199;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=-0.0583033;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.55;QD=17.3366;RBI=0.0743659;REFB=0.000334175;REVB=0.0461628;RO=109;SAF=32;SAR=57;SRF=58;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175287;STB=0.595244;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.000937628;OID=.;OPOS=22478207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:109:110:89:89:0.447236:57:32:58:51:57:32:58:52 chr7 22532260 . A G 523.56 PASS AF=0.549451;AO=48;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0235545;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.749;QD=23.0137;RBI=0.0235944;REFB=0.00923327;REVB=-0.00137144;RO=38;SAF=20;SAR=28;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15175;STB=0.58531;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00516156;OID=.;OPOS=22532260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:41:48:50:0.549451:28:20:23:15:29:21:25:16 chr7 22533452 . C T 209.78 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0501349;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.137;QD=9.53548;RBI=0.0501635;REFB=-0.00321743;REVB=-0.0016929;RO=62;SAF=11;SAR=16;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202885;STB=0.614273;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00376122;OID=.;OPOS=22533452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:62:61:27:27:0.306818:16:11:36:26:16:11:35:26 chr7 22787205 . G T 3310.67 PASS AF=1;AO=213;DP=213;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.787;QD=62.1722;RBI=0.0238146;REFB=0;REVB=-0.0226302;RO=0;SAF=100;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41051e-05;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:213:0:0:213:213:1:113:100:0:0:113:100:0:0 chr7 22857682 . A G 469.57 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0814207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.385;QD=15.7839;RBI=0.0826334;REFB=-0.0191962;REVB=0.0141044;RO=67;SAF=24;SAR=28;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312715;STB=0.517503;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0180228;OID=.;OPOS=22857682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:67:52:52:0.436975:28:24:33:34:28:24:33:34 chr7 22984395 . T C 689.55 PASS AF=0.6;AO=60;DP=100;FAO=60;FDP=100;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00430449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7609;QD=27.5821;RBI=0.0100738;REFB=-0.0207328;REVB=0.00910784;RO=39;SAF=13;SAR=47;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242989;STB=0.629768;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0220217;OID=.;OPOS=22984395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:39:40:60:60:0.6:47:13:19:20:47:13:19:21 chr7 23015831 . T C 391.46 PASS AF=0.396552;AO=45;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0111558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.056;QD=13.4985;RBI=0.0117906;REFB=-0.00731498;REVB=0.00381656;RO=68;SAF=20;SAR=25;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353538;STB=0.512619;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0138625;OID=.;OPOS=23015831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:68:70:45:46:0.396552:25:20:28:40:26:20:29:41 chr7 23164526 . C G 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000125513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0005;QD=60.2028;RBI=0.0340167;REFB=0;REVB=-0.0340165;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223161;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chr7 23164701 . C T 512.71 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0118534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.743;QD=20.3052;RBI=0.0139517;REFB=0.00124745;REVB=-0.00735835;RO=49;SAF=29;SAR=23;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778655;STB=0.542972;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00104863;OID=.;OPOS=23164701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:23:29:23:26:23:29:23:26 chr7 23351346 . CATT C 173.11 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0124814;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=3;MLLD=291.523;QD=12.8231;RBI=0.0294897;REFB=0.0013612;REVB=0.026718;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26664;STB=0.659651;STBP=0.075;TYPE=del;VARB=-0.00245705;OID=.;OPOS=23351347;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:21:57:21:54:33:9:12:23:10:99:32:9:12:22:10 chr7 23357321 . C T 1983.89 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129589;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.21;QD=61.9966;RBI=0.0176381;REFB=0;REVB=0.0119653;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297333;OID=.;OPOS=23357321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:127:128:1:61:66:0:0:62:66:0:0 chr7 23624887 . G A 2159.6 PASS AF=0.520101;AO=203;DP=393;FAO=207;FDP=398;FR=.;FRO=191;FSAF=121;FSAR=86;FSRF=104;FSRR=87;FWDB=0.00431946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.377;QD=21.7045;RBI=0.0445678;REFB=-0.0159966;REVB=-0.044358;RO=186;SAF=117;SAR=86;SRF=101;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297625;STB=0.519647;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0139479;OID=.;OPOS=23624887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:398:186:191:203:207:0.520101:86:117:101:85:86:121:104:87 chr7 23757162 . G C 2331.61 PASS AF=0.952096;AO=158;DP=166;FAO=159;FDP=167;FR=.;FRO=8;FSAF=86;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0221093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6346;QD=55.847;RBI=0.0224762;REFB=-0.00343909;REVB=0.00404467;RO=8;SAF=86;SAR=72;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038544;STB=0.519988;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000197217;OID=.;OPOS=23757162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:166:167:8:8:158:159:0.952096:72:86:1:7:73:86:1:7 chr7 23794029 . G A 849.83 PASS AF=0.5;AO=86;DP=172;FAO=86;FDP=172;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=-0.0565791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2274;QD=19.7635;RBI=0.0567458;REFB=0.0128094;REVB=0.00434602;RO=85;SAF=39;SAR=47;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103705;STB=0.553294;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0126149;OID=.;OPOS=23794029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:85:86:86:86:0.5:47:39:29:56:47:39:30:56 chr7 23808718 . G T 576.2 PASS AF=0.422078;AO=65;DP=153;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0208659;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.426;QD=14.9662;RBI=0.0316062;REFB=-0.0190224;REVB=0.0237396;RO=87;SAF=32;SAR=33;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333241;STB=0.518291;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0338416;OID=.;OPOS=23808718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:87:89:65:65:0.422078:33:32:40:47:33:32:41:48 chr7 23854838 . G GA 261.53 PASS AF=0.4;AO=45;DP=131;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.122334;FXX=0.0384586;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.1775;QD=8.36904;RBI=0.128542;REFB=-0.0115244;REVB=0.0394625;RO=85;SAF=17;SAR=28;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952471;STB=0.532881;STBP=0.537;TYPE=ins;VARB=0.0189373;OID=.;OPOS=23854839;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:45:131:50:125:75:20:30:34:41:99:85:17:28:39:46 chr7 24325009 . G A 646.17 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=154;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0233637;FXX=0.0128197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.267;QD=16.7837;RBI=0.0351145;REFB=-0.000597465;REVB=0.0262139;RO=83;SAF=35;SAR=35;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176492;STB=0.512983;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00100157;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:83:84:70:70:0.454545:35:35:43:40:35:35:44:40 chr7 24329133 . C T 323.58 PASS AF=0.454545;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0239949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.784;QD=16.8094;RBI=0.0270358;REFB=-0.00655183;REVB=0.012457;RO=42;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289289;STB=0.523441;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00606632;OID=.;OPOS=24329133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:34:35:0.454545:16:18:21:21:16:19:21:21 chr7 24703298 . G A 821.82 PASS AF=0.469613;AO=84;DP=181;FAO=85;FDP=181;FR=.;FRO=96;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.00358258;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.099;QD=18.1617;RBI=0.0193776;REFB=-0.0240368;REVB=0.0190435;RO=96;SAF=46;SAR=38;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578339;STB=0.500262;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0208213;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:96:96:84:85:0.469613:38:46:52:44:39:46:52:44 chr7 24742436 . T C 685.17 PASS AF=0.459627;AO=72;DP=161;FAO=74;FDP=161;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.0401229;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6457;QD=17.0229;RBI=0.0408482;REFB=-0.00861053;REVB=0.00766341;RO=87;SAF=38;SAR=34;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330329;STB=0.517723;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0125408;OID=.;OPOS=24742436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:87:87:72:74:0.459627:34:38:43:44:35:39:43:44 chr7 24756643 . A G 1324.34 PASS AF=0.526971;AO=127;DP=241;FAO=127;FDP=241;FR=.;FRO=114;FSAF=50;FSAR=77;FSRF=63;FSRR=51;FWDB=-0.0258286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.477;QD=21.9808;RBI=0.0265508;REFB=-0.0125088;REVB=0.00615038;RO=113;SAF=50;SAR=77;SRF=62;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135401;STB=0.576175;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0128038;OID=.;OPOS=24756643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:113:114:127:127:0.526971:77:50:62:51:77:50:63:51 chr7 24756841 . A G 96.07 PASS AF=0.157025;AO=19;DP=121;FAO=19;FDP=121;FR=.;FRO=102;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.00157117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.705;QD=3.17581;RBI=0.0144861;REFB=-0.00691194;REVB=-0.0144006;RO=100;SAF=13;SAR=6;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237289;STB=0.665901;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0354572;OID=.;OPOS=24756841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:121:121:100:102:19:19:0.157025:6:13:50:50:6:13:50:52 chr7 24756951 . C T 480.96 PASS AF=0.402985;AO=54;DP=134;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.0116982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.117;QD=14.3571;RBI=0.0175559;REFB=0.00744693;REVB=0.0130905;RO=80;SAF=21;SAR=33;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184338;STB=0.603955;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00848857;OID=.;OPOS=24756951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:80:80:54:54:0.402985:33:21:45:35:33:21:45:35 chr7 24758753 . C T 624.06 PASS AF=0.419162;AO=70;DP=168;FAO=70;FDP=167;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0416876;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.775;QD=14.9474;RBI=0.0556242;REFB=-0.015349;REVB=-0.0368266;RO=93;SAF=33;SAR=37;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127354;STB=0.504378;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0220595;OID=.;OPOS=24758753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:93:97:70:70:0.419162:37:33:45:48:37:33:45:52 chr7 24758795 . T C 2201.36 PASS AF=0.97931;AO=141;DP=145;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.116702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0239;QD=60.7272;RBI=0.11905;REFB=0.0368371;REVB=0.0235263;RO=3;SAF=62;SAR=79;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091086;STB=0.504668;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00607075;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:145:3:3:141:142:0.97931:79:62:2:1:79:63:2:1 chr7 24758818 . G T 380.43 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00364161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.111;QD=11.9822;RBI=0.044355;REFB=-0.0142036;REVB=-0.0442052;RO=81;SAF=21;SAR=25;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135996;STB=0.507769;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0241009;OID=.;OPOS=24758818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:81:81:46:46:0.362205:25:21:36:45:25:21:36:45 chr7 24854765 . G A 2281.58 PASS AF=0.986395;AO=145;DP=147;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0222769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5578;QD=62.0839;RBI=0.0386788;REFB=-0.00435138;REVB=-0.0316195;RO=2;SAF=72;SAR=73;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130251;STB=0.506848;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000127244;OID=.;OPOS=24854765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:147:2:2:145:145:0.986395:73:72:2:0:73:72:2:0 chr7 25266400 . G A 1022.04 PASS AF=0.469027;AO=106;DP=226;FAO=106;FDP=226;FR=.;FRO=120;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=0.000727031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.959;QD=18.0892;RBI=0.00144319;REFB=-0.00830148;REVB=-0.00124668;RO=120;SAF=49;SAR=57;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283569;STB=0.515661;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00896547;OID=.;OPOS=25266400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:120:120:106:106:0.469027:57:49:59:61:57:49:59:61 chr7 25266569 . TTAA T 145.17 PASS AF=0.311828;AO=27;DP=97;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0138896;FXX=0.097078;HRUN=2;LEN=3;MLLD=160.722;QD=6.24375;RBI=0.0336451;REFB=-0.00599118;REVB=0.0306443;RO=51;SAF=11;SAR=16;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724405;STB=0.546367;STBP=0.577;TYPE=del;VARB=0.0155279;OID=.;OPOS=25266570;OREF=TAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311828:27:97:29:93:64:13:16:33:31:99:51:11:16:24:27 chr7 25267934 . T C 200.81 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0295025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.967;QD=11.8124;RBI=0.0834099;REFB=-0.0111247;REVB=0.078018;RO=43;SAF=8;SAR=17;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26556;STB=0.653721;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0300102;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:17:8:24:19:17:8:24:19 chr7 25267963 . G C 1051.5 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0136739;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4752;QD=58.4166;RBI=0.0317072;REFB=-0.0919772;REVB=0.0286071;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116761;STB=0.506171;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000897279;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:40:31:0:1:40:31:0:1 chr7 25304395 . A G 768.25 PASS AF=0.481928;AO=80;DP=166;FAO=80;FDP=166;FR=.;FRO=86;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.00118971;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.416;QD=18.512;RBI=0.0144082;REFB=-0.0061958;REVB=-0.014359;RO=86;SAF=44;SAR=36;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144338;STB=0.579621;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00839035;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:86:86:80:80:0.481928:36:44:34:52:36:44:34:52 chr7 26251843 . C T 49.76 PASS AF=0.163934;AO=5;DP=63;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=43;FWDB=0.0245421;FXX=0.102926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.939;QD=3.26305;RBI=0.0266623;REFB=-0.0208565;REVB=-0.0104195;RO=53;SAF=1;SAR=4;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947287;STB=0.660537;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.114289;OID=.;OPOS=26251843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:63:61:53:51:5:10:0.163934:4:1:14:39:7:3:8:43 chr7 26252932 . CTGG C 122.14 PASS AF=0.184874;AO=22;DP=124;FAO=22;FDP=119;FR=.;FRO=97;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0330143;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=3;MLLD=310.522;QD=4.10565;RBI=0.0333621;REFB=-0.00570981;REVB=-0.00480446;RO=101;SAF=11;SAR=11;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567394;STB=0.537781;STBP=0.703;TYPE=del;VARB=0.0244114;OID=.;OPOS=26252933;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184874:22:124:22:119:97:11:11:44:53:99:101:11:11:46:55 chr7 26386122 . T A 489.73 PASS AF=0.395683;AO=55;DP=139;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=-0.0251404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.467;QD=14.0929;RBI=0.0252683;REFB=-0.00900123;REVB=0.00253918;RO=83;SAF=20;SAR=35;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164849;STB=0.512087;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0131768;OID=.;OPOS=26386122;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:83:84:55:55:0.395683:35:20:29:54:35:20:29:55 chr7 26576552 . G A 130.84 PASS AF=0.140704;AO=28;DP=199;FAO=28;FDP=199;FR=.;FRO=171;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=75;FSRR=96;FWDB=-0.00614907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6338;QD=2.62997;RBI=0.0184284;REFB=-0.00028447;REVB=0.0173722;RO=171;SAF=15;SAR=13;SRF=75;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123095;STB=0.582829;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00428339;OID=.;OPOS=26576552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:171:171:28:28:0.140704:13:15:75:96:13:15:75:96 chr7 26678856 . A G 710.39 PASS AF=0.475904;AO=60;DP=168;FAO=79;FDP=166;FR=.,HEALED;FRO=87;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.00504416;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6227;QD=17.1178;RBI=0.0322806;REFB=-0.029639;REVB=0.031884;RO=89;SAF=34;SAR=26;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652348;STB=0.54582;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.121329;OID=.;OPOS=26678856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:166:89:87:60:79:0.475904:26:34:45:44:45:34:45:42 chr7 26685934 . T C 1262.57 PASS AF=0.542601;AO=121;DP=224;FAO=121;FDP=223;FR=.;FRO=102;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=0.049858;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9136;QD=22.647;RBI=0.07018;REFB=-0.00709545;REVB=0.0493905;RO=101;SAF=60;SAR=61;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571544;STB=0.533259;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00740446;OID=.;OPOS=26685934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:101:102:121:121:0.542601:61:60:57:44:61:60:58:44 chr7 26778406 . A G 770.56 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.733;QD=55.0399;RBI=0.0519111;REFB=0.0135477;REVB=0.0503584;RO=1;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200481;STB=0.5102;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-7.83046e-06;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:23:31:0:1:24:31:0:1 chr7 27135314 . C T 1083.9 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316991;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0892;QD=60.2167;RBI=0.0400926;REFB=0;REVB=-0.0245475;RO=0;SAF=56;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000419218;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:16:56:0:0:16:56:0:0 chr7 27169093 . T G 2723.33 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.677;QD=61.8938;RBI=0.00921795;REFB=0;REVB=-0.00873257;RO=1;SAF=78;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172881;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:176:176:1:0:175:176:1:97:78:0:1:98:78:0:0 chr7 27181154 . TC CT 31.84 PASS AF=0.0821918;AO=6;DP=73;FAO=6;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.114378;FXX=0;HRUN=9;LEN=2;MLLD=25.0269;QD=1.74491;RBI=0.173103;REFB=-0.0424172;REVB=-0.129932;RO=56;SAF=5;SAR=1;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309983;STB=0.734407;STBP=0.302;TYPE=mnp;VARB=0.143405;OID=.;OPOS=27181154;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:73:73:56:64:6:6:0.0821918:1:5:33:23:1:5:40:24 chr7 27196068 . G GC 2545.41 PASS AF=1;AO=32;DP=311;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168446;FXX=0.189362;HRUN=0;LEN=1;MLLD=37.1514;QD=41.728;RBI=0.168475;REFB=-0.284008;REVB=-0.00312013;RO=267;SAF=2;SAR=30;SRF=114;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0942434;OID=.;OPOS=27196069;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:311:244:244:0:76:168:0:0:14:267:2:30:114:153 chr7 27196069 . A C 3496.19 PASS AF=0.885417;AO=251;DP=301;FAO=255;FDP=288;FR=.;FRO=33;FSAF=101;FSAR=154;FSRF=2;FSRR=31;FWDB=0.0847188;FXX=0.0463561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.633;QD=48.5582;RBI=0.0856405;REFB=-0.202318;REVB=0.0125309;RO=34;SAF=99;SAR=152;SRF=3;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737605;STB=0.540854;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0111654;OID=.;OPOS=27196069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:288:34:33:251:255:0.885417:152:99:3:31:154:101:2:31 chr7 27196113 . C T 6169.36 PASS AF=0.93228;AO=412;DP=442;FAO=413;FDP=443;FR=.;FRO=30;FSAF=135;FSAR=278;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0419881;FXX=0.0111605;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.6512;QD=55.7053;RBI=0.0423772;REFB=-0.0108112;REVB=0.00572943;RO=30;SAF=134;SAR=278;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206478;STB=0.510676;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000659842;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:442:443:30:30:412:413:0.93228:278:134:14:16:278:135:14:16 chr7 27202289 . A G 1079.64 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.842;QD=59.9798;RBI=0.0514457;REFB=0;REVB=0.0514181;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0723e-05;OID=.;OPOS=27202289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:33:37:0:0:35:37:0:0 chr7 27221305 . G C 318.16 PASS AF=0.384615;AO=37;DP=101;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.000565382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.079;QD=12.2368;RBI=0.00439076;REFB=-0.00760324;REVB=0.00435421;RO=63;SAF=15;SAR=22;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793201;STB=0.536946;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0125893;OID=.;OPOS=27221305;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:63:64:37:40:0.384615:22:15:30:33:23:17:31:33 chr7 27279191 . T G 2054.09 PASS AF=0.419776;AO=222;DP=532;FAO=225;FDP=536;FR=.;FRO=311;FSAF=84;FSAR=141;FSRF=164;FSRR=147;FWDB=-0.0132541;FXX=0.0037174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.67;QD=15.329;RBI=0.0156329;REFB=-0.00813133;REVB=0.00828948;RO=306;SAF=82;SAR=140;SRF=163;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173275;STB=0.591067;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0114473;OID=.;OPOS=27279191;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:532:536:306:311:222:225:0.419776:140:82:163:143:141:84:164:147 chr7 27702390 . C A 2927.95 PASS AF=0.471609;AO=297;DP=632;FAO=299;FDP=634;FR=.;FRO=335;FSAF=149;FSAR=150;FSRF=153;FSRR=182;FWDB=-0.0144514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.736;QD=18.4729;RBI=0.0148723;REFB=-0.00839522;REVB=0.00351285;RO=334;SAF=148;SAR=149;SRF=152;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416413;STB=0.521989;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00853741;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:632:634:334:335:297:299:0.471609:149:148:152:182:150:149:153:182 chr7 27886171 . A G 1958.56 PASS AF=0.984615;AO=123;DP=124;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0597412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9057;QD=60.2635;RBI=0.0861628;REFB=-0.143892;REVB=0.0620888;RO=0;SAF=63;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507811;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000906988;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:124:130:0:2:123:128:0.984615:60:63:0:0:65:63:2:0 chr7 27953035 . A G 1521.48 PASS AF=0.471299;AO=156;DP=328;FAO=156;FDP=331;FR=.;FRO=175;FSAF=101;FSAR=55;FSRF=79;FSRR=96;FWDB=-0.0579797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4618;QD=18.3865;RBI=0.0632493;REFB=0.00393123;REVB=-0.0252751;RO=172;SAF=101;SAR=55;SRF=78;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189565;STB=0.606364;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00541496;OID=.;OPOS=27953035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:331:172:175:156:156:0.471299:55:101:78:94:55:101:79:96 chr7 28319007 . T A 559.42 PASS AF=0.425532;AO=60;DP=142;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0140367;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.937;QD=15.87;RBI=0.0202904;REFB=0.00984565;REVB=0.0146516;RO=81;SAF=21;SAR=39;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128131;STB=0.571937;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00991893;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:81:81:60:60:0.425532:39:21:38:43:39:21:38:43 chr7 28319234 . A C 452.08 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.00768379;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3747;QD=19.6557;RBI=0.0166369;REFB=0.00192854;REVB=0.0147562;RO=43;SAF=21;SAR=24;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182256;STB=0.608275;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00340333;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:43:47:45:45:0.48913:24:21:29:14:24:21:32:15 chr7 28319282 . C T 506.04 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.0651259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.61;QD=16.3239;RBI=0.0735113;REFB=0.0158368;REVB=0.034096;RO=69;SAF=32;SAR=23;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216231;STB=0.620507;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0156518;OID=.;OPOS=28319282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:69:55:55:0.443548:23:32:25:44:23:32:25:44 chr7 28450207 . A G 485.3 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00921348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.533;QD=17.8091;RBI=0.00966615;REFB=-0.0136205;REVB=0.00292341;RO=56;SAF=24;SAR=28;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820206;STB=0.539985;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0125005;OID=.;OPOS=28450207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:56:57:52:52:0.477064:28:24:21:35:28:24:22:35 chr7 28996220 . G A 78.17 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0224855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.427;QD=12.5076;RBI=0.0237954;REFB=-0.0160621;REVB=0.00778604;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139625;STB=0.567427;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0187946;OID=.;OPOS=28996220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:25:14:15:10:10:0.4:7:3:6:8:7:3:6:9 chr7 28996944 . T C 447.42 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00884592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.891;QD=18.4502;RBI=0.0299006;REFB=-0.0129615;REVB=-0.0285621;RO=51;SAF=31;SAR=14;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237133;STB=0.628319;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0132382;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:14:31:23:28:14:31:24:28 chr7 28997497 . GC G,GG 1892.15 PASS AF=1,0;AO=115,8;DP=130;FAO=129,0;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0;FSAR=84,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150363,-0.0716584;FXX=0.00769172;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.4184,4.3284;QD=58.6713;RBI=0.0487054,0.139466;REFB=0,0;REVB=-0.0463263,-0.119649;RO=0;SAF=40,2;SAR=75,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.4984e-08,-5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000541745,0;OID=.,.;OPOS=28997498,28997498;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:115,8:130:129,0:129:0:45,0:84,0:0:0:11:0:40,2:75,6:0:0 chr7 28997596 . G GC 232.01 PASS AF=1;AO=16;DP=24;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.8698;QD=48.844;RBI=0.124912;REFB=0;REVB=0.0521059;RO=8;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323738;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00355101;OID=.;OPOS=28997597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:24:19:19:0:6:13:0:0:4:8:4:12:6:2 chr7 29070320 . C T 622.0 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=-0.0116078;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3605;QD=21.2651;RBI=0.0286995;REFB=-0.00174194;REVB=-0.0262473;RO=55;SAF=39;SAR=23;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313717;STB=0.671817;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00156033;OID=.;OPOS=29070320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:55:55:62:62:0.529915:23:39:14:41:23:39:14:41 chr7 29186256 . A G 598.66 PASS AF=0.401163;AO=66;DP=169;FAO=69;FDP=172;FR=.;FRO=103;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=0.0199818;FXX=0.022726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.402;QD=13.9222;RBI=0.020912;REFB=0.00525579;REVB=-0.00616761;RO=103;SAF=20;SAR=46;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269658;STB=0.629444;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00680302;OID=.;OPOS=29186256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:103:103:66:69:0.401163:46:20:56:47:46:23:56:47 chr7 29186576 . A G 3478.23 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.004501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.222;QD=62.6708;RBI=0.00504031;REFB=0;REVB=0.00226841;RO=0;SAF=124;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74254e-06;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:222:0:0:220:222:1:96:124:0:0:97:125:0:0 chr7 29523563 . G A 750.91 PASS AF=0.440217;AO=80;DP=183;FAO=81;FDP=184;FR=.;FRO=103;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=-0.0135679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.033;QD=16.3241;RBI=0.0207288;REFB=-0.00681244;REVB=-0.0156715;RO=102;SAF=47;SAR=33;SRF=60;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000763549;STB=0.501309;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00998329;OID=.;OPOS=29523563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:102:103:80:81:0.440217:33:47:60:42:34:47:60:43 chr7 29552213 . T C 1055.67 PASS AF=0.519802;AO=105;DP=202;FAO=105;FDP=202;FR=.;FRO=97;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=61;FSRR=36;FWDB=-0.00173939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.117;QD=20.9043;RBI=0.0361163;REFB=-0.00791873;REVB=0.0360744;RO=97;SAF=55;SAR=50;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928996;STB=0.550798;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00703858;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:97:97:105:105:0.519802:50:55:61:36:50:55:61:36 chr7 29552939 . CTTTTTA CTTTTA,CTTTTAA,CTTTTAT 897.91 PASS AF=0.953125,0,0.046875;AO=31,6,7;DP=136;FAO=122,0,6;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=55,0,6;FSAR=67,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.303488,0.322082,-0.114262;FXX=0.0447728;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=9.39088,10.9657,164.505;QD=28.0596;RBI=1.18492,0.585534,0.153379;REFB=0,0,0;REVB=1.14539,0.488992,0.10232;RO=67;SAF=25,5,7;SAR=6,1,0;SRF=14;SRR=53;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.634366,0.619845,0.74731;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0218603,0,0.0834853;OID=.,.,.;OPOS=29552940,29552944,29552944;OREF=T,T,TA;OALT=-,A,AT;OMAPALT=CTTTTA,CTTTTAA,CTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.953125,0,0.046875:31,6,7:136:122,0,6:128:0:55,0,6:67,0,0:0:0:13:67:25,5,7:6,1,0:14:53 chr7 29605975 . C G 548.18 PASS AF=0.4;AO=60;DP=150;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=59;FWDB=-0.0302122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.044;QD=14.6181;RBI=0.039904;REFB=-0.00998412;REVB=0.0260681;RO=86;SAF=18;SAR=42;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045379;STB=0.530949;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0170271;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:86:90:60:60:0.4:42:18:29:57:42:18:31:59 chr7 29952207 . C G 2531.8 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923599;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9735;QD=61.7512;RBI=0.102923;REFB=0;REVB=0.045419;RO=0;SAF=88;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372313;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:164:0:0:164:164:1:76:88:0:0:76:88:0:0 chr7 30177278 . C T 1761.5 PASS AF=0.522936;AO=171;DP=327;FAO=171;FDP=327;FR=.;FRO=156;FSAF=91;FSAR=80;FSRF=78;FSRR=78;FWDB=-0.0101537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3567;QD=21.5474;RBI=0.0120156;REFB=0.0292273;REVB=0.00642469;RO=155;SAF=91;SAR=80;SRF=78;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252694;STB=0.515376;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0321847;OID=.;OPOS=30177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:327:155:156:171:171:0.522936:80:91:78:77:80:91:78:78 chr7 30491311 . C T 654.26 PASS AF=0.52;AO=65;DP=125;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0109606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.968;QD=20.9362;RBI=0.0125273;REFB=-0.0079301;REVB=-0.00606626;RO=60;SAF=28;SAR=37;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00228078;STB=0.501254;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00795703;OID=.;OPOS=30491311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:60:60:65:65:0.52:37:28:26:34:37:28:26:34 chr7 30492237 . C T 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0210537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.519;QD=11.9187;RBI=0.0211227;REFB=-0.00106542;REVB=-0.00170647;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163877;STB=0.5997;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00182397;OID=.;OPOS=30492237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:4:5:5:2:4:5 chr7 30492550 . G A 564.55 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0172981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.777;QD=24.2817;RBI=0.0190626;REFB=0.00825102;REVB=0.0080099;RO=41;SAF=27;SAR=25;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103464;STB=0.556679;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00653389;OID=.;OPOS=30492550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:25:27:16:25:25:27:16:25 chr7 30496382 . G C 558.26 PASS AF=0.377143;AO=67;DP=174;FAO=66;FDP=175;FR=.;FRO=109;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=0.00220533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7431;QD=12.7602;RBI=0.0391676;REFB=-0.00820666;REVB=-0.0391055;RO=107;SAF=32;SAR=35;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700388;STB=0.535098;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0139472;OID=.;OPOS=30496382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:107:109:67:66:0.377143:35:32:58:49:34:32:59:50 chr7 30538651 . T C 1115.64 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0543179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.019;QD=56.4883;RBI=0.0579228;REFB=0.0222478;REVB=0.0201152;RO=2;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205664;STB=0.516125;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00104757;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:2:3:76:76:0.962025:45:31:0:2:45:31:0:3 chr7 30634630 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00697723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.321;QD=54.5175;RBI=0.0119222;REFB=0;REVB=0.0096673;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70698e-05;OID=.;OPOS=30634630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr7 30634661 . C G 102.09 PASS AF=0.785714;AO=9;DP=12;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0347195;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.684;QD=29.1688;RBI=0.0360864;REFB=-0.0688171;REVB=-0.00983793;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.615181;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0125558;OID=.;OPOS=30634661;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:14:0:3:9:11:0.785714:5:4:0:0:5:6:0:3 chr7 30693148 . GGC G 85.74 PASS AF=0.5;AO=6;DP=30;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0767438;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=16.2364;QD=9.52635;RBI=0.281336;REFB=-0.116308;REVB=-0.270666;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609472;STB=0.796088;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0811908;OID=.;OPOS=30693149;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:6:30:18:36:18:4:14:15:3:85:23:1:5:17:6 chr7 30695202 . C T 1662.11 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.434;QD=59.361;RBI=0.0368004;REFB=0.049843;REVB=-0.0198854;RO=1;SAF=51;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921748;STB=0.504761;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-8.45038e-05;OID=.;OPOS=30695202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:110:111:0.991071:59:51:1:0:59:52:1:0 chr7 30705159 . A G 228.93 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00390566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.353;QD=16.0653;RBI=0.00909952;REFB=-0.0264061;REVB=-0.0082187;RO=31;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00252005;STB=0.501423;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0303721;OID=.;OPOS=30705159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:10:16:19:12:10:16:19:12 chr7 30728452 . C T 628.12 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0215278;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8697;QD=18.611;RBI=0.0225565;REFB=0.00475034;REVB=-0.00673411;RO=69;SAF=38;SAR=26;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825075;STB=0.546426;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00486941;OID=.;OPOS=30728452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:69:71:64:64:0.474074:26:38:35:34:26:38:36:35 chr7 30728472 . C G 749.8 PASS AF=0.496599;AO=73;DP=148;FAO=73;FDP=147;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0111386;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.885;QD=20.4028;RBI=0.0111496;REFB=0.00446045;REVB=-0.000496424;RO=74;SAF=39;SAR=34;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189899;STB=0.510468;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00389317;OID=.;OPOS=30728472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:74:74:73:73:0.496599:34:39:38:36:34:39:38:36 chr7 30728557 . A G 506.16 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00128506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1157;QD=19.1003;RBI=0.00209509;REFB=0.00929759;REVB=0.0016547;RO=53;SAF=28;SAR=25;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511677;STB=0.528291;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00762295;OID=.;OPOS=30728557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:53:53:53:0.5:25:28:25:28:25:28:25:28 chr7 30795331 . A G 3898.52 PASS AF=1;AO=249;DP=250;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205722;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.659;QD=61.6367;RBI=0.0297902;REFB=-0.00668671;REVB=0.0215462;RO=1;SAF=110;SAR=139;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08206e-06;OID=.;OPOS=30795331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:250:253:1:0:249:253:1:139:110:1:0:141:112:0:0 chr7 30795436 . T G 1593.43 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204939;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.995;QD=59.0159;RBI=0.0204945;REFB=-0.0254307;REVB=0.000147643;RO=0;SAF=40;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9105e-08;STB=0.506172;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=6.08912e-05;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:0:1:107:107:0.990741:67:40:0:0:67:40:1:0 chr7 31592733 . C A 617.91 PASS AF=0.463768;AO=59;DP=140;FAO=64;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0185078;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.587;QD=17.9105;RBI=0.032405;REFB=-0.0300379;REVB=0.0265997;RO=55;SAF=21;SAR=38;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290773;STB=0.615885;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0482879;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:55:74:59:64:0.463768:38:21:38:17:42:22:41:33 chr7 31617733 . T C 655.45 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0444654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7098;QD=55.7826;RBI=0.0475694;REFB=-0.158596;REVB=-0.016902;RO=3;SAF=22;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0105313;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:22:22:2:1:22:22:2:1 chr7 31618008 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.65;QD=60.2296;RBI=0.0610287;REFB=0;REVB=0.0367258;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356017;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr7 31682453 . C T 976.38 PASS AF=0.521978;AO=95;DP=182;FAO=95;FDP=182;FR=.;FRO=87;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.0283751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4771;QD=21.459;RBI=0.0286751;REFB=-0.00367968;REVB=-0.00413683;RO=86;SAF=40;SAR=55;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129346;STB=0.573565;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00436413;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:86:87:95:95:0.521978:55:40:49:37:55:40:50:37 chr7 31682601 . T C 793.19 PASS AF=0.510067;AO=75;DP=148;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=-0.0129964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.953;QD=21.2936;RBI=0.0151322;REFB=-0.00577335;REVB=0.00775106;RO=73;SAF=32;SAR=43;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204843;STB=0.614496;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00653279;OID=.;OPOS=31682601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:73:73:75:76:0.510067:43:32:48:25:44:32:48:25 chr7 31682853 . T C 340.06 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=118;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.012775;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4696;QD=11.626;RBI=0.021667;REFB=0.00882681;REVB=-0.0175003;RO=75;SAF=18;SAR=24;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161127;STB=0.592189;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0100859;OID=.;OPOS=31682853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:75:75:42:42:0.358974:24:18:43:32:24:18:43:32 chr7 31683054 . G T 465.03 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=123;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.000125032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.192;QD=15.1231;RBI=0.006574;REFB=0.00287293;REVB=0.00657281;RO=70;SAF=31;SAR=21;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142957;STB=0.576397;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0041302;OID=.;OPOS=31683054;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:71:52:52:0.422764:21:31:32:38:21:31:33:38 chr7 31683410 . G A 753.26 PASS AF=0.451977;AO=80;DP=177;FAO=80;FDP=177;FR=.;FRO=97;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.0121899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5712;QD=17.0229;RBI=0.0302661;REFB=-0.0105189;REVB=-0.0277028;RO=90;SAF=49;SAR=31;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995056;STB=0.565885;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0152004;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:90:97:80:80:0.451977:31:49:46:44:31:49:48:49 chr7 31855578 . G A 2601.16 PASS AF=0.99422;AO=163;DP=164;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0556304;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.475;QD=60.1425;RBI=0.0634324;REFB=-0.117985;REVB=0.0304783;RO=0;SAF=96;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28207e-08;STB=0.503355;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00279548;OID=.;OPOS=31855578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:164:173:0:1:163:172:0.99422:67:96:0:0:74:98:0:1 chr7 32209425 . A G 2751.63 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.573;QD=62.537;RBI=0.0329904;REFB=0;REVB=0.0235073;RO=0;SAF=85;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.05187e-06;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:175:176:1:90:85:0:0:90:86:0:0 chr7 32209459 . C T 3212.67 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00176322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.791;QD=61.7822;RBI=0.041342;REFB=0;REVB=0.0413044;RO=0;SAF=100;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97517e-06;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:201:208:0:0:201:208:1:101:100:0:0:108:100:0:0 chr7 32338337 . G A 1809.87 PASS AF=0.509804;AO=177;DP=357;FAO=182;FDP=357;FR=.;FRO=175;FSAF=82;FSAR=100;FSRF=91;FSRR=84;FWDB=0.0184693;FXX=0.00279322;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6479;QD=20.2787;RBI=0.0536716;REFB=-0.013437;REVB=0.0503937;RO=167;SAF=80;SAR=97;SRF=81;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295377;STB=0.534145;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0129739;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:357:167:175:177:182:0.509804:97:80:81:86:100:82:91:84 chr7 32529936 . G C 244.18 PASS AF=0.375;AO=29;DP=79;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.050674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.8849;QD=12.209;RBI=0.0508727;REFB=-0.0114212;REVB=-0.00449265;RO=50;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227374;STB=0.618974;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0306823;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:50:50:29:30:0.375:15:14:14:36:16:14:14:36 chr7 32530105 . G C 499.85 PASS AF=0.365269;AO=60;DP=157;FAO=61;FDP=167;FR=.;FRO=106;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=70;FSRR=36;FWDB=-0.0101921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9042;QD=11.9724;RBI=0.0874178;REFB=-0.0169711;REVB=-0.0868216;RO=97;SAF=40;SAR=20;SRF=68;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429538;STB=0.503267;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0437844;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:167:97:106:60:61:0.365269:20:40:68:29:21:40:70:36 chr7 32530198 . AA TC 441.32 PASS AF=0.320225;AO=56;DP=176;FAO=57;FDP=178;FR=.;FRO=121;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=68;FSRR=53;FWDB=-0.0134372;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=104.504;QD=9.91733;RBI=0.014736;REFB=-0.00292938;REVB=-0.00604911;RO=118;SAF=32;SAR=24;SRF=67;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434716;STB=0.511778;STBP=0.85;TYPE=mnp;VARB=0.00680608;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:118:121:56:57:0.320225:24:32:67:51:24:33:68:53 chr7 32598630 . T A 603.77 PASS AF=0.446809;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=-0.00850452;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8758;QD=17.1283;RBI=0.0117288;REFB=0.0170974;REVB=0.00807693;RO=79;SAF=31;SAR=32;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138036;STB=0.580919;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.020416;OID=.;OPOS=32598630;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:79:78:63:63:0.446809:32:31:28:51:32:31:27:51 chr7 32598656 . C T 586.66 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00295531;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9076;QD=19.7197;RBI=0.0193382;REFB=-0.016096;REVB=-0.019111;RO=59;SAF=26;SAR=34;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243849;STB=0.513447;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0132341;OID=.;OPOS=32598656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:59:59:60:60:0.504202:34:26:24:35:34:26:24:35 chr7 32623477 . C G 840.38 PASS AF=0.525;AO=83;DP=159;FAO=84;FDP=160;FR=.;FRO=76;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.0955319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2149;QD=21.0095;RBI=0.0965792;REFB=0.00402684;REVB=0.0141843;RO=75;SAF=45;SAR=38;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998263;STB=0.553792;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00205786;OID=.;OPOS=32623477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:75:76:83:84:0.525:38:45:32:43:38:46:33:43 chr7 32623796 . C T 636.09 PASS AF=0.457746;AO=59;DP=137;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=-0.0102712;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.731;QD=17.9179;RBI=0.0130566;REFB=-0.014597;REVB=-0.0080609;RO=77;SAF=20;SAR=39;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418127;STB=0.504586;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0180095;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:142:77:77:59:65:0.457746:39:20:29:48:40:25:29:48 chr7 32908135 . C G 523.91 PASS AF=0.482759;AO=54;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0293958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.3526;QD=18.066;RBI=0.0293958;REFB=-0.0163357;REVB=-4.14673e-05;RO=57;SAF=19;SAR=35;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134968;STB=0.576895;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0129991;OID=.;OPOS=32908135;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:60:54:56:0.482759:35:19:28:29:36:20:30:30 chr7 32908287 . T C 1513.39 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.147;QD=59.9362;RBI=0.0200032;REFB=0;REVB=0.00911598;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.549e-06;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:49:52:0:0:49:52:0:0 chr7 32956941 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0171336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3815;QD=10.4724;RBI=0.0710566;REFB=-0.000409923;REVB=-0.06896;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234851;STB=0.64127;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00258768;OID=.;OPOS=32956941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:13:11:8:4:13:11 chr7 33003171 . G A 393.05 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00276797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.043;QD=17.089;RBI=0.00587577;REFB=-0.0119784;REVB=0.00518296;RO=51;SAF=21;SAR=20;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754294;STB=0.542244;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0238505;OID=.;OPOS=33003171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:20:21:30:21:20:21:30:21 chr7 33385852 . C T 1700.25 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189407;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.461;QD=59.658;RBI=0.0325093;REFB=0.012891;REVB=-0.0264217;RO=1;SAF=75;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123301;STB=0.506492;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-9.68772e-05;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:114:1:1:113:113:0.991228:38:75:0:1:38:75:0:1 chr7 33391094 . A T 249.39 PASS AF=0.414286;AO=25;DP=66;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00491994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.641;QD=14.2508;RBI=0.0102768;REFB=-0.016611;REVB=0.00902255;RO=40;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169954;STB=0.620606;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0295925;OID=.;OPOS=33391094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:40:41:25:29:0.414286:11:14:16:24:11:18:17:24 chr7 33979637 . A G 163.33 PASS AF=0.473684;AO=14;DP=35;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00756303;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.478;QD=17.1923;RBI=0.0148355;REFB=-0.014777;REVB=0.012763;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760533;STB=0.509793;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0174561;OID=.;OPOS=33979637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:20:20:14:18:0.473684:4:10:13:7:6:12:13:7 chr7 34009946 . C T 1862.54 PASS AF=0.517341;AO=179;DP=346;FAO=179;FDP=346;FR=.;FRO=167;FSAF=73;FSAR=106;FSRF=78;FSRR=89;FWDB=-0.0544126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.336;QD=21.5323;RBI=0.0609761;REFB=-0.0073047;REVB=-0.0275199;RO=166;SAF=73;SAR=106;SRF=78;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559285;STB=0.529278;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00587233;OID=.;OPOS=34009946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:166:167:179:179:0.517341:106:73:78:88:106:73:78:89 chr7 34192762 . G C 2577.78 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425852;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.356;QD=61.7432;RBI=0.0587685;REFB=0;REVB=0.0404999;RO=0;SAF=111;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148425;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:167:0:0:165:167:1:54:111:0:0:54:113:0:0 chr7 34793057 . C T 381.04 PASS AF=0.412844;AO=44;DP=108;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=0.00119455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1851;QD=13.983;RBI=0.0289779;REFB=-0.00787793;REVB=0.0289533;RO=64;SAF=24;SAR=20;SRF=19;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257717;STB=0.64864;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0136515;OID=.;OPOS=34793057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:64:64:44:45:0.412844:20:24:19:45:20:25:19:45 chr7 34818113 . A T 475.82 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0186489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8604;QD=15.2261;RBI=0.039283;REFB=-0.00802402;REVB=-0.0345742;RO=72;SAF=26;SAR=27;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00457382;STB=0.502566;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0108908;OID=.;OPOS=34818113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:72:53:53:0.424:27:26:35:37:27:26:35:37 chr7 34851393 . C G 759.2 PASS AF=0.591667;AO=71;DP=120;FAO=71;FDP=120;FR=.;FRO=49;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0128838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.05;QD=25.3065;RBI=0.0752258;REFB=-0.00870644;REVB=0.0741143;RO=48;SAF=42;SAR=29;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379742;STB=0.525498;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00607634;OID=.;OPOS=34851393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:48:49:71:71:0.591667:29:42:26:22:29:42:26:23 chr7 34874038 . C G 572.26 PASS AF=0.41875;AO=63;DP=158;FAO=67;FDP=160;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.00523704;FXX=0.0243888;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.439;QD=14.3064;RBI=0.00543227;REFB=-0.00717773;REVB=0.00144325;RO=88;SAF=26;SAR=37;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103504;STB=0.529957;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0105914;OID=.;OPOS=34874038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:88:93:63:67:0.41875:37:26:45:43:38:29:45:48 chr7 35840898 . G C,GC 6656.4 PASS AF=0.0275862,0.972414;AO=34,389;DP=463;FAO=12,423;FDP=435;FR=.;FRO=0;FSAF=5,185;FSAR=7,238;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126412,0.0133929;FXX=0.0158367;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=98.9379,118.065;QD=61.2083;RBI=0.0460347,0.0208109;REFB=-0.064209,-0.0903;REVB=-0.044265,-0.0159288;RO=26;SAF=6,175;SAR=28,214;SRF=23;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.567149,-0.0520827;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0549489,0.000837586;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:463:435:26:0:34,389:12,423:0.0275862,0.972414:28,214:6,175:23:3:7,238:5,185:0:0 chr7 35925500 . G A 401.18 PASS AF=0.425926;AO=44;DP=106;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0393752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.851;QD=14.8585;RBI=0.0526825;REFB=-0.00888818;REVB=-0.0350006;RO=61;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111474;STB=0.578503;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0141408;OID=.;OPOS=35925500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:61:62:44:46:0.425926:25:19:20:41:25:21:20:42 chr7 36124292 . G A 560.61 PASS AF=0.412903;AO=64;DP=155;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.00991911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1571;QD=14.4674;RBI=0.0374086;REFB=0.00040377;REVB=0.0360696;RO=91;SAF=35;SAR=29;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434462;STB=0.52439;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.000250126;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:91:91:64:64:0.412903:29:35:46:45:29:35:46:45 chr7 36320821 . G A 4745.39 PASS AF=1;AO=297;DP=298;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.063;QD=63.6965;RBI=0.00447587;REFB=0;REVB=0.00328361;RO=1;SAF=155;SAR=142;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71773e-05;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:298:298:1:0:297:298:1:142:155:1:0:142:156:0:0 chr7 36338749 . T C 4097.78 PASS AF=1;AO=262;DP=263;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165662;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.241;QD=62.5615;RBI=0.0323062;REFB=0;REVB=-0.0277354;RO=0;SAF=119;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62609e-05;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:263:262:0:0:262:262:1:143:119:0:0:143:119:0:0 chr7 36339269 . C G 1026.27 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5603;QD=59.494;RBI=0.0777586;REFB=0;REVB=0.053972;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998643;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr7 36438709 . C G 478.74 PASS AF=0.528736;AO=45;DP=85;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-2.94091e-05;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.043;QD=22.0109;RBI=0.0139071;REFB=-0.00245781;REVB=0.0139071;RO=40;SAF=25;SAR=20;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173934;STB=0.583091;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00282138;OID=.;OPOS=36438709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:40:41:45:46:0.528736:20:25:14:26:21:25:15:26 chr7 36445856 . G A 2561.46 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.962;QD=61.722;RBI=0.0263437;REFB=0;REVB=-0.00975138;RO=0;SAF=72;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09627e-06;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:165:166:1:93:72:0:0:93:73:0:0 chr7 36446121 . A G 1183.5 PASS AF=0.553398;AO=114;DP=206;FAO=114;FDP=206;FR=.;FRO=92;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.0323332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.842;QD=22.9805;RBI=0.0324437;REFB=-0.0102481;REVB=0.00267593;RO=92;SAF=63;SAR=51;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165683;STB=0.509024;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0115445;OID=.;OPOS=36446121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:92:92:114:114:0.553398:51:63:49:43:51:63:49:43 chr7 36447349 . A ACTT 1246.57 PASS AF=0.910891;AO=87;DP=103;FAO=92;FDP=101;FR=.;FRO=9;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00567359;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=3;MLLD=275.161;QD=49.3689;RBI=0.021518;REFB=-0.050353;REVB=0.0207565;RO=10;SAF=40;SAR=47;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787068;STB=0.502054;STBP=0.936;TYPE=ins;VARB=0.00637119;OID=.;OPOS=36447350;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.910891:87:103:92:101:9:43:49:4:5:34:10:40:47:5:5 chr7 36455477 . T C 433.11 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0153924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.11;QD=16.9848;RBI=0.015529;REFB=-0.0103066;REVB=-0.00205561;RO=54;SAF=21;SAR=26;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384199;STB=0.525657;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0122389;OID=.;OPOS=36455477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:55:47:47:0.460784:26:21:22:32:26:21:22:33 chr7 36492212 . C T 842.81 PASS AF=0.505952;AO=85;DP=169;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.0196258;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.799;QD=20.0669;RBI=0.0198196;REFB=-0.0029581;REVB=-0.00276524;RO=81;SAF=40;SAR=45;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454784;STB=0.524307;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00244643;OID=.;OPOS=36492212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:81:83:85:85:0.505952:45:40:34:47:45:40:35:48 chr7 36552790 . G GT,T 2221.93 PASS AF=1,0;AO=146,8;DP=159;FAO=156,0;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=68,0;FSAR=88,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458208,0.0425605;FXX=0.0126574;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=24.1602,4.56953;QD=56.9725;RBI=0.0863485,0.103035;REFB=0,0;REVB=-0.0731882,-0.093834;RO=4;SAF=68,0;SAR=78,8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00174369,-0.791634;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000191699,0.019337;OID=.,.;OPOS=36552791,36552790;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:156:4:0:146,8:156,0:1,0:78,8:68,0:2:2:88,0:68,0:0:0 chr7 36729757 . T C 1881.6 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277065;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2682;QD=61.6919;RBI=0.0370937;REFB=0;REVB=0.0246635;RO=0;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232554;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:59:62:0:0:59:63:0:0 chr7 36763672 . C T 1122.42 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.181;QD=59.075;RBI=0.05172;REFB=-0.110181;REVB=0.0506617;RO=1;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160326;STB=0.508195;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00066463;OID=.;OPOS=36763672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:76:1:1:74:75:0.986842:29:45:0:1:30:45:0:1 chr7 37209284 . G A 301.53 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0158359;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.828;QD=16.5222;RBI=0.0162929;REFB=0.0032887;REVB=-0.00383206;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645936;STB=0.521978;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00424245;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:38:40:33:33:0.452055:16:17:17:21:16:17:19:21 chr7 37355590 . C CT,T 721.21 PASS AF=1,0;AO=45,2;DP=55;FAO=54,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.131476,-0.0579006;FXX=0.0181785;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=23.2895,16.0374;QD=53.423;RBI=0.143048,0.0730041;REFB=0,0;REVB=-0.0563629,-0.0444649;RO=6;SAF=11,0;SAR=34,2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0260765,-0.562437;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00395394,0;OID=.,.;OPOS=37355591,37355590;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:6:0:45,2:54,0:1,0:34,2:11,0:2:4:41,0:13,0:0:0 chr7 37780888 . T C 396.7 PASS AF=0.282723;AO=54;DP=191;FAO=54;FDP=191;FR=.;FRO=137;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=67;FSRR=70;FWDB=0.00252491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.289;QD=8.30776;RBI=0.0153328;REFB=0.000342017;REVB=-0.0151235;RO=135;SAF=25;SAR=29;SRF=67;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406248;STB=0.518756;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.000891757;OID=.;OPOS=37780888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:135:137:54:54:0.282723:29:25:67:68:29:25:67:70 chr7 37907304 . T C 555.55 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=144;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.0264535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.136;QD=15.4318;RBI=0.0314344;REFB=-0.0113715;REVB=0.0169803;RO=83;SAF=24;SAR=36;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184268;STB=0.599967;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0114644;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:83:84:60:60:0.416667:36:24:48:35:36:24:48:36 chr7 37916455 . A G 631.32 PASS AF=0.445161;AO=69;DP=156;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.00034384;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.488;QD=16.2921;RBI=0.0426276;REFB=0.00763735;REVB=0.0426262;RO=86;SAF=39;SAR=30;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999478;STB=0.555664;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00803253;OID=.;OPOS=37916455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:86:86:69:69:0.445161:30:39:40:46:30:39:40:46 chr7 37947103 . C T 1171.6 PASS AF=0.455882;AO=117;DP=268;FAO=124;FDP=272;FR=.;FRO=148;FSAF=46;FSAR=78;FSRF=68;FSRR=80;FWDB=-0.00409073;FXX=0.0109087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.323;QD=17.2294;RBI=0.00992247;REFB=-0.021913;REVB=0.00903998;RO=148;SAF=44;SAR=73;SRF=69;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940086;STB=0.550239;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0251122;OID=.;OPOS=37947103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:272:148:148:117:124:0.455882:73:44:69:79:78:46:68:80 chr7 37947164 . G T 3769.49 PASS AF=0.987654;AO=240;DP=244;FAO=240;FDP=243;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=145;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0450674;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3546;QD=62.0492;RBI=0.0541845;REFB=-0.015521;REVB=-0.0300814;RO=1;SAF=95;SAR=145;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049905;STB=0.50349;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000369179;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:244:243:1:3:240:240:0.987654:145:95:1:0:145:95:2:1 chr7 37953840 . C T 3159.95 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.611;QD=61.6576;RBI=0.0540183;REFB=0;REVB=-0.0513683;RO=0;SAF=60;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7448e-05;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:205:0:0:203:205:1:143:60:0:0:144:61:0:0 chr7 37961001 . C A 1943.91 PASS AF=0.398917;AO=221;DP=560;FAO=221;FDP=554;FR=.;FRO=333;FSAF=89;FSAR=132;FSRF=178;FSRR=155;FWDB=0.0134023;FXX=0.0124775;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.712;QD=14.0354;RBI=0.0237397;REFB=-0.0374584;REVB=-0.0195948;RO=326;SAF=89;SAR=132;SRF=172;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134465;STB=0.579788;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0446568;OID=.;OPOS=37961001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:560:554:326:333:221:221:0.398917:132:89:172:154:132:89:178:155 chr7 37988589 . C T 661.13 PASS AF=0.477707;AO=67;DP=157;FAO=75;FDP=157;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0588941;FXX=0.0308623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.756;QD=16.8441;RBI=0.0599716;REFB=-0.0160532;REVB=0.0113176;RO=70;SAF=26;SAR=41;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927687;STB=0.531546;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0137795;OID=.;OPOS=37988589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:70:82:67:75:0.477707:41:26:34:36:42:33:41:41 chr7 37991129 . C A,T 3399.02 PASS AF=0.959641,0.0403587;AO=205,12;DP=217;FAO=214,9;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=108,5;FSAR=106,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085669,0.00596937;FXX=0.0176204;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.637,120.548;QD=60.969;RBI=0.0659262,0.0124356;REFB=0,0;REVB=0.0653672,0.0109092;RO=0;SAF=106,6;SAR=99,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0011848,0.0448575;OID=.,.;OPOS=37991129,37991129;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:217:223:0:0:205,12:214,9:0.959641,0.0403587:99,6:106,6:0:0:106,4:108,5:0:0 chr7 38268395 . C T 365.85 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00287371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.694;QD=13.6767;RBI=0.00823233;REFB=-0.0159086;REVB=0.00771447;RO=63;SAF=28;SAR=15;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123174;STB=0.575307;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0212987;OID=.;OPOS=38268395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:64:43:43:0.401869:15:28:34:29:15:28:34:30 chr7 38269668 . G A 732.35 PASS AF=0.49359;AO=71;DP=150;FAO=77;FDP=156;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.028916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.902;QD=18.7782;RBI=0.0327915;REFB=-0.0052706;REVB=-0.0154643;RO=78;SAF=37;SAR=34;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00786762;STB=0.519901;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0054045;OID=.;OPOS=38269668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:156:78:79:71:77:0.49359:34:37:40:38:35:42:40:39 chr7 38284794 . C T 59.03 PASS AF=0.0944444;AO=18;DP=181;FAO=17;FDP=180;FR=.;FRO=163;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=92;FWDB=-0.0328873;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7638;QD=1.31169;RBI=0.0328977;REFB=0.00106111;REVB=-0.00082826;RO=158;SAF=8;SAR=10;SRF=67;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250318;STB=0.531892;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0140067;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:181:180:158:163:18:17:0.0944444:10:8:67:91:9:8:71:92 chr7 38284804 . T C 58.06 PASS AF=0.08867;AO=18;DP=203;FAO=18;FDP=203;FR=.;FRO=185;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=77;FSRR=108;FWDB=0.0413864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.611;QD=1.14413;RBI=0.0415711;REFB=-0.00675042;REVB=0.0039139;RO=185;SAF=9;SAR=9;SRF=77;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988335;STB=0.576272;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0583936;OID=.;OPOS=38284804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:203:203:185:185:18:18:0.08867:9:9:77:108:9:9:77:108 chr7 38284808 . A C 51.24 PASS AF=0.0825243;AO=17;DP=206;FAO=17;FDP=206;FR=.;FRO=189;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=77;FSRR=112;FWDB=0.0492566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.452;QD=0.994999;RBI=0.0696923;REFB=-0.00193544;REVB=-0.0493031;RO=185;SAF=9;SAR=8;SRF=75;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143621;STB=0.610734;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.03495;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:206:206:185:189:17:17:0.0825243:8:9:75:110:8:9:77:112 chr7 38284834 . A G 43.86 PASS AF=0.0751174;AO=16;DP=213;FAO=16;FDP=213;FR=.;FRO=197;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=82;FSRR=115;FWDB=-0.015203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.304;QD=0.823666;RBI=0.0219829;REFB=-0.00213996;REVB=-0.0158782;RO=197;SAF=8;SAR=8;SRF=82;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944361;STB=0.57737;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0408763;OID=.;OPOS=38284834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:213:213:197:197:16:16:0.0751174:8:8:82:115:8:8:82:115 chr7 38284854 . C T 46.23 PASS AF=0.0784314;AO=16;DP=204;FAO=16;FDP=204;FR=.;FRO=188;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=78;FSRR=110;FWDB=-0.00501032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.69;QD=0.906454;RBI=0.0125855;REFB=0.000930334;REVB=-0.0115452;RO=188;SAF=7;SAR=9;SRF=78;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261661;STB=0.52125;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0166069;OID=.;OPOS=38284854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:204:204:188:188:16:16:0.0784314:9:7:78:110:9:7:78:110 chr7 38289121 . C T 871.64 PASS AF=0.454545;AO=89;DP=196;FAO=90;FDP=198;FR=.;FRO=108;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=-0.0250998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.897;QD=17.6089;RBI=0.0295824;REFB=-0.00304471;REVB=-0.0156562;RO=106;SAF=43;SAR=46;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390892;STB=0.524275;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00330328;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:106:108:89:90:0.454545:46:43:47:59:46:44:48:60 chr7 38295958 . C T 364.67 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0418335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7863;QD=16.0296;RBI=0.0654402;REFB=-0.0516918;REVB=-0.0503228;RO=52;SAF=17;SAR=22;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736255;STB=0.54138;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0681283;OID=.;OPOS=38295958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:52:39:39:0.428571:22:17:19:33:22:17:19:33 chr7 38299727 . T C 251.9 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=100;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.00901067;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.839;QD=10.1778;RBI=0.00903805;REFB=-0.00894509;REVB=0.00070299;RO=65;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605964;STB=0.524984;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0149265;OID=.;OPOS=38299727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:65:68:31:31:0.313131:19:12:22:43:19:12:24:44 chr7 38305043 . T C 117.33 PASS AF=0.121339;AO=29;DP=239;FAO=29;FDP=239;FR=.;FRO=210;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=100;FSRR=110;FWDB=-0.00759348;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.954;QD=1.96363;RBI=0.00798557;REFB=-0.00132888;REVB=-0.00247152;RO=208;SAF=15;SAR=14;SRF=100;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457137;STB=0.535998;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00886187;OID=.;OPOS=38305043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:208:210:29:29:0.121339:14:15:100:108:14:15:100:110 chr7 38309102 . A C 751.28 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=140;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0375463;FXX=0.021427;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8623;QD=21.9351;RBI=0.061505;REFB=-0.0139406;REVB=0.0487149;RO=67;SAF=38;SAR=34;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479499;STB=0.519766;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0130853;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:137:67:65:72:72:0.525547:34:38:39:28:34:38:37:28 chr7 38331416 . C T 707.86 PASS AF=0.492958;AO=70;DP=142;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0111953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.421;QD=19.9398;RBI=0.0290913;REFB=-0.0183919;REVB=-0.0268508;RO=72;SAF=37;SAR=33;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120798;STB=0.506665;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0174959;OID=.;OPOS=38331416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:72:72:70:70:0.492958:33:37:39:33:33:37:39:33 chr7 38357075 . T C 446.83 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0313959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.575;QD=14.0733;RBI=0.0371379;REFB=-0.00782034;REVB=0.0198375;RO=76;SAF=18;SAR=33;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188174;STB=0.606421;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0104037;OID=.;OPOS=38357075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:76:76:51:51:0.401575:33:18:40:36:33:18:40:36 chr7 38370202 . T C 1098.65 PASS AF=0.509259;AO=110;DP=216;FAO=110;FDP=216;FR=.;FRO=106;FSAF=35;FSAR=75;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=0.00841006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.303;QD=20.3454;RBI=0.00983782;REFB=-0.0082237;REVB=0.00510427;RO=104;SAF=35;SAR=75;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172484;STB=0.59565;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0064023;OID=.;OPOS=38370202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:104:106:110:110:0.509259:75:35:52:52:75:35:53:53 chr7 38389410 . G C 489.34 PASS AF=0.319797;AO=62;DP=197;FAO=63;FDP=197;FR=.;FRO=134;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=94;FWDB=-0.0120347;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2603;QD=9.9358;RBI=0.049698;REFB=-0.00435155;REVB=-0.0482189;RO=128;SAF=23;SAR=39;SRF=35;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127723;STB=0.550145;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00493656;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:128:134:62:63:0.319797:39:23:35:93:40:23:40:94 chr7 38398565 . G C 33.49 PASS AF=0.0654206;AO=14;DP=215;FAO=14;FDP=214;FR=.;FRO=200;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=132;FWDB=0.0310518;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4027;QD=0.625925;RBI=0.047672;REFB=-0.0013402;REVB=-0.0361719;RO=192;SAF=7;SAR=7;SRF=62;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20029;STB=0.649338;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0200493;OID=.;OPOS=38398565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:215:214:192:200:14:14:0.0654206:7:7:62:130:7:7:68:132 chr7 38402496 . A G 642.65 PASS AF=0.435583;AO=70;DP=162;FAO=71;FDP=163;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0102633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.096;QD=15.7705;RBI=0.0121184;REFB=-0.00425259;REVB=0.00644364;RO=92;SAF=32;SAR=38;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215869;STB=0.507631;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00544713;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:92:92:70:71:0.435583:38:32:44:48:38:33:44:48 chr7 38402517 . C T 622.42 PASS AF=0.40678;AO=68;DP=173;FAO=72;FDP=177;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.01126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6986;QD=14.066;RBI=0.0162326;REFB=-0.0107624;REVB=0.0116923;RO=105;SAF=35;SAR=33;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414423;STB=0.51412;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.021449;OID=.;OPOS=38402517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:177:105:105:68:72:0.40678:33:35:50:55:36:36:50:55 chr7 38431436 . C T 966.26 PASS AF=0.438298;AO=103;DP=235;FAO=103;FDP=235;FR=.;FRO=132;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=61;FSRR=71;FWDB=0.0397449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.597;QD=16.4471;RBI=0.0490768;REFB=-0.00596317;REVB=-0.02879;RO=130;SAF=58;SAR=45;SRF=61;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945414;STB=0.556804;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00836337;OID=.;OPOS=38431436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:130:132:103:103:0.438298:45:58:61:69:45:58:61:71 chr7 38431481 . C A 1042.84 PASS AF=0.430712;AO=114;DP=268;FAO=115;FDP=267;FR=.;FRO=152;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=64;FSRR=88;FWDB=0.00935699;FXX=0.0037312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.73;QD=15.623;RBI=0.0200174;REFB=-0.00678604;REVB=0.0176959;RO=151;SAF=65;SAR=49;SRF=63;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155985;STB=0.586671;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00849455;OID=.;OPOS=38431481;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:267:151:152:114:115:0.430712:49:65:63:88:49:66:64:88 chr7 38467842 . A G 1572.12 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0346743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5603;QD=62.8847;RBI=0.0347911;REFB=-0.0115141;REVB=-0.00284817;RO=1;SAF=44;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106585;STB=0.505617;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000521657;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:55:44:1:0:55:44:1:0 chr7 38467923 . A G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.471;QD=56.9537;RBI=0.0257338;REFB=0;REVB=0.0254199;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100673;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr7 38468463 . C T 1713.13 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.374;QD=60.6419;RBI=0.0276098;REFB=0;REVB=-0.00787961;RO=0;SAF=67;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75255e-05;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:46:67:0:0:46:67:0:0 chr7 38468695 . C T 347.24 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0390942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.784;QD=51.4433;RBI=0.0394145;REFB=-0.101845;REVB=-0.00501429;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00575881;OID=.;OPOS=38468695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:16:10:1:0:16:10:1:0 chr7 38725804 . C T 708.18 PASS AF=0.486842;AO=73;DP=150;FAO=74;FDP=152;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0018566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.645;QD=18.6363;RBI=0.00233554;REFB=0.00215849;REVB=-0.00141697;RO=76;SAF=33;SAR=40;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116929;STB=0.573458;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00202038;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:76:78:73:74:0.486842:40:33:44:32:41:33:46:32 chr7 38780883 . C T 2552.18 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=168;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-6.63233e-05;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.909;QD=61.1301;RBI=0.0189893;REFB=0.00335754;REVB=-0.0189892;RO=0;SAF=80;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06912e-08;STB=0.50289;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-7.79022e-06;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:167:0:1:166:166:0.994012:86:80:0:0:86:80:0:1 chr7 38780924 . T C 3423.09 PASS AF=0.986726;AO=222;DP=227;FAO=223;FDP=226;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=128;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0155716;FXX=0.00440509;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.329;QD=60.5856;RBI=0.0174138;REFB=-0.0664621;REVB=-0.00779527;RO=3;SAF=94;SAR=128;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149607;STB=0.507771;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000226265;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:227:226:3:3:222:223:0.986726:128:94:3:0:128:95:3:0 chr7 38796570 . G A 748.56 PASS AF=0.493243;AO=73;DP=149;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=-0.0566949;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.612;QD=20.2313;RBI=0.0573448;REFB=-0.0008963;REVB=-0.00860913;RO=74;SAF=39;SAR=34;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190337;STB=0.600854;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00101989;OID=.;OPOS=38796570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:74:75:73:73:0.493243:34:39:24:50:34:39:25:50 chr7 38810828 . G T 53.93 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0103307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.749;QD=4.58938;RBI=0.010457;REFB=-0.00226839;REVB=-0.00162081;RO=34;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528953;STB=0.850333;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.141972;OID=.;OPOS=38810828;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:47:47:34:36:7:7:0.148936:1:6:14:20:1:6:16:20 chr7 39379325 . C T 199.73 PASS AF=0.818182;AO=15;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0747127;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.3609;QD=36.3141;RBI=0.0779941;REFB=-0.0489653;REVB=-0.0223851;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00389682;OID=.;OPOS=39379325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:0:4:15:18:0.818182:9:6:0:0:9:9:2:2 chr7 39472681 . C T 731.11 PASS AF=0.496774;AO=74;DP=154;FAO=77;FDP=155;FR=.;FRO=78;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.0258256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6966;QD=18.8672;RBI=0.055002;REFB=0.00989968;REVB=0.0485619;RO=74;SAF=48;SAR=26;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784988;STB=0.5458;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00763797;OID=.;OPOS=39472681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:74:78:74:77:0.496774:26:48:42:32:27:50:44:34 chr7 39472708 . A G 2710.56 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169981;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.71;QD=61.6036;RBI=0.0176886;REFB=-0.0897612;REVB=-0.00489405;RO=0;SAF=102;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67807e-05;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:168:176:0:0:166:176:1:64:102:0:0:71:105:0:0 chr7 39472846 . G A 357.91 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.084455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9504;QD=14.759;RBI=0.108894;REFB=-0.000475758;REVB=-0.0687406;RO=58;SAF=19;SAR=20;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498615;STB=0.528248;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00180142;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:20:19:31:27:20:19:31:27 chr7 39649275 . G A 2222.38 PASS AF=0.537084;AO=210;DP=391;FAO=210;FDP=391;FR=.;FRO=181;FSAF=124;FSAR=86;FSRF=95;FSRR=86;FWDB=-0.00577014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.682;QD=22.7353;RBI=0.0132785;REFB=-0.016365;REVB=0.0119593;RO=181;SAF=124;SAR=86;SRF=95;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570124;STB=0.531046;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.014684;OID=.;OPOS=39649275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:391:181:181:210:210:0.537084:86:124:95:86:86:124:95:86 chr7 40229127 . A T 48.9 PASS AF=0.117647;AO=3;DP=66;FAO=8;FDP=68;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=57;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.00733085;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.176;QD=2.87621;RBI=0.151504;REFB=-0.00888739;REVB=0.151327;RO=47;SAF=3;SAR=0;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411054;STB=0.636801;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0610567;OID=.;OPOS=40229127;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:66:68:47:57:3:8:0.117647:0:3:32:15:2:6:35:22 chr7 40314165 . G A 511.94 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00429562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.875;QD=21.5552;RBI=0.033731;REFB=0.010057;REVB=0.0334564;RO=46;SAF=22;SAR=27;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449577;STB=0.524828;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00549624;OID=.;OPOS=40314165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:27:22:23:23:27:22:23:23 chr7 40314243 . A G 302.12 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0238703;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.078;QD=16.5547;RBI=0.0385455;REFB=-0.00415665;REVB=-0.0302649;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585114;STB=0.532869;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00803987;OID=.;OPOS=40314243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:17:16:17:23:17:16:17:23 chr7 40899966 . CG C,CC 2017.72 PASS AF=0.0229008,0.977099;AO=22,110;DP=133;FAO=3,128;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=2,78;FSAR=1,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462844,0.0453442;FXX=0.0150365;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=247.142,256.392;QD=61.6097;RBI=0.0467124,0.0458183;REFB=0,0;REVB=0.00630933,0.00657409;RO=0;SAF=12,68;SAR=10,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00277175,0.00197029;OID=.,.;OPOS=40899967,40899967;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0229008,0.977099:22,110:133:3,128:131:0:2,78:1,50:0:0:5:0:12,68:10,42:0:0 chr7 42005678 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.271;QD=44.6893;RBI=0.0429186;REFB=0;REVB=0.0416227;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592155;OID=.;OPOS=42005678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr7 42088222 . T C 549.88 PASS AF=0.380952;AO=64;DP=171;FAO=64;FDP=168;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=0.0325835;FXX=0.0399977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.477;QD=13.0925;RBI=0.0414301;REFB=0.00443801;REVB=0.0255885;RO=93;SAF=41;SAR=23;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113361;STB=0.56009;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00370629;OID=.;OPOS=42088222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:168:93:104:64:64:0.380952:23:41:50:43:23:41:57:47 chr7 42950640 . C T 1865.17 PASS AF=0.97619;AO=123;DP=129;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0377692;FXX=0.023254;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.041;QD=59.2117;RBI=0.0382664;REFB=-0.0529873;REVB=-0.00614862;RO=3;SAF=69;SAR=54;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104334;STB=0.505494;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000494;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:129:126:3:3:123:123:0.97619:54:69:1:2:54:69:1:2 chr7 42970733 . C T 1583.56 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0119212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1409;QD=58.6504;RBI=0.0258935;REFB=0.136738;REVB=0.022986;RO=1;SAF=22;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00561741;STB=0.502958;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00092442;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:1:1:106:107:0.990741:84:22:0:1:84:23:0:1 chr7 42976789 . A G 2765.39 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.589;QD=62.4947;RBI=0.0490283;REFB=0;REVB=0.0442189;RO=0;SAF=85;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103428;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:177:0:0:175:177:1:90:85:0:0:92:85:0:0 chr7 42977091 . G A 1859.34 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.232;QD=61.4658;RBI=0.0358978;REFB=0;REVB=-0.0308056;RO=0;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014705;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:63:58:0:0:63:58:0:0 chr7 43484136 . A G 214.38 PASS AF=0.511628;AO=20;DP=41;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0129603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.465;QD=19.9421;RBI=0.0156222;REFB=-0.0254102;REVB=0.00872261;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267355;STB=0.512809;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0302765;OID=.;OPOS=43484136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:21:21:20:22:0.511628:8:12:12:9:10:12:12:9 chr7 43506059 . A G 624.47 PASS AF=0.448276;AO=65;DP=145;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.0574753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1119;QD=17.2267;RBI=0.0575879;REFB=-0.0140457;REVB=0.00360014;RO=78;SAF=33;SAR=32;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176102;STB=0.516453;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0252302;OID=.;OPOS=43506059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:78:80:65:65:0.448276:32:33:41:37:32:33:43:37 chr7 43506158 . T C 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0205318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.786;QD=19.5835;RBI=0.0395989;REFB=0.0161719;REVB=0.0338603;RO=49;SAF=29;SAR=17;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22579;STB=0.625462;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0122067;OID=.;OPOS=43506158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:17:29:19:30:17:29:19:30 chr7 43664280 . A G 1040.09 PASS AF=0.495327;AO=105;DP=213;FAO=106;FDP=214;FR=.;FRO=108;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.00139801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.187;QD=19.4409;RBI=0.0187119;REFB=-0.0029358;REVB=0.0186596;RO=108;SAF=43;SAR=62;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084713;STB=0.548456;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00325114;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:108:108:105:106:0.495327:62:43:54:54:63:43:54:54 chr7 43810764 . G A 872.35 PASS AF=0.437788;AO=95;DP=217;FAO=95;FDP=217;FR=.;FRO=122;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=45;FSRR=77;FWDB=-0.0491606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.617;QD=16.0802;RBI=0.0491776;REFB=-0.0129986;REVB=0.00129408;RO=121;SAF=33;SAR=62;SRF=44;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179545;STB=0.51321;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0161478;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:121:122:95:95:0.437788:62:33:44:77:62:33:45:77 chr7 43846603 . A G 848.49 PASS AF=0.508876;AO=85;DP=169;FAO=86;FDP=169;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.00155766;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.841;QD=20.0825;RBI=0.00194642;REFB=0.0114278;REVB=-0.00116716;RO=82;SAF=33;SAR=52;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113225;STB=0.567548;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00871095;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:82:83:85:86:0.508876:52:33:42:40:53:33:43:40 chr7 43906513 . A G 197.77 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00914075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.332;QD=11.1419;RBI=0.011099;REFB=-0.0110786;REVB=0.00629559;RO=45;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148206;STB=0.501128;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0433453;OID=.;OPOS=43906513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:12:13:24:21:12:13:24:22 chr7 43916128 . C CCT 2860.27 PASS AF=0.984211;AO=173;DP=205;FAO=187;FDP=190;FR=.;FRO=3;FSAF=97;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00119683;FXX=0.0155432;HRUN=3;LEN=2;MLLD=291.694;QD=60.2162;RBI=0.00201521;REFB=0.0262505;REVB=0.00162131;RO=22;SAF=89;SAR=84;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260952;STB=0.508196;STBP=0.08;TYPE=ins;VARB=8.45845e-05;OID=.;OPOS=43916129;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.984211:173:205:187:190:3:97:90:0:3:4:22:89:84:14:8 chr7 43916138 . C G 3133.71 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.142;QD=63.9533;RBI=0.0419101;REFB=0;REVB=0.0107098;RO=0;SAF=101;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65446e-05;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:196:196:1:95:101:0:0:95:101:0:0 chr7 43916727 . T G 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0101839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9243;QD=19.9409;RBI=0.0101841;REFB=0.00678341;REVB=5.84537e-05;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184591;STB=0.602371;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00599836;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:14:18:10:19:14:18:10:19 chr7 43917013 . G A 1600.77 PASS AF=0.511254;AO=159;DP=311;FAO=159;FDP=311;FR=.;FRO=152;FSAF=78;FSAR=81;FSRF=82;FSRR=70;FWDB=0.0379134;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.349;QD=20.5886;RBI=0.0382924;REFB=-0.00137683;REVB=0.00537461;RO=152;SAF=78;SAR=81;SRF=82;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436774;STB=0.523887;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00114525;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:152:152:159:159:0.511254:81:78:82:70:81:78:82:70 chr7 43917274 . A G 1876.63 PASS AF=1;AO=89;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229834;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9544;QD=61.0285;RBI=0.0241238;REFB=0;REVB=0.00732965;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693748;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:123:0:0:89:123:1:36:53:0:0:58:65:0:0 chr7 43966161 . C A 4799.36 PASS AF=0.443471;AO=505;DP=1140;FAO=506;FDP=1141;FR=.;FRO=635;FSAF=276;FSAR=230;FSRF=356;FSRR=279;FWDB=-0.00790472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.305;QD=16.8251;RBI=0.0161218;REFB=0.0146796;REVB=0.0140509;RO=616;SAF=276;SAR=229;SRF=356;SRR=260;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316764;STB=0.508529;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0164327;OID=.;OPOS=43966161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1140:1141:616:635:505:506:0.443471:229:276:356:260:230:276:356:279 chr7 43982482 . A C 3999.63 PASS AF=1;AO=249;DP=249;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.4;QD=62.251;RBI=0.0350825;REFB=0;REVB=0.0348173;RO=0;SAF=115;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.50581e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04412e-05;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:249:257:0:0:249:257:1:134:115:0:0:141:116:0:0 chr7 44027348 . A G 5011.64 PASS AF=1;AO=319;DP=322;FAO=320;FDP=320;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=191;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537228;FXX=0.00928764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6032;QD=62.6455;RBI=0.0539104;REFB=-0.0774351;REVB=-0.00449364;RO=2;SAF=129;SAR=190;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166821;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:322:320:2:0:319:320:1:190:129:0:2:191:129:0:0 chr7 44047066 . T C 673.09 PASS AF=0.536585;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=123;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.0284228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.105;QD=21.8892;RBI=0.0306852;REFB=0.00609959;REVB=-0.0115641;RO=57;SAF=21;SAR=45;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146576;STB=0.508042;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0059248;OID=.;OPOS=44047066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:57:57:66:66:0.536585:45:21:19:38:45:21:19:38 chr7 44099664 . T C 2836.64 PASS AF=0.499118;AO=281;DP=565;FAO=283;FDP=567;FR=.;FRO=284;FSAF=149;FSAR=134;FSRF=121;FSRR=163;FWDB=-0.0406073;FXX=0.00700513;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7842;QD=20.0116;RBI=0.0838818;REFB=-0.00846533;REVB=0.0733976;RO=278;SAF=149;SAR=132;SRF=118;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960155;STB=0.550181;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0097126;OID=.;OPOS=44099664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:565:567:278:284:281:283:0.499118:132:149:118:160:134:149:121:163 chr7 44104788 . A C 814.99 PASS AF=0.452128;AO=84;DP=187;FAO=85;FDP=188;FR=.;FRO=103;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=60;FWDB=-0.0170123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.302;QD=17.3401;RBI=0.036687;REFB=-0.00323204;REVB=-0.0325041;RO=101;SAF=41;SAR=43;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071316;STB=0.53567;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00357154;OID=.;OPOS=44104788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:101:103:84:85:0.452128:43:41:42:59:44:41:43:60 chr7 44112694 . C T 943.67 PASS AF=0.415686;AO=106;DP=255;FAO=106;FDP=255;FR=.;FRO=149;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=62;FSRR=87;FWDB=0.0486253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0936;QD=14.8027;RBI=0.0487301;REFB=-0.0141558;REVB=0.00319466;RO=147;SAF=46;SAR=60;SRF=60;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274597;STB=0.510646;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0157872;OID=.;OPOS=44112694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:147:149:106:106:0.415686:60:46:60:87:60:46:62:87 chr7 44112873 . G T 353.19 PASS AF=0.366667;AO=43;DP=113;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=0.0285593;FXX=0.00826378;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.754;QD=11.7731;RBI=0.0516305;REFB=0.00144461;REVB=-0.0430125;RO=70;SAF=24;SAR=19;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111237;STB=0.524076;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00226048;OID=.;OPOS=44112873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:120:70:76:43:44:0.366667:19:24:46:24:19:25:46:30 chr7 44121936 . C A 3221.09 PASS AF=0.486527;AO=325;DP=668;FAO=325;FDP=668;FR=.;FRO=343;FSAF=161;FSAR=164;FSRF=179;FSRR=164;FWDB=0.0937307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4983;QD=19.288;RBI=0.147417;REFB=0.00326574;REVB=-0.113781;RO=336;SAF=161;SAR=164;SRF=176;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263877;STB=0.513594;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00444862;OID=.;OPOS=44121936;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:668:668:336:343:325:325:0.486527:164:161:176:160:164:161:179:164 chr7 44148553 . A G 1346.93 PASS AF=0.485714;AO=136;DP=280;FAO=136;FDP=280;FR=.;FRO=144;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=0.0197109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.344;QD=19.2419;RBI=0.0238908;REFB=-0.0443599;REVB=-0.0135;RO=144;SAF=74;SAR=62;SRF=63;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995618;STB=0.55472;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0417583;OID=.;OPOS=44148553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:144:144:136:136:0.485714:62:74:63:81:62:74:63:81 chr7 44153780 . A G 379.0 PASS AF=0.445652;AO=32;DP=97;FAO=41;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0364486;FXX=0.0612182;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.0835;QD=16.4782;RBI=0.0379137;REFB=-0.0776708;REVB=0.0104378;RO=41;SAF=22;SAR=10;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255654;STB=0.538443;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.125773;OID=.;OPOS=44153780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:92:41:47:32:41:0.445652:10:22:18:23:18:23:23:24 chr7 44180079 . A AG 1394.59 PASS AF=1;AO=131;DP=152;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392725;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.6938;QD=39.563;RBI=0.0401933;REFB=-0.00247119;REVB=0.00855442;RO=16;SAF=55;SAR=76;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168881;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0016088;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:131:152:141:141:0:59:82:0:0:22:16:55:76:8:8 chr7 44258954 . T G 178.22 PASS AF=0.205674;AO=32;DP=144;FAO=29;FDP=141;FR=.;FRO=112;FSAF=28;FSAR=1;FSRF=105;FSRR=7;FWDB=-0.0175917;FXX=0.0208319;HRUN=20;LEN=1;MLLD=192.095;QD=5.05584;RBI=0.0254935;REFB=-0.00170265;REVB=-0.0184513;RO=112;SAF=31;SAR=1;SRF=105;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226152;STB=0.627343;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00164933;OID=.;OPOS=44258954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:141:112:112:32:29:0.205674:1:31:105:7:1:28:105:7 chr7 44258964 . G T 1054.94 PASS AF=0.705426;AO=54;DP=92;FAO=91;FDP=129;FR=.;FRO=38;FSAF=84;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=4;FWDB=0.0532479;FXX=0.0444412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.613;QD=32.7113;RBI=0.063268;REFB=-0.0460538;REVB=0.0341687;RO=35;SAF=49;SAR=5;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228485;STB=0.527994;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0325023;OID=.;OPOS=44258964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:129:35:38:54:91:0.705426:5:49:27:8:7:84:34:4 chr7 44268686 . C T 1389.03 PASS AF=0.460568;AO=146;DP=319;FAO=146;FDP=317;FR=.;FRO=171;FSAF=56;FSAR=90;FSRF=81;FSRR=90;FWDB=0.0943228;FXX=0.0062694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.038;QD=17.5272;RBI=0.0943564;REFB=-0.00400598;REVB=0.00251733;RO=166;SAF=56;SAR=90;SRF=77;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801362;STB=0.550194;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00351866;OID=.;OPOS=44268686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:317:166:171:146:146:0.460568:90:56:77:89:90:56:81:90 chr7 44282868 . A G 786.62 PASS AF=0.446237;AO=83;DP=185;FAO=83;FDP=186;FR=.;FRO=103;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.0468943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.739;QD=16.9165;RBI=0.0480445;REFB=-0.00108471;REVB=0.0104498;RO=100;SAF=42;SAR=41;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452995;STB=0.527509;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000986603;OID=.;OPOS=44282868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:100:103:83:83:0.446237:41:42:46:54:41:42:47:56 chr7 44282877 . A G 787.92 PASS AF=0.448649;AO=83;DP=185;FAO=83;FDP=185;FR=.;FRO=102;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.0128612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.912;QD=17.0361;RBI=0.0363934;REFB=0.00149583;REVB=-0.0340451;RO=100;SAF=42;SAR=41;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551407;STB=0.530323;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00188559;OID=.;OPOS=44282877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:100:102:83:83:0.448649:41:42:45:55:41:42:46:56 chr7 44282928 . G A 617.85 PASS AF=0.411429;AO=68;DP=170;FAO=72;FDP=175;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.00861659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.061;QD=14.1222;RBI=0.0217921;REFB=-0.0148248;REVB=-0.0200163;RO=102;SAF=34;SAR=34;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313585;STB=0.522443;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0246961;OID=.;OPOS=44282928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:175:102:103:68:72:0.411429:34:34:48:54:35:37:49:54 chr7 44284564 . A G 1803.02 PASS AF=0.477807;AO=182;DP=383;FAO=183;FDP=383;FR=.;FRO=200;FSAF=101;FSAR=82;FSRF=87;FSRR=113;FWDB=0.000934567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.104;QD=18.8304;RBI=0.00464486;REFB=0.00812242;REVB=-0.00454987;RO=200;SAF=100;SAR=82;SRF=87;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108756;STB=0.560929;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00854711;OID=.;OPOS=44284564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:383:200:200:182:183:0.477807:82:100:87:113:82:101:87:113 chr7 44442296 . A C 1246.1 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.94;QD=61.536;RBI=0.0238206;REFB=0;REVB=-0.0175111;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.95834e-06;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:79:81:1:40:39:0:0:41:40:0:0 chr7 44579180 . G C 1792.4 PASS AF=0.96063;AO=121;DP=127;FAO=122;FDP=127;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.02495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.349;QD=56.4535;RBI=0.0591369;REFB=-0.188842;REVB=0.0536159;RO=5;SAF=67;SAR=54;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352689;STB=0.501701;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00725987;OID=.;OPOS=44579180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:127:127:5:5:121:122:0.96063:54:67:3:2:54:68:3:2 chr7 44606098 . C T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3154;QD=42.179;RBI=0.104038;REFB=0;REVB=-0.103547;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00223257;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr7 44612229 . G A 667.98 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.000530876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.589;QD=19.5031;RBI=0.0054166;REFB=-0.00263847;REVB=0.00539052;RO=69;SAF=29;SAR=38;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108507;STB=0.563558;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0024849;OID=.;OPOS=44612229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:69:70:67:67:0.489051:38:29:38:31:38:29:39:31 chr7 44620836 . C A 874.33 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274861;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.126;QD=56.4082;RBI=0.0277284;REFB=-0.0895521;REVB=0.00365802;RO=1;SAF=20;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230134;STB=0.512191;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00179001;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:41:20:1:0:41:20:1:0 chr7 44706339 . C T 674.54 PASS AF=0.560345;AO=62;DP=117;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0202902;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.079;QD=23.2599;RBI=0.0205738;REFB=-0.016682;REVB=-0.00340463;RO=54;SAF=35;SAR=27;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394226;STB=0.516019;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0128268;OID=.;OPOS=44706339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:54:51:62:65:0.560345:27:35:28:26:27:38:28:23 chr7 44802545 . C G 1004.53 PASS AF=0.507614;AO=71;DP=199;FAO=100;FDP=197;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.023557;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.019;QD=20.3966;RBI=0.0235945;REFB=0.013585;REVB=0.0013297;RO=93;SAF=35;SAR=36;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344515;STB=0.527158;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0176153;OID=.;OPOS=44802545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:197:93:97:71:100:0.507614:36:35:49:44:42:58:51:46 chr7 44802546 . A G 146.9 PASS AF=0.15;AO=27;DP=182;FAO=30;FDP=200;FR=.;FRO=170;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=88;FSRR=82;FWDB=-0.000592636;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=74.4929;QD=2.93793;RBI=0.0045205;REFB=-0.010733;REVB=-0.00448149;RO=154;SAF=22;SAR=5;SRF=81;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395847;STB=0.758438;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00626874;OID=.;OPOS=44802546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:200:154:170:27:30:0.15:5:22:81:73:6:24:88:82 chr7 44836314 . A G 2026.16 PASS AF=0.456103;AO=212;DP=473;FAO=213;FDP=467;FR=.;FRO=254;FSAF=100;FSAR=113;FSRF=142;FSRR=112;FWDB=0.0186132;FXX=0.0126847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4641;QD=17.3547;RBI=0.030611;REFB=-0.00220503;REVB=0.0243019;RO=252;SAF=100;SAR=112;SRF=141;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863001;STB=0.548605;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00346063;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:473:467:252:254:212:213:0.456103:112:100:141:111:113:100:142:112 chr7 44919200 . G A 144.54 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00420593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1198;QD=10.1435;RBI=0.0248144;REFB=-0.0244963;REVB=-0.0244553;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105228;STB=0.552431;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.020585;OID=.;OPOS=44919200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:38:19:19:0.333333:9:10:16:21:9:10:17:21 chr7 44924627 . A C 381.72 PASS AF=0.324138;AO=47;DP=147;FAO=47;FDP=145;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=64;FWDB=-0.050183;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8871;QD=10.5301;RBI=0.0501884;REFB=-0.0102322;REVB=-0.000738759;RO=100;SAF=20;SAR=27;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675755;STB=0.555194;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0338228;OID=.;OPOS=44924627;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:100:98:47:47:0.324138:27:20:37:63:27:20:34:64 chr7 45004063 . T C 2419.01 PASS AF=1;AO=154;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.766;QD=61.2409;RBI=0.0395785;REFB=0;REVB=0.0214891;RO=0;SAF=78;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.16631e-06;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:154:158:1:76:78:0:0:78:80:0:0 chr7 45009325 . G A 763.85 PASS AF=0.470588;AO=80;DP=171;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0134229;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.019;QD=17.9729;RBI=0.0444455;REFB=-0.0119924;REVB=0.0423702;RO=90;SAF=36;SAR=44;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903496;STB=0.549987;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0145147;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:90:90:80:80:0.470588:44:36:49:41:44:36:49:41 chr7 45009341 . A G 2846.7 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3032;QD=62.9104;RBI=0.121412;REFB=0;REVB=-0.121392;RO=0;SAF=92;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000396399;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:181:181:1:89:92:0:0:89:92:0:0 chr7 45009723 . G A 804.38 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.169;QD=55.4746;RBI=0.0463214;REFB=-0.172949;REVB=0.0312795;RO=1;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209528;STB=0.511107;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00103868;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:57:57:0.982759:22:35:0:1:22:35:0:1 chr7 45023503 . T A 442.88 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00176748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.139;QD=16.2524;RBI=0.00937177;REFB=0.000548645;REVB=0.00920359;RO=59;SAF=15;SAR=34;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210781;STB=0.614409;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000654975;OID=.;OPOS=45023503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:60:49:49:0.449541:34:15:30:29:34:15:30:30 chr7 45113170 . G A 576.36 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0255676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.594;QD=24.015;RBI=0.0255703;REFB=0.0117576;REVB=-0.00036928;RO=41;SAF=18;SAR=35;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085381;STB=0.538447;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00974156;OID=.;OPOS=45113170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:43:53:53:0.552083:35:18:18:23:35:18:18:25 chr7 45148667 . G A 449.51 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.00613566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.279;QD=15.7724;RBI=0.0119805;REFB=-0.0128146;REVB=-0.0102901;RO=64;SAF=23;SAR=27;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714345;STB=0.539984;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0165883;OID=.;OPOS=45148667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:27:23:34:30:27:23:34:30 chr7 45148773 . C A 557.03 PASS AF=0.508772;AO=55;DP=111;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.00706817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.844;QD=19.5449;RBI=0.0404541;REFB=-0.01169;REVB=-0.0398318;RO=53;SAF=25;SAR=30;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870002;STB=0.55387;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00981282;OID=.;OPOS=45148773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:53:56:55:58:0.508772:30:25:19:34:31:27:20:36 chr7 45217015 . T C 1205.87 PASS AF=0.464945;AO=126;DP=271;FAO=126;FDP=271;FR=.;FRO=145;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=55;FSRR=90;FWDB=-0.0130232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4238;QD=17.7989;RBI=0.0137359;REFB=-0.0252467;REVB=-0.00436714;RO=144;SAF=63;SAR=63;SRF=55;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114242;STB=0.564566;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0271662;OID=.;OPOS=45217015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:144:145:126:126:0.464945:63:63:55:89:63:63:55:90 chr7 45225838 . AA TC 251.68 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.000554834;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=221.701;QD=12.4287;RBI=0.000577504;REFB=0.00352359;REVB=-0.000160216;RO=51;SAF=14;SAR=16;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111337;STB=0.563892;STBP=0.374;TYPE=mnp;VARB=-0.00652177;OID=.;OPOS=45225838;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:16:14:29:22:16:14:29:22 chr7 45765234 . G T 264.66 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.020895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7822;QD=13.0695;RBI=0.0359801;REFB=0.0105362;REVB=0.0292911;RO=50;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180173;STB=0.602772;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0156015;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:14:17:19:31:14:17:19:31 chr7 45883240 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0144125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.525;QD=9.49165;RBI=0.0230466;REFB=0.0154082;REVB=0.017984;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120817;STB=0.573607;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0230619;OID=.;OPOS=45883240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:8:10:4:5:8:10 chr7 45932669 . A G 656.32 PASS AF=0.585859;AO=58;DP=99;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.049062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9339;QD=26.5181;RBI=0.0515583;REFB=-0.0234298;REVB=0.0158488;RO=41;SAF=25;SAR=33;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621657;STB=0.533931;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0149965;OID=.;OPOS=45932669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:41:41:58:58:0.585859:33:25:21:20:33:25:21:20 chr7 46729116 . TTA T,TTT 39.88 PASS AF=0.125,0;AO=10,4;DP=88;FAO=9,0;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0636431,-0.0820039;FXX=0;HRUN=6,5;LEN=2,1;MLLD=25.7925,19.983;QD=2.21565;RBI=0.127833,0.0965079;REFB=-0.0141143,-0.0207952;REVB=0.110864,-0.0508836;RO=68;SAF=3,0;SAR=7,4;SRF=27;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.128223,-0.43963;STB=0.650193,0.5;STBP=0.444,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0545228,0;OID=.,.;OPOS=46729117,46729118;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.125,0:10,4:88:9,0:72:63:2,0:7,0:23:40:40:68:3,0:7,4:27:41 chr7 46732428 . A G 2681.59 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248987;FXX=0.011363;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.694;QD=61.6458;RBI=0.0249151;REFB=-0.0418054;REVB=0.000904898;RO=1;SAF=72;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86249e-05;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:174:1:0:174:174:1:102:72:1:0:102:72:0:0 chr7 47317581 . T A 984.62 PASS AF=0.505;AO=98;DP=198;FAO=101;FDP=200;FR=.;FRO=99;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=-0.00793991;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.648;QD=19.6925;RBI=0.0407193;REFB=-0.0110064;REVB=0.0399377;RO=97;SAF=45;SAR=53;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428564;STB=0.515782;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00764698;OID=.;OPOS=47317581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:97:99:98:101:0.505:53:45:40:57:56:45:41:58 chr7 47323456 . A G 1570.12 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.464;QD=63.4394;RBI=0.00622428;REFB=0;REVB=0.00527112;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415096;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:52:45:0:0:54:45:0:0 chr7 47333332 . G A 340.53 PASS AF=0.473684;AO=34;DP=74;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00281594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.096;QD=17.9228;RBI=0.0287649;REFB=-0.0148892;REVB=-0.0286267;RO=37;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454244;STB=0.54666;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0193488;OID=.;OPOS=47333332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:37:40:34:36:0.473684:20:14:17:20:22:14:19:21 chr7 47408029 . A G 1251.8 PASS AF=0.438312;AO=134;DP=316;FAO=135;FDP=308;FR=.;FRO=173;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=77;FSRR=96;FWDB=-0.00158664;FXX=0.0283903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8504;QD=16.2571;RBI=0.0330299;REFB=-0.0202345;REVB=-0.0329918;RO=170;SAF=59;SAR=75;SRF=75;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000897886;STB=0.500365;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0272631;OID=.;OPOS=47408029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:308:170:173:134:135:0.438312:75:59:75:95:75:60:77:96 chr7 47408974 . T A 457.19 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0238093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.852;QD=15.498;RBI=0.0238631;REFB=-0.00934473;REVB=-0.0016024;RO=66;SAF=15;SAR=36;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280199;STB=0.661745;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00874058;OID=.;OPOS=47408974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:67:51:51:0.432203:36:15:37:29:36:15:38:29 chr7 47481602 . G A 311.42 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0107393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.118;QD=14.1555;RBI=0.0432524;REFB=-0.0165043;REVB=-0.0418979;RO=53;SAF=16;SAR=19;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460332;STB=0.502616;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0113425;OID=.;OPOS=47481602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:19:16:24:29:19:16:24:29 chr7 47546544 . TGGGA TGG,TGGA,TGGAA 235.49 PASS AF=0,1,0;AO=4,6,16;DP=28;FAO=0,19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,0;FSAR=0,14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0938537,-0.0108765,-0.134856;FXX=0.049975;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=22.2024,24.9617,19.8391;QD=49.5764;RBI=0.108666,0.0660546,0.179142;REFB=0,0,0;REVB=-0.0547707,-0.065153,-0.117922;RO=0;SAF=2,1,6;SAR=2,5,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0161699,0.0230138,0.0775546;OID=.,.,.;OPOS=47546547,47546545,47546547;OREF=GA,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=TGG,TGGA,TGGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:4,6,16:28:0,19,0:19:0:0,5,0:0,14,0:0:0:3:0:2,1,6:2,5,10:0:0 chr7 47568718 . C T 599.98 PASS AF=0.392045;AO=69;DP=177;FAO=69;FDP=176;FR=.;FRO=107;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=72;FWDB=-0.0542873;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.316;QD=13.6358;RBI=0.0545387;REFB=-0.000899956;REVB=-0.00523067;RO=107;SAF=23;SAR=46;SRF=35;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007581;STB=0.504272;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00198906;OID=.;OPOS=47568718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:107:107:69:69:0.392045:46:23:35:72:46:23:35:72 chr7 47698685 . A G 657.53 PASS AF=0.468966;AO=65;DP=143;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0333173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.107;QD=18.1388;RBI=0.0349512;REFB=-0.0193976;REVB=0.0105616;RO=76;SAF=28;SAR=37;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163739;STB=0.508167;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0197856;OID=.;OPOS=47698685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:76:77:65:68:0.468966:37:28:34:42:39:29:34:43 chr7 47851623 . C T 393.35 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0268312;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.215;QD=19.1877;RBI=0.0268386;REFB=-0.000272741;REVB=0.000633005;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755971;STB=0.52323;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.000555097;OID=.;OPOS=47851623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:38:42:40:40:0.487805:23:17:13:25:23:17:16:26 chr7 47852837 . C T 1123.18 PASS AF=0.478992;AO=109;DP=236;FAO=114;FDP=238;FR=.;FRO=124;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=46;FSRR=78;FWDB=0.00166797;FXX=0.0124476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.786;QD=18.8769;RBI=0.0163395;REFB=0.00361429;REVB=-0.0162542;RO=124;SAF=48;SAR=61;SRF=46;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685382;STB=0.549522;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0037128;OID=.;OPOS=47852837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:238:124:124:109:114:0.478992:61:48:46:78:61:53:46:78 chr7 47854956 . C T 2031.1 PASS AF=0.434524;AO=216;DP=509;FAO=219;FDP=504;FR=.;FRO=285;FSAF=134;FSAR=85;FSRF=141;FSRR=144;FWDB=0.0284419;FXX=0.0213588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.361;QD=16.1198;RBI=0.0318875;REFB=-0.0142688;REVB=0.0144178;RO=262;SAF=134;SAR=82;SRF=138;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960235;STB=0.567612;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0211847;OID=.;OPOS=47854956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:509:504:262:285:216:219:0.434524:82:134:138:124:85:134:141:144 chr7 47872845 . A G 2679.3 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869507;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5835;QD=61.2412;RBI=0.0371314;REFB=0;REVB=0.0360989;RO=0;SAF=52;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264506;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:160:175:0:0:159:175:1:107:52:0:0:122:53:0:0 chr7 47879049 . G A 1870.7 PASS AF=0.472019;AO=192;DP=412;FAO=194;FDP=411;FR=.;FRO=217;FSAF=106;FSAR=88;FSRF=97;FSRR=120;FWDB=0.00963438;FXX=0.00242713;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.827;QD=18.2064;RBI=0.0100293;REFB=-0.0033385;REVB=-0.00278661;RO=214;SAF=106;SAR=86;SRF=97;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946623;STB=0.55241;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00315674;OID=.;OPOS=47879049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:412:411:214:217:192:194:0.472019:86:106:97:117:88:106:97:120 chr7 47898481 . T C 474.16 PASS AF=0.430894;AO=51;DP=121;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.0111727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.528;QD=15.4198;RBI=0.0149533;REFB=-0.0224107;REVB=-0.00993837;RO=69;SAF=22;SAR=29;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223276;STB=0.617203;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0229851;OID=.;OPOS=47898481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:69:70:51:53:0.430894:29:22:45:24:30:23:45:25 chr7 47906069 . C T 492.06 PASS AF=0.342697;AO=60;DP=178;FAO=61;FDP=178;FR=.;FRO=117;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=66;FSRR=51;FWDB=0.0280481;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.877;QD=11.0575;RBI=0.0287183;REFB=0.00146168;REVB=0.0061679;RO=118;SAF=19;SAR=41;SRF=67;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293109;STB=0.668859;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00189308;OID=.;OPOS=47906069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:118:117:60:61:0.342697:41:19:67:51:42:19:66:51 chr7 47913579 . T C 2327.0 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=157;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00158405;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.817;QD=59.6668;RBI=0.0140197;REFB=-0.0319007;REVB=0.0139299;RO=2;SAF=78;SAR=76;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120401;STB=0.503144;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-1.22754e-05;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:157:156:2:1:154:155:0.99359:76:78:2:0:76:79:1:0 chr7 47921682 . A T 430.34 PASS AF=0.352564;AO=48;DP=149;FAO=55;FDP=156;FR=.;FRO=101;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=65;FWDB=-0.0244065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.874;QD=11.0343;RBI=0.0309952;REFB=-0.0211745;REVB=0.0191057;RO=100;SAF=26;SAR=22;SRF=36;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210447;STB=0.576117;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0486019;OID=.;OPOS=47921682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:156:100:101:48:55:0.352564:22:26:36:64:29:26:36:65 chr7 47925331 . C G 723.99 PASS AF=0.41;AO=77;DP=196;FAO=82;FDP=200;FR=.;FRO=118;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=77;FSRR=41;FWDB=-0.00184406;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.369;QD=14.4798;RBI=0.011001;REFB=-0.0152676;REVB=-0.0108453;RO=119;SAF=27;SAR=50;SRF=77;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314579;STB=0.658814;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.029108;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:200:119:118:77:82:0.41:50:27:77:42:51:31:77:41 chr7 47968927 . C A 514.33 PASS AF=0.519608;AO=50;DP=99;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0191815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.147;QD=20.1696;RBI=0.0202502;REFB=-0.00608613;REVB=0.00649183;RO=49;SAF=18;SAR=32;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084;STB=0.546007;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0065147;OID=.;OPOS=47968927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:49:49:50:53:0.519608:32:18:22:27:34:19:22:27 chr7 47971575 . A G 877.16 PASS AF=0.456311;AO=94;DP=207;FAO=94;FDP=206;FR=.;FRO=112;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=66;FWDB=0.0190739;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.887;QD=17.0323;RBI=0.0406039;REFB=-0.00927495;REVB=-0.035845;RO=112;SAF=47;SAR=47;SRF=46;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876788;STB=0.548533;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0101967;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:112:112:94:94:0.456311:47:47:46:66:47:47:46:66 chr7 47971626 . G A 804.69 PASS AF=0.459016;AO=83;DP=182;FAO=84;FDP=183;FR=.;FRO=99;FSAF=23;FSAR=61;FSRF=34;FSRR=65;FWDB=-0.024499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.249;QD=17.5889;RBI=0.0299262;REFB=-0.00256128;REVB=-0.0171865;RO=99;SAF=22;SAR=61;SRF=34;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934294;STB=0.545401;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00567663;OID=.;OPOS=47971626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:99:99:83:84:0.459016:61:22:34:65:61:23:34:65 chr7 48004962 . C T 308.38 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0484917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.804;QD=15.8146;RBI=0.0484989;REFB=-0.000374184;REVB=0.000839359;RO=44;SAF=11;SAR=23;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937998;STB=0.553036;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00058827;OID=.;OPOS=48004962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:23:11:18:26:23:11:18:26 chr7 48086077 . C T 608.78 PASS AF=0.456522;AO=63;DP=140;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00531046;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.223;QD=17.6457;RBI=0.0113865;REFB=0.0110809;REVB=-0.0100723;RO=75;SAF=25;SAR=38;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302231;STB=0.516816;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0130199;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:75:75:63:63:0.456522:38:25:32:43:38:25:32:43 chr7 48086161 . T C 403.47 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0225945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.835;QD=16.8112;RBI=0.027676;REFB=-0.00561157;REVB=0.0159829;RO=51;SAF=20;SAR=22;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161536;STB=0.581125;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00987843;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:51:54:42:42:0.4375:22:20:16:35:22:20:18:36 chr7 48089542 . T C 795.21 PASS AF=0.401747;AO=85;DP=223;FAO=92;FDP=229;FR=.;FRO=137;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=71;FSRR=66;FWDB=0.0273025;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8259;QD=13.8901;RBI=0.0370008;REFB=-0.0136575;REVB=-0.0249727;RO=134;SAF=39;SAR=46;SRF=68;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529174;STB=0.510915;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0222598;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:229:134:137:85:92:0.401747:46:39:68:66:46:46:71:66 chr7 48089571 . C A 685.3 PASS AF=0.411168;AO=56;DP=201;FAO=81;FDP=197;FR=.,HEALED;FRO=116;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=-0.0553395;FXX=0.0247512;HRUN=7;LEN=1;MLLD=166.814;QD=13.9147;RBI=0.0597081;REFB=0.00193968;REVB=0.0224188;RO=70;SAF=21;SAR=35;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993238;STB=0.527802;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0121813;OID=.;OPOS=48089571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:197:70:116:56:81:0.411168:35:21:33:37:45:36:57:59 chr7 48092486 . T C 253.6 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0156935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.01;QD=17.4896;RBI=0.0203768;REFB=-0.00925817;REVB=-0.0129973;RO=30;SAF=8;SAR=19;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114429;STB=0.575843;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0237523;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:27:28:0.482759:19:8:6:24:19:9:6:24 chr7 48092644 . C T 380.44 PASS AF=0.43956;AO=39;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0178039;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.845;QD=16.7227;RBI=0.0178488;REFB=-0.00315704;REVB=0.00126602;RO=51;SAF=21;SAR=18;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506751;STB=0.535637;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0122737;OID=.;OPOS=48092644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:39:40:0.43956:18:21:30:21:19:21:30:21 chr7 48285485 . C T 982.53 PASS AF=0.481132;AO=102;DP=211;FAO=102;FDP=212;FR=.;FRO=110;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=66;FSRR=44;FWDB=-0.00346242;FXX=0.00469462;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.231;QD=18.5383;RBI=0.0265571;REFB=-0.0092238;REVB=-0.0263305;RO=109;SAF=46;SAR=56;SRF=66;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144126;STB=0.57688;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00918224;OID=.;OPOS=48285485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:109:110:102:102:0.481132:56:46:66:43:56:46:66:44 chr7 48312674 . G A 1641.9 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.876;QD=60.2531;RBI=0.045332;REFB=0;REVB=0.00817213;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.96137e-05;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:65:44:0:0:65:44:0:0 chr7 48313757 . G A 217.23 PASS AF=0.355263;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0107304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.507;QD=11.4332;RBI=0.0169166;REFB=-0.00347666;REVB=-0.0130779;RO=48;SAF=18;SAR=8;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269053;STB=0.65772;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00853386;OID=.;OPOS=48313757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:48:49:26:27:0.355263:8:18:22:26:8:19:23:26 chr7 48313881 . T C 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=-0.0274776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5933;QD=15.0175;RBI=0.029065;REFB=-0.00397825;REVB=-0.00947408;RO=40;SAF=9;SAR=21;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162967;STB=0.591186;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00945803;OID=.;OPOS=48313881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:21:9:7:33:21:9:7:33 chr7 48315719 . GAGTTCA G 301.23 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00236972;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=253.225;QD=24.5898;RBI=0.00478893;REFB=-0.0173085;REVB=0.00416152;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748224;STB=0.532601;STBP=0.641;TYPE=del;VARB=0.0131546;OID=.;OPOS=48315720;OREF=AGTTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55102:26:49:27:49:22:14:13:13:9:99:22:13:13:13:9 chr7 48315796 . C A 1397.59 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.424;QD=62.1149;RBI=0.0519386;REFB=0;REVB=0.000197647;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190132;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:53:36:0:0:53:37:0:0 chr7 48317708 . A C 463.88 PASS AF=0.384058;AO=51;DP=137;FAO=53;FDP=138;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.000248448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.701;QD=13.4459;RBI=0.0217097;REFB=-0.00932758;REVB=0.0217083;RO=83;SAF=30;SAR=21;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513006;STB=0.508189;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0133199;OID=.;OPOS=48317708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:83:85:51:53:0.384058:21:30:45:38:23:30:47:38 chr7 48318811 . C G,T 789.17 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,54;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057387,-0.018259;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.9395,179.512;QD=56.3695;RBI=0.0299527,0.0245513;REFB=0,0;REVB=0.0293979,0.0164127;RO=0;SAF=1,31;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.6027e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0982053,0.000448564;OID=.,.;OPOS=48318811,48318811;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:2,54:2,54:0.0357143,0.964286:1,23:1,31:0:0:1,23:1,31:0:0 chr7 48336844 . C T 2352.59 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0750029;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4022;QD=61.1063;RBI=0.0753831;REFB=0;REVB=0.0075614;RO=0;SAF=66;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.26356e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.88941e-05;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:88:66:0:0:88:66:0:0 chr7 48443570 . G A 348.07 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.00555136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1662;QD=15.1336;RBI=0.0202452;REFB=0.0272655;REVB=-0.0194692;RO=54;SAF=16;SAR=22;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115877;STB=0.565236;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0256999;OID=.;OPOS=48443570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:22:16:17:37:22:16:17:37 chr7 48450157 . T C 3889.56 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937697;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.224;QD=62.2329;RBI=0.0178138;REFB=0;REVB=0.0151461;RO=0;SAF=119;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19511e-05;OID=.;OPOS=48450157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:251:250:0:0:250:250:1:131:119:0:0:131:119:0:0 chr7 48506566 . A G 840.64 PASS AF=0.35689;AO=100;DP=280;FAO=101;FDP=283;FR=.;FRO=182;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=92;FSRR=90;FWDB=-0.00640598;FXX=0.003521;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.201;QD=11.8818;RBI=0.00838015;REFB=-0.00120152;REVB=0.00540281;RO=179;SAF=51;SAR=49;SRF=90;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081489;STB=0.50035;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.001273;OID=.;OPOS=48506566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:283:179:182:100:101:0.35689:49:51:90:89:50:51:92:90 chr7 48506642 . A G 641.38 PASS AF=0.388298;AO=72;DP=187;FAO=73;FDP=188;FR=.;FRO=115;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=53;FWDB=0.0220889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.557;QD=13.6464;RBI=0.0225985;REFB=0.00420772;REVB=-0.00477215;RO=114;SAF=27;SAR=45;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185175;STB=0.596088;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00571192;OID=.;OPOS=48506642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:114:115:72:73:0.388298:45:27:62:52:45:28:62:53 chr7 48545976 . A G 2337.65 PASS AF=0.981132;AO=156;DP=159;FAO=156;FDP=159;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00360772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.016;QD=58.8088;RBI=0.00716693;REFB=-0.0286291;REVB=-0.00619268;RO=3;SAF=72;SAR=84;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046299;STB=0.502434;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.000484002;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:159:159:3:3:156:156:0.981132:84:72:1:2:84:72:1:2 chr7 48684250 . A G 687.84 PASS AF=0.413043;AO=76;DP=184;FAO=76;FDP=184;FR=.;FRO=108;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=-0.015684;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.318;QD=14.9531;RBI=0.0173514;REFB=-0.0189265;REVB=0.00742194;RO=107;SAF=37;SAR=39;SRF=45;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069441;STB=0.535838;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0236389;OID=.;OPOS=48684250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:107:108:76:76:0.413043:39:37:45:62:39:37:46:62 chr7 48964322 . G T 1630.67 PASS AF=0.495575;AO=151;DP=324;FAO=168;FDP=339;FR=.;FRO=171;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=89;FSRR=82;FWDB=0.0335962;FXX=0.00586493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.31;QD=19.2409;RBI=0.0339111;REFB=-0.0133345;REVB=-0.00461037;RO=172;SAF=69;SAR=82;SRF=90;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641168;STB=0.531392;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0129967;OID=.;OPOS=48964322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:339:172:171:151:168:0.495575:82:69:90:82:91:77:89:82 chr7 48964751 . G A 340.5 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0140228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.778;QD=18.1598;RBI=0.0145302;REFB=0.0214523;REVB=0.00380631;RO=38;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122042;STB=0.560852;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0170084;OID=.;OPOS=48964751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:39:36:36:0.48:17:19:15:23:17:19:16:23 chr7 48965000 . G A 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0481853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.577;QD=20.8921;RBI=0.0481873;REFB=0.00369031;REVB=-0.000444043;RO=27;SAF=21;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890685;STB=0.549456;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00367597;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:11:21:15:12:11:21:15:12 chr7 50173777 . A G 1312.26 PASS AF=0.917526;AO=78;DP=96;FAO=89;FDP=97;FR=.;FRO=8;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0084089;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=179.495;QD=54.114;RBI=0.00959741;REFB=-0.146218;REVB=-0.00462609;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.522943;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0136564;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:96:97:0:8:78:89:0.917526:40:38:0:0:42:47:2:6 chr7 50175681 . C T 3922.29 PASS AF=1;AO=245;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216462;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.082;QD=63.7771;RBI=0.0318197;REFB=-0.0910456;REVB=0.0233225;RO=0;SAF=123;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87982e-05;OID=.;OPOS=50175681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:247:246:0:0:245:246:1:122:123:0:0:123:123:0:0 chr7 50435777 . T G 1160.47 PASS AF=0.506608;AO=115;DP=228;FAO=115;FDP=227;FR=.;FRO=112;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=0.0138469;FXX=0.00438577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.464;QD=20.4488;RBI=0.0158658;REFB=-0.0181911;REVB=0.00774516;RO=112;SAF=48;SAR=67;SRF=56;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753151;STB=0.541323;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0147005;OID=.;OPOS=50435777;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:112:112:115:115:0.506608:67:48:56:56:67:48:56:56 chr7 50436033 . A G 796.69 PASS AF=0.582677;AO=74;DP=127;FAO=74;FDP=127;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00309385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.894;QD=25.0927;RBI=0.00881415;REFB=-0.000623715;REVB=-0.00825332;RO=53;SAF=38;SAR=36;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464837;STB=0.525302;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000426592;OID=.;OPOS=50436033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:53:53:74:74:0.582677:36:38:24:29:36:38:24:29 chr7 50611735 . T C 3503.9 PASS AF=1;AO=223;DP=226;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481255;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0851;QD=62.0159;RBI=0.0496259;REFB=-0.0568302;REVB=-0.0121107;RO=0;SAF=104;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4059e-05;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:226:226:0:0:223:226:1:119:104:0:0:121:105:0:0 chr7 50660438 . T C 3073.17 PASS AF=1;AO=191;DP=194;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000415719;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.125;QD=63.6927;RBI=0.0177124;REFB=0;REVB=0.0177075;RO=0;SAF=96;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02525e-05;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:193:0:0:191:193:1:95:96:0:0:95:98:0:0 chr7 50673029 . T C 2401.31 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106208;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.528;QD=61.1798;RBI=0.0159114;REFB=0;REVB=0.0118479;RO=0;SAF=66;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59131e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56925e-07;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:155:157:1:89:66:0:0:90:67:0:0 chr7 50742180 . C T 1204.62 PASS AF=0.449838;AO=122;DP=308;FAO=139;FDP=309;FR=.;FRO=170;FSAF=83;FSAR=56;FSRF=96;FSRR=74;FWDB=-0.0174524;FXX=0.0221512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.898;QD=15.5938;RBI=0.0216649;REFB=-0.00452674;REVB=0.0128367;RO=159;SAF=74;SAR=48;SRF=91;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361737;STB=0.518398;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00496167;OID=.;OPOS=50742180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:309:159:170:122:139:0.449838:48:74:91:68:56:83:96:74 chr7 51093013 . A T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0515414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3194;QD=15.8814;RBI=0.0515424;REFB=-0.0185751;REVB=0.000322849;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444441;STB=0.749624;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0112915;OID=.;OPOS=51093013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:0:10:5:5:0:10 chr7 51096974 . C T 1206.84 PASS AF=0.431373;AO=132;DP=303;FAO=132;FDP=306;FR=.;FRO=174;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=88;FSRR=86;FWDB=-0.00194151;FXX=0.0064933;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.87;QD=15.7757;RBI=0.00776663;REFB=-0.00847153;REVB=-0.00752005;RO=170;SAF=66;SAR=66;SRF=88;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178959;STB=0.503267;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0125157;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:306:170:174:132:132:0.431373:66:66:88:82:66:66:88:86 chr7 51097063 . T G 3237.78 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.989;QD=61.967;RBI=0.0290603;REFB=0;REVB=0.0183741;RO=0;SAF=94;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76265e-05;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:209:209:1:115:94:0:0:115:94:0:0 chr7 51098567 . GTCT G 980.3 PASS AF=0.453744;AO=96;DP=233;FAO=103;FDP=227;FR=.;FRO=124;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=65;FSRR=59;FWDB=0.0141762;FXX=0.02575;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.376;QD=17.274;RBI=0.0172953;REFB=0.00132139;REVB=0.00990765;RO=120;SAF=33;SAR=63;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179294;STB=0.592744;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=-0.00190929;OID=.;OPOS=51098568;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453744:96:233:103:227:124:37:66:65:59:99:120:33:63:62:58 chr7 51287470 . A G 1498.91 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221902;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5958;QD=62.4545;RBI=0.0369641;REFB=-0.0131751;REVB=-0.0295625;RO=1;SAF=53;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886354;STB=0.504672;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=2.75478e-05;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:42:53:1:0:42:53:1:0 chr7 53103554 . C G 1894.92 PASS AF=0.413255;AO=210;DP=511;FAO=212;FDP=513;FR=.;FRO=301;FSAF=99;FSAR=113;FSRF=151;FSRR=150;FWDB=0.0758186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5634;QD=14.7752;RBI=0.0771078;REFB=-0.0044287;REVB=0.0140413;RO=298;SAF=97;SAR=113;SRF=149;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402158;STB=0.52038;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00745649;OID=.;OPOS=53103554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:511:513:298:301:210:212:0.413255:113:97:149:149:113:99:151:150 chr7 53103571 . G A 1462.66 PASS AF=0.40241;AO=166;DP=416;FAO=167;FDP=415;FR=.;FRO=248;FSAF=76;FSAR=91;FSRF=119;FSRR=129;FWDB=-0.0181942;FXX=0.00240379;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.6473;QD=14.0979;RBI=0.0331697;REFB=-0.00601624;REVB=0.0277345;RO=246;SAF=76;SAR=90;SRF=118;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023448;STB=0.514868;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0110248;OID=.;OPOS=53103571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:415:246:248:166:167:0.40241:90:76:118:128:91:76:119:129 chr7 53103673 . C A 890.57 PASS AF=0.54717;AO=87;DP=160;FAO=87;FDP=159;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.00928848;FXX=0.00624961;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.809;QD=22.4044;RBI=0.0107989;REFB=-0.0148974;REVB=0.00550816;RO=68;SAF=36;SAR=51;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139182;STB=0.511667;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0103517;OID=.;OPOS=53103673;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:68:72:87:87:0.54717:51:36:27:41:51:36:28:44 chr7 53103946 . G C 1386.97 PASS AF=0.469799;AO=140;DP=300;FAO=140;FDP=298;FR=.;FRO=158;FSAF=41;FSAR=99;FSRF=62;FSRR=96;FWDB=-0.0411104;FXX=0.00666644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6183;QD=18.617;RBI=0.0854219;REFB=0.00328421;REVB=0.0748788;RO=157;SAF=41;SAR=99;SRF=61;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105091;STB=0.560512;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00327662;OID=.;OPOS=53103946;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:298:157:158:140:140:0.469799:99:41:61:96:99:41:62:96 chr7 53433863 . G A 639.23 PASS AF=0.512;AO=63;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0191992;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.979;QD=20.4554;RBI=0.0198689;REFB=-0.00405229;REVB=0.00511516;RO=62;SAF=29;SAR=34;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372078;STB=0.521391;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00409586;OID=.;OPOS=53433863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:61:63:64:0.512:34:29:26:36:35:29:25:36 chr7 53557963 . A G 1789.43 PASS AF=0.98374;AO=114;DP=117;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0319559;FXX=0.0159987;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.692;QD=58.1928;RBI=0.0340356;REFB=-0.196961;REVB=0.0117148;RO=3;SAF=58;SAR=56;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239246;STB=0.507935;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00154845;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:123:3:2:114:121:0.98374:56:58:3:0:59:62:2:0 chr7 53558015 . G T 2318.92 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0143001;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.251;QD=60.2316;RBI=0.0478898;REFB=-0.0671854;REVB=0.0457049;RO=0;SAF=69;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63895e-08;STB=0.502958;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=7.84368e-05;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:154:0:1:153:153:0.993506:84:69:0:0:84:69:0:1 chr7 54614698 . C CG 795.6 PASS AF=0.419118;AO=189;DP=592;FAO=228;FDP=544;FR=.;FRO=316;FSAF=82;FSAR=146;FSRF=150;FSRR=166;FWDB=0.125935;FXX=0.00729914;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.5839;QD=5.85001;RBI=0.128506;REFB=-0.0454732;REVB=-0.0255772;RO=373;SAF=53;SAR=136;SRF=192;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287742;STB=0.569692;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0355562;OID=.;OPOS=54614699;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419118:189:592:228:544:316:82:146:150:166:99:373:53:136:192:181 chr7 55214348 . C T 671.64 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0301448;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.039;QD=19.9004;RBI=0.0316099;REFB=0.0158121;REVB=-0.00951209;RO=68;SAF=36;SAR=31;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047552;STB=0.526238;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0124903;OID=.;OPOS=55214348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:68:68:67:67:0.496296:31:36:33:35:31:36:33:35 chr7 55229255 . G A 1205.3 PASS AF=0.407186;AO=136;DP=329;FAO=136;FDP=334;FR=.;FRO=198;FSAF=60;FSAR=76;FSRF=91;FSRR=107;FWDB=-0.0319663;FXX=0.00298499;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2225;QD=14.4347;RBI=0.0342129;REFB=0.0200137;REVB=0.0121933;RO=193;SAF=60;SAR=76;SRF=88;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157231;STB=0.511042;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0303304;OID=.;OPOS=55229255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:334:193:198:136:136:0.407186:76:60:88:105:76:60:91:107 chr7 55238874 . T A 509.69 PASS AF=0.473684;AO=53;DP=113;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.0189321;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.451;QD=17.8837;RBI=0.0189432;REFB=0.0113354;REVB=-0.000649422;RO=58;SAF=24;SAR=29;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103906;STB=0.559978;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.012055;OID=.;OPOS=55238874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:58:60:53:54:0.473684:29:24:20:38:30:24:20:40 chr7 55266417 . T C 3095.38 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00708556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.56;QD=60.9926;RBI=0.00849379;REFB=-0.0806759;REVB=0.00468394;RO=0;SAF=104;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23952e-05;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:197:203:0:0:197:203:1:93:104:0:0:99:104:0:0 chr7 55268916 . C T 923.58 PASS AF=0.542169;AO=90;DP=166;FAO=90;FDP=166;FR=.;FRO=76;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.00414819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.317;QD=22.255;RBI=0.0142032;REFB=-0.0203064;REVB=-0.013584;RO=76;SAF=57;SAR=33;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133934;STB=0.50732;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0147581;OID=.;OPOS=55268916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:76:76:90:90:0.542169:33:57:47:29:33:57:47:29 chr7 55459563 . A G 1067.28 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132089;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.645;QD=60.1282;RBI=0.0187761;REFB=0;REVB=0.0133442;RO=0;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875586;OID=.;OPOS=55459563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:72:71:1:48:24:0:0:47:24:0:0 chr7 55499058 . A G 1065.07 PASS AF=0.936709;AO=74;DP=80;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00245197;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.652;QD=53.9274;RBI=0.00548458;REFB=-0.182775;REVB=0.00490596;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545442;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00283144;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:80:79:0:5:74:74:0.936709:49:25:0:0:49:25:5:0 chr7 55540707 . G A 1056.0 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.089054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.103;QD=57.081;RBI=0.089578;REFB=-0.0479554;REVB=-0.00967514;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511901;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000389533;OID=.;OPOS=55540707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:74:0:2:72:72:0.972973:31:41:0:0:31:41:2:0 chr7 55750390 . A G 2197.75 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.692;QD=63.2447;RBI=0.0195849;REFB=0;REVB=-0.00192662;RO=0;SAF=78;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46972e-05;OID=.;OPOS=55750390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:61:78:0:0:61:78:0:0 chr7 56007576 . C T 274.8 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=79;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.000706561;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0892;QD=14.2755;RBI=0.0825682;REFB=-0.0306477;REVB=-0.0825652;RO=46;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092297;STB=0.561364;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0279332;OID=.;OPOS=56007576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:46:46:30:31:0.402597:15:15:19:27:15:16:19:27 chr7 56047572 . C T 362.29 PASS AF=0.407767;AO=41;DP=102;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0754263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8669;QD=14.0696;RBI=0.0925358;REFB=0.00445022;REVB=-0.0536075;RO=61;SAF=19;SAR=22;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645878;STB=0.528637;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00593036;OID=.;OPOS=56047572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:61:61:41:42:0.407767:22:19:32:29:22:20:32:29 chr7 56087374 . C T 97.98 PASS AF=0.115741;AO=25;DP=218;FAO=25;FDP=216;FR=.;FRO=191;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=90;FSRR=101;FWDB=0.0144438;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8506;QD=1.81437;RBI=0.0156027;REFB=0.00196528;REVB=-0.00590091;RO=189;SAF=6;SAR=19;SRF=88;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29465;STB=0.716799;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00246178;OID=.;OPOS=56087374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:218:216:189:191:25:25:0.115741:19:6:88:101:19:6:90:101 chr7 56087379 . T C 101.63 PASS AF=0.117117;AO=26;DP=222;FAO=26;FDP=222;FR=.;FRO=196;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=93;FSRR=103;FWDB=-0.00818569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.437;QD=1.83118;RBI=0.0202082;REFB=-0.0031317;REVB=-0.0184761;RO=196;SAF=7;SAR=19;SRF=93;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264597;STB=0.689754;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0155675;OID=.;OPOS=56087379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:196:196:26:26:0.117117:19:7:93:103:19:7:93:103 chr7 56087399 . G A 111.9 PASS AF=0.126829;AO=26;DP=205;FAO=26;FDP=205;FR=.;FRO=179;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=84;FSRR=95;FWDB=-0.00286499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.984;QD=2.18348;RBI=0.0175948;REFB=0.000621752;REVB=0.01736;RO=178;SAF=7;SAR=19;SRF=84;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265167;STB=0.684063;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00320194;OID=.;OPOS=56087399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:178:179:26:26:0.126829:19:7:84:94:19:7:84:95 chr7 56087409 . G A 86.92 PASS AF=0.112821;AO=22;DP=198;FAO=22;FDP=195;FR=.;FRO=173;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=81;FSRR=92;FWDB=-0.056473;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1254;QD=1.78293;RBI=0.0656581;REFB=-0.00179513;REVB=0.0334929;RO=172;SAF=6;SAR=16;SRF=80;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247051;STB=0.682181;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00971089;OID=.;OPOS=56087409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:198:195:172:173:22:22:0.112821:16:6:80:92:16:6:81:92 chr7 56087423 . G A 90.61 PASS AF=0.120879;AO=22;DP=183;FAO=22;FDP=182;FR=.;FRO=160;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=71;FSRR=89;FWDB=0.000825473;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8846;QD=1.99151;RBI=0.00143201;REFB=0.000856615;REVB=0.00117015;RO=160;SAF=5;SAR=17;SRF=71;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290087;STB=0.708908;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00943085;OID=.;OPOS=56087423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:183:182:160:160:22:22:0.120879:17:5:71:89:17:5:71:89 chr7 56087465 . G A 70.63 PASS AF=0.114865;AO=17;DP=148;FAO=17;FDP=148;FR=.;FRO=131;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=-0.0189046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5147;QD=1.90891;RBI=0.0346015;REFB=0.00571932;REVB=0.0289807;RO=129;SAF=5;SAR=12;SRF=54;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163764;STB=0.620541;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0649533;OID=.;OPOS=56087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:148:148:129:131:17:17:0.114865:12:5:54:75:12:5:55:76 chr7 56087474 . A G 59.88 PASS AF=0.109489;AO=15;DP=136;FAO=15;FDP=137;FR=.;FRO=122;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=0.00331924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8689;QD=1.74842;RBI=0.0207461;REFB=0.00370487;REVB=-0.0204788;RO=120;SAF=5;SAR=10;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146668;STB=0.608988;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0509172;OID=.;OPOS=56087474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:136:137:120:122:15:15:0.109489:10:5:54:66:10:5:55:67 chr7 56088780 . G A 89.09 PASS AF=0.108597;AO=24;DP=222;FAO=24;FDP=221;FR=.;FRO=197;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=103;FSRR=94;FWDB=-0.00719722;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.145;QD=1.61247;RBI=0.0141237;REFB=0.0010126;REVB=-0.0121523;RO=192;SAF=10;SAR=14;SRF=100;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128052;STB=0.594212;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00900345;OID=.;OPOS=56088780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:222:221:192:197:24:24:0.108597:14:10:100:92:14:10:103:94 chr7 56088786 . A T 93.81 PASS AF=0.111111;AO=25;DP=226;FAO=25;FDP=225;FR=.;FRO=200;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=105;FSRR=95;FWDB=0.00207772;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.822;QD=1.6677;RBI=0.0254594;REFB=0.00105432;REVB=-0.0253745;RO=200;SAF=10;SAR=15;SRF=105;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153669;STB=0.610532;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0133072;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:226:225:200:200:25:25:0.111111:15:10:105:95:15:10:105:95 chr7 56088789 . G A 99.81 PASS AF=0.114035;AO=26;DP=228;FAO=26;FDP=228;FR=.;FRO=202;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=105;FSRR=97;FWDB=0.0173931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.638;QD=1.75111;RBI=0.0721094;REFB=0.00205665;REVB=-0.0699803;RO=189;SAF=10;SAR=16;SRF=101;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186166;STB=0.619437;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0234716;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:189:202:26:26:0.114035:16:10:101:88:16:10:105:97 chr7 56088811 . T C 84.65 PASS AF=0.108597;AO=23;DP=220;FAO=24;FDP=221;FR=.;FRO=197;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=99;FSRR=98;FWDB=0.0271372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5314;QD=1.53219;RBI=0.033834;REFB=0.00207146;REVB=0.0202067;RO=196;SAF=10;SAR=13;SRF=99;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085751;STB=0.576656;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0170276;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:220:221:196:197:23:24:0.108597:13:10:99:97:14:10:99:98 chr7 56088825 . T A 102.62 PASS AF=0.117647;AO=26;DP=221;FAO=26;FDP=221;FR=.;FRO=195;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=98;FSRR=97;FWDB=0.0282439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.564;QD=1.85737;RBI=0.0571631;REFB=0.00302979;REVB=0.0496981;RO=194;SAF=10;SAR=16;SRF=97;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144371;STB=0.604538;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.022472;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:194:195:26:26:0.117647:16:10:97:97:16:10:98:97 chr7 56088902 . C T 67.08 PASS AF=0.117647;AO=16;DP=136;FAO=16;FDP=136;FR=.;FRO=120;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=-0.0396602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.474;QD=1.973;RBI=0.0396614;REFB=-0.00955531;REVB=-0.000302573;RO=120;SAF=7;SAR=9;SRF=56;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360999;STB=0.525941;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.059771;OID=.;OPOS=56088902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:136:136:120:120:16:16:0.117647:9:7:56:64:9:7:56:64 chr7 56088907 . GC CT 50.25 PASS AF=0.113043;AO=11;DP=116;FAO=13;FDP=115;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=63;FWDB=-0.0367123;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.4;QD=1.74783;RBI=0.0393346;REFB=-0.00533834;REVB=-0.0141214;RO=91;SAF=5;SAR=6;SRF=32;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128121;STB=0.571322;STBP=0.575;TYPE=mnp;VARB=0.0315673;OID=.;OPOS=56088907;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:116:115:91:102:11:13:0.113043:6:5:32:59:7:6:39:63 chr7 56122076 . A T 177.34 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0059288;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.159;QD=10.4319;RBI=0.0187068;REFB=-0.0165154;REVB=-0.0177424;RO=45;SAF=11;SAR=12;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112393;STB=0.565549;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0241943;OID=.;OPOS=56122076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:45:45:23:23:0.338235:12:11:26:19:12:11:26:19 chr7 56126360 . T C 459.37 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0368783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9677;QD=16.8575;RBI=0.0443941;REFB=-0.0660669;REVB=0.0247149;RO=57;SAF=19;SAR=31;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411829;STB=0.534264;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0562321;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:57:59:50:50:0.458716:31:19:24:33:31:19:26:33 chr7 56130952 . TAAAAA TAAAA,TAAAAT,TTAAAA 87.06 PASS AF=0.208955,0.104478,0.0298507;AO=8,7,7;DP=62;FAO=14,7,2;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=3,7,0;FSAR=11,0,2;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00912358,-0.000934033,0.0500655;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=10.7178,24.1621,16.012;QD=5.19734;RBI=0.0211494,0.0643339,0.0753139;REFB=-0.109156,-0.0554595,-0.0751628;REVB=0.0190802,0.0643272,0.0562638;RO=39;SAF=3,7,1;SAR=5,0,6;SRF=18;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.107517,0.690545,-0.423626;STB=0.720971,0.998434,0.994617;STBP=0.078,0.006,0.183;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.158249,-0.0113796,-0.0680152;OID=.,.,.;OPOS=56130953,56130957,56130953;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAAA,TAAAAT,TTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.208955,0.104478,0.0298507:8,7,7:62:14,7,2:67:44:3,7,0:11,0,2:21:23:32:39:3,7,1:5,0,6:18:21 chr7 56136260 . C A 3268.89 PASS AF=1;AO=207;DP=209;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114641;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.964;QD=61.9694;RBI=0.0389486;REFB=0;REVB=0.0372232;RO=0;SAF=108;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130443;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:211:0:0:207:211:1:99:108:0:0:103:108:0:0 chr7 56174115 . A C 2700.97 PASS AF=0.994286;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0641237;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.138;QD=61.7364;RBI=0.0660364;REFB=-0.0869348;REVB=-0.0157783;RO=1;SAF=82;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576963;STB=0.50303;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000640817;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:175:1:1:174:174:0.994286:92:82:1:0:92:82:1:0 chr7 56871760 . C T 297.3 PASS AF=0.199234;AO=52;DP=261;FAO=52;FDP=261;FR=.;FRO=209;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=111;FSRR=98;FWDB=0.0157756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.225;QD=4.55625;RBI=0.0240783;REFB=-0.00466896;REVB=-0.0181905;RO=206;SAF=34;SAR=18;SRF=111;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153124;STB=0.60173;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0213109;OID=.;OPOS=56871760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:206:209:52:52:0.199234:18:34:111:95:18:34:111:98 chr7 57188016 . A G 424.59 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3569;QD=53.0736;RBI=0.139026;REFB=-0.0628347;REVB=0.0220191;RO=2;SAF=16;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034086;OID=.;OPOS=57188016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:32:2:0:29:32:1:13:16:2:0:13:19:0:0 chr7 57188362 . C A 481.09 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.906;QD=58.3138;RBI=0.025614;REFB=0;REVB=0.025341;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11784e-05;OID=.;OPOS=57188362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:13:18:0:0:15:18:0:0 chr7 57188718 . T C 3289.76 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7044;QD=62.071;RBI=0.0454571;REFB=0;REVB=0.0448989;RO=0;SAF=98;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82455e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118912;OID=.;OPOS=57188718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:212:0:0:211:212:1:113:98:0:0:113:99:0:0 chr7 57238635 . G A 709.07 PASS AF=0.511111;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0133624;FXX=0.0357117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7435;QD=21.0095;RBI=0.0166589;REFB=-0.00958503;REVB=-0.00994814;RO=65;SAF=38;SAR=31;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517399;STB=0.524923;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00655731;OID=.;OPOS=57238635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:65:66:69:69:0.511111:31:38:32:33:31:38:33:33 chr7 57257162 . A C 1281.06 PASS AF=0.636872;AO=112;DP=177;FAO=114;FDP=179;FR=.;FRO=65;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0259665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.973;QD=28.627;RBI=0.0259799;REFB=-0.00394689;REVB=0.000833467;RO=65;SAF=47;SAR=65;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713353;STB=0.537538;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0032197;OID=.;OPOS=57257162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:65:65:112:114:0.636872:65:47:34:31:66:48:34:31 chr7 57257226 . G A 67.31 PASS AF=0.0917031;AO=21;DP=231;FAO=21;FDP=229;FR=.;FRO=208;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=100;FSRR=108;FWDB=-0.0279934;FXX=0.0171666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.333;QD=1.17575;RBI=0.0584324;REFB=-0.00769574;REVB=-0.0512905;RO=199;SAF=10;SAR=11;SRF=95;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00143156;STB=0.504163;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0399756;OID=.;OPOS=57257226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:231:229:199:208:21:21:0.0917031:11:10:95:104:11:10:100:108 chr7 57509966 . C A 1026.18 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.355;QD=59.4889;RBI=0.0388093;REFB=0;REVB=0.0191147;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180513;OID=.;OPOS=57509966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr7 57510054 . CGT C,CGA 507.4 PASS AF=0.72973,0.243243;AO=25,9;DP=36;FAO=27,9;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19,1;FSAR=8,8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110739,0.0595883;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=187.297,68.0913;QD=54.8541;RBI=0.0683898,0.0737555;REFB=-0.0272926,0.029739;REVB=0.0674873,0.0434638;RO=1;SAF=19,1;SAR=6,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0238057,-0.28888;STB=0.512811,0.666218;STBP=0.625,0.087;TYPE=del,snp;VARB=0.0113368,0.0183351;OID=.,.;OPOS=57510055,57510056;OREF=GT,T;OALT=-,A;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.72973,0.243243:25,9:36:27,9:37:1:19,1:8,8:1:0:61:1:19,1:6,8:1:0 chr7 57528997 . T C 253.15 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.208;QD=50.6291;RBI=0.0277574;REFB=0;REVB=0.0045365;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82235e-05;OID=.;OPOS=57528997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:10:8:0:0:12:8:0:0 chr7 57529392 . A C 460.77 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9945;QD=57.596;RBI=0.133502;REFB=0;REVB=0.0792116;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342794;OID=.;OPOS=57529392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:19:11:0:0:21:11:0:0 chr7 63225682 . A G 392.3 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0100505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.12;QD=50.6188;RBI=0.0459989;REFB=-0.0501215;REVB=0.0448874;RO=2;SAF=19;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465475;STB=0.524983;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00250768;OID=.;OPOS=63225682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:10:19:2:0:10:19:2:0 chr7 63225725 . C T 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0599815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.245;QD=55.5188;RBI=0.0644393;REFB=-0.0961925;REVB=-0.023551;RO=1;SAF=23;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198849;STB=0.510632;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00379386;OID=.;OPOS=63225725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:10:23:1:0:10:23:1:0 chr7 63225803 . T A,G 636.92 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=39,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402385,-0.000272207;FXX=0.0232504;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=177.437,81.0484;QD=60.6591;RBI=0.0497881,0.00028966;REFB=0,0;REVB=0.0496253,9.90261e-05;RO=0;SAF=14,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00103117,0.118741;OID=.,.;OPOS=63225803,63225803;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:39,2:40,2:0.952381,0.047619:25,2:14,0:0:0:26,2:14,0:0:0 chr7 63225821 . A T 751.47 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02052;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.154;QD=56.7149;RBI=0.0205421;REFB=0;REVB=-0.000952249;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1874e-05;OID=.;OPOS=63225821;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr7 63225842 . A T 1134.86 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9006;QD=60.526;RBI=0.0180641;REFB=0;REVB=-0.0173469;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.34527e-05;OID=.;OPOS=63225842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:47:28:0:0:47:28:0:0 chr7 63225873 . C T 920.27 PASS AF=0.894737;AO=66;DP=74;FAO=68;FDP=76;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0582903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.622;QD=48.435;RBI=0.0595443;REFB=0.0112769;REVB=0.0121559;RO=8;SAF=23;SAR=43;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335426;STB=0.516774;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00106074;OID=.;OPOS=63225873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:76:8:8:66:68:0.894737:43:23:4:4:44:24:4:4 chr7 63225874 . G A 35.52 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.0304054;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.152;QD=1.89425;RBI=0.0310139;REFB=-0.00396413;REVB=-0.00611352;RO=66;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18222;STB=0.626371;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0351784;OID=.;OPOS=63225874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:75:66:67:8:8:0.106667:4:4:23:43:4:4:24:43 chr7 63225986 . T C,G 233.97 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=17,2;DP=19;FAO=18,1;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811456,-0.101201;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.828,80.5005;QD=49.2577;RBI=0.081697,0.102425;REFB=0,0;REVB=-0.00947636,-0.0157848;RO=0;SAF=3,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.53656e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00113202,0.0125147;OID=.,.;OPOS=63225986,63225986;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:19:19:0:0:17,2:18,1:0.947368,0.0526316:14,1:3,1:0:0:14,1:4,0:0:0 chr7 63529956 . G A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.992;QD=60.8832;RBI=0.0192717;REFB=0;REVB=0.00502186;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17167e-05;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr7 63537849 . G A 2351.95 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00926348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.552;QD=61.0896;RBI=0.00987944;REFB=0;REVB=0.00343386;RO=0;SAF=82;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15829e-06;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:71:82:0:0:72:82:0:0 chr7 63565953 . A C 1207.52 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0395091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2625;QD=57.5011;RBI=0.0511552;REFB=-0.127496;REVB=0.0324945;RO=3;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034193;STB=0.518068;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00225464;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:81:81:0.964286:40:41:0:3:40:41:0:3 chr7 63566387 . A ATGT 1312.71 PASS AF=0.914286;AO=87;DP=110;FAO=96;FDP=105;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00564662;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=3;MLLD=183.365;QD=50.008;RBI=0.0426871;REFB=-0.0412808;REVB=0.042312;RO=12;SAF=38;SAR=49;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338664;STB=0.521876;STBP=0.147;TYPE=ins;VARB=0.00151941;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.914286:87:110:96:105:9:40:56:6:3:33:12:38:49:7:5 chr7 63568887 . A ATAACT,T 606.01 PASS AF=0.732394,0.0140845;AO=48,4;DP=76;FAO=52,1;FDP=71;FR=.;FRO=18;FSAF=30,1;FSAR=22,0;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0478674,0.00648633;FXX=0.077912;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=141.529,237.897;QD=34.1414;RBI=0.0485922,0.0125315;REFB=-0.00721349,0.00182567;REVB=0.00836146,0.0107222;RO=21;SAF=28,3;SAR=20,1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0342139,0.269533;STB=0.505616,0.988646;STBP=0.878,0.468;TYPE=ins,snp;VARB=0.000800616,0.0251136;OID=.,.;OPOS=63568888,63568887;OREF=-,A;OALT=TAACT,T;OMAPALT=ATAACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:71:21:18:48,4:52,1:0.732394,0.0140845:20,1:28,3:11:10:22,0:30,1:10:8 chr7 63570733 . T C 2007.29 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=133;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0678179;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.65;QD=60.8271;RBI=0.0696019;REFB=-0.0892984;REVB=0.0156576;RO=2;SAF=50;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00350606;STB=0.503105;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000557744;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:133:132:2:1:130:131:0.992424:80:50:1:1:80:51:0:1 chr7 63572047 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.105;QD=61.2132;RBI=0.0578383;REFB=0;REVB=0.0506039;RO=0;SAF=78;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02226e-05;OID=.;OPOS=63572047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:1:78:0:0:1:78:0:0 chr7 63679733 . A G 2675.94 PASS AF=0.994286;AO=161;DP=164;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00105491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.858;QD=61.1643;RBI=0.0615039;REFB=0.0256944;REVB=0.0614949;RO=1;SAF=85;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062198;STB=0.502857;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=1.12143e-06;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:164:175:1:1:161:174:0.994286:76:85:0:1:87:87:0:1 chr7 63679989 . GTA AGT,GT 45.76 PASS AF=0.119048,0.166667;AO=3,6;DP=42;FAO=5,7;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=0,2;FSAR=5,5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00586383,0.116809;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=3,1;MLLD=171.945,13.6921;QD=4.35768;RBI=0.0278826,0.117304;REFB=0.000736915,-0.0427636;REVB=0.027259,-0.0107734;RO=27;SAF=0,2;SAR=3,4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0.541667;SSSB=-0.583327,-0.261551;STB=0.997834,0.702539;STBP=0.011,0.266;TYPE=mnp,del;VARB=0.0643569,0.0537642;OID=.,.;OPOS=63679989,63679991;OREF=GTA,A;OALT=AGT,-;OMAPALT=AGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:42:42:27:30:3,6:5,7:0.119048,0.166667:3,4:0,2:15:12:5,5:0,2:16:14 chr7 63680133 . T A 244.37 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00342461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.979;QD=17.4547;RBI=0.0155018;REFB=-0.000235609;REVB=0.0151188;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626766;STB=0.535167;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.000480663;OID=.;OPOS=63680133;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:12:17:14:13:12:17 chr7 63796744 . T C 3097.06 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898562;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.555;QD=63.857;RBI=0.0347204;REFB=0;REVB=0.0335376;RO=0;SAF=76;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23431e-05;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:194:0:0:194:194:1:118:76:0:0:118:76:0:0 chr7 63808867 . C A 692.73 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563055;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1666;QD=62.975;RBI=0.0625532;REFB=0;REVB=-0.0272506;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000648418;OID=.;OPOS=63808867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:16:28:0:0 chr7 63981563 . A G 811.35 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161048;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7296;QD=56.9366;RBI=0.00471979;REFB=0;REVB=-0.00443653;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217974;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:28:29:0:0 chr7 64152353 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00421488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.137;QD=14.7986;RBI=0.0134898;REFB=-0.024334;REVB=-0.0128144;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233296;STB=0.636116;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0362923;OID=.;OPOS=64152353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:5:8:4:7:5:8 chr7 64169019 . G A 972.65 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.137;QD=58.9482;RBI=0.0480467;REFB=0;REVB=0.0216626;RO=0;SAF=18;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132058;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:48:18:0:0:48:18:0:0 chr7 64254901 . T C 1112.9 PASS AF=0.986842;AO=69;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=70;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0289551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6187;QD=58.5737;RBI=0.0433652;REFB=0.0397768;REVB=0.0322822;RO=0;SAF=64;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.09638e-08;STB=0.503545;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.000167052;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:69:75:0.986842:5:64:0:0:5:70:1:0 chr7 64291333 . T A 3063.13 PASS AF=0.989796;AO=194;DP=196;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=120;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0189613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.925;QD=62.5129;RBI=0.0219512;REFB=-0.135646;REVB=-0.0110601;RO=1;SAF=120;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395231;STB=0.504132;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000107274;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:196:1:2:194:194:0.989796:74:120:1:0:74:120:2:0 chr7 64291991 . T A 875.07 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00192126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.889;QD=52.243;RBI=0.0112248;REFB=-0.000316275;REVB=0.0110591;RO=4;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017326;STB=0.509187;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=2.6346e-05;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:67:4:4:63:63:0.940299:38:25:1:3:38:25:1:3 chr7 64389089 . A C 269.83 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0100138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4901;QD=22.964;RBI=0.0110076;REFB=-0.017014;REVB=0.00457068;RO=22;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758798;STB=0.504234;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0196823;OID=.;OPOS=64389089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:18:7:6:16:18:7:6:16 chr7 64438667 . G A 586.04 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0109412;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.943;QD=58.6037;RBI=0.0186599;REFB=-0.132512;REVB=0.0151157;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000542588;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:19:20:0:1:19:20:0:1 chr7 64439613 . T G 665.32 PASS AF=0.794118;AO=53;DP=67;FAO=54;FDP=68;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0557787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.9674;QD=39.1365;RBI=0.103838;REFB=-0.0541573;REVB=0.0875852;RO=14;SAF=26;SAR=27;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592952;STB=0.533176;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00542078;OID=.;OPOS=64439613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:67:68:14:14:53:54:0.794118:27:26:9:5:28:26:9:5 chr7 64439701 . C T 1525.97 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190519;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.457;QD=59.8418;RBI=0.0300844;REFB=0;REVB=0.0232829;RO=0;SAF=42;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68087e-05;OID=.;OPOS=64439701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:60:42:0:0:60:42:0:0 chr7 64451656 . G A 2698.0 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295527;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6318;QD=62.3815;RBI=0.0359766;REFB=0;REVB=-0.0205172;RO=0;SAF=100;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.86819e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16367e-05;OID=.;OPOS=64451656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:172:173:1:72:100:0:0:72:101:0:0 chr7 64451699 . T C 2800.11 PASS AF=0.968421;AO=183;DP=190;FAO=184;FDP=190;FR=.;FRO=6;FSAF=100;FSAR=84;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0295354;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.055;QD=58.9497;RBI=0.0335546;REFB=-0.0347265;REVB=-0.015924;RO=7;SAF=100;SAR=83;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00832375;STB=0.501383;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000495171;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:190:190:7:6:183:184:0.968421:83:100:3:4:84:100:3:3 chr7 64451963 . T C 1817.58 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.991;QD=60.586;RBI=0.0547761;REFB=0;REVB=0.0505234;RO=0;SAF=49;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61883e-05;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:120:120:0:0:119:120:1:70:49:0:0:71:49:0:0 chr7 64453136 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.094;QD=59.501;RBI=0.0117382;REFB=0;REVB=-0.0108888;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27408e-06;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr7 64453615 . T C 1251.57 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322195;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3144;QD=59.5987;RBI=0.0692237;REFB=-0.133507;REVB=0.0612685;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.50769;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00302279;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:0:1:82:83:0.988095:51:31:0:0:51:32:1:0 chr7 64483597 . T C 1491.46 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3476;QD=63.4664;RBI=0.0680123;REFB=0;REVB=0.0246515;RO=0;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578082;OID=.;OPOS=64483597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:37:57:0:0:37:57:0:0 chr7 65279676 . A T 823.07 PASS AF=0.328125;AO=105;DP=320;FAO=105;FDP=320;FR=.;FRO=215;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=136;FSRR=79;FWDB=0.0178418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.71;QD=10.2884;RBI=0.0371285;REFB=-0.0106301;REVB=-0.0325607;RO=213;SAF=64;SAR=41;SRF=134;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242246;STB=0.51637;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.020909;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:213:215:105:105:0.328125:41:64:134:79:41:64:136:79 chr7 65279757 . A T 427.64 PASS AF=0.286344;AO=45;DP=215;FAO=65;FDP=227;FR=.;FRO=162;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=103;FSRR=59;FWDB=0.0106657;FXX=0.0340411;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.219;QD=7.53548;RBI=0.011703;REFB=-0.0102143;REVB=0.00481696;RO=141;SAF=29;SAR=16;SRF=96;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510014;STB=0.508037;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0340471;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:227:141:162:45:65:0.286344:16:29:96:45:23:42:103:59 chr7 65425894 . A G 1992.19 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0101414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6383;QD=61.2982;RBI=0.0756878;REFB=0.0772878;REVB=-0.0750053;RO=0;SAF=60;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00300678;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:130:0:1:129:129:0.992308:69:60:0:0:69:60:0:1 chr7 65557782 . C T 723.28 PASS AF=0.461078;AO=77;DP=168;FAO=77;FDP=167;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=-0.00571979;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.891;QD=17.3241;RBI=0.0137997;REFB=-0.0237984;REVB=-0.0125585;RO=90;SAF=36;SAR=41;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077268;STB=0.542788;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0276553;OID=.;OPOS=65557782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:90:90:77:77:0.461078:41:36:35:55:41:36:35:55 chr7 65579838 . A G 2274.08 PASS AF=1;AO=96;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=80;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167068;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.421;QD=64.513;RBI=0.157902;REFB=0;REVB=0.157016;RO=0;SAF=80;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290315;OID=.;OPOS=65579838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:96:141:1:16:80:0:0:61:80:0:0 chr7 65842543 . C CAT,T 577.05 PASS AF=0.419118,0.0441176;AO=57,6;DP=140;FAO=57,6;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=26,3;FSAR=31,3;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0176526,0.0141058;FXX=0.0285694;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=208.915,66.577;QD=16.9721;RBI=0.0177414,0.0165835;REFB=-0.00439836,-0.000703338;REVB=0.00177264,-0.00871995;RO=76;SAF=26,3;SAR=31,3;SRF=33;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0226006,0.069897;STB=0.510078,0.556775;STBP=0.84,0.789;TYPE=ins,snp;VARB=0.0114311,-0.0247424;OID=.,.;OPOS=65842544,65842543;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:136:76:73:57,6:57,6:0.419118,0.0441176:31,3:26,3:33:43:31,3:26,3:32:41 chr7 65842545 . T C 589.95 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0131787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6044;QD=16.977;RBI=0.0191129;REFB=-0.0069527;REVB=0.0138429;RO=76;SAF=29;SAR=33;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333751;STB=0.521844;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0127112;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:77:62:62:0.446043:33:29:33:43:33:29:33:44 chr7 65860213 . T TAGAG 175.98 PASS AF=0.27907;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=86;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0164847;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=4;MLLD=319.739;QD=8.18509;RBI=0.0172445;REFB=-0.00128351;REVB=0.00506212;RO=62;SAF=9;SAR=15;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114794;STB=0.568804;STBP=0.45;TYPE=ins;VARB=0.00319732;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27907:24:87:24:86:62:9:15:29:33:99:62:9:15:29:33 chr7 65860264 . CCATAT C 95.45 PASS AF=0.296875;AO=23;DP=70;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0154067;FXX=0.111096;HRUN=2;LEN=5;MLLD=259.243;QD=5.96555;RBI=0.0154078;REFB=-0.0113629;REVB=0.000180907;RO=41;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787379;STB=0.581307;STBP=0.415;TYPE=del;VARB=0.025741;OID=.;OPOS=65860265;OREF=CATAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296875:23:70:19:64:45:6:13:19:26:95:41:8:15:17:24 chr7 66015630 . C G 326.59 PASS AF=0.523077;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00455754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.07;QD=20.0977;RBI=0.00817582;REFB=-0.0395121;REVB=0.0067877;RO=31;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00257564;STB=0.505038;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0391671;OID=.;OPOS=66015630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:33:34:0.523077:18:15:14:17:19:15:14:17 chr7 66105163 . C G 899.05 PASS AF=0.494505;AO=89;DP=182;FAO=90;FDP=182;FR=.;FRO=92;FSAF=20;FSAR=70;FSRF=20;FSRR=72;FWDB=-0.00788052;FXX=0.010869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.231;QD=19.7593;RBI=0.0182378;REFB=-0.0076205;REVB=0.0164473;RO=92;SAF=20;SAR=69;SRF=20;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976608;STB=0.503545;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00826537;OID=.;OPOS=66105163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:92:92:89:90:0.494505:69:20:20:72:70:20:20:72 chr7 66147057 . T C 6669.8 PASS AF=1;AO=418;DP=425;FAO=425;FDP=425;FR=.;FRO=0;FSAF=217;FSAR=208;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229208;FXX=0.00700918;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.417;QD=62.7746;RBI=0.0372975;REFB=-0.0476637;REVB=0.0294235;RO=2;SAF=216;SAR=202;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0047021;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251487;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:425:425:2:0:418:425:1:202:216:0:2:208:217:0:0 chr7 66147101 . G A 2034.16 PASS AF=0.543175;AO=194;DP=359;FAO=195;FDP=359;FR=.;FRO=164;FSAF=93;FSAR=102;FSRF=83;FSRR=81;FWDB=0.0116134;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=251.579;QD=22.6647;RBI=0.0117414;REFB=-0.0209271;REVB=-0.00172902;RO=154;SAF=93;SAR=101;SRF=77;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168224;STB=0.513338;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0144152;OID=.;OPOS=66147101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:359:154:164:194:195:0.543175:101:93:77:77:102:93:83:81 chr7 66147110 . C A 1967.1 PASS AF=0.548105;AO=158;DP=313;FAO=188;FDP=343;FR=.;FRO=155;FSAF=92;FSAR=96;FSRF=72;FSRR=83;FWDB=0.000205073;FXX=0.00290689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.605;QD=22.9399;RBI=0.00769251;REFB=-0.0168684;REVB=0.00768978;RO=146;SAF=77;SAR=81;SRF=65;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371111;STB=0.511237;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0266029;OID=.;OPOS=66147110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:343:146:155:158:188:0.548105:81:77:65:81:96:92:72:83 chr7 66147149 . A G 3720.28 PASS AF=0.950758;AO=250;DP=266;FAO=251;FDP=264;FR=.;FRO=13;FSAF=90;FSAR=161;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0446824;FXX=0.0112355;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.647;QD=56.3678;RBI=0.0452169;REFB=-0.0384144;REVB=0.00693211;RO=13;SAF=90;SAR=160;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412358;STB=0.521709;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00149015;OID=.;OPOS=66147149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:266:264:13:13:250:251:0.950758:160:90:10:3:161:90:10:3 chr7 66147178 . C T 1088.06 PASS AF=0.570621;AO=101;DP=180;FAO=101;FDP=177;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.0282287;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2397;QD=24.5889;RBI=0.0286345;REFB=-0.0198089;REVB=0.00480398;RO=74;SAF=40;SAR=61;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144145;STB=0.512456;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0116555;OID=.;OPOS=66147178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:177:74:76:101:101:0.570621:61:40:28:46:61:40:28:48 chr7 66147656 . G C 3067.04 PASS AF=0.48074;AO=311;DP=652;FAO=312;FDP=649;FR=.;FRO=337;FSAF=175;FSAR=137;FSRF=183;FSRR=154;FWDB=0.00977555;FXX=0.00460116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.414;QD=18.9032;RBI=0.0109962;REFB=-0.00896197;REVB=0.00503531;RO=334;SAF=174;SAR=137;SRF=182;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139316;STB=0.509397;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00921926;OID=.;OPOS=66147656;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:652:649:334:337:311:312:0.48074:137:174:182:152:137:175:183:154 chr7 66147746 . C G 1714.68 PASS AF=0.488506;AO=168;DP=347;FAO=170;FDP=348;FR=.;FRO=178;FSAF=71;FSAR=99;FSRF=69;FSRR=109;FWDB=-0.0353476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3711;QD=19.7089;RBI=0.06764;REFB=-0.00435077;REVB=-0.057669;RO=177;SAF=69;SAR=99;SRF=69;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202425;STB=0.515857;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00415891;OID=.;OPOS=66147746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:348:177:178:168:170:0.488506:99:69:69:108:99:71:69:109 chr7 66274725 . TA T 57.94 PASS AF=0.19943;AO=114;DP=365;FAO=70;FDP=351;FR=.;FRO=281;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=104;FSRR=177;FWDB=0.0809634;FXX=0.0383551;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.50422;QD=0.660269;RBI=0.138994;REFB=-0.0746673;REVB=-0.112979;RO=195;SAF=31;SAR=83;SRF=76;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152065;STB=0.523837;STBP=0.665;TYPE=del;VARB=0.0599317;OID=.;OPOS=66274726;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.19943:114:365:70:351:281:24:46:104:177:57:195:31:83:76:119 chr7 66421088 . G GT,T 87.89 PASS AF=0.542857,0.0285714;AO=5,4;DP=33;FAO=19,1;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10,1;FSAR=9,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.191772,0.0181384;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=9.40382,178.972;QD=10.044;RBI=0.192737,0.0198086;REFB=0.0272602,-0.00355047;REVB=-0.0192626,-0.00796105;RO=24;SAF=3,2;SAR=2,2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.164482,0.0473163;STB=0.555497,0.991368;STBP=0.461,0.262;TYPE=ins,snp;VARB=0.0467498,0.0294387;OID=.,.;OPOS=66421089,66421088;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:33:35:24:15:5,4:19,1:0.542857,0.0285714:2,2:3,2:11:13:9,0:10,1:6:9 chr7 66774604 . G C 900.93 PASS AF=0.502793;AO=89;DP=178;FAO=90;FDP=179;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.00961085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.401;QD=20.1325;RBI=0.0177474;REFB=-0.0017013;REVB=-0.0149199;RO=88;SAF=44;SAR=45;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154774;STB=0.513963;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0015107;OID=.;OPOS=66774604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:88:89:89:90:0.502793:45:44:42:46:45:45:42:47 chr7 69599579 . CAT C 920.19 PASS AF=0.442922;AO=96;DP=229;FAO=97;FDP=219;FR=.;FRO=122;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=54;FSRR=68;FWDB=0.0242701;FXX=0.0798286;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.6;QD=16.807;RBI=0.0253837;REFB=-0.0167321;REVB=0.00743605;RO=118;SAF=48;SAR=48;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589697;STB=0.534807;STBP=0.36;TYPE=del;VARB=0.0228877;OID=.;OPOS=69599580;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442922:96:229:97:219:122:49:48:54:68:99:118:48:48:52:66 chr7 70597522 . C A 9173.32 PASS AF=1;AO=567;DP=584;FAO=577;FDP=577;FR=.;FRO=0;FSAF=261;FSAR=316;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147055;FXX=0.028619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3622;QD=63.5932;RBI=0.0494342;REFB=0;REVB=0.0471963;RO=0;SAF=259;SAR=308;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27619e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320433;OID=.;OPOS=70597522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:50:584:577:0:0:567:577:1:308:259:0:0:316:261:0:0 chr7 70597675 . T C 1536.39 PASS AF=0.501608;AO=155;DP=305;FAO=156;FDP=311;FR=.;FRO=155;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=92;FSRR=63;FWDB=-0.0572649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3009;QD=19.7606;RBI=0.0580501;REFB=0.00678127;REVB=-0.00951557;RO=149;SAF=72;SAR=83;SRF=87;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106623;STB=0.562346;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00736361;OID=.;OPOS=70597675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:311:149:155:155:156:0.501608:83:72:87:62:83:73:92:63 chr7 70598059 . A G 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5831;QD=64.412;RBI=0.055484;REFB=0;REVB=-0.0488496;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000513762;OID=.;OPOS=70598059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr7 70885993 . C T 705.86 PASS AF=0.442529;AO=76;DP=174;FAO=77;FDP=174;FR=.;FRO=97;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=36;FWDB=-0.00440072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.834;QD=16.2266;RBI=0.0166771;REFB=-0.0105983;REVB=0.016086;RO=97;SAF=43;SAR=33;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653162;STB=0.532986;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0135064;OID=.;OPOS=70885993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:97:97:76:77:0.442529:33:43:61:36:33:44:61:36 chr7 71150706 . A T 1245.95 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.11;QD=61.5284;RBI=0.0618558;REFB=0;REVB=-0.0591552;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133194;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr7 71248676 . C T 1682.33 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0516418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2816;QD=59.0292;RBI=0.0524687;REFB=-0.147763;REVB=-0.00927863;RO=2;SAF=66;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201921;STB=0.505262;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00206383;OID=.;OPOS=71248676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:2:1:112:113:0.991228:46:66:0:2:47:66:0:1 chr7 72093957 . A G 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8027;QD=57.1717;RBI=0.0385051;REFB=0;REVB=-0.0129355;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218438;OID=.;OPOS=72093957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr7 72178756 . C A 604.39 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.0131735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.114;QD=17.3925;RBI=0.0131985;REFB=-0.0257322;REVB=0.000811817;RO=76;SAF=31;SAR=32;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207189;STB=0.511529;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0266169;OID=.;OPOS=72178756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:76:63:63:0.453237:32:31:39:37:32:31:39:37 chr7 72193864 . T C 2354.71 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00224573;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.431;QD=64.0736;RBI=0.0246863;REFB=0;REVB=0.024584;RO=0;SAF=85;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44045e-05;OID=.;OPOS=72193864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:147:147:1:62:85:0:0:62:85:0:0 chr7 72193868 . G A 2313.37 PASS AF=1;AO=145;DP=149;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215781;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.439;QD=63.38;RBI=0.0242349;REFB=-0.0312639;REVB=-0.0110324;RO=1;SAF=83;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569559;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583021;OID=.;OPOS=72193868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:149:146:1:0:145:146:1:62:83:1:0:62:84:0:0 chr7 72209527 . CA C 674.58 PASS AF=0.481481;AO=102;DP=218;FAO=104;FDP=216;FR=.;FRO=112;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=-0.0219237;FXX=0.00917389;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.2626;QD=12.4922;RBI=0.0350496;REFB=0.00710363;REVB=-0.0273464;RO=112;SAF=55;SAR=47;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118514;STB=0.501072;STBP=0.979;TYPE=del;VARB=-0.00915341;OID=.;OPOS=72209528;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:102:218:104:216:112:55:49:59:53:99:112:55:47:59:53 chr7 72286028 . C T 238.89 PASS AF=0.358025;AO=28;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0068911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.364;QD=11.797;RBI=0.0231661;REFB=0.00492278;REVB=-0.0221174;RO=52;SAF=12;SAR=16;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102036;STB=0.568076;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00911576;OID=.;OPOS=72286028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:28:29:0.358025:16:12:27:25:17:12:27:25 chr7 72413443 . G A 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0508005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6008;QD=9.47433;RBI=0.084278;REFB=-0.00715985;REVB=0.0672465;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790598;STB=0.547852;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0271923;OID=.;OPOS=72413443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:14:7:4:6:14:7 chr7 72413487 . G A 72.96 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.0102498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.337;QD=3.13826;RBI=0.0522515;REFB=-0.00405613;REVB=0.0512363;RO=79;SAF=6;SAR=8;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159383;STB=0.607751;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0173522;OID=.;OPOS=72413487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:93:93:79:79:14:14:0.150538:8:6:44:35:8:6:44:35 chr7 72413494 . G A 114.33 PASS AF=0.183486;AO=20;DP=110;FAO=20;FDP=109;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.00565448;FXX=0.0521694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.631;QD=4.19556;RBI=0.0061172;REFB=-0.00149162;REVB=0.00233388;RO=84;SAF=9;SAR=11;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137895;STB=0.599358;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00492158;OID=.;OPOS=72413494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:84:89:20:20:0.183486:11:9:47:37:11:9:51:38 chr7 72413581 . G A 85.4 PASS AF=0.123457;AO=20;DP=162;FAO=20;FDP=162;FR=.;FRO=142;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=79;FSRR=63;FWDB=-0.00842138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.451;QD=2.1087;RBI=0.0120788;REFB=-0.00167595;REVB=-0.00865896;RO=140;SAF=9;SAR=11;SRF=78;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132965;STB=0.59232;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0110838;OID=.;OPOS=72413581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:162:162:140:142:20:20:0.123457:11:9:78:62:11:9:79:63 chr7 72413593 . T C 86.63 PASS AF=0.125;AO=20;DP=160;FAO=20;FDP=160;FR=.;FRO=140;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=79;FSRR=61;FWDB=-0.0205509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.018;QD=2.16571;RBI=0.0258381;REFB=-0.00176925;REVB=-0.015661;RO=135;SAF=10;SAR=10;SRF=75;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696501;STB=0.556195;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0107806;OID=.;OPOS=72413593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:160:160:135:140:20:20:0.125:10:10:75:60:10:10:79:61 chr7 72413874 . T C 32.09 PASS AF=0.078125;AO=10;DP=128;FAO=10;FDP=128;FR=.;FRO=118;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=68;FWDB=-0.0128853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.005;QD=1.00288;RBI=0.0162778;REFB=0.00368127;REVB=0.00994659;RO=118;SAF=2;SAR=8;SRF=50;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270051;STB=0.73189;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0435335;OID=.;OPOS=72413874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:128:128:118:118:10:10:0.078125:8:2:50:68:8:2:50:68 chr7 72418963 . T C 349.91 PASS AF=0.361345;AO=41;DP=117;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0271022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6055;QD=11.7616;RBI=0.062283;REFB=0.00385372;REVB=-0.0560771;RO=76;SAF=12;SAR=29;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289038;STB=0.657126;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00627495;OID=.;OPOS=72418963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:76:76:41:43:0.361345:29:12:41:35:30:13:41:35 chr7 72419499 . G A 250.04 PASS AF=0.361446;AO=29;DP=81;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00244097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.724;QD=12.05;RBI=0.0407029;REFB=-0.0131245;REVB=0.0406297;RO=52;SAF=14;SAR=15;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125864;STB=0.566222;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0243534;OID=.;OPOS=72419499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:52:53:29:30:0.361446:15:14:31:21:15:15:32:21 chr7 72738749 . A G 1641.93 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.675;QD=60.2543;RBI=0.0312017;REFB=0;REVB=0.00552688;RO=0;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80327e-05;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:56:53:0:0:56:53:0:0 chr7 72738762 . CA TG 1406.05 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338475;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=2;MLLD=160.526;QD=62.4911;RBI=0.0383401;REFB=0;REVB=0.0180087;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000303686;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:47:42:0:0:47:43:0:0 chr7 72891754 . C T 457.79 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0219933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.712;QD=17.7783;RBI=0.0250729;REFB=-0.00922895;REVB=-0.0120392;RO=54;SAF=29;SAR=20;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122518;STB=0.568145;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0115662;OID=.;OPOS=72891754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:20:29:25:29:20:29:25:29 chr7 72951204 . G A 355.19 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.00114017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.106;QD=18.9432;RBI=0.0186482;REFB=-0.017751;REVB=0.0186133;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524576;STB=0.53425;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0132225;OID=.;OPOS=72951204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:37:37:0.493333:23:14:12:25:23:14:12:26 chr7 73020301 . T C 4256.67 PASS AF=1;AO=268;DP=271;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764444;FXX=0.0109087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.134;QD=62.5981;RBI=0.0108655;REFB=-0.0162268;REVB=-0.00772149;RO=1;SAF=124;SAR=144;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032996;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64398e-06;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:271:272:1:0:268:272:1:144:124:0:1:146:126:0:0 chr7 73085611 . C T 304.17 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.0198261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.951;QD=17.3812;RBI=0.0207044;REFB=0.00977624;REVB=0.00596636;RO=36;SAF=3;SAR=30;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175886;STB=0.624911;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00986998;OID=.;OPOS=73085611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:30:3:6:30:30:3:7:30 chr7 73096993 . T C 170.74 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00169544;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.933;QD=21.3421;RBI=0.0201497;REFB=-0.0170439;REVB=-0.0200783;RO=15;SAF=15;SAR=2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23198;STB=0.633619;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0197877;OID=.;OPOS=73096993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:2:15:11:4:2:15:11:4 chr7 73097654 . C T 2696.3 PASS AF=0.462171;AO=281;DP=609;FAO=281;FDP=608;FR=.;FRO=327;FSAF=123;FSAR=158;FSRF=139;FSRR=188;FWDB=0.0187004;FXX=0.00164201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2811;QD=17.7388;RBI=0.0429678;REFB=0.0179467;REVB=0.0386849;RO=326;SAF=123;SAR=158;SRF=138;SRR=188;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143088;STB=0.50692;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0220561;OID=.;OPOS=73097654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:609:608:326:327:281:281:0.462171:158:123:138:188:158:123:139:188 chr7 73097948 . G C 573.57 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0526781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.469;QD=17.9241;RBI=0.118015;REFB=0.0237768;REVB=0.105606;RO=68;SAF=35;SAR=25;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340054;STB=0.518862;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0254022;OID=.;OPOS=73097948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:68:60:60:0.46875:25:35:42:26:25:35:42:26 chr7 73117765 . G A 290.91 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0131271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.818;QD=16.6233;RBI=0.0227116;REFB=-0.00566705;REVB=0.0185337;RO=37;SAF=6;SAR=26;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436136;STB=0.742691;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0100623;OID=.;OPOS=73117765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:38:32:32:0.457143:26:6:22:15:26:6:22:16 chr7 73122923 . A G 629.97 PASS AF=0.376289;AO=67;DP=188;FAO=73;FDP=194;FR=.;FRO=121;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=67;FWDB=0.00709562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.584;QD=12.989;RBI=0.0358272;REFB=-0.00772347;REVB=-0.0351176;RO=121;SAF=42;SAR=25;SRF=54;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204932;STB=0.633899;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0106644;OID=.;OPOS=73122923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:194:121:121:67:73:0.376289:25:42:54:67:25:48:54:67 chr7 73246461 . A G 914.31 PASS AF=0.459716;AO=96;DP=214;FAO=97;FDP=211;FR=.;FRO=114;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=0.0359641;FXX=0.0186038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.212;QD=17.3329;RBI=0.0396023;REFB=-0.0176827;REVB=0.016581;RO=117;SAF=47;SAR=49;SRF=67;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821893;STB=0.550122;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0224121;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:211:117:114:96:97:0.459716:49:47:67:50:49:48:67:47 chr7 73246496 . C T 1138.02 PASS AF=0.453184;AO=121;DP=267;FAO=121;FDP=267;FR=.;FRO=146;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=82;FSRR=64;FWDB=-0.0111786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.49;QD=17.049;RBI=0.0219078;REFB=-0.00149167;REVB=0.0188412;RO=145;SAF=62;SAR=59;SRF=82;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524612;STB=0.526977;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00111787;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:145:146:121:121:0.453184:59:62:82:63:59:62:82:64 chr7 73246555 . C G 1067.18 PASS AF=0.422383;AO=117;DP=276;FAO=117;FDP=277;FR=.;FRO=160;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=84;FSRR=76;FWDB=-0.0164057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.367;QD=15.4106;RBI=0.0201644;REFB=-0.0138905;REVB=-0.0117242;RO=158;SAF=55;SAR=62;SRF=83;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569671;STB=0.531707;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.018006;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:277:158:160:117:117:0.422383:62:55:83:75:62:55:84:76 chr7 73249165 . T A 616.35 PASS AF=0.5;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0696771;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5816;QD=19.5668;RBI=0.0705548;REFB=-0.00691616;REVB=-0.011094;RO=62;SAF=41;SAR=22;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156186;STB=0.582911;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00554409;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:62:63:63:63:0.5:22:41:30:32:22:41:31:32 chr7 73249299 . G C 466.15 PASS AF=0.42623;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.0328695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.559;QD=15.2836;RBI=0.037566;REFB=-0.020105;REVB=0.0181879;RO=70;SAF=25;SAR=27;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979199;STB=0.55483;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0253554;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:70:52:52:0.42623:27:25:27:43:27:25:27:43 chr7 73254812 . T C 644.66 PASS AF=0.469388;AO=62;DP=141;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=0.0271931;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3846;QD=17.5418;RBI=0.0283308;REFB=-0.0460301;REVB=-0.00794801;RO=78;SAF=16;SAR=46;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136529;STB=0.540894;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0309043;OID=.;OPOS=73254812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:147:78:78:62:69:0.469388:46:16:29:49:48:21:29:49 chr7 73275565 . T A 804.62 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306877;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.409;QD=57.4731;RBI=0.0307688;REFB=0;REVB=-0.00223261;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20396e-05;OID=.;OPOS=73275565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:29:27:0:0 chr7 73279482 . T C 1051.63 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670563;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.966;QD=60.0932;RBI=0.0532308;REFB=0;REVB=0.0528067;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250805;OID=.;OPOS=73279482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:34:36:0:0 chr7 73753250 . T C 1822.48 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.557;QD=61.26;RBI=0.0172757;REFB=0;REVB=0.00785335;RO=0;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60312e-05;OID=.;OPOS=73753250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:64:55:0:0:64:55:0:0 chr7 73814749 . G C 7544.38 PASS AF=1;AO=465;DP=470;FAO=486;FDP=486;FR=.;FRO=0;FSAF=264;FSAR=222;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541143;FXX=0.00409828;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6902;QD=62.0937;RBI=0.0829291;REFB=-0.1702;REVB=-0.0628401;RO=5;SAF=244;SAR=221;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00560547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142818;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:470:486:5:0:465:486:1:221:244:4:1:222:264:0:0 chr7 73929823 . G A 503.76 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.000136769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.204;QD=22.3892;RBI=0.0320712;REFB=-0.0217085;REVB=0.0320709;RO=42;SAF=25;SAR=23;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227506;STB=0.51253;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0179394;OID=.;OPOS=73929823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:23:25:23:19:23:25:23:19 chr7 73944185 . T C 393.17 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.00398044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.518;QD=13.6754;RBI=0.0117994;REFB=0.00583839;REVB=-0.0111078;RO=66;SAF=21;SAR=25;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124071;STB=0.556369;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00895911;OID=.;OPOS=73944185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:69:46:46:0.4:25:21:38:28:25:21:38:31 chr7 73949411 . T C 651.51 PASS AF=0.511811;AO=64;DP=126;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.00743618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.247;QD=20.5199;RBI=0.0253421;REFB=-0.0109121;REVB=0.0242266;RO=61;SAF=27;SAR=37;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163093;STB=0.588407;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00998669;OID=.;OPOS=73949411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:61:62:64:65:0.511811:37:27:37:24:38:27:37:25 chr7 73969541 . A G 346.32 PASS AF=0.323529;AO=44;DP=136;FAO=44;FDP=136;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=-0.0208468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.514;QD=10.186;RBI=0.0217599;REFB=-0.021087;REVB=-0.0062374;RO=92;SAF=26;SAR=18;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00836714;STB=0.504845;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0503218;OID=.;OPOS=73969541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:92:92:44:44:0.323529:18:26:55:37:18:26:55:37 chr7 73969564 . C T 279.11 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0242745;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7799;QD=11.8772;RBI=0.0262358;REFB=-0.0178114;REVB=0.00995325;RO=57;SAF=21;SAR=12;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365807;STB=0.502091;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0246637;OID=.;OPOS=73969564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:57:61:33:33:0.351064:12:21:38:19:12:21:39:22 chr7 74193668 . G A 182.82 PASS AF=0.170854;AO=34;DP=196;FAO=34;FDP=199;FR=.;FRO=165;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=89;FSRR=76;FWDB=-0.0399914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.47;QD=3.67478;RBI=0.0464198;REFB=-0.00772906;REVB=-0.0235687;RO=162;SAF=14;SAR=20;SRF=88;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168069;STB=0.605109;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0323133;OID=.;OPOS=74193668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:199:162:165:34:34:0.170854:20:14:88:74:20:14:89:76 chr7 74197598 . T A 74.89 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6497;QD=37.4475;RBI=0.103144;REFB=0;REVB=0.0891318;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00460003;OID=.;OPOS=74197598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:5:8:1:3:2:0:0:5:3:0:0 chr7 74212048 . C T 767.99 PASS AF=0.5;AO=77;DP=155;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.0124385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.373;QD=19.4429;RBI=0.0125393;REFB=-0.00960212;REVB=-0.0015867;RO=77;SAF=44;SAR=33;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120111;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00881508;OID=.;OPOS=74212048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:77:79:77:79:0.5:33:44:43:34:34:45:45:34 chr7 74489486 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.127276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.984;QD=14.6517;RBI=0.13412;REFB=-0.0108717;REVB=0.0422958;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00520937;OID=.;OPOS=74489486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:3:2:3:3:3:2 chr7 75051290 . C G 381.36 PASS AF=0.365079;AO=46;DP=126;FAO=46;FDP=126;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0111678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.044;QD=12.1067;RBI=0.0159812;REFB=-0.00111892;REVB=-0.0114315;RO=78;SAF=25;SAR=21;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762618;STB=0.551322;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00175953;OID=.;OPOS=75051290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:78:80:46:46:0.365079:21:25:37:41:21:25:37:43 chr7 75051311 . T C 344.13 PASS AF=0.344;AO=43;DP=124;FAO=43;FDP=125;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.066491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.684;QD=11.0121;RBI=0.0676882;REFB=-0.00531615;REVB=-0.0126747;RO=81;SAF=24;SAR=19;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142532;STB=0.577742;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0095465;OID=.;OPOS=75051311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:81:82:43:43:0.344:19:24:35:46:19:24:36:46 chr7 75051368 . T C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00843819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.639;QD=13.4056;RBI=0.00907242;REFB=-0.00449244;REVB=-0.00333253;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519687;STB=0.539136;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00967207;OID=.;OPOS=75051368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:10:13:17:16:10:13:17:17 chr7 75124551 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00477888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.625;QD=15.3792;RBI=0.0532425;REFB=-0.0396518;REVB=-0.0530276;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731013;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0830651;OID=.;OPOS=75124551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:14:12:12:0.461538:5:7:6:6:5:7:6:8 chr7 75145495 . G A 74.21 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0201672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6633;QD=10.2358;RBI=0.0306459;REFB=-0.00632889;REVB=-0.023075;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475763;STB=0.788143;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0203475;OID=.;OPOS=75145495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:8:2:12:7:8:2:12:7 chr7 75401418 . G A 615.56 PASS AF=0.43871;AO=68;DP=155;FAO=68;FDP=155;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=58;FWDB=-0.0124403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.557;QD=15.8855;RBI=0.0128235;REFB=-0.0149613;REVB=-0.00311134;RO=86;SAF=33;SAR=35;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149696;STB=0.585774;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0220574;OID=.;OPOS=75401418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:86:87:68:68:0.43871:35:33:29:57:35:33:29:58 chr7 75442723 . G A 744.7 PASS AF=0.457143;AO=75;DP=171;FAO=80;FDP=175;FR=.;FRO=95;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.0101352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.459;QD=17.0218;RBI=0.0141691;REFB=-0.0247931;REVB=0.00990166;RO=95;SAF=31;SAR=44;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827933;STB=0.538274;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0237788;OID=.;OPOS=75442723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:175:95:95:75:80:0.457143:44:31:47:48:46:34:47:48 chr7 75442730 . T G 947.35 PASS AF=0.565217;AO=89;DP=159;FAO=91;FDP=161;FR=.;FRO=70;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0173029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.761;QD=23.5366;RBI=0.0377138;REFB=-0.015347;REVB=-0.0335103;RO=66;SAF=45;SAR=44;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399537;STB=0.525779;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0361019;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:66:70:89:91:0.565217:44:45:30:36:44:47:32:38 chr7 75513062 . A G 1722.16 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.028922;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.657;QD=59.9013;RBI=0.0648478;REFB=-0.0822739;REVB=-0.058041;RO=1;SAF=48;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978979;STB=0.505154;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000172221;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:115:1:1:114:114:0.991304:66:48:1:0:66:48:1:0 chr7 75614953 . T C 1689.6 PASS AF=0.504532;AO=149;DP=312;FAO=167;FDP=331;FR=.;FRO=164;FSAF=63;FSAR=104;FSRF=83;FSRR=81;FWDB=-0.0443714;FXX=0.00301196;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9846;QD=20.4181;RBI=0.096844;REFB=-0.0326558;REVB=0.0860811;RO=157;SAF=62;SAR=87;SRF=79;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823465;STB=0.565736;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0262903;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:331:157:164:149:167:0.504532:87:62:79:78:104:63:83:81 chr7 75615006 . C T 1459.11 PASS AF=0.466049;AO=148;DP=325;FAO=151;FDP=324;FR=.;FRO=173;FSAF=64;FSAR=87;FSRF=85;FSRR=88;FWDB=0.0215867;FXX=0.0121947;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.53;QD=18.0137;RBI=0.0239314;REFB=-0.00845743;REVB=-0.0103308;RO=172;SAF=62;SAR=86;SRF=85;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742333;STB=0.536477;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00752176;OID=.;OPOS=75615006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:324:172:173:148:151:0.466049:86:62:85:87:87:64:85:88 chr7 75621827 . A G 1506.52 PASS AF=0.963303;AO=104;DP=108;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00620143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.077;QD=55.285;RBI=0.0130032;REFB=-0.0619489;REVB=-0.0114291;RO=4;SAF=49;SAR=55;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155951;STB=0.507994;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.000493493;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:108:109:4:4:104:105:0.963303:55:49:1:3:56:49:1:3 chr7 75629778 . T C 2583.56 PASS AF=1;AO=147;DP=168;FAO=166;FDP=166;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=101;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027786;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.018;QD=62.2545;RBI=0.0385573;REFB=0;REVB=0.0267321;RO=0;SAF=82;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134318;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:166:0:0:147:166:1:65:82:0:0:65:101:0:0 chr7 75630274 . T C 1129.55 PASS AF=0.95122;AO=76;DP=81;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0325111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1468;QD=55.1002;RBI=0.0348211;REFB=-0.0572485;REVB=-0.0124717;RO=2;SAF=53;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175225;STB=0.502637;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0293903;OID=.;OPOS=75630274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:81:82:2:4:76:78:0.95122:23:53:2:0:23:55:3:1 chr7 75659815 . T C 933.61 PASS AF=0.422594;AO=99;DP=240;FAO=101;FDP=239;FR=.;FRO=138;FSAF=31;FSAR=70;FSRF=53;FSRR=85;FWDB=0.013154;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.217;QD=15.6253;RBI=0.0180219;REFB=0.00111372;REVB=0.0123192;RO=137;SAF=29;SAR=70;SRF=53;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111346;STB=0.550294;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00144353;OID=.;OPOS=75659815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:137:138:99:101:0.422594:70:29:53:84:70:31:53:85 chr7 75677504 . C T 2067.25 PASS AF=0.519481;AO=200;DP=385;FAO=200;FDP=385;FR=.;FRO=185;FSAF=81;FSAR=119;FSRF=70;FSRR=115;FWDB=0.0551126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5117;QD=21.4779;RBI=0.0590352;REFB=-0.0344894;REVB=0.0211603;RO=181;SAF=81;SAR=119;SRF=66;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03678;STB=0.513337;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0303032;OID=.;OPOS=75677504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:181:185:200:200:0.519481:119:81:66:115:119:81:70:115 chr7 75716765 . C T 60.82 PASS AF=0.11194;AO=15;DP=134;FAO=15;FDP=134;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=69;FSRR=50;FWDB=0.00482886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.47;QD=1.8156;RBI=0.0230761;REFB=-0.000745821;REVB=-0.0225652;RO=118;SAF=10;SAR=5;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115724;STB=0.581898;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00480785;OID=.;OPOS=75716765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:134:134:118:119:15:15:0.11194:5:10:68:50:5:10:69:50 chr7 75716781 . G A 777.88 PASS AF=0.532374;AO=73;DP=139;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0217377;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.198;QD=22.3851;RBI=0.0217689;REFB=-0.021111;REVB=-0.00116508;RO=64;SAF=46;SAR=27;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743875;STB=0.540508;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0222761;OID=.;OPOS=75716781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:64:65:73:74:0.532374:27:46:35:29:28:46:35:30 chr7 75716789 . C A 45.22 PASS AF=0.0902778;AO=13;DP=145;FAO=13;FDP=144;FR=.;FRO=131;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=74;FSRR=57;FWDB=8.60483e-05;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.323;QD=1.25613;RBI=0.00647029;REFB=-0.00195092;REVB=-0.00646972;RO=132;SAF=8;SAR=5;SRF=74;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651965;STB=0.547388;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0198262;OID=.;OPOS=75716789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:145:144:132:131:13:13:0.0902778:5:8:74:58:5:8:74:57 chr7 75716799 . A G 39.06 PASS AF=0.0827586;AO=12;DP=141;FAO=12;FDP=145;FR=.;FRO=133;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=75;FSRR=58;FWDB=-0.0212419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6062;QD=1.07747;RBI=0.053871;REFB=0.00375186;REVB=-0.0495062;RO=129;SAF=7;SAR=5;SRF=71;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382137;STB=0.518183;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.0211677;OID=.;OPOS=75716799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:141:145:129:133:12:12:0.0827586:5:7:71:58:5:7:75:58 chr7 75716804 . G A 33.44 PASS AF=0.0758621;AO=11;DP=145;FAO=11;FDP=145;FR=.;FRO=134;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=76;FSRR=58;FWDB=0.00738611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.329;QD=0.922569;RBI=0.0120628;REFB=-0.00027523;REVB=-0.00953715;RO=134;SAF=6;SAR=5;SRF=76;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243198;STB=0.520268;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00447426;OID=.;OPOS=75716804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:145:145:134:134:11:11:0.0758621:5:6:76:58:5:6:76:58 chr7 75914934 . G GC 2986.11 PASS AF=1;AO=265;DP=323;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0927754;FXX=0.0125388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.3208;QD=37.9189;RBI=0.217757;REFB=0.0133581;REVB=0.197004;RO=49;SAF=131;SAR=134;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134182;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000808579;OID=.;OPOS=75914935;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:265:323:315:315:0:155:160:0:0:53:49:131:134:24:25 chr7 75959188 . G A 192.09 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.024406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.636;QD=13.4802;RBI=0.0296532;REFB=-0.0178823;REVB=-0.0168423;RO=34;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145083;STB=0.58326;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0259757;OID=.;OPOS=75959188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:9:14:16:18:9:14:16:18 chr7 76023029 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=-0.0535902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1748;QD=15.7004;RBI=0.0547455;REFB=0.00146465;REVB=-0.0111876;RO=19;SAF=13;SAR=2;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202203;STB=0.613737;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0024123;OID=.;OPOS=76023029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:2:13:18:1:2:13:18:1 chr7 76029695 . C T 900.82 PASS AF=0.447005;AO=97;DP=217;FAO=97;FDP=217;FR=.;FRO=120;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=74;FSRR=46;FWDB=0.111308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.338;QD=16.6049;RBI=0.111707;REFB=-0.00986455;REVB=-0.00942629;RO=118;SAF=45;SAR=52;SRF=72;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144015;STB=0.583867;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00775087;OID=.;OPOS=76029695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:118:120:97:97:0.447005:52:45:72:46:52:45:74:46 chr7 76069811 . T C 813.84 PASS AF=0.497006;AO=81;DP=167;FAO=83;FDP=167;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=0.00976404;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.108;QD=19.4932;RBI=0.00980197;REFB=-0.0099024;REVB=-0.000861464;RO=85;SAF=40;SAR=41;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120288;STB=0.562809;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0114562;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:85:84:81:83:0.497006:41:40:31:54:41:42:32:52 chr7 76111835 . G A 1158.25 PASS AF=0.433566;AO=124;DP=286;FAO=124;FDP=286;FR=.;FRO=162;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=97;FSRR=65;FWDB=0.0061499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.557;QD=16.1993;RBI=0.0263851;REFB=-0.0136965;REVB=-0.0256583;RO=162;SAF=57;SAR=67;SRF=97;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141063;STB=0.578286;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0148368;OID=.;OPOS=76111835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:162:162:124:124:0.433566:67:57:97:65:67:57:97:65 chr7 76111993 . C G 31.45 PASS AF=0.0818182;AO=9;DP=117;FAO=9;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0740224;FXX=0.0598239;HRUN=6;LEN=1;MLLD=21.5061;QD=1.14379;RBI=0.0769447;REFB=-0.0521948;REVB=-0.021004;RO=79;SAF=2;SAR=7;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289353;STB=0.735466;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.230236;OID=.;OPOS=76111993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:117:110:79:97:9:9:0.0818182:7:2:36:43:7:2:45:52 chr7 76112060 . C T 485.34 PASS AF=0.505376;AO=44;DP=90;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0148779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.991;QD=20.875;RBI=0.0233101;REFB=-0.0104557;REVB=0.0179447;RO=46;SAF=14;SAR=30;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531915;STB=0.528095;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00961059;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:46:46:44:47:0.505376:30:14:17:29:32:15:17:29 chr7 76131645 . A G 1768.19 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0261015;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.821;QD=59.9388;RBI=0.0577177;REFB=-0.0613007;REVB=0.0514786;RO=1;SAF=58;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811835;STB=0.504273;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000271911;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:118:1:1:117:117:0.991525:59:58:1:0:59:58:1:0 chr7 76131650 . G A 490.25 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0129787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.056;QD=15.688;RBI=0.0268961;REFB=0.00724115;REVB=0.0235575;RO=71;SAF=27;SAR=27;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714095;STB=0.503999;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0123592;OID=.;OPOS=76131650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:71:54:54:0.432:27:27:36:35:27:27:36:35 chr7 76131695 . A G 2235.94 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.9;QD=63.4308;RBI=0.00547517;REFB=0;REVB=0.00316262;RO=0;SAF=69;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02724e-06;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:71:69:0:0:72:69:0:0 chr7 76132898 . T C 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00829407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.266;QD=16.35;RBI=0.00831658;REFB=-0.0102241;REVB=0.000611489;RO=42;SAF=21;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164174;STB=0.592422;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0198551;OID=.;OPOS=76132898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:13:21:19:23:13:21:19:23 chr7 76135134 . G A 786.2 PASS AF=0.528169;AO=75;DP=141;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.054118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9081;QD=22.1464;RBI=0.0690373;REFB=-0.026825;REVB=0.0428648;RO=66;SAF=27;SAR=48;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311228;STB=0.514247;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0255651;OID=.;OPOS=76135134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:66:67:75:75:0.528169:48:27:26:40:48:27:26:41 chr7 76140186 . T C 872.66 PASS AF=0.326471;AO=104;DP=335;FAO=111;FDP=340;FR=.;FRO=229;FSAF=23;FSAR=88;FSRF=88;FSRR=141;FWDB=-0.00680331;FXX=0.00584778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.381;QD=10.2666;RBI=0.00681729;REFB=-0.00531683;REVB=-0.000436326;RO=228;SAF=16;SAR=88;SRF=89;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369998;STB=0.649654;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0096238;OID=.;OPOS=76140186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:340:228:229:104:111:0.326471:88:16:89:139:88:23:88:141 chr7 76144455 . A C 3985.35 PASS AF=1;AO=255;DP=257;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274054;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.416;QD=61.7883;RBI=0.0170453;REFB=-0.0619891;REVB=0.0168236;RO=1;SAF=70;SAR=185;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00676093;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40322e-05;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:257:258:1:0:255:258:1:185:70:1:0:186:72:0:0 chr7 76144483 . A G 868.52 PASS AF=0.405063;AO=96;DP=234;FAO=96;FDP=237;FR=.;FRO=141;FSAF=28;FSAR=68;FSRF=37;FSRR=104;FWDB=-0.00960449;FXX=0.0124995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.222;QD=14.6586;RBI=0.0118253;REFB=-0.0134651;REVB=-0.00689861;RO=133;SAF=28;SAR=68;SRF=33;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564065;STB=0.521433;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.022924;OID=.;OPOS=76144483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:237:133:141:96:96:0.405063:68:28:33:100:68:28:37:104 chr7 76144560 . T C,G 1845.15 PASS AF=0.95935,0.0406504;AO=117,5;DP=122;FAO=118,5;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=28,4;FSAR=90,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147206,-0.00882966;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.22,54.78;QD=60.0049;RBI=0.0176292,0.0118657;REFB=0,0;REVB=0.00970004,0.00792665;RO=0;SAF=28,3;SAR=89,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00099634,0.00682944;OID=.,.;OPOS=76144560,76144560;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:122:123:0:0:117,5:118,5:0.95935,0.0406504:89,2:28,3:0:0:90,1:28,4:0:0 chr7 76239503 . G GC 123.77 PASS AF=0.430556;AO=29;DP=74;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.142621;FXX=0.0270234;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.039;QD=6.876;RBI=0.194305;REFB=-0.00482578;REVB=0.13196;RO=39;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249697;STB=0.580593;STBP=0.259;TYPE=ins;VARB=-0.0183268;OID=.;OPOS=76239504;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430556:29:74:31:72:41:18:13:18:23:99:39:19:10:16:23 chr7 76240785 . CA C 1533.54 PASS AF=0.675;AO=132;DP=201;FAO=135;FDP=200;FR=.;FRO=65;FSAF=78;FSAR=57;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00985149;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.817;QD=30.6707;RBI=0.0100769;REFB=-0.0151655;REVB=-0.00211932;RO=65;SAF=78;SAR=54;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427232;STB=0.518113;STBP=0.475;TYPE=del;VARB=0.00673016;OID=.;OPOS=76240786;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.675:132:201:135:200:65:78:57:34:31:99:65:78:54:34:31 chr7 76240888 . A G 1515.06 PASS AF=0.569721;AO=136;DP=244;FAO=143;FDP=251;FR=.;FRO=108;FSAF=80;FSAR=63;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=0.0548992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.283;QD=24.1444;RBI=0.0549498;REFB=-0.0172477;REVB=0.00235721;RO=107;SAF=79;SAR=57;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244081;STB=0.505728;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0128296;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:251:107:108:136:143:0.569721:57:79:59:48:63:80:59:49 chr7 76247668 . G A 216.87 PASS AF=0.258065;AO=32;DP=124;FAO=32;FDP=124;FR=.;FRO=92;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=70;FWDB=0.000474837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3783;QD=6.99588;RBI=0.0436552;REFB=-0.00493123;REVB=0.0436526;RO=92;SAF=12;SAR=20;SRF=22;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192457;STB=0.613573;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00674804;OID=.;OPOS=76247668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:92:92:32:32:0.258065:20:12:22:70:20:12:22:70 chr7 76885769 . A G 642.81 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.108299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1321;QD=55.8962;RBI=0.111642;REFB=-0.184697;REVB=0.0271133;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268199;STB=0.526304;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0129127;OID=.;OPOS=76885769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:46:46:1:2:43:44:0.956522:26:17:1:0:26:18:2:0 chr7 77035392 . T C 1143.92 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415951;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.625;QD=59.4246;RBI=0.0365268;REFB=-0.0717566;REVB=0.0362892;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033062;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:77:0:0:74:77:1:43:31:0:0:44:33:0:0 chr7 77053084 . T C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0666075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5029;QD=11.0859;RBI=0.0723717;REFB=-0.000507517;REVB=0.0283037;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150854;STB=0.590024;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-2.17103e-05;OID=.;OPOS=77053084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:13:12:8:5:13:12 chr7 77247821 . G A 732.43 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=126;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00262914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3986;QD=23.2517;RBI=0.031532;REFB=0.0164533;REVB=-0.0314222;RO=56;SAF=29;SAR=41;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415298;STB=0.52271;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.016809;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:56:56:70:70:0.555556:41:29:26:30:41:29:26:30 chr7 77256713 . A G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0158585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.641;QD=15.172;RBI=0.0405562;REFB=-0.00337432;REVB=0.0373271;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298214;STB=0.517221;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00747181;OID=.;OPOS=77256713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:12:12:9:8:12:12 chr7 77552127 . G A 1292.75 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882526;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.931;QD=62.3011;RBI=0.0311718;REFB=0;REVB=0.0298964;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91433e-05;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:82:83:1:51:31:0:0:52:31:0:0 chr7 77648671 . G C 287.6 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.000226775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.852;QD=15.978;RBI=0.0156965;REFB=-6.25861e-05;REVB=0.0156949;RO=40;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144247;STB=0.580937;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000140142;OID=.;OPOS=77648671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:17:15:13:27:17:15:13:27 chr7 77756580 . T C 1644.58 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703975;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.268;QD=60.3516;RBI=0.00715059;REFB=0;REVB=-0.0012541;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02424e-05;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:53:56:0:0:53:56:0:0 chr7 77756724 . C T 2552.68 PASS AF=0.988166;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0239992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.691;QD=60.4186;RBI=0.0362392;REFB=-0.0748261;REVB=0.0271537;RO=1;SAF=83;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563205;STB=0.505882;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000574731;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:169:1:2:167:167:0.988166:84:83:0:1:84:83:0:2 chr7 77789403 . A G 2033.65 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133577;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.206;QD=62.5739;RBI=0.0268707;REFB=0;REVB=-0.0233153;RO=0;SAF=65;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92918e-05;OID=.;OPOS=77789403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:65:65:0:0:65:65:0:0 chr7 79842157 . T C 423.13 PASS AF=0.468085;AO=32;DP=102;FAO=44;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0253233;FXX=0.0693001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.345;QD=18.0055;RBI=0.0254331;REFB=-0.0107303;REVB=-0.00236059;RO=50;SAF=8;SAR=24;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118651;STB=0.502109;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0151752;OID=.;OPOS=79842157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:94:50:49:32:44:0.468085:24:8:17:33:28:16:18:31 chr7 80088041 . G A 796.84 PASS AF=0.442105;AO=84;DP=190;FAO=84;FDP=190;FR=.;FRO=106;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=0.0051509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.915;QD=16.7756;RBI=0.0102371;REFB=-0.0128536;REVB=-0.00884689;RO=105;SAF=49;SAR=35;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412572;STB=0.520604;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0209561;OID=.;OPOS=80088041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:105:106:84:84:0.442105:35:49:57:48:35:49:58:48 chr7 80374342 . A G 4736.18 PASS AF=1;AO=304;DP=307;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236082;FXX=0.00651445;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2281;QD=62.1139;RBI=0.0311858;REFB=0.036399;REVB=0.0203766;RO=1;SAF=165;SAR=139;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00288196;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.65556e-05;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:307:305:1:0:304:305:1:139:165:1:0:139:166:0:0 chr7 80374438 . T C 3661.01 PASS AF=1;AO=227;DP=231;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171397;FXX=0.0127113;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.329;QD=62.85;RBI=0.0276267;REFB=0;REVB=0.0216672;RO=0;SAF=119;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29793e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.99795e-06;OID=.;OPOS=80374438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:233:0:0:227:233:1:108:119:0:0:109:124:0:0 chr7 80378319 . G C 4241.54 PASS AF=1;AO=269;DP=271;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000815899;FXX=0.0036899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.166;QD=62.8377;RBI=0.0166191;REFB=0;REVB=-0.0165991;RO=0;SAF=97;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54977e-05;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:271:270:0:0:269:270:1:172:97:0:0:173:97:0:0 chr7 80387766 . C T 868.86 PASS AF=0.451923;AO=94;DP=208;FAO=94;FDP=208;FR=.;FRO=114;FSAF=32;FSAR=62;FSRF=37;FSRR=77;FWDB=0.00931334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3564;QD=16.7088;RBI=0.0264304;REFB=0.023109;REVB=0.0247352;RO=114;SAF=32;SAR=62;SRF=37;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175738;STB=0.509739;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.0238682;OID=.;OPOS=80387766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:114:114:94:94:0.451923:62:32:37:77:62:32:37:77 chr7 80962963 . A T 7006.75 PASS AF=0.991071;AO=443;DP=448;FAO=444;FDP=448;FR=.;FRO=4;FSAF=190;FSAR=254;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0160015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.958;QD=62.5602;RBI=0.0163894;REFB=-0.00672067;REVB=-0.00354467;RO=2;SAF=189;SAR=254;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000643307;STB=0.501623;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=1.40696e-05;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:448:448:2:4:443:444:0.991071:254:189:1:1:254:190:1:3 chr7 82453708 . A C 2330.3 PASS AF=1;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133073;FXX=0.0256394;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.174;QD=61.3236;RBI=0.0133082;REFB=0;REVB=0.000150833;RO=0;SAF=62;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108644;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:152:0:0:152:152:1:90:62:0:0:90:62:0:0 chr7 82455895 . A G 1583.3 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00841963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.818;QD=63.9716;RBI=0.0455894;REFB=0;REVB=-0.0448052;RO=1;SAF=40;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117097;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53309e-05;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:1:0:98:99:1:58:40:1:0:58:41:0:0 chr7 82544987 . A G 2658.29 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.038;QD=62.1822;RBI=0.0545159;REFB=0;REVB=0.0310455;RO=0;SAF=102;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120296;OID=.;OPOS=82544987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:69:102:0:0:69:102:0:0 chr7 82581488 . T TTCA 595.4 PASS AF=0.757576;AO=48;DP=68;FAO=50;FDP=66;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0183333;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=3;MLLD=301.151;QD=36.0851;RBI=0.0192955;REFB=-0.00332145;REVB=0.00601712;RO=18;SAF=22;SAR=26;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021163;STB=0.505492;STBP=0.898;TYPE=ins;VARB=0.00102412;OID=.;OPOS=82581489;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.757576:48:68:50:66:16:23:27:7:9:99:18:22:26:9:9 chr7 82581494 . T A 68.88 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0561927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.385;QD=4.17429;RBI=0.0600297;REFB=-0.00577562;REVB=-0.0211173;RO=54;SAF=5;SAR=7;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035177;STB=0.523157;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0209192;OID=.;OPOS=82581494;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:66:66:54:54:12:12:0.181818:7:5:24:30:7:5:24:30 chr7 82581859 . C T 180.45 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038647;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9593;QD=48.1199;RBI=0.0590537;REFB=0;REVB=0.0446514;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904499;OID=.;OPOS=82581859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr7 82582846 . C T 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.46;QD=63.0516;RBI=0.0178856;REFB=0;REVB=0.0138723;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41465e-06;OID=.;OPOS=82582846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr7 82764425 . C G 1299.04 PASS AF=0.988372;AO=78;DP=80;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.020492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.286;QD=60.4205;RBI=0.0232782;REFB=-0.0144885;REVB=0.0110433;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119826;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=2.01181e-05;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:86:1:1:78:85:0.988372:39:39:0:1:46:39:0:1 chr7 82785097 . T C 1519.61 PASS AF=0.508532;AO=148;DP=292;FAO=149;FDP=293;FR=.;FRO=144;FSAF=68;FSAR=81;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=0.0075695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.176;QD=20.7455;RBI=0.00770701;REFB=-0.0142377;REVB=0.00144939;RO=143;SAF=68;SAR=80;SRF=62;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02345;STB=0.509362;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0128243;OID=.;OPOS=82785097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:293:143:144:148:149:0.508532:80:68:62:81:81:68:63:81 chr7 83023587 . TAC T 1581.37 PASS AF=0.981132;AO=100;DP=122;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0606672;FXX=0.158718;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.27;QD=59.6744;RBI=0.134157;REFB=-0.195359;REVB=0.119656;RO=2;SAF=44;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00226325;STB=0.501103;STBP=0.86;TYPE=del;VARB=0.00266746;OID=.;OPOS=83023588;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.981132:100:122:104:106:2:46:58:1:1:3:2:44:56:1:1 chr7 83034754 . T A 1998.5 PASS AF=0.984962;AO=124;DP=126;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000826949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.23;QD=60.1053;RBI=0.00543456;REFB=0.0429836;REVB=-0.00537128;RO=2;SAF=70;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01338;STB=0.506578;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.000465893;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:133:2:2:124:131:0.984962:54:70:2:0:56:75:2:0 chr7 83037751 . C A 1305.69 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689682;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2424;QD=62.1757;RBI=0.0210254;REFB=0;REVB=0.0198621;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135032;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr7 83590852 . T C 1587.0 PASS AF=0.964602;AO=109;DP=113;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0234773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7111;QD=56.1769;RBI=0.0352066;REFB=-0.0277382;REVB=0.0262358;RO=1;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811455;STB=0.507751;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0012795;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:113:1:4:109:109:0.964602:58:51:0:1:58:51:1:3 chr7 83606518 . G A 2041.24 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.007;QD=62.3279;RBI=0.0303019;REFB=0;REVB=-0.0161693;RO=0;SAF=53;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68181e-06;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:131:0:0:127:131:1:74:53:0:0:76:55:0:0 chr7 86800351 . A G 2143.85 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.204;QD=62.1405;RBI=0.0535785;REFB=-0.134665;REVB=0.0353297;RO=0;SAF=56;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64187e-08;STB=0.504424;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000297788;OID=.;OPOS=86800351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:0:1:137:137:0.992754:81:56:0:0:81:56:1:0 chr7 86813831 . C G 1107.31 PASS AF=0.502242;AO=107;DP=219;FAO=112;FDP=223;FR=.;FRO=111;FSAF=41;FSAR=71;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=-0.00878349;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6836;QD=19.8621;RBI=0.0634842;REFB=-0.0198898;REVB=0.0628736;RO=111;SAF=41;SAR=66;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731886;STB=0.54876;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0226135;OID=.;OPOS=86813831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:223:111:111:107:112:0.502242:66:41:51:60:71:41:51:60 chr7 86823221 . A G 520.83 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.0391231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5397;QD=15.3186;RBI=0.0596671;REFB=-0.00670639;REVB=0.0450505;RO=79;SAF=28;SAR=29;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156256;STB=0.508769;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0075349;OID=.;OPOS=86823221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:79:79:57:57:0.419118:29:28:40:39:29:28:40:39 chr7 86825442 . T C 514.57 PASS AF=0.386076;AO=60;DP=158;FAO=61;FDP=158;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.00130235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9092;QD=13.0272;RBI=0.0207186;REFB=0.013613;REVB=0.0206777;RO=94;SAF=35;SAR=25;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215703;STB=0.527491;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0156414;OID=.;OPOS=86825442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:94:97:60:61:0.386076:25:35:53:41:25:36:53:44 chr7 86825466 . A G 526.43 PASS AF=0.376812;AO=32;DP=143;FAO=52;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.047532;FXX=0.0349626;HRUN=9;LEN=1;MLLD=25.7956;QD=15.2588;RBI=0.0477925;REFB=-0.0365485;REVB=-0.00498298;RO=47;SAF=14;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03234;STB=0.500673;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.0808471;OID=.;OPOS=86825466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:138:47:63:32:52:0.376812:18:14:22:25:28:24:29:34 chr7 86847966 . G A 374.64 PASS AF=0.542857;AO=37;DP=69;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0134675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.543;QD=21.4082;RBI=0.0165523;REFB=-0.0150205;REVB=0.00962302;RO=30;SAF=7;SAR=30;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951702;STB=0.58681;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0164102;OID=.;OPOS=86847966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:30:32:37:38:0.542857:30:7:8:22:31:7:10:22 chr7 87082292 . G A 1146.0 PASS AF=0.504425;AO=114;DP=227;FAO=114;FDP=226;FR=.;FRO=112;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=46;FSRR=66;FWDB=-0.0064163;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7768;QD=20.2832;RBI=0.0297278;REFB=0.00272912;REVB=0.0290272;RO=112;SAF=54;SAR=60;SRF=46;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572614;STB=0.531391;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0023176;OID=.;OPOS=87082292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:112:112:114:114:0.504425:60:54:46:66:60:54:46:66 chr7 87138645 . A G 1004.74 PASS AF=0.460526;AO=105;DP=226;FAO=105;FDP=228;FR=.;FRO=123;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=68;FWDB=-0.00619154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7943;QD=17.627;RBI=0.0634424;REFB=-0.00448279;REVB=-0.0631396;RO=120;SAF=49;SAR=56;SRF=55;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808394;STB=0.510586;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00335951;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:228:120:123:105:105:0.460526:56:49:55:65:56:49:55:68 chr7 87160618 . A T 504.89 PASS AF=0.44;AO=54;DP=124;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0105946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.042;QD=16.1564;RBI=0.0148552;REFB=0.00355481;REVB=0.0104131;RO=70;SAF=17;SAR=37;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169483;STB=0.598388;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00462969;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:70:70:54:55:0.44:37:17:33:37:38:17:33:37 chr7 87179601 . A G 895.35 PASS AF=0.550336;AO=82;DP=150;FAO=82;FDP=149;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00853647;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.96;QD=24.0362;RBI=0.0180775;REFB=-0.00205507;REVB=0.015935;RO=64;SAF=35;SAR=47;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342279;STB=0.523171;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00210397;OID=.;OPOS=87179601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:64:67:82:82:0.550336:47:35:30:34:47:35:32:35 chr7 87229501 . T C 2440.91 PASS AF=0.98773;AO=160;DP=162;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000473239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0434;QD=59.8997;RBI=0.033657;REFB=0.0548196;REVB=-0.0336537;RO=2;SAF=69;SAR=91;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135896;STB=0.507142;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000643454;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:162:163:2:2:160:161:0.98773:91:69:2:0:92:69:2:0 chr7 87476339 . T G 530.05 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0121457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.861;QD=22.5553;RBI=0.0140337;REFB=0.00170963;REVB=0.00703035;RO=44;SAF=18;SAR=32;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390726;STB=0.521487;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00150795;OID=.;OPOS=87476339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:32:18:14:30:32:18:14:30 chr7 87537190 . A G 754.48 PASS AF=0.608696;AO=70;DP=115;FAO=70;FDP=115;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0325487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.888;QD=26.2428;RBI=0.0328353;REFB=-0.00296644;REVB=0.00432871;RO=44;SAF=33;SAR=37;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120536;STB=0.501869;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00191168;OID=.;OPOS=87537190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:44:45:70:70:0.608696:37:33:20:24:37:33:21:24 chr7 87564277 . A C 1103.34 PASS AF=0.434783;AO=118;DP=275;FAO=120;FDP=276;FR=.;FRO=156;FSAF=40;FSAR=80;FSRF=70;FSRR=86;FWDB=-0.00380956;FXX=0.0142852;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1056;QD=15.9905;RBI=0.00474132;REFB=-0.0223716;REVB=0.00282265;RO=154;SAF=40;SAR=78;SRF=69;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118368;STB=0.569936;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0327315;OID=.;OPOS=87564277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:276:154:156:118:120:0.434783:78:40:69:85:80:40:70:86 chr7 87564388 . G A 352.77 PASS AF=0.367521;AO=43;DP=118;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=52;FWDB=0.012993;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.394;QD=12.0605;RBI=0.0146347;REFB=0.00692191;REVB=0.00673474;RO=74;SAF=13;SAR=30;SRF=22;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662023;STB=0.503779;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0124203;OID=.;OPOS=87564388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:74:74:43:43:0.367521:30:13:22:52:30:13:22:52 chr7 87704972 . C T 1057.01 PASS AF=0.486486;AO=108;DP=222;FAO=108;FDP=222;FR=.;FRO=114;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=67;FWDB=-0.00193328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.293;QD=19.0452;RBI=0.0335154;REFB=0.00156672;REVB=-0.0334596;RO=114;SAF=57;SAR=51;SRF=47;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107432;STB=0.559091;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00175079;OID=.;OPOS=87704972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:114:114:108:108:0.486486:51:57:47:67:51:57:47:67 chr7 87774727 . T C 1549.22 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.885;QD=63.8854;RBI=0.0166402;REFB=0;REVB=0.0111314;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1009e-06;OID=.;OPOS=87774727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr7 87778380 . A T 670.95 PASS AF=0.528;AO=64;DP=122;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0339719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.22;QD=21.4704;RBI=0.0521944;REFB=-0.0305796;REVB=0.0396252;RO=58;SAF=24;SAR=40;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509188;STB=0.53013;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0189076;OID=.;OPOS=87778380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:58:59:64:66:0.528:40:24:25:33:42:24:25:34 chr7 87813635 . C T 2776.5 PASS AF=1;AO=177;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.377;QD=62.0446;RBI=0.0377382;REFB=-0.0580023;REVB=0.0353002;RO=0;SAF=81;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38797e-05;OID=.;OPOS=87813635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:179:179:0:0:177:179:1:96:81:0:0:98:81:0:0 chr7 87840263 . T C 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6754;QD=62.6656;RBI=0.0261716;REFB=0;REVB=-0.0129573;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432853;OID=.;OPOS=87840263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr7 88423881 . T C 276.39 PASS AF=0.33945;AO=33;DP=109;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.00034758;FXX=0.0438558;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.544;QD=10.1426;RBI=0.00406263;REFB=-0.00802699;REVB=-0.00404774;RO=62;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468724;STB=0.530681;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0127066;OID=.;OPOS=88423881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:72:33:37:0.33945:20:13:22:40:22:15:26:46 chr7 88956699 . A G 2403.05 PASS AF=0.476744;AO=246;DP=516;FAO=246;FDP=516;FR=.;FRO=270;FSAF=115;FSAR=131;FSRF=111;FSRR=159;FWDB=0.0103624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.904;QD=18.6283;RBI=0.0268025;REFB=-0.00710606;REVB=0.0247183;RO=270;SAF=115;SAR=131;SRF=111;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054164;STB=0.529733;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00738834;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:516:516:270:270:246:246:0.476744:131:115:111:159:131:115:111:159 chr7 88963039 . G A 150.64 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.092606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8064;QD=20.0846;RBI=0.09289;REFB=-0.0409557;REVB=-0.00725822;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463574;STB=0.526283;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0312347;OID=.;OPOS=88963039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:6:8:10:6:6:8 chr7 88964000 . C T 167.75 PASS AF=0.375;AO=18;DP=54;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00771728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.218;QD=11.9818;RBI=0.00772674;REFB=0.000775217;REVB=0.000382224;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501683;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152685;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:33:35:18:21:0.375:9:9:18:15:9:12:20:15 chr7 88964196 . T A 378.11 PASS AF=0.322368;AO=48;DP=150;FAO=49;FDP=152;FR=.;FRO=103;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=-0.0168898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.593;QD=9.95017;RBI=0.019829;REFB=-0.00746511;REVB=-0.0103886;RO=99;SAF=20;SAR=28;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126878;STB=0.579029;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0153311;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:99:103:48:49:0.322368:28:20:52:47:29:20:54:49 chr7 89797144 . G T 3353.49 PASS AF=1;AO=216;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355767;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.071;QD=61.8154;RBI=0.0357368;REFB=-0.0738748;REVB=0.00337848;RO=1;SAF=134;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35776e-05;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:218:217:1:0:216:217:1:82:134:1:0:83:134:0:0 chr7 89854446 . T G 936.77 PASS AF=0.577922;AO=89;DP=154;FAO=89;FDP=154;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0075365;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=143.199;QD=24.3318;RBI=0.0195312;REFB=-0.0103795;REVB=0.0180186;RO=65;SAF=32;SAR=57;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958363;STB=0.552195;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00739396;OID=.;OPOS=89854446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:65:65:89:89:0.577922:57:32:31:34:57:32:31:34 chr7 89856608 . C T 1170.01 PASS AF=0.481633;AO=117;DP=243;FAO=118;FDP=245;FR=.;FRO=127;FSAF=43;FSAR=75;FSRF=63;FSRR=64;FWDB=0.0384691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.615;QD=19.1022;RBI=0.0503053;REFB=-0.00737131;REVB=-0.0324153;RO=124;SAF=42;SAR=75;SRF=61;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129377;STB=0.570821;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00663309;OID=.;OPOS=89856608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:245:124:127:117:118:0.481633:75:42:61:63:75:43:63:64 chr7 89861832 . G A 477.37 PASS AF=0.541176;AO=42;DP=80;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00535288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.904;QD=22.4644;RBI=0.0062033;REFB=-0.0127868;REVB=0.00313491;RO=34;SAF=28;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143855;STB=0.567995;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00831004;OID=.;OPOS=89861832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:85:34:39:42:46:0.541176:14:28:17:17:17:29:19:20 chr7 89861890 . G T 519.92 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1363;QD=59.4192;RBI=0.0622662;REFB=0;REVB=-0.0493468;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209546;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr7 89867446 . T TCTG 876.22 PASS AF=0.438356;AO=87;DP=236;FAO=96;FDP=219;FR=.;FRO=123;FSAF=67;FSAR=29;FSRF=72;FSRR=51;FWDB=-0.0158443;FXX=0.0135129;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.013;QD=16.0041;RBI=0.0160374;REFB=-0.0356598;REVB=-0.0024809;RO=140;SAF=62;SAR=25;SRF=83;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147735;STB=0.570744;STBP=0.085;TYPE=ins;VARB=0.049548;OID=.;OPOS=89867447;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438356:87:236:96:219:123:67:29:72:51:99:140:62:25:83:57 chr7 89881239 . G C 504.34 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.971;QD=17.5423;RBI=0.03562;REFB=0.0129064;REVB=0.0299382;RO=61;SAF=27;SAR=27;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861076;STB=0.547809;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0116313;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:27:27:25:36:27:27:25:36 chr7 89912301 . G A 1552.82 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858704;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.877;QD=64.0337;RBI=0.0182374;REFB=0;REVB=0.0160893;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17362e-05;OID=.;OPOS=89912301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr7 89937168 . G A 559.03 PASS AF=0.504274;AO=57;DP=115;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=45;FWDB=-0.0170282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3315;QD=19.112;RBI=0.0664248;REFB=0.0149844;REVB=-0.0642051;RO=58;SAF=26;SAR=31;SRF=13;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219369;STB=0.618897;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0209484;OID=.;OPOS=89937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:58:58:57:59:0.504274:31:26:13:45:32:27:13:45 chr7 89938588 . C G 1558.43 PASS AF=0.990654;AO=102;DP=104;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.072256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4522;QD=58.2592;RBI=0.103245;REFB=-0.0257256;REVB=0.0737466;RO=1;SAF=43;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109059;STB=0.505375;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000193908;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:107:1:1:102:106:0.990654:59:43:1:0:60:46:1:0 chr7 89938680 . C T 453.24 PASS AF=0.409449;AO=51;DP=126;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0401164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.938;QD=14.2754;RBI=0.0478517;REFB=-0.019542;REVB=0.0260856;RO=73;SAF=19;SAR=32;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572107;STB=0.533992;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0301598;OID=.;OPOS=89938680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:73:75:51:52:0.409449:32:19:31:42:32:20:33:42 chr7 89939427 . T C 992.1 PASS AF=0.460177;AO=104;DP=226;FAO=104;FDP=226;FR=.;FRO=122;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=66;FSRR=56;FWDB=0.0207599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.859;QD=17.5592;RBI=0.0290413;REFB=0.00820987;REVB=0.0203083;RO=122;SAF=39;SAR=65;SRF=66;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164645;STB=0.591198;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00818724;OID=.;OPOS=89939427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:122:122:104:104:0.460177:65:39:66:56:65:39:66:56 chr7 89969831 . A G 1068.27 PASS AF=0.423913;AO=117;DP=276;FAO=117;FDP=276;FR=.;FRO=159;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=55;FSRR=104;FWDB=0.0165107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.442;QD=15.4822;RBI=0.016831;REFB=-0.0157482;REVB=0.00326791;RO=159;SAF=48;SAR=69;SRF=55;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698492;STB=0.538829;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0229609;OID=.;OPOS=89969831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:159:159:117:117:0.423913:69:48:55:104:69:48:55:104 chr7 89969878 . A G 993.47 PASS AF=0.424;AO=106;DP=250;FAO=106;FDP=250;FR=.;FRO=144;FSAF=39;FSAR=67;FSRF=50;FSRR=94;FWDB=-0.069321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4527;QD=15.8955;RBI=0.0702289;REFB=0.017284;REVB=0.0112556;RO=143;SAF=39;SAR=67;SRF=49;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282524;STB=0.512904;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0224552;OID=.;OPOS=89969878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:143:144:106:106:0.424:67:39:49:94:67:39:50:94 chr7 89983808 . T G 286.7 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.000951124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.739;QD=18.4968;RBI=0.0236317;REFB=-0.00189465;REVB=0.0236126;RO=31;SAF=9;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162033;STB=0.586534;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00223024;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:31:31:28:31:0.5:19:9:15:16:21:10:15:16 chr7 89984409 . A G 319.29 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.00858803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.637;QD=13.4438;RBI=0.0147247;REFB=-0.00381094;REVB=0.0119609;RO=59;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782399;STB=0.544518;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00694461;OID=.;OPOS=89984409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:22:14:19:40:22:14:19:40 chr7 90014408 . G A 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0890463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9174;QD=9.93963;RBI=0.107836;REFB=-0.0095933;REVB=-0.0608216;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381186;STB=0.522368;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0118031;OID=.;OPOS=90014408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:11:11:21:24:11:11:21:24 chr7 90043304 . C T 630.12 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.00725005;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.904;QD=19.0946;RBI=0.0167195;REFB=-0.00684817;REVB=-0.0150658;RO=66;SAF=24;SAR=40;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184596;STB=0.504031;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00667791;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:66:68:64:64:0.484848:40:24:26:40:40:24:26:42 chr7 90043314 . C T 1899.21 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040376;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.657;QD=61.7631;RBI=0.00439872;REFB=0;REVB=0.00174543;RO=0;SAF=48;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63833e-05;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:74:48:0:0:75:48:0:0 chr7 90044945 . G A 909.75 PASS AF=0.486631;AO=91;DP=188;FAO=91;FDP=187;FR=.;FRO=96;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0311731;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4177;QD=19.4598;RBI=0.0332166;REFB=-0.000619205;REVB=-0.0114709;RO=96;SAF=46;SAR=45;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00458519;STB=0.502527;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.000437558;OID=.;OPOS=90044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:96:96:91:91:0.486631:45:46:49:47:45:46:49:47 chr7 90236415 . A G 1353.4 PASS AF=0.957447;AO=89;DP=93;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0325702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.037;QD=57.5915;RBI=0.0373155;REFB=-0.0265246;REVB=0.0182105;RO=4;SAF=35;SAR=54;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090855;STB=0.504962;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.000429918;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:94:4:4:89:90:0.957447:54:35:2:2:55:35:2:2 chr7 90708733 . C CT,T 88.42 PASS AF=0.589744,0;AO=10,3;DP=39;FAO=23,0;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=7,0;FSAR=16,0;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.223316,-0.00364293;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=8.39412,288.942;QD=9.06833;RBI=0.249526,0.0146917;REFB=-0.127418,-0.00221683;REVB=-0.111326,-0.0142329;RO=25;SAF=2,0;SAR=8,3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.32113,-0.546659;STB=0.533304,0.5;STBP=0.678,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.150755,0;OID=.,.;OPOS=90708734,90708733;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:39:39:25:16:10,3:23,0:0.589744,0:8,3:2,0:11:14:16,0:7,0:6:10 chr7 90836916 . C A 430.9 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0241347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.831;QD=15.9593;RBI=0.0244876;REFB=-0.00818399;REVB=0.00414238;RO=60;SAF=23;SAR=25;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129599;STB=0.572288;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0122655;OID=.;OPOS=90836916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:25:23:21:39:25:23:21:39 chr7 90837216 . G A 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0231714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.592;QD=19.4775;RBI=0.029672;REFB=-0.025354;REVB=0.0185341;RO=42;SAF=12;SAR=29;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139159;STB=0.57765;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0236195;OID=.;OPOS=90837216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:29:12:18:24:29:12:18:24 chr7 90838866 . G A 177.12 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=46;FWDB=-0.0649164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.306;QD=8.53604;RBI=0.0656379;REFB=-0.00307073;REVB=-0.00970528;RO=55;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275377;STB=0.675214;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00915014;OID=.;OPOS=90838866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:59:24:24:0.289157:13:11:13:42:13:11:13:46 chr7 90838869 . G C 1283.37 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0269;QD=61.8493;RBI=0.057801;REFB=0;REVB=0.0344334;RO=0;SAF=24;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504171;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:59:24:0:0:59:24:0:0 chr7 90894459 . A ACCG 122.51 PASS AF=0.306122;AO=12;DP=52;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0132612;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=3;MLLD=220.705;QD=10.0006;RBI=0.0138807;REFB=-0.0349586;REVB=-0.00410082;RO=37;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281034;STB=0.628863;STBP=0.248;TYPE=ins;VARB=0.0780936;OID=.;OPOS=90894460;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=ACCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306122:12:52:15:49:34:9:6:14:20:99:37:8:4:16:21 chr7 90896831 . T C 465.07 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0064648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.911;QD=19.5819;RBI=0.0164984;REFB=-0.00761936;REVB=0.0151791;RO=49;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647842;STB=0.535947;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00853229;OID=.;OPOS=90896831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:25:21:19:30:25:21:19:30 chr7 90897731 . A C 245.31 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0117949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.929;QD=13.2599;RBI=0.0118468;REFB=-0.000813845;REVB=0.00110807;RO=45;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017145;STB=0.509797;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.000967526;OID=.;OPOS=90897731;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:14:15:24:21:14:15:24:21 chr7 91632306 . C T 258.75 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0191074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.301;QD=11.7614;RBI=0.0202424;REFB=-0.00943015;REVB=-0.0066831;RO=57;SAF=15;SAR=16;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868383;STB=0.550078;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0177001;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:16:15:32:25:16:15:32:25 chr7 91708898 . A G 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00128358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.486;QD=20.5427;RBI=0.013394;REFB=0.00183954;REVB=-0.0133323;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134608;STB=0.575852;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00304595;OID=.;OPOS=91708898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:9:15:12:13:9:15:12:13 chr7 91714911 . C T 3301.79 PASS AF=0.986239;AO=215;DP=219;FAO=215;FDP=218;FR=.;FRO=3;FSAF=98;FSAR=117;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0059416;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.456;QD=60.5834;RBI=0.0115092;REFB=0.058517;REVB=-0.00985694;RO=3;SAF=98;SAR=117;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00323708;STB=0.501699;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.000729147;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:219:218:3:3:215:215:0.986239:117:98:1:2:117:98:1:2 chr7 91842554 . T C 602.41 PASS AF=0.435374;AO=62;DP=145;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0162991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.959;QD=16.3922;RBI=0.022886;REFB=-0.026134;REVB=-0.0160658;RO=83;SAF=36;SAR=26;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113855;STB=0.570548;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0414513;OID=.;OPOS=91842554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:83:83:62:64:0.435374:26:36:39:44:26:38:39:44 chr7 92027537 . C G 450.01 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0110967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4854;QD=14.5165;RBI=0.0657377;REFB=0.00104848;REVB=0.0647944;RO=73;SAF=22;SAR=29;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218293;STB=0.512285;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.000919313;OID=.;OPOS=92027537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:73:73:51:51:0.41129:29:22:30:43:29:22:30:43 chr7 92028039 . C A 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0117019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.814;QD=8.89974;RBI=0.0292818;REFB=-0.0115228;REVB=-0.026842;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183374;STB=0.611454;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0267515;OID=.;OPOS=92028039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:6:5:16:10:6:5:16:10 chr7 92029302 . G A 2351.56 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4429;QD=61.0794;RBI=0.0262569;REFB=0;REVB=-0.0198309;RO=0;SAF=72;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4694e-05;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:82:72:0:0:82:72:0:0 chr7 92098776 . C T 493.04 PASS AF=0.380645;AO=58;DP=155;FAO=59;FDP=155;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.00362262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.168;QD=12.7235;RBI=0.0210413;REFB=0.00127194;REVB=-0.0207271;RO=95;SAF=22;SAR=36;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117835;STB=0.567922;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0024573;OID=.;OPOS=92098776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:95:96:58:59:0.380645:36:22:46:49:37:22:46:50 chr7 92131289 . G T 1123.26 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425829;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.354;QD=59.9074;RBI=0.0456425;REFB=0;REVB=-0.0164297;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557211;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:36:37:0:0:36:39:0:0 chr7 92140266 . T C 286.23 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0160341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.327;QD=18.1734;RBI=0.0449055;REFB=-0.0113398;REVB=0.0419453;RO=32;SAF=21;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217916;STB=0.512187;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0132847;OID=.;OPOS=92140266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:10:21:21:11:10:21:21:11 chr7 92241633 . G C 349.87 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.000399324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.95;QD=15.2117;RBI=0.00270552;REFB=-0.00154387;REVB=0.00267589;RO=54;SAF=18;SAR=20;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12299;STB=0.56944;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00172468;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:20:18:32:22:20:18:32:22 chr7 92600509 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.052;QD=58.9623;RBI=0.0101964;REFB=0;REVB=0.00911137;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37483e-05;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr7 92733975 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00136887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.665;QD=17.0888;RBI=0.00720891;REFB=0.0012445;REVB=0.00707775;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152095;STB=0.585519;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00128001;OID=.;OPOS=92733975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:18:10:13:12:18:10 chr7 92734051 . C T 616.69 PASS AF=0.57732;AO=53;DP=95;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00846694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.876;QD=25.4306;RBI=0.0108185;REFB=0.00288764;REVB=0.00673428;RO=41;SAF=18;SAR=35;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257096;STB=0.637165;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00334906;OID=.;OPOS=92734051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:41:41:53:56:0.57732:35:18:27:14:37:19:27:14 chr7 92734451 . A G 1628.58 PASS AF=0.965217;AO=111;DP=117;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0438428;FXX=0.0254216;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.7076;QD=56.6462;RBI=0.0442172;REFB=-0.0379208;REVB=-0.00574193;RO=2;SAF=45;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032938;STB=0.503407;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00277367;OID=.;OPOS=92734451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:115:2:4:111:111:0.965217:66:45:1:1:66:45:2:2 chr7 92762681 . A G 667.35 PASS AF=0.456376;AO=68;DP=149;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0770638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.827;QD=17.9154;RBI=0.0869551;REFB=-0.00547549;REVB=0.0402784;RO=75;SAF=24;SAR=44;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138657;STB=0.58652;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00881073;OID=.;OPOS=92762681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:75:81:68:68:0.456376:44:24:37:38:44:24:41:40 chr7 92764489 . C T 831.67 PASS AF=0.469945;AO=85;DP=184;FAO=86;FDP=183;FR=.;FRO=97;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.0273159;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.059;QD=18.1786;RBI=0.0281951;REFB=-0.00609591;REVB=-0.00698619;RO=97;SAF=43;SAR=42;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010628;STB=0.508895;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00655749;OID=.;OPOS=92764489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:97:97:85:86:0.469945:42:43:48:49:42:44:48:49 chr7 92764982 . C T 407.43 PASS AF=0.308108;AO=42;DP=173;FAO=57;FDP=185;FR=.;FRO=128;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=63;FSRR=65;FWDB=-0.0107398;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.182;QD=8.80919;RBI=0.0109602;REFB=-0.0104975;REVB=-0.00218654;RO=131;SAF=19;SAR=23;SRF=64;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455511;STB=0.51147;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0259207;OID=.;OPOS=92764982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:185:131:128:42:57:0.308108:23:19:64:67:28:29:63:65 chr7 92900512 . GTTTT GTTTG,GTT 235.94 PASS AF=0.791667,0.208333;AO=6,4;DP=28;FAO=19,5;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13,5;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197101,-0.0338405;FXX=0.142806;HRUN=14,14;LEN=1,2;MLLD=191.705,5.58052;QD=39.324;RBI=0.0268295,0.103621;REFB=0,0;REVB=-0.0182026,-0.0979398;RO=0;SAF=4,4;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0238664,-0.174436;OID=.,.;OPOS=92900516,92900513;OREF=T,TT;OALT=G,-;OMAPALT=GTTTG,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.791667,0.208333:6,4:28:19,5:24:0:13,5:6,0:0:0:26:0:4,4:2,0:0:0 chr7 92970847 . C T 3153.82 PASS AF=0.994975;AO=197;DP=198;FAO=198;FDP=199;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0288809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.59;QD=63.3934;RBI=0.0315542;REFB=-0.0230782;REVB=-0.0127107;RO=1;SAF=101;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469227;STB=0.502463;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000114067;OID=.;OPOS=92970847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:199:1:1:197:198:0.994975:96:101:1:0:97:101:1:0 chr7 92985252 . T C 391.44 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0078743;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.131;QD=21.7469;RBI=0.036699;REFB=0.00806236;REVB=0.0358443;RO=33;SAF=24;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111036;STB=0.561372;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00626562;OID=.;OPOS=92985252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:33:33:39:39:0.541667:15:24:16:17:15:24:16:17 chr7 93055753 . A G 1933.57 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.252;QD=61.8743;RBI=0.0181007;REFB=0;REVB=0.0177453;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39951e-05;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:63:62:0:0:63:62:0:0 chr7 93116299 . A G 234.19 PASS AF=0.402597;AO=23;DP=69;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0198451;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.255;QD=12.1657;RBI=0.0211982;REFB=-0.0111656;REVB=0.00745199;RO=42;SAF=17;SAR=6;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310585;STB=0.697799;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0212519;OID=.;OPOS=93116299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:77:42:46:23:31:0.402597:6:17:20:22:7:24:22:24 chr7 93515992 . TT GA,TG 497.81 PASS AF=0.047619,0.833333;AO=2,34;DP=43;FAO=2,35;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=1,14;FSAR=1,21;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00125692,0.000712625;FXX=0.0232504;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=152.186,154.101;QD=47.4106;RBI=0.00480015,0.00409757;REFB=-0.00819392,0.00419501;REVB=-0.00463267,-0.00403513;RO=3;SAF=1,14;SAR=1,20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.142842,0.012269;STB=0.57073,0.5;STBP=0.909,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00779056,-0.000821309;OID=.,.;OPOS=93515992,93515993;OREF=TT,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:43:42:3:5:2,34:2,35:0.047619,0.833333:1,20:1,14:1:2:1,21:1,14:2:3 chr7 93623458 . A G 390.39 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00953405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.307;QD=16.2663;RBI=0.010122;REFB=-0.0144941;REVB=0.0033995;RO=54;SAF=17;SAR=24;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142622;STB=0.585324;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0186636;OID=.;OPOS=93623458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:54:55:41:41:0.427083:24:17:30:24:24:17:31:24 chr7 94027699 . T C 5434.15 PASS AF=0.994398;AO=342;DP=348;FAO=355;FDP=357;FR=.;FRO=2;FSAF=179;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0393204;FXX=0.00279322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.198;QD=60.8869;RBI=0.0457161;REFB=-0.106833;REVB=0.0233209;RO=3;SAF=170;SAR=172;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824756;STB=0.502825;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000111414;OID=.;OPOS=94027699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:348:357:3:2:342:355:0.994398:172:170:0:3:176:179:0:2 chr7 94030899 . T C 9979.47 PASS AF=1;AO=624;DP=629;FAO=628;FDP=628;FR=.;FRO=0;FSAF=414;FSAR=214;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205412;FXX=0.00475428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.736;QD=63.5635;RBI=0.0251896;REFB=0;REVB=0.0145799;RO=0;SAF=411;SAR=213;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13188e-06;OID=.;OPOS=94030899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:53:629:628:0:0:624:628:1:213:411:0:0:214:414:0:0 chr7 94038934 . C T 5881.87 PASS AF=1;AO=372;DP=372;FAO=372;FDP=372;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8422;QD=63.2459;RBI=0.0470783;REFB=0;REVB=0.0150416;RO=0;SAF=155;SAR=217;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2772e-05;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:372:372:0:0:372:372:1:217:155:0:0:217:155:0:0 chr7 94039032 . C T 4166.24 PASS AF=0.99262;AO=268;DP=271;FAO=269;FDP=271;FR=.;FRO=2;FSAF=148;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0130352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.144;QD=61.4943;RBI=0.0183525;REFB=-0.0255926;REVB=0.0129188;RO=3;SAF=147;SAR=121;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0025182;STB=0.500374;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=6.06228e-05;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:271:271:3:2:268:269:0.99262:121:147:2:1:121:148:1:1 chr7 94043239 . C G 2632.06 PASS AF=0.966667;AO=174;DP=180;FAO=174;FDP=180;FR=.;FRO=6;FSAF=75;FSAR=99;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0101229;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=321.94;QD=58.4902;RBI=0.0188756;REFB=-0.0578043;REVB=0.0159316;RO=4;SAF=75;SAR=99;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247054;STB=0.513617;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.000399283;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:180:180:4:6:174:174:0.966667:99:75:4:0:99:75:5:1 chr7 94047050 . G T 3355.6 PASS AF=0.969697;AO=215;DP=225;FAO=224;FDP=231;FR=.;FRO=7;FSAF=98;FSAR=126;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.125068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8825;QD=58.1056;RBI=0.167175;REFB=-0.118125;REVB=0.110931;RO=10;SAF=93;SAR=122;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314944;STB=0.508502;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0239863;OID=.;OPOS=94047050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:225:231:10:7:215:224:0.969697:122:93:8:2:126:98:5:2 chr7 94059899 . C T 314.15 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0126569;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.901;QD=19.6342;RBI=0.0130061;REFB=-0.00699847;REVB=-0.0029934;RO=31;SAF=14;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922491;STB=0.551151;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00617061;OID=.;OPOS=94059899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:19:14:10:21:19:14:10:21 chr7 94174854 . T C 1371.25 PASS AF=0.474403;AO=138;DP=294;FAO=139;FDP=293;FR=.;FRO=154;FSAF=58;FSAR=81;FSRF=77;FSRR=77;FWDB=0.00448123;FXX=0.00677943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2036;QD=18.7202;RBI=0.119475;REFB=-0.00637936;REVB=0.119391;RO=154;SAF=58;SAR=80;SRF=76;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07096;STB=0.544051;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00637023;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:293:154:154:138:139:0.474403:80:58:76:78:81:58:77:77 chr7 94186068 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0120668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.084;QD=15.6262;RBI=0.0120753;REFB=-0.00590048;REVB=-0.000451023;RO=27;SAF=14;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873333;STB=0.550506;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0103418;OID=.;OPOS=94186068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:5:14:18:9:5:14:18:9 chr7 94295183 . T A 1169.02 PASS AF=0.466667;AO=98;DP=230;FAO=105;FDP=225;FR=.,HEALED;FRO=99;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=-0.0940966;FXX=0.0259729;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.752;QD=20.7826;RBI=0.0940992;REFB=-0.0238627;REVB=0.000696277;RO=77;SAF=58;SAR=40;SRF=20;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263663;STB=0.585877;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00935352;OID=.;OPOS=94295183;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:225:77:99:98:105:0.466667:40:58:20:57:46:59:38:61 chr7 94296769 . T C 365.85 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.014923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.608;QD=13.6766;RBI=0.0334778;REFB=-0.00752804;REVB=0.0299677;RO=62;SAF=19;SAR=24;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945768;STB=0.544245;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0121718;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:64:43:43:0.401869:24:19:33:29:24:19:33:31 chr7 94297293 . GT G 180.71 PASS AF=0.554745;AO=59;DP=142;FAO=76;FDP=137;FR=.;FRO=61;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0941674;FXX=0.0419551;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.65314;QD=5.27623;RBI=0.0990797;REFB=-0.0146107;REVB=-0.0308106;RO=54;SAF=37;SAR=22;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233234;STB=0.502616;STBP=0.953;TYPE=del;VARB=0.0387871;OID=.;OPOS=94297294;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.554745:59:142:76:137:61:49:27:39:22:99:54:37:22:34:20 chr7 94898811 . G A 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00823992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.961;QD=16.4803;RBI=0.00893251;REFB=0.00322568;REVB=0.0034487;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328627;STB=0.699782;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00679068;OID=.;OPOS=94898811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:14:5:14:10:14:5:15:10 chr7 94903420 . G A 525.8 PASS AF=0.519231;AO=52;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0063046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.342;QD=20.223;RBI=0.014823;REFB=-0.0176615;REVB=0.0134154;RO=48;SAF=29;SAR=23;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975297;STB=0.569801;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0121456;OID=.;OPOS=94903420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:50:52:54:0.519231:23:29:32:16:25:29:34:16 chr7 94919525 . A G 387.71 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.00198948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.813;QD=15.988;RBI=0.00470346;REFB=-0.0123411;REVB=0.00426198;RO=56;SAF=12;SAR=29;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559851;STB=0.531622;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0113296;OID=.;OPOS=94919525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:29:12:19:37:29:12:19:37 chr7 94924538 . G T 405.22 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0169409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.261;QD=13.9731;RBI=0.0171819;REFB=-0.00409938;REVB=0.00286742;RO=68;SAF=23;SAR=24;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506043;STB=0.532511;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00625495;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:68:69:47:47:0.405172:24:23:30:38:24:23:30:39 chr7 94937446 . T C 1917.6 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.293;QD=60.8763;RBI=0.017841;REFB=-0.00865705;REVB=0.0137558;RO=1;SAF=55;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085605;STB=0.504504;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=5.46559e-05;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:70:55:1:0:70:55:1:0 chr7 94940782 . T C 698.29 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=-0.00230312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.878;QD=17.0315;RBI=0.00422465;REFB=-0.00339599;REVB=0.00354165;RO=89;SAF=34;SAR=41;SRF=32;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935659;STB=0.551825;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00330244;OID=.;OPOS=94940782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:89:89:75:75:0.457317:41:34:32:57:41:34:32:57 chr7 95001555 . C T 2922.19 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.27;QD=63.1825;RBI=0.0455189;REFB=0;REVB=0.0037041;RO=0;SAF=81;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.88783e-05;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:185:185:1:104:81:0:0:104:81:0:0 chr7 95024046 . A G 1517.02 PASS AF=0.88;AO=109;DP=124;FAO=110;FDP=125;FR=.;FRO=15;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0481762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.315;QD=48.5446;RBI=0.0482803;REFB=-0.0240057;REVB=-0.0031694;RO=12;SAF=46;SAR=63;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658443;STB=0.528085;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000828557;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:124:125:12:15:109:110:0.88:63:46:1:11:63:47:3:12 chr7 95024047 . C G 44.66 PASS AF=0.096;AO=12;DP=125;FAO=12;FDP=125;FR=.;FRO=113;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=0.00660261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6277;QD=1.4292;RBI=0.0296986;REFB=-0.0207449;REVB=-0.0289554;RO=113;SAF=1;SAR=11;SRF=49;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468079;STB=0.879271;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0772195;OID=.;OPOS=95024047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:125:125:113:113:12:12:0.096:11:1:49:64:11:1:49:64 chr7 95213059 . G A 901.84 PASS AF=1;AO=47;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.002;QD=58.1833;RBI=0.037079;REFB=0;REVB=0.0347813;RO=0;SAF=38;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011567;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:47:62:1:9:38:0:0:24:38:0:0 chr7 95213953 . A C 2017.71 PASS AF=0.985075;AO=130;DP=133;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0170153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.967;QD=60.2303;RBI=0.0586898;REFB=-0.0676892;REVB=0.0561691;RO=0;SAF=53;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15489e-08;STB=0.506249;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000277305;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:134:0:2:130:132:0.985075:77:53:0:0:79:53:0:2 chr7 95216394 . T G 1587.77 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4513;QD=64.1522;RBI=0.0693055;REFB=0;REVB=0.067013;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299293;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:54:44:0:0:54:45:0:0 chr7 95499234 . A G 855.89 PASS AF=0.508876;AO=86;DP=169;FAO=86;FDP=169;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0212516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.169;QD=20.2578;RBI=0.0250901;REFB=0.00298449;REVB=-0.0133373;RO=83;SAF=41;SAR=45;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277814;STB=0.515257;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00223413;OID=.;OPOS=95499234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:83:83:86:86:0.508876:45:41:37:46:45:41:37:46 chr7 95668664 . C A 3337.66 PASS AF=0.986364;AO=216;DP=219;FAO=217;FDP=220;FR=.;FRO=3;FSAF=108;FSAR=109;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0230805;FXX=0.00452468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.272;QD=60.6848;RBI=0.0686704;REFB=0.0172525;REVB=-0.0646754;RO=3;SAF=108;SAR=108;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434925;STB=0.502304;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-5.3165e-05;OID=.;OPOS=95668664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:219:220:3:3:216:217:0.986364:108:108:2:1:109:108:2:1 chr7 96649884 . A G 51.91 PASS AF=0.183099;AO=9;DP=72;FAO=13;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0629187;FXX=0.013887;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.86231;QD=2.92453;RBI=0.14153;REFB=-0.0888274;REVB=0.126776;RO=33;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625864;STB=0.574349;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0642394;OID=.;OPOS=96649884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:71:33:51:9:13:0.183099:5:4:13:20:9:4:20:31 chr7 97488569 . A T 2846.65 PASS AF=0.994536;AO=180;DP=183;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=111;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169835;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.429;QD=62.2218;RBI=0.0395505;REFB=0.0180397;REVB=0.0357184;RO=1;SAF=71;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665794;STB=0.503496;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-6.69197e-05;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:183:1:1:180:182:0.994536:109:71:1:0:111:71:1:0 chr7 97498451 . C T 306.32 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0269325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.395;QD=27.2287;RBI=0.0302759;REFB=0.0137212;REVB=0.0138301;RO=17;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603127;STB=0.524572;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00665402;OID=.;OPOS=97498451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:18:9:7:10:18:9:7:11 chr7 97854393 . G A 1715.78 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0121639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.762;QD=59.6792;RBI=0.0187344;REFB=-0.0355609;REVB=0.0142485;RO=1;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072498;STB=0.503816;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000303231;OID=.;OPOS=97854393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:115:1:1:114:114:0.991304:65:49:0:1:65:49:0:1 chr7 97863145 . G A 1604.74 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.235;QD=59.9902;RBI=0.0278213;REFB=0;REVB=0.0254282;RO=0;SAF=29;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44027e-05;OID=.;OPOS=97863145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:104:107:1:75:29:0:0:75:32:0:0 chr7 97923436 . TAAAG T 439.77 PASS AF=0.413408;AO=74;DP=182;FAO=74;FDP=179;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=64;FWDB=0.0068093;FXX=0.0271724;HRUN=3;LEN=4;MLLD=271.077;QD=9.82722;RBI=0.00719871;REFB=-0.00523202;REVB=0.00233557;RO=96;SAF=26;SAR=48;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373245;STB=0.524797;STBP=0.585;TYPE=del;VARB=0.00740651;OID=.;OPOS=97923437;OREF=AAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413408:74:182:74:179:105:26:48:41:64:99:96:26:48:37:59 chr7 98258748 . A T 971.39 PASS AF=0.542857;AO=92;DP=172;FAO=95;FDP=175;FR=.;FRO=80;FSAF=85;FSAR=10;FSRF=74;FSRR=6;FWDB=-0.000959206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.5;QD=22.2031;RBI=0.00947056;REFB=-0.0213172;REVB=0.00942186;RO=75;SAF=83;SAR=9;SRF=71;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115128;STB=0.538975;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0157708;OID=.;OPOS=98258748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:175:75:80:92:95:0.542857:9:83:71:4:10:85:74:6 chr7 98460824 . C A 2825.79 PASS AF=0.963542;AO=185;DP=192;FAO=185;FDP=192;FR=.;FRO=7;FSAF=91;FSAR=94;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.100133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1021;QD=58.8706;RBI=0.100489;REFB=-0.068787;REVB=0.00845037;RO=7;SAF=91;SAR=94;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253222;STB=0.513313;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0158614;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:192:192:7:7:185:185:0.963542:94:91:6:1:94:91:6:1 chr7 98460971 . C T 389.6 PASS AF=0.322785;AO=51;DP=158;FAO=51;FDP=158;FR=.;FRO=107;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=0.0382307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.897;QD=9.86327;RBI=0.0390837;REFB=-0.00134931;REVB=0.00812088;RO=106;SAF=22;SAR=29;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696518;STB=0.537291;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0032967;OID=.;OPOS=98460971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:106:107:51:51:0.322785:29:22:52:54:29:22:52:55 chr7 98490114 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAAAT 41.3 PASS AF=0.0927152,0.0463576;AO=28,6;DP=156;FAO=14,7;FDP=151;FR=.;FRO=130;FSAF=8,0;FSAR=6,7;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=0.168473,0.15253;FXX=0.0382141;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.03221,22.4632;QD=1.09395;RBI=0.17058,0.15843;REFB=-0.0923496,-0.0423128;REVB=0.0267253,-0.0428332;RO=89;SAF=12,0;SAR=16,6;SRF=43;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.068637,-0.516572;STB=0.550825,0.998545;STBP=0.711,0.008;TYPE=del,snp;VARB=0.107249,0.134961;OID=.,.;OPOS=98490115,98490120;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0927152,0.0463576:28,6:156:14,7:151:130:8,0:6,7:67:63:20:89:12,0:16,6:43:46 chr7 98650051 . G C 1134.97 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1698;QD=60.5318;RBI=0.0672937;REFB=0;REVB=-0.028317;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236719;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr7 98782750 . C T 987.96 PASS AF=0.518919;AO=96;DP=185;FAO=96;FDP=185;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=30;FSRR=59;FWDB=-0.0179555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.208;QD=21.3614;RBI=0.0565141;REFB=-0.0254884;REVB=-0.0535858;RO=88;SAF=44;SAR=52;SRF=29;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114663;STB=0.55931;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0200382;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:88:89:96:96:0.518919:52:44:29:59:52:44:30:59 chr7 99306685 . C G 2257.28 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8124;QD=62.7021;RBI=0.0434379;REFB=-0.0475524;REVB=0.0352731;RO=1;SAF=87;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543467;STB=0.502824;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00148421;OID=.;OPOS=99306685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:144:1:1:142:143:0.993056:55:87:1:0:55:88:1:0 chr7 99361626 . A G 471.18 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0231802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.806;QD=15.9724;RBI=0.0239222;REFB=-0.00401367;REVB=0.00591182;RO=66;SAF=18;SAR=34;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232893;STB=0.630413;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00585559;OID=.;OPOS=99361626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:34:18:38:28:34:18:38:28 chr7 99500899 . T C 468.32 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0429738;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.575;QD=16.8764;RBI=0.0431971;REFB=-0.00224954;REVB=-0.00438643;RO=59;SAF=25;SAR=26;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113507;STB=0.557895;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00323891;OID=.;OPOS=99500899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:59:60:51:51:0.459459:26:25:22:37:26:25:23:37 chr7 99500911 . A G 470.4 PASS AF=0.46789;AO=50;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0141036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.811;QD=17.2625;RBI=0.0166788;REFB=-0.00119214;REVB=0.00890347;RO=59;SAF=23;SAR=27;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355617;STB=0.530423;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00135906;OID=.;OPOS=99500911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:58:50:51:0.46789:27:23:25:34:27:24:24:34 chr7 99569394 . G A 903.59 PASS AF=0.398467;AO=102;DP=258;FAO=104;FDP=261;FR=.;FRO=157;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=81;FSRR=76;FWDB=0.00305335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.564;QD=13.8481;RBI=0.0188632;REFB=-0.00698334;REVB=-0.0186145;RO=154;SAF=61;SAR=41;SRF=80;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858492;STB=0.555243;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00927378;OID=.;OPOS=99569394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:261:154:157:102:104:0.398467:41:61:80:74:41:63:81:76 chr7 99578411 . T C 554.37 PASS AF=0.266212;AO=78;DP=297;FAO=78;FDP=293;FR=.;FRO=215;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=97;FSRR=118;FWDB=-0.00426697;FXX=0.0134676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.55;QD=7.56824;RBI=0.00428003;REFB=-0.00592151;REVB=0.000334094;RO=218;SAF=46;SAR=32;SRF=97;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179388;STB=0.601229;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0133945;OID=.;OPOS=99578411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:293:218:215:78:78:0.266212:32:46:97:121:32:46:97:118 chr7 99580907 . C G 501.0 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.000605684;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.781;QD=18.3852;RBI=0.0227032;REFB=0.00281064;REVB=-0.0226951;RO=56;SAF=20;SAR=33;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836391;STB=0.546418;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00245131;OID=.;OPOS=99580907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:56:56:53:53:0.486239:33:20:26:30:33:20:26:30 chr7 99584265 . A G 30.7 PASS AF=0.263158;AO=7;DP=20;FAO=5;FDP=19;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.121484;FXX=0.0951928;HRUN=14;LEN=1;MLLD=155.661;QD=6.46384;RBI=0.127908;REFB=-0.00296316;REVB=-0.0400286;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196632;STB=0.516063;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00198161;OID=.;OPOS=99584265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:20:19:12:14:7:5:0.263158:4:3:3:9:4:1:3:11 chr7 99654689 . G A 136.76 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0776838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6338;QD=11.3963;RBI=0.11994;REFB=-0.00396634;REVB=0.0913827;RO=32;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180772;STB=0.621788;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.013559;OID=.;OPOS=99654689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:32:15:16:0.333333:11:4:13:19:12:4:13:19 chr7 99662511 . GTAGT G 263.06 PASS AF=0.326531;AO=30;DP=102;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0225635;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=288.234;QD=10.7371;RBI=0.023612;REFB=-0.00911767;REVB=-0.00695834;RO=63;SAF=13;SAR=17;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141283;STB=0.581699;STBP=0.265;TYPE=del;VARB=0.0168415;OID=.;OPOS=99662512;OREF=TAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326531:30:102:32:98:66:15:17:39:27:99:63:13:17:35:28 chr7 99691252 . C T 272.22 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.09516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4148;QD=17.284;RBI=0.131236;REFB=-0.0329713;REVB=0.090374;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453053;STB=0.525407;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0550834;OID=.;OPOS=99691252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:16:14:17:16:16:14:17:16 chr7 99693078 . G A 837.78 PASS AF=0.472527;AO=86;DP=183;FAO=86;FDP=182;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=0.0159047;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.294;QD=18.4128;RBI=0.0491177;REFB=-0.00387586;REVB=0.0464714;RO=97;SAF=39;SAR=47;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050007;STB=0.525247;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00426685;OID=.;OPOS=99693078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:97:96:86:86:0.472527:47:39:39:58:47:39:39:57 chr7 99711040 . G A 197.95 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0479486;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8107;QD=10.9975;RBI=0.0635732;REFB=-0.0135642;REVB=0.0417431;RO=46;SAF=12;SAR=13;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070742;STB=0.533824;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0266961;OID=.;OPOS=99711040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:46:47:25:25:0.347222:13:12:25:21:13:12:25:22 chr7 99747130 . G A 2715.07 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.788;QD=62.4153;RBI=0.0598738;REFB=0;REVB=0.0579764;RO=0;SAF=82;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48707e-05;OID=.;OPOS=99747130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:173:174:1:91:82:0:0:92:82:0:0 chr7 99751281 . G T 612.86 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6088;QD=61.286;RBI=0.0596934;REFB=0;REVB=-0.0596733;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000882124;OID=.;OPOS=99751281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr7 99752121 . CAAAAAAAAAAAAAT CAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAAATT,CAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAATAAAA 373.83 PASS AF=0.375,0,0.234375,0.390625;AO=17,4,9,3;DP=69;FAO=24,0,15,25;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,1,25;FSAR=24,0,14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113235,0.2641,-0.0425798,0.00759452;FXX=0.111096;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,1,2,5;MLLD=3.6929,10.1299,9.19126,187.238;QD=23.3641;RBI=0.449288,0.358111,0.142984,0.0360112;REFB=0.0175084,0.0219262,0.0309057,0.0166641;REVB=-0.434784,-0.241857,-0.136497,-0.0352013;RO=1;SAF=0,0,1,3;SAR=17,4,8,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0.0524171,0.727144;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,mnp;VARB=-0.365953,0,0.156904,0.0022692;OID=.,.,.,.;OPOS=99752122,99752134,99752122,99752131;OREF=A,A,AA,AAAAT;OALT=-,T,-,TAAAA;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAAATT,CAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAATAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.375,0,0.234375,0.390625:17,4,9,3:69:24,0,15,25:64:0:0,0,1,25:24,0,14,0:0:0:99:1:0,0,1,3:17,4,8,0:0:1 chr7 99757612 . G A 1513.35 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.062;QD=59.9346;RBI=0.0542616;REFB=0;REVB=0.0509162;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100032;OID=.;OPOS=99757612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:47:54:0:0:47:54:0:0 chr7 99757655 . G A 606.71 PASS AF=0.427673;AO=68;DP=159;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.00487333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8551;QD=15.2631;RBI=0.00772672;REFB=-0.00340194;REVB=0.00599607;RO=90;SAF=33;SAR=35;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489388;STB=0.524119;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00369194;OID=.;OPOS=99757655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:90:91:68:68:0.427673:35:33:48:42:35:33:48:43 chr7 99758136 . T G 1171.46 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.388;QD=60.8552;RBI=0.0296676;REFB=0;REVB=-0.0124652;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.05911e-05;OID=.;OPOS=99758136;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:50:26:0:0:50:27:0:0 chr7 99768957 . C T 3918.62 PASS AF=0.502591;AO=384;DP=768;FAO=388;FDP=772;FR=.;FRO=384;FSAF=169;FSAR=219;FSRF=167;FSRR=217;FWDB=0.0112819;FXX=0.00129364;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9978;QD=20.3037;RBI=0.0357117;REFB=-0.00812245;REVB=0.0338828;RO=382;SAF=168;SAR=216;SRF=167;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000303415;STB=0.50034;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00780031;OID=.;OPOS=99768957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:768:772:382:384:384:388:0.502591:216:168:167:215:219:169:167:217 chr7 99772298 . A C 2353.94 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032333;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.403;QD=61.1414;RBI=0.0437238;REFB=0;REVB=0.0294338;RO=0;SAF=69;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01109e-05;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:142:154:0:0:141:154:1:72:69:0:0:83:71:0:0 chr7 99778227 . G T 782.94 PASS AF=0.419048;AO=86;DP=209;FAO=88;FDP=210;FR=.;FRO=122;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=0.00274677;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.18;QD=14.9132;RBI=0.0168923;REFB=-0.0100366;REVB=-0.0166675;RO=122;SAF=45;SAR=41;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00720369;STB=0.510313;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.014101;OID=.;OPOS=99778227;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:122:122:86:88:0.419048:41:45:63:59:41:47:63:59 chr7 99778285 . A C 622.28 PASS AF=0.412791;AO=64;DP=164;FAO=71;FDP=172;FR=.;FRO=101;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=0.0589789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.264;QD=14.4715;RBI=0.0589824;REFB=-0.00472463;REVB=-0.000650078;RO=100;SAF=28;SAR=36;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110693;STB=0.53027;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0063174;OID=.;OPOS=99778285;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:172:100:101:64:71:0.412791:36:28:54:46:36:35:55:46 chr7 99796146 . A C 3997.96 PASS AF=1;AO=232;DP=238;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301986;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.061;QD=61.5071;RBI=0.0305753;REFB=0.0126063;REVB=-0.0047848;RO=1;SAF=109;SAR=123;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15823e-05;OID=.;OPOS=99796146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:238:260:1:0:232:260:1:123:109:0:1:129:131:0:0 chr7 99799845 . T A 823.48 PASS AF=0.414414;AO=91;DP=222;FAO=92;FDP=222;FR=.;FRO=130;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=60;FSRR=70;FWDB=-0.0025428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.118;QD=14.8375;RBI=0.0051434;REFB=0.00140594;REVB=0.00447088;RO=125;SAF=43;SAR=48;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886897;STB=0.503443;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00192554;OID=.;OPOS=99799845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:125:130:91:92:0.414414:48:43:58:67:49:43:60:70 chr7 99816272 . A G 808.56 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287136;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8293;QD=55.763;RBI=0.0750405;REFB=0;REVB=0.0693297;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217872;OID=.;OPOS=99816272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:55:58:1:20:35:0:0:23:35:0:0 chr7 99816274 . CG C,CC 823.51 PASS AF=0.0517241,0.948276;AO=9,49;DP=59;FAO=3,55;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=3,33;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273172,0.0284666;FXX=0.0169463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.619,228.444;QD=56.7939;RBI=0.0438821,0.0396194;REFB=0,0;REVB=0.0343426,0.0275563;RO=0;SAF=7,29;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.069177,-0.00140356;OID=.,.;OPOS=99816275,99816275;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0517241,0.948276:9,49:59:3,55:58:0:3,33:0,22:0:0:8:0:7,29:2,20:0:0 chr7 99817585 . G T 1938.1 PASS AF=0.448802;AO=206;DP=460;FAO=206;FDP=459;FR=.;FRO=253;FSAF=66;FSAR=140;FSRF=96;FSRR=157;FWDB=0.00252781;FXX=0.00217387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.844;QD=16.8898;RBI=0.00955823;REFB=0.000422774;REVB=-0.00921792;RO=249;SAF=66;SAR=140;SRF=94;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632396;STB=0.536395;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.000491603;OID=.;OPOS=99817585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:460:459:249:253:206:206:0.448802:140:66:94:155:140:66:96:157 chr7 99817859 . A G 354.96 PASS AF=0.62963;AO=21;DP=45;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0526199;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5421;QD=26.2932;RBI=0.0630466;REFB=0.00417594;REVB=-0.0347278;RO=12;SAF=18;SAR=3;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230098;STB=0.55749;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00305186;OID=.;OPOS=99817859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:54:12:20:21:34:0.62963:3:18:12:0:9:25:17:3 chr7 99821685 . C T 393.44 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.00219352;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.971;QD=14.9884;RBI=0.0121953;REFB=-0.0217138;REVB=-0.0119964;RO=58;SAF=16;SAR=29;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441917;STB=0.517139;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.027765;OID=.;OPOS=99821685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:58:60:45:45:0.428571:29:16:23:35:29:16:23:37 chr7 99917416 . G A 180.76 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0121692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.513;QD=13.9044;RBI=0.0152501;REFB=-0.00562197;REVB=-0.00919102;RO=31;SAF=15;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456226;STB=0.52629;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00983253;OID=.;OPOS=99917416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:6:15:21:10:6:15:21:10 chr7 99954393 . G A 741.8 PASS AF=0.42439;AO=80;DP=199;FAO=87;FDP=205;FR=.;FRO=118;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=70;FWDB=0.07473;FXX=0.0144224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0311;QD=14.4742;RBI=0.077596;REFB=-0.0378061;REVB=0.0208941;RO=103;SAF=28;SAR=52;SRF=35;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113653;STB=0.502678;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.041443;OID=.;OPOS=99954393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:205:103:118:80:87:0.42439:52:28:35:68:52:35:48:70 chr7 99954457 . G T 603.53 PASS AF=0.401163;AO=69;DP=172;FAO=69;FDP=172;FR=.;FRO=103;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=66;FWDB=0.0342237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.803;QD=14.0356;RBI=0.0342277;REFB=0.00120098;REVB=0.000520542;RO=101;SAF=21;SAR=48;SRF=37;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746238;STB=0.537648;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00171521;OID=.;OPOS=99954457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:101:103:69:69:0.401163:48:21:37:64:48:21:37:66 chr7 99955866 . G A 843.87 PASS AF=0.405172;AO=94;DP=234;FAO=94;FDP=232;FR=.;FRO=138;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=91;FSRR=47;FWDB=0.00150388;FXX=0.00854664;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.447;QD=14.5496;RBI=0.0101338;REFB=-0.0119544;REVB=0.0100216;RO=130;SAF=55;SAR=39;SRF=86;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083292;STB=0.54623;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.01879;OID=.;OPOS=99955866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:232:130:138:94:94:0.405172:39:55:86:44:39:55:91:47 chr7 99956444 . A G 32.08 PASS AF=0.0659898;AO=13;DP=197;FAO=13;FDP=197;FR=.;FRO=184;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=120;FWDB=0.027618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.341;QD=0.651467;RBI=0.051268;REFB=0.000317135;REVB=0.0431933;RO=184;SAF=5;SAR=8;SRF=64;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425462;STB=0.536857;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00440782;OID=.;OPOS=99956444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:197:197:184:184:13:13:0.0659898:8:5:64:120:8:5:64:120 chr7 99957128 . GCCT G 242.83 PASS AF=0.405941;AO=39;DP=93;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00511158;FXX=0.0288434;HRUN=2;LEN=3;MLLD=164.759;QD=9.61717;RBI=0.0143852;REFB=-0.0313957;REVB=-0.0134464;RO=45;SAF=15;SAR=24;SRF=18;SRR=27;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=-0.0154957;STB=0.521594;STBP=0.718;TYPE=del;VARB=0.0488093;OID=.;OPOS=99957129;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405941:39:93:41:101:60:15:26:24:36:99:45:15:24:18:27 chr7 99971313 . T C 1893.15 PASS AF=0.570093;AO=161;DP=298;FAO=183;FDP=321;FR=.;FRO=138;FSAF=85;FSAR=98;FSRF=64;FSRR=74;FWDB=0.0283173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1234;QD=23.5907;RBI=0.0893229;REFB=-0.0202932;REVB=0.0847154;RO=137;SAF=74;SAR=87;SRF=62;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00601287;STB=0.500308;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0216101;OID=.;OPOS=99971313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:321:137:138:161:183:0.570093:87:74:62:75:98:85:64:74 chr7 99971834 . A G 3243.94 PASS AF=0.608879;AO=289;DP=474;FAO=288;FDP=473;FR=.;FRO=185;FSAF=92;FSAR=196;FSRF=60;FSRR=125;FWDB=0.00321736;FXX=0.00421044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.902;QD=27.4329;RBI=0.00516654;REFB=-0.0131807;REVB=0.00404248;RO=185;SAF=92;SAR=197;SRF=60;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498541;STB=0.502191;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00822099;OID=.;OPOS=99971834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:474:473:185:185:289:288:0.608879:197:92:60:125:196:92:60:125 chr7 99972122 . A G 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0211612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.253;QD=19.1095;RBI=0.0468336;REFB=-0.0199669;REVB=0.0417802;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162503;STB=0.509084;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0188849;OID=.;OPOS=99972122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:13:13:13:14:13:13 chr7 100017454 . G A 1055.19 PASS AF=0.441767;AO=110;DP=250;FAO=110;FDP=249;FR=.;FRO=139;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=55;FSRR=84;FWDB=0.0111723;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.891;QD=16.9509;RBI=0.0124276;REFB=0.00286789;REVB=0.00544292;RO=139;SAF=55;SAR=55;SRF=55;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105033;STB=0.558222;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00319989;OID=.;OPOS=100017454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:249:139:139:110:110:0.441767:55:55:55:84:55:55:55:84 chr7 100028187 . C T 175.48 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00263938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3825;QD=13.763;RBI=0.0256446;REFB=-0.00436807;REVB=0.0255084;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124398;STB=0.571361;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0074728;OID=.;OPOS=100028187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:8:12:22:9:8:12:22:9 chr7 100028484 . T C 365.31 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0516057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.064;QD=18.7336;RBI=0.0533046;REFB=-0.0145968;REVB=-0.0133504;RO=40;SAF=21;SAR=16;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20044;STB=0.61594;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.017623;OID=.;OPOS=100028484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:40:37:38:0.487179:16:21:14:26:16:22:14:26 chr7 100031612 . G A 592.2 PASS AF=0.351759;AO=70;DP=199;FAO=70;FDP=199;FR=.;FRO=129;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=72;FWDB=0.000344168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.441;QD=11.9036;RBI=0.00749864;REFB=-0.0123831;REVB=-0.00749073;RO=125;SAF=39;SAR=31;SRF=55;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131481;STB=0.57441;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0235682;OID=.;OPOS=100031612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:125:129:70:70:0.351759:31:39:55:70:31:39:57:72 chr7 100064719 . A G 601.07 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.00282716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.805;QD=18.4945;RBI=0.0122361;REFB=0.00163182;REVB=-0.011905;RO=68;SAF=41;SAR=21;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600414;STB=0.533322;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00213544;OID=.;OPOS=100064719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:68:68:62:62:0.476923:21:41:41:27:21:41:41:27 chr7 100065443 . AC CA,GA,TC 475.38 PASS AF=0,0,0.515464;AO=4,5,42;DP=101;FAO=0,0,50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=0,0,23;FSAR=0,0,27;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.145855,-0.00397776,0.0110992;FXX=0.0848977;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=33.0527,52.0993,90.8341;QD=19.6033;RBI=0.153723,0.0528724,0.0427311;REFB=0.00450885,0.0113344,-0.0198874;REVB=-0.0485501,-0.0527225,0.0412645;RO=44;SAF=0,1,22;SAR=4,4,20;SRF=21;SRR=23;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.544188,-0.323915,0.0428096;STB=0.5,0.5,0.503939;STBP=1,1,0.95;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0,0,0.0142456;OID=.,.,.;OPOS=100065443,100065443,100065443;OREF=AC,AC,A;OALT=CA,GA,T;OMAPALT=CA,GA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:101:97:44:47:4,5,42:0,0,50:0,0,0.515464:4,4,20:0,1,22:21:23:0,0,27:0,0,23:22:25 chr7 100072031 . T C 401.17 PASS AF=0.443299;AO=39;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.000696042;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.343;QD=16.5431;RBI=0.00383785;REFB=-0.0153779;REVB=-0.00377421;RO=47;SAF=21;SAR=18;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892296;STB=0.537339;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0202249;OID=.;OPOS=100072031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:54:39:43:0.443299:18:21:21:26:21:22:24:30 chr7 100088640 . C G 1548.65 PASS AF=0.459538;AO=159;DP=347;FAO=159;FDP=346;FR=.;FRO=187;FSAF=73;FSAR=86;FSRF=95;FSRR=92;FWDB=0.040987;FXX=0.00288176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3626;QD=17.9035;RBI=0.07569;REFB=-0.0100983;REVB=0.0636322;RO=188;SAF=73;SAR=86;SRF=95;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454406;STB=0.526489;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0142096;OID=.;OPOS=100088640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:346:188:187:159:159:0.459538:86:73:95:93:86:73:95:92 chr7 100160264 . T C 406.62 PASS AF=0.461538;AO=41;DP=92;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00524228;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.662;QD=17.8734;RBI=0.0221977;REFB=-0.0454083;REVB=-0.0215698;RO=47;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827698;STB=0.549427;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0382865;OID=.;OPOS=100160264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:47:49:41:42:0.461538:20:21:20:27:21:21:20:29 chr7 100175473 . T C,G 735.09 PASS AF=0.981132,0.0188679;AO=41,4;DP=45;FAO=52,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38,1;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010417,0.00845515;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.535,102.078;QD=55.4782;RBI=0.0764237,0.0353066;REFB=0,0;REVB=0.0757105,0.0342792;RO=0;SAF=35,2;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.02085e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00174217,-0.0293985;OID=.,.;OPOS=100175473,100175473;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:45:53:0:0:41,4:52,1:0.981132,0.0188679:6,2:35,2:0:0:14,0:38,1:0:0 chr7 100198386 . C T 991.92 PASS AF=0.518919;AO=96;DP=185;FAO=96;FDP=185;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.00682142;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.841;QD=21.4468;RBI=0.00685498;REFB=-0.0133895;REVB=-0.000677488;RO=88;SAF=34;SAR=62;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102923;STB=0.55974;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0138907;OID=.;OPOS=100198386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:88:89:96:96:0.518919:62:34:41:47:62:34:42:47 chr7 100200112 . GCC G,GCT 3928.45 PASS AF=0.956656,0.0433437;AO=49,16;DP=317;FAO=309,14;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=90,14;FSAR=219,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014354,-0.0653815;FXX=0.0152434;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=17.3252,208.777;QD=48.6496;RBI=0.910712,0.0948917;REFB=0.0992678,0.128686;REVB=0.910711,0.0687728;RO=204;SAF=49,16;SAR=0,0;SRF=5;SRR=199;SSEN=0.4,0;SSEP=0.509542,0;SSSB=0.90307,0.885662;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00504184,0.192467;OID=.,.;OPOS=100200113,100200114;OREF=CC,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.956656,0.0433437:49,16:317:309,14:323:0:90,14:219,0:0:0:16:204:49,16:0,0:5:199 chr7 100212754 . C T 505.04 PASS AF=0.402878;AO=49;DP=133;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=0.026498;FXX=0.0279701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.034;QD=14.5336;RBI=0.0414303;REFB=-0.0217574;REVB=0.0318485;RO=75;SAF=9;SAR=40;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283217;STB=0.558665;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0279594;OID=.;OPOS=100212754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:139:75:83:49:56:0.402878:40:9:29:46:41:15:29:54 chr7 100225031 . G A 597.83 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=152;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0578681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9382;QD=15.7323;RBI=0.085739;REFB=-0.0195435;REVB=0.063265;RO=86;SAF=32;SAR=34;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792551;STB=0.544204;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0292289;OID=.;OPOS=100225031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:86:86:66:66:0.434211:34:32:35:51:34:32:35:51 chr7 100276038 . C T 572.31 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0231747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.508;QD=20.8111;RBI=0.0235627;REFB=-0.0118584;REVB=0.00425839;RO=51;SAF=26;SAR=32;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526063;STB=0.533657;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0109247;OID=.;OPOS=100276038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:51:52:58:58:0.527273:32:26:26:25:32:26:27:25 chr7 100277725 . TGGGGGC TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC 663.51 PASS AF=1,0,0;AO=33,13,10;DP=89;FAO=71,0,0;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0,0;FSAR=30,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573058,0.166083,0.258152;FXX=0.211088;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=17.6647,9.59845,5.11631;QD=37.3808;RBI=0.222424,0.184202,0.29034;REFB=-0.0114123,-0.0219887,-0.0226606;REVB=0.214915,0.0796663,-0.132873;RO=8;SAF=24,10,10;SAR=9,3,0;SRF=3;SRR=5;SSEN=0.326531,0.326531,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.1481,0.301495,0.815247;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0311471,0.0387758,0;OID=.,.,.;OPOS=100277730,100277726,100277730;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:33,13,10:89:71,0,0:71:0:41,0,0:30,0,0:0:0:4:8:24,10,10:9,3,0:3:5 chr7 100278657 . A G 1360.82 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157771;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.313;QD=62.5664;RBI=0.0265108;REFB=0;REVB=-0.021305;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10935e-05;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:45:41:0:0:46:41:0:0 chr7 100281768 . T C 1418.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0739151;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.367;QD=63.041;RBI=0.0887712;REFB=0;REVB=0.0491618;RO=0;SAF=31;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34993e-05;OID=.;OPOS=100281768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:59:31:0:0:59:31:0:0 chr7 100285476 . C T 2301.1 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.645;QD=60.1594;RBI=0.0267922;REFB=-0.0687231;REVB=0.013996;RO=0;SAF=65;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502857;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000224443;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:0:1:152:152:0.993464:87:65:0:0:87:65:0:1 chr7 100348384 . T C 2535.41 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224463;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0622;QD=61.8393;RBI=0.0306971;REFB=0;REVB=-0.0209398;RO=0;SAF=87;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.76295e-05;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:77:87:0:0:77:87:0:0 chr7 100371358 . G A 1993.92 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299395;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.503;QD=62.3101;RBI=0.0495794;REFB=0;REVB=0.0395189;RO=0;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100028;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:59:69:0:0:59:69:0:0 chr7 100371474 . G A 1332.31 PASS AF=1;AO=83;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114979;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7598;QD=61.9679;RBI=0.115602;REFB=0;REVB=-0.0119835;RO=1;SAF=44;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328351;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:1:0:83:86:1:39:44:1:0:41:45:0:0 chr7 100371476 . T G,TG 1264.33 PASS AF=0.0240964,0.975904;AO=4,73;DP=86;FAO=2,81;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,44;FSAR=2,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407087,0.0500338;FXX=0.0119033;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=212.314,236.67;QD=60.9315;RBI=0.0414969,0.0554726;REFB=0,0;REVB=0.00804957,0.0239546;RO=3;SAF=0,40;SAR=4,33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.705357,0.0161294;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0214059,0.00107514;OID=.,.;OPOS=100371476,100371477;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:86:83:3:0:4,73:2,81:0.0240964,0.975904:4,33:0,40:1:2:2,37:0,44:0:0 chr7 100373077 . C G 1179.38 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192151;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9542;QD=61.2665;RBI=0.0202405;REFB=0;REVB=0.00636064;RO=0;SAF=20;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56014e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357721;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:57:20:0:0:57:20:0:0 chr7 100373367 . G C 1554.42 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748252;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.522;QD=64.0997;RBI=0.00772188;REFB=0;REVB=0.00190767;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312184;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr7 100383685 . T C 847.99 PASS AF=0.415929;AO=94;DP=227;FAO=94;FDP=226;FR=.;FRO=132;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=57;FSRR=75;FWDB=-0.0331104;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.737;QD=15.0086;RBI=0.0331954;REFB=0.000271052;REVB=-0.00237472;RO=132;SAF=35;SAR=59;SRF=57;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651473;STB=0.536462;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.000540953;OID=.;OPOS=100383685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:132:132:94:94:0.415929:59:35:57:75:59:35:57:75 chr7 100386900 . T C 2404.92 PASS AF=1;AO=146;DP=149;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9863;QD=58.6566;RBI=0.0220377;REFB=0;REVB=0.0171125;RO=0;SAF=100;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314138;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:149:164:0:0:146:164:1:46:100:0:0:52:112:0:0 chr7 100386901 . G C 57.48 PASS AF=0.0969697;AO=15;DP=164;FAO=16;FDP=165;FR=.;FRO=149;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=101;FSRR=48;FWDB=-0.0265095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.226;QD=1.39355;RBI=0.0466565;REFB=-0.0353591;REVB=0.0383937;RO=149;SAF=11;SAR=4;SRF=101;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771379;STB=0.510049;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0207061;OID=.;OPOS=100386901;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:164:165:149:149:15:16:0.0969697:4:11:101:48:5:11:101:48 chr7 100391644 . T C 6171.12 PASS AF=1;AO=387;DP=388;FAO=387;FDP=387;FR=.;FRO=0;FSAF=195;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692372;FXX=0.00257725;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.092;QD=63.7842;RBI=0.0104951;REFB=0;REVB=-0.00788726;RO=0;SAF=195;SAR=192;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16514e-05;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:388:387:0:0:387:387:1:192:195:0:0:192:195:0:0 chr7 100411278 . T C 1415.57 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0188109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0336;QD=61.5465;RBI=0.0218544;REFB=-0.0371679;REVB=0.0111249;RO=0;SAF=21;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.30867e-08;STB=0.511625;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000265428;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:92:0:1:89:91:0.98913:68:21:0:0:70:21:1:0 chr7 100416139 . T C 2219.71 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00234244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.39;QD=62.5271;RBI=0.018037;REFB=-0.0639294;REVB=0.0178843;RO=1;SAF=37;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045506;STB=0.502392;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000584318;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:104:37:0:1:104:37:0:1 chr7 100416250 . A G 2511.16 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.488;QD=61.6235;RBI=0.0237908;REFB=0;REVB=-0.0159177;RO=0;SAF=75;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12551e-05;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:88:75:0:0:88:75:0:0 chr7 100424587 . G C 3640.22 PASS AF=1;AO=194;DP=200;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.479;QD=63.0341;RBI=0.161028;REFB=0;REVB=0.0479413;RO=0;SAF=27;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84045e-06;OID=.;OPOS=100424587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:200:231:0:0:194:231:1:167:27:0:0:199:32:0:0 chr7 100458795 . T C 4449.25 PASS AF=1;AO=281;DP=281;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.976;QD=63.3345;RBI=0.0306888;REFB=0;REVB=0.0289333;RO=0;SAF=121;SAR=160;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.292e-05;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:281:281:0:0:281:281:1:160:121:0:0:160:121:0:0 chr7 100460331 . G A 1374.49 PASS AF=0.5;AO=137;DP=277;FAO=137;FDP=274;FR=.;FRO=137;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=66;FSRR=71;FWDB=-0.0160039;FXX=0.0108299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.069;QD=20.0655;RBI=0.0500433;REFB=0.00156547;REVB=-0.0474153;RO=133;SAF=59;SAR=78;SRF=64;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460024;STB=0.525858;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.00173348;OID=.;OPOS=100460331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:274:133:137:137:137:0.5:78:59:64:69:78:59:66:71 chr7 100465761 . C CG 204.0 PASS AF=0.175676;AO=105;DP=536;FAO=91;FDP=518;FR=.;FRO=427;FSAF=72;FSAR=19;FSRF=192;FSRR=235;FWDB=-0.0705104;FXX=0.0114502;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.4951;QD=1.57527;RBI=0.0746382;REFB=-0.018369;REVB=-0.0244772;RO=412;SAF=83;SAR=22;SRF=182;SRR=230;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456741;STB=0.784695;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0201031;OID=.;OPOS=100465762;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175676:105:536:91:518:427:72:19:192:235:99:412:83:22:182:230 chr7 100466441 . G A 2754.1 PASS AF=0.493761;AO=276;DP=564;FAO=277;FDP=561;FR=.;FRO=284;FSAF=123;FSAR=154;FSRF=133;FSRR=151;FWDB=-0.0165381;FXX=0.00883377;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.377;QD=19.6371;RBI=0.0177038;REFB=-0.0200788;REVB=0.00631792;RO=278;SAF=122;SAR=154;SRF=130;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237207;STB=0.512405;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0218053;OID=.;OPOS=100466441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:561:278:284:276:277:0.493761:154:122:130:148:154:123:133:151 chr7 100468284 . A G 5487.86 PASS AF=1;AO=347;DP=360;FAO=353;FDP=353;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018913;FXX=0.02216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3355;QD=62.1854;RBI=0.0674958;REFB=0;REVB=-0.0647918;RO=1;SAF=131;SAR=216;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362818;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137297;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:360:353:1:0:347:353:1:216:131:1:0:217:136:0:0 chr7 100482026 . T C 1044.25 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5004;QD=59.6712;RBI=0.0950942;REFB=0;REVB=-0.0946533;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000764508;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr7 100486656 . T G 2178.1 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1807;QD=63.1334;RBI=0.0223883;REFB=0;REVB=0.0118234;RO=0;SAF=34;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01242e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74959e-05;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:103:34:0:0:104:34:0:0 chr7 100494222 . G GC 5066.02 PASS AF=1;AO=402;DP=427;FAO=417;FDP=417;FR=.;FRO=0;FSAF=187;FSAR=230;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119339;FXX=0.0141841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.1724;QD=48.5949;RBI=0.0120158;REFB=0;REVB=-0.0014001;RO=11;SAF=179;SAR=223;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.50023e-05;OID=.;OPOS=100494223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:402:427:417:417:0:187:230:0:0:90:11:179:223:4:7 chr7 100549505 . T C 72.01 PASS AF=0.145833;AO=14;DP=95;FAO=14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0107981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.899;QD=3.00032;RBI=0.0215993;REFB=-0.00271681;REVB=-0.0187064;RO=81;SAF=9;SAR=5;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216339;STB=0.642653;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0190443;OID=.;OPOS=100549505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:95:96:81:82:14:14:0.145833:5:9:38:43:5:9:39:43 chr7 100549512 . A T 49.71 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0313563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.746;QD=2.13825;RBI=0.0378268;REFB=-0.000481141;REVB=-0.0211576;RO=81;SAF=6;SAR=5;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107094;STB=0.582376;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0075081;OID=.;OPOS=100549512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:81:82:11:11:0.11828:5:6:37:44:5:6:37:45 chr7 100549516 . C A 42.84 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0386264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.95;QD=1.84237;RBI=0.0456705;REFB=-0.00778432;REVB=0.024368;RO=78;SAF=6;SAR=4;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224347;STB=0.635328;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0586312;OID=.;OPOS=100549516;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:89:93:78:83:10:10:0.107527:4:6:32:46:4:6:37:46 chr7 100549527 . A G 30.83 PASS AF=0.0888889;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=90;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0212171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.759;QD=1.37026;RBI=0.0284679;REFB=-0.00545129;REVB=-0.0189804;RO=82;SAF=3;SAR=5;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880557;STB=0.571248;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0483444;OID=.;OPOS=100549527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:90:90:82:82:8:8:0.0888889:5:3:37:45:5:3:37:45 chr7 100549573 . G T 49.71 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0364024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.933;QD=2.138;RBI=0.0419224;REFB=-0.00460053;REVB=-0.020793;RO=82;SAF=6;SAR=5;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989854;STB=0.571855;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0325251;OID=.;OPOS=100549573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:82:82:11:11:0.11828:5:6:38:44:5:6:38:44 chr7 100549583 . G A 105.5 PASS AF=0.178218;AO=18;DP=101;FAO=18;FDP=101;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0290641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.133;QD=4.17802;RBI=0.0328875;REFB=-0.000783482;REVB=0.0153905;RO=83;SAF=13;SAR=5;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322333;STB=0.709909;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0034092;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:83:83:18:18:0.178218:5:13:39:44:5:13:39:44 chr7 100549592 . TT AA 153.13 PASS AF=0.227723;AO=23;DP=102;FAO=23;FDP=101;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00577936;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=2;MLLD=196.058;QD=6.06465;RBI=0.0227219;REFB=0.00415061;REVB=0.0219747;RO=72;SAF=16;SAR=7;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281806;STB=0.682766;STBP=0.047;TYPE=mnp;VARB=-0.0126764;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:72:78:23:23:0.227723:7:16:34:38:7:16:36:42 chr7 100549650 . A G 850.48 PASS AF=0.480663;AO=87;DP=181;FAO=87;FDP=181;FR=.;FRO=94;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.0128696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.212;QD=18.7952;RBI=0.0312101;REFB=-0.0185255;REVB=0.0284332;RO=93;SAF=54;SAR=33;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12114;STB=0.564469;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0114529;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:93:94:87:87:0.480663:33:54:46:47:33:54:47:47 chr7 100549697 . A G 1067.06 PASS AF=0.482301;AO=109;DP=226;FAO=109;FDP=226;FR=.;FRO=117;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=0.00728819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.086;QD=18.886;RBI=0.0082593;REFB=-0.00849731;REVB=0.00388567;RO=117;SAF=63;SAR=46;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700995;STB=0.538631;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0175663;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:117:117:109:109:0.482301:46:63:59:58:46:63:59:58 chr7 100549703 . C T 1060.86 PASS AF=0.471861;AO=109;DP=231;FAO=109;FDP=231;FR=.;FRO=122;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=0.0283759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.698;QD=18.3698;RBI=0.0283763;REFB=-0.015517;REVB=0.000157359;RO=121;SAF=61;SAR=48;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454039;STB=0.523034;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0299294;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:121:122:109:109:0.471861:48:61:62:59:48:61:63:59 chr7 100549787 . CA TG 512.98 PASS AF=0.391026;AO=59;DP=157;FAO=61;FDP=156;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=60;FWDB=0.0158718;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.732;QD=13.1533;RBI=0.0158967;REFB=-0.00584847;REVB=0.000890651;RO=95;SAF=31;SAR=28;SRF=35;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170357;STB=0.594418;STBP=0.076;TYPE=mnp;VARB=0.0101331;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:95:95:59:61:0.391026:28:31:35:60:29:32:35:60 chr7 100549840 . C T 143.4 PASS AF=0.216981;AO=23;DP=106;FAO=23;FDP=106;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=-0.0102502;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.277;QD=5.4113;RBI=0.0189786;REFB=-0.00664808;REVB=-0.0159725;RO=83;SAF=13;SAR=10;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267955;STB=0.664403;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0281436;OID=.;OPOS=100549840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:83:83:23:23:0.216981:10:13:29:54:10:13:29:54 chr7 100549873 . G A 104.17 PASS AF=0.217949;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0459075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.1;QD=5.34192;RBI=0.0477736;REFB=-0.00267503;REVB=0.0132218;RO=54;SAF=10;SAR=7;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197753;STB=0.575668;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00764697;OID=.;OPOS=100549873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:78:54:61:17:17:0.217949:7:10:23:31:7:10:30:31 chr7 100549884 . C T 73.18 PASS AF=0.180556;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0239308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.048;QD=4.06569;RBI=0.0368999;REFB=-0.00148133;REVB=-0.0280878;RO=59;SAF=5;SAR=8;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175656;STB=0.615207;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00896758;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:59:59:13:13:0.180556:8:5:31:28:8:5:31:28 chr7 100549894 . T C 91.51 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00922932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.771;QD=5.15556;RBI=0.0093652;REFB=-0.00347932;REVB=-0.0015895;RO=54;SAF=6;SAR=9;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147249;STB=0.579439;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00999354;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:54:56:15:15:0.211268:9:6:28:26:9:6:28:28 chr7 100549896 . G C 88.55 PASS AF=0.2;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.025658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.253;QD=4.72279;RBI=0.0421079;REFB=-0.00319424;REVB=-0.0333878;RO=58;SAF=6;SAR=9;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146443;STB=0.606242;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0090537;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:74:75:58:60:15:15:0.2:9:6:30:28:9:6:32:28 chr7 100549902 . C T 116.52 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.01075;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.1647;QD=5.97559;RBI=0.0166481;REFB=-0.00998789;REVB=-0.012712;RO=60;SAF=8;SAR=10;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109883;STB=0.568106;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0242454;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:60:60:18:18:0.230769:10:8:32:28:10:8:32:28 chr7 100549914 . G A 187.4 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0127518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.151;QD=8.81884;RBI=0.0156292;REFB=-0.00587645;REVB=-0.00903686;RO=57;SAF=13;SAR=12;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544619;STB=0.525849;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0127439;OID=.;OPOS=100549914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:57:60:25:25:0.294118:12:13:27:30:12:13:29:31 chr7 100549935 . T G 196.3 PASS AF=0.292135;AO=26;DP=89;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00778277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.453;QD=8.82258;RBI=0.012425;REFB=-0.0130433;REVB=-0.00968545;RO=63;SAF=15;SAR=11;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138905;STB=0.582335;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0457337;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:63:63:26:26:0.292135:11:15:29:34:11:15:29:34 chr7 100549942 . T C 219.78 PASS AF=0.314607;AO=27;DP=88;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00792224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.103;QD=9.87755;RBI=0.00923973;REFB=0.00203296;REVB=0.00475507;RO=61;SAF=15;SAR=12;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751869;STB=0.554799;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00413035;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:61:61:27:28:0.314607:12:15:30:31:12:16:30:31 chr7 100549979 . C T 351.89 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.015815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.862;QD=15.6395;RBI=0.0158152;REFB=-0.00948292;REVB=-8.14416e-05;RO=51;SAF=22;SAR=16;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909388;STB=0.546075;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0137069;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:52:38:38:0.422222:16:22:25:26:16:22:26:26 chr7 100550032 . C CCCT 264.84 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00971239;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=230.419;QD=13.0787;RBI=0.0131977;REFB=-0.0185536;REVB=0.00893587;RO=53;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120035;STB=0.58659;STBP=0.217;TYPE=ins;VARB=0.0284855;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382716:31:84:31:81:50:18:13:22:28:99:53:18:13:25:28 chr7 100550079 . A C 387.06 PASS AF=0.528571;AO=34;DP=98;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0498066;FXX=0.2929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.479;QD=22.1174;RBI=0.0499337;REFB=-0.0305351;REVB=-0.00356023;RO=33;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149101;STB=0.580601;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0180183;OID=.;OPOS=100550079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:70:33:33:34:37:0.528571:12:22:16:17:13:24:16:17 chr7 100550133 . A G 174.67 PASS AF=0.282353;AO=23;DP=84;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=54;FWDB=-0.0311502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.15;QD=8.21969;RBI=0.0476314;REFB=-0.0126982;REVB=0.0360335;RO=61;SAF=5;SAR=18;SRF=7;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214545;STB=0.615434;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0460379;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:61:61:23:24:0.282353:18:5:7:54:19:5:7:54 chr7 100550138 . C T 185.46 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=56;FWDB=0.00609281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.186;QD=8.4301;RBI=0.0147196;REFB=0.0111407;REVB=0.0133994;RO=62;SAF=5;SAR=20;SRF=7;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18919;STB=0.612828;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0116998;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:63:25:25:0.284091:20:5:7:55:20:5:7:56 chr7 100550184 . C A 147.21 PASS AF=0.22549;AO=22;DP=105;FAO=23;FDP=102;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=67;FWDB=0.00572761;FXX=0.0377323;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5495;QD=5.77275;RBI=0.00799638;REFB=0.00530878;REVB=-0.00558002;RO=78;SAF=4;SAR=18;SRF=12;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624999;STB=0.530838;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.0179179;OID=.;OPOS=100550184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:102:78:79:22:23:0.22549:18:4:12:66:19:4:12:67 chr7 100550191 . C T 204.62 PASS AF=0.27619;AO=29;DP=105;FAO=29;FDP=105;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=65;FWDB=0.00504641;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.933;QD=7.79493;RBI=0.0176204;REFB=-0.016499;REVB=-0.0168823;RO=76;SAF=6;SAR=23;SRF=11;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12707;STB=0.574491;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0465464;OID=.;OPOS=100550191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:76:76:29:29:0.27619:23:6:11:65:23:6:11:65 chr7 100550203 . T A 107.32 PASS AF=0.179245;AO=19;DP=107;FAO=19;FDP=106;FR=.;FRO=87;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=73;FWDB=-0.0391226;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.494;QD=4.04995;RBI=0.0444995;REFB=-0.0103175;REVB=-0.0212043;RO=87;SAF=2;SAR=17;SRF=14;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15207;STB=0.601647;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0557835;OID=.;OPOS=100550203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:87:87:19:19:0.179245:17:2:14:73:17:2:14:73 chr7 100550205 . A C 113.41 PASS AF=0.186916;AO=20;DP=106;FAO=20;FDP=107;FR=.;FRO=87;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=73;FWDB=-0.0161069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.915;QD=4.23967;RBI=0.0352135;REFB=0.00355377;REVB=0.0313139;RO=86;SAF=2;SAR=18;SRF=14;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173917;STB=0.612635;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0162282;OID=.;OPOS=100550205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:86:87:20:20:0.186916:18:2:14:72:18:2:14:73 chr7 100550245 . G A 86.73 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=50;FWDB=-0.222409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6346;QD=4.33652;RBI=0.222418;REFB=0.00532869;REVB=-0.00205749;RO=64;SAF=2;SAR=13;SRF=14;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183752;STB=0.636676;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0296551;OID=.;OPOS=100550245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:80:64:65:15:15:0.1875:13:2:14:50:13:2:15:50 chr7 100550252 . A G 66.58 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=48;FWDB=-0.0081979;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.735;QD=3.59872;RBI=0.00849635;REFB=0.00452064;REVB=-0.00223215;RO=61;SAF=1;SAR=11;SRF=14;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33301;STB=0.736102;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0204679;OID=.;OPOS=100550252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:74:74:61:62:12:12:0.162162:11:1:14:47:11:1:14:48 chr7 100551502 . A C 213.22 PASS AF=0.269565;AO=31;DP=115;FAO=31;FDP=115;FR=.;FRO=84;FSAF=1;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.00450104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.078;QD=7.41624;RBI=0.0128435;REFB=-0.00953297;REVB=0.012029;RO=84;SAF=1;SAR=30;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.726499;STB=0.948607;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0169915;OID=.;OPOS=100551502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:84:84:31:31:0.269565:30:1:43:41:30:1:43:41 chr7 100551565 . AT GC 207.33 PASS AF=0.22695;AO=32;DP=141;FAO=32;FDP=141;FR=.;FRO=109;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.00154364;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=214.465;QD=5.88174;RBI=0.00312955;REFB=-0.00570181;REVB=0.00272236;RO=108;SAF=15;SAR=17;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626716;STB=0.534759;STBP=0.659;TYPE=mnp;VARB=0.0196909;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:108:109:32:32:0.22695:17:15:56:52:17:15:56:53 chr7 100551578 . T G 194.72 PASS AF=0.215278;AO=30;DP=145;FAO=31;FDP=144;FR=.;FRO=113;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.019188;FXX=0.0136977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7713;QD=5.40885;RBI=0.0196262;REFB=0.00386849;REVB=0.00412409;RO=112;SAF=13;SAR=17;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107323;STB=0.580593;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.016687;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:112:113:30:31:0.215278:17:13:58:54:18:13:59:54 chr7 100551626 . T C 225.59 PASS AF=0.218935;AO=37;DP=169;FAO=37;FDP=169;FR=.;FRO=132;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=0.00383807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7534;QD=5.33943;RBI=0.00764382;REFB=-0.000361718;REVB=0.00661039;RO=131;SAF=13;SAR=24;SRF=66;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19651;STB=0.623917;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0014856;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:131:132:37:37:0.218935:24:13:66:65:24:13:67:65 chr7 100551637 . C CCAA 134.98 PASS AF=0.159763;AO=26;DP=175;FAO=27;FDP=169;FR=.;FRO=142;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=73;FWDB=-0.0039238;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=226.928;QD=3.19477;RBI=0.0169499;REFB=-0.00909457;REVB=-0.0164895;RO=149;SAF=7;SAR=19;SRF=75;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305021;STB=0.665177;STBP=0.075;TYPE=ins;VARB=0.0375488;OID=.;OPOS=100551638;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.159763:26:175:27:169:142:8:19:69:73:99:149:7:19:75:74 chr7 100551646 . A G 164.51 PASS AF=0.172222;AO=31;DP=181;FAO=31;FDP=180;FR=.;FRO=149;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=73;FSRR=76;FWDB=0.0226785;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0614;QD=3.65581;RBI=0.0230214;REFB=0.00242112;REVB=0.00395868;RO=132;SAF=8;SAR=23;SRF=61;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278921;STB=0.70156;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00802519;OID=.;OPOS=100551646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:132:149:31:31:0.172222:23:8:61:71:23:8:73:76 chr7 100551662 . C T 188.79 PASS AF=0.197605;AO=33;DP=168;FAO=33;FDP=167;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=60;FSRR=74;FWDB=0.0376659;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.883;QD=4.52184;RBI=0.0406234;REFB=-0.00451784;REVB=-0.0152164;RO=133;SAF=8;SAR=25;SRF=59;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281629;STB=0.682065;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0339837;OID=.;OPOS=100551662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:133:134:33:33:0.197605:25:8:59:74:25:8:60:74 chr7 100551666 . A T 165.54 PASS AF=0.185185;AO=30;DP=161;FAO=30;FDP=162;FR=.;FRO=132;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=76;FWDB=-0.0204609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.432;QD=4.08748;RBI=0.0257599;REFB=-0.00613026;REVB=-0.0156501;RO=131;SAF=6;SAR=24;SRF=55;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322331;STB=0.712488;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0289696;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:131:132:30:30:0.185185:24:6:55:76:24:6:56:76 chr7 100551687 . T C 116.77 PASS AF=0.171875;AO=21;DP=127;FAO=22;FDP=128;FR=.;FRO=106;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=80;FWDB=-0.0115506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.729;QD=3.64918;RBI=0.011551;REFB=-0.00299857;REVB=-9.64013e-05;RO=106;SAF=2;SAR=19;SRF=26;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328233;STB=0.73657;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0220313;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:106:106:21:22:0.171875:19:2:26:80:20:2:26:80 chr7 100551692 . C T 135.65 PASS AF=0.188976;AO=24;DP=127;FAO=24;FDP=127;FR=.;FRO=103;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=78;FWDB=-0.0110155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.344;QD=4.27254;RBI=0.0275298;REFB=-0.0113987;REVB=-0.0252299;RO=101;SAF=3;SAR=21;SRF=25;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255746;STB=0.664245;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0217786;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:101:103:24:24:0.188976:21:3:25:76:21:3:25:78 chr7 100551719 . C T 133.6 PASS AF=0.181818;AO=24;DP=132;FAO=24;FDP=132;FR=.;FRO=108;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=80;FWDB=-0.0129669;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.565;QD=4.04849;RBI=0.0180216;REFB=-0.0014426;REVB=0.0125155;RO=104;SAF=5;SAR=19;SRF=25;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586206;STB=0.558772;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00947474;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:104:108:24:24:0.181818:19:5:25:79:19:5:28:80 chr7 100551729 . C T 149.3 PASS AF=0.189781;AO=26;DP=137;FAO=26;FDP=137;FR=.;FRO=111;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=81;FWDB=-0.0144133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5115;QD=4.35905;RBI=0.0147495;REFB=-0.00576021;REVB=-0.00313099;RO=110;SAF=5;SAR=21;SRF=30;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143413;STB=0.590286;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0188162;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:110:111:26:26:0.189781:21:5:30:80:21:5:30:81 chr7 100551773 . C A 219.27 PASS AF=0.23913;AO=33;DP=138;FAO=33;FDP=138;FR=.;FRO=105;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=71;FWDB=-0.00853461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.605;QD=6.35566;RBI=0.0154631;REFB=-0.00626447;REVB=-0.0128945;RO=104;SAF=9;SAR=24;SRF=33;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673049;STB=0.54687;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0245231;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:104:105:33:33:0.23913:24:9:33:71:24:9:34:71 chr7 100551778 . G A 234.07 PASS AF=0.251852;AO=34;DP=133;FAO=34;FDP=135;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=67;FWDB=-0.028021;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5671;QD=6.93541;RBI=0.0304385;REFB=-0.0119199;REVB=0.0118882;RO=99;SAF=9;SAR=25;SRF=32;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878619;STB=0.564858;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0300042;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:99:101:34:34:0.251852:25:9:32:67:25:9:34:67 chr7 100551793 . G T 232.79 PASS AF=0.255639;AO=34;DP=134;FAO=34;FDP=133;FR=.;FRO=99;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=67;FWDB=-0.0694193;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6347;QD=7.00104;RBI=0.0764029;REFB=-0.00864045;REVB=-0.0319118;RO=100;SAF=10;SAR=24;SRF=32;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378284;STB=0.525532;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0265708;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:100:99:34:34:0.255639:24:10:32:68:24:10:32:67 chr7 100551840 . T A 92.45 PASS AF=0.18;AO=51;DP=134;FAO=18;FDP=100;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=63;FWDB=0.0673406;FXX=0.264686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.487;QD=3.69792;RBI=0.067633;REFB=-0.0211663;REVB=-0.00628174;RO=83;SAF=11;SAR=40;SRF=19;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210083;STB=0.816301;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0472199;OID=.;OPOS=100551840;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:134:100:83:82:51:18:0.18:40:11:19:64:6:12:19:63 chr7 100551842 . CT TC 452.69 PASS AF=0.38806;AO=51;DP=135;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=63;FWDB=0.0521293;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=2;MLLD=72.0324;QD=13.5132;RBI=0.0623384;REFB=-0.036216;REVB=0.034185;RO=80;SAF=11;SAR=40;SRF=19;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339156;STB=0.500807;STBP=0.999;TYPE=mnp;VARB=0.0140457;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:80:82:51:52:0.38806:40:11:19:61:40:12:19:63 chr7 100551849 . A T 559.24 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=144;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=60;FWDB=0.0159108;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.031;QD=15.5344;RBI=0.0167506;REFB=-0.0174;REVB=0.00523721;RO=82;SAF=14;SAR=46;SRF=24;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809157;STB=0.540827;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0165179;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:82:84:60:60:0.416667:46:14:24:58:46:14:24:60 chr7 100552017 . C T 100.59 PASS AF=0.166667;AO=18;DP=114;FAO=19;FDP=114;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.0031145;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.707;QD=3.52946;RBI=0.0240789;REFB=-0.00696083;REVB=-0.0238766;RO=96;SAF=10;SAR=8;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109384;STB=0.595859;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.025638;OID=.;OPOS=100552017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:96:95:18:19:0.166667:8:10:45:51:8:11:44:51 chr7 100552018 . T G 568.08 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0344061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2057;QD=20.2886;RBI=0.0358001;REFB=-0.0158654;REVB=0.00989287;RO=52;SAF=24;SAR=34;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108084;STB=0.559954;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0584601;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:54:58:58:0.517857:34:24:28:24:34:24:29:25 chr7 100552020 . C T 555.05 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0126649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.241;QD=20.0018;RBI=0.0263972;REFB=-0.0078033;REVB=-0.0231606;RO=54;SAF=24;SAR=33;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103016;STB=0.556809;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00628205;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:33:24:29:25:33:24:29:25 chr7 100552044 . T G 385.75 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0502129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2032;QD=14.8366;RBI=0.0808509;REFB=-0.0287786;REVB=0.0633682;RO=60;SAF=18;SAR=26;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602166;STB=0.533913;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0468975;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:26:18:28:32:26:18:28:32 chr7 100552094 . G C 157.16 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0530968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8937;QD=8.05969;RBI=0.0615293;REFB=0.00416195;REVB=-0.0310899;RO=56;SAF=7;SAR=15;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120414;STB=0.572451;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.015266;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:15:7:23:33:15:7:23:33 chr7 100552117 . G T 188.18 PASS AF=0.297619;AO=24;DP=83;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0171095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.57;QD=8.96115;RBI=0.0306383;REFB=-0.0166523;REVB=-0.025416;RO=59;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977316;STB=0.573198;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0367555;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:59:59:24:25:0.297619:14:10:20:39:14:11:20:39 chr7 100552135 . T C 305.12 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.0280912;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3722;QD=12.5821;RBI=0.0497395;REFB=-0.00321983;REVB=-0.0410475;RO=61;SAF=13;SAR=22;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728602;STB=0.533999;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00438617;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:61:62:35:35:0.360825:22:13:19:42:22:13:20:42 chr7 100552251 . T C 1261.27 PASS AF=0.694268;AO=99;DP=147;FAO=109;FDP=157;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=78;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0281514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.541;QD=32.1344;RBI=0.0301272;REFB=-0.0394003;REVB=0.0107307;RO=46;SAF=26;SAR=73;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312546;STB=0.510455;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0174221;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:157:46:48:99:109:0.694268:73:26:14:32:78:31:15:33 chr7 100552311 . C T 603.9 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=62;FWDB=0.0334842;FXX=0.00769172;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.211;QD=18.7256;RBI=0.033755;REFB=-0.00995484;REVB=0.00426717;RO=63;SAF=16;SAR=46;SRF=1;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350261;STB=0.641388;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0104623;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:63:67:62:62:0.48062:46:16:1:62:46:16:5:62 chr7 100552338 . C T 533.64 PASS AF=0.456;AO=56;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=60;FWDB=0.00967269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.43;QD=17.0765;RBI=0.0107875;REFB=-0.0129592;REVB=-0.00477599;RO=68;SAF=13;SAR=43;SRF=8;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176729;STB=0.603821;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0183592;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:68:56:57:0.456:43:13:8:60:43:14:8:60 chr7 100552358 . C G 522.9 PASS AF=0.445312;AO=56;DP=127;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=12;FSRR=59;FWDB=0.0391028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.795;QD=16.3407;RBI=0.0396777;REFB=-0.0155871;REVB=0.00672987;RO=71;SAF=18;SAR=38;SRF=12;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190095;STB=0.601195;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.025804;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:71:71:56:57:0.445312:38:18:12:59:39:18:12:59 chr7 100552371 . C G 489.5 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=58;FWDB=0.021929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.695;QD=15.5396;RBI=0.0283668;REFB=-0.00798202;REVB=-0.0179943;RO=72;SAF=17;SAR=37;SRF=14;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152552;STB=0.584693;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00995761;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:72:54:54:0.428571:37:17:14:58:37:17:14:58 chr7 100552384 . A G 480.16 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=122;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=49;FWDB=0.038312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.887;QD=15.7428;RBI=0.0400334;REFB=-0.021535;REVB=-0.0116131;RO=68;SAF=18;SAR=35;SRF=20;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520111;STB=0.532008;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0210592;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:69:53:53:0.434426:35:18:20:48:35:18:20:49 chr7 100552390 . T C 478.68 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=122;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=48;FWDB=0.0175293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1774;QD=15.6944;RBI=0.0203637;REFB=-0.0130231;REVB=0.0103636;RO=69;SAF=17;SAR=36;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191767;STB=0.510726;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0180107;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:69:53:53:0.434426:36:17:21:48:36:17:21:48 chr7 100552412 . T C 412.11 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00368947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.868;QD=14.8509;RBI=0.00435294;REFB=0.00338478;REVB=-0.00230995;RO=63;SAF=18;SAR=29;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317583;STB=0.514095;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00693415;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:64:47:47:0.423423:29:18:26:37:29:18:26:38 chr7 100552435 . TC AT 388.23 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0130203;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.36;QD=15.0767;RBI=0.0136106;REFB=-0.00310001;REVB=0.00396493;RO=58;SAF=19;SAR=25;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086872;STB=0.544182;STBP=0.462;TYPE=mnp;VARB=0.00246924;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:58:59:44:44:0.427184:25:19:30:28:25:19:30:29 chr7 100552440 . C T 437.79 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00603613;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.171;QD=16.6776;RBI=0.00726309;REFB=-0.00693061;REVB=-0.0040395;RO=57;SAF=22;SAR=26;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831204;STB=0.546372;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0078424;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:26:22:31:26:26:22:31:26 chr7 100552535 . GT AC 692.51 PASS AF=0.443787;AO=75;DP=168;FAO=75;FDP=169;FR=.;FRO=94;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=0.00300703;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=2;MLLD=108.145;QD=16.3908;RBI=0.00862893;REFB=0.000301302;REVB=-0.00808803;RO=90;SAF=43;SAR=32;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268938;STB=0.500645;STBP=0.998;TYPE=mnp;VARB=-0.0002504;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:90:94:75:75:0.443787:32:43:54:36:32:43:54:40 chr7 100552549 . CT AC 643.88 PASS AF=0.42515;AO=69;DP=174;FAO=71;FDP=167;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.0187354;FXX=0.0402276;HRUN=5;LEN=2;MLLD=156.87;QD=15.4222;RBI=0.0190944;REFB=-0.00812268;REVB=0.00368528;RO=92;SAF=36;SAR=33;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665994;STB=0.524108;STBP=0.574;TYPE=mnp;VARB=0.0109406;OID=.;OPOS=100552549;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:167:92:96:69:71:0.42515:33:36:42:50:34:37:46:50 chr7 100552644 . C A 648.12 PASS AF=0.6;AO=57;DP=95;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=38;FWDB=-0.150374;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.063;QD=27.2893;RBI=0.150374;REFB=-0.0126748;REVB=-0.000146919;RO=35;SAF=3;SAR=54;SRF=0;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229269;STB=0.630102;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00736779;OID=.;OPOS=100552644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:35:38:57:57:0.6:54:3:0:35:54:3:0:38 chr7 100552657 . A G 281.13 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=59;FWDB=0.044768;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9342;QD=11.9628;RBI=0.0513688;REFB=0.0320552;REVB=0.0251908;RO=60;SAF=2;SAR=31;SRF=2;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158558;STB=0.592059;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00921864;OID=.;OPOS=100552657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:60:61:33:33:0.351064:31:2:2:58:31:2:2:59 chr7 100552659 . T C 291.46 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=59;FWDB=-0.0248888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.052;QD=12.144;RBI=0.040668;REFB=-0.00457817;REVB=-0.0321626;RO=57;SAF=2;SAR=32;SRF=3;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316832;STB=0.532146;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.015103;OID=.;OPOS=100552659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:62:34:34:0.354167:32:2:3:54:32:2:3:59 chr7 100552673 . C T 85.75 PASS AF=0.15534;AO=16;DP=103;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=80;FWDB=-0.0169724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3571;QD=3.32995;RBI=0.0382603;REFB=0.00894134;REVB=0.0342898;RO=86;SAF=1;SAR=15;SRF=7;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088334;STB=0.55806;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0602103;OID=.;OPOS=100552673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:103:103:86:87:16:16:0.15534:15:1:7:79:15:1:7:80 chr7 100552675 . C T 246.03 PASS AF=0.313725;AO=32;DP=101;FAO=32;FDP=102;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=64;FWDB=-0.00194225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.074;QD=9.64815;RBI=0.00338039;REFB=0.00554699;REVB=-0.00276672;RO=69;SAF=3;SAR=29;SRF=5;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795804;STB=0.516657;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.00857654;OID=.;OPOS=100552675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:69:70:32:32:0.313725:29:3:5:64:29:3:6:64 chr7 100552711 . T A 105.36 PASS AF=0.216495;AO=22;DP=97;FAO=21;FDP=97;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=62;FWDB=0.0238023;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.043;QD=4.34456;RBI=0.0253921;REFB=-0.029371;REVB=0.00884369;RO=75;SAF=4;SAR=18;SRF=14;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100875;STB=0.508031;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0955003;OID=.;OPOS=100552711;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:75:76:22:21:0.216495:18:4:14:61:17:4:14:62 chr7 100552713 . AC GC,GT 133.71 PASS AF=0.105263,0.126316;AO=10,12;DP=95;FAO=10,12;FDP=95;FR=.;FRO=73;FSAF=1,3;FSAR=9,9;FSRF=14;FSRR=59;FWDB=0.0196008,0.0213037;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=63.1125,155.685;QD=5.62983;RBI=0.0313091,0.0215832;REFB=0.00896225,0.0015855;REVB=0.0244146,0.00346184;RO=72;SAF=1,3;SAR=9,9;SRF=14;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.217125,0.100108;STB=0.664625,0.57132;STBP=0.433,0.679;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0145412,-0.0108786;OID=.,.;OPOS=100552713,100552713;OREF=A,AC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:61:95:95:72:73:10,12:10,12:0.105263,0.126316:9,9:1,3:14:58:9,9:1,3:14:59 chr7 100552727 . G C 158.92 PASS AF=0.23301;AO=24;DP=103;FAO=24;FDP=103;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=59;FWDB=-0.0256976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.472;QD=6.17178;RBI=0.0275454;REFB=0.00179124;REVB=-0.0099186;RO=77;SAF=8;SAR=16;SRF=19;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129266;STB=0.572463;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.00606441;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:77:79:24:24:0.23301:16:8:19:58:16:8:20:59 chr7 100552738 . CA TG 172.03 PASS AF=0.232759;AO=27;DP=117;FAO=27;FDP=116;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=61;FWDB=-0.0116528;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=2;MLLD=290.838;QD=5.93196;RBI=0.0123226;REFB=-0.00379138;REVB=-0.00400725;RO=89;SAF=13;SAR=14;SRF=28;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214245;STB=0.62935;STBP=0.174;TYPE=mnp;VARB=0.0128447;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:89:89:27:27:0.232759:14:13:28:61:14:13:28:61 chr7 100552915 . A C 4916.84 PASS AF=1;AO=312;DP=312;FAO=314;FDP=314;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.246;QD=62.6349;RBI=0.0113908;REFB=0;REVB=-0.00431995;RO=0;SAF=154;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63267e-05;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:312:314:0:0:312:314:1:158:154:0:0:159:155:0:0 chr7 100552978 . T C 1237.63 PASS AF=0.476015;AO=123;DP=280;FAO=129;FDP=271;FR=.;FRO=142;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=0.011075;FXX=0.0719153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.569;QD=18.2677;RBI=0.0145316;REFB=-0.0121291;REVB=0.00940809;RO=127;SAF=49;SAR=74;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848816;STB=0.532095;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00918534;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:271:127:142:123:129:0.476015:74:49:62:65:75:54:68:74 chr7 100552984 . T C 1469.33 PASS AF=0.503497;AO=144;DP=287;FAO=144;FDP=286;FR=.;FRO=142;FSAF=59;FSAR=85;FSRF=67;FSRR=75;FWDB=0.0120612;FXX=0.0103803;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5375;QD=20.55;RBI=0.0168295;REFB=0.00497775;REVB=0.011737;RO=141;SAF=59;SAR=85;SRF=66;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538674;STB=0.531509;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0034942;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:286:141:142:144:144:0.503497:85:59:66:75:85:59:67:75 chr7 100553002 . A G 1319.32 PASS AF=0.51004;AO=127;DP=250;FAO=127;FDP=249;FR=.;FRO=122;FSAF=50;FSAR=77;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=-0.0068076;FXX=0.00399984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.546;QD=21.1939;RBI=0.0111148;REFB=-0.0128782;REVB=-0.00878614;RO=120;SAF=50;SAR=77;SRF=55;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591965;STB=0.528945;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0170569;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:249:120:122:127:127:0.51004:77:50:55:65:77:50:55:67 chr7 100607851 . C G 729.23 PASS AF=0.450867;AO=78;DP=170;FAO=78;FDP=173;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=63;FSRR=32;FWDB=-0.0249682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.552;QD=16.8608;RBI=0.0317448;REFB=-0.00745914;REVB=0.0196042;RO=91;SAF=36;SAR=42;SRF=60;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190634;STB=0.609471;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00833318;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:173:91:95:78:78:0.450867:42:36:60:31:42:36:63:32 chr7 100607871 . C T 190.08 PASS AF=0.223881;AO=30;DP=134;FAO=30;FDP=134;FR=.;FRO=104;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=68;FSRR=36;FWDB=-0.011323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.113;QD=5.67407;RBI=0.0116245;REFB=-0.00591204;REVB=0.00263063;RO=104;SAF=12;SAR=18;SRF=68;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312635;STB=0.689538;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0304561;OID=.;OPOS=100607871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:104:104:30:30:0.223881:18:12:68:36:18:12:68:36 chr7 100608370 . A C 554.06 PASS AF=0.405405;AO=60;DP=150;FAO=60;FDP=148;FR=.;FRO=88;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=60;FWDB=-0.0124896;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.277;QD=14.9745;RBI=0.0162923;REFB=-0.00812488;REVB=-0.0104618;RO=88;SAF=16;SAR=44;SRF=28;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668882;STB=0.537765;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0112945;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:88:88:60:60:0.405405:44:16:28:60:44:16:28:60 chr7 100608375 . G A 535.56 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=138;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=53;FWDB=0.00312125;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.776;QD=15.6367;RBI=0.0040958;REFB=0.000850875;REVB=0.00265205;RO=78;SAF=17;SAR=41;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484621;STB=0.524538;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00235644;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:78:79:58:58:0.423358:41:17:26:52:41:17:26:53 chr7 100608778 . TC CT 613.55 PASS AF=0.505208;AO=89;DP=194;FAO=97;FDP=192;FR=.;FRO=95;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=0.0455855;FXX=0.0204071;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.964;QD=12.7822;RBI=0.0461909;REFB=-0.0337833;REVB=0.00745423;RO=94;SAF=35;SAR=54;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312543;STB=0.504424;STBP=0.914;TYPE=mnp;VARB=0.0557332;OID=.;OPOS=100608778;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:192:94:95:89:97:0.505208:54:35:40:54:57:40:40:55 chr7 100608823 . G T 321.57 PASS AF=0.256831;AO=47;DP=180;FAO=47;FDP=183;FR=.;FRO=136;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=69;FSRR=67;FWDB=-0.0102249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.67;QD=7.02876;RBI=0.0178547;REFB=-0.00327479;REVB=-0.014637;RO=133;SAF=14;SAR=33;SRF=66;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256198;STB=0.661683;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0104235;OID=.;OPOS=100608823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:183:133:136:47:47:0.256831:33:14:66:67:33:14:69:67 chr7 100608826 . C G 878.73 PASS AF=0.546512;AO=85;DP=163;FAO=94;FDP=172;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.01583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.835;QD=20.4355;RBI=0.0395767;REFB=-0.0410397;REVB=0.0362729;RO=78;SAF=40;SAR=45;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00792873;STB=0.501868;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0494561;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:172:78:78:85:94:0.546512:45:40:36:42:51:43:36:42 chr7 100608868 . A G 750.57 PASS AF=0.568;AO=70;DP=124;FAO=71;FDP=125;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0220771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.833;QD=24.0181;RBI=0.022939;REFB=-0.0174332;REVB=0.00622889;RO=54;SAF=35;SAR=35;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044313;STB=0.527019;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0147967;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:54:54:70:71:0.568:35:35:24:30:35:36:24:30 chr7 100608884 . G A 615.94 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0500097;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6549;QD=23.4645;RBI=0.0690124;REFB=-0.0220733;REVB=0.0475578;RO=45;SAF=33;SAR=27;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10011;STB=0.554692;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0210597;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:45:45:60:60:0.571429:27:33:19:26:27:33:19:26 chr7 100610069 . C T 641.07 PASS AF=0.614583;AO=58;DP=118;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0164587;FXX=0.193261;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.376;QD=26.7114;RBI=0.0282115;REFB=-0.00908771;REVB=-0.0229128;RO=37;SAF=23;SAR=35;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340787;STB=0.51569;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00679203;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:96:37:37:58:59:0.614583:35:23:13:24:36:23:13:24 chr7 100612898 . T C 124.03 PASS AF=0.186441;AO=21;DP=118;FAO=22;FDP=118;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.00842276;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.667;QD=4.20435;RBI=0.00885952;REFB=-0.00130783;REVB=-0.0027474;RO=93;SAF=6;SAR=15;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273623;STB=0.643745;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00587561;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:93:96:21:22:0.186441:15:6:46:47:15:7:47:49 chr7 100612945 . C T 168.15 PASS AF=0.225;AO=27;DP=120;FAO=27;FDP=120;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.00407479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.156;QD=5.60485;RBI=0.00776789;REFB=-0.00314488;REVB=-0.00661333;RO=93;SAF=10;SAR=17;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18469;STB=0.613863;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00907959;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:93:93:27:27:0.225:17:10:48:45:17:10:48:45 chr7 100612952 . G A 117.62 PASS AF=0.185841;AO=20;DP=113;FAO=21;FDP=113;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.0114636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.211;QD=4.16354;RBI=0.0167477;REFB=-0.00609494;REVB=0.0122096;RO=92;SAF=8;SAR=12;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154415;STB=0.614755;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0222279;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:92:92:20:21:0.185841:12:8:48:44:13:8:48:44 chr7 100612955 . A ACTG 97.17 PASS AF=0.166667;AO=18;DP=109;FAO=18;FDP=108;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.00386482;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=294.775;QD=3.59886;RBI=0.00770748;REFB=-0.00788288;REVB=-0.00666847;RO=91;SAF=8;SAR=10;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772619;STB=0.555494;STBP=0.643;TYPE=ins;VARB=0.03852;OID=.;OPOS=100612956;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:18:109:18:108:90:8:10:46:44:97:91:8:10:46:45 chr7 100612961 . G C 96.17 PASS AF=0.168317;AO=17;DP=101;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.010398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9184;QD=3.80883;RBI=0.0452872;REFB=-0.00495023;REVB=-0.0440773;RO=84;SAF=8;SAR=9;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371414;STB=0.524447;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0440124;OID=.;OPOS=100612961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:101:101:84:84:17:17:0.168317:9:8:42:42:9:8:42:42 chr7 100612969 . A G 99.83 PASS AF=0.184783;AO=17;DP=92;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0230279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.144;QD=4.34048;RBI=0.0240246;REFB=-0.00303791;REVB=-0.00684801;RO=75;SAF=8;SAR=9;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118906;STB=0.507683;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0242823;OID=.;OPOS=100612969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:75:75:17:17:0.184783:9:8:36:39:9:8:36:39 chr7 100615387 . C T 136.11 PASS AF=0.190476;AO=24;DP=126;FAO=24;FDP=126;FR=.;FRO=102;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=0.00594765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5333;QD=4.32084;RBI=0.00612725;REFB=0.00886485;REVB=0.00147264;RO=102;SAF=13;SAR=11;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07788;STB=0.549496;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0255626;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:102:102:24:24:0.190476:11:13:49:53:11:13:49:53 chr7 100615445 . A G 66.75 PASS AF=0.107595;AO=17;DP=158;FAO=17;FDP=158;FR=.;FRO=141;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=89;FWDB=0.0306922;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6734;QD=1.68988;RBI=0.0333067;REFB=0.00219084;REVB=-0.0129353;RO=140;SAF=7;SAR=10;SRF=51;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609243;STB=0.540094;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.03257;OID=.;OPOS=100615445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:158:158:140:141:17:17:0.107595:10:7:51:89:10:7:52:89 chr7 100615449 . C G 61.71 PASS AF=0.103896;AO=16;DP=154;FAO=16;FDP=154;FR=.;FRO=138;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=88;FWDB=-0.0237943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9483;QD=1.6029;RBI=0.0292661;REFB=-2.59238e-05;REVB=0.0170392;RO=137;SAF=5;SAR=11;SRF=49;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606589;STB=0.549936;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.000253556;OID=.;OPOS=100615449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:154:154:137:138:16:16:0.103896:11:5:49:88:11:5:50:88 chr7 100615453 . TG CC 44.45 PASS AF=0.0884354;AO=13;DP=147;FAO=13;FDP=147;FR=.;FRO=134;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=86;FWDB=-0.00311427;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.5;QD=1.20947;RBI=0.0102264;REFB=0.00112391;REVB=-0.00974069;RO=130;SAF=2;SAR=11;SRF=46;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28533;STB=0.738824;STBP=0.1;TYPE=mnp;VARB=-0.013846;OID=.;OPOS=100615453;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:147:147:130:134:13:13:0.0884354:11:2:46:84:11:2:48:86 chr7 100615458 . A C 34.56 PASS AF=0.0785714;AO=11;DP=140;FAO=11;FDP=140;FR=.;FRO=129;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=82;FWDB=0.00793612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.199;QD=0.987341;RBI=0.0239963;REFB=-0.000846434;REVB=-0.022646;RO=129;SAF=2;SAR=9;SRF=47;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239741;STB=0.707441;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0134356;OID=.;OPOS=100615458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:140:140:129:129:11:11:0.0785714:9:2:47:82:9:2:47:82 chr7 100624718 . G C 2684.89 PASS AF=0.983146;AO=176;DP=178;FAO=175;FDP=178;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00196726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7512;QD=60.3346;RBI=0.0515717;REFB=0.0779661;REVB=0.0515342;RO=2;SAF=88;SAR=88;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106947;STB=0.502761;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00107557;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:178:178:2:3:176:175:0.983146:88:88:2:0:87:88:2:1 chr7 100634476 . C G 1311.58 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6172;QD=61.7216;RBI=0.121851;REFB=0;REVB=0.103532;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145432;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:82:85:1:50:32:0:0:52:33:0:0 chr7 100634640 . T G 2045.83 PASS AF=0.92;AO=138;DP=150;FAO=138;FDP=150;FR=.;FRO=12;FSAF=54;FSAR=84;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0266827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.132;QD=54.5555;RBI=0.0553496;REFB=-0.152353;REVB=0.0484934;RO=12;SAF=54;SAR=84;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819794;STB=0.543277;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000918093;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:150:150:12:12:138:138:0.92:84:54:11:1:84:54:11:1 chr7 100634921 . AG GA 32.55 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=0.0334192;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=88.4327;QD=1.21668;RBI=0.0342389;REFB=0.00443819;REVB=0.00744682;RO=98;SAF=3;SAR=6;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1229;STB=0.601076;STBP=0.544;TYPE=mnp;VARB=-0.0274918;OID=.;OPOS=100634921;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:107:98:98:9:9:0.0841121:6:3:43:55:6:3:43:55 chr7 100634933 . G C 48.86 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0522544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8024;QD=2.03603;RBI=0.0901775;REFB=-0.0124831;REVB=-0.0734946;RO=84;SAF=3;SAR=8;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227687;STB=0.665;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0638513;OID=.;OPOS=100634933;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:96:96:84:85:11:11:0.114583:8:3:38:46:8:3:38:47 chr7 100634964 . C A 643.48 PASS AF=0.636364;AO=56;DP=88;FAO=56;FDP=88;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.000424913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.408;QD=29.2493;RBI=0.00789752;REFB=-0.00133489;REVB=0.00788608;RO=31;SAF=14;SAR=42;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612962;STB=0.529401;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000677673;OID=.;OPOS=100634964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:31:32:56:56:0.636364:42:14:10:21:42:14:10:22 chr7 100635205 . C T 440.35 PASS AF=0.246324;AO=67;DP=271;FAO=67;FDP=272;FR=.;FRO=205;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=95;FSRR=110;FWDB=-0.00789866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.937;QD=6.47574;RBI=0.00839618;REFB=-0.0085175;REVB=0.00284727;RO=204;SAF=25;SAR=42;SRF=94;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113533;STB=0.570114;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0281588;OID=.;OPOS=100635205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:272:204:205:67:67:0.246324:42:25:94:110:42:25:95:110 chr7 100635375 . A C 548.34 PASS AF=0.644737;AO=45;DP=73;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0922873;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.833;QD=28.86;RBI=0.0932925;REFB=-0.0100519;REVB=-0.0136581;RO=27;SAF=13;SAR=32;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00617982;STB=0.527539;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00579123;OID=.;OPOS=100635375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:27:27:45:49:0.644737:32:13:8:19:31:18:8:19 chr7 100635591 . C A 1123.37 PASS AF=0.671429;AO=94;DP=140;FAO=94;FDP=140;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=64;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00280925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.645;QD=32.0963;RBI=0.0144211;REFB=-0.0305627;REVB=0.0141448;RO=46;SAF=30;SAR=64;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928192;STB=0.55004;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0141;OID=.;OPOS=100635591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:46:46:94:94:0.671429:64:30:21:25:64:30:21:25 chr7 100635661 . T C 3114.92 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000995503;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.79;QD=63.5698;RBI=0.0235224;REFB=0;REVB=0.0235014;RO=0;SAF=81;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73106e-05;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:196:196:0:0:195:196:1:114:81:0:0:115:81:0:0 chr7 100635679 . C G 1707.1 PASS AF=0.683962;AO=145;DP=213;FAO=145;FDP=212;FR=.;FRO=67;FSAF=56;FSAR=89;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0109591;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.792;QD=32.2095;RBI=0.0262249;REFB=-0.012722;REVB=0.0238253;RO=67;SAF=56;SAR=89;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287769;STB=0.51543;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00623776;OID=.;OPOS=100635679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:67:67:145:145:0.683962:89:56:29:38:89:56:29:38 chr7 100637338 . G C 429.41 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.61;QD=57.2543;RBI=0.0428387;REFB=0;REVB=0.0169586;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205711;OID=.;OPOS=100637338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:12:17:0:0:12:18:0:0 chr7 100638828 . C T 487.58 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0428212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.3444;QD=16.8131;RBI=0.0433359;REFB=-0.00760582;REVB=0.00665932;RO=63;SAF=29;SAR=24;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384044;STB=0.521404;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0157679;OID=.;OPOS=100638828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:63:53:53:0.456897:24:29:32:31:24:29:32:31 chr7 100638856 . A G 1992.74 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653027;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7372;QD=62.2732;RBI=0.0661441;REFB=0;REVB=0.0105168;RO=0;SAF=71;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314763;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:57:71:0:0:57:71:0:0 chr7 100639012 . C T 693.3 PASS AF=0.938776;AO=47;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0202724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5503;QD=56.5961;RBI=0.0557665;REFB=-0.123046;REVB=0.0519512;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514382;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00649174;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:0:3:47:46:0.938776:21:26:0:0:20:26:1:2 chr7 100639040 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.369;QD=58.1419;RBI=0.012543;REFB=0;REVB=0.0123486;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1759e-05;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr7 100639049 . G C 365.0 PASS AF=0.964286;AO=24;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0869759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.3771;QD=52.1425;RBI=0.0869792;REFB=0.0491139;REVB=0.000746895;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00175693;OID=.;OPOS=100639049;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:24:27:0.964286:15:9:0:0:15:12:0:1 chr7 100639054 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0371662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.995;QD=15.3789;RBI=0.038513;REFB=0.000634677;REVB=0.0100957;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20736;STB=0.620056;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00102913;OID=.;OPOS=100639054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:5:9:5:7:5:9 chr7 100639066 . C T 239.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.041;QD=50.4032;RBI=0.0334404;REFB=0;REVB=-0.0134802;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144992;OID=.;OPOS=100639066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr7 100639095 . A C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.229;QD=39.2054;RBI=0.0683839;REFB=0;REVB=-0.039629;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417584;OID=.;OPOS=100639095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr7 100643477 . A C 636.35 PASS AF=0.224891;AO=103;DP=460;FAO=103;FDP=458;FR=.;FRO=355;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=133;FSRR=222;FWDB=-0.00450133;FXX=0.0107989;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.941;QD=5.55762;RBI=0.0100276;REFB=-0.0044054;REVB=-0.00896048;RO=346;SAF=50;SAR=53;SRF=128;SRR=218;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149422;STB=0.586363;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0151838;OID=.;OPOS=100643477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:460:458:346:355:103:103:0.224891:53:50:128:218:53:50:133:222 chr7 100643791 . G A 162.17 PASS AF=0.167568;AO=31;DP=187;FAO=31;FDP=185;FR=.;FRO=154;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=115;FWDB=-0.0163737;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.482;QD=3.50635;RBI=0.0316762;REFB=-0.0133627;REVB=-0.0271162;RO=152;SAF=14;SAR=17;SRF=38;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27956;STB=0.67215;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0733903;OID=.;OPOS=100643791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:152:154:31:31:0.167568:17:14:38:114:17:14:39:115 chr7 100643832 . C G 112.83 PASS AF=0.137363;AO=25;DP=182;FAO=25;FDP=182;FR=.;FRO=157;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=108;FWDB=-0.0699947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0933;QD=2.47969;RBI=0.083031;REFB=-0.0022039;REVB=0.0446642;RO=157;SAF=4;SAR=21;SRF=49;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258215;STB=0.683072;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0135278;OID=.;OPOS=100643832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:157:157:25:25:0.137363:21:4:49:108:21:4:49:108 chr7 100643876 . C T 110.22 PASS AF=0.168;AO=21;DP=125;FAO=21;FDP=125;FR=.;FRO=104;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=84;FWDB=0.0411887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6919;QD=3.52695;RBI=0.0432336;REFB=-0.0101138;REVB=0.0131391;RO=104;SAF=1;SAR=20;SRF=20;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420766;STB=0.801125;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0515573;OID=.;OPOS=100643876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:104:104:21:21:0.168:20:1:20:84:20:1:20:84 chr7 100647073 . C T 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00270211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2437;QD=6.2513;RBI=0.00667292;REFB=0.0313101;REVB=-0.00610135;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238903;STB=0.651714;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0379492;OID=.;OPOS=100647073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:5:12:3:3:5:12 chr7 100647819 . C T 255.17 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.049187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.385;QD=13.2554;RBI=0.0517358;REFB=-0.037869;REVB=-0.0160384;RO=47;SAF=9;SAR=21;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124313;STB=0.571379;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0532983;OID=.;OPOS=100647819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:21:9:19:28:21:9:19:28 chr7 100647875 . C A 279.89 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00173211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.188;QD=14.1717;RBI=0.00998762;REFB=-0.0114022;REVB=-0.00983627;RO=46;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161453;STB=0.514418;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0175087;OID=.;OPOS=100647875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:19:13:18:28:19:13:18:29 chr7 100647920 . A C 261.53 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0631552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.723;QD=14.7339;RBI=0.0718073;REFB=-0.00929047;REVB=0.0341718;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869363;STB=0.554766;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0143951;OID=.;OPOS=100647920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:41:30:30:0.422535:17:13:14:26:17:13:14:27 chr7 100648029 . G A 727.36 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013163;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5044;QD=57.048;RBI=0.0568474;REFB=0;REVB=-0.0553025;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000509267;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr7 100648117 . C G 222.34 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0442392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5467;QD=18.9224;RBI=0.0545939;REFB=-0.00908081;REVB=0.0319904;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00352189;STB=0.507805;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0125662;OID=.;OPOS=100648117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:10:12:13:11:10:12:14:11 chr7 100675976 . G A 520.1 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0199791;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.593;QD=22.8616;RBI=0.0219582;REFB=-0.00500968;REVB=-0.00911044;RO=41;SAF=24;SAR=25;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123487;STB=0.561379;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00444749;OID=.;OPOS=100675976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:41:42:49:49:0.538462:25:24:14:27:25:24:15:27 chr7 100678086 . T C 2384.2 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2926;QD=64.0053;RBI=0.0642277;REFB=0;REVB=0.00606742;RO=0;SAF=74;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195068;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:148:149:1:74:74:0:0:75:74:0:0 chr7 100679902 . A G 242.81 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0583892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5995;QD=12.7796;RBI=0.0683775;REFB=-0.00603497;REVB=-0.0355836;RO=46;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25122;STB=0.648526;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.020192;OID=.;OPOS=100679902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:47:29:29:0.381579:12:17:16:30:12:17:16:31 chr7 100681359 . C G 136.39 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0357684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0005;QD=13.9882;RBI=0.0480871;REFB=0.00175741;REVB=0.0321402;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171272;STB=0.612761;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00815877;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:15:16:0.410256:9:6:13:10:10:6:13:10 chr7 100681762 . A G 411.7 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00985917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.026;QD=18.5033;RBI=0.0129639;REFB=-0.00867709;REVB=-0.00841785;RO=46;SAF=20;SAR=22;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100967;STB=0.549546;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0103257;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:46:47:42:42:0.47191:22:20:17:29:22:20:18:29 chr7 100682852 . A G 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0154394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.203;QD=18.3007;RBI=0.0186015;REFB=-0.00482294;REVB=0.010375;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239166;STB=0.648627;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0104221;OID=.;OPOS=100682852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:14:6:12:10:14:6:13:10 chr7 100692680 . T G 1213.95 PASS AF=0.473684;AO=126;DP=264;FAO=126;FDP=266;FR=.;FRO=140;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=65;FSRR=75;FWDB=-0.0175542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.797;QD=18.2548;RBI=0.0182051;REFB=0.0011413;REVB=0.00482448;RO=138;SAF=61;SAR=65;SRF=64;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193532;STB=0.510459;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00139778;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:266:138:140:126:126:0.473684:65:61:64:74:65:61:65:75 chr7 100701610 . T A 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00329101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.179;QD=15.4185;RBI=0.0316272;REFB=-0.026637;REVB=-0.0314556;RO=37;SAF=19;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927119;STB=0.552536;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0304004;OID=.;OPOS=100701610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:10:19:21:16:10:19:21:16 chr7 100731505 . C G 186.91 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0270514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9365;QD=10.6805;RBI=0.0270556;REFB=-0.00966309;REVB=-0.000477904;RO=46;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735796;STB=0.542822;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0259551;OID=.;OPOS=100731505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:12:12:20:26:12:12:20:26 chr7 100731776 . C T 1460.12 PASS AF=0.405542;AO=161;DP=397;FAO=161;FDP=397;FR=.;FRO=236;FSAF=85;FSAR=76;FSRF=100;FSRR=136;FWDB=0.00811123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.919;QD=14.7115;RBI=0.0172786;REFB=-0.0348718;REVB=-0.0152564;RO=231;SAF=85;SAR=76;SRF=99;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104691;STB=0.561713;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0510898;OID=.;OPOS=100731776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:397:231:236:161:161:0.405542:76:85:99:132:76:85:100:136 chr7 100731829 . T C 2538.28 PASS AF=0.513514;AO=245;DP=480;FAO=247;FDP=481;FR=.;FRO=234;FSAF=88;FSAR=159;FSRF=88;FSRR=146;FWDB=0.00711099;FXX=0.0041407;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.691;QD=21.1084;RBI=0.019534;REFB=-0.0316103;REVB=0.0181938;RO=234;SAF=88;SAR=157;SRF=88;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163163;STB=0.510433;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0279039;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:480:481:234:234:245:247:0.513514:157:88:88:146:159:88:88:146 chr7 100733100 . G A 94.92 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.103752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0265;QD=11.5054;RBI=0.10872;REFB=-0.0197542;REVB=0.0324867;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164807;STB=0.597828;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.046908;OID=.;OPOS=100733100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:12:9:7:5:12:9 chr7 100804240 . T C,TACCTCC 366.33 PASS AF=0,0.775862;AO=3,38;DP=62;FAO=0,45;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=0,18;FSAR=0,27;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0357473,0.00756931;FXX=0.0645057;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=182.758,111.474;QD=25.2638;RBI=0.0357476,0.0177397;REFB=-0.010616,-0.0158518;REVB=-0.000132908,-0.0160438;RO=14;SAF=2,13;SAR=1,25;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.184841,-0.0845207;STB=0.5,0.514279;STBP=1,0.71;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00583462;OID=.,.;OPOS=100804240,100804241;OREF=T,-;OALT=C,ACCTCC;OMAPALT=C,TACCTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:72:62:58:14:13:3,38:0,45:0,0.775862:1,25:2,13:7:7:0,27:0,18:6:7 chr7 100850135 . C T 1651.38 PASS AF=0.45288;AO=172;DP=383;FAO=173;FDP=382;FR=.;FRO=209;FSAF=53;FSAR=120;FSRF=92;FSRR=117;FWDB=0.0054432;FXX=0.0052082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.496;QD=17.292;RBI=0.0191567;REFB=-0.0169893;REVB=-0.0183671;RO=208;SAF=53;SAR=119;SRF=91;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140752;STB=0.580745;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0213944;OID=.;OPOS=100850135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:382:208:209:172:173:0.45288:119:53:91:117:120:53:92:117 chr7 100853911 . G C 462.81 PASS AF=0.387324;AO=54;DP=140;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=-0.0705962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9743;QD=13.0368;RBI=0.0803664;REFB=-0.0117548;REVB=-0.0384049;RO=86;SAF=31;SAR=23;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228571;STB=0.607557;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0149483;OID=.;OPOS=100853911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:86:87:54:55:0.387324:23:31:31:55:25:30:32:55 chr7 101006376 . C T 2115.36 PASS AF=0.513514;AO=209;DP=407;FAO=209;FDP=407;FR=.;FRO=198;FSAF=97;FSAR=112;FSRF=119;FSRR=79;FWDB=0.074195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.471;QD=20.7898;RBI=0.0742976;REFB=-0.0351752;REVB=-0.00390436;RO=195;SAF=97;SAR=112;SRF=116;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115229;STB=0.566299;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0280323;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:407:195:198:209:209:0.513514:112:97:116:79:112:97:119:79 chr7 101006382 . C T 2090.38 PASS AF=0.512315;AO=202;DP=400;FAO=208;FDP=406;FR=.;FRO=198;FSAF=95;FSAR=113;FSRF=118;FSRR=80;FWDB=0.0368806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4871;QD=20.5949;RBI=0.121278;REFB=-0.00499949;REVB=0.115534;RO=198;SAF=91;SAR=111;SRF=118;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131115;STB=0.567605;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00667398;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:406:198:198:202:208:0.512315:111:91:118:80:113:95:118:80 chr7 101200669 . A AG 1912.35 PASS AF=1;AO=178;DP=188;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173464;FXX=0.0159566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.1644;QD=41.3481;RBI=0.0675399;REFB=0;REVB=-0.0652744;RO=8;SAF=100;SAR=78;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154773;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000159824;OID=.;OPOS=101200670;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:178:188:185:185:0:101:84:0:0:37:8:100:78:3:5 chr7 101200727 . G A 824.49 PASS AF=0.438776;AO=85;DP=196;FAO=86;FDP=196;FR=.;FRO=110;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=-0.0123057;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.63;QD=16.8263;RBI=0.0218205;REFB=-0.0166401;REVB=0.0180195;RO=110;SAF=41;SAR=44;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454751;STB=0.521817;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0176804;OID=.;OPOS=101200727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:110:110:85:86:0.438776:44:41:58:52:44:42:58:52 chr7 101256833 . T C 2356.29 PASS AF=1;AO=153;DP=156;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034506;FXX=0.0253149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.883;QD=61.2023;RBI=0.0415493;REFB=0;REVB=0.0231448;RO=0;SAF=73;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114471;OID=.;OPOS=101256833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:154:0:0:153:154:1:80:73:0:0:80:74:0:0 chr7 101286843 . T C 465.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.258;QD=58.128;RBI=0.126436;REFB=0;REVB=0.021146;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677267;OID=.;OPOS=101286843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:21:10:0:0:21:11:0:0 chr7 101882661 . C T 901.17 PASS AF=0.491892;AO=88;DP=182;FAO=91;FDP=185;FR=.;FRO=94;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=0.0267154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1187;QD=19.4847;RBI=0.0709919;REFB=-0.00774198;REVB=0.0657734;RO=93;SAF=43;SAR=45;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956552;STB=0.545984;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0108022;OID=.;OPOS=101882661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:185:93:94:88:91:0.491892:45:43:55:38:46:45:55:39 chr7 101892121 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.857;QD=51.9144;RBI=0.14346;REFB=0;REVB=0.143449;RO=0;SAF=19;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152537;OID=.;OPOS=101892121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:2:19:0:0:2:19:0:0 chr7 101892833 . C T 1834.95 PASS AF=0.976;AO=123;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0370133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9085;QD=58.7184;RBI=0.054624;REFB=-0.0934155;REVB=0.0401721;RO=2;SAF=67;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00136985;STB=0.503038;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00595316;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:125:2:3:123:122:0.976:56:67:1:1:56:66:2:1 chr7 101892997 . G GT,T 31.23 PASS AF=0.238095,0;AO=9,3;DP=43;FAO=10,0;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=2,0;FSAR=8,0;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0677747,0.00526264;FXX=0.0232504;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=8.19159,98.2704;QD=2.97476;RBI=0.130374,0.00851515;REFB=-0.0689461,-0.010102;REVB=0.111373,0.00669421;RO=27;SAF=1,3;SAR=8,0;SRF=17;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.612792,0.512187;STB=0.7994,0.5;STBP=0.039,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0214858,0;OID=.,.;OPOS=101892998,101892997;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:43:42:27:32:9,3:10,0:0.238095,0:8,0:1,3:17:10:8,0:2,0:19:13 chr7 101893332 . G A 34.78 PASS AF=0.1;AO=3;DP=39;FAO=4;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00444417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.067;QD=3.47831;RBI=0.00496792;REFB=-0.00275497;REVB=-0.00222026;RO=28;SAF=0;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570294;STB=0.767927;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0473034;OID=.;OPOS=101893332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:39:40:28:34:3:4:0.1:3:0:15:13:1:3:15:19 chr7 101916647 . A G 2216.29 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.229;QD=63.3227;RBI=0.0329212;REFB=0;REVB=-0.0326616;RO=0;SAF=81;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61563e-05;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:58:81:0:0:59:81:0:0 chr7 101917521 . G A 1699.03 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435739;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.13;QD=60.1427;RBI=0.069884;REFB=0;REVB=0.054636;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150655;OID=.;OPOS=101917521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:112:113:1:64:48:0:0:65:48:0:0 chr7 101928495 . G C 821.28 PASS AF=0.506024;AO=79;DP=162;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.0378614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.686;QD=19.79;RBI=0.0380952;REFB=-0.0199212;REVB=0.00421443;RO=82;SAF=44;SAR=35;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142093;STB=0.589157;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.021493;OID=.;OPOS=101928495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:166:82:82:79:84:0.506024:35:44:33:49:35:49:33:49 chr7 101943825 . G A 802.0 PASS AF=0.582677;AO=74;DP=128;FAO=74;FDP=127;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0129658;FXX=0.0230751;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9949;QD=25.26;RBI=0.0187357;REFB=-0.0143471;REVB=0.0135245;RO=54;SAF=40;SAR=34;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273014;STB=0.510727;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00797273;OID=.;OPOS=101943825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:54:53:74:74:0.582677:34:40:29:25:34:40:30:23 chr7 101944469 . C G 34.52 PASS AF=0.0596206;AO=22;DP=369;FAO=22;FDP=369;FR=.;FRO=347;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=106;FSRR=241;FWDB=-0.0121291;FXX=0.0186165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6113;QD=0.374238;RBI=0.0345173;REFB=-0.00172911;REVB=-0.032316;RO=347;SAF=1;SAR=21;SRF=106;SRR=241;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383019;STB=0.895097;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.124872;OID=.;OPOS=101944469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:369:369:347:347:22:22:0.0596206:21:1:106:241:21:1:106:241 chr7 101957766 . AGG AGC,AG 480.14 PASS AF=0.123457,0.876543;AO=5,24;DP=81;FAO=10,71;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42;FSAR=10,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632056,0.805087;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=193.115,7.46508;QD=23.7106;RBI=0.0798238,0.818465;REFB=0.037736,0.0431063;REVB=-0.0487533,0.147376;RO=29;SAF=0,9;SAR=5,15;SRF=26;SRR=3;SSEN=0,0.672727;SSEP=0,0.479769;SSSB=-0.820145,-0.475586;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.147101,0.012375;OID=.,.;OPOS=101957768,101957767;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AGC,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.123457,0.876543:5,24:81:10,71:81:0:0,42:10,29:0:0:37:29:0,9:5,15:26:3 chr7 102038153 . CTGTG CG,C 551.17 PASS AF=0,1;AO=8,15;DP=39;FAO=0,41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258003,0.0264207;FXX=0.254499;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=124.748,139.75;QD=53.7728;RBI=0.0969089,0.114908;REFB=0,0;REVB=0.0934113,0.11183;RO=0;SAF=0,13;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000358365;OID=.,.;OPOS=102038154,102038154;OREF=TGT,TGTG;OALT=-,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:8,15:39:0,41:41:0:0,20:0,21:0:0:3:0:0,13:8,2:0:0 chr7 102063527 . G C 487.08 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222122;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1991;QD=59.0396;RBI=0.0222288;REFB=0;REVB=-0.000857718;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002205;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr7 102066539 . A G 755.79 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00946653;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.624;QD=57.041;RBI=0.00999422;REFB=0;REVB=0.00320459;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10085e-05;OID=.;OPOS=102066539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr7 102087202 . T C 1336.03 PASS AF=0.535865;AO=127;DP=237;FAO=127;FDP=237;FR=.;FRO=110;FSAF=81;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=-0.0490767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3772;QD=22.549;RBI=0.0533017;REFB=0.00842284;REVB=-0.0207977;RO=110;SAF=81;SAR=46;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121984;STB=0.566658;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.008755;OID=.;OPOS=102087202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:110:110:127:127:0.535865:46:81:55:55:46:81:55:55 chr7 102098010 . G A 1048.86 PASS AF=0.479821;AO=106;DP=225;FAO=107;FDP=223;FR=.;FRO=116;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=52;FSRR=64;FWDB=0.018771;FXX=0.0219289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.198;QD=18.8136;RBI=0.0864185;REFB=-0.00604996;REVB=0.0843552;RO=113;SAF=54;SAR=52;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461205;STB=0.529318;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00712978;OID=.;OPOS=102098010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:223:113:116:106:107:0.479821:52:54:52:61:53:54:52:64 chr7 102106201 . G A 352.63 PASS AF=0.335766;AO=43;DP=123;FAO=46;FDP=137;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.0395385;FXX=0.0143875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.943;QD=10.2958;RBI=0.0442878;REFB=-0.014574;REVB=-0.0199528;RO=80;SAF=7;SAR=36;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293155;STB=0.652705;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0291379;OID=.;OPOS=102106201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:137:80:91:43:46:0.335766:36:7:28:52:36:10:37:54 chr7 102108152 . C T 1016.75 PASS AF=0.438525;AO=107;DP=245;FAO=107;FDP=244;FR=.;FRO=137;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=77;FSRR=60;FWDB=0.110326;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5245;QD=16.668;RBI=0.126598;REFB=-0.00654188;REVB=0.06209;RO=133;SAF=48;SAR=59;SRF=72;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926477;STB=0.563524;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00886714;OID=.;OPOS=102108152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:133:137:107:107:0.438525:59:48:72:61:59:48:77:60 chr7 102108532 . G A 1941.07 PASS AF=0.483709;AO=191;DP=398;FAO=193;FDP=399;FR=.;FRO=206;FSAF=124;FSAR=69;FSRF=119;FSRR=87;FWDB=-0.00659233;FXX=0.00249994;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.624;QD=19.4594;RBI=0.0214224;REFB=-0.0118666;REVB=0.0203829;RO=201;SAF=123;SAR=68;SRF=119;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519835;STB=0.535678;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0135053;OID=.;OPOS=102108532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:399:201:206:191:193:0.483709:68:123:119:82:69:124:119:87 chr7 102111980 . C T 395.87 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.00428965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.882;QD=14.0132;RBI=0.0200557;REFB=-0.0285886;REVB=-0.0195916;RO=66;SAF=18;SAR=28;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820349;STB=0.539835;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0462946;OID=.;OPOS=102111980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:67:46:46:0.40708:28:18:21:45:28:18:22:45 chr7 102114087 . C T 298.73 PASS AF=0.32;AO=35;DP=125;FAO=40;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0160743;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.2432;QD=9.55925;RBI=0.164007;REFB=-0.0125234;REVB=-0.163217;RO=63;SAF=21;SAR=14;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792894;STB=0.515267;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0248093;OID=.;OPOS=102114087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:63:85:35:40:0.32:14:21:42:21:17:23:47:38 chr7 102147148 . T C 234.67 PASS AF=0.490566;AO=24;DP=51;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=2;FWDB=-0.0195253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.248;QD=17.7108;RBI=0.0303023;REFB=-0.0248016;REVB=0.0231731;RO=26;SAF=19;SAR=5;SRF=24;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213006;STB=0.610008;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0235157;OID=.;OPOS=102147148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:26:27:24:26:0.490566:5:19:24:2:5:21:25:2 chr7 102210320 . G C 191.03 PASS AF=0.316456;AO=24;DP=78;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0303945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6755;QD=9.67256;RBI=0.0358816;REFB=-0.00731539;REVB=0.0190701;RO=54;SAF=16;SAR=8;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222065;STB=0.640052;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0192164;OID=.;OPOS=102210320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:54:54:24:25:0.316456:8:16:26:28:8:17:26:28 chr7 102279621 . C T 372.16 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00978749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.177;QD=19.3327;RBI=0.0105067;REFB=-0.00469521;REVB=-0.00382038;RO=33;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223044;STB=0.594986;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00966103;OID=.;OPOS=102279621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:37:34:34:0.441558:14:20:11:22:14:20:15:22 chr7 102319079 . G A 152.38 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=-0.00764495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.754;QD=13.5452;RBI=0.0153072;REFB=-0.0183362;REVB=0.0132614;RO=27;SAF=15;SAR=2;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718121;STB=0.53567;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0124301;OID=.;OPOS=102319079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:2:15:23:4:2:15:24:4 chr7 102343887 . CT C 49.67 PASS AF=0.52;AO=11;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.240476;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2701;QD=7.94761;RBI=0.240723;REFB=-0.0972057;REVB=0.0109018;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118756;STB=0.564411;STBP=0.517;TYPE=del;VARB=0.136534;OID=.;OPOS=102343888;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:11:24:13:25:12:3:10:4:8:49:11:2:9:3:8 chr7 102389710 . A T 698.89 PASS AF=0.589286;AO=66;DP=111;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0266257;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.741;QD=24.9602;RBI=0.0551163;REFB=-0.0325387;REVB=-0.0482585;RO=43;SAF=32;SAR=34;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362958;STB=0.515147;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0268405;OID=.;OPOS=102389710;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:43:46:66:66:0.589286:34:32:23:20:34:32:24:22 chr7 102389833 . G C 1794.2 PASS AF=0.960317;AO=86;DP=124;FAO=121;FDP=126;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0136507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.445;QD=56.9586;RBI=0.0342605;REFB=-0.0411317;REVB=0.0314236;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507621;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00190497;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:124:126:0:5:86:121:0.960317:48:38:0:0:50:71:2:3 chr7 102412901 . T C 64.15 PASS AF=0.109589;AO=16;DP=147;FAO=16;FDP=146;FR=.;FRO=130;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=68;FSRR=62;FWDB=-0.00573186;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.147;QD=1.75755;RBI=0.0162931;REFB=-0.00230447;REVB=0.0152516;RO=129;SAF=5;SAR=11;SRF=67;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252067;STB=0.687266;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0226621;OID=.;OPOS=102412901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:147:146:129:130:16:16:0.109589:11:5:67:62:11:5:68:62 chr7 102462636 . T C 766.88 PASS AF=0.455056;AO=81;DP=178;FAO=81;FDP=178;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=0.012677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.544;QD=17.2333;RBI=0.0288955;REFB=-0.0111783;REVB=-0.0259662;RO=97;SAF=34;SAR=47;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236226;STB=0.513112;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.013733;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:97:97:81:81:0.455056:47:34:43:54:47:34:43:54 chr7 102497902 . T C 275.73 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0319217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.686;QD=25.6493;RBI=0.0386493;REFB=-0.0109254;REVB=0.0217894;RO=18;SAF=18;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208103;STB=0.501154;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00420873;OID=.;OPOS=102497902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:7:18:13:5:7:18:13:5 chr7 102574715 . A G 597.11 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=85;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0258712;FXX=0.0206164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.8915;QD=25.1413;RBI=0.0740266;REFB=-0.00682359;REVB=-0.0693586;RO=30;SAF=32;SAR=22;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170488;STB=0.507689;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00392825;OID=.;OPOS=102574715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:95:30:41:54:54:0.568421:22:32:25:5:22:32:25:16 chr7 102574999 . TGAA T 310.84 PASS AF=0.411765;AO=33;DP=89;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=0.000930272;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=3;MLLD=278.851;QD=14.6279;RBI=0.017017;REFB=-0.0133559;REVB=0.0169916;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294898;STB=0.648354;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.0153506;OID=.;OPOS=102575000;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:33:89:35:85:50:18:17:13:37:99:44:18:15:11:33 chr7 102665620 . C G 557.96 PASS AF=0.41958;AO=61;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.013885;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.22;QD=15.6072;RBI=0.0140106;REFB=0.0043695;REVB=0.00187223;RO=81;SAF=33;SAR=28;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149776;STB=0.504586;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00583338;OID=.;OPOS=102665620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:81:83:61:60:0.41958:28:33:45:36:27:33:45:38 chr7 102668001 . A C 1710.29 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.128;QD=60.5412;RBI=0.0100769;REFB=0;REVB=0.00992428;RO=0;SAF=46;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14584e-05;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:67:46:0:0:67:46:0:0 chr7 102696108 . A G 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00847662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.264;QD=19.6661;RBI=0.018332;REFB=0.0131119;REVB=-0.0162545;RO=31;SAF=18;SAR=16;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176688;STB=0.589329;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0066488;OID=.;OPOS=102696108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:16:18:10:21:16:18:11:21 chr7 102715804 . C T 305.87 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.00112841;FXX=0.0399947;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.259;QD=16.9927;RBI=0.00157895;REFB=0.00106968;REVB=0.00110443;RO=36;SAF=25;SAR=8;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00955419;STB=0.508665;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00128857;OID=.;OPOS=102715804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:36:39:33:33:0.458333:8:25:27:9:8:25:30:9 chr7 102740683 . G A 1163.61 PASS AF=0.963415;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00258131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.915;QD=56.7617;RBI=0.0149445;REFB=0.0139574;REVB=-0.0147199;RO=3;SAF=32;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423248;STB=0.521734;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00132431;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:82:3:3:78:79:0.963415:46:32:3:0:46:33:3:0 chr7 102741698 . T G 452.85 PASS AF=0.360544;AO=52;DP=147;FAO=53;FDP=147;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.00141473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.607;QD=12.3224;RBI=0.00431794;REFB=-0.00393686;REVB=-0.0040796;RO=94;SAF=23;SAR=29;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172372;STB=0.502976;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00683512;OID=.;OPOS=102741698;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:94:94:52:53:0.360544:29:23:43:51:29:24:43:51 chr7 102742144 . C T 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.694;QD=58.9619;RBI=0.0165781;REFB=0;REVB=-0.00309217;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94366e-05;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr7 102743893 . C T 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6519;QD=58.418;RBI=0.0388018;REFB=0;REVB=0.00118644;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222433;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr7 102948040 . T C 472.95 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0140321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.462;QD=17.5167;RBI=0.0210994;REFB=-0.00887812;REVB=-0.0157571;RO=57;SAF=27;SAR=24;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528896;STB=0.5294;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0117268;OID=.;OPOS=102948040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:24:27:27:30:24:27:27:30 chr7 103007949 . A C 2646.63 PASS AF=1;AO=168;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290718;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.14;QD=62.2736;RBI=0.0316174;REFB=0;REVB=0.0124292;RO=0;SAF=101;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81558e-05;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:168:170:1:67:101:0:0:69:101:0:0 chr7 103124785 . T C 436.94 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=122;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0187518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.294;QD=14.326;RBI=0.0229749;REFB=0.00660959;REVB=0.0132746;RO=70;SAF=24;SAR=26;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685135;STB=0.545796;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0139067;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:72:50:50:0.409836:26:24:29:41:26:24:29:43 chr7 103124788 . C T 433.66 PASS AF=0.393701;AO=49;DP=127;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.00595871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.839;QD=13.6586;RBI=0.021276;REFB=-0.0045756;REVB=-0.0204246;RO=77;SAF=24;SAR=25;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944182;STB=0.547163;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0057242;OID=.;OPOS=103124788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:77:77:49:50:0.393701:25:24:31:46:26:24:31:46 chr7 103155705 . A G 1767.57 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.542;QD=60.9506;RBI=0.0346269;REFB=0;REVB=-0.0345018;RO=0;SAF=42;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.75479e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.81265e-05;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:74:42:0:0:74:42:0:0 chr7 103179595 . A G 894.5 PASS AF=0.403162;AO=102;DP=254;FAO=102;FDP=253;FR=.;FRO=151;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=79;FSRR=72;FWDB=-0.00212868;FXX=0.00784283;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7399;QD=14.1423;RBI=0.032652;REFB=0.0019942;REVB=-0.0325826;RO=149;SAF=44;SAR=58;SRF=78;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980007;STB=0.554992;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.003568;OID=.;OPOS=103179595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:149:151:102:102:0.403162:58:44:78:71:58:44:79:72 chr7 103180872 . A G 511.19 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0226703;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.855;QD=17.0395;RBI=0.0228437;REFB=0.004025;REVB=0.0028086;RO=65;SAF=25;SAR=30;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823644;STB=0.504585;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00661508;OID=.;OPOS=103180872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:65:65:55:55:0.458333:30:25:29:36:30:25:29:36 chr7 103292224 . T C 507.06 PASS AF=0.408759;AO=56;DP=138;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0169169;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.266;QD=14.8048;RBI=0.0182796;REFB=-0.000904605;REVB=0.00692547;RO=81;SAF=24;SAR=32;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169691;STB=0.509551;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00100135;OID=.;OPOS=103292224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:81:81:56:56:0.408759:32:24:36:45:32:24:36:45 chr7 104263425 . T C 488.14 PASS AF=0.971429;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0774698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.944;QD=55.7877;RBI=0.0776075;REFB=-0.0201698;REVB=-0.00462088;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345339;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000191388;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:35:1:1:31:34:0.971429:13:18:0:1:14:20:0:1 chr7 104717517 . C T 388.17 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000175549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7026;QD=21.2695;RBI=0.0275149;REFB=-0.0105612;REVB=-0.0275144;RO=34;SAF=15;SAR=24;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749444;STB=0.541463;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00828509;OID=.;OPOS=104717517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:24:15:16:18:24:15:16:18 chr7 104785779 . T G 234.8 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0010475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.413;QD=19.5665;RBI=0.015218;REFB=-0.0113034;REVB=0.0151819;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638561;STB=0.568206;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00873618;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:25:22:23:0.479167:13:9:11:12:14:9:13:12 chr7 105135603 . G A 784.84 PASS AF=0.438144;AO=79;DP=188;FAO=85;FDP=194;FR=.;FRO=109;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=-0.0012653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.012;QD=16.1822;RBI=0.00269034;REFB=-0.0128412;REVB=0.00237422;RO=109;SAF=40;SAR=39;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055339;STB=0.543331;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0174767;OID=.;OPOS=105135603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:194:109:109:79:85:0.438144:39:40:61:48:44:41:61:48 chr7 105245754 . A G 713.69 PASS AF=0.463415;AO=76;DP=165;FAO=76;FDP=164;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0252895;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.231;QD=17.4069;RBI=0.0253625;REFB=0.00242542;REVB=-0.00192312;RO=88;SAF=40;SAR=36;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912677;STB=0.550563;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0025586;OID=.;OPOS=105245754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:88:88:76:76:0.463415:36:40:38:50:36:40:38:50 chr7 105245877 . G A 473.52 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0207277;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.002;QD=18.5694;RBI=0.0208037;REFB=-0.0211511;REVB=-0.00177765;RO=50;SAF=36;SAR=14;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649019;STB=0.528898;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0200808;OID=.;OPOS=105245877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:52:50:50:0.490196:14:36:33:17:14:36:35:17 chr7 105621512 . G T 853.12 PASS AF=0.51497;AO=81;DP=162;FAO=86;FDP=167;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=0.0211842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.704;QD=20.4339;RBI=0.0212882;REFB=-0.0138365;REVB=0.00210173;RO=78;SAF=26;SAR=55;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757611;STB=0.51801;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.013263;OID=.;OPOS=105621512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:167:78:81:81:86:0.51497:55:26:31:47:55:31:32:49 chr7 105671267 . T C 966.31 PASS AF=0.485437;AO=97;DP=203;FAO=100;FDP=206;FR=.;FRO=106;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=43;FSRR=63;FWDB=-0.000524197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.298;QD=18.7633;RBI=0.000524804;REFB=0.00119362;REVB=2.52367e-05;RO=105;SAF=44;SAR=53;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512685;STB=0.518002;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00123907;OID=.;OPOS=105671267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:206:105:106:97:100:0.485437:53:44:42:63:56:44:43:63 chr7 105848638 . T C 548.96 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0139473;FXX=0.0439512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.033;QD=25.2393;RBI=0.0150881;REFB=-0.0198683;REVB=-0.00575534;RO=36;SAF=21;SAR=29;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245413;STB=0.50638;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0143098;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:36:37:50:50:0.574713:29:21:14:22:29:21:15:22 chr7 105903904 . T C 2539.97 PASS AF=0.988166;AO=166;DP=169;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0466199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.384;QD=60.1175;RBI=0.0593469;REFB=-0.072916;REVB=0.0367239;RO=2;SAF=72;SAR=94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0015278;STB=0.500756;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00244183;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:169:2:2:166:167:0.988166:94:72:1:1:94:73:1:1 chr7 105917482 . A G 302.21 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.011906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9698;QD=19.4974;RBI=0.0455248;REFB=-0.00699858;REVB=0.0439403;RO=28;SAF=20;SAR=12;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487629;STB=0.521726;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00765939;OID=.;OPOS=105917482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:30:32:32:0.516129:12:20:19:9:12:20:20:10 chr7 106508978 . A G 6368.62 PASS AF=1;AO=405;DP=406;FAO=405;FDP=405;FR=.;FRO=0;FSAF=202;FSAR=203;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209381;FXX=0.00246299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1895;QD=62.8999;RBI=0.0850399;REFB=0;REVB=-0.082422;RO=0;SAF=202;SAR=203;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15271e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73733e-05;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:406:405:0:0:405:405:1:203:202:0:0:203:202:0:0 chr7 106508987 . T C 6414.98 PASS AF=1;AO=406;DP=417;FAO=408;FDP=408;FR=.;FRO=0;FSAF=201;FSAR=207;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298732;FXX=0.0215822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.622;QD=62.892;RBI=0.0397566;REFB=0.0393881;REVB=0.0262331;RO=1;SAF=199;SAR=207;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00239241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274881;OID=.;OPOS=106508987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:417:408:1:0:406:408:1:207:199:1:0:207:201:0:0 chr7 106513011 . C T 277.21 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=108;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0201941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.535;QD=10.2669;RBI=0.0312044;REFB=0.00089634;REVB=-0.0237889;RO=71;SAF=7;SAR=29;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415194;STB=0.747274;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00313934;OID=.;OPOS=106513011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:71:72:36:36:0.333333:29:7:37:34:29:7:38:34 chr7 106799997 . G A 236.58 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0302446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4984;QD=15.772;RBI=0.0495508;REFB=0.0200462;REVB=-0.0392498;RO=33;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956183;STB=0.554176;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0266416;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:18:9:14:19:18:9:14:19 chr7 106888946 . TAAAAAAAAAAAAG ATAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAAG 132.49 PASS AF=0.142857,0.571429,0,0.214286;AO=2,4,4,9;DP=32;FAO=4,16,0,6;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=0,3,0,1;FSAR=4,13,0,5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.234563,0.273473,0.243516,0.230292;FXX=0.151469;HRUN=1,12,12,12;LEN=2,1,2,2;MLLD=115.831,6.53471,6.4235,7.75659;QD=18.9274;RBI=0.241077,0.290932,0.274915,0.250601;REFB=-0.0495636,-0.17616,-0.177382,-0.141969;REVB=-0.0556656,-0.0992671,-0.127585,-0.0988267;RO=4;SAF=0,0,1,1;SAR=2,4,3,8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.623114,-0.719948,-0.223593,-0.34935;STB=0.5,0.535671,0.5,0.583085;STBP=1,0.638,1,0.681;TYPE=mnp,del,mnp,del;VARB=-0.070051,0.0472362,0.329837,0.020958;OID=.,.,.,.;OPOS=106888946,106888947,106888958,106888947;OREF=TA,A,AG,AA;OALT=AT,-,GA,-;OMAPALT=ATAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:32:28:4:2:2,4,4,9:4,16,0,6:0.142857,0.571429,0,0.214286:2,4,3,8:0,0,1,1:2:2:4,13,0,5:0,3,0,1:0:2 chr7 107002806 . A G 867.03 PASS AF=0.527607;AO=85;DP=164;FAO=86;FDP=163;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.00436447;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9794;QD=21.2769;RBI=0.00571779;REFB=-0.00544309;REVB=0.00369384;RO=77;SAF=34;SAR=51;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149685;STB=0.578113;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00486805;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:77:77:85:86:0.527607:51:34:44:33:51:35:44:33 chr7 107188719 . G T 646.17 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0210637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8214;QD=18.202;RBI=0.113432;REFB=-0.0120198;REVB=-0.111459;RO=76;SAF=34;SAR=32;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489731;STB=0.527163;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0118057;OID=.;OPOS=107188719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:76:76:66:66:0.464789:32:34:43:33:32:34:43:33 chr7 107208250 . T C 510.39 PASS AF=0.495413;AO=48;DP=104;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0273178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.605;QD=18.7298;RBI=0.0278584;REFB=-0.0162069;REVB=-0.00546167;RO=55;SAF=13;SAR=35;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198893;STB=0.565764;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0140422;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:109:55:55:48:54:0.495413:35:13:25:30:36:18:25:30 chr7 107211632 . G A 926.94 PASS AF=0.502732;AO=92;DP=183;FAO=92;FDP=183;FR=.;FRO=91;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.0479301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.412;QD=20.261;RBI=0.0498585;REFB=-0.0117653;REVB=-0.0137323;RO=91;SAF=40;SAR=52;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465178;STB=0.525542;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00875963;OID=.;OPOS=107211632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:91:91:92:92:0.502732:52:40:35:56:52:40:35:56 chr7 107414419 . A G 2178.78 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.282;QD=63.1531;RBI=0.0165076;REFB=0;REVB=0.00770568;RO=0;SAF=69;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14813e-05;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:68:69:0:0:68:70:0:0 chr7 107423773 . G A 532.99 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00761644;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.619;QD=18.3791;RBI=0.00913614;REFB=0.00316956;REVB=0.00504568;RO=60;SAF=29;SAR=27;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109744;STB=0.560752;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00332717;OID=.;OPOS=107423773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:27:29:24:36:27:29:24:36 chr7 107427322 . A C 594.0 PASS AF=0.455882;AO=61;DP=135;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0340302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.113;QD=17.4705;RBI=0.0343132;REFB=0.000149588;REVB=-0.00439806;RO=74;SAF=26;SAR=35;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210308;STB=0.51671;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.000159988;OID=.;OPOS=107427322;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:74:74:61:62:0.455882:35:26:30:44:35:27:30:44 chr7 107559911 . G A 2101.13 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0527;QD=62.7203;RBI=0.00441348;REFB=0;REVB=-0.00163164;RO=0;SAF=66;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20446e-05;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:68:66:0:0:68:66:0:0 chr7 107564510 . G A 547.89 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.041312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9013;QD=20.4819;RBI=0.0420532;REFB=-0.0280219;REVB=-0.00786096;RO=50;SAF=28;SAR=28;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18933;STB=0.598097;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0287039;OID=.;OPOS=107564510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:51:56:56:0.523364:28:28:14:36:28:28:15:36 chr7 107593989 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.467;QD=63.8709;RBI=0.00514198;REFB=0;REVB=-0.00418811;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76347e-05;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr7 107640330 . C T 578.03 PASS AF=0.513043;AO=59;DP=115;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.017175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.694;QD=20.1052;RBI=0.0386397;REFB=-0.0242983;REVB=-0.0346128;RO=55;SAF=23;SAR=36;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122625;STB=0.563664;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0269265;OID=.;OPOS=107640330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:56:59:59:0.513043:36:23:29:26:36:23:29:27 chr7 107642217 . G A 603.82 PASS AF=0.613636;AO=51;DP=85;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0221992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.13;QD=27.4462;RBI=0.0222607;REFB=-0.0103423;REVB=0.00165349;RO=34;SAF=21;SAR=30;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130083;STB=0.562899;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00904409;OID=.;OPOS=107642217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:34:34:51:54:0.613636:30:21:20:14:31:23:20:14 chr7 107642259 . G C 104.41 PASS AF=0.578947;AO=4;DP=17;FAO=11;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0226855;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.246;QD=21.9808;RBI=0.03504;REFB=-0.0738477;REVB=0.0267053;RO=4;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418587;STB=0.705559;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00801403;OID=.;OPOS=107642259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:19:4:7:4:11:0.578947:2:2:4:0:6:5:7:0 chr7 107738882 . G A 1152.7 PASS AF=0.353846;AO=138;DP=391;FAO=138;FDP=390;FR=.;FRO=252;FSAF=57;FSAR=81;FSRF=113;FSRR=139;FWDB=-0.0122071;FXX=0.010152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.789;QD=11.8226;RBI=0.0126489;REFB=-0.014685;REVB=0.00331385;RO=248;SAF=57;SAR=81;SRF=110;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035401;STB=0.523372;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0255746;OID=.;OPOS=107738882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:390:248:252:138:138:0.353846:81:57:110:138:81:57:113:139 chr7 107738948 . G A 1522.56 PASS AF=0.452514;AO=160;DP=356;FAO=162;FDP=358;FR=.;FRO=196;FSAF=66;FSAR=96;FSRF=81;FSRR=115;FWDB=0.00403506;FXX=0.00278544;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.044;QD=17.0118;RBI=0.00453485;REFB=-0.00160361;REVB=-0.00206958;RO=195;SAF=66;SAR=94;SRF=80;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0023001;STB=0.503317;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00232283;OID=.;OPOS=107738948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:358:195:196:160:162:0.452514:94:66:80:115:96:66:81:115 chr7 107743664 . A G 714.27 PASS AF=0.47651;AO=71;DP=149;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.00420772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.157;QD=19.1751;RBI=0.0386224;REFB=0.0172904;REVB=-0.0383926;RO=78;SAF=31;SAR=40;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096556;STB=0.553434;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0196794;OID=.;OPOS=107743664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:78:78:71:71:0.47651:40:31:42:36:40:31:42:36 chr7 107818851 . T C 1472.32 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000924617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.905;QD=63.3257;RBI=0.0123354;REFB=0;REVB=0.0123007;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65051e-05;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:52:40:0:0:53:40:0:0 chr7 107824677 . TA T,TG 1842.27 PASS AF=0.0327869,0.967213;AO=16,104;DP=124;FAO=4,118;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=4,79;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818652,0.0796831;FXX=0.0161277;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.5861,111.486;QD=60.4024;RBI=0.0819448,0.0829684;REFB=0,0;REVB=-0.00360962,0.0231162;RO=0;SAF=15,67;SAR=1,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0637223,0.0057188;OID=.,.;OPOS=107824678,107824678;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0327869,0.967213:16,104:124:4,118:122:0:4,79:0,39:0:0:8:0:15,67:1,37:0:0 chr7 107824889 . C G 990.47 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.504;QD=59.1323;RBI=0.0417946;REFB=0;REVB=0.0141217;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181549;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:32:34:0:0:32:35:0:0 chr7 107834613 . G C 1491.52 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0917215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.558;QD=58.4909;RBI=0.0925798;REFB=-0.0415579;REVB=0.0125775;RO=1;SAF=44;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106601;STB=0.505617;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000306647;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:57:44:1:0:57:44:1:0 chr7 107834734 . C T 1935.02 PASS AF=0.992188;AO=122;DP=124;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00200798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.806;QD=60.4693;RBI=0.0203323;REFB=0.00192609;REVB=0.020233;RO=1;SAF=60;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785219;STB=0.503999;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000434802;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:128:1:1:122:127:0.992188:62:60:1:0:65:62:1:0 chr7 107838464 . G T 1834.49 PASS AF=1;AO=117;DP=122;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368985;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.153;QD=61.1495;RBI=0.126283;REFB=0;REVB=-0.126229;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182442;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:120:0:0:117:120:1:60:57:0:0:63:57:0:0 chr7 107849907 . CG C,CA 2282.89 PASS AF=0.137255,0.862745;AO=28,104;DP=155;FAO=21,132;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=20,52;FSAR=1,80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00162048,-0.0139588;FXX=0.0129024;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.378,91.5075;QD=59.6834;RBI=0.0397165,0.0149911;REFB=0,0;REVB=-0.0396834,0.00546678;RO=0;SAF=2,58;SAR=26,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0154271,-0.00193368;OID=.,.;OPOS=107849908,107849908;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.137255,0.862745:28,104:155:21,132:153:0:20,52:1,80:0:0:76:0:2,58:26,46:0:0 chr7 107849909 . T A 183.82 PASS AF=0.197531;AO=27;DP=157;FAO=32;FDP=162;FR=.;FRO=130;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=71;FSRR=59;FWDB=-0.0136065;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=96.5136;QD=4.53885;RBI=0.048574;REFB=-0.00413714;REVB=0.0466293;RO=130;SAF=2;SAR=25;SRF=71;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633828;STB=0.890196;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0103193;OID=.;OPOS=107849909;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:162:130:130:27:32:0.197531:25:2:71:59:29:3:71:59 chr7 107864246 . TAA ATA,TA,TAT 236.92 PASS AF=0,0.167173,0.0729483;AO=17,52,12;DP=333;FAO=0,55,24;FDP=329;FR=.;FRO=250;FSAF=0,8,0;FSAR=0,47,24;FSRF=131;FSRR=119;FWDB=-0.00440443,0.0841027,-0.009214;FXX=0.0149696;HRUN=2,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=167.896,10.9751,177.573;QD=2.88044;RBI=0.0294255,0.0844652,0.0269028;REFB=-0.00102502,-0.0582102,-0.00268043;REVB=-0.029094,0.00781797,-0.0252757;RO=213;SAF=0,19,0;SAR=17,33,12;SRF=106;SRR=107;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.583053,-0.172671,-0.506642;STB=0.5,0.830937,0.999565;STBP=1,0,0;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0640064,-0.0471861,0.226454;OID=.,.,.;OPOS=107864246,107864247,107864248;OREF=TA,A,A;OALT=AT,-,T;OMAPALT=ATA,TA,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:333:329:213:250:17,52,12:0,55,24:0,0.167173,0.0729483:17,33,12:0,19,0:106:107:0,47,24:0,8,0:131:119 chr7 107872816 . G A 486.35 PASS AF=0.379085;AO=58;DP=153;FAO=58;FDP=153;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=0.00204555;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.671;QD=12.7149;RBI=0.0113177;REFB=-0.016281;REVB=0.0111313;RO=94;SAF=28;SAR=30;SRF=54;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999301;STB=0.553039;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0200538;OID=.;OPOS=107872816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:94:95:58:58:0.379085:30:28:54:40:30:28:54:41 chr7 107875170 . T C 1489.32 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0170882;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.468;QD=61.4152;RBI=0.0217628;REFB=0.0435678;REVB=0.0134763;RO=1;SAF=20;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023114;STB=0.503311;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-3.28427e-05;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:98:97:1:1:95:96:0.989691:75:20:1:0:75:21:0:1 chr7 112101907 . ATTT ATTA,ATT 300.22 PASS AF=0.449275,0.42029;AO=11,15;DP=78;FAO=31,29;FDP=69;FR=.;FRO=9;FSAF=7,26;FSAR=24,3;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0752863,-0.674029;FXX=0.137483;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=141.564,2.79917;QD=17.4038;RBI=0.0800685,0.677797;REFB=0.00529534,-0.0323776;REVB=0.0272568,0.0713731;RO=10;SAF=0,15;SAR=11,0;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.838184,0.810421;STB=0.695516,0.573726;STBP=0,0.34;TYPE=snp,del;VARB=-0.0442815,0.063496;OID=.,.;OPOS=112101910,112101908;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTA,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.449275,0.42029:11,15:78:31,29:69:9:7,26:24,3:9:0:99:10:0,15:11,0:8:2 chr7 112722278 . A AC,C 700.87 PASS AF=0.395833,0.604167;AO=17,24;DP=48;FAO=19,29;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=10,18;FSAR=9,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260067,0.0389343;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=101.394,102.956;QD=58.4055;RBI=0.0307472,0.0423028;REFB=0,0;REVB=-0.0164025,-0.0165423;RO=1;SAF=8,13;SAR=9,11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0538535,-0.0343222;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00290866,0.00858029;OID=.,.;OPOS=112722279,112722278;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:48:48:1:0:17,24:19,29:0.395833,0.604167:9,11:8,13:1:0:9,11:10,18:0:0 chr7 112724417 . A G 1134.71 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.014768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5994;QD=54.6849;RBI=0.0230233;REFB=-0.132125;REVB=0.0176629;RO=3;SAF=25;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260397;STB=0.505474;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00691794;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:83:83:3:5:78:78:0.939759:53:25:0:3:53:25:2:3 chr7 112724525 . A G 825.56 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0112236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.313;QD=54.1348;RBI=0.0163826;REFB=0.0135263;REVB=-0.011934;RO=2;SAF=27;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217703;STB=0.501399;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.000161055;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:61:2:2:58:59:0.967213:31:27:1:1:32:27:1:1 chr7 113518434 . C A 716.82 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0771613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4991;QD=62.3318;RBI=0.0814638;REFB=0;REVB=0.0261243;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019995;OID=.;OPOS=113518434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:29:16:0:0:30:16:0:0 chr7 113518502 . A T 1570.86 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00712193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.563;QD=58.7236;RBI=0.0165179;REFB=-0.0372325;REVB=0.0149037;RO=1;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855122;STB=0.504504;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000276758;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:55:51:0:1:55:51:0:1 chr7 113519719 . A T 1619.48 PASS AF=0.99115;AO=100;DP=102;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00991936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.719;QD=57.3268;RBI=0.053056;REFB=-0.139056;REVB=0.0521205;RO=2;SAF=48;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000744985;STB=0.504672;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000242607;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:113:2:1:100:112:0.99115:52:48:1:1:59:53:1:0 chr7 113519796 . C T 1396.21 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5686;QD=62.751;RBI=0.0296481;REFB=0;REVB=-0.0259007;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105491;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr7 114296545 . A C 652.52 PASS AF=0.467105;AO=70;DP=147;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0444475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2639;QD=17.1716;RBI=0.0618821;REFB=-0.0153533;REVB=0.043056;RO=77;SAF=38;SAR=32;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713145;STB=0.536222;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0130948;OID=.;OPOS=114296545;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:152:77:81:70:71:0.467105:32:38:36:41:32:39:39:42 chr7 114619598 . C A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.719;QD=61.684;RBI=0.0194472;REFB=0;REVB=0.00493166;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35511e-05;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr7 115578124 . G T 1572.81 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7665;QD=59.9167;RBI=0.0599308;REFB=0;REVB=-0.0476569;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70118e-05;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr7 115890510 . C T 506.97 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0309158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9375;QD=17.9457;RBI=0.0332363;REFB=-0.0122961;REVB=0.0122009;RO=58;SAF=20;SAR=34;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761527;STB=0.547617;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0143977;OID=.;OPOS=115890510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:59:54:54:0.477876:34:20:26:32:34:20:27:32 chr7 115892650 . T G 401.66 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0175153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.026;QD=13.5013;RBI=0.0175506;REFB=-0.00292058;REVB=0.00111297;RO=70;SAF=15;SAR=32;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125891;STB=0.5734;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00465021;OID=.;OPOS=115892650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:70:72:47:47:0.394958:32:15:30:40:32:15:31:41 chr7 115897392 . G C 785.33 PASS AF=0.468571;AO=82;DP=175;FAO=82;FDP=175;FR=.;FRO=93;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=-0.00749755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.662;QD=17.9504;RBI=0.00863845;REFB=-0.0119768;REVB=0.00429063;RO=93;SAF=54;SAR=28;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697809;STB=0.538684;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0130854;OID=.;OPOS=115897392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:93:93:82:82:0.468571:28:54:55:38:28:54:55:38 chr7 116146127 . C T 1011.48 PASS AF=0.561404;AO=96;DP=171;FAO=96;FDP=171;FR=.;FRO=75;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0324763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.957;QD=23.6603;RBI=0.0526962;REFB=0.00339579;REVB=-0.0414991;RO=75;SAF=48;SAR=48;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375786;STB=0.520464;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00301013;OID=.;OPOS=116146127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:75:75:96:96:0.561404:48:48:41:34:48:48:41:34 chr7 116165360 . A C,G 2124.43 PASS AF=0.935714,0.0642857;AO=129,8;DP=138;FAO=131,9;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=72,8;FSAR=59,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000817682,-0.00715728;FXX=0.0070917;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.4453,151.539;QD=60.6981;RBI=0.00397128,0.0153581;REFB=0,0;REVB=-0.00388619,-0.0135884;RO=0;SAF=70,8;SAR=59,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0109132,0.0515835;OID=.,.;OPOS=116165360,116165360;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:138:140:0:0:129,8:131,9:0.935714,0.0642857:59,0:70,8:0:0:59,1:72,8:0:0 chr7 116165463 . T C 1937.92 PASS AF=0.875;AO=136;DP=157;FAO=147;FDP=168;FR=.;FRO=21;FSAF=103;FSAR=44;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00349623;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.466;QD=46.1409;RBI=0.0215799;REFB=-0.0158994;REVB=0.0212948;RO=21;SAF=96;SAR=40;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401667;STB=0.518963;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0179405;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:157:168:21:21:136:147:0.875:40:96:12:9:44:103:12:9 chr7 116165464 . T C 55.63 PASS AF=0.10303;AO=17;DP=166;FAO=17;FDP=165;FR=.;FRO=148;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=104;FSRR=44;FWDB=-0.00688809;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.08;QD=1.34859;RBI=0.04163;REFB=-0.00182063;REVB=-0.0410562;RO=148;SAF=9;SAR=8;SRF=104;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22195;STB=0.658727;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.13256;OID=.;OPOS=116165464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:166:165:148:148:17:17:0.10303:8:9:104:44:8:9:104:44 chr7 116199122 . C A 583.92 PASS AF=0.330357;AO=74;DP=225;FAO=74;FDP=224;FR=.;FRO=150;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=74;FSRR=76;FWDB=0.00938822;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1939;QD=10.4272;RBI=0.0172746;REFB=-0.0072398;REVB=0.0145008;RO=148;SAF=34;SAR=40;SRF=73;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393638;STB=0.522743;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0124997;OID=.;OPOS=116199122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:148:150:74:74:0.330357:40:34:73:75:40:34:74:76 chr7 116364823 . CA C 475.44 PASS AF=0.485981;AO=51;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00986678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.958;QD=17.7735;RBI=0.00986751;REFB=-0.0201017;REVB=-0.000119598;RO=53;SAF=18;SAR=33;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971432;STB=0.548113;STBP=0.342;TYPE=del;VARB=0.0165841;OID=.;OPOS=116364824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485981:51:107:52:107:55:19:33:25:30:99:53:18:33:24:29 chr7 116435768 . C T 3083.66 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214637;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.042;QD=61.3663;RBI=0.0325361;REFB=0.00721922;REVB=-0.0244522;RO=0;SAF=95;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52377e-06;OID=.;OPOS=116435768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:203:201:0:0:201:201:1:106:95:0:0:106:95:0:0 chr7 116436022 . G A 3219.9 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.268;QD=61.9212;RBI=0.0317275;REFB=0;REVB=-0.0205265;RO=0;SAF=110;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86221e-06;OID=.;OPOS=116436022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:208:0:0:207:208:1:97:110:0:0:98:110:0:0 chr7 116436097 . G A 4661.67 PASS AF=1;AO=291;DP=292;FAO=292;FDP=292;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190864;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0472;QD=63.8585;RBI=0.0209761;REFB=0;REVB=0.00870074;RO=0;SAF=132;SAR=159;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12576e-05;OID=.;OPOS=116436097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:292:292:0:0:291:292:1:159:132:0:0:160:132:0:0 chr7 116437606 . G A 3119.77 PASS AF=1;AO=196;DP=198;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744655;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.917;QD=63.6687;RBI=0.00948155;REFB=-0.109522;REVB=0.00586929;RO=1;SAF=94;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464642;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79472e-05;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:196:1:0:196:196:1:102:94:0:1:102:94:0:0 chr7 116437685 . A T 39.3 PASS AF=0.0844156;AO=12;DP=154;FAO=13;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=141;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=87;FWDB=-0.0331042;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.1254;QD=1.02084;RBI=0.0463699;REFB=-0.015258;REVB=-0.0324697;RO=112;SAF=3;SAR=9;SRF=42;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166027;STB=0.661751;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0992619;OID=.;OPOS=116437685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:154:154:112:141:12:13:0.0844156:9:3:42:70:10:3:54:87 chr7 116558716 . G A 712.98 PASS AF=0.521739;AO=69;DP=139;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=56;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=11;FWDB=-0.00761495;FXX=0.0212751;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.667;QD=20.6662;RBI=0.0189876;REFB=-0.00639536;REVB=-0.0173938;RO=65;SAF=56;SAR=13;SRF=55;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517674;STB=0.540135;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00584542;OID=.;OPOS=116558716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:65:66:69:72:0.521739:13:56:55:10:16:56:55:11 chr7 116596697 . A G 3259.62 PASS AF=1;AO=211;DP=213;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060462;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.767;QD=61.7937;RBI=0.017617;REFB=-0.0821321;REVB=0.016547;RO=1;SAF=85;SAR=126;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188929;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:213:211:1:0:211:211:1:126:85:1:0:126:85:0:0 chr7 116598724 . C T 773.44 PASS AF=0.468208;AO=81;DP=173;FAO=81;FDP=173;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.00762703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.334;QD=17.883;RBI=0.0187307;REFB=0.00411715;REVB=-0.0171075;RO=92;SAF=37;SAR=44;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312018;STB=0.517272;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00630763;OID=.;OPOS=116598724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:92:92:81:81:0.468208:44:37:45:47:44:37:45:47 chr7 116598735 . A G 836.71 PASS AF=0.535484;AO=83;DP=155;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0457743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5757;QD=21.5926;RBI=0.0496265;REFB=-0.0130013;REVB=0.0191703;RO=72;SAF=40;SAR=43;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674847;STB=0.536904;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00832378;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:72:72:83:83:0.535484:43:40:29:43:43:40:29:43 chr7 117024820 . T G 512.37 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.106037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.046;QD=21.5732;RBI=0.110152;REFB=-0.0148655;REVB=0.0298258;RO=46;SAF=24;SAR=25;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894733;STB=0.50494;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.019586;OID=.;OPOS=117024820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:25:24:23:23:25:24:23:23 chr7 117160988 . A G 340.19 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00379772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0914;QD=20.9346;RBI=0.00692883;REFB=-0.00288439;REVB=-0.00579534;RO=30;SAF=14;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187408;STB=0.515914;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00366662;OID=.;OPOS=117160988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:34:35:0.538462:20:14:13:17:21:14:13:17 chr7 117170774 . G A 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0092209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.797;QD=10.366;RBI=0.00982751;REFB=-0.00872818;REVB=0.00339923;RO=43;SAF=6;SAR=16;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398991;STB=0.733123;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0104761;OID=.;OPOS=117170774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:16:6:27:16:16:6:27:16 chr7 117188736 . C A 73.19 PASS AF=0.206897;AO=11;DP=57;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0169475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.768;QD=5.04763;RBI=0.0208766;REFB=-0.0082241;REVB=0.0121907;RO=45;SAF=1;SAR=10;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43403;STB=0.806687;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0353609;OID=.;OPOS=117188736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:57:58:45:46:11:12:0.206897:10:1:15:30:11:1:15:31 chr7 117188750 . C T 32.63 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.00689936;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.773;QD=1.97747;RBI=0.0125933;REFB=0.00031043;REVB=0.0105352;RO=60;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265423;STB=0.722144;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00235317;OID=.;OPOS=117188750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:66:60:59:7:7:0.106061:6:1:19:41:6:1:19:40 chr7 117199533 . G A 722.92 PASS AF=0.435754;AO=78;DP=180;FAO=78;FDP=179;FR=.;FRO=101;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.00361259;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.863;QD=16.1546;RBI=0.020432;REFB=0.00199755;REVB=-0.0201101;RO=101;SAF=37;SAR=41;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000901764;STB=0.500503;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00286319;OID=.;OPOS=117199533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:101:101:78:78:0.435754:41:37:48:53:41:37:48:53 chr7 117235055 . T G 1074.55 PASS AF=0.452756;AO=115;DP=254;FAO=115;FDP=254;FR=.;FRO=139;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=59;FSRR=80;FWDB=-0.011323;FXX=0.00781219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.133;QD=16.922;RBI=0.0294798;REFB=0.0100442;REVB=0.0272186;RO=139;SAF=51;SAR=64;SRF=59;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190879;STB=0.510565;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0126312;OID=.;OPOS=117235055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:139:139:115:115:0.452756:64:51:59:80:64:51:59:80 chr7 117351602 . G T 672.42 PASS AF=0.265252;AO=96;DP=376;FAO=100;FDP=377;FR=.;FRO=277;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=121;FSRR=156;FWDB=0.00124735;FXX=0.00527691;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7557;QD=7.13445;RBI=0.0252379;REFB=-0.0194037;REVB=-0.0252071;RO=242;SAF=52;SAR=44;SRF=110;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106466;STB=0.575362;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0295554;OID=.;OPOS=117351602;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:377:242:277:96:100:0.265252:44:52:110:132:46:54:121:156 chr7 117825681 . A G 880.37 PASS AF=0.481081;AO=89;DP=184;FAO=89;FDP=185;FR=.;FRO=96;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=0.0255779;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2255;QD=19.035;RBI=0.0256206;REFB=0.0246596;REVB=-0.00147936;RO=95;SAF=48;SAR=41;SRF=55;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374567;STB=0.517584;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.0255363;OID=.;OPOS=117825681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:95:96:89:89:0.481081:41:48:55:40:41:48:55:41 chr7 120428799 . C A 3655.39 PASS AF=0.987342;AO=234;DP=237;FAO=234;FDP=237;FR=.;FRO=3;FSAF=111;FSAR=123;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0164665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.731;QD=61.6944;RBI=0.019769;REFB=0.137471;REVB=0.0109393;RO=1;SAF=111;SAR=123;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427416;STB=0.506666;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00030935;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:237:237:1:3:234:234:0.987342:123:111:1:0:123:111:3:0 chr7 120704289 . C T 1744.86 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.888;QD=60.1678;RBI=0.00587881;REFB=0;REVB=0.00546825;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68514e-05;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:116:0:0:111:116:1:57:54:0:0:62:54:0:0 chr7 120740103 . G A,T 3874.7 PASS AF=0.0393701,0.96063;AO=9,244;DP=253;FAO=10,244;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=0,107;FSAR=10,137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202534,0.0118788;FXX=0.00392141;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=48.0521,96.6222;QD=61.0188;RBI=0.0203958,0.0176837;REFB=0,0;REVB=0.020295,0.0131;RO=0;SAF=0,107;SAR=9,137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0279815,-4.96044e-05;OID=.,.;OPOS=120740103,120740103;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:253:254:0:0:9,244:10,244:0.0393701,0.96063:9,137:0,107:0:0:10,137:0,107:0:0 chr7 120764477 . G C 953.47 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6655;QD=58.6748;RBI=0.0337361;REFB=0;REVB=-0.0257699;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77476e-05;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:62:65:1:35:27:0:0:35:30:0:0 chr7 120765954 . T C 1492.48 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00990257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.844;QD=58.5286;RBI=0.014699;REFB=-0.0430439;REVB=-0.0108628;RO=1;SAF=46;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102003;STB=0.505375;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-2.20629e-05;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:99:101:0.990196:53:46:1:0:55:46:1:0 chr7 120773954 . A G 102.18 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0239816;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=111.834;QD=9.73154;RBI=0.024428;REFB=-0.00563819;REVB=0.00464834;RO=27;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145263;STB=0.571312;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0109172;OID=.;OPOS=120773954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:29:13:13:0.309524:10:3:9:18:10:3:9:20 chr7 120776097 . C G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.819;QD=57.6807;RBI=0.0311477;REFB=0;REVB=0.0310197;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69035e-05;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr7 121616250 . G A 636.05 PASS AF=0.467626;AO=65;DP=140;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.00124129;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.881;QD=18.3035;RBI=0.00539083;REFB=-0.00359025;REVB=-0.00524597;RO=74;SAF=27;SAR=38;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167809;STB=0.509311;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00359651;OID=.;OPOS=121616250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:74:74:65:65:0.467626:38:27:32:42:38:27:32:42 chr7 121653177 . A G 865.33 PASS AF=0.52795;AO=84;DP=166;FAO=85;FDP=161;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.00850457;FXX=0.0473345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.711;QD=21.4989;RBI=0.0257086;REFB=-0.00536906;REVB=0.0242612;RO=74;SAF=39;SAR=45;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050849;STB=0.518;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00564628;OID=.;OPOS=121653177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:161:74:76:84:85:0.52795:45:39:30:44:46:39:32:44 chr7 121653250 . G A 214.63 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=6.31944e-05;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.397;QD=20.4411;RBI=0.0052336;REFB=-0.0152145;REVB=-0.00523321;RO=21;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143476;STB=0.555501;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.012828;OID=.;OPOS=121653250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:21:21:21:0.5:15:6:9:12:15:6:8:13 chr7 121653398 . G A 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0379018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.392;QD=16.5329;RBI=0.046564;REFB=-0.000224305;REVB=-0.0270493;RO=42;SAF=13;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583519;STB=0.540683;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.000103131;OID=.;OPOS=121653398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:22:13:18:24:22:13:19:24 chr7 122303321 . C T 406.4 PASS AF=0.369231;AO=48;DP=131;FAO=48;FDP=130;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.00393465;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.463;QD=12.5047;RBI=0.0132966;REFB=-0.00634595;REVB=-0.0127011;RO=82;SAF=23;SAR=25;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174775;STB=0.509957;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0129518;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:82:82:48:48:0.369231:25:23:38:44:25:23:38:44 chr7 122342885 . T C 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00308188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.824;QD=19.4668;RBI=0.00309883;REFB=-0.00839956;REVB=0.000323679;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115537;STB=0.565159;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00666849;OID=.;OPOS=122342885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:9:15:11:11:9:15 chr7 122635024 . C T 1661.41 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00248241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.774;QD=59.3361;RBI=0.0101619;REFB=0.0408739;REVB=-0.00985408;RO=1;SAF=48;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978793;STB=0.505154;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-1.51044e-05;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:63:48:1:0:63:48:1:0 chr7 122809234 . T C 792.91 PASS AF=0.573643;AO=73;DP=129;FAO=74;FDP=129;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0159297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.801;QD=24.5863;RBI=0.0237269;REFB=-0.0119382;REVB=0.0175843;RO=55;SAF=36;SAR=37;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268764;STB=0.517381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00711966;OID=.;OPOS=122809234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:55:55:73:74:0.573643:37:36:29:26:38:36:29:26 chr7 123197005 . TAAAAAAAT TAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAT,TAAAAAATT,TAAAAATAT 92.41 PASS AF=0.0555556,0,0.462963,0,0.0185185;AO=8,3,13,3,3;DP=70;FAO=3,0,25,0,1;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=1,0,17,0,1;FSAR=2,0,8,0,0;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0578879,0.0240893,0.0233576,-0.0298878,-0.00525687;FXX=0.156226;HRUN=7,4,7,7,7;LEN=2,1,1,1,1;MLLD=13.5056,15.0604,7.97547,10.9105,210.557;QD=6.84551;RBI=0.170842,0.119646,0.286858,0.128315,0.0199424;REFB=0.00737454,0.0477025,-0.037402,-0.050527,0.0037662;REVB=0.160735,-0.117196,0.285906,0.124786,0.019237;RO=22;SAF=6,3,12,2,3;SAR=2,0,1,1,0;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.351349,0.602032,0.617966,0.226546,0.602032;STB=0.633239,0.5,0.606024,0.5,0.990174;STBP=0.689,1,0.148,1,0.464;TYPE=del,snp,del,snp,snp;VARB=-0.00136048,0.0274381,0.117557,0,0.0251171;OID=.,.,.,.,.;OPOS=123197012,123197013,123197006,123197012,123197011;OREF=AT,T,A,A,A;OALT=-,A,-,T,T;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAT,TAAAAAATT,TAAAAATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0555556,0,0.462963,0,0.0185185:8,3,13,3,3:70:3,0,25,0,1:54:25:1,0,17,0,1:2,0,8,0,0:12:13:65:22:6,3,12,2,3:2,0,1,1,0:10:12 chr7 123256427 . C T 675.08 PASS AF=0.570175;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=114;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0514802;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2278;QD=23.687;RBI=0.0556794;REFB=0.003384;REVB=-0.0212129;RO=48;SAF=28;SAR=37;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112114;STB=0.509931;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00278239;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:48:49:65:65:0.570175:37:28:20:28:37:28:20:29 chr7 123264804 . C T 797.68 PASS AF=0.468927;AO=83;DP=177;FAO=83;FDP=177;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.0242708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.324;QD=18.0266;RBI=0.0349467;REFB=0.0166389;REVB=-0.0251435;RO=94;SAF=33;SAR=50;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00666513;STB=0.503688;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0192457;OID=.;OPOS=123264804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:94:94:83:83:0.468927:50:33:38:56:50:33:38:56 chr7 123269118 . G C 492.89 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0246257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5525;QD=16.0289;RBI=0.0404557;REFB=0.0111338;REVB=0.0320973;RO=67;SAF=26;SAR=28;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335359;STB=0.509954;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0250398;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:67:69:54:54:0.439024:28:26:30:37:28:26:32:37 chr7 123301940 . A G 339.12 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0290106;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5636;QD=13.2988;RBI=0.0584375;REFB=-0.00620252;REVB=0.050728;RO=62;SAF=17;SAR=23;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289725;STB=0.516459;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0139446;OID=.;OPOS=123301940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:62:62:40:40:0.392157:23:17:28:34:23:17:28:34 chr7 123321978 . C A 157.61 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0339304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.015;QD=11.4623;RBI=0.0341902;REFB=-5.20107e-05;REVB=-0.00420708;RO=34;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241995;STB=0.660212;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-3.00243e-05;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:35:19:20:0.363636:13:6:18:16:14:6:19:16 chr7 123388732 . G A 3581.32 PASS AF=0.508607;AO=310;DP=646;FAO=325;FDP=639;FR=.,HEALED;FRO=282;FSAF=126;FSAR=199;FSRF=165;FSRR=117;FWDB=-0.0111363;FXX=0.0108357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.705;QD=22.4183;RBI=0.0210225;REFB=-0.0254671;REVB=-0.0178306;RO=219;SAF=124;SAR=186;SRF=162;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256659;STB=0.592565;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0187697;OID=.;OPOS=123388732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:646:639:219:282:310:325:0.508607:186:124:162:57:199:126:165:117 chr7 124116470 . A G 302.34 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0255434;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.01;QD=24.6808;RBI=0.026501;REFB=-0.00578266;REVB=0.00705944;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154093;STB=0.585523;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0040457;OID=.;OPOS=124116470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:15:12:14:8:15:12:14:8 chr7 124387092 . C G 1044.49 PASS AF=0.526316;AO=100;DP=190;FAO=100;FDP=190;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.033273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0511;QD=21.9892;RBI=0.0527;REFB=-0.00912497;REVB=0.0408681;RO=89;SAF=43;SAR=57;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224791;STB=0.514551;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0109753;OID=.;OPOS=124387092;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:89:90:100:100:0.526316:57:43:36:53:57:43:36:54 chr7 124387374 . A G 145.16 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0746;QD=44.6646;RBI=0.123948;REFB=0;REVB=-0.118558;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00706243;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr7 124486980 . T C 2191.66 PASS AF=1;AO=110;DP=146;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154823;FXX=0.0273954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.364;QD=61.7368;RBI=0.138385;REFB=0;REVB=0.137516;RO=0;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307115;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:142:0:0:110:142:1:46:64:0:0:55:87:0:0 chr7 124540841 . A C 631.6 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.0138852;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8418;QD=22.557;RBI=0.0405514;REFB=0.0116443;REVB=0.0381001;RO=49;SAF=38;SAR=24;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106597;STB=0.551537;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00975712;OID=.;OPOS=124540841;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:49:50:62:62:0.553571:24:38:36:13:24:38:36:14 chr7 124540872 . C T 837.65 PASS AF=0.535484;AO=83;DP=153;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.00972424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.751;QD=21.6169;RBI=0.0300202;REFB=-0.0304853;REVB=0.0284016;RO=66;SAF=54;SAR=29;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144141;STB=0.512974;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0228719;OID=.;OPOS=124540872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:66:72:83:83:0.535484:29:54:44:22:29:54:45:27 chr7 127222157 . G A 2250.68 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9516;QD=63.3994;RBI=0.0177467;REFB=0;REVB=0.00940681;RO=0;SAF=75;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52869e-05;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:67:75:0:0:67:75:0:0 chr7 127224286 . A G 1937.94 PASS AF=1;AO=111;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.21;QD=61.5218;RBI=0.0316276;REFB=0;REVB=0.00970187;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393834;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:126:0:0:111:126:1:50:61:0:0:57:69:0:0 chr7 127250907 . T C 567.24 PASS AF=0.54717;AO=49;DP=98;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=7;FWDB=0.0174536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1484;QD=21.4052;RBI=0.12675;REFB=-0.00720389;REVB=0.125543;RO=48;SAF=34;SAR=15;SRF=41;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183849;STB=0.630654;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00636352;OID=.;OPOS=127250907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:106:48:48:49:58:0.54717:15:34:41:7:24:34:41:7 chr7 127251188 . T G 837.8 PASS AF=0.536913;AO=77;DP=146;FAO=80;FDP=149;FR=.;FRO=69;FSAF=59;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.00494101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.9;QD=22.4913;RBI=0.00932197;REFB=-0.0231207;REVB=-0.00790478;RO=65;SAF=57;SAR=20;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126212;STB=0.586575;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0184625;OID=.;OPOS=127251188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:65:69:77:80:0.536913:20:57:40:25:21:59:40:29 chr7 127253550 . C T 862.52 PASS AF=0.390244;AO=96;DP=245;FAO=96;FDP=246;FR=.;FRO=150;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=70;FSRR=80;FWDB=0.00208132;FXX=0.0120477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.497;QD=14.0247;RBI=0.0092936;REFB=-0.00906272;REVB=-0.00905754;RO=149;SAF=34;SAR=62;SRF=69;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123244;STB=0.571819;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0139935;OID=.;OPOS=127253550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:246:149:150:96:96:0.390244:62:34:69:80:62:34:70:80 chr7 127253829 . T C 1014.12 PASS AF=0.462882;AO=105;DP=227;FAO=106;FDP=229;FR=.;FRO=123;FSAF=70;FSAR=36;FSRF=64;FSRR=59;FWDB=-0.00770384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.088;QD=17.7139;RBI=0.00890285;REFB=0.00262183;REVB=-0.00446226;RO=122;SAF=70;SAR=35;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154471;STB=0.579556;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0026243;OID=.;OPOS=127253829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:229:122:123:105:106:0.462882:35:70:63:59:36:70:64:59 chr7 127669584 . T C 785.59 PASS AF=0.44385;AO=83;DP=187;FAO=83;FDP=187;FR=.;FRO=104;FSAF=56;FSAR=27;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=0.00119414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.446;QD=16.8041;RBI=0.00499534;REFB=-0.000381147;REVB=0.00485051;RO=101;SAF=56;SAR=27;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138211;STB=0.575937;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000499092;OID=.;OPOS=127669584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:101:104:83:83:0.44385:27:56:55:46:27:56:57:47 chr7 127669857 . A T 930.49 PASS AF=0.532164;AO=91;DP=171;FAO=91;FDP=171;FR=.;FRO=80;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0192541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.202;QD=21.7659;RBI=0.0192542;REFB=-0.0269525;REVB=5.40003e-05;RO=77;SAF=43;SAR=48;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394058;STB=0.518715;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.021406;OID=.;OPOS=127669857;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:77:80:91:91:0.532164:48:43:40:37:48:43:41:39 chr7 127721507 . T C 810.59 PASS AF=0.491124;AO=82;DP=169;FAO=83;FDP=169;FR=.;FRO=86;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.0130096;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.012;QD=19.1856;RBI=0.0164642;REFB=-0.00337292;REVB=0.0100907;RO=85;SAF=47;SAR=35;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300296;STB=0.5165;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0043391;OID=.;OPOS=127721507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:85:86:82:83:0.491124:35:47:46:39:35:48:47:39 chr7 127732268 . G A 179.93 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00526964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.7153;QD=14.1123;RBI=0.0161068;REFB=-0.0108288;REVB=-0.0152204;RO=27;SAF=14;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389704;STB=0.521718;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0141884;OID=.;OPOS=127732268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:27:30:20:21:0.411765:6:14:18:9:7:14:19:11 chr7 127990657 . G T 291.39 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00269086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.494;QD=14.3898;RBI=0.0314778;REFB=-0.0115247;REVB=0.0313626;RO=45;SAF=20;SAR=13;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645798;STB=0.526707;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0151735;OID=.;OPOS=127990657;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:48:33:33:0.407407:13:20:27:18:13:20:27:21 chr7 127992437 . C G 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00738569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.172;QD=18.4411;RBI=0.0827641;REFB=-0.0448027;REVB=-0.0824339;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241378;STB=0.639731;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0225947;OID=.;OPOS=127992437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:4:5:3:8:4:5 chr7 128034629 . C T 673.23 PASS AF=0.536585;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=123;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0137099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.327;QD=21.8936;RBI=0.0138875;REFB=0.00431769;REVB=-0.00221367;RO=57;SAF=32;SAR=34;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202161;STB=0.511086;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00301055;OID=.;OPOS=128034629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:57:57:66:66:0.536585:34:32:29:28:34:32:29:28 chr7 128133984 . G A 1245.85 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318781;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.866;QD=61.5233;RBI=0.0377763;REFB=0;REVB=-0.0202691;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76559e-05;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:34:47:0:0 chr7 128312450 . C T 1033.31 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191127;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.975;QD=58.2147;RBI=0.0289085;REFB=-0.00807925;REVB=0.0216888;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000278572;OID=.;OPOS=128312450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:0:1:70:70:0.985915:32:38:0:0:32:38:1:0 chr7 128312541 . G T 346.97 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0217921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7147;QD=14.6092;RBI=0.0291707;REFB=0.00742972;REVB=-0.0193916;RO=57;SAF=19;SAR=19;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835595;STB=0.547344;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0144037;OID=.;OPOS=128312541;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:19:19:33:24:19:19:33:24 chr7 128371206 . G A 2197.73 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.124;QD=63.2441;RBI=0.0173116;REFB=0;REVB=0.0145421;RO=0;SAF=54;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83088e-06;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:85:54:0:0:85:54:0:0 chr7 128371298 . C T 355.01 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0307085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7545;QD=16.3221;RBI=0.0476807;REFB=-0.0162345;REVB=-0.0364752;RO=48;SAF=10;SAR=28;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132278;STB=0.570558;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0213324;OID=.;OPOS=128371298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:49:38:38:0.436782:28:10:18:30:28:10:18:31 chr7 128441545 . G C 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0121019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.599;QD=20.4948;RBI=0.0159015;REFB=0.00462385;REVB=0.0103151;RO=30;SAF=13;SAR=21;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753224;STB=0.541643;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00828827;OID=.;OPOS=128441545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:21:13:9:21:21:13:9:21 chr7 128441556 . G C 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0268094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.165;QD=18.7769;RBI=0.0269252;REFB=0.00240207;REVB=0.00249523;RO=26;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384407;STB=0.521507;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00222161;OID=.;OPOS=128441556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:17:9:8:18:17:9:8:18 chr7 128451352 . CC CCAGAGAGCCTGGGA,GA 950.93 PASS AF=0.924242,0.0757576;AO=52,5;DP=73;FAO=61,5;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29,5;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278526,0.00469092;FXX=0.0571347;HRUN=2,3;LEN=13,2;MLLD=379.194,72.5307;QD=57.6323;RBI=0.0282864,0.0362361;REFB=0,0;REVB=-0.00493472,-0.0359312;RO=8;SAF=26,5;SAR=26,0;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.732891;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00184209,-0.00241312;OID=.,.;OPOS=128451354,128451352;OREF=-,CC;OALT=AGAGAGCCTGGGA,GA;OMAPALT=CCAGAGAGCCTGGGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:73:66:8:0:52,5:61,5:0.924242,0.0757576:26,0:26,5:4:4:32,0:29,5:0:0 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 50.0 PASS AO=44;DP=82;LEN=13;RO=38;SAF=28;SAR=32;SRF=9;SRR=13;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:82:38:44:32:28:9:13 chr7 128454866 . G A 509.88 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0239652;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.143;QD=16.8555;RBI=0.0239726;REFB=-0.00721336;REVB=-0.000597998;RO=66;SAF=20;SAR=35;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780539;STB=0.543566;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0082146;OID=.;OPOS=128454866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:66:55:55:0.454545:35:20:29:37:35:20:29:37 chr7 128455767 . C G 837.03 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0445543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.446;QD=55.8019;RBI=0.044564;REFB=0.0694942;REVB=-0.00093258;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516123;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-4.84125e-05;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:58:59:0.983333:43:15:0:0:44:15:1:0 chr7 128455916 . G A 967.69 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.382;QD=56.9227;RBI=0.0636923;REFB=-0.0722209;REVB=0.0621165;RO=1;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165747;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0023419;OID=.;OPOS=128455916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:28:38:0:1:29:38:0:1 chr7 128478103 . C T 910.41 PASS AF=0.459716;AO=97;DP=211;FAO=97;FDP=211;FR=.;FRO=114;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=-0.00259776;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.393;QD=17.259;RBI=0.00940567;REFB=-0.0248536;REVB=-0.00903982;RO=113;SAF=41;SAR=56;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888213;STB=0.551659;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0239059;OID=.;OPOS=128478103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:113:114:97:97:0.459716:56:41:58:55:56:41:59:55 chr7 128480123 . C A 681.48 PASS AF=0.531746;AO=66;DP=124;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.000137031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8191;QD=21.6341;RBI=0.0322902;REFB=-0.0351052;REVB=0.0322899;RO=57;SAF=21;SAR=45;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111689;STB=0.5658;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0311875;OID=.;OPOS=128480123;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:57:59:66:67:0.531746:45:21:25:32:46:21:26:33 chr7 128484816 . A G 4526.19 PASS AF=1;AO=284;DP=284;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.564;QD=63.5255;RBI=0.016241;REFB=0;REVB=-0.0119335;RO=0;SAF=145;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21432e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00251e-08;OID=.;OPOS=128484816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:284:285:0:0:284:285:1:139:145:0:0:140:145:0:0 chr7 128485143 . G A 897.18 PASS AF=0.440909;AO=97;DP=220;FAO=97;FDP=220;FR=.;FRO=123;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=0.00297396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.913;QD=16.3123;RBI=0.0221874;REFB=-0.000361956;REVB=0.0219872;RO=122;SAF=56;SAR=41;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102798;STB=0.55946;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00051321;OID=.;OPOS=128485143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:122:123:97:97:0.440909:41:56:58:64:41:56:58:65 chr7 128486363 . C T 807.62 PASS AF=0.5125;AO=81;DP=160;FAO=82;FDP=160;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.00672923;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.971;QD=20.1905;RBI=0.0122061;REFB=-0.0136465;REVB=0.0101836;RO=79;SAF=37;SAR=44;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239512;STB=0.507551;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0121768;OID=.;OPOS=128486363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:79:78:81:82:0.5125:44:37:34:45:45:37:34:44 chr7 128486446 . C T 1275.44 PASS AF=0.547085;AO=122;DP=223;FAO=122;FDP=223;FR=.;FRO=101;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=-0.0146888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.938;QD=22.8778;RBI=0.0151164;REFB=-0.00787577;REVB=0.00356957;RO=101;SAF=60;SAR=62;SRF=40;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797911;STB=0.543439;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00695239;OID=.;OPOS=128486446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:101:101:122:122:0.547085:62:60:40:61:62:60:40:61 chr7 128487866 . T C 1012.09 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.868;QD=57.8337;RBI=0.0299977;REFB=-0.038338;REVB=-0.00499737;RO=1;SAF=47;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995334;STB=0.505262;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00105151;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:22:47:1:0:22:47:1:0 chr7 128487893 . G A 837.02 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110196;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.564;QD=57.7253;RBI=0.0152642;REFB=0;REVB=0.0105624;RO=0;SAF=51;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60738e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57059e-05;OID=.;OPOS=128487893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:7:51:0:0:7:51:0:0 chr7 128491603 . T C 3168.69 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140802;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.199;QD=63.6924;RBI=0.0142211;REFB=0.0447632;REVB=-0.00199673;RO=0;SAF=96;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64825e-05;OID=.;OPOS=128491603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:199:0:0:197:199:1:101:96:0:0:102:97:0:0 chr7 128495338 . C T 3094.76 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2959;QD=63.8095;RBI=0.0685387;REFB=0;REVB=0.046333;RO=0;SAF=97;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.72085e-06;OID=.;OPOS=128495338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:194:194:1:97:97:0:0:97:97:0:0 chr7 128505838 . C T 1115.78 PASS AF=0.404459;AO=125;DP=311;FAO=127;FDP=314;FR=.;FRO=187;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=102;FSRR=85;FWDB=0.0505062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.937;QD=14.2137;RBI=0.050737;REFB=-0.0124793;REVB=-0.00483349;RO=186;SAF=59;SAR=66;SRF=102;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814714;STB=0.5434;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0189651;OID=.;OPOS=128505838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:314:186:187:125:127:0.404459:66:59:102:84:67:60:102:85 chr7 128520441 . G C 1701.27 PASS AF=0.444988;AO=182;DP=410;FAO=182;FDP=409;FR=.;FRO=227;FSAF=48;FSAR=134;FSRF=65;FSRR=162;FWDB=-0.0317334;FXX=0.00243896;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.323;QD=16.6384;RBI=0.03299;REFB=-0.00913043;REVB=-0.00901829;RO=226;SAF=48;SAR=134;SRF=65;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302462;STB=0.51591;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0109648;OID=.;OPOS=128520441;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:409:226:227:182:182:0.444988:134:48:65:161:134:48:65:162 chr7 128525182 . T C 791.7 PASS AF=0.45;AO=82;DP=191;FAO=90;FDP=200;FR=.;FRO=110;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=-0.0208403;FXX=0.0099005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.0529;QD=15.8341;RBI=0.0255659;REFB=-0.0189106;REVB=0.0148087;RO=108;SAF=36;SAR=46;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625309;STB=0.536954;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0421067;OID=.;OPOS=128525182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:200:108:110:82:90:0.45:46:36:54:54:51:39:55:55 chr7 128532980 . T C 222.27 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.045478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.988;QD=18.5224;RBI=0.0455335;REFB=-0.0202304;REVB=-0.00224664;RO=23;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12584;STB=0.593796;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0202471;OID=.;OPOS=128532980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:23:26:22:22:0.458333:6:16:14:9:6:16:15:11 chr7 128544133 . G T 894.14 PASS AF=0.565517;AO=83;DP=145;FAO=82;FDP=145;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0414609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4407;QD=24.6658;RBI=0.0418442;REFB=-0.0220703;REVB=-0.00565031;RO=61;SAF=38;SAR=45;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393269;STB=0.512488;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0256116;OID=.;OPOS=128544133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:61:63:83:82:0.565517:45:38:31:30:44:38:31:32 chr7 128550680 . GCCCCCG GCCCCG,GCCCCGA,GCCCCGG 4351.85 PASS AF=1,0,0;AO=278,13,22;DP=353;FAO=354,0,0;FDP=354;FR=.;FRO=0;FSAF=147,0,0;FSAR=207,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127232,0.0791014,-0.122802;FXX=0.0111729;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=16.5612,9.26877,7.41805;QD=49.1734;RBI=0.0239836,0.10767,0.132053;REFB=0,0,0;REVB=0.0203306,0.0730459,-0.0485548;RO=7;SAF=101,7,21;SAR=177,6,1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0.323529,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0104943,-0.0206184,0.477906;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.000214295,0,0;OID=.,.,.;OPOS=128550681,128550685,128550685;OREF=C,CG,C;OALT=-,GA,G;OMAPALT=GCCCCG,GCCCCGA,GCCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:278,13,22:353:354,0,0:354:0:147,0,0:207,0,0:0:0:27:7:101,7,21:177,6,1:4:3 chr7 128607384 . G A 1563.6 PASS AF=0.466102;AO=164;DP=355;FAO=165;FDP=354;FR=.;FRO=189;FSAF=95;FSAR=70;FSRF=122;FSRR=67;FWDB=-0.0240812;FXX=0.00840313;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3382;QD=17.6678;RBI=0.0387372;REFB=0.00228796;REVB=-0.0303424;RO=189;SAF=95;SAR=69;SRF=122;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668438;STB=0.538552;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00244895;OID=.;OPOS=128607384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:354:189:189:164:165:0.466102:69:95:122:67:70:95:122:67 chr7 128630227 . C T 2052.19 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0159036;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.128;QD=61.7201;RBI=0.0221229;REFB=0.0338268;REVB=0.0153785;RO=0;SAF=63;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000154562;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:133:0:1:132:132:0.992481:69:63:0:0:69:63:0:1 chr7 128767410 . A G 3054.11 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237836;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5768;QD=62.9714;RBI=0.0336311;REFB=0;REVB=0.023778;RO=0;SAF=104;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374453;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:194:0:0:189:194:1:85:104:0:0:86:108:0:0 chr7 128767490 . T C 2241.13 PASS AF=1;AO=140;DP=145;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102755;FXX=0.0206882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.827;QD=63.1305;RBI=0.0238102;REFB=0;REVB=-0.0214789;RO=0;SAF=47;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111988;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:142:0:0:140:142:1:93:47:0:0:93:49:0:0 chr7 128767506 . T G 2075.61 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7294;QD=62.4245;RBI=0.0275901;REFB=0;REVB=-0.0108952;RO=0;SAF=45;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101324;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:133:0:0:131:133:1:86:45:0:0:86:47:0:0 chr7 128804780 . C G 1510.49 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5274;QD=63.5998;RBI=0.0830773;REFB=0;REVB=0.014817;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320803;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:50:44:0:0:50:45:0:0 chr7 128846207 . G A 954.24 PASS AF=0.51087;AO=94;DP=184;FAO=94;FDP=184;FR=.;FRO=90;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0175318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.719;QD=20.7444;RBI=0.0455573;REFB=-0.0208092;REVB=0.0420488;RO=89;SAF=53;SAR=41;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917464;STB=0.553096;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0216941;OID=.;OPOS=128846207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:89:90:94:94:0.51087:41:53:41:48:41:53:41:49 chr7 128846328 . G C 1367.65 PASS AF=0.424157;AO=150;DP=357;FAO=151;FDP=356;FR=.;FRO=205;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=106;FSRR=99;FWDB=-0.00718894;FXX=0.00280104;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.97;QD=15.3668;RBI=0.0101775;REFB=-0.0068346;REVB=0.00720424;RO=203;SAF=80;SAR=70;SRF=106;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115849;STB=0.507348;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00967161;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:356:203:205:150:151:0.424157:70:80:106:97:71:80:106:99 chr7 128850875 . T C 1306.6 PASS AF=0.515873;AO=130;DP=254;FAO=130;FDP=252;FR=.;FRO=122;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=35;FSRR=87;FWDB=-0.0361474;FXX=0.00787371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.992;QD=20.7396;RBI=0.0416064;REFB=-0.00797425;REVB=-0.0206022;RO=124;SAF=68;SAR=62;SRF=37;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199391;STB=0.613375;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00829993;OID=.;OPOS=128850875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:252:124:122:130:130:0.515873:62:68:37:87:62:68:35:87 chr7 128853303 . T G 307.89 PASS AF=0.348214;AO=39;DP=112;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.0205488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.289;QD=10.9959;RBI=0.0251917;REFB=-0.00150705;REVB=0.0145728;RO=73;SAF=23;SAR=16;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215668;STB=0.623807;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00330016;OID=.;OPOS=128853303;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:73:73:39:39:0.348214:16:23:29:44:16:23:29:44 chr7 129067053 . T C 714.71 PASS AF=0.543307;AO=68;DP=127;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00897222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5422;QD=22.5104;RBI=0.0182504;REFB=-0.0414998;REVB=-0.0158927;RO=57;SAF=34;SAR=34;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803803;STB=0.550476;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0283948;OID=.;OPOS=129067053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:57:58:68:69:0.543307:34:34:23:34:34:35:23:35 chr7 129098165 . G A 957.36 PASS AF=0.534483;AO=93;DP=174;FAO=93;FDP=174;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.001818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.489;QD=22.0083;RBI=0.0249554;REFB=0.00137427;REVB=-0.0248891;RO=81;SAF=39;SAR=54;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325143;STB=0.517786;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00128324;OID=.;OPOS=129098165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:81:81:93:93:0.534483:54:39:37:44:54:39:37:44 chr7 129142694 . C G 3878.91 PASS AF=0.877358;AO=279;DP=317;FAO=279;FDP=318;FR=.;FRO=39;FSAF=110;FSAR=169;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00615165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.951;QD=48.7913;RBI=0.0282253;REFB=-0.154471;REVB=-0.0275468;RO=38;SAF=110;SAR=169;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250159;STB=0.511868;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0126921;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:318:38:39:279:279:0.877358:169:110:19:19:169:110:19:20 chr7 129297332 . T G 1891.33 PASS AF=1;AO=122;DP=126;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387431;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.981;QD=62.0109;RBI=0.04386;REFB=0;REVB=0.020559;RO=0;SAF=75;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234685;OID=.;OPOS=129297332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:122:0:0:122:122:1:47:75:0:0:47:75:0:0 chr7 129474470 . G A 861.68 PASS AF=0.473118;AO=88;DP=186;FAO=88;FDP=186;FR=.;FRO=98;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.00419618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.136;QD=18.5307;RBI=0.024165;REFB=-0.015593;REVB=-0.0237979;RO=98;SAF=46;SAR=42;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119555;STB=0.506606;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0189337;OID=.;OPOS=129474470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:98:98:88:88:0.473118:42:46:50:48:42:46:50:48 chr7 129504866 . C G 749.02 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=21;FSRR=54;FWDB=-0.00409136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.959;QD=19.8417;RBI=0.033883;REFB=-0.00901325;REVB=-0.0336351;RO=75;SAF=27;SAR=49;SRF=21;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761188;STB=0.541778;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00641714;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:75:76:76:0.503311:49:27:21:54:49:27:21:54 chr7 129664312 . T C 530.09 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.013016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.255;QD=15.0379;RBI=0.0131101;REFB=0.00397354;REVB=0.00156823;RO=83;SAF=32;SAR=26;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282429;STB=0.515868;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00519923;OID=.;OPOS=129664312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:83:83:58:58:0.411348:26:32:48:35:26:32:48:35 chr7 129813738 . T C 1502.92 PASS AF=1;AO=95;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020983;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8362;QD=61.9762;RBI=0.183933;REFB=-0.092733;REVB=0.182732;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00444162;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:99:97:0:0:95:97:1:45:50:0:0:47:50:0:0 chr7 129913534 . TG GT 93.45 PASS AF=0.230769;AO=8;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00109207;FXX=0;HRUN=18;LEN=2;MLLD=45.4893;QD=9.58455;RBI=0.0421635;REFB=-0.289399;REVB=-0.0421493;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975603;STB=0.783547;STBP=0.105;TYPE=mnp;VARB=0.0637261;OID=.;OPOS=129913534;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:39:39:22:23:8:9:0.230769:2:6:15:7:1:8:14:9 chr7 129916515 . T C 2385.94 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.975;QD=61.1779;RBI=0.066634;REFB=0;REVB=0.0665946;RO=0;SAF=76;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86685e-05;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:80:76:0:0:80:76:0:0 chr7 129933080 . AT AA,A 77.87 PASS AF=0,0.254658;AO=7,38;DP=151;FAO=0,41;FDP=161;FR=.;FRO=120;FSAF=0,14;FSAR=0,27;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=-0.0281678,-0.0683718;FXX=0.0122692;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=13.3657,8.92858;QD=1.93478;RBI=0.0703179,0.12078;REFB=-0.0670716,-0.0734681;REVB=-0.0644297,-0.0995648;RO=84;SAF=0,8;SAR=7,30;SRF=46;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.588617,-0.422485;STB=0.5,0.591195;STBP=1,0.182;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0456383;OID=.,.;OPOS=129933081,129933081;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.254658:7,38:151:0,41:161:120:0,14:0,27:55:65:78:84:0,8:7,30:46:38 chr7 129944402 . C A 939.81 PASS AF=0.513966;AO=92;DP=178;FAO=92;FDP=179;FR=.;FRO=87;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0303863;FXX=0.0110491;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.007;QD=21.0014;RBI=0.031899;REFB=0.0116156;REVB=-0.00970649;RO=86;SAF=48;SAR=44;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294091;STB=0.518946;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00861347;OID=.;OPOS=129944402;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:86:87:92:92:0.513966:44:48:42:44:44:48:42:45 chr7 129962360 . A G 2083.73 PASS AF=0.985401;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0313148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.137;QD=60.8389;RBI=0.0319578;REFB=-0.111775;REVB=-0.00637806;RO=2;SAF=63;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000837286;STB=0.500489;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000196597;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:137:2:2:134:135:0.985401:71:63:1:1:72:63:1:1 chr7 129962682 . A G 2603.22 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00675579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.66;QD=61.9813;RBI=0.0204248;REFB=0;REVB=0.0192751;RO=0;SAF=100;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94676e-06;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:68:100:0:0:68:100:0:0 chr7 129984274 . A G 1229.91 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590249;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7591;QD=61.4957;RBI=0.0697859;REFB=0;REVB=-0.0372307;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67182e-05;OID=.;OPOS=129984274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr7 129986338 . C T 2275.7 PASS AF=0.973333;AO=146;DP=150;FAO=146;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00622342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.467;QD=60.6853;RBI=0.0344883;REFB=-0.153063;REVB=0.0339221;RO=4;SAF=73;SAR=73;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253424;STB=0.513332;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000248675;OID=.;OPOS=129986338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:150:150:4:4:146:146:0.973333:73:73:0:4:73:73:0:4 chr7 129989878 . T C 2310.44 PASS AF=0.993243;AO=144;DP=145;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0392389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.27;QD=62.4442;RBI=0.0392839;REFB=-0.0450912;REVB=-0.00187834;RO=1;SAF=63;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583502;STB=0.503067;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000303479;OID=.;OPOS=129989878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:148:1:1:144:147:0.993243:81:63:0:1:81:66:0:1 chr7 130002317 . T C 739.73 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.074975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.032;QD=50.1512;RBI=0.0785962;REFB=-0.0646765;REVB=0.023582;RO=4;SAF=24;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823852;STB=0.504379;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00678937;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:4:4:55:55:0.932203:31:24:2:2:31:24:2:2 chr7 130021488 . G C 7464.17 PASS AF=0.958491;AO=499;DP=531;FAO=508;FDP=530;FR=.;FRO=22;FSAF=228;FSAR=280;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0322238;FXX=0.0018832;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.5894;QD=56.3334;RBI=0.0358211;REFB=-0.0839895;REVB=-0.0156454;RO=22;SAF=224;SAR=275;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225889;STB=0.515445;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00353109;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:531:530:22:22:499:508:0.958491:275:224:16:6:280:228:18:4 chr7 130080812 . T G 5834.22 PASS AF=0.976923;AO=378;DP=390;FAO=381;FDP=390;FR=.;FRO=9;FSAF=189;FSAR=192;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0089784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.182;QD=59.8382;RBI=0.011319;REFB=-0.0497605;REVB=-0.00689255;RO=0;SAF=186;SAR=192;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7664e-08;STB=0.509064;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=7.26654e-05;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:390:390:0:9:378:381:0.976923:192:186:0:0:192:189:8:1 chr7 130295954 . G C 574.97 PASS AF=0.64557;AO=51;DP=79;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.033261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.727;QD=29.1124;RBI=0.034804;REFB=0.00885282;REVB=-0.0102481;RO=28;SAF=21;SAR=30;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151118;STB=0.582057;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00445459;OID=.;OPOS=130295954;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:28:28:51:51:0.64557:30:21:18:10:30:21:18:10 chr7 131185995 . C A 583.2 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00864618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.376;QD=25.3567;RBI=0.0242917;REFB=-0.0141564;REVB=-0.0227008;RO=39;SAF=23;SAR=30;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00152574;STB=0.500834;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0133151;OID=.;OPOS=131185995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:39:53:53:0.576087:30:23:17:22:30:23:17:22 chr7 131190696 . T C 1463.45 PASS AF=0.459215;AO=152;DP=330;FAO=152;FDP=331;FR=.;FRO=179;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=81;FSRR=98;FWDB=-0.0188039;FXX=0.00301196;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.661;QD=17.6852;RBI=0.0188039;REFB=0.000409911;REVB=1.85302e-05;RO=178;SAF=78;SAR=74;SRF=81;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567281;STB=0.532757;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.000662061;OID=.;OPOS=131190696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:331:178:179:152:152:0.459215:74:78:81:97:74:78:81:98 chr7 131193739 . C T 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00155743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.629;QD=18.0813;RBI=0.0080626;REFB=-0.0128002;REVB=-0.00791074;RO=46;SAF=30;SAR=11;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300653;STB=0.674467;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0126899;OID=.;OPOS=131193739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:47:41:41:0.465909:11:30:20:26:11:30:20:27 chr7 131241085 . G A 168.87 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00333113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.161;QD=24.1245;RBI=0.0183545;REFB=-0.0258421;REVB=0.0180497;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112978;STB=0.506322;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0135889;OID=.;OPOS=131241085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:6:5:8:9:6:5 chr7 131812922 . T C 1551.98 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190414;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0818;QD=63.9991;RBI=0.0204106;REFB=0;REVB=-0.00734963;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116289;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr7 131814185 . A G 2850.33 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.695;QD=62.9908;RBI=0.0806856;REFB=0;REVB=0.0799131;RO=0;SAF=111;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43308e-05;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:181:0:0:174:181:1:63:111:0:0:69:112:0:0 chr7 131814529 . G A 1083.64 PASS AF=0.949367;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00729377;FXX=0.0246883;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.905;QD=54.8677;RBI=0.0179377;REFB=-0.120931;REVB=0.0163878;RO=3;SAF=37;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122728;STB=0.51299;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00103685;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:79:3:4:74:75:0.949367:37:37:2:1:38:37:3:1 chr7 131815310 . A G 2373.93 PASS AF=0.987421;AO=156;DP=158;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0201887;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9412;QD=59.7215;RBI=0.022532;REFB=-0.0976482;REVB=-0.0100054;RO=2;SAF=61;SAR=95;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00275333;STB=0.501382;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.000742959;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:159:2:2:156:157:0.987421:95:61:1:1:95:62:1:1 chr7 131864591 . T C 2351.87 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00696349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.963;QD=61.0877;RBI=0.0108093;REFB=0;REVB=0.00826751;RO=0;SAF=65;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01689e-06;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:89:65:0:0:89:65:0:0 chr7 132707171 . C T 203.2 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.05299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.989;QD=12.3152;RBI=0.0558724;REFB=-0.000276076;REVB=-0.017714;RO=38;SAF=7;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138324;STB=0.594961;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.000712523;OID=.;OPOS=132707171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:41:25:25:0.378788:18:7:15:23:18:7:17:24 chr7 132767617 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0767559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2318;QD=47.8217;RBI=0.12258;REFB=0;REVB=-0.0955742;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00687606;OID=.;OPOS=132767617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr7 133749164 . G A 489.24 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=129;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.000220527;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.043;QD=15.2887;RBI=0.000443543;REFB=-0.0107696;REVB=-0.000384835;RO=74;SAF=32;SAR=22;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407179;STB=0.522867;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0141427;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:74:74:54:54:0.421875:22:32:41:33:22:32:41:33 chr7 133848257 . G T 1368.93 PASS AF=0.482517;AO=138;DP=286;FAO=138;FDP=286;FR=.;FRO=148;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=55;FSRR=93;FWDB=-0.000609952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7034;QD=19.1459;RBI=0.0100855;REFB=0.00955626;REVB=-0.0100671;RO=148;SAF=61;SAR=77;SRF=55;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678046;STB=0.537245;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00923435;OID=.;OPOS=133848257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:148:148:138:138:0.482517:77:61:55:93:77:61:55:93 chr7 133868507 . C T 4117.95 PASS AF=0.985294;AO=267;DP=272;FAO=268;FDP=272;FR=.;FRO=4;FSAF=144;FSAR=124;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00792633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.104;QD=60.5581;RBI=0.0200276;REFB=-0.0107836;REVB=0.0183924;RO=4;SAF=144;SAR=123;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00596747;STB=0.503146;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=6.98512e-05;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:272:272:4:4:267:268:0.985294:123:144:3:1:124:144:3:1 chr7 133906669 . C T 362.04 PASS AF=0.438202;AO=37;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00648666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.844;QD=16.2713;RBI=0.00712749;REFB=-0.0433404;REVB=-0.0029537;RO=48;SAF=11;SAR=26;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891153;STB=0.57632;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0400172;OID=.;OPOS=133906669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:50:37:39:0.438202:26:11:18:30:28:11:20:30 chr7 134225787 . TC T,TT 494.25 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=4,30;DP=34;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497753,0.00188474;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=237.579,249.141;QD=58.1465;RBI=0.0055363,0.0035985;REFB=0,0;REVB=-0.00242379,-0.00306545;RO=0;SAF=3,16;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0116547,5.22756e-05;OID=.,.;OPOS=134225788,134225788;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0294118,0.970588:4,30:34:1,33:34:0:1,18:0,15:0:0:5:0:3,16:1,14:0:0 chr7 134225827 . A G 843.14 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9597;QD=56.2091;RBI=0.0513179;REFB=-0.0545559;REVB=-0.0478847;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154685;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142603;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:1:0:59:60:1:29:30:1:0:29:31:0:0 chr7 134261097 . C G 2584.49 PASS AF=0.994083;AO=167;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0362131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.543;QD=61.1714;RBI=0.0442356;REFB=-0.0519532;REVB=0.0254047;RO=0;SAF=84;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000113631;OID=.;OPOS=134261097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:169:169:0:1:167:168:0.994083:83:84:0:0:83:85:0:1 chr7 134264233 . CTTTTTTTTTTTC CTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTCT,TTCTTTTTTTTTC 87.97 PASS AF=0.56,0.12,0.12,0.04;AO=6,4,4,2;DP=31;FAO=14,3,3,1;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=13,2,3,1;FSAR=1,1,0,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.105677,0.250104,0.0343033,0.0373917;FXX=0.218682;HRUN=11,11,11,1;LEN=2,1,2,3;MLLD=7.44622,3.66409,13.6174,23.4245;QD=14.0745;RBI=0.1059,0.250217,0.0593898,0.0384496;REFB=0.0580534,0.0854003,0.0197603,-0.005905;REVB=0.00686078,0.00751224,-0.0484812,0.00895741;RO=5;SAF=5,4,4,1;SAR=1,0,0,1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.290708,0,0,-0.576642;STB=0.566581,0.748908,0.5,0.5;STBP=0.643,0.766,1,1;TYPE=del,del,mnp,mnp;VARB=0.0900485,0.190375,-0.193505,0.0185324;OID=.,.,.,.;OPOS=134264234,134264234,134264244,134264233;OREF=TT,T,TC,CTT;OALT=-,-,CT,TTC;OMAPALT=CTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTCT,TTCTTTTTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:14:31:25:5:4:6,4,4,2:14,3,3,1:0.56,0.12,0.12,0.04:1,0,0,1:5,4,4,1:5:0:1,1,0,0:13,2,3,1:4:0 chr7 134576441 . T C 1498.61 PASS AF=0.963636;AO=103;DP=108;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0156286;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5;QD=54.495;RBI=0.037742;REFB=-0.0615066;REVB=0.0343541;RO=3;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239081;STB=0.51587;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00161124;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:108:110:3:4:103:106:0.963636:58:45:0:3:61:45:0:4 chr7 134618710 . A G 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0128891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.913;QD=17.5412;RBI=0.013453;REFB=-0.00807298;REVB=0.00385414;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917347;STB=0.552561;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0166892;OID=.;OPOS=134618710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:8:8:6:9:8:8 chr7 134653930 . T C 264.92 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0431006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.551;QD=19.2672;RBI=0.0448043;REFB=-0.0322481;REVB=0.0122378;RO=27;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11762;STB=0.539891;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0184576;OID=.;OPOS=134653930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:26:28:29:0.527273:19:9:12:15:19:10:11:15 chr7 134678253 . T A 782.24 PASS AF=0.48503;AO=80;DP=167;FAO=81;FDP=167;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0036019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.404;QD=18.7362;RBI=0.0078501;REFB=-0.00957233;REVB=0.00697498;RO=85;SAF=33;SAR=47;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883057;STB=0.547806;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00857255;OID=.;OPOS=134678253;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:85:86:80:81:0.48503:47:33:43:42:47:34:44:42 chr7 134701856 . G C 4515.0 PASS AF=1;AO=284;DP=285;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256176;FXX=0.00349638;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.724;QD=63.3684;RBI=0.0171575;REFB=0;REVB=-0.0169651;RO=0;SAF=140;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12944e-06;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:285:285:0:0:284:285:1:144:140:0:0:144:141:0:0 chr7 134719551 . C G 4093.9 PASS AF=1;AO=262;DP=264;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169811;FXX=0.0149248;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0262;QD=62.0288;RBI=0.0254204;REFB=-0.124883;REVB=-0.0189166;RO=0;SAF=118;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103335;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:264:264:0:0:262:264:1:144:118:0:0:145:119:0:0 chr7 134849280 . T A 2735.89 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.576;QD=61.8281;RBI=0.0400397;REFB=0.124508;REVB=0.0397448;RO=1;SAF=83;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570085;STB=0.502994;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-9.62143e-05;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:177:1:1:176:176:0.99435:93:83:1:0:93:83:1:0 chr7 134850465 . C T 1796.46 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.142;QD=60.897;RBI=0.0785438;REFB=0;REVB=0.0785111;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124375;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:115:118:1:51:64:0:0:52:66:0:0 chr7 134850469 . A G 1914.64 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.921;QD=61.7626;RBI=0.014571;REFB=0;REVB=-0.0140504;RO=0;SAF=69;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57804e-05;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:55:69:0:0:55:69:0:0 chr7 134871775 . C T 821.39 PASS AF=0.491228;AO=84;DP=171;FAO=84;FDP=171;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=61;FSRF=27;FSRR=60;FWDB=0.0187434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.828;QD=19.2138;RBI=0.0188248;REFB=-0.0109878;REVB=0.0017484;RO=86;SAF=23;SAR=61;SRF=27;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452194;STB=0.522881;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0119649;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:86:87:84:84:0.491228:61:23:27:59:61:23:27:60 chr7 134879830 . G A 1097.63 PASS AF=0.525253;AO=103;DP=197;FAO=104;FDP=198;FR=.;FRO=94;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.0302344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5226;QD=22.1744;RBI=0.0352486;REFB=-0.00319841;REVB=-0.0181204;RO=93;SAF=51;SAR=52;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647978;STB=0.530297;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00342147;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:93:94:103:104:0.525253:52:51:53:40:52:52:53:41 chr7 134889141 . G A 634.06 PASS AF=0.415205;AO=70;DP=172;FAO=71;FDP=171;FR=.;FRO=100;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=0.0344152;FXX=0.01156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1706;QD=14.8317;RBI=0.0745149;REFB=0.0147394;REVB=0.0660913;RO=102;SAF=38;SAR=32;SRF=40;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158136;STB=0.590037;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0196918;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:102:100:70:71:0.415205:32:38:40:62:33:38:38:62 chr7 134891961 . G A 324.76 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.0141091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.71;QD=14.5958;RBI=0.0203142;REFB=0.0110329;REVB=-0.0146151;RO=51;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20969;STB=0.614398;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0127254;OID=.;OPOS=134891961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:53:36:36:0.404494:19:17:14:37:19:17:15:38 chr7 134925411 . G A 292.42 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00323691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.067;QD=14.6208;RBI=0.0312801;REFB=0.00236711;REVB=0.0311121;RO=46;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13544;STB=0.570094;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00238983;OID=.;OPOS=134925411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:15:18:19:27:15:18:20:27 chr7 135047703 . T C 210.95 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016811;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6675;QD=49.636;RBI=0.0348181;REFB=0;REVB=0.0304908;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561858;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr7 135095270 . A G 2719.54 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456677;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.306;QD=62.5182;RBI=0.0542779;REFB=0;REVB=0.0293352;RO=0;SAF=89;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61726e-05;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:174:0:0:172:174:1:83:89:0:0:84:90:0:0 chr7 135304273 . G C 2894.01 PASS AF=0.989305;AO=185;DP=188;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00809986;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.512;QD=61.904;RBI=0.0092385;REFB=-0.117454;REVB=0.0044432;RO=2;SAF=79;SAR=106;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088982;STB=0.504672;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000824741;OID=.;OPOS=135304273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:188:187:2:2:185:185:0.989305:106:79:0:2:106:79:0:2 chr7 135312726 . T A 797.93 PASS AF=0.388889;AO=91;DP=235;FAO=91;FDP=234;FR=.;FRO=143;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=73;FSRR=70;FWDB=0.00561663;FXX=0.00425514;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.04;QD=13.6399;RBI=0.0256673;REFB=-0.00448225;REVB=0.0250453;RO=143;SAF=49;SAR=42;SRF=73;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304604;STB=0.517147;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00711635;OID=.;OPOS=135312726;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:234:143:143:91:91:0.388889:42:49:73:70:42:49:73:70 chr7 135329690 . T C 911.97 PASS AF=0.497268;AO=91;DP=183;FAO=91;FDP=183;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.00891666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.216;QD=19.9338;RBI=0.00959874;REFB=-0.00533163;REVB=0.00355373;RO=92;SAF=40;SAR=51;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564408;STB=0.503105;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00559881;OID=.;OPOS=135329690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:92:92:91:91:0.497268:51:40:41:51:51:40:41:51 chr7 135387656 . G A 450.19 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0275484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6535;QD=15.936;RBI=0.0418988;REFB=0.012455;REVB=-0.0315689;RO=62;SAF=28;SAR=22;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201085;STB=0.607376;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0197147;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:63:50:50:0.442478:22:28:22:40:22:28:23:40 chr7 135392876 . T C 2138.04 PASS AF=0.459627;AO=220;DP=484;FAO=222;FDP=483;FR=.;FRO=261;FSAF=100;FSAR=122;FSRF=107;FSRR=154;FWDB=0.00721772;FXX=0.00617271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.519;QD=17.7063;RBI=0.00942867;REFB=-0.0109289;REVB=-0.00606666;RO=260;SAF=100;SAR=120;SRF=107;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042804;STB=0.522191;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0120692;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:484:483:260:261:220:222:0.459627:120:100:107:153:122:100:107:154 chr7 135645474 . A T 867.82 PASS AF=0.530864;AO=86;DP=162;FAO=86;FDP=162;FR=.;FRO=76;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=0.0136167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.605;QD=21.4277;RBI=0.016184;REFB=-0.0190993;REVB=0.00874676;RO=76;SAF=55;SAR=31;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737404;STB=0.504038;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0187342;OID=.;OPOS=135645474;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:76:76:86:86:0.530864:31:55:48:28:31:55:48:28 chr7 136701563 . G C 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00637131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.629;QD=11.0822;RBI=0.00946788;REFB=-0.013196;REVB=0.00700336;RO=40;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444829;STB=0.542359;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.023955;OID=.;OPOS=136701563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:42:23:23:0.353846:10:13:21:19:10:13:21:21 chr7 136703707 . C T 1896.22 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.361;QD=61.6656;RBI=0.0243337;REFB=0;REVB=-0.0242847;RO=0;SAF=67;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36996e-05;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:56:67:0:0:56:67:0:0 chr7 137075847 . T A 826.72 PASS AF=0.553191;AO=78;DP=140;FAO=78;FDP=141;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0177509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0591;QD=23.453;RBI=0.0402587;REFB=-0.00540655;REVB=-0.036134;RO=62;SAF=29;SAR=49;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812923;STB=0.541426;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00450395;OID=.;OPOS=137075847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:62:63:78:78:0.553191:49:29:29:33:49:29:29:34 chr7 137128830 . T C 1248.21 PASS AF=0.459364;AO=129;DP=282;FAO=130;FDP=283;FR=.;FRO=153;FSAF=46;FSAR=84;FSRF=66;FSRR=87;FWDB=0.0277921;FXX=0.003521;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6393;QD=17.6425;RBI=0.0493502;REFB=-0.0300973;REVB=0.0407804;RO=153;SAF=45;SAR=84;SRF=67;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930169;STB=0.544627;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0350644;OID=.;OPOS=137128830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:283:153:153:129:130:0.459364:84:45:67:86:84:46:66:87 chr7 137564501 . C G 2378.73 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229572;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6943;QD=64.29;RBI=0.0276227;REFB=0;REVB=-0.0153616;RO=0;SAF=66;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209168;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:148:148:1:82:66:0:0:82:66:0:0 chr7 137600690 . C T 5179.92 PASS AF=1;AO=327;DP=327;FAO=327;FDP=327;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0685312;FXX=0.00304869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1628;QD=63.3629;RBI=0.0735626;REFB=0;REVB=0.0267383;RO=0;SAF=153;SAR=174;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19394e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.14416e-05;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:327:327:0:0:327:327:1:174:153:0:0:174:153:0:0 chr7 137612913 . CTGG C 2144.48 PASS AF=0.915663;AO=149;DP=157;FAO=152;FDP=166;FR=.;FRO=14;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.000483417;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=280.981;QD=51.6741;RBI=0.0178629;REFB=-0.0169143;REVB=0.0178564;RO=0;SAF=68;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.65545e-08;STB=0.508258;STBP=0.469;TYPE=del;VARB=0.000894338;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.915663:149:157:152:166:14:72:80:8:6:44:0:68:81:0:0 chr7 137801413 . A C 576.62 PASS AF=0.423611;AO=51;DP=138;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0193683;FXX=0.0335548;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.424;QD=16.0171;RBI=0.0376211;REFB=-0.0262626;REVB=0.0322524;RO=80;SAF=32;SAR=19;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140729;STB=0.524582;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0450963;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:144:80:83:51:61:0.423611:19:32:40:40:29:32:40:43 chr7 138270657 . G A 552.12 PASS AF=0.430657;AO=58;DP=135;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0109344;FXX=0.0486077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.306;QD=16.1202;RBI=0.0120836;REFB=-0.00876137;REVB=0.00514332;RO=63;SAF=25;SAR=33;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176057;STB=0.502761;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00829605;OID=.;OPOS=138270657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:63:78:58:59:0.430657:33:25:26:37:33:26:34:44 chr7 138305806 . T C 299.7 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0269469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.079;QD=13.9393;RBI=0.02874;REFB=-0.00812697;REVB=0.00999263;RO=52;SAF=14;SAR=20;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731577;STB=0.541523;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0129254;OID=.;OPOS=138305806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:20:14:18:34:20:14:18:34 chr7 138309842 . C A 553.05 PASS AF=0.536082;AO=44;DP=89;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0278992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.465;QD=22.8061;RBI=0.0279026;REFB=-0.0333271;REVB=-0.000434596;RO=45;SAF=29;SAR=15;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368312;STB=0.537056;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0285342;OID=.;OPOS=138309842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:97:45:45:44:52:0.536082:15:29:28:17:16:36:28:17 chr7 138329572 . G A 391.14 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.021094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.379;QD=16.6442;RBI=0.0428148;REFB=-0.0167882;REVB=-0.0372579;RO=48;SAF=11;SAR=30;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284366;STB=0.638961;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0156818;OID=.;OPOS=138329572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:94:48:53:41:41:0.43617:30:11:26:22:30:11:26:27 chr7 138347869 . C T 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0406124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.462;QD=14.3913;RBI=0.0409902;REFB=-0.00101436;REVB=-0.00555242;RO=47;SAF=11;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212121;STB=0.615313;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000955633;OID=.;OPOS=138347869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:47:48:33:33:0.407407:22:11:25:22:22:11:25:23 chr7 138363767 . A G 974.25 PASS AF=0.453744;AO=100;DP=223;FAO=103;FDP=227;FR=.;FRO=124;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=-0.0132068;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.332;QD=17.1674;RBI=0.0236479;REFB=-0.0125211;REVB=-0.0196164;RO=123;SAF=53;SAR=47;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902665;STB=0.548378;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0167642;OID=.;OPOS=138363767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:227:123:124:100:103:0.453744:47:53:54:69:49:54:54:70 chr7 138417718 . A G 2645.68 PASS AF=1;AO=170;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683597;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7803;QD=61.5274;RBI=0.0704058;REFB=0;REVB=-0.0168502;RO=1;SAF=56;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00842269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914932;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:172:1:0:170:172:1:114:56:1:0:115:57:0:0 chr7 138418909 . CG C,CA 1406.12 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=11,77;DP=94;FAO=2,92;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=1,47;FSAR=1,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034069,0.000912694;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.331,167.534;QD=59.8348;RBI=0.0154354,0.0293043;REFB=0,0;REVB=-0.0150547,0.0292901;RO=0;SAF=5,40;SAR=6,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000421329,0.0018303;OID=.,.;OPOS=138418910,138418910;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0212766,0.978723:11,77:94:2,92:94:0:1,47:1,45:0:0:3:0:5,40:6,37:0:0 chr7 138455988 . A G 179.01 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0425768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.148;QD=12.5622;RBI=0.0431035;REFB=-0.00566699;REVB=0.00671771;RO=35;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202122;STB=0.626213;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0067668;OID=.;OPOS=138455988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:21:22:0.385965:15:6:16:19:16:6:16:19 chr7 138486096 . G C 1722.55 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.75;QD=59.9146;RBI=0.0510392;REFB=0;REVB=-0.0226123;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3713e-05;OID=.;OPOS=138486096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:115:0:0:110:115:1:48:62:0:0:48:67:0:0 chr7 138561175 . C G 436.19 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0359731;FXX=0.0275204;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3106;QD=16.4599;RBI=0.0420963;REFB=0.0139222;REVB=0.021864;RO=57;SAF=32;SAR=16;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110128;STB=0.557798;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0280328;OID=.;OPOS=138561175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:57:58:48:48:0.45283:16:32:32:25:16:32:33:25 chr7 138583840 . C A 983.63 PASS AF=0.507937;AO=96;DP=190;FAO=96;FDP=189;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0030114;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.034;QD=20.8176;RBI=0.0102573;REFB=0.00697169;REVB=0.00980533;RO=92;SAF=43;SAR=53;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563744;STB=0.528409;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00633552;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:92:93:96:96:0.507937:53:43:47:45:53:43:47:46 chr7 138596064 . G A 291.47 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00138462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.339;QD=16.8969;RBI=0.0159281;REFB=-0.0173624;REVB=0.0158678;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557167;STB=0.538438;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0289502;OID=.;OPOS=138596064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:32:32:0.463768:17:15:19:17:17:15:20:17 chr7 138601826 . G A 2905.01 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120435;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.161;QD=63.1525;RBI=0.0123137;REFB=0;REVB=-0.00256563;RO=0;SAF=81;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07266e-05;OID=.;OPOS=138601826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:184:0:0:183:184:1:102:81:0:0:102:82:0:0 chr7 138602417 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.241;QD=57.1775;RBI=0.0540964;REFB=0;REVB=-0.052655;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286085;OID=.;OPOS=138602417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr7 138602523 . T C 1419.38 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.875;QD=60.3991;RBI=0.0468443;REFB=0;REVB=0.0454941;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000907635;OID=.;OPOS=138602523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:94:0:0:86:94:1:37:49:0:0:45:49:0:0 chr7 138602916 . G C 478.08 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00571205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.838;QD=19.7145;RBI=0.0212842;REFB=-0.00293564;REVB=0.0205034;RO=48;SAF=20;SAR=27;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162082;STB=0.589482;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00391226;OID=.;OPOS=138602916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:50:47:47:0.484536:27:20:29:19:27:20:30:20 chr7 138603282 . T C 422.92 PASS AF=0.395161;AO=49;DP=124;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.00540471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.321;QD=13.6425;RBI=0.0064933;REFB=-0.0167575;REVB=-0.00359889;RO=75;SAF=25;SAR=24;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146284;STB=0.582507;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0262973;OID=.;OPOS=138603282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:75:75:49:49:0.395161:24:25:28:47:24:25:28:47 chr7 138710903 . C G 263.44 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0689725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5299;QD=19.5142;RBI=0.0769516;REFB=0.0164625;REVB=-0.0341225;RO=26;SAF=7;SAR=21;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224273;STB=0.512491;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.0264286;OID=.;OPOS=138710903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:21:7:6:20:21:7:6:20 chr7 138731687 . A G 365.06 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0388568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.492;QD=52.1516;RBI=0.0610858;REFB=-0.0231367;REVB=0.0471341;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00102482;OID=.;OPOS=138731687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:0:1:12:15:0:1 chr7 138732457 . G A 2496.13 PASS AF=0.993976;AO=164;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00826589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.47;QD=60.1476;RBI=0.019999;REFB=-0.0807089;REVB=0.0182109;RO=0;SAF=86;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.29459e-08;STB=0.503144;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=8.74098e-05;OID=.;OPOS=138732457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:166:166:0:1:164:165:0.993976:78:86:0:0:79:86:0:1 chr7 138732497 . G A 1739.01 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207869;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.207;QD=60.4871;RBI=0.0281714;REFB=0;REVB=-0.019014;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111373;OID=.;OPOS=138732497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:115:0:0:114:115:1:52:62:0:0:52:63:0:0 chr7 138740037 . G C 2368.35 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6378;QD=61.1187;RBI=0.0382252;REFB=0;REVB=-0.0100139;RO=0;SAF=63;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56901e-05;OID=.;OPOS=138740037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:154:155:1:91:63:0:0:92:63:0:0 chr7 138874416 . C G 882.35 PASS AF=0.460784;AO=94;DP=206;FAO=94;FDP=204;FR=.;FRO=110;FSAF=64;FSAR=30;FSRF=68;FSRR=42;FWDB=-0.000592323;FXX=0.00970827;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.799;QD=17.301;RBI=0.00550811;REFB=-0.00717565;REVB=-0.00547617;RO=107;SAF=64;SAR=30;SRF=65;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785268;STB=0.537807;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0083518;OID=.;OPOS=138874416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:204:107:110:94:94:0.460784:30:64:65:42:30:64:68:42 chr7 138946026 . GA AG,G 78.61 PASS AF=0.0851064,0.141844;AO=12,44;DP=143;FAO=12,20;FDP=141;FR=.;FRO=109;FSAF=0,11;FSAR=12,9;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=-0.0065257,0.00415583;FXX=0.0342442;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=53.0366,6.86919;QD=2.22996;RBI=0.16771,0.199855;REFB=-0.0070168,-0.0968844;REVB=-0.167583,-0.199812;RO=67;SAF=0,21;SAR=12,23;SRF=40;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.734254,-0.127209;STB=0.999119,0.52297;STBP=0,0.881;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0938604,0.106242;OID=.,.;OPOS=138946026,138946027;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:143:141:67:109:12,44:12,20:0.0851064,0.141844:12,23:0,21:40:27:12,9:0,11:57:52 chr7 139167672 . CAAC ACCA,CAA,CA,CCAA 2180.08 PASS AF=0,0.972727,0,0.0272727;AO=14,100,35,13;DP=339;FAO=0,321,0,9;FDP=330;FR=.;FRO=0;FSAF=0,145,0,0;FSAR=0,176,0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534691,0.273719,-0.00798154,0.10152;FXX=0.0378998;HRUN=2,4,2,2;LEN=4,1,2,3;MLLD=94.3881,9.04569,12.3277,8.52078;QD=26.4252;RBI=0.123394,0.524745,0.0100733,0.167061;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.111208,0.447701,0.00614539,0.132676;RO=135;SAF=0,67,9,0;SAR=14,33,26,13;SRF=55;SRR=80;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.593833,0.273819,-0.215152,-0.578276;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,mnp;VARB=0,0.0178097,0,-0.295817;OID=.,.,.,.;OPOS=139167672,139167675,139167674,139167673;OREF=CAAC,C,AC,AAC;OALT=ACCA,-,-,CAA;OMAPALT=ACCA,CAA,CA,CCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:4:339:330:135:0:14,100,35,13:0,321,0,9:0,0.972727,0,0.0272727:14,33,26,13:0,67,9,0:55:80:0,176,0,9:0,145,0,0:0:0 chr7 139167682 . CGG CGC,CG 2351.75 PASS AF=0.0331325,0.966867;AO=12,174;DP=335;FAO=11,321;FDP=332;FR=.;FRO=0;FSAF=2,128;FSAR=9,193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216444,0.550165;FXX=0.017751;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=179.839,9.29661;QD=28.3343;RBI=0.0530069,0.569566;REFB=0,0;REVB=-0.0529627,0.147388;RO=105;SAF=2,22;SAR=10,152;SRF=75;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.588312,-0.525008;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0457912,0.00517318;OID=.,.;OPOS=139167684,139167683;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0331325,0.966867:12,174:335:11,321:332:0:2,128:9,193:0:0:9:105:2,22:10,152:75:30 chr7 139252780 . T C 1556.5 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.706;QD=59.8653;RBI=0.0332251;REFB=0;REVB=0.0326178;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65249e-05;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:56:47:0:0:56:48:0:0 chr7 139268736 . C CG 62.73 PASS AF=0.132597;AO=23;DP=185;FAO=24;FDP=181;FR=.;FRO=157;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=58;FSRR=99;FWDB=-0.0181257;FXX=0.0216205;HRUN=0;LEN=1;MLLD=119.239;QD=1.3863;RBI=0.0306531;REFB=-0.00177065;REVB=-0.0247198;RO=157;SAF=19;SAR=4;SRF=59;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533885;STB=0.86819;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0573053;OID=.;OPOS=139268737;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.132597:23:185:24:181:157:20:4:58:99:62:157:19:4:59:98 chr7 139653196 . A C 1610.8 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0183604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4263;QD=58.047;RBI=0.0312922;REFB=-0.0146401;REVB=0.0253397;RO=2;SAF=34;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00746844;STB=0.503935;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.000299598;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:75:34:1:1:75:34:1:1 chr7 139784641 . A G 2174.09 PASS AF=0.949367;AO=150;DP=158;FAO=150;FDP=158;FR=.;FRO=8;FSAF=52;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0103716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.145;QD=55.0402;RBI=0.0154447;REFB=-0.0729554;REVB=0.0114442;RO=7;SAF=52;SAR=98;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191748;STB=0.512482;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000516109;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:158:158:7:8:150:150:0.949367:98:52:1:6:98:52:1:7 chr7 139785189 . C CCA 44.42 PASS AF=0.173913;AO=6;DP=52;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=38;FWDB=0.00140952;FXX=0.041658;HRUN=4;LEN=2;MLLD=28.2947;QD=3.86236;RBI=0.00163546;REFB=0.00568863;REVB=0.000829455;RO=43;SAF=0;SAR=6;SRF=2;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508394;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0515434;OID=.;OPOS=139785190;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173913:6:52:8:46:38:0:8:0:38:44:43:0:6:2:41 chr7 140051091 . G A 405.11 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0693382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7578;QD=13.9692;RBI=0.0763894;REFB=-0.0148261;REVB=0.0320556;RO=69;SAF=24;SAR=23;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269913;STB=0.515234;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0176935;OID=.;OPOS=140051091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:69:47:47:0.405172:23:24:37:32:23:24:37:32 chr7 140080087 . C G 2071.46 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0644;QD=62.2996;RBI=0.0278126;REFB=0;REVB=0.0224732;RO=0;SAF=77;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15489e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42041e-05;OID=.;OPOS=140080087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:133:0:0:130:133:1:53:77:0:0:55:78:0:0 chr7 140158851 . C G 402.43 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00944103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.705;QD=16.5952;RBI=0.0127784;REFB=-0.0388993;REVB=-0.00861133;RO=51;SAF=21;SAR=21;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960115;STB=0.525761;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0467435;OID=.;OPOS=140158851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:51:55:42:42:0.43299:21:21:26:25:21:21:30:25 chr7 140244536 . G A 276.77 PASS AF=0.310924;AO=37;DP=117;FAO=37;FDP=119;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=30;FWDB=-0.00988848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.246;QD=9.30311;RBI=0.00990099;REFB=0.00141815;REVB=-0.000497521;RO=80;SAF=23;SAR=14;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358028;STB=0.509209;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00334089;OID=.;OPOS=140244536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:80:82:37:37:0.310924:14:23:52:28:14:23:52:30 chr7 140258000 . T C 1714.54 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0260343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.758;QD=59.6363;RBI=0.035423;REFB=0.026542;REVB=-0.0240208;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.503875;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-8.3486e-05;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:0:1:113:114:0.991304:63:50:0:0:64:50:0:1 chr7 140285497 . C T 898.68 PASS AF=0.46798;AO=96;DP=204;FAO=95;FDP=203;FR=.;FRO=108;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=69;FWDB=0.0707669;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6836;QD=17.7079;RBI=0.0709496;REFB=0.0161425;REVB=0.00508886;RO=107;SAF=45;SAR=51;SRF=38;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109899;STB=0.560427;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0154089;OID=.;OPOS=140285497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:107:108:96:95:0.46798:51:45:38:69:50:45:39:69 chr7 140301731 . G T 1553.4 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.664;QD=62.7636;RBI=0.018514;REFB=-0.0787409;REVB=0.014165;RO=1;SAF=74;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00636752;STB=0.503355;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000124762;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:24:74:1:0:24:74:1:0 chr7 140774467 . C G 1243.84 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0403032;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1054;QD=57.8532;RBI=0.0423518;REFB=-0.104494;REVB=0.0130127;RO=2;SAF=24;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113639;STB=0.501871;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00367776;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:2:3:83:83:0.965116:59:24:1:1:59:24:1:2 chr7 141176928 . G A 962.93 PASS AF=0.485437;AO=95;DP=203;FAO=100;FDP=206;FR=.;FRO=106;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=37;FSRR=69;FWDB=0.0112806;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.8;QD=18.6976;RBI=0.0241078;REFB=-0.00934058;REVB=0.0213057;RO=105;SAF=37;SAR=58;SRF=37;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037457;STB=0.511626;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0104488;OID=.;OPOS=141176928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:206:105:106:95:100:0.485437:58:37:37:68:63:37:37:69 chr7 141364712 . G A 1240.94 PASS AF=0.464029;AO=128;DP=279;FAO=129;FDP=278;FR=.;FRO=149;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=80;FSRR=69;FWDB=0.00582545;FXX=0.0071426;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9056;QD=17.8553;RBI=0.0325601;REFB=-0.00564919;REVB=0.0320347;RO=149;SAF=64;SAR=64;SRF=80;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359502;STB=0.521852;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00773514;OID=.;OPOS=141364712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:278:149:149:128:129:0.464029:64:64:80:69:65:64:80:69 chr7 141418991 . A T 934.21 PASS AF=0.516854;AO=91;DP=177;FAO=92;FDP=178;FR=.;FRO=86;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0268467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.36;QD=20.9934;RBI=0.027857;REFB=-0.0214057;REVB=0.00743437;RO=86;SAF=47;SAR=44;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055739;STB=0.527697;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0229492;OID=.;OPOS=141418991;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:86:86:91:92:0.516854:44:47:39:47:45:47:39:47 chr7 141420768 . A G 2299.25 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322887;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.043;QD=63.8681;RBI=0.0322971;REFB=0;REVB=-0.000738485;RO=0;SAF=58;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39138e-05;OID=.;OPOS=141420768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:143:144:1:85:58:0:0:86:58:0:0 chr7 141490742 . CTT C 578.35 PASS AF=0.526316;AO=80;DP=154;FAO=80;FDP=152;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0401015;FXX=0.0129862;HRUN=3;LEN=2;MLLD=37.9405;QD=15.2197;RBI=0.0404098;REFB=0.00168831;REVB=0.0049825;RO=68;SAF=42;SAR=38;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580056;STB=0.524994;STBP=0.566;TYPE=del;VARB=-0.00130955;OID=.;OPOS=141490743;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:80:154:80:152:72:42:38:34:38:99:68:42:38:31:37 chr7 141672604 . T C 1401.72 PASS AF=1;AO=60;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3944;QD=60.2892;RBI=0.184649;REFB=0;REVB=0.0332462;RO=0;SAF=9;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002181;OID=.;OPOS=141672604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:60:93:1:51:9:0:0:52:41:0:0 chr7 141673345 . C G 1153.1 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00285351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0254;QD=60.6894;RBI=0.0166304;REFB=0;REVB=0.0163838;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149923;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:49:27:0:0:49:27:0:0 chr7 141724852 . C T 423.37 PASS AF=0.321637;AO=55;DP=171;FAO=55;FDP=171;FR=.;FRO=116;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=73;FWDB=-0.00870906;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8344;QD=9.90336;RBI=0.0619906;REFB=0.0022743;REVB=-0.0613757;RO=115;SAF=27;SAR=28;SRF=43;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137964;STB=0.581793;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00372694;OID=.;OPOS=141724852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:115:116:55:55:0.321637:28:27:43:72:28:27:43:73 chr7 141727526 . G T 677.31 PASS AF=0.459119;AO=73;DP=159;FAO=73;FDP=159;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.019902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.608;QD=17.0393;RBI=0.0363928;REFB=-0.00788486;REVB=-0.0304688;RO=86;SAF=37;SAR=36;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406523;STB=0.522557;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00758963;OID=.;OPOS=141727526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:86:86:73:73:0.459119:36:37:40:46:36:37:40:46 chr7 141747658 . A G 1805.91 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00233031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7005;QD=60.1971;RBI=0.00723698;REFB=-0.116882;REVB=0.00685154;RO=1;SAF=47;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999852;STB=0.505262;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000421287;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:72:47:1:0:72:47:1:0 chr7 141767153 . C T 2315.85 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189516;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.872;QD=63.8855;RBI=0.0304595;REFB=0;REVB=0.0238456;RO=0;SAF=65;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57912e-05;OID=.;OPOS=141767153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:80:65:0:0:80:65:0:0 chr7 141796131 . G A 2005.95 PASS AF=0.977612;AO=131;DP=135;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.024752;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.131;QD=59.879;RBI=0.0347957;REFB=0.0159775;REVB=-0.0244556;RO=1;SAF=57;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826524;STB=0.502319;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.000174374;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:134:1:3:131:131:0.977612:74:57:1:0:74:57:1:2 chr7 141838362 . C G,T 2748.56 PASS AF=0.978947,0.0210526;AO=170,10;DP=189;FAO=186,4;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=72,4;FSAR=114,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309631,0.00174892;FXX=0.00523533;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=154.103,20.6498;QD=57.8644;RBI=0.0363014,0.126363;REFB=0,0;REVB=0.0189494,-0.126351;RO=1;SAF=62,4;SAR=108,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00761441,-0.0990155;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000473776,0.134428;OID=.,.;OPOS=141838362,141838362;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:189:190:1:0:170,10:186,4:0.978947,0.0210526:108,6:62,4:1:0:114,0:72,4:0:0 chr7 141857846 . A G 4987.24 PASS AF=1;AO=318;DP=319;FAO=318;FDP=318;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217141;FXX=0.0031347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.398;QD=62.7326;RBI=0.0407999;REFB=-0.0799839;REVB=-0.0345417;RO=1;SAF=164;SAR=154;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00289974;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91062e-05;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:319:318:1:0:318:318:1:154:164:1:0:154:164:0:0 chr7 141889244 . C G 736.5 PASS AF=0.412371;AO=80;DP=196;FAO=80;FDP=194;FR=.;FRO=114;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=69;FSRR=45;FWDB=0.00515431;FXX=0.0102036;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.486;QD=15.1856;RBI=0.00541439;REFB=0.00814576;REVB=-0.00165793;RO=114;SAF=37;SAR=43;SRF=69;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148958;STB=0.583292;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.012359;OID=.;OPOS=141889244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:114:114:80:80:0.412371:43:37:69:45:43:37:69:45 chr7 141898522 . T A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.698;QD=57.1056;RBI=0.0196926;REFB=0;REVB=0.0194014;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46972e-05;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr7 141920378 . A T 282.48 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.00100162;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4386;QD=12.6958;RBI=0.00937151;REFB=-0.00858493;REVB=0.00931783;RO=56;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171164;STB=0.597428;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0146296;OID=.;OPOS=141920378;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:56:56:33:33:0.370787:18:15:17:39:18:15:17:39 chr7 141957504 . A G 1178.08 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.362;QD=60.4145;RBI=0.0422269;REFB=0;REVB=0.0306569;RO=2;SAF=37;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16272e-05;OID=.;OPOS=141957504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:2:0:75:78:1:38:37:2:0:39:39:0:0 chr7 142001030 . A G 2140.49 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.297;QD=62.9555;RBI=0.0366497;REFB=0;REVB=0.00661498;RO=0;SAF=79;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50122e-05;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:57:79:0:0:57:79:0:0 chr7 142013384 . G C 2913.5 PASS AF=0.994652;AO=183;DP=187;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0380056;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.767;QD=62.3209;RBI=0.0425642;REFB=-0.0138513;REVB=0.0191647;RO=2;SAF=80;SAR=103;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117523;STB=0.502994;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=3.87888e-05;OID=.;OPOS=142013384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:187:2:1:183:186:0.994652:103:80:2:0:103:83:1:0 chr7 142028186 . C T 498.79 PASS AF=0.325123;AO=63;DP=201;FAO=66;FDP=203;FR=.;FRO=137;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=70;FSRR=67;FWDB=0.0203493;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.076;QD=9.82837;RBI=0.0204848;REFB=-0.0158944;REVB=0.00235252;RO=131;SAF=34;SAR=29;SRF=71;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00271451;STB=0.513085;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0367013;OID=.;OPOS=142028186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:131:137:63:66:0.325123:29:34:71:60:31:35:70:67 chr7 142045613 . G T 181.46 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00327035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.645;QD=7.72184;RBI=0.0460387;REFB=0.00122204;REVB=-0.0459224;RO=69;SAF=15;SAR=10;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166204;STB=0.59992;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00215099;OID=.;OPOS=142045613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:69:69:25:25:0.265957:10:15:32:37:10:15:32:37 chr7 142045678 . ACT GTC 307.33 PASS AF=0.29927;AO=40;DP=138;FAO=41;FDP=137;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.00441972;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=3;MLLD=245.399;QD=8.97298;RBI=0.0180589;REFB=-0.00732652;REVB=-0.0175097;RO=91;SAF=21;SAR=19;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153273;STB=0.576246;STBP=0.267;TYPE=mnp;VARB=0.019286;OID=.;OPOS=142045678;OREF=ACT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:91:96:40:41:0.29927:19:21:36:55:19:22:41:55 chr7 142045683 . A G 309.82 PASS AF=0.297101;AO=41;DP=138;FAO=41;FDP=138;FR=.;FRO=97;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.0217123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.267;QD=8.98032;RBI=0.0244705;REFB=0.00575414;REVB=0.0112864;RO=97;SAF=22;SAR=19;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123704;STB=0.572398;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0167289;OID=.;OPOS=142045683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:97:97:41:41:0.297101:19:22:42:55:19:22:42:55 chr7 142045690 . A G 325.45 PASS AF=0.313433;AO=43;DP=135;FAO=42;FDP=134;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.000967964;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.342;QD=9.71502;RBI=0.013484;REFB=-0.0113593;REVB=-0.0134492;RO=92;SAF=23;SAR=20;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11705;STB=0.576995;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0223579;OID=.;OPOS=142045690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:92:92:43:42:0.313433:20:23:40:52:19:23:40:52 chr7 142045692 . AC GT 336.92 PASS AF=0.320896;AO=43;DP=134;FAO=43;FDP=134;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.00410687;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.864;QD=10.0572;RBI=0.027176;REFB=-0.0157329;REVB=-0.0268639;RO=91;SAF=23;SAR=20;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123952;STB=0.57179;STBP=0.274;TYPE=mnp;VARB=0.0282761;OID=.;OPOS=142045692;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:91:91:43:43:0.320896:20:23:39:52:20:23:39:52 chr7 142045802 . T C 392.61 PASS AF=0.272727;AO=55;DP=198;FAO=54;FDP=198;FR=.;FRO=144;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=91;FWDB=-0.0859784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.632;QD=7.93154;RBI=0.0861332;REFB=-0.0159127;REVB=-0.0051614;RO=143;SAF=24;SAR=31;SRF=52;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922044;STB=0.543572;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0394036;OID=.;OPOS=142045802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:143:144:55:54:0.272727:31:24:52:91:31:23:53:91 chr7 142045848 . T C 2440.99 PASS AF=0.993827;AO=159;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0236828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.673;QD=60.2713;RBI=0.0346272;REFB=-0.0618609;REVB=0.025262;RO=1;SAF=55;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045533;STB=0.502347;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=7.56212e-05;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:1:1:159:161:0.993827:104:55:0:1:106:55:0:1 chr7 142045899 . A G 167.28 PASS AF=0.2;AO=27;DP=140;FAO=28;FDP=140;FR=.;FRO=112;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=85;FWDB=-0.0102506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6257;QD=4.77946;RBI=0.057209;REFB=0.0131082;REVB=0.0562832;RO=112;SAF=14;SAR=13;SRF=27;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362038;STB=0.729033;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0344791;OID=.;OPOS=142045899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:112:112:27:28:0.2:13:14:27:85:13:15:27:85 chr7 142045912 . A G 144.34 PASS AF=0.195312;AO=25;DP=128;FAO=25;FDP=128;FR=.;FRO=103;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=77;FWDB=-0.00454085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.566;QD=4.51071;RBI=0.0192999;REFB=-0.00212267;REVB=-0.0187581;RO=102;SAF=14;SAR=11;SRF=25;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398109;STB=0.736686;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00763994;OID=.;OPOS=142045912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:102:103:25:25:0.195312:11:14:25:77:11:14:26:77 chr7 142045924 . A G 1094.02 PASS AF=0.807339;AO=85;DP=107;FAO=88;FDP=109;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=65;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.025399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6065;QD=40.1475;RBI=0.0299331;REFB=-0.0343679;REVB=-0.0158393;RO=22;SAF=22;SAR=63;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153093;STB=0.582215;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0095432;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:22:21:85:88:0.807339:63:22:13:9:65:23:13:8 chr7 142099484 . G C 121.48 PASS AF=0.165644;AO=28;DP=164;FAO=27;FDP=163;FR=.,HEALED;FRO=136;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=75;FWDB=-0.185985;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.6106;QD=2.98104;RBI=0.186108;REFB=-0.0222966;REVB=-0.00674891;RO=94;SAF=20;SAR=8;SRF=25;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521834;STB=0.711166;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.108109;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:94:136:28:27:0.165644:8:20:25:69:8:19:61:75 chr7 142099512 . T G 110.05 PASS AF=0.132275;AO=25;DP=183;FAO=25;FDP=189;FR=.;FRO=164;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=79;FSRR=85;FWDB=-0.0321473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.757;QD=2.32914;RBI=0.0327169;REFB=-0.00100368;REVB=0.00607858;RO=158;SAF=17;SAR=8;SRF=73;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274486;STB=0.672913;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00664045;OID=.;OPOS=142099512;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:189:158:164:25:25:0.132275:8:17:73:85:8:17:79:85 chr7 142099533 . T C 34.33 PASS AF=0.0736842;AO=16;DP=196;FAO=14;FDP=190;FR=.;FRO=176;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=90;FSRR=86;FWDB=-0.0176855;FXX=0.0306107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.444;QD=0.722637;RBI=0.0191204;REFB=-0.00182788;REVB=-0.00726725;RO=176;SAF=12;SAR=4;SRF=86;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302133;STB=0.763262;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0551914;OID=.;OPOS=142099533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:196:190:176:176:16:14:0.0736842:4:12:86:90:3:11:90:86 chr7 142099541 . T C 35.7 PASS AF=0.0686275;AO=14;DP=204;FAO=14;FDP=204;FR=.;FRO=190;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=100;FSRR=90;FWDB=-0.0206999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.464;QD=0.699973;RBI=0.024203;REFB=-0.000928363;REVB=-0.0125419;RO=190;SAF=11;SAR=3;SRF=100;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290238;STB=0.754046;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0125816;OID=.;OPOS=142099541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:204:204:190:190:14:14:0.0686275:3:11:100:90:3:11:100:90 chr7 142099548 . A G 35.91 PASS AF=0.0696517;AO=14;DP=201;FAO=14;FDP=201;FR=.;FRO=187;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=102;FSRR=85;FWDB=-0.013621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.742;QD=0.714624;RBI=0.02628;REFB=-0.000792498;REVB=0.0224746;RO=187;SAF=11;SAR=3;SRF=102;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274428;STB=0.740264;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0170111;OID=.;OPOS=142099548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:201:201:187:187:14:14:0.0696517:3:11:102:85:3:11:102:85 chr7 142119831 . G A 1959.1 PASS AF=0.984615;AO=126;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.03703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.258;QD=60.2801;RBI=0.0599535;REFB=-0.0278978;REVB=0.0471507;RO=2;SAF=54;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216397;STB=0.500976;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000797039;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:2:2:126:128:0.984615:72:54:1:1:72:56:1:1 chr7 142124170 . C T 2561.9 PASS AF=0.988166;AO=167;DP=172;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=95;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0105576;FXX=0.0174408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.137;QD=60.6367;RBI=0.0113057;REFB=-0.0468339;REVB=-0.00404412;RO=1;SAF=95;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498353;STB=0.505208;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00027211;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:169:1:2:167:167:0.988166:72:95:1:0:72:95:2:0 chr7 142124424 . T G 3924.69 PASS AF=0.973684;AO=252;DP=259;FAO=259;FDP=266;FR=.;FRO=7;FSAF=108;FSAR=151;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00960578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.6;QD=59.0179;RBI=0.0422692;REFB=-0.0266184;REVB=0.0411633;RO=7;SAF=103;SAR=149;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00864964;STB=0.504173;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.000777919;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:259:266:7:7:252:259:0.973684:149:103:4:3:151:108:4:3 chr7 142124539 . C T 73.38 PASS AF=0.110465;AO=19;DP=173;FAO=19;FDP=172;FR=.;FRO=153;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=65;FSRR=88;FWDB=0.00560247;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9839;QD=1.7064;RBI=0.0141973;REFB=-0.00507235;REVB=-0.0130451;RO=150;SAF=8;SAR=11;SRF=62;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973858;STB=0.503445;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0556981;OID=.;OPOS=142124539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:173:172:150:153:19:19:0.110465:11:8:62:88:11:8:65:88 chr7 142131832 . C T 86.38 PASS AF=0.128205;AO=19;DP=155;FAO=20;FDP=156;FR=.;FRO=136;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=72;FWDB=0.00252331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.044;QD=2.21486;RBI=0.0197933;REFB=-0.00267634;REVB=0.0196318;RO=136;SAF=9;SAR=10;SRF=64;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385498;STB=0.525615;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0215653;OID=.;OPOS=142131832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:155:156:136:136:19:20:0.128205:10:9:64:72:10:10:64:72 chr7 142131836 . C G 77.02 PASS AF=0.119205;AO=18;DP=150;FAO=18;FDP=151;FR=.;FRO=133;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=72;FWDB=-0.0318366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.914;QD=2.04033;RBI=0.0319812;REFB=-0.00111851;REVB=-0.00303715;RO=132;SAF=8;SAR=10;SRF=61;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220248;STB=0.512616;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00497271;OID=.;OPOS=142131836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:150:151:132:133:18:18:0.119205:10:8:61:71:10:8:61:72 chr7 142131858 . C A 36.54 PASS AF=0.0833333;AO=11;DP=132;FAO=11;FDP=132;FR=.;FRO=121;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=67;FWDB=0.000920292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.89;QD=1.10734;RBI=0.0273476;REFB=0.000106579;REVB=-0.0273321;RO=119;SAF=7;SAR=4;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214687;STB=0.670413;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00251685;OID=.;OPOS=142131858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:132:132:119:121:11:11:0.0833333:4:7:53:66:4:7:54:67 chr7 142131868 . C T 31.32 PASS AF=0.0810811;AO=9;DP=111;FAO=9;FDP=111;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.025818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.982;QD=1.12869;RBI=0.0258198;REFB=-0.00215332;REVB=0.000309904;RO=99;SAF=6;SAR=3;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266941;STB=0.708857;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0259245;OID=.;OPOS=142131868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:111:111:99:102:9:9:0.0810811:3:6:42:57:3:6:44:58 chr7 142139348 . C T 2824.19 PASS AF=1;AO=178;DP=186;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000308808;FXX=0.0425509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.645;QD=62.7598;RBI=0.00697713;REFB=-0.00666286;REVB=-0.00697029;RO=1;SAF=83;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570118;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076712;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:186:180:1:0:178:180:1:95:83:1:0:97:83:0:0 chr7 142139783 . C A,G 1868.17 PASS AF=0.943548,0.0564516;AO=117,5;DP=123;FAO=117,7;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=32,4;FSAR=85,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576798,-0.0425631;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=283.099,16.9681;QD=60.2636;RBI=0.00862128,0.0739658;REFB=0,0;REVB=-0.00640757,0.0604923;RO=1;SAF=32,4;SAR=85,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00555538,0.277405;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000683054,0.0718202;OID=.,.;OPOS=142139783,142139783;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:123:124:1:0:117,5:117,7:0.943548,0.0564516:85,1:32,4:0:1:85,3:32,4:0:0 chr7 142143804 . A C 4878.39 PASS AF=1;AO=313;DP=316;FAO=313;FDP=313;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00398382;FXX=0.00949337;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.363;QD=62.3436;RBI=0.00962552;REFB=-0.0313407;REVB=-0.00876241;RO=2;SAF=146;SAR=167;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000408172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19876e-05;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:316:313:2:0:313:313:1:167:146:1:1:167:146:0:0 chr7 142143879 . A T 148.93 PASS AF=0.112994;AO=40;DP=354;FAO=40;FDP=354;FR=.;FRO=314;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=161;FSRR=153;FWDB=0.027644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1674;QD=1.68286;RBI=0.0294067;REFB=-0.0120551;REVB=0.0100281;RO=312;SAF=16;SAR=24;SRF=160;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14079;STB=0.59995;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0447503;OID=.;OPOS=142143879;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:312:314:40:40:0.112994:24:16:160:152:24:16:161:153 chr7 142143906 . GT CC 294.22 PASS AF=0.163934;AO=56;DP=365;FAO=60;FDP=366;FR=.;FRO=306;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=150;FSRR=156;FWDB=0.00998207;FXX=0.00812986;HRUN=1;LEN=2;MLLD=305.558;QD=3.21552;RBI=0.0103679;REFB=-0.00264085;REVB=0.00280221;RO=303;SAF=21;SAR=35;SRF=148;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148406;STB=0.619525;STBP=0.041;TYPE=mnp;VARB=0.0132337;OID=.;OPOS=142143906;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:366:303:306:56:60:0.163934:35:21:148:155:39:21:150:156 chr7 142143941 . T C 562.49 PASS AF=0.235925;AO=87;DP=372;FAO=88;FDP=373;FR=.;FRO=285;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=139;FSRR=146;FWDB=-0.0151377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.379;QD=6.03205;RBI=0.0196376;REFB=0.00354778;REVB=0.0125094;RO=285;SAF=32;SAR=55;SRF=139;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155544;STB=0.596985;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0103236;OID=.;OPOS=142143941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:373:285:285:87:88:0.235925:55:32:139:146:56:32:139:146 chr7 142144022 . T C 609.08 PASS AF=0.30597;AO=79;DP=268;FAO=82;FDP=268;FR=.;FRO=186;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=86;FSRR=100;FWDB=-0.03112;FXX=0.0110697;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.117;QD=9.09077;RBI=0.0314975;REFB=-0.00517579;REVB=-0.00486164;RO=188;SAF=29;SAR=50;SRF=88;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126015;STB=0.560372;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0119245;OID=.;OPOS=142144022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:188:186:79:82:0.30597:50:29:88:100:51:31:86:100 chr7 142144059 . A C 350.05 PASS AF=0.256039;AO=41;DP=197;FAO=53;FDP=207;FR=.;FRO=154;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=70;FSRR=84;FWDB=0.0104637;FXX=0.014285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.775;QD=6.76418;RBI=0.0139808;REFB=-0.00738448;REVB=-0.00927219;RO=153;SAF=12;SAR=29;SRF=70;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223113;STB=0.544486;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.021433;OID=.;OPOS=142144059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:207:153:154:41:53:0.256039:29:12:70:83:32:21:70:84 chr7 142144091 . GG AA 127.32 PASS AF=0.163265;AO=24;DP=147;FAO=24;FDP=147;FR=.;FRO=123;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=70;FWDB=0.00667876;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=223.864;QD=3.46436;RBI=0.00849261;REFB=-0.00109705;REVB=0.00524581;RO=123;SAF=13;SAR=11;SRF=53;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140683;STB=0.59183;STBP=0.333;TYPE=mnp;VARB=0.00524958;OID=.;OPOS=142144091;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:123:123:24:24:0.163265:11:13:53:70:11:13:53:70 chr7 142144101 . C T 105.93 PASS AF=0.155556;AO=21;DP=135;FAO=21;FDP=135;FR=.;FRO=114;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=0.0174031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7965;QD=3.13879;RBI=0.0243105;REFB=-0.0128552;REVB=-0.0169745;RO=110;SAF=13;SAR=8;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207563;STB=0.64986;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0239189;OID=.;OPOS=142144101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:110:114:21:21:0.155556:8:13:50:60:8:13:50:64 chr7 142149160 . T G 5565.67 PASS AF=0.970667;AO=364;DP=375;FAO=364;FDP=375;FR=.;FRO=11;FSAF=170;FSAR=194;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0332898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.671;QD=59.3671;RBI=0.0333034;REFB=-0.0461953;REVB=-0.000952883;RO=6;SAF=170;SAR=194;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165388;STB=0.50231;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0011158;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:375:375:6:11:364:364:0.970667:194:170:6:0:194:170:6:5 chr7 142149349 . A C 3100.02 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.432;QD=61.6919;RBI=0.0369667;REFB=0;REVB=-0.0259249;RO=0;SAF=80;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60835e-07;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:201:0:0:199:201:1:119:80:0:0:120:81:0:0 chr7 142162001 . A C 6110.39 PASS AF=1;AO=382;DP=382;FAO=384;FDP=384;FR=.;FRO=0;FSAF=192;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.639;QD=63.6499;RBI=0.015731;REFB=0;REVB=0.0129901;RO=0;SAF=192;SAR=190;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31288e-06;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:382:384:0:0:382:384:1:190:192:0:0:192:192:0:0 chr7 142162148 . C T 4130.52 PASS AF=1;AO=265;DP=266;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566666;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.021;QD=62.3475;RBI=0.00873235;REFB=-0.0307283;REVB=-0.00664401;RO=1;SAF=140;SAR=125;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379884;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36831e-05;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:266:265:1:0:265:265:1:125:140:0:1:125:140:0:0 chr7 142162306 . A G 2509.1 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.699;QD=61.573;RBI=0.0125834;REFB=0;REVB=0.00919987;RO=0;SAF=67;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31634e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58903e-06;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:95:67:0:0:96:67:0:0 chr7 142168414 . G C 35.03 PASS AF=0.0797101;AO=11;DP=138;FAO=11;FDP=138;FR=.;FRO=127;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=86;FWDB=-0.00376992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.652;QD=1.0154;RBI=0.00436951;REFB=-0.000174594;REVB=0.00220913;RO=127;SAF=9;SAR=2;SRF=41;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514874;STB=0.887339;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00380389;OID=.;OPOS=142168414;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:138:138:127:127:11:11:0.0797101:2:9:41:86:2:9:41:86 chr7 142168429 . A G 2162.68 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406713;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.377;QD=61.7908;RBI=0.0410409;REFB=0;REVB=0.00549527;RO=0;SAF=45;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216181;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:140:0:0:132:140:1:87:45:0:0:88:52:0:0 chr7 142168452 . C A 2636.46 PASS AF=0.994286;AO=167;DP=168;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000135908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.696;QD=60.262;RBI=0.00469954;REFB=0.0460965;REVB=0.00469758;RO=0;SAF=68;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502415;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000203017;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:168:175:0:1:167:174:0.994286:99:68:0:0:103:71:0:1 chr7 142168662 . CG TC 3454.7 PASS AF=1;AO=219;DP=227;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233576;FXX=0.0308356;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.069;QD=62.8127;RBI=0.0428682;REFB=0;REVB=0.0359459;RO=0;SAF=93;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.76844e-05;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:227:220:0:0:219:220:1:126:93:0:0:126:94:0:0 chr7 142168819 . G A 655.04 PASS AF=0.478873;AO=65;DP=138;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=53;FWDB=0.0309071;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.934;QD=18.4517;RBI=0.0342153;REFB=-0.0318239;REVB=0.0146777;RO=73;SAF=36;SAR=29;SRF=20;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263088;STB=0.647589;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0218855;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:142:73:74:65:68:0.478873:29:36:20:53:29:39:21:53 chr7 142168856 . C G 1690.29 PASS AF=0.944;AO=107;DP=114;FAO=118;FDP=125;FR=.;FRO=7;FSAF=44;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0464223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4209;QD=54.0892;RBI=0.0666241;REFB=0.000276384;REVB=0.0477885;RO=7;SAF=36;SAR=71;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302649;STB=0.511814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000418469;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:114:125:7:7:107:118:0.944:71:36:4:3:74:44:4:3 chr7 142176378 . A G 2370.43 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267124;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.393;QD=61.1723;RBI=0.0464497;REFB=0;REVB=0.0380003;RO=0;SAF=72;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39276e-05;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:155:155:1:83:72:0:0:83:72:0:0 chr7 142180646 . AG CT 99.48 PASS AF=0.0805785;AO=39;DP=484;FAO=39;FDP=484;FR=.;FRO=445;FSAF=33;FSAR=6;FSRF=206;FSRR=239;FWDB=-0.000306276;FXX=0.00206181;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.787;QD=0.822171;RBI=0.0211345;REFB=-0.000496446;REVB=-0.0211323;RO=435;SAF=33;SAR=6;SRF=205;SRR=230;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438098;STB=0.849176;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0063453;OID=.;OPOS=142180646;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:484:484:435:445:39:39:0.0805785:6:33:205:230:6:33:206:239 chr7 142180704 . G T 837.17 PASS AF=0.248532;AO=127;DP=512;FAO=127;FDP=511;FR=.;FRO=384;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=181;FSRR=203;FWDB=-0.00379936;FXX=0.00195309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.44;QD=6.55317;RBI=0.00635254;REFB=-0.00198364;REVB=-0.00509113;RO=380;SAF=65;SAR=62;SRF=180;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048087;STB=0.530371;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00405985;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:512:511:380:384:127:127:0.248532:62:65:180:200:62:65:181:203 chr7 142180737 . T A 863.34 PASS AF=0.28169;AO=119;DP=427;FAO=120;FDP=426;FR=.;FRO=306;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=140;FSRR=166;FWDB=0.00203451;FXX=0.00467279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.454;QD=8.10651;RBI=0.006118;REFB=-0.000692269;REVB=-0.00576981;RO=305;SAF=62;SAR=57;SRF=139;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802186;STB=0.542408;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0065952;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:426:305:306:119:120:0.28169:57:62:139:166:58:62:140:166 chr7 142180770 . T C 880.18 PASS AF=0.304462;AO=113;DP=380;FAO=116;FDP=381;FR=.;FRO=265;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=112;FSRR=153;FWDB=0.0014839;FXX=0.0103893;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.727;QD=9.24069;RBI=0.00294174;REFB=-0.00332567;REVB=-0.00254005;RO=256;SAF=63;SAR=50;SRF=113;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138811;STB=0.589065;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00721683;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:381:256:265:113:116:0.304462:50:63:113:143:52:64:112:153 chr7 142206617 . G A 266.58 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.01373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.728;QD=13.4975;RBI=0.0138989;REFB=0.00202197;REVB=-0.00216044;RO=48;SAF=13;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130398;STB=0.57442;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00272371;OID=.;OPOS=142206617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:18:13:26:22:18:13:26:22 chr7 142231701 . G T 559.87 PASS AF=0.338095;AO=71;DP=210;FAO=71;FDP=210;FR=.;FRO=139;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=81;FSRR=58;FWDB=-0.0415267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.247;QD=10.6642;RBI=0.045895;REFB=-0.00801064;REVB=-0.0195418;RO=138;SAF=28;SAR=43;SRF=81;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220357;STB=0.623651;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0119663;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:138:139:71:71:0.338095:43:28:81:57:43:28:81:58 chr7 142242469 . G T 54.82 PASS AF=0.0697674;AO=24;DP=345;FAO=24;FDP=344;FR=.;FRO=320;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=140;FSRR=180;FWDB=0.0388159;FXX=0.00289847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.829;QD=0.637456;RBI=0.041923;REFB=-0.00426279;REVB=-0.0158388;RO=319;SAF=6;SAR=18;SRF=139;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217245;STB=0.688513;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0390922;OID=.;OPOS=142242469;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:345:344:319:320:24:24:0.0697674:18:6:139:180:18:6:140:180 chr7 142242478 . C G 60.31 PASS AF=0.0733138;AO=25;DP=341;FAO=25;FDP=341;FR=.;FRO=316;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=131;FSRR=185;FWDB=-0.0231186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.567;QD=0.707502;RBI=0.0334682;REFB=-0.00047306;REVB=-0.0242002;RO=316;SAF=7;SAR=18;SRF=131;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161383;STB=0.635993;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.014033;OID=.;OPOS=142242478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:341:341:316:316:25:25:0.0733138:18:7:131:185:18:7:131:185 chr7 142242511 . A G 66.94 PASS AF=0.0776119;AO=26;DP=336;FAO=26;FDP=335;FR=.;FRO=309;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=128;FSRR=181;FWDB=-0.0407209;FXX=0.0029761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.938;QD=0.799317;RBI=0.0585778;REFB=0.0028923;REVB=-0.042109;RO=308;SAF=7;SAR=19;SRF=128;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179411;STB=0.646791;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0419156;OID=.;OPOS=142242511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:336:335:308:309:26:26:0.0776119:19:7:128:180:19:7:128:181 chr7 142242552 . G T 81.28 PASS AF=0.0921986;AO=26;DP=282;FAO=26;FDP=282;FR=.;FRO=256;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=103;FSRR=153;FWDB=-0.0257747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.396;QD=1.15297;RBI=0.0257918;REFB=1.81438e-05;REVB=0.000939447;RO=256;SAF=6;SAR=20;SRF=103;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226493;STB=0.677292;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.000177798;OID=.;OPOS=142242552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:282:282:256:256:26:26:0.0921986:20:6:103:153:20:6:103:153 chr7 142247134 . T C 690.58 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=161;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.00614079;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.917;QD=17.2645;RBI=0.0367591;REFB=-0.0134875;REVB=0.0362425;RO=85;SAF=32;SAR=42;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00875801;STB=0.507584;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00978673;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:85:86:74:74:0.4625:42:32:36:49:42:32:36:50 chr7 142247263 . G A 132.05 PASS AF=0.179104;AO=22;DP=134;FAO=24;FDP=134;FR=.;FRO=110;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=0.00489764;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.603;QD=3.94188;RBI=0.00866054;REFB=-0.00149787;REVB=-0.00714269;RO=108;SAF=3;SAR=19;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416679;STB=0.80111;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0127247;OID=.;OPOS=142247263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:108:110:22:24:0.179104:19:3:44:64:21:3:46:64 chr7 142247270 . TG CA 162.92 PASS AF=0.209302;AO=27;DP=129;FAO=27;FDP=129;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=-0.0373145;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=147.906;QD=5.05163;RBI=0.0384804;REFB=-0.00644976;REVB=-0.00940049;RO=98;SAF=5;SAR=22;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311175;STB=0.715888;STBP=0.018;TYPE=mnp;VARB=0.00683325;OID=.;OPOS=142247270;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:98:102:27:27:0.209302:22:5:38:60:22:5:42:60 chr7 142247285 . G C 53.65 PASS AF=0.102941;AO=14;DP=137;FAO=14;FDP=136;FR=.;FRO=122;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=75;FWDB=-0.0590851;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9868;QD=1.5779;RBI=0.0640443;REFB=-0.0028406;REVB=-0.0247109;RO=121;SAF=6;SAR=8;SRF=45;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709424;STB=0.540074;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0233445;OID=.;OPOS=142247285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:137:136:121:122:14:14:0.102941:8:6:45:76:8:6:47:75 chr7 142247288 . T C 239.9 PASS AF=0.25;AO=35;DP=140;FAO=35;FDP=140;FR=.;FRO=105;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.00850914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.335;QD=6.85439;RBI=0.0109903;REFB=-0.0106071;REVB=-0.00695571;RO=105;SAF=9;SAR=26;SRF=46;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248646;STB=0.651389;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0303458;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:105:105:35:35:0.25:26:9:46:59:26:9:46:59 chr7 142247347 . AT CC 301.12 PASS AF=0.327731;AO=39;DP=120;FAO=39;FDP=119;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0113199;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=104.23;QD=10.1218;RBI=0.0709526;REFB=-0.00292224;REVB=-0.0700438;RO=70;SAF=12;SAR=27;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195386;STB=0.603297;STBP=0.147;TYPE=mnp;VARB=0.00526376;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:70:80:39:39:0.327731:27:12:33:37:27:12:36:44 chr7 142247380 . T A 254.84 PASS AF=0.322917;AO=28;DP=97;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0157124;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0166;QD=10.6182;RBI=0.0287349;REFB=-0.00693259;REVB=0.0240586;RO=53;SAF=10;SAR=18;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912282;STB=0.595917;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0156516;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:53:65:28:31:0.322917:18:10:23:30:20:11:32:33 chr7 142247396 . A T 157.15 PASS AF=0.26506;AO=21;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0366119;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.966;QD=7.57333;RBI=0.0614135;REFB=-0.00867379;REVB=-0.0493071;RO=59;SAF=8;SAR=13;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116466;STB=0.549454;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0300136;OID=.;OPOS=142247396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:59:61:21:22:0.26506:13:8:28:31:13:9:29:32 chr7 142247530 . G A 41.03 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0305049;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8383;QD=3.41892;RBI=0.0355928;REFB=-0.0206174;REVB=0.0183385;RO=41;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303667;STB=0.708049;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0194156;OID=.;OPOS=142247530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:49:48:41:41:7:7:0.145833:3:4:13:28:3:4:13:28 chr7 142247539 . TGC CAC,CAT 44.95 PASS AF=0.0625,0.104167;AO=3,4;DP=47;FAO=3,5;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=2,3;FSAR=1,2;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0340278,-0.0282972;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=131.774,187.626;QD=3.74616;RBI=0.0466121,0.0292647;REFB=-0.00642724,-0.0034486;REVB=0.0318558,0.00746254;RO=38;SAF=2,2;SAR=1,2;SRF=11;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.370233,0.241519;STB=0.78715,0.730293;STBP=0.448,0.375;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0491307,0.0159075;OID=.,.;OPOS=142247539,142247539;OREF=TG,TGC;OALT=CA,CAT;OMAPALT=CAC,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:47:48:38:40:3,4:3,5:0.0625,0.104167:1,2:2,2:11:27:1,2:2,3:13:27 chr7 142247567 . A G 69.86 PASS AF=0.196721;AO=11;DP=60;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0417684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.392;QD=4.58072;RBI=0.0721032;REFB=-0.00355659;REVB=-0.0587731;RO=49;SAF=3;SAR=8;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501474;STB=0.524959;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0144885;OID=.;OPOS=142247567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:60:61:49:49:11:12:0.196721:8:3:15:34:8:4:15:34 chr7 142247571 . A G 71.89 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.0364272;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.24;QD=4.63812;RBI=0.0443301;REFB=-0.00866658;REVB=0.0252629;RO=51;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564282;STB=0.530814;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0302729;OID=.;OPOS=142247571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:62:51:50:12:12:0.193548:8:4:15:36:8:4:15:35 chr7 142250938 . T G 2345.98 PASS AF=0.987342;AO=155;DP=158;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0108876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.144;QD=59.392;RBI=0.0227901;REFB=-0.0239252;REVB=0.0200213;RO=1;SAF=73;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064724;STB=0.500407;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=6.20237e-05;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:158:158:1:2:155:156:0.987342:82:73:1:0:83:73:1:1 chr7 142250988 . G A 1565.98 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0079127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7058;QD=62.6391;RBI=0.0459674;REFB=-0.127771;REVB=-0.0452812;RO=1;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939286;STB=0.50495;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00067496;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:50:49:0:1:50:49:0:1 chr7 142251132 . G T 1043.79 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.184;QD=59.6452;RBI=0.0433877;REFB=0;REVB=0.00949604;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26199e-05;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:44:25:0:0:44:26:0:0 chr7 142326607 . C T 3132.98 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.484;QD=61.431;RBI=0.0326684;REFB=0;REVB=0.0285751;RO=0;SAF=81;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3077e-05;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:204:0:0:198:204:1:117:81:0:0:122:82:0:0 chr7 142326909 . C A,G 1598.68 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=4,104;DP=108;FAO=3,105;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=3,50;FSAR=0,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172457,-0.00809519;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.087,91.3482;QD=59.2105;RBI=0.0379805,0.0627327;REFB=0,0;REVB=-0.0338394,0.0622082;RO=0;SAF=4,49;SAR=0,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0815894,-1.97852e-05;OID=.,.;OPOS=142326909,142326909;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:108:108:0:0:4,104:3,105:0.0277778,0.972222:0,55:4,49:0:0:0,55:3,50:0:0 chr7 142334648 . A T 2881.01 PASS AF=1;AO=182;DP=185;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000453337;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.529;QD=62.973;RBI=0.0193563;REFB=0;REVB=-0.019351;RO=0;SAF=112;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39301e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25156e-05;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:183:0:0:182:183:1:70:112:0:0:71:112:0:0 chr7 142378633 . G A 1494.24 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0108204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4241;QD=56.3863;RBI=0.0620793;REFB=-0.13261;REVB=0.061129;RO=2;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155526;STB=0.50245;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00610795;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:2:3:103:103:0.971698:60:43:0:2:60:43:1:2 chr7 142378831 . C G 1268.61 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00958333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.962;QD=61.1378;RBI=0.0688717;REFB=0;REVB=0.0682017;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148758;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:83:0:0:74:83:1:34:40:0:0:43:40:0:0 chr7 142423562 . C T 3114.1 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000494347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5075;QD=63.8789;RBI=0.00179899;REFB=0;REVB=0.00172974;RO=0;SAF=91;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53813e-06;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:195:195:1:104:91:0:0:104:91:0:0 chr7 142458451 . A T 165.26 PASS AF=0.10099;AO=51;DP=506;FAO=51;FDP=505;FR=.;FRO=454;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=229;FSRR=225;FWDB=0.0140931;FXX=0.00197625;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.633;QD=1.30902;RBI=0.0140942;REFB=-0.000259163;REVB=-0.000174663;RO=452;SAF=29;SAR=22;SRF=229;SRR=223;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762771;STB=0.557887;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00502343;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:506:505:452:454:51:51:0.10099:22:29:229:223:22:29:229:225 chr7 142458677 . G A 57.35 PASS AF=0.118182;AO=13;DP=112;FAO=13;FDP=110;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=64;FWDB=-0.00707787;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.475;QD=2.08538;RBI=0.0096933;REFB=-0.00242621;REVB=-0.00662298;RO=98;SAF=5;SAR=8;SRF=34;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495657;STB=0.542106;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0164182;OID=.;OPOS=142458677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:112:110:98:97:13:13:0.118182:8:5:34:64:8:5:33:64 chr7 142458697 . T A 95.9 PASS AF=0.157025;AO=19;DP=121;FAO=19;FDP=121;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=67;FWDB=-0.0357762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.312;QD=3.1703;RBI=0.0393442;REFB=-0.00404593;REVB=-0.0163715;RO=100;SAF=8;SAR=11;SRF=34;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108738;STB=0.568755;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0212827;OID=.;OPOS=142458697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:121:121:100:102:19:19:0.157025:11:8:34:66:11:8:35:67 chr7 142458700 . G T 102.99 PASS AF=0.162602;AO=20;DP=123;FAO=20;FDP=123;FR=.;FRO=103;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=67;FWDB=0.0095118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.39;QD=3.34925;RBI=0.0282691;REFB=-0.00454069;REVB=-0.0266208;RO=103;SAF=9;SAR=11;SRF=36;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132474;STB=0.586384;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0227111;OID=.;OPOS=142458700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:103:103:20:20:0.162602:11:9:36:67:11:9:36:67 chr7 142458737 . C G 203.01 PASS AF=0.24031;AO=31;DP=128;FAO=31;FDP=129;FR=.;FRO=98;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=-0.00112993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.046;QD=6.295;RBI=0.0137863;REFB=-0.00212988;REVB=0.0137399;RO=97;SAF=14;SAR=17;SRF=37;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897109;STB=0.557391;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00939475;OID=.;OPOS=142458737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:97:98:31:31:0.24031:17:14:37:60:17:14:37:61 chr7 142458829 . A G 285.39 PASS AF=0.231579;AO=44;DP=190;FAO=44;FDP=190;FR=.;FRO=146;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=87;FWDB=-0.0177831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.442;QD=6.00825;RBI=0.0184401;REFB=-0.00398618;REVB=-0.00487846;RO=146;SAF=17;SAR=27;SRF=59;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023494;STB=0.514279;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0126364;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:146:146:44:44:0.231579:27:17:59:87:27:17:59:87 chr7 142458837 . A T 246.45 PASS AF=0.216216;AO=40;DP=185;FAO=40;FDP=185;FR=.;FRO=145;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=61;FSRR=84;FWDB=0.00200965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.386;QD=5.32867;RBI=0.0112196;REFB=-0.00281284;REVB=-0.0110382;RO=145;SAF=17;SAR=23;SRF=61;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562362;STB=0.503458;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0146957;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:145:145:40:40:0.216216:23:17:61:84:23:17:61:84 chr7 142458841 . AT A 172.78 PASS AF=0.182857;AO=37;DP=183;FAO=32;FDP=175;FR=.;FRO=143;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=60;FSRR=83;FWDB=0.0367276;FXX=0.0277762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.381;QD=3.94933;RBI=0.0367887;REFB=-0.00408996;REVB=0.00211972;RO=144;SAF=16;SAR=21;SRF=62;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244553;STB=0.514922;STBP=0.844;TYPE=del;VARB=0.040627;OID=.;OPOS=142458842;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.182857:37:183:32:175:143:14:18:60:83:99:144:16:21:62:82 chr7 142458967 . A T 71.37 PASS AF=0.142857;AO=14;DP=97;FAO=14;FDP=98;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.0127061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.421;QD=2.91322;RBI=0.0265428;REFB=-0.0143292;REVB=-0.023304;RO=83;SAF=7;SAR=7;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082891;STB=0.561138;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0382375;OID=.;OPOS=142458967;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:97:98:83:84:14:14:0.142857:7:7:36:47:7:7:36:48 chr7 142458972 . T C 61.6 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.00906822;FXX=0.0208312;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.812;QD=2.62141;RBI=0.0098249;REFB=-0.0135907;REVB=0.00378101;RO=65;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266691;STB=0.563725;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0432115;OID=.;OPOS=142458972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:96:94:65:82:12:12:0.12766:6:6:19:46:6:6:35:47 chr7 142458987 . C G 89.93 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=98;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.00891478;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.512;QD=3.74705;RBI=0.0372423;REFB=-0.00882812;REVB=-0.0361596;RO=82;SAF=7;SAR=9;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136884;STB=0.52125;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0376218;OID=.;OPOS=142458987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:98:96:82:80:16:16:0.166667:9:7:35:47:9:7:33:47 chr7 142460335 . A G 569.15 PASS AF=0.225;AO=89;DP=400;FAO=90;FDP=400;FR=.;FRO=310;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=138;FSRR=172;FWDB=-0.0208184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9666;QD=5.69154;RBI=0.0296448;REFB=0.00411775;REVB=-0.0211047;RO=310;SAF=54;SAR=35;SRF=138;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205675;STB=0.619021;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0202442;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:400:310:310:89:90:0.225:35:54:138:172:36:54:138:172 chr7 142460369 . G A 419.3 PASS AF=0.197333;AO=74;DP=374;FAO=74;FDP=375;FR=.;FRO=301;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=134;FSRR=167;FWDB=0.0233385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.528;QD=4.47252;RBI=0.025276;REFB=0.00235025;REVB=-0.00970514;RO=300;SAF=43;SAR=31;SRF=134;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172673;STB=0.60807;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0137232;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:375:300:301:74:74:0.197333:31:43:134:166:31:43:134:167 chr7 142460394 . T C 177.27 PASS AF=0.128358;AO=43;DP=336;FAO=43;FDP=335;FR=.;FRO=292;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=127;FSRR=165;FWDB=0.065499;FXX=0.0029761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2742;QD=2.11662;RBI=0.077463;REFB=-0.00090878;REVB=-0.041357;RO=292;SAF=19;SAR=24;SRF=127;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893318;STB=0.506128;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00834995;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:335:292:292:43:43:0.128358:24:19:127:165:24:19:127:165 chr7 142460412 . A C 100.63 PASS AF=0.103203;AO=29;DP=284;FAO=29;FDP=281;FR=.;FRO=252;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=113;FSRR=139;FWDB=-0.0312875;FXX=0.0140346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.938;QD=1.43242;RBI=0.0328871;REFB=-0.00481483;REVB=-0.010132;RO=253;SAF=11;SAR=18;SRF=116;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985549;STB=0.563734;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0219306;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:281:253:252:29:29:0.103203:18:11:116:137:18:11:113:139 chr7 142460415 . T C 79.45 PASS AF=0.0929368;AO=25;DP=269;FAO=25;FDP=269;FR=.;FRO=244;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=109;FSRR=135;FWDB=-0.0244044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.229;QD=1.18139;RBI=0.0244209;REFB=0.000213832;REVB=0.000897574;RO=244;SAF=11;SAR=14;SRF=109;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811311;STB=0.506172;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00903406;OID=.;OPOS=142460415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:269:269:244:244:25:25:0.0929368:14:11:109:135:14:11:109:135 chr7 142479915 . T C 1762.61 PASS AF=1;AO=92;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.164;QD=60.2602;RBI=0.0375796;REFB=0;REVB=0.00953776;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62886e-05;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:92:117:1:40:52:0:0:55:62:0:0 chr7 142479954 . C T 2827.72 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.26;QD=62.8383;RBI=0.0045938;REFB=0;REVB=0.00403503;RO=0;SAF=96;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24249e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88709e-06;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:84:96:0:0:84:96:0:0 chr7 142480002 . C A 3029.54 PASS AF=0.980488;AO=201;DP=205;FAO=201;FDP=205;FR=.;FRO=4;FSAF=105;FSAR=96;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0174746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.381;QD=59.113;RBI=0.0181877;REFB=-0.037883;REVB=0.00504305;RO=4;SAF=105;SAR=96;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00847649;STB=0.504451;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=6.44521e-06;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:205:205:4:4:201:201:0.980488:96:105:3:1:96:105:3:1 chr7 142480067 . C T 1782.44 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.285;QD=59.9141;RBI=0.0184522;REFB=-0.0954523;REVB=0.0180398;RO=1;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008557;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410131;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:118:119:1:0:117:119:1:55:62:0:1:56:63:0:0 chr7 142494045 . GAAA TGTG 120.19 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548296;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=4;MLLD=282.979;QD=43.7065;RBI=0.00548296;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.75526e-05;OID=.;OPOS=142494045;OREF=GAAA;OALT=TGTG;OMAPALT=TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr7 142498735 . A C 270.28 PASS AF=0.318584;AO=35;DP=112;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.00100126;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.84;QD=9.56749;RBI=0.00411278;REFB=-0.00392748;REVB=-0.00398904;RO=77;SAF=9;SAR=26;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181111;STB=0.587519;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0092119;OID=.;OPOS=142498735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:77:77:35:36:0.318584:26:9:30:47:26:10:30:47 chr7 142498738 . C G 280.5 PASS AF=0.321739;AO=37;DP=115;FAO=37;FDP=115;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.00839905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.021;QD=9.75662;RBI=0.010062;REFB=0.00227859;REVB=0.00554071;RO=77;SAF=12;SAR=25;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833308;STB=0.545146;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00901455;OID=.;OPOS=142498738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:77:78:37:37:0.321739:25:12:30:47:25:12:30:48 chr7 142498833 . A T 1054.32 PASS AF=0.391026;AO=121;DP=310;FAO=122;FDP=312;FR=.;FRO=190;FSAF=43;FSAR=79;FSRF=90;FSRR=100;FWDB=0.0283096;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6412;QD=13.517;RBI=0.0289543;REFB=-0.00421903;REVB=-0.00607629;RO=179;SAF=42;SAR=79;SRF=85;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142506;STB=0.577168;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00650964;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:312:179:190:121:122:0.391026:79:42:85:94:79:43:90:100 chr7 142498837 . C T 1039.38 PASS AF=0.386581;AO=121;DP=313;FAO=121;FDP=313;FR=.;FRO=192;FSAF=42;FSAR=79;FSRF=92;FSRR=100;FWDB=0.0178983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.191;QD=13.2829;RBI=0.0179829;REFB=-0.00279684;REVB=0.00174207;RO=192;SAF=42;SAR=79;SRF=92;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150315;STB=0.584718;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0045719;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:192:192:121:121:0.386581:79:42:92:100:79:42:92:100 chr7 142498896 . CA CG,TG 990.83 PASS AF=0.224026,0.178571;AO=65,51;DP=304;FAO=69,55;FDP=308;FR=.;FRO=184;FSAF=31,19;FSAR=38,36;FSRF=88;FSRR=96;FWDB=0.0215469,0.0246806;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=200.874,191.607;QD=12.868;RBI=0.0314515,0.0350535;REFB=-0.00917315,-0.00702601;REVB=0.0229113,0.0248921;RO=182;SAF=28,15;SAR=37,36;SRF=86;SRR=96;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0524356,-0.239243;STB=0.521202,0.605621;STBP=0.709,0.064;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0236918,0.00709536;OID=.,.;OPOS=142498897,142498896;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:308:182:184:65,51:69,55:0.224026,0.178571:37,36:28,15:86:96:38,36:31,19:88:96 chr7 142499071 . T C 987.55 PASS AF=0.423387;AO=105;DP=246;FAO=105;FDP=248;FR=.;FRO=143;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=57;FSRR=86;FWDB=-0.0778722;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.04;QD=15.9282;RBI=0.077918;REFB=-0.0171353;REVB=-0.00266955;RO=141;SAF=47;SAR=58;SRF=55;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603517;STB=0.534199;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0194892;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:248:141:143:105:105:0.423387:58:47:55:86:57:48:57:86 chr7 142499854 . T C 33.02 PASS AF=0.0748299;AO=11;DP=147;FAO=11;FDP=147;FR=.;FRO=136;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=72;FSRR=64;FWDB=-0.0569258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3243;QD=0.898626;RBI=0.0570584;REFB=0.000437139;REVB=-0.00388726;RO=136;SAF=7;SAR=4;SRF=72;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1194;STB=0.600824;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0106699;OID=.;OPOS=142499854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:147:147:136:136:11:11:0.0748299:4:7:72:64:4:7:72:64 chr7 142499862 . C T 36.29 PASS AF=0.0827068;AO=11;DP=133;FAO=11;FDP=133;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=-0.019832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.058;QD=1.09141;RBI=0.0325018;REFB=-0.00182301;REVB=-0.0257499;RO=121;SAF=7;SAR=4;SRF=59;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168395;STB=0.632635;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0150063;OID=.;OPOS=142499862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:133:133:121:122:11:11:0.0827068:4:7:59:62:4:7:60:62 chr7 142499874 . T C 34.97 PASS AF=0.0847458;AO=10;DP=118;FAO=10;FDP=118;FR=.;FRO=108;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.0180387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.723;QD=1.18545;RBI=0.021106;REFB=-0.00140001;REVB=-0.0109576;RO=105;SAF=7;SAR=3;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25424;STB=0.699601;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0116031;OID=.;OPOS=142499874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:118:118:105:108:10:10:0.0847458:3:7:50:55:3:7:52:56 chr7 142499880 . C T 35.94 PASS AF=0.0869565;AO=10;DP=115;FAO=10;FDP=115;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=-0.00543455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.054;QD=1.25012;RBI=0.0349948;REFB=-0.00155288;REVB=-0.0345703;RO=104;SAF=7;SAR=3;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269767;STB=0.710427;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0185428;OID=.;OPOS=142499880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:115:115:104:105:10:10:0.0869565:3:7:48:56:3:7:49:56 chr7 142499884 . C T 38.01 PASS AF=0.0917431;AO=10;DP=109;FAO=10;FDP=109;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=54;FWDB=-0.012691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.02;QD=1.3949;RBI=0.0320732;REFB=-0.00448015;REVB=-0.0294556;RO=98;SAF=7;SAR=3;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275522;STB=0.71849;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0489365;OID=.;OPOS=142499884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:109:109:98:99:10:10:0.0917431:3:7:45:53:3:7:45:54 chr7 142562144 . G A 640.94 PASS AF=0.427711;AO=70;DP=165;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=65;FSAR=6;FSRF=84;FSRR=11;FWDB=-0.0153328;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.937;QD=15.4443;RBI=0.0153357;REFB=-0.00470988;REVB=0.000294817;RO=93;SAF=64;SAR=6;SRF=82;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957315;STB=0.55276;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00626955;OID=.;OPOS=142562144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:93:95:70:71:0.427711:6:64:82:11:6:65:84:11 chr7 142881069 . T C 940.94 PASS AF=0.454545;AO=99;DP=219;FAO=100;FDP=220;FR=.;FRO=120;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=0.0215602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9642;QD=17.1081;RBI=0.0220638;REFB=-0.00205571;REVB=0.0046873;RO=119;SAF=56;SAR=43;SRF=55;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102145;STB=0.555504;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00275548;OID=.;OPOS=142881069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:119:120:99:100:0.454545:43:56:55:64:44:56:55:65 chr7 142985538 . A G 38.37 PASS AF=0.0914634;AO=27;DP=166;FAO=15;FDP=164;FR=.,HEALED;FRO=149;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=85;FSRR=64;FWDB=-0.163527;FXX=0.017963;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.5186;QD=0.935752;RBI=0.163558;REFB=-0.020907;REVB=-0.00316965;RO=99;SAF=14;SAR=13;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298133;STB=0.765104;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00321709;OID=.;OPOS=142985538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:166:164:99:149:27:15:0.0914634:13:14:49:50:11:4:85:64 chr7 143017807 . G T 4381.77 PASS AF=0.970297;AO=292;DP=301;FAO=294;FDP=303;FR=.;FRO=9;FSAF=160;FSAR=134;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00915147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.951;QD=57.8451;RBI=0.0162399;REFB=-0.167373;REVB=0.0134158;RO=5;SAF=158;SAR=134;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455757;STB=0.502985;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.000514609;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:301:303:5:9:292:294:0.970297:134:158:2:3:134:160:4:5 chr7 143020872 . AC A 459.28 PASS AF=0.925926;AO=42;DP=51;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.228692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.6913;QD=34.0205;RBI=0.261524;REFB=-0.00878962;REVB=0.126865;RO=8;SAF=2;SAR=40;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1124;STB=0.585326;STBP=0.1;TYPE=del;VARB=0.0160397;OID=.;OPOS=143020873;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.925926:42:51:50:54:4:2:48:1:3:5:8:2:40:1:7 chr7 143042837 . C T 5457.23 PASS AF=0.991573;AO=349;DP=356;FAO=353;FDP=356;FR=.;FRO=3;FSAF=140;FSAR=213;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00523436;FXX=0.00280104;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.023;QD=61.3172;RBI=0.0185329;REFB=-0.0601811;REVB=0.0177784;RO=2;SAF=139;SAR=210;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681479;STB=0.502375;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00024355;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:356:356:2:3:349:353:0.991573:210:139:2:0:213:140:2:1 chr7 143053260 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.612;QD=59.5016;RBI=0.0301968;REFB=0;REVB=0.0210397;RO=0;SAF=20;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75544e-05;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:49:20:0:0:49:20:0:0 chr7 143053723 . C T 241.41 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00109876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.973;QD=21.9463;RBI=0.0154208;REFB=-0.00707618;REVB=0.0153816;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133753;STB=0.58675;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00809813;OID=.;OPOS=143053723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:9:14:9:11:9:14:9:12 chr7 143088823 . T C 935.19 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960729;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.501;QD=58.4494;RBI=0.0318741;REFB=0;REVB=0.0303917;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102377;OID=.;OPOS=143088823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:37:26:0:0:37:27:0:0 chr7 143088867 . T C 800.65 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.479;QD=57.1891;RBI=0.0135311;REFB=0;REVB=0.0134746;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91021e-05;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:37:17:0:0:38:18:0:0 chr7 143093538 . G A 3691.42 PASS AF=0.987805;AO=233;DP=239;FAO=243;FDP=246;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=164;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0188321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1112;QD=60.023;RBI=0.0316885;REFB=-0.165449;REVB=-0.0254855;RO=6;SAF=76;SAR=157;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272941;STB=0.50473;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00423294;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:239:246:6:3:233:243:0.987805:157:76:5:1:164:79:2:1 chr7 143097100 . A G 920.08 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2099;QD=58.4178;RBI=0.0830108;REFB=0;REVB=0.0133286;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811736;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:36:26:0:0:36:27:0:0 chr7 143141475 . T C 1553.72 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7103;QD=63.4172;RBI=0.0550901;REFB=0;REVB=-0.00143445;RO=0;SAF=29;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322339;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:96:98:1:67:29:0:0:67:31:0:0 chr7 143208968 . A G 891.44 PASS AF=0.471503;AO=91;DP=193;FAO=91;FDP=193;FR=.;FRO=102;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.0370875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8997;QD=18.4755;RBI=0.0737375;REFB=0.0133198;REVB=-0.0637318;RO=101;SAF=42;SAR=49;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131157;STB=0.510006;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0160499;OID=.;OPOS=143208968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:101:102:91:91:0.471503:49:42:48:53:49:42:49:53 chr7 143270172 . A G 1580.34 PASS AF=0.991453;AO=110;DP=114;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0331773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.3325;QD=54.0286;RBI=0.0497946;REFB=-0.0625461;REVB=-0.0371319;RO=3;SAF=25;SAR=85;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757049;STB=0.502793;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0102171;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:114:117:3:1:110:116:0.991453:85:25:1:2:89:27:0:1 chr7 143453661 . T G 71.73 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0213225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.239;QD=19.1286;RBI=0.0237343;REFB=0.00306835;REVB=0.0104243;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232701;STB=0.636032;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00130361;OID=.;OPOS=143453661;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:3:3:7:2:3:3 chr7 143632618 . C T 1128.16 PASS AF=0.46;AO=115;DP=250;FAO=115;FDP=250;FR=.;FRO=135;FSAF=74;FSAR=41;FSRF=64;FSRR=71;FWDB=0.0414305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.64;QD=18.0506;RBI=0.0461754;REFB=-0.0093509;REVB=0.0203883;RO=132;SAF=74;SAR=41;SRF=63;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165691;STB=0.594276;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0134576;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:132:135:115:115:0.46:41:74:63:69:41:74:64:71 chr7 143633297 . A G 171.21 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0225064;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8578;QD=10.8703;RBI=0.0311969;REFB=5.80436e-05;REVB=-0.0216034;RO=41;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317058;STB=0.518502;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.000208225;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:41:41:22:22:0.349206:14:8:16:25:14:8:16:25 chr7 143657801 . A G 939.04 PASS AF=0.466981;AO=97;DP=210;FAO=99;FDP=212;FR=.;FRO=113;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=0.00302137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.692;QD=17.7177;RBI=0.0323397;REFB=-0.0201637;REVB=-0.0321982;RO=112;SAF=55;SAR=42;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740549;STB=0.543162;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0184132;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:212:112:113:97:99:0.466981:42:55:55:57:42:57:56:57 chr7 143748364 . T C 796.5 PASS AF=0.463687;AO=82;DP=179;FAO=83;FDP=179;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.0194997;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.902;QD=17.7988;RBI=0.0372272;REFB=-0.00805334;REVB=0.0317116;RO=95;SAF=31;SAR=51;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647433;STB=0.541733;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00986478;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:95:96:82:83:0.463687:51:31:42:53:52:31:43:53 chr7 143771408 . G C 385.76 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00473889;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.235;QD=14.8368;RBI=0.0246143;REFB=-0.0131381;REVB=0.0241538;RO=60;SAF=16;SAR=28;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752432;STB=0.542416;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0199508;OID=.;OPOS=143771408;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:60:60:44:44:0.423077:28:16:26:34:28:16:26:34 chr7 143771536 . G A 1027.27 PASS AF=0.515625;AO=98;DP=192;FAO=99;FDP=192;FR=.;FRO=93;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.0202574;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.346;QD=21.4015;RBI=0.020489;REFB=-0.00656567;REVB=-0.00307218;RO=89;SAF=57;SAR=41;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105921;STB=0.565535;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00748607;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:89:93:98:99:0.515625:41:57:41:48:42:57:41:52 chr7 143771937 . G C 614.73 PASS AF=0.447552;AO=62;DP=141;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0105718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.532;QD=17.1953;RBI=0.0115923;REFB=-0.000948928;REVB=0.00475584;RO=75;SAF=30;SAR=32;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961465;STB=0.535467;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00111028;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:75:79:62:64:0.447552:32:30:29:46:34:30:32:47 chr7 143807515 . T G 525.45 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00361176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.844;QD=21.668;RBI=0.019479;REFB=-0.0195332;REVB=0.0191412;RO=45;SAF=23;SAR=27;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110857;STB=0.558837;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0139545;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:47:50:50:0.515464:27:23:15:30:27:23:16:31 chr7 143807518 . T C 526.95 PASS AF=0.520833;AO=48;DP=94;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0128005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.622;QD=21.9564;RBI=0.0221132;REFB=-0.00468528;REVB=-0.0180316;RO=46;SAF=22;SAR=26;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995852;STB=0.554547;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00585739;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:46:46:48:50:0.520833:26:22:16:30:27:23:16:30 chr7 143826603 . G T 329.57 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00130072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.553;QD=13.3162;RBI=0.0235487;REFB=0.000318252;REVB=-0.0235127;RO=61;SAF=23;SAR=14;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126523;STB=0.567864;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000578727;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:62:37:37:0.373737:14:23:31:30:14:23:32:30 chr7 143826697 . C G 216.35 PASS AF=0.302083;AO=25;DP=99;FAO=29;FDP=96;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00956451;FXX=0.0303;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0211;QD=9.01472;RBI=0.0214049;REFB=-0.0186892;REVB=0.0191492;RO=67;SAF=1;SAR=24;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.721798;STB=0.788519;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0541549;OID=.;OPOS=143826697;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:67:67:25:29:0.302083:24:1:37:30:24:5:37:30 chr7 143826729 . ACTT A 293.42 PASS AF=0.369565;AO=33;DP=94;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0100284;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.679;QD=12.7575;RBI=0.0164694;REFB=-0.00662772;REVB=0.0130641;RO=57;SAF=6;SAR=27;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364886;STB=0.713234;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0123064;OID=.;OPOS=143826730;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565:33:94:34:92:58:6:28:26:32:99:57:6:27:26:31 chr7 143882673 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0265764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3291;QD=11.0858;RBI=0.0577348;REFB=0.00260328;REVB=0.0512542;RO=25;SAF=12;SAR=1;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418299;STB=0.761379;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00145063;OID=.;OPOS=143882673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:1:12:18:7:1:12:18:7 chr7 143956122 . G A 56.82 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00715353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.315;QD=3.72561;RBI=0.00793395;REFB=-0.00139205;REVB=0.00343141;RO=51;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388668;STB=0.758037;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00930801;OID=.;OPOS=143956122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:51:51:10:10:0.163934:3:7:19:32:3:7:19:32 chr7 144015434 . A G 1086.88 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3582;QD=58.7503;RBI=0.0684431;REFB=0;REVB=0.0216885;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267632;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:34:37:0:0:35:39:0:0 chr7 144015437 . C T 1107.64 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0348569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.043;QD=57.5397;RBI=0.0522503;REFB=-0.0799235;REVB=-0.0389242;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116825;STB=0.512192;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000806142;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:75:75:0.974026:35:40:1:0:35:40:2:0 chr7 144060802 . C T 173.38 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.62;QD=46.2343;RBI=0.0070631;REFB=0;REVB=0.0034622;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89433e-07;OID=.;OPOS=144060802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:7:8:0:0 chr7 144095600 . A G 286.35 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0214909;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.293;QD=44.0543;RBI=0.0883285;REFB=0.0183024;REVB=-0.0856742;RO=4;SAF=12;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739677;STB=0.52172;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0287296;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:26:4:3:23:23:0.884615:11:12:1:3:11:12:1:2 chr7 144098992 . G A 1917.47 PASS AF=0.977273;AO=124;DP=129;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0225104;FXX=0.0149243;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0674;QD=58.1053;RBI=0.0265264;REFB=-0.0251392;REVB=0.0140331;RO=4;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316391;STB=0.512193;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00471583;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:129:132:4:3:124:129:0.977273:58:66:0:4:60:69:0:3 chr7 147674978 . A G 400.33 PASS AF=0.360902;AO=47;DP=132;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.0010071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.697;QD=12.0401;RBI=0.0400934;REFB=-0.00848054;REVB=0.0400808;RO=85;SAF=29;SAR=18;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204403;STB=0.607713;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0141497;OID=.;OPOS=147674978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:85:85:47:48:0.360902:18:29:37:48:19:29:37:48 chr7 148106477 . C G 538.65 PASS AF=0.515152;AO=50;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00865447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.544;QD=21.7636;RBI=0.0240786;REFB=0.00688822;REVB=0.0224695;RO=48;SAF=30;SAR=20;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127005;STB=0.563524;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.001961;OID=.;OPOS=148106477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:50:51:0.515152:20:30:22:26:21:30:22:26 chr7 148106490 . G A 523.9 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0285518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.434;QD=19.958;RBI=0.0306049;REFB=-0.0145642;REVB=-0.0110207;RO=49;SAF=31;SAR=23;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108464;STB=0.569384;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0153384;OID=.;OPOS=148106490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:49:51:54:54:0.514286:23:31:22:27:23:31:22:29 chr7 148113623 . ATAGTT A 771.43 PASS AF=0.982143;AO=49;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0406764;FXX=0.111093;HRUN=1;LEN=5;MLLD=271.754;QD=55.1019;RBI=0.0435356;REFB=0.00809997;REVB=-0.0155171;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=del;VARB=-0.000329997;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.982143:49:55:55:56:1:22:33:0:1:4:0:21:28:0:0 chr7 148143136 . A G 9585.29 PASS AF=1;AO=598;DP=598;FAO=598;FDP=598;FR=.;FRO=0;FSAF=267;FSAR=331;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0854068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9699;QD=64.1156;RBI=0.119613;REFB=0;REVB=-0.0837439;RO=0;SAF=267;SAR=331;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86064e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166867;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:52:598:598:0:0:598:598:1:331:267:0:0:331:267:0:0 chr7 148481488 . G A 2285.56 PASS AF=1;AO=141;DP=143;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.031;QD=63.05;RBI=0.0305124;REFB=0;REVB=0.0294037;RO=1;SAF=64;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87353e-05;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:145:1:0:141:145:1:77:64:0:1:79:66:0:0 chr7 148638572 . G A 1081.61 PASS AF=0.516746;AO=108;DP=210;FAO=108;FDP=209;FR=.;FRO=101;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.0591196;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9797;QD=20.7007;RBI=0.0719475;REFB=0.0032604;REVB=0.041004;RO=102;SAF=58;SAR=50;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00679202;STB=0.501158;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00300507;OID=.;OPOS=148638572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:102:101:108:108:0.516746:50:58:54:48:50:58:54:47 chr7 148700542 . A C 84.75 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00331244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.47;QD=10.9356;RBI=0.00579233;REFB=-0.00855981;REVB=0.00475172;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498174;STB=0.521699;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0097217;OID=.;OPOS=148700542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:17:20:11:11:0.354839:8:3:4:13:8:3:6:14 chr7 148712092 . G A 350.74 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0171335;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.576;QD=14.9251;RBI=0.0281662;REFB=0.00614823;REVB=0.0223558;RO=56;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214412;STB=0.621557;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0126454;OID=.;OPOS=148712092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:14:24:24:32:14:24:24:32 chr7 148801091 . G A 624.72 PASS AF=0.914894;AO=42;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00468286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.162;QD=53.1674;RBI=0.0105637;REFB=-0.00304273;REVB=0.00946905;RO=3;SAF=24;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302082;STB=0.505008;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.000239159;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:47:3:4:42:43:0.914894:18:24:1:2:19:24:2:2 chr7 148801658 . C T 1080.43 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.045;QD=60.024;RBI=0.00931753;REFB=0;REVB=-0.00921218;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24877e-05;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr7 148822810 . C T 4524.44 PASS AF=1;AO=281;DP=282;FAO=286;FDP=286;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552284;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.253;QD=63.2788;RBI=0.0657392;REFB=-0.00938145;REVB=0.0356576;RO=1;SAF=122;SAR=159;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00298977;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72005e-05;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:282:286:1:0:281:286:1:159:122:0:1:159:127:0:0 chr7 148848358 . G A 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.685;QD=62.0056;RBI=0.0403127;REFB=0;REVB=0.0339248;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06086e-05;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:48:36:0:0:48:36:0:0 chr7 148851213 . G A 1519.54 PASS AF=0.955357;AO=106;DP=112;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0364204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.61;QD=54.2692;RBI=0.0415799;REFB=-0.226841;REVB=0.020061;RO=6;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458529;STB=0.519996;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00223764;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:112:112:6:5:106:107:0.955357:59:47:0:6:60:47:0:5 chr7 148937136 . C A 1275.07 PASS AF=0.55157;AO=113;DP=214;FAO=123;FDP=223;FR=.;FRO=100;FSAF=27;FSAR=96;FSRF=29;FSRR=71;FWDB=0.0401537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.121;QD=22.8712;RBI=0.0440864;REFB=-0.0138571;REVB=0.0182014;RO=100;SAF=21;SAR=92;SRF=29;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133347;STB=0.543847;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0111883;OID=.;OPOS=148937136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:223:100:100:113:123:0.55157:92:21:29:71:96:27:29:71 chr7 148979649 . G T 890.48 PASS AF=0.469697;AO=93;DP=201;FAO=93;FDP=198;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=-0.017775;FXX=0.0149246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.302;QD=17.9895;RBI=0.0357067;REFB=-0.00669855;REVB=-0.030968;RO=103;SAF=45;SAR=48;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448342;STB=0.534481;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00696176;OID=.;OPOS=148979649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:198:103:105:93:93:0.469697:48:45:45:58:48:45:44:61 chr7 148991712 . A G 425.6 PASS AF=0.413223;AO=47;DP=119;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00573159;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.347;QD=14.0695;RBI=0.012542;REFB=-0.0204898;REVB=-0.0111558;RO=70;SAF=26;SAR=21;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116515;STB=0.560437;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.037196;OID=.;OPOS=148991712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:70:71:47:50:0.413223:21:26:31:39:23:27:31:40 chr7 149112306 . A G 1319.58 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.705;QD=62.0977;RBI=0.0217291;REFB=0;REVB=-0.017035;RO=0;SAF=22;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.21573e-05;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:63:22:0:0:63:22:0:0 chr7 149152770 . A G 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.357;QD=60.8819;RBI=0.0466563;REFB=0;REVB=0.0214273;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106621;OID=.;OPOS=149152770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr7 149152906 . G A 2618.29 PASS AF=0.977273;AO=172;DP=176;FAO=172;FDP=176;FR=.;FRO=4;FSAF=93;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0199734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.096;QD=59.5066;RBI=0.0223521;REFB=0.0959485;REVB=-0.0100338;RO=3;SAF=93;SAR=79;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068056;STB=0.500931;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.000406017;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:176:176:3:4:172:172:0.977273:79:93:1:2:79:93:2:2 chr7 149191415 . C T 551.58 PASS AF=0.402516;AO=65;DP=159;FAO=64;FDP=159;FR=.;FRO=95;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=63;FWDB=0.0359152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6705;QD=13.8761;RBI=0.0710612;REFB=-0.0132856;REVB=0.0613171;RO=94;SAF=21;SAR=44;SRF=32;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020677;STB=0.50588;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0221793;OID=.;OPOS=149191415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:94:95:65:64:0.402516:44:21:32:62:43:21:32:63 chr7 149191460 . G A 3515.92 PASS AF=1;AO=224;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.64;QD=62.7843;RBI=0.0158205;REFB=0;REVB=-0.0131772;RO=0;SAF=82;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07774e-06;OID=.;OPOS=149191460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:224:0:0:224:224:1:142:82:0:0:142:82:0:0 chr7 149317053 . T C 1230.03 PASS AF=0.449477;AO=128;DP=287;FAO=129;FDP=287;FR=.;FRO=158;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=80;FSRR=78;FWDB=0.00504554;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.574;QD=17.1433;RBI=0.0358747;REFB=0.00641819;REVB=-0.0355181;RO=158;SAF=72;SAR=56;SRF=79;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627411;STB=0.533074;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00635327;OID=.;OPOS=149317053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:158:158:128:129:0.449477:56:72:79:79:56:73:80:78 chr7 149318375 . C T 210.35 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00672751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.462;QD=18.2916;RBI=0.0184423;REFB=0.0037439;REVB=-0.0171715;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236234;STB=0.588395;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00440486;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:25:21:21:0.456522:10:11:5:15:10:11:9:16 chr7 149318471 . C T 552.6 PASS AF=0.453846;AO=57;DP=129;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0260081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.195;QD=17.003;RBI=0.0475677;REFB=-0.0159474;REVB=0.039828;RO=72;SAF=29;SAR=28;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781084;STB=0.530016;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0212732;OID=.;OPOS=149318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:72:71:57:59:0.453846:28:29:31:41:30:29:31:40 chr7 149332825 . C T 800.61 PASS AF=0.592;AO=74;DP=125;FAO=74;FDP=125;FR=.;FRO=51;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=13;FWDB=-0.00562621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.863;QD=25.6194;RBI=0.00586459;REFB=-0.00216345;REVB=-0.00165507;RO=51;SAF=40;SAR=34;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157132;STB=0.58515;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0014797;OID=.;OPOS=149332825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:51:51:74:74:0.592:34:40:38:13:34:40:38:13 chr7 149332845 . C T 784.02 PASS AF=0.605263;AO=64;DP=119;FAO=69;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0315351;FXX=0.0420133;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.267;QD=27.5093;RBI=0.031543;REFB=-0.0668312;REVB=0.000706388;RO=25;SAF=37;SAR=27;SRF=1;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275568;STB=0.593558;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0192573;OID=.;OPOS=149332845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:114:25:34:64:69:0.605263:27:37:1:24:31:38:9:25 chr7 149335542 . C T 449.9 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00671757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3849;QD=14.5129;RBI=0.029689;REFB=0.00670408;REVB=-0.0289191;RO=73;SAF=30;SAR=21;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19816;STB=0.611434;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00879425;OID=.;OPOS=149335542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:73:73:51:51:0.41129:21:30:29:44:21:30:29:44 chr7 149344105 . A G 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.004;QD=56.0077;RBI=0.0217484;REFB=-0.0863923;REVB=-0.00494825;RO=1;SAF=6;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866194;STB=0.504586;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=1.14733e-05;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:54:6:0:1:54:6:0:1 chr7 149426305 . G GC 2340.02 PASS AF=1;AO=199;DP=222;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.9235;QD=43.134;RBI=0.121446;REFB=0;REVB=0.0947999;RO=19;SAF=89;SAR=110;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00108586;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:199:222:217:217:0:99:118:0:0:43:19:89:110:14:5 chr7 149427409 . T G 7213.65 PASS AF=1;AO=458;DP=462;FAO=460;FDP=460;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=305;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126817;FXX=0.0107525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9749;QD=62.7274;RBI=0.0146755;REFB=-0.0577012;REVB=0.00738554;RO=1;SAF=155;SAR=303;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157295;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99699e-05;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:462:460:1:0:458:460:1:303:155:0:1:305:155:0:0 chr7 149431079 . C A 203.08 PASS AF=0.238462;AO=31;DP=131;FAO=31;FDP=130;FR=.;FRO=99;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=-0.00218625;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.864;QD=6.24852;RBI=0.00384497;REFB=-0.0111512;REVB=-0.00316292;RO=99;SAF=14;SAR=17;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129548;STB=0.578637;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0334067;OID=.;OPOS=149431079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:99:99:31:31:0.238462:17:14:55:44:17:14:55:44 chr7 149475053 . C T 975.48 PASS AF=0.505319;AO=95;DP=185;FAO=95;FDP=188;FR=.;FRO=93;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.0252871;FXX=0.0208322;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.016;QD=20.7548;RBI=0.0260294;REFB=-0.0139462;REVB=-0.00617179;RO=89;SAF=50;SAR=45;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156949;STB=0.510959;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0145128;OID=.;OPOS=149475053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:188:89:93:95:95:0.505319:45:50:47:42:45:50:51:42 chr7 149484798 . C T 258.57 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0169986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1603;QD=16.417;RBI=0.0389371;REFB=-0.0179932;REVB=-0.0350306;RO=34;SAF=21;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14972;STB=0.584749;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0207651;OID=.;OPOS=149484798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:8:21:20:14:8:21:20:14 chr7 149499143 . C G 36.92 PASS AF=0.0734694;AO=18;DP=250;FAO=18;FDP=245;FR=.,HEALED;FRO=227;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=100;FSRR=127;FWDB=-0.0549527;FXX=0.0199992;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.6943;QD=0.602748;RBI=0.112014;REFB=-0.0161841;REVB=-0.0976077;RO=166;SAF=1;SAR=17;SRF=78;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543966;STB=0.922084;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.182246;OID=.;OPOS=149499143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:250:245:166:227:18:18:0.0734694:17:1:78:88:17:1:100:127 chr7 149503843 . T G 1102.22 PASS AF=0.450382;AO=118;DP=257;FAO=118;FDP=262;FR=.;FRO=144;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=61;FSRR=83;FWDB=0.0076098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2413;QD=16.8278;RBI=0.0518041;REFB=0.0104927;REVB=-0.0512422;RO=139;SAF=59;SAR=59;SRF=60;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668823;STB=0.541978;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0127422;OID=.;OPOS=149503843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:262:139:144:118:118:0.450382:59:59:60:79:59:59:61:83 chr7 149503916 . GGATA G 823.41 PASS AF=0.420732;AO=124;DP=319;FAO=138;FDP=328;FR=.;FRO=190;FSAF=84;FSAR=54;FSRF=93;FSRR=97;FWDB=-0.00361236;FXX=0.0179635;HRUN=3;LEN=4;MLLD=269.827;QD=10.0415;RBI=0.0192941;REFB=-0.0192788;REVB=0.018953;RO=174;SAF=78;SAR=46;SRF=84;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156359;STB=0.570262;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=0.0298302;OID=.;OPOS=149503917;OREF=GATA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.420732:124:319:138:328:190:84:54:93:97:99:174:78:46:84:90 chr7 149506211 . G GC 10062.6 PASS AF=1;AO=836;DP=894;FAO=859;FDP=859;FR=.;FRO=0;FSAF=472;FSAR=387;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162713;FXX=0.0115073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.4923;QD=46.8572;RBI=0.166754;REFB=0;REVB=-0.0364903;RO=52;SAF=455;SAR=381;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000136181;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:836:894:859:859:0:472:387:0:0:99:52:455:381:36:16 chr7 149511985 . A G 403.8 PASS AF=0.369231;AO=48;DP=131;FAO=48;FDP=130;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0103174;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.07;QD=12.4247;RBI=0.0119603;REFB=-0.0150065;REVB=-0.00604973;RO=81;SAF=21;SAR=27;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895513;STB=0.547278;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0199508;OID=.;OPOS=149511985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:81:82:48:48:0.369231:27:21:42:39:27:21:42:40 chr7 149513152 . C T 326.57 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.064671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.236;QD=36.2855;RBI=0.0647644;REFB=0.00107721;REVB=0.00347673;RO=9;SAF=10;SAR=17;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886866;STB=0.548351;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=6.03828e-05;OID=.;OPOS=149513152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:9:9:27:27:0.75:17:10:5:4:17:10:5:4 chr7 149513560 . T C 1974.13 PASS AF=0.453333;AO=204;DP=450;FAO=204;FDP=450;FR=.;FRO=246;FSAF=102;FSAR=102;FSRF=120;FSRR=126;FWDB=-0.020798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.719;QD=17.5478;RBI=0.0240897;REFB=-0.0271953;REVB=0.0121556;RO=245;SAF=102;SAR=102;SRF=120;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100862;STB=0.506666;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0333514;OID=.;OPOS=149513560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:450:450:245:246:204:204:0.453333:102:102:120:125:102:102:120:126 chr7 149515103 . C T 967.8 PASS AF=0.519337;AO=94;DP=181;FAO=94;FDP=181;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.00593193;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.995;QD=21.3877;RBI=0.00675097;REFB=-0.0449555;REVB=-0.00322302;RO=87;SAF=46;SAR=48;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00579401;STB=0.503175;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0348312;OID=.;OPOS=149515103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:87:87:94:94:0.519337:48:46:42:45:48:46:42:45 chr7 149515188 . TA T 311.78 PASS AF=0.561798;AO=47;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0875571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.5335;QD=14.0127;RBI=0.089977;REFB=0.00924469;REVB=0.0207271;RO=38;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687124;STB=0.528079;STBP=0.545;TYPE=del;VARB=-0.00976676;OID=.;OPOS=149515189;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.561798:47:89:50:89:39:25:25:22:17:99:38:22:25:21:17 chr7 149515754 . A G 454.67 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=-0.008219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.408;QD=15.1555;RBI=0.0147746;REFB=0.00327007;REVB=-0.0122774;RO=68;SAF=12;SAR=39;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133184;STB=0.572297;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0050173;OID=.;OPOS=149515754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:69:51:51:0.425:39:12:23:45:39:12:23:46 chr7 149515775 . C G 548.72 PASS AF=0.401235;AO=61;DP=158;FAO=65;FDP=162;FR=.;FRO=97;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=0.00051187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2357;QD=13.5487;RBI=0.0483865;REFB=-0.0192179;REVB=0.0483837;RO=97;SAF=18;SAR=43;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142176;STB=0.558566;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0219688;OID=.;OPOS=149515775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:162:97:97:61:65:0.401235:43:18:40:57:44:21:40:57 chr7 149515796 . C T 780.29 PASS AF=0.427835;AO=83;DP=196;FAO=83;FDP=194;FR=.;FRO=111;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=-0.0246426;FXX=0.0102036;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.166;QD=16.0885;RBI=0.0248158;REFB=-0.00561781;REVB=0.00292606;RO=107;SAF=29;SAR=54;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153529;STB=0.576844;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00684401;OID=.;OPOS=149515796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:107:111:83:83:0.427835:54:29:53:54:54:29:53:58 chr7 149516486 . A G 1697.04 PASS AF=0.421978;AO=177;DP=445;FAO=192;FDP=455;FR=.;FRO=263;FSAF=96;FSAR=96;FSRF=118;FSRR=145;FWDB=0.00667699;FXX=0.0108693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.169;QD=14.919;RBI=0.00698466;REFB=-0.0341803;REVB=-0.00205018;RO=267;SAF=81;SAR=96;SRF=122;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000756197;STB=0.529667;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0451078;OID=.;OPOS=149516486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:445:455:267:263:177:192:0.421978:96:81:122:145:96:96:118:145 chr7 149516881 . G T 1598.31 PASS AF=0.496894;AO=159;DP=322;FAO=160;FDP=322;FR=.;FRO=162;FSAF=67;FSAR=93;FSRF=86;FSRR=76;FWDB=0.0132901;FXX=0.00309588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.204;QD=19.8548;RBI=0.0206566;REFB=-0.0205749;REVB=0.0158136;RO=161;SAF=66;SAR=93;SRF=86;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110129;STB=0.556857;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.019047;OID=.;OPOS=149516881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:161:162:159:160:0.496894:93:66:86:75:93:67:86:76 chr7 149518148 . A G 429.28 PASS AF=0.381679;AO=50;DP=131;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=44;FSRF=16;FSRR=65;FWDB=-0.154011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7766;QD=13.1078;RBI=0.156875;REFB=-0.00188186;REVB=-0.0298384;RO=79;SAF=6;SAR=44;SRF=14;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128429;STB=0.59675;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00094399;OID=.;OPOS=149518148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:79:81:50:50:0.381679:44:6:14:65:44:6:16:65 chr7 149518532 . TC T 1004.61 PASS AF=0.554545;AO=169;DP=333;FAO=183;FDP=330;FR=.;FRO=147;FSAF=80;FSAR=103;FSRF=68;FSRR=79;FWDB=-0.0713783;FXX=0.00900874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.0227;QD=12.1771;RBI=0.0969168;REFB=-0.0680896;REVB=0.0655591;RO=145;SAF=78;SAR=91;SRF=64;SRR=81;SSEN=0.227976;SSEP=0;SSSB=0.0172208;STB=0.511474;STBP=0.626;TYPE=del;VARB=0.0805016;OID=.;OPOS=149518533;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.554545:169:333:183:330:147:80:103:68:79:99:145:78:91:64:81 chr7 149518961 . T C 2212.02 PASS AF=0.38965;AO=248;DP=646;FAO=256;FDP=657;FR=.;FRO=401;FSAF=127;FSAR=129;FSRF=189;FSRR=212;FWDB=-0.0259938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9054;QD=13.4674;RBI=0.026612;REFB=-0.00225926;REVB=-0.0057026;RO=396;SAF=126;SAR=122;SRF=188;SRR=208;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365288;STB=0.515123;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00320962;OID=.;OPOS=149518961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:646:657:396:401:248:256:0.38965:122:126:188:208:129:127:189:212 chr7 149519184 . C T 832.89 PASS AF=0.391667;AO=94;DP=242;FAO=94;FDP=240;FR=.;FRO=146;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=91;FWDB=-0.000495341;FXX=0.00826412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.847;QD=13.8815;RBI=0.000581458;REFB=-0.0112108;REVB=0.000304518;RO=146;SAF=58;SAR=36;SRF=55;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256919;STB=0.644189;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.010703;OID=.;OPOS=149519184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:240:146:146:94:94:0.391667:36:58:55:91:36:58:55:91 chr7 149521183 . G A 820.36 PASS AF=0.42723;AO=91;DP=212;FAO=91;FDP=213;FR=.;FRO=122;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=54;FSRR=68;FWDB=0.00684396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0841;QD=15.4057;RBI=0.0084691;REFB=-0.00863772;REVB=0.00498857;RO=118;SAF=38;SAR=53;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414061;STB=0.514668;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0125877;OID=.;OPOS=149521183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:118:122:91:91:0.42723:53:38:54:64:53:38:54:68 chr7 149521544 . C T 1343.29 PASS AF=0.448916;AO=139;DP=319;FAO=145;FDP=323;FR=.;FRO=178;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=101;FSRR=77;FWDB=0.0668653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.392;QD=16.6352;RBI=0.067832;REFB=-0.0268224;REVB=0.0114112;RO=169;SAF=69;SAR=70;SRF=96;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071049;STB=0.542789;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0264318;OID=.;OPOS=149521544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:323:169:178:139:145:0.448916:70:69:96:73:74:71:101:77 chr7 149522162 . G T 3306.14 PASS AF=0.476124;AO=331;DP=707;FAO=339;FDP=712;FR=.;FRO=373;FSAF=159;FSAR=180;FSRF=182;FSRR=191;FWDB=0.0271482;FXX=0.00419575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0141;QD=18.5738;RBI=0.0558049;REFB=0.00420773;REVB=0.0487561;RO=369;SAF=156;SAR=175;SRF=181;SRR=188;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184786;STB=0.509931;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0042992;OID=.;OPOS=149522162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:707:712:369:373:331:339:0.476124:175:156:181:188:180:159:182:191 chr7 149522366 . T G 496.46 PASS AF=0.380952;AO=56;DP=147;FAO=56;FDP=147;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.00251177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.638;QD=13.509;RBI=0.0158547;REFB=-0.0109919;REVB=-0.0156545;RO=91;SAF=29;SAR=27;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109286;STB=0.561858;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0202106;OID=.;OPOS=149522366;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:91:91:56:56:0.380952:27:29:38:53:27:29:38:53 chr7 149523277 . A G 2174.81 PASS AF=0.504386;AO=204;DP=431;FAO=230;FDP=456;FR=.;FRO=226;FSAF=125;FSAR=105;FSRF=100;FSRR=126;FWDB=0.0172963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.668;QD=19.0773;RBI=0.0203488;REFB=-0.0376276;REVB=-0.0107196;RO=223;SAF=99;SAR=105;SRF=97;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479477;STB=0.549996;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0367045;OID=.;OPOS=149523277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:431:456:223:226:204:230:0.504386:105:99:97:126:105:125:100:126 chr7 149528262 . C T 714.59 PASS AF=0.417989;AO=74;DP=185;FAO=79;FDP=189;FR=.;FRO=110;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=0.023599;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7354;QD=15.1237;RBI=0.0273777;REFB=0.00395346;REVB=-0.013879;RO=109;SAF=21;SAR=53;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184745;STB=0.57283;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00645821;OID=.;OPOS=149528262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:189:109:110:74:79:0.417989:53:21:48:61:53:26:49:61 chr7 149530894 . G A 635.62 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0120594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.25;QD=20.0196;RBI=0.0150148;REFB=-0.00238121;REVB=0.00894511;RO=63;SAF=32;SAR=32;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713925;STB=0.503936;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00214454;OID=.;OPOS=149530894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:63:64:64:0.503937:32:32:32:31:32:32:32:31 chr7 149558409 . G C 233.21 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0127263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.916;QD=12.7783;RBI=0.0463513;REFB=-0.0118811;REVB=0.04457;RO=43;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123525;STB=0.569571;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0311757;OID=.;OPOS=149558409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:45:28:28:0.383562:15:13:25:18:15:13:26:19 chr7 149559273 . C T 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00827314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.038;QD=15.2438;RBI=0.00964495;REFB=-0.00244454;REVB=-0.00495784;RO=62;SAF=18;SAR=29;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185024;STB=0.603885;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00402693;OID=.;OPOS=149559273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:29:18:35:27:29:18:35:27 chr7 149559465 . C T 764.35 PASS AF=0.417476;AO=86;DP=207;FAO=86;FDP=206;FR=.;FRO=120;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=-0.0226734;FXX=0.0143534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2708;QD=14.8418;RBI=0.0270193;REFB=-0.000805547;REVB=0.0146957;RO=120;SAF=50;SAR=36;SRF=63;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596498;STB=0.533371;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00119655;OID=.;OPOS=149559465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:120:120:86:86:0.417476:36:50:63:57:36:50:63:57 chr7 149562627 . CCG C 398.45 PASS AF=0.483607;AO=56;DP=123;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=-0.0106668;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=149.211;QD=13.0638;RBI=0.0574573;REFB=-0.00862606;REVB=-0.0564585;RO=61;SAF=39;SAR=17;SRF=42;SRR=19;SSEN=0.402516;SSEP=0;SSSB=0.00874731;STB=0.512191;STBP=0.812;TYPE=del;VARB=0.00898474;OID=.;OPOS=149562628;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483607:56:123:59:122:63:40:19:44:19:99:61:39:17:42:19 chr7 149576818 . A G 221.35 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0147221;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.201;QD=17.361;RBI=0.0153025;REFB=-0.0118247;REVB=-0.00417443;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297501;STB=0.512305;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0160311;OID=.;OPOS=149576818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:13:11:12:14:13:11:13:14 chr7 150028958 . A G 1871.83 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=127;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0202611;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.542;QD=59.4233;RBI=0.0203335;REFB=-0.194148;REVB=0.00171342;RO=3;SAF=65;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627192;STB=0.507575;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000600824;OID=.;OPOS=150028958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:127:126:3:2:123:124:0.984127:58:65:2:1:59:65:2:0 chr7 150034184 . T C 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.291;QD=58.415;RBI=0.0367479;REFB=0;REVB=0.0110692;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53725e-05;OID=.;OPOS=150034184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr7 150034378 . A G 1982.99 PASS AF=0.977273;AO=122;DP=131;FAO=129;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=84;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0115814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7929;QD=60.0907;RBI=0.0234161;REFB=0.00124058;REVB=-0.0203515;RO=2;SAF=77;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206419;STB=0.510868;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000105043;OID=.;OPOS=150034378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:132:2:2:122:129:0.977273:45:77:0:2:45:84:0:2 chr7 150035183 . C T 1304.1 PASS AF=0.859649;AO=98;DP=114;FAO=98;FDP=114;FR=.;FRO=16;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.00337512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.062;QD=45.7579;RBI=0.0207947;REFB=-0.144525;REVB=0.020519;RO=14;SAF=43;SAR=55;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132064;STB=0.561212;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00167979;OID=.;OPOS=150035183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:114:114:14:16:98:98:0.859649:55:43:14:0:55:43:14:2 chr7 150035459 . T G 894.87 PASS AF=1;AO=51;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428655;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2729;QD=57.7334;RBI=0.0929642;REFB=0;REVB=0.0824917;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124384;OID=.;OPOS=150035459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:51:62:1:25:26:0:0:35:27:0:0 chr7 150035500 . C G 990.51 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.715;QD=59.1348;RBI=0.0467842;REFB=0;REVB=0.0442234;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220774;OID=.;OPOS=150035500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr7 150035526 . T G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.713;QD=57.8849;RBI=0.0113668;REFB=0;REVB=0.0109478;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1496e-05;OID=.;OPOS=150035526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr7 150037660 . A G 6487.74 PASS AF=1;AO=409;DP=409;FAO=412;FDP=412;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=230;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565229;FXX=0.0119901;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.924;QD=62.9878;RBI=0.0580454;REFB=0;REVB=-0.0132073;RO=0;SAF=179;SAR=230;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19583e-05;OID=.;OPOS=150037660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:409:412:0:0:409:412:1:230:179:0:0:230:182:0:0 chr7 150066900 . A G 787.41 PASS AF=0.4375;AO=83;DP=190;FAO=84;FDP=192;FR=.;FRO=108;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=-0.00285378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.351;QD=16.4044;RBI=0.00584148;REFB=-0.00430469;REVB=-0.00509694;RO=103;SAF=50;SAR=33;SRF=58;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404627;STB=0.540603;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0073127;OID=.;OPOS=150066900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:103:108:83:84:0.4375:33:50:58:45:33:51:58:50 chr7 150068371 . T C 2759.34 PASS AF=1;AO=175;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.172;QD=62.358;RBI=0.0284937;REFB=0;REVB=0.0211949;RO=0;SAF=92;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64949e-05;OID=.;OPOS=150068371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:175:177:1:83:92:0:0:85:92:0:0 chr7 150068605 . G A 2109.67 PASS AF=0.4942;AO=207;DP=426;FAO=213;FDP=431;FR=.;FRO=218;FSAF=98;FSAR=115;FSRF=93;FSRR=125;FWDB=0.0975744;FXX=0.00231476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.425;QD=19.5793;RBI=0.0976123;REFB=-0.0189074;REVB=0.00272092;RO=211;SAF=92;SAR=115;SRF=91;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123011;STB=0.517092;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0240395;OID=.;OPOS=150068605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:431:211:218:207:213:0.4942:115:92:91:120:115:98:93:125 chr7 150068620 . C T 1565.68 PASS AF=0.436031;AO=167;DP=373;FAO=167;FDP=383;FR=.;FRO=216;FSAF=73;FSAR=94;FSRF=109;FSRR=107;FWDB=0.0583336;FXX=0.0154238;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.0952;QD=16.3518;RBI=0.0614542;REFB=-0.040795;REVB=-0.0193342;RO=206;SAF=73;SAR=94;SRF=105;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728508;STB=0.538304;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0484602;OID=.;OPOS=150068620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:383:206:216:167:167:0.436031:94:73:105:101:94:73:109:107 chr7 150068933 . T C 2537.43 PASS AF=1;AO=162;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386569;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.576;QD=61.143;RBI=0.0473951;REFB=0;REVB=0.0274214;RO=0;SAF=97;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3479e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233727;OID=.;OPOS=150068933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:162:166:1:65:97:0:0:69:97:0:0 chr7 150070630 . A G 694.72 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00177523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3349;QD=60.4107;RBI=0.0108692;REFB=-0.137293;REVB=0.0107232;RO=0;SAF=7;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79115e-08;STB=0.506491;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00130391;OID=.;OPOS=150070630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:38:7:0:0:38:7:0:1 chr7 150070663 . T C 747.28 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.028;QD=63.5985;RBI=0.0347545;REFB=0;REVB=0.0310585;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16011e-05;OID=.;OPOS=150070663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:32:14:0:0:33:14:0:0 chr7 150070814 . G A 2909.89 PASS AF=0.989362;AO=184;DP=186;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0232113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9292;QD=61.9125;RBI=0.0235711;REFB=-0.11225;REVB=-0.00410257;RO=2;SAF=82;SAR=102;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924344;STB=0.504807;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000782952;OID=.;OPOS=150070814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:186:188:2:2:184:186:0.989362:102:82:0:2:103:83:0:2 chr7 150093701 . A C 1428.45 PASS AF=0.475728;AO=147;DP=310;FAO=147;FDP=309;FR=.;FRO=162;FSAF=84;FSAR=63;FSRF=90;FSRR=72;FWDB=-0.0242446;FXX=0.019047;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.874;QD=18.4913;RBI=0.0269267;REFB=-0.00488073;REVB=0.0117151;RO=151;SAF=84;SAR=63;SRF=82;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266286;STB=0.508473;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00474342;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:309:151:162:147:147:0.475728:63:84:82:69:63:84:90:72 chr7 150217248 . A G 972.11 PASS AF=0.560241;AO=93;DP=166;FAO=93;FDP=166;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.011312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.079;QD=23.4243;RBI=0.014791;REFB=-0.0112369;REVB=0.00952966;RO=72;SAF=41;SAR=52;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365813;STB=0.517138;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.010493;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:72:73:93:93:0.560241:52:41:35:37:52:41:35:38 chr7 150217309 . C T 992.07 PASS AF=0.592357;AO=92;DP=161;FAO=93;FDP=157;FR=.;FRO=64;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0242445;FXX=0.0248432;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0607;QD=25.2756;RBI=0.0242449;REFB=-0.0324839;REVB=-0.000141842;RO=61;SAF=40;SAR=52;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302516;STB=0.524304;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0244097;OID=.;OPOS=150217309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:157:61:64:92:93:0.592357:52:40:29:32:52:41:32:32 chr7 150218007 . ATAGT A 405.45 PASS AF=0.590909;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00725705;FXX=0.0833218;HRUN=1;LEN=4;MLLD=295.982;QD=24.5725;RBI=0.0139493;REFB=-0.00872784;REVB=0.011913;RO=30;SAF=17;SAR=21;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658868;STB=0.568686;STBP=0.188;TYPE=del;VARB=0.00616582;OID=.;OPOS=150218008;OREF=TAGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909:38:73:39:66:27:18:21:8:19:99:30:17:21:11:19 chr7 150269542 . G T 810.14 PASS AF=0.546763;AO=76;DP=140;FAO=76;FDP=139;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0331526;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.123;QD=23.3135;RBI=0.0384234;REFB=-0.0221449;REVB=0.0194231;RO=63;SAF=36;SAR=40;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284151;STB=0.515538;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0185625;OID=.;OPOS=150269542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:63:63:76:76:0.546763:40:36:32:31:40:36:32:31 chr7 150325175 . C T 303.46 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0163855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.281;QD=17.592;RBI=0.0223964;REFB=-0.00273164;REVB=-0.0152681;RO=36;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971005;STB=0.554344;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00372272;OID=.;OPOS=150325175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:19:14:19:17:19:14:19:17 chr7 150326562 . T G 256.12 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00541918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.961;QD=22.7665;RBI=0.0210474;REFB=0.0048425;REVB=0.0203378;RO=21;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726545;STB=0.540507;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00313859;OID=.;OPOS=150326562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:14:10:7:14:14:10:7:14 chr7 150326819 . C T 373.57 PASS AF=0.231405;AO=28;DP=117;FAO=28;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0139136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.407;QD=12.3494;RBI=0.0248766;REFB=-0.0162559;REVB=0.0206218;RO=73;SAF=21;SAR=7;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30062;STB=0.680944;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0107074;OID=.;OPOS=150326819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:73:73:28:28:0.231405:7:21:38:35:7:21:38:35 chr7 150327024 . C T 1469.52 PASS AF=0.467692;AO=153;DP=326;FAO=152;FDP=325;FR=.;FRO=173;FSAF=87;FSAR=65;FSRF=74;FSRR=99;FWDB=-0.000858326;FXX=0.00914606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5208;QD=18.0863;RBI=0.092642;REFB=-0.0491459;REVB=-0.092638;RO=161;SAF=87;SAR=66;SRF=69;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130624;STB=0.576871;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0430543;OID=.;OPOS=150327024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:325:161:173:153:152:0.467692:66:87:69:92:65:87:74:99 chr7 150389677 . G C 453.11 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00444806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.587;QD=14.856;RBI=0.0115415;REFB=-0.00728083;REVB=-0.0106499;RO=70;SAF=13;SAR=38;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206801;STB=0.622436;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0119728;OID=.;OPOS=150389677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:70:71:51:51:0.418033:38:13:30:40:38:13:31:40 chr7 150446936 . A G 568.06 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0142331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.504;QD=24.9698;RBI=0.0161505;REFB=-0.0152955;REVB=0.00763264;RO=39;SAF=30;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910367;STB=0.549853;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0152923;OID=.;OPOS=150446936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:39:52:52:0.571429:22:30:18:21:22:30:18:21 chr7 150488616 . A G 499.48 PASS AF=0.443548;AO=54;DP=123;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=48;FWDB=-0.00836356;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.329;QD=16.1123;RBI=0.0222479;REFB=-0.00997422;REVB=-0.020616;RO=69;SAF=18;SAR=36;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331573;STB=0.514626;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00938426;OID=.;OPOS=150488616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:69:69:54:55:0.443548:36:18:21:48:37:18:21:48 chr7 150490376 . C T 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0300376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3008;QD=16.115;RBI=0.0305762;REFB=0.00420363;REVB=0.00571404;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253997;STB=0.642855;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00386465;OID=.;OPOS=150490376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:11:13:8:21:11:13:8:21 chr7 150491084 . T G 219.76 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0201446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3033;QD=11.8788;RBI=0.0253002;REFB=-0.00880444;REVB=-0.0153066;RO=43;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175585;STB=0.518505;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0123814;OID=.;OPOS=150491084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:47:27:27:0.364865:13:14:23:20:13:14:23:24 chr7 150500729 . A G 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0127606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.422;QD=11.6233;RBI=0.0129879;REFB=-0.00125943;REVB=-0.00241901;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242157;STB=0.521453;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00204405;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:10:12:21:16:10:12:22:16 chr7 150554887 . G A 434.32 PASS AF=0.383459;AO=50;DP=131;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00112487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.9763;QD=13.0623;RBI=0.0305067;REFB=-0.0115783;REVB=0.0304859;RO=81;SAF=27;SAR=23;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369494;STB=0.518151;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0173486;OID=.;OPOS=150554887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:81:82:50:51:0.383459:23:27:41:40:24:27:41:41 chr7 150555915 . A G 1928.43 PASS AF=0.520661;AO=188;DP=363;FAO=189;FDP=363;FR=.;FRO=174;FSAF=108;FSAR=81;FSRF=110;FSRR=64;FWDB=-0.026377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.921;QD=21.25;RBI=0.0297898;REFB=-0.031262;REVB=-0.0138451;RO=174;SAF=108;SAR=80;SRF=110;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524613;STB=0.529981;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.025319;OID=.;OPOS=150555915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:363:174:174:188:189:0.520661:80:108:110:64:81:108:110:64 chr7 150556002 . T C 1171.87 PASS AF=0.464151;AO=123;DP=266;FAO=123;FDP=265;FR=.;FRO=142;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=76;FSRR=66;FWDB=-0.00446707;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.943;QD=17.6886;RBI=0.0104545;REFB=-0.00509079;REVB=-0.00945207;RO=140;SAF=62;SAR=61;SRF=76;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374359;STB=0.516693;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0067126;OID=.;OPOS=150556002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:140:142:123:123:0.464151:61:62:76:64:61:62:76:66 chr7 150556055 . CG GC 2236.05 PASS AF=0.993333;AO=146;DP=151;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027891;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.841;QD=59.628;RBI=0.037491;REFB=-0.0620537;REVB=-0.0250534;RO=1;SAF=63;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056957;STB=0.502958;STBP=0.484;TYPE=mnp;VARB=0.000164595;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:150:1:1:146:149:0.993333:83:63:0:1:84:65:0:1 chr7 150557622 . G A 1292.93 PASS AF=0.536797;AO=124;DP=231;FAO=124;FDP=231;FR=.;FRO=107;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=40;FSRR=67;FWDB=-0.00409473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.076;QD=22.3884;RBI=0.0155383;REFB=-0.00575959;REVB=0.0149891;RO=107;SAF=53;SAR=71;SRF=40;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468539;STB=0.52554;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00619027;OID=.;OPOS=150557622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:107:107:124:124:0.536797:71:53:40:67:71:53:40:67 chr7 150557665 . C G 784.25 PASS AF=0.490909;AO=71;DP=157;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.0426029;FXX=0.0178561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.256;QD=19.012;RBI=0.0428959;REFB=-0.0145562;REVB=0.00500496;RO=82;SAF=21;SAR=50;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14159;STB=0.524934;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.015216;OID=.;OPOS=150557665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:165:82:84:71:81:0.490909:50:21:35:47:51:30:35:49 chr7 150648198 . A G 1837.16 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7444;QD=61.2387;RBI=0.0669157;REFB=0;REVB=0.0666906;RO=0;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166697;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:120:0:0:114:120:1:67:47:0:0:73:47:0:0 chr7 150648789 . T C 988.54 PASS AF=0.485714;AO=102;DP=212;FAO=102;FDP=210;FR=.;FRO=108;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.0244347;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.567;QD=18.8294;RBI=0.027636;REFB=-0.008283;REVB=-0.0129109;RO=109;SAF=57;SAR=45;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683708;STB=0.539947;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00714725;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:210:109:108:102:102:0.485714:45:57:53:56:45:57:52:56 chr7 150649531 . G A 628.45 PASS AF=0.36715;AO=76;DP=211;FAO=76;FDP=207;FR=.;FRO=131;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=69;FSRR=62;FWDB=-0.033576;FXX=0.0189564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.66;QD=12.144;RBI=0.0361195;REFB=-0.0127735;REVB=0.0133143;RO=131;SAF=43;SAR=33;SRF=68;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525775;STB=0.52499;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0272803;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:207:131:131:76:76:0.36715:33:43:68:63:33:43:69:62 chr7 150649603 . G A 1302.42 PASS AF=0.4;AO=146;DP=370;FAO=148;FDP=370;FR=.;FRO=222;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=111;FSRR=111;FWDB=0.00706078;FXX=0.0053762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.381;QD=14.0802;RBI=0.0382211;REFB=-0.00759193;REVB=0.0375632;RO=224;SAF=65;SAR=81;SRF=111;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546448;STB=0.53258;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0124463;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:370:224:222:146:148:0.4:81:65:111:113:82:66:111:111 chr7 150656678 . TGGGGGGGC TGGGGGC,TGGGGGG,TGGGGGGG,TGGTGGGGC 1547.59 PASS AF=0.901042,0,0,0.0989583;AO=30,27,29,15;DP=199;FAO=173,0,0,19;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=110,0,0,0;FSAR=63,0,0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.892518,0.743757,-0.475053,0.0896533;FXX=0.0447739;HRUN=7,7,4,7;LEN=2,2,1,1;MLLD=10.3889,8.45279,13.1647,183.287;QD=32.2415;RBI=0.896242,0.745412,0.475697,0.120418;REFB=-0.0043888,0.041279,0.0471565,-0.0180681;REVB=-0.0816161,-0.0496467,0.0247389,-0.0803917;RO=36;SAF=0,27,29,0;SAR=30,0,0,15;SRF=34;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.435374,0;SSSB=-0.890498,0.791756,0.799203,-0.87835;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.00661454,0,0,0.165962;OID=.,.,.,.;OPOS=150656679,150656685,150656686,150656681;OREF=GG,GC,C,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGGG,TGGGGGGG,TGGTGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.901042,0,0,0.0989583:30,27,29,15:199:173,0,0,19:192:0:110,0,0,0:63,0,0,19:0:0:55:36:0,27,29,0:30,0,0,15:34:2 chr7 150695726 . T C 529.94 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0207986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.276;QD=16.5606;RBI=0.0279355;REFB=-0.00968567;REVB=-0.0186496;RO=69;SAF=30;SAR=27;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472128;STB=0.526307;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00954829;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:69:71:57:57:0.445312:27:30:33:36:27:30:34:37 chr7 150696111 . T G 2339.32 PASS AF=0.420881;AO=252;DP=643;FAO=258;FDP=613;FR=.;FRO=355;FSAF=139;FSAR=119;FSRF=144;FSRR=211;FWDB=0.000852036;FXX=0.0795784;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.036;QD=15.2648;RBI=0.0289364;REFB=-0.00691228;REVB=0.0289238;RO=281;SAF=133;SAR=119;SRF=124;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828166;STB=0.576634;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00937078;OID=.;OPOS=150696111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:643:613:281:355:252:258:0.420881:119:133:124:157:119:139:144:211 chr7 150715817 . A G 521.71 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00756577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2116;QD=56.4011;RBI=0.0264066;REFB=-0.117207;REVB=-0.0252996;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.51612;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00143601;OID=.;OPOS=150715817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:0:1:35:36:0.972973:21:14:0:0:21:15:1:0 chr7 150730927 . G T 893.84 PASS AF=0.522989;AO=86;DP=169;FAO=91;FDP=174;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.00453068;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.034;QD=20.548;RBI=0.0112392;REFB=-0.00571461;REVB=-0.0102855;RO=81;SAF=36;SAR=50;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556021;STB=0.522497;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00957748;OID=.;OPOS=150730927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:174:81:83:86:91:0.522989:50:36:29:52:54:37:30:53 chr7 150732812 . C T 1570.17 PASS AF=0.535714;AO=150;DP=281;FAO=150;FDP=280;FR=.;FRO=130;FSAF=80;FSAR=70;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=-0.0175464;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.87;QD=22.4309;RBI=0.0175469;REFB=-0.00298331;REVB=0.000131673;RO=131;SAF=80;SAR=70;SRF=68;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122247;STB=0.50836;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00222508;OID=.;OPOS=150732812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:280:131:130:150:150:0.535714:70:80:68:63:70:80:67:63 chr7 150733025 . T A 1086.41 PASS AF=0.509346;AO=109;DP=214;FAO=109;FDP=214;FR=.;FRO=105;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=0.00182421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8489;QD=20.3066;RBI=0.0369779;REFB=-0.0108887;REVB=0.0369328;RO=105;SAF=53;SAR=56;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676349;STB=0.537072;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00929208;OID=.;OPOS=150733025;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:105:105:109:109:0.509346:56:53:59:46:56:53:59:46 chr7 150733115 . G A 342.76 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=0.0368291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9738;QD=21.4224;RBI=0.0490073;REFB=0.0247071;REVB=0.0323315;RO=29;SAF=6;SAR=29;SRF=3;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106411;STB=0.558345;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0138302;OID=.;OPOS=150733115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:29:6:3:26:29:6:3:26 chr7 150734364 . G T 922.96 PASS AF=0.442478;AO=100;DP=226;FAO=100;FDP=226;FR=.;FRO=126;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=78;FSRR=48;FWDB=-0.0133483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9154;QD=16.3356;RBI=0.0203342;REFB=0.00585022;REVB=-0.0153396;RO=123;SAF=60;SAR=40;SRF=76;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186084;STB=0.511109;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00820959;OID=.;OPOS=150734364;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:123:126:100:100:0.442478:40:60:76:47:40:60:78:48 chr7 150734380 . T C 1175.38 PASS AF=0.545455;AO=114;DP=204;FAO=114;FDP=209;FR=.;FRO=95;FSAF=73;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=38;FWDB=-0.020666;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3928;QD=22.4953;RBI=0.0492663;REFB=-0.0125554;REVB=-0.0447223;RO=89;SAF=73;SAR=41;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291195;STB=0.519687;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0120819;OID=.;OPOS=150734380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:209:89:95:114:114:0.545455:41:73:54:35:41:73:57:38 chr7 150742408 . G T 1865.97 PASS AF=0.441048;AO=200;DP=460;FAO=202;FDP=458;FR=.;FRO=256;FSAF=80;FSAR=122;FSRF=110;FSRR=146;FWDB=0.00369818;FXX=0.0107989;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.392;QD=16.2967;RBI=0.00540197;REFB=-0.00447683;REVB=0.0039376;RO=237;SAF=78;SAR=122;SRF=92;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00187515;STB=0.519496;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00461841;OID=.;OPOS=150742408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:460:458:237:256:200:202:0.441048:122:78:92:145:122:80:110:146 chr7 150747650 . G T 1460.77 PASS AF=0.437673;AO=158;DP=362;FAO=158;FDP=361;FR=.;FRO=203;FSAF=81;FSAR=77;FSRF=107;FSRR=96;FWDB=0.00132763;FXX=0.00276235;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.274;QD=16.1858;RBI=0.0112991;REFB=-0.00266443;REVB=-0.0112208;RO=198;SAF=81;SAR=77;SRF=106;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228244;STB=0.508125;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00353463;OID=.;OPOS=150747650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:361:198:203:158:158:0.437673:77:81:106:92:77:81:107:96 chr7 150761680 . C A 1196.75 PASS AF=0.453237;AO=126;DP=278;FAO=126;FDP=278;FR=.;FRO=152;FSAF=41;FSAR=85;FSRF=57;FSRR=95;FWDB=-0.005946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4496;QD=17.2194;RBI=0.0395024;REFB=-0.00503029;REVB=0.0390524;RO=152;SAF=41;SAR=85;SRF=57;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545418;STB=0.530231;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0107135;OID=.;OPOS=150761680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:152:152:126:126:0.453237:85:41:57:95:85:41:57:95 chr7 150763655 . T A 674.61 PASS AF=0.403226;AO=75;DP=187;FAO=75;FDP=186;FR=.;FRO=111;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=71;FWDB=-0.0106931;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1318;QD=14.5077;RBI=0.0142867;REFB=-0.00472111;REVB=0.00947467;RO=109;SAF=29;SAR=46;SRF=39;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324208;STB=0.51667;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00976027;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:109:111:75:75:0.403226:46:29:39:70:46:29:40:71 chr7 150765065 . T C 7681.3 PASS AF=1;AO=475;DP=477;FAO=482;FDP=482;FR=.;FRO=0;FSAF=242;FSAR=240;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272769;FXX=0.00207035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.806;QD=63.7453;RBI=0.0322249;REFB=0;REVB=0.0171585;RO=1;SAF=238;SAR=237;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42829e-06;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:477:482:1:0:475:482:1:237:238:0:1:240:242:0:0 chr7 150773165 . C T 1136.9 PASS AF=0.54359;AO=100;DP=191;FAO=106;FDP=195;FR=.;FRO=89;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.00680782;FXX=0.0101518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.411;QD=23.3211;RBI=0.00681815;REFB=-0.0328887;REVB=-0.000375185;RO=87;SAF=43;SAR=57;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158254;STB=0.50073;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0284065;OID=.;OPOS=150773165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:195:87:89:100:106:0.54359:57:43:39:48:57:49:41:48 chr7 150773287 . T C 641.22 PASS AF=0.448718;AO=70;DP=156;FAO=70;FDP=156;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=56;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=-0.0344456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.556;QD=16.4416;RBI=0.0345432;REFB=0.0162012;REVB=0.00259507;RO=86;SAF=14;SAR=56;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210898;STB=0.618519;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0143998;OID=.;OPOS=150773287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:86:86:70:70:0.448718:56:14:31:55:56:14:31:55 chr7 150773807 . A T 3705.6 PASS AF=0.967611;AO=225;DP=246;FAO=239;FDP=247;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=91;FSAR=148;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00318434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129;QD=60.0097;RBI=0.0306771;REFB=0.0104555;REVB=0.0305113;RO=6;SAF=88;SAR=137;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00300207;STB=0.502871;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-4.97962e-05;OID=.;OPOS=150773807;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:246:247:6:7:225:239:0.967611:137:88:2:4:148:91:2:5 chr7 150774308 . G A 687.48 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.0247293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8392;QD=20.5217;RBI=0.0320038;REFB=-0.0108229;REVB=0.0203152;RO=64;SAF=30;SAR=38;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187873;STB=0.60249;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00910809;OID=.;OPOS=150774308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:64:66:68:68:0.507463:38:30:42:22:38:30:43:23 chr7 150774868 . C CG,G 74.78 PASS AF=0.275,0.05;AO=13,3;DP=44;FAO=11,2;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9,2;FSAR=2,0;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.00313396,-0.00876642;FXX=0.0243843;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=70.375,75.1543;QD=7.47772;RBI=0.0232554,0.0344383;REFB=-0.0039542,-0.00347357;REVB=-0.0230432,-0.0333038;RO=28;SAF=11,2;SAR=2,1;SRF=8;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.610529,0.391828;STB=0.872845,0.997248;STBP=0.009,0.02;TYPE=ins,snp;VARB=0.12161,0.103523;OID=.,.;OPOS=150774869,150774868;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:44:40:28:27:13,3:11,2:0.275,0.05:2,1:11,2:8:20:2,0:9,2:6:21 chr7 150864240 . G C 749.51 PASS AF=0.506944;AO=73;DP=142;FAO=73;FDP=144;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00177803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7568;QD=20.8196;RBI=0.0157295;REFB=0.0107829;REVB=0.0156287;RO=69;SAF=23;SAR=50;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168832;STB=0.602957;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00992998;OID=.;OPOS=150864240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:69:71:73:73:0.506944:50:23:34:35:51:22:35:36 chr7 150873754 . G A 652.81 PASS AF=0.460526;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=0.0572197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9256;QD=17.1793;RBI=0.0756393;REFB=-0.0232351;REVB=0.0494693;RO=81;SAF=25;SAR=45;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000928002;STB=0.505101;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0295298;OID=.;OPOS=150873754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:81:82:70:70:0.460526:45:25:29:52:45:25:30:52 chr7 150878258 . TCC TC,TCG 2479.18 PASS AF=0.0578035,0.942197;AO=29,139;DP=173;FAO=10,163;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=10,69;FSAR=0,94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0887025,0.0823425;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.0673,40.1859;QD=57.322;RBI=0.103594,0.0970973;REFB=-0.040333,-0.0961666;REVB=-0.0535122,-0.0514549;RO=0;SAF=29,48;SAR=0,91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.82153e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0606855,0.0120286;OID=.,.;OPOS=150878259,150878260;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TC,TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0578035,0.942197:29,139:173:10,163:173:0:10,69:0,94:0:0:11:0:29,48:0,91:0:0 chr7 150878332 . G A 968.55 PASS AF=0.44206;AO=102;DP=229;FAO=103;FDP=233;FR=.;FRO=130;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=58;FSRR=72;FWDB=-0.00135324;FXX=0.00851028;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5761;QD=16.6274;RBI=0.0526835;REFB=-0.0124672;REVB=0.0526661;RO=125;SAF=56;SAR=46;SRF=55;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10804;STB=0.554307;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0139526;OID=.;OPOS=150878332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:233:125:130:102:103:0.44206:46:56:55:70:47:56:58:72 chr7 150883593 . G A 2165.32 PASS AF=0.522727;AO=207;DP=396;FAO=207;FDP=396;FR=.;FRO=189;FSAF=99;FSAR=108;FSRF=82;FSRR=107;FWDB=0.0114869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.34;QD=21.8719;RBI=0.015149;REFB=-0.00829146;REVB=0.00987643;RO=189;SAF=99;SAR=108;SRF=82;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390053;STB=0.521267;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00744749;OID=.;OPOS=150883593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:396:189:189:207:207:0.522727:108:99:82:107:108:99:82:107 chr7 150916228 . G A 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.727;QD=60.5468;RBI=0.0595769;REFB=0;REVB=0.0244214;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12631e-05;OID=.;OPOS=150916228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr7 150921950 . A G 4030.48 PASS AF=0.981343;AO=262;DP=267;FAO=263;FDP=268;FR=.;FRO=5;FSAF=117;FSAR=146;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0464236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.169;QD=60.1564;RBI=0.0464919;REFB=-0.0297577;REVB=0.00251967;RO=5;SAF=117;SAR=145;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00891047;STB=0.504629;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000390619;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:267:268:5:5:262:263:0.981343:145:117:1:4:146:117:1:4 chr7 150931268 . C G 3501.26 PASS AF=1;AO=223;DP=225;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425286;FXX=0.00884917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0005;QD=62.5226;RBI=0.0443546;REFB=-0.0825659;REVB=0.0125956;RO=0;SAF=99;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158295;OID=.;OPOS=150931268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:225:224:0:0:223:224:1:124:99:0:0:124:100:0:0 chr7 150934975 . C G 3135.5 PASS AF=0.990338;AO=205;DP=209;FAO=205;FDP=207;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=118;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00739897;FXX=0.00956892;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.909;QD=60.5894;RBI=0.00810028;REFB=0.00469375;REVB=-0.00329694;RO=2;SAF=87;SAR=118;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108228;STB=0.505681;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-5.69742e-06;OID=.;OPOS=150934975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:209:207:2:2:205:205:0.990338:118:87:2:0:118:87:2:0 chr7 151049231 . C T 2278.46 PASS AF=0.974843;AO=153;DP=158;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.000319392;FXX=0.0124216;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.755;QD=57.3197;RBI=0.00551961;REFB=-0.093797;REVB=-0.00551036;RO=2;SAF=75;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125147;STB=0.500244;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.000388735;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:158:159:2:4:153:155:0.974843:78:75:2:0:79:76:2:2 chr7 151064064 . C T 842.11 PASS AF=0.440191;AO=92;DP=208;FAO=92;FDP=209;FR=.;FRO=117;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=0.0198277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.529;QD=16.1169;RBI=0.020284;REFB=-0.0149541;REVB=0.00427816;RO=116;SAF=46;SAR=46;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00864956;STB=0.507175;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0161806;OID=.;OPOS=151064064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:116:117:92:92:0.440191:46:46:59:57:46:46:60:57 chr7 151074296 . A G 300.5 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.000291855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.068;QD=19.0792;RBI=0.0141322;REFB=-0.00992617;REVB=0.0141292;RO=30;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113456;STB=0.556697;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00792099;OID=.;OPOS=151074296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:31:32:32:0.507937:21:11:14:16:21:11:14:17 chr7 151093102 . G A 2603.4 PASS AF=0.430956;AO=281;DP=645;FAO=284;FDP=659;FR=.;FRO=375;FSAF=154;FSAR=130;FSRF=174;FSRR=201;FWDB=0.00136259;FXX=0.0134729;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.032;QD=15.8021;RBI=0.00520004;REFB=-0.0212471;REVB=0.00501834;RO=333;SAF=154;SAR=127;SRF=134;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142601;STB=0.544509;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0266113;OID=.;OPOS=151093102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:645:659:333:375:281:284:0.430956:127:154:134:199:130:154:174:201 chr7 151097314 . A G 2200.76 PASS AF=0.426288;AO=238;DP=564;FAO=240;FDP=563;FR=.;FRO=323;FSAF=110;FSAR=130;FSRF=147;FSRR=176;FWDB=-0.0422329;FXX=0.00177302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.554;QD=15.636;RBI=0.0436837;REFB=-0.0118697;REVB=-0.0111644;RO=304;SAF=109;SAR=129;SRF=138;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041206;STB=0.501864;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0178679;OID=.;OPOS=151097314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:563:304:323:238:240:0.426288:129:109:138:166:130:110:147:176 chr7 151097323 . A G 8276.25 PASS AF=1;AO=519;DP=519;FAO=522;FDP=522;FR=.;FRO=0;FSAF=229;FSAR=293;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.891;QD=63.4195;RBI=0.0165499;REFB=0;REVB=-0.0133448;RO=0;SAF=229;SAR=290;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.13467e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6616e-06;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:519:522:0:0:519:522:1:290:229:0:0:293:229:0:0 chr7 151106066 . C T 1146.04 PASS AF=0.546798;AO=107;DP=199;FAO=111;FDP=203;FR=.;FRO=92;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.00698746;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.359;QD=22.582;RBI=0.016341;REFB=-0.00753192;REVB=0.0147717;RO=92;SAF=48;SAR=59;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345385;STB=0.521797;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00548662;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:203:92:92:107:111:0.546798:59:48:45:47:62:49:45:47 chr7 151133271 . G A 2558.55 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=170;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126256;FXX=0.017646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.113;QD=61.2827;RBI=0.0260298;REFB=-0.0913512;REVB=0.0227628;RO=0;SAF=75;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-5.72427e-06;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:170:167:0:1:166:166:0.994012:91:75:0:0:91:75:1:0 chr7 151164250 . CAT ACA,CA 41.37 PASS AF=0.0526316,0.168421;AO=4,26;DP=94;FAO=5,16;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=0,4;FSAR=5,12;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.0104768,-0.0111344;FXX=0.0404;HRUN=2,6;LEN=3,1;MLLD=152.767,7.95985;QD=1.74207;RBI=0.0656507,0.119694;REFB=-0.0141942,-0.173372;REVB=-0.0648094,-0.119175;RO=51;SAF=0,8;SAR=4,18;SRF=34;SRR=17;SSEN=0,0.409091;SSEP=0,0;SSSB=-0.613494,-0.396513;STB=0.998132,0.757923;STBP=0.003,0.034;TYPE=mnp,del;VARB=0.248145,0.198381;OID=.,.;OPOS=151164250,151164252;OREF=CAT,T;OALT=ACA,-;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:94:95:51:74:4,26:5,16:0.0526316,0.168421:4,18:0,8:34:17:5,12:0,4:42:32 chr7 151168534 . G A 908.9 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121074;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.326;QD=58.6386;RBI=0.0129329;REFB=0;REVB=-0.00454646;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25836e-05;OID=.;OPOS=151168534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr7 151253265 . CAAAAAAAAAAC CAAAAAAAAACA 180.21 PASS AF=1;AO=2;DP=35;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.21697;FXX=0.249931;HRUN=10;LEN=2;MLLD=9.63686;QD=26.698;RBI=0.216985;REFB=-0.0139234;REVB=-0.00262142;RO=6;SAF=0;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.606693;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0390581;OID=.;OPOS=151253275;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CAAAAAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:35:27:27:0:8:19:0:0:5:6:0:2:3:3 chr7 151504459 . G A 354.94 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00885995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.875;QD=13.3941;RBI=0.00886238;REFB=-0.00943073;REVB=0.000207786;RO=64;SAF=24;SAR=18;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00728856;STB=0.50413;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0190791;OID=.;OPOS=151504459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:64:42:42:0.396226:18:24:37:27:18:24:37:27 chr7 151504498 . C T 413.89 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0170434;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.654;QD=13.5701;RBI=0.0482972;REFB=-0.010417;REVB=-0.0451901;RO=73;SAF=25;SAR=23;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295283;STB=0.51264;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0144735;OID=.;OPOS=151504498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:73:74:48:48:0.393443:23:25:36:37:23:25:37:37 chr7 151597368 . G A,C 841.2 PASS AF=0.983051,0.0169492;AO=56,3;DP=59;FAO=58,1;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101977,0.0208849;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.7179,110.256;QD=57.0302;RBI=0.135453,0.0519498;REFB=0,0;REVB=0.0891524,-0.0475668;RO=0;SAF=35,1;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00129423,0.173546;OID=.,.;OPOS=151597368,151597368;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:59:59:0:0:56,3:58,1:0.983051,0.0169492:21,2:35,1:0:0:23,0:35,1:0:0 chr7 151680072 . T C 3188.89 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0006;QD=63.7777;RBI=0.13852;REFB=0;REVB=0.136811;RO=1;SAF=91;SAR=108;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043898;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280148;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:1:0:199:200:1:108:91:0:1:109:91:0:0 chr7 151684256 . A G 348.84 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0206458;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.349;QD=17.4421;RBI=0.0331513;REFB=-0.00884427;REVB=-0.0259376;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133069;STB=0.579755;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00648842;OID=.;OPOS=151684256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:80:38:43:37:37:0.4625:21:16:22:16:21:16:25:18 chr7 151722338 . G A 2523.91 PASS AF=0.451282;AO=263;DP=585;FAO=264;FDP=585;FR=.;FRO=321;FSAF=134;FSAR=130;FSRF=179;FSRR=142;FWDB=0.0166548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.003;QD=17.2575;RBI=0.0167196;REFB=-0.00897389;REVB=0.0014708;RO=319;SAF=133;SAR=130;SRF=178;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051995;STB=0.527494;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0115042;OID=.;OPOS=151722338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:585:585:319:321:263:264:0.451282:130:133:178:141:130:134:179:142 chr7 151722388 . A G 2598.62 PASS AF=0.465398;AO=252;DP=559;FAO=269;FDP=578;FR=.;FRO=309;FSAF=125;FSAR=144;FSRF=158;FSRR=151;FWDB=0.011458;FXX=0.00516342;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.694;QD=17.9835;RBI=0.0116623;REFB=-0.00933953;REVB=-0.00217309;RO=305;SAF=109;SAR=143;SRF=156;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788061;STB=0.52497;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00950588;OID=.;OPOS=151722388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:559:578:305:309:252:269:0.465398:143:109:156:149:144:125:158:151 chr7 151833692 . T C 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=34;FWDB=-0.0257047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2835;QD=12.3074;RBI=0.0576645;REFB=0.0223303;REVB=0.0516185;RO=41;SAF=7;SAR=18;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160017;STB=0.590844;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0404759;OID=.;OPOS=151833692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:18:7:7:34:18:7:7:34 chr7 151859683 . G A 2101.81 PASS AF=0.535809;AO=199;DP=375;FAO=202;FDP=377;FR=.;FRO=175;FSAF=101;FSAR=101;FSRF=90;FSRR=85;FWDB=-0.00769567;FXX=0.00264543;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.051;QD=22.3004;RBI=0.0685694;REFB=0.00527335;REVB=0.0681361;RO=172;SAF=101;SAR=98;SRF=90;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133911;STB=0.506631;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00443271;OID=.;OPOS=151859683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:377:172:175:199:202:0.535809:98:101:90:82:101:101:90:85 chr7 151873853 . C T 684.1 PASS AF=0.531746;AO=67;DP=126;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.132683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0374;QD=21.7175;RBI=0.134802;REFB=-0.00172016;REVB=-0.0238047;RO=58;SAF=32;SAR=35;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542713;STB=0.525332;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00013443;OID=.;OPOS=151873853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:58:59:67:67:0.531746:35:32:24:34:35:32:25:34 chr7 151874498 . C T 353.02 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0357717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.459;QD=17.8744;RBI=0.0480502;REFB=-0.0140534;REVB=-0.0320813;RO=38;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155655;STB=0.59599;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0241098;OID=.;OPOS=151874498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:41:37:38:0.481013:20:17:24:14:21:17:26:15 chr7 151882657 . T G 120.26 PASS AF=0.161972;AO=23;DP=142;FAO=23;FDP=142;FR=.;FRO=119;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=70;FWDB=0.0594795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2943;QD=3.38749;RBI=0.121446;REFB=0.0211164;REVB=0.105884;RO=119;SAF=14;SAR=9;SRF=49;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246947;STB=0.660953;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0500764;OID=.;OPOS=151882657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:119:119:23:23:0.161972:9:14:49:70:9:14:49:70 chr7 151935831 . G A 50.87 PASS AF=0.0958904;AO=14;DP=141;FAO=14;FDP=146;FR=.;FRO=132;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=-0.007527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.924;QD=1.39367;RBI=0.0162833;REFB=-0.000574652;REVB=-0.0144392;RO=127;SAF=11;SAR=3;SRF=58;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387897;STB=0.803187;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00368172;OID=.;OPOS=151935831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:141:146:127:132:14:14:0.0958904:3:11:58:69:3:11:58:74 chr7 151935866 . G A 37.1 PASS AF=0.0846154;AO=11;DP=130;FAO=11;FDP=130;FR=.;FRO=119;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=68;FWDB=0.00118987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=341.855;QD=1.14139;RBI=0.0260449;REFB=0.000455036;REVB=0.0260177;RO=118;SAF=2;SAR=9;SRF=50;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302916;STB=0.755435;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00558557;OID=.;OPOS=151935866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:130:130:118:119:11:11:0.0846154:9:2:50:68:9:2:51:68 chr7 151935871 . C A 37.03 PASS AF=0.0846154;AO=11;DP=130;FAO=11;FDP=130;FR=.;FRO=119;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=67;FWDB=-0.0574743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7231;QD=1.13954;RBI=0.0793564;REFB=0.000577291;REVB=-0.0547187;RO=117;SAF=2;SAR=9;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306918;STB=0.761238;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0122185;OID=.;OPOS=151935871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:130:130:117:119:11:11:0.0846154:9:2:50:67:9:2:52:67 chr7 151945007 . C T 860.04 PASS AF=0.335404;AO=107;DP=321;FAO=108;FDP=322;FR=.;FRO=214;FSAF=105;FSAR=3;FSRF=207;FSRR=7;FWDB=-0.00903726;FXX=0.00309588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.735;QD=10.6837;RBI=0.107033;REFB=-0.00608257;REVB=-0.106651;RO=212;SAF=104;SAR=3;SRF=206;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00281163;STB=0.528695;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0101956;OID=.;OPOS=151945007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:322:212:214:107:108:0.335404:3:104:206:6:3:105:207:7 chr7 151945051 . A G 122.23 PASS AF=0.0708479;AO=57;DP=855;FAO=61;FDP=861;FR=.;FRO=800;FSAF=13;FSAR=48;FSRF=377;FSRR=423;FWDB=0.000643394;FXX=0.00116008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.506;QD=0.567832;RBI=0.0220172;REFB=-0.000207157;REVB=-0.0220078;RO=743;SAF=13;SAR=44;SRF=350;SRR=393;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282712;STB=0.753445;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00520853;OID=.;OPOS=151945051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:855:861:743:800:57:61:0.0708479:44:13:350:393:48:13:377:423 chr7 151945060 . G A 36.91 PASS AF=0.045045;AO=39;DP=885;FAO=40;FDP=888;FR=.;FRO=848;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=373;FSRR=475;FWDB=-0.0352613;FXX=0.00224717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9161;QD=0.166246;RBI=0.0353229;REFB=-0.000831736;REVB=-0.00208452;RO=839;SAF=7;SAR=32;SRF=368;SRR=471;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25676;STB=0.750236;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0141473;OID=.;OPOS=151945060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:885:888:839:848:39:40:0.045045:32:7:368:471:32:8:373:475 chr7 151945071 . G GT 909.98 PASS AF=0.280188;AO=221;DP=864;FAO=239;FDP=853;FR=.;FRO=614;FSAF=98;FSAR=141;FSRF=265;FSRR=349;FWDB=0.0299174;FXX=0.00813944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.3641;QD=4.26719;RBI=0.0682296;REFB=0.0191033;REVB=-0.0613207;RO=630;SAF=94;SAR=127;SRF=269;SRR=361;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211215;STB=0.515941;STBP=0.585;TYPE=ins;VARB=-0.0536262;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.280188:221:864:239:853:614:98:141:265:349:99:630:94:127:269:361 chr7 151945101 . G C 202.02 PASS AF=0.0929319;AO=66;DP=755;FAO=71;FDP=764;FR=.;FRO=693;FSAF=14;FSAR=57;FSRF=308;FSRR=385;FWDB=0.00314768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3917;QD=1.05771;RBI=0.0232575;REFB=-0.0026137;REVB=0.0230435;RO=689;SAF=14;SAR=52;SRF=306;SRR=383;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295613;STB=0.747786;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0257166;OID=.;OPOS=151945101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:755:764:689:693:66:71:0.0929319:52:14:306:383:57:14:308:385 chr7 151945140 . C T 267.64 PASS AF=0.129741;AO=65;DP=501;FAO=65;FDP=501;FR=.;FRO=436;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=174;FSRR=262;FWDB=-0.0687765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8725;QD=2.13682;RBI=0.0773395;REFB=-0.00637141;REVB=-0.0353723;RO=436;SAF=21;SAR=44;SRF=174;SRR=262;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104428;STB=0.571748;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0328988;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:501:501:436:436:65:65:0.129741:44:21:174:262:44:21:174:262 chr7 151945167 . G T 503.81 PASS AF=0.246006;AO=77;DP=313;FAO=77;FDP=313;FR=.;FRO=236;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=91;FSRR=145;FWDB=-0.00954628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.43;QD=6.43847;RBI=0.0160963;REFB=-0.00385012;REVB=-0.0129599;RO=234;SAF=39;SAR=38;SRF=91;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148572;STB=0.590935;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0123934;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:234:236:77:77:0.246006:38:39:91:143:38:39:91:145 chr7 151945204 . G A 214.87 PASS AF=0.251969;AO=32;DP=127;FAO=32;FDP=127;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.0686887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8217;QD=6.76768;RBI=0.0875839;REFB=-0.00150041;REVB=0.0543396;RO=95;SAF=13;SAR=19;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849153;STB=0.551243;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00479507;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:95:95:32:32:0.251969:19:13:45:50:19:13:45:50 chr7 151949052 . C T 384.11 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0202985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.278;QD=17.6604;RBI=0.0982511;REFB=-0.00227982;REVB=0.0961314;RO=46;SAF=23;SAR=17;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174726;STB=0.602798;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00409151;OID=.;OPOS=151949052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:47:40:40:0.45977:17:23:18:28:17:23:18:29 chr7 151949068 . C G 429.18 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0313901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8243;QD=17.5174;RBI=0.0466135;REFB=0.0220778;REVB=0.0344599;RO=50;SAF=24;SAR=20;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21291;STB=0.595546;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.025819;OID=.;OPOS=151949068;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:50:54:44:44:0.44898:20:24:16:34:20:24:20:34 chr7 151962176 . T A 618.77 PASS AF=0.267062;AO=84;DP=332;FAO=90;FDP=337;FR=.;FRO=247;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=106;FSRR=141;FWDB=-0.0079938;FXX=0.00295849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.055;QD=7.34446;RBI=0.0119642;REFB=-0.00867181;REVB=-0.0089017;RO=243;SAF=31;SAR=53;SRF=102;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666094;STB=0.565902;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0199568;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:337:243:247:84:90:0.267062:53:31:102:141:59:31:106:141 chr7 151970856 . T A 3130.85 PASS AF=0.517949;AO=302;DP=586;FAO=303;FDP=585;FR=.;FRO=282;FSAF=157;FSAR=146;FSRF=109;FSRR=173;FWDB=-0.0300346;FXX=0.0034071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9178;QD=21.4075;RBI=0.0300453;REFB=-0.015698;REVB=-0.00080298;RO=276;SAF=157;SAR=145;SRF=108;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112394;STB=0.563239;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0117833;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:586:585:276:282:302:303:0.517949:145:157:108:168:146:157:109:173 chr7 151970859 . C T 53.87 PASS AF=0.057725;AO=34;DP=594;FAO=34;FDP=589;FR=.;FRO=555;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=252;FSRR=303;FWDB=0.00141375;FXX=0.00841737;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.632;QD=0.365852;RBI=0.0291202;REFB=-0.000124323;REVB=-0.0290859;RO=540;SAF=18;SAR=16;SRF=249;SRR=291;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717185;STB=0.570621;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0324346;OID=.;OPOS=151970859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:594:589:540:555:34:34:0.057725:16:18:249:291:16:18:252:303 chr7 151970931 . G A 82.63 PASS AF=0.1;AO=19;DP=246;FAO=25;FDP=250;FR=.;FRO=225;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=95;FSRR=130;FWDB=-0.0529596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.327;QD=1.322;RBI=0.0535542;REFB=-0.00309835;REVB=-0.00795765;RO=227;SAF=3;SAR=16;SRF=95;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327956;STB=0.825125;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.024311;OID=.;OPOS=151970931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:246:250:227:225:19:25:0.1:16:3:95:132:22:3:95:130 chr7 152099906 . T A 2075.24 PASS AF=0.670455;AO=177;DP=264;FAO=177;FDP=264;FR=.;FRO=87;FSAF=84;FSAR=93;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.00924604;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.357;QD=31.4431;RBI=0.013765;REFB=-0.00708526;REVB=0.0101974;RO=87;SAF=84;SAR=93;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121156;STB=0.506496;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00300459;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:87:87:177:177:0.670455:93:84:43:44:93:84:43:44 chr7 152099917 . G A 1931.62 PASS AF=0.653696;AO=167;DP=254;FAO=168;FDP=257;FR=.;FRO=89;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0107609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.783;QD=30.0642;RBI=0.0113091;REFB=-0.0128108;REVB=-0.00347813;RO=87;SAF=77;SAR=90;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212487;STB=0.516442;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0056669;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:257:87:89:167:168:0.653696:90:77:43:44:91:77:45:44 chr7 152099924 . T C 1915.65 PASS AF=0.652344;AO=167;DP=256;FAO=167;FDP=256;FR=.;FRO=89;FSAF=76;FSAR=91;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=0.037959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.134;QD=29.9321;RBI=0.0439486;REFB=-0.0176133;REVB=0.0221493;RO=89;SAF=76;SAR=91;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182674;STB=0.509815;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00670246;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:89:89:167:167:0.652344:91:76:43:46:91:76:43:46 chr7 154429560 . C T 2371.04 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230354;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.009;QD=61.1881;RBI=0.0177068;REFB=0;REVB=0.0175563;RO=0;SAF=82;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16814e-06;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:155:155:1:73:82:0:0:73:82:0:0 chr7 154461112 . A G 3473.41 PASS AF=1;AO=223;DP=225;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0674067;FXX=0.00888849;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6876;QD=62.3033;RBI=0.0683022;REFB=-0.0365257;REVB=0.0110243;RO=1;SAF=104;SAR=119;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398748;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624426;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:225:223:1:0:223:223:1:119:104:0:1:119:104:0:0 chr7 154561188 . C T 851.66 PASS AF=0.47541;AO=87;DP=184;FAO=87;FDP=183;FR=.;FRO=96;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0380615;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2952;QD=18.6156;RBI=0.0399912;REFB=-0.00421531;REVB=0.0122728;RO=96;SAF=46;SAR=41;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470777;STB=0.526006;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00514926;OID=.;OPOS=154561188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:96:96:87:87:0.47541:41:46:46:50:41:46:46:50 chr7 154667628 . A G 2346.51 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7683;QD=60.5552;RBI=0.0718491;REFB=0;REVB=-0.0550822;RO=0;SAF=43;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45906e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25908e-05;OID=.;OPOS=154667628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:155:0:0:153:155:1:110:43:0:0:111:44:0:0 chr7 154672662 . C T 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.695;QD=60.3487;RBI=0.0448444;REFB=0;REVB=0.0229359;RO=0;SAF=38;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109308;OID=.;OPOS=154672662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:72:38:0:0:72:38:0:0 chr7 154679447 . G A 2918.26 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036534;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3285;QD=62.7583;RBI=0.0383144;REFB=-0.0211641;REVB=0.0115438;RO=1;SAF=83;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460058;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90283e-05;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:186:1:0:186:186:1:103:83:0:1:103:83:0:0 chr7 154681050 . C T 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.255;QD=63.1954;RBI=0.0325935;REFB=0;REVB=0.00851523;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55249e-05;OID=.;OPOS=154681050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chr7 154681216 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.447;QD=57.7124;RBI=0.0282768;REFB=0;REVB=0.0147852;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76689e-05;OID=.;OPOS=154681216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr7 154684153 . T C 2368.55 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.965;QD=61.1239;RBI=0.0328566;REFB=0;REVB=0.0123474;RO=0;SAF=87;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43418e-05;OID=.;OPOS=154684153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:68:87:0:0:68:87:0:0 chr7 154685562 . T C 1454.53 PASS AF=0.981132;AO=99;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0394138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.753;QD=54.888;RBI=0.0570372;REFB=-0.135083;REVB=0.0412285;RO=6;SAF=58;SAR=41;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277333;STB=0.507935;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00165095;OID=.;OPOS=154685562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:6:2:99:104:0.981132:41:58:5:1:42:62:2:0 chr7 154685612 . G T 1067.39 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284997;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4044;QD=60.1348;RBI=0.0360884;REFB=0;REVB=0.0221391;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596666;OID=.;OPOS=154685612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:26:45:0:0:26:45:0:0 chr7 154760369 . A G 727.49 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411729;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4323;QD=63.2598;RBI=0.0431828;REFB=0;REVB=-0.0130211;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319808;OID=.;OPOS=154760369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:44:46:1:22:22:0:0:22:24:0:0 chr7 154862621 . T A 889.43 PASS AF=0.578571;AO=81;DP=140;FAO=81;FDP=140;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00250598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.388;QD=25.4123;RBI=0.0174173;REFB=-0.00276195;REVB=0.017236;RO=59;SAF=33;SAR=48;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399181;STB=0.521734;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00266093;OID=.;OPOS=154862621;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:59:59:81:81:0.578571:48:33:27:32:48:33:27:32 chr7 154989054 . C T 1025.63 PASS AF=0.515625;AO=98;DP=192;FAO=99;FDP=192;FR=.;FRO=93;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.0150641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9132;QD=21.3672;RBI=0.041957;REFB=0.0148787;REVB=-0.0391595;RO=93;SAF=40;SAR=58;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298466;STB=0.518382;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.015718;OID=.;OPOS=154989054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:93:93:98:99:0.515625:58:40:41:52:59:40:41:52 chr7 154990003 . C T 494.61 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0527985;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2997;QD=18.8422;RBI=0.0623717;REFB=-0.00336226;REVB=-0.0332047;RO=53;SAF=14;SAR=38;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370468;STB=0.52054;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00220775;OID=.;OPOS=154990003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:38:14:16:37:38:14:16:37 chr7 155100685 . G A 1080.88 PASS AF=0.464435;AO=111;DP=239;FAO=111;FDP=239;FR=.;FRO=128;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=65;FSRR=63;FWDB=-0.0215953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.98;QD=18.09;RBI=0.0216648;REFB=-0.000721046;REVB=0.00173422;RO=126;SAF=48;SAR=63;SRF=65;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808071;STB=0.540663;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000570761;OID=.;OPOS=155100685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:126:128:111:111:0.464435:63:48:65:61:63:48:65:63 chr7 155150390 . T C 389.87 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0090268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.975;QD=16.4156;RBI=0.0113159;REFB=0.0129645;REVB=-0.00682404;RO=54;SAF=17;SAR=24;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011723;STB=0.506593;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0215876;OID=.;OPOS=155150390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:24:17:23:31:24:17:23:31 chr7 155150472 . G A 729.32 PASS AF=0.526316;AO=70;DP=135;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-7.39965e-05;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.741;QD=21.9345;RBI=0.0100605;REFB=0.000491056;REVB=0.0100603;RO=63;SAF=43;SAR=27;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944082;STB=0.551877;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.000139273;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:63:63:70:70:0.526316:27:43:32:31:27:43:32:31 chr7 155150560 . A G 730.49 PASS AF=0.431694;AO=79;DP=183;FAO=79;FDP=183;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=0.0270936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0342;QD=15.9669;RBI=0.0279694;REFB=-0.0030196;REVB=0.00694442;RO=100;SAF=43;SAR=36;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746022;STB=0.547001;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00331321;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:100:104:79:79:0.431694:36:43:47:53:36:43:48:56 chr7 155150602 . T C 650.76 PASS AF=0.455782;AO=59;DP=139;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.00402813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.634;QD=17.7078;RBI=0.0325603;REFB=-0.00160432;REVB=0.0323102;RO=80;SAF=36;SAR=23;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140661;STB=0.533919;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00205161;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:147:80:80:59:67:0.455782:23:36:38:42:31:36:38:42 chr7 155150765 . C T 497.55 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00741169;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.671;QD=21.4001;RBI=0.0081306;REFB=-0.0090091;REVB=-0.00334266;RO=44;SAF=29;SAR=19;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00859557;STB=0.502105;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00847757;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:44:45:48:48:0.516129:19:29:27:17:19:29:27:18 chr7 155151018 . G A 651.07 PASS AF=0.478571;AO=63;DP=139;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=50;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=0.0794935;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7066;QD=18.6019;RBI=0.168128;REFB=-0.0428359;REVB=0.148148;RO=73;SAF=50;SAR=13;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175981;STB=0.565918;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0470707;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:73:73:63:67:0.478571:13:50:48:25:17:50:47:26 chr7 155151095 . T C 680.56 PASS AF=0.474026;AO=68;DP=150;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.00941296;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.468;QD=17.6768;RBI=0.0224882;REFB=-0.0210641;REVB=-0.0204234;RO=79;SAF=34;SAR=34;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551645;STB=0.517824;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0215799;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:79:81:68:73:0.474026:34:34:44:35:34:39:46:35 chr7 155151194 . G A 1209.4 PASS AF=0.48583;AO=119;DP=249;FAO=120;FDP=247;FR=.;FRO=127;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=68;FSRR=59;FWDB=0.027273;FXX=0.00803181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5451;QD=19.5855;RBI=0.0395572;REFB=-0.0051783;REVB=0.0286523;RO=126;SAF=54;SAR=65;SRF=68;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803159;STB=0.543973;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00630476;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:247:126:127:119:120:0.48583:65:54:68:58:66:54:68:59 chr7 155151307 . A G 693.48 PASS AF=0.417582;AO=76;DP=183;FAO=76;FDP=182;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.000472998;FXX=0.0162153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.515;QD=15.2413;RBI=0.0142719;REFB=-0.0180823;REVB=-0.0142641;RO=103;SAF=38;SAR=38;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850426;STB=0.543945;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0221625;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:103:106:76:76:0.417582:38:38:43:60:38:38:45:61 chr7 155151367 . G T 629.11 PASS AF=0.382979;AO=73;DP=189;FAO=72;FDP=188;FR=.;FRO=116;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=68;FSRR=48;FWDB=-0.0189685;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.521;QD=13.3854;RBI=0.0238789;REFB=-0.00764052;REVB=0.0145051;RO=112;SAF=53;SAR=20;SRF=66;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16783;STB=0.595659;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0427277;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:112:116:73:72:0.382979:20:53:66:46:20:52:68:48 chr7 155151369 . C T 571.99 PASS AF=0.356021;AO=68;DP=191;FAO=68;FDP=191;FR=.;FRO=123;FSAF=49;FSAR=19;FSRF=74;FSRR=49;FWDB=-0.00587471;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.915;QD=11.9788;RBI=0.00748095;REFB=-0.0115346;REVB=-0.00463168;RO=121;SAF=49;SAR=19;SRF=72;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160148;STB=0.587731;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0168909;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:121:123:68:68:0.356021:19:49:72:49:19:49:74:49 chr7 155151433 . T C 442.17 PASS AF=0.347826;AO=53;DP=157;FAO=56;FDP=161;FR=.;FRO=105;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=63;FSRR=42;FWDB=-0.0418866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.751;QD=10.9855;RBI=0.0434496;REFB=-0.0359187;REVB=0.0115492;RO=103;SAF=32;SAR=21;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138067;STB=0.517235;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0532588;OID=.;OPOS=155151433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:161:103:105:53:56:0.347826:21:32:61:42:21:35:63:42 chr7 155151437 . G A 332.01 PASS AF=0.298013;AO=45;DP=154;FAO=45;FDP=151;FR=.;FRO=106;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=62;FSRR=44;FWDB=0.0376551;FXX=0.0194793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7769;QD=8.79502;RBI=0.0377055;REFB=0.00217941;REVB=0.00194971;RO=103;SAF=33;SAR=12;SRF=62;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178998;STB=0.618418;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00645314;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:151:103:106:45:45:0.298013:12:33:62:41:12:33:62:44 chr7 155499603 . G A 764.28 PASS AF=0.487654;AO=79;DP=162;FAO=79;FDP=162;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.00610023;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.449;QD=18.8711;RBI=0.0065456;REFB=-0.0163135;REVB=-0.00237319;RO=81;SAF=45;SAR=34;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126306;STB=0.575644;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0254473;OID=.;OPOS=155499603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:81:83:79:79:0.487654:34:45:35:46:34:45:35:48 chr7 155503920 . A T 4370.51 PASS AF=1;AO=275;DP=278;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762006;FXX=0.0142852;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2937;QD=63.3407;RBI=0.0773083;REFB=0;REVB=0.0130403;RO=0;SAF=95;SAR=180;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148542;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:278:276:0:0:275:276:1:180:95:0:0:181:95:0:0 chr7 155757502 . T C 2045.8 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.616;QD=62.4673;RBI=0.0124995;REFB=0;REVB=-0.00411557;RO=0;SAF=70;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21937e-05;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:61:70:0:0:61:70:0:0 chr7 156432955 . G A 1529.41 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.095;QD=63.7256;RBI=0.0443493;REFB=0;REVB=-0.0144525;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41313e-05;OID=.;OPOS=156432955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:54:41:0:0:55:41:0:0 chr7 156555875 . TAAAAAAAAG TAAAAAAAG,TAAAAAAAGA,TTAAAAAAAG 92.54 PASS AF=0.465753,0,0;AO=22,3,3;DP=73;FAO=34,0,0;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=7,0,0;FSAR=27,0,0;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=-0.196444,-0.195157,0.0269819;FXX=0.0135117;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=6.5413,107.947,16.3836;QD=5.07087;RBI=0.212872,0.195195,0.0654093;REFB=-0.0549355,0.000723952,-0.0407838;REVB=0.0820016,-0.00383725,0.0595848;RO=35;SAF=4,3,1;SAR=18,0,2;SRF=7;SRR=28;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0316584,0.693765,0.179991;STB=0.500616,0.5,0.5;STBP=0.991,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0554182,0,0;OID=.,.,.;OPOS=156555876,156555883,156555876;OREF=A,AG,A;OALT=-,GA,T;OMAPALT=TAAAAAAAG,TAAAAAAAGA,TTAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465753,0,0:22,3,3:73:34,0,0:73:39:7,0,0:27,0,0:8:31:93:35:4,3,1:18,0,2:7:28 chr7 156801700 . G T 1068.29 PASS AF=0.423913;AO=117;DP=276;FAO=117;FDP=276;FR=.;FRO=159;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=88;FSRR=71;FWDB=-0.00932596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.585;QD=15.4824;RBI=0.0130263;REFB=0.00832918;REVB=0.00909456;RO=157;SAF=62;SAR=55;SRF=86;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184695;STB=0.513632;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0116597;OID=.;OPOS=156801700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:157:159:117:117:0.423913:55:62:86:71:55:62:88:71 chr7 157061474 . T C 2621.47 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.559;QD=62.0466;RBI=0.0391934;REFB=0;REVB=0.00720811;RO=0;SAF=91;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56163e-05;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:78:91:0:0:78:91:0:0 chr7 157162068 . T C 3228.74 PASS AF=0.976959;AO=212;DP=221;FAO=212;FDP=217;FR=.;FRO=5;FSAF=97;FSAR=115;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0242946;FXX=0.0180987;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.04;QD=59.516;RBI=0.0253794;REFB=-0.0972799;REVB=0.00734094;RO=3;SAF=97;SAR=115;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332645;STB=0.501336;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.000152652;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:221:217:3:5:212:212:0.976959:115:97:1:2:115:97:2:3 chr7 157162103 . A G 3406.94 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6224;QD=62.5126;RBI=0.0350335;REFB=0;REVB=-0.0168775;RO=0;SAF=98;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31112e-05;OID=.;OPOS=157162103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:218:0:0:217:218:1:119:98:0:0:119:99:0:0 chr7 157318712 . C T 1546.25 PASS AF=0.972477;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00599242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.147;QD=56.743;RBI=0.0181267;REFB=-0.0285859;REVB=0.0171075;RO=3;SAF=36;SAR=70;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189039;STB=0.509967;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000505479;OID=.;OPOS=157318712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:109:3:3:106:106:0.972477:70:36:2:1:70:36:2:1 chr7 157319257 . A T 31.44 PASS AF=0.0546218;AO=15;DP=237;FAO=13;FDP=238;FR=.,HEALED;FRO=225;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=110;FSRR=115;FWDB=0.029222;FXX=0.0124476;HRUN=7;LEN=1;MLLD=21.7348;QD=0.528378;RBI=0.0666596;REFB=-0.0111088;REVB=0.0599131;RO=148;SAF=1;SAR=14;SRF=65;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49604;STB=0.912285;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0344798;OID=.;OPOS=157319257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:237:238:148:225:15:13:0.0546218:14:1:65:83:12:1:110:115 chr7 157414064 . G A 1040.76 PASS AF=0.431818;AO=114;DP=264;FAO=114;FDP=264;FR=.;FRO=150;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=62;FSRR=88;FWDB=0.00122554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.268;QD=15.7691;RBI=0.0203066;REFB=-0.00862145;REVB=-0.0202696;RO=148;SAF=51;SAR=63;SRF=62;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293504;STB=0.519632;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.01121;OID=.;OPOS=157414064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:148:150:114:114:0.431818:63:51:62:86:63:51:62:88 chr7 157931091 . C T 2051.73 PASS AF=0.545706;AO=196;DP=361;FAO=197;FDP=361;FR=.;FRO=164;FSAF=104;FSAR=93;FSRF=76;FSRR=88;FWDB=0.00182012;FXX=0.00276235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.473;QD=22.7338;RBI=0.0197576;REFB=-0.0136136;REVB=-0.0196736;RO=164;SAF=103;SAR=93;SRF=77;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469074;STB=0.529296;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0103461;OID=.;OPOS=157931091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:361:164:164:196:197:0.545706:93:103:77:87:93:104:76:88 chr7 157931119 . A G 1557.78 PASS AF=0.453297;AO=165;DP=364;FAO=165;FDP=364;FR=.;FRO=199;FSAF=78;FSAR=87;FSRF=105;FSRR=94;FWDB=-0.00325222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.479;QD=17.1185;RBI=0.00996703;REFB=-0.007052;REVB=0.0094215;RO=198;SAF=78;SAR=87;SRF=104;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518492;STB=0.530007;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00858077;OID=.;OPOS=157931119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:364:198:199:165:165:0.453297:87:78:104:94:87:78:105:94 chr7 157931144 . C T 1196.2 PASS AF=0.397661;AO=133;DP=339;FAO=136;FDP=342;FR=.;FRO=206;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=102;FSRR=104;FWDB=0.0255965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8773;QD=13.9906;RBI=0.040208;REFB=-0.026664;REVB=0.0310081;RO=199;SAF=66;SAR=67;SRF=102;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174749;STB=0.502924;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00994731;OID=.;OPOS=157931144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:342:199:206:133:136:0.397661:67:66:102:97:68:68:102:104 chr7 157959636 . G A 730.75 PASS AF=0.490323;AO=76;DP=155;FAO=76;FDP=155;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.014948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0469;QD=18.8582;RBI=0.0686868;REFB=-0.0171163;REVB=0.0670405;RO=79;SAF=27;SAR=49;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493594;STB=0.527259;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0226399;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:79:79:76:76:0.490323:49:27:32:47:49:27:32:47 chr7 157959911 . A G 2884.6 PASS AF=1;AO=163;DP=165;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011224;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8752;QD=62.3696;RBI=0.0421725;REFB=0;REVB=0.0406514;RO=0;SAF=82;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88768e-05;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:165:185:0:0:163:185:1:81:82:0:0:97:88:0:0 chr7 157959965 . C T 384.85 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.01579;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1622;QD=17.4932;RBI=0.0161029;REFB=0.0181661;REVB=0.00315913;RO=48;SAF=16;SAR=24;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688214;STB=0.538443;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0222376;OID=.;OPOS=157959965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:24:16:16:32:24:16:16:32 chr7 157985149 . C G 1048.73 PASS AF=0.490826;AO=107;DP=218;FAO=107;FDP=218;FR=.;FRO=111;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=-0.00680369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8998;QD=19.2428;RBI=0.0620004;REFB=-0.0174897;REVB=0.0616259;RO=110;SAF=46;SAR=61;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484258;STB=0.524533;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0166325;OID=.;OPOS=157985149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:110:111:107:107:0.490826:61:46:53:57:61:46:53:58 chr7 158263331 . T C 339.32 PASS AF=0.383838;AO=37;DP=98;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.049656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0716;QD=13.7098;RBI=0.0499058;REFB=0.00940546;REVB=0.0049876;RO=61;SAF=16;SAR=21;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112902;STB=0.513565;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0195043;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:61:61:37:38:0.383838:21:16:27:34:22:16:27:34 chr7 158263336 . G C 372.13 PASS AF=0.408163;AO=37;DP=95;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.013259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.064;QD=15.1889;RBI=0.0142573;REFB=-0.0184006;REVB=0.00524095;RO=57;SAF=18;SAR=19;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700429;STB=0.511358;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0276913;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:57:58:37:40:0.408163:19:18:24:33:22:18:25:33 chr7 158263344 . T A 1510.78 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.995;QD=63.6117;RBI=0.0837442;REFB=0;REVB=0.035289;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145333;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr7 158384305 . CTGTG C,CTGTC 1100.73 PASS AF=0.906667,0.0933333;AO=67,8;DP=75;FAO=68,7;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34,2;FSAR=34,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0052193,0.0237698;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=273.323,55.0195;QD=58.7054;RBI=0.0321325,0.0305783;REFB=0,0;REVB=0.0317058,0.0192363;RO=0;SAF=34,3;SAR=33,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.61397e-08,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0027512,0.0137907;OID=.,.;OPOS=158384306,158384309;OREF=TGTG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.906667,0.0933333:67,8:75:68,7:75:0:34,2:34,5:0:0:29:0:34,3:33,5:0:0 chr7 158443647 . C T 118.04 PASS AF=0.294118;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0118311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.292;QD=9.25837;RBI=0.0220954;REFB=-0.00523814;REVB=-0.0186609;RO=36;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310161;STB=0.549935;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0126516;OID=.;OPOS=158443647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:36:36:14:15:0.294118:9:5:12:24:9:6:12:24 chr7 158524504 . G A 1758.32 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023365;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.563;QD=61.1589;RBI=0.0242123;REFB=0;REVB=-0.00634932;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97279e-05;OID=.;OPOS=158524504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:58:56:0:0:58:57:0:0 chr7 158526495 . G A 1786.62 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4467;QD=60.5634;RBI=0.0594726;REFB=0;REVB=-0.0548239;RO=0;SAF=42;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187131;OID=.;OPOS=158526495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:115:118:1:73:42:0:0:73:45:0:0 chr7 158526880 . G A 1410.63 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=97;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0218232;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3155;QD=58.7761;RBI=0.0449067;REFB=-0.0945834;REVB=0.0392474;RO=1;SAF=25;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185815;STB=0.537029;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00213765;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:97:96:1:4:92:92:0.958333:67:25:1:0:67:25:4:0 chr7 158528233 . A G 2326.24 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339722;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8915;QD=61.2169;RBI=0.10862;REFB=0;REVB=-0.108567;RO=0;SAF=77;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2621e-05;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:75:77:0:0:75:77:0:0 chr7 158531809 . C T 666.37 PASS AF=0.41573;AO=73;DP=175;FAO=74;FDP=178;FR=.;FRO=104;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.0056954;FXX=0.00558628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8535;QD=14.9746;RBI=0.0227693;REFB=0.00801451;REVB=-0.0220455;RO=102;SAF=39;SAR=34;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00505296;STB=0.51813;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.0120132;OID=.;OPOS=158531809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:178:102:104:73:74:0.41573:34:39:54:48:34:40:53:51 chr7 158534372 . G A 911.98 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0382192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5147;QD=55.2715;RBI=0.0405079;REFB=0.0754776;REVB=-0.0134233;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160078;STB=0.516661;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.000889502;OID=.;OPOS=158534372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:35:29:1:0:35:29:2:0 chr7 158534381 . G C 700.37 PASS AF=0.846154;AO=55;DP=65;FAO=55;FDP=65;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00223041;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.373;QD=43.0995;RBI=0.0235581;REFB=-0.102041;REVB=-0.0234523;RO=6;SAF=29;SAR=26;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00505112;STB=0.534923;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00226417;OID=.;OPOS=158534381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:65:6:10:55:55:0.846154:26:29:3:3:26:29:3:7 chr7 158536267 . T C 1645.73 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224178;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.57;QD=60.3936;RBI=0.0227845;REFB=0;REVB=0.00407152;RO=0;SAF=45;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64062e-05;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:64:45:0:0:64:45:0:0 chr7 158536334 . G A 1148.44 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0293324;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.16;QD=58.1489;RBI=0.0293932;REFB=-0.0554812;REVB=-0.00188989;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.510636;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000105072;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:79:0:2:77:77:0.974684:46:31:0:0:46:31:0:2 chr7 158536344 . GA G,GG 1126.41 PASS AF=0.012987,0.987013;AO=24,50;DP=77;FAO=1,76;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=1,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0721878,0.0732328;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.6188,33.32;QD=58.5148;RBI=0.297557,0.102108;REFB=0,0;REVB=-0.288667,-0.0711553;RO=0;SAF=7,22;SAR=17,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.15703e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0618127,0.0102459;OID=.,.;OPOS=158536345,158536345;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.012987,0.987013:24,50:77:1,76:77:0:0,30:1,46:0:0:4:0:7,22:17,28:0:0 chr7 158536376 . A C 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.075;QD=57.4361;RBI=0.0150398;REFB=-0.0232027;REVB=0.0107504;RO=1;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106206;STB=0.505616;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000150533;OID=.;OPOS=158536376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:44:23:0:1:44:23:0:1 chr7 158536388 . A C 891.34 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.99;QD=57.5059;RBI=0.0471812;REFB=0;REVB=-0.045658;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160423;OID=.;OPOS=158536388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:40:20:0:0:41:21:0:0 chr7 158536408 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00059637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.897;QD=61.6839;RBI=0.00253728;REFB=0;REVB=0.0024662;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94629e-06;OID=.;OPOS=158536408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr7 158536411 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.491;QD=61.3347;RBI=0.0111941;REFB=0;REVB=0.0042396;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14696e-05;OID=.;OPOS=158536411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr7 158672476 . C G 748.7 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211055;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9842;QD=55.4593;RBI=0.0582827;REFB=0;REVB=0.054327;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00404718;OID=.;OPOS=158672476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:50:54:1:37:13:0:0:41:13:0:0 chr7 158672619 . A G 363.3 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=0.0259095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.751;QD=17.9406;RBI=0.0401612;REFB=-0.0150072;REVB=-0.0306858;RO=42;SAF=8;SAR=30;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037931;STB=0.517232;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0170859;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:43:38:38:0.469136:30:8:10:32:30:8:10:33 chr7 158715219 . A G 2178.78 PASS AF=0.973856;AO=148;DP=153;FAO=149;FDP=153;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0638525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4303;QD=56.9616;RBI=0.0717944;REFB=-0.0428004;REVB=0.0328223;RO=4;SAF=54;SAR=94;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620982;STB=0.503349;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000572459;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:153:153:4:4:148:149:0.973856:94:54:1:3:94:55:1:3 chr7 158719084 . C T 1341.04 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.213;QD=60.9563;RBI=0.00315345;REFB=0;REVB=9.66645e-05;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209187;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:88:0:0:80:88:1:36:44:0:0:40:48:0:0 chr7 158827326 . G A 1048.29 PASS AF=0.986111;AO=68;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00129737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4636;QD=58.2384;RBI=0.0188253;REFB=-0.109163;REVB=0.0187805;RO=1;SAF=21;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219715;STB=0.511625;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0338507;OID=.;OPOS=158827326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:68:71:0.986111:47:21:1:0:50:21:1:0 chr7 158835804 . G A 637.35 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0084545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.782;QD=18.6087;RBI=0.0106477;REFB=-0.0126792;REVB=-0.00647255;RO=72;SAF=34;SAR=31;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482132;STB=0.526709;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0114329;OID=.;OPOS=158835804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:72:72:65:65:0.474453:31:34:34:38:31:34:34:38 chr7 158851234 . T G 971.43 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.431;QD=58.8746;RBI=0.011403;REFB=0;REVB=0.006697;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14639e-05;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:37:28:0:0:37:29:0:0 chr8 363192 . G A 352.09 PASS AF=0.304636;AO=46;DP=151;FAO=46;FDP=151;FR=.;FRO=105;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.0142509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.703;QD=9.32681;RBI=0.0204783;REFB=-0.00275486;REVB=-0.0147062;RO=103;SAF=15;SAR=31;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185935;STB=0.616028;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00728327;OID=.;OPOS=363192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:103:105:46:46:0.304636:31:15:49:54:31:15:51:54 chr8 382957 . T C 399.14 PASS AF=0.329114;AO=51;DP=157;FAO=52;FDP=158;FR=.;FRO=106;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=66;FWDB=0.0122303;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.318;QD=10.1047;RBI=0.0142298;REFB=-0.0174061;REVB=0.00727366;RO=106;SAF=16;SAR=35;SRF=40;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829106;STB=0.552611;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0355946;OID=.;OPOS=382957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:106:106:51:52:0.329114:35:16:40:66:36:16:40:66 chr8 565232 . C G 463.79 PASS AF=0.409091;AO=52;DP=125;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=0.0431896;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.0186;QD=14.0543;RBI=0.0537604;REFB=-0.00906604;REVB=-0.032013;RO=71;SAF=31;SAR=21;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715006;STB=0.517295;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0131614;OID=.;OPOS=565232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:132:71:78:52:54:0.409091:21:31:47:24:23:31:47:31 chr8 566618 . GA G,GG 142.88 PASS AF=0.692308,0.307692;AO=7,6;DP=14;FAO=9,4;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=3,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398337,0.0258488;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=240.835,236.216;QD=43.964;RBI=0.08736,0.073026;REFB=0,0;REVB=0.0777499,0.0682981;RO=1;SAF=5,3;SAR=2,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.173072,0.123249;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0120967,-0.0258905;OID=.,.;OPOS=566619,566619;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.692308,0.307692:7,6:14:9,4:13:0:6,2:3,2:0:0:12:1:5,3:2,3:0:1 chr8 577101 . A G 400.32 PASS AF=0.385246;AO=46;DP=123;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.0235456;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6319;QD=13.1253;RBI=0.0369826;REFB=-0.00217333;REVB=-0.0285187;RO=77;SAF=22;SAR=24;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130588;STB=0.575968;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00410263;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:77:75:46:47:0.385246:24:22:46:31:24:23:46:29 chr8 607766 . C G 1434.24 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0216;QD=63.0436;RBI=0.0327317;REFB=0;REVB=-0.0295201;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90677e-05;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr8 608018 . C T 533.07 PASS AF=0.518868;AO=53;DP=105;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.00908558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.097;QD=20.1157;RBI=0.0194131;REFB=-0.0131913;REVB=0.0171558;RO=50;SAF=11;SAR=42;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157751;STB=0.571777;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.013544;OID=.;OPOS=608018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:50:51:53:55:0.518868:42:11:17:33:42:13:18:33 chr8 608034 . T C 1626.93 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017423;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.556;QD=60.2566;RBI=0.0175144;REFB=0;REVB=0.00178699;RO=0;SAF=33;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29035e-05;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:75:33:0:0:75:33:0:0 chr8 609776 . GT G,GG 368.1 PASS AF=0.903226,0;AO=12,17;DP=33;FAO=28,0;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=7,0;FSAR=21,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0664557,-0.0754997;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.328,129.507;QD=47.4968;RBI=0.0715218,0.0927011;REFB=-0.0400504,-0.00362339;REVB=0.026439,-0.0537894;RO=4;SAF=4,3;SAR=8,14;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.296967,-0.358954;STB=0.588168,0.5;STBP=0.013,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00512285,0.0850155;OID=.,.;OPOS=609777,609777;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.903226,0:12,17:33:28,0:31:3:7,0:21,0:3:0:14:4:4,3:8,14:4:0 chr8 609879 . AT CC,GC 2789.45 PASS AF=0.621622,0.378378;AO=114,69;DP=188;FAO=115,70;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=31,17;FSAR=84,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483717,-0.0121024;FXX=0.0159566;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=110.764,180.032;QD=60.3124;RBI=0.0244408,0.0131062;REFB=0,0;REVB=0.0239573,-0.00503039;RO=0;SAF=31,17;SAR=83,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.07828e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00727174,0.0103378;OID=.,.;OPOS=609879,609879;OREF=AT,AT;OALT=CC,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:188:185:0:0:114,69:115,70:0.621622,0.378378:83,52:31,17:0:0:84,53:31,17:0:0 chr8 618728 . A G 2325.19 PASS AF=0.975;AO=156;DP=160;FAO=156;FDP=160;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0551968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.063;QD=58.1296;RBI=0.061792;REFB=0.0432601;REVB=0.027777;RO=4;SAF=74;SAR=82;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106996;STB=0.505626;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0020925;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:160:160:4:4:156:156:0.975:82:74:1:3:82:74:1:3 chr8 943494 . T C 77.39 PASS AF=0.289474;AO=9;DP=36;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00036668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.514;QD=8.14682;RBI=0.000947707;REFB=-0.0315789;REVB=0.000873895;RO=27;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369084;STB=0.683071;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0789516;OID=.;OPOS=943494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:36:38:27:27:9:11:0.289474:7:2:14:13:8:3:14:13 chr8 943504 . G C 785.19 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.588;QD=57.1047;RBI=0.0334444;REFB=0;REVB=0.00635073;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03215e-05;OID=.;OPOS=943504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:33:21:1:0:33:22:0:0 chr8 943508 . C T 606.3 PASS AF=0.793651;AO=50;DP=63;FAO=50;FDP=63;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00953285;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.801;QD=38.4953;RBI=0.0121757;REFB=-0.0457987;REVB=0.00757442;RO=11;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111223;STB=0.536898;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00232943;OID=.;OPOS=943508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:63:63:11:13:50:50:0.793651:30:20:1:10:30:20:3:10 chr8 977316 . A G 754.16 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.31;QD=56.9177;RBI=0.0257284;REFB=0;REVB=-0.0256254;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97495e-05;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr8 978197 . G T 67.08 PASS AF=0.375;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00617834;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.656;QD=11.18;RBI=0.0152358;REFB=-0.030757;REVB=-0.0139269;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172341;STB=0.636033;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0480893;OID=.;OPOS=978197;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:25:24:14:15:9:9:0.375:7:2:5:9:7:2:6:9 chr8 1497507 . G T 89.2 PASS AF=0.0718039;AO=41;DP=573;FAO=41;FDP=571;FR=.;FRO=530;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=300;FSRR=230;FWDB=0.0118464;FXX=0.00349034;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.793;QD=0.624895;RBI=0.0780578;REFB=-6.8463e-06;REVB=0.0771537;RO=531;SAF=25;SAR=16;SRF=299;SRR=232;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536993;STB=0.54183;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00172019;OID=.;OPOS=1497507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:573:571:531:530:41:41:0.0718039:16:25:299:232:16:25:300:230 chr8 1616718 . A G 798.47 PASS AF=0.520548;AO=76;DP=146;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.00721144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.79;QD=21.8758;RBI=0.0102017;REFB=-0.0122817;REVB=0.0072159;RO=70;SAF=40;SAR=36;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122375;STB=0.567104;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.01092;OID=.;OPOS=1616718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:70:70:76:76:0.520548:36:40:27:43:36:40:27:43 chr8 1649960 . G A 668.63 PASS AF=0.492647;AO=67;DP=136;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=0.0268513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.047;QD=19.6656;RBI=0.0364648;REFB=-0.0100706;REVB=-0.0246716;RO=69;SAF=39;SAR=28;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067088;STB=0.536975;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0145044;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:69:69:67:67:0.492647:28:39:45:24:28:39:45:24 chr8 1650536 . A C 563.63 PASS AF=0.336207;AO=38;DP=119;FAO=39;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00107935;FXX=0.0169477;HRUN=9;LEN=1;MLLD=180.535;QD=19.4356;RBI=0.0140807;REFB=-0.0172609;REVB=-0.0140393;RO=57;SAF=9;SAR=29;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210779;STB=0.575302;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0159863;OID=.;OPOS=1650536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:116:57:56:38:39:0.336207:29:9:23:34:28:11:22:34 chr8 1651129 . G A 1928.11 PASS AF=1;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143703;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.831;QD=62.197;RBI=0.0335911;REFB=0;REVB=-0.0303621;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160226;OID=.;OPOS=1651129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:124:0:0:124:124:1:58:66:0:0:58:66:0:0 chr8 1749320 . C T 794.7 PASS AF=0.578125;AO=74;DP=128;FAO=74;FDP=128;FR=.;FRO=54;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-4.11532e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.741;QD=24.8342;RBI=0.0721265;REFB=0.00866144;REVB=-0.0721265;RO=53;SAF=42;SAR=32;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135649;STB=0.502797;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00689059;OID=.;OPOS=1749320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:53:54:74:74:0.578125:32:42:31:22:32:42:31:23 chr8 1817367 . G A 988.15 PASS AF=0.421456;AO=109;DP=260;FAO=110;FDP=261;FR=.;FRO=151;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=79;FSRR=72;FWDB=-0.0519597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5169;QD=15.144;RBI=0.0543655;REFB=-0.013612;REVB=0.0159936;RO=151;SAF=56;SAR=53;SRF=79;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981289;STB=0.508154;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0174895;OID=.;OPOS=1817367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:151:151:109:110:0.421456:53:56:79:72:54:56:79:72 chr8 1833801 . G C 4276.1 PASS AF=1;AO=270;DP=275;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453979;FXX=0.0109087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9826;QD=62.8839;RBI=0.0456288;REFB=0;REVB=-0.00458506;RO=0;SAF=135;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136244;OID=.;OPOS=1833801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:275:272:0:0:270:272:1:135:135:0:0:135:137:0:0 chr8 1876631 . C T 1176.39 PASS AF=0.550725;AO=114;DP=208;FAO=114;FDP=207;FR=.;FRO=93;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=65;FSRR=28;FWDB=0.0035932;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.764;QD=22.7322;RBI=0.0129109;REFB=0.00527324;REVB=0.0124008;RO=91;SAF=60;SAR=54;SRF=63;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137107;STB=0.578393;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00522034;OID=.;OPOS=1876631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:91:93:114:114:0.550725:54:60:63:28:54:60:65:28 chr8 1900911 . C T 1321.66 PASS AF=0.553097;AO=125;DP=225;FAO=125;FDP=226;FR=.;FRO=101;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=0.0349876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.575;QD=23.3922;RBI=0.0354509;REFB=-0.00360233;REVB=0.00571286;RO=98;SAF=66;SAR=59;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226651;STB=0.51032;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00338178;OID=.;OPOS=1900911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:98:101:125:125:0.553097:59:66:49:49:59:66:51:50 chr8 1906630 . G T 2752.64 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.698;QD=62.5601;RBI=0.0375177;REFB=0;REVB=0.0352881;RO=0;SAF=83;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32517e-05;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:176:176:1:93:83:0:0:93:83:0:0 chr8 1953194 . T G 906.23 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00715946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.523;QD=56.639;RBI=0.0186808;REFB=-0.130458;REVB=0.0172545;RO=1;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017815;STB=0.509431;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000748392;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:26:37:0:1:26:37:0:1 chr8 1953223 . C T 1189.45 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.616;QD=60.2252;RBI=0.0551057;REFB=0;REVB=0.0546607;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296813;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:79:0:0:71:79:1:27:44:0:0:33:46:0:0 chr8 1953567 . C A 3160.2 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.53;QD=61.0667;RBI=0.0310233;REFB=0;REVB=0.00320322;RO=0;SAF=110;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343151;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:196:207:0:0:195:207:1:85:110:0:0:85:122:0:0 chr8 1953642 . CAGAG CAG,CAGA,CAGAA 1661.74 PASS AF=0.818966,0.0689655,0.112069;AO=84,12,12;DP=116;FAO=95,8,13;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=64,7,3;FSAR=31,1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693247,0.00492917,0.00341377;FXX=0.00854628;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=241.373,230.827,228.158;QD=57.3014;RBI=0.0260692,0.0225547,0.0187424;REFB=0,0,0;REVB=0.0251305,0.0220095,0.0184289;RO=0;SAF=57,11,2;SAR=27,1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.38583e-08,3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00225669,-0.0121839,0.0161406;OID=.,.,.;OPOS=1953643,1953646,1953646;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=CAG,CAGA,CAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.818966,0.0689655,0.112069:84,12,12:116:95,8,13:116:0:64,7,3:31,1,10:0:0:53:0:57,11,2:27,1,10:0:0 chr8 1953759 . A T 1608.28 PASS AF=0.981982;AO=110;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0200692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7222;QD=57.9561;RBI=0.0366466;REFB=0.00485837;REVB=-0.0306627;RO=1;SAF=43;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703347;STB=0.507461;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000760044;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:1:2:110:109:0.981982:67:43:0:1:66:43:0:2 chr8 1954237 . G C 3801.29 PASS AF=1;AO=238;DP=239;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.654;QD=63.6199;RBI=0.0229345;REFB=0;REVB=0.0226942;RO=0;SAF=119;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41473e-05;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:239:0:0:238:239:1:119:119:0:0:120:119:0:0 chr8 1954587 . G A 643.03 PASS AF=0.954545;AO=37;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.232;QD=58.4573;RBI=0.0380099;REFB=-0.144641;REVB=0.0255905;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283678;STB=0.513507;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0021304;OID=.;OPOS=1954587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:37:42:0.954545:16:21:0:1:18:24:0:1 chr8 2005883 . C T 954.13 PASS AF=0.528409;AO=93;DP=176;FAO=93;FDP=176;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=0.023299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.776;QD=21.6848;RBI=0.0233341;REFB=0.000716759;REVB=-0.00127968;RO=82;SAF=40;SAR=53;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458255;STB=0.527434;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.000761696;OID=.;OPOS=2005883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:82:83:93:93:0.528409:53:40:31:51:53:40:31:52 chr8 2037833 . G C 1094.05 PASS AF=0.516432;AO=108;DP=212;FAO=110;FDP=213;FR=.;FRO=103;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.0175407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0828;QD=20.5456;RBI=0.146913;REFB=-0.0107456;REVB=0.145862;RO=104;SAF=54;SAR=54;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430147;STB=0.516743;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00968218;OID=.;OPOS=2037833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:104:103:108:110:0.516432:54:54:47:57:56:54:47:56 chr8 2037875 . G A 1362.54 PASS AF=0.52;AO=129;DP=249;FAO=130;FDP=250;FR=.;FRO=120;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=50;FSRR=70;FWDB=0.0200541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.106;QD=21.8006;RBI=0.0228592;REFB=-0.0250868;REVB=0.0109717;RO=120;SAF=58;SAR=71;SRF=50;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294275;STB=0.514362;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0221662;OID=.;OPOS=2037875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:250:120:120:129:130:0.52:71:58:50:70:72:58:50:70 chr8 2040337 . T C 4623.31 PASS AF=1;AO=290;DP=291;FAO=291;FDP=291;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106428;FXX=0.00342454;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1697;QD=63.5507;RBI=0.106937;REFB=0.020568;REVB=-0.0104265;RO=1;SAF=123;SAR=167;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00386142;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267094;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:291:291:1:0:290:291:1:167:123:1:0:168:123:0:0 chr8 2046700 . C T 997.91 PASS AF=0.429688;AO=110;DP=256;FAO=110;FDP=256;FR=.;FRO=146;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=73;FSRR=73;FWDB=2.92518e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.003;QD=15.5923;RBI=0.0262225;REFB=-0.00284107;REVB=-0.0262225;RO=144;SAF=58;SAR=52;SRF=72;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278322;STB=0.515571;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00387776;OID=.;OPOS=2046700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:144:146:110:110:0.429688:52:58:72:72:52:58:73:73 chr8 2048811 . A C 2635.86 PASS AF=0.99422;AO=171;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.581;QD=60.9448;RBI=0.0672302;REFB=-0.100424;REVB=0.0649919;RO=2;SAF=78;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000972515;STB=0.503184;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00029911;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:173:173:2:1:171:172:0.99422:93:78:1:1:94:78:1:0 chr8 2048831 . A G 2151.21 PASS AF=0.97351;AO=146;DP=152;FAO=147;FDP=151;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0191788;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.447;QD=56.9857;RBI=0.023023;REFB=-0.0602206;REVB=-0.0127371;RO=4;SAF=69;SAR=77;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267682;STB=0.507264;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000587266;OID=.;OPOS=2048831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:152:151:4:4:146:147:0.97351:77:69:4:0:77:70:3:1 chr8 2054066 . A G 991.46 PASS AF=0.444915;AO=105;DP=235;FAO=105;FDP=236;FR=.;FRO=131;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=50;FSRR=81;FWDB=-0.021225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9735;QD=16.8044;RBI=0.029274;REFB=-0.0120924;REVB=0.0201611;RO=130;SAF=53;SAR=52;SRF=50;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119858;STB=0.568226;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.015804;OID=.;OPOS=2054066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:236:130:131:105:105:0.444915:52:53:50:80:52:53:50:81 chr8 2056569 . C T 686.57 PASS AF=0.472603;AO=68;DP=145;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0329502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2727;QD=18.81;RBI=0.035495;REFB=0.00616172;REVB=-0.0131978;RO=76;SAF=25;SAR=43;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537694;STB=0.537026;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0249856;OID=.;OPOS=2056569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:76:77:68:69:0.472603:43:25:32:44:44:25:33:44 chr8 2057298 . C T 577.44 PASS AF=0.394118;AO=67;DP=170;FAO=67;FDP=170;FR=.;FRO=103;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.0210169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.096;QD=13.5867;RBI=0.0211499;REFB=-0.00366527;REVB=-0.00236731;RO=102;SAF=42;SAR=25;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653312;STB=0.53438;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00484041;OID=.;OPOS=2057298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:102:103:67:67:0.394118:25:42:58:44:25:42:59:44 chr8 2148550 . G A 1564.28 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.014812;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.082;QD=59.0294;RBI=0.0262346;REFB=-0.0928136;REVB=0.0216531;RO=1;SAF=45;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010429;STB=0.505493;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000291567;OID=.;OPOS=2148550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:106:1:1:105:105:0.990566:60:45:1:0:60:45:1:0 chr8 2148771 . C T 1803.87 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.19;QD=61.1481;RBI=0.0129527;REFB=0;REVB=-0.00253326;RO=0;SAF=52;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52765e-05;OID=.;OPOS=2148771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:66:52:0:0:66:52:0:0 chr8 2795835 . T C 660.14 PASS AF=0.386139;AO=76;DP=201;FAO=78;FDP=202;FR=.;FRO=124;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=75;FWDB=-0.0230537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.044;QD=13.0721;RBI=0.0252801;REFB=-0.00703414;REVB=0.0103734;RO=124;SAF=34;SAR=42;SRF=49;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583882;STB=0.533445;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0117125;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:124:124:76:78:0.386139:42:34:49:75:43:35:49:75 chr8 2820745 . G C 1255.6 PASS AF=0.416918;AO=138;DP=331;FAO=138;FDP=331;FR=.;FRO=193;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=83;FSRR=110;FWDB=0.00893477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.454;QD=15.1735;RBI=0.0105565;REFB=-0.00663818;REVB=0.00562218;RO=191;SAF=69;SAR=69;SRF=83;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682324;STB=0.54078;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00833849;OID=.;OPOS=2820745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:331:191:193:138:138:0.416918:69:69:83:108:69:69:83:110 chr8 2832139 . C G 1218.07 PASS AF=0.437288;AO=128;DP=294;FAO=129;FDP=295;FR=.;FRO=166;FSAF=39;FSAR=90;FSRF=69;FSRR=97;FWDB=0.0271494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.612;QD=16.5162;RBI=0.0272303;REFB=-0.0101232;REVB=-0.00209737;RO=166;SAF=39;SAR=89;SRF=69;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125396;STB=0.571316;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0128349;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:295:166:166:128:129:0.437288:89:39:69:97:90:39:69:97 chr8 2909992 . G A 829.24 PASS AF=0.402597;AO=93;DP=232;FAO=93;FDP=231;FR=.;FRO=138;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=77;FSRR=61;FWDB=0.0017779;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.161;QD=14.3591;RBI=0.0236337;REFB=0.00955579;REVB=0.0235668;RO=134;SAF=45;SAR=48;SRF=77;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955392;STB=0.544178;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0156957;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:134:138:93:93:0.402597:48:45:77:57:48:45:77:61 chr8 2910020 . A G 3681.39 PASS AF=0.97992;AO=240;DP=259;FAO=244;FDP=249;FR=.;FRO=5;FSAF=138;FSAR=106;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0216338;FXX=0.0386085;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.703;QD=59.1388;RBI=0.031176;REFB=-0.0336385;REVB=0.0224483;RO=6;SAF=137;SAR=103;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112399;STB=0.50338;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000525793;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:259:249:6:5:240:244:0.97992:103:137:2:4:106:138:2:3 chr8 2965244 . T C 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00303504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.273;QD=57.2344;RBI=0.00461964;REFB=-0.096068;REVB=0.00348276;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00293067;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:40:26:0:0:40:26:1:0 chr8 3076959 . T C 315.64 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.023399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.525;QD=17.5358;RBI=0.0289262;REFB=-0.00586276;REVB=0.0170062;RO=37;SAF=11;SAR=23;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110487;STB=0.570879;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00495835;OID=.;OPOS=3076959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:38:34:34:0.472222:23:11:16:21:23:11:17:21 chr8 3200877 . C T 2406.44 PASS AF=0.585561;AO=219;DP=375;FAO=219;FDP=374;FR=.;FRO=155;FSAF=106;FSAR=113;FSRF=58;FSRR=97;FWDB=-0.00479076;FXX=0.0026666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.813;QD=25.7374;RBI=0.0104642;REFB=-0.0187526;REVB=-0.00930307;RO=153;SAF=106;SAR=113;SRF=58;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802155;STB=0.545691;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0117643;OID=.;OPOS=3200877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:374:153:155:219:219:0.585561:113:106:58:95:113:106:58:97 chr8 3253768 . C T 2194.19 PASS AF=0.562842;AO=205;DP=366;FAO=206;FDP=366;FR=.;FRO=160;FSAF=113;FSAR=93;FSRF=70;FSRR=90;FWDB=0.0129665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.573;QD=23.9802;RBI=0.0132647;REFB=-0.00989328;REVB=-0.00279698;RO=160;SAF=112;SAR=93;SRF=70;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879312;STB=0.548539;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00718479;OID=.;OPOS=3253768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:366:160:160:205:206:0.562842:93:112:70:90:93:113:70:90 chr8 3558050 . G A 3085.16 PASS AF=0.990196;AO=201;DP=205;FAO=202;FDP=204;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0285982;FXX=0.00970827;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.734;QD=60.4933;RBI=0.0322998;REFB=-0.0979039;REVB=-0.015014;RO=2;SAF=104;SAR=97;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00971819;STB=0.50505;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00036921;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:205:204:2:2:201:202:0.990196:97:104:0:2:98:104:0:2 chr8 3807528 . C T 466.15 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.00408453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.702;QD=13.8118;RBI=0.0132317;REFB=-0.0051328;REVB=0.0125855;RO=82;SAF=32;SAR=21;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151794;STB=0.585883;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00656564;OID=.;OPOS=3807528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:82:82:53:53:0.392593:21:32:38:44:21:32:38:44 chr8 5768667 . A T 701.42 PASS AF=0.439306;AO=76;DP=174;FAO=76;FDP=173;FR=.;FRO=97;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=0.0155309;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.896;QD=16.2179;RBI=0.0155324;REFB=-0.0170425;REVB=-0.000222118;RO=97;SAF=35;SAR=41;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701666;STB=0.539032;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.027596;OID=.;OPOS=5768667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:97:97:76:76:0.439306:41:35:38:59:41:35:38:59 chr8 6272399 . G T 3083.89 PASS AF=0.989848;AO=195;DP=198;FAO=195;FDP=197;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0281297;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4104;QD=62.6172;RBI=0.0282429;REFB=-0.0165634;REVB=0.00252551;RO=0;SAF=104;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505434;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00139856;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:198:197:0:2:195:195:0.989848:91:104:0:0:91:104:0:2 chr8 6296550 . G T 2570.28 PASS AF=0.988235;AO=168;DP=170;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0557595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6399;QD=60.4772;RBI=0.0560642;REFB=-0.0685579;REVB=0.00583684;RO=1;SAF=74;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638796;STB=0.50071;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.000483493;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:170:1:2:168:168:0.988235:94:74:1:0:94:74:1:1 chr8 6302183 . G C 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.626;QD=61.8517;RBI=0.0648111;REFB=0;REVB=0.0137094;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132254;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr8 6302418 . A G 1114.94 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1087;QD=57.919;RBI=0.0471578;REFB=-0.0898726;REVB=-0.0357995;RO=1;SAF=25;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185474;STB=0.509431;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000524632;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:50:25:1:0:50:26:1:0 chr8 6389889 . C A,G 3570.6 PASS AF=0.544402,0.420849;AO=142,109;DP=259;FAO=141,109;FDP=259;FR=.;FRO=9;FSAF=72,49;FSAR=69,60;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0183252,0.000526871;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=100.627,34.1973;QD=55.1444;RBI=0.0310413,0.00801625;REFB=-0.103377,-0.00949914;REVB=0.025055,-0.00799892;RO=7;SAF=72,49;SAR=70,60;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.018494,-0.0304707;STB=0.502696,0.508154;STBP=0.822,0.541;TYPE=snp,snp;VARB=0.00745133,-0.00990046;OID=.,.;OPOS=6389889,6389889;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:259:259:7:9:142,109:141,109:0.544402,0.420849:70,60:72,49:5:2:69,60:72,49:5:4 chr8 6474473 . C G 763.67 PASS AF=0.389381;AO=88;DP=226;FAO=88;FDP=226;FR=.;FRO=138;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=74;FSRR=64;FWDB=0.00823815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.556;QD=13.5162;RBI=0.00912229;REFB=-0.00535325;REVB=0.00391779;RO=138;SAF=51;SAR=37;SRF=74;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477517;STB=0.526896;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00925172;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:138:138:88:88:0.389381:37:51:74:64:37:51:74:64 chr8 6478986 . C T 590.01 PASS AF=0.372973;AO=69;DP=185;FAO=69;FDP=185;FR=.;FRO=116;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=60;FSRR=56;FWDB=0.0509708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1533;QD=12.7569;RBI=0.0556049;REFB=-0.00775272;REVB=0.0222235;RO=115;SAF=31;SAR=38;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704898;STB=0.542674;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0119326;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:115:116:69:69:0.372973:38:31:59:56:38:31:60:56 chr8 6479042 . C T 975.42 PASS AF=0.390845;AO=110;DP=285;FAO=111;FDP=284;FR=.;FRO=173;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=74;FSRR=99;FWDB=0.0907941;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.562;QD=13.7384;RBI=0.0909785;REFB=-0.00705033;REVB=0.00579017;RO=172;SAF=55;SAR=55;SRF=73;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821047;STB=0.546714;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0147489;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:284:172:173:110:111:0.390845:55:55:73:99:55:56:74:99 chr8 6500544 . C T 635.75 PASS AF=0.374359;AO=73;DP=195;FAO=73;FDP=195;FR=.;FRO=122;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=-0.0066598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.967;QD=13.0411;RBI=0.00969521;REFB=-0.0121069;REVB=0.00704586;RO=122;SAF=29;SAR=44;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106221;STB=0.560212;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0200906;OID=.;OPOS=6500544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:122:122:73:73:0.374359:44:29:60:62:44:29:60:62 chr8 6615158 . A G 825.68 PASS AF=0.385542;AO=96;DP=250;FAO=96;FDP=249;FR=.;FRO=153;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=69;FSRR=84;FWDB=-0.0213319;FXX=0.0119043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.338;QD=13.2639;RBI=0.0213993;REFB=-0.0154114;REVB=-0.00169762;RO=150;SAF=42;SAR=54;SRF=66;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00275183;STB=0.508395;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0287994;OID=.;OPOS=6615158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:249:150:153:96:96:0.385542:54:42:66:84:54:42:69:84 chr8 6615165 . A G 772.0 PASS AF=0.385281;AO=89;DP=231;FAO=89;FDP=231;FR=.;FRO=142;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=62;FSRR=80;FWDB=0.0369338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9605;QD=13.368;RBI=0.0382586;REFB=-0.00368183;REVB=0.00998067;RO=139;SAF=35;SAR=54;SRF=61;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510539;STB=0.527592;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00457095;OID=.;OPOS=6615165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:139:142:89:89:0.385281:54:35:61:78:54:35:62:80 chr8 6615663 . A G 856.56 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481302;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8164;QD=58.0722;RBI=0.0494249;REFB=0;REVB=0.0112384;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705235;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr8 6615754 . G A 260.67 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00074823;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.349;QD=16.5504;RBI=0.00153441;REFB=-0.0110741;REVB=0.00133962;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139311;STB=0.578431;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0113189;OID=.;OPOS=6615754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:34:34:29:29:0.460317:12:17:15:19:12:17:15:19 chr8 6617029 . T C 487.36 PASS AF=0.379085;AO=58;DP=153;FAO=58;FDP=153;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=64;FWDB=0.0133165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4644;QD=12.7413;RBI=0.0371538;REFB=-0.0037241;REVB=0.0346854;RO=94;SAF=28;SAR=30;SRF=30;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181072;STB=0.597878;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00524423;OID=.;OPOS=6617029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:94:95:58:58:0.379085:30:28:30:64:30:28:31:64 chr8 6669245 . G C 48.97 PASS AF=0.151515;AO=9;DP=64;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00840162;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.923;QD=2.96769;RBI=0.023818;REFB=-0.000363557;REVB=-0.022287;RO=54;SAF=0;SAR=9;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.713792;STB=0.909625;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0195466;OID=.;OPOS=6669245;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:64:66:54:56:9:10:0.151515:9:0:32:22:9:1:34:22 chr8 6673377 . CA C 1308.34 PASS AF=1;AO=83;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695338;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.355;QD=60.8528;RBI=0.0730284;REFB=0;REVB=0.0223206;RO=0;SAF=26;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000159777;OID=.;OPOS=6673378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:87:86:86:0:27:59:0:0:7:0:26:57:0:0 chr8 6735300 . T A 2140.62 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467047;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.213;QD=62.9594;RBI=0.0478839;REFB=0;REVB=0.0105613;RO=0;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4054e-05;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:70:66:0:0:70:66:0:0 chr8 6793540 . C T 718.75 PASS AF=0.586207;AO=68;DP=116;FAO=68;FDP=116;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0284297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.38;QD=24.7844;RBI=0.0289711;REFB=0.0156235;REVB=-0.00557463;RO=47;SAF=33;SAR=35;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00305586;STB=0.506086;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0110507;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:47:48:68:68:0.586207:35:33:23:24:35:33:24:24 chr8 6793581 . A G 461.08 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0358047;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9099;QD=20.7229;RBI=0.0512374;REFB=0.017587;REVB=0.036651;RO=43;SAF=8;SAR=37;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285153;STB=0.668143;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0218283;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:43:44:45:45:0.505618:37:8:18:25:37:8:19:25 chr8 6913031 . G A 1832.59 PASS AF=0.540123;AO=174;DP=323;FAO=175;FDP=324;FR=.;FRO=149;FSAF=81;FSAR=94;FSRF=79;FSRR=70;FWDB=0.000496625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.056;QD=22.6246;RBI=0.00196451;REFB=0.0129309;REVB=-0.0019007;RO=149;SAF=81;SAR=93;SRF=79;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548279;STB=0.530995;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.01054;OID=.;OPOS=6913031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:324:149:149:174:175:0.540123:93:81:79:70:94:81:79:70 chr8 7154617 . T A 141.58 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000256678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.182;QD=43.563;RBI=0.00952709;REFB=0;REVB=0.00952363;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000878534;OID=.;OPOS=7154617;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr8 7154917 . A C 2347.81 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00131654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8818;QD=60.2003;RBI=0.00219001;REFB=-0.0385086;REVB=0.0017501;RO=1;SAF=46;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102286;STB=0.505376;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000198507;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:156:1:1:155:155:0.99359:109:46:1:0:109:46:1:0 chr8 7308386 . T C 795.09 PASS AF=0.421801;AO=88;DP=210;FAO=89;FDP=211;FR=.;FRO=122;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=0.0239328;FXX=0.014018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.82;QD=15.0728;RBI=0.0269699;REFB=-0.015756;REVB=0.0124338;RO=121;SAF=37;SAR=51;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104512;STB=0.558706;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0251454;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:121:122:88:89:0.421801:51:37:63:58:52:37:63:59 chr8 7308729 . G C 2031.5 PASS AF=0.476852;AO=206;DP=435;FAO=206;FDP=432;FR=.;FRO=226;FSAF=102;FSAR=104;FSRF=126;FSRR=100;FWDB=0.0373905;FXX=0.00689639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.429;QD=18.8102;RBI=0.0389219;REFB=-0.00215364;REVB=0.0108103;RO=222;SAF=102;SAR=104;SRF=123;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556222;STB=0.532611;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00208869;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:432:222:226:206:206:0.476852:104:102:123:99:104:102:126:100 chr8 8098577 . G A 2543.32 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419327;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.802;QD=61.6562;RBI=0.0422787;REFB=0;REVB=-0.00539847;RO=0;SAF=59;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92152e-06;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:165:0:0:163:165:1:104:59:0:0:105:60:0:0 chr8 8099514 . A G 51.7 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0261835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.233;QD=2.99723;RBI=0.0262565;REFB=0.00575999;REVB=-0.00195669;RO=59;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575635;STB=0.539799;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.040625;OID=.;OPOS=8099514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:59:59:10:10:0.144928:6:4:21:38:6:4:21:38 chr8 8099554 . TGG CTA 33.68 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.00809489;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=3;MLLD=185.435;QD=1.60392;RBI=0.014826;REFB=0.000352181;REVB=-0.0124211;RO=75;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185747;STB=0.506354;STBP=0.978;TYPE=mnp;VARB=-0.00326388;OID=.;OPOS=8099554;OREF=TGG;OALT=CTA;OMAPALT=CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:86:84:75:76:8:8:0.0952381:5:3:27:48:5:3:28:48 chr8 8099618 . T C 43.03 PASS AF=0.108696;AO=10;DP=92;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.064221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9434;QD=1.87066;RBI=0.0664559;REFB=-0.00477559;REVB=-0.0170894;RO=81;SAF=4;SAR=6;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00614195;STB=0.502258;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.027316;OID=.;OPOS=8099618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:92:92:81:82:10:10:0.108696:6:4:32:49:6:4:33:49 chr8 8176221 . C T 350.99 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.00689498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.998;QD=12.9996;RBI=0.0312723;REFB=-0.00918502;REVB=-0.0305027;RO=66;SAF=19;SAR=23;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00234894;STB=0.501334;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.018687;OID=.;OPOS=8176221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:66:42:42:0.388889:23:19:30:36:23:19:30:36 chr8 8176378 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0129962;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=328.717;QD=9.19978;RBI=0.0129962;REFB=-0.011856;REVB=0;RO=13;SAF=7;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.024777;OID=.;OPOS=8176378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:0:7:13:0:0:7:13:0 chr8 8176384 . A G 90.13 PASS AF=0.464286;AO=10;DP=25;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=0.00523119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.046;QD=12.8757;RBI=0.00523119;REFB=-0.0158798;REVB=0;RO=13;SAF=10;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164191;OID=.;OPOS=8176384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:25:28:13:15:10:13:0.464286:0:10:13:0:0:13:15:0 chr8 8176387 . C G 133.43 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=-0.00823211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4751;QD=16.1734;RBI=0.00823211;REFB=-0.0489542;REVB=0;RO=18;SAF=14;SAR=0;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0316844;OID=.;OPOS=8176387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:0:14:18:0:0:15:18:0 chr8 8176554 . C T 2417.58 PASS AF=0.413417;AO=264;DP=639;FAO=265;FDP=641;FR=.;FRO=376;FSAF=133;FSAR=132;FSRF=177;FSRR=199;FWDB=-0.00014486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.292;QD=15.0863;RBI=0.00224217;REFB=-0.00787541;REVB=-0.00223749;RO=375;SAF=133;SAR=131;SRF=176;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363251;STB=0.518264;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0111822;OID=.;OPOS=8176554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:639:641:375:376:264:265:0.413417:131:133:176:199:132:133:177:199 chr8 8234077 . G C 1385.46 PASS AF=0.949495;AO=92;DP=99;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0446275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4555;QD=55.978;RBI=0.0512495;REFB=-0.0978977;REVB=0.0251972;RO=4;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344397;STB=0.522931;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00464268;OID=.;OPOS=8234077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:99:99:4:5:92:94:0.949495:53:39:0:4:52:42:0:5 chr8 8234192 . G C 2338.91 PASS AF=0.986667;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00585678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4516;QD=62.371;RBI=0.0458715;REFB=0.0186501;REVB=-0.045496;RO=2;SAF=66;SAR=82;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011458;STB=0.506023;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.000291682;OID=.;OPOS=8234192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:150:2:2:148:148:0.986667:82:66:0:2:82:66:0:2 chr8 8234218 . CG TA 2895.92 PASS AF=0.989305;AO=180;DP=183;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0375595;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.09;QD=61.9448;RBI=0.0378916;REFB=0.00718253;REVB=-0.00500624;RO=2;SAF=84;SAR=96;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00981405;STB=0.50505;STBP=0.236;TYPE=mnp;VARB=-4.99263e-05;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:183:187:2:2:180:185:0.989305:96:84:0:2:98:87:0:2 chr8 8234714 . C G,T 1327.76 PASS AF=0.0873786,0.864078;AO=8,85;DP=102;FAO=9,89;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=9,61;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00797781,0.00117018;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=30.3742,132.735;QD=51.5635;RBI=0.011165,0.0443163;REFB=-0.134319,-0.0965934;REVB=0.00781105,0.0443009;RO=7;SAF=8,61;SAR=0,24;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.840898,0.119936;STB=0.998569,0.540974;STBP=0,0.006;TYPE=snp,snp;VARB=0.092671,0.00105264;OID=.,.;OPOS=8234714,8234714;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:102:103:7:5:8,85:9,89:0.0873786,0.864078:0,24:8,61:0:7:0,28:9,61:0:5 chr8 8234867 . GC CT,GCGCCGCT 525.29 PASS AF=0.0425532,0.914894;AO=2,37;DP=50;FAO=2,43;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=2,33;FSAR=0,10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0227053,-0.000941228;FXX=0.078416;HRUN=2,1;LEN=2,6;MLLD=112.507,181.61;QD=44.7053;RBI=0.0227519,0.00653203;REFB=-0.00800032,-0.0654552;REVB=0.00145458,0.00646386;RO=2;SAF=2,27;SAR=0,10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0334388;STB=0.5,0.514699;STBP=1,0.517;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0500041,0.000587017;OID=.,.;OPOS=8234867,8234869;OREF=GC,-;OALT=CT,GCCGCT;OMAPALT=CT,GCGCCGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:11:50:47:2:2:2,37:2,43:0.0425532,0.914894:0,10:2,27:2:0:0,10:2,33:2:0 chr8 8439879 . A G 1410.07 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856797;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4099;QD=62.6698;RBI=0.0973587;REFB=0;REVB=-0.096981;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000366085;OID=.;OPOS=8439879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:41:48:0:0:42:48:0:0 chr8 8643582 . C G 1904.81 PASS AF=0.992;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.104257;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1957;QD=60.954;RBI=0.108168;REFB=-0.00261699;REVB=-0.0288231;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000533498;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:125:0:1:124:124:0.992:69:55:0:0:69:55:1:0 chr8 8747894 . A G 3877.71 PASS AF=0.992126;AO=252;DP=254;FAO=252;FDP=254;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.03684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0691;QD=61.0663;RBI=0.041703;REFB=-0.0188958;REVB=-0.0195438;RO=2;SAF=115;SAR=137;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00690768;STB=0.503623;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00201086;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:254:254:2:2:252:252:0.992126:137:115:0:2:137:115:0:2 chr8 8860620 . T C 1429.49 PASS AF=0.418667;AO=155;DP=378;FAO=157;FDP=375;FR=.;FRO=218;FSAF=62;FSAR=95;FSRF=96;FSRR=122;FWDB=-0.00090752;FXX=0.0131575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.614;QD=15.2479;RBI=0.00305622;REFB=-0.0327919;REVB=-0.00291837;RO=217;SAF=61;SAR=94;SRF=95;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479192;STB=0.527329;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.044865;OID=.;OPOS=8860620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:375:217:218:155:157:0.418667:94:61:95:122:95:62:96:122 chr8 8887542 . TAAC T 253.73 PASS AF=0.34507;AO=50;DP=139;FAO=49;FDP=142;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0048679;FXX=0.0273954;HRUN=2;LEN=3;MLLD=250.734;QD=7.14735;RBI=0.00496717;REFB=-0.00525997;REVB=0.000988102;RO=82;SAF=22;SAR=28;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146443;STB=0.508193;STBP=0.871;TYPE=del;VARB=0.00988328;OID=.;OPOS=8887543;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34507:50:139:49:142:93:21:28:41:52:99:82:22:28:35:47 chr8 9145082 . T C 824.95 PASS AF=0.51875;AO=83;DP=160;FAO=83;FDP=160;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=0.0210454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.851;QD=20.6237;RBI=0.0219198;REFB=-0.00569227;REVB=0.0061294;RO=77;SAF=27;SAR=56;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122853;STB=0.506742;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00529099;OID=.;OPOS=9145082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:77:77:83:83:0.51875:56:27:26:51:56:27:26:51 chr8 9414049 . G A 2011.21 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.799;QD=61.4111;RBI=0.0218692;REFB=0.0702822;REVB=0.0133748;RO=0;SAF=93;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.11366e-08;STB=0.502673;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-6.7775e-05;OID=.;OPOS=9414049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:0:1:130:130:0.992366:37:93:0:0:37:93:1:0 chr8 9414159 . G C 1597.52 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0295893;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.644;QD=58.0918;RBI=0.0347548;REFB=0.097954;REVB=0.0182311;RO=2;SAF=107;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00879038;STB=0.504629;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.000201963;OID=.;OPOS=9414159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:111:110:2:2:108:108:0.981818:1:107:2:0:1:107:2:0 chr8 9414237 . C T 1339.62 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.254;QD=62.3078;RBI=0.034087;REFB=0;REVB=-0.000713614;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.8856e-05;OID=.;OPOS=9414237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:32:54:0:0:32:54:0:0 chr8 9414503 . T C 1492.52 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108574;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1152;QD=63.5115;RBI=0.109249;REFB=0;REVB=0.0121249;RO=0;SAF=36;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772147;OID=.;OPOS=9414503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:57:36:0:0:57:37:0:0 chr8 9414924 . G C 697.97 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581881;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.356;QD=62.0421;RBI=0.0959575;REFB=0;REVB=0.0763019;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142579;OID=.;OPOS=9414924;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:42:45:1:24:18:0:0:27:18:0:0 chr8 9415168 . G A 1190.58 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00403491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.074;QD=61.0556;RBI=0.0105903;REFB=0;REVB=-0.00979155;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55309e-06;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:37:40:0:0:37:41:0:0 chr8 9415390 . G A 2302.1 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130212;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.421;QD=60.1856;RBI=0.0413517;REFB=-0.0014387;REVB=0.0392481;RO=1;SAF=79;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598343;STB=0.503144;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=2.08428e-05;OID=.;OPOS=9415390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:152:152:0.993464:73:79:1:0:73:79:1:0 chr8 9416258 . G C 1495.22 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348815;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.902;QD=63.6263;RBI=0.0350512;REFB=0;REVB=-0.00344462;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74586e-05;OID=.;OPOS=9416258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:93:94:1:55:38:0:0:55:39:0:0 chr8 9577940 . T C 3310.84 PASS AF=1;AO=213;DP=213;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.895;QD=62.1753;RBI=0.0225135;REFB=0;REVB=0.00278315;RO=0;SAF=117;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22143e-05;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:213:0:0:213:213:1:96:117:0:0:96:117:0:0 chr8 9609331 . G A 411.91 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00155762;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.991;QD=31.6852;RBI=0.0138279;REFB=-0.0391348;REVB=-0.0137399;RO=15;SAF=12;SAR=25;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354745;STB=0.519221;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0166338;OID=.;OPOS=9609331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:37:37:0.711538:25:12:4:11:25:12:4:11 chr8 9634705 . TG GT,TT 33.74 PASS AF=0.0350877,0.0877193;AO=2,5;DP=57;FAO=2,5;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=1,1;FSAR=1,4;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0646557,-0.00137215;FXX=0.0499917;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=36.1095,204.693;QD=2.36756;RBI=0.0749559,0.00664401;REFB=0.00132302,-0.00243541;REVB=-0.0379213,-0.00650077;RO=49;SAF=1,1;SAR=1,4;SRF=34;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.159083,-0.505964;STB=0.671565,0.873809;STBP=0.694,0.185;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0117281,0.0301912;OID=.,.;OPOS=9634705,9634706;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:57:57:49:50:2,5:2,5:0.0350877,0.0877193:1,4:1,1:34:15:1,4:1,1:34:16 chr8 9734267 . A C 791.85 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000731599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.01;QD=53.6847;RBI=0.0101553;REFB=0.0367594;REVB=0.0101289;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324906;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-9.58744e-05;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:56:57:0.966102:28:28:0:2:28:29:0:2 chr8 9734284 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.502;QD=57.1775;RBI=0.0165794;REFB=0;REVB=0.0133845;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66649e-05;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr8 10285825 . T G 407.02 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.637;QD=56.1405;RBI=0.0540656;REFB=0;REVB=-0.0125666;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86027e-05;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:14:15:0:0 chr8 10333799 . G A 435.93 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00617469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.286;QD=26.8262;RBI=0.0140176;REFB=0.0105822;REVB=-0.0125844;RO=24;SAF=10;SAR=31;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332783;STB=0.518126;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00581375;OID=.;OPOS=10333799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:31:10:5:19:31:10:5:19 chr8 10383138 . G A 3246.47 PASS AF=0.990654;AO=211;DP=215;FAO=212;FDP=214;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0306736;FXX=0.00465095;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.661;QD=60.6816;RBI=0.0334968;REFB=-0.0274003;REVB=0.0134598;RO=2;SAF=107;SAR=104;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907225;STB=0.504717;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000236047;OID=.;OPOS=10383138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:215:214:2:2:211:212:0.990654:104:107:0:2:105:107:0:2 chr8 10396054 . A C 3238.68 PASS AF=1;AO=205;DP=209;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875128;FXX=0.00938923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5233;QD=61.3967;RBI=0.0289413;REFB=0.0094384;REVB=-0.0275865;RO=1;SAF=94;SAR=111;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00504056;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307771;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:211:1:0:205:211:1:111:94:1:0:113:98:0:0 chr8 10464755 . C T 824.14 PASS AF=0.951613;AO=56;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=51;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0174603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.937;QD=53.1704;RBI=0.0216863;REFB=-0.109195;REVB=0.0128621;RO=0;SAF=48;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509612;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000925722;OID=.;OPOS=10464755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:0:2:56:59:0.951613:8:48:0:0:8:51:2:0 chr8 10464885 . T C 1543.56 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150547;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.325;QD=58.8024;RBI=0.0558535;REFB=-0.119171;REVB=0.0537863;RO=1;SAF=72;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150582;STB=0.507691;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00039971;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:1:1:103:104:0.990476:31:72:0:1:32:72:0:1 chr8 10465748 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=10;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.605;QD=45.8068;RBI=0.0498653;REFB=0;REVB=0.0200381;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336192;OID=.;OPOS=10465748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:10:14:1:6:4:0:0:10:4:0:0 chr8 10465771 . G T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=13;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.107879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.223;QD=43.0162;RBI=0.118945;REFB=-0.135987;REVB=0.0500997;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.521712;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00519388;OID=.;OPOS=10465771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:13:16:0.941176:8:5:0:0:11:5:0:1 chr8 10465942 . T A 603.61 PASS AF=0.92;AO=40;DP=46;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0864474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8516;QD=48.2885;RBI=0.0885676;REFB=-0.142934;REVB=0.0192632;RO=6;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850856;STB=0.526305;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00723127;OID=.;OPOS=10465942;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:50:6:4:40:46:0.92:30:10:0:6:36:10:0:4 chr8 10467124 . G C 4796.21 PASS AF=0.937853;AO=329;DP=356;FAO=332;FDP=354;FR=.;FRO=22;FSAF=177;FSAR=155;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=0.0182889;FXX=0.00561782;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.307;QD=54.1945;RBI=0.0209701;REFB=-0.0546443;REVB=0.0102598;RO=23;SAF=174;SAR=155;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048074;STB=0.52354;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00111389;OID=.;OPOS=10467124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:356:354:23:22:329:332:0.937853:155:174:21:2:155:177:20:2 chr8 10467207 . C A 5072.93 PASS AF=0.990881;AO=313;DP=321;FAO=326;FDP=329;FR=.;FRO=3;FSAF=153;FSAR=173;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0175749;FXX=0.00604211;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.548;QD=61.6769;RBI=0.0762899;REFB=-0.0123172;REVB=0.0742379;RO=4;SAF=152;SAR=161;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000346287;STB=0.501245;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000351731;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:321:329:4:3:313:326:0.990881:161:152:2:2:173:153:1:2 chr8 10467576 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.292;QD=33.4285;RBI=0.0644531;REFB=0;REVB=0.0632745;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468698;OID=.;OPOS=10467576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr8 10467651 . CG C,CC 423.5 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=8,22;DP=30;FAO=1,29;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660469,0.060949;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=243.384,254.523;QD=56.4663;RBI=0.0776902,0.0702661;REFB=0,0;REVB=0.0409092,0.0349649;RO=0;SAF=6,9;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0105545,0.0054596;OID=.,.;OPOS=10467652,10467652;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0333333,0.966667:8,22:30:1,29:30:0:0,15:1,14:0:0:5:0:6,9:2,13:0:0 chr8 10468172 . G A 530.47 PASS AF=0.456;AO=56;DP=124;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.00455162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.098;QD=16.975;RBI=0.00962603;REFB=0.00206063;REVB=-0.00848194;RO=68;SAF=30;SAR=26;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135755;STB=0.569967;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00217256;OID=.;OPOS=10468172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:68:68:56:57:0.456:26:30:27:41:27:30:27:41 chr8 10469817 . G A 2015.53 PASS AF=0.420152;AO=217;DP=522;FAO=221;FDP=526;FR=.;FRO=305;FSAF=123;FSAR=98;FSRF=174;FSRR=131;FWDB=0.00712611;FXX=0.00754703;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.509;QD=15.3272;RBI=0.0332594;REFB=-0.0201685;REVB=0.032487;RO=297;SAF=123;SAR=94;SRF=169;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233347;STB=0.508197;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0281955;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:522:526:297:305:217:221:0.420152:94:123:169:128:98:123:174:131 chr8 10474042 . T G 1320.41 PASS AF=0.531381;AO=124;DP=238;FAO=127;FDP=239;FR=.;FRO=112;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=40;FSRR=72;FWDB=0.0186393;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.95;QD=22.0989;RBI=0.0227627;REFB=-0.0293033;REVB=-0.0130659;RO=112;SAF=62;SAR=62;SRF=40;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124236;STB=0.565161;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0260881;OID=.;OPOS=10474042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:112:112:124:127:0.531381:62:62:40:72:64:63:40:72 chr8 10530218 . C T 1506.89 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.461;QD=59.0937;RBI=0.100831;REFB=0;REVB=-0.00348541;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219701;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:102:0:0:95:102:1:45:50:0:0:45:57:0:0 chr8 10754511 . C T 3896.7 PASS AF=1;AO=244;DP=244;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0649987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2398;QD=63.8804;RBI=0.0671997;REFB=0;REVB=0.0170576;RO=0;SAF=113;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.82434e-05;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:244:0:0:244:244:1:131:113:0:0:131:113:0:0 chr8 10986917 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAAAT 39.19 PASS AF=0.218182,0.0727273;AO=13,3;DP=57;FAO=12,4;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6,4;FSAR=6,0;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.14829,-0.0567434;FXX=0.0517152;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.61202,186.782;QD=2.85018;RBI=0.247786,0.0574019;REFB=-0.0860983,-0.0106039;REVB=0.198514,0.00867008;RO=31;SAF=8,3;SAR=5,0;SRF=7;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.433416,0.686405;STB=0.627252,0.998028;STBP=0.327,0.006;TYPE=del,snp;VARB=0.0739982,0.173716;OID=.,.;OPOS=10986918,10986923;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.218182,0.0727273:13,3:57:12,4:55:39:6,4:6,0:13:26:24:31:8,3:5,0:7:24 chr8 11162496 . A C 809.13 PASS AF=0.413636;AO=91;DP=219;FAO=91;FDP=220;FR=.;FRO=129;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=59;FSRR=70;FWDB=-0.0361716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.662;QD=14.7114;RBI=0.0380073;REFB=0.00782101;REVB=0.0116693;RO=128;SAF=47;SAR=44;SRF=58;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066154;STB=0.534616;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0149087;OID=.;OPOS=11162496;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:128:129:91:91:0.413636:44:47:58:70:44:47:59:70 chr8 11184937 . G A 1030.43 PASS AF=0.465217;AO=100;DP=227;FAO=107;FDP=230;FR=.;FRO=123;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=45;FSRR=78;FWDB=0.000696889;FXX=0.012875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0734;QD=17.9206;RBI=0.00367998;REFB=-0.0138696;REVB=-0.0036134;RO=123;SAF=35;SAR=65;SRF=45;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172123;STB=0.509843;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.012554;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:230:123:123:100:107:0.465217:65:35:45:78:66:41:45:78 chr8 11188743 . C T 931.33 PASS AF=0.390511;AO=107;DP=270;FAO=107;FDP=274;FR=.;FRO=167;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=81;FSRR=86;FWDB=-0.00612746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.283;QD=13.596;RBI=0.0115119;REFB=-0.00758963;REVB=0.00974569;RO=162;SAF=60;SAR=47;SRF=76;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984699;STB=0.546305;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0130389;OID=.;OPOS=11188743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:274:162:167:107:107:0.390511:47:60:76:86:47:60:81:86 chr8 11188752 . G A 771.66 PASS AF=0.341637;AO=95;DP=281;FAO=96;FDP=281;FR=.;FRO=185;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=94;FSRR=91;FWDB=0.00778386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.882;QD=10.9845;RBI=0.0145659;REFB=-0.0154585;REVB=0.0123116;RO=177;SAF=53;SAR=42;SRF=86;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824975;STB=0.529086;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0325074;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:177:185:95:96:0.341637:42:53:86:91:43:53:94:91 chr8 11189316 . G C 843.5 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275027;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9077;QD=56.2336;RBI=0.0392649;REFB=-0.123018;REVB=0.0280238;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00129262;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:60:0:1:59:59:0.983333:22:37:0:0:22:37:0:1 chr8 11189488 . T C 847.83 PASS AF=0.311111;AO=112;DP=361;FAO=112;FDP=360;FR=.;FRO=248;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=133;FSRR=115;FWDB=0.0737143;FXX=0.00277001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.793;QD=9.42034;RBI=0.0737429;REFB=0.00364853;REVB=0.00205417;RO=248;SAF=53;SAR=59;SRF=133;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752382;STB=0.543367;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00812841;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:360:248:248:112:112:0.311111:59:53:133:115:59:53:133:115 chr8 11189535 . T C 407.72 PASS AF=0.261062;AO=59;DP=225;FAO=59;FDP=226;FR=.;FRO=167;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=91;FSRR=76;FWDB=0.00256047;FXX=0.0130999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3049;QD=7.21626;RBI=0.0982487;REFB=0.00688234;REVB=0.0982153;RO=166;SAF=25;SAR=34;SRF=90;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146795;STB=0.589154;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.017231;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:166:167:59:59:0.261062:34:25:90:76:34:25:91:76 chr8 11204165 . C T 368.47 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0369977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1768;QD=11.6973;RBI=0.0373039;REFB=0.000109798;REVB=-0.00476988;RO=81;SAF=24;SAR=21;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058205;STB=0.533319;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.000665178;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:81:81:45:45:0.357143:21:24:39:42:21:24:39:42 chr8 11204184 . G A 327.89 PASS AF=0.353448;AO=41;DP=116;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0197245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.461;QD=11.3064;RBI=0.0209165;REFB=-0.000632911;REVB=-0.00696007;RO=74;SAF=22;SAR=19;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411093;STB=0.527986;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00102001;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:74:75:41:41:0.353448:19:22:37:37:19:22:37:38 chr8 11236964 . C T 607.46 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00611352;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.275;QD=24.5438;RBI=0.00635275;REFB=-0.00953857;REVB=-0.00172696;RO=44;SAF=34;SAR=21;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171395;STB=0.594018;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.008883;OID=.;OPOS=11236964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:44:44:55:55:0.555556:21:34:18:26:21:34:18:26 chr8 11236975 . A G 682.51 PASS AF=0.527559;AO=66;DP=126;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00027699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.504;QD=21.4965;RBI=0.0235265;REFB=0.0113463;REVB=-0.0235249;RO=57;SAF=41;SAR=25;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185618;STB=0.60823;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00682934;OID=.;OPOS=11236975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:57:60:66:67:0.527559:25:41:23:34:25:42:24:36 chr8 11301753 . A C 13955.7 PASS AF=1;AO=876;DP=880;FAO=876;FDP=876;FR=.;FRO=0;FSAF=458;FSAR=418;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014757;FXX=0.0056753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7187;QD=63.7246;RBI=0.0457449;REFB=-0.0357783;REVB=-0.0432993;RO=1;SAF=458;SAR=418;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00114168;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201939;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:69:880:876:1:0:876:876:1:418:458:0:1:418:458:0:0 chr8 11414237 . T C 2970.71 PASS AF=1;AO=187;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6753;QD=62.8723;RBI=0.0755102;REFB=0;REVB=-0.0185123;RO=1;SAF=73;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114338;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:189:189:1:0:187:189:1:114:73:1:0:115:74:0:0 chr8 11418385 . G A 2652.38 PASS AF=0.988506;AO=172;DP=176;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00258246;FXX=0.011363;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.297;QD=60.9742;RBI=0.0213042;REFB=-0.08426;REVB=0.0211471;RO=1;SAF=74;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048324;STB=0.500818;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=8.91101e-05;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:176:174:1:2:172:172:0.988506:98:74:0:1:98:74:1:1 chr8 11418773 . C T 3333.39 PASS AF=0.977578;AO=215;DP=220;FAO=218;FDP=223;FR=.;FRO=5;FSAF=97;FSAR=121;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0143678;FXX=0.0132737;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.4862;QD=59.7917;RBI=0.026555;REFB=-0.0060239;REVB=-0.0223324;RO=5;SAF=97;SAR=118;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00649872;STB=0.503516;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000623097;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:220:223:5:5:215:218:0.977578:118:97:3:2:121:97:3:2 chr8 11421793 . C T 2242.98 PASS AF=0.986207;AO=142;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00056036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.454;QD=61.8752;RBI=0.0841698;REFB=0.00902369;REVB=0.0841679;RO=2;SAF=86;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166764;STB=0.508619;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=1.6425e-05;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:2:2:142:143:0.986207:56:86:0:2:57:86:0:2 chr8 11619163 . A G 1453.45 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.955;QD=63.1935;RBI=0.025488;REFB=0;REVB=-0.0252697;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17346e-05;OID=.;OPOS=11619163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:51:41:0:0:51:41:0:0 chr8 11619261 . T A 3277.33 PASS AF=0.99537;AO=206;DP=214;FAO=215;FDP=216;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152428;FXX=0.018181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9757;QD=60.6913;RBI=0.155079;REFB=-0.130944;REVB=0.154328;RO=2;SAF=105;SAR=101;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00933819;STB=0.502369;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000860578;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:214:216:2:1:206:215:0.99537:101:105:0:2:110:105:1:0 chr8 11619334 . C T 4208.76 PASS AF=0.989051;AO=271;DP=274;FAO=271;FDP=274;FR=.;FRO=3;FSAF=139;FSAR=132;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0125936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6712;QD=61.4417;RBI=0.0134351;REFB=0.00074887;REVB=0.00468005;RO=2;SAF=139;SAR=132;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681045;STB=0.501685;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.000315565;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:274:274:2:3:271:271:0.989051:132:139:2:0:132:139:2:1 chr8 11619504 . T A 1067.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206367;FXX=0.0666578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.516;QD=60.9898;RBI=0.0213584;REFB=0;REVB=0.00550515;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041227;OID=.;OPOS=11619504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr8 11619635 . T A 423.27 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.607;QD=52.9092;RBI=0.12075;REFB=-0.0333627;REVB=0.120176;RO=0;SAF=29;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508469;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000877532;OID=.;OPOS=11619635;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:2:29:0:0:2:29:1:0 chr8 11620052 . AGAA AGA,AGAAC,GAAC 110.21 PASS AF=0.142857,0.5,0;AO=3,6,2;DP=28;FAO=4,14,0;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=4,11,0;FSAR=0,3,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.353793,0.151778,0.0882124;FXX=0;HRUN=3,1,1;LEN=1,1,4;MLLD=9.68326,52.9361,77.7142;QD=15.7439;RBI=0.382869,0.151925,0.0884774;REFB=-0.169488,-0.0965642,-0.0606338;REVB=0.146354,0.00668643,0.00684232;RO=13;SAF=3,5,1;SAR=0,1,1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.576447,0.216016,-0.204413;STB=0.996433,0.601405,0.5;STBP=0.1,0.345,1;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0.113365,0.107662,0;OID=.,.,.;OPOS=11620054,11620056,11620052;OREF=A,-,AGAA;OALT=-,C,GAAC;OMAPALT=AGA,AGAAC,GAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:28:28:13:10:3,6,2:4,14,0:0.142857,0.5,0:0,1,1:3,5,1:9:4:0,3,0:4,11,0:6:4 chr8 11620077 . G C 60.52 PASS AF=0.236842;AO=12;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.098862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.4032;QD=6.37061;RBI=0.270364;REFB=-0.0424193;REVB=-0.251641;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37565;STB=0.907279;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0976245;OID=.;OPOS=11620077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:25:29:12:9:0.236842:4:8:8:17:1:8:9:20 chr8 11620315 . T C 482.26 PASS AF=0.357143;AO=59;DP=168;FAO=60;FDP=168;FR=.,HEALED;FRO=108;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=63;FWDB=-0.00964749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.059;QD=11.4825;RBI=0.0198734;REFB=-0.00590527;REVB=-0.0173746;RO=87;SAF=25;SAR=34;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995206;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105817;OID=.;OPOS=11620315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:87:108:59:60:0.357143:34:25:45:42:35:25:45:63 chr8 11621351 . C G 1477.27 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8369;QD=62.8624;RBI=0.0316045;REFB=0;REVB=-0.0311352;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.38737e-05;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:92:94:1:36:56:0:0:36:58:0:0 chr8 11666218 . GTCCCAC G 1758.18 PASS AF=0.779661;AO=123;DP=159;FAO=138;FDP=177;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=135;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.124995;FXX=0.0684175;HRUN=1;LEN=6;MLLD=202.255;QD=39.733;RBI=0.133638;REFB=-0.0505246;REVB=0.0472803;RO=0;SAF=0;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.817183;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0190378;OID=.;OPOS=11666219;OREF=TCCCAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.779661:123:159:138:177:39:3:135:13:26:99:0:0:123:0:0 chr8 11667179 . C T 1928.56 PASS AF=0.567823;AO=180;DP=317;FAO=180;FDP=317;FR=.;FRO=137;FSAF=100;FSAR=80;FSRF=68;FSRR=69;FWDB=0.00801871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8008;QD=24.3351;RBI=0.00917122;REFB=0.0113259;REVB=-0.00445102;RO=135;SAF=100;SAR=80;SRF=66;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530147;STB=0.525756;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0111874;OID=.;OPOS=11667179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:317:135:137:180:180:0.567823:80:100:66:69:80:100:68:69 chr8 11683653 . T C 3299.29 PASS AF=0.977578;AO=217;DP=223;FAO=218;FDP=223;FR=.;FRO=5;FSAF=83;FSAR=135;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0191179;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.358;QD=59.1801;RBI=0.0219643;REFB=-0.0222173;REVB=-0.0108138;RO=3;SAF=83;SAR=134;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00135205;STB=0.500458;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.000108062;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:223:223:3:5:217:218:0.977578:134:83:1:2:135:83:2:3 chr8 11689119 . G C 1105.82 PASS AF=0.518868;AO=110;DP=212;FAO=110;FDP=212;FR=.;FRO=102;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0183955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6324;QD=20.8644;RBI=0.0439204;REFB=0.014861;REVB=-0.0398824;RO=102;SAF=44;SAR=66;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636606;STB=0.534877;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0137841;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:102:102:110:110:0.518868:66:44:48:54:66:44:48:54 chr8 11701842 . A C 2186.73 PASS AF=0.959732;AO=143;DP=149;FAO=143;FDP=149;FR=.;FRO=6;FSAF=81;FSAR=62;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00799801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2008;QD=58.704;RBI=0.00799972;REFB=-0.0703117;REVB=-0.000165343;RO=5;SAF=81;SAR=62;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152946;STB=0.510971;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0032219;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:149:149:5:6:143:143:0.959732:62:81:4:1:62:81:5:1 chr8 11701887 . CTG C,CT 926.57 PASS AF=0.491892,0;AO=79,23;DP=198;FAO=91,0;FDP=185;FR=.;FRO=94;FSAF=38,0;FSAR=53,0;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=-0.00342152,-0.00278504;FXX=0.0703482;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=222.329,220.54;QD=20.0339;RBI=0.00475257,0.0119417;REFB=0.00272116,0.00222623;REVB=0.00329851,0.0116124;RO=94;SAF=35,15;SAR=44,8;SRF=53;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.118062,0.117303;STB=0.574492,0.5;STBP=0.049,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00360242,0;OID=.,.;OPOS=11701888,11701889;OREF=TG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491892,0:79,23:198:91,0:185:94:38,0:53,0:53:41:99:94:35,15:44,8:53:41 chr8 11702542 . T C 785.39 PASS AF=0.44385;AO=82;DP=186;FAO=83;FDP=187;FR=.;FRO=104;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=-0.0284464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.904;QD=16.7998;RBI=0.0289589;REFB=-0.0196785;REVB=0.00542386;RO=102;SAF=46;SAR=36;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100016;STB=0.546265;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.025716;OID=.;OPOS=11702542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:102:104:82:83:0.44385:36:46:47:55:37:46:49:55 chr8 11702705 . C T 770.06 PASS AF=0.383621;AO=89;DP=228;FAO=89;FDP=232;FR=.;FRO=143;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=67;FSRR=76;FWDB=-0.0754872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8557;QD=13.2768;RBI=0.095176;REFB=0.01965;REVB=-0.0579668;RO=139;SAF=33;SAR=56;SRF=65;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108634;STB=0.562461;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0360263;OID=.;OPOS=11702705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:232:139:143:89:89:0.383621:56:33:65:74:56:33:67:76 chr8 11705677 . C G 741.44 PASS AF=0.605263;AO=69;DP=115;FAO=69;FDP=114;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00664518;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.731;QD=26.0153;RBI=0.0171177;REFB=-0.00427449;REVB=-0.0157752;RO=45;SAF=26;SAR=43;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133127;STB=0.572414;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00254092;OID=.;OPOS=11705677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:45:45:69:69:0.605263:43:26:25:20:43:26:25:20 chr8 11706581 . T G 1515.4 PASS AF=0.575;AO=138;DP=240;FAO=138;FDP=240;FR=.;FRO=102;FSAF=85;FSAR=53;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=0.000516275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.55;QD=25.2566;RBI=0.0110559;REFB=-0.0160972;REVB=0.0110439;RO=99;SAF=85;SAR=53;SRF=60;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0080309;STB=0.50801;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0115674;OID=.;OPOS=11706581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:99:102:138:138:0.575:53:85:60:39:53:85:61:41 chr8 11708479 . T C 443.29 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0370014;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0575;QD=14.9003;RBI=0.0375827;REFB=-0.00679126;REVB=-0.0065845;RO=64;SAF=20;SAR=30;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547504;STB=0.537916;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00880283;OID=.;OPOS=11708479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:69:50:50:0.420168:30:20:29:35:30:20:32:37 chr8 11710888 . G C 880.98 PASS AF=0.551282;AO=86;DP=156;FAO=86;FDP=156;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00298119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.896;QD=22.5892;RBI=0.0293357;REFB=-0.0173487;REVB=0.0291838;RO=69;SAF=37;SAR=49;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00378301;STB=0.505767;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0112585;OID=.;OPOS=11710888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:69:70:86:86:0.551282:49:37:30:39:49:37:31:39 chr8 11793447 . T C 4739.15 PASS AF=1;AO=296;DP=297;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=194;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285268;FXX=0.00336689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.191;QD=64.0426;RBI=0.0389056;REFB=0;REVB=0.0264551;RO=0;SAF=102;SAR=194;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92311e-06;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:297:296:0:0:296:296:1:194:102:0:0:194:102:0:0 chr8 11832079 . A G 1422.54 PASS AF=0.958763;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.015762;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.667;QD=58.6614;RBI=0.0167465;REFB=-0.127177;REVB=0.00565717;RO=3;SAF=52;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646201;STB=0.502471;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.000575765;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:97:97:3:4:93:93:0.958763:41:52:2:1:41:52:2:2 chr8 11872239 . C A 3177.88 PASS AF=0.981221;AO=209;DP=213;FAO=209;FDP=213;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=133;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0369207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.079;QD=59.6785;RBI=0.0629439;REFB=-0.246308;REVB=0.0509784;RO=3;SAF=76;SAR=133;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106227;STB=0.502308;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00299229;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:213:213:3:4:209:209:0.981221:133:76:0:3:133:76:1:3 chr8 11872314 . T C 1979.04 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.655;QD=61.3657;RBI=0.036203;REFB=0;REVB=0.024142;RO=0;SAF=10;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81742e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67e-05;OID=.;OPOS=11872314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:129:0:0:119:129:1:109:10:0:0:117:12:0:0 chr8 11994863 . C T 120.93 PASS AF=0.288136;AO=16;DP=57;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0364224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.241;QD=8.19893;RBI=0.0453258;REFB=-0.00544336;REVB=-0.0269785;RO=40;SAF=5;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283811;STB=0.623335;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0114538;OID=.;OPOS=11994863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:40:42:16:17:0.288136:11:5:22:18:11:6:22:20 chr8 11994957 . T C 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00885062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=337.995;QD=16.0289;RBI=0.011084;REFB=0.00012977;REVB=-0.00667241;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115384;STB=0.565166;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.000151616;OID=.;OPOS=11994957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:13:12:18:12:13:12:18:12 chr8 11995062 . G A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00325545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.594;QD=12.4552;RBI=0.00819496;REFB=0.00447072;REVB=-0.0075206;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138864;STB=0.580235;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00614693;OID=.;OPOS=11995062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:15:19:9:12:15:19 chr8 11995274 . G A 1015.44 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.032185;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.064;QD=58.0254;RBI=0.0322092;REFB=-0.080519;REVB=0.0012491;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000733582;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:0:1:69:69:0.985714:30:39:0:0:30:39:1:0 chr8 12285102 . TC CT 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153913;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=318.155;QD=44.0922;RBI=0.0393895;REFB=-0.0610351;REVB=0.0362579;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=mnp;VARB=0.00398307;OID=.;OPOS=12285102;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:8:9:0:0:8:9:0:1 chr8 12285161 . T C 399.98 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0137982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6399;QD=53.3309;RBI=0.0167086;REFB=0.0127913;REVB=0.00942263;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.000422211;OID=.;OPOS=12285161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:0:1:14:15:0:1 chr8 12458862 . G C 475.8 PASS AF=0.327869;AO=60;DP=183;FAO=60;FDP=183;FR=.;FRO=123;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=90;FWDB=0.0450931;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0827;QD=10.4;RBI=0.0560506;REFB=-0.00108359;REVB=-0.0332909;RO=123;SAF=17;SAR=43;SRF=33;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218719;STB=0.512578;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00234846;OID=.;OPOS=12458862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:123:123:60:60:0.327869:43:17:33:90:43:17:33:90 chr8 12516729 . T G 4300.49 PASS AF=1;AO=273;DP=274;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244233;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9176;QD=63.0108;RBI=0.0448327;REFB=0;REVB=0.0375962;RO=0;SAF=86;SAR=187;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74438e-05;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:274:273:0:0:273:273:1:187:86:0:0:187:86:0:0 chr8 12516857 . T C 7170.34 PASS AF=1;AO=453;DP=457;FAO=456;FDP=456;FR=.;FRO=0;FSAF=239;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107984;FXX=0.00436672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1088;QD=62.8977;RBI=0.108614;REFB=0;REVB=0.0116794;RO=0;SAF=238;SAR=215;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94879e-05;OID=.;OPOS=12516857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:457:456:0:0:453:456:1:215:238:0:0:217:239:0:0 chr8 12580049 . G A 695.63 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.631;QD=61.8341;RBI=0.0136968;REFB=0;REVB=-0.00223168;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139736;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:18:25:0:0:18:27:0:0 chr8 12809667 . A T 4134.98 PASS AF=0.445808;AO=436;DP=979;FAO=436;FDP=978;FR=.;FRO=542;FSAF=200;FSAR=236;FSRF=254;FSRR=288;FWDB=0.00240246;FXX=0.0020408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.351;QD=16.912;RBI=0.00594584;REFB=0.00284478;REVB=-0.00543887;RO=536;SAF=200;SAR=236;SRF=249;SRR=287;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00587144;STB=0.50553;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00243743;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:979:978:536:542:436:436:0.445808:236:200:249:287:236:200:254:288 chr8 12809700 . G A 4035.73 PASS AF=0.420552;AO=441;DP=1050;FAO=442;FDP=1051;FR=.;FRO=609;FSAF=212;FSAR=230;FSRF=276;FSRR=333;FWDB=-0.0217763;FXX=0.000950561;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.178;QD=15.3596;RBI=0.0245688;REFB=-0.00805585;REVB=0.0113763;RO=601;SAF=212;SAR=229;SRF=275;SRR=326;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241441;STB=0.515362;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0098413;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1050:1051:601:609:441:442:0.420552:229:212:275:326:230:212:276:333 chr8 12878637 . A G 2344.59 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317703;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9606;QD=60.8985;RBI=0.0376602;REFB=0;REVB=0.0202223;RO=0;SAF=73;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18846e-05;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:155:154:0:0:154:154:1:81:73:0:0:81:73:0:0 chr8 12878677 . T C 699.29 PASS AF=0.390698;AO=75;DP=210;FAO=84;FDP=215;FR=.;FRO=131;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=66;FSRR=65;FWDB=0.00876195;FXX=0.0137608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.085;QD=13.01;RBI=0.0215711;REFB=-0.00830453;REVB=0.0197114;RO=133;SAF=24;SAR=51;SRF=66;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207529;STB=0.568757;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0156921;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:215:133:131:75:84:0.390698:51:24:66:67:51:33:66:65 chr8 12878807 . T G 1057.1 PASS AF=0.40273;AO=117;DP=293;FAO=118;FDP=293;FR=.;FRO=175;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=79;FSRR=96;FWDB=0.00600185;FXX=0.00340124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.006;QD=14.4314;RBI=0.0120919;REFB=-0.000670968;REVB=-0.0104972;RO=175;SAF=47;SAR=70;SRF=78;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048404;STB=0.527341;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000990889;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:175:175:117:118:0.40273:70:47:78:97:70:48:79:96 chr8 12879062 . T C 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0112225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.019;QD=21.3618;RBI=0.0129471;REFB=-0.00577627;REVB=-0.00645621;RO=35;SAF=11;SAR=29;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223784;STB=0.624285;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0055557;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:29:11:18:17:29:11:18:17 chr8 12879099 . G A 415.12 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00606227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.214;QD=16.7727;RBI=0.0165998;REFB=-0.00636794;REVB=-0.0154533;RO=56;SAF=14;SAR=29;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149158;STB=0.584048;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00763769;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:29:14:26:30:29:14:26:30 chr8 12879198 . A T 592.19 PASS AF=0.574257;AO=52;DP=95;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0916905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.565;QD=23.4531;RBI=0.0920602;REFB=-0.0197648;REVB=0.00824213;RO=43;SAF=20;SAR=32;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00931775;STB=0.515549;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.010711;OID=.;OPOS=12879198;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:101:43:43:52:58:0.574257:32:20:17:26:33:25:17:26 chr8 12879334 . T C 345.62 PASS AF=0.349593;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=123;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0411333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1578;QD=11.2395;RBI=0.061713;REFB=-0.00052679;REVB=0.0460059;RO=80;SAF=20;SAR=23;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031514;STB=0.518087;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00214113;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:80:80:43:43:0.349593:23:20:35:45:23:20:35:45 chr8 12888743 . A G 721.81 PASS AF=0.496503;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00369363;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.488;QD=20.1905;RBI=0.00965361;REFB=0.00781098;REVB=0.00891904;RO=71;SAF=36;SAR=35;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255483;STB=0.517522;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00950837;OID=.;OPOS=12888743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:71:72:71:71:0.496503:35:36:34:37:35:36:34:38 chr8 12888908 . T G 2351.63 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.451;QD=61.0814;RBI=0.0233808;REFB=0;REVB=0.00432223;RO=0;SAF=47;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43705e-05;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:107:47:0:0:107:47:0:0 chr8 12941709 . C A 230.99 PASS AF=0.421875;AO=24;DP=61;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0216211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.349;QD=14.4369;RBI=0.0282005;REFB=-0.0177484;REVB=-0.0181051;RO=36;SAF=19;SAR=5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374162;STB=0.661451;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0199357;OID=.;OPOS=12941709;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:36:37:24:27:0.421875:5:19:17:19:7:20:18:19 chr8 12943065 . T C 104.57 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0221649;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.179;QD=18.1869;RBI=0.0234396;REFB=-0.0152969;REVB=-0.0076244;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10822;STB=0.562393;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0163134;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:6:5:4:8:6:5 chr8 12958025 . C A 1421.05 PASS AF=0.978723;AO=64;DP=96;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0653671;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3565;QD=60.4702;RBI=0.135934;REFB=0.0314566;REVB=0.119186;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512192;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000386782;OID=.;OPOS=12958025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:96:94:0:2:64:92:0.978723:22:42:0:0:40:52:0:2 chr8 12990422 . A G 174.77 PASS AF=0.396226;AO=17;DP=49;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00947755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.072;QD=13.1898;RBI=0.0208898;REFB=-0.00873465;REVB=0.0186162;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23325;STB=0.674834;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.021663;OID=.;OPOS=12990422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:32:32:17:21:0.396226:7:10:12:20:7:14:12:20 chr8 12990518 . T A 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00908395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1155;QD=13.3139;RBI=0.0550439;REFB=-0.00465621;REVB=0.0542892;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281058;STB=0.661094;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00844351;OID=.;OPOS=12990518;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:8:14:12:21:8:14:12:21 chr8 13072177 . C T 3048.38 PASS AF=0.994845;AO=188;DP=189;FAO=193;FDP=194;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.853;QD=62.8531;RBI=0.0218279;REFB=-0.012893;REVB=0.0192338;RO=1;SAF=90;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526151;STB=0.502732;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=4.59358e-05;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:194:1:1:188:193:0.994845:98:90:1:0:102:91:1:0 chr8 13356818 . T C 1047.7 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246615;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.954;QD=59.8683;RBI=0.0247207;REFB=0;REVB=0.00170922;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18978e-06;OID=.;OPOS=13356818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr8 13424583 . C T 2062.87 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00380266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.878;QD=62.0412;RBI=0.00564819;REFB=0;REVB=0.00417634;RO=0;SAF=63;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766413;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:133:0:0:129:133:1:66:63:0:0:68:65:0:0 chr8 13425353 . T A 1346.61 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189688;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.28;QD=62.6328;RBI=0.0199549;REFB=0;REVB=-0.00619541;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18323e-05;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr8 15095085 . C G 4303.85 PASS AF=0.963333;AO=288;DP=300;FAO=289;FDP=300;FR=.;FRO=11;FSAF=140;FSAR=149;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00764085;FXX=0.00332215;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3628;QD=57.3846;RBI=0.107209;REFB=-0.167626;REVB=0.106936;RO=6;SAF=140;SAR=148;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124409;STB=0.511113;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00511203;OID=.;OPOS=15095085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:300:300:6:11:288:289:0.963333:148:140:1:5:149:140:2:9 chr8 15978063 . C T 2267.66 PASS AF=0.986928;AO=150;DP=153;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0145632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.087;QD=59.2851;RBI=0.0254172;REFB=-0.00278021;REVB=0.0208313;RO=1;SAF=83;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056965;STB=0.505882;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=1.52167e-05;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:153:1:2:150:151:0.986928:67:83:1:0:67:84:2:0 chr8 16012648 . G C 1439.08 PASS AF=0.486755;AO=147;DP=302;FAO=147;FDP=302;FR=.;FRO=155;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=81;FSRR=74;FWDB=-0.0199178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.122;QD=19.0607;RBI=0.0199727;REFB=0.0113456;REVB=0.00147957;RO=154;SAF=66;SAR=81;SRF=80;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658503;STB=0.537873;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0112651;OID=.;OPOS=16012648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:154:155:147:147:0.486755:81:66:80:74:81:66:81:74 chr8 16043667 . C T 440.45 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00966385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.088;QD=16.0162;RBI=0.118869;REFB=-0.0129646;REVB=-0.118476;RO=58;SAF=20;SAR=29;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228792;STB=0.500959;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0140251;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:58:61:49:49:0.445455:29:20:25:33:29:20:25:36 chr8 16043686 . G C 554.63 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0355125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2187;QD=17.0657;RBI=0.0445635;REFB=-0.0191995;REVB=0.0269215;RO=71;SAF=28;SAR=31;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793072;STB=0.544103;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.026867;OID=.;OPOS=16043686;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:71:59:59:0.453846:31:28:28:43:31:28:28:43 chr8 16859398 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.869;QD=40.7629;RBI=0.0700859;REFB=0;REVB=0.0694957;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765833;OID=.;OPOS=16859398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr8 16927250 . A C 937.48 PASS AF=0.54491;AO=91;DP=167;FAO=91;FDP=167;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.161305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.763;QD=22.4545;RBI=0.161536;REFB=-0.0318239;REVB=-0.00864121;RO=75;SAF=38;SAR=53;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302357;STB=0.513867;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0225166;OID=.;OPOS=16927250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:75:76:91:91:0.54491:53:38:34:41:53:38:34:42 chr8 17079358 . A G 459.98 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00371571;FXX=0.0392118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.109;QD=18.7747;RBI=0.0216744;REFB=0.00265348;REVB=-0.0213535;RO=43;SAF=27;SAR=21;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368964;STB=0.509087;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00243879;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:43:50:48:48:0.489796:21:27:26:17:21:27:29:21 chr8 17092164 . G T 2697.23 PASS AF=0.994286;AO=174;DP=175;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00474313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7719;QD=61.651;RBI=0.0680815;REFB=-0.120448;REVB=-0.0679161;RO=0;SAF=89;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000518675;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:175:0:1:174:174:0.994286:85:89:0:0:85:89:1:0 chr8 17125768 . T C 480.93 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0199016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.172;QD=22.9013;RBI=0.0813755;REFB=-0.0231682;REVB=-0.0789044;RO=38;SAF=26;SAR=20;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560038;STB=0.530772;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0180162;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:20:26:24:14:20:26:24:14 chr8 17142065 . C T 556.68 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.00357358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.824;QD=22.7216;RBI=0.0281599;REFB=-0.028951;REVB=-0.0279322;RO=44;SAF=19;SAR=33;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641852;STB=0.542841;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0186373;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:46:52:52:0.530612:33:19:13:31:33:19:13:33 chr8 17152857 . T G 129.71 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.066189;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.3593;QD=7.86147;RBI=0.0662071;REFB=0.00146041;REVB=0.00154812;RO=46;SAF=6;SAR=13;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124881;STB=0.569102;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00286405;OID=.;OPOS=17152857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:47:19:19:0.287879:13:6:19:27:13:6:19:28 chr8 17157259 . G A 927.22 PASS AF=0.566879;AO=87;DP=155;FAO=89;FDP=157;FR=.;FRO=68;FSAF=58;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.000448659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.051;QD=23.6234;RBI=0.0481454;REFB=-0.0125094;REVB=-0.0481433;RO=68;SAF=57;SAR=30;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070846;STB=0.536449;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00777418;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:68:68:87:89:0.566879:30:57:39:29:31:58:39:29 chr8 17206588 . G A 1073.63 PASS AF=0.524272;AO=105;DP=204;FAO=108;FDP=206;FR=.;FRO=98;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.00179138;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.883;QD=20.8472;RBI=0.00194458;REFB=-0.0111157;REVB=-0.000756536;RO=96;SAF=48;SAR=57;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737758;STB=0.541118;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0103326;OID=.;OPOS=17206588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:96:98:105:108:0.524272:57:48:52:44:60:48:52:46 chr8 17230644 . G C 2516.16 PASS AF=0.988024;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00850363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.953;QD=60.2672;RBI=0.0264872;REFB=-0.104279;REVB=0.025085;RO=2;SAF=78;SAR=87;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010813;STB=0.505681;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=6.68894e-05;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:167:2:2:165:165:0.988024:87:78:0:2:87:78:0:2 chr8 17270763 . G C 7976.78 PASS AF=1;AO=495;DP=495;FAO=498;FDP=498;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=368;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.13;QD=64.0705;RBI=0.0491742;REFB=0;REVB=0.0205986;RO=0;SAF=130;SAR=365;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59242e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25275e-06;OID=.;OPOS=17270763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:495:498:0:0:495:498:1:365:130:0:0:368:130:0:0 chr8 17270787 . A G 7574.42 PASS AF=1;AO=478;DP=484;FAO=479;FDP=479;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=377;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485765;FXX=0.0103304;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.631;QD=63.2519;RBI=0.0130043;REFB=-0.0836559;REVB=-0.0120629;RO=2;SAF=102;SAR=376;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00338917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40723e-05;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:484:479:2:0:478:479:1:376:102:1:1:377:102:0:0 chr8 17270837 . G C 4342.93 PASS AF=0.975694;AO=280;DP=288;FAO=281;FDP=288;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=238;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.036563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2514;QD=60.3185;RBI=0.0404643;REFB=-0.033414;REVB=-0.0173351;RO=7;SAF=43;SAR=237;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482831;STB=0.525384;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00271538;OID=.;OPOS=17270837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:288:288:7:7:280:281:0.975694:237:43:5:2:238:43:5:2 chr8 17412140 . G C 1225.6 PASS AF=0.517241;AO=118;DP=233;FAO=120;FDP=232;FR=.;FRO=112;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=-0.000847952;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.197;QD=21.1311;RBI=0.0398565;REFB=-0.00215992;REVB=-0.0398475;RO=112;SAF=49;SAR=69;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843403;STB=0.545116;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00205122;OID=.;OPOS=17412140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:112:112:118:120:0.517241:69:49:57:55:70:50:57:55 chr8 17424920 . T C 731.29 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000867777;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.441;QD=63.5907;RBI=0.00931626;REFB=0;REVB=0.00927575;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17704e-06;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr8 17425296 . C T 781.27 PASS AF=0.482143;AO=80;DP=167;FAO=81;FDP=168;FR=.;FRO=87;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=0.0138082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.04;QD=18.6016;RBI=0.0222194;REFB=-0.00951291;REVB=-0.0174079;RO=85;SAF=48;SAR=32;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340338;STB=0.522382;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00681591;OID=.;OPOS=17425296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:85:87:80:81:0.482143:32:48:48:37:32:49:49:38 chr8 17486282 . T C 2179.78 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457632;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.226;QD=63.1821;RBI=0.0466194;REFB=0;REVB=0.00889384;RO=0;SAF=55;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61292e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77593e-05;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:83:55:0:0:83:55:0:0 chr8 17500223 . T C 816.77 PASS AF=0.384298;AO=93;DP=242;FAO=93;FDP=242;FR=.;FRO=149;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=86;FWDB=-0.0154047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7629;QD=13.5004;RBI=0.0260989;REFB=0.000198645;REVB=0.0210676;RO=148;SAF=46;SAR=47;SRF=63;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753118;STB=0.544248;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.000490622;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:148:149:93:93:0.384298:47:46:63:85:47:46:63:86 chr8 17502900 . CTGAT C 638.38 PASS AF=0.520661;AO=59;DP=128;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00454124;FXX=0.0546832;HRUN=1;LEN=4;MLLD=228.982;QD=21.1036;RBI=0.0164297;REFB=-0.00757708;REVB=-0.0157896;RO=57;SAF=23;SAR=36;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123807;STB=0.534595;STBP=0.444;TYPE=del;VARB=0.00711174;OID=.;OPOS=17502901;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520661:59:128:63:121:58:27:36:29:29:99:57:23:36:30:27 chr8 17503125 . C T 3129.56 PASS AF=0.923077;AO=218;DP=234;FAO=216;FDP=234;FR=.;FRO=18;FSAF=121;FSAR=95;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.000560754;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.9079;QD=53.4967;RBI=0.00523354;REFB=-0.171365;REVB=-0.00520341;RO=2;SAF=123;SAR=95;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00768359;STB=0.500361;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00914935;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:234:234:2:18:218:216:0.923077:95:123:2:0:95:121:10:8 chr8 17503205 . G A 998.49 PASS AF=0.475113;AO=98;DP=215;FAO=105;FDP=221;FR=.;FRO=116;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=69;FSRR=47;FWDB=-0.000192765;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.035;QD=18.0723;RBI=0.0222408;REFB=0.00187835;REVB=-0.02224;RO=107;SAF=59;SAR=39;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312973;STB=0.507496;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00220155;OID=.;OPOS=17503205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:221:107:116:98:105:0.475113:39:59:61:46:44:61:69:47 chr8 17503270 . G C 3072.79 PASS AF=0.985507;AO=196;DP=205;FAO=204;FDP=207;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.040742;FXX=0.0460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.415;QD=59.3775;RBI=0.0553194;REFB=-0.117957;REVB=0.037421;RO=3;SAF=79;SAR=117;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120532;STB=0.505928;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00278652;OID=.;OPOS=17503270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:205:207:3:3:196:204:0.985507:117:79:0:3:125:79:0:3 chr8 17503501 . G A 2876.65 PASS AF=0.51577;AO=278;DP=538;FAO=278;FDP=539;FR=.;FRO=261;FSAF=143;FSAR=135;FSRF=148;FSRR=113;FWDB=-0.0034254;FXX=0.00185182;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.6;QD=21.348;RBI=0.0240008;REFB=-0.00963207;REVB=0.0237551;RO=259;SAF=143;SAR=135;SRF=147;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471537;STB=0.525557;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00903332;OID=.;OPOS=17503501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:538:539:259:261:278:278:0.51577:135:143:147:112:135:143:148:113 chr8 17541999 . T C 712.1 PASS AF=0.401961;AO=81;DP=202;FAO=82;FDP=204;FR=.;FRO=122;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=-0.0111103;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.171;QD=13.9628;RBI=0.0250294;REFB=-0.0173943;REVB=-0.0224284;RO=120;SAF=35;SAR=46;SRF=63;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990903;STB=0.546425;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.027611;OID=.;OPOS=17541999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:204:120:122:81:82:0.401961:46:35:63:57:46:36:63:59 chr8 17581022 . ATTTTTTTTC ATTTTTTTC,ATTTTTTTCT,ATTTTTTTTTC 30.48 PASS AF=0.0952381,0.047619,0;AO=7,4,9;DP=65;FAO=6,3,0;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=4,3,0;FSAR=2,0,0;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0409373,-0.184259,0.0038611;FXX=0.0307645;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=8.2336,19.1075,6.82663;QD=1.93508;RBI=0.179713,0.209734,0.181479;REFB=-0.00723246,-0.0120195,-0.00627509;REVB=0.174988,0.100186,-0.181437;RO=32;SAF=4,4,2;SAR=3,0,7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0109203,0.574581,-0.414559;STB=0.587933,0.99605,0.5;STBP=0.614,0.073,1;TYPE=del,mnp,ins;VARB=-0.0848324,-0.144165,-0.00549567;OID=.,.,.;OPOS=17581023,17581030,17581023;OREF=T,TC,-;OALT=-,CT,T;OMAPALT=ATTTTTTTC,ATTTTTTTCT,ATTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0952381,0.047619,0:7,4,9:65:6,3,0:63:54:4,3,0:2,0,0:31:23:22:32:4,4,2:3,0,7:18:14 chr8 17581155 . C T 1369.96 PASS AF=0.5;AO=137;DP=272;FAO=137;FDP=274;FR=.;FRO=137;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=64;FSRR=73;FWDB=0.00806049;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.575;QD=19.9995;RBI=0.0128425;REFB=-0.00570926;REVB=-0.00999796;RO=131;SAF=58;SAR=79;SRF=60;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315104;STB=0.522268;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00506749;OID=.;OPOS=17581155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:274:131:137:137:137:0.5:79:58:60:71:79:58:64:73 chr8 17611886 . G A 792.17 PASS AF=0.516129;AO=80;DP=155;FAO=80;FDP=155;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00962709;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.277;QD=20.4431;RBI=0.0126442;REFB=-0.00146295;REVB=0.00819721;RO=75;SAF=40;SAR=40;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411275;STB=0.522575;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00159788;OID=.;OPOS=17611886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:75:75:80:80:0.516129:40:40:34:41:40:40:34:41 chr8 17611959 . T G 1010.7 PASS AF=0.5;AO=103;DP=206;FAO=103;FDP=206;FR=.;FRO=103;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.0071376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.987;QD=19.6252;RBI=0.0375532;REFB=-0.0127716;REVB=0.0368686;RO=103;SAF=43;SAR=60;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271042;STB=0.514894;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0129855;OID=.;OPOS=17611959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:103:103:103:103:0.5:60:43:46:57:60:43:46:57 chr8 17612456 . C T 314.97 PASS AF=0.344828;AO=39;DP=115;FAO=40;FDP=116;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.00344256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7008;QD=10.8611;RBI=0.0345208;REFB=-0.0288712;REVB=-0.0343487;RO=68;SAF=19;SAR=20;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209342;STB=0.517233;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0331317;OID=.;OPOS=17612456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:68:76:39:40:0.344828:20:19:33:35:20:20:36:40 chr8 17612639 . T C 348.0 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00726662;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.382;QD=19.6056;RBI=0.00966473;REFB=-0.0234893;REVB=-0.00637208;RO=35;SAF=15;SAR=21;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122617;STB=0.567865;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0276557;OID=.;OPOS=17612639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:35:36:36:0.507042:21:15:10:25:21:15:10:25 chr8 17612875 . A G 370.4 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0260681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.083;QD=17.2279;RBI=0.0266492;REFB=0.00272993;REVB=0.0055349;RO=47;SAF=21;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479544;STB=0.526868;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00240368;OID=.;OPOS=17612875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:18:21:23:24:18:21:23:24 chr8 17739538 . T C 712.63 PASS AF=0.566667;AO=67;DP=120;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0121365;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.447;QD=23.7545;RBI=0.0246411;REFB=-0.0044541;REVB=0.0214451;RO=52;SAF=43;SAR=24;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872845;STB=0.542749;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00393475;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:52:52:67:68:0.566667:24:43:28:24:25:43:28:24 chr8 17743020 . G A 822.61 PASS AF=0.580153;AO=76;DP=131;FAO=76;FDP=131;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.033601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.507;QD=25.1178;RBI=0.0336059;REFB=0.0026363;REVB=-0.000576864;RO=54;SAF=36;SAR=40;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00596554;STB=0.507244;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00194451;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:54:55:76:76:0.580153:40:36:26:28:40:36:27:28 chr8 17796379 . CAAAC CAAGT 621.77 PASS AF=0.512;AO=48;DP=136;FAO=64;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.00306093;FXX=0.045798;HRUN=3;LEN=2;MLLD=204.154;QD=19.8967;RBI=0.0191965;REFB=-0.0222569;REVB=-0.0189509;RO=35;SAF=28;SAR=20;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591555;STB=0.574815;STBP=0.091;TYPE=mnp;VARB=0.0159126;OID=.;OPOS=17796382;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=CAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512:48:136:64:125:61:34:30:23:38:99:35:28:20:23:12 chr8 17814915 . A G 736.95 PASS AF=0.525926;AO=71;DP=136;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0158469;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.723;QD=21.8357;RBI=0.0158728;REFB=0.0119367;REVB=-0.000905954;RO=64;SAF=30;SAR=41;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028386;STB=0.51557;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00755377;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:64:64:71:71:0.525926:41:30:25:39:41:30:25:39 chr8 17817553 . G T 746.32 PASS AF=0.598291;AO=68;DP=118;FAO=70;FDP=117;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.000475746;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.372;QD=25.5154;RBI=0.00647046;REFB=-0.00928356;REVB=-0.00645295;RO=47;SAF=30;SAR=38;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282178;STB=0.515764;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00614772;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:47:47:68:70:0.598291:38:30:19:28:39:31:19:28 chr8 17820714 . A T 736.94 PASS AF=0.623853;AO=68;DP=110;FAO=68;FDP=109;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0659096;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0964;QD=27.0436;RBI=0.0664976;REFB=-0.0457476;REVB=-0.00882338;RO=41;SAF=29;SAR=39;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257932;STB=0.513981;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0252069;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:41:41:68:68:0.623853:39:29:16:25:39:29:16:25 chr8 17885406 . C G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0283144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2852;QD=14.1695;RBI=0.0328238;REFB=-0.00924365;REVB=-0.0166042;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393982;STB=0.734184;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00862835;OID=.;OPOS=17885406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:7:5:8:2:7:5 chr8 17918934 . A G 9532.85 PASS AF=1;AO=600;DP=603;FAO=604;FDP=604;FR=.;FRO=0;FSAF=335;FSAR=269;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584064;FXX=0.00494226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7507;QD=63.1315;RBI=0.0598162;REFB=0;REVB=0.0129099;RO=1;SAF=331;SAR=269;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144075;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01859e-06;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:49:603:604:1:0:600:604:1:269:331:1:0:269:335:0:0 chr8 18077007 . G C 2173.48 PASS AF=0.979021;AO=139;DP=142;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=108;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0167906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.87;QD=60.7965;RBI=0.0287624;REFB=-0.0230562;REVB=0.0233528;RO=1;SAF=32;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146232;STB=0.512847;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000192743;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:142:143:1:3:139:140:0.979021:107:32:1:0:108:32:2:1 chr8 18080644 . A T 617.83 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00398277;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=185.139;QD=48.4569;RBI=0.0238557;REFB=-0.0607632;REVB=0.0235208;RO=3;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152578;STB=0.517205;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00194752;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:51:51:3:4:47:47:0.921569:25:22:1:2:25:22:1:3 chr8 18080651 . A C 771.81 PASS AF=0.95082;AO=56;DP=64;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00213303;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2671;QD=50.6108;RBI=0.00830308;REFB=-0.0405214;REVB=0.00802442;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324906;STB=0.523801;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00146426;OID=.;OPOS=18080651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:64:61:2:3:56:58:0.95082:28:28:2:0:28:30:3:0 chr8 18080923 . G A 1822.49 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.004;QD=61.2602;RBI=0.0260683;REFB=0;REVB=0.0108717;RO=0;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35428e-05;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:67:51:0:0:68:51:0:0 chr8 18257795 . C T 1008.09 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.673;QD=59.2996;RBI=0.0072116;REFB=0;REVB=-0.0021128;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2017e-05;OID=.;OPOS=18257795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr8 18258103 . G A 613.11 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.526;QD=61.3107;RBI=0.0371356;REFB=0;REVB=-0.0362711;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539243;OID=.;OPOS=18258103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr8 18258316 . G A 1521.54 PASS AF=1;AO=73;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.791;QD=64.0648;RBI=0.0759923;REFB=0;REVB=0.0480501;RO=0;SAF=20;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314398;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:73:95:1:53:20:0:0:56:39:0:0 chr8 18387790 . GA AG,G,GG 165.76 PASS AF=0.0718563,0.215569,0.0299401;AO=12,40,7;DP=160;FAO=12,36,5;FDP=167;FR=.;FRO=114;FSAF=0,7,0;FSAR=12,29,5;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=-0.0211382,-0.00388789,-0.0447236;FXX=0.0118336;HRUN=2,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=162.264,10.5022,22.0493;QD=3.97022;RBI=0.0740283,0.0159241,0.0873329;REFB=-0.0140282,-0.133023,-0.0479466;REVB=-0.0709462,-0.0154422,0.0750122;RO=96;SAF=0,10,0;SAR=12,30,7;SRF=50;SRR=46;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.661313,-0.343321,-0.553186;STB=0.999075,0.74985,0.99789;STBP=0,0,0.011;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.152887,0.171828,0.044757;OID=.,.,.;OPOS=18387790,18387791,18387791;OREF=GA,A,A;OALT=AG,-,G;OMAPALT=AG,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:81:160:167:96:114:12,40,7:12,36,5:0.0718563,0.215569,0.0299401:12,30,7:0,10,0:50:46:12,29,5:0,7,0:56:58 chr8 18388195 . CTTTTTTTTTTTTTTTC CTTTTCTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTTCTT 302.71 PASS AF=0.294118,0.647059,0.0588235;AO=4,14,2;DP=43;FAO=10,22,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,2;FSAR=10,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270983,-0.0851241,-0.111887;FXX=0.291606;HRUN=15,15,15;LEN=1,3,3;MLLD=151.892,11.5018,18.7235;QD=35.6123;RBI=0.0308715,0.0989775,0.147637;REFB=-0.0444664,-0.124673,-0.0727693;REVB=-0.0147895,-0.0505017,-0.0963221;RO=0;SAF=0,14,2;SAR=4,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.00139455,-0.00395385,0.0752419;OID=.,.,.;OPOS=18388200,18388196,18388209;OREF=T,TTT,TTC;OALT=C,-,CTT;OMAPALT=CTTTTCTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.294118,0.647059,0.0588235:4,14,2:43:10,22,2:34:0:0,22,2:10,0,0:0:0:68:0:0,14,2:4,0,0:0:0 chr8 18457957 . A G 405.78 PASS AF=0.433824;AO=49;DP=137;FAO=59;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.143889;FXX=0.0215812;HRUN=6;LEN=1;MLLD=16.4693;QD=11.9347;RBI=0.146924;REFB=-0.0322661;REVB=0.0297081;RO=55;SAF=15;SAR=34;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624429;STB=0.546909;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0259695;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:55:77:49:59:0.433824:34:15:20:35:39:20:32:45 chr8 18513220 . C A 482.6 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00224435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.542;QD=23.258;RBI=0.013662;REFB=-0.00293822;REVB=-0.0134764;RO=37;SAF=23;SAR=23;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548026;STB=0.530107;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00225192;OID=.;OPOS=18513220;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:23:23:21:16:23:23:21:16 chr8 18656805 . G A 230.61 PASS AF=0.275;AO=33;DP=120;FAO=33;FDP=120;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-3.06198e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.017;QD=7.68705;RBI=0.00632605;REFB=-0.00303252;REVB=0.00632597;RO=87;SAF=11;SAR=22;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17511;STB=0.604586;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00780391;OID=.;OPOS=18656805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:87:87:33:33:0.275:22:11:41:46:22:11:41:46 chr8 18729459 . T C 1725.81 PASS AF=0.561404;AO=160;DP=285;FAO=160;FDP=285;FR=.;FRO=125;FSAF=77;FSAR=83;FSRF=71;FSRR=54;FWDB=-0.000704672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.617;QD=24.2219;RBI=0.017184;REFB=-0.0263158;REVB=-0.0171696;RO=124;SAF=77;SAR=83;SRF=70;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668899;STB=0.537989;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.020261;OID=.;OPOS=18729459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:124:125:160:160:0.561404:83:77:70:54:83:77:71:54 chr8 18729496 . G A 937.53 PASS AF=0.522727;AO=92;DP=176;FAO=92;FDP=176;FR=.;FRO=84;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.0106044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.598;QD=21.3074;RBI=0.018172;REFB=-0.00338379;REVB=-0.014757;RO=84;SAF=56;SAR=36;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107325;STB=0.558855;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00273722;OID=.;OPOS=18729496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:84:84:92:92:0.522727:36:56:41:43:36:56:41:43 chr8 18729817 . GT AG 2211.65 PASS AF=0.962025;AO=150;DP=158;FAO=152;FDP=158;FR=.;FRO=6;FSAF=71;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.000618469;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.943;QD=55.9912;RBI=0.0242092;REFB=-0.046881;REVB=0.0242014;RO=6;SAF=71;SAR=79;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00195392;STB=0.501254;STBP=0.922;TYPE=mnp;VARB=0.000385865;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:158:158:6:6:150:152:0.962025:79:71:3:3:81:71:3:3 chr8 19221664 . G C 503.59 PASS AF=0.36747;AO=61;DP=166;FAO=61;FDP=166;FR=.;FRO=105;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=0.00124867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.599;QD=12.1348;RBI=0.00381649;REFB=-0.0133338;REVB=-0.00360644;RO=105;SAF=29;SAR=32;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310581;STB=0.517646;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0204639;OID=.;OPOS=19221664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:105:105:61:61:0.36747:32:29:47:58:32:29:47:58 chr8 19252189 . G A 731.06 PASS AF=0.518248;AO=71;DP=136;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=53;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=-0.0287667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.723;QD=21.3449;RBI=0.0305364;REFB=-0.0199881;REVB=0.0102446;RO=64;SAF=18;SAR=53;SRF=18;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031057;STB=0.53055;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0163787;OID=.;OPOS=19252189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:64:66:71:71:0.518248:53:18:18:46:53:18:20:46 chr8 19263441 . G A 1401.86 PASS AF=0.385714;AO=162;DP=421;FAO=162;FDP=420;FR=.;FRO=258;FSAF=72;FSAR=90;FSRF=116;FSRR=142;FWDB=-0.0168906;FXX=0.00237524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.62;QD=13.3511;RBI=0.0352421;REFB=-0.00696355;REVB=0.0309308;RO=258;SAF=72;SAR=90;SRF=116;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00572033;STB=0.503212;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0119142;OID=.;OPOS=19263441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:420:258:258:162:162:0.385714:90:72:116:142:90:72:116:142 chr8 19316086 . G A 6179.61 PASS AF=1;AO=389;DP=397;FAO=393;FDP=393;FR=.;FRO=0;FSAF=201;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251126;FXX=0.0199496;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8532;QD=62.8967;RBI=0.0464267;REFB=0;REVB=0.0390487;RO=0;SAF=200;SAR=189;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07494e-05;OID=.;OPOS=19316086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:397:393:0:0:389:393:1:189:200:0:0:192:201:0:0 chr8 19362768 . C T 2711.02 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.239;QD=62.3223;RBI=0.0448147;REFB=0;REVB=0.043723;RO=0;SAF=82;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52941e-05;OID=.;OPOS=19362768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:174:0:0:173:174:1:91:82:0:0:92:82:0:0 chr8 19677915 . G A 896.02 PASS AF=0.454976;AO=96;DP=211;FAO=96;FDP=211;FR=.;FRO=115;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=0.006132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.739;QD=16.9862;RBI=0.0112982;REFB=0.0015218;REVB=-0.00948935;RO=115;SAF=32;SAR=64;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193016;STB=0.607238;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00208449;OID=.;OPOS=19677915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:115:115:96:96:0.454976:64:32:60:55:64:32:60:55 chr8 19818436 . C A 552.12 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=137;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0150097;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.747;QD=16.2389;RBI=0.0190378;REFB=-0.0163819;REVB=-0.011711;RO=77;SAF=26;SAR=33;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393328;STB=0.521975;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0206967;OID=.;OPOS=19818436;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:77:77:59:59:0.433824:33:26:31:46:33:26:31:46 chr8 19822830 . G A 367.07 PASS AF=0.376068;AO=42;DP=115;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.0102208;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.816;QD=12.5493;RBI=0.0258186;REFB=-0.00692748;REVB=0.0237094;RO=71;SAF=21;SAR=21;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100935;STB=0.577855;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00932093;OID=.;OPOS=19822830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:71:73:42:44:0.376068:21:21:42:29:23:21:44:29 chr8 19824667 . C T 1416.93 PASS AF=0.512821;AO=139;DP=273;FAO=140;FDP=273;FR=.;FRO=133;FSAF=55;FSAR=85;FSRF=54;FSRR=79;FWDB=0.000711171;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.722;QD=20.7608;RBI=0.00438386;REFB=-0.0062981;REVB=-0.00432579;RO=133;SAF=55;SAR=84;SRF=54;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00962535;STB=0.506698;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0058781;OID=.;OPOS=19824667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:133:133:139:140:0.512821:84:55:54:79:85:55:54:79 chr8 19824669 . C A 1334.87 PASS AF=0.501873;AO=134;DP=267;FAO=134;FDP=267;FR=.;FRO=133;FSAF=56;FSAR=78;FSRF=54;FSRR=79;FWDB=-0.0135576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.732;QD=19.9981;RBI=0.013613;REFB=-0.00564294;REVB=-0.001226;RO=133;SAF=56;SAR=78;SRF=54;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111297;STB=0.506101;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00575115;OID=.;OPOS=19824669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:133:133:134:134:0.501873:78:56:54:79:78:56:54:79 chr8 20008206 . G A 251.84 PASS AF=0.299145;AO=31;DP=114;FAO=35;FDP=117;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=0.0175639;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.937;QD=8.6098;RBI=0.0325144;REFB=-0.0197136;REVB=0.0273623;RO=82;SAF=2;SAR=29;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552347;STB=0.719031;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0405396;OID=.;OPOS=20008206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:82:82:31:35:0.299145:29:2:29:53:30:5:30:52 chr8 20036713 . A G 3334.59 PASS AF=0.990826;AO=216;DP=219;FAO=216;FDP=218;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=128;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0469128;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.601;QD=61.1851;RBI=0.0471537;REFB=0.0179519;REVB=0.00476056;RO=2;SAF=88;SAR=128;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00167544;STB=0.500879;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.000107733;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:219:218:2:2:216:216:0.990826:128:88:1:1:128:88:1:1 chr8 20038466 . T G 615.43 PASS AF=0.591398;AO=55;DP=93;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0451932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5795;QD=26.4702;RBI=0.0461685;REFB=0.026964;REVB=-0.0094398;RO=38;SAF=23;SAR=32;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423514;STB=0.523118;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0224002;OID=.;OPOS=20038466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:38:55:55:0.591398:32:23:18:20:32:23:18:20 chr8 20061469 . G C 381.7 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0107633;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.422;QD=13.2766;RBI=0.0107872;REFB=-0.0018827;REVB=-0.000717845;RO=70;SAF=22;SAR=23;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187605;STB=0.510634;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0028416;OID=.;OPOS=20061469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:70:70:45:45:0.391304:23:22:33:37:23:22:33:37 chr8 20068163 . T G 3159.26 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.681;QD=61.6442;RBI=0.0767989;REFB=0;REVB=0.029801;RO=0;SAF=97;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83997e-05;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:205:0:0:201:205:1:104:97:0:0:105:100:0:0 chr8 20110641 . C T 2640.33 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.608;QD=62.1255;RBI=0.0239054;REFB=0;REVB=0.00350101;RO=0;SAF=57;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0031e-05;OID=.;OPOS=20110641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:113:57:0:0:113:57:0:0 chr8 21455993 . C T 600.39 PASS AF=0.638554;AO=53;DP=83;FAO=53;FDP=83;FR=.;FRO=30;FSAF=44;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=3;FWDB=0.0249714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.14;QD=28.9345;RBI=0.0260212;REFB=-0.0342781;REVB=-0.00731655;RO=30;SAF=44;SAR=9;SRF=27;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880213;STB=0.547541;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0205269;OID=.;OPOS=21455993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:30:30:53:53:0.638554:9:44:27:3:9:44:27:3 chr8 21456116 . G A 533.98 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0194729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.373;QD=20.9404;RBI=0.0260665;REFB=-0.0119842;REVB=0.0173282;RO=46;SAF=23;SAR=31;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187904;STB=0.602554;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0122198;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:48:54:54:0.529412:31:23:30:16:31:23:31:17 chr8 21550800 . A T 310.85 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=0.0198012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.149;QD=12.3107;RBI=0.0278903;REFB=0.00313653;REVB=0.0196413;RO=63;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652147;STB=0.541128;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00491435;OID=.;OPOS=21550800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:64:37:37:0.366337:22:15:22:41:22:15:22:42 chr8 21640374 . C A 898.41 PASS AF=0.595588;AO=81;DP=136;FAO=81;FDP=136;FR=.;FRO=55;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.000108344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.396;QD=26.4239;RBI=0.0128095;REFB=-0.0202799;REVB=0.012809;RO=55;SAF=43;SAR=38;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655933;STB=0.535594;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00932677;OID=.;OPOS=21640374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:55:55:81:81:0.595588:38:43:34:21:38:43:34:21 chr8 21640652 . G A 342.5 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0145803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.755;QD=13.6999;RBI=0.0161563;REFB=-0.0114972;REVB=0.00695992;RO=61;SAF=17;SAR=21;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482831;STB=0.522763;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0200645;OID=.;OPOS=21640652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:62:38:38:0.38:21:17:30:31:21:17:30:32 chr8 21766900 . G A 2381.92 PASS AF=0.636923;AO=207;DP=324;FAO=207;FDP=325;FR=.;FRO=118;FSAF=92;FSAR=115;FSRF=49;FSRR=69;FWDB=-0.0246481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.683;QD=29.3159;RBI=0.0247835;REFB=-0.00887257;REVB=0.00258712;RO=116;SAF=92;SAR=115;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266623;STB=0.510755;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00593772;OID=.;OPOS=21766900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:325:116:118:207:207:0.636923:115:92:47:69:115:92:49:69 chr8 21767275 . C G 489.24 PASS AF=0.633803;AO=44;DP=70;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00711018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.839;QD=27.5625;RBI=0.0435196;REFB=-0.0254874;REVB=-0.0429349;RO=26;SAF=26;SAR=18;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00983128;STB=0.500321;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185769;OID=.;OPOS=21767275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:26:26:44:45:0.633803:18:26:15:11:19:26:15:11 chr8 21833965 . C T 733.25 PASS AF=0.589744;AO=69;DP=117;FAO=69;FDP=117;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0159708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.964;QD=25.0685;RBI=0.0159712;REFB=-0.0163278;REVB=0.000115707;RO=47;SAF=27;SAR=42;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100964;STB=0.501948;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0115873;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:47:48:69:69:0.589744:42:27:19:28:42:27:19:29 chr8 21846586 . G C 637.06 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0216074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.905;QD=23.3784;RBI=0.0263334;REFB=-0.0143118;REVB=0.0150521;RO=46;SAF=29;SAR=33;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590651;STB=0.527678;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00708556;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:46:47:62:62:0.568807:33:29:25:21:33:29:25:22 chr8 21862551 . A G 493.44 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0348242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3817;QD=25.6332;RBI=0.0348602;REFB=0.0403652;REVB=0.00158352;RO=31;SAF=12;SAR=34;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341229;STB=0.518621;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0255782;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:31:46:46:0.597403:34:12:7:24:34:12:7:24 chr8 21894202 . G A 444.75 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00557701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.726;QD=16.4721;RBI=0.0726656;REFB=-0.0135977;REVB=0.0724513;RO=59;SAF=29;SAR=20;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212343;STB=0.618359;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00935388;OID=.;OPOS=21894202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:20:29:22:37:20:29:22:37 chr8 21927460 . C G 2303.57 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0124477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.613;QD=59.4471;RBI=0.0130781;REFB=-0.19322;REVB=-0.00401133;RO=2;SAF=77;SAR=76;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.02245e-05;STB=0.500042;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000338122;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:155:155:2:2:153:153:0.987097:76:77:1:1:76:77:1:1 chr8 21939435 . C T 4843.46 PASS AF=0.975309;AO=316;DP=324;FAO=316;FDP=324;FR=.;FRO=8;FSAF=78;FSAR=238;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0513973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5622;QD=59.7958;RBI=0.0570896;REFB=-0.0344847;REVB=0.0248503;RO=8;SAF=78;SAR=238;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000200311;STB=0.500105;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00328758;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:324:324:8:8:316:316:0.975309:238:78:2:6:238:78:2:6 chr8 21953890 . T C 1033.36 PASS AF=0.550562;AO=99;DP=179;FAO=98;FDP=178;FR=.;FRO=80;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0328978;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.801;QD=23.2215;RBI=0.0328978;REFB=0.00258434;REVB=6.34662e-05;RO=78;SAF=54;SAR=45;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257405;STB=0.515503;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00199983;OID=.;OPOS=21953890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:78:80:99:98:0.550562:45:54:45:33:45:53:46:34 chr8 21955116 . C T 325.25 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00635684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3334;QD=14.618;RBI=0.132476;REFB=-0.00594819;REVB=0.132323;RO=52;SAF=22;SAR=14;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259679;STB=0.519195;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00840937;OID=.;OPOS=21955116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:52:53:36:36:0.404494:14:22:33:19:14:22:34:19 chr8 21956108 . A G 663.16 PASS AF=0.346154;AO=81;DP=234;FAO=81;FDP=234;FR=.;FRO=153;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=98;FSRR=55;FWDB=0.00236092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.531;QD=11.3361;RBI=0.00360307;REFB=-0.00519515;REVB=0.0027218;RO=151;SAF=47;SAR=34;SRF=98;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820088;STB=0.540975;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00772033;OID=.;OPOS=21956108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:151:153:81:81:0.346154:34:47:98:53:34:47:98:55 chr8 21961834 . G A 1383.63 PASS AF=0.646739;AO=118;DP=181;FAO=119;FDP=184;FR=.;FRO=65;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0178398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2642;QD=30.0788;RBI=0.0182298;REFB=0.0173287;REVB=0.00375083;RO=63;SAF=60;SAR=58;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407538;STB=0.525483;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00731757;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:184:63:65:118:119:0.646739:58:60:36:27:58:61:38:27 chr8 21965113 . T C 608.31 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0892376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4083;QD=24.829;RBI=0.090019;REFB=-0.0150621;REVB=-0.0118356;RO=43;SAF=29;SAR=26;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868654;STB=0.547558;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0116145;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:43:43:55:55:0.561224:26:29:18:25:26:29:18:25 chr8 21967304 . C T 919.84 PASS AF=0.27686;AO=131;DP=483;FAO=134;FDP=484;FR=.;FRO=350;FSAF=42;FSAR=92;FSRF=151;FSRR=199;FWDB=-0.0185521;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.1806;QD=7.60197;RBI=0.0213346;REFB=-0.00521479;REVB=0.0105351;RO=328;SAF=39;SAR=92;SRF=133;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146173;STB=0.592287;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0175407;OID=.;OPOS=21967304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:483:484:328:350:131:134:0.27686:92:39:133:195:92:42:151:199 chr8 21967309 . A C 1135.85 PASS AF=0.32043;AO=150;DP=464;FAO=149;FDP=465;FR=.;FRO=316;FSAF=55;FSAR=94;FSRF=121;FSRR=195;FWDB=-0.0736762;FXX=0.00214588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2526;QD=9.77078;RBI=0.0747719;REFB=-0.0112843;REVB=0.0127536;RO=301;SAF=56;SAR=94;SRF=107;SRR=194;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224581;STB=0.510002;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0239147;OID=.;OPOS=21967309;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:464:465:301:316:150:149:0.32043:94:56:107:194:94:55:121:195 chr8 21984650 . A G 514.74 PASS AF=0.372781;AO=60;DP=168;FAO=63;FDP=169;FR=.;FRO=106;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.0917665;FXX=0.00588201;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.1142;QD=12.1832;RBI=0.0918608;REFB=-0.0121007;REVB=-0.00416021;RO=79;SAF=19;SAR=41;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126086;STB=0.585297;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0146281;OID=.;OPOS=21984650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:79:106:60:63:0.372781:41:19:34:45:44:19:45:61 chr8 21984945 . C T 437.3 PASS AF=0.413223;AO=49;DP=118;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0085441;FXX=0.00819605;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.159;QD=14.4563;RBI=0.0145073;REFB=-0.00410924;REVB=-0.0117243;RO=68;SAF=28;SAR=21;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894899;STB=0.551531;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00485225;OID=.;OPOS=21984945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:68:71:49:50:0.413223:21:28:33:35:21:29:35:36 chr8 22021037 . C A 407.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00323723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.143;QD=22.9468;RBI=0.0122751;REFB=-0.0139493;REVB=0.0118405;RO=31;SAF=14;SAR=26;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319684;STB=0.517602;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0101368;OID=.;OPOS=22021037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:26:14:12:19:26:14:12:19 chr8 22021517 . G A 628.54 PASS AF=0.588235;AO=60;DP=102;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00289326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.175;QD=24.6486;RBI=0.0214117;REFB=-0.0125891;REVB=-0.0212153;RO=41;SAF=22;SAR=38;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402755;STB=0.514889;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00871695;OID=.;OPOS=22021517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:41:42:60:60:0.588235:38:22:13:28:38:22:14:28 chr8 22021883 . G A 699.76 PASS AF=0.45098;AO=64;DP=150;FAO=69;FDP=153;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.0080347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.462;QD=18.2944;RBI=0.0131641;REFB=-0.0182946;REVB=0.0104276;RO=61;SAF=42;SAR=22;SRF=44;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654871;STB=0.501307;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0228075;OID=.;OPOS=22021883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:61:75:64:69:0.45098:22:42:44:17:25:44:48:27 chr8 22021934 . G A 1051.41 PASS AF=0.534759;AO=100;DP=188;FAO=100;FDP=187;FR=.;FRO=87;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0331527;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4516;QD=22.49;RBI=0.0885643;REFB=-0.0156556;REVB=0.0821251;RO=86;SAF=40;SAR=60;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566484;STB=0.528629;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0119863;OID=.;OPOS=22021934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:86:87:100:100:0.534759:60:40:40:46:60:40:40:47 chr8 22079355 . A G 1590.73 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351472;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.457;QD=60.0275;RBI=0.0532431;REFB=0;REVB=0.0399938;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76207e-05;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr8 22105502 . T C 760.24 PASS AF=0.544776;AO=70;DP=132;FAO=73;FDP=134;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00741641;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.686;QD=22.6936;RBI=0.0287259;REFB=-0.02907;REVB=0.027752;RO=61;SAF=30;SAR=40;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121558;STB=0.514804;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0157297;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:61:61:70:73:0.544776:40:30:27:34:43:30:27:34 chr8 22108611 . A C 983.78 PASS AF=0.5;AO=97;DP=198;FAO=100;FDP=200;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=39;FSRR=61;FWDB=0.101508;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0779;QD=19.6755;RBI=0.103858;REFB=-0.0101506;REVB=0.0219679;RO=96;SAF=40;SAR=57;SRF=35;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450649;STB=0.515467;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00968137;OID=.;OPOS=22108611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:96:100:97:100:0.5:57:40:35:61:58:42:39:61 chr8 22262228 . AGCTGCT A 992.38 PASS AF=0.5;AO=98;DP=195;FAO=101;FDP=202;FR=.;FRO=101;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.00193049;FXX=0.0241534;HRUN=1;LEN=6;MLLD=298.554;QD=19.651;RBI=0.0253085;REFB=-0.00143994;REVB=0.0252348;RO=86;SAF=55;SAR=43;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327924;STB=0.504985;STBP=0.891;TYPE=del;VARB=0.00135938;OID=.;OPOS=22262229;OREF=GCTGCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:98:195:101:202:101:55:46:54:47:99:86:55:43:45:41 chr8 22262321 . T C 3894.42 PASS AF=1;AO=244;DP=250;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.797;QD=61.3295;RBI=0.0189858;REFB=0;REVB=-0.015353;RO=0;SAF=130;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97149e-05;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:250:254:0:0:244:254:1:114:130:0:0:118:136:0:0 chr8 22262379 . C T 1324.44 PASS AF=0.519841;AO=131;DP=253;FAO=131;FDP=252;FR=.;FRO=121;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=-0.0364347;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9099;QD=21.0228;RBI=0.0446243;REFB=-0.0105324;REVB=-0.0257651;RO=119;SAF=62;SAR=69;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00235375;STB=0.501063;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00802804;OID=.;OPOS=22262379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:119:121:131:131:0.519841:69:62:56:63:69:62:57:64 chr8 22262418 . A G 3582.76 PASS AF=1;AO=228;DP=228;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.325;QD=62.8554;RBI=0.0314988;REFB=0;REVB=0.00896144;RO=0;SAF=101;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37127e-06;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:228:0:0:228:228:1:127:101:0:0:127:101:0:0 chr8 22279010 . G GGGA 493.12 PASS AF=0.385135;AO=54;DP=150;FAO=57;FDP=148;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.010471;FXX=0.0198662;HRUN=3;LEN=3;MLLD=155.776;QD=13.3277;RBI=0.0123729;REFB=-0.0114488;REVB=0.00659148;RO=91;SAF=31;SAR=23;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183462;STB=0.581241;STBP=0.124;TYPE=ins;VARB=0.0202674;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385135:54:150:57:148:91:32:25:39:52:99:91:31:23:37:54 chr8 22388857 . G A 811.1 PASS AF=0.516779;AO=77;DP=149;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0175613;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.452;QD=21.7746;RBI=0.0187192;REFB=0.0100399;REVB=-0.00648153;RO=71;SAF=34;SAR=43;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329108;STB=0.521711;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.011518;OID=.;OPOS=22388857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:71:72:77:77:0.516779:43:34:34:37:43:34:35:37 chr8 22428658 . T C 2581.54 PASS AF=1;AO=163;DP=165;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00590949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.742;QD=61.4652;RBI=0.011943;REFB=0;REVB=-0.0103785;RO=0;SAF=51;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60592e-05;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:168:0:0:163:168:1:112:51:0:0:114:54:0:0 chr8 22442661 . A G 1490.92 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4361;QD=63.4436;RBI=0.0780474;REFB=0;REVB=-0.0367249;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132415;OID=.;OPOS=22442661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr8 22460141 . A AC 53.32 PASS AF=0.255319;AO=11;DP=49;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.259868;FXX=0.020829;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.9149;QD=4.53823;RBI=0.272877;REFB=-0.0296147;REVB=-0.083251;RO=37;SAF=1;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521782;STB=0.700551;STBP=0.147;TYPE=ins;VARB=0.119136;OID=.;OPOS=22460142;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319:11:49:12:47:35:2:10:13:22:53:37:1:10:16:21 chr8 22463623 . C T 2154.37 PASS AF=0.507143;AO=212;DP=418;FAO=213;FDP=420;FR=.;FRO=207;FSAF=117;FSAR=96;FSRF=103;FSRR=104;FWDB=0.00625607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.682;QD=20.5179;RBI=0.00856805;REFB=-0.0199097;REVB=-0.00585432;RO=205;SAF=117;SAR=95;SRF=102;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491014;STB=0.525604;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0198335;OID=.;OPOS=22463623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:418:420:205:207:212:213:0.507143:95:117:102:103:96:117:103:104 chr8 22471824 . G A 1306.08 PASS AF=0.591837;AO=116;DP=196;FAO=116;FDP=196;FR=.;FRO=80;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00871983;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.577;QD=26.6548;RBI=0.0150812;REFB=-0.00556582;REVB=-0.0123048;RO=74;SAF=55;SAR=61;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575305;STB=0.515672;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00332644;OID=.;OPOS=22471824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:74:80:116:116:0.591837:61:55:41:33:61:55:41:39 chr8 22472255 . C CTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT 201.73 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=89;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00268884;FXX=0.208768;HRUN=0;LEN=22;MLLD=439.863;QD=11.2069;RBI=0.00958414;REFB=-0.00531968;REVB=-0.00919923;RO=61;SAF=13;SAR=8;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779873;STB=0.615286;STBP=0.167;TYPE=ins;VARB=0.00957308;OID=.;OPOS=22472256;OREF=-;OALT=TGCTGCCTTCATCCTGATGGGT;OMAPALT=CTGCTGCCTTCATCCTGATGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:21:89:24:72:48:16:8:24:24:99:61:13:8:34:27 chr8 22472256 . G T 58.07 PASS AF=0.119266;AO=13;DP=109;FAO=13;FDP=109;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.000174888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.442;QD=2.13092;RBI=0.00187477;REFB=-0.00189304;REVB=-0.0018666;RO=96;SAF=10;SAR=3;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34738;STB=0.752135;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0110897;OID=.;OPOS=22472256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:109:109:96:96:13:13:0.119266:3:10:47:49:3:10:47:49 chr8 22472280 . C CTGCCTTCATCCTGATGGGTGGC 50.0 PASS AO=31;DP=118;LEN=22;RO=87;SAF=20;SAR=17;SRF=42;SRR=39;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=22472280;OREF=-;OALT=CTGCCTTCATCCTGATGGGTGG;OMAPALT=CTGCCTTCATCCTGATGGGTGGC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:118:87:31:17:20:42:39 chr8 22473158 . C T 1064.69 PASS AF=0.593939;AO=98;DP=170;FAO=98;FDP=165;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.00498399;FXX=0.02941;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.873;QD=25.8108;RBI=0.00667192;REFB=0.00213351;REVB=-0.00443558;RO=64;SAF=40;SAR=58;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113774;STB=0.559216;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00225417;OID=.;OPOS=22473158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:165:64:67:98:98:0.593939:58:40:36:28:58:40:37:30 chr8 22473465 . T C 807.83 PASS AF=0.509317;AO=82;DP=161;FAO=82;FDP=161;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=0.0206404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.899;QD=20.0704;RBI=0.0208205;REFB=-0.0391038;REVB=0.00273254;RO=79;SAF=41;SAR=41;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164348;STB=0.590041;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.044692;OID=.;OPOS=22473465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:79:79:82:82:0.509317:41:41:25:54:41:41:25:54 chr8 22473850 . T C 892.19 PASS AF=0.582734;AO=81;DP=138;FAO=81;FDP=139;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0297928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1661;QD=25.6745;RBI=0.0392766;REFB=-0.00393909;REVB=0.0255938;RO=57;SAF=37;SAR=44;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000497301;STB=0.503666;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00215272;OID=.;OPOS=22473850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:57:58:81:81:0.582734:44:37:26:31:44:37:27:31 chr8 22477131 . ACAT A 670.39 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0116283;FXX=0.0277759;HRUN=1;LEN=3;MLLD=195.935;QD=19.154;RBI=0.0226193;REFB=-0.0226731;REVB=0.0194014;RO=66;SAF=31;SAR=36;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487475;STB=0.505578;STBP=0.896;TYPE=del;VARB=0.0209547;OID=.;OPOS=22477132;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478571:67:139:67:140:73:31:36:33:40:99:66:31:36:27:39 chr8 22481449 . A G 12426.9 PASS AF=0.986763;AO=681;DP=827;FAO=820;FDP=831;FR=.;FRO=11;FSAF=337;FSAR=483;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.106931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.657;QD=59.8165;RBI=0.106936;REFB=-0.10419;REVB=-0.000980716;RO=0;SAF=227;SAR=454;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505629;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000332525;OID=.;OPOS=22481449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:827:831:0:11:681:820:0.986763:454:227:0:0:483:337:0:11 chr8 22482851 . A C 2237.79 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635536;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.031;QD=62.1607;RBI=0.0641268;REFB=0;REVB=-0.00855534;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403989;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:131:144:0:0:130:144:1:68:62:0:0:68:76:0:0 chr8 22491980 . G T 1951.29 PASS AF=0.484185;AO=199;DP=409;FAO=199;FDP=411;FR=.;FRO=212;FSAF=84;FSAR=115;FSRF=106;FSRR=106;FWDB=-0.000265471;FXX=0.00242713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.329;QD=18.9907;RBI=0.0307411;REFB=-0.000543338;REVB=0.03074;RO=207;SAF=87;SAR=112;SRF=103;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056585;STB=0.54065;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000746148;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:411:207:212:199:199:0.484185:112:87:103:104:115:84:106:106 chr8 22492052 . G A 1540.58 PASS AF=0.464706;AO=158;DP=340;FAO=158;FDP=340;FR=.;FRO=182;FSAF=69;FSAR=89;FSRF=76;FSRR=106;FWDB=-0.0165009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.001;QD=18.1245;RBI=0.0178162;REFB=0.00292274;REVB=-0.00671836;RO=182;SAF=69;SAR=89;SRF=76;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189217;STB=0.510431;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.0035814;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:340:182:182:158:158:0.464706:89:69:76:106:89:69:76:106 chr8 22548476 . A AG 30.71 PASS AF=0.162791;AO=13;DP=88;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=67;FSRR=5;FWDB=-0.0321063;FXX=0.0227247;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.0108;QD=1.4283;RBI=0.0531394;REFB=-0.00842321;REVB=0.0423436;RO=74;SAF=13;SAR=0;SRF=69;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.591427;STB=0.50632;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.135839;OID=.;OPOS=22548477;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162791:13:88:14:86:72:13:1:67:5:30:74:13:0:69:5 chr8 22548790 . G T 743.23 PASS AF=0.517986;AO=71;DP=139;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.000383207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.292;QD=21.3879;RBI=0.0691312;REFB=-0.024162;REVB=0.0691302;RO=67;SAF=45;SAR=26;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102581;STB=0.551387;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0172524;OID=.;OPOS=22548790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:67:67:71:72:0.517986:26:45:35:32:27:45:35:32 chr8 22570901 . C T 1112.82 PASS AF=0.372881;AO=132;DP=354;FAO=132;FDP=354;FR=.;FRO=222;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=125;FSRR=97;FWDB=-0.0115087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.192;QD=12.5743;RBI=0.0222985;REFB=-0.0105899;REVB=-0.0190991;RO=220;SAF=60;SAR=72;SRF=125;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125509;STB=0.567765;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0324872;OID=.;OPOS=22570901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:220:222:132:132:0.372881:72:60:125:95:72:60:125:97 chr8 22570907 . GT G 450.68 PASS AF=0.390244;AO=137;DP=369;FAO=144;FDP=369;FR=.;FRO=225;FSAF=65;FSAR=79;FSRF=128;FSRR=97;FWDB=0.0308894;FXX=0.0080643;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.8723;QD=4.88537;RBI=0.05108;REFB=-0.010479;REVB=-0.0406818;RO=198;SAF=63;SAR=74;SRF=112;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=-0.111617;STB=0.571317;STBP=0.026;TYPE=del;VARB=0.00889807;OID=.;OPOS=22570908;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:137:369:144:369:225:65:79:128:97:99:198:63:74:112:86 chr8 22570935 . T C 1370.31 PASS AF=0.350105;AO=167;DP=477;FAO=167;FDP=477;FR=.;FRO=310;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=162;FSRR=148;FWDB=0.0246192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6532;QD=11.4911;RBI=0.0250987;REFB=0.000735177;REVB=-0.00488295;RO=308;SAF=77;SAR=90;SRF=160;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667862;STB=0.539959;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00131718;OID=.;OPOS=22570935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:477:477:308:310:167:167:0.350105:90:77:160:148:90:77:162:148 chr8 22571018 . A G 1178.59 PASS AF=0.347722;AO=145;DP=417;FAO=145;FDP=417;FR=.;FRO=272;FSAF=69;FSAR=76;FSRF=143;FSRR=129;FWDB=-0.0220257;FXX=0.00239229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.176;QD=11.3054;RBI=0.0238449;REFB=0.00822414;REVB=0.00913518;RO=270;SAF=69;SAR=76;SRF=142;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057317;STB=0.5325;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0140909;OID=.;OPOS=22571018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:417:270:272:145:145:0.347722:76:69:142:128:76:69:143:129 chr8 22864622 . T C 3868.04 PASS AF=0.987903;AO=245;DP=249;FAO=245;FDP=248;FR=.;FRO=3;FSAF=130;FSAR=115;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0855303;FXX=0.0040159;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.651;QD=62.3878;RBI=0.0859288;REFB=-0.0269574;REVB=0.00826595;RO=3;SAF=130;SAR=115;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108707;STB=0.505703;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=8.78819e-05;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:249:248:3:3:245:245:0.987903:115:130:3:0:115:130:3:0 chr8 22875909 . A G 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0109292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.289;QD=19.4398;RBI=0.0300706;REFB=-0.0033179;REVB=0.0280142;RO=29;SAF=8;SAR=23;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22238;STB=0.624606;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00299816;OID=.;OPOS=22875909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:23:8:14:15:23:8:14:15 chr8 22886020 . A G 2673.87 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.58;QD=62.183;RBI=0.022692;REFB=0;REVB=0.0213725;RO=0;SAF=72;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.17463e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07506e-05;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:167:172:0:0:167:172:1:95:72:0:0:100:72:0:0 chr8 22926313 . G A 1534.62 PASS AF=0.519298;AO=147;DP=287;FAO=148;FDP=285;FR=.;FRO=137;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=88;FSRR=49;FWDB=-0.0052055;FXX=0.0104163;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.674;QD=21.5386;RBI=0.00520555;REFB=-0.0315949;REVB=2.30366e-05;RO=135;SAF=73;SAR=74;SRF=88;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136138;STB=0.571534;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0230936;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:285:135:137:147:148:0.519298:74:73:88:47:75:73:88:49 chr8 22960704 . G C 10543.8 PASS AF=1;AO=629;DP=652;FAO=673;FDP=673;FR=.;FRO=0;FSAF=296;FSAR=377;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101707;FXX=0.0160816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2541;QD=62.6672;RBI=0.103822;REFB=-0.0237925;REVB=0.02085;RO=21;SAF=264;SAR=365;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189751;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:652:673:21:0:629:673:1:365:264:16:5:377:296:0:0 chr8 22960873 . G C 1653.81 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=115;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0129554;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.677;QD=58.0284;RBI=0.0384171;REFB=-0.169132;REVB=0.0361667;RO=1;SAF=75;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130038;STB=0.513156;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000400376;OID=.;OPOS=22960873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:115:114:1:2:111:112:0.982456:36:75:0:1:37:75:0:2 chr8 22974188 . A G 675.63 PASS AF=0.409836;AO=75;DP=182;FAO=75;FDP=183;FR=.;FRO=108;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=62;FSRR=46;FWDB=-0.0029488;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3027;QD=14.7678;RBI=0.037604;REFB=0.0103017;REVB=-0.0374882;RO=106;SAF=44;SAR=31;SRF=62;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189688;STB=0.50764;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.012056;OID=.;OPOS=22974188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:106:108:75:75:0.409836:31:44:62:44:31:44:62:46 chr8 22974325 . G A 356.06 PASS AF=0.622642;AO=29;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=16;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0194618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.48;QD=26.8726;RBI=0.0207295;REFB=-0.11971;REVB=0.00713812;RO=13;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179168;STB=0.5756;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0328589;OID=.;OPOS=22974325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:13:16:29:33:0.622642:18:11:9:4:18:15:11:5 chr8 22974450 . T C 734.9 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.593;QD=62.5443;RBI=0.0566431;REFB=0;REVB=-0.017389;RO=0;SAF=6;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239077;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:40:6:0:0:41:6:0:0 chr8 23001988 . A G 2248.48 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.498;QD=63.3374;RBI=0.0723741;REFB=0;REVB=-0.0706415;RO=0;SAF=66;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.62787e-05;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:140:142:1:74:66:0:0:75:67:0:0 chr8 23021346 . G A 898.54 PASS AF=0.442922;AO=97;DP=219;FAO=97;FDP=219;FR=.;FRO=122;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=64;FSRR=58;FWDB=-0.025553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.923;QD=16.4116;RBI=0.0262771;REFB=0.0118549;REVB=-0.00612591;RO=118;SAF=44;SAR=53;SRF=63;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079487;STB=0.539585;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0133381;OID=.;OPOS=23021346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:118:122:97:97:0.442922:53:44:63:55:53:44:64:58 chr8 23049292 . C T 2465.69 PASS AF=1;AO=145;DP=164;FAO=161;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203392;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.763;QD=61.2595;RBI=0.061078;REFB=0;REVB=0.0610441;RO=0;SAF=71;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101477;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:161:0:0:145:161:1:74:71:0:0:86:75:0:0 chr8 23059324 . C G 2394.46 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.042051;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6618;QD=60.238;RBI=0.042682;REFB=-0.0442608;REVB=0.00731242;RO=0;SAF=78;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503144;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000449648;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:0:1:157:158:0.993711:79:78:0:0:79:79:1:0 chr8 23060256 . T C 2784.83 PASS AF=0.994413;AO=178;DP=182;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0469832;FXX=0.0218567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6175;QD=62.2308;RBI=0.0541739;REFB=-0.0186863;REVB=0.0269702;RO=1;SAF=82;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493328;STB=0.50259;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=4.24323e-06;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:182:179:1:1:178:178:0.994413:96:82:0:1:96:82:0:1 chr8 23118304 . C T 510.56 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0120892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.068;QD=18.3985;RBI=0.0137801;REFB=-0.00740015;REVB=0.00661371;RO=57;SAF=25;SAR=29;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749069;STB=0.541498;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0070625;OID=.;OPOS=23118304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:57:54:54:0.486486:29:25:31:26:29:25:31:26 chr8 23147564 . G A 425.72 PASS AF=0.408333;AO=47;DP=118;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0679641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7658;QD=14.1907;RBI=0.0891354;REFB=-0.0045501;REVB=0.0576716;RO=71;SAF=19;SAR=28;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658121;STB=0.52173;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0093257;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:71:71:47:49:0.408333:28:19:33:38:28:21:33:38 chr8 23148930 . A G 915.08 PASS AF=0.33631;AO=113;DP=336;FAO=113;FDP=336;FR=.;FRO=223;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=137;FSRR=86;FWDB=0.036162;FXX=0.0117644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.32;QD=10.8938;RBI=0.0379049;REFB=0.000291691;REVB=0.0113621;RO=223;SAF=51;SAR=62;SRF=137;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187841;STB=0.606938;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000325943;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:336:223:223:113:113:0.33631:62:51:137:86:62:51:137:86 chr8 23148940 . G A 1015.29 PASS AF=0.343324;AO=126;DP=367;FAO=126;FDP=367;FR=.;FRO=241;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=149;FSRR=92;FWDB=-0.0019993;FXX=0.00271732;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.999;QD=11.0658;RBI=0.00211549;REFB=-0.00604715;REVB=-0.000691449;RO=240;SAF=61;SAR=65;SRF=148;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152439;STB=0.587665;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0117106;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:367:240:241:126:126:0.343324:65:61:148:92:65:61:149:92 chr8 23150878 . T G 1314.2 PASS AF=0.420588;AO=141;DP=336;FAO=143;FDP=340;FR=.;FRO=197;FSAF=63;FSAR=80;FSRF=82;FSRR=115;FWDB=-0.00740852;FXX=0.00293247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.087;QD=15.4612;RBI=0.0173743;REFB=-0.0205762;REVB=-0.0157156;RO=173;SAF=63;SAR=78;SRF=59;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108112;STB=0.514338;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0176308;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:340:173:197:141:143:0.420588:78:63:59:114:80:63:82:115 chr8 23152334 . A C,G 3728.35 PASS AF=0.0408163,0.946939;AO=11,231;DP=245;FAO=10,232;FDP=245;FR=.;FRO=3;FSAF=9,85;FSAR=1,147;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0163464,0.0132275;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.376,137.246;QD=60.871;RBI=0.0212148,0.042626;REFB=-0.0511183,-0.0471261;REVB=-0.0135226,0.0405217;RO=2;SAF=10,84;SAR=1,147;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0818657,-0.0112093;STB=0.620405,0.504119;STBP=0.29,0.273;TYPE=snp,snp;VARB=0.019967,-0.000538773;OID=.,.;OPOS=23152334,23152334;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:245:245:2:3:11,231:10,232:0.0408163,0.946939:1,147:10,84:2:0:1,147:9,85:2:1 chr8 23153022 . T C 1054.64 PASS AF=0.433962;AO=115;DP=266;FAO=115;FDP=265;FR=.;FRO=150;FSAF=44;FSAR=71;FSRF=65;FSRR=85;FWDB=-0.00159599;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.167;QD=15.9191;RBI=0.00386561;REFB=-0.00111732;REVB=0.00352077;RO=146;SAF=44;SAR=71;SRF=63;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051394;STB=0.529954;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00175871;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:146:150:115:115:0.433962:71:44:63:83:71:44:65:85 chr8 23154982 . C T 136.38 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0238266;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.548;QD=11.8589;RBI=0.0674275;REFB=-0.00559504;REVB=-0.0630774;RO=23;SAF=14;SAR=1;SRF=22;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108792;STB=0.759059;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0279455;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:30:15:16:0.347826:1:14:22:1:1:15:23:7 chr8 23154989 . T G 252.79 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00736399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.455;QD=15.0921;RBI=0.0755167;REFB=-0.0110542;REVB=-0.0751567;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115437;STB=0.565173;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00894627;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:14:15:24:14:14:15:24:14 chr8 23167353 . T G 3736.95 PASS AF=1;AO=234;DP=234;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.958;QD=63.3382;RBI=0.0179938;REFB=0;REVB=-0.000509781;RO=0;SAF=117;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55279e-05;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:236:0:0:234:236:1:117:117:0:0:119:117:0:0 chr8 23186007 . T C 2781.36 PASS AF=0.983607;AO=180;DP=183;FAO=180;FDP=183;FR=.;FRO=3;FSAF=108;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0690855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.114;QD=60.7948;RBI=0.0690859;REFB=-0.00311524;REVB=-0.000227944;RO=3;SAF=108;SAR=72;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865109;STB=0.504545;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=7.36156e-05;OID=.;OPOS=23186007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:183:183:3:3:180:180:0.983607:72:108:1:2:72:108:1:2 chr8 23190941 . T C 848.66 PASS AF=0.390244;AO=95;DP=246;FAO=96;FDP=246;FR=.;FRO=150;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=78;FSRR=72;FWDB=0.0170535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.845;QD=13.7993;RBI=0.0327097;REFB=-0.00304865;REVB=-0.0279124;RO=145;SAF=50;SAR=45;SRF=74;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172064;STB=0.500509;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00398329;OID=.;OPOS=23190941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:145:150:95:96:0.390244:45:50:74:71:46:50:78:72 chr8 23225745 . C T 529.74 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0143499;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.938;QD=20.5722;RBI=0.0168479;REFB=-0.00451858;REVB=-0.0088279;RO=49;SAF=35;SAR=19;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523308;STB=0.528854;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00427318;OID=.;OPOS=23225745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:49:49:54:54:0.524272:19:35:29:20:19:35:29:20 chr8 23290451 . C T 1698.76 PASS AF=0.550523;AO=157;DP=285;FAO=158;FDP=287;FR=.;FRO=129;FSAF=80;FSAR=78;FSRF=54;FSRR=75;FWDB=0.0117522;FXX=0.0137452;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.51;QD=23.676;RBI=0.0117579;REFB=-0.00221469;REVB=-0.00036598;RO=113;SAF=80;SAR=77;SRF=47;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722789;STB=0.539392;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00162548;OID=.;OPOS=23290451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:287:113:129:157:158:0.550523:77:80:47:66:78:80:54:75 chr8 23292985 . A G 576.95 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0161358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.763;QD=23.7915;RBI=0.0237178;REFB=-0.00904547;REVB=0.0173831;RO=44;SAF=26;SAR=27;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486011;STB=0.526675;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00921468;OID=.;OPOS=23292985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:27:26:19:25:27:26:19:25 chr8 23392733 . C T 509.19 PASS AF=0.336898;AO=63;DP=187;FAO=63;FDP=187;FR=.;FRO=124;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=0.0366964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0268;QD=10.8916;RBI=0.0501347;REFB=-0.00493202;REVB=0.0341594;RO=123;SAF=32;SAR=31;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138364;STB=0.510606;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00931476;OID=.;OPOS=23392733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:123:124:63:63:0.336898:31:32:61:62:31:32:61:63 chr8 23423758 . G A 1152.96 PASS AF=0.513514;AO=114;DP=222;FAO=114;FDP=222;FR=.;FRO=108;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=69;FSRR=39;FWDB=-0.00543705;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.382;QD=20.774;RBI=0.0111287;REFB=-0.0117392;REVB=-0.00971017;RO=107;SAF=51;SAR=63;SRF=69;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173275;STB=0.592368;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00970314;OID=.;OPOS=23423758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:107:108:114:114:0.513514:63:51:69:38:63:51:69:39 chr8 23431407 . A G 483.45 PASS AF=0.425197;AO=53;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=51;FWDB=0.00746326;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.812;QD=15.2267;RBI=0.00788286;REFB=-0.0141697;REVB=0.00253755;RO=70;SAF=19;SAR=34;SRF=19;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995865;STB=0.543463;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.019407;OID=.;OPOS=23431407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:70:73:53:54:0.425197:34:19:19:51:34:20:22:51 chr8 23432314 . T C 554.68 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=11;FSRR=44;FWDB=-0.0463667;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.689;QD=19.8101;RBI=0.0469967;REFB=-0.0310296;REVB=-0.00766943;RO=53;SAF=13;SAR=44;SRF=9;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759728;STB=0.519993;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00684509;OID=.;OPOS=23432314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:53:55:57:57:0.508929:44:13:9:44:44:13:11:44 chr8 23432326 . T A 2019.03 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.943;QD=61.6499;RBI=0.0110133;REFB=0;REVB=-0.0104969;RO=0;SAF=38;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147411;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:131:0:0:128:131:1:90:38:0:0:90:41:0:0 chr8 23432332 . C T 713.96 PASS AF=0.518519;AO=70;DP=135;FAO=70;FDP=135;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=0.00810234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.116;QD=21.1544;RBI=0.00811323;REFB=-0.00651563;REVB=0.000420181;RO=65;SAF=22;SAR=48;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889793;STB=0.504891;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00578107;OID=.;OPOS=23432332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:65:65:70:70:0.518519:48:22:21:44:48:22:21:44 chr8 23432776 . A C 2800.55 PASS AF=0.989011;AO=180;DP=183;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000183192;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.796;QD=61.5505;RBI=0.0227705;REFB=-0.16316;REVB=0.0227698;RO=1;SAF=77;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614265;STB=0.50081;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=4.20703e-05;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:183:182:1:2:180:180:0.989011:103:77:1:0:103:77:1:1 chr8 24171051 . C T 1565.04 PASS AF=0.582329;AO=145;DP=238;FAO=145;FDP=249;FR=.;FRO=104;FSAF=53;FSAR=92;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=-0.00326941;FXX=0.0386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9865;QD=25.1413;RBI=0.0659457;REFB=-0.0704002;REVB=-0.0658646;RO=82;SAF=53;SAR=92;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094482;STB=0.517096;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.039283;OID=.;OPOS=24171051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:249:82:104:145:145:0.582329:92:53:41:41:92:53:42:62 chr8 24199218 . C A 1347.39 PASS AF=0.525896;AO=130;DP=249;FAO=132;FDP=251;FR=.;FRO=119;FSAF=57;FSAR=75;FSRF=49;FSRR=70;FWDB=0.0115913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.448;QD=21.4723;RBI=0.0116985;REFB=-0.00458678;REVB=-0.00157988;RO=118;SAF=55;SAR=75;SRF=48;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145717;STB=0.509712;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00414689;OID=.;OPOS=24199218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:251:118:119:130:132:0.525896:75:55:48:70:75:57:49:70 chr8 24207399 . G C 1339.14 PASS AF=0.465574;AO=144;DP=306;FAO=142;FDP=305;FR=.;FRO=163;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=88;FSRR=75;FWDB=0.0361261;FXX=0.00326787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.703;QD=17.5625;RBI=0.0361334;REFB=-0.0310886;REVB=-0.000727526;RO=138;SAF=67;SAR=77;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311165;STB=0.540096;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0357295;OID=.;OPOS=24207399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:305:138:163:144:142:0.465574:77:67:69:69:76:66:88:75 chr8 24207438 . G A 1911.59 PASS AF=0.516484;AO=188;DP=364;FAO=188;FDP=364;FR=.;FRO=176;FSAF=82;FSAR=106;FSRF=70;FSRR=106;FWDB=-0.0501182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.967;QD=21.0064;RBI=0.0506456;REFB=0.0036167;REVB=0.0072896;RO=175;SAF=82;SAR=106;SRF=70;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326251;STB=0.518985;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00360375;OID=.;OPOS=24207438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:364:175:176:188:188:0.516484:106:82:70:105:106:82:70:106 chr8 24211278 . C T 925.98 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.598;QD=57.8738;RBI=0.0192261;REFB=0;REVB=0.0182614;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93426e-05;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:29:35:0:0 chr8 24211331 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.239;QD=59.143;RBI=0.0213501;REFB=0;REVB=0.0104217;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58119e-05;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr8 24211869 . G T 345.9 PASS AF=0.3;AO=47;DP=158;FAO=48;FDP=160;FR=.;FRO=112;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.0465492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.262;QD=8.64748;RBI=0.0467439;REFB=-0.0154088;REVB=-0.00426167;RO=111;SAF=23;SAR=24;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345423;STB=0.502086;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0363013;OID=.;OPOS=24211869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:111:112:47:48:0.3:24:23:54:57:25:23:54:58 chr8 24211884 . A ATGTC 1241.24 PASS AF=0.690323;AO=103;DP=160;FAO=107;FDP=155;FR=.;FRO=48;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0138549;FXX=0.031248;HRUN=1;LEN=4;MLLD=266.004;QD=32.032;RBI=0.0187152;REFB=-0.0264861;REVB=0.0125818;RO=48;SAF=52;SAR=51;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287224;STB=0.507897;STBP=0.74;TYPE=ins;VARB=0.00961455;OID=.;OPOS=24211885;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=ATGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.690323:103:160:107:155:48:54:53:23:25:99:48:52:51:24:24 chr8 24211889 . T TGTC 97.82 PASS AF=0.142857;AO=22;DP=161;FAO=21;FDP=147;FR=.;FRO=126;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=70;FWDB=-0.00854769;FXX=0.0067563;HRUN=0;LEN=3;MLLD=278.084;QD=2.66181;RBI=0.00856179;REFB=-0.00471904;REVB=-0.000491079;RO=138;SAF=11;SAR=11;SRF=65;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365816;STB=0.567678;STBP=0.534;TYPE=ins;VARB=0.0253016;OID=.;OPOS=24211890;OREF=-;OALT=GTC;OMAPALT=TGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:22:161:21:147:126:11:10:56:70:97:138:11:11:65:73 chr8 24256052 . C T 730.73 PASS AF=0.518248;AO=71;DP=137;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0316478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.07;QD=21.3353;RBI=0.038319;REFB=-0.00870698;REVB=-0.0216046;RO=66;SAF=43;SAR=28;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544706;STB=0.529953;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00650417;OID=.;OPOS=24256052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:66:66:71:71:0.518248:28:43:36:30:28:43:36:30 chr8 24256470 . C T 1345.55 PASS AF=0.547414;AO=127;DP=233;FAO=127;FDP=232;FR=.;FRO=105;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=37;FSRR=68;FWDB=0.0894462;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.5;QD=23.1991;RBI=0.0897838;REFB=-0.00737796;REVB=0.00777863;RO=104;SAF=59;SAR=68;SRF=37;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911617;STB=0.551394;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00795841;OID=.;OPOS=24256470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:104:105:127:127:0.547414:68:59:37:67:68:59:37:68 chr8 24261526 . A G 1083.47 PASS AF=0.466387;AO=111;DP=239;FAO=111;FDP=238;FR=.;FRO=127;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=-0.000295538;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.926;QD=18.2096;RBI=0.0149963;REFB=-0.00266704;REVB=0.0149934;RO=127;SAF=58;SAR=53;SRF=65;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103621;STB=0.505723;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00330303;OID=.;OPOS=24261526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:127:127:111:111:0.466387:53:58:65:62:53:58:65:62 chr8 24323243 . A G 1853.17 PASS AF=0.565217;AO=167;DP=297;FAO=169;FDP=299;FR=.;FRO=130;FSAF=79;FSAR=90;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=0.0301814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.276;QD=24.7916;RBI=0.0302735;REFB=-0.0128335;REVB=0.00235946;RO=128;SAF=79;SAR=88;SRF=65;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278289;STB=0.514182;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0100842;OID=.;OPOS=24323243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:299:128:130:167:169:0.565217:88:79:65:63:90:79:65:65 chr8 24339679 . G A 662.88 PASS AF=0.541667;AO=64;DP=120;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0678401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.5;QD=22.0959;RBI=0.0698314;REFB=0.00163568;REVB=-0.016557;RO=53;SAF=25;SAR=39;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116096;STB=0.559304;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00106895;OID=.;OPOS=24339679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:53:55:64:65:0.541667:39:25:28:25:39:26:29:26 chr8 24356818 . A C 862.5 PASS AF=0.564286;AO=72;DP=134;FAO=79;FDP=140;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0567738;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2693;QD=24.643;RBI=0.147219;REFB=-0.0263468;REVB=0.135831;RO=60;SAF=29;SAR=43;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119547;STB=0.502155;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0226445;OID=.;OPOS=24356818;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:140:60:61:72:79:0.564286:43:29:25:35:47:32:25:36 chr8 24359068 . G A 604.12 PASS AF=0.6;AO=55;DP=90;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0349895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.633;QD=26.85;RBI=0.0421235;REFB=0.0070781;REVB=-0.0234546;RO=35;SAF=32;SAR=23;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774183;STB=0.549939;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00464694;OID=.;OPOS=24359068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:35:36:55:54:0.6:23:32:24:11:23:31:25:11 chr8 24366020 . T C 730.72 PASS AF=0.475309;AO=77;DP=162;FAO=77;FDP=162;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0196264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.31;QD=18.0423;RBI=0.0523909;REFB=-0.00843313;REVB=0.0485758;RO=85;SAF=30;SAR=47;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903334;STB=0.550012;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00966762;OID=.;OPOS=24366020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:85:85:77:77:0.475309:47:30:41:44:47:30:41:44 chr8 24774683 . C A 1690.82 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6987;QD=59.852;RBI=0.0614319;REFB=0;REVB=-0.0459331;RO=1;SAF=49;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434049;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:1:0:110:113:1:61:49:1:0:62:51:0:0 chr8 24776423 . C T 362.89 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0274505;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5573;QD=13.317;RBI=0.0307723;REFB=0.0095984;REVB=-0.013907;RO=66;SAF=12;SAR=31;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157834;STB=0.59;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0122035;OID=.;OPOS=24776423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:66:66:43:43:0.394495:31:12:27:39:31:12:27:39 chr8 24810088 . T A 858.32 PASS AF=0.55102;AO=79;DP=146;FAO=81;FDP=147;FR=.;FRO=66;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0116879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.29;QD=23.3556;RBI=0.0157308;REFB=-0.00867724;REVB=0.0105285;RO=66;SAF=43;SAR=36;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136958;STB=0.513424;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00743625;OID=.;OPOS=24810088;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:66:66:79:81:0.55102:36:43:37:29:38:43:37:29 chr8 25159885 . G A 2216.42 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000178675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1723;QD=63.3262;RBI=0.0432552;REFB=0;REVB=0.0432548;RO=0;SAF=32;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90058e-05;OID=.;OPOS=25159885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:108:32:0:0:108:32:0:0 chr8 25182969 . C T 1884.62 PASS AF=0.947368;AO=126;DP=138;FAO=126;FDP=133;FR=.;FRO=7;FSAF=44;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00750724;FXX=0.0362293;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.008;QD=56.6802;RBI=0.0105775;REFB=-0.0314398;REVB=-0.00745148;RO=6;SAF=44;SAR=82;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00150659;STB=0.504582;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00186638;OID=.;OPOS=25182969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:138:133:6:7:126:126:0.947368:82:44:2:4:82:44:3:4 chr8 25203022 . A G 2902.4 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.777;QD=63.0956;RBI=0.0312976;REFB=0;REVB=0.0101808;RO=0;SAF=82;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91871e-05;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:184:0:0:182:184:1:100:82:0:0:102:82:0:0 chr8 25222165 . A G 1832.74 PASS AF=0.991935;AO=117;DP=118;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.374;QD=59.1208;RBI=0.025384;REFB=-0.083744;REVB=-0.0097705;RO=1;SAF=45;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104366;STB=0.50495;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000142953;OID=.;OPOS=25222165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:118:124:1:1:117:123:0.991935:72:45:1:0:73:50:1:0 chr8 25230168 . C T 2506.99 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6768;QD=61.5212;RBI=0.0679093;REFB=0;REVB=-0.00686188;RO=0;SAF=73;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250318;OID=.;OPOS=25230168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:163:0:0:161:163:1:88:73:0:0:90:73:0:0 chr8 25234858 . A G 2560.53 PASS AF=0.976879;AO=169;DP=173;FAO=169;FDP=173;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=100;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0601886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8115;QD=59.2029;RBI=0.0606966;REFB=-0.0499138;REVB=-0.00783663;RO=3;SAF=69;SAR=100;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088579;STB=0.502192;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00565042;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:173:173:3:4:169:169:0.976879:100:69:2:1:100:69:2:2 chr8 25267622 . A G 1471.92 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.397;QD=63.3082;RBI=0.0354438;REFB=0;REVB=-0.0203889;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64921e-05;OID=.;OPOS=25267622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:47:45:0:0:47:46:0:0 chr8 25280800 . C G 1825.7 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239572;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.716;QD=61.3679;RBI=0.0239821;REFB=0;REVB=-0.00109413;RO=0;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3782e-05;OID=.;OPOS=25280800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:64:55:0:0:64:55:0:0 chr8 25323777 . T C 1394.07 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.661;QD=62.6551;RBI=0.0393534;REFB=0;REVB=0.00641655;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33124e-05;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:54:34:0:0:54:35:0:0 chr8 25323790 . G A 554.6 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0324085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.487;QD=24.9259;RBI=0.0396061;REFB=-0.00587071;REVB=0.022767;RO=36;SAF=22;SAR=29;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098711;STB=0.539249;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00419333;OID=.;OPOS=25323790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:36:38:51:51:0.573034:29:22:11:25:29:22:13:25 chr8 26221331 . T C 796.12 PASS AF=0.642857;AO=72;DP=112;FAO=72;FDP=112;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0396329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.078;QD=28.4328;RBI=0.0397914;REFB=-0.0217393;REVB=0.00354755;RO=40;SAF=30;SAR=42;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00565229;STB=0.503057;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0106745;OID=.;OPOS=26221331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:40:40:72:72:0.642857:42:30:17:23:42:30:17:23 chr8 26240646 . A G 14562.7 PASS AF=1;AO=919;DP=926;FAO=931;FDP=931;FR=.;FRO=0;FSAF=505;FSAR=426;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192425;FXX=0.0241088;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.826;QD=62.5682;RBI=0.0509408;REFB=-0.00947887;REVB=-0.0509044;RO=6;SAF=503;SAR=416;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00475855;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521717;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:50:926:931:6:0:919:931:1:416:503:1:5:426:505:0:0 chr8 26269191 . C T 1014.15 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136466;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.773;QD=59.6561;RBI=0.136929;REFB=0;REVB=0.0112565;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017523;OID=.;OPOS=26269191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:68:0:0:68:68:1:45:23:0:0:45:23:0:0 chr8 26362201 . A T 1488.88 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00135233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.323;QD=57.2645;RBI=0.022978;REFB=-0.112852;REVB=0.0229382;RO=0;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05013e-08;STB=0.510415;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000817291;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:0:2:102:102:0.980769:47:55:0:0:47:55:0:2 chr8 26365716 . C T 1041.11 PASS AF=0.520833;AO=100;DP=192;FAO=100;FDP=192;FR=.;FRO=92;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.0220683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.141;QD=21.6898;RBI=0.0654965;REFB=-0.00250773;REVB=0.0616666;RO=91;SAF=54;SAR=46;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205566;STB=0.514014;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0024104;OID=.;OPOS=26365716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:91:92:100:100:0.520833:46:54:47:44:46:54:47:45 chr8 26365935 . CTT CTC,CT 772.68 PASS AF=0.129032,0.870968;AO=10,20;DP=94;FAO=12,81;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=0,58;FSAR=12,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746163,0.797281;FXX=0.0106372;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=222.455,10.6678;QD=33.2336;RBI=0.0873716,0.800271;REFB=0,0;REVB=-0.0454555,-0.0691157;RO=47;SAF=0,8;SAR=10,12;SRF=45;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.875032,-0.628843;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0661661,-0.024149;OID=.,.;OPOS=26365937,26365936;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.129032,0.870968:10,20:94:12,81:93:0:0,58:12,23:0:0:51:47:0,8:10,12:45:2 chr8 26481771 . T C 4531.55 PASS AF=1;AO=285;DP=286;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607074;FXX=0.0069684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5258;QD=63.6007;RBI=0.0682949;REFB=0;REVB=0.0312859;RO=0;SAF=118;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119198;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:286:285:0:0:285:285:1:167:118:0:0:167:118:0:0 chr8 26510792 . T C 6330.53 PASS AF=1;AO=394;DP=398;FAO=405;FDP=405;FR=.;FRO=0;FSAF=216;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365605;FXX=0.00735276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.589;QD=62.5238;RBI=0.0404557;REFB=-0.0724031;REVB=0.0173204;RO=1;SAF=207;SAR=187;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254538;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118349;OID=.;OPOS=26510792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:398:405:1:0:394:405:1:187:207:0:1:189:216:0:0 chr8 26515138 . C T 176.17 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0205596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.529;QD=10.2127;RBI=0.0271345;REFB=0.00351052;REVB=0.0177084;RO=44;SAF=15;SAR=8;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373237;STB=0.53255;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00563062;OID=.;OPOS=26515138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:46:23:23:0.333333:8:15:30:14:8:15:32:14 chr8 26628028 . A G 588.44 PASS AF=0.41358;AO=67;DP=162;FAO=67;FDP=162;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.0196827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.88;QD=14.5294;RBI=0.0247974;REFB=-0.0124519;REVB=0.0150832;RO=95;SAF=29;SAR=38;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209983;STB=0.511781;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0156933;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:95:95:67:67:0.41358:38:29:43:52:38:29:43:52 chr8 26636925 . T C 725.54 PASS AF=0.461538;AO=77;DP=169;FAO=78;FDP=169;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=29;FSRR=62;FWDB=0.00439426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7761;QD=17.1724;RBI=0.0481148;REFB=0.00876304;REVB=0.0479137;RO=91;SAF=25;SAR=52;SRF=29;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00669051;STB=0.508926;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00839805;OID=.;OPOS=26636925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:91:91:77:78:0.461538:52:25:29:62:52:26:29:62 chr8 27101204 . T A 5023.72 PASS AF=0.970326;AO=322;DP=341;FAO=327;FDP=337;FR=.;FRO=10;FSAF=147;FSAR=180;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00947669;FXX=0.0203482;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.097;QD=59.6287;RBI=0.0227622;REFB=-0.0490278;REVB=0.0206956;RO=9;SAF=143;SAR=179;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116615;STB=0.504487;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.000935576;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:341:337:9:10:322:327:0.970326:179:143:2:7:180:147:3:7 chr8 27101206 . A C 5284.55 PASS AF=0.979827;AO=333;DP=341;FAO=340;FDP=347;FR=.;FRO=7;FSAF=156;FSAR=184;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0169164;FXX=0.00287348;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5299;QD=60.917;RBI=0.0532229;REFB=0.0298513;REVB=-0.050463;RO=8;SAF=153;SAR=180;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00943874;STB=0.503518;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00184643;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:341:347:8:7:333:340:0.979827:180:153:2:6:184:156:2:5 chr8 27101279 . C T 1646.0 PASS AF=0.532423;AO=156;DP=293;FAO=156;FDP=293;FR=.;FRO=137;FSAF=63;FSAR=93;FSRF=58;FSRR=79;FWDB=-0.00409534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.683;QD=22.471;RBI=0.0287487;REFB=-0.0197616;REVB=-0.0284555;RO=136;SAF=63;SAR=93;SRF=58;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199805;STB=0.509438;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0165302;OID=.;OPOS=27101279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:136:137:156:156:0.532423:93:63:58:78:93:63:58:79 chr8 27324822 . T C 3825.35 PASS AF=0.991968;AO=231;DP=246;FAO=247;FDP=249;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=105;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207748;FXX=0.0158097;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.596;QD=61.4513;RBI=0.00564676;REFB=0;REVB=0.00525071;RO=0;SAF=90;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011917;OID=.;OPOS=27324822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:246:249:0:0:231:247:0.991968:141:90:0:0:142:105:0:0 chr8 27324844 . G A 3463.0 PASS AF=1;AO=221;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604658;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4428;QD=62.1166;RBI=0.0677327;REFB=-0.0849798;REVB=0.0305222;RO=1;SAF=98;SAR=123;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897642;OID=.;OPOS=27324844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:223:223:1:0:221:223:1:123:98:1:0:124:99:0:0 chr8 27328511 . G A 1153.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.008;QD=60.7128;RBI=0.0211904;REFB=0;REVB=-0.0116766;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29725e-06;OID=.;OPOS=27328511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:47:29:0:0:47:29:0:0 chr8 27373865 . G A 756.47 PASS AF=0.45;AO=80;DP=178;FAO=81;FDP=180;FR=.;FRO=99;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=-0.00279678;FXX=0.0109884;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.303;QD=16.8105;RBI=0.0247272;REFB=0.00106284;REVB=-0.0245685;RO=98;SAF=38;SAR=42;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564678;STB=0.537181;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00138267;OID=.;OPOS=27373865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:98:99:80:81:0.45:42:38:41:57:42:39:41:58 chr8 27401964 . A C 269.12 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.0735299;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3667;QD=11.701;RBI=0.106453;REFB=0.00759841;REVB=0.0769775;RO=59;SAF=20;SAR=12;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330927;STB=0.684101;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0116505;OID=.;OPOS=27401964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:59:60:32:32:0.347826:12:20:19:40:12:20:20:40 chr8 27462481 . A G 870.31 PASS AF=0.392713;AO=97;DP=246;FAO=97;FDP=247;FR=.;FRO=150;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=82;FSRR=68;FWDB=-0.0204264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5306;QD=14.0942;RBI=0.0660881;REFB=-0.0129152;REVB=-0.0628522;RO=149;SAF=53;SAR=44;SRF=81;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0030083;STB=0.500168;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0193186;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:247:149:150:97:97:0.392713:44:53:81:68:44:53:82:68 chr8 27469093 . C A 138.79 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.00660479;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.599;QD=18.5048;RBI=0.0165455;REFB=-0.00632805;REVB=0.01517;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21298;STB=0.618916;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00570399;OID=.;OPOS=27469093;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:15:15:15:0.5:12:3:1:14:12:3:1:14 chr8 27516955 . G A 309.19 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.000375367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.143;QD=13.5907;RBI=0.0144891;REFB=-0.00390374;REVB=0.0144843;RO=56;SAF=11;SAR=24;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173021;STB=0.599131;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00583778;OID=.;OPOS=27516955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:24:11:26:30:24:11:26:30 chr8 27559214 . G A 545.93 PASS AF=0.402516;AO=63;DP=158;FAO=64;FDP=159;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.0154013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.74;QD=13.7341;RBI=0.0214149;REFB=-0.0172053;REVB=-0.0148794;RO=95;SAF=43;SAR=20;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242321;STB=0.639595;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0243006;OID=.;OPOS=27559214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:95:95:63:64:0.402516:20:43:44:51:20:44:44:51 chr8 27634064 . C T 711.36 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.529;QD=54.7201;RBI=0.0166006;REFB=-0.0404515;REVB=-0.00776141;RO=1;SAF=13;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348399;STB=0.518511;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000192203;OID=.;OPOS=27634064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:1:1:51:51:0.980769:38:13:1:0:38:13:1:0 chr8 27661318 . C A 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0295614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.277;QD=56.2119;RBI=0.0348059;REFB=0.0328248;REVB=0.0183732;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140901;STB=0.50746;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0003781;OID=.;OPOS=27661318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:28:33:1:0:28:33:1:0 chr8 27667969 . C G 1896.09 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.894;QD=60.675;RBI=0.0202844;REFB=0;REVB=0.00831178;RO=0;SAF=66;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166303;OID=.;OPOS=27667969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:125:0:0:117:125:1:51:66:0:0:59:66:0:0 chr8 27679981 . T C 2083.71 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6571;QD=62.668;RBI=0.0438236;REFB=0;REVB=-0.0437153;RO=0;SAF=59;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146774;OID=.;OPOS=27679981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:74:59:0:0:74:59:0:0 chr8 27690557 . A C 571.75 PASS AF=0.903846;AO=45;DP=49;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0262537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.501;QD=43.9808;RBI=0.0280739;REFB=-0.080257;REVB=-0.00994421;RO=3;SAF=34;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396871;STB=0.534232;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00168746;OID=.;OPOS=27690557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:52:3:5:45:47:0.903846:11:34:3:0:13:34:5:0 chr8 27729532 . G A 2669.4 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.036;QD=61.7201;RBI=0.0275481;REFB=0;REVB=-0.0145998;RO=0;SAF=68;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1104e-05;OID=.;OPOS=27729532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:160:173:0:0:160:173:1:92:68:0:0:94:79:0:0 chr8 27737198 . A G 5726.14 PASS AF=1;AO=362;DP=367;FAO=366;FDP=366;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063523;FXX=0.00812986;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.888;QD=62.5807;RBI=0.0137164;REFB=-0.0849948;REVB=-0.0121568;RO=2;SAF=173;SAR=189;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000232139;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471261;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:367:366:2:0:362:366:1:189:173:1:1:192:174:0:0 chr8 27767171 . G A 1198.11 PASS AF=0.579787;AO=109;DP=188;FAO=109;FDP=188;FR=.;FRO=79;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0118504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4662;QD=25.4917;RBI=0.0226613;REFB=0.00455966;REVB=-0.0193159;RO=79;SAF=61;SAR=48;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209643;STB=0.501138;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00282763;OID=.;OPOS=27767171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:79:79:109:109:0.579787:48:61:44:35:48:61:44:35 chr8 27767231 . C G 733.18 PASS AF=0.377193;AO=85;DP=223;FAO=86;FDP=228;FR=.;FRO=142;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=93;FSRR=49;FWDB=-0.000337886;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.19;QD=12.8629;RBI=0.0447422;REFB=-0.00116531;REVB=0.0447409;RO=137;SAF=43;SAR=42;SRF=90;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166312;STB=0.58965;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00273073;OID=.;OPOS=27767231;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:228:137:142:85:86:0.377193:42:43:90:47:42:44:93:49 chr8 27779545 . C T 1200.18 PASS AF=0.966667;AO=80;DP=88;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0452581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3696;QD=53.3415;RBI=0.119719;REFB=-0.121464;REVB=0.110835;RO=0;SAF=57;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96953e-08;STB=0.523804;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00838989;OID=.;OPOS=27779545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:88:90:0:3:80:87:0.966667:23:57:0:0:30:57:0:3 chr8 27903069 . C T 1181.4 PASS AF=0.429043;AO=129;DP=302;FAO=130;FDP=303;FR=.;FRO=173;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=66;FSRR=107;FWDB=0.00373514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.594;QD=15.596;RBI=0.00676668;REFB=-0.00944369;REVB=0.0056424;RO=172;SAF=66;SAR=63;SRF=66;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131269;STB=0.576143;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0139464;OID=.;OPOS=27903069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:303:172:173:129:130:0.429043:63:66:66:106:63:67:66:107 chr8 27915830 . T C 4778.13 PASS AF=0.939481;AO=315;DP=337;FAO=326;FDP=347;FR=.;FRO=21;FSAF=127;FSAR=199;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0328986;FXX=0.00287348;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.9201;QD=55.0794;RBI=0.0351458;REFB=-0.0659778;REVB=0.0123658;RO=21;SAF=124;SAR=191;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102564;STB=0.505497;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00580261;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:337:347:21:21:315:326:0.939481:191:124:10:11:199:127:10:11 chr8 27918057 . T C 1809.79 PASS AF=0.991667;AO=117;DP=118;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0101491;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.035;QD=60.3263;RBI=0.0440577;REFB=-0.0724344;REVB=0.0428728;RO=0;SAF=64;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09512e-08;STB=0.504586;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000311252;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:120:0:1:117:119:0.991667:53:64:0:0:54:65:0:1 chr8 27925204 . T C 1543.36 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.696;QD=62.9943;RBI=0.0717339;REFB=0;REVB=0.0433298;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623969;OID=.;OPOS=27925204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:98:0:0:90:98:1:53:37:0:0:53:45:0:0 chr8 27925796 . A T 783.34 PASS AF=0.439153;AO=83;DP=189;FAO=83;FDP=189;FR=.;FRO=106;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=0.00696174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.648;QD=16.5786;RBI=0.00929945;REFB=-0.00374033;REVB=-0.00616554;RO=106;SAF=33;SAR=50;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669047;STB=0.537273;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0047972;OID=.;OPOS=27925796;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:106:106:83:83:0.439153:50:33:49:57:50:33:49:57 chr8 27927849 . C G 1744.43 PASS AF=0.991525;AO=112;DP=113;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0369236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.893;QD=59.1334;RBI=0.048336;REFB=-0.0837253;REVB=0.0311933;RO=0;SAF=41;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000509088;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:118:0:1:112:117:0.991525:71:41:0:0:73:44:0:1 chr8 27931875 . A G 1097.32 PASS AF=0.470588;AO=112;DP=238;FAO=112;FDP=238;FR=.;FRO=126;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=57;FSRR=69;FWDB=0.00902133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.273;QD=18.4424;RBI=0.0129838;REFB=0.00799845;REVB=0.00933774;RO=126;SAF=52;SAR=60;SRF=57;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114886;STB=0.506339;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00898811;OID=.;OPOS=27931875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:126:126:112:112:0.470588:60:52:57:69:60:52:57:69 chr8 27967964 . TTA T,TAA 167.2 PASS AF=0.436364,0;AO=12,11;DP=92;FAO=24,0;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14,0;FSAR=10,0;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0122815,0.188535;FXX=0.0517152;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=24.4148,14.5932;QD=12.1596;RBI=0.198462,0.208063;REFB=-0.0550527,-0.0222096;REVB=0.198081,0.0880034;RO=51;SAF=12,11;SAR=0,0;SRF=29;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.715443,0.701871;STB=0.592068,0.5;STBP=0.226,1;TYPE=del,snp;VARB=0.118097,0;OID=.,.;OPOS=27967965,27967965;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.436364,0:12,11:92:24,0:55:31:14,0:10,0:13:18:99:51:12,11:0,0:29:22 chr8 28203188 . AATTTTTT AATTTTT,AATTTTTA,ATTTTT 46.01 PASS AF=0.027027,0.027027,0.243243;AO=6,4,8;DP=43;FAO=1,1,9;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=1,1,3;FSAR=0,0,6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.301888,-0.194715,-0.258166;FXX=0.0512689;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=8.09176,16.633,14.5805;QD=4.97426;RBI=0.364516,0.194715,0.272084;REFB=-0.0863003,-0.0678168,-0.0592828;REVB=0.204293,2.28889e-05,0.0859095;RO=17;SAF=3,4,5;SAR=3,0,3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.238903,0.731236,0.351886;STB=0.989818,0.989818,0.627162;STBP=0.462,0.462,0.421;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00488595,0.198222,0.0421895;OID=.,.,.;OPOS=28203190,28203195,28203189;OREF=T,T,AT;OALT=-,A,-;OMAPALT=AATTTTT,AATTTTTA,ATTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.027027,0.027027,0.243243:6,4,8:43:1,1,9:37:26:1,1,3:0,0,6:13:13:33:17:3,4,5:3,0,3:5:12 chr8 28206045 . CTTTTTTTT CTTTTTTT,CTTTTTTTA,TCTTTTTTT 344.02 PASS AF=0.973333,0.0266667,0;AO=30,6,3;DP=84;FAO=73,2,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39,1,0;FSAR=34,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.220044,-0.115254,-0.210077;FXX=0.127892;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=6.62799,5.55945,10.2307;QD=18.3477;RBI=0.227642,0.123878,0.211186;REFB=0.0591633,0.087009,0.0437225;REVB=0.05832,0.0454107,0.0216127;RO=12;SAF=20,2,0;SAR=10,4,3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.183047,0,-0.590401;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.017997,-0.0569257,0;OID=.,.,.;OPOS=28206046,28206053,28206045;OREF=T,T,CT;OALT=-,A,TC;OMAPALT=CTTTTTTT,CTTTTTTTA,TCTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:84:75:12:0:30,6,3:73,2,0:0.973333,0.0266667,0:10,4,3:20,2,0:4:8:34,1,0:39,1,0:0:0 chr8 28286174 . T G 2370.58 PASS AF=0.993631;AO=157;DP=158;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0608626;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.495;QD=60.3969;RBI=0.0737365;REFB=-0.02301;REVB=0.0416272;RO=0;SAF=86;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45549e-08;STB=0.503546;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-3.07808e-05;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:157:0:1:157:156:0.993631:71:86:0:0:70:86:0:1 chr8 28304769 . C T 2178.66 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.754;QD=63.1495;RBI=0.024454;REFB=0;REVB=0.00214617;RO=0;SAF=50;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75655e-05;OID=.;OPOS=28304769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:87:50:0:0:87:51:0:0 chr8 28384712 . A G 3125.78 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118443;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.113;QD=61.2897;RBI=0.0144051;REFB=-0.0424973;REVB=-0.00819871;RO=0;SAF=117;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68197e-05;OID=.;OPOS=28384712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:204:0:0:204:204:1:87:117:0:0:87:117:0:0 chr8 28574803 . G A 441.27 PASS AF=0.341463;AO=55;DP=163;FAO=56;FDP=164;FR=.;FRO=108;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.01524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.506;QD=10.7626;RBI=0.0187254;REFB=-0.0134229;REVB=-0.0108803;RO=105;SAF=27;SAR=28;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594673;STB=0.505665;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0245816;OID=.;OPOS=28574803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:105:108:55:56:0.341463:28:27:51:54:29:27:53:55 chr8 28638455 . G A 1126.84 PASS AF=0.555556;AO=104;DP=190;FAO=105;FDP=189;FR=.;FRO=84;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=26;FSRR=58;FWDB=0.0165328;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0516;QD=23.8484;RBI=0.0236102;REFB=0.0123831;REVB=0.0168555;RO=83;SAF=47;SAR=57;SRF=25;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125893;STB=0.566839;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00849955;OID=.;OPOS=28638455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:83:84:104:105:0.555556:57:47:25:58:57:48:26:58 chr8 28908874 . T TAACC 1149.04 PASS AF=0.734375;AO=84;DP=206;FAO=94;FDP=128;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=64;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00472458;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=4;MLLD=256.033;QD=35.9075;RBI=0.0091905;REFB=-0.0489958;REVB=0.00788312;RO=117;SAF=28;SAR=56;SRF=53;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132749;STB=0.601183;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.013375;OID=.;OPOS=28908875;OREF=-;OALT=AACC;OMAPALT=TAACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.734375:84:206:94:128:34:30:64:23:11:99:117:28:56:53:64 chr8 28984042 . T C 302.15 PASS AF=0.362745;AO=36;DP=101;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0138386;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.57;QD=11.8489;RBI=0.0140061;REFB=-0.00391799;REVB=0.00215977;RO=64;SAF=23;SAR=13;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19245;STB=0.593497;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00828131;OID=.;OPOS=28984042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:64:65:36:37:0.362745:13:23:30:34:14:23:31:34 chr8 29005093 . A G 767.95 PASS AF=0.462857;AO=81;DP=175;FAO=81;FDP=175;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=-0.0201654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1265;QD=17.5531;RBI=0.0436032;REFB=0.010593;REVB=-0.03866;RO=93;SAF=33;SAR=48;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331828;STB=0.521734;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0178778;OID=.;OPOS=29005093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:93:94:81:81:0.462857:48:33:41:52:48:33:42:52 chr8 29197672 . A G 454.74 PASS AF=0.475248;AO=45;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.000656432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.94;QD=18.0094;RBI=0.148803;REFB=-0.0029611;REVB=-0.148801;RO=52;SAF=27;SAR=18;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349446;STB=0.542549;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00341061;OID=.;OPOS=29197672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:53:45:48:0.475248:18:27:33:19:21:27:34:19 chr8 29927300 . C G 2401.3 PASS AF=0.993789;AO=149;DP=151;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0578495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.927;QD=59.6596;RBI=0.0586339;REFB=-0.0314419;REVB=-0.00955889;RO=1;SAF=48;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046864;STB=0.502415;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000198177;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:161:1:1:149:160:0.993789:101:48:0:1:103:57:0:1 chr8 29927321 . A G 2274.17 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.691;QD=63.6132;RBI=0.0580601;REFB=0;REVB=0.00849256;RO=0;SAF=50;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25145e-05;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:93:50:0:0:93:50:0:0 chr8 29965519 . T C 937.2 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.381;QD=58.575;RBI=0.0347297;REFB=0;REVB=0.0137293;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127241;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr8 29989564 . A G 2385.65 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.095;QD=61.1705;RBI=0.0906309;REFB=0;REVB=0.0834982;RO=0;SAF=75;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212879;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:156:0:0:153:156:1:78:75:0:0:79:77:0:0 chr8 29996158 . A G 2160.24 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.785;QD=63.0728;RBI=0.0408541;REFB=0;REVB=0.0395184;RO=0;SAF=63;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.57773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27805e-05;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:73:63:0:0:74:63:0:0 chr8 29996256 . T C 1731.18 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.966;QD=60.7432;RBI=0.0211049;REFB=0;REVB=0.0187418;RO=0;SAF=43;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90028e-05;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:71:43:0:0:71:43:0:0 chr8 30423886 . C CAG 3595.65 PASS AF=0.887324;AO=250;DP=293;FAO=252;FDP=284;FR=.;FRO=32;FSAF=97;FSAR=155;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=5.22677e-05;FXX=0.0206889;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.912;QD=50.6429;RBI=0.00705774;REFB=0.0172294;REVB=-0.00705754;RO=36;SAF=97;SAR=153;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889495;STB=0.549705;STBP=0;TYPE=ins;VARB=-0.00172106;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.887324:250:293:252:284:32:97:155:26:6:99:36:97:153:27:9 chr8 30494732 . CTTGT C 137.1 PASS AF=0.466667;AO=19;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0297067;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=4;MLLD=178.566;QD=12.1868;RBI=0.0474655;REFB=-0.0190874;REVB=-0.0370201;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517297;STB=0.529384;STBP=0.734;TYPE=del;VARB=0.0199646;OID=.;OPOS=30494733;OREF=TTGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:19:45:21:45:24:9:12:9:15:99:22:7:12:7:15 chr8 30501232 . C T 113.81 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0116209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4909;QD=9.89631;RBI=0.0625112;REFB=-0.0155353;REVB=-0.0614215;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102189;STB=0.561206;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0227808;OID=.;OPOS=30501232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:8:6:11:21:8:6:11:21 chr8 30503371 . C T 322.67 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00151669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3771;QD=19.2641;RBI=0.0250983;REFB=-0.00753018;REVB=0.0250524;RO=33;SAF=12;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122364;STB=0.568225;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00713507;OID=.;OPOS=30503371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:22:12:16:17:22:12:16:17 chr8 30565624 . G A 786.81 PASS AF=0.330033;AO=99;DP=302;FAO=100;FDP=303;FR=.;FRO=203;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=88;FSRR=115;FWDB=-0.0293345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2325;QD=10.3869;RBI=0.0515469;REFB=-0.0159959;REVB=0.0423859;RO=203;SAF=49;SAR=50;SRF=88;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721674;STB=0.53792;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0312794;OID=.;OPOS=30565624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:303:203:203:99:100:0.330033:50:49:88:115:51:49:88:115 chr8 30608976 . C T 2706.17 PASS AF=1;AO=165;DP=170;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.793;QD=61.8553;RBI=0.0163926;REFB=0;REVB=0.0163119;RO=1;SAF=79;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059859;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62062e-05;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:175:1:0:165:175:1:86:79:1:0:95:80:0:0 chr8 30620840 . G GT 1514.56 PASS AF=1;AO=151;DP=188;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.4873;QD=34.2272;RBI=0.11578;REFB=0;REVB=-0.107907;RO=24;SAF=70;SAR=81;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00017488;OID=.;OPOS=30620841;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:151:188:177:177:0:76:101:0:0:29:24:70:81:14:10 chr8 30695226 . C T 222.45 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8593;QD=49.4328;RBI=0.0311407;REFB=0;REVB=-0.02998;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119781;OID=.;OPOS=30695226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr8 30890333 . G A 30.21 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0357928;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.579;QD=7.55273;RBI=0.0486772;REFB=-0.00695344;REVB=-0.0329901;RO=10;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304772;STB=0.657928;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0149837;OID=.;OPOS=30890333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:16:10:11:5:5:0.3125:2:3:3:7:2:3:4:7 chr8 30924557 . C T 1785.84 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.009;QD=61.0544;RBI=0.0405569;REFB=0;REVB=0.0402325;RO=0;SAF=76;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73248e-05;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:40:76:0:0:41:76:0:0 chr8 30973957 . G T 767.93 PASS AF=0.5;AO=79;DP=158;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=-0.0187764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.256;QD=19.4411;RBI=0.0215827;REFB=0.00010255;REVB=-0.0106424;RO=78;SAF=28;SAR=51;SRF=25;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338546;STB=0.520994;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.000109468;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:78:79:79:79:0.5:51:28:25:53:51:28:25:54 chr8 30999280 . G T 697.75 PASS AF=0.5;AO=69;DP=138;FAO=69;FDP=138;FR=.;FRO=69;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=-0.00864732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.238;QD=20.2246;RBI=0.0106509;REFB=0.00564499;REVB=0.0062181;RO=69;SAF=42;SAR=27;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418451;STB=0.52304;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00579667;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:69:69:69:69:0.5:27:42:45:24:27:42:45:24 chr8 31024638 . C T 664.34 PASS AF=0.411111;AO=74;DP=179;FAO=74;FDP=180;FR=.;FRO=106;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=59;FSRR=47;FWDB=0.0498924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3304;QD=14.7632;RBI=0.059691;REFB=0.026637;REVB=-0.0327683;RO=105;SAF=34;SAR=40;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106929;STB=0.557038;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.0372794;OID=.;OPOS=31024638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:105:106:74:74:0.411111:40:34:59:46:40:34:59:47 chr8 32453358 . G A 1143.56 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2194;QD=60.1871;RBI=0.0113986;REFB=0;REVB=0.0108136;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49073e-05;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:40:35:0:0:41:35:0:0 chr8 32621844 . G T 756.2 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0513911;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0001;QD=54.9963;RBI=0.0574468;REFB=-0.0469283;REVB=-0.0256728;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149611;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00169384;OID=.;OPOS=32621844;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:31:23:0:1:31:23:0:1 chr8 32663420 . A G 2632.96 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.94;QD=61.9519;RBI=0.00886077;REFB=0;REVB=-0.00726753;RO=0;SAF=75;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62758e-05;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:170:0:0:167:170:1:92:75:0:0:93:77:0:0 chr8 33313329 . G A 428.18 PASS AF=0.335366;AO=56;DP=164;FAO=55;FDP=164;FR=.;FRO=109;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=71;FWDB=0.00623094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.571;QD=10.4433;RBI=0.00659522;REFB=-0.00665805;REVB=-0.00216155;RO=104;SAF=23;SAR=33;SRF=33;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112654;STB=0.53607;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0154384;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:104:109:56:55:0.335366:33:23:33:71:33:22:38:71 chr8 33356074 . A G 347.93 PASS AF=0.404255;AO=39;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0154449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.844;QD=14.8056;RBI=0.0154451;REFB=-0.000429467;REVB=-8.13925e-05;RO=55;SAF=22;SAR=17;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150373;STB=0.599503;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000472198;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:56:39:38:0.404255:17:22:23:32:16:22:23:33 chr8 33369944 . T C 556.24 PASS AF=0.407643;AO=65;DP=157;FAO=64;FDP=157;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=-0.0264162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6831;QD=14.1718;RBI=0.0357679;REFB=0.0136017;REVB=0.0241148;RO=92;SAF=28;SAR=37;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778216;STB=0.534533;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0194135;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:92:93:65:64:0.407643:37:28:33:59:37:27:34:59 chr8 33369994 . A G 520.9 PASS AF=0.413043;AO=56;DP=140;FAO=57;FDP=138;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0106881;FXX=0.0212751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8727;QD=15.0987;RBI=0.0599003;REFB=0.0202829;REVB=-0.058939;RO=80;SAF=26;SAR=30;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150372;STB=0.517235;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.025787;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:80:81:56:57:0.413043:30:26:36:44:30:27:36:45 chr8 33416189 . G A 600.83 PASS AF=0.432258;AO=67;DP=154;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.00964587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9801;QD=15.5053;RBI=0.0492533;REFB=-0.00400663;REVB=-0.0482995;RO=87;SAF=28;SAR=39;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897717;STB=0.547141;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00561678;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:87:88:67:67:0.432258:39:28:44:43:39:28:44:44 chr8 33416222 . C T 624.38 PASS AF=0.421687;AO=71;DP=166;FAO=70;FDP=166;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.017203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3635;QD=15.0454;RBI=0.0237597;REFB=0.00862468;REVB=0.0163884;RO=95;SAF=31;SAR=40;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706923;STB=0.547647;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0109859;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:95:96:71:70:0.421687:40:31:48:47:40:30:49:47 chr8 33437926 . C T 311.15 PASS AF=0.284768;AO=43;DP=150;FAO=43;FDP=151;FR=.;FRO=108;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.0172533;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.349;QD=8.24235;RBI=0.0282198;REFB=0.0043954;REVB=0.0223311;RO=106;SAF=24;SAR=19;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363801;STB=0.515239;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00968063;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:106:108:43:43:0.284768:19:24:56:50:19:24:58:50 chr8 33573577 . A G 322.81 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0797394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.19;QD=53.8024;RBI=0.0797704;REFB=0;REVB=0.00222626;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477473;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:14:10:0:0 chr8 36694394 . C T 3235.91 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5667;QD=61.9312;RBI=0.102451;REFB=0;REVB=0.00496177;RO=0;SAF=83;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109809;OID=.;OPOS=36694394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:209:0:0:208:209:1:125:83:0:0:126:83:0:0 chr8 36767024 . T C 3256.07 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.395;QD=62.0204;RBI=0.0242858;REFB=0;REVB=-0.0238443;RO=0;SAF=88;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.34341e-06;OID=.;OPOS=36767024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:210:0:0:210:210:1:122:88:0:0:122:88:0:0 chr8 37455990 . G C 302.89 PASS AF=0.445946;AO=34;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.019425;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8628;QD=16.3726;RBI=0.0526322;REFB=-0.0293241;REVB=-0.0489164;RO=40;SAF=5;SAR=29;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234441;STB=0.625406;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0341608;OID=.;OPOS=37455990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:41:34:33:0.445946:29:5:12:28:28:5:12:29 chr8 37456438 . A G 138.94 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0096169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.172;QD=7.51049;RBI=0.0145361;REFB=-0.00330615;REVB=-0.0109002;RO=53;SAF=7;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195412;STB=0.624873;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00879675;OID=.;OPOS=37456438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:54:20:20:0.27027:13:7:27:26:13:7:28:26 chr8 37702472 . G A 471.53 PASS AF=0.661538;AO=41;DP=64;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0751245;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5755;QD=29.017;RBI=0.136483;REFB=-0.0116051;REVB=0.113947;RO=23;SAF=12;SAR=29;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107268;STB=0.541408;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00613138;OID=.;OPOS=37702472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:23:22:41:43:0.661538:29:12:10:13:30:13:9:13 chr8 37728017 . A G 2140.61 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.028;QD=62.9592;RBI=0.0377901;REFB=0;REVB=-0.000952409;RO=0;SAF=72;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94557e-05;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:63:72:0:0:63:73:0:0 chr8 37728019 . T G 2104.6 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0694022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5008;QD=61.9001;RBI=0.0710232;REFB=-0.0441235;REVB=0.0150872;RO=0;SAF=72;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00202261;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:136:0:1:135:135:0.992647:63:72:0:0:62:73:0:1 chr8 37730368 . G A 1282.79 PASS AF=0.554545;AO=122;DP=220;FAO=122;FDP=220;FR=.;FRO=98;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=36;FSRR=62;FWDB=-0.00737551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1747;QD=23.3235;RBI=0.0245725;REFB=-0.022644;REVB=-0.0234395;RO=97;SAF=63;SAR=59;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12634;STB=0.566166;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0180983;OID=.;OPOS=37730368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:97:98:122:122:0.554545:59:63:35:62:59:63:36:62 chr8 37963239 . C T 2175.38 PASS AF=0.488938;AO=220;DP=463;FAO=221;FDP=452;FR=.;FRO=231;FSAF=76;FSAR=145;FSRF=73;FSRR=158;FWDB=0.00859785;FXX=0.0237576;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.39;QD=19.2512;RBI=0.00942092;REFB=-0.00519305;REVB=-0.00385107;RO=219;SAF=75;SAR=145;SRF=68;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312089;STB=0.51594;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00530086;OID=.;OPOS=37963239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:452:219:231:220:221:0.488938:145:75:68:151:145:76:73:158 chr8 37979919 . G C 906.9 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.043;QD=55.8094;RBI=0.0261253;REFB=0;REVB=0.0253499;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076943;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:65:0:0:57:65:1:22:35:0:0:26:39:0:0 chr8 37985897 . A G 561.1 PASS AF=0.350515;AO=69;DP=194;FAO=68;FDP=194;FR=.;FRO=126;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=78;FWDB=0.0193176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2817;QD=11.5691;RBI=0.0723228;REFB=-0.00306099;REVB=-0.0696952;RO=125;SAF=29;SAR=40;SRF=48;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424807;STB=0.530479;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00480063;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:125:126:69:68:0.350515:40:29:48:77:39:29:48:78 chr8 37996327 . G A 1580.32 PASS AF=0.586777;AO=142;DP=242;FAO=142;FDP=242;FR=.;FRO=100;FSAF=90;FSAR=52;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=-0.0546696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3103;QD=26.121;RBI=0.0566851;REFB=-0.00391833;REVB=-0.0149813;RO=99;SAF=90;SAR=52;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547512;STB=0.527969;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0029138;OID=.;OPOS=37996327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:99:100:142:142:0.586777:52:90:56:43:52:90:57:43 chr8 38005835 . T C 2511.2 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.018;QD=61.6246;RBI=0.0496292;REFB=0;REVB=0.0101094;RO=0;SAF=106;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49392e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81738e-05;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:57:106:0:0:57:106:0:0 chr8 38095662 . C T 2107.9 PASS AF=0.986111;AO=139;DP=147;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0190093;FXX=0.0463545;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.637;QD=58.5528;RBI=0.0192267;REFB=0.00923079;REVB=0.00288324;RO=1;SAF=79;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785815;STB=0.500997;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00264058;OID=.;OPOS=38095662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:144:1:2:139:142:0.986111:60:79:0:1:61:81:1:1 chr8 38385914 . C T 547.98 PASS AF=0.375723;AO=65;DP=173;FAO=65;FDP=173;FR=.;FRO=108;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=0.0523367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6897;QD=12.67;RBI=0.0523397;REFB=-0.0128979;REVB=0.000553343;RO=107;SAF=35;SAR=30;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118801;STB=0.56989;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0242074;OID=.;OPOS=38385914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:107:108:65:65:0.375723:30:35:46:61:30:35:46:62 chr8 38458552 . G GTCT 6124.88 PASS AF=1;AO=374;DP=404;FAO=384;FDP=384;FR=.;FRO=0;FSAF=230;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493852;FXX=0.0327448;HRUN=0;LEN=3;MLLD=202.681;QD=63.8008;RBI=0.0672397;REFB=0;REVB=0.045632;RO=13;SAF=224;SAR=150;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.01886e-05;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:374:404:384:384:0:230:154:0:0:33:13:224:150:11:2 chr8 38458659 . C T 4240.45 PASS AF=0.985714;AO=274;DP=280;FAO=276;FDP=280;FR=.;FRO=4;FSAF=165;FSAR=111;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0531689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.495;QD=60.5778;RBI=0.054867;REFB=-0.156641;REVB=-0.0135445;RO=6;SAF=163;SAR=111;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101227;STB=0.502262;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.000214122;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:280:280:6:4:274:276:0.985714:111:163:5:1:111:165:3:1 chr8 38677932 . A G 312.5 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00689039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.776;QD=12.1359;RBI=0.0219994;REFB=-0.0110699;REVB=-0.0208924;RO=65;SAF=11;SAR=27;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172493;STB=0.599262;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.017489;OID=.;OPOS=38677932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:27:11:28:37:27:11:28:37 chr8 38684853 . T C 766.78 PASS AF=0.357414;AO=93;DP=263;FAO=94;FDP=263;FR=.;FRO=169;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=88;FSRR=81;FWDB=0.0360308;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.587;QD=11.6621;RBI=0.036031;REFB=-0.00445287;REVB=-0.000104299;RO=170;SAF=48;SAR=45;SRF=89;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00842329;STB=0.500365;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00923265;OID=.;OPOS=38684853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:170:169:93:94:0.357414:45:48:89:81:45:49:88:81 chr8 38695996 . T C 203.02 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00682187;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.879;QD=13.7643;RBI=0.0242128;REFB=-0.0180317;REVB=-0.0232319;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131069;STB=0.575008;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0277093;OID=.;OPOS=38695996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:35:24:24:0.40678:10:14:16:19:10:14:16:19 chr8 38705653 . T A,TA 30.17 PASS AF=0,0.368421;AO=2,9;DP=48;FAO=0,14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=0,3;FSAR=0,11;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0181012,-0.0502698;FXX=0.0256345;HRUN=2,7;LEN=1,1;MLLD=21.1183,7.00237;QD=3.17536;RBI=0.0230876,0.0721896;REFB=-0.0814806,-0.136606;REVB=-0.0143311,-0.0518101;RO=34;SAF=0,3;SAR=2,6;SRF=7;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.338755,0.193865;STB=0.5,0.53221;STBP=1,0.817;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.090777;OID=.,.;OPOS=38705653,38705654;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:48:38:34:24:2,9:0,14:0,0.368421:2,6:0,3:7:27:0,11:0,3:6:18 chr8 38707452 . A T 359.88 PASS AF=0.333333;AO=47;DP=135;FAO=45;FDP=135;FR=.;FRO=90;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=-0.00532618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3762;QD=10.6632;RBI=0.014449;REFB=-0.00691544;REVB=0.0134315;RO=85;SAF=24;SAR=23;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060981;STB=0.566473;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0277288;OID=.;OPOS=38707452;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:85:90:47:45:0.333333:23:24:48:37:23:22:53:37 chr8 38827185 . GCCT GCT,GCTG 3359.39 PASS AF=0.979675,0.0203252;AO=208,26;DP=253;FAO=241,5;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=152,0;FSAR=89,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300206,-0.0154322;FXX=0.0276669;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=21.7318,185.701;QD=54.6242;RBI=0.140736,0.0295701;REFB=0.106592,-0.0746671;REVB=0.137497,-0.0252237;RO=2;SAF=143,0;SAR=65,26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00661572,-0.872328;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000751836,0.101673;OID=.,.;OPOS=38827186,38827187;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.979675,0.0203252:208,26:253:241,5:246:0:152,0:89,5:0:0:4:2:143,0:65,26:2:0 chr8 38835666 . T C 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.152;QD=62.0073;RBI=0.0227736;REFB=0;REVB=-0.00758741;RO=0;SAF=35;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23545e-05;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:49:35:0:0:49:35:0:0 chr8 38848850 . C T 1725.96 PASS AF=1;AO=102;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.295;QD=60.5598;RBI=0.0408278;REFB=0;REVB=0.0353749;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144131;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:102:114:1:49:53:0:0:53:61:0:0 chr8 38964647 . G A 2019.56 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110041;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.064;QD=62.1404;RBI=0.0137007;REFB=0;REVB=0.00816207;RO=0;SAF=53;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247388;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:128:130:1:75:53:0:0:76:54:0:0 chr8 38965271 . C T 14770.8 PASS AF=0.953079;AO=974;DP=1023;FAO=975;FDP=1023;FR=.;FRO=48;FSAF=496;FSAR=479;FSRF=44;FSRR=4;FWDB=0.015868;FXX=0.000976553;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.908;QD=57.7547;RBI=0.0262448;REFB=-0.140321;REVB=0.0209045;RO=11;SAF=495;SAR=479;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273512;STB=0.519159;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000899469;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:1023:1023:11:48:974:975:0.953079:479:495:7:4:479:496:44:4 chr8 39080632 . C G 3220.29 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496403;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.818;QD=61.6324;RBI=0.020523;REFB=-0.0171769;REVB=-0.0199136;RO=1;SAF=95;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27327e-05;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:210:209:1:0:209:209:1:114:95:1:0:114:95:0:0 chr8 39133404 . AT A,TA 46.24 PASS AF=0.306122,0.0204082;AO=20,2;DP=52;FAO=15,1;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8,0;FSAR=7,1;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0439856,-0.00512213;FXX=0.0754575;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=6.92489,194.033;QD=3.77488;RBI=0.110248,0.026046;REFB=-0.11315,-0.00627285;REVB=-0.101094,-0.0255374;RO=22;SAF=11,0;SAR=9,2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.125132,-0.589202;STB=0.571738,0.992453;STBP=0.512,0.246;TYPE=del,mnp;VARB=0.0550575,0.0181316;OID=.,.;OPOS=39133405,39133404;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:52:49:22:33:20,2:15,1:0.306122,0.0204082:9,2:11,0:15:7:7,1:8,0:21:12 chr8 39311600 . C T 2538.54 PASS AF=0.988095;AO=166;DP=169;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00157874;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.505;QD=60.4414;RBI=0.026153;REFB=-0.0595301;REVB=-0.0261053;RO=1;SAF=70;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493177;STB=0.505154;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.000288072;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:169:168:1:2:166:166:0.988095:96:70:0:1:96:70:0:2 chr8 39312886 . G A 1606.63 PASS AF=1;AO=88;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.712;QD=59.5049;RBI=0.0660408;REFB=0;REVB=-0.0608398;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124839;OID=.;OPOS=39312886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:88:108:1:36:52:0:0:45:63:0:0 chr8 39463823 . T C 645.14 PASS AF=0.37561;AO=77;DP=205;FAO=77;FDP=205;FR=.;FRO=128;FSAF=57;FSAR=20;FSRF=100;FSRR=28;FWDB=0.0116284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.592;QD=12.5881;RBI=0.0125208;REFB=-0.00793916;REVB=-0.00464225;RO=126;SAF=57;SAR=20;SRF=98;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553831;STB=0.534369;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0125527;OID=.;OPOS=39463823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:126:128:77:77:0.37561:20:57:98:28:20:57:100:28 chr8 39496029 . T C 321.12 PASS AF=0.333333;AO=41;DP=123;FAO=41;FDP=123;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.022962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.545;QD=10.443;RBI=0.0290457;REFB=-8.58364e-05;REVB=-0.0177876;RO=82;SAF=27;SAR=14;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147348;STB=0.585445;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00010418;OID=.;OPOS=39496029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:82:82:41:41:0.333333:14:27:44:38:14:27:44:38 chr8 39872866 . A C 2781.3 PASS AF=1;AO=177;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.323;QD=62.152;RBI=0.0177285;REFB=0;REVB=0.00471134;RO=0;SAF=93;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45534e-05;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:177:179:1:84:93:0:0:86:93:0:0 chr8 39873478 . T C 599.72 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0992081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.775;QD=54.5199;RBI=0.105185;REFB=-0.142243;REVB=0.0349525;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267986;STB=0.505718;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00572701;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:1:3:41:41:0.931818:24:17:1:0:24:17:1:2 chr8 39873483 . TT AA 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726131;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=2;MLLD=228.307;QD=59.4596;RBI=0.0225144;REFB=0;REVB=0.0213113;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.3524e-05;OID=.;OPOS=39873483;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr8 40011079 . G A 1386.27 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577312;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3546;QD=63.0124;RBI=0.0101838;REFB=0;REVB=0.00838932;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592183;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:39:49:0:0:39:49:0:0 chr8 40012684 . C G 813.34 PASS AF=0.51875;AO=80;DP=159;FAO=83;FDP=160;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0176311;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.951;QD=20.3335;RBI=0.0177295;REFB=0.00677797;REVB=-0.00186555;RO=77;SAF=38;SAR=42;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299678;STB=0.507896;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00511921;OID=.;OPOS=40012684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:77:77:80:83:0.51875:42:38:34:43:45:38:34:43 chr8 41132742 . A T 788.46 PASS AF=0.569231;AO=72;DP=128;FAO=74;FDP=130;FR=.;FRO=56;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.00480551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.809;QD=24.2602;RBI=0.036685;REFB=-0.0158147;REVB=-0.0363689;RO=54;SAF=43;SAR=29;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419956;STB=0.515806;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0126807;OID=.;OPOS=41132742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:54:56:72:74:0.569231:29:43:35:19:29:45:36:20 chr8 41391704 . A G 2366.7 PASS AF=0.531616;AO=221;DP=427;FAO=227;FDP=427;FR=.;FRO=200;FSAF=96;FSAR=131;FSRF=84;FSRR=116;FWDB=0.00571662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8627;QD=22.1705;RBI=0.0076409;REFB=-0.00966538;REVB=0.00506988;RO=200;SAF=93;SAR=128;SRF=84;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000728122;STB=0.501395;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00831548;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:427:200:200:221:227:0.531616:128:93:84:116:131:96:84:116 chr8 41391761 . A T 1120.56 PASS AF=0.444068;AO=118;DP=270;FAO=131;FDP=295;FR=.;FRO=164;FSAF=51;FSAR=80;FSRF=60;FSRR=104;FWDB=0.0306716;FXX=0.00337826;HRUN=8;LEN=1;MLLD=39.0966;QD=15.194;RBI=0.0332794;REFB=-0.0697035;REVB=-0.0129141;RO=152;SAF=42;SAR=76;SRF=56;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137365;STB=0.513796;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0335524;OID=.;OPOS=41391761;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:295:152:164:118:131:0.444068:76:42:56:96:80:51:60:104 chr8 41507884 . A AG,G 157.1 PASS AF=0.239437,0;AO=29,10;DP=208;FAO=51,0;FDP=213;FR=.;FRO=162;FSAF=7,0;FSAR=44,0;FSRF=117;FSRR=45;FWDB=-0.0498974,-0.0053692;FXX=0.00467268;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.195,123.945;QD=2.95026;RBI=0.0517807,0.0435047;REFB=-0.0684424,-0.00265757;REVB=-0.0138381,-0.0431721;RO=168;SAF=8,0;SAR=21,10;SRF=115;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.488215,-0.613257;STB=0.897381,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.125353,0;OID=.,.;OPOS=41507885,41507884;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:213:168:162:29,10:51,0:0.239437,0:21,10:8,0:115:53:44,0:7,0:117:45 chr8 41512648 . GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC 365.41 PASS AF=0.111111,0,0.888889;AO=3,4,17;DP=28;FAO=3,0,24;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,9;FSAR=2,0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174618,0.0854132,0.109495;FXX=0.0689417;HRUN=1,1,1;LEN=4,3,2;MLLD=74.0358,92.0476,111.674;QD=54.1348;RBI=0.0289862,0.152628,0.19762;REFB=0,0,0;REVB=-0.0289335,0.12649,0.164512;RO=0;SAF=1,4,2;SAR=2,0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.95117e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.109705,0,0.00732708;OID=.,.,.;OPOS=41512649,41512671,41512649;OREF=GTGT,GTC,GT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.111111,0,0.888889:3,4,17:28:3,0,24:27:0:1,0,9:2,0,15:0:0:15:0:1,4,2:2,0,15:0:0 chr8 41512924 . C A 46.97 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=27;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0673923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.1365;QD=5.8711;RBI=0.0800991;REFB=-0.0297164;REVB=0.0432914;RO=20;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520889;STB=0.794951;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0847877;OID=.;OPOS=41512924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:27:32:20:22:5:10:0.3125:2:3:3:17:3:7:5:17 chr8 41517958 . A AG 5998.96 PASS AF=1;AO=502;DP=568;FAO=546;FDP=546;FR=.;FRO=0;FSAF=208;FSAR=338;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125402;FXX=0.0144402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.711;QD=43.9484;RBI=0.139192;REFB=0;REVB=0.060405;RO=51;SAF=183;SAR=319;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000827161;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:502:568:546:546:0:208:338:0:0:99:51:183:319:34:17 chr8 41519462 . A G 546.04 PASS AF=0.406897;AO=58;DP=144;FAO=59;FDP=145;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=59;FWDB=-0.00710933;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.235;QD=15.0632;RBI=0.00750049;REFB=-0.023968;REVB=0.00239055;RO=86;SAF=30;SAR=28;SRF=27;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215148;STB=0.614918;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0333689;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:86:86:58:59:0.406897:28:30:27:59:29:30:27:59 chr8 41521663 . T C 494.66 PASS AF=0.375839;AO=56;DP=149;FAO=56;FDP=149;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=61;FWDB=0.0120493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1121;QD=13.2794;RBI=0.027457;REFB=0.00406383;REVB=-0.0246718;RO=92;SAF=22;SAR=34;SRF=31;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653762;STB=0.532337;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00663682;OID=.;OPOS=41521663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:92:93:56:56:0.375839:34:22:31:61:34:22:32:61 chr8 41525914 . C T 1558.79 PASS AF=0.554307;AO=148;DP=267;FAO=148;FDP=267;FR=.;FRO=119;FSAF=63;FSAR=85;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=0.0162706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7838;QD=23.3527;RBI=0.0166914;REFB=-0.011574;REVB=-0.00372467;RO=118;SAF=63;SAR=85;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082096;STB=0.546617;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0116493;OID=.;OPOS=41525914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:118:119:148:148:0.554307:85:63:62:56:85:63:63:56 chr8 41542141 . G A 639.02 PASS AF=0.44586;AO=70;DP=157;FAO=70;FDP=157;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=0.00757753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.573;QD=16.2807;RBI=0.0120137;REFB=-0.00794825;REVB=0.0093225;RO=87;SAF=26;SAR=44;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192895;STB=0.60748;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00816263;OID=.;OPOS=41542141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:87:87:70:70:0.44586:44:26:49:38:44:26:49:38 chr8 41553928 . C G 1083.51 PASS AF=0.398714;AO=124;DP=311;FAO=124;FDP=311;FR=.;FRO=187;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=90;FSRR=97;FWDB=0.0139072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.432;QD=13.9358;RBI=0.0430757;REFB=0.00135464;REVB=0.0407689;RO=186;SAF=57;SAR=67;SRF=90;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260197;STB=0.513047;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00145448;OID=.;OPOS=41553928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:186:187:124:124:0.398714:67:57:90:96:67:57:90:97 chr8 41583294 . C T 2290.83 PASS AF=0.504425;AO=225;DP=458;FAO=228;FDP=452;FR=.;FRO=224;FSAF=135;FSAR=93;FSRF=124;FSRR=100;FWDB=0.00667476;FXX=0.0131002;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.308;QD=20.2728;RBI=0.00705592;REFB=0.00631227;REVB=-0.0022877;RO=222;SAF=135;SAR=90;SRF=123;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430198;STB=0.519623;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00568557;OID=.;OPOS=41583294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:458:452:222:224:225:228:0.504425:90:135:123:99:93:135:124:100 chr8 41787705 . CTCATT C 318.77 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.000271118;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=307.969;QD=18.2156;RBI=0.00339272;REFB=-0.0120739;REVB=-0.00338187;RO=35;SAF=4;SAR=30;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33972;STB=0.689521;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0113767;OID=.;OPOS=41787706;OREF=TCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:34:73:34:70:36:4:30:12:24:99:35:4:30:12:23 chr8 42013563 . T TATG 1587.95 PASS AF=0.948276;AO=110;DP=120;FAO=110;FDP=116;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0147786;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=3;MLLD=308.597;QD=54.7569;RBI=0.0149602;REFB=-0.0311368;REVB=-0.00232391;RO=9;SAF=64;SAR=46;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289793;STB=0.513424;STBP=0.232;TYPE=ins;VARB=0.000908679;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.948276:110:120:110:116:6:64:46:5:1:15:9:64:46:7:2 chr8 42033661 . C T 1674.02 PASS AF=0.578358;AO=155;DP=268;FAO=155;FDP=268;FR=.;FRO=113;FSAF=48;FSAR=107;FSRF=38;FSRR=75;FWDB=0.0169871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.917;QD=24.9854;RBI=0.0171342;REFB=0.00598509;REVB=-0.0022405;RO=102;SAF=48;SAR=107;SRF=33;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118365;STB=0.512987;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00390695;OID=.;OPOS=42033661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:102:113:155:155:0.578358:107:48:33:69:107:48:38:75 chr8 42044954 . G A 1380.59 PASS AF=0.51711;AO=136;DP=268;FAO=136;FDP=263;FR=.;FRO=127;FSAF=58;FSAR=78;FSRF=63;FSRR=64;FWDB=0.0346093;FXX=0.018656;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.82;QD=20.9975;RBI=0.0351706;REFB=-0.0182373;REVB=0.00625851;RO=126;SAF=58;SAR=78;SRF=63;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653734;STB=0.534;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0164364;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:263:126:127:136:136:0.51711:78:58:63:63:78:58:63:64 chr8 42176812 . C T 337.73 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0102338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.647;QD=12.5086;RBI=0.010493;REFB=-0.00656125;REVB=-0.00231771;RO=65;SAF=17;SAR=24;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515336;STB=0.530372;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0110583;OID=.;OPOS=42176812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:67:41:41:0.37963:24:17:30:35:24:17:31:36 chr8 42611002 . T C 1069.73 PASS AF=0.47619;AO=108;DP=228;FAO=110;FDP=231;FR=.;FRO=121;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=0.000798707;FXX=0.00431016;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6828;QD=18.5234;RBI=0.000956943;REFB=-0.00286671;REVB=0.000527074;RO=120;SAF=54;SAR=54;SRF=56;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031799;STB=0.515149;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.004385;OID=.;OPOS=42611002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:231:120:121:108:110:0.47619:54:54:56:64:55:55:57:64 chr8 42882555 . A ATTTGT 2897.66 PASS AF=0.939535;AO=173;DP=222;FAO=202;FDP=215;FR=.;FRO=13;FSAF=107;FSAR=95;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.012979;FXX=0.0444425;HRUN=3;LEN=5;MLLD=244.682;QD=53.9099;RBI=0.0136496;REFB=-0.0260967;REVB=-0.00422572;RO=13;SAF=102;SAR=71;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353754;STB=0.505202;STBP=0.533;TYPE=ins;VARB=0.000756298;OID=.;OPOS=42882556;OREF=-;OALT=TTTGT;OMAPALT=ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.939535:173:222:202:215:13:107:95:8:5:29:13:102:71:8:5 chr8 43054553 . T C 2299.66 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=154;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00982116;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.723;QD=60.1218;RBI=0.010902;REFB=-0.0276499;REVB=-0.00473272;RO=1;SAF=83;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569678;STB=0.502994;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-5.58991e-05;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:153:1:1:151:152:0.993464:68:83:1:0:69:83:1:0 chr8 46951721 . C G 2351.15 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00267167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8024;QD=60.2858;RBI=0.0109386;REFB=-0.00114112;REVB=0.0106073;RO=0;SAF=70;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502924;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=1.44149e-05;OID=.;OPOS=46951721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:0:1:154:155:0.99359:84:70:0:0:85:70:0:1 chr8 46951809 . G A 1769.73 PASS AF=0.983333;AO=84;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0685472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0488;QD=58.991;RBI=0.097524;REFB=-0.143572;REVB=0.0693701;RO=0;SAF=27;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38583e-08;STB=0.507574;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00231047;OID=.;OPOS=46951809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:0:2:84:118:0.983333:57:27:0:0:65:53:0:2 chr8 46951813 . G T 1693.71 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.903;QD=55.5314;RBI=0.160164;REFB=0;REVB=0.0287796;RO=2;SAF=35;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026336;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100459;OID=.;OPOS=46951813;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:122:2:0:102:122:1:67:35:2:0:68:54:0:0 chr8 47979781 . G C 2046.03 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2654;QD=61.5347;RBI=0.0972752;REFB=-0.0215183;REVB=-0.094545;RO=1;SAF=69;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683895;STB=0.503597;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.000139244;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:63:69:1:0:63:69:1:0 chr8 48102786 . C T 2233.65 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0545;QD=63.3659;RBI=0.0233974;REFB=0;REVB=-0.0228754;RO=0;SAF=71;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72613e-05;OID=.;OPOS=48102786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:70:71:0:0:70:71:0:0 chr8 48102987 . A G 1194.73 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0406328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.21;QD=59.7364;RBI=0.0409705;REFB=-0.00643157;REVB=0.00524955;RO=1;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133317;STB=0.50704;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000186228;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:35:43:0:1:35:44:0:1 chr8 48104076 . G A 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0119149;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=225.716;QD=11.8208;RBI=0.013451;REFB=-0.00755699;REVB=-0.00624218;RO=42;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167478;STB=0.602946;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0119216;OID=.;OPOS=48104076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:43:25:25:0.367647:14:11:25:17:14:11:26:17 chr8 48104722 . G T 1676.82 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.688;QD=59.8863;RBI=0.00229153;REFB=0;REVB=-0.000353232;RO=0;SAF=45;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536789;OID=.;OPOS=48104722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:110:112:1:65:45:0:0:65:47:0:0 chr8 48644762 . GTT GT,GTC 79.36 PASS AF=0.0989011,0.0769231;AO=10,7;DP=92;FAO=9,7;FDP=91;FR=.;FRO=75;FSAF=2,0;FSAR=7,7;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0317721,-0.0400929;FXX=0.0108684;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.075,50.9005;QD=3.48847;RBI=0.0330464,0.0441002;REFB=-0.0164664,-0.000916587;REVB=-0.00908838,0.0183682;RO=74;SAF=2,0;SAR=8,7;SRF=35;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.347326,-0.578517;STB=0.733164,0.998366;STBP=0.165,0.001;TYPE=del,snp;VARB=0.0684644,-0.00400084;OID=.,.;OPOS=48644763,48644764;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0989011,0.0769231:10,7:92:9,7:91:75:2,0:7,7:35:40:38:74:2,0:8,7:35:39 chr8 48650903 . GCCCCCT GCCCCT,GCCCCTC,GGCCCCT 50.35 PASS AF=0.274194,0,0.0483871;AO=12,3,4;DP=63;FAO=17,0,3;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=16,0,2;FSAR=1,0,1;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.257197,-0.225187,-0.107588;FXX=0.0312451;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=11.1151,16.1789,19.3982;QD=3.24869;RBI=0.257262,0.236085,0.116607;REFB=-0.0565502,-0.0552818,-0.0459281;REVB=-0.00580426,-0.0708979,-0.0449677;RO=32;SAF=10,3,3;SAR=2,0,1;SRF=19;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.349492,0.501025,0.189641;STB=0.855632,0.5,0.524425;STBP=0.007,1,0.952;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.0923621,0,-0.0324576;OID=.,.,.;OPOS=48650904,48650908,48650904;OREF=C,CT,C;OALT=-,TC,G;OMAPALT=GCCCCT,GCCCCTC,GGCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.274194,0,0.0483871:12,3,4:63:17,0,3:62:42:16,0,2:1,0,1:27:15:42:32:10,3,3:2,0,1:19:13 chr8 48746866 . G A 455.5 PASS AF=0.360544;AO=53;DP=147;FAO=53;FDP=147;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=-0.0184719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.075;QD=12.3945;RBI=0.0186285;REFB=-0.0144413;REVB=0.00240986;RO=92;SAF=21;SAR=32;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690718;STB=0.501744;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0267856;OID=.;OPOS=48746866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:92:94:53:53:0.360544:32:21:37:55:32:21:37:57 chr8 48805816 . A AG,G 1253.62 PASS AF=1,0;AO=48,39;DP=93;FAO=91,0;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=54,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472513,0.00986517;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=19.35,5.11738;QD=55.1042;RBI=0.121692,0.349878;REFB=0,0;REVB=-0.112144,-0.349738;RO=6;SAF=32,2;SAR=16,37;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0396102,-0.496509;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00139204,0.051901;OID=.,.;OPOS=48805817,48805816;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:91:6:0:48,39:91,0:1,0:16,37:32,2:5:1:54,0:37,0:0:0 chr8 48885436 . T A 2847.49 PASS AF=0.978723;AO=184;DP=189;FAO=184;FDP=188;FR=.;FRO=4;FSAF=99;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0173717;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.435;QD=60.585;RBI=0.0175593;REFB=-0.105641;REVB=-0.00256034;RO=3;SAF=99;SAR=85;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395226;STB=0.500814;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-5.95173e-05;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:189:188:3:4:184:184:0.978723:85:99:2:1:85:99:2:2 chr8 49876155 . T C 1709.51 PASS AF=0.391218;AO=195;DP=515;FAO=196;FDP=501;FR=.;FRO=305;FSAF=94;FSAR=102;FSRF=147;FSRR=158;FWDB=0.0106338;FXX=0.0290692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.659;QD=13.6488;RBI=0.014467;REFB=0.00370315;REVB=-0.00980899;RO=319;SAF=94;SAR=101;SRF=162;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284781;STB=0.501448;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00494162;OID=.;OPOS=49876155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:515:501:319:305:195:196:0.391218:101:94:162:157:102:94:147:158 chr8 50242815 . C T 1714.84 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00616716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3614;QD=59.6465;RBI=0.0501675;REFB=0.0390292;REVB=-0.049787;RO=1;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092192;STB=0.504761;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000350361;OID=.;OPOS=50242815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:115:1:1:113:114:0.991304:51:62:0:1:52:62:0:1 chr8 50242991 . G C,T 1893.2 PASS AF=0.056,0.944;AO=9,116;DP=125;FAO=7,118;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=7,40;FSAR=0,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383035,-0.0003732;FXX=0.00793588;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.68,183.075;QD=60.5825;RBI=0.00423128,0.00834864;REFB=0,0;REVB=0.00179784,-0.00834029;RO=0;SAF=9,38;SAR=0,78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.54148e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00269029,0.00072063;OID=.,.;OPOS=50242991,50242991;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:125:125:0:0:9,116:7,118:0.056,0.944:0,78:9,38:0:0:0,78:7,40:0:0 chr8 51571172 . G A 893.54 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9107;QD=57.6477;RBI=0.0855551;REFB=0;REVB=0.0692323;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149779;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810831;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:1:0:59:62:1:28:31:1:0:30:32:0:0 chr8 52321096 . G A 2181.66 PASS AF=0.545213;AO=202;DP=388;FAO=205;FDP=376;FR=.;FRO=171;FSAF=125;FSAR=80;FSRF=94;FSRR=77;FWDB=0.0334207;FXX=0.0334182;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3324;QD=23.2092;RBI=0.0370482;REFB=0.000716235;REVB=0.0159884;RO=166;SAF=124;SAR=78;SRF=93;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463698;STB=0.528332;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00273278;OID=.;OPOS=52321096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:376:166:171:202:205:0.545213:78:124:93:73:80:125:94:77 chr8 52321243 . T C 5798.96 PASS AF=1;AO=360;DP=360;FAO=370;FDP=370;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.914;QD=62.6914;RBI=0.0277416;REFB=0;REVB=-0.00348156;RO=0;SAF=163;SAR=197;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82748e-05;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:360:370:0:0:360:370:1:197:163:0:0:199:171:0:0 chr8 52321686 . C T 813.34 PASS AF=0.529412;AO=81;DP=153;FAO=81;FDP=153;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0252881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.348;QD=21.2637;RBI=0.0369234;REFB=0.00093469;REVB=0.0269045;RO=72;SAF=33;SAR=48;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128242;STB=0.570295;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0010964;OID=.;OPOS=52321686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:72:72:81:81:0.529412:48:33:40:32:48:33:40:32 chr8 52321843 . G C 321.52 PASS AF=0.591837;AO=22;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0157003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.2889;QD=26.2467;RBI=0.188217;REFB=-0.0723075;REVB=0.187561;RO=17;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127901;STB=0.559957;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0558283;OID=.;OPOS=52321843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:20:22:29:0.591837:17:5:6:11:21:8:8:12 chr8 52325767 . T G 734.12 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.000578035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.271;QD=19.4469;RBI=0.00476699;REFB=-0.0059191;REVB=0.00473181;RO=75;SAF=34;SAR=41;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121913;STB=0.51031;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00561404;OID=.;OPOS=52325767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:76:75:75:0.496689:41:34:35:40:41:34:36:40 chr8 52325796 . G A 609.66 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0748645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6175;QD=18.0639;RBI=0.0775847;REFB=0.00599653;REVB=-0.020364;RO=71;SAF=27;SAR=36;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783569;STB=0.508618;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00776281;OID=.;OPOS=52325796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:71:72:63:63:0.466667:36:27:31:40:36:27:32:40 chr8 52366200 . G A 4937.78 PASS AF=0.990625;AO=317;DP=321;FAO=317;FDP=320;FR=.;FRO=3;FSAF=148;FSAR=169;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0169396;FXX=0.00311517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.825;QD=61.7223;RBI=0.0246061;REFB=-0.0966057;REVB=0.0178469;RO=3;SAF=148;SAR=169;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00358766;STB=0.501881;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.000404144;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:321:320:3:3:317:317:0.990625:169:148:2:1:169:148:2:1 chr8 52730521 . C T 2861.29 PASS AF=0.989305;AO=182;DP=186;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0755544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5491;QD=61.204;RBI=0.0761596;REFB=-0.0250049;REVB=-0.00958177;RO=0;SAF=89;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10828e-08;STB=0.500203;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000136988;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:186:187:0:2:182:185:0.989305:93:89:0:0:96:89:1:1 chr8 52730864 . T C 1344.19 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324375;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.943;QD=62.5203;RBI=0.00744821;REFB=0;REVB=-0.00670477;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75626e-05;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:34:52:0:0:34:52:0:0 chr8 52731930 . C T 63.31 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00297093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0573;QD=2.58426;RBI=0.0195172;REFB=0.00113983;REVB=-0.0192898;RO=85;SAF=7;SAR=6;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547466;STB=0.538402;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00630767;OID=.;OPOS=52731930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:98:98:85:85:13:13:0.132653:6:7:42:43:6:7:42:43 chr8 52731974 . CC AA,CA 190.81 PASS AF=0.0392157,0.235294;AO=4,24;DP=102;FAO=4,24;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=1,13;FSAR=3,11;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.00711347,0.00624942;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=164.627,152.448;QD=7.4827;RBI=0.0104744,0.00727805;REFB=0.00249118,0.00170768;REVB=0.00768842,0.00373026;RO=73;SAF=1,13;SAR=3,11;SRF=37;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.235252,0.0431417;STB=0.748755,0.521313;STBP=0.396,0.761;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0195496,-0.00512901;OID=.,.;OPOS=52731974,52731975;OREF=CC,C;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:102:102:73:74:4,24:4,24:0.0392157,0.235294:3,11:1,13:37:36:3,11:1,13:38:36 chr8 52731980 . C G 178.83 PASS AF=0.25;AO=25;DP=100;FAO=25;FDP=100;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.000377115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.626;QD=7.15306;RBI=0.00244198;REFB=0.00127282;REVB=-0.00241269;RO=75;SAF=12;SAR=13;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658142;STB=0.539904;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0041485;OID=.;OPOS=52731980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:75:75:25:25:0.25:13:12:40:35:13:12:40:35 chr8 52731996 . A C 98.97 PASS AF=0.186813;AO=13;DP=88;FAO=17;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0120587;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.839;QD=4.35016;RBI=0.0122668;REFB=-0.0131146;REVB=0.00225;RO=74;SAF=8;SAR=5;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078361;STB=0.556635;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0811626;OID=.;OPOS=52731996;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:88:91:74:74:13:17:0.186813:5:8:41:33:9:8:40:34 chr8 52731999 . C T 219.05 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00400101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.79;QD=9.62873;RBI=0.00436607;REFB=-0.00981321;REVB=-0.00174771;RO=63;SAF=15;SAR=13;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014062;STB=0.508268;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0193368;OID=.;OPOS=52731999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:63:28:28:0.307692:13:15:33:30:13:15:33:30 chr8 52733050 . T A 1539.11 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.056913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.979;QD=58.6329;RBI=0.0624766;REFB=-0.00495149;REVB=0.0257727;RO=1;SAF=37;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703068;STB=0.503703;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000113084;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:67:37:0:1:67:37:0:1 chr8 52746153 . C T 2158.46 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.801;QD=63.0207;RBI=0.0266322;REFB=0;REVB=-0.0233605;RO=0;SAF=68;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10321e-05;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:136:137:1:68:68:0:0:68:69:0:0 chr8 53071461 . G A 706.47 PASS AF=0.557377;AO=68;DP=122;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00767278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.641;QD=23.1629;RBI=0.01438;REFB=0.00834248;REVB=0.012162;RO=54;SAF=42;SAR=26;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172052;STB=0.594118;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00803411;OID=.;OPOS=53071461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:54:54:68:68:0.557377:26:42:22:32:26:42:22:32 chr8 53537316 . A G 2207.9 PASS AF=0.980132;AO=148;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00374671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2501;QD=58.4875;RBI=0.0219411;REFB=-0.0292043;REVB=-0.0216188;RO=3;SAF=81;SAR=67;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455205;STB=0.502394;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000847067;OID=.;OPOS=53537316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:151:3:3:148:148:0.980132:67:81:2:1:67:81:2:1 chr8 53555069 . A G 2310.2 PASS AF=0.936047;AO=160;DP=172;FAO=161;FDP=172;FR=.;FRO=11;FSAF=74;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0534433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4174;QD=53.7255;RBI=0.0587778;REFB=-0.0938729;REVB=-0.0244673;RO=2;SAF=73;SAR=87;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128555;STB=0.523824;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0037661;OID=.;OPOS=53555069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:172:172:2:11:160:161:0.936047:87:73:2:0:87:74:1:10 chr8 53586706 . A G 2267.57 PASS AF=1;AO=148;DP=152;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228013;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.253;QD=60.8745;RBI=0.0269043;REFB=0;REVB=0.0142807;RO=0;SAF=62;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95367e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57759e-05;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:149:0:0:148:149:1:86:62:0:0:86:63:0:0 chr8 53586746 . C T 1949.84 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=126;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0313387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9793;QD=60.9324;RBI=0.078404;REFB=-0.00548091;REVB=-0.0718685;RO=1;SAF=48;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979544;STB=0.50495;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-7.17777e-05;OID=.;OPOS=53586746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:128:1:1:125:127:0.992188:77:48:1:0:77:50:1:0 chr8 54745538 . C G 2159.47 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5717;QD=63.0502;RBI=0.0295888;REFB=0;REVB=0.0292432;RO=0;SAF=65;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100569;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:72:65:0:0:72:65:0:0 chr8 55586495 . C T 1753.26 PASS AF=0.625498;AO=155;DP=248;FAO=157;FDP=251;FR=.;FRO=94;FSAF=78;FSAR=79;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.0216077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.424;QD=27.9404;RBI=0.0247071;REFB=-0.00259709;REVB=0.011981;RO=93;SAF=77;SAR=78;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013465;STB=0.509159;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00169936;OID=.;OPOS=55586495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:251:93:94:155:157:0.625498:78:77:48:45:79:78:49:45 chr8 55632762 . C T 3616.92 PASS AF=1;AO=230;DP=231;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132843;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.237;QD=62.903;RBI=0.0162202;REFB=-0.0491953;REVB=0.00930705;RO=1;SAF=117;SAR=113;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354699;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:231:230:1:0:230:230:1:113:117:1:0:113:117:0:0 chr8 55682289 . CTTTTT CTTTT,CTTTTC 850.65 PASS AF=0.915789,0.0842105;AO=48,11;DP=94;FAO=87,8;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42,7;FSAR=45,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.316648,0.17972;FXX=0.0104156;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.2095,14.71;QD=35.8167;RBI=0.603904,0.282414;REFB=0,0;REVB=0.514232,0.217849;RO=32;SAF=21,11;SAR=27,0;SRF=14;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.774933;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0260178,-0.0351668;OID=.,.;OPOS=55682290,55682294;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTT,CTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.915789,0.0842105:48,11:94:87,8:95:0:42,7:45,1:0:0:16:32:21,11:27,0:14:18 chr8 56054696 . C T 255.31 PASS AF=0.314815;AO=33;DP=107;FAO=34;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=-0.0121667;FXX=0.00917347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.091;QD=9.45591;RBI=0.0439051;REFB=-0.0114273;REVB=-0.0421856;RO=51;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26516;STB=0.68516;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0215014;OID=.;OPOS=56054696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:51:74:33:34:0.314815:13:20:18:33:13:21:25:49 chr8 56651746 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.551;QD=53.2738;RBI=0.0401051;REFB=0;REVB=0.0370625;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336058;OID=.;OPOS=56651746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr8 56652048 . CAT C 4070.32 PASS AF=1;AO=254;DP=273;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.7813e-05;FXX=0.0618159;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.198;QD=63.1058;RBI=0.0679011;REFB=0;REVB=0.0679011;RO=0;SAF=118;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.39618e-05;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:254:273:258:258:0:119:139:0:0:22:0:118:136:0:0 chr8 56657801 . C T 1977.9 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0152909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.588;QD=60.3938;RBI=0.0424851;REFB=-0.0400846;REVB=-0.039638;RO=1;SAF=68;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772717;STB=0.508063;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00158254;OID=.;OPOS=56657801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:1:2:129:129:0.984733:61:68:0:1:61:68:0:2 chr8 56686224 . T C 2570.41 PASS AF=0.988235;AO=167;DP=169;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.026711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3355;QD=60.4802;RBI=0.0304845;REFB=0.015415;REVB=-0.0146911;RO=2;SAF=78;SAR=89;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000744947;STB=0.500351;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.000268149;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:170:2:2:167:168:0.988235:89:78:1:1:89:79:1:1 chr8 56821700 . T G 2757.93 PASS AF=1;AO=177;DP=179;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197246;FXX=0.0111726;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.319;QD=62.3262;RBI=0.0205493;REFB=-0.00641978;REVB=0.00576288;RO=1;SAF=75;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063049;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.878e-05;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:177:1:0:177:177:1:102:75:1:0:102:75:0:0 chr8 56821795 . T G 4130.52 PASS AF=1;AO=254;DP=255;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.619;QD=62.3474;RBI=0.0269811;REFB=0;REVB=0.0135747;RO=0;SAF=123;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74157e-06;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:255:265:0:0:254:265:1:131:123:0:0:136:129:0:0 chr8 56821809 . C T 3735.15 PASS AF=1;AO=237;DP=241;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221163;FXX=0.0165968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.59;QD=63.0405;RBI=0.024783;REFB=-0.0693648;REVB=-0.0111832;RO=0;SAF=110;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.07055e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4926e-05;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:241:237:0:0:237:237:1:127:110:0:0:127:110:0:0 chr8 56821945 . G A 1989.5 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.001;QD=62.1717;RBI=0.0311669;REFB=0;REVB=0.0220776;RO=0;SAF=59;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1305e-08;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:69:59:0:0:69:59:0:0 chr8 57074194 . T C 960.03 PASS AF=0.465438;AO=101;DP=211;FAO=101;FDP=217;FR=.;FRO=116;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=-0.0233065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.172;QD=17.6964;RBI=0.0251918;REFB=-0.0192957;REVB=0.00956198;RO=110;SAF=50;SAR=51;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390436;STB=0.534877;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0221019;OID=.;OPOS=57074194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:217:110:116:101:101:0.465438:51:50:59:51:51:50:65:51 chr8 57285647 . T G 3107.52 PASS AF=0.99;AO=191;DP=194;FAO=198;FDP=200;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-5.51608e-06;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.785;QD=62.1505;RBI=0.111771;REFB=-0.0901265;REVB=0.111771;RO=3;SAF=94;SAR=97;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00513912;STB=0.505154;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00122672;OID=.;OPOS=57285647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:194:200:3:2:191:198:0.99:97:94:2:1:102:96:2:0 chr8 57294571 . C G 1174.23 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113173;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.691;QD=60.9991;RBI=0.103648;REFB=0;REVB=0.103641;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120838;OID=.;OPOS=57294571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:74:77:1:28:46:0:0:31:46:0:0 chr8 57335918 . G C 48.03 PASS AF=0.538462;AO=4;DP=11;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0598629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8611;QD=14.7797;RBI=0.234719;REFB=-0.0190654;REVB=0.226957;RO=6;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156622;STB=0.545327;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0135117;OID=.;OPOS=57335918;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:11:13:6:6:4:7:0.538462:2:2:4:2:3:4:4:2 chr8 57358251 . C T 2276.96 PASS AF=0.547558;AO=213;DP=390;FAO=213;FDP=389;FR=.;FRO=176;FSAF=98;FSAR=115;FSRF=112;FSRR=64;FWDB=0.0137508;FXX=0.00256404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.051;QD=23.4135;RBI=0.0139831;REFB=-0.0336991;REVB=0.00253813;RO=176;SAF=98;SAR=115;SRF=112;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145974;STB=0.57924;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0275714;OID=.;OPOS=57358251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:389:176:176:213:213:0.547558:115:98:112:64:115:98:112:64 chr8 57358432 . G A 2115.24 PASS AF=0.43738;AO=227;DP=520;FAO=227;FDP=519;FR=.;FRO=292;FSAF=126;FSAR=101;FSRF=137;FSRR=155;FWDB=0.0331878;FXX=0.00192304;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6962;QD=16.3025;RBI=0.0332355;REFB=0.00162352;REVB=-0.00178063;RO=292;SAF=126;SAR=101;SRF=137;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873784;STB=0.54839;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0021049;OID=.;OPOS=57358432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:520:519:292:292:227:227:0.43738:101:126:137:155:101:126:137:155 chr8 57829649 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0097707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.713;QD=53.2771;RBI=0.0581793;REFB=0;REVB=-0.057353;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410087;OID=.;OPOS=57829649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr8 57872679 . T C 407.29 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00281501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5177;QD=22.946;RBI=0.0386124;REFB=-0.0170326;REVB=0.0385097;RO=31;SAF=20;SAR=20;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640015;STB=0.535194;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00983461;OID=.;OPOS=57872679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:20:20:13:18:20:20:13:18 chr8 59060275 . A G 806.72 PASS AF=0.432692;AO=86;DP=204;FAO=90;FDP=208;FR=.;FRO=118;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=0.00847818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.881;QD=15.5139;RBI=0.0122092;REFB=-0.00920842;REVB=0.00878545;RO=109;SAF=47;SAR=39;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330746;STB=0.539662;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00862321;OID=.;OPOS=59060275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:208:109:118:86:90:0.432692:39:47:56:53:41:49:56:62 chr8 59361140 . TCAA T 90.98 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.000823913;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=3;MLLD=262.442;QD=6.0653;RBI=0.0144024;REFB=-0.0033347;REVB=-0.0143788;RO=45;SAF=6;SAR=8;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154291;STB=0.587553;STBP=0.466;TYPE=del;VARB=0.0096492;OID=.;OPOS=59361141;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:14:61:14:60:46:6:8:25:21:90:45:6:8:25:20 chr8 59512334 . G A 1157.6 PASS AF=0.54902;AO=112;DP=203;FAO=112;FDP=204;FR=.;FRO=92;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=-0.000594533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.408;QD=22.6981;RBI=0.00514651;REFB=-0.00824654;REVB=-0.00511206;RO=91;SAF=56;SAR=56;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135621;STB=0.509802;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0067903;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:91:92:112:112:0.54902:56:56:44:47:56:56:44:48 chr8 59548110 . G A 327.92 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0491251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.229;QD=20.4952;RBI=0.0492401;REFB=-0.0234982;REVB=0.00336383;RO=29;SAF=15;SAR=19;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822091;STB=0.535694;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.01944;OID=.;OPOS=59548110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:30:34:34:0.53125:19:15:10:19:19:15:11:19 chr8 59571856 . A C 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00885332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.066;QD=14.6051;RBI=0.0519107;REFB=-0.0211498;REVB=-0.0511502;RO=49;SAF=22;SAR=12;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390846;STB=0.522192;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0335471;OID=.;OPOS=59571856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:12:22:30:19:12:22:30:19 chr8 61178574 . T C 397.73 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0100633;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.596;QD=14.2047;RBI=0.010227;REFB=0.00281214;REVB=-0.00182213;RO=66;SAF=20;SAR=26;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115598;STB=0.565189;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00376747;OID=.;OPOS=61178574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:66:66:46:46:0.410714:26:20:36:30:26:20:36:30 chr8 61488824 . T C 3483.57 PASS AF=1;AO=206;DP=209;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.489;QD=61.93;RBI=0.021828;REFB=0;REVB=0.00904211;RO=0;SAF=123;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34525e-06;OID=.;OPOS=61488824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:209:225:0:0:206:225:1:83:123:0:0:91:134:0:0 chr8 61488859 . A G 3595.15 PASS AF=0.991379;AO=230;DP=232;FAO=230;FDP=232;FR=.;FRO=2;FSAF=133;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0046857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9871;QD=61.9853;RBI=0.068395;REFB=-0.0772364;REVB=-0.0682343;RO=2;SAF=133;SAR=97;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00972291;STB=0.505102;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000607657;OID=.;OPOS=61488859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:232:232:2:2:230:230:0.991379:97:133:0:2:97:133:0:2 chr8 62489334 . C T 655.62 PASS AF=0.458904;AO=67;DP=146;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.00987184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.689;QD=17.9623;RBI=0.0169764;REFB=-0.00592596;REVB=-0.013811;RO=79;SAF=24;SAR=43;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745065;STB=0.541455;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00593558;OID=.;OPOS=62489334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:79:79:67:67:0.458904:43:24:34:45:43:24:34:45 chr8 62490978 . T C 811.24 PASS AF=0.373077;AO=96;DP=260;FAO=97;FDP=260;FR=.;FRO=163;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=70;FSRR=93;FWDB=-0.0170101;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.241;QD=12.4805;RBI=0.0214296;REFB=-0.0202474;REVB=-0.013034;RO=161;SAF=54;SAR=42;SRF=70;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141054;STB=0.579346;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0136772;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:161:163:96:97:0.373077:42:54:70:91:43:54:70:93 chr8 62491095 . C T 113.34 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0333738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.374;QD=9.64602;RBI=0.0356165;REFB=-0.0136778;REVB=0.0124388;RO=32;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223777;STB=0.622584;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0164424;OID=.;OPOS=62491095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:6:8:12:20:6:8:13:20 chr8 62491107 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0168419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.948;QD=8.81184;RBI=0.017813;REFB=-0.00800624;REVB=-0.00580113;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186603;STB=0.614231;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.012964;OID=.;OPOS=62491107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:10:13:4:6:10:13 chr8 62491628 . A G 380.26 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0303947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.168;QD=24.9351;RBI=0.0364365;REFB=-0.0154248;REVB=-0.0200943;RO=24;SAF=8;SAR=29;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250965;STB=0.638684;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0109558;OID=.;OPOS=62491628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:29:8:12:12:29:8:12:12 chr8 62491943 . G A 240.08 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0332108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5954;QD=16.5569;RBI=0.0432528;REFB=-0.0211679;REVB=-0.0277101;RO=30;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371759;STB=0.508934;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0243105;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:17:10:11:19:17:10:11:20 chr8 62491985 . A G 176.24 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0122966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1874;QD=20.7337;RBI=0.0673546;REFB=-0.0136352;REVB=-0.0662226;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156805;STB=0.58814;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00968243;OID=.;OPOS=62491985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:9:9:5:11:9:9:5:11 chr8 62544419 . G A 627.13 PASS AF=0.395604;AO=72;DP=182;FAO=72;FDP=182;FR=.;FRO=110;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=-0.00900358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.474;QD=13.7831;RBI=0.0228524;REFB=0.00127066;REVB=0.021004;RO=97;SAF=21;SAR=51;SRF=37;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105617;STB=0.608335;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00138654;OID=.;OPOS=62544419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:97:110:72:72:0.395604:51:21:37:60:51:21:50:60 chr8 62544428 . G T 2591.76 PASS AF=0.994118;AO=166;DP=167;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00168392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.289;QD=60.9827;RBI=0.0300785;REFB=-0.0565191;REVB=-0.0300313;RO=0;SAF=62;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=6.43154e-05;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:167:170:0:1:166:169:0.994118:104:62:0:0:104:65:1:0 chr8 62595068 . C T 1377.21 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.459;QD=62.6003;RBI=0.0267483;REFB=0;REVB=0.00127152;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63623e-05;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:53:35:0:0:53:35:0:0 chr8 63659635 . G A 1034.05 PASS AF=0.378125;AO=121;DP=323;FAO=121;FDP=320;FR=.;FRO=199;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=83;FSRR=116;FWDB=0.00849858;FXX=0.00928764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.575;QD=12.9256;RBI=0.00919401;REFB=0.00704322;REVB=0.00350772;RO=191;SAF=60;SAR=61;SRF=77;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101262;STB=0.549028;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0150553;OID=.;OPOS=63659635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:320:191:199:121:121:0.378125:61:60:77:114:61:60:83:116 chr8 63775855 . CT C 195.43 PASS AF=0.337838;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0127079;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.129;QD=10.5636;RBI=0.0128847;REFB=-0.00322482;REVB=0.00212712;RO=48;SAF=8;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173553;STB=0.604965;STBP=0.202;TYPE=del;VARB=0.00617787;OID=.;OPOS=63775856;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337838:24:74:25:74:49:8:17:23:26:99:48:8:16:23:25 chr8 63942717 . C T 698.94 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0342907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.468;QD=54.8189;RBI=0.0364147;REFB=0.0217433;REVB=0.012255;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192104;STB=0.5102;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.000920961;OID=.;OPOS=63942717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:24:26:0:1:24:26:0:1 chr8 64098729 . A AG 2497.7 PASS AF=1;AO=161;DP=170;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00480527;FXX=0.035926;HRUN=0;LEN=1;MLLD=244.609;QD=62.0546;RBI=0.012199;REFB=0;REVB=0.0112128;RO=9;SAF=73;SAR=88;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000910069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.03898e-05;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:161:170:161:161:0:73:88:0:0:14:9:73:88:4:5 chr8 64147448 . C T 306.24 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00796305;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.266;QD=12.6284;RBI=0.00935103;REFB=-0.000182228;REVB=-0.0049022;RO=64;SAF=15;SAR=20;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102124;STB=0.506021;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.000325159;OID=.;OPOS=64147448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:64:62:35:35:0.360825:20:15:28:36:20:15:26:36 chr8 65290650 . C T 2525.54 PASS AF=0.993976;AO=161;DP=161;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.214;QD=60.8565;RBI=0.0185462;REFB=0.00348473;REVB=0.0128228;RO=0;SAF=66;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3663e-08;STB=0.50259;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=4.14635e-05;OID=.;OPOS=65290650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:166:0:1:161:165:0.993976:95:66:0:0:96:69:0:1 chr8 65488962 . G A 1232.92 PASS AF=0.416413;AO=137;DP=329;FAO=137;FDP=329;FR=.;FRO=192;FSAF=75;FSAR=62;FSRF=96;FSRR=96;FWDB=-0.0124888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.053;QD=14.99;RBI=0.0197878;REFB=-0.020469;REVB=-0.0153489;RO=189;SAF=75;SAR=62;SRF=96;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412996;STB=0.527789;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0284201;OID=.;OPOS=65488962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:329:189:192:137:137:0.416413:62:75:96:93:62:75:96:96 chr8 65493429 . T G 79.39 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0010994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.104;QD=15.8778;RBI=0.0192603;REFB=-0.0299402;REVB=0.0192289;RO=10;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319145;STB=0.691833;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0326325;OID=.;OPOS=65493429;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:1:9:7:3:1:9:7:3 chr8 66515063 . GTTTTTTTTTTTTC GTTTTTTTTTTTC,GTTTTTTTTTTTCT 284.98 PASS AF=0.833333,0.121212;AO=12,6;DP=73;FAO=55,8;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=43,8;FSAR=12,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0753695,0.00626974;FXX=0.131562;HRUN=12,12;LEN=1,2;MLLD=7.01857,31.1366;QD=17.2716;RBI=0.0943232,0.0129132;REFB=-0.24315,-0.138646;REVB=0.0567124,0.011289;RO=22;SAF=11,6;SAR=1,0;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.477917,0.672123;STB=0.516848,0.5;STBP=0.396,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.137216,-0.0188627;OID=.,.;OPOS=66515064,66515075;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=GTTTTTTTTTTTC,GTTTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.833333,0.121212:12,6:73:55,8:66:3:43,8:12,0:3:0:32:22:11,6:1,0:14:8 chr8 66515783 . G A 1587.7 PASS AF=0.964602;AO=109;DP=113;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00036271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1548;QD=56.2017;RBI=0.00722837;REFB=0.096229;REVB=0.00721926;RO=4;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338674;STB=0.517854;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00188941;OID=.;OPOS=66515783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:113:4:4:109:109:0.964602:54:55:0:4:54:55:0:4 chr8 66516490 . C T 1749.27 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8695;QD=60.8441;RBI=0.0366846;REFB=0;REVB=0.0100477;RO=0;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84685e-05;OID=.;OPOS=66516490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:62:53:0:0:62:53:0:0 chr8 66517486 . C A,T 1215.89 PASS AF=0.0722892,0.915663;AO=6,75;DP=82;FAO=6,76;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=5,31;FSAR=1,45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.012624,0.00179723;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.255,60.3822;QD=58.5972;RBI=0.0419061,0.0680008;REFB=-0.025385,0.0345138;REVB=-0.0399594,-0.0679771;RO=1;SAF=5,31;SAR=1,44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0789211,-0.0150175;STB=0.54531,0.507934;STBP=0.659,0.286;TYPE=snp,snp;VARB=0.120659,0.000130174;OID=.,.;OPOS=66517486,66517486;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:82:83:1:1:6,75:6,76:0.0722892,0.915663:1,44:5,31:1:0:1,45:5,31:1:0 chr8 66525548 . T C 1383.48 PASS AF=0.979798;AO=94;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0288528;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.859;QD=55.8983;RBI=0.0341006;REFB=0.0023563;REVB=0.0181761;RO=2;SAF=41;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225643;STB=0.511109;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000126604;OID=.;OPOS=66525548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:94:97:0.979798:53:41:2:0:53:44:2:0 chr8 67062040 . T C 590.68 PASS AF=0.356436;AO=72;DP=202;FAO=72;FDP=202;FR=.;FRO=130;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=72;FSRR=58;FWDB=0.0622508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.505;QD=11.6966;RBI=0.0622508;REFB=-0.00046527;REVB=2.74647e-06;RO=128;SAF=34;SAR=38;SRF=70;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838472;STB=0.552372;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000808668;OID=.;OPOS=67062040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:128:130:72:72:0.356436:38:34:70:58:38:34:72:58 chr8 67341938 . G T 1561.88 PASS AF=0.633028;AO=136;DP=216;FAO=138;FDP=218;FR=.;FRO=80;FSAF=53;FSAR=85;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00422196;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.849;QD=28.6584;RBI=0.0285078;REFB=-0.0143283;REVB=0.0281935;RO=79;SAF=52;SAR=84;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961113;STB=0.548681;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00893293;OID=.;OPOS=67341938;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:218:79:80:136:138:0.633028:84:52:41:38:85:53:41:39 chr8 67428218 . C T 810.18 PASS AF=0.546763;AO=76;DP=139;FAO=76;FDP=139;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=47;FWDB=0.00304147;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.573;QD=23.3145;RBI=0.00752954;REFB=-0.00499012;REVB=0.00688792;RO=63;SAF=34;SAR=42;SRF=16;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165867;STB=0.590301;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00503143;OID=.;OPOS=67428218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:63:63:76:76:0.546763:42:34:16:47:42:34:16:47 chr8 67590460 . C T 1457.54 PASS AF=0.989362;AO=86;DP=87;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.951;QD=62.0228;RBI=0.0127823;REFB=0.0580514;REVB=-0.00727286;RO=1;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869391;STB=0.504504;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.000499465;OID=.;OPOS=67590460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:94:1:1:86:93:0.989362:54:32:0:1:55:38:0:1 chr8 67592152 . T C 2086.6 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0564076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4775;QD=61.8251;RBI=0.0672309;REFB=-0.106338;REVB=0.0365811;RO=0;SAF=64;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503546;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000625708;OID=.;OPOS=67592152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:135:135:0:1:134:134:0.992593:70:64:0:0:70:64:0:1 chr8 68071269 . G A 344.02 PASS AF=0.395833;AO=34;DP=93;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0113042;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.224;QD=14.334;RBI=0.0114009;REFB=-0.0181838;REVB=0.00148232;RO=57;SAF=12;SAR=22;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247329;STB=0.515431;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.024837;OID=.;OPOS=68071269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:57:58:34:38:0.395833:22:12:20:37:24:14:20:38 chr8 68494981 . C CATT 1315.24 PASS AF=0.453074;AO=139;DP=310;FAO=140;FDP=309;FR=.;FRO=169;FSAF=54;FSAR=86;FSRF=78;FSRR=91;FWDB=0.00737653;FXX=0.00643066;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.594;QD=17.0258;RBI=0.0109713;REFB=-0.0107484;REVB=-0.00812133;RO=167;SAF=54;SAR=85;SRF=77;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739288;STB=0.542892;STBP=0.176;TYPE=ins;VARB=0.0126596;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453074:139:310:140:309:169:54:86:78:91:99:167:54:85:77:90 chr8 68864728 . G A 10775.1 PASS AF=1;AO=607;DP=676;FAO=680;FDP=680;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=346;FSAR=334;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673438;FXX=0.00293251;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.831;QD=63.3827;RBI=0.0687707;REFB=-0.0627972;REVB=0.0139364;RO=1;SAF=290;SAR=317;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00150427;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578736;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:52:676:680:1:0:607:680:1:317:290:0:1:334:346:0:0 chr8 68993013 . AT GC 603.41 PASS AF=0.432258;AO=67;DP=156;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=0.0121953;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.349;QD=15.5719;RBI=0.0154361;REFB=0.00109167;REVB=0.00946289;RO=86;SAF=39;SAR=28;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209436;STB=0.622305;STBP=0.012;TYPE=mnp;VARB=-0.00178912;OID=.;OPOS=68993013;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:86:88:67:67:0.432258:28:39:32:54:28:39:32:56 chr8 69012364 . G A 897.61 PASS AF=0.491803;AO=90;DP=184;FAO=90;FDP=183;FR=.;FRO=93;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.00686584;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.862;QD=19.6199;RBI=0.0276626;REFB=-0.00591073;REVB=-0.026797;RO=93;SAF=40;SAR=50;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266952;STB=0.514703;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00668504;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:93:93:90:90:0.491803:50:40:44:49:50:40:44:49 chr8 69020496 . T C 577.92 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0135207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4421;QD=18.9481;RBI=0.0202346;REFB=0.00872737;REVB=0.0150542;RO=62;SAF=14;SAR=46;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106823;STB=0.55935;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00912093;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:46:14:20:42:46:14:20:42 chr8 69104619 . C T 1160.57 PASS AF=0.527778;AO=112;DP=215;FAO=114;FDP=216;FR=.;FRO=102;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.00335338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.748;QD=21.4921;RBI=0.0340546;REFB=0.01733;REVB=0.0338891;RO=102;SAF=52;SAR=60;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226472;STB=0.516158;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0110222;OID=.;OPOS=69104619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:102:102:112:114:0.527778:60:52:50:52:62:52:50:52 chr8 69136871 . T A 782.29 PASS AF=0.441176;AO=80;DP=201;FAO=90;FDP=204;FR=.;FRO=114;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=0.00638549;FXX=0.0192298;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.891;QD=15.3389;RBI=0.0452004;REFB=-0.00618533;REVB=0.0447471;RO=101;SAF=39;SAR=41;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421569;STB=0.521977;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0147788;OID=.;OPOS=69136871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:204:101:114:80:90:0.441176:41:39:45:56:47:43:50:64 chr8 69143589 . A G 323.93 PASS AF=0.378641;AO=38;DP=104;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.00540903;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.523;QD=12.5798;RBI=0.00564058;REFB=-0.00362705;REVB=0.00159954;RO=63;SAF=17;SAR=21;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562762;STB=0.534726;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00496412;OID=.;OPOS=69143589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:63:64:38:39:0.378641:21:17:25:38:21:18:26:38 chr8 69730432 . G A 149.52 PASS AF=0.328125;AO=19;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0536784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0301;QD=9.34504;RBI=0.117155;REFB=-0.041268;REVB=-0.104134;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924894;STB=0.571361;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0570651;OID=.;OPOS=69730432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:43:19:21:0.328125:12:7:14:17:12:9:23:20 chr8 69730488 . G C 290.85 PASS AF=0.350515;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.00772091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.414;QD=11.994;RBI=0.0242244;REFB=-0.0116058;REVB=-0.0229611;RO=63;SAF=12;SAR=22;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340838;STB=0.519673;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0194704;OID=.;OPOS=69730488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:63:63:34:34:0.350515:22:12:24:39:22:12:24:39 chr8 70072423 . G A 951.54 PASS AF=0.516484;AO=90;DP=181;FAO=94;FDP=182;FR=.;FRO=88;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.00441723;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.835;QD=20.9131;RBI=0.0705859;REFB=-0.0191333;REVB=-0.0704475;RO=86;SAF=46;SAR=44;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305821;STB=0.521613;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0175466;OID=.;OPOS=70072423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:86:88:90:94:0.516484:44:46:41:45:46:48:41:47 chr8 70571313 . G A 768.51 PASS AF=0.606838;AO=71;DP=118;FAO=71;FDP=117;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00948005;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9879;QD=26.274;RBI=0.0339351;REFB=-0.0241478;REVB=-0.0325841;RO=44;SAF=26;SAR=45;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098588;STB=0.546269;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0120778;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:44:46:71:71:0.606838:45:26:22:22:45:26:22:24 chr8 70571531 . G A 570.78 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00809409;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.266;QD=21.7441;RBI=0.0182784;REFB=-0.0127417;REVB=0.0163885;RO=45;SAF=28;SAR=29;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14587;STB=0.572361;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00768868;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:45:48:57:57:0.542857:29:28:14:31:29:28:16:32 chr8 70573004 . G A 714.54 PASS AF=0.492958;AO=69;DP=145;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0120588;FXX=0.0340113;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.981;QD=20.1279;RBI=0.0130866;REFB=-0.0141657;REVB=0.00508381;RO=70;SAF=34;SAR=35;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071783;STB=0.549384;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0223604;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:142:70:72:69:70:0.492958:35:34:40:30:36:34:42:30 chr8 70584628 . T C 257.07 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0115399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5809;QD=16.0669;RBI=0.0226636;REFB=3.72799e-05;REVB=0.0195056;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019362;STB=0.51091;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=6.5804e-05;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:13:16:20:15:13:16:20:15 chr8 70602299 . A G 1825.86 PASS AF=0.654321;AO=142;DP=229;FAO=159;FDP=243;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=115;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.0135174;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8646;QD=30.0553;RBI=0.0224107;REFB=-0.00163639;REVB=-0.0178751;RO=76;SAF=39;SAR=103;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131121;STB=0.55732;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0027967;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:243:76:84:142:159:0.654321:103:39:34:42:115:44:35:49 chr8 70602341 . A G 6930.42 PASS AF=0.880143;AO=490;DP=559;FAO=492;FDP=559;FR=.;FRO=67;FSAF=201;FSAR=291;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00506494;FXX=0.00178568;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.092;QD=49.5915;RBI=0.0266608;REFB=0.000166428;REVB=-0.0261752;RO=64;SAF=199;SAR=291;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106657;STB=0.508539;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-6.52893e-05;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:559:559:64:67:490:492:0.880143:291:199:29:35:291:201:32:35 chr8 70602526 . A G 349.57 PASS AF=0.4;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0065834;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9391;QD=14.7189;RBI=0.0136756;REFB=0.0234242;REVB=-0.0119867;RO=56;SAF=14;SAR=24;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141972;STB=0.586317;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0171511;OID=.;OPOS=70602526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:56:57:38:38:0.4:24:14:28:28:24:14:29:28 chr8 70602529 . A G 144.59 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0123848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.05;QD=7.05303;RBI=0.027789;REFB=0.00417438;REVB=-0.0248766;RO=58;SAF=14;SAR=7;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207696;STB=0.633204;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0100113;OID=.;OPOS=70602529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:58:61:21:21:0.256098:7:14:29:29:7:14:30:31 chr8 70650401 . T C 699.82 PASS AF=0.619048;AO=65;DP=105;FAO=65;FDP=105;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0785452;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0726;QD=26.6597;RBI=0.0790007;REFB=-0.0183359;REVB=-0.00847194;RO=40;SAF=28;SAR=37;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220901;STB=0.511987;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0173105;OID=.;OPOS=70650401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:40:40:65:65:0.619048:37:28:16:24:37:28:16:24 chr8 70835081 . C T 1524.79 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0224068;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.099;QD=58.6459;RBI=0.0394275;REFB=-0.00546663;REVB=-0.0324416;RO=0;SAF=61;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08734e-08;STB=0.504064;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.000128768;OID=.;OPOS=70835081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:0:1:103:103:0.990385:42:61:0:0:42:61:1:0 chr8 70964399 . A G 1877.85 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.381;QD=61.5689;RBI=0.00430108;REFB=0;REVB=-0.00264788;RO=0;SAF=59;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7874e-07;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:63:59:0:0:63:59:0:0 chr8 70967607 . T C 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1837;QD=58.058;RBI=0.112637;REFB=0;REVB=-0.104178;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373005;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr8 70978690 . C T 505.22 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00509318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.5223;QD=19.8125;RBI=0.0106774;REFB=-0.00022876;REVB=-0.00938436;RO=50;SAF=20;SAR=32;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157627;STB=0.587122;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=4.56591e-05;OID=.;OPOS=70978690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:32:20:28:22:32:20:28:22 chr8 70980738 . T C 520.03 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0151176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.039;QD=18.2467;RBI=0.0365776;REFB=-0.0116019;REVB=0.0333073;RO=59;SAF=24;SAR=31;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114763;STB=0.563613;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0133794;OID=.;OPOS=70980738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:59:55:55:0.482456:31:24:33:26:31:24:33:26 chr8 71486568 . G C 133.51 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-2.9239e-05;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.345;QD=14.8346;RBI=0.0329069;REFB=-0.00012783;REVB=0.0329069;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083897;STB=0.530571;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000471832;OID=.;OPOS=71486568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:21:15:15:0.416667:10:5:9:13:10:5:8:13 chr8 71575184 . A G 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0189291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.306;QD=24.4123;RBI=0.0957917;REFB=0.0506103;REVB=-0.0939028;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134614;STB=0.576329;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0266873;OID=.;OPOS=71575184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:3:2:7:4:3:2 chr8 72111599 . A G 2380.67 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3618;QD=61.0427;RBI=0.0407136;REFB=0;REVB=0.040616;RO=0;SAF=77;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46824e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20853e-05;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:79:77:0:0:79:77:0:0 chr8 72129009 . G A,C 2869.61 PASS AF=0.914141,0.0808081;AO=179,7;DP=191;FAO=181,16;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=71,11;FSAR=110,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170383,-0.0011264;FXX=0.019801;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.4377,145.37;QD=57.9719;RBI=0.0170646,0.0152177;REFB=-0.0459337,0.00575651;REVB=0.000947174,-0.0151759;RO=0;SAF=69,2;SAR=110,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.502262,0.545396;STBP=0.503,0.263;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00276113,0.0936341;OID=.,.;OPOS=72129009,72129009;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:191:198:0:1:179,7:181,16:0.914141,0.0808081:110,5:69,2:0:0:110,5:71,11:0:1 chr8 72211295 . T C 3079.84 PASS AF=0.561165;AO=270;DP=496;FAO=289;FDP=515;FR=.;FRO=226;FSAF=119;FSAR=170;FSRF=100;FSRR=126;FWDB=0.0477827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.415;QD=23.9211;RBI=0.0492922;REFB=-0.00595763;REVB=0.0121049;RO=226;SAF=100;SAR=170;SRF=100;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636037;STB=0.513842;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00484223;OID=.;OPOS=72211295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:496:515:226:226:270:289:0.561165:170:100:100:126:170:119:100:126 chr8 72246578 . A G 228.21 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0112863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.749;QD=20.2852;RBI=0.0119601;REFB=-0.00394127;REVB=0.00395788;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179173;STB=0.508467;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00340841;OID=.;OPOS=72246578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:22:22:23:0.511111:15:7:6:14:15:8:8:14 chr8 72383124 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.089;QD=59.3227;RBI=0.0426708;REFB=0;REVB=0.0297759;RO=0;SAF=20;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69074e-05;OID=.;OPOS=72383124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:48:20:0:0:48:20:0:0 chr8 72755647 . C CT 343.24 PASS AF=0.477876;AO=51;DP=114;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0867712;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1581;QD=12.15;RBI=0.0894584;REFB=-0.0173972;REVB=-0.0217617;RO=61;SAF=27;SAR=24;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011346;STB=0.52136;STBP=0.673;TYPE=ins;VARB=0.0235451;OID=.;OPOS=72755648;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477876:51:114:54:113:59:28:26:33:26:99:61:27:24:33:28 chr8 72935008 . C T 1877.62 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.341;QD=61.5612;RBI=0.0507201;REFB=0;REVB=0.0333353;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37093e-05;OID=.;OPOS=72935008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:64:58:0:0:64:58:0:0 chr8 72935039 . C T 2612.15 PASS AF=0.994186;AO=164;DP=170;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00665336;FXX=0.054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.944;QD=60.7477;RBI=0.0199662;REFB=-0.0988096;REVB=0.018825;RO=1;SAF=80;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591132;STB=0.503105;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00135012;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:172:1:1:164:171:0.994186:84:80:1:0:91:80:1:0 chr8 72935045 . G A,C 3064.68 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=8,187;DP=195;FAO=8,188;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=7,83;FSAR=1,105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878724,0.0150142;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.4047,60.9385;QD=62.5445;RBI=0.0872685,0.0203274;REFB=0,0;REVB=-0.086825,-0.0137032;RO=0;SAF=7,83;SAR=1,104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.155366,0.000293996;OID=.,.;OPOS=72935045,72935045;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:195:196:0:0:8,187:8,188:0.0408163,0.959184:1,104:7,83:0:0:1,105:7,83:0:0 chr8 72936145 . T C 672.15 PASS AF=0.637363;AO=58;DP=91;FAO=58;FDP=91;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00108037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.025;QD=29.545;RBI=0.0371445;REFB=-0.0344469;REVB=0.0371288;RO=33;SAF=13;SAR=45;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171375;STB=0.593517;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0217003;OID=.;OPOS=72936145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:33:33:58:58:0.637363:45:13:14:19:45:13:14:19 chr8 72942210 . G T 368.24 PASS AF=0.438202;AO=37;DP=86;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0481577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.428;QD=16.5502;RBI=0.0541514;REFB=-0.0162072;REVB=-0.0247631;RO=47;SAF=13;SAR=24;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121853;STB=0.559557;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0232421;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:47:50:37:39:0.438202:24:13:22:25:25:14:23:27 chr8 72966002 . G A 550.82 PASS AF=0.34359;AO=65;DP=194;FAO=67;FDP=195;FR=.;FRO=128;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=73;FWDB=0.0152403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8593;QD=11.299;RBI=0.0262607;REFB=0.0144448;REVB=0.0213859;RO=129;SAF=38;SAR=27;SRF=56;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173545;STB=0.609259;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0250641;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:129:128:65:67:0.34359:27:38:56:73:27:40:55:73 chr8 72975801 . T G 1916.09 PASS AF=0.969466;AO=127;DP=131;FAO=127;FDP=131;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0127897;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=297.088;QD=58.5066;RBI=0.0158025;REFB=0.0356088;REVB=-0.00928144;RO=1;SAF=51;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621193;STB=0.504823;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-8.39643e-05;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:131:131:1:4:127:127:0.969466:76:51:0:1:76:51:1:3 chr8 72977703 . C T 1066.62 PASS AF=0.574713;AO=98;DP=172;FAO=100;FDP=174;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0191591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.998;QD=24.52;RBI=0.0191675;REFB=-0.0641085;REVB=-0.000568815;RO=73;SAF=45;SAR=53;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590028;STB=0.538587;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0386084;OID=.;OPOS=72977703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:73:74:98:100:0.574713:53:45:39:34:55:45:40:34 chr8 72981318 . G A 1702.83 PASS AF=0.571942;AO=155;DP=277;FAO=159;FDP=278;FR=.;FRO=119;FSAF=78;FSAR=81;FSRF=65;FSRR=54;FWDB=0.00133251;FXX=0.0071426;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.903;QD=24.5012;RBI=0.00845351;REFB=-0.00768986;REVB=-0.00834783;RO=114;SAF=77;SAR=78;SRF=63;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436628;STB=0.523807;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00547754;OID=.;OPOS=72981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:278:114:119:155:159:0.571942:78:77:63:51:81:78:65:54 chr8 72981327 . A G,T 4125.82 PASS AF=0.951852,0.0481481;AO=256,13;DP=271;FAO=257,13;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=129,13;FSAR=128,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0063113,-0.00856306;FXX=0.00735267;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.843,172.747;QD=61.1233;RBI=0.0145044,0.014058;REFB=-0.0510776,-0.00758278;REVB=-0.0130593,0.011149;RO=0;SAF=128,13;SAR=128,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000239326,0.00946185;OID=.,.;OPOS=72981327,72981327;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:271:270:0:0:256,13:257,13:0.951852,0.0481481:128,0:128,13:0:0:128,0:129,13:0:0 chr8 74005131 . A G 3404.67 PASS AF=0.394683;AO=384;DP=976;FAO=386;FDP=978;FR=.;FRO=592;FSAF=160;FSAR=226;FSRF=268;FSRR=324;FWDB=-0.0813111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7578;QD=13.925;RBI=0.0818771;REFB=0.00031756;REVB=-0.00961066;RO=588;SAF=160;SAR=224;SRF=264;SRR=324;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357344;STB=0.523623;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000560569;OID=.;OPOS=74005131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:976:978:588:592:384:386:0.394683:224:160:264:324:226:160:268:324 chr8 74005179 . T G 1943.49 PASS AF=0.365079;AO=229;DP=632;FAO=230;FDP=630;FR=.;FRO=400;FSAF=94;FSAR=136;FSRF=198;FSRR=202;FWDB=-0.016603;FXX=0.00473926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.925;QD=12.3396;RBI=0.0191016;REFB=-0.0161353;REVB=-0.0094453;RO=398;SAF=94;SAR=135;SRF=196;SRR=202;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934357;STB=0.555532;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.031514;OID=.;OPOS=74005179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:632:630:398:400:229:230:0.365079:135:94:196:202:136:94:198:202 chr8 74234185 . G A 526.82 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0199546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.436;QD=14.6338;RBI=0.0204722;REFB=-0.0347458;REVB=0.0045746;RO=86;SAF=25;SAR=33;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736239;STB=0.541491;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0490899;OID=.;OPOS=74234185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:86:86:58:58:0.402778:33:25:43:43:33:25:43:43 chr8 74334886 . C T 542.07 PASS AF=0.528302;AO=55;DP=105;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00208195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1541;QD=20.4556;RBI=0.0634545;REFB=-0.00640702;REVB=-0.0634203;RO=50;SAF=31;SAR=24;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207072;STB=0.515063;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00582362;OID=.;OPOS=74334886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:50:50:55:56:0.528302:24:31:27:23:24:32:27:23 chr8 74527996 . C T 1414.44 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.26901e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.505;QD=62.864;RBI=0.0442046;REFB=0;REVB=0.0442046;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02502e-05;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:47:43:0:0:47:43:0:0 chr8 74581290 . A AG 2331.82 PASS AF=0.981481;AO=149;DP=159;FAO=159;FDP=162;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0257413;FXX=0.0181807;HRUN=0;LEN=1;MLLD=202.628;QD=57.5759;RBI=0.0385935;REFB=-0.0817386;REVB=0.0287548;RO=4;SAF=83;SAR=66;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097273;STB=0.502121;STBP=0.753;TYPE=ins;VARB=0.000519216;OID=.;OPOS=74581291;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.981481:149:159:159:162:3:88:71:2:1:3:4:83:66:3:1 chr8 74692780 . ATTTTTTGA ATTTTTGA,ATTTTTGAT,ATTTTTGTA,ATTTTTTGTA 362.52 PASS AF=0.783784,0.0945946,0.121622,0;AO=8,4,3,10;DP=77;FAO=58,7,9,0;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=22,7,9,0;FSAR=36,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.499588,0.0291557,-0.147655,-0.376571;FXX=0.0263123;HRUN=6,6,6,0;LEN=1,3,2,1;MLLD=6.93238,50.4588,23.121,27.4012;QD=19.5958;RBI=0.942077,0.0635863,0.192079,0.376582;REFB=-0.0118096,0.00373546,-0.0385946,-0.0307423;REVB=0.7987,0.0565081,0.122852,0.00284806;RO=34;SAF=2,3,3,10;SAR=6,1,0,0;SRF=5;SRR=29;SSEN=0.38,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.195101,0.63183,0.737473,0.839998;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp,ins;VARB=0.125852,-0.126663,-0.0290729,0.0306806;OID=.,.,.,.;OPOS=74692781,74692786,74692786,74692788;OREF=T,TGA,TG,-;OALT=-,GAT,GT,T;OMAPALT=ATTTTTGA,ATTTTTGAT,ATTTTTGTA,ATTTTTTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.783784,0.0945946,0.121622,0:8,4,3,10:77:58,7,9,0:74:0:22,7,9,0:36,0,0,0:0:0:25:34:2,3,3,10:6,1,0,0:5:29 chr8 74917084 . A G 3123.55 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265844;FXX=0.00487781;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6735;QD=61.2461;RBI=0.00486472;REFB=-0.0455787;REVB=-0.00407408;RO=0;SAF=80;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132601;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:204:0:0:204:204:1:124:80:0:0:124:80:0:0 chr8 75262798 . G C 4053.23 PASS AF=1;AO=256;DP=256;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465403;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4899;QD=61.8814;RBI=0.046561;REFB=0;REVB=-0.0013898;RO=0;SAF=118;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103937;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:256:262:0:0:256:262:1:138:118:0:0:139:123:0:0 chr8 75460784 . T G,TG 3521.0 PASS AF=0,1;AO=17,199;DP=357;FAO=0,251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=0,93;FSAR=0,158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040977,-0.0413933;FXX=0.0156857;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=10.1942,22.1061;QD=56.1116;RBI=0.0457833,0.0514998;REFB=0,0;REVB=0.0204206,-0.0306403;RO=118;SAF=6,75;SAR=11,124;SRF=101;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.610199,-0.323399;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0177666,-0.000245037;OID=.,.;OPOS=75460784,75460785;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:21:357:251:118:0:17,199:0,251:0,1:11,124:6,75:101:17:0,158:0,93:0:0 chr8 75460789 . A AG 2262.16 PASS AF=1;AO=219;DP=246;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100189;FXX=0.0126045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.2248;QD=38.5048;RBI=0.100692;REFB=0;REVB=-0.0100563;RO=24;SAF=82;SAR=137;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249397;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000669874;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:219:246:235:235:0:91:144:0:0:47:24:82:137:12:12 chr8 75614617 . A G 1154.22 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109035;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2695;QD=59.1906;RBI=0.014578;REFB=-0.0938685;REVB=-0.00967634;RO=1;SAF=33;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141235;STB=0.507245;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00171453;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:43:33:1:0:43:34:1:0 chr8 75664694 . CA C,CC 1878.6 PASS AF=0.99187,0.00813008;AO=113,6;DP=121;FAO=122,1;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=56,1;FSAR=66,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238427,0.0178962;FXX=0.0159987;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=261.126,246.301;QD=61.0927;RBI=0.0325837,0.0261109;REFB=0,0;REVB=0.0222087,0.0190133;RO=0;SAF=53,3;SAR=60,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000198169,-0.029333;OID=.,.;OPOS=75664695,75664695;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.99187,0.00813008:113,6:121:122,1:123:0:56,1:66,0:0:0:4:0:53,3:60,3:0:0 chr8 77048621 . C A 2446.83 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.58;QD=60.7907;RBI=0.0140285;REFB=0;REVB=-0.0127967;RO=0;SAF=69;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33189e-06;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:157:161:0:0:157:161:1:88:69:0:0:91:70:0:0 chr8 77690563 . T C 1484.37 PASS AF=0.43956;AO=160;DP=364;FAO=160;FDP=364;FR=.;FRO=204;FSAF=83;FSAR=77;FSRF=119;FSRR=85;FWDB=-0.0139503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.523;QD=16.3118;RBI=0.034657;REFB=-0.00431591;REVB=-0.0317253;RO=203;SAF=83;SAR=77;SRF=119;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684241;STB=0.53634;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00592252;OID=.;OPOS=77690563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:364:203:204:160:160:0.43956:77:83:119:84:77:83:119:85 chr8 77745635 . G A 1034.83 PASS AF=0.580838;AO=96;DP=166;FAO=97;FDP=167;FR=.;FRO=70;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=0.0101575;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.869;QD=24.7865;RBI=0.0172493;REFB=-0.00492113;REVB=-0.0139414;RO=70;SAF=50;SAR=46;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148642;STB=0.578019;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00430004;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:70:70:96:97:0.580838:46:50:23:47:47:50:23:47 chr8 77754957 . A T 1600.19 PASS AF=0.570342;AO=150;DP=263;FAO=150;FDP=263;FR=.;FRO=113;FSAF=76;FSAR=74;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=0.0164886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7109;QD=24.3374;RBI=0.0249203;REFB=-0.0124234;REVB=0.0186855;RO=112;SAF=76;SAR=74;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333916;STB=0.519965;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00911207;OID=.;OPOS=77754957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:112:113:150:150:0.570342:74:76:52:60:74:76:52:61 chr8 77765167 . C T 258.0 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=33;FWDB=0.0445922;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=119.038;QD=15.8771;RBI=0.0446051;REFB=-0.014348;REVB=0.00107135;RO=34;SAF=4;SAR=25;SRF=3;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110203;STB=0.569981;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0217709;OID=.;OPOS=77765167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:34:36:29:29:0.446154:25:4:3:31:25:4:3:33 chr8 77765301 . T A 48.64 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=34;FWDB=0;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3349;QD=4.63226;RBI=0.00861319;REFB=-0.0294288;REVB=-0.00861319;RO=33;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.210935;OID=.;OPOS=77765301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:42:42:33:34:8:8:0.190476:8:0:0:33:8:0:0:34 chr8 77765398 . A G 367.28 PASS AF=0.673913;AO=30;DP=45;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0105967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.399;QD=31.9376;RBI=0.0235985;REFB=-0.00133524;REVB=0.0210856;RO=15;SAF=10;SAR=20;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503997;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00104748;OID=.;OPOS=77765398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:15:15:30:31:0.673913:20:10:5:10:21:10:5:10 chr8 77768390 . T G 1828.58 PASS AF=0.546875;AO=171;DP=316;FAO=175;FDP=320;FR=.;FRO=145;FSAF=65;FSAR=110;FSRF=65;FSRR=80;FWDB=0.0133766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.624;QD=22.8572;RBI=0.0134249;REFB=-0.0130692;REVB=-0.00113746;RO=145;SAF=62;SAR=109;SRF=65;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762525;STB=0.536581;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0106453;OID=.;OPOS=77768390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:320:145:145:171:175:0.546875:109:62:65:80:110:65:65:80 chr8 77776850 . A T 65.08 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.000633483;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=95.0804;QD=5.65908;RBI=0.0094623;REFB=-0.0210818;REVB=-0.00944107;RO=29;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124924;STB=0.526262;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0253262;OID=.;OPOS=77776850;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:39:46:29:36:10:10:0.217391:8:2:8:21:8:2:8:28 chr8 77777735 . C G 296.4 PASS AF=0.336364;AO=40;DP=135;FAO=37;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00664889;FXX=0.153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.655;QD=10.7781;RBI=0.0379719;REFB=-0.00474201;REVB=-0.0373853;RO=57;SAF=20;SAR=20;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082154;STB=0.549603;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0078159;OID=.;OPOS=77777735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:110:57:73:40:37:0.336364:20:20:33:24:16:21:36:37 chr8 77778119 . G T 572.99 PASS AF=0.367188;AO=42;DP=126;FAO=47;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0199861;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.05;QD=17.906;RBI=0.0199896;REFB=-0.0105066;REVB=0.000375206;RO=65;SAF=17;SAR=25;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127667;STB=0.527494;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0224381;OID=.;OPOS=77778119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:65:66:42:47:0.367188:25:17:34:31:25:22:34:32 chr8 77895865 . A G 1035.52 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000889203;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.758;QD=58.3389;RBI=0.0498087;REFB=-0.155793;REVB=0.0498008;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011966;STB=0.506022;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000360696;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:71:1:1:68:70:0.985915:39:29:0:1:41:29:0:1 chr8 77912148 . G A 1108.18 PASS AF=0.574586;AO=103;DP=182;FAO=104;FDP=181;FR=.;FRO=77;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=23;FSRR=54;FWDB=-0.059398;FXX=0.0109284;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9147;QD=24.4901;RBI=0.0748528;REFB=0.0138718;REVB=-0.0455503;RO=79;SAF=46;SAR=57;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106536;STB=0.566622;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0092954;OID=.;OPOS=77912148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:79:77:103:104:0.574586:57:46:25:54:57:47:23:54 chr8 77912230 . G T 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0637202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.664;QD=18.9488;RBI=0.0638352;REFB=0.00445825;REVB=-0.00383056;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269308;STB=0.649644;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00513788;OID=.;OPOS=77912230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:12:16:7:20:12:16:7:20 chr8 79610710 . A G 1312.77 PASS AF=1;AO=83;DP=87;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510779;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.394;QD=62.5127;RBI=0.0556896;REFB=0;REVB=0.0221896;RO=0;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31305e-05;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:84:0:0:83:84:1:53:30:0:0:54:30:0:0 chr8 80678427 . T C 395.09 PASS AF=0.299435;AO=53;DP=177;FAO=53;FDP=177;FR=.;FRO=124;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=-0.0331395;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9288;QD=8.92852;RBI=0.0438882;REFB=-0.0148047;REVB=-0.0287741;RO=123;SAF=27;SAR=26;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423543;STB=0.521657;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0282392;OID=.;OPOS=80678427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:123:124:53:53:0.299435:26:27:67:56:26:27:67:57 chr8 81116920 . G C 2065.66 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1;QD=62.5957;RBI=0.0224031;REFB=0;REVB=-0.0195202;RO=0;SAF=56;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00949e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4311e-05;OID=.;OPOS=81116920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:75:56:0:0:75:57:0:0 chr8 81399047 . TGTC T 1937.54 PASS AF=1;AO=118;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101604;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=3;MLLD=233.226;QD=62.0011;RBI=0.041182;REFB=0;REVB=0.0399089;RO=0;SAF=84;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67659e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.39498e-05;OID=.;OPOS=81399048;OREF=GTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:118:124:125:125:0:86:39:0:0:10:0:84:34:0:0 chr8 81905397 . A G 579.66 PASS AF=0.487805;AO=59;DP=122;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0344609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.421;QD=18.8507;RBI=0.0424668;REFB=-0.0178917;REVB=-0.0248168;RO=63;SAF=30;SAR=29;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059664;STB=0.53693;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0195237;OID=.;OPOS=81905397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:63:63:59:60:0.487805:29:30:28:35:29:31:28:35 chr8 82355621 . A G 943.14 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.021204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6076;QD=54.6747;RBI=0.0563761;REFB=-0.0932751;REVB=0.0522365;RO=3;SAF=43;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284723;STB=0.504457;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0235587;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:3:2:66:67:0.971014:23:43:1:2:24:43:1:1 chr8 82357112 . T C 3065.9 PASS AF=0.962791;AO=206;DP=214;FAO=207;FDP=215;FR=.;FRO=8;FSAF=130;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.000473842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.935;QD=57.0401;RBI=0.00547052;REFB=-0.101659;REVB=0.00544996;RO=7;SAF=129;SAR=77;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413509;STB=0.524689;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000557829;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:214:215:7:8:206:207:0.962791:77:129:0:7:77:130:0:8 chr8 82441781 . A G 855.38 PASS AF=0.3861;AO=99;DP=261;FAO=100;FDP=259;FR=.;FRO=159;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=75;FSRR=84;FWDB=-0.00660615;FXX=0.0152085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.561;QD=13.2106;RBI=0.00697443;REFB=-0.0109844;REVB=-0.00223639;RO=157;SAF=54;SAR=45;SRF=75;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738564;STB=0.541909;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0187797;OID=.;OPOS=82441781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:259:157:159:99:100:0.3861:45:54:75:82:46:54:75:84 chr8 82633452 . C G 5588.78 PASS AF=0.989101;AO=365;DP=371;FAO=363;FDP=367;FR=.;FRO=4;FSAF=198;FSAR=165;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.012739;FXX=0.0107814;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.309;QD=60.9131;RBI=0.04662;REFB=-0.139132;REVB=0.0448458;RO=4;SAF=198;SAR=167;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000884653;STB=0.500499;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00025326;OID=.;OPOS=82633452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:371:367:4:4:365:363:0.989101:167:198:2:2:165:198:2:2 chr8 85833168 . A G 1552.21 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341444;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1754;QD=64.0087;RBI=0.115267;REFB=0;REVB=0.110094;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376432;OID=.;OPOS=85833168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:55:42:0:0:55:42:0:0 chr8 85833439 . A G 2320.06 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00908498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.983;QD=62.2836;RBI=0.00942953;REFB=-0.00643995;REVB=0.00252569;RO=2;SAF=59;SAR=88;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106856;STB=0.505617;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000171888;OID=.;OPOS=85833439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:2:147:147:0.986577:88:59:0:2:88:59:0:2 chr8 86057894 . GTATT G 611.38 PASS AF=0.529915;AO=59;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00228862;FXX=0.0409802;HRUN=1;LEN=4;MLLD=224.174;QD=20.9019;RBI=0.00898571;REFB=-0.0310449;REVB=-0.00868938;RO=49;SAF=30;SAR=29;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00143107;STB=0.519463;STBP=0.692;TYPE=del;VARB=0.0309905;OID=.;OPOS=86057895;OREF=TATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529915:59:117:62:117:55:33:29:27:28:99:49:30:29:25:24 chr8 86089787 . C G 331.69 PASS AF=0.445652;AO=24;DP=93;FAO=41;FDP=92;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=51;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.112198;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0814;QD=14.4211;RBI=0.131688;REFB=0.0104691;REVB=0.0689441;RO=29;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118808;STB=0.558001;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00559397;OID=.;OPOS=86089787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:29:51:24:41:0.445652:8:16:16:13:13:28:30:21 chr8 86126827 . C CAACATT,T 1947.86 PASS AF=0.919463,0.0134228;AO=125,10;DP=155;FAO=137,2;FDP=149;FR=.;FRO=10;FSAF=50,1;FSAR=87,1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0202192,-0.0237303;FXX=0.0197355;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=243.223,62.8172;QD=52.2914;RBI=0.0259239,0.0290939;REFB=0.00961757,-0.0220601;REVB=0.0162244,0.0168323;RO=13;SAF=47,5;SAR=78,5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0449193,-0.11072;STB=0.517085,0.582527;STBP=0.14,0.875;TYPE=ins,snp;VARB=0.000263445,0.055249;OID=.,.;OPOS=86126828,86126827;OREF=-,C;OALT=AACATT,T;OMAPALT=CAACATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:155:149:13:10:125,10:137,2:0.919463,0.0134228:78,5:47,5:8:5:87,1:50,1:6:4 chr8 86351997 . G A 730.61 PASS AF=0.579832;AO=70;DP=120;FAO=69;FDP=119;FR=.;FRO=50;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00451264;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.716;QD=24.5582;RBI=0.00482917;REFB=0.000292234;REVB=0.00171957;RO=48;SAF=43;SAR=27;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564292;STB=0.529893;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.000167214;OID=.;OPOS=86351997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:48:50:70:69:0.579832:27:43:26:22:27:42:27:23 chr8 86389403 . T C 1558.63 PASS AF=0.524476;AO=149;DP=286;FAO=150;FDP=286;FR=.;FRO=136;FSAF=70;FSAR=80;FSRF=80;FSRR=56;FWDB=-0.0131953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8919;QD=21.799;RBI=0.0482203;REFB=0.0222897;REVB=-0.0463797;RO=136;SAF=69;SAR=80;SRF=80;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109014;STB=0.557613;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0251706;OID=.;OPOS=86389403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:136:136:149:150:0.524476:80:69:80:56:80:70:80:56 chr8 86747792 . C A 63.59 PASS AF=0.3;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=21;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6077;QD=8.47909;RBI=0.04306;REFB=-0.0740678;REVB=0.04306;RO=21;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.106528;OID=.;OPOS=86747792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:8:9:0.3:8:0:0:21:9:0:0:21 chr8 87076520 . C A 281.6 PASS AF=0.358696;AO=34;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00509832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.393;QD=12.2436;RBI=0.00701593;REFB=-0.0104295;REVB=-0.0048198;RO=58;SAF=17;SAR=17;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018957;STB=0.504282;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0180226;OID=.;OPOS=87076520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:59:34:33:0.358696:17:17:30:28:16:17:30:29 chr8 87226700 . A G 282.69 PASS AF=0.342857;AO=35;DP=104;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0145224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.62;QD=10.7692;RBI=0.0146842;REFB=-0.0182847;REVB=-0.00217382;RO=69;SAF=16;SAR=19;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139731;STB=0.570262;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0310841;OID=.;OPOS=87226700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:69:69:35:36:0.342857:19:16:40:29:19:17:40:29 chr8 87229948 . T A 842.41 PASS AF=0.596899;AO=74;DP=126;FAO=77;FDP=129;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.00324368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.286;QD=26.1214;RBI=0.00541339;REFB=-0.0239168;REVB=-0.00433397;RO=51;SAF=29;SAR=45;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015281;STB=0.51031;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0162389;OID=.;OPOS=87229948;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:51:52:74:77:0.596899:45:29:19:32:47:30:19:33 chr8 87241847 . G A 1150.6 PASS AF=0.560847;AO=106;DP=191;FAO=106;FDP=189;FR=.;FRO=83;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.00545118;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5337;QD=24.3513;RBI=0.050898;REFB=-0.0125779;REVB=-0.0506052;RO=80;SAF=53;SAR=53;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692455;STB=0.534385;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0082492;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:189:80:83:106:106:0.560847:53:53:33:47:53:53:35:48 chr8 87474085 . A G 427.81 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0364143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0095;QD=19.4457;RBI=0.0479106;REFB=0.0432986;REVB=0.0311357;RO=45;SAF=26;SAR=17;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188246;STB=0.604602;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0316812;OID=.;OPOS=87474085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:17:26:18:27:17:26:18:27 chr8 87479810 . C T 721.78 PASS AF=0.475;AO=77;DP=161;FAO=76;FDP=160;FR=.;FRO=84;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.00606072;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6637;QD=18.0445;RBI=0.0605109;REFB=-0.0101466;REVB=-0.0602066;RO=84;SAF=44;SAR=33;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200271;STB=0.608265;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00597277;OID=.;OPOS=87479810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:84:84:77:76:0.475:33:44:30:54:33:43:30:54 chr8 87480890 . C T 1245.17 PASS AF=0.588542;AO=111;DP=190;FAO=113;FDP=192;FR=.;FRO=79;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0651391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5128;QD=25.9411;RBI=0.0664967;REFB=0.0143088;REVB=-0.013368;RO=78;SAF=61;SAR=50;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111977;STB=0.503445;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00942711;OID=.;OPOS=87480890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:78:79:111:113:0.588542:50:61:44:34:51:62:44:35 chr8 87484669 . C T 284.62 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0002354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.026;QD=17.7885;RBI=0.00873605;REFB=-0.00942748;REVB=0.00873287;RO=33;SAF=8;SAR=23;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207986;STB=0.617189;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0082478;OID=.;OPOS=87484669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:23:8:15:18:23:8:15:18 chr8 87489562 . AACAC AAC,AACAA 678.17 PASS AF=0.445205,0.0479452;AO=49,7;DP=147;FAO=65,7;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=32,1;FSAR=33,6;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.0130773,-0.0191423;FXX=0.0201329;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=278.486,279.697;QD=18.5801;RBI=0.0130914,0.0201166;REFB=-0.0073132,-0.00690557;REVB=-0.000607552,-0.00618471;RO=69;SAF=22,1;SAR=27,6;SRF=25;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0921268,-0.301312;STB=0.560762,0.769024;STBP=0.203,0.218;TYPE=del,snp;VARB=0.00929943,-0.00920632;OID=.,.;OPOS=87489563,87489566;OREF=AC,C;OALT=-,A;OMAPALT=AAC,AACAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445205,0.0479452:49,7:147:65,7:146:74:32,1:33,6:28:46:99:69:22,1:27,6:25:44 chr8 87497176 . G A 554.71 PASS AF=0.573034;AO=50;DP=88;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0248843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.39;QD=24.9309;RBI=0.025028;REFB=-0.0265776;REVB=0.00267846;RO=37;SAF=23;SAR=27;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416668;STB=0.521037;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0204639;OID=.;OPOS=87497176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:37:38:50:51:0.573034:27:23:19:18:28:23:19:19 chr8 87588047 . T G 721.5 PASS AF=0.560976;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0161812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.47;QD=23.4633;RBI=0.0163247;REFB=0.00435549;REVB=0.00216024;RO=53;SAF=43;SAR=26;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785687;STB=0.547757;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0033312;OID=.;OPOS=87588047;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:53:54:69:69:0.560976:26:43:28:25:26:43:28:26 chr8 87666251 . T G 2018.55 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.472;QD=62.1092;RBI=0.0345369;REFB=0;REVB=0.0234064;RO=1;SAF=55;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637921;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6295e-05;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:1:0:129:130:1:74:55:0:1:75:55:0:0 chr8 87679303 . A C 4182.22 PASS AF=0.978648;AO=274;DP=281;FAO=275;FDP=281;FR=.;FRO=6;FSAF=104;FSAR=171;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0293453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.1875;QD=59.5334;RBI=0.0346849;REFB=-0.0846565;REVB=-0.0184904;RO=2;SAF=103;SAR=171;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916714;STB=0.501018;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00181942;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:281:281:2:6:274:275:0.978648:171:103:2:0:171:104:2:4 chr8 88483468 . C T 1636.53 PASS AF=0.357798;AO=195;DP=545;FAO=195;FDP=545;FR=.;FRO=350;FSAF=101;FSAR=94;FSRF=164;FSRR=186;FWDB=-0.0396484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.948;QD=12.0112;RBI=0.0735055;REFB=-0.00636753;REVB=-0.0618956;RO=341;SAF=101;SAR=94;SRF=158;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061474;STB=0.531676;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00838477;OID=.;OPOS=88483468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:545:545:341:350:195:195:0.357798:94:101:158:183:94:101:164:186 chr8 88483550 . A G 974.62 PASS AF=0.314861;AO=121;DP=394;FAO=125;FDP=397;FR=.;FRO=272;FSAF=33;FSAR=92;FSRF=58;FSRR=214;FWDB=0.0829486;FXX=0.00749981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8915;QD=9.81983;RBI=0.101246;REFB=-0.00305233;REVB=0.0580537;RO=258;SAF=31;SAR=90;SRF=53;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831354;STB=0.546717;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00637977;OID=.;OPOS=88483550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:397:258:272:121:125:0.314861:90:31:53:205:92:33:58:214 chr8 88622043 . T G 1467.17 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0014608;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.345;QD=56.4297;RBI=0.0599181;REFB=-0.167404;REVB=0.0599002;RO=3;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256252;STB=0.513511;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00195807;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:104:3:3:101:101:0.971154:54:47:0:3:54:47:0:3 chr8 89081730 . T C 526.21 PASS AF=0.349727;AO=64;DP=184;FAO=64;FDP=183;FR=.;FRO=119;FSAF=13;FSAR=51;FSRF=41;FSRR=78;FWDB=-0.0029302;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7324;QD=11.5018;RBI=0.0079897;REFB=0.0102672;REVB=0.00743298;RO=117;SAF=13;SAR=51;SRF=40;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205944;STB=0.621488;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0257282;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:117:119:64:64:0.349727:51:13:40:77:51:13:41:78 chr8 90770315 . C T 1765.86 PASS AF=0.497207;AO=178;DP=358;FAO=178;FDP=358;FR=.;FRO=180;FSAF=100;FSAR=78;FSRF=80;FSRR=100;FWDB=0.00026633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.648;QD=19.7303;RBI=0.0121839;REFB=-0.0330216;REVB=-0.012181;RO=178;SAF=100;SAR=78;SRF=79;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107759;STB=0.559039;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0295515;OID=.;OPOS=90770315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:358:178:180:178:178:0.497207:78:100:79:99:78:100:80:100 chr8 90958422 . T C 2627.46 PASS AF=1;AO=168;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197797;FXX=0.01734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.474;QD=61.8227;RBI=0.0616721;REFB=0;REVB=0.0584141;RO=0;SAF=90;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00839e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010641;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:168:170:1:78:90:0:0:80:90:0:0 chr8 90967711 . A G 3180.04 PASS AF=0.995305;AO=207;DP=214;FAO=212;FDP=213;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=116;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00105019;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.329;QD=59.719;RBI=0.00712357;REFB=-0.0292117;REVB=0.00704573;RO=3;SAF=92;SAR=115;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152767;STB=0.50259;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000633371;OID=.;OPOS=90967711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:214:213:3:1:207:212:0.995305:115:92:3:0:116:96:1:0 chr8 90990479 . C G 4278.89 PASS AF=1;AO=271;DP=272;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0534;QD=62.9249;RBI=0.0100835;REFB=0;REVB=-0.00509841;RO=0;SAF=145;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64735e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87772e-05;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:272:272:0:0:271:272:1:126:145:0:0:127:145:0:0 chr8 90995019 . C T 1540.49 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.031;QD=59.825;RBI=0.0200864;REFB=0;REVB=-0.00866117;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62493e-06;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:49:54:0:0:49:54:0:0 chr8 91031074 . G A 187.19 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0663382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9169;QD=14.6813;RBI=0.0693441;REFB=-0.0315669;REVB=-0.0201951;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395583;STB=0.522705;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0364703;OID=.;OPOS=91031074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:16:14:9:12:16:14 chr8 91940446 . C T 168.19 PASS AF=0.242424;AO=24;DP=99;FAO=24;FDP=99;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0110411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.398;QD=6.79563;RBI=0.0122046;REFB=0.00062762;REVB=-0.00520062;RO=75;SAF=11;SAR=13;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928677;STB=0.556628;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.0018607;OID=.;OPOS=91940446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:75:75:24:24:0.242424:13:11:40:35:13:11:40:35 chr8 91971072 . A ATTCT 491.81 PASS AF=0.661765;AO=41;DP=79;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0089154;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=4;MLLD=238.919;QD=28.9298;RBI=0.010319;REFB=-0.0110128;REVB=-0.00519597;RO=32;SAF=21;SAR=20;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216917;STB=0.592213;STBP=0.052;TYPE=ins;VARB=0.00402371;OID=.;OPOS=91971073;OREF=-;OALT=TTCT;OMAPALT=ATTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.661765:41:79:45:68:23:23:22:18:5:99:32:21:20:25:7 chr8 91990893 . G A 549.65 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00078005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4966;QD=17.8747;RBI=0.0690936;REFB=-0.0145903;REVB=-0.0690892;RO=65;SAF=21;SAR=37;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053946;STB=0.529981;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0136475;OID=.;OPOS=91990893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:65:58:58:0.471545:37:21:27:38:37:21:27:38 chr8 91992672 . A T 540.28 PASS AF=0.406897;AO=58;DP=145;FAO=59;FDP=145;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.0128595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.959;QD=14.9043;RBI=0.0129709;REFB=-0.00591026;REVB=-0.00169638;RO=82;SAF=24;SAR=34;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165775;STB=0.572875;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00850504;OID=.;OPOS=91992672;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:82:86:58:59:0.406897:34:24:47:35:34:25:47:39 chr8 92021036 . C T 460.75 PASS AF=0.484211;AO=44;DP=100;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=-0.0217292;FXX=0.049995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.777;QD=19.4001;RBI=0.0314103;REFB=-0.0157353;REVB=-0.0226814;RO=49;SAF=19;SAR=25;SRF=11;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207736;STB=0.623125;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00913194;OID=.;OPOS=92021036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:95:49:49:44:46:0.484211:25:19:11:38:25:21:11:38 chr8 92033502 . T C 603.29 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.0292365;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.451;QD=16.8752;RBI=0.0472107;REFB=0.0170762;REVB=0.0370686;RO=80;SAF=33;SAR=30;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238907;STB=0.513329;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0207424;OID=.;OPOS=92033502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:80:80:63:63:0.440559:30:33:40:40:30:33:40:40 chr8 92097062 . G A 441.88 PASS AF=0.386364;AO=51;DP=132;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=-0.00397219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.626;QD=13.3904;RBI=0.077308;REFB=-0.00424618;REVB=-0.0772059;RO=81;SAF=29;SAR=22;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225086;STB=0.62707;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00511928;OID=.;OPOS=92097062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:81:81:51:51:0.386364:22:29:29:52:22:29:29:52 chr8 92099267 . TTA TCT,T 372.83 PASS AF=0,0.328859;AO=6,43;DP=147;FAO=0,49;FDP=149;FR=.;FRO=100;FSAF=0,12;FSAR=0,37;FSRF=36;FSRR=64;FWDB=-0.0211166,0.0133092;FXX=0.0324654;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=103.097,223.01;QD=10.009;RBI=0.0267866,0.0185353;REFB=-0.000830909,-0.00556972;REVB=-0.0164806,0.0129006;RO=91;SAF=6,7;SAR=0,36;SRF=35;SRR=56;SSEN=0,0.248427;SSEP=0,0;SSSB=0.576199,-0.339819;STB=0.5,0.594336;STBP=1,0.135;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0115051;OID=.,.;OPOS=92099268,92099268;OREF=TA,TA;OALT=CT,-;OMAPALT=TCT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.328859:6,43:147:0,49:149:100:0,12:0,37:36:64:99:91:6,7:0,36:35:56 chr8 92971404 . GTTTTT GTTT,GTTTT,GTTTTA 557.65 PASS AF=0,0.966667,0.0333333;AO=14,37,5;DP=61;FAO=0,58,2;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,2;FSAR=0,38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0884934,-0.142821,-0.120364;FXX=0.0163908;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=10.5551,12.9954,7.04541;QD=37.1766;RBI=0.126707,0.229093,0.140034;REFB=0,0,0;REVB=-0.090684,-0.179124,-0.071568;RO=1;SAF=7,10,4;SAR=7,27,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.060556,0.0170335,0.277405;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0142455,-0.0264348,0.100245;OID=.,.,.;OPOS=92971405,92971405,92971409;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTTT,GTTTT,GTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.966667,0.0333333:14,37,5:61:0,58,2:60:0:0,20,2:0,38,0:0:0:7:1:7,10,4:7,27,1:0:1 chr8 94739345 . A G 515.56 PASS AF=0.421053;AO=55;DP=134;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.00189101;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.483;QD=15.5055;RBI=0.0462296;REFB=0.0011632;REVB=0.0461909;RO=76;SAF=26;SAR=29;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109432;STB=0.551549;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00213078;OID=.;OPOS=94739345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:76:77:55:56:0.421053:29:26:44:32:29:27:44:33 chr8 94744813 . C T 455.08 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0685854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8831;QD=18.0229;RBI=0.120356;REFB=-0.0204565;REVB=-0.098902;RO=52;SAF=25;SAR=23;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554359;STB=0.525762;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0228723;OID=.;OPOS=94744813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:53:48:48:0.475248:23:25:24:28:23:25:25:28 chr8 94745050 . T C 198.01 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00870497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.021;QD=11.1557;RBI=0.0163818;REFB=0.000713589;REVB=-0.0138776;RO=46;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357155;STB=0.520694;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00154239;OID=.;OPOS=94745050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:15:10:17:29:15:10:17:29 chr8 94745386 . G T 101.21 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0189423;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4036;QD=7.4973;RBI=0.0454297;REFB=0.0110865;REVB=-0.0412923;RO=38;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00916863;STB=0.502699;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.0375973;OID=.;OPOS=94745386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:40:14:14:0.259259:8:6:16:22:8:6:17:23 chr8 94746698 . G T 472.25 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00220293;FXX=0.0309246;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.2;QD=20.0956;RBI=0.0129319;REFB=-0.0110457;REVB=0.0127429;RO=47;SAF=26;SAR=20;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858482;STB=0.50943;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00953325;OID=.;OPOS=94746698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:48:46:46:0.489362:20:26:27:20:20:26:28:20 chr8 94752754 . G A 938.49 PASS AF=0.39777;AO=106;DP=270;FAO=107;FDP=269;FR=.;FRO=162;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=71;FSRR=91;FWDB=0.0170188;FXX=0.0073798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.984;QD=13.9552;RBI=0.0170193;REFB=-0.00375032;REVB=0.000131612;RO=162;SAF=38;SAR=68;SRF=73;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104045;STB=0.552964;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00549401;OID=.;OPOS=94752754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:162:162:106:107:0.39777:68:38:73:89:69:38:71:91 chr8 94794620 . C T 1048.32 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.111;QD=58.2399;RBI=0.031429;REFB=-0.064489;REVB=0.0244023;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126095;STB=0.506665;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=1.64872e-05;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:34:37:1:0:34:37:1:0 chr8 94827660 . A C 560.88 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0560031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.456;QD=21.7817;RBI=0.05601;REFB=-0.00694748;REVB=0.000878744;RO=47;SAF=24;SAR=32;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156039;STB=0.585605;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00443675;OID=.;OPOS=94827660;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:32:24:29:18:32:24:29:18 chr8 94935173 . C T 438.12 PASS AF=0.575342;AO=41;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0134064;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.878;QD=24.0066;RBI=0.0138682;REFB=-0.0176314;REVB=0.00354912;RO=31;SAF=17;SAR=24;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296529;STB=0.520474;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0138727;OID=.;OPOS=94935173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:41:42:0.575342:24:17:14:17:25:17:14:17 chr8 94935937 . T C 566.25 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=28;FWDB=0.0115928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.997;QD=27.2892;RBI=0.0449449;REFB=0.0109838;REVB=0.0434241;RO=32;SAF=24;SAR=27;SRF=4;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251112;STB=0.63579;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00173279;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:32:51:51:0.614458:27:24:4:28:27:24:4:28 chr8 94936532 . G C 622.47 PASS AF=0.534483;AO=61;DP=115;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00959786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.69;QD=21.4644;RBI=0.00976396;REFB=0.00308905;REVB=-0.00179331;RO=54;SAF=28;SAR=33;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066713;STB=0.532248;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00263381;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:54:54:61:62:0.534483:33:28:29:25:33:29:29:25 chr8 95143172 . T G 831.06 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.915;QD=55.404;RBI=0.0745652;REFB=0;REVB=0.0738136;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671213;OID=.;OPOS=95143172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:29:27:0:0:33:27:0:0 chr8 95143186 . C G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.491;QD=57.7121;RBI=0.0415978;REFB=0;REVB=0.0181089;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71959e-05;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr8 95158382 . C T 2153.04 PASS AF=0.986301;AO=135;DP=144;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00123011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.933;QD=58.9873;RBI=0.0450049;REFB=-0.0724676;REVB=0.0449881;RO=7;SAF=75;SAR=60;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522931;STB=0.507245;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000605518;OID=.;OPOS=95158382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:146:7:2:135:144:0.986301:60:75:0:7:68:76:0:2 chr8 95272598 . C T 562.53 PASS AF=0.422819;AO=63;DP=153;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.0323687;FXX=0.0261421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6709;QD=15.1014;RBI=0.0411998;REFB=0.00292006;REVB=-0.025489;RO=85;SAF=37;SAR=26;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16765;STB=0.590523;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00430268;OID=.;OPOS=95272598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:149:85:86:63:63:0.422819:26:37:36:49:26:37:37:49 chr8 95719387 . A T 1855.94 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1249;QD=61.3535;RBI=0.0376792;REFB=0;REVB=-0.0305516;RO=0;SAF=56;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45427e-05;OID=.;OPOS=95719387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:64:56:0:0:65:56:0:0 chr8 95732283 . G C 1576.89 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0493727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.193;QD=57.8676;RBI=0.0540037;REFB=-0.22971;REVB=0.0218799;RO=1;SAF=34;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645817;STB=0.503845;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.000974906;OID=.;OPOS=95732283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:109:1:2:107:107:0.981651:73:34:0:1:73:34:1:1 chr8 95793367 . A G 702.71 PASS AF=0.548387;AO=67;DP=124;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0121614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.628;QD=22.6682;RBI=0.0139461;REFB=-0.0145308;REVB=0.00682594;RO=55;SAF=23;SAR=44;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128565;STB=0.569311;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0150289;OID=.;OPOS=95793367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:55:56:67:68:0.548387:44:23:27:28:45:23:27:29 chr8 95877787 . T C 2844.62 PASS AF=1;AO=177;DP=180;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.174;QD=62.8644;RBI=0.0162148;REFB=0;REVB=0.00164643;RO=0;SAF=81;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14549e-05;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:181:0:0:177:181:1:96:81:0:0:98:83:0:0 chr8 95888307 . C T 1327.28 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122538;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.781;QD=62.46;RBI=0.0175671;REFB=0;REVB=-0.0125876;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11475e-05;OID=.;OPOS=95888307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr8 95897399 . T C 298.41 PASS AF=0.345455;AO=38;DP=109;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0347414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5404;QD=10.8514;RBI=0.0365015;REFB=-0.0112257;REVB=-0.0111983;RO=71;SAF=16;SAR=22;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082098;STB=0.543056;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0205923;OID=.;OPOS=95897399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:71:72:38:38:0.345455:22:16:35:36:22:16:35:37 chr8 95918288 . C T 1526.11 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171915;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.243;QD=63.5879;RBI=0.0316152;REFB=0;REVB=0.0265325;RO=0;SAF=34;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69059e-05;OID=.;OPOS=95918288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:62:34:0:0:62:34:0:0 chr8 95938422 . C A 1646.33 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00717788;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.267;QD=59.3271;RBI=0.0140789;REFB=-0.162729;REVB=0.0121117;RO=1;SAF=47;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999333;STB=0.505262;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000913445;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:111:1:1:110:110:0.990991:63:47:1:0:63:47:1:0 chr8 95942244 . G A 1543.91 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494991;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.144;QD=59.9575;RBI=0.0748317;REFB=0;REVB=0.0561216;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140639;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:103:0:0:103:103:1:59:44:0:0:59:44:0:0 chr8 95951916 . GTGAC G 2216.28 PASS AF=1;AO=138;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228545;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=4;MLLD=288.063;QD=63.3222;RBI=0.0160099;REFB=0;REVB=-0.0158459;RO=0;SAF=70;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.05109e-05;OID=.;OPOS=95951917;OREF=TGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:138:141:140:140:0:70:70:0:0:12:0:70:68:0:0 chr8 96053782 . GCT G 1453.84 PASS AF=1;AO=88;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00079622;FXX=0.0825612;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.152;QD=58.1537;RBI=0.0324494;REFB=0;REVB=0.0324397;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000147301;OID=.;OPOS=96053783;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:100:100:100:0:53:47:0:0:8:0:49:39:0:0 chr8 97243720 . G A 852.66 PASS AF=0.425339;AO=94;DP=221;FAO=94;FDP=221;FR=.;FRO=127;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=49;FSRR=78;FWDB=-0.0126874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3714;QD=15.4328;RBI=0.0127752;REFB=-0.00803514;REVB=0.00149512;RO=127;SAF=31;SAR=63;SRF=49;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635924;STB=0.535536;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0111334;OID=.;OPOS=97243720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:127:127:94:94:0.425339:63:31:49:78:63:31:49:78 chr8 97343326 . ATCTTGT A 522.67 PASS AF=0.378049;AO=59;DP=158;FAO=62;FDP=164;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=62;FWDB=-0.0233006;FXX=0.0465089;HRUN=1;LEN=6;MLLD=269.014;QD=12.7481;RBI=0.0311601;REFB=-0.00222857;REVB=0.020689;RO=73;SAF=20;SAR=39;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483829;STB=0.524971;STBP=0.632;TYPE=del;VARB=0.00334773;OID=.;OPOS=97343327;OREF=TCTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378049:59:158:62:164:102:22:40:40:62:99:73:20:39:28:45 chr8 97384408 . C T 2456.79 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.653;QD=61.4197;RBI=0.070795;REFB=0;REVB=-0.0625059;RO=0;SAF=78;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8144e-05;OID=.;OPOS=97384408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:82:78:0:0:82:78:0:0 chr8 97605800 . C T 905.23 PASS AF=0.435556;AO=98;DP=225;FAO=98;FDP=225;FR=.;FRO=127;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=0.00604621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.351;QD=16.0929;RBI=0.0261436;REFB=-0.0125779;REVB=-0.0254349;RO=127;SAF=46;SAR=52;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350958;STB=0.519524;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.01937;OID=.;OPOS=97605800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:127:127:98:98:0.435556:52:46:64:63:52:46:64:63 chr8 97847358 . G T 4041.06 PASS AF=0.982014;AO=264;DP=271;FAO=273;FDP=278;FR=.;FRO=5;FSAF=118;FSAR=155;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0204807;FXX=0.0035841;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.4712;QD=58.1447;RBI=0.0285467;REFB=-0.00913009;REVB=-0.019886;RO=7;SAF=119;SAR=145;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153261;STB=0.50426;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00615634;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:271:278:7:5:264:273:0.982014:145:119:1:6:155:118:1:4 chr8 98289986 . C T 18750.9 PASS AF=1;AO=1189;DP=1222;FAO=1191;FDP=1191;FR=.;FRO=0;FSAF=528;FSAR=663;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281759;FXX=0.026165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.869;QD=62.9755;RBI=0.0333587;REFB=-0.016234;REVB=0.0178584;RO=6;SAF=528;SAR=661;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000543492;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26503e-05;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:1222:1191:6:0:1189:1191:1:661:528:3:3:663:528:0:0 chr8 98725970 . G A 293.92 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00314217;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.885;QD=17.2893;RBI=0.0103545;REFB=-0.020046;REVB=0.00986621;RO=37;SAF=7;SAR=25;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164404;STB=0.580631;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0134924;OID=.;OPOS=98725970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:36:32:32:0.470588:25:7:13:24:25:7:12:24 chr8 98787952 . GC CT 382.11 PASS AF=0.220641;AO=62;DP=281;FAO=62;FDP=281;FR=.;FRO=219;FSAF=49;FSAR=13;FSRF=81;FSRR=138;FWDB=0.0542934;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=57.3805;QD=5.43935;RBI=0.0811673;REFB=0.00142779;REVB=0.0603353;RO=218;SAF=49;SAR=13;SRF=81;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517978;STB=0.813964;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.00474786;OID=.;OPOS=98787952;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:218:219:62:62:0.220641:13:49:81:137:13:49:81:138 chr8 98787994 . A G 1449.2 PASS AF=0.961905;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=105;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0273192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.798;QD=55.2076;RBI=0.0495538;REFB=-0.0743618;REVB=-0.0413429;RO=4;SAF=16;SAR=85;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218021;STB=0.511492;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00128127;OID=.;OPOS=98787994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:105:4:4:101:101:0.961905:85:16:0:4:85:16:0:4 chr8 98788033 . G C 716.47 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435855;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2997;QD=57.3175;RBI=0.043589;REFB=0;REVB=0.00055558;RO=0;SAF=1;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323172;OID=.;OPOS=98788033;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:47:1:0:0:49:1:0:0 chr8 98827531 . G A 558.73 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.542;QD=58.8141;RBI=0.0520252;REFB=0;REVB=0.0336467;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98662e-05;OID=.;OPOS=98827531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:34:38:1:19:15:0:0:22:16:0:0 chr8 98943446 . T C 573.9 PASS AF=0.380682;AO=67;DP=177;FAO=67;FDP=176;FR=.;FRO=109;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=-0.00494643;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.486;QD=13.0432;RBI=0.00704472;REFB=0.000720138;REVB=0.00501607;RO=104;SAF=36;SAR=31;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816041;STB=0.54858;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.000988719;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:104:109:67:67:0.380682:31:36:48:56:31:36:50:59 chr8 98943545 . A G 912.4 PASS AF=0.564626;AO=83;DP=146;FAO=83;FDP=147;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00449061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.904;QD=24.8272;RBI=0.00509926;REFB=-0.00742763;REVB=-0.00241596;RO=63;SAF=28;SAR=55;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091585;STB=0.547252;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00582767;OID=.;OPOS=98943545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:63:64:83:83:0.564626:55:28:28:35:55:28:28:36 chr8 98943598 . C T 553.46 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0141601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.926;QD=22.1383;RBI=0.0151596;REFB=0.00266657;REVB=-0.00541346;RO=47;SAF=23;SAR=29;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113737;STB=0.55767;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00294011;OID=.;OPOS=98943598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:48:52:52:0.52:29:23:27:20:29:23:27:21 chr8 98954012 . T C 2059.2 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.023816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9468;QD=61.4686;RBI=0.0259332;REFB=0.0394847;REVB=-0.0102628;RO=1;SAF=59;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798788;STB=0.504201;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.000429509;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:134:1:1:132:133:0.992537:73:59:1:0:74:59:1:0 chr8 99030280 . T C 1013.77 PASS AF=0.429719;AO=106;DP=249;FAO=107;FDP=249;FR=.;FRO=142;FSAF=35;FSAR=72;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=0.022999;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4462;QD=16.2854;RBI=0.0450503;REFB=-0.00828485;REVB=0.0387373;RO=142;SAF=35;SAR=71;SRF=68;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161652;STB=0.592031;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0126914;OID=.;OPOS=99030280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:142:142:106:107:0.429719:71:35:68:74:72:35:68:74 chr8 99044528 . C T 304.39 PASS AF=0.389474;AO=34;DP=91;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0983964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.496;QD=12.8163;RBI=0.0984586;REFB=-0.00156824;REVB=0.00350067;RO=57;SAF=11;SAR=23;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173632;STB=0.565538;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00206165;OID=.;OPOS=99044528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:57:58:34:37:0.389474:23:11:27:30:23:14:28:30 chr8 99045792 . G A 327.91 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00294688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.625;QD=20.4943;RBI=0.00707509;REFB=-0.00272505;REVB=-0.00643217;RO=30;SAF=22;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157947;STB=0.587733;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00228373;OID=.;OPOS=99045792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:12:22:14:16:12:22:14:16 chr8 99045978 . A C 241.07 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0120558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8412;QD=10.2582;RBI=0.0150015;REFB=-0.00172871;REVB=0.00892766;RO=62;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225;STB=0.630167;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00242884;OID=.;OPOS=99045978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:62:64:30:30:0.319149:12:18:25:37:12:18:26:38 chr8 99115144 . A G 615.49 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0046617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.337;QD=20.5164;RBI=0.0159623;REFB=-0.00797489;REVB=-0.0152664;RO=55;SAF=23;SAR=39;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748785;STB=0.547737;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00828066;OID=.;OPOS=99115144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:58:62:62:0.516667:39:23:25:30:39:23:27:31 chr8 99205612 . C T 3930.58 PASS AF=1;AO=254;DP=255;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267258;FXX=0.00392141;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.624;QD=61.899;RBI=0.0376622;REFB=0.0179095;REVB=0.0265363;RO=1;SAF=133;SAR=121;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357088;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82029e-05;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:255:254:1:0:254:254:1:121:133:1:0:121:133:0:0 chr8 99208190 . A C 398.78 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00426053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.364;QD=15.3377;RBI=0.0131273;REFB=-0.0242942;REVB=0.0124166;RO=58;SAF=28;SAR=17;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736227;STB=0.547048;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0258923;OID=.;OPOS=99208190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:58:59:45:45:0.432692:17:28:32:26:17:28:32:27 chr8 99441904 . G T 2517.25 PASS AF=0.994083;AO=143;DP=172;FAO=168;FDP=169;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715981;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.401;QD=59.58;RBI=0.0231478;REFB=-0.0547048;REVB=0.0220127;RO=1;SAF=65;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605782;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275931;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:172:169:1:0:143:168:0.994083:78:65:0:1:91:77:0:0 chr8 100844758 . T C 602.98 PASS AF=0.42236;AO=67;DP=163;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.00251353;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.696;QD=14.9809;RBI=0.00431074;REFB=-0.01614;REVB=-0.0035021;RO=95;SAF=35;SAR=32;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618514;STB=0.538675;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0218894;OID=.;OPOS=100844758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:95:93:67:68:0.42236:32:35:44:51:32:36:43:50 chr8 100889626 . T C 158.86 PASS AF=0.45;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0339535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.924;QD=15.8863;RBI=0.0339536;REFB=-0.0143741;REVB=-0.000103428;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198847;STB=0.571347;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0204273;OID=.;OPOS=100889626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:22:17:18:0.45:12:5:11:12:12:6:10:12 chr8 100975002 . A G 703.28 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0157891;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.026;QD=50.2346;RBI=0.0437996;REFB=-0.126304;REVB=0.0408548;RO=3;SAF=20;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556453;STB=0.503525;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00107437;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:56:3:3:52:53:0.946429:32:20:1:2:32:21:1:2 chr8 101011612 . G A 280.01 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0988892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6858;QD=11.9154;RBI=0.100992;REFB=0.0175278;REVB=-0.0205019;RO=60;SAF=14;SAR=19;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103917;STB=0.56529;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0282223;OID=.;OPOS=101011612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:60:61:33:33:0.351064:19:14:31:29:19:14:32:29 chr8 101153024 . G A 2696.35 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.44;QD=62.3433;RBI=0.0192799;REFB=0;REVB=-0.00969594;RO=0;SAF=85;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28034e-06;OID=.;OPOS=101153024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:88:85:0:0:88:85:0:0 chr8 101163658 . T C 341.83 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0481892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.016;QD=18.4775;RBI=0.0482013;REFB=7.76088e-05;REVB=0.00108063;RO=38;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461188;STB=0.525687;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.000911633;OID=.;OPOS=101163658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:21:15:14:24:21:15:14:24 chr8 101206391 . G A 250.53 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.033434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.11;QD=26.3715;RBI=0.0451131;REFB=0.00119852;REVB=0.0302879;RO=15;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103316;STB=0.557326;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.000874542;OID=.;OPOS=101206391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:14:9:8:7:14:9:8:7 chr8 101206455 . GAAAA GAAA,GAAAAGAC 493.09 PASS AF=0,0.505051;AO=11,43;DP=101;FAO=0,50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=0,23;FSAR=0,27;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.208588,-0.0166888;FXX=0.0198;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=10.5766,305.864;QD=19.9228;RBI=0.224626,0.0185988;REFB=-0.089659,-0.0122974;REVB=-0.0833537,-0.00820965;RO=34;SAF=6,17;SAR=5,26;SRF=16;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0897825,-0.0622014;STB=0.5,0.514801;STBP=1,0.783;TYPE=del,ins;VARB=0,0.0109584;OID=.,.;OPOS=101206456,101206460;OREF=A,-;OALT=-,GAC;OMAPALT=GAAA,GAAAAGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.505051:11,43:101:0,50:99:49:0,23:0,27:24:25:99:34:6,17:5,26:16:18 chr8 101206531 . G A 786.66 PASS AF=0.47486;AO=73;DP=167;FAO=85;FDP=179;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.00449586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6028;QD=17.5789;RBI=0.0116511;REFB=-0.0126519;REVB=0.0107488;RO=94;SAF=32;SAR=41;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035147;STB=0.535091;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0189917;OID=.;OPOS=101206531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:179:94:94:73:85:0.47486:41:32:38:56:45:40:38:56 chr8 101225559 . C G 60.27 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0473645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9419;QD=17.2189;RBI=0.0552619;REFB=-0.0117757;REVB=-0.0284689;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140069;OID=.;OPOS=101225559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:3:3:4:4:3:3 chr8 101252680 . T C 399.73 PASS AF=0.350365;AO=48;DP=137;FAO=48;FDP=137;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.0151412;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.167;QD=11.6708;RBI=0.0190478;REFB=-0.0110839;REVB=-0.0115568;RO=89;SAF=25;SAR=23;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426895;STB=0.524465;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0227985;OID=.;OPOS=101252680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:89:89:48:48:0.350365:23:25:43:46:23:25:43:46 chr8 101253184 . G A 414.27 PASS AF=0.368421;AO=49;DP=132;FAO=49;FDP=133;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.00636572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.863;QD=12.4592;RBI=0.0094815;REFB=-0.0109607;REVB=-0.00702684;RO=83;SAF=22;SAR=27;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099066;STB=0.559298;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0173363;OID=.;OPOS=101253184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:83:84:49:49:0.368421:27:22:30:53:27:22:30:54 chr8 101586133 . T C 567.11 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0118564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.27;QD=18.5936;RBI=0.0120094;REFB=0.00935551;REVB=-0.00191112;RO=63;SAF=27;SAR=32;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103018;STB=0.556918;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00953567;OID=.;OPOS=101586133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:63:59:59:0.483607:32:27:22:41:32:27:22:41 chr8 101648164 . C G 1186.39 PASS AF=0.539906;AO=115;DP=216;FAO=115;FDP=213;FR=.;FRO=98;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=0.0391231;FXX=0.0138882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9634;QD=22.2796;RBI=0.0482641;REFB=-0.0097989;REVB=0.0282632;RO=97;SAF=52;SAR=63;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426355;STB=0.525292;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00910549;OID=.;OPOS=101648164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:213:97:98:115:115:0.539906:63:52:39:58:63:52:39:59 chr8 101721756 . A C 73.61 PASS AF=0.0728929;AO=31;DP=436;FAO=32;FDP=439;FR=.;FRO=407;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=156;FSRR=251;FWDB=-0.0112166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.182;QD=0.670702;RBI=0.0370491;REFB=-0.00280277;REVB=-0.0353104;RO=404;SAF=15;SAR=16;SRF=156;SRR=248;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111569;STB=0.580289;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0387681;OID=.;OPOS=101721756;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:436:439:404:407:31:32:0.0728929:16:15:156:248:17:15:156:251 chr8 101721812 . G A 75.98 PASS AF=0.0704225;AO=35;DP=498;FAO=35;FDP=497;FR=.;FRO=462;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=213;FSRR=249;FWDB=-0.0020622;FXX=0.00200799;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.735;QD=0.611507;RBI=0.0415417;REFB=-0.000322623;REVB=0.0414905;RO=461;SAF=17;SAR=18;SRF=212;SRR=249;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289132;STB=0.522973;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.003731;OID=.;OPOS=101721812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:498:497:461:462:35:35:0.0704225:18:17:212:249:18:17:213:249 chr8 101721817 . T C 75.97 PASS AF=0.0704225;AO=35;DP=497;FAO=35;FDP=497;FR=.;FRO=462;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=213;FSRR=249;FWDB=0.0196366;FXX=0.00200799;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2401;QD=0.611452;RBI=0.0198198;REFB=-0.00118578;REVB=0.00268855;RO=460;SAF=17;SAR=18;SRF=212;SRR=248;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278081;STB=0.522973;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0153329;OID=.;OPOS=101721817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:497:497:460:462:35:35:0.0704225:18:17:212:248:18:17:213:249 chr8 101721839 . C A 90.62 PASS AF=0.0787746;AO=36;DP=457;FAO=36;FDP=457;FR=.;FRO=421;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=191;FSRR=230;FWDB=-0.00524847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.331;QD=0.793157;RBI=0.00765858;REFB=-0.000439491;REVB=0.0055774;RO=418;SAF=18;SAR=18;SRF=189;SRR=229;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553612;STB=0.542646;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00435031;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:457:457:418:421:36:36:0.0787746:18:18:189:229:18:18:191:230 chr8 101721870 . G A 61.81 PASS AF=0.0693069;AO=27;DP=404;FAO=28;FDP=404;FR=.;FRO=376;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=190;FSRR=186;FWDB=0.00173321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.061;QD=0.611939;RBI=0.0207953;REFB=-0.000380793;REVB=-0.0207229;RO=369;SAF=16;SAR=11;SRF=184;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103283;STB=0.561658;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00611674;OID=.;OPOS=101721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:404:404:369:376:27:28:0.0693069:11:16:184:185:12:16:190:186 chr8 101752155 . C T 687.37 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=123;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0209051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.574;QD=22.1731;RBI=0.0882281;REFB=-0.0265019;REVB=-0.0857157;RO=55;SAF=25;SAR=42;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234792;STB=0.514807;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0227572;OID=.;OPOS=101752155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:55:57:67:67:0.540323:42:25:22:33:42:25:23:34 chr8 102209357 . A T 2144.61 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.664;QD=62.1626;RBI=0.0312369;REFB=-0.132541;REVB=-0.0235566;RO=0;SAF=59;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5753e-08;STB=0.504201;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000235866;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:138:138:0:1:137:137:0.992754:78:59:0:0:78:59:1:0 chr8 102504974 . C G 1093.81 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.468;QD=59.125;RBI=0.0662753;REFB=0;REVB=0.0113709;RO=0;SAF=22;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0025e-05;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:49:22:0:0:49:25:0:0 chr8 102555060 . G A 394.69 PASS AF=0.565217;AO=37;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0355121;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.677;QD=22.8807;RBI=0.0358708;REFB=-0.00600257;REVB=0.00505978;RO=21;SAF=16;SAR=21;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293958;STB=0.531234;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00377219;OID=.;OPOS=102555060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:21:30:37:39:0.565217:21:16:10:11:21:18:16:14 chr8 102859580 . C T 414.61 PASS AF=0.362963;AO=43;DP=130;FAO=49;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0255385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.092;QD=12.2848;RBI=0.0594987;REFB=-0.0476567;REVB=-0.053739;RO=64;SAF=8;SAR=35;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480571;STB=0.710226;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0919371;OID=.;OPOS=102859580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:135:64:86:43:49:0.362963:35:8:39:25:40:9:39:47 chr8 103137693 . T C 1767.01 PASS AF=0.427332;AO=190;DP=456;FAO=197;FDP=461;FR=.;FRO=264;FSAF=106;FSAR=91;FSRF=155;FSRR=109;FWDB=-0.038928;FXX=0.00216446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3674;QD=15.332;RBI=0.0393335;REFB=-0.013971;REVB=0.00563348;RO=263;SAF=102;SAR=88;SRF=154;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513611;STB=0.528372;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0266159;OID=.;OPOS=103137693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:456:461:263:264:190:197:0.427332:88:102:154:109:91:106:155:109 chr8 104081204 . A G 302.5 PASS AF=0.516129;AO=22;DP=65;FAO=32;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0206272;FXX=0.0461467;HRUN=7;LEN=1;MLLD=246.776;QD=19.5158;RBI=0.0214953;REFB=-0.0188144;REVB=0.00604726;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345072;STB=0.515142;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0157029;OID=.;OPOS=104081204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:16:30:22:32:0.516129:12:10:8:8:15:17:15:15 chr8 104081226 . A G 1489.9 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0101084;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.49;QD=60.1981;RBI=0.0309973;REFB=-0.0222239;REVB=0.0293028;RO=3;SAF=48;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287157;STB=0.515148;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000352875;OID=.;OPOS=104081226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:3:3:96:96:0.969697:48:48:3:0:48:48:3:0 chr8 104098842 . ATAGT A 440.56 PASS AF=0.470588;AO=46;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.00506395;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=4;MLLD=302.614;QD=17.2769;RBI=0.00516347;REFB=0.00106827;REVB=0.00100884;RO=53;SAF=14;SAR=32;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184315;STB=0.512707;STBP=0.82;TYPE=del;VARB=-0.00113765;OID=.;OPOS=104098843;OREF=TAGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:46:102:48:102:54:15:33:18:36:99:53:14:32:17:36 chr8 104100865 . G A 193.35 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00865848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.703;QD=10.1765;RBI=0.0153672;REFB=-0.00988969;REVB=0.0126958;RO=51;SAF=9;SAR=16;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280765;STB=0.663772;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0124434;OID=.;OPOS=104100865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:16:9:31:20:16:9:31:20 chr8 104100875 . AG AA,A 204.36 PASS AF=0.0681818,0.295455;AO=7,20;DP=86;FAO=6,26;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=4,9;FSAR=2,17;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0413112,-0.0140588;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.9762,21.4371;QD=9.289;RBI=0.0659645,0.0331313;REFB=0.00839203,0.019724;REVB=0.0514267,0.0300006;RO=54;SAF=5,8;SAR=2,12;SRF=33;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.132901,-0.250964;STB=0.574457,0.664679;STBP=0.812,0.057;TYPE=snp,del;VARB=-0.0441888,-0.0457795;OID=.,.;OPOS=104100876,104100876;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0681818,0.295455:7,20:86:6,26:88:56:4,9:2,17:33:23:99:54:5,8:2,12:33:21 chr8 104100919 . G A 496.91 PASS AF=0.378378;AO=56;DP=149;FAO=56;FDP=148;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.00577966;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.405;QD=13.4301;RBI=0.00862805;REFB=-0.00943308;REVB=-0.00640616;RO=92;SAF=23;SAR=33;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145776;STB=0.582699;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0154061;OID=.;OPOS=104100919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:92:92:56:56:0.378378:33:23:50:42:33:23:50:42 chr8 104343822 . A G 1531.98 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883863;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.583;QD=59.4945;RBI=0.0132309;REFB=0;REVB=-0.00984557;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88347e-05;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:56:46:0:0:56:47:0:0 chr8 104384780 . A G 779.64 PASS AF=0.540146;AO=74;DP=137;FAO=74;FDP=137;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.00915302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3852;QD=22.7632;RBI=0.0676592;REFB=-0.0091394;REVB=-0.0670372;RO=63;SAF=43;SAR=31;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193306;STB=0.605724;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0060114;OID=.;OPOS=104384780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:63:63:74:74:0.540146:31:43:22:41:31:43:22:41 chr8 104411282 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.322;QD=57.2375;RBI=0.0322135;REFB=0;REVB=0.0159935;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89042e-05;OID=.;OPOS=104411282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr8 104412388 . C A 1406.27 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0204327;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.293;QD=61.8139;RBI=0.0252839;REFB=-0.0860883;REVB=0.0148923;RO=1;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099782;STB=0.505262;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00235496;OID=.;OPOS=104412388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:47:43:0:1:47:43:0:1 chr8 104427359 . A C 3198.24 PASS AF=0.985915;AO=212;DP=213;FAO=210;FDP=213;FR=.;FRO=3;FSAF=106;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0274105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.33;QD=60.0609;RBI=0.0289381;REFB=0.0632905;REVB=0.00927787;RO=1;SAF=107;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0044317;STB=0.50228;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.000258205;OID=.;OPOS=104427359;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:213:213:1:3:212:210:0.985915:105:107:1:0:104:106:2:1 chr8 104427541 . C T 1194.34 PASS AF=1;AO=76;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.161;QD=60.473;RBI=0.0484795;REFB=0;REVB=0.0302344;RO=2;SAF=11;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785823;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169573;OID=.;OPOS=104427541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:2:0:76:79:1:65:11:2:0:66:13:0:0 chr8 104427578 . T C 1528.48 PASS AF=0.989899;AO=95;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123741;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1026;QD=61.7568;RBI=0.0350964;REFB=0.0105611;REVB=0.0328426;RO=1;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870097;STB=0.504424;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000483325;OID=.;OPOS=104427578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:95:98:0.989899:54:41:0:1:56:42:0:1 chr8 104432545 . A G 2914.45 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132147;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.709;QD=63.0151;RBI=0.0397415;REFB=0;REVB=0.0374801;RO=0;SAF=108;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.08534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4253e-05;OID=.;OPOS=104432545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:185:0:0:185:185:1:77:108:0:0:77:108:0:0 chr8 105261725 . G A 903.99 PASS AF=0.505618;AO=90;DP=178;FAO=90;FDP=178;FR=.;FRO=88;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.0121647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3464;QD=20.3145;RBI=0.0177592;REFB=0.00995602;REVB=-0.0129387;RO=88;SAF=47;SAR=43;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000455304;STB=0.50025;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0108098;OID=.;OPOS=105261725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:88:88:90:90:0.505618:43:47:46:42:43:47:46:42 chr8 105263979 . C T 500.75 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00810045;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.137;QD=21.7717;RBI=0.0107308;REFB=-0.0145003;REVB=-0.00703789;RO=43;SAF=28;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624243;STB=0.529508;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.013498;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:44:48:48:0.521739:20:28:22:21:20:28:23:21 chr8 105478933 . G A 4251.8 PASS AF=0.423042;AO=469;DP=1113;FAO=470;FDP=1111;FR=.;FRO=641;FSAF=222;FSAR=248;FSRF=296;FSRR=345;FWDB=0.0668021;FXX=0.00269297;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4998;QD=15.308;RBI=0.0762722;REFB=-0.00523053;REVB=-0.0368093;RO=638;SAF=223;SAR=246;SRF=293;SRR=345;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169289;STB=0.506116;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00610938;OID=.;OPOS=105478933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1113:1111:638:641:469:470:0.423042:246:223:293:345:248:222:296:345 chr8 105479149 . A G 31.97 PASS AF=0.171429;AO=4;DP=33;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.038468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.417;QD=3.65373;RBI=0.0423635;REFB=-0.00609485;REVB=-0.0177447;RO=29;SAF=2;SAR=2;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265771;STB=0.555379;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0540838;OID=.;OPOS=105479149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:33:35:29:29:4:6:0.171429:2:2:8:21:4:2:8:21 chr8 106815994 . GGTTAT G 87.65 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=93;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00273857;FXX=0.206164;HRUN=2;LEN=5;MLLD=242.775;QD=4.55316;RBI=0.0249917;REFB=-0.00348087;REVB=0.0248412;RO=40;SAF=8;SAR=12;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330739;STB=0.642718;STBP=0.136;TYPE=del;VARB=0.0155825;OID=.;OPOS=106815995;OREF=GTTAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25974:20:93:20:77:57:8:12:34:23:87:40:8:12:28:12 chr8 107710044 . T A 4549.57 PASS AF=1;AO=282;DP=284;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723413;FXX=0.00692018;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4942;QD=63.4086;RBI=0.0847986;REFB=-0.0177694;REVB=-0.0442442;RO=1;SAF=133;SAR=149;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00318965;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128874;OID=.;OPOS=107710044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:284:287:1:0:282:287:1:149:133:0:1:149:138:0:0 chr8 107764454 . GT AG,G,GTA 1239.56 PASS AF=0.018018,0.945946,0.036036;AO=2,6,4;DP=18;FAO=2,105,4;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=2,57,1;FSAR=0,48,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459155,0.00301124,-0.0270483;FXX=0.0176975;HRUN=2,1,0;LEN=2,1,1;MLLD=65.4043,152.55,49.09;QD=44.6688;RBI=0.0733308,0.0834372,0.0293739;REFB=0,0,0;REVB=0.0571767,0.0833828,-0.011455;RO=6;SAF=2,5,1;SAR=0,1,3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.606693,0.345446,-0.254893;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,ins;VARB=0.0901951,0.0329026,0.0612512;OID=.,.,.;OPOS=107764454,107764455,107764456;OREF=GT,T,-;OALT=AG,-,A;OMAPALT=AG,G,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:9:18:111:6:0:2,6,4:2,105,4:0.018018,0.945946,0.036036:0,1,3:2,5,1:3:3:0,48,3:2,57,1:0:0 chr8 107782065 . A G 419.81 PASS AF=0.385827;AO=49;DP=127;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.000917012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5089;QD=13.2223;RBI=0.0234726;REFB=-0.0139129;REVB=-0.0234547;RO=77;SAF=26;SAR=23;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443414;STB=0.528638;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0246646;OID=.;OPOS=107782065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:77:78:49:49:0.385827:23:26:44:33:23:26:45:33 chr8 107782335 . G A 853.98 PASS AF=0.538462;AO=84;DP=158;FAO=84;FDP=156;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00899373;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4227;QD=21.8969;RBI=0.0227797;REFB=-0.0116936;REVB=0.0209291;RO=72;SAF=38;SAR=46;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186214;STB=0.510183;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0124365;OID=.;OPOS=107782335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:72:72:84:84:0.538462:46:38:31:41:46:38:31:41 chr8 107782395 . G A 1783.13 PASS AF=1;AO=117;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111406;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2168;QD=59.937;RBI=0.153642;REFB=-0.0537069;REVB=0.105804;RO=1;SAF=45;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655121;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00507222;OID=.;OPOS=107782395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:121:119:1:0:117:119:1:72:45:0:1:74:45:0:0 chr8 108261919 . GATTT G 538.43 PASS AF=0.563218;AO=48;DP=91;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00389758;FXX=0.112233;HRUN=1;LEN=4;MLLD=254.573;QD=24.7554;RBI=0.0129788;REFB=-0.0104374;REVB=0.0123798;RO=36;SAF=20;SAR=28;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442889;STB=0.540873;STBP=0.433;TYPE=del;VARB=0.00703892;OID=.;OPOS=108261920;OREF=ATTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.563218:48:91:49:87:38:20:29:19:19:99:36:20:28:17:19 chr8 108896742 . G A 1601.45 PASS AF=0.475073;AO=163;DP=338;FAO=162;FDP=341;FR=.;FRO=179;FSAF=75;FSAR=87;FSRF=81;FSRR=98;FWDB=0.000552964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.996;QD=18.7854;RBI=0.06238;REFB=-0.0170961;REVB=-0.0623776;RO=173;SAF=75;SAR=88;SRF=80;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217373;STB=0.505519;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0168961;OID=.;OPOS=108896742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:341:173:179:163:162:0.475073:88:75:80:93:87:75:81:98 chr8 108970367 . A G 1024.34 PASS AF=0.45339;AO=106;DP=236;FAO=107;FDP=236;FR=.;FRO=129;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=79;FSRR=50;FWDB=-0.0165147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.373;QD=17.3617;RBI=0.0165607;REFB=0.0035052;REVB=0.00123329;RO=128;SAF=62;SAR=44;SRF=78;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250064;STB=0.518591;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00410391;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:128:129:106:107:0.45339:44:62:78:50:45:62:79:50 chr8 109009180 . G A 192.22 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0328963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.091;QD=9.85726;RBI=0.0388423;REFB=-0.0119308;REVB=-0.0206534;RO=53;SAF=12;SAR=13;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535565;STB=0.531386;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0238625;OID=.;OPOS=109009180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:53:25:25:0.320513:13:12:23:30:13:12:23:30 chr8 110255497 . AAT A,AAA,TTT 161.79 PASS AF=0.657143,0,0;AO=7,15,3;DP=56;FAO=23,0,0;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=6,0,0;FSAR=17,0,0;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0971041,0.099366,-0.052856;FXX=0.29994;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=18.4965,8.01031,19.7532;QD=18.4897;RBI=0.208395,0.221506,0.125205;REFB=0.0680032,-0.0634044,0.0361664;REVB=-0.184389,0.197968,-0.113501;RO=13;SAF=2,0,3;SAR=5,15,0;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.118161,-0.816725,0.671217;STB=0.531222,0.5,0.5;STBP=0.676,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0806975,0,0;OID=.,.,.;OPOS=110255498,110255499,110255497;OREF=AT,T,AA;OALT=-,A,TT;OMAPALT=A,AAA,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:56:35:13:12:7,15,3:23,0,0:0.657143,0,0:5,15,0:2,0,3:5:8:17,0,0:6,0,0:4:8 chr8 110657514 . G A 1330.71 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138255;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.399;QD=60.487;RBI=0.0338187;REFB=-0.00339408;REVB=0.0308636;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=5.32881e-05;OID=.;OPOS=110657514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:88:0:1:85:87:0.988636:39:46:0:0:40:47:0:1 chr8 111946844 . G C 1396.02 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8278;QD=62.7423;RBI=0.0107821;REFB=0;REVB=-0.00474508;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40017e-05;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:41:47:0:0:41:48:0:0 chr8 113241088 . T G 407.72 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=-0.00130961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.762;QD=15.3857;RBI=0.00426197;REFB=-0.026965;REVB=-0.00405578;RO=60;SAF=19;SAR=27;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157936;STB=0.58802;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0295745;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:27:19:16:44:27:19:16:44 chr8 113516207 . CTG ACT,CT,CTA 1341.55 PASS AF=0,0.348315,0.651685;AO=7,26,49;DP=88;FAO=0,31,58;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,13;FSAR=0,24,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159905,-0.0137239,-0.0116013;FXX=0.0111099;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=161.456,175.054,176.459;QD=60.2942;RBI=0.0185787,0.020932,0.0214551;REFB=0,0,0;REVB=0.00945886,0.0158051,0.018048;RO=0;SAF=5,1,13;SAR=2,25,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.27427e-08,-3.08431e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.00026906,0.00702563;OID=.,.,.;OPOS=113516207,113516209,113516209;OREF=CTG,G,G;OALT=ACT,-,A;OMAPALT=ACT,CT,CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:48:88:89:0:0:7,26,49:0,31,58:0,0.348315,0.651685:2,25,36:5,1,13:0:0:0,24,45:0,7,13:0:0 chr8 114186003 . T C 4114.44 PASS AF=0.98524;AO=258;DP=263;FAO=267;FDP=271;FR=.;FRO=4;FSAF=139;FSAR=128;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00284438;FXX=0.0109485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.124;QD=60.7298;RBI=0.0249176;REFB=-0.0614866;REVB=0.0247547;RO=1;SAF=139;SAR=119;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00341746;STB=0.507092;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=9.99085e-05;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:263:271:1:4:258:267:0.98524:119:139:1:0:128:139:4:0 chr8 116422147 . CT TC,TT 858.82 PASS AF=0.395,0.095;AO=41,42;DP=188;FAO=79,19;FDP=200;FR=.;FRO=102;FSAF=76,7;FSAR=3,12;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=0.03321,0.014438;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=63.3243,149.357;QD=17.1764;RBI=0.0354619,0.0167713;REFB=-0.152301,-0.0164716;REVB=-0.0124356,0.0085335;RO=81;SAF=37,11;SAR=4,31;SRF=61;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.3252,-0.526225;STB=0.890407,0.687259;STBP=0,0.078;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0057567,0.0160663;OID=.,.;OPOS=116422147,116422147;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:200:81:102:41,42:79,19:0.395,0.095:4,31:37,11:61:20:3,12:76,7:61:41 chr8 116422149 . T C 85.49 PASS AF=0.107843;AO=25;DP=202;FAO=22;FDP=204;FR=.;FRO=182;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=127;FSRR=55;FWDB=-0.0291048;FXX=0.0144921;HRUN=13;LEN=1;MLLD=120.44;QD=1.67635;RBI=0.0302058;REFB=-0.00607566;REVB=-0.00808102;RO=175;SAF=17;SAR=8;SRF=121;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016634;STB=0.561141;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0157176;OID=.;OPOS=116422149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:202:204:175:182:25:22:0.107843:8:17:121:54:8:14:127:55 chr8 116423424 . T C 1533.49 PASS AF=0.955752;AO=106;DP=114;FAO=108;FDP=113;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0404323;FXX=0.00877116;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.857;QD=54.2827;RBI=0.0414159;REFB=-0.0809454;REVB=0.0089723;RO=4;SAF=56;SAR=50;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192267;STB=0.50609;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.000879488;OID=.;OPOS=116423424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:114:113:4:5:106:108:0.955752:50:56:1:3:50:58:2:3 chr8 116423490 . A T 1593.34 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00364443;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.926;QD=59.0128;RBI=0.0470655;REFB=0.0431891;REVB=0.0469241;RO=1;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887078;STB=0.504586;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000380491;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:106:107:0.990741:53:53:0:1:54:53:0:1 chr8 116424270 . A AAC,AC,C 746.98 PASS AF=0,0.924528,0.0754717;AO=9,21,27;DP=59;FAO=0,49,4;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,0;FSAR=0,35,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137679,-0.0565788,-0.10793;FXX=0.0701631;HRUN=9,0,9;LEN=2,1,1;MLLD=209.676,214.594,211.561;QD=56.3762;RBI=0.0146216,0.0568047,0.108043;REFB=0,0,0;REVB=-0.00492308,-0.00506118,-0.00494461;RO=2;SAF=0,0,16;SAR=9,21,11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.819737,-0.863909,-0.0546421;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.00616604,0.0015689,-0.00522045;OID=.,.,.;OPOS=116424271,116424271,116424270;OREF=-,-,A;OALT=AC,C,C;OMAPALT=AAC,AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:11:59:53:2:0:9,21,27:0,49,4:0,0.924528,0.0754717:9,21,11:0,0,16:2:0:0,35,4:0,14,0:0:0 chr8 116424407 . TA T,TT 153.83 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=7,4;DP=31;FAO=27,6;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=24,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108277,0.100442;FXX=0.0571265;HRUN=12,12;LEN=1,1;MLLD=5.77159,9.42802;QD=18.6456;RBI=0.15204,0.153404;REFB=0,0;REVB=0.106735,0.11595;RO=7;SAF=1,2;SAR=6,2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.366604;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0481343,-0.172805;OID=.,.;OPOS=116424408,116424408;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.818182,0.181818:7,4:31:27,6:33:0:3,2:24,4:0:0:24:7:1,2:6,2:1:6 chr8 117035009 . C T 2754.92 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268603;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.874;QD=62.2581;RBI=0.00991211;REFB=-0.12232;REVB=0.00954124;RO=0;SAF=71;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24202e-06;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:177:0:0:176:177:1:105:71:0:0:105:72:0:0 chr8 117791733 . T C 1329.27 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.36;QD=61.8264;RBI=0.0305311;REFB=0;REVB=0.0305132;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121046;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:45:40:0:0:46:40:0:0 chr8 117858389 . G A 1031.83 PASS AF=0.512438;AO=103;DP=201;FAO=103;FDP=201;FR=.;FRO=98;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=62;FWDB=-0.00155399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.233;QD=20.534;RBI=0.00284453;REFB=-0.00441388;REVB=0.00238254;RO=98;SAF=58;SAR=45;SRF=36;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172843;STB=0.594654;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00490272;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:98:98:103:103:0.512438:45:58:36:62:45:58:36:62 chr8 118184783 . C T 2004.81 PASS AF=0.934211;AO=140;DP=156;FAO=142;FDP=152;FR=.;FRO=10;FSAF=77;FSAR=65;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0542086;FXX=0.0256394;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.254;QD=52.7582;RBI=0.0600385;REFB=-0.0012087;REVB=0.025808;RO=10;SAF=75;SAR=65;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336789;STB=0.517126;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000260685;OID=.;OPOS=118184783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:156:152:10:10:140:142:0.934211:65:75:8:2:65:77:8:2 chr8 118819578 . C T 710.89 PASS AF=0.490066;AO=69;DP=145;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=23;FSRR=54;FWDB=0.022584;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.332;QD=18.8316;RBI=0.0276026;REFB=-0.0148984;REVB=0.0158702;RO=76;SAF=22;SAR=47;SRF=23;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178019;STB=0.529968;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0143072;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:151:76:77:69:74:0.490066:47:22:23:53:48:26:23:54 chr8 119964016 . G A 6737.4 PASS AF=0.58034;AO=608;DP=1059;FAO=614;FDP=1058;FR=.;FRO=444;FSAF=297;FSAR=317;FSRF=230;FSRR=214;FWDB=0.0143763;FXX=0.00282749;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.932;QD=25.4722;RBI=0.0331609;REFB=-0.0159639;REVB=0.0298826;RO=443;SAF=293;SAR=315;SRF=230;SRR=213;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291055;STB=0.514398;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0128359;OID=.;OPOS=119964016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1059:1058:443:444:608:614:0.58034:315:293:230:213:317:297:230:214 chr8 119964052 . G C 20240.0 PASS AF=1;AO=1261;DP=1269;FAO=1266;FDP=1266;FR=.;FRO=0;FSAF=626;FSAR=640;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000627274;FXX=0.015552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.443;QD=63.9495;RBI=0.0171515;REFB=0;REVB=-0.01714;RO=0;SAF=623;SAR=638;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44053e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331398;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:1269:1266:0:0:1261:1266:1:638:623:0:0:640:626:0:0 chr8 120596023 . A G 1307.83 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.06;QD=61.5451;RBI=0.00515195;REFB=0;REVB=-0.00108396;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314739;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:79:85:1:42:37:0:0:45:40:0:0 chr8 120724209 . T C 1599.79 PASS AF=0.542857;AO=149;DP=278;FAO=152;FDP=280;FR=.;FRO=128;FSAF=67;FSAR=85;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=-0.0162801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.423;QD=22.8542;RBI=0.0163171;REFB=-0.00297871;REVB=0.00109897;RO=128;SAF=67;SAR=82;SRF=61;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229778;STB=0.516519;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00277013;OID=.;OPOS=120724209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:280:128:128:149:152:0.542857:82:67:61:67:85:67:61:67 chr8 120790304 . T C 581.7 PASS AF=0.54717;AO=57;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.000888467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.38;QD=21.951;RBI=0.00226805;REFB=-0.00337522;REVB=0.00208679;RO=48;SAF=19;SAR=38;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129778;STB=0.564594;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00232323;OID=.;OPOS=120790304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:48:57:58:0.54717:38:19:23:25:38:20:23:25 chr8 120803637 . C G 1121.11 PASS AF=0.581921;AO=102;DP=177;FAO=103;FDP=177;FR=.;FRO=74;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0216148;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3487;QD=25.3358;RBI=0.0411194;REFB=-0.0213317;REVB=-0.0349801;RO=74;SAF=49;SAR=53;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882339;STB=0.545545;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0136065;OID=.;OPOS=120803637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:74:74:102:103:0.581921:53:49:44:30:53:50:44:30 chr8 120847078 . C G 432.04 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0116644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.942;QD=20.3315;RBI=0.044776;REFB=-0.00736618;REVB=0.04323;RO=42;SAF=13;SAR=30;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125547;STB=0.569819;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00611365;OID=.;OPOS=120847078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:30:13:18:24:30:13:18:24 chr8 120847123 . C T 617.29 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=46;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00147449;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.757;QD=23.5158;RBI=0.00932273;REFB=-0.0121225;REVB=-0.00920539;RO=42;SAF=14;SAR=46;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221499;STB=0.621578;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00605968;OID=.;OPOS=120847123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:42:45:60:60:0.571429:46:14:20:22:46:14:21:24 chr8 120847188 . T C 854.73 PASS AF=0.590909;AO=78;DP=132;FAO=78;FDP=132;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=60;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0165481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.535;QD=25.901;RBI=0.0176523;REFB=-0.00658357;REVB=0.00614512;RO=52;SAF=18;SAR=60;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238457;STB=0.632874;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00402674;OID=.;OPOS=120847188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:52:54:78:78:0.590909:60:18:26:26:60:18:27:27 chr8 120903471 . C CA 3856.59 PASS AF=0.992095;AO=242;DP=265;FAO=251;FDP=253;FR=.;FRO=2;FSAF=138;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0144364;FXX=0.0231651;HRUN=0;LEN=1;MLLD=210.512;QD=60.9737;RBI=0.0211784;REFB=-0.0484465;REVB=0.0154956;RO=18;SAF=135;SAR=107;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224712;STB=0.504386;STBP=0.143;TYPE=ins;VARB=0.000204214;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992095:242:265:251:253:2:138:113:0:2:12:18:135:107:7:11 chr8 121013770 . A G 2824.84 PASS AF=0.994505;AO=179;DP=181;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263823;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.106;QD=62.0843;RBI=0.0274482;REFB=0.0160371;REVB=-0.00757479;RO=0;SAF=87;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28142e-08;STB=0.502674;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-1.73055e-05;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:181:182:0:1:179:181:0.994505:92:87:0:0:93:88:0:1 chr8 121061879 . G A 4906.61 PASS AF=0.9875;AO=313;DP=318;FAO=316;FDP=320;FR=.;FRO=4;FSAF=154;FSAR=162;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0456614;FXX=0.00311517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.141;QD=61.3326;RBI=0.0456952;REFB=-0.0409933;REVB=0.00175784;RO=3;SAF=151;SAR=162;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334003;STB=0.503285;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000294962;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:318:320:3:4:313:316:0.9875:162:151:2:1:162:154:3:1 chr8 121210069 . T C 663.84 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0360496;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.743;QD=20.4259;RBI=0.0369623;REFB=0.000118196;REVB=0.00816334;RO=64;SAF=33;SAR=33;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978399;STB=0.55383;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000528154;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:64:66:66:0.507692:33:33:39:25:33:33:39:25 chr8 121215991 . T C 1106.14 PASS AF=0.531401;AO=109;DP=206;FAO=110;FDP=207;FR=.;FRO=97;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=34;FSRR=63;FWDB=-0.0394963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.666;QD=21.3747;RBI=0.0395129;REFB=-0.011179;REVB=-0.00114669;RO=96;SAF=43;SAR=66;SRF=33;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460433;STB=0.524386;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00947036;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:96:97:109:110:0.531401:66:43:33:63:66:44:34:63 chr8 121228679 . A C 1890.88 PASS AF=0.532544;AO=180;DP=336;FAO=180;FDP=338;FR=.;FRO=158;FSAF=98;FSAR=82;FSRF=71;FSRR=87;FWDB=0.0342117;FXX=0.00294977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6966;QD=22.3772;RBI=0.0789702;REFB=-0.000207325;REVB=0.0711748;RO=156;SAF=98;SAR=82;SRF=70;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815932;STB=0.544439;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000631626;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:338:156:158:180:180:0.532544:82:98:70:86:82:98:71:87 chr8 121298156 . G C 215.9 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=96;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00397328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.138;QD=8.99589;RBI=0.00512143;REFB=0.00513575;REVB=-0.00323142;RO=68;SAF=9;SAR=19;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187199;STB=0.611378;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0132966;OID=.;OPOS=121298156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:68:68:28:28:0.291667:19:9:32:36:19:9:32:36 chr8 121383048 . T C 1241.96 PASS AF=0.965116;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0161052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4002;QD=57.7654;RBI=0.0161077;REFB=-0.0852031;REVB=-0.000288157;RO=3;SAF=8;SAR=74;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188128;STB=0.509802;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0218354;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:86:3:3:82:83:0.965116:74:8:0:3:75:8:0:3 chr8 121528385 . T C 787.48 PASS AF=0.560606;AO=74;DP=132;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0097252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.02;QD=23.8631;RBI=0.0126753;REFB=-0.0129258;REVB=-0.00812926;RO=57;SAF=26;SAR=48;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449046;STB=0.529559;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00603192;OID=.;OPOS=121528385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:57:58:74:74:0.560606:48:26:23:34:48:26:24:34 chr8 121530190 . A G 629.24 PASS AF=0.492308;AO=63;DP=130;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0185291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.366;QD=19.3612;RBI=0.0249331;REFB=0.00469905;REVB=0.0166833;RO=66;SAF=31;SAR=32;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628673;STB=0.53845;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00429952;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:66:66:63:64:0.492308:32:31:28:38:32:32:28:38 chr8 123963996 . C T 263.02 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00816523;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.754;QD=13.8432;RBI=0.011072;REFB=-0.0123053;REVB=0.00747777;RO=41;SAF=8;SAR=23;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740853;STB=0.5702;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0355507;OID=.;OPOS=123963996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:41:45:31:31:0.407895:23:8:13:28:23:8:16:29 chr8 123964038 . T C 372.74 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0685579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.36;QD=14.336;RBI=0.0713908;REFB=-0.00921658;REVB=-0.0199112;RO=61;SAF=13;SAR=30;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503769;STB=0.528484;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.016384;OID=.;OPOS=123964038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:30:13:21:40:30:13:21:40 chr8 123964431 . G A 566.43 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0166572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.026;QD=23.3578;RBI=0.043443;REFB=0.00873925;REVB=0.0401228;RO=40;SAF=31;SAR=22;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479973;STB=0.54941;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00588852;OID=.;OPOS=123964431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:44:53:53:0.546392:22:31:21:19:22:31:21:23 chr8 123964767 . G A 1129.79 PASS AF=0.464844;AO=118;DP=256;FAO=119;FDP=256;FR=.;FRO=137;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=73;FSRR=64;FWDB=0.00099255;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.846;QD=17.653;RBI=0.0107419;REFB=-0.0057032;REVB=-0.010696;RO=137;SAF=59;SAR=59;SRF=73;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319389;STB=0.519818;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00696965;OID=.;OPOS=123964767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:137:137:118:119:0.464844:59:59:73:64:60:59:73:64 chr8 123964953 . C T 976.01 PASS AF=0.666667;AO=84;DP=127;FAO=84;FDP=126;FR=.;FRO=42;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00970492;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6229;QD=30.9845;RBI=0.033174;REFB=0.0177509;REVB=-0.0317227;RO=41;SAF=39;SAR=45;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143776;STB=0.511943;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0136368;OID=.;OPOS=123964953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:41:42:84:84:0.666667:45:39:20:21:45:39:21:21 chr8 123966114 . G A 558.15 PASS AF=0.350785;AO=65;DP=189;FAO=67;FDP=191;FR=.;FRO=124;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=60;FWDB=0.00492161;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.671;QD=11.6889;RBI=0.0423361;REFB=-0.00631355;REVB=0.0420491;RO=124;SAF=35;SAR=30;SRF=64;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256879;STB=0.513798;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0149822;OID=.;OPOS=123966114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:191:124:124:65:67:0.350785:30:35:64:60:31:36:64:60 chr8 123966159 . G C 717.57 PASS AF=0.401015;AO=78;DP=196;FAO=79;FDP=197;FR=.;FRO=118;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=0.0438224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6082;QD=14.5698;RBI=0.091164;REFB=0.004101;REVB=0.0799405;RO=118;SAF=42;SAR=36;SRF=60;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321988;STB=0.521543;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00349712;OID=.;OPOS=123966159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:118:118:78:79:0.401015:36:42:60:58:36:43:60:58 chr8 123985708 . A G 2300.5 PASS AF=0.541353;AO=215;DP=400;FAO=216;FDP=399;FR=.;FRO=183;FSAF=101;FSAR=115;FSRF=82;FSRR=101;FWDB=-0.00723771;FXX=0.00249994;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.449;QD=23.0626;RBI=0.00953978;REFB=-0.0198925;REVB=0.00621473;RO=181;SAF=100;SAR=115;SRF=82;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102102;STB=0.508993;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0157782;OID=.;OPOS=123985708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:399:181:183:215:216:0.541353:115:100:82:99:115:101:82:101 chr8 124027628 . T C 578.59 PASS AF=0.41358;AO=67;DP=162;FAO=67;FDP=162;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.061352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6209;QD=14.2861;RBI=0.061359;REFB=-0.0255382;REVB=-0.000928839;RO=94;SAF=31;SAR=36;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00548935;STB=0.500278;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0269052;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:94:95:67:67:0.41358:36:31:43:51:36:31:44:51 chr8 124169554 . G A 4125.8 PASS AF=0.981685;AO=268;DP=273;FAO=268;FDP=273;FR=.;FRO=5;FSAF=100;FSAR=168;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=5.99022e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.531;QD=60.4513;RBI=0.00936214;REFB=0.00271171;REVB=-0.00936195;RO=5;SAF=100;SAR=168;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158557;STB=0.50832;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-1.46012e-05;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:273:273:5:5:268:268:0.981685:168:100:4:1:168:100:4:1 chr8 124525483 . C T 1898.77 PASS AF=0.540541;AO=179;DP=333;FAO=180;FDP=333;FR=.;FRO=153;FSAF=90;FSAR=90;FSRF=67;FSRR=86;FWDB=-0.0023214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.273;QD=22.808;RBI=0.0249082;REFB=0.0110818;REVB=0.0247998;RO=153;SAF=90;SAR=89;SRF=67;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549189;STB=0.528525;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00770294;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:153:153:179:180:0.540541:89:90:67:86:90:90:67:86 chr8 124594546 . T C 654.67 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553046;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.953;QD=62.3496;RBI=0.010339;REFB=0;REVB=0.00873554;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16783e-06;OID=.;OPOS=124594546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:26:16:0:0 chr8 124658210 . C T 832.02 PASS AF=0.534247;AO=78;DP=147;FAO=78;FDP=146;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.00988948;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.915;QD=22.795;RBI=0.0101417;REFB=-0.0152311;REVB=-0.00224787;RO=68;SAF=42;SAR=36;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132152;STB=0.572309;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0129793;OID=.;OPOS=124658210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:68:68:78:78:0.534247:36:42:26:42:36:42:26:42 chr8 124664130 . C T 1022.38 PASS AF=0.502415;AO=104;DP=207;FAO=104;FDP=207;FR=.;FRO=103;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.0457354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7989;QD=19.7561;RBI=0.0715174;REFB=-0.0108759;REVB=0.0549819;RO=102;SAF=44;SAR=60;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346182;STB=0.516846;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0124202;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:102:103:104:104:0.502415:60:44:47:55:60:44:47:56 chr8 124664167 . T C 1508.2 PASS AF=0.553846;AO=143;DP=259;FAO=144;FDP=260;FR=.;FRO=116;FSAF=61;FSAR=83;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=-0.00666939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.633;QD=23.2031;RBI=0.0282573;REFB=-0.00648637;REVB=0.0274589;RO=116;SAF=61;SAR=82;SRF=50;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0037511;STB=0.503387;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00575975;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:260:116:116:143:144:0.553846:82:61:50:66:83:61:50:66 chr8 124664792 . C T 1182.82 PASS AF=0.522523;AO=116;DP=222;FAO=116;FDP=222;FR=.;FRO=106;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=-0.0204043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.018;QD=21.3121;RBI=0.0242703;REFB=-0.00944386;REVB=0.0131421;RO=106;SAF=66;SAR=50;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772115;STB=0.542246;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00911685;OID=.;OPOS=124664792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:106:106:116:116:0.522523:50:66:51:55:50:66:51:55 chr8 124664873 . AT GC 1303.76 PASS AF=0.523013;AO=125;DP=241;FAO=125;FDP=239;FR=.;FRO=114;FSAF=52;FSAR=73;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.0165541;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.586;QD=21.8202;RBI=0.0166388;REFB=0.0020836;REVB=0.00167619;RO=112;SAF=52;SAR=73;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891211;STB=0.544843;STBP=0.145;TYPE=mnp;VARB=-0.00186361;OID=.;OPOS=124664873;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:239:112:114:125:125:0.523013:73:52:58:54:73:52:58:56 chr8 124696867 . C T 1843.14 PASS AF=0.538226;AO=176;DP=326;FAO=176;FDP=327;FR=.;FRO=151;FSAF=92;FSAR=84;FSRF=77;FSRR=74;FWDB=-0.000560981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.347;QD=22.546;RBI=0.0118589;REFB=-0.011937;REVB=-0.0118456;RO=150;SAF=93;SAR=83;SRF=76;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184129;STB=0.505916;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.011955;OID=.;OPOS=124696867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:327:150:151:176:176:0.538226:83:93:76:74:84:92:77:74 chr8 124749610 . C T 2314.48 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2572;QD=63.4105;RBI=0.0263281;REFB=0;REVB=-0.00198395;RO=0;SAF=69;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19672e-05;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:145:146:1:76:69:0:0:77:69:0:0 chr8 124824826 . G A 2373.04 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00981318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.405;QD=63.2811;RBI=0.0690832;REFB=0.00670013;REVB=0.0683826;RO=1;SAF=69;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684341;STB=0.503597;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000113581;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:1:1:149:149:0.993333:80:69:1:0:80:69:1:0 chr8 124987478 . T C 1415.78 PASS AF=0.534137;AO=133;DP=249;FAO=133;FDP=249;FR=.;FRO=116;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=46;FSRR=70;FWDB=0.00317155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.081;QD=22.7434;RBI=0.00792846;REFB=-0.00242507;REVB=0.00726648;RO=116;SAF=63;SAR=70;SRF=46;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663402;STB=0.536165;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00256701;OID=.;OPOS=124987478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:116:116:133:133:0.534137:70:63:46:70:70:63:46:70 chr8 125463250 . T C 769.45 PASS AF=0.361446;AO=90;DP=249;FAO=90;FDP=249;FR=.;FRO=159;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=75;FSRR=84;FWDB=-0.00249851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.158;QD=12.3607;RBI=0.00793292;REFB=-0.00176397;REVB=-0.00752918;RO=159;SAF=44;SAR=46;SRF=75;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193665;STB=0.510986;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00305013;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:159:159:90:90:0.361446:46:44:75:84:46:44:75:84 chr8 125463435 . C G 490.13 PASS AF=0.335106;AO=59;DP=185;FAO=63;FDP=188;FR=.;FRO=125;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=73;FSRR=52;FWDB=0.00337774;FXX=0.00529073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.241;QD=10.4284;RBI=0.00498882;REFB=0.00917962;REVB=-0.0036714;RO=124;SAF=44;SAR=15;SRF=73;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2116;STB=0.597237;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0151847;OID=.;OPOS=125463435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:188:124:125:59:63:0.335106:15:44:73:51:18:45:73:52 chr8 125465203 . T A 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0438497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.071;QD=16.4157;RBI=0.044358;REFB=-0.000528678;REVB=0.00669561;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270067;STB=0.656332;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00105211;OID=.;OPOS=125465203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:9:7:10:4:9:7 chr8 125498547 . C T 356.38 PASS AF=0.39;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00120346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.118;QD=14.2551;RBI=0.00834294;REFB=-0.00270739;REVB=0.00825568;RO=56;SAF=21;SAR=18;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034676;STB=0.501547;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0039144;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:56:61:39:39:0.39:18:21:32:24:18:21:33:28 chr8 125499363 . G A 512.61 PASS AF=0.309091;AO=68;DP=216;FAO=68;FDP=220;FR=.;FRO=152;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=85;FSRR=67;FWDB=-0.0100504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.072;QD=9.32022;RBI=0.0175497;REFB=-0.00357178;REVB=-0.0143869;RO=148;SAF=33;SAR=35;SRF=83;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893847;STB=0.550946;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00866352;OID=.;OPOS=125499363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:220:148:152:68:68:0.309091:35:33:83:65:35:33:85:67 chr8 125528135 . G A 781.15 PASS AF=0.404545;AO=89;DP=220;FAO=89;FDP=220;FR=.;FRO=131;FSAF=30;FSAR=59;FSRF=60;FSRR=71;FWDB=-0.0559357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2663;QD=14.2027;RBI=0.0600296;REFB=-0.00358672;REVB=-0.0217888;RO=131;SAF=30;SAR=59;SRF=60;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13609;STB=0.57653;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00544154;OID=.;OPOS=125528135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:131:131:89:89:0.404545:59:30:60:71:59:30:60:71 chr8 125568162 . A G 402.02 PASS AF=0.363636;AO=48;DP=132;FAO=48;FDP=132;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0211254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.074;QD=12.1824;RBI=0.0219731;REFB=-0.0142755;REVB=-0.00604429;RO=84;SAF=16;SAR=32;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140724;STB=0.580611;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0236197;OID=.;OPOS=125568162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:84:84:48:48:0.363636:32:16:38:46:32:16:38:46 chr8 125579973 . C T 2243.25 PASS AF=0.974359;AO=149;DP=156;FAO=152;FDP=156;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0108544;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.322;QD=57.5193;RBI=0.0169918;REFB=-0.15461;REVB=0.0130729;RO=4;SAF=58;SAR=91;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0057789;STB=0.503014;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.000350368;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:156:156:4:4:149:152:0.974359:91:58:2:2:93:59:2:2 chr8 125579990 . C T 2564.11 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170112;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.701;QD=61.7858;RBI=0.0383637;REFB=0;REVB=0.038326;RO=0;SAF=59;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35963e-05;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:164:166:1:105:59:0:0:105:61:0:0 chr8 125740204 . G A 2468.4 PASS AF=0.372599;AO=290;DP=781;FAO=291;FDP=781;FR=.;FRO=490;FSAF=175;FSAR=116;FSRF=290;FSRR=200;FWDB=-0.0522606;FXX=0.00255425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6687;QD=12.6423;RBI=0.0545698;REFB=-0.0103534;REVB=0.0157066;RO=487;SAF=175;SAR=115;SRF=289;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116321;STB=0.506224;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0179389;OID=.;OPOS=125740204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:781:781:487:490:290:291:0.372599:115:175:289:198:116:175:290:200 chr8 125988792 . T C 466.38 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0011738;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9553;QD=19.6369;RBI=0.0204305;REFB=-0.00587489;REVB=-0.0203968;RO=45;SAF=28;SAR=18;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128849;STB=0.55209;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00485171;OID=.;OPOS=125988792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:45:49:46:46:0.484211:18:28:21:24:18:28:25:24 chr8 126283111 . G T 362.89 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00637833;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.522;QD=20.4446;RBI=0.0399888;REFB=-0.00214088;REVB=0.0394768;RO=34;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060475;STB=0.533518;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00219676;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:20:17:18:16:20:17:18:16 chr8 126448497 . C T 1180.64 PASS AF=0.606742;AO=101;DP=173;FAO=108;FDP=178;FR=.;FRO=70;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0189973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.083;QD=26.5313;RBI=0.0190141;REFB=-0.00485691;REVB=0.000800139;RO=71;SAF=39;SAR=62;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289721;STB=0.504807;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00338025;OID=.;OPOS=126448497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:178:71:70:101:108:0.606742:62:39:30:41:63:45:30:40 chr8 127565184 . A G 1420.27 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0585468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.625;QD=61.7509;RBI=0.0588363;REFB=-0.111732;REVB=0.00582949;RO=1;SAF=49;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957612;STB=0.505049;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000650307;OID=.;OPOS=127565184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:42:49:1:0:42:49:1:0 chr8 127569143 . GC CG 32.68 PASS AF=0.0785714;AO=11;DP=124;FAO=11;FDP=140;FR=.;FRO=129;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=86;FSRR=43;FWDB=-0.0883083;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=97.2734;QD=0.933722;RBI=0.169033;REFB=-0.0247668;REVB=-0.144131;RO=101;SAF=3;SAR=8;SRF=77;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540807;STB=0.822638;STBP=0.04;TYPE=mnp;VARB=0.290837;OID=.;OPOS=127569143;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:124:140:101:129:11:11:0.0785714:8:3:77:24:8:3:86:43 chr8 127683774 . G T 586.25 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0148183;FXX=0.0175423;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.644;QD=20.9374;RBI=0.0148243;REFB=-0.00898996;REVB=0.000421112;RO=52;SAF=29;SAR=30;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105498;STB=0.561913;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00497491;OID=.;OPOS=127683774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:52:53:59:59:0.526786:30:29:32:20:30:29:33:20 chr8 127683850 . T C 783.56 PASS AF=0.487952;AO=81;DP=166;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=0.046601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.565;QD=18.8809;RBI=0.0467164;REFB=-0.0231863;REVB=-0.00328217;RO=84;SAF=41;SAR=40;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934682;STB=0.548097;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0256595;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:84:85:81:81:0.487952:40:41:51:33:40:41:51:34 chr8 128428638 . G A 2115.57 PASS AF=0.410122;AO=235;DP=574;FAO=235;FDP=573;FR=.;FRO=338;FSAF=94;FSAR=141;FSRF=138;FSRR=200;FWDB=0.0136015;FXX=0.00174213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.89;QD=14.7684;RBI=0.0137143;REFB=-0.00980685;REVB=0.00175587;RO=338;SAF=94;SAR=141;SRF=138;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00911542;STB=0.505079;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0139826;OID=.;OPOS=128428638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:574:573:338:338:235:235:0.410122:141:94:138:200:141:94:138:200 chr8 128428795 . G A 762.32 PASS AF=0.348148;AO=94;DP=271;FAO=94;FDP=270;FR=.;FRO=176;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=84;FSRR=92;FWDB=-0.0127734;FXX=0.0036899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7823;QD=11.2936;RBI=0.0166706;REFB=-0.000439427;REVB=-0.0107122;RO=176;SAF=42;SAR=52;SRF=84;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035098;STB=0.519996;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00104303;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:176:176:94:94:0.348148:52:42:84:92:52:42:84:92 chr8 128428823 . G C 737.41 PASS AF=0.344569;AO=91;DP=266;FAO=92;FDP=267;FR=.;FRO=175;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=85;FSRR=90;FWDB=-0.0113518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.826;QD=11.0473;RBI=0.0136803;REFB=-0.00387855;REVB=0.00763464;RO=173;SAF=44;SAR=47;SRF=85;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898171;STB=0.50224;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00772024;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:173:175:91:92:0.344569:47:44:85:88:47:45:85:90 chr8 128429262 . G C 1116.01 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.163098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.463;QD=56.5069;RBI=0.167065;REFB=-0.0363811;REVB=0.0361903;RO=3;SAF=13;SAR=63;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599817;STB=0.531786;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00834275;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:63:13:2:1:63:13:2:1 chr8 128429315 . T A 87.73 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.875;QD=38.992;RBI=0.0733715;REFB=0;REVB=0.0651642;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806511;OID=.;OPOS=128429315;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:5:4:0:0 chr8 128429510 . G A 498.04 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5349;QD=58.593;RBI=0.101121;REFB=0;REVB=0.0976072;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757991;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr8 128429519 . G A 689.18 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.576;QD=62.6531;RBI=0.0345029;REFB=0;REVB=0.0215986;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185927;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:15:29:0:0 chr8 128429660 . T C 1898.26 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0144179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6433;QD=60.7443;RBI=0.0165969;REFB=-0.054754;REVB=0.00822066;RO=1;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736617;STB=0.503875;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00305876;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:64:60:0:1:64:60:0:1 chr8 128429721 . T C 1062.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4516;QD=59.8487;RBI=0.0802024;REFB=0;REVB=0.00612508;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059448;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr8 128429732 . CA AT,TA 600.31 PASS AF=0.05,0.95;AO=2,37;DP=40;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120496,-0.00610658;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=64.3613,100.569;QD=60.031;RBI=0.0362187,0.0271951;REFB=0,0;REVB=-0.0341555,-0.0265006;RO=0;SAF=0,23;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.91909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0214268,-0.00285991;OID=.,.;OPOS=128429732,128429732;OREF=CA,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:2,37:2,38:0.05,0.95:2,14:0,23:0:0:2,15:0,23:0:0 chr8 128430478 . G T 375.19 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.629;QD=55.5843;RBI=0.0791207;REFB=0;REVB=0.0776826;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177725;OID=.;OPOS=128430478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr8 128430807 . C A 435.65 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0190983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.467;QD=18.5382;RBI=0.0218353;REFB=-0.0209657;REVB=-0.0105846;RO=49;SAF=21;SAR=23;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124588;STB=0.573626;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0263301;OID=.;OPOS=128430807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:23:21:17:32:23:21:17:33 chr8 128430871 . AA AAATG,TG 450.85 PASS AF=0.891892,0;AO=31,2;DP=39;FAO=33,0;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=11,0;FSAR=22,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00561724,-0.0109199;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=3,2;MLLD=294.968,251.01;QD=48.7409;RBI=0.0058836,0.0139434;REFB=-0.081677,-0.0547895;REVB=0.00175024,0.00867017;RO=4;SAF=11,2;SAR=20,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.088941,0.569412;STB=0.548989,0.5;STBP=0.088,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0056644,0;OID=.,.;OPOS=128430873,128430871;OREF=-,AA;OALT=ATG,TG;OMAPALT=AAATG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:37:4:4:31,2:33,0:0.891892,0:20,0:11,2:3:1:22,0:11,0:3:1 chr8 128431385 . C T 238.0 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00832381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.03;QD=11.6097;RBI=0.0159737;REFB=-0.0022244;REVB=-0.0136335;RO=53;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169583;STB=0.597923;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00367093;OID=.;OPOS=128431385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:12:17:23:30:12:17:23:30 chr8 128431694 . A G 875.23 PASS AF=0.603053;AO=79;DP=132;FAO=79;FDP=131;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00981252;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.453;QD=26.7245;RBI=0.0264677;REFB=-0.0245771;REVB=0.0245816;RO=52;SAF=34;SAR=45;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514917;STB=0.527955;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0233943;OID=.;OPOS=128431694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:52:52:79:79:0.603053:45:34:26:26:45:34:26:26 chr8 128747953 . G T 369.33 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0179835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.965;QD=16.9806;RBI=0.0198828;REFB=-0.0439502;REVB=-0.00848066;RO=48;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238345;STB=0.513362;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0418032;OID=.;OPOS=128747953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:21:18:21:27:21:18:21:27 chr8 129021179 . G A 383.87 PASS AF=0.351145;AO=45;DP=137;FAO=46;FDP=131;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.00389809;FXX=0.050721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.482;QD=11.7211;RBI=0.00700774;REFB=-0.00462536;REVB=-0.00582352;RO=75;SAF=18;SAR=27;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894526;STB=0.545062;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00821575;OID=.;OPOS=129021179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:131:75:85:45:46:0.351145:27:18:36:39:28:18:39:46 chr8 129022785 . T C 2034.07 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.905;QD=61.6386;RBI=0.0126207;REFB=-0.0673132;REVB=0.00510571;RO=1;SAF=59;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798748;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117437;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:132:132:1:0:131:132:1:72:59:1:0:72:60:0:0 chr8 129022816 . G A 461.6 PASS AF=0.375887;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=141;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0269547;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.325;QD=13.0951;RBI=0.0296427;REFB=-0.00736015;REVB=0.0123342;RO=82;SAF=22;SAR=31;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000508971;STB=0.517933;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00510021;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:141:82:88:53:53:0.375887:31:22:34:48:31:22:39:49 chr8 129022818 . T A 459.03 PASS AF=0.370629;AO=53;DP=143;FAO=53;FDP=143;FR=.;FRO=90;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0124439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.936;QD=12.8399;RBI=0.0357659;REFB=0.0158617;REVB=0.0335313;RO=90;SAF=22;SAR=31;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456404;STB=0.52598;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.0105017;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:90:90:53:53:0.370629:31:22:41:49:31:22:41:49 chr8 129162433 . G T 281.21 PASS AF=0.392405;AO=27;DP=82;FAO=31;FDP=79;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=45;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0518984;FXX=0.0365809;HRUN=7;LEN=1;MLLD=29.8876;QD=14.2387;RBI=0.101154;REFB=0.0218403;REVB=0.0868256;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499385;STB=0.523389;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.015793;OID=.;OPOS=129162433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:79:26:45:27:31:0.392405:13:14:12:14:16:15:20:25 chr8 130760850 . A G 2190.88 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.721;QD=63.0468;RBI=0.0348166;REFB=0;REVB=0.0198952;RO=0;SAF=67;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74601e-05;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:139:0:0:137:139:1:70:67:0:0:71:68:0:0 chr8 130774897 . T C 610.57 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00879584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7847;QD=25.4403;RBI=0.0904248;REFB=0.00494024;REVB=-0.089996;RO=41;SAF=23;SAR=32;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166661;STB=0.509116;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00460175;OID=.;OPOS=130774897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:41:55:55:0.572917:32:23:18:23:32:23:18:23 chr8 131353139 . T C 1343.3 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0979462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.954;QD=60.3732;RBI=0.10157;REFB=-0.0687484;REVB=0.0268905;RO=2;SAF=54;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017225;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901022;OID=.;OPOS=131353139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:89:89:2:0:87:89:1:33:54:2:0:33:56:0:0 chr8 131921956 . A G 4155.19 PASS AF=1;AO=261;DP=262;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00278916;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.53;QD=62.4841;RBI=0.0091309;REFB=0;REVB=0.00869448;RO=0;SAF=134;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45348e-06;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:262:266:0:0:261:266:1:127:134:0:0:129:137:0:0 chr8 132947786 . C T 301.32 PASS AF=0.300752;AO=40;DP=132;FAO=40;FDP=133;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=-0.0577827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.941;QD=9.06212;RBI=0.0736301;REFB=-0.00892817;REVB=-0.0456349;RO=88;SAF=18;SAR=22;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090566;STB=0.568096;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0206901;OID=.;OPOS=132947786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:88:93:40:40:0.300752:22:18:33:55:22:18:33:60 chr8 132999936 . A G 1228.39 PASS AF=0.517391;AO=119;DP=231;FAO=119;FDP=230;FR=.;FRO=111;FSAF=44;FSAR=75;FSRF=61;FSRR=50;FWDB=-0.0106489;FXX=0.0212757;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.935;QD=21.3634;RBI=0.0112278;REFB=-0.00639105;REVB=-0.0035586;RO=109;SAF=44;SAR=75;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153575;STB=0.58877;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00835704;OID=.;OPOS=132999936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:109:111:119:119:0.517391:75:44:59:50:75:44:61:50 chr8 133047071 . G A 3210.74 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.12;QD=64.2148;RBI=0.0426805;REFB=0;REVB=0.0354212;RO=0;SAF=106;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27926e-05;OID=.;OPOS=133047071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:200:200:1:94:106:0:0:94:106:0:0 chr8 133048619 . T C 1969.5 PASS AF=0.956204;AO=130;DP=137;FAO=131;FDP=137;FR=.;FRO=6;FSAF=72;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0161454;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.545;QD=57.5037;RBI=0.0367456;REFB=0.0395805;REVB=0.0330085;RO=5;SAF=72;SAR=58;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175481;STB=0.505182;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.000579833;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:137:137:5:6:130:131:0.956204:58:72:4:1:59:72:4:2 chr8 133053309 . T C 2262.07 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180731;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.676;QD=62.8351;RBI=0.0224735;REFB=-0.000317257;REVB=0.0133574;RO=1;SAF=68;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638263;STB=0.503355;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=2.29106e-05;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:142:143:0.993056:74:68:0:1:74:69:0:1 chr8 133053318 . T C 2217.2 PASS AF=0.972789;AO=143;DP=147;FAO=143;FDP=147;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=75;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0200344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.946;QD=60.3319;RBI=0.0285545;REFB=0.00835524;REVB=-0.0203466;RO=2;SAF=68;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137787;STB=0.514284;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000248114;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:147:147:2:4:143:143:0.972789:75:68:2:0:75:68:4:0 chr8 133067315 . G A 352.09 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00890423;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.347;QD=15.4766;RBI=0.00970072;REFB=-0.00360087;REVB=0.0038495;RO=53;SAF=14;SAR=24;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167906;STB=0.594991;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00544689;OID=.;OPOS=133067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:53:53:38:38:0.417582:24:14:28:25:24:14:28:25 chr8 133089975 . A G 4109.11 PASS AF=0.978102;AO=268;DP=274;FAO=268;FDP=274;FR=.;FRO=6;FSAF=129;FSAR=139;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0143734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.374;QD=59.987;RBI=0.111227;REFB=-0.033113;REVB=-0.110294;RO=5;SAF=129;SAR=139;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181168;STB=0.507713;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000944365;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:274:274:5:6:268:268:0.978102:139:129:5:0:139:129:5:1 chr8 133101818 . G A 2331.87 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.926;QD=63.8867;RBI=0.0238045;REFB=0;REVB=-0.0235891;RO=0;SAF=64;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8285e-05;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:82:64:0:0:82:64:0:0 chr8 133107830 . T C 3645.7 PASS AF=1;AO=229;DP=232;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240021;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.178;QD=63.129;RBI=0.0318957;REFB=0;REVB=0.0210056;RO=0;SAF=122;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265754;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:231:0:0:229:231:1:107:122:0:0:108:123:0:0 chr8 133112392 . G A 2178.92 PASS AF=0.992857;AO=135;DP=137;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194301;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.428;QD=62.2548;RBI=0.0194656;REFB=0.0385633;REVB=-0.00117558;RO=1;SAF=28;SAR=107;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442257;STB=0.502325;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.000204723;OID=.;OPOS=133112392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:140:1:1:135:139:0.992857:107:28:0:1:107:32:0:1 chr8 133113531 . A T 1365.93 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.038174;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.389;QD=60.0407;RBI=0.0383593;REFB=-0.0648244;REVB=-0.00376572;RO=0;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501905;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000269584;OID=.;OPOS=133113531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:0:2:89:89:0.978022:52:37:0:0:52:37:1:1 chr8 133175736 . T C 356.08 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00413651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8793;QD=21.9125;RBI=0.0337067;REFB=-0.00289278;REVB=0.0334519;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110416;STB=0.565921;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00256165;OID=.;OPOS=133175736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:29:35:36:0.553846:18:17:18:11:19:17:18:11 chr8 133175766 . A T 124.57 PASS AF=0.340909;AO=13;DP=42;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00264319;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.3302;QD=11.3245;RBI=0.053079;REFB=-0.011002;REVB=0.0530131;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960223;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.029352;OID=.;OPOS=133175766;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:19:29:13:15:0.340909:7:6:7:12:7:8:14:15 chr8 133199455 . T G 86.88 PASS AF=0.0761905;AO=17;DP=212;FAO=16;FDP=210;FR=.,HEALED;FRO=177;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=80;FSRR=97;FWDB=-0.00769078;FXX=0.0232547;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.5545;QD=1.65478;RBI=0.0255672;REFB=-0.0461364;REVB=-0.0243831;RO=135;SAF=12;SAR=5;SRF=65;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275098;STB=0.766764;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.109879;OID=.;OPOS=133199455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:212:210:135:177:17:16:0.0761905:5:12:65:70:4:12:80:97 chr8 133723166 . A G 552.45 PASS AF=0.356757;AO=66;DP=185;FAO=66;FDP=185;FR=.;FRO=119;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=71;FSRR=48;FWDB=-0.00413688;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.79;QD=11.9449;RBI=0.00520437;REFB=0.00276096;REVB=-0.00315779;RO=117;SAF=36;SAR=30;SRF=70;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602926;STB=0.53339;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00440832;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:117:119:66:66:0.356757:30:36:70:47:30:36:71:48 chr8 133854970 . A G 521.49 PASS AF=0.36;AO=62;DP=176;FAO=63;FDP=175;FR=.;FRO=112;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=0.0116626;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.674;QD=11.9197;RBI=0.0344256;REFB=-0.00214301;REVB=0.0323899;RO=111;SAF=27;SAR=35;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375312;STB=0.512816;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00387457;OID=.;OPOS=133854970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:111:112:62:63:0.36:35:27:52:59:35:28:52:60 chr8 133859871 . T A 338.14 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00960624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.138;QD=22.9248;RBI=0.0430963;REFB=0.000669156;REVB=0.0420121;RO=25;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686704;STB=0.537826;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000561758;OID=.;OPOS=133859871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:16:18:11:14:16:18:11:14 chr8 133900252 . T G 525.08 PASS AF=0.379518;AO=58;DP=163;FAO=63;FDP=166;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=0.0122551;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.611;QD=12.6524;RBI=0.029115;REFB=-0.00617528;REVB=0.0264101;RO=103;SAF=32;SAR=26;SRF=62;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574219;STB=0.5488;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0135882;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:166:103:103:58:63:0.379518:26:32:62:41:30:33:62:41 chr8 133900386 . T C 388.71 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0139278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.692;QD=16.1963;RBI=0.0144002;REFB=-0.00296242;REVB=0.00365824;RO=54;SAF=15;SAR=26;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00490971;STB=0.509799;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00550648;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:55:41:41:0.427083:26:15:20:34:26:15:21:34 chr8 133900495 . G A 733.16 PASS AF=0.408163;AO=79;DP=195;FAO=80;FDP=196;FR=.;FRO=116;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=63;FSRR=53;FWDB=-8.03267e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.865;QD=14.9624;RBI=0.0202055;REFB=0.00835772;REVB=-0.0202053;RO=116;SAF=45;SAR=34;SRF=63;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285208;STB=0.511625;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0129624;OID=.;OPOS=133900495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:116:116:79:80:0.408163:34:45:63:53:35:45:63:53 chr8 133906136 . G C 731.7 PASS AF=0.389908;AO=85;DP=218;FAO=85;FDP=218;FR=.;FRO=133;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=-0.0162392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.522;QD=13.4257;RBI=0.0164313;REFB=-0.00249999;REVB=0.00250578;RO=132;SAF=35;SAR=50;SRF=62;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637498;STB=0.538452;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00415559;OID=.;OPOS=133906136;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:132:133:85:85:0.389908:50:35:62:70:50:35:63:70 chr8 133909974 . A G 359.85 PASS AF=0.309677;AO=48;DP=161;FAO=48;FDP=155;FR=.;FRO=107;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=-0.0203152;FXX=0.0432072;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0134;QD=9.28646;RBI=0.0318767;REFB=-0.00353022;REVB=-0.0245644;RO=106;SAF=12;SAR=36;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256718;STB=0.654477;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00866325;OID=.;OPOS=133909974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:155:106:107:48:48:0.309677:36:12:47:59:36:12:48:59 chr8 133910502 . A C 671.72 PASS AF=0.403226;AO=74;DP=185;FAO=75;FDP=186;FR=.;FRO=111;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=-0.0191302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.164;QD=14.4455;RBI=0.0226049;REFB=-0.00879298;REVB=-0.0120423;RO=111;SAF=32;SAR=42;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485696;STB=0.530702;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0120537;OID=.;OPOS=133910502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:111:111:74:75:0.403226:42:32:53:58:43:32:53:58 chr8 133981746 . G A 863.57 PASS AF=0.369565;AO=102;DP=274;FAO=102;FDP=276;FR=.;FRO=174;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=76;FSRR=98;FWDB=-0.0149148;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.891;QD=12.5154;RBI=0.0185734;REFB=-0.0136536;REVB=-0.0110688;RO=169;SAF=51;SAR=51;SRF=75;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621448;STB=0.539847;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0231912;OID=.;OPOS=133981746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:276:169:174:102:102:0.369565:51:51:75:94:51:51:76:98 chr8 134108453 . C T 1087.53 PASS AF=0.511737;AO=109;DP=213;FAO=109;FDP=213;FR=.;FRO=104;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.0113145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7664;QD=20.423;RBI=0.0588219;REFB=0.016196;REVB=0.0577235;RO=104;SAF=51;SAR=58;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457685;STB=0.525086;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0162487;OID=.;OPOS=134108453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:104:104:109:109:0.511737:58:51:54:50:58:51:54:50 chr8 134108546 . T C 1672.68 PASS AF=0.552817;AO=155;DP=290;FAO=157;FDP=284;FR=.;FRO=127;FSAF=69;FSAR=88;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=-0.0053739;FXX=0.0240542;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.307;QD=23.5589;RBI=0.0136353;REFB=-0.00720296;REVB=0.0125317;RO=127;SAF=67;SAR=88;SRF=58;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205403;STB=0.507791;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00505837;OID=.;OPOS=134108546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:284:127:127:155:157:0.552817:88:67:58:69:88:69:58:69 chr8 134260948 . A G 1386.06 PASS AF=0.942857;AO=98;DP=104;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0579937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7591;QD=52.8025;RBI=0.0622034;REFB=-0.0917645;REVB=-0.0224942;RO=3;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293114;STB=0.529406;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0042299;OID=.;OPOS=134260948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:104:105:3:6:98:99:0.942857:47:51:0:3:48:51:0:6 chr8 134292516 . A G 821.99 PASS AF=0.898551;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0197377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7843;QD=47.6517;RBI=0.020295;REFB=0.0191965;REVB=0.00472329;RO=6;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434211;STB=0.513978;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0145385;OID=.;OPOS=134292516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:68:69:6:7:62:62:0.898551:36:26:1:5:36:26:2:5 chr8 134314224 . A T 246.09 PASS AF=0.288136;AO=34;DP=118;FAO=34;FDP=118;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.00141451;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.338;QD=8.34199;RBI=0.00146983;REFB=-0.000460035;REVB=-0.00039947;RO=84;SAF=24;SAR=10;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191095;STB=0.613641;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000877904;OID=.;OPOS=134314224;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:84:84:34:34:0.288136:10:24:47:37:10:24:47:37 chr8 134474148 . C T 1505.83 PASS AF=0.491961;AO=153;DP=311;FAO=153;FDP=311;FR=.;FRO=158;FSAF=65;FSAR=88;FSRF=64;FSRR=94;FWDB=-0.00238495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.343;QD=19.3676;RBI=0.01085;REFB=-0.0206214;REVB=0.0105846;RO=157;SAF=65;SAR=88;SRF=64;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162833;STB=0.510308;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0177625;OID=.;OPOS=134474148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:157:158:153:153:0.491961:88:65:64:93:88:65:64:94 chr8 135602581 . A G 591.09 PASS AF=0.428571;AO=66;DP=155;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=0.0173854;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4814;QD=15.353;RBI=0.115226;REFB=0.00243002;REVB=0.113907;RO=88;SAF=31;SAR=35;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742766;STB=0.541472;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00206968;OID=.;OPOS=135602581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:88:88:66:66:0.428571:35:31:35:53:35:31:35:53 chr8 135612595 . A G 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.484;QD=62.6662;RBI=0.0278903;REFB=0;REVB=0.0278533;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106252;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr8 135612745 . A G 904.54 PASS AF=0.411523;AO=99;DP=242;FAO=100;FDP=243;FR=.;FRO=143;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=69;FSRR=74;FWDB=0.0112961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.714;QD=14.8895;RBI=0.0197691;REFB=-0.0173346;REVB=0.0162239;RO=143;SAF=37;SAR=62;SRF=69;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11835;STB=0.562096;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.021857;OID=.;OPOS=135612745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:143:143:99:100:0.411523:62:37:69:74:62:38:69:74 chr8 135614705 . A G 2840.01 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5838;QD=62.7626;RBI=0.0508037;REFB=0;REVB=-0.0474853;RO=0;SAF=91;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022121;OID=.;OPOS=135614705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:181:181:1:90:91:0:0:90:91:0:0 chr8 135614972 . A G 640.6 PASS AF=0.359447;AO=78;DP=218;FAO=78;FDP=217;FR=.;FRO=139;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=70;FSRR=69;FWDB=-0.0489919;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1605;QD=11.8083;RBI=0.0530369;REFB=0.0135093;REVB=0.0203152;RO=137;SAF=42;SAR=36;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473283;STB=0.522382;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0257853;OID=.;OPOS=135614972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:137:139:78:78:0.359447:36:42:68:69:36:42:70:69 chr8 136659389 . AT A,ATT 36.67 PASS AF=0.00925926,0.305556;AO=13,32;DP=108;FAO=1,33;FDP=108;FR=.;FRO=74;FSAF=1,15;FSAR=0,18;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.137165,0.142474;FXX=0.00917347;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.00125,6.95499;QD=1.35804;RBI=0.139226,0.144519;REFB=0.0423471,-0.0417324;REVB=-0.0238649,0.0242256;RO=58;SAF=8,15;SAR=5,17;SRF=24;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.247644,0.0620202;STB=0.991344,0.515455;STBP=0.301,0.825;TYPE=del,ins;VARB=-0.0221581,0.100517;OID=.,.;OPOS=136659390,136659390;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00925926,0.305556:13,32:108:1,33:108:74:1,15:0,18:32:42:39:58:8,15:5,17:24:34 chr8 136659426 . G A 858.46 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.139;QD=57.2304;RBI=0.0113168;REFB=0;REVB=0.00128214;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02532e-06;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:39:19:0:0:41:19:0:0 chr8 139143942 . A G 2048.19 PASS AF=0.985294;AO=131;DP=133;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0145089;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7061;QD=60.241;RBI=0.0166636;REFB=0.0176721;REVB=0.00819565;RO=1;SAF=63;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748452;STB=0.507811;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00135613;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:133:136:1:2:131:134:0.985294:68:63:1:0:71:63:2:0 chr8 139144914 . G A 1307.42 PASS AF=0.481884;AO=133;DP=274;FAO=133;FDP=276;FR=.;FRO=143;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=67;FSRR=76;FWDB=-0.00567975;FXX=0.00360998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.586;QD=18.9482;RBI=0.00695973;REFB=-0.0220935;REVB=0.00402222;RO=141;SAF=55;SAR=78;SRF=66;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520692;STB=0.529074;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0202895;OID=.;OPOS=139144914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:276:141:143:133:133:0.481884:78:55:66:75:78:55:67:76 chr8 139164570 . C T 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00157203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.518;QD=11.4258;RBI=0.0235063;REFB=-0.000288302;REVB=0.0234537;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878366;STB=0.528026;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.000675191;OID=.;OPOS=139164570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:37:21:21:0.362069:10:11:20:13:10:11:21:16 chr8 139165272 . T C 899.32 PASS AF=0.473958;AO=89;DP=192;FAO=91;FDP=192;FR=.;FRO=101;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=0.0107841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.312;QD=18.7358;RBI=0.0160426;REFB=-0.0180146;REVB=0.0118772;RO=100;SAF=50;SAR=39;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595484;STB=0.540532;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0176335;OID=.;OPOS=139165272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:100:101:89:91:0.473958:39:50:50:50:39:52:50:51 chr8 139165289 . T C 869.4 PASS AF=0.465969;AO=88;DP=191;FAO=89;FDP=191;FR=.;FRO=102;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.00713365;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4943;QD=18.2073;RBI=0.0604611;REFB=-0.0169461;REVB=0.0600388;RO=101;SAF=47;SAR=41;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473033;STB=0.52025;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0127932;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:101:102:88:89:0.465969:41:47:49:52:42:47:50:52 chr8 139626176 . C G 1682.11 PASS AF=0.584906;AO=155;DP=265;FAO=155;FDP=265;FR=.;FRO=110;FSAF=77;FSAR=78;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=0.0236028;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7837;QD=25.3903;RBI=0.0254194;REFB=0.0231648;REVB=0.00943692;RO=110;SAF=77;SAR=78;SRF=46;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602951;STB=0.532634;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0200207;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:110:110:155:155:0.584906:78:77:46:64:78:77:46:64 chr8 139642974 . T C 474.83 PASS AF=0.490196;AO=49;DP=103;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0123405;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.51;QD=18.6208;RBI=0.0152253;REFB=-0.00474807;REVB=0.00891747;RO=52;SAF=25;SAR=24;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629281;STB=0.5294;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00471546;OID=.;OPOS=139642974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:52:52:49:50:0.490196:24:25:23:29:25:25:23:29 chr8 139647262 . A G 1391.06 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.402;QD=61.8249;RBI=0.058199;REFB=0;REVB=0.0476927;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83841e-05;OID=.;OPOS=139647262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:90:0:0:79:90:1:34:45:0:0:44:46:0:0 chr8 139672671 . T C 475.25 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0177686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.329;QD=17.7664;RBI=0.0291638;REFB=-0.0119033;REVB=-0.0231259;RO=56;SAF=18;SAR=33;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16074;STB=0.589474;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0161159;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:33:18:29:27:33:18:29:27 chr8 139697478 . T C 3956.49 PASS AF=0.380282;AO=450;DP=1206;FAO=459;FDP=1207;FR=.;FRO=748;FSAF=178;FSAR=281;FSRF=316;FSRR=432;FWDB=-0.0156381;FXX=0.0130825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1369;QD=13.1118;RBI=0.0173995;REFB=-0.0111138;REVB=-0.00762849;RO=708;SAF=170;SAR=280;SRF=288;SRR=420;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333764;STB=0.52239;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0189572;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1206:1207:708:748:450:459:0.380282:280:170:288:420:281:178:316:432 chr8 139701209 . G T 1411.6 PASS AF=0.528736;AO=137;DP=260;FAO=138;FDP=261;FR=.;FRO=123;FSAF=58;FSAR=80;FSRF=60;FSRR=63;FWDB=0.0178902;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.293;QD=21.6337;RBI=0.0370427;REFB=-0.0169299;REVB=-0.0324362;RO=120;SAF=57;SAR=80;SRF=57;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513865;STB=0.532306;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0152642;OID=.;OPOS=139701209;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:120:123:137:138:0.528736:80:57:57:63:80:58:60:63 chr8 139712323 . A G 2456.64 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.408;QD=61.4159;RBI=0.0972445;REFB=0;REVB=-0.0959831;RO=0;SAF=88;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53245e-05;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:72:88:0:0:72:88:0:0 chr8 139736933 . C A 716.1 PASS AF=0.469136;AO=76;DP=162;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=-0.0182837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.747;QD=17.6815;RBI=0.018285;REFB=0.0053861;REVB=-0.000221727;RO=86;SAF=29;SAR=47;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00965992;STB=0.505347;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.00656882;OID=.;OPOS=139736933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:86:86:76:76:0.469136:47:29:32:54:47:29:32:54 chr8 139768085 . G A 1062.3 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.984;QD=59.8477;RBI=0.0450793;REFB=0;REVB=-0.028239;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160343;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr8 139824057 . G A 1672.93 PASS AF=0.966102;AO=112;DP=117;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00753232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.833;QD=56.7094;RBI=0.0384268;REFB=-0.153677;REVB=0.0376813;RO=4;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032154;STB=0.516391;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00176066;OID=.;OPOS=139824057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:118:4:4:112:114:0.966102:57:55:0:4:59:55:0:4 chr8 139838912 . T C 2283.01 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177195;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.239;QD=62.9797;RBI=0.053113;REFB=-0.100408;REVB=0.05007;RO=0;SAF=74;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394067;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:145:145:0:0:144:145:1:70:74:0:0:70:75:0:0 chr8 139890424 . C T 1126.36 PASS AF=0.25897;AO=165;DP=658;FAO=166;FDP=641;FR=.;FRO=475;FSAF=100;FSAR=66;FSRF=234;FSRR=241;FWDB=0.0513609;FXX=0.0273137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0557;QD=7.02879;RBI=0.0515601;REFB=-0.00279955;REVB=0.00452685;RO=398;SAF=99;SAR=66;SRF=227;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372782;STB=0.582047;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0141208;OID=.;OPOS=139890424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:658:641:398:475:165:166:0.25897:66:99:227:171:66:100:234:241 chr8 140630990 . A G 1583.15 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207608;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.691;QD=59.7416;RBI=0.0149917;REFB=0;REVB=-0.0148472;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109176;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:105:106:1:53:52:0:0:54:52:0:0 chr8 140945149 . TAAAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAC,TAAAAAGAAAAAAA 348.26 PASS AF=0.0227273,0.727273,0.159091,0.0909091;AO=5,11,2,2;DP=49;FAO=1,32,7,4;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7,0;FSAR=1,32,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.434325,-0.328589,-0.197018,-0.0922753;FXX=0.214247;HRUN=17,17,17,17;LEN=3,4,1,1;MLLD=7.25493,9.63773,113.651,80.6918;QD=31.6604;RBI=0.453817,0.343135,0.199486,0.110893;REFB=-0.0445959,-0.0449031,-0.00125055,-0.00898878;REVB=-0.131573,-0.0988493,-0.0312842,-0.061503;RO=0;SAF=0,0,2,0;SAR=5,11,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=-0.0402616,-0.0290339,-0.0008061,0.104382;OID=.,.,.,.;OPOS=140945150,140945150,140945162,140945155;OREF=AAA,AAAA,A,A;OALT=-,-,C,G;OMAPALT=TAAAAAAAAAA,TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAAAC,TAAAAAGAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0227273,0.727273,0.159091,0.0909091:5,11,2,2:49:1,32,7,4:44:0:0,0,7,0:1,32,0,4:0:0:54:0:0,0,2,0:5,11,0,2:0:0 chr8 140945536 . C T 311.26 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0284442;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.927;QD=13.8337;RBI=0.0284934;REFB=0.00039792;REVB=-0.00167434;RO=54;SAF=21;SAR=14;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068716;STB=0.534227;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00108128;OID=.;OPOS=140945536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:55:35:35:0.388889:14:21:29:25:14:21:30:25 chr8 140998945 . G A 1621.8 PASS AF=0.42381;AO=178;DP=420;FAO=178;FDP=420;FR=.;FRO=242;FSAF=101;FSAR=77;FSRF=107;FSRR=135;FWDB=-0.0033974;FXX=0.00473922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3044;QD=15.4457;RBI=0.0244462;REFB=-0.00460594;REVB=0.0242089;RO=237;SAF=101;SAR=77;SRF=107;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11927;STB=0.572077;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.004722;OID=.;OPOS=140998945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:420:237:242:178:178:0.42381:77:101:107:130:77:101:107:135 chr8 141310644 . G A 5389.51 PASS AF=1;AO=336;DP=342;FAO=338;FDP=338;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377125;FXX=0.0116956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.629;QD=63.7811;RBI=0.0396376;REFB=0;REVB=-0.0122025;RO=0;SAF=163;SAR=173;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37282e-05;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:342:338:0:0:336:338:1:173:163:0:0:173:165:0:0 chr8 141461062 . G A 552.39 PASS AF=0.360656;AO=65;DP=183;FAO=66;FDP=183;FR=.;FRO=117;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=70;FWDB=0.0389625;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0805;QD=12.074;RBI=0.0668521;REFB=0.00138018;REVB=0.0543243;RO=116;SAF=32;SAR=33;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984063;STB=0.562823;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00197029;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:116:117:65:66:0.360656:33:32:47:69:33:33:47:70 chr8 141461185 . A G 241.69 PASS AF=0.319588;AO=28;DP=103;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.00795283;FXX=0.0848977;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.678;QD=9.96655;RBI=0.00892689;REFB=-0.00315804;REVB=-0.00405486;RO=61;SAF=22;SAR=6;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451673;STB=0.737814;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0101512;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:97:61:66:28:31:0.319588:6:22:25:36:8:23:26:40 chr8 141461266 . A G 857.35 PASS AF=0.465969;AO=86;DP=188;FAO=89;FDP=191;FR=.;FRO=102;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.0399381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5753;QD=17.955;RBI=0.0859748;REFB=-0.0479921;REVB=-0.0761354;RO=97;SAF=40;SAR=46;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581478;STB=0.524689;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0474499;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:191:97:102:86:89:0.465969:46:40:51:46:46:43:54:48 chr8 141551407 . G A 835.05 PASS AF=0.408696;AO=93;DP=230;FAO=94;FDP=230;FR=.;FRO=136;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=79;FWDB=0.0268525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1091;QD=14.5226;RBI=0.0772941;REFB=-0.000515295;REVB=0.0724798;RO=136;SAF=53;SAR=40;SRF=57;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159039;STB=0.585079;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00142789;OID=.;OPOS=141551407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:136:136:93:94:0.408696:40:53:57:79:41:53:57:79 chr8 141554344 . CG C 91.31 PASS AF=0.387755;AO=32;DP=99;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=0.243029;FXX=0.019998;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.07879;QD=3.72677;RBI=0.253554;REFB=-0.0903081;REVB=-0.0722974;RO=55;SAF=12;SAR=20;SRF=41;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391508;STB=0.59734;STBP=0.15;TYPE=del;VARB=0.128449;OID=.;OPOS=141554345;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387755:32:99:38:98:60:20:18:41:19:91:55:12:20:41:14 chr8 141559358 . G A 1721.26 PASS AF=0.615079;AO=155;DP=251;FAO=155;FDP=252;FR=.;FRO=97;FSAF=78;FSAR=77;FSRF=37;FSRR=60;FWDB=-0.00935318;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.193;QD=27.3216;RBI=0.00935352;REFB=-0.00965422;REVB=7.99434e-05;RO=96;SAF=78;SAR=77;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909181;STB=0.546844;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00658211;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:252:96:97:155:155:0.615079:77:78:36:60:77:78:37:60 chr8 141566311 . C T 929.24 PASS AF=0.52907;AO=91;DP=171;FAO=91;FDP=172;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=0.0362025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.929;QD=21.6101;RBI=0.0376239;REFB=-0.0101318;REVB=-0.0102437;RO=80;SAF=42;SAR=49;SRF=27;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107858;STB=0.555342;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00971002;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:80:81:91:91:0.52907:49:42:27:53:49:42:28:53 chr8 141568622 . G A 1449.61 PASS AF=0.470219;AO=150;DP=321;FAO=150;FDP=319;FR=.;FRO=169;FSAF=60;FSAR=90;FSRF=77;FSRR=92;FWDB=-0.0133815;FXX=0.00623034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8121;QD=18.177;RBI=0.0138959;REFB=-0.00208807;REVB=0.00374597;RO=165;SAF=60;SAR=90;SRF=77;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650781;STB=0.530318;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00205639;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:319:165:169:150:150:0.470219:90:60:77:88:90:60:77:92 chr8 141774282 . A C 1000.0 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0117987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2395;QD=56.3379;RBI=0.0490748;REFB=-0.0153066;REVB=0.0476353;RO=2;SAF=38;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027272;STB=0.501443;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00315108;OID=.;OPOS=141774282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:31:38:1:1:31:38:1:1 chr8 141780818 . T C 726.18 PASS AF=0.570248;AO=69;DP=121;FAO=69;FDP=121;FR=.;FRO=52;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0364236;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2474;QD=24.006;RBI=0.0374885;REFB=-0.00548306;REVB=-0.00887163;RO=51;SAF=44;SAR=25;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00860139;STB=0.501424;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00371218;OID=.;OPOS=141780818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:51:52:69:69:0.570248:25:44:32:19:25:44:33:19 chr8 141840645 . G A 1434.2 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.529;QD=63.0418;RBI=0.029953;REFB=0;REVB=0.0211157;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21776e-05;OID=.;OPOS=141840645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:56:35:0:0:56:35:0:0 chr8 142146708 . T C 1535.78 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.31;QD=59.0685;RBI=0.0154666;REFB=0;REVB=-0.000847216;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182356;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:102:104:1:45:57:0:0:47:57:0:0 chr8 142152442 . A G 3538.35 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318076;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.77;QD=62.904;RBI=0.055403;REFB=0;REVB=-0.0453626;RO=0;SAF=112;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125645;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:225:0:0:224:225:1:112:112:0:0:112:113:0:0 chr8 142154291 . G A 2983.47 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217414;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1294;QD=63.4781;RBI=0.0343412;REFB=0;REVB=-0.0265824;RO=0;SAF=99;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80669e-05;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:188:0:0:185:188:1:86:99:0:0:86:102:0:0 chr8 142161032 . A C 3588.5 PASS AF=1;AO=227;DP=228;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.965;QD=62.6812;RBI=0.00583322;REFB=0;REVB=0.00554085;RO=0;SAF=125;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95032e-06;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:229:0:0:227:229:1:102:125:0:0:104:125:0:0 chr8 142161869 . A AT 821.27 PASS AF=1;AO=14;DP=140;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703277;FXX=0.187485;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.4433;QD=31.5872;RBI=0.0735102;REFB=0.0264989;REVB=0.0213955;RO=125;SAF=2;SAR=12;SRF=47;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00275845;OID=.;OPOS=142161870;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:140:104:104:0:35:69:0:0:14:125:2:12:47:78 chr8 142161873 . C T 1639.34 PASS AF=0.916031;AO=104;DP=122;FAO=120;FDP=131;FR=.;FRO=11;FSAF=39;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.028243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5869;QD=50.0562;RBI=0.035465;REFB=-0.100671;REVB=0.0214498;RO=13;SAF=27;SAR=77;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073682;STB=0.531787;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00206626;OID=.;OPOS=142161873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:122:131:13:11:104:120:0.916031:77:27:0:13:81:39:0:11 chr8 142161888 . G A 1749.18 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.919;QD=60.8411;RBI=0.0248062;REFB=0;REVB=0.00708179;RO=0;SAF=36;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16146e-05;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:79:36:0:0:79:36:0:0 chr8 142202847 . G A 375.53 PASS AF=0.419048;AO=43;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0155862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4395;QD=14.3058;RBI=0.0316649;REFB=-0.01354;REVB=0.0275633;RO=60;SAF=18;SAR=25;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330959;STB=0.506382;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0256356;OID=.;OPOS=142202847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:61:43:44:0.419048:25:18:27:33:25:19:27:34 chr8 142202856 . C T 316.48 PASS AF=0.357143;AO=41;DP=111;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.00224132;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.157;QD=11.3029;RBI=0.0259703;REFB=-0.0321836;REVB=-0.0258734;RO=67;SAF=15;SAR=26;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173577;STB=0.625163;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0436372;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:67:72:41:40:0.357143:26:15:35:32:26:14:39:33 chr8 142202884 . T C 1793.06 PASS AF=0.945736;AO=122;DP=129;FAO=122;FDP=129;FR=.;FRO=7;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0105379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.26;QD=55.5988;RBI=0.0116891;REFB=-0.0390916;REVB=0.00505854;RO=2;SAF=56;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00126396;STB=0.506134;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00178592;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:129:129:2:7:122:122:0.945736:66:56:1:1:66:56:4:3 chr8 142204326 . C G 227.47 PASS AF=0.298077;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0136708;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.872;QD=8.74877;RBI=0.0197461;REFB=-0.0121161;REVB=0.0142484;RO=74;SAF=16;SAR=15;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192689;STB=0.506513;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0280446;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:74:73:31:31:0.298077:15:16:37:37:15:16:37:36 chr8 142218119 . G A 371.45 PASS AF=0.371901;AO=45;DP=121;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0160182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.515;QD=12.2792;RBI=0.11706;REFB=-0.00833932;REVB=0.115958;RO=76;SAF=20;SAR=25;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118903;STB=0.567736;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0137847;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:76:76:45:45:0.371901:25:20:42:34:25:20:42:34 chr8 142221361 . C G 1152.99 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00823757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.198;QD=60.6839;RBI=0.0102306;REFB=0;REVB=0.00606689;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35998e-06;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:36:38:0:0:37:39:0:0 chr8 142222374 . A G 6431.9 PASS AF=1;AO=407;DP=415;FAO=409;FDP=409;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=216;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000909349;FXX=0.0144575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8697;QD=62.9037;RBI=0.0373369;REFB=0;REVB=-0.0373258;RO=0;SAF=191;SAR=216;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12766e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065626;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:415:409:0:0:407:409:1:216:191:0:0:216:193:0:0 chr8 142222445 . T C 6309.12 PASS AF=0.990244;AO=404;DP=419;FAO=406;FDP=410;FR=.;FRO=4;FSAF=166;FSAR=240;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0265809;FXX=0.0214792;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9602;QD=61.5524;RBI=0.0408035;REFB=-0.0850089;REVB=0.0309578;RO=5;SAF=166;SAR=238;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508633;STB=0.501604;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00061118;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:419:410:5:4:404:406:0.990244:238:166:1:4:240:166:1:3 chr8 142225990 . G A 2675.02 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6444;QD=62.2098;RBI=0.0333172;REFB=0;REVB=-0.00590913;RO=0;SAF=81;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92609e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73406e-05;OID=.;OPOS=142225990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:169:172:0:0:169:172:1:88:81:0:0:90:82:0:0 chr8 142228149 . G A 1313.31 PASS AF=0.381546;AO=153;DP=401;FAO=153;FDP=401;FR=.;FRO=248;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=107;FSRR=141;FWDB=-0.0104617;FXX=0.0024875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.726;QD=13.1004;RBI=0.017124;REFB=-0.0145943;REVB=0.0135568;RO=247;SAF=78;SAR=75;SRF=107;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084097;STB=0.548378;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0235624;OID=.;OPOS=142228149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:401:401:247:248:153:153:0.381546:75:78:107:140:75:78:107:141 chr8 142228686 . G A 654.05 PASS AF=0.452703;AO=66;DP=147;FAO=67;FDP=148;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=26;FWDB=0.00202878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.905;QD=17.6771;RBI=0.0384786;REFB=-0.00972245;REVB=0.0384251;RO=81;SAF=44;SAR=22;SRF=55;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138226;STB=0.504586;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0112779;OID=.;OPOS=142228686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:81:81:66:67:0.452703:22:44:55:26:22:45:55:26 chr8 142228809 . T C 1989.57 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3943;QD=62.1739;RBI=0.037806;REFB=0;REVB=0.0174933;RO=0;SAF=78;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53572e-05;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:50:78:0:0:50:78:0:0 chr8 142229834 . G A 2440.49 PASS AF=0.38652;AO=280;DP=726;FAO=281;FDP=727;FR=.;FRO=446;FSAF=99;FSAR=182;FSRF=183;FSRR=263;FWDB=0.0111154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.725;QD=13.4277;RBI=0.021684;REFB=-0.00613124;REVB=0.0186184;RO=445;SAF=99;SAR=181;SRF=183;SRR=262;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674395;STB=0.538103;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00968221;OID=.;OPOS=142229834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:726:727:445:446:280:281:0.38652:181:99:183:262:182:99:183:263 chr8 142229891 . A G 10167.3 PASS AF=1;AO=643;DP=648;FAO=650;FDP=650;FR=.;FRO=0;FSAF=289;FSAR=361;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304199;FXX=0.00763347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.39;QD=62.5677;RBI=0.0304954;REFB=0.0363522;REVB=0.00214477;RO=2;SAF=289;SAR=354;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0026908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87065e-05;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:648:650:2:0:643:650:1:354:289:0:2:361:289:0:0 chr8 142266691 . A C 3895.24 PASS AF=1;AO=226;DP=229;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137825;FXX=0.00787371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.243;QD=61.8292;RBI=0.0645012;REFB=0;REVB=0.0630115;RO=0;SAF=130;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17349e-05;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:229:252:0:0:226:252:1:96:130:0:0:122:130:0:0 chr8 142367335 . T C 837.5 PASS AF=0.535484;AO=83;DP=155;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0146683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3073;QD=21.6129;RBI=0.0913952;REFB=0.019802;REVB=-0.0902104;RO=70;SAF=40;SAR=43;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327825;STB=0.52393;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0194681;OID=.;OPOS=142367335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:70:72:83:83:0.535484:43:40:31:39:43:40:31:41 chr8 142367400 . G A 1025.68 PASS AF=0.515625;AO=99;DP=192;FAO=99;FDP=192;FR=.;FRO=93;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.0222081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.024;QD=21.3682;RBI=0.0276555;REFB=-0.0182084;REVB=0.016481;RO=93;SAF=48;SAR=51;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067627;STB=0.537041;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0155597;OID=.;OPOS=142367400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:93:93:99:99:0.515625:51:48:38:55:51:48:38:55 chr8 142367559 . G A 908.74 PASS AF=0.645161;AO=80;DP=124;FAO=80;FDP=124;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0136968;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.015;QD=29.3143;RBI=0.0389622;REFB=-0.0127244;REVB=0.0364753;RO=44;SAF=29;SAR=51;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640776;STB=0.534651;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00788494;OID=.;OPOS=142367559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:44:44:80:80:0.645161:51:29:20:24:51:29:20:24 chr8 142441642 . A G 1610.91 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034638;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.511;QD=60.221;RBI=0.0408581;REFB=0;REVB=0.02167;RO=0;SAF=21;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010086;OID=.;OPOS=142441642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:86:21:0:0:86:21:0:0 chr8 142446923 . C T 7780.94 PASS AF=0.98062;AO=503;DP=521;FAO=506;FDP=516;FR=.;FRO=10;FSAF=263;FSAR=243;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0716397;FXX=0.00959674;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7025;QD=60.3174;RBI=0.0764095;REFB=-0.106667;REVB=0.0265738;RO=9;SAF=260;SAR=243;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162361;STB=0.505442;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000832484;OID=.;OPOS=142446923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:521:516:9:10:503:506:0.98062:243:260:9:0:243:263:8:2 chr8 142458052 . TA T,TG 2945.09 PASS AF=0.257778,0.742222;AO=80,128;DP=229;FAO=58,167;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=1,117;FSAR=57,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362026,-0.0354818;FXX=0.0174665;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.0683,58.329;QD=52.3571;RBI=0.044002,0.080095;REFB=0,0;REVB=0.025011,0.071807;RO=0;SAF=3,107;SAR=77,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.078897,0.0102266;OID=.,.;OPOS=142458053,142458053;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.257778,0.742222:80,128:229:58,167:225:0:1,117:57,50:0:0:81:0:3,107:77,21:0:0 chr8 142459814 . C T 6851.35 PASS AF=0.967742;AO=450;DP=465;FAO=450;FDP=465;FR=.;FRO=15;FSAF=165;FSAR=285;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0226976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.735;QD=58.9363;RBI=0.0370189;REFB=-0.0602255;REVB=0.0292441;RO=15;SAF=165;SAR=285;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284589;STB=0.514928;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000257661;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:465:465:15:15:450:450:0.967742:285:165:12:3:285:165:12:3 chr8 142480761 . G A 616.5 PASS AF=0.38172;AO=71;DP=186;FAO=71;FDP=186;FR=.;FRO=115;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=0.00409618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.034;QD=13.2581;RBI=0.00424576;REFB=-0.00593938;REVB=-0.00111701;RO=115;SAF=39;SAR=32;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017624;STB=0.509957;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0116155;OID=.;OPOS=142480761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:115:115:71:71:0.38172:32:39:65:50:32:39:65:50 chr8 142488837 . G A 1475.97 PASS AF=0.587719;AO=134;DP=232;FAO=134;FDP=228;FR=.;FRO=94;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=0.0439919;FXX=0.0172406;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.853;QD=25.8943;RBI=0.05026;REFB=-0.000662281;REVB=0.0243061;RO=93;SAF=69;SAR=65;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498591;STB=0.529006;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000579643;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:228:93:94:134:134:0.587719:65:69:54:39:65:69:55:39 chr8 142489410 . A G 1388.2 PASS AF=0.362256;AO=167;DP=457;FAO=167;FDP=461;FR=.;FRO=294;FSAF=73;FSAR=94;FSRF=154;FSRR=140;FWDB=-0.0309631;FXX=0.00431956;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.33;QD=12.0451;RBI=0.0314612;REFB=-0.0134627;REVB=-0.00557619;RO=284;SAF=73;SAR=94;SRF=145;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823325;STB=0.555381;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.024031;OID=.;OPOS=142489410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:457:461:284:294:167:167:0.362256:94:73:145:139:94:73:154:140 chr8 142490079 . G A 3356.16 PASS AF=0.995475;AO=147;DP=219;FAO=220;FDP=221;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=145;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114522;FXX=0.017777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4501;QD=60.745;RBI=0.0152377;REFB=0;REVB=-0.0100516;RO=0;SAF=100;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158936;OID=.;OPOS=142490079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:219:221:0:0:147:220:0.995475:47:100:0:0:75:145:0:0 chr8 142490080 . T A 214.32 PASS AF=0.173913;AO=37;DP=227;FAO=40;FDP=230;FR=.;FRO=190;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=128;FSRR=62;FWDB=0.0030828;FXX=0.012875;HRUN=7;LEN=1;MLLD=76.4095;QD=3.7273;RBI=0.0258801;REFB=-0.00408999;REVB=0.0256959;RO=190;SAF=20;SAR=17;SRF=128;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178511;STB=0.624611;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0169399;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:230:190:190:37:40:0.173913:17:20:128:62:19:21:128:62 chr8 142490120 . G T 2809.38 PASS AF=0.973404;AO=180;DP=186;FAO=183;FDP=188;FR=.;FRO=5;FSAF=117;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.01924;FXX=0.015706;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0898;QD=59.774;RBI=0.0280648;REFB=-0.00615192;REVB=0.0204317;RO=3;SAF=115;SAR=65;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122558;STB=0.501134;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000257436;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:186:188:3:5:180:183:0.973404:65:115:3:0:66:117:3:2 chr8 142505038 . T C 518.38 PASS AF=0.314815;AO=68;DP=217;FAO=68;FDP=216;FR=.;FRO=148;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=71;FSRR=77;FWDB=0.00912035;FXX=0.00460808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.595;QD=9.59959;RBI=0.0259406;REFB=-0.013006;REVB=-0.0242845;RO=147;SAF=45;SAR=23;SRF=70;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224085;STB=0.627752;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.022181;OID=.;OPOS=142505038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:147:148:68:68:0.314815:23:45:70:77:23:45:71:77 chr8 142505578 . C A 945.87 PASS AF=0.372881;AO=107;DP=295;FAO=110;FDP=295;FR=.;FRO=185;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=92;FSRR=93;FWDB=-0.0548355;FXX=0.00673378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0044;QD=12.8254;RBI=0.0587658;REFB=-0.00304465;REVB=0.0211301;RO=183;SAF=44;SAR=63;SRF=92;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103186;STB=0.544277;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0041091;OID=.;OPOS=142505578;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:183:185:107:110:0.372881:63:44:92:91:63:47:92:93 chr8 142506461 . A G 692.78 PASS AF=0.36087;AO=83;DP=229;FAO=83;FDP=230;FR=.;FRO=147;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=76;FSRR=71;FWDB=-0.0363115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.25;QD=12.0483;RBI=0.042976;REFB=-0.0134151;REVB=-0.0229873;RO=146;SAF=38;SAR=45;SRF=76;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704637;STB=0.537839;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0221107;OID=.;OPOS=142506461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:146:147:83:83:0.36087:45:38:76:70:45:38:76:71 chr8 143257760 . G C 274.41 PASS AF=0.529412;AO=21;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0359722;FXX=0.0192271;HRUN=6;LEN=1;MLLD=93.8426;QD=21.522;RBI=0.0435546;REFB=-0.0476415;REVB=0.0245563;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262921;STB=0.656457;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0260001;OID=.;OPOS=143257760;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:15:16:21:27:0.529412:10:11:13:2:15:12:14:2 chr8 143413136 . C T 969.44 PASS AF=0.377483;AO=112;DP=300;FAO=114;FDP=302;FR=.;FRO=188;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=87;FSRR=101;FWDB=-0.0171956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.994;QD=12.8402;RBI=0.0172946;REFB=-0.00266207;REVB=0.00184822;RO=188;SAF=50;SAR=62;SRF=87;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183014;STB=0.509671;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00515493;OID=.;OPOS=143413136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:302:188:188:112:114:0.377483:62:50:87:101:63:51:87:101 chr8 143425354 . C T 1612.64 PASS AF=0.487952;AO=162;DP=332;FAO=162;FDP=332;FR=.;FRO=170;FSAF=78;FSAR=84;FSRF=85;FSRR=85;FWDB=0.00132237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.126;QD=19.4295;RBI=0.0106944;REFB=-0.0223498;REVB=-0.0106123;RO=168;SAF=78;SAR=84;SRF=85;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227085;STB=0.509488;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0210182;OID=.;OPOS=143425354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:168:170:162:162:0.487952:84:78:85:83:84:78:85:85 chr8 143425406 . C T 1912.71 PASS AF=0.508065;AO=189;DP=372;FAO=189;FDP=372;FR=.;FRO=183;FSAF=89;FSAR=100;FSRF=93;FSRR=90;FWDB=0.00930034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.228;QD=20.5667;RBI=0.0188548;REFB=-0.0155659;REVB=0.0164015;RO=183;SAF=89;SAR=100;SRF=93;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033588;STB=0.518369;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0142639;OID=.;OPOS=143425406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:372:183:183:189:189:0.508065:100:89:93:90:100:89:93:90 chr8 143425720 . T C 2714.88 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.173;QD=62.411;RBI=0.0139389;REFB=0;REVB=0.0130457;RO=0;SAF=80;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11295e-05;OID=.;OPOS=143425720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:94:80:0:0:94:80:0:0 chr8 143427178 . C G 1322.43 PASS AF=0.533613;AO=109;DP=220;FAO=127;FDP=238;FR=.;FRO=111;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.0417579;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.262;QD=22.2257;RBI=0.047726;REFB=-0.0304108;REVB=0.0231094;RO=98;SAF=47;SAR=62;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104048;STB=0.529846;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0239943;OID=.;OPOS=143427178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:238:98:111:109:127:0.533613:62:47:54:44:71:56:56:55 chr8 143436034 . A G 1078.8 PASS AF=0.607362;AO=99;DP=163;FAO=99;FDP=163;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=68;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=0.0100375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.794;QD=26.4736;RBI=0.0127747;REFB=-0.00489416;REVB=0.00790209;RO=63;SAF=31;SAR=68;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00360921;STB=0.500288;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339959;OID=.;OPOS=143436034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:63:64:99:99:0.607362:68:31:20:43:68:31:20:44 chr8 143603418 . G C 5437.16 PASS AF=0.983333;AO=353;DP=359;FAO=354;FDP=360;FR=.;FRO=6;FSAF=159;FSAR=195;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0691388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3938;QD=60.4129;RBI=0.06941;REFB=0.0181087;REVB=0.00613058;RO=6;SAF=158;SAR=195;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00906443;STB=0.504762;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00190246;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:359:360:6:6:353:354:0.983333:195:158:1:5:195:159:1:5 chr8 143623459 . G T 2223.37 PASS AF=0.524155;AO=206;DP=404;FAO=217;FDP=414;FR=.;FRO=197;FSAF=87;FSAR=130;FSRF=88;FSRR=109;FWDB=0.0202303;FXX=0.00240958;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.26;QD=21.4818;RBI=0.0205359;REFB=-0.0255566;REVB=0.00352969;RO=195;SAF=78;SAR=128;SRF=88;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674146;STB=0.52247;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0241113;OID=.;OPOS=143623459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:414:195:197:206:217:0.524155:128:78:88:107:130:87:88:109 chr8 143694775 . G C 740.02 PASS AF=0.418848;AO=80;DP=193;FAO=80;FDP=191;FR=.;FRO=111;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=59;FSRR=52;FWDB=0.0248377;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.409;QD=15.4979;RBI=0.0252085;REFB=-0.00593027;REVB=0.00430764;RO=113;SAF=34;SAR=46;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111202;STB=0.562139;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00802539;OID=.;OPOS=143694775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:191:113:111:80:80:0.418848:46:34:60:53:46:34:59:52 chr8 143695144 . G A 4376.87 PASS AF=0.518293;AO=423;DP=822;FAO=425;FDP=820;FR=.;FRO=395;FSAF=164;FSAR=261;FSRF=195;FSRR=200;FWDB=0.0368479;FXX=0.00243306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.137;QD=21.3506;RBI=0.0380372;REFB=-0.0157704;REVB=0.0094374;RO=389;SAF=162;SAR=261;SRF=189;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933593;STB=0.553437;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0142994;OID=.;OPOS=143695144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:822:820:389:395:423:425:0.518293:261:162:189:200:261:164:195:200 chr8 143695678 . A G 594.52 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.075;QD=60.9766;RBI=0.0194274;REFB=0;REVB=0.00552692;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45738e-05;OID=.;OPOS=143695678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:24:15:0:0 chr8 143695681 . G C 492.28 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0309026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.839;QD=51.819;RBI=0.0413252;REFB=-0.185209;REVB=0.0274372;RO=3;SAF=13;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459473;STB=0.524628;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00319649;OID=.;OPOS=143695681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:22:13:2:1:22:13:2:1 chr8 143746050 . C T 966.15 PASS AF=0.474178;AO=101;DP=213;FAO=101;FDP=213;FR=.;FRO=112;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=-0.00456075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.313;QD=18.1436;RBI=0.00597822;REFB=-0.0205378;REVB=-0.00386506;RO=112;SAF=47;SAR=54;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075263;STB=0.504154;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0286149;OID=.;OPOS=143746050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:112:112:101:101:0.474178:54:47:53:59:54:47:53:59 chr8 143746069 . T C 914.38 PASS AF=0.475;AO=95;DP=201;FAO=95;FDP=200;FR=.;FRO=105;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.0128294;FXX=0.00497488;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.582;QD=18.2876;RBI=0.0130463;REFB=-0.00809545;REVB=-0.00236894;RO=103;SAF=47;SAR=48;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000385528;STB=0.504737;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00738782;OID=.;OPOS=143746069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:103:105:95:95:0.475:48:47:51:52:48:47:51:54 chr8 143746087 . CCA C 1597.12 PASS AF=0.870588;AO=144;DP=151;FAO=148;FDP=170;FR=.;FRO=22;FSAF=69;FSAR=79;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00670884;FXX=0.0449413;HRUN=2;LEN=2;MLLD=304.571;QD=37.5792;RBI=0.00672832;REFB=-0.00543631;REVB=-0.00051159;RO=0;SAF=69;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07191e-08;STB=0.510286;STBP=0.486;TYPE=del;VARB=0.000431677;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.870588:144:151:148:170:22:69:79:12:10:41:0:69:75:0:0 chr8 143746128 . TC CT,T 93.97 PASS AF=0.00900901,0.225225;AO=4,20;DP=114;FAO=1,25;FDP=111;FR=.;FRO=85;FSAF=0,5;FSAR=1,20;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.00189355,0.135012;FXX=0.0512777;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=201.205,12.9502;QD=3.38644;RBI=0.0299073,0.169138;REFB=-0.0012736,-0.0289018;REVB=-0.0298473,-0.101878;RO=76;SAF=0,3;SAR=4,17;SRF=46;SRR=30;SSEN=0,0.328125;SSEP=0,0;SSSB=-0.514284,-0.566155;STB=0.991983,0.805514;STBP=0.275,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0252194,0.0742244;OID=.,.;OPOS=143746128,143746129;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:87:114:111:76:85:4,20:1,25:0.00900901,0.225225:4,17:0,3:46:30:1,20:0,5:51:34 chr8 143746416 . A G 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0084288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.032;QD=12.8368;RBI=0.021789;REFB=-0.0215094;REVB=-0.0200927;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348277;STB=0.519984;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0152978;OID=.;OPOS=143746416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:13:12:20:19:13:12:20:19 chr8 143746701 . A G 984.11 PASS AF=0.530726;AO=95;DP=180;FAO=95;FDP=179;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.00452333;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.774;QD=21.9913;RBI=0.00564354;REFB=0.00759713;REVB=-0.00337475;RO=82;SAF=44;SAR=51;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930632;STB=0.550694;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00499193;OID=.;OPOS=143746701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:82:84:95:95:0.530726:51:44:47:35:51:44:48:36 chr8 143747271 . C G 2465.65 PASS AF=0.524554;AO=235;DP=449;FAO=235;FDP=448;FR=.;FRO=213;FSAF=118;FSAR=117;FSRF=117;FSRR=96;FWDB=-0.0493029;FXX=0.00222712;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8062;QD=22.0147;RBI=0.0503379;REFB=-0.00850012;REVB=-0.0101549;RO=213;SAF=118;SAR=117;SRF=116;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03706;STB=0.522429;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00886607;OID=.;OPOS=143747271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:449:448:213:213:235:235:0.524554:117:118:116:97:117:118:117:96 chr8 143808951 . C T 1059.15 PASS AF=0.504717;AO=107;DP=212;FAO=107;FDP=212;FR=.;FRO=105;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=-0.0145685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.043;QD=19.984;RBI=0.0343705;REFB=0.00313263;REVB=0.0311302;RO=105;SAF=40;SAR=67;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034049;STB=0.518698;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00275997;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:105:105:107:107:0.504717:67:40:43:62:67:40:43:62 chr8 143833850 . G A 3281.72 PASS AF=0.36852;AO=391;DP=1060;FAO=391;FDP=1061;FR=.;FRO=670;FSAF=182;FSAR=209;FSRF=306;FSRR=364;FWDB=0.0082686;FXX=0.000941611;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4339;QD=12.3722;RBI=0.0477711;REFB=-0.0209954;REVB=0.0470501;RO=660;SAF=182;SAR=209;SRF=300;SRR=360;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122791;STB=0.50556;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0370994;OID=.;OPOS=143833850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1060:1061:660:670:391:391:0.36852:209:182:300:360:209:182:306:364 chr8 143833856 . C T 2382.32 PASS AF=0.311817;AO=311;DP=1009;FAO=314;FDP=1007;FR=.;FRO=693;FSAF=136;FSAR=178;FSRF=311;FSRR=382;FWDB=0.0761865;FXX=0.00198214;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9272;QD=9.46302;RBI=0.0774299;REFB=-0.0111872;REVB=0.013821;RO=688;SAF=133;SAR=178;SRF=308;SRR=380;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244118;STB=0.510935;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0246401;OID=.;OPOS=143833856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1009:1007:688:693:311:314:0.311817:178:133:308:380:178:136:311:382 chr8 143845950 . A G 695.83 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.468;QD=60.5066;RBI=0.0462254;REFB=0.0116449;REVB=0.012035;RO=1;SAF=32;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144632;STB=0.507689;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=7.41735e-05;OID=.;OPOS=143845950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:13:32:1:0:13:32:1:0 chr8 143845953 . T C,G 694.45 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=40,3;DP=43;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337853,0.0344076;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.812,115.317;QD=61.7289;RBI=0.0470465,0.0469758;REFB=0,0;REVB=0.0327403,0.031982;RO=0;SAF=29,3;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.97233e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00134318,0.0243437;OID=.,.;OPOS=143845953,143845953;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:43:45:0:0:40,3:43,2:0.955556,0.0444444:11,0:29,3:0:0:12,0:31,2:0:0 chr8 143845982 . T C 747.67 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.398;QD=63.6314;RBI=0.04061;REFB=0;REVB=0.0392744;RO=1;SAF=38;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122067;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84992e-05;OID=.;OPOS=143845982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:1:0:44:47:1:6:38:1:0:7:40:0:0 chr8 143867905 . C T 956.27 PASS AF=0.598592;AO=84;DP=141;FAO=85;FDP=142;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=66;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.00898334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.752;QD=26.9371;RBI=0.01516;REFB=0.000751248;REVB=-0.0122117;RO=57;SAF=19;SAR=65;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898363;STB=0.550359;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.000719381;OID=.;OPOS=143867905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:57:57:84:85:0.598592:65:19:18:39:66:19:18:39 chr8 143956693 . G A 120.86 PASS AF=0.213483;AO=19;DP=90;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0314583;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.31;QD=5.43199;RBI=0.0344125;REFB=-0.0102932;REVB=-0.0139499;RO=67;SAF=18;SAR=1;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.696349;STB=0.935781;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0180076;OID=.;OPOS=143956693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:67:70:19:19:0.213483:1:18:28:39:1:18:31:39 chr8 143957163 . C G 1149.95 PASS AF=0.548718;AO=107;DP=195;FAO=107;FDP=195;FR=.;FRO=88;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.0143211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9193;QD=23.5888;RBI=0.0294899;REFB=-0.000621385;REVB=-0.0257791;RO=88;SAF=54;SAR=53;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979162;STB=0.553332;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000569476;OID=.;OPOS=143957163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:88:88:107:107:0.548718:53:54:34:54:53:54:34:54 chr8 143959188 . G T 588.06 PASS AF=0.466667;AO=59;DP=131;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00670279;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.542;QD=17.424;RBI=0.0113077;REFB=-0.0082117;REVB=0.00910691;RO=71;SAF=41;SAR=18;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19768;STB=0.583961;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0119063;OID=.;OPOS=143959188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:135:71:72:59:63:0.466667:18:41:36:35:22:41:36:36 chr8 143959250 . T C 2389.38 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5222;QD=64.1445;RBI=0.0013358;REFB=0;REVB=-2.51042e-05;RO=0;SAF=66;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35532e-06;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:83:66:0:0:83:66:0:0 chr8 143960597 . G A 288.48 PASS AF=0.37234;AO=30;DP=89;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0255365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.4063;QD=12.2757;RBI=0.0713153;REFB=-0.0366764;REVB=0.0665865;RO=59;SAF=17;SAR=13;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00852031;STB=0.526301;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0670572;OID=.;OPOS=143960597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:94:59:59:30:35:0.37234:13:17:33:26:14:21:33:26 chr8 143961005 . T C 2255.69 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.476;QD=63.5407;RBI=0.0100931;REFB=0;REVB=0.00838379;RO=0;SAF=93;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38547e-07;OID=.;OPOS=143961005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:142:0:0:139:142:1:46:93:0:0:47:95:0:0 chr8 143961102 . C T 712.38 PASS AF=0.5;AO=69;DP=141;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0158419;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.249;QD=20.3538;RBI=0.0342671;REFB=-0.00631888;REVB=-0.0303853;RO=67;SAF=46;SAR=23;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823664;STB=0.546161;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00616865;OID=.;OPOS=143961102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:67:70:69:70:0.5:23:46:39:28:24:46:40:30 chr8 143994041 . C T 1710.61 PASS AF=0.574545;AO=158;DP=275;FAO=158;FDP=275;FR=.;FRO=117;FSAF=62;FSAR=96;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=-0.00821562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.006;QD=24.8816;RBI=0.0339115;REFB=-0.000791245;REVB=-0.0329012;RO=117;SAF=62;SAR=96;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697385;STB=0.537836;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000690733;OID=.;OPOS=143994041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:117:117:158:158:0.574545:96:62:56:61:96:62:56:61 chr8 143994702 . G T 591.65 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0108289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.658;QD=22.9766;RBI=0.0111244;REFB=-0.0222332;REVB=-0.00254728;RO=45;SAF=33;SAR=25;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134701;STB=0.573696;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0225132;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:45:45:58:58:0.563107:25:33:18:27:25:33:18:27 chr8 143995761 . C T 1132.45 PASS AF=0.431095;AO=122;DP=283;FAO=122;FDP=283;FR=.;FRO=161;FSAF=42;FSAR=80;FSRF=63;FSRR=98;FWDB=-0.00312291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.728;QD=16.0063;RBI=0.00935864;REFB=-0.00659329;REVB=0.00882222;RO=161;SAF=42;SAR=80;SRF=63;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522519;STB=0.529096;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0107092;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:161:161:122:122:0.431095:80:42:63:98:80:42:63:98 chr8 143996539 . T C 821.62 PASS AF=0.390756;AO=93;DP=239;FAO=93;FDP=238;FR=.;FRO=145;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=69;FSRR=76;FWDB=-0.010038;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.127;QD=13.8087;RBI=0.0410889;REFB=0.00633746;REVB=-0.0398439;RO=145;SAF=43;SAR=50;SRF=69;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146796;STB=0.508257;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.0115328;OID=.;OPOS=143996539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:145:145:93:93:0.390756:50:43:69:76:50:43:69:76 chr8 143996553 . G A 772.9 PASS AF=0.40553;AO=82;DP=211;FAO=88;FDP=217;FR=.;FRO=129;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=0.0165046;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.227;QD=14.2469;RBI=0.0168237;REFB=-0.00557319;REVB=0.00326096;RO=128;SAF=36;SAR=46;SRF=62;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494624;STB=0.508774;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00805528;OID=.;OPOS=143996553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:217:128:129:82:88:0.40553:46:36:62:66:47:41:62:67 chr8 143997877 . C G 448.37 PASS AF=0.246377;AO=67;DP=276;FAO=68;FDP=276;FR=.;FRO=208;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=84;FSRR=124;FWDB=0.0071643;FXX=0.00360998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.655;QD=6.49812;RBI=0.0157304;REFB=-0.0121358;REVB=-0.0140042;RO=209;SAF=42;SAR=25;SRF=85;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273659;STB=0.668601;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0338061;OID=.;OPOS=143997877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:209:208:67:68:0.246377:25:42:85:124:25:43:84:124 chr8 144124609 . T C 1283.16 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.587;QD=61.8389;RBI=0.0156541;REFB=0;REVB=0.0113936;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36142e-06;OID=.;OPOS=144124609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr8 144239859 . A G 1598.09 PASS AF=0.473684;AO=162;DP=342;FAO=162;FDP=342;FR=.;FRO=180;FSAF=65;FSAR=97;FSRF=77;FSRR=103;FWDB=0.0066058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7017;QD=18.6911;RBI=0.0104976;REFB=-0.0147562;REVB=0.00815862;RO=180;SAF=65;SAR=97;SRF=77;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262441;STB=0.514453;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0145952;OID=.;OPOS=144239859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:180:180:162:162:0.473684:97:65:77:103:97:65:77:103 chr8 144240257 . C G 1106.19 PASS AF=0.363388;AO=132;DP=366;FAO=133;FDP=366;FR=.;FRO=233;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=129;FSRR=104;FWDB=0.024616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4768;QD=12.0895;RBI=0.0286339;REFB=0.0165814;REVB=-0.0146272;RO=230;SAF=71;SAR=61;SRF=126;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112541;STB=0.512691;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0261631;OID=.;OPOS=144240257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:366:230:233:132:133:0.363388:61:71:126:104:62:71:129:104 chr8 144295782 . G T 4151.27 PASS AF=0.985348;AO=264;DP=269;FAO=269;FDP=273;FR=.;FRO=4;FSAF=119;FSAR=150;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0188232;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5361;QD=60.8245;RBI=0.125063;REFB=-0.11827;REVB=0.123638;RO=5;SAF=119;SAR=145;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00181605;STB=0.502858;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0043903;OID=.;OPOS=144295782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:269:273:5:4:264:269:0.985348:145:119:2:3:150:119:1:3 chr8 144332012 . T C 1877.38 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8521;QD=61.5534;RBI=0.0275045;REFB=0;REVB=0.00773315;RO=0;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35955e-05;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:68:54:0:0:68:54:0:0 chr8 144332082 . T C 1568.48 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.745;QD=64.0195;RBI=0.028901;REFB=0;REVB=-0.0153469;RO=0;SAF=32;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11508e-05;OID=.;OPOS=144332082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:66:32:0:0:66:32:0:0 chr8 144333313 . G A 2010.51 PASS AF=0.556548;AO=184;DP=336;FAO=187;FDP=336;FR=.;FRO=149;FSAF=108;FSAR=79;FSRF=95;FSRR=54;FWDB=-0.0679652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6975;QD=23.9346;RBI=0.0713151;REFB=-0.00731563;REVB=0.0216002;RO=149;SAF=105;SAR=79;SRF=95;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567857;STB=0.527513;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00508291;OID=.;OPOS=144333313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:336:149:149:184:187:0.556548:79:105:95:54:79:108:95:54 chr8 144333315 . G A 5148.55 PASS AF=0.985075;AO=325;DP=332;FAO=330;FDP=335;FR=.;FRO=5;FSAF=200;FSAR=130;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0306033;FXX=0.00887548;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.736;QD=61.4753;RBI=0.0500103;REFB=-0.0904122;REVB=0.0395533;RO=5;SAF=197;SAR=128;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000186177;STB=0.500095;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00107088;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:332:335:5:5:325:330:0.985075:128:197:3:2:130:200:3:2 chr8 144333434 . G A 4268.36 PASS AF=0.957096;AO=287;DP=303;FAO=290;FDP=303;FR=.;FRO=13;FSAF=167;FSAR=123;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0687678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.688;QD=56.348;RBI=0.0701953;REFB=-0.134169;REVB=0.0140842;RO=6;SAF=164;SAR=123;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171229;STB=0.518731;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000723802;OID=.;OPOS=144333434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:303:303:6:13:287:290:0.957096:123:164:6:0:123:167:13:0 chr8 144351632 . A G 3917.43 PASS AF=1;AO=205;DP=253;FAO=252;FDP=252;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=118;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150897;FXX=0.0117642;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.879;QD=62.1814;RBI=0.0554715;REFB=0;REVB=0.0533797;RO=0;SAF=112;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107608;OID=.;OPOS=144351632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:253:252:0:0:205:252:1:93:112:0:0:134:118:0:0 chr8 144357213 . G C 1762.04 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.381;QD=60.7601;RBI=0.0106564;REFB=0;REVB=-0.00581128;RO=0;SAF=66;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36118e-05;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:49:66:0:0:49:67:0:0 chr8 144358381 . G A 489.11 PASS AF=0.971429;AO=30;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0540278;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=111.756;QD=55.8983;RBI=0.0552533;REFB=-0.0161497;REVB=-0.0115724;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00036663;OID=.;OPOS=144358381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:30:34:0.971429:13:17:0:0:17:17:0:1 chr8 144378184 . C G 1421.68 PASS AF=0.979798;AO=89;DP=95;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0404258;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.748;QD=57.4415;RBI=0.0734631;REFB=0.00610002;REVB=0.0613399;RO=3;SAF=56;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024711;STB=0.50877;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-1.25114e-05;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:99:3:2:89:97:0.979798:33:56:3:0:41:56:2:0 chr8 144378868 . A G 2627.49 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3379;QD=61.4618;RBI=0.154953;REFB=0;REVB=0.149117;RO=1;SAF=79;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055658;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136537;OID=.;OPOS=144378868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:165:171:1:0:164:171:1:85:79:0:1:92:79:0:0 chr8 144391924 . CT TC 724.54 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244365;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=157.574;QD=54.682;RBI=0.0256122;REFB=-0.133658;REVB=-0.00767069;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=mnp;VARB=0.000675297;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:31:21:0:0:31:21:1:0 chr8 144391930 . G A 769.68 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641177;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.106;QD=57.0134;RBI=0.0128093;REFB=0;REVB=0.0110891;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28955e-05;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr8 144392368 . G A 159.95 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9049;QD=45.6986;RBI=0.0646683;REFB=0;REVB=-0.0324588;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439839;OID=.;OPOS=144392368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr8 144400036 . C T 623.22 PASS AF=0.394444;AO=71;DP=180;FAO=71;FDP=180;FR=.;FRO=109;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=81;FSRR=28;FWDB=-0.00631246;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5151;QD=13.8494;RBI=0.0130282;REFB=0.00220557;REVB=-0.0113968;RO=109;SAF=43;SAR=28;SRF=81;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16184;STB=0.590452;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00382197;OID=.;OPOS=144400036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:109:109:71:71:0.394444:28:43:81:28:28:43:81:28 chr8 144409934 . C A 8245.44 PASS AF=0.971223;AO=540;DP=556;FAO=540;FDP=556;FR=.;FRO=16;FSAF=260;FSAR=280;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0165872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.243;QD=59.3197;RBI=0.0273194;REFB=-0.0277951;REVB=-0.0217074;RO=16;SAF=260;SAR=280;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788758;STB=0.504134;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00198708;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:556:556:16:16:540:540:0.971223:280:260:10:6:280:260:10:6 chr8 144409938 . A AG,G 7846.48 PASS AF=1,0;AO=472,32;DP=559;FAO=520,0;FDP=520;FR=.;FRO=0;FSAF=257,0;FSAR=263,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332606,0.020069;FXX=0.0262167;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=26.1191,6.90411;QD=60.3575;RBI=0.0485711,0.0259557;REFB=0,0;REVB=-0.0353961,0.01646;RO=42;SAF=227,23;SAR=245,9;SRF=29;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0325799,0.0344534;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000457693,0.00271418;OID=.,.;OPOS=144409939,144409938;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:559:520:42:0:472,32:520,0:1,0:245,9:227,23:29:13:263,0:257,0:0:0 chr8 144620183 . T C 1135.2 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.929;QD=60.5438;RBI=0.0396319;REFB=0;REVB=0.0288785;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00634e-06;OID=.;OPOS=144620183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr8 144623574 . T C 13200.2 PASS AF=1;AO=827;DP=831;FAO=830;FDP=830;FR=.;FRO=0;FSAF=359;FSAR=471;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939799;FXX=0.00240382;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.344;QD=63.6153;RBI=0.010186;REFB=-0.0332156;REVB=0.00392853;RO=2;SAF=358;SAR=469;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000315069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62545e-05;OID=.;OPOS=144623574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:60:831:830:2:0:827:830:1:469:358:1:1:471:359:0:0 chr8 144642178 . T C 2783.55 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.739;QD=62.5517;RBI=0.130936;REFB=0;REVB=0.00502236;RO=0;SAF=11;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1133e-05;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:178:0:0:174:178:1:163:11:0:0:165:13:0:0 chr8 144642596 . T C 1034.76 PASS AF=0.948052;AO=72;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0594746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9087;QD=53.7537;RBI=0.0757837;REFB=-0.0720292;REVB=0.0469674;RO=5;SAF=44;SAR=28;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00143176;STB=0.508011;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.012672;OID=.;OPOS=144642596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:77:5:4:72:73:0.948052:28:44:3:2:29:44:3:1 chr8 144642626 . A G 2159.4 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.654;QD=63.0481;RBI=0.0948814;REFB=0;REVB=-0.0907332;RO=0;SAF=87;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35171e-05;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:50:87:0:0:50:87:0:0 chr8 144642986 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.132191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0187;QD=35.5759;RBI=0.138419;REFB=0;REVB=-0.0410548;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0139602;OID=.;OPOS=144642986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr8 144649265 . G C 1368.44 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00435274;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7287;QD=61.5027;RBI=0.00435274;REFB=-0.0994229;REVB=0;RO=1;SAF=88;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492833;OID=.;OPOS=144649265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:89:1:1:88:88:0.988764:0:88:1:0:0:88:1:0 chr8 144649625 . T C 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725286;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.534;QD=44.875;RBI=0.0962897;REFB=0;REVB=0.063335;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134753;OID=.;OPOS=144649625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:1:0:12:12:1:5:7:0:1:5:7:0:0 chr8 144649968 . C T 5565.01 PASS AF=1;AO=355;DP=369;FAO=356;FDP=356;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=200;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122656;FXX=0.0404302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6207;QD=62.5282;RBI=0.0506749;REFB=0.0185994;REVB=0.0491681;RO=2;SAF=156;SAR=199;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61244e-05;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:369:356:2:0:355:356:1:199:156:0:2:200:156:0:0 chr8 144654249 . G A 4547.67 PASS AF=0.979798;AO=291;DP=297;FAO=291;FDP=297;FR=.;FRO=6;FSAF=141;FSAR=150;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0438986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.614;QD=61.248;RBI=0.0440354;REFB=-0.117962;REVB=-0.00346813;RO=2;SAF=141;SAR=150;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671589;STB=0.510416;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000582007;OID=.;OPOS=144654249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:297:297:2:6:291:291:0.979798:150:141:2:0:150:141:6:0 chr8 144654255 . A G 4718.13 PASS AF=1;AO=295;DP=295;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0365;QD=63.9747;RBI=0.0825788;REFB=0;REVB=-0.0804653;RO=0;SAF=146;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.26279e-05;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:295:295:0:0:295:295:1:149:146:0:0:149:146:0:0 chr8 144654594 . G T 1934.6 PASS AF=0.948905;AO=130;DP=137;FAO=130;FDP=137;FR=.;FRO=7;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.000486779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9427;QD=56.4848;RBI=0.00489846;REFB=-0.0218927;REVB=0.00487422;RO=7;SAF=62;SAR=68;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00917653;STB=0.504836;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0251382;OID=.;OPOS=144654594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:137:137:7:7:130:130:0.948905:68:62:4:3:68:62:4:3 chr8 144654693 . G C 3625.45 PASS AF=0.932584;AO=246;DP=266;FAO=249;FDP=267;FR=.;FRO=18;FSAF=127;FSAR=122;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.00498066;FXX=0.0111107;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.557;QD=54.3138;RBI=0.0600236;REFB=-0.0944241;REVB=0.0598166;RO=17;SAF=125;SAR=121;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407441;STB=0.526874;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00192359;OID=.;OPOS=144654693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:266:267:17:18:246:249:0.932584:121:125:3:14:122:127:2:16 chr8 144658711 . G A 2896.49 PASS AF=0.994819;AO=177;DP=182;FAO=192;FDP=193;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0667121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8854;QD=60.0309;RBI=0.0711393;REFB=-0.0849719;REVB=0.0247044;RO=5;SAF=74;SAR=103;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204348;STB=0.502857;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00225014;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:182:193:5:1:177:192:0.994819:103:74:4:1:105:87:1:0 chr8 144662353 . G A 2095.98 PASS AF=0.964789;AO=137;DP=143;FAO=137;FDP=142;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0261201;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.304;QD=59.0416;RBI=0.030127;REFB=-0.0379998;REVB=0.0150127;RO=5;SAF=52;SAR=85;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00145043;STB=0.500764;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00073102;OID=.;OPOS=144662353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:143:142:5:5:137:137:0.964789:85:52:2:3:85:52:2:3 chr8 144671244 . C A 3816.44 PASS AF=0.98;AO=244;DP=250;FAO=245;FDP=250;FR=.;FRO=5;FSAF=102;FSAR=143;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0185592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.569;QD=61.063;RBI=0.0513367;REFB=-0.0201895;REVB=0.0478645;RO=6;SAF=101;SAR=143;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405175;STB=0.500336;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.000290401;OID=.;OPOS=144671244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:250:250:6:5:244:245:0.98:143:101:3:3:143:102:2:3 chr8 144671684 . CG C,CC 822.19 PASS AF=0.0461538,0.923077;AO=9,48;DP=74;FAO=3,60;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=2,46;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0203016,0.0260547;FXX=0.121605;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.478,122.225;QD=50.5961;RBI=0.0504638,0.05993;REFB=-0.133734,-0.0945275;REVB=0.0462,0.0539699;RO=12;SAF=5,39;SAR=4,9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.448541,0.340324;STB=0.74849,0.533322;STBP=0.313,0.028;TYPE=del,snp;VARB=0.0194722,0.00315628;OID=.,.;OPOS=144671685,144671685;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0461538,0.923077:9,48:74:3,60:65:2:2,46:1,14:0:2:7:12:5,39:4,9:1:11 chr8 144671922 . G A 306.22 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7612;QD=53.2557;RBI=0.0352272;REFB=0;REVB=0.0342712;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605015;OID=.;OPOS=144671922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr8 144681777 . G T 12399.3 PASS AF=0.970621;AO=793;DP=838;FAO=859;FDP=885;FR=.;FRO=26;FSAF=348;FSAR=511;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0556488;FXX=0.00112866;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.2612;QD=56.042;RBI=0.0754313;REFB=-0.139772;REVB=0.0509225;RO=44;SAF=320;SAR=473;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016037;STB=0.504148;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0131833;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:838:885:44:26:793:859:0.970621:473:320:11:33:511:348:7:19 chr8 144682311 . G C 8850.64 PASS AF=0.971186;AO=573;DP=590;FAO=573;FDP=590;FR=.;FRO=17;FSAF=279;FSAR=294;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00655743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.741;QD=60.0043;RBI=0.0175323;REFB=-0.0450114;REVB=0.0162598;RO=16;SAF=279;SAR=294;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122926;STB=0.507257;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000172784;OID=.;OPOS=144682311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:590:590:16:17:573:573:0.971186:294:279:4:12:294:279:4:13 chr8 144688736 . C G 2427.38 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462778;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.764;QD=61.4527;RBI=0.0114879;REFB=0;REVB=-0.0105145;RO=0;SAF=85;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130525;OID=.;OPOS=144688736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:158:0:0:157:158:1:72:85:0:0:72:86:0:0 chr8 144732363 . T C 1974.91 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0453918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9817;QD=61.2375;RBI=0.0472986;REFB=-0.15302;REVB=0.0132943;RO=1;SAF=51;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922553;STB=0.504672;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00160265;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:129:1:1:126:128:0.992248:75:51:1:0:75:53:1:0 chr8 144732418 . A G 1607.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.248;QD=60.0752;RBI=0.0104832;REFB=0;REVB=-0.00980252;RO=0;SAF=41;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93339e-05;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:66:41:0:0:66:41:0:0 chr8 144735977 . T C 2269.21 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0410207;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.6;QD=60.1116;RBI=0.043253;REFB=-0.11613;REVB=0.0137159;RO=1;SAF=66;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562915;STB=0.502958;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000169315;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:151:151:1:1:150:150:0.993377:84:66:0:1:84:66:0:1 chr8 144774233 . T C 1203.56 PASS AF=0.560976;AO=113;DP=204;FAO=115;FDP=205;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=72;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0197574;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.452;QD=23.4841;RBI=0.0217184;REFB=-0.00573536;REVB=0.00901853;RO=90;SAF=43;SAR=70;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450312;STB=0.527468;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00491048;OID=.;OPOS=144774233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:90:90:113:115:0.560976:70:43:39:51:72:43:39:51 chr8 144775871 . C A 774.62 PASS AF=0.595041;AO=72;DP=121;FAO=72;FDP=121;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00512718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.985;QD=25.6074;RBI=0.0379211;REFB=-0.00937602;REVB=-0.0375729;RO=49;SAF=26;SAR=46;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161178;STB=0.587765;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00956319;OID=.;OPOS=144775871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:49:49:72:72:0.595041:46:26:28:21:46:26:28:21 chr8 144776109 . A G 2370.39 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235329;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.265;QD=61.1713;RBI=0.0380338;REFB=0;REVB=0.0298793;RO=0;SAF=83;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69469e-06;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:72:83:0:0:72:83:0:0 chr8 144799960 . C T 501.6 PASS AF=0.398601;AO=43;DP=142;FAO=57;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.0219735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.848;QD=14.0307;RBI=0.0446631;REFB=-0.0491473;REVB=-0.038884;RO=66;SAF=22;SAR=21;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770668;STB=0.52657;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0582562;OID=.;OPOS=144799960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:66:86:43:57:0.398601:21:22:29:37:32:25:34:52 chr8 144801593 . C A 1614.32 PASS AF=0.384921;AO=188;DP=502;FAO=194;FDP=504;FR=.;FRO=310;FSAF=106;FSAR=88;FSRF=157;FSRR=153;FWDB=-0.0130643;FXX=0.00591704;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.616;QD=12.8121;RBI=0.0695229;REFB=-0.0166039;REVB=0.0682844;RO=310;SAF=104;SAR=84;SRF=157;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519849;STB=0.524664;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0239984;OID=.;OPOS=144801593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:504:310:310:188:194:0.384921:84:104:157:153:88:106:157:153 chr8 144802735 . AG CC 3793.21 PASS AF=1;AO=226;DP=227;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040498;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.484;QD=63.4847;RBI=0.0837668;REFB=0;REVB=0.0733265;RO=0;SAF=113;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.35541e-05;OID=.;OPOS=144802735;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:227:239:0:0:226:239:1:113:113:0:0:116:123:0:0 chr8 144809804 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.289;QD=51.9165;RBI=0.0260935;REFB=0;REVB=0.00358986;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214715;OID=.;OPOS=144809804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr8 144811338 . C G 1817.68 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000550011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.51;QD=61.0985;RBI=0.0153637;REFB=0;REVB=0.0153538;RO=0;SAF=70;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86854e-05;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:48:70:0:0:48:71:0:0 chr8 144822037 . G T 10182.0 PASS AF=0.974926;AO=659;DP=680;FAO=661;FDP=678;FR=.;FRO=17;FSAF=345;FSAR=316;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.0205845;FXX=0.00586502;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.089;QD=60.0709;RBI=0.0433198;REFB=-0.0428288;REVB=0.0381167;RO=19;SAF=345;SAR=314;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280202;STB=0.513097;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000182081;OID=.;OPOS=144822037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:680:678:19:17:659:661:0.974926:314:345:0:19:316:345:0:17 chr8 144874554 . T C 579.76 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186724;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.593;QD=61.0273;RBI=0.0230158;REFB=0;REVB=0.0134561;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83357e-05;OID=.;OPOS=144874554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:32:38:1:13:19:0:0:13:25:0:0 chr8 144885580 . A G 16495.5 PASS AF=1;AO=1011;DP=1014;FAO=1069;FDP=1069;FR=.;FRO=0;FSAF=470;FSAR=599;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136783;FXX=0.0129269;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2787;QD=61.7232;RBI=0.139063;REFB=-0.012245;REVB=-0.0250791;RO=2;SAF=463;SAR=548;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0017408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173728;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:80:1014:1069:2:0:1011:1069:1:548:463:0:2:599:470:0:0 chr8 144889172 . A G 3115.34 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.894;QD=61.6899;RBI=0.062156;REFB=0;REVB=-0.00986039;RO=0;SAF=74;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68461e-05;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:202:0:0:200:202:1:126:74:0:0:126:76:0:0 chr8 144890873 . A T 2294.55 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649693;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.539;QD=61.1881;RBI=0.0783861;REFB=0;REVB=0.0438561;RO=0;SAF=2;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120146;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:148:2:0:0:148:2:0:0 chr8 144894496 . G A 2461.27 PASS AF=0.993827;AO=160;DP=163;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167271;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.566;QD=60.7722;RBI=0.0310571;REFB=-0.0164364;REVB=-0.0261676;RO=1;SAF=88;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656263;STB=0.503401;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=3.59884e-05;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:162:1:1:160:161:0.993827:72:88:0:1:73:88:0:1 chr8 144895478 . C A 228.72 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0383858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.845;QD=12.1985;RBI=0.0390489;REFB=-0.00260075;REVB=0.0071654;RO=47;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268244;STB=0.660903;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00451377;OID=.;OPOS=144895478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:47:47:27:28:0.373333:10:17:18:29:10:18:18:29 chr8 144895553 . G A 1905.02 PASS AF=0.962406;AO=128;DP=133;FAO=128;FDP=133;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0384791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.087;QD=57.2938;RBI=0.038524;REFB=-0.107493;REVB=0.00185953;RO=4;SAF=69;SAR=59;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167116;STB=0.512797;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.017205;OID=.;OPOS=144895553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:133:133:4:5:128:128:0.962406:59:69:1:3:59:69:1:4 chr8 144904690 . A G 1010.6 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00724885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6653;QD=57.7484;RBI=0.0470268;REFB=-0.14642;REVB=-0.0464648;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00196494;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:69:70:0:1:69:69:0.985714:44:25:0:0:44:25:0:1 chr8 144940222 . A C 5078.11 PASS AF=0.656061;AO=433;DP=659;FAO=433;FDP=660;FR=.;FRO=227;FSAF=80;FSAR=353;FSRF=115;FSRR=112;FWDB=0.0128085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.415;QD=30.7764;RBI=0.0183792;REFB=-0.0196258;REVB=-0.013181;RO=226;SAF=80;SAR=353;SRF=115;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277213;STB=0.649165;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00706415;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:659:660:226:227:433:433:0.656061:353:80:115:111:353:80:115:112 chr8 144940230 . G C 6464.53 PASS AF=0.683739;AO=533;DP=779;FAO=534;FDP=781;FR=.;FRO=247;FSAF=128;FSAR=406;FSRF=122;FSRR=125;FWDB=-0.00342246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.091;QD=33.109;RBI=0.00486852;REFB=-0.0226415;REVB=0.00346255;RO=246;SAF=128;SAR=405;SRF=122;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185022;STB=0.598929;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0113696;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:779:781:246:247:533:534:0.683739:405:128:122:124:406:128:122:125 chr8 144940290 . C G 734.14 PASS AF=0.126797;AO=184;DP=1520;FAO=194;FDP=1530;FR=.;FRO=1336;FSAF=68;FSAR=126;FSRF=485;FSRR=851;FWDB=-0.0041386;FXX=0.000653164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7571;QD=1.91932;RBI=0.0141782;REFB=-0.0068717;REVB=-0.0135608;RO=1329;SAF=68;SAR=116;SRF=484;SRR=845;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00738567;STB=0.511908;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0437539;OID=.;OPOS=144940290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1520:1530:1329:1336:184:194:0.126797:116:68:484:845:126:68:485:851 chr8 144940300 . G A 13676.0 PASS AF=0.71916;AO=1096;DP=1526;FAO=1096;FDP=1524;FR=.;FRO=428;FSAF=380;FSAR=716;FSRF=189;FSRR=239;FWDB=0.000383888;FXX=0.00131061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.099;QD=35.895;RBI=0.00409808;REFB=-0.0108212;REVB=-0.00408006;RO=424;SAF=380;SAR=716;SRF=188;SRR=236;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549112;STB=0.528887;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00434541;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1526:1524:424:428:1096:1096:0.71916:716:380:188:236:716:380:189:239 chr8 144940331 . C T 463.74 PASS AF=0.0979284;AO=156;DP=1593;FAO=156;FDP=1593;FR=.;FRO=1437;FSAF=55;FSAR=101;FSRF=531;FSRR=906;FWDB=-0.00952265;FXX=0.000627349;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.666;QD=1.16444;RBI=0.0114913;REFB=-0.00250104;REVB=0.00643186;RO=1428;SAF=55;SAR=101;SRF=525;SRR=903;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200783;STB=0.516586;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0266093;OID=.;OPOS=144940331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1593:1593:1428:1437:156:156:0.0979284:101:55:525:903:101:55:531:906 chr8 144940706 . C T 76.09 PASS AF=0.114458;AO=19;DP=167;FAO=19;FDP=166;FR=.;FRO=147;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=95;FSRR=52;FWDB=-0.0117233;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.03;QD=1.8336;RBI=0.0147446;REFB=-0.0027074;REVB=-0.00894238;RO=145;SAF=15;SAR=4;SRF=93;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216778;STB=0.656069;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0319477;OID=.;OPOS=144940706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:167:166:145:147:19:19:0.114458:4:15:93:52:4:15:95:52 chr8 144941181 . G C 314.59 PASS AF=0.34188;AO=40;DP=117;FAO=40;FDP=117;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0102108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.842;QD=10.755;RBI=0.0104546;REFB=-0.00116414;REVB=-0.00224448;RO=76;SAF=22;SAR=18;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421041;STB=0.520196;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00259144;OID=.;OPOS=144941181;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:76:77:40:40:0.34188:18:22:39:37:18:22:40:37 chr8 144942903 . T C 524.22 PASS AF=0.425373;AO=57;DP=135;FAO=57;FDP=134;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0410233;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7512;QD=15.6483;RBI=0.0446902;REFB=-0.00758061;REVB=-0.0177284;RO=76;SAF=41;SAR=16;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203158;STB=0.611541;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0149665;OID=.;OPOS=144942903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:76:77:57:57:0.425373:16:41:41:35:16:41:42:35 chr8 144944176 . T C 899.34 PASS AF=0.426087;AO=97;DP=230;FAO=98;FDP=230;FR=.;FRO=132;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=55;FSRR=77;FWDB=-0.0166287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.535;QD=15.6406;RBI=0.0192674;REFB=-0.0174309;REVB=-0.0097325;RO=132;SAF=47;SAR=50;SRF=55;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704248;STB=0.542051;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0261761;OID=.;OPOS=144944176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:132:132:97:98:0.426087:50:47:55:77:50:48:55:77 chr8 144947336 . G A 547.64 PASS AF=0.373563;AO=64;DP=173;FAO=65;FDP=174;FR=.;FRO=109;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=0.0918704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4332;QD=12.5894;RBI=0.0962368;REFB=-0.0112236;REVB=0.0286591;RO=107;SAF=16;SAR=48;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258521;STB=0.657205;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0170061;OID=.;OPOS=144947336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:107:109:64:65:0.373563:48:16:49:58:49:16:51:58 chr8 145065456 . CGGGGGGG CGGGGGG,CGGGGGGC 36.88 PASS AF=0.194444,0.0138889;AO=13,4;DP=72;FAO=14,1;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=2,1;FSAR=12,0;FSRF=10;FSRR=47;FWDB=0.150534,0.273488;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.14151,12.1408;QD=2.04869;RBI=0.161039,0.273527;REFB=-0.0197225,-0.044695;REVB=0.0572114,-0.0046156;RO=34;SAF=0,2;SAR=13,2;SRF=6;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.717613,0.408233;STB=0.549543,0.996228;STBP=0.821,0.071;TYPE=del,snp;VARB=-0.144794,-0.0150574;OID=.,.;OPOS=145065457,145065463;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGGGGG,CGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194444,0.0138889:13,4:72:14,1:72:57:2,1:12,0:10:47:35:34:0,2:13,2:6:28 chr8 145065619 . AG AA,A 54.55 PASS AF=0.05,0.25;AO=4,8;DP=39;FAO=2,10;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=1,5;FSAR=1,5;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.100697,-0.164035;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=22.8839,11.5747;QD=5.45532;RBI=0.155133,0.205933;REFB=-0.0178557,-0.0457796;REVB=0.118009,0.124503;RO=23;SAF=2,4;SAR=2,4;SRF=5;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0.382979;SSSB=0.347789,0.342166;STB=0.764766,0.71018;STBP=0.716,0.16;TYPE=snp,del;VARB=0.108341,0.0682617;OID=.,.;OPOS=145065620,145065620;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.05,0.25:4,8:39:2,10:40:28:1,5:1,5:6:22:41:23:2,4:2,4:5:18 chr8 145066886 . A G 1467.35 PASS AF=0.99;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0453359;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.101;QD=58.6939;RBI=0.0453388;REFB=0.0477458;REVB=0.000513734;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000804939;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:0:1:98:99:0.99:52:46:0:0:53:46:0:1 chr8 145107795 . G A 4435.1 PASS AF=0.986159;AO=280;DP=284;FAO=285;FDP=289;FR=.;FRO=4;FSAF=119;FSAR=166;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.012364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.895;QD=61.3854;RBI=0.0148615;REFB=-0.00173929;REVB=0.00824588;RO=4;SAF=118;SAR=162;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00472368;STB=0.502385;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=2.61028e-05;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:284:289:4:4:280:285:0.986159:162:118:1:3:166:119:1:3 chr8 145114571 . C T 741.41 PASS AF=0.34717;AO=91;DP=264;FAO=92;FDP=265;FR=.;FRO=173;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=77;FSRR=96;FWDB=-0.025169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.625;QD=11.191;RBI=0.0471928;REFB=-0.0118344;REVB=0.0399209;RO=173;SAF=43;SAR=48;SRF=77;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031694;STB=0.514648;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0211791;OID=.;OPOS=145114571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:265:173:173:91:92:0.34717:48:43:77:96:49:43:77:96 chr8 145150832 . A G 2293.37 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.654;QD=63.7048;RBI=0.0308511;REFB=0;REVB=0.00219973;RO=0;SAF=63;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51468e-05;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:143:144:1:80:63:0:0:80:64:0:0 chr8 145154282 . G A 510.26 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0242549;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.552;QD=23.4602;RBI=0.0297232;REFB=-0.0227524;REVB=-0.0171805;RO=39;SAF=17;SAR=31;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926983;STB=0.551019;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0169439;OID=.;OPOS=145154282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:31:17:18:21:31:17:18:21 chr8 145158503 . G T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.176282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.216;QD=39.2066;RBI=0.181111;REFB=0;REVB=0.0415432;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00420441;OID=.;OPOS=145158503;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr8 145160646 . T C 1547.7 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.776;QD=59.5269;RBI=0.0170094;REFB=0;REVB=0.0158082;RO=0;SAF=42;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329302;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:102:104:1:60:42:0:0:62:42:0:0 chr8 145161823 . G A 558.05 PASS AF=0.88;AO=35;DP=47;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0270382;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=136.313;QD=44.6442;RBI=0.0787189;REFB=-0.167014;REVB=0.0739297;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.514279;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00732394;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:47:50:0:6:35:44:0.88:18:17:0:0:27:17:3:3 chr8 145161896 . T C 1977.06 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6617;QD=61.7831;RBI=0.0788791;REFB=0;REVB=0.000958514;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384832;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:128:0:0:119:128:1:57:62:0:0:58:70:0:0 chr8 145163414 . C G 11307.4 PASS AF=0.987722;AO=721;DP=732;FAO=724;FDP=733;FR=.;FRO=9;FSAF=464;FSAR=260;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0258339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0366;QD=61.7046;RBI=0.0259088;REFB=-0.0574182;REVB=0.00196915;RO=11;SAF=463;SAR=258;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171196;STB=0.507037;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00165787;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:732:733:11:9:721:724:0.987722:258:463:1:10:260:464:1:8 chr8 145163477 . GGC G,GG,GGG 3078.49 PASS AF=0,0.921053,0;AO=110,256,34;DP=560;FAO=0,490,0;FDP=532;FR=.;FRO=42;FSAF=0,275,0;FSAR=0,215,0;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0119608,-0.034776,-0.0409721;FXX=0.0633792;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=9.73681,9.86545,7.68535;QD=23.1465;RBI=0.274988,0.0639357,0.34358;REFB=0.0606528,-0.0922242,-0.153657;REVB=-0.274728,0.0536507,0.341129;RO=97;SAF=3,228,5;SAR=107,28,29;SRF=51;SRR=46;SSEN=0.418605,0,0;SSEP=0,0.533333,0;SSSB=-0.754095,0.339872,-0.51334;STB=0.5,0.502728,0.5;STBP=1,0.685,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0711325,0.0613338,0;OID=.,.,.;OPOS=145163478,145163479,145163479;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.921053,0:110,256,34:560:0,490,0:532:42:0,275,0:0,215,0:25:17:38:97:3,228,5:107,28,29:51:46 chr8 145163647 . T C 972.57 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.064;QD=58.9436;RBI=0.00992256;REFB=0;REVB=-0.00883158;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.94547e-06;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr8 145164847 . A G 1516.22 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.252;QD=59.4597;RBI=0.120069;REFB=0;REVB=-0.117174;RO=1;SAF=74;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000887682;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:1:0:100:102:1:26:74:0:1:28:74:0:0 chr8 145166134 . C G 1353.54 PASS AF=0.517375;AO=133;DP=258;FAO=134;FDP=259;FR=.;FRO=125;FSAF=67;FSAR=67;FSRF=74;FSRR=51;FWDB=0.0341003;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.983;QD=20.9041;RBI=0.0369302;REFB=-0.0140597;REVB=0.0141777;RO=123;SAF=66;SAR=67;SRF=74;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926061;STB=0.544395;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0134049;OID=.;OPOS=145166134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:123:125:133:134:0.517375:67:66:74:49:67:67:74:51 chr8 145168611 . A G 2283.51 PASS AF=0.862434;AO=162;DP=191;FAO=163;FDP=189;FR=.;FRO=26;FSAF=83;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=25;FWDB=0.022831;FXX=0.0156242;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.525;QD=48.3283;RBI=0.0266359;REFB=-0.023298;REVB=0.0137193;RO=0;SAF=82;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.564618;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000304076;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:189:0:26:162:163:0.862434:80:82:0:0:80:83:1:25 chr8 145170440 . A C,G 6457.71 PASS AF=0.971564,0.028436;AO=393,27;DP=424;FAO=410,12;FDP=422;FR=.;FRO=0;FSAF=202,1;FSAR=208,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108129,-0.0333672;FXX=0.00471687;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=122.902,17.0396;QD=61.2105;RBI=0.0137428,0.0723342;REFB=-0.0655751,-0.0334705;REVB=0.00848212,-0.0641785;RO=1;SAF=187,14;SAR=206,13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00254532,-0.0320562;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000525961,0.173173;OID=.,.;OPOS=145170440,145170440;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:424:422:1:0:393,27:410,12:0.971564,0.028436:206,13:187,14:1:0:208,11:202,1:0:0 chr8 145170704 . A T 3007.94 PASS AF=1;AO=195;DP=202;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857232;FXX=0.019801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9238;QD=60.7665;RBI=0.097914;REFB=-0.10244;REVB=-0.0473148;RO=1;SAF=102;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137613;OID=.;OPOS=145170704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:202:198:1:0:195:198:1:93:102:1:0:93:105:0:0 chr8 145171003 . G C 295.24 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5176;QD=51.3467;RBI=0.049246;REFB=0;REVB=-0.0190164;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46725e-05;OID=.;OPOS=145171003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:18:4:0:0:19:4:0:0 chr8 145223288 . C G,T 1504.62 PASS AF=0.0606061,0.929293;AO=6,92;DP=99;FAO=6,92;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=6,36;FSAR=0,56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235086,0.050493;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.156,93.6861;QD=60.7926;RBI=0.0246661,0.0688064;REFB=-0.045698,-0.0214545;REVB=0.00746725,0.0467416;RO=0;SAF=6,36;SAR=0,56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.506848;STBP=1,0.293;TYPE=snp,snp;VARB=0.200481,-0.000101388;OID=.,.;OPOS=145223288,145223288;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:99:99:0:1:6,92:6,92:0.0606061,0.929293:0,56:6,36:0:0:0,56:6,36:1:0 chr8 145245738 . G C 1264.98 PASS AF=0.508197;AO=124;DP=244;FAO=124;FDP=244;FR=.;FRO=120;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=39;FSRR=81;FWDB=-0.0257312;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7794;QD=20.7374;RBI=0.0501899;REFB=-0.0205283;REVB=-0.0430922;RO=120;SAF=70;SAR=54;SRF=39;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212488;STB=0.616179;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0218544;OID=.;OPOS=145245738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:120:120:124:124:0.508197:54:70:39:81:54:70:39:81 chr8 145578296 . A G 1772.5 PASS AF=0.501408;AO=176;DP=347;FAO=178;FDP=355;FR=.;FRO=177;FSAF=82;FSAR=96;FSRF=76;FSRR=101;FWDB=0.0107699;FXX=0.00560208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.735;QD=19.9719;RBI=0.074457;REFB=-0.0116479;REVB=-0.073674;RO=168;SAF=81;SAR=95;SRF=74;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177847;STB=0.515738;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0095922;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:355:168:177:176:178:0.501408:95:81:74:94:96:82:76:101 chr8 145583707 . C T 655.68 PASS AF=0.601942;AO=60;DP=101;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0217494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.333;QD=25.4632;RBI=0.044609;REFB=-0.0180373;REVB=0.0389478;RO=41;SAF=32;SAR=28;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207148;STB=0.517885;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0159969;OID=.;OPOS=145583707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:41:41:60:62:0.601942:28:32:23:18:30:32:23:18 chr8 145603114 . A C 645.1 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.01547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.838;QD=21.3257;RBI=0.0210694;REFB=-0.0281231;REVB=0.0143039;RO=57;SAF=30;SAR=34;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343709;STB=0.518877;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0232858;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:57:57:64:64:0.528926:34:30:29:28:34:30:29:28 chr8 145617507 . C G 406.68 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.021897;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7535;QD=17.3057;RBI=0.0899545;REFB=-0.0279739;REVB=-0.0872486;RO=51;SAF=23;SAR=19;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372143;STB=0.526437;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0323515;OID=.;OPOS=145617507;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:52:42:42:0.446809:19:23:26:25:19:23:26:26 chr8 145617534 . TGGGGGTGCAAGGTGA T 45.36 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0157742;FXX=0.142839;HRUN=5;LEN=15;MLLD=312.472;QD=2.74913;RBI=0.0165635;REFB=-0.00463552;REVB=-0.00505213;RO=48;SAF=6;SAR=7;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475232;STB=0.537678;STBP=0.808;TYPE=del;VARB=0.0239782;OID=.;OPOS=145617535;OREF=GGGGGTGCAAGGTGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.19697:13:76:13:66:53:6:7:22:31:45:48:6:7:24:24 chr8 145618597 . G A 379.3 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.020181;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.881;QD=32.983;RBI=0.0248799;REFB=-0.00462012;REVB=0.0145512;RO=15;SAF=10;SAR=21;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945179;STB=0.551743;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00207936;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:15:15:31:31:0.673913:21:10:7:8:21:10:7:8 chr8 145623963 . G A 1008.1 PASS AF=0.495;AO=97;DP=199;FAO=99;FDP=200;FR=.;FRO=101;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=0.0561308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.039;QD=20.1621;RBI=0.0597859;REFB=-0.020749;REVB=0.0205835;RO=102;SAF=50;SAR=47;SRF=41;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105433;STB=0.564977;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.02517;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:102:101:97:99:0.495:47:50:41:61:47:52:40:61 chr8 145625538 . C G 61.38 PASS AF=0.209302;AO=10;DP=45;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=32;FWDB=-0.123102;FXX=0.0444346;HRUN=18;LEN=1;MLLD=166.669;QD=5.70982;RBI=0.123437;REFB=-0.0140479;REVB=-0.00909636;RO=33;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15789;STB=0.624781;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0182943;OID=.;OPOS=145625538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:45:43:33:34:10:9:0.209302:9:1:2:31:8:1:2:32 chr8 145640411 . A G 2737.89 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053342;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.743;QD=62.5802;RBI=0.00809795;REFB=0;REVB=0.00609288;RO=0;SAF=83;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10481e-07;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:175:0:0:175:175:1:92:83:0:0:92:83:0:0 chr8 145641328 . C T 3263.96 PASS AF=0.410694;AO=361;DP=879;FAO=361;FDP=879;FR=.;FRO=518;FSAF=162;FSAR=199;FSRF=214;FSRR=304;FWDB=-0.0012164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.793;QD=14.8531;RBI=0.00587797;REFB=-0.00587914;REVB=-0.00575073;RO=515;SAF=162;SAR=199;SRF=213;SRR=302;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377381;STB=0.521309;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00785954;OID=.;OPOS=145641328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:879:879:515:518:361:361:0.410694:199:162:213:302:199:162:214:304 chr8 145641564 . T G 999.73 PASS AF=0.376997;AO=118;DP=312;FAO=118;FDP=313;FR=.;FRO=195;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=85;FSRR=110;FWDB=-0.00411334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.463;QD=12.7761;RBI=0.00566012;REFB=-0.00248619;REVB=0.00388811;RO=189;SAF=50;SAR=68;SRF=80;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0005024;STB=0.507742;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00473298;OID=.;OPOS=145641564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:313:189:195:118:118:0.376997:68:50:80:109:68:50:85:110 chr8 145642002 . C T 360.79 PASS AF=0.285714;AO=50;DP=175;FAO=50;FDP=175;FR=.;FRO=125;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=76;FWDB=-0.0161251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.215;QD=8.24673;RBI=0.0249042;REFB=0.000123621;REVB=-0.018979;RO=125;SAF=27;SAR=23;SRF=49;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178732;STB=0.604574;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.000500286;OID=.;OPOS=145642002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:125:125:50:50:0.285714:23:27:49:76:23:27:49:76 chr8 145661320 . G A 1503.24 PASS AF=0.578059;AO=137;DP=237;FAO=137;FDP=237;FR=.;FRO=100;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.00466622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.708;QD=25.3712;RBI=0.00574003;REFB=-0.010403;REVB=-0.00334281;RO=99;SAF=64;SAR=73;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413336;STB=0.520032;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00771714;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:99:100:137:137:0.578059:73:64:41:58:73:64:42:58 chr8 145661675 . G A 556.38 PASS AF=0.680556;AO=49;DP=72;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0181901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.3636;QD=30.9098;RBI=0.0203882;REFB=0.00874891;REVB=0.0092086;RO=22;SAF=29;SAR=20;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273263;STB=0.508768;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0048181;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:22:23:49:49:0.680556:20:29:12:10:20:29:13:10 chr8 145665407 . C T 405.59 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0166499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.65;QD=15.1621;RBI=0.0287047;REFB=-0.0251542;REVB=-0.0233825;RO=60;SAF=31;SAR=15;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15122;STB=0.581298;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0304051;OID=.;OPOS=145665407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:61:46:46:0.429907:15:31:32:28:15:31:33:28 chr8 145665516 . T C 2109.83 PASS AF=0.985507;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0170256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.539;QD=61.1545;RBI=0.0188564;REFB=-0.0640981;REVB=-0.00810515;RO=0;SAF=63;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.57773e-08;STB=0.500536;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000102837;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:138:0:2:136:136:0.985507:73:63:0:0:73:63:1:1 chr8 145665761 . G A 2048.14 PASS AF=0.43487;AO=217;DP=499;FAO=217;FDP=499;FR=.;FRO=282;FSAF=106;FSAR=111;FSRF=122;FSRR=160;FWDB=0.0167102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.08;QD=16.418;RBI=0.0189845;REFB=-0.0339508;REVB=-0.00901003;RO=282;SAF=106;SAR=111;SRF=122;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571046;STB=0.531625;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0444357;OID=.;OPOS=145665761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:499:499:282:282:217:217:0.43487:111:106:122:160:111:106:122:160 chr8 145677824 . C T 1091.65 PASS AF=0.46473;AO=111;DP=239;FAO=112;FDP=241;FR=.;FRO=129;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=0.0154742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0532;QD=18.1186;RBI=0.0214521;REFB=-0.0290222;REVB=-0.0148574;RO=128;SAF=60;SAR=51;SRF=56;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996527;STB=0.554232;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0365363;OID=.;OPOS=145677824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:241:128:129:111:112:0.46473:51:60:56:72:52:60:56:73 chr8 145689915 . G A 3204.59 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.096;QD=61.3318;RBI=0.0692197;REFB=0.00418436;REVB=0.0518121;RO=1;SAF=55;SAR=153;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00310361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175244;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:209:209:1:0:208:209:1:153:55:0:1:154:55:0:0 chr8 145690308 . C T 3902.33 PASS AF=0.992157;AO=251;DP=256;FAO=253;FDP=255;FR=.;FRO=2;FSAF=125;FSAR=128;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000685859;FXX=0.0116275;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.855;QD=61.213;RBI=0.00448707;REFB=-0.039733;REVB=-0.00443434;RO=1;SAF=124;SAR=127;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382877;STB=0.500047;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=4.88531e-05;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:256:255:1:2:251:253:0.992157:127:124:1:0:128:125:1:1 chr8 145690348 . G A 3031.11 PASS AF=0.924779;AO=210;DP=227;FAO=209;FDP=226;FR=.;FRO=17;FSAF=114;FSAR=95;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0330761;FXX=0.00440509;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5176;QD=53.6479;RBI=0.035328;REFB=-0.0614807;REVB=0.0124113;RO=16;SAF=114;SAR=96;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311194;STB=0.514562;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0367845;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:227:226:16:17:210:209:0.924779:96:114:5:11:95:114:6:11 chr8 145690396 . A C 3030.37 PASS AF=0.984694;AO=193;DP=196;FAO=193;FDP=196;FR=.;FRO=3;FSAF=104;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0369712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5433;QD=61.8442;RBI=0.0408706;REFB=-0.149528;REVB=-0.0174224;RO=1;SAF=104;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532083;STB=0.503163;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00172396;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:196:196:1:3:193:193:0.984694:89:104:0:1:89:104:1:2 chr8 145692385 . C T 3790.12 PASS AF=0.98374;AO=239;DP=245;FAO=242;FDP=246;FR=.;FRO=4;FSAF=110;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0124352;FXX=0.00806419;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7852;QD=61.628;RBI=0.0480858;REFB=-0.0420033;REVB=0.0464501;RO=2;SAF=107;SAR=132;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00716604;STB=0.507462;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000350986;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:245:246:2:4:239:242:0.98374:132:107:0:2:132:110:0:4 chr8 145693720 . A G 9739.21 PASS AF=1;AO=615;DP=616;FAO=615;FDP=615;FR=.;FRO=0;FSAF=341;FSAR=274;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00731784;FXX=0.00162335;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.658;QD=63.3444;RBI=0.0124791;REFB=-0.00278238;REVB=0.0101082;RO=1;SAF=341;SAR=274;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00139862;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05211e-06;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:616:615:1:0:615:615:1:274:341:1:0:274:341:0:0 chr8 145723419 . T G 1151.7 PASS AF=0.487395;AO=116;DP=239;FAO=116;FDP=238;FR=.;FRO=122;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=59;FSRR=63;FWDB=-0.00488896;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9011;QD=19.3563;RBI=0.04652;REFB=-0.0109413;REVB=-0.0462624;RO=114;SAF=57;SAR=59;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159978;STB=0.503985;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00931808;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:114:122:116:116:0.487395:59:57:54:60:59:57:59:63 chr8 145724275 . T C 1873.06 PASS AF=0.628788;AO=165;DP=263;FAO=166;FDP=264;FR=.;FRO=98;FSAF=97;FSAR=69;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.0293986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9354;QD=28.3797;RBI=0.0298445;REFB=-0.00368585;REVB=-0.00514;RO=98;SAF=97;SAR=68;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548361;STB=0.528054;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00276734;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:264:98:98:165:166:0.628788:68:97:50:48:69:97:50:48 chr8 145725503 . C T 505.53 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00760723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.451;QD=20.2214;RBI=0.0653253;REFB=0.00499619;REVB=0.0648808;RO=51;SAF=27;SAR=22;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347325;STB=0.519247;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00593473;OID=.;OPOS=145725503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:22:27:30:21:22:27:30:21 chr8 145729727 . C A 2198.83 PASS AF=0.551724;AO=197;DP=365;FAO=208;FDP=377;FR=.;FRO=169;FSAF=61;FSAR=147;FSRF=61;FSRR=108;FWDB=-0.0153161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.075;QD=23.3298;RBI=0.0178513;REFB=-0.060323;REVB=0.00916981;RO=163;SAF=61;SAR=136;SRF=61;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612119;STB=0.535516;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0415986;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:377:163:169:197:208:0.551724:136:61:61:102:147:61:61:108 chr8 145737636 . A G 2829.46 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00649176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.973;QD=62.186;RBI=0.0796116;REFB=0.0236305;REVB=-0.0793465;RO=0;SAF=87;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16977e-08;STB=0.502857;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000542939;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:0:1:181:181:0.994505:94:87:0:0:94:87:1:0 chr8 145737816 . C T 371.4 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0134073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3261;QD=23.5812;RBI=0.019075;REFB=-0.0648278;REVB=-0.0135683;RO=19;SAF=15;SAR=18;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204748;STB=0.612182;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0527261;OID=.;OPOS=145737816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:19:22:33:33:0.52381:18:15:3:16:18:15:4:18 chr8 145738767 . CG C 3259.52 PASS AF=1;AO=267;DP=278;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=194;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184859;FXX=0.00709195;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.4382;QD=46.5646;RBI=0.0728702;REFB=0;REVB=-0.0728468;RO=0;SAF=81;SAR=186;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000158912;OID=.;OPOS=145738768;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:267:278:280:280:0:86:194:0:0:61:0:81:186:0:0 chr8 145741702 . C G 479.04 PASS AF=0.484536;AO=44;DP=94;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0613551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.007;QD=19.7543;RBI=0.0614278;REFB=-0.00590321;REVB=-0.00298938;RO=49;SAF=22;SAR=22;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869158;STB=0.567657;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00405804;OID=.;OPOS=145741702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:49:50:44:47:0.484536:22:22:29:20:25:22:30:20 chr8 145741765 . G A 667.29 PASS AF=0.613861;AO=61;DP=100;FAO=62;FDP=101;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0169923;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1335;QD=26.4272;RBI=0.0671512;REFB=-0.0177792;REVB=0.0649657;RO=39;SAF=40;SAR=21;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293533;STB=0.520106;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0111123;OID=.;OPOS=145741765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:39:39:61:62:0.613861:21:40:27:12:22:40:27:12 chr8 145742514 . A G 14258.8 PASS AF=1;AO=896;DP=901;FAO=898;FDP=898;FR=.;FRO=0;FSAF=455;FSAR=443;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172542;FXX=0.00443454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.876;QD=63.5136;RBI=0.0174831;REFB=0;REVB=-0.00281974;RO=0;SAF=455;SAR=441;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.49537e-06;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:78:901:898:0:0:896:898:1:441:455:0:0:443:455:0:0 chr8 145742879 . T C 1673.3 PASS AF=0.480447;AO=172;DP=359;FAO=172;FDP=358;FR=.;FRO=186;FSAF=81;FSAR=91;FSRF=77;FSRR=109;FWDB=-0.0270167;FXX=0.00831002;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5609;QD=18.6961;RBI=0.0546731;REFB=-0.0189817;REVB=-0.0475315;RO=184;SAF=81;SAR=91;SRF=76;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548657;STB=0.529789;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0249721;OID=.;OPOS=145742879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:358:184:186:172:172:0.480447:91:81:76:108:91:81:77:109 chr8 145745182 . T C 4549.93 PASS AF=1;AO=280;DP=281;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444897;FXX=0.00344816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.181;QD=62.9747;RBI=0.0445489;REFB=-0.00937715;REVB=0.00229595;RO=1;SAF=160;SAR=120;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297111;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62853e-05;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:281:289:1:0:280:289:1:120:160:1:0:122:167:0:0 chr8 145747920 . T G 562.97 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.00865232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.833;QD=19.5814;RBI=0.0104745;REFB=-0.0133654;REVB=0.00590353;RO=55;SAF=38;SAR=20;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000612376;STB=0.50331;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0124373;OID=.;OPOS=145747920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:57:58:58:0.504348:20:38:36:19:20:38:37:20 chr8 145756170 . G A 2907.0 PASS AF=0.38993;AO=333;DP=854;FAO=333;FDP=854;FR=.;FRO=521;FSAF=167;FSAR=166;FSRF=227;FSRR=294;FWDB=0.0279647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.579;QD=13.6159;RBI=0.039115;REFB=-0.0194579;REVB=0.0273488;RO=517;SAF=167;SAR=166;SRF=223;SRR=294;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763508;STB=0.540131;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0282073;OID=.;OPOS=145756170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:854:854:517:521:333:333:0.38993:166:167:223:294:166:167:227:294 chr8 145947776 . G A 483.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.32;QD=58.5799;RBI=0.0155345;REFB=0;REVB=0.0149184;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9409e-05;OID=.;OPOS=145947776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr8 145999616 . CTTT C,CTTC 2288.24 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=138,14;DP=154;FAO=143,11;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=82,2;FSAR=61,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908564,-0.0143112;FXX=0.0064512;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=143.016,155.232;QD=59.4347;RBI=0.0152877,0.0407948;REFB=0,0;REVB=-0.012295,-0.0382022;RO=0;SAF=81,1;SAR=57,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000308977,-0.0235059;OID=.,.;OPOS=145999617,145999619;OREF=TTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.928571,0.0714286:138,14:154:143,11:154:0:82,2:61,9:0:0:32:0:81,1:57,13:0:0 chr8 146010817 . C A,G 3333.29 PASS AF=0.93133,0.0300429;AO=211,14;DP=233;FAO=217,7;FDP=233;FR=.;FRO=9;FSAF=98,3;FSAR=119,4;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0104561,-0.0364998;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=160.073,22.0109;QD=57.2239;RBI=0.0123097,0.0386587;REFB=-0.0895329,-0.101297;REVB=0.00649604,-0.0127383;RO=6;SAF=92,9;SAR=119,5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0234093,0.336447;STB=0.518217,0.764197;STBP=0.009,0.217;TYPE=snp,snp;VARB=0.000602027,0.037813;OID=.,.;OPOS=146010817,146010817;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:233:233:6:9:211,14:217,7:0.93133,0.0300429:119,5:92,9:0:6:119,4:98,3:0:9 chr8 146033347 . T C 414.1 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376776;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7192;QD=57.1168;RBI=0.0446518;REFB=0;REVB=0.0239622;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245356;OID=.;OPOS=146033347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:5:23:0:0:5:24:0:0 chr8 146068594 . T C 1246.01 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.095;QD=61.5311;RBI=0.0629376;REFB=0;REVB=0.0625567;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245026;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr8 146115367 . A G 2201.98 PASS AF=0.993333;AO=140;DP=142;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028498;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0479;QD=58.7195;RBI=0.063422;REFB=-0.0397745;REVB=0.0566587;RO=1;SAF=72;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694102;STB=0.503448;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00192055;OID=.;OPOS=146115367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:150:1:1:140:149:0.993333:68:72:0:1:72:77:0:1 chr8 146202386 . A C 1470.89 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0151043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.76;QD=60.0362;RBI=0.0151288;REFB=0.013518;REVB=0.000861117;RO=2;SAF=44;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144776;STB=0.506257;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.000195024;OID=.;OPOS=146202386;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:2:3:95:95:0.969388:51:44:1:1:51:44:2:1 chr8 146202422 . A G 902.55 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.912;QD=57.3048;RBI=0.0341709;REFB=0;REVB=-0.0108467;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196744;OID=.;OPOS=146202422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:58:63:1:39:19:0:0:40:23:0:0 chr8 146202846 . T C 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.815;QD=59.996;RBI=0.0118774;REFB=0;REVB=0.0102366;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33366e-06;OID=.;OPOS=146202846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:54:52:0:0:54:52:0:0 chr8 146203346 . T G 2194.82 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.015;QD=63.1604;RBI=0.0683887;REFB=0;REVB=0.0464094;RO=0;SAF=69;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26143e-05;OID=.;OPOS=146203346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:139:0:0:132:139:1:63:69:0:0:68:71:0:0 chr8 146203412 . A G 1951.92 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.753;QD=61.9657;RBI=0.0100351;REFB=0;REVB=0.00353901;RO=0;SAF=53;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.151e-05;OID=.;OPOS=146203412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:73:53:0:0:73:53:0:0 chr8 146219931 . C G 4764.94 PASS AF=0.963173;AO=275;DP=351;FAO=340;FDP=353;FR=.;FRO=13;FSAF=143;FSAR=197;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0223297;FXX=0.0381461;HRUN=6;LEN=1;MLLD=177.764;QD=53.9937;RBI=0.0234367;REFB=-0.0723877;REVB=-0.00711783;RO=0;SAF=97;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504271;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00174588;OID=.;OPOS=146219931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:351:353:0:13:275:340:0.963173:178:97:0:0:197:143:4:9 chr8 146220446 . G A 1510.76 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.598;QD=63.611;RBI=0.0429397;REFB=0;REVB=0.00710588;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53666e-05;OID=.;OPOS=146220446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chr8 146221893 . A G 1193.74 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234582;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8248;QD=61.2175;RBI=0.0757088;REFB=0;REVB=-0.0719828;RO=0;SAF=28;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267891;OID=.;OPOS=146221893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:50:28:0:0:49:29:0:0 chr8 146225112 . C T 3127.57 PASS AF=1;AO=196;DP=199;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025563;FXX=0.019999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.676;QD=63.828;RBI=0.0323433;REFB=-0.101437;REVB=0.0198147;RO=0;SAF=83;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8446e-06;OID=.;OPOS=146225112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:196:0:0:196:196:1:113:83:0:0:113:83:0:0 chr8 146228390 . C T 2852.34 PASS AF=0.994536;AO=180;DP=180;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00192276;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.451;QD=62.3463;RBI=0.0233051;REFB=-0.0300626;REVB=0.0232257;RO=0;SAF=91;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000162077;OID=.;OPOS=146228390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:180:183:0:1:180:182:0.994536:89:91:0:0:89:93:0:1 chr8 146228622 . C A 1532.55 PASS AF=0.946903;AO=107;DP=113;FAO=107;FDP=113;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0192517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.893;QD=54.2497;RBI=0.0252205;REFB=-0.141587;REVB=0.0162925;RO=1;SAF=48;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978547;STB=0.529406;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000432636;OID=.;OPOS=146228622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:113:113:1:6:107:107:0.946903:59:48:1:0:59:48:6:0 chr8 146228779 . T A 1273.11 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913931;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6559;QD=61.3546;RBI=0.0573061;REFB=0;REVB=0.0565726;RO=0;SAF=54;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000899015;OID=.;OPOS=146228779;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:27:54:0:0:29:54:0:0 chr8 146229161 . T A 3759.04 PASS AF=1;AO=120;DP=244;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000335218;FXX=0.0203244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.374;QD=62.3907;RBI=0.00949674;REFB=-0.0375169;REVB=0.00949082;RO=0;SAF=65;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21293e-05;OID=.;OPOS=146229161;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:244:241:0:0:120:241:1:55:65:0:0:138:103:0:0 chr8 146229531 . TA T,TG 10476.4 PASS AF=0.14956,0.85044;AO=105,566;DP=676;FAO=102,580;FDP=682;FR=.;FRO=0;FSAF=87,142;FSAR=15,438;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507793,0.0499503;FXX=0.00146411;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.561,228.772;QD=61.4452;RBI=0.0559177,0.0565445;REFB=0,0;REVB=0.0234148,0.0264998;RO=0;SAF=83,139;SAR=22,427;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.73715e-08,5.74728e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00149191,0.000317587;OID=.,.;OPOS=146229532,146229532;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.14956,0.85044:105,566:676:102,580:682:0:87,142:15,438:0:0:99:0:83,139:22,427:0:0 chr8 146231140 . G C 2891.53 PASS AF=1;AO=183;DP=185;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947913;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7982;QD=63.2029;RBI=0.00950736;REFB=0;REVB=-0.000732009;RO=0;SAF=94;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4555e-05;OID=.;OPOS=146231140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:183:0:0:183:183:1:89:94:0:0:89:94:0:0 chr9 116800 . C G 72.61 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0018477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.049;QD=5.37881;RBI=0.0248961;REFB=-0.0120788;REVB=0.0248275;RO=43;SAF=8;SAR=3;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276591;STB=0.680509;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0332649;OID=.;OPOS=116800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:3:8:22:21:3:8:22:21 chr9 116832 . T C 124.93 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0119933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.971;QD=7.68774;RBI=0.0123904;REFB=0.00136769;REVB=0.00311192;RO=45;SAF=14;SAR=4;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274997;STB=0.671792;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0031079;OID=.;OPOS=116832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:47:18:18:0.276923:4:14:26:19:4:14:27:20 chr9 118173 . C CGG,G 2723.23 PASS AF=0.127778,0.872222;AO=20,156;DP=179;FAO=23,157;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=4,89;FSAR=19,68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222098,0.0209694;FXX=0.0217379;HRUN=2,4;LEN=2,1;MLLD=20.2684,241.061;QD=60.5162;RBI=0.03729,0.0593318;REFB=0,0;REVB=-0.0299545,0.0555026;RO=2;SAF=1,89;SAR=19,67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.279446,0.00173209;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0159545,0.00162344;OID=.,.;OPOS=118174,118173;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:84:179:180:2:0:20,156:23,157:0.127778,0.872222:19,67:1,89:1:1:19,68:4,89:0:0 chr9 154795 . T C 1494.54 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0432;QD=62.9282;RBI=0.00582519;REFB=0;REVB=-0.00547605;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16096e-06;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:92:95:1:49:43:0:0:49:46:0:0 chr9 162405 . C G 272.1 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.9695;QD=51.8279;RBI=0.0107176;REFB=0;REVB=-0.002219;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165734;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr9 163985 . A G 80.3 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=39;FWDB=-0.0170486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.612;QD=5.18058;RBI=0.0189016;REFB=-0.00759966;REVB=0.00816175;RO=49;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10593;STB=0.56885;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0326345;OID=.;OPOS=163985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:11:2:10:39:11:2:10:39 chr9 214706 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.8499;QD=45.8053;RBI=0.0261347;REFB=0;REVB=0.0240589;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738725;OID=.;OPOS=214706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr9 214804 . A G 2400.98 PASS AF=0.993865;AO=131;DP=164;FAO=162;FDP=163;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=105;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102357;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5436;QD=58.9197;RBI=0.0866825;REFB=0;REVB=0.086076;RO=0;SAF=105;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85345e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0154818;OID=.;OPOS=214804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:164:163:0:0:131:162:0.993865:26:105:0:0:57:105:0:0 chr9 214864 . C T 6237.85 PASS AF=1;AO=392;DP=396;FAO=392;FDP=392;FR=.;FRO=0;FSAF=205;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416309;FXX=0.0101008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.506;QD=63.6516;RBI=0.0429505;REFB=-0.0691616;REVB=0.0105646;RO=2;SAF=205;SAR=187;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108101;OID=.;OPOS=214864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:396:392:2:0:392:392:1:187:205:2:0:187:205:0:0 chr9 215057 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.502;QD=46.8479;RBI=0.0459869;REFB=0;REVB=0.0402411;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127423;OID=.;OPOS=215057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr9 215494 . C T 2387.37 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.648;QD=64.0906;RBI=0.0132909;REFB=0;REVB=0.00921462;RO=0;SAF=67;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0445e-07;OID=.;OPOS=215494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:147:149:1:80:67:0:0:82:67:0:0 chr9 215511 . C T 2264.48 PASS AF=0.986928;AO=151;DP=153;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0191601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.069;QD=59.2022;RBI=0.0247639;REFB=-0.189762;REVB=-0.0156889;RO=0;SAF=73;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000525057;OID=.;OPOS=215511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:153:0:2:151:151:0.986928:78:73:0:0:78:73:0:2 chr9 286593 . C A 711.33 PASS AF=0.354167;AO=85;DP=241;FAO=85;FDP=240;FR=.;FRO=155;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=69;FSRR=86;FWDB=-0.0209736;FXX=0.00414921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8243;QD=11.8555;RBI=0.0218643;REFB=-0.00488489;REVB=-0.00617707;RO=155;SAF=30;SAR=55;SRF=69;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11006;STB=0.562776;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00630291;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:155:155:85:85:0.354167:55:30:69:86:55:30:69:86 chr9 421032 . C G 485.85 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0105352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.916;QD=23.9925;RBI=0.0437167;REFB=-0.0148607;REVB=-0.0424283;RO=34;SAF=21;SAR=25;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1765;STB=0.588102;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00966896;OID=.;OPOS=421032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:34:35:46:46:0.567901:25:21:8:26:25:21:9:26 chr9 429719 . T C 1871.74 PASS AF=0.992;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020156;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4076;QD=59.8957;RBI=0.0210978;REFB=-0.132472;REVB=-0.0062331;RO=2;SAF=62;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00012357;STB=0.504064;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000457503;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:126:125:2:1:123:124:0.992:61:62:1:1:61:63:0:1 chr9 433978 . A G 1568.11 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.172;QD=64.0045;RBI=0.0280216;REFB=0;REVB=-0.0278382;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09334e-05;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:59:39:0:0:59:39:0:0 chr9 441952 . G A 1487.69 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192297;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.19;QD=58.9185;RBI=0.0223798;REFB=0;REVB=0.0114487;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726988;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:101:0:0:96:101:1:53:43:0:0:55:46:0:0 chr9 676954 . T C 328.74 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.00125079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.86;QD=13.1497;RBI=0.0316629;REFB=-0.0118729;REVB=0.0316382;RO=62;SAF=11;SAR=26;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316109;STB=0.676911;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0214097;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:63:37:37:0.37:26:11:36:26:26:11:36:27 chr9 712060 . G C 690.22 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0505838;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.445;QD=20.7585;RBI=0.0520226;REFB=-0.00409792;REVB=0.01215;RO=65;SAF=36;SAR=32;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874169;STB=0.548088;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00750374;OID=.;OPOS=712060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:65:65:68:68:0.511278:32:36:28:37:32:36:28:37 chr9 712599 . C T 409.13 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0258864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.099;QD=23.3789;RBI=0.0275562;REFB=-0.00278958;REVB=-0.00944664;RO=30;SAF=20;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779964;STB=0.542836;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00239942;OID=.;OPOS=712599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:20:20:12:18:20:20:12:18 chr9 742342 . A G 1078.42 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2158;QD=59.9125;RBI=0.0753358;REFB=0;REVB=0.0663592;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140278;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:72:0:0:67:72:1:27:40:0:0:32:40:0:0 chr9 841971 . T A 2140.6 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.728;QD=62.9589;RBI=0.0396511;REFB=0;REVB=0.0243452;RO=0;SAF=34;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.50169e-06;OID=.;OPOS=841971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:102:34:0:0:102:34:0:0 chr9 977162 . C G 1353.08 PASS AF=0.542373;AO=127;DP=236;FAO=128;FDP=236;FR=.;FRO=108;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=-0.0292584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2526;QD=22.9336;RBI=0.0470397;REFB=0.00408348;REVB=-0.036833;RO=108;SAF=70;SAR=57;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433726;STB=0.525186;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0032245;OID=.;OPOS=977162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:108:108:127:128:0.542373:57:70:54:54:57:71:54:54 chr9 990653 . G T 900.51 PASS AF=0.565517;AO=82;DP=146;FAO=82;FDP=145;FR=.;FRO=63;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00980532;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.923;QD=24.8418;RBI=0.0116848;REFB=-0.0182005;REVB=0.00635537;RO=63;SAF=44;SAR=38;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355686;STB=0.519388;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0141014;OID=.;OPOS=990653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:63:63:82:82:0.565517:38:44:31:32:38:44:31:32 chr9 991114 . A G 1641.38 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.392;QD=60.234;RBI=0.107207;REFB=0;REVB=-0.0337495;RO=0;SAF=36;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000625311;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:73:36:0:0:73:36:0:0 chr9 1056728 . G C 1491.25 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.02;QD=63.4575;RBI=0.0528609;REFB=0;REVB=-0.00737719;RO=0;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77618e-05;OID=.;OPOS=1056728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:58:36:0:0:58:36:0:0 chr9 2101545 . T A 235.97 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.026289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4701;QD=19.2627;RBI=0.0391204;REFB=0.00425789;REVB=0.0289706;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156869;STB=0.579067;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00516092;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:26:23:23:0.469388:9:14:11:14:9:14:12:14 chr9 2717922 . C G 904.0 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.458;QD=58.3229;RBI=0.0390816;REFB=0;REVB=0.0263982;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64104e-05;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:23:35:0:0:23:39:0:0 chr9 2718534 . C G 2083.74 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6798;QD=62.669;RBI=0.00585449;REFB=0;REVB=-0.00363788;RO=0;SAF=58;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77788e-05;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:75:58:0:0:75:58:0:0 chr9 2811505 . G A 648.74 PASS AF=0.378109;AO=76;DP=201;FAO=76;FDP=201;FR=.;FRO=125;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=-0.0286752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.153;QD=12.9103;RBI=0.028908;REFB=-0.00817759;REVB=0.0036617;RO=125;SAF=39;SAR=37;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276637;STB=0.515639;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0128035;OID=.;OPOS=2811505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:125:125:76:76:0.378109:37:39:61:64:37:39:61:64 chr9 2828765 . C G 241.03 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00970541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.403;QD=14.6076;RBI=0.0103515;REFB=-0.0183307;REVB=-0.00359982;RO=38;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175695;STB=0.599927;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0198964;OID=.;OPOS=2828765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:18:10:20:18:18:10:20:18 chr9 3824936 . T A 135.85 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.29;QD=38.8138;RBI=0.0571394;REFB=-0.121978;REVB=0.0478093;RO=1;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393232;STB=0.51997;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0335019;OID=.;OPOS=3824936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:1:1:12:13:0.928571:11:1:0:1:12:1:0:1 chr9 4118208 . A G 919.39 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.821;QD=58.3739;RBI=0.0589993;REFB=0;REVB=-0.0589779;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129874;OID=.;OPOS=4118208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr9 4576680 . T C 2585.7 PASS AF=0.994083;AO=166;DP=167;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.033548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.846;QD=61.2;RBI=0.082684;REFB=-0.120107;REVB=0.0755723;RO=1;SAF=57;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434633;STB=0.502283;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000483873;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:167:169:1:1:166:168:0.994083:109:57:0:1:109:59:0:1 chr9 4664749 . C T 167.14 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.024579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6308;QD=15.1946;RBI=0.0301878;REFB=-0.00798375;REVB=-0.0175266;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733128;STB=0.533296;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0112585;OID=.;OPOS=4664749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:26:18:18:0.409091:12:6:10:15:12:6:10:16 chr9 4685008 . C T 397.3 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.00674825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8242;QD=12.9202;RBI=0.00748835;REFB=0.00559994;REVB=-0.00324599;RO=75;SAF=21;SAR=26;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814483;STB=0.541105;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0064337;OID=.;OPOS=4685008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:75:76:47:47:0.382114:26:21:28:47:26:21:29:47 chr9 4706214 . C T 180.47 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.021049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.455;QD=9.25475;RBI=0.0705138;REFB=0.000936129;REVB=-0.0672988;RO=49;SAF=19;SAR=5;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919228;STB=0.598764;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00283816;OID=.;OPOS=4706214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:49:54:24:24:0.307692:5:19:36:13:5:19:37:17 chr9 4711440 . T A 930.56 PASS AF=0.958333;AO=65;DP=71;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.115347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1567;QD=51.698;RBI=0.143491;REFB=-0.101934;REVB=0.0853506;RO=6;SAF=35;SAR=30;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327477;STB=0.52307;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00514199;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:71:72:6:3:65:69:0.958333:30:35:2:4:31:38:0:3 chr9 5050706 . C T 927.61 PASS AF=0.538922;AO=90;DP=168;FAO=90;FDP=167;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.00569204;FXX=0.017646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6908;QD=22.2182;RBI=0.0860909;REFB=0.00548574;REVB=-0.0859026;RO=74;SAF=41;SAR=49;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193028;STB=0.512566;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00366553;OID=.;OPOS=5050706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:74:77:90:90:0.538922:49:41:32:42:49:41:33:44 chr9 5081775 . GCCCT GCCTA 333.26 PASS AF=0.487805;AO=5;DP=126;FAO=60;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0601746;FXX=0.0238076;HRUN=3;LEN=2;MLLD=49.2104;QD=10.8378;RBI=0.0843971;REFB=-0.0502248;REVB=-0.0591767;RO=98;SAF=4;SAR=1;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243897;STB=0.553105;STBP=0.255;TYPE=mnp;VARB=0.109791;OID=.;OPOS=5081778;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=GCCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487805:5:126:60:123:63:29:31:37:26:99:98:4:1:53:45 chr9 5081780 . G A 540.36 PASS AF=0.456693;AO=57;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00156148;FXX=0.00781189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.0747;QD=17.0192;RBI=0.0175723;REFB=-0.00845957;REVB=-0.0175027;RO=69;SAF=26;SAR=31;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135025;STB=0.578807;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00946756;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:69:57:58:0.456693:31:26:41:28:32:26:41:28 chr9 5092466 . G A 752.96 PASS AF=0.541353;AO=72;DP=133;FAO=72;FDP=133;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0285595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.419;QD=22.6455;RBI=0.0339893;REFB=0.0138546;REVB=-0.0184291;RO=61;SAF=36;SAR=36;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00686471;STB=0.503758;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0148456;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:61:61:72:72:0.541353:36:36:31:30:36:36:31:30 chr9 5094034 . G A 538.12 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0144678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.012;QD=24.1853;RBI=0.0152672;REFB=0.00953124;REVB=0.00487545;RO=38;SAF=25;SAR=25;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414733;STB=0.528079;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00642584;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:39:50:50:0.561798:25:25:17:21:25:25:17:22 chr9 5095095 . A C 568.33 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0114216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.651;QD=20.2973;RBI=0.0400571;REFB=0.00375725;REVB=0.0383942;RO=54;SAF=29;SAR=29;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097347;STB=0.553553;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00336682;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:29:29:33:21:29:29:33:21 chr9 5095167 . A C 395.73 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0190792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.339;QD=20.2939;RBI=0.0237388;REFB=-0.0182862;REVB=-0.0141249;RO=38;SAF=15;SAR=25;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00617816;STB=0.503423;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0140449;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:25:15:14:24:25:15:14:24 chr9 5095191 . T A 394.48 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.000756131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.391;QD=19.9738;RBI=0.00428578;REFB=-0.0219795;REVB=0.00421855;RO=38;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273435;STB=0.520511;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0203572;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:40:40:0.506329:23:17:15:23:23:17:15:24 chr9 5096433 . A G 729.75 PASS AF=0.554688;AO=70;DP=128;FAO=71;FDP=128;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=0.00305495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.132;QD=22.8048;RBI=0.0639397;REFB=-0.00618706;REVB=0.0638667;RO=58;SAF=36;SAR=34;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131828;STB=0.579065;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0063836;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:58:57:70:71:0.554688:34:36:39:19:35:36:39:18 chr9 5098223 . T C 530.55 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0327522;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0405;QD=24.9672;RBI=0.070149;REFB=0.0117549;REVB=-0.0620337;RO=36;SAF=12;SAR=37;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273116;STB=0.650483;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0110385;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:36:36:49:49:0.576471:37:12:20:16:37:12:20:16 chr9 5231712 . T A 236.57 PASS AF=0.575;AO=21;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0472846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9388;QD=23.6572;RBI=0.0492704;REFB=-0.0524723;REVB=0.0138471;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212621;STB=0.629025;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0464938;OID=.;OPOS=5231712;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:17:21:23:0.575:13:8:11:6:15:8:11:6 chr9 5557672 . T C 3314.83 PASS AF=0.986301;AO=215;DP=219;FAO=216;FDP=219;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=115;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00866176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1995;QD=60.5448;RBI=0.0313986;REFB=0.0176301;REVB=-0.0301802;RO=2;SAF=101;SAR=114;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933956;STB=0.502737;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00140471;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:219:219:2:3:215:216:0.986301:114:101:2:0:115:101:2:1 chr9 5656610 . G C 527.75 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0134882;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.175;QD=27.0643;RBI=0.0143585;REFB=-0.00852836;REVB=0.00492277;RO=30;SAF=17;SAR=31;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108342;STB=0.559163;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00495122;OID=.;OPOS=5656610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:30:30:48:48:0.615385:31:17:15:15:31:17:15:15 chr9 5732483 . T C 229.46 PASS AF=0.244604;AO=34;DP=139;FAO=34;FDP=139;FR=.;FRO=105;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=64;FWDB=0.0156511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.207;QD=6.60328;RBI=0.0161898;REFB=-0.0115493;REVB=-0.00414167;RO=103;SAF=21;SAR=13;SRF=40;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280215;STB=0.66726;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0256887;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:103:105:34:34:0.244604:13:21:40:63:13:21:41:64 chr9 5747307 . C G 979.01 PASS AF=0.598684;AO=91;DP=152;FAO=91;FDP=152;FR=.;FRO=61;FSAF=74;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.00714903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.22;QD=25.7634;RBI=0.010891;REFB=0.0116921;REVB=-0.00821618;RO=61;SAF=74;SAR=17;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152764;STB=0.583402;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0104004;OID=.;OPOS=5747307;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:61:61:91:91:0.598684:17:74:41:20:17:74:41:20 chr9 5774225 . T G 825.37 PASS AF=0.399142;AO=93;DP=231;FAO=93;FDP=233;FR=.;FRO=140;FSAF=29;FSAR=64;FSRF=52;FSRR=88;FWDB=-0.034405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.754;QD=14.1694;RBI=0.034916;REFB=-0.0125438;REVB=0.00595181;RO=138;SAF=29;SAR=64;SRF=50;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608971;STB=0.540441;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0178539;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:233:138:140:93:93:0.399142:64:29:50:88:64:29:52:88 chr9 5909152 . T G 308.56 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0188151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.649;QD=14.8705;RBI=0.0417614;REFB=-0.001719;REVB=-0.0372829;RO=48;SAF=23;SAR=12;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146189;STB=0.582862;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00269655;OID=.;OPOS=5909152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:12:23:25:23:12:23:25:23 chr9 5968416 . A G 73.02 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0136789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.281;QD=9.12718;RBI=0.0186619;REFB=-0.00899304;REVB=-0.0126948;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453476;STB=0.778643;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0494342;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:2:8:9:13:2:8:9:13 chr9 5969249 . A G 263.79 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0130306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.024;QD=12.8677;RBI=0.0138339;REFB=-0.010077;REVB=0.0046455;RO=51;SAF=15;SAR=16;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281406;STB=0.516119;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0135721;OID=.;OPOS=5969249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:16:15:26:25:16:15:26:25 chr9 6007767 . C A 751.14 PASS AF=0.642857;AO=63;DP=99;FAO=63;FDP=98;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0494301;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.164;QD=30.6589;RBI=0.0494308;REFB=-0.00464632;REVB=0.000266704;RO=34;SAF=25;SAR=38;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298892;STB=0.520294;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00272259;OID=.;OPOS=6007767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:34:35:63:63:0.642857:38:25:12:22:38:25:12:23 chr9 6012734 . A C 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.010749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.072;QD=20.485;RBI=0.0250387;REFB=-0.024611;REVB=-0.0226141;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110077;STB=0.545388;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0148012;OID=.;OPOS=6012734;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:9:5:5:5:9:5:5:6 chr9 6015011 . T C 845.25 PASS AF=0.488636;AO=85;DP=175;FAO=86;FDP=176;FR=.;FRO=90;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=0.00035491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.055;QD=19.2102;RBI=0.0501055;REFB=0.00936511;REVB=0.0501042;RO=90;SAF=52;SAR=33;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000641337;STB=0.503459;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00871978;OID=.;OPOS=6015011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:90:90:85:86:0.488636:33:52:55:35:34:52:55:35 chr9 6253571 . C T 395.33 PASS AF=0.342857;AO=48;DP=139;FAO=48;FDP=140;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.065571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3804;QD=11.2951;RBI=0.0692869;REFB=-0.0202364;REVB=-0.0223858;RO=91;SAF=29;SAR=19;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21135;STB=0.617703;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0368799;OID=.;OPOS=6253571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:91:92:48:48:0.342857:19:29:38:53:19:29:39:53 chr9 6328739 . C T 262.86 PASS AF=0.318182;AO=35;DP=110;FAO=35;FDP=110;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00802939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.252;QD=9.55847;RBI=0.0112799;REFB=-0.0176587;REVB=0.00792247;RO=75;SAF=18;SAR=17;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223138;STB=0.513;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0364175;OID=.;OPOS=6328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:75:75:35:35:0.318182:17:18:40:35:17:18:40:35 chr9 6328947 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.357;QD=57.6805;RBI=0.0229486;REFB=0;REVB=0.0203926;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70403e-05;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr9 6329888 . A G 1484.73 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.102864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.071;QD=61.2259;RBI=0.110377;REFB=-0.168627;REVB=0.0400261;RO=2;SAF=49;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189593;STB=0.509998;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000908068;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:46:49:2:0:46:49:2:0 chr9 6330380 . A C 249.73 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0281664;FXX=0.0322546;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.729;QD=11.0991;RBI=0.030289;REFB=0.0137147;REVB=-0.0111389;RO=57;SAF=16;SAR=14;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119689;STB=0.511137;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.0258654;OID=.;OPOS=6330380;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:57:60:30:30:0.333333:14:16:31:26:14:16:31:29 chr9 6330915 . G A 1395.04 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.948;QD=62.6985;RBI=0.0206793;REFB=0;REVB=-1.89105e-05;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86986e-05;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:86:89:1:42:44:0:0:45:44:0:0 chr9 6469653 . GAAAG GAAAGGT,GAAG 382.79 PASS AF=0.312102,0.0382166;AO=28,26;DP=170;FAO=49,6;FDP=157;FR=.;FRO=102;FSAF=25,0;FSAR=24,6;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.0539821,-0.156338;FXX=0.0924802;HRUN=2,3;LEN=2,1;MLLD=104.452,11.7159;QD=9.75274;RBI=0.0550657,0.161755;REFB=-0.120704,-0.197771;REVB=-0.0108705,-0.0415101;RO=64;SAF=21,0;SAR=7,26;SRF=45;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0703381,-0.841396;STB=0.506891,0.998246;STBP=0.89,0.007;TYPE=ins,del;VARB=0.186101,0.217617;OID=.,.;OPOS=6469658,6469654;OREF=-,A;OALT=GT,-;OMAPALT=GAAAGGT,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.312102,0.0382166:28,26:170:49,6:157:102:25,0:24,6:51:51:99:64:21,0:7,26:45:19 chr9 6610326 . C T 321.26 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0680917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7017;QD=18.8976;RBI=0.0680922;REFB=-0.0160801;REVB=0.000275506;RO=34;SAF=11;SAR=23;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219598;STB=0.622669;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0196748;OID=.;OPOS=6610326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:23:11:19:15:23:11:19:15 chr9 6645251 . C T 4570.66 PASS AF=0.983553;AO=298;DP=303;FAO=299;FDP=304;FR=.;FRO=5;FSAF=145;FSAR=154;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000125772;FXX=0.00653573;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.823;QD=60.1403;RBI=0.0320415;REFB=-0.0186464;REVB=0.0320412;RO=4;SAF=145;SAR=153;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000339288;STB=0.501399;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=3.26849e-05;OID=.;OPOS=6645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:303:304:4:5:298:299:0.983553:153:145:2:2:154:145:2:3 chr9 6748784 . C A 293.98 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138662;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.992;QD=53.4499;RBI=0.0138749;REFB=0;REVB=-0.000491213;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518623;OID=.;OPOS=6748784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr9 6984172 . G A 834.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0925455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.365;QD=57.5357;RBI=0.0931959;REFB=0;REVB=0.0109913;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185755;OID=.;OPOS=6984172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr9 7046901 . C G 1612.02 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0678648;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.932;QD=60.2626;RBI=0.0688684;REFB=0;REVB=-0.011714;RO=0;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.17891e-05;OID=.;OPOS=7046901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:58:49:0:0:58:49:0:0 chr9 7076463 . G A 185.42 PASS AF=0.304878;AO=24;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0368197;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.58;QD=9.04481;RBI=0.0462088;REFB=-0.0123371;REVB=-0.0279207;RO=58;SAF=13;SAR=11;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537268;STB=0.513395;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0302279;OID=.;OPOS=7076463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:58:57:24:25:0.304878:11:13:34:24:11:14:33:24 chr9 7103816 . C T 3167.23 PASS AF=1;AO=205;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.813;QD=61.7996;RBI=0.0158572;REFB=0;REVB=0.00443557;RO=0;SAF=106;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.14275e-06;OID=.;OPOS=7103816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:205:0:0:205:205:1:99:106:0:0:99:106:0:0 chr9 7798435 . C T 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.849;QD=61.5363;RBI=0.0144228;REFB=0;REVB=0.0141289;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50895e-05;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr9 7798518 . G C 2566.2 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0491;QD=61.8363;RBI=0.054522;REFB=0;REVB=0.0527607;RO=0;SAF=77;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08121e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163789;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:89:77:0:0:89:77:0:0 chr9 8389364 . C G 3023.59 PASS AF=0.994975;AO=198;DP=201;FAO=198;FDP=199;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166951;FXX=0.0197035;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.217;QD=60.7757;RBI=0.0201423;REFB=0.00957683;REVB=0.0112687;RO=1;SAF=92;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051488;STB=0.502702;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=1.33415e-05;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:201:199:1:1:198:198:0.994975:106:92:1:0:106:92:1:0 chr9 8454566 . T C 1087.6 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140479;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8278;QD=58.7891;RBI=0.0444444;REFB=-0.122324;REVB=0.0421658;RO=2;SAF=28;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00619769;STB=0.50877;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00286481;OID=.;OPOS=8454566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:2:1:73:73:0.986486:45:28:1:1:45:28:1:0 chr9 8465598 . A G 825.02 PASS AF=0.43128;AO=91;DP=212;FAO=91;FDP=211;FR=.;FRO=120;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=0.00896095;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.18;QD=15.6402;RBI=0.00931373;REFB=0.00142626;REVB=0.00253909;RO=121;SAF=40;SAR=51;SRF=68;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125094;STB=0.572066;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0016129;OID=.;OPOS=8465598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:121:120:91:91:0.43128:51:40:68:53:51:40:68:52 chr9 8518143 . T C 708.68 PASS AF=0.340996;AO=89;DP=262;FAO=89;FDP=261;FR=.;FRO=172;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=87;FSRR=85;FWDB=0.0414358;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.066;QD=10.8609;RBI=0.0414444;REFB=-0.0112316;REVB=0.000840957;RO=171;SAF=40;SAR=49;SRF=86;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617814;STB=0.537244;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0192515;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:171:172:89:89:0.340996:49:40:86:85:49:40:87:85 chr9 8518395 . G A 738.65 PASS AF=0.397196;AO=85;DP=215;FAO=85;FDP=214;FR=.;FRO=129;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=67;FSRR=62;FWDB=0.0135924;FXX=0.00465095;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.777;QD=13.8065;RBI=0.0295944;REFB=-0.0164722;REVB=-0.0262884;RO=129;SAF=47;SAR=38;SRF=67;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362359;STB=0.520367;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0236619;OID=.;OPOS=8518395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:129:129:85:85:0.397196:38:47:67:62:38:47:67:62 chr9 8525217 . AT A,TA,TT 122.1 PASS AF=0.769231,0.230769,0;AO=5,5,2;DP=37;FAO=20,6,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15,4,0;FSAR=5,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020091,0.0168309,-0.0116663;FXX=0.187441;HRUN=12,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=6.1952,9.76387,170.013;QD=18.7847;RBI=0.0563748,0.0745984,0.0524678;REFB=-0.268188,-0.23616,-0.00462705;REVB=-0.0526733,-0.0726749,0.0511543;RO=24;SAF=3,4,0;SAR=2,1,2;SRF=17;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.139757,0.142332,-0.596482;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.153616,-0.0589378,0;OID=.,.,.;OPOS=8525218,8525217,8525217;OREF=T,AT,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=A,TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:37:26:24:0:5,5,2:20,6,0:0.769231,0.230769,0:2,1,2:3,4,0:17:7:5,2,0:15,4,0:0:0 chr9 8528506 . A G 310.85 PASS AF=0.508475;AO=26;DP=61;FAO=30;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0463889;FXX=0.0327815;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.6685;QD=21.0745;RBI=0.0490207;REFB=-0.0311121;REVB=0.015846;RO=16;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538528;STB=0.545424;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00370003;OID=.;OPOS=8528506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:16:24:26:30:0.508475:15:11:8:8:18:12:12:12 chr9 12698527 . C T 975.19 PASS AF=0.38676;AO=111;DP=286;FAO=111;FDP=287;FR=.;FRO=176;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=85;FSRR=91;FWDB=0.00687589;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.607;QD=13.5915;RBI=0.00742642;REFB=-0.0048565;REVB=0.00280604;RO=173;SAF=50;SAR=61;SRF=84;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382574;STB=0.520047;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00742519;OID=.;OPOS=12698527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:287:173:176:111:111:0.38676:61:50:84:89:61:50:85:91 chr9 12764879 . C T 495.75 PASS AF=0.328042;AO=62;DP=189;FAO=62;FDP=189;FR=.;FRO=127;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=60;FSRR=67;FWDB=0.00716336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.03;QD=10.4921;RBI=0.0358533;REFB=-0.0103842;REVB=-0.0351304;RO=127;SAF=29;SAR=33;SRF=60;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550334;STB=0.503168;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0252767;OID=.;OPOS=12764879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:127:127:62:62:0.328042:33:29:60:67:33:29:60:67 chr9 12775861 . T C,TGGCGGCGGC 66.97 PASS AF=0.0925926,0.111111;AO=5,6;DP=55;FAO=5,6;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=5,4;FSAR=0,2;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.030511,-0.0724614;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,9;MLLD=55.6757,189.051;QD=4.96067;RBI=0.0717523,0.0725508;REFB=-0.00749457,-0.0135748;REVB=-0.0649421,-0.00360085;RO=44;SAF=5,4;SAR=0,2;SRF=22;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.60004,0.195876;STB=0.997757,0.638419;STBP=0.023,0.506;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00967082,0.0645623;OID=.,.;OPOS=12775861,12775862;OREF=T,-;OALT=C,GGCGGCGGC;OMAPALT=C,TGGCGGCGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:55:54:44:43:5,6:5,6:0.0925926,0.111111:0,2:5,4:22:22:0,2:5,4:22:21 chr9 12775889 . A G,T 1119.25 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=70,4;DP=74;FAO=72,4;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=41,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412475,0.00433731;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.2582,65.1192;QD=58.9078;RBI=0.106809,0.0688065;REFB=0,0;REVB=-0.0985235,-0.0686696;RO=0;SAF=29,0;SAR=41,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00155487,-0.00640274;OID=.,.;OPOS=12775889,12775889;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:74:76:0:0:70,4:72,4:0.947368,0.0526316:41,4:29,0:0:0:41,4:31,0:0:0 chr9 13105959 . T A,G 1259.86 PASS AF=0.0352941,0.952941;AO=3,81;DP=85;FAO=3,81;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=2,35;FSAR=1,46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0632156,0.0145381;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.028,57.181;QD=59.2877;RBI=0.0636994,0.0782987;REFB=-0.0107289,-0.0857865;REVB=0.00783664,0.0769372;RO=1;SAF=2,35;SAR=1,46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266641,0.0101833;STB=0.665547,0.505375;STBP=0.558,0.488;TYPE=snp,snp;VARB=0.214675,-0.000135239;OID=.,.;OPOS=13105959,13105959;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:85:85:1:1:3,81:3,81:0.0352941,0.952941:1,46:2,35:0:1:1,46:2,35:0:1 chr9 13110699 . T G 818.64 PASS AF=0.538462;AO=77;DP=143;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0143173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5205;QD=22.8991;RBI=0.0198916;REFB=-0.00486282;REVB=0.0138091;RO=66;SAF=31;SAR=46;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344154;STB=0.518824;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00523141;OID=.;OPOS=13110699;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:66:66:77:77:0.538462:46:31:24:42:46:31:24:42 chr9 13112116 . A G 3298.85 PASS AF=0.986239;AO=215;DP=218;FAO=215;FDP=218;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=122;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0143035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.573;QD=60.5294;RBI=0.0892157;REFB=-0.0448692;REVB=-0.0880616;RO=3;SAF=93;SAR=122;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00624504;STB=0.503278;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.000448322;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:218:218:3:3:215:215:0.986239:122:93:2:1:122:93:2:1 chr9 13136719 . A G 184.21 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0138411;FXX=0.0158705;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.196;QD=11.8846;RBI=0.0155222;REFB=-0.0157414;REVB=-0.00702582;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851439;STB=0.549253;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0239214;OID=.;OPOS=13136719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:39:39:23:23:0.370968:13:10:20:19:13:10:20:19 chr9 13150531 . T C 733.88 PASS AF=0.40404;AO=80;DP=195;FAO=80;FDP=198;FR=.;FRO=118;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=54;FSRR=64;FWDB=0.0199485;FXX=0.00502487;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.482;QD=14.8258;RBI=0.023231;REFB=0.000528253;REVB=-0.0119054;RO=115;SAF=42;SAR=38;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582869;STB=0.540081;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.000904177;OID=.;OPOS=13150531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:198:115:118:80:80:0.40404:38:42:54:61:38:42:54:64 chr9 13176312 . C T 466.18 PASS AF=0.349398;AO=58;DP=167;FAO=58;FDP=166;FR=.;FRO=108;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=0.011859;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.168;QD=11.2333;RBI=0.0281136;REFB=-0.0117551;REVB=-0.02549;RO=108;SAF=24;SAR=34;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249367;STB=0.514269;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.020562;OID=.;OPOS=13176312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:108:108:58:58:0.349398:34:24:47:61:34:24:47:61 chr9 13247672 . G A 467.39 PASS AF=0.345029;AO=56;DP=170;FAO=59;FDP=171;FR=.;FRO=112;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=65;FSRR=47;FWDB=0.00502408;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.845;QD=10.933;RBI=0.0061581;REFB=-0.00637032;REVB=0.003561;RO=113;SAF=25;SAR=31;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148718;STB=0.590762;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.011834;OID=.;OPOS=13247672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:113:112:56:59:0.345029:31:25:65:48:33:26:65:47 chr9 14082782 . A G 60.91 PASS AF=0.225;AO=8;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0101742;FXX=0.0243843;HRUN=14;LEN=1;MLLD=176.778;QD=6.09093;RBI=0.0101766;REFB=-0.0188497;REVB=0.000220895;RO=30;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383304;STB=0.773451;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0178304;OID=.;OPOS=14082782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:8:9:0.225:7:1:11:19:8:1:11:20 chr9 14082783 . AG AA,GA 144.73 PASS AF=0.097561,0.243902;AO=7,4;DP=41;FAO=4,10;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=3,2;FSAR=1,8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00897467,0.00821722;FXX=0.0238039;HRUN=1,14;LEN=1,2;MLLD=156.769,54.8815;QD=14.1201;RBI=0.0257944,0.0352233;REFB=-0.0184674,-0.092068;REVB=0.0241828,0.0342514;RO=23;SAF=3,2;SAR=4,2;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.155554,0.230711;STB=0.849376,0.580471;STBP=0.311,0.615;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0184068,0.0162403;OID=.,.;OPOS=14082784,14082783;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:79:41:41:23:25:7,4:4,10:0.097561,0.243902:4,2:3,2:7:16:1,8:3,2:7:18 chr9 14086769 . G GT,T 33.8 PASS AF=0.259259,0;AO=3,3;DP=29;FAO=7,0;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=6,0;FSAR=1,0;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.0355708,-0.0361643;FXX=0.0357015;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=17.6666,252.705;QD=5.00714;RBI=0.100583,0.0361758;REFB=-0.0670716,-0.000255626;REVB=0.0940828,-0.000912361;RO=23;SAF=2,3;SAR=1,0;SRF=21;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.431763,0.453976;STB=0.571246,0.5;STBP=0.823,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.178511,0;OID=.,.;OPOS=14086770,14086769;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:27:23:20:3,3:7,0:0.259259,0:1,0:2,3:21:2:1,0:6,0:18:2 chr9 14618856 . C T 403.86 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00933431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.331;QD=22.1293;RBI=0.0274787;REFB=-0.00615731;REVB=-0.0258447;RO=32;SAF=22;SAR=18;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140493;STB=0.570224;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00308678;OID=.;OPOS=14618856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:33:40:40:0.547945:18:22:12:20:18:22:13:20 chr9 14737506 . T G 1666.15 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0517657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6955;QD=58.9789;RBI=0.0841683;REFB=-0.0177606;REVB=-0.0663672;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.503875;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00108485;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:113:0:1:112:112:0.99115:64:48:0:0:64:48:0:1 chr9 14775853 . A G 2003.33 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410356;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.949;QD=62.1187;RBI=0.0410567;REFB=0;REVB=0.00131565;RO=0;SAF=46;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.71351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166646;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:126:129:1:80:46:0:0:81:48:0:0 chr9 14775859 . G A 583.53 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.020704;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.929;QD=17.2899;RBI=0.0225375;REFB=-0.00983087;REVB=0.0089041;RO=74;SAF=23;SAR=38;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128124;STB=0.507131;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0136408;OID=.;OPOS=14775859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:74:74:61:61:0.451852:38:23:27:47:38:23:27:47 chr9 14784389 . G A 818.31 PASS AF=0.627119;AO=74;DP=119;FAO=74;FDP=118;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.000802497;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.203;QD=27.7392;RBI=0.0615192;REFB=0.00249021;REVB=-0.0615139;RO=44;SAF=33;SAR=41;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738692;STB=0.539961;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0011358;OID=.;OPOS=14784389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:44:44:74:74:0.627119:41:33:15:29:41:33:15:29 chr9 14801687 . T C 3240.48 PASS AF=0.985981;AO=211;DP=219;FAO=211;FDP=214;FR=.;FRO=3;FSAF=115;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0218955;FXX=0.02283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.131;QD=60.5698;RBI=0.0406867;REFB=-0.138733;REVB=0.0342929;RO=3;SAF=115;SAR=96;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146514;STB=0.507692;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00107069;OID=.;OPOS=14801687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:219:214:3:3:211:211:0.985981:96:115:0:3:96:115:0:3 chr9 15188106 . T C 2333.21 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527321;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.122;QD=63.4887;RBI=0.0158057;REFB=0;REVB=0.0149001;RO=1;SAF=78;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694254;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53382e-05;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:1:0:146:147:1:68:78:0:1:69:78:0:0 chr9 15431964 . ATTG A 385.6 PASS AF=0.491379;AO=56;DP=125;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0153725;FXX=0.0793588;HRUN=2;LEN=3;MLLD=239.387;QD=13.2967;RBI=0.0183115;REFB=-0.00673816;REVB=0.00994982;RO=59;SAF=19;SAR=37;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170798;STB=0.512816;STBP=0.819;TYPE=del;VARB=0.00572967;OID=.;OPOS=15431965;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491379:56:125:57:116:59:19:38:21:38:99:59:19:37:21:38 chr9 15464898 . C A 675.72 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0330982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1445;QD=60.064;RBI=0.0874876;REFB=-0.0506692;REVB=-0.0809851;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00951333;OID=.;OPOS=15464898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:27:17:0:0:27:17:1:0 chr9 15591372 . T A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0201906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.37;QD=13.0367;RBI=0.0202285;REFB=-0.00965565;REVB=-0.00123697;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895551;STB=0.552452;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0148623;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:7:11:17:15:7:11:17:15 chr9 15784631 . A G 414.48 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00898227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.436;QD=21.815;RBI=0.0101315;REFB=-0.013098;REVB=0.0046867;RO=34;SAF=17;SAR=24;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0024311;STB=0.506955;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00948281;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:24:17:14:20:24:17:14:21 chr9 15922137 . A G 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.305;QD=63.4761;RBI=0.0549167;REFB=0;REVB=0.0405253;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87409e-05;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr9 16215872 . G A 520.64 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=0.0529561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.978;QD=15.3129;RBI=0.0531356;REFB=-0.00790314;REVB=-0.00436427;RO=77;SAF=27;SAR=30;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141485;STB=0.569953;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0118648;OID=.;OPOS=16215872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:79:57:57:0.419118:30:27:26:51:30:27:28:51 chr9 16410956 . G C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0324547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.869;QD=16.417;RBI=0.0423502;REFB=0.000496635;REVB=0.0272072;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377879;STB=0.711106;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000128823;OID=.;OPOS=16410956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:1:15:8:6:1:15 chr9 16411463 . G T 313.1 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0268748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5766;QD=14.3955;RBI=0.0640755;REFB=-0.0016884;REVB=-0.0581671;RO=51;SAF=13;SAR=22;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444992;STB=0.520517;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00100615;OID=.;OPOS=16411463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:52:35:35:0.402299:22:13:21:30:22:13:21:31 chr9 16417431 . G A 2933.75 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.60992e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.984;QD=63.0913;RBI=0.000397241;REFB=0;REVB=-0.000394557;RO=0;SAF=80;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17152e-07;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:186:0:0:180:186:1:100:80:0:0:103:83:0:0 chr9 16418440 . TGGCCCCTCAA T 190.6 PASS AF=0.5;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00455552;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=10;MLLD=267.911;QD=14.1183;RBI=0.0300017;REFB=-0.0170634;REVB=-0.0296538;RO=23;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798965;STB=0.578887;STBP=0.241;TYPE=del;VARB=0.016277;OID=.;OPOS=16418441;OREF=GGCCCCTCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:26:57:27:54:27:18:9:14:13:99:23:17:9:13:10 chr9 16685539 . T C 455.01 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7482;QD=56.8757;RBI=0.036247;REFB=0;REVB=-0.0311262;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295608;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:18:12:0:0:18:14:0:0 chr9 17001122 . C A 2109.84 PASS AF=0.985507;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0173131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2285;QD=61.1547;RBI=0.0185523;REFB=0.0131931;REVB=-0.00666649;RO=2;SAF=71;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146214;STB=0.507575;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=1.89153e-05;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:138:2:2:135:136:0.985507:64:71:0:2:65:71:0:2 chr9 17001200 . C A 3666.01 PASS AF=0.983333;AO=235;DP=240;FAO=236;FDP=240;FR=.;FRO=4;FSAF=98;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0210062;FXX=0.00414921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.708;QD=61.1002;RBI=0.0244183;REFB=0.0453821;REVB=0.0124496;RO=4;SAF=98;SAR=137;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137087;STB=0.507142;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=7.98266e-05;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:240:240:4:4:235:236:0.983333:137:98:0:4:138:98:0:4 chr9 17001216 . A C 3682.55 PASS AF=1;AO=231;DP=235;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101684;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.127;QD=63.2198;RBI=0.0168728;REFB=0;REVB=0.0134646;RO=0;SAF=91;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44057e-05;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:233:0:0:231:233:1:140:91:0:0:140:93:0:0 chr9 17053994 . G A 912.83 PASS AF=0.686957;AO=78;DP=115;FAO=79;FDP=115;FR=.;FRO=36;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00908434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.629;QD=31.7507;RBI=0.0129926;REFB=-0.0028576;REVB=-0.00928884;RO=35;SAF=39;SAR=39;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740346;STB=0.532826;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00131264;OID=.;OPOS=17053994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:35:36:78:79:0.686957:39:39:13:22:40:39:14:22 chr9 17054142 . A G 783.38 PASS AF=0.543478;AO=73;DP=135;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.036084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2722;QD=22.7068;RBI=0.0453979;REFB=-0.0190225;REVB=-0.0275484;RO=61;SAF=25;SAR=48;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752117;STB=0.569873;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.015453;OID=.;OPOS=17054142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:61:63:73:75:0.543478:48:25:26:35:51:24:29:34 chr9 17135115 . C T 2071.9 PASS AF=0.581538;AO=189;DP=326;FAO=189;FDP=325;FR=.;FRO=136;FSAF=89;FSAR=100;FSRF=76;FSRR=60;FWDB=0.0660687;FXX=0.00914606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4409;QD=25.5003;RBI=0.0674782;REFB=0.00213964;REVB=-0.0137198;RO=135;SAF=89;SAR=100;SRF=74;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594608;STB=0.536756;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00136945;OID=.;OPOS=17135115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:325:135:136:189:189:0.581538:100:89:74:61:100:89:76:60 chr9 17273731 . A G 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.00240451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.515;QD=5.53998;RBI=0.00523865;REFB=0.0044104;REVB=-0.00465422;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139236;STB=0.509068;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.013002;OID=.;OPOS=17273731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:2:6:22:7:2:6:22:7 chr9 17273754 . A C 148.07 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00680321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.055;QD=9.40138;RBI=0.0197418;REFB=-0.00827836;REVB=0.0185325;RO=43;SAF=15;SAR=5;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222359;STB=0.632885;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0127813;OID=.;OPOS=17273754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:5:15:25:18:5:15:25:18 chr9 17342383 . C T 1533.88 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.685;QD=62.6072;RBI=0.0252905;REFB=0.00158516;REVB=-0.0158137;RO=1;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099842;STB=0.505262;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-3.27671e-05;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:47:50:0:1:47:50:0:1 chr9 17394536 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.865;QD=45.8066;RBI=0.0464229;REFB=0;REVB=0.0419937;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444922;OID=.;OPOS=17394536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr9 17394996 . T C 1861.97 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00301763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.199;QD=60.5518;RBI=0.0253352;REFB=-0.079788;REVB=0.0251549;RO=1;SAF=46;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102151;STB=0.505375;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00016243;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:76:46:1:0:76:46:1:0 chr9 17409366 . G A 1346.99 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0151865;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.048;QD=61.2269;RBI=0.0210316;REFB=-0.0299388;REVB=-0.0145499;RO=1;SAF=37;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126337;STB=0.506665;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00048982;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:88:1:1:87:87:0.988636:50:37:1:0:50:37:1:0 chr9 18504916 . T A 2238.89 PASS AF=1;AO=144;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128383;FXX=0.0324654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.657;QD=60.1045;RBI=0.0239738;REFB=0;REVB=0.0202466;RO=0;SAF=69;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05863e-05;OID=.;OPOS=18504916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:144:149:1:75:69:0:0:75:74:0:0 chr9 18651156 . C T 500.76 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.00808252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.003;QD=17.4177;RBI=0.010568;REFB=-0.0237142;REVB=0.0068085;RO=59;SAF=26;SAR=28;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151631;STB=0.590877;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0227026;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:59:61:54:54:0.469565:28:26:19:40:28:26:19:42 chr9 18651282 . A G 656.49 PASS AF=0.458904;AO=67;DP=146;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.0172178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.343;QD=17.9861;RBI=0.0175429;REFB=-0.00651597;REVB=0.00336164;RO=79;SAF=38;SAR=29;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169122;STB=0.593843;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00859675;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:79:79:67:67:0.458904:29:38:31:48:29:38:31:48 chr9 18776840 . A C 1970.84 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.566;QD=62.0736;RBI=0.0228151;REFB=0;REVB=0.0206204;RO=0;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04048e-05;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:125:127:1:61:64:0:0:61:66:0:0 chr9 18777368 . T C 702.06 PASS AF=0.373874;AO=80;DP=220;FAO=83;FDP=222;FR=.;FRO=139;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=84;FSRR=55;FWDB=0.0109991;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.971;QD=12.6498;RBI=0.0315135;REFB=-0.0223515;REVB=-0.0295317;RO=135;SAF=32;SAR=48;SRF=84;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243222;STB=0.605645;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0418104;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:222:135:139:80:83:0.373874:48:32:84:51:47:36:84:55 chr9 18887908 . G C 1165.94 PASS AF=0.569149;AO=107;DP=189;FAO=107;FDP=188;FR=.;FRO=81;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00353102;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8681;QD=24.8073;RBI=0.0317196;REFB=-0.0141022;REVB=-0.0315224;RO=81;SAF=49;SAR=58;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481196;STB=0.526164;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0084799;OID=.;OPOS=18887908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:81:81:107:107:0.569149:58:49:42:39:58:49:42:39 chr9 18950787 . G A 978.16 PASS AF=0.459821;AO=102;DP=223;FAO=103;FDP=224;FR=.;FRO=121;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=67;FSRR=54;FWDB=-0.0176986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1481;QD=17.4671;RBI=0.0200511;REFB=0.00557692;REVB=-0.00942372;RO=110;SAF=41;SAR=61;SRF=62;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152959;STB=0.579216;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00619198;OID=.;OPOS=18950787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:110:121:102:103:0.459821:61:41:62:48:61:42:67:54 chr9 18950895 . T C 862.44 PASS AF=0.441315;AO=94;DP=213;FAO=94;FDP=213;FR=.;FRO=119;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=35;FSRR=84;FWDB=0.0200738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.21;QD=16.1961;RBI=0.0202249;REFB=-0.0214947;REVB=0.00246746;RO=116;SAF=31;SAR=63;SRF=34;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420152;STB=0.522887;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0271742;OID=.;OPOS=18950895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:116:119:94:94:0.441315:63:31:34:82:63:31:35:84 chr9 19050133 . G A 122.07 PASS AF=0.164286;AO=23;DP=142;FAO=23;FDP=140;FR=.;FRO=117;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=59;FWDB=0.000589434;FXX=0.0209776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.808;QD=3.48786;RBI=0.00430478;REFB=-0.00114944;REVB=0.00426423;RO=110;SAF=12;SAR=11;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392707;STB=0.52172;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00516818;OID=.;OPOS=19050133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:110:117:23:23:0.164286:11:12:54:56:11:12:58:59 chr9 19332024 . C T 877.22 PASS AF=0.524096;AO=86;DP=150;FAO=87;FDP=166;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.051326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.585;QD=21.138;RBI=0.0525227;REFB=-0.0314703;REVB=0.0111479;RO=64;SAF=36;SAR=50;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353477;STB=0.538648;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0290464;OID=.;OPOS=19332024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:166:64:79:86:87:0.524096:50:36:24:40:51:36:39:40 chr9 19492973 . A G 1933.49 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669947;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.829;QD=61.8716;RBI=0.0201487;REFB=0;REVB=-0.0190023;RO=0;SAF=63;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389125;OID=.;OPOS=19492973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:61:63:0:0:61:64:0:0 chr9 19576949 . T G 2808.8 PASS AF=0.989011;AO=180;DP=185;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=109;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0195857;FXX=0.0215042;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.296;QD=61.7319;RBI=0.0386655;REFB=-0.0682933;REVB=0.033338;RO=2;SAF=109;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132194;STB=0.506944;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000120282;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:182:2:2:180:180:0.989011:71:109:0:2:71:109:0:2 chr9 19622268 . T C 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0014675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.827;QD=11.1266;RBI=0.0214482;REFB=-0.00930731;REVB=0.021398;RO=34;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232564;STB=0.639167;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00927688;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:13:4:14:20:13:4:14:20 chr9 20354796 . A G 539.26 PASS AF=0.396226;AO=62;DP=158;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.010883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.739;QD=13.5662;RBI=0.0165049;REFB=-0.0138777;REVB=-0.0124086;RO=95;SAF=30;SAR=32;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335933;STB=0.517132;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0203087;OID=.;OPOS=20354796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:95:96:62:63:0.396226:32:30:43:52:33:30:43:53 chr9 20418323 . T C 250.82 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00452696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.77;QD=12.2349;RBI=0.0133151;REFB=-0.00938049;REVB=-0.0125219;RO=52;SAF=13;SAR=17;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949104;STB=0.554613;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0156405;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:17:13:27:25:17:13:27:25 chr9 20866974 . C G 2257.64 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0145104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4174;QD=62.7121;RBI=0.0186767;REFB=-0.0662746;REVB=-0.0117587;RO=1;SAF=76;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715026;STB=0.503703;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000357147;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:144:1:1:142:143:0.993056:66:76:0:1:67:76:0:1 chr9 20953049 . A G 474.47 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0414265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.982;QD=21.5668;RBI=0.0414268;REFB=-0.0168241;REVB=0.000156727;RO=42;SAF=23;SAR=23;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103005;STB=0.556794;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00994859;OID=.;OPOS=20953049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:23:23:26:16:23:23:26:16 chr9 20988426 . A G 1549.26 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.714;QD=63.8871;RBI=0.010706;REFB=0;REVB=-0.00820908;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52854e-07;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:57:39:0:0:58:39:0:0 chr9 21029330 . T C 281.63 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=0.0166278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.254;QD=17.0683;RBI=0.0281781;REFB=-0.0171164;REVB=0.0227491;RO=35;SAF=13;SAR=18;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254748;STB=0.641053;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0116787;OID=.;OPOS=21029330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:18:13:6:29:18:13:6:29 chr9 21077716 . G A 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0141246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.268;QD=5.6001;RBI=0.0149951;REFB=-0.00239335;REVB=-0.00503463;RO=42;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142759;STB=0.591673;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0127924;OID=.;OPOS=21077716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:6:5:24:18:6:5:24:18 chr9 21187121 . T A 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0109459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.181;QD=10.4741;RBI=0.0248853;REFB=-0.0175176;REVB=0.0223488;RO=37;SAF=8;SAR=11;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338623;STB=0.696016;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0335687;OID=.;OPOS=21187121;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:11:8:27:10:11:8:27:10 chr9 21187311 . C T 583.45 PASS AF=0.427586;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0118727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.426;QD=16.0951;RBI=0.0267959;REFB=-0.0208941;REVB=-0.0240221;RO=83;SAF=28;SAR=34;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188153;STB=0.51053;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0293835;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:83:62:62:0.427586:34:28:39:44:34:28:39:44 chr9 21206763 . G T 164.39 PASS AF=0.230088;AO=26;DP=112;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.00843339;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8684;QD=5.81922;RBI=0.0307305;REFB=-0.00573214;REVB=-0.0295506;RO=86;SAF=11;SAR=15;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239526;STB=0.519735;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0335921;OID=.;OPOS=21206763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:86:87:26:26:0.230088:15:11:38:48:15:11:39:48 chr9 21207000 . C G 129.31 PASS AF=0.2;AO=22;DP=110;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.00428052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.206;QD=4.7021;RBI=0.0177588;REFB=-0.00412944;REVB=-0.0172352;RO=87;SAF=10;SAR=12;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792445;STB=0.554406;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0187295;OID=.;OPOS=21207000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:87:88:22:22:0.2:12:10:45:42:12:10:46:42 chr9 21207005 . C G 118.55 PASS AF=0.1875;AO=21;DP=112;FAO=21;FDP=112;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.024825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.169;QD=4.23395;RBI=0.030995;REFB=-0.00850943;REVB=-0.0185582;RO=90;SAF=9;SAR=12;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104759;STB=0.571361;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0449779;OID=.;OPOS=21207005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:90:91:21:21:0.1875:12:9:46:44:12:9:47:44 chr9 21207031 . T C 76.04 PASS AF=0.129771;AO=17;DP=131;FAO=17;FDP=131;FR=.;FRO=114;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.0330564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.683;QD=2.32185;RBI=0.0384955;REFB=-0.000786438;REVB=-0.0197276;RO=113;SAF=7;SAR=10;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126453;STB=0.584433;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00317931;OID=.;OPOS=21207031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:131:131:113:114:17:17:0.129771:10:7:58:55:10:7:58:56 chr9 21207037 . A T 101.95 PASS AF=0.149254;AO=20;DP=134;FAO=20;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=113;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=-0.012887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.019;QD=3.04339;RBI=0.0760965;REFB=-0.0114397;REVB=-0.0749974;RO=94;SAF=8;SAR=12;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244587;STB=0.596289;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.065385;OID=.;OPOS=21207037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:94:113:20:20:0.149254:12:8:56:38:12:8:58:55 chr9 21227622 . A C 33.18 PASS AF=0.0849057;AO=8;DP=109;FAO=9;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.0226807;FXX=0.045041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4866;QD=1.25211;RBI=0.0233624;REFB=-0.00760518;REVB=0.00560238;RO=66;SAF=6;SAR=2;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116018;STB=0.720301;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0808833;OID=.;OPOS=21227622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:109:106:66:97:8:9:0.0849057:2:6:44:22:2:7:54:43 chr9 21227651 . A G 34.35 PASS AF=0.0833333;AO=10;DP=122;FAO=10;FDP=120;FR=.;FRO=110;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=0.00429676;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.765;QD=1.145;RBI=0.00895652;REFB=-0.00193646;REVB=-0.00785857;RO=111;SAF=4;SAR=6;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577557;STB=0.534178;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0291203;OID=.;OPOS=21227651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:122:120:111:110:10:10:0.0833333:6:4:50:61:6:4:48:62 chr9 21227942 . G T 380.32 PASS AF=0.328671;AO=47;DP=143;FAO=47;FDP=143;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.0166743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4594;QD=10.6384;RBI=0.0206126;REFB=-0.0033154;REVB=-0.0121181;RO=95;SAF=21;SAR=26;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435853;STB=0.52186;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00634934;OID=.;OPOS=21227942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:95:96:47:47:0.328671:26:21:46:49:26:21:46:50 chr9 21228040 . C G 289.47 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0218579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.307;QD=13.9505;RBI=0.0225501;REFB=-0.0207573;REVB=-0.00554432;RO=50;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155451;STB=0.508844;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0248381;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:15:18:28:22:15:18:28:22 chr9 21228182 . GC TG 585.51 PASS AF=0.379167;AO=85;DP=237;FAO=91;FDP=240;FR=.;FRO=149;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=60;FSRR=89;FWDB=-0.0105661;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.734;QD=9.75844;RBI=0.0186032;REFB=-0.0230347;REVB=0.0153113;RO=147;SAF=42;SAR=43;SRF=59;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104027;STB=0.557072;STBP=0.157;TYPE=mnp;VARB=0.0484972;OID=.;OPOS=21228182;OREF=GC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:240:147:149:85:91:0.379167:43:42:59:88:46:45:60:89 chr9 21304803 . G A 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00605509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.889;QD=22.0563;RBI=0.00605975;REFB=-0.0219168;REVB=0.000237618;RO=38;SAF=15;SAR=29;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205983;STB=0.613791;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0180847;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:29:15:22:16:29:15:22:16 chr9 21350620 . G A 230.4 PASS AF=0.293578;AO=32;DP=109;FAO=32;FDP=109;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.0087007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.717;QD=8.45503;RBI=0.0127281;REFB=-9.37767e-05;REVB=-0.00928996;RO=77;SAF=13;SAR=19;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115475;STB=0.506813;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.000191187;OID=.;OPOS=21350620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:77:77:32:32:0.293578:19:13:32:45:19:13:32:45 chr9 21482089 . G A 384.81 PASS AF=0.550725;AO=31;DP=68;FAO=38;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0131678;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.744;QD=22.3079;RBI=0.0133125;REFB=0.000568362;REVB=0.00195804;RO=20;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829417;STB=0.571828;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-1.8792e-05;OID=.;OPOS=21482089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:20:31:31:38:0.550725:12:19:10:10:16:22:13:18 chr9 21699406 . G A 498.21 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=-0.0188718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2169;QD=16.7465;RBI=0.0556436;REFB=-0.00496623;REVB=0.0523456;RO=65;SAF=16;SAR=38;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132956;STB=0.507416;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00510828;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:65:65:54:54:0.453782:38:16:20:45:38:16:20:45 chr9 21699444 . C T 716.06 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=149;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=25;FSRR=52;FWDB=0.00627535;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0371;QD=19.3529;RBI=0.0233177;REFB=0.0101803;REVB=-0.0224574;RO=73;SAF=25;SAR=46;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974552;STB=0.515785;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0111004;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:73:77:71:71:0.47973:46:25:25:48:46:25:25:52 chr9 21968159 . G A 592.62 PASS AF=0.65;AO=51;DP=80;FAO=52;FDP=80;FR=.;FRO=28;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=2;FWDB=0.0149195;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7415;QD=29.6309;RBI=0.0349821;REFB=0.0058143;REVB=0.031641;RO=28;SAF=39;SAR=12;SRF=26;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163941;STB=0.585769;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00451325;OID=.;OPOS=21968159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:28:28:51:52:0.65:12:39:26:2:12:40:26:2 chr9 21968199 . C G 2300.81 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0648705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8332;QD=59.3759;RBI=0.0710078;REFB=-0.0623751;REVB=-0.0288778;RO=1;SAF=72;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656124;STB=0.503401;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00215409;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:155:155:1:1:153:154:0.993548:81:72:1:0:81:73:1:0 chr9 21968712 . C A 511.05 PASS AF=0.424242;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=26;FWDB=0.0165635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.382;QD=15.4862;RBI=0.0175518;REFB=0.00679036;REVB=-0.00580665;RO=76;SAF=28;SAR=28;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162675;STB=0.590878;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0100957;OID=.;OPOS=21968712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:76:76:56:56:0.424242:28:28:50:26:28:28:50:26 chr9 21971225 . A G 843.45 PASS AF=0.505952;AO=85;DP=166;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.00802525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.282;QD=20.0822;RBI=0.0309078;REFB=-0.0273991;REVB=-0.0298478;RO=74;SAF=42;SAR=43;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279794;STB=0.51183;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0224853;OID=.;OPOS=21971225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:74:83:85:85:0.505952:43:42:39:35:43:42:43:40 chr9 22029445 . G A 462.17 PASS AF=0.480392;AO=48;DP=101;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00568208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.463;QD=18.1244;RBI=0.0601134;REFB=-0.00703895;REVB=-0.0598443;RO=52;SAF=18;SAR=30;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12037;STB=0.564621;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00835781;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:52:53:48:49:0.480392:30:18:26:26:30:19:27:26 chr9 24545513 . G A 2273.29 PASS AF=0.993377;AO=148;DP=149;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0118719;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.524;QD=60.2196;RBI=0.032349;REFB=-0.0989214;REVB=0.0300918;RO=1;SAF=80;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590842;STB=0.50303;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-8.08931e-05;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:151:1:1:148:150:0.993377:68:80:1:0:68:82:1:0 chr9 24905556 . A G 1989.69 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.635;QD=62.1778;RBI=0.00704766;REFB=0;REVB=0.00162667;RO=0;SAF=52;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72361e-06;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:76:52:0:0:76:52:0:0 chr9 24905678 . C A 883.15 PASS AF=0.75;AO=69;DP=93;FAO=69;FDP=92;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.017547;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.536;QD=38.3976;RBI=0.0237471;REFB=-0.00587912;REVB=-0.0160008;RO=24;SAF=26;SAR=43;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412657;STB=0.515308;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00186119;OID=.;OPOS=24905678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:24:23:69:69:0.75:43:26:11:13:43:26:10:13 chr9 25677698 . A C 607.12 PASS AF=0.427673;AO=67;DP=158;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=-0.040572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.369;QD=15.2734;RBI=0.0467313;REFB=-0.0328012;REVB=-0.0231889;RO=82;SAF=47;SAR=20;SRF=55;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356738;STB=0.559304;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0472447;OID=.;OPOS=25677698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:82:91:67:68:0.427673:20:47:55:27:20:48:56:35 chr9 25677933 . T C 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0322882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.618;QD=12.3388;RBI=0.0323881;REFB=-0.0119194;REVB=0.0025424;RO=39;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131113;STB=0.575534;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0173005;OID=.;OPOS=25677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:14:10:21:18:14:10:21:18 chr9 25677953 . T C 677.7 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.423;QD=61.6089;RBI=0.048604;REFB=0;REVB=0.0201923;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8937e-05;OID=.;OPOS=25677953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr9 25678640 . T A 2732.26 PASS AF=1;AO=172;DP=179;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853574;FXX=0.0384594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.652;QD=62.4518;RBI=0.0854386;REFB=0;REVB=0.00372405;RO=0;SAF=79;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79665e-05;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:175:0:0:172:175:1:93:79:0:0:93:82:0:0 chr9 26116150 . G T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.675;QD=59.0178;RBI=0.0366342;REFB=0;REVB=0.0239329;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65866e-05;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr9 26892654 . G A 1030.63 PASS AF=0.592593;AO=95;DP=161;FAO=96;FDP=162;FR=.;FRO=66;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00962538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.042;QD=25.4475;RBI=0.0746295;REFB=-0.00457733;REVB=0.0740062;RO=66;SAF=53;SAR=42;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325771;STB=0.51516;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00311085;OID=.;OPOS=26892654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:66:66:95:96:0.592593:42:53:34:32:43:53:34:32 chr9 26895808 . A G 1533.32 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102638;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.598;QD=63.8884;RBI=0.0427568;REFB=0;REVB=-0.0415066;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.48348e-05;OID=.;OPOS=26895808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:56:40:0:0:56:40:0:0 chr9 26895825 . G C 251.48 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0257209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.324;QD=10.2643;RBI=0.0269082;REFB=0.00462048;REVB=0.00790492;RO=66;SAF=11;SAR=20;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121203;STB=0.576872;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00941181;OID=.;OPOS=26895825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:67:31:31:0.316327:20:11:30:36:20:11:31:36 chr9 26978170 . A G 996.06 PASS AF=0.477273;AO=91;DP=207;FAO=105;FDP=220;FR=.;FRO=115;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=63;FWDB=0.0113199;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.964;QD=18.1102;RBI=0.0134773;REFB=-0.0176039;REVB=0.00731415;RO=109;SAF=46;SAR=45;SRF=50;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459706;STB=0.507616;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0189903;OID=.;OPOS=26978170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:220:109:115:91:105:0.477273:45:46:50:59:56:49:52:63 chr9 26978259 . A G 885.11 PASS AF=0.494444;AO=89;DP=180;FAO=89;FDP=180;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=59;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.00854024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.715;QD=19.6692;RBI=0.0085962;REFB=-0.020119;REVB=0.000979272;RO=91;SAF=30;SAR=59;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801613;STB=0.544211;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0213016;OID=.;OPOS=26978259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:91:91:89:89:0.494444:59:30:38:53:59:30:38:53 chr9 27062721 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0116265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.751;QD=15.6261;RBI=0.0155249;REFB=0.000170562;REVB=-0.0102882;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156226;STB=0.590068;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000272363;OID=.;OPOS=27062721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:14:13:12:7:14:13 chr9 27183463 . A C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.238;QD=64.153;RBI=0.011613;REFB=0;REVB=0.0111405;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96901e-05;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr9 27328886 . C A 3279.91 PASS AF=1;AO=171;DP=204;FAO=213;FDP=213;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=99;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316831;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.107;QD=61.5946;RBI=0.0357897;REFB=0;REVB=0.0166458;RO=0;SAF=67;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191625;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:204:213:0:0:171:213:1:104:67:0:0:114:99:0:0 chr9 27328964 . C T 1152.07 PASS AF=0.421053;AO=128;DP=305;FAO=128;FDP=304;FR=.;FRO=176;FSAF=43;FSAR=85;FSRF=74;FSRR=102;FWDB=-0.0302181;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.689;QD=15.1589;RBI=0.0304404;REFB=-0.00150195;REVB=-0.00367253;RO=176;SAF=43;SAR=85;SRF=74;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947582;STB=0.552922;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00169811;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:304:176:176:128:128:0.421053:85:43:74:102:85:43:74:102 chr9 27524731 . A G 1211.51 PASS AF=0.943182;AO=82;DP=88;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0323398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8069;QD=55.0688;RBI=0.076493;REFB=-0.149953;REVB=0.0693204;RO=1;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885259;STB=0.522119;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00737911;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:88:88:1:5:82:83:0.943182:53:29:0:1:54:29:0:5 chr9 32069857 . T G 738.86 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8378;QD=56.8357;RBI=0.0776452;REFB=0;REVB=-0.0249842;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580655;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:27:25:0:0 chr9 32425910 . A G 4004.3 PASS AF=1;AO=258;DP=260;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199241;FXX=0.00769201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.031;QD=62.0821;RBI=0.009127;REFB=-0.171793;REVB=0.00890687;RO=1;SAF=123;SAR=135;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84109e-06;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:260:258:1:0:258:258:1:135:123:0:1:135:123:0:0 chr9 32436014 . A G 411.1 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.00841542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.404;QD=14.8146;RBI=0.0267518;REFB=-0.0165485;REVB=-0.0253937;RO=62;SAF=31;SAR=16;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161568;STB=0.512066;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0240816;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:64:47:47:0.423423:16:31:40:22:16:31:41:23 chr9 32450187 . T C 268.58 PASS AF=0.367816;AO=31;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0260381;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.123;QD=12.3486;RBI=0.0268567;REFB=-0.00568616;REVB=0.0065803;RO=54;SAF=18;SAR=13;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110054;STB=0.545426;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00985292;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:55:31:32:0.367816:13:18:26:28:14:18:27:28 chr9 32459450 . T G 344.16 PASS AF=0.318841;AO=43;DP=139;FAO=44;FDP=138;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0163491;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.746;QD=9.97555;RBI=0.0303977;REFB=-0.00498301;REVB=0.0256267;RO=94;SAF=18;SAR=25;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109097;STB=0.569689;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00988312;OID=.;OPOS=32459450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:94:94:43:44:0.318841:25:18:48:46:26:18:48:46 chr9 32485280 . A G 159.61 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0016705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.371;QD=17.7342;RBI=0.00895781;REFB=-0.0112138;REVB=-0.00880067;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08752;STB=0.56693;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0215859;OID=.;OPOS=32485280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:11:6:8:10:11:6:9:10 chr9 32487521 . T C 908.74 PASS AF=0.428571;AO=96;DP=228;FAO=99;FDP=231;FR=.;FRO=132;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=66;FSRR=66;FWDB=0.0193722;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.516;QD=15.7358;RBI=0.0225697;REFB=-0.0127266;REVB=0.0115804;RO=132;SAF=43;SAR=53;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542475;STB=0.53779;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.014766;OID=.;OPOS=32487521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:231:132:132:96:99:0.428571:53:43:66:66:56:43:66:66 chr9 32498291 . A G 1096.38 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.273;QD=59.2636;RBI=0.0409927;REFB=0;REVB=0.0388149;RO=1;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165774;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017267;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:74:1:0:67:74:1:28:39:0:1:35:39:0:0 chr9 32526146 . G A 581.08 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0148875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.696;QD=22.7876;RBI=0.0383548;REFB=-0.0166467;REVB=0.0353476;RO=45;SAF=24;SAR=33;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374158;STB=0.520498;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0138673;OID=.;OPOS=32526146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:45:57:57:0.558824:33:24:21:24:33:24:21:24 chr9 32568024 . A G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00784212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.059;QD=14.6975;RBI=0.0102793;REFB=0.00841423;REVB=-0.00664567;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113489;STB=0.564911;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0107497;OID=.;OPOS=32568024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:19:11:10:11:19:11 chr9 32568168 . A T 272.53 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0171667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.447;QD=12.5303;RBI=0.0182259;REFB=-0.00101117;REVB=-0.00612292;RO=55;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280614;STB=0.516095;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00179062;OID=.;OPOS=32568168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:19:13:21:34:19:13:21:34 chr9 32630472 . T C 1371.73 PASS AF=0.531835;AO=122;DP=263;FAO=142;FDP=267;FR=.;FRO=125;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=71;FSRR=54;FWDB=-0.00493003;FXX=0.0219772;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.337;QD=20.5502;RBI=0.014772;REFB=-0.0188485;REVB=-0.013925;RO=97;SAF=61;SAR=61;SRF=59;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088175;STB=0.528563;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0204198;OID=.;OPOS=32630472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:267:97:125:122:142:0.531835:61:61:59:38:70:72:71:54 chr9 32631369 . C T 2706.19 PASS AF=0.60396;AO=244;DP=404;FAO=244;FDP=404;FR=.;FRO=160;FSAF=91;FSAR=153;FSRF=79;FSRR=81;FWDB=0.023441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.723;QD=26.794;RBI=0.0264282;REFB=0.0116912;REVB=-0.0122052;RO=160;SAF=91;SAR=153;SRF=79;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923215;STB=0.549844;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00594277;OID=.;OPOS=32631369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:404:160:160:244:244:0.60396:153:91:79:81:153:91:79:81 chr9 32784838 . T C 369.58 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0270863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.253;QD=22.3989;RBI=0.0369924;REFB=0.00371138;REVB=0.0251946;RO=29;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00897864;STB=0.504948;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0026035;OID=.;OPOS=32784838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:20:17:13:16:20:17:13:16 chr9 32785399 . C T 1067.25 PASS AF=0.5;AO=108;DP=216;FAO=108;FDP=216;FR=.;FRO=108;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=44;FSRR=64;FWDB=-0.00889102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.702;QD=19.764;RBI=0.0547957;REFB=-0.0242277;REVB=-0.0540696;RO=107;SAF=47;SAR=61;SRF=44;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221762;STB=0.514176;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.01887;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:107:108:108:108:0.5:61:47:44:63:61:47:44:64 chr9 32785888 . G C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0300304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=342.271;QD=16.884;RBI=0.0310267;REFB=0.00236935;REVB=0.00779927;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202191;STB=0.511612;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00255691;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:6:11:10:5:6:11 chr9 32786553 . T C 271.66 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0167897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.098;QD=20.8972;RBI=0.0280489;REFB=-0.0137039;REVB=-0.0224687;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910099;STB=0.550668;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0119799;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:11:17:12:12:11:17:12:12 chr9 32786586 . G T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0192457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.112;QD=20.2683;RBI=0.019729;REFB=-0.0249585;REVB=0.00434026;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638654;STB=0.523787;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0156746;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:21:21:21:0.5:10:11:9:11:10:11:10:11 chr9 32786653 . G T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.0201693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.426;QD=17.801;RBI=0.020857;REFB=0.00158247;REVB=0.00531166;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379232;STB=0.71036;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00203177;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:2:22:11:9:2:22 chr9 32820257 . C T 1464.22 PASS AF=0.99;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00331626;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.949;QD=58.5688;RBI=0.0197695;REFB=-0.0874054;REVB=0.0194894;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-8.32913e-06;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:100:0:1:99:99:0.99:43:56:0:0:43:56:0:1 chr9 33026572 . T C 211.8 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=-0.00302109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6421;QD=10.0856;RBI=0.0195959;REFB=0.00705762;REVB=-0.0193617;RO=55;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562175;STB=0.527253;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0149445;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:55:57:27:27:0.321429:18:9:16:39:18:9:17:40 chr9 33062128 . G A 263.68 PASS AF=0.356322;AO=32;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.126523;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.075;QD=12.123;RBI=0.126727;REFB=-0.0144251;REVB=0.00717674;RO=54;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583605;STB=0.56202;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0249553;OID=.;OPOS=33062128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:56:32:31:0.356322:20:12:23:31:20:11:25:31 chr9 33111348 . A G 95.79 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.016429;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.912;QD=5.80569;RBI=0.0178129;REFB=0.00303518;REVB=0.00688369;RO=49;SAF=3;SAR=12;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300938;STB=0.681213;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0183508;OID=.;OPOS=33111348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:67:66:49:51:15:15:0.227273:12:3:20:29:12:3:20:31 chr9 33111561 . GA G 69.48 PASS AF=0.314286;AO=23;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0817594;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.9953;QD=3.9702;RBI=0.189544;REFB=-0.0342878;REVB=0.171004;RO=41;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0.330986;SSSB=-0.0504425;STB=0.526292;STBP=0.786;TYPE=del;VARB=0.0662757;OID=.;OPOS=33111562;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:23:70:22:70:48:12:10:28:20:69:41:13:10:25:16 chr9 33112623 . A C 103.06 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=0.00635281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.734;QD=9.58683;RBI=0.0570067;REFB=-0.00561885;REVB=0.0566517;RO=30;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135239;STB=0.580044;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00892068;OID=.;OPOS=33112623;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:11:2:3:27:11:2:3:27 chr9 33240225 . G A 1485.46 PASS AF=0.64532;AO=131;DP=207;FAO=131;FDP=203;FR=.;FRO=72;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0207057;FXX=0.0193227;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.073;QD=29.2701;RBI=0.0213002;REFB=-0.0251272;REVB=0.00499717;RO=71;SAF=67;SAR=64;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00632413;STB=0.500865;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0113798;OID=.;OPOS=33240225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:203:71:72:131:131:0.64532:64:67:37:34:64:67:37:35 chr9 33264540 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.085;QD=45.8068;RBI=0.0288516;REFB=0;REVB=-0.000963863;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000480081;OID=.;OPOS=33264540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr9 33352826 . C CAAA 224.58 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0198981;FXX=0.0632831;HRUN=0;LEN=3;MLLD=190.763;QD=12.1392;RBI=0.0242485;REFB=0.0051633;REVB=-0.0138584;RO=49;SAF=10;SAR=17;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113899;STB=0.577696;STBP=0.311;TYPE=ins;VARB=-0.00889948;OID=.;OPOS=33352827;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.364865:27:78:27:74:47:10:17:23:24:99:49:10:17:23:26 chr9 33385282 . C T 85.78 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0290391;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.692;QD=11.8314;RBI=0.0304597;REFB=-0.0280994;REVB=0.00919367;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298559;STB=0.702709;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.037137;OID=.;OPOS=33385282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:9:2:7:10:9:2:8:10 chr9 33387004 . T C 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=7.91903e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.154;QD=2.64366;RBI=0.0332781;REFB=-0.00188062;REVB=-0.033278;RO=40;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170106;STB=0.657007;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00991423;OID=.;OPOS=33387004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:40:43:6:6:0.122449:2:4:21:19:2:4:21:22 chr9 33387073 . G A 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0413322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.284;QD=3.4484;RBI=0.0413882;REFB=-0.000791575;REVB=-0.00215255;RO=46;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202786;STB=0.641851;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00342957;OID=.;OPOS=33387073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:5:3:25:21:5:3:25:21 chr9 33395196 . A G 1086.75 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00480288;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.45;QD=58.7432;RBI=0.00528095;REFB=-0.00590725;REVB=-0.00219563;RO=1;SAF=38;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122856;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-6.43986e-05;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:35:38:1:0:35:38:1:0 chr9 33442952 . G A 1505.33 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7149;QD=58.4594;RBI=0.0204602;REFB=-0.0515821;REVB=-0.0101489;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190423;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:102:103:0:0:102:103:1:57:45:0:0:58:45:0:0 chr9 33447424 . C G 4524.67 PASS AF=0.519048;AO=435;DP=841;FAO=436;FDP=840;FR=.;FRO=404;FSAF=188;FSAR=248;FSRF=174;FSRR=230;FWDB=0.01332;FXX=0.00118905;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.487;QD=21.546;RBI=0.0203509;REFB=-0.021275;REVB=0.0153863;RO=397;SAF=187;SAR=248;SRF=172;SRR=225;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00300636;STB=0.500245;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0189477;OID=.;OPOS=33447424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:841:840:397:404:435:436:0.519048:248:187:172:225:248:188:174:230 chr9 33461567 . A G 43.4 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0218584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.677;QD=5.78638;RBI=0.0369438;REFB=-0.00843785;REVB=0.0297835;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409201;STB=0.775565;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.061847;OID=.;OPOS=33461567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:6:1:10:13:6:1:10:13 chr9 33461574 . C T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00581089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.914;QD=5.78796;RBI=0.0265221;REFB=0.00128209;REVB=-0.0258777;RO=21;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443974;STB=0.775565;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00416379;OID=.;OPOS=33461574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:21:23:7:7:0.233333:6:1:10:11:6:1:10:13 chr9 33466219 . A C 290.94 PASS AF=0.345794;AO=37;DP=107;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.0343927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.539;QD=10.8764;RBI=0.0381345;REFB=-0.00931355;REVB=-0.0164736;RO=70;SAF=21;SAR=16;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545294;STB=0.531379;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0159927;OID=.;OPOS=33466219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:70:70:37:37:0.345794:16:21:43:27:16:21:43:27 chr9 33524684 . G A 2084.79 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.673;QD=62.2325;RBI=0.0365701;REFB=0;REVB=0.0163274;RO=0;SAF=34;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78072e-05;OID=.;OPOS=33524684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:134:0:0:125:134:1:91:34:0:0:95:39:0:0 chr9 33541216 . G C 33.4 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=-0.0199401;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.789;QD=3.03593;RBI=0.0199981;REFB=0.000486144;REVB=0.00152193;RO=38;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549736;STB=0.856378;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.033293;OID=.;OPOS=33541216;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:44:44:38:38:6:6:0.136364:2:4:7:31:2:4:7:31 chr9 33566234 . C T 134.8 PASS AF=0.326531;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00462855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.188;QD=11.004;RBI=0.0149216;REFB=-0.0107805;REVB=0.0141856;RO=33;SAF=3;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475907;STB=0.792724;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0325323;OID=.;OPOS=33566234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:15:16:0.326531:12:3:20:13:13:3:20:13 chr9 33568789 . T G 357.96 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0283098;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6583;QD=12.6711;RBI=0.0283102;REFB=-0.0138783;REVB=-0.000152682;RO=67;SAF=21;SAR=22;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08448;STB=0.560137;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0185058;OID=.;OPOS=33568789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:67:70:43:43:0.380531:22:21:38:29:22:21:41:29 chr9 33572347 . T C 271.04 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0128699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8368;QD=13.7237;RBI=0.0129384;REFB=0.000850672;REVB=-0.00132915;RO=45;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140981;STB=0.518383;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.000866776;OID=.;OPOS=33572347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:45:47:31:32:0.405063:19:12:18:27:20:12:19:28 chr9 33618358 . A G 979.79 PASS AF=0.422481;AO=109;DP=258;FAO=109;FDP=258;FR=.;FRO=149;FSAF=33;FSAR=76;FSRF=48;FSRR=101;FWDB=0.0108752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.026;QD=15.1905;RBI=0.0136112;REFB=0.00129515;REVB=-0.00818496;RO=149;SAF=33;SAR=76;SRF=48;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235223;STB=0.513126;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00183032;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:149:149:109:109:0.422481:76:33:48:101:76:33:48:101 chr9 33618460 . A T 296.73 PASS AF=0.314516;AO=39;DP=125;FAO=39;FDP=124;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=-0.00403251;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.956;QD=9.57195;RBI=0.0050179;REFB=-0.00831166;REVB=-0.00298633;RO=85;SAF=10;SAR=29;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136194;STB=0.579957;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0173819;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:85:85:39:39:0.314516:29:10:30:55:29:10:30:55 chr9 33618497 . G A 182.54 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=93;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.0203891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.499;QD=7.85097;RBI=0.030396;REFB=-0.00948263;REVB=-0.0225433;RO=68;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935657;STB=0.505614;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0181553;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:68:68:25:25:0.268817:16:9:24:44:16:9:24:44 chr9 33625082 . G C 1752.41 PASS AF=0.588235;AO=160;DP=272;FAO=160;FDP=272;FR=.;FRO=112;FSAF=75;FSAR=85;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.0352007;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.324;QD=25.7708;RBI=0.0352215;REFB=-0.00864621;REVB=-0.0012111;RO=109;SAF=75;SAR=85;SRF=49;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014465;STB=0.505539;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00464925;OID=.;OPOS=33625082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:109:112:160:160:0.588235:85:75:49:60:85:75:51:61 chr9 33625185 . C T 692.57 PASS AF=0.422222;AO=74;DP=181;FAO=76;FDP=180;FR=.;FRO=104;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=0.00302068;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.749;QD=15.3904;RBI=0.00414564;REFB=-0.00531527;REVB=0.00283933;RO=106;SAF=36;SAR=38;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453624;STB=0.533325;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00699486;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:106:104:74:76:0.422222:38:36:47:59:38:38:46:58 chr9 33638046 . G C 705.17 PASS AF=0.552846;AO=68;DP=123;FAO=68;FDP=123;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0434082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.547;QD=22.9324;RBI=0.0776776;REFB=-0.0182302;REVB=0.0644168;RO=53;SAF=35;SAR=33;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495691;STB=0.534979;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0151004;OID=.;OPOS=33638046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:53:55:68:68:0.552846:33:35:24:29:33:35:24:31 chr9 33794797 . TGA T 167.74 PASS AF=0.225;AO=26;DP=121;FAO=27;FDP=120;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.0264133;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.002;QD=5.59136;RBI=0.0395829;REFB=-0.0284116;REVB=-0.0294812;RO=88;SAF=14;SAR=12;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133253;STB=0.59626;STBP=0.274;TYPE=del;VARB=0.0623557;OID=.;OPOS=33794798;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225:26:121:27:120:93:15:12:40:53:99:88:14:12:38:50 chr9 33794809 . G A 164.44 PASS AF=0.214286;AO=27;DP=126;FAO=27;FDP=126;FR=.;FRO=99;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.0708474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8626;QD=5.22037;RBI=0.0711738;REFB=0.0249612;REVB=0.00680923;RO=99;SAF=15;SAR=12;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16499;STB=0.60202;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.0359537;OID=.;OPOS=33794809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:99:99:27:27:0.214286:12:15:42:57:12:15:42:57 chr9 33794812 . G T 161.25 PASS AF=0.204545;AO=27;DP=131;FAO=27;FDP=132;FR=.;FRO=105;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.0236321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.575;QD=4.88632;RBI=0.0239282;REFB=0.00102205;REVB=-0.00375245;RO=103;SAF=15;SAR=12;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161806;STB=0.592587;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00420857;OID=.;OPOS=33794812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:103:105:27:27:0.204545:12:15:44:59:12:15:46:59 chr9 33796690 . TGAG T 456.23 PASS AF=0.261719;AO=65;DP=261;FAO=67;FDP=256;FR=.;FRO=189;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=101;FSRR=88;FWDB=-0.0101755;FXX=0.0303019;HRUN=1;LEN=3;MLLD=280.379;QD=7.1286;RBI=0.0189533;REFB=-0.00606399;REVB=-0.0159902;RO=178;SAF=45;SAR=20;SRF=98;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187288;STB=0.606436;STBP=0.051;TYPE=del;VARB=0.0152455;OID=.;OPOS=33796691;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261719:65:261:67:256:189:45:22:101:88:99:178:45:20:98:80 chr9 33796777 . A G 104.14 PASS AF=0.103448;AO=30;DP=290;FAO=30;FDP=290;FR=.;FRO=260;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=138;FSRR=122;FWDB=-0.0434571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.601;QD=1.43643;RBI=0.0553437;REFB=7.66387e-05;REVB=-0.0342696;RO=260;SAF=17;SAR=13;SRF=138;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442282;STB=0.532461;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00232676;OID=.;OPOS=33796777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:260:260:30:30:0.103448:13:17:138:122:13:17:138:122 chr9 33796785 . C G 116.04 PASS AF=0.114391;AO=29;DP=271;FAO=31;FDP=271;FR=.;FRO=240;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=128;FSRR=112;FWDB=0.0290767;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.701;QD=1.71269;RBI=0.0335067;REFB=-0.00250531;REVB=0.0166506;RO=241;SAF=17;SAR=12;SRF=129;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633914;STB=0.513414;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0183155;OID=.;OPOS=33796785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:241:240:29:31:0.114391:12:17:129:112:14:17:128:112 chr9 33796799 . A T 167.78 PASS AF=0.154867;AO=34;DP=225;FAO=35;FDP=226;FR=.;FRO=191;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=103;FSRR=88;FWDB=0.0153068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.295;QD=2.9696;RBI=0.0248566;REFB=-0.00205477;REVB=0.0195844;RO=190;SAF=18;SAR=16;SRF=103;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163534;STB=0.503053;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0122169;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:190:191:34:35:0.154867:16:18:103:87:16:19:103:88 chr9 33797861 . A G 69.93 PASS AF=0.109091;AO=18;DP=163;FAO=18;FDP=165;FR=.;FRO=147;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=75;FWDB=0.00782196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.402;QD=1.69523;RBI=0.025792;REFB=0.000736139;REVB=0.0245773;RO=145;SAF=12;SAR=6;SRF=71;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217082;STB=0.65836;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.003867;OID=.;OPOS=33797861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:163:165:145:147:18:18:0.109091:6:12:71:74:6:12:72:75 chr9 33797881 . G A 69.56 PASS AF=0.108434;AO=18;DP=166;FAO=18;FDP=166;FR=.;FRO=148;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=68;FSRR=80;FWDB=0.000770414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.39;QD=1.67607;RBI=0.0117908;REFB=0.00112551;REVB=-0.0117656;RO=146;SAF=14;SAR=4;SRF=68;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380634;STB=0.781604;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0154419;OID=.;OPOS=33797881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:166:166:146:148:18:18:0.108434:4:14:68:78:4:14:68:80 chr9 33797917 . T C 41.56 PASS AF=0.0822785;AO=13;DP=158;FAO=13;FDP=158;FR=.;FRO=145;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=64;FSRR=81;FWDB=-0.0192767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.394;QD=1.05222;RBI=0.024981;REFB=-0.000917072;REVB=-0.0158889;RO=138;SAF=10;SAR=3;SRF=61;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368997;STB=0.79053;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0196117;OID=.;OPOS=33797917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:158:158:138:145:13:13:0.0822785:3:10:61:77:3:10:64:81 chr9 33797951 . A C 89.1 PASS AF=0.126582;AO=20;DP=161;FAO=20;FDP=158;FR=.;FRO=138;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=74;FWDB=-0.029304;FXX=0.0246898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.415;QD=2.25558;RBI=0.0376157;REFB=-0.00284351;REVB=-0.0235842;RO=141;SAF=11;SAR=9;SRF=67;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929815;STB=0.574863;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0464964;OID=.;OPOS=33797951;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:161:158:141:138:20:20:0.126582:9:11:67:74:9:11:64:74 chr9 33797962 . A G 125.75 PASS AF=0.15894;AO=24;DP=150;FAO=24;FDP=151;FR=.;FRO=127;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=-0.0150024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.208;QD=3.33118;RBI=0.0152717;REFB=-0.00293832;REVB=0.00285525;RO=126;SAF=15;SAR=9;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170325;STB=0.615544;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.020139;OID=.;OPOS=33797962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:126:127:24:24:0.15894:9:15:62:64:9:15:62:65 chr9 33797987 . G T 270.21 PASS AF=0.258503;AO=37;DP=145;FAO=38;FDP=147;FR=.;FRO=109;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=-0.014575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.339;QD=7.35261;RBI=0.0230772;REFB=-0.0110718;REVB=-0.0178921;RO=106;SAF=25;SAR=12;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201593;STB=0.603809;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.027681;OID=.;OPOS=33797987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:106:109:37:38:0.258503:12:25:55:51:13:25:57:52 chr9 33797999 . A G 239.64 PASS AF=0.244755;AO=35;DP=145;FAO=35;FDP=143;FR=.;FRO=108;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=-0.01039;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6253;QD=6.7031;RBI=0.0132676;REFB=0.000685748;REVB=0.00825088;RO=106;SAF=24;SAR=11;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194057;STB=0.625399;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0017729;OID=.;OPOS=33797999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:106:108:35:35:0.244755:11:24:57:49:11:24:57:51 chr9 33798016 . CA CG,TG 1620.58 PASS AF=0.719298,0.280702;AO=77,30;DP=118;FAO=82,32;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=36,20;FSAR=46,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023533,0.00790699;FXX=0.0338954;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=80.9632,121.526;QD=56.8626;RBI=0.0253892,0.0112868;REFB=0,0;REVB=-0.00952938,-0.0080543;RO=1;SAF=31,18;SAR=46,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0150214,-0.0251989;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00582325,0.0120146;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:118:114:1:0:77,30:82,32:0.719298,0.280702:46,12:31,18:1:0:46,12:36,20:0:0 chr9 33798037 . T C 298.65 PASS AF=0.322314;AO=39;DP=121;FAO=39;FDP=121;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=2.99509e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.623;QD=9.87262;RBI=0.0086564;REFB=-0.00554445;REVB=-0.00865635;RO=80;SAF=27;SAR=12;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273543;STB=0.652094;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0179444;OID=.;OPOS=33798037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:80:82:39:39:0.322314:12:27:37:43:12:27:39:43 chr9 33798042 . G C 308.93 PASS AF=0.325203;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0111253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.403;QD=10.0465;RBI=0.0184727;REFB=-0.00526502;REVB=0.0147468;RO=81;SAF=28;SAR=12;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275928;STB=0.660963;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.012021;OID=.;OPOS=33798042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:81:83:40:40:0.325203:12:28:38:43:12:28:39:44 chr9 33798075 . T C 297.79 PASS AF=0.319672;AO=39;DP=122;FAO=39;FDP=122;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.01452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.166;QD=9.76363;RBI=0.0145235;REFB=-0.00724489;REVB=-0.00031946;RO=82;SAF=27;SAR=12;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312273;STB=0.678068;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0106518;OID=.;OPOS=33798075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:82:83:39:39:0.319672:12:27:35:47:12:27:36:47 chr9 33798574 . G A 70.56 PASS AF=0.107345;AO=18;DP=177;FAO=19;FDP=177;FR=.;FRO=158;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=83;FSRR=75;FWDB=0.0084147;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.3;QD=1.59463;RBI=0.0113958;REFB=-0.00175842;REVB=-0.00768488;RO=157;SAF=10;SAR=8;SRF=82;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403163;STB=0.548297;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0187885;OID=.;OPOS=33798574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:177:177:157:158:18:19:0.107345:8:10:82:75:8:11:83:75 chr9 33798596 . T C 117.31 PASS AF=0.146199;AO=25;DP=171;FAO=25;FDP=171;FR=.;FRO=146;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=76;FSRR=70;FWDB=0.0608532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7333;QD=2.74418;RBI=0.0778991;REFB=-0.00275176;REVB=-0.0486329;RO=143;SAF=12;SAR=13;SRF=73;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387758;STB=0.534552;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0225078;OID=.;OPOS=33798596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:143:146:25:25:0.146199:13:12:73:70:13:12:76:70 chr9 33917498 . T C 180.44 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.0179975;FXX=0.065563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.757;QD=12.6623;RBI=0.0180172;REFB=-0.00119161;REVB=0.000841453;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301425;STB=0.643448;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00411733;OID=.;OPOS=33917498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:33:35:22:22:0.385965:12:10:6:27:12:10:8:27 chr9 33927899 . G A 3282.37 PASS AF=0.986175;AO=214;DP=218;FAO=214;FDP=217;FR=.;FRO=3;FSAF=103;FSAR=111;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.042182;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.096;QD=60.5046;RBI=0.0452646;REFB=-0.0330803;REVB=0.0164184;RO=3;SAF=103;SAR=111;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488727;STB=0.502565;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000130054;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:218:217:3:3:214:214:0.986175:111:103:2:1:111:103:2:1 chr9 33935736 . A G 1344.69 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000951586;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.392;QD=62.5437;RBI=0.0154863;REFB=0;REVB=0.015457;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126977;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr9 33941759 . T C 502.4 PASS AF=0.365269;AO=61;DP=167;FAO=61;FDP=167;FR=.;FRO=106;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=68;FWDB=0.0144833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.216;QD=12.0336;RBI=0.0147604;REFB=-0.00527915;REVB=0.00284645;RO=106;SAF=31;SAR=30;SRF=38;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167216;STB=0.594723;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00948777;OID=.;OPOS=33941759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:106:106:61:61:0.365269:30:31:38:68:30:31:38:68 chr9 33971740 . A G 474.63 PASS AF=0.628571;AO=43;DP=69;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00369191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.006;QD=27.1217;RBI=0.0136971;REFB=-0.00430886;REVB=0.0131902;RO=25;SAF=24;SAR=19;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799071;STB=0.554082;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00241671;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:25:26:43:44:0.628571:19:24:11:14:19:25:11:15 chr9 34017106 . C T 350.75 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=0.0114261;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.074;QD=27.5099;RBI=0.0252998;REFB=-0.00627013;REVB=-0.0225726;RO=18;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253048;STB=0.636295;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00440048;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:18:18:33:33:0.647059:24:9:0:18:24:9:0:18 chr9 34088022 . G GAAAGA 281.5 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126939;FXX=0.124948;HRUN=0;LEN=5;MLLD=295.32;QD=53.6189;RBI=0.0127708;REFB=0;REVB=-0.00139947;RO=3;SAF=4;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407973;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000187001;OID=.;OPOS=34088023;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:24:21:21:0:6:15:0:0:3:3:4:14:1:2 chr9 34107505 . C T 901.67 PASS AF=0.663866;AO=79;DP=119;FAO=79;FDP=119;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00297542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.292;QD=30.3081;RBI=0.0105969;REFB=-0.0153573;REVB=0.0101706;RO=40;SAF=24;SAR=55;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167918;STB=0.590821;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0067404;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:40:40:79:79:0.663866:55:24:22:18:55:24:22:18 chr9 34251943 . G C 798.01 PASS AF=0.592;AO=73;DP=123;FAO=74;FDP=125;FR=.;FRO=51;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.03175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0837;QD=25.5363;RBI=0.0592997;REFB=0.0184609;REVB=-0.0500838;RO=50;SAF=50;SAR=23;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712925;STB=0.539557;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0141928;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:50:51:73:74:0.592:23:50:30:20:24:50:30:21 chr9 34252466 . GCTAACTAAC GCTAAC,GCTAACTATT 994.35 PASS AF=1,0;AO=55,3;DP=71;FAO=68,0;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124883,-0.0380628;FXX=0.0285673;HRUN=1,2;LEN=4,2;MLLD=237.139,100.687;QD=58.4914;RBI=0.0127878,0.0381479;REFB=0,0;REVB=0.00275153,-0.00254602;RO=0;SAF=22,0;SAR=33,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=1.73726e-05,0;OID=.,.;OPOS=34252467,34252474;OREF=CTAA,AC;OALT=-,TT;OMAPALT=GCTAAC,GCTAACTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:55,3:71:68,0:68:0:34,0:34,0:0:0:5:0:22,0:33,3:0:0 chr9 34256347 . C T 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0195359;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.641;QD=18.5415;RBI=0.0206182;REFB=-0.0129793;REVB=0.00659234;RO=34;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105552;STB=0.565919;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0114804;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:34:34:0.492754:19:15:19:15:19:15:20:15 chr9 34257979 . C T 374.62 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.01698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.497;QD=20.8123;RBI=0.0175888;REFB=-0.0211794;REVB=0.00458752;RO=34;SAF=16;SAR=22;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060291;STB=0.533316;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0221172;OID=.;OPOS=34257979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:22:16:12:22:22:16:12:22 chr9 34370020 . T A 418.37 PASS AF=0.888889;AO=30;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.237647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1375;QD=46.4858;RBI=0.254331;REFB=-0.116815;REVB=0.0905989;RO=6;SAF=15;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514155;STB=0.558787;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0217337;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:6:4:30:32:0.888889:15:15:2:4:15:17:0:4 chr9 34371788 . A T 4965.97 PASS AF=1;AO=313;DP=316;FAO=316;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035844;FXX=0.00940409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.169;QD=62.8604;RBI=0.0539772;REFB=0;REVB=0.0403578;RO=0;SAF=124;SAR=189;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.25402e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29403e-05;OID=.;OPOS=34371788;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:316:316:0:0:313:316:1:189:124:0:0:189:127:0:0 chr9 34372783 . G C 2170.38 PASS AF=0.985816;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0305736;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.835;QD=61.5711;RBI=0.0536328;REFB=-0.0451922;REVB=0.0440651;RO=2;SAF=72;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130222;STB=0.506848;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000101734;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:141:2:2:139:139:0.985816:67:72:2:0:67:72:2:0 chr9 34372873 . C G 1549.97 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.637;QD=60.193;RBI=0.0172006;REFB=0;REVB=0.0171153;RO=0;SAF=69;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052042;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:34:69:0:0:34:69:0:0 chr9 34382726 . A G 4183.88 PASS AF=1;AO=264;DP=267;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203782;FXX=0.00743467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2571;QD=62.6798;RBI=0.0206776;REFB=0;REVB=-0.00350593;RO=0;SAF=121;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67553e-05;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:267:267:0:0:264:267:1:143:121:0:0:144:123:0:0 chr9 34521148 . G A 2370.82 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291935;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.43;QD=61.1824;RBI=0.0319858;REFB=0;REVB=0.0130703;RO=0;SAF=66;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59131e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30462e-05;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:89:66:0:0:89:66:0:0 chr9 34622389 . A C 486.63 PASS AF=0.40146;AO=54;DP=136;FAO=55;FDP=137;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.016901;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5968;QD=14.2082;RBI=0.0313864;REFB=0.00874892;REVB=-0.0264473;RO=81;SAF=35;SAR=19;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280569;STB=0.653033;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0165651;OID=.;OPOS=34622389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:81:82:54:55:0.40146:19:35:31:50:20:35:31:51 chr9 34637690 . T G 81.54 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0933043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.308;QD=8.36293;RBI=0.0939456;REFB=-0.0180028;REVB=-0.0109583;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167309;STB=0.532651;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0261164;OID=.;OPOS=34637690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:39:25:28:11:11:0.282051:6:5:11:14:6:5:14:14 chr9 34647207 . T TC 39.09 PASS AF=0.16129;AO=28;DP=124;FAO=20;FDP=124;FR=.;FRO=104;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=-0.150171;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.9084;QD=1.2609;RBI=0.152462;REFB=-0.033059;REVB=-0.0263303;RO=95;SAF=11;SAR=17;SRF=35;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325341;STB=0.646632;STBP=0.181;TYPE=ins;VARB=0.182646;OID=.;OPOS=34647208;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16129:28:124:20:124:104:5:15:42:62:39:95:11:17:35:60 chr9 34709541 . G C 38.35 PASS AF=0.0821918;AO=15;DP=145;FAO=12;FDP=146;FR=.;FRO=134;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=75;FWDB=-0.00408864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.191;QD=1.05068;RBI=0.0322024;REFB=-0.000607968;REVB=-0.0319417;RO=128;SAF=7;SAR=8;SRF=55;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045026;STB=0.522107;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0488354;OID=.;OPOS=34709541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:145:146:128:134:15:12:0.0821918:8:7:55:73:7:5:59:75 chr9 34723744 . C A 879.46 PASS AF=0.530488;AO=85;DP=161;FAO=87;FDP=164;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0386256;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9385;QD=21.4502;RBI=0.0454549;REFB=-0.0195571;REVB=0.0239626;RO=75;SAF=37;SAR=48;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843082;STB=0.55068;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0247237;OID=.;OPOS=34723744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:75:77:85:87:0.530488:48:37:40:35:50:37:41:36 chr9 34723935 . C T 301.83 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00394528;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.413;QD=21.5591;RBI=0.0497903;REFB=-0.000581487;REVB=-0.0496338;RO=23;SAF=23;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00281894;STB=0.510632;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.000275556;OID=.;OPOS=34723935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:25:31:31:0.553571:8:23:17:6:8:23:19:6 chr9 34724241 . C A 744.26 PASS AF=0.510204;AO=68;DP=145;FAO=75;FDP=147;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.00448228;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.134;QD=20.2519;RBI=0.0303356;REFB=-0.00882361;REVB=0.0300026;RO=75;SAF=36;SAR=32;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970757;STB=0.523959;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00590798;OID=.;OPOS=34724241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:75:72:68:75:0.510204:32:36:32:43:38:37:32:40 chr9 34724786 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0286358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.006;QD=22.6314;RBI=0.0300486;REFB=0.000502168;REVB=0.00910546;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518484;STB=0.529366;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.000398396;OID=.;OPOS=34724786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:4:9:5:3:4:9:5:3 chr9 34724796 . T A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0105117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.946;QD=21.1723;RBI=0.010519;REFB=-0.00018954;REVB=0.000391813;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324761;STB=0.518487;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000432098;OID=.;OPOS=34724796;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:5:3:4:8:5:3 chr9 34725047 . C T 626.19 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00633863;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.048;QD=18.5538;RBI=0.00870855;REFB=0.00266787;REVB=0.00597165;RO=69;SAF=38;SAR=26;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189006;STB=0.597288;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00302186;OID=.;OPOS=34725047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:69:71:64:64:0.474074:26:38:27:42:26:38:29:42 chr9 34725742 . T C 112.26 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.025711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.563;QD=16.6306;RBI=0.0321023;REFB=-0.0145096;REVB=0.0192224;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170764;STB=0.597346;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00685803;OID=.;OPOS=34725742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:11:3:5:8:11:3 chr9 34726470 . G A 1273.59 PASS AF=0.452055;AO=132;DP=294;FAO=132;FDP=292;FR=.;FRO=160;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=91;FSRR=69;FWDB=0.013414;FXX=0.00680249;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6503;QD=17.4464;RBI=0.102994;REFB=-0.0167801;REVB=0.102117;RO=160;SAF=64;SAR=68;SRF=90;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076795;STB=0.545881;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0219301;OID=.;OPOS=34726470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:292:160:160:132:132:0.452055:68:64:90:70:68:64:91:69 chr9 34726671 . G A 549.6 PASS AF=0.4;AO=60;DP=150;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.0069183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.969;QD=14.656;RBI=0.00936773;REFB=0.00745277;REVB=-0.00631597;RO=83;SAF=38;SAR=22;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255124;STB=0.627076;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0124379;OID=.;OPOS=34726671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:83:90:60:60:0.4:22:38:32:51:22:38:38:52 chr9 34834494 . C T 1056.32 PASS AF=0.354396;AO=129;DP=364;FAO=129;FDP=364;FR=.;FRO=235;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=97;FSRR=138;FWDB=0.00758735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.821;QD=11.6079;RBI=0.0246536;REFB=-0.0150297;REVB=-0.023457;RO=234;SAF=66;SAR=63;SRF=96;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115125;STB=0.563661;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.024191;OID=.;OPOS=34834494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:364:234:235:129:129:0.354396:63:66:96:138:63:66:97:138 chr9 34835264 . A G 885.84 PASS AF=0.356436;AO=108;DP=304;FAO=108;FDP=303;FR=.;FRO=195;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=78;FSRR=117;FWDB=-0.0147304;FXX=0.00328937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.725;QD=11.6943;RBI=0.0184858;REFB=-0.0025529;REVB=-0.0111686;RO=196;SAF=50;SAR=58;SRF=78;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074808;STB=0.540984;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0050436;OID=.;OPOS=34835264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:303:196:195:108:108:0.356436:58:50:78:118:58:50:78:117 chr9 34835273 . A C 766.36 PASS AF=0.335689;AO=95;DP=283;FAO=95;FDP=283;FR=.;FRO=188;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=80;FSRR=108;FWDB=0.0484582;FXX=0.003521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.636;QD=10.832;RBI=0.0490064;REFB=0.00086649;REVB=0.00730988;RO=185;SAF=44;SAR=51;SRF=77;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548944;STB=0.52522;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00183679;OID=.;OPOS=34835273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:185:188:95:95:0.335689:51:44:77:108:51:44:80:108 chr9 34835861 . C G 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0180228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.521;QD=13.7411;RBI=0.0185124;REFB=0.00170644;REVB=0.0042293;RO=43;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921382;STB=0.552419;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00237472;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:14:15:26:17:14:15:26:17 chr9 34978431 . G A 1035.6 PASS AF=0.612245;AO=90;DP=148;FAO=90;FDP=147;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00573717;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.94;QD=28.1797;RBI=0.0191232;REFB=-0.00734156;REVB=-0.0182423;RO=55;SAF=35;SAR=55;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112217;STB=0.561471;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.006501;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:55:57:90:90:0.612245:55:35:30:25:55:35:31:26 chr9 35043291 . G T 401.75 PASS AF=0.363636;AO=47;DP=130;FAO=48;FDP=132;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0490966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4004;QD=12.1742;RBI=0.050097;REFB=-0.0041845;REVB=0.00996168;RO=83;SAF=12;SAR=35;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290831;STB=0.667993;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00803986;OID=.;OPOS=35043291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:83:84:47:48:0.363636:35:12:41:42:36:12:41:43 chr9 35056961 . C A 140.64 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00686913;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.874;QD=9.37564;RBI=0.0110974;REFB=-0.00215333;REVB=0.00871594;RO=41;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20743;STB=0.623482;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00472124;OID=.;OPOS=35056961;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:13:6:20:21:13:6:20:21 chr9 35062972 . C T 260.46 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0175759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.456;QD=14.47;RBI=0.0407499;REFB=0.00261698;REVB=0.0367647;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162044;STB=0.583279;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00384255;OID=.;OPOS=35062972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:15:15:14:27:15:15:15:27 chr9 35089403 . G A 442.01 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00271951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1191;QD=31.0179;RBI=0.0260012;REFB=0.0296819;REVB=0.0258586;RO=17;SAF=29;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522719;STB=0.528388;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0128099;OID=.;OPOS=35089403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:40:40:0.701754:11:29:11:6:11:29:11:6 chr9 35089432 . AGGC AAGC,AGC,AGCA 309.62 PASS AF=0,0.888889,0;AO=3,23,2;DP=34;FAO=0,32,0;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=0,20,0;FSAR=0,12,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0466149,-0.0155881,-0.0785589;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=6.86523,16.8024,9.34483;QD=34.4016;RBI=0.0577165,0.0906985,0.0852076;REFB=-0.175948,-0.096351,-0.00289486;REVB=0.034033,-0.0893489,-0.0329974;RO=5;SAF=1,14,2;SAR=2,9,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.285418,0;SSSB=-0.414454,-0.0670032,0.544828;STB=0.5,0.514916,0.5;STBP=1,0.669,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0201045,0;OID=.,.,.;OPOS=35089433,35089433,35089434;OREF=G,G,GC;OALT=A,-,CA;OMAPALT=AAGC,AGC,AGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.888889,0:3,23,2:34:0,32,0:36:4:0,20,0:0,12,0:3:1:17:5:1,14,2:2,9,0:4:1 chr9 35091880 . C T 297.84 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0458464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5661;QD=15.8847;RBI=0.0631487;REFB=0.0085475;REVB=0.0434265;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237318;STB=0.633255;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0113399;OID=.;OPOS=35091880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:19:14:28:14:19:14:28:14 chr9 35107485 . G A 536.89 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00331939;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.982;QD=24.1299;RBI=0.0523745;REFB=-0.00801142;REVB=0.0522692;RO=39;SAF=24;SAR=26;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353512;STB=0.519379;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00731564;OID=.;OPOS=35107485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:39:50:50:0.561798:26:24:17:22:26:24:17:22 chr9 35107858 . C T 990.35 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110145;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.675;QD=59.1251;RBI=0.0110632;REFB=0;REVB=0.00103657;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86353e-06;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr9 35480564 . T C 722.14 PASS AF=0.3125;AO=95;DP=304;FAO=95;FDP=304;FR=.;FRO=209;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=104;FSRR=105;FWDB=0.0454597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.409;QD=9.50186;RBI=0.045652;REFB=-0.0127901;REVB=-0.00418589;RO=205;SAF=41;SAR=54;SRF=103;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844698;STB=0.545673;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0257663;OID=.;OPOS=35480564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:205:209:95:95:0.3125:54:41:103:102:54:41:104:105 chr9 35546735 . A G 902.54 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.076;QD=58.2285;RBI=0.0147383;REFB=0;REVB=0.00961162;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35841e-06;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr9 35559213 . C T 297.37 PASS AF=0.342342;AO=37;DP=111;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.00137242;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.302;QD=10.716;RBI=0.00714168;REFB=-0.010584;REVB=0.00700857;RO=74;SAF=22;SAR=15;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791628;STB=0.529849;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0190355;OID=.;OPOS=35559213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:74:73:37:38:0.342342:15:22:39:35:16:22:39:34 chr9 35562387 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCCATAGT 277.46 PASS AF=0.0980392,0.54902;AO=8,13;DP=52;FAO=5,28;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=2,20;FSAR=3,8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00207788,-0.0065142;FXX=0.0192271;HRUN=5,1;LEN=1,4;MLLD=9.20074,250.867;QD=21.7612;RBI=0.338352,0.00835351;REFB=-0.144259,-0.0494972;REVB=-0.338345,-0.00522937;RO=9;SAF=2,13;SAR=6,0;SRF=8;SRR=1;SSEN=0.478673,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.531713,0.794268;STB=0.69927,0.522372;STBP=0.358,0.709;TYPE=del,ins;VARB=0.0426311,0.0343156;OID=.,.;OPOS=35562388,35562394;OREF=C,-;OALT=-,TAGT;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCCATAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0980392,0.54902:8,13:52:5,28:51:18:2,20:3,8:12:6:99:9:2,13:6,0:8:1 chr9 35606884 . G A 550.78 PASS AF=0.336538;AO=70;DP=209;FAO=70;FDP=208;FR=.;FRO=138;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=69;FSRR=69;FWDB=-0.00481945;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.35;QD=10.5919;RBI=0.00590967;REFB=-0.00217039;REVB=0.0034201;RO=137;SAF=44;SAR=26;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155707;STB=0.587218;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00612807;OID=.;OPOS=35606884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:137:138:70:70:0.336538:26:44:68:69:26:44:69:69 chr9 35608417 . T C 36.1 PASS AF=0.125;AO=11;DP=79;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0507881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6609;QD=1.80525;RBI=0.100197;REFB=-0.0171438;REVB=-0.0863712;RO=61;SAF=10;SAR=1;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.668014;STB=0.911962;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.129634;OID=.;OPOS=35608417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:79:80:61:70:11:10:0.125:1:10:19:42:1:9:28:42 chr9 35618523 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0204545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.795;QD=14.7024;RBI=0.0204556;REFB=-0.0225686;REVB=-0.000213896;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162033;STB=0.578812;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0259732;OID=.;OPOS=35618523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:4:8:7:7:4:8:8:7 chr9 35660990 . A G 1476.86 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127119;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.739;QD=63.521;RBI=0.014333;REFB=0;REVB=-0.00662141;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64548e-05;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr9 35662251 . T C 901.44 PASS AF=0.595588;AO=81;DP=136;FAO=81;FDP=136;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00222577;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6244;QD=26.513;RBI=0.0121126;REFB=-0.0249187;REVB=0.0119064;RO=54;SAF=40;SAR=41;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454652;STB=0.528209;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0173287;OID=.;OPOS=35662251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:54:55:81:81:0.595588:41:40:30:24:41:40:31:24 chr9 35663228 . G C 207.83 PASS AF=0.351351;AO=25;DP=73;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00330412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.791;QD=11.2339;RBI=0.00873609;REFB=-0.0273583;REVB=-0.00808716;RO=48;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913785;STB=0.538432;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0539463;OID=.;OPOS=35663228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:48:48:25:26:0.351351:11:14:23:25:12:14:23:25 chr9 35705759 . G A 3044.05 PASS AF=0.990099;AO=199;DP=201;FAO=200;FDP=202;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.327;QD=60.2782;RBI=0.040334;REFB=-0.102057;REVB=0.00165455;RO=1;SAF=85;SAR=114;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00415981;STB=0.504347;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000289607;OID=.;OPOS=35705759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:201:202:1:2:199:200:0.990099:114:85:0:1:114:86:0:2 chr9 35712003 . G A 755.76 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00984563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.015;QD=62.98;RBI=0.030696;REFB=0;REVB=-0.0290741;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.14645e-05;OID=.;OPOS=35712003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:25:21:0:0:25:23:0:0 chr9 35749845 . G C 581.09 PASS AF=0.407186;AO=62;DP=161;FAO=68;FDP=167;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=51;FSRF=36;FSRR=63;FWDB=-0.0152504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.501;QD=13.9183;RBI=0.0163636;REFB=-0.0173695;REVB=0.00593231;RO=97;SAF=17;SAR=45;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110334;STB=0.582392;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0242006;OID=.;OPOS=35749845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:167:97:99:62:68:0.407186:45:17:35:62:51:17:36:63 chr9 35792423 . T C 65.29 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0264954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8313;QD=10.8822;RBI=0.0373943;REFB=-0.00013623;REVB=-0.0263881;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3641;STB=0.713877;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00315048;OID=.;OPOS=35792423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:12:3:5:4:12:3 chr9 35802583 . C T 743.68 PASS AF=0.392694;AO=86;DP=218;FAO=86;FDP=219;FR=.;FRO=133;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=67;FSRR=66;FWDB=-0.0312603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0411;QD=13.5832;RBI=0.0441192;REFB=-0.00734783;REVB=-0.0311335;RO=132;SAF=45;SAR=41;SRF=67;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169032;STB=0.51185;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0105232;OID=.;OPOS=35802583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:132:133:86:86:0.392694:41:45:67:65:41:45:67:66 chr9 35807401 . AGCTGGGGCC A 213.92 PASS AF=0.242424;AO=32;DP=136;FAO=32;FDP=132;FR=.;FRO=100;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.0303079;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=9;MLLD=306.731;QD=6.48242;RBI=0.0359832;REFB=0.00559989;REVB=0.0193964;RO=93;SAF=10;SAR=22;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142916;STB=0.580693;STBP=0.35;TYPE=del;VARB=-0.0177137;OID=.;OPOS=35807402;OREF=GCTGGGGCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242424:32:136:32:132:100:10:22:41:59:99:93:10:22:39:54 chr9 35811485 . ACCAGGACCAGAGCCAGGACCAGAG ACCAGGACCAGAG,ACCAGGACCAGAGCCAGGACCAGGA 151.52 PASS AF=0.282051,0.153846;AO=11,4;DP=42;FAO=11,6;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5,1;FSAR=6,5;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.07931,0.033605;FXX=0.0714116;HRUN=2,1;LEN=12,2;MLLD=140.329,129.504;QD=15.5407;RBI=0.0793272,0.0389323;REFB=-0.0482238,-0.00211491;REVB=0.00165393,-0.0196577;RO=14;SAF=5,0;SAR=6,4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.312947,-0.766245;STB=0.705559,0.898972;STBP=0.13,0.098;TYPE=del,mnp;VARB=0.0728714,0.022493;OID=.,.;OPOS=35811486,35811508;OREF=CCAGGACCAGAG,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=ACCAGGACCAGAG,ACCAGGACCAGAGCCAGGACCAGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282051,0.153846:11,4:42:11,6:39:22:5,1:6,5:17:5:98:14:5,0:6,4:11:3 chr9 35846375 . C G 42.26 PASS AF=0.0765766;AO=16;DP=222;FAO=17;FDP=222;FR=.;FRO=205;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=88;FSRR=117;FWDB=-0.064293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7034;QD=0.761526;RBI=0.0675694;REFB=-0.0036357;REVB=-0.0207852;RO=192;SAF=15;SAR=1;SRF=75;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.577495;STB=0.947295;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.116341;OID=.;OPOS=35846375;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:222:222:192:205:16:17:0.0765766:1:15:75:117:1:16:88:117 chr9 35870001 . T C 43.54 PASS AF=0.233333;AO=6;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0483666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8842;QD=5.80478;RBI=0.0718369;REFB=-0.00417491;REVB=-0.0531151;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197999;STB=0.645671;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00961646;OID=.;OPOS=35870001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:21:23:6:7:0.233333:5:1:6:15:6:1:6:17 chr9 35906589 . A C 40.33 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.9;QD=11.5226;RBI=0.00640188;REFB=-0.000872303;REVB=-0.00640188;RO=9;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786065;OID=.;OPOS=35906589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:14:9:8:6:6:0.428571:6:0:0:9:6:0:0:8 chr9 35910690 . G A 695.38 PASS AF=0.563025;AO=66;DP=121;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0373736;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0488;QD=23.3741;RBI=0.0456273;REFB=-0.00935433;REVB=0.0261737;RO=51;SAF=35;SAR=31;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788075;STB=0.543302;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00939811;OID=.;OPOS=35910690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:51:52:66:67:0.563025:31:35:22:29:32:35:22:30 chr9 35957355 . G A 648.45 PASS AF=0.6;AO=57;DP=95;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0167225;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.201;QD=27.303;RBI=0.0206232;REFB=-0.0312243;REVB=0.0120695;RO=37;SAF=30;SAR=27;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048322;STB=0.521057;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0185902;OID=.;OPOS=35957355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:37:38:57:57:0.6:27:30:17:20:27:30:18:20 chr9 35957669 . T C 484.69 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=60;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0658364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.092;QD=32.3126;RBI=0.065852;REFB=-0.0290213;REVB=0.00143217;RO=17;SAF=23;SAR=20;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337458;STB=0.518251;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0123756;OID=.;OPOS=35957669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:17:43:43:0.716667:20:23:8:9:20:23:8:9 chr9 35958047 . T C 744.87 PASS AF=0.588235;AO=63;DP=115;FAO=70;FDP=119;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0234275;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.817;QD=25.0376;RBI=0.025652;REFB=-0.027096;REVB=-0.0104489;RO=48;SAF=17;SAR=46;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11847;STB=0.549281;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0172191;OID=.;OPOS=35958047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:48:49:63:70:0.588235:46:17:19:29:50:20:19:30 chr9 36066899 . T C 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00223716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.816;QD=11.0822;RBI=0.026241;REFB=-0.0049059;REVB=0.0261455;RO=40;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262283;STB=0.653011;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00569396;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:7:15:18:22:7:15:18:22 chr9 36085307 . C T 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0248201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.381;QD=9.88533;RBI=0.0324275;REFB=-0.0206712;REVB=-0.0208688;RO=39;SAF=13;SAR=6;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17626;STB=0.604537;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0313925;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:6:13:21:18:6:13:21:18 chr9 36087876 . G A 604.01 PASS AF=0.35545;AO=74;DP=209;FAO=75;FDP=211;FR=.;FRO=136;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=68;FSRR=68;FWDB=0.0409478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.152;QD=11.4504;RBI=0.041442;REFB=-0.0151216;REVB=0.00638135;RO=135;SAF=26;SAR=48;SRF=68;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177607;STB=0.602221;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0245268;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:135:136:74:75:0.35545:48:26:68:67:49:26:68:68 chr9 36091257 . C T 399.46 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0241614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.771;QD=13.2052;RBI=0.0245559;REFB=-0.0127075;REVB=-0.00438414;RO=74;SAF=18;SAR=29;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405159;STB=0.522993;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0187617;OID=.;OPOS=36091257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:74:74:47:47:0.38843:29:18:31:43:29:18:31:43 chr9 36105264 . A G 868.72 PASS AF=0.589552;AO=78;DP=133;FAO=79;FDP=134;FR=.;FRO=55;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0164868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.993;QD=25.9318;RBI=0.0176109;REFB=-0.0193378;REVB=0.00619117;RO=55;SAF=46;SAR=32;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144788;STB=0.574981;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0132805;OID=.;OPOS=36105264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:55:55:78:79:0.589552:32:46:22:33:33:46:22:33 chr9 36110063 . T A 703.67 PASS AF=0.582609;AO=67;DP=115;FAO=67;FDP=115;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0779304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8466;QD=24.4754;RBI=0.0792377;REFB=-0.00332447;REVB=-0.0143341;RO=46;SAF=30;SAR=37;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555623;STB=0.521937;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00120577;OID=.;OPOS=36110063;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:46:48:67:67:0.582609:37:30:24:22:37:30:24:24 chr9 36169598 . T C 214.76 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0570553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.601;QD=10.7381;RBI=0.058349;REFB=-0.000312613;REVB=-0.0122188;RO=53;SAF=17;SAR=10;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312031;STB=0.518177;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=4.6326e-05;OID=.;OPOS=36169598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:53:27:27:0.3375:10:17:32:21:10:17:32:21 chr9 36607660 . A G 329.81 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0413752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9435;QD=15.7052;RBI=0.060395;REFB=0.023913;REVB=0.0439959;RO=47;SAF=11;SAR=25;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110704;STB=0.558002;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0316712;OID=.;OPOS=36607660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:48:36:36:0.428571:25:11:19:28:25:11:19:29 chr9 36671145 . C T 239.79 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.000792062;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.461;QD=10.6574;RBI=0.00344238;REFB=-0.0111992;REVB=-0.00335002;RO=59;SAF=12;SAR=18;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00804193;STB=0.511513;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0339898;OID=.;OPOS=36671145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:59:60:30:30:0.333333:18:12:24:35:18:12:25:35 chr9 36674842 . C T 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.69;QD=57.1048;RBI=0.0582812;REFB=0;REVB=-0.0531838;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346244;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr9 36674904 . C G 174.87 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00792205;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.477;QD=11.6579;RBI=0.00840996;REFB=-0.0022961;REVB=0.00282287;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123899;STB=0.545413;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00258781;OID=.;OPOS=36674904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:38:22:22:0.366667:12:10:20:15:12:10:20:18 chr9 36840623 . G A 1643.75 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.128603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.185;QD=59.2343;RBI=0.13125;REFB=0.0703415;REVB=0.0262253;RO=1;SAF=52;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904146;STB=0.504672;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=7.84241e-06;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:111:1:1:109:110:0.990991:57:52:1:0:57:53:1:0 chr9 37357056 . AGGGGC ACGGGC,AGGG,AGGGC 98.01 PASS AF=0.0941176,0.0470588,0.164706;AO=4,10,19;DP=94;FAO=8,4,14;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=0,3,5;FSAR=8,1,9;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0278911,-0.0841283,0.0226858;FXX=0.0229859;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=136.526,20.9532,12.0553;QD=4.612;RBI=0.0547344,0.141418,0.184063;REFB=-0.00443968,-0.0258573,-0.0948013;REVB=-0.047095,-0.113673,-0.18266;RO=48;SAF=0,5,4;SAR=4,5,15;SRF=26;SRR=22;SSEN=0,0.475325,0.475325;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.558488,-0.0513848,-0.416224;STB=0.998473,0.777299,0.570449;STBP=0.006,0.339,0.623;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0532779,0.0707063,0.144289;OID=.,.,.;OPOS=37357057,37357060,37357057;OREF=G,GC,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=ACGGGC,AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0941176,0.0470588,0.164706:4,10,19:94:8,4,14:85:59:0,3,5:8,1,9:26:33:42:48:0,5,4:4,5,15:26:22 chr9 37429814 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.371;QD=63.5826;RBI=0.112613;REFB=0;REVB=-0.0124389;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395988;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:36:11:0:0:36:11:0:0 chr9 37430876 . C T 483.32 PASS AF=0.704918;AO=43;DP=62;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0148621;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.917;QD=31.6933;RBI=0.0195303;REFB=-0.0121425;REVB=0.0126709;RO=18;SAF=14;SAR=29;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165605;STB=0.589867;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00383132;OID=.;OPOS=37430876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:18:18:43:43:0.704918:29:14:11:7:29:14:11:7 chr9 37439785 . G GAAAC 618.13 PASS AF=0.872727;AO=47;DP=58;FAO=48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00822908;FXX=0.0677851;HRUN=3;LEN=4;MLLD=289.15;QD=44.9551;RBI=0.00857341;REFB=-0.0315706;REVB=-0.00240532;RO=7;SAF=34;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449933;STB=0.520712;STBP=0.414;TYPE=ins;VARB=0.00486074;OID=.;OPOS=37439786;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=GAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.872727:47:58:48:55:7:34:14:4:3:37:7:34:13:4:3 chr9 37441808 . A G 942.8 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387726;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.056;QD=58.9249;RBI=0.0422749;REFB=0;REVB=0.0168477;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284974;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:30:33:0:0:30:34:0:0 chr9 37492367 . C T 892.1 PASS AF=0.550336;AO=82;DP=149;FAO=82;FDP=149;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.0117613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.877;QD=23.9489;RBI=0.0310608;REFB=-0.00620297;REVB=-0.028748;RO=67;SAF=37;SAR=45;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402787;STB=0.521986;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0050276;OID=.;OPOS=37492367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:67:67:82:82:0.550336:45:37:27:40:45:37:27:40 chr9 37492679 . G T 912.33 PASS AF=0.564626;AO=83;DP=147;FAO=83;FDP=147;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00349279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.048;QD=24.8253;RBI=0.0131877;REFB=-0.00216375;REVB=0.0127167;RO=61;SAF=38;SAR=45;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00092875;STB=0.502064;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0019409;OID=.;OPOS=37492679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:61:64:83:83:0.564626:45:38:28:33:45:38:29:35 chr9 37493588 . C T 803.93 PASS AF=0.559701;AO=75;DP=136;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00839568;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.453;QD=23.9979;RBI=0.0117569;REFB=-0.00921209;REVB=-0.00823027;RO=56;SAF=48;SAR=27;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156569;STB=0.583053;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00701132;OID=.;OPOS=37493588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:56:59:75:75:0.559701:27:48:25:31:27:48:27:32 chr9 37500895 . T C 581.3 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0352224;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9222;QD=24.4756;RBI=0.0418379;REFB=0.0415371;REVB=-0.0225786;RO=43;SAF=30;SAR=23;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257742;STB=0.518899;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0333086;OID=.;OPOS=37500895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:43:42:53:53:0.557895:23:30:23:20:23:30:22:20 chr9 37501844 . G A 306.03 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00265029;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.173;QD=24.0022;RBI=0.00294896;REFB=-0.00393361;REVB=0.00129319;RO=21;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645959;STB=0.535596;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00325989;OID=.;OPOS=37501844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:14:16:13:8:14:16:13:8 chr9 37503087 . G A 1094.43 PASS AF=0.565934;AO=99;DP=177;FAO=103;FDP=182;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.0151719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.49;QD=24.0534;RBI=0.0650025;REFB=-0.0398862;REVB=0.0632071;RO=78;SAF=45;SAR=54;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468264;STB=0.523913;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0295971;OID=.;OPOS=37503087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:182:78:79:99:103:0.565934:54:45:31:47:57:46:31:48 chr9 37503124 . G A 2119.48 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1816;QD=61.8826;RBI=0.0524383;REFB=0;REVB=0.0213016;RO=0;SAF=56;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143357;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:137:0:0:129:137:1:73:56:0:0:78:59:0:0 chr9 37537557 . G A 149.93 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00413463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7594;QD=18.7411;RBI=0.0703071;REFB=-0.0596761;REVB=0.0701854;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861724;STB=0.531211;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0911389;OID=.;OPOS=37537557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:16:15:16:0.5:7:8:7:9:8:8:7:9 chr9 37692654 . A C 424.17 PASS AF=0.299465;AO=55;DP=187;FAO=56;FDP=187;FR=.;FRO=131;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=67;FSRR=64;FWDB=0.00362897;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.535;QD=9.07306;RBI=0.0775438;REFB=-0.00747606;REVB=0.0774589;RO=131;SAF=37;SAR=18;SRF=67;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201865;STB=0.608441;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0125788;OID=.;OPOS=37692654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:131:131:55:56:0.299465:18:37:67:64:19:37:67:64 chr9 37729786 . C T 994.46 PASS AF=0.412639;AO=111;DP=268;FAO=111;FDP=269;FR=.;FRO=158;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=68;FSRR=90;FWDB=0.0195386;FXX=0.0073798;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0731;QD=14.7874;RBI=0.0328847;REFB=-0.0215141;REVB=-0.0264509;RO=157;SAF=58;SAR=53;SRF=68;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935727;STB=0.553958;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0260571;OID=.;OPOS=37729786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:269:157:158:111:111:0.412639:53:58:68:89:53:58:68:90 chr9 37732389 . G A 1128.15 PASS AF=0.650685;AO=95;DP=147;FAO=95;FDP=146;FR=.;FRO=51;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0594612;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.832;QD=30.9082;RBI=0.0616236;REFB=-0.0220787;REVB=0.016181;RO=51;SAF=46;SAR=49;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343095;STB=0.518493;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0124691;OID=.;OPOS=37732389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:51:51:95:95:0.650685:49:46:22:29:49:46:22:29 chr9 37974743 . T C 2510.48 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.457;QD=61.6069;RBI=0.00425501;REFB=0;REVB=-0.00199768;RO=1;SAF=96;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10269e-06;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:1:0:161:163:1:65:96:0:1:66:97:0:0 chr9 38395928 . C T 547.17 PASS AF=0.359116;AO=65;DP=186;FAO=65;FDP=181;FR=.;FRO=116;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=0.0026603;FXX=0.0268803;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.473;QD=12.0922;RBI=0.00889705;REFB=0.0040387;REVB=-0.00849002;RO=109;SAF=37;SAR=28;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210636;STB=0.528108;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00649875;OID=.;OPOS=38395928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:181:109:116:65:65:0.359116:28:37:60:49:28:37:61:55 chr9 38395940 . TG CG,TC 2647.42 PASS AF=0.886364,0.113636;AO=139,19;DP=178;FAO=156,20;FDP=176;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=99,1;FSAR=57,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0692584,-0.0584682;FXX=0.0112353;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=72.6935,42.6411;QD=60.1686;RBI=0.0875488,0.0663129;REFB=0,0;REVB=0.0535543,0.031287;RO=1;SAF=99,1;SAR=40,18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0117364,0.0248957;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00135657,0.0955394;OID=.,.;OPOS=38395940,38395941;OREF=T,G;OALT=C,C;OMAPALT=CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:69:178:176:1:0:139,19:156,20:0.886364,0.113636:40,18:99,1:0:1:57,19:99,1:0:0 chr9 38396002 . C T 496.24 PASS AF=0.380952;AO=56;DP=147;FAO=56;FDP=147;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=0.0142252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.377;QD=13.503;RBI=0.0281642;REFB=-0.00883171;REVB=-0.0243078;RO=90;SAF=33;SAR=23;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246688;STB=0.516783;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0212494;OID=.;OPOS=38396002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:90:91:56:56:0.380952:23:33:55:35:23:33:56:35 chr9 38396065 . G T 728.35 PASS AF=0.60177;AO=68;DP=115;FAO=68;FDP=113;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00446617;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9762;QD=25.7822;RBI=0.0164327;REFB=-0.0237898;REVB=0.0158141;RO=44;SAF=32;SAR=36;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213064;STB=0.516158;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00947793;OID=.;OPOS=38396065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:44:45:68:68:0.60177:36:32:22:22:36:32:23:22 chr9 38396502 . G A 1591.31 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698665;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4844;QD=64.2955;RBI=0.0435551;REFB=0;REVB=-0.042991;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346618;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:50:49:0:0:50:49:0:0 chr9 38397355 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.645;QD=53.911;RBI=0.00432035;REFB=0;REVB=0.00403403;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48595e-05;OID=.;OPOS=38397355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr9 38397915 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0685517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.852;QD=12.0512;RBI=0.0707618;REFB=-0.0180612;REVB=0.0175471;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120736;STB=0.57128;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0520406;OID=.;OPOS=38397915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:3:10:6:3:3:10 chr9 38398150 . G C 372.31 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=17;FWDB=0.000684928;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.777;QD=14.3198;RBI=0.0333802;REFB=-0.00328393;REVB=0.0333732;RO=61;SAF=19;SAR=24;SRF=44;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28564;STB=0.659904;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00357492;OID=.;OPOS=38398150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:61:61:43:43:0.413462:24:19:44:17:24:19:44:17 chr9 38571986 . C G 1767.79 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1785;QD=60.9584;RBI=0.0502594;REFB=0;REVB=-0.0430377;RO=0;SAF=48;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.62389e-05;OID=.;OPOS=38571986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:67:48:0:0:67:49:0:0 chr9 38588602 . T C 968.14 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0439724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.342;QD=54.5432;RBI=0.0713208;REFB=-0.124136;REVB=0.0561523;RO=2;SAF=36;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00159292;STB=0.508303;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0019287;OID=.;OPOS=38588602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:71:71:2:3:68:68:0.957746:32:36:1:1:32:36:1:2 chr9 38595885 . A AC 1827.99 PASS AF=1;AO=16;DP=144;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303543;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.5339;QD=51.8578;RBI=0.0303544;REFB=0;REVB=6.26664e-05;RO=128;SAF=14;SAR=2;SRF=63;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000105145;OID=.;OPOS=38595886;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:144:141:141:0:74:67:0:0:12:128:14:2:63:65 chr9 38595886 . T C 1898.36 PASS AF=0.985816;AO=125;DP=141;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.129854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6528;QD=53.8543;RBI=0.12997;REFB=-0.181127;REVB=0.00549352;RO=16;SAF=60;SAR=65;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845996;STB=0.507575;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0128741;OID=.;OPOS=38595886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:141:141:16:2:125:139:0.985816:65:60:14:2:65:74:0:2 chr9 38603140 . A AT 1072.23 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00634671;FXX=0.0266631;HRUN=0;LEN=1;MLLD=268.48;QD=58.7526;RBI=0.00641469;REFB=-0.121205;REVB=0.000931398;RO=2;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337447;STB=0.508769;STBP=0.287;TYPE=ins;VARB=0.00240646;OID=.;OPOS=38603141;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.986301:72:75:72:73:1:44:28:0:1:3:2:45:27:0:2 chr9 38607506 . G A 223.04 PASS AF=0.275862;AO=32;DP=113;FAO=32;FDP=116;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0397224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.155;QD=7.691;RBI=0.0435425;REFB=-0.012992;REVB=-0.0178347;RO=81;SAF=14;SAR=18;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235963;STB=0.502187;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0285275;OID=.;OPOS=38607506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:81:84:32:32:0.275862:18:14:37:44:18:14:37:47 chr9 38615698 . C T 1433.11 PASS AF=0.595455;AO=129;DP=219;FAO=131;FDP=220;FR=.;FRO=89;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0199207;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5051;QD=26.0566;RBI=0.0417417;REFB=0.00888545;REVB=-0.0366816;RO=89;SAF=66;SAR=63;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293907;STB=0.518914;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00681146;OID=.;OPOS=38615698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:89:89:129:131:0.595455:63:66:49:40:65:66:49:40 chr9 38621995 . C T 484.65 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=60;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0256967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.202;QD=32.3097;RBI=0.0307386;REFB=0.0148899;REVB=-0.0168682;RO=17;SAF=16;SAR=27;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113434;STB=0.561136;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00265486;OID=.;OPOS=38621995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:17:43:43:0.716667:27:16:3:14:27:16:3:14 chr9 39086695 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.816;QD=37.4885;RBI=0.0331697;REFB=0;REVB=0.0328625;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385369;OID=.;OPOS=39086695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr9 39103743 . C T 2248.82 PASS AF=0.979592;AO=143;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0238951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.648;QD=61.1924;RBI=0.0257258;REFB=0.0835628;REVB=-0.00953085;RO=3;SAF=84;SAR=59;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166776;STB=0.508771;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.000451319;OID=.;OPOS=39103743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:147:147:3:3:143:144:0.979592:59:84:3:0:60:84:3:0 chr9 39118196 . C A 387.54 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9599;QD=55.3632;RBI=0.114859;REFB=0;REVB=0.101974;RO=2;SAF=17;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515722;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312667;OID=.;OPOS=39118196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:2:0:26:28:1:9:17:2:0:9:19:0:0 chr9 39118205 . G T 368.74 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135731;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.871;QD=52.6778;RBI=0.113007;REFB=0.0956586;REVB=-0.112189;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488676;STB=0.526296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00140064;OID=.;OPOS=39118205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:28:1:1:27:27:0.964286:9:18:0:1:9:18:0:1 chr9 39118207 . A G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0107056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.782;QD=52.7695;RBI=0.0257108;REFB=-0.0166652;REVB=0.0233759;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488676;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00443834;OID=.;OPOS=39118207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:27:28:0.965517:9:18:0:1:10:18:1:0 chr9 39287976 . C T 685.96 PASS AF=0.767123;AO=56;DP=73;FAO=56;FDP=73;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0522368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.245;QD=37.5869;RBI=0.0529062;REFB=-0.00294327;REVB=0.00838982;RO=17;SAF=16;SAR=40;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251749;STB=0.635542;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000316557;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:17:17:56:56:0.767123:40:16:14:3:40:16:14:3 chr9 40503085 . A G 913.11 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.424;QD=57.975;RBI=0.0632394;REFB=0;REVB=0.00335408;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123352;OID=.;OPOS=40503085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:41:21:0:0:41:22:0:0 chr9 40503123 . C T 1225.37 PASS AF=0.892157;AO=91;DP=102;FAO=91;FDP=102;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00202553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.859;QD=48.0535;RBI=0.00824442;REFB=0.0109309;REVB=-0.00799173;RO=11;SAF=33;SAR=58;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397525;STB=0.521073;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00374333;OID=.;OPOS=40503123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:102:102:11:11:91:91:0.892157:58:33:6:5:58:33:6:5 chr9 40784183 . A G 1205.37 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.727;QD=60.2685;RBI=0.0456038;REFB=0;REVB=0.0154651;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92099e-05;OID=.;OPOS=40784183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:80:0:0:74:80:1:42:32:0:0:47:33:0:0 chr9 43685357 . C A 558.07 PASS AF=0.738462;AO=47;DP=65;FAO=48;FDP=65;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0185125;FXX=0.0298463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.474;QD=34.343;RBI=0.0363817;REFB=-0.0017146;REVB=0.0313195;RO=17;SAF=15;SAR=32;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172751;STB=0.594554;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00236212;OID=.;OPOS=43685357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:17:17:47:48:0.738462:32:15:11:6:33:15:11:6 chr9 43818062 . T A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.615;QD=53.9111;RBI=0.0259542;REFB=0;REVB=0.0236774;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39951e-05;OID=.;OPOS=43818062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chr9 43822762 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0089239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.5;QD=19.1341;RBI=0.0131721;REFB=0.0022484;REVB=-0.00968855;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.000857769;OID=.;OPOS=43822762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:2:0:2:3:2:0 chr9 43861081 . T G 68.23 PASS AF=0.12931;AO=15;DP=116;FAO=15;FDP=116;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.068171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4006;QD=2.35276;RBI=0.0716451;REFB=-0.00705641;REVB=-0.0220392;RO=101;SAF=9;SAR=6;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576503;STB=0.540581;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0486345;OID=.;OPOS=43861081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:116:116:101:101:15:15:0.12931:6:9:56:45:6:9:56:45 chr9 43885064 . G A 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00903747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.416;QD=17.4264;RBI=0.00953564;REFB=-0.00609881;REVB=-0.00304181;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117757;STB=0.566861;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00773725;OID=.;OPOS=43885064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:7:16:11:8:7:16 chr9 44850313 . C T 106.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00503181;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.699;QD=10.9591;RBI=0.0280085;REFB=-0.00534293;REVB=0.0275528;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880921;STB=0.552763;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0123985;OID=.;OPOS=44850313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:8:5:12:14:8:5:12:14 chr9 66457018 . C T 82.68 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0248937;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6675;QD=8.47989;RBI=0.10246;REFB=0.00929829;REVB=0.0993897;RO=28;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176595;STB=0.608104;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0174602;OID=.;OPOS=66457018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:39:28:28:11:11:0.282051:6:5:17:11:6:5:17:11 chr9 66457019 . G A 61.35 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0203333;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.854;QD=6.2928;RBI=0.0523382;REFB=-0.00693613;REVB=-0.048227;RO=30;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385903;STB=0.749424;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0222998;OID=.;OPOS=66457019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:40:39:30:30:9:9:0.230769:2:7:14:16:2:7:14:16 chr9 66457027 . T A 78.49 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00947574;FXX=0.149963;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.699;QD=9.23403;RBI=0.0480562;REFB=-0.00458048;REVB=-0.0471127;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378198;STB=0.736329;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.023754;OID=.;OPOS=66457027;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:40:34:24:24:10:10:0.294118:2:8:12:12:2:8:12:12 chr9 66457051 . GG AG,CA 87.67 PASS AF=0.210526,0.0526316;AO=8,2;DP=44;FAO=8,2;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=3,1;FSAR=5,1;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0141474,0.0357966;FXX=0.136333;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=152.837,141.574;QD=9.22805;RBI=0.0146894,0.0627451;REFB=-0.00364665,0.0031913;REVB=-0.0039532,0.051532;RO=26;SAF=3,1;SAR=5,1;SRF=15;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.236656,-0.0713032;STB=0.651801,0.570734;STBP=0.329,0.863;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00629662,-0.026597;OID=.,.;OPOS=66457051,66457051;OREF=G,GG;OALT=A,CA;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:44:38:26:26:8,2:8,2:0.210526,0.0526316:5,1:3,1:15:11:5,1:3,1:15:11 chr9 66457076 . T C 141.76 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00300577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9951;QD=11.8131;RBI=0.0259607;REFB=0.00196025;REVB=0.0257861;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241761;STB=0.501339;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00714339;OID=.;OPOS=66457076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:31:31:16:17:0.354167:6:10:20:11:6:11:20:11 chr9 66457127 . G A 78.78 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0291922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.463;QD=5.43305;RBI=0.043086;REFB=-0.00705457;REVB=-0.0316894;RO=44;SAF=6;SAR=3;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180803;STB=0.615122;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0241501;OID=.;OPOS=66457127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:58:58:44:45:9:9:0.155172:3:6:23:21:3:6:24:21 chr9 66457151 . G C 33.62 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0228918;FXX=0.041658;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.052;QD=2.92367;RBI=0.0250996;REFB=-0.00692521;REVB=0.0102936;RO=40;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141953;STB=0.605698;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0425004;OID=.;OPOS=66457151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:48:46:40:40:6:6:0.130435:2:4:22:18:2:4:22:18 chr9 66457161 . A G 60.01 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0822393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.846;QD=6.1553;RBI=0.0884255;REFB=-0.0107514;REVB=0.0324928;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191522;STB=0.534807;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0356854;OID=.;OPOS=66457161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:28:30:9:9:0.230769:4:5:16:12:4:5:18:12 chr9 66457169 . AGAG A 37.76 PASS AF=0.24;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0538171;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=3;MLLD=189.769;QD=6.04123;RBI=0.0600384;REFB=-0.0180308;REVB=-0.0266146;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171939;STB=0.529312;STBP=0.915;TYPE=del;VARB=0.0608008;OID=.;OPOS=66457170;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24:6:31:6:25:19:4:2:12:7:37:21:4:2:11:10 chr9 66457192 . T G 34.88 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.187881;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.6229;QD=7.75195;RBI=0.209101;REFB=-0.0623481;REVB=0.0917812;RO=12;SAF=0;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.731329;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.145133;OID=.;OPOS=66457192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:18:18:12:12:4:6:0.333333:4:0:8:4:5:1:8:4 chr9 66457212 . C G 32.34 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0164778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.45;QD=7.60856;RBI=0.0775221;REFB=-0.0257804;REVB=-0.0757506;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125396;STB=0.576693;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.216187;OID=.;OPOS=66457212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:4:6:5:2:4:6 chr9 66457216 . A G 68.21 PASS AF=0.625;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0167067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.317;QD=17.053;RBI=0.022173;REFB=-0.0182622;REVB=0.0145784;RO=5;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143326;STB=0.644839;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.018333;OID=.;OPOS=66457216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:16:5:6:9:10:0.625:7:2:2:3:8:2:3:3 chr9 66457233 . G C 64.03 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.000455748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1035;QD=9.4856;RBI=0.0141631;REFB=-0.0184158;REVB=-0.0141557;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705676;STB=0.542765;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0187724;OID=.;OPOS=66457233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:5:13:6:3:5:13 chr9 66457253 . A C 97.55 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=37;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0276093;FXX=0.23678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.851;QD=13.4557;RBI=0.0312611;REFB=-0.00679199;REVB=-0.0146625;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170123;STB=0.642645;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0152717;OID=.;OPOS=66457253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:37:29:18:18:10:11:0.37931:8:2:2:16:8:3:2:16 chr9 66457265 . C A 50.55 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0175679;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.476;QD=4.5951;RBI=0.0316082;REFB=-0.00433243;REVB=-0.0262764;RO=36;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343858;STB=0.7253;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.024899;OID=.;OPOS=66457265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:45:44:36:36:8:8:0.181818:3:5:12:24:3:5:12:24 chr9 66457270 . G A 49.18 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0390099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1935;QD=4.09846;RBI=0.0494036;REFB=0.00279015;REVB=0.0303142;RO=39;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28585;STB=0.681385;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0147028;OID=.;OPOS=66457270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:39:40:8:8:0.166667:3:5:15:24:3:5:16:24 chr9 66457278 . G T 59.0 PASS AF=0.2;AO=5;DP=31;FAO=5;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0121429;FXX=0.218682;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.117;QD=9.44071;RBI=0.0214434;REFB=-0.0184233;REVB=-0.017674;RO=12;SAF=3;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296011;STB=0.66611;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0496559;OID=.;OPOS=66457278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:31:25:12:15:5:5:0.2:2:3:10:2:2:3:12:3 chr9 66457313 . G A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=20;FSRR=0;FWDB=0.0121446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.932;QD=14.1388;RBI=0.0121446;REFB=-0.0401861;REVB=0;RO=20;SAF=14;SAR=0;SRF=20;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0588264;OID=.;OPOS=66457313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:0:14:20:0:0:14:20:0 chr9 66457317 . C T 34.65 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=28;FSRR=0;FWDB=0.00236239;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5859;QD=4.07626;RBI=0.00236239;REFB=-0.0103113;REVB=0;RO=28;SAF=6;SAR=0;SRF=28;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.070435;OID=.;OPOS=66457317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:34:28:28:6:6:0.176471:0:6:28:0:0:6:28:0 chr9 66457388 . T G 287.93 PASS AF=0.5;AO=29;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=0;FWDB=0.00646584;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.613;QD=18.5762;RBI=0.0689489;REFB=-0.0177416;REVB=0.068645;RO=30;SAF=29;SAR=0;SRF=30;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.670254;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0203;OID=.;OPOS=66457388;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:31:29:31:0.5:0:29:30:0:1:30:31:0 chr9 66457399 . T G 74.61 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=57;FSRR=0;FWDB=-0.00121959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.105;QD=4.26329;RBI=0.0302101;REFB=-0.00123932;REVB=0.0301854;RO=56;SAF=11;SAR=2;SRF=56;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.653785;STB=0.86058;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00881173;OID=.;OPOS=66457399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:56:57:13:13:0.185714:2:11:56:0:2:11:57:0 chr9 66457440 . A G 39.42 PASS AF=0.077381;AO=12;DP=166;FAO=13;FDP=168;FR=.;FRO=155;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=84;FSRR=71;FWDB=-0.00406769;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.898;QD=0.938599;RBI=0.0042499;REFB=-0.00131221;REVB=0.00123108;RO=150;SAF=5;SAR=7;SRF=80;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127968;STB=0.642964;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0178431;OID=.;OPOS=66457440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:166:168:150:155:12:13:0.077381:7:5:80:70:8:5:84:71 chr9 66457451 . T C 107.83 PASS AF=0.136364;AO=24;DP=176;FAO=24;FDP=176;FR=.;FRO=152;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=74;FSRR=78;FWDB=-0.0445961;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7447;QD=2.45065;RBI=0.0459216;REFB=0.00112857;REVB=-0.0109538;RO=150;SAF=9;SAR=15;SRF=73;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142819;STB=0.5979;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00294694;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:150:152:24:24:0.136364:15:9:73:77:15:9:74:78 chr9 66457465 . T G 317.05 PASS AF=0.262857;AO=48;DP=176;FAO=46;FDP=175;FR=.;FRO=129;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=0.00257186;FXX=0.0112988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.824;QD=7.2469;RBI=0.0704898;REFB=-0.0146125;REVB=-0.0704429;RO=128;SAF=21;SAR=27;SRF=60;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387638;STB=0.528337;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0286586;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:128:129:48:46:0.262857:27:21:60:68:26:20:61:68 chr9 66457467 . GTTTTTTTC GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT 1019.36 PASS AF=0.133333,0.433333,0.253333;AO=20,46,32;DP=173;FAO=20,65,38;FDP=150;FR=.;FRO=27;FSAF=3,33,14;FSAR=17,32,24;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.11433,-0.0525386,-0.0764897;FXX=0.13294;HRUN=7,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=8.40545,18.1712,19.5517;QD=27.183;RBI=0.277128,0.0562205,0.109784;REFB=-0.204536,-0.00303437,0.0805094;REVB=-0.252446,-0.020011,0.0787517;RO=19;SAF=3,26,15;SAR=17,20,17;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.521372,-0.0661045,-0.145604;STB=0.793285,0.524934,0.594991;STBP=0.008,0.484,0.074;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0844898,0.00344106,0.0316623;OID=.,.,.;OPOS=66457468,66457475,66457475;OREF=T,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.133333,0.433333,0.253333:20,46,32:173:20,65,38:150:27:3,33,14:17,32,24:16:11:58:19:3,26,15:17,20,17:13:6 chr9 66457480 . G A 192.22 PASS AF=0.171296;AO=37;DP=220;FAO=37;FDP=216;FR=.;FRO=179;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=83;FSRR=96;FWDB=0.0174702;FXX=0.018181;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4789;QD=3.55967;RBI=0.0917662;REFB=0.00572321;REVB=0.0900879;RO=175;SAF=14;SAR=23;SRF=81;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111193;STB=0.572452;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.028482;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:216:175:179:37:37:0.171296:23:14:81:94:23:14:83:96 chr9 66457498 . G T 59.37 PASS AF=0.0792453;AO=20;DP=287;FAO=21;FDP=265;FR=.,HEALED;FRO=244;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=102;FSRR=142;FWDB=-0.00635267;FXX=0.0924626;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.103;QD=0.896196;RBI=0.0525554;REFB=-0.00319844;REVB=-0.05217;RO=193;SAF=7;SAR=13;SRF=88;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129171;STB=0.582806;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0367292;OID=.;OPOS=66457498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:287:265:193:244:20:21:0.0792453:13:7:88:105:14:7:102:142 chr9 66457513 . A T 51.3 PASS AF=0.0688623;AO=23;DP=336;FAO=23;FDP=334;FR=.;FRO=311;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=129;FSRR=182;FWDB=-0.00102698;FXX=0.0059522;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.343;QD=0.6144;RBI=0.0353644;REFB=-4.38536e-05;REVB=-0.0353494;RO=302;SAF=4;SAR=19;SRF=126;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297391;STB=0.758383;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0016045;OID=.;OPOS=66457513;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:336:334:302:311:23:23:0.0688623:19:4:126:176:19:4:129:182 chr9 66457535 . T C 35.51 PASS AF=0.0568182;AO=21;DP=353;FAO=20;FDP=352;FR=.;FRO=332;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=133;FSRR=199;FWDB=0.0168476;FXX=0.00283278;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0101;QD=0.403505;RBI=0.0168677;REFB=0.00230877;REVB=0.000823342;RO=332;SAF=8;SAR=13;SRF=133;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214541;STB=0.500591;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0394721;OID=.;OPOS=66457535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:353:352:332:332:21:20:0.0568182:13:8:133:199:12:8:133:199 chr9 66457549 . A G 129.45 PASS AF=0.108108;AO=36;DP=357;FAO=36;FDP=333;FR=.;FRO=297;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=121;FSRR=176;FWDB=-0.0313465;FXX=0.0724214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.105;QD=1.55493;RBI=0.0472169;REFB=-0.00485659;REVB=-0.0353106;RO=286;SAF=14;SAR=22;SRF=117;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026136;STB=0.517232;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0398692;OID=.;OPOS=66457549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:333:286:297:36:36:0.108108:22:14:117:169:22:14:121:176 chr9 66457562 . C T 115.52 PASS AF=0.10119;AO=33;DP=331;FAO=34;FDP=336;FR=.,HEALED;FRO=302;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=123;FSRR=179;FWDB=-0.000265772;FXX=0.0175433;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.717;QD=1.37518;RBI=0.0265191;REFB=-0.0031337;REVB=-0.0265178;RO=249;SAF=15;SAR=18;SRF=104;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468798;STB=0.531098;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0233494;OID=.;OPOS=66457562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:336:249:302:33:34:0.10119:18:15:104:145:19:15:123:179 chr9 66457585 . G T 110.89 PASS AF=0.106164;AO=30;DP=293;FAO=31;FDP=292;FR=.;FRO=261;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=105;FSRR=156;FWDB=-0.0238934;FXX=0.00680249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.977;QD=1.51904;RBI=0.0243179;REFB=-0.00161248;REVB=0.00452409;RO=262;SAF=12;SAR=18;SRF=107;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010636;STB=0.514217;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0116124;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:292:262:261:30:31:0.106164:18:12:107:155:19:12:105:156 chr9 66457588 . T C 254.88 PASS AF=0.171329;AO=49;DP=287;FAO=49;FDP=286;FR=.;FRO=237;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=99;FSRR=138;FWDB=0.065929;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.247;QD=3.56468;RBI=0.0686015;REFB=-0.00750825;REVB=-0.0189615;RO=236;SAF=16;SAR=33;SRF=99;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127901;STB=0.581041;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0509676;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:286:236:237:49:49:0.171329:33:16:99:137:33:16:99:138 chr9 66457594 . AG GA,GG 2074.56 PASS AF=0,0.694118;AO=15,163;DP=251;FAO=0,177;FDP=255;FR=.;FRO=78;FSAF=0,65;FSAR=0,112;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00470445,-0.00994007;FXX=0.0229876;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=61.7656,220.285;QD=32.542;RBI=0.084901,0.0361902;REFB=0.0397776,-0.033538;REVB=-0.0847706,0.0347984;RO=73;SAF=5,65;SAR=10,98;SRF=35;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.188262,-0.04807;STB=0.5,0.534602;STBP=1,0.096;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0164423;OID=.,.;OPOS=66457594,66457594;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:251:255:73:78:15,163:0,177:0,0.694118:10,98:5,65:35:38:0,112:0,65:37:41 chr9 66457628 . G A 31.98 PASS AF=0.0666667;AO=13;DP=194;FAO=13;FDP=195;FR=.;FRO=182;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=79;FSRR=103;FWDB=0.0733669;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5329;QD=0.656055;RBI=0.075858;REFB=-0.000134883;REVB=-0.0192807;RO=175;SAF=7;SAR=6;SRF=80;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879137;STB=0.596415;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.010793;OID=.;OPOS=66457628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:194:195:175:182:13:13:0.0666667:6:7:80:95:6:7:79:103 chr9 66458150 . C T 334.21 PASS AF=0.141527;AO=75;DP=536;FAO=76;FDP=537;FR=.;FRO=461;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=265;FSRR=196;FWDB=-0.0306253;FXX=0.00371051;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.677;QD=2.48949;RBI=0.0307131;REFB=-0.0054241;REVB=0.00232101;RO=446;SAF=42;SAR=33;SRF=256;SRR=190;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018388;STB=0.51935;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0306773;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:536:537:446:461:75:76:0.141527:33:42:256:190:34:42:265:196 chr9 66458154 . A AC 73.85 PASS AF=0.124767;AO=64;DP=548;FAO=67;FDP=537;FR=.;FRO=470;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=270;FSRR=200;FWDB=0.0525163;FXX=0.0218575;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.9936;QD=0.550094;RBI=0.052779;REFB=-0.00337085;REVB=0.00526022;RO=471;SAF=36;SAR=28;SRF=274;SRR=197;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248546;STB=0.532852;STBP=0.565;TYPE=ins;VARB=0.0119399;OID=.;OPOS=66458155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.124767:64:548:67:537:470:36:31:270:200:73:471:36:28:274:197 chr9 66458183 . A G 133.38 PASS AF=0.0862069;AO=32;DP=564;FAO=50;FDP=580;FR=.;FRO=530;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=289;FSRR=241;FWDB=0.0437535;FXX=0.00172114;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1009;QD=0.919847;RBI=0.046058;REFB=0.00159003;REVB=0.0143866;RO=518;SAF=20;SAR=12;SRF=280;SRR=238;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894978;STB=0.523174;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00874339;OID=.;OPOS=66458183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:580:518:530:32:50:0.0862069:12:20:280:238:24:26:289:241 chr9 66458195 . TC GA,GC 519.26 PASS AF=0.0559567,0.135379;AO=31,74;DP=551;FAO=31,75;FDP=554;FR=.;FRO=448;FSAF=13,37;FSAR=18,38;FSRF=245;FSRR=203;FWDB=-0.0145161,-0.00159744;FXX=0.00180177;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=167.022,72.3488;QD=3.74919;RBI=0.0398786,0.0277189;REFB=-0.00164003,-0.00303609;REVB=0.0371427,0.0276729;RO=437;SAF=13,37;SAR=18,37;SRF=237;SRR=200;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.133491,-0.0547167;STB=0.617725,0.545804;STBP=0.177,0.405;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000777548,0.0113157;OID=.,.;OPOS=66458195,66458195;OREF=TC,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:551:554:437:448:31,74:31,75:0.0559567,0.135379:18,37:13,37:237:200:18,38:13,37:245:203 chr9 66458198 . C G 337.33 PASS AF=0.140511;AO=77;DP=548;FAO=77;FDP=548;FR=.;FRO=471;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=249;FSRR=222;FWDB=0.017833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.387;QD=2.46226;RBI=0.0746825;REFB=0.000808256;REVB=0.0725222;RO=470;SAF=38;SAR=39;SRF=248;SRR=222;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440127;STB=0.53019;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00483997;OID=.;OPOS=66458198;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:548:548:470:471:77:77:0.140511:39:38:248:222:39:38:249:222 chr9 66458231 . GCC GC,GCG 3107.64 PASS AF=0.767164,0.041791;AO=234,22;DP=353;FAO=257,14;FDP=335;FR=.;FRO=64;FSAF=137,5;FSAR=120,9;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0279905,0.0312346;FXX=0.0846971;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.2957,14.5073;QD=37.1062;RBI=0.0283472,0.0425182;REFB=-0.0590205,-0.0423054;REVB=0.00448231,-0.0288479;RO=63;SAF=132,5;SAR=102,17;SRF=32;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.022755,-0.36551;STB=0.503492,0.630808;STBP=0.764,0.318;TYPE=del,snp;VARB=0.0181444,0.0105686;OID=.,.;OPOS=66458232,66458233;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.767164,0.041791:234,22:353:257,14:335:64:137,5:120,9:33:31:99:63:132,5:102,17:32:31 chr9 66458238 . G C 43.05 PASS AF=0.0676056;AO=24;DP=358;FAO=24;FDP=355;FR=.;FRO=331;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=176;FSRR=155;FWDB=-0.0265743;FXX=0.01662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.942;QD=0.485045;RBI=0.0284392;REFB=-0.00478525;REVB=0.0101289;RO=334;SAF=11;SAR=13;SRF=177;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779228;STB=0.509315;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0641881;OID=.;OPOS=66458238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:358:355:334:331:24:24:0.0676056:13:11:177:157:11:13:176:155 chr9 66458240 . G A 89.39 PASS AF=0.0868347;AO=31;DP=361;FAO=31;FDP=357;FR=.;FRO=326;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=171;FSRR=155;FWDB=-0.0173149;FXX=0.01108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.576;QD=1.00158;RBI=0.0185867;REFB=-0.0014933;REVB=0.00675719;RO=311;SAF=17;SAR=14;SRF=159;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442935;STB=0.521875;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0207402;OID=.;OPOS=66458240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:361:357:311:326:31:31:0.0868347:14:17:159:152:14:17:171:155 chr9 66499220 . C T 127.62 PASS AF=0.144385;AO=27;DP=189;FAO=27;FDP=187;FR=.;FRO=160;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=75;FSRR=85;FWDB=0.00416357;FXX=0.0105815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.598;QD=2.7299;RBI=0.00739349;REFB=0.00140549;REVB=0.00610969;RO=159;SAF=18;SAR=9;SRF=75;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248118;STB=0.668914;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0169193;OID=.;OPOS=66499220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:187:159:160:27:27:0.144385:9:18:75:84:9:18:75:85 chr9 66499292 . T C 39.36 PASS AF=0.0689655;AO=16;DP=232;FAO=16;FDP=232;FR=.;FRO=216;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=105;FSRR=111;FWDB=0.00406386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.454;QD=0.678576;RBI=0.0095021;REFB=0.000748089;REVB=-0.00858924;RO=215;SAF=5;SAR=11;SRF=105;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193942;STB=0.664626;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00769135;OID=.;OPOS=66499292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:232:232:215:216:16:16:0.0689655:11:5:105:110:11:5:105:111 chr9 66499336 . A C 94.27 PASS AF=0.137931;AO=20;DP=145;FAO=20;FDP=145;FR=.;FRO=125;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=-0.0441471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.451;QD=2.60066;RBI=0.0444213;REFB=0.00402701;REVB=0.0049283;RO=125;SAF=9;SAR=11;SRF=60;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379024;STB=0.525962;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0196312;OID=.;OPOS=66499336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:145:145:125:125:20:20:0.137931:11:9:60:65:11:9:60:65 chr9 66499356 . G A 82.93 PASS AF=0.150943;AO=16;DP=106;FAO=16;FDP=106;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.01399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.889;QD=3.12944;RBI=0.014056;REFB=0.00269313;REVB=-0.0013609;RO=90;SAF=8;SAR=8;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279231;STB=0.518844;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.0130025;OID=.;OPOS=66499356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:106:106:90:90:16:16:0.150943:8:8:47:43:8:8:47:43 chr9 66553812 . G A 128.66 PASS AF=0.18254;AO=23;DP=128;FAO=23;FDP=126;FR=.;FRO=103;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=80;FWDB=0.00419967;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.583;QD=4.08429;RBI=0.00969892;REFB=-0.00275769;REVB=0.00874253;RO=92;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255198;STB=0.653673;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0102192;OID=.;OPOS=66553812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:92:103:23:23:0.18254:14:9:20:72:14:9:23:80 chr9 68415318 . G A 33.03 PASS AF=0.0625;AO=15;DP=233;FAO=15;FDP=240;FR=.;FRO=225;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=93;FSRR=132;FWDB=-0.0295689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.066;QD=0.550555;RBI=0.0321904;REFB=-0.000460407;REVB=0.012724;RO=218;SAF=6;SAR=9;SRF=86;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00611292;STB=0.512936;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.011755;OID=.;OPOS=68415318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:233:240:218:225:15:15:0.0625:9:6:86:132:9:6:93:132 chr9 68415338 . A C 150.28 PASS AF=0.157068;AO=30;DP=192;FAO=30;FDP=191;FR=.;FRO=161;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=95;FWDB=-0.052943;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5986;QD=3.14721;RBI=0.0534721;REFB=-0.000384408;REVB=0.0075035;RO=160;SAF=19;SAR=11;SRF=65;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285028;STB=0.682826;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00260334;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:160:161:30:30:0.157068:11:19:65:95:11:19:66:95 chr9 68415352 . A G 69.55 PASS AF=0.108434;AO=18;DP=166;FAO=18;FDP=166;FR=.;FRO=148;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=67;FSRR=81;FWDB=-0.00852536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.485;QD=1.67591;RBI=0.00940462;REFB=-0.000569081;REVB=0.00397053;RO=145;SAF=5;SAR=13;SRF=65;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218985;STB=0.665526;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00693112;OID=.;OPOS=68415352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:166:166:145:148:18:18:0.108434:13:5:65:80:13:5:67:81 chr9 68415354 . GC GT,TA 100.4 PASS AF=0.0828025,0.0700637;AO=13,11;DP=157;FAO=13,11;FDP=157;FR=.;FRO=133;FSAF=5,1;FSAR=8,10;FSRF=64;FSRR=69;FWDB=-0.0413797,-0.0381709;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=68.6381,139.049;QD=2.55806;RBI=0.0597797,0.0411386;REFB=-0.00459522,-0.000813076;REVB=-0.0431432,-0.0153416;RO=125;SAF=5,1;SAR=8,10;SRF=64;SRR=61;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.14934,-0.484156;STB=0.588976,0.890868;STBP=0.523,0.009;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0746211,0.0104728;OID=.,.;OPOS=68415355,68415354;OREF=C,GC;OALT=T,TA;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:157:157:125:133:13,11:13,11:0.0828025,0.0700637:8,10:5,1:64:61:8,10:5,1:64:69 chr9 68415386 . G A 148.69 PASS AF=0.22449;AO=21;DP=99;FAO=22;FDP=98;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0149066;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8654;QD=6.06901;RBI=0.0151689;REFB=-0.00977964;REVB=-0.00280914;RO=78;SAF=5;SAR=16;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230084;STB=0.653694;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0159697;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:78:76:21:22:0.22449:16:5:31:47:17:5:30:46 chr9 68415387 . GA AT,GT 796.76 PASS AF=0.105263,0.610526;AO=9,56;DP=95;FAO=10,58;FDP=95;FR=.;FRO=27;FSAF=3,22;FSAR=7,36;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0793205,-0.0321336;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=57.1807,151.197;QD=33.5479;RBI=0.079477,0.035189;REFB=0.00562868,-0.00931071;REVB=0.00498517,0.0143421;RO=27;SAF=3,20;SAR=6,36;SRF=9;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0156734;STB=0.528244,0.51562;STBP=0.864,0.683;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00286672,0.00265374;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:95:95:27:27:9,56:10,58:0.105263,0.610526:6,36:3,20:9:18:7,36:3,22:9:18 chr9 68415394 . T A 42.75 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=93;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=-0.00062356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.859;QD=1.83852;RBI=0.0034722;REFB=-0.00806574;REVB=-0.00341575;RO=81;SAF=3;SAR=7;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929724;STB=0.573341;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0614901;OID=.;OPOS=68415394;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:93:93:81:83:10:10:0.107527:7:3:30:51:7:3:31:52 chr9 68415397 . T C 72.99 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.00675379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.567;QD=3.13923;RBI=0.0130547;REFB=-0.00648951;REVB=-0.0111719;RO=77;SAF=3;SAR=11;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268627;STB=0.688435;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.033006;OID=.;OPOS=68415397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:93:93:77:79:14:14:0.150538:11:3:31:46:11:3:32:47 chr9 69002294 . C T 155.43 PASS AF=0.271605;AO=21;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0147271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.996;QD=7.67572;RBI=0.0152573;REFB=-0.007602;REVB=0.00398726;RO=59;SAF=13;SAR=8;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15685;STB=0.607207;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0235772;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:59:59:21:22:0.271605:8:13:29:30:8:14:29:30 chr9 69002304 . C G 174.38 PASS AF=0.272727;AO=23;DP=88;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0361344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9981;QD=7.92649;RBI=0.0427725;REFB=0.00337671;REVB=0.0228865;RO=64;SAF=14;SAR=9;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133941;STB=0.561018;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00263506;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:64:23:24:0.272727:9:14:32:32:10:14:32:32 chr9 69002317 . T C 209.35 PASS AF=0.28;AO=28;DP=101;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00124822;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.507;QD=8.37402;RBI=0.0166911;REFB=-0.00131896;REVB=-0.0166443;RO=71;SAF=16;SAR=12;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078132;STB=0.551687;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0016004;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:71:72:28:28:0.28:12:16:36:35:12:16:36:36 chr9 69181551 . C A 87.85 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=7;FWDB=-0.037728;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6357;QD=6.38917;RBI=0.0378654;REFB=-0.00626522;REVB=0.00322377;RO=40;SAF=12;SAR=1;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276298;STB=0.671001;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0277373;OID=.;OPOS=69181551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:57:55:40:42:13:13:0.236364:1:12:33:7:1:12:35:7 chr9 69181556 . T G 114.66 PASS AF=0.246753;AO=14;DP=72;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=50;FSRR=8;FWDB=-0.00597185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.884;QD=5.95647;RBI=0.0165479;REFB=-0.0169807;REVB=0.0154327;RO=58;SAF=14;SAR=0;SRF=50;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658782;STB=0.704065;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0592326;OID=.;OPOS=69181556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:58:58:14:19:0.246753:0:14:50:8:1:18:50:8 chr9 69181562 . A T 125.97 PASS AF=0.240506;AO=18;DP=77;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=52;FSRR=8;FWDB=0.0387863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.256;QD=6.37809;RBI=0.0457395;REFB=-0.0148068;REVB=-0.024243;RO=59;SAF=17;SAR=1;SRF=51;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293639;STB=0.698003;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0546971;OID=.;OPOS=69181562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:59:60:18:19:0.240506:1:17:51:8:1:18:52:8 chr9 69181945 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0934818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.5038;QD=39.2062;RBI=0.0979194;REFB=0;REVB=0.0291439;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110111;OID=.;OPOS=69181945;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr9 69256833 . A G 1591.1 PASS AF=0.582677;AO=148;DP=255;FAO=148;FDP=254;FR=.;FRO=106;FSAF=64;FSAR=84;FSRF=59;FSRR=47;FWDB=0.0251477;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2236;QD=25.0567;RBI=0.0721466;REFB=-0.0101065;REVB=0.0676219;RO=105;SAF=64;SAR=84;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923295;STB=0.552034;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0107138;OID=.;OPOS=69256833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:254:105:106:148:148:0.582677:84:64:58:47:84:64:59:47 chr9 71396661 . CCT CC,CTT,TCC,TTC,TTT 66.01 PASS AF=0.64,0,0.04,0.24,0;AO=5,4,2,4,7;DP=42;FAO=16,0,1,6,0;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=4,0,0,0,0;FSAR=12,0,1,6,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.309133,0.0601438,-0.120525,0.0149525,-0.00451935;FXX=0.166611;HRUN=11,2,2,2,2;LEN=1,1,3,3,2;MLLD=3.65597,17.6806,12.3033,29.3683,166.216;QD=10.562;RBI=0.373302,0.0625674,0.121655,0.0955942,0.00655229;REFB=-0.069793,-0.000455652,-0.0166997,0.00493624,-0.00664004;REVB=-0.209264,0.0172453,-0.0165463,-0.0944176,0.00474426;RO=18;SAF=2,0,1,0,0;SAR=3,4,1,4,7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.0823023,-0.609289,0.170612,-0.609289,-0.707182;STB=0.538415,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=0.55,1,1,1,1;TYPE=del,snp,mnp,mnp,mnp;VARB=0.109964,0,0.0852447,0.0196676,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=71396663,71396662,71396661,71396661,71396661;OREF=T,C,CCT,CCT,CC;OALT=-,T,TCC,TTC,TT;OMAPALT=CC,CTT,TCC,TTC,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/4:38:42:25:18:2:5,4,2,4,7:16,0,1,6,0:0.64,0,0.04,0.24,0:3,4,1,4,7:2,0,1,0,0:6:12:12,0,1,6,0:4,0,0,0,0:0:2 chr9 71396746 . A G 307.97 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0505823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.066;QD=24.1546;RBI=0.0508506;REFB=-0.0222774;REVB=-0.00521661;RO=21;SAF=18;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198246;STB=0.609302;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0214059;OID=.;OPOS=71396746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:12:18:7:14:12:18:7:14 chr9 71396859 . C G 353.97 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0124039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.633;QD=16.0894;RBI=0.0556742;REFB=-0.0203189;REVB=0.0542748;RO=50;SAF=11;SAR=26;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332777;STB=0.674214;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0264619;OID=.;OPOS=71396859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:37:38:0.431818:26:11:31:19:26:12:31:19 chr9 71397734 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000668025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.953;QD=17.5597;RBI=0.00247037;REFB=0.00481785;REVB=0.00237833;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969551;STB=0.555492;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00484006;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:12:6:9:12:12:6:9:12 chr9 71397747 . T C 111.86 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0480595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4276;QD=15.9798;RBI=0.0487273;REFB=-0.0138668;REVB=0.00803931;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783935;STB=0.545384;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00898927;OID=.;OPOS=71397747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:7:8:8:5:7:8 chr9 71628207 . G C 224.71 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=11;FWDB=0.000273361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.275;QD=10.8295;RBI=0.00294566;REFB=0.000429119;REVB=0.00293295;RO=55;SAF=16;SAR=12;SRF=44;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283791;STB=0.661666;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00111589;OID=.;OPOS=71628207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:12:16:44:11:12:16:44:11 chr9 71841018 . A G 496.91 PASS AF=0.383117;AO=59;DP=154;FAO=59;FDP=154;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.0310963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.454;QD=12.9066;RBI=0.031533;REFB=-0.0103971;REVB=-0.00523027;RO=93;SAF=38;SAR=21;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211135;STB=0.625959;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0187661;OID=.;OPOS=71841018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:93:95:59:59:0.383117:21:38:42:51:21:38:42:53 chr9 71843023 . C A 451.55 PASS AF=0.555556;AO=42;DP=74;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00136696;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.3127;QD=22.2989;RBI=0.0620186;REFB=-0.0682401;REVB=0.0620035;RO=32;SAF=21;SAR=21;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491847;STB=0.504937;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0402561;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:81:32:36:42:45:0.555556:21:21:14:18:23:22:18:18 chr9 71862975 . C T 2679.6 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540245;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.387;QD=61.9561;RBI=0.00722823;REFB=0.00401627;REVB=-0.00480217;RO=1;SAF=88;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537844;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00493e-06;OID=.;OPOS=71862975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:173:1:0:173:173:1:85:88:1:0:85:88:0:0 chr9 71862987 . G A 2739.21 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388008;FXX=0.0112353;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.528;QD=62.2549;RBI=0.00583579;REFB=-0.0593133;REVB=-0.00435905;RO=1;SAF=92;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563338;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71992e-05;OID=.;OPOS=71862987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:176:1:0:176:176:1:84:92:0:1:84:92:0:0 chr9 72131577 . A C 2017.35 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328102;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.432;QD=62.5536;RBI=0.0388873;REFB=0;REVB=-0.0208738;RO=0;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237917;OID=.;OPOS=72131577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:129:0:0:129:129:1:67:62:0:0:67:62:0:0 chr9 72373624 . A G 3330.9 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602226;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.357;QD=61.9703;RBI=0.0126035;REFB=-0.0827389;REVB=0.0110717;RO=0;SAF=104;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104609;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:216:215:0:0:215:215:1:111:104:0:0:111:104:0:0 chr9 72741312 . G A 1545.97 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860443;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1798;QD=59.4604;RBI=0.0331069;REFB=0;REVB=0.0319692;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648037;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:102:104:1:57:45:0:0:58:46:0:0 chr9 72841360 . A T 1278.01 PASS AF=0.966667;AO=79;DP=83;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.121424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.137;QD=56.8003;RBI=0.12259;REFB=-0.116828;REVB=0.0168685;RO=4;SAF=33;SAR=46;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309389;STB=0.50777;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0059856;OID=.;OPOS=72841360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:83:90:4:3:79:87:0.966667:46:33:3:1:49:38:2:1 chr9 72897434 . G A 483.93 PASS AF=0.37415;AO=55;DP=148;FAO=55;FDP=147;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.0424803;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.796;QD=13.1681;RBI=0.0603967;REFB=-0.0096627;REVB=-0.0429323;RO=90;SAF=28;SAR=27;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828377;STB=0.539645;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0169814;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:90:92:55:55:0.37415:27:28:39:51:27:28:41:51 chr9 73150984 . C T 2829.8 PASS AF=1;AO=171;DP=174;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7307;QD=62.1935;RBI=0.0152387;REFB=0;REVB=-0.00392795;RO=1;SAF=78;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31036e-05;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:182:1:0:171:182:1:93:78:1:0:100:82:0:0 chr9 73151715 . C T 2173.89 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00224861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.353;QD=63.0112;RBI=0.00772083;REFB=0;REVB=0.00738613;RO=0;SAF=59;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74169e-06;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:79:59:0:0:79:59:0:0 chr9 73151970 . C T 1885.03 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.014451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.26;QD=59.8424;RBI=0.0235569;REFB=-0.186634;REVB=0.0186036;RO=2;SAF=52;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179191;STB=0.509258;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000484019;OID=.;OPOS=73151970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:126:2:2:123:124:0.984127:71:52:2:0:71:53:2:0 chr9 73194308 . G C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0132459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.209;QD=16.1724;RBI=0.0174306;REFB=-0.00993748;REVB=-0.0113301;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108559;STB=0.562422;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0142369;OID=.;OPOS=73194308;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:9:11:7:9:9:11 chr9 73240431 . T G 155.82 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.00153468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5828;QD=9.44357;RBI=0.0243925;REFB=-0.0209787;REVB=0.0243441;RO=44;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235835;STB=0.643239;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.047438;OID=.;OPOS=73240431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:45:21:21:0.318182:10:11:14:30:10:11:14:31 chr9 73376414 . G T 959.42 PASS AF=0.573333;AO=84;DP=148;FAO=86;FDP=150;FR=.;FRO=64;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00757441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.843;QD=25.5846;RBI=0.0290187;REFB=0.00134617;REVB=-0.0280127;RO=64;SAF=48;SAR=36;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820866;STB=0.543414;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.000917725;OID=.;OPOS=73376414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:64:64:84:86:0.573333:36:48:30:34:37:49:30:34 chr9 73391369 . T C 465.0 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.000361981;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=259.951;QD=22.1426;RBI=0.0257546;REFB=-0.0324158;REVB=0.025752;RO=37;SAF=9;SAR=36;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335297;STB=0.689562;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0173036;OID=.;OPOS=73391369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:39:45:45:0.535714:36:9:20:17:36:9:21:18 chr9 73391409 . C CA,CAA 259.38 PASS AF=0.891304,0.108696;AO=24,15;DP=53;FAO=41,5;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=32,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.260881,0.158725;FXX=0.041658;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.54198,9.77264;QD=22.5548;RBI=0.274275,0.163969;REFB=0,0;REVB=-0.0846622,-0.0411354;RO=14;SAF=4,2;SAR=20,13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.304903,-0.420722;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0400961,0.0155068;OID=.,.;OPOS=73391410,73391410;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=CA,CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.891304,0.108696:24,15:53:41,5:46:0:9,0:32,5:0:0:9:14:4,2:20,13:7:7 chr9 73408518 . T G 2460.77 PASS AF=0.531818;AO=233;DP=438;FAO=234;FDP=440;FR=.;FRO=206;FSAF=126;FSAR=108;FSRF=106;FSRR=100;FWDB=0.00963577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.621;QD=22.3707;RBI=0.010516;REFB=-0.00636737;REVB=0.00421163;RO=201;SAF=125;SAR=108;SRF=106;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00779708;STB=0.511235;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00488388;OID=.;OPOS=73408518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:440:201:206:233:234:0.531818:108:125:106:95:108:126:106:100 chr9 73461337 . T A 540.19 PASS AF=0.324074;AO=70;DP=216;FAO=70;FDP=216;FR=.;FRO=146;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=81;FSRR=65;FWDB=-0.0189135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.402;QD=10.0036;RBI=0.0213801;REFB=-0.0201339;REVB=0.00996954;RO=145;SAF=31;SAR=39;SRF=81;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135094;STB=0.575321;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0471506;OID=.;OPOS=73461337;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:145:146:70:70:0.324074:39:31:81:64:39:31:81:65 chr9 74969864 . T C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00828745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1803;QD=20.601;RBI=0.0271478;REFB=-0.0198622;REVB=0.0258519;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718662;STB=0.54043;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0186163;OID=.;OPOS=74969864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:7:12:11:9:7:12 chr9 74975136 . T C 1476.21 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9547;QD=62.1563;RBI=0.0251602;REFB=-0.0371991;REVB=0.0222136;RO=1;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093882;STB=0.504949;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00159772;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:50:43:0:1:50:44:0:1 chr9 74979391 . G C 2116.76 PASS AF=0.512195;AO=210;DP=410;FAO=210;FDP=410;FR=.;FRO=200;FSAF=99;FSAR=111;FSRF=93;FSRR=107;FWDB=-0.00543481;FXX=0.00243303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.165;QD=20.6513;RBI=0.00760936;REFB=-0.012269;REVB=0.0053259;RO=200;SAF=99;SAR=111;SRF=93;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576097;STB=0.503147;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0112553;OID=.;OPOS=74979391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:410:200:200:210:210:0.512195:111:99:93:107:111:99:93:107 chr9 75303653 . C T 165.93 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=57;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0479943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.383;QD=11.4432;RBI=0.0492313;REFB=-0.00887715;REVB=-0.0109665;RO=37;SAF=4;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280481;STB=0.62732;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0156507;OID=.;OPOS=75303653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:37:37:20:21:0.362069:16:4:15:22:16:5:15:22 chr9 75315438 . G A 366.54 PASS AF=0.413462;AO=38;DP=102;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.00776041;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.092;QD=14.0977;RBI=0.0393743;REFB=-0.0246736;REVB=0.0386019;RO=64;SAF=24;SAR=14;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262141;STB=0.613756;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0353607;OID=.;OPOS=75315438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:64:61:38:43:0.413462:14:24:25:39:17:26:25:36 chr9 75545882 . G A 1283.21 PASS AF=0.6875;AO=110;DP=160;FAO=110;FDP=160;FR=.;FRO=50;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=8.90202e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=343.998;QD=32.0802;RBI=0.0191661;REFB=0.00615295;REVB=0.0191659;RO=50;SAF=55;SAR=55;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00285142;OID=.;OPOS=75545882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:50:50:110:110:0.6875:55:55:25:25:55:55:25:25 chr9 77407636 . C T 482.78 PASS AF=0.37415;AO=55;DP=147;FAO=55;FDP=147;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=-0.0028333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.949;QD=13.1368;RBI=0.0243834;REFB=0.00525803;REVB=-0.0242182;RO=92;SAF=25;SAR=30;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133289;STB=0.575619;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00824669;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:92:92:55:55:0.37415:30:25:53:39:30:25:53:39 chr9 77415000 . T C 272.5 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0169846;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.953;QD=19.4646;RBI=0.0284397;REFB=-0.0128612;REVB=0.0228109;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125944;STB=0.504584;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.010821;OID=.;OPOS=77415000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:27:27:28:29:0.517857:18:10:10:17:18:11:10:17 chr9 77415284 . A C 958.42 PASS AF=0.573333;AO=86;DP=150;FAO=86;FDP=150;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0193661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.719;QD=25.5577;RBI=0.0302701;REFB=-0.000162408;REVB=-0.0232644;RO=64;SAF=38;SAR=48;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703693;STB=0.538309;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=7.81612e-05;OID=.;OPOS=77415284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:64:64:86:86:0.573333:48:38:34:30:48:38:34:30 chr9 77416972 . C T 1073.26 PASS AF=0.578035;AO=100;DP=172;FAO=100;FDP=173;FR=.;FRO=73;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0465754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3441;QD=24.8152;RBI=0.0597513;REFB=0.00243522;REVB=0.0374294;RO=72;SAF=52;SAR=48;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015427;STB=0.511335;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00170926;OID=.;OPOS=77416972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:72:73:100:100:0.578035:48:52:36:36:48:52:36:37 chr9 77436641 . G A 2504.15 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117527;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.923;QD=60.7067;RBI=0.0360735;REFB=0;REVB=0.0341054;RO=0;SAF=67;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92502e-05;OID=.;OPOS=77436641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:165:0:0:161:165:1:94:67:0:0:98:67:0:0 chr9 77472604 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.232;QD=62.0215;RBI=0.0200685;REFB=0;REVB=0.0199838;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42205e-05;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr9 77502160 . G A 3876.59 PASS AF=1;AO=243;DP=247;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339115;FXX=0.00809684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.225;QD=63.2913;RBI=0.0374406;REFB=-0.0819727;REVB=-0.0158685;RO=2;SAF=135;SAR=108;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00700837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69895e-05;OID=.;OPOS=77502160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:247:245:2:0:243:245:1:108:135:2:0:108:137:0:0 chr9 77518062 . C G 428.2 PASS AF=0.488636;AO=42;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0293939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.575;QD=19.4637;RBI=0.0294999;REFB=-0.00795613;REVB=-0.00249831;RO=45;SAF=26;SAR=16;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401787;STB=0.527037;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00937815;OID=.;OPOS=77518062;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:42:43:0.488636:16:26:26:19:16:27:26:19 chr9 77518074 . CT TC,TT 79.8 PASS AF=0.148936,0.0851064;AO=6,3;DP=44;FAO=7,4;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4,3;FSAR=3,1;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.0117943,0.00340588;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=41.1823,138.684;QD=6.79182;RBI=0.026789,0.016457;REFB=-0.178219,-0.0110187;REVB=0.024053,0.0161008;RO=32;SAF=2,3;SAR=4,0;SRF=25;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.507885,0.441008;STB=0.68528,0.534317;STBP=0.367,0.982;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00174998,0.0267901;OID=.,.;OPOS=77518074,77518074;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:44:47:32:36:6,3:7,4:0.148936,0.0851064:4,0:2,3:25:7:3,1:4,3:28:8 chr9 77563087 . C T 1585.39 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.025;QD=64.0561;RBI=0.0309535;REFB=0;REVB=-0.0193107;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99676e-06;OID=.;OPOS=77563087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:45:54:0:0:45:54:0:0 chr9 77684690 . A C 1105.79 PASS AF=0.722222;AO=91;DP=126;FAO=91;FDP=126;FR=.;FRO=35;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0391522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8923;QD=35.1043;RBI=0.0395454;REFB=-0.0265401;REVB=0.0055628;RO=35;SAF=40;SAR=51;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06652;STB=0.535611;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0090543;OID=.;OPOS=77684690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:35:35:91:91:0.722222:51:40:11:24:51:40:11:24 chr9 78291861 . G T 656.89 PASS AF=0.554622;AO=55;DP=109;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00739711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.601;QD=22.0805;RBI=0.00768198;REFB=-0.0132993;REVB=0.00207256;RO=53;SAF=24;SAR=31;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088687;STB=0.552084;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0137053;OID=.;OPOS=78291861;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:119:53:53:55:66:0.554622:31:24:18:35:36:30:18:35 chr9 78773953 . G A 1602.0 PASS AF=0.973214;AO=109;DP=113;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0266184;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.066;QD=57.2143;RBI=0.0268772;REFB=0.0855637;REVB=0.00372091;RO=3;SAF=47;SAR=62;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224126;STB=0.511809;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0017537;OID=.;OPOS=78773953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:112:3:3:109:109:0.973214:62:47:0:3:62:47:0:3 chr9 78790153 . A G 294.52 PASS AF=0.833333;AO=24;DP=29;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0416324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9838;QD=39.2686;RBI=0.0418284;REFB=-0.0978458;REVB=0.00404389;RO=5;SAF=6;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611655;STB=0.524252;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0256193;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:29:30:5:5:24:25:0.833333:18:6:2:3:18:7:2:3 chr9 78790187 . G C 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0380521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.082;QD=33.9771;RBI=0.0393543;REFB=-0.0194462;REVB=0.01004;RO=2;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436083;STB=0.749461;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00199335;OID=.;OPOS=78790187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:11:1:2:0:11:1:2:0 chr9 78853916 . G C 675.02 PASS AF=0.380952;AO=79;DP=209;FAO=80;FDP=210;FR=.;FRO=130;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=71;FSRR=59;FWDB=0.0502717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9692;QD=12.8574;RBI=0.0549955;REFB=-0.00125156;REVB=0.0222993;RO=130;SAF=41;SAR=38;SRF=71;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299813;STB=0.513142;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00188175;OID=.;OPOS=78853916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:130:130:79:80:0.380952:38:41:71:59:38:42:71:59 chr9 78910241 . A C 852.54 PASS AF=0.357895;AO=102;DP=284;FAO=102;FDP=285;FR=.;FRO=183;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=77;FSRR=106;FWDB=0.00943225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.487;QD=11.9654;RBI=0.0132544;REFB=-0.00789959;REVB=0.00931191;RO=182;SAF=43;SAR=59;SRF=77;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00174623;STB=0.500529;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0129101;OID=.;OPOS=78910241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:285:182:183:102:102:0.357895:59:43:77:105:59:43:77:106 chr9 78910273 . G A 790.16 PASS AF=0.331126;AO=100;DP=302;FAO=100;FDP=302;FR=.;FRO=202;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=90;FSRR=112;FWDB=0.00369413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1939;QD=10.4657;RBI=0.00860462;REFB=0.00566874;REVB=0.00777128;RO=202;SAF=39;SAR=61;SRF=90;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669202;STB=0.538375;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.011002;OID=.;OPOS=78910273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:202:202:100:100:0.331126:61:39:90:112:61:39:90:112 chr9 78969059 . C A 682.02 PASS AF=0.49635;AO=55;DP=124;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.016588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.593;QD=19.9131;RBI=0.0556132;REFB=-0.0143513;REVB=0.0530817;RO=69;SAF=42;SAR=13;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23375;STB=0.527583;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0152576;OID=.;OPOS=78969059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:137:69:69:55:68:0.49635:13:42:39:30:26:42:39:30 chr9 79009106 . A C 3166.8 PASS AF=0.935065;AO=211;DP=235;FAO=216;FDP=231;FR=.;FRO=15;FSAF=90;FSAR=126;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0620952;FXX=0.0414921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.558;QD=54.8363;RBI=0.0621518;REFB=-0.110981;REVB=-0.00265219;RO=13;SAF=88;SAR=123;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212158;STB=0.51454;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00218603;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:235:231:13:15:211:216:0.935065:123:88:3:10:126:90:3:12 chr9 79118329 . G A 658.85 PASS AF=0.424419;AO=73;DP=172;FAO=73;FDP=172;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=51;FWDB=-0.000694744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.971;QD=15.3222;RBI=0.00638921;REFB=0.00247622;REVB=-0.00635132;RO=98;SAF=35;SAR=38;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106202;STB=0.50311;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00312931;OID=.;OPOS=79118329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:98:99:73:73:0.424419:38:35:48:50:38:35:48:51 chr9 79118631 . AC A 118.62 PASS AF=0.277228;AO=28;DP=101;FAO=28;FDP=101;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.080668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.5328;QD=4.69775;RBI=0.0807194;REFB=-0.00481005;REVB=0.00288164;RO=73;SAF=9;SAR=19;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828797;STB=0.549612;STBP=0.561;TYPE=del;VARB=0.013331;OID=.;OPOS=79118632;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277228:28:101:28:101:73:9:19:28:45:99:73:9:19:28:45 chr9 79118661 . A G 261.88 PASS AF=0.292683;AO=36;DP=123;FAO=36;FDP=123;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=-8.75473e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.745;QD=8.51651;RBI=0.014077;REFB=-0.0157394;REVB=-0.0140767;RO=87;SAF=11;SAR=25;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128069;STB=0.57582;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0306285;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:87:87:36:36:0.292683:25:11:35:52:25:11:35:52 chr9 79118903 . A C 316.75 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0835066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5183;QD=20.4355;RBI=0.0839965;REFB=-0.00230364;REVB=0.00905874;RO=29;SAF=15;SAR=18;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124489;STB=0.568822;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00413542;OID=.;OPOS=79118903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:18:15:9:20:18:15:9:20 chr9 79119752 . C T 368.75 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.04677;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.935;QD=22.3483;RBI=0.0467742;REFB=-0.019643;REVB=-0.000627349;RO=28;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106722;STB=0.543721;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0175662;OID=.;OPOS=79119752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:28:29:36:37:0.560606:19:17:17:11:19:18:17:12 chr9 79120475 . A T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.086;QD=60.2306;RBI=0.0461147;REFB=0;REVB=-0.0401969;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165167;OID=.;OPOS=79120475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr9 79120552 . C CAGT 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0580796;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=248.72;QD=15.2931;RBI=0.058089;REFB=0.0176936;REVB=-0.00104321;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47116;STB=0.799199;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=-0.0102173;OID=.;OPOS=79120553;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=CAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:19:9:18:9:1:8:5:4:65:10:1:8:5:5 chr9 79121085 . G T 2502.84 PASS AF=0.988024;AO=161;DP=163;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0416815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4474;QD=59.9483;RBI=0.0424695;REFB=-0.135257;REVB=0.00814357;RO=2;SAF=80;SAR=81;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.25178e-05;STB=0.500036;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0021057;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:167:2:2:161:165:0.988024:81:80:1:1:82:83:1:1 chr9 79121380 . A G 68.19 PASS AF=0.375;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00926773;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.497;QD=11.3655;RBI=0.0158351;REFB=0.000392416;REVB=0.0128397;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357641;STB=0.571275;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00052463;OID=.;OPOS=79121380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:26:24:17:15:9:9:0.375:4:5:10:7:4:5:10:5 chr9 79121384 . G A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00138558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.225;QD=11.1312;RBI=0.0167086;REFB=0.00142105;REVB=0.016651;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092771;STB=0.555446;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00098264;OID=.;OPOS=79121384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:10:7:5:5:10:7 chr9 79186658 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7434;QD=46.848;RBI=0.102059;REFB=0;REVB=-0.102059;RO=0;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00383029;OID=.;OPOS=79186658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:15:0:0:0:15:0:0:0 chr9 79186729 . T C 1283.13 PASS AF=0.925532;AO=86;DP=93;FAO=87;FDP=94;FR=.;FRO=7;FSAF=66;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0240405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.945;QD=54.6012;RBI=0.0288198;REFB=0.0274326;REVB=0.0158943;RO=7;SAF=66;SAR=20;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648976;STB=0.532422;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00519425;OID=.;OPOS=79186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:93:94:7:7:86:87:0.925532:20:66:3:4:21:66:3:4 chr9 79186750 . G T 1947.64 PASS AF=0.910959;AO=133;DP=146;FAO=133;FDP=146;FR=.;FRO=13;FSAF=89;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0175275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.679;QD=53.36;RBI=0.0359777;REFB=-0.0284707;REVB=0.0314195;RO=12;SAF=89;SAR=44;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296205;STB=0.513025;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00200417;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:146:146:12:13:133:133:0.910959:44:89:6:6:44:89:7:6 chr9 79186765 . C G 1922.87 PASS AF=0.847059;AO=143;DP=170;FAO=144;FDP=170;FR=.;FRO=26;FSAF=110;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0229268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.98;QD=45.2441;RBI=0.033292;REFB=-0.0923571;REVB=0.0241396;RO=27;SAF=110;SAR=33;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215154;STB=0.607414;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00718701;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:27:26:143:144:0.847059:33:110:5:22:34:110:5:21 chr9 79186781 . T C 2410.67 PASS AF=0.875622;AO=176;DP=202;FAO=176;FDP=201;FR=.;FRO=25;FSAF=127;FSAR=49;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0206522;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1014;QD=47.9735;RBI=0.0326921;REFB=-0.0203958;REVB=0.0253429;RO=25;SAF=127;SAR=49;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684099;STB=0.536189;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00409974;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:25:25:176:176:0.875622:49:127:12:13:49:127:12:13 chr9 79186787 . C T 401.4 PASS AF=0.256522;AO=59;DP=231;FAO=59;FDP=230;FR=.;FRO=171;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=108;FSRR=63;FWDB=0.0299098;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6611;QD=6.98083;RBI=0.030612;REFB=-0.00284303;REVB=-0.00651911;RO=169;SAF=45;SAR=14;SRF=106;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201053;STB=0.617934;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0102529;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:169:171:59:59:0.256522:14:45:106:63:14:45:108:63 chr9 79186820 . A C 3214.43 PASS AF=0.825784;AO=236;DP=287;FAO=237;FDP=287;FR=.;FRO=50;FSAF=157;FSAR=80;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0276719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5194;QD=44.8004;RBI=0.0654429;REFB=-0.0425644;REVB=-0.0593046;RO=49;SAF=156;SAR=80;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956969;STB=0.553111;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00956288;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:49:50:236:237:0.825784:80:156:19:30:80:157:19:31 chr9 79186886 . C G 196.5 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=-0.0640571;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3753;QD=8.73348;RBI=0.0645361;REFB=-0.00188479;REVB=-0.00784901;RO=63;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261933;STB=0.657606;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0152505;OID=.;OPOS=79186886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:64:26:26:0.288889:12:14:20:43:12:14:20:44 chr9 79186890 . T G 84.48 PASS AF=0.202899;AO=11;DP=66;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.065665;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0104;QD=4.89757;RBI=0.0656656;REFB=-0.0116303;REVB=0.000281445;RO=55;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246078;STB=0.623023;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0542112;OID=.;OPOS=79186890;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:66:69:55:55:11:14:0.202899:7:4:19:36:7:7:19:36 chr9 79186905 . GT CC 49.59 PASS AF=0.152542;AO=8;DP=60;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00905196;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=2;MLLD=120.389;QD=3.36209;RBI=0.0133701;REFB=-0.000361544;REVB=0.00983975;RO=50;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312292;STB=0.744187;STBP=0.141;TYPE=mnp;VARB=0.00206579;OID=.;OPOS=79186905;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:59:50:50:8:9:0.152542:3:5:18:32:3:6:18:32 chr9 79186910 . A C 65.5 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0102261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.771;QD=4.36699;RBI=0.0107541;REFB=0.00693533;REVB=-0.00332829;RO=49;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244785;STB=0.658487;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0310839;OID=.;OPOS=79186910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:49:49:11:11:0.183333:5:6:17:32:5:6:17:32 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=150;DP=179;LEN=15;RO=29;SAF=77;SAR=62;SRF=15;SRR=25;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:179:29:150:62:77:15:25 chr9 79318471 . C T 1766.83 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=122;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00144064;FXX=0.0245881;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.828;QD=59.3892;RBI=0.00814524;REFB=0.0253287;REVB=-0.00801682;RO=2;SAF=67;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00236776;STB=0.501247;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000420198;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:119:2:2:117:117:0.983193:50:67:1:1:50:67:1:1 chr9 79318677 . T C 2646.93 PASS AF=0.942708;AO=181;DP=192;FAO=181;FDP=192;FR=.;FRO=11;FSAF=110;FSAR=71;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0299853;FXX=0.00518108;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.3248;QD=55.1445;RBI=0.0589715;REFB=-0.0891313;REVB=0.0507792;RO=11;SAF=110;SAR=71;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070968;STB=0.503735;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00760075;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:192:192:11:11:181:181:0.942708:71:110:6:5:71:110:6:5 chr9 79318921 . A G 301.14 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0359735;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3369;QD=18.5318;RBI=0.0359742;REFB=-0.028344;REVB=-0.00022357;RO=33;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130657;STB=0.573076;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0213292;OID=.;OPOS=79318921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:33:33:32:32:0.492308:12:20:16:17:12:20:16:17 chr9 79318998 . A G 638.79 PASS AF=0.976744;AO=43;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6527;QD=59.4226;RBI=0.0506444;REFB=0.0840392;REVB=0.0475756;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.517233;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.000789472;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:43:42:0.976744:28:15:0:0:28:14:1:0 chr9 79320095 . T G 445.87 PASS AF=0.358621;AO=51;DP=143;FAO=52;FDP=145;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.0118259;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.499;QD=12.2999;RBI=0.0139852;REFB=-0.0147488;REVB=0.00746541;RO=89;SAF=22;SAR=29;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017825;STB=0.522013;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0265089;OID=.;OPOS=79320095;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:89:93:51:52:0.358621:29:22:37:52:29:23:38:55 chr9 79320640 . C T 1890.01 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122878;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.246;QD=60.9679;RBI=0.0239617;REFB=-0.0094519;REVB=0.0205712;RO=1;SAF=69;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871668;STB=0.504586;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000175716;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:54:69:0:1:54:69:0:1 chr9 79320847 . G C 164.17 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00240878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.841;QD=11.1305;RBI=0.00323223;REFB=0.00476688;REVB=-0.00215525;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297343;STB=0.512303;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00698113;OID=.;OPOS=79320847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:38:38:20:21:0.355932:9:11:21:17:9:12:21:17 chr9 79321276 . T C 1394.8 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0702;QD=62.6878;RBI=0.070512;REFB=0;REVB=0.07046;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330982;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chr9 79321871 . C T 584.68 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0194436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.67;QD=22.2737;RBI=0.020028;REFB=-0.0270432;REVB=-0.00480295;RO=46;SAF=33;SAR=25;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386338;STB=0.526412;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0202301;OID=.;OPOS=79321871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:47:58:58:0.552381:25:33:24:22:25:33:24:23 chr9 79322068 . G T 507.68 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0202369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7151;QD=26.0349;RBI=0.0203086;REFB=0.042183;REVB=-0.00170419;RO=30;SAF=21;SAR=26;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109212;STB=0.553169;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0266672;OID=.;OPOS=79322068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:30:31:47:47:0.602564:26:21:18:12:26:21:18:13 chr9 79322674 . A G 2193.77 PASS AF=0.967532;AO=149;DP=155;FAO=149;FDP=154;FR=.;FRO=5;FSAF=79;FSAR=70;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0428586;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3157;QD=56.9812;RBI=0.0683148;REFB=-0.130711;REVB=-0.0531982;RO=0;SAF=79;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5088;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00325001;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:155:154:0:5:149:149:0.967532:70:79:0:0:70:79:4:1 chr9 79322720 . A G 1608.67 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0460822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.028;QD=59.0336;RBI=0.0461115;REFB=-0.114673;REVB=-0.00164568;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000105404;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:0:1:108:108:0.990826:54:54:0:0:54:54:1:0 chr9 79324135 . A ATGACTGTTGCAG 63.69 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0233189;FXX=0.0999857;HRUN=1;LEN=12;MLLD=283.368;QD=4.0439;RBI=0.0243377;REFB=-0.00253613;REVB=0.00696796;RO=58;SAF=4;SAR=7;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290503;STB=0.657837;STBP=0.258;TYPE=ins;VARB=0.0104247;OID=.;OPOS=79324136;OREF=-;OALT=TGACTGTTGCAG;OMAPALT=ATGACTGTTGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.174603:11:70:11:63:52:4:7:29:23:63:58:4:7:35:23 chr9 79324179 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0108426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.844;QD=22.1441;RBI=0.0272287;REFB=0.00232426;REVB=0.0249768;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006993;STB=0.503932;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00200901;OID=.;OPOS=79324179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:7:6:8:9:7:6 chr9 79324439 . A G 610.99 PASS AF=0.433121;AO=68;DP=157;FAO=68;FDP=157;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.00531206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.398;QD=15.5667;RBI=0.00647253;REFB=-0.0123087;REVB=-0.00369806;RO=88;SAF=33;SAR=35;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148681;STB=0.51152;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0163053;OID=.;OPOS=79324439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:88:89:68:68:0.433121:35:33:44:44:35:33:45:44 chr9 79324741 . T C 534.72 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0831264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.465;QD=18.7622;RBI=0.0831581;REFB=0.00905591;REVB=0.00229316;RO=57;SAF=35;SAR=21;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218428;STB=0.616698;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0101859;OID=.;OPOS=79324741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:58:56:56:0.491228:21:35:22:35:21:35:23:35 chr9 79324955 . C T 266.14 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.00603587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.692;QD=21.2916;RBI=0.0110963;REFB=-0.0154428;REVB=-0.00931112;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255141;STB=0.641712;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0133182;OID=.;OPOS=79324955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:13:12:5:20:13:12:5:20 chr9 79325297 . T G 1029.52 PASS AF=0.431298;AO=112;DP=261;FAO=113;FDP=262;FR=.;FRO=149;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=63;FSRR=86;FWDB=0.0160909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.056;QD=15.7179;RBI=0.0289812;REFB=-0.0103627;REVB=0.0241038;RO=148;SAF=63;SAR=49;SRF=63;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139505;STB=0.581295;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0111247;OID=.;OPOS=79325297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:148:149:112:113:0.431298:49:63:63:85:49:64:63:86 chr9 79325558 . G C 680.78 PASS AF=0.603774;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0650549;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3869;QD=25.6898;RBI=0.079882;REFB=-0.0259438;REVB=-0.0463572;RO=42;SAF=28;SAR=36;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148948;STB=0.580961;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0131621;OID=.;OPOS=79325558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:42:64:64:0.603774:36:28:27:15:36:28:27:15 chr9 79325615 . A G 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9194;QD=56.9352;RBI=0.0430656;REFB=0;REVB=-0.0376884;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000610396;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr9 79325759 . C T 180.88 PASS AF=0.260417;AO=25;DP=96;FAO=25;FDP=96;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0291773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3192;QD=7.53653;RBI=0.0643269;REFB=0.00417967;REVB=-0.0573292;RO=70;SAF=12;SAR=13;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699596;STB=0.500834;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0125352;OID=.;OPOS=79325759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:70:71:25:25:0.260417:13:12:34:36:13:12:34:37 chr9 79836131 . A G 677.44 PASS AF=0.603774;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0312956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7134;QD=25.5636;RBI=0.0534838;REFB=0.0087295;REVB=-0.0433717;RO=41;SAF=26;SAR=38;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950775;STB=0.547404;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00752375;OID=.;OPOS=79836131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:41:42:64:64:0.603774:38:26:22:19:38:26:22:20 chr9 79930225 . G A 687.49 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=124;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.0181311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5098;QD=22.1771;RBI=0.0785145;REFB=0.00234278;REVB=-0.0763923;RO=57;SAF=33;SAR=34;SRF=39;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160754;STB=0.587871;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00356393;OID=.;OPOS=79930225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:57:57:67:67:0.540323:34:33:39:18:34:33:39:18 chr9 79932585 . G A 1949.27 PASS AF=0.584416;AO=179;DP=307;FAO=180;FDP=308;FR=.;FRO=128;FSAF=72;FSAR=108;FSRF=67;FSRR=61;FWDB=-0.00288197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.539;QD=25.3152;RBI=0.0227526;REFB=-0.0030575;REVB=-0.0225694;RO=126;SAF=72;SAR=107;SRF=66;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945216;STB=0.552312;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00257685;OID=.;OPOS=79932585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:308:126:128:179:180:0.584416:107:72:66:60:108:72:67:61 chr9 80049298 . C T 635.63 PASS AF=0.373134;AO=75;DP=201;FAO=75;FDP=201;FR=.;FRO=126;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=67;FSRR=59;FWDB=-0.0302314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.121;QD=12.6493;RBI=0.0304823;REFB=-0.00343856;REVB=-0.00390274;RO=125;SAF=34;SAR=41;SRF=67;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911991;STB=0.549118;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00551691;OID=.;OPOS=80049298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:125:126:75:75:0.373134:41:34:67:58:41:34:67:59 chr9 80780518 . G C 678.72 PASS AF=0.418994;AO=75;DP=175;FAO=75;FDP=179;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=-0.0168141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3153;QD=15.1668;RBI=0.0527028;REFB=0.00814092;REVB=0.0499487;RO=100;SAF=41;SAR=34;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987689;STB=0.543885;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00989295;OID=.;OPOS=80780518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:179:100:104:75:75:0.418994:34:41:45:55:34:41:49:55 chr9 82187750 . A G 7934.04 PASS AF=1;AO=496;DP=499;FAO=497;FDP=497;FR=.;FRO=0;FSAF=262;FSAR=235;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02207;FXX=0.00599988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.292;QD=63.8554;RBI=0.0244164;REFB=-0.0818059;REVB=-0.010444;RO=2;SAF=261;SAR=235;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34014e-06;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:499:497:2:0:496:497:1:235:261:2:0:235:262:0:0 chr9 83179630 . G A 322.89 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0313718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.311;QD=14.1929;RBI=0.0322542;REFB=0.00702104;REVB=0.00749281;RO=54;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690553;STB=0.543976;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0101842;OID=.;OPOS=83179630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:55:36:36:0.395604:19:17:22:32:19:17:22:33 chr9 83179857 . C T 466.57 PASS AF=0.307692;AO=60;DP=195;FAO=60;FDP=195;FR=.;FRO=135;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=81;FWDB=-0.0338047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.603;QD=9.57074;RBI=0.0461409;REFB=-0.00168427;REVB=-0.0314043;RO=131;SAF=25;SAR=35;SRF=52;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241499;STB=0.511911;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00392071;OID=.;OPOS=83179857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:131:135:60:60:0.307692:35:25:52:79:35:25:54:81 chr9 84267147 . T C 466.49 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.0184356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6812;QD=13.8219;RBI=0.0255233;REFB=-0.0101783;REVB=0.0176512;RO=79;SAF=33;SAR=20;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126436;STB=0.561557;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0163677;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:79:82:53:53:0.392593:20:33:40:39:20:33:43:39 chr9 84268878 . A G 152.91 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00193847;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.272;QD=8.04775;RBI=0.0704397;REFB=0.00250699;REVB=0.0704131;RO=51;SAF=7;SAR=14;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257892;STB=0.654719;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00992184;OID=.;OPOS=84268878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:76:51:55:21:21:0.276316:14:7:28:23:14:7:30:25 chr9 84340199 . G A 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0139843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.771;QD=16.7505;RBI=0.0217797;REFB=0.0050592;REVB=-0.0166971;RO=39;SAF=10;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215524;STB=0.621545;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0224775;OID=.;OPOS=84340199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:23:10:20:19:23:10:20:19 chr9 84607758 . T A 664.23 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0366132;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.955;QD=27.6762;RBI=0.0384489;REFB=-0.0183161;REVB=0.0117385;RO=38;SAF=27;SAR=31;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325615;STB=0.517722;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0130339;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:38:58:58:0.604167:31:27:16:22:31:27:16:22 chr9 85627408 . G A 934.42 PASS AF=0.517045;AO=88;DP=178;FAO=91;FDP=176;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.00165759;FXX=0.0434759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4057;QD=21.2368;RBI=0.0112341;REFB=-0.00593536;REVB=0.0111111;RO=76;SAF=40;SAR=48;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613511;STB=0.502092;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00923416;OID=.;OPOS=85627408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:76:85:88:91:0.517045:48:40:34:42:51:40:37:48 chr9 85670465 . C T 361.87 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00199479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.998;QD=25.8478;RBI=0.00701196;REFB=0.00467421;REVB=-0.00672224;RO=21;SAF=20;SAR=15;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101662;STB=0.555525;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00350072;OID=.;OPOS=85670465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:15:20:15:6:15:20:15:6 chr9 85863174 . C A 705.49 PASS AF=0.631068;AO=65;DP=103;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00460184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.427;QD=27.3978;RBI=0.0111504;REFB=-0.0158501;REVB=0.0101565;RO=38;SAF=30;SAR=35;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975892;STB=0.55289;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0132195;OID=.;OPOS=85863174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:38:38:65:65:0.631068:35:30:23:15:35:30:23:15 chr9 86238086 . T C 426.91 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0119496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.429;QD=51.7471;RBI=0.0442765;REFB=-0.0309689;REVB=-0.0426335;RO=1;SAF=27;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169618;STB=0.562769;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0034587;OID=.;OPOS=86238086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:30:31:0.939394:3:27:1:0:3:28:1:1 chr9 86278817 . C A 2298.67 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.295;QD=60.8919;RBI=0.0064982;REFB=0;REVB=-0.00387674;RO=0;SAF=84;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98106e-05;OID=.;OPOS=86278817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:150:151:1:66:84:0:0:66:85:0:0 chr9 86284178 . C A 1592.13 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.479;QD=63.6852;RBI=0.0138427;REFB=0;REVB=0.00203638;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77257e-05;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:40:57:0:0:43:57:0:0 chr9 86327898 . C T 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.063;QD=60.5457;RBI=0.00877803;REFB=0;REVB=-0.00220256;RO=0;SAF=33;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69877e-06;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:79:33:0:0:79:33:0:0 chr9 86457167 . G A 383.83 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0282551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0482;QD=21.324;RBI=0.0300118;REFB=-0.000458316;REVB=-0.0101173;RO=33;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145501;STB=0.573876;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000251216;OID=.;OPOS=86457167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:38:39:0.541667:18:20:23:10:18:21:23:10 chr9 86468715 . A T 469.79 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00862637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.659;QD=28.9102;RBI=0.0108711;REFB=-0.0250549;REVB=0.00661567;RO=22;SAF=16;SAR=27;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994297;STB=0.55387;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00984566;OID=.;OPOS=86468715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:22:43:43:0.661538:27:16:5:17:27:16:5:17 chr9 86607917 . C G 194.6 PASS AF=0.324675;AO=24;DP=79;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.000985086;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.634;QD=10.1089;RBI=0.00141953;REFB=-0.0133521;REVB=-0.00102209;RO=52;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447137;STB=0.539388;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0210752;OID=.;OPOS=86607917;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:52:52:24:25:0.324675:12:12:24:28:12:13:24:28 chr9 86617265 . A G 210.5 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.00273767;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8125;QD=9.67803;RBI=0.0190383;REFB=-0.00158741;REVB=0.0188404;RO=59;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314069;STB=0.50274;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00390673;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:59:60:27:27:0.310345:17:10:22:37:17:10:22:38 chr9 86618231 . T TA 375.35 PASS AF=1;AO=12;DP=71;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524933;FXX=0.114269;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.65066;QD=24.2161;RBI=0.0704371;REFB=0;REVB=-0.0469664;RO=58;SAF=5;SAR=7;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828676;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00149918;OID=.;OPOS=86618232;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:71:62:62:0:30:32:0:0:10:58:5:7:28:30 chr9 86618232 . AC AA,AT 964.9 PASS AF=0.814286,0.171429;AO=50,12;DP=70;FAO=57,12;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=27,5;FSAR=30,7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00272339,0.0020063;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.6515,32.158;QD=55.1369;RBI=0.0356253,0.0136693;REFB=-0.0729645,-0.0404388;REVB=-0.0355211,-0.0135213;RO=1;SAF=25,5;SAR=25,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0184579,-0.0818676;STB=0.509088,0.545378;STBP=0.322,0.307;TYPE=snp,snp;VARB=0.000263809,0.0430049;OID=.,.;OPOS=86618233,86618233;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.814286,0.171429:50,12:70:57,12:70:1:27,5:30,7:1:0:50:1:25,5:25,7:1:0 chr9 86900926 . G A 685.38 PASS AF=0.453988;AO=74;DP=162;FAO=74;FDP=163;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=67;FWDB=-0.00245755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.679;QD=16.819;RBI=0.0031288;REFB=-0.00170827;REVB=0.00193645;RO=87;SAF=32;SAR=42;SRF=22;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184196;STB=0.60595;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00257768;OID=.;OPOS=86900926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:87:89:74:74:0.453988:42:32:22:65:42:32:22:67 chr9 86920236 . T C 1340.15 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.848;QD=62.3326;RBI=0.00630363;REFB=0;REVB=0.00604183;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19048e-06;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:52:33:0:0:53:33:0:0 chr9 87488521 . G A 237.32 PASS AF=0.32967;AO=29;DP=90;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0177698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.805;QD=10.4316;RBI=0.0196517;REFB=-0.00954157;REVB=-0.00839188;RO=60;SAF=14;SAR=15;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000664508;STB=0.505878;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0142129;OID=.;OPOS=87488521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:60:61:29:30:0.32967:15:14:29:31:16:14:29:32 chr9 88257903 . T A 52.99 PASS AF=0.172414;AO=12;DP=59;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=-0.0214855;FXX=0.0169463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.2795;QD=3.65468;RBI=0.0401311;REFB=-0.00529837;REVB=0.0338951;RO=46;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666546;STB=0.883137;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0390168;OID=.;OPOS=88257903;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:59:58:46:48:12:10:0.172414:2:10:10:36:2:8:12:36 chr9 88275838 . T A 1084.05 PASS AF=0.470588;AO=110;DP=235;FAO=112;FDP=238;FR=.;FRO=126;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=58;FSRR=68;FWDB=-0.0450922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5582;QD=18.2194;RBI=0.0484705;REFB=-0.00576771;REVB=0.0177787;RO=125;SAF=47;SAR=63;SRF=57;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281286;STB=0.512232;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00661732;OID=.;OPOS=88275838;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:238:125:126:110:112:0.470588:63:47:57:68:63:49:58:68 chr9 88356743 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.807;QD=52.613;RBI=0.0849614;REFB=0;REVB=0.0383721;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129755;OID=.;OPOS=88356743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr9 88692336 . C T 754.41 PASS AF=0.545455;AO=72;DP=132;FAO=72;FDP=132;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.000445486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0895;QD=22.861;RBI=0.0170364;REFB=0.0270313;REVB=0.0170306;RO=60;SAF=37;SAR=35;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00230887;STB=0.501263;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.0172516;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:60:60:72:72:0.545455:35:37:31:29:35:37:31:29 chr9 88694179 . G T 297.21 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0404979;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.809;QD=18.0127;RBI=0.0424365;REFB=-0.040984;REVB=0.0126795;RO=32;SAF=11;SAR=21;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35502;STB=0.708818;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0641411;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:34:32:32:0.484848:21:11:24:8:21:11:26:8 chr9 88920094 . C T 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00363397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4622;QD=20.0719;RBI=0.0436188;REFB=-0.0139725;REVB=-0.0434671;RO=31;SAF=12;SAR=22;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00178301;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128847;OID=.;OPOS=88920094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:22:12:11:20:22:12:11:20 chr9 88937851 . ATTTTT ATT,ATTTTC,ATTTTTT 145.59 PASS AF=0.309091,0.0363636,0.0363636;AO=11,2,9;DP=57;FAO=17,2,2;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9,0,0;FSAR=8,2,2;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0549392,-0.0598818,0.159856;FXX=0.0517152;HRUN=7,7,7;LEN=3,1,1;MLLD=29.6173,208.63,5.09328;QD=10.5881;RBI=0.0958363,0.0601255,0.294203;REFB=0.0154734,0.00342617,-0.0357427;REVB=0.0785257,-0.00540808,-0.246984;RO=20;SAF=6,0,2;SAR=5,2,7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.155624,-0.471211,-0.236225;STB=0.597143,0.99368,0.99368;STBP=0.369,0.206,0.206;TYPE=del,snp,ins;VARB=0.0523991,0.0363376,-0.23278;OID=.,.,.;OPOS=88937852,88937856,88937852;OREF=TTT,T,-;OALT=-,C,T;OMAPALT=ATT,ATTTTC,ATTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309091,0.0363636,0.0363636:11,2,9:57:17,2,2:55:34:9,0,0:8,2,2:13:21:99:20:6,0,2:5,2,7:8:12 chr9 88959938 . C T 308.88 PASS AF=0.322581;AO=40;DP=125;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=24;FWDB=0.00743651;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.794;QD=9.96377;RBI=0.0252356;REFB=0.000267035;REVB=-0.0241151;RO=84;SAF=32;SAR=8;SRF=60;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139379;STB=0.581774;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.000647585;OID=.;OPOS=88959938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:84:84:40:40:0.322581:8:32:60:24:8:32:60:24 chr9 89772284 . A G 524.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609473;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.55;QD=59.9891;RBI=0.030377;REFB=0;REVB=-0.0297593;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359709;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr9 90265015 . C T 1171.94 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.672;QD=60.8798;RBI=0.0313184;REFB=0;REVB=-0.00844582;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63881e-05;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr9 90265043 . G C 158.14 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0161192;FXX=0.0249938;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.4319;QD=16.2194;RBI=0.0183669;REFB=0.0151475;REVB=-0.00880428;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278045;STB=0.516597;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.0243123;OID=.;OPOS=90265043;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:22:17:17:0.435897:8:9:10:10:8:9:11:11 chr9 90321583 . C T 119.78 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0266551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.258;QD=7.98499;RBI=0.0281431;REFB=0.0024416;REVB=-0.00902982;RO=42;SAF=9;SAR=8;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786776;STB=0.554393;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00520176;OID=.;OPOS=90321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:43:17:17:0.283333:8:9:25:17:8:9:26:17 chr9 90322023 . G A 432.79 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.00236603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.384;QD=13.5247;RBI=0.0238134;REFB=-0.002759;REVB=-0.0236956;RO=77;SAF=18;SAR=32;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214748;STB=0.625422;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00650055;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:77:78:50:50:0.390625:32:18:43:34:32:18:44:34 chr9 90343780 . A C 1066.03 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1307;QD=58.4127;RBI=0.027435;REFB=0.0810367;REVB=-0.0167304;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113966;STB=0.506022;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000658865;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:31:41:1:0:31:41:1:0 chr9 90388370 . G A 486.79 PASS AF=0.625;AO=44;DP=71;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0360458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7454;QD=27.0437;RBI=0.054198;REFB=-0.00986683;REVB=0.0404738;RO=27;SAF=24;SAR=20;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595331;STB=0.536433;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00940176;OID=.;OPOS=90388370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:27:27:44:45:0.625:20:24:17:10:21:24:17:10 chr9 90388539 . T A 732.14 PASS AF=0.553846;AO=67;DP=126;FAO=72;FDP=130;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0457684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.786;QD=22.5275;RBI=0.0487765;REFB=-0.0183173;REVB=0.0168641;RO=58;SAF=31;SAR=36;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240761;STB=0.51538;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0155566;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:130:58:58:67:72:0.553846:36:31:27:31:36:36:27:31 chr9 90500405 . A C 2680.17 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.64;QD=62.3295;RBI=0.0326783;REFB=0;REVB=0.000943825;RO=0;SAF=79;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29114e-05;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:167:172:0:0:167:172:1:88:79:0:0:88:84:0:0 chr9 90501448 . C A 4555.15 PASS AF=1;AO=250;DP=290;FAO=289;FDP=289;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=127;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405242;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.728;QD=63.0471;RBI=0.0504909;REFB=0;REVB=0.0301184;RO=0;SAF=98;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216114;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:290:289:0:0:250:289:1:152:98:0:0:162:127:0:0 chr9 90501449 . T A 36.01 PASS AF=0.0915254;AO=30;DP=293;FAO=27;FDP=295;FR=.;FRO=268;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=108;FSRR=160;FWDB=-0.02691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.4858;QD=0.48823;RBI=0.0433765;REFB=-0.0343032;REVB=-0.0340201;RO=263;SAF=24;SAR=6;SRF=103;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475169;STB=0.818093;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.232663;OID=.;OPOS=90501449;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:293:295:263:268:30:27:0.0915254:6:24:103:160:6:21:108:160 chr9 90502458 . T A 1301.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0558858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.136;QD=61.9579;RBI=0.0623915;REFB=0;REVB=0.0277393;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191763;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr9 90502819 . T C 3868.5 PASS AF=1;AO=249;DP=250;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158313;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.889;QD=61.8959;RBI=0.0185637;REFB=-0.048254;REVB=-0.00969433;RO=1;SAF=109;SAR=140;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48394e-05;OID=.;OPOS=90502819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:250:250:1:0:249:250:1:140:109:0:1:141:109:0:0 chr9 90503007 . A G 1517.14 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3661;QD=59.4956;RBI=0.032223;REFB=0;REVB=0.0127076;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84481e-05;OID=.;OPOS=90503007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:60:41:0:0:61:41:0:0 chr9 90503042 . G A 217.68 PASS AF=0.301075;AO=28;DP=93;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0649912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9888;QD=9.3626;RBI=0.0779551;REFB=-0.00266257;REVB=0.0430482;RO=64;SAF=12;SAR=16;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294328;STB=0.512491;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00918542;OID=.;OPOS=90503042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:65:28:28:0.301075:16:12:29:35:16:12:29:36 chr9 90503451 . G A 2376.55 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2414;QD=63.7999;RBI=0.0332233;REFB=0;REVB=0.0186467;RO=0;SAF=81;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67225e-05;OID=.;OPOS=90503451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:67:81:0:0:67:82:0:0 chr9 90534206 . T C 183.95 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.030251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6429;QD=7.43243;RBI=0.0342794;REFB=0.000326678;REVB=-0.0161231;RO=72;SAF=22;SAR=4;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55496;STB=0.83783;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00139592;OID=.;OPOS=90534206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:72:73:26:26:0.262626:4:22:29:43:4:22:29:44 chr9 90749692 . C T 388.93 PASS AF=0.90625;AO=28;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0118227;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.855;QD=48.6163;RBI=0.0433215;REFB=-0.0114202;REVB=0.041677;RO=4;SAF=25;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195667;STB=0.553152;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00158704;OID=.;OPOS=90749692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:4:3:28:29:0.90625:3:25:2:2:3:26:2:1 chr9 91652414 . A T 408.35 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0207123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.526;QD=20.4176;RBI=0.0217118;REFB=0.00641455;REVB=0.00651181;RO=39;SAF=17;SAR=24;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191898;STB=0.510633;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00618498;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:24:17:17:22:24:17:17:22 chr9 91656963 . T C 805.6 PASS AF=0.539007;AO=76;DP=141;FAO=76;FDP=141;FR=.;FRO=65;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0264212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.88;QD=22.8538;RBI=0.0265511;REFB=-0.0127594;REVB=0.0026232;RO=63;SAF=41;SAR=35;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078709;STB=0.550015;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.015105;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:63:65:76:76:0.539007:35:41:28:35:35:41:28:37 chr9 91978397 . C T 289.55 PASS AF=0.327731;AO=37;DP=119;FAO=39;FDP=119;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=0.0968173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.069;QD=9.7327;RBI=0.0969801;REFB=0.00225506;REVB=0.00561634;RO=80;SAF=17;SAR=20;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116225;STB=0.56764;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00421676;OID=.;OPOS=91978397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:80:80:37:39:0.327731:20:17:29:51:21:18:29:51 chr9 91978783 . G A 389.93 PASS AF=0.358779;AO=47;DP=130;FAO=47;FDP=131;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00662793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.586;QD=11.9064;RBI=0.0103361;REFB=-0.00817481;REVB=0.00793127;RO=83;SAF=25;SAR=22;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289759;STB=0.520486;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0141634;OID=.;OPOS=91978783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:83:84:47:47:0.358779:22:25:42:41:22:25:42:42 chr9 92003679 . C T 1385.43 PASS AF=0.646739;AO=119;DP=184;FAO=119;FDP=184;FR=.;FRO=65;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.00120786;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1987;QD=30.118;RBI=0.0215443;REFB=0.00169641;REVB=0.0215104;RO=65;SAF=61;SAR=58;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133167;STB=0.507171;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00118462;OID=.;OPOS=92003679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:65:65:119:119:0.646739:58:61:32:33:58:61:32:33 chr9 93629630 . T C 677.62 PASS AF=0.603774;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00469703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.404;QD=25.5704;RBI=0.0074037;REFB=-0.0116062;REVB=0.00572299;RO=42;SAF=33;SAR=31;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028723;STB=0.51562;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00733362;OID=.;OPOS=93629630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:42:64:64:0.603774:31:33:20:22:31:33:20:22 chr9 93637015 . C T 943.59 PASS AF=0.519553;AO=92;DP=180;FAO=93;FDP=179;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.0112379;FXX=0.0110491;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.8383;QD=21.0858;RBI=0.0288352;REFB=-0.00420509;REVB=0.0265552;RO=84;SAF=34;SAR=58;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756293;STB=0.532974;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00440165;OID=.;OPOS=93637015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:84:86:92:93:0.519553:58:34:38:46:58:35:38:48 chr9 93639973 . G C 1467.78 PASS AF=0.567227;AO=135;DP=238;FAO=135;FDP=238;FR=.;FRO=103;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=43;FSRR=60;FWDB=-0.0353136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.983;QD=24.6686;RBI=0.0386272;REFB=0.0054691;REVB=0.0156529;RO=103;SAF=60;SAR=75;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218214;STB=0.511847;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00457946;OID=.;OPOS=93639973;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:103:103:135:135:0.567227:75:60:43:60:75:60:43:60 chr9 93640009 . G A 1597.67 PASS AF=0.590909;AO=143;DP=242;FAO=143;FDP=242;FR=.;FRO=99;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=0.016849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.802;QD=26.4077;RBI=0.025208;REFB=0.00158602;REVB=0.0187497;RO=99;SAF=59;SAR=84;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169017;STB=0.50915;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00110964;OID=.;OPOS=93640009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:99:99:143:143:0.590909:84:59:43:56:84:59:43:56 chr9 93641175 . C T 1025.55 PASS AF=0.544444;AO=98;DP=180;FAO=98;FDP=180;FR=.;FRO=82;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.0451207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.353;QD=22.7901;RBI=0.0462039;REFB=0.00882764;REVB=-0.00994583;RO=82;SAF=46;SAR=52;SRF=31;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769787;STB=0.541973;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00445935;OID=.;OPOS=93641175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:82:82:98:98:0.544444:52:46:31:51:52:46:31:51 chr9 93641199 . T C 871.81 PASS AF=0.5375;AO=85;DP=160;FAO=86;FDP=160;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.00175662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=343.41;QD=21.7952;RBI=0.00281726;REFB=-0.00983852;REVB=0.00220255;RO=74;SAF=41;SAR=44;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773161;STB=0.544729;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00821366;OID=.;OPOS=93641199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:74:74:85:86:0.5375:44:41:29:45:44:42:29:45 chr9 94456643 . G C 1736.45 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.185;QD=59.8776;RBI=0.023267;REFB=-0.112092;REVB=0.021945;RO=1;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042295;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:116:116:1:0:115:116:1:57:58:0:1:58:58:0:0 chr9 94456705 . T A 718.84 PASS AF=0.869565;AO=57;DP=69;FAO=60;FDP=69;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00603775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1593;QD=41.6717;RBI=0.0367413;REFB=-0.0737255;REVB=0.0362418;RO=12;SAF=21;SAR=36;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045373;STB=0.526145;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0033043;OID=.;OPOS=94456705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:69:69:12:9:57:60:0.869565:36:21:6:6:38:22:5:4 chr9 94456714 . C T 794.9 PASS AF=1;AO=47;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.894;QD=56.7785;RBI=0.00765652;REFB=0;REVB=-0.0026908;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201292;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:47:56:1:27:20:0:0:36:20:0:0 chr9 94486321 . C T 1399.77 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140662;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.74;QD=62.9112;RBI=0.0224768;REFB=0;REVB=0.0175314;RO=0;SAF=60;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99908e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8297e-05;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:29:60:0:0:29:60:0:0 chr9 94486688 . G A 730.55 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202593;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.233;QD=63.526;RBI=0.0203169;REFB=0;REVB=0.00152894;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157523;OID=.;OPOS=94486688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:15:30:0:0:16:30:0:0 chr9 94495608 . T C 1511.27 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3966;QD=58.6902;RBI=0.0739488;REFB=0;REVB=0.0553199;RO=3;SAF=30;SAR=64;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217058;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697046;OID=.;OPOS=94495608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:103:3:0:94:103:1:64:30:0:3:68:35:0:0 chr9 94518328 . C T 646.78 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0119959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.365;QD=21.5593;RBI=0.047981;REFB=-0.0088254;REVB=-0.0464572;RO=55;SAF=28;SAR=36;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136514;STB=0.570664;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00972877;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:56:64:64:0.533333:36:28:33:22:36:28:33:23 chr9 94519718 . G A 89.92 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=97;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0304785;FXX=0.0206164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.2188;QD=3.78618;RBI=0.0358384;REFB=-0.00101152;REVB=0.0188534;RO=79;SAF=7;SAR=9;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391838;STB=0.525864;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00653185;OID=.;OPOS=94519718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:97:95:79:79:16:16:0.168421:9:7:37:42:9:7:37:42 chr9 95219248 . A G 1460.89 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.079953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7676;QD=57.2898;RBI=0.080463;REFB=-0.0940258;REVB=-0.00904462;RO=2;SAF=39;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00429442;STB=0.502264;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00115319;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:100:100:0.980392:61:39:1:1:61:39:1:1 chr9 95219597 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.07;QD=57.0002;RBI=0.0658543;REFB=0;REVB=-0.0656062;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267362;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr9 95237024 . CTCA C 626.59 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846094;FXX=0.0908884;HRUN=1;LEN=3;MLLD=207.645;QD=62.6586;RBI=0.087416;REFB=0;REVB=0.0219728;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000187103;OID=.;OPOS=95237025;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:40:40:40:0:16:24:0:0:3:0:16:20:0:0 chr9 95274338 . A G 691.84 PASS AF=0.612245;AO=59;DP=98;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0143951;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.394;QD=28.2383;RBI=0.0177577;REFB=-0.00787267;REVB=0.010398;RO=38;SAF=27;SAR=32;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116284;STB=0.502731;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00569295;OID=.;OPOS=95274338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:38:38:59:60:0.612245:32:27:18:20:32:28:18:20 chr9 95279985 . C A 402.62 PASS AF=0.44;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00229186;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.409;QD=16.105;RBI=0.00326868;REFB=-0.0181534;REVB=0.00233058;RO=53;SAF=24;SAR=20;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390386;STB=0.53504;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.020985;OID=.;OPOS=95279985;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:53:56:44:44:0.44:20:24:31:22:20:24:34:22 chr9 95284873 . A G 463.32 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.000373198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1868;QD=21.8031;RBI=0.00335811;REFB=-0.00038893;REVB=-0.00333731;RO=40;SAF=20;SAR=25;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385737;STB=0.521267;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00025199;OID=.;OPOS=95284873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:25:20:16:24:25:20:16:24 chr9 95284982 . T G 2273.39 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287563;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.641;QD=63.1496;RBI=0.0308827;REFB=0;REVB=-0.0112612;RO=0;SAF=52;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889559;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:144:0:0:139:144:1:87:52:0:0:90:54:0:0 chr9 95380726 . G A 102.05 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0130934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.655;QD=9.07083;RBI=0.0167595;REFB=-0.0012845;REVB=-0.0104615;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593855;STB=0.505147;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00513931;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:32:13:13:0.288889:6:7:16:14:6:7:17:15 chr9 95475352 . G A 256.19 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.000495112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0215;QD=20.9136;RBI=0.012211;REFB=-0.010672;REVB=0.0122009;RO=22;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186198;STB=0.590092;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0100769;OID=.;OPOS=95475352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:24:24:25:0.510204:9:15:9:13:10:15:10:14 chr9 95481800 . G A 607.54 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=103;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0586395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.146;QD=23.5936;RBI=0.0588185;REFB=-0.00986414;REVB=0.00458449;RO=44;SAF=28;SAR=31;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211274;STB=0.501154;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00816751;OID=.;OPOS=95481800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:44:44:59:59:0.572816:31:28:21:23:31:28:21:23 chr9 95609564 . C T 319.26 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00283054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.989;QD=12.1623;RBI=0.0101945;REFB=-0.00750369;REVB=-0.00979363;RO=66;SAF=22;SAR=17;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103926;STB=0.559383;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0177159;OID=.;OPOS=95609564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:66:39:39:0.371429:17:22:31:35:17:22:31:35 chr9 95768448 . G A 1119.15 PASS AF=0.562162;AO=104;DP=184;FAO=104;FDP=185;FR=.;FRO=81;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.00263293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.99;QD=24.1979;RBI=0.00721132;REFB=-0.00390785;REVB=-0.00671348;RO=80;SAF=46;SAR=58;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763311;STB=0.544308;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00281616;OID=.;OPOS=95768448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:80:81:104:104:0.562162:58:46:43:37:58:46:44:37 chr9 95780465 . A G 3008.89 PASS AF=0.994792;AO=190;DP=191;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.371;QD=62.6852;RBI=0.0335327;REFB=-0.0111133;REVB=0.0294922;RO=0;SAF=88;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71292e-08;STB=0.502825;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000206701;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:192:0:1:190:191:0.994792:102:88:0:0:103:88:1:0 chr9 95782667 . C T 825.65 PASS AF=0.543624;AO=79;DP=150;FAO=81;FDP=149;FR=.;FRO=68;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00171001;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.485;QD=22.165;RBI=0.0182926;REFB=0.0106249;REVB=0.0182124;RO=65;SAF=42;SAR=37;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071009;STB=0.514111;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00682392;OID=.;OPOS=95782667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:65:68:79:81:0.543624:37:42:34:31:38:43:34:34 chr9 95887320 . G T 1208.87 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4443;QD=61.2088;RBI=0.0372644;REFB=0;REVB=0.0283794;RO=0;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212551;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:30:49:0:0:30:49:0:0 chr9 95993170 . A G 918.2 PASS AF=0.552795;AO=82;DP=155;FAO=89;FDP=161;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.0113437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.223;QD=22.8125;RBI=0.0204342;REFB=-0.0260427;REVB=0.0169964;RO=72;SAF=35;SAR=47;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332937;STB=0.507262;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0203;OID=.;OPOS=95993170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:161:72:72:82:89:0.552795:47:35:28:44:53:36:28:44 chr9 96015256 . C T 443.7 PASS AF=0.354839;AO=55;DP=155;FAO=55;FDP=155;FR=.;FRO=100;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=0.0685558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.495;QD=11.4502;RBI=0.0686615;REFB=-0.00509849;REVB=0.00380832;RO=99;SAF=27;SAR=28;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182082;STB=0.50704;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0101778;OID=.;OPOS=96015256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:99:100:55:55:0.354839:28:27:47:52:28:27:48:52 chr9 96021312 . G A 1052.8 PASS AF=0.391026;AO=121;DP=311;FAO=122;FDP=312;FR=.;FRO=190;FSAF=23;FSAR=99;FSRF=53;FSRR=137;FWDB=0.0222915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.453;QD=13.4975;RBI=0.0223087;REFB=-0.00687126;REVB=0.000874999;RO=190;SAF=23;SAR=98;SRF=53;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14021;STB=0.5809;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0116352;OID=.;OPOS=96021312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:312:190:190:121:122:0.391026:98:23:53:137:99:23:53:137 chr9 96051521 . A G 3190.89 PASS AF=1;AO=206;DP=208;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145208;FXX=0.00480746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.549;QD=61.6597;RBI=0.015176;REFB=0;REVB=0.00441105;RO=0;SAF=83;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41362e-05;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:207:0:0:206:207:1:123:83:0:0:124:83:0:0 chr9 96055063 . C T 1269.58 PASS AF=0.713287;AO=102;DP=144;FAO=102;FDP=143;FR=.;FRO=41;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0559646;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.515;QD=35.5128;RBI=0.0592968;REFB=0.0040512;REVB=0.0195979;RO=40;SAF=43;SAR=59;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252227;STB=0.516459;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00176185;OID=.;OPOS=96055063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:40:41:102:102:0.713287:59:43:15:25:59:43:15:26 chr9 96079840 . GC CG 48.68 PASS AF=0.145161;AO=7;DP=61;FAO=9;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.105856;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=2;MLLD=56.9851;QD=3.1406;RBI=0.108545;REFB=-0.0235737;REVB=-0.024009;RO=39;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16166;STB=0.903757;STBP=0.018;TYPE=mnp;VARB=0.0704206;OID=.;OPOS=96079840;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:61:62:39:50:7:9:0.145161:4:3:22:17:8:1:31:19 chr9 96097673 . G A 332.99 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0138895;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.999;QD=21.4831;RBI=0.0219584;REFB=-0.0257147;REVB=0.0170075;RO=26;SAF=15;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765272;STB=0.522231;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.032523;OID=.;OPOS=96097673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:28:34:34:0.548387:19:15:9:17:19:15:11:17 chr9 96097747 . C T 301.15 PASS AF=0.327731;AO=39;DP=120;FAO=39;FDP=119;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=54;FWDB=0.00691807;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.098;QD=10.1228;RBI=0.0136828;REFB=-0.0255133;REVB=-0.0118051;RO=80;SAF=12;SAR=27;SRF=26;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232767;STB=0.513507;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0383081;OID=.;OPOS=96097747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:80:80:39:39:0.327731:27:12:26:54:27:12:26:54 chr9 96214928 . G A 416.85 PASS AF=0.473118;AO=37;DP=86;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00338967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.618;QD=17.9291;RBI=0.0483918;REFB=-0.0334236;REVB=0.048273;RO=49;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947319;STB=0.510611;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0357594;OID=.;OPOS=96214928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:93:49:49:37:44:0.473118:20:17:18:31:27:17:18:31 chr9 96238578 . C T 249.96 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0229527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.484;QD=12.0461;RBI=0.0333809;REFB=-0.0119825;REVB=0.0242375;RO=53;SAF=12;SAR=18;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173421;STB=0.509993;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0152071;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:18:12:22:31:18:12:22:31 chr9 96328303 . T C 830.75 PASS AF=0.404348;AO=91;DP=229;FAO=93;FDP=230;FR=.;FRO=137;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=84;FSRR=53;FWDB=0.0631283;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1703;QD=14.4478;RBI=0.0646897;REFB=0.00117072;REVB=0.014127;RO=137;SAF=41;SAR=50;SRF=84;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172716;STB=0.58909;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00118049;OID=.;OPOS=96328303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:137:137:91:93:0.404348:50:41:84:53:50:43:84:53 chr9 97055376 . G A 2028.63 PASS AF=1;AO=127;DP=131;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.578;QD=60.1077;RBI=0.174633;REFB=0;REVB=0.168756;RO=0;SAF=56;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109753;OID=.;OPOS=97055376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:131:135:0:0:127:135:1:71:56:0:0:78:57:0:0 chr9 97062981 . C T 754.3 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0584;QD=56.9286;RBI=0.0165147;REFB=0;REVB=-0.0043325;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121661;OID=.;OPOS=97062981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr9 97080944 . GAGA G 814.79 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310821;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=3;MLLD=219.818;QD=57.1779;RBI=0.0330302;REFB=0;REVB=-0.0111756;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.01939e-05;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:58:57:57:0:24:33:0:0:5:0:23:31:0:0 chr9 97082699 . G A 2364.52 PASS AF=0.963636;AO=158;DP=166;FAO=159;FDP=165;FR=.;FRO=6;FSAF=93;FSAR=66;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0285093;FXX=0.0119753;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.96;QD=57.3218;RBI=0.0285237;REFB=-0.0844706;REVB=0.000906425;RO=4;SAF=93;SAR=65;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200204;STB=0.50933;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00130308;OID=.;OPOS=97082699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:166:165:4:6:158:159:0.963636:65:93:4:0:66:93:5:1 chr9 97087857 . G A 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.914;QD=46.8462;RBI=0.0872963;REFB=0;REVB=0.0592906;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018109;OID=.;OPOS=97087857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr9 97270084 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4559;QD=56.1907;RBI=0.0367619;REFB=0;REVB=-0.0307289;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106647;OID=.;OPOS=97270084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr9 97349666 . C G,T 2339.82 PASS AF=0.973154,0.0268456;AO=143,6;DP=149;FAO=145,4;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=78,0;FSAR=67,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100455,-0.0318226;FXX=0.00666622;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=191.727,29.4047;QD=62.814;RBI=0.0246501,0.0323745;REFB=0,0;REVB=0.0225104,0.00595199;RO=0;SAF=78,0;SAR=65,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.15579e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000295744,0.181817;OID=.,.;OPOS=97349666,97349666;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:149:149:0:0:143,6:145,4:0.973154,0.0268456:65,6:78,0:0:0:67,4:78,0:0:0 chr9 97365720 . T C 1863.03 PASS AF=1;AO=111;DP=116;FAO=122;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.669;QD=61.083;RBI=0.0266678;REFB=0;REVB=0.0243235;RO=0;SAF=64;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27124e-06;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:122:0:0:111:122:1:47:64:0:0:54:68:0:0 chr9 97369149 . C T 2692.41 PASS AF=0.977778;AO=179;DP=180;FAO=176;FDP=180;FR=.;FRO=4;FSAF=95;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0219284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.629;QD=59.8314;RBI=0.024531;REFB=-0.121538;REVB=0.0109962;RO=0;SAF=95;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2973e-08;STB=0.512047;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0014521;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:180:180:0:4:179:176:0.977778:84:95:0:0:81:95:0:4 chr9 97369151 . G A 2745.56 PASS AF=1;AO=176;DP=180;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183763;FXX=0.022221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.643;QD=62.3991;RBI=0.0183774;REFB=0.0800567;REVB=-0.000206095;RO=1;SAF=95;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058407;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9763e-05;OID=.;OPOS=97369151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:180:176:1:0:176:176:1:81:95:0:1:81:95:0:0 chr9 97768286 . T C 1204.04 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00691007;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.224;QD=58.7337;RBI=0.025338;REFB=0.0577304;REVB=0.0243775;RO=2;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242644;STB=0.512817;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=9.94798e-05;OID=.;OPOS=97768286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:82:2:2:80:80:0.97561:38:42:0:2:38:42:0:2 chr9 97849090 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.766;QD=59.6794;RBI=0.0233863;REFB=0;REVB=0.0149496;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.77521e-06;OID=.;OPOS=97849090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr9 98211572 . T A 672.66 PASS AF=0.659091;AO=58;DP=88;FAO=58;FDP=88;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=0.0268768;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.552;QD=30.5755;RBI=0.0359193;REFB=-0.0498092;REVB=0.0238293;RO=26;SAF=29;SAR=29;SRF=24;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24379;STB=0.62496;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.019035;OID=.;OPOS=98211572;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:26:30:58:58:0.659091:29:29:24:2:29:29:26:4 chr9 98218474 . G GC 994.07 PASS AF=1;AO=82;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060793;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.9341;QD=40.9927;RBI=0.0699378;REFB=0;REVB=-0.0345762;RO=12;SAF=46;SAR=36;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350514;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00376524;OID=.;OPOS=98218475;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:97:97:97:0:51:46:0:0:20:12:46:36:5:7 chr9 98231084 . T C 397.88 PASS AF=0.347826;AO=48;DP=138;FAO=48;FDP=138;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0177454;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.262;QD=11.5326;RBI=0.0253397;REFB=0.000325241;REVB=0.0180887;RO=89;SAF=23;SAR=25;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082399;STB=0.500907;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00066117;OID=.;OPOS=98231084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:89:90:48:48:0.347826:25:23:42:47:25:23:43:47 chr9 98238379 . A G 685.66 PASS AF=0.380282;AO=81;DP=215;FAO=81;FDP=213;FR=.;FRO=132;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=66;FSRR=66;FWDB=0.0118882;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.582;QD=12.8762;RBI=0.0125026;REFB=0.00020036;REVB=0.00387095;RO=131;SAF=36;SAR=45;SRF=65;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569098;STB=0.534583;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.000386413;OID=.;OPOS=98238379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:131:132:81:81:0.380282:45:36:65:66:45:36:66:66 chr9 98239147 . A G 550.29 PASS AF=0.541667;AO=50;DP=92;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=5.1427e-05;FXX=0.0303;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.0377;QD=22.9286;RBI=0.000557371;REFB=-0.027396;REVB=-0.000554994;RO=39;SAF=21;SAR=29;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954395;STB=0.555353;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0204229;OID=.;OPOS=98239147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:39:44:50:52:0.541667:29:21:21:18:31:21:23:21 chr9 98997810 . C T 909.93 PASS AF=0.618321;AO=81;DP=132;FAO=81;FDP=131;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0364205;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.269;QD=27.784;RBI=0.0399686;REFB=-0.0168759;REVB=-0.0164631;RO=50;SAF=31;SAR=50;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170141;STB=0.509212;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00934644;OID=.;OPOS=98997810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:50:50:81:81:0.618321:50:31:18:32:50:31:18:32 chr9 99580296 . CCT C,CGT 1079.94 PASS AF=0.618056,0.0416667;AO=86,7;DP=148;FAO=89,6;FDP=144;FR=.;FRO=49;FSAF=49,1;FSAR=40,5;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0184259,-0.0356764;FXX=0.0270252;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=81.0088,96.4859;QD=29.9985;RBI=0.02355,0.0667211;REFB=-0.0304257,-0.042434;REVB=0.014666,-0.0563817;RO=53;SAF=47,2;SAR=39,5;SRF=31;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0.473988,0;SSSB=-0.0273549,-0.342778;STB=0.507495,0.84684;STBP=0.837,0.103;TYPE=del,snp;VARB=0.0115598,0.0726793;OID=.,.;OPOS=99580297,99580297;OREF=CT,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.618056,0.0416667:86,7:148:89,6:144:49:49,1:40,5:28:21:99:53:47,2:39,5:31:22 chr9 99694397 . C G 485.95 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00460563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6205;QD=21.3605;RBI=0.0334834;REFB=0.00397676;REVB=0.0331652;RO=44;SAF=29;SAR=18;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125007;STB=0.569142;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00180355;OID=.;OPOS=99694397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:18:29:21:23:18:29:21:23 chr9 99797908 . G A 1120.97 PASS AF=0.602339;AO=102;DP=171;FAO=103;FDP=171;FR=.;FRO=68;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=49;FWDB=-0.0473232;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0397;QD=26.2216;RBI=0.0721628;REFB=-0.00817369;REVB=0.0544792;RO=68;SAF=56;SAR=46;SRF=19;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197127;STB=0.603957;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00582773;OID=.;OPOS=99797908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:68:68:102:103:0.602339:46:56:19:49:47:56:19:49 chr9 100053194 . G A 968.0 PASS AF=0.537143;AO=93;DP=174;FAO=94;FDP=175;FR=.;FRO=81;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=-0.0395669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.914;QD=22.1257;RBI=0.0395729;REFB=-0.0107276;REVB=0.000687215;RO=80;SAF=48;SAR=45;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129667;STB=0.575199;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0145422;OID=.;OPOS=100053194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:80:81:93:94:0.537143:45:48:29:51:45:49:29:52 chr9 100069648 . T C 1972.14 PASS AF=0.52459;AO=192;DP=367;FAO=192;FDP=366;FR=.;FRO=174;FSAF=84;FSAR=108;FSRF=87;FSRR=87;FWDB=0.00162064;FXX=0.00272472;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.678;QD=21.5534;RBI=0.00206926;REFB=-0.0180086;REVB=-0.00128662;RO=171;SAF=84;SAR=108;SRF=85;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519148;STB=0.529956;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0190478;OID=.;OPOS=100069648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:366:171:174:192:192:0.52459:108:84:85:86:108:84:87:87 chr9 100190780 . A G 1476.62 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.886;QD=62.1734;RBI=0.0258519;REFB=-0.0917564;REVB=-0.00434352;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=2.37235e-05;OID=.;OPOS=100190780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:50:44:0:0:50:44:1:0 chr9 100194406 . T C 2458.04 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.186;QD=60.6924;RBI=0.0273855;REFB=-0.125892;REVB=-0.00440832;RO=1;SAF=48;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419264;STB=0.502202;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000198571;OID=.;OPOS=100194406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:162:1:1:161:161:0.993827:113:48:0:1:113:48:0:1 chr9 100388119 . G T 512.68 PASS AF=0.325123;AO=66;DP=203;FAO=66;FDP=203;FR=.;FRO=137;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=70;FSRR=67;FWDB=0.00677991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.001;QD=10.102;RBI=0.0120329;REFB=0.0104767;REVB=0.00994103;RO=136;SAF=36;SAR=30;SRF=70;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361085;STB=0.523374;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0191348;OID=.;OPOS=100388119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:136:137:66:66:0.325123:30:36:70:66:30:36:70:67 chr9 100388197 . C T 1298.67 PASS AF=0.649425;AO=113;DP=174;FAO=113;FDP=174;FR=.;FRO=61;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0203307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.25;QD=29.8545;RBI=0.0204676;REFB=0.00246067;REVB=0.00236321;RO=60;SAF=60;SAR=53;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123142;STB=0.503524;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00168915;OID=.;OPOS=100388197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:60:61:113:113:0.649425:53:60:33:27:53:60:33:28 chr9 100444601 . C G 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00143216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0481;QD=17.3238;RBI=0.0843273;REFB=-0.0111174;REVB=0.0843151;RO=25;SAF=15;SAR=5;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013082;STB=0.507455;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0160019;OID=.;OPOS=100444601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:5:15:19:6:5:15:19:6 chr9 100616583 . T C 724.09 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000858482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.199;QD=54.6485;RBI=0.00576886;REFB=-0.00607741;REVB=-0.00570462;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018468;STB=0.5098;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000112463;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:27:25:1:0:27:25:1:0 chr9 100617375 . T C 3824.32 PASS AF=1;AO=242;DP=244;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232895;FXX=0.0196843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.148;QD=61.4349;RBI=0.0269441;REFB=-0.059211;REVB=0.0135494;RO=0;SAF=120;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70717e-05;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:244:249:0:0:242:249:1:122:120:0:0:127:122:0:0 chr9 100617479 . G T 380.41 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0199543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.097;QD=11.9814;RBI=0.0200569;REFB=-0.00879076;REVB=0.00202578;RO=81;SAF=28;SAR=18;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102755;STB=0.558798;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0210897;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:81:81:46:46:0.362205:18:28:42:39:18:28:42:39 chr9 100617583 . T C 261.9 PASS AF=0.326923;AO=34;DP=104;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00636625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.952;QD=10.0731;RBI=0.0345266;REFB=0.00145631;REVB=0.0339346;RO=70;SAF=12;SAR=22;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237543;STB=0.638143;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00786255;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:70:70:34:34:0.326923:22:12:39:31:22:12:39:31 chr9 100617879 . T C 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00631092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.604;QD=18.6415;RBI=0.00913526;REFB=-0.00990377;REVB=-0.00660494;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216766;STB=0.512185;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00800182;OID=.;OPOS=100617879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:15:11:10:15:15:11 chr9 100672338 . C T 340.7 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=0.0284969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.097;QD=15.6645;RBI=0.028668;REFB=-0.00650452;REVB=-0.00312761;RO=49;SAF=22;SAR=15;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304759;STB=0.675001;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0108872;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:50:37:37:0.425287:15:22:14:35:15:22:14:36 chr9 100675777 . C T 613.08 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0576046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.989;QD=23.1351;RBI=0.0592247;REFB=-0.0063766;REVB=0.0137579;RO=46;SAF=36;SAR=24;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149392;STB=0.581722;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00542351;OID=.;OPOS=100675777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:46:46:60:60:0.566038:24:36:19:27:24:36:19:27 chr9 100684719 . A C 696.77 PASS AF=0.454545;AO=75;DP=165;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=0.00645037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.524;QD=16.8914;RBI=0.016617;REFB=-0.00534924;REVB=-0.0153139;RO=90;SAF=50;SAR=25;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945202;STB=0.552617;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00507063;OID=.;OPOS=100684719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:90:90:75:75:0.454545:25:50:52:38:25:50:52:38 chr9 100684757 . A G 818.47 PASS AF=0.485549;AO=84;DP=173;FAO=84;FDP=173;FR=.;FRO=89;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.00982741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.338;QD=18.9243;RBI=0.019968;REFB=-0.0132967;REVB=-0.0173823;RO=87;SAF=51;SAR=33;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00911406;STB=0.500216;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0119384;OID=.;OPOS=100684757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:87:89:84:84:0.485549:33:51:52:35:33:51:54:35 chr9 100745902 . A G 3474.33 PASS AF=0.535322;AO=323;DP=631;FAO=341;FDP=637;FR=.;FRO=296;FSAF=186;FSAR=155;FSRF=108;FSRR=188;FWDB=0.0333124;FXX=0.0245019;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7788;QD=21.8168;RBI=0.0333806;REFB=-0.0151206;REVB=-0.00213234;RO=258;SAF=183;SAR=140;SRF=98;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152336;STB=0.583328;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.024278;OID=.;OPOS=100745902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:631:637:258:296:323:341:0.535322:140:183:98:160:155:186:108:188 chr9 100971348 . T C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00254284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2775;QD=24.3281;RBI=0.014816;REFB=0.017248;REVB=0.0145962;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223089;STB=0.631145;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00430686;OID=.;OPOS=100971348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:1:6:1:1:1:6:1:1 chr9 101017823 . T C 111.86 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0566312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6257;QD=16.5711;RBI=0.0585902;REFB=-0.0130902;REVB=-0.0150243;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954316;STB=0.55483;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0138174;OID=.;OPOS=101017823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:5:9:7:6:5:9 chr9 101051879 . G A 920.75 PASS AF=0.637795;AO=80;DP=131;FAO=81;FDP=127;FR=.;FRO=46;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0251297;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7012;QD=29.0001;RBI=0.0504858;REFB=-0.0194186;REVB=-0.0437872;RO=46;SAF=39;SAR=41;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052422;STB=0.525839;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0100485;OID=.;OPOS=101051879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:127:46:46:80:81:0.637795:41:39:26:20:41:40:26:20 chr9 101056122 . T C 2317.95 PASS AF=0.650485;AO=201;DP=309;FAO=201;FDP=309;FR=.;FRO=108;FSAF=103;FSAR=98;FSRF=45;FSRR=63;FWDB=0.00842608;FXX=0.0032257;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.783;QD=30.0059;RBI=0.0127669;REFB=-0.0179394;REVB=0.0095914;RO=107;SAF=103;SAR=98;SRF=45;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594052;STB=0.533435;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0103661;OID=.;OPOS=101056122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:107:108:201:201:0.650485:98:103:45:62:98:103:45:63 chr9 101068580 . G A 2047.89 PASS AF=0.645985;AO=177;DP=273;FAO=177;FDP=274;FR=.;FRO=97;FSAF=75;FSAR=102;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.026631;FXX=0.00363623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.867;QD=29.8962;RBI=0.0277589;REFB=-0.00632169;REVB=0.00783248;RO=95;SAF=75;SAR=102;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00522021;STB=0.507077;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00336378;OID=.;OPOS=101068580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:274:95:97:177:177:0.645985:102:75:41:54:102:75:43:54 chr9 101340301 . A C 751.83 PASS AF=0.345725;AO=92;DP=270;FAO=93;FDP=269;FR=.;FRO=176;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=83;FSRR=93;FWDB=0.0159184;FXX=0.0073798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.872;QD=11.1796;RBI=0.0162697;REFB=-0.00831469;REVB=-0.00336245;RO=176;SAF=35;SAR=57;SRF=83;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107788;STB=0.564253;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0171141;OID=.;OPOS=101340301;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:176:176:92:93:0.345725:57:35:83:93:58:35:83:93 chr9 101533220 . C T 1479.48 PASS AF=0.964912;AO=100;DP=106;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0521882;FXX=0.0338954;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.524;QD=51.9116;RBI=0.0526881;REFB=-0.147358;REVB=0.00724056;RO=4;SAF=43;SAR=57;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134097;STB=0.507844;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00373875;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:106:114:4:4:100:110:0.964912:57:43:1:3:58:52:1:3 chr9 101533221 . C T 45.98 PASS AF=0.105691;AO=7;DP=117;FAO=13;FDP=123;FR=.;FRO=110;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=0.0340171;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2542;QD=1.49534;RBI=0.0674446;REFB=-0.0222828;REVB=-0.0582376;RO=110;SAF=6;SAR=1;SRF=45;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431344;STB=0.741585;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0585612;OID=.;OPOS=101533221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:117:123:110:110:7:13:0.105691:1:6:45:65:4:9:45:65 chr9 101558444 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.043;QD=35.5759;RBI=0.0276437;REFB=0;REVB=0.0016058;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471063;OID=.;OPOS=101558444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr9 101611335 . G C 562.57 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0205168;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6905;QD=23.4404;RBI=0.0536844;REFB=0.0258907;REVB=-0.0496092;RO=44;SAF=19;SAR=33;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975057;STB=0.55367;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.020816;OID=.;OPOS=101611335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:33:19:21:23:33:19:21:23 chr9 101611545 . A G 815.21 PASS AF=0.518987;AO=82;DP=159;FAO=82;FDP=158;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.019008;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.905;QD=20.6382;RBI=0.0195553;REFB=-0.0208303;REVB=0.00459434;RO=76;SAF=36;SAR=46;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307038;STB=0.51685;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.019084;OID=.;OPOS=101611545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:76:76:82:82:0.518987:46:36:36:40:46:36:36:40 chr9 101767315 . G A 1453.26 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656605;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.611;QD=63.1854;RBI=0.0196396;REFB=0;REVB=0.0185095;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60928e-05;OID=.;OPOS=101767315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr9 101784438 . A G 3163.17 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.778;QD=61.4208;RBI=0.0382326;REFB=0;REVB=0.00840272;RO=0;SAF=89;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65377e-05;OID=.;OPOS=101784438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:206:0:0:204:206:1:115:89:0:0:115:91:0:0 chr9 101812204 . G A 534.28 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00958948;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.633;QD=19.9731;RBI=0.009676;REFB=0.00286049;REVB=0.00129112;RO=53;SAF=24;SAR=31;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065397;STB=0.531174;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00298257;OID=.;OPOS=101812204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:53:52:55:55:0.514019:31:24:27:26:31:24:26:26 chr9 101822220 . C T 1287.38 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.208;QD=60.5828;RBI=0.0121276;REFB=-0.104137;REVB=0.00257627;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.505375;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000143784;OID=.;OPOS=101822220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:38:46:0:0:38:46:1:0 chr9 101831995 . G A 155.18 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00478086;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5832;QD=10.7022;RBI=0.0509104;REFB=-0.00784858;REVB=0.0506854;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148389;STB=0.600584;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0124954;OID=.;OPOS=101831995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:19:20:0.344828:10:9:23:15:11:9:23:15 chr9 101832264 . T G 171.65 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0335775;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=31.8233;QD=11.0739;RBI=0.154614;REFB=-0.137359;REVB=-0.150924;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113757;STB=0.649019;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0745224;OID=.;OPOS=101832264;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:28:35:27:27:0.435484:14:13:10:18:12:15:10:25 chr9 101832265 . T G 37.14 PASS AF=0.129032;AO=9;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0722052;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=75.2398;QD=2.39633;RBI=0.104922;REFB=-0.0024144;REVB=-0.0761252;RO=52;SAF=2;SAR=7;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292199;STB=0.669192;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.114963;OID=.;OPOS=101832265;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:62:62:52:54:9:8:0.129032:7:2:23:29:6:2:23:31 chr9 102046316 . G C 378.69 PASS AF=0.356589;AO=46;DP=129;FAO=46;FDP=129;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0189017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.769;QD=11.7423;RBI=0.0674973;REFB=-0.0016609;REVB=0.0647966;RO=82;SAF=28;SAR=18;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123646;STB=0.567278;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00247432;OID=.;OPOS=102046316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:82:83:46:46:0.356589:18:28:41:41:18:28:42:41 chr9 102067887 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.455;QD=50.4128;RBI=0.00507021;REFB=0;REVB=0.00116274;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14074e-05;OID=.;OPOS=102067887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr9 102068344 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5473;QD=44.6876;RBI=0.0363856;REFB=0;REVB=0.035144;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191082;OID=.;OPOS=102068344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr9 102068770 . T C 1160.19 PASS AF=0.50885;AO=115;DP=226;FAO=115;FDP=226;FR=.;FRO=111;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=-0.0147579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.288;QD=20.5344;RBI=0.0238092;REFB=-0.0335678;REVB=-0.0186838;RO=111;SAF=60;SAR=55;SRF=60;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168911;STB=0.509258;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0392027;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:111:111:115:115:0.50885:55:60:60:51:55:60:60:51 chr9 102068832 . G A 6209.54 PASS AF=0.992424;AO=385;DP=388;FAO=393;FDP=396;FR=.;FRO=3;FSAF=193;FSAR=200;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0914168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7356;QD=62.7226;RBI=0.104587;REFB=-0.0506087;REVB=0.0508068;RO=3;SAF=191;SAR=194;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00240214;STB=0.501196;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00228235;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:388:396:3:3:385:393:0.992424:194:191:1:2:200:193:1:2 chr9 102713580 . G A 784.65 PASS AF=0.78481;AO=61;DP=79;FAO=62;FDP=79;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0184753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.914;QD=39.7289;RBI=0.019331;REFB=-0.0433809;REVB=0.00568771;RO=17;SAF=24;SAR=37;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042781;STB=0.524617;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0139831;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:17:17:61:62:0.78481:37:24:5:12:37:25:5:12 chr9 102732237 . T C 260.15 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0281848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.078;QD=16.7838;RBI=0.035186;REFB=-0.00873211;REVB=-0.0210635;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155828;STB=0.6017;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00855614;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:28:29:0.467742:16:12:19:13:17:12:20:13 chr9 103054951 . T C 193.14 PASS AF=0.375;AO=25;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00742069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.762;QD=12.0714;RBI=0.00762257;REFB=0.00342759;REVB=-0.00174266;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200283;STB=0.63942;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00525683;OID=.;OPOS=103054951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:25:24:0.375:10:15:16:23:9:15:16:24 chr9 103060386 . T G 837.27 PASS AF=0.583333;AO=76;DP=131;FAO=77;FDP=132;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=0.0118525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7698;QD=25.3719;RBI=0.0206656;REFB=0.00342119;REVB=0.0169288;RO=55;SAF=30;SAR=46;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116509;STB=0.560733;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00208386;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:55:55:76:77:0.583333:46:30:14:41:47:30:14:41 chr9 103064530 . G A 450.55 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0411785;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.307;QD=21.4546;RBI=0.0411931;REFB=-0.00722263;REVB=-0.00109504;RO=38;SAF=22;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221121;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00791597;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:40:44:44:0.52381:22:22:20:18:22:22:20:20 chr9 104133628 . C T 94.75 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0517353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.944;QD=10.5274;RBI=0.0560554;REFB=-0.0105763;REVB=0.0215793;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28409;STB=0.638675;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0133911;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:24:24:11:12:0.333333:5:6:7:17:6:6:7:17 chr9 104324545 . G A 2354.47 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.46688e-05;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.706;QD=64.0672;RBI=0.0118988;REFB=0;REVB=0.0118986;RO=0;SAF=64;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73579e-06;OID=.;OPOS=104324545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:147:147:1:83:64:0:0:83:64:0:0 chr9 104333264 . C T 908.1 PASS AF=0.629921;AO=80;DP=130;FAO=80;FDP=127;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00336143;FXX=0.0230751;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.194;QD=28.6016;RBI=0.00853438;REFB=-0.018916;REVB=-0.00784451;RO=47;SAF=38;SAR=42;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486474;STB=0.526309;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00868063;OID=.;OPOS=104333264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:127:47:47:80:80:0.629921:42:38:19:28:42:38:19:28 chr9 104432873 . T G 289.07 PASS AF=0.319328;AO=37;DP=118;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0205163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.195;QD=9.7167;RBI=0.024615;REFB=-0.00313543;REVB=0.0136007;RO=80;SAF=19;SAR=18;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451577;STB=0.512598;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00531309;OID=.;OPOS=104432873;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:80:81:37:38:0.319328:18:19:38:42:19:19:39:42 chr9 104433034 . A G 549.02 PASS AF=0.542553;AO=50;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00301195;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.729;QD=23.3624;RBI=0.0066727;REFB=-0.022366;REVB=0.00595425;RO=43;SAF=30;SAR=20;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209789;STB=0.608653;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0217243;OID=.;OPOS=104433034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:50:51:0.542553:20:30:15:28:21:30:15:28 chr9 104433235 . C T 350.66 PASS AF=0.305195;AO=47;DP=154;FAO=47;FDP=154;FR=.;FRO=107;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.00537399;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=291.725;QD=9.10809;RBI=0.00583675;REFB=-0.00114769;REVB=0.0022777;RO=106;SAF=28;SAR=19;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126045;STB=0.570441;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00247838;OID=.;OPOS=104433235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:106:107:47:47:0.305195:19:28:52:54:19:28:53:54 chr9 104433347 . G A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=21;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0533913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.617;QD=12.0147;RBI=0.0553358;REFB=0.00400198;REVB=0.0145406;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731997;STB=0.568198;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00677347;OID=.;OPOS=104433347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:21:20:0.37037:10:11:15:18:9:11:15:19 chr9 104449063 . C T 921.87 PASS AF=0.50838;AO=91;DP=175;FAO=91;FDP=179;FR=.;FRO=88;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.000724189;FXX=0.0110491;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.006;QD=20.6005;RBI=0.00185617;REFB=-0.0154021;REVB=-0.00170907;RO=79;SAF=47;SAR=44;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301371;STB=0.524844;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0120501;OID=.;OPOS=104449063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:179:79:88:91:91:0.50838:44:47:38:41:44:47:41:47 chr9 104449294 . G A 409.28 PASS AF=0.337662;AO=52;DP=154;FAO=52;FDP=154;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=0.0276314;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.605;QD=10.6306;RBI=0.027632;REFB=0.00571546;REVB=-0.000173978;RO=100;SAF=27;SAR=25;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124872;STB=0.564435;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0110572;OID=.;OPOS=104449294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:100:102:52:52:0.337662:25:27:41:59:25:27:43:59 chr9 104499575 . T C 958.88 PASS AF=0.39781;AO=109;DP=275;FAO=109;FDP=274;FR=.;FRO=165;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=72;FSRR=93;FWDB=-0.0450029;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4205;QD=13.9983;RBI=0.0557635;REFB=0.00550585;REVB=-0.0329289;RO=163;SAF=63;SAR=46;SRF=70;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158335;STB=0.585072;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00994616;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:274:163:165:109:109:0.39781:46:63:70:93:46:63:72:93 chr9 105018910 . A C 776.86 PASS AF=0.867647;AO=59;DP=68;FAO=59;FDP=68;FR=.;FRO=9;FSAF=44;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0334773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.078;QD=45.6979;RBI=0.0899139;REFB=-0.238066;REVB=0.0834493;RO=7;SAF=44;SAR=15;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113361;STB=0.567195;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00278392;OID=.;OPOS=105018910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:68:68:7:9:59:59:0.867647:15:44:2:5:15:44:3:6 chr9 105340650 . C A 320.16 PASS AF=0.357143;AO=40;DP=112;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00230998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.701;QD=11.4342;RBI=0.0103978;REFB=-0.0084794;REVB=-0.0101379;RO=72;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136496;STB=0.578114;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0131429;OID=.;OPOS=105340650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:72:72:40:40:0.357143:19:21:29:43:19:21:29:43 chr9 105340677 . G A 294.86 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0206392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.053;QD=11.2327;RBI=0.031363;REFB=0.0050663;REVB=0.0236148;RO=68;SAF=19;SAR=18;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813257;STB=0.546737;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0138988;OID=.;OPOS=105340677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:68:68:37:37:0.352381:18:19:30:38:18:19:30:38 chr9 105405415 . G A 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0204427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.485;QD=8.45107;RBI=0.0247408;REFB=-0.00106628;REVB=-0.0139357;RO=43;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123537;STB=0.57369;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00253789;OID=.;OPOS=105405415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:9:9:17:26:9:9:17:26 chr9 105780618 . G A 3638.42 PASS AF=1;AO=231;DP=233;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7202;QD=62.1952;RBI=0.121518;REFB=-0.110831;REVB=0.0378435;RO=2;SAF=109;SAR=122;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0086628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197335;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:233:234:2:0:231:234:1:122:109:2:0:123:111:0:0 chr9 106896809 . G A 2174.18 PASS AF=0.493151;AO=216;DP=438;FAO=216;FDP=438;FR=.;FRO=222;FSAF=100;FSAR=116;FSRF=96;FSRR=126;FWDB=0.00296581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.062;QD=19.8555;RBI=0.00651281;REFB=0.0071211;REVB=-0.00579833;RO=222;SAF=100;SAR=116;SRF=96;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284679;STB=0.515594;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00499592;OID=.;OPOS=106896809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:438:222:222:216:216:0.493151:116:100:96:126:116:100:96:126 chr9 107266596 . T C 1506.78 PASS AF=0.954545;AO=105;DP=110;FAO=105;FDP=110;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0235035;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.531;QD=54.7919;RBI=0.026073;REFB=0.00353627;REVB=0.0112866;RO=4;SAF=56;SAR=49;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151586;STB=0.512193;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-3.17707e-05;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:110:110:4:5:105:105:0.954545:49:56:3:1:49:56:4:1 chr9 107266774 . C G 2172.36 PASS AF=0.985816;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000987827;FXX=0.013985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.9;QD=61.6273;RBI=0.0229987;REFB=-0.005367;REVB=0.0229775;RO=2;SAF=64;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00107372;STB=0.500565;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=2.74818e-05;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:141:2:2:139:139:0.985816:75:64:1:1:75:64:1:1 chr9 107266844 . A G 2274.87 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.834;QD=62.755;RBI=0.0295636;REFB=-0.0805693;REVB=0.00252233;RO=0;SAF=69;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12649e-08;STB=0.503355;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00017847;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:145:0:1:143:144:0.993103:74:69:0:0:74:70:0:1 chr9 107266943 . G A 1529.72 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.296;QD=63.7384;RBI=0.0319133;REFB=0;REVB=-0.0303133;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30606e-05;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr9 107267304 . C T 3800.98 PASS AF=1;AO=235;DP=242;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017519;FXX=0.0122946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6248;QD=63.0868;RBI=0.0303729;REFB=0;REVB=-0.0303223;RO=0;SAF=106;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692583;OID=.;OPOS=107267304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:242:241:0:0:235:241:1:129:106:0:0:130:111:0:0 chr9 107288586 . T C 589.76 PASS AF=0.56701;AO=53;DP=96;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0248597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.874;QD=24.3198;RBI=0.0397558;REFB=-0.0109066;REVB=0.0310245;RO=40;SAF=22;SAR=31;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677693;STB=0.538099;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00684609;OID=.;OPOS=107288586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:40:42:53:55:0.56701:31:22:20:20:31:24:22:20 chr9 107331504 . C A 1921.3 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000146114;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.036;QD=60.9937;RBI=0.033283;REFB=-0.00705356;REVB=-0.0332827;RO=1;SAF=53;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655385;STB=0.503448;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-9.02199e-05;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:72:53:0:1:72:53:0:1 chr9 107360768 . GT G 397.54 PASS AF=0.333333;AO=46;DP=157;FAO=52;FDP=156;FR=.;FRO=104;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=0.0156215;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.291;QD=10.1933;RBI=0.0157995;REFB=-0.00871061;REVB=0.00236462;RO=101;SAF=19;SAR=27;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120926;STB=0.583714;STBP=0.141;TYPE=del;VARB=0.0176126;OID=.;OPOS=107360769;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:46:157:52:156:104:21:31:55:49:99:101:19:27:52:49 chr9 107360826 . A G 413.58 PASS AF=0.335443;AO=53;DP=158;FAO=53;FDP=158;FR=.;FRO=105;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.0103492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9121;QD=10.4703;RBI=0.0324798;REFB=0.00973544;REVB=0.0307869;RO=104;SAF=25;SAR=28;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326352;STB=0.51566;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0166502;OID=.;OPOS=107360826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:104:105:53:53:0.335443:28:25:52:52:28:25:52:53 chr9 107360851 . T C 418.01 PASS AF=0.3375;AO=52;DP=157;FAO=54;FDP=160;FR=.;FRO=106;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=-0.0264132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.357;QD=10.4502;RBI=0.0385948;REFB=-0.0110104;REVB=0.0281407;RO=102;SAF=31;SAR=21;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896065;STB=0.562477;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0234028;OID=.;OPOS=107360851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:102:106:52:54:0.3375:21:31:53:49:21:33:55:51 chr9 107360922 . A G 2408.15 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0716;QD=64.2173;RBI=0.0308046;REFB=0;REVB=-0.0202889;RO=0;SAF=78;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139526;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:72:78:0:0:72:78:0:0 chr9 107361129 . C T 399.32 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0206483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3955;QD=15.973;RBI=0.0206485;REFB=0.0105931;REVB=-9.73473e-05;RO=58;SAF=15;SAR=27;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116556;STB=0.565836;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0149883;OID=.;OPOS=107361129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:27:15:27:31:27:15:27:31 chr9 107361312 . T C 855.17 PASS AF=0.953125;AO=46;DP=65;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0300642;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.496;QD=53.4482;RBI=0.0379369;REFB=-0.00137033;REVB=0.0231376;RO=2;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031325;STB=0.50743;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000573068;OID=.;OPOS=107361312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:64:2:3:46:61:0.953125:29:17:0:2:31:30:1:2 chr9 107361439 . G C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.537;QD=56.9374;RBI=0.0318674;REFB=0;REVB=-0.020273;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95914e-06;OID=.;OPOS=107361439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr9 107361451 . GC AG 422.37 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769133;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.017;QD=51.1966;RBI=0.166068;REFB=0;REVB=0.147183;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00793147;OID=.;OPOS=107361451;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:33:0:0:34:33:1:21:13:0:0:20:13:0:0 chr9 107361460 . G A 465.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9225;QD=58.1276;RBI=0.0507156;REFB=0;REVB=0.0462407;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124239;OID=.;OPOS=107361460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr9 107361490 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0691347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.53;QD=48.7373;RBI=0.0697306;REFB=0;REVB=-0.00909624;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000486645;OID=.;OPOS=107361490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr9 107361599 . G C 210.33 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00392769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5947;QD=15.58;RBI=0.0486729;REFB=-0.0581793;REVB=-0.0485142;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290538;STB=0.670525;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0522457;OID=.;OPOS=107361599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:10:14:8:21:10:14:8:22 chr9 107361642 . G A 410.55 PASS AF=0.494118;AO=38;DP=81;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0109978;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.381;QD=19.32;RBI=0.0144409;REFB=-0.00605503;REVB=0.00935891;RO=40;SAF=10;SAR=28;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197186;STB=0.576885;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00636149;OID=.;OPOS=107361642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:85:40:43:38:42:0.494118:28:10:18:22:30:12:18:25 chr9 107361710 . G A 440.92 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=49;FWDB=-0.056014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.419;QD=14.6973;RBI=0.0571594;REFB=-0.00570205;REVB=-0.0113856;RO=70;SAF=19;SAR=31;SRF=21;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904881;STB=0.550705;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00909793;OID=.;OPOS=107361710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:70:50:50:0.416667:31:19:21:49:31:19:21:49 chr9 107367008 . T C 838.2 PASS AF=0.5;AO=84;DP=170;FAO=85;FDP=170;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.0160386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.309;QD=19.7224;RBI=0.016654;REFB=-0.0164635;REVB=0.0044855;RO=83;SAF=36;SAR=48;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00635735;STB=0.511999;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0182311;OID=.;OPOS=107367008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:83:85:84:85:0.5:48:36:35:48:48:37:35:50 chr9 107367132 . G A 1008.09 PASS AF=0.619718;AO=88;DP=142;FAO=88;FDP=142;FR=.;FRO=54;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0610546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0782;QD=28.3969;RBI=0.0619126;REFB=-0.023352;REVB=-0.0102713;RO=54;SAF=43;SAR=45;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00502974;STB=0.502722;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0182357;OID=.;OPOS=107367132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:54:54:88:88:0.619718:45:43:26:28:45:43:26:28 chr9 107367392 . TGTTA T 158.56 PASS AF=0.234694;AO=23;DP=99;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0134624;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=4;MLLD=283.292;QD=6.47191;RBI=0.0222847;REFB=-0.00777562;REVB=0.0177588;RO=73;SAF=8;SAR=15;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478903;STB=0.542819;STBP=0.639;TYPE=del;VARB=0.0290945;OID=.;OPOS=107367393;OREF=GTTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234694:23:99:23:98:75:8:15:30:45:99:73:8:15:28:45 chr9 107367431 . A T 60.3 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00674551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.137;QD=3.6;RBI=0.0204319;REFB=0.00502156;REVB=0.0192863;RO=55;SAF=2;SAR=9;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424433;STB=0.784335;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0522199;OID=.;OPOS=107367431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:67:67:55:56:11:11:0.164179:9:2:28:27:9:2:28:28 chr9 107367612 . C T 389.58 PASS AF=0.324324;AO=48;DP=148;FAO=48;FDP=148;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=0.0186543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.789;QD=10.5292;RBI=0.0253251;REFB=0.00168494;REVB=-0.0171283;RO=100;SAF=25;SAR=23;SRF=58;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695401;STB=0.540165;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00318346;OID=.;OPOS=107367612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:100:100:48:48:0.324324:23:25:58:42:23:25:58:42 chr9 107367664 . AGC A 76.05 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0117467;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.698;QD=4.47373;RBI=0.0143109;REFB=-0.00415631;REVB=0.00817412;RO=54;SAF=3;SAR=10;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459347;STB=0.7987;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=0.0185064;OID=.;OPOS=107367665;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191176:13:69:13:68:55:3:10:34:21:76:54:3:10:33:21 chr9 107367841 . A T 283.08 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00914755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.79;QD=14.899;RBI=0.0091481;REFB=0.00248446;REVB=-0.000100853;RO=42;SAF=11;SAR=21;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661733;STB=0.526865;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00317644;OID=.;OPOS=107367841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:44:32:32:0.421053:21:11:17:25:21:11:17:27 chr9 107379895 . G T 350.94 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0167915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.331;QD=20.6433;RBI=0.0243976;REFB=-0.00640975;REVB=0.0177;RO=29;SAF=20;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169045;STB=0.612842;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00389402;OID=.;OPOS=107379895;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:32:36:36:0.529412:16:20:10:19:16:20:10:22 chr9 107380177 . A G 184.19 PASS AF=0.202703;AO=30;DP=149;FAO=30;FDP=148;FR=.;FRO=118;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=0.0108403;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.545;QD=4.97803;RBI=0.0133313;REFB=-0.00363066;REVB=0.00775966;RO=118;SAF=19;SAR=11;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192626;STB=0.620609;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0147183;OID=.;OPOS=107380177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:118:118:30:30:0.202703:11:19:57:61:11:19:57:61 chr9 107380215 . T A 101.27 PASS AF=0.168142;AO=19;DP=112;FAO=19;FDP=113;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.00391587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.013;QD=3.58487;RBI=0.0489315;REFB=0.00158978;REVB=0.0487746;RO=93;SAF=10;SAR=9;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108089;STB=0.574529;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00272999;OID=.;OPOS=107380215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:93:94:19:19:0.168142:9:10:41:52:9:10:41:53 chr9 107380396 . T G 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.000254593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.942;QD=13.0149;RBI=0.00595944;REFB=-0.00968675;REVB=0.005954;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472756;STB=0.527317;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0129931;OID=.;OPOS=107380396;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:11:9:13:19:11:9:13:19 chr9 107380414 . C A 332.65 PASS AF=0.6;AO=31;DP=54;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0329809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9845;QD=24.1923;RBI=0.0379239;REFB=-0.0592059;REVB=-0.0187212;RO=22;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615722;STB=0.518261;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.029109;OID=.;OPOS=107380414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:22:31:33:0.6:18:13:11:11:18:15:11:11 chr9 107456763 . T C 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.127;QD=60.8825;RBI=0.0140028;REFB=0;REVB=0.0129244;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62998e-06;OID=.;OPOS=107456763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr9 107457275 . A C 1734.37 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436433;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.844;QD=60.855;RBI=0.0106922;REFB=0;REVB=0.00976095;RO=0;SAF=48;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04299e-06;OID=.;OPOS=107457275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:66:48:0:0:66:48:0:0 chr9 107457532 . C T 803.89 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567065;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6553;QD=57.4207;RBI=0.0568297;REFB=0;REVB=-0.00373965;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012916;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:29:27:0:0 chr9 107457759 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0204;QD=57.0006;RBI=0.0621057;REFB=0;REVB=-0.0117975;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000771156;OID=.;OPOS=107457759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr9 107510145 . G C 1000.21 PASS AF=0.521277;AO=97;DP=184;FAO=98;FDP=188;FR=.;FRO=90;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.00281541;FXX=0.00529073;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.4919;QD=21.281;RBI=0.0091934;REFB=-0.0113116;REVB=0.00875169;RO=87;SAF=45;SAR=52;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955169;STB=0.546469;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00954142;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:188:87:90:97:98:0.521277:52:45:50:37:52:46:51:39 chr9 107515214 . G A 2235.93 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.575;QD=62.5436;RBI=0.0166731;REFB=-0.0789128;REVB=0.0105263;RO=1;SAF=69;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684167;STB=0.503597;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00140154;OID=.;OPOS=107515214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:142:142:0.993007:73:69:1:0:73:69:1:0 chr9 107543696 . TAAC T,TAAT 93.36 PASS AF=0.208333,0.0625;AO=10,3;DP=48;FAO=10,3;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7,2;FSAR=3,1;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0164894,-0.0378526;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=276.772,88.9345;QD=7.7802;RBI=0.028171,0.145384;REFB=-0.000731118,-0.0162792;REVB=-0.0228408,-0.14037;RO=34;SAF=7,2;SAR=3,1;SRF=20;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.147123,0.0832878;STB=0.608469,0.591961;STBP=0.426,0.707;TYPE=del,snp;VARB=0.0029753,0.0193341;OID=.,.;OPOS=107543697,107543699;OREF=AAC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.208333,0.0625:10,3:48:10,3:48:35:7,2:3,1:20:15:70:34:7,2:3,1:20:14 chr9 107562804 . T C 240.32 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0146746;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.63;QD=10.0133;RBI=0.0165798;REFB=-0.00428872;REVB=-0.00771669;RO=66;SAF=12;SAR=18;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153363;STB=0.589898;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00815604;OID=.;OPOS=107562804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:66:30:30:0.3125:18:12:35:31:18:12:35:31 chr9 107568705 . C T 581.54 PASS AF=0.342723;AO=73;DP=214;FAO=73;FDP=213;FR=.;FRO=140;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=81;FSRR=59;FWDB=0.0445838;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.633;QD=10.9208;RBI=0.0446432;REFB=-0.0125088;REVB=-0.00230151;RO=135;SAF=45;SAR=28;SRF=76;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631673;STB=0.52599;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0262668;OID=.;OPOS=107568705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:135:140:73:73:0.342723:28:45:76:59:28:45:81:59 chr9 107586753 . T C 1681.29 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0129494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.628;QD=59.5148;RBI=0.0859357;REFB=-0.139679;REVB=0.0849545;RO=1;SAF=46;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714006;STB=0.503759;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000649253;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:113:1:1:112:112:0.99115:66:46:0:1:66:46:0:1 chr9 107588033 . C T 681.76 PASS AF=0.621053;AO=59;DP=94;FAO=59;FDP=95;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.039288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.411;QD=28.7059;RBI=0.0393328;REFB=0.00886756;REVB=0.00187653;RO=35;SAF=36;SAR=23;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877124;STB=0.543032;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00612963;OID=.;OPOS=107588033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:35:36:59:59:0.621053:23:36:17:18:23:36:18:18 chr9 107591272 . G T 2865.71 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.609;QD=62.9827;RBI=0.0303961;REFB=0;REVB=-0.000231917;RO=0;SAF=98;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03631e-05;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:84:98:0:0:84:98:0:0 chr9 107620867 . C T 2043.55 PASS AF=0.951389;AO=137;DP=144;FAO=137;FDP=144;FR=.;FRO=7;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0652995;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1991;QD=56.7654;RBI=0.0676999;REFB=-0.0933029;REVB=-0.0178673;RO=7;SAF=69;SAR=68;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326271;STB=0.524134;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00280822;OID=.;OPOS=107620867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:144:144:7:7:137:137:0.951389:68:69:6:1:68:69:7:0 chr9 107624029 . C T 2531.75 PASS AF=0.976608;AO=167;DP=173;FAO=167;FDP=171;FR=.;FRO=4;FSAF=86;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00624691;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.269;QD=59.2221;RBI=0.0371431;REFB=-0.122195;REVB=0.036614;RO=4;SAF=86;SAR=81;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229173;STB=0.512047;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00295678;OID=.;OPOS=107624029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:173:171:4:4:167:167:0.976608:81:86:0:4:81:86:0:4 chr9 108152199 . G A 1864.93 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332644;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.246;QD=60.6482;RBI=0.0339081;REFB=-0.111886;REVB=-0.0065757;RO=1;SAF=45;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104394;STB=0.505494;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000118452;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:123:1:1:122:122:0.99187:77:45:1:0:77:45:1:0 chr9 108398331 . T G 648.45 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0126874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8066;QD=21.7967;RBI=0.0165158;REFB=0.0114857;REVB=0.0105737;RO=54;SAF=28;SAR=36;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987326;STB=0.550037;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00815195;OID=.;OPOS=108398331;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:54:55:64:64:0.537815:36:28:30:24:36:28:30:25 chr9 108425267 . C T 341.66 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0015977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.11;QD=15.8912;RBI=0.00808472;REFB=0.00250863;REVB=0.00792528;RO=49;SAF=18;SAR=19;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00334675;STB=0.501886;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00343381;OID=.;OPOS=108425267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:19:18:24:25:19:18:24:25 chr9 108536426 . AT A 165.7 PASS AF=0.611111;AO=29;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.164037;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.6784;QD=12.2739;RBI=0.204784;REFB=0.00398067;REVB=-0.12259;RO=19;SAF=5;SAR=24;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252088;STB=0.513789;STBP=0.836;TYPE=del;VARB=0.029303;OID=.;OPOS=108536427;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.611111:29:54:33:54:21:10:23:7:14:76:19:5:24:8:11 chr9 109687403 . A G 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0145471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.294;QD=21.2261;RBI=0.0164985;REFB=-0.0111254;REVB=0.0077836;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149614;STB=0.582846;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.009566;OID=.;OPOS=109687403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:15:14:16:8:15:14:16:8 chr9 109689752 . C T 1216.39 PASS AF=0.591398;AO=106;DP=182;FAO=110;FDP=186;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=103;FSRF=9;FSRR=67;FWDB=0.116644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1406;QD=26.1588;RBI=0.116652;REFB=0.0108611;REVB=-0.00133038;RO=76;SAF=3;SAR=103;SRF=9;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372346;STB=0.580674;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0107676;OID=.;OPOS=109689752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:186:76:76:106:110:0.591398:103:3:9:67:103:7:9:67 chr9 109689859 . T C 592.16 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0502922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.814;QD=21.9317;RBI=0.0504407;REFB=0.00599137;REVB=-0.00386849;RO=49;SAF=38;SAR=21;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199107;STB=0.609327;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00750003;OID=.;OPOS=109689859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:49:59:59:0.546296:21:38:20:29:21:38:20:29 chr9 109691676 . A G 499.7 PASS AF=0.527473;AO=46;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00507664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.214;QD=21.9649;RBI=0.00534159;REFB=-0.0335909;REVB=0.0016614;RO=43;SAF=18;SAR=28;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127541;STB=0.577432;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.029921;OID=.;OPOS=109691676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:46:48:0.527473:28:18:23:20:30:18:23:20 chr9 110084328 . C T 862.29 PASS AF=0.576642;AO=80;DP=137;FAO=79;FDP=137;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0219014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.717;QD=25.1765;RBI=0.025145;REFB=-0.00742179;REVB=0.0123532;RO=57;SAF=34;SAR=46;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118098;STB=0.558836;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00517735;OID=.;OPOS=110084328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:57:58:80:79:0.576642:46:34:33:24:45:34:33:25 chr9 111617650 . G A 1438.06 PASS AF=0.640625;AO=122;DP=190;FAO=123;FDP=192;FR=.;FRO=69;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0295923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3114;QD=29.9596;RBI=0.0755788;REFB=-0.029873;REVB=0.0695446;RO=67;SAF=44;SAR=78;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506822;STB=0.52962;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0176469;OID=.;OPOS=111617650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:67:69:122:123:0.640625:78:44:29:38:79:44:30:39 chr9 111618163 . G A 577.61 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0149791;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.3489;QD=24.0669;RBI=0.0150851;REFB=-0.0203374;REVB=0.00178463;RO=43;SAF=29;SAR=24;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475999;STB=0.526096;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.010192;OID=.;OPOS=111618163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:43:43:53:53:0.552083:24:29:26:17:24:29:26:17 chr9 111618602 . A G 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0135599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0956;QD=22.8809;RBI=0.0218296;REFB=-0.0283952;REVB=-0.0171074;RO=26;SAF=16;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332827;STB=0.518334;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0182086;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:19:16:13:13:19:16:13:13 chr9 111618796 . C T 793.87 PASS AF=0.543478;AO=75;DP=138;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0111931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.923;QD=23.0106;RBI=0.012798;REFB=-0.00638819;REVB=-0.00620519;RO=63;SAF=35;SAR=40;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609099;STB=0.533324;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00543491;OID=.;OPOS=111618796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:63:63:75:75:0.543478:40:35:34:29:40:35:34:29 chr9 111625913 . A G 502.24 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00728301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.412;QD=22.0767;RBI=0.0198267;REFB=-0.00496193;REVB=0.0184406;RO=42;SAF=19;SAR=29;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494532;STB=0.533728;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00369484;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:43:48:48:0.527473:29:19:19:23:29:19:20:23 chr9 111653574 . C G 3247.66 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292864;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7095;QD=61.8602;RBI=0.0158943;REFB=0;REVB=-0.0156221;RO=0;SAF=95;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284256;OID=.;OPOS=111653574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:210:0:0:208:210:1:113:95:0:0:114:96:0:0 chr9 111727670 . C G 447.53 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0382544;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.04;QD=26.3255;RBI=0.0393127;REFB=0.00565188;REVB=0.00906014;RO=25;SAF=20;SAR=22;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523708;STB=0.535195;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00219784;OID=.;OPOS=111727670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:26:42:42:0.617647:22:20:10:15:22:20:10:16 chr9 111754288 . T C 2072.31 PASS AF=0.985294;AO=133;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00943628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.928;QD=60.9504;RBI=0.0159325;REFB=-0.0242549;REVB=0.0128375;RO=0;SAF=65;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76136e-08;STB=0.507142;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=3.33178e-05;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:0:2:133:134:0.985294:68:65:0:0:69:65:0:2 chr9 111755008 . C T 717.57 PASS AF=0.609091;AO=67;DP=110;FAO=67;FDP=110;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00767172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.929;QD=26.0934;RBI=0.0128539;REFB=-0.0315772;REVB=-0.0103135;RO=43;SAF=34;SAR=33;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806084;STB=0.543766;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0207196;OID=.;OPOS=111755008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:43:43:67:67:0.609091:33:34:17:26:33:34:17:26 chr9 111781779 . T C 778.43 PASS AF=0.506757;AO=74;DP=148;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0121447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.745;QD=21.0387;RBI=0.0167328;REFB=-0.00813054;REVB=0.0115105;RO=73;SAF=39;SAR=35;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552395;STB=0.533324;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0103165;OID=.;OPOS=111781779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:73:73:74:75:0.506757:35:39:34:39:35:40:34:39 chr9 111782670 . G A 410.65 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.131325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5892;QD=28.8174;RBI=0.131432;REFB=-0.020187;REVB=0.00531184;RO=18;SAF=19;SAR=20;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397141;STB=0.521572;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00710555;OID=.;OPOS=111782670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:18:39:39:0.684211:20:19:10:8:20:19:10:8 chr9 111853412 . C T 150.35 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0370488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3857;QD=12.2738;RBI=0.0613666;REFB=0.00209665;REVB=-0.0489208;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120587;STB=0.57986;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00371087;OID=.;OPOS=111853412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:8:9:13:18:8:9:13:19 chr9 111868885 . G A 388.16 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0103439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.911;QD=26.7699;RBI=0.0110759;REFB=0.000205041;REVB=-0.00395984;RO=21;SAF=15;SAR=22;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481275;STB=0.526301;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-9.00254e-05;OID=.;OPOS=111868885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:22:15:10:11:22:15:10:11 chr9 111881856 . T C 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0138129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.202;QD=19.0497;RBI=0.0159662;REFB=-0.0575324;REVB=-0.00800766;RO=48;SAF=17;SAR=27;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166576;STB=0.592772;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0520327;OID=.;OPOS=111881856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:27:17:27:21:27:17:27:21 chr9 111881927 . T C 713.24 PASS AF=0.539062;AO=67;DP=128;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0394316;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.531;QD=22.2887;RBI=0.0402397;REFB=-0.0190595;REVB=-0.0080235;RO=59;SAF=30;SAR=37;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109482;STB=0.565198;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0130102;OID=.;OPOS=111881927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:59:59:67:69:0.539062:37:30:34:25:39:30:34:25 chr9 111934261 . A G 285.35 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00255976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.554;QD=10.9748;RBI=0.00541974;REFB=-0.00508214;REVB=-0.00477715;RO=66;SAF=17;SAR=19;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821748;STB=0.546882;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00845652;OID=.;OPOS=111934261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:68:36:36:0.346154:19:17:36:30:19:17:37:31 chr9 111936788 . C T 343.79 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0180049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5077;QD=16.3709;RBI=0.0181377;REFB=-0.0176335;REVB=-0.00219101;RO=45;SAF=14;SAR=23;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132717;STB=0.563915;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0175297;OID=.;OPOS=111936788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:47:37:37:0.440476:23:14:23:22:23:14:23:24 chr9 111945049 . T G 2384.56 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1109;QD=63.5883;RBI=0.0518084;REFB=0;REVB=-0.0360275;RO=1;SAF=64;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737294;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2029e-05;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:150:1:0:146:150:1:82:64:1:0:85:65:0:0 chr9 111956599 . G A 1059.71 PASS AF=0.395973;AO=118;DP=298;FAO=118;FDP=298;FR=.;FRO=180;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=69;FSRR=111;FWDB=0.0184017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.593;QD=14.2243;RBI=0.0258529;REFB=-0.0130254;REVB=0.018159;RO=180;SAF=48;SAR=70;SRF=69;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263214;STB=0.51475;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.017584;OID=.;OPOS=111956599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:180:180:118:118:0.395973:70:48:69:111:70:48:69:111 chr9 112069477 . T A 231.03 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0413692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.201;QD=16.5021;RBI=0.0424216;REFB=-8.73935e-05;REVB=-0.00939056;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804248;STB=0.545419;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.000356971;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:10:16:16:14:10:16:16:14 chr9 112087048 . G T 328.2 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0228458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.758;QD=20.5126;RBI=0.0264766;REFB=-0.0189921;REVB=-0.0133822;RO=29;SAF=10;SAR=24;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143518;STB=0.573759;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0152411;OID=.;OPOS=112087048;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:30:34:34:0.53125:24:10:13:16:24:10:13:17 chr9 112629397 . G A,T 719.45 PASS AF=0.826923,0.173077;AO=39,12;DP=51;FAO=43,9;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24,3;FSAR=19,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191127,-0.0519119;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.336,60.667;QD=55.3425;RBI=0.0205329,0.0582525;REFB=0,0;REVB=0.00750354,-0.0264293;RO=0;SAF=20,6;SAR=19,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.3303e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00113091,0.107324;OID=.,.;OPOS=112629397,112629397;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:54:51:52:0:0:39,12:43,9:0.826923,0.173077:19,6:20,6:0:0:19,6:24,3:0:0 chr9 112629858 . A G 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.081;QD=60.2032;RBI=0.0101894;REFB=0;REVB=-0.000761068;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62907e-05;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:48:25:0:0:48:25:0:0 chr9 112899361 . A C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.653;QD=56.9383;RBI=0.0333892;REFB=0;REVB=0.0321606;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130832;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr9 112900199 . T C 423.52 PASS AF=0.364964;AO=49;DP=137;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0207077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5659;QD=12.3657;RBI=0.0393261;REFB=0.000224023;REVB=-0.0334326;RO=84;SAF=18;SAR=31;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150584;STB=0.580729;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.000538191;OID=.;OPOS=112900199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:84:87:49:50:0.364964:31:18:42:42:32:18:42:45 chr9 112900785 . A G 136.86 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.050083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1191;QD=18.2473;RBI=0.0885905;REFB=-0.0132387;REVB=0.0730751;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241378;STB=0.636198;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0196093;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:3:12:8:7:3:12 chr9 112931646 . G A 1073.2 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8354;QD=59.622;RBI=0.0742924;REFB=0;REVB=0.059584;RO=0;SAF=51;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229451;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:20:51:0:0:21:51:0:0 chr9 112932329 . G A 1693.36 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.045;QD=60.4772;RBI=0.0214496;REFB=0;REVB=0.0183234;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95483e-05;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:59:50:0:0:59:53:0:0 chr9 112934337 . T C 330.66 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00675186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.149;QD=23.6186;RBI=0.0344767;REFB=-0.0836045;REVB=0.0338091;RO=23;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478195;STB=0.5263;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0665756;OID=.;OPOS=112934337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:15:18:14:9:15:18:14:9 chr9 112960852 . C T 359.65 PASS AF=0.261538;AO=51;DP=195;FAO=51;FDP=195;FR=.;FRO=144;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=-0.000483437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.662;QD=7.37741;RBI=0.00127266;REFB=-0.000214437;REVB=-0.00117727;RO=141;SAF=25;SAR=26;SRF=67;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185988;STB=0.508147;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.000753183;OID=.;OPOS=112960852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:141:144:51:51:0.261538:26:25:67:74:26:25:69:75 chr9 112960858 . T C 328.1 PASS AF=0.251309;AO=48;DP=191;FAO=48;FDP=191;FR=.;FRO=143;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=69;FSRR=74;FWDB=0.0269192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.226;QD=6.87111;RBI=0.0271846;REFB=0.000865687;REVB=-0.00378917;RO=140;SAF=22;SAR=26;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253272;STB=0.51817;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00199093;OID=.;OPOS=112960858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:140:143:48:48:0.251309:26:22:67:73:26:22:69:74 chr9 112960869 . A G 2869.14 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405877;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.957;QD=63.058;RBI=0.0286256;REFB=0;REVB=-0.0283364;RO=0;SAF=87;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94417e-05;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:95:87:0:0:95:87:0:0 chr9 112963504 . A G 2350.97 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.111;QD=63.9721;RBI=0.0129085;REFB=0;REVB=0.00947233;RO=0;SAF=94;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47625e-05;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:53:94:0:0:53:94:0:0 chr9 112963702 . G A 144.27 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0178808;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.598;QD=8.61294;RBI=0.0292342;REFB=-0.00978463;REVB=-0.0231283;RO=47;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877666;STB=0.552187;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0288963;OID=.;OPOS=112963702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:47:47:20:20:0.298507:10:10:20:27:10:10:20:27 chr9 113006420 . A G 1531.83 PASS AF=1;AO=71;DP=101;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=88;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028947;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3473;QD=62.5239;RBI=0.103224;REFB=0;REVB=0.0990816;RO=2;SAF=65;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143296;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647656;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:98:2:0:71:98:1:6:65:2:0:10:88:0:0 chr9 113006421 . T G 182.36 PASS AF=0.254717;AO=27;DP=106;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=72;FSRR=7;FWDB=-0.00519548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.925;QD=6.88162;RBI=0.0565954;REFB=0.00316231;REVB=0.0563564;RO=78;SAF=23;SAR=4;SRF=71;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166441;STB=0.600253;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.000366925;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:78:79:27:27:0.254717:4:23:71:7:4:23:72:7 chr9 113091523 . T G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.203;QD=56.9998;RBI=0.0207285;REFB=0;REVB=-0.00544765;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04159e-05;OID=.;OPOS=113091523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr9 113132221 . G A 689.16 PASS AF=0.544715;AO=66;DP=122;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0178628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3391;QD=22.4117;RBI=0.0192707;REFB=0.0107279;REVB=-0.00723059;RO=56;SAF=28;SAR=38;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491932;STB=0.529751;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00784134;OID=.;OPOS=113132221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:56:56:66:67:0.544715:38:28:27:29:39:28:27:29 chr9 113163239 . A C 1792.47 PASS AF=0.983471;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00454268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.053;QD=59.2551;RBI=0.00672893;REFB=0.010644;REVB=0.00496413;RO=1;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855746;STB=0.50877;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=2.418e-07;OID=.;OPOS=113163239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:1:2:118:119:0.983471:55:63:0:1:56:63:0:2 chr9 113166792 . A T 1553.16 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0150526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0487;QD=62.754;RBI=0.0411642;REFB=0.0680061;REVB=0.0383133;RO=1;SAF=51;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920984;STB=0.504853;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00612012;OID=.;OPOS=113166792;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:47:51:1:0:47:51:1:0 chr9 113169126 . G A 1098.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.762;QD=60.2029;RBI=0.0167437;REFB=0;REVB=-0.00868139;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114178;OID=.;OPOS=113169126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr9 113276356 . C G 2242.98 PASS AF=0.986207;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0395774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9013;QD=61.8754;RBI=0.0420933;REFB=-0.0170174;REVB=-0.0143343;RO=2;SAF=62;SAR=81;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00177331;STB=0.500932;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000656464;OID=.;OPOS=113276356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:2:2:143:143:0.986207:81:62:1:1:81:62:1:1 chr9 113302016 . G A 8930.22 PASS AF=0.93465;AO=605;DP=649;FAO=615;FDP=658;FR=.;FRO=43;FSAF=317;FSAR=298;FSRF=7;FSRR=36;FWDB=-0.0414338;FXX=0.0060422;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.4671;QD=54.2871;RBI=0.0434709;REFB=-0.105413;REVB=0.0131514;RO=42;SAF=309;SAR=296;SRF=5;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484064;STB=0.523034;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00615056;OID=.;OPOS=113302016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:649:658:42:43:605:615:0.93465:296:309:5:37:298:317:7:36 chr9 113457799 . A G 543.5 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=9.03048e-05;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.795;QD=16.2238;RBI=0.0127895;REFB=-0.00750574;REVB=0.0127892;RO=75;SAF=31;SAR=27;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161616;STB=0.586072;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0117752;OID=.;OPOS=113457799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:75:76:58:58:0.432836:27:31:28:47:27:31:29:47 chr9 113459655 . C T 457.34 PASS AF=0.365517;AO=53;DP=144;FAO=53;FDP=145;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=-0.0157044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.254;QD=12.6162;RBI=0.0356789;REFB=-0.00511002;REVB=-0.0320368;RO=90;SAF=22;SAR=31;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167134;STB=0.594881;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0103987;OID=.;OPOS=113459655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:90:92:53:53:0.365517:31:22:51:39:31:22:52:40 chr9 113636353 . T G 382.35 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00930451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.622;QD=52.7375;RBI=0.0123006;REFB=0.052;REVB=-0.00804558;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.514276;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00152192;OID=.;OPOS=113636353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:11:17:0:0:11:17:1:0 chr9 113636379 . C T 417.52 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00418079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.453;QD=53.8736;RBI=0.0191415;REFB=-0.0605944;REVB=0.0186794;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526298;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.000548969;OID=.;OPOS=113636379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:9:21:0:0:9:21:0:1 chr9 113636394 . T A 32.14 PASS AF=0.15625;AO=5;DP=31;FAO=5;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0254889;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=59.966;QD=4.01795;RBI=0.0281358;REFB=2.20921e-05;REVB=-0.0119138;RO=22;SAF=4;SAR=1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32522;STB=0.726283;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.0402158;OID=.;OPOS=113636394;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:31:32:22:25:5:5:0.15625:1:4:12:10:1:4:14:11 chr9 114090279 . A G 339.75 PASS AF=0.420455;AO=38;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0328524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2401;QD=15.4433;RBI=0.0341453;REFB=-0.0121966;REVB=0.00930698;RO=50;SAF=14;SAR=24;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214569;STB=0.610811;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0161473;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:51:38:37:0.420455:24:14:29:21:23:14:29:22 chr9 114411945 . G T 937.01 PASS AF=0.930556;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0211655;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=196.834;QD=52.056;RBI=0.0252211;REFB=-0.13513;REVB=0.013716;RO=4;SAF=26;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155073;STB=0.500872;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00196727;OID=.;OPOS=114411945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:4:5:67:67:0.930556:41:26:1:3:41:26:2:3 chr9 114454544 . T C 1747.51 PASS AF=0.952;AO=119;DP=125;FAO=119;FDP=125;FR=.;FRO=6;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0436035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4727;QD=55.9202;RBI=0.0500514;REFB=0.0132292;REVB=0.0245739;RO=6;SAF=58;SAR=61;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466373;STB=0.524586;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00455611;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:125:125:6:6:119:119:0.952:61:58:6:0:61:58:6:0 chr9 114454580 . A G 1982.59 PASS AF=0.977444;AO=129;DP=132;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00570782;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.538;QD=59.6268;RBI=0.0157332;REFB=-0.0820347;REVB=0.0146613;RO=2;SAF=67;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150813;STB=0.504109;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000374012;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:133:2:3:129:130:0.977444:62:67:0:2:63:67:1:2 chr9 114462322 . A G 1639.24 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.855;QD=60.1558;RBI=0.0799676;REFB=0;REVB=0.0253582;RO=0;SAF=39;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89526e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132334;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:69:39:0:0:69:40:0:0 chr9 114464487 . T C 1264.92 PASS AF=1;AO=83;DP=87;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257176;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7476;QD=60.2342;RBI=0.0986659;REFB=0;REVB=0.0952553;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369815;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:87:84:0:0:83:84:1:47:36:0:0:46:38:0:0 chr9 114490308 . T C 741.19 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0149806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.929;QD=52.9419;RBI=0.0160415;REFB=-0.120488;REVB=0.00573679;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.515146;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000632571;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:0:2:54:54:0.964286:32:22:0:0:32:22:0:2 chr9 114803286 . C T 1516.71 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6837;QD=62.5448;RBI=0.0368289;REFB=-0.0971251;REVB=-0.0266399;RO=1;SAF=48;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174697;OID=.;OPOS=114803286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:97:1:0:96:97:1:48:48:1:0:48:49:0:0 chr9 115095743 . T C 1931.36 PASS AF=0.670833;AO=161;DP=239;FAO=161;FDP=240;FR=.;FRO=79;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0175293;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.695;QD=32.1893;RBI=0.0318736;REFB=-0.00706177;REVB=0.0266204;RO=78;SAF=80;SAR=81;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371353;STB=0.51773;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00382854;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:78:79:161:161:0.670833:81:80:34:44:81:80:35:44 chr9 115567184 . T C 1832.59 PASS AF=0.976;AO=121;DP=126;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.024254;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.202;QD=58.6427;RBI=0.0444054;REFB=-0.0929453;REVB=0.0371965;RO=2;SAF=65;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143907;STB=0.503228;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00644572;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:126:125:2:3:121:122:0.976:56:65:2:0:57:65:2:1 chr9 115580008 . G C 796.33 PASS AF=0.613445;AO=73;DP=119;FAO=73;FDP=119;FR=.;FRO=46;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00828196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.675;QD=26.7674;RBI=0.0205138;REFB=0.00670453;REVB=-0.0187676;RO=45;SAF=42;SAR=31;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501724;STB=0.521929;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0039049;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:45:46:73:73:0.613445:31:42:29:16:31:42:29:17 chr9 115600848 . T C 1797.71 PASS AF=1;AO=116;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000407421;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.227;QD=61.4602;RBI=0.00993833;REFB=0;REVB=0.00992998;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10538e-05;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:116:117:1:59:57:0:0:60:57:0:0 chr9 115617061 . T C 811.5 PASS AF=0.518987;AO=81;DP=156;FAO=82;FDP=158;FR=.;FRO=76;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.0185941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.973;QD=20.5442;RBI=0.0210756;REFB=-0.00351754;REVB=-0.00992167;RO=75;SAF=43;SAR=38;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114269;STB=0.561658;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00256985;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:75:76:81:82:0.518987:38:43:30:45:38:44:31:45 chr9 115631503 . C T 635.63 PASS AF=0.334906;AO=49;DP=213;FAO=71;FDP=212;FR=.,HEALED;FRO=132;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=61;FSRR=71;FWDB=0.000248788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.791;QD=11.993;RBI=0.0178865;REFB=-0.000950356;REVB=0.0178847;RO=132;SAF=26;SAR=23;SRF=62;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749051;STB=0.554951;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0209802;OID=.;OPOS=115631503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:132:132:49:71:0.334906:23:26:62:70:44:27:61:71 chr9 115632969 . A G 3366.16 PASS AF=1;AO=216;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.475;QD=62.3364;RBI=0.0275185;REFB=0;REVB=0.023207;RO=0;SAF=98;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6671e-06;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:0:0:216:216:1:118:98:0:0:118:98:0:0 chr9 115635641 . C G 748.45 PASS AF=0.493243;AO=73;DP=149;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.000478099;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.187;QD=20.2285;RBI=0.0133313;REFB=-0.00498663;REVB=0.0133228;RO=72;SAF=31;SAR=42;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142931;STB=0.58191;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00268559;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:72:75:73:73:0.493243:42:31:42:30:42:31:44:31 chr9 115637018 . G A 194.76 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00241223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2377;QD=14.1641;RBI=0.00629427;REFB=-0.00590651;REVB=-0.00581369;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204658;STB=0.517226;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.015102;OID=.;OPOS=115637018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:23:23:0.418182:8:15:19:11:8:15:20:12 chr9 115637215 . T C 224.5 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0797926;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5305;QD=12.6479;RBI=0.0809601;REFB=0.0113382;REVB=-0.0136994;RO=44;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894867;STB=0.551245;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0225974;OID=.;OPOS=115637215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:15:12:16:28:15:12:16:28 chr9 115652836 . G A 503.83 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0240247;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.765;QD=22.1465;RBI=0.0242601;REFB=-0.025781;REVB=0.00337145;RO=44;SAF=24;SAR=24;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590971;STB=0.527461;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0282327;OID=.;OPOS=115652836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:43:48:48:0.527473:24:24:19:25:24:24:19:24 chr9 115652881 . G T 170.23 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.022153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.277;QD=13.0949;RBI=0.02222;REFB=0.00466504;REVB=0.00172395;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316549;STB=0.6998;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00820669;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:32:20:20:0.384615:14:6:18:12:14:6:20:12 chr9 115818949 . A T 1904.49 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4459;QD=61.4352;RBI=0.0619369;REFB=0;REVB=-0.000243105;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68949e-05;OID=.;OPOS=115818949;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:63:60:0:0:63:61:0:0 chr9 115925104 . C T 4338.87 PASS AF=1;AO=276;DP=277;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172022;FXX=0.00360998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.44;QD=62.8821;RBI=0.0402975;REFB=0.005381;REVB=-0.0364413;RO=1;SAF=140;SAR=136;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339377;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126906;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:277:276:1:0:276:276:1:136:140:1:0:136:140:0:0 chr9 115926197 . TG T 1658.34 PASS AF=1;AO=138;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.7318;QD=46.7138;RBI=0.151948;REFB=-0.0298996;REVB=-0.145392;RO=1;SAF=70;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=-0.00674368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000122065;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:138:142:142:142:0:72:70:0:0:27:1:70:68:1:0 chr9 115928275 . T C 1507.27 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.35;QD=58.5349;RBI=0.0290032;REFB=-0.0105531;REVB=0.0262172;RO=1;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811065;STB=0.504273;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=6.7968e-05;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:58:44:0:1:58:44:0:1 chr9 115931692 . A G 1135.14 PASS AF=0.538835;AO=109;DP=204;FAO=111;FDP=206;FR=.;FRO=95;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.0183834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1889;QD=22.0415;RBI=0.0780163;REFB=-0.00549406;REVB=-0.0758195;RO=93;SAF=51;SAR=58;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137998;STB=0.508065;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00468219;OID=.;OPOS=115931692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:93:95:109:111:0.538835:58:51:42:51:60:51:42:53 chr9 115950156 . G A 448.26 PASS AF=0.357143;AO=55;DP=155;FAO=55;FDP=154;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=-0.00256809;FXX=0.0253149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.068;QD=11.6432;RBI=0.010303;REFB=-0.00995522;REVB=-0.00997783;RO=98;SAF=34;SAR=21;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780329;STB=0.548369;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0185404;OID=.;OPOS=115950156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:98:99:55:55:0.357143:21:34:54:44:21:34:54:45 chr9 115950706 . A C 371.39 PASS AF=0.306748;AO=50;DP=163;FAO=50;FDP=163;FR=.;FRO=113;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=-0.000771783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.413;QD=9.11373;RBI=0.0111332;REFB=-0.00504488;REVB=-0.0111064;RO=112;SAF=20;SAR=30;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099187;STB=0.554978;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0115028;OID=.;OPOS=115950706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:112:113:50:50:0.306748:30:20:54:58:30:20:54:59 chr9 115962208 . C T 838.2 PASS AF=0.646552;AO=75;DP=116;FAO=75;FDP=116;FR=.;FRO=41;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0328603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1547;QD=28.9033;RBI=0.0330048;REFB=-0.00321024;REVB=0.0030848;RO=40;SAF=36;SAR=39;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00322464;STB=0.502762;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0015631;OID=.;OPOS=115962208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:40:41:75:75:0.646552:39:36:19:21:39:36:20:21 chr9 116122954 . A G 257.36 PASS AF=0.304348;AO=35;DP=115;FAO=35;FDP=115;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.00298436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.786;QD=8.95178;RBI=0.00968154;REFB=-0.00796264;REVB=-0.00921009;RO=80;SAF=12;SAR=23;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573852;STB=0.533709;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0157275;OID=.;OPOS=116122954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:80:80:35:35:0.304348:23:12:31:49:23:12:31:49 chr9 116136198 . C T 179.46 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=0.0157431;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=269.998;QD=12.5939;RBI=0.0222891;REFB=-0.00357271;REVB=-0.0157784;RO=34;SAF=18;SAR=4;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954726;STB=0.51086;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00477891;OID=.;OPOS=116136198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:4:18:28:6:4:18:29:6 chr9 116153900 . A G 661.57 PASS AF=0.463576;AO=68;DP=150;FAO=70;FDP=151;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0424116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.144;QD=17.525;RBI=0.0429608;REFB=-0.0145971;REVB=0.00684768;RO=80;SAF=29;SAR=39;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600735;STB=0.527521;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.016026;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:80:81:68:70:0.463576:39:29:39:41:39:31:40:41 chr9 116356373 . G C 2606.28 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370919;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.859;QD=62.0544;RBI=0.0371044;REFB=0;REVB=-0.000964429;RO=0;SAF=55;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43199e-05;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:168:0:0:168:168:1:113:55:0:0:113:55:0:0 chr9 116356516 . A G 323.3 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.078;QD=53.8835;RBI=0.0486766;REFB=0;REVB=0.014395;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308778;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr9 116356529 . C G 275.93 PASS AF=1;AO=16;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676414;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.5;QD=52.5572;RBI=0.088237;REFB=0;REVB=0.0879773;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150531;OID=.;OPOS=116356529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:16:21:1:9:7:0:0:13:8:0:0 chr9 116764283 . C T 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.4;QD=60.0766;RBI=0.025225;REFB=0;REVB=0.0249865;RO=0;SAF=43;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08231e-05;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:64:43:0:0:64:43:0:0 chr9 116764883 . C CCT 200.87 PASS AF=0.76;AO=15;DP=28;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0252142;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=151.216;QD=32.1384;RBI=0.06493;REFB=-0.16285;REVB=0.0598344;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409152;STB=0.636225;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.0208189;OID=.;OPOS=116764884;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.76:15:28:19:25:6:8:11:6:0:35:10:6:9:10:0 chr9 116770776 . C T 1936.32 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.393;QD=60.9866;RBI=0.0357395;REFB=-0.106665;REVB=0.0284467;RO=1;SAF=71;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307774;OID=.;OPOS=116770776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:123:127:1:0:122:127:1:51:71:0:1:54:73:0:0 chr9 116770785 . G A 1971.46 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.41;QD=62.0933;RBI=0.0314653;REFB=0;REVB=-0.00320738;RO=0;SAF=73;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23651e-05;OID=.;OPOS=116770785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:53:73:0:0:53:74:0:0 chr9 116812116 . A C 798.42 PASS AF=0.455497;AO=72;DP=176;FAO=87;FDP=191;FR=.;FRO=104;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.0127766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.312;QD=16.7207;RBI=0.0328746;REFB=-0.011392;REVB=-0.0302903;RO=104;SAF=34;SAR=38;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902122;STB=0.545092;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0115105;OID=.;OPOS=116812116;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:191:104:104:72:87:0.455497:38:34:50:54:38:49:50:54 chr9 116813001 . T C 2022.7 PASS AF=0.934211;AO=142;DP=153;FAO=142;FDP=152;FR=.;FRO=10;FSAF=42;FSAR=100;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0360532;FXX=0.0129862;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5162;QD=53.2289;RBI=0.0808116;REFB=-0.0670005;REVB=-0.0723235;RO=11;SAF=42;SAR=100;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096035;STB=0.545915;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00428103;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:153:152:11:10:142:142:0.934211:100:42:10:1:100:42:9:1 chr9 116818033 . A C 78.02 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=-0.00225042;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=173.402;QD=7.80161;RBI=0.00487313;REFB=-0.0151567;REVB=0.00432238;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145751;STB=0.60853;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0159847;OID=.;OPOS=116818033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:40:40:26:29:11:11:0.275:9:2:3:23:9:2:3:26 chr9 116854176 . C T 1830.14 PASS AF=0.361248;AO=220;DP=610;FAO=220;FDP=609;FR=.;FRO=389;FSAF=91;FSAR=129;FSRF=176;FSRR=213;FWDB=0.00372191;FXX=0.00163932;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6837;QD=12.0206;RBI=0.00530272;REFB=-0.00637485;REVB=-0.00377707;RO=388;SAF=91;SAR=129;SRF=176;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461095;STB=0.525324;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0121113;OID=.;OPOS=116854176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:610:609:388:389:220:220:0.361248:129:91:176:212:129:91:176:213 chr9 116931099 . G A 545.51 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525609;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6103;QD=60.6126;RBI=0.052593;REFB=0;REVB=0.00183631;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418051;OID=.;OPOS=116931099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr9 116958216 . C T 681.5 PASS AF=0.422222;AO=75;DP=178;FAO=76;FDP=180;FR=.;FRO=104;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=66;FSRR=38;FWDB=0.00712681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.779;QD=15.1444;RBI=0.0543282;REFB=-0.000196223;REVB=-0.0538588;RO=103;SAF=51;SAR=24;SRF=66;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456779;STB=0.523454;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.000103674;OID=.;OPOS=116958216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:103:104:75:76:0.422222:24:51:66:37:25:51:66:38 chr9 117033022 . T C 921.21 PASS AF=0.584507;AO=83;DP=142;FAO=83;FDP=142;FR=.;FRO=59;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0505101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6461;QD=25.9495;RBI=0.0591364;REFB=0.0405306;REVB=-0.0307545;RO=59;SAF=44;SAR=39;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485647;STB=0.52639;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0320133;OID=.;OPOS=117033022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:59:59:83:83:0.584507:39:44:35:24:39:44:35:24 chr9 117044538 . G T 3259.55 PASS AF=0.995261;AO=182;DP=206;FAO=210;FDP=211;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=120;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.86;QD=61.7924;RBI=0.0919255;REFB=0;REVB=0.0823956;RO=0;SAF=112;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39301e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121893;OID=.;OPOS=117044538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:206:211:0:0:182:210:0.995261:70:112:0:0:90:120:0:0 chr9 117044751 . T C 1803.86 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.933;QD=61.1477;RBI=0.016552;REFB=0;REVB=-0.00944706;RO=0;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41032e-05;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:68:50:0:0:68:50:0:0 chr9 117051003 . G C 579.45 PASS AF=0.415094;AO=66;DP=159;FAO=66;FDP=159;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.0115212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.479;QD=14.5774;RBI=0.0252002;REFB=-0.0154428;REVB=0.0224123;RO=93;SAF=26;SAR=40;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159427;STB=0.508944;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0243224;OID=.;OPOS=117051003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:93:93:66:66:0.415094:40:26:38:55:40:26:38:55 chr9 117051020 . A G 743.69 PASS AF=0.5;AO=71;DP=144;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.00767082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.135;QD=20.3752;RBI=0.00981725;REFB=-0.00622481;REVB=0.00612673;RO=72;SAF=25;SAR=46;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076388;STB=0.544338;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00586161;OID=.;OPOS=117051020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:72:73:71:73:0.5:46:25:31:41:48:25:31:42 chr9 117052386 . G A 406.4 PASS AF=0.56338;AO=35;DP=68;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0278937;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=206.731;QD=22.8958;RBI=0.0281045;REFB=-0.000155549;REVB=-0.00343582;RO=13;SAF=6;SAR=29;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163989;STB=0.578271;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000176852;OID=.;OPOS=117052386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:13:31:35:40:0.56338:29:6:5:8:33:7:9:22 chr9 117063685 . A C 136.66 PASS AF=0.292308;AO=18;DP=64;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.0104148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.573;QD=8.40978;RBI=0.0109591;REFB=-0.0188769;REVB=0.00341075;RO=46;SAF=12;SAR=6;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703282;STB=0.5675;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0367896;OID=.;OPOS=117063685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:46:46:18:19:0.292308:6:12:33:13:7:12:33:13 chr9 117064345 . G A 1088.54 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061945;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.134;QD=60.4742;RBI=0.0223306;REFB=0;REVB=0.0214543;RO=0;SAF=53;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098675;OID=.;OPOS=117064345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:19:53:0:0:19:53:0:0 chr9 117085526 . G A 269.81 PASS AF=0.315789;AO=36;DP=114;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0236522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.262;QD=9.46688;RBI=0.0380816;REFB=-0.00295319;REVB=-0.0298459;RO=77;SAF=23;SAR=13;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173481;STB=0.597348;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00623624;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:77:78:36:36:0.315789:13:23:38:39:13:23:39:39 chr9 117085635 . TTTT CTTT,TTTC 1348.19 PASS AF=0.960784,0.0294118;AO=60,5;DP=91;FAO=98,3;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=37,2;FSAR=61,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.105029,-0.0520743;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=30.5183,202.858;QD=52.8701;RBI=0.110028,0.0630243;REFB=0.145295,0.0702662;REVB=0.0327876,-0.0355011;RO=0;SAF=9,4;SAR=51,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.504064,0.665547;STBP=0.488,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=0.00531554,0.0394212;OID=.,.;OPOS=117085635,117085638;OREF=T,T;OALT=C,C;OMAPALT=CTTT,TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:91:102:0:1:60,5:98,3:0.960784,0.0294118:51,1:9,4:0:0:61,1:37,2:0:1 chr9 117092366 . A C 304.97 PASS AF=0.25;AO=45;DP=183;FAO=46;FDP=184;FR=.;FRO=138;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=89;FWDB=-0.00283791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.154;QD=6.62983;RBI=0.0094205;REFB=-0.011917;REVB=0.00898288;RO=137;SAF=9;SAR=36;SRF=48;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238377;STB=0.629458;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0419572;OID=.;OPOS=117092366;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:137:138:45:46:0.25:36:9:48:89:36:10:49:89 chr9 117094200 . C T 150.98 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0225232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6733;QD=11.1837;RBI=0.0243431;REFB=-0.0251599;REVB=0.0092355;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851886;STB=0.504985;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0344449;OID=.;OPOS=117094200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:11:8:15:20:11:8:15:20 chr9 117103973 . A G 486.51 PASS AF=0.344828;AO=62;DP=175;FAO=60;FDP=174;FR=.;FRO=114;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=62;FSRR=52;FWDB=-0.0232687;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.043;QD=11.1842;RBI=0.0292801;REFB=-0.00760954;REVB=-0.0177733;RO=110;SAF=27;SAR=35;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113257;STB=0.572279;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0212063;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:110:114:62:60:0.344828:35:27:59:51:34:26:62:52 chr9 117108971 . C T 328.0 PASS AF=0.292208;AO=45;DP=154;FAO=45;FDP=154;FR=.;FRO=109;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=0.0207174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.52;QD=8.51951;RBI=0.0243431;REFB=-0.00793674;REVB=-0.0127819;RO=109;SAF=19;SAR=26;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889215;STB=0.552202;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0195747;OID=.;OPOS=117108971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:109:109:45:45:0.292208:26:19:54:55:26:19:54:55 chr9 117110112 . T C 320.72 PASS AF=0.357143;AO=40;DP=112;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=0.0133445;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.068;QD=11.4543;RBI=0.0211681;REFB=-0.0123305;REVB=-0.0164321;RO=70;SAF=12;SAR=28;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728109;STB=0.535106;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0151153;OID=.;OPOS=117110112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:70:72:40:40:0.357143:28:12:25:45:28:12:25:47 chr9 117110180 . G A 109.85 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0975612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.454;QD=7.32319;RBI=0.0982645;REFB=-0.00521586;REVB=0.0117355;RO=44;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057377;STB=0.534784;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0137387;OID=.;OPOS=117110180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:11:5:12:32:11:5:12:32 chr9 117120333 . G A 814.99 PASS AF=0.308571;AO=105;DP=351;FAO=108;FDP=350;FR=.;FRO=242;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=122;FSRR=120;FWDB=0.00767055;FXX=0.00284892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9629;QD=9.31421;RBI=0.0673345;REFB=-0.00880428;REVB=0.0668962;RO=242;SAF=60;SAR=45;SRF=122;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815751;STB=0.535708;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0209221;OID=.;OPOS=117120333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:350:242:242:105:108:0.308571:45:60:122:120:48:60:122:120 chr9 117122202 . C T 1168.33 PASS AF=0.621302;AO=105;DP=169;FAO=105;FDP=169;FR=.;FRO=64;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00399216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.991;QD=27.6529;RBI=0.00411832;REFB=0.00404371;REVB=-0.00101153;RO=64;SAF=51;SAR=54;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228717;STB=0.512358;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00243086;OID=.;OPOS=117122202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:64:64:105:105:0.621302:54:51:29:35:54:51:29:35 chr9 117124731 . G A 523.61 PASS AF=0.556818;AO=48;DP=87;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0456302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9804;QD=23.8004;RBI=0.0907734;REFB=0.0132679;REVB=0.078471;RO=39;SAF=18;SAR=30;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036652;STB=0.51635;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0108504;OID=.;OPOS=117124731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:39:39:48:49:0.556818:30:18:13:26:31:18:13:26 chr9 117136363 . G A 459.65 PASS AF=0.337209;AO=58;DP=172;FAO=58;FDP=172;FR=.;FRO=114;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=83;FWDB=-0.0182716;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.638;QD=10.6896;RBI=0.0206947;REFB=-0.00981176;REVB=0.00971688;RO=111;SAF=23;SAR=35;SRF=29;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170019;STB=0.589459;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00916154;OID=.;OPOS=117136363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:111:114:58:58:0.337209:35:23:29:82:35:23:31:83 chr9 117138278 . C T 162.69 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=33;FWDB=0.18596;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.43;QD=12.2784;RBI=0.185961;REFB=-0.0269211;REVB=0.000619202;RO=32;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419928;STB=0.732263;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0586379;OID=.;OPOS=117138278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:32:33:20:20:0.377358:19:1:0:32:19:1:0:33 chr9 117138846 . G T 393.15 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0211873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.986;QD=17.0933;RBI=0.0267999;REFB=0.0167036;REVB=0.0164112;RO=51;SAF=20;SAR=21;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991545;STB=0.555529;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.0256868;OID=.;OPOS=117138846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:21:20:30:21:21:20:30:21 chr9 117166246 . A G 1040.67 PASS AF=0.580838;AO=99;DP=168;FAO=97;FDP=167;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.00224008;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.483;QD=24.9263;RBI=0.0192554;REFB=-0.00757883;REVB=-0.0191247;RO=67;SAF=38;SAR=61;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139048;STB=0.570499;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00609469;OID=.;OPOS=117166246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:67:70:99:97:0.580838:61:38:38:29:59:38:39:31 chr9 117166338 . G C 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341587;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.872;QD=57.1421;RBI=0.0467421;REFB=0;REVB=0.0319062;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110616;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr9 117169033 . A G 3329.04 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3563;QD=62.2251;RBI=0.0521084;REFB=0;REVB=-0.0368724;RO=0;SAF=86;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107975;OID=.;OPOS=117169033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:214:0:0:214:214:1:128:86:0:0:128:86:0:0 chr9 117186677 . A G 2920.99 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215419;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.468;QD=63.1564;RBI=0.0365892;REFB=0;REVB=0.0295755;RO=0;SAF=98;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17327e-05;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:185:0:0:185:185:1:87:98:0:0:87:98:0:0 chr9 117188566 . C T 3707.53 PASS AF=0.992188;AO=238;DP=244;FAO=254;FDP=256;FR=.;FRO=2;FSAF=124;FSAR=130;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00102695;FXX=0.0115826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.985;QD=57.9301;RBI=0.0278539;REFB=-0.0981669;REVB=0.027835;RO=1;SAF=120;SAR=118;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395522;STB=0.504;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000552781;OID=.;OPOS=117188566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:244:256:1:2:238:254:0.992188:118:120:1:0:130:124:2:0 chr9 117241002 . C T 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0194731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.156;QD=13.3346;RBI=0.0202327;REFB=-0.00558378;REVB=-0.0054919;RO=53;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522958;STB=0.529822;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.010651;OID=.;OPOS=117241002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:19:14:20:33:19:14:20:33 chr9 117377843 . G C 263.27 PASS AF=0.326733;AO=32;DP=100;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=48;FWDB=-0.00578545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.555;QD=10.4266;RBI=0.0121915;REFB=-0.00497698;REVB=-0.0107313;RO=67;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333493;STB=0.683193;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00876663;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:67:68:32:33:0.326733:13:19:20:47:14:19:20:48 chr9 117552885 . T C 1476.91 PASS AF=0.579399;AO=133;DP=233;FAO=135;FDP=233;FR=.;FRO=98;FSAF=64;FSAR=71;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=-0.00752112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.966;QD=25.3547;RBI=0.0116282;REFB=-0.0157968;REVB=-0.00886837;RO=98;SAF=64;SAR=69;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412939;STB=0.519225;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0101918;OID=.;OPOS=117552885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:98:98:133:135:0.579399:69:64:42:56:71:64:42:56 chr9 117553249 . T C 338.47 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.000615581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7261;QD=26.5465;RBI=0.00685176;REFB=-0.00350532;REVB=0.00682405;RO=19;SAF=10;SAR=22;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433323;STB=0.523794;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00656911;OID=.;OPOS=117553249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:22:10:7:12:22:10:7:12 chr9 117668142 . C T 750.85 PASS AF=0.470238;AO=79;DP=168;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.00133868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.935;QD=17.8774;RBI=0.0109597;REFB=-0.00165945;REVB=0.0108777;RO=87;SAF=42;SAR=37;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680813;STB=0.543474;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00192849;OID=.;OPOS=117668142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:87:89:79:79:0.470238:37:42:40:47:37:42:40:49 chr9 117792583 . C G 579.48 PASS AF=0.39645;AO=67;DP=169;FAO=67;FDP=169;FR=.;FRO=102;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=0.00511384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4719;QD=13.7154;RBI=0.0191248;REFB=0.0224884;REVB=0.0184285;RO=102;SAF=36;SAR=31;SRF=61;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658575;STB=0.537049;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0279216;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:102:102:67:67:0.39645:31:36:61:41:31:36:61:41 chr9 117797597 . T C 362.06 PASS AF=0.414894;AO=37;DP=93;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0183901;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.86;QD=15.4068;RBI=0.0195338;REFB=-0.00940686;REVB=0.00658593;RO=55;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176955;STB=0.621911;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0122178;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:55:55:37:39:0.414894:18:19:19:36:18:21:18:37 chr9 117803271 . C T 882.95 PASS AF=0.681416;AO=77;DP=113;FAO=77;FDP=113;FR=.;FRO=36;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0376797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.833;QD=31.2549;RBI=0.0379801;REFB=-0.035337;REVB=0.00476782;RO=36;SAF=44;SAR=33;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920897;STB=0.549605;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.012137;OID=.;OPOS=117803271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:36:36:77:77:0.681416:33:44:15:21:33:44:15:21 chr9 117804544 . T C 1195.9 PASS AF=0.564103;AO=108;DP=193;FAO=110;FDP=195;FR=.;FRO=85;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.00528991;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.317;QD=24.5314;RBI=0.0161645;REFB=-0.0203041;REVB=0.0152745;RO=83;SAF=47;SAR=61;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030691;STB=0.516175;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0147976;OID=.;OPOS=117804544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:83:85:108:110:0.564103:61:47:33:50:62:48:34:51 chr9 117808785 . T A 3821.43 PASS AF=1;AO=238;DP=239;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373966;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.264;QD=63.6905;RBI=0.00716796;REFB=0;REVB=0.00611511;RO=0;SAF=154;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47938e-08;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:239:240:0:0:238:240:1:84:154:0:0:86:154:0:0 chr9 117846570 . C T 1026.89 PASS AF=0.567251;AO=96;DP=170;FAO=97;FDP=171;FR=.;FRO=74;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.0116049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.6;QD=24.0208;RBI=0.0123465;REFB=-0.00987201;REVB=0.00421469;RO=74;SAF=57;SAR=39;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436699;STB=0.525566;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.010065;OID=.;OPOS=117846570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:74:74:96:97:0.567251:39:57:40:34:39:58:40:34 chr9 117846580 . T C 652.75 PASS AF=0.403315;AO=73;DP=183;FAO=73;FDP=181;FR=.;FRO=108;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=62;FSRR=46;FWDB=0.000313528;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.249;QD=14.4255;RBI=0.00273915;REFB=-0.000436996;REVB=0.00272115;RO=107;SAF=39;SAR=34;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382514;STB=0.523948;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000786221;OID=.;OPOS=117846580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:107:108:73:73:0.403315:34:39:61:46:34:39:62:46 chr9 117848197 . C T 309.55 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0311461;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.455;QD=28.1411;RBI=0.0368801;REFB=-0.026217;REVB=-0.0197499;RO=17;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453608;STB=0.525024;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0110474;OID=.;OPOS=117848197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:17:17:27:27:0.613636:16:11:8:9:16:11:8:9 chr9 117848394 . T C 1533.85 PASS AF=1;AO=85;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488568;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.215;QD=59.5668;RBI=0.0531921;REFB=0;REVB=0.0210336;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64204e-05;OID=.;OPOS=117848394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:103:0:0:85:103:1:48:37:0:0:50:53:0:0 chr9 117849314 . T C 229.67 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0285499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.683;QD=11.9308;RBI=0.0620768;REFB=-0.00619242;REVB=-0.055122;RO=47;SAF=21;SAR=7;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308356;STB=0.692163;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0123924;OID=.;OPOS=117849314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:49:28:28:0.363636:7:21:23:24:7:21:23:26 chr9 117853022 . C T 736.16 PASS AF=0.415789;AO=77;DP=194;FAO=79;FDP=190;FR=.,HEALED;FRO=110;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=-0.0349529;FXX=0.0256397;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6851;QD=15.4981;RBI=0.0351487;REFB=-0.0836873;REVB=0.00370472;RO=80;SAF=38;SAR=39;SRF=26;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156489;STB=0.512192;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0644041;OID=.;OPOS=117853022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:190:80:110:77:79:0.415789:39:38:26:54:40:39:52:58 chr9 118163563 . C T 2868.01 PASS AF=0.994565;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00985091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6309;QD=62.3481;RBI=0.0426231;REFB=-0.00508117;REVB=0.0414691;RO=1;SAF=78;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451303;STB=0.502369;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000197538;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:184:1:1:183:183:0.994565:105:78:0:1:105:78:0:1 chr9 119106881 . C A 2683.99 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454232;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.939;QD=62.4184;RBI=0.0537583;REFB=0;REVB=0.0287522;RO=0;SAF=80;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6131e-05;OID=.;OPOS=119106881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:172:0:0:172:172:1:92:80:0:0:92:80:0:0 chr9 119158814 . T C 2065.76 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.478;QD=61.6645;RBI=0.0474656;REFB=0;REVB=0.0467511;RO=0;SAF=74;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53757e-05;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:134:0:0:120:134:1:46:74:0:0:59:75:0:0 chr9 119161253 . A G 152.34 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00421965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.397;QD=21.0129;RBI=0.00507816;REFB=-0.0134481;REVB=0.00282528;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192046;STB=0.608559;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0133423;OID=.;OPOS=119161253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:8:5:10:6:8:5 chr9 119162545 . C A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.581;QD=56.9382;RBI=0.0146097;REFB=0;REVB=-0.0119526;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.84455e-06;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr9 119163989 . A G 1024.26 PASS AF=0.334204;AO=128;DP=385;FAO=128;FDP=383;FR=.;FRO=255;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=133;FSRR=122;FWDB=0.0270994;FXX=0.00519467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0751;QD=10.6973;RBI=0.0506759;REFB=-0.0152396;REVB=0.0428214;RO=254;SAF=71;SAR=57;SRF=132;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041024;STB=0.522205;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0294387;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:383:254:255:128:128:0.334204:57:71:132:122:57:71:133:122 chr9 119188267 . AGG A,AG 31.7 PASS AF=0.0408163,0.142857;AO=10,13;DP=95;FAO=4,14;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=0,1;FSAR=4,13;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.0882298,-0.170909;FXX=0.0101;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=25.8355,13.1885;QD=1.29386;RBI=0.122739,0.239842;REFB=-0.0206701,-0.040847;REVB=-0.0853251,-0.168268;RO=67;SAF=0,1;SAR=10,12;SRF=26;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0.207407,0.207407;SSSB=-0.636703,-0.505596;STB=0.996685,0.852301;STBP=0.097,0.015;TYPE=del,del;VARB=0.178099,-0.27104;OID=.,.;OPOS=119188268,119188268;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0408163,0.142857:10,13:95:4,14:98:80:0,1:4,13:28:52:17:67:0,1:10,12:26:41 chr9 119199820 . C G 2264.88 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0847459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4196;QD=62.0516;RBI=0.0912121;REFB=0.016909;REVB=-0.033731;RO=0;SAF=57;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502857;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000448952;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:146:146:0:1:144:145:0.993151:87:57:0:0:87:58:0:1 chr9 119462112 . C T 1258.5 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=85;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0348643;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.206;QD=60.6508;RBI=0.0356601;REFB=0.0140124;REVB=0.00749143;RO=1;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101833;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000241996;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:83:1:1:81:82:0.987952:46:35:0:1:47:35:0:1 chr9 119463189 . T C 1434.15 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.267;QD=63.0397;RBI=0.0440565;REFB=0;REVB=0.0210418;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110885;OID=.;OPOS=119463189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:54:37:0:0:54:37:0:0 chr9 119495697 . T C 3315.05 PASS AF=1;AO=212;DP=214;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150637;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.554;QD=62.2545;RBI=0.0179548;REFB=0;REVB=0.00977025;RO=0;SAF=107;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47604e-06;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:213:0:0:212:213:1:105:107:0:0:105:108:0:0 chr9 119770480 . C T 845.51 PASS AF=0.330247;AO=107;DP=325;FAO=107;FDP=324;FR=.;FRO=217;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=93;FSRR=124;FWDB=-0.00634929;FXX=0.00307683;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.521;QD=10.4383;RBI=0.0110676;REFB=0.00534557;REVB=-0.00906518;RO=212;SAF=52;SAR=55;SRF=92;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606973;STB=0.538557;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.010773;OID=.;OPOS=119770480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:324:212:217:107:107:0.330247:55:52:92:120:55:52:93:124 chr9 120039299 . T C 3095.1 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.097;QD=63.8165;RBI=0.0249756;REFB=0;REVB=0.0230262;RO=0;SAF=104;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.57119e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97567e-06;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:194:0:0:193:194:1:89:104:0:0:89:105:0:0 chr9 120053695 . G A 1856.07 PASS AF=0.562701;AO=175;DP=310;FAO=175;FDP=311;FR=.;FRO=136;FSAF=95;FSAR=80;FSRF=70;FSRR=66;FWDB=0.0209077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.119;QD=23.8722;RBI=0.0231954;REFB=-0.0220499;REVB=0.0100445;RO=134;SAF=95;SAR=80;SRF=70;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164573;STB=0.512374;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0165469;OID=.;OPOS=120053695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:311:134:136:175:175:0.562701:80:95:70:64:80:95:70:66 chr9 120053776 . T C 2906.86 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153377;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.484;QD=63.1925;RBI=0.0153601;REFB=0;REVB=0.00082917;RO=0;SAF=94;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.17671e-06;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:184:0:0:184:184:1:90:94:0:0:90:94:0:0 chr9 120470358 . G A 1534.16 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.977;QD=62.6188;RBI=0.0313073;REFB=-0.121669;REVB=0.0172749;RO=1;SAF=47;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099842;STB=0.505262;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000414517;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:50:47:1:0:50:47:1:0 chr9 122001000 . G A 2318.52 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.638;QD=60.6149;RBI=0.0386691;REFB=0;REVB=-0.0179328;RO=0;SAF=60;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8624e-05;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:151:153:1:91:60:0:0:91:62:0:0 chr9 123117363 . G A 359.17 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0321938;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.252;QD=14.6599;RBI=0.049825;REFB=-0.026204;REVB=-0.0380275;RO=58;SAF=23;SAR=16;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053172;STB=0.534192;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0359578;OID=.;OPOS=123117363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:58:59:39:39:0.397959:16:23:37:21:16:23:38:21 chr9 123117437 . A C 641.94 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0185886;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1035;QD=20.3789;RBI=0.0254547;REFB=-0.018121;REVB=0.0173898;RO=60;SAF=32;SAR=32;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0228764;OID=.;OPOS=123117437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:60:62:64:64:0.507937:32:32:30:30:32:32:30:32 chr9 123156790 . A G 832.17 PASS AF=0.506024;AO=83;DP=167;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.001252;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.436;QD=20.0522;RBI=0.056681;REFB=0.016521;REVB=0.0566672;RO=80;SAF=42;SAR=41;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169541;STB=0.506171;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.0153941;OID=.;OPOS=123156790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:80:82:83:84:0.506024:41:42:42:38:41:43:43:39 chr9 123170733 . C G 195.28 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00707147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.764;QD=14.2018;RBI=0.0168842;REFB=-0.0194772;REVB=0.015332;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615189;STB=0.549111;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0205927;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:23:23:0.418182:14:9:10:20:14:9:10:22 chr9 123220829 . A G 506.42 PASS AF=0.352273;AO=62;DP=176;FAO=62;FDP=176;FR=.;FRO=114;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.0219897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.019;QD=11.5095;RBI=0.0220098;REFB=-0.00284707;REVB=-0.000940497;RO=114;SAF=28;SAR=34;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649561;STB=0.537093;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0046537;OID=.;OPOS=123220829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:114:114:62:62:0.352273:34:28:58:56:34:28:58:56 chr9 123291036 . C G 697.43 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00233025;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.716;QD=21.6257;RBI=0.017913;REFB=-0.0191048;REVB=0.0177608;RO=53;SAF=34;SAR=34;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022688;STB=0.527124;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0164985;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:53:61:68:68:0.527132:34:34:25:28:34:34:27:34 chr9 123301346 . T G 322.07 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0195016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.807;QD=12.3873;RBI=0.019562;REFB=0.000608894;REVB=-0.00153511;RO=63;SAF=24;SAR=15;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845981;STB=0.539857;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00133714;OID=.;OPOS=123301346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:65:39:39:0.375:15:24:34:29:15:24:36:29 chr9 123342259 . C A 2121.62 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.025;QD=62.8628;RBI=0.0183342;REFB=0;REVB=0.0152393;RO=0;SAF=49;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99536e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12644e-05;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:86:49:0:0:86:49:0:0 chr9 123342275 . A G 1803.96 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.432;QD=61.151;RBI=0.0400008;REFB=0;REVB=-0.0001098;RO=0;SAF=43;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92489e-05;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:75:43:0:0:75:43:0:0 chr9 123370149 . A C 1126.09 PASS AF=0.66;AO=97;DP=142;FAO=99;FDP=150;FR=.;FRO=51;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.014369;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8855;QD=30.0292;RBI=0.0166014;REFB=-0.0288085;REVB=-0.00831493;RO=44;SAF=44;SAR=53;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119;STB=0.538827;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0109863;OID=.;OPOS=123370149;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:150:44:51:97:99:0.66:53:44:29:15:54:45:29:22 chr9 123583192 . A G 585.17 PASS AF=0.658228;AO=48;DP=76;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0262375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.653;QD=29.6289;RBI=0.0404057;REFB=-0.0306843;REVB=0.0307281;RO=27;SAF=28;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043754;STB=0.506847;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0186944;OID=.;OPOS=123583192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:27:27:48:52:0.658228:20:28:14:13:24:28:14:13 chr9 123586737 . T G 786.07 PASS AF=0.62069;AO=72;DP=116;FAO=72;FDP=116;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0118081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.006;QD=27.1059;RBI=0.0249522;REFB=-0.011284;REVB=0.0219814;RO=43;SAF=34;SAR=38;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534002;STB=0.532778;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0076283;OID=.;OPOS=123586737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:43:44:72:72:0.62069:38:34:17:26:38:34:17:27 chr9 123618971 . A G 434.29 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00384114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.398;QD=20.9297;RBI=0.0536272;REFB=-0.000270509;REVB=0.0534895;RO=39;SAF=25;SAR=18;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376726;STB=0.527654;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.000563873;OID=.;OPOS=123618971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:39:40:43:43:0.518072:18:25:21:18:18:25:21:19 chr9 123632045 . A G 729.14 PASS AF=0.579832;AO=69;DP=118;FAO=69;FDP=119;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0406161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.013;QD=24.5089;RBI=0.0415872;REFB=-0.0169311;REVB=0.00893469;RO=49;SAF=33;SAR=36;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132818;STB=0.567666;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00993026;OID=.;OPOS=123632045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:49:50:69:69:0.579832:36:33:32:17:36:33:32:18 chr9 123671520 . G A 230.86 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0331243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5926;QD=18.8458;RBI=0.0543134;REFB=-0.00885661;REVB=0.0430433;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552195;STB=0.547244;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.009946;OID=.;OPOS=123671520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:26:22:23:0.469388:15:7:7:19:15:8:7:19 chr9 123731408 . G A 509.13 PASS AF=0.356322;AO=63;DP=175;FAO=62;FDP=174;FR=.;FRO=112;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=-0.0215314;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.643;QD=11.7042;RBI=0.0218457;REFB=-0.00424522;REVB=-0.00369215;RO=110;SAF=17;SAR=46;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228703;STB=0.623665;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00830122;OID=.;OPOS=123731408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:110:112:63:62:0.356322:46:17:50:60:45:17:50:62 chr9 123769200 . C T 671.92 PASS AF=0.565217;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0284982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.542;QD=23.371;RBI=0.0305029;REFB=9.37063e-05;REVB=-0.0108757;RO=50;SAF=33;SAR=32;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979641;STB=0.505352;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-1.90114e-05;OID=.;OPOS=123769200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:50:65:65:0.565217:32:33:26:24:32:33:26:24 chr9 123780005 . G A 1039.86 PASS AF=0.518135;AO=100;DP=193;FAO=100;FDP=193;FR=.;FRO=93;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.0384715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8767;QD=21.5515;RBI=0.0542652;REFB=-0.0330425;REVB=-0.0382708;RO=93;SAF=40;SAR=60;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754904;STB=0.541393;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0226859;OID=.;OPOS=123780005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:93:93:100:100:0.518135:60:40:45:48:60:40:45:48 chr9 123850770 . G A 2007.51 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.48563e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.787;QD=62.2482;RBI=0.027542;REFB=0;REVB=-0.027542;RO=0;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15601e-05;OID=.;OPOS=123850770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:63:65:0:0:63:66:0:0 chr9 123860689 . C T 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0107504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.917;QD=18.1594;RBI=0.0338559;REFB=0.00625015;REVB=-0.0321037;RO=38;SAF=26;SAR=10;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336746;STB=0.683048;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00507263;OID=.;OPOS=123860689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:39:36:36:0.48:10:26:14:24:10:26:15:24 chr9 123917020 . T A 985.51 PASS AF=0.559524;AO=94;DP=168;FAO=94;FDP=168;FR=.;FRO=74;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.016978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.966;QD=23.4645;RBI=0.0189288;REFB=-0.0236499;REVB=0.00836941;RO=74;SAF=43;SAR=51;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235881;STB=0.512854;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0154293;OID=.;OPOS=123917020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:74:74:94:94:0.559524:51:43:36:38:51:43:36:38 chr9 123923539 . G GT 35.57 PASS AF=0.150538;AO=11;DP=105;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.0284263;FXX=0.0792001;HRUN=0;LEN=1;MLLD=79.0564;QD=1.52986;RBI=0.0335959;REFB=-0.000850856;REVB=-0.0179061;RO=83;SAF=10;SAR=1;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451143;STB=0.678486;STBP=0.182;TYPE=ins;VARB=0.055979;OID=.;OPOS=123923540;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.150538:11:105:14:93:79:11:3:48:31:35:83:10:1:50:33 chr9 123929770 . C T 173.59 PASS AF=0.319444;AO=24;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00273223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9254;QD=9.64369;RBI=0.0321938;REFB=0.00229084;REVB=0.0320777;RO=48;SAF=16;SAR=8;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173553;STB=0.586304;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0038694;OID=.;OPOS=123929770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:49:24:23:0.319444:8:16:25:23:8:15:26:23 chr9 124043867 . C T 1539.29 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3932;QD=62.828;RBI=0.205462;REFB=-0.0599892;REVB=0.202527;RO=1;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104175;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772519;OID=.;OPOS=124043867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:98:1:0:91:98:1:45:46:0:1:52:46:0:0 chr9 124044995 . C T 1188.13 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00595508;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.74;QD=58.6733;RBI=0.0083093;REFB=-0.00633559;REVB=-0.00579496;RO=1;SAF=41;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114068;STB=0.500469;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-9.55254e-05;OID=.;OPOS=124044995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:83:81:1:2:79:79:0.975309:38:41:1:0:38:41:1:1 chr9 124046722 . C T 1180.16 PASS AF=0.931034;AO=81;DP=87;FAO=81;FDP=87;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00218663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.828;QD=54.2602;RBI=0.0331594;REFB=-0.0179161;REVB=0.0330872;RO=5;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508249;STB=0.531907;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000651735;OID=.;OPOS=124046722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:87:87:5:6:81:81:0.931034:44:37:0:5:44:37:0:6 chr9 124046830 . CT CC,C 1236.22 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=8,70;DP=90;FAO=5,85;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=3,30;FSAR=2,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709121,0.176087;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=7.62039,24.1586;QD=54.9433;RBI=0.0725301,0.189535;REFB=0,0;REVB=0.0152346,-0.0701213;RO=8;SAF=5,18;SAR=3,52;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.392387,-0.170568;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00387058,0.00429816;OID=.,.;OPOS=124046831,124046831;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:8,70:90:5,85:90:0:3,30:2,55:0:0:11:8:5,18:3,52:8:0 chr9 124047246 . A C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.28;QD=51.1812;RBI=0.0133784;REFB=0;REVB=0.00491594;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00258e-05;OID=.;OPOS=124047246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr9 124218133 . C T 560.91 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.00154445;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.477;QD=23.3713;RBI=0.0230898;REFB=-0.0332585;REVB=-0.0230381;RO=44;SAF=12;SAR=40;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963294;STB=0.55317;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0121474;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:44:44:52:52:0.541667:40:12:14:30:40:12:14:30 chr9 124257091 . C T 605.77 PASS AF=0.654321;AO=53;DP=81;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0681992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4473;QD=29.9145;RBI=0.0687657;REFB=0.000427259;REVB=0.00880853;RO=28;SAF=26;SAR=27;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108213;STB=0.558596;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000576114;OID=.;OPOS=124257091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:28:28:53:53:0.654321:27:26:9:19:27:26:9:19 chr9 124914613 . C T 445.4 PASS AF=0.479167;AO=42;DP=93;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00668311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.209;QD=18.5583;RBI=0.00668481;REFB=-0.00437811;REVB=0.000150948;RO=50;SAF=18;SAR=24;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688735;STB=0.562017;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00488973;OID=.;OPOS=124914613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:50:50:42:46:0.479167:24:18:18:32:24:22:18:32 chr9 124966449 . C T 311.93 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0483386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4054;QD=11.553;RBI=0.0636346;REFB=-0.0165954;REVB=-0.0413853;RO=69;SAF=23;SAR=16;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156523;STB=0.589698;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0443916;OID=.;OPOS=124966449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:69:69:39:39:0.361111:16:23:31:38:16:23:31:38 chr9 124976152 . G C 1208.02 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0144106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.248;QD=57.5247;RBI=0.0221191;REFB=0.0448083;REVB=0.0167807;RO=3;SAF=16;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143324;STB=0.507577;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.000771194;OID=.;OPOS=124976152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:81:81:0.964286:65:16:1:2:65:16:1:2 chr9 125133479 . T C 3705.19 PASS AF=0.983539;AO=236;DP=241;FAO=239;FDP=243;FR=.;FRO=4;FSAF=91;FSAR=148;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0223485;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.353;QD=60.9908;RBI=0.0343211;REFB=-0.0819703;REVB=0.0260476;RO=1;SAF=88;SAR=148;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538485;STB=0.510752;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00156088;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:241:243:1:4:236:239:0.983539:148:88:1:0:148:91:4:0 chr9 125140206 . G A 256.42 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=0.00103127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6475;QD=11.2712;RBI=0.0113408;REFB=-0.00875614;REVB=0.0112938;RO=60;SAF=24;SAR=7;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133837;STB=0.578259;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0283579;OID=.;OPOS=125140206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:60:31:31:0.340659:7:24:41:19:7:24:41:19 chr9 125239253 . T C 164.81 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0131642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.975;QD=21.2659;RBI=0.015114;REFB=0.00697334;REVB=0.00742552;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985912;STB=0.572433;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00615056;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:14:17:17:0.548387:7:10:6:7:7:10:6:8 chr9 125273435 . G A 989.2 PASS AF=0.608392;AO=87;DP=143;FAO=87;FDP=143;FR=.;FRO=56;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0322464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7396;QD=27.6699;RBI=0.0601513;REFB=-0.0176656;REVB=0.0507774;RO=55;SAF=42;SAR=45;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00718209;STB=0.507245;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0116671;OID=.;OPOS=125273435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:55:56:87:87:0.608392:45:42:26:29:45:42:26:30 chr9 125288893 . C T 585.9 PASS AF=0.576087;AO=51;DP=91;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0230134;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.881;QD=25.4739;RBI=0.0233293;REFB=-0.00950853;REVB=-0.00382591;RO=37;SAF=22;SAR=29;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145786;STB=0.568602;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00650375;OID=.;OPOS=125288893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:37:39:51:53:0.576087:29:22:23:14:29:24:24:15 chr9 125289083 . A G 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.018739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.683;QD=10.3801;RBI=0.0368647;REFB=-0.0167113;REVB=0.0317467;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801768;STB=0.536996;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0312158;OID=.;OPOS=125289083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:36:18:18:0.333333:9:9:15:20:9:9:16:20 chr9 125289521 . G A 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.156;QD=58.1315;RBI=0.0328953;REFB=0;REVB=0.0156909;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339532;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr9 125315542 . C T 263.0 PASS AF=0.321101;AO=32;DP=106;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0228406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.084;QD=9.65142;RBI=0.0233528;REFB=-0.011012;REVB=-0.00486415;RO=74;SAF=13;SAR=19;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805395;STB=0.571078;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0226034;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:74:74:32:35:0.321101:19:13:35:39:22:13:35:39 chr9 125315557 . T C 319.41 PASS AF=0.328;AO=41;DP=125;FAO=41;FDP=125;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.00728334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1399;QD=10.221;RBI=0.01361;REFB=-0.0212869;REVB=-0.0114972;RO=84;SAF=17;SAR=24;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446708;STB=0.525884;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0277082;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:84:84:41:41:0.328:24:17:38:46:24:17:38:46 chr9 125315778 . G C 384.64 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.0208289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1652;QD=15.3856;RBI=0.0230516;REFB=-0.0191259;REVB=0.00987598;RO=59;SAF=20;SAR=21;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216331;STB=0.621487;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.036703;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:21:20:41:18:21:20:41:18 chr9 125316033 . T C 300.15 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00832678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.183;QD=13.9603;RBI=0.00991947;REFB=-0.0109678;REVB=0.00539081;RO=51;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147398;STB=0.588022;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0194904;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:51:52:34:34:0.395349:18:16:17:34:18:16:17:35 chr9 125316042 . T C 321.87 PASS AF=0.409091;AO=33;DP=86;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0199162;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.203;QD=14.6306;RBI=0.0224174;REFB=-0.00716888;REVB=0.0102902;RO=53;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170054;STB=0.583289;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0100777;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:53:52:33:36:0.409091:18:15:16:37:20:16:16:36 chr9 125316157 . C T 478.08 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.00339515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.43;QD=19.7146;RBI=0.0165844;REFB=-0.0127802;REVB=-0.0162332;RO=50;SAF=24;SAR=23;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139665;STB=0.577396;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0109941;OID=.;OPOS=125316157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:23:24:18:32:23:24:18:32 chr9 125316179 . T G 1586.04 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018916;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.512;QD=64.0825;RBI=0.0474531;REFB=0;REVB=0.0435199;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212045;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:54:45:0:0:54:45:0:0 chr9 125316350 . C T 505.39 PASS AF=0.356322;AO=61;DP=173;FAO=62;FDP=174;FR=.;FRO=112;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=-0.00574223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4516;QD=11.6182;RBI=0.0374756;REFB=-0.00604757;REVB=-0.037033;RO=110;SAF=29;SAR=32;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037993;STB=0.516124;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00880845;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:110:112:61:62:0.356322:32:29:56:54:32:30:57:55 chr9 125316455 . C T 1537.1 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0853751;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.792;QD=58.5562;RBI=0.0864116;REFB=0.0149109;REVB=-0.0133439;RO=1;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771574;STB=0.504064;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.000323356;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:103:104:0.990476:61:42:0:1:61:43:0:1 chr9 125330125 . C G 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1167;QD=57.1932;RBI=0.0144084;REFB=0;REVB=-0.00622987;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74863e-05;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr9 125330184 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5792;QD=52.6123;RBI=0.0427497;REFB=0;REVB=0.0402822;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114736;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr9 125330325 . C G 1078.84 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.544;QD=59.9356;RBI=0.0366406;REFB=0;REVB=-0.0322974;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43974e-05;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr9 125330678 . T G 3836.45 PASS AF=0.99187;AO=243;DP=247;FAO=244;FDP=246;FR=.;FRO=2;FSAF=124;FSAR=120;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0156692;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.602;QD=62.3813;RBI=0.0280814;REFB=0.0108241;REVB=0.0233032;RO=3;SAF=124;SAR=119;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00363641;STB=0.504;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.000481307;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:247:246:3:2:243:244:0.99187:119:124:2:1:120:124:2:0 chr9 125330739 . G A 3888.53 PASS AF=1;AO=248;DP=251;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145596;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8542;QD=62.2164;RBI=0.0160998;REFB=0;REVB=0.00687191;RO=0;SAF=110;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03864e-05;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:251:250:0:0:248:250:1:138:110:0:0:140:110:0:0 chr9 125377087 . A G 1154.1 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000600275;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.2015;QD=59.1847;RBI=0.0104891;REFB=-0.0918294;REVB=-0.0104719;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.507245;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00335806;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:0:1:76:77:0.987179:42:34:0:0:43:34:1:0 chr9 125377505 . A G 588.1 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.874;QD=60.3175;RBI=0.0236069;REFB=0;REVB=0.0234077;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164988;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:20:16:0:0:23:16:0:0 chr9 125377734 . A G 543.83 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0335967;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.104;QD=22.1972;RBI=0.0350515;REFB=-0.00144064;REVB=-0.00999328;RO=47;SAF=21;SAR=30;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104599;STB=0.5575;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00220742;OID=.;OPOS=125377734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:30:21:14:33:30:21:14:33 chr9 125378014 . T G 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.016576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.555;QD=26.3155;RBI=0.0166041;REFB=-0.00228637;REVB=-0.000964372;RO=14;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240184;STB=0.631475;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00171056;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:14:8:1:13:14:8:1:13 chr9 125390874 . A C 1820.15 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.458;QD=60.6718;RBI=0.0272836;REFB=0;REVB=0.0209728;RO=0;SAF=45;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68873e-05;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:120:0:0:109:120:1:64:45:0:0:71:49:0:0 chr9 125391026 . A C 1909.75 PASS AF=0.992063;AO=116;DP=119;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.315;QD=60.6269;RBI=0.0551847;REFB=-0.0373323;REVB=0.0512439;RO=2;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153144;STB=0.503936;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=9.78961e-05;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:126:2:1:116:125:0.992063:61:55:0:2:63:62:0:1 chr9 125391127 . C T 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7041;QD=58.2385;RBI=0.02584;REFB=0;REVB=0.0230143;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70344e-05;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr9 125391241 . G A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00380652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.322;QD=57.1746;RBI=0.0114761;REFB=0;REVB=0.0108264;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01106e-05;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr9 125391369 . A G 253.3 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0143405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.901;QD=15.1225;RBI=0.0210654;REFB=-0.0131529;REVB=-0.0154305;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256349;STB=0.514513;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0115454;OID=.;OPOS=125391369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:16:13:18:20:16:13:18:20 chr9 125391677 . T C 298.32 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0162253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.814;QD=13.5601;RBI=0.0190918;REFB=-0.0134912;REVB=-0.0100616;RO=54;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150295;STB=0.585318;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0216349;OID=.;OPOS=125391677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:18:16:18:36:18:16:18:36 chr9 125486968 . G A 6818.39 PASS AF=0.993197;AO=432;DP=439;FAO=438;FDP=441;FR=.;FRO=3;FSAF=207;FSAR=231;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0491484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.982;QD=61.8448;RBI=0.0497792;REFB=-0.104754;REVB=0.00790003;RO=7;SAF=202;SAR=230;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00753382;STB=0.501324;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.000530242;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:439:441:7:3:432:438:0.993197:230:202:5:2:231:207:2:1 chr9 125487036 . C T 773.62 PASS AF=0.419192;AO=83;DP=196;FAO=83;FDP=198;FR=.;FRO=115;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=67;FWDB=-0.0510644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7168;QD=15.6287;RBI=0.0521797;REFB=-0.00435608;REVB=0.0107306;RO=111;SAF=31;SAR=52;SRF=44;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248947;STB=0.526863;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0048527;OID=.;OPOS=125487036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:111:115:83:83:0.419192:52:31:44:67:52:31:48:67 chr9 125512193 . C A 1611.69 PASS AF=0.990826;AO=101;DP=103;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.14061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5931;QD=59.1447;RBI=0.157895;REFB=-0.118781;REVB=0.0718309;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.504504;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00151126;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:109:0:1:101:108:0.990826:55:46:0:0:55:53:0:1 chr9 125512575 . G A 523.74 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217426;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.825;QD=59.8557;RBI=0.0237522;REFB=0;REVB=0.00956183;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20168e-05;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr9 125512770 . T C 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.638;QD=64.2838;RBI=0.0505862;REFB=0;REVB=0.0486573;RO=0;SAF=29;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0826e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92722e-05;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:71:29:0:0:71:29:0:0 chr9 125512788 . G A 1932.77 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.501;QD=61.8486;RBI=0.0936601;REFB=0;REVB=0.0899072;RO=0;SAF=44;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637293;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:125:0:0:116:125:1:72:44:0:0:81:44:0:0 chr9 125512795 . G C 2189.14 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0739942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.046;QD=62.9967;RBI=0.0751925;REFB=0;REVB=-0.0133708;RO=0;SAF=50;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.3877e-05;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:136:139:1:86:50:0:0:89:50:0:0 chr9 125512826 . G A 2850.07 PASS AF=0.989189;AO=183;DP=185;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=113;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0236295;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1302;QD=61.623;RBI=0.0302076;REFB=-0.129126;REVB=-0.0188188;RO=2;SAF=70;SAR=113;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00255791;STB=0.501343;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000736328;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:185:2:2:183:183:0.989189:113:70:1:1:113:70:1:1 chr9 125524836 . A G 1399.64 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031763;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.681;QD=62.9053;RBI=0.0318508;REFB=0;REVB=0.00236344;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89461e-05;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:55:33:0:0:55:34:0:0 chr9 125582173 . C T 481.59 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00838737;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.284;QD=25.6847;RBI=0.0119242;REFB=-0.0101098;REVB=-0.00847574;RO=30;SAF=14;SAR=31;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175257;STB=0.596109;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00781495;OID=.;OPOS=125582173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:31:14:16:14:31:14:16:14 chr9 125611845 . ATA AA,AT 58.5 PASS AF=0,0.578947;AO=6,11;DP=47;FAO=0,11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=0,3;FSAR=0,8;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00776443,0.220145;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=184.758,10.8229;QD=12.3148;RBI=0.061286,0.221344;REFB=0.00128744,0.00701894;REVB=-0.0607922,-0.0230068;RO=26;SAF=6,2;SAR=0,9;SRF=23;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.596774,-0.695387;STB=0.5,0.785241;STBP=1,0.008;TYPE=del,del;VARB=0,0.0768491;OID=.,.;OPOS=125611846,125611847;OREF=T,A;OALT=-,-;OMAPALT=AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.578947:6,11:47:0,11:19:8:0,3:0,8:8:0:28:26:6,2:0,9:23:3 chr9 125637471 . A T 840.48 PASS AF=0.953125;AO=60;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00880704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.859;QD=52.5299;RBI=0.00900239;REFB=-0.0314063;REVB=0.00186522;RO=3;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513911;STB=0.526307;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000727164;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:64:64:3:3:60:61:0.953125:26:34:0:3:27:34:0:3 chr9 125637648 . T C 613.13 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7253;QD=61.3131;RBI=0.0379764;REFB=0;REVB=0.0228382;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117899;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr9 125652757 . G A 617.27 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=130;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.000585312;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.2;QD=18.993;RBI=0.0377482;REFB=0.00066559;REVB=-0.0377437;RO=67;SAF=23;SAR=40;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066611;STB=0.52796;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00113701;OID=.;OPOS=125652757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:67:63:63:0.484615:40:23:29:38:39:24:29:38 chr9 125866070 . G C 498.01 PASS AF=0.419847;AO=55;DP=130;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.652;QD=15.2065;RBI=0.00992253;REFB=-0.0121865;REVB=-0.00332176;RO=75;SAF=18;SAR=37;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166203;STB=0.597965;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00808351;OID=.;OPOS=125866070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:75:76:55:55:0.419847:37:18:36:39:37:18:37:39 chr9 125866104 . C T 994.86 PASS AF=0.594937;AO=90;DP=156;FAO=94;FDP=158;FR=.;FRO=64;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0178121;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.872;QD=25.1864;RBI=0.0186603;REFB=-0.00548802;REVB=0.005562;RO=65;SAF=44;SAR=46;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806878;STB=0.546427;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0037384;OID=.;OPOS=125866104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:65:64:90:94:0.594937:46:44:25:40:48:46:24:40 chr9 125920376 . G A 161.43 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0541754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3587;QD=10.5857;RBI=0.0543012;REFB=-0.00204305;REVB=0.00369412;RO=40;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131551;STB=0.576261;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00490597;OID=.;OPOS=125920376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:13:8:11:29:13:8:11:29 chr9 126028395 . C G 2277.14 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00604731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.011;QD=62.8176;RBI=0.0148299;REFB=0.0185728;REVB=0.0135409;RO=1;SAF=78;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00715074;STB=0.503759;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000129998;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:144:144:0.993103:66:78:0:1:66:78:0:1 chr9 126125318 . C A 5188.21 PASS AF=0.991018;AO=329;DP=331;FAO=331;FDP=334;FR=.;FRO=3;FSAF=151;FSAR=180;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0264793;FXX=0.00298499;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8936;QD=62.1343;RBI=0.0449116;REFB=-0.0284625;REVB=0.0362753;RO=2;SAF=150;SAR=179;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00530012;STB=0.501112;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0023065;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:331:334:2:3:329:331:0.991018:179:150:0:2:180:151:1:2 chr9 126128211 . T C 6193.7 PASS AF=1;AO=387;DP=387;FAO=388;FDP=388;FR=.;FRO=0;FSAF=195;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256835;FXX=0.00512807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.34;QD=63.8526;RBI=0.0277125;REFB=0;REVB=0.0104088;RO=0;SAF=195;SAR=192;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15605e-05;OID=.;OPOS=126128211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:387:388:0:0:387:388:1:192:195:0:0:193:195:0:0 chr9 126128253 . G C 4967.92 PASS AF=0.98209;AO=325;DP=335;FAO=329;FDP=335;FR=.;FRO=6;FSAF=157;FSAR=172;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.039911;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.0706;QD=59.3185;RBI=0.0774212;REFB=-0.150373;REVB=0.0663411;RO=4;SAF=155;SAR=170;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000536287;STB=0.500409;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00230077;OID=.;OPOS=126128253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:335:335:4:6:325:329:0.98209:170:155:2:2:172:157:3:3 chr9 126129904 . C T 14925.0 PASS AF=0.986639;AO=953;DP=976;FAO=960;FDP=973;FR=.;FRO=13;FSAF=460;FSAR=500;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.028851;FXX=0.0121826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0294;QD=61.3564;RBI=0.0299728;REFB=-0.188972;REVB=-0.00812343;RO=13;SAF=454;SAR=499;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013482;STB=0.506967;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0014733;OID=.;OPOS=126129904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:976:973:13:13:953:960:0.986639:499:454:13:0:500:460:13:0 chr9 126131161 . G A 1854.44 PASS AF=0.97619;AO=122;DP=125;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0465886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.722;QD=58.8712;RBI=0.0506026;REFB=-0.125036;REVB=0.0197516;RO=3;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224288;STB=0.511626;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000369038;OID=.;OPOS=126131161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:125:126:3:3:122:123:0.97619:62:60:0:3:63:60:0:3 chr9 126133547 . T C 1042.77 PASS AF=0.986486;AO=70;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0650647;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.189;QD=56.3662;RBI=0.0802751;REFB=-0.156529;REVB=0.0470178;RO=1;SAF=42;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111254;STB=0.505881;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00215849;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:74:1:1:70:73:0.986486:28:42:1:0:31:42:1:0 chr9 126134542 . G A 3001.97 PASS AF=0.994819;AO=190;DP=192;FAO=192;FDP=193;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0382438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.277;QD=62.2171;RBI=0.0383483;REFB=-0.1055;REVB=-0.00282974;RO=0;SAF=99;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69566e-08;STB=0.502487;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000132594;OID=.;OPOS=126134542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:192:193:0:1:190:192:0.994819:91:99:0:0:92:100:1:0 chr9 126144746 . T C 382.5 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.094205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.9573;QD=52.7581;RBI=0.0953013;REFB=-0.0468415;REVB=-0.0144141;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032084;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000100353;OID=.;OPOS=126144746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:1:0:14:14:1:0 chr9 126144758 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.616;QD=50.4134;RBI=0.0134955;REFB=0;REVB=0.000258533;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6721e-05;OID=.;OPOS=126144758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr9 127101924 . C T 2583.58 PASS AF=0.824034;AO=192;DP=230;FAO=192;FDP=233;FR=.;FRO=41;FSAF=98;FSAR=94;FSRF=3;FSRR=38;FWDB=-0.0324241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4181;QD=44.3533;RBI=0.0607324;REFB=0.00858823;REVB=-0.0513527;RO=38;SAF=98;SAR=94;SRF=3;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134453;STB=0.57672;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0050253;OID=.;OPOS=127101924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:233:38:41:192:192:0.824034:94:98:3:35:94:98:3:38 chr9 127113660 . A G 520.44 PASS AF=0.357955;AO=63;DP=177;FAO=63;FDP=176;FR=.;FRO=113;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=0.00174985;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.896;QD=11.8282;RBI=0.00440242;REFB=-0.000879291;REVB=0.00403973;RO=113;SAF=25;SAR=38;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731566;STB=0.541738;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00134669;OID=.;OPOS=127113660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:113:113:63:63:0.357955:38:25:52:61:38:25:52:61 chr9 127113732 . C T 732.13 PASS AF=0.522059;AO=71;DP=136;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.00219819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.908;QD=21.5331;RBI=0.0187181;REFB=-0.0184091;REVB=-0.0185886;RO=65;SAF=30;SAR=41;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479565;STB=0.526308;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0186051;OID=.;OPOS=127113732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:65:65:71:71:0.522059:41:30:24:41:41:30:24:41 chr9 127215344 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.073748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8731;QD=40.7619;RBI=0.0741908;REFB=0;REVB=-0.00809362;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00509897;OID=.;OPOS=127215344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr9 127215772 . C G 84.23 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1609;QD=37.4363;RBI=0.0858282;REFB=0;REVB=0.0851793;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162683;OID=.;OPOS=127215772;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:5:4:0:0 chr9 127215778 . C T 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6294;QD=39.202;RBI=0.116052;REFB=0;REVB=0.0971738;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106202;OID=.;OPOS=127215778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr9 127220952 . T C 711.98 PASS AF=0.503597;AO=70;DP=139;FAO=70;FDP=139;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0191301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.365;QD=20.4888;RBI=0.0193101;REFB=-0.00554667;REVB=0.00263003;RO=69;SAF=27;SAR=43;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594589;STB=0.532783;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00472796;OID=.;OPOS=127220952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:69:69:70:70:0.503597:43:27:31:38:43:27:31:38 chr9 127228596 . A G 955.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.285;QD=58.7745;RBI=0.0995026;REFB=0;REVB=-0.0983609;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002782;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr9 127230891 . G A 746.48 PASS AF=0.358268;AO=91;DP=254;FAO=91;FDP=254;FR=.;FRO=163;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=66;FSRR=97;FWDB=0.00934779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.155;QD=11.7556;RBI=0.0145842;REFB=-0.0130247;REVB=0.0111945;RO=161;SAF=40;SAR=51;SRF=66;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340294;STB=0.522686;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0209958;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:161:163:91:91:0.358268:51:40:66:95:51:40:66:97 chr9 127231774 . C G 391.57 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0140683;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1786;QD=13.387;RBI=0.0153743;REFB=0.0155545;REVB=0.00620084;RO=71;SAF=35;SAR=11;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230596;STB=0.631818;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0264726;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:71:71:46:46:0.393162:11:35:41:30:11:35:41:30 chr9 127369679 . C T 304.91 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0138049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.294;QD=12.7045;RBI=0.018825;REFB=-0.0179033;REVB=-0.0127987;RO=61;SAF=13;SAR=22;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728602;STB=0.541644;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0365525;OID=.;OPOS=127369679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:61:35:35:0.364583:22:13:19:42:22:13:19:42 chr9 127563364 . G A 127.94 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0257145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.379;QD=8.25399;RBI=0.0258528;REFB=-0.0160374;REVB=0.00267009;RO=41;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215151;STB=0.530831;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0195687;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:41:44:18:18:0.290323:12:6:13:28:12:6:13:31 chr9 127566378 . A G 227.31 PASS AF=0.295238;AO=31;DP=109;FAO=31;FDP=105;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.00360515;FXX=0.0454504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.786;QD=8.65959;RBI=0.00361527;REFB=0.00329273;REVB=0.000270281;RO=71;SAF=17;SAR=14;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179638;STB=0.513673;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00641279;OID=.;OPOS=127566378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:105:71:74:31:31:0.295238:14:17:40:31:14:17:42:32 chr9 127618776 . A G 901.46 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1512;QD=58.1586;RBI=0.0376786;REFB=0;REVB=-0.037458;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302912;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr9 127618839 . C G 1357.84 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9481;QD=62.4293;RBI=0.0501641;REFB=0;REVB=0.0501164;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369826;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr9 127642136 . A T 300.23 PASS AF=0.409639;AO=32;DP=82;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=0.00980746;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.564;QD=14.469;RBI=0.0136102;REFB=-0.0142794;REVB=0.00943664;RO=47;SAF=8;SAR=24;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362438;STB=0.500455;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0206055;OID=.;OPOS=127642136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:49:32:34:0.409639:24:8:13:34:25:9:13:36 chr9 127674200 . A C 1974.24 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070658;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.537;QD=62.1807;RBI=0.01092;REFB=0;REVB=-0.00832588;RO=0;SAF=68;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77807e-05;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:59:68:0:0:59:68:0:0 chr9 127818276 . C T 332.6 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.0458086;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.688;QD=13.7153;RBI=0.0458217;REFB=-0.00398499;REVB=0.00109654;RO=59;SAF=10;SAR=27;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679712;STB=0.535182;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00667984;OID=.;OPOS=127818276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:60:37:37:0.381443:27:10:19:40:27:10:19:41 chr9 127951863 . G A 226.64 PASS AF=0.345679;AO=30;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.00528164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4497;QD=11.1923;RBI=0.0365168;REFB=0.00334559;REVB=-0.0361328;RO=51;SAF=26;SAR=4;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281915;STB=0.647605;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00984127;OID=.;OPOS=127951863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:53:30:28:0.345679:4:26:36:15:4:24:38:15 chr9 127962916 . G A 410.11 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0253782;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.331;QD=15.6233;RBI=0.0259713;REFB=-0.016085;REVB=0.00551866;RO=56;SAF=25;SAR=21;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112486;STB=0.557596;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0248352;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:56:59:46:46:0.438095:21:25:24:32:21:25:26:33 chr9 127982839 . C A 520.24 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0173579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4893;QD=23.3815;RBI=0.0511649;REFB=0.0140778;REVB=0.0481305;RO=36;SAF=25;SAR=24;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165147;STB=0.562992;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.012535;OID=.;OPOS=127982839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:40:49:49:0.550562:24:25:26:10:24:25:26:14 chr9 128072273 . G C 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8825;QD=60.3752;RBI=0.0312464;REFB=0;REVB=-0.0281035;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08823e-05;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr9 128074807 . T C 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2717;QD=61.8501;RBI=0.0671654;REFB=0;REVB=-0.0454903;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96386e-05;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr9 128199873 . C T 349.73 PASS AF=0.259067;AO=49;DP=191;FAO=50;FDP=193;FR=.;FRO=143;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=68;FSRR=75;FWDB=0.015558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6336;QD=7.24821;RBI=0.0174517;REFB=0.00262718;REVB=-0.00790646;RO=142;SAF=14;SAR=35;SRF=67;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246133;STB=0.637704;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0077537;OID=.;OPOS=128199873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:142:143:49:50:0.259067:35:14:67:75:35:15:68:75 chr9 128200705 . TAATC T 195.09 PASS AF=0.386364;AO=33;DP=90;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00479728;FXX=0.0434735;HRUN=2;LEN=4;MLLD=266.437;QD=8.86773;RBI=0.00994215;REFB=-0.00437807;REVB=0.00870819;RO=53;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587465;STB=0.547624;STBP=0.496;TYPE=del;VARB=0.00732408;OID=.;OPOS=128200706;OREF=AATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:33:90:34:88:54:12:22:23:31:99:53:12:21:22:31 chr9 128246786 . G A 694.64 PASS AF=0.625;AO=62;DP=105;FAO=65;FDP=104;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00201448;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.193;QD=26.717;RBI=0.0389795;REFB=-0.0140957;REVB=0.0389274;RO=39;SAF=36;SAR=26;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664432;STB=0.507857;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0104912;OID=.;OPOS=128246786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:39:39:62:65:0.625:26:36:23:16:28:37:23:16 chr9 128728459 . A G 195.88 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0320765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.055;QD=25.2746;RBI=0.0321769;REFB=-0.0112937;REVB=-0.00254001;RO=12;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261925;STB=0.642738;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0134885;OID=.;OPOS=128728459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:15:4:0:12:15:4:0:12 chr9 128729451 . GGCCCC GCCC,GGCCC,GGCC,GGCCCT 972.44 PASS AF=0,0.909091,0.030303,0.0606061;AO=24,38,24,12;DP=145;FAO=0,120,4,8;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=0,54,4,8;FSAR=0,66,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.294762,-0.563875,-0.296609,-0.103359;FXX=0.0571388;HRUN=4,5,5,5;LEN=2,1,2,1;MLLD=7.91957,10.1246,11.6016,196.114;QD=29.4678;RBI=0.316511,0.694947,0.361362,0.103403;REFB=0.012743,-0.00873839,-0.014506,-0.057656;REVB=0.115303,0.406198,0.206411,-0.00303122;RO=28;SAF=1,18,24,11;SAR=23,20,0,1;SRF=0;SRR=28;SSEN=0.452381,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.349111,0.380779,0.891565,0.828827;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0,-0.0412988,-0.0572369,0.131492;OID=.,.,.,.;OPOS=128729452,128729453,128729453,128729456;OREF=GC,C,CC,C;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=GCCC,GGCCC,GGCC,GGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.909091,0.030303,0.0606061:24,38,24,12:145:0,120,4,8:132:0:0,54,4,8:0,66,0,0:0:0:18:28:1,18,24,11:23,20,0,1:0:28 chr9 129102840 . G A 573.05 PASS AF=0.5;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.00670446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.86;QD=19.4255;RBI=0.0222601;REFB=0.00289336;REVB=0.0212265;RO=58;SAF=30;SAR=29;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146937;STB=0.576071;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00312435;OID=.;OPOS=129102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:59:59:59:0.5:29:30:20:38:29:30:21:38 chr9 129138872 . A T 437.09 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.00618882;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3283;QD=18.5995;RBI=0.00951648;REFB=0.000881962;REVB=-0.00722924;RO=49;SAF=10;SAR=34;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145675;STB=0.578048;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.000989982;OID=.;OPOS=129138872;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:49:50:44:44:0.468085:34:10:17:32:34:10:17:33 chr9 129143435 . A G 308.71 PASS AF=0.507937;AO=30;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00928241;FXX=0.0735186;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.195;QD=19.6008;RBI=0.0396866;REFB=-0.0113528;REVB=0.0385858;RO=30;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059677;STB=0.508469;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00903695;OID=.;OPOS=129143435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:31:30:32:0.507937:15:15:17:13:15:17:17:14 chr9 129265715 . C G 3056.46 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3575;QD=63.6763;RBI=0.0482496;REFB=0;REVB=0.0473375;RO=0;SAF=99;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59524e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111407;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:192:192:1:93:99:0:0:93:99:0:0 chr9 129453229 . A G 1196.98 PASS AF=0.555556;AO=115;DP=207;FAO=115;FDP=207;FR=.;FRO=92;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.00477487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.89;QD=23.13;RBI=0.00745969;REFB=-0.0407717;REVB=0.00573129;RO=89;SAF=53;SAR=62;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000157707;STB=0.502915;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0287414;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:89:92:115:115:0.555556:62:53:41:48:62:53:43:49 chr9 129455587 . G C 437.43 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00971957;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.924;QD=29.1617;RBI=0.0102281;REFB=-0.00585651;REVB=-0.0031848;RO=22;SAF=10;SAR=30;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127803;STB=0.542531;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00163074;OID=.;OPOS=129455587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:60:22:20:40:40:0.666667:30:10:9:13:30:10:7:13 chr9 129595667 . C T 430.32 PASS AF=0.345912;AO=54;DP=156;FAO=55;FDP=159;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=67;FWDB=0.0665762;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1059;QD=10.8257;RBI=0.0750104;REFB=0.00221112;REVB=-0.0345566;RO=89;SAF=18;SAR=36;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847003;STB=0.507422;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00277106;OID=.;OPOS=129595667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:89:104:54:55:0.345912:36:18:36:53:36:19:37:67 chr9 129595895 . T C 673.9 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189299;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.577;QD=62.6885;RBI=0.00665149;REFB=0;REVB=0.00637643;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726441;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr9 129597065 . C T 140.09 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0184025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4893;QD=12.7352;RBI=0.0190629;REFB=-0.0113205;REVB=-0.00497411;RO=28;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249406;STB=0.64687;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0136778;OID=.;OPOS=129597065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:11:5:15:13:11:5:15:13 chr9 129598644 . TAAA T 170.33 PASS AF=0.301587;AO=33;DP=129;FAO=38;FDP=126;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.00347686;FXX=0.023254;HRUN=3;LEN=3;MLLD=265.428;QD=5.4072;RBI=0.00349478;REFB=-0.00144225;REVB=0.000353451;RO=78;SAF=14;SAR=19;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605061;STB=0.536862;STBP=0.575;TYPE=del;VARB=0.00351847;OID=.;OPOS=129598645;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301587:33:129:38:126:88:17:21:44:44:99:78:14:19:37:41 chr9 129599386 . AAAAAAA AAAAAAAAAT,ATAAAAAA,GAAAAAA,TAAAAAA 125.07 PASS AF=0.25,0.3125,0.25,0.125;AO=2,2,2,2;DP=16;FAO=4,5,4,2;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=4,0,0,0;FSAR=0,5,4,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.161558,-0.0760901,-0.079197,-0.0760188;FXX=0;HRUN=16,0,16,16;LEN=3,1,1,1;MLLD=77.5438,48.4772,23.591,46.4894;QD=31.2675;RBI=0.162806,0.103279,0.146706,0.118095;REFB=-0.0430292,-0.141933,-0.379193,-0.178829;REVB=-0.0201202,-0.0698351,-0.123493,-0.0903752;RO=0;SAF=2,0,0,0;SAR=0,2,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.995941,0.5,0.5,0.5;STBP=0.099,1,1,1;TYPE=ins,ins,snp,snp;VARB=-0.0811072,-0.00775476,0.128195,0.00114934;OID=.,.,.,.;OPOS=129599393,129599387,129599386,129599386;OREF=-,-,A,A;OALT=AAT,T,G,T;OMAPALT=AAAAAAAAAT,ATAAAAAA,GAAAAAA,TAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:16:16:0:1:2,2,2,2:4,5,4,2:0.25,0.3125,0.25,0.125:0,2,2,2:2,0,0,0:0:0:0,5,4,2:4,0,0,0:0:1 chr9 129599706 . A G 308.59 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0081512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.515;QD=15.825;RBI=0.0144221;REFB=-0.00462469;REVB=-0.0118977;RO=41;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141823;STB=0.588183;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00453373;OID=.;OPOS=129599706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:44:33:34:0.435897:13:20:19:22:14:20:19:25 chr9 129642255 . GCTTT GCTTA,GCTT,TGCTT 504.42 PASS AF=0,0.905405,0;AO=8,15,4;DP=74;FAO=0,67,0;FDP=74;FR=.;FRO=7;FSAF=0,38,0;FSAR=0,29,0;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.123526,0.228062,-0.0302415;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,1,3;MLLD=56.4705,11.6948,121.44;QD=27.2661;RBI=0.124701,0.275487,0.0345315;REFB=0.00660441,-0.166913,-0.00747741;REVB=-0.0170839,0.154535,0.0166696;RO=20;SAF=8,3,0;SAR=0,12,4;SRF=5;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.807877,-0.0726976,-0.576051;STB=0.5,0.55383,0.5;STBP=1,0.004,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0976359,0;OID=.,.,.;OPOS=129642259,129642257,129642255;OREF=T,T,GCT;OALT=A,-,TGC;OMAPALT=GCTTA,GCTT,TGCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:74:74:20:7:8,15,4:0,67,0:0,0.905405,0:0,12,4:8,3,0:5:15:0,29,0:0,38,0:0:7 chr9 129642663 . G T 323.0 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00877714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.381;QD=21.898;RBI=0.0144696;REFB=-0.00260642;REVB=-0.0115035;RO=26;SAF=19;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229018;STB=0.616564;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00158747;OID=.;OPOS=129642663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:32:33:0.559322:13:19:8:18:14:19:8:18 chr9 129643296 . G T 125.85 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0730874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2474;QD=10.9435;RBI=0.0816261;REFB=-0.0203683;REVB=-0.0363463;RO=31;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598134;STB=0.535666;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0419823;OID=.;OPOS=129643296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:9:6:14:17:9:6:14:17 chr9 129645251 . C T 407.46 PASS AF=0.377953;AO=48;DP=127;FAO=48;FDP=127;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.00562333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.922;QD=12.8333;RBI=0.00586702;REFB=-0.0108078;REVB=-0.00167334;RO=79;SAF=24;SAR=24;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692384;STB=0.503935;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0187859;OID=.;OPOS=129645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:79:79:48:48:0.377953:24:24:39:40:24:24:39:40 chr9 129646775 . A G 510.17 PASS AF=0.397351;AO=19;DP=152;FAO=60;FDP=151;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=57;FWDB=0.00778581;FXX=0.0382141;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.027;QD=13.5144;RBI=0.0203978;REFB=-0.0177312;REVB=-0.0188534;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176388;STB=0.536983;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.049901;OID=.;OPOS=129646775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:33:91:19:60:0.397351:9:10:12:21:34:26:34:57 chr9 129752239 . C T 1754.24 PASS AF=0.991453;AO=114;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370117;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.981;QD=59.9742;RBI=0.037137;REFB=0.00160296;REVB=0.00304846;RO=1;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871245;STB=0.504586;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=6.12032e-05;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:1:1:114:116:0.991453:54:60:0:1:54:62:0:1 chr9 129831658 . T TA 1281.99 PASS AF=1;AO=15;DP=123;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565011;FXX=0.045041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.474;QD=48.3771;RBI=0.068865;REFB=0;REVB=-0.0393701;RO=107;SAF=3;SAR=12;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341162;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00705607;OID=.;OPOS=129831659;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:123:106:106:0:44:62:0:0:23:107:3:12:49:58 chr9 129831659 . T A 1152.74 PASS AF=0.766667;AO=94;DP=122;FAO=92;FDP=120;FR=.;FRO=28;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.000565613;FXX=0.0163921;HRUN=9;LEN=1;MLLD=204.967;QD=38.4246;RBI=0.0144616;REFB=-0.0383289;REVB=0.0144506;RO=27;SAF=42;SAR=52;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801319;STB=0.54436;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000497624;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:27:28:94:92:0.766667:52:42:7:20:52:40:7:21 chr9 130242166 . A G 1353.38 PASS AF=0.575342;AO=126;DP=219;FAO=126;FDP=219;FR=.;FRO=93;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.04619;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1893;QD=24.7192;RBI=0.0495609;REFB=-0.00657046;REVB=-0.0179657;RO=92;SAF=55;SAR=71;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997181;STB=0.502764;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00610372;OID=.;OPOS=130242166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:92:93:126:126:0.575342:71:55:39:53:71:55:40:53 chr9 130259618 . A C 950.25 PASS AF=0.582192;AO=85;DP=146;FAO=85;FDP=146;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00110596;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8918;QD=26.0343;RBI=0.00111818;REFB=0.0102691;REVB=0.000164814;RO=61;SAF=36;SAR=49;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405212;STB=0.515108;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00761614;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:61:61:85:85:0.582192:49:36:29:32:49:36:28:33 chr9 130341253 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.029;QD=57.7118;RBI=0.0566344;REFB=0;REVB=-0.043239;RO=0;SAF=3;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19372e-05;OID=.;OPOS=130341253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:56:3:0:0:56:3:0:0 chr9 130457374 . G A 263.61 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.026773;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4278;QD=21.9672;RBI=0.027954;REFB=-0.0268022;REVB=-0.00803974;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196709;STB=0.600601;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0280353;OID=.;OPOS=130457374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:9:16:9:13:9:16:10:13 chr9 130457383 . A G 85.15 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0849489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.441;QD=10.9867;RBI=0.0854394;REFB=-0.0217658;REVB=-0.00914219;RO=20;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589914;STB=0.86254;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.146511;OID=.;OPOS=130457383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:31:31:20:20:11:11:0.354839:1:10:9:11:1:10:9:11 chr9 130475011 . T C 957.81 PASS AF=0.585034;AO=85;DP=147;FAO=86;FDP=147;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0306862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7612;QD=26.0629;RBI=0.0854857;REFB=-0.0332493;REVB=0.0797882;RO=59;SAF=37;SAR=48;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119097;STB=0.568166;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0238512;OID=.;OPOS=130475011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:59:61:85:86:0.585034:48:37:35:24:48:38:37:24 chr9 130475442 . A C 1771.88 PASS AF=0.626984;AO=158;DP=253;FAO=158;FDP=252;FR=.;FRO=94;FSAF=65;FSAR=93;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.0219898;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1528;QD=28.1251;RBI=0.060561;REFB=-0.0112911;REVB=-0.0564277;RO=90;SAF=65;SAR=93;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533666;STB=0.521663;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00513922;OID=.;OPOS=130475442;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:90:94:158:158:0.626984:93:65:44:46:93:65:44:50 chr9 130477768 . G A 781.82 PASS AF=0.574803;AO=73;DP=128;FAO=73;FDP=127;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=-0.0597868;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.459;QD=24.6243;RBI=0.0602959;REFB=0.00987223;REVB=0.00781894;RO=53;SAF=25;SAR=48;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860167;STB=0.549505;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00497345;OID=.;OPOS=130477768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:53:54:73:73:0.574803:48:25:13:40:48:25:13:41 chr9 130489558 . A G 1363.91 PASS AF=0.584475;AO=128;DP=219;FAO=128;FDP=219;FR=.;FRO=91;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.00687029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.501;QD=24.9116;RBI=0.0691276;REFB=-0.00200106;REVB=-0.0687854;RO=88;SAF=55;SAR=73;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190188;STB=0.50882;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00119776;OID=.;OPOS=130489558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:88:91:128:128:0.584475:73:55:40:48:73:55:41:50 chr9 130493513 . A G 955.89 PASS AF=0.636364;AO=77;DP=121;FAO=77;FDP=121;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=28;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0347251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.956;QD=31.5995;RBI=0.0628708;REFB=-0.0713684;REVB=-0.0524109;RO=18;SAF=42;SAR=35;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145283;STB=0.545763;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0375036;OID=.;OPOS=130493513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:18:28:77:77:0.636364:35:42:17:1:35:42:20:8 chr9 130494791 . C T 1193.36 PASS AF=0.484252;AO=121;DP=254;FAO=123;FDP=254;FR=.;FRO=131;FSAF=79;FSAR=44;FSRF=77;FSRR=54;FWDB=0.00549649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.707;QD=18.793;RBI=0.00805824;REFB=-0.0132718;REVB=0.00589269;RO=131;SAF=79;SAR=42;SRF=77;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661751;STB=0.530051;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0130433;OID=.;OPOS=130494791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:131:131:121:123:0.484252:42:79:77:54:44:79:77:54 chr9 130494811 . T C 1549.05 PASS AF=0.53405;AO=147;DP=283;FAO=149;FDP=279;FR=.;FRO=130;FSAF=91;FSAR=58;FSRF=69;FSRR=61;FWDB=-0.0402266;FXX=0.0141338;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.826;QD=22.2087;RBI=0.0442965;REFB=-0.0160969;REVB=-0.0185473;RO=126;SAF=91;SAR=56;SRF=69;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630139;STB=0.53851;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0226601;OID=.;OPOS=130494811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:279:126:130:147:149:0.53405:56:91:69:57:58:91:69:61 chr9 130494957 . T C 4882.0 PASS AF=0.987461;AO=315;DP=319;FAO=315;FDP=319;FR=.;FRO=4;FSAF=122;FSAR=193;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0558784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.811;QD=61.2163;RBI=0.0656195;REFB=-0.115796;REVB=0.0344023;RO=4;SAF=122;SAR=193;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00283742;STB=0.501488;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.000947077;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:319:319:4:4:315:315:0.987461:193:122:2:2:193:122:2:2 chr9 130495633 . C G 984.6 PASS AF=0.448276;AO=95;DP=229;FAO=104;FDP=232;FR=.;FRO=128;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=55;FSRR=73;FWDB=-0.00149679;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=261.627;QD=16.9758;RBI=0.00729432;REFB=-0.0142705;REVB=0.00713909;RO=81;SAF=44;SAR=51;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579803;STB=0.507067;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0165169;OID=.;OPOS=130495633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:232:81:128:95:104:0.448276:51:44:32:49:58:46:55:73 chr9 130504070 . G A 2260.43 PASS AF=0.546392;AO=212;DP=388;FAO=212;FDP=388;FR=.;FRO=176;FSAF=116;FSAR=96;FSRF=71;FSRR=105;FWDB=-0.00826797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.711;QD=23.3034;RBI=0.0213794;REFB=-0.00143127;REVB=0.019716;RO=176;SAF=116;SAR=96;SRF=71;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119614;STB=0.564984;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00114563;OID=.;OPOS=130504070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:388:176:176:212:212:0.546392:96:116:71:105:96:116:71:105 chr9 130505222 . T C 578.05 PASS AF=0.62963;AO=51;DP=81;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00566657;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.529;QD=28.5457;RBI=0.00638332;REFB=-0.00684605;REVB=0.00293884;RO=30;SAF=25;SAR=26;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107215;STB=0.55823;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00408742;OID=.;OPOS=130505222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:30:30:51:51:0.62963:26:25:10:20:26:25:10:20 chr9 130536717 . G A 1590.94 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00791035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.227;QD=58.9237;RBI=0.0114491;REFB=-0.0502005;REVB=0.00827702;RO=1;SAF=50;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939754;STB=0.50495;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000660987;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:1:1:106:107:0.990741:56:50:1:0:57:50:1:0 chr9 130566569 . C T 316.61 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0216401;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.729;QD=14.5566;RBI=0.032266;REFB=-0.00946891;REVB=-0.0239332;RO=50;SAF=20;SAR=15;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736797;STB=0.550992;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0214002;OID=.;OPOS=130566569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:50:52:35:35:0.402299:15:20:32:18:15:20:34:18 chr9 130586688 . G A 1120.94 PASS AF=0.688889;AO=93;DP=136;FAO=93;FDP=135;FR=.;FRO=42;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0203887;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.396;QD=33.213;RBI=0.0298632;REFB=-0.0266161;REVB=0.02182;RO=40;SAF=49;SAR=44;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836886;STB=0.536319;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0109605;OID=.;OPOS=130586688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:40:42:93:93:0.688889:44:49:27:13:44:49:27:15 chr9 130630639 . A G 3296.44 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.94;QD=61.6157;RBI=0.0668294;REFB=0;REVB=0.0666586;RO=0;SAF=105;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38777e-05;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:195:214:0:0:195:214:1:90:105:0:0:109:105:0:0 chr9 130631702 . C T 212.75 PASS AF=0.325581;AO=25;DP=83;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00717108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.374;QD=9.89525;RBI=0.0219929;REFB=-0.00825523;REVB=-0.0207909;RO=58;SAF=6;SAR=19;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365928;STB=0.647252;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0115699;OID=.;OPOS=130631702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:58:58:25:28:0.325581:19:6:31:27:19:9:31:27 chr9 130647583 . T C 2370.93 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=158;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252262;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5196;QD=60.4057;RBI=0.0578113;REFB=-0.0537158;REVB=-0.0520171;RO=1;SAF=70;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674795;STB=0.503546;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00017043;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:157:1:1:156:156:0.993631:86:70:1:0:86:70:1:0 chr9 130648680 . G A 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.643;QD=64.4108;RBI=0.117308;REFB=0;REVB=-0.117265;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000581288;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr9 130653131 . G A 578.8 PASS AF=0.371585;AO=68;DP=183;FAO=68;FDP=183;FR=.;FRO=115;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=69;FWDB=-0.00449863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.212;QD=12.6515;RBI=0.00450956;REFB=-0.00552233;REVB=0.000313791;RO=115;SAF=26;SAR=42;SRF=46;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205724;STB=0.511672;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00850582;OID=.;OPOS=130653131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:115:115:68:68:0.371585:42:26:46:69:42:26:46:69 chr9 130670310 . A G 296.65 PASS AF=0.958333;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00805863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.634;QD=49.4418;RBI=0.0354192;REFB=-0.0204394;REVB=0.0344903;RO=1;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708105;STB=0.529386;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000864331;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:24:1:1:21:23:0.958333:6:15:0:1:8:15:0:1 chr9 130677112 . G A 374.83 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00840402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.126;QD=26.3037;RBI=0.0103127;REFB=-0.0355667;REVB=0.00597703;RO=21;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619273;STB=0.533838;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0294041;OID=.;OPOS=130677112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:17:19:13:8:17:19:13:8 chr9 130690412 . G C 3246.96 PASS AF=0.981567;AO=213;DP=217;FAO=213;FDP=217;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=170;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00532133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.06;QD=59.8519;RBI=0.0190183;REFB=-0.0518241;REVB=0.0182587;RO=3;SAF=43;SAR=170;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0083324;STB=0.501374;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00032519;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:217:217:3:4:213:213:0.981567:170:43:0:3:170:43:1:3 chr9 130698029 . G C 329.03 PASS AF=0.2875;AO=46;DP=160;FAO=46;FDP=160;FR=.;FRO=114;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=64;FSRR=50;FWDB=-0.0195101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.83;QD=8.2257;RBI=0.0702431;REFB=-0.00118988;REVB=-0.0674792;RO=114;SAF=17;SAR=29;SRF=64;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231846;STB=0.636182;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00384525;OID=.;OPOS=130698029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:114:114:46:46:0.2875:29:17:64:50:29:17:64:50 chr9 130698043 . A G 2532.53 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212669;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.481;QD=61.3946;RBI=0.0504;REFB=0;REVB=0.0456933;RO=1;SAF=84;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563157;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114043;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:1:0:164:165:1:80:84:1:0:80:85:0:0 chr9 130698845 . C T 426.69 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=0.0254393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.265;QD=19.177;RBI=0.0267187;REFB=-0.00932054;REVB=0.00816906;RO=46;SAF=11;SAR=32;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482292;STB=0.526748;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0101294;OID=.;OPOS=130698845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:32:11:10:36:32:11:10:36 chr9 130703789 . G A 389.38 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=101;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0177797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.054;QD=15.2698;RBI=0.0192189;REFB=0.00959902;REVB=0.00729695;RO=57;SAF=20;SAR=23;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117788;STB=0.553515;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00811093;OID=.;OPOS=130703789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:57:58:43:44:0.431373:23:20:20:37:24:20:21:37 chr9 130703852 . A AAAC 248.62 PASS AF=0.814815;AO=20;DP=33;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0283254;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=264.536;QD=36.833;RBI=0.0286611;REFB=0.00488117;REVB=0.00437402;RO=11;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277708;STB=0.588658;STBP=0.103;TYPE=ins;VARB=-0.000119237;OID=.;OPOS=130703853;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.814815:20:33:22:27:5:5:17:3:2:27:11:4:16:6:5 chr9 130707081 . A G 593.52 PASS AF=0.381215;AO=69;DP=181;FAO=69;FDP=181;FR=.;FRO=112;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.0231062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.356;QD=13.1164;RBI=0.0444641;REFB=-0.0147696;REVB=-0.0379889;RO=112;SAF=24;SAR=45;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152985;STB=0.586735;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0168555;OID=.;OPOS=130707081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:112:112:69:69:0.381215:45:24:54:58:45:24:54:58 chr9 130707822 . C T 434.87 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0208235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4272;QD=15.2586;RBI=0.0288109;REFB=0.00427899;REVB=-0.0199111;RO=65;SAF=29;SAR=20;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178774;STB=0.600245;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00758637;OID=.;OPOS=130707822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:65:49:49:0.429825:20:29:27:38:20:29:27:38 chr9 130829039 . A G 1624.4 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.142;QD=60.1631;RBI=0.0315035;REFB=0;REVB=-0.0305301;RO=0;SAF=43;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.46482e-05;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:65:43:0:0:65:43:0:0 chr9 130860866 . T C 2520.91 PASS AF=1;AO=163;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134443;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.863;QD=61.4856;RBI=0.022082;REFB=0;REVB=0.0175176;RO=0;SAF=72;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199533;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:164:0:0:163:164:1:91:72:0:0:92:72:0:0 chr9 130864676 . T C 1228.87 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0547825;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.423;QD=59.2229;RBI=0.0548065;REFB=-0.141644;REVB=-0.00162044;RO=2;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262866;STB=0.513885;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00206441;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:83:2:2:81:81:0.975904:35:46:0:2:35:46:0:2 chr9 130869499 . A T 2583.18 PASS AF=1;AO=166;DP=170;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403106;FXX=0.0292381;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2257;QD=62.2452;RBI=0.0498784;REFB=0;REVB=0.0293754;RO=0;SAF=79;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81292e-05;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:166:0:0:166:166:1:87:79:0:0:87:79:0:0 chr9 130883511 . C T 4039.72 PASS AF=1;AO=261;DP=263;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639449;FXX=0.00760427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.983;QD=61.9115;RBI=0.00966888;REFB=0.136379;REVB=0.00725243;RO=2;SAF=109;SAR=152;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32916e-05;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:263:261:2:0:261:261:1:152:109:0:2:152:109:0:0 chr9 130912857 . C T 169.13 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0173884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3516;QD=13.0098;RBI=0.01799;REFB=-0.0103344;REVB=0.00461359;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849329;STB=0.557635;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0157267;OID=.;OPOS=130912857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:10:10:18:13:10:10:19:13 chr9 130941134 . G A 708.99 PASS AF=0.566667;AO=68;DP=120;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0145573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4879;QD=23.6331;RBI=0.0281463;REFB=-0.0319676;REVB=0.0240894;RO=51;SAF=27;SAR=41;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105855;STB=0.562326;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0280376;OID=.;OPOS=130941134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:51:52:68:68:0.566667:41:27:27:24:41:27:28:24 chr9 130941259 . G T 385.25 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.000913052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.845;QD=23.3483;RBI=0.00963276;REFB=-0.0292758;REVB=0.00958939;RO=28;SAF=18;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203277;STB=0.511176;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0202051;OID=.;OPOS=130941259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:20:18:14:14:20:18:14:14 chr9 130954176 . CGGGGCT CGCGGCT,CGGGCT,CGGGCTG,CGGGGCTG 3029.93 PASS AF=0.0840108,0.915989,0,0;AO=45,104,73,43;DP=370;FAO=31,338,0,0;FDP=369;FR=.;FRO=0;FSAF=1,216,0,0;FSAR=30,122,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102255,0.545581,0.000897431,-0.487997;FXX=0.00270263;HRUN=4,4,4,1;LEN=1,1,3,1;MLLD=170.245,11.0491,8.97848,13.9779;QD=32.8448;RBI=0.0438032,0.553237,0.0698362,0.516533;REFB=0.0260859,0.0179869,0.0347258,0.0204788;REVB=-0.0425929,0.0917169,-0.0698304,-0.169306;RO=89;SAF=0,36,60,39;SAR=45,68,13,4;SRF=71;SRR=18;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.873888,-0.37035,0.0395152,0.270045;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,mnp,ins;VARB=0.0587529,0.000298664,-0.0447339,-0.000881578;OID=.,.,.,.;OPOS=130954178,130954177,130954180,130954183;OREF=G,G,GCT,-;OALT=C,-,CTG,G;OMAPALT=CGCGGCT,CGGGCT,CGGGCTG,CGGGGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0840108,0.915989,0,0:45,104,73,43:370:31,338,0,0:369:0:1,216,0,0:30,122,0,0:0:0:61:89:0,36,60,39:45,68,13,4:71:18 chr9 130984755 . C T 689.91 PASS AF=0.627451;AO=63;DP=102;FAO=64;FDP=102;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0277336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.591;QD=27.0553;RBI=0.0304827;REFB=-0.0213477;REVB=0.0126507;RO=37;SAF=28;SAR=35;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138718;STB=0.575845;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00936144;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:37:38:63:64:0.627451:35:28:24:13:35:29:25:13 chr9 131019738 . T C 574.73 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.019189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.059;QD=19.6489;RBI=0.0196641;REFB=0.00235997;REVB=0.00429659;RO=56;SAF=26;SAR=33;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108654;STB=0.548735;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0023667;OID=.;OPOS=131019738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:58:59:59:0.504274:33:26:18:38:33:26:20:38 chr9 131019933 . G T 239.02 PASS AF=0.297297;AO=33;DP=111;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=55;FWDB=0.0314194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8594;QD=8.61343;RBI=0.0788441;REFB=-0.012145;REVB=-0.0723133;RO=78;SAF=15;SAR=18;SRF=23;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198376;STB=0.615449;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0229666;OID=.;OPOS=131019933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:78:78:33:33:0.297297:18:15:23:55:18:15:23:55 chr9 131020795 . GCCTCCTCCTCCTCCTCCTCC GCCTCCTCCTCCTCCTCC,GCCTCCTCCTCCTCCTCCTCA 100.13 PASS AF=0.6,0.4;AO=6,4;DP=10;FAO=6,4;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=130.295,175.068;QD=40.0516;RBI=0.0414049,0.0176826;REFB=0,0;REVB=0.0414049,0.0176826;RO=0;SAF=0,0;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.034471,0.0278107;OID=.,.;OPOS=131020796,131020815;OREF=CCT,C;OALT=-,A;OMAPALT=GCCTCCTCCTCCTCCTCC,GCCTCCTCCTCCTCCTCCTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.6,0.4:6,4:10:6,4:10:0:0,0:6,4:0:0:22:0:0,0:6,4:0:0 chr9 131027963 . A G 491.52 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00366004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.396;QD=25.2062;RBI=0.0123453;REFB=-0.00903242;REVB=-0.0117903;RO=32;SAF=22;SAR=24;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306628;STB=0.516771;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00729044;OID=.;OPOS=131027963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:24:22:14:18:24:22:14:18 chr9 131028226 . G A 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00709926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.282;QD=22.5295;RBI=0.00744481;REFB=0.0388709;REVB=-0.00224179;RO=32;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358739;STB=0.519764;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0248769;OID=.;OPOS=131028226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:23:17:15:17:23:17:15:17 chr9 131079513 . GAAAC G 232.96 PASS AF=0.390476;AO=40;DP=96;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0150429;FXX=0.0277752;HRUN=3;LEN=4;MLLD=299.623;QD=8.87447;RBI=0.0225869;REFB=0.00757864;REVB=0.0168487;RO=46;SAF=19;SAR=21;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127518;STB=0.512814;STBP=0.82;TYPE=del;VARB=-0.0108606;OID=.;OPOS=131079514;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390476:40:96:41:105:64:19:22:31:33:99:46:19:21:28:18 chr9 131085373 . G C 3369.91 PASS AF=0.990909;AO=218;DP=220;FAO=218;FDP=220;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0324333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.024;QD=61.2711;RBI=0.0328021;REFB=0.0418091;REVB=-0.00490495;RO=2;SAF=46;SAR=172;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550788;STB=0.50289;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-5.79852e-05;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:220:220:2:2:218:218:0.990909:172:46:0:2:172:46:0:2 chr9 131088214 . G A 327.38 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00358965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.786;QD=17.696;RBI=0.00824688;REFB=-0.0280464;REVB=-0.00742465;RO=39;SAF=21;SAR=14;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270417;STB=0.65071;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0279561;OID=.;OPOS=131088214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:14:21:12:27:14:21:12:27 chr9 131112576 . G A 274.05 PASS AF=0.327273;AO=36;DP=110;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0125736;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.797;QD=9.96545;RBI=0.0179793;REFB=0.00581324;REVB=-0.0128514;RO=72;SAF=18;SAR=18;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0117901;OID=.;OPOS=131112576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:72:74:36:36:0.327273:18:18:35:37:18:18:37:37 chr9 131196695 . C T 292.91 PASS AF=0.330508;AO=37;DP=119;FAO=39;FDP=118;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=0.0123651;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7739;QD=9.92897;RBI=0.0276812;REFB=0.00887631;REVB=0.024766;RO=77;SAF=21;SAR=16;SRF=53;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147302;STB=0.574029;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00777269;OID=.;OPOS=131196695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:77:79:37:39:0.330508:16:21:53:24:17:22:53:26 chr9 131196704 . G A 368.25 PASS AF=0.351562;AO=44;DP=128;FAO=45;FDP=128;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=28;FWDB=-0.0239653;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.036;QD=11.5079;RBI=0.0268422;REFB=-0.0113861;REVB=0.0120899;RO=83;SAF=26;SAR=18;SRF=55;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086169;STB=0.557382;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0190616;OID=.;OPOS=131196704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:83:83:44:45:0.351562:18:26:55:28:19:26:55:28 chr9 131199576 . A C 295.94 PASS AF=0.307087;AO=39;DP=123;FAO=39;FDP=127;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.0268136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.389;QD=9.32087;RBI=0.0551888;REFB=-0.0186394;REVB=-0.0482372;RO=82;SAF=17;SAR=22;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117348;STB=0.54462;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0251575;OID=.;OPOS=131199576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:127:82:88:39:39:0.307087:22:17:44:38:22:17:44:44 chr9 131235321 . A G 920.53 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.802;QD=58.4466;RBI=0.0251558;REFB=0;REVB=0.00557741;RO=0;SAF=6;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7195e-05;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:59:63:1:53:6:0:0:57:6:0:0 chr9 131247176 . C T 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.024461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.678;QD=4.01818;RBI=0.0245397;REFB=-0.00751038;REVB=-0.00196426;RO=28;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480192;STB=0.832224;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0185128;OID=.;OPOS=131247176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:5:1:16:12:5:1:16:12 chr9 131285955 . A G 506.41 PASS AF=0.320388;AO=66;DP=206;FAO=66;FDP=206;FR=.;FRO=140;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=74;FSRR=66;FWDB=-0.00792758;FXX=0.0143534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.292;QD=9.83328;RBI=0.00863276;REFB=-0.0026878;REVB=-0.00341731;RO=137;SAF=31;SAR=35;SRF=71;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568602;STB=0.539953;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00496469;OID=.;OPOS=131285955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:137:140:66:66:0.320388:35:31:71:66:35:31:74:66 chr9 131287519 . C A 613.67 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0116191;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.325;QD=25.3058;RBI=0.0118363;REFB=-0.0254615;REVB=0.00225754;RO=39;SAF=36;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153355;STB=0.591284;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0126166;OID=.;OPOS=131287519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:97:39:42:55:55:0.56701:19:36:18:21:19:36:19:23 chr9 131303522 . G A 535.42 PASS AF=0.405229;AO=61;DP=152;FAO=62;FDP=153;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.00559267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.259;QD=13.9978;RBI=0.00682928;REFB=0.00195577;REVB=0.00391932;RO=91;SAF=36;SAR=25;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125837;STB=0.574534;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00250817;OID=.;OPOS=131303522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:91:91:61:62:0.405229:25:36:43:48:25:37:43:48 chr9 131346218 . A C 2611.5 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.954;QD=61.8108;RBI=0.0620201;REFB=0;REVB=-0.0143213;RO=0;SAF=85;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18816e-05;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:169:0:0:163:169:1:78:85:0:0:81:88:0:0 chr9 131360750 . C T 777.47 PASS AF=0.663265;AO=64;DP=98;FAO=65;FDP=98;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0386452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.392;QD=31.7334;RBI=0.0432638;REFB=-0.0351258;REVB=0.0194502;RO=33;SAF=30;SAR=34;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101598;STB=0.502673;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0168575;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:33:33:64:65:0.663265:34:30:16:17:34:31:16:17 chr9 131375701 . A G 1227.45 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.722;QD=61.3723;RBI=0.0105741;REFB=0;REVB=-0.0102171;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59286e-05;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr9 131379967 . C T 1155.76 PASS AF=0.668874;AO=101;DP=153;FAO=101;FDP=151;FR=.;FRO=50;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0453953;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.15;QD=30.6161;RBI=0.0455795;REFB=0.0175971;REVB=0.0040941;RO=49;SAF=40;SAR=61;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526613;STB=0.505563;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00742965;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:49:50:101:101:0.668874:61:40:19:30:61:40:19:31 chr9 131390472 . C A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=5.39818e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.426;QD=16.7275;RBI=0.00414538;REFB=-0.0126885;REVB=-0.00414503;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34263;STB=0.69182;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0121622;OID=.;OPOS=131390472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:2:17:9:7:2:17 chr9 131397479 . G A 2097.56 PASS AF=0.616393;AO=187;DP=302;FAO=188;FDP=305;FR=.;FRO=117;FSAF=93;FSAR=95;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=-0.0033209;FXX=0.00326787;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.054;QD=27.509;RBI=0.0051097;REFB=-0.00816867;REVB=0.00388338;RO=115;SAF=93;SAR=94;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496158;STB=0.50368;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00571621;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:305:115:117:187:188:0.616393:94:93:58:57:95:93:59:58 chr9 131398636 . C T 1200.33 PASS AF=0.650307;AO=103;DP=160;FAO=106;FDP=163;FR=.;FRO=57;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0288022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.912;QD=29.4559;RBI=0.0351335;REFB=0.00615974;REVB=0.0201196;RO=57;SAF=49;SAR=54;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450086;STB=0.528568;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00269653;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:57:57:103:106:0.650307:54:49:31:26:57:49:31:26 chr9 131403096 . A G 564.47 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=76;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0120751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.296;QD=29.7088;RBI=0.013969;REFB=-0.00851333;REVB=-0.00702316;RO=26;SAF=21;SAR=29;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997313;STB=0.554118;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00464046;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:26:26:50:50:0.657895:29:21:15:11:29:21:15:11 chr9 131465167 . A G 4924.58 PASS AF=0.981538;AO=320;DP=325;FAO=319;FDP=325;FR=.;FRO=6;FSAF=128;FSAR=191;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0428905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4181;QD=60.6102;RBI=0.114945;REFB=0.0646471;REVB=-0.106643;RO=5;SAF=129;SAR=191;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620023;STB=0.501305;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0053446;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:325:325:5:6:320:319:0.981538:191:129:1:4:191:128:2:4 chr9 131479023 . T C 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.945;QD=63.8873;RBI=0.0276938;REFB=0;REVB=0.0269866;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94847e-05;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr9 131483749 . T A 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.497;QD=60.8827;RBI=0.0235051;REFB=0;REVB=0.0141942;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45599e-05;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr9 131492850 . T C 740.05 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.274;QD=56.9266;RBI=0.0471968;REFB=0;REVB=0.0140653;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49046e-05;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:46:52:1:29:17:0:0:30:22:0:0 chr9 131515547 . G T 357.26 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0107957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.773;QD=16.8124;RBI=0.0129357;REFB=-0.00258705;REVB=-0.00712627;RO=47;SAF=23;SAR=15;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197517;STB=0.610813;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00263786;OID=.;OPOS=131515547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:15:23:19:28:15:23:19:28 chr9 131565554 . T C 1037.6 PASS AF=0.654412;AO=88;DP=135;FAO=89;FDP=136;FR=.;FRO=47;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0051869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.755;QD=30.5175;RBI=0.0143503;REFB=-0.0405063;REVB=0.0133801;RO=47;SAF=42;SAR=46;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13093;STB=0.571835;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0203358;OID=.;OPOS=131565554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:47:47:88:89:0.654412:46:42:32:15:47:42:32:15 chr9 131570317 . C CCTT,T 129.3 PASS AF=0.285714,0.0408163;AO=13,2;DP=50;FAO=14,2;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=1,2;FSAR=13,0;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0113442,0.0823377;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=223.04,53.7307;QD=10.5553;RBI=0.0132769,0.0938276;REFB=-0.0134082,-0.023459;REVB=0.00689806,0.0449903;RO=35;SAF=1,2;SAR=12,0;SRF=14;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.535667,0.483574;STB=0.845878,0.995743;STBP=0.014,0.1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0338429,0.0110524;OID=.,.;OPOS=131570318,131570317;OREF=-,C;OALT=CTT,T;OMAPALT=CCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:35:33:13,2:14,2:0.285714,0.0408163:12,0:1,2:14:21:13,0:1,2:13:20 chr9 131585069 . A G 187.76 PASS AF=0.347826;AO=25;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0655241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.884;QD=10.8847;RBI=0.066855;REFB=0.00386601;REVB=-0.0132735;RO=43;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218384;STB=0.66006;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00520618;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:45:25:24:0.347826:16:9:24:19:16:8:26:19 chr9 131586374 . G A 654.21 PASS AF=0.58;AO=58;DP=100;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0861693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.803;QD=26.1684;RBI=0.101509;REFB=-0.0299324;REVB=0.0536552;RO=42;SAF=27;SAR=31;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448834;STB=0.524508;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0264895;OID=.;OPOS=131586374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:42:42:58:58:0.58:31:27:22:20:31:27:22:20 chr9 131588652 . T C 845.67 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9063;QD=57.3335;RBI=0.0328933;REFB=0;REVB=-0.0327254;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153569;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:25:34:0:0 chr9 131588888 . G C 366.37 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0581015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4648;QD=21.5514;RBI=0.0606894;REFB=-0.00897594;REVB=-0.0175334;RO=31;SAF=25;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168153;STB=0.593168;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00490607;OID=.;OPOS=131588888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:12:25:15:16:12:25:15:16 chr9 131602881 . G A,GA 147.38 PASS AF=0,0.39726;AO=5,12;DP=88;FAO=0,29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=0,23;FSAR=0,6;FSRF=36;FSRR=8;FWDB=-0.0305913,-0.0993297;FXX=0.0394685;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.193,14.6905;QD=8.07541;RBI=0.0325837,0.0994264;REFB=0.000818706,-0.0319816;REVB=-0.011219,-0.00438222;RO=66;SAF=5,11;SAR=0,1;SRF=53;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.431431,0.28301;STB=0.5,0.523653;STBP=1,0.796;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0233374;OID=.,.;OPOS=131602881,131602882;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:88:73:66:44:5,12:0,29:0,0.39726:0,1:5,11:53:13:0,6:0,23:36:8 chr9 131670919 . T C 164.99 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0169319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7064;QD=12.4524;RBI=0.0292013;REFB=-0.00476237;REVB=0.0237913;RO=33;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198102;STB=0.511471;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00629477;OID=.;OPOS=131670919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:7:13:22:11:7:13:22:11 chr9 131767668 . A C 274.25 PASS AF=0.376471;AO=31;DP=80;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0887245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4254;QD=12.906;RBI=0.109199;REFB=-0.0168703;REVB=-0.0636581;RO=49;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193317;STB=0.588182;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0196501;OID=.;OPOS=131767668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:85:49:53:31:32:0.376471:16:15:15:34:16:16:19:34 chr9 131804785 . T C 2121.38 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.412;QD=62.8558;RBI=0.068602;REFB=0;REVB=0.0394731;RO=0;SAF=65;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25959e-05;OID=.;OPOS=131804785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:134:135:1:69:65:0:0:70:65:0:0 chr9 131830624 . C T 1011.46 PASS AF=0.582822;AO=95;DP=163;FAO=95;FDP=163;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0129486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.74;QD=24.8211;RBI=0.0197075;REFB=-0.0232578;REVB=0.0148566;RO=68;SAF=42;SAR=53;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107072;STB=0.505817;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.016057;OID=.;OPOS=131830624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:68:68:95:95:0.582822:53:42:31:37:53:42:31:37 chr9 131851881 . G T 503.98 PASS AF=0.323077;AO=63;DP=195;FAO=63;FDP=195;FR=.;FRO=132;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=69;FSRR=63;FWDB=-0.0114681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.111;QD=10.338;RBI=0.0403454;REFB=0.00374123;REVB=0.0386812;RO=132;SAF=33;SAR=30;SRF=69;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012728;STB=0.500734;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00678351;OID=.;OPOS=131851881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:132:132:63:63:0.323077:30:33:69:63:30:33:69:63 chr9 131857760 . G A 1425.24 PASS AF=0.614286;AO=129;DP=212;FAO=129;FDP=210;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=92;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.00399539;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.07;QD=27.1474;RBI=0.0673191;REFB=-0.00866584;REVB=0.0672004;RO=81;SAF=37;SAR=92;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138388;STB=0.574988;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00699189;OID=.;OPOS=131857760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:210:81:81:129:129:0.614286:92:37:37:44:92:37:37:44 chr9 131860304 . G A 619.42 PASS AF=0.576923;AO=60;DP=103;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.010006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5554;QD=23.8236;RBI=0.0110433;REFB=0.00359883;REVB=-0.00467278;RO=41;SAF=21;SAR=39;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272112;STB=0.504236;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00500089;OID=.;OPOS=131860304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:41:44:60:60:0.576923:39:21:13:28:39:21:15:29 chr9 131860901 . G T 2733.78 PASS AF=0.978022;AO=177;DP=181;FAO=178;FDP=182;FR=.;FRO=4;FSAF=85;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00199962;FXX=0.010869;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.674;QD=60.0831;RBI=0.0204118;REFB=-0.0885965;REVB=0.0203136;RO=3;SAF=85;SAR=92;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00466769;STB=0.500495;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-1.18578e-05;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:181:182:3:4:177:178:0.978022:92:85:1:2:93:85:2:2 chr9 131866523 . C G 1286.59 PASS AF=0.609626;AO=114;DP=187;FAO=114;FDP=187;FR=.;FRO=73;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.00701834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.724;QD=27.5207;RBI=0.0268338;REFB=0.000771264;REVB=-0.0258997;RO=71;SAF=61;SAR=53;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101474;STB=0.510432;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.000557419;OID=.;OPOS=131866523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:71:73:114:114:0.609626:53:61:39:32:53:61:41:32 chr9 131909736 . C T 520.47 PASS AF=0.330097;AO=66;DP=205;FAO=68;FDP=206;FR=.;FRO=138;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=55;FSRR=83;FWDB=0.0945317;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6046;QD=10.1062;RBI=0.0967933;REFB=-0.0100226;REVB=-0.0208014;RO=129;SAF=34;SAR=32;SRF=48;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164903;STB=0.587042;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0236564;OID=.;OPOS=131909736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:129:138:66:68:0.330097:32:34:48:81:32:36:55:83 chr9 132084621 . G A 727.38 PASS AF=0.461078;AO=81;DP=171;FAO=77;FDP=167;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.00795279;FXX=0.0233904;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284;QD=17.4222;RBI=0.00987562;REFB=0.00186467;REVB=-0.00585499;RO=89;SAF=31;SAR=50;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872592;STB=0.541424;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00223363;OID=.;OPOS=132084621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:167:89:90:81:77:0.461078:50:31:42:47:46:31:43:47 chr9 132375747 . A G 362.81 PASS AF=0.653846;AO=33;DP=51;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0228363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.909;QD=27.9083;RBI=0.0252622;REFB=-0.0123745;REVB=0.010802;RO=17;SAF=12;SAR=21;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107665;STB=0.553924;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00377242;OID=.;OPOS=132375747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:17:18:33:34:0.653846:21:12:9:8:22:12:9:9 chr9 132400480 . G A 806.56 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146995;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.775;QD=55.625;RBI=0.0228001;REFB=-0.143655;REVB=0.0174289;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184904;STB=0.5098;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000769265;OID=.;OPOS=132400480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:58:1:1:57:57:0.982759:25:32:0:1:25:32:0:1 chr9 132402908 . C G 3056.8 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0811;QD=63.6833;RBI=0.0326197;REFB=0;REVB=-0.0325145;RO=0;SAF=102;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.84966e-05;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:192:192:1:90:102:0:0:90:102:0:0 chr9 132573536 . G T 453.37 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00804705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4601;QD=16.3377;RBI=0.0440114;REFB=-0.0248853;REVB=-0.0432695;RO=61;SAF=25;SAR=25;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564724;STB=0.531519;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0323761;OID=.;OPOS=132573536;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:25:25:34:27:25:25:34:27 chr9 132585058 . G A 2174.43 PASS AF=0.567335;AO=198;DP=349;FAO=198;FDP=349;FR=.;FRO=151;FSAF=69;FSAR=129;FSRF=67;FSRR=84;FWDB=0.019368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.282;QD=24.9218;RBI=0.0201167;REFB=-0.0258087;REVB=-0.0054369;RO=149;SAF=69;SAR=129;SRF=65;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745831;STB=0.544147;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0176419;OID=.;OPOS=132585058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:349:149:151:198:198:0.567335:129:69:65:84:129:69:67:84 chr9 132591272 . T C 101.83 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0478602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6332;QD=22.6293;RBI=0.0654482;REFB=-0.0846208;REVB=0.0446416;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765456;STB=0.555464;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0339826;OID=.;OPOS=132591272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:6:6:11:12:0.666667:5:6:4:2:6:6:4:2 chr9 132591372 . T G 327.57 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0136361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4411;QD=20.473;RBI=0.0211236;REFB=0.00303316;REVB=0.0161327;RO=30;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205187;STB=0.613022;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.000676504;OID=.;OPOS=132591372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:16:18:23:7:16:18:23:7 chr9 132591425 . C T 402.12 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0184702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4278;QD=22.0341;RBI=0.0532303;REFB=-0.0301698;REVB=0.0499231;RO=33;SAF=27;SAR=12;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346062;STB=0.514844;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0255322;OID=.;OPOS=132591425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:33:39:40:0.547945:12:27:24:9:12:28:24:9 chr9 132591509 . A G 637.09 PASS AF=0.662651;AO=55;DP=83;FAO=55;FDP=83;FR=.;FRO=28;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0316603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1345;QD=30.703;RBI=0.0514656;REFB=-0.0453592;REVB=0.040575;RO=28;SAF=34;SAR=21;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163514;STB=0.508851;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0218445;OID=.;OPOS=132591509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:28:28:55:55:0.662651:21:34:18:10:21:34:18:10 chr9 132597021 . C T 6688.69 PASS AF=0.616684;AO=584;DP=947;FAO=584;FDP=947;FR=.;FRO=363;FSAF=154;FSAR=430;FSRF=80;FSRR=283;FWDB=-0.0266688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.439;QD=28.2521;RBI=0.0415477;REFB=-0.0356301;REVB=-0.0318588;RO=362;SAF=154;SAR=430;SRF=80;SRR=282;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399992;STB=0.521817;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0262503;OID=.;OPOS=132597021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:947:947:362:363:584:584:0.616684:430:154:80:282:430:154:80:283 chr9 132618578 . T C 1495.01 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603517;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.475;QD=63.6174;RBI=0.0641155;REFB=0;REVB=0.0216441;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57982e-05;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:94:0:0:87:94:1:55:32:0:0:55:39:0:0 chr9 132620364 . T C 1254.83 PASS AF=1;AO=70;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.859;QD=61.2114;RBI=0.0618536;REFB=0;REVB=0.00277565;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.94455e-05;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:70:82:1:40:30:0:0:41:41:0:0 chr9 132623293 . C T 853.46 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113067;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.724;QD=57.8615;RBI=0.0718834;REFB=0;REVB=0.0709886;RO=0;SAF=12;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56963e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408969;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:47:12:0:0:47:12:0:0 chr9 132623868 . T C 2079.66 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6129;QD=62.5461;RBI=0.0475796;REFB=0;REVB=0.0394305;RO=0;SAF=63;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.77216e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8774e-05;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:70:63:0:0:70:63:0:0 chr9 132630664 . TGAC T 369.35 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445384;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=3;MLLD=323.974;QD=56.8229;RBI=0.0515455;REFB=0;REVB=0.0259475;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000187855;OID=.;OPOS=132630665;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:26:26:26:0:20:6:0:0:3:0:20:6:0:0 chr9 132631680 . T C 1634.73 PASS AF=0.973684;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0135076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.743;QD=57.3589;RBI=0.0255886;REFB=-0.0265565;REVB=0.021733;RO=3;SAF=61;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591007;STB=0.503114;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.000170022;OID=.;OPOS=132631680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:114:114:3:3:111:111:0.973684:50:61:2:1:50:61:2:1 chr9 132636030 . CA C,CG 730.67 PASS AF=0.188679,0.811321;AO=9,44;DP=55;FAO=10,43;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=10,13;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624058,0.0478272;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.0636,103.276;QD=55.145;RBI=0.0629632,0.0588311;REFB=0,0;REVB=0.00835948,-0.0342588;RO=0;SAF=9,13;SAR=0,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0289752,0.0150419;OID=.,.;OPOS=132636031,132636031;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.188679,0.811321:9,44:55:10,43:53:0:10,13:0,30:0:0:26:0:9,13:0,31:0:0 chr9 132636033 . T C 758.28 PASS AF=1;AO=43;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0854859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.062;QD=57.2288;RBI=0.0860082;REFB=0;REVB=0.00946442;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129076;OID=.;OPOS=132636033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:43:53:1:30:13:0:0:30:23:0:0 chr9 132637712 . G A 589.84 PASS AF=0.541284;AO=58;DP=108;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0192064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.52;QD=21.6454;RBI=0.0267731;REFB=-0.0172307;REVB=0.0186525;RO=50;SAF=32;SAR=26;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705642;STB=0.508153;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0188373;OID=.;OPOS=132637712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:50:50:58:59:0.541284:26:32:28:22:27:32:28:22 chr9 132649661 . CAT ACG,CGT 1490.49 PASS AF=0.0515464,0.948454;AO=5,86;DP=98;FAO=5,92;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=5,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310475,-0.00279405;FXX=0.010203;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=130.747,156.187;QD=61.4634;RBI=0.0464243,0.0667603;REFB=0,0;REVB=0.0463204,0.0667018;RO=0;SAF=0,41;SAR=5,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0119515,0.00146231;OID=.,.;OPOS=132649661,132649662;OREF=CAT,A;OALT=ACG,G;OMAPALT=ACG,CGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:98:97:0:0:5,86:5,92:0.0515464,0.948454:5,45:0,41:0:0:5,46:0,46:0:0 chr9 132651362 . G GC 80.63 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=20;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0185022;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=272.233;QD=26.8779;RBI=0.0185022;REFB=-0.00224164;REVB=0;RO=15;SAF=4;SAR=0;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.626522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000439922;OID=.;OPOS=132651363;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:4:20:10:12:2:10:0:2:0:10:15:4:0:10:5 chr9 132651363 . G C 88.75 PASS AF=0.588235;AO=11;DP=20;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.000894428;FXX=0.149925;HRUN=12;LEN=1;MLLD=198.677;QD=20.8828;RBI=0.0290113;REFB=0.0123334;REVB=0.0289975;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172885;STB=0.615175;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00317691;OID=.;OPOS=132651363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:20:17:7:7:11:10:0.588235:4:7:6:1:4:6:6:1 chr9 132671357 . CAT ATG,CATG 89.41 PASS AF=0,0.65;AO=2,19;DP=41;FAO=0,26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=0,9;FSAR=0,17;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0717108,0.119694;FXX=0.0243843;HRUN=2,6;LEN=3,1;MLLD=19.7319,7.38056;QD=8.94131;RBI=0.134675,0.164726;REFB=0.0178507,0.019675;REVB=-0.113995,-0.113173;RO=13;SAF=0,7;SAR=2,12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.513867,-0.0125965;STB=0.5,0.531226;STBP=1,0.595;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0144834;OID=.,.;OPOS=132671357,132671360;OREF=CAT,-;OALT=ATG,G;OMAPALT=ATG,CATG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:41:40:13:14:2,19:0,26:0,0.65:2,12:0,7:5:8:0,17:0,9:6:8 chr9 132686186 . A G 2196.42 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000401199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.81;QD=63.2064;RBI=0.0231901;REFB=0;REVB=-0.0231866;RO=0;SAF=67;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42762e-05;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:138:139:1:71:67:0:0:72:67:0:0 chr9 132720770 . A G 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0120697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.085;QD=16.7316;RBI=0.0121579;REFB=-0.0173882;REVB=0.00146197;RO=36;SAF=9;SAR=22;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486312;STB=0.527379;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0211286;OID=.;OPOS=132720770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:22:9:12:24:22:9:12:24 chr9 132872686 . A G 1208.78 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9268;QD=61.2041;RBI=0.0380082;REFB=0;REVB=-0.0138242;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230081;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr9 132883161 . C CCTT 2158.45 PASS AF=0.866667;AO=143;DP=188;FAO=156;FDP=180;FR=.;FRO=24;FSAF=82;FSAR=74;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0136065;FXX=0.0109884;HRUN=3;LEN=3;MLLD=215.925;QD=47.9655;RBI=0.0462358;REFB=-0.0955503;REVB=0.0441884;RO=32;SAF=75;SAR=68;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239601;STB=0.518887;STBP=0.214;TYPE=ins;VARB=0.0122231;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:143:188:156:180:24:82:74:16:8:99:32:75:68:19:13 chr9 132988709 . T G 2425.91 PASS AF=0.987805;AO=152;DP=159;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00222507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9844;QD=59.1685;RBI=0.00696434;REFB=0.073652;REVB=-0.00659932;RO=4;SAF=71;SAR=81;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138362;STB=0.500302;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.000973836;OID=.;OPOS=132988709;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:159:164:4:2:152:162:0.987805:81:71:3:1:85:77:1:1 chr9 133048501 . G A 2420.74 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.225;QD=61.2845;RBI=0.0271417;REFB=0;REVB=-0.0197382;RO=0;SAF=77;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38322e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39503e-06;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:81:77:0:0:81:77:0:0 chr9 133283049 . C CG 207.79 PASS AF=0.157635;AO=113;DP=625;FAO=96;FDP=609;FR=.;FRO=513;FSAF=72;FSAR=24;FSRF=174;FSRR=339;FWDB=-0.00781165;FXX=0.0129658;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.4006;QD=1.36477;RBI=0.0724113;REFB=-0.0265773;REVB=-0.0719887;RO=490;SAF=79;SAR=34;SRF=175;SRR=315;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425429;STB=0.815673;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.231635;OID=.;OPOS=133283050;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157635:113:625:96:609:513:72:24:174:339:99:490:79:34:175:315 chr9 133284310 . G A 755.64 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827413;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.561;QD=57.0294;RBI=0.0916309;REFB=0;REVB=0.0393712;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572772;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr9 133294244 . G A 1521.25 PASS AF=0.99;AO=94;DP=95;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0660973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.685;QD=60.8501;RBI=0.0699324;REFB=-0.114186;REVB=0.0228404;RO=1;SAF=44;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106543;STB=0.505049;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00252978;OID=.;OPOS=133294244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:100:1:1:94:99:0.99:50:44:1:0:50:49:1:0 chr9 133307844 . C A 326.35 PASS AF=0.341667;AO=41;DP=122;FAO=41;FDP=120;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.0127839;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9405;QD=10.8783;RBI=0.0141795;REFB=-0.00260512;REVB=-0.00613421;RO=79;SAF=17;SAR=24;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263054;STB=0.515144;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00600833;OID=.;OPOS=133307844;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:79:79:41:41:0.341667:24:17:31:48:24:17:31:48 chr9 133346920 . A G 2551.7 PASS AF=0.994012;AO=164;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0415473;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.973;QD=61.1185;RBI=0.0416585;REFB=-0.102784;REVB=-0.00304249;RO=0;SAF=45;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94249e-08;STB=0.505494;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000324462;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:0:1:164:166:0.994012:119:45:0:0:121:45:1:0 chr9 133553993 . C T 1539.87 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00693662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.633;QD=61.5946;RBI=0.0138872;REFB=-0.0757952;REVB=-0.0120307;RO=2;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175604;STB=0.509257;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000513147;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:53:45:0:2:53:45:0:2 chr9 133556807 . G A 1083.47 PASS AF=0.624161;AO=93;DP=149;FAO=93;FDP=149;FR=.;FRO=56;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0544973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2761;QD=29.0864;RBI=0.0590724;REFB=-0.0161737;REVB=0.0227945;RO=56;SAF=47;SAR=46;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058381;STB=0.531555;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00791347;OID=.;OPOS=133556807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:56:56:93:93:0.624161:46:47:33:23:46:47:33:23 chr9 133556930 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.104145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.654;QD=21.8418;RBI=0.104257;REFB=0.00244723;REVB=-0.00484393;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215133;STB=0.624607;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00133049;OID=.;OPOS=133556930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:0:2:3:3:0:2 chr9 133558282 . A G 1375.53 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.566;QD=62.524;RBI=0.0303925;REFB=0;REVB=-0.00263827;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1786e-05;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:48:39:0:0:49:39:0:0 chr9 133576256 . T C 199.85 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0426742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.941;QD=13.5489;RBI=0.0427623;REFB=-0.0026171;REVB=-0.00274379;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124218;STB=0.500711;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00467159;OID=.;OPOS=133576256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:11:13:19:16:11:13:19:16 chr9 133710775 . C A 851.22 PASS AF=0.698113;AO=74;DP=106;FAO=74;FDP=106;FR=.;FRO=32;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.013718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4285;QD=32.1217;RBI=0.0665397;REFB=-0.01966;REVB=0.0651103;RO=32;SAF=49;SAR=25;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151658;STB=0.581737;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00628772;OID=.;OPOS=133710775;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:32:32:74:74:0.698113:25:49:13:19:25:49:13:19 chr9 133710804 . T C 2890.88 PASS AF=0.97;AO=194;DP=201;FAO=194;FDP=200;FR=.;FRO=6;FSAF=118;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0119152;FXX=0.0099005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.381;QD=57.8176;RBI=0.0292399;REFB=0.020006;REVB=-0.026702;RO=5;SAF=118;SAR=76;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302974;STB=0.513814;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.000469818;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:201:200:5:6:194:194:0.97:76:118:0:5:76:118:1:5 chr9 133710819 . T TC 4355.29 PASS AF=1;AO=290;DP=298;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109975;FXX=0.00334437;HRUN=0;LEN=1;MLLD=29.4803;QD=58.4602;RBI=0.114403;REFB=0;REVB=0.0315191;RO=2;SAF=147;SAR=143;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00644365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00043907;OID=.;OPOS=133710820;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:290:298:298:298:0:152:146:0:0:25:2:147:143:2:0 chr9 133760752 . C T 920.13 PASS AF=0.364865;AO=107;DP=297;FAO=108;FDP=296;FR=.;FRO=188;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=95;FSRR=93;FWDB=0.0643263;FXX=0.00336689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.723;QD=12.4342;RBI=0.0727367;REFB=-0.0127893;REVB=0.0339523;RO=189;SAF=44;SAR=63;SRF=96;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109945;STB=0.556808;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0249008;OID=.;OPOS=133760752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:296:189:188:107:108:0.364865:63:44:96:93:63:45:95:93 chr9 133761001 . A G 441.17 PASS AF=0.772727;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.011352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.884;QD=40.1063;RBI=0.0214777;REFB=-0.0188426;REVB=-0.0182325;RO=10;SAF=10;SAR=24;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144266;STB=0.578265;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0046458;OID=.;OPOS=133761001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:10:10:34:34:0.772727:24:10:6:4:24:10:6:4 chr9 133787225 . A G 5122.67 PASS AF=1;AO=323;DP=325;FAO=326;FDP=326;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=210;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474512;FXX=0.0121208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.506;QD=62.8548;RBI=0.00737206;REFB=-0.0770057;REVB=0.00564191;RO=2;SAF=116;SAR=207;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00815249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128092;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:325:326:2:0:323:326:1:207:116:2:0:210:116:0:0 chr9 133884820 . T G 325.81 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0366324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2588;QD=11.0443;RBI=0.0548426;REFB=-0.00586646;REVB=-0.0408139;RO=72;SAF=31;SAR=10;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283944;STB=0.672268;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0121229;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:118:72:77:41:41:0.347458:10:31:38:34:10:31:40:37 chr9 133901819 . CC AG 1027.8 PASS AF=0.605096;AO=95;DP=158;FAO=95;FDP=157;FR=.;FRO=62;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0122226;FXX=0.00632871;HRUN=3;LEN=2;MLLD=249.221;QD=26.186;RBI=0.0158772;REFB=-0.00420308;REVB=-0.0101338;RO=61;SAF=52;SAR=43;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433325;STB=0.526239;STBP=0.449;TYPE=mnp;VARB=0.00285125;OID=.;OPOS=133901819;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:61:62:95:95:0.605096:43:52:37:24:43:52:38:24 chr9 133911598 . A G 3928.74 PASS AF=1;AO=250;DP=250;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102928;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.678;QD=61.8699;RBI=0.0164691;REFB=0;REVB=0.0128564;RO=0;SAF=143;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54524e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05376e-05;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:250:254:0:0:250:254:1:107:143:0:0:112:142:0:0 chr9 133911706 . C T 2983.57 PASS AF=0.980198;AO=198;DP=203;FAO=198;FDP=202;FR=.;FRO=4;FSAF=91;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.031008;FXX=0.00492587;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.812;QD=59.0807;RBI=0.0505036;REFB=-0.0778708;REVB=0.0398637;RO=3;SAF=91;SAR=107;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131639;STB=0.50418;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.000356804;OID=.;OPOS=133911706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:203:202:3:4:198:198:0.980198:107:91:0:3:107:91:1:3 chr9 133924451 . C T 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0102121;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.44;QD=22.0722;RBI=0.0124985;REFB=-0.0151273;REVB=0.00720589;RO=24;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119617;STB=0.565996;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00669515;OID=.;OPOS=133924451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:16:15:8:16:16:15:8:16 chr9 133927878 . A G 1752.89 PASS AF=0.598513;AO=157;DP=267;FAO=161;FDP=269;FR=.;FRO=108;FSAF=92;FSAR=69;FSRF=63;FSRR=45;FWDB=-0.0110393;FXX=0.0182475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.889;QD=26.0652;RBI=0.0110443;REFB=-0.0151489;REVB=-0.000331198;RO=110;SAF=91;SAR=66;SRF=63;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053759;STB=0.504885;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0104486;OID=.;OPOS=133927878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:269:110:108:157:161:0.598513:66:91:63:47:69:92:63:45 chr9 133928337 . G A 404.37 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=48;FWDB=-0.00383299;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.871;QD=14.9768;RBI=0.00525714;REFB=-0.00675102;REVB=-0.00359801;RO=62;SAF=17;SAR=29;SRF=14;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166604;STB=0.592807;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0107609;OID=.;OPOS=133928337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:62:62:46:46:0.425926:29:17:14:48:29:17:14:48 chr9 133928345 . C T 464.51 PASS AF=0.480392;AO=48;DP=99;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.0199901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.655;QD=18.2162;RBI=0.0214353;REFB=0.00194025;REVB=-0.00773744;RO=51;SAF=15;SAR=33;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200256;STB=0.526159;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00204884;OID=.;OPOS=133928345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:51:53:48:49:0.480392:33:15:15:36:33:16:15:38 chr9 133936571 . C G 2373.44 PASS AF=0.958333;AO=161;DP=168;FAO=161;FDP=168;FR=.;FRO=7;FSAF=77;FSAR=84;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00731129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8738;QD=56.5105;RBI=0.0134468;REFB=-0.0261258;REVB=-0.0112855;RO=6;SAF=77;SAR=84;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128827;STB=0.509843;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00901074;OID=.;OPOS=133936571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:168:168:6:7:161:161:0.958333:84:77:4:2:84:77:5:2 chr9 133948049 . A G 4152.55 PASS AF=1;AO=257;DP=257;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.977;QD=62.2104;RBI=0.0476724;REFB=0;REVB=0.0196968;RO=0;SAF=122;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30693e-05;OID=.;OPOS=133948049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:257:267:0:0:257:267:1:135:122:0:0:139:128:0:0 chr9 133962930 . C T 986.9 PASS AF=0.549133;AO=92;DP=170;FAO=95;FDP=173;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.0448397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1684;QD=22.8186;RBI=0.0507266;REFB=-0.029937;REVB=0.023719;RO=78;SAF=37;SAR=55;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512275;STB=0.523555;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0300091;OID=.;OPOS=133962930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:173:78:78:92:95:0.549133:55:37:36:42:56:39:36:42 chr9 133963174 . G A 630.08 PASS AF=0.639535;AO=55;DP=86;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00332538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.473;QD=29.3062;RBI=0.0174322;REFB=0.00726014;REVB=-0.0171121;RO=31;SAF=25;SAR=30;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410565;STB=0.522285;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00543979;OID=.;OPOS=133963174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:31:31:55:55:0.639535:30:25:16:15:30:25:16:15 chr9 133986980 . T G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.423;QD=56.9569;RBI=0.0126133;REFB=0;REVB=-0.000304039;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97942e-05;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr9 133987060 . G A 598.57 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.643;QD=57.0062;RBI=0.0284885;REFB=-0.0396432;REVB=0.0250163;RO=2;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683707;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000253088;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:2:1:40:41:0.97619:23:17:1:1:23:18:0:1 chr9 133996460 . T G,TG 659.04 PASS AF=0.468085,0.457447;AO=30,21;DP=83;FAO=44,43;FDP=94;FR=.;FRO=7;FSAF=29,19;FSAR=15,24;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.000513242,-0.145788;FXX=0.0208312;HRUN=4,5;LEN=1,1;MLLD=24.3926,10.0671;QD=28.0443;RBI=0.0930211,0.409069;REFB=-0.0371027,-0.0368793;REVB=0.0930197,0.382209;RO=3;SAF=20,17;SAR=10,4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0618719,0.157288;STB=0.513268,0.518301;STBP=0.668,0.538;TYPE=snp,ins;VARB=0.000319691,0.103542;OID=.,.;OPOS=133996460,133996461;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:96:83:94:3:7:30,21:44,43:0.468085,0.457447:10,4:20,17:1:2:15,24:29,19:4:3 chr9 133996503 . T A 595.87 PASS AF=0.491935;AO=60;DP=116;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00294205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.884;QD=19.2217;RBI=0.0214754;REFB=-0.0160872;REVB=-0.0212729;RO=56;SAF=24;SAR=36;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579043;STB=0.510201;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0159185;OID=.;OPOS=133996503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:124:56:63:60:61:0.491935:36:24:26:30:37:24:26:37 chr9 134001158 . C G 645.23 PASS AF=0.439024;AO=71;DP=161;FAO=72;FDP=164;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=0.00490557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.212;QD=15.7374;RBI=0.00491786;REFB=-0.0281209;REVB=-0.000347451;RO=88;SAF=36;SAR=35;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108668;STB=0.560959;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0298987;OID=.;OPOS=134001158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:88:92:71:72:0.439024:35:36:35:53:36:36:36:56 chr9 134020092 . C T 340.85 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0019047;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.0662;QD=20.3495;RBI=0.0189041;REFB=-0.0334832;REVB=0.0188079;RO=31;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803382;STB=0.55146;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0154309;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:32:35:35:0.522388:18:17:18:13:18:17:19:13 chr9 134021630 . A G 234.11 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0641558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7588;QD=19.5094;RBI=0.0644352;REFB=-0.0119121;REVB=-0.00599398;RO=24;SAF=4;SAR=19;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109328;STB=0.585353;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0146921;OID=.;OPOS=134021630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:19:4:6:18:19:4:7:18 chr9 134103586 . CTTTTG CTTT,CTTTG,CTTTGG 45.34 PASS AF=0.171053,0,0;AO=23,11,10;DP=93;FAO=13,0,0;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=11,0,0;FSAR=2,0,0;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.144241,-0.160423,0.0382906;FXX=0.0129853;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=18.1705,9.77475,14.2397;QD=2.3863;RBI=0.232082,0.293202,0.110973;REFB=-0.0606148,-0.0686186,0.00242672;REVB=-0.181814,-0.245422,-0.104158;RO=34;SAF=21,8,9;SAR=2,3,1;SRF=21;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0.428571,0.428571,0;SSSB=0.487365,0.149873,0.458597;STB=0.717003,0.5,0.5;STBP=0.123,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.176863,0,0;OID=.,.,.;OPOS=134103590,134103587,134103590;OREF=TG,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=CTTT,CTTTG,CTTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171053,0,0:23,11,10:93:13,0,0:76:63:11,0,0:2,0,0:41:22:45:34:21,8,9:2,3,1:21:13 chr9 134108999 . A C 687.13 PASS AF=0.6;AO=60;DP=99;FAO=60;FDP=100;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.013229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.606;QD=27.4853;RBI=0.0657807;REFB=-0.0403311;REVB=0.0644368;RO=39;SAF=23;SAR=37;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11514;STB=0.558279;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0265991;OID=.;OPOS=134108999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:39:40:60:60:0.6:37:23:21:18:37:23:21:19 chr9 134133539 . G T 1307.93 PASS AF=0.988235;AO=77;DP=80;FAO=84;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.638;QD=61.5495;RBI=0.0510328;REFB=0;REVB=0.00352981;RO=0;SAF=19;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.12759e-05;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:85:0:0:77:84:0.988235:58:19:0:0:60:24:0:0 chr9 134136515 . A G 3089.31 PASS AF=1;AO=192;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106107;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.678;QD=63.6972;RBI=0.0270759;REFB=0;REVB=-0.0249102;RO=0;SAF=88;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20941e-06;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:194:0:0:192:194:1:104:88:0:0:106:88:0:0 chr9 134136677 . A G 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.268;QD=60.715;RBI=0.0255558;REFB=0;REVB=-0.0215003;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55417e-05;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr9 134183379 . C T 2100.31 PASS AF=0.54918;AO=198;DP=362;FAO=201;FDP=366;FR=.;FRO=165;FSAF=109;FSAR=92;FSRF=87;FSRR=78;FWDB=0.00807236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4894;QD=22.9542;RBI=0.0269981;REFB=-0.0180847;REVB=0.025763;RO=164;SAF=106;SAR=92;SRF=86;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00917539;STB=0.50681;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0136618;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:366:164:165:198:201:0.54918:92:106:86:78:92:109:87:78 chr9 134183503 . T C 5905.67 PASS AF=1;AO=374;DP=376;FAO=374;FDP=374;FR=.;FRO=0;FSAF=205;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185415;FXX=0.00531901;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.522;QD=63.1622;RBI=0.051712;REFB=-0.0812663;REVB=0.0482736;RO=1;SAF=205;SAR=169;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00232218;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57746e-05;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:376:374:1:0:374:374:1:169:205:1:0:169:205:0:0 chr9 134346315 . T C 1339.64 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.403;QD=62.3087;RBI=0.0151666;REFB=0;REVB=-0.00202848;RO=0;SAF=26;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89441e-05;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:60:26:0:0:60:26:0:0 chr9 134350323 . C G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.581;QD=57.1061;RBI=0.0398713;REFB=0;REVB=0.0311903;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38705e-05;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr9 134350458 . C T 1368.61 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00034622;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.626;QD=60.1588;RBI=0.0379236;REFB=-0.00225203;REVB=0.037922;RO=2;SAF=37;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249252;STB=0.513155;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=7.51361e-05;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:52:37:2:0:52:37:2:0 chr9 134350647 . T C 1048.89 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057535;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8072;QD=59.9367;RBI=0.015928;REFB=0;REVB=0.0148526;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014332;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:43:27:0:0 chr9 134351065 . G T 748.04 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.8143;QD=55.4103;RBI=0.175161;REFB=0;REVB=0.0754633;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00391993;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:29:25:0:0 chr9 134371163 . G C 1115.64 PASS AF=0.591954;AO=102;DP=173;FAO=103;FDP=174;FR=.;FRO=71;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=0.0131835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.824;QD=25.6469;RBI=0.0142223;REFB=-0.00838357;REVB=-0.00533565;RO=70;SAF=43;SAR=59;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725324;STB=0.543578;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0059722;OID=.;OPOS=134371163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:70:71:102:103:0.591954:59:43:23:47:59:44:23:48 chr9 134373770 . G C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7765;QD=57.2001;RBI=0.0946756;REFB=0;REVB=-0.0881952;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00245855;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:24:6:0:0:24:6:0:0 chr9 134385436 . A G 1525.22 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.318;QD=59.8125;RBI=0.029667;REFB=0;REVB=-0.0153766;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.71889e-05;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:59:43:0:0:59:43:0:0 chr9 134386744 . T C 2159.67 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.109;QD=63.0561;RBI=0.0130204;REFB=0;REVB=0.00786505;RO=0;SAF=63;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51641e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11501e-05;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:74:63:0:0:74:63:0:0 chr9 134387488 . T C 728.88 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5334;QD=57.1671;RBI=0.0236227;REFB=0;REVB=0.0159385;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.3283e-06;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr9 134401335 . C T 1179.3 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127136;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0776;QD=61.2625;RBI=0.0156731;REFB=0;REVB=0.0091658;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141203;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr9 134406071 . C G 1022.83 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.484;QD=59.2946;RBI=0.0341618;REFB=0;REVB=-0.001326;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.07867e-05;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:34:35:0:0 chr9 134600816 . G A 56.29 PASS AF=0.4;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0560095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.636;QD=11.257;RBI=0.056388;REFB=-0.0096093;REVB=-0.00652219;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439197;STB=0.666222;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00809571;OID=.;OPOS=134600816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:12:12:7:8:0.4:6:1:6:6:6:2:6:6 chr9 135073877 . C T 1538.44 PASS AF=0.47432;AO=146;DP=327;FAO=157;FDP=331;FR=.;FRO=174;FSAF=91;FSAR=66;FSRF=91;FSRR=83;FWDB=-0.00707251;FXX=0.0235981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.732;QD=18.5914;RBI=0.0310105;REFB=0.00180328;REVB=0.0301932;RO=181;SAF=90;SAR=56;SRF=91;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116384;STB=0.530245;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00194063;OID=.;OPOS=135073877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:331:181:174:146:157:0.47432:56:90:91:90:66:91:91:83 chr9 135102254 . C T 6301.88 PASS AF=1;AO=391;DP=392;FAO=394;FDP=394;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=208;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000416317;FXX=0.00253158;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.787;QD=63.9785;RBI=0.00484726;REFB=0;REVB=0.00482935;RO=0;SAF=183;SAR=208;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1278e-06;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:392:394:0:0:391:394:1:208:183:0:0:208:186:0:0 chr9 135105964 . A G 1731.76 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2171;QD=59.7159;RBI=0.0841232;REFB=-0.0679954;REVB=-0.0803453;RO=0;SAF=32;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000320985;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:0:1:115:115:0.991379:83:32:0:0:83:32:0:1 chr9 135114365 . G A 436.73 PASS AF=0.34375;AO=55;DP=163;FAO=55;FDP=160;FR=.;FRO=105;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.0025474;FXX=0.0243888;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.416;QD=10.9182;RBI=0.00397182;REFB=0.000543707;REVB=0.00304731;RO=105;SAF=35;SAR=20;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165072;STB=0.594843;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00155675;OID=.;OPOS=135114365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:160:105:105:55:55:0.34375:20:35:52:53:20:35:52:53 chr9 135139901 . T C 106.31 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0244876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7502;QD=11.8122;RBI=0.0374602;REFB=-0.00518868;REVB=0.0283483;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238875;STB=0.641136;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00934146;OID=.;OPOS=135139901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:9:14:5:8:9:14 chr9 135172412 . A G 331.71 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0037587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.848;QD=12.6368;RBI=0.0132447;REFB=-0.0116522;REVB=-0.0127002;RO=65;SAF=19;SAR=21;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355322;STB=0.520238;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0146417;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:40:40:0.380952:21:19:33:32:21:19:33:32 chr9 135173685 . T C 203.83 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0279772;FXX=0.0235266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.8318;QD=9.82299;RBI=0.0670205;REFB=0.00479209;REVB=-0.0609017;RO=52;SAF=15;SAR=11;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066623;STB=0.559134;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0161523;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:83:52:57:26:26:0.313253:11:15:27:25:11:15:28:29 chr9 135202829 . T C 358.78 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0333769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.621;QD=25.1775;RBI=0.0459496;REFB=0.00126191;REVB=0.0315808;RO=22;SAF=22;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614754;STB=0.533736;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000286193;OID=.;OPOS=135202829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:13:22:12:10:13:22:12:10 chr9 135203231 . C T 563.84 PASS AF=0.521008;AO=42;DP=119;FAO=62;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0517998;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.7591;QD=18.9527;RBI=0.0547606;REFB=0.00642629;REVB=-0.0177625;RO=39;SAF=17;SAR=25;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954954;STB=0.534582;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000883416;OID=.;OPOS=135203231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:39:57:42:62:0.521008:25:17:20:19:37:25:27:30 chr9 135203409 . A C 795.24 PASS AF=0.663551;AO=71;DP=107;FAO=71;FDP=107;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0278673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.267;QD=29.7286;RBI=0.0347193;REFB=-0.039032;REVB=0.0207085;RO=33;SAF=30;SAR=41;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192415;STB=0.502024;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0170219;OID=.;OPOS=135203409;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:33:36:71:71:0.663551:41:30:15:18:41:30:15:21 chr9 135203530 . A C 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0138117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.215;QD=11.9168;RBI=0.0162743;REFB=0.00249012;REVB=0.00860744;RO=37;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171147;STB=0.598989;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00304445;OID=.;OPOS=135203530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:13:9:21:16:13:9:21:16 chr9 135205006 . G C 135.85 PASS AF=0.327273;AO=16;DP=53;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0126657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.855;QD=9.88025;RBI=0.0145341;REFB=-0.0109903;REVB=0.00712885;RO=37;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132461;STB=0.566935;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0341786;OID=.;OPOS=135205006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:37:37:16:18:0.327273:6:10:19:18:7:11:19:18 chr9 135206460 . A G 372.2 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.169245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.473;QD=31.0166;RBI=0.169248;REFB=-0.0148313;REVB=-0.000980384;RO=16;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284484;STB=0.636809;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0148569;OID=.;OPOS=135206460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:17:31:31:0.645833:18:13:0:16:18:13:1:16 chr9 135263573 . G T 1249.69 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297743;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7685;QD=61.7129;RBI=0.0375052;REFB=0;REVB=-0.0228064;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000524899;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr9 135273607 . C G 1954.97 PASS AF=0.992188;AO=128;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0506392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.004;QD=61.0929;RBI=0.0535348;REFB=0.0366123;REVB=-0.017368;RO=0;SAF=58;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000196847;OID=.;OPOS=135273607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:0:1:128:127:0.992188:70:58:0:0:69:58:0:1 chr9 135277130 . C A 275.84 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.043938;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.139;QD=15.3246;RBI=0.0570352;REFB=-0.00224948;REVB=0.0363659;RO=41;SAF=14;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134029;STB=0.575709;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00279995;OID=.;OPOS=135277130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:17:14:24:17:17:14:24:17 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=130;DP=122;LEN=76;RO=0;SAF=48;SAR=65;SRF=7;SRR=2;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:122:0:130:65:48:7:2 chr9 135297013 . T TTCTC 202.83 PASS AF=1;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.157812;HRUN=1;LEN=4;MLLD=359.184;QD=50.7081;RBI=0.0219673;REFB=0;REVB=-0.0219673;RO=60;SAF=0;SAR=16;SRF=55;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.87169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.69069e-05;OID=.;OPOS=135297014;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:76:16:16:0:0:16:0:0:3:60:0:16:55:5 chr9 135297016 . T G 173.14 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.744;QD=36.4497;RBI=0.013841;REFB=0.0060481;REVB=-0.013841;RO=3;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260021;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:16:0:0:3:16:0:0:3 chr9 135297019 . TC T,TT 141.39 PASS AF=0.928571,0;AO=13,2;DP=17;FAO=13,0;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0,0;FXX=0.0666222;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.99,189.555;QD=40.3967;RBI=0.00397468,0.00174325;REFB=-0.195635,-0.168749;REVB=0.00397468,0.00174325;RO=1;SAF=0,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0039305,0;OID=.,.;OPOS=135297020,135297020;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571,0:13,2:17:13,0:14:1:0,0:13,0:0:1:6:1:0,0:13,2:0:1 chr9 135297022 . G C 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.236;QD=40.6387;RBI=0.00379753;REFB=-0.0872172;REVB=0.00379753;RO=1;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00827839;OID=.;OPOS=135297022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:14:0:0:1:14:0:0:1 chr9 135297025 . TT GA 52.49 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=239.759;QD=19.0889;RBI=0.011323;REFB=-0.0526186;REVB=0.011323;RO=3;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00142098;OID=.;OPOS=135297025;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:10:11:3:4:7:7:0.636364:7:0:0:3:7:0:0:4 chr9 135374764 . G A 564.3 PASS AF=0.360215;AO=67;DP=187;FAO=67;FDP=186;FR=.;FRO=119;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=-0.00447829;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.181;QD=12.1354;RBI=0.0069637;REFB=-0.0176466;REVB=-0.00533273;RO=119;SAF=34;SAR=33;SRF=58;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225534;STB=0.512833;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0303538;OID=.;OPOS=135374764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:119:119:67:67:0.360215:33:34:58:61:33:34:58:61 chr9 135374898 . T C 4281.22 PASS AF=1;AO=272;DP=273;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205724;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7975;QD=62.7285;RBI=0.0266381;REFB=-0.036511;REVB=-0.0169224;RO=0;SAF=133;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59295e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123243;OID=.;OPOS=135374898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:273:273:0:0:272:273:1:139:133:0:0:139:134:0:0 chr9 135448320 . C A 1248.27 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00321611;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.951;QD=58.0591;RBI=0.015129;REFB=-0.0868947;REVB=-0.0147833;RO=3;SAF=42;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106079;STB=0.505604;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0002716;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:86:3:3:83:83:0.965116:41:42:2:1:41:42:2:1 chr9 135458265 . C G 35.14 PASS AF=0.0839161;AO=13;DP=140;FAO=12;FDP=143;FR=.;FRO=131;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=101;FSRR=30;FWDB=-0.029964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.817;QD=0.982934;RBI=0.0466466;REFB=-0.00040132;REVB=-0.0357501;RO=121;SAF=4;SAR=9;SRF=95;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541;STB=0.846384;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.06329;OID=.;OPOS=135458265;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:140:143:121:131:13:12:0.0839161:9:4:95:26:8:4:101:30 chr9 135470414 . T C 4383.43 PASS AF=1;AO=278;DP=279;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939344;FXX=0.0106758;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.002;QD=63.071;RBI=0.0121;REFB=0.08807;REVB=-0.00762712;RO=1;SAF=129;SAR=149;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143491;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:279:278:1:0:278:278:1:149:129:1:0:149:129:0:0 chr9 135521303 . C T 551.27 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0197022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9169;QD=24.2316;RBI=0.0458452;REFB=-0.00914164;REVB=0.0413958;RO=40;SAF=23;SAR=28;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394883;STB=0.521655;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00998507;OID=.;OPOS=135521303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:51:51:0.56044:28:23:20:20:28:23:20:20 chr9 135554566 . G A 2123.95 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270209;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6636;QD=62.9319;RBI=0.0508475;REFB=0;REVB=0.0430736;RO=1;SAF=56;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841284;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321752;OID=.;OPOS=135554566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:1:0:135:135:1:79:56:1:0:79:56:0:0 chr9 135763816 . C T 622.93 PASS AF=0.415205;AO=67;DP=168;FAO=71;FDP=171;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=-0.00433224;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.242;QD=14.5714;RBI=0.0123428;REFB=-0.012114;REVB=-0.0115575;RO=100;SAF=32;SAR=35;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115694;STB=0.574133;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0171665;OID=.;OPOS=135763816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:100:100:67:71:0.415205:35:32:37:63:35:36:38:62 chr9 135771332 . GA G,GG 275.29 PASS AF=0.487179,0.205128;AO=17,8;DP=37;FAO=19,8;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=11,6;FSAR=8,2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0517119,0.00526865;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.797,22.2088;QD=28.2352;RBI=0.148458,0.107626;REFB=0.0242242,-0.0229364;REVB=0.139161,0.107497;RO=11;SAF=10,6;SAR=7,2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.103035,0.0286032;STB=0.569325,0.5;STBP=0.345,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0114704,0.0227996;OID=.,.;OPOS=135771333,135771333;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179,0.205128:17,8:37:19,8:39:12:11,6:8,2:9:3:86:11:10,6:7,2:8:3 chr9 135944085 . G A 419.54 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00906984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.266;QD=22.9882;RBI=0.0113392;REFB=-0.00743206;REVB=-0.00680559;RO=32;SAF=22;SAR=19;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201792;STB=0.610655;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00649997;OID=.;OPOS=135944085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:19:22:9:23:19:22:9:23 chr9 135957091 . A G 677.66 PASS AF=0.405405;AO=75;DP=187;FAO=75;FDP=185;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=0.00891659;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.48;QD=14.6521;RBI=0.0354393;REFB=-0.0047544;REVB=-0.0342992;RO=110;SAF=32;SAR=43;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135317;STB=0.575956;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0088752;OID=.;OPOS=135957091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:110:110:75:75:0.405405:43:32:61:49:43:32:61:49 chr9 135961809 . T C 200.46 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=-0.00144746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.896;QD=9.66051;RBI=0.0120373;REFB=0.00216698;REVB=-0.01195;RO=57;SAF=5;SAR=21;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146412;STB=0.587144;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00572306;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:57:26:26:0.313253:21:5:16:41:21:5:16:41 chr9 135968511 . C CTG 320.38 PASS AF=0.322835;AO=40;DP=133;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=-0.00257593;FXX=0.0378759;HRUN=2;LEN=2;MLLD=261.675;QD=10.0906;RBI=0.00836523;REFB=-0.00112656;REVB=-0.00795874;RO=88;SAF=16;SAR=24;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309729;STB=0.512981;STBP=0.85;TYPE=ins;VARB=0.00221008;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322835:40:133:41:127:86:16:25:32:54:99:88:16:24:33:55 chr9 135974079 . G C 183.11 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.00639763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.09;QD=7.96128;RBI=0.0279467;REFB=0.00344124;REVB=0.0272046;RO=67;SAF=13;SAR=12;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575831;STB=0.53447;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.0168714;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:67:67:25:25:0.271739:12:13:38:29:12:13:38:29 chr9 135974100 . G A 164.04 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.00860536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.19;QD=7.62961;RBI=0.0144246;REFB=-0.000754941;REVB=0.0115765;RO=63;SAF=15;SAR=8;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228919;STB=0.5138;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00216217;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:63:23:23:0.267442:8:15:40:23:8:15:40:23 chr9 135976698 . G A 141.31 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0103458;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=293.462;QD=12.5607;RBI=0.0106515;REFB=-0.0174409;REVB=0.00253349;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236042;STB=0.577683;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0318635;OID=.;OPOS=135976698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:29:15:16:0.355556:7:8:7:16:8:8:11:18 chr9 135985796 . C T 482.02 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.087112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.542;QD=20.5115;RBI=0.087118;REFB=-0.0145586;REVB=-0.00102216;RO=47;SAF=20;SAR=27;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195668;STB=0.51084;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0147257;OID=.;OPOS=135985796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:27:20:21:26:27:20:21:26 chr9 136004699 . G A 4696.67 PASS AF=0.977778;AO=307;DP=315;FAO=308;FDP=315;FR=.;FRO=7;FSAF=130;FSAR=178;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0039738;FXX=0.00943367;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.923;QD=59.6403;RBI=0.00522848;REFB=-0.0643256;REVB=-0.00339792;RO=6;SAF=129;SAR=178;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032594;STB=0.503109;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000187489;OID=.;OPOS=136004699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:315:315:6:7:307:308:0.977778:178:129:2:4:178:130:2:5 chr9 136031346 . A G 1368.48 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183878;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.553;QD=62.9187;RBI=0.0464298;REFB=0;REVB=0.0426335;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105664;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:84:87:1:50:34:0:0:53:34:0:0 chr9 136036927 . TAAAAAAAAG TAAAAAAAG,TAAAAAAAGA 97.36 PASS AF=0.714286,0;AO=15,4;DP=42;FAO=30,0;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=5,0;FSAR=25,0;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.281621,0.295263;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.10851,6.18212;QD=9.27275;RBI=0.294253,0.298725;REFB=0.11683,-0.0489464;REVB=0.085291,-0.0453443;RO=11;SAF=1,0;SAR=14,4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.524418,-0.67888;STB=0.540512,0.5;STBP=0.521,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00155836,0.156976;OID=.,.;OPOS=136036928,136036935;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=TAAAAAAAG,TAAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286,0:15,4:42:30,0:42:12:5,0:25,0:3:9:38:11:1,0:14,4:5:6 chr9 136037742 . G A 1294.06 PASS AF=0.520833;AO=122;DP=237;FAO=125;FDP=240;FR=.;FRO=115;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=0.00631368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2746;QD=21.5677;RBI=0.0246358;REFB=-0.0352594;REVB=0.0238131;RO=115;SAF=57;SAR=65;SRF=47;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523123;STB=0.530528;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0364844;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:240:115:115:122:125:0.520833:65:57:47:68:66:59:47:68 chr9 136081283 . C T 255.25 PASS AF=0.172535;AO=48;DP=272;FAO=49;FDP=284;FR=.;FRO=235;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=124;FSRR=111;FWDB=-0.000135763;FXX=0.0340124;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.355;QD=3.59506;RBI=0.0595838;REFB=-0.00904689;REVB=-0.0595836;RO=224;SAF=25;SAR=23;SRF=121;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250861;STB=0.502451;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0302577;OID=.;OPOS=136081283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:284:224:235:48:49:0.172535:23:25:121:103:23:26:124:111 chr9 136081289 . T C 235.42 PASS AF=0.158576;AO=48;DP=307;FAO=49;FDP=309;FR=.;FRO=260;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=138;FSRR=122;FWDB=-0.0175048;FXX=0.0032257;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.588;QD=3.04755;RBI=0.0416036;REFB=-0.00467982;REVB=-0.0377417;RO=250;SAF=27;SAR=21;SRF=135;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029353;STB=0.517152;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0352591;OID=.;OPOS=136081289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:309:250:260:48:49:0.158576:21:27:135:115:22:27:138:122 chr9 136081356 . T G 199.87 PASS AF=0.154676;AO=43;DP=279;FAO=43;FDP=278;FR=.;FRO=235;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=137;FSRR=98;FWDB=-0.0509192;FXX=0.0035841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.356;QD=2.87584;RBI=0.0523995;REFB=-0.00369883;REVB=-0.0123669;RO=233;SAF=26;SAR=17;SRF=136;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279747;STB=0.518998;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.035711;OID=.;OPOS=136081356;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:278:233:235:43:43:0.154676:17:26:136:97:17:26:137:98 chr9 136081362 . G A 153.64 PASS AF=0.136187;AO=35;DP=257;FAO=35;FDP=257;FR=.;FRO=222;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=129;FSRR=93;FWDB=-0.0701344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.933;QD=2.39132;RBI=0.0707037;REFB=-0.00114487;REVB=0.00895397;RO=221;SAF=21;SAR=14;SRF=128;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273597;STB=0.516898;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0353556;OID=.;OPOS=136081362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:221:222:35:35:0.136187:14:21:128:93:14:21:129:93 chr9 136081364 . GC G 49.3 PASS AF=0.130802;AO=31;DP=237;FAO=31;FDP=237;FR=.;FRO=206;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=123;FSRR=83;FWDB=-0.044675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.6408;QD=0.832149;RBI=0.0461436;REFB=0.00771144;REVB=0.0115488;RO=192;SAF=18;SAR=13;SRF=116;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310018;STB=0.514734;STBP=0.871;TYPE=del;VARB=-0.0398345;OID=.;OPOS=136081365;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.130802:31:237:31:237:206:18:13:123:83:49:192:18:13:116:76 chr9 136083528 . T A 42.33 PASS AF=0.0757576;AO=15;DP=203;FAO=15;FDP=198;FR=.;FRO=183;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=102;FSRR=81;FWDB=-0.0129301;FXX=0.0246293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.461;QD=0.855161;RBI=0.0438047;REFB=-0.00104775;REVB=0.0418529;RO=187;SAF=4;SAR=11;SRF=101;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300607;STB=0.759771;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0134997;OID=.;OPOS=136083528;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:203:198:187:183:15:15:0.0757576:11:4:101:86:11:4:102:81 chr9 136083580 . T G 4795.62 PASS AF=1;AO=296;DP=297;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.377;QD=64.1555;RBI=0.0261618;REFB=0;REVB=-0.00887198;RO=0;SAF=124;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2108e-05;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:297:299:0:0:296:299:1:172:124:0:0:173:126:0:0 chr9 136083638 . C G 204.47 PASS AF=0.151515;AO=40;DP=293;FAO=45;FDP=297;FR=.;FRO=252;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=97;FSRR=155;FWDB=0.119623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6957;QD=2.75374;RBI=0.123276;REFB=0.00630254;REVB=0.0297878;RO=252;SAF=7;SAR=33;SRF=97;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318893;STB=0.689337;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0242924;OID=.;OPOS=136083638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:297:252:252:40:45:0.151515:33:7:97:155:36:9:97:155 chr9 136131188 . C T 508.22 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0142846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.332;QD=26.0625;RBI=0.027788;REFB=-0.00576386;REVB=-0.0238353;RO=31;SAF=20;SAR=27;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053103;STB=0.528969;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00327969;OID=.;OPOS=136131188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:27:20:11:20:27:20:11:20 chr9 136131289 . C T 495.68 PASS AF=0.413534;AO=55;DP=133;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0125287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.769;QD=14.9076;RBI=0.0370791;REFB=-0.00633271;REVB=-0.0348982;RO=78;SAF=18;SAR=37;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201785;STB=0.613802;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0138493;OID=.;OPOS=136131289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:78:78:55:55:0.413534:37:18:40:38:37:18:40:38 chr9 136131315 . C G 588.14 PASS AF=0.425806;AO=66;DP=154;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=-0.0156405;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=259.195;QD=15.1777;RBI=0.0160676;REFB=-0.00243138;REVB=-0.0036802;RO=88;SAF=25;SAR=41;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204364;STB=0.515559;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00229429;OID=.;OPOS=136131315;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:88:89:66:66:0.425806:41:25:35:53:41:25:36:53 chr9 136131322 . G T 1012.71 PASS AF=0.594937;AO=94;DP=162;FAO=94;FDP=158;FR=.;FRO=64;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=15;FSRR=49;FWDB=-0.00193666;FXX=0.030673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.729;QD=25.6381;RBI=0.00504411;REFB=-0.00625467;REVB=0.00465751;RO=64;SAF=43;SAR=51;SRF=15;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171059;STB=0.592431;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00674818;OID=.;OPOS=136131322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:158:64:64:94:94:0.594937:51:43:15:49:51:43:15:49 chr9 136131347 . G A 661.41 PASS AF=0.382353;AO=78;DP=201;FAO=78;FDP=204;FR=.;FRO=126;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=58;FSRR=68;FWDB=0.00623323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.673;QD=12.9687;RBI=0.00791529;REFB=0.00365938;REVB=0.00487838;RO=122;SAF=27;SAR=51;SRF=57;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137444;STB=0.574305;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00620553;OID=.;OPOS=136131347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:204:122:126:78:78:0.382353:51:27:57:65:51:27:58:68 chr9 136131415 . C T 1072.83 PASS AF=0.546448;AO=100;DP=189;FAO=100;FDP=183;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.00513512;FXX=0.0368402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8638;QD=23.4499;RBI=0.034267;REFB=-0.0358225;REVB=0.0338801;RO=70;SAF=40;SAR=60;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224625;STB=0.510202;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.038642;OID=.;OPOS=136131415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:183:70:83:100:100:0.546448:60:40:30:40:60:40:35:48 chr9 136131437 . C T 602.12 PASS AF=0.396552;AO=69;DP=175;FAO=69;FDP=174;FR=.;FRO=105;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=64;FWDB=0.034005;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4344;QD=13.8419;RBI=0.0470068;REFB=0.018648;REVB=0.0324547;RO=103;SAF=30;SAR=39;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400362;STB=0.527386;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0302531;OID=.;OPOS=136131437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:103:105:69:69:0.396552:39:30:41:62:39:30:41:64 chr9 136131461 . G A 920.79 PASS AF=0.576159;AO=87;DP=151;FAO=87;FDP=151;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00223003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4069;QD=24.3919;RBI=0.00751235;REFB=0.0145921;REVB=0.00717373;RO=64;SAF=33;SAR=54;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034861;STB=0.518977;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.013896;OID=.;OPOS=136131461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:64:64:87:87:0.576159:54:33:27:37:54:33:27:37 chr9 136131472 . A T 531.08 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.0145921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.003;QD=15.1736;RBI=0.0148871;REFB=-0.00529347;REVB=0.00294884;RO=82;SAF=25;SAR=33;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436816;STB=0.524511;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00659725;OID=.;OPOS=136131472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:82:58:58:0.414286:33:25:32:50:33:25:32:50 chr9 136131592 . G C 1898.32 PASS AF=0.584192;AO=166;DP=296;FAO=170;FDP=291;FR=.;FRO=121;FSAF=90;FSAR=80;FSRF=44;FSRR=77;FWDB=0.0200158;FXX=0.026755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.338;QD=26.0937;RBI=0.020977;REFB=-0.0216422;REVB=0.0062773;RO=128;SAF=86;SAR=80;SRF=45;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133215;STB=0.568604;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0157398;OID=.;OPOS=136131592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:291:128:121:166:170:0.584192:80:86:45:83:80:90:44:77 chr9 136132873 . T C 3095.33 PASS AF=0.990244;AO=202;DP=206;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0205212;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.631;QD=60.3966;RBI=0.0274576;REFB=-0.108046;REVB=-0.0182429;RO=2;SAF=95;SAR=107;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00881892;STB=0.504629;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000121156;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:206:205:2:2:202:203:0.990244:107:95:0:2:107:96:0:2 chr9 136132908 . T TC 694.92 PASS AF=0.514085;AO=67;DP=150;FAO=73;FDP=142;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0145496;FXX=0.0595987;HRUN=0;LEN=1;MLLD=235.78;QD=19.5753;RBI=0.0158298;REFB=0.0065918;REVB=0.00623632;RO=72;SAF=22;SAR=45;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765184;STB=0.50397;STBP=0.94;TYPE=ins;VARB=-0.0061194;OID=.;OPOS=136132909;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514085:67:150:73:142:69:28:45:27:42:99:72:22:45:29:43 chr9 136133506 . A G 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-9.97955e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.063;QD=19.9671;RBI=0.0108972;REFB=-0.000763423;REVB=0.0108968;RO=26;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414135;STB=0.523061;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000787663;OID=.;OPOS=136133506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:17:12:12:14:17:12:12:14 chr9 136135237 . AT GC 353.88 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0177759;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.192;QD=18.3831;RBI=0.017776;REFB=-0.00953922;REVB=5.55525e-05;RO=39;SAF=14;SAR=23;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00608992;STB=0.511863;STBP=0.844;TYPE=mnp;VARB=0.0108932;OID=.;OPOS=136135237;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:39:40:37:37:0.480519:23:14:15:24:23:14:16:24 chr9 136136770 . A C 331.0 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0192602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3314;QD=18.6479;RBI=0.0550024;REFB=-0.00547171;REVB=-0.05152;RO=34;SAF=14;SAR=21;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129019;STB=0.581774;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00563712;OID=.;OPOS=136136770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:36:35:35:0.492958:21:14:9:25:21:14:9:27 chr9 136177993 . G A 419.57 PASS AF=0.291667;AO=55;DP=191;FAO=56;FDP=192;FR=.;FRO=136;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=66;FSRR=70;FWDB=-0.0130154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.664;QD=8.74098;RBI=0.0137051;REFB=-0.000357835;REVB=-0.00429289;RO=135;SAF=24;SAR=31;SRF=66;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640843;STB=0.527674;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000828607;OID=.;OPOS=136177993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:135:136:55:56:0.291667:31:24:66:69:31:25:66:70 chr9 136199466 . G A 2700.52 PASS AF=0.527607;AO=257;DP=488;FAO=258;FDP=489;FR=.;FRO=231;FSAF=110;FSAR=148;FSRF=104;FSRR=127;FWDB=0.0188715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.345;QD=22.0902;RBI=0.0191319;REFB=-0.0182531;REVB=0.00314602;RO=227;SAF=110;SAR=147;SRF=103;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225494;STB=0.511481;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0160962;OID=.;OPOS=136199466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:488:489:227:231:257:258:0.527607:147:110:103:124:148:110:104:127 chr9 136199503 . G A 2215.39 PASS AF=0.515439;AO=215;DP=426;FAO=217;FDP=421;FR=.;FRO=204;FSAF=85;FSAR=132;FSRF=82;FSRR=122;FWDB=-0.00539426;FXX=0.0140512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2937;QD=21.0488;RBI=0.033563;REFB=-0.029143;REVB=-0.0331266;RO=201;SAF=83;SAR=132;SRF=81;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157472;STB=0.505202;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0400469;OID=.;OPOS=136199503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:421:201:204:215:217:0.515439:132:83:81:120:132:85:82:122 chr9 136227260 . A G 582.81 PASS AF=0.370968;AO=63;DP=180;FAO=69;FDP=186;FR=.;FRO=117;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=0.0154629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.171;QD=12.5335;RBI=0.0203155;REFB=-0.0314192;REVB=0.0131764;RO=116;SAF=19;SAR=44;SRF=45;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109981;STB=0.541164;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0504443;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:186:116:117:63:69:0.370968:44:19:45:71:46:23:46:71 chr9 136229833 . C G 756.12 PASS AF=0.553846;AO=70;DP=128;FAO=72;FDP=130;FR=.;FRO=58;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0650525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4984;QD=23.2652;RBI=0.0896697;REFB=-0.018731;REVB=0.0617157;RO=56;SAF=40;SAR=30;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148564;STB=0.506577;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0112406;OID=.;OPOS=136229833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:56:58:70:72:0.553846:30:40:33:23:30:42:33:25 chr9 136237783 . C A 208.02 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0137806;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.141;QD=9.14393;RBI=0.0218688;REFB=-0.00946435;REVB=-0.0169806;RO=64;SAF=7;SAR=20;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199359;STB=0.619043;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.023139;OID=.;OPOS=136237783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:64:64:27:27:0.296703:20:7:26:38:20:7:26:38 chr9 136262342 . C G 289.66 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00148795;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3948;QD=18.994;RBI=0.00872413;REFB=-0.0253441;REVB=0.00859631;RO=30;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101324;STB=0.556458;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0244595;OID=.;OPOS=136262342;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:14:17:13:17:14:17:13:17 chr9 136268038 . C T 884.8 PASS AF=0.356667;AO=107;DP=300;FAO=107;FDP=300;FR=.;FRO=193;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=89;FSRR=104;FWDB=-0.000697791;FXX=0.00332215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.792;QD=11.7973;RBI=0.00504497;REFB=-0.00864188;REVB=0.00499648;RO=192;SAF=61;SAR=46;SRF=88;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126441;STB=0.57008;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0387086;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:192:193:107:107:0.356667:46:61:88:104:46:61:89:104 chr9 136268084 . A G 1971.81 PASS AF=0.607018;AO=172;DP=273;FAO=173;FDP=285;FR=.;FRO=112;FSAF=84;FSAR=89;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=0.00640159;FXX=0.0338972;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.778;QD=27.6745;RBI=0.0151423;REFB=-0.0436527;REVB=0.0137225;RO=100;SAF=83;SAR=89;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324001;STB=0.52671;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0244401;OID=.;OPOS=136268084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:285:100:112:172:173:0.607018:89:83:53:47:89:84:62:50 chr9 136277480 . A G 300.1 PASS AF=0.348624;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=109;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0234208;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.1;QD=11.0129;RBI=0.0235495;REFB=-0.0190124;REVB=0.0024586;RO=72;SAF=19;SAR=19;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315445;STB=0.522924;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0235186;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:72:71:38:38:0.348624:19:19:38:34:19:19:38:33 chr9 136291063 . C T 584.48 PASS AF=0.384181;AO=68;DP=177;FAO=68;FDP=177;FR=.;FRO=109;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=-0.0179425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.634;QD=13.2087;RBI=0.0180671;REFB=-0.0169562;REVB=-0.00211832;RO=109;SAF=35;SAR=33;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390557;STB=0.522058;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0284535;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:109:109:68:68:0.384181:33:35:60:49:33:35:60:49 chr9 136295290 . A C 2713.11 PASS AF=1;AO=168;DP=174;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.1871;QD=55.3697;RBI=0.132129;REFB=-0.0606981;REVB=0.130335;RO=6;SAF=76;SAR=92;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122024;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:174:196:6:0:168:196:1:92:76:2:4:117:79:0:0 chr9 136301982 . C G 1593.03 PASS AF=0.582996;AO=142;DP=245;FAO=144;FDP=247;FR=.;FRO=103;FSAF=57;FSAR=87;FSRF=26;FSRR=77;FWDB=0.000905133;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.472;QD=25.7981;RBI=0.0239647;REFB=-0.00284484;REVB=0.0239476;RO=102;SAF=57;SAR=85;SRF=26;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121004;STB=0.564178;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00261234;OID=.;OPOS=136301982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:247:102:103:142:144:0.582996:85:57:26:76:87:57:26:77 chr9 136304497 . A G 419.04 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0267475;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.024;QD=16.4328;RBI=0.029627;REFB=-0.000144913;REVB=-0.0127409;RO=52;SAF=22;SAR=24;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09376;STB=0.560722;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000379564;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:56:46:46:0.45098:24:22:30:22:24:22:33:23 chr9 136308542 . C T 1234.04 PASS AF=0.337719;AO=154;DP=469;FAO=154;FDP=456;FR=.;FRO=302;FSAF=57;FSAR=97;FSRF=161;FSRR=141;FWDB=-0.00260906;FXX=0.0338976;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9872;QD=10.8249;RBI=0.0124588;REFB=-0.00929963;REVB=-0.0121826;RO=288;SAF=57;SAR=97;SRF=148;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167826;STB=0.60917;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.010288;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:469:456:288:302:154:154:0.337719:97:57:148:140:97:57:161:141 chr9 136324239 . C A 620.21 PASS AF=0.56;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.014686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.186;QD=24.8084;RBI=0.0184643;REFB=-0.0203028;REVB=-0.0111915;RO=44;SAF=24;SAR=32;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016016;STB=0.508769;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0130533;OID=.;OPOS=136324239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:44:44:56:56:0.56:32:24:18:26:32:24:18:26 chr9 136328657 . T C 1731.08 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.489;QD=60.7398;RBI=0.136669;REFB=0;REVB=0.0378633;RO=0;SAF=48;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122264;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:66:48:0:0:66:48:0:0 chr9 136340200 . T G 3893.66 PASS AF=1;AO=215;DP=252;FAO=246;FDP=246;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=117;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237504;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.012;QD=63.3115;RBI=0.0702403;REFB=0;REVB=0.0661031;RO=2;SAF=110;SAR=105;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898738;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.24447e-05;OID=.;OPOS=136340200;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:252:246:2:0:215:246:1:105:110:0:2:129:117:0:0 chr9 136379890 . A G 2008.24 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.095;QD=62.271;RBI=0.0254701;REFB=0;REVB=-0.0190413;RO=0;SAF=46;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37516e-06;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:83:46:0:0:83:46:0:0 chr9 136412170 . C T 913.25 PASS AF=0.572368;AO=87;DP=152;FAO=87;FDP=152;FR=.;FRO=65;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=0.0115026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.689;QD=24.0329;RBI=0.0307159;REFB=-0.0296938;REVB=0.0284808;RO=65;SAF=48;SAR=39;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189961;STB=0.603208;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0133251;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:65:65:87:87:0.572368:39:48:20:45:39:48:20:45 chr9 136412236 . A T 817.19 PASS AF=0.532895;AO=81;DP=153;FAO=81;FDP=152;FR=.;FRO=71;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=0.0237291;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.947;QD=21.505;RBI=0.027614;REFB=0.00853732;REVB=-0.0141231;RO=71;SAF=48;SAR=33;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238085;STB=0.630132;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00853439;OID=.;OPOS=136412236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:71:71:81:81:0.532895:33:48:22:49:33:48:22:49 chr9 136412255 . A C 873.77 PASS AF=0.54;AO=81;DP=150;FAO=81;FDP=150;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.0178809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.49;QD=23.3005;RBI=0.0242829;REFB=0.00343573;REVB=0.0164296;RO=68;SAF=46;SAR=35;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201887;STB=0.613107;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00219688;OID=.;OPOS=136412255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:68:69:81:81:0.54:35:46:22:46:35:46:22:47 chr9 136419629 . G A 2790.81 PASS AF=0.566161;AO=260;DP=462;FAO=261;FDP=461;FR=.;FRO=200;FSAF=116;FSAR=145;FSRF=97;FSRR=103;FWDB=-0.000709615;FXX=0.00431956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.545;QD=24.2153;RBI=0.0168249;REFB=-0.0252534;REVB=0.01681;RO=193;SAF=116;SAR=144;SRF=91;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201398;STB=0.517743;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0205959;OID=.;OPOS=136419629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:462:461:193:200:260:261:0.566161:144:116:91:102:145:116:97:103 chr9 136444176 . C T 1628.65 PASS AF=0.478632;AO=167;DP=352;FAO=168;FDP=351;FR=.;FRO=183;FSAF=110;FSAR=58;FSRF=107;FSRR=76;FWDB=0.014947;FXX=0.00284083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6757;QD=18.5602;RBI=0.0188169;REFB=0.00929205;REVB=0.0114308;RO=182;SAF=109;SAR=58;SRF=106;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716037;STB=0.539408;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00869576;OID=.;OPOS=136444176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:351:182:183:167:168:0.478632:58:109:106:76:58:110:107:76 chr9 136518097 . A G 1512.29 PASS AF=0.595652;AO=136;DP=229;FAO=137;FDP=230;FR=.;FRO=93;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0107894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.569;QD=26.3007;RBI=0.0112951;REFB=-0.0106582;REVB=-0.00334159;RO=93;SAF=59;SAR=77;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217242;STB=0.513024;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00648404;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:93:93:136:137:0.595652:77:59:43:50:78:59:43:50 chr9 136536679 . G A 1124.33 PASS AF=0.552632;AO=100;DP=186;FAO=105;FDP=190;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.00118465;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7918;QD=23.67;RBI=0.0648241;REFB=0.00100968;REVB=0.0648133;RO=84;SAF=45;SAR=55;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587503;STB=0.523952;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000517024;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:190:84:85:100:105:0.552632:55:45:32:52:60:45:32:53 chr9 136536793 . C G 3226.92 PASS AF=0.939655;AO=218;DP=232;FAO=218;FDP=232;FR=.;FRO=14;FSAF=96;FSAR=122;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0442184;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.7152;QD=55.6365;RBI=0.0442208;REFB=-0.0694433;REVB=-0.000458791;RO=0;SAF=96;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61745e-08;STB=0.512358;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00568503;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:232:232:0:14:218:218:0.939655:122:96:0:0:122:96:9:5 chr9 136555629 . T C 688.08 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=135;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.11895;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6471;QD=20.5398;RBI=0.119165;REFB=-0.00630513;REVB=-0.00715433;RO=66;SAF=36;SAR=32;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280504;STB=0.515441;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00361835;OID=.;OPOS=136555629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:66:66:68:68:0.507463:32:36:37:29:32:36:37:29 chr9 136559460 . C T 631.44 PASS AF=0.622222;AO=55;DP=89;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.110068;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.566;QD=28.0642;RBI=0.110279;REFB=-0.00106809;REVB=-0.00681795;RO=32;SAF=21;SAR=34;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275069;STB=0.527768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00101641;OID=.;OPOS=136559460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:32:34:55:56:0.622222:34:21:11:21:34:22:11:23 chr9 136573412 . G A 767.41 PASS AF=0.34296;AO=95;DP=276;FAO=95;FDP=277;FR=.;FRO=182;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=88;FSRR=94;FWDB=0.00632381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.296;QD=11.0818;RBI=0.0455789;REFB=-0.00824851;REVB=0.0451381;RO=181;SAF=39;SAR=56;SRF=87;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818369;STB=0.54867;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0162516;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:277:181:182:95:95:0.34296:56:39:87:94:56:39:88:94 chr9 136599146 . C T 12574.3 PASS AF=0.985472;AO=809;DP=826;FAO=814;FDP=826;FR=.;FRO=12;FSAF=446;FSAR=368;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0269407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9825;QD=60.8923;RBI=0.129176;REFB=-0.180761;REVB=0.126335;RO=5;SAF=445;SAR=364;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00651642;STB=0.504364;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00190324;OID=.;OPOS=136599146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:826:826:5:12:809:814:0.985472:364:445:0:5:368:446:3:9 chr9 136627122 . GGC G,GGG 140.65 PASS AF=0.769231,0;AO=9,11;DP=46;FAO=20,0;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=13,0;FSAR=7,0;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.235199,-0.321674;FXX=0;HRUN=7,5;LEN=2,1;MLLD=15.9465,6.69468;QD=21.6385;RBI=0.266655,0.334059;REFB=-0.0200343,-0.000753445;REVB=0.125644,-0.0901153;RO=19;SAF=6,0;SAR=3,11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.424964,-0.754893;STB=0.537152,0.5;STBP=0.537,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0167543,0;OID=.,.;OPOS=136627123,136627124;OREF=GC,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.769231,0:9,11:46:20,0:26:6:13,0:7,0:3:3:30:19:6,0:3,11:5:14 chr9 136628770 . T C 3676.63 PASS AF=1;AO=217;DP=222;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208656;FXX=0.00809684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.926;QD=60.0267;RBI=0.0561378;REFB=0;REVB=0.052116;RO=0;SAF=92;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227653;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:222:245:0:0:217:245:1:125:92:0:0:144:101:0:0 chr9 136628771 . G C 87.96 PASS AF=0.101626;AO=25;DP=246;FAO=25;FDP=246;FR=.;FRO=221;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=95;FSRR=126;FWDB=-0.0102152;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.5217;QD=1.43024;RBI=0.0577944;REFB=-0.0347187;REVB=0.0568845;RO=221;SAF=8;SAR=17;SRF=95;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140112;STB=0.604749;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0275981;OID=.;OPOS=136628771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:246:246:221:221:25:25:0.101626:17:8:95:126:17:8:95:126 chr9 136897980 . A T 38.54 PASS AF=0.123288;AO=7;DP=70;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0100982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8506;QD=2.11187;RBI=0.0328902;REFB=-0.0264109;REVB=0.0313016;RO=62;SAF=4;SAR=3;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495105;STB=0.554331;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0338134;OID=.;OPOS=136897980;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:70:73:62:64:7:9:0.123288:3:4:38:24:3:6:39:25 chr9 136897990 . CTTTTTTTTTTTTT CTTCTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTA 687.21 PASS AF=0.142857,0.103896,0.662338,0,0.0909091;AO=4,12,20,21,4;DP=79;FAO=11,8,51,0,7;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=6,3,27,0,5;FSAR=5,5,24,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600161,0.0929504,0.12628,0.294246,0.150681;FXX=0.0722804;HRUN=13,13,13,13,13;LEN=1,3,2,1,1;MLLD=183.103,16.3037,15.7905,4.2932,9.66754;QD=35.699;RBI=0.00826697,0.0944999,0.12807,0.295634,0.176875;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.00568538,0.0170427,0.0213378,0.0286159,0.0926288;RO=2;SAF=1,4,12,10,4;SAR=3,8,8,11,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.407562,-0.179011,-0.0708106,-0.0837164,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,snp;VARB=-0.028725,0.0542017,0.0659639,-0.0933568,-0.373409;OID=.,.,.,.,.;OPOS=136897993,136897991,136897991,136897991,136898003;OREF=T,TTT,TT,T,T;OALT=C,-,-,-,A;OMAPALT=CTTCTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.142857,0.103896,0.662338,0,0.0909091:4,12,20,21,4:79:11,8,51,0,7:77:0:6,3,27,0,5:5,5,24,0,2:0:0:62:2:1,4,12,10,4:3,8,8,11,0:2:0 chr9 136898627 . A G 1379.72 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.038419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.78;QD=61.3207;RBI=0.0396108;REFB=-0.119256;REVB=-0.00964344;RO=1;SAF=35;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133461;STB=0.506848;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00197688;OID=.;OPOS=136898627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:88:89:0.988889:53:35:1:0:53:36:1:0 chr9 136907005 . G A 2135.04 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738935;FXX=0.0206882;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.6051;QD=60.1419;RBI=0.0342625;REFB=0;REVB=0.0334562;RO=2;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148451;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133105;OID=.;OPOS=136907005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:130:142:2:0:128:142:1:63:65:0:2:74:68:0:0 chr9 136913355 . T C 2312.28 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.152;QD=63.787;RBI=0.0292857;REFB=0;REVB=-0.0236677;RO=0;SAF=65;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.23168e-06;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:145:0:0:143:145:1:78:65:0:0:80:65:0:0 chr9 137271318 . C A 753.63 PASS AF=0.406699;AO=85;DP=204;FAO=85;FDP=209;FR=.;FRO=124;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.0179013;FXX=0.0279057;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.34;QD=14.4236;RBI=0.017939;REFB=-0.00285262;REVB=0.00116329;RO=119;SAF=48;SAR=37;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897006;STB=0.548157;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00602401;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:209:119:124:85:85:0.406699:37:48:57:62:37:48:60:64 chr9 137293761 . G A 157.26 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0106056;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.401;QD=23.2979;RBI=0.0125726;REFB=-0.0247104;REVB=0.0067521;RO=11;SAF=13;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126261;STB=0.570168;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00927289;OID=.;OPOS=137293761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:27:11:11:16:16:0.592593:3:13:10:1:3:13:10:1 chr9 137313904 . CT CTC,TC 37.16 PASS AF=0.222222,0;AO=5,3;DP=37;FAO=8,0;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=1,0;FSAR=7,0;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.109706,-0.0196342;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=23.347,44.9579;QD=4.1288;RBI=0.139302,0.153843;REFB=-0.0458099,-0.0020357;REVB=-0.0858474,-0.152585;RO=28;SAF=1,0;SAR=4,3;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.488919,-0.620269;STB=0.885742,0.5;STBP=0.027,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.13472,0;OID=.,.;OPOS=137313906,137313904;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:37:36:28:28:5,3:8,0:0.222222,0:4,3:1,0:18:10:7,0:1,0:18:10 chr9 137330560 . C T 2814.36 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.349;QD=62.5414;RBI=0.0457737;REFB=0;REVB=0.0280646;RO=0;SAF=62;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72698e-05;OID=.;OPOS=137330560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:168:180:0:0:166:180:1:104:62:0:0:106:74:0:0 chr9 137332311 . T G 5596.47 PASS AF=1;AO=348;DP=348;FAO=349;FDP=349;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=225;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.747;QD=64.1429;RBI=0.0447708;REFB=0;REVB=0.0447047;RO=0;SAF=124;SAR=224;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12505e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67381e-05;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:348:349:0:0:348:349:1:224:124:0:0:225:124:0:0 chr9 137619195 . C T 1338.49 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00248069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.593;QD=58.8347;RBI=0.0355698;REFB=-0.156738;REVB=0.0354832;RO=2;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189476;STB=0.514848;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00203914;OID=.;OPOS=137619195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:91:2:3:88:88:0.967033:49:39:0:2:49:39:0:3 chr9 137686906 . C T 2121.67 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.444;QD=62.8642;RBI=0.0329832;REFB=0;REVB=-0.0322727;RO=0;SAF=78;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36813e-05;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:57:78:0:0:57:78:0:0 chr9 137690318 . A G,T 2204.5 PASS AF=0.165517,0.834483;AO=13,127;DP=144;FAO=24,121;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=19,46;FSAR=5,75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317244,0.0585261;FXX=0.0136045;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.926,58.8872;QD=60.8138;RBI=0.0453937,0.0614124;REFB=0,0;REVB=0.0452827,0.0186059;RO=0;SAF=11,54;SAR=2,73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.33451e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.130182,-0.00947004;OID=.,.;OPOS=137690318,137690318;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:144:145:0:0:13,127:24,121:0.165517,0.834483:2,73:11,54:0:0:5,75:19,46:0:0 chr9 137701127 . C T 373.69 PASS AF=0.306748;AO=50;DP=162;FAO=50;FDP=163;FR=.;FRO=113;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=0.0179204;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.718;QD=9.17038;RBI=0.0194601;REFB=-0.00652751;REVB=-0.00758644;RO=110;SAF=31;SAR=19;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186035;STB=0.611244;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0185313;OID=.;OPOS=137701127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:110:113:50:50:0.306748:19:31:51:59:19:31:52:61 chr9 137707834 . G A 1346.71 PASS AF=0.599034;AO=124;DP=208;FAO=124;FDP=207;FR=.;FRO=83;FSAF=48;FSAR=76;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.00177634;FXX=0.00480746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.058;QD=26.0234;RBI=0.0070614;REFB=-0.0059685;REVB=0.00683433;RO=83;SAF=48;SAR=76;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175161;STB=0.509482;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00397157;OID=.;OPOS=137707834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:83:83:124:124:0.599034:76:48:34:49:76:48:34:49 chr9 137708934 . T G 527.99 PASS AF=0.565217;AO=46;DP=86;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0618531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.46;QD=22.9559;RBI=0.0653751;REFB=-0.011968;REVB=-0.0211682;RO=39;SAF=26;SAR=20;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654846;STB=0.562583;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0144735;OID=.;OPOS=137708934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:92:39:40:46:52:0.565217:20:26:19:20:20:32:19:21 chr9 137711997 . G C 654.95 PASS AF=0.583333;AO=63;DP=107;FAO=63;FDP=108;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0624922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8313;QD=24.2573;RBI=0.0627218;REFB=-0.0100375;REVB=0.0053626;RO=44;SAF=34;SAR=29;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216826;STB=0.516009;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00526559;OID=.;OPOS=137711997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:44:45:63:63:0.583333:29:34:25:19:29:34:26:19 chr9 137735232 . GCTAT G 1101.19 PASS AF=0.49115;AO=109;DP=225;FAO=111;FDP=226;FR=.;FRO=115;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=0.026234;FXX=0.0216441;HRUN=1;LEN=4;MLLD=280.207;QD=19.49;RBI=0.0299989;REFB=-0.0259859;REVB=-0.0145503;RO=92;SAF=49;SAR=60;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591141;STB=0.505348;STBP=0.877;TYPE=del;VARB=0.0260757;OID=.;OPOS=137735233;OREF=CTAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.49115:109:225:111:226:115:50:61:53:62:99:92:49:60:42:50 chr9 137735274 . A T 1079.52 PASS AF=0.539683;AO=102;DP=190;FAO=102;FDP=189;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.021409;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.651;QD=22.847;RBI=0.0720261;REFB=-0.00168607;REVB=-0.0687708;RO=77;SAF=46;SAR=56;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179328;STB=0.501257;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0012149;OID=.;OPOS=137735274;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:77:87:102:102:0.539683:56:46:33:44:56:46:39:48 chr9 137742124 . G A 407.85 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0606034;FXX=0.150664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6746;QD=26.3129;RBI=0.0741939;REFB=-0.0777711;REVB=-0.0428015;RO=24;SAF=16;SAR=22;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566393;STB=0.531018;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0556604;OID=.;OPOS=137742124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:62:24:24:38:38:0.612903:22:16:12:12:22:16:12:12 chr9 137742597 . A G 58.83 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.168588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5002;QD=10.697;RBI=0.169881;REFB=-0.00855777;REVB=-0.0209206;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642184;STB=0.548274;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0278333;OID=.;OPOS=137742597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:22:22:9:11:7:8:0.363636:6:1:1:8:7:1:1:10 chr9 137775212 . G A 701.32 PASS AF=0.418478;AO=77;DP=184;FAO=77;FDP=184;FR=.;FRO=107;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=75;FWDB=-0.01242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4876;QD=15.2462;RBI=0.0923356;REFB=-0.00386876;REVB=0.0914965;RO=106;SAF=35;SAR=42;SRF=32;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162875;STB=0.592682;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00632855;OID=.;OPOS=137775212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:106:107:77:77:0.418478:42:35:32:74:42:35:32:75 chr9 137777727 . C T 79.34 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0801442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8845;QD=6.89873;RBI=0.0804847;REFB=-6.18172e-05;REVB=0.00739448;RO=34;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887164;STB=0.542093;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00303916;OID=.;OPOS=137777727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:34:35:11:11:0.23913:5:6:21:13:5:6:21:14 chr9 137801314 . A G 211.79 PASS AF=0.264957;AO=31;DP=117;FAO=31;FDP=117;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=65;FWDB=-0.0241593;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.139;QD=7.24062;RBI=0.0329893;REFB=-0.00291118;REVB=-0.0224638;RO=83;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357183;STB=0.716148;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00711757;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:83:86:31:31:0.264957:14:17:21:62:14:17:21:65 chr9 137801416 . T C 118.97 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=0.0160413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.739;QD=6.51863;RBI=0.0178168;REFB=-0.0093966;REVB=-0.0077535;RO=55;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43745;STB=0.762456;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0171832;OID=.;OPOS=137801416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:55:18:18:0.246575:6:12:16:39:6:12:16:39 chr9 137801800 . T C 525.9 PASS AF=0.372781;AO=63;DP=169;FAO=63;FDP=169;FR=.;FRO=106;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=0.00447346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5427;QD=12.4474;RBI=0.0170291;REFB=0.0141651;REVB=-0.0164311;RO=106;SAF=26;SAR=37;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118128;STB=0.567055;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0243234;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:106:106:63:63:0.372781:37:26:55:51:37:26:55:51 chr9 137804360 . A G 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0197388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9768;QD=9.67082;RBI=0.0226448;REFB=-0.0034803;REVB=0.0110981;RO=35;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439463;STB=0.764277;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00699633;OID=.;OPOS=137804360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:35:36:16:16:0.307692:5:11:10:25:5:11:10:26 chr9 137809685 . C A 434.92 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.00709646;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.23;QD=15.2605;RBI=0.0120583;REFB=-0.00834255;REVB=0.00974901;RO=61;SAF=17;SAR=32;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30319;STB=0.676462;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0199323;OID=.;OPOS=137809685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:61:65:49:49:0.429825:32:17:40:21:32:17:43:22 chr9 137968919 . G A,GAA 3610.62 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=11,204;DP=243;FAO=10,225;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=5,111;FSAR=5,114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734926,-3.47422e-05;FXX=0.00843846;HRUN=2,0;LEN=1,2;MLLD=29.4193,245.859;QD=61.4574;RBI=0.115182,0.0304487;REFB=0,0;REVB=0.114947,0.0304487;RO=15;SAF=7,100;SAR=4,104;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0324673,-0.0229594;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00959197,0.000319254;OID=.,.;OPOS=137968919,137968920;OREF=G,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:243:235:15:0:11,204:10,225:0.0425532,0.957447:4,104:7,100:10:5:5,114:5,111:0:0 chr9 137978552 . A G 438.21 PASS AF=0.375;AO=51;DP=134;FAO=51;FDP=136;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=-0.0124533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9796;QD=12.8884;RBI=0.0194228;REFB=-0.015352;REVB=-0.014905;RO=83;SAF=29;SAR=22;SRF=52;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651333;STB=0.527677;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0197753;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:83:85:51:51:0.375:22:29:52:31:22:29:52:33 chr9 137982127 . T C 826.92 PASS AF=0.435407;AO=88;DP=206;FAO=91;FDP=209;FR=.;FRO=118;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=77;FWDB=-0.00550917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.359;QD=15.8262;RBI=0.00566886;REFB=-0.0127551;REVB=0.00133605;RO=118;SAF=46;SAR=42;SRF=41;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179283;STB=0.600792;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0148097;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:209:118:118:88:91:0.435407:42:46:41:77:43:48:41:77 chr9 138236212 . T G 638.02 PASS AF=0.370558;AO=72;DP=196;FAO=73;FDP=197;FR=.;FRO=124;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=-0.016121;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.277;QD=12.9546;RBI=0.0201253;REFB=0.00670304;REVB=0.0120475;RO=118;SAF=33;SAR=39;SRF=60;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551398;STB=0.530274;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0105708;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:118:124:72:73:0.370558:39:33:60:58:40:33:62:62 chr9 138376649 . T C 2899.6 PASS AF=0.994624;AO=184;DP=185;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.033356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7725;QD=62.357;RBI=0.058824;REFB=-0.112777;REVB=0.0484524;RO=0;SAF=93;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502732;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00519174;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:186:0:1:184:185:0.994624:91:93:0:0:91:94:0:1 chr9 138376972 . A G 737.24 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.669;QD=62.7441;RBI=0.0592544;REFB=0;REVB=-0.0583419;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95819e-05;OID=.;OPOS=138376972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr9 138377657 . T C 2593.51 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011667;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.023;QD=61.7502;RBI=0.0499782;REFB=0;REVB=0.0485974;RO=0;SAF=100;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14418e-05;OID=.;OPOS=138377657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:167:168:1:67:100:0:0:67:101:0:0 chr9 138377853 . A G 2367.12 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.856;QD=63.5468;RBI=0.038755;REFB=0;REVB=0.0386485;RO=1;SAF=88;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092307;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0946e-05;OID=.;OPOS=138377853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:141:149:1:0:139:149:1:51:88:0:1:61:88:0:0 chr9 138377915 . G A 1098.64 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3244;QD=60.1995;RBI=0.0692189;REFB=0;REVB=0.064997;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608751;OID=.;OPOS=138377915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr9 138378856 . A G 3293.37 PASS AF=1;AO=212;DP=214;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220808;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.279;QD=61.8472;RBI=0.067929;REFB=-0.102966;REVB=-0.0642401;RO=1;SAF=88;SAR=124;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538282;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358367;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:214:213:1:0:212:213:1:124:88:1:0:125:88:0:0 chr9 138379002 . T G 2121.51 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113255;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.26;QD=61.9418;RBI=0.0367156;REFB=0;REVB=0.0349252;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252063;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:137:0:0:132:137:1:71:61:0:0:74:63:0:0 chr9 138379059 . G T 3392.76 PASS AF=0.990991;AO=216;DP=219;FAO=220;FDP=222;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0182423;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2934;QD=61.1308;RBI=0.0827454;REFB=-0.0405887;REVB=0.0807095;RO=2;SAF=90;SAR=126;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00750189;STB=0.503906;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00251622;OID=.;OPOS=138379059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:219:222:2:2:216:220:0.990991:126:90:0:2:127:93:0:2 chr9 138380165 . ATT ATA,AT 121.91 PASS AF=0.06,0.24;AO=8,52;DP=149;FAO=9,36;FDP=150;FR=.;FRO=105;FSAF=0,5;FSAR=9,31;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=0.00860304,0.0763933;FXX=0.013157;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=228.454,10.5908;QD=3.25092;RBI=0.0661987,0.269016;REFB=-0.013331,-0.123447;REVB=-0.0656373,-0.257942;RO=75;SAF=0,11;SAR=8,41;SRF=52;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0.3125;SSSB=-0.700384,-0.507114;STB=0.998988,0.848594;STBP=0,0;TYPE=snp,del;VARB=0.162706,0.0712502;OID=.,.;OPOS=138380167,138380166;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.06,0.24:8,52:149:9,36:150:105:0,5:9,31:62:43:77:75:0,11:8,41:52:23 chr9 138380334 . T C 1548.31 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.061;QD=63.8477;RBI=0.0181907;REFB=0;REVB=0.00177243;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28894e-05;OID=.;OPOS=138380334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:50:46:0:0:51:46:0:0 chr9 138391299 . T A 982.08 PASS AF=0.492891;AO=91;DP=198;FAO=104;FDP=211;FR=.;FRO=107;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=0.00911674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.359;QD=18.6175;RBI=0.00913701;REFB=-0.0167649;REVB=0.000608242;RO=105;SAF=43;SAR=48;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014952;STB=0.506848;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0189678;OID=.;OPOS=138391299;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:211:105:107:91:104:0.492891:48:43:48:57:54:50:50:57 chr9 138439062 . G A 2750.37 PASS AF=0.66092;AO=229;DP=348;FAO=230;FDP=348;FR=.;FRO=118;FSAF=89;FSAR=141;FSRF=16;FSRR=102;FWDB=0.00102874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.554;QD=31.6134;RBI=0.00387135;REFB=-0.00292188;REVB=0.00373217;RO=117;SAF=89;SAR=140;SRF=15;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18122;STB=0.593619;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000954483;OID=.;OPOS=138439062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:117:118:229:230:0.66092:140:89:15:102:141:89:16:102 chr9 138439806 . C T 105.47 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.066479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3738;QD=8.11325;RBI=0.0676926;REFB=-0.00173217;REVB=-0.0127603;RO=38;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173623;STB=0.606587;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00368177;OID=.;OPOS=138439806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:9:5:19:19:9:5:19:19 chr9 138439809 . T C 113.88 PASS AF=0.285714;AO=13;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00679278;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.808;QD=9.29623;RBI=0.0121913;REFB=-0.0138482;REVB=-0.0101235;RO=36;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237266;STB=0.594457;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0338258;OID=.;OPOS=138439809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:35:13:14:0.285714:9:4:18:18:9:5:17:18 chr9 138440525 . C G 813.19 PASS AF=0.525641;AO=82;DP=156;FAO=82;FDP=156;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=0.0138129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.915;QD=20.851;RBI=0.014456;REFB=-0.0102445;REVB=-0.0042636;RO=71;SAF=38;SAR=44;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131933;STB=0.580906;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0228251;OID=.;OPOS=138440525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:71:74:82:82:0.525641:44:38:44:27:44:38:47:27 chr9 138440527 . T C 943.61 PASS AF=0.573248;AO=89;DP=156;FAO=90;FDP=157;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0370476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.507;QD=24.0411;RBI=0.0373055;REFB=-0.0180077;REVB=0.00437955;RO=66;SAF=45;SAR=44;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787336;STB=0.536729;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0190926;OID=.;OPOS=138440527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:66:67:89:90:0.573248:44:45:40:26:44:46:40:27 chr9 138440554 . G C 528.56 PASS AF=0.377246;AO=63;DP=167;FAO=63;FDP=167;FR=.;FRO=104;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.00385043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7023;QD=12.6602;RBI=0.0412287;REFB=0.00662907;REVB=-0.0410485;RO=103;SAF=35;SAR=28;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558241;STB=0.528773;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.011673;OID=.;OPOS=138440554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:103:104:63:63:0.377246:28:35:52:51:28:35:53:51 chr9 138440562 . C T 505.24 PASS AF=0.371951;AO=61;DP=163;FAO=61;FDP=164;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=0.0267366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0558;QD=12.323;RBI=0.0453914;REFB=0.0231846;REVB=0.0366814;RO=102;SAF=34;SAR=27;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419613;STB=0.520961;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0455546;OID=.;OPOS=138440562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:102:103:61:61:0.371951:27:34:53:49:27:34:54:49 chr9 138440624 . G C 366.18 PASS AF=0.351562;AO=45;DP=128;FAO=45;FDP=128;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0330714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4901;QD=11.443;RBI=0.0363093;REFB=-0.00683017;REVB=0.0149883;RO=83;SAF=22;SAR=23;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329763;STB=0.518909;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0228586;OID=.;OPOS=138440624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:83:83:45:45:0.351562:23:22:43:40:23:22:43:40 chr9 138440641 . T C 1572.5 PASS AF=0.99;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.437;QD=62.8998;RBI=0.0246578;REFB=-0.012162;REVB=0.0137858;RO=1;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097792;STB=0.505049;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=4.96782e-05;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:1:1:98:99:0.99:48:50:0:1:49:50:0:1 chr9 138456155 . C A 1543.31 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414685;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.747;QD=59.9344;RBI=0.0429111;REFB=0;REVB=0.0110329;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64936e-05;OID=.;OPOS=138456155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:103:0:0:98:103:1:51:47:0:0:53:50:0:0 chr9 138457209 . C G 1574.86 PASS AF=0.981651;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00497552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9126;QD=57.7929;RBI=0.0746163;REFB=-0.135935;REVB=0.0744502;RO=0;SAF=32;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42488e-08;STB=0.506665;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00155382;OID=.;OPOS=138457209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:109:0:2:106:107:0.981651:74:32:0:0:74:33:0:2 chr9 138457475 . CT C 1271.7 PASS AF=1;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118601;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.226;QD=60.557;RBI=0.118811;REFB=0;REVB=0.0070623;RO=1;SAF=8;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555753;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.89123e-05;OID=.;OPOS=138457476;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:85:84:84:0:9:75:0:0:7:1:8:74:1:0 chr9 138458462 . C T 4546.99 PASS AF=0.993174;AO=284;DP=290;FAO=291;FDP=293;FR=.;FRO=2;FSAF=132;FSAR=159;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0708756;FXX=0.0134676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3125;QD=62.075;RBI=0.0787794;REFB=-0.110765;REVB=-0.0343925;RO=4;SAF=124;SAR=160;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00170541;STB=0.500319;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00130795;OID=.;OPOS=138458462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:290:293:4:2:284:291:0.993174:160:124:2:2:159:132:1:1 chr9 138458570 . C T 5347.88 PASS AF=0.991501;AO=343;DP=347;FAO=350;FDP=353;FR=.;FRO=3;FSAF=214;FSAR=136;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00914836;FXX=0.0139661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.32;QD=60.5992;RBI=0.0547444;REFB=0.0117554;REVB=0.0539746;RO=0;SAF=215;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09072e-08;STB=0.502484;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000257357;OID=.;OPOS=138458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:347:353:0:3:343:350:0.991501:128:215:0:0:136:214:1:2 chr9 138515991 . A G 281.93 PASS AF=0.415584;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00596206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2975;QD=14.6459;RBI=0.0341802;REFB=0.00083286;REVB=-0.0336562;RO=44;SAF=11;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177833;STB=0.581344;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00180166;OID=.;OPOS=138515991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:31:32:0.415584:20:11:23:21:20:12:23:22 chr9 138516190 . T C 2257.85 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0236318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9934;QD=62.7181;RBI=0.0436512;REFB=-0.0884443;REVB=-0.036701;RO=0;SAF=68;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13135e-08;STB=0.503649;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000410879;OID=.;OPOS=138516190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:0:1:143:143:0.993056:75:68:0:0:75:68:1:0 chr9 138518010 . A G 3725.3 PASS AF=1;AO=234;DP=234;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.54;QD=63.4093;RBI=0.0256856;REFB=0;REVB=-0.00393878;RO=0;SAF=123;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00835e-05;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:235:0:0:234:235:1:111:123:0:0:111:124:0:0 chr9 138523332 . C A 1638.12 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.073;QD=60.1145;RBI=0.0179424;REFB=0;REVB=0.0177511;RO=0;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34153e-06;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:109:0:0:105:109:1:64:41:0:0:68:41:0:0 chr9 138557934 . C A 1812.48 PASS AF=0.632812;AO=157;DP=252;FAO=162;FDP=256;FR=.;FRO=94;FSAF=52;FSAR=110;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.00843458;FXX=0.0038909;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.079;QD=28.3199;RBI=0.0100338;REFB=-0.0146438;REVB=0.00543453;RO=94;SAF=52;SAR=105;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126028;STB=0.571524;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00585869;OID=.;OPOS=138557934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:256:94:94:157:162:0.632812:105:52:47:47:110:52:47:47 chr9 138586198 . G A 971.68 PASS AF=0.886076;AO=70;DP=79;FAO=70;FDP=79;FR=.;FRO=9;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00182996;FXX=0.0365809;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.237;QD=49.1991;RBI=0.00789699;REFB=-0.00386573;REVB=0.00768204;RO=9;SAF=35;SAR=35;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119099;STB=0.506327;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=7.57295e-05;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:9:9:70:70:0.886076:35:35:4:5:35:35:4:5 chr9 138586966 . GC AA 4887.38 PASS AF=1;AO=306;DP=319;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205224;FXX=0.0250776;HRUN=4;LEN=2;MLLD=133.807;QD=62.8602;RBI=0.0242231;REFB=0;REVB=-0.0128682;RO=0;SAF=149;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.08487e-05;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:319:311:0:0:306:311:1:157:149:0:0:159:152:0:0 chr9 138590928 . C T 2790.94 PASS AF=0.929907;AO=171;DP=214;FAO=199;FDP=214;FR=.;FRO=15;FSAF=94;FSAR=105;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.043316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.203;QD=52.167;RBI=0.0523031;REFB=0.0229453;REVB=0.0293146;RO=0;SAF=67;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03155e-08;STB=0.514484;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=9.43892e-06;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:214:214:0:15:171:199:0.929907:104:67:0:0:105:94:4:11 chr9 138591266 . A G 4422.29 PASS AF=1;AO=270;DP=270;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.842;QD=62.9508;RBI=0.0132723;REFB=0;REVB=-0.00566574;RO=0;SAF=138;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87581e-06;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:270:281:0:0:270:281:1:132:138:0:0:137:144:0:0 chr9 138644203 . T C 609.5 PASS AF=0.62069;AO=54;DP=87;FAO=54;FDP=87;FR=.;FRO=33;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00884666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9162;QD=28.023;RBI=0.03992;REFB=-0.0197196;REVB=0.0389274;RO=32;SAF=38;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219483;STB=0.626325;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00910662;OID=.;OPOS=138644203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:32:33:54:54:0.62069:16:38:13:19:16:38:13:20 chr9 138678255 . G A 300.62 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0122989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.285;QD=30.8323;RBI=0.0450564;REFB=-0.04875;REVB=0.0433454;RO=13;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143039;STB=0.578255;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0151988;OID=.;OPOS=138678255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:12:14:10:3:12:14:10:3 chr9 138712896 . C T 1436.77 PASS AF=0.637306;AO=121;DP=192;FAO=123;FDP=193;FR=.;FRO=70;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0335661;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.957;QD=29.7775;RBI=0.0335973;REFB=-0.0266236;REVB=-0.00144702;RO=71;SAF=57;SAR=64;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053621;STB=0.528075;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0178713;OID=.;OPOS=138712896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:71:70:121:123:0.637306:64:57:39:32:64:59:39:31 chr9 138838140 . T C 1472.01 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.618;QD=63.3123;RBI=0.0195929;REFB=0;REVB=0.00872701;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26671e-05;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:40:53:0:0:40:53:0:0 chr9 138898893 . C G 2010.92 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00789996;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.951;QD=61.4022;RBI=0.0142154;REFB=-0.0422957;REVB=0.0118181;RO=0;SAF=71;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503496;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=5.48257e-05;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:131:0:1:130:130:0.992366:59:71:0:0:59:71:1:0 chr9 138899253 . G GCA 100.99 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0310766;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.906;QD=26.9316;RBI=0.0460087;REFB=-0.00912242;REVB=0.033927;RO=6;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140261;STB=0.529356;STBP=0.861;TYPE=ins;VARB=0.00412585;OID=.;OPOS=138899254;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:11:17:11:15:4:2:9:1:3:18:6:2:9:2:4 chr9 138899276 . TACAC T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155549;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=247.07;QD=37.4885;RBI=0.0215349;REFB=0;REVB=0.0148928;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000597502;OID=.;OPOS=138899277;OREF=ACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:8:8:0:2:6:0:0:4:0:2:6:0:0 chr9 138903671 . A G 4209.45 PASS AF=1;AO=255;DP=255;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1964;QD=61.4518;RBI=0.0558757;REFB=-0.111487;REVB=0.00802335;RO=0;SAF=89;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006682;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:255:274:0:0:255:274:1:166:89:0:0:170:104:0:0 chr9 138905136 . C T 5829.85 PASS AF=1;AO=370;DP=372;FAO=371;FDP=371;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=228;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326489;FXX=0.0026881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.193;QD=62.8555;RBI=0.0407874;REFB=-0.0538766;REVB=0.0244472;RO=0;SAF=143;SAR=227;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32462e-05;OID=.;OPOS=138905136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:372:371:0:0:370:371:1:227:143:0:0:228:143:0:0 chr9 139142710 . G A 147.56 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0126501;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.07;QD=12.8312;RBI=0.0363792;REFB=-0.00301894;REVB=0.034109;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945386;STB=0.572435;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00602355;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:29:16:17:0.369565:8:8:12:17:8:9:12:17 chr9 139142808 . T C 1833.43 PASS AF=0.953846;AO=121;DP=129;FAO=124;FDP=130;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0503926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9883;QD=56.4133;RBI=0.0684754;REFB=-0.0429459;REVB=0.0463623;RO=6;SAF=56;SAR=65;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183417;STB=0.509599;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00164484;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:129:130:6:6:121:124:0.953846:65:56:4:2:67:57:4:2 chr9 139143045 . T A 144.01 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00522076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.933;QD=15.1585;RBI=0.0080344;REFB=-0.00225495;REVB=-0.00610699;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300606;STB=0.672868;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00168947;OID=.;OPOS=139143045;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:7:15:6:10:7:15 chr9 139221567 . C A 211.49 PASS AF=0.358974;AO=25;DP=72;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0410867;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.2572;QD=10.8456;RBI=0.0584933;REFB=-0.0182231;REVB=0.0416335;RO=47;SAF=19;SAR=6;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370585;STB=0.74884;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0285033;OID=.;OPOS=139221567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:78:47:50:25:28:0.358974:6:19:21:26:6:22:21:29 chr9 139252495 . G A 8803.21 PASS AF=1;AO=556;DP=574;FAO=557;FDP=557;FR=.;FRO=0;FSAF=273;FSAR=284;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333475;FXX=0.0313038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.425;QD=63.2188;RBI=0.0504814;REFB=0.0104101;REVB=0.0378988;RO=2;SAF=273;SAR=283;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336276;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108107;OID=.;OPOS=139252495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:574:557:2:0:556:557:1:283:273:0:2:284:273:0:0 chr9 139273402 . C T 1347.1 PASS AF=0.9375;AO=89;DP=97;FAO=90;FDP=96;FR=.;FRO=6;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0153231;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.688;QD=56.1292;RBI=0.0847437;REFB=-0.0320983;REVB=0.0833468;RO=6;SAF=54;SAR=35;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339391;STB=0.518112;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0012964;OID=.;OPOS=139273402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:97:96:6:6:89:90:0.9375:35:54:2:4:35:55:2:4 chr9 139343719 . C T 1180.57 PASS AF=1;AO=70;DP=82;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102519;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.949;QD=61.3282;RBI=0.10309;REFB=0;REVB=0.0108308;RO=0;SAF=19;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132646;OID=.;OPOS=139343719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:77:0:0:70:77:1:51:19:0:0:55:22:0:0 chr9 139379626 . T C 710.07 PASS AF=0.398058;AO=81;DP=206;FAO=82;FDP=206;FR=.;FRO=124;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=-0.00284686;FXX=0.0143534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.389;QD=13.7878;RBI=0.0136247;REFB=0.00165413;REVB=0.013324;RO=123;SAF=36;SAR=45;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055496;STB=0.536913;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00237792;OID=.;OPOS=139379626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:123:124:81:82:0.398058:45:36:61:62:46:36:62:62 chr9 139380320 . C T 1645.41 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.357;QD=59.294;RBI=0.0180354;REFB=-0.103586;REVB=0.0149801;RO=1;SAF=54;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871036;STB=0.504586;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=9.24088e-05;OID=.;OPOS=139380320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:111:111:1:1:110:110:0.990991:56:54:1:0:56:54:1:0 chr9 139391636 . G A 7226.67 PASS AF=1;AO=457;DP=460;FAO=459;FDP=459;FR=.;FRO=0;FSAF=228;FSAR=231;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000390652;FXX=0.0043383;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.857;QD=62.9775;RBI=0.0147942;REFB=-0.0810412;REVB=0.014789;RO=1;SAF=227;SAR=230;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70095e-05;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:460:459:1:0:457:459:1:230:227:0:1:231:228:0:0 chr9 139397707 . G A 2219.7 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0474493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.217;QD=62.5267;RBI=0.0519059;REFB=-0.0458332;REVB=0.0210427;RO=0;SAF=73;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2436e-08;STB=0.503649;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000151397;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:0:1:141:141:0.992958:68:73:0:0:68:73:0:1 chr9 139407932 . A G 347.96 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=0.0106449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4293;QD=12.6531;RBI=0.0205573;REFB=0.000762346;REVB=-0.0175866;RO=66;SAF=23;SAR=19;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228076;STB=0.627393;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.000754863;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:68:42:42:0.381818:19:23:22:44:19:23:23:45 chr9 139418260 . A G 301.43 PASS AF=0.376344;AO=34;DP=92;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.000835163;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.631;QD=12.9647;RBI=0.0575756;REFB=-0.00202836;REVB=-0.0575695;RO=57;SAF=13;SAR=21;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140583;STB=0.582183;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00371902;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:57:58:34:35:0.376344:21:13:29:28:22:13:29:29 chr9 139510820 . G A 1796.85 PASS AF=0.925926;AO=120;DP=135;FAO=125;FDP=135;FR=.;FRO=10;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0220629;FXX=0.0145975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.669;QD=53.2401;RBI=0.0382336;REFB=-0.0820479;REVB=0.0312256;RO=11;SAF=68;SAR=52;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180982;STB=0.503282;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00172394;OID=.;OPOS=139510820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:135:135:11:10:120:125:0.925926:52:68:5:6:57:68:5:5 chr9 139510938 . T C 885.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.293;QD=58.0559;RBI=0.0119676;REFB=0;REVB=-0.0117022;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77497e-05;OID=.;OPOS=139510938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr9 139564668 . G A 1624.72 PASS AF=0.596;AO=149;DP=253;FAO=149;FDP=250;FR=.;FRO=101;FSAF=74;FSAR=75;FSRF=58;FSRR=43;FWDB=-0.000141849;FXX=0.0118572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.913;QD=25.9956;RBI=0.0126287;REFB=-0.0140634;REVB=0.0126279;RO=100;SAF=74;SAR=75;SRF=58;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619026;STB=0.53134;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0114986;OID=.;OPOS=139564668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:250:100:101:149:149:0.596:75:74:58:42:75:74:58:43 chr9 139616742 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.51;QD=58.4196;RBI=0.0592174;REFB=0;REVB=-0.00784687;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84641e-05;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:42:21:0:0:42:21:0:0 chr9 139635287 . C T 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00646321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7945;QD=11.7339;RBI=0.0341819;REFB=-0.00819992;REVB=0.0335653;RO=49;SAF=13;SAR=15;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117776;STB=0.573718;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0142345;OID=.;OPOS=139635287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:50:28:28:0.358974:15:13:28:21:15:13:29:21 chr9 139649580 . G A 2232.09 PASS AF=0.95679;AO=152;DP=161;FAO=155;FDP=162;FR=.;FRO=7;FSAF=75;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0968082;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3922;QD=55.1134;RBI=0.107465;REFB=-0.0767367;REVB=0.0466576;RO=7;SAF=75;SAR=77;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173771;STB=0.508575;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00937707;OID=.;OPOS=139649580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:161:162:7:7:152:155:0.95679:77:75:2:5:80:75:2:5 chr9 139650060 . C A 2300.3 PASS AF=0.969325;AO=158;DP=163;FAO=158;FDP=163;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0201262;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.3503;QD=56.4492;RBI=0.0254936;REFB=-0.0929498;REVB=-0.015648;RO=1;SAF=65;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508879;STB=0.513226;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00370817;OID=.;OPOS=139650060;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:163:163:1:5:158:158:0.969325:93:65:0:1:92:66:0:5 chr9 139652338 . C G 3654.74 PASS AF=0.979167;AO=235;DP=242;FAO=235;FDP=240;FR=.;FRO=5;FSAF=120;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.017368;FXX=0.00826412;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6872;QD=60.9123;RBI=0.0245146;REFB=-0.178081;REVB=0.0173007;RO=5;SAF=120;SAR=115;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01233;STB=0.506472;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00127178;OID=.;OPOS=139652338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:242:240:5:5:235:235:0.979167:115:120:1:4:115:120:1:4 chr9 139656670 . T C,G 5863.21 PASS AF=0.961637,0.0153453;AO=358,20;DP=388;FAO=376,6;FDP=391;FR=.;FRO=9;FSAF=222,4;FSAR=154,2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0344187,-0.0677959;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=139.844,24.1108;QD=59.9816;RBI=0.0629927,0.0730964;REFB=-0.0295222,-0.117651;REVB=0.0527582,0.0273276;RO=9;SAF=205,19;SAR=153,1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0166937,0.664017;STB=0.508869,0.749249;STBP=0.025,0.154;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0002463,0.109901;OID=.,.;OPOS=139656670,139656670;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:388:391:9:9:358,20:376,6:0.961637,0.0153453:153,1:205,19:2:7:154,2:222,4:2:7 chr9 139656706 . A C 7326.18 PASS AF=1;AO=455;DP=458;FAO=476;FDP=476;FR=.;FRO=0;FSAF=254;FSAR=222;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173325;FXX=0.00209639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.243;QD=61.5645;RBI=0.0179059;REFB=-0.034311;REVB=-0.00449526;RO=0;SAF=239;SAR=216;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259037;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:458:476:0:0:455:476:1:216:239:0:0:222:254:0:0 chr9 139657834 . G C 2678.57 PASS AF=0.881279;AO=192;DP=218;FAO=193;FDP=219;FR=.;FRO=26;FSAF=108;FSAR=85;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00586776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.297;QD=48.9236;RBI=0.0335315;REFB=-0.046831;REVB=0.0330141;RO=25;SAF=107;SAR=85;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018336;STB=0.50673;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00980446;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:25:26:192:193:0.881279:85:107:16:9:85:108:16:10 chr9 139657835 . G C 61.23 PASS AF=0.0933333;AO=21;DP=227;FAO=21;FDP=225;FR=.;FRO=204;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=109;FSRR=95;FWDB=-0.019927;FXX=0.00881018;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.858;QD=1.08849;RBI=0.0458185;REFB=-0.000661691;REVB=-0.0412584;RO=188;SAF=16;SAR=5;SRF=100;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289789;STB=0.718883;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.128691;OID=.;OPOS=139657835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:227:225:188:204:21:21:0.0933333:5:16:100:88:5:16:109:95 chr9 139690840 . G A 1921.35 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.111;QD=61.4833;RBI=0.0473866;REFB=0;REVB=0.0430758;RO=0;SAF=63;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4209e-05;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:125:0:0:122:125:1:59:63:0:0:61:64:0:0 chr9 139700605 . T C 1917.88 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121487;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0782;QD=61.867;RBI=0.0369962;REFB=0;REVB=0.0369763;RO=0;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168945;OID=.;OPOS=139700605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:59:65:0:0:59:65:0:0 chr9 139701108 . A C 753.1 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.113543;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2326;QD=61.4772;RBI=0.143815;REFB=0.00488338;REVB=-0.088266;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171068;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00371064;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:48:48:0.979592:27:21:0:1:27:21:0:1 chr9 139726239 . A G 1264.86 PASS AF=0.609626;AO=111;DP=179;FAO=114;FDP=187;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=74;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.115703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.2591;QD=27.0558;RBI=0.121129;REFB=-0.0136443;REVB=-0.0358447;RO=67;SAF=39;SAR=72;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389454;STB=0.531023;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00723375;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:187:67:73:111:114:0.609626:72:39:27:40:74:40:31:42 chr9 139731969 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7214;QD=50.4134;RBI=0.052299;REFB=0;REVB=0.052299;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000915229;OID=.;OPOS=139731969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:19:0:0:0:19:0:0:0 chr9 139732331 . G C 3699.23 PASS AF=1;AO=234;DP=235;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166521;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4984;QD=62.9656;RBI=0.018977;REFB=-0.103004;REVB=-0.00910132;RO=1;SAF=147;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00323116;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334479;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:235:235:1:0:234:235:1:87:147:1:0:88:147:0:0 chr9 139739643 . T C 2453.03 PASS AF=0.993865;AO=153;DP=155;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0402734;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.353;QD=60.197;RBI=0.0501178;REFB=-0.0236102;REVB=0.0298303;RO=1;SAF=73;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590936;STB=0.50303;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=4.58247e-05;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:163:1:1:153:162:0.993865:80:73:0:1:82:80:0:1 chr9 139743980 . C G 35.3 PASS AF=0.0833333;AO=13;DP=167;FAO=14;FDP=168;FR=.;FRO=154;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=75;FSRR=79;FWDB=-0.0018446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.814;QD=0.840535;RBI=0.00570859;REFB=-0.00160807;REVB=-0.00540235;RO=153;SAF=0;SAR=13;SRF=75;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586404;STB=0.914176;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0981528;OID=.;OPOS=139743980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:167:168:153:154:13:14:0.0833333:13:0:75:78:13:1:75:79 chr9 139749067 . C T 3174.6 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091801;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.462;QD=63.811;RBI=0.0922802;REFB=-0.02068;REVB=0.00939287;RO=0;SAF=100;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160754;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:199:0:0:199:199:1:99:100:0:0:99:100:0:0 chr9 139752898 . CT C,CG 1211.8 PASS AF=0.261364,0.738636;AO=18,51;DP=71;FAO=23,65;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=12,21;FSAR=11,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051031,0.0461525;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.582,107.832;QD=55.0818;RBI=0.0602796,0.0640133;REFB=0,0;REVB=0.0320853,0.0443581;RO=0;SAF=2,13;SAR=16,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0092024,0.00842484;OID=.,.;OPOS=139752899,139752899;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.261364,0.738636:18,51:71:23,65:88:0:12,21:11,44:0:0:62:0:2,13:16,38:0:0 chr9 139839904 . T G 433.46 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.0399898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.454;QD=20.6408;RBI=0.0401986;REFB=0.0140444;REVB=-0.00409173;RO=40;SAF=10;SAR=33;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050112;STB=0.523798;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.0111914;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:41:43:43:0.511905:33:10:11:29:33:10:11:30 chr9 139840543 . A G 763.54 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.308;QD=56.5582;RBI=0.0462662;REFB=0;REVB=-0.00522976;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587963;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:23:31:0:0 chr9 139848688 . C T 4799.7 PASS AF=1;AO=295;DP=296;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.29;QD=63.996;RBI=0.0432092;REFB=0;REVB=0.0117377;RO=0;SAF=135;SAR=160;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9431e-05;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:296:300:0:0:295:300:1:160:135:0:0:164:136:0:0 chr9 139849843 . G A 175.16 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00985535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.145;QD=20.0179;RBI=0.0169157;REFB=-0.027671;REVB=0.0137482;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804767;STB=0.545405;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0202293;OID=.;OPOS=139849843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:6:11:10:8:6:11 chr9 139872048 . A G 5454.1 PASS AF=1;AO=351;DP=354;FAO=352;FDP=352;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275381;FXX=0.00845047;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.34;QD=61.9784;RBI=0.0444411;REFB=-0.0774473;REVB=-0.0348807;RO=2;SAF=193;SAR=158;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00600079;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178296;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:354:352:2:0:351:352:1:158:193:0:2:159:193:0:0 chr9 139878317 . C T 659.39 PASS AF=0.588785;AO=62;DP=106;FAO=63;FDP=107;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.070425;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.849;QD=24.6499;RBI=0.0704309;REFB=-0.0379274;REVB=-0.000912097;RO=42;SAF=24;SAR=38;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862465;STB=0.534056;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0215956;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:42:44:62:63:0.588785:38:24:21:21:38:25:21:23 chr9 139878622 . T C 129.53 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.000266934;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.39;QD=12.336;RBI=0.00165116;REFB=-0.0231814;REVB=0.00162944;RO=27;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427894;STB=0.751225;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0275441;OID=.;OPOS=139878622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:27:27:15:15:0.357143:4:11:9:18:4:11:9:18 chr9 139878828 . T C 500.68 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0143418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.253;QD=24.4233;RBI=0.0151078;REFB=-0.00678264;REVB=0.0047496;RO=35;SAF=19;SAR=28;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344169;STB=0.501886;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0042913;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:47:47:0.573171:28:19:14:21:28:19:14:21 chr9 139879170 . G A 320.85 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0189054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4769;QD=18.8736;RBI=0.073311;REFB=-0.00908296;REVB=0.0708314;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118902;STB=0.573233;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0172897;OID=.;OPOS=139879170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:19:15:19:14:19:15:20:14 chr9 139902166 . G A 781.11 PASS AF=0.359848;AO=95;DP=261;FAO=95;FDP=264;FR=.;FRO=169;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=64;FSRR=105;FWDB=-0.0304093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.13;QD=11.835;RBI=0.0373075;REFB=-0.0176845;REVB=0.0216131;RO=166;SAF=41;SAR=54;SRF=63;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601904;STB=0.534819;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0347253;OID=.;OPOS=139902166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:264:166:169:95:95:0.359848:54:41:63:103:54:41:64:105 chr9 139902214 . A G 3904.37 PASS AF=1;AO=251;DP=251;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1898;QD=62.221;RBI=0.0358512;REFB=0;REVB=0.0119281;RO=0;SAF=107;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95152e-05;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:251:251:0:0:251:251:1:144:107:0:0:144:107:0:0 chr9 139904037 . A G 875.61 PASS AF=0.57554;AO=80;DP=139;FAO=80;FDP=139;FR=.;FRO=59;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=14;FWDB=-0.00572382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.568;QD=25.1973;RBI=0.00737992;REFB=-0.0091922;REVB=-0.00465845;RO=59;SAF=53;SAR=27;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090415;STB=0.549065;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00698646;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:59:59:80:80:0.57554:27:53:45:14:27:53:45:14 chr9 139905141 . G A 2097.26 PASS AF=0.614094;AO=183;DP=295;FAO=183;FDP=298;FR=.;FRO=115;FSAF=64;FSAR=119;FSRF=36;FSRR=79;FWDB=0.00215827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1293;QD=28.1511;RBI=0.00251849;REFB=-0.0151661;REVB=-0.00129795;RO=112;SAF=64;SAR=119;SRF=33;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433099;STB=0.515707;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00726385;OID=.;OPOS=139905141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:298:112:115:183:183:0.614094:119:64:33:79:119:64:36:79 chr9 139906359 . G A 631.0 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.00314211;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.431;QD=20.8594;RBI=0.0345995;REFB=-0.00155091;REVB=0.0344566;RO=57;SAF=19;SAR=44;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144646;STB=0.504961;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00117546;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:57:58:63:63:0.520661:44:19:18:39:44:19:18:40 chr9 139912484 . A G 1048.06 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00482269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.309;QD=58.2257;RBI=0.00493733;REFB=0.0134521;REVB=0.00105774;RO=1;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975119;STB=0.505153;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-7.7826e-05;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:48:23:0:1:48:23:0:1 chr9 139913239 . T G 4709.61 PASS AF=1;AO=288;DP=288;FAO=304;FDP=304;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.328;QD=61.9685;RBI=0.0382506;REFB=0;REVB=0.0360033;RO=0;SAF=159;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92433e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:288:304:0:0:288:304:1:129:159:0:0:144:160:0:0 chr9 139934211 . G C 453.47 PASS AF=0.30102;AO=59;DP=196;FAO=59;FDP=196;FR=.;FRO=137;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=91;FWDB=-0.0121794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1725;QD=9.25458;RBI=0.0299813;REFB=-0.00525864;REVB=0.027396;RO=137;SAF=15;SAR=44;SRF=46;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119245;STB=0.569947;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0133528;OID=.;OPOS=139934211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:137:137:59:59:0.30102:44:15:46:91:44:15:46:91 chr9 139935141 . G C 246.04 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0249024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.111;QD=13.4818;RBI=0.0325026;REFB=-0.015923;REVB=0.0208875;RO=43;SAF=8;SAR=21;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117818;STB=0.577502;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0527148;OID=.;OPOS=139935141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:21:8:16:27:21:8:17:27 chr9 139937795 . T C 3113.79 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203812;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.495;QD=63.8726;RBI=0.035698;REFB=0;REVB=0.0293079;RO=0;SAF=57;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52864e-06;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:195:0:0:194:195:1:137:57:0:0:138:57:0:0 chr9 139937799 . G A 2990.96 PASS AF=0.994764;AO=188;DP=189;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111959;FXX=0.0154631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9038;QD=62.6379;RBI=0.014146;REFB=-0.0288093;REVB=-0.00864637;RO=1;SAF=57;SAR=131;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00362126;STB=0.501872;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000723529;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:191:1:1:188:190:0.994764:131:57:0:1:133:57:0:1 chr9 139943112 . A G 3474.94 PASS AF=0.930233;AO=239;DP=257;FAO=240;FDP=258;FR=.;FRO=18;FSAF=111;FSAR=129;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.0223906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.205;QD=53.875;RBI=0.0234048;REFB=-0.0189243;REVB=0.00681495;RO=17;SAF=111;SAR=128;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602125;STB=0.533641;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000198783;OID=.;OPOS=139943112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:257:258:17:18:239:240:0.930233:128:111:16:1:129:111:17:1 chr9 139943549 . G A 3180.44 PASS AF=0.900398;AO=224;DP=249;FAO=226;FDP=251;FR=.;FRO=25;FSAF=81;FSAR=145;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0410493;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.949;QD=50.6844;RBI=0.0417177;REFB=-0.101903;REVB=0.00743759;RO=9;SAF=80;SAR=144;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245841;STB=0.542438;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00153731;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:249:251:9:25:224:226:0.900398:144:80:6:3:145:81:19:6 chr9 139944736 . C G 1733.41 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00417898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.447;QD=59.7726;RBI=0.023953;REFB=-0.0804524;REVB=-0.0235857;RO=0;SAF=46;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000179256;OID=.;OPOS=139944736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:0:1:115:115:0.991379:69:46:0:0:69:46:1:0 chr9 139945363 . G A 1253.28 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1503;QD=60.3989;RBI=0.094889;REFB=-0.105747;REVB=0.0945419;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247889;OID=.;OPOS=139945363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:83:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:40:43:0:0 chr9 139946039 . C T 718.06 PASS AF=0.552;AO=69;DP=125;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0661037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8093;QD=22.9778;RBI=0.0661331;REFB=0.0109845;REVB=-0.00197116;RO=56;SAF=23;SAR=46;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159666;STB=0.587545;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00841178;OID=.;OPOS=139946039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:56:56:69:69:0.552:46:23:29:27:46:23:29:27 chr9 139981627 . A G 1540.56 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.294;QD=59.8276;RBI=0.0246467;REFB=0;REVB=-0.0193649;RO=0;SAF=33;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23922e-05;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:69:33:0:0:69:34:0:0 chr9 140002136 . G A 357.1 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00617073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.169;QD=31.0521;RBI=0.0804986;REFB=-0.0153005;REVB=0.0802617;RO=16;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587256;STB=0.532142;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0106111;OID=.;OPOS=140002136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:14:16:10:6:14:16:10:6 chr9 140002153 . G A 349.07 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00788794;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.109;QD=31.7334;RBI=0.0081444;REFB=0.021135;REVB=0.00202772;RO=15;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115448;STB=0.506325;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.02164;OID=.;OPOS=140002153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:13:16:8:7:13:16:8:7 chr9 140120396 . C T 1327.41 PASS AF=1;AO=72;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9085;QD=61.74;RBI=0.0625959;REFB=0;REVB=0.0348371;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291773;OID=.;OPOS=140120396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:72:86:1:35:37:0:0:45:41:0:0 chr9 140120397 . G T 43.82 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0261852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.9926;QD=1.94743;RBI=0.0637292;REFB=-0.0125168;REVB=0.0581012;RO=80;SAF=2;SAR=8;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356698;STB=0.769388;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00885792;OID=.;OPOS=140120397;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:90:90:80:80:10:10:0.111111:8:2:39:41:8:2:39:41 chr9 140123132 . C G 776.19 PASS AF=0.654206;AO=70;DP=107;FAO=70;FDP=107;FR=.;FRO=37;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0360117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6253;QD=29.0165;RBI=0.0707495;REFB=-0.00152075;REVB=-0.0608987;RO=37;SAF=45;SAR=25;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696516;STB=0.537685;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000127934;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:37:37:70:70:0.654206:25:45:20:17:25:45:20:17 chr9 140128085 . T C 2356.4 PASS AF=0.993631;AO=153;DP=154;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0170812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1877;QD=60.0356;RBI=0.0572701;REFB=0.039886;REVB=-0.0546635;RO=1;SAF=71;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576617;STB=0.50303;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00316057;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:157:1:1:153:156:0.993631:82:71:0:1:82:74:0:1 chr9 140128462 . G A 76.19 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.5407;QD=12.1896;RBI=0.0362925;REFB=-0.0411785;REVB=-0.0362925;RO=15;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0575324;OID=.;OPOS=140128462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:10:0:0:15:10:0:0:15 chr9 140128883 . TG TC,T 191.79 PASS AF=0.008,0.4;AO=5,52;DP=126;FAO=1,50;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=0,44;FSAR=1,6;FSRF=12;FSRR=62;FWDB=-0.0357047,-0.0202742;FXX=0.00793588;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=112.343,13.9952;QD=6.13719;RBI=0.0631048,0.1808;REFB=-0.0196361,-0.167275;REVB=-0.0520325,-0.179659;RO=61;SAF=2,46;SAR=3,6;SRF=3;SRR=58;SSEN=0,0.415966;SSEP=0,0;SSSB=0.621509,0.742664;STB=0.983714,0.898891;STBP=0.569,0;TYPE=snp,del;VARB=0.142869,0.128435;OID=.,.;OPOS=140128884,140128884;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.008,0.4:5,52:126:1,50:125:74:0,44:1,6:12:62:99:61:2,46:3,6:3:58 chr9 140130606 . A T 6624.42 PASS AF=1;AO=416;DP=421;FAO=418;FDP=418;FR=.;FRO=0;FSAF=215;FSAR=203;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145686;FXX=0.00947845;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.156;QD=63.3916;RBI=0.0266813;REFB=0;REVB=-0.0266415;RO=0;SAF=214;SAR=202;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68975e-05;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:421:418:0:0:416:418:1:202:214:0:0:203:215:0:0 chr9 140139757 . G A 1173.23 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105997;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.394;QD=60.9469;RBI=0.0583773;REFB=0;REVB=0.0574069;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99856e-05;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr9 140147152 . C G 1068.79 PASS AF=0.524752;AO=106;DP=202;FAO=106;FDP=202;FR=.;FRO=96;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=0.0276231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4868;QD=21.1641;RBI=0.0740074;REFB=-0.0178132;REVB=0.068659;RO=95;SAF=54;SAR=52;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672296;STB=0.539086;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0146853;OID=.;OPOS=140147152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:95:96:106:106:0.524752:52:54:41:54:52:54:41:55 chr9 140147273 . C T 1091.35 PASS AF=0.405145;AO=122;DP=307;FAO=126;FDP=311;FR=.;FRO=185;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=97;FSRR=88;FWDB=-0.00184742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.451;QD=14.0366;RBI=0.00791487;REFB=-0.0144973;REVB=0.00769625;RO=183;SAF=57;SAR=65;SRF=97;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672699;STB=0.533342;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0208973;OID=.;OPOS=140147273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:311:183:185:122:126:0.405145:65:57:97:86:67:59:97:88 chr9 140167022 . G A 1053.54 PASS AF=0.490826;AO=103;DP=219;FAO=107;FDP=218;FR=.;FRO=111;FSAF=37;FSAR=70;FSRF=33;FSRR=78;FWDB=0.0281569;FXX=0.0396458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.863;QD=19.331;RBI=0.0287854;REFB=0.000663326;REVB=0.00598235;RO=111;SAF=37;SAR=66;SRF=33;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647074;STB=0.527751;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.000686167;OID=.;OPOS=140167022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:111:111:103:107:0.490826:66:37:33:78:70:37:33:78 chr9 140173329 . GC G 30.97 PASS AF=0.375;AO=4;DP=18;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.109427;FXX=0.157812;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.512;QD=7.74138;RBI=0.27789;REFB=0.0447172;REVB=-0.255437;RO=9;SAF=3;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398812;STB=0.686962;STBP=0.333;TYPE=del;VARB=-0.113858;OID=.;OPOS=140173330;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:4:18:6:16:10:3:3:8:2:30:9:3:1:7:2 chr9 140176294 . G T 427.47 PASS AF=0.785714;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00289957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.474;QD=40.7118;RBI=0.00788743;REFB=-0.0065628;REVB=-0.00733513;RO=9;SAF=25;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153593;STB=0.583429;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00181295;OID=.;OPOS=140176294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:9:9:33:33:0.785714:8:25:4:5:8:25:4:5 chr9 140177040 . A G,T 2208.24 PASS AF=0.0352113,0.964789;AO=5,136;DP=142;FAO=5,137;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=5,41;FSAR=0,96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135791,-0.0992437;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=158.704,49.4099;QD=62.204;RBI=0.0209764,0.101738;REFB=0,0;REVB=-0.015988,-0.0223884;RO=1;SAF=5,41;SAR=0,95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767767,0.00497838;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0616599,-0.000130133;OID=.,.;OPOS=140177040,140177040;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:142:142:1:0:5,136:5,137:0.0352113,0.964789:0,95:5,41:0:1:0,96:5,41:0:0 chr9 140243844 . C T 3004.87 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152227;FXX=0.0207243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.366;QD=63.5951;RBI=0.0228426;REFB=0;REVB=0.017031;RO=0;SAF=113;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581954;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:189:0:0:188:189:1:75:113:0:0:76:113:0:0 chr9 140247143 . T G 5362.51 PASS AF=1;AO=335;DP=336;FAO=339;FDP=339;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161491;FXX=0.00294109;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3182;QD=63.2745;RBI=0.0238861;REFB=-0.0276929;REVB=-0.0175998;RO=1;SAF=177;SAR=158;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00300991;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14628e-05;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:336:339:1:0:335:339:1:158:177:0:1:159:180:0:0 chr9 140250817 . C CT 758.52 PASS AF=0.990385;AO=30;DP=201;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145933;FXX=0.458309;HRUN=0;LEN=1;MLLD=119.13;QD=29.1738;RBI=0.0165335;REFB=0.00985921;REVB=-0.00777122;RO=168;SAF=26;SAR=4;SRF=92;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460973;STB=0.533327;STBP=0.031;TYPE=ins;VARB=-0.0144838;OID=.;OPOS=140250818;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990385:30:201:103:104:1:96:7:0:1:4:168:26:4:92:76 chr9 140250818 . C G,T 2906.75 PASS AF=0.148718,0.841026;AO=30,161;DP=193;FAO=29,164;FDP=195;FR=.;FRO=2;FSAF=26,87;FSAR=3,77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.046271,-0.0477635;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.646,122.019;QD=59.6257;RBI=0.0464187,0.0492463;REFB=-0.0290532,-0.00910653;REVB=-0.00369961,0.0119934;RO=1;SAF=26,85;SAR=4,76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.103025,0.0062198;STB=0.562115,0.500369;STBP=0.133,0.869;TYPE=snp,snp;VARB=0.0397166,-0.0022058;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:193:195:1:2:30,161:29,164:0.148718,0.841026:4,76:26,85:0:1:3,77:26,87:1:1 chr9 140262426 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.728;QD=57.2363;RBI=0.0513709;REFB=0;REVB=0.00569577;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157846;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr9 140277826 . C T 2431.45 PASS AF=0.616279;AO=212;DP=345;FAO=212;FDP=344;FR=.;FRO=132;FSAF=102;FSAR=110;FSRF=46;FSRR=86;FWDB=-0.0214391;FXX=0.00289847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.1198;QD=28.2727;RBI=0.0215553;REFB=0.00849675;REVB=0.00223559;RO=128;SAF=102;SAR=110;SRF=46;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856298;STB=0.551164;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00564274;OID=.;OPOS=140277826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:344:128:132:212:212:0.616279:110:102:46:82:110:102:46:86 chr9 140323373 . C A 1440.57 PASS AF=0.598174;AO=131;DP=219;FAO=131;FDP=219;FR=.;FRO=88;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=-0.0103817;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.039;QD=26.3118;RBI=0.0104516;REFB=-0.00421618;REVB=0.00120698;RO=87;SAF=60;SAR=71;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158009;STB=0.510619;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00278496;OID=.;OPOS=140323373;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:87:88:131:131:0.598174:71:60:38:49:71:60:38:50 chr9 140330976 . T C 2714.97 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.424;QD=62.4132;RBI=0.0940863;REFB=0;REVB=-0.093995;RO=0;SAF=92;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68524e-05;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:82:92:0:0:82:92:0:0 chr9 140332478 . A G 1557.25 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021228;FXX=0.046292;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.351;QD=60.4757;RBI=0.0226925;REFB=0;REVB=-0.00802004;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123155;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr9 140350931 . G A 923.77 PASS AF=0.588652;AO=83;DP=141;FAO=83;FDP=141;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0598164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7008;QD=26.2063;RBI=0.0623982;REFB=0.00851785;REVB=0.0177635;RO=56;SAF=30;SAR=53;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250413;STB=0.523021;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00547154;OID=.;OPOS=140350931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:56:58:83:83:0.588652:53:30:22:34:53:30:24:34 chr9 140356422 . G C 4591.89 PASS AF=0.971154;AO=302;DP=312;FAO=303;FDP=312;FR=.;FRO=9;FSAF=139;FSAR=164;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0158727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.517;QD=58.8704;RBI=0.0373095;REFB=-0.103351;REVB=0.0337647;RO=9;SAF=139;SAR=163;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194103;STB=0.510113;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00400332;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:312:312:9:9:302:303:0.971154:163:139:1:8:164:139:1:8 chr9 140357972 . A G 1572.96 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6417;QD=59.9222;RBI=0.0493799;REFB=0;REVB=-0.0142235;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128582;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr9 140372570 . G A 354.01 PASS AF=0.3125;AO=43;DP=136;FAO=45;FDP=144;FR=.;FRO=99;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=0.0168711;FXX=0.00689608;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.765;QD=9.83372;RBI=0.0253017;REFB=-0.00838764;REVB=-0.0188558;RO=93;SAF=26;SAR=17;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24025;STB=0.624452;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0130696;OID=.;OPOS=140372570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:144:93:99:43:45:0.3125:17:26:37:56:19:26:39:60 chr9 140374861 . A G 1955.94 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248708;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.468;QD=62.0934;RBI=0.0258551;REFB=0;REVB=-0.00706602;RO=0;SAF=50;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59534e-05;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:76:50:0:0:76:50:0:0 chr9 140777297 . C T 100.19 PASS AF=0.118227;AO=24;DP=203;FAO=24;FDP=203;FR=.;FRO=179;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=80;FSRR=99;FWDB=0.0538277;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.802;QD=1.97422;RBI=0.0541303;REFB=-0.00355344;REVB=-0.0057154;RO=175;SAF=6;SAR=18;SRF=80;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272775;STB=0.687835;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0185593;OID=.;OPOS=140777297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:175:179:24:24:0.118227:18:6:80:95:18:6:80:99 chr9 140777306 . C G 815.48 PASS AF=0.43;AO=86;DP=200;FAO=86;FDP=200;FR=.;FRO=114;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=0.0226893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0596;QD=16.3095;RBI=0.0325771;REFB=0.0172577;REVB=-0.0233766;RO=114;SAF=29;SAR=57;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182623;STB=0.602088;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0130087;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:114:114:86:86:0.43:57:29:58:56:57:29:58:56 chr9 140786918 . T C 617.94 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=155;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=0.0132052;FXX=0.0064512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.768;QD=16.0505;RBI=0.0175195;REFB=-0.00438211;REVB=0.0115134;RO=86;SAF=31;SAR=37;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974664;STB=0.554201;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00432723;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:86:86:68:68:0.441558:37:31:31:55:37:31:31:55 chr9 140881314 . A C 1822.98 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.321;QD=61.2765;RBI=0.0859351;REFB=0;REVB=0.0797059;RO=0;SAF=69;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25605e-05;OID=.;OPOS=140881314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:119:0:0:113:119:1:44:69:0:0:47:72:0:0 chr9 140911670 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.482;QD=59.3227;RBI=0.0301075;REFB=0;REVB=-0.0244852;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216538;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr9 141016262 . T G 4097.96 PASS AF=1;AO=262;DP=264;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389639;FXX=0.00757547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5071;QD=62.5643;RBI=0.0392727;REFB=0;REVB=0.00491495;RO=0;SAF=186;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41209e-05;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:264:262:0:0:262:262:1:76:186:0:0:76:186:0:0 chr9 141069563 . A G 1594.88 PASS AF=0.990741;AO=99;DP=100;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0423784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.063;QD=59.0697;RBI=0.0466959;REFB=-0.0985249;REVB=0.0196106;RO=0;SAF=34;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73428e-08;STB=0.507041;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000374598;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:108:0:1:99:107:0.990741:65:34:0:0:72:35:1:0 chr9 141069905 . C T 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0216224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.09;QD=12.7982;RBI=0.042905;REFB=-0.00794442;REVB=-0.0370582;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127352;STB=0.583775;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0125259;OID=.;OPOS=141069905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:41:26:26:0.38806:15:11:12:27:15:11:12:29 chr9 141070181 . A T 119.91 PASS AF=0.141304;AO=26;DP=183;FAO=26;FDP=184;FR=.;FRO=158;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=87;FSRR=71;FWDB=0.0174367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.081;QD=2.60673;RBI=0.0461426;REFB=-0.00599872;REVB=-0.0427212;RO=156;SAF=17;SAR=9;SRF=86;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134938;STB=0.592262;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0403383;OID=.;OPOS=141070181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:156:158:26:26:0.141304:9:17:86:70:9:17:87:71 chr9 141070283 . T C 510.19 PASS AF=0.340541;AO=62;DP=183;FAO=63;FDP=185;FR=.;FRO=122;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=-0.0274158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.674;QD=11.0312;RBI=0.0278721;REFB=-0.00826831;REVB=-0.00502279;RO=121;SAF=33;SAR=29;SRF=59;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514833;STB=0.531605;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0206701;OID=.;OPOS=141070283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:185:121:122:62:63:0.340541:29:33:59:62:29:34:60:62 chr9 141070335 . T G 750.36 PASS AF=0.614035;AO=69;DP=115;FAO=70;FDP=114;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0159329;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.178;QD=26.3285;RBI=0.019916;REFB=-0.0090272;REVB=-0.0119495;RO=44;SAF=30;SAR=39;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635431;STB=0.531005;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00373624;OID=.;OPOS=141070335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:44:44:69:70:0.614035:39:30:23:21:39:31:23:21 chr9 141070347 . C G 263.94 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00162974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.087;QD=10.7732;RBI=0.0231554;REFB=7.04451e-05;REVB=0.023098;RO=66;SAF=11;SAR=21;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16911;STB=0.598743;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-5.22906e-05;OID=.;OPOS=141070347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:66:32:32:0.326531:21:11:32:34:21:11:32:34 chr9 141070916 . G A 48.26 PASS AF=0.110092;AO=9;DP=110;FAO=12;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=-0.122772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1291;QD=1.77085;RBI=0.133334;REFB=-0.0194294;REVB=-0.0520093;RO=70;SAF=4;SAR=5;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133612;STB=0.575035;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.115088;OID=.;OPOS=141070916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:110:109:70:97:9:12:0.110092:5:4:39:31:8:4:40:57 chr9 141071019 . A G 34.01 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00698988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4134;QD=3.88704;RBI=0.0678001;REFB=0.00693962;REVB=0.0674389;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119824;STB=0.590633;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.028416;OID=.;OPOS=141071019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:28:29:6:6:0.171429:4:2:7:21:4:2:7:22 chr9 141071438 . A G 802.39 PASS AF=0.376471;AO=95;DP=256;FAO=96;FDP=255;FR=.;FRO=159;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=86;FSRR=73;FWDB=0.0405171;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.986;QD=12.5866;RBI=0.0434134;REFB=-0.0192594;REVB=-0.0155913;RO=157;SAF=42;SAR=53;SRF=84;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10254;STB=0.564416;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0252401;OID=.;OPOS=141071438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:255:157:159:95:96:0.376471:53:42:84:73:54:42:86:73 chr9 141071475 . C G 1114.78 PASS AF=0.421603;AO=121;DP=288;FAO=121;FDP=287;FR=.;FRO=166;FSAF=52;FSAR=69;FSRF=88;FSRR=78;FWDB=-0.016794;FXX=0.0034721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0014;QD=15.537;RBI=0.0483643;REFB=0.0358353;REVB=-0.0453549;RO=166;SAF=52;SAR=69;SRF=88;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104496;STB=0.558243;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0506157;OID=.;OPOS=141071475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:287:166:166:121:121:0.421603:69:52:88:78:69:52:88:78 chr9 141107536 . GGCAGCAGCAGCA G 276.63 PASS AF=0.552239;AO=35;DP=45;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0532948;FXX=0.0694348;HRUN=2;LEN=12;MLLD=293.146;QD=16.5151;RBI=0.0539413;REFB=-0.00268986;REVB=0.00832611;RO=2;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847389;STB=0.645621;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.0028944;OID=.;OPOS=141107537;OREF=GCAGCAGCAGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.552239:35:45:37:67:30:27:10:13:17:99:2:25:10:0:2 chr10 294953 . A G 358.11 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0715;QD=55.0941;RBI=0.0978236;REFB=0;REVB=0.0964571;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233538;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:8:17:0:0:9:17:0:0 chr10 429977 . G A 634.43 PASS AF=0.907407;AO=48;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0164472;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.162;QD=46.9948;RBI=0.0332757;REFB=0.014988;REVB=-0.0289268;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.545436;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00110762;OID=.;OPOS=429977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:1:5:48:49:0.907407:24:24:0:1:25:24:0:5 chr10 445061 . C T 739.67 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333952;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.171;QD=56.898;RBI=0.112137;REFB=0;REVB=0.107049;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695882;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr10 459940 . G A 1268.84 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.847;QD=60.421;RBI=0.0300995;REFB=-0.114601;REVB=-0.00643675;RO=1;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101845;STB=0.505375;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-9.76063e-05;OID=.;OPOS=459940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:46:36:0:1:46:37:0:1 chr10 696237 . G A 2337.23 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276648;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.477;QD=61.1041;RBI=0.0313846;REFB=0;REVB=0.0148206;RO=0;SAF=77;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36839e-05;OID=.;OPOS=696237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:153:153:1:76:77:0:0:76:77:0:0 chr10 1018585 . T G 487.62 PASS AF=0.481481;AO=51;DP=107;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00397422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.248;QD=18.0599;RBI=0.0348858;REFB=-0.0105098;REVB=0.0346587;RO=56;SAF=20;SAR=31;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699797;STB=0.532128;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0113474;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:56:56:51:52:0.481481:31:20:26:30:31:21:26:30 chr10 1046712 . G A 625.67 PASS AF=0.421687;AO=70;DP=165;FAO=70;FDP=166;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=0.010755;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.872;QD=15.0764;RBI=0.0193308;REFB=-0.0198237;REVB=0.0160627;RO=93;SAF=29;SAR=41;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169398;STB=0.58569;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0240152;OID=.;OPOS=1046712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:93:96:70:70:0.421687:41:29:54:39:41:29:54:42 chr10 1081882 . T C 609.97 PASS AF=0.447552;AO=63;DP=142;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=0.0299654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.267;QD=17.0622;RBI=0.0301654;REFB=0.006067;REVB=0.0034681;RO=79;SAF=36;SAR=27;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240421;STB=0.509545;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00641308;OID=.;OPOS=1081882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:79:79:63:64:0.447552:27:36:47:32:27:37:47:32 chr10 1089616 . T C 434.21 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.000522777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.283;QD=17.028;RBI=0.00516838;REFB=0.00709032;REVB=0.00514187;RO=55;SAF=23;SAR=24;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106828;STB=0.559509;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00982926;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:24:23:33:22:24:23:33:22 chr10 1142208 . T C 2214.0 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596042;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.876;QD=63.2572;RBI=0.0614419;REFB=0;REVB=0.0149148;RO=0;SAF=67;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88137e-05;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:73:67:0:0:73:67:0:0 chr10 1175894 . A G 689.34 PASS AF=0.915254;AO=52;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0578121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2748;QD=46.7345;RBI=0.10174;REFB=-0.0564147;REVB=0.0837181;RO=6;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104246;STB=0.543844;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00572862;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:59:59:6:5:52:54:0.915254:24:28:0:6:26:28:0:5 chr10 1230968 . C T 1828.6 PASS AF=0.456057;AO=192;DP=421;FAO=192;FDP=421;FR=.;FRO=229;FSAF=97;FSAR=95;FSRF=94;FSRR=135;FWDB=0.0591577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.507;QD=17.3739;RBI=0.0592201;REFB=-0.00849777;REVB=-0.00271895;RO=227;SAF=97;SAR=95;SRF=94;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894552;STB=0.551472;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0115673;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:421:227:229:192:192:0.456057:95:97:94:133:95:97:94:135 chr10 3143643 . A C 1495.69 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00539494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.13;QD=62.3204;RBI=0.0120816;REFB=-0.0915665;REVB=0.0108101;RO=1;SAF=34;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137413;STB=0.507245;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000441253;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:61:34:1:0:61:34:1:0 chr10 3150973 . C T 475.86 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0741157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.573;QD=21.8784;RBI=0.0770162;REFB=0.000119683;REVB=0.0209372;RO=41;SAF=25;SAR=21;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476841;STB=0.526304;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00012686;OID=.;OPOS=3150973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:21:25:20:21:21:25:20:21 chr10 3155620 . A G 3059.69 PASS AF=1;AO=198;DP=201;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195688;FXX=0.0149246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4007;QD=61.812;RBI=0.049153;REFB=0;REVB=-0.0450897;RO=0;SAF=92;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00455e-05;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:198:0:0:198:198:1:106:92:0:0:106:92:0:0 chr10 3172121 . C T 455.85 PASS AF=0.428571;AO=50;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.0102129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.931;QD=15.3227;RBI=0.0114168;REFB=-0.0106719;REVB=0.00510289;RO=66;SAF=30;SAR=20;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265922;STB=0.632245;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0143233;OID=.;OPOS=3172121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:68:50:51:0.428571:20:30:22:44:21:30:24:44 chr10 3172145 . C T 386.62 PASS AF=0.371429;AO=34;DP=106;FAO=39;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.0507289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6325;QD=14.7282;RBI=0.0513123;REFB=-0.00886313;REVB=0.00771544;RO=60;SAF=24;SAR=10;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404696;STB=0.693236;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.047866;OID=.;OPOS=3172145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:60:59:34:39:0.371429:10:24:20:40:13:26:20:39 chr10 3178814 . T A 793.48 PASS AF=0.512658;AO=80;DP=157;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0285346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0406;QD=20.088;RBI=0.052632;REFB=-0.0212952;REVB=0.0442255;RO=77;SAF=41;SAR=39;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294489;STB=0.519151;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.022783;OID=.;OPOS=3178814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:77:77:80:81:0.512658:39:41:42:35:40:41:42:35 chr10 3179703 . C T 697.68 PASS AF=0.466667;AO=70;DP=150;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.000686958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3112;QD=18.6049;RBI=0.029607;REFB=-0.00684231;REVB=0.029599;RO=80;SAF=35;SAR=35;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721781;STB=0.539989;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00241658;OID=.;OPOS=3179703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:80:80:70:70:0.466667:35:35:34:46:35:35:34:46 chr10 3179708 . A G 663.23 PASS AF=0.464052;AO=71;DP=153;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=0.00128429;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.941;QD=17.3393;RBI=0.0181612;REFB=-0.0186937;REVB=-0.0181157;RO=82;SAF=33;SAR=38;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489167;STB=0.52711;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0242346;OID=.;OPOS=3179708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:82:82:71:71:0.464052:38:33:34:48:38:33:34:48 chr10 3180227 . T C 2304.18 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026006;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4715;QD=61.0379;RBI=0.0306033;REFB=0;REVB=-0.0161322;RO=0;SAF=83;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170338;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:151:151:1:68:83:0:0:68:83:0:0 chr10 3180316 . T C 426.68 PASS AF=0.461538;AO=44;DP=100;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0294564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.61;QD=16.4106;RBI=0.0319716;REFB=-0.0349916;REVB=0.01243;RO=56;SAF=15;SAR=29;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752923;STB=0.532632;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0347709;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:56:56:44:48:0.461538:29:15:23:33:31:17:23:33 chr10 3181003 . A G 1415.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.998;QD=62.9075;RBI=0.00824995;REFB=0;REVB=0.00607384;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81065e-05;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:48:41:0:0:48:42:0:0 chr10 3181107 . G A 906.0 PASS AF=0.556962;AO=86;DP=156;FAO=88;FDP=158;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0274262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4062;QD=22.9367;RBI=0.0530955;REFB=0.0223143;REVB=0.0454635;RO=70;SAF=41;SAR=45;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660083;STB=0.540376;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0178165;OID=.;OPOS=3181107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:70:70:86:88:0.556962:45:41:39:31:47:41:39:31 chr10 3189380 . C T 404.16 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.000390614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.538;QD=19.4775;RBI=0.0427393;REFB=0.00116217;REVB=-0.0427376;RO=42;SAF=26;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169027;STB=0.59406;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000961728;OID=.;OPOS=3189380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:15:26:19:23:15:26:19:23 chr10 3191823 . C T 560.74 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0209852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.728;QD=16.1364;RBI=0.0272022;REFB=-0.00819389;REVB=-0.0173083;RO=79;SAF=30;SAR=30;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836646;STB=0.546747;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00809679;OID=.;OPOS=3191823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:79:79:60:60:0.431655:30:30:33:46:30:30:33:46 chr10 3200292 . G A 281.59 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0363388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.614;QD=12.2432;RBI=0.0413208;REFB=-0.0038234;REVB=-0.0196697;RO=59;SAF=17;SAR=16;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263212;STB=0.515142;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0068537;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:16:17:29:30:16:17:29:30 chr10 3202065 . T C 604.8 PASS AF=0.488189;AO=60;DP=125;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0115483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.023;QD=19.0487;RBI=0.0803;REFB=-0.0144071;REVB=0.0794652;RO=64;SAF=28;SAR=32;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746875;STB=0.54447;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0126777;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:64:65:60:62:0.488189:32:28:35:29:34:28:35:30 chr10 3206027 . A G 818.75 PASS AF=0.532468;AO=79;DP=151;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0111112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.412;QD=21.2662;RBI=0.0235;REFB=-0.0124316;REVB=0.0207073;RO=71;SAF=38;SAR=41;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752047;STB=0.546367;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00953317;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:71:72:79:82:0.532468:41:38:28:43:42:40:28:44 chr10 3207632 . A G 472.77 PASS AF=0.415385;AO=52;DP=124;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0730007;FXX=0.00763301;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.5471;QD=14.5469;RBI=0.0896656;REFB=-0.0212252;REVB=0.0520656;RO=72;SAF=31;SAR=21;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198708;STB=0.596456;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0257272;OID=.;OPOS=3207632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:130:72:76:52:54:0.415385:21:31:29:43:23:31:31:45 chr10 3208557 . A G 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00467578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.863;QD=14.4201;RBI=0.00474185;REFB=-0.00930079;REVB=0.000788833;RO=37;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253614;STB=0.643981;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0158936;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:10:17:14:23:10:17:14:23 chr10 3214369 . A G 1032.03 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316405;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.932;QD=59.8278;RBI=0.0339609;REFB=0;REVB=0.012338;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130645;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr10 3821327 . A T 523.4 PASS AF=0.583333;AO=47;DP=83;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00205604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.535;QD=24.9238;RBI=0.057163;REFB=-0.010519;REVB=0.057126;RO=35;SAF=26;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970199;STB=0.559703;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00631352;OID=.;OPOS=3821327;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:35:35:47:49:0.583333:21:26:15:20:21:28:15:20 chr10 5014878 . A G 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.07457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.991;QD=22.1886;RBI=0.075443;REFB=-0.0194561;REVB=-0.0114438;RO=18;SAF=3;SAR=18;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386235;STB=0.521718;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0144658;OID=.;OPOS=5014878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:18:3:3:15:18:3:3:15 chr10 5019959 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.911;QD=62.9829;RBI=0.0358475;REFB=0;REVB=0.0299407;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014028;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr10 5032239 . A AG 208.16 PASS AF=1;AO=7;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.134402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.5641;QD=46.2575;RBI=0.139894;REFB=0;REVB=0.0388131;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00651111;OID=.;OPOS=5032240;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:17:18:18:0:11:7:0:0:4:10:5:2:6:4 chr10 5032240 . G GGA,GGAA 77.69 PASS AF=0.470588,0.117647;AO=2,4;DP=19;FAO=8,2;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6,0;FSAR=2,2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0123348,0.0707886;FXX=0.0555247;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=26.6141,27.713;QD=18.2812;RBI=0.0318663,0.072732;REFB=-0.0121586,-0.0342161;REVB=0.0293822,0.0167009;RO=13;SAF=0,2;SAR=2,2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.637912,-0.21835;STB=0.521684,0.995565;STBP=0.953,0.096;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00583612,0.0590424;OID=.,.;OPOS=5032241,5032241;OREF=-,-;OALT=GA,GAA;OMAPALT=GGA,GGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588,0.117647:2,4:19:8,2:17:7:6,0:2,2:5:2:31:13:0,2:2,2:9:4 chr10 5046957 . A T 283.91 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00314387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.346;QD=43.6782;RBI=0.00314478;REFB=-0.171293;REVB=7.5891e-05;RO=2;SAF=10;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839258;STB=0.565161;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00344377;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:2:3:23:23:0.884615:13:10:2:0:13:10:3:0 chr10 5120157 . G T 288.63 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.578;QD=52.4772;RBI=0.0338013;REFB=0;REVB=0.0181176;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194858;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr10 5136651 . C G 2922.97 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.952;QD=63.1994;RBI=0.0254107;REFB=0;REVB=0.00660028;RO=0;SAF=77;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.08534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31155e-05;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:185:0:0:185:185:1:108:77:0:0:108:77:0:0 chr10 5139685 . G A 1088.38 PASS AF=1;AO=59;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=362.927;QD=59.6373;RBI=0.0129571;REFB=0;REVB=-0.00133725;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578704;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:59:73:1:24:35:0:0:30:43:0:0 chr10 5199934 . G C 871.42 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0599211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0686;QD=56.2204;RBI=0.0621426;REFB=-0.139656;REVB=0.016467;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171613;STB=0.509088;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00245607;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:34:27:1:0:34:27:1:0 chr10 5202060 . C T 267.39 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0243341;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.9896;QD=42.7826;RBI=0.0696859;REFB=-0.040309;REVB=0.0652992;RO=3;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791589;STB=0.54282;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00485049;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:16:6:0:3:16:6:0:3 chr10 5202104 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5377;QD=51.9166;RBI=0.00671086;REFB=0;REVB=0.00259024;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210419;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr10 5202145 . T A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00915565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.137;QD=26.0262;RBI=0.00981103;REFB=0.0949184;REVB=-0.00352568;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00617644;OID=.;OPOS=5202145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr10 5244441 . A G 902.46 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.877;QD=58.2233;RBI=0.0243553;REFB=0;REVB=0.00722793;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44958e-05;OID=.;OPOS=5244441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr10 5255025 . A G 1086.93 PASS AF=0.708661;AO=90;DP=127;FAO=90;FDP=127;FR=.;FRO=37;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.0324173;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.224;QD=34.2339;RBI=0.037292;REFB=-0.106126;REVB=-0.0184341;RO=24;SAF=45;SAR=45;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049353;STB=0.574787;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00610875;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:24:37:90:90:0.708661:45:45:15:9:45:45:28:9 chr10 5435918 . G A 1522.71 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0109054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4601;QD=57.4609;RBI=0.0239362;REFB=-0.0424586;REVB=-0.0213076;RO=0;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507691;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000590363;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:106:0:2:104:104:0.981132:64:40:0:0:64:40:0:2 chr10 5436259 . CA C,CG 2232.21 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=23,120;DP=143;FAO=8,136;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=8,44;FSAR=0,92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577372,0.0791976;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.501,243.742;QD=62.0057;RBI=0.0580917,0.0797784;REFB=0,0;REVB=0.00640791,0.00960881;RO=0;SAF=23,29;SAR=0,91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0212419,0.00237892;OID=.,.;OPOS=5436260,5436260;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:23,120:143:8,136:144:0:8,44:0,92:0:0:12:0:23,29:0,91:0:0 chr10 5437365 . A G 1627.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583142;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.629;QD=60.275;RBI=0.0579605;REFB=0;REVB=-0.0576664;RO=0;SAF=43;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30275e-05;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:65:43:0:0:65:43:0:0 chr10 5446794 . C T 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.448;QD=59.8529;RBI=0.0391559;REFB=0;REVB=0.00995694;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154613;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr10 5471200 . C T 1890.04 PASS AF=0.976562;AO=125;DP=128;FAO=125;FDP=128;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0117344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3996;QD=59.0636;RBI=0.0329274;REFB=-0.158525;REVB=0.0307656;RO=1;SAF=67;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703919;STB=0.504771;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00386832;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:128:128:1:3:125:125:0.976562:58:67:1:0:58:67:1:2 chr10 5495218 . T C 877.66 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0087772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.685;QD=54.8538;RBI=0.0741125;REFB=-0.104413;REVB=0.0735909;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217713;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:64:0:2:61:62:0.96875:30:31:0:0:31:31:1:1 chr10 5499703 . ATA AT,ATT,TAT 1177.54 PASS AF=0.468354,0.455696,0.0759494;AO=39,51,7;DP=107;FAO=37,36,6;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=19,28,3;FSAR=18,8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544496,0.0499616,0.045202;FXX=0.0246883;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=143.592,144.392,122.506;QD=59.6224;RBI=0.297057,0.233535,0.183478;REFB=0,0,0;REVB=0.292024,0.228128,0.177823;RO=4;SAF=20,40,5;SAR=19,11,2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.045655,0.100937,0.298189;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.00295228,0.00690836,0.036669;OID=.,.,.;OPOS=5499705,5499705,5499703;OREF=A,A,ATA;OALT=-,T,TAT;OMAPALT=AT,ATT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:81:107:79:4:0:39,51,7:37,36,6:0.468354,0.455696,0.0759494:19,11,2:20,40,5:1:3:18,8,3:19,28,3:0:0 chr10 5541183 . C T 141.1 PASS AF=0.264516;AO=75;DP=173;FAO=41;FDP=155;FR=.;FRO=114;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=66;FSRR=48;FWDB=-0.0155385;FXX=0.134071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9156;QD=3.64129;RBI=0.0330697;REFB=-0.0538931;REVB=0.0291917;RO=94;SAF=34;SAR=41;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467996;STB=0.729055;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.173329;OID=.;OPOS=5541183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:155:94:114:75:41:0.264516:41:34:47:47:30:11:66:48 chr10 5541230 . T C 1024.67 PASS AF=0.488479;AO=103;DP=215;FAO=106;FDP=217;FR=.;FRO=111;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=66;FSRR=45;FWDB=-0.020297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.575;QD=18.8879;RBI=0.0227275;REFB=-0.0026828;REVB=0.010226;RO=110;SAF=49;SAR=54;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107675;STB=0.557857;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00508479;OID=.;OPOS=5541230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:217:110:111:103:106:0.488479:54:49:65:45:55:51:66:45 chr10 5567366 . G A 931.19 PASS AF=0.442478;AO=99;DP=224;FAO=100;FDP=226;FR=.;FRO=126;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=72;FSRR=54;FWDB=-0.00631525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8111;QD=16.4812;RBI=0.0101347;REFB=-0.0034412;REVB=0.00792649;RO=124;SAF=46;SAR=53;SRF=71;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107762;STB=0.561892;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00368986;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:226:124:126:99:100:0.442478:53:46:71:53:54:46:72:54 chr10 5567695 . G A 3355.91 PASS AF=1;AO=215;DP=218;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182422;FXX=0.0137608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.335;QD=62.4355;RBI=0.028938;REFB=0;REVB=0.0224639;RO=0;SAF=134;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81867e-05;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:218:215:0:0:215:215:1:81:134:0:0:81:134:0:0 chr10 5567967 . G T 669.53 PASS AF=0.445122;AO=73;DP=164;FAO=73;FDP=164;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=0.00240925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.957;QD=16.3299;RBI=0.00323509;REFB=-0.0219285;REVB=0.002159;RO=91;SAF=24;SAR=49;SRF=33;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037649;STB=0.520979;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.025421;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:91:91:73:73:0.445122:49:24:33:58:49:24:33:58 chr10 5673528 . G A 272.09 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0283551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.845;QD=17.2756;RBI=0.0283571;REFB=0.00573872;REVB=-0.000337905;RO=33;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101576;STB=0.556924;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00723862;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:14:16:14:19:14:16:14:19 chr10 5765637 . C T 282.99 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0125569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.274;QD=17.4148;RBI=0.0258445;REFB=-0.00556426;REVB=-0.022589;RO=34;SAF=9;SAR=22;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212446;STB=0.619637;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00318811;OID=.;OPOS=5765637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:22:9:17:17:22:9:17:17 chr10 5781628 . T G 1511.98 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00906144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0551;QD=62.3498;RBI=0.117363;REFB=-0.0786378;REVB=-0.117013;RO=1;SAF=45;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010422;STB=0.505493;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00404552;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:51:45:1:0:51:45:1:0 chr10 5781969 . A T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00295489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.263;QD=62.6709;RBI=0.0376425;REFB=0;REVB=0.0375263;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227632;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr10 5788608 . G C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.777;QD=57.6793;RBI=0.0466428;REFB=0;REVB=0.00457159;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433557;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr10 5789966 . CCTGCCTCAG C 51.17 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0202908;FXX=0.119019;HRUN=2;LEN=9;MLLD=303.633;QD=5.5316;RBI=0.0208927;REFB=-0.00172681;REVB=-0.00497853;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373506;STB=0.710961;STBP=0.126;TYPE=del;VARB=0.00471834;OID=.;OPOS=5789967;OREF=CTGCCTCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:10:43:10:37:27:6:4:8:19:51:26:6:4:7:19 chr10 5790420 . T C 289.22 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.18;QD=52.586;RBI=0.0257869;REFB=0;REVB=-0.0115318;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247092;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr10 5790616 . A G 259.41 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0431688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.386;QD=14.214;RBI=0.0433466;REFB=-0.0225535;REVB=0.00392127;RO=43;SAF=4;SAR=26;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569069;STB=0.827275;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.013811;OID=.;OPOS=5790616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:26:4:27:16:26:4:27:16 chr10 5804531 . G A 1171.91 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.586;QD=60.8783;RBI=0.0174667;REFB=0;REVB=0.00318348;RO=0;SAF=16;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54715e-05;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:61:16:0:0:61:16:0:0 chr10 5895755 . GC TA 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0111611;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.75;QD=17.7624;RBI=0.0149352;REFB=-0.00402811;REVB=-0.0099242;RO=45;SAF=12;SAR=27;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207324;STB=0.616376;STBP=0.052;TYPE=mnp;VARB=0.00516176;OID=.;OPOS=5895755;OREF=GC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:27:12:23:22:27:12:23:22 chr10 5920121 . T C 833.64 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.318;QD=57.4922;RBI=0.0442992;REFB=0;REVB=0.0393713;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100841;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:58:0:0:52:58:1:18:34:0:0:24:34:0:0 chr10 5925971 . C A 656.33 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125114;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.701;QD=62.5079;RBI=0.0266509;REFB=0;REVB=-0.0235316;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203169;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr10 5926034 . T C 267.5 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0051518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.683;QD=21.8366;RBI=0.0245033;REFB=-0.00323015;REVB=-0.0239556;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357422;STB=0.509796;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00375017;OID=.;OPOS=5926034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:24:25:25:0.510204:13:12:12:11:13:12:12:12 chr10 5929962 . G C 533.6 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0310065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4012;QD=17.0753;RBI=0.0317974;REFB=0.0127368;REVB=0.00704805;RO=68;SAF=32;SAR=25;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889385;STB=0.549532;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0156291;OID=.;OPOS=5929962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:68:57:57:0.456:25:32:32:36:25:32:32:36 chr10 5979117 . T C 566.02 PASS AF=0.390533;AO=66;DP=169;FAO=66;FDP=169;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=-0.0404791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.038;QD=13.397;RBI=0.0410806;REFB=-0.0207482;REVB=-0.00700396;RO=103;SAF=34;SAR=32;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030886;STB=0.517422;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0316248;OID=.;OPOS=5979117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:103:103:66:66:0.390533:32:34:56:47:32:34:56:47 chr10 5991012 . C T 1048.79 PASS AF=0.51269;AO=100;DP=195;FAO=101;FDP=197;FR=.;FRO=96;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=33;FSRR=63;FWDB=-0.0511952;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3927;QD=21.2953;RBI=0.0696148;REFB=-0.0202737;REVB=-0.0471728;RO=94;SAF=47;SAR=53;SRF=34;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968293;STB=0.560025;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0213139;OID=.;OPOS=5991012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:197:94:96:100:101:0.51269:53:47:34:60:54:47:33:63 chr10 5991035 . T C 936.51 PASS AF=0.519774;AO=92;DP=177;FAO=92;FDP=177;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=0.0122262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.405;QD=21.164;RBI=0.0209956;REFB=-0.0276418;REVB=-0.0170686;RO=85;SAF=45;SAR=47;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109501;STB=0.559923;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.030763;OID=.;OPOS=5991035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:85:85:92:92:0.519774:47:45:31:54:47:45:31:54 chr10 6001696 . C T 739.15 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=356.167;QD=54.7521;RBI=0.0241943;REFB=-0.125807;REVB=0.0131716;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209328;STB=0.511107;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000252341;OID=.;OPOS=6001696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:31:22:1:0:31:22:1:0 chr10 6002368 . T G 3600.69 PASS AF=0.991416;AO=229;DP=233;FAO=231;FDP=233;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=124;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00556888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2651;QD=61.8144;RBI=0.0270311;REFB=-0.0658756;REVB=0.0264513;RO=2;SAF=105;SAR=124;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898928;STB=0.500318;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00191169;OID=.;OPOS=6002368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:233:233:2:2:229:231:0.991416:124:105:2:0:124:107:1:1 chr10 6008172 . C T 630.05 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.00419604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.09;QD=19.2382;RBI=0.0108522;REFB=0.00288794;REVB=0.0100081;RO=65;SAF=36;SAR=28;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494041;STB=0.525846;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.003143;OID=.;OPOS=6008172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:65:67:64:64:0.48855:28:36:40:25:28:36:41:26 chr10 6191735 . T C 1396.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.112;QD=62.7609;RBI=0.0279927;REFB=0;REVB=0.0164787;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72417e-05;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr10 6287717 . T C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00228601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.349;QD=19.1802;RBI=0.00459948;REFB=0.00520956;REVB=0.00399117;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181889;STB=0.602692;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00358787;OID=.;OPOS=6287717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:2:9:8:5:2:9 chr10 6392848 . G A 281.3 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0238878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.089;QD=21.2302;RBI=0.0303825;REFB=0.012032;REVB=0.0187742;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598704;STB=0.539655;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00956912;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:24:28:29:0.54717:16:12:12:12:17:12:12:12 chr10 6393009 . A G 172.0 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0169559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7465;QD=18.1057;RBI=0.11947;REFB=0.0265045;REVB=0.118261;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369472;STB=0.533296;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0249633;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:20:17:18:0.473684:7:10:11:9:7:11:11:9 chr10 6393260 . C G 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00974241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.508;QD=15.6498;RBI=0.0152977;REFB=-0.00901053;REVB=0.0117942;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172385;STB=0.59987;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0148562;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:11:10:5:11:11:10 chr10 6393706 . ACAGG A 205.94 PASS AF=0.489362;AO=18;DP=51;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.000588049;FXX=0.078416;HRUN=1;LEN=4;MLLD=191.205;QD=17.5271;RBI=0.00452882;REFB=-0.0407263;REVB=-0.00449048;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203361;STB=0.575753;STBP=0.357;TYPE=del;VARB=0.0451578;OID=.;OPOS=6393707;OREF=CAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489362:18:51:23:47:24:10:13:7:17:99:21:9:9:6:15 chr10 7285632 . A G 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.297;QD=58.4183;RBI=0.0530712;REFB=0;REVB=-0.00334587;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190813;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr10 7528721 . A C 899.41 PASS AF=0.47644;AO=91;DP=191;FAO=91;FDP=191;FR=.;FRO=100;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=-0.0315265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.443;QD=18.8359;RBI=0.0326644;REFB=-0.0357585;REVB=0.00854645;RO=100;SAF=44;SAR=47;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251139;STB=0.513865;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0450004;OID=.;OPOS=7528721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:100:100:91:91:0.47644:47:44:51:49:47:44:51:49 chr10 7528738 . G A 2756.28 PASS AF=1;AO=175;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146019;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6238;QD=62.6427;RBI=0.0151072;REFB=0;REVB=0.00387447;RO=0;SAF=91;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166914;OID=.;OPOS=7528738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:175:176:1:84:91:0:0:85:91:0:0 chr10 7605067 . C T 630.27 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00767222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.465;QD=22.5096;RBI=0.00782928;REFB=-0.0129118;REVB=0.0015603;RO=48;SAF=34;SAR=28;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121348;STB=0.557198;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0075563;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:50:62:62:0.553571:28:34:19:29:28:34:21:29 chr10 7605077 . TC T 1392.38 PASS AF=1;AO=109;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316032;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.0009;QD=48.8553;RBI=0.059073;REFB=0;REVB=-0.0499085;RO=0;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.213368;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000123994;OID=.;OPOS=7605078;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:109:115:114:114:0:57:57:0:0:25:0:55:54:0:0 chr10 7605101 . A G 1978.35 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5144;QD=61.8233;RBI=0.0828084;REFB=0;REVB=-0.0658291;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.3204e-05;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:126:128:1:63:63:0:0:63:65:0:0 chr10 7618501 . A G 3941.95 PASS AF=1;AO=246;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101931;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.031;QD=64.0968;RBI=0.0218701;REFB=0;REVB=-0.0193495;RO=0;SAF=108;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.69211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122709;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:246:0:0:246:246:1:138:108:0:0:138:108:0:0 chr10 7618686 . T G 1589.3 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.684;QD=63.5719;RBI=0.0658174;REFB=0;REVB=0.0340116;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66939e-05;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:100:0:0:94:100:1:55:39:0:0:56:44:0:0 chr10 7661569 . G A 127.52 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00516495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.497;QD=9.80951;RBI=0.0353253;REFB=-0.00469087;REVB=-0.0349456;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112934;STB=0.574537;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0133997;OID=.;OPOS=7661569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:35:36:16:16:0.307692:9:7:12:23:9:7:12:24 chr10 7679393 . C T 311.69 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0186203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9636;QD=16.6235;RBI=0.0283864;REFB=0.0126334;REVB=-0.021426;RO=40;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404553;STB=0.528406;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0183843;OID=.;OPOS=7679393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:34:34:0.453333:15:19:24:16:15:19:25:16 chr10 7747155 . G C 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.0399591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0246;QD=7.81281;RBI=0.0431849;REFB=0.00543832;REVB=0.0163769;RO=40;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447867;STB=0.527435;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.011897;OID=.;OPOS=7747155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:12:3:9:31:12:3:9:31 chr10 7763661 . A G 2351.11 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.389;QD=63.9759;RBI=0.0244472;REFB=0;REVB=-0.00160186;RO=0;SAF=71;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50617e-05;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:146:147:1:75:71:0:0:76:71:0:0 chr10 7780646 . C G 1084.24 PASS AF=0.506977;AO=109;DP=215;FAO=109;FDP=215;FR=.;FRO=106;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.0273473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.872;QD=20.1719;RBI=0.0276685;REFB=0.00327187;REVB=0.00420329;RO=106;SAF=52;SAR=57;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629466;STB=0.534521;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00435177;OID=.;OPOS=7780646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:106:106:109:109:0.506977:57:52:58:48:57:52:58:48 chr10 7797902 . AC ACAACT,CT 520.26 PASS AF=0.918919,0.0540541;AO=28,2;DP=40;FAO=34,2;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14,2;FSAR=20,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0203897,0.0408862;FXX=0.0749813;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=219.325,118.153;QD=56.2444;RBI=0.0255216,0.0454439;REFB=0.129878,0.168337;REVB=-0.0153496,0.0198359;RO=1;SAF=12,2;SAR=16,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0372036,0;STB=0.517231,0.5;STBP=0.319,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00197587,-0.0137926;OID=.,.;OPOS=7797904,7797902;OREF=-,AC;OALT=AACT,CT;OMAPALT=ACAACT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:40:37:1:1:28,2:34,2:0.918919,0.0540541:16,0:12,2:1:0:20,0:14,2:1:0 chr10 7798033 . A T 206.98 PASS AF=0.5;AO=15;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0485782;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.9573;QD=19.7127;RBI=0.111239;REFB=-0.0426312;REVB=0.100071;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212967;STB=0.536806;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0616508;OID=.;OPOS=7798033;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:21:15:21:0.5:11:4:5:15:17:4:5:16 chr10 7808086 . T C 232.21 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0160008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1132;QD=23.8162;RBI=0.0174274;REFB=0.00122947;REVB=0.00690571;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104181;STB=0.558087;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00266962;OID=.;OPOS=7808086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:12:10:10:7:12:10:10:7 chr10 8006798 . A G 671.8 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0155823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.046;QD=52.6899;RBI=0.0323952;REFB=-0.00377974;REVB=0.0284014;RO=2;SAF=31;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104898;STB=0.505577;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.000179311;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:18:31:1:1:18:31:1:1 chr10 8007559 . GTGA CCGA,GCCG 593.2 PASS AF=0.95,0.05;AO=35,2;DP=39;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478681,0.0413646;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,3;MLLD=116.488,76.1954;QD=59.3204;RBI=0.0549773,0.0435765;REFB=0,0;REVB=0.0270398,0.0137071;RO=0;SAF=18,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.11116e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00439821,0.0297427;OID=.,.;OPOS=8007559,8007560;OREF=GT,TGA;OALT=CC,CCG;OMAPALT=CCGA,GCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:40:0:0:35,2:38,2:0.95,0.05:17,2:18,0:0:0:19,2:19,0:0:0 chr10 8116079 . C T 613.75 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.0245426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.117;QD=18.0515;RBI=0.0246734;REFB=0.00149338;REVB=-0.00253749;RO=72;SAF=36;SAR=28;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474878;STB=0.526308;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0024928;OID=.;OPOS=8116079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:72:72:64:64:0.470588:28:36:44:28:28:36:44:28 chr10 11299735 . A T 1316.55 PASS AF=0.988506;AO=83;DP=84;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00605798;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.202;QD=60.5309;RBI=0.0357657;REFB=-0.0926413;REVB=0.0352489;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000238324;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:87:0:1:83:86:0.988506:49:34:0:0:50:36:0:1 chr10 11356160 . C T 830.9 PASS AF=0.506024;AO=85;DP=167;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.00179658;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.746;QD=20.0217;RBI=0.0101016;REFB=-0.0027001;REVB=0.0099406;RO=82;SAF=44;SAR=41;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169577;STB=0.506328;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00253436;OID=.;OPOS=11356160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:82:82:85:84:0.506024:41:44:44:38:40:44:44:38 chr10 11373418 . A ATC 591.2 PASS AF=0.59;AO=50;DP=102;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00739128;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.101;QD=23.6479;RBI=0.0246289;REFB=-0.0156755;REVB=-0.0234936;RO=40;SAF=29;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045308;STB=0.508472;STBP=0.851;TYPE=ins;VARB=0.00838524;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59:50:102:59:100:41:29:30:21:20:99:40:29:21:21:19 chr10 11373420 . G C 175.98 PASS AF=0.254902;AO=26;DP=109;FAO=26;FDP=102;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.00910891;FXX=0.0642143;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9683;QD=6.90105;RBI=0.050846;REFB=-0.0238969;REVB=-0.0500234;RO=68;SAF=12;SAR=14;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248581;STB=0.528679;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.028159;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:102:68:76:26:26:0.254902:14:12:30:38:14:12:38:38 chr10 11373422 . T G 42.38 PASS AF=0.0964912;AO=11;DP=114;FAO=11;FDP=114;FR=.;FRO=103;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.0268159;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=163.532;QD=1.48688;RBI=0.0361325;REFB=-0.00500477;REVB=-0.024217;RO=103;SAF=3;SAR=8;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244394;STB=0.690671;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0397423;OID=.;OPOS=11373422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:114:114:103:103:11:11:0.0964912:8:3:49:54:8:3:49:54 chr10 11504313 . C T 1377.21 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2612;QD=62.6003;RBI=0.0504031;REFB=0;REVB=-0.012;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349498;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr10 11505175 . A G 271.84 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.555;QD=51.7795;RBI=0.0717601;REFB=0;REVB=0.071641;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131357;OID=.;OPOS=11505175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:9:12:0:0 chr10 11532807 . T C 203.66 PASS AF=0.456522;AO=18;DP=44;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0194696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1955;QD=17.7092;RBI=0.0592318;REFB=-0.0260691;REVB=-0.0559405;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229768;STB=0.566947;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0329433;OID=.;OPOS=11532807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:26:25:18:21:0.456522:11:7:16:10:11:10:15:10 chr10 11789382 . G A 1008.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.235;QD=59.318;RBI=0.0227867;REFB=0;REVB=-0.0187123;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270711;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr10 11789405 . G A 1182.72 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.553;QD=60.6521;RBI=0.0220839;REFB=0;REVB=-0.0101318;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53593e-05;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:44:33:0:0:45:33:0:0 chr10 11797436 . T C 1374.71 PASS AF=0.95098;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0627636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.265;QD=53.9104;RBI=0.0777163;REFB=-0.0869737;REVB=-0.0458318;RO=5;SAF=38;SAR=59;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201831;STB=0.510659;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00392901;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:102:102:5:5:97:97:0.95098:59:38:3:2:59:38:3:2 chr10 11797467 . G A 1767.42 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.972;QD=60.9455;RBI=0.0393465;REFB=0;REVB=0.0370512;RO=0;SAF=47;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46662e-05;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:69:47:0:0:69:47:0:0 chr10 11805339 . C T 469.85 PASS AF=0.440678;AO=51;DP=117;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0624258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.517;QD=15.9272;RBI=0.063327;REFB=-0.0154583;REVB=-0.0106454;RO=65;SAF=21;SAR=30;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373772;STB=0.508029;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0261775;OID=.;OPOS=11805339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:65:66:51:52:0.440678:30:21:27:38:30:22:27:39 chr10 11805354 . A G 434.85 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0102117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.854;QD=15.2579;RBI=0.0321337;REFB=-0.0253095;REVB=-0.0304679;RO=64;SAF=20;SAR=29;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184117;STB=0.513961;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0269993;OID=.;OPOS=11805354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:64:65:49:49:0.429825:29:20:25:39:29:20:25:40 chr10 11805357 . G A 410.27 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.0137289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1265;QD=14.6525;RBI=0.0480321;REFB=-0.0103377;REVB=0.0460283;RO=65;SAF=20;SAR=27;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600674;STB=0.533738;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0177502;OID=.;OPOS=11805357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:47:47:0.419643:27:20:24:41:27:20:24:41 chr10 12111090 . T C 6228.97 PASS AF=0.990172;AO=399;DP=404;FAO=403;FDP=407;FR=.;FRO=4;FSAF=199;FSAR=204;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00987462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1205;QD=61.2183;RBI=0.0664932;REFB=-0.0426313;REVB=0.0657559;RO=5;SAF=197;SAR=202;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00250997;STB=0.502518;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00256238;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:404:407:5:4:399:403:0.990172:202:197:3:2:204:199:3:1 chr10 12131081 . T G 1731.04 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.373;QD=60.7382;RBI=0.0203951;REFB=0;REVB=0.019215;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37944e-05;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:52:62:0:0:52:62:0:0 chr10 12143105 . C G 1603.35 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.007;QD=59.9385;RBI=0.0583212;REFB=0;REVB=-0.0580643;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119987;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:58:47:0:0:58:49:0:0 chr10 12148259 . A C 1302.8 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00443649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.744;QD=62.0382;RBI=0.00480906;REFB=0;REVB=-0.00185596;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33907e-06;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:36:47:0:0:36:48:0:0 chr10 12148286 . T C 1479.77 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.906;QD=58.6046;RBI=0.0559141;REFB=0.00481864;REVB=0.0482066;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.504201;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.000138639;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:0:1:100:100:0.990099:41:59:0:0:41:59:1:0 chr10 12149939 . C T 726.27 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00926655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.06;QD=52.8197;RBI=0.0100901;REFB=-0.0322816;REVB=0.00399258;RO=2;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261577;STB=0.513508;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00108449;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:55:2:2:52:53:0.963636:35:17:0:2:36:17:0:2 chr10 12171740 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0135779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.444;QD=9.44441;RBI=0.0472127;REFB=-0.0148681;REVB=-0.0452181;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.535511;STB=0.832222;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0362541;OID=.;OPOS=12171740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:1:5:3:7:1:5:3:7 chr10 12191933 . C T 478.2 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.00169733;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.947;QD=18.9386;RBI=0.0205845;REFB=0.00012318;REVB=-0.0205144;RO=48;SAF=16;SAR=34;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051192;STB=0.515173;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-3.36552e-05;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:48:51:50:50:0.49505:34:16:13:35:34:16:15:36 chr10 12209752 . T C 479.94 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.072423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.76;QD=17.1407;RBI=0.0724434;REFB=-0.0136473;REVB=-0.00172029;RO=60;SAF=21;SAR=31;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037482;STB=0.52084;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.02455;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:31:21:22:38:31:21:22:38 chr10 12212186 . T A 446.14 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00604648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.698;QD=23.4811;RBI=0.0203505;REFB=-0.0018859;REVB=-0.0194315;RO=33;SAF=19;SAR=24;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820848;STB=0.545099;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00151473;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:24:19:18:15:24:19:18:15 chr10 12238325 . TGGGA T 209.69 PASS AF=0.457143;AO=23;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.000291667;FXX=0.11391;HRUN=3;LEN=4;MLLD=123.492;QD=11.9825;RBI=0.0179231;REFB=-0.0168787;REVB=-0.0179207;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0.377643;SSEP=0;SSSB=0.0821832;STB=0.587712;STBP=0.197;TYPE=del;VARB=0.0147139;OID=.;OPOS=12238326;OREF=GGGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143:23:71:32:70:38:17:15:14:24:99:31:13:10:15:16 chr10 12292344 . A G 699.01 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0203844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.503;QD=54.8241;RBI=0.0330188;REFB=-0.146142;REVB=0.0259753;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165169;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00191846;OID=.;OPOS=12292344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:22:28:1:0:22:28:1:0 chr10 12292350 . A G 300.43 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0513859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.813;QD=24.5251;RBI=0.0806921;REFB=-0.0323514;REVB=-0.062215;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958142;STB=0.553153;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0209247;OID=.;OPOS=12292350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:13:14:14:8:13:14:14:8 chr10 12292454 . A G 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.926;QD=62.1608;RBI=0.0570723;REFB=0;REVB=-0.0115785;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145526;OID=.;OPOS=12292454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr10 12695177 . A G 1955.15 PASS AF=0.929577;AO=133;DP=143;FAO=132;FDP=142;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=99;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00197793;FXX=0.00699252;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.129;QD=55.0746;RBI=0.0163398;REFB=0.0171381;REVB=0.0162197;RO=10;SAF=34;SAR=99;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416025;STB=0.522932;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.000869761;OID=.;OPOS=12695177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:143:142:10:10:133:132:0.929577:99:34:5:5:99:33:5:5 chr10 12867598 . C G 1375.53 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0721426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0336;QD=62.524;RBI=0.0768131;REFB=0;REVB=-0.0263763;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000569364;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:51:36:0:0:51:37:0:0 chr10 12940455 . A G 3020.87 PASS AF=1;AO=181;DP=184;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194714;FXX=0.0153838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.295;QD=62.9347;RBI=0.0205872;REFB=0;REVB=-0.00668576;RO=0;SAF=59;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116283;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:192:0:0:181:192:1:122:59:0:0:124:68:0:0 chr10 13151224 . G A 285.53 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=0.00577634;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.481;QD=17.0467;RBI=0.0208802;REFB=0.00442601;REVB=0.0200653;RO=35;SAF=3;SAR=28;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168001;STB=0.599928;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00415765;OID=.;OPOS=13151224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:35:31:32:0.477612:28:3:6:29:29:3:6:29 chr10 13152400 . T A 289.65 PASS AF=0.619048;AO=24;DP=40;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0122659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.446;QD=27.5853;RBI=0.0155945;REFB=-0.00210698;REVB=0.00963008;RO=16;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106052;STB=0.569234;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00127561;OID=.;OPOS=13152400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:16:16:24:26:0.619048:10:14:7:9:10:16:7:9 chr10 13158262 . C T 429.69 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.025;QD=57.2915;RBI=0.0311217;REFB=0;REVB=0.0261749;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398828;OID=.;OPOS=13158262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:13:13:0:0:14:16:0:0 chr10 13166076 . A G 759.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551803;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.139;QD=63.3204;RBI=0.0591234;REFB=0;REVB=0.02123;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765891;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:27:21:0:0 chr10 13206233 . A T 1525.62 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0323562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.888;QD=62.2704;RBI=0.0380992;REFB=-0.00581563;REVB=0.0201153;RO=0;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=6.06321e-05;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:98:0:1:95:97:0.989796:38:57:0:0:39:58:1:0 chr10 13251117 . G A 802.4 PASS AF=0.416667;AO=90;DP=216;FAO=90;FDP=216;FR=.;FRO=126;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=60;FSRR=66;FWDB=-0.00444787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.14;QD=14.8593;RBI=0.00454557;REFB=0.00809745;REVB=0.000937357;RO=126;SAF=55;SAR=35;SRF=60;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14267;STB=0.579836;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00846646;OID=.;OPOS=13251117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:126:126:90:90:0.416667:35:55:60:66:35:55:60:66 chr10 13275553 . T G 372.14 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00788468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.535;QD=19.0842;RBI=0.0122528;REFB=-0.0061451;REVB=0.00937889;RO=39;SAF=23;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861327;STB=0.552818;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00652282;OID=.;OPOS=13275553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:39:38:39:0.5:15:23:20:19:15:24:20:19 chr10 13330402 . T C 574.11 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0103261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.776;QD=21.0683;RBI=0.0125478;REFB=-0.0171717;REVB=-0.00712871;RO=51;SAF=26;SAR=32;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692424;STB=0.538058;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0146302;OID=.;OPOS=13330402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:51:58:58:0.53211:32:26:27:24:32:26:27:24 chr10 13337588 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.811;QD=58.6006;RBI=0.0342746;REFB=0;REVB=-0.022597;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80582e-06;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr10 13375906 . T C 250.29 PASS AF=0.306306;AO=34;DP=111;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.00175037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.117;QD=9.01949;RBI=0.0349499;REFB=6.6891e-05;REVB=0.0349061;RO=77;SAF=13;SAR=21;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251639;STB=0.514754;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=8.33252e-06;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:77:77:34:34:0.306306:21:13:31:46:21:13:31:46 chr10 13481427 . T A 464.29 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.0148651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0839;QD=22.109;RBI=0.0149099;REFB=-0.00726944;REVB=0.00115431;RO=39;SAF=17;SAR=28;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162423;STB=0.588924;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00460905;OID=.;OPOS=13481427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:28:17:8:31:28:17:8:31 chr10 13494594 . T C 716.35 PASS AF=0.463855;AO=76;DP=167;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=-0.0128858;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.387;QD=17.2614;RBI=0.0182275;REFB=0.0105876;REVB=0.0128918;RO=87;SAF=32;SAR=44;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00718126;STB=0.506131;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.011319;OID=.;OPOS=13494594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:87:89:76:77:0.463855:44:32:36:51:45:32:36:53 chr10 13534851 . A G 233.26 PASS AF=0.394366;AO=24;DP=69;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00225888;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.552;QD=13.1416;RBI=0.0235363;REFB=-0.0043714;REVB=0.0234277;RO=44;SAF=14;SAR=10;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349786;STB=0.563336;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0055413;OID=.;OPOS=13534851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:44:43:24:28:0.394366:10:14:27:17:14:14:26:17 chr10 13633835 . A G 1952.57 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6067;QD=61.9863;RBI=0.103004;REFB=0;REVB=-0.0802223;RO=0;SAF=85;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09158e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79191e-05;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:40:85:0:0:40:86:0:0 chr10 13639697 . T TA,TTA 35.69 PASS AF=0,0.195652;AO=6,7;DP=54;FAO=0,9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.396705,-0.258649;FXX=0.0212721;HRUN=7,5;LEN=1,2;MLLD=5.48371,12.0306;QD=3.10307;RBI=0.436605,0.29475;REFB=-0.0701746,-0.0578014;REVB=0.182344,0.141343;RO=34;SAF=5,5;SAR=1,2;SRF=17;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.415513,0.264062;STB=0.5,0.533905;STBP=1,0.802;TYPE=ins,ins;VARB=0.00619492,0.0910855;OID=.,.;OPOS=13639698,13639698;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.195652:6,7:54:0,9:46:37:0,5:0,4:19:18:31:34:5,5:1,2:17:17 chr10 13685766 . G A 598.88 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019921;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.317;QD=61.4238;RBI=0.059746;REFB=0;REVB=-0.0563271;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49995e-05;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:18:21:0:0 chr10 13687890 . G A 135.89 PASS AF=0.483871;AO=16;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0598178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.261;QD=17.5346;RBI=0.0609243;REFB=-0.00921898;REVB=0.0115588;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225385;STB=0.55806;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00747311;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:16:15:0.483871:10:6:6:9:10:5:7:9 chr10 13698923 . T C,TCGC 353.49 PASS AF=0.152941,0.305882;AO=16,21;DP=91;FAO=13,26;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=2,17;FSAR=11,9;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0385572,-0.0297758;FXX=0.0229859;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=59.9196,144.617;QD=16.6347;RBI=0.0478854,0.0317652;REFB=-0.0224178,-0.0192995;REVB=0.0283964,-0.0110647;RO=54;SAF=2,17;SAR=14,4;SRF=38;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.660755,0.175523;STB=0.895425,0.562454;STBP=0.003,0.496;TYPE=snp,ins;VARB=0.00814268,0.0393685;OID=.,.;OPOS=13698923,13698924;OREF=T,-;OALT=C,CGC;OMAPALT=C,TCGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:91:85:54:46:16,21:13,26:0.152941,0.305882:14,4:2,17:38:16:11,9:2,17:34:12 chr10 13735836 . T TC 32.76 PASS AF=0.123552;AO=38;DP=270;FAO=32;FDP=259;FR=.;FRO=227;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=78;FSRR=149;FWDB=-0.0391648;FXX=0.0152085;HRUN=0;LEN=1;MLLD=80.4528;QD=0.505977;RBI=0.0401743;REFB=-0.00470024;REVB=-0.00894942;RO=219;SAF=37;SAR=1;SRF=75;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.744359;STB=0.887685;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0996039;OID=.;OPOS=13735837;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.123552:38:270:32:259:227:27:5:78:149:32:219:37:1:75:144 chr10 13769842 . A G 1601.35 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.802;QD=59.3094;RBI=0.026728;REFB=0;REVB=0.00854582;RO=0;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134061;OID=.;OPOS=13769842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:65:42:0:0:65:43:0:0 chr10 14425221 . G C 319.83 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00942217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.663;QD=18.5408;RBI=0.00996967;REFB=-0.0323833;REVB=-0.00325838;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117264;STB=0.565327;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0238621;OID=.;OPOS=14425221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:16:18:14:21:16:18:14:21 chr10 14709658 . G A 482.67 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=0.013519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.422;QD=16.0889;RBI=0.0179917;REFB=-0.0255021;REVB=-0.0118717;RO=67;SAF=19;SAR=34;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330921;STB=0.518473;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0276609;OID=.;OPOS=14709658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:34:19:22:45:34:19:22:45 chr10 14913518 . T A 238.54 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00961258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9976;QD=15.9026;RBI=0.0869914;REFB=0.0341176;REVB=0.0864587;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687579;STB=0.522371;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0415392;OID=.;OPOS=14913518;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:33:27:27:0.45:15:12:14:17:15:12:16:17 chr10 14976414 . G A 803.96 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.534;QD=64.3167;RBI=0.0382328;REFB=0;REVB=-0.0250702;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11692e-06;OID=.;OPOS=14976414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:22:28:0:0 chr10 15106441 . A G 340.89 PASS AF=0.385321;AO=41;DP=108;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00892636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.695;QD=12.5099;RBI=0.0149156;REFB=0.000707761;REVB=0.0119497;RO=67;SAF=23;SAR=18;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154906;STB=0.593706;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.000901017;OID=.;OPOS=15106441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:67:67:41:42:0.385321:18:23:28:39:18:24:28:39 chr10 15255835 . C T 158.34 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0566755;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9114;QD=9.74375;RBI=0.0567662;REFB=-0.0126106;REVB=-0.00320701;RO=44;SAF=5;SAR=16;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14636;STB=0.587067;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0267435;OID=.;OPOS=15255835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:44:44:21:21:0.323077:16:5:15:29:16:5:15:29 chr10 15573050 . A G 2223.89 PASS AF=0.986111;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0669685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.957;QD=61.7746;RBI=0.0794631;REFB=-0.0622878;REVB=0.0427738;RO=2;SAF=81;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115951;STB=0.506097;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00134199;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:144:2:2:142:142:0.986111:61:81:2:0:61:81:2:0 chr10 15713667 . C G 207.21 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.02424;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.647;QD=22.401;RBI=0.0256039;REFB=-0.0181489;REVB=0.00824496;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162123;STB=0.558222;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0125461;OID=.;OPOS=15713667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:14:17:20:20:0.540541:14:6:7:7:14:6:7:10 chr10 16547058 . A G 2222.94 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0157215;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.534;QD=62.618;RBI=0.0176155;REFB=0.0521121;REVB=0.00794608;RO=0;SAF=77;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503225;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000210761;OID=.;OPOS=16547058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:142:0:1:141:141:0.992958:64:77:0:0:64:77:1:0 chr10 16556204 . C CAT 664.72 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=51;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314926;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.352;QD=60.4286;RBI=0.0555846;REFB=-0.0423993;REVB=0.0458024;RO=7;SAF=17;SAR=26;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301828;STB=0.50943;STBP=0.505;TYPE=ins;VARB=0.000647041;OID=.;OPOS=16556205;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.977273:43:51:43:44:1:17:26:0:1:5:7:17:26:2:5 chr10 16794623 . C T 658.33 PASS AF=0.444444;AO=72;DP=162;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0637215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.86;QD=16.2549;RBI=0.0637301;REFB=-0.00941122;REVB=0.00105023;RO=90;SAF=40;SAR=32;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777988;STB=0.543317;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0129652;OID=.;OPOS=16794623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:90:90:72:72:0.444444:32:40:43:47:32:40:43:47 chr10 16796919 . C A 1746.95 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.659;QD=60.2396;RBI=0.00425348;REFB=0;REVB=0.0012087;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09586e-06;OID=.;OPOS=16796919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:60:55:0:0:61:55:0:0 chr10 16882518 . T C 545.65 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0108294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.62;QD=17.1859;RBI=0.016536;REFB=-0.00825589;REVB=0.0124965;RO=68;SAF=26;SAR=32;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788169;STB=0.539997;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0101676;OID=.;OPOS=16882518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:69:58:58:0.456693:32:26:36:32:32:26:36:33 chr10 16918972 . A G 541.83 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00548524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.135;QD=18.2128;RBI=0.00549403;REFB=-0.00177481;REVB=0.000310669;RO=61;SAF=27;SAR=30;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779522;STB=0.538856;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00174192;OID=.;OPOS=16918972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:62:57:57:0.478992:30:27:34:27:30:27:34:28 chr10 16943371 . G A,C 1626.92 PASS AF=0.0357143,0.955357;AO=5,106;DP=112;FAO=4,107;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=2,41;FSAR=2,66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0198838,-0.0145188;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.313,226.403;QD=58.1041;RBI=0.0311356,0.0285506;REFB=-0.0189106,-0.0334964;REVB=0.0239596,0.0245834;RO=0;SAF=3,40;SAR=2,66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.599516,0.506023;STBP=0.533,0.272;TYPE=snp,snp;VARB=0.0421189,-0.000442591;OID=.,.;OPOS=16943371,16943371;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:112:112:0:1:5,106:4,107:0.0357143,0.955357:2,66:3,40:0:0:2,66:2,41:1:0 chr10 16967401 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.26;QD=57.3854;RBI=0.00564974;REFB=0;REVB=0.00388911;RO=0;SAF=16;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61921e-05;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:41:16:0:0:41:16:0:0 chr10 16979606 . G T 266.28 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0387954;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5322;QD=20.0967;RBI=0.0691532;REFB=-0.0365849;REVB=0.0572458;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331855;STB=0.509427;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0327621;OID=.;OPOS=16979606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:25:28:28:0.528302:14:14:12:14:14:14:12:13 chr10 16979661 . T C 1363.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425444;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.473;QD=61.9596;RBI=0.0452107;REFB=0;REVB=0.0152966;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131215;OID=.;OPOS=16979661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:88:0:0:84:88:1:47:37:0:0:51:37:0:0 chr10 16982061 . C T 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0101852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.342;QD=19.0496;RBI=0.0259348;REFB=-0.0142527;REVB=-0.0238511;RO=48;SAF=24;SAR=20;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558477;STB=0.531048;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0174261;OID=.;OPOS=16982061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:20:24:29:19:20:24:29:19 chr10 16990552 . G A 655.78 PASS AF=0.541667;AO=62;DP=112;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=0.0705478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4664;QD=21.8594;RBI=0.0785509;REFB=-0.0204727;REVB=0.0345434;RO=50;SAF=26;SAR=36;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119481;STB=0.577869;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0172509;OID=.;OPOS=16990552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:120:50:55:62:65:0.541667:36:26:14:36:38:27:14:41 chr10 17113563 . C T 503.64 PASS AF=0.379747;AO=60;DP=162;FAO=60;FDP=158;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=63;FWDB=0.00844626;FXX=0.030673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6185;QD=12.7504;RBI=0.0313831;REFB=-0.010166;REVB=-0.0302252;RO=98;SAF=22;SAR=38;SRF=35;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112656;STB=0.506379;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.016502;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:158:98:98:60:60:0.379747:38:22:35:63:38:22:35:63 chr10 17147521 . G T 560.48 PASS AF=0.421053;AO=63;DP=153;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0019175;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6672;QD=14.7494;RBI=0.0272721;REFB=-0.00468047;REVB=-0.0272046;RO=86;SAF=26;SAR=37;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550597;STB=0.528659;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00707091;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:86:88:63:64:0.421053:37:26:40:46:38:26:40:48 chr10 17156151 . A G 475.55 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0114313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.757;QD=19.2143;RBI=0.0131882;REFB=0.00549715;REVB=-0.00657669;RO=52;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102455;STB=0.55696;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00684522;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:22:25:22:30:22:25:22:30 chr10 17210822 . A C 676.75 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.22;QD=60.1553;RBI=0.0476353;REFB=-0.0710649;REVB=0.0464917;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.51219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000619225;OID=.;OPOS=17210822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:24:20:0:0:24:20:1:0 chr10 17256290 . TG GT,TT 59.58 PASS AF=0.0518519,0.0740741;AO=7,11;DP=136;FAO=7,10;FDP=135;FR=.;FRO=118;FSAF=6,9;FSAR=1,1;FSRF=58;FSRR=60;FWDB=-0.00622366,-0.0341161;FXX=0.0217376;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=64.0403,152.029;QD=1.76539;RBI=0.0506493,0.0379801;REFB=-0.00369626,-0.000189299;REVB=-0.0502655,-0.0166907;RO=100;SAF=6,10;SAR=1,1;SRF=42;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.435605,0.557017;STB=0.850145,0.890424;STBP=0.095,0.011;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.102841,0.119537;OID=.,.;OPOS=17256290,17256291;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:136:135:100:118:7,11:7,10:0.0518519,0.0740741:1,1:6,10:42:58:1,1:6,9:58:60 chr10 17256343 . TTAAAAAAT TAAAAAT,TTAAAAAT,TTAAAATTA,TTTAAAAAT 271.97 PASS AF=0,0.980769,0.0192308,0;AO=16,15,10,10;DP=96;FAO=0,51,1,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41,0,0;FSAR=0,10,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.211156,0.204274,0.0420056,0.385967;FXX=0.380907;HRUN=5,6,6,6;LEN=2,1,3,1;MLLD=12.0667,7.30625,37.7444,4.2366;QD=20.9209;RBI=0.223968,0.211838,0.0543269,0.40683;REFB=0.0305642,0.0139321,-0.00661538,-0.00815666;REVB=-0.0746649,0.0561047,-0.034452,0.128609;RO=12;SAF=15,12,0,0;SAR=1,3,10,10;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0.34252,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0628826,-0.160746,-0.850092,-0.850092;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0,0.0124495,0.0515296,0.0293404;OID=.,.,.,.;OPOS=17256344,17256345,17256349,17256345;OREF=TA,A,AAT,A;OALT=-,-,TTA,T;OMAPALT=TAAAAAT,TTAAAAAT,TTAAAATTA,TTTAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.980769,0.0192308,0:16,15,10,10:96:0,51,1,0:52:0:0,41,0,0:0,10,1,0:0:0:12:12:15,12,0,0:1,3,10,10:11:1 chr10 17659131 . C A 69.32 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0194623;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.0115;QD=30.8109;RBI=0.0470072;REFB=-0.111447;REVB=-0.042789;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.015393;OID=.;OPOS=17659131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:6:2:0:1:6:2:0:1 chr10 17659148 . TC T,TG,TT 100.66 PASS AF=0,0.2,0.8;AO=2,2,6;DP=10;FAO=0,2,8;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,3;FSAR=0,2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065509,0.0700439,0.0682359;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=94.1488,77.7201,113.014;QD=40.2648;RBI=0.0737577,0.0754034,0.185534;REFB=0,0,0;REVB=0.0338936,0.0279202,0.17253;RO=0;SAF=0,0,3;SAR=2,2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,-0.0516327,0.0130187;OID=.,.,.;OPOS=17659149,17659149,17659149;OREF=C,C,C;OALT=-,G,T;OMAPALT=T,TG,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.2,0.8:2,2,6:10:0,2,8:10:0:0,0,3:0,2,5:0:0:10:0:0,0,3:2,2,3:0:0 chr10 17756596 . T C 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4519;QD=58.5967;RBI=0.0788784;REFB=0;REVB=0.076328;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740922;OID=.;OPOS=17756596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr10 17891705 . A G 2867.82 PASS AF=0.994565;AO=182;DP=183;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=123;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4568;QD=62.3439;RBI=0.0293406;REFB=-0.0793701;REVB=-0.0244679;RO=0;SAF=60;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.77612e-08;STB=0.504132;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000197966;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:184:0:1:182:183:0.994565:122:60:0:0:123:60:1:0 chr10 17891731 . T C 30.02 PASS AF=0.0655738;AO=12;DP=183;FAO=12;FDP=183;FR=.;FRO=171;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=110;FWDB=-0.0274216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1327;QD=0.656244;RBI=0.0278287;REFB=-0.00108815;REVB=-0.00474266;RO=164;SAF=2;SAR=10;SRF=55;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223165;STB=0.723713;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0147562;OID=.;OPOS=17891731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:183:183:164:171:12:12:0.0655738:10:2:55:109:10:2:61:110 chr10 18122716 . A G 972.5 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0355251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1347;QD=54.7886;RBI=0.0497935;REFB=-0.181146;REVB=0.0348907;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521121;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00451307;OID=.;OPOS=18122716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:71:71:0:3:68:68:0.957746:34:34:0:0:34:34:0:3 chr10 18138639 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2842;QD=35.5759;RBI=0.0743087;REFB=0;REVB=0.0725843;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00744;OID=.;OPOS=18138639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr10 18242304 . T C 1358.54 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.382;QD=62.4617;RBI=0.0302768;REFB=0;REVB=0.00900238;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04047e-05;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr10 18439808 . T G 72.47 PASS AF=0.409091;AO=13;DP=26;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00908081;FXX=0.153787;HRUN=25;LEN=1;MLLD=86.7602;QD=13.176;RBI=0.0165174;REFB=-0.0287132;REVB=-0.0137972;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136804;STB=0.705442;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0303471;OID=.;OPOS=18439808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:26:22:13:13:13:9:0.409091:7:6:4:9:3:6:4:9 chr10 18829981 . A ATGTT 1413.12 PASS AF=0.834646;AO=102;DP=133;FAO=106;FDP=127;FR=.;FRO=21;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00537413;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=4;MLLD=228.369;QD=44.5077;RBI=0.00561758;REFB=-0.00959958;REVB=0.00163583;RO=25;SAF=53;SAR=49;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029449;STB=0.505497;STBP=0.756;TYPE=ins;VARB=0.00175396;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.834646:102:133:106:127:21:54:52:10:11:99:25:53:49:11:14 chr10 18963038 . A G 421.79 PASS AF=0.385827;AO=49;DP=128;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=0.00467687;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.085;QD=13.2847;RBI=0.0163009;REFB=-0.0109735;REVB=-0.0156155;RO=78;SAF=23;SAR=26;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184844;STB=0.604417;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.013039;OID=.;OPOS=18963038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:78:78:49:49:0.385827:26:23:50:28:26:23:50:28 chr10 19492832 . A C 1135.05 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.966;QD=60.5358;RBI=0.0646515;REFB=0;REVB=0.00182221;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14197e-05;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:72:75:1:47:25:0:0:50:25:0:0 chr10 19498278 . G A 1628.15 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454418;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.217;QD=60.3017;RBI=0.00556163;REFB=0;REVB=0.00320657;RO=0;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63614e-05;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:65:42:0:0:66:42:0:0 chr10 19620407 . A C 3376.94 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2275;QD=61.9623;RBI=0.0384071;REFB=0;REVB=0.0221082;RO=1;SAF=89;SAR=128;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00532314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408207;OID=.;OPOS=19620407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:218:218:1:0:217:218:1:128:89:1:0:128:90:0:0 chr10 19620439 . A G 3337.77 PASS AF=1;AO=214;DP=219;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118995;FXX=0.0227262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.783;QD=62.098;RBI=0.0376128;REFB=-0.0276012;REVB=-0.0356808;RO=0;SAF=96;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73936e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.91927e-06;OID=.;OPOS=19620439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:219:215:0:0:214:215:1:118:96:0:0:118:97:0:0 chr10 19636869 . G T 727.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0654626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0087;QD=63.2774;RBI=0.0661248;REFB=0;REVB=-0.00933434;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000672191;OID=.;OPOS=19636869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr10 19641035 . T C 2370.39 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00937872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.916;QD=64.0645;RBI=0.034589;REFB=0;REVB=0.0332932;RO=0;SAF=76;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20218e-05;OID=.;OPOS=19641035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:147:148:1:71:76:0:0:72:76:0:0 chr10 19678286 . C T 2031.6 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334623;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.405;QD=62.5109;RBI=0.0368009;REFB=0;REVB=0.0153159;RO=0;SAF=53;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15489e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8059e-05;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:77:53:0:0:77:53:0:0 chr10 19678497 . G A 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.393;QD=60.8825;RBI=0.0184897;REFB=0;REVB=0.0154187;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28074e-05;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr10 19778056 . G A 1986.84 PASS AF=0.549133;AO=181;DP=329;FAO=190;FDP=346;FR=.;FRO=156;FSAF=52;FSAR=138;FSRF=61;FSRR=95;FWDB=0.0431115;FXX=0.00288176;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2747;QD=22.9693;RBI=0.050292;REFB=-0.00392965;REVB=0.0258977;RO=148;SAF=49;SAR=132;SRF=62;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143556;STB=0.56275;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00320552;OID=.;OPOS=19778056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:346:148:156:181:190:0.549133:132:49:62:86:138:52:61:95 chr10 19778072 . A G 2979.14 PASS AF=0.980198;AO=198;DP=203;FAO=198;FDP=202;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=123;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0189093;FXX=0.00492587;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.331;QD=58.9928;RBI=0.0196729;REFB=0.0127386;REVB=0.00542795;RO=4;SAF=75;SAR=123;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247184;STB=0.512986;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=4.28934e-05;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:203:202:4:4:198:198:0.980198:123:75:4:0:123:75:4:0 chr10 20036605 . A AGT,G 119.8 PASS AF=1,0;AO=10,2;DP=27;FAO=10,0;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226888,-0.009173;FXX=0.333111;HRUN=0,2;LEN=2,1;MLLD=68.318,47.7234;QD=47.9202;RBI=0.0398775,0.00939718;REFB=0,0;REVB=0.0327938,-0.00204032;RO=14;SAF=6,2;SAR=4,0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.481119,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000176636,0;OID=.,.;OPOS=20036606,20036605;OREF=-,A;OALT=GT,G;OMAPALT=AGT,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:10:14:0:10,2:10,0:1,0:4,0:6,2:14:0:4,0:6,0:0:0 chr10 20500592 . T C 474.6 PASS AF=0.372549;AO=57;DP=153;FAO=57;FDP=153;FR=.;FRO=96;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.00866279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.931;QD=12.4078;RBI=0.0224387;REFB=-0.000398005;REVB=0.0206991;RO=94;SAF=26;SAR=31;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249032;STB=0.514518;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00066139;OID=.;OPOS=20500592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:94:96:57:57:0.372549:31:26:45:49:31:26:46:50 chr10 20534333 . A G 499.9 PASS AF=0.377358;AO=58;DP=157;FAO=60;FDP=159;FR=.;FRO=99;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=63;FWDB=-0.0111431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4605;QD=12.5761;RBI=0.0341011;REFB=-0.00540983;REVB=0.0322292;RO=98;SAF=21;SAR=37;SRF=35;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590748;STB=0.502033;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00842957;OID=.;OPOS=20534333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:98:99:58:60:0.377358:37:21:35:63:38:22:36:63 chr10 21071191 . G C 207.67 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=1.69709e-05;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.709;QD=15.1034;RBI=0.0100186;REFB=-0.00793772;REVB=-0.0100185;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508818;STB=0.517227;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00945457;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:31:24:24:0.436364:10:14:19:11:10:14:19:12 chr10 21074275 . T A 457.79 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00916683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.537;QD=17.7783;RBI=0.0119134;REFB=-0.00235536;REVB=0.00760915;RO=54;SAF=24;SAR=25;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968393;STB=0.553776;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00229891;OID=.;OPOS=21074275;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:25:24:32:22:25:24:32:22 chr10 21074344 . A G 477.85 PASS AF=0.402985;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.0469223;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3657;QD=14.2641;RBI=0.0859044;REFB=0.00696866;REVB=0.0719573;RO=80;SAF=16;SAR=38;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291507;STB=0.664883;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00719991;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:80:80:54:54:0.402985:38:16:45:35:38:16:45:35 chr10 21074455 . T C 863.07 PASS AF=0.497143;AO=86;DP=175;FAO=87;FDP=175;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=-0.0129881;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.363;QD=19.7272;RBI=0.013844;REFB=-0.0118114;REVB=0.00479213;RO=87;SAF=29;SAR=57;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075979;STB=0.541657;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0126682;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:87:88:86:87:0.497143:57:29:36:51:58:29:36:52 chr10 21106560 . C G 88.79 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.014465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.141;QD=3.69966;RBI=0.0148788;REFB=-0.00639615;REVB=-0.00348439;RO=80;SAF=5;SAR=11;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240622;STB=0.659796;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0206076;OID=.;OPOS=21106560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:96:96:80:80:16:16:0.166667:11:5:40:40:11:5:40:40 chr10 21108377 . C T 719.5 PASS AF=0.489655;AO=71;DP=145;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=0.00582855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.53;QD=19.8484;RBI=0.0320121;REFB=-0.00492693;REVB=-0.031477;RO=74;SAF=39;SAR=32;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106819;STB=0.558825;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00387707;OID=.;OPOS=21108377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:74:74:71:71:0.489655:32:39:49:25:32:39:49:25 chr10 21157621 . G T 981.29 PASS AF=0.507853;AO=97;DP=191;FAO=97;FDP=191;FR=.;FRO=94;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0738462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8074;QD=20.5505;RBI=0.0960073;REFB=-0.0291023;REVB=-0.0613525;RO=93;SAF=43;SAR=54;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652587;STB=0.533312;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0282815;OID=.;OPOS=21157621;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:93:94:97:97:0.507853:54:43:48:45:54:43:48:46 chr10 21414892 . C G 513.9 PASS AF=0.466102;AO=54;DP=117;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00459844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.837;QD=17.4204;RBI=0.0257215;REFB=0.000190829;REVB=-0.0253071;RO=63;SAF=31;SAR=23;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646626;STB=0.529986;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.000290716;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:63:63:54:55:0.466102:23:31:32:31:24:31:32:31 chr10 21415006 . T C 1252.08 PASS AF=0.55;AO=117;DP=222;FAO=121;FDP=220;FR=.;FRO=99;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=-0.00768699;FXX=0.0222212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.56;QD=22.7651;RBI=0.00847103;REFB=-0.00852975;REVB=0.0035593;RO=97;SAF=59;SAR=58;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849909;STB=0.553189;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00688452;OID=.;OPOS=21415006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:220:97:99:117:121:0.55:58:59:39:58:59:62:39:60 chr10 21435340 . ACACT A 217.05 PASS AF=0.355263;AO=26;DP=81;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0036151;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=4;MLLD=254.095;QD=11.4236;RBI=0.00529269;REFB=-0.00192455;REVB=-0.00386569;RO=49;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155804;STB=0.564518;STBP=0.424;TYPE=del;VARB=0.00365123;OID=.;OPOS=21435341;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355263:26:81:27:76:49:12:15:17:32:99:49:12:14:16:33 chr10 21804788 . G A 323.66 PASS AF=0.523077;AO=32;DP=64;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0376589;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6935;QD=19.9172;RBI=0.0467999;REFB=0.00755681;REVB=-0.0277855;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175992;STB=0.512188;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00699837;OID=.;OPOS=21804788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:31:31:32:34:0.523077:19:13:12:19:20:14:12:19 chr10 21807002 . A T 42.25 PASS AF=0.181818;AO=16;DP=57;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.00796389;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=23.8471;QD=2.5603;RBI=0.162873;REFB=-0.0241191;REVB=-0.162678;RO=41;SAF=2;SAR=14;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369722;STB=0.651885;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.148937;OID=.;OPOS=21807002;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:57:66:41:54:16:12:0.181818:14:2:14:27:10:2:16:38 chr10 22498749 . A T 2077.32 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163226;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.935;QD=62.0096;RBI=0.0241288;REFB=-0.0695039;REVB=-0.0177699;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.504064;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000537561;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:134:0:1:133:133:0.992537:72:61:0:0:72:61:1:0 chr10 22823959 . G A 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0114723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.562;QD=25.6506;RBI=0.0117655;REFB=-0.00581403;REVB=-0.00260994;RO=18;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771509;STB=0.542822;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00471747;OID=.;OPOS=22823959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:15:10:9:9:15:10:9:9 chr10 22825596 . C T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=27;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.01877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8215;QD=51.5084;RBI=0.0415723;REFB=-0.0801621;REVB=0.0370937;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00327444;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:27:26:0.962963:16:11:0:0:15:11:0:1 chr10 22839628 . T C 578.23 PASS AF=0.455224;AO=60;DP=133;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0153116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.185;QD=17.2605;RBI=0.016658;REFB=-0.00937939;REVB=-0.00656079;RO=73;SAF=20;SAR=40;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972892;STB=0.547065;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0106719;OID=.;OPOS=22839628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:73:73:60:61:0.455224:40:20:31:42:40:21:31:42 chr10 23297252 . G A 1113.39 PASS AF=0.438406;AO=118;DP=273;FAO=121;FDP=276;FR=.;FRO=155;FSAF=35;FSAR=86;FSRF=61;FSRR=94;FWDB=-0.00260651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8634;QD=16.1361;RBI=0.0162791;REFB=-0.00569781;REVB=0.0160691;RO=146;SAF=35;SAR=83;SRF=61;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135457;STB=0.567177;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00880026;OID=.;OPOS=23297252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:276:146:155:118:121:0.438406:83:35:61:85:86:35:61:94 chr10 23556110 . A G 951.27 PASS AF=0.918919;AO=54;DP=75;FAO=68;FDP=74;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.044105;FXX=0.0133316;HRUN=6;LEN=1;MLLD=107.472;QD=51.4198;RBI=0.0678102;REFB=-0.102269;REVB=0.051507;RO=0;SAF=14;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531074;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0023438;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:75:74:0:6:54:68:0.918919:40:14:0:0:46:22:4:2 chr10 23633566 . C A 3120.39 PASS AF=0.98995;AO=197;DP=199;FAO=197;FDP=199;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00288945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.965;QD=62.7214;RBI=0.0360941;REFB=-0.0412867;REVB=0.0359783;RO=2;SAF=97;SAR=100;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000145804;STB=0.500077;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000199973;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:199:199:2:2:197:197:0.98995:100:97:1:1:100:97:1:1 chr10 23688486 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.607;QD=50.4132;RBI=0.0599618;REFB=0;REVB=0.0587473;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300536;OID=.;OPOS=23688486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr10 23688521 . T C 229.35 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193997;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.648;QD=50.9667;RBI=0.0224611;REFB=0;REVB=0.0113204;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244138;OID=.;OPOS=23688521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:7:11:0:0 chr10 23688542 . T A 168.09 PASS AF=1;AO=8;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233649;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.1333;QD=44.8243;RBI=0.114559;REFB=0;REVB=0.11215;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00749756;OID=.;OPOS=23688542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:8:15:1:6:2:0:0:7:8:0:0 chr10 24564653 . C T 340.83 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.831;QD=54.533;RBI=0.0185073;REFB=0;REVB=0.0177706;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60415e-05;OID=.;OPOS=24564653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:14:11:0:0 chr10 24762465 . A G 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00826639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.995;QD=13.7843;RBI=0.00844737;REFB=-0.0115016;REVB=-0.00173919;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206154;STB=0.511801;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0126043;OID=.;OPOS=24762465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:10:13:18:15:10:13:18:15 chr10 24790393 . A G 874.37 PASS AF=0.540881;AO=86;DP=159;FAO=86;FDP=159;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=-0.0148024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.694;QD=21.9966;RBI=0.0153911;REFB=-0.00944638;REVB=-0.0042159;RO=73;SAF=28;SAR=58;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416118;STB=0.522774;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00775226;OID=.;OPOS=24790393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:73:73:86:86:0.540881:58:28:27:46:58:28:27:46 chr10 24873150 . AATA AA,AAT 84.04 PASS AF=1,0;AO=5,2;DP=9;FAO=9,0;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126481,0.117386;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=173.814,156.019;QD=37.3494;RBI=0.171753,0.149758;REFB=0,0;REVB=0.116197,0.0929941;RO=0;SAF=4,0;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00223115,0;OID=.,.;OPOS=24873151,24873153;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=AA,AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:5,2:9:9,0:9:0:5,0:4,0:0:0:4:0:4,0:1,2:0:0 chr10 24873369 . C G 262.05 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0026386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.934;QD=12.4784;RBI=0.0391291;REFB=-0.0139912;REVB=0.03904;RO=53;SAF=10;SAR=21;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152717;STB=0.58808;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0197862;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:21:10:24:29:21:10:24:29 chr10 24879281 . A G 1496.44 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.351;QD=58.6841;RBI=0.0163181;REFB=0;REVB=0.00944326;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38358e-05;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:102:0:0:90:102:1:50:40:0:0:56:46:0:0 chr10 24908686 . T C 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.026067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5075;QD=13.7262;RBI=0.0557789;REFB=-0.00270395;REVB=-0.0493132;RO=36;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217585;STB=0.625075;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0034292;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:18:7:17:19:18:7:17:19 chr10 24929141 . G A 3209.93 PASS AF=0.985915;AO=209;DP=213;FAO=210;FDP=213;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=120;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0178437;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.112;QD=60.2804;RBI=0.0298391;REFB=-0.0722801;REVB=0.0239161;RO=3;SAF=89;SAR=120;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00663004;STB=0.50342;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.000389708;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:213:213:3:3:209:210:0.985915:120:89:2:1:120:90:2:1 chr10 25284693 . G T 151.46 PASS AF=0.291667;AO=19;DP=71;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0167493;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.089;QD=8.41426;RBI=0.0423712;REFB=-0.00898268;REVB=-0.0389202;RO=51;SAF=12;SAR=7;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12648;STB=0.615272;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0199604;OID=.;OPOS=25284693;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:51:51:19:21:0.291667:7:12:27:24:7:14:26:25 chr10 25312689 . A G 349.59 PASS AF=0.493333;AO=34;DP=72;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0171416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3481;QD=18.6446;RBI=0.029244;REFB=-0.0121828;REVB=0.0236935;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446841;STB=0.53317;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0132439;OID=.;OPOS=25312689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:38:38:34:37:0.493333:19:15:15:23:20:17:15:23 chr10 25313818 . C T 60.88 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0247166;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5215;QD=15.2193;RBI=0.0542616;REFB=0.00600243;REVB=0.0483054;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105859;STB=0.562346;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0183916;OID=.;OPOS=25313818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:16:8:8:8:8:0.5:4:4:3:5:4:4:3:5 chr10 25314538 . A C 253.63 PASS AF=0.482759;AO=21;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.279146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.316;QD=17.4918;RBI=0.281678;REFB=0.00625311;REVB=0.0376839;RO=26;SAF=4;SAR=17;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161452;STB=0.503863;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00284292;OID=.;OPOS=25314538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:30:21:28:0.482759:17:4:8:18:17:11:12:18 chr10 25314637 . G C 595.54 PASS AF=0.407186;AO=68;DP=167;FAO=68;FDP=167;FR=.;FRO=99;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=0.00288784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.821;QD=14.2645;RBI=0.00930686;REFB=-0.0103393;REVB=0.00884749;RO=99;SAF=39;SAR=29;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146524;STB=0.58227;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0138993;OID=.;OPOS=25314637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:99:99:68:68:0.407186:29:39:43:56:29:39:43:56 chr10 25701341 . C G 573.44 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.000413226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2441;QD=17.1176;RBI=0.0292245;REFB=-0.00286803;REVB=-0.0292215;RO=72;SAF=28;SAR=33;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120557;STB=0.570467;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00277624;OID=.;OPOS=25701341;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:72:73:61:61:0.455224:33:28:42:30:33:28:43:30 chr10 25861632 . C T 816.42 PASS AF=0.454545;AO=84;DP=187;FAO=85;FDP=187;FR=.;FRO=102;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0345014;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7115;QD=17.4635;RBI=0.0586409;REFB=-0.0165983;REVB=-0.0474173;RO=101;SAF=43;SAR=41;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457816;STB=0.53098;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0194189;OID=.;OPOS=25861632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:101:102:84:85:0.454545:41:43:47:54:41:44:47:55 chr10 25888180 . A G 272.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.734;QD=51.907;RBI=0.0739828;REFB=0;REVB=0.0387835;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623003;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr10 25891000 . TA T 282.96 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.106735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.5795;QD=8.2018;RBI=0.108625;REFB=0.00315196;REVB=-0.0201774;RO=81;SAF=26;SAR=29;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743827;STB=0.541684;STBP=0.436;TYPE=del;VARB=-0.00596193;OID=.;OPOS=25891001;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.398551:55:138:55:138:83:26:29:45:38:99:81:26:29:44:37 chr10 26102829 . G A 204.54 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00703902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.113;QD=15.7337;RBI=0.00896029;REFB=-0.00420034;REVB=0.00554427;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812293;STB=0.546178;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0057512;OID=.;OPOS=26102829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:13:10:15:14:13:10:15:14 chr10 26355992 . A G 271.99 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0131483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.966;QD=19.4278;RBI=0.0131609;REFB=-0.0114927;REVB=0.000575751;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023074;STB=0.526298;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00400096;OID=.;OPOS=26355992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:27:29:29:0.517857:19:10:8:17:19:10:8:19 chr10 26357748 . G A 243.33 PASS AF=0.381579;AO=28;DP=75;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00784855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.734;QD=12.807;RBI=0.0078501;REFB=-0.00554444;REVB=-0.00015619;RO=47;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303043;STB=0.525674;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00708474;OID=.;OPOS=26357748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:47:47:28:29:0.381579:18:10:18:29:19:10:18:29 chr10 26991067 . CG C 289.0 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0915576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1876;QD=52.546;RBI=0.106428;REFB=0;REVB=-0.0542594;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00514229;OID=.;OPOS=26991068;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:22:22:22:0:10:12:0:0:4:0:10:12:0:0 chr10 27303605 . A T 373.74 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0567645;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3141;QD=15.1004;RBI=0.0621253;REFB=-0.00370721;REVB=0.0252455;RO=59;SAF=18;SAR=22;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114734;STB=0.564922;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00516923;OID=.;OPOS=27303605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:59:40:40:0.40404:22:18:33:26:22:18:33:26 chr10 27317840 . C T 255.73 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0551572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4344;QD=15.7371;RBI=0.0586504;REFB=0.00278029;REVB=0.0199387;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086808;STB=0.51336;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00402009;OID=.;OPOS=27317840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:13:16:19:16:13:16:19:17 chr10 27324405 . G A 510.91 PASS AF=0.477876;AO=53;DP=115;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00982409;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9526;QD=18.0854;RBI=0.0287639;REFB=-0.0046526;REVB=-0.0270342;RO=58;SAF=28;SAR=25;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428774;STB=0.514093;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00296951;OID=.;OPOS=27324405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:58:59:53:54:0.477876:25:28:28:30:26:28:29:30 chr10 27353007 . T C 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00220542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2555;QD=15.6187;RBI=0.00501907;REFB=-0.0294203;REVB=0.00450856;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119839;STB=0.568555;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0384664;OID=.;OPOS=27353007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:7:18:11:7:7:18 chr10 27377283 . A T 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00228159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.171;QD=22.4371;RBI=0.00381626;REFB=-0.0194384;REVB=0.00305912;RO=25;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167675;STB=0.59246;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0099107;OID=.;OPOS=27377283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:19:14:16:9:19:14:16:9 chr10 27381349 . T C 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-8.59632e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5172;QD=12.0827;RBI=0.057;REFB=-0.0293894;REVB=0.057;RO=35;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34346;STB=0.699289;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0412934;OID=.;OPOS=27381349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:6:15:14:21:6:15:14:21 chr10 27389197 . T C 1251.03 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253002;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.851;QD=61.7792;RBI=0.0340986;REFB=0;REVB=0.0228607;RO=0;SAF=19;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278764;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:62:19:0:0:62:19:0:0 chr10 27400861 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.431;QD=64.1535;RBI=0.0286426;REFB=0;REVB=-0.0075969;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033168;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr10 27434483 . G A 461.85 PASS AF=0.455357;AO=49;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0435494;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.917;QD=16.4945;RBI=0.0436464;REFB=-0.00701446;REVB=-0.00290809;RO=57;SAF=22;SAR=27;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409797;STB=0.520497;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00905378;OID=.;OPOS=27434483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:61:49:51:0.455357:27:22:28:29:27:24:31:30 chr10 27443077 . GA GAA,G 30.06 PASS AF=0,0.448276;AO=3,12;DP=29;FAO=0,13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=0,7;FSAR=0,6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.111799,0.117475;FXX=0.0333222;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.2635,7.85181;QD=4.14611;RBI=0.1118,0.117502;REFB=0.0589355,-0.0605774;REVB=0.000385714,-0.00251572;RO=10;SAF=2,7;SAR=1,5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.181205,-0.184616;STB=0.5,0.58366;STBP=1,0.458;TYPE=ins,del;VARB=-0.0103239,0.0983976;OID=.,.;OPOS=27443078,27443078;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=GAA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.448276:3,12:29:0,13:29:16:0,7:0,6:11:5:31:10:2,7:1,5:8:2 chr10 27458898 . C A 189.29 PASS AF=0.418182;AO=19;DP=51;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00572869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.316;QD=13.7669;RBI=0.00863276;REFB=-0.0256659;REVB=0.00645808;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164237;STB=0.536595;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0391394;OID=.;OPOS=27458898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:32:32:19:23:0.418182:11:8:13:19:15:8:13:19 chr10 27459670 . C T 173.7 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.036738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.246;QD=19.3006;RBI=0.0403382;REFB=0.00177226;REVB=-0.016658;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00283617;OID=.;OPOS=27459670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:18:17:18:0.5:10:7:7:10:11:7:7:11 chr10 27475444 . T C 411.62 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00285763;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.53;QD=18.093;RBI=0.0209337;REFB=-6.14363e-05;REVB=0.0207377;RO=49;SAF=22;SAR=20;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524088;STB=0.529275;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000163222;OID=.;OPOS=27475444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:49:49:42:42:0.461538:20:22:23:26:20:22:23:26 chr10 27475693 . T C 99.23 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0217693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.82;QD=6.50714;RBI=0.0218841;REFB=-0.00854553;REVB=-0.00223869;RO=44;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126412;STB=0.597567;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0165755;OID=.;OPOS=27475693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:46:15:15:0.245902:10:5:19:25:10:5:21:25 chr10 27499771 . G A 560.35 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0421712;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.892;QD=21.761;RBI=0.0424657;REFB=-0.00417709;REVB=0.00499256;RO=46;SAF=34;SAR=22;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2293;STB=0.630016;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00464592;OID=.;OPOS=27499771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:46:47:56:56:0.543689:22:34:15:31:22:34:15:32 chr10 27499804 . T C 622.34 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0150574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.247;QD=21.4599;RBI=0.0288865;REFB=-0.0253785;REVB=-0.0246516;RO=53;SAF=42;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213821;STB=0.613997;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0293036;OID=.;OPOS=27499804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:53:54:62:62:0.534483:20:42:23:30:20:42:24:30 chr10 27499979 . G T 181.34 PASS AF=0.359375;AO=24;DP=62;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.064288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8221;QD=11.334;RBI=0.064919;REFB=-0.010794;REVB=-0.00902973;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841905;STB=0.540948;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0150074;OID=.;OPOS=27499979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:38:41:24:23:0.359375:12:12:16:22:12:11:17:24 chr10 27506961 . G A 522.16 PASS AF=0.482759;AO=55;DP=113;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0272397;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.682;QD=18.0055;RBI=0.0298114;REFB=-5.12818e-05;REVB=0.0121128;RO=58;SAF=16;SAR=39;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945636;STB=0.556347;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000263475;OID=.;OPOS=27506961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:58:60:55:56:0.482759:39:16:22:36:39:17:24:36 chr10 27508758 . T C 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0144877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9644;QD=19.8663;RBI=0.0470064;REFB=0.0051445;REVB=0.0447181;RO=32;SAF=29;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293691;STB=0.654935;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00594543;OID=.;OPOS=27508758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:34:36:36:0.514286:7:29:17:15:7:29:19:15 chr10 27538071 . TG CA 361.5 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00880078;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.031;QD=12.0501;RBI=0.0101308;REFB=0.00333812;REVB=-0.00501781;RO=76;SAF=23;SAR=21;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543403;STB=0.531023;STBP=0.639;TYPE=mnp;VARB=-0.00586087;OID=.;OPOS=27538071;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:76:76:44:44:0.366667:21:23:36:40:21:23:36:40 chr10 27538204 . T C 465.8 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0320272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.855;QD=16.6356;RBI=0.041683;REFB=-0.00876103;REVB=0.0266783;RO=61;SAF=17;SAR=34;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130906;STB=0.573219;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00960861;OID=.;OPOS=27538204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:51:51:0.455357:34:17:28:33:34:17:28:33 chr10 27538735 . G A 555.01 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0415752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7378;QD=20.0004;RBI=0.0771645;REFB=-0.00942532;REVB=0.0650067;RO=54;SAF=31;SAR=26;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602002;STB=0.533151;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0100433;OID=.;OPOS=27538735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:26:31:33:21:26:31:33:21 chr10 27539137 . T C 213.22 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0139471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.254;QD=12.5425;RBI=0.017364;REFB=0.00438272;REVB=-0.0103434;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158001;STB=0.595773;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00687041;OID=.;OPOS=27539137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:14:12:13:28:14:12:13:29 chr10 27539166 . G A 162.35 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00472458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.198;QD=12.026;RBI=0.00747809;REFB=-0.0100633;REVB=-0.00579657;RO=34;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189649;STB=0.592503;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0130016;OID=.;OPOS=27539166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:34:19:20:0.37037:9:10:12:22:10:10:12:22 chr10 27687534 . C CT,CTT 119.69 PASS AF=0.658537,0;AO=17,9;DP=40;FAO=27,0;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=17,0;FSAR=10,0;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0855733,-0.046477;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.44,10.6196;QD=11.677;RBI=0.195334,0.105876;REFB=-0.0205208,-0.0113726;REVB=-0.175592,-0.0951295;RO=14;SAF=12,4;SAR=5,5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.289578,0.0910242;STB=0.594772,0.5;STBP=0.102,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0219668,0.0662527;OID=.,.;OPOS=27687535,27687535;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.658537,0:17,9:40:27,0:41:14:17,0:10,0:5:9:26:14:12,4:5,5:5:9 chr10 27687775 . T C 1228.62 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0171479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8338;QD=58.5057;RBI=0.0354974;REFB=-0.162828;REVB=0.0310808;RO=2;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019722;STB=0.510202;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00145374;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:84:84:2:2:81:82:0.97619:47:34:0:2:48:34:0:2 chr10 27692205 . G A 526.44 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0205763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.871;QD=16.0744;RBI=0.0350398;REFB=-0.0112073;REVB=-0.028362;RO=73;SAF=33;SAR=24;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168043;STB=0.590041;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00985804;OID=.;OPOS=27692205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:74:57:57:0.435115:24:33:30:43:24:33:31:43 chr10 27692279 . A C 641.54 PASS AF=0.452055;AO=64;DP=143;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0227218;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.156;QD=17.5763;RBI=0.0241779;REFB=-0.00445826;REVB=-0.00826386;RO=78;SAF=25;SAR=39;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592584;STB=0.524724;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00487544;OID=.;OPOS=27692279;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:146:78:80:64:66:0.452055:39:25:35:43:40:26:35:45 chr10 27702624 . G T 158.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0286778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.591;QD=17.612;RBI=0.0303101;REFB=-0.00871406;REVB=0.0098125;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265834;STB=0.527919;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0112194;OID=.;OPOS=27702624;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:18:17:18:0.5:8:9:9:9:8:10:9:9 chr10 27794104 . T G 251.78 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=35;FWDB=-0.00586707;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.399;QD=14.5958;RBI=0.00913083;REFB=-0.00483844;REVB=-0.0069964;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317846;STB=0.69705;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0046495;OID=.;OPOS=27794104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:40:29:29:0.42029:16:13:6:33:16:13:5:35 chr10 28378758 . T C 1109.74 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0519909;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.245;QD=57.6486;RBI=0.052006;REFB=-0.0110363;REVB=0.00125279;RO=2;SAF=22;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121762;STB=0.506438;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000129337;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:77:2:2:75:75:0.974026:53:22:1:1:53:22:1:1 chr10 28731618 . T C 456.45 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0445441;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.094;QD=20.0638;RBI=0.0496086;REFB=-0.0252109;REVB=0.0218365;RO=46;SAF=16;SAR=29;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138551;STB=0.507689;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0231574;OID=.;OPOS=28731618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:29:16:17:29:29:16:17:29 chr10 28909299 . GTT GT,GTA 1129.38 PASS AF=1,0;AO=72,3;DP=78;FAO=78,0;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511461,-0.142274;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.8004,5.33063;QD=57.917;RBI=0.071261,0.142334;REFB=0,0;REVB=-0.0496206,-0.00414402;RO=1;SAF=38,3;SAR=34,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0137071,0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00144076,0;OID=.,.;OPOS=28909300,28909301;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:72,3:78:78,0:78:0:41,0:37,0:0:0:6:1:38,3:34,0:0:1 chr10 28971525 . CTTTT CTTT,CTTTA 257.0 PASS AF=0.733333,0.233333;AO=16,8;DP=30;FAO=22,7;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9,6;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.325481,-0.180881;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.4501,10.483;QD=34.2669;RBI=0.337241,0.180889;REFB=-0.0201856,-0.121456;REVB=0.0882808,-0.00174877;RO=0;SAF=6,6;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.58669e-08;STB=0.518502,0.666107;STBP=0.518,0.137;TYPE=del,snp;VARB=-0.018961,-0.0233376;OID=.,.;OPOS=28971526,28971529;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTT,CTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.733333,0.233333:16,8:30:22,7:30:1:9,6:13,1:0:1:30:0:6,6:10,2:0:0 chr10 29162178 . T C 1069.56 PASS AF=0.470085;AO=110;DP=228;FAO=110;FDP=234;FR=.;FRO=124;FSAF=68;FSAR=42;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=-0.00303348;FXX=0.00425514;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.399;QD=18.2831;RBI=0.00327728;REFB=-0.0221972;REVB=-0.00124039;RO=113;SAF=67;SAR=43;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906069;STB=0.542808;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0180664;OID=.;OPOS=29162178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:234:113:124:110:110:0.470085:43:67:58:55:42:68:67:57 chr10 29163413 . G A 158.67 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00557148;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.233;QD=16.2735;RBI=0.00627845;REFB=0.00697535;REVB=-0.00289441;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260212;STB=0.648799;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0114886;OID=.;OPOS=29163413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:7:15:7:10:7:15 chr10 29578084 . A G 1046.25 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0051926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2115;QD=58.1252;RBI=0.0857066;REFB=-0.0148441;REVB=-0.0855492;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00154684;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:0:1:71:71:0.986111:48:23:0:0:48:23:1:0 chr10 29581493 . A C 810.51 PASS AF=0.452128;AO=82;DP=186;FAO=85;FDP=188;FR=.;FRO=103;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.0349246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.704;QD=17.2449;RBI=0.0353657;REFB=-0.0156326;REVB=-0.00556838;RO=102;SAF=40;SAR=42;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367842;STB=0.53245;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0207042;OID=.;OPOS=29581493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:188:102:103:82:85:0.452128:42:40:46:56:42:43:46:57 chr10 29746346 . C CTGTT,T 168.11 PASS AF=0.328125,0.03125;AO=19,3;DP=65;FAO=21,2;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12,2;FSAR=9,0;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0116287,-0.0162026;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=245.853,58.8009;QD=10.5069;RBI=0.025343,0.026354;REFB=-0.000281915,0.00919141;REVB=0.0225176,-0.0207848;RO=42;SAF=11,2;SAR=8,1;SRF=14;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.279401,0.316828;STB=0.648514,0.996301;STBP=0.105,0.056;TYPE=ins,snp;VARB=0.000235011,-0.0055478;OID=.,.;OPOS=29746347,29746346;OREF=-,C;OALT=TGTT,T;OMAPALT=CTGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:42:41:19,3:21,2:0.328125,0.03125:8,1:11,2:14:28:9,0:12,2:14:27 chr10 29747417 . C T 461.51 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.000710333;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.254;QD=17.2527;RBI=0.0052668;REFB=-0.0122545;REVB=0.00521868;RO=55;SAF=26;SAR=24;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00686683;STB=0.503369;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0156896;OID=.;OPOS=29747417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:55:57:50:50:0.46729:24:26:29:26:24:26:30:27 chr10 29754609 . T C 484.34 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.00428259;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.474;QD=16.0114;RBI=0.0104023;REFB=-0.00252691;REVB=0.00947985;RO=68;SAF=24;SAR=29;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720669;STB=0.540251;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00273863;OID=.;OPOS=29754609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:68:68:53:53:0.438017:29:24:26:42:29:24:26:42 chr10 29754644 . T C 321.77 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=112;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.00466356;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.766;QD=11.5952;RBI=0.0122391;REFB=-0.0153339;REVB=-0.0113158;RO=71;SAF=19;SAR=21;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106889;STB=0.561079;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0259641;OID=.;OPOS=29754644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:71:71:40:40:0.36036:21:19:27:44:21:19:27:44 chr10 29783885 . A G 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0127406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.395;QD=16.769;RBI=0.0164437;REFB=-0.00869858;REVB=0.0103958;RO=55;SAF=18;SAR=25;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197898;STB=0.60573;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0089101;OID=.;OPOS=29783885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:56:43:43:0.434343:25:18:34:21:25:18:34:22 chr10 29784072 . G C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.604;QD=58.5878;RBI=0.0110598;REFB=0;REVB=0.00560648;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75634e-05;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr10 29784114 . T C 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5682;QD=58.5811;RBI=0.0163915;REFB=0;REVB=-0.00747484;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16046e-05;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr10 29822032 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.832;QD=47.8191;RBI=0.0380987;REFB=0;REVB=-0.0360701;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000520998;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr10 29833998 . A G 382.99 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00421069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.58;QD=17.4085;RBI=0.00463541;REFB=-0.00678236;REVB=0.00193833;RO=48;SAF=18;SAR=22;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169195;STB=0.594548;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0104777;OID=.;OPOS=29833998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:22:18:30:18:22:18:30:18 chr10 29834003 . G A 320.08 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0113858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.139;QD=16.0039;RBI=0.0250242;REFB=-0.0319733;REVB=-0.022284;RO=44;SAF=14;SAR=21;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231397;STB=0.635392;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0188312;OID=.;OPOS=29834003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:45:35:35:0.4375:21:14:28:16:21:14:29:16 chr10 29839787 . A G 531.27 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0065927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.372;QD=18.641;RBI=0.0098393;REFB=-0.0216665;REVB=-0.00730398;RO=58;SAF=34;SAR=22;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364362;STB=0.520175;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0250379;OID=.;OPOS=29839787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:22:34:33:25:22:34:33:25 chr10 29839864 . A C 793.35 PASS AF=0.463687;AO=83;DP=179;FAO=83;FDP=179;FR=.;FRO=96;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.00428044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9497;QD=17.7285;RBI=0.0469728;REFB=0.0020592;REVB=-0.0467774;RO=95;SAF=49;SAR=34;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123548;STB=0.571295;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00348764;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:95:96:83:83:0.463687:34:49:44:51:34:49:44:52 chr10 29840038 . A G 830.41 PASS AF=0.525316;AO=83;DP=157;FAO=83;FDP=158;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=53;FWDB=-0.0043828;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.577;QD=21.0231;RBI=0.00461473;REFB=-0.00410363;REVB=-0.00144457;RO=74;SAF=47;SAR=36;SRF=21;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239503;STB=0.627389;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00524546;OID=.;OPOS=29840038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:74:75:83:83:0.525316:36:47:21:53:36:47:22:53 chr10 29840164 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00457025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.888;QD=9.76038;RBI=0.0160671;REFB=-0.0084924;REVB=0.0154033;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196632;STB=0.618737;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0114608;OID=.;OPOS=29840164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:3:9:4:3:3:9 chr10 29843833 . C T 328.13 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00879313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1243;QD=17.9794;RBI=0.0281319;REFB=-0.00962644;REVB=-0.0267224;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137935;STB=0.505127;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0104776;OID=.;OPOS=29843833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:38:35:35:0.479452:19:16:17:19:19:16:17:21 chr10 30306804 . G A 387.82 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0382491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.765;QD=18.4674;RBI=0.0384034;REFB=0.0130188;REVB=-0.00343925;RO=44;SAF=12;SAR=28;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115213;STB=0.564483;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0131118;OID=.;OPOS=30306804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:28:12:18:26:28:12:18:26 chr10 30316072 . C G 801.8 PASS AF=0.529412;AO=80;DP=152;FAO=81;FDP=153;FR=.;FRO=72;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0192679;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3465;QD=20.962;RBI=0.0503931;REFB=-0.00488767;REVB=-0.0465641;RO=70;SAF=43;SAR=37;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910859;STB=0.551341;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0042258;OID=.;OPOS=30316072;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:70:72:80:81:0.529412:37:43:45:25:38:43:46:26 chr10 30316208 . T C 395.06 PASS AF=0.441176;AO=42;DP=100;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00308391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.632;QD=15.4925;RBI=0.00387198;REFB=-0.0240546;REVB=-0.00234131;RO=58;SAF=24;SAR=18;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109241;STB=0.545831;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0335163;OID=.;OPOS=30316208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:58:57:42:45:0.441176:18:24:27:31:20:25:27:30 chr10 30316872 . T C 655.49 PASS AF=0.455782;AO=67;DP=147;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.00395063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.699;QD=17.8364;RBI=0.0104798;REFB=-0.00283243;REVB=0.00970667;RO=80;SAF=14;SAR=53;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223533;STB=0.625451;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0034309;OID=.;OPOS=30316872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:80:80:67:67:0.455782:53:14:31:49:53:14:31:49 chr10 30317826 . A G 611.37 PASS AF=0.442953;AO=65;DP=148;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.0135126;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.583;QD=16.4126;RBI=0.0165019;REFB=-0.0142525;REVB=-0.00947216;RO=82;SAF=36;SAR=29;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419259;STB=0.539272;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.014925;OID=.;OPOS=30317826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:82:83:65:66:0.442953:29:36:42:40:28:38:42:41 chr10 30317838 . A G 606.98 PASS AF=0.435897;AO=67;DP=155;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.017569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.147;QD=15.5636;RBI=0.0198872;REFB=-0.00284234;REVB=0.00931849;RO=88;SAF=37;SAR=30;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417802;STB=0.518555;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00159035;OID=.;OPOS=30317838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:88:88:67:68:0.435897:30:37:45:43:31:37:45:43 chr10 30317949 . C T 1019.99 PASS AF=0.507692;AO=98;DP=194;FAO=99;FDP=195;FR=.;FRO=96;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=0.000706832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.246;QD=20.9228;RBI=0.0326676;REFB=0.00489157;REVB=-0.03266;RO=93;SAF=52;SAR=46;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447395;STB=0.529006;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00567737;OID=.;OPOS=30317949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:93:96:98:99:0.507692:46:52:54:39:46:53:57:39 chr10 30629226 . G A 423.81 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.024919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.132;QD=21.1904;RBI=0.0251443;REFB=-0.00349293;REVB=0.00335835;RO=38;SAF=18;SAR=24;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217021;STB=0.619663;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00188783;OID=.;OPOS=30629226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:24:18:26:12:24:18:26:12 chr10 30918549 . G C 578.91 PASS AF=0.337963;AO=69;DP=214;FAO=73;FDP=216;FR=.;FRO=143;FSAF=50;FSAR=23;FSRF=93;FSRR=50;FWDB=0.0222178;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.93;QD=10.7206;RBI=0.0294894;REFB=0.000750073;REVB=-0.0193906;RO=142;SAF=46;SAR=23;SRF=92;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244484;STB=0.526005;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00149742;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:216:142:143:69:73:0.337963:23:46:92:50:23:50:93:50 chr10 30918597 . T C 337.72 PASS AF=0.25641;AO=52;DP=194;FAO=50;FDP=195;FR=.;FRO=145;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=89;FSRR=56;FWDB=-0.00639746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.668;QD=6.92758;RBI=0.0192947;REFB=0.00274525;REVB=-0.0182032;RO=141;SAF=30;SAR=22;SRF=89;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696625;STB=0.504884;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00824096;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:141:145:52:50:0.25641:22:30:89:52:19:31:89:56 chr10 30989188 . G C 1512.06 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.236;QD=63.6656;RBI=0.0587338;REFB=0;REVB=-0.00430478;RO=0;SAF=34;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40439e-05;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:58:34:0:0:59:36:0:0 chr10 30993448 . G A 700.26 PASS AF=0.507353;AO=69;DP=136;FAO=69;FDP=136;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.0377927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.503;QD=20.596;RBI=0.0516316;REFB=-0.0177162;REVB=0.0351786;RO=67;SAF=31;SAR=38;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118501;STB=0.565217;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0155212;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:67:67:69:69:0.507353:38:31:39:28:38:31:39:28 chr10 31134214 . A G 682.63 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=126;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00295466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.744;QD=21.5;RBI=0.0202438;REFB=-0.00886585;REVB=-0.020027;RO=59;SAF=33;SAR=34;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000863535;STB=0.504349;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00814505;OID=.;OPOS=31134214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:59:60:67:67:0.527559:34:33:29:30:34:33:29:31 chr10 32045045 . A C 900.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.574;QD=58.0787;RBI=0.0471912;REFB=0;REVB=0.00667897;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21914e-05;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:40:19:0:0:41:21:0:0 chr10 32345710 . G A 3671.79 PASS AF=0.991525;AO=234;DP=236;FAO=234;FDP=236;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=143;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0114394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8383;QD=62.2338;RBI=0.0217671;REFB=-0.101103;REVB=-0.0185188;RO=2;SAF=91;SAR=143;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103573;STB=0.505434;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000407588;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:236:236:2:2:234:234:0.991525:143:91:2:0:143:91:2:0 chr10 32635834 . G A 319.1 PASS AF=0.485714;AO=31;DP=67;FAO=34;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0144984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.689;QD=18.234;RBI=0.0533472;REFB=-0.0111424;REVB=-0.0513393;RO=23;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267483;STB=0.562139;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0136844;OID=.;OPOS=32635834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:23:36:31:34:0.485714:19:12:17:6:21:13:18:18 chr10 32699547 . A G 231.69 PASS AF=0.4;AO=25;DP=67;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0296158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.138;QD=13.2393;RBI=0.0372252;REFB=-0.0186998;REVB=0.0225527;RO=42;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43358;STB=0.717755;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0253867;OID=.;OPOS=32699547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:42:42:25:28:0.4:8:17:11:31:10:18:11:31 chr10 32745248 . A C 958.22 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0278422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.679;QD=57.2069;RBI=0.0353623;REFB=0.0339006;REVB=0.0218015;RO=1;SAF=26;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178244;STB=0.509431;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-7.28832e-05;OID=.;OPOS=32745248;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:40:26:1:0:40:26:1:0 chr10 32856746 . A C 365.11 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.637;QD=52.1589;RBI=0.0276219;REFB=-0.0677142;REVB=0.0195045;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000455498;OID=.;OPOS=32856746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:13:14:0:0:13:14:1:0 chr10 32974969 . A G 557.33 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0577712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5877;QD=51.8451;RBI=0.1136;REFB=-0.0840043;REVB=0.0978139;RO=2;SAF=20;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445938;STB=0.545431;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.028746;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:43:2:4:39:39:0.906977:19:20:2:0:19:20:4:0 chr10 33018351 . G A,C 1935.76 PASS AF=0.0314961,0.968504;AO=6,121;DP=127;FAO=4,123;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=1,44;FSAR=3,79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292884,-0.0103594;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.986,195.245;QD=60.9688;RBI=0.0300853,0.0103692;REFB=0,0;REVB=-0.00687879,0.000451304;RO=0;SAF=1,44;SAR=5,77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00964307,0.00166639;OID=.,.;OPOS=33018351,33018351;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:127:127:0:0:6,121:4,123:0.0314961,0.968504:5,77:1,44:0:0:3,79:1,44:0:0 chr10 33123824 . G C 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0626432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.949;QD=61.511;RBI=0.0630829;REFB=1.69525e-05;REVB=0.00743549;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159482;STB=0.508471;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000163759;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:29:19:0:1:29:19:0:1 chr10 33143396 . G A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6283;QD=60.6079;RBI=0.0309258;REFB=0;REVB=-0.0272826;RO=0;SAF=5;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111057;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:33:5:0:0:33:5:0:0 chr10 33190285 . G A 191.07 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.556;QD=47.7682;RBI=0.0280296;REFB=0;REVB=0.0136811;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367353;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr10 33200468 . G A 1593.45 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321847;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.96;QD=64.382;RBI=0.0335502;REFB=0;REVB=0.0094744;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179806;OID=.;OPOS=33200468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr10 33209266 . G T 1587.58 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.933;QD=64.1448;RBI=0.027049;REFB=0;REVB=-0.0210473;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.68673e-05;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:45:54:0:0:45:54:0:0 chr10 33466566 . C T 952.51 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.158;QD=58.6157;RBI=0.025804;REFB=0;REVB=-0.000884109;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13338e-05;OID=.;OPOS=33466566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:62:65:1:40:22:0:0:41:24:0:0 chr10 33466843 . T C 464.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1223;QD=58.0141;RBI=0.121768;REFB=0;REVB=0.111424;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224325;OID=.;OPOS=33466843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr10 33468014 . T C 576.68 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0291736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.512;QD=52.4252;RBI=0.0430474;REFB=-0.127328;REVB=0.0316541;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.543457;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00289394;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:44:44:1:4:40:40:0.909091:21:19:0:1:21:19:0:4 chr10 33469181 . A G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.97;QD=60.2039;RBI=0.0501328;REFB=0;REVB=-0.0130568;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85285e-05;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:46:27:0:0:46:27:0:0 chr10 33495267 . C T 1572.5 PASS AF=0.99;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.863;QD=62.9;RBI=0.027202;REFB=-0.0145388;REVB=0.00592923;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.506328;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00010634;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:100:0:1:99:99:0.99:60:39:0:0:60:39:1:0 chr10 33502240 . C T 2017.18 PASS AF=1;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822665;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6239;QD=62.5483;RBI=0.0394231;REFB=0;REVB=-0.0385552;RO=0;SAF=74;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034839;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:129:0:0:129:129:1:55:74:0:0:55:74:0:0 chr10 33510663 . G A 1549.16 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.976;QD=63.8827;RBI=0.0276254;REFB=0;REVB=0.00634908;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37963e-05;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:52:45:0:0:52:45:0:0 chr10 33510768 . G A 1128.22 PASS AF=0.987654;AO=65;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.768;QD=55.7145;RBI=0.0692599;REFB=0.0154522;REVB=0.0674008;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000852343;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:0:1:65:80:0.987654:29:36:0:0:44:36:1:0 chr10 33552695 . CA TG 1784.16 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809789;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=2;MLLD=333.757;QD=60.997;RBI=0.00881372;REFB=0;REVB=-0.00347936;RO=0;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.6191e-07;OID=.;OPOS=33552695;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:116:117:1:70:46:0:0:71:46:0:0 chr10 33623251 . G A 92.77 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.012472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.678;QD=9.51529;RBI=0.0572313;REFB=-0.0080933;REVB=0.0558558;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166153;STB=0.581678;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0289928;OID=.;OPOS=33623251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:23:27:12:12:0.307692:8:4:11:12:8:4:12:15 chr10 34688287 . G A 1396.41 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0324;QD=62.7599;RBI=0.0559329;REFB=0;REVB=-0.0556653;RO=0;SAF=31;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296374;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:58:31:0:0:58:31:0:0 chr10 35215790 . C A,G 112.4 PASS AF=0.272727,0.727273;AO=2,8;DP=11;FAO=3,8;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3,4;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170671,0.0265157;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.002,68.2778;QD=40.8743;RBI=0.026953,0.0268462;REFB=0,0;REVB=-0.020861,0.00420002;RO=0;SAF=2,4;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.023204,-0.0157132;OID=.,.;OPOS=35215790,35215790;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:11:11:0:0:2,8:3,8:0.272727,0.727273:0,4:2,4:0:0:0,4:3,4:0:0 chr10 35302705 . C T 286.49 PASS AF=0.553191;AO=21;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0144572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.738;QD=24.3825;RBI=0.0197774;REFB=-0.014589;REVB=-0.0134958;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144726;STB=0.586856;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00729947;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:21:21:26:0.553191:13:8:4:14:15:11:5:16 chr10 35321414 . C T 274.58 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0165115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.135;QD=19.9694;RBI=0.0279936;REFB=-0.00542194;REVB=-0.0226055;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171732;STB=0.612346;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0035914;OID=.;OPOS=35321414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:26:29:29:0.527273:12:17:9:15:12:17:9:17 chr10 35338699 . G A 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0131405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.565;QD=14.8965;RBI=0.0131874;REFB=0.00397164;REVB=-0.00111097;RO=44;SAF=24;SAR=8;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261254;STB=0.649154;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.004581;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:8:24:23:21:8:24:23:21 chr10 35362977 . A G 552.2 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0636892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.315;QD=22.3111;RBI=0.067552;REFB=-0.0228637;REVB=-0.0225159;RO=45;SAF=32;SAR=20;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071665;STB=0.541047;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0250642;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:47:52:52:0.525253:20:32:24:21:20:32:25:22 chr10 35426755 . A G 496.18 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0518937;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.521;QD=17.5639;RBI=0.0525478;REFB=-0.00318795;REVB=0.00826546;RO=59;SAF=27;SAR=26;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312624;STB=0.521557;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00485282;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:59:60:53:53:0.469027:26:27:32:27:26:27:33:27 chr10 35464778 . C T 619.49 PASS AF=0.576923;AO=59;DP=103;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0044469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.586;QD=23.8267;RBI=0.0132084;REFB=-0.000556925;REVB=-0.0124373;RO=44;SAF=21;SAR=38;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999902;STB=0.557123;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000425598;OID=.;OPOS=35464778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:44:44:59:60:0.576923:38:21:21:23:39:21:21:23 chr10 35772402 . G A 361.01 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=5.73181e-05;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.536;QD=20.0561;RBI=0.00963306;REFB=-0.0219914;REVB=-0.00963289;RO=35;SAF=15;SAR=22;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121553;STB=0.56749;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.018569;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:35:35:37:37:0.513889:22:15:19:16:22:15:19:16 chr10 35896957 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0107853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.452;QD=14.6539;RBI=0.0212561;REFB=-0.000608283;REVB=0.0183166;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158056;STB=0.564352;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00108674;OID=.;OPOS=35896957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:7:8:8:8:0.5:3:5:3:4:3:5:4:4 chr10 35897233 . GC CG,G 48.55 PASS AF=0.0877193,0.157895;AO=6,7;DP=65;FAO=5,9;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=1,8;FSAR=4,1;FSRF=36;FSRR=7;FWDB=0.0281394,0.0593891;FXX=0.0499917;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=23.7197,10.8567;QD=3.4071;RBI=0.030873,0.0635451;REFB=-0.0165404,-0.0289548;REVB=0.0127011,0.0226036;RO=48;SAF=2,7;SAR=4,0;SRF=39;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.542797,0.559101;STB=0.929899,0.59236;STBP=0.307,0.678;TYPE=mnp,del;VARB=0.12953,-0.0170972;OID=.,.;OPOS=35897233,35897234;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:65:57:48:43:6,7:5,9:0.0877193,0.157895:4,0:2,7:39:9:4,1:1,8:36:7 chr10 36812362 . C T 663.74 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0129036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4302;QD=17.6997;RBI=0.0141633;REFB=-0.00751498;REVB=0.00583931;RO=82;SAF=32;SAR=36;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409279;STB=0.522756;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0101315;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:82:82:68:68:0.453333:36:32:42:40:36:32:42:40 chr10 37508450 . A C 769.4 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000872185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.999;QD=56.9929;RBI=0.0225254;REFB=0;REVB=0.0225085;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76743e-05;OID=.;OPOS=37508450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr10 37890955 . G A 92.47 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0168222;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.075;QD=9.73319;RBI=0.041686;REFB=0.00167975;REVB=0.038141;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234729;STB=0.565925;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00338301;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:38:26:26:11:12:0.315789:3:8:14:12:4:8:15:11 chr10 37891101 . T C 603.04 PASS AF=0.606742;AO=51;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0596064;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.5743;QD=27.1027;RBI=0.0760789;REFB=0.00975507;REVB=0.0472766;RO=27;SAF=30;SAR=21;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929243;STB=0.549981;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00768692;OID=.;OPOS=37891101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:27:35:51:54:0.606742:21:30:12:15:24:30:15:20 chr10 37891465 . G T 119.1 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0983558;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0221;QD=12.5366;RBI=0.109704;REFB=0.0092926;REVB=0.048592;RO=25;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287281;STB=0.655718;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0277497;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:25:24:14:14:0.368421:3:11:14:11:3:11:14:10 chr10 37891576 . G A 422.93 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0101728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2932;QD=18.3881;RBI=0.0225603;REFB=0.0202952;REVB=0.0201366;RO=49;SAF=22;SAR=21;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00135959;STB=0.500758;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.0285587;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:21:22:25:24:21:22:25:24 chr10 38118901 . C T 618.74 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.00495631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2007;QD=19.3356;RBI=0.0249508;REFB=-0.0150688;REVB=-0.0244536;RO=64;SAF=25;SAR=38;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066594;STB=0.531347;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0150051;OID=.;OPOS=38118901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:64:65:63:63:0.492188:38:25:21:43:38:25:22:43 chr10 38239494 . ATTTTTT ATTTTTG,ATTT,ATTTT 180.46 PASS AF=0.344828,0,0.655172;AO=2,5,8;DP=31;FAO=10,0,19;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,19;FSAR=10,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372938,-0.19383,-0.353042;FXX=0.0644953;HRUN=14,14,14;LEN=1,3,2;MLLD=176.812,10.0006,5.87941;QD=24.8914;RBI=0.0384415,0.199257,0.376442;REFB=-0.0309223,-0.0771205,-0.108729;REVB=0.00932319,-0.0461873,-0.130653;RO=0;SAF=0,5,8;SAR=2,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-6.12638e-05,0.0148372,0.0229775;OID=.,.,.;OPOS=38239500,38239495,38239495;OREF=T,TTT,TT;OALT=G,-,-;OMAPALT=ATTTTTG,ATTT,ATTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.344828,0,0.655172:2,5,8:31:10,0,19:29:0:0,0,19:10,0,0:0:0:63:0:0,5,8:2,0,0:0:0 chr10 38344700 . C G 214.29 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0146485;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.415;QD=14.7783;RBI=0.0197311;REFB=0.00281097;REVB=-0.0132188;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769306;STB=0.531831;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00252934;OID=.;OPOS=38344700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:33:24:25:0.431034:12:12:19:14:12:13:19:14 chr10 38406972 . C G 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0216036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.863;QD=24.0303;RBI=0.0224593;REFB=-0.00251061;REVB=0.00614015;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132903;STB=0.574487;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.000960601;OID=.;OPOS=38406972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:6:3:8:7:6:3 chr10 38407519 . A G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0204774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.557;QD=19.6678;RBI=0.0204813;REFB=-0.00856103;REVB=-0.000398205;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232385;STB=0.63144;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0103132;OID=.;OPOS=38407519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:7:12:7:12:7:12:7:12 chr10 38645403 . T C 705.89 PASS AF=0.382488;AO=81;DP=216;FAO=83;FDP=217;FR=.;FRO=134;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=92;FWDB=0.00163573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.956;QD=13.0119;RBI=0.0222814;REFB=-0.025241;REVB=-0.0222213;RO=134;SAF=33;SAR=48;SRF=42;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110216;STB=0.562794;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0325447;OID=.;OPOS=38645403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:134:134:81:83:0.382488:48:33:42:92:49:34:42:92 chr10 38672144 . A C 225.04 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00152703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.976;QD=15.2572;RBI=0.010612;REFB=-0.0135671;REVB=0.0105015;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131143;STB=0.57441;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0308462;OID=.;OPOS=38672144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:16:10:17:16:16:10:17:16 chr10 38740000 . T C 290.21 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0553243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9937;QD=14.1567;RBI=0.0556484;REFB=-0.00261887;REVB=-0.00599695;RO=44;SAF=20;SAR=13;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159704;STB=0.503874;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00177115;OID=.;OPOS=38740000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:49:33:33:0.402439:13:20:26:18:13:20:30:19 chr10 38740029 . C T 156.4 PASS AF=0.328125;AO=20;DP=65;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0267721;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.198;QD=9.77508;RBI=0.0339479;REFB=-0.0205853;REVB=-0.0208737;RO=42;SAF=9;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138627;STB=0.554844;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0308324;OID=.;OPOS=38740029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:42:43:20:21:0.328125:11:9:24:18:11:10:24:19 chr10 38740050 . C T 81.26 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.025677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.469;QD=8.12567;RBI=0.026781;REFB=-0.0164853;REVB=-0.00761014;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238373;STB=0.607294;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0492161;OID=.;OPOS=38740050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:27:29:11:11:0.275:5:6:20:7:5:6:20:9 chr10 38740353 . T C 328.05 PASS AF=0.253968;AO=48;DP=189;FAO=48;FDP=189;FR=.;FRO=141;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=92;FSRR=49;FWDB=-0.0305477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.437;QD=6.9428;RBI=0.0305483;REFB=-0.00183568;REVB=-0.000195277;RO=139;SAF=26;SAR=22;SRF=90;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135279;STB=0.584388;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00549104;OID=.;OPOS=38740353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:139:141:48:48:0.253968:22:26:90:49:22:26:92:49 chr10 38740382 . T C 320.7 PASS AF=0.247368;AO=48;DP=192;FAO=47;FDP=190;FR=.;FRO=143;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=78;FSRR=65;FWDB=-0.0178789;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.97;QD=6.75167;RBI=0.0251818;REFB=-0.0105291;REVB=-0.0177332;RO=141;SAF=24;SAR=24;SRF=77;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575541;STB=0.526234;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0313699;OID=.;OPOS=38740382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:141:143:48:47:0.247368:24:24:77:64:23:24:78:65 chr10 38740546 . G T 399.46 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=53;FWDB=-0.0314389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.869;QD=13.2053;RBI=0.0329383;REFB=-0.0157315;REVB=-0.00982481;RO=74;SAF=9;SAR=38;SRF=21;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143053;STB=0.581892;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0262469;OID=.;OPOS=38740546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:74:74:47:47:0.38843:38:9:21:53:38:9:21:53 chr10 38740590 . A G 155.27 PASS AF=0.350877;AO=18;DP=54;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00467413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.843;QD=10.896;RBI=0.0322964;REFB=-0.017298;REVB=-0.0319564;RO=34;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145711;STB=0.560376;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0263791;OID=.;OPOS=38740590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:34:37:18:20:0.350877:14:4:11:23:15:5:12:25 chr10 42907201 . G A 376.23 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0457354;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.021;QD=14.7541;RBI=0.0463646;REFB=-0.00643441;REVB=0.00761236;RO=57;SAF=26;SAR=17;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270598;STB=0.506892;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00848633;OID=.;OPOS=42907201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:57:59:43:43:0.421569:17:26:33:24:17:26:35:24 chr10 42907260 . T C 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00623664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.871;QD=12.6191;RBI=0.00749879;REFB=-0.00767398;REVB=0.00416366;RO=38;SAF=15;SAR=9;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688272;STB=0.539442;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0113533;OID=.;OPOS=42907260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:9:15:26:12:9:15:26:12 chr10 42920832 . G A 149.1 PASS AF=0.28;AO=19;DP=73;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0238711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.863;QD=7.95182;RBI=0.0241038;REFB=-0.00354528;REVB=-0.00334142;RO=54;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28948;STB=0.695471;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0110938;OID=.;OPOS=42920832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:54:54:19:21:0.28:7:12:21:33:7:14:21:33 chr10 42920884 . C T 80.88 PASS AF=0.216667;AO=12;DP=61;FAO=13;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0274876;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.47;QD=5.39184;RBI=0.0275012;REFB=-0.00796367;REVB=-0.000867752;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359286;STB=0.683959;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0364206;OID=.;OPOS=42920884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:61:60:36:47:12:13:0.216667:5:7:10:26:6:7:14:33 chr10 42941685 . T TA 47.08 PASS AF=0.608696;AO=10;DP=29;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.136625;FXX=0.0416493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.63484;QD=8.18746;RBI=0.203786;REFB=-0.0485063;REVB=0.151204;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255027;STB=0.538407;STBP=0.657;TYPE=ins;VARB=0.0830293;OID=.;OPOS=42941686;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.608696:10:29:14:23:9:6:8:3:6:34:17:6:4:6:11 chr10 42949664 . A T 574.78 PASS AF=0.588889;AO=50;DP=87;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0648408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8662;QD=25.5456;RBI=0.0706111;REFB=-0.0237896;REVB=0.0279569;RO=37;SAF=21;SAR=29;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11519;STB=0.563136;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0104555;OID=.;OPOS=42949664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:37:37:50:53:0.588889:29:21:21:16:31:22:21:16 chr10 42965636 . C T 476.3 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00974291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6753;QD=21.8986;RBI=0.0165695;REFB=-0.00288032;REVB=-0.0134023;RO=39;SAF=22;SAR=24;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00744066;STB=0.504503;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00218134;OID=.;OPOS=42965636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:39:41:46:46:0.528736:24:22:19:20:24:22:20:21 chr10 43089965 . G A 854.5 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292557;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.638;QD=57.9324;RBI=0.0294339;REFB=0;REVB=0.00323394;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40417e-05;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr10 43281089 . T C 1339.54 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.313;QD=62.3043;RBI=0.0332946;REFB=0;REVB=0.0172873;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62804e-05;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:50:36:0:0:50:36:0:0 chr10 43292346 . T C 240.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0180672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.409;QD=12.1824;RBI=0.0258641;REFB=-0.00122128;REVB=-0.0185075;RO=49;SAF=15;SAR=14;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052241;STB=0.536156;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00214633;OID=.;OPOS=43292346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:50:29:29:0.367089:14:15:23:26:14:15:23:27 chr10 43312807 . C T 1969.06 PASS AF=0.992366;AO=127;DP=129;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123736;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.931;QD=60.124;RBI=0.0166064;REFB=0.0292467;REVB=0.0110756;RO=2;SAF=47;SAR=80;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197875;STB=0.50495;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=3.23156e-05;OID=.;OPOS=43312807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:129:131:2:1:127:130:0.992366:80:47:2:0:80:50:1:0 chr10 43595968 . A G 797.0 PASS AF=0.493976;AO=82;DP=166;FAO=82;FDP=166;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.00272874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3022;QD=19.2049;RBI=0.0167751;REFB=-0.0457347;REVB=0.0165516;RO=84;SAF=37;SAR=45;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559181;STB=0.530809;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0405712;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:84:84:82:82:0.493976:45:37:43:41:45:37:43:41 chr10 43606687 . A G 1604.98 PASS AF=0.438554;AO=166;DP=397;FAO=182;FDP=415;FR=.;FRO=233;FSAF=76;FSAR=106;FSRF=89;FSRR=144;FWDB=-0.00537585;FXX=0.00954631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.613;QD=15.4697;RBI=0.0129809;REFB=-0.00254179;REVB=-0.0118154;RO=216;SAF=60;SAR=106;SRF=72;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313685;STB=0.520688;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00538421;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:415:216:233:166:182:0.438554:106:60:72:144:106:76:89:144 chr10 43610119 . G A 489.73 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0112261;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.363;QD=17.034;RBI=0.0139233;REFB=-0.0144789;REVB=0.00823616;RO=62;SAF=18;SAR=34;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256431;STB=0.510305;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0170448;OID=.;OPOS=43610119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:52:53:0.46087:34:18:20:42:35:18:20:42 chr10 43613843 . G T 3455.26 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.169285;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.767;QD=62.2569;RBI=0.170202;REFB=-0.178677;REVB=0.0176486;RO=1;SAF=66;SAR=135;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071616;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478351;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:202:222:1:0:201:222:1:135:66:1:0:137:85:0:0 chr10 43615633 . C G 643.82 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=0.0162457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.264;QD=17.8839;RBI=0.0338411;REFB=-0.0192787;REVB=-0.0296866;RO=78;SAF=39;SAR=27;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117785;STB=0.506543;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0173714;OID=.;OPOS=43615633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:78:78:66:66:0.458333:27:39:47:31:27:39:47:31 chr10 43620335 . C T 553.94 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.00621824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.712;QD=21.1025;RBI=0.0110211;REFB=-6.24295e-05;REVB=0.00909933;RO=49;SAF=32;SAR=24;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898416;STB=0.549279;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=8.18813e-05;OID=.;OPOS=43620335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:49:56:56:0.533333:24:32:33:16:24:32:33:16 chr10 43623812 . C T 1164.5 PASS AF=0.495726;AO=116;DP=234;FAO=116;FDP=234;FR=.;FRO=118;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=54;FSRR=64;FWDB=-0.00617258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.957;QD=19.9059;RBI=0.0426176;REFB=0.00329184;REVB=-0.0421683;RO=118;SAF=60;SAR=56;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546789;STB=0.53003;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00428809;OID=.;OPOS=43623812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:118:118:116:116:0.495726:56:60:54:64:56:60:54:64 chr10 43624105 . G A 447.31 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0257556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4212;QD=18.4457;RBI=0.0319199;REFB=-0.00276153;REVB=-0.0188556;RO=49;SAF=17;SAR=28;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694997;STB=0.536125;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00281838;OID=.;OPOS=43624105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:52:45:45:0.463918:28:17:22:27:28:17:23:29 chr10 43624833 . T C 858.26 PASS AF=0.520958;AO=80;DP=162;FAO=87;FDP=167;FR=.;FRO=80;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0272623;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.122;QD=20.5572;RBI=0.0411453;REFB=-0.0289691;REVB=0.0308173;RO=81;SAF=47;SAR=33;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029911;STB=0.517762;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0256412;OID=.;OPOS=43624833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:167:81:80:80:87:0.520958:33:47:45:36:36:51:44:36 chr10 43678796 . C T 541.23 PASS AF=0.487179;AO=55;DP=115;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0196167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3854;QD=18.5037;RBI=0.0738652;REFB=-0.0227978;REVB=0.0712127;RO=60;SAF=27;SAR=28;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398734;STB=0.521575;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0296414;OID=.;OPOS=43678796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:60:60:55:57:0.487179:28:27:32:28:29:28:32:28 chr10 43690189 . G A 1989.68 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.922;QD=62.1776;RBI=0.0286232;REFB=0;REVB=0.01279;RO=0;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71972e-05;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:66:62:0:0:66:62:0:0 chr10 43837352 . A G 558.4 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424306;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.94;QD=58.7792;RBI=0.0454729;REFB=0;REVB=0.0452745;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634595;OID=.;OPOS=43837352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:35:38:1:19:16:0:0:20:18:0:0 chr10 43978087 . A G 801.95 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7295;QD=56.2771;RBI=0.0805632;REFB=0;REVB=-0.0742955;RO=1;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311483;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:56:57:1:32:24:1:0:32:25:0:0 chr10 44053540 . T C 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0323706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.174;QD=13.1195;RBI=0.0329182;REFB=-0.00147989;REVB=-0.00597916;RO=38;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791781;STB=0.545418;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00264646;OID=.;OPOS=44053540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:10:15:20:18:10:15:20:18 chr10 44285777 . T C 625.63 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0392475;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.893;QD=18.2666;RBI=0.0392569;REFB=-0.00470396;REVB=-0.00086125;RO=72;SAF=31;SAR=33;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546424;STB=0.526547;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00534153;OID=.;OPOS=44285777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:72:73:64:64:0.467153:33:31:39:33:33:31:39:34 chr10 44788826 . C T 944.15 PASS AF=0.429167;AO=99;DP=236;FAO=103;FDP=240;FR=.;FRO=137;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=67;FSRR=70;FWDB=0.00746563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7014;QD=15.7358;RBI=0.0188721;REFB=-0.00591503;REVB=0.0173326;RO=136;SAF=58;SAR=41;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097658;STB=0.548157;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0081058;OID=.;OPOS=44788826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:240:136:137:99:103:0.429167:41:58:67:69:44:59:67:70 chr10 44793299 . C T 469.77 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0171771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.147;QD=23.1985;RBI=0.0172247;REFB=-0.0279227;REVB=-0.00128029;RO=36;SAF=14;SAR=31;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231193;STB=0.627472;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0201405;OID=.;OPOS=44793299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:31:14:21:15:31:14:21:15 chr10 44793355 . G A 302.83 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0672245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3995;QD=17.0606;RBI=0.0672265;REFB=-0.00613902;REVB=-0.00050826;RO=38;SAF=19;SAR=14;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268163;STB=0.649622;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00430155;OID=.;OPOS=44793355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:14:19:11:27:14:19:11:27 chr10 45499799 . T C 103.32 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0504453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0486;QD=18.7863;RBI=0.0622327;REFB=0.0228264;REVB=0.0364443;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257835;STB=0.674689;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0143767;OID=.;OPOS=45499799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:9:10:12:12:0.545455:3:9:4:5:3:9:4:6 chr10 45499895 . GAA GAAAAAATT,GA,GAAAAATT 98.89 PASS AF=0.416667,0.0833333,0.0416667;AO=7,3,3;DP=25;FAO=10,2,1;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5,1,0;FSAR=5,1,1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0204488,-0.0474724,-0.021282;FXX=0.039984;HRUN=6,6,6;LEN=6,1,5;MLLD=255.039,13.2094,252.426;QD=16.4824;RBI=0.0222794,0.0731363,0.0226704;REFB=-0.0112654,0.0550037,-0.0121582;REVB=-0.00884402,0.0556354,-0.00781196;RO=8;SAF=4,2,1;SAR=3,1,2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.585366,0;SSSB=0.172968,0.296653,-0.047266;STB=0.523762,0.538081,0.990149;STBP=0.851,0.895,0.524;TYPE=ins,del,ins;VARB=0.0184919,0.0213514,0.0228224;OID=.,.,.;OPOS=45499898,45499896,45499898;OREF=-,A,-;OALT=AAAATT,-,AAATT;OMAPALT=GAAAAAATT,GA,GAAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0.0833333,0.0416667:7,3,3:25:10,2,1:24:11:5,1,0:5,1,1:6:5:73:8:4,2,1:3,1,2:3:5 chr10 45499974 . A G 46.04 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0710799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.499;QD=9.20786;RBI=0.071098;REFB=-0.00174899;REVB=-0.00160439;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384023;STB=0.752737;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0013756;OID=.;OPOS=45499974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:12:13:7:7:0.35:5:2:8:4:5:2:9:4 chr10 45500221 . A G 470.24 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00722107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.882;QD=26.1245;RBI=0.00871296;REFB=-0.0218226;REVB=0.00487565;RO=28;SAF=29;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405189;STB=0.52215;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0147895;OID=.;OPOS=45500221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:44:44:0.611111:15:29:17:11:15:29:17:11 chr10 46923700 . T A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0194985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.206;QD=21.1692;RBI=0.0245454;REFB=-0.0101565;REVB=-0.0149092;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202067;STB=0.615098;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00271061;OID=.;OPOS=46923700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:3:0:2:5:3:0 chr10 46934832 . A G 183.84 PASS AF=1;AO=12;DP=18;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897653;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.578;QD=45.961;RBI=0.128591;REFB=0;REVB=-0.0920746;RO=3;SAF=11;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108501;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189399;OID=.;OPOS=46934832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:16:3:0:12:16:1:1:11:3:0:1:15:0:0 chr10 46952758 . G T 48.03 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0323162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.303;QD=2.49525;RBI=0.0353926;REFB=-0.00107256;REVB=-0.0144324;RO=67;SAF=9;SAR=1;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513101;STB=0.875972;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0233571;OID=.;OPOS=46952758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:67:67:10:10:0.12987:1:9:34:33:1:9:34:33 chr10 46959997 . A G 307.98 PASS AF=0.226244;AO=49;DP=221;FAO=50;FDP=221;FR=.;FRO=171;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=74;FSRR=97;FWDB=0.0112477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.231;QD=5.57434;RBI=0.0112811;REFB=0.00416761;REVB=0.000866958;RO=168;SAF=20;SAR=29;SRF=73;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343763;STB=0.526109;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.0126911;OID=.;OPOS=46959997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:168:171:49:50:0.226244:29:20:73:95:30:20:74:97 chr10 46965018 . C G 178.92 PASS AF=0.190476;AO=32;DP=168;FAO=32;FDP=168;FR=.;FRO=136;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=76;FSRR=60;FWDB=0.00533419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.504;QD=4.25996;RBI=0.0190572;REFB=-0.0032902;REVB=-0.0182954;RO=136;SAF=17;SAR=15;SRF=76;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355874;STB=0.522458;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.018405;OID=.;OPOS=46965018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:136:136:32:32:0.190476:15:17:76:60:15:17:76:60 chr10 46965727 . G A 240.54 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0147769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.848;QD=12.1793;RBI=0.027277;REFB=-0.0107306;REVB=0.0229276;RO=50;SAF=17;SAR=12;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117423;STB=0.567616;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0184438;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:12:17:24:26:12:17:24:26 chr10 46967672 . C T 418.04 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00861814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.874;QD=19.9068;RBI=0.0125942;REFB=-0.00297781;REVB=-0.00918376;RO=40;SAF=16;SAR=26;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291385;STB=0.51269;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00298548;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:42:42:42:0.5:26:16:14:26:26:16:15:27 chr10 46970654 . C A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0914259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.4424;QD=14.0441;RBI=0.0954747;REFB=0.0234023;REVB=-0.0275088;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.651584;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0101258;OID=.;OPOS=46970654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:3:4:5:5:0.555556:3:2:2:1:3:2:3:1 chr10 46970792 . G C 817.11 PASS AF=0.482759;AO=83;DP=173;FAO=84;FDP=174;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.00284795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.06;QD=18.7841;RBI=0.00675364;REFB=-0.0229209;REVB=0.00612379;RO=89;SAF=32;SAR=51;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094131;STB=0.55177;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0220554;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:89:90:83:84:0.482759:51:32:43:46:52:32:43:47 chr10 46998894 . G A 648.22 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.00273634;FXX=0.0399973;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6584;QD=18.006;RBI=0.102736;REFB=-0.015933;REVB=0.1027;RO=71;SAF=37;SAR=29;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240545;STB=0.526096;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0152099;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:144:71:78:66:66:0.458333:29:37:38:33:29:37:40:38 chr10 46998995 . C G 1058.95 PASS AF=0.48;AO=108;DP=225;FAO=108;FDP=225;FR=.;FRO=117;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=0.0107895;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.125;QD=18.8257;RBI=0.0197878;REFB=-0.036169;REVB=0.0165875;RO=116;SAF=53;SAR=55;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00750677;STB=0.506299;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0300228;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:116:117:108:108:0.48:55:53:56:60:55:53:56:61 chr10 46998999 . G A 1118.16 PASS AF=0.502242;AO=112;DP=223;FAO=112;FDP=223;FR=.;FRO=111;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.0462108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4909;QD=20.0567;RBI=0.0599796;REFB=-0.0026694;REVB=-0.0382375;RO=109;SAF=52;SAR=60;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280678;STB=0.520061;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00356334;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:109:111:112:112:0.502242:60:52:54:55:60:52:56:55 chr10 46999019 . G A 928.82 PASS AF=0.489474;AO=88;DP=186;FAO=93;FDP=190;FR=.;FRO=97;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.0052562;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3465;QD=19.5541;RBI=0.0595079;REFB=-0.0267736;REVB=0.0592753;RO=96;SAF=48;SAR=40;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00360753;STB=0.510202;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0228538;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:190:96:97:88:93:0.489474:40:48:52:44:45:48:52:45 chr10 46999030 . C T 864.32 PASS AF=0.478261;AO=88;DP=184;FAO=88;FDP=184;FR=.;FRO=96;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.00352427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.171;QD=18.7895;RBI=0.0100899;REFB=-0.0284818;REVB=0.00945436;RO=95;SAF=47;SAR=41;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271832;STB=0.512386;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0322225;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:95:96:88:88:0.478261:41:47:48:47:41:47:49:47 chr10 46999151 . T C 436.38 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0115534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.02;QD=18.9729;RBI=0.0255156;REFB=-0.00770702;REVB=-0.02275;RO=48;SAF=22;SAR=22;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195249;STB=0.510865;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00601012;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:22:22:25:23:22:22:25:23 chr10 46999178 . A C 541.19 PASS AF=0.536842;AO=48;DP=92;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0142622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.764;QD=22.7869;RBI=0.0206189;REFB=0.00124118;REVB=0.0148906;RO=44;SAF=26;SAR=22;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632194;STB=0.539311;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.000964722;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:44:44:48:51:0.536842:22:26:27:17:24:27:27:17 chr10 46999189 . CA CG,TG 1497.43 PASS AF=0.509615,0.490385;AO=52,52;DP=105;FAO=53,51;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=30,33;FSAR=23,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120146,0.0186752;FXX=0.0095229;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=89.1487,142.152;QD=57.5934;RBI=0.0344782,0.0365743;REFB=0,0;REVB=-0.0323171,-0.0314471;RO=0;SAF=29,33;SAR=23,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.84538e-08,4.0907e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0133426,0.006594;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:105:104:0:0:52,52:53,51:0.509615,0.490385:23,19:29,33:0:0:23,18:30,33:0:0 chr10 46999198 . G T 554.04 PASS AF=0.537736;AO=55;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00835131;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.6;QD=20.907;RBI=0.011977;REFB=-0.0206687;REVB=-0.00858509;RO=50;SAF=36;SAR=19;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511626;STB=0.537917;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0190437;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:49:55:57:0.537736:19:36:30:20:19:38:29:20 chr10 46999465 . A G 236.86 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0244918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.131;QD=26.3174;RBI=0.0361437;REFB=-0.0178943;REVB=0.0265803;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10021;STB=0.555506;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0105254;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:11:11:9:5:11:11:9:5 chr10 46999484 . G T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00168035;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.841;QD=11.1312;RBI=0.00168037;REFB=-0.0214237;REVB=6.86578e-06;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191932;STB=0.615758;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0292305;OID=.;OPOS=46999484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:9:8:3:7:9:8 chr10 46999577 . G T 143.98 PASS AF=0.736842;AO=12;DP=20;FAO=14;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0349596;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.62;QD=30.3106;RBI=0.127104;REFB=-0.00909278;REVB=0.122202;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522328;STB=0.507681;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00467091;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:20:19:5:5:12:14:0.736842:6:6:2:3:8:6:2:3 chr10 46999596 . G A 242.6 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=32;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0313758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0351;QD=29.4062;RBI=0.115909;REFB=0.0101931;REVB=0.111581;RO=11;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073241;STB=0.546176;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00130609;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:11:11:21:22:0.666667:12:9:6:5:13:9:6:5 chr10 46999604 . A G 497.78 PASS AF=0.945946;AO=31;DP=34;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00483666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.046;QD=53.814;RBI=0.086183;REFB=-0.0664157;REVB=0.0860472;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282674;STB=0.502331;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00426798;OID=.;OPOS=46999604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:37:1:2:31:35:0.945946:15:16:1:0:19:16:1:1 chr10 46999732 . G A 1362.19 PASS AF=0.515267;AO=135;DP=265;FAO=135;FDP=262;FR=.;FRO=127;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=0.00214263;FXX=0.0113203;HRUN=6;LEN=1;MLLD=186.567;QD=20.7968;RBI=0.0142674;REFB=-0.0125681;REVB=0.0141056;RO=125;SAF=72;SAR=63;SRF=64;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188131;STB=0.510463;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0102992;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:262:125:127:135:135:0.515267:63:72:64:61:63:72:65:62 chr10 46999747 . T C 1206.12 PASS AF=0.463235;AO=126;DP=270;FAO=126;FDP=272;FR=.;FRO=146;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=76;FSRR=70;FWDB=-0.0106872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7701;QD=17.7371;RBI=0.0360623;REFB=-0.0184606;REVB=-0.0344424;RO=144;SAF=55;SAR=71;SRF=74;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075168;STB=0.545314;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0269757;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:272:144:146:126:126:0.463235:71:55:74:70:71:55:76:70 chr10 46999922 . G T 278.18 PASS AF=0.449275;AO=29;DP=67;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00783971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.458;QD=16.1265;RBI=0.0487271;REFB=-0.00905103;REVB=0.0480922;RO=38;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873756;STB=0.563595;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0117236;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:38:38:29:31:0.449275:17:12:19:19:19:12:19:19 chr10 47000004 . T C 1065.75 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104767;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.883;QD=60.0422;RBI=0.0316957;REFB=0;REVB=-0.0299141;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302433;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr10 47000071 . G A 340.28 PASS AF=0.362069;AO=42;DP=116;FAO=42;FDP=116;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.00440105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.811;QD=11.7336;RBI=0.0111831;REFB=-0.00261361;REVB=0.0102807;RO=74;SAF=18;SAR=24;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577371;STB=0.532979;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00978999;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:74:74:42:42:0.362069:24:18:28:46:24:18:28:46 chr10 47000079 . T C 828.84 PASS AF=0.625;AO=71;DP=117;FAO=75;FDP=120;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00499617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.833;QD=27.6281;RBI=0.00501125;REFB=-0.0143279;REVB=-0.000388419;RO=45;SAF=26;SAR=45;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059131;STB=0.517237;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00794316;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:45:45:71:75:0.625:45:26:20:25:45:30:20:25 chr10 47000146 . C T 726.98 PASS AF=0.626263;AO=62;DP=100;FAO=62;FDP=99;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0216617;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.882;QD=29.373;RBI=0.023373;REFB=-0.0365816;REVB=-0.00877878;RO=35;SAF=26;SAR=36;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132601;STB=0.505008;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0192606;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:35:37:62:62:0.626263:36:26:14:21:36:26:16:21 chr10 47000188 . A G 934.27 PASS AF=1;AO=57;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00106885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.13;QD=55.7772;RBI=0.0573562;REFB=0;REVB=-0.0573463;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00360179;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:57:67:1:36:21:0:0:36:31:0:0 chr10 47000239 . C T 395.49 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0110246;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.121;QD=13.8769;RBI=0.019121;REFB=-0.0304558;REVB=0.0156228;RO=68;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478632;STB=0.527015;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0406262;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:68:68:46:46:0.403509:25:21:28:40:25:21:28:40 chr10 47000321 . G A 905.3 PASS AF=0.396947;AO=102;DP=262;FAO=104;FDP=262;FR=.;FRO=158;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=73;FSRR=85;FWDB=-0.00121859;FXX=0.00380214;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.541;QD=13.8214;RBI=0.0404752;REFB=-0.00494902;REVB=0.0404568;RO=156;SAF=49;SAR=53;SRF=71;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272861;STB=0.505526;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00713677;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:156:158:102:104:0.396947:53:49:71:85:55:49:73:85 chr10 47000366 . C G 1041.58 PASS AF=0.4;AO=115;DP=289;FAO=116;FDP=290;FR=.;FRO=174;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=81;FSRR=93;FWDB=-0.00556105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7852;QD=14.3667;RBI=0.0356268;REFB=-0.0088062;REVB=0.0351901;RO=174;SAF=57;SAR=58;SRF=81;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323779;STB=0.520686;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00819413;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:290:174:174:115:116:0.4:58:57:81:93:58:58:81:93 chr10 47000374 . T C 984.28 PASS AF=0.399281;AO=111;DP=279;FAO=111;FDP=278;FR=.;FRO=167;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=81;FSRR=86;FWDB=-0.0764045;FXX=0.0035841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.094;QD=14.1622;RBI=0.0764093;REFB=-0.00548594;REVB=-0.000861981;RO=166;SAF=50;SAR=61;SRF=81;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403078;STB=0.520888;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00909213;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:278:166:167:111:111:0.399281:61:50:81:85:61:50:81:86 chr10 47000381 . T C 4323.68 PASS AF=1;AO=274;DP=277;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646207;FXX=0.00721996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.133;QD=62.8899;RBI=0.0681666;REFB=-0.100449;REVB=0.021699;RO=1;SAF=132;SAR=142;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00334614;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106858;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:277:275:1:0:274:275:1:142:132:0:1:142:133:0:0 chr10 47000426 . T C 4088.07 PASS AF=1;AO=255;DP=256;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587174;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.314;QD=62.4133;RBI=0.0616291;REFB=0;REVB=0.0187193;RO=0;SAF=123;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05586e-05;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:256:262:0:0:255:262:1:132:123:0:0:136:126:0:0 chr10 47000487 . G A 907.93 PASS AF=0.464646;AO=92;DP=197;FAO=92;FDP=198;FR=.;FRO=106;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=0.00618675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.272;QD=18.342;RBI=0.00719664;REFB=-0.00465967;REVB=-0.00367637;RO=104;SAF=47;SAR=45;SRF=41;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11183;STB=0.561227;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00486766;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:104:106:92:92:0.464646:45:47:41:63:45:47:42:64 chr10 47000547 . G T 544.0 PASS AF=0.47619;AO=51;DP=117;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.00664041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.562;QD=17.2697;RBI=0.00718915;REFB=-0.00119416;REVB=-0.00275478;RO=66;SAF=26;SAR=25;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177782;STB=0.612033;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00146928;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:126:66:66:51:60:0.47619:25:26:22:44:27:33:22:44 chr10 47000728 . T C 1037.66 PASS AF=0.540541;AO=81;DP=185;FAO=100;FDP=185;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.0112727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.745;QD=22.4359;RBI=0.0196112;REFB=-0.0289197;REVB=0.0160476;RO=84;SAF=41;SAR=40;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00529391;STB=0.501892;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0305984;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:84:85:81:100:0.540541:40:41:43:41:49:51:43:42 chr10 47000863 . A G 2177.88 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292145;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.333;QD=63.1269;RBI=0.0323597;REFB=0;REVB=-0.0139165;RO=0;SAF=64;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.26516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118905;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:135:138:1:71:64:0:0:71:67:0:0 chr10 47000873 . T A,G 2056.66 PASS AF=0.459854,0.540146;AO=63,70;DP=133;FAO=63,74;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=23,39;FSAR=40,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171141,-0.00298239;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.791,171.137;QD=60.0485;RBI=0.0544702,0.0109835;REFB=0,0;REVB=0.0517118,0.0105708;RO=0;SAF=24,35;SAR=39,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.51964e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00330928,0.013855;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:133:137:0:0:63,70:63,74:0.459854,0.540146:39,35:24,35:0:0:40,35:23,39:0:0 chr10 47000898 . C T 579.88 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.016324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.062;QD=17.1815;RBI=0.0277679;REFB=-0.0134772;REVB=-0.022463;RO=72;SAF=32;SAR=29;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118203;STB=0.572372;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0127529;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:72:74:61:61:0.451852:29:32:29:43:29:32:29:45 chr10 47001032 . G A 234.06 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=0.00685445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.822;QD=10.7614;RBI=0.0259006;REFB=-0.0246186;REVB=-0.0249772;RO=56;SAF=13;SAR=16;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258171;STB=0.657263;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0755359;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:56:58:29:29:0.333333:16:13:38:18:16:13:40:18 chr10 47001098 . C T 270.08 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0172669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.178;QD=11.7426;RBI=0.0387614;REFB=-0.00845324;REVB=-0.034703;RO=56;SAF=16;SAR=16;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178796;STB=0.586904;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0141378;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:92:56:60:32:32:0.347826:16:16:37:19:16:16:38:22 chr10 47001371 . C G 2383.65 PASS AF=1;AO=144;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.779;QD=63.9906;RBI=0.00559794;REFB=0;REVB=0.00370805;RO=0;SAF=52;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32149e-06;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:144:149:1:92:52:0:0:94:55:0:0 chr10 47001409 . G A 692.08 PASS AF=0.396907;AO=77;DP=195;FAO=77;FDP=194;FR=.;FRO=117;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=69;FWDB=-0.00953659;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1179;QD=14.2696;RBI=0.0303086;REFB=0.0111986;REVB=0.0287692;RO=118;SAF=34;SAR=43;SRF=48;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381266;STB=0.519221;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.011683;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:118:117:77:77:0.396907:43:34:48:70:43:34:48:69 chr10 47001485 . A T 812.5 PASS AF=0.428571;AO=90;DP=211;FAO=90;FDP=210;FR=.;FRO=120;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=71;FWDB=0.0010144;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.348;QD=15.4762;RBI=0.00980192;REFB=-0.00995513;REVB=0.00974929;RO=119;SAF=38;SAR=52;SRF=49;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109717;STB=0.508152;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0135123;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:119:120:90:90:0.428571:52:38:49:70:52:38:49:71 chr10 47001504 . G T 819.03 PASS AF=0.436893;AO=90;DP=205;FAO=90;FDP=206;FR=.;FRO=116;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=0.0125795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.479;QD=15.9036;RBI=0.0126057;REFB=-0.0122414;REVB=0.000811497;RO=115;SAF=31;SAR=59;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11518;STB=0.567163;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0155295;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:115:116:90:90:0.436893:59:31:52:63:59:31:53:63 chr10 47001543 . C T 2106.23 PASS AF=0.796117;AO=164;DP=206;FAO=164;FDP=206;FR=.;FRO=42;FSAF=81;FSAR=83;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0306622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.277;QD=40.8976;RBI=0.0306692;REFB=-0.0253775;REVB=-0.000652198;RO=38;SAF=81;SAR=83;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632416;STB=0.532764;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00582302;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:38:42:164:164:0.796117:83:81:12:26:83:81:14:28 chr10 47001786 . A C 538.92 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.00625576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.415;QD=17.8156;RBI=0.00635463;REFB=-0.0067578;REVB=0.00111661;RO=64;SAF=25;SAR=32;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132525;STB=0.57355;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0078811;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:32:25:37:27:32:25:37:27 chr10 47001946 . T C 116.24 PASS AF=0.202128;AO=17;DP=92;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00990887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.515;QD=4.94645;RBI=0.0175171;REFB=-0.00546164;REVB=0.0144451;RO=73;SAF=12;SAR=5;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349311;STB=0.702106;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0294141;OID=.;OPOS=47001946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:73:75:17:19:0.202128:5:12:31:42:6:13:32:43 chr10 47001954 . C T 368.59 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=80;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0439037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.661;QD=16.7541;RBI=0.0537068;REFB=-0.0183582;REVB=-0.0309336;RO=41;SAF=22;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855908;STB=0.600645;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0200501;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:88:41:49:38:39:0.443182:16:22:20:21:16:23:20:29 chr10 47001984 . G A 1076.0 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00143517;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.206;QD=57.3864;RBI=0.0356356;REFB=-0.0593635;REVB=0.0356067;RO=1;SAF=44;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106301;STB=0.511108;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00051879;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:75:1:2:73:73:0.973333:29:44:1:0:29:44:2:0 chr10 47002079 . T C 905.68 PASS AF=0.563758;AO=81;DP=147;FAO=84;FDP=149;FR=.;FRO=65;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00388788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1955;QD=24.3134;RBI=0.0134496;REFB=-0.0297813;REVB=0.0128754;RO=64;SAF=41;SAR=40;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329442;STB=0.516775;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0221691;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:64:65:81:84:0.563758:40:41:35:29:42:42:35:30 chr10 47002118 . T A 951.85 PASS AF=0.475962;AO=99;DP=214;FAO=99;FDP=208;FR=.;FRO=109;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=-0.00450762;FXX=0.0280361;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.104;QD=18.3049;RBI=0.0372519;REFB=-0.00817736;REVB=0.0369782;RO=105;SAF=60;SAR=39;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140755;STB=0.587526;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00786965;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:208:105:109:99:99:0.475962:39:60:48:57:39:60:48:61 chr10 47002127 . T C 3511.67 PASS AF=1;AO=220;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132537;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.087;QD=62.4297;RBI=0.0371917;REFB=0;REVB=0.037168;RO=0;SAF=116;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130728;OID=.;OPOS=47002127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:225:0:0:220:225:1:104:116:0:0:107:118:0:0 chr10 47002135 . A G 1059.5 PASS AF=0.484305;AO=108;DP=222;FAO=108;FDP=223;FR=.;FRO=115;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=70;FSRR=45;FWDB=-0.0203813;FXX=0.00446409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.471;QD=19.0045;RBI=0.0658463;REFB=-0.00596046;REVB=-0.0626126;RO=114;SAF=48;SAR=60;SRF=69;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149236;STB=0.584143;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00688165;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:114:115:108:108:0.484305:60:48:69:45:60:48:70:45 chr10 47002501 . T A 274.99 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0145109;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.233;QD=17.7415;RBI=0.0178763;REFB=-0.0220841;REVB=0.01044;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122355;STB=0.568581;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0159756;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:12:18:15:17:12:18:15:17 chr10 47002542 . C A 1495.48 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0458019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.629;QD=62.3116;RBI=0.0459677;REFB=0.033999;REVB=0.00390131;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00160564;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:0:1:94:95:0.989583:45:49:0:0:46:49:0:1 chr10 47002606 . G A 752.09 PASS AF=0.5;AO=71;DP=144;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0267291;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9326;QD=20.6053;RBI=0.0447084;REFB=-0.0112167;REVB=0.0358385;RO=73;SAF=33;SAR=38;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763246;STB=0.547932;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0108981;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:73:73:71:73:0.5:38:33:40:33:40:33:40:33 chr10 47002617 . T C 724.92 PASS AF=0.503546;AO=71;DP=141;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.00533703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4805;QD=20.565;RBI=0.00832092;REFB=0.0260254;REVB=-0.00638387;RO=69;SAF=32;SAR=39;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766632;STB=0.545769;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0239142;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:69:70:71:71:0.503546:39:32:37:32:39:32:38:32 chr10 47002724 . G A 462.29 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0414001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5067;QD=18.1289;RBI=0.0428303;REFB=-0.0333862;REVB=-0.0109755;RO=51;SAF=31;SAR=18;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170411;STB=0.595383;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0295852;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:51:53:49:49:0.480392:18:31:23:28:18:31:24:29 chr10 47002757 . A G 1282.05 PASS AF=0.988372;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0327915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.153;QD=59.6304;RBI=0.0484247;REFB=0.102277;REVB=-0.0356324;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.506665;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000118211;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:86:0:1:82:85:0.988372:47:35:0:0:48:37:1:0 chr10 47002792 . T C 247.5 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0138331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1925;QD=11.5114;RBI=0.0241906;REFB=-0.00467835;REVB=0.0198452;RO=56;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887705;STB=0.551167;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0103124;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:17:13:20:36:17:13:20:36 chr10 47002911 . A AC 617.12 PASS AF=1;AO=26;DP=107;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0664329;FXX=0.0097078;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.63505;QD=24.2008;RBI=0.0975146;REFB=0;REVB=-0.0713847;RO=76;SAF=6;SAR=20;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312418;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000572331;OID=.;OPOS=47002912;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:107:102:102:0:39:63:0:0:11:76:6:20:35:41 chr10 47002917 . T C 1105.38 PASS AF=0.864078;AO=77;DP=92;FAO=89;FDP=103;FR=.;FRO=14;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=-0.00864783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.0157;QD=42.9275;RBI=0.0170106;REFB=-0.035333;REVB=-0.0146484;RO=15;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134515;STB=0.562486;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00584941;OID=.;OPOS=47002917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:92:103:15:14:77:89:0.864078:45:32:0:15:49:40:0:14 chr10 47002937 . A G 443.24 PASS AF=0.45;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0721091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5196;QD=17.7296;RBI=0.0725673;REFB=-0.00661525;REVB=0.00814149;RO=54;SAF=16;SAR=28;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266128;STB=0.526254;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00575229;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:55:44:45:0.45:28:16:21:33:29:16:22:33 chr10 47002942 . C G 410.1 PASS AF=0.45098;AO=45;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0593561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1918;QD=16.0822;RBI=0.0639632;REFB=0.00734643;REVB=0.0238358;RO=57;SAF=17;SAR=28;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00865806;STB=0.513618;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00967275;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:56:45:46:0.45098:28:17:22:35:29:17:22:34 chr10 47003115 . C T 547.74 PASS AF=0.439394;AO=45;DP=136;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=-0.0666951;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1496;QD=16.5981;RBI=0.0687279;REFB=-0.0167201;REVB=-0.0165917;RO=63;SAF=19;SAR=26;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078705;STB=0.512816;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0195306;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:132:63:74:45:58:0.439394:26:19:22:41:38:20:24:50 chr10 47003177 . A G 427.44 PASS AF=0.455446;AO=45;DP=100;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.00529952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.441;QD=16.9284;RBI=0.0245052;REFB=-0.0133866;REVB=0.0239253;RO=55;SAF=11;SAR=34;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816326;STB=0.549613;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0139763;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:55:55:45:46:0.455446:34:11:17:38:35:11:17:38 chr10 47003215 . T C 401.89 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00511804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.112;QD=14.7482;RBI=0.00578137;REFB=-0.012928;REVB=-0.00268885;RO=63;SAF=9;SAR=37;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329112;STB=0.68744;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0189841;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:63:46:46:0.422018:37:9:29:34:37:9:29:34 chr10 47003229 . C G 324.47 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0194789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.254;QD=12.6006;RBI=0.0213206;REFB=0.00255615;REVB=0.00866839;RO=63;SAF=7;SAR=32;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369413;STB=0.719193;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00605539;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:64:39:39:0.378641:32:7:29:34:32:7:30:34 chr10 47003250 . C T 209.02 PASS AF=0.306818;AO=26;DP=87;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0120626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.836;QD=9.501;RBI=0.0122292;REFB=-0.0159973;REVB=0.00201194;RO=59;SAF=3;SAR=23;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558788;STB=0.834071;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0212702;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:59:61:26:27:0.306818:23:3:31:28:24:3:31:30 chr10 47003615 . C T 444.33 PASS AF=0.47;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00940263;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.873;QD=17.7734;RBI=0.0274783;REFB=-0.00965006;REVB=-0.0258196;RO=52;SAF=22;SAR=25;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483018;STB=0.521934;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0101295;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:52:53:47:47:0.47:25:22:27:25:25:22:27:26 chr10 47003896 . C T 467.31 PASS AF=0.410853;AO=52;DP=127;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00597884;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.539;QD=14.4902;RBI=0.00766193;REFB=-0.00511968;REVB=0.00479153;RO=75;SAF=14;SAR=38;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216045;STB=0.630433;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00893504;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:75:76:52:53:0.410853:38:14:34:41:39:14:35:41 chr10 47004036 . G C 132.97 PASS AF=0.207547;AO=22;DP=98;FAO=22;FDP=106;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0173101;FXX=0.0185168;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.695;QD=5.01757;RBI=0.100557;REFB=-0.00612669;REVB=-0.0990556;RO=76;SAF=11;SAR=11;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659516;STB=0.528276;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0445403;OID=.;OPOS=47004036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:106:76:84:22:22:0.207547:11:11:42:34:11:11:45:39 chr10 47004068 . T C 481.92 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00479996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.639;QD=17.3665;RBI=0.0420206;REFB=0.00579337;REVB=-0.0417455;RO=58;SAF=35;SAR=17;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189504;STB=0.610643;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0051629;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:58:59:52:52:0.468468:17:35:28:30:17:35:28:31 chr10 47004182 . G A 952.32 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04208;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.77;QD=58.6045;RBI=0.046627;REFB=0;REVB=0.0200835;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.16491e-05;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr10 47004217 . T C 460.5 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00388409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.292;QD=23.9218;RBI=0.0172574;REFB=-0.00892071;REVB=-0.0168146;RO=32;SAF=18;SAR=26;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468975;STB=0.519991;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00767965;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:33:44:44:0.571429:26:18:15:17:26:18:15:18 chr10 47004289 . C T 92.69 PASS AF=0.188235;AO=16;DP=85;FAO=16;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0214389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6075;QD=4.36181;RBI=0.0214394;REFB=-0.0117776;REVB=-0.000154528;RO=69;SAF=7;SAR=9;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078854;STB=0.550619;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0593262;OID=.;OPOS=47004289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:85:85:69:69:16:16:0.188235:9:7:26:43:9:7:26:43 chr10 47004355 . C CA 532.7 PASS AF=0.5;AO=55;DP=115;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00856547;FXX=0.00884877;HRUN=0;LEN=1;MLLD=231.274;QD=19.0248;RBI=0.0105853;REFB=-0.00855921;REVB=-0.00621941;RO=59;SAF=32;SAR=23;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132079;STB=0.580124;STBP=0.094;TYPE=ins;VARB=0.0118762;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:55:115:56:112:56:32:24:23:33:99:59:32:23:26:33 chr10 47004362 . C T 559.7 PASS AF=0.5;AO=57;DP=115;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.021394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.716;QD=19.2999;RBI=0.0255272;REFB=-0.000955227;REVB=0.0139261;RO=58;SAF=35;SAR=22;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153155;STB=0.578398;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000344157;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:58:58:57:58:0.5:22:35:26:32:23:35:26:32 chr10 47004463 . G A 177.61 PASS AF=0.221374;AO=25;DP=130;FAO=29;FDP=131;FR=.;FRO=102;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=0.0516349;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.387;QD=5.42314;RBI=0.0527577;REFB=-0.00342682;REVB=-0.0108263;RO=101;SAF=12;SAR=13;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313203;STB=0.577957;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0152013;OID=.;OPOS=47004463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:101:102:25:29:0.221374:13:12:46:55:13:16:46:56 chr10 47004633 . CA TG 123.72 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.0201364;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.56;QD=7.38601;RBI=0.0206942;REFB=0.00507623;REVB=-0.00477239;RO=48;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997592;STB=0.56546;STBP=0.562;TYPE=mnp;VARB=-0.0157544;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:48:49:18:18:0.268657:11:7:15:33:11:7:15:34 chr10 47004702 . A G 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00428297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6531;QD=16.4791;RBI=0.00585716;REFB=-0.0131131;REVB=-0.00399532;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154895;STB=0.588288;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0125098;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:17:8:9:10:17:8 chr10 47004816 . GCA G 172.47 PASS AF=0.205298;AO=19;DP=159;FAO=31;FDP=151;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=84;FSRR=36;FWDB=-0.00143737;FXX=0.044301;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.383;QD=4.56867;RBI=0.00302247;REFB=-0.00203398;REVB=0.00265881;RO=107;SAF=6;SAR=13;SRF=84;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553864;STB=0.796564;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0142209;OID=.;OPOS=47004817;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205298:19:159:31:151:120:9:22:84:36:99:107:6:13:84:23 chr10 47004971 . A G 290.1 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.036555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.687;QD=16.577;RBI=0.036869;REFB=-0.0166735;REVB=0.00480166;RO=38;SAF=10;SAR=22;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265024;STB=0.649351;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0136543;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:22:10:22:16:22:10:22:16 chr10 47004994 . A G 255.13 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0272021;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.637;QD=19.2547;RBI=0.0327797;REFB=-0.0101248;REVB=-0.0182908;RO=26;SAF=6;SAR=21;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318097;STB=0.679467;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0111237;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:21:6:14:12:21:6:14:12 chr10 47005224 . C T 310.18 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0146716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.273;QD=28.8535;RBI=0.023334;REFB=-0.0133263;REVB=-0.0181444;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378081;STB=0.520818;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00779491;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:12:15:8:8:12:15:8:8 chr10 47005267 . C T 336.64 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00565016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.789;QD=17.2634;RBI=0.0170123;REFB=-0.0161157;REVB=-0.0160466;RO=40;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166543;STB=0.578569;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00697969;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:40:42:36:36:0.461538:17:19:14:26:17:19:16:26 chr10 47005466 . C T 1484.68 PASS AF=0.529412;AO=144;DP=272;FAO=144;FDP=272;FR=.;FRO=128;FSAF=69;FSAR=75;FSRF=67;FSRR=61;FWDB=0.0657695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.078;QD=21.8335;RBI=0.065983;REFB=-0.0127102;REVB=0.00530384;RO=122;SAF=69;SAR=75;SRF=67;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05889;STB=0.52083;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0110345;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:122:128:144:144:0.529412:75:69:67:55:75:69:67:61 chr10 47005504 . T C 1311.07 PASS AF=0.439252;AO=141;DP=320;FAO=141;FDP=321;FR=.;FRO=180;FSAF=67;FSAR=74;FSRF=84;FSRR=96;FWDB=0.0144862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.707;QD=16.3373;RBI=0.0251036;REFB=-0.00886136;REVB=0.0205022;RO=179;SAF=67;SAR=74;SRF=84;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597242;STB=0.504786;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00893941;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:321:179:180:141:141:0.439252:74:67:84:95:74:67:84:96 chr10 47005575 . C T 1465.35 PASS AF=0.521898;AO=143;DP=274;FAO=143;FDP=274;FR=.;FRO=131;FSAF=54;FSAR=89;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=-0.0140202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.38;QD=21.3919;RBI=0.0148164;REFB=0.00359828;REVB=-0.00479174;RO=131;SAF=54;SAR=89;SRF=55;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388626;STB=0.521248;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00361997;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:131:131:143:143:0.521898:89:54:55:76:89:54:55:76 chr10 47005611 . CAGA C 217.34 PASS AF=0.220859;AO=32;DP=155;FAO=36;FDP=163;FR=.;FRO=127;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=77;FWDB=0.00334088;FXX=0.0180712;HRUN=1;LEN=3;MLLD=264.598;QD=5.33358;RBI=0.0140198;REFB=0.00153307;REVB=-0.0136159;RO=116;SAF=11;SAR=21;SRF=45;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604451;STB=0.518508;STBP=0.817;TYPE=del;VARB=-0.00508992;OID=.;OPOS=47005612;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220859:32:155:36:163:127:15:21:50:77:99:116:11:21:45:71 chr10 47086915 . C T 668.27 PASS AF=0.229122;AO=107;DP=466;FAO=107;FDP=467;FR=.;FRO=360;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=165;FSRR=195;FWDB=-0.017078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.131;QD=5.72395;RBI=0.0171617;REFB=-0.00374819;REVB=0.00169259;RO=359;SAF=55;SAR=52;SRF=165;SRR=194;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694785;STB=0.542849;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0206056;OID=.;OPOS=47086915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:466:467:359:360:107:107:0.229122:52:55:165:194:52:55:165:195 chr10 47086978 . G A 604.88 PASS AF=0.218263;AO=98;DP=448;FAO=98;FDP=449;FR=.;FRO=351;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=157;FSRR=194;FWDB=-0.00945525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.184;QD=5.38867;RBI=0.0233611;REFB=-0.00566476;REVB=-0.0213621;RO=350;SAF=41;SAR=57;SRF=157;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039515;STB=0.523052;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.020806;OID=.;OPOS=47086978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:449:350:351:98:98:0.218263:57:41:157:193:57:41:157:194 chr10 47087078 . G T 316.2 PASS AF=0.243523;AO=47;DP=193;FAO=47;FDP=193;FR=.;FRO=146;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=62;FSRR=84;FWDB=-0.0137999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5889;QD=6.55339;RBI=0.0285951;REFB=-0.00804936;REVB=-0.0250448;RO=146;SAF=17;SAR=30;SRF=62;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830268;STB=0.550118;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0257956;OID=.;OPOS=47087078;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:146:146:47:47:0.243523:30:17:62:84:30:17:62:84 chr10 47087371 . G A 213.85 PASS AF=0.21875;AO=35;DP=160;FAO=35;FDP=160;FR=.;FRO=125;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=70;FWDB=0.0125125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.232;QD=5.34627;RBI=0.0126283;REFB=-0.00166403;REVB=0.00170579;RO=125;SAF=23;SAR=12;SRF=55;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273871;STB=0.668225;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00779525;OID=.;OPOS=47087371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:125:125:35:35:0.21875:12:23:55:70:12:23:55:70 chr10 47087474 . C T 1812.99 PASS AF=0.705607;AO=155;DP=214;FAO=151;FDP=214;FR=.;FRO=63;FSAF=68;FSAR=83;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0265288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3583;QD=33.8877;RBI=0.0298192;REFB=-0.00741538;REVB=0.0136165;RO=59;SAF=68;SAR=87;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00990192;STB=0.506477;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00254819;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:59:63:155:151:0.705607:87:68:27:32:83:68:27:36 chr10 47087501 . C T 377.49 PASS AF=0.2657;AO=55;DP=207;FAO=55;FDP=207;FR=.;FRO=152;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=59;FSRR=93;FWDB=0.0411241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.533;QD=7.29446;RBI=0.0416689;REFB=-0.00129183;REVB=0.00671588;RO=152;SAF=26;SAR=29;SRF=59;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106127;STB=0.562688;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00413687;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:152:152:55:55:0.2657:29:26:59:93:29:26:59:93 chr10 47087608 . T C 3113.82 PASS AF=1;AO=200;DP=205;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.284;QD=60.1704;RBI=0.088226;REFB=-0.0459338;REVB=0.0864836;RO=4;SAF=96;SAR=104;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179625;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143626;OID=.;OPOS=47087608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:205:207:4:0:200:207:1:104:96:0:4:111:96:0:0 chr10 47087680 . C T 1462.61 PASS AF=0.620853;AO=131;DP=211;FAO=131;FDP=211;FR=.;FRO=80;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0743824;FXX=0.014018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4994;QD=27.7272;RBI=0.0917411;REFB=0.0163493;REVB=0.0536999;RO=78;SAF=65;SAR=66;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381174;STB=0.520396;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00690568;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:78:80:131:131:0.620853:66:65:43:35:66:65:44:36 chr10 47087731 . C T 965.79 PASS AF=0.575;AO=92;DP=160;FAO=92;FDP=160;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=64;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0654191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1884;QD=24.1447;RBI=0.0654202;REFB=-0.0207401;REVB=0.000386688;RO=67;SAF=28;SAR=64;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206201;STB=0.609946;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0122564;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:67:68:92:92:0.575:64:28:37:30:64:28:37:31 chr10 47087830 . G A 801.48 PASS AF=0.666667;AO=66;DP=99;FAO=66;FDP=99;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00986668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.723;QD=32.3829;RBI=0.0100734;REFB=-0.0387927;REVB=-0.00203043;RO=31;SAF=33;SAR=33;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477774;STB=0.525245;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0177286;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:31:33:66:66:0.666667:33:33:13:18:33:33:14:19 chr10 47151642 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.917;QD=39.2052;RBI=0.055997;REFB=0;REVB=-0.0111076;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930239;OID=.;OPOS=47151642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr10 47416908 . A G 3587.3 PASS AF=0.433857;AO=384;DP=893;FAO=387;FDP=892;FR=.;FRO=505;FSAF=212;FSAR=175;FSRF=276;FSRR=229;FWDB=-0.0171149;FXX=0.00111981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.006;QD=16.0865;RBI=0.0633047;REFB=-7.1789e-05;REVB=0.0609472;RO=502;SAF=212;SAR=172;SRF=275;SRR=227;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442112;STB=0.500725;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=6.21095e-05;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:893:892:502:505:384:387:0.433857:172:212:275:227:175:212:276:229 chr10 47747159 . G C 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0282533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.93;QD=24.0732;RBI=0.0379131;REFB=-0.022568;REVB=-0.0252815;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161289;STB=0.509077;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0106168;OID=.;OPOS=47747159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:4:9:5:2:4:9:5:2 chr10 47911590 . GT AG,GC 387.22 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=26,2;DP=29;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255669,-0.089763;FXX=0.0344709;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=243.848,31.7409;QD=55.3178;RBI=0.0258712,0.0938883;REFB=0,0;REVB=-0.00395631,-0.0275249;RO=0;SAF=18,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.28381e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-9.88811e-05,0.0701167;OID=.,.;OPOS=47911590,47911591;OREF=GT,T;OALT=AG,C;OMAPALT=AG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:29:28:0:0:26,2:26,2:0.928571,0.0714286:8,2:18,0:0:0:8,2:18,0:0:0 chr10 48370595 . G A 537.5 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=54;FWDB=0.0129213;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0333;QD=17.3387;RBI=0.0473907;REFB=-0.00910623;REVB=0.0455952;RO=58;SAF=26;SAR=31;SRF=12;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236279;STB=0.646342;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00870748;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:58:67:57:57:0.459677:31:26:12:46:31:26:13:54 chr10 48414516 . T A 324.22 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.016962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.108;QD=16.0107;RBI=0.03664;REFB=-0.017107;REVB=0.0324773;RO=45;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385604;STB=0.528286;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0121058;OID=.;OPOS=48414516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:35:36:0.444444:20:15:21:24:21:15:21:24 chr10 48428941 . T C 159.17 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0578289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.547;QD=10.1061;RBI=0.0582538;REFB=-0.00108465;REVB=-0.00702315;RO=42;SAF=3;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478752;STB=0.786575;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00166981;OID=.;OPOS=48428941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:18:3:21:21:18:3:21:21 chr10 49446097 . C T 371.81 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.000372344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.483;QD=17.4971;RBI=0.00576814;REFB=0.000844952;REVB=0.00575611;RO=46;SAF=17;SAR=22;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202035;STB=0.511309;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.000988836;OID=.;OPOS=49446097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:22:17:21:25:22:17:21:25 chr10 49659083 . GC G,GG 1613.97 PASS AF=0.663317,0.296482;AO=98,60;DP=206;FAO=132,59;FDP=199;FR=.;FRO=8;FSAF=95,1;FSAR=37,58;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0104328,-0.00523596;FXX=0.0432672;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.9805,14.9473;QD=32.4417;RBI=0.0807063,0.090723;REFB=-0.0921262,-0.0861489;REVB=0.0800291,0.0905718;RO=29;SAF=81,1;SAR=17,59;SRF=9;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.30108,-0.676645;STB=0.523893,0.786294;STBP=0.043,0.001;TYPE=del,snp;VARB=0.06413,0.0154482;OID=.,.;OPOS=49659084,49659084;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.663317,0.296482:98,60:206:132,59:199:8:95,1:37,58:3:5:99:29:81,1:17,59:9:20 chr10 49659559 . C T 1309.43 PASS AF=0.957447;AO=86;DP=93;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0250076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.12;QD=55.7205;RBI=0.0547403;REFB=-0.0409953;REVB=0.0486942;RO=5;SAF=32;SAR=54;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068472;STB=0.527772;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000262241;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:93:94:5:4:86:90:0.957447:54:32:5:0:56:34:4:0 chr10 49659637 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289295;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2161;QD=58.6003;RBI=0.0291723;REFB=0;REVB=-0.00375564;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04606e-05;OID=.;OPOS=49659637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:42:21:0:0:42:22:0:0 chr10 49667795 . T C 2160.4 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452472;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.061;QD=63.0773;RBI=0.0504469;REFB=0;REVB=0.0223065;RO=0;SAF=71;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.47672e-05;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:136:137:1:65:71:0:0:65:72:0:0 chr10 49687800 . G A 579.47 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267194;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.989;QD=60.9973;RBI=0.02675;REFB=0;REVB=-0.00127891;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45222e-05;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr10 49933974 . T C 554.83 PASS AF=0.427536;AO=58;DP=143;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.00790825;FXX=0.0416638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.752;QD=16.0822;RBI=0.0333974;REFB=-0.0199446;REVB=-0.0324476;RO=85;SAF=29;SAR=29;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186301;STB=0.506019;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0261179;OID=.;OPOS=49933974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:138:85:79:58:59:0.427536:29:29:41:44:29:30:41:38 chr10 49998780 . G A 902.28 PASS AF=0.505618;AO=90;DP=179;FAO=90;FDP=178;FR=.;FRO=88;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.017503;FXX=0.00558628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.764;QD=20.2759;RBI=0.0442641;REFB=-0.019676;REVB=0.0406566;RO=85;SAF=51;SAR=39;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438753;STB=0.53325;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0124272;OID=.;OPOS=49998780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:85:88:90:90:0.505618:39:51:44:41:39:51:44:44 chr10 49998824 . C T 1032.24 PASS AF=0.515;AO=103;DP=200;FAO=103;FDP=200;FR=.;FRO=97;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=0.0082876;FXX=0.0147776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9391;QD=20.6447;RBI=0.010263;REFB=0.00656657;REVB=-0.00605346;RO=96;SAF=50;SAR=53;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769332;STB=0.539498;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00538773;OID=.;OPOS=49998824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:96:97:103:103:0.515:53:50:55:41:53:50:55:42 chr10 50004372 . C T 842.37 PASS AF=0.494253;AO=86;DP=174;FAO=86;FDP=174;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=-0.00843593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3401;QD=19.3648;RBI=0.05669;REFB=-0.00807784;REVB=-0.0560589;RO=88;SAF=44;SAR=42;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732233;STB=0.5403;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00874622;OID=.;OPOS=50004372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:88:88:86:86:0.494253:42:44:38:50:42:44:38:50 chr10 50013402 . T C 1608.44 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.878;QD=64.3378;RBI=0.0335055;REFB=0;REVB=0.00308713;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32231e-05;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:100:0:0:95:100:1:40:55:0:0:41:59:0:0 chr10 50025396 . G A 511.04 PASS AF=0.444444;AO=55;DP=125;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=49;FWDB=0.0138569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.455;QD=16.2234;RBI=0.0265483;REFB=-0.0160392;REVB=0.022645;RO=69;SAF=28;SAR=27;SRF=20;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218742;STB=0.620106;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0176094;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:69:70:55:56:0.444444:27:28:20:49:27:29:21:49 chr10 50038800 . A G 359.52 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.00244872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.555;QD=19.9735;RBI=0.0177225;REFB=-0.0171386;REVB=-0.0175525;RO=35;SAF=21;SAR=16;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314901;STB=0.673383;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0108008;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:16:21:7:28:16:21:7:28 chr10 50083111 . T C 593.56 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0146872;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.7503;QD=19.1472;RBI=0.0147031;REFB=0.0109967;REVB=-0.000683805;RO=62;SAF=25;SAR=36;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00624195;STB=0.501502;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.0115833;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:62:63:61:61:0.491935:36:25:25:37:36:25:26:37 chr10 50109902 . G A 685.07 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0303389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9255;QD=50.746;RBI=0.0549743;REFB=-0.22402;REVB=-0.0458445;RO=3;SAF=22;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599843;STB=0.531902;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00849596;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:54:54:3:3:51:51:0.944444:29:22:3:0:29:22:3:0 chr10 50121784 . T C 943.67 PASS AF=0.482759;AO=97;DP=202;FAO=98;FDP=203;FR=.;FRO=105;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.0966025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6523;QD=18.5945;RBI=0.122433;REFB=-0.0104756;REVB=0.0752187;RO=105;SAF=39;SAR=58;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894676;STB=0.545817;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0106405;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:105:105:97:98:0.482759:58:39:52:53:58:40:52:53 chr10 50122181 . C A 568.98 PASS AF=0.540816;AO=52;DP=97;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00838572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.516;QD=23.2236;RBI=0.00885114;REFB=0.0137062;REVB=0.00283237;RO=45;SAF=26;SAR=26;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103177;STB=0.551891;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00957053;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:45:45:52:53:0.540816:26:26:17:28:27:26:17:28 chr10 50227785 . T C 2285.42 PASS AF=0.993421;AO=147;DP=153;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0548675;FXX=0.0129862;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.184;QD=60.1427;RBI=0.0634813;REFB=-0.0405035;REVB=0.0319286;RO=0;SAF=64;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000136006;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:152:0:1:147:151:0.993421:83:64:0:0:87:64:1:0 chr10 50531214 . C G 239.39 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00266773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4462;QD=18.0675;RBI=0.0226794;REFB=-0.00714681;REVB=0.022522;RO=27;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564088;STB=0.531697;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00534186;OID=.;OPOS=50531214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:16:10:12:15:16:10:12:15 chr10 50531479 . G A 229.34 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00646266;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.21;QD=13.4904;RBI=0.00794818;REFB=-0.00352157;REVB=0.00462684;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667081;STB=0.503814;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00605396;OID=.;OPOS=50531479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:13:14:21:20:13:14:21:20 chr10 50531549 . G T 269.53 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.000616032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3238;QD=18.9141;RBI=0.0188627;REFB=-0.0074789;REVB=-0.0188526;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123256;STB=0.560398;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0100902;OID=.;OPOS=50531549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:17:12:15:12:17:12:15:13 chr10 50531604 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.056;QD=62.3499;RBI=0.0576854;REFB=0;REVB=-0.00525201;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000435532;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr10 50531606 . C A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00729529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.86;QD=16.5359;RBI=0.0201241;REFB=-0.0245015;REVB=0.0187552;RO=22;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167939;STB=0.586108;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0249863;OID=.;OPOS=50531606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:12:6:11:11:12:6:11:12 chr10 50531972 . A C 187.27 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0227499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.975;QD=14.6881;RBI=0.0228484;REFB=-0.0297782;REVB=0.00211913;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160463;STB=0.591751;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.042743;OID=.;OPOS=50531972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:11:19:10:11:11:19 chr10 50532683 . T C 182.7 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0429702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3048;QD=42.9885;RBI=0.108504;REFB=0.0030552;REVB=-0.0996329;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701691;STB=0.538413;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0105331;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:10:6:1:0:10:6:1:0 chr10 50533613 . AGGGT AGGGC,AGGT 297.09 PASS AF=0.527778,0.25;AO=18,9;DP=37;FAO=19,9;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=12,0;FSAR=7,9;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0491164,-0.256672;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=39.0566,20.5251;QD=33.0101;RBI=0.123432,0.275079;REFB=-0.0188053,-0.0525137;REVB=-0.113239,-0.0989338;RO=7;SAF=10,0;SAR=8,9;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0.549261;SSEP=0,0;SSSB=-0.158355,-0.830498;STB=0.580706,0.998691;STBP=0.249,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0627496,0.0118463;OID=.,.;OPOS=50533617,50533614;OREF=T,G;OALT=C,-;OMAPALT=AGGGC,AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.527778,0.25:18,9:37:19,9:36:8:12,0:7,9:7:1:67:7:10,0:8,9:6:1 chr10 50534395 . G A 293.0 PASS AF=0.4;AO=26;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0357592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9732;QD=13.7881;RBI=0.055806;REFB=-0.00912656;REVB=0.0428437;RO=38;SAF=4;SAR=22;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416225;STB=0.691798;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0258948;OID=.;OPOS=50534395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:51:26:34:0.4:22:4:18:20:25:9:29:22 chr10 50534646 . C T 412.37 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0128912;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1787;QD=15.8602;RBI=0.0183414;REFB=-0.00552998;REVB=0.0130469;RO=58;SAF=24;SAR=22;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993513;STB=0.565263;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00839229;OID=.;OPOS=50534646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:58:58:46:46:0.442308:22:24:36:22:22:24:37:21 chr10 50534862 . T C 2820.46 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.447;QD=62.6769;RBI=0.049103;REFB=0;REVB=0.0484245;RO=0;SAF=42;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.56541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23334e-05;OID=.;OPOS=50534862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:180:0:0:175:180:1:133:42:0:0:137:43:0:0 chr10 50535186 . C T 752.98 PASS AF=0.537313;AO=72;DP=134;FAO=72;FDP=134;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=59;FWDB=0.0604017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.499;QD=22.4769;RBI=0.0612746;REFB=-0.0462183;REVB=-0.0103061;RO=60;SAF=20;SAR=52;SRF=2;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293832;STB=0.649849;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0399974;OID=.;OPOS=50535186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:60:62:72:72:0.537313:52:20:2:58:52:20:3:59 chr10 50679081 . G A 505.52 PASS AF=0.494949;AO=47;DP=97;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00969433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.338;QD=20.4252;RBI=0.00996155;REFB=-0.00886633;REVB=0.00229179;RO=50;SAF=19;SAR=28;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00410263;STB=0.506491;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00962837;OID=.;OPOS=50679081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:50:50:47:49:0.494949:28:19:20:30:30:19:20:30 chr10 50681033 . G A,C 1700.92 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=110,4;DP=114;FAO=110,4;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=45,3;FSAR=65,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221432,-0.0113972;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.464,126.786;QD=59.6814;RBI=0.0562984,0.0201138;REFB=0,0;REVB=-0.0517609,-0.0165731;RO=0;SAF=45,3;SAR=65,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.58497e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000559622,0.0573291;OID=.,.;OPOS=50681033,50681033;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:114:114:0:0:110,4:110,4:0.964912,0.0350877:65,1:45,3:0:0:65,1:45,3:0:0 chr10 50723684 . G A 1204.04 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.598;QD=60.202;RBI=0.00374016;REFB=0;REVB=-0.00311806;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142566;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:80:0:0:76:80:1:51:25:0:0:51:29:0:0 chr10 50724016 . C T 1257.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.207;QD=61.3202;RBI=0.0331049;REFB=0;REVB=0.00743462;RO=0;SAF=24;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03761e-05;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:57:24:0:0:58:24:0:0 chr10 50740876 . G C 833.51 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.333;QD=57.4833;RBI=0.00999017;REFB=0;REVB=-0.00659642;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.63348e-05;OID=.;OPOS=50740876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr10 50819182 . T C 2218.79 PASS AF=0.993007;AO=135;DP=136;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0448909;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.979;QD=62.0641;RBI=0.0807368;REFB=-0.0198469;REVB=0.0671062;RO=0;SAF=71;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.26516e-08;STB=0.503496;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000542383;OID=.;OPOS=50819182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:143:0:1:135:142:0.993007:64:71:0:0:71:71:1:0 chr10 50820345 . C A 1726.3 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518826;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.099;QD=60.5718;RBI=0.0522784;REFB=0;REVB=0.00642074;RO=0;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10827e-05;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:65:49:0:0:65:49:0:0 chr10 50820424 . G T 1597.06 PASS AF=0.990991;AO=107;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0069307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8864;QD=57.5516;RBI=0.0703367;REFB=-0.16588;REVB=0.0699944;RO=4;SAF=27;SAR=80;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000211564;STB=0.50303;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00341804;OID=.;OPOS=50820424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:111:111:4:1:107:110:0.990991:80:27:1:3:82:28:0:1 chr10 50820693 . G T 1861.59 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187388;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.982;QD=61.54;RBI=0.0242811;REFB=0;REVB=0.0242087;RO=0;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144222;OID=.;OPOS=50820693;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:119:121:1:62:57:0:0:62:59:0:0 chr10 50822376 . C G 1396.36 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.306;QD=62.7576;RBI=0.0407752;REFB=0;REVB=-0.0166894;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93343e-05;OID=.;OPOS=50822376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:47:42:0:0:47:42:0:0 chr10 50856652 . G A 784.71 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.288;QD=57.0697;RBI=0.0305129;REFB=0;REVB=0.0303819;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121014;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr10 50863147 . T C 2399.72 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113222;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.305;QD=61.1394;RBI=0.0140516;REFB=0;REVB=-0.00832212;RO=0;SAF=91;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.199e-05;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:157:0:0:155:157:1:64:91:0:0:64:93:0:0 chr10 50872912 . C T 1755.23 PASS AF=0.944882;AO=120;DP=128;FAO=120;FDP=127;FR=.;FRO=7;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0186106;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5919;QD=55.2829;RBI=0.0224558;REFB=-0.038181;REVB=0.0125663;RO=7;SAF=68;SAR=52;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000506671;STB=0.500267;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0287914;OID=.;OPOS=50872912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:128:127:7:7:120:120:0.944882:52:68:4:3:52:68:4:3 chr10 50916484 . A G 1543.11 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.646;QD=63.6333;RBI=0.0209831;REFB=0;REVB=0.013451;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03656e-05;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:50:46:0:0:51:46:0:0 chr10 50942763 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0794459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9163;QD=58.4191;RBI=0.0794481;REFB=0;REVB=0.0005927;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000728897;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr10 50960209 . G A 962.73 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.738;QD=58.3471;RBI=0.0662076;REFB=0;REVB=0.065989;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165629;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99296e-05;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:1:0:62:66:1:28:34:0:1:31:35:0:0 chr10 51051653 . T C 461.19 PASS AF=0.479167;AO=44;DP=94;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00733908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.116;QD=19.2161;RBI=0.0182527;REFB=-0.00760545;REVB=-0.0167123;RO=50;SAF=19;SAR=25;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103442;STB=0.543459;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00916673;OID=.;OPOS=51051653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:50:50:44:46:0.479167:25:19:27:23:25:21:27:23 chr10 51465552 . A T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00801581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.433;QD=51.1846;RBI=0.0111204;REFB=0;REVB=-0.0077078;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91446e-05;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr10 51486073 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCTCA C 50.0 PASS AO=49;DP=326;LEN=21;RO=277;SAF=38;SAR=24;SRF=112;SRR=152;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=51486074;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCTCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:326:277:49:24:38:112:152 chr10 51549545 . G T 1232.02 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00758781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.594;QD=60.8405;RBI=0.0231062;REFB=0;REVB=0.0218248;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95376e-05;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:81:0:0:74:81:1:40:34:0:0:44:37:0:0 chr10 51568378 . T G 618.95 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=151;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0040008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.273;QD=16.3959;RBI=0.00549375;REFB=-0.0107435;REVB=-0.00376496;RO=84;SAF=23;SAR=44;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186336;STB=0.604067;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0125794;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:84:84:67:67:0.443709:44:23:44:40:44:23:44:40 chr10 51623866 . A G 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0288788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.352;QD=28.4028;RBI=0.0296951;REFB=-0.0325024;REVB=-0.00691464;RO=11;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09929;STB=0.554844;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0129409;OID=.;OPOS=51623866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:11:10:7:4:11:10:7:4 chr10 51748684 . G A 403.89 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0258632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.272;QD=13.8081;RBI=0.028317;REFB=0.00158606;REVB=0.0115304;RO=69;SAF=24;SAR=23;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110345;STB=0.557508;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00225463;OID=.;OPOS=51748684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:69:70:47:47:0.401709:23:24:28:41:23:24:29:41 chr10 51827763 . A G 2547.76 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.207;QD=61.7639;RBI=0.0248463;REFB=0;REVB=0.00630081;RO=0;SAF=141;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59007e-05;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:24:141:0:0:24:141:0:0 chr10 52002980 . T G 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.785;QD=62.3147;RBI=0.00855354;REFB=0;REVB=-0.00729096;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13449e-06;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr10 52005153 . A G 1593.19 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110616;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.229;QD=64.3711;RBI=0.0284209;REFB=0;REVB=0.0283993;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16306e-05;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:47:51:0:0:47:52:0:0 chr10 52103707 . A G 684.88 PASS AF=0.474359;AO=72;DP=156;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00996761;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.978;QD=17.5609;RBI=0.0102234;REFB=-0.000120254;REVB=0.0022726;RO=81;SAF=42;SAR=30;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121544;STB=0.561247;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000477742;OID=.;OPOS=52103707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:81:82:72:74:0.474359:30:42:37:44:32:42:37:45 chr10 53059406 . T C 345.0 PASS AF=0.328467;AO=40;DP=133;FAO=45;FDP=137;FR=.;FRO=92;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=0.0485371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.306;QD=10.0729;RBI=0.0585482;REFB=-0.00439439;REVB=0.032742;RO=92;SAF=18;SAR=22;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447445;STB=0.509087;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00857437;OID=.;OPOS=53059406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:137:92:92:40:45:0.328467:22:18:38:54:27:18:38:54 chr10 53458047 . A G 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.857;QD=60.3754;RBI=0.0189434;REFB=0;REVB=0.00143411;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56758e-05;OID=.;OPOS=53458047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr10 53458167 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.222;QD=61.213;RBI=0.0686719;REFB=0;REVB=0.0439032;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65452e-05;OID=.;OPOS=53458167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:41:37:0:0:42:37:0:0 chr10 53458998 . A G 1976.35 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369561;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.209;QD=62.2472;RBI=0.0285976;REFB=0;REVB=0.0283578;RO=0;SAF=67;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98399e-07;OID=.;OPOS=53458998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:60:67:0:0:60:67:0:0 chr10 53841429 . C T 631.92 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.0020799;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.45;QD=19.2952;RBI=0.0107107;REFB=0.00188858;REVB=0.0105068;RO=65;SAF=29;SAR=35;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779701;STB=0.533775;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00180635;OID=.;OPOS=53841429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:65:67:64:64:0.48855:35:29:24:41:35:29:26:41 chr10 54074757 . A G 3627.7 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9853;QD=63.0904;RBI=0.0415788;REFB=0;REVB=-0.0156644;RO=0;SAF=72;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.49977e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70002e-05;OID=.;OPOS=54074757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:230:0:0:229:230:1:157:72:0:0:157:73:0:0 chr10 54405572 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.725;QD=61.683;RBI=0.0453373;REFB=0;REVB=-0.0311405;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77517e-06;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr10 54528266 . G C 140.67 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0360971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3737;QD=12.7877;RBI=0.0362788;REFB=-0.00607591;REVB=-0.003627;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290975;STB=0.51218;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00921245;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:15:16:0.363636:10:5:10:18:10:6:10:18 chr10 55568972 . T G 2017.84 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129736;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.697;QD=61.6134;RBI=0.0564194;REFB=-0.0802217;REVB=0.0549075;RO=0;SAF=64;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98038e-08;STB=0.503875;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000475936;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:131:0:1:130:130:0.992366:66:64:0:0:66:64:1:0 chr10 55582674 . C A 210.14 PASS AF=0.463415;AO=15;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.02624;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.982;QD=20.5019;RBI=0.0319467;REFB=-0.0348839;REVB=0.0182223;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288517;STB=0.604287;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0234823;OID=.;OPOS=55582674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:19:19:15:19:0.463415:5:10:7:12:8:11:7:12 chr10 55582905 . G T 560.88 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00341387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.928;QD=21.7818;RBI=0.00344325;REFB=-0.0056287;REVB=-0.000448836;RO=47;SAF=26;SAR=30;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562417;STB=0.53087;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00442182;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:30:26:25:22:30:26:25:22 chr10 55755491 . C T 400.6 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0160263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0279;QD=21.3655;RBI=0.0185617;REFB=-0.00692024;REVB=-0.00936442;RO=34;SAF=16;SAR=24;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041206;STB=0.51396;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00422242;OID=.;OPOS=55755491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:34:35:40:40:0.533333:24:16:12:22:24:16:13:22 chr10 55949151 . G A 990.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6951;QD=59.1391;RBI=0.0417894;REFB=0;REVB=-0.0406843;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181006;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr10 55955444 . T G 1177.15 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00835701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.237;QD=59.6025;RBI=0.106865;REFB=-0.0955031;REVB=0.106538;RO=1;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010637;STB=0.505617;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000835909;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:79:79:1:1:78:78:0.987342:44:34:0:1:44:34:0:1 chr10 56335031 . A G 753.04 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0197753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.724;QD=54.7669;RBI=0.0346499;REFB=0.0713577;REVB=-0.0284526;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149574;STB=0.507689;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000913765;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:31:22:0:1:32:22:0:1 chr10 56335067 . A G 1104.23 PASS AF=0.950617;AO=63;DP=87;FAO=77;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.013608;FXX=0.0121936;HRUN=11;LEN=1;MLLD=244.391;QD=54.5299;RBI=0.0136096;REFB=-0.131208;REVB=0.000209259;RO=15;SAF=21;SAR=42;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272621;STB=0.521371;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000318813;OID=.;OPOS=56335067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:87:81:15:4:63:77:0.950617:42:21:4:11:50:27:3:1 chr10 56345303 . T C 376.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.085;QD=55.724;RBI=0.0356719;REFB=0;REVB=0.0355736;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181755;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:9:17:0:0:10:17:0:0 chr10 56345335 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6572;QD=55.6544;RBI=0.0371079;REFB=0;REVB=0.0156544;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570662;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr10 57327576 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0063559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4905;QD=16.172;RBI=0.0108039;REFB=-0.00363001;REVB=-0.00873653;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155931;STB=0.589544;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00290201;OID=.;OPOS=57327576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:8:12:7:9:8:12 chr10 57357632 . G A 169.14 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0477256;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4156;QD=13.2662;RBI=0.0477542;REFB=-0.011028;REVB=0.00165373;RO=31;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421786;STB=0.524391;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00808046;OID=.;OPOS=57357632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:31:31:20:20:0.392157:13:7:12:19:13:7:12:19 chr10 57358664 . C A 257.16 PASS AF=0.4;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0284437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1395;QD=13.715;RBI=0.040774;REFB=-0.00672783;REVB=0.0292143;RO=45;SAF=17;SAR=12;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900491;STB=0.542345;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0115185;OID=.;OPOS=57358664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:45:45:29:30:0.4:12:17:30:15:12:18:30:15 chr10 57358667 . G A 258.36 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.000561509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.428;QD=13.9656;RBI=0.00136583;REFB=0.00377608;REVB=-0.00124507;RO=44;SAF=18;SAR=12;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911652;STB=0.551691;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0071014;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:12:18:30:14:12:18:30:14 chr10 57360079 . G T 237.17 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0480246;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3567;QD=19.3604;RBI=0.0552909;REFB=-0.0279295;REVB=0.0273992;RO=27;SAF=17;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426443;STB=0.505716;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0363509;OID=.;OPOS=57360079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:26:23:23:0.469388:6:17:19:8:6:17:19:7 chr10 57360123 . TAAAAA TAAA,TA,TAAAAT,TAAATA 309.08 PASS AF=0.1875,0.25,0.09375,0.46875;AO=6,6,2,3;DP=42;FAO=6,8,3,15;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,0;FSAR=6,8,3,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.72208e-05,0.000186696,0.000589059,0.000641087;FXX=0.304282;HRUN=14,14,14,14;LEN=2,4,1,1;MLLD=6.02437,14.7961,106.946,106.454;QD=38.635;RBI=0.120135,0.0447263,0.0297392,0.0323982;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.120134,-0.0447259,-0.0297334,-0.0323919;RO=0;SAF=0,0,0,0;SAR=6,6,2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=-0.25678,0.0370298,0.0106478,0.0538192;OID=.,.,.,.;OPOS=57360124,57360124,57360128,57360127;OREF=AA,AAAA,A,A;OALT=-,-,T,T;OMAPALT=TAAA,TA,TAAAAT,TAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.1875,0.25,0.09375,0.46875:6,6,2,3:42:6,8,3,15:32:0:0,0,0,0:6,8,3,15:0:0:49:0:0,0,0,0:6,6,2,3:0:0 chr10 58118630 . T C 1508.12 PASS AF=0.963303;AO=104;DP=108;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0211236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1383;QD=55.3438;RBI=0.0241926;REFB=-0.152568;REVB=0.0117929;RO=3;SAF=47;SAR=57;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636893;STB=0.507666;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00228776;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:108:109:3:4:104:105:0.963303:57:47:1:2:57:48:1:3 chr10 59956041 . C T 1513.08 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5098;QD=59.924;RBI=0.0280232;REFB=0;REVB=-0.026094;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122061;OID=.;OPOS=59956041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chr10 61005244 . G C 1495.66 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0041734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4089;QD=62.3191;RBI=0.00450794;REFB=0.0108142;REVB=0.0017042;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-5.12575e-05;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:94:95:0.989583:41:53:0:0:42:53:1:0 chr10 61122268 . T TTA 596.94 PASS AF=1;AO=38;DP=42;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103819;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.712;QD=61.225;RBI=0.110307;REFB=0;REVB=0.0372716;RO=3;SAF=20;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192739;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000480911;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:42:39:39:0:20:19:0:0:4:3:20:18:2:1 chr10 61414011 . G T 672.22 PASS AF=0.492857;AO=61;DP=133;FAO=69;FDP=140;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=0.00810391;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.914;QD=19.2064;RBI=0.0107875;REFB=-0.0130714;REVB=-0.00712019;RO=71;SAF=28;SAR=33;SRF=23;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133636;STB=0.565052;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0108698;OID=.;OPOS=61414011;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:140:71:71:61:69:0.492857:33:28:23:48:38:31:23:48 chr10 61549657 . AT A 796.9 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0845509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.001;QD=47.5761;RBI=0.162451;REFB=0;REVB=0.138713;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00419258;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:67:67:67:0:32:35:0:0:14:0:32:35:0:0 chr10 61551428 . T C 605.65 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0256271;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.101;QD=59.088;RBI=0.0467878;REFB=-0.088823;REVB=-0.0391452;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000889052;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:1:0:20:20:1:0 chr10 61552692 . G T 1212.88 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011583;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.193;QD=59.8952;RBI=0.0117666;REFB=0.0690253;REVB=-0.00207003;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.507041;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000127805;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:45:35:0:0:45:35:1:0 chr10 61552774 . C T 920.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0297;QD=58.4138;RBI=0.0143475;REFB=0;REVB=0.0101966;RO=0;SAF=58;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164406;OID=.;OPOS=61552774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:5:58:0:0:5:58:0:0 chr10 61665886 . C A 6106.06 PASS AF=0.989822;AO=384;DP=388;FAO=389;FDP=393;FR=.;FRO=4;FSAF=213;FSAR=176;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00201279;FXX=0.00253801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.652;QD=62.1481;RBI=0.00906406;REFB=0.0197347;REVB=0.00883775;RO=3;SAF=210;SAR=174;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00676788;STB=0.504651;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.000136741;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:388:393:3:4:384:389:0.989822:174:210:3:0:176:213:4:0 chr10 61719232 . A AT 1146.27 PASS AF=1;AO=97;DP=110;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450979;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.4155;QD=43.6675;RBI=0.187315;REFB=0;REVB=-0.181805;RO=6;SAF=50;SAR=47;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0014936;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:110:105:105:0:51:54:0:0:22:6:50:47:5:1 chr10 61840324 . C T 393.43 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0152564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9681;QD=15.4287;RBI=0.0272725;REFB=-0.00424623;REVB=-0.022606;RO=58;SAF=24;SAR=20;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04179;STB=0.523455;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00519557;OID=.;OPOS=61840324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:20:24:34:24:20:24:34:24 chr10 61841573 . CTTTTC CTTT,CTTTC,CTTTCC 1233.17 PASS AF=0,1,0;AO=15,88,10;DP=124;FAO=0,115,0;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=0,55,0;FSAR=0,60,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333775,0.0888553,0.0257342;FXX=0.0254216;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=7.91831,14.6379,5.97277;QD=42.8929;RBI=0.205899,0.215991,0.0257342;REFB=0,0,0;REVB=-0.203176,-0.196867,-4.31349e-05;RO=2;SAF=4,42,9;SAR=11,46,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.422397,0.422397,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.180627,-0.0220283,-0.0896193;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0126063,-0.000894227,0;OID=.,.,.;OPOS=61841577,61841574,61841577;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC,CTTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:15,88,10:124:0,115,0:115:0:0,55,0:0,60,0:0:0:7:2:4,42,9:11,46,1:2:0 chr10 62060128 . A G 496.44 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0132769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.039;QD=20.9027;RBI=0.0133133;REFB=-0.0077849;REVB=0.000983073;RO=47;SAF=25;SAR=23;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217538;STB=0.619787;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00831464;OID=.;OPOS=62060128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:23:25:13:34:23:25:13:34 chr10 63422754 . G GGGGCCGACCCCGGCA 3924.43 PASS AF=0.655303;AO=263;DP=592;FAO=346;FDP=528;FR=.;FRO=182;FSAF=159;FSAR=187;FSRF=103;FSRR=79;FWDB=-0.00303817;FXX=0.105083;HRUN=5;LEN=15;MLLD=288.134;QD=29.7305;RBI=0.00327916;REFB=-0.0130953;REVB=-0.00123386;RO=222;SAF=105;SAR=158;SRF=128;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15047;STB=0.536695;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.00687662;OID=.;OPOS=63422755;OREF=-;OALT=GGGCCGACCCCGGCA;OMAPALT=GGGGCCGACCCCGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.655303:263:592:346:528:182:159:187:103:79:99:222:105:158:128:94 chr10 63450379 . G A 301.61 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0215231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9725;QD=25.1338;RBI=0.0264292;REFB=-0.00163361;REVB=-0.0153382;RO=21;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157163;STB=0.587561;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.000447786;OID=.;OPOS=63450379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:19:8:10:11:19:8:10:11 chr10 63520698 . T C 1995.06 PASS AF=0.977612;AO=131;DP=135;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0122251;FXX=0.0147048;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.502;QD=59.5541;RBI=0.0202076;REFB=0.0119908;REVB=0.0160901;RO=1;SAF=51;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922767;STB=0.514284;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.000101673;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:134:1:3:131:131:0.977612:80:51:1:0:80:51:3:0 chr10 63958112 . T C 1102.45 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00308694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.621;QD=58.7975;RBI=0.00929683;REFB=0.0155084;REVB=0.00876937;RO=1;SAF=31;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150156;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=3.39831e-05;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:43:31:1:0:43:31:1:0 chr10 63995983 . C T 1811.46 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.583;QD=60.8893;RBI=0.0431703;REFB=0;REVB=-0.037944;RO=0;SAF=47;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61957e-05;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:71:47:0:0:72:47:0:0 chr10 64000878 . T G 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.446;QD=50.4074;RBI=0.0656268;REFB=0;REVB=0.063466;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582509;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr10 64110037 . C T 428.94 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7116;QD=57.1922;RBI=0.0452612;REFB=0;REVB=-0.0357409;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.27572e-05;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr10 64159333 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.592;QD=50.4131;RBI=0.0124454;REFB=0;REVB=0.0118412;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31215e-05;OID=.;OPOS=64159333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr10 64415184 . A G 2186.48 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.934;QD=62.4708;RBI=0.112236;REFB=0;REVB=0.0360775;RO=0;SAF=67;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449166;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:138:140:1:71:67:0:0:73:67:0:0 chr10 64416220 . C T 770.66 PASS AF=0.457627;AO=81;DP=164;FAO=81;FDP=177;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.00698231;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.549;QD=17.416;RBI=0.0262739;REFB=-0.0126565;REVB=-0.0253291;RO=82;SAF=39;SAR=42;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947099;STB=0.510048;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0139041;OID=.;OPOS=64416220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:177:82:96:81:81:0.457627:42:39:48:34:42:39:48:48 chr10 64565011 . G A 6155.85 PASS AF=0.9925;AO=394;DP=399;FAO=397;FDP=400;FR=.;FRO=3;FSAF=203;FSAR=194;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0633814;FXX=0.0024937;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1506;QD=61.5585;RBI=0.0704542;REFB=-0.0758868;REVB=0.0307667;RO=3;SAF=203;SAR=191;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0021863;STB=0.501166;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00191345;OID=.;OPOS=64565011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:399:400:3:3:394:397:0.9925:191:203:2:1:194:203:2:1 chr10 64566572 . T C 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.748;QD=58.5801;RBI=0.0432889;REFB=0;REVB=0.0316005;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58941e-05;OID=.;OPOS=64566572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr10 64567364 . C T 2307.74 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9109;QD=61.1321;RBI=0.0282897;REFB=0;REVB=-0.0277416;RO=0;SAF=77;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.49377e-05;OID=.;OPOS=64567364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:74:77:0:0:74:77:0:0 chr10 64567938 . C T 393.79 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.519;QD=56.2561;RBI=0.0142407;REFB=0;REVB=-0.00230677;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94186e-05;OID=.;OPOS=64567938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:17:9:0:0:19:9:0:0 chr10 64572093 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.801;QD=59.1432;RBI=0.0145273;REFB=0;REVB=0.0139157;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74435e-05;OID=.;OPOS=64572093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr10 64573771 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.738;QD=57.1062;RBI=0.014045;REFB=0;REVB=-0.0104085;RO=0;SAF=52;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22825e-06;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:2:52:0:0:3:52:0:0 chr10 64869942 . A G 174.3 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0146666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4884;QD=11.6201;RBI=0.0449983;REFB=-0.00293695;REVB=0.042541;RO=38;SAF=4;SAR=18;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931394;STB=0.55445;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00731727;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:18:4:9:29:18:4:9:29 chr10 64869973 . T C 186.1 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.0312512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.719;QD=12.4066;RBI=0.0313786;REFB=-0.023477;REVB=0.00282435;RO=37;SAF=4;SAR=19;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277533;STB=0.516035;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0269597;OID=.;OPOS=64869973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:19:4:7:30:19:4:7:30 chr10 64967445 . A T 1903.3 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9092;QD=61.3969;RBI=0.0189578;REFB=0;REVB=0.0129136;RO=0;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122099;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:62:61:0:0:63:61:0:0 chr10 65322381 . G T 1003.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.254;QD=59.0372;RBI=0.0461553;REFB=0;REVB=0.000750247;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220122;OID=.;OPOS=65322381;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:44:23:0:0:44:24:0:0 chr10 68685929 . G C 739.56 PASS AF=0.932203;AO=54;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00846374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.774;QD=50.1398;RBI=0.0156015;REFB=-0.030508;REVB=-0.0131061;RO=2;SAF=31;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050898;STB=0.511757;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000358803;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:2:4:54:55:0.932203:23:31:1:1:23:32:3:1 chr10 68857397 . T G 428.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0566866;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6678;QD=21.9959;RBI=0.0568509;REFB=0.00831173;REVB=0.00431907;RO=36;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500561;STB=0.527594;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.0128328;OID=.;OPOS=68857397;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:20:22:21:15:20:22:21:15 chr10 69676849 . A AT 40.2 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=68;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.056153;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.82783;QD=2.67999;RBI=0.201022;REFB=-0.0777971;REVB=-0.19302;RO=44;SAF=7;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132584;STB=0.5999;STBP=0.281;TYPE=ins;VARB=-0.0262881;OID=.;OPOS=69676850;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:17:68:20:60:40:8:12:22:18:40:44:7:10:23:21 chr10 69896496 . C T 223.69 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00993542;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.244;QD=12.6024;RBI=0.015166;REFB=-0.0171353;REVB=0.0114584;RO=44;SAF=10;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190665;STB=0.609623;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0352694;OID=.;OPOS=69896496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:17:10:24:20:17:10:24:20 chr10 69948844 . T C 2320.32 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.681;QD=61.0611;RBI=0.0244648;REFB=0;REVB=-0.0233878;RO=0;SAF=61;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04362e-05;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:91:61:0:0:91:61:0:0 chr10 69991749 . T G 378.56 PASS AF=0.470588;AO=38;DP=83;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00862991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.143;QD=17.8148;RBI=0.0706338;REFB=-0.00548165;REVB=0.0701046;RO=44;SAF=21;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507051;STB=0.507362;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00483773;OID=.;OPOS=69991749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:44:45:38:40:0.470588:17:21:22:22:19:21:23:22 chr10 69991853 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0039529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.273;QD=18.8283;RBI=0.0285395;REFB=-0.0119396;REVB=-0.0282644;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219277;STB=0.644719;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00479897;OID=.;OPOS=69991853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:22:20:20:0.47619:8:12:7:13:8:12:7:15 chr10 70044031 . T C 90.92 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00137267;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7164;QD=12.5409;RBI=0.0156399;REFB=-0.0148336;REVB=0.0155795;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285657;STB=0.6519;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0164042;OID=.;OPOS=70044031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:31:29:17:18:11:11:0.37931:4:7:6:11:4:7:7:11 chr10 70051810 . A G 415.16 PASS AF=0.427273;AO=48;DP=111;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=-0.00550721;FXX=0.0178555;HRUN=8;LEN=1;MLLD=244.023;QD=15.0967;RBI=0.00751785;REFB=-0.00377383;REVB=-0.00511749;RO=63;SAF=26;SAR=22;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208919;STB=0.612511;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.004251;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:63:63:48:47:0.427273:22:26:21:42:22:25:21:42 chr10 70051928 . A G 729.45 PASS AF=0.469512;AO=53;DP=165;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.032274;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.021;QD=17.7915;RBI=0.040455;REFB=-0.0191098;REVB=0.0243926;RO=81;SAF=30;SAR=23;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113892;STB=0.568989;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0244365;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:81:87:53:77:0.469512:23:30:45:36:47:30:45:42 chr10 70102936 . T A 1514.85 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0703409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.553;QD=62.4682;RBI=0.0813568;REFB=-0.106868;REVB=0.0408789;RO=1;SAF=37;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126427;STB=0.506665;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00229266;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:97:1:1:95:96:0.989691:58:37:1:0:59:37:1:0 chr10 70103272 . G C 371.7 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0184281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4426;QD=17.4919;RBI=0.0266381;REFB=-0.00219458;REVB=-0.0192353;RO=45;SAF=23;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135704;STB=0.572519;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00211832;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:45:46:38:39:0.458824:15:23:21:24:16:23:21:25 chr10 70103958 . A G 68.41 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00334247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.56;QD=14.4012;RBI=0.0103106;REFB=0.01417;REVB=0.0097538;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187606;STB=0.581216;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0109715;OID=.;OPOS=70103958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:9:9:0.473684:5:4:6:3:5:4:6:4 chr10 70105178 . C T 662.32 PASS AF=0.53719;AO=65;DP=121;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0465123;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0342;QD=21.8948;RBI=0.0466843;REFB=0.00329514;REVB=-0.0040037;RO=56;SAF=34;SAR=31;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345469;STB=0.510689;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00199977;OID=.;OPOS=70105178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:56:65:65:0.53719:31:34:27:29:31:34:28:28 chr10 70105286 . C A 400.26 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0209306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1685;QD=18.6165;RBI=0.0513634;REFB=0.00198665;REVB=0.0469053;RO=45;SAF=19;SAR=22;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102849;STB=0.557189;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00115674;OID=.;OPOS=70105286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:22:19:16:29:22:19:16:29 chr10 70105560 . G A 591.27 PASS AF=0.57;AO=55;DP=101;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0143863;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2401;QD=23.651;RBI=0.0515741;REFB=-0.00277281;REVB=-0.049527;RO=44;SAF=20;SAR=35;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151741;STB=0.565506;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00219487;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:44:43:55:57:0.57:35:20:24:20:35:22:23:20 chr10 70166913 . T G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6195;QD=62.0197;RBI=0.0577194;REFB=0;REVB=0.00215216;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398081;OID=.;OPOS=70166913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr10 70173879 . CAT C,CAC 311.14 PASS AF=0.294118,0.129412;AO=25,11;DP=90;FAO=25,11;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=3,6;FSAR=22,5;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=-0.00865795,-0.00435021;FXX=0.0449388;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=241.146,120.646;QD=14.642;RBI=0.00886869,0.0148629;REFB=-0.00195039,-0.0146386;REVB=-0.00192189,-0.0142121;RO=47;SAF=3,6;SAR=22,5;SRF=10;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.198217,0.41782;STB=0.631025,0.751828;STBP=0.229,0.127;TYPE=del,snp;VARB=0.00259662,0.0393652;OID=.,.;OPOS=70173880,70173881;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118,0.129412:25,11:90:25,11:85:49:3,6:22,5:11:38:99:47:3,6:22,5:10:37 chr10 70221194 . G A 508.23 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00119572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.178;QD=20.7441;RBI=0.0412297;REFB=-0.011428;REVB=-0.0412124;RO=49;SAF=18;SAR=31;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18709;STB=0.603683;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0149413;OID=.;OPOS=70221194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:31:18:28:21:31:18:28:21 chr10 70225504 . G T 397.85 PASS AF=0.428571;AO=44;DP=104;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0540422;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9497;QD=15.1562;RBI=0.106077;REFB=0.0280897;REVB=0.0912786;RO=59;SAF=22;SAR=22;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431665;STB=0.512706;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.036201;OID=.;OPOS=70225504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:59:60:44:45:0.428571:22:22:27:32:23:22:28:32 chr10 70227964 . C T 463.34 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0116287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0709;QD=21.804;RBI=0.0620967;REFB=0.00139035;REVB=-0.0609981;RO=40;SAF=24;SAR=21;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921835;STB=0.550838;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00147296;OID=.;OPOS=70227964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:21:24:17:23:21:24:17:23 chr10 70231701 . A G 379.7 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0715097;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.121;QD=21.6971;RBI=0.0715102;REFB=-0.0154028;REVB=-0.000265921;RO=21;SAF=10;SAR=27;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885365;STB=0.625596;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00765688;OID=.;OPOS=70231701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:21:31:37:37:0.528571:27:10:8:13:27:10:16:15 chr10 70332580 . A G 245.63 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00210382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.624;QD=23.9641;RBI=0.00658002;REFB=-0.0103452;REVB=-0.00623463;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191345;STB=0.606227;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0109604;OID=.;OPOS=70332580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:12:11:13:5:12:11:13:5 chr10 70332672 . T A 128.63 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00336914;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.831;QD=11.6934;RBI=0.00405537;REFB=-0.00920019;REVB=0.00225719;RO=29;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295138;STB=0.676129;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0147581;OID=.;OPOS=70332672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:4:11:14:15:4:11:14:15 chr10 70332862 . C T 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0389183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.413;QD=12.9736;RBI=0.0392802;REFB=-0.00656247;REVB=-0.00531958;RO=18;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241378;STB=0.644886;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.015678;OID=.;OPOS=70332862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:10:2:6:12:10:2:6:12 chr10 70401228 . CATTT C 49.64 PASS AF=1;AO=3;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864802;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=214.242;QD=33.0956;RBI=0.0865191;REFB=0;REVB=-0.00259441;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00108752;OID=.;OPOS=70401229;OREF=ATTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:6:6:6:0:5:1:0:0:4:0:3:0:0:0 chr10 70405855 . A G 340.63 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7632;QD=54.5015;RBI=0.075965;REFB=0;REVB=0.048292;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131388;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr10 70495544 . T C 177.49 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0419596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3029;QD=14.4888;RBI=0.0464646;REFB=-0.00347706;REVB=0.0199587;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137298;STB=0.556686;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0111951;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:30:19:19:0.387755:10:9:17:11:10:9:17:13 chr10 70502288 . G A 346.5 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00975544;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.965;QD=16.6989;RBI=0.00975656;REFB=-0.0127774;REVB=0.000148012;RO=44;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111111;STB=0.557169;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0211224;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:46:36:37:0.445783:22:14:22:22:23:14:22:24 chr10 70534744 . A C 76.9 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0139545;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.059;QD=11.3923;RBI=0.0140348;REFB=-0.00334915;REVB=0.00149956;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352803;STB=0.701309;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0359773;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:27:16:17:10:10:0.37037:8:2:8:8:8:2:8:9 chr10 70606598 . G T 400.6 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0470029;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1666;QD=18.2089;RBI=0.0474194;REFB=-0.0191862;REVB=-0.0062712;RO=44;SAF=16;SAR=25;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950235;STB=0.540585;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0190841;OID=.;OPOS=70606598;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:47:41:41:0.465909:25:16:13:31:25:16:15:32 chr10 70641860 . T C 738.49 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0001031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.616;QD=54.7026;RBI=0.0222015;REFB=-0.0986892;REVB=-0.0222012;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171308;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00104595;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:27:26:0:1:27:26:0:1 chr10 70696713 . C T 1328.02 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475729;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.726;QD=62.4953;RBI=0.0410405;REFB=0;REVB=0.0407638;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89252e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr10 70700944 . A G 669.88 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7342;QD=62.314;RBI=0.0392729;REFB=0;REVB=-0.026067;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83302e-05;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr10 70748784 . G A 1585.26 PASS AF=0.533333;AO=151;DP=285;FAO=152;FDP=285;FR=.;FRO=133;FSAF=59;FSAR=93;FSRF=61;FSRR=72;FWDB=0.0047907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.26;QD=22.2493;RBI=0.0331205;REFB=-0.00674576;REVB=0.0327722;RO=134;SAF=59;SAR=92;SRF=61;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575166;STB=0.534095;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00810899;OID=.;OPOS=70748784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:134:133:151:152:0.533333:92:59:61:73:93:59:61:72 chr10 70856852 . G A 436.06 PASS AF=0.468085;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0117343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.627;QD=18.5556;RBI=0.03656;REFB=-0.00604258;REVB=0.0346258;RO=50;SAF=14;SAR=29;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177291;STB=0.603044;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00793197;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:50:50:43:44:0.468085:29:14:25:25:30:14:25:25 chr10 70940191 . C T 560.06 PASS AF=0.398773;AO=65;DP=163;FAO=65;FDP=163;FR=.;FRO=98;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=62;FWDB=0.0147196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9478;QD=13.7439;RBI=0.0541786;REFB=0.015844;REVB=0.0521407;RO=98;SAF=19;SAR=46;SRF=36;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09225;STB=0.552144;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0226043;OID=.;OPOS=70940191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:98:98:65:65:0.398773:46:19:36:62:46:19:36:62 chr10 70992664 . C T 1603.44 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3075;QD=64.1375;RBI=0.0562774;REFB=0;REVB=-0.00433294;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173826;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:52:48:0:0:52:48:0:0 chr10 71018660 . T C 1575.71 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146242;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.069;QD=60.0269;RBI=0.0135519;REFB=0;REVB=-0.0134727;RO=0;SAF=42;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00507e-06;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:63:42:0:0:63:42:0:0 chr10 71026510 . C A 431.81 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0241346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5157;QD=17.8067;RBI=0.0242937;REFB=-0.0165944;REVB=0.00277563;RO=53;SAF=17;SAR=27;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672121;STB=0.537622;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.015302;OID=.;OPOS=71026510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:27:17:24:29:27:17:24:29 chr10 71027231 . G C 890.61 PASS AF=0.52381;AO=88;DP=170;FAO=88;FDP=168;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.00229356;FXX=0.011764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.982;QD=21.2049;RBI=0.0321891;REFB=-0.0221804;REVB=0.0321072;RO=74;SAF=40;SAR=48;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268452;STB=0.503816;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0207752;OID=.;OPOS=71027231;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:74:80:88:88:0.52381:48:40:36:38:48:40:37:43 chr10 71055459 . T C 148.57 PASS AF=0.933333;AO=5;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0335473;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=55.9331;QD=39.6182;RBI=0.122857;REFB=-0.0573859;REVB=-0.118188;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538406;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000314157;OID=.;OPOS=71055459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:5:14:0.933333:2:3:0:0:8:6:1:0 chr10 71060610 . A G 478.44 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5954;QD=57.9924;RBI=0.025555;REFB=0;REVB=0.00778753;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276063;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:24:8:0:0:25:8:0:0 chr10 71060621 . C T 84.33 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0619586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.801;QD=10.5418;RBI=0.0631803;REFB=-0.00451218;REVB=-0.0123643;RO=21;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352192;STB=0.736296;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0161315;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:10:11:0.34375:9:1:6:15:10:1:6:15 chr10 71060634 . G A 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00281439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.607;QD=44.6063;RBI=0.00607787;REFB=-0.0398571;REVB=0.00538699;RO=1;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249712;STB=0.526292;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00461356;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:1:2:21:21:0.913043:18:3:0:1:18:3:0:2 chr10 71098295 . T A 1797.47 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0643;QD=60.4192;RBI=0.0544714;REFB=0;REVB=0.0531041;RO=1;SAF=40;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00612867;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171469;OID=.;OPOS=71098295;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:1:0:117:119:1:77:40:0:1:79:40:0:0 chr10 71103597 . C G 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.311;QD=59.1409;RBI=0.0278326;REFB=0;REVB=-0.0170642;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20257e-05;OID=.;OPOS=71103597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr10 71142420 . G A 713.25 PASS AF=0.510791;AO=63;DP=131;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0353948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2686;QD=20.5251;RBI=0.0452997;REFB=-0.0331322;REVB=0.0282714;RO=68;SAF=19;SAR=44;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158987;STB=0.54608;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0333541;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:139:68:68:63:71:0.510791:44:19:31:37:45:26:31:37 chr10 71168685 . A T 1455.97 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638201;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.484;QD=63.303;RBI=0.0169693;REFB=0;REVB=0.0157235;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74534e-05;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr10 71168727 . C T 1104.89 PASS AF=0.537313;AO=107;DP=201;FAO=108;FDP=201;FR=.;FRO=93;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.0831356;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4073;QD=21.9879;RBI=0.111858;REFB=0.0137197;REVB=0.074838;RO=94;SAF=53;SAR=54;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222028;STB=0.511744;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0110207;OID=.;OPOS=71168727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:94:93:107:108:0.537313:54:53:49:45:55:53:48:45 chr10 71332746 . C CG 36.29 PASS AF=0.116129;AO=29;DP=155;FAO=18;FDP=155;FR=.;FRO=137;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=63;FWDB=-0.0168638;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=64.2231;QD=0.936405;RBI=0.193714;REFB=-0.0093167;REVB=-0.192979;RO=123;SAF=8;SAR=21;SRF=74;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405514;STB=0.513733;STBP=0.905;TYPE=ins;VARB=0.139749;OID=.;OPOS=71332747;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.116129:29:155:18:155:137:10:8:74:63:36:123:8:21:74:49 chr10 71390392 . C T 1641.91 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.658;QD=60.2536;RBI=0.0841753;REFB=0;REVB=-0.0841581;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279151;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:51:58:0:0:51:58:0:0 chr10 71392557 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000873385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.647;QD=57.8848;RBI=0.00605342;REFB=0;REVB=0.00599009;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54167e-06;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr10 71392692 . T C 1980.71 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.131;QD=61.8973;RBI=0.0693068;REFB=0;REVB=0.0439274;RO=1;SAF=61;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07276e-05;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:1:0:127:128:1:66:61:0:1:67:61:0:0 chr10 71562437 . G A 1344.59 PASS AF=0.938144;AO=89;DP=96;FAO=91;FDP=97;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0341774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.716;QD=55.447;RBI=0.0345322;REFB=-0.172844;REVB=-0.00493716;RO=0;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.539465;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00240182;OID=.;OPOS=71562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:96:97:0:6:89:91:0.938144:56:33:0:0:56:35:6:0 chr10 71620403 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.00760939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.095;QD=14.5589;RBI=0.0085499;REFB=-0.00740015;REVB=0.00389846;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931506;STB=0.5392;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00960279;OID=.;OPOS=71620403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:9:17:25:9:9:17:25:10 chr10 71620436 . A AC,C 862.65 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=59,5;DP=69;FAO=64,2;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419561,-0.0277838;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.8362,8.31458;QD=52.2817;RBI=0.059845,0.0857103;REFB=0,0;REVB=-0.0426744,-0.0810822;RO=5;SAF=39,4;SAR=20,1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0229851,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00172026,0.0709449;OID=.,.;OPOS=71620437,71620436;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:69:66:5:0:59,5:64,2:0.969697,0.030303:20,1:39,4:4:1:21,0:43,2:0:0 chr10 71640257 . AGGGGT ACGGGT,AGGG,AGGGT,CAGGGT 38.16 PASS AF=0.0363636,0,0.2,0;AO=2,6,11,3;DP=57;FAO=2,0,11,0;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=0,0,2,0;FSAR=2,0,9,0;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0411144,-0.0310666,-0.150811,-0.110032;FXX=0.0350816;HRUN=4,4,4,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=141.725,78.8648,10.3417,23.4495;QD=2.77527;RBI=0.0944032,0.0744319,0.199105,0.129206;REFB=-0.00869258,-0.0056511,-0.143461,-0.0695852;REVB=-0.0849798,-0.0676386,-0.129995,-0.0677288;RO=30;SAF=0,4,2,1;SAR=2,2,9,2;SRF=22;SRR=8;SSEN=0,0.435897,0.435897,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.588601,-0.0944876,-0.600974,-0.409889;STB=0.996384,0.5,0.853847,0.5;STBP=0.055,1,0.02,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.159941,0,0.103151,-0.00411137;OID=.,.,.,.;OPOS=71640258,71640261,71640258,71640257;OREF=G,GT,G,AG;OALT=C,-,-,CA;OMAPALT=ACGGGT,AGGG,AGGGT,CAGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:39:57:55:30:42:2,6,11,3:2,0,11,0:0.0363636,0,0.2,0:2,2,9,2:0,4,2,1:22:8:2,0,9,0:0,0,2,0:28:14 chr10 71657272 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.788;QD=61.0492;RBI=0.0196316;REFB=0;REVB=-0.00304959;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46126e-05;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr10 71658512 . G A 1571.48 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.218;QD=59.8661;RBI=0.0282742;REFB=0;REVB=-0.0262652;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10166e-05;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:56:49:0:0:56:49:0:0 chr10 71678058 . C G 646.14 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=67;FSRR=9;FWDB=-0.0101422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4115;QD=18.2011;RBI=0.0990856;REFB=0.0317956;REVB=-0.0985652;RO=74;SAF=41;SAR=25;SRF=66;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301128;STB=0.659461;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0468963;OID=.;OPOS=71678058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:74:76:66:66:0.464789:25:41:66:8:25:41:67:9 chr10 71872410 . C T 695.1 PASS AF=0.434286;AO=75;DP=175;FAO=76;FDP=175;FR=.;FRO=99;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.0184727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.517;QD=15.888;RBI=0.0221749;REFB=-0.0116771;REVB=-0.0122672;RO=100;SAF=40;SAR=35;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239353;STB=0.51953;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0137419;OID=.;OPOS=71872410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:100:99:75:76:0.434286:35:40:51:49:35:41:50:49 chr10 71874683 . G A 505.29 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0185039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6395;QD=22.7097;RBI=0.019309;REFB=-0.0151336;REVB=0.00551729;RO=41;SAF=20;SAR=28;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191683;STB=0.510552;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0137798;OID=.;OPOS=71874683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:28:20:18:23:28:20:18:23 chr10 71874734 . G A 529.02 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0489395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2117;QD=19.4135;RBI=0.0746666;REFB=0.0178275;REVB=0.0563917;RO=53;SAF=24;SAR=31;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065397;STB=0.531774;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.0237885;OID=.;OPOS=71874734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:54:55:55:0.504587:31:24:27:26:31:24:27:27 chr10 71874784 . C T 516.91 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0489565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.723;QD=17.8245;RBI=0.0490404;REFB=-0.00333698;REVB=-0.00286813;RO=59;SAF=25;SAR=30;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819735;STB=0.536878;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00374004;OID=.;OPOS=71874784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:61:55:55:0.474138:30:25:32:27:30:25:32:29 chr10 71876382 . C T 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.000927156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.593;QD=13.2641;RBI=0.0149076;REFB=-0.00505566;REVB=-0.0148788;RO=43;SAF=18;SAR=10;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096094;STB=0.505491;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0119645;OID=.;OPOS=71876382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:10:18:28:15:10:18:28:15 chr10 71880858 . A G 607.06 PASS AF=0.426667;AO=64;DP=150;FAO=64;FDP=150;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0134521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.31;QD=16.1882;RBI=0.0833331;REFB=-0.0254778;REVB=-0.0822402;RO=85;SAF=36;SAR=28;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701338;STB=0.536062;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.035165;OID=.;OPOS=71880858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:85:86:64:64:0.426667:28:36:42:43:28:36:43:43 chr10 71905569 . C A 249.62 PASS AF=0.474576;AO=26;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0329822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.634;QD=16.9235;RBI=0.053178;REFB=-0.0434968;REVB=0.0417142;RO=31;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133938;STB=0.593846;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0353159;OID=.;OPOS=71905569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:26:28:0.474576:10:16:23:8:12:16:23:8 chr10 71905695 . A G 1234.11 PASS AF=0.497959;AO=121;DP=244;FAO=122;FDP=245;FR=.;FRO=123;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=64;FSRR=59;FWDB=-0.00197755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.737;QD=20.1488;RBI=0.057005;REFB=-0.0309542;REVB=-0.0569707;RO=121;SAF=66;SAR=55;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302699;STB=0.510422;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0228623;OID=.;OPOS=71905695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:245:121:123:121:122:0.497959:55:66:62:59:56:66:64:59 chr10 71905735 . G A 1476.49 PASS AF=0.514286;AO=143;DP=284;FAO=144;FDP=280;FR=.;FRO=136;FSAF=78;FSAR=66;FSRF=73;FSRR=63;FWDB=0.0112021;FXX=0.014084;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.625;QD=21.0927;RBI=0.0121608;REFB=-0.0283676;REVB=0.0047325;RO=134;SAF=78;SAR=65;SRF=71;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138967;STB=0.502396;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0208647;OID=.;OPOS=71905735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:280:134:136:143:144:0.514286:65:78:71:63:66:78:73:63 chr10 71906150 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0632076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4691;QD=12.0512;RBI=0.102674;REFB=-0.0121829;REVB=-0.0809122;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929071;STB=0.555432;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00815998;OID=.;OPOS=71906150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:7:6:5:4:7:6 chr10 72014967 . G T 1474.28 PASS AF=0.483974;AO=151;DP=310;FAO=151;FDP=312;FR=.;FRO=161;FSAF=57;FSAR=94;FSRF=57;FSRR=104;FWDB=0.0113503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.182;QD=18.901;RBI=0.0586731;REFB=-0.0339405;REVB=0.0575648;RO=159;SAF=57;SAR=94;SRF=56;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252993;STB=0.512952;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0353559;OID=.;OPOS=72014967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:312:159:161:151:151:0.483974:94:57:56:103:94:57:57:104 chr10 72043389 . T G 3333.77 PASS AF=1;AO=209;DP=211;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319634;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.48;QD=60.8908;RBI=0.0325481;REFB=0;REVB=-0.00614194;RO=0;SAF=80;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454323;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:219:0:0:209:219:1:129:80:0:0:129:90:0:0 chr10 72163076 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.892;QD=44.6894;RBI=0.0276422;REFB=0;REVB=-0.0137735;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47847e-05;OID=.;OPOS=72163076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr10 72181460 . G T 657.01 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.020461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1949;QD=50.539;RBI=0.0216542;REFB=0.00627501;REVB=-0.00708869;RO=3;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126854;STB=0.506749;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00616682;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:27:22:1:2:27:22:1:2 chr10 72195439 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=31;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000814557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4083;QD=56.9994;RBI=0.0137092;REFB=0;REVB=0.013685;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73989e-05;OID=.;OPOS=72195439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:31:54:1:18:13:0:0:22:32:0:0 chr10 72289701 . G A 767.06 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000944705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.182;QD=55.786;RBI=0.0507167;REFB=0;REVB=0.0507079;RO=1;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133262;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:1:0:53:55:1:17:36:0:1:18:37:0:0 chr10 72307101 . C T 1591.65 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165189;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.695;QD=58.9499;RBI=0.0182914;REFB=0.0622671;REVB=0.00785486;RO=1;SAF=39;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692945;STB=0.503649;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000210473;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:1:1:107:107:0.990741:68:39:0:1:68:39:0:1 chr10 72324143 . A G 3161.97 PASS AF=0.96347;AO=211;DP=219;FAO=211;FDP=219;FR=.;FRO=8;FSAF=99;FSAR=112;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.012563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1524;QD=57.7529;RBI=0.0624914;REFB=0.0233922;REVB=-0.0612156;RO=6;SAF=99;SAR=112;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104261;STB=0.505709;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00356229;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:219:219:6:8:211:211:0.96347:112:99:4:2:112:99:5:3 chr10 72358577 . G A 745.08 PASS AF=0.467456;AO=78;DP=169;FAO=79;FDP=169;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.0521877;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6128;QD=17.6351;RBI=0.0663064;REFB=0.0046406;REVB=0.0409021;RO=90;SAF=39;SAR=39;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214825;STB=0.508465;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00348644;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:90:90:78:79:0.467456:39:39:43:47:40:39:43:47 chr10 72358655 . G A 622.95 PASS AF=0.436709;AO=69;DP=158;FAO=69;FDP=158;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.0328542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.855;QD=15.7709;RBI=0.0354476;REFB=-0.0100182;REVB=0.0133091;RO=89;SAF=31;SAR=38;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113112;STB=0.506308;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0132531;OID=.;OPOS=72358655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:89:89:69:69:0.436709:38:31:39:50:38:31:39:50 chr10 72500761 . CCT C,CC,CCC 971.52 PASS AF=0,0.211268,0.788732;AO=10,19,43;DP=72;FAO=0,15,56;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,18;FSAR=0,0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273357,0.133659,0.215011;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=147.383,162.741,175.337;QD=54.7335;RBI=0.0276172,0.13388,0.21522;REFB=0,0,0;REVB=-0.0039336,-0.00768532,-0.009486;RO=0;SAF=10,19,5;SAR=0,0,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0051828,0.0108359;OID=.,.,.;OPOS=72500762,72500763,72500763;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.211268,0.788732:10,19,43:72:0,15,56:71:0:0,15,18:0,0,38:0:0:19:0:10,19,5:0,0,38:0:0 chr10 72500863 . C G 1679.26 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.083;QD=59.4429;RBI=0.021372;REFB=0.0723985;REVB=0.0187273;RO=0;SAF=40;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64229e-08;STB=0.506172;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.000197003;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:112:112:0.99115:72:40:0:0:72:40:1:0 chr10 72503344 . G A 866.3 PASS AF=0.437209;AO=95;DP=210;FAO=94;FDP=215;FR=.;FRO=121;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=-0.000494074;FXX=0.0137608;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.207;QD=16.1172;RBI=0.00716045;REFB=-0.00620307;REVB=0.00714339;RO=115;SAF=58;SAR=37;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464644;STB=0.535368;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00876551;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:215:115:121:95:94:0.437209:37:58:65:50:37:57:66:55 chr10 72505208 . AT GT,TA 179.17 PASS AF=0.473684,0;AO=16,2;DP=40;FAO=18,0;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6,0;FSAR=12,0;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0800984,0.0208354;FXX=0.0952154;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=113.645,40.7596;QD=18.8598;RBI=0.0808821,0.0208369;REFB=-0.0178227,0.0203876;REVB=0.0112326,-0.000246888;RO=20;SAF=5,0;SAR=11,2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.192059,-0.509716;STB=0.592487,0.5;STBP=0.289,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0184451,0.011691;OID=.,.;OPOS=72505208,72505208;OREF=A,AT;OALT=G,TA;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:20:20:16,2:18,0:0.473684,0:11,2:5,0:10:10:12,0:6,0:10:10 chr10 72513635 . C A 2008.09 PASS AF=0.464444;AO=209;DP=450;FAO=209;FDP=450;FR=.;FRO=241;FSAF=118;FSAR=91;FSRF=118;FSRR=123;FWDB=0.0065349;FXX=0.00221725;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.601;QD=17.8497;RBI=0.0203693;REFB=0.00209119;REVB=0.0192926;RO=224;SAF=118;SAR=91;SRF=118;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360303;STB=0.5404;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00211406;OID=.;OPOS=72513635;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:450:450:224:241:209:209:0.464444:91:118:118:106:91:118:118:123 chr10 72513682 . C T 1915.71 PASS AF=0.490956;AO=190;DP=396;FAO=190;FDP=387;FR=.;FRO=197;FSAF=100;FSAR=90;FSRF=104;FSRR=93;FWDB=0.115508;FXX=0.0227267;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0727;QD=19.8006;RBI=0.115508;REFB=-0.0142965;REVB=-0.000163873;RO=194;SAF=100;SAR=90;SRF=104;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903263;STB=0.500818;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0100516;OID=.;OPOS=72513682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:387:194:197:190:190:0.490956:90:100:104:90:90:100:104:93 chr10 72520259 . C T 521.41 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00749577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.785;QD=20.8562;RBI=0.0154664;REFB=-0.0104859;REVB=0.0135286;RO=49;SAF=31;SAR=19;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173238;STB=0.591278;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00996514;OID=.;OPOS=72520259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:50:50:50:0.5:19:31:21:28:19:31:22:28 chr10 72520330 . A G 636.33 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=138;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=0.036175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.99;QD=18.4442;RBI=0.0375037;REFB=-0.0114036;REVB=0.0098943;RO=73;SAF=33;SAR=32;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777901;STB=0.543086;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0119261;OID=.;OPOS=72520330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:73:73:65:65:0.471014:32:33:43:30:32:33:43:30 chr10 72520489 . C G 31.26 PASS AF=0.109091;AO=7;DP=49;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=10;FWDB=-0.0122087;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.6264;QD=2.27369;RBI=0.0360181;REFB=-0.0168094;REVB=-0.0338859;RO=36;SAF=6;SAR=1;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199747;STB=0.555358;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0120961;OID=.;OPOS=72520489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:49:55:36:49:7:6:0.109091:1:6:27:9:1:5:39:10 chr10 72535007 . C T 221.73 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.00181451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.666;QD=12.3181;RBI=0.0215223;REFB=-0.0133435;REVB=-0.0214456;RO=45;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249405;STB=0.642104;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.022987;OID=.;OPOS=72535007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:13:14:13:32:13:14:13:32 chr10 72619205 . C T 2613.48 PASS AF=1;AO=162;DP=166;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516871;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.376;QD=62.2257;RBI=0.0589473;REFB=0;REVB=0.0283412;RO=0;SAF=62;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65343e-05;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:168:0:0:162:168:1:100:62:0:0:101:67:0:0 chr10 72631626 . C T 546.81 PASS AF=0.410596;AO=61;DP=150;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.010812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.674;QD=14.4851;RBI=0.0121896;REFB=0.0106218;REVB=0.00562914;RO=89;SAF=29;SAR=32;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394407;STB=0.526984;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.0148874;OID=.;OPOS=72631626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:89:89:61:62:0.410596:32:29:39:50:32:30:39:50 chr10 72639800 . A G 407.62 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0155721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1434;QD=15.382;RBI=0.0157535;REFB=-0.00356286;REVB=-0.00238372;RO=60;SAF=24;SAR=22;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722627;STB=0.540523;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00417094;OID=.;OPOS=72639800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:22:24:27:33:22:24:27:33 chr10 73046617 . A G 446.5 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00238774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.246;QD=19.8446;RBI=0.00297799;REFB=-0.0306114;REVB=0.00177965;RO=45;SAF=24;SAR=20;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710969;STB=0.53399;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0260056;OID=.;OPOS=73046617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:45:44:45:0.5:20:24:28:17:20:25:28:17 chr10 73046625 . C T 376.47 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0115336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.844;QD=18.5909;RBI=0.0258479;REFB=-0.0070125;REVB=0.023132;RO=40;SAF=21;SAR=18;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126732;STB=0.567534;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00962275;OID=.;OPOS=73046625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:42:39:39:0.481481:18:21:27:13:18:21:28:14 chr10 73051388 . T C 1229.02 PASS AF=0.506073;AO=122;DP=247;FAO=125;FDP=247;FR=.;FRO=122;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=71;FSRR=51;FWDB=-0.00887297;FXX=0.0237145;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.534;QD=19.9031;RBI=0.0206983;REFB=-0.0179885;REVB=0.0187;RO=115;SAF=71;SAR=51;SRF=71;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324694;STB=0.507041;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0189947;OID=.;OPOS=73051388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:115:122:122:125:0.506073:51:71:71:44:54:71:71:51 chr10 73057755 . G C 936.68 PASS AF=0.422594;AO=100;DP=242;FAO=101;FDP=239;FR=.;FRO=138;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=-0.0120818;FXX=0.0123962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2804;QD=15.6766;RBI=0.0571755;REFB=-0.00264795;REVB=-0.0558844;RO=137;SAF=39;SAR=61;SRF=66;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973745;STB=0.558879;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00427616;OID=.;OPOS=73057755;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:239:137:138:100:101:0.422594:61:39:66:71:62:39:67:71 chr10 73082563 . A G 1217.09 PASS AF=0.517391;AO=117;DP=227;FAO=119;FDP=230;FR=.;FRO=111;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=69;FSRR=42;FWDB=0.0140151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.475;QD=21.1668;RBI=0.0410849;REFB=-0.0181495;REVB=0.0386206;RO=110;SAF=53;SAR=64;SRF=68;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145411;STB=0.584481;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0149109;OID=.;OPOS=73082563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:230:110:111:117:119:0.517391:64:53:68:42:66:53:69:42 chr10 73104054 . C T 283.98 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0460498;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.012;QD=14.7524;RBI=0.0473949;REFB=-0.0168047;REVB=-0.0112113;RO=45;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715602;STB=0.540515;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0363574;OID=.;OPOS=73104054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:45:45:32:32:0.415584:17:15:18:27:17:15:18:27 chr10 73104056 . A G 1108.65 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.306;QD=59.927;RBI=0.0146389;REFB=0;REVB=-0.00243008;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589017;OID=.;OPOS=73104056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr10 73111408 . C T 1032.7 PASS AF=0.505;AO=99;DP=197;FAO=101;FDP=200;FR=.;FRO=99;FSAF=69;FSAR=32;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.066104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6544;QD=20.6541;RBI=0.0764808;REFB=0.00786982;REVB=0.0384652;RO=98;SAF=68;SAR=31;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153553;STB=0.584666;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00638875;OID=.;OPOS=73111408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:200:98:99:99:101:0.505:31:68:52:46:32:69:52:47 chr10 73115941 . TG CA 663.71 PASS AF=0.478571;AO=66;DP=140;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.059881;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.721;QD=18.9633;RBI=0.0598913;REFB=-0.00531201;REVB=0.00110609;RO=72;SAF=36;SAR=30;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108018;STB=0.551474;STBP=0.263;TYPE=mnp;VARB=0.00594842;OID=.;OPOS=73115941;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:72:73:66:67:0.478571:30:36:31:41:31:36:32:41 chr10 73121913 . A G 250.87 PASS AF=0.361446;AO=29;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0133297;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.962;QD=12.0902;RBI=0.0139625;REFB=-0.00999992;REVB=0.00415603;RO=52;SAF=12;SAR=17;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967869;STB=0.536817;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0076133;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:53:29:30:0.361446:17:12:26:26:17:13:26:27 chr10 73121945 . T C 329.33 PASS AF=0.418605;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.029441;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.525;QD=15.3177;RBI=0.0326577;REFB=-0.00729866;REVB=0.0141335;RO=46;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294457;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00816515;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:46:50:35:36:0.418605:18:17:21:25:18:18:25:25 chr10 73270906 . T C 1460.11 PASS AF=0.943925;AO=99;DP=107;FAO=101;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0179781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.017;QD=54.5837;RBI=0.0189686;REFB=-0.0475366;REVB=0.00604949;RO=4;SAF=49;SAR=50;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180308;STB=0.508969;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00171042;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:4:4:99:101:0.943925:50:49:1:3:52:49:1:3 chr10 73270982 . G A 453.87 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0498402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.88;QD=55.0142;RBI=0.0524557;REFB=-0.0384769;REVB=-0.016357;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227759;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000452255;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:0:1:20:12:0:1 chr10 73405409 . G A 189.8 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0542782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.375;QD=15.8163;RBI=0.0642844;REFB=-0.0275707;REVB=-0.0344435;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175487;STB=0.559262;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0373111;OID=.;OPOS=73405409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:24:28:20:20:0.416667:12:8:14:10:12:8:14:14 chr10 73405417 . T C 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00136773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.806;QD=16.0341;RBI=0.00442267;REFB=0.00369127;REVB=0.00420587;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299912;STB=0.517224;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00472118;OID=.;OPOS=73405417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:12:16:12:8:12:16 chr10 73434888 . G C 318.3 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0259955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4725;QD=18.1885;RBI=0.0302051;REFB=0.00425144;REVB=-0.0153813;RO=36;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107812;STB=0.560236;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00412015;OID=.;OPOS=73434888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:14:20:17:19:14:20:17:19 chr10 73455201 . T C 350.08 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0865261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.866;QD=13.5952;RBI=0.0869707;REFB=-0.00255178;REVB=-0.00878327;RO=60;SAF=24;SAR=17;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379363;STB=0.522738;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00365991;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:60:62:41:41:0.398058:17:24:33:27:17:24:34:28 chr10 73455273 . T C 276.13 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=99;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0585046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.846;QD=11.1566;RBI=0.0617829;REFB=0.0136418;REVB=0.0198577;RO=66;SAF=17;SAR=16;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347937;STB=0.520184;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.0374091;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:66:66:33:33:0.333333:16:17:32:34:16:17:32:34 chr10 73461805 . G A 377.65 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.00477634;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.007;QD=12.9113;RBI=0.00488578;REFB=-0.00992637;REVB=-0.00102832;RO=72;SAF=19;SAR=26;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217079;STB=0.622934;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0122023;OID=.;OPOS=73461805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:72:72:45:45:0.384615:26:19:45:27:26:19:45:27 chr10 73466709 . T C 1281.68 PASS AF=0.505882;AO=129;DP=254;FAO=129;FDP=255;FR=.;FRO=126;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=0.0135984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.683;QD=20.1048;RBI=0.0261366;REFB=-0.0145185;REVB=-0.0223205;RO=124;SAF=58;SAR=71;SRF=61;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380892;STB=0.521098;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0137296;OID=.;OPOS=73466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:124:126:129:129:0.505882:71:58:61:63:71:58:62:64 chr10 73472463 . G A 591.45 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=130;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0124361;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.928;QD=18.4828;RBI=0.0203288;REFB=-0.00866561;REVB=-0.0160812;RO=65;SAF=21;SAR=40;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228128;STB=0.626917;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00800001;OID=.;OPOS=73472463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:65:67:61:61:0.476562:40:21:38:27:40:21:39:28 chr10 73472867 . GC G,GG 842.22 PASS AF=0.0169492,0.983051;AO=15,43;DP=58;FAO=1,58;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258622,0.0239536;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=247.759,256.691;QD=57.0994;RBI=0.0505399,0.0516963;REFB=0,0;REVB=0.0434216,0.0458119;RO=0;SAF=4,21;SAR=11,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33019e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00965683,0.00259952;OID=.,.;OPOS=73472868,73472868;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0169492,0.983051:15,43:58:1,58:59:0:1,24:0,34:0:0:5:0:4,21:11,22:0:0 chr10 73472882 . C T 955.75 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.274;QD=58.8152;RBI=0.0146742;REFB=0;REVB=0.00423706;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22057e-05;OID=.;OPOS=73472882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:36:28:0:0:36:29:0:0 chr10 73492079 . A G 1589.19 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1254;QD=59.9695;RBI=0.0528631;REFB=0;REVB=-0.0269997;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37676e-05;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:50:55:0:0:50:56:0:0 chr10 73498344 . T A 710.59 PASS AF=0.5;AO=70;DP=140;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00724252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2219;QD=20.3025;RBI=0.0538322;REFB=-0.0109043;REVB=0.0533428;RO=70;SAF=35;SAR=35;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00741356;OID=.;OPOS=73498344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:70:70:70:70:0.5:35:35:35:35:35:35:35:35 chr10 73498386 . T C 473.11 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0235005;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.984;QD=19.1155;RBI=0.0240782;REFB=-0.0359805;REVB=0.00524271;RO=47;SAF=26;SAR=23;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581732;STB=0.535314;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0339366;OID=.;OPOS=73498386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:99:47:50:49:49:0.494949:23:26:28:19:23:26:30:20 chr10 73500599 . C T 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00981161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.685;QD=18.998;RBI=0.0159661;REFB=0.000723995;REVB=0.0125955;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436012;STB=0.524297;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.000627541;OID=.;OPOS=73500599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:15:16:14:16:15:16:14:16 chr10 73501556 . G A 1558.41 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059322;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.818;QD=59.9387;RBI=0.060496;REFB=0;REVB=-0.0118604;RO=0;SAF=63;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175634;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:41:63:0:0:41:63:0:0 chr10 73501712 . G T 524.82 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0680837;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0936;QD=26.5732;RBI=0.0980127;REFB=0.0338687;REVB=0.070506;RO=32;SAF=23;SAR=25;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837563;STB=0.552319;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0198827;OID=.;OPOS=73501712;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:32:31:48:48:0.607595:25:23:19:13:25:23:19:12 chr10 73520632 . A C 1828.31 PASS AF=1;AO=117;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509896;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3807;QD=61.4557;RBI=0.0127788;REFB=0;REVB=0.0117174;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87985e-05;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:117:119:1:64:53:0:0:66:53:0:0 chr10 73521371 . C T 714.23 PASS AF=0.514493;AO=68;DP=135;FAO=71;FDP=138;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.010371;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.115;QD=20.7023;RBI=0.0103746;REFB=-0.0214593;REVB=-0.0002751;RO=67;SAF=24;SAR=44;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905569;STB=0.534176;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0300491;OID=.;OPOS=73521371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:67:67:68:71:0.514493:44:24:30:37:44:27:30:37 chr10 73537978 . C T 315.53 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0334446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7087;QD=25.2424;RBI=0.0361286;REFB=-0.00135424;REVB=-0.013665;RO=22;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908685;STB=0.550261;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00138505;OID=.;OPOS=73537978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:12:16:15:7:12:16:15:7 chr10 73544086 . G A 573.05 PASS AF=0.423841;AO=64;DP=151;FAO=64;FDP=151;FR=.;FRO=87;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.00781069;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.646;QD=15.1801;RBI=0.0136341;REFB=-0.0177037;REVB=0.011175;RO=85;SAF=17;SAR=47;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25661;STB=0.645704;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0208285;OID=.;OPOS=73544086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:85:87:64:64:0.423841:47:17:42:43:47:17:43:44 chr10 73550969 . G A 3236.18 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.743;QD=61.9364;RBI=0.0333655;REFB=0;REVB=0.032349;RO=0;SAF=98;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18959e-05;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:209:0:0:206:209:1:108:98:0:0:111:98:0:0 chr10 73558192 . G A 768.09 PASS AF=0.433862;AO=82;DP=189;FAO=82;FDP=189;FR=.;FRO=107;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=0.0241321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.538;QD=16.2558;RBI=0.0242963;REFB=-0.00476915;REVB=-0.00282071;RO=107;SAF=44;SAR=38;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151515;STB=0.508442;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00617652;OID=.;OPOS=73558192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:107:107:82:82:0.433862:38:44:59:48:38:44:59:48 chr10 73558886 . G A 998.25 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0505349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.685;QD=53.9592;RBI=0.051611;REFB=-0.087418;REVB=-0.010484;RO=2;SAF=41;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225042;STB=0.509175;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00198017;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:74:2:4:70:70:0.945946:29:41:2:0:29:41:3:1 chr10 73558952 . C T 1399.85 PASS AF=0.958763;AO=92;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00340501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.146;QD=57.7257;RBI=0.0250645;REFB=-0.127904;REVB=0.0248321;RO=3;SAF=51;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270682;STB=0.502471;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.000505372;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:97:97:3:4:92:93:0.958763:41:51:3:0:41:52:2:2 chr10 73562744 . G A 1893.89 PASS AF=0.976562;AO=125;DP=129;FAO=125;FDP=128;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0250737;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.8352;QD=59.184;RBI=0.0298188;REFB=-0.0152905;REVB=0.0161391;RO=3;SAF=58;SAR=67;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239383;STB=0.512603;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000136087;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:129:128:3:3:125:125:0.976562:67:58:3:0:67:58:3:0 chr10 73571765 . T C 474.13 PASS AF=0.489583;AO=45;DP=94;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0640878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2618;QD=19.7555;RBI=0.0658216;REFB=-0.00702943;REVB=0.0150079;RO=49;SAF=19;SAR=26;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532311;STB=0.519695;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00760121;OID=.;OPOS=73571765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:49:49:45:47:0.489583:26:19:18:31:28:19:18:31 chr10 73574843 . G A 414.47 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00711785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.068;QD=21.8141;RBI=0.0172655;REFB=-0.00105528;REVB=0.01573;RO=35;SAF=19;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186752;STB=0.510304;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000850037;OID=.;OPOS=73574843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:22:19:17:18:22:19:17:18 chr10 73576307 . C T 401.1 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00851422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.113;QD=53.4804;RBI=0.0472158;REFB=-0.19472;REVB=0.0464418;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.510631;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00180055;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:30:0:1:28:29:0.966667:23:5:0:0:23:6:0:1 chr10 73585526 . A G 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0014448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.493;QD=16.3238;RBI=0.00171886;REFB=-0.00201047;REVB=-0.000931155;RO=49;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557614;STB=0.531312;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0030766;OID=.;OPOS=73585526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:22:16:18:31:22:16:18:31 chr10 73610982 . G A 2275.83 PASS AF=0.538084;AO=219;DP=407;FAO=219;FDP=407;FR=.;FRO=188;FSAF=88;FSAR=131;FSRF=87;FSRR=101;FWDB=0.00116568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.569;QD=22.3669;RBI=0.0335876;REFB=0.00425273;REVB=0.0335673;RO=187;SAF=88;SAR=131;SRF=86;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505491;STB=0.528942;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00400785;OID=.;OPOS=73610982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:407:187:188:219:219:0.538084:131:88:86:101:131:88:87:101 chr10 73768992 . C A 505.55 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0159902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.638;QD=19.8255;RBI=0.0168838;REFB=-0.00545132;REVB=-0.00541991;RO=49;SAF=38;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21765;STB=0.626852;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00504305;OID=.;OPOS=73768992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:49:50:52:52:0.509804:14:38:25:24:14:38:25:25 chr10 73772650 . G C 242.12 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0670011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.759;QD=16.9905;RBI=0.0674055;REFB=0.0106597;REVB=0.00737273;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120714;STB=0.552806;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0270928;OID=.;OPOS=73772650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:30:26:27:0.473684:17:9:14:16:17:10:14:16 chr10 73772661 . T A 233.42 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.032693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.055;QD=16.9762;RBI=0.0346617;REFB=-0.00109831;REVB=0.0115154;RO=29;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944744;STB=0.553272;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00147141;OID=.;OPOS=73772661;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:16:10:14:15:16:10:14:15 chr10 73820396 . G A 995.42 PASS AF=0.404332;AO=112;DP=276;FAO=112;FDP=277;FR=.;FRO=165;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=80;FSRR=85;FWDB=-0.00794194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9789;QD=14.3743;RBI=0.0274274;REFB=-0.0135951;REVB=0.0262524;RO=164;SAF=56;SAR=56;SRF=79;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194223;STB=0.509024;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0210568;OID=.;OPOS=73820396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:277:164:165:112:112:0.404332:56:56:79:85:56:56:80:85 chr10 74237247 . C CT,T 1206.74 PASS AF=1,0;AO=74,4;DP=84;FAO=84,0;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.139762,0.00668306;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=24.4731,153.389;QD=57.4637;RBI=0.183269,0.0361951;REFB=0,0;REVB=-0.11855,-0.0355728;RO=2;SAF=41,0;SAR=33,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0278067,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00385044,0;OID=.,.;OPOS=74237248,74237247;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:2:0:74,4:84,0:1,0:33,4:41,0:0:2:41,0:43,0:0:0 chr10 74714294 . G A 521.03 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=134;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0630121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2301;QD=15.3244;RBI=0.0716403;REFB=-0.0138942;REVB=-0.0340853;RO=73;SAF=30;SAR=27;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021821;STB=0.532699;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0124689;OID=.;OPOS=74714294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:73:79:57:57:0.419118:27:30:40:33:27:30:46:33 chr10 74830335 . A G 168.81 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0121821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.516;QD=16.4694;RBI=0.0142166;REFB=0.00721969;REVB=0.00732868;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748639;STB=0.54343;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00739552;OID=.;OPOS=74830335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:20:23:17:18:0.439024:9:8:11:9:10:8:12:11 chr10 74834651 . T C 151.41 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0014773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.26;QD=12.8863;RBI=0.0428006;REFB=-0.0154579;REVB=-0.0427751;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199556;STB=0.53222;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0243423;OID=.;OPOS=74834651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:27:30:17:17:0.361702:11:6:10:17:11:6:12:18 chr10 74894375 . T C 544.88 PASS AF=0.375723;AO=63;DP=171;FAO=65;FDP=173;FR=.;FRO=108;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=0.029059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.256;QD=12.5984;RBI=0.0478073;REFB=0.00391345;REVB=0.0379621;RO=106;SAF=25;SAR=38;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741418;STB=0.544604;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00731162;OID=.;OPOS=74894375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:106:108:63:65:0.375723:38:25:49:57:40:25:49:59 chr10 74896664 . T C 269.96 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0399611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7997;QD=22.9756;RBI=0.0410983;REFB=0.0152751;REVB=0.00960106;RO=22;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082682;STB=0.546276;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00980424;OID=.;OPOS=74896664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:17:8:9:13:17:8:9:13 chr10 74897816 . C T 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0771416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9629;QD=14.6583;RBI=0.0903596;REFB=0.000643834;REVB=0.0470535;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167528;STB=0.596717;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00233097;OID=.;OPOS=74897816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:5:12:7:6:5:12 chr10 74899134 . C G 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0515185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0893;QD=16.2719;RBI=0.0517297;REFB=0.00141844;REVB=0.00467004;RO=39;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129929;STB=0.573157;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00287508;OID=.;OPOS=74899134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:13:19:18:21:13:19:18:21 chr10 74916173 . T A 350.16 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0211657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2784;QD=28.0131;RBI=0.0256836;REFB=-0.0200572;REVB=0.0145485;RO=19;SAF=9;SAR=21;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34742;STB=0.699867;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0194776;OID=.;OPOS=74916173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:20:30:30:0.6:21:9:15:4:21:9:16:4 chr10 74923562 . C T 507.49 PASS AF=0.38;AO=57;DP=150;FAO=57;FDP=150;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0236297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.247;QD=13.5331;RBI=0.0250228;REFB=0.00887816;REVB=0.00823298;RO=92;SAF=27;SAR=30;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01878;STB=0.50704;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0136688;OID=.;OPOS=74923562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:92:93:57:57:0.38:30:27:42:50:30:27:43:50 chr10 74934442 . C T 352.88 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0085869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0458;QD=26.1395;RBI=0.0161298;REFB=-0.010614;REVB=0.0136542;RO=20;SAF=18;SAR=16;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18776;STB=0.602533;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00484023;OID=.;OPOS=74934442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:16:18:5:15:16:18:5:15 chr10 74995086 . C T 344.6 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00457127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.558;QD=16.4097;RBI=0.0102203;REFB=-0.0104398;REVB=-0.00914106;RO=45;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557211;STB=0.532146;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0155774;OID=.;OPOS=74995086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:47:37:37:0.440476:21:16:22:23:21:16:23:24 chr10 75000698 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0216663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.668;QD=13.5801;RBI=0.0223172;REFB=-0.00760426;REVB=0.0053506;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457745;STB=0.526729;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0250125;OID=.;OPOS=75000698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:11:17:11:6:11:17 chr10 75000739 . G A 220.8 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00507535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.861;QD=18.0241;RBI=0.0149405;REFB=-0.0051865;REVB=0.014052;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391584;STB=0.522224;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00693279;OID=.;OPOS=75000739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:13:9:10:17:13:9:10:17 chr10 75006804 . A G 366.2 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0072923;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.264;QD=18.542;RBI=0.0305637;REFB=-0.00593031;REVB=-0.029681;RO=39;SAF=19;SAR=19;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817222;STB=0.556932;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00660304;OID=.;OPOS=75006804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:39:41:38:38:0.481013:19:19:23:16:19:19:25:16 chr10 75009107 . T A 158.69 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0226861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.721;QD=17.1561;RBI=0.0245966;REFB=-0.012874;REVB=0.00950438;RO=19;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283035;STB=0.691102;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00576611;OID=.;OPOS=75009107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:19:20:16:17:0.459459:13:3:8:11:14:3:9:11 chr10 75035257 . T C 249.38 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0820785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9419;QD=14.2501;RBI=0.119536;REFB=0.0238782;REVB=0.0869021;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635298;STB=0.543969;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0319321;OID=.;OPOS=75035257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:17:12:19:21:17:12:20:21 chr10 75056863 . A C 605.26 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=115;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0160643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.433;QD=20.6926;RBI=0.0174552;REFB=0.0111706;REVB=-0.0068279;RO=54;SAF=35;SAR=26;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000265238;STB=0.509851;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00955212;OID=.;OPOS=75056863;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:54:56:61:61:0.521368:26:35:31:23:26:35:31:25 chr10 75095253 . G A 202.05 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=-0.0764844;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.453;QD=13.9347;RBI=0.0770377;REFB=0.000179574;REVB=-0.00921632;RO=33;SAF=15;SAR=9;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455612;STB=0.759818;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00127297;OID=.;OPOS=75095253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:34:24:24:0.413793:9:15:5:28:9:15:5:29 chr10 75148116 . A G 536.22 PASS AF=0.463415;AO=55;DP=121;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0196558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.066;QD=17.4379;RBI=0.0344034;REFB=-0.00313953;REVB=-0.0282355;RO=66;SAF=25;SAR=30;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594309;STB=0.54127;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00385364;OID=.;OPOS=75148116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:66:66:55:57:0.463415:30:25:34:32:32:25:34:32 chr10 75289359 . C A 294.2 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0201578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.5;QD=17.5644;RBI=0.0201833;REFB=-0.0244628;REVB=0.00101483;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525676;STB=0.503386;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0266504;OID=.;OPOS=75289359;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:19:13:14:20:19:13:14:21 chr10 75391823 . C A 646.53 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0230565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0851;QD=19.8931;RBI=0.0259412;REFB=-0.00726395;REVB=0.0118889;RO=64;SAF=36;SAR=29;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104609;STB=0.561418;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00806059;OID=.;OPOS=75391823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:65:65:65:0.5:29:36:28:36:29:36:28:37 chr10 75406764 . G C 78.89 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00154914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.524;QD=28.6859;RBI=0.0401152;REFB=-0.113298;REVB=0.0400853;RO=2;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219794;STB=0.624715;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00207707;OID=.;OPOS=75406764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:3:6:0:2:3:6:0:2 chr10 75490354 . GAAGA G 1606.24 PASS AF=1;AO=121;DP=131;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334386;FXX=0.0373106;HRUN=2;LEN=4;MLLD=252.737;QD=49.806;RBI=0.039631;REFB=0;REVB=0.0212715;RO=0;SAF=73;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.61426e-05;OID=.;OPOS=75490355;OREF=AAGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:121:131:129:129:0:77:52:0:0:28:0:73:48:0:0 chr10 75552054 . AG A 44.84 PASS AF=0.344828;AO=7;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00979252;FXX=0.0644953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.6069;QD=6.18433;RBI=0.235834;REFB=0.0450938;REVB=-0.235631;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.268635;SSSB=-0.593786;STB=0.892808;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=-0.0925292;OID=.;OPOS=75552055;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:7:29:10:29:19:1:9:13:6:44:19:1:6:13:6 chr10 75554039 . G A 1966.76 PASS AF=1;AO=125;DP=132;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206982;FXX=0.0454511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.392;QD=62.4369;RBI=0.0269998;REFB=0;REVB=0.017337;RO=0;SAF=63;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171097;OID=.;OPOS=75554039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:132:126:0:0:125:126:1:62:63:0:0:63:63:0:0 chr10 75558867 . G A 2242.07 PASS AF=0.986207;AO=143;DP=146;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0405187;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.163;QD=61.8503;RBI=0.0559392;REFB=-0.152035;REVB=0.0385672;RO=2;SAF=63;SAR=80;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148543;STB=0.507811;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00148492;OID=.;OPOS=75558867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:145:2:2:143:143:0.986207:80:63:2:0:80:63:2:0 chr10 75673101 . T C 867.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4016;QD=57.8132;RBI=0.0399947;REFB=0;REVB=0.0148074;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.83921e-05;OID=.;OPOS=75673101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:28:32:0:0 chr10 75865065 . G A 492.15 PASS AF=0.469027;AO=51;DP=112;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.013796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2933;QD=17.4211;RBI=0.0138262;REFB=0.0138099;REVB=-0.0009147;RO=60;SAF=23;SAR=28;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191287;STB=0.613212;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0150481;OID=.;OPOS=75865065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:60:60:51:53:0.469027:28:23:39:21:30:23:39:21 chr10 75871735 . C G 2386.04 PASS AF=0.993671;AO=149;DP=151;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=2.63915e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.093;QD=60.4061;RBI=0.0616476;REFB=-0.0418499;REVB=0.0616476;RO=0;SAF=84;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503546;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=4.30487e-05;OID=.;OPOS=75871735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:151:158:0:1:149:157:0.993671:65:84:0:0:70:87:0:1 chr10 75878915 . C CTA 196.54 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0364413;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.91;QD=15.4146;RBI=0.0387305;REFB=-0.0333566;REVB=-0.0131179;RO=29;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01677;STB=0.50957;STBP=0.912;TYPE=ins;VARB=0.037594;OID=.;OPOS=75878916;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431373:22:52:22:51:29:8:14:11:18:99:29:8:14:11:18 chr10 75883134 . C CTT,T 1431.58 PASS AF=0.950495,0.039604;AO=85,9;DP=103;FAO=96,4;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=41,0;FSAR=55,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00606248,-0.0131895;FXX=0.0194156;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=191.247,122.943;QD=56.6961;RBI=0.0150596,0.0133334;REFB=-0.0801291,-0.0864358;REVB=0.0137854,0.00195385;RO=3;SAF=34,2;SAR=51,7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00448572,-0.0671366;STB=0.506023,0.995941;STBP=0.289,0.078;TYPE=ins,snp;VARB=-2.16544e-06,0.0493252;OID=.,.;OPOS=75883135,75883134;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:103:101:3:1:85,9:96,4:0.950495,0.039604:51,7:34,2:1:2:55,4:41,0:1:0 chr10 75884157 . G T 463.72 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00313785;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.858;QD=16.2708;RBI=0.00508819;REFB=0.00193508;REVB=0.00400545;RO=63;SAF=27;SAR=24;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212811;STB=0.511888;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0020432;OID=.;OPOS=75884157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:63:63:51:51:0.447368:24:27:32:31:24:27:32:31 chr10 75936611 . C T 2767.84 PASS AF=0.994444;AO=172;DP=173;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0305312;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.939;QD=61.5076;RBI=0.0509554;REFB=-0.0890738;REVB=0.0407958;RO=0;SAF=96;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000660864;OID=.;OPOS=75936611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:180:0:1:172:179:0.994444:76:96:0:0:78:101:0:1 chr10 76781905 . GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA AGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAG,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA 659.79 PASS AF=0.0681818,0,0.931818;AO=3,5,31;DP=44;FAO=3,0,41;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,25;FSAR=0,0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349636,0.0607186,0.0664821;FXX=0.0222173;HRUN=2,2,2;LEN=4,4,3;MLLD=90.5949,142.219,157.605;QD=59.9812;RBI=0.0998079,0.130153,0.134407;REFB=0,0,0;REVB=0.0934835,0.115122,0.116813;RO=0;SAF=3,5,17;SAR=0,0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0271261,0,0.011634;OID=.,.,.;OPOS=76781905,76781925,76781906;OREF=GGAA,AAGA,GAA;OALT=AGAG,-,-;OMAPALT=AGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAG,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:13:44:44:0:0:3,5,31:3,0,41:0.0681818,0,0.931818:0,0,14:3,5,17:0:0:0,0,16:3,0,25:0:0 chr10 76788860 . C T 291.59 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0022068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.976;QD=19.4392;RBI=0.0174399;REFB=-0.0216047;REVB=-0.0172997;RO=29;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148362;STB=0.582389;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0218409;OID=.;OPOS=76788860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:16:15:19:10:16:15:19:10 chr10 76789077 . G A 733.82 PASS AF=0.522059;AO=71;DP=137;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0211717;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.415;QD=21.5831;RBI=0.0250191;REFB=-0.0238331;REVB=0.013331;RO=65;SAF=24;SAR=47;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155407;STB=0.585549;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0153439;OID=.;OPOS=76789077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:65:65:71:71:0.522059:47:24:33:32:47:24:33:32 chr10 76790612 . TG T 274.08 PASS AF=0.972222;AO=25;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0948867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.0455;QD=30.4534;RBI=0.256526;REFB=-0.120103;REVB=0.238331;RO=7;SAF=18;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.464789;SSSB=0.135174;STB=0.512188;STBP=0.507;TYPE=del;VARB=0.0406459;OID=.;OPOS=76790613;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.972222:25:36:35:36:1:20:15:1:0:4:7:18:7:3:4 chr10 76854564 . C T 2658.98 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.485;QD=62.1983;RBI=0.0454137;REFB=0;REVB=0.00367927;RO=0;SAF=66;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95435e-05;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:105:66:0:0:105:66:0:0 chr10 76855421 . G A 1526.9 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.533;QD=63.6207;RBI=0.0301047;REFB=0;REVB=-0.0300666;RO=0;SAF=35;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156894;OID=.;OPOS=76855421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:61:35:0:0:61:35:0:0 chr10 76861680 . T C 1589.68 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1444;QD=59.9877;RBI=0.0216147;REFB=0;REVB=-0.015877;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03113e-06;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:60:46:0:0:60:46:0:0 chr10 76868883 . TCCCCCCA TCCCCCA,TCCCCCAC 94.99 PASS AF=0.08,0.06;AO=44,18;DP=259;FAO=20,15;FDP=250;FR=.;FRO=215;FSAF=10,0;FSAR=10,15;FSRF=105;FSRR=110;FWDB=0.0713151,-0.0190899;FXX=0.0234366;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.52567,66.291;QD=1.5198;RBI=0.0740402,0.0336955;REFB=-0.100108,-0.0165353;REVB=-0.0199025,-0.0277663;RO=162;SAF=17,0;SAR=27,18;SRF=90;SRR=72;SSEN=0,0;SSEP=0.767442,0;SSSB=-0.214619,-0.666666;STB=0.510628,0.999277;STBP=0.948,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.128446,0.137189;OID=.,.;OPOS=76868884,76868889;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=TCCCCCA,TCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.08,0.06:44,18:259:20,15:250:215:10,0:10,15:105:110:32:162:17,0:27,18:90:72 chr10 76990837 . A C 268.12 PASS AF=0.531915;AO=22;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0520219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4482;QD=22.8184;RBI=0.0642533;REFB=-0.0345058;REVB=0.0377122;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185585;STB=0.63175;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0361346;OID=.;OPOS=76990837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:22:22:25:0.531915:14:8:13:10:17:8:13:9 chr10 79253623 . G GCC 282.29 PASS AF=0.401709;AO=41;DP=122;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0283356;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=2;MLLD=36.7312;QD=9.65094;RBI=0.0374449;REFB=0.000733278;REVB=0.0244789;RO=74;SAF=16;SAR=25;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198574;STB=0.570003;STBP=0.214;TYPE=ins;VARB=-0.00131882;OID=.;OPOS=79253624;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401709:41:122:47:117:70:22:25:41:29:99:74:16:25:42:32 chr10 79396252 . C G 568.47 PASS AF=0.416667;AO=65;DP=155;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.0015146;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.77;QD=14.5761;RBI=0.0214896;REFB=-0.00406575;REVB=-0.0214361;RO=90;SAF=24;SAR=41;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697156;STB=0.536437;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00876815;OID=.;OPOS=79396252;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:90:91:65:65:0.416667:41:24:39:51:41:24:39:52 chr10 79397263 . A AGAG 167.67 PASS AF=0.428571;AO=16;DP=64;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=0;FSRF=24;FSRR=0;FWDB=-0.00740073;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=93.7315;QD=15.9687;RBI=0.00740073;REFB=-0.0797507;REVB=0;RO=46;SAF=16;SAR=0;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.728685;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0978484;OID=.;OPOS=79397264;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=AGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:16:64:18:42:24:18:0:24:0:99:46:16:0:35:11 chr10 79553803 . C T 318.27 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0233132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.107;QD=13.2612;RBI=0.0284482;REFB=-0.0219559;REVB=-0.0163032;RO=59;SAF=11;SAR=25;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283191;STB=0.667165;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0246268;OID=.;OPOS=79553803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:60:36:36:0.375:25:11:33:26:25:11:34:26 chr10 79570873 . G T 190.08 PASS AF=0.375;AO=15;DP=57;FAO=21;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0106369;FXX=0.0175408;HRUN=7;LEN=1;MLLD=43.7726;QD=13.5769;RBI=0.0657577;REFB=-0.00148441;REVB=-0.0648917;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143153;STB=0.580688;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.000570061;OID=.;OPOS=79570873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:24:32:15:21:0.375:7:8:16:8:10:11:21:11 chr10 79584178 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.569;QD=61.3363;RBI=0.0513605;REFB=0;REVB=0.0232685;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288791;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr10 79601912 . C T 450.85 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.00950859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8031;QD=19.1849;RBI=0.0135821;REFB=0.0070958;REVB=-0.00969853;RO=48;SAF=17;SAR=28;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044475;STB=0.528799;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00628823;OID=.;OPOS=79601912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:49:45:45:0.478723:28:17:16:32:28:17:16:33 chr10 79606454 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAA,TCAAAAAAAAAA 201.06 PASS AF=0.905263,0.0947368,0,0;AO=26,7,11,4;DP=98;FAO=86,9,0,0;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0,0,0;FSAR=72,9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.37668,0.237842,0.215413,0.0786162;FXX=0.0404;HRUN=11,11,11,1;LEN=1,1,2,2;MLLD=3.37643,14.0487,5.2712,12.4487;QD=8.46559;RBI=0.381321,0.245588,0.215414,0.118433;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0593127,0.0611944,-0.000789806,0.0885775;RO=31;SAF=0,0,1,0;SAR=26,7,10,4;SRF=8;SRR=23;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.816797,-0.637946,-0.353589,-0.521732;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,mnp;VARB=0.0608294,-0.219667,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=79606455,79606465,79606455,79606454;OREF=A,A,AA,CA;OALT=-,T,-,TC;OMAPALT=CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAA,TCAAAAAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:98:95:31:0:26,7,11,4:86,9,0,0:0.905263,0.0947368,0,0:26,7,10,4:0,0,1,0:8:23:72,9,0,0:14,0,0,0:0:0 chr10 79616605 . T C 3107.43 PASS AF=1;AO=196;DP=198;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.365;QD=61.5333;RBI=0.0324926;REFB=0;REVB=0.0305139;RO=0;SAF=90;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70775e-05;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:202:0:0:196:202:1:106:90:0:0:108:94:0:0 chr10 79628875 . A G 1263.61 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.716;QD=61.6395;RBI=0.0574144;REFB=0;REVB=0.012908;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123379;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:31:50:0:0:31:51:0:0 chr10 79628961 . G A 1645.15 PASS AF=1;AO=95;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.0211;QD=59.2848;RBI=0.136775;REFB=0;REVB=-0.0151731;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122786;OID=.;OPOS=79628961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:95:111:1:53:42:0:0:58:53:0:0 chr10 80310465 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0416067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.506;QD=15.8391;RBI=0.0417521;REFB=0.00505954;REVB=-0.00348062;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.666221;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00761854;OID=.;OPOS=80310465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:2:6:3:4:2:6:3:4 chr10 81045207 . T C 612.55 PASS AF=0.37766;AO=71;DP=188;FAO=71;FDP=188;FR=.;FRO=117;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=76;FWDB=0.00343444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.912;QD=13.033;RBI=0.00522422;REFB=-0.0180922;REVB=0.00393663;RO=115;SAF=29;SAR=42;SRF=39;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799653;STB=0.537871;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.031181;OID=.;OPOS=81045207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:115:117:71:71:0.37766:42:29:39:76:42:29:41:76 chr10 81045280 . T C 815.48 PASS AF=0.403509;AO=91;DP=228;FAO=92;FDP=228;FR=.;FRO=136;FSAF=30;FSAR=62;FSRF=40;FSRR=96;FWDB=-0.0963329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7527;QD=14.3067;RBI=0.0995766;REFB=0.020828;REVB=-0.0252085;RO=136;SAF=30;SAR=61;SRF=39;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530001;STB=0.522022;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0299494;OID=.;OPOS=81045280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:136:136:91:92:0.403509:61:30:39:97:62:30:40:96 chr10 81053475 . G A 996.96 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01291;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6927;QD=57.7947;RBI=0.0206828;REFB=-0.0431724;REVB=0.0161589;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325203;OID=.;OPOS=81053475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:69:1:0:68:69:1:32:36:0:1:33:36:0:0 chr10 81143554 . A T 30.9 PASS AF=0.142857;AO=5;DP=38;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0227802;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.4694;QD=2.94252;RBI=0.110482;REFB=-0.00920024;REVB=-0.108108;RO=32;SAF=0;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.640751;STB=0.804011;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0197823;OID=.;OPOS=81143554;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:38:42:32:36:5:6:0.142857:5:0:16:16:5:1:18:18 chr10 81145701 . G C 240.59 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=7;FWDB=0.0221085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5386;QD=12.1817;RBI=0.022117;REFB=-0.00141218;REVB=-0.000615339;RO=49;SAF=24;SAR=5;SRF=42;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594562;STB=0.537696;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00278831;OID=.;OPOS=81145701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:50:29:29:0.367089:5:24:42:7:5:24:43:7 chr10 81270253 . A G 45.72 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0102297;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.205;QD=5.37905;RBI=0.0106371;REFB=-0.0173909;REVB=0.00291576;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236942;STB=0.655318;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0384385;OID=.;OPOS=81270253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:34:34:27:27:7:7:0.205882:4:3:17:10:4:3:17:10 chr10 81270319 . T A 60.48 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0137377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.04;QD=6.20303;RBI=0.0305952;REFB=-0.0140393;REVB=-0.0273376;RO=30;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241142;STB=0.654825;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0429118;OID=.;OPOS=81270319;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:3:6:14:16:3:6:14:16 chr10 81272814 . G C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.009457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.348;QD=12.5695;RBI=0.0185833;REFB=-0.00106898;REVB=0.0159969;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118413;STB=0.569487;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00281592;OID=.;OPOS=81272814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:11:15:7:8:11:15 chr10 81273085 . C T 129.71 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0181763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9726;QD=19.9549;RBI=0.0506735;REFB=-0.0220608;REVB=-0.0473015;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235791;STB=0.545391;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0146263;OID=.;OPOS=81273085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:23:26:9:12:14:14:0.538462:6:8:8:1:6:8:8:4 chr10 81273490 . A C 85.78 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0111882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.958;QD=11.8316;RBI=0.0265243;REFB=0.0048172;REVB=0.0240492;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285657;STB=0.6519;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00835503;OID=.;OPOS=81273490;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:4:7:6:11:4:7:7:11 chr10 81273879 . A G 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00942346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.232;QD=10.5421;RBI=0.012713;REFB=-0.0186295;REVB=-0.00853339;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189924;STB=0.615163;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0317779;OID=.;OPOS=81273879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:9:12:8:3:9:12 chr10 81274334 . A G 54.65 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00465067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.576;QD=3.41546;RBI=0.0065263;REFB=-0.00160525;REVB=-0.00457863;RO=53;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258952;STB=0.691305;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0114334;OID=.;OPOS=81274334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:53:54:10:10:0.15625:8:2:20:33:8:2:21:33 chr10 81275154 . G T 322.11 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0347893;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.656;QD=23.8597;RBI=0.0451047;REFB=-0.0234386;REVB=-0.0287078;RO=23;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211023;STB=0.607409;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0121977;OID=.;OPOS=81275154;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:23:22:32:32:0.592593:20:12:15:8:20:12:14:8 chr10 81275738 . C T 156.14 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0120765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1711;QD=9.46326;RBI=0.0182121;REFB=0.000517737;REVB=-0.0136322;RO=45;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115059;STB=0.567506;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00179209;OID=.;OPOS=81275738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:12:9:15:30:12:9:15:30 chr10 81275840 . A G 152.68 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0184541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.188;QD=13.8796;RBI=0.0185042;REFB=-0.00382382;REVB=-0.00136063;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107046;STB=0.553781;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00725223;OID=.;OPOS=81275840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:12:5:10:16:12:5:10:17 chr10 81318663 . C G 484.49 PASS AF=0.560976;AO=45;DP=80;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0257137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2591;QD=23.6337;RBI=0.0334127;REFB=-0.0372548;REVB=0.0213357;RO=35;SAF=22;SAR=23;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20954;STB=0.609711;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0301649;OID=.;OPOS=81318663;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:35:36:45:46:0.560976:23:22:8:27:23:23:9:27 chr10 81318681 . G A 591.42 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00739446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.03;QD=24.3883;RBI=0.0599228;REFB=-0.0154068;REVB=0.0594648;RO=43;SAF=27;SAR=27;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1224;STB=0.566986;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00888741;OID=.;OPOS=81318681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:27:27:15:28:27:27:15:28 chr10 81318693 . C T 541.93 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00602825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.417;QD=21.4627;RBI=0.051075;REFB=-0.0149391;REVB=0.050718;RO=46;SAF=26;SAR=28;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575261;STB=0.536069;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.022871;OID=.;OPOS=81318693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:47:54:54:0.534653:28:26:19:27:28:26:19:28 chr10 81319423 . C T 2062.02 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.177848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.817;QD=62.4856;RBI=0.18117;REFB=0;REVB=0.0345383;RO=0;SAF=58;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233026;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:131:132:1:73:58:0:0:73:59:0:0 chr10 81319458 . C T 835.49 PASS AF=0.641026;AO=75;DP=117;FAO=75;FDP=117;FR=.;FRO=42;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00724261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.155;QD=28.5639;RBI=0.0147641;REFB=-0.0176444;REVB=0.0128656;RO=42;SAF=37;SAR=38;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430249;STB=0.52326;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00945732;OID=.;OPOS=81319458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:42:42:75:75:0.641026:38:37:18:24:38:37:18:24 chr10 81319483 . A G 1138.9 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.902;QD=59.1634;RBI=0.0163641;REFB=-0.0643112;REVB=0.00814746;RO=1;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106344;STB=0.505616;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00289897;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:44:32:0:1:44:32:0:1 chr10 81371341 . G T 140.85 PASS AF=0.235955;AO=21;DP=89;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0323525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4601;QD=6.3304;RBI=0.0362985;REFB=0.0167883;REVB=0.0164591;RO=68;SAF=11;SAR=10;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295643;STB=0.518184;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0497255;OID=.;OPOS=81371341;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:68:68:21:21:0.235955:10:11:34:34:10:11:34:34 chr10 81372081 . A G 448.3 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0343959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7979;QD=16.9171;RBI=0.0355489;REFB=-0.0240876;REVB=0.00898043;RO=56;SAF=28;SAR=21;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528684;STB=0.523536;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0383736;OID=.;OPOS=81372081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:57:49:49:0.462264:21:28:35:21:21:28:35:22 chr10 81373777 . C T 1235.01 PASS AF=0.494253;AO=115;DP=254;FAO=129;FDP=261;FR=.;FRO=132;FSAF=55;FSAR=74;FSRF=65;FSRR=67;FWDB=0.0101498;FXX=0.0187963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3005;QD=18.9274;RBI=0.0605231;REFB=-0.0209568;REVB=0.059666;RO=129;SAF=55;SAR=60;SRF=64;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171329;STB=0.533809;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0263747;OID=.;OPOS=81373777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:261:129:132:115:129:0.494253:60:55:64:65:74:55:65:67 chr10 81471458 . A C 71.09 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0119412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4622;QD=4.5135;RBI=0.0521197;REFB=0.00918741;REVB=-0.0507334;RO=51;SAF=9;SAR=3;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353126;STB=0.731313;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0321987;OID=.;OPOS=81471458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:51:51:12:12:0.190476:3:9:24:27:3:9:24:27 chr10 81701722 . T C 707.27 PASS AF=0.526718;AO=69;DP=131;FAO=69;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.101873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4848;QD=21.5962;RBI=0.102453;REFB=-0.0175442;REVB=-0.0108911;RO=58;SAF=39;SAR=30;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548641;STB=0.515799;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0209252;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:58:62:69:69:0.526718:30:39:29:29:30:39:33:29 chr10 81706324 . A G 424.62 PASS AF=0.525;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0130043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.558;QD=21.2309;RBI=0.0168541;REFB=-0.00719801;REVB=-0.0107213;RO=36;SAF=11;SAR=31;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740133;STB=0.547036;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00270373;OID=.;OPOS=81706324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:36:38:42:42:0.525:31:11:12:24:31:11:13:25 chr10 81841692 . G T 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.524;QD=62.6146;RBI=0.0238441;REFB=0;REVB=0.00361656;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21882e-05;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr10 81915136 . T C 1199.99 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0510375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5313;QD=58.5359;RBI=0.0819435;REFB=0.00410686;REVB=0.0641087;RO=2;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018561;STB=0.509801;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00111811;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:50:30:0:2:50:30:0:2 chr10 81917708 . A G 1240.17 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.689;QD=61.2432;RBI=0.0468917;REFB=0;REVB=-0.0452611;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1388e-05;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:41:38:0:0:41:40:0:0 chr10 81926702 . G A 6255.38 PASS AF=1;AO=392;DP=394;FAO=393;FDP=393;FR=.;FRO=0;FSAF=253;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082698;FXX=0.00506316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.937;QD=63.668;RBI=0.0175695;REFB=-0.0591758;REVB=0.0155015;RO=0;SAF=253;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28469e-05;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:394:393:0:0:392:393:1:139:253:0:0:140:253:0:0 chr10 82012599 . T C 113.21 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0217534;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.944;QD=16.1728;RBI=0.0254251;REFB=-0.0248978;REVB=0.0131615;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957353;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0285988;OID=.;OPOS=82012599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:16:15:13:13:0.464286:7:6:9:7:7:6:8:7 chr10 82012668 . CT C 56.24 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=14;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0279258;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.7363;QD=14.9971;RBI=0.0286205;REFB=-0.0801724;REVB=0.00626791;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0.324675;SSEP=0;SSSB=0.0206743;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0538865;OID=.;OPOS=82012669;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:7:14:10:15:5:4:6:2:3:22:5:3:4:2:3 chr10 82012748 . G A 44.74 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0698461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8757;QD=7.45727;RBI=0.0726486;REFB=-0.0291744;REVB=0.0199834;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156386;STB=0.5997;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0900173;OID=.;OPOS=82012748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:10:7:2:5:10:7 chr10 82012954 . A G 302.43 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0345887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.556;QD=12.2193;RBI=0.0371352;REFB=-0.0130803;REVB=-0.0135147;RO=60;SAF=23;SAR=12;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287695;STB=0.544183;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0335745;OID=.;OPOS=82012954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:64:35:35:0.353535:12:23:38:22:12:23:38:26 chr10 82012967 . G T 254.53 PASS AF=0.32;AO=31;DP=100;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0104033;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.893;QD=10.1813;RBI=0.0219984;REFB=-0.0207617;REVB=-0.019383;RO=66;SAF=21;SAR=10;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109533;STB=0.584414;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0313184;OID=.;OPOS=82012967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:68:31:32:0.32:10:21:39:27:10:22:39:29 chr10 82013119 . G A 626.86 PASS AF=0.496124;AO=63;DP=126;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00626332;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.88;QD=19.4374;RBI=0.0122713;REFB=-0.00104592;REVB=-0.0105525;RO=62;SAF=37;SAR=26;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193347;STB=0.596888;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00121154;OID=.;OPOS=82013119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:62:65:63:64:0.496124:26:37:23:39:27:37:25:40 chr10 82013134 . C T 588.86 PASS AF=0.465649;AO=59;DP=133;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.00934753;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.271;QD=17.9804;RBI=0.0367005;REFB=-0.00941684;REVB=0.0354901;RO=74;SAF=25;SAR=34;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116812;STB=0.586438;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0097849;OID=.;OPOS=82013134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:74:70:59:61:0.465649:34:25:40:34:36:25:40:30 chr10 82013146 . T C 543.29 PASS AF=0.434783;AO=56;DP=134;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.00699667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.719;QD=15.7476;RBI=0.0107112;REFB=-0.0138034;REVB=-0.0081103;RO=78;SAF=21;SAR=35;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171755;STB=0.578921;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00803267;OID=.;OPOS=82013146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:138:78:78:56:60:0.434783:35:21:42:36:36:24:42:36 chr10 82033594 . G A 535.21 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.0167195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.718;QD=15.7416;RBI=0.0178561;REFB=-0.00998705;REVB=0.00626906;RO=76;SAF=29;SAR=29;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120266;STB=0.558804;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0139442;OID=.;OPOS=82033594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:76:78:58:58:0.426471:29:29:29:47:29:29:31:47 chr10 82034842 . A G 2043.82 PASS AF=0.992481;AO=128;DP=129;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0773704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5289;QD=61.4683;RBI=0.0773706;REFB=-0.079491;REVB=-0.000138919;RO=1;SAF=63;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748343;STB=0.503816;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0012165;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:129:133:1:1:128:132:0.992481:65:63:1:0:67:65:1:0 chr10 82034854 . T C 1955.48 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836142;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.53;QD=62.0789;RBI=0.0335098;REFB=0;REVB=0.0324499;RO=0;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47938e-05;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:125:126:1:64:61:0:0:64:62:0:0 chr10 82040052 . A G 1490.49 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00230228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0935;QD=58.4505;RBI=0.00286996;REFB=-0.133826;REVB=0.00171354;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.504064;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000874233;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:102:0:1:99:101:0.990196:59:40:0:0:61:40:0:1 chr10 82095968 . T G 402.48 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.694;QD=53.6639;RBI=0.0266572;REFB=-0.172657;REVB=0.011197;RO=1;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190217;STB=0.510197;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.000619604;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:30:1:1:29:29:0.966667:24:5:0:1:24:5:0:1 chr10 82098194 . GT AG,G 73.98 PASS AF=0,0.461538;AO=2,14;DP=48;FAO=0,24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=0,8;FSAR=0,16;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0739816,0.142605;FXX=0.0545355;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=19.9396,7.67968;QD=5.69043;RBI=0.0740669,0.153025;REFB=-0.0245393,-0.0870835;REVB=-0.00355222,-0.0555036;RO=23;SAF=0,7;SAR=2,7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.348485;SSSB=-0.621043,-0.256112;STB=0.5,0.699838;STBP=1,0.011;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.137415;OID=.,.;OPOS=82098194,82098195;OREF=GT,T;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:75:48:52:23:28:2,14:0,24:0,0.461538:2,7:0,7:17:6:0,16:0,8:20:8 chr10 82192712 . AT A,AA 462.09 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=4,29;DP=33;FAO=3,30;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=3,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524764,0.0495708;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.8707,105.904;QD=56.0105;RBI=0.0929697,0.0499214;REFB=0,0;REVB=0.0767437,0.00590547;RO=0;SAF=1,10;SAR=3,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.015073,0.00109616;OID=.,.;OPOS=82192713,82192713;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:4,29:33:3,30:33:0:0,11:3,19:0:0:8:0:1,10:3,19:0:0 chr10 82369195 . C T 253.5 PASS AF=0.320388;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=103;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00901965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.262;QD=9.8447;RBI=0.0107216;REFB=-0.0122343;REVB=-0.00579652;RO=68;SAF=15;SAR=18;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156283;STB=0.501778;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0207469;OID=.;OPOS=82369195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:68:70:33:33:0.320388:18:15:30:38:18:15:32:38 chr10 82369219 . T A 787.66 PASS AF=0.590551;AO=68;DP=121;FAO=75;FDP=127;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0410979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2295;QD=24.8081;RBI=0.126696;REFB=-0.0238219;REVB=0.119845;RO=52;SAF=34;SAR=34;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763443;STB=0.512523;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0176917;OID=.;OPOS=82369219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:127:52:52:68:75:0.590551:34:34:21:31:41:34:22:30 chr10 83637775 . C G 370.7 PASS AF=0.427184;AO=34;DP=94;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.00849566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.332;QD=14.396;RBI=0.0712427;REFB=-0.0191669;REVB=0.0707343;RO=59;SAF=22;SAR=12;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332604;STB=0.592192;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0164462;OID=.;OPOS=83637775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:103:59:59:34:44:0.427184:12:22:20:39:22:22:20:39 chr10 84745256 . C T 212.37 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00540985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3385;QD=14.398;RBI=0.0273535;REFB=-0.0151271;REVB=0.0268132;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251026;STB=0.524456;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0215192;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:15:10:14:19:15:10:15:19 chr10 85984425 . C T 382.63 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00980084;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.582;QD=17.3923;RBI=0.019019;REFB=-0.0109687;REVB=0.0162993;RO=45;SAF=21;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552757;STB=0.524987;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0118393;OID=.;OPOS=85984425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:48:40:40:0.454545:19:21:21:24:19:21:23:25 chr10 85993836 . A G 1395.06 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00761777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.403;QD=62.6991;RBI=0.00767978;REFB=0;REVB=0.000973894;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96608e-06;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:49:39:0:0:49:40:0:0 chr10 86004873 . T C 435.62 PASS AF=0.471154;AO=47;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0174607;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7381;QD=16.7545;RBI=0.0176752;REFB=-0.0274392;REVB=0.0027452;RO=56;SAF=26;SAR=21;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138108;STB=0.579367;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.028815;OID=.;OPOS=86004873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:55:47:49:0.471154:21:26:23:33:22:27:22:33 chr10 86012713 . C T 467.4 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0181394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.197;QD=15.4513;RBI=0.0182491;REFB=0.00531301;REVB=-0.00199819;RO=69;SAF=18;SAR=34;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807776;STB=0.545375;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00742207;OID=.;OPOS=86012713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:69:52:52:0.429752:34:18:29:40:34:18:29:40 chr10 86274871 . C T 540.0 PASS AF=0.357143;AO=65;DP=182;FAO=65;FDP=182;FR=.;FRO=117;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=73;FWDB=-0.00582183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.323;QD=11.868;RBI=0.0113532;REFB=-0.00358955;REVB=-0.00974685;RO=115;SAF=33;SAR=32;SRF=43;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150276;STB=0.58439;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00575522;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:115:117:65:65:0.357143:32:33:43:72:32:33:44:73 chr10 87359435 . A C 308.9 PASS AF=0.530612;AO=22;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0723625;FXX=0.019996;HRUN=7;LEN=1;MLLD=225.595;QD=25.2165;RBI=0.0729341;REFB=-0.00829924;REVB=0.0091132;RO=12;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361368;STB=0.548698;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000848175;OID=.;OPOS=87359435;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:12:18:22:26:0.530612:14:8:5:7:16:10:9:9 chr10 87359666 . T A 61.91 PASS AF=0.132075;AO=14;DP=106;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=90;FWDB=0.00980191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1715;QD=2.33611;RBI=0.0101174;REFB=-0.0300387;REVB=-0.00250676;RO=92;SAF=1;SAR=13;SRF=2;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366072;STB=0.725166;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.180794;OID=.;OPOS=87359666;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:106:106:92:92:14:14:0.132075:13:1:2:90:13:1:2:90 chr10 87359676 . T A 1117.81 PASS AF=0.883495;AO=83;DP=103;FAO=91;FDP=103;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0605;QD=43.4102;RBI=0.10137;REFB=-0.200453;REVB=0.10137;RO=14;SAF=0;SAR=83;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0265428;OID=.;OPOS=87359676;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:103:103:14:12:83:91:0.883495:83:0:0:14:91:0:0:12 chr10 87359826 . A G 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.454;QD=59.43;RBI=0.0368488;REFB=0;REVB=-0.0112729;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21405e-05;OID=.;OPOS=87359826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr10 87361961 . G A 191.99 PASS AF=0.4375;AO=19;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0166156;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.194;QD=15.999;RBI=0.0180991;REFB=-0.0426319;REVB=-0.00717632;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104821;STB=0.512184;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0295151;OID=.;OPOS=87361961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:27:19:21:0.4375:9:10:14:8:9:12:16:11 chr10 88126072 . G A 3340.9 PASS AF=0.99095;AO=211;DP=214;FAO=219;FDP=221;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0256122;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8698;QD=60.4687;RBI=0.0588461;REFB=-0.10352;REVB=0.05298;RO=0;SAF=92;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86857e-08;STB=0.504032;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00115607;OID=.;OPOS=88126072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:214:221:0:2:211:219:0.99095:119:92:0:0:123:96:0:2 chr10 88203068 . T C 837.05 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.917;QD=55.8034;RBI=0.0527598;REFB=-0.0711172;REVB=0.0475978;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149779;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00289793;OID=.;OPOS=88203068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:28:31:1:0:28:31:1:0 chr10 88277457 . C T 276.13 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0221523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.489;QD=18.1071;RBI=0.0395935;REFB=-0.015753;REVB=-0.0328165;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00310612;STB=0.509428;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0162593;OID=.;OPOS=88277457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:29:30:0.491803:16:13:14:17:17:13:14:17 chr10 88414569 . C T 1021.57 PASS AF=0.622378;AO=89;DP=143;FAO=89;FDP=143;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=10;FSRR=44;FWDB=0.0350039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0224;QD=28.5754;RBI=0.03676;REFB=-0.0337681;REVB=0.0112258;RO=51;SAF=36;SAR=53;SRF=9;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165773;STB=0.588851;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0224163;OID=.;OPOS=88414569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:51:54:89:89:0.622378:53:36:9:42:53:36:10:44 chr10 88421041 . C T 315.48 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00978367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.645;QD=17.5268;RBI=0.020178;REFB=-0.0161666;REVB=-0.0176474;RO=38;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108953;STB=0.56102;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0195116;OID=.;OPOS=88421041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:14:20:18:20:14:20:18:20 chr10 88422116 . C T 1115.23 PASS AF=0.43956;AO=119;DP=270;FAO=120;FDP=273;FR=.;FRO=153;FSAF=29;FSAR=91;FSRF=45;FSRR=108;FWDB=0.0161293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.798;QD=16.3403;RBI=0.0171021;REFB=-0.00308958;REVB=0.00568561;RO=145;SAF=28;SAR=91;SRF=43;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801005;STB=0.538498;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00393811;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:273:145:153:119:120:0.43956:91:28:43:102:91:29:45:108 chr10 88476153 . C T 51.44 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=60;FWDB=0;FXX=0.0277739;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.919;QD=2.93925;RBI=0.00635008;REFB=-0.00195431;REVB=-0.00635008;RO=59;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0274967;OID=.;OPOS=88476153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:70:59:60:10:10:0.142857:10:0:0:59:10:0:0:60 chr10 88476182 . G C 47.8 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1457;QD=13.6564;RBI=0.0154698;REFB=-0.0561929;REVB=-0.0154698;RO=7;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.235533;OID=.;OPOS=88476182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:7:0:0:7:7:0:0:7 chr10 88505700 . T G 359.3 PASS AF=0.544118;AO=35;DP=66;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00612525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.808;QD=21.1353;RBI=0.00744504;REFB=-0.0064653;REVB=-0.00423201;RO=31;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711719;STB=0.534865;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00553527;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:31:31:35:37:0.544118:13:22:17:14:14:23:17:14 chr10 88635779 . C A 148.61 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0627723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1754;QD=10.8077;RBI=0.0769644;REFB=-0.0158247;REVB=-0.0445326;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00163537;STB=0.500959;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.033829;OID=.;OPOS=88635779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:9:10:19:17:9:10:19:17 chr10 88683890 . T A 633.41 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0176745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.434;QD=48.7238;RBI=0.0227618;REFB=-0.132492;REVB=0.0143427;RO=4;SAF=22;SAR=26;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605266;STB=0.503224;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00257095;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:52:4:4:48:48:0.923077:26:22:2:2:26:22:2:2 chr10 88702350 . G C 774.62 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115715;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4598;QD=64.5517;RBI=0.123594;REFB=0;REVB=0.0434233;RO=0;SAF=9;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321199;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:39:9:0:0:39:9:0:0 chr10 88717140 . T A 2589.16 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.883;QD=61.6466;RBI=0.046585;REFB=0;REVB=0.0446924;RO=0;SAF=102;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26266e-05;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:65:102:0:0:66:102:0:0 chr10 88717154 . C T 2481.32 PASS AF=0.976471;AO=165;DP=170;FAO=166;FDP=170;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00697312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.024;QD=58.3841;RBI=0.0502474;REFB=-0.182026;REVB=0.0497612;RO=3;SAF=96;SAR=69;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202366;STB=0.513887;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000550308;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:170:170:3:4:165:166:0.976471:69:96:0:3:70:96:0:4 chr10 88730106 . C T 836.14 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.121867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0092;QD=55.7424;RBI=0.133502;REFB=0.0525372;REVB=0.0545081;RO=0;SAF=11;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505261;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000488642;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:60:0:1:58:59:0.983333:47:11:0:0:47:12:0:1 chr10 88730141 . A AC,C 70.93 PASS AF=0.309524,0;AO=12,3;DP=42;FAO=13,0;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=1,0;FSAR=12,0;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0432951,0.00865342;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=49.2267,168.012;QD=6.75491;RBI=0.0510266,0.0167142;REFB=-0.00271187,-0.00298108;REVB=-0.0270046,-0.0142998;RO=26;SAF=1,0;SAR=11,3;SRF=7;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.38723,-0.485432;STB=0.737986,0.5;STBP=0.138,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0109116,0;OID=.,.;OPOS=88730142,88730141;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:42:42:26:29:12,3:13,0:0.309524,0:11,3:1,0:7:19:12,0:1,0:7:22 chr10 88730177 . A G 530.05 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.661;QD=58.8943;RBI=0.103434;REFB=0;REVB=0.0854837;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118972;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:31:36:1:23:8:0:0:28:8:0:0 chr10 88730312 . TG AC,CG 901.48 PASS AF=0.03125,0.953125;AO=4,59;DP=68;FAO=2,61;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=0,31;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00190861,-0.010392;FXX=0.0588149;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=124.731,57.9851;QD=56.3428;RBI=0.0155616,0.0150666;REFB=-0.0814697,-0.0863963;REVB=-0.0154441,0.0109092;RO=0;SAF=0,31;SAR=4,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.508194;STBP=1,0.549;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0394714,0.00723338;OID=.,.;OPOS=88730312,88730312;OREF=TG,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:68:64:0:1:4,59:2,61:0.03125,0.953125:4,28:0,31:0:0:2,30:0,31:0:1 chr10 88768253 . A G 1551.74 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0701;QD=58.0089;RBI=0.0393976;REFB=0;REVB=0.00403697;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327151;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:107:0:0:101:107:1:44:57:0:0:49:58:0:0 chr10 88768657 . C T 1674.55 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7561;QD=60.344;RBI=0.0193624;REFB=0;REVB=-0.0045006;RO=0;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42412e-05;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:64:46:0:0:65:46:0:0 chr10 88782084 . A G 489.98 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.130106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5098;QD=55.9978;RBI=0.133556;REFB=0.023093;REVB=-0.0301591;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0101488;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:0:1:15:19:0:1 chr10 88782151 . C T 227.11 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501715;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.887;QD=50.4691;RBI=0.0619218;REFB=0;REVB=0.0362924;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00461443;OID=.;OPOS=88782151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:16:18:1:7:9:0:0:9:9:0:0 chr10 88820789 . T C 1296.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.148277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.586;QD=61.7198;RBI=0.148277;REFB=0;REVB=0.000247269;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000552413;OID=.;OPOS=88820789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr10 88988115 . G A 440.59 PASS AF=0.406504;AO=49;DP=124;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0141248;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.157;QD=14.3282;RBI=0.0196278;REFB=-0.0386507;REVB=-0.0136287;RO=70;SAF=13;SAR=36;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17922;STB=0.604668;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0432983;OID=.;OPOS=88988115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:70:73:49:50:0.406504:36:13:29:41:37:13:30:43 chr10 88992641 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.386;QD=55.6561;RBI=0.0558816;REFB=0;REVB=0.0357127;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193213;OID=.;OPOS=88992641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr10 89267957 . C T 1528.7 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.565;QD=63.0391;RBI=0.017914;REFB=0;REVB=0.0168882;RO=0;SAF=63;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84939e-05;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:33:63:0:0:34:63:0:0 chr10 89420789 . A G 2178.65 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.826;QD=63.1493;RBI=0.0766589;REFB=0;REVB=0.00420739;RO=0;SAF=68;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100009;OID=.;OPOS=89420789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:70:68:0:0:70:68:0:0 chr10 89720907 . T G 2748.03 PASS AF=0.973118;AO=180;DP=185;FAO=181;FDP=186;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=116;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0317745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9277;QD=59.0974;RBI=0.0355164;REFB=-0.09729;REVB=-0.015868;RO=5;SAF=65;SAR=115;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352154;STB=0.518516;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.01129;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:185:186:5:5:180:181:0.973118:115:65:5:0:116:65:5:0 chr10 90305177 . C T 119.51 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0231742;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.113;QD=26.5567;RBI=0.0684534;REFB=0.0288785;REVB=0.0644114;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29784;STB=0.666419;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00194664;OID=.;OPOS=90305177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:19:18:5:5:12:13:0.722222:7:5:5:0:8:5:5:0 chr10 90342837 . C G 1541.1 PASS AF=0.505051;AO=150;DP=297;FAO=150;FDP=297;FR=.;FRO=147;FSAF=78;FSAR=72;FSRF=72;FSRR=75;FWDB=0.0270052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5935;QD=20.7555;RBI=0.0977845;REFB=-0.024308;REVB=0.0939815;RO=146;SAF=78;SAR=72;SRF=72;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241971;STB=0.514954;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0238374;OID=.;OPOS=90342837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:146:147:150:150:0.505051:72:78:72:74:72:78:72:75 chr10 90345429 . G A 545.22 PASS AF=0.576087;AO=52;DP=92;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0118818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3035;QD=23.7053;RBI=0.0129426;REFB=-0.0157601;REVB=0.0051316;RO=39;SAF=26;SAR=26;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100346;STB=0.501436;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0105704;OID=.;OPOS=90345429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:39:52:53:0.576087:26:26:19:20:27:26:19:20 chr10 90356598 . A G 1525.24 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00200603;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5733;QD=58.6632;RBI=0.0188357;REFB=-0.0385197;REVB=-0.0187285;RO=0;SAF=25;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509432;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000449871;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:0:1:102:103:0.990385:77:25:0:0:77:26:1:0 chr10 90425327 . T C 1871.73 PASS AF=1;AO=96;DP=129;FAO=125;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484821;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.905;QD=59.8954;RBI=0.0515485;REFB=0;REVB=0.0175137;RO=0;SAF=67;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582589;OID=.;OPOS=90425327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:129:125:0:0:96:125:1:29:67:0:0:58:67:0:0 chr10 90429652 . A G 1551.76 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0116574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.615;QD=57.4727;RBI=0.0117082;REFB=-0.0879494;REVB=-0.0010885;RO=1;SAF=52;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903972;STB=0.509432;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0010588;OID=.;OPOS=90429652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:1:2:106:106:0.981481:54:52:1:0:54:52:2:0 chr10 90438207 . A G 1715.38 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.187;QD=59.6655;RBI=0.0283431;REFB=0.0301957;REVB=0.0202913;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000363916;OID=.;OPOS=90438207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:0:1:114:114:0.991304:57:57:0:0:57:57:1:0 chr10 90490921 . G A 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0400617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.173;QD=55.8047;RBI=0.0405969;REFB=-0.0315963;REVB=0.00657033;RO=1;SAF=29;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00168626;OID=.;OPOS=90490921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:30:29:1:0:30:29:1:0 chr10 90503075 . T C 937.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.125;QD=58.5964;RBI=0.0205626;REFB=0;REVB=-0.000692813;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31614e-05;OID=.;OPOS=90503075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr10 90512306 . G C 1258.05 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.468;QD=61.3681;RBI=0.0393055;REFB=0;REVB=0.0392728;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312724;OID=.;OPOS=90512306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:46:35:0:0:46:36:0:0 chr10 90524237 . T C 1767.75 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.128;QD=59.9238;RBI=0.0132926;REFB=0;REVB=0.0105113;RO=0;SAF=34;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16272e-05;OID=.;OPOS=90524237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:118:0:0:115:118:1:81:34:0:0:82:36:0:0 chr10 90530660 . C A 484.77 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0657552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9729;QD=21.0771;RBI=0.0916212;REFB=0.0319149;REVB=-0.063802;RO=44;SAF=17;SAR=30;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855152;STB=0.553912;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0604234;OID=.;OPOS=90530660;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:45:47:47:0.51087:30:17:20:24:30:17:21:24 chr10 90534893 . C T 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0484601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6774;QD=11.6231;RBI=0.0487495;REFB=0.00839191;REVB=-0.00530433;RO=37;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163307;STB=0.588152;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0320561;OID=.;OPOS=90534893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:15:7:17:20:15:7:17:21 chr10 90562705 . T A 440.1 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0437235;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3258;QD=18.1483;RBI=0.0442601;REFB=-0.0103308;REVB=0.00687144;RO=52;SAF=20;SAR=24;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628109;STB=0.540212;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0128918;OID=.;OPOS=90562705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:52:52:44:45:0.463918:24:20:27:25:25:20:27:25 chr10 90580144 . C T 648.39 PASS AF=0.426036;AO=72;DP=169;FAO=72;FDP=169;FR=.;FRO=97;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=0.0126557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.796;QD=15.3465;RBI=0.0499219;REFB=-0.0167434;REVB=-0.0482911;RO=97;SAF=38;SAR=34;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126713;STB=0.507082;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0195947;OID=.;OPOS=90580144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:97:97:72:72:0.426036:34:38:50:47:34:38:50:47 chr10 90585819 . G A 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0381827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.528;QD=18.7768;RBI=0.0606939;REFB=-0.00144212;REVB=-0.0471787;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288466;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766115;OID=.;OPOS=90585819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:18:8:7:18:18:8:8:18 chr10 90749256 . G A 1557.36 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00164394;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.634;QD=62.9236;RBI=0.00484121;REFB=0.0966636;REVB=-0.00455355;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.505154;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000146917;OID=.;OPOS=90749256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:0:1:98:98:0.989899:50:48:0:0:50:48:1:0 chr10 90771829 . T C 544.07 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00997679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9865;QD=57.2709;RBI=0.0567395;REFB=0.00242504;REVB=-0.0558554;RO=1;SAF=12;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374231;STB=0.519989;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00115446;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:25:12:1:0:25:12:1:0 chr10 90966546 . C T 97.04 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0439513;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4676;QD=7.05763;RBI=0.0466326;REFB=-0.00390126;REVB=-0.0155848;RO=38;SAF=9;SAR=5;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143147;STB=0.599855;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0219699;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:56:55:38:41:14:14:0.254545:5:9:20:18:5:9:21:20 chr10 90966996 . C G 344.63 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00462636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5306;QD=19.1463;RBI=0.00838656;REFB=-0.00996467;REVB=-0.00699508;RO=35;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115209;STB=0.57219;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00830056;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:36:36:36:0.5:23:13:17:18:23:13:18:18 chr10 90987989 . G C 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0189511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5385;QD=20.5428;RBI=0.0597094;REFB=0.00965084;REVB=0.0566221;RO=36;SAF=25;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174604;STB=0.59686;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00701164;OID=.;OPOS=90987989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:14:25:16:20:14:25:16:20 chr10 91007339 . C T 313.05 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0310132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.896;QD=16.9216;RBI=0.0451427;REFB=-0.00891526;REVB=0.0328031;RO=40;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739574;STB=0.541571;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00364512;OID=.;OPOS=91007339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:22:12:17:23:22:12:17:23 chr10 91007360 . T G 327.55 PASS AF=0.539683;AO=32;DP=61;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00437801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.391;QD=20.7966;RBI=0.00462909;REFB=-0.0141652;REVB=0.00150383;RO=29;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143874;STB=0.578548;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0099807;OID=.;OPOS=91007360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:29:29:32:34:0.539683:18:14:8:21:19:15:8:21 chr10 91066460 . T A 1287.36 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00699286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.134;QD=60.5815;RBI=0.0212794;REFB=-0.0696935;REVB=0.0200976;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.506665;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0002288;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:47:37:0:0:47:37:1:0 chr10 91066769 . C A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.085;QD=59.5017;RBI=0.00887127;REFB=0;REVB=-0.00257348;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72684e-05;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr10 91067595 . C G 2322.8 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.986;QD=60.7269;RBI=0.0213058;REFB=0;REVB=0.0100878;RO=0;SAF=75;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01065e-05;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:153:0:0:145:153:1:70:75:0:0:73:80:0:0 chr10 91099943 . C G 1624.39 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.773;QD=60.1625;RBI=0.0310801;REFB=0;REVB=-0.0289856;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04014e-05;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:55:53:0:0:55:53:0:0 chr10 91100068 . C A 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.073;QD=57.5424;RBI=0.0540914;REFB=0;REVB=0.0388784;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182889;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr10 91143529 . T A 1575.12 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193901;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.044;QD=60.0044;RBI=0.0204331;REFB=0;REVB=0.00644466;RO=0;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70647e-05;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:64:41:0:0:64:41:0:0 chr10 91162497 . A G 680.09 PASS AF=0.977778;AO=45;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00788701;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=1;MLLD=256.678;QD=60.4521;RBI=0.0212572;REFB=0.0142177;REVB=0.0197399;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018429;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-3.01753e-05;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:45:44:0.977778:20:25:1:0:19:25:1:0 chr10 91162677 . C T 369.64 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0537;QD=54.7619;RBI=0.0322688;REFB=0;REVB=-0.0129089;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868567;OID=.;OPOS=91162677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr10 91172555 . AAG A,AA,AAA 572.13 PASS AF=0,1,0;AO=8,28,2;DP=39;FAO=0,38,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17,0;FSAR=0,21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446442,0.0499908,0.0509554;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=247.402,260.046,249.327;QD=60.2241;RBI=0.0451452,0.0502777,0.0511064;REFB=0,0,0;REVB=0.00670706,0.00536389,0.00392567;RO=0;SAF=7,9,1;SAR=1,19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.78849e-08,3.62669e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.000218541,0;OID=.,.,.;OPOS=91172556,91172557,91172557;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:8,28,2:39:0,38,0:38:0:0,17,0:0,21,0:0:0:4:0:7,9,1:1,19,1:0:0 chr10 91178000 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.227;QD=58.5876;RBI=0.0510417;REFB=0;REVB=-0.0260293;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97168e-05;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr10 91179138 . C A,CTA 832.7 PASS AF=0.915254,0.0847458;AO=2,4;DP=6;FAO=54,5;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43,5;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1301,-0.0290923;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=186.061,57.5464;QD=56.4542;RBI=0.145717,0.303162;REFB=0,0;REVB=0.0656315,0.301762;RO=0;SAF=2,4;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00551759,0.00988465;OID=.,.;OPOS=91179138,91179139;OREF=C,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:6:59:0:0:2,4:54,5:0.915254,0.0847458:0,0:2,4:0:0:11,0:43,5:0:0 chr10 91343930 . TTA T,TT,TTT 57.84 PASS AF=0.333333,0,0;AO=9,5,7;DP=47;FAO=11,0,0;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.2772,-0.487367,-0.181156;FXX=0.0571265;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=14.5215,7.96527,9.31105;QD=7.01102;RBI=0.277304,0.514097,0.271672;REFB=0.0249604,0.0329163,0.0123308;REVB=-0.00761596,-0.163612,-0.202456;RO=20;SAF=3,1,1;SAR=6,4,6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.137716,-0.320998,-0.420719;STB=0.571292,0.5,0.5;STBP=0.615,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.093375,0,0;OID=.,.,.;OPOS=91343931,91343932,91343932;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0,0:9,5,7:47:11,0,0:33:22:3,0,0:8,0,0:8:14:55:20:3,1,1:6,4,6:9:11 chr10 91352966 . G A 2294.21 PASS AF=1;AO=149;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147617;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2477;QD=60.7738;RBI=0.0159233;REFB=0;REVB=0.00597024;RO=0;SAF=85;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677517;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:149:151:1:64:85:0:0:65:86:0:0 chr10 91404448 . C G 387.8 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00980772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.364;QD=21.2493;RBI=0.0123962;REFB=-0.0322129;REVB=0.00758113;RO=34;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918283;STB=0.542508;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0230669;OID=.;OPOS=91404448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:34:38:39:0.534247:23:15:17:17:23:16:17:17 chr10 91470834 . A C 614.46 PASS AF=0.888889;AO=48;DP=54;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0949494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.842;QD=45.5158;RBI=0.103784;REFB=-0.171736;REVB=0.0419024;RO=2;SAF=20;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044741;STB=0.56519;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0106722;OID=.;OPOS=91470834;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:54:54:2:6:48:48:0.888889:28:20:2:0:28:20:6:0 chr10 91484780 . G A 137.62 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0098142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.373;QD=7.24298;RBI=0.0112951;REFB=-0.00472032;REVB=-0.00559114;RO=55;SAF=14;SAR=6;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178195;STB=0.616356;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0144365;OID=.;OPOS=91484780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:56:20:20:0.263158:6:14:31:24:6:14:31:25 chr10 91497207 . A G 1353.3 PASS AF=0.522267;AO=129;DP=247;FAO=129;FDP=247;FR=.;FRO=118;FSAF=51;FSAR=78;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=0.0283696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.48;QD=21.9158;RBI=0.0316929;REFB=0.00293546;REVB=0.0141281;RO=116;SAF=51;SAR=78;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852557;STB=0.551158;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00237158;OID=.;OPOS=91497207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:116:118:129:129:0.522267:78:51:57:59:78:51:59:59 chr10 91497631 . T A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.008821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.956;QD=11.9196;RBI=0.0328799;REFB=0.0354021;REVB=-0.0316745;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263271;STB=0.6599;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0138875;OID=.;OPOS=91497631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:5:4:5:2:5:4 chr10 91497902 . C CTAAAAG 294.35 PASS AF=0.27972;AO=39;DP=148;FAO=40;FDP=143;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=67;FWDB=-0.0165929;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=6;MLLD=280.531;QD=8.23364;RBI=0.0167672;REFB=-0.00491569;REVB=-0.00241163;RO=106;SAF=7;SAR=32;SRF=38;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284642;STB=0.639922;STBP=0.058;TYPE=ins;VARB=0.0114602;OID=.;OPOS=91497903;OREF=-;OALT=TAAAAG;OMAPALT=CTAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27972:39:148:40:143:103:8:32:36:67:99:106:7:32:38:68 chr10 91497912 . A G 619.58 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=53;FWDB=0.0489086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.857;QD=19.6692;RBI=0.0495719;REFB=-0.00886908;REVB=-0.00808249;RO=63;SAF=26;SAR=37;SRF=10;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251469;STB=0.637216;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0164333;OID=.;OPOS=91497912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:63:63:63:0.5:37:26:10:53:37:26:10:53 chr10 91498127 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3573;QD=62.3496;RBI=0.0480229;REFB=0;REVB=-0.0451027;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238241;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr10 91498254 . A G 114.73 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00988944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.822;QD=10.4296;RBI=0.00989561;REFB=0.00514585;REVB=-0.000349373;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399317;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0188373;OID=.;OPOS=91498254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:30:14:14:0.318182:7:7:15:13:7:7:15:15 chr10 91503660 . A G 216.04 PASS AF=0.689655;AO=15;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0146911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.764;QD=29.7988;RBI=0.0258021;REFB=-0.000196484;REVB=0.0212113;RO=8;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262065;STB=0.586123;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000183713;OID=.;OPOS=91503660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:8:9:15:20:0.689655:5:10:2:6:10:10:2:7 chr10 91738556 . C A 2008.34 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5504;QD=62.2741;RBI=0.0125626;REFB=0;REVB=0.000600727;RO=0;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49261e-05;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:67:62:0:0:67:62:0:0 chr10 91923501 . G A 1877.83 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.011;QD=61.5681;RBI=0.0397145;REFB=0;REVB=-0.0391475;RO=0;SAF=43;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09296e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.36845e-05;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:79:43:0:0:79:43:0:0 chr10 92503619 . T C 230.63 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.000205565;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4047;QD=17.0835;RBI=0.00529817;REFB=-0.0166635;REVB=0.00529419;RO=25;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729235;STB=0.523791;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0125511;OID=.;OPOS=92503619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:28:25:26:0.481481:10:15:13:12:10:16:16:12 chr10 92912588 . G A 1573.63 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0243496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.756;QD=58.8275;RBI=0.024829;REFB=-0.119878;REVB=-0.00485561;RO=1;SAF=40;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713735;STB=0.503759;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000519523;OID=.;OPOS=92912588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:66:40:0:1:66:40:0:1 chr10 93667635 . C T 905.59 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.524;QD=56.5992;RBI=0.026996;REFB=-0.0974188;REVB=0.00780772;RO=1;SAF=35;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013302;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000355607;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:28:35:1:0:28:35:1:0 chr10 93841227 . A G 1701.55 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167561;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.69;QD=60.7697;RBI=0.169864;REFB=0;REVB=0.0278782;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381365;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:112:0:0:101:112:1:50:51:0:0:51:61:0:0 chr10 93999850 . A G 1769.27 PASS AF=1;AO=97;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.973;QD=61.0094;RBI=0.106929;REFB=0;REVB=0.106917;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020479;OID=.;OPOS=93999850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:97:116:1:40:57:0:0:57:59:0:0 chr10 94695617 . C T 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.405;QD=57.541;RBI=0.0353443;REFB=0;REVB=-0.0276632;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.39481e-05;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr10 95072906 . T C 1695.04 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.626;QD=60.5372;RBI=0.0177913;REFB=0;REVB=0.00643818;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20947e-06;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:61:50:0:0:62:50:0:0 chr10 95168634 . A G 636.87 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-4.83862e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2403;QD=18.5946;RBI=0.0310462;REFB=0.00754505;REVB=-0.0310462;RO=72;SAF=23;SAR=42;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636951;STB=0.535342;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00797866;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:72:72:65:65:0.474453:42:23:30:42:42:23:30:42 chr10 95216623 . A G 226.99 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0112681;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.199;QD=15.6544;RBI=0.0113518;REFB=-0.00326899;REVB=0.00137535;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070653;STB=0.503997;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00294203;OID=.;OPOS=95216623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:12:14:17:15:12:14:17:15 chr10 95237963 . A G 870.47 PASS AF=0.449761;AO=94;DP=209;FAO=94;FDP=209;FR=.;FRO=115;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=64;FWDB=-0.0439872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6192;QD=16.6597;RBI=0.0443224;REFB=0.00805096;REVB=0.00544104;RO=115;SAF=51;SAR=43;SRF=51;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980702;STB=0.554393;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00846651;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:115:115:94:94:0.449761:43:51:51:64:43:51:51:64 chr10 95262981 . A G 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1012;QD=56.9524;RBI=0.135666;REFB=0;REVB=0.0587557;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219786;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr10 95276742 . G C 763.81 PASS AF=0.51634;AO=75;DP=149;FAO=79;FDP=153;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.00376;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.729;QD=19.9688;RBI=0.0295535;REFB=0.0063008;REVB=0.0293133;RO=73;SAF=37;SAR=38;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243897;STB=0.503894;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00513186;OID=.;OPOS=95276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:153:73:74:75:79:0.51634:38:37:38:35:38:41:39:35 chr10 95279506 . A T 731.11 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121936;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.53;QD=63.5747;RBI=0.0124177;REFB=0;REVB=-0.00234862;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28103e-05;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr10 95279653 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2661;QD=62.0202;RBI=0.0222638;REFB=0;REVB=0.0203753;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267747;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr10 95431668 . A G 158.39 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=75;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00142368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.925;QD=8.22805;RBI=0.00764864;REFB=-0.0019853;REVB=0.00751497;RO=55;SAF=11;SAR=9;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027704;STB=0.546176;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0319394;OID=.;OPOS=95431668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:55:55:20:22:0.285714:9:11:29:26:9:13:29:26 chr10 95433124 . A G 338.57 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0206657;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.73;QD=20.213;RBI=0.0213331;REFB=-0.0134551;REVB=0.00529428;RO=31;SAF=3;SAR=31;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219677;STB=0.623293;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0125202;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:32:34:35:0.522388:31:3:6:25:32:3:6:26 chr10 95454681 . G C 239.48 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0040768;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.182;QD=11.8263;RBI=0.025936;REFB=-0.0202323;REVB=-0.0256136;RO=51;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00795758;STB=0.503608;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0309795;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:51:52:29:29:0.358025:18:11:19:32:18:11:20:32 chr10 95458141 . A G 180.96 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00933262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.666;QD=12.926;RBI=0.0202623;REFB=-0.0163589;REVB=-0.0179851;RO=34;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150683;STB=0.597983;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0342137;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:34:21:22:0.392857:10:11:13:21:10:12:13:21 chr10 95459817 . C T 493.87 PASS AF=0.380645;AO=59;DP=155;FAO=59;FDP=155;FR=.;FRO=96;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=61;FWDB=0.01386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4587;QD=12.745;RBI=0.0278684;REFB=-0.0109122;REVB=-0.0241775;RO=96;SAF=20;SAR=39;SRF=35;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308316;STB=0.517485;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0194377;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:96:96:59:59:0.380645:39:20:35:61:39:20:35:61 chr10 95552653 . T C 884.72 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.5174;QD=58.0146;RBI=0.0620233;REFB=0;REVB=0.0489888;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77278e-05;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr10 95718600 . T C 620.46 PASS AF=0.414201;AO=70;DP=169;FAO=70;FDP=169;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=0.0085064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.537;QD=14.6853;RBI=0.0401548;REFB=-0.0111435;REVB=0.0392435;RO=99;SAF=34;SAR=36;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00965313;STB=0.505411;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0201797;OID=.;OPOS=95718600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:99:99:70:70:0.414201:36:34:49:50:36:34:49:50 chr10 95720490 . C T 556.96 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=138;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0141796;FXX=0.0289834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.892;QD=16.6256;RBI=0.0141797;REFB=-0.00651133;REVB=5.82249e-05;RO=79;SAF=22;SAR=37;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11411;STB=0.569504;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00753345;OID=.;OPOS=95720490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:134:79:75:59:59:0.440299:37:22:38:41:37:22:37:38 chr10 95720501 . T C 556.25 PASS AF=0.41958;AO=59;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.000638029;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.463;QD=15.5594;RBI=0.00810762;REFB=-0.00803568;REVB=0.00808248;RO=82;SAF=23;SAR=36;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784813;STB=0.551823;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0112966;OID=.;OPOS=95720501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:82:83:59:60:0.41958:36:23:38:44:37:23:39:44 chr10 95791613 . T C 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00774836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.894;QD=14.7941;RBI=0.0250519;REFB=-0.00675023;REVB=0.0238236;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22768;STB=0.630928;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00860354;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:9:18:8:10:9:18 chr10 96025697 . G A 170.57 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0292766;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.082;QD=22.7432;RBI=0.0292804;REFB=-0.0143238;REVB=-0.000473552;RO=13;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144048;STB=0.581398;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00927345;OID=.;OPOS=96025697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:12:5:6:7:12:5:6:7 chr10 96039597 . G C 255.18 PASS AF=0.340659;AO=21;DP=92;FAO=31;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0167865;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.698;QD=11.2169;RBI=0.150669;REFB=-0.00574816;REVB=0.149731;RO=39;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310344;STB=0.628671;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00996044;OID=.;OPOS=96039597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:39:60:21:31:0.340659:8:13:13:26:14:17:21:39 chr10 96058298 . C T 487.69 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00591776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.533;QD=21.6752;RBI=0.022604;REFB=0.0267023;REVB=0.0218156;RO=43;SAF=22;SAR=25;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117769;STB=0.564944;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0191993;OID=.;OPOS=96058298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:25:22:26:17:25:22:26:17 chr10 96066341 . A G 505.57 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0028874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.712;QD=19.8264;RBI=0.0195995;REFB=0.00157363;REVB=0.0193857;RO=49;SAF=21;SAR=31;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147374;STB=0.501958;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00164835;OID=.;OPOS=96066341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:50:52:52:0.509804:31:21:19:30:31:21:20:30 chr10 96104665 . T G 358.05 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00509659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.047;QD=19.6192;RBI=0.0370932;REFB=-0.0136248;REVB=0.0367414;RO=35;SAF=23;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242652;STB=0.627975;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0119693;OID=.;OPOS=96104665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:36:37:37:0.506849:14:23:12:23:14:23:13:23 chr10 96114835 . G A 214.17 PASS AF=0.525;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0106813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0919;QD=21.4172;RBI=0.0700475;REFB=-0.00451074;REVB=-0.0692283;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107478;STB=0.570663;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.000841841;OID=.;OPOS=96114835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:17:19:20:21:0.525:12:8:9:8:13:8:10:9 chr10 96122543 . A G 345.81 PASS AF=0.387755;AO=37;DP=97;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.00543061;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7316;QD=14.1146;RBI=0.0104016;REFB=-0.00436157;REVB=-0.00887136;RO=60;SAF=25;SAR=12;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363312;STB=0.693619;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0064336;OID=.;OPOS=96122543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:60:60:37:38:0.387755:12:25:20:40:13:25:20:40 chr10 96163039 . C G 772.93 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0395219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.0369;QD=53.3051;RBI=0.141329;REFB=-0.0869187;REVB=-0.13569;RO=1;SAF=50;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933969;STB=0.5098;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.000893448;OID=.;OPOS=96163039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:6:50:1:0:6:50:2:0 chr10 96293164 . A C 110.07 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0659505;FXX=0.0555401;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.328;QD=12.949;RBI=0.0663146;REFB=-0.0229176;REVB=-0.00694003;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967959;STB=0.502389;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0445294;OID=.;OPOS=96293164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:16:21:13:13:0.382353:8:5:6:10:8:5:8:13 chr10 96305729 . T C 3466.15 PASS AF=1;AO=221;DP=229;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427284;FXX=0.025861;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.678;QD=61.3478;RBI=0.0432094;REFB=0.000726904;REVB=-0.00642912;RO=4;SAF=83;SAR=138;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31123e-05;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:229:226:4:0:221:226:1:138:83:2:2:141:85:0:0 chr10 96313960 . A C 1463.23 PASS AF=0.99;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0363135;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.988;QD=58.5293;RBI=0.0417715;REFB=0.0535943;REVB=0.0206442;RO=1;SAF=32;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00702819;STB=0.503703;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.000565291;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:1:1:99:99:0.99:67:32:0:1:67:32:0:1 chr10 96493058 . C T 385.31 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00502568;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4799;QD=17.5142;RBI=0.0284954;REFB=-0.0245357;REVB=-0.0280487;RO=47;SAF=24;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839763;STB=0.547313;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0264905;OID=.;OPOS=96493058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:47:48:39:40:0.454545:15:24:25:22:15:25:26:22 chr10 96522561 . T C 529.27 PASS AF=0.583333;AO=45;DP=79;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0252111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0598;QD=25.2032;RBI=0.0508288;REFB=-0.0351598;REVB=0.0441358;RO=34;SAF=28;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281126;STB=0.503523;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0311217;OID=.;OPOS=96522561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:84:34:35:45:49:0.583333:17:28:20:14:20:29:21:14 chr10 96541616 . G A 153.09 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.018395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.317;QD=13.6084;RBI=0.0356206;REFB=-0.0236283;REVB=-0.0305033;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113106;STB=0.547005;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0342255;OID=.;OPOS=96541616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:28:17:17:0.377778:6:11:20:7:6:11:20:8 chr10 96602622 . C T 541.07 PASS AF=0.478992;AO=55;DP=117;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0168477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.532;QD=18.1871;RBI=0.0202841;REFB=0.00443889;REVB=0.011296;RO=60;SAF=30;SAR=25;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020156;STB=0.519993;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00704718;OID=.;OPOS=96602622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:60:62:55:57:0.478992:25:30:34:26:27:30:35:27 chr10 96602623 . G A 578.2 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00212742;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.962;QD=19.7677;RBI=0.00469804;REFB=-0.0050257;REVB=-0.00418876;RO=58;SAF=33;SAR=26;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381295;STB=0.521046;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00255091;OID=.;OPOS=96602623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:58:58:59:59:0.504274:26:33:30:28:26:33:30:28 chr10 96741053 . A C 1003.59 PASS AF=0.434263;AO=109;DP=251;FAO=109;FDP=251;FR=.;FRO=142;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=0.0470391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3155;QD=15.9935;RBI=0.0598121;REFB=0.029575;REVB=-0.0369434;RO=141;SAF=50;SAR=59;SRF=68;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240049;STB=0.511458;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0231492;OID=.;OPOS=96741053;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:141:142:109:109:0.434263:59:50:68:73:59:50:68:74 chr10 96748737 . A T 725.08 PASS AF=0.481013;AO=76;DP=155;FAO=76;FDP=158;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.019413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.35;QD=18.3565;RBI=0.019413;REFB=0.00387998;REVB=5.86233e-06;RO=78;SAF=37;SAR=39;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000310115;STB=0.512172;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00294699;OID=.;OPOS=96748737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:78:82:76:76:0.481013:39:37:38:40:39:37:38:44 chr10 96827178 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.15;QD=61.0491;RBI=0.00920404;REFB=0;REVB=0.00818943;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60091e-05;OID=.;OPOS=96827178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr10 96954298 . A G 438.93 PASS AF=0.465517;AO=44;DP=113;FAO=54;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0615094;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.3262;QD=15.1357;RBI=0.0741303;REFB=-0.0935617;REVB=-0.0413751;RO=47;SAF=24;SAR=20;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072501;STB=0.502566;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.106343;OID=.;OPOS=96954298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:47:62:44:54:0.465517:20:24:26:21:29:25:29:33 chr10 96954360 . T A 209.88 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00554216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.79;QD=12.9155;RBI=0.0107478;REFB=0.00701588;REVB=-0.00920872;RO=38;SAF=7;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207698;STB=0.629034;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00728973;OID=.;OPOS=96954360;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:19:7:17:21:19:7:18:21 chr10 96997820 . A G 313.88 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00840341;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.718;QD=16.9663;RBI=0.0109648;REFB=-0.00527833;REVB=0.00704344;RO=40;SAF=12;SAR=22;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239625;STB=0.634536;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00679077;OID=.;OPOS=96997820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:40:34:34:0.459459:22:12:24:16:22:12:24:16 chr10 97072008 . T C 256.24 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0250814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5256;QD=22.7773;RBI=0.0345301;REFB=-0.0273829;REVB=-0.0237329;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139454;STB=0.577715;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0220295;OID=.;OPOS=97072008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:12:12:7:14:12:12:7:14 chr10 97106165 . T C 385.69 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00871751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.5116;QD=18.15;RBI=0.0477283;REFB=0.00968419;REVB=0.0469254;RO=45;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00792436;STB=0.504423;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0109535;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:21:19:21:24:21:19:21:24 chr10 97116219 . C T 434.26 PASS AF=0.575342;AO=41;DP=72;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0167518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1616;QD=23.795;RBI=0.0350919;REFB=0.01128;REVB=0.0308353;RO=31;SAF=25;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175371;STB=0.599425;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00655618;OID=.;OPOS=97116219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:31:31:41:42:0.575342:16:25:12:19:16:26:12:19 chr10 97127462 . C A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0120652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.288;QD=21.5108;RBI=0.0405586;REFB=0.00580398;REVB=-0.0387225;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186921;STB=0.583245;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00641;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:8:10:11:3:8:10:11:4 chr10 97141523 . G A 448.43 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0309065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3179;QD=18.6845;RBI=0.0353171;REFB=-0.0217598;REVB=-0.0170904;RO=48;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252276;STB=0.504972;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0225486;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:51:45:45:0.46875:26:19:19:29:26:19:22:29 chr10 97174467 . G C 532.37 PASS AF=0.398649;AO=56;DP=145;FAO=59;FDP=148;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=59;FWDB=-0.000624683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2537;QD=14.3884;RBI=0.0707254;REFB=-0.0167851;REVB=0.0707226;RO=89;SAF=25;SAR=31;SRF=30;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122177;STB=0.573907;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0281854;OID=.;OPOS=97174467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:89:89:56:59:0.398649:31:25:30:59:32:27:30:59 chr10 97192324 . A G 3061.92 PASS AF=0.989796;AO=193;DP=196;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=96;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0468694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4565;QD=62.4881;RBI=0.047055;REFB=-0.113922;REVB=0.00417525;RO=3;SAF=97;SAR=96;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144979;STB=0.50505;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00108006;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:196:3:2:193:194:0.989796:96:97:3:0:96:98:2:0 chr10 97447373 . A T 3201.56 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.062;QD=61.8658;RBI=0.0457145;REFB=0;REVB=0.0419331;RO=0;SAF=103;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95298e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59557e-05;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:207:0:0:207:207:1:104:103:0:0:104:103:0:0 chr10 97698370 . C T 1275.02 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.223;QD=61.447;RBI=0.017819;REFB=0;REVB=0.0162981;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51711e-05;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:80:83:1:45:35:0:0:47:36:0:0 chr10 97787000 . G A 537.68 PASS AF=0.439394;AO=59;DP=132;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00364221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5052;QD=16.2932;RBI=0.0136373;REFB=-0.0246172;REVB=0.0131419;RO=70;SAF=27;SAR=32;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553383;STB=0.511788;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0353288;OID=.;OPOS=97787000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:74:59:58:0.439394:32:27:36:34:31:27:36:38 chr10 97817650 . G T 408.32 PASS AF=0.442308;AO=45;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.00790637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.606;QD=15.7048;RBI=0.0426289;REFB=-0.0216937;REVB=0.0418893;RO=58;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132184;STB=0.567279;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0232252;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:45:46:0.442308:22:23:22:36:23:23:22:36 chr10 97919838 . AAT AA,A 30.79 PASS AF=0.1,0.25;AO=4,4;DP=23;FAO=2,5;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1,1;FSAR=1,4;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0608658,0.131285;FXX=0.0908678;HRUN=6,7;LEN=1,2;MLLD=9.99312,16.4743;QD=6.15853;RBI=0.0830713,0.196824;REFB=-0.0713407,-0.0148695;REVB=0.0565349,0.146642;RO=9;SAF=1,1;SAR=3,3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0.348428,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0398812,0.0398812;STB=0.798078,0.555349;STBP=0.718,0.831;TYPE=del,del;VARB=0.0131866,0.0954211;OID=.,.;OPOS=97919840,97919839;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.1,0.25:4,4:23:2,5:20:13:1,1:1,4:2:11:19:9:1,1:3,3:2:7 chr10 97920062 . G A 198.97 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00310136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.587;QD=11.37;RBI=0.00675478;REFB=0.00423082;REVB=0.00600072;RO=45;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344978;STB=0.519984;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00944531;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:12:13:22:23:12:13:22:23 chr10 97920099 . T TC 843.81 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.117;QD=47.5385;RBI=0.137031;REFB=0;REVB=0.127542;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00298563;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:71:71:71:0:40:31:0:0:15:0:40:30:0:0 chr10 97960799 . C T 104.36 PASS AF=0.193548;AO=18;DP=86;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0378125;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.8498;QD=4.48872;RBI=0.0382562;REFB=-0.0162517;REVB=-0.00580958;RO=68;SAF=5;SAR=13;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271905;STB=0.601388;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.061901;OID=.;OPOS=97960799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:93:68:75:18:18:0.193548:13:5:33:35:12:6:34:41 chr10 97990582 . CA CG,GC 199.39 PASS AF=0.337838,0;AO=11,3;DP=74;FAO=25,0;FDP=74;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=49;FSAF=10,0;FSAR=15,0;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0170595,0.0430622;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=118.546,110.653;QD=10.7779;RBI=0.0384938,0.0463305;REFB=-0.04174,-0.0366516;REVB=0.0345072,-0.0170925;RO=39;SAF=8,0;SAR=3,3;SRF=26;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0875987,-0.593105;STB=0.586887,0.5;STBP=0.296,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0506963,0;OID=.,.;OPOS=97990583,97990582;OREF=A,CA;OALT=G,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:49:11,3:25,0:0.337838,0:3,3:8,0:26:13:15,0:10,0:26:23 chr10 98078127 . C T 1276.23 PASS AF=0.968421;AO=83;DP=93;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00310685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5587;QD=53.736;RBI=0.0378759;REFB=-0.127745;REVB=0.0377482;RO=9;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933355;STB=0.515148;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00597926;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:93:95:9:3:83:92:0.968421:41:42:0:9:48:44:0:3 chr10 98078239 . A G 1529.79 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.78;QD=63.7413;RBI=0.0279764;REFB=0;REVB=0.0263446;RO=0;SAF=35;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212718;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:61:35:0:0:61:35:0:0 chr10 98287261 . G C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.23384e-05;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=209.79;QD=58.4195;RBI=0.0184293;REFB=0;REVB=0.0184293;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53173e-05;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr10 98380277 . C T 919.86 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2378;QD=58.404;RBI=0.0306449;REFB=0;REVB=0.0230777;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249138;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr10 98386558 . G A 2282.85 PASS AF=0.987013;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00165312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1219;QD=59.2948;RBI=0.0272692;REFB=-0.0791426;REVB=-0.027219;RO=2;SAF=73;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128519;STB=0.506756;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000279837;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:154:2:2:151:152:0.987013:78:73:2:0:79:73:2:0 chr10 98469507 . C A 203.07 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0189307;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.402;QD=11.9454;RBI=0.0197355;REFB=-0.00771825;REVB=-0.00557826;RO=42;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142163;STB=0.574384;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0167577;OID=.;OPOS=98469507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:42:43:25:25:0.367647:11:14:18:24:11:14:19:24 chr10 98808866 . C G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.613;QD=64.0214;RBI=0.0302587;REFB=0;REVB=-0.026028;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25848e-05;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:52:46:0:0:52:46:0:0 chr10 98819317 . A G 1283.42 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.617;QD=61.8517;RBI=0.0399411;REFB=0;REVB=-0.00344471;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86269e-05;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:52:31:0:0:52:31:0:0 chr10 98901433 . C T 4386.85 PASS AF=1;AO=277;DP=280;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437969;FXX=0.0106379;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.765;QD=62.8939;RBI=0.0202706;REFB=-0.0795133;REVB=-0.0197918;RO=1;SAF=122;SAR=155;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00389247;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62006e-06;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:280:279:1:0:277:279:1:155:122:1:0:156:123:0:0 chr10 98901443 . C T 137.66 PASS AF=0.119048;AO=35;DP=293;FAO=35;FDP=294;FR=.;FRO=259;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=110;FSRR=149;FWDB=-0.00695896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7965;QD=1.87286;RBI=0.0308664;REFB=-0.0121052;REVB=-0.0300717;RO=254;SAF=16;SAR=19;SRF=106;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508769;STB=0.528909;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0335122;OID=.;OPOS=98901443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:294:254:259:35:35:0.119048:19:16:106:148:19:16:110:149 chr10 98901463 . T C 38.39 PASS AF=0.0600601;AO=20;DP=333;FAO=20;FDP=333;FR=.;FRO=313;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=135;FSRR=178;FWDB=-0.0153987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3196;QD=0.461094;RBI=0.036124;REFB=-0.00399145;REVB=-0.0326776;RO=311;SAF=9;SAR=11;SRF=134;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020368;STB=0.51779;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0445119;OID=.;OPOS=98901463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:333:333:311:313:20:20:0.0600601:11:9:134:177:11:9:135:178 chr10 99016088 . T C 298.14 PASS AF=0.574468;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0229143;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.063;QD=25.3736;RBI=0.0254711;REFB=-0.00919334;REVB=-0.0111226;RO=21;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114436;STB=0.578547;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00824884;OID=.;OPOS=99016088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:21:20:26:27:0.574468:10:16:10:11:10:17:9:11 chr10 99019177 . A G 391.93 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00097937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.711;QD=13.5149;RBI=0.0128356;REFB=-0.00842289;REVB=0.0127982;RO=70;SAF=18;SAR=28;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875802;STB=0.549632;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0117102;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:70:70:46:46:0.396552:28:18:33:37:28:18:33:37 chr10 99080246 . CT C 223.99 PASS AF=0.44;AO=49;DP=126;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0885824;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.5001;QD=7.16751;RBI=0.176828;REFB=0.0293684;REVB=0.15304;RO=62;SAF=25;SAR=24;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704884;STB=0.516802;STBP=0.768;TYPE=del;VARB=-0.0110054;OID=.;OPOS=99080247;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:49:126:55:125:70:29:26:39:31:99:62:25:24:36:26 chr10 99080585 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0386421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.329;QD=13.486;RBI=0.0389752;REFB=-0.00811983;REVB=0.00508439;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272723;STB=0.666221;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00919205;OID=.;OPOS=99080585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:8:1:3:8:8:1:3:8 chr10 99080871 . G T 227.09 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0446516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0776;QD=21.1245;RBI=0.0448169;REFB=0.0153287;REVB=0.00384482;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602592;STB=0.533867;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0154208;OID=.;OPOS=99080871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:11:10:12:10:11:10 chr10 99080981 . G T 177.47 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0670075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4746;QD=21.5109;RBI=0.125041;REFB=0.0185698;REVB=-0.105571;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018107;STB=0.510193;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.0245888;OID=.;OPOS=99080981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:8:7:8:10:8:7 chr10 99125949 . C T 882.18 PASS AF=0.463918;AO=90;DP=194;FAO=90;FDP=194;FR=.;FRO=104;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=0.055807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.633;QD=18.1892;RBI=0.0583721;REFB=-0.0133825;REVB=-0.0171138;RO=101;SAF=49;SAR=41;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379321;STB=0.523908;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0201832;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:101:104:90:90:0.463918:41:49:51:50:41:49:52:52 chr10 99160965 . A G 2262.7 PASS AF=0.9625;AO=152;DP=158;FAO=154;FDP=160;FR=.;FRO=6;FSAF=61;FSAR=93;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0169636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8857;QD=56.5674;RBI=0.0368384;REFB=-0.0432026;REVB=-0.0327003;RO=6;SAF=61;SAR=91;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445158;STB=0.523434;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0161823;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:158:160:6:6:152:154:0.9625:91:61:6:0:93:61:6:0 chr10 99181008 . G A 168.8 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.021556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6912;QD=12.057;RBI=0.0320281;REFB=-0.0186292;REVB=-0.0236884;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114294;STB=0.565976;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0294054;OID=.;OPOS=99181008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:11:10:13:22:11:10:13:22 chr10 99205686 . A G 370.05 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0153871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.904;QD=19.7363;RBI=0.0183704;REFB=-0.0104815;REVB=0.0100354;RO=37;SAF=18;SAR=20;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107094;STB=0.559409;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00766196;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:20:18:22:15:20:18:22:15 chr10 99219885 . G A 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.000294259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.904;QD=18.5415;RBI=0.0254504;REFB=-0.0134259;REVB=-0.0254487;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143756;STB=0.580106;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0113884;OID=.;OPOS=99219885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:15:19:14:21:15:19:14:21 chr10 99220707 . C T 260.39 PASS AF=0.520833;AO=23;DP=45;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0202314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6013;QD=21.6994;RBI=0.0356761;REFB=-0.045884;REVB=0.0293849;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680693;STB=0.529389;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0384408;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:22:23:23:25:0.520833:9:14:15:7:9:16:16:7 chr10 99229394 . G A 313.09 PASS AF=0.402299;AO=34;DP=86;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00151626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.872;QD=14.3948;RBI=0.00775312;REFB=-0.010149;REVB=0.00760341;RO=52;SAF=19;SAR=15;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423753;STB=0.531543;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0143987;OID=.;OPOS=99229394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:52:52:34:35:0.402299:15:19:27:25:15:20:27:25 chr10 99240048 . C T 539.12 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.0134557;FXX=0.0147048;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.462;QD=16.0931;RBI=0.0143046;REFB=-0.0220761;REVB=0.00485434;RO=76;SAF=26;SAR=32;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279957;STB=0.515652;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0302126;OID=.;OPOS=99240048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:76:76:58:58:0.432836:32:26:32:44:32:26:32:44 chr10 99240758 . G C 2421.56 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.292;QD=61.3052;RBI=0.015533;REFB=0;REVB=0.0102983;RO=0;SAF=61;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60301e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33298e-06;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:157:158:1:96:61:0:0:97:61:0:0 chr10 99332488 . A C 303.52 PASS AF=0.448718;AO=28;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.012239;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.835;QD=15.565;RBI=0.0552287;REFB=-0.033544;REVB=-0.0538555;RO=26;SAF=27;SAR=1;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465856;STB=0.688398;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0567091;OID=.;OPOS=99332488;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:26:43:28:35:0.448718:1:27:21:5:5:30:27:16 chr10 99337572 . G A 731.75 PASS AF=0.612613;AO=68;DP=112;FAO=68;FDP=111;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00558513;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.456;QD=26.3695;RBI=0.0536183;REFB=-0.00495856;REVB=-0.0533266;RO=43;SAF=30;SAR=38;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339816;STB=0.518454;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00367477;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:43:43:68:68:0.612613:38:30:21:22:38:30:21:22 chr10 99498234 . G A 427.31 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0257315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2729;QD=16.9232;RBI=0.0259573;REFB=0.012081;REVB=0.00341653;RO=55;SAF=21;SAR=25;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739984;STB=0.541267;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0179981;OID=.;OPOS=99498234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:25:21:21:34:25:21:21:34 chr10 99504630 . G T 600.81 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0512258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3349;QD=58.6158;RBI=0.051856;REFB=-0.0268904;REVB=0.0080597;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000301321;OID=.;OPOS=99504630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:22:18:1:0:22:18:1:0 chr10 99696089 . G A 147.6 PASS AF=0.218182;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=110;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.0296468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.327;QD=5.36738;RBI=0.0321959;REFB=-0.00141286;REVB=0.0125557;RO=86;SAF=15;SAR=9;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256314;STB=0.658353;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00711137;OID=.;OPOS=99696089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:86:86:24:24:0.218182:9:15:36:50:9:15:36:50 chr10 99969568 . A G 480.82 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0152975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.19;QD=22.8962;RBI=0.0254978;REFB=-0.00409553;REVB=0.0203991;RO=38;SAF=24;SAR=22;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610836;STB=0.533594;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00321676;OID=.;OPOS=99969568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:22:24:17:21:22:24:17:21 chr10 99991408 . A G 1553.89 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034198;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.012;QD=59.7648;RBI=0.0349161;REFB=0;REVB=-0.0070448;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92351e-05;OID=.;OPOS=99991408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:103:104:1:49:54:0:0:50:54:0:0 chr10 100017453 . T G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.715;QD=56.9381;RBI=0.0361678;REFB=0;REVB=-0.00918147;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256074;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr10 100018844 . G A 2073.88 PASS AF=1;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102427;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7625;QD=62.8448;RBI=0.0559724;REFB=0;REVB=0.0550272;RO=0;SAF=55;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620312;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:132:0:0:132:132:1:77:55:0:0:77:55:0:0 chr10 100144782 . C T 1468.93 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265309;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.993;QD=59.9562;RBI=0.0353354;REFB=0;REVB=0.0233388;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19598e-05;OID=.;OPOS=100144782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr10 100147060 . A G 1405.93 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000526858;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.383;QD=61.7991;RBI=0.0228213;REFB=-0.137277;REVB=0.0228152;RO=1;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081028;STB=0.504273;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000808376;OID=.;OPOS=100147060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:58:32:0:1:58:32:0:1 chr10 100148176 . A G 784.48 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2009;QD=57.0531;RBI=0.0608857;REFB=0;REVB=-0.0607305;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000442177;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr10 100167396 . G A 1449.69 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00513523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.224;QD=57.4133;RBI=0.0303926;REFB=-0.151008;REVB=0.0299556;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.509432;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000754518;OID=.;OPOS=100167396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:0:2:99:99:0.980198:52:47:0:0:52:47:0:2 chr10 100184062 . CC AG 757.57 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000414707;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=2;MLLD=251.304;QD=55.096;RBI=0.0187921;REFB=-0.0782107;REVB=0.0187876;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154512;STB=0.508194;STBP=0.513;TYPE=mnp;VARB=0.00174185;OID=.;OPOS=100184062;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:30:24:0:1:30:24:0:1 chr10 100195130 . G A 351.24 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0149897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.522;QD=19.2461;RBI=0.027854;REFB=-0.0074227;REVB=0.0234767;RO=35;SAF=13;SAR=23;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895384;STB=0.548869;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00781527;OID=.;OPOS=100195130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:35:36:36:37:0.506849:23:13:16:19:24:13:16:20 chr10 100219314 . G A 566.06 PASS AF=0.408805;AO=65;DP=159;FAO=65;FDP=159;FR=.;FRO=94;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=-0.00665078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.867;QD=14.2404;RBI=0.0174253;REFB=-0.0148993;REVB=0.0161061;RO=93;SAF=39;SAR=26;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123171;STB=0.566306;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.023217;OID=.;OPOS=100219314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:93:94:65:65:0.408805:26:39:45:48:26:39:46:48 chr10 100219374 . T A 400.52 PASS AF=0.34507;AO=44;DP=137;FAO=49;FDP=142;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.000845062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.609;QD=11.2823;RBI=0.00484959;REFB=-0.00992125;REVB=-0.0047754;RO=87;SAF=22;SAR=22;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00661581;STB=0.523581;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0214544;OID=.;OPOS=100219374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:142:87:93:44:49:0.34507:22:22:43:44:23:26:46:47 chr10 101090428 . T G 1700.42 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0305846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2336;QD=58.6352;RBI=0.0351971;REFB=0.024855;REVB=-0.017419;RO=2;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163678;STB=0.508619;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00318141;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:57:57:0:2:57:57:0:2 chr10 101293035 . C A 1612.63 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0226;QD=59.7272;RBI=0.0600953;REFB=0;REVB=0.00440239;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233553;OID=.;OPOS=101293035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:105:108:1:55:50:0:0:58:50:0:0 chr10 101295863 . A G 528.4 PASS AF=0.590361;AO=48;DP=82;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0456697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.092;QD=25.4652;RBI=0.0469327;REFB=-9.23876e-05;REVB=-0.0108145;RO=34;SAF=34;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219439;STB=0.622589;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000477636;OID=.;OPOS=101295863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:34:34:48:49:0.590361:14:34:15:19:14:35:15:19 chr10 101445591 . A C 740.54 PASS AF=0.51049;AO=70;DP=140;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0122638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.725;QD=20.7145;RBI=0.0139834;REFB=-0.00409315;REVB=0.0067183;RO=70;SAF=31;SAR=39;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391791;STB=0.523398;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00367361;OID=.;OPOS=101445591;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:70:70:70:73:0.51049:39:31:34:36:41:32:34:36 chr10 101451259 . T C 499.14 PASS AF=0.5;AO=46;DP=95;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0231506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5261;QD=20.3732;RBI=0.0433551;REFB=-0.0222305;REVB=0.0366567;RO=49;SAF=19;SAR=27;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341474;STB=0.531764;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0244385;OID=.;OPOS=101451259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:49:49:46:49:0.5:27:19:22:27:30:19:22:27 chr10 101473218 . A G 545.2 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0419449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6259;QD=57.3894;RBI=0.0543773;REFB=0.0997984;REVB=0.0346052;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521727;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.0020265;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:0:1:37:37:0.973684:11:26:0:0:11:26:0:1 chr10 101544447 . A T 1995.93 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.132;QD=61.8892;RBI=0.0109502;REFB=0;REVB=0.00986004;RO=0;SAF=72;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43728e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:127:129:1:55:72:0:0:56:73:0:0 chr10 101716484 . G A 164.04 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00715589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.959;QD=29.8251;RBI=0.00797687;REFB=-0.0045255;REVB=-0.00352474;RO=6;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164308;STB=0.590799;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000636471;OID=.;OPOS=101716484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:8:8:1:5:8:8:1:5 chr10 102107251 . C G 5621.08 PASS AF=0.96114;AO=372;DP=386;FAO=371;FDP=386;FR=.;FRO=15;FSAF=164;FSAR=207;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0486363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8623;QD=58.2495;RBI=0.0490591;REFB=-0.245941;REVB=0.00642722;RO=0;SAF=165;SAR=207;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509555;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00607652;OID=.;OPOS=102107251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:386:386:0:15:372:371:0.96114:207:165:0:0:207:164:3:12 chr10 102116311 . A C 2793.57 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849591;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.685;QD=62.7768;RBI=0.0114096;REFB=0;REVB=-0.00761573;RO=0;SAF=93;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46767e-07;OID=.;OPOS=102116311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:178:0:0:178:178:1:85:93:0:0:85:93:0:0 chr10 102222957 . G C 336.04 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0544355;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.505;QD=14.4535;RBI=0.0571012;REFB=-0.017889;REVB=-0.0172432;RO=55;SAF=14;SAR=23;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831846;STB=0.553521;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0310542;OID=.;OPOS=102222957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:55:56:37:37:0.397849:23:14:25:30:23:14:26:30 chr10 102239753 . T C 228.37 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0776768;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.471;QD=21.2433;RBI=0.0777188;REFB=-0.0218772;REVB=-0.00255409;RO=21;SAF=4;SAR=18;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282291;STB=0.660852;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0149999;OID=.;OPOS=102239753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:18:4:9:12:18:4:9:12 chr10 102247408 . C A 696.74 PASS AF=0.454545;AO=75;DP=160;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=0.00804557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.955;QD=16.8907;RBI=0.0167796;REFB=-0.0100444;REVB=-0.014725;RO=85;SAF=26;SAR=49;SRF=55;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287103;STB=0.645012;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0126051;OID=.;OPOS=102247408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:165:85:90:75:75:0.454545:49:26:55:30:49:26:55:35 chr10 102247526 . G C 1276.42 PASS AF=0.576923;AO=120;DP=208;FAO=120;FDP=208;FR=.;FRO=88;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.0350528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.101;QD=24.5465;RBI=0.0374937;REFB=-0.00801256;REVB=0.0133071;RO=88;SAF=61;SAR=59;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055596;STB=0.530162;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00615823;OID=.;OPOS=102247526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:88:88:120:120:0.576923:59:61:51:37:59:61:51:37 chr10 102265183 . G A 292.02 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0137152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.478;QD=21.6309;RBI=0.0183007;REFB=-0.0184838;REVB=0.0121165;RO=24;SAF=13;SAR=17;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828041;STB=0.545772;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0147068;OID=.;OPOS=102265183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:17:13:8:16:17:13:8:16 chr10 102265815 . A G 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0487296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.747;QD=10.4708;RBI=0.0494834;REFB=0.00479415;REVB=0.00860431;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993944;STB=0.559897;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00750301;OID=.;OPOS=102265815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:4:8:14:10:4:8:14:10 chr10 102265847 . A C 145.35 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.057163;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2794;QD=11.6276;RBI=0.0571828;REFB=0.00870853;REVB=0.00150525;RO=33;SAF=14;SAR=3;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240506;STB=0.644545;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0176009;OID=.;OPOS=102265847;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:3:14:22:11:3:14:22:11 chr10 102269085 . C A 461.38 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0227645;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.971;QD=18.6417;RBI=0.0331005;REFB=-0.0161944;REVB=0.0240296;RO=52;SAF=27;SAR=19;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904859;STB=0.501131;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0207173;OID=.;OPOS=102269085;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:52:53:46:46:0.464646:19:27:31:21:19:27:31:22 chr10 102269206 . A G 489.08 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00269047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.014;QD=21.9809;RBI=0.00269379;REFB=0.000913859;REVB=0.000133689;RO=42;SAF=19;SAR=28;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834491;STB=0.546055;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.000624598;OID=.;OPOS=102269206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:28:19:21:21:28:19:21:21 chr10 102295629 . G T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0134153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.991;QD=20.4858;RBI=0.0562816;REFB=-0.0359236;REVB=0.0546594;RO=11;SAF=13;SAR=1;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270524;STB=0.648491;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0227642;OID=.;OPOS=102295629;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:1:13:11:0:1:13:11:0 chr10 102309220 . G C 479.22 PASS AF=0.456897;AO=49;DP=113;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0535342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.565;QD=16.5248;RBI=0.0535492;REFB=0.0031608;REVB=0.00126692;RO=63;SAF=24;SAR=25;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616238;STB=0.533712;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00381401;OID=.;OPOS=102309220;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:63:63:49:53:0.456897:25:24:27:36:27:26:27:36 chr10 102309597 . C G 839.0 PASS AF=0.497076;AO=85;DP=171;FAO=85;FDP=171;FR=.;FRO=86;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.0393401;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.606;QD=19.6258;RBI=0.0447145;REFB=-0.00610906;REVB=-0.0212542;RO=82;SAF=47;SAR=38;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693116;STB=0.544241;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00487926;OID=.;OPOS=102309597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:82:86:85:85:0.497076:38:47:39:43:38:47:40:46 chr10 102313607 . A G 527.02 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00896794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.169;QD=21.9592;RBI=0.0144559;REFB=0.00225822;REVB=0.011338;RO=46;SAF=38;SAR=12;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140867;STB=0.578141;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00312663;OID=.;OPOS=102313607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:12:38:29:17:12:38:29:17 chr10 102506070 . G C 11576.1 PASS AF=0.994565;AO=606;DP=738;FAO=732;FDP=736;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=330;FSAR=402;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18632;FXX=0.00270999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.573;QD=62.9135;RBI=0.193089;REFB=-0.0148539;REVB=-0.0506778;RO=1;SAF=210;SAR=396;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120459;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158858;OID=.;OPOS=102506070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:738:736:1:0:606:732:0.994565:396:210:0:1:402:330:0:0 chr10 102767575 . T A 31.2 PASS AF=0.196429;AO=8;DP=45;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=37;FWDB=-0.0476848;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=43.9287;QD=2.22834;RBI=0.0486244;REFB=-0.0071557;REVB=-0.00951282;RO=37;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574133;STB=0.676666;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.231962;OID=.;OPOS=102767575;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:45:56:37:45:8:11:0.196429:6:2:8:29:7:4:8:37 chr10 102770082 . T G 2092.84 PASS AF=0.493056;AO=191;DP=412;FAO=213;FDP=432;FR=.;FRO=219;FSAF=101;FSAR=112;FSRF=129;FSRR=90;FWDB=-0.0184066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9836;QD=19.3782;RBI=0.028397;REFB=-0.0249113;REVB=0.0216238;RO=219;SAF=87;SAR=104;SRF=130;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133312;STB=0.558029;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0259848;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:412:432:219:219:191:213:0.493056:104:87:130:89:112:101:129:90 chr10 102770327 . A G 2159.62 PASS AF=0.462656;AO=223;DP=473;FAO=223;FDP=482;FR=.;FRO=259;FSAF=112;FSAR=111;FSRF=127;FSRR=132;FWDB=-0.0217644;FXX=0.00207035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.674;QD=17.9221;RBI=0.152839;REFB=-0.0277717;REVB=-0.151282;RO=246;SAF=111;SAR=112;SRF=124;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00601885;STB=0.506391;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0281051;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:473:482:246:259:223:223:0.462656:112:111:124:122:111:112:127:132 chr10 102824349 . G C 887.61 PASS AF=0.558442;AO=86;DP=155;FAO=86;FDP=154;FR=.;FRO=68;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.000939442;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.119;QD=23.0548;RBI=0.0378234;REFB=-0.0279739;REVB=0.0378117;RO=67;SAF=47;SAR=39;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103128;STB=0.565739;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0201963;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:67:68:86:86:0.558442:39:47:28:39:39:47:27:41 chr10 102827757 . G GT 236.3 PASS AF=0.412371;AO=41;DP=103;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0334332;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.4619;QD=9.7445;RBI=0.0334444;REFB=-0.0108675;REVB=-0.000866825;RO=62;SAF=14;SAR=27;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207818;STB=0.642444;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.0112877;OID=.;OPOS=102827758;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412371:41:103:40:97:57:13:27:32:25:99:62:14:27:33:29 chr10 102897305 . C T 504.82 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.0849418;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.48;QD=16.0262;RBI=0.0861891;REFB=-0.015511;REVB=0.0146101;RO=71;SAF=27;SAR=28;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126272;STB=0.570453;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.01958;OID=.;OPOS=102897305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:71:71:55:55:0.436508:28:27:26:45:28:27:26:45 chr10 102897311 . A G 551.42 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=0.0157516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.837;QD=16.9668;RBI=0.019007;REFB=-0.0244173;REVB=0.0106373;RO=71;SAF=28;SAR=31;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135687;STB=0.575318;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.033498;OID=.;OPOS=102897311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:71:71:59:59:0.453846:31:28:24:47:31:28:24:47 chr10 102897515 . GA AG,G 41.93 PASS AF=0.0540541,0.351351;AO=2,14;DP=37;FAO=2,13;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=0,5;FSAR=2,8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0199579,-0.0434505;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=76.2408,7.41007;QD=4.53244;RBI=0.0365017,0.0708172;REFB=-0.0191276,-0.177279;REVB=-0.0305623,0.0559207;RO=20;SAF=0,6;SAR=2,8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.438113,0.136269;STB=0.992992,0.544956;STBP=0.35,0.73;TYPE=mnp,del;VARB=0.167017,0.171589;OID=.,.;OPOS=102897515,102897516;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:37:37:20:22:2,14:2,13:0.0540541,0.351351:2,8:0,6:6:14:2,8:0,5:7:15 chr10 102925957 . A G 150.99 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.014407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.177;QD=12.5828;RBI=0.0366909;REFB=-0.0082975;REVB=-0.033744;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853542;STB=0.550063;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0200655;OID=.;OPOS=102925957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:9:8:17:14:9:8:17:14 chr10 103124606 . A G 14379.2 PASS AF=0.952096;AO=949;DP=1005;FAO=954;FDP=1002;FR=.;FRO=48;FSAF=228;FSAR=726;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.00600816;FXX=0.00298504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.505;QD=57.4021;RBI=0.00871141;REFB=0.0107788;REVB=0.00630798;RO=51;SAF=228;SAR=721;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0006608;STB=0.500724;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-8.80406e-05;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:1005:1002:51:48:949:954:0.952096:721:228:12:39:726:228:12:36 chr10 103124619 . T C 175.23 PASS AF=0.0754717;AO=80;DP=1061;FAO=80;FDP=1060;FR=.;FRO=980;FSAF=15;FSAR=65;FSRF=249;FSRR=731;FWDB=-0.00106458;FXX=0.00188322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.382;QD=0.661252;RBI=0.00191533;REFB=-0.00104951;REVB=-0.00159221;RO=973;SAF=15;SAR=65;SRF=247;SRR=726;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10747;STB=0.589666;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0160593;OID=.;OPOS=103124619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1061:1060:973:980:80:80:0.0754717:65:15:247:726:65:15:249:731 chr10 103124633 . T C 104.87 PASS AF=0.0608856;AO=66;DP=1085;FAO=66;FDP=1084;FR=.;FRO=1018;FSAF=13;FSAR=53;FSRF=265;FSRR=753;FWDB=0.00287965;FXX=0.00092165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.927;QD=0.386963;RBI=0.0143011;REFB=1.56109e-05;REVB=0.0140082;RO=1012;SAF=13;SAR=53;SRF=265;SRR=747;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948512;STB=0.584377;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00842893;OID=.;OPOS=103124633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1085:1084:1012:1018:66:66:0.0608856:53:13:265:747:53:13:265:753 chr10 103124647 . A G 15268.9 PASS AF=0.939227;AO=1019;DP=1086;FAO=1020;FDP=1086;FR=.;FRO=66;FSAF=258;FSAR=762;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0128473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.227;QD=56.2389;RBI=0.0204812;REFB=-0.00342335;REVB=-0.0159507;RO=66;SAF=258;SAR=761;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167786;STB=0.508823;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000202977;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1086:1086:66:66:1019:1020:0.939227:761:258:24:42:762:258:24:42 chr10 103124696 . T C 11665.4 PASS AF=0.919633;AO=754;DP=825;FAO=801;FDP=871;FR=.;FRO=70;FSAF=229;FSAR=572;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=0.0439115;FXX=0.00343246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.611;QD=53.5724;RBI=0.0487729;REFB=-0.0327462;REVB=0.0212267;RO=69;SAF=228;SAR=526;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583796;STB=0.504185;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00198394;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:825:871:69:70:754:801:0.919633:526:228:23:46:572:229:23:47 chr10 103124715 . A G 9290.9 PASS AF=0.922515;AO=595;DP=649;FAO=631;FDP=684;FR=.;FRO=53;FSAF=195;FSAR=436;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0469719;FXX=0.00145983;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.837;QD=54.3328;RBI=0.0499165;REFB=-0.0347192;REVB=0.0168907;RO=53;SAF=163;SAR=432;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127672;STB=0.502769;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0016973;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:649:684:53:53:595:631:0.922515:432:163:18:35:436:195:18:35 chr10 103124726 . A G 6875.87 PASS AF=0.906667;AO=471;DP=522;FAO=476;FDP=525;FR=.;FRO=49;FSAF=155;FSAR=321;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0448694;FXX=0.0019011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.699;QD=52.3876;RBI=0.0492868;REFB=-0.0038249;REVB=0.0203943;RO=49;SAF=150;SAR=321;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586072;STB=0.502261;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.000249659;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:522:525:49:49:471:476:0.906667:321:150:17:32:321:155:17:32 chr10 103124736 . C T 5009.11 PASS AF=0.896552;AO=338;DP=380;FAO=364;FDP=406;FR=.;FRO=42;FSAF=133;FSAR=231;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00145475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.346;QD=49.3508;RBI=0.0224199;REFB=-0.0123239;REVB=0.0223727;RO=42;SAF=127;SAR=211;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00416362;STB=0.50092;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00235179;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:406:42:42:338:364:0.896552:211:127:15:27:231:133:15:27 chr10 103124746 . G A 3625.79 PASS AF=0.87372;AO=256;DP=293;FAO=256;FDP=293;FR=.;FRO=37;FSAF=98;FSAR=158;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0179607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.017;QD=49.4988;RBI=0.0202592;REFB=-0.0173179;REVB=0.00937271;RO=37;SAF=98;SAR=158;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148697;STB=0.507843;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00240101;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:37:37:256:256:0.87372:158:98:12:25:158:98:12:25 chr10 103368654 . T C 437.39 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.046445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.191;QD=24.2993;RBI=0.0479711;REFB=-0.0100222;REVB=0.0120035;RO=28;SAF=26;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634117;STB=0.522874;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00881811;OID=.;OPOS=103368654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:30:42:42:0.583333:16:26:15:13:16:26:17:13 chr10 103825747 . G A 817.92 PASS AF=0.532895;AO=80;DP=152;FAO=81;FDP=152;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.00425935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.215;QD=21.5243;RBI=0.00587975;REFB=-0.00467615;REVB=0.00405331;RO=69;SAF=43;SAR=37;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147406;STB=0.576463;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00467916;OID=.;OPOS=103825747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:69:71:80:81:0.532895:37:43:25:44:38:43:26:45 chr10 103827395 . T C 83.9 PASS AF=0.168224;AO=15;DP=103;FAO=18;FDP=107;FR=.;FRO=89;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=-0.0254147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2696;QD=3.1363;RBI=0.0257973;REFB=-0.00275755;REVB=0.00442676;RO=88;SAF=14;SAR=1;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643902;STB=0.944927;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.089286;OID=.;OPOS=103827395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:103:107:88:89:15:18:0.168224:1:14:36:52:1:17:36:53 chr10 103827737 . T G 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0143526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.226;QD=19.4074;RBI=0.0518132;REFB=0.00105825;REVB=0.0497857;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572157;STB=0.531893;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000686904;OID=.;OPOS=103827737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:18:12:13:15:18:12:13:15 chr10 103904763 . TC T 373.69 PASS AF=0.944444;AO=53;DP=84;FAO=85;FDP=90;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.137797;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.81141;QD=16.6085;RBI=0.171233;REFB=0.0889851;REVB=0.101651;RO=20;SAF=19;SAR=34;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102382;STB=0.513919;STBP=0.296;TYPE=del;VARB=0.0242331;OID=.;OPOS=103904764;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:53:84:85:90:5:38:47:1:4:5:20:19:34:11:9 chr10 103921587 . T C 430.32 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0095641;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.079;QD=19.1252;RBI=0.010436;REFB=0.00435147;REVB=-0.00417586;RO=46;SAF=25;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116574;STB=0.570507;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00454272;OID=.;OPOS=103921587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:46:47:43:43:0.477778:18:25:21:25:18:25:21:26 chr10 103991381 . G A 3051.98 PASS AF=1;AO=188;DP=189;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8929;QD=63.5828;RBI=0.0403178;REFB=0;REVB=0.0159076;RO=0;SAF=104;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84179e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306305;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:192:0:0:188:192:1:84:104:0:0:86:106:0:0 chr10 104136332 . G A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0352155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.782;QD=14.8515;RBI=0.037943;REFB=-0.00922367;REVB=-0.0141258;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101077;STB=0.558437;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0121158;OID=.;OPOS=104136332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:15:14:11:8:15:14 chr10 104136469 . T C 1120.76 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000873634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.748;QD=58.9876;RBI=0.0498703;REFB=-0.0428018;REVB=0.0498626;RO=1;SAF=37;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126164;STB=0.506665;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000754015;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:38:37:1:0:38:37:1:0 chr10 104159196 . A G 802.5 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135748;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.811;QD=56.3159;RBI=0.0351125;REFB=0;REVB=-0.0323823;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14089e-05;OID=.;OPOS=104159196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:54:57:1:34:20:0:0:34:23:0:0 chr10 104160434 . A G 1171.97 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.512;QD=60.8816;RBI=0.0326365;REFB=0;REVB=-0.0324857;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72533e-05;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:31:45:0:0:32:45:0:0 chr10 104174895 . G A 946.52 PASS AF=0.494737;AO=90;DP=186;FAO=94;FDP=190;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.0670702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.088;QD=19.9268;RBI=0.0709917;REFB=-0.0302909;REVB=0.0232683;RO=96;SAF=38;SAR=52;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344131;STB=0.522426;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0248402;OID=.;OPOS=104174895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:190:96:96:90:94:0.494737:52:38:44:52:55:39:44:52 chr10 104176573 . AGGGGGGG AGGGGGG,AGGGGGGC 88.45 PASS AF=0.288889,0.0666667;AO=31,6;DP=94;FAO=26,6;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=12,1;FSAR=14,5;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0808382,0.0744218;FXX=0.0425487;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.9189,26.3843;QD=3.93119;RBI=0.085478,0.0902226;REFB=-0.158801,-0.0720644;REVB=0.0277791,0.051005;RO=49;SAF=15,1;SAR=16,5;SRF=29;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.115493,-0.471696;STB=0.597023,0.86428;STBP=0.241,0.105;TYPE=del,snp;VARB=0.187572,0.0812156;OID=.,.;OPOS=104176574,104176580;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGGGGG,AGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288889,0.0666667:31,6:94:26,6:90:58:12,1:14,5:35:23:57:49:15,1:16,5:29:20 chr10 104214048 . A T 223.9 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0121586;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.431;QD=14.9266;RBI=0.0428244;REFB=-0.0124549;REVB=-0.0410622;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270916;STB=0.653728;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.027745;OID=.;OPOS=104214048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:13:21:9:17:13:21 chr10 104214080 . CTTTTTTTTTTTC CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTCT 44.69 PASS AF=0.666667,0.222222;AO=3,2;DP=16;FAO=12,4;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=6,3;FSAR=6,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.287027,-0.206096;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=1,2;MLLD=3.51458,13.231;QD=9.93136;RBI=0.398646,0.206096;REFB=0.0126903,-0.00829435;REVB=0.276647,3.92055e-05;RO=4;SAF=2,2;SAR=1,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0848588,0.569412;STB=0.5,0.599463;STBP=1,0.601;TYPE=del,mnp;VARB=0.028446,-0.0562191;OID=.,.;OPOS=104214081,104214091;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.666667,0.222222:3,2:16:12,4:18:2:6,3:6,1:1:1:21:4:2,2:1,0:3:1 chr10 104229785 . C T 720.83 PASS AF=0.493056;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.000712548;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.426;QD=20.023;RBI=0.0101476;REFB=-0.0178193;REVB=0.0101226;RO=72;SAF=36;SAR=35;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697827;STB=0.534655;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0166736;OID=.;OPOS=104229785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:72:73:71:71:0.493056:35:36:42:30:35:36:42:31 chr10 104230437 . C G 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0392465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.297;QD=23.2358;RBI=0.0460221;REFB=-0.0144481;REVB=0.0240363;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202435;STB=0.612784;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0276733;OID=.;OPOS=104230437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:10:3:9:9:10:3 chr10 104231054 . A G 465.76 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0128907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.339;QD=16.6343;RBI=0.0299915;REFB=-0.0317167;REVB=-0.0270798;RO=61;SAF=28;SAR=23;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00791389;STB=0.504414;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.043842;OID=.;OPOS=104231054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:51:51:0.455357:23:28:33:28:23:28:33:28 chr10 104236457 . C T 1066.37 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0453388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1893;QD=58.4313;RBI=0.045365;REFB=-0.107365;REVB=-0.00153983;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000911286;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:37:35:0:0:37:35:0:1 chr10 104239100 . T C 538.67 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0126582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.052;QD=17.8072;RBI=0.023869;REFB=-0.00111713;REVB=0.0202361;RO=64;SAF=25;SAR=32;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314282;STB=0.517439;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00144764;OID=.;OPOS=104239100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:32:25:26:38:32:25:26:38 chr10 104356981 . C G 54.63 PASS AF=0.0669291;AO=17;DP=255;FAO=17;FDP=254;FR=.,HEALED;FRO=230;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=100;FSRR=130;FWDB=0.0561839;FXX=0.00781219;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.7222;QD=0.860269;RBI=0.0562099;REFB=-0.019324;REVB=0.00170858;RO=177;SAF=8;SAR=9;SRF=68;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103217;STB=0.53355;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.059168;OID=.;OPOS=104356981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:255:254:177:230:17:17:0.0669291:9:8:68:109:9:8:100:130 chr10 104386934 . T C 533.08 PASS AF=0.543478;AO=49;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0303037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7316;QD=23.1776;RBI=0.0304431;REFB=0.0226763;REVB=-0.00291031;RO=42;SAF=26;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854066;STB=0.561501;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.014934;OID=.;OPOS=104386934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:49:50:0.543478:23:26:18:24:23:27:17:25 chr10 104389932 . T G 2675.86 PASS AF=0.994253;AO=163;DP=163;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0585049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.621;QD=61.5139;RBI=0.0655168;REFB=0.0292599;REVB=0.0294894;RO=0;SAF=84;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.36235e-08;STB=0.502793;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=1.09636e-05;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:163:174:0:1:163:173:0.994253:79:84:0:0:84:89:1:0 chr10 104435746 . C T 1966.42 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160291;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.895;QD=62.426;RBI=0.0164406;REFB=0;REVB=-0.00365522;RO=0;SAF=68;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018961;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:126:0:0:126:126:1:58:68:0:0:58:68:0:0 chr10 104436641 . C T 352.29 PASS AF=0.537313;AO=34;DP=65;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00772631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.447;QD=21.0321;RBI=0.0137836;REFB=-0.00193492;REVB=0.0114145;RO=31;SAF=10;SAR=24;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121803;STB=0.576064;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00167355;OID=.;OPOS=104436641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:31:31:34:36:0.537313:24:10:13:18:26:10:13:18 chr10 104474046 . CCCT C 423.49 PASS AF=0.28869;AO=94;DP=266;FAO=97;FDP=336;FR=.;FRO=239;FSAF=4;FSAR=93;FSRF=78;FSRR=161;FWDB=-0.00365322;FXX=0.103997;HRUN=3;LEN=3;MLLD=202.124;QD=5.0416;RBI=0.0169356;REFB=-0.0261834;REVB=-0.0165369;RO=101;SAF=3;SAR=91;SRF=22;SRR=79;SSEN=0.239583;SSEP=0;SSSB=-0.550349;STB=0.882325;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0517067;OID=.;OPOS=104474047;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28869:94:266:97:336:239:4:93:78:161:99:101:3:91:22:79 chr10 104596924 . C A 2511.13 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.279;QD=61.6229;RBI=0.00806341;REFB=0;REVB=0.00468284;RO=0;SAF=78;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15145e-06;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:85:78:0:0:85:78:0:0 chr10 104596981 . G A 3103.49 PASS AF=0.985507;AO=202;DP=206;FAO=204;FDP=207;FR=.;FRO=3;FSAF=92;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00815537;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9915;QD=59.9708;RBI=0.0604372;REFB=-0.0531073;REVB=0.0598845;RO=1;SAF=92;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514919;STB=0.501722;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.000348835;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:206:207:1:3:202:204:0.985507:110:92:1:0:112:92:1:2 chr10 104628234 . T C 967.66 PASS AF=0.584906;AO=84;DP=150;FAO=93;FDP=159;FR=.;FRO=66;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0119253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0484;QD=24.3436;RBI=0.0146878;REFB=-0.00322045;REVB=0.00857428;RO=66;SAF=39;SAR=45;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411067;STB=0.526482;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00287802;OID=.;OPOS=104628234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:159:66:66:84:93:0.584906:45:39:34:32:51:42:34:32 chr10 104638723 . T C 259.18 PASS AF=0.5;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0349415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.675;QD=20.7342;RBI=0.0373925;REFB=0.00235307;REVB=0.0133152;RO=24;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255122;STB=0.521951;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00404128;OID=.;OPOS=104638723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:25:25:25:0.5:16:9:8:16:16:9:8:17 chr10 104661484 . T C 517.28 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.003451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=349.969;QD=25.2333;RBI=0.00557942;REFB=-0.000175692;REVB=-0.00438412;RO=33;SAF=29;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681984;STB=0.531957;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=9.93628e-05;OID=.;OPOS=104661484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:34:48:48:0.585366:19:29:17:16:19:29:18:16 chr10 104814162 . T C 2389.82 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04508;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0747;QD=61.2775;RBI=0.0591361;REFB=0;REVB=0.0382737;RO=0;SAF=80;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79921e-05;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:156:0:0:156:156:1:76:80:0:0:76:80:0:0 chr10 104835919 . C T 637.36 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0099133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.4;QD=18.609;RBI=0.0232084;REFB=-0.0189347;REVB=0.0209846;RO=72;SAF=32;SAR=33;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454512;STB=0.525172;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0201184;OID=.;OPOS=104835919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:72:72:65:65:0.474453:33:32:32:40:33:32:32:40 chr10 104837816 . G A 418.12 PASS AF=0.376923;AO=49;DP=131;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0085459;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.341;QD=12.8652;RBI=0.0105745;REFB=-0.00763108;REVB=-0.00622791;RO=79;SAF=11;SAR=38;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291382;STB=0.661655;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0105668;OID=.;OPOS=104837816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:79:81:49:49:0.376923:38:11:36:43:38:11:36:45 chr10 104849468 . G A 638.21 PASS AF=0.543103;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00810346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.068;QD=22.0072;RBI=0.0145;REFB=-0.0263704;REVB=-0.0120243;RO=53;SAF=35;SAR=28;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085752;STB=0.54701;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.024447;OID=.;OPOS=104849468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:53:53:63:63:0.543103:28:35:24:29:28:35:24:29 chr10 104851301 . G T 415.8 PASS AF=0.385827;AO=48;DP=128;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00506755;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.033;QD=13.0959;RBI=0.00690193;REFB=-0.00125157;REVB=0.00468579;RO=73;SAF=25;SAR=23;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441134;STB=0.521995;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00190782;OID=.;OPOS=104851301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:73:78:48:49:0.385827:23:25:35:38:24:25:37:41 chr10 104851396 . G T 419.5 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.0117335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.048;QD=17.6633;RBI=0.0124798;REFB=-0.00793481;REVB=0.004251;RO=50;SAF=10;SAR=33;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361203;STB=0.527284;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0100548;OID=.;OPOS=104851396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:52:43:43:0.452632:33:10:13:37:33:10:14:38 chr10 104855670 . G A 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0140138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0132;QD=17.5876;RBI=0.0143431;REFB=0.0154607;REVB=-0.00305558;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165649;STB=0.509425;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0191493;OID=.;OPOS=104855670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:17:11:9:13:17:11 chr10 105049105 . C G 631.47 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=47;FWDB=0.000831332;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.334;QD=19.2816;RBI=0.00828336;REFB=-0.0208265;REVB=-0.00824153;RO=67;SAF=22;SAR=42;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472211;STB=0.526053;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0176707;OID=.;OPOS=105049105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:67:67:64:64:0.48855:42:22:20:47:42:22:20:47 chr10 105154089 . A G 634.73 PASS AF=0.45098;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=153;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=-0.0352699;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0227;QD=16.5941;RBI=0.062221;REFB=-0.00147156;REVB=-0.051259;RO=84;SAF=38;SAR=31;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166379;STB=0.592385;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0012717;OID=.;OPOS=105154089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:84:84:69:69:0.45098:31:38:32:52:31:38:32:52 chr10 105184923 . C T 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.000672515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.521;QD=16.7137;RBI=0.00479441;REFB=-0.0054107;REVB=-0.00474701;RO=44;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324032;STB=0.518197;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00571407;OID=.;OPOS=105184923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:16:20:23:21:16:20:23:21 chr10 105194086 . C T 250.7 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0294212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7971;QD=19.6627;RBI=0.0553959;REFB=-0.0286541;REVB=-0.0469372;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15811;STB=0.58817;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0280471;OID=.;OPOS=105194086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:17:8:13:13:17:8 chr10 105205302 . A C 331.7 PASS AF=0.37963;AO=37;DP=105;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.0365448;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9576;QD=12.2853;RBI=0.0365497;REFB=-0.0385512;REVB=0.000596063;RO=65;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148775;STB=0.551507;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0602127;OID=.;OPOS=105205302;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:65:67:37:41:0.37963:19:18:23:42:23:18:24:43 chr10 105215016 . A G 303.78 PASS AF=0.297101;AO=39;DP=139;FAO=41;FDP=138;FR=.;FRO=97;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.0161508;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.984;QD=8.80512;RBI=0.0316033;REFB=-0.0104523;REVB=-0.0271647;RO=96;SAF=21;SAR=18;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715385;STB=0.553798;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0206133;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:96:97:39:41:0.297101:18:21:46:50:18:23:47:50 chr10 105217976 . C T 855.65 PASS AF=0.486034;AO=87;DP=179;FAO=87;FDP=179;FR=.;FRO=92;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=33;FWDB=0.00495752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.643;QD=19.1207;RBI=0.0215637;REFB=0.00510899;REVB=0.0209861;RO=92;SAF=44;SAR=43;SRF=59;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126809;STB=0.569777;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00626956;OID=.;OPOS=105217976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:92:92:87:87:0.486034:43:44:59:33:43:44:59:33 chr10 105218252 . A G 1598.47 PASS AF=0.501548;AO=156;DP=318;FAO=162;FDP=323;FR=.;FRO=161;FSAF=72;FSAR=90;FSRF=84;FSRR=77;FWDB=0.000219856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.786;QD=19.7952;RBI=0.00653295;REFB=-0.0185821;REVB=-0.00652924;RO=159;SAF=69;SAR=87;SRF=84;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793776;STB=0.538669;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.015446;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:323:159:161:156:162:0.501548:87:69:84:75:90:72:84:77 chr10 105218359 . T C 666.21 PASS AF=0.439759;AO=73;DP=166;FAO=73;FDP=166;FR=.;FRO=93;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=64;FSRR=29;FWDB=-0.00373886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.991;QD=16.0532;RBI=0.0163886;REFB=0.0044336;REVB=0.0159564;RO=93;SAF=46;SAR=27;SRF=64;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638918;STB=0.535512;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00394983;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:93:93:73:73:0.439759:27:46:64:29:27:46:64:29 chr10 105233110 . C T 1068.25 PASS AF=0.515152;AO=102;DP=198;FAO=102;FDP=198;FR=.;FRO=96;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.040359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7042;QD=21.5808;RBI=0.118569;REFB=0.0106201;REVB=0.111488;RO=96;SAF=56;SAR=46;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985561;STB=0.554006;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0115873;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:96:96:102:102:0.515152:46:56:42:54:46:56:42:54 chr10 105344756 . T C 237.17 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0557104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8833;QD=18.6017;RBI=0.135597;REFB=-0.0421005;REVB=-0.123624;RO=24;SAF=17;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30623;STB=0.653721;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0259003;OID=.;OPOS=105344756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:24:26:24:25:0.490196:7:17:9:15:8:17:10:16 chr10 105361816 . T G 780.8 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9585;QD=56.7858;RBI=0.0113431;REFB=0;REVB=-0.000328685;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255871;OID=.;OPOS=105361816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:21:30:0:0:24:31:0:0 chr10 105362104 . G A 271.09 PASS AF=0.424658;AO=28;DP=69;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00561098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.009;QD=14.854;RBI=0.0538129;REFB=-0.00529372;REVB=0.0535196;RO=40;SAF=21;SAR=7;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183287;STB=0.552059;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00549678;OID=.;OPOS=105362104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:40:42:28:31:0.424658:7:21:24:16:10:21:25:17 chr10 105362209 . T C 713.86 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.051;QD=54.9121;RBI=0.0436456;REFB=-0.106528;REVB=-0.0419389;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169748;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:52:0:0:50:52:1:27:23:0:0:29:23:0:0 chr10 105372696 . G A 529.97 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.0233541;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.168;QD=16.4331;RBI=0.0233585;REFB=-0.0109924;REVB=-0.000451851;RO=71;SAF=27;SAR=30;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889579;STB=0.553277;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0134606;OID=.;OPOS=105372696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:71:72:57:57:0.44186:30:27:40:31:30:27:41:31 chr10 105657316 . G C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.193;QD=61.3755;RBI=0.0303183;REFB=0;REVB=0.0246697;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43101e-05;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr10 105659826 . T C 1959.06 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316378;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.398;QD=62.1923;RBI=0.0592351;REFB=0;REVB=0.0500784;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261792;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:126:0:0:126:126:1:62:64:0:0:62:64:0:0 chr10 105796819 . A G 722.46 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3972;QD=62.8225;RBI=0.0345826;REFB=0;REVB=-0.0266024;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92341e-07;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:24:22:0:0 chr10 105798872 . T C 2320.41 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0558112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.009;QD=61.0635;RBI=0.0634519;REFB=0;REVB=0.0301869;RO=0;SAF=69;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68244e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54171e-05;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:83:69:0:0:83:69:0:0 chr10 105799216 . G T 2101.55 PASS AF=0.985612;AO=135;DP=140;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00555623;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0459;QD=60.4763;RBI=0.0240494;REFB=-0.177493;REVB=-0.0233987;RO=3;SAF=69;SAR=66;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064301;STB=0.500158;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00301445;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:140:139:3:2:135:137:0.985612:66:69:2:1:67:70:1:1 chr10 105801253 . G A 891.53 PASS AF=1;AO=44;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643873;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6591;QD=57.518;RBI=0.14577;REFB=0;REVB=0.130779;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220708;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:1:0:44:62:1:27:17:0:1:29:33:0:0 chr10 105805497 . C T 2403.05 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0652;QD=61.2241;RBI=0.0255277;REFB=0;REVB=-0.0112191;RO=0;SAF=82;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.86153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43041e-05;OID=.;OPOS=105805497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:75:82:0:0:75:82:0:0 chr10 105810400 . T C 2226.01 PASS AF=0.967949;AO=149;DP=154;FAO=151;FDP=156;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=83;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0108084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.806;QD=57.0773;RBI=0.0210156;REFB=0.01058;REVB=0.0180232;RO=4;SAF=66;SAR=83;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279503;STB=0.517728;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.000272072;OID=.;OPOS=105810400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:154:156:4:5:149:151:0.967949:83:66:4:0:83:68:5:0 chr10 105816916 . C T 4172.65 PASS AF=1;AO=266;DP=269;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133451;FXX=0.0110697;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6863;QD=62.2783;RBI=0.0136171;REFB=-0.00235516;REVB=-0.00270816;RO=0;SAF=123;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153935;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:269:268:0:0:266:268:1:143:123:0:0:145:123:0:0 chr10 105819956 . G A 2788.21 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7273;QD=62.6563;RBI=0.0287893;REFB=0;REVB=-0.0197797;RO=0;SAF=82;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.42574e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85739e-06;OID=.;OPOS=105819956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:177:178:1:95:82:0:0:96:82:0:0 chr10 105824333 . G A 1572.94 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211143;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.622;QD=64.2017;RBI=0.0213206;REFB=0;REVB=-0.00295905;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744026;OID=.;OPOS=105824333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:56:42:0:0:56:42:0:0 chr10 106152111 . T A 374.62 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00914672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.174;QD=20.8123;RBI=0.0165027;REFB=-0.0185864;REVB=0.013736;RO=34;SAF=17;SAR=21;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823608;STB=0.545499;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0235602;OID=.;OPOS=106152111;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:21:17:12:22:21:17:12:22 chr10 106159126 . G T 347.6 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00375428;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.752;QD=16.9561;RBI=0.00466889;REFB=-0.0418886;REVB=-0.0027756;RO=46;SAF=15;SAR=22;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137036;STB=0.57082;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0385438;OID=.;OPOS=106159126;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:45:37:37:0.45122:22:15:25:21:22:15:24:21 chr10 106907440 . C T 1001.4 PASS AF=0.518717;AO=98;DP=188;FAO=97;FDP=187;FR=.,HEALED;FRO=90;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0294282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.172;QD=21.4204;RBI=0.0525752;REFB=-0.0386973;REVB=0.0435676;RO=65;SAF=45;SAR=53;SRF=15;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172418;STB=0.514825;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.035753;OID=.;OPOS=106907440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:65:90:98:97:0.518717:53:45:15:50:52:45:39:51 chr10 108367020 . C T 692.13 PASS AF=0.396907;AO=77;DP=194;FAO=77;FDP=194;FR=.;FRO=117;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=71;FWDB=0.101582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6529;QD=14.2708;RBI=0.101688;REFB=-0.00289707;REVB=-0.00465991;RO=116;SAF=27;SAR=50;SRF=45;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430627;STB=0.527678;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00465876;OID=.;OPOS=108367020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:116:117:77:77:0.396907:50:27:45:71:50:27:46:71 chr10 108380213 . G A 762.94 PASS AF=0.447514;AO=81;DP=182;FAO=81;FDP=181;FR=.;FRO=100;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=62;FSRR=38;FWDB=-0.0297655;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.168;QD=16.8606;RBI=0.0306082;REFB=-0.00133802;REVB=-0.0071326;RO=100;SAF=47;SAR=34;SRF=62;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040892;STB=0.522702;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00210009;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:100:100:81:81:0.447514:34:47:62:38:34:47:62:38 chr10 108389111 . A G 859.92 PASS AF=0.449275;AO=93;DP=207;FAO=93;FDP=207;FR=.;FRO=114;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=61;FSRR=53;FWDB=0.00666411;FXX=0.00480746;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.376;QD=16.6169;RBI=0.00885439;REFB=-0.000346314;REVB=0.00583009;RO=112;SAF=44;SAR=49;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528652;STB=0.534094;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.000295332;OID=.;OPOS=108389111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:112:114:93:93:0.449275:49:44:59:53:49:44:61:53 chr10 108489874 . TA AT,T 439.5 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=8,32;DP=98;FAO=7,91;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43;FSAR=7,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569283,1.00002;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=204.56,6.68567;QD=17.9388;RBI=0.0702774,1.00204;REFB=-0.000914524,0.0597919;REVB=-0.0412079,-0.0635354;RO=38;SAF=0,8;SAR=8,24;SRF=28;SRR=10;SSEN=0,0.358974;SSEP=0,0;SSSB=-0.779834,-0.464152;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.00332884,0.0226629;OID=.,.;OPOS=108489874,108489875;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:98:98:38:0:8,32:7,91:0.0714286,0.928571:8,24:0,8:28:10:7,48:0,43:0:0 chr10 108729824 . C T 845.15 PASS AF=0.457895;AO=87;DP=192;FAO=87;FDP=190;FR=.;FRO=103;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.0119204;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1853;QD=17.7925;RBI=0.0455941;REFB=0.0142048;REVB=0.0440083;RO=103;SAF=47;SAR=40;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820054;STB=0.545444;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0149815;OID=.;OPOS=108729824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:103:103:87:87:0.457895:40:47:47:56:40:47:47:56 chr10 112044842 . TAAAAC T 169.53 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=37;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00419791;FXX=0.0677851;HRUN=4;LEN=5;MLLD=188.009;QD=12.3296;RBI=0.00517863;REFB=-0.0206452;REVB=0.00303245;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.31058;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.711678;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.0217044;OID=.;OPOS=112044843;OREF=AAAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:20:37:25:55:30:5:20:16:14:99:0:1:19:0:0 chr10 112266822 . GC AT 1123.73 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290048;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=2;MLLD=147.203;QD=60.742;RBI=0.0290307;REFB=0;REVB=0.00122617;RO=0;SAF=2;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.07687e-05;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:72:2:0:0:72:2:0:0 chr10 112361870 . A G 1339.61 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.475;QD=62.3075;RBI=0.0782488;REFB=0;REVB=0.033786;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424483;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:53:33:0:0:53:33:0:0 chr10 112402492 . G T 1367.09 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.662;QD=61.4422;RBI=0.0230776;REFB=0;REVB=-0.000990638;RO=1;SAF=37;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126311;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143018;OID=.;OPOS=112402492;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:86:89:1:0:85:89:1:48:37:1:0:48:41:0:0 chr10 112572458 . G C 1453.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.8986;QD=63.1921;RBI=0.040774;REFB=0;REVB=0.0302241;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17047e-05;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:45:46:0:0:46:46:0:0 chr10 112581547 . G A 272.86 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0620635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.272;QD=14.951;RBI=0.064063;REFB=-0.0253108;REVB=-0.0158807;RO=41;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942202;STB=0.560459;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0241845;OID=.;OPOS=112581547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:31:31:0.424658:18:13:21:20:18:13:22:20 chr10 112595719 . G C 358.88 PASS AF=0.44186;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00035879;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.236;QD=16.6922;RBI=0.0144809;REFB=-0.00198214;REVB=0.0144765;RO=48;SAF=23;SAR=14;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186076;STB=0.594046;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00196069;OID=.;OPOS=112595719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:37:38:0.44186:14:23:21:27:15:23:21:27 chr10 112641053 . A G 929.04 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0291533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.0767;QD=55.4648;RBI=0.0306189;REFB=-0.142282;REVB=0.00935972;RO=1;SAF=39;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119601;STB=0.512496;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00208512;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:65:65:0.970149:26:39:1:0:26:39:2:0 chr10 112658060 . G A 1491.8 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2015;QD=62.1583;RBI=0.0435225;REFB=0;REVB=0.00488701;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115372;OID=.;OPOS=112658060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:96:0:0:87:96:1:47:40:0:0:52:44:0:0 chr10 112838892 . C A 1506.52 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.956;QD=58.5058;RBI=0.0477025;REFB=-0.0138516;REVB=0.0329371;RO=1;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087057;STB=0.504586;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=8.53991e-05;OID=.;OPOS=112838892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:54:48:0:1:54:48:0:1 chr10 112839205 . A AG,G 42.84 PASS AF=0.205882,0.0588235;AO=10,2;DP=32;FAO=7,2;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=1,1;FSAR=6,1;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.241276,-0.0273674;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=35.0198,76.9915;QD=5.04045;RBI=0.243727,0.0459424;REFB=-0.0120242,0.0018105;REVB=-0.0344817,-0.0369016;RO=20;SAF=6,0;SAR=4,2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.81779e-08,-0.555074;STB=0.884252,0.665194;STBP=0.054,0.714;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0539425,0.106648;OID=.,.;OPOS=112839206,112839205;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:32:34:20:25:10,2:7,2:0.205882,0.0588235:4,2:6,0:12:8:6,1:1,1:17:8 chr10 112840171 . A G 2814.19 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776885;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.997;QD=62.887;RBI=0.00901945;REFB=0;REVB=-0.00458208;RO=0;SAF=86;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59233e-05;OID=.;OPOS=112840171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:178:179:1:92:86:0:0:92:87:0:0 chr10 113913222 . T C 1530.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.413;QD=63.7506;RBI=0.040505;REFB=0;REVB=0.00671287;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010239;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:54:42:0:0:54:42:0:0 chr10 113917085 . T A 1495.59 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.633;QD=62.3164;RBI=0.0229685;REFB=-0.0659163;REVB=0.0195876;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000218812;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:48:47:0:0:48:47:1:0 chr10 113920465 . G A 3058.71 PASS AF=0.990148;AO=201;DP=203;FAO=201;FDP=203;FR=.;FRO=2;FSAF=112;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0322333;FXX=0.0193227;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.013;QD=60.2702;RBI=0.0375317;REFB=-0.128864;REVB=0.0192261;RO=0;SAF=112;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000542379;OID=.;OPOS=113920465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:203:203:0:2:201:201:0.990148:89:112:0:0:89:112:2:0 chr10 113935379 . T C 1037.51 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.3207;QD=57.6392;RBI=0.0787625;REFB=0;REVB=0.0216977;RO=2;SAF=28;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125157;OID=.;OPOS=113935379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:72:2:0:70:72:1:42:28:1:1:43:29:0:0 chr10 113940329 . T C 1405.05 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0182218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.826;QD=61.089;RBI=0.0367404;REFB=-0.0595653;REVB=0.0319034;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000321375;OID=.;OPOS=113940329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:0:1:89:91:0.98913:50:39:0:0:51:40:1:0 chr10 114053546 . C G 2480.59 PASS AF=0.933702;AO=169;DP=181;FAO=169;FDP=181;FR=.;FRO=12;FSAF=73;FSAR=96;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0105592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9365;QD=54.8196;RBI=0.0231549;REFB=0.0115112;REVB=0.0206071;RO=12;SAF=73;SAR=96;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126707;STB=0.506673;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000775508;OID=.;OPOS=114053546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:181:181:12:12:169:169:0.933702:96:73:4:8:96:73:4:8 chr10 114059330 . TCTCTGTTTTC T 228.2 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00272916;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=10;MLLD=347.123;QD=11.1317;RBI=0.00318212;REFB=-0.00308979;REVB=0.00163632;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285674;STB=0.548746;STBP=0.539;TYPE=del;VARB=0.00560593;OID=.;OPOS=114059331;OREF=CTCTGTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.341463:28:78:28:82:54:14:14:23:31:99:34:14:14:18:16 chr10 114186624 . G A 1638.16 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6342;QD=58.5058;RBI=0.0343266;REFB=-0.128265;REVB=0.0282196;RO=0;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312188;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:108:112:0:0:107:112:1:65:42:0:0:67:45:0:0 chr10 114200355 . G A 403.0 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.070434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8924;QD=19.4219;RBI=0.0709065;REFB=0.0246908;REVB=0.008172;RO=42;SAF=15;SAR=26;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189971;STB=0.605682;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0487452;OID=.;OPOS=114200355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:26:15:24:18:26:15:24:18 chr10 114831187 . C T 511.06 PASS AF=0.424242;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0074453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.523;QD=15.4868;RBI=0.022039;REFB=-0.00533678;REVB=0.0207433;RO=76;SAF=23;SAR=33;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522271;STB=0.529304;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00749555;OID=.;OPOS=114831187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:76:76:56:56:0.424242:33:23:35:41:33:23:35:41 chr10 114911602 . T C 310.64 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0262478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.605;QD=16.3492;RBI=0.0280722;REFB=0.0109906;REVB=0.0099549;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522716;STB=0.529394;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.016737;OID=.;OPOS=114911602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:18:16:22:20:18:16:22:20 chr10 114925369 . C A 1190.98 PASS AF=0.660377;AO=105;DP=158;FAO=105;FDP=159;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=78;FSRF=4;FSRR=50;FWDB=0.0425675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9448;QD=29.9619;RBI=0.0428171;REFB=0.0237521;REVB=-0.00461587;RO=53;SAF=27;SAR=78;SRF=3;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180442;STB=0.58834;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0148248;OID=.;OPOS=114925369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:53:54:105:105:0.660377:78:27:3:50:78:27:4:50 chr10 114925406 . C G 647.06 PASS AF=0.461538;AO=67;DP=144;FAO=66;FDP=143;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=73;FWDB=0.0355097;FXX=0.00694396;HRUN=6;LEN=1;MLLD=187.006;QD=18.0996;RBI=0.0378204;REFB=-0.00953634;REVB=0.0130172;RO=75;SAF=4;SAR=63;SRF=4;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278315;STB=0.521229;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00811598;OID=.;OPOS=114925406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:75:77:67:66:0.461538:63:4:4:71:62:4:4:73 chr10 115334124 . C T 1510.83 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0869328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6638;QD=62.3022;RBI=0.0878335;REFB=-0.190258;REVB=0.0125466;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00227456;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:0:1:95:96:0.989691:41:54:0:0:41:55:1:0 chr10 115370254 . A G 1449.2 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00627354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.617;QD=62.3313;RBI=0.0135986;REFB=0;REVB=-0.0120651;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168159;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:52:39:0:0:54:39:0:0 chr10 115370274 . T C 1391.15 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00750211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2353;QD=61.1495;RBI=0.0132634;REFB=0.061873;REVB=-0.0109378;RO=1;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938488;STB=0.504949;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000556244;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:50:39:0:1:50:40:0:1 chr10 115375528 . C A 805.63 PASS AF=0.54321;AO=77;DP=168;FAO=88;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.00801438;FXX=0.0181807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.447;QD=19.8922;RBI=0.0219158;REFB=-0.0346411;REVB=0.0203978;RO=59;SAF=52;SAR=25;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114971;STB=0.566802;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0353261;OID=.;OPOS=115375528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:162:59:74:77:88:0.54321:25:52:32:27:36:52:33:41 chr10 115385809 . G A 639.5 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=108;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0152716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.267;QD=23.6853;RBI=0.015556;REFB=-0.0198799;REVB=0.00296078;RO=46;SAF=27;SAR=35;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000556205;STB=0.500304;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0124886;OID=.;OPOS=115385809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:46:46:62:62:0.574074:35:27:20:26:35:27:20:26 chr10 115393929 . G A 2139.08 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.246;QD=62.9141;RBI=0.0228801;REFB=0;REVB=0.0200051;RO=0;SAF=77;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74999e-05;OID=.;OPOS=115393929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:58:77:0:0:59:77:0:0 chr10 115405615 . T C 1674.4 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2122;QD=60.3389;RBI=0.0301026;REFB=0;REVB=-0.0195873;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.94866e-05;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:109:111:1:58:51:0:0:58:53:0:0 chr10 115405664 . C T 1510.77 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.41;QD=63.6113;RBI=0.0464626;REFB=0;REVB=-0.00569547;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139243;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:49:46:0:0:49:46:0:0 chr10 115410234 . T C 2068.13 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415025;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.841;QD=60.8274;RBI=0.0647435;REFB=0;REVB=0.0646103;RO=1;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736761;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191078;OID=.;OPOS=115410234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:130:136:1:0:128:136:1:64:64:0:1:72:64:0:0 chr10 115411614 . A G 1878.04 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251106;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0589;QD=60.5819;RBI=0.0276006;REFB=0;REVB=-0.0114565;RO=0;SAF=62;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00608581;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:124:0:0:120:124:1:58:62:0:0:58:66:0:0 chr10 115417289 . G A 1844.67 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277549;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.568;QD=61.4889;RBI=0.0322696;REFB=0;REVB=0.0164618;RO=0;SAF=51;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64081e-05;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:69:51:0:0:69:51:0:0 chr10 115439530 . G C 3505.65 PASS AF=0.978541;AO=227;DP=232;FAO=228;FDP=233;FR=.;FRO=5;FSAF=143;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0132041;FXX=0.00427332;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9924;QD=60.1829;RBI=0.0491934;REFB=-0.0615487;REVB=-0.0473882;RO=4;SAF=142;SAR=85;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013174;STB=0.505198;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00223726;OID=.;OPOS=115439530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:232:233:4:5:227:228:0.978541:85:142:1:3:85:143:2:3 chr10 115439569 . C T 4506.34 PASS AF=0.976974;AO=297;DP=304;FAO=297;FDP=304;FR=.;FRO=7;FSAF=184;FSAR=113;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.024737;FXX=0.00977167;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.841;QD=59.2939;RBI=0.0453136;REFB=-0.0888037;REVB=0.0379659;RO=7;SAF=184;SAR=113;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154759;STB=0.50812;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000190232;OID=.;OPOS=115439569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:304:304:7:7:297:297:0.976974:113:184:2:5:113:184:2:5 chr10 115489152 . C G 1120.23 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0027137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.885;QD=58.9596;RBI=0.016172;REFB=-0.0133652;REVB=-0.0159427;RO=1;SAF=28;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165969;STB=0.50877;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=1.72565e-05;OID=.;OPOS=115489152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:47:28:1:0:47:28:1:0 chr10 115489167 . G A 1188.38 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.422;QD=60.9423;RBI=0.0334403;REFB=0;REVB=-0.0271457;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20366e-06;OID=.;OPOS=115489167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:45:31:0:0:46:32:0:0 chr10 115525175 . T C 764.64 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.097;QD=63.7203;RBI=0.014758;REFB=0;REVB=0.0114507;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58828e-05;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:30:17:0:0:30:18:0:0 chr10 115529576 . T A 1533.18 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00995436;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.879;QD=56.7843;RBI=0.0281176;REFB=-0.0333846;REVB=0.0262966;RO=3;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251792;STB=0.513272;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00028882;OID=.;OPOS=115529576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:109:108:3:3:105:105:0.972222:55:50:0:3:55:50:0:3 chr10 115535599 . T C 1209.23 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.434;QD=61.2266;RBI=0.0348145;REFB=0;REVB=-0.000283358;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25306e-05;OID=.;OPOS=115535599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:41:37:0:0:42:37:0:0 chr10 115540411 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.316;QD=59.1432;RBI=0.0323005;REFB=0;REVB=-0.0182443;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24494e-05;OID=.;OPOS=115540411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr10 115609915 . C G,T 1122.15 PASS AF=0.948052,0.0519481;AO=72,4;DP=77;FAO=73,4;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=49,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283729,-0.0647463;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=128.154,6.20579;QD=58.2937;RBI=0.0317214,0.0989552;REFB=0,0;REVB=-0.0141853,-0.0748334;RO=1;SAF=23,3;SAR=49,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00955569,0.272709;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000800786,0.198955;OID=.,.;OPOS=115609915,115609915;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:77:77:1:0:72,4:73,4:0.948052,0.0519481:49,1:23,3:0:1:49,2:24,2:0:0 chr10 115644040 . G A 1118.11 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.088;QD=58.8478;RBI=0.0122413;REFB=-0.0604311;REVB=0.0020935;RO=1;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111331;STB=0.505881;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000571855;OID=.;OPOS=115644040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:42:33:0:1:42:33:0:1 chr10 115675025 . G A 487.61 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120943;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6018;QD=59.1039;RBI=0.122085;REFB=0;REVB=-0.0166564;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106581;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:32:33:1:25:7:0:0:26:7:0:0 chr10 115805056 . G C 409.64 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0152001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.325;QD=51.2047;RBI=0.0175916;REFB=0.00763861;REVB=-0.00885555;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404935;STB=0.508923;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00015233;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:19:11:1:0:19:11:1:1 chr10 116060387 . T C 762.8 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.167;QD=63.5667;RBI=0.00545492;REFB=0;REVB=-0.00253064;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14183e-05;OID=.;OPOS=116060387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr10 116073696 . C T 2152.33 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410977;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4288;QD=62.8417;RBI=0.0415149;REFB=0;REVB=0.00587054;RO=0;SAF=72;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.55572e-05;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:136:137:1:64:72:0:0:65:72:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 1128.81 PASS AF=1;AO=72;DP=83;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165941;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=3;MLLD=163.108;QD=60.2033;RBI=0.0311999;REFB=0;REVB=-0.026421;RO=7;SAF=30;SAR=42;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.99069e-05;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:83:75:75:0:31:44:0:0:6:7:30:42:7:0 chr10 116307504 . A G 1625.7 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.58;QD=60.2111;RBI=0.0121911;REFB=0;REVB=-0.00584147;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14428e-06;OID=.;OPOS=116307504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:105:108:1:43:62:0:0:44:64:0:0 chr10 116931101 . C CTT,T 417.41 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=18,11;DP=33;FAO=20,10;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=12,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999811,-0.0160002;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=43.9258,260.604;QD=55.6547;RBI=0.0336113,0.0216525;REFB=0,0;REVB=-0.0320898,-0.0145885;RO=4;SAF=5,2;SAR=13,9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0875116,-0.211081;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0146899,0.027275;OID=.,.;OPOS=116931102,116931101;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:75:33:30:4:0:18,11:20,10:0.666667,0.333333:13,9:5,2:2:2:12,10:8,0:0:0 chr10 117075175 . G A 1358.28 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.756;QD=62.4496;RBI=0.00157881;REFB=0;REVB=-0.00021824;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75873e-06;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr10 117823739 . A G 1182.46 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155414;FXX=0.0249969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.406;QD=60.6389;RBI=0.0217054;REFB=0;REVB=-0.0151522;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754375;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:76:78:1:32:44:0:0:34:44:0:0 chr10 117849353 . T C 830.08 PASS AF=0.5;AO=84;DP=171;FAO=85;FDP=170;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=-0.00484791;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1516;QD=19.5312;RBI=0.00674626;REFB=-0.0077911;REVB=0.00469145;RO=83;SAF=40;SAR=44;SRF=27;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138009;STB=0.571014;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0095797;OID=.;OPOS=117849353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:83:85:84:85:0.5:44:40:27:56:44:41:29:56 chr10 117853268 . G A 934.83 PASS AF=0.492063;AO=93;DP=189;FAO=93;FDP=189;FR=.;FRO=96;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.01406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3588;QD=19.7847;RBI=0.0284075;REFB=-0.0111972;REVB=0.0246841;RO=94;SAF=49;SAR=44;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537137;STB=0.529512;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0112865;OID=.;OPOS=117853268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:94:96:93:93:0.492063:44:49:44:50:44:49:45:51 chr10 117884950 . G A 777.51 PASS AF=0.536232;AO=74;DP=138;FAO=74;FDP=138;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0050276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.778;QD=22.5366;RBI=0.00505133;REFB=0.000214846;REVB=-0.000489139;RO=63;SAF=39;SAR=35;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692794;STB=0.534237;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.000169455;OID=.;OPOS=117884950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:63:64:74:74:0.536232:35:39:28:35:35:39:29:35 chr10 118231360 . G A 1679.2 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147549;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6976;QD=60.5118;RBI=0.0161056;REFB=0;REVB=0.00645614;RO=0;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49726e-05;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:66:45:0:0:66:45:0:0 chr10 118231362 . TA T,TG 1609.55 PASS AF=0.218182,0.781818;AO=14,91;DP=110;FAO=24,86;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=13,32;FSAR=11,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00487691,-0.00747611;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.298,191.978;QD=58.529;RBI=0.020142,0.0168017;REFB=0,0;REVB=0.0195427,-0.0150467;RO=0;SAF=13,29;SAR=1,62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0181469,0.00775146;OID=.,.;OPOS=118231363,118231363;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.218182,0.781818:14,91:110:24,86:110:0:13,32:11,54:0:0:79:0:13,29:1,62:0:0 chr10 118236610 . T A 695.85 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.106946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.384;QD=60.5085;RBI=0.107748;REFB=0.0261893;REVB=0.0131236;RO=1;SAF=13;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034762;STB=0.51851;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000417803;OID=.;OPOS=118236610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:31:13:1:0:32:13:1:0 chr10 118313265 . T C 759.11 PASS AF=0.528986;AO=73;DP=138;FAO=73;FDP=138;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0133243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7006;QD=22.0033;RBI=0.04307;REFB=-0.0249775;REVB=0.0409571;RO=65;SAF=35;SAR=38;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0021754;STB=0.501193;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0225519;OID=.;OPOS=118313265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:65:65:73:73:0.528986:38:35:31:34:38:35:31:34 chr10 118363642 . T C 3410.08 PASS AF=1;AO=219;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.293;QD=62.0014;RBI=0.0285056;REFB=0;REVB=0.0237767;RO=1;SAF=92;SAR=127;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373712;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050769;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:220:220:1:0:219:220:1:127:92:0:1:128:92:0:0 chr10 118364967 . G C 1346.91 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987398;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.056;QD=62.6468;RBI=0.0123195;REFB=0;REVB=-0.00736713;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106839;OID=.;OPOS=118364967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr10 118380511 . A G 517.99 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.756;QD=59.1988;RBI=0.034346;REFB=0;REVB=0.0320168;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97768e-05;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:32:35:1:20:12:0:0:22:13:0:0 chr10 118383463 . A AG 1983.86 PASS AF=1;AO=161;DP=167;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06803;FXX=0.0342838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.2823;QD=46.9552;RBI=0.0786444;REFB=0;REVB=0.0394569;RO=5;SAF=88;SAR=73;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00846046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00317939;OID=.;OPOS=118383464;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:161:167:169:169:0:92:77:0:0:33:5:88:73:2:3 chr10 118387282 . A G 1330.18 PASS AF=0.476636;AO=98;DP=212;FAO=102;FDP=214;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=8;FWDB=-0.0256597;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.487;QD=24.8633;RBI=0.0284864;REFB=0.00829133;REVB=-0.0123716;RO=70;SAF=62;SAR=36;SRF=64;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251805;STB=0.634195;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00470545;OID=.;OPOS=118387282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:70:75:98:102:0.476636:36:62:64:6:40:62:67:8 chr10 118616110 . C T 370.06 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.00244012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.163;QD=19.7363;RBI=0.0161562;REFB=-0.0267599;REVB=0.0159709;RO=36;SAF=14;SAR=23;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430389;STB=0.522598;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0232861;OID=.;OPOS=118616110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:37:37:38:0.506667:23:14:12:24:23:15:13:24 chr10 118620459 . A C 610.8 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=146;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.0145618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.188;QD=16.6203;RBI=0.0212469;REFB=-0.00859031;REVB=-0.0154721;RO=82;SAF=29;SAR=35;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517742;STB=0.531813;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0107687;OID=.;OPOS=118620459;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:82:83:64:64:0.435374:35:29:33:49:35:29:33:50 chr10 118890573 . T C 1402.85 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4632;QD=62.3489;RBI=0.040234;REFB=0;REVB=0.00545034;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168159;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:86:90:1:50:36:0:0:52:38:0:0 chr10 119026566 . T C 1567.5 PASS AF=0.95614;AO=108;DP=114;FAO=109;FDP=114;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0149239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.142;QD=55;RBI=0.0394789;REFB=-0.010737;REVB=0.0365495;RO=1;SAF=32;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146002;STB=0.50503;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.000206911;OID=.;OPOS=119026566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:114:114:1:5:108:109:0.95614:76:32:1:0:76:33:2:3 chr10 119768551 . C T 2814.49 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938962;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.881;QD=62.8937;RBI=0.0212422;REFB=0;REVB=-0.0190543;RO=0;SAF=83;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27902e-05;OID=.;OPOS=119768551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:179:0:0:179:179:1:96:83:0:0:96:83:0:0 chr10 119774598 . T A 371.89 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0427589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7859;QD=25.6477;RBI=0.0437305;REFB=0.0228092;REVB=0.00916692;RO=22;SAF=14;SAR=22;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157488;STB=0.585729;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0142214;OID=.;OPOS=119774598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:22:14:4:18:22:14:4:18 chr10 120069611 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.967;QD=64.1515;RBI=0.00802415;REFB=0;REVB=0.00733372;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68245e-06;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:29:20:0:0 chr10 120070427 . G T 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.125865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.998;QD=19.1061;RBI=0.125975;REFB=0.00514721;REVB=-0.00526043;RO=6;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280298;STB=0.66622;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00271037;OID=.;OPOS=120070427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:8:1:2:4:8:1:2:4 chr10 120353910 . T C 1659.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.126;QD=60.3492;RBI=0.0138775;REFB=0;REVB=-0.000879033;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70487e-05;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:62:48:0:0:62:48:0:0 chr10 120514108 . TGC CTG,TG 31.53 PASS AF=0,0.13253;AO=12,29;DP=168;FAO=0,22;FDP=166;FR=.;FRO=144;FSAF=0,8;FSAR=0,14;FSRF=68;FSRR=76;FWDB=-0.0345107,0.035655;FXX=0.0177504;HRUN=1,7;LEN=3,1;MLLD=25.8609,6.95041;QD=0.759708;RBI=0.118722,0.184324;REFB=-0.0406801,-0.132059;REVB=0.113596,0.180843;RO=107;SAF=0,22;SAR=12,7;SRF=48;SRR=59;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.617732,0.397947;STB=0.5,0.596324;STBP=1,0.396;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.184549;OID=.,.;OPOS=120514108,120514110;OREF=TGC,C;OALT=CTG,-;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:168:166:107:144:12,29:0,22:0,0.13253:12,7:0,22:48:59:0,14:0,8:68:76 chr10 120791060 . A C 624.22 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401274;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.614;QD=60.8996;RBI=0.052435;REFB=0;REVB=0.0337524;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412274;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:26:15:0:0 chr10 120792297 . G GCTA 1036.47 PASS AF=0.891566;AO=73;DP=87;FAO=74;FDP=83;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00190721;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=3;MLLD=311.721;QD=49.9505;RBI=0.00667942;REFB=-0.000457115;REVB=-0.00640134;RO=11;SAF=26;SAR=47;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734714;STB=0.522035;STBP=0.29;TYPE=ins;VARB=3.59818e-05;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.891566:73:87:74:83:9:27:47:5:4:39:11:26:47:7:4 chr10 120792684 . A G 547.12 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.714;QD=59.1483;RBI=0.0739004;REFB=0;REVB=0.072646;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323621;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr10 120792703 . C A 667.13 PASS AF=0.956522;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0190977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.193;QD=58.0116;RBI=0.0191225;REFB=-0.226614;REVB=0.000974108;RO=2;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335106;STB=0.517234;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00239328;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:46:2:2:42:44:0.956522:27:15:0:2:28:16:0:2 chr10 120793384 . TAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAC 231.06 PASS AF=0.0333333,0.766667,0.2;AO=6,13,2;DP=32;FAO=1,23,6;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,6;FSAR=1,23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.224084,0.153862,0.100472;FXX=0.0908816;HRUN=15,15,15;LEN=2,3,1;MLLD=6.51929,8.87128,227.028;QD=30.8077;RBI=0.360467,0.244207,0.104843;REFB=0,0,0;REVB=-0.282352,-0.18964,-0.0299584;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=6,13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0379489,0.0310757,0.000471406;OID=.,.,.;OPOS=120793385,120793385,120793395;OREF=AA,AAA,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0333333,0.766667,0.2:6,13,2:32:1,23,6:30:0:0,0,6:1,23,0:0:0:43:0:0,0,2:6,13,0:0:0 chr10 120820528 . A G 339.99 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0674714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.2831;QD=54.3988;RBI=0.0674866;REFB=0;REVB=0.00143068;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100421;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr10 120828969 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.485;QD=60.977;RBI=0.0647571;REFB=0;REVB=0.0539627;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365049;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr10 120896027 . G A 1499.84 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8183;QD=61.8489;RBI=0.0156844;REFB=0;REVB=-0.0121717;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00488846;OID=.;OPOS=120896027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:97:0:0:91:97:1:46:45:0:0:51:46:0:0 chr10 120909785 . C T 739.91 PASS AF=0.503497;AO=72;DP=144;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=0.0119747;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.932;QD=20.6967;RBI=0.0191606;REFB=-0.00231286;REVB=-0.0149577;RO=71;SAF=36;SAR=36;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146353;STB=0.580398;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0021023;OID=.;OPOS=120909785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:71:71:72:72:0.503497:36:36:47:24:36:36:47:24 chr10 120917445 . G A 971.96 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.837;QD=58.9069;RBI=0.0446899;REFB=0;REVB=0.0445668;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77027e-05;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:36:30:0:0 chr10 120919246 . T C 1008.43 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.848;QD=59.3192;RBI=0.0186097;REFB=0;REVB=0.018205;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69324e-05;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:28:38:0:0:29:39:0:0 chr10 120920588 . T C 695.84 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0338958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7382;QD=60.5074;RBI=0.0353253;REFB=0.0397159;REVB=-0.00994718;RO=1;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154108;STB=0.508193;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00489036;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:30:15:0:1:30:15:0:1 chr10 120933324 . G A 658.35 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.171;QD=61.2417;RBI=0.0578631;REFB=0;REVB=-0.0578364;RO=0;SAF=1;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210513;OID=.;OPOS=120933324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:41:1:0:0:42:1:0:0 chr10 121196335 . G A 534.19 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.00561015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.053;QD=15.5967;RBI=0.00784363;REFB=-0.00702469;REVB=-0.00548167;RO=78;SAF=26;SAR=32;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040053;STB=0.526307;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00913465;OID=.;OPOS=121196335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:79:58:58:0.423358:32:26:38:40:32:26:39:40 chr10 121199310 . T C 405.3 PASS AF=0.415929;AO=46;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00897197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4614;QD=14.3469;RBI=0.0161034;REFB=0.00706337;REVB=0.0133725;RO=66;SAF=28;SAR=18;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131242;STB=0.565521;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00930572;OID=.;OPOS=121199310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:66:46:47:0.415929:18:28:32:34:19:28:32:34 chr10 121295998 . T A 210.3 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0118734;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0969;QD=18.2871;RBI=0.0121988;REFB=-0.0226556;REVB=-0.00279851;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139664;STB=0.594311;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0254508;OID=.;OPOS=121295998;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:25:21:21:0.456522:15:6:10:14:15:6:11:14 chr10 121436068 . T G 261.59 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0242952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.8;QD=14.7375;RBI=0.0242955;REFB=-0.0117529;REVB=-0.000122645;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283728;STB=0.650554;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0177368;OID=.;OPOS=121436068;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:16:14:30:10:16:14:30:11 chr10 121436286 . C T 283.62 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.126634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5774;QD=19.903;RBI=0.134067;REFB=0.0216734;REVB=0.0440203;RO=27;SAF=18;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194838;STB=0.60832;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0162653;OID=.;OPOS=121436286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:12:18:10:17:12:18:10:17 chr10 121436362 . A G 834.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.352;QD=57.5371;RBI=0.0130765;REFB=0;REVB=0.000611033;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54366e-05;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr10 121578998 . G A 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0266419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.314;QD=14.6163;RBI=0.0273012;REFB=-0.0315448;REVB=-0.00596336;RO=38;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628846;STB=0.535689;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0440695;OID=.;OPOS=121578998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:15:13:20:18:15:13:20:18 chr10 121589402 . T G 1373.47 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0117681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.1573;QD=59.0738;RBI=0.0233371;REFB=-0.146321;REVB=0.0201528;RO=3;SAF=43;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115567;STB=0.506101;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00195978;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:90:90:0.967742:47:43:2:1:47:43:2:1 chr10 121679013 . A G 2357.18 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011096;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.636;QD=63.2801;RBI=0.0111032;REFB=0.0045205;REVB=-0.000399101;RO=1;SAF=63;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748953;STB=0.503936;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=3.30045e-06;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:148:148:0.993289:85:63:1:0:85:63:1:0 chr10 121701160 . G T 256.81 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00782586;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.545;QD=15.8034;RBI=0.0113249;REFB=0.000228366;REVB=0.00818589;RO=36;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828568;STB=0.563087;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.000281788;OID=.;OPOS=121701160;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:36:36:29:29:0.446154:17:12:12:24:17:12:11:25 chr10 122358342 . G C 1539.22 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4318;QD=59.7755;RBI=0.0652589;REFB=0;REVB=0.0469133;RO=0;SAF=37;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336173;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:66:37:0:0:66:37:0:0 chr10 122358463 . G A 694.29 PASS AF=0.468354;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.00609373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.524;QD=17.577;RBI=0.012448;REFB=-0.00328228;REVB=0.0108545;RO=84;SAF=32;SAR=42;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377615;STB=0.502091;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00384463;OID=.;OPOS=122358463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:84:74:74:0.468354:42:32:36:48:42:32:36:48 chr10 122358604 . C T 275.51 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0244316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.496;QD=25.629;RBI=0.0266588;REFB=-0.0455363;REVB=-0.0106672;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986979;STB=0.554688;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0316888;OID=.;OPOS=122358604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:12:13:7:11:12:13:7:11 chr10 122358657 . A AGTGT,T 161.36 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=2,12;DP=15;FAO=2,12;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281587,0.0444515;FXX=0.0666222;HRUN=0,3;LEN=4,1;MLLD=202.794,83.893;QD=46.1018;RBI=0.0297561,0.0446419;REFB=0,0;REVB=0.00961829,-0.0041187;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0143284,-0.00627831;OID=.,.;OPOS=122358658,122358657;OREF=-,A;OALT=GTGT,T;OMAPALT=AGTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:15:14:0:0:2,12:2,12:0.142857,0.857143:2,9:0,3:0:0:2,9:0,3:0:0 chr10 122359344 . C T 563.89 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0176405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.052;QD=21.0801;RBI=0.0176465;REFB=-0.0247698;REVB=-0.000460916;RO=49;SAF=22;SAR=35;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726167;STB=0.545377;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0167396;OID=.;OPOS=122359344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:50:57:57:0.53271:35:22:23:26:35:22:24:26 chr10 122624679 . G A 314.81 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.069465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.774;QD=14.8145;RBI=0.0713251;REFB=0.00366926;REVB=0.0161825;RO=50;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00298639;STB=0.501692;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00462586;OID=.;OPOS=122624679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:19:16:23:27:19:16:23:27 chr10 122645376 . A T 400.79 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.07402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.519;QD=21.9612;RBI=0.0743089;REFB=-0.0124331;REVB=0.00654566;RO=33;SAF=22;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783329;STB=0.543188;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00902039;OID=.;OPOS=122645376;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:18:22:15:18:18:22:15:18 chr10 122663585 . G A 328.77 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00497411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.972;QD=15.4714;RBI=0.0391305;REFB=0.0125093;REVB=-0.0388131;RO=49;SAF=13;SAR=23;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15642;STB=0.588502;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0190512;OID=.;OPOS=122663585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:23:13:25:24:23:13:25:24 chr10 122665459 . C G 1128.11 PASS AF=0.528571;AO=110;DP=206;FAO=111;FDP=210;FR=.;FRO=99;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.0314713;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9813;QD=21.4878;RBI=0.0334292;REFB=-0.0266161;REVB=-0.0112724;RO=94;SAF=62;SAR=48;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271086;STB=0.511061;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0216046;OID=.;OPOS=122665459;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:210:94:99:110:111:0.528571:48:62:50:44:49:62:53:46 chr10 123298158 . T C 4708.34 PASS AF=1;AO=299;DP=301;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000636303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.954;QD=62.3621;RBI=0.00195587;REFB=0;REVB=-0.00184947;RO=0;SAF=127;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45827e-06;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:301:302:0:0:299:302:1:172:127:0:0:173:129:0:0 chr10 123549691 . T G 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.175;QD=60.2216;RBI=0.0168939;REFB=0;REVB=0.00707811;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55955e-05;OID=.;OPOS=123549691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr10 123596254 . T C 214.05 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00788764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8217;QD=45.062;RBI=0.00994518;REFB=-0.145561;REVB=-0.00605737;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0038842;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:9:9:0:0:9:9:0:1 chr10 123673339 . TA AA,AT,CA 678.41 PASS AF=0.04,0,0.94;AO=2,2,44;DP=51;FAO=2,0,47;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,13;FSAR=2,0,34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.021665,-0.0164438,-0.0116485;FXX=0.019604;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=49.0395,67.5205,84.2092;QD=54.2724;RBI=0.0918355,0.0452688,0.0703681;REFB=-0.173919,-0.136992,-0.108208;REVB=0.0892434,0.0421766,0.0693973;RO=1;SAF=0,0,13;SAR=2,2,31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.0149167;STB=0.5,0.5,0.507243;STBP=1,1,0.604;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.0530737,0.0587542,0.00231946;OID=.,.,.;OPOS=123673339,123673339,123673339;OREF=T,TA,T;OALT=A,AT,C;OMAPALT=AA,AT,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:7:51:50:1:1:2,2,44:2,0,47:0.04,0,0.94:2,2,31:0,0,13:0:1:2,0,34:0,0,13:0:1 chr10 123687456 . G A 70.95 PASS AF=0.5625;AO=7;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0642999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=362.9;QD=17.7367;RBI=0.0645706;REFB=-0.00803959;REVB=0.00590617;RO=7;SAF=0;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.733671;STB=0.553081;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0070841;OID=.;OPOS=123687456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:7:9:0.5625:7:0:1:6:7:2:1:6 chr10 123733511 . C G 99.7 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.000384318;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.034;QD=13.7521;RBI=0.0496669;REFB=0.000744394;REVB=-0.0496654;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201473;STB=0.632553;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00295854;OID=.;OPOS=123733511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:17:12:12:0.413793:7:5:10:6:7:5:11:6 chr10 123845322 . T C 1066.09 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170713;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.126;QD=60.0614;RBI=0.00464637;REFB=0;REVB=0.00432139;RO=0;SAF=53;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125841;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:18:53:0:0:18:53:0:0 chr10 123970530 . T C 947.55 PASS AF=0.508021;AO=74;DP=190;FAO=95;FDP=187;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=62;FWDB=-0.0426352;FXX=0.0157886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.434;QD=20.2684;RBI=0.0429068;REFB=-0.0233148;REVB=-0.00482016;RO=88;SAF=52;SAR=22;SRF=30;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355539;STB=0.622616;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.03534;OID=.;OPOS=123970530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:187:88:92:74:95:0.508021:22:52:30:58:40:55:30:62 chr10 123970531 . G C 72.6 PASS AF=0.102041;AO=21;DP=193;FAO=20;FDP=196;FR=.;FRO=176;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=85;FSRR=91;FWDB=0.00646922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.3691;QD=1.48155;RBI=0.0101241;REFB=-0.0177443;REVB=-0.00778761;RO=172;SAF=2;SAR=19;SRF=85;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518046;STB=0.877393;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.046433;OID=.;OPOS=123970531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:193:196:172:176:21:20:0.102041:19:2:85:87:18:2:85:91 chr10 123970569 . C T 1464.59 PASS AF=0.546512;AO=140;DP=257;FAO=141;FDP=258;FR=.;FRO=117;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=43;FSRR=74;FWDB=-0.0151828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.65;QD=22.7068;RBI=0.0365415;REFB=0.000312715;REVB=-0.033238;RO=116;SAF=72;SAR=68;SRF=42;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126436;STB=0.567866;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.000394946;OID=.;OPOS=123970569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:258:116:117:140:141:0.546512:68:72:42:74:68:73:43:74 chr10 123970722 . T A 1201.33 PASS AF=0.60221;AO=108;DP=180;FAO=109;FDP=181;FR=.;FRO=72;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0958259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1695;QD=26.5487;RBI=0.096664;REFB=-0.0185495;REVB=-0.0127016;RO=72;SAF=45;SAR=63;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211867;STB=0.513562;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0121974;OID=.;OPOS=123970722;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:72:72:108:109:0.60221:63:45:28:44:63:46:28:44 chr10 123976391 . C A 1884.48 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00261065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.503;QD=59.8246;RBI=0.0290508;REFB=-0.0950427;REVB=0.0289332;RO=2;SAF=61;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153207;STB=0.508063;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000580786;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:2:2:124:124:0.984127:63:61:2:0:63:61:2:0 chr10 123996976 . G A 378.46 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00347187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5875;QD=18.6895;RBI=0.00459037;REFB=-0.0180912;REVB=0.00300294;RO=41;SAF=15;SAR=24;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12;STB=0.573605;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0229906;OID=.;OPOS=123996976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:24:15:21:20:24:15:22:20 chr10 123997018 . G A 330.02 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.023866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0361;QD=17.144;RBI=0.0247102;REFB=-0.0119929;REVB=-0.00640396;RO=41;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173161;STB=0.602094;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0106536;OID=.;OPOS=123997018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:41:35:36:0.467532:15:20:16:25:15:21:16:25 chr10 124001539 . G C 261.06 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00752697;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.0611;QD=12.2852;RBI=0.053348;REFB=-0.00906551;REVB=0.0528143;RO=52;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104651;STB=0.549616;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0143482;OID=.;OPOS=124001539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:54:31:31:0.364706:19:12:25:27:19:12:25:29 chr10 124013604 . C A 1735.23 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795973;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.805;QD=60.8854;RBI=0.0102288;REFB=0;REVB=-0.00642425;RO=0;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49216e-06;OID=.;OPOS=124013604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:55:59:0:0:55:59:0:0 chr10 124089036 . G A 315.97 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0143966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.175;QD=12.7666;RBI=0.0280389;REFB=-0.0155987;REVB=0.0240607;RO=63;SAF=24;SAR=12;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131165;STB=0.575496;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0265715;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:63:36:36:0.363636:12:24:35:28:12:24:35:28 chr10 124096035 . T C 151.25 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0172223;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.025;QD=11.415;RBI=0.0172909;REFB=-0.00467631;REVB=0.00153894;RO=35;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173219;STB=0.588026;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00635649;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:34:18:19:0.358491:11:7:19:16:11:8:19:15 chr10 124096041 . T C 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.011408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.221;QD=13.0537;RBI=0.0132612;REFB=-0.0263238;REVB=-0.00676139;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677458;STB=0.538888;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0116243;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:19:16:12:11:19:16 chr10 124096061 . A C 271.76 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.014142;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.076;QD=14.4937;RBI=0.0142094;REFB=-0.00867006;REVB=0.00138233;RO=44;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0068241;STB=0.503873;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0132801;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:44:44:31:31:0.413333:15:16:23:21:15:16:23:21 chr10 124183732 . T C 4468.12 PASS AF=1;AO=282;DP=285;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273443;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.354;QD=62.7105;RBI=0.0438897;REFB=-0.104306;REVB=-0.0343307;RO=1;SAF=104;SAR=178;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138735;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:285:285:1:0:282:285:1:178:104:0:1:180:105:0:0 chr10 124189197 . A G 1406.96 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0536734;FXX=0.0388312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5207;QD=56.8469;RBI=0.061255;REFB=-0.105369;REVB=0.0295184;RO=2;SAF=57;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034608;STB=0.501825;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00202177;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:102:99:2:2:97:97:0.979798:40:57:1:1:40:57:1:1 chr10 124214355 . C T 1343.53 PASS AF=0.496324;AO=134;DP=272;FAO=135;FDP=272;FR=.;FRO=137;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=63;FSRR=74;FWDB=-0.0309056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.006;QD=19.7578;RBI=0.0309136;REFB=-0.0287007;REVB=0.000702171;RO=137;SAF=61;SAR=73;SRF=63;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00429585;STB=0.500302;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0376001;OID=.;OPOS=124214355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:137:137:134:135:0.496324:73:61:63:74:73:62:63:74 chr10 124329672 . TC CT 1045.76 PASS AF=1;AO=82;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135085;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.554;QD=46.4782;RBI=0.143864;REFB=0;REVB=0.0494846;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000872566;OID=.;OPOS=124329672;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:1:0:82:90:1:41:41:1:0:44:46:0:0 chr10 124329710 . C A 1304.68 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285392;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.198;QD=62.1275;RBI=0.0288417;REFB=0;REVB=-0.00416609;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24166e-05;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:1:0:82:84:1:44:38:1:0:45:39:0:0 chr10 124329746 . A T 887.23 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=70;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00078313;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.281;QD=51.4337;RBI=0.0126953;REFB=0.00116948;REVB=0.0126711;RO=5;SAF=27;SAR=37;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248186;STB=0.513172;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-6.82036e-05;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:70:69:5:5:64:64:0.927536:37:27:3:2:37:27:3:2 chr10 124330427 . C T 2166.56 PASS AF=0.972414;AO=140;DP=144;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0214715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6474;QD=59.7673;RBI=0.039624;REFB=-0.116581;REVB=-0.0333022;RO=4;SAF=72;SAR=68;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124562;STB=0.506418;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00206881;OID=.;OPOS=124330427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:144:145:4:4:140:141:0.972414:68:72:3:1:68:73:3:1 chr10 124331867 . C T 3897.97 PASS AF=1;AO=244;DP=246;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101532;FXX=0.00406488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.191;QD=63.6403;RBI=0.0176714;REFB=-0.0481941;REVB=-0.0144634;RO=0;SAF=102;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61326e-05;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:246:245:0:0:244:245:1:142:102:0:0:143:102:0:0 chr10 124339332 . T C 3335.78 PASS AF=1;AO=213;DP=214;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389846;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.81;QD=62.351;RBI=0.0390043;REFB=0;REVB=0.00124115;RO=0;SAF=114;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.27671e-05;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:214:0:0:213:214:1:99:114:0:0:100:114:0:0 chr10 124339378 . A G 564.93 PASS AF=0.34;AO=68;DP=200;FAO=68;FDP=200;FR=.;FRO=132;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=79;FSRR=53;FWDB=0.010851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.091;QD=11.2985;RBI=0.0555667;REFB=0.00367794;REVB=0.0544969;RO=132;SAF=32;SAR=36;SRF=79;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146747;STB=0.583845;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00991972;OID=.;OPOS=124339378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:132:132:68:68:0.34:36:32:79:53:36:32:79:53 chr10 124351954 . G A 6164.25 PASS AF=0.982927;AO=401;DP=410;FAO=403;FDP=410;FR=.;FRO=7;FSAF=189;FSAR=214;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0189905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.923;QD=60.139;RBI=0.0422944;REFB=0.0110924;REVB=0.0377912;RO=7;SAF=189;SAR=212;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797514;STB=0.504202;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-1.17116e-05;OID=.;OPOS=124351954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:410:410:7:7:401:403:0.982927:212:189:5:2:214:189:5:2 chr10 124351992 . C T 2910.18 PASS AF=0.643411;AO=248;DP=387;FAO=249;FDP=387;FR=.;FRO=138;FSAF=112;FSAR=137;FSRF=74;FSRR=64;FWDB=-0.0033212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.245;QD=30.0794;RBI=0.0206591;REFB=0.00787995;REVB=-0.0203904;RO=138;SAF=112;SAR=136;SRF=74;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565223;STB=0.530939;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00416758;OID=.;OPOS=124351992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:387:138:138:248:249:0.643411:136:112:74:64:137:112:74:64 chr10 124402677 . A G 1956.29 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020239;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.387;QD=62.1045;RBI=0.0208328;REFB=0;REVB=-0.00493818;RO=0;SAF=73;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4304e-05;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:53:73:0:0:53:73:0:0 chr10 124402790 . G A 653.55 PASS AF=0.360731;AO=79;DP=222;FAO=79;FDP=219;FR=.;FRO=140;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=69;FSRR=71;FWDB=-0.0037567;FXX=0.0135129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2718;QD=11.937;RBI=0.0627686;REFB=-0.0125787;REVB=0.0626561;RO=137;SAF=46;SAR=33;SRF=66;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113012;STB=0.557626;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0211378;OID=.;OPOS=124402790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:219:137:140:79:79:0.360731:33:46:66:71:33:46:69:71 chr10 124457452 . C G,T 2096.57 PASS AF=0.0441176,0.955882;AO=5,129;DP=134;FAO=6,130;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=4,59;FSAR=2,71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145808,-0.0464491;FXX=0.0144917;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.0572,128.157;QD=61.6638;RBI=0.016182,0.0469593;REFB=0,0;REVB=0.00701843,0.00690383;RO=0;SAF=3,58;SAR=2,71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.1079e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00341376,0.000392095;OID=.,.;OPOS=124457452,124457452;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:134:136:0:0:5,129:6,130:0.0441176,0.955882:2,71:3,58:0:0:2,71:4,59:0:0 chr10 124457906 . C T 2334.84 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00109098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.931;QD=63.1038;RBI=0.00488098;REFB=0.0751917;REVB=-0.00475749;RO=1;SAF=61;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00773278;STB=0.504065;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000267651;OID=.;OPOS=124457906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:86:61:1:0:86:61:1:0 chr10 124459139 . T C 1377.36 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1803;QD=62.6071;RBI=0.056836;REFB=0;REVB=0.0401098;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12238e-06;OID=.;OPOS=124459139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr10 124585833 . T C 532.65 PASS AF=0.458015;AO=57;DP=130;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=-0.00264995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.981;QD=16.2641;RBI=0.0452504;REFB=-0.0134059;REVB=0.0451728;RO=63;SAF=25;SAR=32;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870517;STB=0.544474;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0153654;OID=.;OPOS=124585833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:63:71:57:60:0.458015:32:25:22:41:35:25:24:47 chr10 124610027 . G A 515.91 PASS AF=0.404255;AO=57;DP=141;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.00268311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7647;QD=14.6357;RBI=0.0423487;REFB=-0.00504555;REVB=-0.0422637;RO=84;SAF=29;SAR=28;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00331411;STB=0.501866;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00624378;OID=.;OPOS=124610027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:84:84:57:57:0.404255:28:29:43:41:28:29:43:41 chr10 124648150 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00740454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.389;QD=13.6311;RBI=0.0311211;REFB=-0.0186523;REVB=0.0302274;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398438;STB=0.743945;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0232354;OID=.;OPOS=124648150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:7:1:4:5:7:1:4:5 chr10 124742792 . G A 300.14 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0202389;FXX=0.0392118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.946;QD=12.2505;RBI=0.0228051;REFB=-0.00761677;REVB=0.01051;RO=52;SAF=26;SAR=10;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107117;STB=0.568925;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00992326;OID=.;OPOS=124742792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:52:62:36:36:0.367347:10:26:33:19:10:26:39:23 chr10 124742895 . G C 549.68 PASS AF=0.437037;AO=58;DP=135;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.000660493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.8;QD=16.2869;RBI=0.00659097;REFB=-0.0127113;REVB=0.00655779;RO=76;SAF=26;SAR=32;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144383;STB=0.513303;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0156048;OID=.;OPOS=124742895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:76:58:59:0.437037:32:26:33:43:32:27:33:43 chr10 124797335 . C G 304.84 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.020391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1341;QD=12.7015;RBI=0.026369;REFB=0.002409;REVB=-0.0167192;RO=61;SAF=14;SAR=21;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085154;STB=0.548908;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00489244;OID=.;OPOS=124797335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:61:35:35:0.364583:21:14:29:32:21:14:29:32 chr10 124800853 . C T 472.52 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0380991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.7;QD=16.1547;RBI=0.0398064;REFB=0.00234124;REVB=-0.0115329;RO=65;SAF=16;SAR=36;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196278;STB=0.610125;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00239833;OID=.;OPOS=124800853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:52:52:0.444444:36:16:32:33:36:16:32:33 chr10 124816515 . C G 769.02 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4978;QD=56.9644;RBI=0.135526;REFB=0;REVB=0.0532057;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000776531;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr10 124896963 . C T 2633.96 PASS AF=0.544469;AO=251;DP=461;FAO=251;FDP=461;FR=.;FRO=210;FSAF=132;FSAR=119;FSRF=90;FSRR=120;FWDB=0.0162677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3452;QD=22.8543;RBI=0.0181916;REFB=-0.0021748;REVB=0.00814229;RO=209;SAF=132;SAR=119;SRF=89;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835325;STB=0.544247;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0018435;OID=.;OPOS=124896963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:461:461:209:210:251:251:0.544469:119:132:89:120:119:132:90:120 chr10 125426412 . A G 1337.36 PASS AF=0.514056;AO=128;DP=249;FAO=128;FDP=249;FR=.;FRO=121;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=-0.0255154;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.575;QD=21.4837;RBI=0.026669;REFB=-0.019448;REVB=0.00775889;RO=121;SAF=60;SAR=68;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607407;STB=0.533244;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0163869;OID=.;OPOS=125426412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:121:121:128:128:0.514056:68:60:65:56:68:60:65:56 chr10 125426565 . G C 2337.19 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231621;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.249;QD=60.3145;RBI=0.0259183;REFB=0.0962214;REVB=0.0116308;RO=1;SAF=71;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576617;STB=0.502994;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000197282;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:153:154:0.993548:82:71:0:1:83:71:0:1 chr10 125449015 . G A 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.158;QD=58.7788;RBI=0.0281624;REFB=0;REVB=0.00916137;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92412e-05;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr10 125450857 . C G 1778.71 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.084;QD=60.8108;RBI=0.0611562;REFB=0;REVB=0.0462105;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121084;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:117:0:0:111:117:1:55:56:0:0:56:61:0:0 chr10 125506302 . T C 950.55 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.398;QD=58.4957;RBI=0.0224522;REFB=0;REVB=0.0220082;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44303e-05;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:28:35:0:0:29:36:0:0 chr10 125521533 . G A 1478.08 PASS AF=0.972222;AO=102;DP=107;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00507721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.432;QD=54.7438;RBI=0.0762966;REFB=-0.172778;REVB=0.0761275;RO=4;SAF=70;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556912;STB=0.510343;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000936489;OID=.;OPOS=125521533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:108:4:3:102:105:0.972222:32:70:0:4:35:70:1:2 chr10 125521590 . G A 1685.11 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.157;QD=59.6498;RBI=0.0106558;REFB=0;REVB=-0.00574564;RO=1;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61866e-05;OID=.;OPOS=125521590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:113:113:1:0:112:113:1:62:50:0:1:63:50:0:0 chr10 125528048 . G A 2066.94 PASS AF=0.440476;AO=222;DP=504;FAO=222;FDP=504;FR=.;FRO=282;FSAF=97;FSAR=125;FSRF=132;FSRR=150;FWDB=0.00636434;FXX=0.00198016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.162;QD=16.4043;RBI=0.00790498;REFB=-0.00487964;REVB=-0.0046887;RO=280;SAF=97;SAR=125;SRF=131;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315277;STB=0.51763;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00783054;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:504:504:280:282:222:222:0.440476:125:97:131:149:125:97:132:150 chr10 126089434 . G A 269.09 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.018468;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.864;QD=16.3087;RBI=0.0267971;REFB=-0.0118921;REVB=-0.019417;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134812;STB=0.575708;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0166653;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:15:15:13:23:15:15:13:23 chr10 126172863 . A G 1679.28 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.499;QD=59.4436;RBI=0.0378711;REFB=0.0826956;REVB=-0.0269502;RO=1;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940112;STB=0.50495;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000639969;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:50:62:0:1:50:62:0:1 chr10 126517989 . G A 425.16 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00976661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4122;QD=21.5271;RBI=0.017899;REFB=-0.0208581;REVB=-0.0149996;RO=37;SAF=24;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954208;STB=0.552702;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0194048;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:18:24:17:20:18:24:17:20 chr10 126674093 . T C 772.28 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.863;QD=61.7823;RBI=0.0485321;REFB=-0.120365;REVB=0.0392303;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000938976;OID=.;OPOS=126674093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:21:28:0:0:21:28:1:0 chr10 126674227 . C CT,T 1830.86 PASS AF=0.982036,0.0179641;AO=141,6;DP=166;FAO=164,3;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=72,3;FSAR=92,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.132735,-0.00824695;FXX=0.0118336;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=14.3371,165.552;QD=43.8529;RBI=0.187607,0.0203201;REFB=0,0;REVB=-0.132582,-0.0185713;RO=9;SAF=65,4;SAR=76,2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00189566,0.219799;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0024028,0.0190803;OID=.,.;OPOS=126674228,126674227;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:166:167:9:0:141,6:164,3:0.982036,0.0179641:76,2:65,4:4:5:92,0:72,3:0:0 chr10 126677078 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.117991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.467;QD=13.9589;RBI=0.118381;REFB=0.00659866;REVB=0.00959518;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252798;STB=0.65172;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0216418;OID=.;OPOS=126677078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:4:3:5:2:4:3 chr10 126677239 . GAAGAA G 120.53 PASS AF=0.625;AO=12;DP=26;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00274769;FXX=0.0768935;HRUN=2;LEN=5;MLLD=248.062;QD=20.0878;RBI=0.0258261;REFB=0.00267321;REVB=0.0256795;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104918;STB=0.508369;STBP=0.946;TYPE=del;VARB=-0.00133256;OID=.;OPOS=126677240;OREF=AAGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:12:26:15:24:9:7:8:4:5:55:9:7:5:4:5 chr10 126677266 . A T 72.09 PASS AF=0.244444;AO=10;DP=40;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0672533;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.7642;QD=6.40764;RBI=0.0858998;REFB=-0.070763;REVB=-0.0534394;RO=30;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794745;STB=0.555457;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.145663;OID=.;OPOS=126677266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:40:45:30:34:10:11:0.244444:5:5:13:17:6:5:13:21 chr10 126677308 . A T 97.14 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0741169;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.8762;QD=6.1674;RBI=0.113461;REFB=-0.023278;REVB=-0.0859071;RO=43;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542366;STB=0.572536;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0694693;OID=.;OPOS=126677308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:58:63:43:48:15:15:0.238095:7:8:21:22:7:8:21:27 chr10 126677323 . A T 115.0 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0323536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.786;QD=7.18744;RBI=0.0323561;REFB=-0.0115636;REVB=-0.000404915;RO=47;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028842;STB=0.517539;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0223315;OID=.;OPOS=126677323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:9:8:21:26:9:8:21:26 chr10 126677332 . G A 47.94 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0382385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0716;QD=3.04366;RBI=0.0874893;REFB=0.0207127;REVB=0.0786905;RO=53;SAF=6;SAR=3;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300599;STB=0.700599;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0362869;OID=.;OPOS=126677332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:53:54:9:9:0.142857:3:6:22:31:3:6:23:31 chr10 126677366 . CT CG,TG 44.02 PASS AF=0.140351,0;AO=8,5;DP=62;FAO=8,0;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.000744425,-0.00626811;FXX=0.0806322;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=178.147,241.783;QD=3.08894;RBI=0.0053109,0.00744882;REFB=0.00154963,0.0017872;REVB=0.00525847,0.0040244;RO=49;SAF=3,3;SAR=5,2;SRF=24;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.140013,0.121152;STB=0.599748,0.5;STBP=0.564,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0136509,0;OID=.,.;OPOS=126677367,126677366;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:62:57:49:49:8,5:8,0:0.140351,0:5,2:3,3:24:25:5,0:3,0:24:25 chr10 126677420 . T C 49.8 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0222914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.501;QD=4.4267;RBI=0.0246974;REFB=0.0011795;REVB=0.0106327;RO=36;SAF=4;SAR=4;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242174;STB=0.666296;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00553295;OID=.;OPOS=126677420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:45:36:37:8:8:0.177778:4:4:25:11:4:4:26:11 chr10 126677425 . G T 49.73 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.00135964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9967;QD=4.42023;RBI=0.061836;REFB=-0.000827014;REVB=-0.061821;RO=36;SAF=4;SAR=4;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242174;STB=0.666296;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.000625636;OID=.;OPOS=126677425;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:36:37:8:8:0.177778:4:4:25:11:4:4:26:11 chr10 126677429 . A T 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.01058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.69;QD=3.07325;RBI=0.0178895;REFB=0.00181157;REVB=0.0144256;RO=37;SAF=3;SAR=3;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285173;STB=0.697119;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00575314;OID=.;OPOS=126677429;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:3:3:27:10:3:3:27:10 chr10 126683071 . G C 158.85 PASS AF=0.174419;AO=30;DP=173;FAO=30;FDP=172;FR=.;FRO=142;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=70;FSRR=72;FWDB=0.0205186;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.121;QD=3.69413;RBI=0.0211212;REFB=-0.00461695;REVB=0.00500923;RO=138;SAF=15;SAR=15;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50581;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0191137;OID=.;OPOS=126683071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:138:142:30:30:0.174419:15:15:69:69:15:15:70:72 chr10 126683087 . T C 226.53 PASS AF=0.204301;AO=38;DP=186;FAO=38;FDP=186;FR=.;FRO=148;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=0.00541395;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.974;QD=4.87152;RBI=0.00778698;REFB=-0.0119674;REVB=0.00559699;RO=147;SAF=17;SAR=21;SRF=72;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544412;STB=0.531251;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0361691;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:147:148:38:38:0.204301:21:17:72:75:21:17:72:76 chr10 126683092 . G A 33.78 PASS AF=0.0691489;AO=13;DP=188;FAO=13;FDP=188;FR=.;FRO=175;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=81;FSRR=94;FWDB=-0.00368334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.343;QD=0.718628;RBI=0.028334;REFB=-0.00109223;REVB=-0.0280936;RO=173;SAF=10;SAR=3;SRF=80;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329908;STB=0.779947;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0108507;OID=.;OPOS=126683092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:188:188:173:175:13:13:0.0691489:3:10:80:93:3:10:81:94 chr10 126683103 . C T 44.46 PASS AF=0.0802139;AO=15;DP=186;FAO=15;FDP=187;FR=.;FRO=172;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=86;FSRR=86;FWDB=-0.0315446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.977;QD=0.95108;RBI=0.0547767;REFB=-0.00294739;REVB=-0.044782;RO=165;SAF=7;SAR=8;SRF=80;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208711;STB=0.53063;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.043163;OID=.;OPOS=126683103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:186:187:165:172:15:15:0.0802139:8:7:80:85:8:7:86:86 chr10 126683111 . C T 39.17 PASS AF=0.0748663;AO=14;DP=187;FAO=14;FDP=187;FR=.;FRO=173;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=78;FSRR=95;FWDB=-0.0122075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.733;QD=0.837804;RBI=0.0209896;REFB=0.00330583;REVB=-0.0170746;RO=173;SAF=11;SAR=3;SRF=78;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366262;STB=0.801069;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0279301;OID=.;OPOS=126683111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:187:187:173:173:14:14:0.0748663:3:11:78:95:3:11:78:95 chr10 126683123 . A C 320.23 PASS AF=0.254054;AO=47;DP=181;FAO=47;FDP=185;FR=.;FRO=138;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=72;FSRR=66;FWDB=-0.0226835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.387;QD=6.92378;RBI=0.024354;REFB=-0.00371165;REVB=0.00886445;RO=134;SAF=19;SAR=28;SRF=71;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15609;STB=0.587872;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0109105;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:185:134:138:47:47:0.254054:28:19:71:63:28:19:72:66 chr10 126683132 . A T 50.67 PASS AF=0.0864865;AO=16;DP=183;FAO=16;FDP=185;FR=.;FRO=169;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=77;FSRR=92;FWDB=0.00403693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.166;QD=1.09565;RBI=0.0485292;REFB=0.00196791;REVB=-0.048361;RO=161;SAF=12;SAR=4;SRF=76;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324806;STB=0.763603;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0125219;OID=.;OPOS=126683132;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:183:185:161:169:16:16:0.0864865:4:12:76:85:4:12:77:92 chr10 126683146 . C A 45.66 PASS AF=0.0815217;AO=15;DP=184;FAO=15;FDP=184;FR=.;FRO=169;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=80;FSRR=89;FWDB=0.0149126;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0469;QD=0.992713;RBI=0.0162526;REFB=0.0013121;REVB=-0.0064625;RO=169;SAF=10;SAR=5;SRF=80;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219304;STB=0.676026;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0441929;OID=.;OPOS=126683146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:184:184:169:169:15:15:0.0815217:5:10:80:89:5:10:80:89 chr10 126683150 . AC AT,GT 274.77 PASS AF=0.140449,0.11236;AO=24,20;DP=178;FAO=25,20;FDP=178;FR=.;FRO=133;FSAF=12,7;FSAR=13,13;FSRF=72;FSRR=61;FWDB=0.0485146,0.0176221;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=69.5763,113.96;QD=6.17465;RBI=0.0496266,0.0251836;REFB=0.0030873,0.000292786;REVB=-0.0104467,-0.0179909;RO=130;SAF=11,7;SAR=13,13;SRF=70;SRR=60;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.10178,-0.235102;STB=0.551474,0.664562;STBP=0.619,0.124;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0190334,-0.00128129;OID=.,.;OPOS=126683151,126683150;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:130:133:24,20:25,20:0.140449,0.11236:13,13:11,7:70:60:13,13:12,7:72:61 chr10 126683152 . G A 42.13 PASS AF=0.0786517;AO=14;DP=180;FAO=14;FDP=178;FR=.;FRO=164;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=80;FSRR=84;FWDB=0.00120582;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.853;QD=0.946674;RBI=0.0106455;REFB=-0.00386852;REVB=0.010577;RO=158;SAF=10;SAR=4;SRF=77;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258684;STB=0.709377;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.025361;OID=.;OPOS=126683152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:180:178:158:164:14:14:0.0786517:4:10:77:81:4:10:80:84 chr10 126683162 . C T 291.88 PASS AF=0.24581;AO=44;DP=180;FAO=44;FDP=179;FR=.;FRO=135;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=75;FSRR=60;FWDB=0.00808157;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.099;QD=6.52238;RBI=0.0191949;REFB=-0.00388904;REVB=0.0174107;RO=134;SAF=18;SAR=26;SRF=74;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17836;STB=0.609633;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00685678;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:134:135:44:44:0.24581:26:18:74:60:26:18:75:60 chr10 126683190 . C A 282.87 PASS AF=0.268966;AO=39;DP=146;FAO=39;FDP=145;FR=.;FRO=106;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=-0.00703597;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.29;QD=7.80343;RBI=0.015254;REFB=-0.00194209;REVB=-0.0135344;RO=106;SAF=20;SAR=19;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306735;STB=0.518234;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00407179;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:106:106:39:39:0.268966:19:20:57:49:19:20:57:49 chr10 126683197 . T C 46.8 PASS AF=0.0948905;AO=13;DP=137;FAO=13;FDP=137;FR=.;FRO=124;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=61;FWDB=0.0393302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.324;QD=1.36649;RBI=0.040183;REFB=-4.78923e-05;REVB=-0.0082346;RO=124;SAF=8;SAR=5;SRF=63;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126759;STB=0.59781;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000924853;OID=.;OPOS=126683197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:137:137:124:124:13:13:0.0948905:5:8:63:61:5:8:63:61 chr10 126683218 . CT TG 87.64 PASS AF=0.16;AO=16;DP=101;FAO=16;FDP=100;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0114772;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=2;MLLD=323.767;QD=3.50562;RBI=0.0133886;REFB=8.57833e-05;REVB=-0.00689408;RO=84;SAF=9;SAR=7;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340218;STB=0.522699;STBP=0.854;TYPE=mnp;VARB=-0.000337849;OID=.;OPOS=126683218;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:101:100:84:84:16:16:0.16:7:9:45:39:7:9:45:39 chr10 126683225 . C G 36.23 PASS AF=0.0947368;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=95;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0277873;FXX=0.049995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.739;QD=1.52549;RBI=0.0370633;REFB=0.00224912;REVB=0.0245266;RO=86;SAF=7;SAR=2;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304743;STB=0.742645;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0429545;OID=.;OPOS=126683225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:100:95:86:86:9:9:0.0947368:2:7:45:41:2:7:45:41 chr10 126691563 . A G 38.55 PASS AF=0.0816327;AO=12;DP=147;FAO=12;FDP=147;FR=.;FRO=135;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=63;FWDB=0.0122796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.416;QD=1.04895;RBI=0.0133769;REFB=-0.000763066;REVB=-0.00530609;RO=134;SAF=6;SAR=6;SRF=71;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338408;STB=0.530562;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0128373;OID=.;OPOS=126691563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:147:147:134:135:12:12:0.0816327:6:6:71:63:6:6:72:63 chr10 126691575 . T C 61.55 PASS AF=0.103896;AO=16;DP=153;FAO=16;FDP=154;FR=.;FRO=138;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=-0.0159073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.574;QD=1.59879;RBI=0.0201343;REFB=-0.0050298;REVB=0.0123429;RO=137;SAF=8;SAR=8;SRF=73;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396378;STB=0.525942;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0318084;OID=.;OPOS=126691575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:153:154:137:138:16:16:0.103896:8:8:73:64:8:8:73:65 chr10 126691579 . C T 48.45 PASS AF=0.0903226;AO=14;DP=155;FAO=14;FDP=155;FR=.;FRO=141;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=75;FSRR=66;FWDB=-0.00945058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.568;QD=1.2502;RBI=0.0107381;REFB=-0.00064147;REVB=0.00509847;RO=140;SAF=7;SAR=7;SRF=74;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333677;STB=0.528991;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0059525;OID=.;OPOS=126691579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:155:155:140:141:14:14:0.0903226:7:7:74:66:7:7:75:66 chr10 126691605 . C A 68.06 PASS AF=0.11875;AO=14;DP=159;FAO=19;FDP=160;FR=.;FRO=141;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=79;FSRR=62;FWDB=-0.00506673;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.714;QD=1.70145;RBI=0.00758769;REFB=0.00123068;REVB=-0.00564812;RO=140;SAF=6;SAR=8;SRF=78;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149208;STB=0.530081;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.0150322;OID=.;OPOS=126691605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:159:160:140:141:14:19:0.11875:8:6:78:62:9:10:79:62 chr10 126691608 . C T 80.06 PASS AF=0.125;AO=15;DP=157;FAO=20;FDP=160;FR=.;FRO=140;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=62;FWDB=0.0101019;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.301;QD=2.00159;RBI=0.0118708;REFB=-0.0029821;REVB=-0.00623441;RO=142;SAF=10;SAR=5;SRF=79;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1352;STB=0.549951;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0206584;OID=.;OPOS=126691608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:157:160:142:140:15:20:0.125:5:10:79:63:10:10:78:62 chr10 126691631 . T A 113.53 PASS AF=0.148387;AO=23;DP=155;FAO=23;FDP=155;FR=.;FRO=132;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=72;FSRR=60;FWDB=0.0036623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.468;QD=2.92972;RBI=0.00366266;REFB=-0.00224207;REVB=5.17349e-05;RO=132;SAF=9;SAR=14;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194345;STB=0.629888;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0172235;OID=.;OPOS=126691631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:132:132:23:23:0.148387:14:9:72:60:14:9:72:60 chr10 126691634 . T A 122.72 PASS AF=0.155844;AO=23;DP=153;FAO=24;FDP=154;FR=.;FRO=130;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=70;FSRR=60;FWDB=-0.0155936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.999;QD=3.18754;RBI=0.0155949;REFB=-0.0106218;REVB=0.00019654;RO=128;SAF=9;SAR=14;SRF=69;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186838;STB=0.602066;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0461584;OID=.;OPOS=126691634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:128:130:23:24:0.155844:14:9:69:59:14:10:70:60 chr10 126691660 . G A 84.63 PASS AF=0.140625;AO=18;DP=128;FAO=18;FDP=128;FR=.;FRO=110;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.0114191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.264;QD=2.6447;RBI=0.0399301;REFB=0.00201372;REVB=0.0382625;RO=110;SAF=9;SAR=9;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068668;STB=0.546823;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.0185554;OID=.;OPOS=126691660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:128:128:110:110:18:18:0.140625:9:9:61:49:9:9:61:49 chr10 126714714 . G C 1643.59 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00701142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.983;QD=59.2284;RBI=0.0156549;REFB=0.00188666;REVB=0.013997;RO=1;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713918;STB=0.503759;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=5.96169e-06;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:66:44:0:1:66:44:0:1 chr10 126714966 . A G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4033;QD=62.9799;RBI=0.0731096;REFB=0;REVB=-0.0510587;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000584109;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr10 126721441 . C A 1126.53 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.08;QD=60.0815;RBI=0.00887721;REFB=0;REVB=0.00599859;RO=0;SAF=2;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33654e-05;OID=.;OPOS=126721441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:72:75:1:70:2:0:0:73:2:0:0 chr10 126727602 . T A 271.38 PASS AF=0.237288;AO=42;DP=177;FAO=42;FDP=177;FR=.;FRO=135;FSAF=5;FSAR=37;FSRF=67;FSRR=68;FWDB=-0.00065969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.626;QD=6.13278;RBI=0.0146832;REFB=-0.00163976;REVB=0.0146684;RO=135;SAF=5;SAR=37;SRF=67;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542047;STB=0.835192;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00390917;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:135:135:42:42:0.237288:37:5:67:68:37:5:67:68 chr10 126727604 . T C 304.78 PASS AF=0.257143;AO=45;DP=175;FAO=45;FDP=175;FR=.;FRO=130;FSAF=5;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=0.0113116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9074;QD=6.96628;RBI=0.0130279;REFB=-0.000214336;REVB=0.00646316;RO=130;SAF=5;SAR=40;SRF=67;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571462;STB=0.848132;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000970125;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:130:130:45:45:0.257143:40:5:67:63:40:5:67:63 chr10 126727630 . T G 211.8 PASS AF=0.225352;AO=32;DP=148;FAO=32;FDP=142;FR=.;FRO=110;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=0.00670217;FXX=0.0469767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.615;QD=5.96615;RBI=0.0125676;REFB=0.00110606;REVB=0.0106314;RO=110;SAF=4;SAR=28;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493488;STB=0.810935;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00745896;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:142:110:110:32:32:0.225352:28:4:50:60:28:4:50:60 chr10 127265374 . T C 2052.24 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.32;QD=62.189;RBI=0.0438751;REFB=0;REVB=0.0395781;RO=0;SAF=51;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56488e-05;OID=.;OPOS=127265374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:132:0:0:128:132:1:77:51:0:0:79:53:0:0 chr10 127412499 . G A 183.63 PASS AF=0.202703;AO=30;DP=148;FAO=30;FDP=148;FR=.;FRO=118;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=-0.0500972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.573;QD=4.96284;RBI=0.0502428;REFB=-0.00295245;REVB=-0.00382225;RO=115;SAF=14;SAR=16;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00370242;STB=0.500452;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0122633;OID=.;OPOS=127412499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:115:118:30:30:0.202703:16:14:54:61:16:14:55:63 chr10 127429908 . C T 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.051269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.218;QD=13.4057;RBI=0.0515527;REFB=-0.000551808;REVB=0.00540111;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144522;STB=0.582631;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00129674;OID=.;OPOS=127429908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:11:12:13:21:11:12:13:21 chr10 127445408 . G T 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7825;QD=49.592;RBI=0.0449535;REFB=0;REVB=-0.0447546;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011835;OID=.;OPOS=127445408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr10 127462525 . A G 2808.99 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2585;QD=62.7707;RBI=0.10369;REFB=0;REVB=-0.103684;RO=0;SAF=82;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211462;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:97:82:0:0:97:82:0:0 chr10 127530325 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.705;QD=57.3848;RBI=0.0385718;REFB=0;REVB=-0.0146877;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85551e-05;OID=.;OPOS=127530325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr10 127579186 . C A 96.6 PASS AF=0.104247;AO=26;DP=261;FAO=27;FDP=259;FR=.;FRO=232;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=120;FSRR=112;FWDB=-0.0383565;FXX=0.0114499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.766;QD=1.49191;RBI=0.0475521;REFB=-0.00497204;REVB=-0.0281066;RO=229;SAF=11;SAR=15;SRF=118;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111967;STB=0.598101;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0486851;OID=.;OPOS=127579186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:261:259:229:232:26:27:0.104247:15:11:118:111:16:11:120:112 chr10 127579210 . T C 993.93 PASS AF=0.401434;AO=112;DP=279;FAO=112;FDP=279;FR=.;FRO=167;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=80;FSRR=87;FWDB=-0.0130202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4503;QD=14.2499;RBI=0.0224219;REFB=0.00242815;REVB=0.0182541;RO=167;SAF=57;SAR=55;SRF=80;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319209;STB=0.51788;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00332461;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:167:167:112:112:0.401434:55:57:80:87:55:57:80:87 chr10 127579238 . G T 531.06 PASS AF=0.264808;AO=76;DP=286;FAO=76;FDP=287;FR=.;FRO=211;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=104;FSRR=107;FWDB=-0.0143499;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.62;QD=7.40151;RBI=0.0171517;REFB=-0.011919;REVB=-0.00939473;RO=209;SAF=40;SAR=36;SRF=102;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475184;STB=0.524572;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0314503;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:287:209:211:76:76:0.264808:36:40:102:107:36:40:104:107 chr10 127585169 . G C 82.03 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.000802487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.622;QD=4.55742;RBI=0.0106528;REFB=-0.00344807;REVB=-0.0106225;RO=58;SAF=5;SAR=9;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117833;STB=0.576335;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0144017;OID=.;OPOS=127585169;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:72:72:58:58:14:14:0.194444:9:5:26:32:9:5:26:32 chr10 127585173 . T C 256.43 PASS AF=0.410959;AO=28;DP=71;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00130748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.84;QD=14.0511;RBI=0.00964197;REFB=-0.0126451;REVB=0.00955291;RO=42;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254145;STB=0.525407;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0202035;OID=.;OPOS=127585173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:42:43:28:30:0.410959:16:12:19:23:18:12:19:24 chr10 127585179 . G C 923.28 PASS AF=0.871795;AO=69;DP=79;FAO=68;FDP=78;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0124925;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=306.045;QD=47.3476;RBI=0.0163636;REFB=-0.0148412;REVB=0.0105691;RO=10;SAF=30;SAR=39;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327921;STB=0.518428;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00201051;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:78:10:10:69:68:0.871795:39:30:3:7:38:30:3:7 chr10 127585208 . G A 165.83 PASS AF=0.277108;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0156025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.927;QD=7.99165;RBI=0.0158113;REFB=-0.00897712;REVB=-0.002561;RO=60;SAF=9;SAR=14;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171613;STB=0.602851;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0246421;OID=.;OPOS=127585208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:60:23:23:0.277108:14:9:32:28:14:9:32:28 chr10 127585237 . C T 206.91 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0202987;FXX=0.0370325;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.2612;QD=10.6105;RBI=0.0219172;REFB=-0.0101177;REVB=-0.00826597;RO=50;SAF=11;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650873;STB=0.55165;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0364866;OID=.;OPOS=127585237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:50:52:26:26:0.333333:15:11:24:26:15:11:26:26 chr10 127585238 . G A 34.03 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0271176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.333;QD=1.72325;RBI=0.0271183;REFB=0.000124923;REVB=-0.000192542;RO=71;SAF=5;SAR=3;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184771;STB=0.642281;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.010259;OID=.;OPOS=127585238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:71:71:8:8:0.101266:3:5:33:38:3:5:33:38 chr10 127585260 . G T 183.08 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0319098;FXX=0.0833218;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.638;QD=11.0959;RBI=0.0329692;REFB=-0.0142393;REVB=-0.00829056;RO=43;SAF=9;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186537;STB=0.608601;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0489786;OID=.;OPOS=127585260;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:66:43:43:23:23:0.348485:14:9:24:19:14:9:24:19 chr10 127585262 . GC GT,TG 39.3 PASS AF=0.084507,0.0422535;AO=6,3;DP=71;FAO=6,3;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=2,2;FSAR=4,1;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0433611,0.0199038;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=84.2983,124.271;QD=2.21398;RBI=0.0565542,0.0336743;REFB=-0.0105822,-0.00984608;REVB=0.0363069,0.0271625;RO=58;SAF=2,2;SAR=4,1;SRF=28;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.169744,0.159191;STB=0.65295,0.658729;STBP=0.497,0.699;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0804999,0.0923512;OID=.,.;OPOS=127585263,127585262;OREF=C,GC;OALT=T,TG;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:71:71:58:62:6,3:6,3:0.084507,0.0422535:4,1:2,2:28:30:4,1:2,2:31:31 chr10 127668431 . A G 1306.03 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0282024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.658;QD=60.7458;RBI=0.0302929;REFB=0.140758;REVB=0.0110582;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.507935;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000549779;OID=.;OPOS=127668431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:54:31:0:0:54:31:1:0 chr10 127677374 . A G 313.31 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.614;QD=50.1295;RBI=0.0227317;REFB=-0.0928565;REVB=0.0145725;RO=1;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250636;STB=0.513502;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00277835;OID=.;OPOS=127677374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:18:6:0:1:18:6:0:1 chr10 127753478 . G A 587.96 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0225433;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.568;QD=19.7632;RBI=0.0232414;REFB=0.000634705;REVB=0.00565331;RO=56;SAF=26;SAR=34;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101609;STB=0.539468;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.000687041;OID=.;OPOS=127753478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:56:59:60:60:0.504202:34:26:18:38:34:26:21:38 chr10 127834139 . T G 601.74 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.834;QD=60.1735;RBI=0.020796;REFB=0;REVB=0.00959833;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128123;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:15:23:0:0:16:24:0:0 chr10 127967532 . C T 335.47 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0570047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8571;QD=16.9859;RBI=0.0602105;REFB=0.016116;REVB=-0.0193847;RO=42;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053663;STB=0.524066;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.019449;OID=.;OPOS=127967532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:43:36:36:0.455696:20:16:21:21:20:16:21:22 chr10 128019025 . C G 2090.12 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307492;FXX=0.0148137;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.2652;QD=62.8607;RBI=0.0325834;REFB=0;REVB=0.0107779;RO=0;SAF=54;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255778;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:133:0:0:133:133:1:79:54:0:0:79:54:0:0 chr10 128114325 . GT AT,TA 750.98 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=45,2;DP=50;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616096,-0.00834657;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=110.39,77.6238;QD=55.628;RBI=0.0955292,0.102515;REFB=0,0;REVB=-0.0953303,-0.102175;RO=0;SAF=16,2;SAR=29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.49331e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000220964,0.00344002;OID=.,.;OPOS=128114325,128114325;OREF=G,GT;OALT=A,TA;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:50:54:0:0:45,2:52,2:0.962963,0.037037:29,0:16,2:0:0:33,0:19,2:0:0 chr10 128202435 . T C 1397.65 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0176594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.9682;QD=58.2353;RBI=0.0633651;REFB=-0.164864;REVB=0.0608547;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522217;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00421385;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:96:0:4:92:92:0.958333:43:49:0:0:43:49:0:4 chr10 128926013 . A G 2584.72 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.336;QD=61.9094;RBI=0.0161209;REFB=0;REVB=-0.00653162;RO=0;SAF=87;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62604e-06;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:0:0:167:167:1:80:87:0:0:80:87:0:0 chr10 128974621 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.175;QD=43.4861;RBI=0.0329712;REFB=0;REVB=0.00301161;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000426699;OID=.;OPOS=128974621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr10 129242515 . G A 422.96 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0267806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.532;QD=18.3898;RBI=0.0274004;REFB=-0.0189237;REVB=0.00579512;RO=49;SAF=12;SAR=31;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201963;STB=0.613285;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0204781;OID=.;OPOS=129242515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:31:12:23:26:31:12:23:26 chr10 129249662 . G A 1405.53 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0219393;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1431;QD=61.7815;RBI=0.0721614;REFB=-0.103873;REVB=0.0687455;RO=1;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101926;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00164157;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:1:1:90:90:0.989011:46:44:0:1:46:44:0:1 chr10 129249676 . C T 1435.01 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0397094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.566;QD=59.7921;RBI=0.0501061;REFB=-0.0579826;REVB=0.0305579;RO=2;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206026;STB=0.516126;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00116599;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:96:96:2:3:93:93:0.96875:45:48:0:2:45:48:0:3 chr10 129249693 . G A 1573.45 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.678;QD=58.8205;RBI=0.0294453;REFB=-0.0991164;REVB=0.0243303;RO=1;SAF=48;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978419;STB=0.505154;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000402429;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:105:106:0.990654:57:48:1:0:58:48:1:0 chr10 129249701 . C G 1643.26 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0075751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3716;QD=59.2167;RBI=0.0112192;REFB=-0.0884217;REVB=0.0082758;RO=1;SAF=48;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097874;STB=0.505154;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000130234;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:62:48:1:0:62:48:1:0 chr10 129249925 . T C 1189.51 PASS AF=0.468165;AO=123;DP=265;FAO=125;FDP=267;FR=.;FRO=142;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=87;FSRR=55;FWDB=0.0109311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.819;QD=17.8203;RBI=0.0225111;REFB=-0.0430785;REVB=0.019679;RO=141;SAF=69;SAR=54;SRF=86;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484258;STB=0.53284;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0148414;OID=.;OPOS=129249925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:267:141:142:123:125:0.468165:54:69:86:55:56:69:87:55 chr10 129347785 . C T 823.32 PASS AF=0.443299;AO=86;DP=195;FAO=86;FDP=194;FR=.;FRO=108;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=-0.0134799;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.04;QD=16.9757;RBI=0.0136084;REFB=-0.00535748;REVB=0.00186609;RO=109;SAF=32;SAR=54;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998981;STB=0.552659;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0061527;OID=.;OPOS=129347785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:109:108:86:86:0.443299:54:32:51:58:54:32:50:58 chr10 129534478 . A AGCGCGGC,C 813.81 PASS AF=0.934426,0.0163934;AO=51,4;DP=61;FAO=57,1;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=35,1;FSAR=22,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.028784,0.0110495;FXX=0.164361;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=242.454,52.6978;QD=53.3649;RBI=0.0304768,0.0118548;REFB=-0.0513089,-0.00119235;REVB=0.0100158,-0.00429484;RO=5;SAF=29,4;SAR=22,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0397655,0.672226;STB=0.502779,0.985111;STBP=0.911,0.519;TYPE=ins,snp;VARB=0.00234978,0.0623755;OID=.,.;OPOS=129534479,129534478;OREF=-,A;OALT=GCGCGGC,C;OMAPALT=AGCGCGGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:5:3:51,4:57,1:0.934426,0.0163934:22,0:29,4:4:1:22,0:35,1:2:1 chr10 129534679 . T C 4650.33 PASS AF=1;AO=273;DP=274;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000957428;FXX=0.00340124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.22;QD=63.4857;RBI=0.0505934;REFB=0.0267979;REVB=0.0505844;RO=0;SAF=167;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79677e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35677e-05;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:274:293:0:0:273:293:1:106:167:0:0:124:169:0:0 chr10 129534739 . C G 4763.9 PASS AF=0.972308;AO=313;DP=325;FAO=316;FDP=325;FR=.;FRO=9;FSAF=134;FSAR=182;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00514599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3337;QD=58.6326;RBI=0.00652317;REFB=-0.0456672;REVB=-0.00400882;RO=3;SAF=133;SAR=180;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447545;STB=0.502573;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00105576;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:325:325:3:9:313:316:0.972308:180:133:2:1:182:134:3:6 chr10 129534864 . A C 4356.19 PASS AF=1;AO=277;DP=278;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322992;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.841;QD=62.9053;RBI=0.0330145;REFB=-0.0703748;REVB=-0.00683504;RO=0;SAF=125;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41847e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:278:277:0:0:277:277:1:152:125:0:0:152:125:0:0 chr10 129845902 . G A 515.55 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0073251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.107;QD=17.6256;RBI=0.0591147;REFB=-0.000942561;REVB=0.0586591;RO=62;SAF=21;SAR=34;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691205;STB=0.538447;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00139027;OID=.;OPOS=129845902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:62:55:55:0.470085:34:21:28:34:34:21:28:34 chr10 129866449 . C G 234.36 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.117585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1739;QD=13.02;RBI=0.121628;REFB=3.12071e-05;REVB=0.0310967;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302194;OID=.;OPOS=129866449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:44:28:28:0.388889:14:14:21:20:14:14:22:22 chr10 129871690 . A G 399.31 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.000996424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8005;QD=15.8142;RBI=0.0313563;REFB=0.000183013;REVB=-0.0313405;RO=54;SAF=22;SAR=22;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182276;STB=0.524741;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00066852;OID=.;OPOS=129871690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:57:44:44:0.435644:22:22:26:28:22:22:26:31 chr10 129882401 . C T 653.91 PASS AF=0.468966;AO=65;DP=146;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.022226;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2454;QD=18.0389;RBI=0.0430601;REFB=-0.0263596;REVB=-0.0368806;RO=76;SAF=26;SAR=39;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149049;STB=0.58787;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0153335;OID=.;OPOS=129882401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:76:77:65:68:0.468966:39:26:42:34:42:26:42:35 chr10 129883370 . A G 948.46 PASS AF=0.4;AO=108;DP=270;FAO=108;FDP=270;FR=.;FRO=162;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=82;FSRR=80;FWDB=0.0191089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3248;QD=14.0512;RBI=0.0194127;REFB=-0.00952816;REVB=0.00342085;RO=161;SAF=46;SAR=62;SRF=82;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896563;STB=0.548512;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0173509;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:161:162:108:108:0.4:62:46:82:79:62:46:82:80 chr10 129883933 . C T 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00464336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.852;QD=18.1915;RBI=0.00491188;REFB=-0.00940394;REVB=0.00160181;RO=44;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049768;STB=0.534229;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0111696;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:17:23:23:21:17:23:23:22 chr10 129899543 . C T 1141.86 PASS AF=0.57377;AO=105;DP=182;FAO=105;FDP=183;FR=.;FRO=78;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.000655617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.617;QD=24.9587;RBI=0.0145989;REFB=-0.00593849;REVB=-0.0145842;RO=77;SAF=55;SAR=50;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135052;STB=0.51016;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00356582;OID=.;OPOS=129899543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:77:78:105:105:0.57377:50:55:39:38:50:55:39:39 chr10 129899578 . T C 2822.42 PASS AF=0.994536;AO=181;DP=184;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00171971;FXX=0.00543449;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.575;QD=61.6923;RBI=0.0284444;REFB=-0.0836941;REVB=0.0283924;RO=1;SAF=99;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00577058;STB=0.502512;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000884801;OID=.;OPOS=129899578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:184:183:1:1:181:182:0.994536:82:99:0:1:83:99:1:0 chr10 129899778 . G C 1528.66 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124372;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9149;QD=62.3944;RBI=0.0129584;REFB=-0.0870171;REVB=0.00363817;RO=1;SAF=61;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133556;STB=0.506848;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00226962;OID=.;OPOS=129899778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:1:1:96:97:0.989796:35:61:0:1:36:61:0:1 chr10 129899922 . T C 140.58 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0184765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1461;QD=13.0774;RBI=0.0780659;REFB=0.0257312;REVB=0.0758479;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16909;STB=0.589789;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0396502;OID=.;OPOS=129899922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:11:5:12:14:11:5:12:15 chr10 129901393 . T C 3890.56 PASS AF=0.991935;AO=244;DP=247;FAO=246;FDP=248;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0201667;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.499;QD=62.7509;RBI=0.0334214;REFB=-0.0446378;REVB=0.0266513;RO=2;SAF=99;SAR=145;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065286;STB=0.503378;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000290064;OID=.;OPOS=129901393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:247:248:2:2:244:246:0.991935:145:99:0:2:147:99:0:2 chr10 129901570 . C T 580.68 PASS AF=0.39881;AO=67;DP=168;FAO=67;FDP=168;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=-0.00164609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.137;QD=13.8257;RBI=0.0088008;REFB=-0.00820797;REVB=-0.00864548;RO=99;SAF=31;SAR=36;SRF=45;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868839;STB=0.510376;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0166518;OID=.;OPOS=129901570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:99:101:67:67:0.39881:36:31:45:54:36:31:45:56 chr10 129901722 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.255;QD=57.7124;RBI=0.0138547;REFB=0;REVB=0.00830546;RO=0;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81859e-05;OID=.;OPOS=129901722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:41:18:0:0:41:18:0:0 chr10 129901726 . C T 793.21 PASS AF=1;AO=47;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.481;QD=56.6575;RBI=0.0683313;REFB=0;REVB=0.066356;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000885226;OID=.;OPOS=129901726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:47:56:1:32:15:0:0:38:18:0:0 chr10 129901825 . T C 1444.3 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.665;QD=62.1206;RBI=0.0547658;REFB=0;REVB=0.0473962;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04117e-05;OID=.;OPOS=129901825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:93:0:0:92:93:1:48:44:0:0:49:44:0:0 chr10 129901946 . T G 2248.55 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.551;QD=63.3394;RBI=0.040967;REFB=0;REVB=0.0179795;RO=0;SAF=60;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76694e-05;OID=.;OPOS=129901946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:142:0:0:140:142:1:80:60:0:0:81:61:0:0 chr10 129902158 . C T 891.32 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.100851;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.204;QD=56.5915;RBI=0.104516;REFB=-0.133868;REVB=0.0274363;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200828;STB=0.510635;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000303919;OID=.;OPOS=129902158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:39:23:1:0:39:23:1:0 chr10 129902281 . G A 731.37 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116151;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.483;QD=63.5977;RBI=0.0123802;REFB=0;REVB=0.0042848;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127817;OID=.;OPOS=129902281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr10 129903016 . T C 1493.29 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102287;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.12;QD=62.2204;RBI=0.0227648;REFB=-0.0559778;REVB=0.0203374;RO=1;SAF=46;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101963;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567551;OID=.;OPOS=129903016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:96:96:1:0:94:96:1:48:46:1:0:48:48:0:0 chr10 129903094 . G T 686.23 PASS AF=0.514706;AO=57;DP=123;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0268159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0615;QD=20.1831;RBI=0.0330494;REFB=-0.0284553;REVB=0.0193176;RO=60;SAF=24;SAR=33;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135007;STB=0.571408;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0115362;OID=.;OPOS=129903094;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:136:60:66:57:70:0.514706:33:24:34:26:42:28:36:30 chr10 129904474 . G A 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00251798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.678;QD=13.5535;RBI=0.00876691;REFB=-0.0180396;REVB=-0.00839753;RO=40;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16449;STB=0.594067;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0297064;OID=.;OPOS=129904474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:10:17:19:21:10:17:19:21 chr10 129904477 . C T 958.44 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00570042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.078;QD=57.2203;RBI=0.0168758;REFB=-0.0579898;REVB=0.0158839;RO=1;SAF=35;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133089;STB=0.50704;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000164691;OID=.;OPOS=129904477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:31:35:1:0:31:35:1:0 chr10 129905429 . C T 870.53 PASS AF=0.49162;AO=87;DP=178;FAO=88;FDP=179;FR=.;FRO=91;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=-0.0647714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.705;QD=19.4533;RBI=0.0662771;REFB=0.00886699;REVB=-0.0140469;RO=91;SAF=51;SAR=36;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348859;STB=0.521621;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00742274;OID=.;OPOS=129905429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:91:91:87:88:0.49162:36:51:50:41:36:52:50:41 chr10 129906364 . G A 648.07 PASS AF=0.503876;AO=64;DP=128;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.00641016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.216;QD=20.0953;RBI=0.0150453;REFB=-1.67789e-05;REVB=0.0136115;RO=61;SAF=21;SAR=43;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000257416;STB=0.502923;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=9.90916e-06;OID=.;OPOS=129906364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:61:64:64:65:0.503876:43:21:20:41:43:22:22:42 chr10 129906468 . C T 3329.06 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.955;QD=62.2254;RBI=0.0162192;REFB=0;REVB=-0.00939667;RO=0;SAF=92;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86857e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11068e-07;OID=.;OPOS=129906468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:214:0:0:211:214:1:119:92:0:0:120:94:0:0 chr10 129907544 . G C 990.57 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6575;QD=59.1383;RBI=0.0489518;REFB=0;REVB=0.0236242;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417817;OID=.;OPOS=129907544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:38:29:0:0 chr10 129910475 . T G 453.58 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0100752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.134;QD=22.399;RBI=0.0566567;REFB=-0.0181607;REVB=0.0557537;RO=36;SAF=26;SAR=18;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409311;STB=0.514579;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0169747;OID=.;OPOS=129910475;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:37:44:44:0.54321:18:26:23:13:18:26:23:14 chr10 129911856 . C G 1286.74 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562386;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.327;QD=62.0116;RBI=0.0563252;REFB=0;REVB=0.00312196;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89006e-05;OID=.;OPOS=129911856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:51:32:0:0:51:32:0:0 chr10 129913502 . AAG A 173.56 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0163327;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=2;MLLD=206.859;QD=9.6423;RBI=0.0238455;REFB=0.0171967;REVB=0.0173739;RO=36;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103868;STB=0.575704;STBP=0.302;TYPE=del;VARB=-0.0269448;OID=.;OPOS=129913503;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402778:29:73:29:72:43:10:19:20:23:99:36:10:19:16:20 chr10 129913960 . A T 1341.23 PASS AF=0.941176;AO=95;DP=101;FAO=96;FDP=102;FR=.;FRO=6;FSAF=61;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00782856;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.45;QD=52.5971;RBI=0.00975579;REFB=-0.0570064;REVB=-0.00582143;RO=6;SAF=60;SAR=35;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00424327;STB=0.501985;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.000380934;OID=.;OPOS=129913960;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:101:102:6:6:95:96:0.941176:35:60:4:2:35:61:4:2 chr10 129917560 . T C 228.01 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0729206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4173;QD=13.819;RBI=0.0763936;REFB=-0.022518;REVB=-0.0227719;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526227;STB=0.529943;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0373612;OID=.;OPOS=129917560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:16:11:14:25:16:11:14:25 chr10 129921195 . A T 582.03 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00476529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9804;QD=18.9278;RBI=0.0311135;REFB=-0.0268661;REVB=-0.0307464;RO=62;SAF=27;SAR=33;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461652;STB=0.529786;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0236882;OID=.;OPOS=129921195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:62:63:60:60:0.487805:33:27:31:31:33:27:32:31 chr10 131638531 . G A 356.55 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0171686;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.407;QD=21.9417;RBI=0.0263716;REFB=-0.0407594;REVB=-0.0200175;RO=28;SAF=22;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618939;STB=0.543186;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0328435;OID=.;OPOS=131638531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:29:36:36:0.553846:14:22:15:13:14:22:15:14 chr10 132891254 . G A 361.46 PASS AF=0.560606;AO=35;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0126381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.164;QD=21.9067;RBI=0.0174739;REFB=-0.0188144;REVB=0.0120671;RO=29;SAF=13;SAR=22;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235107;STB=0.515781;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0158648;OID=.;OPOS=132891254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:35:37:0.560606:22:13:10:19:23:14:10:19 chr10 133607904 . G A 720.73 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.149;QD=62.6717;RBI=0.0199371;REFB=0;REVB=0.00885018;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119548;OID=.;OPOS=133607904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:27:18:0:0:27:19:0:0 chr10 133607937 . G A 723.27 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.756;QD=61.5551;RBI=0.0419138;REFB=0;REVB=0.00998082;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000803692;OID=.;OPOS=133607937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:1:0:46:47:1:25:21:0:1:26:21:0:0 chr10 133607947 . T G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.666;QD=64.1533;RBI=0.0627852;REFB=0;REVB=-0.038998;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000498149;OID=.;OPOS=133607947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr10 133608210 . A G 1898.85 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00194422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.91;QD=60.7631;RBI=0.0118906;REFB=0.0716598;REVB=-0.0117305;RO=1;SAF=45;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597677;STB=0.503144;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000363651;OID=.;OPOS=133608210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:79:45:0:1:79:45:0:1 chr10 133608237 . G A 1697.16 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9191;QD=59.5495;RBI=0.0492634;REFB=-0.105847;REVB=0.0457297;RO=1;SAF=49;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959154;STB=0.50505;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00112119;OID=.;OPOS=133608237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:64:49:1:0:64:49:1:0 chr10 133608291 . TT GG 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299864;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=102.061;QD=63.0525;RBI=0.0452191;REFB=0;REVB=-0.0338464;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-6.04637e-06;OID=.;OPOS=133608291;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr10 133608495 . A T 1524.09 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218987;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.652;QD=59.7682;RBI=0.0434342;REFB=0;REVB=0.0375096;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111937;OID=.;OPOS=133608495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:102:0:0:99:102:1:61:38:0:0:63:39:0:0 chr10 133948634 . T C 1118.01 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138658;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.368;QD=60.4332;RBI=0.0183545;REFB=0;REVB=0.0120262;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03322e-06;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr10 133954011 . C T 3942.52 PASS AF=1;AO=252;DP=253;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018477;FXX=0.0155033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.668;QD=62.087;RBI=0.0247194;REFB=0;REVB=0.016421;RO=0;SAF=157;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208904;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:253:254:0:0:252:254:1:95:157:0:0:97:157:0:0 chr10 133961494 . C T 1645.68 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402316;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.107;QD=60.3919;RBI=0.0507206;REFB=0;REVB=0.0308869;RO=0;SAF=47;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135042;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:62:47:0:0:62:47:0:0 chr10 133963466 . A G 5047.42 PASS AF=1;AO=317;DP=321;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=245;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00198469;FXX=0.00310549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4004;QD=62.8962;RBI=0.0565325;REFB=0;REVB=-0.0564977;RO=0;SAF=75;SAR=242;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6153e-05;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:321:321:0:0:317:321:1:242:75:0:0:245:76:0:0 chr10 133981682 . G A 1646.56 PASS AF=0.99115;AO=104;DP=106;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.5016;QD=58.2852;RBI=0.0304485;REFB=-0.10033;REVB=0.0181038;RO=2;SAF=51;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00034436;STB=0.504131;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00102409;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:106:113:2:1:104:112:0.99115:53:51:1:1:60:52:0:1 chr10 134013990 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.627;QD=61.6825;RBI=0.0844561;REFB=0;REVB=-0.0160836;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143832;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr10 134017295 . A G 2680.52 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823849;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1088;QD=60.9209;RBI=0.0167553;REFB=-0.0543126;REVB=0.01459;RO=0;SAF=108;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37093e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693362;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:167:176:0:0:166:176:1:58:108:0:0:63:113:0:0 chr10 134018867 . G A 2385.92 PASS AF=0.531323;AO=226;DP=428;FAO=229;FDP=431;FR=.;FRO=202;FSAF=99;FSAR=130;FSRF=86;FSRR=116;FWDB=-0.0188819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.334;QD=22.1431;RBI=0.0227459;REFB=-0.0145011;REVB=0.0126827;RO=201;SAF=99;SAR=127;SRF=86;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00895627;STB=0.50314;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0125021;OID=.;OPOS=134018867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:428:431:201:202:226:229:0.531323:127:99:86:115:130:99:86:116 chr10 134036193 . A G 1186.94 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2169;QD=60.8686;RBI=0.0309929;REFB=0;REVB=-0.0308182;RO=0;SAF=24;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237848;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:53:24:0:0:54:24:0:0 chr10 134040367 . C T 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0150101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.131;QD=17.2246;RBI=0.0396601;REFB=-0.0110943;REVB=-0.03671;RO=39;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113193;STB=0.563366;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0154373;OID=.;OPOS=134040367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:18:16:23:16:18:16:23:16 chr10 134145314 . A G 195.9 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0500263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.436;QD=14.511;RBI=0.0503619;REFB=-0.0225067;REVB=-0.00580444;RO=31;SAF=5;SAR=17;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00213419;STB=0.507036;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0185268;OID=.;OPOS=134145314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:22:23:0.425926:17:5:7:24:18:5:7:24 chr10 134161633 . A G 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0126305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.774;QD=12.0712;RBI=0.0143902;REFB=-0.0129276;REVB=-0.00689558;RO=40;SAF=2;SAR=22;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476629;STB=0.785408;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0256667;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:22:2:14:26:22:2:14:26 chr10 134218296 . C G 531.24 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=43;FWDB=-0.000678495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.3654;QD=22.8491;RBI=0.0209318;REFB=0.00510572;REVB=0.0209209;RO=41;SAF=3;SAR=47;SRF=0;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283605;STB=0.65689;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00321386;OID=.;OPOS=134218296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:43:50:50:0.537634:47:3:0:41:47:3:0:43 chr10 134218532 . G C 236.42 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.00510815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.313;QD=11.2579;RBI=0.0124003;REFB=-0.0119646;REVB=0.0112993;RO=55;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866372;STB=0.549967;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.020904;OID=.;OPOS=134218532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:18:11:17:38:18:11:17:38 chr10 134219036 . G A 2023.27 PASS AF=0.541667;AO=193;DP=358;FAO=195;FDP=360;FR=.;FRO=165;FSAF=104;FSAR=91;FSRF=81;FSRR=84;FWDB=0.0399967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.526;QD=22.4808;RBI=0.0401246;REFB=-0.00568956;REVB=0.00320107;RO=162;SAF=103;SAR=90;SRF=80;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335007;STB=0.519478;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00717319;OID=.;OPOS=134219036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:360:162:165:193:195:0.541667:90:103:80:82:91:104:81:84 chr10 134219045 . C T 2145.78 PASS AF=0.540897;AO=204;DP=379;FAO=205;FDP=379;FR=.;FRO=174;FSAF=110;FSAR=95;FSRF=91;FSRR=83;FWDB=-0.0139596;FXX=0.00263151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.695;QD=22.6467;RBI=0.0195866;REFB=-0.0102429;REVB=0.0137391;RO=173;SAF=109;SAR=95;SRF=91;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070322;STB=0.50627;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00822919;OID=.;OPOS=134219045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:379:173:174:204:205:0.540897:95:109:91:82:95:110:91:83 chr10 134231313 . CTTTTTTG CTTCTTTG,CTTTTTG,CTTTTTGT 295.91 PASS AF=0.127273,0.818182,0.0545455;AO=6,11,2;DP=56;FAO=7,45,3;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30,3;FSAR=7,15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546497,0.629644,0.198132;FXX=0.0517152;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=152.008,7.41524,10.031;QD=21.5209;RBI=0.0901955,0.755653,0.267141;REFB=-0.00507932,0.0617829,0.0464349;REVB=-0.071754,-0.417803,-0.179188;RO=17;SAF=0,8,1;SAR=6,3,1;SRF=16;SRR=1;SSEN=0,0.412698,0;SSEP=0,0.309091,0;SSSB=-0.844759,-0.33884,-0.605052;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.105109,-0.0168522,-0.069195;OID=.,.,.;OPOS=134231316,134231314,134231319;OREF=T,T,TG;OALT=C,-,GT;OMAPALT=CTTCTTTG,CTTTTTG,CTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.127273,0.818182,0.0545455:6,11,2:56:7,45,3:55:0:0,30,3:7,15,0:0:0:40:17:0,8,1:6,3,1:16:1 chr10 134598628 . A G 2071.08 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0462385;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.568;QD=61.8233;RBI=0.0470126;REFB=0.027914;REVB=0.00849626;RO=1;SAF=59;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798815;STB=0.504201;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.000217511;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:74:59:1:0:74:59:1:0 chr10 134622258 . GGCC GC,GG,GGC 305.14 PASS AF=0.978723,0,0;AO=6,5,18;DP=46;FAO=46,0,0;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=37,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.226364,-0.148973,-0.329277;FXX=0.020829;HRUN=4,4,4;LEN=2,2,1;MLLD=13.0564,11.3676,7.46383;QD=25.9691;RBI=0.226397,0.246945,0.491321;REFB=0.0192754,0.0694061,0.0967133;REVB=-0.00389165,0.196948,0.364654;RO=10;SAF=5,5,18;SAR=1,0,0;SRF=4;SRR=6;SSEN=0.5,0,0;SSEP=0,0.5,0.5;SSSB=0.467859,0.745952,0.84827;STB=0.506664,0.5,0.5;STBP=0.635,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0216184,0,0.0200697;OID=.,.,.;OPOS=134622259,134622260,134622260;OREF=GC,CC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GC,GG,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.978723,0,0:6,5,18:46:46,0,0:47:1:37,0,0:9,0,0:1:0:4:10:5,5,18:1,0,0:4:6 chr10 134622408 . T C 1152.67 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6489;QD=60.6666;RBI=0.0978924;REFB=0;REVB=0.0968683;RO=0;SAF=19;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458886;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:56:19:0:0:57:19:0:0 chr10 134623959 . T C 1540.34 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.692;QD=58.6794;RBI=0.0394174;REFB=-0.010957;REVB=-0.00813024;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.505493;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=9.89536e-05;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:0:1:103:104:0.990476:59:44:0:0:59:45:1:0 chr10 134624504 . C T 3965.59 PASS AF=1;AO=256;DP=257;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150469;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.673;QD=61.9623;RBI=0.0315186;REFB=-0.0515398;REVB=-0.027695;RO=1;SAF=129;SAR=127;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57743e-05;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:257:256:1:0:256:256:1:127:129:0:1:127:129:0:0 chr10 134726216 . G A 544.34 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=0.0236264;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.473;QD=18.2973;RBI=0.0250324;REFB=-0.00278391;REVB=-0.00827142;RO=59;SAF=23;SAR=34;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079279;STB=0.553592;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0033104;OID=.;OPOS=134726216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:59:62:57:57:0.478992:34:23:19:40:34:23:19:43 chr10 134777790 . G A 2026.36 PASS AF=0.992537;AO=131;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00218717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.875;QD=60.4884;RBI=0.0180939;REFB=-0.030801;REVB=0.0179612;RO=1;SAF=42;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531091;STB=0.502732;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=6.05214e-05;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:134:134:1:1:131:133:0.992537:89:42:0:1:91:42:0:1 chr10 134884516 . G A 1615.07 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055401;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.386;QD=60.3763;RBI=0.0284865;REFB=0;REVB=0.0279426;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108301;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:49:58:0:0:49:58:0:0 chr10 134884546 . A G 2192.92 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824325;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2491;QD=61.3403;RBI=0.0827197;REFB=0;REVB=0.00688774;RO=0;SAF=73;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300944;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:143:0:0:139:143:1:66:73:0:0:66:77:0:0 chr10 134884595 . G A 2949.88 PASS AF=0.974359;AO=190;DP=195;FAO=190;FDP=195;FR=.;FRO=5;FSAF=97;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0178729;FXX=0.00510178;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.01;QD=60.5103;RBI=0.0324927;REFB=-0.0402496;REVB=0.0271355;RO=5;SAF=97;SAR=93;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151539;STB=0.507962;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000193501;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:195:195:5:5:190:190:0.974359:93:97:1:4:93:97:1:4 chr10 134884610 . C G 2990.46 PASS AF=0.966346;AO=201;DP=208;FAO=201;FDP=208;FR=.;FRO=7;FSAF=97;FSAR=104;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0170977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6992;QD=57.5088;RBI=0.0200655;REFB=0.0558208;REVB=0.0105021;RO=7;SAF=97;SAR=104;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239924;STB=0.512608;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00709819;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:208:208:7:7:201:201:0.966346:104:97:6:1:104:97:6:1 chr10 134886618 . G C 1043.85 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.424;QD=59.6488;RBI=0.0377228;REFB=0;REVB=0.0371224;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47131e-05;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:30:38:0:0:32:38:0:0 chr10 134902396 . C G 755.58 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0432916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2009;QD=50.3718;RBI=0.0641575;REFB=0.0143826;REVB=-0.0473501;RO=4;SAF=26;SAR=30;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671936;STB=0.535702;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00403723;OID=.;OPOS=134902396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:4:4:56:56:0.933333:30:26:4:0:30:26:4:0 chr10 134902398 . CA GT,TA 827.66 PASS AF=0.0172414,0.982759;AO=3,54;DP=58;FAO=1,57;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934685,0.034192;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=53.6145,102.704;QD=57.0797;RBI=0.0166125,0.0408717;REFB=0,0;REVB=-0.0137336,0.022392;RO=0;SAF=3,26;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.52846e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.127553,0.000276804;OID=.,.;OPOS=134902398,134902398;OREF=CA,C;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:58:58:0:0:3,54:1,57:0.0172414,0.982759:0,28:3,26:0:0:0,28:1,29:0:0 chr10 134942166 . A G 1747.86 PASS AF=0.448193;AO=186;DP=415;FAO=186;FDP=415;FR=.;FRO=229;FSAF=66;FSAR=120;FSRF=101;FSRR=128;FWDB=-0.0181493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.806;QD=16.8469;RBI=0.0372731;REFB=-0.00511669;REVB=-0.0325559;RO=229;SAF=66;SAR=120;SRF=101;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910323;STB=0.550423;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00840281;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:415:229:229:186:186:0.448193:120:66:101:128:120:66:101:128 chr10 134973995 . G A 1292.7 PASS AF=0.591133;AO=120;DP=203;FAO=120;FDP=203;FR=.;FRO=83;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=-0.0258633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9979;QD=25.4719;RBI=0.0399045;REFB=-0.0254954;REVB=0.0303885;RO=83;SAF=56;SAR=64;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750861;STB=0.540676;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0247968;OID=.;OPOS=134973995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:83:83:120:120:0.591133:64:56:47:36:64:56:47:36 chr10 134997480 . C T 232.56 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=44;FWDB=0.0232289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4388;QD=10.8168;RBI=0.0243024;REFB=0.0164261;REVB=0.00714322;RO=57;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266241;STB=0.652082;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.024535;OID=.;OPOS=134997480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:16:13:13:44:16:13:13:44 chr10 134999602 . G C 4266.18 PASS AF=0.98917;AO=277;DP=277;FAO=274;FDP=277;FR=.;FRO=3;FSAF=130;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0258967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.842;QD=61.6055;RBI=0.0588602;REFB=0.0192828;REVB=0.0528572;RO=0;SAF=130;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.44388e-08;STB=0.505154;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=8.69939e-06;OID=.;OPOS=134999602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:277:277:0:3:277:274:0.98917:147:130:0:0:144:130:0:3 chr10 134999903 . G A 812.9 PASS AF=0.391489;AO=92;DP=238;FAO=92;FDP=235;FR=.;FRO=143;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=86;FSRR=57;FWDB=-0.00605768;FXX=0.0126045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.95;QD=13.8366;RBI=0.00633789;REFB=-0.00116169;REVB=-0.00186371;RO=143;SAF=51;SAR=41;SRF=86;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518893;STB=0.529151;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00155016;OID=.;OPOS=134999903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:235:143:143:92:92:0.391489:41:51:86:57:41:51:86:57 chr10 135012162 . T C 468.57 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0485311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.016;QD=20.3725;RBI=0.0525393;REFB=-0.00299677;REVB=-0.0201273;RO=46;SAF=20;SAR=26;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401624;STB=0.522234;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00303338;OID=.;OPOS=135012162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:26:20:18:28:26:20:18:28 chr10 135012429 . TT AC 274.24 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0445143;FXX=0.0384566;HRUN=2;LEN=2;MLLD=269.188;QD=14.6259;RBI=0.0477262;REFB=0.00274567;REVB=0.0172124;RO=43;SAF=6;SAR=25;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609902;STB=0.549772;STBP=0.578;TYPE=mnp;VARB=-0.00488671;OID=.;OPOS=135012429;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:43:44:31:31:0.413333:25:6:10:33:25:6:11:33 chr10 135012652 . T C 758.64 PASS AF=0.484663;AO=79;DP=163;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=56;FSRR=28;FWDB=0.00878859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.015;QD=18.617;RBI=0.0127888;REFB=-0.0290208;REVB=-0.00929055;RO=84;SAF=34;SAR=45;SRF=56;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217924;STB=0.619995;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0475648;OID=.;OPOS=135012652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:84:84:79:79:0.484663:45:34:56:28:45:34:56:28 chr10 135015427 . C A 260.19 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00542598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.202;QD=16.7866;RBI=0.0308825;REFB=-0.013899;REVB=0.030402;RO=33;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785306;STB=0.543999;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0151818;OID=.;OPOS=135015427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:18:11:10:23:18:11:10:23 chr10 135015667 . C T 496.94 PASS AF=0.676471;AO=45;DP=67;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0468235;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1072;QD=29.2315;RBI=0.0475614;REFB=-0.0332535;REVB=-0.00834563;RO=21;SAF=30;SAR=15;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031826;STB=0.510634;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0134178;OID=.;OPOS=135015667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:21:22:45:46:0.676471:15:30:15:6:16:30:15:7 chr10 135016089 . T C 863.21 PASS AF=0.449495;AO=88;DP=198;FAO=89;FDP=198;FR=.;FRO=109;FSAF=26;FSAR=63;FSRF=45;FSRR=64;FWDB=-0.0202017;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.127;QD=17.4386;RBI=0.0205509;REFB=-0.0189246;REVB=-0.00377241;RO=107;SAF=25;SAR=63;SRF=44;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143175;STB=0.575288;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0214815;OID=.;OPOS=135016089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:107:109:88:89:0.449495:63:25:44:63:63:26:45:64 chr10 135016175 . T G 245.23 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0270494;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.765;QD=22.2939;RBI=0.0324424;REFB=-0.0122023;REVB=0.0179119;RO=21;SAF=5;SAR=18;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131838;STB=0.574399;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00443507;OID=.;OPOS=135016175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:21:23:23:0.522727:18:5:7:14:18:5:7:14 chr10 135051562 . A G 4019.57 PASS AF=1;AO=236;DP=238;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7455;QD=61.8395;RBI=0.0286208;REFB=0;REVB=0.0266409;RO=0;SAF=95;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89038e-05;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:238:260:0:0:236:260:1:141:95:0:0:162:98:0:0 chr10 135051653 . A G 655.55 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=127;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0218436;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.975;QD=20.8111;RBI=0.0259157;REFB=-0.00318323;REVB=-0.0139456;RO=61;SAF=29;SAR=36;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324636;STB=0.517852;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00411122;OID=.;OPOS=135051653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:61:61:65:65:0.515873:36:29:25:36:36:29:25:36 chr10 135061112 . C T 940.98 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231464;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.062;QD=58.811;RBI=0.00413404;REFB=0;REVB=0.00342531;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38238e-05;OID=.;OPOS=135061112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr10 135076596 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.42;QD=59.1432;RBI=0.0210734;REFB=0;REVB=0.0178963;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03168e-05;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr10 135082346 . A G 2515.24 PASS AF=0.988024;AO=164;DP=166;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.027441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7874;QD=60.2453;RBI=0.0474814;REFB=-0.0281114;REVB=-0.0387488;RO=2;SAF=66;SAR=98;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141993;STB=0.507462;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00268183;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:167:2:2:164:165:0.988024:98:66:2:0:99:66:2:0 chr10 135082952 . C T 588.35 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.061444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.488;QD=18.5305;RBI=0.0614582;REFB=-0.0304569;REVB=0.00131975;RO=65;SAF=27;SAR=34;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466219;STB=0.522117;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0358285;OID=.;OPOS=135082952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:65:66:61:61:0.480315:34:27:32:33:34:27:32:34 chr10 135084232 . C CAGA 5588.49 PASS AF=0.986339;AO=351;DP=369;FAO=361;FDP=366;FR=.;FRO=5;FSAF=175;FSAR=186;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00869919;FXX=0.00812986;HRUN=1;LEN=3;MLLD=257.511;QD=61.0764;RBI=0.0244194;REFB=-0.0915537;REVB=0.0228173;RO=8;SAF=171;SAR=180;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011172;STB=0.507042;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=0.000848072;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.986339:351:369:361:366:5:175:186:5:0:9:8:171:180:6:2 chr10 135084322 . A G 4507.67 PASS AF=1;AO=286;DP=286;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=184;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118817;FXX=0.00349638;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4221;QD=63.2655;RBI=0.131474;REFB=0.0574941;REVB=-0.0562824;RO=0;SAF=102;SAR=184;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00054744;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:286:285:0:0:286:285:1:184:102:0:0:184:101:0:0 chr10 135085321 . C T 1227.33 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.104;QD=61.3667;RBI=0.0137678;REFB=0;REVB=0.00405818;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91363e-05;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:48:32:0:0:48:32:0:0 chr10 135085426 . A G 2393.03 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347499;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.254;QD=64.2425;RBI=0.0351188;REFB=0;REVB=-0.00507699;RO=0;SAF=69;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7491e-05;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:148:149:1:79:69:0:0:80:69:0:0 chr10 135085754 . G A 4012.9 PASS AF=0.992509;AO=260;DP=268;FAO=265;FDP=267;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=189;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00895489;FXX=0.0111107;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.229;QD=60.1183;RBI=0.00907816;REFB=-0.123159;REVB=0.00149094;RO=0;SAF=73;SAR=187;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10883e-08;STB=0.506493;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000194196;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:268:267:0:2:260:265:0.992509:187:73:0:0:189:76:2:0 chr10 135086380 . C T 341.14 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.821;QD=54.5815;RBI=0.0429487;REFB=0;REVB=-0.034824;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06635e-05;OID=.;OPOS=135086380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:16:9:0:0 chr10 135087521 . G A 1145.57 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.316;QD=60.2931;RBI=0.0241772;REFB=0;REVB=-0.00112027;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05416e-05;OID=.;OPOS=135087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:33:41:0:0:34:42:0:0 chr10 135089035 . A G 4685.39 PASS AF=1;AO=293;DP=296;FAO=294;FDP=294;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=194;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461099;FXX=0.00675653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.488;QD=63.7468;RBI=0.0586218;REFB=0;REVB=-0.0361994;RO=0;SAF=100;SAR=193;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.4021e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145711;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:296:294:0:0:293:294:1:193:100:0:0:194:100:0:0 chr10 135097434 . A G 851.65 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.739;QD=57.7388;RBI=0.0384198;REFB=0;REVB=0.03192;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149665;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:24:33:0:0:26:33:0:0 chr10 135098672 . G A 1407.53 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-2.79958e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.631;QD=61.1969;RBI=0.043182;REFB=-0.00878819;REVB=0.043182;RO=1;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977254;STB=0.505049;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000574892;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:1:1:90:91:0.98913:48:42:0:1:49:42:0:1 chr10 135098830 . T C 1583.01 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.912;QD=63.3204;RBI=0.00251568;REFB=0;REVB=0.000250117;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55122e-05;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:97:100:1:52:45:0:0:54:46:0:0 chr10 135098845 . C T 1468.93 PASS AF=0.989474;AO=83;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.595;QD=61.8496;RBI=0.052612;REFB=0;REVB=0.0517335;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00553399;OID=.;OPOS=135098845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:95:95:0:0:83:94:0.989474:41:42:0:0:51:43:0:0 chr10 135160950 . C T 970.0 PASS AF=0.957746;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0123343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.8242;QD=54.6478;RBI=0.0337273;REFB=-0.131559;REVB=0.0313911;RO=2;SAF=23;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00948345;STB=0.500231;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00160175;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:71:2:3:67:68:0.957746:44:23:1:1:45:23:1:2 chr10 135165790 . A G 970.78 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.971;QD=58.8353;RBI=0.0261963;REFB=0;REVB=-0.025796;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.28034e-05;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:42:22:0:0:42:24:0:0 chr10 135180430 . A G 3001.58 PASS AF=0.994764;AO=190;DP=191;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0170902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.531;QD=62.8604;RBI=0.0296698;REFB=-0.00767121;REVB=-0.0242533;RO=1;SAF=66;SAR=124;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382502;STB=0.502008;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-1.82078e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:191:1:1:190:190:0.994764:124:66:0:1:124:66:0:1 chr10 135184126 . G A 2767.97 PASS AF=0.978378;AO=180;DP=186;FAO=181;FDP=185;FR=.;FRO=4;FSAF=93;FSAR=88;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0249677;FXX=0.0106946;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.385;QD=59.848;RBI=0.0303098;REFB=-0.0619793;REVB=0.0171843;RO=4;SAF=92;SAR=88;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00988967;STB=0.505112;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00259974;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:186:185:4:4:180:181:0.978378:88:92:3:1:88:93:3:1 chr10 135186806 . A G 3896.17 PASS AF=1;AO=245;DP=248;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283492;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2655;QD=61.5995;RBI=0.0341799;REFB=0;REVB=-0.0190942;RO=0;SAF=79;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49006e-05;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:248:253:0:0:245:253:1:166:79:0:0:168:85:0:0 chr10 135204950 . C G 1713.9 PASS AF=0.966667;AO=116;DP=120;FAO=116;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0198658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.761;QD=57.1298;RBI=0.0255335;REFB=-0.225463;REVB=0.0160408;RO=2;SAF=46;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201967;STB=0.512244;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00250074;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:120:120:2:4:116:116:0.966667:70:46:2:0:70:46:3:1 chr10 135205009 . C G 1989.61 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.7;QD=62.1755;RBI=0.0272575;REFB=0;REVB=0.00304836;RO=0;SAF=59;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43074e-05;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:69:59:0:0:69:59:0:0 chr10 135233541 . A G,T 2464.81 PASS AF=0.969512,0.0304878;AO=156,6;DP=162;FAO=159,5;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=87,5;FSAR=72,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0059216,-0.0180197;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.522,171.847;QD=60.1173;RBI=0.0457347,0.0183374;REFB=0,0;REVB=-0.0453497,0.00339838;RO=0;SAF=87,5;SAR=69,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.51446e-08,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00441904,0.108168;OID=.,.;OPOS=135233541,135233541;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:162:164:0:0:156,6:159,5:0.969512,0.0304878:69,1:87,5:0:0:72,0:87,5:0:0 chr10 135269955 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.084;QD=57.0006;RBI=0.0446174;REFB=0;REVB=-0.00432895;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54274e-05;OID=.;OPOS=135269955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr10 135347388 . C A 98.66 PASS AF=0.165217;AO=19;DP=115;FAO=19;FDP=115;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=0.0400143;FXX=0.0254216;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4658;QD=3.43178;RBI=0.0980912;REFB=-0.0119162;REVB=-0.0895586;RO=94;SAF=13;SAR=6;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161211;STB=0.616524;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0576943;OID=.;OPOS=135347388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:115:115:94:96:19:19:0.165217:6:13:53:41:6:13:53:43 chr10 135347397 . T C 1496.38 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0571605;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7835;QD=56.4673;RBI=0.0572299;REFB=-0.087424;REVB=0.00281796;RO=3;SAF=60;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137141;STB=0.507231;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00745654;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:3:3:103:103:0.971698:43:60:1:2:43:60:1:2 chr10 135351362 . T C 888.66 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349382;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.263;QD=58.2725;RBI=0.0380028;REFB=0;REVB=-0.0149509;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01327e-05;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr10 135368163 . A G 152.15 PASS AF=0.395349;AO=15;DP=41;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.00260557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.34;QD=14.1536;RBI=0.0603956;REFB=-0.0169006;REVB=0.0603394;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250898;STB=0.617521;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0160899;OID=.;OPOS=135368163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:25:26:15:17:0.395349:7:8:19:6:7:10:20:6 chr10 135368590 . T C 463.12 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0325737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.438;QD=17.4761;RBI=0.032574;REFB=-0.00111673;REVB=-0.000148796;RO=55;SAF=24;SAR=26;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412787;STB=0.517782;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00144009;OID=.;OPOS=135368590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:56:50:50:0.471698:26:24:24:31:26:24:25:31 chr10 135369532 . T C 385.22 PASS AF=0.432692;AO=43;DP=102;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.012066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9709;QD=14.8163;RBI=0.0174429;REFB=-0.00251294;REVB=-0.0125962;RO=59;SAF=18;SAR=25;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110322;STB=0.568336;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00274464;OID=.;OPOS=135369532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:59:59:43:45:0.432692:25:18:31:28:26:19:32:27 chr10 135370343 . G A 505.7 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0192009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8098;QD=17.7438;RBI=0.0192867;REFB=-0.0222294;REVB=-0.00181683;RO=59;SAF=18;SAR=36;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12507;STB=0.566013;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.027682;OID=.;OPOS=135370343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:59:60:54:54:0.473684:36:18:27:32:36:18:27:33 chr10 135370633 . C T 132.96 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00540526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2414;QD=16.1161;RBI=0.0129253;REFB=-0.0377331;REVB=-0.0117408;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.565128;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0533836;OID=.;OPOS=135370633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:18:15:15:0.454545:10:5:5:10:10:5:8:10 chr10 135370639 . C A 123.1 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0400825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2804;QD=16.4127;RBI=0.0635354;REFB=-0.0321205;REVB=0.0492964;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263751;STB=0.504847;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0329363;OID=.;OPOS=135370639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:14:14:0.466667:8:6:6:9:8:6:7:9 chr10 135372870 . C G 420.08 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0137866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.133;QD=17.8756;RBI=0.0685688;REFB=-0.00753739;REVB=-0.0671686;RO=51;SAF=19;SAR=24;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662372;STB=0.537029;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00866226;OID=.;OPOS=135372870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:24:19:26:25:24:19:26:25 chr10 135373591 . C T 299.63 PASS AF=0.54;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00359091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.146;QD=23.9705;RBI=0.00707937;REFB=-0.0190726;REVB=0.00610105;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295902;STB=0.652068;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0252186;OID=.;OPOS=135373591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:23:26:27:0.54:15:11:18:5:15:12:18:5 chr10 135381390 . G A 198.94 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0893983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6097;QD=11.3677;RBI=0.100129;REFB=-0.0172499;REVB=0.0450974;RO=45;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045342;STB=0.526234;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0331815;OID=.;OPOS=135381390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:14:11:18:27:14:11:18:27 chr10 135381425 . G A 269.8 PASS AF=0.372093;AO=29;DP=83;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.0259285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4906;QD=12.5489;RBI=0.0259489;REFB=-0.00444955;REVB=-0.00103057;RO=54;SAF=7;SAR=22;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269299;STB=0.535691;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0075705;OID=.;OPOS=135381425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:54:54:29:32:0.372093:22:7:14:40:25:7:14:40 chr10 135381443 . C T 306.14 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=-0.014347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.319;QD=13.0272;RBI=0.0200002;REFB=-0.0238393;REVB=-0.0139345;RO=57;SAF=8;SAR=27;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759614;STB=0.536402;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.044351;OID=.;OPOS=135381443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:57:59:35:35:0.37234:27:8:16:41:27:8:16:43 chr10 135381592 . C G 366.3 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00101028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.88;QD=16.2802;RBI=0.0615178;REFB=-0.024974;REVB=0.0615095;RO=51;SAF=26;SAR=13;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260119;STB=0.64654;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0210457;OID=.;OPOS=135381592;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:13:26:21:30:13:26:21:30 chr10 135381623 . T C 1659.53 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.07;QD=60.3466;RBI=0.0235724;REFB=0;REVB=-0.023032;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76798e-05;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:48:62:0:0:48:62:0:0 chr10 135381766 . C T 1791.82 PASS AF=0.849057;AO=135;DP=159;FAO=135;FDP=159;FR=.;FRO=24;FSAF=46;FSAR=89;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0362133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.996;QD=45.0772;RBI=0.0433324;REFB=-0.133152;REVB=0.0237969;RO=24;SAF=46;SAR=89;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156473;STB=0.508286;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00433309;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:24:24:135:135:0.849057:89:46:7:17:89:46:7:17 chr10 135381767 . G T 37.79 PASS AF=0.081761;AO=13;DP=159;FAO=13;FDP=159;FR=.;FRO=146;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=95;FWDB=-0.0876093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.627;QD=0.950806;RBI=0.0932671;REFB=-0.0521124;REVB=-0.0319902;RO=144;SAF=2;SAR=11;SRF=51;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27789;STB=0.732919;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.124216;OID=.;OPOS=135381767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:159:159:144:146:13:13:0.081761:11:2:51:93:11:2:51:95 chr10 135381927 . T G 1283.18 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.564;QD=61.8398;RBI=0.0119269;REFB=0;REVB=0.0108983;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12982e-06;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:40:43:0:0 chr11 180225 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.287;QD=37.4874;RBI=0.198079;REFB=0;REVB=-0.00564005;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264022;OID=.;OPOS=180225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr11 193112 . C T 36.99 PASS AF=0.1;AO=9;DP=90;FAO=9;FDP=90;FR=.;FRO=81;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=66;FWDB=-0.00268287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.495;QD=1.64419;RBI=0.00473458;REFB=-0.000671735;REVB=-0.00390108;RO=81;SAF=1;SAR=8;SRF=15;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163166;STB=0.633316;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00977399;OID=.;OPOS=193112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:90:90:81:81:9:9:0.1:8:1:15:66:8:1:15:66 chr11 193863 . T C 1743.67 PASS AF=0.723958;AO=139;DP=192;FAO=139;FDP=192;FR=.;FRO=53;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00869129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.588;QD=36.3265;RBI=0.0095297;REFB=0.00299746;REVB=0.00390854;RO=52;SAF=67;SAR=72;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00917514;STB=0.502363;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00141754;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:52:53:139:139:0.723958:72:67:26:26:72:67:26:27 chr11 193865 . T G 786.01 PASS AF=0.434555;AO=83;DP=194;FAO=83;FDP=191;FR=.;FRO=108;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=-0.00229348;FXX=0.0154631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.067;QD=16.4609;RBI=0.0240788;REFB=-0.00632887;REVB=-0.0239693;RO=108;SAF=48;SAR=35;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154297;STB=0.585935;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00415346;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:191:108:108:83:83:0.434555:35:48:46:62:35:48:46:62 chr11 197337 . G A 991.12 PASS AF=0.494898;AO=97;DP=198;FAO=97;FDP=196;FR=.;FRO=99;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.00040152;FXX=0.0101005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.495;QD=20.227;RBI=0.00556579;REFB=0.00552696;REVB=0.00555129;RO=90;SAF=49;SAR=48;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533024;STB=0.515352;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00576199;OID=.;OPOS=197337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:196:90:99:97:97:0.494898:48:49:40:50:48:49:47:52 chr11 204523 . CATTTCT C 781.87 PASS AF=0.482353;AO=79;DP=168;FAO=82;FDP=170;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0038222;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=331.021;QD=18.3968;RBI=0.00911655;REFB=-0.00158744;REVB=0.00827661;RO=87;SAF=32;SAR=47;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075127;STB=0.532377;STBP=0.423;TYPE=del;VARB=0.00158236;OID=.;OPOS=204524;OREF=ATTTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482353:79:168:82:170:88:35:47:43:45:99:87:32:47:42:45 chr11 207275 . C G 334.91 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=48;FWDB=-0.00200452;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.723;QD=12.8811;RBI=0.0223192;REFB=-0.0217807;REVB=-0.022229;RO=63;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220509;STB=0.627432;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0398715;OID=.;OPOS=207275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:64:40:40:0.384615:22:18:16:47:22:18:16:48 chr11 207359 . C T 51.53 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00103525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.396;QD=3.55379;RBI=0.0211947;REFB=-0.0111954;REVB=0.0211694;RO=44;SAF=1;SAR=8;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.626203;STB=0.900976;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0771332;OID=.;OPOS=207359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:44:49:9:9:0.155172:8:1:29:15:8:1:30:19 chr11 237087 . A G 2006.19 PASS AF=0.496314;AO=202;DP=407;FAO=202;FDP=407;FR=.;FRO=205;FSAF=108;FSAR=94;FSRF=94;FSRR=111;FWDB=-0.00693607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.334;QD=19.7169;RBI=0.0617242;REFB=-0.0295671;REVB=-0.0613332;RO=205;SAF=108;SAR=94;SRF=94;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699512;STB=0.538316;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0255547;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:407:205:205:202:202:0.496314:94:108:94:111:94:108:94:111 chr11 244106 . A G 308.61 PASS AF=0.314961;AO=39;DP=123;FAO=40;FDP=127;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.0189713;FXX=0.0230751;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4237;QD=9.71988;RBI=0.0627966;REFB=0.0161151;REVB=0.0598623;RO=79;SAF=15;SAR=24;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993322;STB=0.567917;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0264765;OID=.;OPOS=244106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:127:79:87:39:40:0.314961:24:15:37:42:25:15:41:46 chr11 244108 . A G 351.64 PASS AF=0.335878;AO=43;DP=130;FAO=44;FDP=131;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.0108832;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.667;QD=10.7371;RBI=0.0150552;REFB=-0.00661661;REVB=0.0104026;RO=87;SAF=15;SAR=28;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147424;STB=0.590718;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0131424;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:87:87:43:44:0.335878:28:15:41:46:29:15:41:46 chr11 244115 . G A 350.07 PASS AF=0.330827;AO=44;DP=133;FAO=44;FDP=133;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.0070656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.803;QD=10.5284;RBI=0.03149;REFB=-0.00300213;REVB=0.0306871;RO=88;SAF=16;SAR=28;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959708;STB=0.559972;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0065938;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:88:89:44:44:0.330827:28:16:39:49:28:16:40:49 chr11 244129 . C T 337.78 PASS AF=0.320896;AO=43;DP=133;FAO=43;FDP=134;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0552212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3095;QD=10.0831;RBI=0.0989861;REFB=-0.0299375;REVB=-0.0821515;RO=89;SAF=16;SAR=27;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132575;STB=0.570321;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0419039;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:89:91:43:43:0.320896:27:16:43:46:27:16:43:48 chr11 244141 . G A 245.78 PASS AF=0.267176;AO=34;DP=131;FAO=35;FDP=131;FR=.;FRO=96;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.00727168;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.11;QD=7.50465;RBI=0.0214088;REFB=-0.00290024;REVB=-0.0201361;RO=96;SAF=15;SAR=19;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460046;STB=0.506663;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00689954;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:96:96:34:35:0.267176:19:15:42:54:20:15:42:54 chr11 244167 . C T 252.6 PASS AF=0.311927;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=109;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0228627;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.286;QD=9.26971;RBI=0.0244413;REFB=0.000236073;REVB=-0.00864145;RO=75;SAF=13;SAR=21;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381337;STB=0.522316;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00212921;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:75:75:34:34:0.311927:21:13:31:44:21:13:31:44 chr11 244171 . T C 233.27 PASS AF=0.299065;AO=32;DP=108;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=-0.00414286;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.996;QD=8.72041;RBI=0.0123913;REFB=-0.00531062;REVB=-0.0116782;RO=75;SAF=12;SAR=20;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642452;STB=0.537873;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0137623;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:75:75:32:32:0.299065:20:12:32:43:20:12:32:43 chr11 244197 . T C 159.96 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0120191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.27;QD=8.53115;RBI=0.0182228;REFB=-0.00579153;REVB=0.0136972;RO=53;SAF=7;SAR=15;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169482;STB=0.601457;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0138241;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:53:22:22:0.293333:15:7:24:29:15:7:24:29 chr11 244414 . C T 363.01 PASS AF=0.407767;AO=41;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0182854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9557;QD=14.0975;RBI=0.0460811;REFB=0.00731472;REVB=-0.0422979;RO=61;SAF=19;SAR=22;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925762;STB=0.559152;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0193943;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:41:42:0.407767:22:19:23:38:22:20:23:38 chr11 244490 . ATACCTTTTAG A 144.75 PASS AF=0.25641;AO=18;DP=92;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=-0.00245562;FXX=0.219978;HRUN=1;LEN=10;MLLD=280.546;QD=7.42327;RBI=0.0111984;REFB=-0.00116289;REVB=0.0109258;RO=42;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699588;STB=0.54778;STBP=0.67;TYPE=del;VARB=0.000179155;OID=.;OPOS=244491;OREF=TACCTTTTAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25641:18:92:20:78:58:7:13:17:41:99:42:7:11:14:28 chr11 280221 . A C 244.86 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0139154;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.794;QD=12.8872;RBI=0.0203248;REFB=-0.0180041;REVB=-0.0148142;RO=43;SAF=8;SAR=21;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586874;STB=0.516118;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0340667;OID=.;OPOS=280221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:47:29:29:0.381579:21:8:10:33:21:8:12:35 chr11 280816 . AT TC 3166.78 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424019;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=2;MLLD=131.645;QD=61.7909;RBI=0.0148002;REFB=0;REVB=-0.0141798;RO=0;SAF=83;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25053e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000160732;OID=.;OPOS=280816;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:205:0:0:203:205:1:120:83:0:0:122:83:0:0 chr11 284538 . T C 805.62 PASS AF=0.49711;AO=71;DP=161;FAO=86;FDP=173;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.00732709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2548;QD=18.6271;RBI=0.0212132;REFB=-0.0420504;REVB=0.0199077;RO=87;SAF=25;SAR=46;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772035;STB=0.514341;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0384326;OID=.;OPOS=284538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:173:87:87:71:86:0.49711:46:25:37:50:47:39:37:50 chr11 290816 . A G 755.47 PASS AF=0.430851;AO=80;DP=187;FAO=81;FDP=188;FR=.;FRO=107;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=0.00505823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.613;QD=16.0738;RBI=0.041006;REFB=-0.0175151;REVB=-0.0406929;RO=106;SAF=42;SAR=38;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035188;STB=0.525556;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0202899;OID=.;OPOS=290816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:106:107:80:81:0.430851:38:42:52:54:38:43:52:55 chr11 290891 . T C 722.87 PASS AF=0.461078;AO=77;DP=167;FAO=77;FDP=167;FR=.;FRO=90;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=32;FWDB=-0.0119943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.819;QD=17.3141;RBI=0.033256;REFB=-0.0135819;REVB=-0.0310177;RO=89;SAF=53;SAR=24;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526597;STB=0.526981;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0141623;OID=.;OPOS=290891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:89:90:77:77:0.461078:24:53:57:32:24:53:58:32 chr11 290918 . G A 648.12 PASS AF=0.423529;AO=72;DP=171;FAO=72;FDP=170;FR=.;FRO=98;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=61;FSRR=37;FWDB=0.00157931;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.326;QD=15.2498;RBI=0.00367682;REFB=-0.0118323;REVB=-0.00332036;RO=98;SAF=49;SAR=23;SRF=61;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668461;STB=0.537467;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0186094;OID=.;OPOS=290918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:98:98:72:72:0.423529:23:49:61:37:23:49:61:37 chr11 293188 . T C 749.04 PASS AF=0.4875;AO=77;DP=155;FAO=78;FDP=160;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0818336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.227;QD=18.7261;RBI=0.0856311;REFB=-0.00106963;REVB=-0.0252178;RO=77;SAF=38;SAR=39;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708707;STB=0.524994;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.000980686;OID=.;OPOS=293188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:160:77:82:77:78:0.4875:39:38:32:45:39:39:37:45 chr11 299411 . C G 741.67 PASS AF=0.407035;AO=81;DP=199;FAO=81;FDP=199;FR=.;FRO=118;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=-0.017465;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.938;QD=14.9078;RBI=0.0229011;REFB=-0.0149466;REVB=-0.0148133;RO=118;SAF=36;SAR=45;SRF=53;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503601;STB=0.502824;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0209691;OID=.;OPOS=299411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:118:118:81:81:0.407035:45:36:53:65:45:36:53:65 chr11 308290 . T C 1532.45 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674384;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6837;QD=63.194;RBI=0.0674463;REFB=0;REVB=-0.00103301;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103572;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:94:97:1:47:47:0:0:48:49:0:0 chr11 308314 . T C 1153.34 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.815;QD=60.7021;RBI=0.0204016;REFB=0;REVB=-0.0129401;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32723e-06;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:43:31:0:0:43:33:0:0 chr11 308363 . G C 1012.43 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0854177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.664;QD=57.8533;RBI=0.0856684;REFB=-0.179279;REVB=-0.00654902;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122766;STB=0.506327;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000610466;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:38:30:0:1:39:30:0:1 chr11 308426 . G C 746.78 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7521;QD=63.556;RBI=0.0738731;REFB=0;REVB=-0.0642535;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107369;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr11 309127 . A G 692.29 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.00798598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.535;QD=19.501;RBI=0.0377674;REFB=-0.0141788;REVB=0.0369134;RO=72;SAF=39;SAR=30;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170841;STB=0.505301;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.014017;OID=.;OPOS=309127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:72:73:69:69:0.485915:30:39:42:30:30:39:42:31 chr11 314207 . C G 2451.62 PASS AF=0.976471;AO=151;DP=167;FAO=166;FDP=170;FR=.;FRO=4;FSAF=102;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0701817;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0079;QD=57.6852;RBI=0.0741405;REFB=0.0526604;REVB=0.0239027;RO=12;SAF=94;SAR=57;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00657026;STB=0.50337;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0144268;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:167:170:12:4:151:166:0.976471:57:94:8:4:64:102:3:1 chr11 320772 . A G 813.97 PASS AF=0.527397;AO=77;DP=146;FAO=77;FDP=146;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.000673827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.264;QD=22.3005;RBI=0.00679759;REFB=0.011996;REVB=-0.00676411;RO=69;SAF=33;SAR=44;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154688;STB=0.584773;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0140684;OID=.;OPOS=320772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:69:69:77:77:0.527397:44:33:42:27:44:33:42:27 chr11 396915 . C G,T 1910.46 PASS AF=0.0465116,0.945736;AO=7,115;DP=123;FAO=6,122;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=3,40;FSAR=3,82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173045,0.0270053;FXX=0.015266;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.9421,96.3597;QD=59.2392;RBI=0.0242952,0.0281933;REFB=-0.139432,0.0227655;REVB=-0.0170532,0.00809785;RO=1;SAF=3,38;SAR=4,77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.124421,-0.0123316;STB=0.571194,0.506172;STBP=0.516,0.246;TYPE=snp,snp;VARB=0.008567,0.0037358;OID=.,.;OPOS=396915,396915;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:123:129:1:1:7,115:6,122:0.0465116,0.945736:4,77:3,38:1:0:3,82:3,40:1:0 chr11 400040 . A G 1073.21 PASS AF=0.430147;AO=117;DP=272;FAO=117;FDP=272;FR=.;FRO=155;FSAF=34;FSAR=83;FSRF=56;FSRR=99;FWDB=0.0235109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.539;QD=15.7824;RBI=0.0249588;REFB=-0.00479705;REVB=-0.0083773;RO=153;SAF=34;SAR=83;SRF=56;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890429;STB=0.546924;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00614901;OID=.;OPOS=400040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:153:155:117:117:0.430147:83:34:56:97:83:34:56:99 chr11 400109 . A G 1804.13 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.016;QD=61.157;RBI=0.0220686;REFB=0;REVB=0.0191564;RO=0;SAF=10;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57383e-05;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:108:10:0:0:108:10:0:0 chr11 403764 . C T 962.83 PASS AF=0.54386;AO=93;DP=170;FAO=93;FDP=171;FR=.;FRO=78;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=-0.014632;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.044;QD=22.5223;RBI=0.0146362;REFB=-0.0099531;REVB=-0.000351125;RO=77;SAF=44;SAR=49;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102674;STB=0.558434;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0103631;OID=.;OPOS=403764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:77:78:93:93:0.54386:49:44:27:50:49:44:27:51 chr11 403980 . G A 601.46 PASS AF=0.419753;AO=65;DP=162;FAO=68;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=94;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0133101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.022;QD=14.851;RBI=0.037449;REFB=-0.0204259;REVB=-0.0350038;RO=75;SAF=36;SAR=29;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718008;STB=0.510914;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0265017;OID=.;OPOS=403980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:75:94:65:68:0.419753:29:36:47:28:32:36:48:46 chr11 404317 . C T 558.87 PASS AF=0.475806;AO=54;DP=119;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.115266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1086;QD=18.0281;RBI=0.12391;REFB=-0.0368139;REVB=0.045468;RO=65;SAF=20;SAR=34;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167701;STB=0.560419;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0445783;OID=.;OPOS=404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:124:65:65:54:59:0.475806:34:20:35:30:34:25:35:30 chr11 406043 . G A 5636.39 PASS AF=1;AO=323;DP=367;FAO=361;FDP=361;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=208;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415581;FXX=0.0163483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.08;QD=62.4531;RBI=0.0458664;REFB=0;REVB=-0.0194075;RO=0;SAF=177;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29006e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588129;OID=.;OPOS=406043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:367:361:0:0:323:361:1:146:177:0:0:153:208:0:0 chr11 406473 . A C,G 128.25 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=10,2;DP=12;FAO=10,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4,2;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435696,-0.0188116;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.1573,65.6524;QD=42.75;RBI=0.10241,0.0324648;REFB=0,0;REVB=-0.0926793,0.0264592;RO=0;SAF=4,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00454496,0.0446767;OID=.,.;OPOS=406473,406473;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:12:0:0:10,2:10,2:0.833333,0.166667:6,0:4,2:0:0:6,0:4,2:0:0 chr11 406483 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.326;QD=39.2055;RBI=0.0209366;REFB=0;REVB=0.00943924;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797746;OID=.;OPOS=406483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 428385 . A G 1288.82 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189251;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1037;QD=62.112;RBI=0.0189458;REFB=0;REVB=0.000886191;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172686;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr11 428489 . T C 727.81 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.514;QD=63.2881;RBI=0.0568664;REFB=0;REVB=0.0463794;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228362;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:18:27:0:0:19:27:0:0 chr11 429659 . C G,T 2790.63 PASS AF=0.0534759,0.935829;AO=9,172;DP=184;FAO=10,175;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=3,85;FSAR=7,90;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00594311,0.00874786;FXX=0.0209413;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.367,76.425;QD=59.6926;RBI=0.00609664,0.0854029;REFB=0.0105412,-0.0163602;REVB=-0.00135958,0.0849537;RO=2;SAF=2,85;SAR=7,87;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.118266,-0.000127193;STB=0.538382,0.500162;STBP=0.576,0.86;TYPE=snp,snp;VARB=0.162606,-0.000382347;OID=.,.;OPOS=429659,429659;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:184:187:2:2:9,172:10,175:0.0534759,0.935829:7,87:2,85:1:1:7,90:3,85:1:1 chr11 431834 . A G 1487.81 PASS AF=0.989583;AO=91;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105408;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.188;QD=61.9922;RBI=0.106104;REFB=0;REVB=0.0121306;RO=0;SAF=13;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000437142;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:0:0:91:95:0.989583:78:13:0:0:80:15:0:0 chr11 433387 . A G 3590.27 PASS AF=1;AO=228;DP=228;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.568;QD=62.9872;RBI=0.00864557;REFB=0;REVB=-0.00823616;RO=0;SAF=115;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15318e-06;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:228:0:0:228:228:1:113:115:0:0:113:115:0:0 chr11 490036 . G A 926.24 PASS AF=0.384892;AO=107;DP=278;FAO=107;FDP=278;FR=.;FRO=171;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=74;FSRR=97;FWDB=0.0169955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.145;QD=13.3271;RBI=0.0173942;REFB=-0.0128689;REVB=0.00370283;RO=170;SAF=52;SAR=55;SRF=74;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554606;STB=0.532824;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0231731;OID=.;OPOS=490036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:170:171:107:107:0.384892:55:52:74:96:55:52:74:97 chr11 502722 . C T 410.6 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.00629467;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5923;QD=18.0482;RBI=0.00706407;REFB=-0.0118316;REVB=0.00320596;RO=49;SAF=17;SAR=25;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586296;STB=0.532695;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0150648;OID=.;OPOS=502722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:49:49:42:42:0.461538:25:17:17:32:25:17:17:32 chr11 549959 . C T 2129.67 PASS AF=0.985612;AO=136;DP=139;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0264448;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.326;QD=61.2854;RBI=0.037557;REFB=-0.0480584;REVB=0.0266683;RO=0;SAF=76;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508063;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000615921;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:139:0:2:136:137:0.985612:60:76:0:0:61:76:0:2 chr11 551229 . C T 1376.72 PASS AF=0.340637;AO=162;DP=494;FAO=171;FDP=502;FR=.;FRO=331;FSAF=81;FSAR=90;FSRF=174;FSRR=157;FWDB=-0.00272816;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=240.954;QD=10.9699;RBI=0.0117043;REFB=-0.0112665;REVB=-0.0113819;RO=171;SAF=80;SAR=82;SRF=91;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358334;STB=0.534251;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0181169;OID=.;OPOS=551229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:494:502:171:331:162:171:0.340637:82:80:91:80:90:81:174:157 chr11 551753 . G A 6658.54 PASS AF=0.979499;AO=420;DP=438;FAO=430;FDP=439;FR=.;FRO=9;FSAF=215;FSAR=215;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.016799;FXX=0.00902914;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.989;QD=60.6701;RBI=0.0705942;REFB=-0.0538599;REVB=0.0685662;RO=6;SAF=213;SAR=207;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00467211;STB=0.503417;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.000798748;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:438:439:6:9:420:430:0.979499:207:213:2:4:215:215:3:6 chr11 554166 . C G 3969.79 PASS AF=1;AO=255;DP=257;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679352;FXX=0.00772171;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.917;QD=61.7867;RBI=0.0283633;REFB=-0.0197624;REVB=-0.0275377;RO=1;SAF=126;SAR=129;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368122;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30181e-05;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:257:257:1:0:255:257:1:129:126:0:1:131:126:0:0 chr11 554214 . G C 3024.34 PASS AF=0.989691;AO=192;DP=194;FAO=192;FDP=194;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.024714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4028;QD=62.3575;RBI=0.0327487;REFB=-0.077674;REVB=-0.0214871;RO=1;SAF=81;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427114;STB=0.504464;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000443463;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:194:194:1:2:192:192:0.989691:111:81:0:1:111:81:0:2 chr11 556521 . C G 3725.76 PASS AF=0.984064;AO=246;DP=251;FAO=247;FDP=251;FR=.;FRO=4;FSAF=128;FSAR=119;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00857283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.882;QD=59.3746;RBI=0.0305545;REFB=-0.000110234;REVB=-0.0293272;RO=5;SAF=128;SAR=118;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121712;STB=0.504278;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=8.03166e-06;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:251:251:5:4:246:247:0.984064:118:128:1:4:119:128:1:3 chr11 556857 . G C 4401.22 PASS AF=1;AO=272;DP=273;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293242;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.172;QD=62.8745;RBI=0.0536784;REFB=0;REVB=0.0449607;RO=1;SAF=133;SAR=139;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81796e-05;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:273:280:1:0:272:280:1:139:133:1:0:143:137:0:0 chr11 557989 . C T 2204.93 PASS AF=0.507009;AO=218;DP=428;FAO=217;FDP=428;FR=.;FRO=211;FSAF=115;FSAR=102;FSRF=125;FSRR=86;FWDB=0.0377738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9099;QD=20.6068;RBI=0.0450016;REFB=0.0037772;REVB=0.0244598;RO=210;SAF=115;SAR=103;SRF=125;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612463;STB=0.531017;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00356742;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:428:428:210:211:218:217:0.507009:103:115:125:85:102:115:125:86 chr11 558884 . C T 821.3 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211812;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.029;QD=57.6347;RBI=0.0667021;REFB=0;REVB=0.0632497;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264209;OID=.;OPOS=558884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:20:37:0:0:20:37:0:0 chr11 559016 . C T 551.68 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.971;QD=59.6408;RBI=0.0283942;REFB=0;REVB=0.011575;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142522;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:21:13:0:0:21:16:0:0 chr11 562421 . G A 1439.83 PASS AF=0.439093;AO=155;DP=345;FAO=155;FDP=353;FR=.;FRO=198;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=96;FSRR=102;FWDB=0.00283224;FXX=0.0167126;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.58;QD=16.3153;RBI=0.033835;REFB=-0.00601712;REVB=-0.0337163;RO=189;SAF=72;SAR=83;SRF=93;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274404;STB=0.511442;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00756344;OID=.;OPOS=562421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:353:189:198:155:155:0.439093:83:72:93:96:83:72:96:102 chr11 563257 . G A 1023.35 PASS AF=0.471111;AO=106;DP=225;FAO=106;FDP=225;FR=.;FRO=119;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=60;FSRR=59;FWDB=0.00125152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.302;QD=18.1929;RBI=0.00757787;REFB=-0.00688934;REVB=-0.00747381;RO=119;SAF=53;SAR=53;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00402499;STB=0.502222;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00687651;OID=.;OPOS=563257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:119:119:106:106:0.471111:53:53:60:59:53:53:60:59 chr11 563649 . C T 455.08 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0810044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.975;QD=18.023;RBI=0.0821285;REFB=0.00752197;REVB=-0.0135419;RO=52;SAF=17;SAR=31;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194625;STB=0.603937;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00565267;OID=.;OPOS=563649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:52:53:48:48:0.475248:31:17:29:23:31:17:29:24 chr11 608593 . G A 226.95 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0299603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9333;QD=15.6515;RBI=0.0359273;REFB=-0.0240706;REVB=0.0198279;RO=32;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306863;STB=0.517378;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0255774;OID=.;OPOS=608593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:9:17:20:12:9:17:20:12 chr11 609359 . A AC 36.26 PASS AF=0.108527;AO=17;DP=134;FAO=14;FDP=129;FR=.;FRO=115;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=69;FSRR=46;FWDB=-0.0480556;FXX=0.00769172;HRUN=0;LEN=1;MLLD=47.3312;QD=1.12421;RBI=0.0509949;REFB=-0.00674319;REVB=-0.0170627;RO=115;SAF=3;SAR=14;SRF=71;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521414;STB=0.938533;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0775398;OID=.;OPOS=609360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.108527:17:134:14:129:115:1:13:69:46:36:115:3:14:71:44 chr11 610277 . T C 1924.22 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=128;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0226579;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1527;QD=61.0865;RBI=0.0229574;REFB=-0.0446528;REVB=0.00369589;RO=1;SAF=57;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826295;STB=0.504347;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=8.65176e-05;OID=.;OPOS=610277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:126:1:1:125:125:0.992063:68:57:1:0:68:57:1:0 chr11 614864 . C T 3374.59 PASS AF=0.937759;AO=225;DP=241;FAO=226;FDP=241;FR=.;FRO=15;FSAF=150;FSAR=76;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.0634245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.487;QD=56.0098;RBI=0.0634703;REFB=-0.111241;REVB=-0.00240978;RO=0;SAF=149;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.48521e-08;STB=0.519029;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00254359;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:241:241:0:15:225:226:0.937759:76:149:0:0:76:150:14:1 chr11 616970 . A T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.503;QD=60.3765;RBI=0.0294072;REFB=0;REVB=0.0212877;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02451e-06;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr11 617537 . C T 2140.88 PASS AF=0.446394;AO=228;DP=513;FAO=229;FDP=513;FR=.;FRO=284;FSAF=111;FSAR=118;FSRF=122;FSRR=162;FWDB=0.0463942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.594;QD=16.693;RBI=0.0464119;REFB=-0.018158;REVB=-0.00128148;RO=282;SAF=110;SAR=118;SRF=122;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500409;STB=0.530608;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0241219;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:513:513:282:284:228:229:0.446394:118:110:122:160:118:111:122:162 chr11 617967 . C G 4826.76 PASS AF=1;AO=305;DP=308;FAO=309;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213696;FXX=0.00961508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.439;QD=62.4823;RBI=0.0251069;REFB=-0.0946202;REVB=-0.0131794;RO=1;SAF=134;SAR=171;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354608;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57747e-05;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:308:309:1:0:305:309:1:171:134:1:0:175:134:0:0 chr11 618767 . CGGGT CCGGT,CGGTG 99.62 PASS AF=0,0.174242;AO=6,27;DP=141;FAO=0,23;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=109;FSAF=0,12;FSAR=0,11;FSRF=37;FSRR=72;FWDB=0.0486722,-0.0726185;FXX=0.0364937;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=22.8145,25.9156;QD=3.01876;RBI=0.182445,0.232263;REFB=-0.0206296,-0.0345176;REVB=-0.175833,-0.220619;RO=73;SAF=0,12;SAR=6,15;SRF=30;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.52371,0.0415878;STB=0.5,0.648741;STBP=1,0.174;TYPE=snp,mnp;VARB=0,0.121586;OID=.,.;OPOS=618768,618770;OREF=G,GT;OALT=C,TG;OMAPALT=CCGGT,CGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.174242:6,27:141:0,23:132:109:0,12:0,11:37:72:97:73:0,12:6,15:30:43 chr11 618806 . T C 47.17 PASS AF=0.116667;AO=14;DP=114;FAO=14;FDP=120;FR=.;FRO=106;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=80;FWDB=0.00344443;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.29;QD=1.57249;RBI=0.0769003;REFB=-0.00726219;REVB=-0.0768231;RO=80;SAF=3;SAR=11;SRF=23;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120371;STB=0.813499;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0437359;OID=.;OPOS=618806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:114:120:80:106:14:14:0.116667:11:3:23:57:5:9:26:80 chr11 618998 . G A 369.24 PASS AF=0.326241;AO=45;DP=146;FAO=46;FDP=141;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=62;FWDB=0.017471;FXX=0.059996;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.0988;QD=10.4748;RBI=0.0177644;REFB=-0.00750316;REVB=0.00321565;RO=74;SAF=13;SAR=32;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629118;STB=0.533319;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0127885;OID=.;OPOS=618998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:141:74:95:45:46:0.326241:32:13:25:49:32:14:33:62 chr11 619789 . T G 1062.52 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.462;QD=59.0289;RBI=0.0775791;REFB=0;REVB=0.0771553;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150774;OID=.;OPOS=619789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:69:72:1:37:32:0:0:40:32:0:0 chr11 624400 . C T 697.72 PASS AF=0.5;AO=69;DP=138;FAO=69;FDP=138;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00303294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.272;QD=20.2237;RBI=0.0101547;REFB=-0.0113573;REVB=0.00969117;RO=69;SAF=33;SAR=36;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113205;OID=.;OPOS=624400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:69:69:69:69:0.5:36:33:33:36:36:33:33:36 chr11 674638 . C T 773.4 PASS AF=0.468208;AO=81;DP=173;FAO=81;FDP=173;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.0278985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2262;QD=17.882;RBI=0.0359911;REFB=-0.00554043;REVB=-0.0227383;RO=92;SAF=36;SAR=45;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200244;STB=0.511079;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00534754;OID=.;OPOS=674638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:92:92:81:81:0.468208:45:36:39:53:45:36:39:53 chr11 704583 . A G 307.74 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00431926;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3694;QD=15.0117;RBI=0.0664964;REFB=-0.024416;REVB=0.066356;RO=45;SAF=21;SAR=13;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132447;STB=0.558311;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0377099;OID=.;OPOS=704583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:45:48:34:34:0.414634:13:21:22:23:13:21:25:23 chr11 704604 . GA G,GC 164.16 PASS AF=0.354839,0;AO=18,4;DP=61;FAO=22,0;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=12,0;FSAR=10,0;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0197115,0.0119928;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.261,109.28;QD=10.5912;RBI=0.0203105,0.0120108;REFB=0.00566718,0.00428276;REVB=0.00489623,0.000657654;RO=37;SAF=9,3;SAR=9,1;SRF=23;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.13886,0.156365;STB=0.552192,0.5;STBP=0.565,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0165559,0.0321321;OID=.,.;OPOS=704605,704605;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839,0:18,4:61:22,0:62:40:12,0:10,0:25:15:99:37:9,3:9,1:23:14 chr11 709401 . A G 801.89 PASS AF=0.531469;AO=76;DP=143;FAO=76;FDP=143;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.0298436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8968;QD=22.4304;RBI=0.0308396;REFB=-0.00377743;REVB=0.00777442;RO=67;SAF=28;SAR=48;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314328;STB=0.517237;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00355212;OID=.;OPOS=709401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:67:67:76:76:0.531469:48:28:27:40:48:28:27:40 chr11 721655 . A G 50.55 PASS AF=0.0925926;AO=11;DP=162;FAO=15;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=147;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=104;FWDB=-0.101125;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=25.2821;QD=1.2481;RBI=0.131723;REFB=-0.0124109;REVB=-0.0844075;RO=118;SAF=1;SAR=10;SRF=32;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310333;STB=0.838646;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.104803;OID=.;OPOS=721655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:162:162:118:147:11:15:0.0925926:10:1:32:86:14:1:43:104 chr11 721857 . G A 816.72 PASS AF=0.488372;AO=84;DP=172;FAO=84;FDP=172;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0111143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.5178;QD=18.9935;RBI=0.0373132;REFB=-0.0180117;REVB=0.0356195;RO=88;SAF=37;SAR=47;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450457;STB=0.524841;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0179339;OID=.;OPOS=721857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:88:88:84:84:0.488372:47:37:43:45:47:37:43:45 chr11 726178 . G C 1346.7 PASS AF=0.941176;AO=96;DP=102;FAO=96;FDP=102;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00899777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.562;QD=52.8117;RBI=0.0170079;REFB=-0.00362773;REVB=0.0144329;RO=6;SAF=44;SAR=52;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603977;STB=0.531908;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000174773;OID=.;OPOS=726178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:102:102:6:6:96:96:0.941176:52:44:6:0:52:44:6:0 chr11 771034 . A G 846.64 PASS AF=0.515152;AO=85;DP=165;FAO=85;FDP=165;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.0453568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.845;QD=20.5245;RBI=0.0466521;REFB=0.000569546;REVB=-0.0109167;RO=79;SAF=39;SAR=46;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364683;STB=0.522693;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.000380006;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:79:80:85:85:0.515152:46:39:33:46:46:39:33:47 chr11 772490 . G A 1066.74 PASS AF=0.482301;AO=109;DP=226;FAO=109;FDP=226;FR=.;FRO=117;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=-0.00416226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4341;QD=18.8804;RBI=0.0942219;REFB=0.00143819;REVB=0.0941299;RO=117;SAF=44;SAR=65;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229902;STB=0.512668;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.000994947;OID=.;OPOS=772490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:117:117:109:109:0.482301:65:44:50:67:65:44:50:67 chr11 801631 . T TG 111.31 PASS AF=0.473684;AO=20;DP=66;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.176819;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0823;QD=7.8115;RBI=0.251191;REFB=-0.0209496;REVB=0.178415;RO=40;SAF=16;SAR=4;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426829;STB=0.538432;STBP=0.591;TYPE=ins;VARB=0.0393785;OID=.;OPOS=801632;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:20:66:27:57:30:18:9:18:12:99:40:16:4:18:22 chr11 802379 . T C 379.38 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0700644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1167;QD=19.2089;RBI=0.071377;REFB=-0.0118807;REVB=-0.0136253;RO=40;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105734;STB=0.505879;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0111878;OID=.;OPOS=802379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:21:18:18:22:21:18:18:22 chr11 804212 . C A 1337.51 PASS AF=0.540426;AO=126;DP=234;FAO=127;FDP=235;FR=.;FRO=108;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=44;FSRR=64;FWDB=-0.0149327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.838;QD=22.7661;RBI=0.0155774;REFB=-0.0308027;REVB=0.00443502;RO=105;SAF=57;SAR=69;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443214;STB=0.519306;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.022002;OID=.;OPOS=804212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:105:108:126:127:0.540426:69:57:42:63:70:57:44:64 chr11 823809 . C G 831.44 PASS AF=0.443299;AO=81;DP=193;FAO=86;FDP=194;FR=.,HEALED;FRO=102;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.0387934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.7367;QD=17.1431;RBI=0.0416561;REFB=-0.0373316;REVB=-0.0151758;RO=85;SAF=49;SAR=32;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190235;STB=0.55127;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00546188;OID=.;OPOS=823809;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:85:102:81:86:0.443299:32:49:34:51:35:51:51:51 chr11 824789 . T C 91.22 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0207341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.254;QD=17.3745;RBI=0.131361;REFB=-0.0349962;REVB=-0.129714;RO=8;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38497;STB=0.734219;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0216273;OID=.;OPOS=824789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:8:10:11:11:0.52381:2:9:3:5:2:9:4:6 chr11 824987 . CTGCA C 116.08 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00979309;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=4;MLLD=205.66;QD=9.87903;RBI=0.0137666;REFB=-0.00559512;REVB=-0.0096754;RO=28;SAF=2;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47057;STB=0.787854;STBP=0.024;TYPE=del;VARB=0.022191;OID=.;OPOS=824988;OREF=TGCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297872:14:50:14:47:33:2:12:16:17:99:28:2:12:14:14 chr11 828916 . G A 3607.72 PASS AF=1;AO=228;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246176;FXX=0.00858332;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.006;QD=62.4713;RBI=0.0304678;REFB=0.0247424;REVB=0.0179516;RO=2;SAF=106;SAR=122;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0968e-05;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:231:231:2:0:228:231:1:122:106:2:0:124:107:0:0 chr11 829539 . A G 5848.07 PASS AF=0.992021;AO=373;DP=376;FAO=373;FDP=376;FR=.;FRO=3;FSAF=139;FSAR=234;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00113259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.091;QD=62.2136;RBI=0.0107968;REFB=-0.0339359;REVB=-0.0107372;RO=3;SAF=139;SAR=234;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00064039;STB=0.500336;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=6.95523e-05;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:376:376:3:3:373:373:0.992021:234:139:1:2:234:139:1:2 chr11 830487 . C T 1100.41 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0384447;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.09;QD=58.6886;RBI=0.0423445;REFB=-0.0278299;REVB=0.01775;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000440216;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:73:74:0.986667:47:26:0:0:47:27:0:1 chr11 830670 . G T 3442.51 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411216;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.579;QD=62.3078;RBI=0.0500136;REFB=0;REVB=0.028467;RO=0;SAF=116;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93936e-06;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:215:221:0:0:215:221:1:99:116:0:0:100:121:0:0 chr11 831122 . C T 5233.87 PASS AF=1;AO=299;DP=300;FAO=332;FDP=332;FR=.;FRO=0;FSAF=184;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.367;QD=63.0587;RBI=0.0369105;REFB=0;REVB=0.0294739;RO=0;SAF=160;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31171e-05;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:300:332:0:0:299:332:1:139:160:0:0:148:184:0:0 chr11 837582 . G A 2724.91 PASS AF=0.983333;AO=176;DP=180;FAO=177;FDP=180;FR=.;FRO=3;FSAF=89;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0803605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4771;QD=60.5537;RBI=0.102552;REFB=-0.177566;REVB=0.0637103;RO=1;SAF=89;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531879;STB=0.502731;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00289097;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:180:180:1:3:176:177:0.983333:87:89:1:0:88:89:2:1 chr11 840477 . A G 740.67 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026218;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.89;QD=56.9749;RBI=0.0262283;REFB=0;REVB=-0.000733471;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72494e-05;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr11 862652 . T C 2193.22 PASS AF=0.986014;AO=140;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0525597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0117;QD=61.3489;RBI=0.061597;REFB=0.022516;REVB=-0.0321197;RO=2;SAF=78;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120342;STB=0.506328;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.000254884;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:2:2:140:141:0.986014:62:78:2:0:63:78:2:0 chr11 870446 . G A 750.41 PASS AF=0.43956;AO=80;DP=184;FAO=80;FDP=182;FR=.;FRO=102;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.00234831;FXX=0.010869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.177;QD=16.4926;RBI=0.0117162;REFB=0.00026613;REVB=0.0114784;RO=101;SAF=39;SAR=41;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621079;STB=0.531518;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.000191536;OID=.;OPOS=870446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:182:101:102:80:80:0.43956:41:39:43:58:41:39:44:58 chr11 900929 . C G 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00962094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.949;QD=14.4732;RBI=0.0098059;REFB=0.00870156;REVB=0.00189556;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981684;STB=0.505572;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.01374;OID=.;OPOS=900929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:16:14:20:22:16:14:20:22 chr11 903070 . G C 1828.48 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.35;QD=60.9494;RBI=0.008453;REFB=0;REVB=0.00717049;RO=0;SAF=66;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278275;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:53:66:0:0:53:67:0:0 chr11 1010649 . C T 828.79 PASS AF=0.459893;AO=86;DP=186;FAO=86;FDP=187;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=0.00331024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1875;QD=17.7282;RBI=0.0108044;REFB=0.00738643;REVB=-0.0102848;RO=100;SAF=40;SAR=46;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533075;STB=0.526886;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0126381;OID=.;OPOS=1010649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:100:101:86:86:0.459893:46:40:52:48:46:40:52:49 chr11 1010694 . C T 856.58 PASS AF=0.549669;AO=82;DP=151;FAO=83;FDP=151;FR=.;FRO=68;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00157202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4249;QD=22.6908;RBI=0.00466869;REFB=-0.0251988;REVB=-0.00439607;RO=68;SAF=42;SAR=40;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588612;STB=0.534579;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0237907;OID=.;OPOS=1010694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:68:68:82:83:0.549669:40:42:30:38:40:43:30:38 chr11 1011490 . G A 64.9 PASS AF=0.25;AO=9;DP=39;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0948667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0964;QD=6.49005;RBI=0.100833;REFB=-0.0231448;REVB=0.0341708;RO=30;SAF=2;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385903;STB=0.765398;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0779751;OID=.;OPOS=1011490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:39:40:30:30:9:10:0.25:7:2:16:14:8:2:16:14 chr11 1013987 . G A 843.6 PASS AF=0.528302;AO=84;DP=159;FAO=84;FDP=159;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0151437;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.885;QD=21.2225;RBI=0.0155371;REFB=-0.00996008;REVB=0.00347447;RO=75;SAF=41;SAR=43;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184697;STB=0.510116;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0112292;OID=.;OPOS=1013987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:75:75:84:84:0.528302:43:41:35:40:43:41:35:40 chr11 1016588 . G C 90.0 PASS AF=0.172043;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0151869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.693;QD=3.87082;RBI=0.0381175;REFB=-0.00562138;REVB=-0.0349615;RO=75;SAF=7;SAR=9;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153326;STB=0.588675;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0194533;OID=.;OPOS=1016588;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:93:93:75:77:16:16:0.172043:9:7:42:33:9:7:42:35 chr11 1016594 . A G 295.79 PASS AF=0.325;AO=44;DP=120;FAO=39;FDP=120;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.0160593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.349;QD=9.85981;RBI=0.142687;REFB=-0.0198555;REVB=-0.14178;RO=75;SAF=18;SAR=26;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194838;STB=0.554959;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0846585;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:81:44:39:0.325:26:18:44:31:21:18:44:37 chr11 1016604 . ACT GGC 366.7 PASS AF=0.335821;AO=45;DP=136;FAO=45;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0189026;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=3;MLLD=116.897;QD=10.9462;RBI=0.0579019;REFB=-0.00202396;REVB=-0.0547295;RO=84;SAF=21;SAR=24;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782013;STB=0.540737;STBP=0.489;TYPE=mnp;VARB=0.00352224;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:84:89:45:45:0.335821:24:21:45:39:24:21:47:42 chr11 1016614 . G T 679.06 PASS AF=0.418994;AO=74;DP=178;FAO=75;FDP=179;FR=.;FRO=104;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=-0.0514403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8367;QD=15.1745;RBI=0.0659309;REFB=0.0208649;REVB=0.0412405;RO=104;SAF=27;SAR=47;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125202;STB=0.564504;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0345146;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:104:104:74:75:0.418994:47:27:50:54:47:28:50:54 chr11 1016618 . G C 763.94 PASS AF=0.416244;AO=82;DP=200;FAO=82;FDP=197;FR=.;FRO=115;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=67;FWDB=0.00134822;FXX=0.0149993;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.008;QD=15.5115;RBI=0.00776433;REFB=-0.0215719;REVB=-0.00764638;RO=115;SAF=32;SAR=50;SRF=48;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295179;STB=0.516525;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0259339;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:197:115:115:82:82:0.416244:50:32:48:67:50:32:48:67 chr11 1016640 . G A 36.98 PASS AF=0.0634328;AO=17;DP=268;FAO=17;FDP=268;FR=.;FRO=251;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=95;FSRR=156;FWDB=-0.0191256;FXX=0.00371733;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.826;QD=0.551991;RBI=0.0362505;REFB=-0.000668493;REVB=0.0307946;RO=241;SAF=2;SAR=15;SRF=92;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334206;STB=0.809256;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0166987;OID=.;OPOS=1016640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:268:268:241:251:17:17:0.0634328:15:2:92:149:15:2:95:156 chr11 1016655 . G A 55.92 PASS AF=0.0748299;AO=18;DP=287;FAO=22;FDP=294;FR=.;FRO=272;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=108;FSRR=164;FWDB=-0.0316465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.5;QD=0.76084;RBI=0.0318698;REFB=-0.00361029;REVB=0.00376592;RO=269;SAF=1;SAR=17;SRF=105;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422467;STB=0.856315;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0383857;OID=.;OPOS=1016655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:287:294:269:272:18:22:0.0748299:17:1:105:164:20:2:108:164 chr11 1016665 . C T 237.65 PASS AF=0.161184;AO=48;DP=302;FAO=49;FDP=304;FR=.;FRO=255;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=110;FSRR=145;FWDB=-0.0201985;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.197;QD=3.12693;RBI=0.049536;REFB=-0.0069907;REVB=-0.0452309;RO=251;SAF=10;SAR=38;SRF=109;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324551;STB=0.717694;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0449252;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:304:251:255:48:49:0.161184:38:10:109:142:39:10:110:145 chr11 1016704 . C A 119.13 PASS AF=0.10355;AO=35;DP=325;FAO=35;FDP=338;FR=.;FRO=303;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=145;FSRR=158;FWDB=-0.0129095;FXX=0.00294977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4514;QD=1.40983;RBI=0.0409265;REFB=-0.00358632;REVB=-0.0388371;RO=289;SAF=13;SAR=22;SRF=143;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153477;STB=0.597605;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0207868;OID=.;OPOS=1016704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:338:289:303:35:35:0.10355:22:13:143:146:22:13:145:158 chr11 1016713 . T C 164.86 PASS AF=0.12;AO=35;DP=350;FAO=42;FDP=350;FR=.;FRO=308;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=152;FSRR=156;FWDB=0.0340332;FXX=0.00284892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8887;QD=1.88412;RBI=0.0340389;REFB=-0.00768759;REVB=-0.000622471;RO=304;SAF=21;SAR=14;SRF=152;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122892;STB=0.505712;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.039487;OID=.;OPOS=1016713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:350:304:308:35:42:0.12:14:21:152:152:21:21:152:156 chr11 1016715 . T C 63.44 PASS AF=0.0736544;AO=27;DP=353;FAO=26;FDP=353;FR=.;FRO=327;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=161;FSRR=166;FWDB=0.024782;FXX=0.00282478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9385;QD=0.718903;RBI=0.02596;REFB=-0.00282099;REVB=-0.00773164;RO=319;SAF=17;SAR=10;SRF=158;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153863;STB=0.649873;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0663463;OID=.;OPOS=1016715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:353:353:319:327:27:26:0.0736544:10:17:158:161:9:17:161:166 chr11 1016719 . T G 55.24 PASS AF=0.0685714;AO=22;DP=347;FAO=24;FDP=350;FR=.;FRO=326;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=163;FSRR=163;FWDB=-0.014778;FXX=0.00568166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.738;QD=0.631257;RBI=0.0193846;REFB=-0.00683393;REVB=-0.0125448;RO=319;SAF=16;SAR=6;SRF=158;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250549;STB=0.656299;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0486735;OID=.;OPOS=1016719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:347:350:319:326:22:24:0.0685714:6:16:158:161:8:16:163:163 chr11 1016722 . T G 226.26 PASS AF=0.144476;AO=45;DP=346;FAO=51;FDP=353;FR=.;FRO=302;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=145;FSRR=157;FWDB=-0.00295837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.764;QD=2.56386;RBI=0.0121441;REFB=-0.00684596;REVB=-0.0117782;RO=298;SAF=37;SAR=8;SRF=143;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446643;STB=0.712817;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0299292;OID=.;OPOS=1016722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:353:298:302:45:51:0.144476:8:37:143:155:14:37:145:157 chr11 1016724 . A G 397.19 PASS AF=0.196629;AO=71;DP=356;FAO=70;FDP=356;FR=.;FRO=286;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=143;FSRR=143;FWDB=-0.0324787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.695;QD=4.46284;RBI=0.033455;REFB=-0.0112945;REVB=-0.00802308;RO=284;SAF=44;SAR=27;SRF=142;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156132;STB=0.59274;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.031861;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:356:284:286:71:70:0.196629:27:44:142:142:27:43:143:143 chr11 1016776 . C T 989.91 PASS AF=0.328982;AO=126;DP=409;FAO=126;FDP=383;FR=.;FRO=257;FSAF=76;FSAR=50;FSRF=176;FSRR=81;FWDB=-0.0178909;FXX=0.0658521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.653;QD=10.3385;RBI=0.0389951;REFB=-0.0161239;REVB=-0.0346488;RO=254;SAF=76;SAR=50;SRF=174;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102845;STB=0.558601;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0359917;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:383:254:257:126:126:0.328982:50:76:174:80:50:76:176:81 chr11 1016779 . G A 156.56 PASS AF=0.113208;AO=41;DP=419;FAO=48;FDP=424;FR=.;FRO=376;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=254;FSRR=122;FWDB=-0.00526432;FXX=0.00469473;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.931;QD=1.47694;RBI=0.00553179;REFB=-0.00203322;REVB=-0.00169932;RO=378;SAF=23;SAR=18;SRF=254;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143545;STB=0.671875;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0545324;OID=.;OPOS=1016779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:419:424:378:376:41:48:0.113208:18:23:254:124:25:23:254:122 chr11 1016789 . T A 248.12 PASS AF=0.132883;AO=59;DP=445;FAO=59;FDP=444;FR=.;FRO=385;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=260;FSRR=125;FWDB=-0.0544658;FXX=0.00224714;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2446;QD=2.23528;RBI=0.0544946;REFB=-0.00807174;REVB=-0.00177106;RO=381;SAF=24;SAR=35;SRF=256;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333327;STB=0.721269;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0510126;OID=.;OPOS=1016789;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:445:444:381:385:59:59:0.132883:35:24:256:125:35:24:260:125 chr11 1016800 . G A 368.88 PASS AF=0.167816;AO=60;DP=436;FAO=73;FDP=435;FR=.;FRO=362;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=275;FSRR=87;FWDB=-0.00822515;FXX=0.00229353;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.832;QD=3.39198;RBI=0.0304858;REFB=-0.00763822;REVB=-0.0293552;RO=361;SAF=24;SAR=36;SRF=274;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453266;STB=0.810062;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.065778;OID=.;OPOS=1016800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:436:435:361:362:60:73:0.167816:36:24:274:87:48:25:275:87 chr11 1016802 . T A 247.83 PASS AF=0.135945;AO=59;DP=434;FAO=59;FDP=434;FR=.;FRO=375;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=281;FSRR=94;FWDB=-0.0315044;FXX=0.00686483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9287;QD=2.28412;RBI=0.0475425;REFB=-0.0105658;REVB=-0.0356056;RO=369;SAF=24;SAR=35;SRF=277;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435159;STB=0.775107;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0917389;OID=.;OPOS=1016802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:434:369:375:59:59:0.135945:35:24:277:92:35:24:281:94 chr11 1016810 . G T 405.01 PASS AF=0.173815;AO=77;DP=439;FAO=77;FDP=443;FR=.;FRO=366;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=291;FSRR=75;FWDB=-0.0133157;FXX=0.0022522;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.785;QD=3.657;RBI=0.0172755;REFB=-0.00772342;REVB=-0.0110062;RO=354;SAF=27;SAR=50;SRF=291;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574772;STB=0.824842;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0407273;OID=.;OPOS=1016810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:439:443:354:366:77:77:0.173815:50:27:291:63:50:27:291:75 chr11 1016819 . G T 130.57 PASS AF=0.0803571;AO=53;DP=671;FAO=54;FDP=672;FR=.;FRO=618;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=309;FSRR=309;FWDB=-0.0135278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.601;QD=0.777217;RBI=0.0711734;REFB=-0.00508018;REVB=-0.069876;RO=616;SAF=30;SAR=23;SRF=308;SRR=308;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765887;STB=0.568217;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0798824;OID=.;OPOS=1016819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:671:672:616:618:53:54:0.0803571:23:30:308:308:23:31:309:309 chr11 1016825 . G A 113.04 PASS AF=0.0714286;AO=54;DP=753;FAO=54;FDP=756;FR=.;FRO=702;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=342;FSRR=360;FWDB=-0.0116405;FXX=0.00132099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7828;QD=0.598115;RBI=0.0373868;REFB=-0.00212867;REVB=-0.0355285;RO=699;SAF=14;SAR=40;SRF=342;SRR=357;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263443;STB=0.717659;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.044083;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:753:756:699:702:54:54:0.0714286:40:14:342:357:40:14:342:360 chr11 1016834 . G A 861.94 PASS AF=0.193588;AO=159;DP=813;FAO=157;FDP=811;FR=.;FRO=654;FSAF=82;FSAR=75;FSRF=290;FSRR=364;FWDB=0.0223757;FXX=0.00245999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0475;QD=4.25125;RBI=0.0491231;REFB=-0.00798193;REVB=0.0437311;RO=625;SAF=83;SAR=76;SRF=284;SRR=341;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875582;STB=0.563359;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0468861;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:813:811:625:654:159:157:0.193588:76:83:284:341:75:82:290:364 chr11 1016842 . T G 78.59 PASS AF=0.0592417;AO=49;DP=838;FAO=50;FDP=844;FR=.;FRO=794;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=356;FSRR=438;FWDB=0.0187739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6349;QD=0.372456;RBI=0.0525222;REFB=0.000535435;REVB=-0.0490522;RO=789;SAF=24;SAR=25;SRF=354;SRR=435;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433958;STB=0.52987;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00865626;OID=.;OPOS=1016842;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:838:844:789:794:49:50:0.0592417:25:24:354:435:26:24:356:438 chr11 1016869 . AGG CAG,CAT,TGG 2687.14 PASS AF=0,0,0.451043;AO=40,38,279;DP=684;FAO=0,0,281;FDP=623;FR=.;FRO=342;FSAF=0,0,162;FSAR=0,0,119;FSRF=161;FSRR=181;FWDB=-0.00224457,0.00787733,0.00765954;FXX=0.08918;HRUN=2,2,2;LEN=2,3,1;MLLD=126.724,138.575,105.938;QD=17.2529;RBI=0.00639817,0.00808365,0.0122293;REFB=-0.014965,-0.0145136,-0.0207075;REVB=-0.00599153,-0.00181469,-0.00953354;RO=303;SAF=8,23,162;SAR=32,15,117;SRF=151;SRR=152;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.38633,0.13333,0.0789746;STB=0.5,0.5,0.558379;STBP=1,1,0.007;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0,0,0.0216647;OID=.,.,.;OPOS=1016869,1016869,1016869;OREF=AG,AGG,A;OALT=CA,CAT,T;OMAPALT=CAG,CAT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:684:623:303:342:40,38,279:0,0,281:0,0,0.451043:32,15,117:8,23,162:151:152:0,0,119:0,0,162:161:181 chr11 1016887 . G A 39.67 PASS AF=0.0525328;AO=27;DP=532;FAO=28;FDP=533;FR=.;FRO=505;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=326;FSRR=179;FWDB=-0.00741381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.52;QD=0.29774;RBI=0.0161331;REFB=-0.00149795;REVB=-0.0143287;RO=501;SAF=10;SAR=17;SRF=322;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268461;STB=0.754146;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0332125;OID=.;OPOS=1016887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:532:533:501:505:27:28:0.0525328:17:10:322:179:18:10:326:179 chr11 1016889 . GG AA,GA 1016.32 PASS AF=0.0721649,0.228866;AO=34,111;DP=474;FAO=35,111;FDP=485;FR=.;FRO=339;FSAF=16,53;FSAR=19,58;FSRF=255;FSRR=84;FWDB=-0.00269822,-0.0111954;FXX=0.0202016;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=172.818,197.711;QD=8.38202;RBI=0.0236402,0.0266907;REFB=-0.0134653,-0.0204898;REVB=-0.0234857,-0.0242292;RO=320;SAF=15,53;SAR=19,58;SRF=252;SRR=68;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.43826,-0.393168;STB=0.757427,0.703553;STBP=0.012,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0451498,0.0474966;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:474:485:320:339:34,111:35,111:0.0721649,0.228866:19,58:15,53:252:68:19,58:16,53:255:84 chr11 1016892 . G A 60.09 PASS AF=0.0660981;AO=31;DP=471;FAO=31;FDP=469;FR=.;FRO=438;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=299;FSRR=139;FWDB=0.0560777;FXX=0.0063558;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.4758;QD=0.512488;RBI=0.0586956;REFB=0.000817351;REVB=0.0173341;RO=433;SAF=21;SAR=10;SRF=298;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013674;STB=0.505606;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.010565;OID=.;OPOS=1016892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:471:469:433:438:31:31:0.0660981:10:21:298:135:10:21:299:139 chr11 1016894 . G A 758.62 PASS AF=0.252723;AO=116;DP=462;FAO=116;FDP=459;FR=.;FRO=343;FSAF=103;FSAR=13;FSRF=212;FSRR=131;FWDB=-0.00506165;FXX=0.00863912;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4716;QD=6.61106;RBI=0.0168694;REFB=-0.0128675;REVB=-0.0160921;RO=340;SAF=102;SAR=14;SRF=212;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436815;STB=0.783583;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0820331;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:462:459:340:343:116:116:0.252723:14:102:212:128:13:103:212:131 chr11 1016908 . G T 37.0 PASS AF=0.0581717;AO=21;DP=361;FAO=21;FDP=361;FR=.;FRO=340;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=273;FSRR=67;FWDB=-0.0421697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.738;QD=0.409975;RBI=0.049832;REFB=-0.00275129;REVB=0.0265507;RO=337;SAF=18;SAR=3;SRF=270;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977938;STB=0.590621;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.052246;OID=.;OPOS=1016908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:361:361:337:340:21:21:0.0581717:3:18:270:67:3:18:273:67 chr11 1016910 . G A 234.24 PASS AF=0.147399;AO=51;DP=346;FAO=51;FDP=346;FR=.;FRO=295;FSAF=49;FSAR=2;FSRF=232;FSRR=63;FWDB=0.0149318;FXX=0.00288176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.777;QD=2.70794;RBI=0.0149371;REFB=-0.00829831;REVB=0.000395097;RO=293;SAF=49;SAR=2;SRF=230;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479527;STB=0.849816;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0269276;OID=.;OPOS=1016910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:293:295:51:51:0.147399:2:49:230:63:2:49:232:63 chr11 1016914 . G T 578.22 PASS AF=0.259819;AO=87;DP=331;FAO=86;FDP=331;FR=.;FRO=245;FSAF=61;FSAR=25;FSRF=209;FSRR=36;FWDB=0.0131971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7298;QD=6.98754;RBI=0.0246352;REFB=-0.00603849;REVB=-0.0208021;RO=242;SAF=61;SAR=26;SRF=208;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273236;STB=0.64461;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0212017;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:331:242:245:87:86:0.259819:26:61:208:34:25:61:209:36 chr11 1016918 . C T 127.87 PASS AF=0.107784;AO=36;DP=327;FAO=36;FDP=334;FR=.;FRO=298;FSAF=33;FSAR=3;FSRF=235;FSRR=63;FWDB=-0.0491822;FXX=0.0059522;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4813;QD=1.5314;RBI=0.0815275;REFB=-0.00506404;REVB=-0.0650219;RO=289;SAF=33;SAR=3;SRF=226;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304867;STB=0.730219;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0406137;OID=.;OPOS=1016918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:334:289:298:36:36:0.107784:3:33:226:63:3:33:235:63 chr11 1016928 . C G 3005.35 PASS AF=0.751572;AO=237;DP=317;FAO=239;FDP=318;FR=.;FRO=79;FSAF=186;FSAR=53;FSRF=56;FSRR=23;FWDB=-0.000906419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.102;QD=37.8031;RBI=0.0215396;REFB=-0.030592;REVB=0.0215206;RO=79;SAF=185;SAR=52;SRF=55;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558441;STB=0.524291;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0102349;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:318:79:79:237:239:0.751572:52:185:55:24:53:186:56:23 chr11 1016933 . C T 552.16 PASS AF=0.257862;AO=82;DP=319;FAO=82;FDP=318;FR=.;FRO=236;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=188;FSRR=48;FWDB=-0.0135909;FXX=0.0031347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.859;QD=6.94537;RBI=0.0311204;REFB=-0.0156159;REVB=-0.0279958;RO=230;SAF=48;SAR=34;SRF=185;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306282;STB=0.670868;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0519676;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:318:230:236:82:82:0.257862:34:48:185:45:34:48:188:48 chr11 1016934 . G A 79.85 PASS AF=0.0886076;AO=25;DP=312;FAO=28;FDP=316;FR=.;FRO=288;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=210;FSRR=78;FWDB=-0.0199385;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.11;QD=1.01079;RBI=0.0369773;REFB=-0.00483256;REVB=0.0311412;RO=284;SAF=24;SAR=1;SRF=208;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425375;STB=0.814752;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0673412;OID=.;OPOS=1016934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:312:316:284:288:25:28:0.0886076:1:24:208:76:2:26:210:78 chr11 1016957 . T G 261.07 PASS AF=0.194805;AO=43;DP=252;FAO=45;FDP=231;FR=.;FRO=186;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=145;FSRR=41;FWDB=-0.0275619;FXX=0.08333;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.587;QD=4.52073;RBI=0.0327977;REFB=-0.014751;REVB=-0.0177772;RO=186;SAF=23;SAR=20;SRF=145;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339284;STB=0.704512;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0367079;OID=.;OPOS=1016957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:231:186:186:43:45:0.194805:20:23:145:41:21:24:145:41 chr11 1016959 . T C 156.72 PASS AF=0.139918;AO=32;DP=244;FAO=34;FDP=243;FR=.;FRO=209;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=161;FSRR=48;FWDB=-0.00900376;FXX=0.0121946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.065;QD=2.5797;RBI=0.00909935;REFB=-0.00279188;REVB=-0.00131546;RO=205;SAF=17;SAR=15;SRF=159;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339094;STB=0.732403;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0274419;OID=.;OPOS=1016959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:205:209:32:34:0.139918:15:17:159:46:17:17:161:48 chr11 1016960 . G T 48.08 PASS AF=0.0737705;AO=18;DP=242;FAO=18;FDP=244;FR=.;FRO=226;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=168;FSRR=58;FWDB=-0.0255066;FXX=0.0121453;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5598;QD=0.788253;RBI=0.0261122;REFB=0.00201861;REVB=-0.00559117;RO=223;SAF=13;SAR=5;SRF=165;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253138;STB=0.524915;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.0310752;OID=.;OPOS=1016960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:242:244:223:226:18:18:0.0737705:5:13:165:58:5:13:168:58 chr11 1016963 . G T 210.16 PASS AF=0.170213;AO=37;DP=240;FAO=40;FDP=235;FR=.;FRO=195;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=154;FSRR=41;FWDB=-0.0036171;FXX=0.0208325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.019;QD=3.57717;RBI=0.0104631;REFB=-0.00127462;REVB=-0.00981804;RO=194;SAF=20;SAR=17;SRF=154;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358576;STB=0.709277;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00610667;OID=.;OPOS=1016963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:235:194:195:37:40:0.170213:17:20:154:40:18:22:154:41 chr11 1016968 . T G 34.78 PASS AF=0.0649351;AO=14;DP=237;FAO=15;FDP=231;FR=.;FRO=216;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=167;FSRR=49;FWDB=-0.0670734;FXX=0.0294105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.165;QD=0.602315;RBI=0.0702106;REFB=-0.00281591;REVB=-0.020753;RO=213;SAF=9;SAR=5;SRF=168;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197416;STB=0.680656;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0474089;OID=.;OPOS=1016968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:237:231:213:216:14:15:0.0649351:5:9:168:45:6:9:167:49 chr11 1016976 . T G 54.36 PASS AF=0.0857143;AO=17;DP=217;FAO=18;FDP=210;FR=.;FRO=192;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=143;FSRR=49;FWDB=-0.0196509;FXX=0.0322566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.582;QD=1.03541;RBI=0.0373421;REFB=-0.00143438;REVB=-0.0317533;RO=188;SAF=12;SAR=5;SRF=140;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565501;STB=0.584819;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.032114;OID=.;OPOS=1016976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:217:210:188:192:17:18:0.0857143:5:12:140:48:6:12:143:49 chr11 1016978 . T G 194.77 PASS AF=0.18;AO=37;DP=211;FAO=36;FDP=200;FR=.;FRO=164;FSAF=33;FSAR=3;FSRF=115;FSRR=49;FWDB=-0.038536;FXX=0.0783374;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7822;QD=3.8953;RBI=0.0726251;REFB=-0.00980226;REVB=-0.0615579;RO=162;SAF=34;SAR=3;SRF=113;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447279;STB=0.794235;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0415409;OID=.;OPOS=1016978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:200:162:164:37:36:0.18:3:34:113:49:3:33:115:49 chr11 1016991 . T G 141.03 PASS AF=0.141553;AO=31;DP=211;FAO=31;FDP=219;FR=.;FRO=188;FSAF=30;FSAR=1;FSRF=118;FSRR=70;FWDB=-0.0222395;FXX=0.00904936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4178;QD=2.57579;RBI=0.0920632;REFB=-0.00884383;REVB=-0.0893366;RO=177;SAF=30;SAR=1;SRF=111;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.605984;STB=0.934665;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0515769;OID=.;OPOS=1016991;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:219:177:188:31:31:0.141553:1:30:111:66:1:30:118:70 chr11 1017023 . G A 212.68 PASS AF=0.139942;AO=48;DP=343;FAO=48;FDP=343;FR=.;FRO=295;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=103;FSRR=192;FWDB=-0.00252495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.53;QD=2.48028;RBI=0.0336986;REFB=-0.010841;REVB=-0.0336039;RO=294;SAF=26;SAR=22;SRF=102;SRR=192;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249776;STB=0.662161;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0513834;OID=.;OPOS=1017023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:343:294:295:48:48:0.139942:22:26:102:192:22:26:103:192 chr11 1017029 . T G 1746.62 PASS AF=0.495798;AO=178;DP=360;FAO=177;FDP=357;FR=.;FRO=180;FSAF=58;FSAR=119;FSRF=74;FSRR=106;FWDB=-0.0169267;FXX=0.0083331;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7359;QD=19.5699;RBI=0.0695174;REFB=-0.0265599;REVB=-0.0674252;RO=177;SAF=59;SAR=119;SRF=70;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064092;STB=0.546208;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0298204;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:357:177:180:178:177:0.495798:119:59:70:107:119:58:74:106 chr11 1017036 . G A 267.31 PASS AF=0.157895;AO=53;DP=366;FAO=57;FDP=361;FR=.,HEALED;FRO=304;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=98;FSRR=206;FWDB=0.0600155;FXX=0.0190212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.268;QD=2.96185;RBI=0.0620896;REFB=-0.0169157;REVB=-0.0159139;RO=245;SAF=25;SAR=28;SRF=95;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11044;STB=0.629478;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0632404;OID=.;OPOS=1017036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:361:245:304:53:57:0.157895:28:25:95:150:30:27:98:206 chr11 1017041 . GT TG 231.37 PASS AF=0.13382;AO=55;DP=414;FAO=55;FDP=411;FR=.;FRO=356;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=106;FSRR=250;FWDB=-0.0174669;FXX=0.0072462;HRUN=2;LEN=2;MLLD=115.723;QD=2.25173;RBI=0.0509289;REFB=-0.0075059;REVB=-0.0478399;RO=351;SAF=28;SAR=27;SRF=102;SRR=249;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288012;STB=0.681848;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.069482;OID=.;OPOS=1017041;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:411:351:356:55:55:0.13382:27:28:102:249:27:28:106:250 chr11 1017045 . G T 355.47 PASS AF=0.169811;AO=70;DP=422;FAO=72;FDP=424;FR=.;FRO=352;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=103;FSRR=249;FWDB=-0.00401258;FXX=0.00235289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.504;QD=3.35345;RBI=0.0589335;REFB=-0.00328622;REVB=-0.0587967;RO=349;SAF=37;SAR=33;SRF=103;SRR=246;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305835;STB=0.701176;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0176387;OID=.;OPOS=1017045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:422:424:349:352:70:72:0.169811:33:37:103:246:33:39:103:249 chr11 1017069 . G A 563.33 PASS AF=0.201646;AO=97;DP=487;FAO=98;FDP=486;FR=.;FRO=388;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=120;FSRR=268;FWDB=-0.0196914;FXX=0.00613484;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7567;QD=4.63644;RBI=0.0380313;REFB=-0.00391856;REVB=0.0325365;RO=382;SAF=33;SAR=64;SRF=118;SRR=264;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461034;STB=0.533856;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0178783;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:487:486:382:388:97:98:0.201646:64:33:118:264:64:34:120:268 chr11 1017084 . G A 921.17 PASS AF=0.262136;AO=134;DP=492;FAO=135;FDP=515;FR=.;FRO=380;FSAF=27;FSAR=108;FSRF=140;FSRR=240;FWDB=0.00454661;FXX=0.00579139;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.063;QD=7.15474;RBI=0.0204015;REFB=-0.0118919;REVB=-0.0198884;RO=353;SAF=27;SAR=107;SRF=137;SRR=216;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28234;STB=0.657454;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.034068;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:492:515:353:380:134:135:0.262136:107:27:137:216:108:27:140:240 chr11 1017110 . C T 863.59 PASS AF=0.248588;AO=133;DP=522;FAO=132;FDP=531;FR=.;FRO=399;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=107;FSRR=292;FWDB=-5.23071e-05;FXX=0.0184839;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.796;QD=6.50539;RBI=0.0162521;REFB=-0.0166293;REVB=-0.016252;RO=377;SAF=73;SAR=60;SRF=99;SRR=278;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35471;STB=0.688366;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0651732;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:522:531:377:399:133:132:0.248588:60:73:99:278:63:69:107:292 chr11 1017112 . GT CC,GC 1770.83 PASS AF=0.233333,0.186275;AO=125,105;DP=536;FAO=119,95;FDP=510;FR=.;FRO=296;FSAF=67,24;FSAR=52,71;FSRF=79;FSRR=217;FWDB=0.00730831,0.0139623;FXX=0.0485066;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=122.115,93.9461;QD=13.8889;RBI=0.0147745,0.0155614;REFB=-0.00727554,-0.0102542;REVB=0.0128404,0.00687097;RO=285;SAF=75,25;SAR=50,80;SRF=75;SRR=210;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.390854,-0.0416465;STB=0.703581,0.514092;STBP=0,0.803;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0189259,0.0113884;OID=.,.;OPOS=1017112,1017113;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:536:510:285:296:125,105:119,95:0.233333,0.186275:50,80:75,25:75:210:52,71:67,24:79:217 chr11 1017135 . G A 248.0 PASS AF=0.116041;AO=68;DP=587;FAO=68;FDP=586;FR=.;FRO=518;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=178;FSRR=340;FWDB=0.0301657;FXX=0.00170355;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.797;QD=1.6928;RBI=0.0349208;REFB=-0.00237963;REVB=-0.0175924;RO=515;SAF=18;SAR=50;SRF=175;SRR=340;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110851;STB=0.582614;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0309677;OID=.;OPOS=1017135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:587:586:515:518:68:68:0.116041:50:18:175:340:50:18:178:340 chr11 1017154 . T G 192.27 PASS AF=0.103943;AO=56;DP=557;FAO=58;FDP=558;FR=.;FRO=500;FSAF=11;FSAR=47;FSRF=169;FSRR=331;FWDB=-0.00829529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.644;QD=1.37827;RBI=0.0293502;REFB=-0.003992;REVB=-0.0281535;RO=493;SAF=11;SAR=45;SRF=168;SRR=325;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217229;STB=0.670405;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.044753;OID=.;OPOS=1017154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:557:558:493:500:56:58:0.103943:45:11:168:325:47:11:169:331 chr11 1017158 . G T 155.17 PASS AF=0.0962963;AO=51;DP=538;FAO=52;FDP=540;FR=.;FRO=488;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=170;FSRR=318;FWDB=-0.00813122;FXX=0.00184839;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0513;QD=1.14939;RBI=0.0548582;REFB=-0.00242649;REVB=0.0542522;RO=486;SAF=10;SAR=41;SRF=169;SRR=317;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221885;STB=0.677343;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0278664;OID=.;OPOS=1017158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:538:540:486:488:51:52:0.0962963:41:10:169:317:42:10:170:318 chr11 1017161 . C T 128.72 PASS AF=0.088015;AO=45;DP=531;FAO=47;FDP=534;FR=.;FRO=487;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=170;FSRR=317;FWDB=-0.0302761;FXX=0.00373127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.844;QD=0.9642;RBI=0.0484493;REFB=-0.00454309;REVB=-0.0378245;RO=466;SAF=9;SAR=36;SRF=164;SRR=302;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215645;STB=0.65287;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0542477;OID=.;OPOS=1017161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:531:534:466:487:45:47:0.088015:36:9:164:302:37:10:170:317 chr11 1017169 . G A 65.75 PASS AF=0.0665362;AO=33;DP=512;FAO=34;FDP=511;FR=.;FRO=477;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=174;FSRR=303;FWDB=0.0620006;FXX=0.00195309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2285;QD=0.51471;RBI=0.0623732;REFB=-0.00477267;REVB=0.00680772;RO=447;SAF=6;SAR=27;SRF=171;SRR=276;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254021;STB=0.717191;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0759746;OID=.;OPOS=1017169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:512:511:447:477:33:34:0.0665362:27:6:171:276:28:6:174:303 chr11 1017173 . G A 2119.21 PASS AF=0.453252;AO=223;DP=499;FAO=223;FDP=492;FR=.;FRO=269;FSAF=93;FSAR=130;FSRF=82;FSRR=187;FWDB=0.00718592;FXX=0.0179637;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.993;QD=17.2294;RBI=0.0086086;REFB=-0.0214888;REVB=-0.0047403;RO=267;SAF=93;SAR=130;SRF=82;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11434;STB=0.564429;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0310682;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:499:492:267:269:223:223:0.453252:130:93:82:185:130:93:82:187 chr11 1017183 . G T 534.27 PASS AF=0.200422;AO=93;DP=470;FAO=95;FDP=474;FR=.;FRO=379;FSAF=27;FSAR=68;FSRF=151;FSRR=228;FWDB=-0.00481069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1284;QD=4.50857;RBI=0.027224;REFB=0.000935139;REVB=-0.0267956;RO=376;SAF=26;SAR=67;SRF=150;SRR=226;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171918;STB=0.602286;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00411959;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:470:474:376:379:93:95:0.200422:67:26:150:226:68:27:151:228 chr11 1017186 . A G 69.15 PASS AF=0.0695652;AO=32;DP=455;FAO=32;FDP=460;FR=.;FRO=428;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=168;FSRR=260;FWDB=-0.051239;FXX=0.00432891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9905;QD=0.601338;RBI=0.0714897;REFB=-0.0105262;REVB=-0.0498532;RO=410;SAF=8;SAR=24;SRF=164;SRR=246;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184222;STB=0.650146;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0561573;OID=.;OPOS=1017186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:455:460:410:428:32:32:0.0695652:24:8:164:246:24:8:168:260 chr11 1017220 . T C 2267.58 PASS AF=0.635802;AO=200;DP=324;FAO=206;FDP=324;FR=.;FRO=118;FSAF=101;FSAR=105;FSRF=42;FSRR=76;FWDB=0.0511451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9092;QD=27.9949;RBI=0.0534872;REFB=-0.0593719;REVB=0.0156542;RO=120;SAF=98;SAR=102;SRF=41;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103692;STB=0.54904;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.062516;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:324:120:118:200:206:0.635802:102:98:41:79:105:101:42:76 chr11 1017231 . A G 2081.37 PASS AF=0.653285;AO=138;DP=294;FAO=179;FDP=274;FR=.,HEALED;FRO=94;FSAF=86;FSAR=93;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.00269431;FXX=0.0179205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.866;QD=30.3849;RBI=0.0318996;REFB=-0.0479433;REVB=0.0317856;RO=105;SAF=85;SAR=53;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166198;STB=0.526326;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0334876;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:274:105:94:138:179:0.653285:53:85:43:62:93:86:38:56 chr11 1017239 . CG TA,TG 2017.39 PASS AF=0.582418,0.0769231;AO=159,20;DP=279;FAO=159,21;FDP=273;FR=.;FRO=93;FSAF=76,12;FSAR=83,9;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.0204881,0.00653656;FXX=0.0215046;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=166.406,66.9569;QD=29.5589;RBI=0.0204933,0.0459983;REFB=-0.0261839,-0.0169482;REVB=0.000462238,-0.0455315;RO=88;SAF=76,11;SAR=83,9;SRF=34;SRR=54;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0610124,0.20595;STB=0.525711,0.630422;STBP=0.303,0.218;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0147898,-0.0132598;OID=.,.;OPOS=1017239,1017239;OREF=CG,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:273:88:93:159,20:159,21:0.582418,0.0769231:83,9:76,11:34:54:83,9:76,12:38:55 chr11 1017280 . G T 62.9 PASS AF=0.0853659;AO=21;DP=247;FAO=21;FDP=246;FR=.;FRO=225;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=122;FSRR=103;FWDB=-0.0286062;FXX=0.00404842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.566;QD=1.02274;RBI=0.0597255;REFB=-0.00957131;REVB=-0.0524292;RO=219;SAF=12;SAR=9;SRF=122;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170703;STB=0.527033;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0904026;OID=.;OPOS=1017280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:247:246:219:225:21:21:0.0853659:9:12:122:97:9:12:122:103 chr11 1017294 . A T 99.12 PASS AF=0.116379;AO=27;DP=233;FAO=27;FDP=232;FR=.;FRO=205;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=121;FSRR=84;FWDB=-0.0387144;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.427;QD=1.70902;RBI=0.0483806;REFB=-0.00686605;REVB=-0.0290152;RO=201;SAF=13;SAR=14;SRF=119;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138276;STB=0.595487;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0556779;OID=.;OPOS=1017294;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:201:205:27:27:0.116379:14:13:119:82:14:13:121:84 chr11 1017302 . G C 641.99 PASS AF=0.344978;AO=79;DP=230;FAO=79;FDP=229;FR=.;FRO=150;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=105;FSRR=45;FWDB=0.0259753;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5973;QD=11.2138;RBI=0.0563751;REFB=-0.0238149;REVB=0.0500344;RO=149;SAF=30;SAR=49;SRF=104;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352675;STB=0.701066;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0576264;OID=.;OPOS=1017302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:149:150:79:79:0.344978:49:30:104:45:49:30:105:45 chr11 1017307 . G A 40.34 PASS AF=0.0704846;AO=10;DP=228;FAO=16;FDP=227;FR=.;FRO=211;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=131;FSRR=80;FWDB=-0.0166647;FXX=0.00438577;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.784;QD=0.710828;RBI=0.0542445;REFB=-0.00858198;REVB=-0.0516212;RO=211;SAF=8;SAR=2;SRF=131;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183965;STB=0.612202;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0723741;OID=.;OPOS=1017307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:228:227:211:211:10:16:0.0704846:2:8:131:80:8:8:131:80 chr11 1017317 . G T 783.26 PASS AF=0.394737;AO=89;DP=225;FAO=90;FDP=228;FR=.;FRO=138;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=102;FSRR=36;FWDB=-0.011295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.232;QD=13.7413;RBI=0.0292739;REFB=-0.0263856;REVB=0.0270072;RO=132;SAF=40;SAR=49;SRF=101;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330626;STB=0.673589;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.027026;OID=.;OPOS=1017317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:228:132:138:89:90:0.394737:49:40:101:31:50:40:102:36 chr11 1017325 . A C 542.56 PASS AF=0.278986;AO=75;DP=276;FAO=77;FDP=276;FR=.;FRO=199;FSAF=57;FSAR=20;FSRF=93;FSRR=106;FWDB=0.0117128;FXX=0.00360998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8313;QD=7.86315;RBI=0.0180187;REFB=-0.0305541;REVB=-0.0136925;RO=196;SAF=55;SAR=20;SRF=93;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331152;STB=0.705307;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0539292;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:196:199:75:77:0.278986:20:55:93:103:20:57:93:106 chr11 1017337 . TC CA 715.23 PASS AF=0.303797;AO=95;DP=319;FAO=96;FDP=316;FR=.;FRO=220;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=109;FSRR=111;FWDB=-0.00533912;FXX=0.018633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.168;QD=9.05352;RBI=0.00926735;REFB=-0.00726952;REVB=-0.00757479;RO=218;SAF=46;SAR=49;SRF=108;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134769;STB=0.511346;STBP=0.781;TYPE=mnp;VARB=0.0308987;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:316:218:220:95:96:0.303797:49:46:108:110:50:46:109:111 chr11 1017381 . G C 244.63 PASS AF=0.170819;AO=48;DP=281;FAO=48;FDP=281;FR=.;FRO=233;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=151;FSRR=82;FWDB=0.00913675;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.11;QD=3.48221;RBI=0.0303576;REFB=-0.00242213;REVB=0.02895;RO=232;SAF=24;SAR=24;SRF=150;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191889;STB=0.622728;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0369134;OID=.;OPOS=1017381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:232:233:48:48:0.170819:24:24:150:82:24:24:151:82 chr11 1017384 . G C 621.17 PASS AF=0.314176;AO=82;DP=262;FAO=82;FDP=261;FR=.;FRO=179;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=126;FSRR=53;FWDB=0.0101531;FXX=0.00381665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.257;QD=9.51989;RBI=0.0101539;REFB=-0.0098806;REVB=0.000124028;RO=179;SAF=49;SAR=33;SRF=126;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13631;STB=0.578118;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0158543;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:179:179:82:82:0.314176:33:49:126:53:33:49:126:53 chr11 1017421 . G T 275.94 PASS AF=0.188889;AO=50;DP=274;FAO=51;FDP=270;FR=.;FRO=219;FSAF=40;FSAR=11;FSRF=141;FSRR=78;FWDB=0.0219527;FXX=0.014598;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0781;QD=4.08793;RBI=0.0225751;REFB=-0.000251675;REVB=0.00526431;RO=223;SAF=39;SAR=11;SRF=141;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227817;STB=0.641265;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00322284;OID=.;OPOS=1017421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:270:223:219:50:51:0.188889:11:39:141:82:11:40:141:78 chr11 1017440 . C T 397.33 PASS AF=0.21843;AO=64;DP=294;FAO=64;FDP=293;FR=.;FRO=229;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=149;FSRR=80;FWDB=-0.0068873;FXX=0.00340124;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.63;QD=5.42431;RBI=0.0427266;REFB=-0.0178447;REVB=-0.0421678;RO=226;SAF=34;SAR=30;SRF=147;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156141;STB=0.594771;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.053263;OID=.;OPOS=1017440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:293:226:229:64:64:0.21843:30:34:147:79:30:34:149:80 chr11 1017443 . C G 540.19 PASS AF=0.281481;AO=74;DP=283;FAO=76;FDP=270;FR=.;FRO=194;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=133;FSRR=61;FWDB=-0.0100884;FXX=0.0559421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.689;QD=8.00276;RBI=0.0515543;REFB=-0.00433512;REVB=-0.0505576;RO=189;SAF=44;SAR=30;SRF=129;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115356;STB=0.571322;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0174143;OID=.;OPOS=1017443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:270:189:194:74:76:0.281481:30:44:129:60:31:45:133:61 chr11 1017464 . T C 96.08 PASS AF=0.106996;AO=26;DP=253;FAO=26;FDP=243;FR=.;FRO=217;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=148;FSRR=69;FWDB=0.0401573;FXX=0.0395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2856;QD=1.58151;RBI=0.0537;REFB=0.000509416;REVB=-0.0356522;RO=217;SAF=11;SAR=15;SRF=149;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322564;STB=0.720615;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00551099;OID=.;OPOS=1017464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:253:243:217:217:26:26:0.106996:15:11:149:68:15:11:148:69 chr11 1017470 . G T 40.99 PASS AF=0.0685484;AO=9;DP=248;FAO=17;FDP=248;FR=.;FRO=231;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=157;FSRR=74;FWDB=-0.00596294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.513;QD=0.661125;RBI=0.0126215;REFB=-0.00409406;REVB=-0.0111241;RO=218;SAF=1;SAR=8;SRF=153;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481271;STB=0.77828;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0644384;OID=.;OPOS=1017470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:248:248:218:231:9:17:0.0685484:8:1:153:65:11:6:157:74 chr11 1017514 . A G 101.54 PASS AF=0.0946746;AO=30;DP=340;FAO=32;FDP=338;FR=.;FRO=306;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=142;FSRR=164;FWDB=-0.0017792;FXX=0.0116956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.933;QD=1.20167;RBI=0.032608;REFB=-0.00327283;REVB=-0.0325594;RO=309;SAF=28;SAR=2;SRF=143;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559449;STB=0.903964;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0317482;OID=.;OPOS=1017514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:338:309:306:30:32:0.0946746:2:28:143:166:3:29:142:164 chr11 1017529 . G A 45.11 PASS AF=0.0623306;AO=23;DP=368;FAO=23;FDP=369;FR=.;FRO=346;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=152;FSRR=194;FWDB=-0.0157139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.095;QD=0.489015;RBI=0.0499728;REFB=-0.00421626;REVB=-0.0474379;RO=345;SAF=14;SAR=9;SRF=151;SRR=194;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180411;STB=0.655312;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.069509;OID=.;OPOS=1017529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:368:369:345:346:23:23:0.0623306:9:14:151:194:9:14:152:194 chr11 1017552 . T C 288.92 PASS AF=0.161644;AO=59;DP=365;FAO=59;FDP=365;FR=.;FRO=306;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=154;FSRR=152;FWDB=0.00204304;FXX=0.00815195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.689;QD=3.16626;RBI=0.00669627;REFB=-0.0064939;REVB=0.00637699;RO=301;SAF=23;SAR=36;SRF=150;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141506;STB=0.595704;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0304293;OID=.;OPOS=1017552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:365:301:306:59:59:0.161644:36:23:150:151:36:23:154:152 chr11 1017556 . G A 74.31 PASS AF=0.0783784;AO=31;DP=367;FAO=29;FDP=370;FR=.;FRO=341;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=168;FSRR=173;FWDB=0.00443448;FXX=0.00269535;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7797;QD=0.803324;RBI=0.0207523;REFB=-0.00432691;REVB=0.020273;RO=335;SAF=17;SAR=14;SRF=164;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688563;STB=0.522623;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0420857;OID=.;OPOS=1017556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:367:370:335:341:31:29:0.0783784:14:17:164:171:14:15:168:173 chr11 1017575 . C T 68.09 PASS AF=0.0787879;AO=26;DP=330;FAO=26;FDP=330;FR=.;FRO=304;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=158;FSRR=146;FWDB=-0.0294131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.555;QD=0.82539;RBI=0.0367236;REFB=-0.00439635;REVB=-0.0219884;RO=298;SAF=13;SAR=13;SRF=154;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193206;STB=0.518168;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.025549;OID=.;OPOS=1017575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:330:330:298:304:26:26:0.0787879:13:13:154:144:13:13:158:146 chr11 1017596 . T G 336.12 PASS AF=0.207273;AO=57;DP=276;FAO=57;FDP=275;FR=.;FRO=218;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=122;FSRR=96;FWDB=-0.0253703;FXX=0.00721996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.994;QD=4.88902;RBI=0.0333202;REFB=-0.00891538;REVB=-0.0216006;RO=216;SAF=41;SAR=16;SRF=120;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226117;STB=0.637727;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0280925;OID=.;OPOS=1017596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:275:216:218:57:57:0.207273:16:41:120:96:16:41:122:96 chr11 1017655 . G A 94.27 PASS AF=0.132911;AO=20;DP=160;FAO=21;FDP=158;FR=.;FRO=137;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=133;FSRR=4;FWDB=-0.00858197;FXX=0.0124992;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.209;QD=2.38657;RBI=0.0249981;REFB=-0.00855373;REVB=0.0234788;RO=136;SAF=18;SAR=2;SRF=132;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384581;STB=0.782253;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0509852;OID=.;OPOS=1017655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:160:158:136:137:20:21:0.132911:2:18:132:4:3:18:133:4 chr11 1017679 . A G 30.27 PASS AF=0.0606061;AO=12;DP=235;FAO=14;FDP=231;FR=.;FRO=217;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=132;FSRR=85;FWDB=-0.0310573;FXX=0.0253154;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.948;QD=0.524191;RBI=0.0569315;REFB=-0.0050048;REVB=-0.0477141;RO=218;SAF=7;SAR=5;SRF=132;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225497;STB=0.535664;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0829241;OID=.;OPOS=1017679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:235:231:218:217:12:14:0.0606061:5:7:132:86:6:8:132:85 chr11 1017684 . G A 46.78 PASS AF=0.071161;AO=19;DP=267;FAO=19;FDP=267;FR=.;FRO=248;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=138;FSRR=110;FWDB=-0.00862212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.413;QD=0.700847;RBI=0.0211761;REFB=-0.00620552;REVB=-0.0193413;RO=247;SAF=10;SAR=9;SRF=138;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361266;STB=0.528123;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0547804;OID=.;OPOS=1017684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:267:267:247:248:19:19:0.071161:9:10:138:109:9:10:138:110 chr11 1017691 . C G 407.26 PASS AF=0.22;AO=65;DP=296;FAO=66;FDP=300;FR=.;FRO=234;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=124;FSRR=110;FWDB=-0.0541814;FXX=0.0131575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.354;QD=5.43006;RBI=0.0685197;REFB=-0.0166213;REVB=-0.0419443;RO=223;SAF=28;SAR=37;SRF=123;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153306;STB=0.582233;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0832985;OID=.;OPOS=1017691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:300:223:234:65:66:0.22:37:28:123:100:38:28:124:110 chr11 1017710 . G T 124.03 PASS AF=0.100529;AO=36;DP=385;FAO=38;FDP=378;FR=.;FRO=340;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=144;FSRR=196;FWDB=-0.0331859;FXX=0.0232552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.93;QD=1.31247;RBI=0.0340698;REFB=-0.00719503;REVB=-0.00771042;RO=345;SAF=11;SAR=25;SRF=143;SRR=202;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139831;STB=0.630389;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0438192;OID=.;OPOS=1017710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:378:345:340:36:38:0.100529:25:11:143:202:27:11:144:196 chr11 1017744 . T C 332.99 PASS AF=0.147059;AO=74;DP=506;FAO=75;FDP=510;FR=.;FRO=435;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=178;FSRR=257;FWDB=-0.0017392;FXX=0.00584784;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.588;QD=2.61172;RBI=0.00998732;REFB=-0.00508368;REVB=0.00983472;RO=429;SAF=21;SAR=53;SRF=177;SRR=252;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181035;STB=0.621949;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0212211;OID=.;OPOS=1017744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:506:510:429:435:74:75:0.147059:53:21:177:252:54:21:178:257 chr11 1017746 . T G 1099.7 PASS AF=0.293204;AO=150;DP=515;FAO=151;FDP=515;FR=.;FRO=364;FSAF=50;FSAR=101;FSRF=152;FSRR=212;FWDB=-0.00805373;FXX=0.0038684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.6277;QD=8.54136;RBI=0.00806713;REFB=-0.0049329;REVB=0.000464758;RO=357;SAF=49;SAR=101;SRF=147;SRR=210;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111761;STB=0.565896;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0173414;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:515:515:357:364:150:151:0.293204:101:49:147:210:101:50:152:212 chr11 1017767 . G C 324.75 PASS AF=0.133791;AO=78;DP=582;FAO=78;FDP=583;FR=.;FRO=505;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=192;FSRR=313;FWDB=0.0119379;FXX=0.00341875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.446;QD=2.22814;RBI=0.0242957;REFB=-0.00486952;REVB=-0.0211606;RO=499;SAF=34;SAR=44;SRF=190;SRR=309;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733119;STB=0.549666;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0338338;OID=.;OPOS=1017767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:582:583:499:505:78:78:0.133791:44:34:190:309:44:34:192:313 chr11 1017773 . G A 957.03 PASS AF=0.245033;AO=146;DP=602;FAO=148;FDP=604;FR=.;FRO=456;FSAF=48;FSAR=100;FSRF=187;FSRR=269;FWDB=0.0294308;FXX=0.00330028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7868;QD=6.33794;RBI=0.0454914;REFB=-0.0150813;REVB=0.0346886;RO=446;SAF=47;SAR=99;SRF=181;SRR=265;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115139;STB=0.570212;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0438748;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:602:604:446:456:146:148:0.245033:99:47:181:265:100:48:187:269 chr11 1017783 . A G 2184.71 PASS AF=0.44381;AO=226;DP=601;FAO=233;FDP=525;FR=.;FRO=292;FSAF=89;FSAR=144;FSRF=123;FSRR=169;FWDB=-0.0250064;FXX=0.143554;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.216;QD=16.6454;RBI=0.055778;REFB=-0.0162655;REVB=-0.0498584;RO=287;SAF=84;SAR=142;SRF=123;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604326;STB=0.522872;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0187623;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:601:525:287:292:226:233:0.44381:142:84:123:164:144:89:123:169 chr11 1017789 . A C 277.73 PASS AF=0.119935;AO=75;DP=612;FAO=74;FDP=617;FR=.;FRO=543;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=211;FSRR=332;FWDB=-0.0120689;FXX=0.00483863;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.055;QD=1.80054;RBI=0.0173904;REFB=-0.00143641;REVB=-0.0125207;RO=511;SAF=28;SAR=47;SRF=201;SRR=310;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269871;STB=0.509498;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0164974;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:612:617:511:543:75:74:0.119935:47:28:201:310:46:28:211:332 chr11 1017793 . T G 173.2 PASS AF=0.0940989;AO=57;DP=625;FAO=59;FDP=627;FR=.;FRO=568;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=233;FSRR=335;FWDB=0.0216398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1355;QD=1.10494;RBI=0.0221834;REFB=0.00478904;REVB=-0.00488068;RO=567;SAF=16;SAR=41;SRF=231;SRR=336;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164654;STB=0.638983;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0407103;OID=.;OPOS=1017793;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:625:627:567:568:57:59:0.0940989:41:16:231:336:43:16:233:335 chr11 1017797 . C G 192.95 PASS AF=0.101613;AO=52;DP=613;FAO=63;FDP=620;FR=.;FRO=557;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=226;FSRR=331;FWDB=-0.0244893;FXX=0.00958451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.087;QD=1.24483;RBI=0.0284355;REFB=-0.00755464;REVB=-0.0144517;RO=556;SAF=21;SAR=31;SRF=229;SRR=327;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981096;STB=0.569758;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0729482;OID=.;OPOS=1017797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:613:620:556:557:52:63:0.101613:31:21:229:327:42:21:226:331 chr11 1017833 . C T 305.57 PASS AF=0.126623;AO=69;DP=613;FAO=78;FDP=616;FR=.;FRO=538;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=204;FSRR=334;FWDB=-0.0105551;FXX=0.00162072;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.261;QD=1.98419;RBI=0.053484;REFB=-0.00779428;REVB=-0.0524321;RO=524;SAF=33;SAR=36;SRF=201;SRR=323;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121636;STB=0.562144;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.050534;OID=.;OPOS=1017833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:613:616:524:538:69:78:0.126623:36:33:201:323:43:35:204:334 chr11 1017834 . G A 173.58 PASS AF=0.0946166;AO=50;DP=603;FAO=58;FDP=613;FR=.;FRO=555;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=224;FSRR=331;FWDB=-0.0265235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.003;QD=1.13262;RBI=0.039579;REFB=-0.00458432;REVB=0.0293769;RO=553;SAF=14;SAR=36;SRF=223;SRR=330;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156483;STB=0.646827;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.027024;OID=.;OPOS=1017834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:603:613:553:555:50:58:0.0946166:36:14:223:330:43:15:224:331 chr11 1017844 . TC CG,TG 1555.61 PASS AF=0.0855148,0.268761;AO=47,153;DP=576;FAO=49,154;FDP=573;FR=.;FRO=370;FSAF=22,50;FSAR=27,104;FSRF=150;FSRR=220;FWDB=-0.027744,-0.0449236;FXX=0.0120688;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=151.477,160.915;QD=10.8594;RBI=0.0298833,0.0449558;REFB=-0.0110922,-0.0179963;REVB=0.0111032,-0.00169887;RO=347;SAF=20,49;SAR=27,104;SRF=146;SRR=201;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0061705,-0.130671;STB=0.539178,0.562154;STBP=0.567,0.071;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0282338,0.0324631;OID=.,.;OPOS=1017844,1017845;OREF=TC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:576:573:347:370:47,153:49,154:0.0855148,0.268761:27,104:20,49:146:201:27,104:22,50:150:220 chr11 1017858 . A G 1227.95 PASS AF=0.285229;AO=170;DP=591;FAO=168;FDP=589;FR=.;FRO=421;FSAF=56;FSAR=112;FSRF=177;FSRR=244;FWDB=-0.0565314;FXX=0.0117448;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2701;QD=8.33919;RBI=0.0679727;REFB=-0.0362198;REVB=-0.0377423;RO=412;SAF=56;SAR=114;SRF=175;SRR=237;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124612;STB=0.566902;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0601139;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:591:589:412:421:170:168:0.285229:114:56:175:237:112:56:177:244 chr11 1017883 . C A 176.46 PASS AF=0.0998217;AO=55;DP=570;FAO=56;FDP=561;FR=.;FRO=505;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=234;FSRR=271;FWDB=-0.00398452;FXX=0.0344228;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9932;QD=1.25818;RBI=0.0178325;REFB=-0.00240341;REVB=-0.0173817;RO=494;SAF=28;SAR=27;SRF=231;SRR=263;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508423;STB=0.532965;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0221743;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:570:561:494:505:55:56:0.0998217:27:28:231:263:28:28:234:271 chr11 1017891 . GCAT GCGT,GTGC,TGAT 446.74 PASS AF=0.081749,0.0551331,0.0551331;AO=42,29,29;DP=549;FAO=43,29,29;FDP=526;FR=.;FRO=425;FSAF=14,5,18;FSAR=29,24,11;FSRF=204;FSRR=221;FWDB=-0.00947789,-0.00865034,-0.000697223;FXX=0.0418936;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=108.958,151.316,105.514;QD=3.39724;RBI=0.070288,0.0623356,0.064079;REFB=-0.00392142,-0.00508391,-0.00854549;REVB=-0.069646,-0.0617325,-0.0640752;RO=401;SAF=14,5,18;SAR=28,24,11;SRF=192;SRR=209;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.178757,-0.347898,0.154976;STB=0.643589,0.803498,0.630916;STBP=0.041,0.001,0.161;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0428559,0.0710034,0.0379429;OID=.,.,.;OPOS=1017893,1017892,1017891;OREF=A,CAT,GC;OALT=G,TGC,TG;OMAPALT=GCGT,GTGC,TGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:549:526:401:425:42,29,29:43,29,29:0.081749,0.0551331,0.0551331:28,24,11:14,5,18:192:209:29,24,11:14,5,18:204:221 chr11 1017898 . T G 37.22 PASS AF=0.0509091;AO=26;DP=547;FAO=28;FDP=550;FR=.;FRO=522;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=255;FSRR=267;FWDB=-0.000990701;FXX=0.00181485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.545;QD=0.270659;RBI=0.0167491;REFB=-0.00231079;REVB=-0.0167198;RO=509;SAF=5;SAR=21;SRF=251;SRR=258;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295238;STB=0.804621;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0440861;OID=.;OPOS=1017898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:547:550:509:522:26:28:0.0509091:21:5:251:258:23:5:255:267 chr11 1017917 . A T 30.89 PASS AF=0.0488798;AO=24;DP=492;FAO=24;FDP=491;FR=.;FRO=467;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=220;FSRR=247;FWDB=-0.050841;FXX=0.00203248;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.732;QD=0.251632;RBI=0.0661711;REFB=-0.00193621;REVB=-0.0423534;RO=464;SAF=15;SAR=9;SRF=220;SRR=244;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145889;STB=0.644717;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0586343;OID=.;OPOS=1017917;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:492:491:464:467:24:24:0.0488798:9:15:220:244:9:15:220:247 chr11 1017932 . CA TG 41.91 PASS AF=0.059126;AO=23;DP=400;FAO=23;FDP=389;FR=.;FRO=366;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=198;FSRR=168;FWDB=-0.0294933;FXX=0.0274993;HRUN=2;LEN=2;MLLD=262.258;QD=0.430924;RBI=0.0355377;REFB=-0.00096282;REVB=-0.019826;RO=356;SAF=10;SAR=13;SRF=192;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109722;STB=0.59894;STBP=0.336;TYPE=mnp;VARB=0.0191337;OID=.;OPOS=1017932;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:400:389:356:366:23:23:0.059126:13:10:192:164:13:10:198:168 chr11 1017935 . A G 420.02 PASS AF=0.201681;AO=72;DP=381;FAO=72;FDP=357;FR=.;FRO=285;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=157;FSRR=128;FWDB=-0.0431561;FXX=0.0654433;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3989;QD=4.70609;RBI=0.0454095;REFB=-0.00783326;REVB=-0.0141272;RO=282;SAF=37;SAR=35;SRF=157;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554988;STB=0.529592;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0226239;OID=.;OPOS=1017935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:357:282:285:72:72:0.201681:35:37:157:125:35:37:157:128 chr11 1017939 . G C 51.4 PASS AF=0.0666667;AO=24;DP=361;FAO=24;FDP=360;FR=.;FRO=336;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=191;FSRR=145;FWDB=0.00293203;FXX=0.00277001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.475;QD=0.571069;RBI=0.0344189;REFB=-0.00272987;REVB=0.0342938;RO=334;SAF=10;SAR=14;SRF=190;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164912;STB=0.638852;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0553246;OID=.;OPOS=1017939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:361:360:334:336:24:24:0.0666667:14:10:190:144:14:10:191:145 chr11 1017941 . G T 36.44 PASS AF=0.057971;AO=20;DP=345;FAO=20;FDP=345;FR=.;FRO=325;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=179;FSRR=146;FWDB=0.0329482;FXX=0.00289009;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0482;QD=0.422534;RBI=0.06456;REFB=-0.000511918;REVB=0.0555194;RO=325;SAF=15;SAR=5;SRF=179;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214486;STB=0.699944;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0128475;OID=.;OPOS=1017941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:345:345:325:325:20:20:0.057971:5:15:179:146:5:15:179:146 chr11 1017955 . C T 70.11 PASS AF=0.0857143;AO=24;DP=275;FAO=24;FDP=280;FR=.;FRO=256;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=152;FSRR=104;FWDB=-0.0584935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.909;QD=1.00153;RBI=0.0613005;REFB=-0.00521644;REVB=-0.0183375;RO=246;SAF=16;SAR=8;SRF=145;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963228;STB=0.571367;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0506569;OID=.;OPOS=1017955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:275:280:246:256:24:24:0.0857143:8:16:145:101:8:16:152:104 chr11 1017963 . G A 63.85 PASS AF=0.0867769;AO=21;DP=243;FAO=21;FDP=242;FR=.;FRO=221;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=138;FSRR=83;FWDB=-0.0355923;FXX=0.00411506;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.261;QD=1.05534;RBI=0.0461689;REFB=-0.00589795;REVB=-0.0294068;RO=221;SAF=18;SAR=3;SRF=138;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324657;STB=0.767563;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0556443;OID=.;OPOS=1017963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:243:242:221:221:21:21:0.0867769:3:18:138:83:3:18:138:83 chr11 1017968 . T A 63.56 PASS AF=0.0900901;AO=20;DP=222;FAO=20;FDP=222;FR=.;FRO=202;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=136;FSRR=66;FWDB=-0.0304208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.188;QD=1.14531;RBI=0.0315548;REFB=-0.00116198;REVB=-0.00838323;RO=196;SAF=18;SAR=2;SRF=130;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369533;STB=0.798588;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0179764;OID=.;OPOS=1017968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:222:222:196:202:20:20:0.0900901:2:18:130:66:2:18:136:66 chr11 1017981 . T A 116.26 PASS AF=0.143678;AO=25;DP=174;FAO=25;FDP=174;FR=.;FRO=149;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=112;FSRR=37;FWDB=-0.0182706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.299;QD=2.6726;RBI=0.0333956;REFB=-0.00582802;REVB=-0.0279544;RO=148;SAF=23;SAR=2;SRF=112;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364104;STB=0.768359;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0469672;OID=.;OPOS=1017981;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:148:149:25:25:0.143678:2:23:112:36:2:23:112:37 chr11 1017988 . G T 191.97 PASS AF=0.202454;AO=33;DP=163;FAO=33;FDP=163;FR=.;FRO=130;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=117;FSRR=13;FWDB=-0.0181358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.093;QD=4.7109;RBI=0.0226765;REFB=-0.012146;REVB=0.0136131;RO=130;SAF=15;SAR=18;SRF=117;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58727;STB=0.836206;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0356033;OID=.;OPOS=1017988;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:130:130:33:33:0.202454:18:15:117:13:18:15:117:13 chr11 1018024 . CC CA,GA 584.35 PASS AF=0.299065,0.271028;AO=32,26;DP=106;FAO=32,29;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=31,18;FSAR=1,11;FSRF=37;FSRR=9;FWDB=-0.0178663,-0.0108678;FXX=0.0092584;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=81.5565,183.343;QD=21.845;RBI=0.0184416,0.0240239;REFB=0.00990249,0.000932661;REVB=-0.00457046,0.0214252;RO=46;SAF=31,17;SAR=1,9;SRF=37;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.533156,-0.199528;STB=0.81981,0.626866;STBP=0.015,0.14;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0174087,0.0152211;OID=.,.;OPOS=1018025,1018024;OREF=C,CC;OALT=A,GA;OMAPALT=CA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:46:46:32,26:32,29:0.299065,0.271028:1,9:31,17:37:9:1,11:31,18:37:9 chr11 1018031 . G A 475.69 PASS AF=0.476636;AO=50;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=42;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=9;FWDB=-0.00174922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.614;QD=17.7827;RBI=0.0202715;REFB=-0.00893565;REVB=-0.0201958;RO=53;SAF=41;SAR=9;SRF=44;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162044;STB=0.514445;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.019977;OID=.;OPOS=1018031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:56:50:51:0.476636:9:41:44:9:9:42:47:9 chr11 1018042 . A G 166.4 PASS AF=0.24;AO=24;DP=101;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=8;FWDB=-0.0432101;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9304;QD=6.65603;RBI=0.0702054;REFB=0.00167783;REVB=-0.0553325;RO=77;SAF=19;SAR=5;SRF=69;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238451;STB=0.637738;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00818662;OID=.;OPOS=1018042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:77:76:24:24:0.24:5:19:69:8:5:19:68:8 chr11 1018048 . A G 156.64 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=92;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=55;FSRR=8;FWDB=-0.0148149;FXX=0.0760787;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8722;QD=7.37128;RBI=0.0912662;REFB=-0.0123381;REVB=-0.0900558;RO=63;SAF=20;SAR=2;SRF=55;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115617;STB=0.571356;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0765157;OID=.;OPOS=1018048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:85:63:63:22:22:0.258824:2:20:55:8:2:20:55:8 chr11 1018116 . T G 254.09 PASS AF=0.314815;AO=34;DP=106;FAO=34;FDP=108;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=24;FWDB=-0.0496816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5162;QD=9.41057;RBI=0.0571409;REFB=0.00168723;REVB=-0.028228;RO=71;SAF=18;SAR=16;SRF=48;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174227;STB=0.601713;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0059984;OID=.;OPOS=1018116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:71:74:34:34:0.314815:16:18:48:23:16:18:50:24 chr11 1018138 . T C 133.54 PASS AF=0.240964;AO=18;DP=83;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=-0.00206363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.861;QD=6.43564;RBI=0.0133149;REFB=-0.00712263;REVB=-0.013154;RO=62;SAF=13;SAR=5;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431654;STB=0.541344;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.01239;OID=.;OPOS=1018138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:62:63:18:20:0.240964:5:13:43:19:7:13:44:19 chr11 1018144 . G C 76.5 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=13;FWDB=0.0877528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.101;QD=4.56736;RBI=0.0880175;REFB=-0.00494786;REVB=-0.00682147;RO=53;SAF=10;SAR=3;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248616;STB=0.511165;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0102416;OID=.;OPOS=1018144;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:67:67:53:54:13:13:0.19403:3:10:40:13:3:10:41:13 chr11 1018295 . T C 295.55 PASS AF=0.428571;AO=32;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00908238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2736;QD=15.3531;RBI=0.0429858;REFB=-0.0155144;REVB=0.0420153;RO=42;SAF=10;SAR=22;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199645;STB=0.620497;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0227396;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:44:32:33:0.428571:22:10:21:21:23:10:22:22 chr11 1018314 . G A 141.4 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=82;FAO=20;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0192792;FXX=0.0487745;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.7984;QD=7.2515;RBI=0.023276;REFB=-0.0206823;REVB=-0.0130417;RO=46;SAF=3;SAR=17;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588129;STB=0.809187;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0301935;OID=.;OPOS=1018314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:78:46:57:20:20:0.25641:17:3:30:16:17:3:30:27 chr11 1018348 . G A 47.92 PASS AF=0.0958904;AO=14;DP=149;FAO=14;FDP=146;FR=.;FRO=132;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=78;FWDB=0.035981;FXX=0.0201329;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.483;QD=1.31295;RBI=0.0388475;REFB=-0.00698385;REVB=0.0146458;RO=122;SAF=4;SAR=10;SRF=54;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197417;STB=0.622134;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0986597;OID=.;OPOS=1018348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:149:146:122:132:14:14:0.0958904:10:4:54:68:10:4:54:78 chr11 1018355 . A G 106.87 PASS AF=0.143791;AO=22;DP=153;FAO=22;FDP=153;FR=.;FRO=131;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=79;FWDB=-0.0535092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.071;QD=2.79407;RBI=0.0823514;REFB=-0.00635545;REVB=-0.062598;RO=125;SAF=7;SAR=15;SRF=49;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101659;STB=0.573489;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0691333;OID=.;OPOS=1018355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:125:131:22:22:0.143791:15:7:49:76:15:7:52:79 chr11 1018366 . C T 53.22 PASS AF=0.0943396;AO=15;DP=160;FAO=15;FDP=159;FR=.;FRO=144;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=82;FWDB=-0.0382152;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.433;QD=1.33876;RBI=0.0383448;REFB=-0.00501291;REVB=-0.00315018;RO=143;SAF=4;SAR=11;SRF=60;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194183;STB=0.660976;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.029937;OID=.;OPOS=1018366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:160:159:143:144:15:15:0.0943396:11:4:60:83:11:4:62:82 chr11 1018374 . T A 2240.44 PASS AF=0.962264;AO=151;DP=160;FAO=153;FDP=159;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0302811;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2999;QD=56.3634;RBI=0.036174;REFB=-0.0226951;REVB=0.0197891;RO=6;SAF=66;SAR=85;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200066;STB=0.510421;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.000744517;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:160:159:6:6:151:153:0.962264:85:66:1:5:86:67:1:5 chr11 1018379 . G C 54.21 PASS AF=0.0924855;AO=16;DP=173;FAO=16;FDP=173;FR=.;FRO=157;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=75;FSRR=82;FWDB=0.000998983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.374;QD=1.25345;RBI=0.0125597;REFB=-0.0053864;REVB=-0.0125199;RO=157;SAF=4;SAR=12;SRF=75;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276421;STB=0.715732;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0376313;OID=.;OPOS=1018379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:173:173:157:157:16:16:0.0924855:12:4:75:82:12:4:75:82 chr11 1018385 . T A 175.22 PASS AF=0.181319;AO=30;DP=179;FAO=33;FDP=182;FR=.;FRO=149;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=71;FSRR=78;FWDB=-0.0118537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.266;QD=3.85105;RBI=0.0119972;REFB=-0.00607137;REVB=-0.00184988;RO=146;SAF=11;SAR=19;SRF=70;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14724;STB=0.621137;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0334155;OID=.;OPOS=1018385;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:182:146:149:30:33:0.181319:19:11:70:76:22:11:71:78 chr11 1018419 . G A 74.48 PASS AF=0.0902256;AO=24;DP=266;FAO=24;FDP=266;FR=.;FRO=242;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=120;FSRR=122;FWDB=-0.00986656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.943;QD=1.11998;RBI=0.012549;REFB=-0.00572357;REVB=-0.00775427;RO=237;SAF=6;SAR=18;SRF=118;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299668;STB=0.729534;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0496021;OID=.;OPOS=1018419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:266:266:237:242:24:24:0.0902256:18:6:118:119:18:6:120:122 chr11 1018456 . G A 149.15 PASS AF=0.15;AO=30;DP=201;FAO=30;FDP=200;FR=.;FRO=170;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=101;FSRR=69;FWDB=-0.0195768;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.36;QD=2.98299;RBI=0.0229189;REFB=-0.0119968;REVB=-0.0119174;RO=167;SAF=12;SAR=18;SRF=99;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242886;STB=0.660716;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0529006;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:167:170:30:30:0.15:18:12:99:68:18:12:101:69 chr11 1018473 . A T 33.25 PASS AF=0.0691489;AO=14;DP=188;FAO=13;FDP=188;FR=.;FRO=175;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=102;FSRR=73;FWDB=-0.0290298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.502;QD=0.70734;RBI=0.0392656;REFB=-0.00366434;REVB=-0.0264398;RO=173;SAF=4;SAR=10;SRF=101;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322884;STB=0.743798;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0575753;OID=.;OPOS=1018473;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:188:188:173:175:14:13:0.0691489:10:4:101:72:9:4:102:73 chr11 1018483 . C G 311.09 PASS AF=0.28125;AO=46;DP=160;FAO=45;FDP=160;FR=.;FRO=115;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=77;FSRR=38;FWDB=-0.0639933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4077;QD=7.77735;RBI=0.120565;REFB=-0.0176414;REVB=-0.10218;RO=111;SAF=14;SAR=32;SRF=75;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429623;STB=0.744815;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0500844;OID=.;OPOS=1018483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:111:115:46:45:0.28125:32:14:75:36:31:14:77:38 chr11 1018496 . G T 252.68 PASS AF=0.242236;AO=39;DP=161;FAO=39;FDP=161;FR=.;FRO=122;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=77;FSRR=45;FWDB=-0.0302179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.776;QD=6.27778;RBI=0.0429598;REFB=-0.0234805;REVB=-0.0305356;RO=114;SAF=9;SAR=30;SRF=77;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524635;STB=0.792483;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0489065;OID=.;OPOS=1018496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:114:122:39:39:0.242236:30:9:77:37:30:9:77:45 chr11 1018523 . A G 247.55 PASS AF=0.236364;AO=39;DP=165;FAO=39;FDP=165;FR=.;FRO=126;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=-0.0561958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8351;QD=6.00117;RBI=0.070309;REFB=0.0051236;REVB=-0.0422539;RO=126;SAF=13;SAR=26;SRF=61;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195726;STB=0.619184;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0217382;OID=.;OPOS=1018523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:126:126:39:39:0.236364:26:13:61:65:26:13:61:65 chr11 1019375 . C T 5493.41 PASS AF=1;AO=352;DP=356;FAO=354;FDP=354;FR=.;FRO=0;FSAF=175;FSAR=179;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128021;FXX=0.00840313;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.211;QD=62.0724;RBI=0.0390231;REFB=-0.022703;REVB=0.0368634;RO=1;SAF=175;SAR=177;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00268812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78555e-05;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:356:354:1:0:352:354:1:177:175:0:1:179:175:0:0 chr11 1027811 . C T 785.86 PASS AF=0.523179;AO=78;DP=150;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=57;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.0350701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9652;QD=20.8174;RBI=0.0357482;REFB=-0.023305;REVB=0.0069294;RO=72;SAF=22;SAR=56;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108913;STB=0.561892;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0207034;OID=.;OPOS=1027811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:72:72:78:79:0.523179:56:22:28:44:57:22:28:44 chr11 1030599 . C T 512.76 PASS AF=0.294872;AO=69;DP=235;FAO=69;FDP=234;FR=.;FRO=165;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=76;FSRR=89;FWDB=0.0300868;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.848;QD=8.7652;RBI=0.0386207;REFB=-0.0102193;REVB=0.0242145;RO=163;SAF=36;SAR=33;SRF=75;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742371;STB=0.543014;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0231187;OID=.;OPOS=1030599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:234:163:165:69:69:0.294872:33:36:75:88:33:36:76:89 chr11 1075747 . T C 1153.93 PASS AF=0.388102;AO=131;DP=354;FAO=137;FDP=353;FR=.;FRO=216;FSAF=86;FSAR=51;FSRF=120;FSRR=96;FWDB=-0.00470437;FXX=0.0112042;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.026;QD=13.0757;RBI=0.00518247;REFB=-0.0097793;REVB=-0.00217414;RO=219;SAF=81;SAR=50;SRF=123;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653706;STB=0.546131;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0171277;OID=.;OPOS=1075747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:353:219:216:131:137:0.388102:50:81:123:96:51:86:120:96 chr11 1080576 . G A 571.06 PASS AF=0.421053;AO=64;DP=151;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.0279312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.539;QD=15.0278;RBI=0.0279955;REFB=0.000263921;REVB=0.00189582;RO=86;SAF=36;SAR=28;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525323;STB=0.523248;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.000534833;OID=.;OPOS=1080576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:86:88:64:64:0.421053:28:36:44:42:28:36:46:42 chr11 1081074 . T C 615.65 PASS AF=0.516667;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0476473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.568;QD=20.5218;RBI=0.0502823;REFB=-0.00733134;REVB=-0.0160638;RO=56;SAF=32;SAR=30;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047882;STB=0.517236;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00626461;OID=.;OPOS=1081074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:58:62:62:0.516667:30:32:32:24:30:32:32:26 chr11 1081112 . G C 534.86 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00878817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2028;QD=18.9332;RBI=0.0191455;REFB=-0.000846318;REVB=-0.0170094;RO=57;SAF=31;SAR=25;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562083;STB=0.531048;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000556013;OID=.;OPOS=1081112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:25:31:35:22:25:31:35:22 chr11 1081151 . T C 423.07 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.160648;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9973;QD=19.0143;RBI=0.161447;REFB=0.00203911;REVB=-0.0160461;RO=44;SAF=24;SAR=19;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116901;STB=0.507664;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0060337;OID=.;OPOS=1081151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:44:46:43:43:0.483146:19:24:24:20:19:24:25:21 chr11 1081757 . G C 925.75 PASS AF=0.575342;AO=83;DP=145;FAO=84;FDP=146;FR=.;FRO=62;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0249729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.669;QD=25.3631;RBI=0.0258586;REFB=0.0192328;REVB=-0.00671005;RO=62;SAF=51;SAR=32;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105236;STB=0.559125;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0197378;OID=.;OPOS=1081757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:62:62:83:84:0.575342:32:51:30:32:32:52:30:32 chr11 1083293 . T C 468.25 PASS AF=0.472222;AO=50;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=-0.000523911;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.568;QD=17.3427;RBI=0.00938611;REFB=0.0073365;REVB=0.00937147;RO=57;SAF=20;SAR=30;SRF=15;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141439;STB=0.573646;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00401129;OID=.;OPOS=1083293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:50:51:0.472222:30:20:15:42:31:20:15:42 chr11 1084821 . T C 1001.9 PASS AF=0.396552;AO=113;DP=301;FAO=115;FDP=290;FR=.;FRO=175;FSAF=77;FSAR=38;FSRF=81;FSRR=94;FWDB=0.00202677;FXX=0.0460511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.591;QD=13.8194;RBI=0.036338;REFB=-0.00510843;REVB=0.0362815;RO=156;SAF=76;SAR=37;SRF=79;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181776;STB=0.628626;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0065112;OID=.;OPOS=1084821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:290:156:175:113:115:0.396552:37:76:79:77:38:77:81:94 chr11 1087972 . C T 344.28 PASS AF=0.385321;AO=41;DP=108;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=0.00333553;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.653;QD=12.6342;RBI=0.0102783;REFB=-0.0114441;REVB=0.00972207;RO=67;SAF=16;SAR=25;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284474;STB=0.651361;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0265293;OID=.;OPOS=1087972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:67:67:41:42:0.385321:25:16:44:23:25:17:44:23 chr11 1093710 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.702;QD=63.286;RBI=0.0533777;REFB=0;REVB=0.0529699;RO=0;SAF=10;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284499;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:36:10:0:0:36:10:0:0 chr11 1094690 . C T 1337.5 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.574;QD=62.2093;RBI=0.0405648;REFB=0;REVB=-0.0114081;RO=0;SAF=19;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11624e-05;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:67:19:0:0:67:19:0:0 chr11 1094753 . A C 639.35 PASS AF=0.791667;AO=50;DP=66;FAO=57;FDP=72;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.179311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1065;QD=35.5195;RBI=0.179398;REFB=0.00440801;REVB=0.00558202;RO=15;SAF=4;SAR=46;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131516;STB=0.567546;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0305563;OID=.;OPOS=1094753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:66:72:15:15:50:57:0.791667:46:4:0:15:48:9:0:15 chr11 1096494 . T C 4418.27 PASS AF=1;AO=241;DP=287;FAO=286;FDP=286;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=135;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293828;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6036;QD=61.794;RBI=0.0510931;REFB=0;REVB=0.041799;RO=1;SAF=112;SAR=129;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423658;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195066;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:287:286:1:0:241:286:1:129:112:1:0:151:135:0:0 chr11 1101649 . T C 2410.36 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2028;QD=60.6379;RBI=0.0663169;REFB=0;REVB=0.0605985;RO=1;SAF=76;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583757;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774638;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:158:159:1:0:157:159:1:81:76:0:1:82:77:0:0 chr11 1151695 . C T 1174.0 PASS AF=0.476562;AO=122;DP=256;FAO=122;FDP=256;FR=.;FRO=134;FSAF=76;FSAR=46;FSRF=79;FSRR=55;FWDB=0.0153439;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.27;QD=18.3437;RBI=0.0187903;REFB=-0.0106694;REVB=0.0108462;RO=134;SAF=76;SAR=46;SRF=79;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334363;STB=0.518435;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0103634;OID=.;OPOS=1151695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:134:134:122:122:0.476562:46:76:79:55:46:76:79:55 chr11 1158073 . T C 6246.88 PASS AF=1;AO=391;DP=392;FAO=391;FDP=391;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=198;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175818;FXX=0.00255096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.74;QD=63.9067;RBI=0.0202141;REFB=0;REVB=0.00997452;RO=0;SAF=193;SAR=198;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6455e-07;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:392:391:0:0:391:391:1:198:193:0:0:198:193:0:0 chr11 1161315 . T C 2071.43 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166265;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.439;QD=62.7705;RBI=0.0329499;REFB=0;REVB=0.0284474;RO=0;SAF=48;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.37296e-05;OID=.;OPOS=1161315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:132:0:0:132:132:1:84:48:0:0:84:48:0:0 chr11 1212877 . A G 554.53 PASS AF=0.241573;AO=87;DP=357;FAO=86;FDP=356;FR=.;FRO=270;FSAF=27;FSAR=59;FSRF=108;FSRR=162;FWDB=-0.022086;FXX=0.00558644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.445;QD=6.23071;RBI=0.0231342;REFB=-0.0108744;REVB=-0.00688449;RO=263;SAF=27;SAR=60;SRF=107;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132698;STB=0.571688;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0411904;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:356:263:270:87:86:0.241573:60:27:107:156:59:27:108:162 chr11 1212878 . C G 146.39 PASS AF=0.10992;AO=40;DP=370;FAO=41;FDP=373;FR=.;FRO=332;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=121;FSRR=211;FWDB=0.0257858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.814;QD=1.56983;RBI=0.0265082;REFB=-0.00846108;REVB=-0.00614639;RO=327;SAF=17;SAR=23;SRF=120;SRR=207;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753966;STB=0.546714;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0334217;OID=.;OPOS=1212878;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:373:327:332:40:41:0.10992:23:17:120:207:24:17:121:211 chr11 1212887 . C T 40.66 PASS AF=0.0616246;AO=22;DP=356;FAO=22;FDP=357;FR=.;FRO=335;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=125;FSRR=210;FWDB=-0.0064251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.149;QD=0.455553;RBI=0.0210006;REFB=-0.0032341;REVB=-0.0199935;RO=333;SAF=9;SAR=13;SRF=124;SRR=209;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410815;STB=0.535311;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0480692;OID=.;OPOS=1212887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:356:357:333:335:22:22:0.0616246:13:9:124:209:13:9:125:210 chr11 1212888 . C T 34.19 PASS AF=0.0574713;AO=20;DP=350;FAO=20;FDP=348;FR=.;FRO=328;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=121;FSRR=207;FWDB=0.0536571;FXX=0.00571412;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0412;QD=0.393015;RBI=0.0634719;REFB=-0.00183195;REVB=-0.0339057;RO=326;SAF=9;SAR=11;SRF=121;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848161;STB=0.578345;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0554798;OID=.;OPOS=1212888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:350:348:326:328:20:20:0.0574713:11:9:121:205:11:9:121:207 chr11 1212899 . G A 42.25 PASS AF=0.0648464;AO=19;DP=294;FAO=19;FDP=293;FR=.;FRO=274;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=84;FSRR=190;FWDB=0.00257028;FXX=0.0134676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4996;QD=0.576784;RBI=0.0071638;REFB=-0.00418055;REVB=0.00668683;RO=270;SAF=10;SAR=9;SRF=82;SRR=188;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251064;STB=0.701511;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0446112;OID=.;OPOS=1212899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:294:293:270:274:19:19:0.0648464:9:10:82:188:9:10:84:190 chr11 1212902 . C G 113.9 PASS AF=0.123675;AO=36;DP=285;FAO=35;FDP=283;FR=.;FRO=248;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=88;FSRR=160;FWDB=-0.00126216;FXX=0.0241371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9184;QD=1.60989;RBI=0.00227891;REFB=-0.016416;REVB=-0.00189747;RO=240;SAF=3;SAR=33;SRF=88;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471802;STB=0.834625;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.204577;OID=.;OPOS=1212902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:283:240:248:36:35:0.123675:33:3:88:152:32:3:88:160 chr11 1212921 . C T 210.05 PASS AF=0.185714;AO=39;DP=210;FAO=39;FDP=210;FR=.;FRO=171;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=123;FWDB=0.0603417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.022;QD=4.00097;RBI=0.0626817;REFB=-0.00639193;REVB=-0.016967;RO=171;SAF=25;SAR=14;SRF=48;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442197;STB=0.770066;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.045071;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:171:171:39:39:0.185714:14:25:48:123:14:25:48:123 chr11 1212927 . C A 85.33 PASS AF=0.112821;AO=22;DP=201;FAO=22;FDP=195;FR=.;FRO=173;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=66;FSRR=107;FWDB=-0.0198275;FXX=0.0298493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0865;QD=1.75027;RBI=0.0485;REFB=-0.00460587;REVB=0.044262;RO=168;SAF=2;SAR=20;SRF=62;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440336;STB=0.842252;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0408157;OID=.;OPOS=1212927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:201:195:168:173:22:22:0.112821:20:2:62:106:20:2:66:107 chr11 1212954 . C A 417.79 PASS AF=0.333333;AO=54;DP=167;FAO=55;FDP=165;FR=.;FRO=110;FSAF=9;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=72;FWDB=-0.00766927;FXX=0.0178561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.273;QD=10.1281;RBI=0.0277248;REFB=-0.0387941;REVB=0.0266429;RO=111;SAF=8;SAR=46;SRF=40;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342839;STB=0.670524;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0805229;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:111:110:54:55:0.333333:46:8:40:71:46:9:38:72 chr11 1212961 . T C 83.64 PASS AF=0.123529;AO=19;DP=168;FAO=21;FDP=170;FR=.;FRO=149;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=56;FSRR=93;FWDB=-0.0183455;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.414;QD=1.96811;RBI=0.0183724;REFB=-0.0174388;REVB=-0.000993419;RO=148;SAF=6;SAR=13;SRF=55;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754761;STB=0.589265;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.118573;OID=.;OPOS=1212961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:168:170:148:149:19:21:0.123529:13:6:55:93:15:6:56:93 chr11 1213017 . C T 33.95 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.003061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.131;QD=2.15567;RBI=0.0139604;REFB=-0.00470256;REVB=-0.0136207;RO=56;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3086;STB=0.732683;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.051755;OID=.;OPOS=1213017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:56:56:7:7:0.111111:2:5:25:31:2:5:25:31 chr11 1213023 . G C 54.18 PASS AF=0.146667;AO=10;DP=73;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.108142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.957;QD=2.88954;RBI=0.122167;REFB=-0.0205301;REVB=-0.0568348;RO=62;SAF=2;SAR=8;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381289;STB=0.788107;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.123706;OID=.;OPOS=1213023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:73:75:62:64:10:11:0.146667:8:2:31:31:9:2:32:32 chr11 1213047 . T C 188.14 PASS AF=0.224638;AO=31;DP=141;FAO=31;FDP=138;FR=.;FRO=107;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=-0.108963;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.374;QD=5.45344;RBI=0.132061;REFB=-0.026812;REVB=-0.0746146;RO=102;SAF=15;SAR=16;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817411;STB=0.537791;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0778213;OID=.;OPOS=1213047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:138:102:107:31:31:0.224638:16:15:56:46:16:15:57:50 chr11 1213115 . C T 262.21 PASS AF=0.3;AO=35;DP=120;FAO=36;FDP=120;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=58;FWDB=0.0135619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0523;QD=8.74033;RBI=0.0508452;REFB=-0.0387247;REVB=0.0490032;RO=83;SAF=4;SAR=31;SRF=27;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385198;STB=0.683379;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.159474;OID=.;OPOS=1213115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:83:84:35:36:0.3:31:4:27:56:31:5:26:58 chr11 1213124 . C T 37.63 PASS AF=0.0859375;AO=11;DP=128;FAO=11;FDP=128;FR=.;FRO=117;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=91;FWDB=0.0442838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.324;QD=1.17593;RBI=0.0574742;REFB=-0.00517956;REVB=-0.0366364;RO=109;SAF=5;SAR=6;SRF=26;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28175;STB=0.72249;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0386923;OID=.;OPOS=1213124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:128:128:109:117:11:11:0.0859375:6:5:26:83:6:5:26:91 chr11 1213125 . G A 294.31 PASS AF=0.304688;AO=41;DP=121;FAO=39;FDP=128;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=65;FWDB=-0.00591392;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2302;QD=9.19702;RBI=0.0126031;REFB=-0.0530444;REVB=-0.0111293;RO=75;SAF=7;SAR=34;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238378;STB=0.593604;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0501011;OID=.;OPOS=1213125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:128:75:89:41:39:0.304688:34:7:24:51:32:7:24:65 chr11 1213135 . C T 31.09 PASS AF=0.0705128;AO=11;DP=156;FAO=11;FDP=156;FR=.;FRO=145;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=120;FWDB=0.0424026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7244;QD=0.797179;RBI=0.0448931;REFB=0.00120297;REVB=0.0147449;RO=145;SAF=7;SAR=4;SRF=25;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529219;STB=0.871107;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.0128983;OID=.;OPOS=1213135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:156:156:145:145:11:11:0.0705128:4:7:25:120:4:7:25:120 chr11 1213143 . T C 34.15 PASS AF=0.0774648;AO=11;DP=143;FAO=11;FDP=142;FR=.;FRO=131;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=103;FWDB=-0.0471243;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4384;QD=0.961985;RBI=0.0613725;REFB=-0.00165876;REVB=-0.0393177;RO=132;SAF=1;SAR=10;SRF=29;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246093;STB=0.719101;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00868895;OID=.;OPOS=1213143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:143:142:132:131:11:11:0.0774648:10:1:29:103:10:1:28:103 chr11 1213174 . A G 153.85 PASS AF=0.20155;AO=26;DP=128;FAO=26;FDP=129;FR=.;FRO=103;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=97;FWDB=0.0108729;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.042;QD=4.77062;RBI=0.0147189;REFB=-0.0123963;REVB=-0.00992093;RO=91;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.615427;STB=0.840776;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.024666;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:91:103:26:26:0.20155:14:12:4:87:14:12:6:97 chr11 1213177 . C T 153.23 PASS AF=0.20155;AO=26;DP=129;FAO=26;FDP=129;FR=.;FRO=103;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=96;FWDB=0.00666239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.371;QD=4.75129;RBI=0.020899;REFB=-0.0040219;REVB=-0.0198086;RO=103;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608075;STB=0.844822;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0140491;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:103:103:26:26:0.20155:13:13:7:96:13:13:7:96 chr11 1213204 . C G 332.1 PASS AF=0.302817;AO=43;DP=142;FAO=43;FDP=142;FR=.;FRO=99;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=89;FWDB=-0.0152699;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.833;QD=9.35492;RBI=0.0152744;REFB=-0.00133856;REVB=0.000369307;RO=96;SAF=18;SAR=25;SRF=9;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446791;STB=0.745559;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0031092;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:96:99:43:43:0.302817:25:18:9:87:25:18:10:89 chr11 1220760 . T C 2244.18 PASS AF=0.501066;AO=210;DP=451;FAO=235;FDP=469;FR=.;FRO=234;FSAF=146;FSAR=89;FSRF=135;FSRR=99;FWDB=-0.0339916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0051;QD=19.1401;RBI=0.0341602;REFB=-0.0283001;REVB=0.00339028;RO=241;SAF=131;SAR=79;SRF=143;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311824;STB=0.523246;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0349842;OID=.;OPOS=1220760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:451:469:241:234:210:235:0.501066:79:131:143:98:89:146:135:99 chr11 1220796 . T C 2527.56 PASS AF=0.525751;AO=245;DP=468;FAO=245;FDP=466;FR=.;FRO=221;FSAF=150;FSAR=95;FSRF=128;FSRR=93;FWDB=-0.0482255;FXX=0.00427341;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.245;QD=21.6958;RBI=0.0489775;REFB=-0.0104499;REVB=-0.0085497;RO=220;SAF=150;SAR=95;SRF=128;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276234;STB=0.516388;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00940693;OID=.;OPOS=1220796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:468:466:220:221:245:245:0.525751:95:150:128:92:95:150:128:93 chr11 1246941 . A G 1769.82 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.33;QD=60.5066;RBI=0.0288731;REFB=0;REVB=-0.0063678;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85061e-06;OID=.;OPOS=1246941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:117:0:0:109:117:1:52:57:0:0:53:64:0:0 chr11 1247458 . C T 6357.03 PASS AF=0.929487;AO=432;DP=469;FAO=435;FDP=468;FR=.;FRO=33;FSAF=164;FSAR=271;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.0495535;FXX=0.00213215;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.0442;QD=54.3336;RBI=0.072758;REFB=-0.130069;REVB=0.0532746;RO=25;SAF=161;SAR=271;SRF=24;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642766;STB=0.530375;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00387963;OID=.;OPOS=1247458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:469:468:25:33:432:435:0.929487:271:161:24:1:271:164:26:7 chr11 1250488 . C T 5021.87 PASS AF=1;AO=319;DP=320;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00895832;FXX=0.0031249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.126;QD=62.9701;RBI=0.0105034;REFB=0;REVB=0.0054836;RO=0;SAF=141;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14596e-06;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:320:319:0:0:319:319:1:178:141:0:0:178:141:0:0 chr11 1252708 . G C 1909.24 PASS AF=0.984615;AO=123;DP=126;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.013985;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.883;QD=58.7457;RBI=0.0249431;REFB=-0.0781243;REVB=0.0206538;RO=3;SAF=56;SAR=67;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00962542;STB=0.500727;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00025741;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:130:3:2:123:128:0.984615:67:56:2:1:70:58:1:1 chr11 1253942 . T C 1859.26 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.677;QD=61.4631;RBI=0.0449991;REFB=0;REVB=0.0345538;RO=0;SAF=53;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116806;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:66:53:0:0:67:54:0:0 chr11 1253969 . A G 207.89 PASS AF=0.277228;AO=28;DP=101;FAO=28;FDP=101;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0328665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.217;QD=8.2334;RBI=0.0376434;REFB=-0.00187522;REVB=0.0183527;RO=73;SAF=15;SAR=13;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681355;STB=0.540607;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00409406;OID=.;OPOS=1253969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:73:73:28:28:0.277228:13:15:35:38:13:15:35:38 chr11 1253976 . A G 159.77 PASS AF=0.244681;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.023696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.918;QD=6.79861;RBI=0.0330432;REFB=-0.00760658;REVB=-0.0230293;RO=71;SAF=13;SAR=10;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123978;STB=0.57558;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0175932;OID=.;OPOS=1253976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:71:71:23:23:0.244681:10:13:33:38:10:13:33:38 chr11 1253980 . A G 150.4 PASS AF=0.241758;AO=21;DP=90;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0471882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.266;QD=6.61109;RBI=0.05915;REFB=-0.0040387;REVB=-0.0356651;RO=68;SAF=13;SAR=8;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219378;STB=0.606656;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00915915;OID=.;OPOS=1253980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:68:69:21:22:0.241758:8:13:30:38:9:13:31:38 chr11 1255089 . CCCCTGCCCTGCCCTGCCCT CCCCTGCCCTGCCCT,CCCCTGCCCTGCCCTGCCCC 571.76 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=26,4;DP=40;FAO=34,4;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=34,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.0731529;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=180.017,53.4549;QD=60.1853;RBI=0.0346615,0.0439457;REFB=0,0;REVB=0.0346615,-0.0439457;RO=0;SAF=0,0;SAR=26,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00847481,0.0688018;OID=.,.;OPOS=1255090,1255108;OREF=CCCTG,T;OALT=-,C;OMAPALT=CCCCTGCCCTGCCCT,CCCCTGCCCTGCCCTGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.894737,0.105263:26,4:40:34,4:38:0:0,0:34,4:0:0:20:0:0,0:26,4:0:0 chr11 1255773 . C T 5573.6 PASS AF=1;AO=354;DP=357;FAO=355;FDP=355;FR=.;FRO=0;FSAF=159;FSAR=196;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416515;FXX=0.00837965;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.308;QD=62.8011;RBI=0.0540633;REFB=0;REVB=-0.0344674;RO=0;SAF=158;SAR=196;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07325e-05;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:357:355:0:0:354:355:1:196:158:0:0:196:159:0:0 chr11 1258217 . T G 86.3 PASS AF=0.0862069;AO=30;DP=350;FAO=30;FDP=348;FR=.;FRO=318;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=181;FSRR=137;FWDB=0.00795378;FXX=0.00571412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.3;QD=0.991901;RBI=0.0362926;REFB=7.53533e-05;REVB=-0.0354103;RO=318;SAF=19;SAR=11;SRF=181;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780336;STB=0.561012;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00174435;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:350:348:318:318:30:30:0.0862069:11:19:181:137:11:19:181:137 chr11 1258226 . C T 141.19 PASS AF=0.108401;AO=40;DP=370;FAO=40;FDP=369;FR=.;FRO=329;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=184;FSRR=145;FWDB=-0.00825999;FXX=0.00270263;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.264;QD=1.53051;RBI=0.0215025;REFB=-0.00228788;REVB=-0.0198527;RO=328;SAF=29;SAR=11;SRF=184;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215482;STB=0.65872;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0142543;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:369:328:329:40:40:0.108401:11:29:184:144:11:29:184:145 chr11 1258240 . CA TG 203.76 PASS AF=0.131367;AO=49;DP=373;FAO=49;FDP=373;FR=.;FRO=324;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=184;FSRR=140;FWDB=-0.0137324;FXX=0.00267373;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.511;QD=2.18509;RBI=0.0142534;REFB=-0.00353896;REVB=-0.00381844;RO=321;SAF=35;SAR=14;SRF=183;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196676;STB=0.637358;STBP=0.045;TYPE=mnp;VARB=0.0264584;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:373:321:324:49:49:0.131367:14:35:183:138:14:35:184:140 chr11 1258283 . G A 319.02 PASS AF=0.172805;AO=60;DP=350;FAO=61;FDP=353;FR=.;FRO=292;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=164;FSRR=128;FWDB=-0.0389396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.105;QD=3.61493;RBI=0.0438552;REFB=-0.00855914;REVB=-0.0201739;RO=289;SAF=39;SAR=21;SRF=162;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120818;STB=0.581776;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.045892;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:353:289:292:60:61:0.172805:21:39:162:127:21:40:164:128 chr11 1258286 . C T 321.02 PASS AF=0.173295;AO=60;DP=352;FAO=61;FDP=352;FR=.;FRO=291;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=163;FSRR=128;FWDB=-0.0170973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.308;QD=3.6479;RBI=0.0311416;REFB=-0.012408;REVB=-0.0260284;RO=291;SAF=39;SAR=21;SRF=163;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121344;STB=0.582971;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0446104;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:291:291:60:61:0.173295:21:39:163:128:21:40:163:128 chr11 1258295 . A G 339.61 PASS AF=0.184524;AO=62;DP=338;FAO=62;FDP=336;FR=.;FRO=274;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=150;FSRR=124;FWDB=-0.0245225;FXX=0.00591698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.829;QD=4.04292;RBI=0.0311928;REFB=-0.0105071;REVB=0.0192778;RO=271;SAF=41;SAR=21;SRF=148;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155029;STB=0.597095;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0390859;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:336:271:274:62:62:0.184524:21:41:148:123:21:41:150:124 chr11 1263316 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0208191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6867;QD=11.1043;RBI=0.0299587;REFB=-0.00456286;REVB=0.0215428;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258458;STB=0.655317;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00177618;OID=.;OPOS=1263316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:7:3:4:3:7:3 chr11 1264362 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.41;QD=33.4285;RBI=0.0333186;REFB=0;REVB=-0.0333186;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100696;OID=.;OPOS=1264362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr11 1264631 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.306;QD=23.2181;RBI=0.0275707;REFB=-0.0350879;REVB=0.0275707;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237727;OID=.;OPOS=1264631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr11 1264742 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.687;QD=35.5759;RBI=0.0199875;REFB=0;REVB=0.0199875;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380393;OID=.;OPOS=1264742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr11 1264823 . T C 393.24 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.59;QD=56.1775;RBI=0.175973;REFB=0;REVB=0.00399765;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361455;OID=.;OPOS=1264823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:28:0:0:23:28:1:21:2:0:0:22:6:0:0 chr11 1265786 . C T 85.42 PASS AF=0.9;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1953;QD=34.1675;RBI=0.132364;REFB=-0.125587;REVB=0.132364;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.02619;OID=.;OPOS=1265786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:9:10:0:1:8:9:0.9:8:0:0:0:9:0:0:1 chr11 1267325 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.569;QD=35.5753;RBI=0.053377;REFB=0;REVB=-0.0523684;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00552899;OID=.;OPOS=1267325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr11 1267562 . C T 340.02 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.62;QD=54.4031;RBI=0.170265;REFB=0;REVB=0.0234767;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384523;OID=.;OPOS=1267562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:24:1:0:0:24:1:0:0 chr11 1268064 . C T 70.11 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0419395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.164;QD=31.159;RBI=0.0562345;REFB=-0.184995;REVB=0.0374619;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.538369;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00447887;OID=.;OPOS=1268064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:9:9:0:1:8:8:0.888889:6:2:0:0:6:2:0:1 chr11 1268513 . G C 820.72 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0728824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.136;QD=55.6418;RBI=0.0733958;REFB=-0.0397219;REVB=-0.00866619;RO=0;SAF=10;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47664e-08;STB=0.521731;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0007139;OID=.;OPOS=1268513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:0:1:57:58:0.983051:47:10:0:0:47:11:1:0 chr11 1268608 . A G 648.3 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.51;QD=61.7432;RBI=0.0534747;REFB=0;REVB=-0.0189235;RO=0;SAF=6;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14989e-05;OID=.;OPOS=1268608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:38:42:1:32:6:0:0:34:8:0:0 chr11 1269627 . C T 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0633846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.89;QD=50.8367;RBI=0.069857;REFB=-0.134285;REVB=0.0293666;RO=1;SAF=2;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183452;STB=0.599907;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00339719;OID=.;OPOS=1269627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:23:2:1:0:23:2:1:0 chr11 1269672 . T C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=11;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9274;QD=34.665;RBI=0.0459583;REFB=0.0373165;REVB=-0.0459583;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.048306;OID=.;OPOS=1269672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:11:10:0.909091:11:0:0:0:10:0:0:1 chr11 1269835 . G A 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.751;QD=45.1046;RBI=0.00074478;REFB=0.00930606;REVB=-0.00074478;RO=1;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111016;OID=.;OPOS=1269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:18:0:0:1:18:0:0:1 chr11 1271321 . C G 40.21 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0192809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5323;QD=14.6224;RBI=0.0228159;REFB=-0.0108548;REVB=-0.0121988;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.624573;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00949915;OID=.;OPOS=1271321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:2:3:2:4:2:3 chr11 1271428 . C CT 84.48 PASS AF=1;AO=2;DP=11;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00180622;FXX=0.0999001;HRUN=0;LEN=1;MLLD=128.723;QD=37.5461;RBI=0.0944964;REFB=0;REVB=-0.0944791;RO=8;SAF=2;SAR=0;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.634114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00518791;OID=.;OPOS=1271429;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:11:9:9:0:5:4:0:0:3:8:2:0:3:5 chr11 1271429 . C T 52.97 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00707734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.181;QD=21.1888;RBI=0.0245901;REFB=-0.067068;REVB=0.0235496;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367917;STB=0.713672;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00363446;OID=.;OPOS=1271429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:3:0:5:2:3:0 chr11 1272226 . A C 863.41 PASS AF=1;AO=53;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.263;QD=57.5607;RBI=0.0337601;REFB=0;REVB=0.0337601;RO=0;SAF=0;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609262;OID=.;OPOS=1272226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:53:60:1:53:0:0:0:60:0:0:0 chr11 1272527 . C T 446.21 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00808224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6428;QD=29.2595;RBI=0.0431275;REFB=-0.0232721;REVB=0.0423634;RO=19;SAF=6;SAR=35;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213875;STB=0.63464;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0203222;OID=.;OPOS=1272527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:20:41:41:0.672131:35:6:7:12:35:6:8:12 chr11 1272858 . C T 809.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.676;QD=55.8118;RBI=0.0203441;REFB=0;REVB=0.000508315;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408792;OID=.;OPOS=1272858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:58:0:0:56:58:1:38:18:0:0:40:18:0:0 chr11 1307254 . G A 1279.99 PASS AF=0.57971;AO=120;DP=208;FAO=120;FDP=207;FR=.;FRO=87;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.00587164;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.793;QD=24.7341;RBI=0.0336346;REFB=0.010665;REVB=0.0331181;RO=80;SAF=57;SAR=63;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557577;STB=0.516126;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00805414;OID=.;OPOS=1307254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:80:87:120:120:0.57971:63:57:32:48:63:57:38:49 chr11 1467054 . A G 2567.69 PASS AF=0.447412;AO=268;DP=599;FAO=268;FDP=599;FR=.;FRO=331;FSAF=133;FSAR=135;FSRF=168;FSRR=163;FWDB=-0.0746961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.844;QD=17.1465;RBI=0.0783649;REFB=-0.00590541;REVB=-0.0236969;RO=331;SAF=133;SAR=135;SRF=168;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011289;STB=0.506235;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00737781;OID=.;OPOS=1467054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:599:599:331:331:268:268:0.447412:135:133:168:163:135:133:168:163 chr11 1491096 . G A 433.04 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0221926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.813;QD=18.0433;RBI=0.0222045;REFB=-0.026822;REVB=0.000724587;RO=52;SAF=17;SAR=27;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563012;STB=0.531482;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0296555;OID=.;OPOS=1491096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:27:17:23:29:27:17:23:29 chr11 1491472 . T C,TC 49.07 PASS AF=0,0.229167;AO=4,8;DP=50;FAO=0,11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=0,1;FSAR=0,10;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0497529,-0.0359433;FXX=0.020404;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=53.0063,56.156;QD=4.08888;RBI=0.0678352,0.0422653;REFB=-0.00417827,-0.00575898;REVB=-0.0461114,-0.0222359;RO=37;SAF=1,1;SAR=3,7;SRF=13;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.127166,-0.364571;STB=0.5,0.803904;STBP=1,0.063;TYPE=snp,ins;VARB=0.0448242,0.0878159;OID=.,.;OPOS=1491472,1491473;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:50:48:37:37:4,8:0,11:0,0.229167:3,7:1,1:13:24:0,10:0,1:13:24 chr11 1501670 . G C 1715.37 PASS AF=0.991304;AO=115;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.646;QD=59.6651;RBI=0.0358364;REFB=0.13692;REVB=-0.00877339;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.504347;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00120775;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:0:1:115:114:0.991304:57:58:0:0:57:57:1:0 chr11 1502097 . A G 2960.58 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.29;QD=63.3278;RBI=0.0195763;REFB=0;REVB=-0.0139277;RO=0;SAF=93;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.03223e-06;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:187:0:0:186:187:1:93:93:0:0:94:93:0:0 chr11 1507731 . A G 1007.21 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.689;QD=59.2475;RBI=0.0167665;REFB=0;REVB=0.00816011;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25575e-05;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:32:33:0:0:33:35:0:0 chr11 1576079 . C T 825.35 PASS AF=0.341297;AO=99;DP=296;FAO=100;FDP=293;FR=.;FRO=193;FSAF=97;FSAR=3;FSRF=183;FSRR=10;FWDB=-0.0196155;FXX=0.0134676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.501;QD=11.2676;RBI=0.0246997;REFB=-0.00632644;REVB=0.0150101;RO=187;SAF=96;SAR=3;SRF=177;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178007;STB=0.600167;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0126714;OID=.;OPOS=1576079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:293:187:193:99:100:0.341297:3:96:177:10:3:97:183:10 chr11 1576137 . C T 757.97 PASS AF=0.359073;AO=89;DP=255;FAO=93;FDP=259;FR=.;FRO=166;FSAF=92;FSAR=1;FSRF=163;FSRR=3;FWDB=-0.00532458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.533;QD=11.706;RBI=0.0124748;REFB=-0.00172208;REVB=-0.0112814;RO=163;SAF=88;SAR=1;SRF=160;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149287;STB=0.590667;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0147131;OID=.;OPOS=1576137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:259:163:166:89:93:0.359073:1:88:160:3:1:92:163:3 chr11 1606411 . GCCCCCA GCCCCA,GCCCCAC 100.88 PASS AF=0.468085,0;AO=19,3;DP=48;FAO=22,0;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9,0;FSAR=13,0;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0541295,-0.0844382;FXX=0.020829;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.7985,21.1036;QD=8.58573;RBI=0.0593489,0.123156;REFB=-0.108964,-0.0306578;REVB=-0.0243368,-0.0896533;RO=23;SAF=7,2;SAR=12,1;SRF=5;SRR=18;SSEN=0.352941,0;SSEP=0,0;SSSB=0.164873,0.476965;STB=0.596192,0.5;STBP=0.276,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.1222,0;OID=.,.;OPOS=1606412,1606416;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.468085,0:19,3:48:22,0:47:25:9,0:13,0:6:19:99:23:7,2:12,1:5:18 chr11 1619396 . C T 58.6 PASS AF=0.533333;AO=5;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0121668;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.998;QD=15.627;RBI=0.026283;REFB=-0.011515;REVB=0.0232974;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179553;STB=0.59976;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0591721;OID=.;OPOS=1619396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:15:15:5:7:5:8:0.533333:2:3:4:1:4:4:5:2 chr11 1628965 . G A 340.8 PASS AF=0.41573;AO=38;DP=90;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0560874;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.775;QD=15.317;RBI=0.0561134;REFB=-0.0145686;REVB=-0.00170942;RO=52;SAF=22;SAR=16;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234955;STB=0.642357;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0274863;OID=.;OPOS=1628965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:52:52:38:37:0.41573:16:22:18:34:15:22:18:34 chr11 1628992 . G A 121.09 PASS AF=0.290323;AO=15;DP=57;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.043017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.763;QD=7.8122;RBI=0.0444446;REFB=-0.0154927;REVB=0.0111744;RO=39;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153058;STB=0.66113;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0429243;OID=.;OPOS=1628992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:62:39:44:15:18:0.290323:9:6:11:28:9:9:12:32 chr11 1629693 . C T 51.26 PASS AF=0.266667;AO=6;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00437589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4621;QD=6.83492;RBI=0.056395;REFB=-0.0140865;REVB=-0.056225;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191087;STB=0.508906;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0374454;OID=.;OPOS=1629693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:30:30:7:22:6:8:0.266667:3:3:5:2:5:3:8:14 chr11 1642883 . GA AC,GC 532.16 PASS AF=0.0810811,0.918919;AO=2,33;DP=37;FAO=3,34;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=3,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017772,-0.000436017;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=56.1631,156.277;QD=57.5304;RBI=0.0789666,0.07635;REFB=0,0;REVB=0.0769408,0.0763488;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.64315e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.181476,0.0135621;OID=.,.;OPOS=1642883,1642884;OREF=GA,A;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:37:37:0:0:2,33:3,34:0.0810811,0.918919:2,15:0,18:0:0:3,16:0,18:0:0 chr11 1643225 . G A 39.18 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0169396;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.04;QD=11.1948;RBI=0.0266255;REFB=-0.0258437;REVB=0.0205418;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260267;STB=0.66603;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0390766;OID=.;OPOS=1643225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:13:14:7:8:5:6:0.428571:1:4:4:3:1:5:5:3 chr11 1643246 . A G 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0228508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.803;QD=14.1718;RBI=0.0436067;REFB=-0.054577;REVB=0.03714;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243833;STB=0.642579;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0393368;OID=.;OPOS=1643246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:8:4:6:4:8:4 chr11 1643252 . A G 35.21 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0498071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0603;QD=5.41719;RBI=0.0673884;REFB=-0.0165847;REVB=-0.0453921;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304021;STB=0.699354;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0787822;OID=.;OPOS=1643252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:2:4:8:12:2:4:8:12 chr11 1643267 . G A 155.52 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00932978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.207;QD=15.1722;RBI=0.0125243;REFB=-0.0353384;REVB=0.00835547;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138692;STB=0.580546;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0403248;OID=.;OPOS=1643267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:12:5:10:14:12:5:10:14 chr11 1651120 . G T 70.17 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0163131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.442;QD=7.01725;RBI=0.0178374;REFB=-0.0172255;REVB=-0.00721514;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0548341;OID=.;OPOS=1651120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:6:4:12:18:6:4:12:18 chr11 1651140 . T C 198.78 PASS AF=0.703704;AO=17;DP=26;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0378914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.416;QD=29.4485;RBI=0.0402223;REFB=-0.0857785;REVB=0.0134935;RO=8;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116692;STB=0.522912;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0259555;OID=.;OPOS=1651140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:8:8:17:19:0.703704:13:4:2:6:13:6:2:6 chr11 1651540 . C G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0497336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.591;QD=12.8684;RBI=0.0497921;REFB=-0.0363045;REVB=0.00241282;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487679;STB=0.528872;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0454701;OID=.;OPOS=1651540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:11:5:3:8:11:5 chr11 1651550 . C T 67.2 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0311559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.369;QD=12.8003;RBI=0.0382929;REFB=-0.0419319;REVB=0.0222633;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795566;STB=0.551606;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0290157;OID=.;OPOS=1651550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:21:11:12:8:9:0.428571:3:5:6:5:3:6:7:5 chr11 1651830 . G T 327.32 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0183379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.118;QD=17.6932;RBI=0.0184037;REFB=-0.0136974;REVB=-0.00155522;RO=39;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15532;STB=0.586907;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0124763;OID=.;OPOS=1651830;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:14:21:17:22:14:21:17:22 chr11 1651917 . C T 203.23 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.110486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2039;QD=14.2617;RBI=0.124305;REFB=-0.00788771;REVB=0.0569608;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169869;STB=0.596414;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0146948;OID=.;OPOS=1651917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:12:12:11:22:12:12:11:22 chr11 1652021 . C A 191.66 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0112008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.371;QD=15.6455;RBI=0.0158734;REFB=-0.0154086;REVB=-0.0112475;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056272;STB=0.521718;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0211624;OID=.;OPOS=1652021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:27:29:20:20:0.408163:9:11:15:12:9:11:17:12 chr11 1652103 . G C 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0189614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.86;QD=15.1114;RBI=0.0191213;REFB=-0.013408;REVB=0.002468;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000918638;STB=0.50052;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0227994;OID=.;OPOS=1652103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:13:16:21:17:13:16:21:17 chr11 1718675 . AAG A 71.19 PASS AF=0.419355;AO=6;DP=34;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0313954;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=2;MLLD=24.4605;QD=9.186;RBI=0.0604404;REFB=-0.0689676;REVB=0.0516466;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641684;STB=0.648567;STBP=0.197;TYPE=del;VARB=0.113722;OID=.;OPOS=1718676;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:6:34:13:31:18:6:7:13:5:71:23:1:5:18:5 chr11 1769226 . G T 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0217852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.686;QD=17.4226;RBI=0.0217857;REFB=-0.00686404;REVB=-0.000142286;RO=32;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21212;STB=0.630779;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0107735;OID=.;OPOS=1769226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:34:31:31:0.476923:14:17:10:22:14:17:10:24 chr11 1775245 . G A 360.87 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=-0.00171385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.239;QD=17.6036;RBI=0.0161738;REFB=-0.00313497;REVB=0.0160827;RO=44;SAF=15;SAR=23;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176362;STB=0.597854;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00360526;OID=.;OPOS=1775245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:23:15:10:34:23:15:10:34 chr11 1853107 . C T 741.72 PASS AF=1;AO=49;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.18;QD=57.0551;RBI=0.0398199;REFB=0;REVB=0.0158322;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168586;OID=.;OPOS=1853107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:49:52:1:36:13:0:0:36:16:0:0 chr11 1855854 . G C 6107.91 PASS AF=0.932127;AO=404;DP=430;FAO=412;FDP=442;FR=.;FRO=30;FSAF=80;FSAR=332;FSRF=0;FSRR=30;FWDB=0.015737;FXX=0.00225729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.289;QD=55.2752;RBI=0.0692351;REFB=-0.190362;REVB=0.0674229;RO=10;SAF=79;SAR=325;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144553;STB=0.521613;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00484228;OID=.;OPOS=1855854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:430:442:10:30:404:412:0.932127:325:79:0:10:332:80:0:30 chr11 1857173 . T C 2311.13 PASS AF=0.993506;AO=121;DP=155;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00694456;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.069;QD=60.0294;RBI=0.00875987;REFB=-0.116403;REVB=-0.00533933;RO=0;SAF=51;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=4.81183e-05;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:154:0:1:121:153:0.993506:70:51:0:0:80:73:0:1 chr11 1857747 . T C 1124.81 PASS AF=0.491304;AO=113;DP=231;FAO=113;FDP=230;FR=.;FRO=117;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=-0.0188837;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8678;QD=19.5619;RBI=0.0264362;REFB=0.0143983;REVB=-0.0185008;RO=116;SAF=57;SAR=56;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437908;STB=0.517461;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0143237;OID=.;OPOS=1857747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:116:117:113:113:0.491304:56:57:53:63:56:57:55:62 chr11 1857751 . C G 1139.0 PASS AF=0.485232;AO=114;DP=236;FAO=115;FDP=237;FR=.;FRO=122;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=0.0113077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8015;QD=19.2237;RBI=0.0604326;REFB=-0.0259285;REVB=-0.0593652;RO=122;SAF=58;SAR=56;SRF=57;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390021;STB=0.514891;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0276907;OID=.;OPOS=1857751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:122:122:114:115:0.485232:56:58:57:65:57:58:58:64 chr11 1858572 . C T 1073.83 PASS AF=0.534031;AO=102;DP=191;FAO=102;FDP=191;FR=.;FRO=89;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.016692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.927;QD=22.4887;RBI=0.0295838;REFB=-0.0293292;REVB=0.024425;RO=85;SAF=62;SAR=40;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574077;STB=0.543621;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0304067;OID=.;OPOS=1858572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:85:89:102:102:0.534031:40:62:46:39:40:62:46:43 chr11 1861760 . T C 4148.23 PASS AF=1;AO=265;DP=265;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0525579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.845;QD=62.6148;RBI=0.058311;REFB=0;REVB=0.0252554;RO=0;SAF=137;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10518e-05;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:265:265:0:0:265:265:1:128:137:0:0:128:137:0:0 chr11 1887806 . T A 786.58 PASS AF=0.458564;AO=81;DP=181;FAO=83;FDP=181;FR=.;FRO=98;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=-0.00316117;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.292;QD=17.383;RBI=0.00884552;REFB=-0.0155455;REVB=0.00826137;RO=92;SAF=28;SAR=53;SRF=34;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251245;STB=0.516593;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.01978;OID=.;OPOS=1887806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:92:98:81:83:0.458564:53:28:34:58:54:29:37:61 chr11 1890971 . C A 443.75 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0163232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.599;QD=17.75;RBI=0.0176749;REFB=-0.0240891;REVB=-0.00677916;RO=54;SAF=22;SAR=23;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650014;STB=0.53107;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.036568;OID=.;OPOS=1890971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:23:22:30:24:23:22:30:25 chr11 1890990 . G A 448.65 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0464018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.1591;QD=21.3644;RBI=0.0464052;REFB=-0.0188745;REVB=0.000565634;RO=39;SAF=27;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439294;STB=0.531482;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0203559;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:40:44:44:0.52381:17:27:22:17:17:27:22:18 chr11 1902793 . A T 2834.5 PASS AF=0.492201;AO=162;DP=578;FAO=284;FDP=577;FR=.;FRO=293;FSAF=75;FSAR=209;FSRF=94;FSRR=199;FWDB=0.0210772;FXX=0.0119861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7178;QD=19.6499;RBI=0.0432924;REFB=-0.00521575;REVB=-0.0378151;RO=178;SAF=15;SAR=147;SRF=33;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209423;STB=0.535805;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00421746;OID=.;OPOS=1902793;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:578:577:178:293:162:284:0.492201:147:15:33:145:209:75:94:199 chr11 1910707 . TG CG,GC 754.27 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=36,3;DP=50;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673017,0.0733666;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=120.496,105.492;QD=55.8719;RBI=0.0819685,0.0736109;REFB=0,0;REVB=0.0467901,0.00599199;RO=0;SAF=22,0;SAR=14,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00133343,0.0528754;OID=.,.;OPOS=1910707,1910707;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:50:54:0:0:36,3:52,2:0.962963,0.037037:14,3:22,0:0:0:29,2:23,0:0:0 chr11 1911115 . T C 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.941;QD=64.4085;RBI=0.0270501;REFB=0;REVB=0.0266122;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126924;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:15:35:0:0:15:35:0:0 chr11 1959884 . C T 1529.32 PASS AF=0.322951;AO=198;DP=609;FAO=197;FDP=610;FR=.;FRO=413;FSAF=109;FSAR=88;FSRF=250;FSRR=163;FWDB=-0.0071315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4357;QD=10.0283;RBI=0.0271749;REFB=0.00290925;REVB=0.0262224;RO=403;SAF=110;SAR=88;SRF=247;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689014;STB=0.535899;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00592183;OID=.;OPOS=1959884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:609:610:403:413:198:197:0.322951:88:110:247:156:88:109:250:163 chr11 1993975 . C A 2348.33 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.085;QD=63.9001;RBI=0.0491121;REFB=0;REVB=0.0332331;RO=0;SAF=72;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114169;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:147:0:0:141:147:1:69:72:0:0:72:75:0:0 chr11 2016908 . G A 574.02 PASS AF=0.619048;AO=51;DP=83;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=45;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00124303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.673;QD=27.3344;RBI=0.0128798;REFB=-0.00715746;REVB=-0.0128196;RO=30;SAF=45;SAR=6;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236289;STB=0.619882;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00402507;OID=.;OPOS=2016908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:30:32:51:52:0.619048:6:45:21:9:7:45:22:10 chr11 2167543 . T G 518.88 PASS AF=0.440945;AO=55;DP=129;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0110077;FXX=0.0155027;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.033;QD=16.3425;RBI=0.0167943;REFB=-0.0155113;REVB=0.0126838;RO=71;SAF=29;SAR=26;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940898;STB=0.547507;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0167549;OID=.;OPOS=2167543;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:71:71:55:56:0.440945:26:29:44:27:26:30:44:27 chr11 2167618 . A G 665.19 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0342019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8828;QD=19.1422;RBI=0.0343506;REFB=-0.00901036;REVB=-0.00319271;RO=72;SAF=29;SAR=38;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115001;STB=0.56361;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0105504;OID=.;OPOS=2167618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:72:72:67:67:0.482014:38:29:40:32:38:29:40:32 chr11 2168375 . G C 641.26 PASS AF=0.612245;AO=56;DP=94;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=-0.00789673;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.4375;QD=26.174;RBI=0.019161;REFB=-0.0144059;REVB=-0.0174581;RO=37;SAF=18;SAR=38;SRF=6;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141424;STB=0.573747;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00960397;OID=.;OPOS=2168375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:37:38:56:60:0.612245:38:18:6:31:39:21:7:31 chr11 2169014 . A G 664.21 PASS AF=0.555556;AO=65;DP=117;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0281014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8531;QD=22.7081;RBI=0.0309411;REFB=-0.0318108;REVB=0.0129485;RO=50;SAF=34;SAR=31;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135033;STB=0.506854;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0342494;OID=.;OPOS=2169014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:50:52:65:65:0.555556:31:34:27:23:31:34:28:24 chr11 2323029 . T C 459.7 PASS AF=0.476636;AO=48;DP=104;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00459279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.513;QD=17.185;RBI=0.0174012;REFB=-0.0162659;REVB=-0.0167842;RO=56;SAF=26;SAR=22;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142941;STB=0.59137;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0156857;OID=.;OPOS=2323029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:56:56:48:51:0.476636:22:26:22:34:22:29:22:34 chr11 2324041 . A G 387.67 PASS AF=0.45977;AO=38;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00051524;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.452;QD=17.824;RBI=0.0412469;REFB=-0.00802273;REVB=-0.0412436;RO=42;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750546;STB=0.512003;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00696488;OID=.;OPOS=2324041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:47:38:40:0.45977:16:22:21:21:17:23:26:21 chr11 2329995 . C T 837.88 PASS AF=0.5;AO=85;DP=170;FAO=85;FDP=170;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.0107523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.198;QD=19.7148;RBI=0.0396516;REFB=-0.00814165;REVB=-0.0381659;RO=85;SAF=30;SAR=55;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346813;STB=0.519097;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0093754;OID=.;OPOS=2329995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:85:85:85:85:0.5:55:30:33:52:55:30:33:52 chr11 2330563 . C T 1518.97 PASS AF=0.453782;AO=162;DP=358;FAO=162;FDP=357;FR=.;FRO=195;FSAF=55;FSAR=107;FSRF=71;FSRR=124;FWDB=-0.00453588;FXX=0.00279322;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.971;QD=17.0193;RBI=0.0228746;REFB=-0.0281104;REVB=-0.0224204;RO=194;SAF=55;SAR=107;SRF=70;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232329;STB=0.514834;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0346612;OID=.;OPOS=2330563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:357:194:195:162:162:0.453782:107:55:70:124:107:55:71:124 chr11 2337218 . G A 524.13 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0222573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.466;QD=17.3266;RBI=0.0261208;REFB=-0.0107676;REVB=0.0136715;RO=65;SAF=19;SAR=37;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155171;STB=0.58654;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0105753;OID=.;OPOS=2337218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:37:19:32:33:37:19:32:33 chr11 2343016 . C T 184.37 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0273259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.322;QD=10.1025;RBI=0.0308002;REFB=0.00378891;REVB=-0.0142109;RO=49;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584886;STB=0.534218;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00921817;OID=.;OPOS=2343016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:12:12:22:27:12:12:22:27 chr11 2424684 . A C 2294.88 PASS AF=1;AO=84;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.173;QD=64.1923;RBI=0.0815533;REFB=0;REVB=0.0707413;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067935;OID=.;OPOS=2424684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:84:143:1:35:49:0:0:85:58:0:0 chr11 2427291 . A C 945.39 PASS AF=0.439331;AO=92;DP=226;FAO=105;FDP=239;FR=.;FRO=134;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=65;FSRR=69;FWDB=0.00221641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.984;QD=15.8223;RBI=0.00831417;REFB=-0.00788945;REVB=-0.00801329;RO=115;SAF=41;SAR=51;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241217;STB=0.521135;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00442774;OID=.;OPOS=2427291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:239:115:134:92:105:0.439331:51:41:54:61:58:47:65:69 chr11 2432964 . T C 1375.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.681;QD=62.5236;RBI=0.0155927;REFB=0;REVB=0.012163;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35229e-05;OID=.;OPOS=2432964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr11 2435946 . A G 158.55 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00581889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.684;QD=9.90921;RBI=0.00819422;REFB=-0.0355089;REVB=0.00576938;RO=41;SAF=5;SAR=16;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381238;STB=0.72591;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0255986;OID=.;OPOS=2435946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:41:43:21:21:0.328125:16:5:23:18:16:5:24:19 chr11 2435956 . C T 188.89 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0363833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.377;QD=11.1109;RBI=0.0364307;REFB=-0.0258653;REVB=0.00185874;RO=44;SAF=4;SAR=20;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471512;STB=0.777524;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0257528;OID=.;OPOS=2435956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:20:4:24:20:20:4:24:20 chr11 2439542 . A G 884.6 PASS AF=0.467337;AO=92;DP=203;FAO=93;FDP=199;FR=.;FRO=106;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=-0.01861;FXX=0.0197035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.933;QD=17.7809;RBI=0.0202422;REFB=-0.0146794;REVB=-0.00796338;RO=105;SAF=44;SAR=48;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804726;STB=0.54368;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0166436;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:199:105:106:92:93:0.467337:48:44:59:46:48:45:60:46 chr11 2439767 . T C 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0032086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.786;QD=13.9657;RBI=0.0310326;REFB=-0.00162729;REVB=-0.0308662;RO=44;SAF=4;SAR=26;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461349;STB=0.768111;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00340442;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:26:4:21:23:26:4:21:23 chr11 2610034 . C G 574.99 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.00921195;FXX=0.00781189;HRUN=6;LEN=1;MLLD=100.495;QD=18.1101;RBI=0.0118132;REFB=-0.0100768;REVB=-0.00739532;RO=65;SAF=14;SAR=46;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222779;STB=0.618791;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0116431;OID=.;OPOS=2610034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:65:67:60:60:0.472441:46:14:28:37:46:14:28:39 chr11 2870108 . A G 1937.02 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114512;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.057;QD=61.9845;RBI=0.0115757;REFB=0;REVB=0.00169362;RO=0;SAF=69;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90027e-05;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:56:69:0:0:56:69:0:0 chr11 2904862 . TC CT 38.09 PASS AF=0.2;AO=5;DP=24;FAO=5;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.173682;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=12.8877;QD=6.0951;RBI=0.176585;REFB=-0.0916592;REVB=0.0318881;RO=10;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5996;STBP=0.68;TYPE=mnp;VARB=0.0866593;OID=.;OPOS=2904862;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:25:10:15:5:5:0.2:2:3:6:4:2:3:7:8 chr11 2924610 . G A 3015.21 PASS AF=0.9447;AO=205;DP=217;FAO=205;FDP=217;FR=.;FRO=12;FSAF=97;FSAR=108;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0221346;FXX=0.009132;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.091;QD=55.58;RBI=0.0223058;REFB=-0.205206;REVB=-0.00275826;RO=10;SAF=97;SAR=108;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377816;STB=0.524529;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00240753;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:217:217:10:12:205:205:0.9447:108:97:9:1:108:97:11:1 chr11 2929552 . A G 1662.88 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212446;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.737;QD=59.3885;RBI=0.021612;REFB=0;REVB=-0.00396798;RO=0;SAF=34;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371432;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:112:0:0:103:112:1:69:34:0:0:70:42:0:0 chr11 2999507 . G T 1185.91 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000151641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.531;QD=60.8158;RBI=0.0128728;REFB=0;REVB=0.0128719;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80455e-05;OID=.;OPOS=2999507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:49:28:0:0:49:29:0:0 chr11 3109403 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.832;QD=61.2131;RBI=0.0134806;REFB=0;REVB=-0.0109833;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59459e-05;OID=.;OPOS=3109403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr11 3109408 . C T 1362.49 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00939724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.878;QD=61.2356;RBI=0.0276098;REFB=-0.0473942;REVB=0.0259613;RO=1;SAF=45;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104146;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=8.11634e-05;OID=.;OPOS=3109408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:43:45:1:0:43:45:1:0 chr11 3243346 . C T 208.74 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0388567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5348;QD=18.151;RBI=0.0480099;REFB=0.0260539;REVB=-0.0281976;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112262;STB=0.563615;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0312117;OID=.;OPOS=3243346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:16:9:10:11:16:9 chr11 3243367 . G T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0106048;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.338;QD=12.3948;RBI=0.0138495;REFB=-0.0223784;REVB=-0.00890766;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130458;STB=0.507681;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0354126;OID=.;OPOS=3243367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:6:8:14:10:6:8:14:10 chr11 3243427 . T C 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00997728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.466;QD=15.9154;RBI=0.0311288;REFB=-0.00733976;REVB=-0.0294865;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126498;STB=0.571378;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00490351;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:16:12:19:15:16:12:19:15 chr11 3243638 . A G 562.29 PASS AF=0.422819;AO=59;DP=147;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=49;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0153469;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.125;QD=15.0951;RBI=0.0170747;REFB=-0.0148976;REVB=0.00748443;RO=88;SAF=14;SAR=45;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217414;STB=0.63163;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0173494;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:88:86:59:63:0.422819:45:14:36:52:49:14:35:51 chr11 3243665 . C T 659.69 PASS AF=0.447205;AO=72;DP=161;FAO=72;FDP=161;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=30;FSRR=59;FWDB=0.00838571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.223;QD=16.3897;RBI=0.00841139;REFB=-0.0123261;REVB=-0.000656813;RO=89;SAF=19;SAR=53;SRF=30;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888321;STB=0.549615;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0141417;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:89:89:72:72:0.447205:53:19:30:59:53:19:30:59 chr11 3243673 . G C 699.64 PASS AF=0.460123;AO=75;DP=163;FAO=75;FDP=163;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=30;FSRR=58;FWDB=0.00968895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5528;QD=17.169;RBI=0.0274836;REFB=0.0171312;REVB=0.0257192;RO=88;SAF=21;SAR=54;SRF=30;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707428;STB=0.539355;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0198805;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:88:88:75:75:0.460123:54:21:30:58:54:21:30:58 chr11 3243832 . C A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00910526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.447;QD=19.6463;RBI=0.0144108;REFB=-0.0103827;REVB=-0.0111698;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253752;STB=0.64333;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00444618;OID=.;OPOS=3243832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:1:7:6:5:1:7 chr11 3243909 . G A 336.47 PASS AF=0.630435;AO=28;DP=43;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0113382;FXX=0.0212721;HRUN=6;LEN=1;MLLD=59.2162;QD=29.2583;RBI=0.0269832;REFB=-0.00419234;REVB=-0.0244854;RO=15;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485508;STB=0.512649;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00193755;OID=.;OPOS=3243909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:15:17:28:29:0.630435:17:11:7:8:18:11:7:10 chr11 3244005 . TC T 1981.96 PASS AF=1;AO=158;DP=176;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.23123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.6209;QD=44.0436;RBI=0.243106;REFB=0;REVB=-0.0750553;RO=9;SAF=56;SAR=102;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586428;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00180072;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:158:176:180:180:0:69:111:0:0:34:9:56:102:8:1 chr11 3249552 . C T 591.77 PASS AF=0.397661;AO=68;DP=172;FAO=68;FDP=171;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=0.0395698;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.589;QD=13.8426;RBI=0.0459098;REFB=-0.0203692;REVB=-0.0232796;RO=103;SAF=34;SAR=34;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363511;STB=0.520462;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0295632;OID=.;OPOS=3249552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:103:103:68:68:0.397661:34:34:55:48:34:34:55:48 chr11 3249829 . G A 570.9 PASS AF=0.378531;AO=67;DP=177;FAO=67;FDP=177;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=-0.00902875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.912;QD=12.9018;RBI=0.0105512;REFB=-0.0082425;REVB=-0.00545983;RO=110;SAF=32;SAR=35;SRF=46;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656536;STB=0.53712;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0148157;OID=.;OPOS=3249829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:110:110:67:67:0.378531:35:32:46:64:35:32:46:64 chr11 3249984 . C T 813.63 PASS AF=0.497006;AO=83;DP=168;FAO=83;FDP=167;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.000101276;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.094;QD=19.4882;RBI=0.0250475;REFB=-0.0239504;REVB=-0.0250473;RO=82;SAF=40;SAR=43;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278142;STB=0.520904;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0229139;OID=.;OPOS=3249984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:82:84:83:83:0.497006:43:40:37:45:43:40:37:47 chr11 3361087 . T C 215.95 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00211704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.528;QD=15.1547;RBI=0.00333537;REFB=-0.014174;REVB=0.00257737;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506399;STB=0.528729;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0157308;OID=.;OPOS=3361087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:12:13:15:17:12:13:15:17 chr11 3381369 . G C 349.18 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0099028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.215;QD=20.2426;RBI=0.0368127;REFB=-0.013087;REVB=-0.0354557;RO=32;SAF=16;SAR=20;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329935;STB=0.524577;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0085534;OID=.;OPOS=3381369;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:36:36:0.521739:20:16:13:19:20:16:13:20 chr11 3436490 . C G,T 751.28 PASS AF=0.0517241,0.913793;AO=2,53;DP=56;FAO=3,53;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=1,24;FSAR=2,29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0186931,0.0455488;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=30.0428,104.919;QD=51.8122;RBI=0.115541,0.0602807;REFB=-0.000588165,-0.087818;REVB=-0.114019,0.0394851;RO=1;SAF=0,24;SAR=2,29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0159704;STB=0.570936,0.501729;STBP=0.906,0.872;TYPE=snp,snp;VARB=0.157496,0.00899209;OID=.,.;OPOS=3436490,3436490;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:58:1:2:2,53:3,53:0.0517241,0.913793:2,29:0,24:0:1:2,29:1,24:1:1 chr11 3436492 . A G 834.32 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.301;QD=57.5392;RBI=0.0569419;REFB=0;REVB=0.037652;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89174e-05;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:55:58:1:31:24:0:0:32:26:0:0 chr11 3659993 . G T 502.59 PASS AF=0.490741;AO=52;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00148403;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.035;QD=18.6144;RBI=0.00316452;REFB=-0.019421;REVB=0.00279497;RO=56;SAF=22;SAR=30;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559471;STB=0.529276;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0245796;OID=.;OPOS=3659993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:55:52:53:0.490741:30:22:27:29:30:23:27:28 chr11 3661140 . T C 2206.07 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.904;QD=63.0306;RBI=0.0193034;REFB=0;REVB=0.0150919;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27117e-05;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:130:140:0:0:130:140:1:68:62:0:0:78:62:0:0 chr11 3661585 . A ATGG 697.44 PASS AF=0.846154;AO=54;DP=69;FAO=55;FDP=65;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0218243;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=3;MLLD=194.314;QD=42.9194;RBI=0.0218889;REFB=-0.0135555;REVB=0.00168137;RO=13;SAF=26;SAR=28;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484799;STB=0.550205;STBP=0.068;TYPE=ins;VARB=0.00161903;OID=.;OPOS=3661586;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:54:69:55:65:10:26:29:8:2:54:13:26:28:8:5 chr11 3681519 . T C 564.83 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00803406;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.682;QD=21.1151;RBI=0.0349074;REFB=-0.0180988;REVB=-0.0339703;RO=49;SAF=34;SAR=23;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192174;STB=0.600947;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0146948;OID=.;OPOS=3681519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:49:50:57:57:0.53271:23:34:18:31:23:34:19:31 chr11 4103524 . A G 532.33 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0100751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0519;QD=16.8995;RBI=0.0355796;REFB=0.021589;REVB=0.0341233;RO=68;SAF=23;SAR=34;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957775;STB=0.557672;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0287104;OID=.;OPOS=4103524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:69:57:57:0.452381:34:23:34:34:34:23:35:34 chr11 4113200 . A G 646.13 PASS AF=0.488889;AO=64;DP=135;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.0308857;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3563;QD=19.1445;RBI=0.0339149;REFB=-0.0270116;REVB=0.0140105;RO=69;SAF=28;SAR=36;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724031;STB=0.547931;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0308993;OID=.;OPOS=4113200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:69:69:64:66:0.488889:36:28:25:44:36:30:25:44 chr11 4141132 . C A 655.05 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0522498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.055;QD=19.5538;RBI=0.0525497;REFB=-0.0122694;REVB=0.00560565;RO=68;SAF=39;SAR=27;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848408;STB=0.546882;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0119933;OID=.;OPOS=4141132;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:68:68:66:66:0.492537:27:39:34:34:27:39:34:34 chr11 4159457 . A G 387.3 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0252327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6841;QD=12.8032;RBI=0.0506795;REFB=-0.000527207;REVB=0.0439513;RO=73;SAF=22;SAR=24;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433221;STB=0.515494;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.000136654;OID=.;OPOS=4159457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:73:75:46:46:0.380165:24:22:32:41:24:22:34:41 chr11 4159466 . G A 1832.36 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.543;QD=60.5739;RBI=0.0205486;REFB=0;REVB=0.0136835;RO=1;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760015;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130917;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:121:121:1:0:120:121:1:62:58:0:1:63:58:0:0 chr11 4388905 . C T 271.06 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00883161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.662;QD=30.1177;RBI=0.0325908;REFB=-0.02385;REVB=0.0313713;RO=12;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159856;STB=0.58816;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0187;OID=.;OPOS=4388905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:16:8:7:5:16:8:7:5 chr11 4389404 . AG A 323.27 PASS AF=0.421429;AO=53;DP=138;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0858122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.7685;QD=9.23617;RBI=0.124001;REFB=0.0278767;REVB=0.0895126;RO=80;SAF=23;SAR=30;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233581;STB=0.518045;STBP=0.733;TYPE=del;VARB=-0.0337995;OID=.;OPOS=4389405;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421429:53:138:59:140:81:23:36:34:47:99:80:23:30:33:47 chr11 4389587 . G C 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0229602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.746;QD=6.26141;RBI=0.0231892;REFB=-0.00461193;REVB=0.00325054;RO=21;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357051;STB=0.738924;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00976806;OID=.;OPOS=4389587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:6:1:8:13:6:1:8:13 chr11 4592708 . C CAG 735.2 PASS AF=0.360996;AO=85;DP=241;FAO=87;FDP=241;FR=.;FRO=154;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=72;FSRR=82;FWDB=0.00148106;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=286.687;QD=12.2025;RBI=0.0251696;REFB=0.00962223;REVB=-0.025126;RO=154;SAF=51;SAR=34;SRF=72;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150874;STB=0.576088;STBP=0.068;TYPE=ins;VARB=-0.0150612;OID=.;OPOS=4592709;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.360996:85:241:87:241:154:51:36:72:82:99:154:51:34:72:82 chr11 4608542 . C T 336.87 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.046631;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.998;QD=12.2499;RBI=0.0472764;REFB=-0.00817635;REVB=-0.00778537;RO=69;SAF=24;SAR=17;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180428;STB=0.602859;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0145399;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:69:41:41:0.372727:17:24:29:40:17:24:29:40 chr11 4615234 . A G 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.027717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.18;QD=14.9201;RBI=0.0432074;REFB=-0.020627;REVB=0.0331458;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494606;STB=0.528033;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.027129;OID=.;OPOS=4615234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:15:13:19:18:15:13:19:18 chr11 4615390 . C T 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1393;QD=62.3142;RBI=0.0386645;REFB=0;REVB=0.00198856;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187534;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr11 4615508 . C G 352.0 PASS AF=0.265957;AO=50;DP=188;FAO=50;FDP=188;FR=.;FRO=138;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=65;FSRR=73;FWDB=-0.0156021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0275;QD=7.48926;RBI=0.0394588;REFB=0.00227378;REVB=-0.0362432;RO=135;SAF=28;SAR=22;SRF=64;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10581;STB=0.56521;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00933354;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:135:138:50:50:0.265957:22:28:64:71:22:28:65:73 chr11 4675822 . G A 459.32 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0176704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.974;QD=14.3538;RBI=0.0588553;REFB=-0.0250821;REVB=0.05614;RO=75;SAF=17;SAR=35;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141703;STB=0.576893;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0363351;OID=.;OPOS=4675822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:76:52:52:0.40625:35:17:34:41:35:17:34:42 chr11 4703165 . C A 815.18 PASS AF=0.474576;AO=84;DP=179;FAO=84;FDP=177;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.0441771;FXX=0.0111726;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2642;QD=18.4222;RBI=0.0442582;REFB=0.00229588;REVB=0.00267812;RO=93;SAF=36;SAR=48;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119001;STB=0.512312;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00281772;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:177:93:93:84:84:0.474576:48:36:41:52:48:36:42:51 chr11 4711986 . T C 582.57 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0112733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.159;QD=20.806;RBI=0.0158713;REFB=-0.0223267;REVB=-0.0111719;RO=53;SAF=32;SAR=27;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109214;STB=0.560028;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0220858;OID=.;OPOS=4711986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:27:32:22:31:27:32:22:31 chr11 4712353 . T C 373.02 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0399382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.984;QD=20.4396;RBI=0.0422308;REFB=0.0148204;REVB=0.0137252;RO=35;SAF=12;SAR=26;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081272;STB=0.545137;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.0132312;OID=.;OPOS=4712353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:26:12:14:21:26:12:14:21 chr11 4730985 . C T 1627.2 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034822;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.798;QD=59.1711;RBI=0.0350859;REFB=0.063911;REVB=0.00429509;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.504672;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000150569;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:0:1:108:109:0.990909:56:52:0:0:56:53:1:0 chr11 4731180 . G A 3440.79 PASS AF=1;AO=218;DP=219;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7547;QD=62.5598;RBI=0.0108596;REFB=0;REVB=-0.00582305;RO=0;SAF=97;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84433e-05;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:220:0:0:218:220:1:121:97:0:0:123:97:0:0 chr11 4731468 . G A 519.14 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.00198459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4338;QD=16.7463;RBI=0.0130166;REFB=-0.0317594;REVB=0.0128644;RO=68;SAF=22;SAR=34;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205981;STB=0.61477;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0327564;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:56:56:0.451613:34:22:41:27:34:22:41:27 chr11 4731583 . C T 2270.53 PASS AF=0.97973;AO=145;DP=149;FAO=145;FDP=148;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0191778;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.89;QD=61.3656;RBI=0.0406441;REFB=-0.12225;REVB=0.0358351;RO=3;SAF=70;SAR=75;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576636;STB=0.503033;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.000847716;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:149:148:3:3:145:145:0.97973:75:70:1:2:75:70:1:2 chr11 4928621 . G A 3164.88 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9258;QD=63.937;RBI=0.0705834;REFB=0;REVB=0.00432211;RO=0;SAF=86;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013825;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:198:0:0:196:198:1:110:86:0:0:112:86:0:0 chr11 4929061 . C G 771.38 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0900389;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1579;QD=57.1391;RBI=0.0900812;REFB=0;REVB=0.00275962;RO=0;SAF=41;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000561771;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:13:41:0:0:13:41:0:0 chr11 4936212 . G A 34.05 PASS AF=0.0826446;AO=10;DP=121;FAO=10;FDP=121;FR=.;FRO=111;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=-0.0116294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.026;QD=1.12562;RBI=0.0139849;REFB=-0.00304137;REVB=-0.00776753;RO=110;SAF=5;SAR=5;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307636;STB=0.52062;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0481869;OID=.;OPOS=4936212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:121:121:110:111:10:10:0.0826446:5:5:58:52:5:5:58:53 chr11 4945229 . G A 490.07 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0160769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.147;QD=56.0081;RBI=0.0163394;REFB=-0.0447726;REVB=-0.00291725;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00337381;OID=.;OPOS=4945229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:0:1:34:34:0.971429:14:20:0:0:14:20:0:1 chr11 4964753 . A G 2801.64 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0091385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.71;QD=62.6065;RBI=0.0204677;REFB=0;REVB=-0.0183143;RO=0;SAF=78;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112656;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:179:0:0:177:179:1:99:78:0:0:101:78:0:0 chr11 4965301 . G T 1357.77 PASS AF=0.988764;AO=84;DP=85;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0183819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9589;QD=61.0232;RBI=0.0229419;REFB=0.00945632;REVB=0.0137273;RO=1;SAF=50;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938023;STB=0.504761;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0014565;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:89:1:1:84:88:0.988764:34:50:1:0:36:52:1:0 chr11 4967468 . G A 4283.59 PASS AF=1;AO=273;DP=275;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521376;FXX=0.00727246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.165;QD=62.7632;RBI=0.0343504;REFB=-0.0612903;REVB=0.0339524;RO=1;SAF=166;SAR=107;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169682;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:275:273:1:0:273:273:1:107:166:0:1:107:166:0:0 chr11 4968198 . C A 723.56 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0832255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8726;QD=59.0659;RBI=0.0926962;REFB=0.0762009;REVB=-0.040818;RO=2;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335685;STB=0.51785;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0133857;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:27:20:0:2:27:20:0:2 chr11 4976013 . A G 95.35 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00650146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.847;QD=34.6736;RBI=0.0106731;REFB=-0.13303;REVB=0.00846441;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555443;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0020294;OID=.;OPOS=4976013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:4:6:0:0:4:6:0:1 chr11 4976086 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2708;QD=23.2167;RBI=0.00378414;REFB=-0.0386374;REVB=0.00378414;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012153;OID=.;OPOS=4976086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr11 4976291 . G A 2085.23 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.034;QD=62.7137;RBI=0.0389163;REFB=0;REVB=-0.00456092;RO=0;SAF=57;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6082e-05;OID=.;OPOS=4976291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:133:0:0:131:133:1:74:57:0:0:76:57:0:0 chr11 5010905 . A G 540.34 PASS AF=0.40411;AO=59;DP=147;FAO=59;FDP=146;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=-0.00736204;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.91;QD=14.8038;RBI=0.0226847;REFB=-0.00971917;REVB=0.0214568;RO=87;SAF=31;SAR=28;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351429;STB=0.501978;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0163148;OID=.;OPOS=5010905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:87:87:59:59:0.40411:28:31:46:41:28:31:46:41 chr11 5013423 . T TG 446.06 PASS AF=0.529412;AO=30;DP=106;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=4;FWDB=0.00420669;FXX=0.0659268;HRUN=0;LEN=1;MLLD=223.958;QD=20.9908;RBI=0.00666091;REFB=-0.00929411;REVB=0.00516445;RO=73;SAF=26;SAR=4;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324923;STB=0.626957;STBP=0.052;TYPE=ins;VARB=0.00945827;OID=.;OPOS=5013424;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:30:106:45:85:40:31:14:36:4:99:73:26:4:50:23 chr11 5013424 . T G 76.1 PASS AF=0.145455;AO=16;DP=110;FAO=16;FDP=110;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=71;FSRR=23;FWDB=-0.0181252;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=148.161;QD=2.76721;RBI=0.0331406;REFB=-0.00437366;REVB=-0.0277449;RO=94;SAF=6;SAR=10;SRF=71;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462573;STB=0.795173;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0232411;OID=.;OPOS=5013424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:110:110:94:94:16:16:0.145455:10:6:71:23:10:6:71:23 chr11 5020416 . A G 3241.8 PASS AF=1;AO=189;DP=194;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0969142;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.05;QD=60.879;RBI=0.0976863;REFB=-0.0788414;REVB=0.0122571;RO=0;SAF=95;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378392;OID=.;OPOS=5020416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:194:213:0:0:189:213:1:94:95:0:0:94:119:0:0 chr11 5020509 . C T 1393.91 PASS AF=0.476821;AO=144;DP=302;FAO=144;FDP=302;FR=.;FRO=158;FSAF=75;FSAR=69;FSRF=82;FSRR=76;FWDB=-0.016347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.012;QD=18.4623;RBI=0.0167961;REFB=-0.00223048;REVB=0.00385807;RO=158;SAF=75;SAR=69;SRF=82;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00175723;STB=0.500967;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0024073;OID=.;OPOS=5020509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:158:158:144:144:0.476821:69:75:82:76:69:75:82:76 chr11 5020799 . C T 569.59 PASS AF=0.423611;AO=60;DP=143;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0295711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.651;QD=15.8218;RBI=0.0303979;REFB=-0.00204764;REVB=0.00704148;RO=83;SAF=27;SAR=33;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00440962;STB=0.507686;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00273591;OID=.;OPOS=5020799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:83:83:60:61:0.423611:33:27:37:46:33:28:37:46 chr11 5020832 . C T 615.66 PASS AF=0.43871;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=155;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.00364143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5402;QD=15.8879;RBI=0.00919431;REFB=-0.0122694;REVB=0.00844247;RO=86;SAF=38;SAR=30;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592667;STB=0.529987;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0104279;OID=.;OPOS=5020832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:86:87:68:68:0.43871:30:38:43:43:30:38:44:43 chr11 5067984 . A G 1180.74 PASS AF=0.459259;AO=125;DP=271;FAO=124;FDP=270;FR=.;FRO=146;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=58;FSRR=88;FWDB=0.00748568;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.6;QD=17.4925;RBI=0.0166743;REFB=-0.00965233;REVB=-0.0148996;RO=144;SAF=65;SAR=60;SRF=56;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126764;STB=0.564068;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0111004;OID=.;OPOS=5067984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:144:146:125:124:0.459259:60:65:56:88:60:64:58:88 chr11 5068137 . G A 257.21 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0352345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3236;QD=13.7176;RBI=0.0377388;REFB=-0.0083483;REVB=-0.0135184;RO=44;SAF=10;SAR=20;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110442;STB=0.57138;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.02001;OID=.;OPOS=5068137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:20:10:19:25:20:10:20:25 chr11 5068177 . A T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00550779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.737;QD=10.1402;RBI=0.0249395;REFB=0.00377386;REVB=-0.0243237;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188841;STB=0.614275;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00817281;OID=.;OPOS=5068177;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:9:4:13:15:9:4:13:15 chr11 5068661 . A G 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00400781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.526;QD=8.5118;RBI=0.0041997;REFB=-0.00545383;REVB=0.00125494;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741239;STB=0.558707;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0128222;OID=.;OPOS=5068661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:5:5:10:13:5:5:10:14 chr11 5079946 . C T 331.71 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.01046;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.495;QD=16.3808;RBI=0.0115298;REFB=-0.0112319;REVB=0.00485009;RO=46;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626969;STB=0.531897;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.018032;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:45:35:36:0.444444:24:11:17:29:25:11:16:29 chr11 5080068 . G A 207.4 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0298445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2535;QD=17.6511;RBI=0.0328788;REFB=-0.0356484;REVB=-0.0137956;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347428;STB=0.508122;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0343101;OID=.;OPOS=5080068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:11:10:11:14:11:10:12:14 chr11 5080234 . T C 205.74 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0232033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.634;QD=23.5128;RBI=0.0331389;REFB=-0.0178176;REVB=-0.0236599;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146377;STB=0.582006;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00820802;OID=.;OPOS=5080234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:7:13:7:8:7:13:7:8 chr11 5141902 . T C 367.2 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0123856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.185;QD=21.9226;RBI=0.0216312;REFB=-0.00530638;REVB=0.0177343;RO=29;SAF=24;SAR=13;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269579;STB=0.655338;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00263484;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:29:30:37:37:0.552239:13:24:9:20:13:24:9:21 chr11 5141980 . A G 458.95 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0198085;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.843;QD=20.6268;RBI=0.0231904;REFB=-0.0140396;REVB=-0.0120589;RO=43;SAF=17;SAR=28;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724134;STB=0.531809;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0197856;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:43:44:45:45:0.505618:28:17:13:30:28:17:14:30 chr11 5142134 . C T 171.95 PASS AF=0.461538;AO=16;DP=37;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0219143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.202;QD=17.6357;RBI=0.0330503;REFB=-0.00641029;REVB=0.0247403;RO=21;SAF=2;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373843;STB=0.733625;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00663108;OID=.;OPOS=5142134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:21:21:16:18:0.461538:14:2:8:13:16:2:8:13 chr11 5142270 . T G 521.79 PASS AF=0.510204;AO=51;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0211108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.339;QD=21.2976;RBI=0.0211387;REFB=0.00179151;REVB=-0.00108581;RO=47;SAF=21;SAR=30;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500155;STB=0.519143;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00186063;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:48:51:50:0.510204:30:21:22:25:29:21:22:26 chr11 5142549 . T C 547.04 PASS AF=0.533981;AO=54;DP=101;FAO=55;FDP=103;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.012009;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.676;QD=21.2443;RBI=0.0122993;REFB=-0.0220355;REVB=-0.00265644;RO=47;SAF=26;SAR=28;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785575;STB=0.543003;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0147463;OID=.;OPOS=5142549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:47:48:54:55:0.533981:28:26:27:20:28:27:28:20 chr11 5153261 . A G 448.96 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0130381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.0604;QD=15.7531;RBI=0.0280082;REFB=-0.0165455;REVB=0.0247884;RO=63;SAF=30;SAR=20;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109183;STB=0.55712;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0193021;OID=.;OPOS=5153261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:64:50:50:0.438596:20:30:31:32:20:30:32:32 chr11 5172785 . GA G,GG 1690.95 PASS AF=0.00884956,0.99115;AO=22,91;DP=113;FAO=1,112;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=0,54;FSAR=1,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233046,0.0240947;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.978,229.287;QD=59.8567;RBI=0.0353868,0.0346563;REFB=0,0;REVB=0.0266293,0.02491;RO=0;SAF=5,49;SAR=17,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.58081e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00338534,0.00294909;OID=.,.;OPOS=5172786,5172786;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.00884956,0.99115:22,91:113:1,112:113:0:0,54:1,58:0:0:3:0:5,49:17,42:0:0 chr11 5221116 . C T 315.87 PASS AF=0.347826;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00930477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3281;QD=10.9867;RBI=0.0404006;REFB=-0.0111197;REVB=-0.0393145;RO=73;SAF=13;SAR=27;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21234;STB=0.623296;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0236761;OID=.;OPOS=5221116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:73:75:40:40:0.347826:27:13:37:36:27:13:38:37 chr11 5254260 . T A 491.29 PASS AF=0.288793;AO=67;DP=232;FAO=67;FDP=232;FR=.;FRO=165;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=73;FSRR=92;FWDB=-0.00598753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.198;QD=8.47046;RBI=0.00614792;REFB=-0.0112953;REVB=-0.00139512;RO=165;SAF=27;SAR=40;SRF=73;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492249;STB=0.528812;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0279742;OID=.;OPOS=5254260;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:165:165:67:67:0.288793:40:27:73:92:40:27:73:92 chr11 5269583 . GTGA AGAG 1850.59 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023794;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=4;MLLD=313.323;QD=61.1764;RBI=0.0268681;REFB=0;REVB=0.0124797;RO=0;SAF=56;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000197422;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:119:121:1:63:56:0:0:64:57:0:0 chr11 5322737 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.012;QD=58.7812;RBI=0.0182549;REFB=0;REVB=-0.0113313;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56558e-06;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr11 5323071 . C T 1591.27 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.229;QD=59.4866;RBI=0.0139174;REFB=0;REVB=0.00187088;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130511;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:46:59:0:0:47:60:0:0 chr11 5372863 . T A 872.9 PASS AF=0.451923;AO=94;DP=209;FAO=94;FDP=208;FR=.;FRO=114;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=0.0128932;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.435;QD=16.7866;RBI=0.0158281;REFB=-0.00187408;REVB=0.00918113;RO=113;SAF=52;SAR=42;SRF=49;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117462;STB=0.567393;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00180936;OID=.;OPOS=5372863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:113:114:94:94:0.451923:42:52:49:64:42:52:49:65 chr11 5373114 . G A 1165.24 PASS AF=0.491525;AO=116;DP=238;FAO=116;FDP=236;FR=.;FRO=120;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=67;FSRR=53;FWDB=0.0080517;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4284;QD=19.7499;RBI=0.0327983;REFB=-0.00930621;REVB=-0.0317946;RO=115;SAF=61;SAR=55;SRF=66;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438335;STB=0.516581;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00720998;OID=.;OPOS=5373114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:236:115:120:116:116:0.491525:55:61:66:49:55:61:67:53 chr11 5410934 . T G 1464.46 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0874013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7663;QD=56.3255;RBI=0.0935091;REFB=-0.153715;REVB=0.0332411;RO=0;SAF=35;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53132e-08;STB=0.503649;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0040835;OID=.;OPOS=5410934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:104:0:1:101:103:0.990385:66:35:0:0:68:35:0:1 chr11 5411031 . C T 710.63 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0281972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4006;QD=52.6389;RBI=0.0294237;REFB=0.00640222;REVB=-0.00840685;RO=2;SAF=28;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269653;STB=0.501432;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00447755;OID=.;OPOS=5411031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:24:28:1:1:24:28:1:1 chr11 5411239 . T C 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.888;QD=58.2371;RBI=0.0340897;REFB=0;REVB=0.0290706;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103329;OID=.;OPOS=5411239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr11 5411395 . C A 2414.54 PASS AF=0.981595;AO=160;DP=164;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00820491;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.725;QD=59.2525;RBI=0.0322192;REFB=-0.174098;REVB=0.031157;RO=3;SAF=79;SAR=81;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177224;STB=0.509316;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00124706;OID=.;OPOS=5411395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:164:163:3:3:160:160:0.981595:81:79:3:0:81:79:3:0 chr11 5411398 . T G 859.65 PASS AF=0.518072;AO=86;DP=166;FAO=86;FDP=166;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.00201842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4112;QD=20.7145;RBI=0.0198583;REFB=-0.0082513;REVB=0.0197554;RO=80;SAF=42;SAR=44;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541008;STB=0.529668;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00809552;OID=.;OPOS=5411398;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:80:80:86:86:0.518072:44:42:44:36:44:42:44:36 chr11 5411579 . GT AC 1851.14 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00371525;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.689;QD=60.1996;RBI=0.0227593;REFB=0.025686;REVB=-0.022454;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.503816;STBP=0.485;TYPE=mnp;VARB=-2.78025e-05;OID=.;OPOS=5411579;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:0:1:121:122:0.99187:64:57:0:0:65:57:0:1 chr11 5424050 . G A 663.4 PASS AF=0.546218;AO=65;DP=119;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00178318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4933;QD=22.2993;RBI=0.035233;REFB=-0.00647616;REVB=0.0351879;RO=52;SAF=37;SAR=28;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568154;STB=0.540134;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00494603;OID=.;OPOS=5424050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:52:54:65:65:0.546218:28:37:26:26:28:37:26:28 chr11 5443442 . G C 331.8 PASS AF=0.385417;AO=36;DP=95;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0143755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8287;QD=13.8249;RBI=0.0176058;REFB=-0.0093457;REVB=-0.010164;RO=59;SAF=19;SAR=17;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112795;STB=0.57139;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0155837;OID=.;OPOS=5443442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:59:59:36:37:0.385417:17:19:25:34:17:20:25:34 chr11 5443700 . C T 509.86 PASS AF=0.454545;AO=54;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.0302093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.484;QD=16.8549;RBI=0.0302496;REFB=0.0115395;REVB=-0.00156067;RO=65;SAF=15;SAR=39;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712297;STB=0.540131;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0150993;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:66:54:55:0.454545:39:15:22:43:40:15:22:44 chr11 5443739 . T C 433.18 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.00112642;FXX=0.00854628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.921;QD=14.9373;RBI=0.00296223;REFB=-0.0171914;REVB=-0.0027397;RO=66;SAF=17;SAR=32;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354304;STB=0.525782;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0241265;OID=.;OPOS=5443739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:66:67:49:49:0.422414:32:17:25:41:32:17:26:41 chr11 5443867 . C T 265.22 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0412737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.952;QD=15.601;RBI=0.0438466;REFB=0.00367913;REVB=-0.0147989;RO=38;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130481;STB=0.573481;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00817624;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:15:15:14:24:15:15:14:24 chr11 5443887 . T C 190.85 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.033464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.432;QD=11.5665;RBI=0.0440176;REFB=-0.00377802;REVB=0.0285957;RO=42;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407289;STB=0.523541;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00696736;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:14:10:16:26:14:10:16:26 chr11 5443893 . G A 159.95 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0382028;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8003;QD=10.1557;RBI=0.0397539;REFB=0.0052739;REVB=0.010996;RO=42;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558073;STB=0.53268;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00627244;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:42:42:21:21:0.333333:12:9:16:26:12:9:16:26 chr11 5443963 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.020083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3149;QD=12.7909;RBI=0.0721705;REFB=-0.0171694;REVB=-0.0693199;RO=23;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205438;STB=0.623175;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0244712;OID=.;OPOS=5443963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:12:2:6:17:12:2:6:17 chr11 5444061 . G A 311.67 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0121849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.485;QD=14.1667;RBI=0.0268471;REFB=-0.00419443;REVB=-0.0239227;RO=52;SAF=12;SAR=23;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478362;STB=0.522714;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00495107;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:53:35:35:0.397727:23:12:20:32:23:12:20:33 chr11 5444136 . C T 1045.54 PASS AF=0.467532;AO=108;DP=231;FAO=108;FDP=231;FR=.;FRO=123;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=0.047561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7579;QD=18.1046;RBI=0.0485469;REFB=0.0054278;REVB=0.0097343;RO=123;SAF=45;SAR=63;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538359;STB=0.529752;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0057497;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:123:123:108:108:0.467532:63:45:58:65:63:45:58:65 chr11 5444353 . T C 181.27 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0291677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2656;QD=13.944;RBI=0.0372649;REFB=-0.0448095;REVB=0.023193;RO=27;SAF=4;SAR=16;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510441;STB=0.78847;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.044525;OID=.;OPOS=5444353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:31:20:21:0.403846:16:4:19:8:16:5:23:8 chr11 5462085 . G A 489.31 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000221185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.896;QD=27.567;RBI=0.0109635;REFB=-0.0164071;REVB=0.0109613;RO=26;SAF=17;SAR=28;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852846;STB=0.546498;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00979384;OID=.;OPOS=5462085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:26:45:45:0.633803:28:17:13:13:28:17:13:13 chr11 5462105 . T C 315.56 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0150285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.193;QD=24.274;RBI=0.0178704;REFB=0.00117994;REVB=-0.00966918;RO=21;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207505;STB=0.511433;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.000654433;OID=.;OPOS=5462105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:20:11:8:13:20:11:8:13 chr11 5462255 . C G 468.46 PASS AF=0.5;AO=43;DP=92;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0128257;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5828;QD=19.5191;RBI=0.0449719;REFB=-0.0167038;REVB=-0.0431042;RO=42;SAF=17;SAR=26;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1373;STB=0.576123;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0219259;OID=.;OPOS=5462255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:42:48:43:48:0.5:26:17:23:19:31:17:24:24 chr11 5462374 . C T 616.3 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=136;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0166433;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9424;QD=18.3969;RBI=0.0789924;REFB=-0.00494151;REVB=0.0772192;RO=70;SAF=24;SAR=39;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612163;STB=0.530799;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00471019;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:70:71:63:63:0.470149:39:24:31:39:39:24:31:40 chr11 5462702 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0172413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.949;QD=17.8274;RBI=0.0183121;REFB=-0.00493542;REVB=0.00616997;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183634;STB=0.605879;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0025161;OID=.;OPOS=5462702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:5:6:4:8:5:6 chr11 5475118 . A G 802.31 PASS AF=0.531469;AO=76;DP=143;FAO=76;FDP=143;FR=.;FRO=67;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00312665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.381;QD=22.4422;RBI=0.0116502;REFB=-0.0186232;REVB=0.0112228;RO=67;SAF=49;SAR=27;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109952;STB=0.560364;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0163546;OID=.;OPOS=5475118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:67:67:76:76:0.531469:27:49:35:32:27:49:35:32 chr11 5510284 . A G 2852.29 PASS AF=0.994536;AO=180;DP=182;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=110;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318146;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.949;QD=62.3451;RBI=0.0430281;REFB=0.0108517;REVB=0.0289698;RO=1;SAF=109;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434789;STB=0.502262;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=2.79586e-05;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:183:1:1:180:182:0.994536:71:109:1:0:72:110:1:0 chr11 5510341 . C T 1066.64 PASS AF=0.434457;AO=116;DP=267;FAO=116;FDP=267;FR=.;FRO=151;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=98;FSRR=53;FWDB=0.00783027;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.965;QD=15.9796;RBI=0.00936523;REFB=-0.00870716;REVB=0.00513755;RO=151;SAF=62;SAR=54;SRF=98;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118448;STB=0.565656;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00987863;OID=.;OPOS=5510341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:151:151:116:116:0.434457:54:62:98:53:54:62:98:53 chr11 5510423 . ATCT A 940.08 PASS AF=0.417323;AO=92;DP=256;FAO=106;FDP=254;FR=.;FRO=148;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=94;FSRR=54;FWDB=0.0173856;FXX=0.0592571;HRUN=1;LEN=3;MLLD=197.23;QD=14.8044;RBI=0.0180582;REFB=-0.0161366;REVB=0.00488271;RO=137;SAF=41;SAR=51;SRF=89;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215126;STB=0.594498;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.016718;OID=.;OPOS=5510424;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.417323:92:256:106:254:148:50:56:94:54:99:137:41:51:89:48 chr11 5510497 . T C 3104.29 PASS AF=0.989899;AO=196;DP=199;FAO=196;FDP=198;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.011815;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7805;QD=62.7128;RBI=0.0122973;REFB=-0.0368675;REVB=0.00341024;RO=2;SAF=99;SAR=97;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.81591e-05;STB=0.500052;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.000109598;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:199:198:2:2:196:196:0.989899:97:99:1:1:97:99:1:1 chr11 5510626 . T C 2385.94 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.256;QD=61.1779;RBI=0.0273348;REFB=0;REVB=0.0148414;RO=0;SAF=95;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08349e-05;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:61:95:0:0:61:95:0:0 chr11 5510928 . G A 814.4 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7768;QD=57.1508;RBI=0.0315816;REFB=0;REVB=0.0168272;RO=0;SAF=14;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272818;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:41:14:0:0:42:15:0:0 chr11 5529865 . G A 1381.47 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0081653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.418;QD=61.3987;RBI=0.00934032;REFB=0.0288667;REVB=0.00453534;RO=1;SAF=45;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104156;STB=0.505493;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0006192;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:44:45:1:0:44:45:1:0 chr11 5536415 . C T 697.13 PASS AF=0.576271;AO=66;DP=117;FAO=68;FDP=118;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00312253;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.969;QD=23.6314;RBI=0.0191271;REFB=0.00685709;REVB=0.0188705;RO=50;SAF=22;SAR=44;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747243;STB=0.54519;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000232288;OID=.;OPOS=5536415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:50:50:66:68:0.576271:44:22:21:29:46:22:21:29 chr11 5536537 . A C 3304.32 PASS AF=1;AO=213;DP=214;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.14101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3668;QD=61.1911;RBI=0.143504;REFB=0;REVB=-0.026638;RO=0;SAF=114;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434548;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:216:0:0:213:216:1:99:114:0:0:102:114:0:0 chr11 5536848 . G A 1183.19 PASS AF=0.539906;AO=115;DP=213;FAO=115;FDP=213;FR=.;FRO=98;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=38;FSRR=60;FWDB=0.0462257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.376;QD=22.2196;RBI=0.0472972;REFB=0.0185803;REVB=-0.0100105;RO=98;SAF=53;SAR=62;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624115;STB=0.534021;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0187034;OID=.;OPOS=5536848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:98:98:115:115:0.539906:62:53:38:60:62:53:38:60 chr11 5536852 . A G 887.95 PASS AF=0.444444;AO=96;DP=216;FAO=96;FDP=216;FR=.;FRO=120;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=0.00878804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.848;QD=16.4435;RBI=0.0203764;REFB=-0.00212913;REVB=0.0183839;RO=119;SAF=37;SAR=59;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620275;STB=0.537215;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00306802;OID=.;OPOS=5536852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:119:120:96:96:0.444444:59:37:53:66:59:37:54:66 chr11 5537045 . T G 516.43 PASS AF=0.538462;AO=47;DP=89;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.010497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.074;QD=22.7003;RBI=0.0211462;REFB=-0.00234246;REVB=0.0183569;RO=42;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695838;STB=0.503149;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00210007;OID=.;OPOS=5537045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:42:42:47:49:0.538462:22:25:22:20:23:26:22:20 chr11 5537161 . A G 548.22 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00904737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.387;QD=17.5429;RBI=0.0433433;REFB=-0.00388641;REVB=0.0423885;RO=66;SAF=38;SAR=20;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111555;STB=0.558803;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00335802;OID=.;OPOS=5537161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:67:58:58:0.464:20:38:36:30:20:38:37:30 chr11 5537780 . C A 483.39 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0314524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.718;QD=17.578;RBI=0.0427415;REFB=0.0343521;REVB=-0.028941;RO=58;SAF=35;SAR=17;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372823;STB=0.520744;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0362476;OID=.;OPOS=5537780;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:58:52:52:0.472727:17:35:37:21:17:35:37:21 chr11 5566030 . A G 910.02 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.276;QD=57.7793;RBI=0.0606569;REFB=0;REVB=0.0326777;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139124;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:58:63:1:35:23:0:0:38:25:0:0 chr11 5566051 . C A 277.06 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0632876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3799;QD=20.5229;RBI=0.0691375;REFB=0.0197022;REVB=-0.0278328;RO=24;SAF=8;SAR=21;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204215;STB=0.606859;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0150968;OID=.;OPOS=5566051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:21:8:12:12:21:8:12:13 chr11 5566112 . C T 277.61 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0370942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.586;QD=20.5635;RBI=0.0378987;REFB=-0.00967166;REVB=0.00776705;RO=25;SAF=6;SAR=23;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245351;STB=0.637742;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00559475;OID=.;OPOS=5566112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:23:6:11:14:23:6:11:14 chr11 5566365 . T C 3078.18 PASS AF=0.994872;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00886339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.353;QD=63.1422;RBI=0.0818721;REFB=0.104167;REVB=0.0813909;RO=1;SAF=87;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00544246;STB=0.502857;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000160315;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:195:1:1:194:194:0.994872:107:87:1:0:107:87:1:0 chr11 5566489 . C T 1088.99 PASS AF=0.511737;AO=102;DP=206;FAO=109;FDP=213;FR=.;FRO=104;FSAF=35;FSAR=74;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.0154016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.201;QD=20.4504;RBI=0.0159453;REFB=-0.00881192;REVB=0.00412855;RO=100;SAF=30;SAR=72;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165879;STB=0.569592;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0114766;OID=.;OPOS=5566489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:213:100:104:102:109:0.511737:72:30:46:54:74:35:47:57 chr11 5602275 . A G 1157.08 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0303918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1051;QD=59.3376;RBI=0.0357699;REFB=0.0307115;REVB=0.0188633;RO=1;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111359;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000388834;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:42:35:0:1:42:35:0:1 chr11 5602438 . T A 1127.7 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00511185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5789;QD=57.8309;RBI=0.0394113;REFB=-0.172549;REVB=0.0390784;RO=1;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145578;STB=0.515148;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00368356;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:78:1:2:76:76:0.974359:32:44:0:1:32:44:0:2 chr11 5602605 . G A 1495.18 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119231;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.188;QD=63.6247;RBI=0.0398367;REFB=0;REVB=-0.0380106;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100073;OID=.;OPOS=5602605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chr11 5602615 . A G 1495.94 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492999;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.28;QD=63.657;RBI=0.0558349;REFB=0;REVB=-0.0262119;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013119;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:51:43:0:0:51:43:0:0 chr11 5602679 . T C 1550.32 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.331;QD=62.6391;RBI=0.011264;REFB=0;REVB=0.00802394;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175769;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:96:99:1:42:54:0:0:45:54:0:0 chr11 5602790 . A G 2942.02 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00459617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.176;QD=63.2693;RBI=0.00781195;REFB=0;REVB=0.00631678;RO=0;SAF=94;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.89043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88237e-06;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:186:0:0:186:186:1:92:94:0:0:92:94:0:0 chr11 5602927 . CG C,CC 2950.22 PASS AF=0.111111,0.864734;AO=29,172;DP=204;FAO=23,179;FDP=207;FR=.;FRO=5;FSAF=13,87;FSAR=10,92;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0296096,0.0348524;FXX=0.014285;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=207.001,223.485;QD=57.0091;RBI=0.0503348,0.0522253;REFB=-0.0146336,-0.00693347;REVB=0.0407046,0.0388946;RO=0;SAF=19,81;SAR=10,91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.73205e-08;STB=0.580578,0.513965;STBP=0.096,0.037;TYPE=del,snp;VARB=-0.00396177,0.00186305;OID=.,.;OPOS=5602928,5602928;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.864734:29,172:204:23,179:207:5:13,87:10,92:5:0:45:0:19,81:10,91:0:0 chr11 5602930 . T C 65.55 PASS AF=0.119816;AO=32;DP=217;FAO=26;FDP=217;FR=.;FRO=191;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=88;FSRR=103;FWDB=0.0819849;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.5434;QD=1.20832;RBI=0.0866745;REFB=-0.0350554;REVB=0.0281236;RO=185;SAF=21;SAR=11;SRF=85;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250241;STB=0.701884;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.185562;OID=.;OPOS=5602930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:217:217:185:191:32:26:0.119816:11:21:85:100:8:18:88:103 chr11 5602968 . G A 3918.23 PASS AF=1;AO=246;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507992;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.498;QD=63.7111;RBI=0.0283056;REFB=-0.0627534;REVB=0.027846;RO=1;SAF=107;SAR=139;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00443386;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207825;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:247:246:1:0:246:246:1:139:107:1:0:139:107:0:0 chr11 5625847 . A G 1383.18 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.071;QD=62.1656;RBI=0.0355104;REFB=0;REVB=0.0046716;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54599e-05;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:42:46:0:0:42:47:0:0 chr11 5629607 . G A 899.47 PASS AF=0.404762;AO=102;DP=252;FAO=102;FDP=252;FR=.;FRO=150;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=66;FSRR=84;FWDB=-0.00654839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.561;QD=14.2773;RBI=0.00705819;REFB=-0.00237334;REVB=0.00263377;RO=150;SAF=41;SAR=61;SRF=66;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416205;STB=0.523328;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00336311;OID=.;OPOS=5629607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:150:150:102:102:0.404762:61:41:66:84:61:41:66:84 chr11 5632212 . G A 6185.25 PASS AF=0.9689;AO=404;DP=418;FAO=405;FDP=418;FR=.;FRO=13;FSAF=168;FSAR=237;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0107085;FXX=0.00947845;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.242;QD=59.189;RBI=0.0243111;REFB=-0.118229;REVB=0.0218256;RO=13;SAF=168;SAR=236;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00749074;STB=0.503955;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.000316155;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:418:418:13:13:404:405:0.9689:236:168:7:6:237:168:7:6 chr11 5664831 . C A 2270.08 PASS AF=0.993103;AO=122;DP=146;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136499;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.12;QD=62.623;RBI=0.0218117;REFB=-0.0461747;REVB=0.0170127;RO=0;SAF=63;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65337e-08;STB=0.503105;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=8.61278e-05;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:145:0:1:122:144:0.993103:59:63:0:0:80:64:0:1 chr11 5691191 . C T 113.92 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00848076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.44;QD=18.2269;RBI=0.0214416;REFB=-0.0169126;REVB=0.0196931;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582442;STB=0.556873;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0195649;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:5:8:6:5:5:8:6:6 chr11 5700340 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.643;QD=57.5452;RBI=0.0625715;REFB=0;REVB=0.0523541;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34024e-05;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr11 5701074 . C A 358.24 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0402288;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4953;QD=12.6812;RBI=0.0404433;REFB=0.00404658;REVB=0.00416031;RO=70;SAF=21;SAR=22;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437309;STB=0.524875;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00552225;OID=.;OPOS=5701074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:43:43:0.380531:22:21:37:33:22:21:37:33 chr11 5701409 . G C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0106808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0098;QD=12.6371;RBI=0.0262686;REFB=-0.0101933;REVB=-0.0239991;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195695;STB=0.615207;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0135637;OID=.;OPOS=5701409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:8:5:12:9:8:5:12:9 chr11 5758062 . T C 2947.09 PASS AF=0.97449;AO=190;DP=196;FAO=191;FDP=196;FR=.;FRO=5;FSAF=99;FSAR=92;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0357648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6888;QD=60.1447;RBI=0.0377777;REFB=-0.123382;REVB=-0.0121669;RO=6;SAF=98;SAR=92;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282588;STB=0.512314;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00134649;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:196:196:6:5:190:191:0.97449:92:98:6:0:92:99:5:0 chr11 5758118 . A C 2329.0 PASS AF=0.993548;AO=151;DP=152;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.222;QD=60.1032;RBI=0.0180689;REFB=-0.111311;REVB=0.0102758;RO=0;SAF=82;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502958;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000115711;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:152:155:0:1:151:154:0.993548:69:82:0:0:70:84:1:0 chr11 5776287 . C T 6283.15 PASS AF=1;AO=395;DP=398;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=219;FSAR=179;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109007;FXX=0.00499988;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.711;QD=63.1473;RBI=0.0407425;REFB=-0.15369;REVB=0.0392572;RO=3;SAF=218;SAR=177;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325835;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:398:398:3:0:395:398:1:177:218:1:2:179:219:0:0 chr11 5776470 . T G 1516.73 PASS AF=0.989583;AO=92;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8103;QD=63.197;RBI=0.0734501;REFB=0;REVB=0.0510688;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166996;OID=.;OPOS=5776470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:0:92:95:0.989583:37:55:0:0:40:55:0:0 chr11 5776595 . T G 533.64 PASS AF=0.508929;AO=56;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0232527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.7241;QD=19.0586;RBI=0.0331914;REFB=-0.0647409;REVB=0.0236851;RO=50;SAF=26;SAR=30;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306936;STB=0.500789;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0431354;OID=.;OPOS=5776595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:50:55:56:57:0.508929:30:26:25:25:31:26:25:30 chr11 5776623 . A T 2143.54 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00701058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.3;QD=62.1316;RBI=0.0371741;REFB=-0.0450917;REVB=0.036507;RO=1;SAF=69;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694018;STB=0.503649;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=9.90181e-05;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:68:69:0:1:68:69:0:1 chr11 5799468 . C T 508.52 PASS AF=0.551724;AO=47;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0108636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.823;QD=23.3803;RBI=0.0300032;REFB=-0.00805235;REVB=-0.0279674;RO=38;SAF=22;SAR=25;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103811;STB=0.554195;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00577798;OID=.;OPOS=5799468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:39:47:48:0.551724:25:22:13:25:25:23:14:25 chr11 5809230 . G A 1146.44 PASS AF=0.439286;AO=120;DP=279;FAO=123;FDP=280;FR=.;FRO=157;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=65;FSRR=92;FWDB=-0.00733738;FXX=0.00709195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.259;QD=16.3778;RBI=0.0250804;REFB=-0.0131172;REVB=-0.0239831;RO=158;SAF=52;SAR=68;SRF=65;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229179;STB=0.514283;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0165966;OID=.;OPOS=5809230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:280:158:157:120:123:0.439286:68:52:65:93:69:54:65:92 chr11 5809308 . A T 2534.93 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0443605;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7665;QD=61.0827;RBI=0.0514425;REFB=-0.0934036;REVB=-0.0260475;RO=0;SAF=75;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12797e-08;STB=0.503311;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00029163;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:166:0:1:165:165:0.993976:90:75:0:0:90:75:1:0 chr11 5809548 . G A 2271.88 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874416;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.064;QD=63.549;RBI=0.0392383;REFB=0;REVB=0.0382516;RO=0;SAF=74;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533604;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:68:74:0:0:69:74:0:0 chr11 5809811 . G T 609.81 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=137;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0890695;FXX=0.0145975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7872;QD=18.0683;RBI=0.102899;REFB=-0.0392526;REVB=0.0515259;RO=74;SAF=33;SAR=30;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886175;STB=0.54224;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0434995;OID=.;OPOS=5809811;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:74:72:63:63:0.466667:30:33:32:42:30:33:32:40 chr11 5809990 . G A 364.17 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.075216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0241;QD=21.1112;RBI=0.127227;REFB=-0.0307363;REVB=0.102612;RO=32;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076723;STB=0.54235;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0302508;OID=.;OPOS=5809990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:21:16:11:21:21:16:11:21 chr11 5841856 . C T 614.59 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=152;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.0197026;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.907;QD=16.2805;RBI=0.0237919;REFB=0.0190479;REVB=0.0133366;RO=83;SAF=29;SAR=38;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132346;STB=0.570392;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0231668;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:83:84:67:67:0.443709:38:29:47:36:38:29:47:37 chr11 5842310 . T G 367.22 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0095422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.415;QD=19.0764;RBI=0.0101062;REFB=0.000463306;REVB=-0.003329;RO=38;SAF=23;SAR=14;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354485;STB=0.532978;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000356857;OID=.;OPOS=5842310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:37:38:0.493506:14:23:25:13:15:23:26:13 chr11 5842356 . A G 261.64 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0120943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.823;QD=14.7405;RBI=0.0312573;REFB=-0.00397677;REVB=0.0288227;RO=41;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102521;STB=0.558237;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00379812;OID=.;OPOS=5842356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:11:19:22:19:11:19:22:19 chr11 5862532 . A C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0455881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.837;QD=13.7842;RBI=0.0456004;REFB=0.00253067;REVB=-0.00105718;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189783;STB=0.608601;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00224296;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:14:9:19:14:14:9:19:14 chr11 5862653 . T C 490.9 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0111358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.108;QD=19.2511;RBI=0.0112773;REFB=0.00826219;REVB=-0.001781;RO=51;SAF=22;SAR=29;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359004;STB=0.519867;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00874261;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:29:22:24:27:29:22:24:27 chr11 5862731 . A G 543.29 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00558895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.358;QD=18.4165;RBI=0.0406565;REFB=0.00163824;REVB=-0.0402705;RO=60;SAF=23;SAR=34;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106272;STB=0.554999;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00242864;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:60:61:57:57:0.483051:34:23:31:29:34:23:31:30 chr11 5862780 . T C 504.08 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.125976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5238;QD=22.1574;RBI=0.132532;REFB=-0.000770693;REVB=0.0411675;RO=42;SAF=18;SAR=30;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129432;STB=0.577432;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=3.59225e-05;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:42:43:48:48:0.527473:30:18:22:20:30:18:23:20 chr11 5862845 . A G 326.05 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0127894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.13;QD=17.3894;RBI=0.0155977;REFB=0.0109133;REVB=0.00892869;RO=39;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176648;STB=0.515616;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0127123;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:40:35:35:0.466667:20:15:16:23:20:15:16:24 chr11 5862937 . C A 292.68 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00282351;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.818;QD=16.9671;RBI=0.0179551;REFB=8.17146e-05;REVB=-0.0177317;RO=37;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123998;STB=0.569577;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000137251;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:37:37:32:32:0.463768:18:14:21:16:18:14:21:16 chr11 5862984 . G C 404.72 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00591713;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.642;QD=18.8242;RBI=0.00966653;REFB=0.00358481;REVB=-0.00764391;RO=44;SAF=18;SAR=23;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161298;STB=0.583716;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00203844;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:44:45:41:41:0.476744:23:18:27:17:23:18:27:18 chr11 5863013 . T C 409.85 PASS AF=0.438095;AO=45;DP=104;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0243382;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.69;QD=15.6133;RBI=0.0259266;REFB=-0.0110624;REVB=-0.00893536;RO=55;SAF=18;SAR=27;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108865;STB=0.548064;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0165243;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:55:59:45:46:0.438095:27:18:28:27:28:18:28:31 chr11 5863113 . G A 462.16 PASS AF=0.375887;AO=53;DP=141;FAO=53;FDP=141;FR=.;FRO=88;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=60;FWDB=0.0341895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.625;QD=13.1108;RBI=0.0344698;REFB=-0.000876017;REVB=-0.00438705;RO=85;SAF=25;SAR=28;SRF=28;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157424;STB=0.597142;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00277448;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:85:88:53:53:0.375887:28:25:28:57:28:25:28:60 chr11 5877979 . T A 315.8 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00043872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.574;QD=15.038;RBI=0.00691916;REFB=0.00873362;REVB=-0.00690524;RO=49;SAF=20;SAR=15;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215525;STB=0.512188;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0102529;OID=.;OPOS=5877979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:15:20:29:20:15:20:29:20 chr11 5906048 . G A 1395.16 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9998;QD=62.7039;RBI=0.0302188;REFB=0;REVB=0.00869697;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166011;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:45:44:0:0:45:44:0:0 chr11 5906073 . G T 999.73 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00571218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.095;QD=56.323;RBI=0.021053;REFB=-0.0692844;REVB=-0.0202633;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141097;STB=0.514702;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000506502;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:1:2:69:69:0.971831:36:33:1:0:36:33:2:0 chr11 5906143 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0270598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9037;QD=19.018;RBI=0.0529286;REFB=0.032772;REVB=0.0454886;RO=12;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336061;STB=0.744835;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0189408;OID=.;OPOS=5906143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:14:15:15:0.517241:13:2:5:7:13:2:7:7 chr11 5906192 . A C 631.93 PASS AF=1;AO=32;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000853078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.597;QD=61.6512;RBI=0.0265159;REFB=0;REVB=0.0265022;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0815e-05;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:32:41:1:16:16:0:0:16:25:0:0 chr11 5906203 . T G 228.04 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00684805;FXX=0.0370302;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.726;QD=17.5416;RBI=0.0120027;REFB=-0.0030794;REVB=0.00985741;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240132;STB=0.505819;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00309333;OID=.;OPOS=5906203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:26:27:25:25:0.480769:9:16:16:10:9:16:17:10 chr11 5906205 . G A 229.07 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00647316;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.527;QD=17.6205;RBI=0.00648205;REFB=0.0107291;REVB=-0.000339266;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145822;STB=0.516116;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00225847;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:26:27:25:25:0.480769:10:15:16:10:10:15:17:10 chr11 5906291 . T C 597.34 PASS AF=0.369792;AO=71;DP=180;FAO=71;FDP=192;FR=.;FRO=121;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=-0.0107972;FXX=0.0447739;HRUN=7;LEN=1;MLLD=67.3218;QD=12.4445;RBI=0.0128937;REFB=-0.00886346;REVB=0.00704742;RO=109;SAF=46;SAR=25;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149706;STB=0.593747;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0264428;OID=.;OPOS=5906291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:192:109:121:71:71:0.369792:25:46:56:53:25:46:61:60 chr11 5968728 . T C 1027.06 PASS AF=0.455319;AO=105;DP=234;FAO=107;FDP=235;FR=.;FRO=128;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=80;FSRR=48;FWDB=-0.0478931;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0852;QD=17.4819;RBI=0.0496523;REFB=-0.0018433;REVB=-0.0130998;RO=126;SAF=56;SAR=49;SRF=78;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854436;STB=0.545842;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00241144;OID=.;OPOS=5968728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:126:128:105:107:0.455319:49:56:78:48:49:58:80:48 chr11 5969185 . A G 752.8 PASS AF=0.451977;AO=80;DP=177;FAO=80;FDP=177;FR=.;FRO=97;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.0225234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4782;QD=17.0125;RBI=0.0633064;REFB=0.0137656;REVB=-0.0591641;RO=94;SAF=53;SAR=27;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134935;STB=0.573729;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0182174;OID=.;OPOS=5969185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:94:97:80:80:0.451977:27:53:50:44:27:53:52:45 chr11 5989293 . G A 1358.6 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.778;QD=62.4643;RBI=0.024553;REFB=0;REVB=0.0243595;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35604e-05;OID=.;OPOS=5989293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:33:53:0:0:33:54:0:0 chr11 5989415 . C T 2259.35 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00257953;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.017;QD=63.6437;RBI=0.0536714;REFB=0;REVB=0.0536094;RO=0;SAF=76;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52781e-05;OID=.;OPOS=5989415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:66:76:0:0:66:76:0:0 chr11 6007272 . A G 1606.49 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.252;QD=60.0557;RBI=0.0362761;REFB=0;REVB=-0.029207;RO=0;SAF=47;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00313e-05;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:60:47:0:0:60:47:0:0 chr11 6007613 . T G 2178.7 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.391;QD=63.1508;RBI=0.0229439;REFB=0;REVB=-0.0166178;RO=0;SAF=74;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45179e-07;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:64:74:0:0:64:74:0:0 chr11 6007680 . A G 1562.69 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019969;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.907;QD=58.9696;RBI=0.0271633;REFB=-0.103498;REVB=0.0184142;RO=1;SAF=53;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088702;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000671827;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:1:1:105:105:0.990566:52:53:1:0:52:53:1:0 chr11 6007743 . A G 710.22 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4297;QD=54.6321;RBI=0.0157609;REFB=-0.0288659;REVB=0.00901555;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209217;STB=0.511107;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00434481;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:29:22:1:0:29:22:1:0 chr11 6129837 . C T 1361.69 PASS AF=0.988764;AO=89;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.059167;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5752;QD=61.1996;RBI=0.0617089;REFB=-0.00502314;REVB=0.0175289;RO=1;SAF=41;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114189;STB=0.506023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000139801;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:89:88:0.988764:48:41:1:0:47:41:1:0 chr11 6173364 . T A 1249.67 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0303614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8254;QD=60.2253;RBI=0.0326363;REFB=-0.102725;REVB=-0.0119714;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114108;STB=0.506023;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000710115;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:41:41:0:1:41:41:0:1 chr11 6221019 . T C 359.18 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0354212;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.794;QD=19.4149;RBI=0.0401297;REFB=-0.00902564;REVB=0.0188609;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487071;STB=0.527072;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0105867;OID=.;OPOS=6221019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:19:18:16:21:19:18:16:21 chr11 6221169 . A G 3259.03 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307121;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.838;QD=62.0768;RBI=0.0385054;REFB=0;REVB=-0.0232256;RO=0;SAF=120;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01009e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0181e-06;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:210:0:0:208:210:1:88:120:0:0:89:121:0:0 chr11 6221214 . T A 3311.14 PASS AF=0.990868;AO=210;DP=212;FAO=217;FDP=219;FR=.;FRO=2;FSAF=119;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0289305;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1182;QD=60.4774;RBI=0.077827;REFB=-0.0834478;REVB=0.07225;RO=2;SAF=114;SAR=96;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00981995;STB=0.50505;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00083238;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:212:219:2:2:210:217:0.990868:96:114:0:2:98:119:0:2 chr11 6221427 . T C 613.45 PASS AF=0.477273;AO=62;DP=131;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0134978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.134;QD=18.5895;RBI=0.0184499;REFB=-0.0173985;REVB=0.0125781;RO=69;SAF=19;SAR=43;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758381;STB=0.544989;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.023834;OID=.;OPOS=6221427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:69:69:62:63:0.477273:43:19:26:43:44:19:26:43 chr11 6231731 . C T 1540.31 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.093;QD=58.6786;RBI=0.0268236;REFB=-0.109381;REVB=-0.0243898;RO=0;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00029999;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:58:46:0:0:58:46:1:0 chr11 6232189 . G C 33.93 PASS AF=0.0765957;AO=19;DP=228;FAO=18;FDP=235;FR=.;FRO=217;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=163;FSRR=54;FWDB=-0.0485504;FXX=0.0447136;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.3609;QD=0.577455;RBI=0.0848886;REFB=-0.00273729;REVB=-0.0696342;RO=198;SAF=13;SAR=6;SRF=154;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14227;STB=0.593126;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0217663;OID=.;OPOS=6232189;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:228:235:198:217:19:18:0.0765957:6:13:154:44:6:12:163:54 chr11 6243804 . A G 3259.07 PASS AF=1;AO=210;DP=211;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478946;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.946;QD=62.0775;RBI=0.0500682;REFB=0;REVB=-0.0145921;RO=0;SAF=104;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29413e-05;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:210:0:0:210:210:1:106:104:0:0:106:104:0:0 chr11 6340525 . A T 831.46 PASS AF=0.459893;AO=86;DP=188;FAO=86;FDP=187;FR=.;FRO=101;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=-0.0270292;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.473;QD=17.7853;RBI=0.0276758;REFB=-0.00470216;REVB=-0.00594706;RO=101;SAF=35;SAR=51;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018865;STB=0.510456;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00518829;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:101:101:86:86:0.459893:51:35:43:58:51:35:43:58 chr11 6340706 . A G 1193.5 PASS AF=0.48583;AO=117;DP=244;FAO=120;FDP=247;FR=.;FRO=127;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=90;FSRR=37;FWDB=-0.0211069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.999;QD=19.3279;RBI=0.021898;REFB=-0.0118447;REVB=0.00583255;RO=127;SAF=58;SAR=59;SRF=90;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201694;STB=0.60727;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0113313;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:247:127:127:117:120:0.48583:59:58:90:37:60:60:90:37 chr11 6341684 . C G 671.56 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0445927;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.198;QD=52.6714;RBI=0.0531952;REFB=-0.112119;REVB=0.0290038;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184525;STB=0.519223;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0027491;OID=.;OPOS=6341684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:1:2:49:49:0.960784:25:24:0:1:25:24:0:2 chr11 6411935 . T C 3183.43 PASS AF=1;AO=205;DP=205;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7436;QD=61.8141;RBI=0.0354942;REFB=0;REVB=0.0284572;RO=0;SAF=116;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60808e-05;OID=.;OPOS=6411935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:205:206:0:0:205:206:1:89:116:0:0:90:116:0:0 chr11 6498059 . T C 1273.35 PASS AF=0.504065;AO=124;DP=246;FAO=124;FDP=246;FR=.;FRO=122;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=62;FSRR=60;FWDB=-0.00265451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4438;QD=20.7049;RBI=0.0280025;REFB=-0.00441942;REVB=0.0278764;RO=121;SAF=60;SAR=64;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257016;STB=0.512065;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00267819;OID=.;OPOS=6498059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:121:122:124:124:0.504065:64:60:62:59:64:60:62:60 chr11 6549779 . A C 2809.13 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.163;QD=62.774;RBI=0.0100982;REFB=0;REVB=-0.00565381;RO=0;SAF=85;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1777e-06;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:94:85:0:0:94:85:0:0 chr11 6549995 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.139;QD=57.545;RBI=0.0637641;REFB=0;REVB=0.028847;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101404;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr11 6550004 . A G 785.01 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.32;QD=64.0821;RBI=0.0217961;REFB=0;REVB=0.0211588;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010084;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:27:22:0:0 chr11 6550309 . G A 2320.8 PASS AF=0.981013;AO=155;DP=158;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00562646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.003;QD=58.7544;RBI=0.014119;REFB=-0.119108;REVB=0.0129495;RO=2;SAF=79;SAR=76;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000234629;STB=0.503349;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000239433;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:158:158:2:3:155:155:0.981013:76:79:1:1:76:79:1:2 chr11 6555365 . A G 942.68 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5338;QD=57.1318;RBI=0.121729;REFB=-0.0817301;REVB=-0.0342683;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219348;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:66:1:0:64:66:1:31:33:1:0:31:35:0:0 chr11 6567894 . GC CA,GCTGCCCTACTGCA 828.8 PASS AF=0.0581395,0.72093;AO=5,51;DP=88;FAO=5,62;FDP=86;FR=.;FRO=19;FSAF=5,40;FSAR=0,22;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00885391,-0.0028788;FXX=0.0850973;HRUN=2,1;LEN=2,12;MLLD=164.919,282.509;QD=38.5487;RBI=0.00990789,0.0320043;REFB=-0.00678159,0.0221323;REVB=-0.00444688,-0.0318745;RO=20;SAF=5,35;SAR=0,16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.716012,0.161792;STB=0.998169,0.580405;STBP=0.004,0.013;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.000250931,-0.011397;OID=.,.;OPOS=6567894,6567896;OREF=GC,-;OALT=CA,TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CA,GCTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:88:86:20:19:5,51:5,62:0.0581395,0.72093:0,16:5,35:8:12:0,22:5,40:6:13 chr11 6585007 . G A 2130.9 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6354;QD=62.6734;RBI=0.0514764;REFB=0;REVB=0.00908225;RO=0;SAF=68;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159916;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:134:136:1:66:68:0:0:67:69:0:0 chr11 6622714 . G A 2072.84 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6591;QD=62.3411;RBI=0.0322543;REFB=0;REVB=0.0322075;RO=0;SAF=72;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95353e-05;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:131:133:1:59:72:0:0:59:74:0:0 chr11 6626049 . G A 335.79 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0588177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0988;QD=14.5998;RBI=0.0594266;REFB=-0.00265982;REVB=-0.00848584;RO=55;SAF=16;SAR=21;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811988;STB=0.546074;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00312128;OID=.;OPOS=6626049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:21:16:28:27:21:16:28:27 chr11 6626072 . C A 370.21 PASS AF=0.4;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00340501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.278;QD=14.8084;RBI=0.0154897;REFB=0.00779863;REVB=-0.0151109;RO=58;SAF=17;SAR=23;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13255;STB=0.565163;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0156865;OID=.;OPOS=6626072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:58:60:40:40:0.4:23:17:32:26:23:17:32:28 chr11 6629665 . C T 944.06 PASS AF=0.485;AO=97;DP=201;FAO=97;FDP=200;FR=.;FRO=103;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.0296844;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1575;QD=18.8813;RBI=0.0297019;REFB=-0.00134921;REVB=0.00101778;RO=97;SAF=44;SAR=53;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503641;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00186278;OID=.;OPOS=6629665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:97:103:97:97:0.485:53:44:44:53:53:44:46:57 chr11 6630028 . TC CT,T 4216.67 PASS AF=0,1;AO=17,289;DP=339;FAO=0,329;FDP=329;FR=.;FRO=0;FSAF=0,173;FSAR=0,156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527745,0.128733;FXX=0.0294977;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=7.5744,18.3507;QD=51.2665;RBI=0.0795596,0.13069;REFB=0,0;REVB=-0.0595363,-0.0225292;RO=14;SAF=13,144;SAR=4,145;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0.650794;SSSB=-0.110446,-0.0315671;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00070147;OID=.,.;OPOS=6630028,6630029;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:17:339:329:14:0:17,289:0,329:0,1:4,145:13,144:12:2:0,156:0,173:0:0 chr11 6630833 . G A 1139.57 PASS AF=0.511211;AO=113;DP=220;FAO=114;FDP=223;FR=.;FRO=109;FSAF=42;FSAR=72;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=-0.0113753;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.345;QD=20.4406;RBI=0.011597;REFB=-0.00372562;REVB=0.00225675;RO=104;SAF=42;SAR=71;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141282;STB=0.591003;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00329503;OID=.;OPOS=6630833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:223:104:109:113:114:0.511211:71:42:55:49:72:42:60:49 chr11 6634149 . C T 2811.25 PASS AF=0.994475;AO=180;DP=181;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0200281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.803;QD=62.1271;RBI=0.0230726;REFB=-0.0683302;REVB=0.0114552;RO=1;SAF=83;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570134;STB=0.502994;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=6.65489e-05;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:181:1:1:180:180:0.994475:97:83:1:0:97:83:1:0 chr11 6634189 . G A 1032.92 PASS AF=0.529412;AO=99;DP=187;FAO=99;FDP=187;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0258701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.174;QD=22.0945;RBI=0.0264603;REFB=-0.000324218;REVB=0.00555717;RO=88;SAF=40;SAR=59;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446559;STB=0.524439;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000211474;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:88:88:99:99:0.529412:59:40:40:48:59:40:40:48 chr11 6636106 . T A 473.3 PASS AF=0.420635;AO=52;DP=125;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.0489642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4788;QD=15.0254;RBI=0.0647495;REFB=-0.0140923;REVB=0.0423674;RO=71;SAF=18;SAR=34;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381867;STB=0.527858;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0160439;OID=.;OPOS=6636106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:71:73:52:53:0.420635:34:18:27:44:35:18:28:45 chr11 6638506 . A T 1115.43 PASS AF=0.451737;AO=117;DP=274;FAO=117;FDP=259;FR=.;FRO=142;FSAF=46;FSAR=71;FSRF=60;FSRR=82;FWDB=0.00278375;FXX=0.061592;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.303;QD=17.2268;RBI=0.0031702;REFB=-0.014839;REVB=-0.00151687;RO=119;SAF=46;SAR=71;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337661;STB=0.516751;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0180394;OID=.;OPOS=6638506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:259:119:142:117:117:0.451737:71:46:51:68:71:46:60:82 chr11 6648424 . G A 426.99 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0218227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.746;QD=20.0937;RBI=0.0545351;REFB=-0.00749596;REVB=0.0499785;RO=42;SAF=25;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10862;STB=0.552462;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00738452;OID=.;OPOS=6648424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:42:42:42:43:0.505882:17:25:20:22:18:25:20:22 chr11 6648573 . T C 397.67 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.000804568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.185;QD=18.076;RBI=0.00486088;REFB=0.00368897;REVB=-0.00479383;RO=47;SAF=18;SAR=23;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890317;STB=0.549726;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00468633;OID=.;OPOS=6648573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:23:18:25:22:23:18:25:22 chr11 6651810 . A G 293.3 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0169854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.567;QD=23.0039;RBI=0.0423225;REFB=-0.0378092;REVB=-0.0387645;RO=22;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084127;STB=0.546527;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0267893;OID=.;OPOS=6651810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:14:15:9:13:14:15:9:13 chr11 6652618 . C T 736.79 PASS AF=0.496552;AO=72;DP=145;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.011881;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.646;QD=20.3254;RBI=0.0118811;REFB=-0.00240397;REVB=-2.62079e-05;RO=72;SAF=31;SAR=41;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255887;STB=0.511;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00192053;OID=.;OPOS=6652618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:72:73:72:72:0.496552:41:31:33:39:41:31:33:40 chr11 6662744 . C CCCAG 605.04 PASS AF=0.337398;AO=49;DP=265;FAO=83;FDP=246;FR=.;FRO=163;FSAF=6;FSAR=77;FSRF=137;FSRR=26;FWDB=-0.0159679;FXX=0.0199195;HRUN=5;LEN=4;MLLD=107.935;QD=9.8381;RBI=0.0289371;REFB=-0.0295026;REVB=0.0241325;RO=197;SAF=0;SAR=49;SRF=149;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.838106;STB=0.946765;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0105064;OID=.;OPOS=6662745;OREF=-;OALT=CCAG;OMAPALT=CCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337398:49:265:83:246:163:6:77:137:26:99:197:0:49:149:48 chr11 6662745 . C CAG,CCAG 1162.48 PASS AF=0,0.530806;AO=57,49;DP=286;FAO=0,112;FDP=211;FR=.;FRO=99;FSAF=0,95;FSAR=0,17;FSRF=33;FSRR=66;FWDB=-0.00889605,0.0377038;FXX=0.0409072;HRUN=1,5;LEN=2,3;MLLD=151.265,154.614;QD=22.0376;RBI=0.00908681,0.037885;REFB=-0.035691,-0.0434701;REVB=-0.00185213,-0.00370089;RO=177;SAF=54,39;SAR=3,10;SRF=55;SRR=122;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.76363,0.575963;STB=0.5,0.783663;STBP=1,0;TYPE=ins,ins;VARB=0.0486854,0.0665985;OID=.,.;OPOS=6662746,6662746;OREF=-,-;OALT=AG,CAG;OMAPALT=CAG,CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.530806:57,49:286:0,112:211:99:0,95:0,17:33:66:99:177:54,39:3,10:55:122 chr11 6736748 . T A 232.01 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0166942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.756;QD=14.7305;RBI=0.0253727;REFB=-0.00682212;REVB=-0.019107;RO=35;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816209;STB=0.537163;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0127492;OID=.;OPOS=6736748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:14:13:14:21:14:13:15:21 chr11 6737979 . T C 443.73 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0849782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0465;QD=15.1701;RBI=0.0881124;REFB=-0.0380323;REVB=-0.0232918;RO=66;SAF=25;SAR=25;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504272;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0479241;OID=.;OPOS=6737979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:66:67:50:50:0.42735:25:25:33:33:25:25:33:34 chr11 6739109 . G A 1510.55 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0494751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5994;QD=63.6021;RBI=0.113706;REFB=0;REVB=-0.102378;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000993951;OID=.;OPOS=6739109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:59:36:0:0:59:36:0:0 chr11 6739405 . TAA TA,TAG 2452.49 PASS AF=0.125,0.875;AO=19,146;DP=169;FAO=21,147;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=4,78;FSAR=17,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306728,0.00996725;FXX=0.00591681;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.0989,49.4854;QD=58.3925;RBI=0.0160027,0.0158741;REFB=0,0;REVB=0.015706,0.0123548;RO=1;SAF=3,78;SAR=16,68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0279067,0.00694254;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0441343,-0.00917664;OID=.,.;OPOS=6739406,6739407;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TA,TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:19,146:169:21,147:168:0:4,78:17,69:0:0:75:1:3,78:16,68:0:1 chr11 6739814 . C T 1335.01 PASS AF=0.977528;AO=79;DP=81;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0877764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.316;QD=60.0004;RBI=0.0977098;REFB=-0.0683683;REVB=0.0429246;RO=2;SAF=31;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295601;STB=0.512818;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00424935;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:89:2:2:79:87:0.977528:48:31:2:0:49:38:2:0 chr11 6739822 . T C 1208.86 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8681;QD=61.2082;RBI=0.0404868;REFB=0;REVB=0.000150183;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147799;OID=.;OPOS=6739822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr11 6740308 . C T 1678.17 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00830575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.577;QD=60.4744;RBI=0.0297042;REFB=0;REVB=0.0285194;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.008e-05;OID=.;OPOS=6740308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:107:111:1:50:57:0:0:53:58:0:0 chr11 6789929 . C A 982.27 PASS AF=0.539773;AO=95;DP=176;FAO=95;FDP=176;FR=.;FRO=81;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.0163764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.1;QD=22.3244;RBI=0.0250622;REFB=-0.0105253;REVB=0.0189717;RO=81;SAF=54;SAR=41;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000446158;STB=0.500244;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0100298;OID=.;OPOS=6789929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:81:81:95:95:0.539773:41:54:46:35:41:54:46:35 chr11 6790106 . T C 4185.69 PASS AF=1;AO=267;DP=269;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343622;FXX=0.00371733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1739;QD=62.473;RBI=0.0054403;REFB=0;REVB=0.00421773;RO=1;SAF=146;SAR=121;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00392408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266578;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:269:268:1:0:267:268:1:121:146:0:1:122:146:0:0 chr11 6807243 . G A 251.53 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=24;FWDB=-0.0198929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.92;QD=19.7282;RBI=0.0201154;REFB=-0.0177706;REVB=0.00298385;RO=24;SAF=1;SAR=24;SRF=1;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938054;STB=0.505047;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134087;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:25:25:26:0.509804:24:1:1:23:25:1:1:24 chr11 6816778 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.579;QD=64.4149;RBI=0.0279325;REFB=0;REVB=-0.0260178;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75734e-05;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr11 6816875 . G A 1520.36 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249131;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.761;QD=57.9185;RBI=0.0405674;REFB=-0.130195;REVB=0.0320164;RO=1;SAF=45;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104275;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813573;OID=.;OPOS=6816875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:105:1:0:103:105:1:58:45:1:0:59:46:0:0 chr11 6867894 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.819;QD=59.0186;RBI=0.0382915;REFB=0;REVB=0.00600089;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167819;OID=.;OPOS=6867894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr11 6891704 . T C 1469.86 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0830613;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6682;QD=61.889;RBI=0.0846165;REFB=-0.140122;REVB=0.0161486;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.505881;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00124447;OID=.;OPOS=6891704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:95:0:1:93:94:0.989474:42:51:0:0:42:52:0:1 chr11 6898663 . G A,C 866.77 PASS AF=0.983607,0.0163934;AO=58,3;DP=61;FAO=60,1;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207561,-0.00989305;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.997,86.7962;QD=56.8373;RBI=0.0224725,0.0179204;REFB=0,0;REVB=0.0223764,0.0149422;RO=0;SAF=36,1;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000175486,0.178109;OID=.,.;OPOS=6898663,6898663;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:61:61:0:0:58,3:60,1:0.983607,0.0163934:22,2:36,1:0:0:23,1:37,0:0:0 chr11 6913244 . A G 1208.84 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.65;QD=61.2069;RBI=0.035362;REFB=0;REVB=-0.00617824;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91394e-05;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr11 6942628 . A C 831.68 PASS AF=0.467391;AO=83;DP=182;FAO=86;FDP=184;FR=.;FRO=98;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0154168;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.673;QD=18.08;RBI=0.0164881;REFB=-0.00487805;REVB=-0.00584621;RO=97;SAF=39;SAR=44;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024322;STB=0.519431;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00492321;OID=.;OPOS=6942628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:97:98:83:86:0.467391:44:39:48:49:47:39:48:50 chr11 6942695 . C T 1004.49 PASS AF=0.515957;AO=97;DP=190;FAO=97;FDP=188;FR=.;FRO=91;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=0.0116371;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.067;QD=21.3721;RBI=0.014947;REFB=-0.00647091;REVB=0.00938027;RO=87;SAF=48;SAR=49;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601628;STB=0.521448;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00665157;OID=.;OPOS=6942695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:188:87:91:97:97:0.515957:49:48:37:50:49:48:41:50 chr11 6942952 . T C 679.23 PASS AF=0.468966;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00360785;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.728;QD=18.7374;RBI=0.00401587;REFB=-0.00785849;REVB=-0.00176371;RO=77;SAF=24;SAR=44;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102734;STB=0.557064;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0104115;OID=.;OPOS=6942952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:77:77:68:68:0.468966:44:24:35:42:44:24:35:42 chr11 6943254 . C T 243.13 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0171712;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9533;QD=18.7021;RBI=0.0272362;REFB=-0.0100227;REVB=-0.0211414;RO=26;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693582;STB=0.538892;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0077552;OID=.;OPOS=6943254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:15:11:13:13:15:11:13:13 chr11 6976988 . A T 400.08 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0110347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.124;QD=18.6082;RBI=0.0454112;REFB=0.00970631;REVB=-0.0440501;RO=45;SAF=13;SAR=28;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192938;STB=0.607907;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0147441;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:28:13:23:22:28:13:23:22 chr11 7022038 . A G 559.45 PASS AF=0.396341;AO=65;DP=165;FAO=65;FDP=164;FR=.;FRO=99;FSAF=50;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=0.0372277;FXX=0.00606024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6294;QD=13.6451;RBI=0.0815889;REFB=-0.00199126;REVB=-0.0726006;RO=100;SAF=50;SAR=15;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252403;STB=0.639684;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00253197;OID=.;OPOS=7022038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:100:99:65:65:0.396341:15:50:57:43:15:50:57:42 chr11 7022160 . A G 2065.52 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.93;QD=62.121;RBI=0.0397473;REFB=0;REVB=0.039369;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77829e-05;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:133:0:0:122:133:1:58:64:0:0:69:64:0:0 chr11 7022531 . A T 2026.74 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.147;QD=62.3612;RBI=0.0321434;REFB=0;REVB=0.0295882;RO=0;SAF=66;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99896e-05;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:64:66:0:0:64:66:0:0 chr11 7022717 . T C 1450.71 PASS AF=0.978947;AO=91;DP=96;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00674105;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.043;QD=61.0825;RBI=0.0238995;REFB=-0.0708053;REVB=0.0229292;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509998;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000284787;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:95:0:2:91:93:0.978947:49:42:0:0:49:44:0:2 chr11 7059960 . A C 1533.97 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.96;QD=62.611;RBI=0.0288797;REFB=-0.0899156;REVB=-0.00526409;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000400115;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:50:47:0:0:50:47:0:1 chr11 7063755 . C T 3255.94 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00700432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.971;QD=62.018;RBI=0.00823603;REFB=0;REVB=0.00433262;RO=0;SAF=106;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25547e-06;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:210:0:0:209:210:1:103:106:0:0:103:107:0:0 chr11 7071031 . G A 1628.72 PASS AF=0.982301;AO=105;DP=109;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.105576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6683;QD=57.654;RBI=0.106348;REFB=-0.0103428;REVB=-0.0127893;RO=3;SAF=44;SAR=61;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312564;STB=0.509998;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000583277;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:113:3:2:105:111:0.982301:61:44:3:0:62:49:2:0 chr11 7079038 . G A 3350.23 PASS AF=1;AO=215;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.556;QD=61.7554;RBI=0.0847408;REFB=-0.0404785;REVB=0.0016831;RO=1;SAF=81;SAR=134;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22553e-05;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:217:217:1:0:215:217:1:134:81:1:0:135:82:0:0 chr11 7110363 . G A 1943.5 PASS AF=0.501305;AO=192;DP=383;FAO=192;FDP=383;FR=.;FRO=191;FSAF=100;FSAR=92;FSRF=88;FSRR=103;FWDB=0.0239585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.382;QD=20.2977;RBI=0.0253672;REFB=0.00545105;REVB=0.0083358;RO=191;SAF=100;SAR=92;SRF=88;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547086;STB=0.529946;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00586231;OID=.;OPOS=7110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:383:191:191:192:192:0.501305:92:100:88:103:92:100:88:103 chr11 7273437 . C T 1796.18 PASS AF=0.502874;AO=175;DP=348;FAO=175;FDP=348;FR=.;FRO=173;FSAF=87;FSAR=88;FSRF=90;FSRR=83;FWDB=0.0468202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.924;QD=20.6458;RBI=0.0489982;REFB=-0.0337895;REVB=-0.0144462;RO=171;SAF=87;SAR=88;SRF=88;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157817;STB=0.511475;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0267207;OID=.;OPOS=7273437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:171:173:175:175:0.502874:88:87:88:83:88:87:90:83 chr11 7324475 . T C 1679.19 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0939242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.08;QD=60.5114;RBI=0.0939964;REFB=0;REVB=0.00368535;RO=0;SAF=35;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52069e-05;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:111:0:0:102:111:1:67:35:0:0:67:44:0:0 chr11 7439264 . C T 610.99 PASS AF=0.463235;AO=63;DP=138;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=0.00180771;FXX=0.0144917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3304;QD=17.9702;RBI=0.0226733;REFB=0.0107614;REVB=0.0226011;RO=73;SAF=26;SAR=37;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710971;STB=0.531636;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0118238;OID=.;OPOS=7439264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:73:73:63:63:0.463235:37:26:25:48:37:26:26:47 chr11 7441737 . T C 971.03 PASS AF=0.48731;AO=96;DP=197;FAO=96;FDP=197;FR=.;FRO=101;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=0.00808091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2363;QD=19.7163;RBI=0.00908486;REFB=-0.00541906;REVB=0.00415134;RO=101;SAF=46;SAR=50;SRF=41;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685357;STB=0.537718;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0033551;OID=.;OPOS=7441737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:101:101:96:96:0.48731:50:46:41:60:50:46:41:60 chr11 7488666 . C G 605.06 PASS AF=0.488189;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00095255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.727;QD=19.057;RBI=0.0374817;REFB=0.00154555;REVB=-0.0374696;RO=64;SAF=27;SAR=35;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597505;STB=0.529342;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00184406;OID=.;OPOS=7488666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:64:65:62:62:0.488189:35:27:32:32:35:27:32:33 chr11 7619518 . T C 979.0 PASS AF=0.490291;AO=101;DP=206;FAO=101;FDP=206;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=0.00325449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.612;QD=19.0098;RBI=0.0305156;REFB=0.00333018;REVB=0.0303415;RO=99;SAF=45;SAR=56;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00100381;STB=0.50877;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00285623;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:99:105:101:101:0.490291:56:45:44:55:56:45:45:60 chr11 7662732 . C T 331.99 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0236158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.369;QD=16.1948;RBI=0.0278111;REFB=-0.00395382;REVB=-0.0146885;RO=45;SAF=21;SAR=15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502916;STB=0.522809;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00642088;OID=.;OPOS=7662732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:46:36:36:0.439024:15:21:24:21:15:21:25:21 chr11 7670440 . A G 2640.63 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.53;QD=62.1324;RBI=0.0278816;REFB=0;REVB=0.0234431;RO=0;SAF=88;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92609e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23493e-05;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:170:0:0:169:170:1:81:88:0:0:81:89:0:0 chr11 7673015 . G A 4251.04 PASS AF=1;AO=249;DP=249;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.929;QD=62.5154;RBI=0.0196135;REFB=0;REVB=-0.000910181;RO=0;SAF=127;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47596e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77162e-06;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:249:272:0:0:249:272:1:122:127:0:0:130:142:0:0 chr11 7686602 . G GTGTT,T 1335.31 PASS AF=0.917526,0.0515464;AO=88,5;DP=100;FAO=89,5;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=43,5;FSAR=46,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00297701,0.0298047;FXX=0.0396;HRUN=1,2;LEN=4,1;MLLD=265.175,65.2037;QD=55.0645;RBI=0.0287065,0.0385671;REFB=-0.0546516,-0.06362;REVB=-0.0285517,-0.0244765;RO=3;SAF=43,5;SAR=45,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0111162,0.73361;STB=0.505987,0.996444;STBP=0.464,0.161;TYPE=ins,snp;VARB=0.00305201,-0.0306747;OID=.,.;OPOS=7686603,7686602;OREF=-,G;OALT=TGTT,T;OMAPALT=GTGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:100:97:3:3:88,5:89,5:0.917526,0.0515464:45,0:43,5:2:1:46,0:43,5:2:1 chr11 7686674 . T C 2773.51 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000888924;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9654;QD=62.3261;RBI=0.0440859;REFB=-0.014475;REVB=-0.0440769;RO=0;SAF=78;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105581;OID=.;OPOS=7686674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:178:0:0:178:178:1:100:78:0:0:100:78:0:0 chr11 7687146 . G A 1226.66 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.014663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.187;QD=57.7251;RBI=0.0149004;REFB=-0.0661677;REVB=0.00264887;RO=1;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116923;STB=0.506313;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=4.97589e-05;OID=.;OPOS=7687146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:1:3:82:82:0.964706:42:40:1:0:42:40:2:1 chr11 7687715 . T C 3008.4 PASS AF=0.989637;AO=191;DP=194;FAO=191;FDP=193;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=107;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0198919;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.439;QD=62.3503;RBI=0.0204845;REFB=0.000586596;REVB=0.0048914;RO=1;SAF=84;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563532;STB=0.505882;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-9.53179e-06;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:194:193:1:2:191:191:0.989637:107:84:1:0:107:84:2:0 chr11 7695569 . A G 440.4 PASS AF=0.423729;AO=48;DP=117;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0439498;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7751;QD=14.9289;RBI=0.0568078;REFB=-0.019535;REVB=-0.0359938;RO=62;SAF=31;SAR=17;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167832;STB=0.595706;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0391531;OID=.;OPOS=7695569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:62:68:48:50:0.423729:17:31:30:32:19:31:31:37 chr11 7710877 . C T 612.85 PASS AF=0.441379;AO=64;DP=145;FAO=64;FDP=145;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0448081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.593;QD=16.9063;RBI=0.0452259;REFB=-0.0141197;REVB=0.00613344;RO=80;SAF=25;SAR=39;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356365;STB=0.516957;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.018579;OID=.;OPOS=7710877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:80:81:64:64:0.441379:39:25:34:46:39:25:34:47 chr11 7712471 . C T 239.37 PASS AF=0.307692;AO=32;DP=104;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00575289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.838;QD=9.20638;RBI=0.0073217;REFB=0.00269469;REVB=0.00452897;RO=72;SAF=11;SAR=21;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220707;STB=0.629661;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00555195;OID=.;OPOS=7712471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:72:72:32:32:0.307692:21:11:38:34:21:11:38:34 chr11 7716855 . T A 4041.25 PASS AF=0.988679;AO=262;DP=265;FAO=262;FDP=265;FR=.;FRO=3;FSAF=167;FSAR=95;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0171195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4714;QD=61;RBI=0.0991268;REFB=-0.00682759;REVB=-0.0976373;RO=2;SAF=167;SAR=95;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00567511;STB=0.504451;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=1.8739e-05;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:265:265:2:3:262:262:0.988679:95:167:2:0:95:167:3:0 chr11 7717206 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181739;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=352.15;QD=33.4285;RBI=0.0181739;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118561;OID=.;OPOS=7717206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr11 7717209 . AA TT 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215462;FXX=0;HRUN=25;LEN=2;MLLD=316.299;QD=42.1827;RBI=0.00215462;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-8.84332e-06;OID=.;OPOS=7717209;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr11 7717212 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084574;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=243.594;QD=42.1826;RBI=0.0084574;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09933e-05;OID=.;OPOS=7717212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr11 7717214 . AAA GCC 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114471;FXX=0;HRUN=25;LEN=3;MLLD=286.739;QD=46.848;RBI=0.0114471;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.43928e-05;OID=.;OPOS=7717214;OREF=AAA;OALT=GCC;OMAPALT=GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:0:15:0:0:0:15:0:0 chr11 7717219 . A T 334.89 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00295803;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=254.382;QD=39.3984;RBI=0.0434047;REFB=-0.200905;REVB=0.0433038;RO=7;SAF=25;SAR=2;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572197;STB=0.817875;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00451407;OID=.;OPOS=7717219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:34:34:7:7:27:27:0.794118:2:25:0:7:2:25:0:7 chr11 7721870 . G A 4408.27 PASS AF=0.993355;AO=291;DP=301;FAO=299;FDP=301;FR=.;FRO=2;FSAF=149;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0920784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0715;QD=58.5816;RBI=0.128091;REFB=-0.139416;REVB=0.0890446;RO=9;SAF=145;SAR=146;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307741;STB=0.503311;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00673128;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:301:301:9:2:291:299:0.993355:146:145:4:5:150:149:0:2 chr11 7727886 . C T 722.08 PASS AF=0.490196;AO=74;DP=152;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0315452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.052;QD=18.8778;RBI=0.0320326;REFB=-0.0108885;REVB=0.00556669;RO=77;SAF=29;SAR=45;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840871;STB=0.546129;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00926135;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:77:78:74:75:0.490196:45:29:37:40:46:29:37:41 chr11 7750622 . T C 812.62 PASS AF=0.396552;AO=91;DP=232;FAO=92;FDP=232;FR=.;FRO=140;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=79;FWDB=-0.0152693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.953;QD=14.0106;RBI=0.0166056;REFB=0.00111792;REVB=-0.00652654;RO=140;SAF=48;SAR=43;SRF=61;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986804;STB=0.558262;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00152808;OID=.;OPOS=7750622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:140:140:91:92:0.396552:43:48:61:79:43:49:61:79 chr11 7847208 . T C 1546.94 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.64;QD=63.7912;RBI=0.0153242;REFB=0;REVB=-0.0137829;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71973e-05;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:50:45:0:0:51:46:0:0 chr11 7847463 . CTCA CTCG,TCGC 446.09 PASS AF=0.90625,0.09375;AO=22,3;DP=33;FAO=29,3;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6,3;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119939,0.0574284;FXX=0.0588062;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=171.21,23.3588;QD=55.7608;RBI=0.121361,0.0586616;REFB=0,0;REVB=-0.0185227,0.0119646;RO=0;SAF=1,3;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.62339e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00398543,0.0609625;OID=.,.;OPOS=7847466,7847463;OREF=A,CTCA;OALT=G,TCGC;OMAPALT=CTCG,TCGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:33:32:0:0:22,3:29,3:0.90625,0.09375:21,0:1,3:0:0:23,0:6,3:0:0 chr11 7847472 . C T 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0632161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.398;QD=59.0087;RBI=0.0639101;REFB=0;REVB=0.00939244;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161234;OID=.;OPOS=7847472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr11 7871011 . A G,T 2889.64 PASS AF=0.951872,0.0481283;AO=176,10;DP=186;FAO=178,9;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=88,4;FSAR=90,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507903,-0.00647672;FXX=0.0157886;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.7612,180.703;QD=61.8105;RBI=0.0224035,0.00829908;REFB=0,0;REVB=0.0218202,0.0051891;RO=0;SAF=86,5;SAR=90,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0114657,0.00827988;OID=.,.;OPOS=7871011,7871011;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:186:187:0:0:176,10:178,9:0.951872,0.0481283:90,5:86,5:0:0:90,5:88,4:0:0 chr11 7949350 . A G 3440.76 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.447;QD=62.5592;RBI=0.0171799;REFB=0;REVB=-0.0168117;RO=0;SAF=119;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.093e-05;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:220:0:0:220:220:1:101:119:0:0:101:119:0:0 chr11 7949552 . G A 257.67 PASS AF=0.320755;AO=34;DP=106;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.00170426;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0918;QD=9.7234;RBI=0.0346573;REFB=0.0135784;REVB=-0.0346154;RO=66;SAF=18;SAR=16;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00101992;STB=0.529394;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0172049;OID=.;OPOS=7949552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:72:34:34:0.320755:16:18:35:31:16:18:35:37 chr11 7949791 . A C 720.92 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011893;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.701;QD=61.3547;RBI=0.0879081;REFB=0;REVB=0.0870999;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184352;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296716;OID=.;OPOS=7949791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:1:0:46:47:1:25:21:0:1:26:21:0:0 chr11 7949860 . G A 808.03 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.004;QD=56.7041;RBI=0.0100197;REFB=0;REVB=0.00869224;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174675;OID=.;OPOS=7949860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:24:33:0:0 chr11 7982432 . G A 308.4 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00679915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.626;QD=18.4119;RBI=0.0148889;REFB=-0.0196741;REVB=0.0132458;RO=34;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168902;STB=0.509428;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0247034;OID=.;OPOS=7982432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:13:20:20:14:13:20:20:14 chr11 8014479 . C T 820.19 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.014303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.162;QD=55.6063;RBI=0.0143054;REFB=-0.0363813;REVB=0.000260164;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-6.96098e-05;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:28:30:0:0:28:30:0:1 chr11 8061231 . G A 343.32 PASS AF=0.521739;AO=34;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0313465;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.086;QD=19.9025;RBI=0.0329812;REFB=-0.019514;REVB=0.0102548;RO=34;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277134;STB=0.50372;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0193992;OID=.;OPOS=8061231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:33:34:36:0.521739:13:21:20:14:15:21:19:14 chr11 8103104 . G T 296.88 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.9231;QD=49.4796;RBI=0.0706256;REFB=-0.163029;REVB=0.0684214;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370176;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00900672;OID=.;OPOS=8103104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:12:11:0:1:12:11:0:1 chr11 8115699 . T C 1235.16 PASS AF=0.525641;AO=117;DP=229;FAO=123;FDP=234;FR=.;FRO=111;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=-0.0959348;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.904;QD=21.1139;RBI=0.098085;REFB=-0.0318618;REVB=-0.020425;RO=102;SAF=51;SAR=66;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801621;STB=0.510984;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0350537;OID=.;OPOS=8115699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:234:102:111:117:123:0.525641:66:51:54:48:66:57:54:57 chr11 8123499 . G A 805.72 PASS AF=0.436548;AO=81;DP=193;FAO=86;FDP=197;FR=.;FRO=111;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=0.0189969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.132;QD=16.3598;RBI=0.0194051;REFB=-0.0118659;REVB=-0.00395946;RO=110;SAF=44;SAR=37;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498232;STB=0.522295;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0137357;OID=.;OPOS=8123499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:197:110:111:81:86:0.436548:37:44:65:45:39:47:65:46 chr11 8127495 . T C 785.37 PASS AF=0.476744;AO=82;DP=172;FAO=82;FDP=172;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.00898323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6274;QD=18.2643;RBI=0.0665219;REFB=0.0231654;REVB=-0.0659125;RO=88;SAF=43;SAR=39;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441769;STB=0.518582;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.025972;OID=.;OPOS=8127495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:88:90:82:82:0.476744:39:43:42:46:39:43:44:46 chr11 8159892 . G T 1057.02 PASS AF=0.488688;AO=108;DP=221;FAO=108;FDP=221;FR=.;FRO=113;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=0.0195924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.7;QD=19.1316;RBI=0.060129;REFB=-0.0169868;REVB=-0.0568474;RO=112;SAF=55;SAR=53;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416052;STB=0.525077;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0163321;OID=.;OPOS=8159892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:112:113:108:108:0.488688:53:55:52:60:53:55:52:61 chr11 8174966 . G A 436.74 PASS AF=0.475248;AO=45;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00140345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.045;QD=17.2966;RBI=0.00560127;REFB=-0.018355;REVB=-0.00542259;RO=50;SAF=21;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00633092;STB=0.507051;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0167025;OID=.;OPOS=8174966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:50:53:45:48:0.475248:24:21:23:27:26:22:25:28 chr11 8251921 . G C 1503.84 PASS AF=0.519573;AO=145;DP=282;FAO=146;FDP=281;FR=.;FRO=135;FSAF=65;FSAR=81;FSRF=52;FSRR=83;FWDB=-0.00852589;FXX=0.00354597;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.734;QD=21.407;RBI=0.0131178;REFB=-0.0273266;REVB=0.00996921;RO=135;SAF=65;SAR=80;SRF=52;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566498;STB=0.52937;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0239604;OID=.;OPOS=8251921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:281:135:135:145:146:0.519573:80:65:52:83:81:65:52:83 chr11 8284860 . G T 2199.78 PASS AF=0.540052;AO=204;DP=383;FAO=209;FDP=387;FR=.;FRO=178;FSAF=120;FSAR=89;FSRF=99;FSRR=79;FWDB=0.0173296;FXX=0.0102299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.548;QD=22.7367;RBI=0.0452271;REFB=-0.0328145;REVB=0.0417753;RO=169;SAF=117;SAR=87;SRF=87;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496235;STB=0.508435;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0294255;OID=.;OPOS=8284860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:387:169:178:204:209:0.540052:87:117:87:82:89:120:99:79 chr11 8646450 . T G 649.89 PASS AF=0.446541;AO=71;DP=158;FAO=71;FDP=159;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.0408585;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.455;QD=16.3495;RBI=0.0461901;REFB=-0.0287454;REVB=-0.0215432;RO=87;SAF=29;SAR=42;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630899;STB=0.506855;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0354203;OID=.;OPOS=8646450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:87:88:71:71:0.446541:42:29:35:52:42:29:37:51 chr11 8646670 . T G 3241.55 PASS AF=1;AO=210;DP=212;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029875;FXX=0.00943352;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0303;QD=61.7439;RBI=0.0393674;REFB=-0.055202;REVB=-0.0256375;RO=1;SAF=92;SAR=118;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514997;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73184e-06;OID=.;OPOS=8646670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:210:1:0:210:210:1:118:92:1:0:118:92:0:0 chr11 8646763 . G C 1006.87 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.02;QD=59.2278;RBI=0.0501227;REFB=0;REVB=0.0370835;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155462;OID=.;OPOS=8646763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:68:0:0:62:68:1:37:25:0:0:43:25:0:0 chr11 8693405 . G A 3097.85 PASS AF=0.990244;AO=203;DP=205;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00151617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.858;QD=60.4459;RBI=0.0220655;REFB=-0.14627;REVB=-0.0220134;RO=1;SAF=88;SAR=115;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538196;STB=0.50066;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.000145804;OID=.;OPOS=8693405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:205:205:1:2:203:203:0.990244:115:88:1:0:115:88:1:1 chr11 8715262 . T TCAGG 303.08 PASS AF=0.862069;AO=21;DP=30;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0213668;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=293.239;QD=41.8038;RBI=0.0296231;REFB=-0.0493319;REVB=-0.020518;RO=8;SAF=19;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552699;STB=0.587554;STBP=0.07;TYPE=ins;VARB=0.0113398;OID=.;OPOS=8715263;OREF=-;OALT=CAGG;OMAPALT=TCAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.862069:21:30:25:29:4:19:6:1:3:20:8:19:2:1:7 chr11 8717003 . C T 1592.17 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075582;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.488;QD=60.0818;RBI=0.0432082;REFB=0;REVB=-0.042542;RO=0;SAF=68;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.50282e-05;OID=.;OPOS=8717003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:38:68:0:0:38:68:0:0 chr11 8751889 . C G 302.85 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=82;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.00432281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.952;QD=14.595;RBI=0.0520086;REFB=-0.00374963;REVB=0.0518287;RO=48;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227183;STB=0.626436;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00382567;OID=.;OPOS=8751889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:48:49:33:34:0.409639:17:16:13:35:17:17:14:35 chr11 8788168 . A T 2008.62 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.066;QD=62.2829;RBI=0.0415506;REFB=0;REVB=0.00430633;RO=0;SAF=66;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33354e-05;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:62:66:0:0:62:67:0:0 chr11 8788225 . A C 1323.77 PASS AF=1;AO=57;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.387;QD=62.2951;RBI=0.0789194;REFB=0;REVB=0.0502015;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518135;OID=.;OPOS=8788225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:57:85:1:29:28:0:0:50:35:0:0 chr11 8866808 . C G 476.97 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00923341;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8776;QD=24.4599;RBI=0.0390459;REFB=-0.00346414;REVB=-0.0379385;RO=33;SAF=16;SAR=29;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081053;STB=0.544498;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00281328;OID=.;OPOS=8866808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:33:33:45:45:0.576923:29:16:15:18:29:16:15:18 chr11 8942942 . C T 1500.74 PASS AF=0.473846;AO=154;DP=326;FAO=154;FDP=325;FR=.;FRO=171;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=71;FSRR=100;FWDB=-0.00824043;FXX=0.00306739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.047;QD=18.4707;RBI=0.00945573;REFB=-0.0095033;REVB=-0.00463747;RO=169;SAF=74;SAR=80;SRF=70;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633617;STB=0.534506;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0110848;OID=.;OPOS=8942942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:325:169:171:154:154:0.473846:80:74:70:99:80:74:71:100 chr11 8942999 . G A 4750.1 PASS AF=1;AO=303;DP=303;FAO=304;FDP=304;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.614;QD=62.5013;RBI=0.0254933;REFB=0;REVB=-0.0246493;RO=0;SAF=127;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69538e-05;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:303:304:0:0:303:304:1:176:127:0:0:176:128:0:0 chr11 8947021 . A G 1085.55 PASS AF=1;AO=58;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0613;QD=60.3085;RBI=0.215475;REFB=0;REVB=-0.0603488;RO=0;SAF=14;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012407;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:58:72:1:44:14:0:0:45:27:0:0 chr11 8947179 . G A 913.59 PASS AF=0.564103;AO=88;DP=155;FAO=88;FDP=156;FR=.;FRO=68;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0381656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.412;QD=23.4254;RBI=0.040135;REFB=-0.0323426;REVB=-0.0124178;RO=66;SAF=47;SAR=41;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981747;STB=0.55317;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0262592;OID=.;OPOS=8947179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:66:68:88:88:0.564103:41:47:27:39:41:47:28:40 chr11 8947283 . G C 534.63 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.035944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1111;QD=15.841;RBI=0.0362278;REFB=-0.0398873;REVB=0.00452609;RO=76;SAF=27;SAR=31;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319765;STB=0.513752;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0410144;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:77:58:58:0.42963:31:27:33:43:31:27:34:43 chr11 8948680 . A T 630.55 PASS AF=0.454545;AO=65;DP=144;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.0020606;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9893;QD=17.6376;RBI=0.00766262;REFB=0.0032641;REVB=0.00738035;RO=78;SAF=40;SAR=25;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393983;STB=0.521928;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00615361;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:78:78:65:65:0.454545:25:40:45:33:25:40:45:33 chr11 8959370 . G A 1263.29 PASS AF=0.545045;AO=120;DP=222;FAO=121;FDP=222;FR=.;FRO=101;FSAF=72;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=39;FWDB=-0.000732887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.004;QD=22.7619;RBI=0.0143476;REFB=-0.00552796;REVB=0.0143289;RO=100;SAF=71;SAR=49;SRF=61;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158747;STB=0.508912;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00512561;OID=.;OPOS=8959370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:100:101:120:121:0.545045:49:71:61:39:49:72:62:39 chr11 8959511 . T G 1286.22 PASS AF=0.896226;AO=92;DP=104;FAO=95;FDP=106;FR=.;FRO=11;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00878993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.528;QD=48.5364;RBI=0.00911366;REFB=3.58282e-05;REVB=0.00240749;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.547358;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-3.01794e-05;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:104:106:0:11:92:95:0.896226:41:51:0:0:43:52:1:10 chr11 8959545 . C A 573.03 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0101689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.212;QD=22.6943;RBI=0.0101782;REFB=0.00225141;REVB=0.000434883;RO=45;SAF=20;SAR=36;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201082;STB=0.61035;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00161733;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:45:56:56:0.554455:36:20:27:18:36:20:27:18 chr11 8968878 . GAGGACAT G 98.26 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00858116;FXX=0.127632;HRUN=1;LEN=7;MLLD=329.994;QD=9.58609;RBI=0.0108005;REFB=-0.000598367;REVB=-0.00655854;RO=29;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131226;STB=0.63299;STBP=0.308;TYPE=del;VARB=0.00131231;OID=.;OPOS=8968879;OREF=AGGACAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:12:47:12:41:29:5:7:7:22:98:29:5:7:9:20 chr11 9005036 . T A 2499.75 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.182;QD=60.9694;RBI=0.0238332;REFB=-0.0183497;REVB=-0.00619214;RO=1;SAF=71;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01234e-05;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:164:164:1:0:163:164:1:92:71:1:0:92:72:0:0 chr11 9009175 . A G 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0180326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4771;QD=18.7952;RBI=0.0200576;REFB=0.00876639;REVB=0.0087826;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200444;STB=0.614352;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0127368;OID=.;OPOS=9009175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:17:6:12:15:17:6:12:15 chr11 9052423 . A C 2032.81 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.831;QD=61.1372;RBI=0.129867;REFB=0;REVB=0.0189449;RO=0;SAF=48;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204176;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:133:133:0:0:131:133:1:83:48:0:0:83:50:0:0 chr11 9316937 . G A 1548.34 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0953637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.502;QD=63.1976;RBI=0.0986198;REFB=0;REVB=0.0251326;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110279;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:95:98:1:54:41:0:0:55:43:0:0 chr11 9406349 . T C 9681.6 PASS AF=1;AO=609;DP=611;FAO=612;FDP=612;FR=.;FRO=0;FSAF=284;FSAR=328;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025444;FXX=0.00163129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.12;QD=63.2785;RBI=0.0254643;REFB=-0.0443234;REVB=0.00101517;RO=0;SAF=283;SAR=326;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08406e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:611:612:0:0:609:612:1:326:283:0:0:328:284:0:0 chr11 9537904 . G C 1248.61 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0275033;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.047;QD=58.0751;RBI=0.0288966;REFB=-0.0359383;REVB=0.00886479;RO=3;SAF=38;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828409;STB=0.504376;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.000107263;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:86:3:3:83:83:0.965116:45:38:1:2:45:38:1:2 chr11 9769483 . C T 659.03 PASS AF=0.465278;AO=67;DP=144;FAO=67;FDP=144;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.000147928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1109;QD=18.3065;RBI=0.0186484;REFB=-0.0295235;REVB=-0.0186478;RO=77;SAF=20;SAR=47;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099776;STB=0.555538;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.03113;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:77:77:67:67:0.465278:47:20:30:47:47:20:30:47 chr11 9800601 . G A 384.87 PASS AF=0.445652;AO=39;DP=90;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00236478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.625;QD=16.7334;RBI=0.00311909;REFB=-0.0077043;REVB=-0.00203385;RO=51;SAF=17;SAR=22;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551143;STB=0.52858;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00982885;OID=.;OPOS=9800601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:51:51:39:41:0.445652:22:17:25:26:23:18:25:26 chr11 9800821 . T C 349.82 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0109876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.567;QD=17.7126;RBI=0.0114974;REFB=-0.0037198;REVB=0.00338579;RO=40;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323898;STB=0.529396;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00636413;OID=.;OPOS=9800821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:42:37:37:0.468354:20:17:17:23:20:17:17:25 chr11 10328747 . T TC 228.33 PASS AF=0.408537;AO=55;DP=175;FAO=67;FDP=164;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.0353998;FXX=0.0238081;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.2944;QD=5.56891;RBI=0.0634997;REFB=-0.00300328;REVB=-0.0527169;RO=111;SAF=25;SAR=30;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581094;STB=0.519645;STBP=0.679;TYPE=ins;VARB=-0.0245334;OID=.;OPOS=10328748;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408537:55:175:67:164:97:34:33:46:51:99:111:25:30:56:55 chr11 10521764 . T C 1017.94 PASS AF=0.61039;AO=93;DP=153;FAO=94;FDP=154;FR=.;FRO=60;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0193186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.766;QD=26.44;RBI=0.0338311;REFB=-0.00342932;REVB=0.027773;RO=60;SAF=50;SAR=43;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393974;STB=0.518955;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00184609;OID=.;OPOS=10521764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:60:60:93:94:0.61039:43:50:29:31:44:50:29:31 chr11 10533952 . T C 514.36 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0202421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.152;QD=18.8757;RBI=0.05048;REFB=-0.00589464;REVB=0.0462438;RO=55;SAF=21;SAR=33;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144678;STB=0.580115;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0059497;OID=.;OPOS=10533952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:55:54:54:0.495413:33:21:30:25:33:21:30:25 chr11 10555589 . A G 661.78 PASS AF=0.406593;AO=74;DP=182;FAO=74;FDP=182;FR=.;FRO=108;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=0.0252462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0725;QD=14.5446;RBI=0.0317051;REFB=0.0159041;REVB=0.0191792;RO=108;SAF=38;SAR=36;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924656;STB=0.551853;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0270776;OID=.;OPOS=10555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:108:108:74:74:0.406593:36:38:46:62:36:38:46:62 chr11 10597081 . G A 876.19 PASS AF=0.449761;AO=94;DP=210;FAO=94;FDP=209;FR=.;FRO=115;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=-0.00351069;FXX=0.0279057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.877;QD=16.7691;RBI=0.00352621;REFB=-0.0110179;REVB=-0.000330467;RO=103;SAF=45;SAR=49;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614794;STB=0.523659;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0133465;OID=.;OPOS=10597081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:103:115:94:94:0.449761:49:45:56:47:49:45:60:55 chr11 10647702 . G A 2798.95 PASS AF=0.515038;AO=253;DP=513;FAO=274;FDP=532;FR=.;FRO=258;FSAF=111;FSAR=163;FSRF=113;FSRR=145;FWDB=-0.0244835;FXX=0.00374525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.313;QD=21.0448;RBI=0.0282269;REFB=-0.0121588;REVB=0.0140469;RO=260;SAF=110;SAR=143;SRF=115;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00707609;STB=0.516434;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0107612;OID=.;OPOS=10647702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:513:532:260:258:253:274:0.515038:143:110:115:145:163:111:113:145 chr11 10650329 . C T 576.69 PASS AF=0.422078;AO=65;DP=153;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=56;FWDB=-0.0490244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7826;QD=14.979;RBI=0.0491441;REFB=0.0027279;REVB=0.00342738;RO=88;SAF=25;SAR=40;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229188;STB=0.508472;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00434233;OID=.;OPOS=10650329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:88:89:65:65:0.422078:40:25:32:56:40:25:33:56 chr11 10655609 . C T 2909.25 PASS AF=0.994624;AO=185;DP=186;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0377302;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.935;QD=62.5645;RBI=0.04011;REFB=0.0276664;REVB=-0.0136103;RO=0;SAF=82;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502415;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-3.35621e-05;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:186:0:1:185:185:0.994624:103:82:0:0:103:82:0:1 chr11 10673739 . T C,G 10952.6 PASS AF=0.923944,0.0760563;AO=652,53;DP=707;FAO=656,54;FDP=710;FR=.;FRO=0;FSAF=219,54;FSAR=437,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947564,-0.0257975;FXX=0.00140645;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.202,66.0223;QD=61.7047;RBI=0.00948403,0.0271164;REFB=0,0;REVB=0.000398751,-0.00835369;RO=0;SAF=218,53;SAR=434,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00170674,0.0491962;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:707:710:0:0:652,53:656,54:0.923944,0.0760563:434,0:218,53:0:0:437,0:219,54:0:0 chr11 10715124 . T C 661.31 PASS AF=0.4;AO=71;DP=186;FAO=76;FDP=190;FR=.;FRO=114;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.00741269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.448;QD=13.9222;RBI=0.0122123;REFB=-0.0198523;REVB=0.0097053;RO=115;SAF=36;SAR=35;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656576;STB=0.505262;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0333716;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:190:115:114:71:76:0.4:35:36:59:56:38:38:58:56 chr11 10786142 . C T 973.99 PASS AF=0.54023;AO=93;DP=173;FAO=94;FDP=174;FR=.;FRO=80;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0228368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5829;QD=22.3905;RBI=0.0244489;REFB=-0.0259314;REVB=-0.00873076;RO=79;SAF=43;SAR=50;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00506034;STB=0.502579;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0230639;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:79:80:93:94:0.54023:50:43:37:42:50:44:37:43 chr11 10786175 . C T 693.15 PASS AF=0.424581;AO=76;DP=179;FAO=76;FDP=179;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=0.011469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.394;QD=15.4894;RBI=0.0185853;REFB=0.0241014;REVB=-0.0146245;RO=103;SAF=37;SAR=39;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114546;STB=0.5064;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0328499;OID=.;OPOS=10786175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:103:103:76:76:0.424581:39:37:49:54:39:37:49:54 chr11 10822350 . C T 3934.34 PASS AF=1;AO=253;DP=254;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221474;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.048;QD=62.203;RBI=0.0226413;REFB=0;REVB=0.00470318;RO=0;SAF=97;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.12234e-06;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:253:0:0:253:253:1:156:97:0:0:156:97:0:0 chr11 10823079 . T C 332.77 PASS AF=0.45;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0210818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.59;QD=16.6384;RBI=0.021082;REFB=-0.0321613;REVB=-8.69641e-05;RO=44;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873069;STB=0.5402;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.019358;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:35:36:0.45:16:19:20:24:17:19:20:24 chr11 10828361 . C A 609.42 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=150;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=0.0425008;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5764;QD=16.3604;RBI=0.0522083;REFB=0.0126329;REVB=-0.0303214;RO=85;SAF=33;SAR=31;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744014;STB=0.541557;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0177666;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:85:85:64:64:0.42953:31:33:50:35:31:33:50:35 chr11 10829791 . G A 2863.87 PASS AF=0.496599;AO=268;DP=550;FAO=292;FDP=588;FR=.;FRO=296;FSAF=129;FSAR=163;FSRF=127;FSRR=169;FWDB=-0.0843886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.1326;QD=19.4821;RBI=0.136224;REFB=-0.0185495;REVB=0.106937;RO=281;SAF=128;SAR=140;SRF=112;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742919;STB=0.506504;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0207055;OID=.;OPOS=10829791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:550:588:281:296:268:292:0.496599:140:128:112:169:163:129:127:169 chr11 11354346 . T C 692.42 PASS AF=0.446429;AO=75;DP=168;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=0.026477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.3;QD=16.4862;RBI=0.0290807;REFB=-0.00639869;REVB=0.0120272;RO=92;SAF=30;SAR=45;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00899379;STB=0.507461;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0114297;OID=.;OPOS=11354346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:92:93:75:75:0.446429:45:30:36:56:45:30:36:57 chr11 11373508 . T C 1560.94 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9969;QD=59.4644;RBI=0.0401619;REFB=0;REVB=-0.0216608;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107804;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:50:54:0:0:50:55:0:0 chr11 11373587 . A G 4025.07 PASS AF=1;AO=253;DP=253;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.739;QD=62.1633;RBI=0.0197372;REFB=0;REVB=0.00519053;RO=0;SAF=115;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34699e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03165e-06;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:253:259:0:0:253:259:1:138:115:0:0:143:116:0:0 chr11 11373635 . C T 4646.86 PASS AF=0.993377;AO=300;DP=303;FAO=300;FDP=302;FR=.;FRO=2;FSAF=144;FSAR=156;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00907624;FXX=0.00657873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7849;QD=61.5478;RBI=0.0286966;REFB=0.0875617;REVB=-0.0272234;RO=2;SAF=144;SAR=156;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000253051;STB=0.500133;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.000429464;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:303:302:2:2:300:300:0.993377:156:144:1:1:156:144:1:1 chr11 11373808 . T G 3384.59 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.74;QD=62.3887;RBI=0.0579369;REFB=0;REVB=-0.0564975;RO=0;SAF=110;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1707e-05;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:217:0:0:217:217:1:107:110:0:0:107:110:0:0 chr11 11373925 . A C 2407.26 PASS AF=0.981595;AO=158;DP=162;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.012711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4398;QD=59.0739;RBI=0.062074;REFB=-0.0216963;REVB=-0.0607586;RO=4;SAF=91;SAR=67;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364795;STB=0.504679;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00132031;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:162:163:4:3:158:160:0.981595:67:91:2:2:67:93:1:2 chr11 11373960 . C T 2445.83 PASS AF=1;AO=160;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210132;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.797;QD=60.7659;RBI=0.0216778;REFB=-0.10539;REVB=-0.00532662;RO=1;SAF=82;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606121;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706923;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:162:161:1:0:160:161:1:78:82:0:1:79:82:0:0 chr11 11374016 . T A 3049.5 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.555;QD=63.5312;RBI=0.0233194;REFB=0;REVB=-0.0222795;RO=0;SAF=90;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79637e-06;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:191:192:1:101:90:0:0:101:91:0:0 chr11 11374269 . A G 3829.07 PASS AF=0.988142;AO=250;DP=254;FAO=250;FDP=253;FR=.;FRO=3;FSAF=138;FSAR=112;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0347291;FXX=0.00393685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.674;QD=60.5386;RBI=0.0397068;REFB=-0.160489;REVB=0.0192489;RO=1;SAF=138;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00344175;STB=0.505376;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000398087;OID=.;OPOS=11374269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:254:253:1:3:250:250:0.988142:112:138:1:0:112:138:3:0 chr11 11374283 . T G 4251.14 PASS AF=1;AO=273;DP=277;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156426;FXX=0.0144399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.696;QD=62.2877;RBI=0.0166674;REFB=-0.00471187;REVB=0.00575415;RO=1;SAF=150;SAR=123;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316836;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07123e-05;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:277:273:1:0:273:273:1:123:150:1:0:123:150:0:0 chr11 11913585 . G T 2269.11 PASS AF=0.9625;AO=154;DP=161;FAO=154;FDP=160;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0110663;FXX=0.00621079;HRUN=5;LEN=1;MLLD=306.561;QD=56.7277;RBI=0.0182364;REFB=0.0146623;REVB=-0.014495;RO=4;SAF=64;SAR=90;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02067;STB=0.509638;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.000316657;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:161:160:4:6:154:154:0.9625:90:64:0:4:90:64:1:5 chr11 11924337 . A G 868.82 PASS AF=0.46114;AO=89;DP=191;FAO=89;FDP=193;FR=.;FRO=104;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=0.0117659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.36;QD=18.0066;RBI=0.0121665;REFB=-0.00554801;REVB=-0.00309645;RO=102;SAF=41;SAR=48;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191131;STB=0.505676;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00597617;OID=.;OPOS=11924337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:102:104:89:89:0.46114:48:41:49:53:48:41:49:55 chr11 11976628 . G A 871.95 PASS AF=0.463542;AO=89;DP=194;FAO=89;FDP=192;FR=.;FRO=103;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=42;FSRR=61;FWDB=0.064579;FXX=0.0103087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4898;QD=18.1657;RBI=0.0907045;REFB=-0.00609168;REVB=-0.0636935;RO=105;SAF=36;SAR=53;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147026;STB=0.50182;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00978236;OID=.;OPOS=11976628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:192:105:103:89:89:0.463542:53:36:44:61:53:36:42:61 chr11 11977573 . T C 354.55 PASS AF=0.393939;AO=35;DP=93;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0094699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6546;QD=14.3251;RBI=0.0192471;REFB=-0.0163627;REVB=0.0167562;RO=58;SAF=14;SAR=21;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540933;STB=0.503123;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.02094;OID=.;OPOS=11977573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:99:58:60:35:39:0.393939:21:14:26:32:21:18:28:32 chr11 11978815 . T TGA 640.05 PASS AF=0.378109;AO=75;DP=202;FAO=76;FDP=201;FR=.;FRO=125;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=79;FWDB=-0.0173376;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.784;QD=12.7373;RBI=0.0193333;REFB=-0.0212943;REVB=0.00855484;RO=125;SAF=30;SAR=45;SRF=46;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371567;STB=0.52592;STBP=0.585;TYPE=ins;VARB=0.0349948;OID=.;OPOS=11978816;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378109:75:202:76:201:125:31:45:46:79:99:125:30:45:46:79 chr11 11986061 . T C 937.25 PASS AF=0.471429;AO=97;DP=209;FAO=99;FDP=210;FR=.;FRO=111;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=0.00217463;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.605;QD=17.8524;RBI=0.0142059;REFB=-0.00969142;REVB=-0.0140385;RO=112;SAF=59;SAR=38;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174883;STB=0.592316;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0125502;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:112:111:97:99:0.471429:38:59:48:64:39:60:48:63 chr11 12023773 . C A 375.19 PASS AF=0.375;AO=31;DP=116;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=53;FWDB=0.0352969;FXX=0.051848;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.434;QD=11.7248;RBI=0.0570076;REFB=-0.0468412;REVB=0.044766;RO=82;SAF=11;SAR=20;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157034;STB=0.51793;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.118404;OID=.;OPOS=12023773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:128:82:80:31:48:0.375:20:11:29:53:33:15:27:53 chr11 12225946 . T G 3360.29 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.942;QD=61.3751;RBI=0.0603677;REFB=0;REVB=0.0509862;RO=0;SAF=95;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38023e-05;OID=.;OPOS=12225946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:194:219:0:0:194:219:1:99:95:0:0:117:102:0:0 chr11 12229655 . T G 4691.31 PASS AF=1;AO=300;DP=302;FAO=301;FDP=301;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108007;FXX=0.00331115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.452;QD=62.3429;RBI=0.0300543;REFB=0;REVB=-0.0280465;RO=0;SAF=128;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86356e-05;OID=.;OPOS=12229655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:302:301:0:0:300:301:1:172:128:0:0:172:129:0:0 chr11 12246233 . G C 3622.81 PASS AF=0.967213;AO=237;DP=243;FAO=236;FDP=244;FR=.;FRO=8;FSAF=136;FSAR=100;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00794955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8265;QD=59.3903;RBI=0.037241;REFB=0.0124544;REVB=-0.0363827;RO=6;SAF=137;SAR=100;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037603;STB=0.501636;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0162274;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:243:244:6:8:237:236:0.967213:100:137:3:3:100:136:5:3 chr11 12265542 . A G 987.12 PASS AF=0.52459;AO=94;DP=181;FAO=96;FDP=183;FR=.;FRO=87;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.00669044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.516;QD=21.5763;RBI=0.00966766;REFB=-0.0121702;REVB=-0.00697867;RO=87;SAF=40;SAR=54;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710695;STB=0.542927;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0109007;OID=.;OPOS=12265542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:183:87:87:94:96:0.52459:54:40:44:43:56:40:44:43 chr11 12281497 . G A 739.73 PASS AF=0.428571;AO=79;DP=189;FAO=81;FDP=189;FR=.;FRO=108;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.0097614;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0264;QD=15.6557;RBI=0.0155274;REFB=-0.007582;REVB=0.0120755;RO=108;SAF=38;SAR=41;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196291;STB=0.517661;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0180335;OID=.;OPOS=12281497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:108:108:79:81:0.428571:41:38:54:54:43:38:54:54 chr11 12285090 . C T 2424.32 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.716;QD=61.3752;RBI=0.0507235;REFB=0;REVB=0.0492473;RO=0;SAF=91;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46286e-05;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:158:0:0:149:158:1:58:91:0:0:62:96:0:0 chr11 12315407 . G C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00748923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.7757;QD=56.9565;RBI=0.0690313;REFB=0;REVB=0.0686238;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659956;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr11 12315716 . C T 993.83 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215098;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.971;QD=59.3334;RBI=0.0215339;REFB=0;REVB=-0.00101818;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05529e-05;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:32:33:0:0:32:35:0:0 chr11 12315891 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.246;QD=63.5826;RBI=0.0310082;REFB=0;REVB=0.0162206;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104765;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr11 12534707 . G A 591.22 PASS AF=0.449275;AO=50;DP=138;FAO=62;FDP=138;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.0217611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.936;QD=17.1369;RBI=0.0224887;REFB=-0.0247105;REVB=-0.00567405;RO=67;SAF=21;SAR=29;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655765;STB=0.552222;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0228977;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:67:76:50:62:0.449275:29:21:24:43:30:32:32:44 chr11 12550368 . TATA T 3537.81 PASS AF=1;AO=218;DP=227;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520938;FXX=0.0341866;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.317;QD=62.6162;RBI=0.0569538;REFB=0.0126471;REVB=0.0230211;RO=0;SAF=96;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61745e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.10736e-06;OID=.;OPOS=12550369;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:218:227:226:226:0:98:128:0:0:14:0:96:122:0:0 chr11 12903443 . C T 1140.1 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.096;QD=59.2261;RBI=0.0283411;REFB=-0.16849;REVB=0.0180182;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119796;STB=0.506327;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00055259;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:37:39:1:0:37:39:1:0 chr11 13398129 . T A 3427.97 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00902126;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.138;QD=62.6114;RBI=0.0716138;REFB=0;REVB=0.0710433;RO=0;SAF=105;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08722e-05;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:198:219:0:0:198:219:1:93:105:0:0:113:106:0:0 chr11 13427300 . C A 621.81 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0125109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.616;QD=19.74;RBI=0.0189646;REFB=-0.00953808;REVB=-0.0142525;RO=63;SAF=33;SAR=30;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144009;STB=0.507946;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00926744;OID=.;OPOS=13427300;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:63:63:63:0.5:30:33:32:31:30:33:32:31 chr11 13929046 . T A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.45;QD=57.6807;RBI=0.0401383;REFB=0;REVB=-0.0376551;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5929e-05;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:7:24:0:0:7:24:0:0 chr11 13984583 . C T 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0454226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.628;QD=20.2739;RBI=0.0454686;REFB=0.000670609;REVB=0.00204515;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50819;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.000195037;OID=.;OPOS=13984583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:15:8:8:15:15:8:8:16 chr11 14101493 . G GC 1658.24 PASS AF=1;AO=142;DP=148;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029001;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.4051;QD=46.0621;RBI=0.0512916;REFB=0;REVB=-0.0423057;RO=3;SAF=71;SAR=71;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196643;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.8265e-05;OID=.;OPOS=14101494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:142:148:144:144:0:72:72:0:0:31:3:71:71:3:0 chr11 14632570 . A C 374.41 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.00122357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.987;QD=15.6005;RBI=0.0260746;REFB=-0.00381764;REVB=0.0260458;RO=56;SAF=14;SAR=26;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00808387;STB=0.504564;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00456671;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:26:14:20:36:26:14:20:36 chr11 14810762 . A G 460.73 PASS AF=0.409449;AO=51;DP=126;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0026365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.827;QD=14.5111;RBI=0.00419573;REFB=0.0113807;REVB=0.0032639;RO=75;SAF=28;SAR=23;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016678;STB=0.514525;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.0177086;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:75:75:51:52:0.409449:23:28:40:35:23:29:40:35 chr11 14991539 . T C 6249.99 PASS AF=1;AO=393;DP=397;FAO=394;FDP=394;FR=.;FRO=0;FSAF=217;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023555;FXX=0.00755648;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1706;QD=63.4516;RBI=0.0311039;REFB=-0.0685233;REVB=-0.020313;RO=2;SAF=216;SAR=177;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308294;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:397:394:2:0:393:394:1:177:216:2:0:177:217:0:0 chr11 15199957 . T C 1882.44 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00745058;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8235;QD=61.7194;RBI=0.02188;REFB=0;REVB=0.0205724;RO=0;SAF=51;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408357;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:70:51:0:0:70:52:0:0 chr11 16133413 . A G 560.27 PASS AF=0.403727;AO=61;DP=158;FAO=65;FDP=161;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0135927;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.319;QD=13.9197;RBI=0.0283963;REFB=-0.030221;REVB=0.0249317;RO=96;SAF=28;SAR=33;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000744041;STB=0.516674;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0460838;OID=.;OPOS=16133413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:161:96:96:61:65:0.403727:33:28:44:52:37:28:44:52 chr11 16424314 . A G 796.49 PASS AF=0.476744;AO=84;DP=174;FAO=82;FDP=172;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=63;FWDB=0.00138614;FXX=0.0114936;HRUN=8;LEN=1;MLLD=240.987;QD=18.523;RBI=0.00393041;REFB=-0.00977794;REVB=0.00367787;RO=80;SAF=35;SAR=49;SRF=26;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852263;STB=0.569174;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00989208;OID=.;OPOS=16424314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:172:80:90:84:82:0.476744:49:35:26:54:47:35:27:63 chr11 16863907 . C T 696.86 PASS AF=0.527132;AO=67;DP=130;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.012483;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.68;QD=21.6082;RBI=0.0226447;REFB=-0.0209146;REVB=0.0188933;RO=60;SAF=33;SAR=34;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10674;STB=0.557181;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0161085;OID=.;OPOS=16863907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:60:61:67:68:0.527132:34:33:37:23:35:33:37:24 chr11 17035718 . A G 281.91 PASS AF=0.272727;AO=38;DP=143;FAO=39;FDP=143;FR=.;FRO=104;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=-0.0194742;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0323;QD=7.8855;RBI=0.0212824;REFB=-0.00639705;REVB=-0.00858455;RO=104;SAF=21;SAR=17;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158292;STB=0.601511;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0186456;OID=.;OPOS=17035718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:104:104:38:39:0.272727:17:21:44:60:17:22:44:60 chr11 17333663 . G A 632.37 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1114;QD=61.6947;RBI=0.068387;REFB=0;REVB=0.0502049;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122362;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr11 17339127 . T C 941.1 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00069425;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.297;QD=57.0362;RBI=0.0263187;REFB=-0.13479;REVB=0.0263095;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122705;STB=0.506491;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000268242;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:38:27:0:1:38:27:0:1 chr11 17352477 . TACA T 549.64 PASS AF=1;AO=23;DP=44;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719498;FXX=0.170177;HRUN=1;LEN=3;MLLD=264.364;QD=56.3734;RBI=0.0723111;REFB=0;REVB=0.00722012;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.87687e-05;OID=.;OPOS=17352478;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:44:39:39:0:13:26:0:0:3:0:5:18:0:0 chr11 17448704 . G A 2275.78 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924846;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.156;QD=59.889;RBI=0.100024;REFB=0;REVB=0.0380969;RO=2;SAF=64;SAR=86;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146296;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034358;OID=.;OPOS=17448704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:152:152:2:0:150:152:1:86:64:2:0:86:66:0:0 chr11 17496516 . A G 431.4 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.0031673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.597;QD=15.5459;RBI=0.00513967;REFB=-0.0132313;REVB=0.00404776;RO=59;SAF=20;SAR=28;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237599;STB=0.619242;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0180548;OID=.;OPOS=17496516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:62:48:49:0.441441:28:20:39:20:28:21:40:22 chr11 17519742 . C G 717.23 PASS AF=0.42623;AO=78;DP=183;FAO=78;FDP=183;FR=.;FRO=105;FSAF=58;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=0.0245469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6417;QD=15.6772;RBI=0.0798682;REFB=-0.0178882;REVB=0.0760025;RO=105;SAF=58;SAR=20;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342958;STB=0.692486;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0202116;OID=.;OPOS=17519742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:105:105:78:78:0.42623:20:58:45:60:20:58:45:60 chr11 17542439 . T C,G 3505.59 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=214,14;DP=228;FAO=220,11;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=130,7;FSAR=90,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879992,-0.0141141;FXX=0.00431016;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.891,177.595;QD=60.7028;RBI=0.0261027,0.0219437;REFB=-0.00680286,-0.017713;REVB=0.0245747,0.0168022;RO=0;SAF=128,8;SAR=86,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.84806e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00216263,0.062754;OID=.,.;OPOS=17542439,17542439;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:228:231:0:0:214,14:220,11:0.952381,0.047619:86,6:128,8:0:0:90,4:130,7:0:0 chr11 17579783 . C A 846.61 PASS AF=0.4;AO=94;DP=229;FAO=94;FDP=235;FR=.;FRO=141;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=82;FSRR=59;FWDB=-0.00425098;FXX=0.0329205;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.551;QD=14.4104;RBI=0.0375853;REFB=-0.0139265;REVB=-0.0373442;RO=135;SAF=49;SAR=45;SRF=76;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440984;STB=0.53634;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0272429;OID=.;OPOS=17579783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:235:135:141:94:94:0.4:45:49:76:59:45:49:82:59 chr11 17593709 . T C 1237.21 PASS AF=0.428571;AO=132;DP=315;FAO=135;FDP=315;FR=.;FRO=180;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=92;FSRR=88;FWDB=-0.00532637;FXX=0.00943367;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.039;QD=15.7106;RBI=0.0180284;REFB=-0.0220207;REVB=-0.0172236;RO=179;SAF=60;SAR=72;SRF=93;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673053;STB=0.533951;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0299713;OID=.;OPOS=17593709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:179:180:132:135:0.428571:72:60:93:86:74:61:92:88 chr11 17596313 . G A 1355.95 PASS AF=0.465798;AO=141;DP=305;FAO=143;FDP=307;FR=.;FRO=164;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=95;FSRR=69;FWDB=0.00445796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.967;QD=17.6671;RBI=0.0325973;REFB=0.00259732;REVB=0.032291;RO=164;SAF=68;SAR=73;SRF=95;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943076;STB=0.551554;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00306341;OID=.;OPOS=17596313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:307:164:164:141:143:0.465798:73:68:95:69:74:69:95:69 chr11 17598187 . G A 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0195977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8155;QD=11.8145;RBI=0.0258635;REFB=-0.000896794;REVB=-0.0168776;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276494;STB=0.660576;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00134152;OID=.;OPOS=17598187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:5:18:7:6:5:18 chr11 17600033 . G A 1989.21 PASS AF=0.47541;AO=202;DP=429;FAO=203;FDP=427;FR=.;FRO=224;FSAF=98;FSAR=105;FSRF=100;FSRR=124;FWDB=0.0275937;FXX=0.0115738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.876;QD=18.6343;RBI=0.0399189;REFB=-0.00428908;REVB=0.0288462;RO=219;SAF=98;SAR=104;SRF=98;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357392;STB=0.519104;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00562567;OID=.;OPOS=17600033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:427:219:224:202:203:0.47541:104:98:98:121:105:98:100:124 chr11 17618546 . G A 662.29 PASS AF=0.496241;AO=65;DP=135;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0171295;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3417;QD=19.9184;RBI=0.0327753;REFB=-0.0401356;REVB=0.0279428;RO=65;SAF=25;SAR=40;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296995;STB=0.511023;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0359941;OID=.;OPOS=17618546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:65:67:65:66:0.496241:40:25:23:42:40:26:25:42 chr11 17627613 . G C 1157.06 PASS AF=0.515284;AO=104;DP=222;FAO=118;FDP=229;FR=.;FRO=111;FSAF=69;FSAR=49;FSRF=61;FSRR=50;FWDB=-0.00956386;FXX=0.0171666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.949;QD=20.2107;RBI=0.0301677;REFB=-0.0320503;REVB=0.0286115;RO=117;SAF=69;SAR=35;SRF=65;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110902;STB=0.517458;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.030218;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:229:117:111:104:118:0.515284:35:69:65:52:49:69:61:50 chr11 17948311 . T C 537.41 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0270779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.828;QD=21.4965;RBI=0.0290376;REFB=0.00331168;REVB=0.0104866;RO=49;SAF=30;SAR=21;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229301;STB=0.626401;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00248175;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:21:30:16:33:21:30:16:33 chr11 17948399 . A G 651.62 PASS AF=0.596154;AO=62;DP=104;FAO=62;FDP=104;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.048241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.535;QD=25.0624;RBI=0.0528226;REFB=0.00714022;REVB=-0.0215182;RO=42;SAF=28;SAR=34;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144611;STB=0.578488;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00739937;OID=.;OPOS=17948399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:42:42:62:62:0.596154:34:28:11:31:34:28:11:31 chr11 17981047 . C T 420.52 PASS AF=0.382812;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=128;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.0148809;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.313;QD=13.1413;RBI=0.0291371;REFB=-0.00827565;REVB=-0.0250506;RO=78;SAF=25;SAR=24;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080403;STB=0.541385;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0153375;OID=.;OPOS=17981047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:78:79:49:49:0.382812:24:25:34:44:24:25:35:44 chr11 18127530 . A ACCTCCT 327.01 PASS AF=0.19281;AO=57;DP=326;FAO=59;FDP=306;FR=.;FRO=247;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=141;FSRR=106;FWDB=-0.0668693;FXX=0.0555538;HRUN=2;LEN=6;MLLD=217.834;QD=4.27468;RBI=0.0679897;REFB=-0.016111;REVB=-0.0122922;RO=261;SAF=16;SAR=41;SRF=154;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391483;STB=0.711223;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0556061;OID=.;OPOS=18127531;OREF=-;OALT=CCTCCT;OMAPALT=ACCTCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.19281:57:326:59:306:247:18:41:141:106:99:261:16:41:154:107 chr11 18159169 . A G 4095.52 PASS AF=0.992481;AO=263;DP=264;FAO=264;FDP=266;FR=.;FRO=2;FSAF=127;FSAR=137;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00359503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.544;QD=61.5868;RBI=0.00409637;REFB=-0.0237552;REVB=0.00196367;RO=1;SAF=127;SAR=136;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00349278;STB=0.500143;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000185389;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:264:266:1:2:263:264:0.992481:136:127:0:1:137:127:1:1 chr11 18159254 . A G 3287.27 PASS AF=0.977778;AO=213;DP=225;FAO=220;FDP=225;FR=.;FRO=5;FSAF=107;FSAR=113;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.028719;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.205;QD=58.4403;RBI=0.0454816;REFB=-0.0087617;REVB=-0.0352675;RO=5;SAF=107;SAR=106;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00446969;STB=0.501921;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.000635456;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:225:225:5:5:213:220:0.977778:106:107:2:3:113:107:2:3 chr11 18194827 . C G 683.32 PASS AF=0.558333;AO=64;DP=117;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0215111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.977;QD=22.7772;RBI=0.0247812;REFB=-0.00526993;REVB=0.0123037;RO=53;SAF=35;SAR=29;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778106;STB=0.550709;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00328944;OID=.;OPOS=18194827;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:53:53:64:67:0.558333:29:35:24:29:29:38:24:29 chr11 18194878 . T G 990.54 PASS AF=0.545977;AO=95;DP=173;FAO=95;FDP=174;FR=.;FRO=79;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0131674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8797;QD=22.7711;RBI=0.0209244;REFB=0.00750562;REVB=0.0162619;RO=78;SAF=54;SAR=41;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887721;STB=0.551411;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0103964;OID=.;OPOS=18194878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:78:79:95:95:0.545977:41:54:36:42:41:54:36:43 chr11 18194944 . T A 776.57 PASS AF=0.493827;AO=80;DP=163;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.030141;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.473;QD=19.1747;RBI=0.0310954;REFB=-0.0177224;REVB=0.00764487;RO=82;SAF=35;SAR=45;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102348;STB=0.5564;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0158009;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:82:82:80:80:0.493827:45:35:45:37:45:35:45:37 chr11 18194964 . A G 786.83 PASS AF=0.516129;AO=79;DP=154;FAO=80;FDP=155;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0241618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1554;QD=20.3054;RBI=0.0294185;REFB=-0.0361491;REVB=-0.0167825;RO=74;SAF=43;SAR=36;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629218;STB=0.540391;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.038674;OID=.;OPOS=18194964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:74:75:79:80:0.516129:36:43:35:39:36:44:35:40 chr11 18195051 . T C 2375.18 PASS AF=0.981366;AO=158;DP=161;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0229182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.207;QD=59.0107;RBI=0.0416247;REFB=-0.133656;REVB=0.0347472;RO=0;SAF=88;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42551e-08;STB=0.502072;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.000320783;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:161:161:0:3:158:158:0.981366:70:88:0:0:70:88:2:1 chr11 18195448 . C T 1165.75 PASS AF=0.548223;AO=108;DP=197;FAO=108;FDP=197;FR=.;FRO=89;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=-0.000677601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.587;QD=23.67;RBI=0.019452;REFB=-0.00656654;REVB=-0.0194402;RO=89;SAF=49;SAR=59;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413187;STB=0.522513;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00499983;OID=.;OPOS=18195448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:89:89:108:108:0.548223:59:49:36:53:59:49:36:53 chr11 18210480 . T C,G 1266.88 PASS AF=0.987952,0.0120482;AO=78,5;DP=84;FAO=82,1;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49,0;FSAR=33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00202367,-0.0103802;FXX=0.0119033;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.817,104.578;QD=61.0546;RBI=0.0794648,0.0134212;REFB=0,0;REVB=0.079439,0.00850761;RO=0;SAF=46,3;SAR=32,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.5329e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000175935,0.0212557;OID=.,.;OPOS=18210480,18210480;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:84:83:0:0:78,5:82,1:0.987952,0.0120482:32,2:46,3:0:0:33,1:49,0:0:0 chr11 18210580 . C T 1376.42 PASS AF=0.476974;AO=142;DP=302;FAO=145;FDP=304;FR=.;FRO=159;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=72;FSRR=87;FWDB=0.0176801;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.934;QD=18.1108;RBI=0.0414326;REFB=-0.0303349;REVB=0.037471;RO=156;SAF=72;SAR=70;SRF=71;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049341;STB=0.526463;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0399695;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:304:156:159:142:145:0.476974:70:72:71:85:72:73:72:87 chr11 18210739 . G C 1016.03 PASS AF=0.413919;AO=113;DP=274;FAO=113;FDP=273;FR=.;FRO=160;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=60;FSRR=100;FWDB=-0.00573847;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.562;QD=14.8868;RBI=0.0203087;REFB=-0.0100638;REVB=-0.0194811;RO=155;SAF=52;SAR=61;SRF=58;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906548;STB=0.550636;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0125886;OID=.;OPOS=18210739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:273:155:160:113:113:0.413919:61:52:58:97:61:52:60:100 chr11 18231749 . T G 1339.94 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0586;QD=61.6066;RBI=0.048961;REFB=0;REVB=0.0209064;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129108;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:39:47:0:0:40:47:0:0 chr11 18231915 . T C 1785.84 PASS AF=0.946154;AO=122;DP=130;FAO=123;FDP=130;FR=.;FRO=7;FSAF=77;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0103554;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.31;QD=54.9488;RBI=0.010835;REFB=-0.0541398;REVB=-0.00318791;RO=3;SAF=76;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183811;STB=0.505088;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000658501;OID=.;OPOS=18231915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:130:130:3:7:122:123:0.946154:46:76:3:0:46:77:5:2 chr11 18253176 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.018;QD=60.3763;RBI=0.0175452;REFB=0;REVB=0.00794739;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63601e-05;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr11 18267027 . C T 3056.07 PASS AF=1;AO=199;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218186;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4587;QD=60.8173;RBI=0.031349;REFB=-0.0931712;REVB=0.031273;RO=1;SAF=99;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478672;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658211;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:201:1:0:199:201:1:100:99:1:0:102:99:0:0 chr11 18267463 . A G 384.58 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0122865;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3436;QD=13.0366;RBI=0.0136088;REFB=-0.0533223;REVB=0.00585159;RO=72;SAF=30;SAR=16;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109897;STB=0.562472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.043092;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:72:72:46:46:0.389831:16:30:40:32:16:30:40:32 chr11 18267471 . A G 683.43 PASS AF=0.578947;AO=64;DP=112;FAO=66;FDP=114;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0193526;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.647;QD=23.9801;RBI=0.0273521;REFB=-0.0240611;REVB=-0.0193292;RO=47;SAF=33;SAR=31;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112394;STB=0.5491;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00946566;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:47:48:64:66:0.578947:31:33:31:16:31:35:31:17 chr11 18290874 . T C 143.85 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3749;QD=41.0993;RBI=0.166347;REFB=-0.0637783;REVB=0.16466;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00956361;OID=.;OPOS=18290874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:14:1:0:13:14:1:8:5:0:1:9:5:0:0 chr11 18290880 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.701;QD=45.8059;RBI=0.0351025;REFB=0;REVB=-0.0347377;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364704;OID=.;OPOS=18290880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr11 18301129 . AG GA 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344768;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.109;QD=63.2821;RBI=0.0433208;REFB=0;REVB=0.0262306;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000192733;OID=.;OPOS=18301129;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr11 18319180 . G T 233.61 PASS AF=0.326087;AO=27;DP=88;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0074596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.022;QD=10.1568;RBI=0.0278569;REFB=-0.0120038;REVB=-0.0268396;RO=61;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108426;STB=0.554312;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0237503;OID=.;OPOS=18319180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:92:61:62:27:30:0.326087:13:14:26:35:15:15:26:36 chr11 18327684 . G T 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00841124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.507;QD=59.5015;RBI=0.010318;REFB=0;REVB=0.00597589;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26152e-06;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:35:34:0:0 chr11 18333436 . A T 507.26 PASS AF=0.494949;AO=46;DP=96;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.000237274;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.931;QD=20.4953;RBI=0.00517158;REFB=0.00330463;REVB=-0.00516613;RO=50;SAF=22;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171469;STB=0.50476;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.00332059;OID=.;OPOS=18333436;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:50:50:46:49:0.494949:24:22:23:27:26:23:23:27 chr11 18424451 . C T 2820.15 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400269;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.897;QD=62.67;RBI=0.0403794;REFB=0;REVB=-0.0053235;RO=0;SAF=91;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96995e-05;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:89:91:0:0:89:91:0:0 chr11 18424487 . A G 2586.24 PASS AF=0.994083;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=6.40237e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4929;QD=61.2127;RBI=0.0215012;REFB=0.216199;REVB=-0.0215011;RO=1;SAF=77;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520149;STB=0.502732;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000440218;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:169:1:1:168:168:0.994083:91:77:0:1:91:77:0:1 chr11 18467821 . T C 2134.87 PASS AF=0.978723;AO=136;DP=139;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0227588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.186;QD=60.5638;RBI=0.0290207;REFB=-0.101799;REVB=0.0180066;RO=1;SAF=61;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772947;STB=0.504839;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.000240058;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:139:141:1:3:136:138:0.978723:75:61:1:0:77:61:2:1 chr11 18724558 . C T 1994.76 PASS AF=0.956835;AO=130;DP=142;FAO=133;FDP=139;FR=.;FRO=6;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00883699;FXX=0.0211253;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.482;QD=57.4031;RBI=0.0107519;REFB=0.0254624;REVB=0.00612455;RO=6;SAF=72;SAR=58;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379684;STB=0.519997;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.000977356;OID=.;OPOS=18724558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:142:139:6:6:130:133:0.956835:58:72:6:0:61:72:6:0 chr11 18735396 . G T 669.94 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.322;QD=62.3203;RBI=0.00623001;REFB=0;REVB=0.00169412;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25975e-05;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr11 18735947 . T C 2064.75 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.068375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.609;QD=62.5682;RBI=0.0721725;REFB=0;REVB=0.0231027;RO=0;SAF=45;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.78989e-05;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:131:132:1:86:45:0:0:87:45:0:0 chr11 18737095 . C T 3063.63 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.191;QD=63.4949;RBI=0.0206242;REFB=0;REVB=0.0198455;RO=0;SAF=88;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71292e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422846;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:193:0:0:190:193:1:102:88:0:0:104:89:0:0 chr11 18738281 . C T 1447.51 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.37;QD=62.9354;RBI=0.0292371;REFB=0;REVB=0.0288591;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100185;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:90:92:1:48:42:0:0:50:42:0:0 chr11 18955744 . C T 277.22 PASS AF=0.283582;AO=38;DP=134;FAO=38;FDP=134;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.00609807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.657;QD=8.27525;RBI=0.0106648;REFB=0.00207363;REVB=0.00874936;RO=96;SAF=19;SAR=19;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505474;STB=0.529835;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00482479;OID=.;OPOS=18955744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:96:96:38:38:0.283582:19:19:52:44:19:19:52:44 chr11 18955861 . C T 331.61 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=0.00808224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.105;QD=12.6328;RBI=0.0159151;REFB=0.000421637;REVB=0.0137102;RO=64;SAF=7;SAR=33;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213143;STB=0.619975;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.000755474;OID=.;OPOS=18955861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:64:65:40:40:0.380952:33:7:20:44:33:7:20:45 chr11 18956181 . G C 2376.63 PASS AF=0.476654;AO=241;DP=513;FAO=245;FDP=514;FR=.;FRO=269;FSAF=117;FSAR=128;FSRF=128;FSRR=141;FWDB=0.0118381;FXX=0.00387589;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.114;QD=18.4952;RBI=0.0266461;REFB=-0.0181841;REVB=-0.023872;RO=269;SAF=114;SAR=127;SRF=128;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270063;STB=0.500899;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0196909;OID=.;OPOS=18956181;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:513:514:269:269:241:245:0.476654:127:114:128:141:128:117:128:141 chr11 18956196 . C T 1216.15 PASS AF=0.296703;AO=162;DP=547;FAO=162;FDP=546;FR=.;FRO=384;FSAF=71;FSAR=91;FSRF=174;FSRR=210;FWDB=-0.00732503;FXX=0.00182812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5245;QD=8.90955;RBI=0.0106416;REFB=-0.00449326;REVB=0.00771926;RO=384;SAF=71;SAR=91;SRF=174;SRR=210;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182635;STB=0.510579;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00969585;OID=.;OPOS=18956196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:547:546:384:384:162:162:0.296703:91:71:174:210:91:71:174:210 chr11 19167850 . A G 821.88 PASS AF=0.443299;AO=86;DP=193;FAO=86;FDP=194;FR=.;FRO=108;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=38;FSRR=70;FWDB=-0.073809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7379;QD=16.946;RBI=0.0738304;REFB=-0.0114338;REVB=-0.00177831;RO=106;SAF=29;SAR=57;SRF=37;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131021;STB=0.509062;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.013285;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:106:108:86:86:0.443299:57:29:37:69:57:29:38:70 chr11 19245854 . T C 2209.8 PASS AF=0.980132;AO=148;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00260868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.741;QD=58.5377;RBI=0.0205682;REFB=-0.0549555;REVB=0.0204021;RO=2;SAF=57;SAR=91;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307269;STB=0.501087;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.000307089;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:151:2:3:148:148:0.980132:91:57:1:1:91:57:1:2 chr11 19251826 . G A 409.04 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0200935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0102;QD=14.4795;RBI=0.032622;REFB=-0.00731425;REVB=-0.0256991;RO=66;SAF=17;SAR=30;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685941;STB=0.53869;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00772129;OID=.;OPOS=19251826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:66:47:47:0.415929:30:17:28:38:30:17:28:38 chr11 19263370 . CTTTTTT CTTTTTC,CTTT 964.81 PASS AF=0.233766,0.766234;AO=7,25;DP=179;FAO=36,118;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=0,118;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499723,-0.146941;FXX=0.256026;HRUN=15,15;LEN=1,3;MLLD=124.574,8.51741;QD=25.06;RBI=0.0534378,0.164636;REFB=0,0;REVB=0.0189306,0.0742516;RO=0;SAF=0,25;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00341621,0.0549282;OID=.,.;OPOS=19263376,19263371;OREF=T,TTT;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTTC,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.233766,0.766234:7,25:179:36,118:154:0:0,118:36,0:0:0:99:0:0,25:7,0:0:0 chr11 19612775 . C T 1945.21 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6934;QD=61.7528;RBI=0.0202387;REFB=0;REVB=0.00563044;RO=0;SAF=48;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60834e-05;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:124:126:1:76:48:0:0:78:48:0:0 chr11 19735987 . A G 653.36 PASS AF=0.432749;AO=71;DP=168;FAO=74;FDP=171;FR=.;FRO=97;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.00417657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.031;QD=15.2832;RBI=0.00684004;REFB=-0.00448817;REVB=0.00541686;RO=97;SAF=37;SAR=34;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483748;STB=0.514616;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00446429;OID=.;OPOS=19735987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:97:97:71:74:0.432749:34:37:46:51:37:37:46:51 chr11 19955500 . A G 2977.45 PASS AF=0.979487;AO=191;DP=195;FAO=191;FDP=195;FR=.;FRO=4;FSAF=116;FSAR=75;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.000647796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.375;QD=61.0759;RBI=0.00560073;REFB=-0.0479289;REVB=0.00556315;RO=3;SAF=116;SAR=75;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121545;STB=0.508474;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000183423;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:195:195:3:4:191:191:0.979487:75:116:3:0:75:116:4:0 chr11 19970558 . T C 1475.79 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515569;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.274;QD=63.4748;RBI=0.01904;REFB=0;REVB=-0.0183287;RO=0;SAF=60;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30746e-05;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:33:60:0:0:33:60:0:0 chr11 19970579 . C G,T 2393.54 PASS AF=0.054878,0.939024;AO=9,152;DP=162;FAO=9,154;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=5,96;FSAR=4,58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0199287,0.00184318;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=24.7443,107.587;QD=58.3789;RBI=0.0871773,0.00805474;REFB=0.0119948,-0.10827;REVB=-0.0848689,-0.00784101;RO=0;SAF=5,95;SAR=4,57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.545355,0.50259;STBP=0.524,0.499;TYPE=snp,snp;VARB=0.0958029,0.000581632;OID=.,.;OPOS=19970579,19970579;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:162:164:0:1:9,152:9,154:0.054878,0.939024:4,57:5,95:0:0:4,58:5,96:1:0 chr11 20065673 . G T 727.76 PASS AF=0.510791;AO=71;DP=139;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0192826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.145;QD=20.9427;RBI=0.0208001;REFB=-0.00896429;REVB=0.00779911;RO=68;SAF=26;SAR=45;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566894;STB=0.531221;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0104894;OID=.;OPOS=20065673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:68:68:71:71:0.510791:45:26:29:39:45:26:29:39 chr11 20065779 . C G 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6502;QD=59.0114;RBI=0.0855835;REFB=0;REVB=-0.0620479;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49276e-05;OID=.;OPOS=20065779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr11 20067064 . C T 1865.13 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0359779;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.763;QD=60.6547;RBI=0.0604456;REFB=-0.0874327;REVB=0.0485723;RO=0;SAF=59;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65337e-08;STB=0.504201;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00130035;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:123:0:1:122:122:0.99187:63:59:0:0:63:59:1:0 chr11 20099112 . A T 542.74 PASS AF=0.401274;AO=63;DP=157;FAO=63;FDP=157;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=-0.00153467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.57;QD=13.8278;RBI=0.0229902;REFB=-0.00531213;REVB=-0.0229389;RO=93;SAF=35;SAR=28;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154109;STB=0.50502;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0104615;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:93:94:63:63:0.401274:28:35:53:40:28:35:53:41 chr11 20099541 . C T 274.15 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00157952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6843;QD=17.6868;RBI=0.0624747;REFB=-0.0206349;REVB=0.0624547;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027027;STB=0.514276;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0286195;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:32:29:30:0.483871:13:16:18:13:13:17:19:13 chr11 20101704 . C T 1064.5 PASS AF=0.458333;AO=110;DP=240;FAO=110;FDP=240;FR=.;FRO=130;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=60;FSRR=70;FWDB=-0.0297804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.853;QD=17.7417;RBI=0.0422189;REFB=-0.017791;REVB=0.029926;RO=130;SAF=58;SAR=52;SRF=60;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642993;STB=0.535567;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0192362;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:130:130:110:110:0.458333:52:58:60:70:52:58:60:70 chr11 20101744 . C A 765.71 PASS AF=0.45;AO=80;DP=181;FAO=81;FDP=180;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=-0.0277342;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7399;QD=17.0157;RBI=0.0540316;REFB=-0.00559897;REVB=-0.0463705;RO=98;SAF=42;SAR=38;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953293;STB=0.552928;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0066511;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:98:99:80:81:0.45:38:42:42:56:38:43:43:56 chr11 20104669 . G A 512.54 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0764181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.187;QD=17.2283;RBI=0.0764361;REFB=-0.0106492;REVB=0.00165728;RO=64;SAF=19;SAR=36;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228644;STB=0.627404;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00933998;OID=.;OPOS=20104669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:64:55:55:0.462185:36:19:37:27:36:19:37:27 chr11 20112492 . G A 571.3 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00162742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.098;QD=17.5783;RBI=0.0188773;REFB=-0.00219449;REVB=-0.018807;RO=69;SAF=25;SAR=35;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462091;STB=0.522244;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00266247;OID=.;OPOS=20112492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:69:70:60:60:0.461538:35:25:32:37:35:25:32:38 chr11 20117232 . T C 4336.05 PASS AF=1;AO=274;DP=274;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.748;QD=63.0698;RBI=0.0375708;REFB=0;REVB=0.0317537;RO=0;SAF=123;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.14392e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45677e-05;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:274:275:0:0:274:275:1:151:123:0:0:151:124:0:0 chr11 20124914 . A C 699.11 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=165;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=56;FSRR=33;FWDB=0.0145017;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.626;QD=17.0515;RBI=0.035407;REFB=0.00696042;REVB=-0.032301;RO=89;SAF=39;SAR=36;SRF=56;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107645;STB=0.559631;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0129769;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:89:89:75:75:0.457317:36:39:56:33:36:39:56:33 chr11 20140387 . A G 2882.63 PASS AF=0.971154;AO=190;DP=201;FAO=202;FDP=208;FR=.;FRO=6;FSAF=87;FSAR=115;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00808759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3948;QD=55.4353;RBI=0.0569119;REFB=-0.13089;REVB=0.0563344;RO=11;SAF=81;SAR=109;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163721;STB=0.507781;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00760464;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:201:208:11:6:190:202:0.971154:109:81:3:8:115:87:1:5 chr11 20140471 . A G 2420.13 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.6387;QD=61.2692;RBI=0.0829238;REFB=0;REVB=0.0196192;RO=0;SAF=64;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5449e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171059;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:157:158:1:93:64:0:0:94:64:0:0 chr11 20404613 . T G 1910.2 PASS AF=0.992126;AO=115;DP=115;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.038;QD=60.1638;RBI=0.0403057;REFB=-0.128458;REVB=0.0299502;RO=0;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000121912;OID=.;OPOS=20404613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:127:0:1:115:126:0.992126:55:60:0:0:59:67:0:1 chr11 20429454 . T C 2319.92 PASS AF=0.970238;AO=130;DP=140;FAO=163;FDP=168;FR=.;FRO=5;FSAF=78;FSAR=85;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00854529;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.92;QD=55.2362;RBI=0.0243229;REFB=-0.0974213;REVB=0.0227724;RO=7;SAF=73;SAR=57;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000973646;STB=0.509576;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000357401;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:140:168:7:5:130:163:0.970238:57:73:4:3:85:78:4:1 chr11 20486026 . G A 458.99 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0591092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208;QD=18.3597;RBI=0.0611823;REFB=-0.0406586;REVB=0.0157915;RO=54;SAF=18;SAR=28;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107348;STB=0.559974;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0378833;OID=.;OPOS=20486026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:28:18:27:27:28:18:27:27 chr11 20515454 . TTA T,TT,TTT 156.71 PASS AF=0.395349,0,0;AO=17,14,24;DP=111;FAO=34,0,0;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=15,0,0;FSAR=19,0,0;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.152611,-0.199357,-0.348467;FXX=0.0444395;HRUN=7,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=15.3404,8.40796,10.6948;QD=7.28871;RBI=0.161251,0.213371,0.350796;REFB=-0.076315,-0.114682,-0.0484304;REVB=-0.0520733,-0.0760519,-0.0403536;RO=45;SAF=6,13,3;SAR=11,1,21;SRF=16;SRR=29;SSEN=0,0.491525,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00342005,0.69192,-0.378686;STB=0.524124,0.5,0.5;STBP=0.717,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.111296,0,0;OID=.,.,.;OPOS=20515455,20515456,20515456;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395349,0,0:17,14,24:111:34,0,0:86:52:15,0,0:19,0,0:25:27:99:45:6,13,3:11,1,21:16:29 chr11 20529886 . G A 2232.91 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.737;QD=63.345;RBI=0.0670498;REFB=0;REVB=-0.0659744;RO=0;SAF=68;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0282e-05;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:73:68:0:0:73:68:0:0 chr11 20622975 . G A 3781.66 PASS AF=0.98062;AO=231;DP=237;FAO=253;FDP=258;FR=.;FRO=5;FSAF=119;FSAR=134;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.088834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.928;QD=58.6304;RBI=0.103143;REFB=-0.0487759;REVB=0.0524109;RO=6;SAF=110;SAR=121;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014969;STB=0.505261;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00497987;OID=.;OPOS=20622975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:237:258:6:5:231:253:0.98062:121:110:1:5:134:119:1:4 chr11 20623042 . T C 2851.02 PASS AF=0.989247;AO=183;DP=187;FAO=184;FDP=186;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0671264;FXX=0.00534731;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.737;QD=61.3122;RBI=0.0689759;REFB=-0.097082;REVB=0.0158655;RO=2;SAF=93;SAR=90;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000168841;STB=0.500117;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000673341;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:186:2:2:183:184:0.989247:90:93:1:1:90:94:1:1 chr11 20623156 . C G 2260.46 PASS AF=0.993007;AO=115;DP=144;FAO=142;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=51;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0650549;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3947;QD=63.2297;RBI=0.226324;REFB=-0.0024629;REVB=0.216773;RO=1;SAF=51;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922029;STB=0.504854;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000188448;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:143:1:1:115:142:0.993007:64:51:1:0:91:51:1:0 chr11 20639400 . A G,T 2198.21 PASS AF=0.924051,0.0506329;AO=143,9;DP=156;FAO=146,8;FDP=158;FR=.;FRO=4;FSAF=50,7;FSAR=96,1;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0389804,-0.070177;FXX=0.00628891;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.2442,125.819;QD=55.6508;RBI=0.0558338,0.0731956;REFB=-0.146187,-0.160584;REVB=-0.0399742,-0.0208035;RO=0;SAF=48,8;SAR=95,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.510203,0.832405;STBP=0.209,0.006;TYPE=snp,snp;VARB=0.00566227,0.204228;OID=.,.;OPOS=20639400,20639400;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:156:158:0:4:143,9:146,8:0.924051,0.0506329:95,1:48,8:0:0:96,1:50,7:0:4 chr11 20673867 . G A 5084.16 PASS AF=1;AO=316;DP=322;FAO=330;FDP=330;FR=.;FRO=0;FSAF=172;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334352;FXX=0.0236679;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.89;QD=61.6261;RBI=0.0350351;REFB=0.0462748;REVB=-0.0104663;RO=2;SAF=159;SAR=157;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603726;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261761;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:322:330:2:0:316:330:1:157:159:0:2:158:172:0:0 chr11 20805286 . G A 423.91 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0220658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.36;QD=33.9124;RBI=0.0677193;REFB=-0.00685317;REVB=-0.0640235;RO=15;SAF=21;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495053;STB=0.539096;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00242632;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:16:34:34:0.68:13:21:8:7:13:21:8:8 chr11 20805335 . C T 160.69 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0263716;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.539;QD=16.4812;RBI=0.0266053;REFB=0.00254034;REVB=-0.00351896;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192683;STB=0.610978;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00318338;OID=.;OPOS=20805335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:12:10:11:6:12:10 chr11 21305927 . T C 1076.05 PASS AF=0.45679;AO=111;DP=243;FAO=111;FDP=243;FR=.;FRO=132;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=65;FSRR=67;FWDB=-0.00561262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.515;QD=17.7128;RBI=0.00561402;REFB=0.00574505;REVB=-0.000125236;RO=131;SAF=54;SAR=57;SRF=64;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00202002;STB=0.503227;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00727934;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:131:132:111:111:0.45679:57:54:64:67:57:54:65:67 chr11 21581805 . C T 3148.88 PASS AF=0.990826;AO=188;DP=197;FAO=216;FDP=218;FR=.;FRO=2;FSAF=119;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00299653;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1963;QD=57.7776;RBI=0.13702;REFB=-0.123983;REVB=0.136987;RO=2;SAF=101;SAR=87;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108191;STB=0.505102;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00106366;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:197:218:2:2:188:216:0.990826:87:101:0:2:97:119:0:2 chr11 22242729 . T C 737.59 PASS AF=0.44382;AO=79;DP=178;FAO=79;FDP=178;FR=.;FRO=99;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=29;FSRR=70;FWDB=0.0497996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.485;QD=16.5751;RBI=0.0499282;REFB=0.00420622;REVB=-0.00358086;RO=99;SAF=27;SAR=52;SRF=29;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554436;STB=0.530769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00561448;OID=.;OPOS=22242729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:99:99:79:79:0.44382:52:27:29:70:52:27:29:70 chr11 22271870 . A T 801.66 PASS AF=0.461538;AO=84;DP=182;FAO=84;FDP=182;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.0382966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.447;QD=17.6188;RBI=0.040209;REFB=-0.0165374;REVB=-0.0122526;RO=97;SAF=44;SAR=40;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107552;STB=0.562029;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0194329;OID=.;OPOS=22271870;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:97:98:84:84:0.461538:40:44:40:57:40:44:40:58 chr11 22364846 . CTT CTC,CT 667.64 PASS AF=0.191011,0.808989;AO=7,19;DP=90;FAO=17,72;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=17,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126901,0.976927;FXX=0.0219756;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=195.828,9.43589;QD=30.0064;RBI=0.0160182,0.982794;REFB=0,0;REVB=0.00977452,0.107233;RO=40;SAF=0,4;SAR=7,15;SRF=32;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.78904,-0.613886;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.155573,-0.0815191;OID=.,.;OPOS=22364848,22364847;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.191011,0.808989:7,19:90:17,72:89:0:0,37:17,35:0:0:94:40:0,4:7,15:32:8 chr11 22646571 . T C 1777.7 PASS AF=0.43578;AO=188;DP=437;FAO=190;FDP=436;FR=.;FRO=246;FSAF=95;FSAR=95;FSRF=105;FSRR=141;FWDB=-0.0122704;FXX=0.00683356;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.192;QD=16.3092;RBI=0.0140866;REFB=-0.00609687;REVB=0.00691869;RO=239;SAF=95;SAR=93;SRF=101;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835966;STB=0.54128;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00678873;OID=.;OPOS=22646571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:437:436:239:246:188:190:0.43578:93:95:101:138:95:95:105:141 chr11 22696451 . A G 2229.14 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.338;QD=62.7927;RBI=0.0697734;REFB=0;REVB=0.0695914;RO=0;SAF=77;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69283e-05;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:128:142:0:0:128:142:1:51:77:0:0:63:79:0:0 chr11 22709973 . C A 4655.32 PASS AF=0.990196;AO=301;DP=304;FAO=303;FDP=306;FR=.;FRO=3;FSAF=163;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0180327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0158;QD=60.8539;RBI=0.036198;REFB=-0.00439831;REVB=-0.0313866;RO=3;SAF=161;SAR=140;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101087;STB=0.5053;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00024542;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:304:306:3:3:301:303:0.990196:140:161:0:3:140:163:0:3 chr11 22834189 . C T 515.9 PASS AF=0.404255;AO=57;DP=141;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0024372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1753;QD=14.6356;RBI=0.0948482;REFB=-0.0162812;REVB=-0.0948169;RO=83;SAF=24;SAR=33;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115329;STB=0.568515;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.03678;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:83:84:57:57:0.404255:33:24:44:39:33:24:45:39 chr11 22881002 . C T 789.05 PASS AF=0.531915;AO=75;DP=141;FAO=75;FDP=141;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0242316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.482;QD=22.3844;RBI=0.0461121;REFB=-0.026972;REVB=-0.0392321;RO=66;SAF=32;SAR=43;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242277;STB=0.513281;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0231065;OID=.;OPOS=22881002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:66:66:75:75:0.531915:43:32:30:36:43:32:30:36 chr11 24759855 . G A 371.39 PASS AF=0.36;AO=45;DP=125;FAO=45;FDP=125;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0160317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6288;QD=11.8846;RBI=0.0460852;REFB=0.00215698;REVB=0.0432069;RO=79;SAF=25;SAR=20;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126734;STB=0.503596;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00274962;OID=.;OPOS=24759855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:79:80:45:45:0.36:20:25:43:36:20:25:44:36 chr11 25098938 . G C 3547.3 PASS AF=0.991342;AO=216;DP=219;FAO=229;FDP=231;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=169;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.103714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5722;QD=61.4251;RBI=0.108175;REFB=0.0664454;REVB=-0.0307441;RO=1;SAF=47;SAR=169;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100275;STB=0.502657;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000146114;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:219:231:1:2:216:229:0.991342:169:47:1:0:169:60:1:1 chr11 26481611 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.352;QD=57.1775;RBI=0.0287866;REFB=0;REVB=-0.00676707;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70715e-05;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr11 26558959 . G T 658.29 PASS AF=0.519685;AO=65;DP=125;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0320522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9438;QD=20.7336;RBI=0.0948431;REFB=-0.0143636;REVB=-0.0892629;RO=60;SAF=34;SAR=31;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107145;STB=0.558288;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0118498;OID=.;OPOS=26558959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:60:61:65:66:0.519685:31:34:24:36:32:34:24:37 chr11 26568966 . A G 6018.56 PASS AF=1;AO=379;DP=382;FAO=380;FDP=380;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013849;FXX=0.00523546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3363;QD=63.3533;RBI=0.0207755;REFB=-0.0591573;REVB=0.0154863;RO=1;SAF=197;SAR=182;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00261491;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275558;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:382:380:1:0:379:380:1:182:197:0:1:183:197:0:0 chr11 26586801 . G A 1058.31 PASS AF=0.469828;AO=109;DP=231;FAO=109;FDP=232;FR=.;FRO=123;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.00528075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.281;QD=18.2467;RBI=0.00800743;REFB=-0.00358804;REVB=-0.00601935;RO=122;SAF=52;SAR=57;SRF=53;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040987;STB=0.520244;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00387139;OID=.;OPOS=26586801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:122:123:109:109:0.469828:57:52:53:69:57:52:54:69 chr11 26587133 . T C 1237.38 PASS AF=0.432692;AO=135;DP=313;FAO=135;FDP=312;FR=.;FRO=177;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=80;FSRR=97;FWDB=0.0347275;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.567;QD=15.8639;RBI=0.0350824;REFB=-0.0210875;REVB=0.00497782;RO=176;SAF=69;SAR=66;SRF=80;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575986;STB=0.533509;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0263521;OID=.;OPOS=26587133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:312:176:177:135:135:0.432692:66:69:80:96:66:69:80:97 chr11 26677947 . C T 1217.18 PASS AF=0.495868;AO=117;DP=241;FAO=120;FDP=242;FR=.;FRO=122;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=-0.00847617;FXX=0.00411506;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0494;QD=20.1187;RBI=0.00877512;REFB=0.0209185;REVB=-0.00227098;RO=122;SAF=51;SAR=66;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140525;STB=0.508952;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0175364;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:122:122:117:120:0.495868:66:51:55:67:68:52:55:67 chr11 26702664 . C T 2528.32 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.149;QD=61.6662;RBI=0.0472838;REFB=0;REVB=-0.0353156;RO=0;SAF=92;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192471;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:72:92:0:0:72:92:0:0 chr11 26732923 . A G 299.17 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00527549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.031;QD=15.7456;RBI=0.0185765;REFB=-0.00174066;REVB=0.0178116;RO=41;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196779;STB=0.611582;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00188822;OID=.;OPOS=26732923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:43:33:33:0.434211:21:12:23:18:21:12:24:19 chr11 26734209 . C T 639.7 PASS AF=0.430303;AO=71;DP=165;FAO=71;FDP=165;FR=.;FRO=94;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=61;FWDB=0.0142756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.926;QD=15.5078;RBI=0.0142865;REFB=-0.00712229;REVB=-0.000558259;RO=94;SAF=34;SAR=37;SRF=33;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131779;STB=0.573375;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0102569;OID=.;OPOS=26734209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:94:94:71:71:0.430303:37:34:33:61:37:34:33:61 chr11 27017607 . C G 623.77 PASS AF=0.439189;AO=65;DP=148;FAO=65;FDP=148;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.019979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.704;QD=16.8586;RBI=0.0371849;REFB=-0.00859512;REVB=0.0313617;RO=83;SAF=31;SAR=34;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192499;STB=0.510737;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0128683;OID=.;OPOS=27017607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:83:83:65:65:0.439189:34:31:38:45:34:31:38:45 chr11 27018019 . G A 378.05 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00975553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6219;QD=18.9024;RBI=0.0650512;REFB=-0.00693743;REVB=-0.0643155;RO=40;SAF=23;SAR=16;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216053;STB=0.62549;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00478029;OID=.;OPOS=27018019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:41:39:39:0.4875:16:23:14:26:16:23:14:27 chr11 27018626 . G A 593.12 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00750787;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.094;QD=20.4524;RBI=0.0081328;REFB=-0.00969489;REVB=-0.00312639;RO=55;SAF=19;SAR=41;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636062;STB=0.531766;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00782871;OID=.;OPOS=27018626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:55:56:60:60:0.517241:41:19:21:34:41:19:21:35 chr11 27076977 . C T 371.31 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00661476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9794;QD=15.0025;RBI=0.0560847;REFB=-0.0165632;REVB=-0.0556933;RO=59;SAF=24;SAR=16;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115648;STB=0.565541;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0328824;OID=.;OPOS=27076977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:59:40:40:0.40404:16:24:29:30:16:24:29:30 chr11 27077118 . C T 2476.1 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00235699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.192;QD=60.7631;RBI=0.0057052;REFB=-0.0569255;REVB=0.00519556;RO=1;SAF=87;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543825;STB=0.502857;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=5.08275e-05;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:1:1:162:162:0.993865:75:87:1:0:75:87:1:0 chr11 27388910 . T C 477.76 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=124;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.0077772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.877;QD=15.4115;RBI=0.0093243;REFB=-0.0179699;REVB=0.00514371;RO=71;SAF=33;SAR=20;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276574;STB=0.515492;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0256709;OID=.;OPOS=27388910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:71:71:53:53:0.427419:20:33:46:25:20:33:46:25 chr11 27390089 . T C 2252.01 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116819;FXX=0.0326776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.575;QD=60.8651;RBI=0.0772014;REFB=0;REVB=-0.0763125;RO=0;SAF=86;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995757;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:61:86:0:0:62:86:0:0 chr11 27517670 . T C 547.65 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.832;QD=57.6473;RBI=0.0351166;REFB=-0.151025;REVB=0.0220387;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283532;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00144921;OID=.;OPOS=27517670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:38:1:1:36:37:0.973684:16:20:0:1:17:20:0:1 chr11 27676575 . T A 33.42 PASS AF=0.0762332;AO=17;DP=225;FAO=17;FDP=223;FR=.,HEALED;FRO=206;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=104;FSRR=102;FWDB=0.0992139;FXX=0.00888849;HRUN=7;LEN=1;MLLD=29.732;QD=0.599533;RBI=0.118844;REFB=-0.0150369;REVB=-0.0654253;RO=139;SAF=1;SAR=16;SRF=82;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622743;STB=0.933835;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0548755;OID=.;OPOS=27676575;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:225:223:139:206:17:17:0.0762332:16:1:82:57:16:1:104:102 chr11 27679010 . GTT GTG,G,GT,TGT 590.64 PASS AF=0.0990991,0,0.900901,0;AO=6,26,39,12;DP=100;FAO=11,0,100,0;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,49,0;FSAR=9,0,51,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0830852,-0.265641,-0.516422,-0.504096;FXX=0.0263135;HRUN=8,8,8,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=135.106,7.50275,6.7185,14.0608;QD=21.2844;RBI=0.0884339,0.26586,0.516425,0.509557;REFB=0.00252385,0.0817829,0.0703861,0.0689175;REVB=-0.0302888,-0.0107943,0.00196983,-0.0743979;RO=6;SAF=1,15,10,11;SAR=5,11,29,1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.14166,0.0297364,0.596347;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.116677,-0.119661,-0.0447529,0;OID=.,.,.,.;OPOS=27679012,27679011,27679011,27679010;OREF=T,TT,T,GT;OALT=G,-,-,TG;OMAPALT=GTG,G,GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:38:100:111:6:0:6,26,39,12:11,0,100,0:0.0990991,0,0.900901,0:5,11,29,1:1,15,10,11:1:5:9,0,51,0:2,0,49,0:0:0 chr11 27679662 . T C 2449.5 PASS AF=0.993827;AO=159;DP=161;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.046;QD=60.4814;RBI=0.0542496;REFB=-0.0926095;REVB=0.051382;RO=1;SAF=63;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493077;STB=0.50259;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00356268;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:162:1:1:159:161:0.993827:96:63:0:1:96:65:0:1 chr11 27679916 . C T 685.11 PASS AF=0.453988;AO=73;DP=163;FAO=74;FDP=163;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=34;FWDB=-0.0082722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.944;QD=16.8126;RBI=0.0106792;REFB=0.00018179;REVB=-0.00675394;RO=88;SAF=36;SAR=37;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129694;STB=0.571551;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.000340235;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:88:89:73:74:0.453988:37:36:55:33:38:36:55:34 chr11 27680744 . A T 451.16 PASS AF=0.408;AO=50;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0201275;FXX=0.0157468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.8508;QD=14.4372;RBI=0.0230188;REFB=-0.00624551;REVB=-0.0111692;RO=74;SAF=30;SAR=20;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204572;STB=0.619179;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00773767;OID=.;OPOS=27680744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:74:50:51:0.408:20:30:30:44:20:31:30:44 chr11 27681176 . C G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0606002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7879;QD=19.134;RBI=0.0606002;REFB=-0.0081508;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00375823;OID=.;OPOS=27681176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:5:5:0.714286:0:5:1:0:0:5:2:0 chr11 28057957 . T C 801.62 PASS AF=0.519231;AO=81;DP=156;FAO=81;FDP=156;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=0.00770042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2742;QD=20.5543;RBI=0.0847527;REFB=-0.0100544;REVB=0.0844022;RO=73;SAF=43;SAR=38;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123126;STB=0.559525;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0111531;OID=.;OPOS=28057957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:73:75:81:81:0.519231:38:43:49:24:38:43:49:26 chr11 28134974 . C A 1043.68 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.012;QD=59.6388;RBI=0.0263982;REFB=0;REVB=-0.0181017;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26785e-07;OID=.;OPOS=28134974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:41:26:0:0:41:29:0:0 chr11 28351967 . A T 523.59 PASS AF=0.402878;AO=41;DP=140;FAO=56;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.0226386;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.655;QD=15.0674;RBI=0.0394486;REFB=-0.0230741;REVB=0.0323062;RO=83;SAF=29;SAR=12;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192722;STB=0.524058;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0429865;OID=.;OPOS=28351967;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:83:81:41:56:0.402878:12:29:46:37:22:34:46:35 chr11 30255185 . C T 644.35 PASS AF=0.454545;AO=69;DP=152;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.0049272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.146;QD=16.7364;RBI=0.00530306;REFB=-0.00356032;REVB=-0.00196089;RO=83;SAF=35;SAR=34;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130334;STB=0.507793;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00369853;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:83:84:69:70:0.454545:34:35:41:42:34:36:42:42 chr11 30432220 . A T 1330.69 PASS AF=0.428571;AO=144;DP=336;FAO=144;FDP=336;FR=.;FRO=192;FSAF=82;FSAR=62;FSRF=75;FSRR=117;FWDB=-0.0866421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1893;QD=15.8416;RBI=0.101029;REFB=-0.0178467;REVB=0.0519614;RO=189;SAF=82;SAR=62;SRF=72;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190933;STB=0.601248;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0213065;OID=.;OPOS=30432220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:336:189:192:144:144:0.428571:62:82:72:117:62:82:75:117 chr11 30965855 . A T 471.84 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0107735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.234;QD=20.9707;RBI=0.0449436;REFB=0.00745624;REVB=-0.0436333;RO=44;SAF=19;SAR=27;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375231;STB=0.520762;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00851067;OID=.;OPOS=30965855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:27:19:20:24:27:19:20:24 chr11 31327316 . C T 2125.31 PASS AF=0.920245;AO=150;DP=161;FAO=150;FDP=163;FR=.;FRO=13;FSAF=50;FSAR=100;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0110457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9296;QD=52.1549;RBI=0.0768228;REFB=-0.0491782;REVB=0.0760246;RO=10;SAF=50;SAR=100;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735766;STB=0.544637;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0331464;OID=.;OPOS=31327316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:161:163:10:13:150:150:0.920245:100:50:9:1:100:50:11:2 chr11 31458730 . T G 517.85 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0314495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.961;QD=54.5102;RBI=0.0464003;REFB=-0.151691;REVB=0.0341162;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533315;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00550393;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:0:2:36:36:0.947368:14:22:0:0:14:22:0:2 chr11 32103440 . T G 364.82 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00857573;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.261;QD=14.3066;RBI=0.0244893;REFB=-0.0190917;REVB=-0.0229386;RO=59;SAF=20;SAR=22;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509434;STB=0.533566;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0248144;OID=.;OPOS=32103440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:59:60:42:42:0.411765:22:20:31:28:22:20:32:28 chr11 32124579 . C T 388.54 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.0242206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.606;QD=14.2584;RBI=0.028551;REFB=-0.00335317;REVB=-0.0151169;RO=64;SAF=20;SAR=25;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202157;STB=0.613633;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00568637;OID=.;OPOS=32124579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:45:45:0.412844:25:20:41:23:25:20:41:23 chr11 32417945 . T C 2082.82 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.382;QD=62.6411;RBI=0.0750627;REFB=0;REVB=-0.0749427;RO=0;SAF=53;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315145;OID=.;OPOS=32417945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:80:53:0:0:80:53:0:0 chr11 32449661 . G A 4323.99 PASS AF=0.966997;AO=269;DP=279;FAO=293;FDP=303;FR=.;FRO=10;FSAF=168;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0516215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2635;QD=57.0824;RBI=0.137607;REFB=-0.111092;REVB=0.127558;RO=2;SAF=166;SAR=103;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00916668;STB=0.519229;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0272201;OID=.;OPOS=32449661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:279:303:2:10:269:293:0.966997:103:166:0:2:125:168:0:10 chr11 32722315 . A AT 1337.86 PASS AF=1;AO=22;DP=210;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838309;FXX=0.0203035;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.1287;QD=27.7276;RBI=0.145741;REFB=0;REVB=-0.119217;RO=172;SAF=13;SAR=9;SRF=99;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000637418;OID=.;OPOS=32722316;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:210:193:193:0:116:77:0:0:24:172:13:9:99:73 chr11 32722320 . A T 1660.39 PASS AF=0.787129;AO=141;DP=190;FAO=159;FDP=202;FR=.;FRO=43;FSAF=89;FSAR=70;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0778247;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=25.6987;QD=32.8791;RBI=0.0971048;REFB=-0.108912;REVB=0.0580746;RO=49;SAF=78;SAR=63;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592398;STB=0.524908;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0242981;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:202:49:43:141:159:0.787129:63:78:33:16:70:89:29:14 chr11 32874926 . G A 444.91 PASS AF=0.392308;AO=51;DP=131;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=-0.0128271;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.8;QD=13.6896;RBI=0.0134366;REFB=-0.00996089;REVB=0.00400104;RO=78;SAF=16;SAR=35;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240715;STB=0.519495;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00720465;OID=.;OPOS=32874926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:78:79:51:51:0.392308:35:16:26:52:35:16:27:52 chr11 32954344 . G A 2045.97 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.345;QD=62.4725;RBI=0.0187596;REFB=0;REVB=0.00465337;RO=0;SAF=49;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2364e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07171e-05;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:82:49:0:0:82:49:0:0 chr11 32956244 . A G 411.04 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.016;QD=56.6949;RBI=0.0542607;REFB=0;REVB=-0.0215865;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493412;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr11 32956620 . A G 1167.87 PASS AF=0.882979;AO=83;DP=94;FAO=83;FDP=94;FR=.;FRO=11;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.00171614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.695;QD=49.6967;RBI=0.00430856;REFB=-0.109825;REVB=0.00395203;RO=1;SAF=45;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104093;STB=0.554443;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00505599;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:94:94:1:11:83:83:0.882979:38:45:1:0:38:45:11:0 chr11 33053107 . C T 440.65 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00990967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.823;QD=14.8116;RBI=0.0562138;REFB=-0.0029071;REVB=-0.0553334;RO=69;SAF=26;SAR=24;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430333;STB=0.524184;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00419389;OID=.;OPOS=33053107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:69:50:50:0.420168:24:26:33:36:24:26:33:36 chr11 33065394 . C T 599.27 PASS AF=0.429487;AO=67;DP=156;FAO=67;FDP=156;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.0270042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.161;QD=15.3659;RBI=0.0326399;REFB=0.00830658;REVB=0.0183341;RO=89;SAF=35;SAR=32;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108585;STB=0.560623;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00923444;OID=.;OPOS=33065394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:89:89:67:67:0.429487:32:35:37:52:32:35:37:52 chr11 33076191 . T C 1381.19 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0543572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.436;QD=61.3861;RBI=0.055958;REFB=-0.0448963;REVB=0.013289;RO=1;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885804;STB=0.504586;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00053645;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:88:89:0.988889:53:35:0:1:54:35:0:1 chr11 33078251 . A T 1550.37 PASS AF=0.566265;AO=141;DP=249;FAO=141;FDP=249;FR=.;FRO=108;FSAF=75;FSAR=66;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.0160873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.169;QD=24.9055;RBI=0.016499;REFB=0.00353962;REVB=-0.00366284;RO=106;SAF=75;SAR=66;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462324;STB=0.502231;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00267642;OID=.;OPOS=33078251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:106:108:141:141:0.566265:66:75:57:49:66:75:58:50 chr11 33564123 . T C 437.23 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.025618;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.857;QD=18.6057;RBI=0.0256251;REFB=-0.0111053;REVB=0.000603108;RO=50;SAF=22;SAR=22;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381532;STB=0.521267;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.013269;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:50:50:44:44:0.468085:22:22:27:23:22:22:27:23 chr11 33604885 . C T 612.19 PASS AF=0.470588;AO=63;DP=136;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0431972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.436;QD=18.0057;RBI=0.0434693;REFB=-0.00665885;REVB=-0.00485625;RO=73;SAF=29;SAR=34;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347956;STB=0.512078;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00808626;OID=.;OPOS=33604885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:73:72:63:64:0.470588:34:29:31:42:35:29:31:41 chr11 33604960 . C T 551.29 PASS AF=0.471545;AO=56;DP=121;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0470302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.725;QD=17.9282;RBI=0.052502;REFB=-0.0221363;REVB=0.023337;RO=65;SAF=25;SAR=31;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445603;STB=0.532699;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0221553;OID=.;OPOS=33604960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:65:65:56:58:0.471545:31:25:32:33:33:25:32:33 chr11 33640104 . A C 738.23 PASS AF=0.503497;AO=72;DP=143;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.00308437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.898;QD=20.6496;RBI=0.00695578;REFB=-0.00934289;REVB=-0.00623454;RO=71;SAF=42;SAR=30;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543519;STB=0.502993;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0079306;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:71:71:72:72:0.503497:30:42:41:30:30:42:41:30 chr11 33667333 . A G 705.14 PASS AF=0.486111;AO=70;DP=144;FAO=70;FDP=144;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=-0.0247614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.249;QD=19.5872;RBI=0.0372548;REFB=-0.0230605;REVB=0.0278351;RO=74;SAF=25;SAR=45;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347698;STB=0.519225;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0239042;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:74:74:70:70:0.486111:45:25:29:45:45:25:29:45 chr11 33680371 . C T 970.29 PASS AF=0.46789;AO=102;DP=218;FAO=102;FDP=218;FR=.;FRO=116;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=0.00550892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.446;QD=17.8036;RBI=0.0153706;REFB=0.00172492;REVB=-0.0143495;RO=114;SAF=49;SAR=53;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271364;STB=0.515023;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00173543;OID=.;OPOS=33680371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:114:116:102:102:0.46789:53:49:58:56:53:49:59:57 chr11 33881016 . T C 359.13 PASS AF=0.481013;AO=35;DP=75;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0916827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.926;QD=18.1838;RBI=0.0920725;REFB=-0.0279829;REVB=-0.00846418;RO=40;SAF=8;SAR=27;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381596;STB=0.672571;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0180628;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:40:41:35:38:0.481013:27:8:24:16:27:11:25:16 chr11 33886294 . A G 959.35 PASS AF=0.49;AO=98;DP=200;FAO=98;FDP=200;FR=.;FRO=102;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=-0.0103795;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.527;QD=19.1869;RBI=0.0108516;REFB=0.00438978;REVB=-0.00316574;RO=102;SAF=54;SAR=44;SRF=42;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128539;STB=0.570717;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00511049;OID=.;OPOS=33886294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:102:102:98:98:0.49:44:54:42:60:44:54:42:60 chr11 33903328 . A G 98.8 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0817;QD=39.5185;RBI=0.0603838;REFB=0;REVB=0.0456926;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180876;OID=.;OPOS=33903328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:7:3:0:0 chr11 34122369 . G T 2903.99 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00712286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.271;QD=63.1302;RBI=0.00931566;REFB=0;REVB=0.00600386;RO=0;SAF=91;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67181e-07;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:93:91:0:0:93:91:0:0 chr11 34152939 . T C 3648.69 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.46;QD=62.9085;RBI=0.0633587;REFB=0;REVB=0.0630624;RO=1;SAF=125;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379733;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20777e-05;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:232:1:0:231:232:1:106:125:1:0:106:126:0:0 chr11 34154641 . C T 924.02 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.368;QD=56.8625;RBI=0.0141862;REFB=-0.0633784;REVB=-0.0100477;RO=1;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149923;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=5.76365e-05;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:33:31:1:0:33:31:1:0 chr11 34154645 . C T 182.77 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0255377;FXX=0.0153822;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.2669;QD=11.423;RBI=0.0278531;REFB=-0.0276625;REVB=0.0111186;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517869;STB=0.52172;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0611962;OID=.;OPOS=34154645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:38:41:23:23:0.359375:12:11:20:18:12:11:21:20 chr11 34378381 . G C 7685.1 PASS AF=1;AO=483;DP=487;FAO=483;FDP=483;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=298;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424814;FXX=0.00821338;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6618;QD=63.6448;RBI=0.05455;REFB=0.0488284;REVB=0.0342203;RO=1;SAF=185;SAR=298;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00159947;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.77752e-05;OID=.;OPOS=34378381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:487:483:1:0:483:483:1:298:185:0:1:298:185:0:0 chr11 34482908 . C T 724.41 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=166;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=0.0303226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.78;QD=17.4556;RBI=0.0304105;REFB=-0.0149659;REVB=0.00230993;RO=88;SAF=30;SAR=47;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172967;STB=0.593036;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0172973;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:88:89:77:77:0.463855:47:30:50:38:47:30:50:39 chr11 34501596 . A G 279.18 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0257644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.225;QD=11.755;RBI=0.025766;REFB=-0.00148752;REVB=-0.000291278;RO=61;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08483;STB=0.553459;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00350337;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:62:33:33:0.347368:17:16:25:36:17:16:25:37 chr11 34643955 . G A 621.43 PASS AF=0.327731;AO=78;DP=238;FAO=78;FDP=238;FR=.;FRO=160;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=63;FSRR=97;FWDB=0.0179124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.59;QD=10.4442;RBI=0.027023;REFB=-0.00433143;REVB=-0.0202334;RO=147;SAF=21;SAR=57;SRF=63;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205004;STB=0.596832;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00835242;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:147:160:78:78:0.327731:57:21:63:84:57:21:63:97 chr11 34668143 . C T 1016.65 PASS AF=0.443983;AO=103;DP=238;FAO=107;FDP=241;FR=.;FRO=134;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=52;FSRR=82;FWDB=0.00945805;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.75;QD=16.8738;RBI=0.00998756;REFB=-0.00558477;REVB=0.00320884;RO=135;SAF=53;SAR=50;SRF=52;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131652;STB=0.564754;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00743526;OID=.;OPOS=34668143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:241:135:134:103:107:0.443983:50:53:52:83:53:54:52:82 chr11 34680634 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.036;QD=58.7816;RBI=0.033547;REFB=0;REVB=-0.00649264;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30447e-05;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr11 34680853 . G T 214.34 PASS AF=0.27193;AO=31;DP=115;FAO=31;FDP=114;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.00613503;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.841;QD=7.52086;RBI=0.0199779;REFB=-0.0133269;REVB=-0.0190125;RO=82;SAF=12;SAR=19;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238764;STB=0.637496;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0248259;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:82:83:31:31:0.27193:19:12:48:34:19:12:48:35 chr11 34909926 . T G 602.44 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00644708;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.316;QD=18.3952;RBI=0.0162908;REFB=0.00138075;REVB=0.0149608;RO=69;SAF=23;SAR=39;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133148;STB=0.573942;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00140693;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:69:69:62:62:0.473282:39:23:35:34:39:23:35:34 chr11 34910397 . C T 620.28 PASS AF=0.463768;AO=63;DP=140;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.00220047;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.027;QD=17.9792;RBI=0.00979494;REFB=-0.0221259;REVB=-0.00954457;RO=69;SAF=39;SAR=24;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108453;STB=0.561778;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0235481;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:69:74:63:64:0.463768:24:39:35:34:24:40:38:36 chr11 34918375 . A G 472.01 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0059491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.279;QD=18.3306;RBI=0.00801947;REFB=0.00269715;REVB=0.00537775;RO=53;SAF=22;SAR=28;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821428;STB=0.545578;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00333315;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:28:22:28:25:28:22:28:25 chr11 34937813 . G A 2087.37 PASS AF=0.456067;AO=216;DP=476;FAO=218;FDP=478;FR=.;FRO=260;FSAF=87;FSAR=131;FSRF=114;FSRR=146;FWDB=-0.0218445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.69;QD=17.4675;RBI=0.0224268;REFB=-0.0136979;REVB=-0.00507771;RO=256;SAF=86;SAR=130;SRF=111;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360466;STB=0.522128;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0162128;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:476:478:256:260:216:218:0.456067:130:86:111:145:131:87:114:146 chr11 34937931 . G A 679.33 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.011293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7463;QD=17.8771;RBI=0.0307125;REFB=0.00419588;REVB=0.028561;RO=80;SAF=27;SAR=45;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984808;STB=0.554592;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00433597;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:80:80:72:72:0.473684:45:27:38:42:45:27:38:42 chr11 34938001 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.023949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.789;QD=10.0339;RBI=0.0244956;REFB=-0.00687537;REVB=0.00514599;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260267;STB=0.665925;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00443481;OID=.;OPOS=34938001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:4:3:1:4:4:3 chr11 34938265 . C T 5079.11 PASS AF=0.965812;AO=337;DP=351;FAO=339;FDP=351;FR=.;FRO=12;FSAF=169;FSAR=170;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0175243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.988;QD=57.8816;RBI=0.0188324;REFB=-0.112096;REVB=0.00689622;RO=4;SAF=168;SAR=169;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31992e-05;STB=0.502899;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00040131;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:351:351:4:12:337:339:0.965812:169:168:2:2:170:169:7:5 chr11 34938269 . C T 1679.4 PASS AF=0.476584;AO=173;DP=363;FAO=173;FDP=363;FR=.;FRO=190;FSAF=79;FSAR=94;FSRF=99;FSRR=91;FWDB=0.0174396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.603;QD=18.5058;RBI=0.0200854;REFB=-0.0235622;REVB=0.00996417;RO=189;SAF=79;SAR=94;SRF=99;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638479;STB=0.533763;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0232731;OID=.;OPOS=34938269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:363:189:190:173:173:0.476584:94:79:99:90:94:79:99:91 chr11 34938310 . T C 1775.53 PASS AF=0.457421;AO=187;DP=413;FAO=188;FDP=411;FR=.;FRO=223;FSAF=73;FSAR=115;FSRF=96;FSRR=127;FWDB=0.00622121;FXX=0.0048425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.187;QD=17.2801;RBI=0.0122282;REFB=-0.0117191;REVB=-0.0105274;RO=214;SAF=73;SAR=114;SRF=89;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257869;STB=0.523838;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0122213;OID=.;OPOS=34938310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:411:214:223:187:188:0.457421:114:73:89:125:115:73:96:127 chr11 34963416 . T C 5062.91 PASS AF=1;AO=305;DP=311;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159587;FXX=0.0333323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.267;QD=63.4847;RBI=0.0184624;REFB=0;REVB=0.0183933;RO=0;SAF=133;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51653e-06;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:311:319:0:0:305:319:1:172:133:0:0:172:147:0:0 chr11 34963459 . T C 888.06 PASS AF=0.444954;AO=95;DP=215;FAO=97;FDP=218;FR=.;FRO=121;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=74;FWDB=-0.011236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.507;QD=16.2947;RBI=0.0212937;REFB=-0.0208458;REVB=-0.0180879;RO=115;SAF=46;SAR=49;SRF=46;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835784;STB=0.547975;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0249856;OID=.;OPOS=34963459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:218:115:121:95:97:0.444954:49:46:46:69:51:46:47:74 chr11 34991727 . T C 429.67 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.028664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3898;QD=17.3603;RBI=0.0379139;REFB=0.012207;REVB=0.0248162;RO=55;SAF=18;SAR=26;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643362;STB=0.536066;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0187459;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:26:18:26:29:26:18:26:29 chr11 34999745 . C G 399.26 PASS AF=0.44;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.000435869;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9577;QD=15.9703;RBI=0.00363877;REFB=-0.0122183;REVB=0.00361257;RO=54;SAF=19;SAR=25;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310749;STB=0.518425;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0183952;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:54:56:44:44:0.44:25:19:25:29:25:19:26:30 chr11 35017205 . G T 423.02 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00695934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.194;QD=18.392;RBI=0.0405611;REFB=-0.0183387;REVB=-0.0399596;RO=47;SAF=19;SAR=24;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469964;STB=0.507184;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0281341;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:47:49:43:43:0.467391:24:19:21:26:24:19:21:28 chr11 35017363 . C A 774.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.099;QD=63.2644;RBI=0.0170943;REFB=0;REVB=0.0108651;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21427e-05;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:24:23:0:0:26:23:0:0 chr11 35226155 . A G 1880.49 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0190961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.989;QD=60.661;RBI=0.0199005;REFB=0.00915121;REVB=-0.00560077;RO=1;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693544;STB=0.503649;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000105298;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:124:1:1:122:123:0.991935:68:54:0:1:68:55:0:1 chr11 35229673 . T C 2004.67 PASS AF=1;AO=126;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186022;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.048;QD=61.2112;RBI=0.087087;REFB=-0.0576609;REVB=0.0870671;RO=0;SAF=69;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229207;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:131:131:0:0:126:131:1:57:69:0:0:61:70:0:0 chr11 35274829 . A G 2066.41 PASS AF=0.440945;AO=223;DP=509;FAO=224;FDP=508;FR=.;FRO=284;FSAF=76;FSAR=148;FSRF=111;FSRR=173;FWDB=0.0456891;FXX=0.0019646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3405;QD=16.271;RBI=0.0703042;REFB=-0.0342957;REVB=0.0534339;RO=282;SAF=76;SAR=147;SRF=109;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503591;STB=0.531492;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0579686;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:509:508:282:284:223:224:0.440945:147:76:109:173:148:76:111:173 chr11 35641844 . GC G 517.62 PASS AF=0.687225;AO=113;DP=226;FAO=156;FDP=227;FR=.;FRO=71;FSAF=78;FSAR=78;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0712263;FXX=0.00873324;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.54019;QD=9.12097;RBI=0.217715;REFB=-0.00229768;REVB=0.205734;RO=78;SAF=54;SAR=59;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706906;STB=0.515417;STBP=0.467;TYPE=del;VARB=0.0578528;OID=.;OPOS=35641845;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.687225:113:226:156:227:71:78:78:32:39:95:78:54:59:30:48 chr11 36103228 . A G 919.48 PASS AF=0.497297;AO=91;DP=184;FAO=92;FDP=185;FR=.;FRO=93;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.00152181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.371;QD=19.8806;RBI=0.0076282;REFB=0.0148357;REVB=-0.00747486;RO=93;SAF=55;SAR=36;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08304;STB=0.541993;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.014882;OID=.;OPOS=36103228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:93:93:91:92:0.497297:36:55:48:45:37:55:48:45 chr11 36293048 . G A 260.0 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00229451;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.104;QD=18.5713;RBI=0.00771977;REFB=0.00328763;REVB=0.00737089;RO=31;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176076;STB=0.572486;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00280722;OID=.;OPOS=36293048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:31:28:28:28:0.5:11:17:13:18:11:17:13:15 chr11 36422792 . G A 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.062;QD=57.882;RBI=0.049207;REFB=0;REVB=-0.0151843;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.79555e-05;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr11 36472800 . A G 936.88 PASS AF=0.44843;AO=100;DP=223;FAO=100;FDP=223;FR=.;FRO=123;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=-0.0391833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9607;QD=16.8051;RBI=0.0442505;REFB=0.00679692;REVB=-0.0205614;RO=123;SAF=53;SAR=47;SRF=63;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177434;STB=0.509843;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00999976;OID=.;OPOS=36472800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:123:123:100:100:0.44843:47:53:63:60:47:53:63:60 chr11 36484062 . G A 725.54 PASS AF=0.484076;AO=76;DP=157;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00744438;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.144;QD=18.4851;RBI=0.00818713;REFB=-0.00782983;REVB=-0.00340741;RO=78;SAF=31;SAR=45;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384884;STB=0.519375;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00790427;OID=.;OPOS=36484062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:78:81:76:76:0.484076:45:31:35:43:45:31:36:45 chr11 36484208 . T C 3301.86 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286214;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.683;QD=61.717;RBI=0.0419543;REFB=0;REVB=0.0306755;RO=0;SAF=86;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45539e-05;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:214:0:0:208:214:1:122:86:0:0:124:90:0:0 chr11 36595600 . A G 410.2 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0664198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0098;QD=52.9286;RBI=0.0778435;REFB=-0.122654;REVB=0.0405958;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00550524;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:1:1:29:30:0.967742:16:13:1:0:17:13:1:0 chr11 36597313 . A G 1038.02 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0404658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0951;QD=56.8776;RBI=0.0496405;REFB=-0.21483;REVB=0.0287524;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512817;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00787003;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:73:0:2:71:71:0.972603:33:38:0:0:33:38:2:0 chr11 36601170 . G A 2130.9 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034892;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4701;QD=62.2161;RBI=0.0140892;REFB=0;REVB=-0.0136503;RO=0;SAF=70;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490743;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:137:0:0:134:137:1:64:70:0:0:66:71:0:0 chr11 40137543 . T C 3384.23 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.585;QD=62.382;RBI=0.01675;REFB=0;REVB=0.0144647;RO=0;SAF=118;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.25314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02741e-05;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:217:0:0:217:217:1:99:118:0:0:99:118:0:0 chr11 41144553 . C T 1215.79 PASS AF=0.387363;AO=141;DP=363;FAO=141;FDP=364;FR=.;FRO=223;FSAF=57;FSAR=84;FSRF=89;FSRR=134;FWDB=-0.0508671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9936;QD=13.3603;RBI=0.0537139;REFB=-0.00815731;REVB=0.0172548;RO=221;SAF=57;SAR=84;SRF=88;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00685964;STB=0.50328;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0141383;OID=.;OPOS=41144553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:364:221:223:141:141:0.387363:84:57:88:133:84:57:89:134 chr11 43357486 . G A 953.13 PASS AF=0.544379;AO=92;DP=171;FAO=92;FDP=169;FR=.;FRO=77;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=54;FWDB=0.00382674;FXX=0.0116952;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.417;QD=22.5592;RBI=0.00668216;REFB=-0.0039274;REVB=0.00547789;RO=77;SAF=54;SAR=38;SRF=23;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237261;STB=0.629311;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00279543;OID=.;OPOS=43357486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:169:77:77:92:92:0.544379:38:54:23:54:38:54:23:54 chr11 43861603 . G A 608.06 PASS AF=0.453237;AO=62;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.0133807;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.282;QD=17.4982;RBI=0.0218673;REFB=0.00607339;REVB=0.0172955;RO=74;SAF=26;SAR=36;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277262;STB=0.526419;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00628188;OID=.;OPOS=43861603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:74:76:62:63:0.453237:36:26:29:45:36:27:29:47 chr11 43876698 . C T 547.92 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.0144489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8027;QD=19.058;RBI=0.0259056;REFB=-0.0105767;REVB=-0.0215019;RO=57;SAF=33;SAR=24;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065973;STB=0.53991;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00968794;OID=.;OPOS=43876698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:58:57:57:0.495652:24:33:37:20:24:33:38:20 chr11 43911365 . T C 1907.47 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231174;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.617;QD=61.5312;RBI=0.00681833;REFB=0;REVB=-0.00641447;RO=0;SAF=58;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160526;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:65:58:0:0:65:59:0:0 chr11 43940644 . G T 1611.47 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636919;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.489;QD=60.242;RBI=0.00777763;REFB=0;REVB=0.00446374;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18079e-05;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:52:55:0:0:52:55:0:0 chr11 43946909 . C G 1286.24 PASS AF=0.473118;AO=132;DP=279;FAO=132;FDP=279;FR=.;FRO=147;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=58;FSRR=89;FWDB=-0.0156767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.799;QD=18.4407;RBI=0.0161196;REFB=-0.0157174;REVB=-0.00375303;RO=147;SAF=61;SAR=71;SRF=58;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653801;STB=0.535993;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0196521;OID=.;OPOS=43946909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:147:147:132:132:0.473118:71:61:58:89:71:61:58:89 chr11 43946967 . A G 3999.83 PASS AF=1;AO=257;DP=257;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.462;QD=62.2542;RBI=0.080621;REFB=0;REVB=-0.0752183;RO=0;SAF=109;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26088e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247041;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:257:257:0:0:257:257:1:148:109:0:0:148:109:0:0 chr11 43947990 . T C 836.76 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0346473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3438;QD=55.7838;RBI=0.0577373;REFB=-0.0071566;REVB=-0.0461861;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145176;STB=0.50769;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000920326;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:32:27:0:1:32:27:0:1 chr11 43964842 . G C 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0100303;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=216.897;QD=6.01684;RBI=0.0242102;REFB=-0.00341777;REVB=-0.0220347;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239098;STB=0.657176;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00741108;OID=.;OPOS=43964842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:5:2:3:18:5:2:3:19 chr11 44080210 . T C 2163.88 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.304;QD=62.2699;RBI=0.0639055;REFB=-0.138425;REVB=0.0612748;RO=1;SAF=60;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605659;STB=0.503184;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000329265;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:139:139:1:1:138:138:0.992806:78:60:0:1:78:60:0:1 chr11 44096238 . G A 968.88 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0215512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.417;QD=55.3648;RBI=0.0258688;REFB=-0.0647289;REVB=0.0143088;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122746;STB=0.501703;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00474597;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:1:2:67:68:0.971429:38:29:0:1:38:30:1:1 chr11 44104981 . C T 977.55 PASS AF=0.521978;AO=95;DP=182;FAO=95;FDP=182;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.0346142;FXX=0.00546418;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.535;QD=21.4847;RBI=0.0355025;REFB=-0.0243906;REVB=-0.00789189;RO=78;SAF=34;SAR=61;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903994;STB=0.551418;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0217375;OID=.;OPOS=44104981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:78:87:95:95:0.521978:61:34:36:42:61:34:40:47 chr11 44129290 . C A 906.44 PASS AF=0.435556;AO=98;DP=225;FAO=98;FDP=225;FR=.;FRO=127;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=53;FSRR=74;FWDB=-0.00765142;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.172;QD=16.1144;RBI=0.0081329;REFB=-0.00508671;REVB=-0.00275678;RO=124;SAF=49;SAR=49;SRF=52;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811308;STB=0.546657;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00616067;OID=.;OPOS=44129290;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:124:127:98:98:0.435556:49:49:52:72:49:49:53:74 chr11 44286566 . G A 1202.8 PASS AF=0.48249;AO=124;DP=257;FAO=124;FDP=257;FR=.;FRO=133;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=54;FSRR=79;FWDB=0.0213969;FXX=0.00387582;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.297;QD=18.7206;RBI=0.0223414;REFB=-0.0162986;REVB=-0.00642721;RO=133;SAF=44;SAR=80;SRF=54;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516143;STB=0.52844;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.017665;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:133:133:124:124:0.48249:80:44:54:79:80:44:54:79 chr11 44297054 . T C 4362.98 PASS AF=1;AO=277;DP=279;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216506;FXX=0.0107139;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.318;QD=63.0033;RBI=0.0238517;REFB=-0.0865404;REVB=0.0237532;RO=1;SAF=142;SAR=135;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22471e-05;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:279:277:1:0:277:277:1:135:142:0:1:135:142:0:0 chr11 44331309 . G A 612.92 PASS AF=0.504;AO=62;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.010767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5364;QD=19.6135;RBI=0.11445;REFB=-0.0258406;REVB=0.113942;RO=62;SAF=41;SAR=21;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790707;STB=0.537399;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0276051;OID=.;OPOS=44331309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:62:62:63:0.504:21:41:36:26:22:41:36:26 chr11 44331509 . C G 1101.63 PASS AF=0.440741;AO=118;DP=270;FAO=119;FDP=270;FR=.;FRO=151;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=65;FSRR=86;FWDB=-0.00369391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.127;QD=16.3205;RBI=0.00670832;REFB=-0.00736175;REVB=0.00559969;RO=148;SAF=69;SAR=49;SRF=62;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165952;STB=0.58822;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00911458;OID=.;OPOS=44331509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:148:151:118:119:0.440741:49:69:62:86:49:70:65:86 chr11 44636833 . G A 2326.86 PASS AF=0.51954;AO=217;DP=426;FAO=226;FDP=435;FR=.;FRO=209;FSAF=109;FSAR=117;FSRF=71;FSRR=138;FWDB=0.0141746;FXX=0.00457655;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.663;QD=21.3964;RBI=0.0215665;REFB=-0.00602848;REVB=0.0162541;RO=207;SAF=105;SAR=112;SRF=70;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131227;STB=0.568923;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00487382;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:435:207:209:217:226:0.51954:112:105:70:137:117:109:71:138 chr11 44636839 . C T 2056.67 PASS AF=0.477064;AO=208;DP=439;FAO=208;FDP=436;FR=.;FRO=228;FSAF=73;FSAR=135;FSRF=112;FSRR=116;FWDB=0.0150139;FXX=0.00683356;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.36;QD=18.8685;RBI=0.0255215;REFB=0.00199869;REVB=-0.0206381;RO=225;SAF=73;SAR=135;SRF=111;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140699;STB=0.576809;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00134436;OID=.;OPOS=44636839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:439:436:225:228:208:208:0.477064:135:73:111:114:135:73:112:116 chr11 44640268 . A G 1001.48 PASS AF=0.502488;AO=101;DP=201;FAO=101;FDP=201;FR=.;FRO=100;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.00338694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.238;QD=19.9299;RBI=0.012382;REFB=-0.0179396;REVB=-0.0119097;RO=100;SAF=54;SAR=47;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139837;STB=0.507679;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0177008;OID=.;OPOS=44640268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:100:100:101:101:0.502488:47:54:55:45:47:54:55:45 chr11 44640640 . C G 7557.03 PASS AF=1;AO=478;DP=483;FAO=478;FDP=478;FR=.;FRO=0;FSAF=268;FSAR=210;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181708;FXX=0.0123964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.112;QD=63.2388;RBI=0.0207814;REFB=-0.048858;REVB=0.0100841;RO=1;SAF=268;SAR=210;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00177813;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119706;OID=.;OPOS=44640640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:483:478:1:0:478:478:1:210:268:1:0:210:268:0:0 chr11 44924950 . GC G 1583.48 PASS AF=0.490964;AO=157;DP=335;FAO=163;FDP=332;FR=.;FRO=169;FSAF=67;FSAR=96;FSRF=61;FSRR=108;FWDB=0.0106717;FXX=0.0119044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.058;QD=19.0781;RBI=0.0136722;REFB=-0.00643607;REVB=-0.00854649;RO=166;SAF=67;SAR=90;SRF=60;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631503;STB=0.52658;STBP=0.326;TYPE=del;VARB=0.00915682;OID=.;OPOS=44924951;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490964:157:335:163:332:169:67:96:61:108:99:166:67:90:60:106 chr11 44925038 . A G 1219.97 PASS AF=0.479087;AO=125;DP=264;FAO=126;FDP=263;FR=.;FRO=137;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=63;FSRR=74;FWDB=0.0133324;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.883;QD=18.5546;RBI=0.01471;REFB=-0.0168286;REVB=-0.00621538;RO=137;SAF=54;SAR=71;SRF=62;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198134;STB=0.516554;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0160592;OID=.;OPOS=44925038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:137:137:125:126:0.479087:71:54:62:75:72:54:63:74 chr11 44940828 . G A 437.52 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0219991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.091;QD=16.6675;RBI=0.0223615;REFB=-0.00660515;REVB=-0.00401001;RO=57;SAF=20;SAR=28;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103183;STB=0.557381;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00868782;OID=.;OPOS=44940828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:28:20:18:39:28:20:18:39 chr11 45672261 . A G 2295.72 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198843;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.716;QD=63.77;RBI=0.054461;REFB=0;REVB=-0.0507012;RO=0;SAF=62;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.2896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09969e-05;OID=.;OPOS=45672261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:82:62:0:0:82:62:0:0 chr11 45793218 . G C 1030.71 PASS AF=0.461538;AO=107;DP=233;FAO=108;FDP=234;FR=.;FRO=126;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=47;FSRR=79;FWDB=-0.0102808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.8787;QD=17.619;RBI=0.0453451;REFB=-0.00589147;REVB=0.0441642;RO=125;SAF=41;SAR=66;SRF=47;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00741107;STB=0.503787;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00878357;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:125:126:107:108:0.461538:66:41:47:78:67:41:47:79 chr11 45834198 . T C 420.62 PASS AF=0.294737;AO=55;DP=190;FAO=56;FDP=190;FR=.;FRO=134;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=70;FWDB=-0.011112;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.599;QD=8.8551;RBI=0.0136349;REFB=-0.00240941;REVB=-0.00790148;RO=133;SAF=15;SAR=40;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261347;STB=0.645107;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00563296;OID=.;OPOS=45834198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:133:134:55:56:0.294737:40:15:63:70:40:16:64:70 chr11 45848271 . A G 56.13 PASS AF=0.0833333;AO=18;DP=228;FAO=19;FDP=228;FR=.;FRO=209;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=118;FSRR=91;FWDB=-0.0121357;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.116;QD=0.984797;RBI=0.0313381;REFB=-0.00245787;REVB=-0.0288929;RO=207;SAF=7;SAR=11;SRF=116;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193697;STB=0.675193;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0288743;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:228:228:207:209:18:19:0.0833333:11:7:116:91:12:7:118:91 chr11 45848275 . T C 54.38 PASS AF=0.0821918;AO=17;DP=219;FAO=18;FDP=219;FR=.;FRO=201;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=113;FSRR=88;FWDB=-0.00391858;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.954;QD=0.993278;RBI=0.0384511;REFB=-0.000947285;REVB=0.0382509;RO=199;SAF=7;SAR=10;SRF=113;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175608;STB=0.65557;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0129749;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:219:219:199:201:17:18:0.0821918:10:7:113:86:11:7:113:88 chr11 45868849 . GC CG,GCG 448.58 PASS AF=0,0.41784;AO=10,70;DP=214;FAO=0,89;FDP=213;FR=.;FRO=124;FSAF=0,34;FSAR=0,55;FSRF=52;FSRR=72;FWDB=-0.00283215,0.060154;FXX=0.00467268;HRUN=5,3;LEN=2,1;MLLD=18.508,14.1681;QD=8.424;RBI=0.00330246,0.0832589;REFB=-0.01436,-0.0296317;REVB=-0.00169859,-0.0575633;RO=125;SAF=8,24;SAR=2,46;SRF=53;SRR=72;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.398677,-0.097577;STB=0.5,0.522762;STBP=1,0.573;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0242043;OID=.,.;OPOS=45868849,45868851;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:214:213:125:124:10,70:0,89:0,0.41784:2,46:8,24:53:72:0,55:0,34:52:72 chr11 45903256 . C G 932.18 PASS AF=0.440529;AO=97;DP=227;FAO=100;FDP=227;FR=.;FRO=127;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=74;FSRR=53;FWDB=0.0551892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.757;QD=16.426;RBI=0.0563086;REFB=-0.0107864;REVB=0.0111717;RO=127;SAF=56;SAR=41;SRF=74;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559588;STB=0.51291;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0131712;OID=.;OPOS=45903256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:127:127:97:100:0.440529:41:56:74:53:44:56:74:53 chr11 45903613 . A C 506.89 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00611029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.57;QD=23.0404;RBI=0.00715742;REFB=-0.0208591;REVB=-0.00372732;RO=40;SAF=24;SAR=24;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206583;STB=0.511359;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0118474;OID=.;OPOS=45903613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:24:24:21:19:24:24:21:19 chr11 45935384 . A G 744.02 PASS AF=0.417526;AO=80;DP=194;FAO=81;FDP=194;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=-0.0140407;FXX=0.0152277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.826;QD=15.3406;RBI=0.0393193;REFB=-0.0121398;REVB=-0.0367269;RO=113;SAF=35;SAR=45;SRF=47;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229962;STB=0.516876;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0143522;OID=.;OPOS=45935384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:113:113:80:81:0.417526:45:35:47:66:45:36:47:66 chr11 45937267 . C T 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754629;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.233;QD=59.4596;RBI=0.0800639;REFB=0;REVB=0.0267502;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441571;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr11 45938996 . G GC 65.9 PASS AF=0.177049;AO=96;DP=306;FAO=54;FDP=305;FR=.;FRO=251;FSAF=4;FSAR=50;FSRF=115;FSRR=136;FWDB=-0.0882619;FXX=0.00973994;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.091;QD=0.86422;RBI=0.133474;REFB=-0.0219128;REVB=-0.100126;RO=204;SAF=7;SAR=89;SRF=115;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.677039;STB=0.888687;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.182268;OID=.;OPOS=45938997;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177049:96:306:54:305:251:4:50:115:136:65:204:7:89:115:89 chr11 45949534 . C T 745.79 PASS AF=0.487654;AO=76;DP=159;FAO=79;FDP=162;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=0.039936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8107;QD=18.4145;RBI=0.0472677;REFB=-0.00442898;REVB=0.0252854;RO=83;SAF=42;SAR=34;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478242;STB=0.517209;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00651397;OID=.;OPOS=45949534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:83:83:76:79:0.487654:34:42:50:33:34:45:50:33 chr11 45975130 . C T 1183.2 PASS AF=0.431438;AO=129;DP=301;FAO=129;FDP=299;FR=.;FRO=170;FSAF=42;FSAR=87;FSRF=52;FSRR=118;FWDB=0.00352892;FXX=0.00993345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.848;QD=15.8287;RBI=0.00701249;REFB=-0.0179937;REVB=-0.00605985;RO=170;SAF=42;SAR=87;SRF=52;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231689;STB=0.512864;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0248364;OID=.;OPOS=45975130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:299:170:170:129:129:0.431438:87:42:52:118:87:42:52:118 chr11 46342081 . TG T 2021.16 PASS AF=1;AO=176;DP=184;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454383;FXX=0.010869;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.4645;QD=44.4211;RBI=0.0597617;REFB=0;REVB=-0.0388178;RO=1;SAF=90;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550317;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000659833;OID=.;OPOS=46342082;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:176:184:182:182:0:91:91:0:0:36:1:90:86:0:1 chr11 46401517 . A G 1007.87 PASS AF=0.311321;AO=132;DP=425;FAO=132;FDP=424;FR=.;FRO=292;FSAF=62;FSAR=70;FSRF=127;FSRR=165;FWDB=-0.0163388;FXX=0.00235289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.475;QD=9.50821;RBI=0.0229509;REFB=-0.00211509;REVB=0.0161178;RO=292;SAF=62;SAR=70;SRF=126;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460033;STB=0.524097;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0046594;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:424:292:292:132:132:0.311321:70:62:126:166:70:62:127:165 chr11 46702920 . T C 3050.28 PASS AF=0.980583;AO=199;DP=204;FAO=202;FDP=206;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0113347;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.513;QD=59.2288;RBI=0.0147503;REFB=-0.143167;REVB=-0.00943909;RO=2;SAF=94;SAR=105;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898475;STB=0.509258;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-5.30744e-05;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:204:206:2:4:199:202:0.980583:105:94:0:2:106:96:0:4 chr11 46724716 . CAGTGGTGACAGA C 742.08 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196276;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=12;MLLD=332.563;QD=57.0832;RBI=0.0205358;REFB=0;REVB=-0.00603976;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.25386e-05;OID=.;OPOS=46724717;OREF=AGTGGTGACAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:52:52:52:0:25:27:0:0:4:0:25:27:0:0 chr11 46745003 . C T 2226.35 PASS AF=0.987179;AO=146;DP=151;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0115787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.973;QD=57.0859;RBI=0.0358663;REFB=-0.0433852;REVB=0.0339459;RO=3;SAF=76;SAR=70;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019942;STB=0.506328;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00135312;OID=.;OPOS=46745003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:156:3:2:146:154:0.987179:70:76:0:3:78:76:0:2 chr11 46801502 . T C 888.76 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000506125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.098;QD=56.4295;RBI=0.0391402;REFB=-0.0655632;REVB=-0.0391369;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145261;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=1.97155e-05;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:32:30:0:1:32:30:0:1 chr11 46879990 . T C 1552.74 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.832;QD=62.7371;RBI=0.0892096;REFB=-0.0567305;REVB=0.0883218;RO=1;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025009;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:99:99:1:0:97:99:1:43:54:0:1:44:55:0:0 chr11 46890197 . G A 736.95 PASS AF=1;AO=46;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.134;QD=55.6189;RBI=0.163843;REFB=0;REVB=0.163719;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522489;OID=.;OPOS=46890197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:46:53:1:21:25:0:0:27:26:0:0 chr11 46897446 . G A 5983.05 PASS AF=1;AO=377;DP=381;FAO=378;FDP=378;FR=.;FRO=0;FSAF=195;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150125;FXX=0.00787381;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.945;QD=63.3127;RBI=0.0156654;REFB=0.062261;REVB=-0.0044757;RO=1;SAF=195;SAR=182;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00261482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36574e-06;OID=.;OPOS=46897446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:381:378:1:0:377:378:1:182:195:0:1:183:195:0:0 chr11 46914583 . T C 1840.86 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6967;QD=61.362;RBI=0.136352;REFB=0;REVB=0.00359373;RO=0;SAF=50;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000646951;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:70:50:0:0:70:50:0:0 chr11 46914598 . A G 1825.19 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074923;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5507;QD=61.351;RBI=0.0239671;REFB=0;REVB=-0.0227659;RO=0;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75908e-05;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:67:52:0:0:67:52:0:0 chr11 46969616 . T C 1825.7 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372066;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.283;QD=61.368;RBI=0.0298179;REFB=0;REVB=0.0295848;RO=0;SAF=56;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95599e-05;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:63:56:0:0:63:56:0:0 chr11 47188314 . T C 2382.15 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.373;QD=61.0808;RBI=0.0557323;REFB=0;REVB=0.00119489;RO=0;SAF=88;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33501e-05;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:156:0:0:152:156:1:64:88:0:0:64:92:0:0 chr11 47196982 . C T 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.799;QD=60.7153;RBI=0.0109428;REFB=0;REVB=0.00734981;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4017e-05;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr11 47200462 . C CG,G 83.13 PASS AF=0.145038,0.0229008;AO=20,6;DP=142;FAO=19,3;FDP=131;FR=.;FRO=109;FSAF=15,0;FSAR=4,3;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=-0.026411,-0.035423;FXX=0.0902715;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=89.9031,65.3012;QD=2.53837;RBI=0.0360284,0.0369174;REFB=-0.00224562,-0.025478;REVB=-0.0245051,-0.0103974;RO=115;SAF=15,5;SAR=5,1;SRF=65;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.253254,0.265198;STB=0.732107,0.996862;STBP=0.045,0.045;TYPE=ins,snp;VARB=0.0795639,0.0158442;OID=.,.;OPOS=47200463,47200462;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:142:131:115:109:20,6:19,3:0.145038,0.0229008:5,1:15,5:65:50:4,3:15,0:59:50 chr11 47238522 . T C 2373.37 PASS AF=0.993711;AO=153;DP=154;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0648278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.13;QD=59.7075;RBI=0.0811248;REFB=-0.150702;REVB=0.0487707;RO=0;SAF=80;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61154e-08;STB=0.502958;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00138503;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:159:0:1:153:158:0.993711:73:80:0:0:74:84:1:0 chr11 47266808 . T G 2378.73 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.278;QD=60.9931;RBI=0.0576651;REFB=0;REVB=0.0558292;RO=0;SAF=88;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63753e-05;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:155:156:1:67:88:0:0:67:89:0:0 chr11 47269159 . T C 3862.42 PASS AF=0.99187;AO=243;DP=246;FAO=244;FDP=246;FR=.;FRO=2;FSAF=101;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0271383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.884;QD=62.8035;RBI=0.037808;REFB=-0.0556992;REVB=0.0263241;RO=2;SAF=100;SAR=143;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00661918;STB=0.503472;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=9.79767e-05;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:246:246:2:2:243:244:0.99187:143:100:0:2:143:101:0:2 chr11 47270255 . C T 3129.7 PASS AF=0.929412;AO=193;DP=257;FAO=237;FDP=255;FR=.;FRO=18;FSAF=99;FSAR=138;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0115099;FXX=0.0116275;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1361;QD=49.0933;RBI=0.058975;REFB=-0.0466988;REVB=-0.0578409;RO=1;SAF=61;SAR=132;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00359437;STB=0.525898;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00772154;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:257:255:1:18:193:237:0.929412:132:61:0:1:138:99:14:4 chr11 47282024 . C T 3166.3 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9199;QD=61.7815;RBI=0.0177396;REFB=0;REVB=0.0166393;RO=0;SAF=87;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33187e-05;OID=.;OPOS=47282024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:205:0:0:204:205:1:117:87:0:0:117:88:0:0 chr11 47306585 . G A 1918.51 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629048;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.797;QD=61.8873;RBI=0.0697829;REFB=0;REVB=-0.0694988;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120001;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:67:57:0:0:67:57:0:0 chr11 47331116 . T C 1903.14 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0365823;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.405;QD=60.9004;RBI=0.0380709;REFB=0.0736589;REVB=0.0105417;RO=1;SAF=50;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940726;STB=0.50495;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-7.64901e-05;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:74:50:1:0:74:50:1:0 chr11 47346145 . G A 2699.19 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034097;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.659;QD=62.4089;RBI=0.0347195;REFB=0;REVB=0.00654466;RO=0;SAF=69;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99818e-05;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:172:173:1:103:69:0:0:103:70:0:0 chr11 47354787 . C T 2240.75 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118619;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.089;QD=63.5673;RBI=0.012448;REFB=0;REVB=0.00377453;RO=0;SAF=58;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08202e-05;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:139:141:1:81:58:0:0:83:58:0:0 chr11 47364762 . A C,G 2462.13 PASS AF=0.0731707,0.926829;AO=13,146;DP=162;FAO=12,152;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=3,75;FSAR=9,77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241119,0.0142799;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.4733,126.877;QD=60.052;RBI=0.0359456,0.0199338;REFB=0,0;REVB=-0.026659,0.0139082;RO=0;SAF=3,72;SAR=10,74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.95582e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.039342,0.00120811;OID=.,.;OPOS=47364762,47364762;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:162:164:0:0:13,146:12,152:0.0731707,0.926829:10,74:3,72:0:0:9,77:3,75:0:0 chr11 47364773 . T C,TC 52.29 PASS AF=0,0.10559;AO=9,17;DP=166;FAO=0,17;FDP=161;FR=.;FRO=144;FSAF=0,7;FSAR=0,10;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=-0.00184337,-0.0175325;FXX=0.00617246;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=148.836,82.0736;QD=1.29901;RBI=0.0207451,0.0240117;REFB=-0.00560685,-0.00295855;REVB=-0.0206631,-0.0164065;RO=138;SAF=0,9;SAR=9,8;SRF=63;SRR=75;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.512256,0.088635;STB=0.5,0.523532;STBP=1,0.867;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.104207;OID=.,.;OPOS=47364773,47364774;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:166:161:138:144:9,17:0,17:0,0.10559:9,8:0,9:63:75:0,10:0,7:63:81 chr11 47380340 . G T 734.04 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026949;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.934;QD=61.1696;RBI=0.169387;REFB=-0.0337626;REVB=0.16723;RO=0;SAF=44;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00112451;OID=.;OPOS=47380340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:3:44:0:0:3:44:1:0 chr11 47431728 . A G 2204.7 PASS AF=0.993151;AO=139;DP=142;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0955406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7637;QD=60.4027;RBI=0.108681;REFB=-0.00891562;REVB=0.0518032;RO=2;SAF=103;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256758;STB=0.506172;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0038591;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:142:146:2:1:139:145:0.993151:36:103:0:2:40:105:0:1 chr11 47434986 . G A 4162.34 PASS AF=1;AO=264;DP=266;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642079;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.641;QD=62.5916;RBI=0.0971743;REFB=0;REVB=0.0729396;RO=0;SAF=96;SAR=168;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128078;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:266:266:0:0:264:266:1:168:96:0:0:169:97:0:0 chr11 47460306 . A G 3066.41 PASS AF=0.984848;AO=195;DP=198;FAO=195;FDP=198;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=143;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0156711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6198;QD=61.9478;RBI=0.022905;REFB=-0.101291;REVB=-0.016705;RO=2;SAF=51;SAR=144;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183052;STB=0.507692;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00214741;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:198:198:2:3:195:195:0.984848:144:51:2:0:143:52:2:1 chr11 47469439 . A G 4986.36 PASS AF=1;AO=316;DP=316;FAO=317;FDP=317;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.656;QD=62.9193;RBI=0.0120752;REFB=0;REVB=-0.0090788;RO=0;SAF=133;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88286e-06;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:316:317:0:0:316:317:1:183:133:0:0:183:134:0:0 chr11 47579092 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.293;QD=40.7628;RBI=0.00341484;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54541e-05;OID=.;OPOS=47579092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr11 47579094 . A G 112.59 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.639;QD=40.9412;RBI=0.110573;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220882;OID=.;OPOS=47579094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr11 47579103 . CCG ATA 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703417;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=343.341;QD=52.6132;RBI=0.00703417;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=22;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.58507e-05;OID=.;OPOS=47579103;OREF=CCG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:0:22:0:0:0:22:0:0 chr11 47579119 . A T 1365.27 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273596;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.3;QD=62.7712;RBI=0.0289139;REFB=0;REVB=0.00935229;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65698e-05;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:51:36:0:0:51:36:0:0 chr11 47593945 . A C 1358.45 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.314;QD=62.4573;RBI=0.0401346;REFB=0;REVB=0.0400247;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86509e-05;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:54:33:0:0:54:33:0:0 chr11 47609867 . G A 3986.96 PASS AF=0.992308;AO=258;DP=261;FAO=258;FDP=260;FR=.;FRO=2;FSAF=138;FSAR=120;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00986982;FXX=0.00383127;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.105;QD=61.3378;RBI=0.0309282;REFB=-0.116422;REVB=0.0293111;RO=1;SAF=138;SAR=120;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034421;STB=0.503597;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.000187126;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:261:260:1:2:258:258:0.992308:120:138:1:0:120:138:2:0 chr11 47681370 . T G 249.59 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153281;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.664;QD=45.3792;RBI=0.10648;REFB=-0.096236;REVB=0.105371;RO=1;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834715;STB=0.538424;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000405978;OID=.;OPOS=47681370;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:20:21:0.954545:5:15:0:1:6:15:0:1 chr11 47721008 . T C 165.93 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0206792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.073;QD=11.4431;RBI=0.0224646;REFB=-0.0050107;REVB=-0.00877647;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346859;STB=0.528026;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00856569;OID=.;OPOS=47721008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:10:11:20:16:10:11:21:16 chr11 47726177 . G A 37.52 PASS AF=0.0797546;AO=12;DP=158;FAO=13;FDP=163;FR=.;FRO=150;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=75;FSRR=75;FWDB=-0.0599055;FXX=0.0121205;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.901;QD=0.920728;RBI=0.0614605;REFB=-0.000469028;REVB=-0.0137377;RO=146;SAF=0;SAR=12;SRF=71;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576677;STB=0.912243;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0421638;OID=.;OPOS=47726177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:158:163:146:150:12:13:0.0797546:12:0:71:75:12:1:75:75 chr11 47748509 . T C 2512.43 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.309;QD=60.9073;RBI=0.050449;REFB=-0.114455;REVB=0.0477869;RO=1;SAF=90;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638728;STB=0.503355;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00037746;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:1:1:164:164:0.993939:74:90:0:1:74:90:0:1 chr11 47772545 . T C 429.04 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0221267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.134;QD=15.7444;RBI=0.0227198;REFB=-0.0143863;REVB=0.00515721;RO=60;SAF=22;SAR=26;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10727;STB=0.56433;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0194446;OID=.;OPOS=47772545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:61:48:48:0.440367:26:22:34:26:26:22:35:26 chr11 47788663 . CGGTGGTGGTGGT CGGTGGT,CGGTGGTCGTCGC 668.87 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=42,4;DP=51;FAO=44,4;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=37,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777189,0.0749265;FXX=0.058812;HRUN=2,2;LEN=6,6;MLLD=217.194,132.887;QD=55.7395;RBI=0.0926386,0.0749991;REFB=0,0;REVB=0.0504151,-0.00329982;RO=0;SAF=6,0;SAR=36,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00951479,0.00757828;OID=.,.;OPOS=47788664,47788670;OREF=GGTGGT,GGTGGT;OALT=-,CGTCGC;OMAPALT=CGGTGGT,CGGTGGTCGTCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.916667,0.0833333:42,4:51:44,4:48:0:7,0:37,4:0:0:20:0:6,0:36,4:0:0 chr11 47826090 . A C 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00420336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.93;QD=57.4361;RBI=0.0378745;REFB=-0.0544156;REVB=0.0376406;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126017;STB=0.506665;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000626764;OID=.;OPOS=47826090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:37:30:0:1:37:30:0:1 chr11 47834592 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.185;QD=59.0187;RBI=0.028204;REFB=0;REVB=0.00567992;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135262;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr11 47857253 . T C,G 992.46 PASS AF=0.861111,0.111111;AO=62,8;DP=72;FAO=62,8;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=18,1;FSAR=44,7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00428522,0.00159614;FXX=0.0136968;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.035,235.967;QD=55.1364;RBI=0.00826821,0.0106115;REFB=-0.095845,-0.02066;REVB=0.00707108,-0.0104908;RO=2;SAF=18,1;SAR=44,7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0209782,0.110633;STB=0.511108,0.562356;STBP=0.426,0.667;TYPE=snp,snp;VARB=0.01539,-0.0210057;OID=.,.;OPOS=47857253,47857253;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:72:72:2:2:62,8:62,8:0.861111,0.111111:44,7:18,1:0:2:44,7:18,1:0:2 chr11 47869855 . C T 3943.53 PASS AF=0.502152;AO=303;DP=704;FAO=350;FDP=697;FR=.,HEALED;FRO=262;FSAF=177;FSAR=173;FSRF=109;FSRR=153;FWDB=0.0572118;FXX=0.00853473;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.082;QD=22.6315;RBI=0.0577467;REFB=-0.0485891;REVB=0.00784128;RO=217;SAF=170;SAR=133;SRF=88;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120005;STB=0.538363;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0414973;OID=.;OPOS=47869855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:704:697:217:262:303:350:0.502152:133:170:88:129:173:177:109:153 chr11 48118347 . T TA 878.49 PASS AF=1;AO=74;DP=83;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.148025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.4538;QD=44.4804;RBI=0.267474;REFB=0;REVB=-0.22278;RO=5;SAF=39;SAR=35;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00627451;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:83:79:79:0:43:36:0:0:16:5:39:35:5:0 chr11 48145247 . T C 1212.25 PASS AF=0.529148;AO=116;DP=221;FAO=118;FDP=223;FR=.;FRO=105;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.000315148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.385;QD=21.7444;RBI=0.0266921;REFB=-0.014503;REVB=0.0266902;RO=104;SAF=58;SAR=58;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831539;STB=0.510714;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0132124;OID=.;OPOS=48145247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:223:104:105:116:118:0.529148:58:58:51:53:58:60:51:54 chr11 48145375 . A C 635.82 PASS AF=0.547826;AO=61;DP=114;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0692727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3343;QD=22.1154;RBI=0.158058;REFB=0.0285182;REVB=0.142069;RO=52;SAF=28;SAR=33;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986827;STB=0.559827;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0216073;OID=.;OPOS=48145375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:52:52:61:63:0.547826:33:28:30:22:35:28:30:22 chr11 48146622 . G A 1295.21 PASS AF=0.498099;AO=131;DP=263;FAO=131;FDP=263;FR=.;FRO=132;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=68;FSRR=64;FWDB=0.0442188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.376;QD=19.6989;RBI=0.0452371;REFB=-0.000864332;REVB=-0.0095445;RO=132;SAF=65;SAR=66;SRF=68;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173474;STB=0.509518;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00098529;OID=.;OPOS=48146622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:132:132:131:131:0.498099:66:65:68:64:66:65:68:64 chr11 48190383 . A T 2269.19 PASS AF=0.979866;AO=131;DP=135;FAO=146;FDP=149;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.012407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.347;QD=60.918;RBI=0.0187994;REFB=-0.0572331;REVB=0.0141239;RO=1;SAF=73;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812403;STB=0.51111;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000325566;OID=.;OPOS=48190383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:135:149:1:3:131:146:0.979866:58:73:0:1:66:80:0:3 chr11 48190527 . T C 1533.88 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00160403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3616;QD=62.6074;RBI=0.0553528;REFB=-0.0816003;REVB=0.0553296;RO=1;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903379;STB=0.504761;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0013096;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:52:45:0:1:52:45:0:1 chr11 48238421 . T G 3780.29 PASS AF=1;AO=238;DP=238;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.208;QD=63.5342;RBI=0.0551499;REFB=0;REVB=0.0104683;RO=0;SAF=111;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45618e-05;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:238:238:0:0:238:238:1:127:111:0:0:127:111:0:0 chr11 48238549 . G A 4722.09 PASS AF=1;AO=294;DP=295;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336619;FXX=0.00337826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8532;QD=64.0284;RBI=0.0357763;REFB=0;REVB=0.0121169;RO=0;SAF=136;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240732;OID=.;OPOS=48238549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:295:295:0:0:294:295:1:158:136:0:0:159:136:0:0 chr11 48239182 . C A 851.54 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.945;QD=57.7314;RBI=0.0270702;REFB=0;REVB=0.00447753;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64579e-05;OID=.;OPOS=48239182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:35:23:0:0:35:24:0:0 chr11 48267589 . A G 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.408;QD=51.1779;RBI=0.0449984;REFB=0;REVB=-0.0408069;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321007;OID=.;OPOS=48267589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr11 48285842 . A G 2738.52 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.044;QD=62.2392;RBI=0.0340129;REFB=0;REVB=0.0324362;RO=0;SAF=86;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06912e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38668e-05;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:166:176:0:0:166:176:1:80:86:0:0:87:89:0:0 chr11 48328644 . C T 1571.7 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544534;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.975;QD=64.151;RBI=0.0584206;REFB=0;REVB=0.0211613;RO=0;SAF=34;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71585e-05;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:64:34:0:0:64:34:0:0 chr11 48346513 . T C 57.56 PASS AF=0.103448;AO=15;DP=145;FAO=15;FDP=145;FR=.;FRO=130;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=0.0348869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9306;QD=1.58782;RBI=0.0492745;REFB=-0.00675532;REVB=0.0347978;RO=130;SAF=11;SAR=4;SRF=65;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284595;STB=0.713726;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0600202;OID=.;OPOS=48346513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:145:145:130:130:15:15:0.103448:4:11:65:65:4:11:65:65 chr11 48346523 . C T 64.11 PASS AF=0.11039;AO=16;DP=154;FAO=17;FDP=154;FR=.;FRO=137;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=67;FSRR=70;FWDB=-0.0532195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8335;QD=1.66513;RBI=0.0673873;REFB=-0.00327687;REVB=0.0413369;RO=136;SAF=11;SAR=5;SRF=65;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25289;STB=0.640938;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0245813;OID=.;OPOS=48346523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:154:154:136:137:16:17:0.11039:5:11:65:71:6:11:67:70 chr11 48346535 . G C 81.22 PASS AF=0.117647;AO=20;DP=164;FAO=20;FDP=170;FR=.;FRO=150;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=78;FSRR=72;FWDB=-0.00437092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1219;QD=1.91107;RBI=0.0304584;REFB=-0.00858322;REVB=-0.0301432;RO=144;SAF=13;SAR=7;SRF=74;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171495;STB=0.617069;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0429673;OID=.;OPOS=48346535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:164:170:144:150:20:20:0.117647:7:13:74:70:7:13:78:72 chr11 48346541 . A T 83.1 PASS AF=0.114754;AO=21;DP=183;FAO=21;FDP=183;FR=.;FRO=162;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=85;FSRR=77;FWDB=0.00676779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7782;QD=1.81632;RBI=0.00897704;REFB=-0.00128871;REVB=0.00589783;RO=162;SAF=14;SAR=7;SRF=85;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17893;STB=0.629088;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0121805;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:183:183:162:162:21:21:0.114754:7:14:85:77:7:14:85:77 chr11 48346547 . C T 115.09 PASS AF=0.13;AO=26;DP=200;FAO=26;FDP=200;FR=.;FRO=174;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=90;FSRR=84;FWDB=-0.0037079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.673;QD=2.30185;RBI=0.00427834;REFB=0.00273914;REVB=0.00213441;RO=174;SAF=19;SAR=7;SRF=90;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277988;STB=0.693666;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0110982;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:174:174:26:26:0.13:7:19:90:84:7:19:90:84 chr11 48346551 . C A 116.71 PASS AF=0.129187;AO=26;DP=208;FAO=27;FDP=209;FR=.;FRO=182;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=96;FSRR=86;FWDB=-0.00670834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.042;QD=2.23358;RBI=0.0197809;REFB=-0.0014264;REVB=-0.0186086;RO=182;SAF=19;SAR=7;SRF=96;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265121;STB=0.659893;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00952912;OID=.;OPOS=48346551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:182:182:26:27:0.129187:7:19:96:86:8:19:96:86 chr11 48346579 . C A 280.86 PASS AF=0.196;AO=48;DP=252;FAO=49;FDP=250;FR=.;FRO=201;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=113;FSRR=88;FWDB=-0.017055;FXX=0.0118572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.001;QD=4.49378;RBI=0.0178072;REFB=-0.00987233;REVB=-0.00512065;RO=194;SAF=33;SAR=15;SRF=111;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158581;STB=0.613584;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0427098;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:250:194:201:48:49:0.196:15:33:111:83:15:34:113:88 chr11 48346588 . A C 341.44 PASS AF=0.205674;AO=58;DP=282;FAO=58;FDP=282;FR=.;FRO=224;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=124;FSRR=100;FWDB=-0.0119059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.001;QD=4.84307;RBI=0.0166432;REFB=-0.0134746;REVB=-0.0116296;RO=224;SAF=39;SAR=19;SRF=124;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160594;STB=0.599732;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0367129;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:224:224:58:58:0.205674:19:39:124:100:19:39:124:100 chr11 48346604 . T G 521.73 PASS AF=0.238095;AO=83;DP=339;FAO=80;FDP=336;FR=.;FRO=256;FSAF=55;FSAR=25;FSRF=142;FSRR=114;FWDB=-0.00130501;FXX=0.0088493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.522;QD=6.21103;RBI=0.00584291;REFB=-0.00445888;REVB=-0.00569531;RO=254;SAF=55;SAR=28;SRF=140;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147591;STB=0.608166;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0206966;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:336:254:256:83:80:0.238095:28:55:140:114:25:55:142:114 chr11 48346615 . G A 601.74 PASS AF=0.254958;AO=86;DP=355;FAO=90;FDP=353;FR=.,HEALED;FRO=263;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=141;FSRR=122;FWDB=0.0127819;FXX=0.00563364;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.4454;QD=6.81859;RBI=0.111507;REFB=0.00128235;REVB=-0.110772;RO=199;SAF=56;SAR=30;SRF=126;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236193;STB=0.583772;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00645225;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:353:199:263:86:90:0.254958:30:56:126:73:32:58:141:122 chr11 48346657 . CTTTTTGCTGATC CTTT,CTTTTGCTGATC 426.57 PASS AF=0.263415,0;AO=96,52;DP=427;FAO=108,0;FDP=410;FR=.;FRO=302;FSAF=64,0;FSAR=44,0;FSRF=141;FSRR=161;FWDB=-0.0191913,0.0512635;FXX=0.0398117;HRUN=5,5;LEN=9,1;MLLD=286.055,11.5421;QD=4.16164;RBI=0.0359744,0.180648;REFB=-0.00743001,-0.0755806;REVB=-0.0304278,-0.173222;RO=216;SAF=55,14;SAR=41,38;SRF=111;SRR=105;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0712999,-0.323808;STB=0.592575,0.5;STBP=0.019,1;TYPE=del,del;VARB=0.0215707,0.0456703;OID=.,.;OPOS=48346661,48346658;OREF=TTGCTGATC,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTT,CTTTTGCTGATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263415,0:96,52:427:108,0:410:302:64,0:44,0:141:161:99:216:55,14:41,38:111:105 chr11 48346681 . G A 956.28 PASS AF=0.278008;AO=134;DP=480;FAO=134;FDP=482;FR=.;FRO=348;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=165;FSRR=183;FWDB=0.0161544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.232;QD=7.93589;RBI=0.0371633;REFB=-0.00341304;REVB=-0.0334686;RO=345;SAF=72;SAR=62;SRF=163;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798448;STB=0.545549;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00497697;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:480:482:345:348:134:134:0.278008:62:72:163:182:62:72:165:183 chr11 48346729 . G C 451.57 PASS AF=0.207547;AO=78;DP=373;FAO=77;FDP=371;FR=.;FRO=294;FSAF=12;FSAR=65;FSRF=133;FSRR=161;FWDB=-0.00595415;FXX=0.00536179;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.805;QD=4.86872;RBI=0.0145346;REFB=-0.00414542;REVB=-0.013259;RO=288;SAF=12;SAR=66;SRF=132;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449472;STB=0.77647;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0174426;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:371:288:294:78:77:0.207547:66:12:132:156:65:12:133:161 chr11 48346791 . C T 451.03 PASS AF=0.258555;AO=67;DP=261;FAO=68;FDP=263;FR=.;FRO=195;FSAF=10;FSAR=58;FSRF=79;FSRR=116;FWDB=-0.00535024;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.193;QD=6.85976;RBI=0.00798347;REFB=-0.00884829;REVB=0.00592543;RO=192;SAF=10;SAR=57;SRF=79;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409129;STB=0.747814;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0223943;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:263:192:195:67:68:0.258555:57:10:79:113:58:10:79:116 chr11 48346822 . A C 350.39 PASS AF=0.24;AO=54;DP=225;FAO=54;FDP=225;FR=.;FRO=171;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=61;FSRR=110;FWDB=0.00622667;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.132;QD=6.22923;RBI=0.00903472;REFB=0.000300352;REVB=0.00654636;RO=168;SAF=17;SAR=37;SRF=60;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598928;STB=0.53592;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00088675;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:168:171:54:54:0.24:37:17:60:108:37:17:61:110 chr11 48346843 . C T 333.63 PASS AF=0.263736;AO=48;DP=183;FAO=48;FDP=182;FR=.;FRO=134;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=87;FWDB=-0.0345483;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.507;QD=7.33241;RBI=0.0348374;REFB=-0.00403884;REVB=-0.00447864;RO=125;SAF=21;SAR=27;SRF=45;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981474;STB=0.565931;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0107833;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:125:134:48:48:0.263736:27:21:45:80:27:21:47:87 chr11 48346916 . G C 541.95 PASS AF=0.289575;AO=75;DP=259;FAO=75;FDP=259;FR=.;FRO=184;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=81;FSRR=103;FWDB=-0.00977427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4237;QD=8.36991;RBI=0.0195337;REFB=-0.00427383;REVB=-0.0169124;RO=184;SAF=45;SAR=30;SRF=81;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193512;STB=0.612873;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00832727;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:184:184:75:75:0.289575:30:45:81:103:30:45:81:103 chr11 48346924 . T C 598.9 PASS AF=0.296703;AO=81;DP=273;FAO=81;FDP=273;FR=.;FRO=192;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=90;FSRR=102;FWDB=0.0287888;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0157;QD=8.77501;RBI=0.028826;REFB=0.0136325;REVB=0.00146451;RO=192;SAF=51;SAR=30;SRF=90;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19599;STB=0.614093;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0315124;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:192:192:81:81:0.296703:30:51:90:102:30:51:90:102 chr11 48346932 . G A 672.38 PASS AF=0.30662;AO=88;DP=287;FAO=88;FDP=287;FR=.;FRO=199;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=96;FSRR=103;FWDB=-0.00284004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.297;QD=9.37114;RBI=0.0170071;REFB=-0.00339736;REVB=-0.0167682;RO=198;SAF=55;SAR=33;SRF=96;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16984;STB=0.600154;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00702353;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:198:199:88:88:0.30662:33:55:96:102:33:55:96:103 chr11 48346961 . AA TG 959.29 PASS AF=0.342105;AO=117;DP=343;FAO=117;FDP=342;FR=.;FRO=225;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=116;FSRR=109;FWDB=-0.00998402;FXX=0.00291537;HRUN=2;LEN=2;MLLD=205.261;QD=11.2198;RBI=0.0174891;REFB=-0.00997988;REVB=-0.0143592;RO=224;SAF=65;SAR=52;SRF=116;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437471;STB=0.526483;STBP=0.484;TYPE=mnp;VARB=0.0185981;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:342:224:225:117:117:0.342105:52:65:116:108:52:65:116:109 chr11 48346999 . T G 1033.7 PASS AF=0.358601;AO=122;DP=343;FAO=123;FDP=343;FR=.;FRO=220;FSAF=70;FSAR=53;FSRF=122;FSRR=98;FWDB=0.0458656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.444;QD=12.0548;RBI=0.0464698;REFB=0.00345274;REVB=-0.00746907;RO=218;SAF=69;SAR=53;SRF=120;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173512;STB=0.509494;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00573292;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:343:218:220:122:123:0.358601:53:69:120:98:53:70:122:98 chr11 48347014 . G A 954.88 PASS AF=0.336207;AO=117;DP=349;FAO=117;FDP=348;FR=.;FRO=231;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=122;FSRR=109;FWDB=0.0892072;FXX=0.00286525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.035;QD=10.9756;RBI=0.0892287;REFB=-0.00143157;REVB=0.00195931;RO=228;SAF=63;SAR=54;SRF=120;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141334;STB=0.506885;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0137602;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:348:228:231:117:117:0.336207:54:63:120:108:54:63:122:109 chr11 48347023 . C T 982.77 PASS AF=0.354354;AO=100;DP=336;FAO=118;FDP=333;FR=.,HEALED;FRO=212;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=117;FSRR=95;FWDB=-0.00344608;FXX=0.00596997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.561;QD=11.805;RBI=0.0167228;REFB=-0.0132876;REVB=-0.0163638;RO=167;SAF=52;SAR=48;SRF=107;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135169;STB=0.511626;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0151141;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:333:167:212:100:118:0.354354:48:52:107:60:55:63:117:95 chr11 48347067 . C T 991.48 PASS AF=0.394366;AO=112;DP=286;FAO=112;FDP=284;FR=.;FRO=172;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=99;FSRR=73;FWDB=-0.0101652;FXX=0.00699276;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.841;QD=13.9644;RBI=0.0189079;REFB=-0.0197306;REVB=-0.015943;RO=172;SAF=55;SAR=57;SRF=99;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911341;STB=0.551096;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0305395;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:284:172:172:112:112:0.394366:57:55:99:73:57:55:99:73 chr11 48347100 . C T 859.84 PASS AF=0.418502;AO=95;DP=226;FAO=95;FDP=227;FR=.;FRO=132;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=75;FSRR=57;FWDB=-0.0365118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.46;QD=15.1514;RBI=0.0365859;REFB=-0.00829287;REVB=-0.00232823;RO=131;SAF=39;SAR=56;SRF=75;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167925;STB=0.591585;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.013615;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:227:131:132:95:95:0.418502:56:39:75:56:56:39:75:57 chr11 48347124 . A G 622.6 PASS AF=0.416667;AO=69;DP=165;FAO=70;FDP=168;FR=.;FRO=98;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.0637993;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8044;QD=14.8238;RBI=0.088987;REFB=0.00127091;REVB=-0.0620349;RO=96;SAF=29;SAR=40;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105065;STB=0.568256;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00291929;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:168:96:98:69:70:0.416667:40:29:50:46:41:29:52:46 chr11 48347130 . C G 550.08 PASS AF=0.411765;AO=63;DP=155;FAO=63;FDP=153;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.000757264;FXX=0.0129024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8024;QD=14.3811;RBI=0.0205887;REFB=0.0245369;REVB=0.0205748;RO=92;SAF=26;SAR=37;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115919;STB=0.558472;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0342366;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:92:90:63:63:0.411765:37:26:48:44:37:26:46:44 chr11 48347140 . T C 2314.91 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181562;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.933;QD=63.8595;RBI=0.00619512;REFB=0;REVB=0.0059231;RO=0;SAF=68;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174246;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:77:68:0:0:77:68:0:0 chr11 48347142 . C T 495.6 PASS AF=0.378378;AO=56;DP=148;FAO=56;FDP=148;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0184129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.138;QD=13.3946;RBI=0.0216239;REFB=-0.00360612;REVB=-0.0113384;RO=92;SAF=23;SAR=33;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989314;STB=0.55616;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00560003;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:92:92:56:56:0.378378:33:23:46:46:33:23:46:46 chr11 48347144 . T C 484.37 PASS AF=0.37931;AO=55;DP=145;FAO=55;FDP=145;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.0178702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.263;QD=13.362;RBI=0.0550556;REFB=-0.00119319;REVB=0.0520748;RO=90;SAF=23;SAR=32;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10241;STB=0.558118;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00134218;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:90:90:55:55:0.37931:32:23:46:44:32:23:46:44 chr11 48347267 . T C 384.5 PASS AF=0.241667;AO=58;DP=240;FAO=58;FDP=240;FR=.;FRO=182;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=92;FSRR=90;FWDB=-0.00416075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.876;QD=6.40839;RBI=0.00905682;REFB=0.00504463;REVB=0.00804451;RO=180;SAF=23;SAR=35;SRF=91;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138367;STB=0.583304;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0259865;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:180:182:58:58:0.241667:35:23:91:89:35:23:92:90 chr11 48347306 . G T 309.1 PASS AF=0.216667;AO=46;DP=237;FAO=52;FDP=240;FR=.;FRO=188;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=88;FSRR=100;FWDB=-0.00812807;FXX=0.0123452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.321;QD=5.15167;RBI=0.00850007;REFB=-0.0052883;REVB=0.00248711;RO=187;SAF=19;SAR=27;SRF=89;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818048;STB=0.566903;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0210212;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:240:187:188:46:52:0.216667:27:19:89:98:32:20:88:100 chr11 48347342 . G A 221.31 PASS AF=0.181416;AO=41;DP=226;FAO=41;FDP=226;FR=.;FRO=185;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=84;FSRR=101;FWDB=-0.0506132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.257;QD=3.91707;RBI=0.057555;REFB=-0.0109303;REVB=-0.0274021;RO=184;SAF=14;SAR=27;SRF=84;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153733;STB=0.596166;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0503092;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:184:185:41:41:0.181416:27:14:84:100:27:14:84:101 chr11 48347346 . A T 150.17 PASS AF=0.148148;AO=32;DP=216;FAO=32;FDP=216;FR=.;FRO=184;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=84;FSRR=100;FWDB=-0.00712222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.945;QD=2.78096;RBI=0.0650078;REFB=-0.00864789;REVB=-0.0646164;RO=181;SAF=14;SAR=18;SRF=82;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201184;STB=0.516383;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0780794;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:181:184:32:32:0.148148:18:14:82:99:18:14:84:100 chr11 48347358 . C T 97.66 PASS AF=0.119403;AO=23;DP=199;FAO=24;FDP=201;FR=.;FRO=177;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=79;FSRR=98;FWDB=-0.0812666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6074;QD=1.94343;RBI=0.0836929;REFB=-0.00627562;REVB=0.020006;RO=168;SAF=9;SAR=14;SRF=75;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702243;STB=0.526605;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0077692;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:199:201:168:177:23:24:0.119403:14:9:75:93:14:10:79:98 chr11 48347363 . C T 99.1 PASS AF=0.120603;AO=24;DP=198;FAO=24;FDP=199;FR=.;FRO=175;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=78;FSRR=97;FWDB=-0.0385209;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.605;QD=1.99193;RBI=0.0416526;REFB=-0.00142635;REVB=-0.0158454;RO=173;SAF=9;SAR=15;SRF=76;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082724;STB=0.564148;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.01329;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:173:175:24:24:0.120603:15:9:76:97:15:9:78:97 chr11 48347392 . T C 111.94 PASS AF=0.15493;AO=21;DP=142;FAO=22;FDP=142;FR=.;FRO=120;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=75;FWDB=0.00254025;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.679;QD=3.15335;RBI=0.0118187;REFB=-0.00641716;REVB=0.0115425;RO=118;SAF=8;SAR=13;SRF=43;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224328;STB=0.510307;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0401581;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:118:120:21:22:0.15493:13:8:43:75:14:8:45:75 chr11 48347419 . A G 87.98 PASS AF=0.16;AO=16;DP=101;FAO=16;FDP=100;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=58;FWDB=-0.00112933;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6539;QD=3.51903;RBI=0.0368216;REFB=-0.006785;REVB=0.0368043;RO=81;SAF=7;SAR=9;SRF=24;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190382;STB=0.612142;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0300727;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:101:100:81:84:16:16:0.16:9:7:24:57:9:7:26:58 chr11 48347492 . G A 210.67 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0380754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.203;QD=19.1519;RBI=0.0457501;REFB=0.028921;REVB=-0.0253641;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181521;STB=0.603074;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0348435;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:12:11:14:7:12:11 chr11 48347498 . A T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00307159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.026;QD=17.9408;RBI=0.0121956;REFB=-0.0167692;REVB=-0.0118024;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169672;STB=0.596755;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0209636;OID=.;OPOS=48347498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:12:10:12:7:12:10 chr11 48366958 . T G 313.65 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.0264156;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.838;QD=11.6167;RBI=0.0306066;REFB=-0.00681041;REVB=0.015459;RO=63;SAF=18;SAR=21;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10646;STB=0.536005;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00354788;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:63:69:39:39:0.361111:21:18:23:40:21:18:28:41 chr11 48366971 . GG CA 338.67 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.0107878;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=2;MLLD=311.689;QD=12.5434;RBI=0.0109449;REFB=-0.00713001;REVB=-0.00184758;RO=67;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832195;STB=0.547302;STBP=0.42;TYPE=mnp;VARB=0.0124454;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:67:67:41:41:0.37963:22:19:26:41:22:19:26:41 chr11 48367050 . T TAG 285.48 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00229958;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.907;QD=12.688;RBI=0.0042302;REFB=-0.0155961;REVB=0.00355056;RO=58;SAF=13;SAR=20;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813161;STB=0.540516;STBP=0.576;TYPE=ins;VARB=0.0281717;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:33:92:33:90:57:13:20:26:31:99:58:13:20:27:31 chr11 48367073 . A C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138755;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.255;QD=61.6953;RBI=0.0247706;REFB=0;REVB=0.0205196;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43269e-05;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr11 48367097 . A G 272.61 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00862415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.944;QD=12.5336;RBI=0.0204245;REFB=-0.0178895;REVB=0.0185144;RO=55;SAF=12;SAR=20;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189037;STB=0.608627;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0306266;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:20:12:30:25:20:12:30:25 chr11 48367133 . C A 126.44 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0379123;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1675;QD=6.4843;RBI=0.0593236;REFB=0.000432431;REVB=-0.0456284;RO=59;SAF=6;SAR=13;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243034;STB=0.649838;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0025793;OID=.;OPOS=48367133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:59:59:19:19:0.24359:13:6:30:29:13:6:30:29 chr11 48367136 . C T 136.98 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0191184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.237;QD=7.11596;RBI=0.0414959;REFB=-0.0104837;REVB=-0.0368292;RO=56;SAF=7;SAR=13;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18606;STB=0.607367;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0231879;OID=.;OPOS=48367136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:56:57:20:20:0.25974:13:7:28:28:13:7:28:29 chr11 48367155 . T A 78.18 PASS AF=0.2;AO=12;DP=64;FAO=13;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0813457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8491;QD=4.8112;RBI=0.0829691;REFB=-0.0214595;REVB=-0.0163321;RO=38;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466829;STB=0.658287;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0644692;OID=.;OPOS=48367155;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:65:38:52:12:13:0.2:8:4:14:24:9:4:26:26 chr11 48367159 . C T 67.95 PASS AF=0.1875;AO=11;DP=62;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0151132;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.36;QD=4.2467;RBI=0.0276697;REFB=0.000559473;REVB=0.0231776;RO=49;SAF=2;SAR=9;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408866;STB=0.69965;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00140731;OID=.;OPOS=48367159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:62:64:49:52:11:12:0.1875:9:2:24:25:9:3:25:27 chr11 48367163 . A G 78.49 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.107264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1787;QD=4.90558;RBI=0.109477;REFB=-0.0104417;REVB=-0.0219027;RO=50;SAF=4;SAR=9;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221308;STB=0.636147;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0387616;OID=.;OPOS=48367163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:63:64:50:51:13:13:0.203125:9:4:24:26:9:4:24:27 chr11 48367170 . G A 68.72 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0238304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.173;QD=4.16466;RBI=0.140442;REFB=-0.00332215;REVB=-0.138405;RO=49;SAF=4;SAR=8;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245234;STB=0.624787;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00955616;OID=.;OPOS=48367170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:61:66:49:54:12:12:0.181818:8:4:26:23:8:4:26:28 chr11 48367190 . A T 134.45 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00748617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.335;QD=8.14864;RBI=0.0174865;REFB=0.00617504;REVB=0.0158031;RO=47;SAF=5;SAR=14;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309222;STB=0.686766;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0123701;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:14:5:24:23:14:5:24:23 chr11 48367195 . C T 154.88 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0152717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.464;QD=9.2464;RBI=0.0447813;REFB=-0.000657671;REVB=-0.0420968;RO=44;SAF=6;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210451;STB=0.64206;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00436531;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:46:21:21:0.313433:15:6:20:24:15:6:22:24 chr11 48367249 . C T 370.23 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.0039608;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.034;QD=14.1039;RBI=0.00958487;REFB=-0.0116854;REVB=-0.00872822;RO=61;SAF=14;SAR=29;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270326;STB=0.502019;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0127876;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:61:62:43:43:0.409524:29:14:20:41:29:14:20:42 chr11 48367252 . G A 386.98 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.00475761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8449;QD=14.072;RBI=0.0115967;REFB=-0.00421259;REVB=0.0105758;RO=65;SAF=16;SAR=29;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196605;STB=0.511087;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00577763;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:65:45:45:0.409091:29:16:22:43:29:16:22:43 chr11 48367311 . T C 609.41 PASS AF=0.365979;AO=70;DP=193;FAO=71;FDP=194;FR=.;FRO=123;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=59;FSRR=64;FWDB=-0.0333093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0091;QD=12.5651;RBI=0.0394661;REFB=-0.00302465;REVB=0.0211675;RO=117;SAF=29;SAR=41;SRF=53;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436333;STB=0.536686;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00447076;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:117:123:70:71:0.365979:41:29:53:64:41:30:59:64 chr11 48367363 . C T 668.28 PASS AF=0.350649;AO=81;DP=231;FAO=81;FDP=231;FR=.;FRO=150;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=68;FSRR=82;FWDB=0.0153779;FXX=0.00431016;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2957;QD=11.572;RBI=0.0178574;REFB=-0.0231872;REVB=0.00907773;RO=150;SAF=34;SAR=47;SRF=68;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03897;STB=0.522217;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0410571;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:150:150:81:81:0.350649:47:34:68:82:47:34:68:82 chr11 48367387 . C T 593.4 PASS AF=0.336323;AO=75;DP=223;FAO=75;FDP=223;FR=.;FRO=148;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=68;FSRR=80;FWDB=0.111536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2941;QD=10.644;RBI=0.111537;REFB=-0.00859644;REVB=-0.00036745;RO=148;SAF=29;SAR=46;SRF=68;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867237;STB=0.549765;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0171363;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:148:148:75:75:0.336323:46:29:68:80:46:29:68:80 chr11 48367419 . G A 592.86 PASS AF=0.353535;AO=70;DP=198;FAO=70;FDP=198;FR=.;FRO=128;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=75;FWDB=-0.00955203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.354;QD=11.9769;RBI=0.0187743;REFB=-0.00654557;REVB=-0.0161627;RO=123;SAF=31;SAR=39;SRF=52;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229004;STB=0.518937;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0127763;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:123:128:70:70:0.353535:39:31:52:71:39:31:53:75 chr11 48367424 . C G 583.65 PASS AF=0.35567;AO=69;DP=195;FAO=69;FDP=194;FR=.;FRO=125;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=74;FWDB=-0.0138292;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.021;QD=12.0341;RBI=0.0156949;REFB=0.000132936;REVB=0.00742182;RO=126;SAF=30;SAR=39;SRF=52;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255721;STB=0.517631;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.000354627;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:126:125:69:69:0.35567:39:30:52:74:39:30:51:74 chr11 48367455 . G A 481.17 PASS AF=0.369128;AO=55;DP=148;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=0.00640758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.797;QD=12.9172;RBI=0.00922638;REFB=-0.00100604;REVB=-0.00663845;RO=93;SAF=25;SAR=30;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394042;STB=0.525331;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00161504;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:93:94:55:55:0.369128:30:25:39:54:30:25:39:55 chr11 48367469 . TG CA 348.8 PASS AF=0.358333;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=-0.0197658;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=190.78;QD=11.6266;RBI=0.0198166;REFB=-0.0214165;REVB=-0.00141767;RO=76;SAF=20;SAR=23;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094603;STB=0.557492;STBP=0.39;TYPE=mnp;VARB=0.0277951;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:76:77:43:43:0.358333:23:20:29:47:23:20:29:48 chr11 48367474 . A G 353.03 PASS AF=0.37069;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=0.0164862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.675;QD=12.1734;RBI=0.0164877;REFB=0.0031278;REVB=-0.000221418;RO=73;SAF=21;SAR=22;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14699;STB=0.583531;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00379467;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:73:73:43:43:0.37069:22:21:26:47:22:21:26:47 chr11 48367499 . A G 227.93 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0176422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.836;QD=11.5405;RBI=0.0307234;REFB=-0.00722963;REVB=-0.0251531;RO=51;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318862;STB=0.682847;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0168045;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:11:17:16:35:11:17:16:35 chr11 48367511 . T G 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.023783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.224;QD=10.3432;RBI=0.0258278;REFB=-0.000156124;REVB=0.0100718;RO=41;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455238;STB=0.763958;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000623411;OID=.;OPOS=48367511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:6:15:12:29:6:15:12:29 chr11 48373748 . C G 171.69 PASS AF=0.262136;AO=24;DP=99;FAO=27;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.00788304;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5128;QD=6.66743;RBI=0.0190896;REFB=-0.00563513;REVB=0.0173859;RO=72;SAF=13;SAR=11;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153443;STB=0.571581;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0159403;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:72:76:24:27:0.262136:11:13:30:42:13:14:32:44 chr11 48373770 . T A 148.04 PASS AF=0.218182;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=110;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.00742171;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.178;QD=5.38343;RBI=0.0149621;REFB=0.00201172;REVB=0.0129917;RO=86;SAF=13;SAR=11;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961484;STB=0.559618;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00787914;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:86:86:24:24:0.218182:11:13:40:46:11:13:40:46 chr11 48373797 . C T 153.21 PASS AF=0.20155;AO=25;DP=128;FAO=26;FDP=129;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=0.00708953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.54;QD=4.75079;RBI=0.0323068;REFB=0.00151527;REVB=-0.0315193;RO=103;SAF=16;SAR=9;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150597;STB=0.574151;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0190139;OID=.;OPOS=48373797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:103:103:25:26:0.20155:9:16:54:49:10:16:54:49 chr11 48373805 . G A 185.74 PASS AF=0.20979;AO=30;DP=143;FAO=30;FDP=143;FR=.;FRO=113;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=50;FWDB=-0.0589082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1073;QD=5.19541;RBI=0.0599029;REFB=-0.0108263;REVB=-0.0108713;RO=111;SAF=19;SAR=11;SRF=61;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109881;STB=0.562306;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0336843;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:111:113:30:30:0.20979:11:19:61:50:11:19:63:50 chr11 48373815 . A G 175.45 PASS AF=0.194805;AO=31;DP=152;FAO=30;FDP=154;FR=.;FRO=124;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=74;FSRR=50;FWDB=0.0283138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2809;QD=4.55708;RBI=0.058114;REFB=-0.00129979;REVB=0.05075;RO=121;SAF=21;SAR=10;SRF=72;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11332;STB=0.560706;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00667361;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:121:124:31:30:0.194805:10:21:72:49:10:20:74:50 chr11 48373817 . C T 196.84 PASS AF=0.212903;AO=32;DP=154;FAO=33;FDP=155;FR=.;FRO=122;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=72;FSRR=50;FWDB=-0.00509591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.843;QD=5.07968;RBI=0.0106398;REFB=-0.00179574;REVB=-0.0093401;RO=119;SAF=22;SAR=10;SRF=69;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147195;STB=0.592216;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00700692;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:119:122:32:33:0.212903:10:22:69:50:10:23:72:50 chr11 48373827 . G A 185.8 PASS AF=0.2;AO=32;DP=160;FAO=32;FDP=160;FR=.;FRO=128;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=80;FSRR=48;FWDB=-0.0103415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.185;QD=4.64495;RBI=0.0106411;REFB=-0.00800692;REVB=0.00250718;RO=128;SAF=24;SAR=8;SRF=80;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185175;STB=0.617568;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0109882;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:128:128:32:32:0.2:8:24:80:48:8:24:80:48 chr11 48373885 . A G 566.28 PASS AF=0.277193;AO=78;DP=284;FAO=79;FDP=285;FR=.;FRO=206;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=103;FSRR=103;FWDB=0.0102457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.442;QD=7.94777;RBI=0.0102478;REFB=-0.00545234;REVB=0.000206369;RO=206;SAF=30;SAR=48;SRF=103;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144214;STB=0.578761;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0155336;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:285:206:206:78:79:0.277193:48:30:103:103:48:31:103:103 chr11 48373900 . A G 724.26 PASS AF=0.323944;AO=92;DP=284;FAO=92;FDP=284;FR=.;FRO=192;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=96;FSRR=96;FWDB=-0.000612918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4139;QD=10.2008;RBI=0.000793385;REFB=0.00640058;REVB=-0.000503776;RO=191;SAF=42;SAR=50;SRF=96;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542706;STB=0.529459;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0124397;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:191:192:92:92:0.323944:50:42:96:95:50:42:96:96 chr11 48373936 . A G 759.05 PASS AF=0.348148;AO=92;DP=268;FAO=94;FDP=270;FR=.;FRO=176;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=79;FSRR=97;FWDB=0.0316621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1601;QD=11.2451;RBI=0.0440218;REFB=-0.0054524;REVB=0.0305848;RO=172;SAF=39;SAR=53;SRF=76;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209281;STB=0.508391;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0114824;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:270:172:176:92:94:0.348148:53:39:76:96:53:41:79:97 chr11 48373946 . C A 1774.98 PASS AF=0.623529;AO=153;DP=250;FAO=159;FDP=255;FR=.;FRO=96;FSAF=68;FSAR=91;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.0214086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.743;QD=27.8429;RBI=0.0236311;REFB=-0.0225357;REVB=0.010005;RO=93;SAF=68;SAR=85;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508527;STB=0.503774;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0103627;OID=.;OPOS=48373946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:255:93:96:153:159:0.623529:85:68:42:51:91:68:42:54 chr11 48373976 . T G 691.52 PASS AF=0.376147;AO=83;DP=218;FAO=82;FDP=218;FR=.;FRO=136;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=81;FWDB=-0.000574177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.093;QD=12.6884;RBI=0.00308482;REFB=-0.00848361;REVB=-0.00303091;RO=135;SAF=33;SAR=50;SRF=55;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112062;STB=0.501278;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0145147;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:135:136:83:82:0.376147:50:33:55:80:49:33:55:81 chr11 48373986 . A G 575.6 PASS AF=0.357895;AO=67;DP=192;FAO=68;FDP=190;FR=.;FRO=122;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=71;FWDB=0.0592128;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.373;QD=12.1178;RBI=0.0602226;REFB=-0.00697229;REVB=0.0109816;RO=122;SAF=30;SAR=37;SRF=51;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341866;STB=0.524593;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0118757;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:122:122:67:68:0.357895:37:30:51:71:37:31:51:71 chr11 48374000 . C CT 78.87 PASS AF=0.278912;AO=38;DP=163;FAO=41;FDP=147;FR=.;FRO=106;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=70;FWDB=0.0730059;FXX=0.0067563;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.18026;QD=2.14619;RBI=0.156821;REFB=-0.0474953;REVB=0.138791;RO=110;SAF=19;SAR=19;SRF=40;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170287;STB=0.607427;STBP=0.122;TYPE=ins;VARB=0.00100203;OID=.;OPOS=48374001;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.278912:38:163:41:147:106:20:21:36:70:78:110:19:19:40:70 chr11 48387098 . A C 187.68 PASS AF=0.243697;AO=27;DP=117;FAO=29;FDP=119;FR=.;FRO=90;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.00465303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.981;QD=6.3084;RBI=0.00518946;REFB=-0.00949913;REVB=-0.00229779;RO=90;SAF=18;SAR=9;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14648;STB=0.550985;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0186089;OID=.;OPOS=48387098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:90:90:27:29:0.243697:9:18:50:40:11:18:50:40 chr11 48387107 . T C 125.85 PASS AF=0.192982;AO=22;DP=111;FAO=22;FDP=114;FR=.;FRO=92;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=-0.0136829;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.649;QD=4.41594;RBI=0.0188056;REFB=-0.00632153;REVB=-0.0129008;RO=89;SAF=14;SAR=8;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981496;STB=0.551042;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0515803;OID=.;OPOS=48387107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:89:92:22:22:0.192982:8:14:50:39:8:14:53:39 chr11 48387115 . G A 153.29 PASS AF=0.219298;AO=25;DP=114;FAO=25;FDP=114;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=0.00754068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.158;QD=5.37873;RBI=0.00879045;REFB=-0.0090848;REVB=-0.00451777;RO=89;SAF=16;SAR=9;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883636;STB=0.554937;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0342876;OID=.;OPOS=48387115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:89:89:25:25:0.219298:9:16:51:38:9:16:51:38 chr11 48387118 . G A 156.0 PASS AF=0.225225;AO=25;DP=111;FAO=25;FDP=111;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0378792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.42;QD=5.62158;RBI=0.0379153;REFB=-0.00210274;REVB=0.00165456;RO=86;SAF=16;SAR=9;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106957;STB=0.566211;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0153038;OID=.;OPOS=48387118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:86:86:25:25:0.225225:9:16:48:38:9:16:48:38 chr11 48387154 . A G 87.22 PASS AF=0.189873;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.00327716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.105;QD=4.4162;RBI=0.00408794;REFB=-0.0144849;REVB=-0.00244366;RO=63;SAF=10;SAR=5;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105988;STB=0.563549;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.027256;OID=.;OPOS=48387154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:79:79:63:64:15:15:0.189873:5:10:37:26:5:10:38:26 chr11 48387164 . G A 58.88 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0222138;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.409;QD=3.36463;RBI=0.0368742;REFB=-0.00239505;REVB=-0.0294321;RO=60;SAF=8;SAR=3;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173925;STB=0.61155;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0101422;OID=.;OPOS=48387164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:72:70:60:59:11:11:0.157143:3:8:36:24:3:8:36:23 chr11 48387335 . C A 144.54 PASS AF=0.193798;AO=25;DP=131;FAO=25;FDP=129;FR=.;FRO=104;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=66;FWDB=-0.0269028;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.524;QD=4.48179;RBI=0.0335582;REFB=-0.00458382;REVB=0.0200598;RO=105;SAF=11;SAR=14;SRF=38;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10314;STB=0.561893;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0134134;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:105:104:25:25:0.193798:14:11:38:67:14:11:38:66 chr11 48387370 . A G 169.4 PASS AF=0.189873;AO=29;DP=155;FAO=30;FDP=158;FR=.;FRO=128;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=78;FWDB=-0.00628709;FXX=0.0424217;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.428;QD=4.28852;RBI=0.00888907;REFB=-0.00248721;REVB=0.00628395;RO=126;SAF=18;SAR=11;SRF=50;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280697;STB=0.66492;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0120086;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:126:128:29:30:0.189873:11:18:50:76:12:18:50:78 chr11 48387424 . G T 391.34 PASS AF=0.254386;AO=57;DP=228;FAO=58;FDP=228;FR=.;FRO=170;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=63;FSRR=107;FWDB=-0.00154559;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.839;QD=6.86554;RBI=0.00661415;REFB=-0.0092902;REVB=0.00643103;RO=167;SAF=29;SAR=28;SRF=62;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172376;STB=0.60862;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0280739;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:167:170:57:58:0.254386:28:29:62:105:28:30:63:107 chr11 48387490 . G A 390.13 PASS AF=0.252174;AO=58;DP=229;FAO=58;FDP=230;FR=.;FRO=172;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=80;FSRR=92;FWDB=-0.0322771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.921;QD=6.78488;RBI=0.0334823;REFB=-0.00156552;REVB=0.00890218;RO=171;SAF=32;SAR=26;SRF=79;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111999;STB=0.564571;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00505196;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:171:172:58:58:0.252174:26:32:79:92:26:32:80:92 chr11 48387506 . A G 342.59 PASS AF=0.254902;AO=49;DP=204;FAO=52;FDP=204;FR=.;FRO=152;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=74;FSRR=78;FWDB=0.00480206;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9131;QD=6.71754;RBI=0.0215624;REFB=-0.00798852;REVB=0.0210209;RO=140;SAF=28;SAR=21;SRF=65;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132912;STB=0.567296;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0192265;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:140:152:49:52:0.254902:21:28:65:75:22:30:74:78 chr11 48387526 . G T 249.4 PASS AF=0.223464;AO=40;DP=179;FAO=40;FDP=179;FR=.;FRO=139;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=-0.00921087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.911;QD=5.57308;RBI=0.0107369;REFB=-0.00950062;REVB=0.00551724;RO=139;SAF=23;SAR=17;SRF=68;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109098;STB=0.566755;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0298084;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:139:139:40:40:0.223464:17:23:68:71:17:23:68:71 chr11 48387535 . T C 257.13 PASS AF=0.238095;AO=40;DP=168;FAO=40;FDP=168;FR=.;FRO=128;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=-0.0359529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1278;QD=6.12205;RBI=0.0591491;REFB=0.00436997;REVB=0.0469681;RO=125;SAF=22;SAR=18;SRF=59;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976963;STB=0.555858;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0112769;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:125:128:40:40:0.238095:18:22:59:66:18:22:61:67 chr11 48387540 . G T 221.1 PASS AF=0.220859;AO=34;DP=161;FAO=36;FDP=163;FR=.;FRO=127;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=0.0265743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.973;QD=5.42564;RBI=0.0281162;REFB=-0.0043834;REVB=-0.00918289;RO=123;SAF=18;SAR=16;SRF=57;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836593;STB=0.558551;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.012455;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:123:127:34:36:0.220859:16:18:57:66:16:20:61:66 chr11 48387580 . G T 74.82 PASS AF=0.162791;AO=14;DP=86;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0544613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1918;QD=3.48012;RBI=0.080913;REFB=0.00268444;REVB=0.0598405;RO=72;SAF=8;SAR=6;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551444;STB=0.53686;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0124031;OID=.;OPOS=48387580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:86:86:72:72:14:14:0.162791:6:8:38:34:6:8:38:34 chr11 48387582 . C T 71.73 PASS AF=0.162791;AO=13;DP=85;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0645796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.598;QD=3.33645;RBI=0.0645865;REFB=-0.00690719;REVB=0.000942792;RO=72;SAF=7;SAR=6;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133706;STB=0.53686;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0317762;OID=.;OPOS=48387582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:85:86:72:72:13:14:0.162791:6:7:38:34:6:8:38:34 chr11 48387584 . A T 76.34 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.00602077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4046;QD=3.63521;RBI=0.00613959;REFB=-0.00320632;REVB=0.00120203;RO=67;SAF=8;SAR=6;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989539;STB=0.547876;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.018243;OID=.;OPOS=48387584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:67:70:14:14:0.166667:6:8:33:34:6:8:36:34 chr11 48387591 . A G 71.48 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00602836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.556;QD=3.76185;RBI=0.0686342;REFB=-0.00921052;REVB=-0.068369;RO=61;SAF=8;SAR=5;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115147;STB=0.577199;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0414284;OID=.;OPOS=48387591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:61:63:13:13:0.171053:5:8:32:29:5:8:33:30 chr11 48387604 . C T 55.3 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0114163;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.307;QD=3.51132;RBI=0.0448053;REFB=0.00163625;REVB=0.0433265;RO=54;SAF=8;SAR=2;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271703;STB=0.696534;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00876453;OID=.;OPOS=48387604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:64:63:54:53:10:10:0.15873:2:8:33:21:2:8:32:21 chr11 48387825 . T G 46.44 PASS AF=0.0869565;AO=14;DP=159;FAO=14;FDP=161;FR=.;FRO=147;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=78;FWDB=0.00964678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.476;QD=1.15385;RBI=0.0571897;REFB=-0.00310896;REVB=-0.0563702;RO=145;SAF=3;SAR=11;SRF=68;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308249;STB=0.747503;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0386306;OID=.;OPOS=48387825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:159:161:145:147:14:14:0.0869565:11:3:68:77:11:3:69:78 chr11 48387833 . T C 51.31 PASS AF=0.0914634;AO=15;DP=164;FAO=15;FDP=164;FR=.;FRO=149;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=70;FSRR=79;FWDB=0.0608979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.446;QD=1.25152;RBI=0.0611368;REFB=-0.00218412;REVB=-0.0053995;RO=149;SAF=4;SAR=11;SRF=70;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245958;STB=0.693089;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0344569;OID=.;OPOS=48387833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:164:164:149:149:15:15:0.0914634:11:4:70:79:11:4:70:79 chr11 48387850 . G T 61.05 PASS AF=0.0942408;AO=18;DP=191;FAO=18;FDP=191;FR=.;FRO=173;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=84;FSRR=89;FWDB=0.00117299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.726;QD=1.27848;RBI=0.00696729;REFB=-0.00518296;REVB=-0.00686784;RO=172;SAF=5;SAR=13;SRF=83;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248886;STB=0.69384;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0320714;OID=.;OPOS=48387850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:191:191:172:173:18:18:0.0942408:13:5:83:89:13:5:84:89 chr11 48387890 . T C 109.03 PASS AF=0.116183;AO=29;DP=241;FAO=28;FDP=241;FR=.;FRO=213;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=110;FSRR=103;FWDB=-0.0240579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.159;QD=1.80964;RBI=0.0272824;REFB=-0.00362916;REVB=-0.0128666;RO=211;SAF=10;SAR=19;SRF=110;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220971;STB=0.640849;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0255459;OID=.;OPOS=48387890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:211:213:29:28:0.116183:19:10:110:101:18:10:110:103 chr11 48387894 . C T 109.76 PASS AF=0.116667;AO=28;DP=240;FAO=28;FDP=240;FR=.;FRO=212;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=109;FSRR=103;FWDB=-0.0428604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3409;QD=1.8294;RBI=0.0461648;REFB=-0.0316414;REVB=-0.0171514;RO=212;SAF=10;SAR=18;SRF=109;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195822;STB=0.638922;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0278219;OID=.;OPOS=48387894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:212:212:28:28:0.116667:18:10:109:103:18:10:109:103 chr11 48387900 . G A 109.79 PASS AF=0.116667;AO=28;DP=240;FAO=28;FDP=240;FR=.;FRO=212;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=111;FSRR=101;FWDB=-0.00681918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9737;QD=1.82981;RBI=0.00712465;REFB=-0.0119415;REVB=0.00206385;RO=212;SAF=10;SAR=18;SRF=111;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206893;STB=0.64657;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.046049;OID=.;OPOS=48387900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:212:212:28:28:0.116667:18:10:111:101:18:10:111:101 chr11 48387919 . G A 130.96 PASS AF=0.127572;AO=28;DP=240;FAO=31;FDP=243;FR=.;FRO=212;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=111;FSRR=101;FWDB=-0.0141518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.527;QD=2.15573;RBI=0.0156268;REFB=-0.00140048;REVB=0.00662739;RO=211;SAF=12;SAR=16;SRF=110;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115329;STB=0.562576;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0055408;OID=.;OPOS=48387919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:243:211:212:28:31:0.127572:16:12:110:101:17:14:111:101 chr11 48387930 . T C 108.68 PASS AF=0.114754;AO=28;DP=244;FAO=28;FDP=244;FR=.;FRO=216;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=111;FSRR=105;FWDB=0.0200392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.003;QD=1.78155;RBI=0.0203729;REFB=0.004428;REVB=0.00367197;RO=215;SAF=15;SAR=13;SRF=110;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299865;STB=0.519352;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0121031;OID=.;OPOS=48387930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:215:216:28:28:0.114754:13:15:110:105:13:15:111:105 chr11 48387946 . G T 103.5 PASS AF=0.113445;AO=27;DP=235;FAO=27;FDP=238;FR=.;FRO=211;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=110;FSRR=101;FWDB=0.0149469;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.828;QD=1.73944;RBI=0.0162688;REFB=-0.000369671;REVB=0.0064238;RO=186;SAF=13;SAR=14;SRF=103;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908752;STB=0.535255;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00155073;OID=.;OPOS=48387946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:238:186:211:27:27:0.113445:14:13:103:83:14:13:110:101 chr11 48387960 . T C 141.43 PASS AF=0.136752;AO=32;DP=233;FAO=32;FDP=234;FR=.;FRO=202;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=105;FSRR=97;FWDB=0.0162807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9819;QD=2.41764;RBI=0.0216906;REFB=-0.004501;REVB=0.0143325;RO=199;SAF=14;SAR=18;SRF=103;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101812;STB=0.570851;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0476978;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:199:202:32:32:0.136752:18:14:103:96:18:14:105:97 chr11 48387978 . T A 154.94 PASS AF=0.148649;AO=33;DP=222;FAO=33;FDP=222;FR=.;FRO=189;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=95;FSRR=94;FWDB=-0.0135904;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.126;QD=2.79178;RBI=0.0146209;REFB=-0.00352508;REVB=0.0053919;RO=187;SAF=13;SAR=20;SRF=93;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133178;STB=0.593024;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0194334;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:187:189:33:33:0.148649:20:13:93:94:20:13:95:94 chr11 48387983 . T C 188.85 PASS AF=0.168182;AO=37;DP=220;FAO=37;FDP=220;FR=.;FRO=183;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=87;FSRR=96;FWDB=-0.000305602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.273;QD=3.43354;RBI=0.00427336;REFB=-0.00284982;REVB=0.00426242;RO=181;SAF=16;SAR=21;SRF=85;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048292;STB=0.53604;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0337432;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:181:183:37:37:0.168182:21:16:85:96:21:16:87:96 chr11 48997107 . G A 1390.46 PASS AF=0.951456;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0429065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.263;QD=53.9983;RBI=0.0429429;REFB=-0.117081;REVB=0.00176631;RO=4;SAF=44;SAR=54;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225442;STB=0.517155;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00532331;OID=.;OPOS=48997107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:103:103:4:5:98:98:0.951456:54:44:3:1:54:44:4:1 chr11 48997334 . T G 1212.97 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.774;QD=59.8998;RBI=0.0185139;REFB=-0.00655691;REVB=0.00322084;RO=1;SAF=36;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129667;STB=0.506665;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=1.48638e-05;OID=.;OPOS=48997334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:1:1:78:80:0.987654:42:36:1:0:43:37:1:0 chr11 49000558 . G A 1320.36 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.493;QD=62.1348;RBI=0.0359796;REFB=0;REVB=0.00309955;RO=0;SAF=7;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.77324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12992e-05;OID=.;OPOS=49000558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:78:7:0:0:78:7:0:0 chr11 49055751 . T C 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0163263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.916;QD=18.7952;RBI=0.0342947;REFB=-0.0115441;REVB=0.0301593;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19179;STB=0.608601;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0177443;OID=.;OPOS=49055751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:16:11:14:9:16:11 chr11 49059362 . C A 1299.61 PASS AF=0.501916;AO=131;DP=262;FAO=131;FDP=261;FR=.;FRO=130;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=79;FSRR=51;FWDB=0.020122;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.818;QD=19.9175;RBI=0.0203007;REFB=-0.0194514;REVB=0.00268754;RO=130;SAF=68;SAR=63;SRF=79;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809469;STB=0.544342;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0253072;OID=.;OPOS=49059362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:130:130:131:131:0.501916:63:68:79:51:63:68:79:51 chr11 49075605 . G A 657.92 PASS AF=0.458065;AO=71;DP=155;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0184083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.925;QD=16.9786;RBI=0.0200819;REFB=-0.00159738;REVB=0.00802596;RO=84;SAF=43;SAR=28;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139517;STB=0.577531;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00229415;OID=.;OPOS=49075605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:84:84:71:71:0.458065:28:43:39:45:28:43:39:45 chr11 49080616 . T C 434.18 PASS AF=0.393701;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=-0.0601178;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7449;QD=13.6749;RBI=0.0602225;REFB=0.00324231;REVB=-0.00355086;RO=77;SAF=18;SAR=32;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262126;STB=0.514812;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00404082;OID=.;OPOS=49080616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:77:77:50:50:0.393701:32:18:26:51:32:18:26:51 chr11 49196490 . T C 63.77 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0498624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.836;QD=4.72361;RBI=0.049864;REFB=0.000758688;REVB=-0.000401066;RO=44;SAF=6;SAR=4;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115993;STB=0.507677;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.00285572;OID=.;OPOS=49196490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:4:6:26:18:4:6:26:18 chr11 49197416 . A G 634.34 PASS AF=0.53719;AO=61;DP=117;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00555211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.53;QD=20.97;RBI=0.0194923;REFB=-0.00991554;REVB=-0.0186849;RO=56;SAF=32;SAR=29;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566188;STB=0.516649;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0107063;OID=.;OPOS=49197416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:56:56:61:65:0.53719:29:32:33:23:29:36:33:23 chr11 49207315 . A G 206.98 PASS AF=0.217105;AO=33;DP=152;FAO=33;FDP=152;FR=.;FRO=119;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=0.00457427;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.175;QD=5.44679;RBI=0.00489078;REFB=-0.00381166;REVB=0.00173082;RO=118;SAF=15;SAR=18;SRF=60;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684076;STB=0.545427;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0125722;OID=.;OPOS=49207315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:118:119:33:33:0.217105:18:15:60:58:18:15:61:58 chr11 49221885 . T A 525.95 PASS AF=0.326923;AO=68;DP=208;FAO=68;FDP=208;FR=.;FRO=140;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=70;FSRR=70;FWDB=-0.0295438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.289;QD=10.1145;RBI=0.0299983;REFB=-0.00646915;REVB=0.00520231;RO=139;SAF=25;SAR=43;SRF=70;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16191;STB=0.591145;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0105806;OID=.;OPOS=49221885;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:139:140:68:68:0.326923:43:25:70:69:43:25:70:70 chr11 49227620 . A G 403.96 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0127291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9051;QD=13.8106;RBI=0.0128401;REFB=-0.00382737;REVB=-0.0016847;RO=69;SAF=24;SAR=23;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729824;STB=0.536428;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00456364;OID=.;OPOS=49227620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:70:47:47:0.401709:23:24:40:29:23:24:40:30 chr11 49598178 . G A 3858.9 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335377;FXX=0.00793619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.407;QD=61.7424;RBI=0.0443416;REFB=-0.0269393;REVB=0.0290068;RO=1;SAF=144;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447576;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101929;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:251:250:1:0:250:250:1:106:144:0:1:106:144:0:0 chr11 49598207 . T C 875.19 PASS AF=0.419913;AO=96;DP=230;FAO=97;FDP=231;FR=.;FRO=134;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=77;FSRR=57;FWDB=0.0432966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2162;QD=15.1548;RBI=0.0478486;REFB=-0.0182066;REVB=-0.0203689;RO=134;SAF=48;SAR=48;SRF=77;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778793;STB=0.546232;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0212434;OID=.;OPOS=49598207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:134:134:96:97:0.419913:48:48:77:57:49:48:77:57 chr11 49598209 . T C 3494.06 PASS AF=1;AO=224;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181489;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.624;QD=62.394;RBI=0.0405804;REFB=0.0251032;REVB=0.0362958;RO=0;SAF=120;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39578e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209213;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:224:224:0:0:224:224:1:104:120:0:0:105:119:0:0 chr11 49830142 . G T 1467.72 PASS AF=0.485437;AO=150;DP=310;FAO=150;FDP=309;FR=.;FRO=159;FSAF=65;FSAR=85;FSRF=80;FSRR=79;FWDB=-0.00395344;FXX=0.00643066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.795;QD=18.9997;RBI=0.0070711;REFB=-0.0172571;REVB=0.00586266;RO=159;SAF=65;SAR=85;SRF=80;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658799;STB=0.536214;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0180298;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:309:159:159:150:150:0.485437:85:65:80:79:85:65:80:79 chr11 49973979 . C T 340.94 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0387805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7116;QD=13.37;RBI=0.0419467;REFB=-0.0019449;REVB=-0.0159876;RO=61;SAF=20;SAR=20;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148789;STB=0.588193;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00228723;OID=.;OPOS=49973979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:62:40:40:0.392157:20:20:39:22:20:20:40:22 chr11 49974371 . G A 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.836;QD=61.0456;RBI=0.0290296;REFB=0;REVB=-0.0173772;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96599e-06;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr11 49974670 . C T 253.46 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.033248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8582;QD=12.8335;RBI=0.0338793;REFB=0.00980141;REVB=-0.00651008;RO=49;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615701;STB=0.535295;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.0168398;OID=.;OPOS=49974670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:17:13:24:25:17:13:24:25 chr11 49974931 . G A 750.04 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748029;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.199;QD=63.8331;RBI=0.0250037;REFB=0;REVB=0.0238586;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228906;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr11 50003191 . C A 926.29 PASS AF=0.472081;AO=90;DP=192;FAO=93;FDP=197;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=-0.00236279;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1012;QD=18.8079;RBI=0.0191553;REFB=0.0064581;REVB=-0.019009;RO=98;SAF=43;SAR=47;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661342;STB=0.531209;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.0126889;OID=.;OPOS=50003191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:197:98:104:90:93:0.472081:47:43:40:58:50:43:42:62 chr11 51411510 . C T 1375.45 PASS AF=0.482877;AO=122;DP=278;FAO=141;FDP=292;FR=.;FRO=151;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=68;FSRR=83;FWDB=0.00879878;FXX=0.0168344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.617;QD=18.8418;RBI=0.0105472;REFB=-0.0133483;REVB=0.00581589;RO=148;SAF=53;SAR=69;SRF=62;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015661;STB=0.509301;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0135565;OID=.;OPOS=51411510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:292:148:151:122:141:0.482877:69:53:62:86:80:61:68:83 chr11 51412379 . T C 543.28 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.054843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.527;QD=22.6368;RBI=0.067401;REFB=-0.0291804;REVB=-0.0391808;RO=45;SAF=25;SAR=26;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744881;STB=0.540988;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0257888;OID=.;OPOS=51412379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:26:25:26:19:26:25:26:19 chr11 51515460 . C T 1117.12 PASS AF=0.518349;AO=102;DP=207;FAO=113;FDP=218;FR=.;FRO=105;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.0770556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.889;QD=20.4977;RBI=0.0875132;REFB=-0.0131571;REVB=0.0414849;RO=105;SAF=54;SAR=48;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315517;STB=0.504424;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0134311;OID=.;OPOS=51515460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:218:105:105:102:113:0.518349:48:54:52:53:56:57:52:53 chr11 51515640 . A G 294.83 PASS AF=0.272727;AO=42;DP=154;FAO=42;FDP=154;FR=.;FRO=112;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=75;FWDB=-0.0101107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.378;QD=7.658;RBI=0.0221999;REFB=-0.00117047;REVB=0.0197638;RO=112;SAF=26;SAR=16;SRF=37;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343276;STB=0.701156;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00399635;OID=.;OPOS=51515640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:112:112:42:42:0.272727:16:26:37:75:16:26:37:75 chr11 51515912 . C T 715.21 PASS AF=0.482993;AO=71;DP=147;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.0046753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6261;QD=19.4615;RBI=0.0344947;REFB=-0.0263113;REVB=-0.0341763;RO=75;SAF=46;SAR=25;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347748;STB=0.523803;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0156041;OID=.;OPOS=51515912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:75:76:71:71:0.482993:25:46:46:29:25:46:46:30 chr11 51516000 . C T 373.05 PASS AF=0.421053;AO=38;DP=92;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0870784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4137;QD=15.7075;RBI=0.0878792;REFB=5.62935e-05;REVB=0.0118371;RO=54;SAF=15;SAR=23;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204479;STB=0.600472;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00190702;OID=.;OPOS=51516000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:54:55:38:40:0.421053:23:15:32:22:23:17:33:22 chr11 51516036 . G A 248.25 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0119813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.072;QD=13.986;RBI=0.0126133;REFB=-0.00878201;REVB=0.00394277;RO=42;SAF=12;SAR=17;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187301;STB=0.606485;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00744655;OID=.;OPOS=51516036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:17:12:25:17:17:12:25:17 chr11 55111238 . C A 797.89 PASS AF=0.522876;AO=80;DP=153;FAO=80;FDP=153;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=50;FWDB=-0.0596896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.023;QD=20.8598;RBI=0.0616975;REFB=0.000962162;REVB=0.015612;RO=73;SAF=35;SAR=45;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110089;STB=0.560221;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00105436;OID=.;OPOS=55111238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:73:73:80:80:0.522876:45:35:23:50:45:35:23:50 chr11 55111584 . A T 720.74 PASS AF=0.560976;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0054515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.935;QD=23.4388;RBI=0.00713945;REFB=-0.00548837;REVB=0.00461008;RO=52;SAF=25;SAR=44;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260996;STB=0.503816;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00347617;OID=.;OPOS=55111584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:52:54:69:69:0.560976:44:25:19:33:44:25:20:34 chr11 55135435 . C T 906.61 PASS AF=0.511364;AO=90;DP=176;FAO=90;FDP=176;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.00647682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.939;QD=20.6048;RBI=0.01573;REFB=0.00996141;REVB=-0.0143347;RO=85;SAF=40;SAR=50;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338257;STB=0.521624;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00889647;OID=.;OPOS=55135435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:85:86:90:90:0.511364:50:40:41:44:50:40:42:44 chr11 55322211 . A G 919.3 PASS AF=0.486772;AO=91;DP=188;FAO=92;FDP=189;FR=.;FRO=97;FSAF=29;FSAR=63;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.007853;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.942;QD=19.456;RBI=0.00836421;REFB=-0.0044289;REVB=0.00287931;RO=97;SAF=29;SAR=62;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23192;STB=0.629743;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00510992;OID=.;OPOS=55322211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:97:97:91:92:0.486772:62:29:54:43:63:29:54:43 chr11 55322298 . C T 639.33 PASS AF=0.442953;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=0.00189108;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8453;QD=17.1632;RBI=0.0427085;REFB=-0.0207802;REVB=-0.0426666;RO=84;SAF=35;SAR=31;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172897;STB=0.593313;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0220383;OID=.;OPOS=55322298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:84:83:66:66:0.442953:31:35:30:54:31:35:30:53 chr11 55322638 . C T 482.71 PASS AF=0.37415;AO=55;DP=147;FAO=55;FDP=147;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0548234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.915;QD=13.1349;RBI=0.0602148;REFB=-0.00678323;REVB=-0.0249042;RO=92;SAF=24;SAR=31;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465727;STB=0.526464;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0157215;OID=.;OPOS=55322638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:92:92:55:55:0.37415:31:24:44:48:31:24:44:48 chr11 55339652 . C T 893.8 PASS AF=0.461929;AO=91;DP=197;FAO=91;FDP=197;FR=.;FRO=106;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=-0.0149701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4518;QD=18.1482;RBI=0.0548136;REFB=0.022238;REVB=-0.0527298;RO=106;SAF=53;SAR=38;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053496;STB=0.529632;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.0173088;OID=.;OPOS=55339652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:106:106:91:91:0.461929:38:53:56:50:38:53:56:50 chr11 55339798 . C T 1064.39 PASS AF=0.507109;AO=106;DP=212;FAO=107;FDP=211;FR=.;FRO=104;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=-0.00358615;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2753;QD=20.178;RBI=0.00618906;REFB=-0.00389347;REVB=0.00504421;RO=102;SAF=49;SAR=57;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189959;STB=0.521945;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00462076;OID=.;OPOS=55339798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:102:104:106:107:0.507109:57:49:45:57:57:50:44:60 chr11 55339829 . A G 2696.56 PASS AF=0.935;AO=187;DP=204;FAO=187;FDP=200;FR=.;FRO=13;FSAF=97;FSAR=90;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00443268;FXX=0.0196069;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.881;QD=53.9312;RBI=0.0096777;REFB=-0.0250769;REVB=0.00860286;RO=13;SAF=97;SAR=90;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214809;STB=0.511308;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000266204;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:204:200:13:13:187:187:0.935:90:97:9:4:90:97:9:4 chr11 55340379 . T C 569.31 PASS AF=0.417808;AO=61;DP=147;FAO=61;FDP=146;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0128703;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3241;QD=15.5975;RBI=0.0163653;REFB=0.00407766;REVB=0.0101083;RO=85;SAF=20;SAR=41;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23976;STB=0.634806;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00654741;OID=.;OPOS=55340379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:85:85:61:61:0.417808:41:20:47:38:41:20:47:38 chr11 55406022 . C G 1070.2 PASS AF=0.973684;AO=71;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0276504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.716;QD=56.3261;RBI=0.0554051;REFB=-0.035411;REVB=0.0480123;RO=2;SAF=41;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225076;STB=0.511901;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00168136;OID=.;OPOS=55406022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:71:74:0.973684:30:41:2:0:33:41:2:0 chr11 55418693 . T C 993.89 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123988;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.174;QD=59.3368;RBI=0.0195053;REFB=0;REVB=0.0150575;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45706e-05;OID=.;OPOS=55418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr11 55433040 . T C 281.64 PASS AF=0.415584;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=0.0092211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.184;QD=14.6306;RBI=0.0139634;REFB=-0.00190857;REVB=0.0104855;RO=44;SAF=25;SAR=6;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871186;STB=0.539135;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00302272;OID=.;OPOS=55433040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:44:45:31:32:0.415584:6:25:33:11:7:25:33:12 chr11 55433292 . C T 883.22 PASS AF=0.452381;AO=95;DP=210;FAO=95;FDP=210;FR=.;FRO=115;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=0.00997657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.121;QD=16.8232;RBI=0.0121505;REFB=-0.00377212;REVB=0.00693564;RO=115;SAF=48;SAR=47;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00949087;STB=0.505262;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00455603;OID=.;OPOS=55433292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:115:115:95:95:0.452381:47:48:57:58:47:48:57:58 chr11 55541098 . G A 1491.61 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4546;QD=63.4727;RBI=0.0384673;REFB=0;REVB=-0.0157561;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183509;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr11 55563336 . A T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0058656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.287;QD=16.8831;RBI=0.0318197;REFB=-0.0465322;REVB=-0.0312744;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668581;STB=0.53841;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0585379;OID=.;OPOS=55563336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:8:9:9:6:8:9 chr11 55563776 . T G 1899.12 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.005;QD=60.7718;RBI=0.0472555;REFB=-0.0912001;REVB=0.0322577;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000131911;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:0:1:124:124:0.992:69:55:0:0:69:55:0:1 chr11 55587117 . T A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.519;QD=62.9827;RBI=0.0626061;REFB=0;REVB=-0.062266;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467361;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr11 55587511 . A G 3727.11 PASS AF=0.97561;AO=237;DP=247;FAO=240;FDP=246;FR=.;FRO=6;FSAF=96;FSAR=144;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0186647;FXX=0.0120477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.546;QD=60.6033;RBI=0.0309065;REFB=-0.0558243;REVB=0.0246341;RO=6;SAF=93;SAR=144;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00529907;STB=0.502538;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.000386459;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:247:246:6:6:237:240:0.97561:144:93:3:3:144:96:3:3 chr11 55587914 . A G 316.97 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.000614173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.808;QD=11.9611;RBI=0.0104262;REFB=-0.0147788;REVB=0.0104081;RO=65;SAF=19;SAR=20;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112378;STB=0.503386;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0293919;OID=.;OPOS=55587914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:67:39:39:0.367925:20:19:31:34:20:19:33:34 chr11 55606302 . G T 2370.73 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746716;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.313;QD=61.1802;RBI=0.0118349;REFB=0;REVB=0.00918181;RO=0;SAF=76;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8655e-05;OID=.;OPOS=55606302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:154:155:1:78:76:0:0:78:77:0:0 chr11 55606818 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.425;QD=57.2375;RBI=0.0529067;REFB=0;REVB=0.0526222;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192604;OID=.;OPOS=55606818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr11 55652963 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.885;QD=59.8383;RBI=0.0150178;REFB=0;REVB=-0.0106203;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106867;OID=.;OPOS=55652963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr11 55652971 . C A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.121;QD=60.2302;RBI=0.0334752;REFB=0;REVB=0.014467;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122188;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr11 55653164 . G A 787.8 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0627118;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.064;QD=57.2948;RBI=0.0627903;REFB=0;REVB=0.00313873;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115354;OID=.;OPOS=55653164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr11 55656483 . T A 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.249;QD=62.0219;RBI=0.0490962;REFB=0;REVB=0.0322052;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29217e-05;OID=.;OPOS=55656483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr11 55681494 . G A 726.9 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.389;QD=63.2085;RBI=0.026904;REFB=0;REVB=0.0214963;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016905;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr11 55735631 . A G 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0260931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.458;QD=14.1942;RBI=0.0683075;REFB=-0.00013606;REVB=0.0631273;RO=22;SAF=3;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43021;STB=0.752581;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00272504;OID=.;OPOS=55735631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:12:3:13:9:12:3:13:9 chr11 55746891 . G A 5998.3 PASS AF=1;AO=380;DP=382;FAO=380;FDP=380;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=235;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141498;FXX=0.00523546;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.036;QD=63.14;RBI=0.0167391;REFB=-0.0529234;REVB=0.00894317;RO=1;SAF=145;SAR=235;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00202646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550094;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:382:380:1:0:380:380:1:235:145:0:1:235:145:0:0 chr11 55761221 . C T 1572.81 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4155;QD=62.9123;RBI=0.0734882;REFB=-0.110686;REVB=0.068908;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.504131;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000785083;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:0:1:99:99:0.99:60:39:0:0:60:39:0:1 chr11 55761738 . T G 2255.09 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.923;QD=63.5236;RBI=0.0176564;REFB=0;REVB=-0.00211578;RO=0;SAF=60;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28203e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96172e-05;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:82:60:0:0:82:60:0:0 chr11 55798152 . G A 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.031;QD=59.8537;RBI=0.0366017;REFB=0;REVB=-0.00542718;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4011e-05;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr11 55872876 . C T 5416.85 PASS AF=0.991379;AO=343;DP=349;FAO=345;FDP=348;FR=.;FRO=3;FSAF=164;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0407746;FXX=0.00286525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.762;QD=62.2626;RBI=0.0410032;REFB=-0.0296241;REVB=0.00432406;RO=2;SAF=162;SAR=181;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00524237;STB=0.504109;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.000204144;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:349:348:2:3:343:345:0.991379:181:162:0:2:181:164:0:3 chr11 55873024 . A G 3243.58 PASS AF=0.99061;AO=210;DP=217;FAO=211;FDP=213;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=107;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00693319;FXX=0.0184323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.809;QD=60.9123;RBI=0.00702157;REFB=-0.0971829;REVB=-0.00111057;RO=1;SAF=104;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455871;STB=0.504761;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000319095;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:217:213:1:2:210:211:0.99061:106:104:1:0:107:104:2:0 chr11 55873368 . G A 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2986;QD=62.1609;RBI=0.0285086;REFB=0;REVB=0.024888;RO=0;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98786e-05;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:33:52:0:0:33:52:0:0 chr11 55890257 . C T 3559.56 PASS AF=0.966667;AO=230;DP=238;FAO=232;FDP=240;FR=.;FRO=8;FSAF=108;FSAR=124;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00657906;FXX=0.00414921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8882;QD=59.326;RBI=0.0173591;REFB=0.0121548;REVB=0.0160641;RO=8;SAF=106;SAR=124;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105577;STB=0.505337;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.000221634;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:238:240:8:8:230:232:0.966667:124:106:5:3:124:108:5:3 chr11 56000403 . C G 2148.68 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00280595;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8166;QD=63.1964;RBI=0.0480939;REFB=0;REVB=0.048012;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117727;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:73:62:0:0:74:62:0:0 chr11 56000600 . G T 271.56 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00182414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.597;QD=20.8895;RBI=0.00682311;REFB=-0.0213352;REVB=-0.00657475;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132178;STB=0.573718;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0138291;OID=.;OPOS=56000600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:24:20:28:0.538462:12:8:10:8:15:13:15:9 chr11 56043604 . A G 3098.03 PASS AF=0.994898;AO=195;DP=196;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.947;QD=63.2252;RBI=0.035225;REFB=0.0508601;REVB=-0.0232067;RO=1;SAF=97;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488451;STB=0.502538;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-4.57515e-05;OID=.;OPOS=56043604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:196:1:1:195:195:0.994898:98:97:1:0:97:98:1:0 chr11 56043702 . G C 1115.53 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.254;QD=60.299;RBI=0.0365862;REFB=0;REVB=0.0315447;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99981e-05;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:41:30:0:0:44:30:0:0 chr11 56058197 . G A 2640.35 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.321;QD=62.126;RBI=0.0337244;REFB=0;REVB=0.0336946;RO=0;SAF=91;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14638e-05;OID=.;OPOS=56058197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:79:91:0:0:79:91:0:0 chr11 56086147 . T G 971.99 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.49;QD=58.9084;RBI=0.0620593;REFB=0;REVB=0.0219797;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532685;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr11 56113516 . T C 1300.91 PASS AF=0.966292;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00270272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.282;QD=58.468;RBI=0.0759623;REFB=-0.114222;REVB=0.0759143;RO=1;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126311;STB=0.519476;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00127913;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:88:89:1:3:85:86:0.966292:37:48:0:1:37:49:0:3 chr11 56113575 . A G 2858.21 PASS AF=0.989362;AO=184;DP=189;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=106;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00352937;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.418;QD=60.8129;RBI=0.0517073;REFB=-0.293121;REVB=0.0515867;RO=2;SAF=106;SAR=78;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120498;STB=0.506172;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00142086;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:189:188:2:2:184:186:0.989362:78:106:0:2:80:106:0:2 chr11 56113593 . C A 3330.31 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468225;FXX=0.00462942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.46;QD=61.9592;RBI=0.0189113;REFB=-0.0504379;REVB=0.0183225;RO=1;SAF=119;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398694;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95904e-06;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:216:215:1:0:215:215:1:96:119:1:0:96:119:0:0 chr11 56127746 . A G 1236.84 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.598;QD=61.0783;RBI=0.0117423;REFB=0;REVB=0.0100565;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262121;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:81:0:0:75:81:1:26:49:0:0:31:50:0:0 chr11 56128524 . C T 1540.58 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.581;QD=59.8285;RBI=0.0118212;REFB=0;REVB=-0.0061011;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39441e-06;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:58:45:0:0:58:45:0:0 chr11 56143156 . C T 3174.33 PASS AF=0.97235;AO=207;DP=215;FAO=211;FDP=217;FR=.;FRO=6;FSAF=91;FSAR=120;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0154386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.322;QD=58.513;RBI=0.0269166;REFB=-0.0754325;REVB=0.0220489;RO=6;SAF=90;SAR=117;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146556;STB=0.507472;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00249353;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:215:217:6:6:207:211:0.97235:117:90:1:5:120:91:1:5 chr11 56143158 . A G 3316.57 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510539;FXX=0.0229347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.07;QD=62.283;RBI=0.0524476;REFB=0;REVB=0.0120104;RO=0;SAF=90;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01099e-05;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:213:0:0:209:213:1:119:90:0:0:120:93:0:0 chr11 56143570 . A G 44.77 PASS AF=0.0843373;AO=14;DP=167;FAO=14;FDP=166;FR=.;FRO=152;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=73;FSRR=79;FWDB=0.00994179;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.144;QD=1.07877;RBI=0.0367226;REFB=0.00480604;REVB=0.0353512;RO=148;SAF=9;SAR=5;SRF=72;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180335;STB=0.64816;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0448833;OID=.;OPOS=56143570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:167:166:148:152:14:14:0.0843373:5:9:72:76:5:9:73:79 chr11 56143592 . C T 1912.84 PASS AF=0.805556;AO=145;DP=180;FAO=145;FDP=180;FR=.;FRO=35;FSAF=68;FSAR=77;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0112738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.125;QD=42.5075;RBI=0.0158008;REFB=-0.0407456;REVB=0.0110709;RO=34;SAF=68;SAR=77;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532147;STB=0.525493;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00878512;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:34:35:145:145:0.805556:77:68:21:13:77:68:21:14 chr11 56143690 . C A 431.04 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0169923;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.24;QD=14.4887;RBI=0.024574;REFB=-0.0030118;REVB=0.0177522;RO=68;SAF=19;SAR=30;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192254;STB=0.608203;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0103881;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:68:70:49:49:0.411765:30:19:39:29:30:19:40:30 chr11 56143696 . C T 306.88 PASS AF=0.371681;AO=39;DP=111;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0281132;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.882;QD=10.863;RBI=0.0515224;REFB=-0.0376065;REVB=0.0431765;RO=70;SAF=15;SAR=24;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208649;STB=0.599448;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0830494;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:70:71:39:42:0.371681:24:15:40:30:25:17:40:31 chr11 56143716 . TG CA 126.74 PASS AF=0.2;AO=21;DP=105;FAO=21;FDP=105;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.00566516;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.029;QD=4.82814;RBI=0.014418;REFB=-0.00925059;REVB=-0.0132584;RO=84;SAF=9;SAR=12;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120241;STB=0.576015;STBP=0.464;TYPE=mnp;VARB=0.0449424;OID=.;OPOS=56143716;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:84:84:21:21:0.2:12:9:44:40:12:9:44:40 chr11 56143723 . T C 109.11 PASS AF=0.180952;AO=19;DP=105;FAO=19;FDP=105;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.00113902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.914;QD=4.15647;RBI=0.0255289;REFB=-0.00855187;REVB=-0.0255035;RO=86;SAF=9;SAR=10;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626945;STB=0.540498;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0450533;OID=.;OPOS=56143723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:86:86:19:19:0.180952:10:9:45:41:10:9:45:41 chr11 56143725 . C G 106.57 PASS AF=0.17757;AO=19;DP=107;FAO=19;FDP=107;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.00418196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.031;QD=3.98375;RBI=0.027128;REFB=-0.000460342;REVB=-0.0268037;RO=88;SAF=9;SAR=10;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477036;STB=0.530941;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0066662;OID=.;OPOS=56143725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:88:88:19:19:0.17757:10:9:45:43:10:9:45:43 chr11 56143729 . CC TG 71.37 PASS AF=0.141414;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=99;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.016688;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=2;MLLD=248.444;QD=2.88374;RBI=0.026892;REFB=-0.00188898;REVB=-0.0210877;RO=84;SAF=8;SAR=6;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744997;STB=0.556441;STBP=0.687;TYPE=mnp;VARB=0.0156665;OID=.;OPOS=56143729;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:100:99:84:85:14:14:0.141414:6:8:43:41:6:8:43:42 chr11 56184888 . G A 2734.56 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056264;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.575;QD=61.4508;RBI=0.00563239;REFB=0.0516715;REVB=-0.00025981;RO=1;SAF=83;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158509;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:178:1:0:169:178:1:86:83:0:1:94:84:0:0 chr11 56185345 . A G 725.37 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00713301;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.236;QD=54.7449;RBI=0.0276614;REFB=0.00667098;REVB=0.0267258;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-9.50964e-05;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:29:23:1:0:29:23:1:0 chr11 56258141 . CT C,GC,TC 162.21 PASS AF=0.48,0.01,0.02;AO=40,4,5;DP=101;FAO=48,1,2;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=11,0,0;FSAR=37,1,2;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.179123,0.0672417,0.0334805;FXX=0.0384578;HRUN=5,1,1;LEN=1,2,2;MLLD=8.96972,23.2512,79.7597;QD=6.4883;RBI=0.292884,0.0673371,0.0824248;REFB=-0.103138,-0.0523117,-0.00414085;REVB=-0.231723,0.00358404,-0.0753187;RO=38;SAF=9,0,0;SAR=31,4,5;SRF=26;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.425614,-0.66027,-0.697112;STB=0.719681,0.992504,0.996104;STBP=0,0.261,0.069;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.164935,0.0212241,0.0720483;OID=.,.,.;OPOS=56258142,56258141,56258141;OREF=T,CT,CT;OALT=-,GC,TC;OMAPALT=C,GC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:38:49:40,4,5:48,1,2:0.48,0.01,0.02:31,4,5:9,0,0:26:12:37,1,2:11,0,0:31:18 chr11 56294338 . G A 2110.77 PASS AF=0.985507;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0173758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.789;QD=61.1818;RBI=0.037603;REFB=-0.130464;REVB=0.0333477;RO=2;SAF=61;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125071;STB=0.506578;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000468241;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:138:2:2:136:136:0.985507:75:61:0:2:75:61:0:2 chr11 56310222 . C T 1175.86 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.23;QD=60.3004;RBI=0.0560027;REFB=0;REVB=0.0347051;RO=0;SAF=25;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167223;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:50:25:0:0:51:27:0:0 chr11 56344993 . C A 1538.23 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000349486;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.764;QD=59.737;RBI=0.0320642;REFB=0;REVB=0.0320623;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79015e-05;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:103:0:0:98:103:1:53:45:0:0:57:46:0:0 chr11 56380134 . C G 1412.39 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.81511e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.746;QD=62.7727;RBI=0.0305783;REFB=0;REVB=0.0305783;RO=0;SAF=54;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41855e-06;OID=.;OPOS=56380134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:90:0:0:79:90:1:25:54:0:0:33:57:0:0 chr11 56431216 . C T 2140.41 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.538;QD=62.9532;RBI=0.0476572;REFB=0;REVB=0.00853927;RO=0;SAF=70;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82259e-05;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:66:70:0:0:66:70:0:0 chr11 56467881 . T C 1318.16 PASS AF=0.482014;AO=134;DP=278;FAO=134;FDP=278;FR=.;FRO=144;FSAF=78;FSAR=56;FSRF=71;FSRR=73;FWDB=0.00122483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3568;QD=18.9663;RBI=0.0289952;REFB=0.0192601;REVB=0.0289693;RO=144;SAF=78;SAR=56;SRF=71;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847687;STB=0.546663;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0216173;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:144:144:134:134:0.482014:56:78:71:73:56:78:71:73 chr11 56467926 . A G 1780.52 PASS AF=0.46;AO=181;DP=397;FAO=184;FDP=400;FR=.;FRO=216;FSAF=100;FSAR=84;FSRF=113;FSRR=103;FWDB=-0.0204647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0733;QD=17.8052;RBI=0.0504207;REFB=-0.00760112;REVB=-0.0460809;RO=216;SAF=98;SAR=83;SRF=112;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02269;STB=0.511039;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00939559;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:400:216:216:181:184:0.46:83:98:112:104:84:100:113:103 chr11 56467945 . G T 1865.03 PASS AF=0.442478;AO=200;DP=452;FAO=200;FDP=452;FR=.;FRO=252;FSAF=111;FSAR=89;FSRF=137;FSRR=115;FWDB=0.0163085;FXX=0.00220746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.194;QD=16.5047;RBI=0.0176036;REFB=-0.00866861;REVB=-0.00662732;RO=245;SAF=110;SAR=90;SRF=130;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194653;STB=0.506395;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0132603;OID=.;OPOS=56467945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:452:452:245:252:200:200:0.442478:90:110:130:115:89:111:137:115 chr11 56468020 . TG CA 1322.77 PASS AF=0.388175;AO=150;DP=388;FAO=151;FDP=389;FR=.;FRO=238;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=117;FSRR=121;FWDB=-0.0223872;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.093;QD=13.6017;RBI=0.0232786;REFB=-0.0231297;REVB=0.00638013;RO=235;SAF=79;SAR=71;SRF=116;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359774;STB=0.523389;STBP=0.454;TYPE=mnp;VARB=0.0396727;OID=.;OPOS=56468020;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:389:235:238:150:151:0.388175:71:79:116:119:71:80:117:121 chr11 56468044 . T G 4049.6 PASS AF=0.937716;AO=271;DP=291;FAO=271;FDP=289;FR=.;FRO=18;FSAF=111;FSAR=160;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0256607;FXX=0.0102736;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.815;QD=56.0498;RBI=0.0280435;REFB=-0.00396008;REVB=-0.0113123;RO=9;SAF=111;SAR=160;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162189;STB=0.501334;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=2.11014e-05;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:291:289:9:18:271:271:0.937716:160:111:6:3:160:111:7:11 chr11 56468047 . AC GT 4263.82 PASS AF=1;AO=268;DP=275;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254257;FXX=0.0287759;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.968;QD=63.1677;RBI=0.0254258;REFB=0;REVB=-6.68758e-05;RO=0;SAF=114;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.69694e-05;OID=.;OPOS=56468047;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:275:270:0:0:268:270:1:154:114:0:0:154:116:0:0 chr11 56468111 . C T 725.74 PASS AF=0.396226;AO=84;DP=210;FAO=84;FDP=212;FR=.;FRO=128;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=78;FWDB=-0.0142553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.436;QD=13.6932;RBI=0.0177648;REFB=0.000497523;REVB=-0.0106008;RO=125;SAF=40;SAR=44;SRF=50;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818196;STB=0.552024;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00092597;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:212:125:128:84:84:0.396226:44:40:50:75:44:40:50:78 chr11 56468198 . A G 600.21 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0248066;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.325;QD=18.0516;RBI=0.025701;REFB=-0.0290908;REVB=-0.00672111;RO=71;SAF=29;SAR=33;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242963;STB=0.513489;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.03256;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:71:62:62:0.466165:33:29:35:36:33:29:35:36 chr11 56468200 . C T 594.25 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00337948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5978;QD=17.478;RBI=0.00338532;REFB=0.00620941;REVB=0.000198769;RO=74;SAF=30;SAR=32;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00256006;STB=0.501424;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.00714157;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:74:62:62:0.455882:32:30:36:38:32:30:36:38 chr11 56468202 . G A 653.49 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=136;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0143564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.989;QD=19.2204;RBI=0.0186034;REFB=-0.0268767;REVB=0.0118314;RO=70;SAF=33;SAR=33;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132965;STB=0.507351;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0325742;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:70:70:66:66:0.485294:33:33:34:36:33:33:34:36 chr11 56468212 . G A 561.9 PASS AF=0.434783;AO=60;DP=138;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0053705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.265;QD=16.287;RBI=0.0707181;REFB=-0.00609778;REVB=0.0705139;RO=78;SAF=28;SAR=32;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467027;STB=0.526103;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00414202;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:78:78:60:60:0.434783:32:28:40:38:32:28:40:38 chr11 56468259 . C T 760.87 PASS AF=0.487654;AO=79;DP=162;FAO=79;FDP=162;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0248429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.907;QD=18.787;RBI=0.0273559;REFB=-0.0380159;REVB=0.0114532;RO=81;SAF=39;SAR=40;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452608;STB=0.518369;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.02266;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:81:83:79:79:0.487654:40:39:36:45:40:39:38:45 chr11 56468368 . C T 641.73 PASS AF=0.378109;AO=76;DP=205;FAO=76;FDP=201;FR=.;FRO=125;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=0.00458026;FXX=0.0195112;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.7;QD=12.7707;RBI=0.0731943;REFB=-0.0109612;REVB=-0.0730509;RO=121;SAF=30;SAR=46;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760338;STB=0.544221;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0195805;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:201:121:125:76:76:0.378109:46:30:56:65:46:30:58:67 chr11 56468403 . G A 510.9 PASS AF=0.319048;AO=67;DP=212;FAO=67;FDP=210;FR=.;FRO=143;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=65;FSRR=78;FWDB=-0.00131564;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5557;QD=9.73135;RBI=0.0147423;REFB=-0.00706958;REVB=-0.0146835;RO=140;SAF=27;SAR=40;SRF=64;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650015;STB=0.535964;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0220076;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:210:140:143:67:67:0.319048:40:27:64:76:40:27:65:78 chr11 56468416 . G A 363.03 PASS AF=0.258373;AO=54;DP=210;FAO=54;FDP=209;FR=.;FRO=155;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=74;FSRR=81;FWDB=0.091046;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6423;QD=6.94803;RBI=0.112145;REFB=-0.0129277;REVB=0.0654759;RO=156;SAF=25;SAR=29;SRF=74;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142629;STB=0.510759;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.047823;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:156:155:54:54:0.258373:29:25:74:82:29:25:74:81 chr11 56468440 . G T 393.18 PASS AF=0.274112;AO=54;DP=197;FAO=54;FDP=197;FR=.;FRO=143;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=68;FSRR=75;FWDB=0.00593298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.401;QD=7.98328;RBI=0.011561;REFB=0.00436893;REVB=0.00992248;RO=143;SAF=27;SAR=27;SRF=68;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300933;STB=0.51776;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.023615;OID=.;OPOS=56468440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:143:143:54:54:0.274112:27:27:68:75:27:27:68:75 chr11 56468448 . AA GT 296.89 PASS AF=0.240437;AO=44;DP=188;FAO=44;FDP=183;FR=.;FRO=139;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=66;FSRR=73;FWDB=0.00266866;FXX=0.0265943;HRUN=4;LEN=2;MLLD=146.358;QD=6.48947;RBI=0.0234827;REFB=0.00487338;REVB=0.0233305;RO=137;SAF=19;SAR=25;SRF=65;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540212;STB=0.532967;STBP=0.672;TYPE=mnp;VARB=-0.0123646;OID=.;OPOS=56468448;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:183:137:139:44:44:0.240437:25:19:65:72:25:19:66:73 chr11 56468452 . A C 342.15 PASS AF=0.263441;AO=49;DP=186;FAO=49;FDP=186;FR=.;FRO=137;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=64;FSRR=73;FWDB=0.0168715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7377;QD=7.35804;RBI=0.0190371;REFB=-0.00404403;REVB=0.00881852;RO=135;SAF=24;SAR=25;SRF=64;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194496;STB=0.516689;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0101084;OID=.;OPOS=56468452;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:135:137:49:49:0.263441:25:24:64:71:25:24:64:73 chr11 56468493 . A G 421.06 PASS AF=0.294737;AO=55;DP=188;FAO=56;FDP=190;FR=.;FRO=134;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=71;FSRR=63;FWDB=0.0300855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6818;QD=8.8644;RBI=0.030353;REFB=-0.00425173;REVB=-0.00402046;RO=131;SAF=41;SAR=14;SRF=69;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28709;STB=0.655538;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.010284;OID=.;OPOS=56468493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:131:134:55:56:0.294737:14:41:69:62:15:41:71:63 chr11 56468554 . A C 754.8 PASS AF=0.341818;AO=93;DP=274;FAO=94;FDP=275;FR=.;FRO=181;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=98;FSRR=83;FWDB=-0.0476718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7208;QD=10.9789;RBI=0.0606534;REFB=-0.00291121;REVB=-0.0374999;RO=180;SAF=57;SAR=36;SRF=98;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813994;STB=0.551355;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00595559;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:275:180:181:93:94:0.341818:36:57:98:82:36:58:98:83 chr11 56468560 . TA CG 751.09 PASS AF=0.327526;AO=94;DP=289;FAO=94;FDP=287;FR=.;FRO=193;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=99;FSRR=94;FWDB=-0.00559974;FXX=0.0137452;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.642;QD=10.4681;RBI=0.0178845;REFB=-0.00957561;REVB=-0.0169853;RO=189;SAF=60;SAR=34;SRF=97;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150022;STB=0.586868;STBP=0.034;TYPE=mnp;VARB=0.0256096;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:287:189:193:94:94:0.327526:34:60:97:92:34:60:99:94 chr11 56468637 . C T 757.58 PASS AF=0.306748;AO=99;DP=326;FAO=100;FDP=326;FR=.;FRO=226;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=111;FSRR=115;FWDB=-0.00338661;FXX=0.00609737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.49;QD=9.29551;RBI=0.00882935;REFB=-0.0251567;REVB=-0.00815403;RO=220;SAF=53;SAR=46;SRF=110;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422876;STB=0.533891;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0414492;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:220:226:99:100:0.306748:46:53:110:110:46:54:111:115 chr11 56468646 . C T 737.26 PASS AF=0.311321;AO=99;DP=318;FAO=99;FDP=318;FR=.;FRO=219;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=108;FSRR=111;FWDB=-0.0214361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.477;QD=9.27372;RBI=0.0224023;REFB=-0.00854139;REVB=0.00650847;RO=218;SAF=51;SAR=48;SRF=108;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235307;STB=0.515148;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0188104;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:218:219:99:99:0.311321:48:51:108:110:48:51:108:111 chr11 56468694 . C T 363.3 PASS AF=0.26;AO=51;DP=199;FAO=52;FDP=200;FR=.;FRO=148;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=70;FSRR=78;FWDB=-0.0315536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0921;QD=7.26608;RBI=0.0435449;REFB=-0.010955;REVB=-0.0300088;RO=148;SAF=24;SAR=27;SRF=70;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00298188;STB=0.505778;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0296519;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:148:148:51:52:0.26:27:24:70:78:27:25:70:78 chr11 56468699 . T A 319.68 PASS AF=0.25;AO=47;DP=188;FAO=47;FDP=188;FR=.;FRO=141;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=66;FSRR=75;FWDB=0.00481219;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.906;QD=6.8017;RBI=0.00788854;REFB=0.000253877;REVB=0.00625075;RO=139;SAF=22;SAR=25;SRF=64;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00960155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003813;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:139:141:47:47:0.25:25:22:64:75:25:22:66:75 chr11 56468704 . T C 270.55 PASS AF=0.241379;AO=40;DP=172;FAO=42;FDP=174;FR=.;FRO=132;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=70;FWDB=0.0239119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8166;QD=6.21944;RBI=0.0322763;REFB=-0.0150937;REVB=0.0216791;RO=132;SAF=19;SAR=21;SRF=62;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00671434;STB=0.522978;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0424798;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:132:132:40:42:0.241379:21:19:62:70:21:21:62:70 chr11 56468720 . T C 219.89 PASS AF=0.23913;AO=33;DP=139;FAO=33;FDP=138;FR=.;FRO=105;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=-0.0161195;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.824;QD=6.37371;RBI=0.0173489;REFB=-0.0125997;REVB=-0.00641447;RO=105;SAF=16;SAR=17;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468001;STB=0.528384;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0344095;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:105:105:33:33:0.23913:17:16:47:58:17:16:47:58 chr11 56508525 . A G 1025.87 PASS AF=0.935065;AO=72;DP=77;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0417778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.184;QD=53.292;RBI=0.0521183;REFB=-0.100309;REVB=0.0311599;RO=5;SAF=29;SAR=43;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500446;STB=0.526523;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00400947;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:77:77:5:5:72:72:0.935065:43:29:4:1:43:29:4:1 chr11 56510672 . T C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0105953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.987;QD=43.0157;RBI=0.0130408;REFB=-0.0334266;REVB=0.00760278;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608641;STB=0.533291;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00100993;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:7:9:0:1:7:9:0:1 chr11 56756399 . G T 486.6 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0109621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9127;QD=18.8972;RBI=0.0119945;REFB=-0.0143216;REVB=-0.00486839;RO=50;SAF=19;SAR=32;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448141;STB=0.536941;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0154216;OID=.;OPOS=56756399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:52:51:51:0.495146:32:19:21:29:32:19:23:29 chr11 56756664 . G A 596.1 PASS AF=0.5;AO=55;DP=127;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0574826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7811;QD=18.6282;RBI=0.0575507;REFB=0.00593138;REVB=-0.00280022;RO=60;SAF=24;SAR=31;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130061;STB=0.51562;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0086;OID=.;OPOS=56756664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:60:64:55:64:0.5:31:24:27:33:31:33:31:33 chr11 56954846 . C T 1366.28 PASS AF=0.474916;AO=142;DP=301;FAO=142;FDP=299;FR=.;FRO=157;FSAF=82;FSAR=60;FSRF=73;FSRR=84;FWDB=-0.0221328;FXX=0.0066443;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.099;QD=18.2779;RBI=0.0221485;REFB=-0.017978;REVB=-0.000832354;RO=159;SAF=82;SAR=60;SRF=75;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102022;STB=0.5594;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0220202;OID=.;OPOS=56954846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:299:159:157:142:142:0.474916:60:82:75:84:60:82:73:84 chr11 56956516 . G A 514.97 PASS AF=0.401408;AO=57;DP=142;FAO=57;FDP=142;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.0683454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0518;QD=14.5062;RBI=0.0686147;REFB=0.00407824;REVB=0.00607345;RO=84;SAF=29;SAR=28;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790768;STB=0.547644;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00530359;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:84:85:57:57:0.401408:28:29:49:35:28:29:50:35 chr11 57004344 . G T 333.1 PASS AF=0.45122;AO=31;DP=79;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0239499;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.901;QD=16.2487;RBI=0.0239799;REFB=-0.0213345;REVB=0.00119975;RO=45;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166927;STB=0.600469;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0250662;OID=.;OPOS=57004344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:45:45:31:37:0.45122:15:16:16:29:17:20:16:29 chr11 57081197 . G C 2690.73 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2554;QD=62.2134;RBI=0.0626428;REFB=0;REVB=0.056441;RO=0;SAF=94;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012248;OID=.;OPOS=57081197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:172:173:1:78:94:0:0:78:95:0:0 chr11 57137371 . G A 1896.28 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.333;QD=61.6675;RBI=0.0315671;REFB=0;REVB=0.0239342;RO=0;SAF=70;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.66488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83154e-05;OID=.;OPOS=57137371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:53:70:0:0:53:70:0:0 chr11 57137424 . C T 2310.24 PASS AF=0.993548;AO=151;DP=154;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0957;QD=59.6192;RBI=0.0143089;REFB=-0.0192798;REVB=0.00827156;RO=1;SAF=77;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061376;STB=0.503105;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000700127;OID=.;OPOS=57137424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:155:1:1:151:154:0.993548:74:77:1:0:74:80:1:0 chr11 57147016 . A G 3202.32 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.44;QD=61.8805;RBI=0.0155753;REFB=0;REVB=0.0146253;RO=0;SAF=105;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.98531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74829e-05;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:207:0:0:206:207:1:101:105:0:0:102:105:0:0 chr11 57148175 . A G 3687.46 PASS AF=1;AO=233;DP=235;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215897;FXX=0.0126577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.254;QD=63.0335;RBI=0.0410997;REFB=-0.105041;REVB=-0.0349724;RO=0;SAF=109;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13672e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392743;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:235:234:0:0:233:234:1:124:109:0:0:124:110:0:0 chr11 57155001 . G A 6130.77 PASS AF=1;AO=386;DP=390;FAO=388;FDP=388;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=236;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146536;FXX=0.0127223;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.094;QD=63.2038;RBI=0.00147909;REFB=-0.0188512;REVB=0.000201054;RO=2;SAF=152;SAR=234;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00109419;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101282;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:390:388:2:0:386:388:1:234:152:1:1:236:152:0:0 chr11 57155288 . T C 9368.52 PASS AF=1;AO=583;DP=590;FAO=587;FDP=587;FR=.;FRO=0;FSAF=253;FSAR=334;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024069;FXX=0.0117843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.159;QD=63.84;RBI=0.0281836;REFB=-0.0151247;REVB=0.0146628;RO=1;SAF=249;SAR=334;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00191412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42014e-06;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:590:587:1:0:583:587:1:334:249:1:0:334:253:0:0 chr11 57157405 . A G 647.83 PASS AF=0.955556;AO=44;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00852088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2007;QD=57.5847;RBI=0.0244491;REFB=-0.0398215;REVB=-0.0229162;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.501557;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0107909;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:1:2:44:43:0.955556:23:21:0:1:23:20:1:1 chr11 57185248 . T TG 35.41 PASS AF=0.140351;AO=34;DP=168;FAO=24;FDP=171;FR=.;FRO=147;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=79;FWDB=-0.0316198;FXX=0.00581362;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.8848;QD=0.828358;RBI=0.126616;REFB=-0.0117355;REVB=-0.122604;RO=132;SAF=16;SAR=18;SRF=68;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568501;STB=0.674274;STBP=0.077;TYPE=ins;VARB=0.118387;OID=.;OPOS=57185249;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.140351:34:168:24:171:147:16:8:68:79:35:132:16:18:68:64 chr11 57310307 . A G 419.36 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.012138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.764;QD=20.2101;RBI=0.0129164;REFB=-0.0123487;REVB=0.00441605;RO=39;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127853;STB=0.505744;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0112011;OID=.;OPOS=57310307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:41:42:42:0.506024:20:22:21:18:20:22:21:20 chr11 57353983 . T G 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00764956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.068;QD=14.7407;RBI=0.017882;REFB=0.00423236;REVB=0.0161632;RO=41;SAF=11;SAR=19;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24667;STB=0.639757;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00678714;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:19:11:25:16:19:11:25:16 chr11 57367467 . T C 427.34 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0172717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.261;QD=16.9243;RBI=0.0178816;REFB=0.0256145;REVB=-0.00463025;RO=54;SAF=20;SAR=26;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872807;STB=0.500875;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0326738;OID=.;OPOS=57367467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:46:46:0.455446:26:20:23:31:26:20:24:31 chr11 57381989 . G A 54.73 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0121885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7238;QD=9.12121;RBI=0.012319;REFB=0.0150317;REVB=-0.00178836;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216346;STB=0.592808;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0243562;OID=.;OPOS=57381989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:5:3:3:12:5:3:4:12 chr11 57391106 . G C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4698;QD=63.5817;RBI=0.0942835;REFB=0;REVB=-0.0920269;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127037;OID=.;OPOS=57391106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr11 57463500 . T C 656.35 PASS AF=0.585859;AO=58;DP=97;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0406484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1073;QD=26.5193;RBI=0.0428942;REFB=-0.000461058;REVB=-0.0136972;RO=39;SAF=25;SAR=33;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351122;STB=0.517297;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.000276355;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:39:41:58:58:0.585859:33:25:15:24:33:25:16:25 chr11 57468129 . T C 966.83 PASS AF=0.487805;AO=100;DP=205;FAO=100;FDP=205;FR=.;FRO=105;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=0.0358433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.631;QD=18.8649;RBI=0.0360598;REFB=-0.0268395;REVB=0.00394487;RO=104;SAF=40;SAR=60;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112085;STB=0.564343;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0194392;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:104:105:100:100:0.487805:60:40:54:50:60:40:55:50 chr11 57509103 . C T 397.78 PASS AF=0.4375;AO=41;DP=97;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0266011;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.753;QD=16.5741;RBI=0.0282973;REFB=-0.0405439;REVB=0.00964968;RO=52;SAF=12;SAR=29;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276421;STB=0.634309;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0362612;OID=.;OPOS=57509103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:52:54:41:42:0.4375:29:12:29:23:29:13:29:25 chr11 57509429 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.477;QD=42.1811;RBI=0.0454033;REFB=0;REVB=-0.0434635;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231463;OID=.;OPOS=57509429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr11 57563991 . C T 637.43 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=139;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00469385;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.947;QD=18.4762;RBI=0.0200866;REFB=0.00687047;REVB=-0.0195305;RO=70;SAF=31;SAR=34;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216405;STB=0.508593;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00913904;OID=.;OPOS=57563991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:70:73:65:65:0.471014:34:31:35:35:34:31:36:37 chr11 57571232 . C T 1607.04 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.717;QD=60.0762;RBI=0.00479985;REFB=0;REVB=0.00130731;RO=0;SAF=43;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.62468e-06;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:64:43:0:0:64:43:0:0 chr11 57585662 . C T 198.54 PASS AF=0.4;AO=26;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00496919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1528;QD=13.2359;RBI=0.0841517;REFB=-0.0521691;REVB=-0.0840048;RO=33;SAF=20;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197253;STB=0.581561;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0261036;OID=.;OPOS=57585662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:36:26:24:0.4:6:20:20:13:6:18:23:13 chr11 57798723 . A G 1597.02 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00905073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.365;QD=58.0735;RBI=0.0161978;REFB=-0.0299288;REVB=0.0134333;RO=1;SAF=61;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771838;STB=0.503999;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000289541;OID=.;OPOS=57798723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:110:1:1:108:109:0.990909:47:61:1:0:47:62:1:0 chr11 57798942 . A G 2326.86 PASS AF=0.99359;AO=153;DP=161;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00696616;FXX=0.031054;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2137;QD=59.6631;RBI=0.00719957;REFB=-0.0597481;REVB=-0.00181832;RO=1;SAF=78;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605988;STB=0.503144;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0015155;OID=.;OPOS=57798942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:161:156:1:1:153:155:0.99359:75:78:1:0:76:79:1:0 chr11 57947264 . C G 2371.04 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00196179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.934;QD=59.6488;RBI=0.00674465;REFB=-0.127186;REVB=0.00645303;RO=2;SAF=93;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228718;STB=0.501202;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-1.90035e-05;OID=.;OPOS=57947264;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:159:159:2:2:157:157:0.987421:64:93:1:1:64:93:1:1 chr11 57948141 . AT AA,A 86.02 PASS AF=0.0696203,0.113924;AO=13,45;DP=160;FAO=11,18;FDP=158;FR=.;FRO=129;FSAF=11,8;FSAR=0,10;FSRF=49;FSRR=80;FWDB=0.0395049,-0.0725693;FXX=0.030673;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=22.6438,7.44287;QD=2.1776;RBI=0.0638792,0.197945;REFB=-0.0242294,-0.0608692;REVB=-0.0501987,-0.184162;RO=75;SAF=11,14;SAR=2,31;SRF=35;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.483539,-0.182515;STB=0.999222,0.558077;STBP=0,0.643;TYPE=snp,del;VARB=0.058909,-0.0290143;OID=.,.;OPOS=57948142,57948142;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0696203,0.113924:13,45:160:11,18:158:129:11,8:0,10:49:80:33:75:11,14:2,31:35:40 chr11 57948952 . G A 685.6 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.462;QD=62.3271;RBI=0.0823003;REFB=0;REVB=0.0720384;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322782;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:13:29:0:0:14:30:0:0 chr11 57958775 . C T 940.16 PASS AF=0.494681;AO=93;DP=188;FAO=93;FDP=188;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=0.0107162;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.459;QD=20.0034;RBI=0.0127382;REFB=-0.00583242;REVB=-0.00688667;RO=95;SAF=36;SAR=57;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167984;STB=0.592496;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00542465;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:95:95:93:93:0.494681:57:36:54:41:57:36:54:41 chr11 57958972 . C A 237.6 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0161396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3912;QD=18.6356;RBI=0.024791;REFB=0.0252761;REVB=-0.0188178;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160967;STB=0.590478;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0261071;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:11:15:10:15:11:15 chr11 57970980 . AC GT 617.38 PASS AF=0.404624;AO=68;DP=179;FAO=70;FDP=173;FR=.;FRO=103;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.00890065;FXX=0.0388867;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.813;QD=14.2748;RBI=0.0323216;REFB=-0.0211384;REVB=-0.031072;RO=103;SAF=29;SAR=39;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429043;STB=0.513924;STBP=0.782;TYPE=mnp;VARB=0.0349163;OID=.;OPOS=57970980;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:173:103:103:68:70:0.404624:39:29:48:55:39:31:48:55 chr11 57971171 . C T 67.29 PASS AF=0.132075;AO=13;DP=104;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=0.0256193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8056;QD=2.53943;RBI=0.0303842;REFB=-0.0125465;REVB=-0.0163356;RO=90;SAF=5;SAR=8;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00890601;STB=0.531654;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0371502;OID=.;OPOS=57971171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:104:106:90:92:13:14:0.132075:8:5:34:56:9:5:36:56 chr11 57971195 . G A 454.73 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0240891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.965;QD=19.7708;RBI=0.0538121;REFB=-0.0207628;REVB=-0.0481192;RO=45;SAF=19;SAR=25;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928998;STB=0.554432;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0152229;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:45:47:44:45:0.48913:25:19:15:30:25:20:16:31 chr11 57971201 . G A 1482.47 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0421461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.313;QD=61.1329;RBI=0.0422508;REFB=-0.00938833;REVB=-0.00297245;RO=2;SAF=39;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023693;STB=0.512497;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00038077;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:56:39:2:0:56:39:2:0 chr11 57971478 . A G 871.82 PASS AF=0.468421;AO=89;DP=190;FAO=89;FDP=190;FR=.;FRO=101;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=-0.00700543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.965;QD=18.3541;RBI=0.0379736;REFB=-0.014719;REVB=0.0373218;RO=100;SAF=37;SAR=52;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04323;STB=0.521566;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.015095;OID=.;OPOS=57971478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:100:101:89:89:0.468421:52:37:46:54:52:37:46:55 chr11 57982229 . A G 1629.83 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874992;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.126;QD=60.3642;RBI=0.025323;REFB=0;REVB=0.0237633;RO=0;SAF=50;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16337e-05;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:56:50:0:0:58:50:0:0 chr11 57982584 . T C 2162.16 PASS AF=0.961039;AO=147;DP=153;FAO=148;FDP=154;FR=.;FRO=6;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0519109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5345;QD=56.16;RBI=0.0580684;REFB=-0.107106;REVB=-0.026023;RO=5;SAF=71;SAR=76;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323152;STB=0.513512;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0041171;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:153:154:5:6:147:148:0.961039:76:71:5:0:76:72:5:1 chr11 57982620 . A G 2159.66 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.802;QD=63.0559;RBI=0.0207474;REFB=0;REVB=0.00482705;RO=0;SAF=71;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13964e-05;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:66:71:0:0:66:71:0:0 chr11 57982726 . G T 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.307;QD=58.236;RBI=0.00984102;REFB=0;REVB=-0.00898475;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.70901e-06;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:23:39:0:0:23:39:0:0 chr11 57982763 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.412;QD=62.35;RBI=0.0266981;REFB=0;REVB=0.0122683;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260024;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr11 57982832 . T A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8047;QD=61.6837;RBI=0.0539495;REFB=0;REVB=0.0297396;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107807;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr11 57982896 . G T 2116.68 PASS AF=0.992647;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111211;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.371;QD=62.2552;RBI=0.0131763;REFB=-0.0832937;REVB=-0.00706654;RO=0;SAF=79;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503144;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=2.73001e-05;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:136:0:1:135:135:0.992647:56:79:0:0:56:79:1:0 chr11 57983194 . A G 313.96 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0155776;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.51;QD=15.8964;RBI=0.0171191;REFB=-0.00259143;REVB=-0.00709944;RO=44;SAF=9;SAR=25;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258704;STB=0.629843;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00251824;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:34:35:0.443038:25:9:22:22:25:10:22:22 chr11 57995777 . G A 468.95 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0220323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2124;QD=20.3891;RBI=0.06473;REFB=-0.0288295;REVB=0.0608651;RO=46;SAF=22;SAR=24;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158978;STB=0.58775;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.025538;OID=.;OPOS=57995777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:24:22:14:32:24:22:14:32 chr11 57996312 . C G 2026.89 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.966;QD=62.3658;RBI=0.00798091;REFB=0;REVB=0.000965777;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44977e-05;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:71:59:0:0:71:59:0:0 chr11 58034543 . C T 992.72 PASS AF=0.52459;AO=96;DP=184;FAO=96;FDP=183;FR=.;FRO=87;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0102187;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.936;QD=21.6988;RBI=0.0377024;REFB=-0.0133196;REVB=-0.0362912;RO=87;SAF=52;SAR=44;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612004;STB=0.533509;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0157391;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:87:87:96:96:0.52459:44:52:41:46:44:52:41:46 chr11 58123152 . T C 2045.82 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.599;QD=62.4679;RBI=0.045958;REFB=0;REVB=0.0459315;RO=0;SAF=66;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02843e-05;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:65:66:0:0:65:66:0:0 chr11 58125620 . T C 1534.01 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0119753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.377;QD=62.6129;RBI=0.0475096;REFB=-0.0951605;REVB=0.0459756;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000247529;OID=.;OPOS=58125620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:49:48:0:0:49:48:1:0 chr11 58126305 . A T 1517.45 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.000592693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=343.109;QD=55.6864;RBI=0.00396128;REFB=-0.00179801;REVB=-0.00391669;RO=4;SAF=50;SAR=55;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190742;STB=0.510059;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=2.71348e-05;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:4:4:105:105:0.963303:55:50:3:1:55:50:3:1 chr11 58126479 . G A 623.29 PASS AF=0.433962;AO=68;DP=159;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=-0.0122088;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1612;QD=15.6801;RBI=0.0266147;REFB=-0.0225547;REVB=-0.0236493;RO=88;SAF=25;SAR=43;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797066;STB=0.50613;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0242418;OID=.;OPOS=58126479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:88:90:68:69:0.433962:43:25:33:55:43:26:33:57 chr11 58190136 . A G 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0143342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.258;QD=23.9648;RBI=0.0146367;REFB=-0.0089266;REVB=-0.00296047;RO=18;SAF=5;SAR=18;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611902;STB=0.533952;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00738307;OID=.;OPOS=58190136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:18:5:3:15:18:5:3:15 chr11 58207204 . A G 2602.86 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.598;QD=61.9728;RBI=0.0410894;REFB=0;REVB=0.0275243;RO=0;SAF=85;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99347e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34919e-05;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:83:85:0:0:83:85:0:0 chr11 58318619 . C G 867.9 PASS AF=0.486188;AO=88;DP=181;FAO=88;FDP=181;FR=.;FRO=93;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.00075083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.349;QD=19.1801;RBI=0.00275395;REFB=-0.00384131;REVB=-0.00264962;RO=92;SAF=42;SAR=46;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512943;STB=0.525478;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00282918;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:92:93:88:88:0.486188:46:42:49:43:46:42:49:44 chr11 58478084 . T C 5188.46 PASS AF=0.985163;AO=332;DP=337;FAO=332;FDP=337;FR=.;FRO=5;FSAF=123;FSAR=209;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00271038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8702;QD=61.5841;RBI=0.0124694;REFB=-0.0866952;REVB=-0.0121712;RO=3;SAF=123;SAR=209;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000680509;STB=0.500469;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00269209;OID=.;OPOS=58478084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:337:337:3:5:332:332:0.985163:209:123:1:2:209:123:2:3 chr11 58491921 . A T 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.00838489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.701;QD=18.3092;RBI=0.0244949;REFB=0.00259929;REVB=0.023015;RO=40;SAF=11;SAR=26;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00300535;STB=0.501677;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00223504;OID=.;OPOS=58491921;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:26:11:12:28:26:11:12:28 chr11 58602309 . C T 304.05 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0451245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3638;QD=14.8315;RBI=0.0501813;REFB=0.0141921;REVB=-0.0219533;RO=48;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622968;STB=0.535212;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.018992;OID=.;OPOS=58602309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:20:14:17:31:20:14:17:31 chr11 58940178 . GC G,GG 929.73 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=80,11;DP=123;FAO=102,6;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=68,2;FSAR=34,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0980776,0.0810681;FXX=0.121941;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.533,10.5485;QD=34.4345;RBI=0.151138,0.120488;REFB=-0.0107934,-0.00457886;REVB=0.114994,0.0891361;RO=13;SAF=58,2;SAR=22,9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0355022,-0.443837;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0143681,-0.0236652;OID=.,.;OPOS=58940179,58940179;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.944444,0.0555556:80,11:123:102,6:108:0:68,2:34,4:0:0:11:13:58,2:22,9:8:5 chr11 58982071 . C T 1855.02 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.42;QD=61.3231;RBI=0.0344192;REFB=0;REVB=-0.032847;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66339e-05;OID=.;OPOS=58982071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:66:54:0:0:66:55:0:0 chr11 59058590 . C G 2969.39 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.129;QD=63.1785;RBI=0.0241573;REFB=0;REVB=0.0210574;RO=0;SAF=95;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12548e-06;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:188:0:0:185:188:1:90:95:0:0:93:95:0:0 chr11 59132798 . G C 564.07 PASS AF=0.504348;AO=57;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0250728;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3571;QD=19.6198;RBI=0.0268487;REFB=-0.00736048;REVB=-0.00960239;RO=57;SAF=20;SAR=37;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195255;STB=0.610591;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00939367;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:57:57:58:0.504348:37:20:32:25:38:20:32:25 chr11 59132882 . A G 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0154897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.338;QD=17.9428;RBI=0.0282687;REFB=-0.00738687;REVB=0.0236472;RO=29;SAF=7;SAR=21;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271712;STB=0.653348;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00539433;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:21:7:15:14:21:7:15:14 chr11 59189912 . G A 549.85 PASS AF=0.409091;AO=62;DP=154;FAO=63;FDP=154;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.00721174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.293;QD=14.2819;RBI=0.0289624;REFB=-0.018125;REVB=-0.0280501;RO=90;SAF=26;SAR=36;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741095;STB=0.542508;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0268414;OID=.;OPOS=59189912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:90:91:62:63:0.409091:36:26:44:46:37:26:44:47 chr11 59210761 . C G 1292.31 PASS AF=0.52766;AO=124;DP=235;FAO=124;FDP=235;FR=.;FRO=111;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=0.0220412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4758;QD=21.9968;RBI=0.0285014;REFB=-0.0123686;REVB=0.0180698;RO=110;SAF=63;SAR=61;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243749;STB=0.515349;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00887599;OID=.;OPOS=59210761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:110:111:124:124:0.52766:61:63:59:51:61:63:60:51 chr11 59211188 . G A 456.82 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00699191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2595;QD=15.4854;RBI=0.0358895;REFB=0.00115141;REVB=0.0352018;RO=66;SAF=14;SAR=37;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304378;STB=0.667896;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000638731;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:67:51:51:0.432203:37:14:37:29:37:14:37:30 chr11 59211265 . T C 312.81 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0307634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.622;QD=21.9517;RBI=0.0364894;REFB=-0.0220292;REVB=0.0196237;RO=25;SAF=6;SAR=26;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264769;STB=0.64799;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0163255;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:26:6:11:14:26:6:11:14 chr11 59211421 . C T 1404.55 PASS AF=0.443452;AO=145;DP=331;FAO=149;FDP=336;FR=.;FRO=187;FSAF=63;FSAR=86;FSRF=92;FSRR=95;FWDB=-0.0186478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.416;QD=16.7209;RBI=0.0207048;REFB=-0.00960409;REVB=-0.00899696;RO=185;SAF=63;SAR=82;SRF=91;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585217;STB=0.538951;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0181877;OID=.;OPOS=59211421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:336:185:187:145:149:0.443452:82:63:91:94:86:63:92:95 chr11 59224608 . A G 849.04 PASS AF=0.472826;AO=87;DP=184;FAO=87;FDP=184;FR=.;FRO=97;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=0.0294695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6199;QD=18.4574;RBI=0.0294894;REFB=-0.00890916;REVB=-0.00108468;RO=97;SAF=49;SAR=38;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459686;STB=0.525414;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0114468;OID=.;OPOS=59224608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:97:97:87:87:0.472826:38:49:50:47:38:49:50:47 chr11 59224720 . A G 3153.51 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823984;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.567;QD=64.0307;RBI=0.0833504;REFB=0;REVB=-0.0125611;RO=0;SAF=110;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1093e-05;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:197:0:0:194:197:1:84:110:0:0:84:113:0:0 chr11 59224885 . G C 1503.71 PASS AF=0.377399;AO=177;DP=469;FAO=177;FDP=469;FR=.;FRO=292;FSAF=96;FSAR=81;FSRF=124;FSRR=168;FWDB=0.0571097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6347;QD=12.8248;RBI=0.0644215;REFB=0.0119415;REVB=0.0298096;RO=292;SAF=96;SAR=81;SRF=124;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129733;STB=0.5729;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0109498;OID=.;OPOS=59224885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:469:469:292:292:177:177:0.377399:81:96:124:168:81:96:124:168 chr11 59225221 . T C 729.06 PASS AF=0.542636;AO=67;DP=126;FAO=70;FDP=129;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0465712;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9146;QD=22.6064;RBI=0.0542263;REFB=-0.00896321;REVB=-0.0277781;RO=59;SAF=29;SAR=38;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375975;STB=0.531171;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00665611;OID=.;OPOS=59225221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:59:59:67:70:0.542636:38:29:23:36:38:32:23:36 chr11 59271637 . T C 1004.8 PASS AF=0.479263;AO=104;DP=217;FAO=104;FDP=217;FR=.;FRO=113;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=0.0281559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.026;QD=18.5216;RBI=0.0281979;REFB=-0.00645465;REVB=0.00153841;RO=113;SAF=61;SAR=43;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450658;STB=0.524857;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00673232;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:113:113:104:104:0.479263:43:61:61:52:43:61:61:52 chr11 59323951 . G A 4750.15 PASS AF=0.987179;AO=307;DP=311;FAO=308;FDP=312;FR=.;FRO=4;FSAF=123;FSAR=185;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.02174;FXX=0.00952351;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.22;QD=60.8994;RBI=0.0224814;REFB=-0.00821711;REVB=-0.00572574;RO=4;SAF=123;SAR=184;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890389;STB=0.504676;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=4.10485e-05;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:311:312:4:4:307:308:0.987179:184:123:3:1:185:123:3:1 chr11 59362554 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTG,TCTTTTT 63.27 PASS AF=0.384615,0.025641,0;AO=24,10,3;DP=76;FAO=30,2,0;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=13,2,0;FSAR=17,0,0;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0700263,-0.0511426,-0.0198638;FXX=0.0126566;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.17,11.1685,152.26;QD=3.24465;RBI=0.0926012,0.268677,0.126539;REFB=-0.106095,-0.0695856,0.000755583;REVB=-0.0605913,-0.263765,-0.12497;RO=24;SAF=16,3,0;SAR=8,7,3;SRF=17;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0.446429,0,0;SSSB=-0.042446,-0.444693,-0.669239;STB=0.604966,0.993818,0.5;STBP=0.17,0.194,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0434754,-0.0150363,0;OID=.,.,.;OPOS=59362555,59362560,59362554;OREF=T,T,CT;OALT=-,G,TC;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTG,TCTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:76:78:24:46:24,10,3:30,2,0:0.384615,0.025641,0:8,7,3:16,3,0:17:7:17,0,0:13,2,0:28:18 chr11 59480951 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.188;QD=58.2396;RBI=0.0235529;REFB=0;REVB=-0.021155;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14139e-05;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr11 59573999 . C T 483.56 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0219523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.538;QD=19.1511;RBI=0.0265557;REFB=-0.00580489;REVB=-0.0149433;RO=51;SAF=23;SAR=27;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116487;STB=0.564471;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00489283;OID=.;OPOS=59573999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:27:23:30:21:27:23:30:21 chr11 59623433 . G A 710.85 PASS AF=0.47973;AO=70;DP=149;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.013858;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.153;QD=19.2121;RBI=0.017479;REFB=-0.00234771;REVB=0.0106523;RO=77;SAF=40;SAR=30;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743488;STB=0.536594;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00365066;OID=.;OPOS=59623433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:77:77:70:71:0.47973:30:40:38:39:31:40:38:39 chr11 59814173 . G A 399.35 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0158156;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0442;QD=17.7488;RBI=0.0161133;REFB=0.00102779;REVB=-0.00308296;RO=48;SAF=26;SAR=15;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113518;STB=0.558794;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000137547;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:48:49:41:41:0.455556:15:26:25:23:15:26:26:23 chr11 59863104 . A G 359.04 PASS AF=0.424528;AO=37;DP=97;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00679865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.8099;QD=13.5486;RBI=0.0515679;REFB=-0.0302081;REVB=-0.0511178;RO=60;SAF=14;SAR=23;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116796;STB=0.501677;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0521028;OID=.;OPOS=59863104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:106:60:61:37:45:0.424528:23:14:29:31:23:22:30:31 chr11 59943051 . C A 500.09 PASS AF=0.391608;AO=56;DP=143;FAO=56;FDP=143;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.00697126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.57;QD=13.9886;RBI=0.0106071;REFB=-0.0122254;REVB=-0.00799453;RO=87;SAF=28;SAR=28;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680813;STB=0.538448;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0238106;OID=.;OPOS=59943051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:87:87:56:56:0.391608:28:28:38:49:28:28:38:49 chr11 59946302 . C T 349.14 PASS AF=0.408602;AO=35;DP=90;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.0249138;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.436;QD=15.0168;RBI=0.025025;REFB=-0.0170954;REVB=0.00235668;RO=55;SAF=5;SAR=30;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275167;STB=0.579553;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0179846;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:55:55:35:38:0.408602:30:5:17:38:30:8:17:38 chr11 59947252 . C T 1078.22 PASS AF=0.478261;AO=110;DP=231;FAO=110;FDP=230;FR=.;FRO=120;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=60;FSRR=60;FWDB=-0.0376626;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1786;QD=18.7516;RBI=0.0390797;REFB=0.0013573;REVB=0.0104285;RO=118;SAF=64;SAR=46;SRF=60;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069871;STB=0.543234;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00192329;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:118:120:110:110:0.478261:46:64:60:58:46:64:60:60 chr11 60050125 . A G 515.95 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00925417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.281;QD=16.779;RBI=0.0587386;REFB=-0.00671905;REVB=-0.0580051;RO=67;SAF=25;SAR=31;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00131769;STB=0.500734;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00855453;OID=.;OPOS=60050125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:67:67:56:56:0.455285:31:25:30:37:31:25:30:37 chr11 60070176 . A G 666.72 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=127;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0049713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.664;QD=20.9992;RBI=0.00705701;REFB=-0.0222771;REVB=0.00500875;RO=61;SAF=32;SAR=34;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226036;STB=0.512425;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0190052;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:61:61:66:66:0.519685:34:32:28:33:34:32:28:33 chr11 60073597 . C T 1349.52 PASS AF=0.47079;AO=137;DP=293;FAO=137;FDP=291;FR=.;FRO=154;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=69;FSRR=85;FWDB=-0.0401716;FXX=0.00682571;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5079;QD=18.5501;RBI=0.0410791;REFB=-0.00470934;REVB=0.00858685;RO=155;SAF=73;SAR=64;SRF=69;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842756;STB=0.544797;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00557545;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:291:155:154:137:137:0.47079:64:73:69:86:64:73:69:85 chr11 60152563 . T A 1175.56 PASS AF=0.473896;AO=118;DP=249;FAO=118;FDP=249;FR=.;FRO=131;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=90;FSRR=41;FWDB=0.00264557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.541;QD=18.8846;RBI=0.0428261;REFB=-0.00886588;REVB=0.0427443;RO=130;SAF=63;SAR=55;SRF=89;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146042;STB=0.581816;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0106806;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:130:131:118:118:0.473896:55:63:89:41:55:63:90:41 chr11 60152584 . G A 1444.51 PASS AF=0.512635;AO=142;DP=277;FAO=142;FDP=277;FR=.;FRO=135;FSAF=79;FSAR=63;FSRF=95;FSRR=40;FWDB=-0.0152531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0192;QD=20.8594;RBI=0.0294624;REFB=0.00404033;REVB=-0.0252067;RO=135;SAF=79;SAR=63;SRF=95;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135592;STB=0.573947;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00470677;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:135:135:142:142:0.512635:63:79:95:40:63:79:95:40 chr11 60157107 . T G 322.69 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00344334;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.625;QD=15.7409;RBI=0.00807187;REFB=-0.00738437;REVB=0.00730058;RO=47;SAF=12;SAR=22;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145285;STB=0.569744;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0130021;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:34:35:0.426829:22:12:23:24:22:13:23:24 chr11 60157166 . C T 239.73 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0214093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.115;QD=11.9863;RBI=0.0216279;REFB=-0.0121254;REVB=-0.00306764;RO=49;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295143;STB=0.501332;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0195987;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:49:51:29:29:0.3625:17:12:19:30:17:12:21:30 chr11 60165352 . ATT A 707.2 PASS AF=0.456432;AO=110;DP=242;FAO=110;FDP=241;FR=.;FRO=131;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=64;FSRR=67;FWDB=0.00396607;FXX=0.00413206;HRUN=2;LEN=2;MLLD=197.884;QD=11.7377;RBI=0.00898061;REFB=-0.00700788;REVB=-0.0080574;RO=127;SAF=55;SAR=55;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190864;STB=0.506223;STBP=0.87;TYPE=del;VARB=0.00832935;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456432:110:242:110:241:131:55:55:64:67:99:127:55:55:61:66 chr11 60172087 . C T 383.75 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0190212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.308;QD=17.2472;RBI=0.0190583;REFB=-0.0186644;REVB=0.00118832;RO=46;SAF=14;SAR=25;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556936;STB=0.534444;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.019258;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:46:49:39:40:0.449438:25:14:19:27:26:14:20:29 chr11 60173360 . A G 212.44 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0140949;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.408;QD=19.3124;RBI=0.016955;REFB=-0.0287852;REVB=-0.00942366;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153231;STB=0.597281;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0162319;OID=.;OPOS=60173360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:23:21:21:0.477273:13:8:13:11:13:8:13:10 chr11 60184277 . A C 329.77 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.00732532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.116;QD=15.7035;RBI=0.0470622;REFB=-0.00629473;REVB=0.0464886;RO=48;SAF=23;SAR=13;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783519;STB=0.544029;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00690793;OID=.;OPOS=60184277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:13:23:34:14:13:23:34:14 chr11 60233496 . TTA T,TAA 211.55 PASS AF=0.275,0;AO=25,12;DP=189;FAO=44,0;FDP=160;FR=.;FRO=116;FSAF=29,0;FSAR=15,0;FSRF=64;FSRR=52;FWDB=0.162717,0.0203095;FXX=0.0123449;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=22.3206,17.7281;QD=5.28876;RBI=0.209708,0.020945;REFB=-0.0365688,0.0185281;REVB=0.132291,-0.00512065;RO=130;SAF=13,12;SAR=12,0;SRF=70;SRR=60;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0236382,0.588323;STB=0.582047,0.5;STBP=0.194,1;TYPE=del,snp;VARB=0.108035,0;OID=.,.;OPOS=60233497,60233497;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275,0:25,12:189:44,0:160:116:29,0:15,0:64:52:99:130:13,12:12,0:70:60 chr11 60264947 . C T 563.54 PASS AF=0.487603;AO=57;DP=119;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.013447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1815;QD=18.6296;RBI=0.0311685;REFB=-0.0196849;REVB=0.0281186;RO=59;SAF=17;SAR=40;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788284;STB=0.558707;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0187616;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:59:62:57:59:0.487603:40:17:22:37:42:17:24:38 chr11 60265002 . C T 534.76 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0106221;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.594;QD=19.991;RBI=0.0235513;REFB=-0.00163899;REVB=-0.0210198;RO=48;SAF=13;SAR=42;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846307;STB=0.568533;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00166045;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:52:55:55:0.514019:42:13:15:33:42:13:18:34 chr11 60285575 . A G,T 2980.39 PASS AF=0.965174,0.0348259;AO=189,9;DP=199;FAO=194,7;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=101,7;FSAR=93,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775997,-0.00324702;FXX=0.0195112;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=246.549,157.975;QD=59.3113;RBI=0.00779141,0.00338571;REFB=-0.149786,-0.0551927;REVB=0.000699271,-0.000959128;RO=1;SAF=97,9;SAR=92,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00514781,0.81244;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00023003,0.047574;OID=.,.;OPOS=60285575,60285575;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:199:201:1:0:189,9:194,7:0.965174,0.0348259:92,0:97,9:0:1:93,0:101,7:0:0 chr11 60291413 . C T 240.52 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0188185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.528;QD=12.1784;RBI=0.0452076;REFB=-0.0126036;REVB=-0.0411046;RO=50;SAF=19;SAR=10;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25937;STB=0.649327;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0217247;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:10:19:21:29:10:19:21:29 chr11 60296879 . C T 379.84 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=125;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00660161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.479;QD=11.9634;RBI=0.0704821;REFB=-0.0167112;REVB=-0.0701722;RO=79;SAF=17;SAR=29;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195362;STB=0.619307;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0352705;OID=.;OPOS=60296879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:79:81:46:46:0.362205:29:17:43:36:29:17:45:36 chr11 60504436 . T C 168.58 PASS AF=0.439024;AO=22;DP=46;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0148223;FXX=0.108672;HRUN=16;LEN=1;MLLD=148.182;QD=16.4465;RBI=0.0274896;REFB=-0.0523836;REVB=-0.0231512;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138154;STB=0.509081;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.022352;OID=.;OPOS=60504436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:41:23:23:22:18:0.439024:11:11:15:8:6:12:15:8 chr11 60531264 . A G 850.39 PASS AF=0.47541;AO=87;DP=183;FAO=87;FDP=183;FR=.;FRO=96;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.0026292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.875;QD=18.5877;RBI=0.0135106;REFB=-0.0022161;REVB=-0.0132523;RO=96;SAF=51;SAR=36;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122158;STB=0.567511;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00254068;OID=.;OPOS=60531264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:96:96:87:87:0.47541:36:51:44:52:36:51:44:52 chr11 60531346 . T G 775.58 PASS AF=0.559701;AO=62;DP=122;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.005274;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.61;QD=23.1516;RBI=0.0074011;REFB=-0.00911643;REVB=0.00519242;RO=47;SAF=32;SAR=30;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130977;STB=0.576073;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00868192;OID=.;OPOS=60531346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:134:47:59:62:75:0.559701:30:32:32:15:41:34:37:22 chr11 60559805 . A G 611.31 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=134;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=51;FWDB=0.0154103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.115;QD=18.2479;RBI=0.0416319;REFB=-0.0264094;REVB=-0.0386747;RO=70;SAF=33;SAR=30;SRF=20;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224963;STB=0.626985;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.037702;OID=.;OPOS=60559805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:70:71:63:63:0.470149:30:33:20:50:30:33:20:51 chr11 60610065 . G A 1044.11 PASS AF=0.488584;AO=106;DP=215;FAO=107;FDP=219;FR=.;FRO=112;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=45;FSRR=67;FWDB=0.00809917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.753;QD=19.0704;RBI=0.0107954;REFB=0.00595095;REVB=0.00713748;RO=109;SAF=42;SAR=64;SRF=43;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00166823;STB=0.504955;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00517962;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:219:109:112:106:107:0.488584:64:42:43:66:65:42:45:67 chr11 60620585 . A G 1716.41 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249612;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.83;QD=60.7577;RBI=0.129767;REFB=0;REVB=-0.127344;RO=0;SAF=66;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110616;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:47:66:0:0:47:66:0:0 chr11 60620590 . C G 1866.74 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2976;QD=61.2046;RBI=0.078048;REFB=0;REVB=-0.0733779;RO=0;SAF=74;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000481834;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:48:74:0:0:48:74:0:0 chr11 60635091 . T C 724.47 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9844;QD=54.6772;RBI=0.0248844;REFB=-0.162814;REVB=-0.0120441;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00133076;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:1:0:25:27:1:0 chr11 60638461 . C T 1259.97 PASS AF=0.498054;AO=126;DP=255;FAO=128;FDP=257;FR=.;FRO=129;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=64;FSRR=65;FWDB=0.0160916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.432;QD=19.6104;RBI=0.0174328;REFB=-0.00485116;REVB=0.00670537;RO=129;SAF=59;SAR=67;SRF=64;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257248;STB=0.513768;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00445622;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:257:129:129:126:128:0.498054:67:59:64:65:68:60:64:65 chr11 60638470 . A G 3909.79 PASS AF=1;AO=244;DP=244;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.267;QD=63.8334;RBI=0.0366546;REFB=0;REVB=-0.0316168;RO=0;SAF=113;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.13111e-06;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:245:0:0:244:245:1:131:113:0:0:131:114:0:0 chr11 60666341 . G A 551.35 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0159552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.78;QD=24.235;RBI=0.020183;REFB=-0.0290651;REVB=0.0123606;RO=40;SAF=23;SAR=28;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414594;STB=0.522718;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0228512;OID=.;OPOS=60666341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:51:51:0.56044:28:23:16:24:28:23:16:24 chr11 60673868 . T C 843.85 PASS AF=0.428571;AO=92;DP=216;FAO=93;FDP=217;FR=.;FRO=124;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=-0.069293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.218;QD=15.5549;RBI=0.0693068;REFB=-0.0213509;REVB=-0.00138475;RO=124;SAF=46;SAR=46;SRF=62;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503072;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0267735;OID=.;OPOS=60673868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:124:124:92:93:0.428571:46:46:62:62:46:47:62:62 chr11 60689445 . T C 3838.69 PASS AF=1;AO=205;DP=211;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150448;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.122;QD=62.6725;RBI=0.150458;REFB=0;REVB=0.00175311;RO=0;SAF=20;SAR=185;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366462;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:211:245:0:0:205:245:1:185:20:0:0:188:57:0:0 chr11 60695301 . C A 5309.27 PASS AF=0.985423;AO=338;DP=344;FAO=338;FDP=343;FR=.;FRO=5;FSAF=152;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.000836568;FXX=0.00290689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.549;QD=61.9157;RBI=0.0380229;REFB=-0.117166;REVB=0.0380137;RO=3;SAF=152;SAR=186;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076318;STB=0.506631;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000554089;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:344:343:3:5:338:338:0.985423:186:152:0:3:186:152:0:5 chr11 60698054 . G A 486.41 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=48;FWDB=0.0199909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.23;QD=18.8896;RBI=0.0248502;REFB=-0.00345784;REVB=-0.0147613;RO=52;SAF=12;SAR=39;SRF=4;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231214;STB=0.625858;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00345083;OID=.;OPOS=60698054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:39:12:4:48:39:12:4:48 chr11 60699230 . G A 1110.37 PASS AF=0.537313;AO=107;DP=200;FAO=108;FDP=201;FR=.;FRO=93;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=0.0133626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5952;QD=22.097;RBI=0.0312054;REFB=-0.00210879;REVB=0.0281996;RO=93;SAF=58;SAR=49;SRF=36;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13133;STB=0.569032;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00194126;OID=.;OPOS=60699230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:93:93:107:108:0.537313:49:58:36:57:50:58:36:57 chr11 60701136 . C G 2888.73 PASS AF=0.468354;AO=295;DP=633;FAO=296;FDP=632;FR=.;FRO=336;FSAF=123;FSAR=173;FSRF=152;FSRR=184;FWDB=-0.0027209;FXX=0.00157975;HRUN=6;LEN=1;MLLD=232.713;QD=18.2831;RBI=0.00546786;REFB=-0.0198034;REVB=0.0047428;RO=334;SAF=123;SAR=172;SRF=151;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034668;STB=0.520024;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0201564;OID=.;OPOS=60701136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:633:632:334:336:295:296:0.468354:172:123:151:183:173:123:152:184 chr11 60703777 . G A 755.51 PASS AF=0.503226;AO=71;DP=148;FAO=78;FDP=155;FR=.;FRO=77;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.0433392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.829;QD=19.4971;RBI=0.0433685;REFB=-0.0237319;REVB=0.00159222;RO=75;SAF=47;SAR=24;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361606;STB=0.531271;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0299012;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:155:75:77:71:78:0.503226:24:47:47:28:25:53:48:29 chr11 60704213 . C T 1943.37 PASS AF=0.523416;AO=190;DP=363;FAO=190;FDP=363;FR=.;FRO=173;FSAF=100;FSAR=90;FSRF=75;FSRR=98;FWDB=-0.00318352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9567;QD=21.4146;RBI=0.00649786;REFB=-0.00198724;REVB=-0.00566458;RO=171;SAF=100;SAR=90;SRF=75;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760864;STB=0.544134;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00219223;OID=.;OPOS=60704213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:363:171:173:190:190:0.523416:90:100:75:96:90:100:75:98 chr11 60705454 . A G 2438.67 PASS AF=1;AO=156;DP=158;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258955;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2849;QD=61.3501;RBI=0.0323803;REFB=0;REVB=-0.0194398;RO=0;SAF=69;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147415;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:159:0:0:156:159:1:87:69:0:0:87:72:0:0 chr11 60776306 . C T 445.57 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0798254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.045;QD=26.2098;RBI=0.0802895;REFB=-0.0366542;REVB=-0.00861966;RO=26;SAF=20;SAR=22;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119145;STB=0.564941;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0305044;OID=.;OPOS=60776306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:22:20:8:18:22:20:8:18 chr11 60892606 . A G 1756.29 PASS AF=1;AO=115;DP=119;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931705;FXX=0.0333306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4489;QD=60.5618;RBI=0.0987411;REFB=-0.0291702;REVB=0.0326968;RO=1;SAF=54;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871291;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00768395;OID=.;OPOS=60892606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:119:116:1:0:115:116:1:61:54:1:0:61:55:0:0 chr11 60893235 . C T 1607.02 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00626613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.108;QD=60.0755;RBI=0.0163239;REFB=0;REVB=-0.0150733;RO=0;SAF=61;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28486e-05;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:46:61:0:0:46:61:0:0 chr11 60899767 . A G 2792.39 PASS AF=0.994444;AO=177;DP=178;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=130;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0643067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1603;QD=62.0531;RBI=0.0693478;REFB=0.0971486;REVB=-0.025957;RO=1;SAF=129;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367625;STB=0.501916;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00178892;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:180:1:1:177:179:0.994444:48:129:1:0:49:130:1:0 chr11 61106892 . G C 2470.16 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000218534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0372;QD=61.3705;RBI=0.0104905;REFB=0;REVB=-0.0104883;RO=0;SAF=67;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31722e-05;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:161:0:0:159:161:1:92:67:0:0:93:68:0:0 chr11 61108974 . G A 1551.49 PASS AF=0.963964;AO=107;DP=111;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00571067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2952;QD=55.9097;RBI=0.0147603;REFB=-0.0968431;REVB=0.0136108;RO=2;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166475;STB=0.517238;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00524558;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:111:111:2:4:107:107:0.963964:56:51:0:2:56:51:0:4 chr11 61112802 . C T 2421.2 PASS AF=0.964706;AO=160;DP=169;FAO=164;FDP=170;FR=.;FRO=6;FSAF=100;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0634476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7086;QD=56.9693;RBI=0.0680169;REFB=-0.0277698;REVB=0.0245093;RO=6;SAF=98;SAR=62;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320064;STB=0.51631;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000680242;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:169:170:6:6:160:164:0.964706:62:98:1:5:64:100:1:5 chr11 61165280 . G A 3391.03 PASS AF=1;AO=217;DP=219;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981893;FXX=0.009132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.31;QD=62.5075;RBI=0.0218868;REFB=0;REVB=-0.0195606;RO=0;SAF=140;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30723e-05;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:219:217:0:0:217:217:1:77:140:0:0:77:140:0:0 chr11 61165731 . C A,CA 778.8 PASS AF=0,1;AO=2,47;DP=53;FAO=0,49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018247,0.010559;FXX=0.019996;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=156.531,266.794;QD=63.5759;RBI=0.00457405,0.01301;REFB=0,0;REVB=-0.00419434,0.00760048;RO=4;SAF=0,20;SAR=2,27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.687939,-0.0484242;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00128137;OID=.,.;OPOS=61165731,61165732;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:53:49:4:0:2,47:0,49:0,1:2,27:0,20:3:1:0,29:0,20:0:0 chr11 61165741 . G C 694.55 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.046;QD=60.3957;RBI=0.0217215;REFB=0.0309248;REVB=0.00910485;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-7.96984e-05;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:0:1:44:45:0.978261:25:19:0:0:26:19:0:1 chr11 61166306 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9063;QD=51.9156;RBI=0.0265378;REFB=0;REVB=-0.00709458;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000515452;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr11 61179285 . G A 2944.46 PASS AF=1;AO=186;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276277;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.785;QD=62.6481;RBI=0.00521132;REFB=0;REVB=0.00441871;RO=0;SAF=92;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.89043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79709e-05;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:188:188:0:0:186:188:1:94:92:0:0:94:94:0:0 chr11 61204361 . A C 2301.87 PASS AF=0.987179;AO=150;DP=152;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0389121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5857;QD=59.0224;RBI=0.0419242;REFB=-0.0132869;REVB=0.0156041;RO=2;SAF=72;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130275;STB=0.506848;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000113456;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:156:2:2:150:154:0.987179:78:72:2:0:82:72:2:0 chr11 61205292 . G A 131.44 PASS AF=0.229885;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=87;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0269041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.218;QD=6.04327;RBI=0.028854;REFB=-0.0063213;REVB=-0.0104269;RO=67;SAF=3;SAR=17;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487973;STB=0.80711;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.020494;OID=.;OPOS=61205292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:67:20:20:0.229885:17:3:34:33:17:3:34:33 chr11 61249383 . C A 2321.19 PASS AF=0.987179;AO=154;DP=157;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0731351;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0932;QD=59.5176;RBI=0.0772573;REFB=-0.138653;REVB=0.0248988;RO=2;SAF=73;SAR=81;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116;STB=0.506097;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00271589;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:156:2:2:154:154:0.987179:81:73:0:2:81:73:0:2 chr11 61277296 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG 602.3 PASS AF=0.481481,0,0;AO=65,18,7;DP=171;FAO=78,0,0;FDP=162;FR=.;FRO=84;FSAF=32,0,0;FSAR=46,0,0;FSRF=77;FSRR=7;FWDB=-0.0488849,-0.0761298,-0.0256084;FXX=0.0181807;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=22.8213,11.3551,15.3325;QD=14.8716;RBI=0.11532,0.101819,0.0355887;REFB=-0.0897861,-0.0987375,-0.00517251;REVB=0.104445,0.0676116,-0.0247137;RO=69;SAF=28,14,5;SAR=37,4,2;SRF=62;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.422116,-0.272946,-0.360869;STB=0.74719,0.5,0.5;STBP=0,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0977901,0.0208087,0;OID=.,.,.;OPOS=61277301,61277297,61277301;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481,0,0:65,18,7:171:78,0,0:162:84:32,0,0:46,0,0:77:7:99:69:28,14,5:37,4,2:62:7 chr11 61404766 . C T 1326.84 PASS AF=0.492647;AO=134;DP=272;FAO=134;FDP=272;FR=.;FRO=138;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=-0.00180825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1143;QD=19.5123;RBI=0.0503684;REFB=0.0099549;REVB=-0.050336;RO=137;SAF=76;SAR=58;SRF=72;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387873;STB=0.519619;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00908455;OID=.;OPOS=61404766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:137:138:134:134:0.492647:58:76:72:65:58:76:73:65 chr11 61487690 . G A 3351.33 PASS AF=0.990868;AO=217;DP=219;FAO=217;FDP=219;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0949571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4424;QD=61.2115;RBI=0.0969792;REFB=-0.018604;REVB=-0.019701;RO=2;SAF=100;SAR=117;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00807402;STB=0.504237;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000188933;OID=.;OPOS=61487690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:219:219:2:2:217:217:0.990868:117:100:0:2:117:100:0:2 chr11 61505168 . G A 3991.1 PASS AF=1;AO=256;DP=256;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.226;QD=62.1183;RBI=0.0239547;REFB=0;REVB=-0.000367206;RO=0;SAF=133;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92792e-05;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:256:257:0:0:256:257:1:123:133:0:0:124:133:0:0 chr11 61534872 . A C 2697.22 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.315;QD=62.005;RBI=0.055952;REFB=0;REVB=0.0340292;RO=0;SAF=77;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1879e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104322;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:163:174:0:0:163:174:1:86:77:0:0:89:85:0:0 chr11 61547669 . C T 1017.03 PASS AF=0.5;AO=99;DP=197;FAO=99;FDP=198;FR=.;FRO=99;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.000280127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.323;QD=20.546;RBI=0.0187871;REFB=-0.00567386;REVB=-0.0187851;RO=96;SAF=55;SAR=44;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314033;STB=0.525419;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00478806;OID=.;OPOS=61547669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:96:99:99:99:0.5:44:55:50:46:44:55:50:49 chr11 61551356 . T C 2017.51 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.548;QD=62.0774;RBI=0.0305193;REFB=0;REVB=0.0249235;RO=0;SAF=44;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.62415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195101;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:85:44:0:0:86:44:0:0 chr11 61564299 . G T 380.9 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.406;QD=54.414;RBI=0.0768454;REFB=0;REVB=-0.0102307;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488676;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114249;OID=.;OPOS=61564299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:1:0:27:28:1:18:9:1:0:18:10:0:0 chr11 61578346 . GGCC GC,GGC,GGCCT 85.43 PASS AF=0.1375,0.08125,0.01875;AO=25,31,24;DP=201;FAO=22,13,3;FDP=160;FR=.;FRO=122;FSAF=12,9,0;FSAR=10,4,3;FSRF=108;FSRR=14;FWDB=-0.0382756,-0.0797782,-0.0160269;FXX=0.187808;HRUN=5,5,1;LEN=2,1,1;MLLD=19.3764,11.0891,198.32;QD=2.1358;RBI=0.177927,0.170135,0.0630692;REFB=-0.054391,-0.0939873,-0.00492888;REVB=-0.173762,-0.150271,-0.0609988;RO=91;SAF=13,23,0;SAR=12,8,24;SRF=85;SRR=6;SSEN=0,0.366667,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.590554,-0.403382,-0.883921;STB=0.806287,0.742617,0.999094;STBP=0.041,0.235,0;TYPE=del,del,ins;VARB=0.129459,0.14095,0.14688;OID=.,.,.;OPOS=61578347,61578348,61578350;OREF=GC,C,-;OALT=-,-,T;OMAPALT=GC,GGC,GGCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1375,0.08125,0.01875:25,31,24:201:22,13,3:160:122:12,9,0:10,4,3:108:14:30:91:13,23,0:12,8,24:85:6 chr11 61582708 . T C 3277.41 PASS AF=0.956332;AO=219;DP=229;FAO=219;FDP=229;FR=.;FRO=10;FSAF=95;FSAR=124;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0367298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3021;QD=57.2474;RBI=0.0604751;REFB=0.0255844;REVB=-0.0480433;RO=10;SAF=95;SAR=124;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224374;STB=0.511794;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0101308;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:229:229:10:10:219:219:0.956332:124:95:7:3:124:95:7:3 chr11 61593816 . C T 1957.78 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0398942;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9512;QD=61.1806;RBI=0.0507612;REFB=-0.0937799;REVB=0.0313872;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.503759;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000488975;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:128:0:1:127:127:0.992188:61:66:0:0:61:66:1:0 chr11 61669946 . G A 2871.85 PASS AF=0.994565;AO=182;DP=185;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00879822;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.684;QD=62.4314;RBI=0.00880579;REFB=-0.0707912;REVB=-0.000365074;RO=1;SAF=96;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493378;STB=0.50259;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=8.99784e-06;OID=.;OPOS=61669946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:184:1:1:182:183:0.994565:86:96:1:0:87:96:1:0 chr11 61672235 . T C 1338.18 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0768778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8997;QD=58.8209;RBI=0.0817822;REFB=0.0574386;REVB=-0.0278952;RO=3;SAF=45;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305442;STB=0.516125;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.010377;OID=.;OPOS=61672235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:91:3:3:88:88:0.967033:43:45:3:0:43:45:3:0 chr11 61672265 . T C 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.965;QD=62.1623;RBI=0.0237454;REFB=0;REVB=-0.0231471;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22529e-05;OID=.;OPOS=61672265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr11 61675121 . T C 598.12 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0433139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.494;QD=16.4998;RBI=0.0517156;REFB=0.00939178;REVB=0.0282562;RO=81;SAF=26;SAR=37;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579303;STB=0.529271;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0136889;OID=.;OPOS=61675121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:81:82:63:63:0.434483:37:26:38:43:37:26:38:44 chr11 61719387 . T C 1180.37 PASS AF=0.952381;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0402245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5088;QD=56.2081;RBI=0.0454237;REFB=-0.0386426;REVB=-0.0211022;RO=4;SAF=40;SAR=40;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225084;STB=0.511902;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00539634;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:84:84:4:4:80:80:0.952381:40:40:3:1:40:40:3:1 chr11 61722645 . C A 1769.62 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354979;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.056;QD=61.0214;RBI=0.0204063;REFB=0;REVB=0.0200952;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20499e-05;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:58:58:0:0:58:58:0:0 chr11 61725901 . G A 742.17 PASS AF=0.514286;AO=72;DP=140;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.0411498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1979;QD=21.2047;RBI=0.0414189;REFB=-0.0126013;REVB=0.00471386;RO=66;SAF=42;SAR=30;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17735;STB=0.59713;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0104848;OID=.;OPOS=61725901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:66:68:72:72:0.514286:30:42:25:41:30:42:26:42 chr11 61730234 . T C 665.98 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.458;QD=61.9516;RBI=0.0999822;REFB=0;REVB=0.099667;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481035;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:28:14:0:0:28:15:0:0 chr11 61895741 . A G 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00166758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.411;QD=13.5148;RBI=0.0166614;REFB=-0.0126539;REVB=-0.0165778;RO=42;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397603;STB=0.522662;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0172466;OID=.;OPOS=61895741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:17:11:15:27:17:11:15:27 chr11 61897359 . C T 943.65 PASS AF=0.484536;AO=94;DP=194;FAO=94;FDP=194;FR=.;FRO=100;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.0467807;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0141;QD=19.4566;RBI=0.0482491;REFB=0.0134792;REVB=-0.011813;RO=100;SAF=43;SAR=51;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354037;STB=0.519504;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.0151397;OID=.;OPOS=61897359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:100:100:94:94:0.484536:51:43:42:58:51:43:42:58 chr11 61906374 . T C 1342.97 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472127;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.612;QD=62.4638;RBI=0.0521024;REFB=0;REVB=-0.0220369;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160647;OID=.;OPOS=61906374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:36:48:0:0:36:50:0:0 chr11 61913196 . G T 405.7 PASS AF=0.5;AO=38;DP=79;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0023903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.471;QD=19.7901;RBI=0.0306105;REFB=-0.0136464;REVB=0.030517;RO=41;SAF=23;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177767;STB=0.611157;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0188193;OID=.;OPOS=61913196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:41:41:38:41:0.5:15:23:17:24:15:26:17:24 chr11 62010863 . C T 3404.84 PASS AF=1;AO=219;DP=220;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180638;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.77;QD=62.1888;RBI=0.0196331;REFB=-0.0536337;REVB=0.00769137;RO=1;SAF=110;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115282;OID=.;OPOS=62010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:220:219:1:0:219:219:1:109:110:1:0:109:110:0:0 chr11 62236219 . T C 1301.55 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.326;QD=61.9786;RBI=0.0683126;REFB=0;REVB=0.00651216;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164941;OID=.;OPOS=62236219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr11 62283949 . CAAAAAAAT CAAAAAAT,CAAAAAATA 220.84 PASS AF=0.440367,0;AO=74,21;DP=234;FAO=96,0;FDP=218;FR=.;FRO=122;FSAF=39,0;FSAR=57,0;FSRF=45;FSRR=77;FWDB=-0.204751,-0.122772;FXX=0.0683732;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.61961,13.9806;QD=4.05218;RBI=0.232963,0.145696;REFB=-0.122301,-0.064516;REVB=0.111126,-0.0784501;RO=81;SAF=37,2;SAR=37,19;SRF=28;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.146165,-0.450911;STB=0.521865,0.5;STBP=0.608,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0987389,0.0364375;OID=.,.;OPOS=62283950,62283956;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=CAAAAAAT,CAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440367,0:74,21:234:96,0:218:122:39,0:57,0:45:77:99:81:37,2:37,19:28:53 chr11 62292882 . G T 2883.84 PASS AF=1;AO=185;DP=188;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224362;FXX=0.00531887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0757;QD=61.6863;RBI=0.0403642;REFB=0;REVB=-0.0335542;RO=3;SAF=88;SAR=97;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181152;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:188:187:3:0:185:187:1:97:88:3:0:96:91:0:0 chr11 62302559 . C T 683.18 PASS AF=0.559322;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0155825;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.833;QD=23.1588;RBI=0.0185482;REFB=-0.017586;REVB=0.010061;RO=51;SAF=32;SAR=34;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584941;STB=0.535796;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00923048;OID=.;OPOS=62302559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:51:52:66:66:0.559322:34:32:21:30:34:32:21:31 chr11 62360924 . A G 35.29 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=38;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=29;FWDB=0.00966419;FXX=0.0526177;HRUN=27;LEN=1;MLLD=147.476;QD=3.92148;RBI=0.0180853;REFB=-0.0095846;REVB=-0.0152866;RO=30;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36953;STB=0.772254;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.021194;OID=.;OPOS=62360924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:38:36:30:30:8:6:0.166667:7:1:1:29:5:1:1:29 chr11 62381106 . G C 537.01 PASS AF=1;AO=30;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.501;QD=55.0781;RBI=0.255153;REFB=0;REVB=0.222733;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239088;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00993654;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:1:0:30:39:1:11:19:1:0:15:24:0:0 chr11 62430659 . T A 1573.46 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383038;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.884;QD=64.2229;RBI=0.039597;REFB=0;REVB=0.0100369;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15708e-05;OID=.;OPOS=62430659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:39:59:0:0:39:59:0:0 chr11 62439569 . G A 4769.91 PASS AF=1;AO=306;DP=307;FAO=306;FDP=306;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366588;FXX=0.0064933;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.448;QD=62.3518;RBI=0.0509266;REFB=-0.0752245;REVB=0.0353503;RO=1;SAF=133;SAR=173;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274914;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2587e-05;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:307:306:1:0:306:306:1:173:133:0:1:173:133:0:0 chr11 62458275 . T C 509.56 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0118074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6392;QD=21.0129;RBI=0.0307278;REFB=-0.00696217;REVB=-0.0283688;RO=47;SAF=19;SAR=30;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542809;STB=0.525614;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0080913;OID=.;OPOS=62458275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:47:48:49:49:0.505155:30:19:21:26:30:19:21:27 chr11 62496519 . T C 2133.69 PASS AF=0.985714;AO=137;DP=142;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0245298;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5511;QD=60.9625;RBI=0.0246851;REFB=-0.0687905;REVB=0.00276454;RO=2;SAF=47;SAR=90;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197962;STB=0.510203;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00320269;OID=.;OPOS=62496519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:140:2:2:137:138:0.985714:90:47:2:0:90:48:2:0 chr11 62505764 . C T 315.48 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00582548;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4159;QD=19.7174;RBI=0.00985409;REFB=-0.00232848;REVB=0.00794776;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107951;STB=0.544906;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00272084;OID=.;OPOS=62505764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:29:31:33:33:0.515625:19:14:16:13:19:14:16:15 chr11 62519565 . G C 470.37 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.00962501;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.314;QD=15.6791;RBI=0.0160794;REFB=-0.017288;REVB=-0.0128805;RO=65;SAF=40;SAR=12;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33933;STB=0.682072;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0215564;OID=.;OPOS=62519565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:65:68:52:52:0.433333:12:40:30:35:12:40:33:35 chr11 62521475 . T C 877.4 PASS AF=0.483696;AO=79;DP=183;FAO=89;FDP=184;FR=.;FRO=95;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=0.0575604;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.5145;QD=19.0739;RBI=0.0579088;REFB=0.00912288;REVB=-0.00634337;RO=76;SAF=45;SAR=34;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143892;STB=0.538528;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00950369;OID=.;OPOS=62521475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:76:95:79:89:0.483696:34:45:31:45:43:46:42:53 chr11 62559385 . T C 563.95 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0677033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.214;QD=21.0821;RBI=0.0677207;REFB=-0.0242158;REVB=0.00153193;RO=50;SAF=24;SAR=33;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679649;STB=0.537375;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0211669;OID=.;OPOS=62559385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:57:57:0.53271:33:24:25:25:33:24:25:25 chr11 62563353 . G A 1000.23 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0153921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.441;QD=56.351;RBI=0.0297333;REFB=-0.0980718;REVB=0.0254392;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518513;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.000418809;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:0:2:69:69:0.971831:43:26:0:0:43:26:2:0 chr11 62564009 . T C 386.93 PASS AF=0.425743;AO=42;DP=100;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0185367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8931;QD=15.3238;RBI=0.0436448;REFB=0.0217565;REVB=0.0395128;RO=58;SAF=16;SAR=26;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398757;STB=0.516891;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0177436;OID=.;OPOS=62564009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:58:58:42:43:0.425743:26:16:20:38:27:16:20:38 chr11 62569105 . T TAC 398.11 PASS AF=0.44;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.00681999;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=2;MLLD=289.273;QD=15.9243;RBI=0.00694478;REFB=-0.00717239;REVB=0.00131061;RO=56;SAF=26;SAR=18;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092511;STB=0.551701;STBP=0.42;TYPE=ins;VARB=0.00777294;OID=.;OPOS=62569106;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:44:102:44:100:56:26:18:38:18:99:56:26:18:38:18 chr11 62569107 . G C 63.01 PASS AF=0.131313;AO=13;DP=99;FAO=13;FDP=99;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=0.0535692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4588;QD=2.54574;RBI=0.0558806;REFB=-0.00221153;REVB=-0.0159055;RO=86;SAF=12;SAR=1;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499752;STB=0.872038;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0294576;OID=.;OPOS=62569107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:99:99:86:86:13:13:0.131313:1:12:51:35:1:12:51:35 chr11 62575025 . A T 578.78 PASS AF=0.448529;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0220619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0848;QD=17.023;RBI=0.0271672;REFB=-0.00604728;REVB=-0.0158534;RO=74;SAF=24;SAR=37;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533917;STB=0.526583;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00821485;OID=.;OPOS=62575025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:74:75:61:61:0.448529:37:24:33:41:37:24:33:42 chr11 62592961 . T C 444.35 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.00611019;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.945;QD=16.3065;RBI=0.0151039;REFB=-0.0258352;REVB=0.0138128;RO=61;SAF=23;SAR=26;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125971;STB=0.557131;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0297375;OID=.;OPOS=62592961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:61:60:49:49:0.449541:26:23:21:40:26:23:22:38 chr11 62602983 . A G 548.67 PASS AF=0.409091;AO=63;DP=155;FAO=63;FDP=154;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.0080271;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8743;QD=14.2511;RBI=0.051468;REFB=-0.0183267;REVB=-0.0508382;RO=89;SAF=33;SAR=30;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398192;STB=0.521732;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0281598;OID=.;OPOS=62602983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:89:91:63:63:0.409091:30:33:50:39:30:33:51:40 chr11 62603000 . C T 795.95 PASS AF=0.528169;AO=75;DP=146;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0061065;FXX=0.0273954;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.011;QD=22.4212;RBI=0.0191908;REFB=0.00385401;REVB=0.0181934;RO=65;SAF=39;SAR=36;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055007;STB=0.522323;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00380984;OID=.;OPOS=62603000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:142:65:67:75:75:0.528169:36:39:38:27:36:39:38:29 chr11 62607068 . A G 717.34 PASS AF=0.522388;AO=70;DP=134;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0173848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8239;QD=21.4132;RBI=0.10161;REFB=-0.00431044;REVB=-0.100111;RO=63;SAF=37;SAR=33;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126898;STB=0.572954;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00348067;OID=.;OPOS=62607068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:63:64:70:70:0.522388:33:37:24:39:33:37:24:40 chr11 62609112 . A G 2024.62 PASS AF=0.596667;AO=178;DP=299;FAO=179;FDP=300;FR=.;FRO=121;FSAF=82;FSAR=97;FSRF=54;FSRR=67;FWDB=-0.0100809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1093;QD=26.995;RBI=0.0122353;REFB=0.00617045;REVB=-0.00693378;RO=120;SAF=81;SAR=97;SRF=53;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100701;STB=0.504804;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00406595;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:300:120:121:178:179:0.596667:97:81:53:67:97:82:54:67 chr11 62609171 . TATT CTGC 4742.02 PASS AF=0.771605;AO=353;DP=508;FAO=375;FDP=486;FR=.;FRO=111;FSAF=190;FSAR=185;FSRF=47;FSRR=64;FWDB=-0.00795705;FXX=0.0451858;HRUN=1;LEN=4;MLLD=220.959;QD=39.029;RBI=0.040366;REFB=-0.0338769;REVB=0.0395739;RO=106;SAF=177;SAR=176;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334563;STB=0.519005;STBP=0.097;TYPE=mnp;VARB=0.0107083;OID=.;OPOS=62609171;OREF=TATT;OALT=CTGC;OMAPALT=CTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:508:486:106:111:353:375:0.771605:176:177:45:61:185:190:47:64 chr11 62623051 . T C 575.02 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0163585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.7863;QD=18.1107;RBI=0.0276996;REFB=0.0178972;REVB=-0.0223533;RO=67;SAF=24;SAR=36;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117923;STB=0.565473;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00988637;OID=.;OPOS=62623051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:67:60:60:0.472441:36:24:35:32:36:24:35:32 chr11 62847453 . T C 1299.4 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00162937;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5883;QD=59.7427;RBI=0.026759;REFB=-0.118842;REVB=0.0267093;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.505375;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00173955;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:87:0:1:85:86:0.988506:45:40:0:0:46:40:0:1 chr11 62848445 . A G 682.84 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0514194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3751;QD=17.9694;RBI=0.0514993;REFB=-0.0021168;REVB=-0.00286823;RO=80;SAF=33;SAR=39;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159293;STB=0.508818;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00407375;OID=.;OPOS=62848445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:80:80:72:72:0.473684:39:33:38:42:39:33:38:42 chr11 62848487 . A C 2270.3 PASS AF=0.993377;AO=147;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.029385;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.712;QD=60.1403;RBI=0.0351683;REFB=-0.00914544;REVB=0.0193218;RO=1;SAF=67;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704566;STB=0.503703;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=2.98043e-05;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:147:150:0.993377:80:67:1:0:83:67:1:0 chr11 62848568 . C G 231.92 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0423437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4724;QD=14.7252;RBI=0.0484369;REFB=0.00743962;REVB=0.0235191;RO=36;SAF=2;SAR=25;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526188;STB=0.809417;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00798108;OID=.;OPOS=62848568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:25:2:14:22:25:2:14:22 chr11 62863518 . A G 439.74 PASS AF=0.36478;AO=55;DP=146;FAO=58;FDP=159;FR=.;FRO=101;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.0411001;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.1919;QD=11.0627;RBI=0.0546408;REFB=-0.0535066;REVB=-0.0360055;RO=90;SAF=25;SAR=30;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061991;STB=0.532918;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.04293;OID=.;OPOS=62863518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:159:90:101:55:58:0.36478:30:25:46:44:30:28:54:47 chr11 62886319 . G C 757.96 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000405273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9406;QD=63.1632;RBI=0.0292705;REFB=0;REVB=0.0292677;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103421;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr11 62902172 . A C 1246.04 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.995;QD=61.5327;RBI=0.0268327;REFB=0;REVB=0.00485932;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62145e-05;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:40:40:0:0:40:41:0:0 chr11 62910849 . T C 3954.92 PASS AF=1;AO=247;DP=247;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.406;QD=64.0472;RBI=0.0120667;REFB=0;REVB=0.00621739;RO=0;SAF=141;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.67632e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89112e-06;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:247:0:0:247:247:1:106:141:0:0:106:141:0:0 chr11 62911079 . G C 2197.74 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.666;QD=63.2443;RBI=0.0175145;REFB=0;REVB=-0.0161357;RO=0;SAF=63;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05604e-05;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:76:63:0:0:76:63:0:0 chr11 62931484 . T C 958.55 PASS AF=0.487685;AO=99;DP=205;FAO=99;FDP=203;FR=.;FRO=104;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=0.0337479;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.061;QD=18.8877;RBI=0.0354458;REFB=-0.0159683;REVB=-0.010839;RO=104;SAF=50;SAR=49;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490164;STB=0.526981;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0146733;OID=.;OPOS=62931484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:203:104:104:99:99:0.487685:49:50:58:46:49:50:58:46 chr11 62951221 . C G 429.3 PASS AF=0.346154;AO=54;DP=156;FAO=54;FDP=156;FR=.;FRO=102;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.0360057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3753;QD=11.0076;RBI=0.0541738;REFB=-0.00889673;REVB=0.040477;RO=101;SAF=21;SAR=33;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122877;STB=0.573885;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00919557;OID=.;OPOS=62951221;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:101:102:54:54:0.346154:33:21:50:51:33:21:51:51 chr11 62984868 . T C 321.36 PASS AF=0.375;AO=38;DP=103;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0684523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7533;QD=12.3599;RBI=0.072717;REFB=0.00560586;REVB=0.0245366;RO=65;SAF=26;SAR=12;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299275;STB=0.657983;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0077844;OID=.;OPOS=62984868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:65:65:38:39:0.375:12:26:27:38:13:26:27:38 chr11 62985544 . C T 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00088678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0189;QD=15.3047;RBI=0.0215837;REFB=-0.0135853;REVB=-0.0215655;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123247;STB=0.569984;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0213721;OID=.;OPOS=62985544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:21:9:16:23:21:9:16:23 chr11 63057925 . G A 487.03 PASS AF=0.371069;AO=59;DP=159;FAO=59;FDP=159;FR=.;FRO=100;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.00114136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.793;QD=12.2522;RBI=0.00522457;REFB=-0.00845612;REVB=0.00509837;RO=100;SAF=23;SAR=36;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102068;STB=0.558059;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0138877;OID=.;OPOS=63057925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:100:100:59:59:0.371069:36:23:48:52:36:23:48:52 chr11 63064823 . T C 896.77 PASS AF=0.478947;AO=91;DP=190;FAO=91;FDP=190;FR=.;FRO=99;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=0.027378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8827;QD=18.8794;RBI=0.0386456;REFB=-0.0357441;REVB=-0.0272749;RO=98;SAF=42;SAR=49;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935241;STB=0.548898;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0322379;OID=.;OPOS=63064823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:98:99:91:91:0.478947:49:42:55:43:49:42:55:44 chr11 63072310 . C T 557.65 PASS AF=0.422535;AO=60;DP=142;FAO=60;FDP=142;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=0.00251299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.015;QD=15.7085;RBI=0.0129235;REFB=0.00478171;REVB=-0.0126769;RO=82;SAF=31;SAR=29;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192689;STB=0.607525;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00432764;OID=.;OPOS=63072310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:82:82:60:60:0.422535:29:31:27:55:29:31:27:55 chr11 63129876 . T G 1435.85 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00332898;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.71;QD=61.7571;RBI=0.00712199;REFB=-0.150553;REVB=-0.00629608;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.505262;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000471971;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:91:92:0.989247:47:44:0:0:47:45:0:1 chr11 63258416 . T C 5210.99 PASS AF=1;AO=326;DP=334;FAO=329;FDP=329;FR=.;FRO=0;FSAF=273;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042251;FXX=0.0179099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.043;QD=63.3556;RBI=0.00446222;REFB=0;REVB=0.00143524;RO=0;SAF=270;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35165e-05;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:334:329:0:0:326:329:1:56:270:0:0:56:273:0:0 chr11 63305848 . TGG TG,TGT 628.45 PASS AF=0.845238,0.154762;AO=18,14;DP=84;FAO=71,13;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=28,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.05654,0.133765;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.0423,155.002;QD=29.9263;RBI=1.06737,0.136212;REFB=0.0252531,0.00717537;REVB=0.151691,-0.0257037;RO=44;SAF=0,0;SAR=18,14;SRF=37;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.86041,-0.849031;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0108456,0.0762691;OID=.,.;OPOS=63305849,63305850;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.845238,0.154762:18,14:84:71,13:84:0:43,0:28,13:0:0:57:44:0,0:18,14:37:7 chr11 63313644 . T C 3539.35 PASS AF=1;AO=224;DP=227;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210096;FXX=0.00873324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.703;QD=62.3674;RBI=0.0750771;REFB=-0.0475369;REVB=0.0720775;RO=1;SAF=109;SAR=115;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191114;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:227:227:1:0:224:227:1:115:109:0:1:116:111:0:0 chr11 63411710 . A G 157.25 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0232108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4095;QD=7.96181;RBI=0.0233414;REFB=-0.0143028;REVB=-0.00246538;RO=57;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106121;STB=0.563324;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0242064;OID=.;OPOS=63411710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:57:57:22:22:0.278481:12:10:21:36:12:10:21:36 chr11 63413962 . AAAAT A 1776.14 PASS AF=0.96732;AO=142;DP=153;FAO=148;FDP=153;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=91;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.03312;FXX=0.0254761;HRUN=4;LEN=4;MLLD=277.744;QD=46.4351;RBI=0.0356239;REFB=-0.0884062;REVB=0.0131199;RO=0;SAF=55;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40284e-08;STB=0.521006;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.00253396;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.96732:142:153:148:153:5:57:91:5:0:8:0:55:87:0:0 chr11 63487386 . T C 1961.56 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00239935;FXX=0.00769172;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.512;QD=60.8236;RBI=0.00672295;REFB=-0.0454801;REVB=-0.00628022;RO=1;SAF=44;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010676;STB=0.505494;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000374793;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:129:1:1:126:128:0.992248:82:44:1:0:83:45:1:0 chr11 63532381 . C G 48.87 PASS AF=0.119565;AO=12;DP=93;FAO=11;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.129141;FXX=0.0107515;HRUN=7;LEN=1;MLLD=29.1638;QD=2.12488;RBI=0.134796;REFB=-0.0116752;REVB=-0.038632;RO=58;SAF=2;SAR=10;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393594;STB=0.896944;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.104771;OID=.;OPOS=63532381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:93:92:58:81:12:11:0.119565:10:2:26:32:10:1:42:39 chr11 63585804 . C A 278.05 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.000374046;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.343;QD=13.5634;RBI=0.00256722;REFB=0.00713262;REVB=0.00253982;RO=46;SAF=10;SAR=22;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205701;STB=0.596977;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00737929;OID=.;OPOS=63585804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:50:32:32:0.390244:22:10:23:23:22:10:23:27 chr11 63661820 . C T 1606.9 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.038;QD=60.071;RBI=0.0366147;REFB=0;REVB=0.00994122;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37115e-05;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:104:107:1:48:56:0:0:48:59:0:0 chr11 63673603 . CTG C 320.98 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.096393;FXX=0.148093;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.06;QD=55.8232;RBI=0.139497;REFB=0;REVB=0.100835;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000891644;OID=.;OPOS=63673604;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:25:23:23:0:14:9:0:0:3:0:13:9:0:0 chr11 63681513 . T C 3530.92 PASS AF=0.982833;AO=226;DP=230;FAO=229;FDP=233;FR=.;FRO=4;FSAF=118;FSAR=111;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0191676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5461;QD=60.6166;RBI=0.0446261;REFB=-0.030593;REVB=0.0402999;RO=3;SAF=118;SAR=108;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00361558;STB=0.504034;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00230012;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:230:233:3:4:226:229:0.982833:108:118:2:1:111:118:3:1 chr11 63743961 . AC GG 176.64 PASS AF=0.385965;AO=18;DP=53;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.014412;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.43;QD=12.3957;RBI=0.0184767;REFB=0.0182645;REVB=0.0115621;RO=34;SAF=4;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312861;STB=0.708448;STBP=0.029;TYPE=mnp;VARB=-0.00579225;OID=.;OPOS=63743961;OREF=AC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:34:35:18:22:0.385965:14:4:16:18:18:4:16:19 chr11 63743964 . G C 181.0 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00699958;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7226;QD=12.9285;RBI=0.0259528;REFB=0.0157947;REVB=0.0249911;RO=34;SAF=4;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337975;STB=0.697756;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0141575;OID=.;OPOS=63743964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:18:4:15:19:18:4:15:19 chr11 63883985 . T C 2819.18 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.486;QD=62.6483;RBI=0.0313294;REFB=0;REVB=0.00526869;RO=0;SAF=102;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.38229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80147e-05;OID=.;OPOS=63883985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:180:0:0:179:180:1:77:102:0:0:78:102:0:0 chr11 63884027 . C T 1884.25 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0248027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.463;QD=59.8175;RBI=0.0257206;REFB=0.0417655;REVB=0.00680965;RO=1;SAF=61;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772532;STB=0.508063;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.000353468;OID=.;OPOS=63884027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:1:2:124:124:0.984127:63:61:1:0:63:61:2:0 chr11 63885305 . C T 892.87 PASS AF=0.941176;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0689832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.643;QD=52.522;RBI=0.0690175;REFB=-0.150257;REVB=-0.00217338;RO=2;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269723;STB=0.501844;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00258091;OID=.;OPOS=63885305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:68:68:2:4:64:64:0.941176:34:30:0:2:34:30:2:2 chr11 63885632 . A G 1864.15 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.068156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5079;QD=59.6527;RBI=0.0793211;REFB=-0.0239565;REVB=0.0405783;RO=2;SAF=67;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139693;STB=0.507352;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00129604;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:56:67:2:0:56:67:2:0 chr11 63885704 . C T 891.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5084;QD=57.5087;RBI=0.103948;REFB=0;REVB=0.0240664;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142399;OID=.;OPOS=63885704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:28:34:0:0 chr11 63886066 . GTTTTTTTTTTTT GGTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTC 1003.99 PASS AF=0.0225564,0.857143,0,0.120301;AO=5,32,18,10;DP=141;FAO=3,114,0,16;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=3,97,0,16;FSAR=0,17,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227671,-0.0415537,-0.0268344,-0.00448504;FXX=0.0699252;HRUN=12,12,12,12;LEN=1,2,1,1;MLLD=7.60091,9.29004,7.706,7.29093;QD=30.1951;RBI=0.17471,0.148986,0.165956,0.11679;REFB=0,0,0,0;REVB=0.17322,0.143074,0.163772,0.116704;RO=5;SAF=5,32,18,7;SAR=0,0,0,3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.706441,0.869411,0.838533,-0.0721239;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.0488756,-0.0257379,0,-0.0144466;OID=.,.,.,.;OPOS=63886067,63886067,63886067,63886078;OREF=T,TT,T,T;OALT=G,-,-,C;OMAPALT=GGTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0225564,0.857143,0,0.120301:5,32,18,10:141:3,114,0,16:133:0:3,97,0,16:0,17,0,0:0:0:59:5:5,32,18,7:0,0,0,3:4:1 chr11 63886539 . C T 3037.54 PASS AF=0.985294;AO=199;DP=204;FAO=201;FDP=204;FR=.;FRO=3;FSAF=98;FSAR=103;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00434638;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.203;QD=59.5596;RBI=0.0154098;REFB=-0.0399408;REVB=0.0147841;RO=2;SAF=96;SAR=103;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981799;STB=0.507537;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000603315;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:204:204:2:3:199:201:0.985294:103:96:2:0:103:98:3:0 chr11 63988045 . G A 1933.77 PASS AF=0.592715;AO=177;DP=301;FAO=179;FDP=302;FR=.;FRO=123;FSAF=110;FSAR=69;FSRF=76;FSRR=47;FWDB=-0.00994785;FXX=0.022653;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.08;QD=25.6129;RBI=0.0193363;REFB=-0.029553;REVB=0.016581;RO=120;SAF=110;SAR=67;SRF=75;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00280757;STB=0.501445;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0171332;OID=.;OPOS=63988045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:302:120:123:177:179:0.592715:67:110:75:45:69:110:76:47 chr11 63988102 . C T 1037.67 PASS AF=0.392857;AO=118;DP=307;FAO=121;FDP=308;FR=.;FRO=187;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=91;FSRR=96;FWDB=0.00348517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.509;QD=13.4763;RBI=0.00583487;REFB=-0.00731255;REVB=-0.00467967;RO=187;SAF=48;SAR=70;SRF=91;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884541;STB=0.545224;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.010093;OID=.;OPOS=63988102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:308:187:187:118:121:0.392857:70:48:91:96:71:50:91:96 chr11 63991801 . T C 488.0 PASS AF=0.533333;AO=46;DP=89;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0355907;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.249;QD=21.6889;RBI=0.0465037;REFB=-0.0263157;REVB=-0.0299314;RO=42;SAF=19;SAR=27;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348034;STB=0.527261;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0194843;OID=.;OPOS=63991801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:42:42:46:48:0.533333:27:19:19:23:29:19:19:23 chr11 63994692 . T C 1277.63 PASS AF=0.539474;AO=117;DP=223;FAO=123;FDP=228;FR=.;FRO=105;FSAF=35;FSAR=88;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=0.0321532;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.569;QD=22.4146;RBI=0.0359552;REFB=0.000551623;REVB=0.0160917;RO=104;SAF=32;SAR=85;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21777;STB=0.612445;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000328108;OID=.;OPOS=63994692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:228:104:105:117:123:0.539474:85:32:52:52:88:35:53:52 chr11 63994696 . T C 3137.16 PASS AF=0.950893;AO=212;DP=224;FAO=213;FDP=224;FR=.;FRO=11;FSAF=76;FSAR=137;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0277715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9918;QD=56.0207;RBI=0.0352066;REFB=-0.0145572;REVB=0.021639;RO=12;SAF=75;SAR=137;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052517;STB=0.524335;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0103612;OID=.;OPOS=63994696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:224:224:12:11:212:213:0.950893:137:75:10:2:137:76:9:2 chr11 63997329 . A G 5184.88 PASS AF=0.990991;AO=330;DP=333;FAO=330;FDP=333;FR=.;FRO=3;FSAF=164;FSAR=166;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00571925;FXX=0.00299392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.636;QD=62.2808;RBI=0.0131002;REFB=-0.134507;REVB=-0.0117858;RO=0;SAF=164;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.24701e-08;STB=0.504531;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000331456;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:333:333:0:3:330:330:0.990991:166:164:0:0:166:164:3:0 chr11 63997338 . T C 5536.14 PASS AF=1;AO=340;DP=341;FAO=347;FDP=347;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387707;FXX=0.00573049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.747;QD=63.8172;RBI=0.0296934;REFB=-0.0795731;REVB=0.0294392;RO=0;SAF=171;SAR=169;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.88612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87388e-05;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:341:347:0:0:340:347:1:169:171:0:0:174:173:0:0 chr11 64004643 . C G 33.39 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.00800314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.379;QD=1.64898;RBI=0.0207598;REFB=-0.00361263;REVB=-0.0191552;RO=73;SAF=4;SAR=4;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103758;STB=0.580052;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0570183;OID=.;OPOS=64004643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:73:73:8:8:0.0987654:4:4:30:43:4:4:30:43 chr11 64011441 . T C 2249.63 PASS AF=0.986842;AO=149;DP=155;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0392456;FXX=0.0318451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.985;QD=59.2008;RBI=0.0432517;REFB=-0.0431952;REVB=0.0181793;RO=2;SAF=65;SAR=84;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111889;STB=0.505882;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000506576;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:152:2:2:149:150:0.986842:84:65:0:2:84:66:0:2 chr11 64011556 . A G 53.73 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00139549;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=192.892;QD=7.95977;RBI=0.0258483;REFB=-0.00467122;REVB=-0.0258106;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121057;STB=0.587425;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.004202;OID=.;OPOS=64011556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:5:3:5:13:5:3:5:14 chr11 64012225 . G C 1324.13 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.587;QD=60.8795;RBI=0.0352214;REFB=-0.102317;REVB=0.0281743;RO=1;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957159;STB=0.505049;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000675245;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:49:37:0:1:49:37:0:1 chr11 64014017 . C G 231.63 PASS AF=0.142458;AO=45;DP=358;FAO=51;FDP=358;FR=.,HEALED;FRO=306;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=139;FSRR=167;FWDB=-0.0194337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.183;QD=2.58799;RBI=0.070492;REFB=-0.0146104;REVB=-0.0677602;RO=252;SAF=28;SAR=17;SRF=129;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143648;STB=0.646829;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.062305;OID=.;OPOS=64014017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:358:252:306:45:51:0.142458:17:28:129:123:19:32:139:167 chr11 64014043 . CG CC,C 51.92 PASS AF=0.0309735,0.0929204;AO=9,46;DP=218;FAO=7,21;FDP=226;FR=.;FRO=198;FSAF=4,9;FSAR=3,12;FSRF=94;FSRR=104;FWDB=-0.0914095,-0.145515;FXX=0.00877155;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=21.47,9.1224;QD=0.918956;RBI=0.166658,0.169591;REFB=-0.0401602,-0.0746254;REVB=0.139353,0.0871012;RO=142;SAF=6,30;SAR=3,16;SRF=55;SRR=87;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.278586,0.325057;STB=0.592536,0.542065;STBP=0.65,0.675;TYPE=snp,del;VARB=0.0934019,0.0815749;OID=.,.;OPOS=64014044,64014044;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0309735,0.0929204:9,46:218:7,21:226:198:4,9:3,12:94:104:33:142:6,30:3,16:55:87 chr11 64022459 . A G 4260.09 PASS AF=1;AO=224;DP=262;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.327;QD=62.8795;RBI=0.0427509;REFB=0;REVB=0.0264113;RO=0;SAF=91;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76133e-05;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:262:271:0:0:224:271:1:133:91:0:0:144:127:0:0 chr11 64026144 . G A 569.93 PASS AF=0.423611;AO=60;DP=144;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=59;FSRF=10;FSRR=73;FWDB=-0.0806772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6493;QD=15.8314;RBI=0.0819041;REFB=0.0162401;REVB=-0.0141232;RO=76;SAF=1;SAR=59;SRF=9;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548685;STB=0.728292;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0167332;OID=.;OPOS=64026144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:76:83:60:61:0.423611:59:1:9:67:59:2:10:73 chr11 64034911 . G A 904.69 PASS AF=0.481481;AO=91;DP=190;FAO=91;FDP=189;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=0.00297089;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.59;QD=19.1468;RBI=0.012101;REFB=-0.00856019;REVB=0.0117306;RO=98;SAF=47;SAR=44;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036932;STB=0.502037;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00805786;OID=.;OPOS=64034911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:98:98:91:91:0.481481:44:47:51:47:44:47:51:47 chr11 64066859 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.299;QD=54.5175;RBI=0.0256662;REFB=0;REVB=0.0250302;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157987;OID=.;OPOS=64066859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr11 64066999 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0319442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.475;QD=17.2296;RBI=0.0801124;REFB=0.0264809;REVB=0.0734681;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436085;STB=0.749463;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00197961;OID=.;OPOS=64066999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:0:6:3:5:0:6 chr11 64083269 . G A 43.33 PASS AF=0.0687023;AO=17;DP=262;FAO=18;FDP=262;FR=.;FRO=244;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=126;FSRR=118;FWDB=0.0202485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.063;QD=0.661588;RBI=0.0365871;REFB=-0.00294842;REVB=0.0304732;RO=217;SAF=7;SAR=10;SRF=121;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16057;STB=0.566762;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0563701;OID=.;OPOS=64083269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:262:262:217:244:17:18:0.0687023:10:7:121:96:10:8:126:118 chr11 64083276 . A T 44.24 PASS AF=0.0703125;AO=18;DP=259;FAO=18;FDP=256;FR=.;FRO=238;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=121;FSRR=117;FWDB=-0.0124418;FXX=0.0115826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7949;QD=0.691315;RBI=0.0908126;REFB=-0.000864281;REVB=-0.0899562;RO=198;SAF=8;SAR=10;SRF=105;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986966;STB=0.559344;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00226251;OID=.;OPOS=64083276;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:259:256:198:238:18:18:0.0703125:10:8:105:93:10:8:121:117 chr11 64083290 . G A 45.61 PASS AF=0.0722892;AO=18;DP=249;FAO=18;FDP=249;FR=.;FRO=231;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=100;FSRR=131;FWDB=0.0255064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5766;QD=0.732643;RBI=0.0262087;REFB=-0.00164056;REVB=0.00602642;RO=231;SAF=7;SAR=11;SRF=100;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050104;STB=0.542099;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0248719;OID=.;OPOS=64083290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:249:249:231:231:18:18:0.0722892:11:7:100:131:11:7:100:131 chr11 64083293 . G T 38.54 PASS AF=0.0653846;AO=17;DP=260;FAO=17;FDP=260;FR=.;FRO=243;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=101;FSRR=142;FWDB=0.0214328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.916;QD=0.592873;RBI=0.0232174;REFB=-0.0011931;REVB=0.00892669;RO=242;SAF=7;SAR=10;SRF=101;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00617797;STB=0.503727;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0190649;OID=.;OPOS=64083293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:260:260:242:243:17:17:0.0653846:10:7:101:141:10:7:101:142 chr11 64083300 . G A 38.87 PASS AF=0.0656371;AO=17;DP=252;FAO=17;FDP=259;FR=.;FRO=242;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=96;FSRR=146;FWDB=-0.0355471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.593;QD=0.600277;RBI=0.0406786;REFB=-0.00336762;REVB=-0.0197775;RO=233;SAF=7;SAR=10;SRF=93;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142366;STB=0.514592;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0427532;OID=.;OPOS=64083300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:252:259:233:242:17:17:0.0656371:10:7:93:140:10:7:96:146 chr11 64083318 . G A 90.9 PASS AF=0.106838;AO=25;DP=234;FAO=25;FDP=234;FR=.;FRO=209;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=91;FSRR=118;FWDB=-0.0333347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.837;QD=1.55384;RBI=0.0500619;REFB=-0.00393972;REVB=-0.0373496;RO=206;SAF=8;SAR=17;SRF=91;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155979;STB=0.60903;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0686643;OID=.;OPOS=64083318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:234:234:206:209:25:25:0.106838:17:8:91:115:17:8:91:118 chr11 64083320 . T C 92.85 PASS AF=0.110132;AO=25;DP=228;FAO=25;FDP=227;FR=.;FRO=202;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=86;FSRR=116;FWDB=-0.0234213;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8116;QD=1.63609;RBI=0.0459964;REFB=-0.0112864;REVB=-0.0395867;RO=197;SAF=7;SAR=18;SRF=83;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187513;STB=0.64077;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0581405;OID=.;OPOS=64083320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:228:227:197:202:25:25:0.110132:18:7:83:114:18:7:86:116 chr11 64083328 . C T 111.09 PASS AF=0.126214;AO=27;DP=206;FAO=26;FDP=206;FR=.;FRO=180;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=79;FSRR=101;FWDB=0.0351859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3752;QD=2.15715;RBI=0.0702547;REFB=-0.00125693;REVB=0.0608085;RO=177;SAF=7;SAR=20;SRF=77;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238819;STB=0.700577;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.012111;OID=.;OPOS=64083328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:177:180:27:26:0.126214:20:7:77:100:20:6:79:101 chr11 64083331 . C T 112.26 PASS AF=0.127451;AO=26;DP=204;FAO=26;FDP=204;FR=.;FRO=178;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=78;FSRR=100;FWDB=0.0289536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.693;QD=2.20118;RBI=0.0367392;REFB=-0.00272441;REVB=-0.0226155;RO=178;SAF=6;SAR=20;SRF=78;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282576;STB=0.699835;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0438266;OID=.;OPOS=64083331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:178:178:26:26:0.127451:20:6:78:100:20:6:78:100 chr11 64084113 . A G 2511.09 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.679;QD=61.6219;RBI=0.0147238;REFB=0;REVB=0.00404436;RO=0;SAF=85;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67852e-05;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:78:85:0:0:78:85:0:0 chr11 64085785 . A G 4780.9 PASS AF=1;AO=306;DP=308;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114701;FXX=0.00324665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.366;QD=62.2918;RBI=0.0250575;REFB=0;REVB=0.0222781;RO=0;SAF=114;SAR=192;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6977e-05;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:308:307:0:0:306:307:1:192:114:0:0:193:114:0:0 chr11 64089078 . A G 340.2 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=107;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0116964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.7;QD=12.7177;RBI=0.0120845;REFB=-0.00270453;REVB=-0.00303786;RO=65;SAF=18;SAR=23;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12357;STB=0.574702;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00377479;OID=.;OPOS=64089078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:66:41:41:0.383178:23:18:36:29:23:18:37:29 chr11 64107735 . G A 447.02 PASS AF=0.408;AO=51;DP=125;FAO=51;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00915582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.822;QD=14.3045;RBI=0.00970358;REFB=-0.0185117;REVB=0.00321412;RO=74;SAF=28;SAR=23;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939933;STB=0.552957;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0315827;OID=.;OPOS=64107735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:74:51:51:0.408:23:28:34:40:23:28:34:40 chr11 64109118 . T G 350.48 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00315045;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.714;QD=16.493;RBI=0.0158245;REFB=-0.0279545;REVB=-0.0155077;RO=45;SAF=21;SAR=17;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619007;STB=0.535096;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0277674;OID=.;OPOS=64109118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:45:47:38:38:0.447059:17:21:22:23:17:21:23:24 chr11 64110668 . G A 1632.08 PASS AF=0.350087;AO=200;DP=548;FAO=202;FDP=577;FR=.;FRO=375;FSAF=99;FSAR=103;FSRF=183;FSRR=192;FWDB=0.00986879;FXX=0.0415275;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.577;QD=11.3143;RBI=0.0319327;REFB=-0.023103;REVB=-0.0303694;RO=327;SAF=99;SAR=101;SRF=169;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02409;STB=0.501365;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0403697;OID=.;OPOS=64110668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:548:577:327:375:200:202:0.350087:101:99:169:158:103:99:183:192 chr11 64110683 . G C 2362.02 PASS AF=0.44;AO=249;DP=572;FAO=253;FDP=575;FR=.;FRO=322;FSAF=112;FSAR=141;FSRF=152;FSRR=170;FWDB=-0.0153744;FXX=0.00346614;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.598;QD=16.4314;RBI=0.0391616;REFB=-0.013035;REVB=0.0360175;RO=321;SAF=111;SAR=138;SRF=152;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284433;STB=0.516597;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.020666;OID=.;OPOS=64110683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:572:575:321:322:249:253:0.44:138:111:152:169:141:112:152:170 chr11 64111928 . T C 487.39 PASS AF=0.46281;AO=48;DP=116;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00897627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.316;QD=16.1122;RBI=0.0168467;REFB=-0.0089577;REVB=-0.0142561;RO=61;SAF=21;SAR=27;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1518;STB=0.5835;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0230028;OID=.;OPOS=64111928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:121:61:65:48:56:0.46281:27:21:36:25:32:24:38:27 chr11 64116843 . A C 1126.31 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9516;QD=60.0699;RBI=0.175964;REFB=0;REVB=-0.0183752;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760983;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:71:75:1:39:32:0:0:39:36:0:0 chr11 64124515 . T C 659.34 PASS AF=0.471831;AO=64;DP=140;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0233381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.899;QD=18.5728;RBI=0.0239268;REFB=-0.0189518;REVB=-0.00527526;RO=74;SAF=27;SAR=37;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892369;STB=0.554408;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0178609;OID=.;OPOS=64124515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:74:75:64:67:0.471831:37:27:38:36:39:28:39:36 chr11 64124823 . C T 1453.36 PASS AF=0.445748;AO=152;DP=344;FAO=152;FDP=341;FR=.;FRO=189;FSAF=87;FSAR=65;FSRF=93;FSRR=96;FWDB=0.00092964;FXX=0.00872068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.715;QD=17.0483;RBI=0.0143979;REFB=-0.00584533;REVB=-0.0143679;RO=186;SAF=87;SAR=65;SRF=92;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779604;STB=0.544865;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00766228;OID=.;OPOS=64124823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:341:186:189:152:152:0.445748:65:87:92:94:65:87:93:96 chr11 64124940 . T G 1210.64 PASS AF=0.50211;AO=104;DP=224;FAO=119;FDP=237;FR=.,HEALED;FRO=118;FSAF=46;FSAR=73;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=0.0226806;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9671;QD=20.4327;RBI=0.15738;REFB=0.00888068;REVB=0.155737;RO=90;SAF=43;SAR=61;SRF=59;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203955;STB=0.570548;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00741723;OID=.;OPOS=64124940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:237:90:118:104:119:0.50211:61:43:59:31:73:46:62:56 chr11 64127744 . A G 820.17 PASS AF=0.542254;AO=77;DP=142;FAO=77;FDP=142;FR=.;FRO=65;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.000397232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.968;QD=23.1032;RBI=0.0239292;REFB=-0.00465516;REVB=-0.0239259;RO=62;SAF=50;SAR=27;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00375043;STB=0.516894;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0057756;OID=.;OPOS=64127744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:62:65:77:77:0.542254:27:50:40:22:27:50:40:25 chr11 64138805 . T C 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0328891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3147;QD=19.9284;RBI=0.0382315;REFB=-0.0164534;REVB=-0.0194924;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104918;STB=0.559899;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0205845;OID=.;OPOS=64138805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:4:5:5:7:4:5 chr11 64138905 . T G 49.05 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0015167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.509;QD=14.0136;RBI=0.0718053;REFB=0.00106459;REVB=-0.0717893;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439386;STB=0.768342;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0227999;OID=.;OPOS=64138905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:3:4:1:6:3:4 chr11 64359286 . C T 383.11 PASS AF=0.338129;AO=45;DP=137;FAO=47;FDP=139;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.0171074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.56;QD=11.0248;RBI=0.0180709;REFB=-0.00505926;REVB=0.00582203;RO=87;SAF=22;SAR=23;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192994;STB=0.52859;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00918204;OID=.;OPOS=64359286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:87:92:45:47:0.338129:23:22:44:43:24:23:49:43 chr11 64360274 . T C 813.35 PASS AF=0.518987;AO=82;DP=158;FAO=82;FDP=158;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.00396919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.338;QD=20.5911;RBI=0.0140518;REFB=-0.0139844;REVB=-0.0134796;RO=76;SAF=38;SAR=44;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666675;STB=0.536576;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0137795;OID=.;OPOS=64360274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:76:76:82:82:0.518987:44:38:41:35:44:38:41:35 chr11 64367325 . A G 8240.06 PASS AF=1;AO=444;DP=524;FAO=521;FDP=521;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=251;FSAR=270;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302795;FXX=0.00191567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8969;QD=63.2635;RBI=0.0389076;REFB=0;REVB=0.0244327;RO=0;SAF=213;SAR=231;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193804;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:524:521:0:0:444:521:1:231:213:0:0:270:251:0:0 chr11 64418900 . G A 1228.05 PASS AF=0.528634;AO=118;DP=224;FAO=120;FDP=227;FR=.;FRO=107;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=47;FSRR=60;FWDB=0.0238137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.075;QD=21.6396;RBI=0.0431621;REFB=-0.0486802;REVB=-0.0359982;RO=106;SAF=51;SAR=67;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00985573;STB=0.502838;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0380187;OID=.;OPOS=64418900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:227:106:107:118:120:0.528634:67:51:47:59:68:52:47:60 chr11 64507680 . A C 1542.91 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.65;QD=63.6252;RBI=0.0443305;REFB=0;REVB=-0.0269335;RO=0;SAF=60;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388113;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:36:60:0:0:36:61:0:0 chr11 64510898 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.056;QD=35.5759;RBI=0.0244309;REFB=0;REVB=0.00302542;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186834;OID=.;OPOS=64510898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr11 64511050 . G C 9418.39 PASS AF=0.988562;AO=602;DP=611;FAO=605;FDP=612;FR=.;FRO=7;FSAF=215;FSAR=390;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0288839;FXX=0.00163129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.461;QD=61.5581;RBI=0.0343701;REFB=-0.19379;REVB=0.0186286;RO=8;SAF=214;SAR=388;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974341;STB=0.504447;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000418956;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:611:612:8:7:602:605:0.988562:388:214:0:8:390:215:0:7 chr11 64559898 . T C 365.81 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0024287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.685;QD=18.7596;RBI=0.00264576;REFB=-0.0191485;REVB=0.0010495;RO=39;SAF=7;SAR=31;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247011;STB=0.63493;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0187301;OID=.;OPOS=64559898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:40:38:38:0.487179:31:7:15:24:31:7:15:25 chr11 64572018 . T C 725.99 PASS AF=0.518248;AO=70;DP=138;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.0061062;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.106;QD=21.1966;RBI=0.02345;REFB=-0.0316169;REVB=0.022641;RO=64;SAF=34;SAR=36;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138056;STB=0.578042;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0331664;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:64:66:70:71:0.518248:36:34:21:43:37:34:21:45 chr11 64572557 . A G 1339.62 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.378;QD=62.308;RBI=0.0361752;REFB=0;REVB=-0.0157952;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86315e-05;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:84:86:1:43:41:0:0:43:43:0:0 chr11 64572602 . G A 496.74 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.00281167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.314;QD=16.5581;RBI=0.0198824;REFB=-0.0126878;REVB=-0.0196825;RO=66;SAF=23;SAR=31;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017018;STB=0.50949;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.019746;OID=.;OPOS=64572602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:66:54:54:0.45:31:23:27:39:31:23:27:39 chr11 64591679 . G A 715.55 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021003;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.023;QD=63.6042;RBI=0.0221551;REFB=0;REVB=0.00705142;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20045e-05;OID=.;OPOS=64591679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr11 64606177 . C T 2685.32 PASS AF=0.927835;AO=149;DP=197;FAO=180;FDP=194;FR=.;FRO=14;FSAF=113;FSAR=67;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0264582;FXX=0.0152277;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.1389;QD=55.3674;RBI=0.0449822;REFB=-0.143758;REVB=0.0363781;RO=0;SAF=107;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69139e-08;STB=0.509815;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00438649;OID=.;OPOS=64606177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:197:194:0:14:149:180:0.927835:42:107:0:0:67:113:7:7 chr11 64621856 . A G 1682.15 PASS AF=1;AO=97;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.679;QD=60.6179;RBI=0.0962505;REFB=0;REVB=0.0936994;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499996;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:97:111:1:38:59:0:0:51:60:0:0 chr11 64622869 . G C 2319.72 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010765;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.68;QD=63.554;RBI=0.00174481;REFB=0;REVB=-0.00137313;RO=0;SAF=76;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2996e-06;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:146:0:0:143:146:1:67:76:0:0:68:78:0:0 chr11 64645871 . A G 2809.21 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.393;QD=62.7757;RBI=0.0233821;REFB=0;REVB=0.0088096;RO=0;SAF=75;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10627e-05;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:104:75:0:0:104:75:0:0 chr11 64677290 . T TC 579.11 PASS AF=1;AO=13;DP=118;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903949;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=6.6293;QD=21.6491;RBI=0.0921195;REFB=0;REVB=0.0177413;RO=105;SAF=9;SAR=4;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154061;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00312312;OID=.;OPOS=64677291;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:118:107:107:0:60:47:0:0:17:105:9:4:60:45 chr11 64677293 . G C 1251.2 PASS AF=0.867257;AO=96;DP=112;FAO=98;FDP=113;FR=.;FRO=15;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0478652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7353;QD=44.2903;RBI=0.0547943;REFB=-0.0582778;REVB=0.0266708;RO=16;SAF=50;SAR=46;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619845;STB=0.537282;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0348971;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:112:113:16:15:96:98:0.867257:46:50:12:4:47:51:12:3 chr11 64680819 . G A 2773.01 PASS AF=0.983696;AO=178;DP=181;FAO=181;FDP=184;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=90;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.02773;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.687;QD=60.2828;RBI=0.0299898;REFB=-0.0913914;REVB=0.0114209;RO=3;SAF=90;SAR=88;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015601;STB=0.508107;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000541275;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:181:184:3:3:178:181:0.983696:88:90:3:0:90:91:3:0 chr11 64808647 . A C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.385;QD=53.9105;RBI=0.0249484;REFB=0;REVB=-0.00448233;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117331;OID=.;OPOS=64808647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr11 64820695 . T G 7889.93 PASS AF=1;AO=496;DP=499;FAO=496;FDP=496;FR=.;FRO=0;FSAF=209;FSAR=287;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164083;FXX=0.0060119;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.418;QD=63.6285;RBI=0.0291297;REFB=-0.0538663;REVB=-0.0240688;RO=3;SAF=209;SAR=287;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680317;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297676;OID=.;OPOS=64820695;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:499:496:3:0:496:496:1:287:209:3:0:287:209:0:0 chr11 64851453 . CT C 1891.74 PASS AF=1;AO=170;DP=202;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403741;FXX=0.0099005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.5663;QD=37.8347;RBI=0.0442633;REFB=0;REVB=-0.0181433;RO=2;SAF=76;SAR=94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0011848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000358835;OID=.;OPOS=64851454;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:170:202:200:200:0:98:102:0:0:39:2:76:94:1:1 chr11 64852421 . T C 1914.78 PASS AF=0.955556;AO=124;DP=135;FAO=129;FDP=135;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0112882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8245;QD=56.7342;RBI=0.0182372;REFB=-0.186999;REVB=0.0143239;RO=8;SAF=53;SAR=71;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615855;STB=0.503897;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00733686;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:135:135:8:6:124:129:0.955556:71:53:3:5:75:54:2:4 chr11 64856500 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.612;QD=51.1826;RBI=0.0276301;REFB=0;REVB=-0.012002;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183821;OID=.;OPOS=64856500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr11 64878661 . T C 2275.47 PASS AF=0.993197;AO=128;DP=134;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.169138;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8458;QD=61.9175;RBI=0.172;REFB=-0.122313;REVB=0.0312467;RO=3;SAF=34;SAR=94;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040094;STB=0.505262;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00202983;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:134:147:3:1:128:146:0.993197:94:34:3:0:99:47:1:0 chr11 64880090 . G C 623.15 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166455;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.4434;QD=60.7951;RBI=0.0702081;REFB=0;REVB=0.0682064;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250566;OID=.;OPOS=64880090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:24:15:0:0:25:16:0:0 chr11 64884052 . G A 2200.47 PASS AF=0.922156;AO=154;DP=167;FAO=154;FDP=167;FR=.;FRO=13;FSAF=83;FSAR=71;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0255031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.466;QD=52.7058;RBI=0.0316247;REFB=-0.119936;REVB=0.0187007;RO=1;SAF=83;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569728;STB=0.524044;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000951138;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:167:167:1:13:154:154:0.922156:71:83:1:0:71:83:3:10 chr11 64895202 . A G 3621.22 PASS AF=0.991453;AO=227;DP=230;FAO=232;FDP=234;FR=.;FRO=2;FSAF=157;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00053213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.368;QD=61.9012;RBI=0.0267355;REFB=0.0804435;REVB=0.0267302;RO=3;SAF=153;SAR=74;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000207528;STB=0.503164;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.000534628;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:230:234:3:2:227:232:0.991453:74:153:2:1:75:157:2:0 chr11 64948719 . TCCCCCT TCCCCT,TCCCCTC 48.32 PASS AF=0.0916335,0.0318725;AO=60,15;DP=261;FAO=23,8;FDP=251;FR=.;FRO=220;FSAF=9,8;FSAR=14,0;FSRF=98;FSRR=122;FWDB=-0.165523,-0.071099;FXX=0.0195305;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.8805,102.968;QD=0.770039;RBI=0.180935,0.0711614;REFB=-0.120249,-0.00913615;REVB=0.0730726,0.00297894;RO=164;SAF=41,15;SAR=19,0;SRF=53;SRR=111;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.426148,0.687965;STB=0.550286,0.99884;STBP=0.613,0.002;TYPE=del,mnp;VARB=0.162414,0.0823421;OID=.,.;OPOS=64948720,64948724;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=TCCCCT,TCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0916335,0.0318725:60,15:261:23,8:251:220:9,8:14,0:98:122:23:164:41,15:19,0:53:111 chr11 64981472 . G C 1501.39 PASS AF=0.503333;AO=151;DP=303;FAO=151;FDP=300;FR=.;FRO=149;FSAF=65;FSAR=86;FSRF=64;FSRR=85;FWDB=-0.0954961;FXX=0.0131575;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2214;QD=20.0185;RBI=0.0967706;REFB=0.0311484;REVB=0.0156536;RO=150;SAF=65;SAR=86;SRF=66;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00882998;STB=0.500473;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0322422;OID=.;OPOS=64981472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:300:150:149:151:151:0.503333:86:65:66:84:86:65:64:85 chr11 64981853 . G T 602.4 PASS AF=0.480916;AO=62;DP=130;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0174764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8632;QD=18.3939;RBI=0.101203;REFB=0.0235688;REVB=0.0996831;RO=67;SAF=35;SAR=27;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818757;STB=0.536615;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0296141;OID=.;OPOS=64981853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:67:68:62:63:0.480916:27:35:32:35:28:35:33:35 chr11 64990041 . G C 538.92 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0149632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.409;QD=17.8157;RBI=0.0154084;REFB=-0.0101462;REVB=0.00367708;RO=64;SAF=28;SAR=29;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529699;STB=0.529401;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0106547;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:29:28:35:29:29:28:35:29 chr11 65000719 . C T 1454.64 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0275748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.711;QD=59.985;RBI=0.031519;REFB=-0.129292;REVB=-0.0152668;RO=1;SAF=44;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106543;STB=0.510867;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000549801;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:96:97:1:2:94:95:0.979381:50:44:1:0:50:45:2:0 chr11 65004301 . G T 4783.51 PASS AF=1;AO=299;DP=299;FAO=306;FDP=306;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5826;QD=62.5295;RBI=0.0810651;REFB=0;REVB=0.074186;RO=0;SAF=130;SAR=169;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146508;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:299:306:0:0:299:306:1:169:130:0:0:174:132:0:0 chr11 65088490 . A G 992.14 PASS AF=0.502591;AO=97;DP=193;FAO=97;FDP=193;FR=.;FRO=96;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.00919253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.252;QD=20.5624;RBI=0.00950803;REFB=0.000346078;REVB=0.00242899;RO=93;SAF=42;SAR=55;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00261899;STB=0.507544;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00047587;OID=.;OPOS=65088490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:93:96:97:97:0.502591:55:42:40:53:55:42:43:53 chr11 65089792 . G C 511.16 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.02988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8345;QD=18.5875;RBI=0.0506497;REFB=-0.0148003;REVB=0.0408971;RO=53;SAF=27;SAR=27;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845694;STB=0.518175;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0163488;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:53:56:54:54:0.490909:27:27:27:26:27:27:30:26 chr11 65120386 . CTTTTT CTTTTC,CTTTT 803.72 PASS AF=0.49635,0.262774;AO=54,26;DP=148;FAO=68,36;FDP=137;FR=.;FRO=33;FSAF=31,17;FSAR=37,19;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00541177,0.059284;FXX=0.0743193;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=209.96,3.3168;QD=23.4662;RBI=0.00568059,0.134484;REFB=-0.0413499,-0.281212;REVB=-0.00172677,0.120712;RO=19;SAF=23,10;SAR=31,16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0235209,-0.0702482;STB=0.568551,0.592276;STBP=0.052,0.133;TYPE=snp,del;VARB=0.0188052,0.205416;OID=.,.;OPOS=65120391,65120387;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTC,CTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.49635,0.262774:54,26:148:68,36:137:33:31,17:37,19:22:11:99:19:23,10:31,16:9:10 chr11 65144075 . T C 2293.43 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.638;QD=63.7065;RBI=0.0264528;REFB=0;REVB=0.0220128;RO=0;SAF=76;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5518e-05;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:68:76:0:0:68:76:0:0 chr11 65144138 . TG T 141.63 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0285706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.308;QD=13.4888;RBI=0.0288115;REFB=-0.1399;REVB=-0.00371768;RO=18;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.508475;SSSB=-0.299882;STB=0.667211;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.129342;OID=.;OPOS=65144139;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:24:42:24:42:18:7:17:12:6:76:18:7:17:12:6 chr11 65161129 . C T 1039.92 PASS AF=0.477679;AO=107;DP=224;FAO=107;FDP=224;FR=.;FRO=117;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=0.023223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.611;QD=18.57;RBI=0.0281172;REFB=-0.0324838;REVB=0.0158515;RO=115;SAF=55;SAR=52;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090967;STB=0.500626;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0340768;OID=.;OPOS=65161129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:115:117:107:107:0.477679:52:55:58:57:52:55:60:57 chr11 65168281 . C T 1214.77 PASS AF=0.409091;AO=132;DP=329;FAO=135;FDP=330;FR=.;FRO=195;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=73;FSRR=122;FWDB=-0.00212981;FXX=0.00900874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.289;QD=14.7244;RBI=0.00312644;REFB=-0.0169089;REVB=0.00228879;RO=195;SAF=57;SAR=75;SRF=72;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688126;STB=0.54232;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0178378;OID=.;OPOS=65168281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:330:195:195:132:135:0.409091:75:57:72:123:75:60:73:122 chr11 65180883 . A G 2990.22 PASS AF=1;AO=188;DP=191;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0648212;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.2;QD=63.6217;RBI=0.0668498;REFB=0;REVB=0.0163434;RO=0;SAF=71;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53293e-05;OID=.;OPOS=65180883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:188:0:0:188:188:1:117:71:0:0:117:71:0:0 chr11 65211940 . C A 1417.21 PASS AF=0.52809;AO=137;DP=259;FAO=141;FDP=267;FR=.;FRO=126;FSAF=62;FSAR=79;FSRF=74;FSRR=52;FWDB=0.0275895;FXX=0.0037312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.065;QD=21.2316;RBI=0.0283916;REFB=-0.024072;REVB=-0.00670077;RO=122;SAF=62;SAR=75;SRF=73;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125354;STB=0.56948;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0216019;OID=.;OPOS=65211940;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:267:122:126:137:141:0.52809:75:62:73:49:79:62:74:52 chr11 65222952 . T C 324.3 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=109;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0163648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.637;QD=11.9009;RBI=0.016401;REFB=-0.00403835;REVB=0.00109023;RO=69;SAF=25;SAR=15;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117533;STB=0.567342;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00731435;OID=.;OPOS=65222952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:69:69:40:40:0.366972:15:25:36:33:15:25:36:33 chr11 65347636 . G C 2231.88 PASS AF=0.993289;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0231548;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7686;QD=59.9161;RBI=0.0820588;REFB=-0.0564021;REVB=0.0787242;RO=0;SAF=93;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1973e-08;STB=0.504587;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000642044;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:0:1:147:148:0.993289:54:93:0:0:54:94:0:1 chr11 65349849 . A T 340.38 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.208;QD=54.4607;RBI=0.1278;REFB=0;REVB=0.0908825;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00445547;OID=.;OPOS=65349849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr11 65351074 . G A 1544.55 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00478976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.522;QD=58.285;RBI=0.0208435;REFB=-0.116822;REVB=0.0202857;RO=1;SAF=64;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735759;STB=0.503875;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000257267;OID=.;OPOS=65351074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:40:64:1:0:41:64:1:0 chr11 65380916 . G A 1881.19 PASS AF=0.434043;AO=204;DP=469;FAO=204;FDP=470;FR=.;FRO=266;FSAF=117;FSAR=87;FSRF=130;FSRR=136;FWDB=-0.000544547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4524;QD=16.0101;RBI=0.0372801;REFB=-0.0292662;REVB=-0.0372761;RO=260;SAF=117;SAR=87;SRF=129;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789632;STB=0.548356;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0443439;OID=.;OPOS=65380916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:469:470:260:266:204:204:0.434043:87:117:129:131:87:117:130:136 chr11 65383896 . G C 5333.86 PASS AF=1;AO=335;DP=337;FAO=335;FDP=335;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401553;FXX=0.00593454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2359;QD=63.6879;RBI=0.0708451;REFB=0;REVB=-0.058366;RO=0;SAF=165;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156755;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:337:335:0:0:335:335:1:170:165:0:0:170:165:0:0 chr11 65384727 . C T 1136.37 PASS AF=0.475806;AO=117;DP=250;FAO=118;FDP=248;FR=.;FRO=130;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=60;FSRR=70;FWDB=0.0120991;FXX=0.0158724;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.056;QD=18.3286;RBI=0.0126675;REFB=-0.0101172;REVB=-0.00375193;RO=127;SAF=48;SAR=69;SRF=58;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449038;STB=0.524766;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0115434;OID=.;OPOS=65384727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:248:127:130:117:118:0.475806:69:48:58:69:69:49:60:70 chr11 65385606 . A G 4036.03 PASS AF=1;AO=259;DP=259;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4057;QD=62.3325;RBI=0.033005;REFB=0;REVB=-0.0320857;RO=0;SAF=120;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.08839e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05368e-05;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:259:259:0:0:259:259:1:139:120:0:0:139:120:0:0 chr11 65387012 . C T 983.23 PASS AF=0.510638;AO=96;DP=188;FAO=96;FDP=188;FR=.;FRO=92;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.0158555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.811;QD=20.9198;RBI=0.0308765;REFB=-0.0381214;REVB=0.0264945;RO=91;SAF=52;SAR=44;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100135;STB=0.552202;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0374962;OID=.;OPOS=65387012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:91:92:96:96:0.510638:44:52:39:52:44:52:40:52 chr11 65387378 . T A 1260.08 PASS AF=0.518672;AO=122;DP=250;FAO=125;FDP=241;FR=.;FRO=116;FSAF=46;FSAR=79;FSRF=60;FSRR=56;FWDB=-0.0462319;FXX=0.0398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5933;QD=20.9142;RBI=0.0660266;REFB=-0.0118688;REVB=0.0471394;RO=114;SAF=43;SAR=79;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151476;STB=0.574179;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0126228;OID=.;OPOS=65387378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:241:114:116:122:125:0.518672:79:43:59:55:79:46:60:56 chr11 65405692 . GGC CGC,G 870.83 PASS AF=0,0.886598;AO=9,46;DP=102;FAO=0,86;FDP=97;FR=.;FRO=11;FSAF=0,48;FSAR=0,38;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.059101,-0.047025;FXX=0.191651;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=125.364,22.0212;QD=35.9104;RBI=0.0804663,0.0682213;REFB=0.039614,0.00498648;REVB=-0.0546067,0.0494246;RO=30;SAF=9,17;SAR=0,29;SRF=26;SRR=4;SSEN=0,0.25641;SSEP=0,0;SSSB=0.661797,-0.348729;STB=0.5,0.540717;STBP=1,0.033;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.0131798;OID=.,.;OPOS=65405692,65405693;OREF=G,GC;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:102:97:30:11:9,46:0,86:0,0.886598:0,29:9,17:26:4:0,38:0,48:10:1 chr11 65405696 . C G 40.4 PASS AF=0.0449438;AO=9;DP=184;FAO=8;FDP=178;FR=.,HEALED;FRO=163;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=73;FSRR=90;FWDB=-0.00100679;FXX=0.058198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.6428;QD=0.907854;RBI=0.061123;REFB=-0.0173867;REVB=-0.0611147;RO=156;SAF=7;SAR=2;SRF=70;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317932;STB=0.776802;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0325512;OID=.;OPOS=65405696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:184:178:156:163:9:8:0.0449438:2:7:70:86:2:6:73:90 chr11 65408937 . C T 926.73 PASS AF=0.559748;AO=88;DP=154;FAO=89;FDP=159;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0750819;FXX=0.0124216;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7506;QD=23.314;RBI=0.0761496;REFB=0.00606172;REVB=0.0127072;RO=66;SAF=36;SAR=52;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060894;STB=0.518643;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00416518;OID=.;OPOS=65408937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:159:66:70:88:89:0.559748:52:36:32:34:52:37:32:38 chr11 65423082 . G A 2882.03 PASS AF=0.984043;AO=184;DP=190;FAO=185;FDP=188;FR=.;FRO=3;FSAF=103;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0256009;FXX=0.0105258;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7329;QD=61.3198;RBI=0.0445764;REFB=-0.0601582;REVB=-0.0364918;RO=3;SAF=102;SAR=82;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137954;STB=0.507176;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00200321;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:190:188:3:3:184:185:0.984043:82:102:3:0:82:103:3:0 chr11 65545538 . C A 1400.81 PASS AF=0.435673;AO=147;DP=342;FAO=149;FDP=342;FR=.,HEALED;FRO=193;FSAF=70;FSAR=79;FSRF=90;FSRR=103;FWDB=0.00700052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.37;QD=16.3838;RBI=0.0459768;REFB=-0.00900691;REVB=-0.0454407;RO=154;SAF=68;SAR=79;SRF=89;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107124;STB=0.50197;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0111329;OID=.;OPOS=65545538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:154:193:147:149:0.435673:79:68:89:65:79:70:90:103 chr11 65546346 . G A 489.46 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00437941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.382;QD=18.2976;RBI=0.00769805;REFB=-0.0100987;REVB=-0.00633093;RO=55;SAF=28;SAR=24;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777289;STB=0.543087;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00932454;OID=.;OPOS=65546346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:24:28:25:30:24:28:25:30 chr11 65546857 . A C 1989.73 PASS AF=0.507812;AO=194;DP=380;FAO=195;FDP=384;FR=.;FRO=189;FSAF=75;FSAR=120;FSRF=72;FSRR=117;FWDB=-0.00471493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.511;QD=20.7264;RBI=0.00532976;REFB=-0.0275236;REVB=-0.00248511;RO=186;SAF=75;SAR=119;SRF=71;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461002;STB=0.501906;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0248972;OID=.;OPOS=65546857;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:384:186:189:194:195:0.507812:119:75:71:115:120:75:72:117 chr11 65547333 . G A 1718.61 PASS AF=0.452926;AO=176;DP=398;FAO=178;FDP=393;FR=.;FRO=215;FSAF=82;FSAR=96;FSRF=79;FSRR=136;FWDB=-0.0137067;FXX=0.0174996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.119;QD=17.4922;RBI=0.0152357;REFB=-0.00763692;REVB=-0.00665215;RO=200;SAF=80;SAR=96;SRF=75;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07816;STB=0.551734;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00797828;OID=.;OPOS=65547333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:393:200:215:176:178:0.452926:96:80:75:125:96:82:79:136 chr11 65547455 . C A 985.52 PASS AF=0.489899;AO=96;DP=198;FAO=97;FDP=198;FR=.;FRO=101;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.00370142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.287;QD=19.9096;RBI=0.00458214;REFB=-0.0169635;REVB=-0.00270102;RO=99;SAF=46;SAR=50;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004084;STB=0.504543;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.015237;OID=.;OPOS=65547455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:99:101:96:97:0.489899:50:46:47:52:51:46:47:54 chr11 65563502 . TA T,TT 260.34 PASS AF=0.434783,0;AO=7,18;DP=66;FAO=30,0;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=18,0;FSAR=12,0;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00685007,-0.00847482;FXX=0.028165;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=271.756,271.976;QD=15.0922;RBI=0.00973729,0.0096089;REFB=-0.00204231,-0.00158124;REVB=0.00692036,0.00452862;RO=35;SAF=3,12;SAR=4,6;SRF=21;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.204311,0.0810965;STB=0.509085,0.5;STBP=0.903,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00926145,0.0203607;OID=.,.;OPOS=65563503,65563503;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783,0:7,18:66:30,0:69:39:18,0:12,0:24:15:99:35:3,12:4,6:21:14 chr11 65617113 . AGGGGGT AGGGGT,AGGGGTC,CAGGGGT 1336.5 PASS AF=1,0,0;AO=73,10,7;DP=104;FAO=108,0,0;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58,0,0;FSAR=50,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127188,-0.11297,-0.0444496;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=17.7178,88.3344,5.68919;QD=49.5001;RBI=0.100405,0.113554,0.080214;REFB=0,0,0;REVB=-0.0995961,-0.0114953,-0.0667721;RO=1;SAF=36,10,5;SAR=37,0,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.012613,0.819712,0.173072;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=-0.00108792,0,0;OID=.,.,.;OPOS=65617114,65617118,65617113;OREF=G,GT,AG;OALT=-,TC,CA;OMAPALT=AGGGGT,AGGGGTC,CAGGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:108:1:0:73,10,7:108,0,0:1,0,0:37,0,2:36,10,5:0:1:50,0,0:58,0,0:0:0 chr11 65623519 . G A 834.42 PASS AF=0.578947;AO=77;DP=133;FAO=77;FDP=133;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00274256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.206;QD=25.0953;RBI=0.0027877;REFB=-0.00466938;REVB=0.000499631;RO=56;SAF=25;SAR=52;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586708;STB=0.53199;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00355714;OID=.;OPOS=65623519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:56:56:77:77:0.578947:52:25:22:34:52:25:22:34 chr11 65624934 . A C 2090.6 PASS AF=0.444223;AO=223;DP=502;FAO=223;FDP=502;FR=.;FRO=279;FSAF=114;FSAR=109;FSRF=116;FSRR=163;FWDB=0.0069304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.713;QD=16.6581;RBI=0.00711818;REFB=-0.00296827;REVB=-0.00162419;RO=279;SAF=114;SAR=109;SRF=116;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958197;STB=0.552939;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00348677;OID=.;OPOS=65624934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:502:279:279:223:223:0.444223:109:114:116:163:109:114:116:163 chr11 65628334 . G A 733.01 PASS AF=0.518248;AO=71;DP=137;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.00247326;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.513;QD=21.4019;RBI=0.052763;REFB=-0.00948803;REVB=0.052705;RO=66;SAF=49;SAR=22;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152772;STB=0.584227;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00978265;OID=.;OPOS=65628334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:66:66:71:71:0.518248:22:49:35:31:22:49:35:31 chr11 65629932 . T C 366.18 PASS AF=0.376068;AO=41;DP=114;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0346098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.871;QD=12.5192;RBI=0.0354451;REFB=-0.0121266;REVB=-0.00764956;RO=71;SAF=19;SAR=22;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299443;STB=0.546987;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0093267;OID=.;OPOS=65629932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:71:73:41:44:0.376068:22:19:31:40:22:22:31:42 chr11 65629934 . G C 364.2 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=117;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0435238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.423;QD=12.4514;RBI=0.0478075;REFB=-0.0160204;REVB=-0.0197796;RO=73;SAF=22;SAR=22;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826065;STB=0.546987;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00489805;OID=.;OPOS=65629934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:73:73:44:44:0.376068:22:22:31:42:22:22:31:42 chr11 65631167 . C T 751.05 PASS AF=0.503448;AO=73;DP=145;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=-0.0079297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.843;QD=20.7187;RBI=0.00929078;REFB=-0.0124192;REVB=0.00484134;RO=72;SAF=48;SAR=25;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00917327;STB=0.505049;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0116669;OID=.;OPOS=65631167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:72:72:73:73:0.503448:25:48:48:24:25:48:48:24 chr11 65631973 . G A 692.46 PASS AF=0.446429;AO=75;DP=168;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=0.0225619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.753;QD=16.4872;RBI=0.0547915;REFB=-0.00162791;REVB=0.0499306;RO=93;SAF=51;SAR=24;SRF=58;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626571;STB=0.534924;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00172885;OID=.;OPOS=65631973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:93:93:75:75:0.446429:24:51:58:35:24:51:58:35 chr11 65632262 . G T 441.1 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.013868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.462;QD=16.0398;RBI=0.0211851;REFB=-0.0143729;REVB=-0.0160152;RO=60;SAF=24;SAR=25;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138581;STB=0.571825;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0178276;OID=.;OPOS=65632262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:61:49:49:0.445455:25:24:21:39:25:24:22:39 chr11 65636053 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.922;QD=61.0492;RBI=0.0228337;REFB=0;REVB=-0.00747898;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.179e-05;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr11 65638719 . G A 704.81 PASS AF=0.427778;AO=75;DP=179;FAO=77;FDP=180;FR=.;FRO=103;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=0.0504893;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2583;QD=15.6624;RBI=0.0561571;REFB=-0.0171682;REVB=0.0245854;RO=102;SAF=43;SAR=32;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762395;STB=0.530856;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.028545;OID=.;OPOS=65638719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:102:103:75:77:0.427778:32:43:51:51:34:43:52:51 chr11 65649774 . A G 1510.74 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.485;QD=63.6101;RBI=0.064777;REFB=0;REVB=-0.0287716;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51172e-05;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr11 65649984 . T C 1465.03 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0246094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.636;QD=61.0431;RBI=0.025141;REFB=-0.172695;REVB=0.00514281;RO=1;SAF=55;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854356;STB=0.508927;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000692015;OID=.;OPOS=65649984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:1:2:94:94:0.979167:39:55:1:0:39:55:2:0 chr11 65658682 . C T 821.58 PASS AF=0.461957;AO=85;DP=186;FAO=85;FDP=184;FR=.;FRO=99;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=0.0724363;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.251;QD=17.8604;RBI=0.072632;REFB=-0.0103007;REVB=0.00532744;RO=98;SAF=39;SAR=46;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399405;STB=0.519503;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00934793;OID=.;OPOS=65658682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:184:98:99:85:85:0.461957:46:39:49:49:46:39:49:50 chr11 65664346 . T C 2106.67 PASS AF=0.942308;AO=146;DP=155;FAO=147;FDP=156;FR=.;FRO=9;FSAF=71;FSAR=76;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00238833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.784;QD=54.0173;RBI=0.0125213;REFB=0.0503633;REVB=0.0122914;RO=9;SAF=70;SAR=76;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206461;STB=0.5106;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.000292945;OID=.;OPOS=65664346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:155:156:9:9:146:147:0.942308:76:70:6:3:76:71:6:3 chr11 65667796 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.69;QD=39.2067;RBI=0.085629;REFB=0;REVB=0.0846874;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00099812;OID=.;OPOS=65667796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr11 65684929 . C T 2245.81 PASS AF=0.962264;AO=152;DP=159;FAO=153;FDP=159;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=89;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0307925;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=345.439;QD=56.4984;RBI=0.0308002;REFB=-0.0583714;REVB=0.000687863;RO=3;SAF=64;SAR=88;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217711;STB=0.516005;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000204868;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:159:159:3:6:152:153:0.962264:88:64:3:0:89:64:5:1 chr11 65685225 . T C 1465.37 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120814;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.944;QD=58.6149;RBI=0.0273845;REFB=0.102864;REVB=-0.0245754;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000389018;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:51:48:0:0:51:48:0:1 chr11 65713207 . T C 2785.25 PASS AF=0.994475;AO=178;DP=181;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0339145;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6061;QD=61.5524;RBI=0.035436;REFB=-0.145092;REVB=-0.0102723;RO=1;SAF=48;SAR=130;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364827;STB=0.501901;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000829011;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:181:181:1:1:178:180:0.994475:130:48:0:1:131:49:0:1 chr11 65727301 . A G 2629.5 PASS AF=0.99422;AO=171;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00474218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.654;QD=60.7976;RBI=0.0132927;REFB=0.0438784;REVB=-0.012418;RO=0;SAF=89;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.78894e-08;STB=0.502793;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000381845;OID=.;OPOS=65727301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:173:0:1:171:172:0.99422:82:89:0:0:83:89:1:0 chr11 65732651 . G A 2858.84 PASS AF=0.947368;AO=195;DP=208;FAO=198;FDP=209;FR=.;FRO=11;FSAF=96;FSAR=102;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0766999;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.762;QD=54.7146;RBI=0.0807085;REFB=-0.148451;REVB=0.0251195;RO=6;SAF=93;SAR=102;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297314;STB=0.527091;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00131525;OID=.;OPOS=65732651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:208:209:6:11:195:198:0.947368:102:93:6:0:102:96:11:0 chr11 65735174 . G C 1025.57 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0319773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.585;QD=55.4364;RBI=0.032077;REFB=-0.0685075;REVB=0.00252797;RO=1;SAF=24;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192929;STB=0.514739;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00276355;OID=.;OPOS=65735174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:1:3:71:71:0.959459:47:24:1:0:47:24:2:1 chr11 65788072 . C T 996.07 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235438;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.455;QD=59.4666;RBI=0.036902;REFB=0;REVB=0.0284156;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140544;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr11 65790527 . G T 483.4 PASS AF=0.49505;AO=49;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0166511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.14;QD=19.1443;RBI=0.0326041;REFB=-0.0149999;REVB=0.0280315;RO=41;SAF=20;SAR=29;SRF=6;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237447;STB=0.566599;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0309538;OID=.;OPOS=65790527;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:51:49:50:0.49505:29:20:6:35:29:21:15:36 chr11 65793454 . C T 436.4 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0122692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.315;QD=21.2878;RBI=0.0123272;REFB=-0.00133427;REVB=0.00119372;RO=39;SAF=23;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106931;STB=0.559046;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00121523;OID=.;OPOS=65793454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:20:23:16:23:20:23:16:23 chr11 65793797 . G A 875.87 PASS AF=0.421053;AO=95;DP=227;FAO=96;FDP=228;FR=.;FRO=132;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=46;FSRR=86;FWDB=-0.0182156;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.581;QD=15.3661;RBI=0.0401654;REFB=-0.00326087;REVB=0.0357974;RO=130;SAF=32;SAR=63;SRF=45;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107416;STB=0.509802;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00443591;OID=.;OPOS=65793797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:130:132:95:96:0.421053:63:32:45:85:64:32:46:86 chr11 65809875 . C A 3306.56 PASS AF=0.995455;AO=215;DP=220;FAO=219;FDP=220;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=132;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185986;FXX=0.0090086;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.815;QD=60.1192;RBI=0.0193733;REFB=-0.139757;REVB=0.00542375;RO=2;SAF=84;SAR=131;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112065;STB=0.502857;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000539085;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:220:220:2:1:215:219:0.995455:131:84:2:0:132:87:1:0 chr11 65810209 . C T 1486.72 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598823;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.607;QD=58.3029;RBI=0.064569;REFB=0;REVB=0.0241507;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849687;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:102:0:0:95:102:1:53:42:0:0:58:44:0:0 chr11 65810749 . T C 2872.03 PASS AF=1;AO=179;DP=181;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170159;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.025;QD=63.1216;RBI=0.0364335;REFB=0;REVB=0.0322159;RO=0;SAF=96;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53238e-05;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:182:0:0:179:182:1:83:96:0:0:86:96:0:0 chr11 65820673 . A G 1409.27 PASS AF=0.505415;AO=138;DP=280;FAO=140;FDP=277;FR=.;FRO=137;FSAF=72;FSAR=68;FSRF=54;FSRR=83;FWDB=-0.0226789;FXX=0.0142344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9528;QD=20.3504;RBI=0.0244196;REFB=-0.019553;REVB=-0.00905449;RO=134;SAF=71;SAR=67;SRF=56;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867443;STB=0.559251;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.026355;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:277:134:137:138:140:0.505415:67:71:56:78:68:72:54:83 chr11 65826704 . G A 247.21 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0229045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7115;QD=13.7339;RBI=0.0410914;REFB=-0.000109614;REVB=0.0341158;RO=43;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681366;STB=0.538895;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0015499;OID=.;OPOS=65826704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:18:11:19:24:18:11:19:24 chr11 65868310 . T A 1486.6 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0819009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4067;QD=61.9415;RBI=0.110878;REFB=0.0325224;REVB=-0.0747412;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00311839;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:49:46:0:0:49:46:0:1 chr11 65960985 . G A 505.64 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00231991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.82;QD=19.8291;RBI=0.0460325;REFB=-0.0244201;REVB=-0.045974;RO=50;SAF=29;SAR=23;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868745;STB=0.547978;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0198449;OID=.;OPOS=65960985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:23:29:23:27:23:29:23:27 chr11 65985000 . A C 1918.32 PASS AF=0.923077;AO=131;DP=141;FAO=132;FDP=143;FR=.;FRO=11;FSAF=68;FSAR=64;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0135901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.3945;QD=53.6592;RBI=0.0141337;REFB=-0.0133107;REVB=-0.00388202;RO=9;SAF=67;SAR=64;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460901;STB=0.523361;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00214212;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:141:143:9:11:131:132:0.923077:64:67:8:1:64:68:9:2 chr11 66010633 . T C 1570.79 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.542;QD=59.8395;RBI=0.0174887;REFB=0;REVB=0.0164997;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59907e-05;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:105:0:0:98:105:1:54:44:0:0:58:47:0:0 chr11 66031660 . C T 300.07 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0139358;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.914;QD=17.1466;RBI=0.0141651;REFB=-0.0202979;REVB=-0.00253817;RO=35;SAF=9;SAR=24;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218254;STB=0.626006;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0273939;OID=.;OPOS=66031660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:35:37:33:33:0.471429:24:9:17:18:24:9:18:19 chr11 66035286 . CA C 2129.96 PASS AF=0.993506;AO=149;DP=157;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104507;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7574;QD=55.3236;RBI=0.0846401;REFB=-0.0799926;REVB=-0.0839925;RO=1;SAF=56;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841736;STB=0.504424;STBP=0.275;TYPE=del;VARB=0.00385909;OID=.;OPOS=66035287;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.993506:149:157:153:154:1:56:97:1:0:8:1:56:93:1:0 chr11 66083129 . T C 422.21 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0184862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.285;QD=20.85;RBI=0.023858;REFB=-0.0239874;REVB=-0.0150819;RO=38;SAF=24;SAR=18;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298287;STB=0.509021;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0243291;OID=.;OPOS=66083129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:38:39:42:42:0.518519:18:24:23:15:18:24:23:16 chr11 66083782 . G A 506.98 PASS AF=0.392157;AO=58;DP=157;FAO=60;FDP=153;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=34;FWDB=-0.0132299;FXX=0.0727229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.77;QD=13.2542;RBI=0.0260128;REFB=-0.0180579;REVB=0.0223972;RO=87;SAF=23;SAR=35;SRF=59;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293183;STB=0.630183;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.029036;OID=.;OPOS=66083782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:153:87:93:58:60:0.392157:35:23:59:28:35:25:59:34 chr11 66099987 . C T 499.41 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00695853;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.565;QD=21.2513;RBI=0.00741335;REFB=-0.0164368;REVB=-0.00255669;RO=45;SAF=21;SAR=27;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141817;STB=0.572914;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0190445;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:45:46:48:48:0.510638:27:21:27:18:27:21:27:19 chr11 66100152 . T C 2826.39 PASS AF=1;AO=176;DP=179;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029689;FXX=0.0109284;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7914;QD=62.4616;RBI=0.101633;REFB=0;REVB=0.0971999;RO=1;SAF=64;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671127;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:179:181:1:0:176:181:1:112:64:1:0:116:65:0:0 chr11 66107674 . A G 977.94 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172674;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.628;QD=59.2694;RBI=0.0211675;REFB=0;REVB=0.0122434;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116113;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr11 66131149 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0198917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.265;QD=17.0891;RBI=0.023139;REFB=-0.00195161;REVB=-0.0118209;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00153589;STB=0.500866;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00229756;OID=.;OPOS=66131149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:17:8:9:19:17:8:9:19 chr11 66161072 . C T 403.74 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0178961;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.324;QD=16.8226;RBI=0.0216828;REFB=-0.0170421;REVB=-0.0122423;RO=54;SAF=23;SAR=19;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647049;STB=0.536273;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0222281;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:54:54:42:42:0.4375:19:23:33:21:19:23:33:21 chr11 66188761 . G T 357.96 PASS AF=0.521127;AO=34;DP=68;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00593717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.025;QD=20.1665;RBI=0.0101453;REFB=-0.0182192;REVB=0.00822664;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052795;STB=0.521727;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0185366;OID=.;OPOS=66188761;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:34:34:34:37:0.521127:17:17:15:19:19:18:15:19 chr11 66206169 . C T 1033.72 PASS AF=0.544444;AO=98;DP=180;FAO=98;FDP=180;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=68;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.00695825;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.666;QD=22.9716;RBI=0.00707118;REFB=-0.0221219;REVB=0.00125868;RO=82;SAF=30;SAR=68;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14453;STB=0.579141;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0135422;OID=.;OPOS=66206169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:82:82:98:98:0.544444:68:30:38:44:68:30:38:44 chr11 66240882 . T C 664.82 PASS AF=0.413408;AO=74;DP=179;FAO=74;FDP=179;FR=.;FRO=105;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.0196203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6446;QD=14.8564;RBI=0.0219115;REFB=-0.0210474;REVB=-0.00975476;RO=102;SAF=40;SAR=34;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522295;STB=0.526627;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0308916;OID=.;OPOS=66240882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:102:105:74:74:0.413408:34:40:50:52:34:40:52:53 chr11 66254085 . G T 562.9 PASS AF=0.472;AO=59;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0415964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5137;QD=18.0127;RBI=0.0455738;REFB=0.0134823;REVB=-0.0186202;RO=64;SAF=24;SAR=35;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594804;STB=0.542021;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0192221;OID=.;OPOS=66254085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:64:66:59:59:0.472:35:24:30:34:35:24:32:34 chr11 66272142 . A G 2335.61 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.196;QD=59.8875;RBI=0.0410766;REFB=0;REVB=0.0177845;RO=0;SAF=67;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192859;OID=.;OPOS=66272142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:156:156:0:0:154:156:1:87:67:0:0:87:69:0:0 chr11 66272237 . G A 557.47 PASS AF=0.422535;AO=60;DP=142;FAO=60;FDP=142;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0216868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3514;QD=15.7035;RBI=0.0221595;REFB=-0.0176794;REVB=0.0045528;RO=81;SAF=31;SAR=29;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613442;STB=0.530712;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0163223;OID=.;OPOS=66272237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:81:82:60:60:0.422535:29:31:37:44:29:31:38:44 chr11 66282095 . G A 536.36 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.00613445;FXX=0.0209776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.644;QD=15.3245;RBI=0.0133145;REFB=0.000941024;REVB=0.0118172;RO=79;SAF=25;SAR=33;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000686453;STB=0.512008;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00118453;OID=.;OPOS=66282095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:79:82:58:58:0.414286:33:25:34:45:33:25:37:45 chr11 66297363 . C T 614.6 PASS AF=0.480916;AO=62;DP=130;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.118897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1868;QD=18.7664;RBI=0.126954;REFB=0.0048378;REVB=0.0445085;RO=68;SAF=33;SAR=29;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443651;STB=0.528275;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00369942;OID=.;OPOS=66297363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:68:68:62:63:0.480916:29:33:33:35:29:34:33:35 chr11 66313203 . T C 186.27 PASS AF=0.358209;AO=21;DP=64;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=40;FWDB=-0.0164266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.231;QD=11.1206;RBI=0.0270178;REFB=-0.013928;REVB=-0.0214506;RO=41;SAF=5;SAR=16;SRF=2;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377339;STB=0.682241;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.029985;OID=.;OPOS=66313203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:41:43:21:24:0.358209:16:5:2:39:18:6:3:40 chr11 66327673 . G A 3104.9 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.566;QD=61.789;RBI=0.0462729;REFB=0;REVB=0.0443808;RO=0;SAF=54;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48517e-05;OID=.;OPOS=66327673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:201:0:0:196:201:1:142:54:0:0:147:54:0:0 chr11 66328095 . T C 1581.02 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010085;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.152;QD=59.1035;RBI=0.00927309;REFB=0;REVB=-0.00921808;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240744;OID=.;OPOS=66328095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:103:107:1:41:62:0:0:43:64:0:0 chr11 66328719 . T C 701.81 PASS AF=0.432584;AO=74;DP=176;FAO=77;FDP=178;FR=.;FRO=101;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=0.0128874;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.392;QD=15.771;RBI=0.0481586;REFB=-0.0199904;REVB=0.0464023;RO=100;SAF=44;SAR=30;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470434;STB=0.532871;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0235646;OID=.;OPOS=66328719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:100:101:74:77:0.432584:30:44:55:45:30:47:56:45 chr11 66329732 . A G 1646.45 PASS AF=0.991071;AO=109;DP=110;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0734353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.639;QD=58.8018;RBI=0.0813731;REFB=-0.127561;REVB=0.0350547;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.504761;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00171345;OID=.;OPOS=66329732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:112:0:1:109:111:0.991071:57:52:0:0:59:52:1:0 chr11 66331000 . A G 564.88 PASS AF=0.522523;AO=57;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00288875;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.486;QD=20.3562;RBI=0.00722069;REFB=-0.023219;REVB=-0.00661767;RO=53;SAF=25;SAR=32;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458391;STB=0.511274;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0198467;OID=.;OPOS=66331000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:53:57:58:0.522523:32:25:26:27:32:26:25:28 chr11 66331458 . A G 2709.01 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5365;QD=62.2761;RBI=0.0971376;REFB=0;REVB=-0.0953234;RO=0;SAF=83;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205833;OID=.;OPOS=66331458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:91:83:0:0:91:83:0:0 chr11 66333598 . C T 1426.43 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0389228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9167;QD=60.6993;RBI=0.0390055;REFB=-0.0308975;REVB=0.00253833;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.504949;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0015249;OID=.;OPOS=66333598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:94:0:1:93:93:0.989362:42:51:0:0:43:50:1:0 chr11 66335548 . A G 2372.6 PASS AF=1;AO=138;DP=158;FAO=156;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521981;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.07;QD=60.8359;RBI=0.0557402;REFB=0;REVB=0.019553;RO=0;SAF=57;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8583e-05;OID=.;OPOS=66335548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:156:0:0:138:156:1:81:57:0:0:92:64:0:0 chr11 66335549 . C G 32.12 PASS AF=0.0943396;AO=17;DP=157;FAO=15;FDP=159;FR=.;FRO=144;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=58;FSRR=86;FWDB=-0.0174293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6237;QD=0.808095;RBI=0.0822272;REFB=-0.0304015;REVB=-0.0803588;RO=140;SAF=6;SAR=11;SRF=58;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782827;STB=0.558498;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.250951;OID=.;OPOS=66335549;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:157:159:140:144:17:15:0.0943396:11:6:58:82:8:7:58:86 chr11 66408033 . C G 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.017572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.045;QD=22.4376;RBI=0.0186481;REFB=0.0113645;REVB=-0.00624317;RO=30;SAF=25;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160106;STB=0.588426;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0091716;OID=.;OPOS=66408033;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:13:25:14:16:13:25:14:16 chr11 66408071 . G C 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0166532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.54;QD=18.0551;RBI=0.0207511;REFB=0.00279352;REVB=-0.0123806;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551407;STB=0.530812;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00267804;OID=.;OPOS=66408071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:15:18:17:18:15:18:17:18 chr11 66458980 . G A 1193.09 PASS AF=0.44523;AO=126;DP=285;FAO=126;FDP=283;FR=.;FRO=157;FSAF=54;FSAR=72;FSRF=65;FSRR=92;FWDB=-0.00972099;FXX=0.0070173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.767;QD=16.8634;RBI=0.0191675;REFB=0.00591126;REVB=0.0165196;RO=153;SAF=54;SAR=72;SRF=64;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104052;STB=0.508263;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00695978;OID=.;OPOS=66458980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:283:153:157:126:126:0.44523:72:54:64:89:72:54:65:92 chr11 66460527 . C T 657.83 PASS AF=0.462069;AO=67;DP=145;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=54;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0231097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1384;QD=18.1471;RBI=0.0235886;REFB=0.00176645;REVB=-0.00472915;RO=75;SAF=54;SAR=13;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282505;STB=0.651424;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00230111;OID=.;OPOS=66460527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:75:78:67:67:0.462069:13:54:43:32:13:54:46:32 chr11 66468469 . A G 2974.06 PASS AF=0.500855;AO=293;DP=587;FAO=293;FDP=585;FR=.;FRO=292;FSAF=145;FSAR=148;FSRF=131;FSRR=161;FWDB=-0.00647065;FXX=0.0034071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3271;QD=20.3354;RBI=0.0545559;REFB=-0.0301387;REVB=-0.0541708;RO=291;SAF=145;SAR=148;SRF=130;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439179;STB=0.523097;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0230231;OID=.;OPOS=66468469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:587:585:291:292:293:293:0.500855:148:145:130:161:148:145:131:161 chr11 66472274 . T C 754.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.327;QD=56.931;RBI=0.0224436;REFB=0;REVB=0.0213857;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34373e-05;OID=.;OPOS=66472274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:28:25:0:0 chr11 66834252 . C T 2424.69 PASS AF=0.987654;AO=160;DP=162;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000935472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.278;QD=59.8689;RBI=0.00535073;REFB=-0.0859879;REVB=0.00526832;RO=1;SAF=93;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508906;STB=0.505319;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=9.38193e-05;OID=.;OPOS=66834252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:162:162:1:2:160:160:0.987654:67:93:1:0:67:93:2:0 chr11 66834258 . C T 727.42 PASS AF=0.469512;AO=77;DP=164;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=0.0472101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9085;QD=17.742;RBI=0.047226;REFB=0.0183945;REVB=-0.00122727;RO=87;SAF=43;SAR=34;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496602;STB=0.527465;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0204691;OID=.;OPOS=66834258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:87:87:77:77:0.469512:34:43:53:34:34:43:53:34 chr11 66837965 . T C 1665.34 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243459;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.315;QD=60.5579;RBI=0.0294476;REFB=0;REVB=0.0165663;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22886e-05;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:110:110:1:58:52:0:0:58:52:0:0 chr11 66985215 . TCCCCCCT TCCCCCTC 80.56 PASS AF=0.151079;AO=11;DP=142;FAO=21;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=110;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=80;FWDB=-0.12992;FXX=0.0141834;HRUN=6;LEN=2;MLLD=46.9831;QD=2.3183;RBI=0.131336;REFB=-0.0124616;REVB=0.0192286;RO=71;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.692815;STB=0.940495;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.157251;OID=.;OPOS=66985221;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.151079:11:142:21:139:110:19:2:30:80:56:71:8:3:8:63 chr11 66995603 . T C 1532.77 PASS AF=0.963636;AO=106;DP=110;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00738187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.181;QD=55.7372;RBI=0.0137287;REFB=-0.0309765;REVB=0.0115751;RO=4;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033268;STB=0.517541;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.000396431;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:110:110:4:4:106:106:0.963636:55:51:0:4:55:51:0:4 chr11 67034266 . C A 187.75 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0842713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.74;QD=46.9384;RBI=0.0843675;REFB=0;REVB=0.00402842;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124375;OID=.;OPOS=67034266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 67050292 . G A 1404.6 PASS AF=0.959184;AO=92;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00439775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.152;QD=57.3304;RBI=0.0401011;REFB=0.0409366;REVB=0.0398592;RO=4;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378767;STB=0.519227;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-6.4825e-05;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:4:4:92:94:0.959184:48:44:0:4:50:44:0:4 chr11 67068859 . T C 1858.41 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.118;QD=61.4352;RBI=0.0434344;REFB=0;REVB=0.0164351;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78606e-05;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:66:55:0:0:66:55:0:0 chr11 67071584 . C G 5296.25 PASS AF=0.991202;AO=336;DP=340;FAO=338;FDP=341;FR=.;FRO=3;FSAF=124;FSAR=214;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.066628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8901;QD=62.1262;RBI=0.0712675;REFB=-0.113686;REVB=-0.0252935;RO=2;SAF=122;SAR=214;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00775572;STB=0.505976;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00253616;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:340:341:2:3:336:338:0.991202:214:122:2:0:214:124:3:0 chr11 67177278 . G A 1661.38 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00913837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.955;QD=59.3351;RBI=0.0265773;REFB=-0.0644073;REVB=0.0249568;RO=1;SAF=53;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887364;STB=0.504672;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000263254;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:58:53:1:0:58:53:1:0 chr11 67192555 . G A 3152.66 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.581;QD=64.0135;RBI=0.0427397;REFB=0;REVB=0.0407391;RO=0;SAF=83;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62507e-05;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:197:0:0:194:197:1:111:83:0:0:113:84:0:0 chr11 67200819 . C T 396.34 PASS AF=0.401709;AO=43;DP=113;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0391879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.864;QD=13.5502;RBI=0.0534251;REFB=-0.00867641;REVB=0.0363118;RO=70;SAF=19;SAR=24;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00109942;STB=0.515178;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0159422;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:70:70:43:47:0.401709:24:19:31:39:25:22:31:39 chr11 67202156 . C T 298.59 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.000623794;FXX=0.0294074;HRUN=5;LEN=1;MLLD=143.906;QD=18.0961;RBI=0.00376143;REFB=0.00564201;REVB=0.00370934;RO=34;SAF=11;SAR=21;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833285;STB=0.546408;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00532866;OID=.;OPOS=67202156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:34:32:32:0.484848:21:11:9:25:21:11:9:25 chr11 67206176 . T G 1254.77 PASS AF=0.490421;AO=128;DP=261;FAO=128;FDP=261;FR=.;FRO=133;FSAF=100;FSAR=28;FSRF=110;FSRR=23;FWDB=-0.0269688;FXX=0.00760427;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.063;QD=19.2303;RBI=0.103155;REFB=-0.008336;REVB=-0.099567;RO=132;SAF=100;SAR=28;SRF=110;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739444;STB=0.535514;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00967156;OID=.;OPOS=67206176;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:132:133:128:128:0.490421:28:100:110:22:28:100:110:23 chr11 67257037 . C T 1089.6 PASS AF=0.478448;AO=111;DP=232;FAO=111;FDP=232;FR=.;FRO=121;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=0.00787782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0943;QD=18.7863;RBI=0.0080863;REFB=-0.00327705;REVB=0.00182433;RO=120;SAF=51;SAR=60;SRF=64;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696715;STB=0.536249;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00402121;OID=.;OPOS=67257037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:120:121:111:111:0.478448:60:51:64:56:60:51:64:57 chr11 67257823 . C A 1539.36 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0619989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0466;QD=58.6423;RBI=0.0846906;REFB=-0.122376;REVB=-0.0576943;RO=1;SAF=39;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120112;STB=0.506328;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00730101;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:65:39:1:0:65:39:1:0 chr11 67258391 . A G 2032.39 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.915;QD=61.5877;RBI=0.0266124;REFB=0;REVB=-0.0227055;RO=0;SAF=55;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57864e-05;OID=.;OPOS=67258391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:132:0:0:127:132:1:72:55:0:0:72:60:0:0 chr11 67263767 . A G 1540.92 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.698;QD=63.5431;RBI=0.0431155;REFB=0;REVB=0.0414408;RO=0;SAF=64;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89893e-05;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:32:64:0:0:33:64:0:0 chr11 67288594 . C T 572.11 PASS AF=0.429577;AO=61;DP=142;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.00639198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.386;QD=16.1158;RBI=0.0125766;REFB=-0.00746097;REVB=0.0108312;RO=81;SAF=22;SAR=39;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898262;STB=0.550348;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0083574;OID=.;OPOS=67288594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:81:81:61:61:0.429577:39:22:36:45:39:22:36:45 chr11 67351585 . C G 645.6 PASS AF=0.334746;AO=79;DP=236;FAO=79;FDP=236;FR=.;FRO=157;FSAF=61;FSAR=18;FSRF=89;FSRR=68;FWDB=-0.00395921;FXX=0.0327855;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7644;QD=10.9424;RBI=0.0465902;REFB=-0.00887678;REVB=0.0464217;RO=148;SAF=61;SAR=18;SRF=85;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264963;STB=0.660162;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0137802;OID=.;OPOS=67351585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:148:157:79:79:0.334746:18:61:85:63:18:61:89:68 chr11 67352689 . A G 651.77 PASS AF=0.507812;AO=64;DP=128;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0136521;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.243;QD=20.3678;RBI=0.01367;REFB=-0.00997995;REVB=0.000698443;RO=63;SAF=37;SAR=27;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049627;STB=0.522643;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0102221;OID=.;OPOS=67352689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:63:63:64:65:0.507812:27:37:33:30:28:37:33:30 chr11 67353970 . T C 759.36 PASS AF=0.493333;AO=74;DP=150;FAO=74;FDP=150;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.0456302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2925;QD=20.2496;RBI=0.0563968;REFB=-0.0302993;REVB=-0.0331435;RO=74;SAF=32;SAR=42;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063126;STB=0.533324;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0306185;OID=.;OPOS=67353970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:74:76:74:74:0.493333:42:32:27:47:42:32:28:48 chr11 67372477 . G T 698.6 PASS AF=0.50365;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00242019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.983;QD=20.3969;RBI=0.0229713;REFB=-0.0368131;REVB=-0.0228434;RO=68;SAF=29;SAR=40;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570626;STB=0.503144;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0355687;OID=.;OPOS=67372477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:68:69:69:0.50365:40:29:29:39:40:29:29:39 chr11 67395714 . C T 1096.05 PASS AF=0.522613;AO=104;DP=199;FAO=104;FDP=199;FR=.;FRO=95;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.085203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8197;QD=22.0311;RBI=0.0852059;REFB=-0.0109646;REVB=0.000704364;RO=95;SAF=49;SAR=55;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162249;STB=0.508879;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0169278;OID=.;OPOS=67395714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:95:95:104:104:0.522613:55:49:43:52:55:49:43:52 chr11 67402362 . T G 688.99 PASS AF=0.496403;AO=68;DP=138;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.0392323;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4729;QD=19.8272;RBI=0.0400575;REFB=-0.0266962;REVB=0.00808872;RO=69;SAF=37;SAR=31;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869415;STB=0.539921;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0228862;OID=.;OPOS=67402362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:69:70:68:69:0.496403:31:37:44:25:31:38:44:26 chr11 67414492 . C T 79.24 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146452;FXX=0.110988;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.428;QD=39.6188;RBI=0.0152514;REFB=0;REVB=-0.00425687;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79034e-05;OID=.;OPOS=67414492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr11 67430762 . T C 3213.49 PASS AF=1;AO=207;DP=214;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362785;FXX=0.0280361;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.831;QD=61.7978;RBI=0.0355869;REFB=-0.0699597;REVB=0.0354015;RO=0;SAF=115;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147035;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:214:208:0:0:207:208:1:92:115:0:0:93:115:0:0 chr11 67432804 . T C 2305.65 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267612;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.193;QD=61.0769;RBI=0.0295091;REFB=0;REVB=0.0124347;RO=0;SAF=80;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40638e-06;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:151:151:1:71:80:0:0:71:80:0:0 chr11 67432854 . T C 2912.5 PASS AF=0.974359;AO=188;DP=196;FAO=190;FDP=195;FR=.;FRO=5;FSAF=97;FSAR=93;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00177332;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.307;QD=59.7436;RBI=0.0296981;REFB=-0.178941;REVB=0.0296451;RO=6;SAF=96;SAR=92;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091868;STB=0.502295;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00195758;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:196:195:6:5:188:190:0.974359:92:96:4:2:93:97:3:2 chr11 67433869 . C T 682.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.065;QD=62.0113;RBI=0.0391182;REFB=0;REVB=0.0216973;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189241;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:23:19:0:0:23:21:0:0 chr11 67434416 . C A 1062.85 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.321;QD=59.8787;RBI=0.0562281;REFB=0;REVB=0.0500977;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12694e-05;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:42:25:0:0:46:25:0:0 chr11 67564162 . A G 124.89 PASS AF=0.2375;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00575945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.712;QD=6.24449;RBI=0.0251134;REFB=-0.0105495;REVB=-0.0244441;RO=61;SAF=11;SAR=8;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167491;STB=0.603026;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0191743;OID=.;OPOS=67564162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:61:61:19:19:0.2375:8:11:27:34:8:11:27:34 chr11 67564181 . G A 154.21 PASS AF=0.261905;AO=22;DP=84;FAO=22;FDP=84;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0252357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.554;QD=7.34322;RBI=0.0259163;REFB=0.00110298;REVB=-0.00590011;RO=60;SAF=10;SAR=12;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673812;STB=0.526292;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00656895;OID=.;OPOS=67564181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:62:22:22:0.261905:12:10:24:36:12:10:26:36 chr11 67564197 . T C 1190.78 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.661;QD=61.0655;RBI=0.0465682;REFB=0;REVB=0.0451074;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136695;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:42:35:0:0:43:35:0:0 chr11 67564238 . C T 774.11 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.976;QD=55.2935;RBI=0.0417385;REFB=-0.114717;REVB=0.028145;RO=1;SAF=18;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254644;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795168;OID=.;OPOS=67564238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:1:0:55:56:1:37:18:1:0:37:19:0:0 chr11 67564241 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.801;QD=57.1772;RBI=0.0422251;REFB=0;REVB=0.0171304;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262247;OID=.;OPOS=67564241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr11 67572698 . G T 2505.15 PASS AF=0.924731;AO=104;DP=183;FAO=172;FDP=186;FR=.;FRO=14;FSAF=73;FSAR=99;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0372665;FXX=0.00534731;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.992;QD=53.8741;RBI=0.0524429;REFB=-0.0343994;REVB=0.036898;RO=0;SAF=69;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33703e-08;STB=0.538379;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000332515;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:183:186:0:14:104:172:0.924731:35:69:0:0:99:73:13:1 chr11 67663113 . G A 347.71 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00824038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.182;QD=51.5119;RBI=0.0372522;REFB=-0.0675312;REVB=-0.0363293;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.513503;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000722583;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:8:18:0:0:8:18:1:0 chr11 67663116 . T A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.419;QD=55.0961;RBI=0.0201866;REFB=0;REVB=0.00766051;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.15567e-05;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr11 67759254 . G C 36.23 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0900688;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1562;QD=1.98499;RBI=0.125194;REFB=-0.00506378;REVB=-0.0869546;RO=66;SAF=4;SAR=4;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144441;STB=0.616163;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0405661;OID=.;OPOS=67759254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:74:73:66:65:8:8:0.109589:4:4:41:25:4:4:41:24 chr11 67763224 . G A 527.09 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0539891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.075;QD=17.7172;RBI=0.054764;REFB=0.00406524;REVB=-0.00918011;RO=62;SAF=20;SAR=36;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141774;STB=0.513614;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00988845;OID=.;OPOS=67763224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:62:63:56:56:0.470588:36:20:23:39:36:20:24:39 chr11 67765163 . A AG,G 1760.29 PASS AF=0.992,0.008;AO=108,5;DP=125;FAO=124,1;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=71,1;FSAR=53,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0822944,0.0700576;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.3478,6.19452;QD=56.3294;RBI=0.0931387,0.0721531;REFB=-0.0152293,0.0089924;REVB=0.0436169,-0.0172629;RO=9;SAF=64,3;SAR=44,2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0222316,0.157037;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00174261,0.00494796;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:9:0:108,5:124,1:0.992,0.008:44,2:64,3:4:5:53,0:71,1:0:0 chr11 67786064 . A AC,C 3357.07 PASS AF=1,0;AO=214,15;DP=240;FAO=230,0;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=54,0;FSAR=176,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459635,-0.130728;FXX=0.0376553;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=22.7236,4.60559;QD=58.3838;RBI=0.066758,0.157089;REFB=0,0;REVB=0.0484148,-0.0871039;RO=10;SAF=51,3;SAR=163,12;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0163297,0.121149;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-6.31833e-05,0.0102924;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:240:230:10:0:214,15:230,0:1,0:163,12:51,3:1:9:176,0:54,0:0:0 chr11 67789293 . G GC 2345.67 PASS AF=1;AO=185;DP=204;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647807;FXX=0.0297015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.4073;QD=47.8707;RBI=0.0465695;REFB=0;REVB=0.0461167;RO=10;SAF=85;SAR=100;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000321376;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:185:204:196:196:0:87:109:0:0:43:10:85:100:3:7 chr11 67795378 . G GC 831.95 PASS AF=1;AO=71;DP=84;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400885;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.2908;QD=44.9701;RBI=0.0440151;REFB=0;REVB=0.0181725;RO=11;SAF=28;SAR=43;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158255;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000200102;OID=.;OPOS=67795379;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:84:74:74:0:30:44:0:0:15:11:28:43:5:6 chr11 67814979 . G C 3765.29 PASS AF=0.984064;AO=247;DP=252;FAO=247;FDP=251;FR=.;FRO=4;FSAF=120;FSAR=127;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00166966;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.93;QD=60.0046;RBI=0.025971;REFB=-0.154951;REVB=-0.0259173;RO=4;SAF=120;SAR=127;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156199;STB=0.508196;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0018679;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:252:251:4:4:247:247:0.984064:127:120:4:0:127:120:4:0 chr11 67957518 . A T 2330.82 PASS AF=1;AO=143;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181234;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.104;QD=63.858;RBI=0.0248695;REFB=0;REVB=0.0248034;RO=0;SAF=44;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23057e-05;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:143:146:1:99:44:0:0:101:45:0:0 chr11 68030015 . C T 181.09 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0316993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.173;QD=24.1453;RBI=0.0374757;REFB=-0.0535776;REVB=0.0199894;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207715;STB=0.511615;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0430705;OID=.;OPOS=68030015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:7:11:7:5:7:11:7:5 chr11 68030173 . C A 657.38 PASS AF=0.488889;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0192057;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1692;QD=19.4779;RBI=0.0316528;REFB=-0.00987823;REVB=0.0251602;RO=67;SAF=24;SAR=42;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807972;STB=0.53845;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00869966;OID=.;OPOS=68030173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:67:69:66:66:0.488889:42:24:30:37:42:24:30:39 chr11 68171013 . T C 4017.53 PASS AF=0.977778;AO=263;DP=271;FAO=264;FDP=270;FR=.;FRO=6;FSAF=142;FSAR=122;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00652749;FXX=0.0036899;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.727;QD=59.5189;RBI=0.0100534;REFB=0.00514275;REVB=0.00764604;RO=4;SAF=141;SAR=122;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153711;STB=0.504568;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-2.12779e-05;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:271:270:4:6:263:264:0.977778:122:141:0:4:122:142:2:4 chr11 68177510 . C T 1089.88 PASS AF=0.459016;AO=112;DP=244;FAO=112;FDP=244;FR=.;FRO=132;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=66;FSRR=66;FWDB=0.00455148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.176;QD=17.8669;RBI=0.00469583;REFB=-0.00468582;REVB=-0.00115536;RO=132;SAF=54;SAR=58;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174733;STB=0.509664;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00769766;OID=.;OPOS=68177510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:132:132:112:112:0.459016:58:54:66:66:58:54:66:66 chr11 68192690 . G A 1035.09 PASS AF=0.510204;AO=100;DP=196;FAO=100;FDP=196;FR=.;FRO=96;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0119081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.416;QD=21.1243;RBI=0.0197969;REFB=-0.00335686;REVB=0.015815;RO=96;SAF=52;SAR=48;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364538;STB=0.519996;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00292991;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:96:96:100:100:0.510204:48:52:46:50:48:52:46:50 chr11 68201295 . C T 666.36 PASS AF=0.386139;AO=78;DP=203;FAO=78;FDP=202;FR=.;FRO=124;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=66;FSRR=58;FWDB=0.0254433;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.256;QD=13.1952;RBI=0.0284446;REFB=-0.015124;REVB=0.0127174;RO=124;SAF=29;SAR=49;SRF=66;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177077;STB=0.6;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0280103;OID=.;OPOS=68201295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:124:124:78:78:0.386139:49:29:66:58:49:29:66:58 chr11 68549340 . A G 1641.79 PASS AF=0.965517;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0136725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.577;QD=56.6134;RBI=0.0219729;REFB=-0.0695495;REVB=0.0172009;RO=4;SAF=67;SAR=45;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235703;STB=0.512426;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00232956;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:116:116:4:4:112:112:0.965517:45:67:1:3:45:67:1:3 chr11 68671280 . G GCCGCCGCCATCTTC 2436.72 PASS AF=0.57868;AO=178;DP=426;FAO=228;FDP=394;FR=.;FRO=166;FSAF=78;FSAR=150;FSRF=82;FSRR=84;FWDB=-0.00650114;FXX=0.0390234;HRUN=2;LEN=14;MLLD=316.666;QD=24.7383;RBI=0.0246173;REFB=-0.02319;REVB=0.0237433;RO=184;SAF=70;SAR=108;SRF=88;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808818;STB=0.568014;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.016144;OID=.;OPOS=68671281;OREF=-;OALT=CCGCCGCCATCTTC;OMAPALT=GCCGCCGCCATCTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.57868:178:426:228:394:166:78:150:82:84:99:184:70:108:88:96 chr11 68671477 . T C 3459.98 PASS AF=0.986842;AO=221;DP=229;FAO=225;FDP=228;FR=.;FRO=3;FSAF=116;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0642282;FXX=0.0172406;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4599;QD=60.7014;RBI=0.0662575;REFB=-0.0735866;REVB=0.0162725;RO=3;SAF=113;SAR=108;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130489;STB=0.506787;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00249334;OID=.;OPOS=68671477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:229:228:3:3:221:225:0.986842:108:113:0:3:109:116:0:3 chr11 68678962 . T C 2955.21 PASS AF=0.984375;AO=189;DP=193;FAO=189;FDP=192;FR=.;FRO=3;FSAF=99;FSAR=90;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00229571;FXX=0.00518108;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.367;QD=61.5669;RBI=0.0128606;REFB=-0.0302488;REVB=0.012654;RO=2;SAF=99;SAR=90;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952163;STB=0.507462;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=3.94884e-05;OID=.;OPOS=68678962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:193:192:2:3:189:189:0.984375:90:99:2:0:90:99:3:0 chr11 68703959 . A G 1396.42 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.427;QD=62.7605;RBI=0.0203992;REFB=0;REVB=-0.0094331;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97215e-05;OID=.;OPOS=68703959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:43:45:0:0:44:45:0:0 chr11 68704264 . C G,T 2270.29 PASS AF=0.0361446,0.915663;AO=7,150;DP=166;FAO=6,152;FDP=166;FR=.;FRO=8;FSAF=4,68;FSAR=2,84;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0968746,0.0165694;FXX=0.00598767;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.3368,192.006;QD=54.7058;RBI=0.118697,0.0182485;REFB=-0.0073416,-0.0127276;REVB=-0.068588,-0.00764616;RO=4;SAF=5,67;SAR=2,83;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.298189,0.0098336;STB=0.781817,0.516353;STBP=0.122,0.077;TYPE=snp,snp;VARB=0.173573,0.000169479;OID=.,.;OPOS=68704264,68704264;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:166:166:4:8:7,150:6,152:0.0361446,0.915663:2,83:5,67:1:3:2,84:4,68:1:7 chr11 68773403 . G A 3482.08 PASS AF=0.99115;AO=221;DP=223;FAO=224;FDP=226;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=133;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0175462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.1;QD=61.6297;RBI=0.0185089;REFB=0.0255202;REVB=-0.00589172;RO=1;SAF=88;SAR=133;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538367;STB=0.505434;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.000265461;OID=.;OPOS=68773403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:223:226:1:2:221:224:0.99115:133:88:1:0:133:91:2:0 chr11 68822739 . T C 3854.18 PASS AF=1;AO=217;DP=246;FAO=243;FDP=243;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=139;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015729;FXX=0.00816293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.835;QD=63.4433;RBI=0.0626476;REFB=0;REVB=0.0606409;RO=1;SAF=129;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367921;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502547;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:246:243:1:0:217:243:1:88:129:1:0:104:139:0:0 chr11 68834968 . T C 1692.13 PASS AF=0.974359;AO=114;DP=118;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0153507;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.078;QD=57.8506;RBI=0.022175;REFB=-0.00452846;REVB=0.0160028;RO=3;SAF=52;SAR=62;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060262;STB=0.503175;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.000140911;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:117:3:3:114:114:0.974359:62:52:1:2:62:52:1:2 chr11 68855362 . G A 1709.22 PASS AF=0.443099;AO=143;DP=415;FAO=183;FDP=413;FR=.;FRO=230;FSAF=89;FSAR=94;FSRF=118;FSRR=112;FWDB=-0.0328889;FXX=0.00481916;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.082;QD=16.5542;RBI=0.0331474;REFB=-0.0148371;REVB=0.00413114;RO=160;SAF=81;SAR=62;SRF=89;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991867;STB=0.514869;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0164553;OID=.;OPOS=68855362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:413:160:230:143:183:0.443099:62:81:89:71:94:89:118:112 chr11 69462910 . G A 1478.15 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.022773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.835;QD=56.3106;RBI=0.0228921;REFB=0.0265535;REVB=-0.00233154;RO=2;SAF=49;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000716405;STB=0.505327;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-5.64637e-05;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:2:3:102:102:0.971429:53:49:1:1:53:49:2:1 chr11 70007311 . A G 2396.72 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6418;QD=60.2949;RBI=0.0817795;REFB=0;REVB=-0.0721484;RO=1;SAF=74;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638551;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69372e-05;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:159:1:0:155:159:1:81:74:1:0:82:77:0:0 chr11 70007392 . A G 1749.32 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.296;QD=60.846;RBI=0.05226;REFB=0;REVB=-0.0163213;RO=0;SAF=51;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24594e-05;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:63:51:0:0:64:51:0:0 chr11 70016247 . T TG 2936.32 PASS AF=1;AO=240;DP=324;FAO=301;FDP=301;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353822;FXX=0.0098681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.8044;QD=39.0208;RBI=0.172493;REFB=0;REVB=0.168825;RO=72;SAF=150;SAR=90;SRF=16;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177683;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00196153;OID=.;OPOS=70016248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:240:324:301:301:0:156:145:0:0:49:72:150:90:16:56 chr11 70130141 . ATT ATA,AT 565.32 PASS AF=0.0652174,0.923913;AO=6,25;DP=98;FAO=6,85;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=0,48;FSAR=6,37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0879001,1.07916;FXX=0.0612182;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=217.93,8.6743;QD=24.5792;RBI=0.110589,1.09157;REFB=0.014341,0.0525469;REVB=-0.0671079,-0.164151;RO=44;SAF=0,1;SAR=6,24;SRF=39;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.816226,-0.830116;STB=0.5,0.506665;STBP=1,0.3;TYPE=snp,del;VARB=0.0954871,0.00697651;OID=.,.;OPOS=70130143,70130142;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0652174,0.923913:6,25:98:6,85:92:1:0,48:6,37:0:1:21:44:0,1:6,24:39:5 chr11 70279766 . C T 1197.63 PASS AF=0.473485;AO=125;DP=265;FAO=125;FDP=264;FR=.;FRO=139;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=-0.00355536;FXX=0.00751851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.831;QD=18.1459;RBI=0.0384839;REFB=-0.0205807;REVB=-0.0383193;RO=138;SAF=63;SAR=62;SRF=62;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520976;STB=0.530497;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0200871;OID=.;OPOS=70279766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:264:138:139:125:125:0.473485:62:63:62:76:62:63:62:77 chr11 70315636 . T C 138.37 PASS AF=0.352941;AO=7;DP=41;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0548186;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=138.616;QD=10.8522;RBI=0.0555956;REFB=-0.0255432;REVB=-0.00926288;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583238;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0154799;OID=.;OPOS=70315636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:51:0:33:7:18:0.352941:7:0:0:0:12:6:15:18 chr11 70666765 . C T 594.48 PASS AF=0.5;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=48;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=0.0275378;FXX=0.0476153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6733;QD=19.8161;RBI=0.0296126;REFB=-0.0150813;REVB=0.0108891;RO=59;SAF=12;SAR=48;SRF=15;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721858;STB=0.549002;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0119313;OID=.;OPOS=70666765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:120:59:60:60:60:0.5:48:12:15:44:48:12:16:44 chr11 70798902 . G T 480.07 PASS AF=0.4;AO=7;DP=134;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00752293;FXX=0.0073524;HRUN=7;LEN=1;MLLD=142.891;QD=14.2242;RBI=0.015254;REFB=-0.00426903;REVB=-0.0132699;RO=46;SAF=5;SAR=2;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111937;STB=0.52238;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00644311;OID=.;OPOS=70798902;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:46:81:7:54:0.4:2:5:29:17:24:30:42:39 chr11 71146248 . AAGCAAGGAACAG A 981.45 PASS AF=1;AO=71;DP=76;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363078;FXX=0.0240935;HRUN=4;LEN=12;MLLD=438.676;QD=48.4666;RBI=0.00373179;REFB=0;REVB=0.000862356;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.66802e-06;OID=.;OPOS=71146249;OREF=AGCAAGGAACAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:76:81:81:0:38:43:0:0:18:0:33:38:0:0 chr11 71146691 . A G 2778.47 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179107;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.922;QD=62.7903;RBI=0.0187793;REFB=0;REVB=-0.00564528;RO=0;SAF=65;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363069;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:177:0:0:177:177:1:112:65:0:0:112:65:0:0 chr11 71146952 . G A 2344.95 PASS AF=0.957831;AO=159;DP=166;FAO=159;FDP=166;FR=.;FRO=7;FSAF=87;FSAR=72;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0133757;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.994;QD=56.5048;RBI=0.0412203;REFB=-0.0533288;REVB=0.0389898;RO=5;SAF=87;SAR=72;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00309051;STB=0.501032;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.000240221;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:166:166:5:7:159:159:0.957831:72:87:3:2:72:87:4:3 chr11 71152461 . A G 2428.93 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036632;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4337;QD=61.492;RBI=0.036954;REFB=0;REVB=0.00486821;RO=0;SAF=53;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749445;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:157:158:1:104:53:0:0:105:53:0:0 chr11 71155153 . A G 4237.7 PASS AF=1;AO=270;DP=270;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.437;QD=62.7807;RBI=0.00472522;REFB=0;REVB=0.00189851;RO=0;SAF=111;SAR=159;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38345e-06;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:270:270:0:0:270:270:1:159:111:0:0:159:111:0:0 chr11 71174553 . C T 2048.51 PASS AF=0.940789;AO=143;DP=152;FAO=143;FDP=152;FR=.;FRO=9;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0618116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.7976;QD=53.9081;RBI=0.0630467;REFB=-0.0854235;REVB=0.012418;RO=5;SAF=77;SAR=66;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893286;STB=0.512193;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00112508;OID=.;OPOS=71174553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:152:152:5:9:143:143:0.940789:66:77:2:3:66:77:3:6 chr11 71184678 . A C 5666.55 PASS AF=0.991848;AO=363;DP=367;FAO=365;FDP=368;FR=.;FRO=3;FSAF=180;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0257578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.55;QD=61.5929;RBI=0.0343914;REFB=0.010932;REVB=0.0227882;RO=1;SAF=179;SAR=184;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00258635;STB=0.504021;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.000107487;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:367:368:1:3:363:365:0.991848:184:179:0:1:185:180:0:3 chr11 71185479 . T C 2475.0 PASS AF=1;AO=160;DP=165;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0627318;FXX=0.024241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.663;QD=61.4907;RBI=0.0703619;REFB=0;REVB=0.0318673;RO=0;SAF=72;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110949;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:161:0:0:160:161:1:88:72:0:0:88:73:0:0 chr11 71185518 . T C 3075.94 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.512;QD=63.7502;RBI=0.0300632;REFB=0;REVB=0.0197511;RO=0;SAF=78;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71694e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56638e-06;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:193:0:0:193:193:1:115:78:0:0:115:78:0:0 chr11 71189436 . T C 2312.65 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.111;QD=63.7972;RBI=0.0028221;REFB=0;REVB=-0.00207448;RO=0;SAF=76;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.68319e-08;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:69:76:0:0:69:76:0:0 chr11 71238364 . T C 36.64 PASS AF=0.0884956;AO=10;DP=111;FAO=10;FDP=113;FR=.;FRO=103;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=42;FWDB=-0.0156314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.885;QD=1.29682;RBI=0.0919217;REFB=-0.0101369;REVB=-0.0905829;RO=101;SAF=3;SAR=7;SRF=61;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338656;STB=0.75247;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.127223;OID=.;OPOS=71238364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:111:113:101:103:10:10:0.0884956:7:3:61:40:7:3:61:42 chr11 71238367 . C T 37.16 PASS AF=0.0900901;AO=10;DP=110;FAO=10;FDP=111;FR=.;FRO=101;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=42;FWDB=-0.021865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.576;QD=1.33917;RBI=0.0407704;REFB=-0.00618553;REVB=-0.0344114;RO=100;SAF=3;SAR=7;SRF=59;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324916;STB=0.746523;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.117351;OID=.;OPOS=71238367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:110:111:100:101:10:10:0.0900901:7:3:59:41:7:3:59:42 chr11 71238418 . T C 52.59 PASS AF=0.130952;AO=11;DP=84;FAO=11;FDP=84;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=-0.0807077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.008;QD=2.50428;RBI=0.0817288;REFB=-0.0116043;REVB=-0.012879;RO=61;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164669;STB=0.571293;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0560794;OID=.;OPOS=71238418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:84:84:61:73:11:11:0.130952:8:3:16:45:8:3:25:48 chr11 71238445 . C T 60.95 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0753169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0898;QD=3.69377;RBI=0.0851459;REFB=-0.00684414;REVB=-0.0397139;RO=53;SAF=3;SAR=8;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14649;STB=0.587691;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0396002;OID=.;OPOS=71238445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:53:55:11:11:0.166667:8:3:20:33:8:3:20:35 chr11 71238449 . T C 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.018928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6109;QD=4.11581;RBI=0.0298647;REFB=-0.00456082;REVB=-0.0231006;RO=51;SAF=3;SAR=8;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165115;STB=0.611082;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0200855;OID=.;OPOS=71238449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:51:51:11:11:0.177419:8:3:20:31:8:3:20:31 chr11 71238453 . G C 519.53 PASS AF=0.785714;AO=44;DP=56;FAO=44;FDP=56;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0868358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0864;QD=37.1093;RBI=0.0948753;REFB=-0.0287223;REVB=-0.0382213;RO=12;SAF=17;SAR=27;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224031;STB=0.512043;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00545005;OID=.;OPOS=71238453;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:56:56:12:12:44:44:0.785714:27:17:4:8:27:17:4:8 chr11 71238461 . G A 72.24 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0137312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.97;QD=5.35127;RBI=0.0137894;REFB=-0.0173729;REVB=-0.00126558;RO=43;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168627;STB=0.610474;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0590371;OID=.;OPOS=71238461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:8:3:17:26:8:3:17:26 chr11 71239086 . C A 1551.67 PASS AF=0.963964;AO=107;DP=111;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0838365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.431;QD=55.9159;RBI=0.083909;REFB=-0.236092;REVB=0.00348638;RO=4;SAF=47;SAR=60;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386908;STB=0.520404;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00137268;OID=.;OPOS=71239086;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:111:111:4:4:107:107:0.963964:60:47:4:0:60:47:4:0 chr11 71249183 . T C 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.683;QD=30.79;RBI=0.000367645;REFB=-0.0471431;REVB=0.000367645;RO=1;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328828;OID=.;OPOS=71249183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:8:0:0:1:8:0:0:1 chr11 71249386 . T C 727.63 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.511;QD=63.2721;RBI=0.0607536;REFB=0;REVB=0.00564429;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268893;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr11 71260243 . T C 1163.98 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.564;QD=60.4667;RBI=0.0130768;REFB=0;REVB=0.000943582;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93687e-05;OID=.;OPOS=71260243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:42:33:0:0:43:34:0:0 chr11 71260296 . G A 1108.39 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0291077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0684;QD=57.5786;RBI=0.0340984;REFB=-0.166351;REVB=-0.0177607;RO=2;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201268;STB=0.510635;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00461611;OID=.;OPOS=71260296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:46:29:0:2:46:29:0:2 chr11 71276632 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.477;QD=59.1431;RBI=0.015538;REFB=0;REVB=0.0152967;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68436e-05;OID=.;OPOS=71276632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr11 71276681 . T C 358.07 PASS AF=0.848485;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0231079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.879;QD=43.4019;RBI=0.0235622;REFB=-0.0567821;REVB=0.00460442;RO=4;SAF=14;SAR=14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0102145;OID=.;OPOS=71276681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:33:4:5:28:28:0.848485:14:14:2:2:14:14:2:3 chr11 71276702 . C T 112.26 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00318204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.503;QD=26.4148;RBI=0.00319137;REFB=-0.0559319;REVB=-0.000243839;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160541;STB=0.571292;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0161687;OID=.;OPOS=71276702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:17:17:3:4:10:11:0.647059:7:3:1:2:8:3:2:2 chr11 71276831 . C G 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.022;QD=45.7975;RBI=0.061212;REFB=0;REVB=-0.0294628;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161141;OID=.;OPOS=71276831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr11 71277598 . A C 5525.6 PASS AF=1;AO=350;DP=351;FAO=354;FDP=354;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.662;QD=62.4362;RBI=0.0236594;REFB=0;REVB=0.0187064;RO=0;SAF=165;SAR=185;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27795e-05;OID=.;OPOS=71277598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:351:354:0:0:350:354:1:185:165:0:0:185:169:0:0 chr11 71277647 . CCGCT C 1662.26 PASS AF=0.992754;AO=120;DP=134;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0538491;FXX=0.0547908;HRUN=2;LEN=4;MLLD=320.212;QD=48.1815;RBI=0.0557162;REFB=-0.0413001;REVB=-0.0143025;RO=0;SAF=41;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.48571e-08;STB=0.50505;STBP=0.264;TYPE=del;VARB=0.000119595;OID=.;OPOS=71277648;OREF=CGCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992754:120:134:137:138:1:49:88:1:0:23:0:41:79:0:0 chr11 71279936 . A C 460.62 PASS AF=0.386861;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=137;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.0753069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8173;QD=13.4486;RBI=0.0919681;REFB=-0.00580088;REVB=-0.0527921;RO=79;SAF=9;SAR=44;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524374;STB=0.787027;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00904368;OID=.;OPOS=71279936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:137:79:84:53:53:0.386861:44:9:50:29:44:9:50:34 chr11 71318195 . G A 498.95 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0860784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.4668;QD=53.9403;RBI=0.0866491;REFB=-0.0179693;REVB=-0.00992803;RO=1;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406249;STB=0.511539;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00059282;OID=.;OPOS=71318195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:11:24:0:1:11:24:1:1 chr11 71498591 . C G 1688.07 PASS AF=0.974359;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00337521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.109;QD=57.7119;RBI=0.0271645;REFB=-0.149115;REVB=0.026954;RO=1;SAF=47;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703515;STB=0.50209;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00316344;OID=.;OPOS=71498591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:1:3:114:114:0.974359:67:47:0:1:67:47:1:2 chr11 71498601 . G T 1754.65 PASS AF=0.983333;AO=116;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.047134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.448;QD=58.4884;RBI=0.0691255;REFB=-0.062086;REVB=0.050564;RO=1;SAF=47;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999684;STB=0.509998;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00262874;OID=.;OPOS=71498601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:1:2:116:118:0.983333:69:47:1:0:69:49:2:0 chr11 71498648 . A G 1573.35 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.494;QD=59.9373;RBI=0.0351512;REFB=0;REVB=-0.00715201;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36517e-05;OID=.;OPOS=71498648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:55:49:0:0:55:50:0:0 chr11 71498671 . G C 1228.84 PASS AF=1;AO=71;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.247;QD=61.4419;RBI=0.090616;REFB=0;REVB=0.0339077;RO=1;SAF=28;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165877;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72948e-05;OID=.;OPOS=71498671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:1:0:71:80:1:43:28:1:0:43:37:0:0 chr11 71504475 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6909;QD=46.8476;RBI=0.0309821;REFB=0;REVB=0.000277171;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000859909;OID=.;OPOS=71504475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr11 71507261 . A G 59.03 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00759677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.659;QD=2.71412;RBI=0.00852673;REFB=-0.00110352;REVB=-0.00387223;RO=75;SAF=5;SAR=7;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111232;STB=0.577605;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0244552;OID=.;OPOS=71507261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:75:75:12:12:0.137931:7:5:38:37:7:5:38:37 chr11 71507263 . A G 59.05 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00280642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.297;QD=2.71513;RBI=0.00844074;REFB=-0.00340216;REVB=0.00796053;RO=75;SAF=5;SAR=7;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111232;STB=0.577605;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0247653;OID=.;OPOS=71507263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:75:75:12:12:0.137931:7:5:38:37:7:5:38:37 chr11 71544269 . C T 1285.37 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4323;QD=59.7845;RBI=0.0341779;REFB=-0.0929786;REVB=0.0201381;RO=2;SAF=41;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225409;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00116034;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:2:1:83:85:0.988372:42:41:2:0:43:42:1:0 chr11 71548465 . A G 1794.69 PASS AF=1;AO=116;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.234109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1069;QD=59.823;RBI=0.235775;REFB=0;REVB=-0.0279771;RO=2;SAF=54;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172617;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626777;OID=.;OPOS=71548465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:119:120:2:0:116:120:1:62:54:2:0:63:57:0:0 chr11 71548492 . C T 1659.22 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0205161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5055;QD=58.2183;RBI=0.0473461;REFB=0.0210754;REVB=-0.0426701;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00231585;OID=.;OPOS=71548492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:114:0:2:111:112:0.982456:58:53:0:0:58:54:2:0 chr11 71548520 . A T 1525.24 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.136;QD=59.8133;RBI=0.0132555;REFB=0;REVB=0.00796447;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48892e-06;OID=.;OPOS=71548520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:99:102:1:46:53:0:0:48:54:0:0 chr11 71548544 . A G 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0483;QD=59.6781;RBI=0.0244642;REFB=0;REVB=0.0239297;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74449e-05;OID=.;OPOS=71548544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr11 71707489 . T C 2197.14 PASS AF=0.993197;AO=143;DP=148;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117672;FXX=0.0264883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.672;QD=59.786;RBI=0.0141532;REFB=-0.0326578;REVB=0.00786428;RO=1;SAF=63;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590723;STB=0.50303;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00107455;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:147:1:1:143:146:0.993197:80:63:0:1:82:64:0:1 chr11 71708013 . G A 1557.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.133;QD=59.8884;RBI=0.0178165;REFB=0;REVB=0.0161973;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9276e-06;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:104:0:0:100:104:1:57:43:0:0:61:43:0:0 chr11 71714526 . G C 4586.17 PASS AF=0.974194;AO=302;DP=310;FAO=302;FDP=310;FR=.;FRO=8;FSAF=119;FSAR=183;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0220718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.095;QD=59.1763;RBI=0.0434429;REFB=-0.174579;REVB=0.0374183;RO=8;SAF=119;SAR=183;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138997;STB=0.507291;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000395536;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:310:310:8:8:302:302:0.974194:183:119:1:7:183:119:1:7 chr11 71941212 . A G 739.29 PASS AF=0.507042;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0132292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1304;QD=20.8249;RBI=0.0301414;REFB=-0.0167222;REVB=-0.027083;RO=70;SAF=35;SAR=37;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774218;STB=0.542571;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0189745;OID=.;OPOS=71941212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:70:70:72:72:0.507042:37:35:28:42:37:35:28:42 chr11 72281818 . A G 1698.07 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239717;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.742;QD=60.6453;RBI=0.0288348;REFB=0;REVB=0.016025;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32229e-05;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:65:47:0:0:65:47:0:0 chr11 72281884 . C T 2787.45 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.279;QD=62.2893;RBI=0.0760938;REFB=0;REVB=0.00526332;RO=0;SAF=73;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11026e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502333;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:167:179:0:0:166:179:1:93:73:0:0:98:81:0:0 chr11 72287350 . A G 659.79 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.986;QD=59.9804;RBI=0.0474151;REFB=-0.0995335;REVB=0.0474151;RO=0;SAF=0;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692261;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:0:1:43:43:0.977273:43:0:0:0:43:0:0:1 chr11 72288599 . G A 3670.69 PASS AF=1;AO=232;DP=233;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165322;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.854;QD=63.2877;RBI=0.0222961;REFB=0;REVB=0.01496;RO=0;SAF=107;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16965e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28467e-05;OID=.;OPOS=72288599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:233:232:0:0:232:232:1:125:107:0:0:125:107:0:0 chr11 72290629 . G A 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.215;QD=57.3817;RBI=0.0248347;REFB=0;REVB=0.0231544;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102232;OID=.;OPOS=72290629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr11 72291927 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000234529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.597;QD=57.5443;RBI=0.0181027;REFB=0;REVB=0.0181012;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79051e-05;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr11 72293602 . A G 3043.4 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246415;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.935;QD=63.7361;RBI=0.0312532;REFB=0;REVB=0.019224;RO=0;SAF=103;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11838e-05;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:191:0:0:191:191:1:88:103:0:0:88:103:0:0 chr11 72295502 . T C 3283.23 PASS AF=1;AO=209;DP=216;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911067;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.829;QD=61.3688;RBI=0.00913809;REFB=0;REVB=0.000707307;RO=0;SAF=105;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73809e-05;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:214:0:0:209:214:1:104:105:0:0:104:110:0:0 chr11 72295906 . A G 1310.3 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551318;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8211;QD=60.9444;RBI=0.0571156;REFB=0;REVB=0.0149224;RO=0;SAF=14;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344188;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:86:0:0:83:86:1:69:14:0:0:69:17:0:0 chr11 72408055 . G C 916.45 PASS AF=0.474227;AO=92;DP=193;FAO=92;FDP=194;FR=.;FRO=102;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.0191388;FXX=0.00512794;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.379;QD=18.8959;RBI=0.0323291;REFB=-0.0245824;REVB=0.0260553;RO=101;SAF=51;SAR=41;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470984;STB=0.528729;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0216808;OID=.;OPOS=72408055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:101:102:92:92:0.474227:41:51:51:50:41:51:51:51 chr11 72415329 . G A 519.19 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.012859;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.206;QD=22.8217;RBI=0.0134536;REFB=-0.00252844;REVB=0.0039553;RO=41;SAF=17;SAR=32;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1434;STB=0.58533;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00301899;OID=.;OPOS=72415329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:42:49:49:0.538462:32:17:21:20:32:17:22:20 chr11 72532569 . G T 2639.1 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2142;QD=62.0966;RBI=0.0460763;REFB=0;REVB=-0.0458258;RO=0;SAF=87;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.85022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194197;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:83:87:0:0:83:87:0:0 chr11 72532621 . T G 3186.62 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.679;QD=63.7325;RBI=0.010259;REFB=0;REVB=0.00382951;RO=0;SAF=106;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07583e-05;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:187:200:0:0:187:200:1:81:106:0:0:92:108:0:0 chr11 72532708 . C T 3613.1 PASS AF=0.95935;AO=236;DP=247;FAO=236;FDP=246;FR=.;FRO=10;FSAF=120;FSAR=116;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0268702;FXX=0.00404842;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.428;QD=58.7496;RBI=0.0269642;REFB=-0.148674;REVB=0.00224887;RO=1;SAF=120;SAR=116;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395512;STB=0.519998;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000561183;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:247:246:1:10:236:236:0.95935:116:120:1:0:116:120:10:0 chr11 72945341 . C T 5307.98 PASS AF=0.982955;AO=347;DP=352;FAO=346;FDP=352;FR=.;FRO=6;FSAF=173;FSAR=173;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.018903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2477;QD=60.318;RBI=0.0211765;REFB=-0.0554761;REVB=-0.00954557;RO=4;SAF=174;SAR=173;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109016;STB=0.502841;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00212282;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:352:352:4:6:347:346:0.982955:173:174:0:4:173:173:2:4 chr11 72947293 . G A 954.2 PASS AF=0.447368;AO=99;DP=224;FAO=102;FDP=228;FR=.;FRO=126;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=48;FSRR=78;FWDB=-0.0773571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1056;QD=16.7404;RBI=0.0857471;REFB=0.00798603;REVB=0.0369926;RO=124;SAF=47;SAR=52;SRF=47;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967675;STB=0.555266;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00684279;OID=.;OPOS=72947293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:228:124:126:99:102:0.447368:52:47:47:77:53:49:48:78 chr11 73387057 . TTAAGTA T 187.67 PASS AF=0.424658;AO=24;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00816538;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=6;MLLD=242.614;QD=10.2831;RBI=0.0148408;REFB=-0.00974852;REVB=-0.0123925;RO=41;SAF=10;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182841;STB=0.568618;STBP=0.339;TYPE=del;VARB=0.0124831;OID=.;OPOS=73387058;OREF=TAAGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424658:24:73:31:73:42:14:17:24:18:99:41:10:14:24:17 chr11 73390772 . GAA G,GAG 331.07 PASS AF=0.382022,0.0449438;AO=30,4;DP=86;FAO=34,4;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=14,2;FSAR=20,2;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=-0.028468,-0.0331618;FXX=0.0326052;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=38.4749,233.387;QD=14.8794;RBI=0.0584931,0.0700525;REFB=-0.0150299,0.00159082;REVB=-0.0510981,-0.0617062;RO=46;SAF=13,2;SAR=17,2;SRF=14;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.143044,0.215817;STB=0.58758,0.70823;STBP=0.236,0.514;TYPE=del,snp;VARB=0.0222555,0.0264831;OID=.,.;OPOS=73390773,73390774;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382022,0.0449438:30,4:86:34,4:89:51:14,2:20,2:14:37:99:46:13,2:17,2:14:32 chr11 73441772 . A C 663.45 PASS AF=0.866667;AO=52;DP=60;FAO=52;FDP=60;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0113041;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.413;QD=44.2301;RBI=0.0365514;REFB=-0.0834242;REVB=0.0347595;RO=8;SAF=25;SAR=27;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578723;STB=0.530876;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00517919;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:60:60:8:8:52:52:0.866667:27:25:2:6:27:25:2:6 chr11 73543621 . T C 708.94 PASS AF=0.59292;AO=67;DP=113;FAO=67;FDP=113;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=54;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00418514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.63;QD=25.0952;RBI=0.00781221;REFB=-0.0178537;REVB=-0.0065966;RO=46;SAF=13;SAR=54;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162634;STB=0.589136;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0165301;OID=.;OPOS=73543621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:46:46:67:67:0.59292:54:13:16:30:54:13:16:30 chr11 73620464 . G A 619.54 PASS AF=0.406977;AO=70;DP=169;FAO=70;FDP=172;FR=.;FRO=102;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=0.00449266;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.985;QD=14.4079;RBI=0.0148096;REFB=-0.00251399;REVB=0.0141117;RO=98;SAF=37;SAR=33;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10382;STB=0.557434;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00391291;OID=.;OPOS=73620464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:98:102:70:70:0.406977:33:37:42:56:33:37:44:58 chr11 73620537 . C G 1651.98 PASS AF=0.522059;AO=139;DP=273;FAO=142;FDP=272;FR=.,HEALED;FRO=99;FSAF=64;FSAR=78;FSRF=65;FSRR=34;FWDB=-0.0369298;FXX=0.00366287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1658;QD=24.2939;RBI=0.0517734;REFB=-0.0560163;REVB=-0.036286;RO=79;SAF=64;SAR=75;SRF=64;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232813;STB=0.58397;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0051768;OID=.;OPOS=73620537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:272:79:99:139:142:0.522059:75:64:64:15:78:64:65:34 chr11 73670645 . T C 1284.4 PASS AF=0.580808;AO=115;DP=199;FAO=115;FDP=198;FR=.;FRO=83;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.045021;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.687;QD=25.9475;RBI=0.0451871;REFB=-0.0135164;REVB=0.00387103;RO=83;SAF=55;SAR=60;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493449;STB=0.526773;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00894926;OID=.;OPOS=73670645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:83:83:115:115:0.580808:60:55:45:38:60:55:45:38 chr11 73689104 . G A 699.65 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.124251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4157;QD=21.0422;RBI=0.124364;REFB=-0.0015608;REVB=-0.00530155;RO=64;SAF=34;SAR=35;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896364;STB=0.549211;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00218721;OID=.;OPOS=73689104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:64:64:69:69:0.518797:35:34:25:39:35:34:25:39 chr11 73715542 . G A 629.51 PASS AF=0.520661;AO=63;DP=121;FAO=63;FDP=121;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00995222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.69;QD=20.8101;RBI=0.0103822;REFB=-0.00660463;REVB=0.00295704;RO=58;SAF=31;SAR=32;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00691631;STB=0.503804;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00749124;OID=.;OPOS=73715542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:58:58:63:63:0.520661:32:31:29:29:32:31:29:29 chr11 73717254 . A G 885.88 PASS AF=0.471204;AO=90;DP=191;FAO=90;FDP=191;FR=.;FRO=101;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=-0.00663675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.955;QD=18.5524;RBI=0.0225148;REFB=-0.0161232;REVB=-0.0215144;RO=100;SAF=46;SAR=44;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371052;STB=0.517703;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.017199;OID=.;OPOS=73717254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:100:101:90:90:0.471204:44:46:55:45:44:46:55:46 chr11 73785326 . T C 945.8 PASS AF=0.475962;AO=99;DP=208;FAO=99;FDP=208;FR=.;FRO=109;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.00637421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.166;QD=18.1884;RBI=0.0124359;REFB=-0.0175772;REVB=0.0106781;RO=109;SAF=44;SAR=55;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399729;STB=0.522062;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.019766;OID=.;OPOS=73785326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:109:109:99:99:0.475962:55:44:53:56:55:44:53:56 chr11 73806443 . C T 497.51 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0175026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.365;QD=26.534;RBI=0.0176748;REFB=-0.0516095;REVB=0.0024615;RO=28;SAF=14;SAR=32;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070194;STB=0.533319;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0168816;OID=.;OPOS=73806443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:28:29:46:46:0.613333:32:14:11:17:32:14:11:18 chr11 73825503 . T C 1488.83 PASS AF=0.529412;AO=144;DP=274;FAO=144;FDP=272;FR=.;FRO=128;FSAF=59;FSAR=85;FSRF=49;FSRR=79;FWDB=-0.00789171;FXX=0.007299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.983;QD=21.8945;RBI=0.0154524;REFB=-0.00661441;REVB=0.0132852;RO=128;SAF=59;SAR=85;SRF=49;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241091;STB=0.513151;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00537172;OID=.;OPOS=73825503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:272:128:128:144:144:0.529412:85:59:49:79:85:59:49:79 chr11 73978243 . G A 767.23 PASS AF=0.49375;AO=79;DP=162;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.0260041;FXX=0.0184038;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.216;QD=19.1808;RBI=0.0297579;REFB=-0.0181478;REVB=0.0144678;RO=80;SAF=40;SAR=39;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171953;STB=0.506328;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0124075;OID=.;OPOS=73978243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:80:81:79:79:0.49375:39:40:39:41:39:40:40:41 chr11 73988167 . C T 940.41 PASS AF=0.519774;AO=92;DP=179;FAO=92;FDP=177;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0140164;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.103;QD=21.2523;RBI=0.0203275;REFB=0.00706877;REVB=0.0147223;RO=85;SAF=44;SAR=48;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550816;STB=0.530185;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00800523;OID=.;OPOS=73988167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:177:85:85:92:92:0.519774:48:44:46:39:48:44:46:39 chr11 74043708 . G A 271.33 PASS AF=0.303797;AO=20;DP=78;FAO=24;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0349563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.791;QD=13.738;RBI=0.0349684;REFB=-0.0102484;REVB=0.000921037;RO=46;SAF=7;SAR=13;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155325;STB=0.599914;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0139007;OID=.;OPOS=74043708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:46:46:20:24:0.303797:13:7:22:24:16:8:22:24 chr11 74046975 . C T 829.44 PASS AF=0.506024;AO=84;DP=166;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=0.00453769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.636;QD=19.9866;RBI=0.00740762;REFB=0.00548776;REVB=0.00585509;RO=82;SAF=47;SAR=37;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124604;STB=0.506848;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0065397;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:82:82:84:84:0.506024:37:47:47:35:37:47:47:35 chr11 74049569 . A G 1129.46 PASS AF=0.541872;AO=110;DP=203;FAO=110;FDP=203;FR=.;FRO=93;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.00139692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3747;QD=22.2554;RBI=0.00196323;REFB=0.0123627;REVB=0.00137944;RO=92;SAF=56;SAR=54;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257384;STB=0.516473;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.011189;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:92:93:110:110:0.541872:54:56:44:48:54:56:44:49 chr11 74053547 . C T 485.31 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0018906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.227;QD=16.4511;RBI=0.00565944;REFB=0.00892601;REVB=0.00533431;RO=65;SAF=28;SAR=25;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809252;STB=0.545147;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0118326;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:25:28:29:36:25:28:29:36 chr11 74167409 . T C 399.86 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00275469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5708;QD=18.5979;RBI=0.0261944;REFB=-0.0386344;REVB=0.0260491;RO=45;SAF=12;SAR=28;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369417;STB=0.525138;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0242144;OID=.;OPOS=74167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:45:40:41:0.476744:28:12:15:30:29:12:15:30 chr11 74203308 . T A 685.16 PASS AF=0.463087;AO=69;DP=150;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=27;FWDB=-0.0236186;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3783;QD=18.3936;RBI=0.0253131;REFB=0.00324538;REVB=-0.00910585;RO=77;SAF=31;SAR=38;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188793;STB=0.612989;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00386191;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:77:80:69:69:0.463087:38:31:50:27:38:31:53:27 chr11 74204269 . T G 4090.69 PASS AF=1;AO=260;DP=266;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=190;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035811;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.428;QD=61.7462;RBI=0.0580705;REFB=-0.0410522;REVB=0.0457138;RO=0;SAF=72;SAR=188;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138946;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:266:265:0:0:260:265:1:188:72:0:0:190:75:0:0 chr11 74208029 . C T 853.42 PASS AF=0.497143;AO=86;DP=174;FAO=87;FDP=175;FR=.;FRO=88;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.00386118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.289;QD=19.5067;RBI=0.0150091;REFB=-0.0147825;REVB=0.014504;RO=88;SAF=45;SAR=41;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052637;STB=0.531575;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0150968;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:88:88:86:87:0.497143:41:45:41:47:41:46:41:47 chr11 74208214 . G A 70.77 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0119976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.449;QD=7.25884;RBI=0.0166202;REFB=-0.0117614;REVB=-0.0115017;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315689;STB=0.69198;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0205581;OID=.;OPOS=74208214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:7:22:5:5:7:22 chr11 74208592 . G T 407.66 PASS AF=0.666667;AO=37;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00465563;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0245;QD=28.6078;RBI=0.0175265;REFB=-0.0198063;REVB=0.0168969;RO=20;SAF=19;SAR=18;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234905;STB=0.526302;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00950057;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:19:37:38:0.666667:18:19:11:9:19:19:11:8 chr11 74209047 . G A 992.01 PASS AF=0.414179;AO=111;DP=268;FAO=111;FDP=268;FR=.;FRO=157;FSAF=36;FSAR=75;FSRF=77;FSRR=80;FWDB=-0.0247191;FXX=0.00371733;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5597;QD=14.8061;RBI=0.0253842;REFB=0.00820716;REVB=-0.00577271;RO=156;SAF=36;SAR=75;SRF=77;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186593;STB=0.602969;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0160349;OID=.;OPOS=74209047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:156:157:111:111:0.414179:75:36:77:79:75:36:77:80 chr11 74278090 . C T 1328.16 PASS AF=0.414286;AO=144;DP=349;FAO=145;FDP=350;FR=.;FRO=205;FSAF=69;FSAR=76;FSRF=107;FSRR=98;FWDB=0.00129336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.88;QD=15.179;RBI=0.00451968;REFB=-0.00687963;REVB=0.00433068;RO=201;SAF=68;SAR=76;SRF=106;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05762;STB=0.526984;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0117721;OID=.;OPOS=74278090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:350:201:205:144:145:0.414286:76:68:106:95:76:69:107:98 chr11 74396330 . C T 504.74 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0111274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.954;QD=16.1518;RBI=0.0145492;REFB=-0.00904122;REVB=-0.00937339;RO=68;SAF=29;SAR=26;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314099;STB=0.508758;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00990177;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:68:70:55:55:0.44:26:29:38:30:26:29:38:32 chr11 74408740 . C T 594.28 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=128;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.00664391;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4581;QD=18.7174;RBI=0.0102889;REFB=-0.00606291;REVB=-0.00785618;RO=66;SAF=29;SAR=32;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048267;STB=0.526717;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00730403;OID=.;OPOS=74408740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:66:66:61:61:0.480315:32:29:28:38:32:29:28:38 chr11 74419357 . C T 379.79 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.017001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3311;QD=11.9619;RBI=0.0274887;REFB=0.0123089;REVB=0.0216008;RO=80;SAF=25;SAR=21;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213607;STB=0.515732;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0190853;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:80:81:46:46:0.362205:21:25:45:35:21:25:46:35 chr11 74419378 . C T 433.65 PASS AF=0.359155;AO=51;DP=143;FAO=51;FDP=142;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.0404985;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4687;QD=12.2156;RBI=0.0845826;REFB=-0.0226787;REVB=-0.0742569;RO=87;SAF=26;SAR=25;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449213;STB=0.511328;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0362069;OID=.;OPOS=74419378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:87:91:51:51:0.359155:25:26:44:43:25:26:48:43 chr11 74553074 . C T 398.19 PASS AF=0.350365;AO=48;DP=138;FAO=48;FDP=137;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.00948181;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.079;QD=11.6259;RBI=0.0396919;REFB=-0.00976128;REVB=-0.0385427;RO=89;SAF=20;SAR=28;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024965;STB=0.514315;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0180599;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:89:89:48:48:0.350365:28:20:39:50:28:20:39:50 chr11 74559446 . G C 914.57 PASS AF=0.526316;AO=90;DP=171;FAO=90;FDP=171;FR=.;FRO=81;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0243036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0587;QD=21.3935;RBI=0.0337954;REFB=-0.00530589;REVB=0.0234833;RO=81;SAF=43;SAR=47;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289312;STB=0.51584;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00581671;OID=.;OPOS=74559446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:81:81:90:90:0.526316:47:43:36:45:47:43:36:45 chr11 74559481 . C T 509.56 PASS AF=0.514563;AO=50;DP=100;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0244357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.686;QD=19.7887;RBI=0.0509255;REFB=-0.0397864;REVB=0.04468;RO=49;SAF=22;SAR=28;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994553;STB=0.551654;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0277487;OID=.;OPOS=74559481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:49:50:50:53:0.514563:28:22:27:22:30:23:27:23 chr11 74563077 . G A 1067.15 PASS AF=0.484444;AO=110;DP=225;FAO=109;FDP=225;FR=.;FRO=116;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=0.0203145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.931;QD=18.9715;RBI=0.0221556;REFB=-0.0192148;REVB=-0.00884272;RO=115;SAF=43;SAR=67;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670705;STB=0.533193;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0245628;OID=.;OPOS=74563077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:115:116:110:109:0.484444:67:43:53:62:66:43:53:63 chr11 74660631 . G A 461.65 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.00622496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.702;QD=14.6555;RBI=0.0074835;REFB=-0.00429534;REVB=-0.00415363;RO=74;SAF=22;SAR=30;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527994;STB=0.529728;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00611155;OID=.;OPOS=74660631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:74:52:52:0.412698:30:22:35:39:30:22:35:39 chr11 74679321 . G A 104.13 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0726344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.964;QD=14.8751;RBI=0.0744733;REFB=0.0103217;REVB=0.0164476;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197057;STB=0.627703;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00954654;OID=.;OPOS=74679321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:12:13:0.464286:8:4:8:7:9:4:8:7 chr11 74705696 . T C 1510.77 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.09;QD=63.6112;RBI=0.0412843;REFB=0;REVB=0.0249111;RO=0;SAF=24;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66098e-05;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:70:24:0:0:71:24:0:0 chr11 74862391 . A G 890.67 PASS AF=0.90411;AO=63;DP=70;FAO=66;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0538249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.295;QD=48.8039;RBI=0.053864;REFB=-0.050878;REVB=0.00205254;RO=7;SAF=40;SAR=23;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413398;STB=0.523202;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00240029;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:73:7:7:63:66:0.90411:23:40:3:4:23:43:3:4 chr11 74904362 . T C 4299.54 PASS AF=1;AO=268;DP=269;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357533;FXX=0.0108692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.761;QD=62.9969;RBI=0.0469852;REFB=0;REVB=0.0304846;RO=0;SAF=150;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79657e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78031e-05;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:269:273:0:0:268:273:1:118:150:0:0:123:150:0:0 chr11 74977087 . GGCC GC,G,GGC,GGGC 741.22 PASS AF=0,0.0677966,0.923729,0;AO=21,24,41,7;DP=120;FAO=0,8,109,0;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=0,2,45,0;FSAR=0,6,64,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438,0.012361,-0.0357847,-0.0757403;FXX=0.0247913;HRUN=4,4,5,5;LEN=2,3,1,1;MLLD=8.23169,15.7904,9.07091,4.81548;QD=25.126;RBI=0.355104,0.185874,0.269318,0.0941418;REFB=0.131511,0.0784754,0.0366133,-0.0832124;REVB=-0.352392,-0.185463,-0.26693,0.0559115;RO=8;SAF=3,1,24,1;SAR=18,23,17,6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.30137,0;SSSB=-0.41126,-0.646194,-0.0521055,-0.561098;STB=0.5,0.538369,0.503875,0.5;STBP=1,0.64,0.489,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.00235743,0.0692115,-0.0278288,0;OID=.,.,.,.;OPOS=74977088,74977088,74977089,74977089;OREF=GC,GCC,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=GC,G,GGC,GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0677966,0.923729,0:21,24,41,7:120:0,8,109,0:118:1:0,2,45,0:0,6,64,0:0:1:18:8:3,1,24,1:18,23,17,6:6:2 chr11 75062601 . GCCCCCCG CGCCCCCG,GCCCCCCC 34.8 PASS AF=0.137931,0;AO=7,2;DP=33;FAO=4,0;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=2,0;FSAR=2,0;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.000500613,0.0103664;FXX=0.0937207;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=23.7065,204.052;QD=4.80049;RBI=0.0366451,0.0166252;REFB=-0.0512222,-0.00271187;REVB=-0.0366417,-0.0129975;RO=17;SAF=2,0;SAR=5,2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.220682,-0.516333;STB=0.5199,0.5;STBP=0.918,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.114113,0;OID=.,.;OPOS=75062601,75062608;OREF=GC,G;OALT=CG,C;OMAPALT=CGCCCCCG,GCCCCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:33:29:17:21:7,2:4,0:0.137931,0:5,2:2,0:8:9:2,0:2,0:10:11 chr11 75110589 . A G 743.6 PASS AF=0.517986;AO=71;DP=138;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00933132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.76;QD=21.3986;RBI=0.0408734;REFB=-0.0262968;REVB=-0.039794;RO=67;SAF=32;SAR=39;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765657;STB=0.538082;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0289165;OID=.;OPOS=75110589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:67:67:71:72:0.517986:39:32:36:31:39:33:36:31 chr11 75133765 . G A 701.48 PASS AF=0.444444;AO=76;DP=176;FAO=76;FDP=171;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.00814134;FXX=0.0284075;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8215;QD=16.4089;RBI=0.00823477;REFB=-0.00739767;REVB=0.001237;RO=92;SAF=31;SAR=45;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00584424;STB=0.501512;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0117135;OID=.;OPOS=75133765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:171:92:95:76:76:0.444444:45:31:37:55:45:31:39:56 chr11 75145952 . A G 1721.67 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.263;QD=60.4094;RBI=0.0128323;REFB=0;REVB=0.0118905;RO=0;SAF=69;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.865e-06;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:114:0:0:110:114:1:41:69:0:0:44:70:0:0 chr11 75152243 . C T 1225.39 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.278;QD=61.2697;RBI=0.0745265;REFB=0;REVB=0.0258976;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.32233e-05;OID=.;OPOS=75152243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr11 75160575 . G A 6146.44 PASS AF=1;AO=398;DP=404;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=223;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205672;FXX=0.0123759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.424;QD=61.6184;RBI=0.00755935;REFB=-0.0649401;REVB=-0.00727418;RO=3;SAF=175;SAR=223;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00328729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93876e-05;OID=.;OPOS=75160575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:404:399:3:0:398:399:1:223:175:2:1:223:176:0:0 chr11 75167793 . G A 1149.11 PASS AF=0.491453;AO=114;DP=233;FAO=115;FDP=234;FR=.;FRO=119;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=65;FSRR=54;FWDB=-0.0407946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5284;QD=19.6429;RBI=0.0637376;REFB=-0.00368755;REVB=0.0489723;RO=119;SAF=54;SAR=60;SRF=65;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672831;STB=0.538934;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00449438;OID=.;OPOS=75167793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:119:119:114:115:0.491453:60:54:65:54:61:54:65:54 chr11 75277628 . A G 1126.79 PASS AF=0.416107;AO=111;DP=284;FAO=124;FDP=298;FR=.;FRO=174;FSAF=35;FSAR=89;FSRF=37;FSRR=137;FWDB=-0.00456124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.555;QD=15.1246;RBI=0.0209739;REFB=-0.0236762;REVB=-0.0204719;RO=158;SAF=34;SAR=77;SRF=34;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11929;STB=0.552443;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0280756;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:298:158:174:111:124:0.416107:77:34:34:124:89:35:37:137 chr11 75852448 . C T 646.8 PASS AF=0.464789;AO=65;DP=142;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.000411574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.998;QD=18.2198;RBI=0.0217252;REFB=-0.0100637;REVB=-0.0217213;RO=76;SAF=27;SAR=38;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074924;STB=0.500662;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0110656;OID=.;OPOS=75852448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:76:76:65:66:0.464789:38:27:31:45:39:27:31:45 chr11 76207633 . G A 1208.31 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927712;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.277;QD=61.1803;RBI=0.0129944;REFB=0;REVB=0.00909884;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13022e-05;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:33:45:0:0:34:45:0:0 chr11 76262357 . TTA T,TTT 110.23 PASS AF=0.315789,0;AO=12,5;DP=72;FAO=18,0;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=10,0;FSAR=8,0;FSRF=34;FSRR=5;FWDB=0.0580964,0.0239719;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=29.3742,23.0034;QD=7.73517;RBI=0.162047,0.0376441;REFB=-0.0309781,0.0167918;REVB=0.151275,-0.0290246;RO=47;SAF=8,0;SAR=4,5;SRF=39;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.262406,-0.759751;STB=0.730098,0.5;STBP=0.054,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0715522,0;OID=.,.;OPOS=76262358,76262359;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789,0:12,5:72:18,0:57:39:10,0:8,0:34:5:99:47:8,0:4,5:39:8 chr11 76368553 . A G 2210.23 PASS AF=0.967949;AO=150;DP=156;FAO=151;FDP=156;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=97;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0272079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.661;QD=56.6725;RBI=0.0290491;REFB=-0.0608571;REVB=0.0101775;RO=4;SAF=53;SAR=97;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212821;STB=0.508413;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0155559;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:156:156:4:5:150:151:0.967949:97:53:3:1:97:54:3:2 chr11 76368639 . A C 3098.5 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769627;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.038;QD=63.8866;RBI=0.00774844;REFB=0;REVB=0.000897658;RO=0;SAF=81;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.60947e-06;OID=.;OPOS=76368639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:194:0:0:194:194:1:113:81:0:0:113:81:0:0 chr11 76370792 . A G 2274.68 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.007;QD=63.6275;RBI=0.0358715;REFB=0;REVB=0.0218911;RO=0;SAF=80;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20266e-05;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:62:80:0:0:63:80:0:0 chr11 76371418 . C T 1356.91 PASS AF=0.484099;AO=136;DP=284;FAO=137;FDP=283;FR=.;FRO=146;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=81;FSRR=65;FWDB=0.0133927;FXX=0.0139368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.945;QD=19.179;RBI=0.017895;REFB=-0.00163494;REVB=-0.0118688;RO=139;SAF=63;SAR=73;SRF=77;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834305;STB=0.545134;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00175488;OID=.;OPOS=76371418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:283:139:146:136:137:0.484099:73:63:77:62:73:64:81:65 chr11 76372052 . A G 429.63 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.000533628;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1143;QD=19.0945;RBI=0.0593846;REFB=0.00788586;REVB=-0.0593822;RO=48;SAF=30;SAR=13;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998831;STB=0.560064;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0045244;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:48:47:43:43:0.477778:13:30:29:19:13:30:28:19 chr11 76372418 . T C 974.39 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264295;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1246;QD=59.054;RBI=0.033141;REFB=0;REVB=0.0199951;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58459e-05;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr11 76405613 . C T 744.01 PASS AF=0.432432;AO=80;DP=185;FAO=80;FDP=185;FR=.;FRO=105;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=0.00460525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.834;QD=16.0868;RBI=0.00903436;REFB=0.0103307;REVB=0.00777247;RO=104;SAF=30;SAR=50;SRF=45;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612565;STB=0.531907;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0127541;OID=.;OPOS=76405613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:104:105:80:80:0.432432:50:30:45:59:50:30:45:60 chr11 76415209 . G A 544.64 PASS AF=0.407643;AO=65;DP=157;FAO=64;FDP=157;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.0588143;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.454;QD=13.8761;RBI=0.0820989;REFB=-0.0314022;REVB=0.057281;RO=84;SAF=30;SAR=35;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148607;STB=0.500903;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0531245;OID=.;OPOS=76415209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:84:93:65:64:0.407643:35:30:40:44:35:29:42:51 chr11 76418737 . A G 377.61 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0528713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8314;QD=16.4179;RBI=0.0528849;REFB=-0.0181915;REVB=0.0011993;RO=51;SAF=15;SAR=25;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789223;STB=0.550822;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0225565;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:52:40:40:0.434783:25:15:23:28:25:15:24:28 chr11 76507692 . T A 9713.69 PASS AF=1;AO=606;DP=632;FAO=627;FDP=627;FR=.;FRO=0;FSAF=261;FSAR=366;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445397;FXX=0.0156983;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3547;QD=61.9693;RBI=0.0457865;REFB=-0.033196;REVB=0.0106123;RO=9;SAF=242;SAR=364;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00454473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323801;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:632:627:9:0:606:627:1:364:242:5:4:366:261:0:0 chr11 76509123 . TCC TC,TCT 945.18 PASS AF=0.971831,0.028169;AO=34,14;DP=173;FAO=207,6;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=101,0;FSAR=106,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.730494,0.077394;FXX=0.0138882;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=6.83135,163.791;QD=17.7498;RBI=0.838408,0.208099;REFB=0.138013,0.0492862;REVB=-0.411469,-0.193171;RO=102;SAF=23,0;SAR=11,14;SRF=73;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0.366667,0;SSSB=-0.0573562,-0.756252;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0697355,0.233249;OID=.,.;OPOS=76509124,76509125;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.971831,0.028169:34,14:173:207,6:213:0:101,0:106,6:0:0:7:102:23,0:11,14:73:29 chr11 76751541 . CT C 2930.66 PASS AF=1;AO=235;DP=247;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.1628;QD=47.4601;RBI=0.132007;REFB=0;REVB=-0.128409;RO=1;SAF=140;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499015;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0008223;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:235:247:247:247:0:140:107:0:0:53:1:140:95:0:1 chr11 76751584 . CT C 6069.76 PASS AF=1;AO=394;DP=410;FAO=407;FDP=407;FR=.;FRO=0;FSAF=203;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181237;FXX=0.00731689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.54;QD=59.6537;RBI=0.0433197;REFB=0;REVB=0.0393463;RO=0;SAF=202;SAR=192;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.53685e-06;OID=.;OPOS=76751585;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:394:410:407:407:0:203:204:0:0:34:0:202:192:0:0 chr11 76751603 . CT C 5838.94 PASS AF=1;AO=469;DP=494;FAO=484;FDP=484;FR=.;FRO=0;FSAF=255;FSAR=229;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.143255;FXX=0.0202425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.5983;QD=48.2557;RBI=0.170197;REFB=0;REVB=-0.0918959;RO=1;SAF=243;SAR=226;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00196066;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000396566;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:469:494:484:484:0:255:229:0:0:97:1:243:226:1:0 chr11 76796064 . G A 771.83 PASS AF=0.385281;AO=88;DP=233;FAO=89;FDP=231;FR=.;FRO=142;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=0.0226974;FXX=0.0170206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.065;QD=13.365;RBI=0.0543305;REFB=-0.00666759;REVB=0.0493622;RO=139;SAF=51;SAR=37;SRF=67;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10664;STB=0.558126;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00883516;OID=.;OPOS=76796064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:231:139:142:88:89:0.385281:37:51:67:72:38:51:68:74 chr11 76799004 . T C 2438.89 PASS AF=1;AO=156;DP=158;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000644595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.625;QD=60.5936;RBI=0.0506659;REFB=0;REVB=0.0506618;RO=0;SAF=95;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124557;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:161:0:0:156:161:1:61:95:0:0:64:97:0:0 chr11 76823673 . A G 657.9 PASS AF=0.395722;AO=74;DP=188;FAO=74;FDP=187;FR=.;FRO=113;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=-0.0194088;FXX=0.00531887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.721;QD=14.0726;RBI=0.0208535;REFB=-0.0131848;REVB=0.00762667;RO=112;SAF=32;SAR=42;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537193;STB=0.527754;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0206336;OID=.;OPOS=76823673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:112:113:74:74:0.395722:42:32:54:58:42:32:54:59 chr11 76853783 . T C 763.3 PASS AF=0.553846;AO=72;DP=133;FAO=72;FDP=130;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0230044;FXX=0.0225547;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.325;QD=23.486;RBI=0.0276597;REFB=-0.0462047;REVB=0.0153576;RO=55;SAF=25;SAR=47;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205706;STB=0.609687;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0286734;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:55:58:72:72:0.553846:47:25:33:22:47:25:34:24 chr11 76868372 . T C 578.81 PASS AF=0.394118;AO=67;DP=171;FAO=67;FDP=170;FR=.;FRO=103;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=-0.0205585;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7962;QD=13.6192;RBI=0.034618;REFB=0.0050479;REVB=0.0278524;RO=99;SAF=42;SAR=25;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788678;STB=0.558351;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0103366;OID=.;OPOS=76868372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:99:103:67:67:0.394118:25:42:55:44:25:42:55:48 chr11 76895770 . GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 326.29 PASS AF=0.376623;AO=53;DP=156;FAO=58;FDP=154;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=62;FWDB=-0.00373091;FXX=0.0253149;HRUN=3;LEN=22;MLLD=604.881;QD=8.47513;RBI=0.0037809;REFB=0.00127794;REVB=-0.000612787;RO=81;SAF=37;SAR=16;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38422;STB=0.673112;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=-0.00177279;OID=.;OPOS=76895771;OREF=GGAGGCGGGGACACCAGGGCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376623:53:156:58:154:96:37:21:34:62:99:81:37:16:27:54 chr11 76905123 . A G 665.17 PASS AF=0.434524;AO=73;DP=168;FAO=73;FDP=168;FR=.;FRO=95;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=0.00257847;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.621;QD=15.8373;RBI=0.046748;REFB=-0.00932207;REVB=-0.0466768;RO=94;SAF=43;SAR=30;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261354;STB=0.518067;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0112548;OID=.;OPOS=76905123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:94:95:73:73:0.434524:30:43:53:41:30:43:53:42 chr11 76910766 . C T 875.21 PASS AF=0.502857;AO=87;DP=174;FAO=88;FDP=175;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0406891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.541;QD=20.0049;RBI=0.0547046;REFB=-0.0191921;REVB=0.036565;RO=87;SAF=36;SAR=51;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846887;STB=0.5429;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.019383;OID=.;OPOS=76910766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:87:87:87:88:0.502857:51:36:44:43:51:37:44:43 chr11 76912636 . A T 868.8 PASS AF=0.551724;AO=80;DP=147;FAO=80;FDP=145;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0140153;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.733;QD=23.9669;RBI=0.0198028;REFB=0.00405595;REVB=-0.0139902;RO=65;SAF=34;SAR=46;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305092;STB=0.516668;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00411869;OID=.;OPOS=76912636;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:65:65:80:80:0.551724:46:34:30:35:46:34:30:35 chr11 76917220 . A G 517.61 PASS AF=0.526316;AO=49;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0253438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8449;QD=21.7942;RBI=0.0253444;REFB=-0.0138648;REVB=0.000176931;RO=44;SAF=33;SAR=16;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177793;STB=0.595733;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0141085;OID=.;OPOS=76917220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:45:49:50:0.526316:16:33:21:23:17:33:21:24 chr11 76919478 . C A 325.63 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=118;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0474913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.418;QD=11.0384;RBI=0.0477718;REFB=-0.00600707;REVB=0.00516978;RO=77;SAF=15;SAR=26;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897482;STB=0.551728;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00941685;OID=.;OPOS=76919478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:77:77:41:41:0.347458:26:15:34:43:26:15:34:43 chr11 76928149 . A G 2032.03 PASS AF=0.490431;AO=205;DP=418;FAO=205;FDP=418;FR=.;FRO=213;FSAF=92;FSAR=113;FSRF=108;FSRR=105;FWDB=-0.0107279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.437;QD=19.4453;RBI=0.0119702;REFB=3.87611e-05;REVB=-0.00531015;RO=213;SAF=92;SAR=113;SRF=108;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543691;STB=0.529817;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-5.03837e-05;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:418:418:213:213:205:205:0.490431:113:92:108:105:113:92:108:105 chr11 76979550 . T C 309.45 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.0241167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.846;QD=11.902;RBI=0.0241319;REFB=-0.0165732;REVB=-0.000855059;RO=66;SAF=8;SAR=30;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17819;STB=0.603158;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.033474;OID=.;OPOS=76979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:66:38:38:0.365385:30:8:22:44:30:8:22:44 chr11 77033699 . A G 550.59 PASS AF=0.433824;AO=58;DP=137;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0116888;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.127;QD=16.1939;RBI=0.0125451;REFB=-0.00291385;REVB=0.00455555;RO=77;SAF=25;SAR=33;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376626;STB=0.51536;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00359219;OID=.;OPOS=77033699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:77:77:58:59:0.433824:33:25:36:41:33:26:36:41 chr11 77377868 . A T 637.47 PASS AF=0.454545;AO=69;DP=153;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.00396413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.988;QD=16.5576;RBI=0.011886;REFB=-0.0101549;REVB=-0.0112055;RO=83;SAF=33;SAR=36;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154513;STB=0.509109;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0134856;OID=.;OPOS=77377868;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:83:84:69:70:0.454545:36:33:41:42:37:33:41:43 chr11 77629132 . A AT 225.08 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.080277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.4322;QD=16.3691;RBI=0.122185;REFB=-0.00255238;REVB=-0.0921128;RO=25;SAF=10;SAR=21;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339974;STB=0.503976;STBP=0.962;TYPE=ins;VARB=-0.00898409;OID=.;OPOS=77629133;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581818:31:57:32:55:23:10:22:7:16:99:25:10:21:9:16 chr11 77734209 . T C 5771.37 PASS AF=0.991935;AO=369;DP=373;FAO=369;FDP=372;FR=.;FRO=3;FSAF=177;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0112006;FXX=0.00268089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.324;QD=62.0577;RBI=0.0315067;REFB=-0.0667512;REVB=-0.0294485;RO=3;SAF=177;SAR=192;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00739665;STB=0.503876;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000212279;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:373:372:3:3:369:369:0.991935:192:177:0:3:192:177:0:3 chr11 77790653 . T C 7910.68 PASS AF=1;AO=494;DP=495;FAO=495;FDP=495;FR=.;FRO=0;FSAF=239;FSAR=256;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128205;FXX=0.00402406;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.79;QD=63.9247;RBI=0.0137946;REFB=0.0186873;REVB=-0.00509193;RO=1;SAF=238;SAR=256;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00200186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48686e-05;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:495:495:1:0:494:495:1:256:238:1:0:256:239:0:0 chr11 77920930 . A G 294.87 PASS AF=0.577778;AO=27;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00173431;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.945;QD=26.2107;RBI=0.0139358;REFB=-0.0448003;REVB=0.0138274;RO=18;SAF=20;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114176;STB=0.600775;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0293175;OID=.;OPOS=77920930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:27:26:0.577778:7:20:11:7:6:20:11:8 chr11 77921527 . G C 676.09 PASS AF=0.467949;AO=69;DP=152;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=0.00754161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.053;QD=17.3357;RBI=0.0109566;REFB=-0.0251335;REVB=-0.00794801;RO=83;SAF=32;SAR=37;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089929;STB=0.56377;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0313536;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:156:83:83:69:73:0.467949:37:32:31:52:37:36:31:52 chr11 78277277 . A G 551.4 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0208638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.408;QD=19.5187;RBI=0.027823;REFB=-0.0180317;REVB=-0.0184071;RO=54;SAF=24;SAR=33;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11914;STB=0.557203;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0175512;OID=.;OPOS=78277277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:56:57:57:0.504425:33:24:30:24:33:24:30:26 chr11 78279790 . T G 363.06 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0148168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.096;QD=14.0996;RBI=0.0148208;REFB=0.00241355;REVB=-0.000341746;RO=59;SAF=17;SAR=25;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382331;STB=0.532907;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00331359;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:59:61:42:42:0.407767:25:17:26:33:25:17:28:33 chr11 78498022 . C T 4252.83 PASS AF=1;AO=236;DP=277;FAO=274;FDP=274;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=133;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519765;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.697;QD=62.0851;RBI=0.0528066;REFB=0;REVB=0.00932641;RO=3;SAF=127;SAR=109;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00309337;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88335e-05;OID=.;OPOS=78498022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:277:274:3:0:236:274:1:109:127:2:1:141:133:0:0 chr11 78498023 . G T 143.66 PASS AF=0.125448;AO=35;DP=279;FAO=35;FDP=279;FR=.;FRO=244;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=132;FSRR=112;FWDB=0.0307842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3865;QD=2.0597;RBI=0.0370318;REFB=-0.0545943;REVB=0.0205837;RO=243;SAF=2;SAR=33;SRF=132;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.628443;STB=0.938196;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0675705;OID=.;OPOS=78498023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:243:244:35:35:0.125448:33:2:132:111:33:2:132:112 chr11 79133220 . T C 1456.21 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407542;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2379;QD=63.3135;RBI=0.0544773;REFB=0;REVB=0.0361507;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220462;OID=.;OPOS=79133220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:41:50:0:0:41:51:0:0 chr11 81264998 . G T 993.79 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123176;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.987;QD=59.3309;RBI=0.0212073;REFB=0;REVB=0.0172634;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69598e-05;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr11 82443672 . C G 2937.28 PASS AF=0.984375;AO=189;DP=193;FAO=189;FDP=192;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=116;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0192425;FXX=0.00518108;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1487;QD=61.1934;RBI=0.0197765;REFB=-0.0502928;REVB=-0.0045646;RO=2;SAF=73;SAR=116;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00239069;STB=0.504611;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000235906;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:193:192:2:3:189:189:0.984375:116:73:1:1:116:73:2:1 chr11 82443817 . G A 808.5 PASS AF=0.424528;AO=90;DP=212;FAO=90;FDP=212;FR=.;FRO=122;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=0.0674119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9576;QD=15.2547;RBI=0.0705051;REFB=0.0117885;REVB=-0.0206544;RO=122;SAF=42;SAR=48;SRF=56;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00792901;STB=0.504424;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.0192626;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:122:122:90:90:0.424528:48:42:56:66:48:42:56:66 chr11 82444021 . T G 88.71 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0104936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.97;QD=14.7851;RBI=0.0119325;REFB=-0.0287093;REVB=-0.00568042;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323019;STB=0.691913;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0674261;OID=.;OPOS=82444021;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:6:7:9:2:6:7 chr11 82535963 . C T 538.78 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0193398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.362;QD=21.769;RBI=0.0312787;REFB=-0.0201948;REVB=-0.0245831;RO=48;SAF=29;SAR=22;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508993;STB=0.528061;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.019933;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:48:51:51:0.515152:22:29:30:18:22:29:30:18 chr11 82564294 . T G 521.63 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=125;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0371186;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.899;QD=16.8267;RBI=0.0412466;REFB=-0.00905615;REVB=0.0179859;RO=69;SAF=19;SAR=37;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201076;STB=0.608149;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0142433;OID=.;OPOS=82564294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:69:68:56:56:0.451613:37:19:37:32:37:19:36:32 chr11 82643760 . G T 440.36 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0214552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4631;QD=16.9368;RBI=0.0253717;REFB=0.0211182;REVB=0.0135425;RO=53;SAF=24;SAR=24;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445076;STB=0.528834;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.0287102;OID=.;OPOS=82643760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:56:48:48:0.461538:24:24:24:29:24:24:25:31 chr11 82644904 . G A 164.83 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00898679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.955;QD=21.2691;RBI=0.0201488;REFB=-0.017908;REVB=0.0180336;RO=13;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226441;STB=0.656042;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0136153;OID=.;OPOS=82644904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:14:3:5:8:14:3:6:8 chr11 82878197 . T A 555.06 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00572319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.269;QD=20.002;RBI=0.0235898;REFB=-0.0149326;REVB=-0.022885;RO=54;SAF=33;SAR=24;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151154;STB=0.583304;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0113654;OID=.;OPOS=82878197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:54:57:57:0.513514:24:33:22:32:24:33:22:32 chr11 82880258 . G T 412.71 PASS AF=0.40678;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0341474;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0355;QD=13.9902;RBI=0.132493;REFB=-0.0206187;REVB=0.128017;RO=70;SAF=21;SAR=27;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095487;STB=0.505386;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0294596;OID=.;OPOS=82880258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:70:70:48:48:0.40678:27:21:30:40:27:21:30:40 chr11 82984985 . T A 233.97 PASS AF=0.405063;AO=26;DP=73;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.058267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.5977;QD=11.8463;RBI=0.0719576;REFB=-0.0534391;REVB=0.0422237;RO=46;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282398;STB=0.547039;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.202292;OID=.;OPOS=82984985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:79:46:47:26:32:0.405063:17:9:17:29:22:10:18:29 chr11 82996986 . A C 697.65 PASS AF=0.480263;AO=73;DP=152;FAO=73;FDP=152;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0102084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.111;QD=18.3592;RBI=0.0102984;REFB=-0.0218235;REVB=0.00135883;RO=79;SAF=36;SAR=37;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710415;STB=0.539242;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0224287;OID=.;OPOS=82996986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:79:79:73:73:0.480263:37:36:33:46:37:36:33:46 chr11 85195025 . A C 7662.45 PASS AF=0.942804;AO=508;DP=542;FAO=511;FDP=542;FR=.;FRO=31;FSAF=105;FSAR=406;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0310015;FXX=0.00184159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2986;QD=56.5495;RBI=0.0393778;REFB=0.0237557;REVB=-0.0242799;RO=30;SAF=102;SAR=406;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162451;STB=0.510133;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00222426;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:542:542:30:31:508:511:0.942804:406:102:9:21:406:105:10:21 chr11 85195075 . T C 9400.05 PASS AF=0.941704;AO=628;DP=668;FAO=630;FDP=669;FR=.;FRO=39;FSAF=148;FSAR=482;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0119719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.711;QD=56.2036;RBI=0.0126152;REFB=0.00814631;REVB=-0.00397687;RO=39;SAF=147;SAR=481;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230731;STB=0.511984;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-2.81778e-06;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:668:669:39:39:628:630:0.941704:481:147:15:24:482:148:15:24 chr11 85195154 . A T 7805.7 PASS AF=0.949275;AO=513;DP=543;FAO=524;FDP=552;FR=.;FRO=28;FSAF=218;FSAR=306;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0451914;FXX=0.00719412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.384;QD=56.563;RBI=0.0649175;REFB=-0.0631095;REVB=0.0466049;RO=29;SAF=216;SAR=297;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000759104;STB=0.50121;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0026929;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:543:552:29:28:513:524:0.949275:297:216:12:17:306:218:11:17 chr11 85195185 . T C 5047.74 PASS AF=0.960114;AO=332;DP=349;FAO=337;FDP=351;FR=.;FRO=14;FSAF=159;FSAR=178;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00983311;FXX=0.0195525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.248;QD=57.5241;RBI=0.0191929;REFB=-0.00779521;REVB=0.0164827;RO=12;SAF=159;SAR=173;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00414596;STB=0.50173;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000376947;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:349:351:12:14:332:337:0.960114:173:159:5:7:178:159:6:8 chr11 85195190 . CA GG 4216.91 PASS AF=0.950495;AO=239;DP=304;FAO=288;FDP=303;FR=.;FRO=15;FSAF=137;FSAR=151;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00158078;FXX=0.0098036;HRUN=1;LEN=2;MLLD=251.82;QD=55.6687;RBI=0.0315105;REFB=-0.0221393;REVB=0.0314708;RO=14;SAF=133;SAR=106;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136135;STB=0.503757;STBP=0.585;TYPE=mnp;VARB=0.00114671;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:304:303:14:15:239:288:0.950495:106:133:6:8:151:137:6:9 chr11 85195226 . T C 2319.43 PASS AF=0.951807;AO=158;DP=167;FAO=158;FDP=166;FR=.;FRO=8;FSAF=80;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.011754;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.293;QD=55.8899;RBI=0.0122577;REFB=-0.00250378;REVB=0.00347754;RO=8;SAF=80;SAR=78;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120219;STB=0.506328;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000100812;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:167:166:8:8:158:158:0.951807:78:80:3:5:78:80:3:5 chr11 85195278 . TCT TCC,TT,TTC 490.56 PASS AF=0.219512,0.609756,0.0731707;AO=9,25,3;DP=42;FAO=9,25,3;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=0,0,0;FSAR=9,25,3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0,0,0;FXX=0.0238039;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=247.908,266.667,263.84;QD=47.8594;RBI=0.00398991,0.0049987,0.00165298;REFB=-0.0937311,-0.114939,-0.107758;REVB=-0.00398991,0.0049987,0.00165298;RO=2;SAF=0,0,0;SAR=9,25,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0206745,-0.00174327,0.0345059;OID=.,.,.;OPOS=85195280,85195279,85195279;OREF=T,C,CT;OALT=C,-,TC;OMAPALT=TCC,TT,TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.219512,0.609756,0.0731707:9,25,3:42:9,25,3:41:4:0,0,0:9,25,3:0:4:67:2:0,0,0:9,25,3:0:2 chr11 85195283 . CA C,CC,CG 311.36 PASS AF=0.4,0.166667,0.3;AO=12,5,9;DP=31;FAO=12,5,9;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=0,0,0;FSAR=12,5,9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0,0,0;FXX=0.0322477;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=278.566,278.348,25.3671;QD=41.5146;RBI=0.00567987,0.00487056,0.0106927;REFB=-0.00235971,0.00345245,-0.00235378;REVB=-0.00567987,-0.00487056,-0.0106927;RO=4;SAF=0,0,0;SAR=12,5,9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00760521,0.0150976,-0.0329402;OID=.,.,.;OPOS=85195284,85195284,85195284;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.4,0.166667,0.3:12,5,9:31:12,5,9:30:4:0,0,0:12,5,9:0:4:75:4:0,0,0:12,5,9:0:4 chr11 85435730 . C T 2857.56 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.96;QD=62.8034;RBI=0.0746993;REFB=0;REVB=-0.0741406;RO=0;SAF=76;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70416e-05;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:182:0:0:181:182:1:105:76:0:0:105:77:0:0 chr11 85436352 . G A 3613.04 PASS AF=1;AO=228;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014168;FXX=0.0414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.851;QD=62.5635;RBI=0.0141717;REFB=0.0127276;REVB=-0.000321702;RO=2;SAF=123;SAR=105;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898914;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104738;OID=.;OPOS=85436352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:231:231:2:0:228:231:1:105:123:0:2:108:123:0:0 chr11 85436394 . T C 3235.35 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.122;QD=61.9206;RBI=0.0165724;REFB=0;REVB=0.0156361;RO=0;SAF=108;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44058e-06;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:204:209:0:0:203:209:1:95:108:0:0:100:109:0:0 chr11 85436500 . T C 1514.14 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410519;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.882;QD=63.7531;RBI=0.0448632;REFB=0;REVB=0.0180956;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14144e-05;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr11 85436699 . A G 2083.79 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.802;QD=62.6704;RBI=0.0420949;REFB=0;REVB=0.0383725;RO=0;SAF=45;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30903e-05;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:88:45:0:0:88:45:0:0 chr11 85436867 . AG A,AC 1702.71 PASS AF=0.155172,0.844828;AO=18,97;DP=119;FAO=18,98;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=5,44;FSAR=13,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328937,0.0046338;FXX=0.025208;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.525,140.18;QD=58.7143;RBI=0.00658341,0.0155833;REFB=0,0;REVB=0.00570275,0.0148784;RO=0;SAF=5,43;SAR=13,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.50386e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0237113,-0.00595782;OID=.,.;OPOS=85436868,85436868;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.155172,0.844828:18,97:119:18,98:116:0:5,44:13,54:0:0:78:0:5,43:13,54:0:0 chr11 85436870 . A C 44.06 PASS AF=0.117647;AO=20;DP=119;FAO=14;FDP=119;FR=.;FRO=105;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.014387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.6183;QD=1.48101;RBI=0.0390514;REFB=-0.0299624;REVB=0.0363046;RO=99;SAF=5;SAR=15;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266668;STB=0.719288;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.139502;OID=.;OPOS=85436870;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:119:119:99:105:20:14:0.117647:15:5:44:55:11:3:46:59 chr11 85437896 . A C,G 1126.41 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=5,71;DP=76;FAO=4,72;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=4,39;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200857,0.0231918;FXX=0.0256377;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.462,63.1776;QD=59.2847;RBI=0.0207495,0.0259398;REFB=0,0;REVB=0.00520652,-0.0116195;RO=0;SAF=5,39;SAR=0,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.026387,-0.00695114;OID=.,.;OPOS=85437896,85437896;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:76:76:0:0:5,71:4,72:0.0526316,0.947368:0,32:5,39:0:0:0,33:4,39:0:0 chr11 85447611 . T C 2454.59 PASS AF=0.993827;AO=159;DP=161;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0382685;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.109;QD=60.6073;RBI=0.0417364;REFB=-0.103021;REVB=0.0166568;RO=0;SAF=82;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000597979;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:162:0:1:159:161:0.993827:77:82:0:0:78:83:1:0 chr11 85456703 . T C 3202.03 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0609;QD=61.875;RBI=0.0145076;REFB=0;REVB=-0.00881958;RO=0;SAF=82;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00419e-06;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:207:0:0:207:207:1:125:82:0:0:125:82:0:0 chr11 85669593 . TAAAAAAAG TAAAAAAG,TAAAAAAGA,TAAAAAATG,TTAAAAAAG 67.33 PASS AF=0.516129,0,0.0967742,0;AO=6,3,2,2;DP=29;FAO=16,0,3,0;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=3,0,3,0;FSAR=13,0,0,0;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.148945,-0.44691,0.0420733,-0.0595341;FXX=0;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,2,1,1;MLLD=7.8233,12.3432,182.148,7.50957;QD=8.68768;RBI=0.233943,0.451506,0.0431444,0.0865935;REFB=-0.0888346,-0.0762237,-0.00492975,-0.11054;REVB=0.180401,0.064259,0.00955401,0.0628818;RO=10;SAF=0,3,2,0;SAR=6,0,0,2;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.685248,0.78742,0.759974,-0.463326;STB=0.514907,0.5,0.997777,0.5;STBP=0.923,1,0.011,1;TYPE=del,mnp,snp,snp;VARB=0.129368,0,0.0534778,-0.0382485;OID=.,.,.,.;OPOS=85669594,85669600,85669600,85669594;OREF=A,AG,A,A;OALT=-,GA,T,T;OMAPALT=TAAAAAAG,TAAAAAAGA,TAAAAAATG,TTAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516129,0,0.0967742,0:6,3,2,2:29:16,0,3,0:31:12:3,0,3,0:13,0,0,0:2:10:37:10:0,3,2,0:6,0,0,2:1:9 chr11 85692181 . A C 2471.37 PASS AF=0.993902;AO=161;DP=163;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0661757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.271;QD=60.2774;RBI=0.0744821;REFB=-0.0512321;REVB=-0.0341813;RO=1;SAF=91;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520042;STB=0.502673;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00147433;OID=.;OPOS=85692181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:164:1:1:161:163:0.993902:70:91:1:0:70:93:1:0 chr11 85718641 . T C 2204.92 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0837149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7653;QD=61.6762;RBI=0.0838998;REFB=0.0236942;REVB=-0.00556767;RO=2;SAF=69;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013581;STB=0.507142;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-5.75088e-06;OID=.;OPOS=85718641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:2:2:141:141:0.986014:72:69:2:0:72:69:2:0 chr11 85725937 . C T 1778.08 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.958;QD=60.789;RBI=0.0267582;REFB=0;REVB=0.0227454;RO=0;SAF=71;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08976e-05;OID=.;OPOS=85725937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:117:0:0:114:117:1:43:71:0:0:44:73:0:0 chr11 86098680 . T C 482.52 PASS AF=0.344828;AO=60;DP=174;FAO=60;FDP=174;FR=.;FRO=114;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=-0.0144049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8023;QD=11.0923;RBI=0.0144695;REFB=-0.00748588;REVB=0.0013657;RO=111;SAF=30;SAR=30;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255804;STB=0.517236;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0153624;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:111:114:60:60:0.344828:30:30:53:58:30:30:54:60 chr11 86267633 . C T 730.87 PASS AF=0.408867;AO=83;DP=203;FAO=83;FDP=203;FR=.;FRO=120;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=70;FWDB=0.00861798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.6;QD=14.4013;RBI=0.0212961;REFB=-0.00637736;REVB=0.0194745;RO=120;SAF=42;SAR=41;SRF=50;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094232;STB=0.55275;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00639538;OID=.;OPOS=86267633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:120:120:83:83:0.408867:41:42:50:70:41:42:50:70 chr11 86267714 . C A 947.16 PASS AF=0.460829;AO=100;DP=217;FAO=100;FDP=217;FR=.;FRO=117;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=48;FSRR=69;FWDB=0.00754357;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.108;QD=17.4592;RBI=0.0108445;REFB=0.00224194;REVB=-0.00779084;RO=116;SAF=44;SAR=56;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344816;STB=0.516332;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0023168;OID=.;OPOS=86267714;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:116:117:100:100:0.460829:56:44:47:69:56:44:48:69 chr11 86660886 . G A 2999.23 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.1;QD=63.4757;RBI=0.0206978;REFB=0;REVB=-0.00743082;RO=0;SAF=105;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25823e-05;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:189:0:0:189:189:1:84:105:0:0:84:105:0:0 chr11 86661046 . A T 31.01 PASS AF=0.0990991;AO=13;DP=108;FAO=11;FDP=111;FR=.;FRO=100;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=66;FWDB=0.00288618;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=37.5247;QD=1.1174;RBI=0.0251052;REFB=-0.00188163;REVB=-0.0249388;RO=90;SAF=12;SAR=1;SRF=28;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.672408;STB=0.876223;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0139179;OID=.;OPOS=86661046;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:108:111:90:100:13:11:0.0990991:1:12:28:62:2:9:34:66 chr11 86663042 . C T 340.83 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0134579;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.033;QD=13.4981;RBI=0.0144056;REFB=-0.014896;REVB=0.00513867;RO=60;SAF=15;SAR=25;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15273;STB=0.591893;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0154254;OID=.;OPOS=86663042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:60:61:40:40:0.39604:25:15:31:29:25:15:32:29 chr11 87013438 . G A 616.78 PASS AF=0.425926;AO=69;DP=163;FAO=69;FDP=162;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=-0.0302578;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.805;QD=15.2292;RBI=0.0307753;REFB=-0.00562147;REVB=-0.00562026;RO=93;SAF=28;SAR=41;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168435;STB=0.594176;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00570353;OID=.;OPOS=87013438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:93:93:69:69:0.425926:41:28:53:40:41:28:53:40 chr11 87032287 . G C 387.82 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0164974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.672;QD=18.4674;RBI=0.0319311;REFB=-0.0158153;REVB=-0.0273392;RO=44;SAF=19;SAR=21;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06609;STB=0.536842;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0143809;OID=.;OPOS=87032287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:21:19:24:20:21:19:24:20 chr11 87908448 . A G 5023.19 PASS AF=1;AO=323;DP=325;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427356;FXX=0.0123073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.39;QD=62.5943;RBI=0.0449544;REFB=0.0835687;REVB=-0.0139486;RO=1;SAF=167;SAR=156;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00304811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000747139;OID=.;OPOS=87908448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:325:321:1:0:323:321:1:156:167:0:1:154:167:0:0 chr11 87908563 . G A 667.8 PASS AF=0.386139;AO=78;DP=201;FAO=78;FDP=202;FR=.;FRO=124;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=0.0338835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2751;QD=13.2237;RBI=0.0386591;REFB=0.00663951;REVB=0.0186128;RO=123;SAF=35;SAR=43;SRF=57;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160879;STB=0.511771;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0094227;OID=.;OPOS=87908563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:123:124:78:78:0.386139:43:35:57:66:43:35:58:66 chr11 88045583 . A G 2492.2 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9861;QD=61.5358;RBI=0.0544933;REFB=0;REVB=-0.0506;RO=0;SAF=68;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214405;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:94:68:0:0:94:68:0:0 chr11 88242024 . T C,G 419.89 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=3,27;DP=30;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484902,-0.0283759;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.0336,147.043;QD=55.9858;RBI=0.0638269,0.0299368;REFB=0,0;REVB=-0.041504,-0.00954059;RO=0;SAF=3,17;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0196193,-0.000542345;OID=.,.;OPOS=88242024,88242024;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:3,27:2,28:0.0666667,0.933333:0,10:3,17:0:0:0,10:2,18:0:0 chr11 88645129 . T A 1134.93 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0207988;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=287.356;QD=56.7466;RBI=0.0224897;REFB=-0.112059;REVB=0.00855532;RO=1;SAF=17;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782418;STB=0.52365;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000346895;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:80:80:1:3:77:77:0.9625:60:17:0:1:60:17:2:1 chr11 89059612 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.442;QD=59.4356;RBI=0.0236004;REFB=0;REVB=-0.0151105;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95445e-05;OID=.;OPOS=89059612;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr11 89133449 . C T 2600.92 PASS AF=1;AO=167;DP=170;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176951;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.194;QD=61.9267;RBI=0.0185419;REFB=0;REVB=-0.0055392;RO=0;SAF=85;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02973e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297869;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:168:0:0:167:168:1:82:85:0:0:83:85:0:0 chr11 89224101 . G T 3129.4 PASS AF=0.994924;AO=195;DP=196;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000607452;FXX=0.0149993;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.387;QD=63.5411;RBI=0.0233179;REFB=0.0201731;REVB=0.02331;RO=1;SAF=82;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041961;STB=0.502202;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-1.46442e-06;OID=.;OPOS=89224101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:197:1:1:195:196:0.994924:113:82:0:1:113:83:0:1 chr11 89224131 . T TCTC 2177.0 PASS AF=1;AO=137;DP=159;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043283;FXX=0.0486077;HRUN=1;LEN=3;MLLD=271.527;QD=63.5621;RBI=0.0611554;REFB=0;REVB=0.0610021;RO=18;SAF=51;SAR=86;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.74956e-05;OID=.;OPOS=89224132;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:137:159:137:137:0:51:86:0:0:11:18:51:86:10:8 chr11 89413781 . C G 178.89 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0328835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.985;QD=12.5534;RBI=0.0329981;REFB=-0.0194252;REVB=0.00274709;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129517;STB=0.580576;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0356233;OID=.;OPOS=89413781;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:13:9:10:24:13:9:10:25 chr11 89413850 . C T 219.18 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.00919249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.774;QD=13.9164;RBI=0.0570757;REFB=0.00554236;REVB=-0.0563306;RO=37;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198142;STB=0.611823;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00734027;OID=.;OPOS=89413850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:15:11:9:28:15:11:9:28 chr11 89443808 . A C 162.94 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0633447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1143;QD=13.0353;RBI=0.0665685;REFB=0.0275136;REVB=-0.020465;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778687;STB=0.545405;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0492355;OID=.;OPOS=89443808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:8:10:20:12:8:10:20:12 chr11 89444622 . GA G 47.26 PASS AF=0.35;AO=18;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0834823;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.0412;QD=3.1508;RBI=0.100507;REFB=-0.0398642;REVB=0.0559673;RO=32;SAF=2;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529879;STB=0.735221;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.0152649;OID=.;OPOS=89444623;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:18:61:21:60:39:3:18:16:23:47:32:2:16:16:16 chr11 89531540 . C T 2373.39 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.122;QD=63.2903;RBI=0.0285283;REFB=-0.0491119;REVB=0.00974646;RO=1;SAF=70;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674643;STB=0.503546;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=9.93612e-05;OID=.;OPOS=89531540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:1:1:149:149:0.993333:79:70:1:0:79:70:1:0 chr11 89604073 . C T 694.33 PASS AF=0.206239;AO=119;DP=575;FAO=119;FDP=577;FR=.;FRO=458;FSAF=44;FSAR=75;FSRF=193;FSRR=265;FWDB=0.0558551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7063;QD=4.81339;RBI=0.0571513;REFB=-0.00403156;REVB=-0.0121031;RO=456;SAF=44;SAR=75;SRF=192;SRR=264;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693947;STB=0.542989;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0164637;OID=.;OPOS=89604073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:575:577:456:458:119:119:0.206239:75:44:192:264:75:44:193:265 chr11 89774236 . C G 444.49 PASS AF=0.719298;AO=40;DP=57;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.114346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7228;QD=31.1921;RBI=0.116923;REFB=0.0069185;REVB=-0.0244091;RO=16;SAF=10;SAR=30;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926896;STB=0.553751;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00333444;OID=.;OPOS=89774236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:16:16:40:41:0.719298:30:10:2:14:30:11:2:14 chr11 89774397 . T C 121.64 PASS AF=0.183333;AO=22;DP=120;FAO=22;FDP=120;FR=.;FRO=98;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=0.0342835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7324;QD=4.05477;RBI=0.0456827;REFB=0.00496819;REVB=0.0301918;RO=97;SAF=11;SAR=11;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721909;STB=0.541629;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.0119289;OID=.;OPOS=89774397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:97:98:22:22:0.183333:11:11:43:54:11:11:44:54 chr11 89774448 . G A 253.71 PASS AF=0.221622;AO=36;DP=179;FAO=41;FDP=185;FR=.;FRO=144;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=0.00734978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8277;QD=5.48567;RBI=0.0419888;REFB=-0.00180165;REVB=0.0413405;RO=143;SAF=22;SAR=14;SRF=62;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224879;STB=0.613884;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0091705;OID=.;OPOS=89774448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:185:143:144:36:41:0.221622:14:22:62:81:17:24:63:81 chr11 89774540 . C A 516.11 PASS AF=0.285141;AO=70;DP=251;FAO=71;FDP=249;FR=.;FRO=178;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=84;FSRR=94;FWDB=0.0116464;FXX=0.00796781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4103;QD=8.29092;RBI=0.0297125;REFB=0.0175282;REVB=0.0273349;RO=180;SAF=43;SAR=27;SRF=86;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168504;STB=0.606348;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0457728;OID=.;OPOS=89774540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:249:180:178:70:71:0.285141:27:43:86:94:27:44:84:94 chr11 89868755 . G A 540.27 PASS AF=0.406897;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=145;FR=.;FRO=86;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.0267736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0191;QD=14.904;RBI=0.107974;REFB=0.00128996;REVB=-0.104602;RO=82;SAF=22;SAR=37;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586822;STB=0.528562;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00224731;OID=.;OPOS=89868755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:82:86:59:59:0.406897:37:22:35:47:37:22:36:50 chr11 89880604 . G A 505.53 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0185917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.096;QD=20.2214;RBI=0.022449;REFB=-0.00384289;REVB=-0.012582;RO=51;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200286;STB=0.511107;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00525411;OID=.;OPOS=89880604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:27:22:24:27:27:22:24:27 chr11 89916080 . G C 851.05 PASS AF=0.438679;AO=93;DP=211;FAO=93;FDP=212;FR=.;FRO=119;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=-0.0122734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.945;QD=16.0575;RBI=0.0188365;REFB=0.00629989;REVB=-0.0142891;RO=111;SAF=47;SAR=46;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00970012;STB=0.519517;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0102347;OID=.;OPOS=89916080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:111:119:93:93:0.438679:46:47:55:56:46:47:56:63 chr11 89935586 . G T 635.9 PASS AF=0.366667;AO=77;DP=211;FAO=77;FDP=210;FR=.;FRO=133;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=67;FSRR=66;FWDB=-0.0198889;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.649;QD=12.1124;RBI=0.0403096;REFB=-0.0134712;REVB=-0.0350614;RO=132;SAF=35;SAR=42;SRF=67;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591869;STB=0.531242;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0224369;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:132:133:77:77:0.366667:42:35:67:65:42:35:67:66 chr11 89939448 . G A 172.42 PASS AF=0.360656;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0252461;FXX=0.031741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4431;QD=11.3063;RBI=0.0801678;REFB=-0.00180318;REVB=-0.0760889;RO=39;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205694;STB=0.645128;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0106167;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:39:39:21:22:0.360656:9:12:15:24:9:13:14:25 chr11 89955872 . A G 161.83 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0011885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.323;QD=10.7884;RBI=0.00563884;REFB=-0.0187346;REVB=-0.00551217;RO=35;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410746;STB=0.507147;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0437778;OID=.;OPOS=89955872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:39:21:21:0.35:10:11:17:18:10:11:20:19 chr11 91545212 . C G 767.67 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.002;QD=56.8646;RBI=0.148617;REFB=0;REVB=0.147902;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157574;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:30:20:0:0:34:20:0:0 chr11 92088176 . ACT ATT,CTG 425.29 PASS AF=0.480392,0;AO=35,4;DP=98;FAO=49,0;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=27,0;FSAR=22,0;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00305201,-0.0164637;FXX=0.0097078;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=131.264,136.955;QD=16.6781;RBI=0.00716564,0.102127;REFB=-0.0183902,-0.00224838;REVB=-0.00648318,-0.100791;RO=43;SAF=23,0;SAR=12,4;SRF=22;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.149513,-0.561859;STB=0.560678,0.5;STBP=0.256,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0148421,0.082502;OID=.,.;OPOS=92088177,92088176;OREF=C,ACT;OALT=T,CTG;OMAPALT=ATT,CTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:43:53:35,4:49,0:0.480392,0:12,4:23,0:22:21:22,0:27,0:23:30 chr11 92258088 . AT A,ATT,TT 49.29 PASS AF=0.375,0,0.0178571;AO=19,7,2;DP=56;FAO=21,0,1;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=7,0,0;FSAR=14,0,1;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0507928,-0.0615775,-0.0338934;FXX=0;HRUN=7,7,2;LEN=1,1,1;MLLD=6.84404,6.12964,25.7678;QD=3.5208;RBI=0.0515844,0.0617502,0.0442003;REFB=-0.0812416,0.0595211,0.0158185;REVB=-0.00900226,-0.00461417,-0.0283709;RO=25;SAF=6,3,0;SAR=13,4,2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.285815,-0.201036,-0.529207;STB=0.60749,0.5,0.989905;STBP=0.226,1,0.462;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.0877832,-0.00513224,-0.062147;OID=.,.,.;OPOS=92258089,92258089,92258088;OREF=T,-,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=A,ATT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:56:56:25:34:19,7,2:21,0,1:0.375,0,0.0178571:13,4,2:6,3,0:15:10:14,0,1:7,0,0:17:17 chr11 92531356 . A G 770.25 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236013;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.835;QD=64.188;RBI=0.00932662;REFB=0;REVB=0.00902306;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218744;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112959;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:1:0:48:48:1:27:21:1:0:27:21:0:0 chr11 92532677 . T C 609.9 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3772;QD=60.9897;RBI=0.118366;REFB=0;REVB=0.0238859;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218563;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:1:0:36:40:1:20:16:1:0:21:19:0:0 chr11 92534442 . A G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.369;QD=57.1046;RBI=0.0289535;REFB=0;REVB=-0.000612031;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8415e-05;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr11 92590448 . A G 4120.13 PASS AF=0.992565;AO=262;DP=264;FAO=267;FDP=269;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0144415;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.319;QD=61.2658;RBI=0.0211865;REFB=-0.0127616;REVB=0.015502;RO=2;SAF=123;SAR=139;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680977;STB=0.503448;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000142744;OID=.;OPOS=92590448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:264:269:2:2:262:267:0.992565:139:123:0:2:144:123:0:2 chr11 92623877 . G A 1379.99 PASS AF=0.536885;AO=130;DP=244;FAO=131;FDP=244;FR=.;FRO=113;FSAF=73;FSAR=58;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=0.0204529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.451;QD=22.6227;RBI=0.0207621;REFB=-0.0128041;REVB=-0.00356988;RO=113;SAF=73;SAR=57;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791833;STB=0.541006;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00977895;OID=.;OPOS=92623877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:113:113:130:131:0.536885:57:73:53:60:58:73:53:60 chr11 92625944 . G T 384.26 PASS AF=0.370968;AO=47;DP=125;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=-0.0153577;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.87;QD=12.3955;RBI=0.0155855;REFB=-0.00318143;REVB=-0.00265495;RO=74;SAF=17;SAR=30;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121374;STB=0.507172;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00496067;OID=.;OPOS=92625944;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:74:78:47:46:0.370968:30:17:26:48:29:17:28:50 chr11 92627848 . A G 3471.73 PASS AF=1;AO=222;DP=226;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150499;FXX=0.0263146;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.471;QD=62.5536;RBI=0.0196953;REFB=-0.0540556;REVB=0.0127045;RO=0;SAF=97;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68898e-05;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:226:222:0:0:222:222:1:125:97:0:0:125:97:0:0 chr11 92629118 . T A 57.38 PASS AF=0.0983607;AO=12;DP=122;FAO=12;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=105;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=66;FWDB=0.00274439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.2655;QD=1.88126;RBI=0.0519034;REFB=-0.00646614;REVB=-0.0518308;RO=102;SAF=6;SAR=6;SRF=36;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179629;STB=0.615203;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0461203;OID=.;OPOS=92629118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:122:122:102:105:12:12:0.0983607:6:6:36:66:6:6:39:66 chr11 92629305 . C T 1000.74 PASS AF=0.542373;AO=96;DP=176;FAO=96;FDP=177;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.0241391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2814;QD=22.6156;RBI=0.0433167;REFB=-0.0156025;REVB=-0.0359673;RO=80;SAF=35;SAR=61;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204568;STB=0.514927;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.01366;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:80:81:96:96:0.542373:61:35:31:49:61:35:32:49 chr11 92629599 . G A 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0345534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9227;QD=14.659;RBI=0.0484342;REFB=-0.0305979;REVB=-0.0339402;RO=17;SAF=1;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469227;STB=0.784474;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00686068;OID=.;OPOS=92629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:12:1:6:11:12:1:6:11 chr11 92718127 . G C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.278;QD=60.5467;RBI=0.0306403;REFB=0;REVB=-0.00409171;RO=0;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61275e-05;OID=.;OPOS=92718127;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:51:24:0:0:51:24:0:0 chr11 93141580 . C A 351.73 PASS AF=0.40625;AO=30;DP=89;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0161635;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.732;QD=14.6552;RBI=0.0195885;REFB=-0.0123996;REVB=-0.0110658;RO=52;SAF=9;SAR=21;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212582;STB=0.554427;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0198354;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:96:52:57:30:39:0.40625:21:9:25:27:24:15:27:30 chr11 93211736 . T C 459.47 PASS AF=0.369128;AO=55;DP=152;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00216854;FXX=0.0197355;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.87;QD=12.3348;RBI=0.0206065;REFB=0.00253065;REVB=0.0204921;RO=94;SAF=30;SAR=25;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205938;STB=0.51171;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00469642;OID=.;OPOS=93211736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:149:94:94:55:55:0.369128:25:30:53:41:25:30:53:41 chr11 93211764 . A G 2476.34 PASS AF=0.993865;AO=161;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6518;QD=60.7692;RBI=0.0531517;REFB=-0.0958006;REVB=0.0393767;RO=1;SAF=86;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550097;STB=0.502857;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000613359;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:1:1:161:162:0.993865:75:86:1:0:75:87:1:0 chr11 93212254 . C T 3172.6 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.275;QD=64.093;RBI=0.0246825;REFB=0;REVB=-0.00670461;RO=0;SAF=98;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89304e-05;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:198:0:0:197:198:1:99:98:0:0:99:99:0:0 chr11 93400796 . C T 1567.86 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.631;QD=63.9942;RBI=0.0341962;REFB=0;REVB=0.00561708;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47835e-05;OID=.;OPOS=93400796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:47:49:0:0:48:50:0:0 chr11 93402006 . A G 1507.42 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0578441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.235;QD=58.5407;RBI=0.0598952;REFB=-0.0759549;REVB=0.0155401;RO=0;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000298589;OID=.;OPOS=93402006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:103:0:1:100:102:0.990291:62:38:0:0:63:39:0:1 chr11 93402096 . C A 489.9 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.272;QD=55.9887;RBI=0.0153914;REFB=-0.0384556;REVB=-0.010577;RO=1;SAF=9;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490904;STB=0.523795;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00103338;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:24:9:1:0:24:10:1:0 chr11 93408831 . G A 1319.04 PASS AF=1;AO=84;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03251;FXX=0.0333296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.064;QD=60.6457;RBI=0.0379453;REFB=0;REVB=-0.0195689;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21997e-05;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:87:0:0:84:87:1:52:32:0:0:54:33:0:0 chr11 93425159 . C A 3827.35 PASS AF=1;AO=239;DP=241;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164908;FXX=0.00826412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8832;QD=63.7891;RBI=0.0166214;REFB=0;REVB=-0.00207967;RO=0;SAF=106;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4928e-05;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:240:0:0:239:240:1:133:106:0:0:133:107:0:0 chr11 93431930 . AC A,AA 1141.48 PASS AF=0.0131579,0.986842;AO=24,52;DP=76;FAO=1,75;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=1,36;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425314,0.0407484;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=276.684,285.412;QD=60.0778;RBI=0.0496109,0.0501302;REFB=0,0;REVB=0.0255405,0.0291995;RO=0;SAF=16,21;SAR=8,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.93989e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000867211,0.00294056;OID=.,.;OPOS=93431931,93431931;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0131579,0.986842:24,52:76:1,75:76:0:1,36:0,39:0:0:5:0:16,21:8,31:0:0 chr11 93460160 . A C 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00207306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.73;QD=58.2428;RBI=0.015913;REFB=0.0175324;REVB=-0.0157774;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000468476;OID=.;OPOS=93460160;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:16:23:1:0:16:23:1:0 chr11 93474570 . T A,TGCGTGA 4708.22 PASS AF=0.0502793,0.879888;AO=18,303;DP=363;FAO=18,315;FDP=358;FR=.;FRO=25;FSAF=16,151;FSAR=2,164;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=0.00113753,-0.0272508;FXX=0.0055554;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=68.786,197.589;QD=52.6059;RBI=0.00834417,0.027805;REFB=-0.0398567,-0.0130187;REVB=0.00826627,0.00552374;RO=28;SAF=16,148;SAR=2,155;SRF=24;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0776266,-0.0592267;STB=0.564627,0.526503;STBP=0.661,0.003;TYPE=snp,ins;VARB=0.0302804,-0.000297733;OID=.,.;OPOS=93474570,93474571;OREF=T,-;OALT=A,GCGTGA;OMAPALT=A,TGCGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:363:358:28:25:18,303:18,315:0.0502793,0.879888:2,155:16,148:24:4:2,164:16,151:21:4 chr11 93517874 . C G 4845.57 PASS AF=1;AO=249;DP=290;FAO=313;FDP=313;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=131;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905514;FXX=0.00318461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.18;QD=61.9242;RBI=0.0933341;REFB=0;REVB=0.0226207;RO=0;SAF=84;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481011;OID=.;OPOS=93517874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:290:313:0:0:249:313:1:165:84:0:0:182:131:0:0 chr11 93517886 . G C 4281.61 PASS AF=1;AO=270;DP=271;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316995;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2685;QD=62.9649;RBI=0.0319513;REFB=0;REVB=0.00400372;RO=0;SAF=121;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7494e-05;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:271:272:0:0:270:272:1:149:121:0:0:151:121:0:0 chr11 93523473 . A T 337.03 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0211221;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.428;QD=16.0491;RBI=0.0253429;REFB=-0.0105247;REVB=0.0140042;RO=43;SAF=13;SAR=23;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12814;STB=0.556585;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0136882;OID=.;OPOS=93523473;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:47:36:37:0.440476:23:13:21:22:24:13:21:26 chr11 93754621 . C T 795.45 PASS AF=0.366412;AO=95;DP=261;FAO=96;FDP=262;FR=.;FRO=166;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=92;FSRR=74;FWDB=0.00311116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.453;QD=12.1442;RBI=0.0349271;REFB=-0.00111964;REVB=-0.0347883;RO=166;SAF=51;SAR=44;SRF=92;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196414;STB=0.508016;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00208508;OID=.;OPOS=93754621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:166:166:95:96:0.366412:44:51:92:74:44:52:92:74 chr11 93797619 . A G 1311.17 PASS AF=0.930693;AO=93;DP=100;FAO=94;FDP=101;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0257486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4474;QD=51.9277;RBI=0.0790588;REFB=-0.0292535;REVB=0.0747483;RO=7;SAF=39;SAR=54;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588821;STB=0.531223;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00135898;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:100:101:7:7:93:94:0.930693:54:39:6:1:55:39:6:1 chr11 93844704 . C T 227.12 PASS AF=0.266129;AO=33;DP=124;FAO=33;FDP=124;FR=.;FRO=91;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=-0.00722588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6445;QD=7.32644;RBI=0.0282584;REFB=-0.00442397;REVB=-0.0273189;RO=89;SAF=15;SAR=18;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103469;STB=0.569301;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.020797;OID=.;OPOS=93844704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:89:91:33:33:0.266129:18:15:48:41:18:15:50:41 chr11 93845511 . A G 2132.51 PASS AF=0.985612;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0294159;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.947;QD=61.3672;RBI=0.0371156;REFB=-0.0336761;REVB=0.0226334;RO=1;SAF=68;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684033;STB=0.500053;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=1.1637e-05;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:139:1:2:137:137:0.985612:69:68:0:1:69:68:1:1 chr11 93862493 . A C 5340.14 PASS AF=1;AO=337;DP=338;FAO=338;FDP=338;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747693;FXX=0.00294977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1672;QD=63.1969;RBI=0.0800301;REFB=0.0165916;REVB=-0.0285372;RO=0;SAF=170;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252789;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:338:338:0:0:337:338:1:167:170:0:0:167:171:0:0 chr11 94225807 . C T 471.08 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.00430542;FXX=0.0309246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.399;QD=20.0458;RBI=0.00432211;REFB=-0.00276568;REVB=0.000379467;RO=48;SAF=29;SAR=17;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788544;STB=0.543636;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00256654;OID=.;OPOS=94225807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:48:48:46:46:0.489362:17:29:34:14:17:29:34:14 chr11 94225920 . C T 563.7 PASS AF=0.401235;AO=65;DP=164;FAO=65;FDP=162;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=72;FWDB=-0.0206574;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2996;QD=13.9184;RBI=0.0270034;REFB=-0.0047446;REVB=-0.0173913;RO=95;SAF=16;SAR=49;SRF=25;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238291;STB=0.509249;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00649262;OID=.;OPOS=94225920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:95:97:65:65:0.401235:49:16:25:70:49:16:25:72 chr11 94231257 . C G 208.01 PASS AF=0.310345;AO=26;DP=86;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.010587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.5;QD=9.56353;RBI=0.0168862;REFB=-0.00960423;REVB=0.0131552;RO=58;SAF=7;SAR=19;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149318;STB=0.612559;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0297017;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:58:60:26:27:0.310345:19:7:22:36:20:7:24:36 chr11 94245740 . A G 1640.57 PASS AF=0.486647;AO=164;DP=335;FAO=164;FDP=337;FR=.;FRO=173;FSAF=58;FSAR=106;FSRF=66;FSRR=107;FWDB=-0.013306;FXX=0.00589953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.907;QD=19.4726;RBI=0.0246947;REFB=-0.0148895;REVB=-0.0208033;RO=171;SAF=58;SAR=106;SRF=66;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032486;STB=0.51549;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0157359;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:337:171:173:164:164:0.486647:106:58:66:105:106:58:66:107 chr11 94261255 . C G 767.01 PASS AF=0.431579;AO=82;DP=190;FAO=82;FDP=190;FR=.;FRO=108;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=70;FWDB=0.0239053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.102;QD=16.1477;RBI=0.023931;REFB=-0.0045435;REVB=0.00110954;RO=108;SAF=41;SAR=41;SRF=38;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151453;STB=0.584191;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0069943;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:108:108:82:82:0.431579:41:41:38:70:41:41:38:70 chr11 94602414 . C T 253.5 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=0.0421136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.565;QD=17.4825;RBI=0.0426183;REFB=-0.00788384;REVB=0.00653948;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=2;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359763;STB=0.682432;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0093104;OID=.;OPOS=94602414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:16:12:2:27:16:12:3:27 chr11 94699507 . A AT 2329.24 PASS AF=1;AO=192;DP=219;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456775;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.1848;QD=43.5372;RBI=0.0573337;REFB=0;REVB=0.0346514;RO=9;SAF=92;SAR=100;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031437;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000650654;OID=.;OPOS=94699508;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:192:219:214:214:0:105:109:0:0:45:9:92:100:1:8 chr11 94731759 . G A 257.95 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0148265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5567;QD=13.9433;RBI=0.0166802;REFB=-0.00397211;REVB=-0.00764234;RO=44;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00340999;STB=0.50194;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00776532;OID=.;OPOS=94731759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:19:11:16:28:19:11:16:28 chr11 94758838 . C T 590.39 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00807738;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.46;QD=20.1843;RBI=0.027342;REFB=0.000882835;REVB=0.0261216;RO=56;SAF=23;SAR=37;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196915;STB=0.61258;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.001008;OID=.;OPOS=94758838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:56:57:60:60:0.512821:37:23:34:22:37:23:35:22 chr11 94759059 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.276;QD=40.7629;RBI=0.0371106;REFB=0;REVB=-0.0123344;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033854;OID=.;OPOS=94759059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr11 94759282 . C T 107.71 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=98;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0448516;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.84;QD=4.44173;RBI=0.0526396;REFB=0.0163166;REVB=-0.0275546;RO=80;SAF=6;SAR=12;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106613;STB=0.573445;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0457411;OID=.;OPOS=94759282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:80:79:18:18:0.185567:12:6:33:47:12:6:33:46 chr11 94759291 . A G 112.07 PASS AF=0.184466;AO=19;DP=103;FAO=19;FDP=103;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.00437291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.318;QD=4.35229;RBI=0.00674183;REFB=0.00441886;REVB=0.00513127;RO=83;SAF=6;SAR=13;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127924;STB=0.588853;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0233754;OID=.;OPOS=94759291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:83:84:19:19:0.184466:13:6:34:49:13:6:35:49 chr11 94759494 . T C 659.05 PASS AF=0.462069;AO=67;DP=146;FAO=67;FDP=145;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.0186122;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2136;QD=18.1806;RBI=0.0228548;REFB=-0.00323034;REVB=0.0132638;RO=75;SAF=30;SAR=37;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724118;STB=0.534581;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00524281;OID=.;OPOS=94759494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:75:78:67:67:0.462069:37:30:28:47:37:30:30:48 chr11 94800902 . G GC 3090.2 PASS AF=1;AO=256;DP=271;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.162257;FXX=0.0187963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.4326;QD=47.3594;RBI=0.166163;REFB=0;REVB=0.0358139;RO=10;SAF=118;SAR=138;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116019;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000482645;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:256:271:261:261:0:121:140:0:0:57:10:118:138:3:7 chr11 94802776 . G C 526.88 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00971853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.027;QD=20.2647;RBI=0.014583;REFB=-0.000504884;REVB=0.0108727;RO=48;SAF=27;SAR=27;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356266;STB=0.519224;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.000451989;OID=.;OPOS=94802776;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:50:54:54:0.519231:27:27:26:22:27:27:27:23 chr11 94861697 . G C 1043.36 PASS AF=0.5;AO=106;DP=212;FAO=106;FDP=212;FR=.;FRO=106;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=44;FSRR=62;FWDB=-0.00286738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.171;QD=19.6859;RBI=0.0495777;REFB=-0.0200986;REVB=-0.0494947;RO=105;SAF=48;SAR=58;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397836;STB=0.519102;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0171515;OID=.;OPOS=94861697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:105:106:106:106:0.5:58:48:43:62:58:48:44:62 chr11 94862577 . G T 1821.0 PASS AF=0.479275;AO=185;DP=386;FAO=185;FDP=386;FR=.;FRO=201;FSAF=81;FSAR=104;FSRF=96;FSRR=105;FWDB=-0.13623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.102;QD=18.8704;RBI=0.137581;REFB=0.00149425;REVB=0.0192341;RO=199;SAF=81;SAR=104;SRF=94;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329183;STB=0.520925;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00161351;OID=.;OPOS=94862577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:386:199:201:185:185:0.479275:104:81:94:105:104:81:96:105 chr11 94863961 . A AT,T 123.11 PASS AF=0.396341,0;AO=50,8;DP=171;FAO=65,0;FDP=164;FR=.;FRO=99;FSAF=34,0;FSAR=31,0;FSRF=64;FSRR=35;FWDB=-0.0691591,-0.0127607;FXX=0;HRUN=7,4;LEN=1,1;MLLD=6.87292,18.4675;QD=3.00278;RBI=0.119916,0.0937145;REFB=-0.138467,-0.0517644;REVB=0.0979631,0.0928416;RO=101;SAF=37,1;SAR=13,7;SRF=62;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.170563,-0.497681;STB=0.575139,0.5;STBP=0.132,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.148364,-0.0313592;OID=.,.;OPOS=94863962,94863961;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:164:101:99:50,8:65,0:0.396341,0:13,7:37,1:62:39:31,0:34,0:64:35 chr11 94906282 . CAAAAAAAAAAAAAC ACAAAAAAAAAAAAC,CAAAAAAAAAAAACA,CAAAACAAAAAAAAAC,CAAACAAAAAAAAAC,CAAACAAAAAAAACA 183.59 PASS AF=0,0.483871,0.0645161,0.451613,0;AO=2,4,4,7,2;DP=35;FAO=0,15,2,14,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,1,5,0;FSAR=0,15,1,9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301078,0.185269,-0.00132651,-0.00164228,-0.0062931;FXX=0.0605877;HRUN=1,13,0,13,13;LEN=2,2,1,1,11;MLLD=5.56875,3.94033,219.499,225.481,225.01;QD=23.6894;RBI=0.529814,0.545657,0.0714645,0.0673746,0.0684024;REFB=-0.54213,-0.745601,-0.0979318,-0.0954185,-0.10075;REVB=-0.528958,-0.513241,-0.0714522,-0.0673546,-0.0681123;RO=0;SAF=0,0,1,2,1;SAR=2,4,3,5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,-4.86674e-08,-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,ins,snp,mnp;VARB=0,-0.166571,0.0142756,0.0305792,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=94906282,94906295,94906287,94906286,94906286;OREF=CA,AC,-,A,AAAAAAAAAAC;OALT=AC,CA,C,C,CAAAAAAAACA;OMAPALT=ACAAAAAAAAAAAAC,CAAAAAAAAAAAACA,CAAAACAAAAAAAAAC,CAAACAAAAAAAAAC,CAAACAAAAAAAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:64:35:31:0:0:2,4,4,7,2:0,15,2,14,0:0,0.483871,0.0645161,0.451613,0:2,4,3,5,1:0,0,1,2,1:0:0:0,15,1,9,0:0,0,1,5,0:0:0 chr11 94963937 . G A 1465.71 PASS AF=0.52381;AO=136;DP=267;FAO=143;FDP=273;FR=.;FRO=130;FSAF=49;FSAR=94;FSRF=52;FSRR=78;FWDB=-0.0278899;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0766;QD=21.4756;RBI=0.0558492;REFB=-0.0327234;REVB=0.0483868;RO=129;SAF=49;SAR=87;SRF=52;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407456;STB=0.529736;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0448113;OID=.;OPOS=94963937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:273:129:130:136:143:0.52381:87:49:52:77:94:49:52:78 chr11 95825383 . C T 420.93 PASS AF=0.605634;AO=36;DP=63;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=-0.0659792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.374;QD=23.7145;RBI=0.210601;REFB=-0.0428663;REVB=0.199999;RO=26;SAF=4;SAR=32;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633906;STB=0.863729;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0194917;OID=.;OPOS=95825383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:71:26:28:36:43:0.605634:32:4:22:4:39:4:24:4 chr11 96116444 . T C 368.41 PASS AF=0.610169;AO=35;DP=58;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00261169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.572;QD=24.9772;RBI=0.0304502;REFB=-0.00725483;REVB=0.0303379;RO=22;SAF=21;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135684;STB=0.586618;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00431538;OID=.;OPOS=96116444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:22:23:35:36:0.610169:14:21:9:13:14:22:9:14 chr11 96126603 . ATTGAAACTACT A 40.22 PASS AF=0.16092;AO=12;DP=89;FAO=14;FDP=87;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0110453;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=11;MLLD=275.85;QD=1.84913;RBI=0.0146139;REFB=-0.00307471;REVB=-0.00956906;RO=57;SAF=6;SAR=6;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120762;STB=0.540173;STBP=0.76;TYPE=del;VARB=0.0168011;OID=.;OPOS=96126604;OREF=TTGAAACTACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16092:12:89:14:87:73:7:7:40:33:40:57:6:6:34:23 chr11 97716872 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.506;QD=56.1916;RBI=0.108065;REFB=0;REVB=0.0306839;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370643;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr11 99690286 . T G 264.31 PASS AF=0.3;AO=36;DP=120;FAO=36;FDP=120;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.00497794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.24;QD=8.81037;RBI=0.00616439;REFB=0.00288128;REVB=-0.00363591;RO=83;SAF=11;SAR=25;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908178;STB=0.550286;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00572315;OID=.;OPOS=99690286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:83:84:36:36:0.3:25:11:31:52:25:11:31:53 chr11 99690428 . T G 107.38 PASS AF=0.159091;AO=21;DP=133;FAO=21;FDP=132;FR=.;FRO=111;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=0.003156;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.75;QD=3.25399;RBI=0.0530587;REFB=-0.007041;REVB=-0.0529648;RO=110;SAF=15;SAR=6;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33894;STB=0.720222;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0471148;OID=.;OPOS=99690428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:110:111:21:21:0.159091:6:15:49:61:6:15:50:61 chr11 99690461 . A G 54.92 PASS AF=0.113043;AO=13;DP=115;FAO=13;FDP=115;FR=.;FRO=102;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=64;FWDB=0.0272351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.152;QD=1.91032;RBI=0.0277045;REFB=-0.000703218;REVB=0.00507798;RO=102;SAF=9;SAR=4;SRF=38;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373316;STB=0.764632;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00496194;OID=.;OPOS=99690461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:115:115:102:102:13:13:0.113043:4:9:38:64:4:9:38:64 chr11 100126536 . G A 975.52 PASS AF=0.476636;AO=99;DP=209;FAO=102;FDP=214;FR=.;FRO=112;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.0329902;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.882;QD=18.2341;RBI=0.0339554;REFB=0.00229405;REVB=-0.00803834;RO=106;SAF=41;SAR=58;SRF=61;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151457;STB=0.579135;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00200539;OID=.;OPOS=100126536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:214:106:112:99:102:0.476636:58:41:61:45:60:42:63:49 chr11 100226883 . T A 2158.33 PASS AF=0.972603;AO=140;DP=147;FAO=142;FDP=146;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.023785;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.632;QD=59.1324;RBI=0.0566425;REFB=-0.183712;REVB=0.0514066;RO=1;SAF=73;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704382;STB=0.514083;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00420094;OID=.;OPOS=100226883;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:147:146:1:4:140:142:0.972603:67:73:0:1:69:73:0:4 chr11 100512794 . G A 751.52 PASS AF=0.424084;AO=81;DP=191;FAO=81;FDP=191;FR=.;FRO=110;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=-0.000821629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5378;QD=15.7385;RBI=0.0544098;REFB=0.0177012;REVB=0.0544036;RO=109;SAF=37;SAR=44;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867429;STB=0.550982;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0200865;OID=.;OPOS=100512794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:109:110:81:81:0.424084:44:37:59:50:44:37:60:50 chr11 100792335 . G A 315.62 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.016365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.604;QD=17.5346;RBI=0.0175228;REFB=0.0110233;REVB=0.00626365;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101864;STB=0.55697;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0103671;OID=.;OPOS=100792335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:18:16:22:16:18:16:22:16 chr11 100814570 . A G 1038.22 PASS AF=0.486239;AO=106;DP=221;FAO=106;FDP=218;FR=.;FRO=112;FSAF=39;FSAR=67;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.00392688;FXX=0.013574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.409;QD=19.0499;RBI=0.00622434;REFB=0.00594986;REVB=0.00482929;RO=111;SAF=39;SAR=67;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114321;STB=0.561036;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00621643;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:218:111:112:106:106:0.486239:67:39:54:57:67:39:54:58 chr11 100830579 . G A 509.14 PASS AF=0.376543;AO=61;DP=163;FAO=61;FDP=162;FR=.;FRO=101;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=66;FWDB=-0.0289486;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7894;QD=12.5714;RBI=0.0291907;REFB=0.0010115;REVB=0.00375195;RO=101;SAF=25;SAR=36;SRF=35;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731966;STB=0.541388;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00209493;OID=.;OPOS=100830579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:101:101:61:61:0.376543:36:25:35:66:36:25:35:66 chr11 100846936 . A G 699.05 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0377977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.697;QD=54.8278;RBI=0.0386212;REFB=-0.102253;REVB=-0.00793317;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000279361;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:49:50:0.980392:26:23:0:0:27:23:1:0 chr11 100847050 . A G 771.84 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297212;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.802;QD=64.32;RBI=0.0308169;REFB=0;REVB=0.00814422;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81376e-05;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr11 100847069 . G A 766.36 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.583;QD=63.8629;RBI=0.0133119;REFB=0;REVB=-0.010367;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.89253e-06;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr11 100863096 . A G 604.24 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0134572;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.055;QD=23.9301;RBI=0.0493518;REFB=-0.0125457;REVB=0.0474816;RO=43;SAF=31;SAR=27;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185437;STB=0.510131;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00868356;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:43:58:58:0.574257:27:31:24:19:27:31:24:19 chr11 100863196 . T C 525.32 PASS AF=0.431818;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.000492442;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=250.12;QD=15.9188;RBI=0.00830492;REFB=-0.0200345;REVB=-0.00829031;RO=75;SAF=29;SAR=28;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038515;STB=0.521546;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0212138;OID=.;OPOS=100863196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:75:75:57:57:0.431818:28:29:41:34:28:29:41:34 chr11 100863319 . A C 1069.76 PASS AF=0.524752;AO=106;DP=201;FAO=106;FDP=202;FR=.;FRO=96;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.00603214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6034;QD=21.1833;RBI=0.0128231;REFB=0.0191786;REVB=-0.0113157;RO=94;SAF=55;SAR=51;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00708236;STB=0.50402;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0200019;OID=.;OPOS=100863319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:94:96:106:106:0.524752:51:55:48:46:51:55:49:47 chr11 100863354 . C A 910.24 PASS AF=0.486772;AO=91;DP=189;FAO=92;FDP=189;FR=.;FRO=97;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.0199974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1821;QD=19.2643;RBI=0.023654;REFB=0.013011;REVB=-0.0126341;RO=97;SAF=52;SAR=39;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062645;STB=0.536841;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0122058;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:97:97:91:92:0.486772:39:52:49:48:39:53:49:48 chr11 100863611 . G A 673.69 PASS AF=0.377358;AO=80;DP=214;FAO=80;FDP=212;FR=.;FRO=132;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=74;FWDB=-0.00781131;FXX=0.00934536;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.425;QD=12.7111;RBI=0.00875153;REFB=-0.00796088;REVB=-0.00394623;RO=130;SAF=40;SAR=40;SRF=57;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674964;STB=0.537726;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0150907;OID=.;OPOS=100863611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:212:130:132:80:80:0.377358:40:40:57:73:40:40:58:74 chr11 100863814 . T A 602.25 PASS AF=0.446809;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.032107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6758;QD=17.0851;RBI=0.0347256;REFB=0.00294135;REVB=-0.0132291;RO=78;SAF=34;SAR=29;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762325;STB=0.542414;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00389696;OID=.;OPOS=100863814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:78:78:63:63:0.446809:29:34:48:30:29:34:48:30 chr11 100864367 . G A 1071.14 PASS AF=0.524752;AO=106;DP=202;FAO=106;FDP=202;FR=.;FRO=96;FSAF=38;FSAR=68;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0167545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.659;QD=21.2106;RBI=0.0167577;REFB=-0.016843;REVB=0.000330326;RO=95;SAF=38;SAR=68;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859408;STB=0.550109;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.015924;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:95:96:106:106:0.524752:68:38:43:52:68:38:44:52 chr11 101771248 . G A 1084.71 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137737;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.965;QD=60.2616;RBI=0.0276297;REFB=0;REVB=0.0239517;RO=0;SAF=18;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39377e-05;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:54:18:0:0:54:18:0:0 chr11 101826949 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.053;QD=58.2396;RBI=0.0197197;REFB=0;REVB=-0.00258346;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50931e-05;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr11 101828924 . G A 177.3 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0642015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0745;QD=12.2276;RBI=0.129875;REFB=-0.0131468;REVB=-0.112897;RO=36;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786234;STB=0.545413;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0125159;OID=.;OPOS=101828924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:10:12:17:19:10:12:17:19 chr11 101832478 . G T 62.36 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.656;QD=35.6315;RBI=0.103039;REFB=0;REVB=0.10302;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107711;OID=.;OPOS=101832478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:1:5:0:0:1:6:0:0 chr11 101832590 . C A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.91;QD=60.6093;RBI=0.0766391;REFB=0;REVB=0.024887;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164276;OID=.;OPOS=101832590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr11 101832608 . T C 456.25 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00230393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.826;QD=50.6943;RBI=0.00976676;REFB=-0.0652201;REVB=-0.00949113;RO=3;SAF=18;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717241;STB=0.538438;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000581851;OID=.;OPOS=101832608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:3:3:33:33:0.916667:15:18:3:0:15:18:3:0 chr11 101832670 . G A 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.318;QD=60.2251;RBI=0.121826;REFB=0;REVB=0.0190532;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389936;OID=.;OPOS=101832670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr11 101833644 . C T 806.96 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00178604;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.962;QD=55.6521;RBI=0.0101815;REFB=-0.0634191;REVB=0.0100236;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000105524;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:29:28:0:1:29:28:0:1 chr11 101834176 . C T 501.71 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00417369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2905;QD=18.5818;RBI=0.0648185;REFB=-0.0107428;REVB=0.064684;RO=55;SAF=19;SAR=34;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040905;STB=0.522676;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0144924;OID=.;OPOS=101834176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:34:19:22:33:34:19:22:33 chr11 101857758 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3418;QD=60.2277;RBI=0.0121424;REFB=0;REVB=-0.0108523;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015678;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr11 102477377 . G T 3196.52 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278186;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2585;QD=60.0285;RBI=0.140759;REFB=-0.0701623;REVB=0.137982;RO=1;SAF=98;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483549;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256509;OID=.;OPOS=102477377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:202:213:1:0:201:213:1:103:98:1:0:113:100:0:0 chr11 102477395 . A G 3221.93 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116244;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.98;QD=61.9603;RBI=0.0158479;REFB=0;REVB=-0.0107717;RO=0;SAF=89;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9652e-05;OID=.;OPOS=102477395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:208:0:0:208:208:1:119:89:0:0:119:89:0:0 chr11 102495998 . T G 1652.5 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.060525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3382;QD=60.0907;RBI=0.0793471;REFB=0;REVB=-0.0513098;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434067;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:55:53:0:0:55:55:0:0 chr11 102563739 . C T 2145.8 PASS AF=0.960784;AO=147;DP=153;FAO=147;FDP=153;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=88;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00339165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.0481;QD=56.0992;RBI=0.0245917;REFB=0.0428293;REVB=-0.0243566;RO=6;SAF=59;SAR=88;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204725;STB=0.510778;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.000797585;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:153:153:6:6:147:147:0.960784:88:59:4:2:88:59:4:2 chr11 102567207 . T A 1124.27 PASS AF=0.987179;AO=74;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.034104;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0266;QD=57.6551;RBI=0.0953643;REFB=-0.0169103;REVB=0.0890576;RO=2;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270134;STB=0.506665;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00155173;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:78:2:1:74:77:0.987179:34:40:0:2:37:40:0:1 chr11 102576358 . T C 1316.17 PASS AF=0.917526;AO=89;DP=97;FAO=89;FDP=97;FR=.;FRO=8;FSAF=58;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.00646943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.076;QD=54.275;RBI=0.0918404;REFB=-0.137059;REVB=0.0916122;RO=8;SAF=58;SAR=31;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10782;STB=0.55713;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000886421;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:97:97:8:8:89:89:0.917526:31:58:0:8:31:58:0:8 chr11 102576375 . G A 1607.07 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3953;QD=64.2827;RBI=0.0490192;REFB=0;REVB=-0.0395709;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032587;OID=.;OPOS=102576375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:40:60:0:0:40:60:0:0 chr11 102576382 . G A 1556.49 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000458153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.775;QD=59.8651;RBI=0.0169602;REFB=0;REVB=-0.016954;RO=0;SAF=62;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55831e-05;OID=.;OPOS=102576382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:42:62:0:0:42:62:0:0 chr11 102587062 . G A 581.38 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00746049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4379;QD=23.255;RBI=0.0215727;REFB=-0.0130137;REVB=0.0202416;RO=46;SAF=30;SAR=24;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00819671;STB=0.504503;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.014021;OID=.;OPOS=102587062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:24:30:26:20:24:30:26:20 chr11 102593248 . T C 1271.09 PASS AF=0.510288;AO=124;DP=243;FAO=124;FDP=243;FR=.;FRO=119;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=0.00400062;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.0436;QD=20.9233;RBI=0.0421644;REFB=0.00269804;REVB=-0.0419742;RO=119;SAF=65;SAR=59;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404128;STB=0.522137;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00239775;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:119:119:124:124:0.510288:59:65:57:62:59:65:57:62 chr11 102595492 . G A 229.62 PASS AF=0.392405;AO=24;DP=83;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0104784;FXX=0.0595167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.445;QD=11.6265;RBI=0.019078;REFB=-0.0122933;REVB=-0.0159428;RO=39;SAF=16;SAR=8;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.570955;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.010426;OID=.;OPOS=102595492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:79:39:48:24:31:0.392405:8:16:26:13:8:23:31:17 chr11 102666316 . T C 1624.3 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.979;QD=60.1592;RBI=0.0193166;REFB=0;REVB=-0.0115552;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16467e-06;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:63:45:0:0:63:45:0:0 chr11 102709425 . A G 2512.94 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.613;QD=60.9198;RBI=0.11548;REFB=0;REVB=0.0225588;RO=0;SAF=61;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047394;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:154:165:0:0:154:165:1:93:61:0:0:95:70:0:0 chr11 102713465 . A G 3116.25 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264064;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.14;QD=61.708;RBI=0.0270571;REFB=0;REVB=0.00589801;RO=0;SAF=92;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003721;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:202:0:0:200:202:1:108:92:0:0:108:94:0:0 chr11 102713620 . T C 1380.98 PASS AF=0.951456;AO=97;DP=103;FAO=98;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0306045;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.9966;QD=53.6303;RBI=0.0308208;REFB=0.0049642;REVB=0.00364521;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51269;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-3.5296e-05;OID=.;OPOS=102713620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:103:103:0:5:97:98:0.951456:53:44:0:0:53:45:1:4 chr11 102736642 . T C 488.34 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0521428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5087;QD=15.3808;RBI=0.052156;REFB=-0.00161847;REVB=0.00117524;RO=73;SAF=21;SAR=33;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525625;STB=0.529508;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00276661;OID=.;OPOS=102736642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:73:54:54:0.425197:33:21:32:41:33:21:32:41 chr11 102738795 . G T 1507.24 PASS AF=0.979798;AO=95;DP=98;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00233352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5719;QD=60.8987;RBI=0.0459024;REFB=-0.020219;REVB=-0.045843;RO=2;SAF=40;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231158;STB=0.512193;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00103789;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:99:2:2:95:97:0.979798:55:40:2:0:57:40:2:0 chr11 103029516 . A G 1542.64 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0477247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.299;QD=57.6687;RBI=0.0552205;REFB=-0.161971;REVB=0.0277787;RO=2;SAF=53;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000168916;STB=0.500089;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000564252;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:52:53:1:1:52:53:1:1 chr11 103041640 . G A 913.34 PASS AF=0.443439;AO=98;DP=221;FAO=98;FDP=221;FR=.;FRO=123;FSAF=95;FSAR=3;FSRF=102;FSRR=21;FWDB=-0.0148807;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.799;QD=16.531;RBI=0.0184581;REFB=-0.00884872;REVB=-0.0109209;RO=122;SAF=95;SAR=3;SRF=101;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508003;STB=0.794061;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0113311;OID=.;OPOS=103041640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:122:123:98:98:0.443439:3:95:101:21:3:95:102:21 chr11 103047007 . C A 3272.47 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0721737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9279;QD=62.0374;RBI=0.114055;REFB=0;REVB=-0.0883143;RO=0;SAF=105;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402891;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:211:0:0:210:211:1:105:105:0:0:105:106:0:0 chr11 103057048 . A G 3102.43 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349112;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.739;QD=61.4343;RBI=0.00442989;REFB=0;REVB=-0.00272691;RO=0;SAF=112;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39404e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76321e-05;OID=.;OPOS=103057048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:202:0:0:198:202:1:86:112:0:0:86:116:0:0 chr11 103058126 . C T 1896.35 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.598;QD=61.6699;RBI=0.0389697;REFB=0;REVB=0.0372206;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06619e-05;OID=.;OPOS=103058126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:59:64:0:0:59:64:0:0 chr11 103082590 . G A 3651.28 PASS AF=1;AO=229;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114674;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.909;QD=63.2256;RBI=0.0134936;REFB=0;REVB=-0.00711167;RO=0;SAF=112;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23479e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74218e-06;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:231:0:0:229:231:1:117:112:0:0:119:112:0:0 chr11 103090641 . T C 447.34 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00765962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2038;QD=18.639;RBI=0.00901533;REFB=-0.000590198;REVB=0.00475463;RO=50;SAF=20;SAR=25;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716275;STB=0.534868;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000853525;OID=.;OPOS=103090641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:51:45:45:0.46875:25:20:26:24:25:20:26:25 chr11 103158278 . C T 1844.76 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603204;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.323;QD=61.492;RBI=0.0646564;REFB=0;REVB=-0.0232788;RO=0;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193585;OID=.;OPOS=103158278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:61:59:0:0:61:59:0:0 chr11 103274940 . A T 1785.72 PASS AF=1;AO=107;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=74;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415189;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.738;QD=61.0503;RBI=0.0973576;REFB=0;REVB=0.0880606;RO=0;SAF=69;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55136e-05;OID=.;OPOS=103274940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:107:117:1:38:69:0:0:43:74:0:0 chr11 103275028 . C CT 685.32 PASS AF=1;AO=18;DP=114;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1107;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.61095;QD=25.1495;RBI=0.162828;REFB=0.0146687;REVB=-0.119409;RO=96;SAF=6;SAR=12;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285965;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00918344;OID=.;OPOS=103275029;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:114:109:109:0:55:54:0:0:13:96:6:12:54:42 chr11 103275034 . G T 1653.33 PASS AF=1;AO=87;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.5797;QD=59.5796;RBI=0.057079;REFB=0;REVB=0.0226902;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532123;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:87:111:1:47:40:0:0:57:54:0:0 chr11 103277984 . G T 1036.47 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00741915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1164;QD=56.7926;RBI=0.0231258;REFB=-0.127032;REVB=0.0219034;RO=2;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337399;STB=0.517852;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00342953;OID=.;OPOS=103277984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:27:44:0:2:27:44:0:2 chr11 103278048 . G C 1455.47 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.39;QD=62.6011;RBI=0.0215243;REFB=0;REVB=-0.00143906;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30908e-05;OID=.;OPOS=103278048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:51:39:0:0:52:41:0:0 chr11 103278083 . C G 1303.68 PASS AF=1;AO=73;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.993;QD=62.08;RBI=0.057117;REFB=0;REVB=0.0494613;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100345;OID=.;OPOS=103278083;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:73:84:1:36:37:0:0:44:40:0:0 chr11 103278129 . C CTCTA 692.74 PASS AF=0.928571;AO=51;DP=57;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0195186;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=4;MLLD=322.006;QD=49.4813;RBI=0.0195563;REFB=0.0180019;REVB=-0.0012144;RO=4;SAF=24;SAR=27;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00403097;STB=0.501375;STBP=0.905;TYPE=ins;VARB=-0.00133244;OID=.;OPOS=103278130;OREF=-;OALT=TCTA;OMAPALT=CTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571:51:57:52:56:4:25:27:2:2:17:4:24:27:2:2 chr11 103279098 . C T 3515.76 PASS AF=1;AO=224;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8279;QD=62.7815;RBI=0.0697509;REFB=0;REVB=-0.0635322;RO=0;SAF=92;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166004;OID=.;OPOS=103279098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:224:0:0:224:224:1:132:92:0:0:132:92:0:0 chr11 103907841 . T C 1122.82 PASS AF=0.491304;AO=113;DP=230;FAO=113;FDP=230;FR=.;FRO=117;FSAF=75;FSAR=38;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=-0.00034685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8575;QD=19.5273;RBI=0.0186127;REFB=0.00342257;REVB=0.0186095;RO=117;SAF=75;SAR=38;SRF=63;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123686;STB=0.568169;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00303905;OID=.;OPOS=103907841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:117:117:113:113:0.491304:38:75:63:54:38:75:63:54 chr11 103908735 . G A 647.97 PASS AF=0.651163;AO=56;DP=86;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00757034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.832;QD=30.1382;RBI=0.00758703;REFB=-1.71841e-05;REVB=0.000502994;RO=30;SAF=33;SAR=23;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036907;STB=0.52001;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=2.43998e-05;OID=.;OPOS=103908735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:30:30:56:56:0.651163:23:33:16:14:23:33:16:14 chr11 103908968 . C T 258.07 PASS AF=0.360465;AO=30;DP=85;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00915582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.549;QD=12.0035;RBI=0.0109125;REFB=-0.00292161;REVB=-0.00593744;RO=55;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812973;STB=0.529392;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00557736;OID=.;OPOS=103908968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:55:55:30:31:0.360465:21:9:20:35:21:10:20:35 chr11 103909897 . A G 240.36 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0458555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.487;QD=21.8511;RBI=0.0485574;REFB=-0.00759903;REVB=0.0159717;RO=21;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316035;STB=0.682708;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00416284;OID=.;OPOS=103909897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:16:6:13:8:17:6:13:8 chr11 104758035 . G A 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7399;QD=57.174;RBI=0.0498248;REFB=0;REVB=0.00739442;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303131;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr11 104761100 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.288;QD=63.5826;RBI=0.0582761;REFB=0;REVB=0.0581879;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152762;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr11 104761206 . C T 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0927;QD=62.4643;RBI=0.0860331;REFB=0;REVB=-0.0680481;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.26442e-05;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr11 104763117 . G A 1803.75 PASS AF=1;AO=117;DP=121;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041165;FXX=0.0330551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.094;QD=61.6668;RBI=0.00705594;REFB=0;REVB=-0.00573068;RO=0;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83466e-05;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:117:0:0:117:117:1:66:51:0:0:66:51:0:0 chr11 104763716 . A G 2211.04 PASS AF=0.97931;AO=142;DP=145;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0311465;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.032;QD=60.9941;RBI=0.0378123;REFB=-0.10412;REVB=-0.0214399;RO=1;SAF=74;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638263;STB=0.509932;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000163008;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:145:1:3:142:142:0.97931:68:74:1:0:68:74:3:0 chr11 104768000 . G A,T 1992.93 PASS AF=0.924242,0.0757576;AO=121,10;DP=131;FAO=122,10;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=62,7;FSAR=60,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412052,-0.0533794;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.6308,37.2482;QD=60.3917;RBI=0.0444316,0.0577097;REFB=0,0;REVB=0.0166222,-0.0219328;RO=0;SAF=62,7;SAR=59,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00134854,0.0667545;OID=.,.;OPOS=104768000,104768000;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:131:132:0:0:121,10:122,10:0.924242,0.0757576:59,3:62,7:0:0:60,3:62,7:0:0 chr11 104768098 . T C 1830.2 PASS AF=0.976378;AO=122;DP=128;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0133431;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2578;QD=57.644;RBI=0.0636377;REFB=-0.125953;REVB=0.0622232;RO=5;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373562;STB=0.511626;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00229979;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:128:127:5:3:122:124:0.976378:61:61:0:5:63:61:0:3 chr11 104819327 . T C 2371.77 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00984991;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.982;QD=60.8146;RBI=0.0208233;REFB=0;REVB=0.0183463;RO=0;SAF=74;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60783e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012796;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:156:0:0:153:156:1:79:74:0:0:81:75:0:0 chr11 104839222 . A G 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.174;QD=60.716;RBI=0.0138843;REFB=0;REVB=0.00728836;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75032e-06;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr11 104869708 . G C 2659.25 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.141;QD=62.2046;RBI=0.0285827;REFB=0;REVB=0.021339;RO=0;SAF=109;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04371e-05;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:171:0:0:169:171:1:60:109:0:0:61:110:0:0 chr11 104877927 . T C 850.35 PASS AF=0.5;AO=86;DP=172;FAO=86;FDP=172;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=58;FSRR=28;FWDB=0.00589311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.775;QD=19.7755;RBI=0.0323845;REFB=-0.0170075;REVB=0.0318438;RO=85;SAF=40;SAR=46;SRF=58;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194923;STB=0.603619;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0158162;OID=.;OPOS=104877927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:85:86:86:86:0.5:46:40:58:27:46:40:58:28 chr11 105223502 . T C 2739.14 PASS AF=0.988827;AO=177;DP=179;FAO=177;FDP=179;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0205308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.904;QD=61.2099;RBI=0.0574055;REFB=-0.00211046;REVB=-0.0536086;RO=2;SAF=103;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00178996;STB=0.50094;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.000204808;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:179:179:2:2:177:177:0.988827:74:103:1:1:74:103:1:1 chr11 105782654 . C T 3253.45 PASS AF=0.483063;AO=327;DP=679;FAO=328;FDP=679;FR=.;FRO=351;FSAF=155;FSAR=173;FSRF=173;FSRR=178;FWDB=-0.00635323;FXX=0.00147057;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.522;QD=19.1661;RBI=0.0130496;REFB=-0.00126657;REVB=-0.0113987;RO=347;SAF=154;SAR=173;SRF=170;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178532;STB=0.510521;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00155843;OID=.;OPOS=105782654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:679:679:347:351:327:328:0.483063:173:154:170:177:173:155:173:178 chr11 105852683 . AC A 1148.81 PASS AF=0.43299;AO=124;DP=291;FAO=126;FDP=291;FR=.;FRO=165;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=74;FSRR=91;FWDB=-0.00443626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.183;QD=15.7913;RBI=0.0148001;REFB=-0.0210913;REVB=-0.0141196;RO=165;SAF=68;SAR=56;SRF=74;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102383;STB=0.560631;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.0257667;OID=.;OPOS=105852684;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43299:124:291:126:291:165:70:56:74:91:99:165:68:56:74:91 chr11 105878844 . C T 253.15 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00860314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.476;QD=15.1136;RBI=0.0130142;REFB=-0.00470177;REVB=-0.00976508;RO=38;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113478;STB=0.564271;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00540184;OID=.;OPOS=105878844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:12:17:18:20:12:17:18:20 chr11 105969258 . T A 505.29 PASS AF=0.822222;AO=38;DP=59;FAO=37;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0157128;FXX=0.13459;HRUN=12;LEN=1;MLLD=153.59;QD=44.9144;RBI=0.0178643;REFB=-0.185081;REVB=0.00849946;RO=15;SAF=14;SAR=24;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899896;STB=0.543455;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00267848;OID=.;OPOS=105969258;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:59:45:15:4:38:37:0.822222:24:14:8:7:21:16:0:4 chr11 107200682 . T A 668.47 PASS AF=0.492647;AO=65;DP=135;FAO=67;FDP=136;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0552682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.733;QD=19.661;RBI=0.0553613;REFB=-0.00155413;REVB=-0.00321051;RO=69;SAF=30;SAR=35;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561026;STB=0.537637;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00144789;OID=.;OPOS=107200682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:69:69:65:67:0.492647:35:30:36:33:37:30:36:33 chr11 107420530 . A G 405.36 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=119;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0233889;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.394;QD=13.7411;RBI=0.030129;REFB=-0.00905991;REVB=0.0189925;RO=71;SAF=22;SAR=25;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115107;STB=0.50651;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0128444;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:71:71:47:47:0.398305:25:22:34:37:25:22:34:37 chr11 107462522 . G C 1052.34 PASS AF=0.432331;AO=115;DP=266;FAO=115;FDP=266;FR=.;FRO=151;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=89;FSRR=62;FWDB=-0.0161711;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.821;QD=15.8246;RBI=0.0167815;REFB=-0.0349117;REVB=0.00448512;RO=150;SAF=58;SAR=57;SRF=88;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839685;STB=0.54832;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0367185;OID=.;OPOS=107462522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:150:151:115:115:0.432331:57:58:88:62:57:58:89:62 chr11 107463159 . A G 1585.16 PASS AF=0.562264;AO=148;DP=268;FAO=149;FDP=265;FR=.;FRO=116;FSAF=62;FSAR=87;FSRF=43;FSRR=73;FWDB=0.00456394;FXX=0.0148693;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.875;QD=23.927;RBI=0.00565107;REFB=-0.0144615;REVB=0.00333242;RO=112;SAF=61;SAR=87;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232358;STB=0.520595;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0116231;OID=.;OPOS=107463159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:265:112:116:148:149:0.562264:87:61:43:69:87:62:43:73 chr11 107578721 . C G 410.25 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0408461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.837;QD=18.2334;RBI=0.0411554;REFB=-0.0220128;REVB=-0.005036;RO=48;SAF=24;SAR=18;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886512;STB=0.549497;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0281418;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:18:24:23:25:18:24:23:25 chr11 107650473 . G A 204.78 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137692;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.743;QD=45.5077;RBI=0.0142029;REFB=-0.0444658;REVB=0.00348278;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000398122;OID=.;OPOS=107650473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:0:1:7:10:0:1 chr11 107677399 . C CA 49.56 PASS AF=0.558824;AO=11;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.039768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=6.76083;QD=5.83101;RBI=0.0570571;REFB=-0.110276;REVB=-0.0409148;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11734;STB=0.57241;STBP=0.379;TYPE=ins;VARB=0.107414;OID=.;OPOS=107677400;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.558824:11:34:19:34:15:5:14:6:9:41:22:3:8:8:14 chr11 107917087 . A G 1624.12 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1559;QD=60.1527;RBI=0.0277439;REFB=0;REVB=-0.0154949;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122923;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:61:47:0:0:61:47:0:0 chr11 107959287 . C T 294.04 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=0.0511929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.471;QD=17.5547;RBI=0.0512253;REFB=0.00485276;REVB=-0.00182108;RO=35;SAF=19;SAR=13;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380325;STB=0.710479;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00808885;OID=.;OPOS=107959287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:13:19:6:29:13:19:6:29 chr11 107977410 . T A 37.16 PASS AF=0.0833333;AO=4;DP=62;FAO=5;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0145013;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.533;QD=2.47705;RBI=0.0182498;REFB=0.00104808;REVB=0.01108;RO=48;SAF=3;SAR=1;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297721;STB=0.65693;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0182137;OID=.;OPOS=107977410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:62:60:48:52:4:5:0.0833333:1:3:22:26:2:3:22:30 chr11 107977411 . GA AA,AG 44.57 PASS AF=0,0.159091;AO=8,4;DP=59;FAO=0,7;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=0,2;FSAR=0,5;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.000805608,-0.0329376;FXX=0.153817;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=167.725,72.2511;QD=4.05211;RBI=0.00352972,0.0340869;REFB=-0.000220802,-0.00819998;REVB=0.00343655,-0.00877671;RO=29;SAF=6,2;SAR=2,2;SRF=9;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.49502,0.22113;STB=0.5,0.579232;STBP=1,0.754;TYPE=snp,mnp;VARB=0,-0.224839;OID=.,.;OPOS=107977411,107977411;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:59:44:29:33:8,4:0,7:0,0.159091:2,2:6,2:9:20:0,5:0,2:7:26 chr11 108043988 . C T 292.73 PASS AF=0.361702;AO=33;DP=93;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00694485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.299;QD=12.4566;RBI=0.0222591;REFB=-0.00631834;REVB=-0.0211479;RO=58;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406566;STB=0.523915;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00931248;OID=.;OPOS=108043988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:58:60:33:34:0.361702:17:16:26:32:18:16:26:34 chr11 108093208 . A T 853.46 PASS AF=0.442857;AO=92;DP=209;FAO=93;FDP=210;FR=.;FRO=117;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=49;FSRR=68;FWDB=0.0187723;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.316;QD=16.2563;RBI=0.0190237;REFB=-0.0100816;REVB=0.00308243;RO=116;SAF=44;SAR=48;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563299;STB=0.530442;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0110998;OID=.;OPOS=108093208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:116:117:92:93:0.442857:48:44:49:67:49:44:49:68 chr11 108183167 . A G 1048.02 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0443526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.221;QD=58.2234;RBI=0.0546924;REFB=-0.06347;REVB=0.0320016;RO=1;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126095;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00172365;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:37:34:0:1:37:34:0:1 chr11 108345515 . G GA 560.95 PASS AF=0.465241;AO=85;DP=192;FAO=87;FDP=187;FR=.;FRO=100;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=0.00766734;FXX=0.0310865;HRUN=0;LEN=1;MLLD=187.877;QD=11.999;RBI=0.0140501;REFB=0.00100938;REVB=-0.0117735;RO=100;SAF=50;SAR=35;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125832;STB=0.573158;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=-0.000761466;OID=.;OPOS=108345516;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465241:85:192:87:187:100:51:36:45:55:99:100:50:35:46:54 chr11 108380335 . T C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.215;QD=63.6149;RBI=0.0306699;REFB=0;REVB=-0.0305983;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20873e-05;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:58:37:0:0:58:37:0:0 chr11 108381247 . C T 1169.14 PASS AF=0.479508;AO=117;DP=245;FAO=117;FDP=244;FR=.;FRO=127;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=75;FSRR=52;FWDB=-0.0204796;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.702;QD=19.1663;RBI=0.023081;REFB=-0.00462501;REVB=-0.0106452;RO=127;SAF=53;SAR=64;SRF=75;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129452;STB=0.571257;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00453929;OID=.;OPOS=108381247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:244:127:127:117:117:0.479508:64:53:75:52:64:53:75:52 chr11 108383303 . C T 402.12 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0248612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.647;QD=13.9868;RBI=0.0261631;REFB=-0.00609186;REVB=-0.00815051;RO=67;SAF=16;SAR=31;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195767;STB=0.606863;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0089958;OID=.;OPOS=108383303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:67:68:47:47:0.408696:31:16:35:32:31:16:35:33 chr11 108383676 . A G 955.8 PASS AF=0.588235;AO=89;DP=151;FAO=90;FDP=153;FR=.;FRO=63;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.0262231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.888;QD=24.9883;RBI=0.0339361;REFB=-0.0192047;REVB=0.0215408;RO=62;SAF=43;SAR=46;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000548615;STB=0.505231;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0121717;OID=.;OPOS=108383676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:62:63:89:90:0.588235:46:43:30:32:46:44:30:33 chr11 108384207 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.674;QD=57.0007;RBI=0.0089239;REFB=0;REVB=0.0011211;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06097e-05;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr11 108409784 . T A 436.08 PASS AF=0.449541;AO=48;DP=110;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0228873;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.555;QD=16.003;RBI=0.0229056;REFB=-0.00446985;REVB=-0.000916297;RO=60;SAF=30;SAR=18;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447451;STB=0.531987;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00561365;OID=.;OPOS=108409784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:60:60:48:49:0.449541:18:30:40:20:19:30:40:20 chr11 108464209 . T C 467.65 PASS AF=0.409091;AO=52;DP=130;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.00347029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.194;QD=14.171;RBI=0.0120932;REFB=-0.00613986;REVB=-0.0115846;RO=78;SAF=14;SAR=38;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25347;STB=0.635556;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0106482;OID=.;OPOS=108464209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:78:78:52:54:0.409091:38:14:38:40:39:15:38:40 chr11 111164651 . T C 541.97 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.00255275;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.649;QD=16.6759;RBI=0.00768352;REFB=-0.0114869;REVB=0.00724707;RO=70;SAF=21;SAR=37;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00524259;STB=0.507716;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0168564;OID=.;OPOS=111164651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:70:72:58:58:0.446154:37:21:25:45:37:21:27:45 chr11 111167557 . A C 495.34 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.00514525;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.312;QD=20.4265;RBI=0.0126254;REFB=-0.0125963;REVB=0.0115294;RO=47;SAF=23;SAR=25;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144696;STB=0.588174;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0161779;OID=.;OPOS=111167557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:47:49:48:48:0.494845:25:23:15:32:25:23:15:34 chr11 111167776 . C G 479.97 PASS AF=0.424;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.00413435;FXX=0.0157468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.621;QD=15.3589;RBI=0.0151282;REFB=-0.00279766;REVB=-0.0145523;RO=70;SAF=30;SAR=23;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124969;STB=0.577762;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00333422;OID=.;OPOS=111167776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:70:72:53:53:0.424:23:30:31:39:23:30:31:41 chr11 111167792 . T G 537.4 PASS AF=0.463415;AO=55;DP=122;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0085193;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.38;QD=17.4764;RBI=0.0409836;REFB=-0.0126009;REVB=-0.0400884;RO=65;SAF=28;SAR=27;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163215;STB=0.522252;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0147452;OID=.;OPOS=111167792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:65:66:55:57:0.463415:27:28:32:33:27:30:32:34 chr11 111168767 . C T 932.13 PASS AF=0.486911;AO=93;DP=191;FAO=93;FDP=191;FR=.;FRO=98;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=30;FSRR=68;FWDB=0.0135022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6646;QD=19.521;RBI=0.0483;REFB=-0.00549952;REVB=-0.0463744;RO=97;SAF=45;SAR=48;SRF=29;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173275;STB=0.591818;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00539364;OID=.;OPOS=111168767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:97:98:93:93:0.486911:48:45:29:68:48:45:30:68 chr11 111179054 . A G 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0116336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.941;QD=19.9303;RBI=0.0262281;REFB=-0.0290095;REVB=-0.0235069;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334219;STB=0.691969;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0101341;OID=.;OPOS=111179054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:9:3:6:3:9:3:6:3 chr11 111324146 . A C 736.04 PASS AF=0.653465;AO=66;DP=101;FAO=66;FDP=101;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.00875968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.664;QD=29.1501;RBI=0.0156129;REFB=-0.00956888;REVB=0.0129241;RO=35;SAF=25;SAR=41;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848248;STB=0.545767;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0057925;OID=.;OPOS=111324146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:35:35:66:66:0.653465:41:25:9:26:41:25:9:26 chr11 111325007 . C T 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00174468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.71;QD=10.1039;RBI=0.0374486;REFB=0.00217585;REVB=0.0374079;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568372;STB=0.533411;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00374957;OID=.;OPOS=111325007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:9:11:20:20:9:11:20:20 chr11 111327213 . G A 1026.64 PASS AF=1;AO=63;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.501;QD=59.5152;RBI=0.0325547;REFB=0;REVB=0.00951828;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11868e-05;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:63:69:1:43:20:0:0:44:25:0:0 chr11 111368047 . G T 2216.54 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.821;QD=63.3296;RBI=0.0348765;REFB=0;REVB=-0.0234977;RO=0;SAF=59;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06844e-05;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:81:59:0:0:81:59:0:0 chr11 111420364 . A G 3348.92 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292391;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.381;QD=62.0171;RBI=0.0413058;REFB=-0.0814358;REVB=0.029176;RO=1;SAF=92;SAR=124;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360206;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:217:216:1:0:216:216:1:124:92:1:0:124:92:0:0 chr11 111431656 . GAATAAT GAAT,GAATA 1165.9 PASS AF=0.925532,0.0744681;AO=78,11;DP=98;FAO=87,7;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=63,7;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035181,0.0246945;FXX=0.059994;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=234.174,222.505;QD=49.6128;RBI=0.036479,0.0254597;REFB=0,0;REVB=0.00964457,0.0061949;RO=0;SAF=58,10;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000410042,-0.0130202;OID=.,.;OPOS=111431657,111431661;OREF=AAT,AT;OALT=-,-;OMAPALT=GAAT,GAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925532,0.0744681:78,11:98:87,7:94:0:63,7:24,0:0:0:7:0:58,10:20,1:0:0 chr11 111553893 . T C 1047.67 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0384584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.582;QD=58.2041;RBI=0.0570317;REFB=-0.114102;REVB=0.0421138;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116761;STB=0.506171;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000360211;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:40:31:0:1:40:31:0:1 chr11 111637020 . T C 2444.76 PASS AF=0.479769;AO=249;DP=519;FAO=249;FDP=519;FR=.;FRO=270;FSAF=97;FSAR=152;FSRF=115;FSRR=155;FWDB=0.0135249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.379;QD=18.8421;RBI=0.0135258;REFB=-0.0210878;REVB=-0.000158602;RO=270;SAF=97;SAR=152;SRF=115;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358892;STB=0.519715;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0245622;OID=.;OPOS=111637020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:519:519:270:270:249:249:0.479769:152:97:115:155:152:97:115:155 chr11 111724133 . C T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0311155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1625;QD=15.1662;RBI=0.0421068;REFB=-0.000662057;REVB=-0.0283692;RO=30;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904417;STB=0.551618;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000167634;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:8:15:17:13:8:15:17:13 chr11 111742145 . CG C,GC 101.87 PASS AF=1,0;AO=7,3;DP=10;FAO=10,0;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125248,0.00392103;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=268.146,250.981;QD=40.7468;RBI=0.0364845,0.0304052;REFB=0,0;REVB=-0.0342673,-0.0301513;RO=0;SAF=4,2;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000193616,0;OID=.,.;OPOS=111742146,111742145;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:7,3:10,0:1,0:3,1:4,2:0:0:4,0:6,0:0:0 chr11 111749349 . A T 2075.11 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.828;QD=61.9435;RBI=0.00669798;REFB=0;REVB=0.00566116;RO=0;SAF=71;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52216e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:132:134:1:61:71:0:0:61:73:0:0 chr11 111795085 . C G 120.03 PASS AF=0.608696;AO=12;DP=24;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0545904;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.199;QD=20.8742;RBI=0.0563962;REFB=-0.0171758;REVB=0.0141568;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879115;STB=0.538407;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0147294;OID=.;OPOS=111795085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:24:23:8:9:12:14:0.608696:6:6:5:3:6:8:6:3 chr11 111848531 . C T 759.98 PASS AF=0.493333;AO=74;DP=150;FAO=74;FDP=150;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0128391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6338;QD=20.266;RBI=0.015246;REFB=-0.00814802;REVB=0.00822188;RO=76;SAF=33;SAR=41;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603192;STB=0.533227;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00690635;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:76:76:74:74:0.493333:41:33:29:47:41:33:29:47 chr11 111853106 . G GC 1062.16 PASS AF=1;AO=100;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.5944;QD=40.8523;RBI=0.127983;REFB=0;REVB=-0.03228;RO=5;SAF=42;SAR=58;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349604;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00135194;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:100:106:104:104:0:45:59:0:0:21:5:42:58:4:1 chr11 111896324 . C T 1589.67 PASS AF=0.615721;AO=141;DP=229;FAO=141;FDP=229;FR=.;FRO=88;FSAF=78;FSAR=63;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.00745346;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.518;QD=27.7672;RBI=0.00862092;REFB=-0.01673;REVB=0.00433198;RO=87;SAF=78;SAR=63;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092592;STB=0.507411;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00908679;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:87:88:141:141:0.615721:63:78:47:40:63:78:47:41 chr11 111908162 . T C 719.28 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.00625674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7168;QD=19.0538;RBI=0.00904875;REFB=-0.00434489;REVB=-0.00653706;RO=77;SAF=26;SAR=48;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113137;STB=0.562554;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00327413;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:77:74:74:0.490066:48:26:36:41:48:26:36:41 chr11 111916647 . G A 460.15 PASS AF=0.464646;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0380045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3387;QD=18.5918;RBI=0.0398485;REFB=0.00390654;REVB=0.0119816;RO=53;SAF=19;SAR=26;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103324;STB=0.562224;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00423541;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:53:53:45:46:0.464646:26:19:28:25:27:19:28:25 chr11 111953921 . TTAT TTA,TT 404.52 PASS AF=0.693182,0.306818;AO=21,12;DP=92;FAO=61,27;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=21,16;FSAR=40,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135485,0.00707172;FXX=0.145617;HRUN=9,1;LEN=1,2;MLLD=4.53708,154.534;QD=18.3871;RBI=0.386688,0.0358862;REFB=0.0382766,0.0103929;REVB=0.362176,-0.0351825;RO=22;SAF=7,7;SAR=14,5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0155251,0.28183;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00944833,0.0276106;OID=.,.;OPOS=111953924,111953922;OREF=T,TA;OALT=-,-;OMAPALT=TTA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.693182,0.306818:21,12:92:61,27:88:0:21,16:40,11:0:0:99:22:7,7:14,5:7:15 chr11 111956989 . C A 3176.86 PASS AF=0.985849;AO=207;DP=208;FAO=209;FDP=212;FR=.;FRO=3;FSAF=107;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0288132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.622;QD=59.9408;RBI=0.0400662;REFB=-0.163965;REVB=0.0278406;RO=0;SAF=104;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95298e-08;STB=0.507246;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000203824;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:208:212:0:3:207:209:0.985849:103:104:0:0:102:107:0:3 chr11 112065434 . T C 1899.22 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.715;QD=61.265;RBI=0.0265543;REFB=0;REVB=0.0184234;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687467;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:121:124:1:64:57:0:0:67:57:0:0 chr11 112088499 . A C 3809.27 PASS AF=0.983871;AO=243;DP=248;FAO=244;FDP=248;FR=.;FRO=4;FSAF=124;FSAR=120;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0633524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9728;QD=61.4399;RBI=0.0835161;REFB=-0.0193989;REVB=0.0544188;RO=4;SAF=124;SAR=119;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000317639;STB=0.503901;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.000504685;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:248:248:4:4:243:244:0.983871:119:124:2:2:120:124:3:1 chr11 112123095 . A G 1840.97 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6527;QD=60.8584;RBI=0.0605285;REFB=0;REVB=-0.0582819;RO=0;SAF=48;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011239;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:118:121:1:70:48:0:0:73:48:0:0 chr11 112223299 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.146;QD=60.2043;RBI=0.0165047;REFB=0;REVB=0.00240335;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78106e-05;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr11 112832339 . GCC GC,GCA 661.88 PASS AF=0.978261,0.0217391;AO=42,3;DP=47;FAO=45,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0593683,0.0239834;FXX=0.0212721;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.8665,10.0025;QD=57.5545;RBI=0.0698926,0.074427;REFB=0,0;REVB=-0.0368832,-0.0704569;RO=0;SAF=29,3;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.36943e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00383804,0.0789941;OID=.,.;OPOS=112832340,112832341;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=GC,GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.978261,0.0217391:42,3:47:45,1:46:0:32,1:13,0:0:0:5:0:29,3:13,0:0:0 chr11 112832353 . T C 622.35 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00439148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.211;QD=48.8117;RBI=0.010384;REFB=-0.139327;REVB=0.00940969;RO=4;SAF=34;SAR=13;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521895;STB=0.527766;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00166461;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:51:4:4:47:47:0.921569:13:34:4:0:13:34:4:0 chr11 112832358 . T C 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00268667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.573;QD=54.8231;RBI=0.0215298;REFB=0.0194608;REVB=0.0213616;RO=1;SAF=37;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125559;STB=0.506664;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=2.74161e-05;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:13:37:1:0:13:37:1:0 chr11 113103996 . T G 3873.8 PASS AF=0.969925;AO=258;DP=266;FAO=258;FDP=266;FR=.;FRO=8;FSAF=104;FSAR=154;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0188534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1018;QD=58.2527;RBI=0.0243502;REFB=-0.118936;REVB=0.0154104;RO=8;SAF=104;SAR=154;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166111;STB=0.508719;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.014077;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:266:266:8:8:258:258:0.969925:154:104:1:7:154:104:1:7 chr11 113111501 . T C 529.47 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=42;FWDB=-0.0337941;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8147;QD=22.2934;RBI=0.0349401;REFB=0.00447916;REVB=-0.00887533;RO=45;SAF=8;SAR=42;SRF=3;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170209;STB=0.592561;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00380937;OID=.;OPOS=113111501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:45:45:50:50:0.526316:42:8:3:42:42:8:3:42 chr11 113113515 . G A 500.36 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=131;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.00378134;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.166;QD=15.3957;RBI=0.0177916;REFB=-0.0163846;REVB=-0.0173851;RO=75;SAF=25;SAR=30;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108164;STB=0.560647;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.019497;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:75:75:55:55:0.423077:30:25:42:33:30:25:42:33 chr11 113194168 . A C 189.25 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0222845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.477;QD=13.0519;RBI=0.0293857;REFB=0.000476908;REVB=-0.0191551;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175007;STB=0.607053;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0012811;OID=.;OPOS=113194168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:11:12:12:22:11:12:12:23 chr11 113200709 . G A 1253.53 PASS AF=0.437299;AO=136;DP=312;FAO=136;FDP=311;FR=.;FRO=175;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=73;FSRR=102;FWDB=-0.00198062;FXX=0.00320503;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.258;QD=16.1226;RBI=0.0168777;REFB=-0.00583808;REVB=-0.0167611;RO=174;SAF=73;SAR=63;SRF=73;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118175;STB=0.567001;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00641496;OID=.;OPOS=113200709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:311:174:175:136:136:0.437299:63:73:73:101:63:73:73:102 chr11 113212553 . T C 617.72 PASS AF=0.453901;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.00336037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.167;QD=17.5239;RBI=0.0400576;REFB=-0.0115049;REVB=-0.0399164;RO=76;SAF=26;SAR=38;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412175;STB=0.527049;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0105874;OID=.;OPOS=113212553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:76:77:64:64:0.453901:38:26:34:42:38:26:35:42 chr11 113264272 . T C 1108.23 PASS AF=0.437956;AO=119;DP=273;FAO=120;FDP=274;FR=.;FRO=154;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=72;FSRR=82;FWDB=0.00268276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.259;QD=16.1786;RBI=0.0669849;REFB=-0.0169389;REVB=0.0669312;RO=154;SAF=60;SAR=59;SRF=72;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372259;STB=0.522917;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0191812;OID=.;OPOS=113264272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:274:154:154:119:120:0.437956:59:60:72:82:59:61:72:82 chr11 113264470 . A C 604.96 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0136674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.323;QD=24.4429;RBI=0.0312211;REFB=-0.00494983;REVB=0.0280706;RO=44;SAF=30;SAR=25;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185397;STB=0.510163;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00393689;OID=.;OPOS=113264470;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:25:30:23:21:25:30:23:21 chr11 113266821 . G A 396.81 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0148413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.41;QD=14.1718;RBI=0.0191389;REFB=-0.0136952;REVB=0.0120844;RO=66;SAF=14;SAR=32;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879321;STB=0.549757;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0149265;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:32:14:25:41:32:14:25:41 chr11 113270015 . G C 577.68 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0452515;FXX=0.0155027;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3671;QD=18.1945;RBI=0.0467384;REFB=0.0250344;REVB=0.0116953;RO=69;SAF=36;SAR=24;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173235;STB=0.603739;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0360086;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:69:67:60:60:0.472441:24:36:29:40:24:36:27:40 chr11 113270374 . C T 5338.91 PASS AF=0.997151;AO=342;DP=349;FAO=350;FDP=351;FR=.;FRO=1;FSAF=162;FSAR=188;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00447456;FXX=0.00284083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3191;QD=60.8423;RBI=0.110182;REFB=-0.0723482;REVB=0.110091;RO=5;SAF=162;SAR=180;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00754634;STB=0.501538;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000629888;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:349:351:5:1:342:350:0.997151:180:162:1:4:188:162:1:0 chr11 113270828 . G A 997.68 PASS AF=0.464286;AO=102;DP=224;FAO=104;FDP=224;FR=.;FRO=120;FSAF=37;FSAR=67;FSRF=44;FSRR=76;FWDB=0.00723898;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5624;QD=17.8156;RBI=0.0601966;REFB=-0.00421362;REVB=0.0597598;RO=122;SAF=37;SAR=65;SRF=44;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222342;STB=0.506343;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00627419;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:122:120:102:104:0.464286:65:37:44:78:67:37:44:76 chr11 113283477 . A G 516.39 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=46;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=17;FWDB=-0.0230359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.22;QD=16.137;RBI=0.0278973;REFB=-0.015593;REVB=-0.0157356;RO=72;SAF=46;SAR=10;SRF=55;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091532;STB=0.55149;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0238861;OID=.;OPOS=113283477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:72:56:56:0.4375:10:46:55:17:10:46:55:17 chr11 113561054 . A G 7118.45 PASS AF=1;AO=443;DP=446;FAO=445;FDP=445;FR=.;FRO=0;FSAF=195;FSAR=250;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205723;FXX=0.0022421;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.013;QD=63.9861;RBI=0.0251608;REFB=0;REVB=-0.0144861;RO=0;SAF=195;SAR=248;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52291e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96191e-05;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:446:445:0:0:443:445:1:248:195:0:0:250:195:0:0 chr11 113561057 . A G 6839.55 PASS AF=0.98427;AO=436;DP=445;FAO=438;FDP=445;FR=.;FRO=7;FSAF=189;FSAR=249;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0130161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7038;QD=61.4791;RBI=0.0246583;REFB=-0.0707816;REVB=-0.020943;RO=5;SAF=189;SAR=247;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124576;STB=0.50681;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00120391;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:445:445:5:7:436:438:0.98427:247:189:5:0:249:189:6:1 chr11 113570405 . T C 1453.45 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00823952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.841;QD=63.1936;RBI=0.041727;REFB=0;REVB=0.0409054;RO=0;SAF=17;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09614e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02476e-05;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:75:17:0:0:75:17:0:0 chr11 113570770 . TGG TG,TGC 211.88 PASS AF=0.353982,0.0176991;AO=35,4;DP=113;FAO=40,2;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=4,0;FSAR=36,2;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.0460014,0.0132042;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.7039,19.2584;QD=7.50001;RBI=0.0465764,0.0285968;REFB=-0.0451946,-0.0207184;REVB=0.00729581,-0.0253659;RO=65;SAF=2,0;SAR=33,4;SRF=37;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.700165,-0.522466;STB=0.864096,0.995785;STBP=0,0.108;TYPE=del,snp;VARB=0.0739938,-0.0174154;OID=.,.;OPOS=113570771,113570772;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TG,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.353982,0.0176991:35,4:113:40,2:113:71:4,0:36,2:42:29:99:65:2,0:33,4:37:28 chr11 113570852 . C T 2246.25 PASS AF=0.986207;AO=142;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=96;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.023618;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.337;QD=61.9656;RBI=0.0244503;REFB=-0.149252;REVB=-0.00632526;RO=2;SAF=46;SAR=96;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202209;STB=0.510415;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000770204;OID=.;OPOS=113570852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:145:2:2:142:143:0.986207:96:46:2:0:96:47:2:0 chr11 113576932 . A G 1925.08 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.673;QD=61.6026;RBI=0.103724;REFB=0;REVB=0.0225989;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269654;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:69:55:0:0:70:55:0:0 chr11 113670052 . T A 1450.69 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00471702;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.454;QD=61.0819;RBI=0.0201379;REFB=-0.0651165;REVB=0.0195776;RO=2;SAF=51;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194873;STB=0.501028;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000929996;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:95:2:2:93:93:0.978947:42:51:1:1:42:51:1:1 chr11 113679119 . C T 1339.7 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2458;QD=62.3116;RBI=0.0711949;REFB=0;REVB=0.0693765;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338329;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:46:38:0:0:48:38:0:0 chr11 113803028 . A C 2334.33 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.889;QD=60.632;RBI=0.067538;REFB=0;REVB=0.00732505;RO=1;SAF=83;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569559;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84282e-05;OID=.;OPOS=113803028;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:154:1:0:145:154:1:62:83:1:0:62:92:0:0 chr11 113848273 . A T 716.38 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0692016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0037;QD=51.1701;RBI=0.0747358;REFB=0.000961864;REVB=-0.0282235;RO=2;SAF=34;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269106;STB=0.501466;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00124256;OID=.;OPOS=113848273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:2:3:53:53:0.946429:19:34:2:0:19:34:2:1 chr11 113856817 . T G 262.87 PASS AF=0.270073;AO=36;DP=137;FAO=37;FDP=137;FR=.;FRO=100;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.0192547;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.358;QD=7.67513;RBI=0.0195841;REFB=-0.0140247;REVB=0.00357659;RO=98;SAF=12;SAR=24;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221895;STB=0.624932;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.037563;OID=.;OPOS=113856817;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:98:100:36:37:0.270073:24:12:50:48:24:13:52:48 chr11 114393652 . C T 1809.61 PASS AF=0.98374;AO=120;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00660316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.531;QD=58.8491;RBI=0.00676002;REFB=-0.100984;REVB=0.00144784;RO=2;SAF=52;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211267;STB=0.501023;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-1.49527e-05;OID=.;OPOS=114393652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:120:121:0.98374:68:52:1:1:68:53:1:1 chr11 114401577 . T C 2280.41 PASS AF=0.945455;AO=156;DP=169;FAO=156;FDP=165;FR=.;FRO=9;FSAF=56;FSAR=100;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0202836;FXX=0.0236672;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.354;QD=55.2827;RBI=0.0208924;REFB=-0.166972;REVB=0.00500662;RO=2;SAF=56;SAR=100;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166843;STB=0.501521;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000961774;OID=.;OPOS=114401577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:169:165:2:9:156:156:0.945455:100:56:2:0:100:56:3:6 chr11 114421857 . T C 899.96 PASS AF=0.520468;AO=89;DP=171;FAO=89;FDP=171;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.00998917;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.721;QD=21.0517;RBI=0.0228512;REFB=-0.00735257;REVB=0.0205522;RO=81;SAF=34;SAR=55;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344075;STB=0.522506;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0059582;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:81:82:89:89:0.520468:55:34:34:47:55:34:35:47 chr11 114421861 . G A 830.68 PASS AF=0.502994;AO=83;DP=167;FAO=84;FDP=167;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.058498;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9984;QD=19.8964;RBI=0.0630569;REFB=0.0211295;REVB=-0.0235405;RO=84;SAF=34;SAR=49;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178096;STB=0.514854;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0319369;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:84:83:83:84:0.502994:49:34:36:48:50:34:36:47 chr11 114421895 . G A 420.62 PASS AF=0.446429;AO=43;DP=118;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.00178972;FXX=0.0967664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.094;QD=15.0222;RBI=0.0160108;REFB=0.000189097;REVB=-0.0159104;RO=51;SAF=21;SAR=22;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554522;STB=0.502537;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0062635;OID=.;OPOS=114421895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:112:51:62:43:50:0.446429:22:21:22:29:28:22:27:35 chr11 114421909 . T C 317.08 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0040381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.97;QD=11.9653;RBI=0.0186792;REFB=0.00127903;REVB=0.0182375;RO=62;SAF=9;SAR=30;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275351;STB=0.686172;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00225737;OID=.;OPOS=114421909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:67:39:39:0.367925:30:9:28:34:30:9:33:34 chr11 114421912 . A G 417.43 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.01159;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.624;QD=17.0382;RBI=0.0116809;REFB=0.019677;REVB=0.00145439;RO=52;SAF=15;SAR=28;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579546;STB=0.530995;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0265928;OID=.;OPOS=114421912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:52:55:43:43:0.438776:28:15:21:31:28:15:22:33 chr11 114441943 . G A 1571.03 PASS AF=0.925;AO=111;DP=120;FAO=111;FDP=120;FR=.;FRO=9;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0142301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.7364;QD=52.3677;RBI=0.0268754;REFB=-0.0740244;REVB=-0.022799;RO=8;SAF=54;SAR=57;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494338;STB=0.530148;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00196775;OID=.;OPOS=114441943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:120:120:8:9:111:111:0.925:57:54:7:1:57:54:8:1 chr11 114442103 . A G,T 374.76 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=24,2;DP=27;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342861,-0.00666825;FXX=0.0357015;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.092,162.054;QD=55.5195;RBI=0.0464382,0.0204285;REFB=0,0;REVB=0.0313205,0.0193095;RO=0;SAF=13,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00187245,-0.0794341;OID=.,.;OPOS=114442103,114442103;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:24,2:25,2:0.925926,0.0740741:11,1:13,1:0:0:11,1:14,1:0:0 chr11 114569054 . A G 3870.96 PASS AF=1;AO=236;DP=240;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115595;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1677;QD=61.2009;RBI=0.115717;REFB=0.0158386;REVB=-0.00530524;RO=2;SAF=109;SAR=127;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000614334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34937e-05;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:240:253:2:0:236:253:1:127:109:1:1:135:118:0:0 chr11 114576626 . A T 1384.61 PASS AF=0.901786;AO=102;DP=112;FAO=101;FDP=112;FR=.;FRO=11;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0031271;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.5808;QD=49.4503;RBI=0.031922;REFB=-0.0848766;REVB=0.0317684;RO=1;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998794;STB=0.534647;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0146326;OID=.;OPOS=114576626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:112:112:1:11:102:101:0.901786:47:55:0:1:47:54:2:9 chr11 115044850 . C A 341.0 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00711344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.972;QD=15.6782;RBI=0.0280068;REFB=-0.0166735;REVB=-0.0270884;RO=50;SAF=25;SAR=12;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188121;STB=0.606498;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.021428;OID=.;OPOS=115044850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:12:25:25:25:12:25:25:25 chr11 116658671 . C G 57.11 PASS AF=0.277778;AO=8;DP=33;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0208379;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.5921;QD=6.34583;RBI=0.0231149;REFB=-0.0107448;REVB=0.010004;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18381;STB=0.562383;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00513026;OID=.;OPOS=116658671;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:33:36:25:26:8:10:0.277778:5:3:6:19:7:3:6:20 chr11 116661826 . T C 2933.34 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.073;QD=62.7452;RBI=0.0214305;REFB=0;REVB=0.0152892;RO=0;SAF=107;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61911e-06;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:177:187:0:0:177:187:1:70:107:0:0:72:115:0:0 chr11 116662579 . C T 2368.44 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.438;QD=61.121;RBI=0.0149761;REFB=0;REVB=0.0108126;RO=0;SAF=64;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83201e-07;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:91:64:0:0:91:64:0:0 chr11 116692334 . C T 2160.58 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.119;QD=63.0827;RBI=0.119411;REFB=0;REVB=0.118229;RO=0;SAF=63;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164087;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:127:137:0:0:127:137:1:64:63:0:0:72:65:0:0 chr11 116693464 . C T 2978.42 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.724;QD=63.3706;RBI=0.0210726;REFB=0;REVB=-0.015044;RO=0;SAF=95;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40368e-08;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:187:188:1:92:95:0:0:92:96:0:0 chr11 116701535 . T C 1572.91 PASS AF=0.990654;AO=85;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00172282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.861;QD=58.8002;RBI=0.0332174;REFB=-0.0481562;REVB=0.0331727;RO=0;SAF=22;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76073e-08;STB=0.505881;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000318661;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:85:106:0.990654:63:22:0:0:64:42:1:0 chr11 117042377 . G A 2781.67 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.779;QD=62.1603;RBI=0.0337945;REFB=0;REVB=0.0115175;RO=0;SAF=83;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6671e-05;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:179:0:0:176:179:1:93:83:0:0:93:86:0:0 chr11 117156552 . T C 1029.67 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268445;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6342;QD=59.6908;RBI=0.0383155;REFB=0;REVB=0.0273396;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20809e-06;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr11 117160347 . A G 1636.68 PASS AF=0.982609;AO=109;DP=113;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0354619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.756;QD=56.928;RBI=0.0355834;REFB=-0.173798;REVB=-0.00293858;RO=1;SAF=40;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117188;STB=0.511109;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0024191;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:115:1:2:109:113:0.982609:69:40:1:0:69:44:2:0 chr11 117161295 . G T 1016.38 PASS AF=0.502564;AO=98;DP=199;FAO=98;FDP=195;FR=.;FRO=97;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=63;FWDB=-0.00124345;FXX=0.0249988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.819;QD=20.8488;RBI=0.00687232;REFB=-0.00425808;REVB=0.0067589;RO=94;SAF=53;SAR=45;SRF=32;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177493;STB=0.593819;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00372823;OID=.;OPOS=117161295;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:195:94:97:98:98:0.502564:45:53:32:62:45:53:34:63 chr11 117163824 . C G 3055.87 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6352;QD=63.6639;RBI=0.0609247;REFB=0;REVB=0.0564085;RO=0;SAF=101;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59214e-05;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:192:192:1:91:101:0:0:91:101:0:0 chr11 117225982 . C T 326.23 PASS AF=0.433735;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00858286;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7863;QD=15.7219;RBI=0.0145217;REFB=-0.0162428;REVB=-0.0117139;RO=45;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636132;STB=0.530104;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0209759;OID=.;OPOS=117225982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:47:35:36:0.433735:18:17:19:26:18:18:21:26 chr11 117252489 . T C 10136.8 PASS AF=0.992236;AO=513;DP=646;FAO=639;FDP=644;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=430;FSAR=209;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300285;FXX=0.00463671;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.78;QD=62.9613;RBI=0.0394065;REFB=-0.0221612;REVB=0.0255179;RO=1;SAF=335;SAR=178;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267492;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234962;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:646:644:1:0:513:639:0.992236:178:335:0:1:209:430:0:0 chr11 117267884 . A G 1171.32 PASS AF=0.450909;AO=123;DP=274;FAO=124;FDP=275;FR=.;FRO=151;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=86;FSRR=65;FWDB=-0.0245859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2219;QD=17.0374;RBI=0.0500176;REFB=-0.00915993;REVB=-0.043558;RO=151;SAF=55;SAR=68;SRF=86;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12142;STB=0.56897;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0101399;OID=.;OPOS=117267884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:275:151:151:123:124:0.450909:68:55:86:65:69:55:86:65 chr11 117280724 . TC T 150.98 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0326061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.5053;QD=16.3222;RBI=0.0336336;REFB=-0.0683965;REVB=-0.00825005;RO=16;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18729;STB=0.611394;STBP=0.192;TYPE=del;VARB=0.0576872;OID=.;OPOS=117280725;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567568:20:37:21:37:16:4:17:6:10:98:16:4:16:6:10 chr11 117282800 . G T 1554.58 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303217;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.832;QD=64.1065;RBI=0.0524203;REFB=0;REVB=0.0427608;RO=0;SAF=60;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176377;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:98:97:1:38:60:0:0:37:60:0:0 chr11 117309989 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.923;QD=57.2371;RBI=0.0778368;REFB=0;REVB=-0.0771279;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020882;OID=.;OPOS=117309989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr11 117310022 . A G 1000.64 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000713595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.221;QD=58.8612;RBI=0.0130148;REFB=0;REVB=-0.0129952;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04061e-05;OID=.;OPOS=117310022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:34:31:0:0:35:33:0:0 chr11 117335722 . T C 2541.54 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7314;QD=61.242;RBI=0.0462858;REFB=0;REVB=0.0283997;RO=0;SAF=76;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587562;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:166:0:0:161:166:1:85:76:0:0:85:81:0:0 chr11 117376413 . G A 771.05 PASS AF=0.484848;AO=80;DP=165;FAO=80;FDP=165;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0124612;FXX=0.00602373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7686;QD=18.6921;RBI=0.0394657;REFB=-0.0177556;REVB=0.0374468;RO=85;SAF=37;SAR=43;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295982;STB=0.516336;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0234602;OID=.;OPOS=117376413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:85:85:80:80:0.484848:43:37:42:43:43:37:42:43 chr11 117403235 . G T 532.47 PASS AF=0.392405;AO=61;DP=159;FAO=62;FDP=158;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=-0.00074539;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.463;QD=13.4802;RBI=0.00578817;REFB=-0.00407283;REVB=0.00573998;RO=93;SAF=18;SAR=43;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124049;STB=0.579723;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00510835;OID=.;OPOS=117403235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:93:96:61:62:0.392405:43:18:37:56:44:18:39:57 chr11 117691386 . G A 427.13 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0174004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5132;QD=16.916;RBI=0.0192064;REFB=-0.00946084;REVB=-0.00813085;RO=55;SAF=17;SAR=29;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254236;STB=0.514187;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0125352;OID=.;OPOS=117691386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:29:17:19:36:29:17:19:36 chr11 117693255 . T C 1252.35 PASS AF=0.477778;AO=128;DP=270;FAO=129;FDP=270;FR=.;FRO=141;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=58;FSRR=83;FWDB=-0.0203022;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.378;QD=18.5534;RBI=0.0304154;REFB=-0.0308642;REVB=-0.0226477;RO=140;SAF=64;SAR=64;SRF=59;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745659;STB=0.544298;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0319598;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:140:141:128:129:0.477778:64:64:59:81:65:64:58:83 chr11 117774146 . C G 592.35 PASS AF=0.41875;AO=67;DP=161;FAO=67;FDP=160;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.00169783;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.274;QD=14.8088;RBI=0.00195807;REFB=-0.00157685;REVB=0.000975419;RO=92;SAF=25;SAR=42;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156548;STB=0.584977;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00257721;OID=.;OPOS=117774146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:92:93:67:67:0.41875:42:25:48:44:42:25:48:45 chr11 117774291 . A C 1475.5 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00411863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.913;QD=57.3008;RBI=0.025851;REFB=0.0307111;REVB=-0.0255208;RO=2;SAF=54;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00128235;STB=0.500676;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00146818;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:47:54:1:1:47:54:1:1 chr11 117781435 . A G 1242.49 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.576;QD=61.3577;RBI=0.0449279;REFB=0;REVB=0.0220329;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90794e-05;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:44:34:0:0:46:35:0:0 chr11 117789342 . T C 379.73 PASS AF=0.256522;AO=51;DP=224;FAO=59;FDP=230;FR=.;FRO=171;FSAF=44;FSAR=15;FSRF=77;FSRR=94;FWDB=-0.0104271;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0269;QD=6.60395;RBI=0.0192493;REFB=-0.0278697;REVB=-0.0161806;RO=145;SAF=39;SAR=12;SRF=52;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489449;STB=0.725379;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0946024;OID=.;OPOS=117789342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:230:145:171:51:59:0.256522:12:39:52:93:15:44:77:94 chr11 117789345 . G C 402.66 PASS AF=0.273543;AO=61;DP=223;FAO=61;FDP=223;FR=.;FRO=162;FSAF=52;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=97;FWDB=-0.0324624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.7348;QD=7.22262;RBI=0.0641982;REFB=-0.0125955;REVB=0.055386;RO=160;SAF=52;SAR=9;SRF=63;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578005;STB=0.839489;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0333894;OID=.;OPOS=117789345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:160:162:61:61:0.273543:9:52:63:97:9:52:65:97 chr11 117857338 . G C 790.39 PASS AF=0.479532;AO=82;DP=171;FAO=82;FDP=171;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=-0.0154086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9559;QD=18.4886;RBI=0.0364631;REFB=-0.00140596;REVB=-0.0330474;RO=87;SAF=29;SAR=53;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374045;STB=0.51599;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00117498;OID=.;OPOS=117857338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:87:89:82:82:0.479532:53:29:34:53:53:29:34:55 chr11 117859209 . G A 288.95 PASS AF=0.319328;AO=38;DP=120;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0225845;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3171;QD=9.71268;RBI=0.0363299;REFB=-0.0218206;REVB=0.028457;RO=81;SAF=19;SAR=19;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216645;STB=0.512598;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0401954;OID=.;OPOS=117859209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:81:81:38:38:0.319328:19:19:42:39:19:19:42:39 chr11 117864113 . G A 440.67 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00147214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.876;QD=19.5851;RBI=0.0151649;REFB=-0.00167716;REVB=-0.0150933;RO=46;SAF=23;SAR=21;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191469;STB=0.510633;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00311966;OID=.;OPOS=117864113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:21:23:25:21:21:23:25:21 chr11 117864846 . A G 489.28 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0391518;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.218;QD=17.9553;RBI=0.0452666;REFB=-0.0104551;REVB=-0.02272;RO=54;SAF=22;SAR=30;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105332;STB=0.545243;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0102314;OID=.;OPOS=117864846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:54:57:52:52:0.477064:30:22:29:25:30:22:29:28 chr11 117869670 . A G 1150.83 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.728;QD=60.5702;RBI=0.0247876;REFB=0;REVB=0.0180098;RO=0;SAF=23;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17869e-06;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:53:23:0:0:53:23:0:0 chr11 117896135 . C T 2434.4 PASS AF=0.39854;AO=273;DP=685;FAO=273;FDP=685;FR=.;FRO=412;FSAF=140;FSAR=133;FSRF=199;FSRR=213;FWDB=-0.00896482;FXX=0.0043604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.529;QD=14.2155;RBI=0.0113896;REFB=0.00145032;REVB=0.00702535;RO=409;SAF=140;SAR=133;SRF=197;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334611;STB=0.517924;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00255171;OID=.;OPOS=117896135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:685:685:409:412:273:273:0.39854:133:140:197:212:133:140:199:213 chr11 117896521 . T A 172.6 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0253228;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.896;QD=11.7018;RBI=0.0253787;REFB=0.000202802;REVB=0.0016824;RO=34;SAF=16;SAR=6;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134425;STB=0.595653;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-2.02345e-05;OID=.;OPOS=117896521;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:34:37:22:22:0.372881:6:16:21:13:6:16:22:15 chr11 117899636 . GGA G,GG 41.36 PASS AF=0.4375,0;AO=4,2;DP=16;FAO=7,0;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4,0;FSAR=3,0;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.107344,-0.280488;FXX=0;HRUN=4,5;LEN=2,1;MLLD=26.8366,12.862;QD=10.3401;RBI=0.131498,0.289942;REFB=-0.10161,-0.102139;REVB=0.075953,0.0734356;RO=6;SAF=3,2;SAR=1,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.426205,0;STB=0.764197,0.5;STBP=0.192,1;TYPE=del,del;VARB=0.148087,0;OID=.,.;OPOS=117899637,117899638;OREF=GA,A;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375,0:4,2:16:7,0:16:9:4,0:3,0:9:0:40:6:3,2:1,0:6:0 chr11 117965595 . C T 357.61 PASS AF=0.401869;AO=42;DP=106;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0103974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3295;QD=13.3684;RBI=0.0111106;REFB=-0.0165692;REVB=-0.00391646;RO=64;SAF=19;SAR=23;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508743;STB=0.534949;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0283004;OID=.;OPOS=117965595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:64:64:42:43:0.401869:23:19:32:32:24:19:32:32 chr11 117969751 . TGGGG ATGGG,TCGGG,TGGG,TGGGC 38.57 PASS AF=0,0.0133333,0.146667,0.0266667;AO=3,3,17,3;DP=75;FAO=0,1,11,2;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=0,0,4,0;FSAR=0,1,7,2;FSRF=12;FSRR=49;FWDB=-0.0831769,-0.125421,-0.214625,-0.0741947;FXX=0;HRUN=1,4,4,4;LEN=2,1,1,1;MLLD=118.836,42.5726,10.9687,167.746;QD=2.05706;RBI=0.0933937,0.145071,0.214953,0.0849751;REFB=-0.00392324,-0.0356004,-0.129304,-0.00966857;REVB=-0.0424733,-0.0729057,-0.0118652,-0.0414236;RO=37;SAF=3,0,4,0;SAR=0,3,13,3;SRF=5;SRR=32;SSEN=0,0,0.446154,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.74193,-0.396542,0.18218,-0.396542;STB=0.5,0.984344,0.66642,0.992018;STBP=1,0.568,0.324,0.374;TYPE=mnp,snp,del,snp;VARB=0,0.0999193,0.136942,0.168516;OID=.,.,.,.;OPOS=117969751,117969752,117969752,117969755;OREF=TG,G,G,G;OALT=AT,C,-,C;OMAPALT=ATGGG,TCGGG,TGGG,TGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:27:75:75:37:61:3,3,17,3:0,1,11,2:0,0.0133333,0.146667,0.0266667:0,3,13,3:3,0,4,0:5:32:0,1,7,2:0,0,4,0:12:49 chr11 117982460 . T TG 145.36 PASS AF=0.375;AO=14;DP=128;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.282193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.4446;QD=4.54248;RBI=0.28229;REFB=0.0322398;REVB=0.0074213;RO=113;SAF=14;SAR=0;SRF=61;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.642776;STB=0.577744;STBP=0.178;TYPE=ins;VARB=-0.050786;OID=.;OPOS=117982461;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:14:128:48:128:80:32:16:44:36:99:113:14:0:61:52 chr11 117982464 . A G 468.21 PASS AF=0.401515;AO=52;DP=132;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0455594;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7437;QD=14.1881;RBI=0.0897777;REFB=-0.0142942;REVB=-0.0773588;RO=79;SAF=36;SAR=16;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18419;STB=0.608019;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0190873;OID=.;OPOS=117982464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:79:79:52:53:0.401515:16:36:42:37:16:37:42:37 chr11 117982495 . T G 2350.82 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.444;QD=63.968;RBI=0.0140957;REFB=0;REVB=0.0133391;RO=0;SAF=80;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35834e-06;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:147:0:0:143:147:1:63:80:0:0:65:82:0:0 chr11 117988082 . T C 2651.29 PASS AF=0.927461;AO=179;DP=193;FAO=179;FDP=193;FR=.;FRO=14;FSAF=81;FSAR=98;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0104324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.218;QD=54.9491;RBI=0.0313234;REFB=-0.0167904;REVB=-0.0295351;RO=13;SAF=81;SAR=98;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705192;STB=0.539768;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00351818;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:193:193:13:14:179:179:0.927461:98:81:13:0:98:81:14:0 chr11 117988105 . C T 937.16 PASS AF=0.473684;AO=98;DP=210;FAO=99;FDP=209;FR=.;FRO=110;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=0.0268408;FXX=0.00476168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2921;QD=17.9361;RBI=0.027801;REFB=-0.0191057;REVB=-0.00724348;RO=108;SAF=50;SAR=48;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975537;STB=0.545674;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0123605;OID=.;OPOS=117988105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:108:110:98:99:0.473684:48:50:44:64:49:50:46:64 chr11 118005622 . T G 236.01 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00754825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.641;QD=19.2662;RBI=0.0251637;REFB=0.0169407;REVB=-0.0240049;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111896;STB=0.506324;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0182521;OID=.;OPOS=118005622;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:11:15:13:10:11:15 chr11 118068752 . T C 1106.78 PASS AF=0.425532;AO=120;DP=284;FAO=120;FDP=282;FR=.;FRO=162;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=55;FSRR=107;FWDB=0.00772502;FXX=0.00704201;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.441;QD=15.699;RBI=0.0120853;REFB=-0.00986456;REVB=0.00929396;RO=154;SAF=56;SAR=64;SRF=54;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119296;STB=0.574089;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0190697;OID=.;OPOS=118068752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:282:154:162:120:120:0.425532:64:56:54:100:64:56:55:107 chr11 118074337 . A G 956.78 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356232;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3397;QD=58.8785;RBI=0.0731331;REFB=0;REVB=0.0638705;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620424;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:34:31:0:0 chr11 118081345 . A T 703.05 PASS AF=0.420765;AO=76;DP=182;FAO=77;FDP=183;FR=.;FRO=106;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=0.00576558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.605;QD=15.3671;RBI=0.0235514;REFB=-0.00197088;REVB=0.0228348;RO=106;SAF=30;SAR=46;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121158;STB=0.570667;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0030107;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:106:106:76:77:0.420765:46:30:54:52:47:30:54:52 chr11 118083664 . A G 3017.45 PASS AF=0.994898;AO=191;DP=195;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00753735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0422;QD=61.5807;RBI=0.0171096;REFB=-0.160991;REVB=0.0153599;RO=3;SAF=99;SAR=92;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015272;STB=0.502487;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00125347;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:195:196:3:1:191:195:0.994898:92:99:0:3:95:100:1:0 chr11 118107805 . A G 2321.97 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.716;QD=63.6156;RBI=0.0111732;REFB=0;REVB=-0.000270551;RO=0;SAF=63;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55508e-05;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:145:146:1:82:63:0:0:83:63:0:0 chr11 118110977 . T C 3533.67 PASS AF=0.987069;AO=223;DP=232;FAO=229;FDP=232;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=128;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00813867;FXX=0.0169484;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.1759;QD=60.9254;RBI=0.0851623;REFB=-0.112384;REVB=-0.0847725;RO=4;SAF=96;SAR=127;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00237818;STB=0.501413;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.000810402;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:232:232:4:3:223:229:0.987069:127:96:2:2:128:101:1:2 chr11 118178007 . C T 303.8 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.068714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.291;QD=23.8273;RBI=0.0692329;REFB=-0.00526697;REVB=-0.00846029;RO=21;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129252;STB=0.57622;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00532828;OID=.;OPOS=118178007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:21:21:29:30:0.588235:13:16:8:13:13:17:8:13 chr11 118179197 . A G 989.52 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.834;QD=59.0757;RBI=0.0402149;REFB=0;REVB=0.00952276;RO=0;SAF=14;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013277;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:53:14:0:0:53:14:0:0 chr11 118182829 . T A 151.37 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00900271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7076;QD=13.1629;RBI=0.0265572;REFB=-0.00314162;REVB=-0.0249847;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313996;STB=0.507683;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00738369;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:8:9:14:14:8:9:15:14 chr11 118185140 . T C 212.08 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0011616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7006;QD=12.2944;RBI=0.085637;REFB=0.0137827;REVB=-0.0856291;RO=43;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461877;STB=0.526593;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0217466;OID=.;OPOS=118185140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:15:11:20:23:15:11:20:23 chr11 118375998 . G A 137.85 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0276737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.592;QD=19.0142;RBI=0.0325783;REFB=-0.0162944;REVB=0.0171905;RO=14;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308123;STB=0.677702;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0119748;OID=.;OPOS=118375998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:12:3:7:7:12:3:7:7 chr11 118393396 . A G 559.99 PASS AF=0.348958;AO=67;DP=194;FAO=67;FDP=192;FR=.;FRO=125;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=0.0100708;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3573;QD=11.6664;RBI=0.0288293;REFB=-0.0041092;REVB=0.0270131;RO=123;SAF=30;SAR=37;SRF=65;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915572;STB=0.552223;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00904234;OID=.;OPOS=118393396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:192:123:125:67:67:0.348958:37:30:65:58:37:30:66:59 chr11 118405068 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.629;QD=61.6829;RBI=0.0484912;REFB=0;REVB=-0.048076;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.65571e-05;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr11 118405305 . G A 911.43 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0806867;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.399;QD=53.6138;RBI=0.0839142;REFB=-0.0265256;REVB=0.023049;RO=1;SAF=18;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255165;STB=0.538449;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000641177;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:1:3:65:65:0.955882:47:18:1:0:47:18:3:0 chr11 118405835 . G A 1549.96 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00301402;FXX=0.0272702;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.915;QD=57.9424;RBI=0.00496965;REFB=-0.192371;REVB=-0.00395134;RO=2;SAF=36;SAR=69;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135563;STB=0.507141;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00121541;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:107:2:2:105:105:0.981308:69:36:0:2:69:36:0:2 chr11 118406328 . CAGTGTGGA C 576.48 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476648;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=297.433;QD=60.6825;RBI=0.0478593;REFB=0;REVB=0.00431064;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.90592e-05;OID=.;OPOS=118406329;OREF=AGTGTGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:38:38:38:0:7:31:0:0:4:0:6:31:0:0 chr11 118430519 . C T 1040.63 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4177;QD=57.8127;RBI=0.0268034;REFB=-0.0599779;REVB=-0.0167097;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150093;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596645;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:72:1:0:71:72:1:40:31:1:0:40:32:0:0 chr11 118471423 . T C 2242.15 PASS AF=0.966667;AO=145;DP=150;FAO=145;FDP=150;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=85;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0316898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5721;QD=59.7907;RBI=0.0390359;REFB=-0.0397861;REVB=0.0227938;RO=5;SAF=60;SAR=85;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025089;STB=0.513206;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00299071;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:150:150:5:5:145:145:0.966667:85:60:4:1:85:60:4:1 chr11 118472354 . C A 3128.94 PASS AF=0.99;AO=194;DP=199;FAO=198;FDP=200;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0484184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8285;QD=62.5787;RBI=0.0635092;REFB=-0.0870911;REVB=0.0410983;RO=2;SAF=89;SAR=105;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0089839;STB=0.504717;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000878323;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:199:200:2:2:194:198:0.99:105:89:0:2:105:93:0:2 chr11 118505676 . GT G 8128.44 PASS AF=1;AO=532;DP=571;FAO=570;FDP=570;FR=.;FRO=0;FSAF=251;FSAR=319;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166054;FXX=0.00696852;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2113;QD=57.0417;RBI=0.0806333;REFB=-0.0135389;REVB=-0.0789049;RO=2;SAF=239;SAR=293;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000366818;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.38101e-05;OID=.;OPOS=118505677;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:532:571:570:570:0:251:319:0:0:42:2:239:293:1:1 chr11 118529017 . T G 817.65 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.139;QD=57.3789;RBI=0.0298815;REFB=0;REVB=0.0279421;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44993e-05;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:28:29:0:0 chr11 118529044 . C CG 780.18 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00288024;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=243.716;QD=46.5778;RBI=0.0128376;REFB=-0.0524349;REVB=0.0125104;RO=1;SAF=26;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178181;STB=0.509431;STBP=0.293;TYPE=ins;VARB=0.000597476;OID=.;OPOS=118529045;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985075:64:67:66:67:1:26:40:1:0:9:1:26:38:1:0 chr11 118529069 . G C 1249.41 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00957237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0389;QD=60.2126;RBI=0.0244692;REFB=0.093849;REVB=0.0225191;RO=1;SAF=33;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141336;STB=0.507461;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0167594;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:49:33:1:0:49:33:1:0 chr11 118529078 . G C 1133.45 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0167884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5072;QD=54.624;RBI=0.0899893;REFB=-0.148624;REVB=0.0884094;RO=5;SAF=30;SAR=48;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257183;STB=0.513615;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00946322;OID=.;OPOS=118529078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:83:83:5:5:78:78:0.939759:48:30:3:2:48:30:3:2 chr11 118621825 . G GT,T 1407.8 PASS AF=1,0;AO=92,6;DP=109;FAO=110,0;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57,0;FSAR=53,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039,-0.0149846;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=19.757,21.7755;QD=51.1928;RBI=0.0909417,0.0224249;REFB=0,0;REVB=0.0821548,-0.0166834;RO=8;SAF=48,4;SAR=44,2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00329258,0.162008;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00606961,0;OID=.,.;OPOS=118621826,118621825;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:109:110:8:0:92,6:110,0:1,0:44,2:48,4:4:4:53,0:57,0:0:0 chr11 118622693 . CTTT C 212.65 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00214083;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=49.0072;QD=12.6954;RBI=0.050417;REFB=0.0404683;REVB=0.0503715;RO=31;SAF=16;SAR=15;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201851;STB=0.611874;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=-0.0392988;OID=.;OPOS=118622694;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477612:31:67:32:67:35:16:16:10:25:99:31:16:15:9:22 chr11 118622744 . G A 1053.01 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0074412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.709;QD=56.9196;RBI=0.0219229;REFB=0.0341768;REVB=0.0206214;RO=1;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975253;STB=0.510201;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.000655617;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:74:1:2:72:72:0.972973:48:24:0:1:48:24:0:2 chr11 118744701 . A AAAAG 208.58 PASS AF=0.9;AO=11;DP=21;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0.0908678;HRUN=4;LEN=4;MLLD=93.0813;QD=41.717;RBI=0.0138593;REFB=-0.215621;REVB=0.0138593;RO=9;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0171538;OID=.;OPOS=118744702;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=AAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:11:21:18:20:2:0:18:0:2:10:9:0:11:0:9 chr11 118757006 . C T 220.56 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0176696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5774;QD=14.2298;RBI=0.0223254;REFB=0.002966;REVB=-0.0136459;RO=36;SAF=18;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657946;STB=0.545281;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00531561;OID=.;OPOS=118757006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:36:25:26:0.419355:7:18:24:12:7:19:24:12 chr11 118757191 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00875458;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.593;QD=21.3533;RBI=0.0109774;REFB=0.000490316;REVB=0.00662265;RO=9;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132648;STB=0.574364;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000397088;OID=.;OPOS=118757191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:3:10:8:1:3:10:8:1 chr11 118757201 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00881073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.37;QD=50.4125;RBI=0.0182084;REFB=0;REVB=0.0159347;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0267e-05;OID=.;OPOS=118757201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:2:16:0:0:2:17:0:0 chr11 118765267 . G C 802.15 PASS AF=0.416667;AO=90;DP=214;FAO=90;FDP=216;FR=.;FRO=126;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=-0.0125017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.322;QD=14.8546;RBI=0.0202566;REFB=-0.0150364;REVB=-0.0159386;RO=117;SAF=42;SAR=48;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641828;STB=0.519476;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0205169;OID=.;OPOS=118765267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:216:117:126:90:90:0.416667:48:42:62:55:48:42:63:63 chr11 118769442 . A G 4955.65 PASS AF=1;AO=308;DP=311;FAO=316;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.614;QD=62.7297;RBI=0.0105518;REFB=0;REVB=-0.00764537;RO=0;SAF=153;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58392e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.53806e-06;OID=.;OPOS=118769442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:311:316:0:0:308:316:1:155:153:0:0:160:156:0:0 chr11 118772387 . T G 627.13 PASS AF=0.442308;AO=69;DP=156;FAO=69;FDP=156;FR=.;FRO=87;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=-0.0607397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.941;QD=16.0803;RBI=0.0634627;REFB=-0.000676995;REVB=0.0183905;RO=85;SAF=44;SAR=25;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02755;STB=0.510193;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.000979433;OID=.;OPOS=118772387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:85:87:69:69:0.442308:25:44:52:33:25:44:54:33 chr11 118801961 . AGGAGGATCACTTGACCCC A 135.43 PASS AF=0.456522;AO=18;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0155765;FXX=0.061212;HRUN=2;LEN=18;MLLD=353.893;QD=11.7765;RBI=0.0293008;REFB=-0.0211851;REVB=-0.0248175;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168581;STB=0.523787;STBP=0.803;TYPE=del;VARB=0.0206284;OID=.;OPOS=118801962;OREF=GGAGGATCACTTGACCCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522:18:46:21:46:25:10:11:13:12:99:16:10:8:12:4 chr11 118802128 . G T 413.78 PASS AF=0.4;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0281147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.203;QD=13.7925;RBI=0.0320528;REFB=-0.0178821;REVB=-0.0153931;RO=72;SAF=27;SAR=21;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168372;STB=0.595002;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0323964;OID=.;OPOS=118802128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:72:48:48:0.4:21:27:29:43:21:27:29:43 chr11 118890022 . C T 532.08 PASS AF=0.509259;AO=53;DP=106;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0233135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9011;QD=19.7067;RBI=0.0529974;REFB=-0.0226907;REVB=0.0475942;RO=53;SAF=22;SAR=31;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348773;STB=0.526708;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0227038;OID=.;OPOS=118890022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:53:53:53:55:0.509259:31:22:24:29:33:22:24:29 chr11 118895686 . C T 1263.93 PASS AF=0.501961;AO=128;DP=255;FAO=128;FDP=255;FR=.;FRO=127;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=44;FSRR=83;FWDB=0.0200503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9169;QD=19.8264;RBI=0.0273276;REFB=-0.0101984;REVB=-0.0185682;RO=127;SAF=57;SAR=71;SRF=44;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920226;STB=0.550372;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0126467;OID=.;OPOS=118895686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:127:127:128:128:0.501961:71:57:44:83:71:57:44:83 chr11 118898435 . AC A 2009.3 PASS AF=1;AO=167;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.1431;QD=45.1529;RBI=0.151467;REFB=-0.0106491;REVB=0.143416;RO=7;SAF=73;SAR=94;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00333531;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:167:178:178:178:0:74:104:0:0:30:7:73:94:0:7 chr11 118919206 . T C 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.899;QD=64.2851;RBI=0.0289664;REFB=0;REVB=-0.0255877;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.46166e-05;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr11 118922200 . G A 1660.45 PASS AF=0.475138;AO=167;DP=358;FAO=172;FDP=362;FR=.;FRO=190;FSAF=69;FSAR=103;FSRF=73;FSRR=117;FWDB=-0.00630467;FXX=0.00275475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.58;QD=18.3475;RBI=0.0100988;REFB=-0.0147209;REVB=0.00788902;RO=189;SAF=68;SAR=99;SRF=72;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263386;STB=0.509292;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0135548;OID=.;OPOS=118922200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:362:189:190:167:172:0.475138:99:68:72:117:103:69:73:117 chr11 118925341 . G A 1293.25 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0198746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.962;QD=59.4599;RBI=0.0201128;REFB=-0.184694;REVB=0.00308649;RO=2;SAF=36;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00340702;STB=0.501799;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.000801382;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:87:2:2:85:85:0.977011:49:36:1:1:49:36:1:1 chr11 118927013 . T TC 993.84 PASS AF=1;AO=87;DP=121;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123855;FXX=0.0172399;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.2769;QD=34.8717;RBI=0.261259;REFB=0;REVB=0.230035;RO=31;SAF=43;SAR=44;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265533;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00627227;OID=.;OPOS=118927014;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:121:114:114:0:60:54:0:0:17:31:43:44:17:14 chr11 118947634 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.28;QD=56.938;RBI=0.043942;REFB=0;REVB=-0.012458;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143736;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr11 118967758 . T C 562.38 PASS AF=0.541667;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00914687;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.621;QD=23.4323;RBI=0.0117734;REFB=-0.0173905;REVB=-0.00741275;RO=44;SAF=25;SAR=26;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108843;STB=0.510413;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0200367;OID=.;OPOS=118967758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:44:44:51:52:0.541667:26:25:21:23:26:26:21:23 chr11 119005088 . C T 1339.61 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00890953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0447;QD=62.3073;RBI=0.0567444;REFB=0;REVB=0.0560406;RO=0;SAF=29;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023726;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:57:29:0:0:57:29:0:0 chr11 119005132 . C T 602.85 PASS AF=0.872727;AO=48;DP=55;FAO=48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.084048;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.163;QD=43.8435;RBI=0.0845666;REFB=-0.0461689;REVB=0.00935097;RO=6;SAF=6;SAR=42;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262546;STB=0.636297;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00189717;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:6:7:48:48:0.872727:42:6:5:1:42:6:5:2 chr11 119031841 . G GC 227.42 PASS AF=1;AO=17;DP=29;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.290604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.3938;QD=37.9033;RBI=0.290641;REFB=0;REVB=-0.00463883;RO=12;SAF=2;SAR=15;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.665792;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0186224;OID=.;OPOS=119031842;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:29:24:24:0:9:15:0:0:5:12:2:15:12:0 chr11 119043656 . C T 2547.3 PASS AF=0.920635;AO=173;DP=188;FAO=174;FDP=189;FR=.;FRO=15;FSAF=98;FSAR=76;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.000481028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.936;QD=53.9111;RBI=0.00251059;REFB=-0.156382;REVB=-0.00246408;RO=14;SAF=98;SAR=75;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050567;STB=0.529076;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00107461;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:188:189:14:15:173:174:0.920635:75:98:3:11:76:98:3:12 chr11 119052826 . C A 12889.2 PASS AF=1;AO=811;DP=816;FAO=814;FDP=814;FR=.;FRO=0;FSAF=370;FSAR=444;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640946;FXX=0.0157193;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4232;QD=63.3377;RBI=0.0836869;REFB=-0.0585894;REVB=0.0538088;RO=3;SAF=369;SAR=442;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00323151;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393751;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:56:816:814:3:0:811:814:1:442:369:0:3:444:370:0:0 chr11 119054488 . C T 2136.46 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.938;QD=62.8372;RBI=0.0412795;REFB=0;REVB=0.0409882;RO=0;SAF=81;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12374e-05;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:136:0:0:132:136:1:51:81:0:0:52:84:0:0 chr11 119059404 . G A,T 1355.65 PASS AF=0.977778,0.0222222;AO=76,8;DP=85;FAO=88,2;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=61,0;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501851,-0.0106715;FXX=0.0109878;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=83.6771,43.0139;QD=60.251;RBI=0.00809536,0.0203011;REFB=0,0;REVB=0.00635212,-0.0172701;RO=0;SAF=55,0;SAR=21,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000937606,0.019854;OID=.,.;OPOS=119059404,119059404;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:85:90:0:0:76,8:88,2:0.977778,0.0222222:21,8:55,0:0:0:27,2:61,0:0:0 chr11 119063908 . C T 1282.19 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010677;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.298;QD=60.3381;RBI=0.0435801;REFB=-0.130639;REVB=0.042252;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111436;STB=0.505746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00137636;OID=.;OPOS=119063908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:1:1:83:84:0.988235:41:42:1:0:41:43:1:0 chr11 119065709 . G C 1438.62 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0585072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.442;QD=61.218;RBI=0.0589881;REFB=-0.0126661;REVB=-0.00751669;RO=1;SAF=31;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783573;STB=0.504131;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00194434;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:94:1:1:91:93:0.989362:60:31:0:1:60:33:0:1 chr11 119181170 . T C 439.3 PASS AF=0.47;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.0372768;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3961;QD=17.5721;RBI=0.0372807;REFB=-0.0226853;REVB=-0.000541396;RO=52;SAF=25;SAR=22;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154286;STB=0.589419;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0160305;OID=.;OPOS=119181170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:52:53:47:47:0.47:22:25:36:16:22:25:37:16 chr11 119206375 . G A 479.26 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0131267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.571;QD=22.5534;RBI=0.0149622;REFB=-0.0245854;REVB=0.00718031;RO=39;SAF=26;SAR=20;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170672;STB=0.593868;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0224365;OID=.;OPOS=119206375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:20:26:14:25:20:26:14:25 chr11 119213303 . C T 999.76 PASS AF=0.436;AO=107;DP=248;FAO=109;FDP=250;FR=.;FRO=141;FSAF=81;FSAR=28;FSRF=88;FSRR=53;FWDB=-0.00350291;FXX=0.0118572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.229;QD=15.9961;RBI=0.00430629;REFB=-0.0115969;REVB=-0.00250475;RO=133;SAF=80;SAR=27;SRF=88;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106636;STB=0.580964;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0135261;OID=.;OPOS=119213303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:250:133:141:107:109:0.436:27:80:88:45:28:81:88:53 chr11 119216231 . A G 2345.16 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.824;QD=63.8138;RBI=0.0165614;REFB=0;REVB=0.0164547;RO=0;SAF=96;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45946e-05;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:145:147:1:49:96:0:0:50:97:0:0 chr11 119216504 . C T 446.17 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0230796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.861;QD=23.4824;RBI=0.0303816;REFB=0.00553715;REVB=0.0197579;RO=33;SAF=21;SAR=22;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748541;STB=0.541085;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00530215;OID=.;OPOS=119216504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:22:21:13:20:22:21:13:20 chr11 119229964 . G A 3135.9 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067426;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.685;QD=63.6732;RBI=0.0105867;REFB=-0.0586214;REVB=0.00816188;RO=0;SAF=105;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.38106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22824e-05;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:197:0:0:197:197:1:92:105:0:0:92:105:0:0 chr11 119244095 . C T 595.65 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0067269;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.247;QD=16.6616;RBI=0.00966188;REFB=-0.00264088;REVB=-0.00693547;RO=76;SAF=31;SAR=32;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031009;STB=0.516547;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00297187;OID=.;OPOS=119244095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:76:80:63:63:0.440559:32:31:35:41:32:31:37:43 chr11 119252199 . T G 3977.3 PASS AF=0.466363;AO=410;DP=874;FAO=409;FDP=877;FR=.;FRO=468;FSAF=214;FSAR=195;FSRF=241;FSRR=227;FWDB=-0.0329418;FXX=0.00227529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.299;QD=18.1405;RBI=0.0391576;REFB=-0.0265771;REVB=0.0211696;RO=439;SAF=214;SAR=196;SRF=230;SRR=209;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00185936;STB=0.504421;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0391591;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:874:877:439:468:410:409:0.466363:196:214:230:209:195:214:241:227 chr11 119290034 . G C 340.68 PASS AF=0.576271;AO=36;DP=61;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=33;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=2;FWDB=0.00805757;FXX=0.0327815;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.201;QD=23.0972;RBI=0.126537;REFB=-0.0127386;REVB=-0.12628;RO=25;SAF=35;SAR=1;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256274;STB=0.638607;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00747396;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:25:25:36:34:0.576271:1:35:23:2:1:33:23:2 chr11 119510644 . A C 8591.34 PASS AF=1;AO=539;DP=544;FAO=541;FDP=541;FR=.;FRO=0;FSAF=316;FSAR=225;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016719;FXX=0.0055146;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0558;QD=63.5219;RBI=0.0464998;REFB=-0.0403724;REVB=0.0433902;RO=5;SAF=314;SAR=225;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0039259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689598;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:544:541:5:0:539:541:1:225:314:4:1:225:316:0:0 chr11 119879425 . T C 655.22 PASS AF=0.439024;AO=72;DP=164;FAO=72;FDP=164;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.0320351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.464;QD=15.981;RBI=0.0354308;REFB=0.00504157;REVB=0.0151358;RO=92;SAF=41;SAR=31;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485604;STB=0.527075;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0069594;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:92:92:72:72:0.439024:31:41:48:44:31:41:48:44 chr11 119993897 . CCTCTC CCTC,CCTCAG 1417.44 PASS AF=0.95,0.05;AO=79,5;DP=102;FAO=95,5;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0;FSAR=50,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100502,0.0951404;FXX=0.0291234;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=232.455,91.4957;QD=56.6974;RBI=0.10052,0.0962802;REFB=0,0;REVB=0.00189168,0.0147708;RO=0;SAF=36,0;SAR=43,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-5.88418e-05,-0.023694;OID=.,.;OPOS=119993898,119993901;OREF=CT,TC;OALT=-,AG;OMAPALT=CCTC,CCTCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.95,0.05:79,5:102:95,5:100:0:45,0:50,5:0:0:13:0:36,0:43,5:0:0 chr11 119999191 . A G 2714.86 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.998;QD=62.4106;RBI=0.0141885;REFB=0;REVB=-0.00518654;RO=0;SAF=92;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0298e-05;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:173:174:1:81:92:0:0:81:93:0:0 chr11 120040695 . C T 2475.24 PASS AF=0.987879;AO=162;DP=164;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.103443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.628;QD=60.0058;RBI=0.103864;REFB=-0.0993719;REVB=0.00934296;RO=2;SAF=68;SAR=94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00191076;STB=0.501032;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00145346;OID=.;OPOS=120040695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:165:2:2:162:163:0.987879:94:68:1:1:95:68:1:1 chr11 120041110 . T A 4116.57 PASS AF=1;AO=263;DP=263;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.647;QD=62.3723;RBI=0.00964953;REFB=0;REVB=0.00887883;RO=0;SAF=124;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9249e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86943e-06;OID=.;OPOS=120041110;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:263:264:0:0:263:264:1:139:124:0:0:140:124:0:0 chr11 120041444 . C T 2332.98 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0212872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.308;QD=63.0535;RBI=0.0222813;REFB=-0.0228083;REVB=-0.00658099;RO=0;SAF=88;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=5.61346e-05;OID=.;OPOS=120041444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:148:0:1:146:147:0.993243:58:88:0:0:59:88:0:1 chr11 120042081 . G A 1406.8 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207399;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.457;QD=62.5243;RBI=0.0278171;REFB=0;REVB=-0.0185377;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58211e-05;OID=.;OPOS=120042081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:50:39:0:0:51:39:0:0 chr11 120175749 . A G 3045.53 PASS AF=1;AO=152;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=78;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00950227;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7207;QD=60.9107;RBI=0.00992464;REFB=0;REVB=0.00286451;RO=0;SAF=75;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55534e-06;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:200:0:0:152:200:1:77:75:0:0:122:78:0:0 chr11 120198093 . G A 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.871;QD=63.8701;RBI=0.0330582;REFB=0;REVB=-0.0250845;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108795;OID=.;OPOS=120198093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr11 120292570 . T A 1511.57 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.698;QD=59.8643;RBI=0.0381161;REFB=0;REVB=-0.00532655;RO=0;SAF=34;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02283e-05;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:101:0:0:94:101:1:60:34:0:0:61:40:0:0 chr11 120330019 . T G 351.86 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00158599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9931;QD=15.6382;RBI=0.0289146;REFB=0.00245216;REVB=0.0288711;RO=49;SAF=10;SAR=28;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078058;STB=0.558372;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00478428;OID=.;OPOS=120330019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:52:38:38:0.422222:28:10:16:33:28:10:18:34 chr11 120347940 . A G 697.27 PASS AF=0.468354;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.00178227;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.323;QD=17.6523;RBI=0.0250415;REFB=0.00819579;REVB=-0.024978;RO=84;SAF=43;SAR=31;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123964;STB=0.568686;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0104291;OID=.;OPOS=120347940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:84:84:74:74:0.468354:31:43:38:46:31:43:38:46 chr11 120357842 . CTT C 376.24 PASS AF=0.495495;AO=47;DP=104;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0674125;FXX=0.0176975;HRUN=3;LEN=2;MLLD=41.6703;QD=13.558;RBI=0.0799543;REFB=-0.0143811;REVB=-0.0429912;RO=50;SAF=18;SAR=29;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629638;STB=0.51318;STBP=0.788;TYPE=del;VARB=0.00690032;OID=.;OPOS=120357843;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.495495:47:104:55:111:56:23:32:22:34:99:50:18:29:16:34 chr11 120745874 . C T 942.48 PASS AF=0.479592;AO=94;DP=197;FAO=94;FDP=196;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=-0.00628435;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.388;QD=19.2342;RBI=0.00872444;REFB=-0.00722343;REVB=-0.00605167;RO=102;SAF=38;SAR=56;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128464;STB=0.570912;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00582116;OID=.;OPOS=120745874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:102:102:94:94:0.479592:56:38:55:47:56:38:55:47 chr11 120776001 . G A 2118.46 PASS AF=1;AO=92;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377164;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.475;QD=62.769;RBI=0.0762471;REFB=0;REVB=0.0662654;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77266e-05;OID=.;OPOS=120776001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:92:135:1:39:53:0:0:73:62:0:0 chr11 120823608 . G A 982.88 PASS AF=0.461883;AO=102;DP=221;FAO=103;FDP=223;FR=.;FRO=120;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=52;FSRR=68;FWDB=-0.0186057;FXX=0.00888849;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.17;QD=17.6301;RBI=0.0187374;REFB=-0.0164856;REVB=-0.00221774;RO=117;SAF=50;SAR=52;SRF=49;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691731;STB=0.53328;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0207787;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:223:117:120:102:103:0.461883:52:50:49:68:52:51:52:68 chr11 120827609 . A G 2144.87 PASS AF=0.955128;AO=148;DP=156;FAO=149;FDP=156;FR=.;FRO=7;FSAF=64;FSAR=85;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0431965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1274;QD=54.9967;RBI=0.0538556;REFB=-0.06231;REVB=-0.0321635;RO=8;SAF=63;SAR=85;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321215;STB=0.512987;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0121493;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:156:156:8:7:148:149:0.955128:85:63:6:2:85:64:5:2 chr11 120989335 . A G 368.39 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.0139942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.731;QD=16.7448;RBI=0.0148637;REFB=-0.00959729;REVB=-0.00500911;RO=47;SAF=21;SAR=18;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207425;STB=0.599952;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.013583;OID=.;OPOS=120989335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:49:39:39:0.443182:18:21:35:12:18:21:35:14 chr11 120996292 . A G 3173.24 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.604;QD=64.1058;RBI=0.0353358;REFB=0;REVB=0.0327808;RO=0;SAF=83;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39168e-05;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:198:0:0:196:198:1:113:83:0:0:113:85:0:0 chr11 120998942 . C T 933.53 PASS AF=0.413386;AO=105;DP=254;FAO=105;FDP=254;FR=.;FRO=149;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=68;FSRR=81;FWDB=0.0579652;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.2;QD=14.7012;RBI=0.0579822;REFB=0.00691899;REVB=-0.00140374;RO=148;SAF=48;SAR=57;SRF=68;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00244303;STB=0.500453;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00826224;OID=.;OPOS=120998942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:148:149:105:105:0.413386:57:48:68:80:57:48:68:81 chr11 121000774 . T C 453.55 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0289231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.095;QD=20.1577;RBI=0.0323156;REFB=0.011582;REVB=-0.0144135;RO=44;SAF=22;SAR=22;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123152;STB=0.566869;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0116074;OID=.;OPOS=121000774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:44:45:44:45:0.5:22:22:28:16:22:23:29:16 chr11 121000784 . T C 1568.37 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0071;QD=64.0153;RBI=0.0466455;REFB=0;REVB=-0.042463;RO=0;SAF=58;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025373;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:40:58:0:0:40:58:0:0 chr11 121032978 . G A 968.29 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.602;QD=58.6844;RBI=0.0182755;REFB=0;REVB=-0.0135456;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43631e-06;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:28:38:0:0 chr11 121038810 . C T 825.76 PASS AF=0.452632;AO=86;DP=190;FAO=86;FDP=190;FR=.;FRO=104;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=0.00799774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.403;QD=17.3844;RBI=0.00808408;REFB=-0.0146778;REVB=-0.00117839;RO=103;SAF=42;SAR=44;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411157;STB=0.519976;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0167813;OID=.;OPOS=121038810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:103:104:86:86:0.452632:44:42:46:57:44:42:47:57 chr11 121403229 . T C 2986.79 PASS AF=0.994737;AO=189;DP=190;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0247254;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.829;QD=62.8797;RBI=0.0424512;REFB=-0.0185857;REVB=-0.0345074;RO=1;SAF=85;SAR=104;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556923;STB=0.502924;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-1.95505e-05;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:190:190:1:1:189:189:0.994737:104:85:1:0:104:85:1:0 chr11 121437819 . C G 1436.58 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321239;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.439;QD=61.131;RBI=0.0321299;REFB=0;REVB=0.000620534;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294355;OID=.;OPOS=121437819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:92:94:0:0:89:94:1:49:40:0:0:51:43:0:0 chr11 121448090 . T G 366.28 PASS AF=0.37931;AO=43;DP=115;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0143418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.065;QD=12.6304;RBI=0.0159063;REFB=-0.0001654;REVB=-0.00687921;RO=72;SAF=21;SAR=22;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636745;STB=0.543084;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.000187451;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:72:72:43:44:0.37931:22:21:31:41:22:22:31:41 chr11 121456962 . C T 456.12 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0281786;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.266;QD=20.0494;RBI=0.0284656;REFB=-0.0105999;REVB=0.0040316;RO=46;SAF=22;SAR=23;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129263;STB=0.571538;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0167023;OID=.;OPOS=121456962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:23:22:16:30:23:22:16:30 chr11 121475922 . T A 1302.1 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.922;QD=62.0045;RBI=0.0522214;REFB=0;REVB=0.0327483;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151442;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr11 121491782 . G A 1791.67 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6289;QD=60.7347;RBI=0.0298167;REFB=0;REVB=-0.0247677;RO=0;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017318;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:56:61:0:0:56:62:0:0 chr11 122022927 . C T 435.83 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0104381;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.92;QD=18.3508;RBI=0.0862513;REFB=-0.0253997;REVB=-0.0856174;RO=50;SAF=19;SAR=25;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845503;STB=0.542149;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0341263;OID=.;OPOS=122022927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:50:51:44:44:0.463158:25:19:26:24:25:19:26:25 chr11 122322268 . A C 3087.59 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4568;QD=61.1403;RBI=0.123384;REFB=0;REVB=-0.0299366;RO=1;SAF=46;SAR=153;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102398;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691753;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:200:202:1:0:199:202:1:153:46:1:0:153:49:0:0 chr11 122430682 . C A 970.63 PASS AF=0.463636;AO=100;DP=219;FAO=102;FDP=220;FR=.;FRO=118;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=0.00198361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.871;QD=17.6479;RBI=0.0058119;REFB=0.0073296;REVB=-0.00546292;RO=118;SAF=43;SAR=57;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357877;STB=0.518883;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00635219;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:118:118:100:102:0.463636:57:43:55:63:58:44:55:63 chr11 122665437 . A G 751.82 PASS AF=0.503448;AO=72;DP=144;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00462935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.932;QD=20.7398;RBI=0.0231163;REFB=-0.0114867;REVB=-0.022648;RO=72;SAF=40;SAR=32;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507006;STB=0.523911;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0117728;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:72:72:72:73:0.503448:32:40:36:36:33:40:36:36 chr11 122671963 . T A 671.09 PASS AF=0.43787;AO=73;DP=170;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.038872;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.988;QD=15.8838;RBI=0.0417149;REFB=-0.00452069;REVB=-0.0151361;RO=95;SAF=35;SAR=38;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918777;STB=0.554721;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00795065;OID=.;OPOS=122671963;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:95:95:73:74:0.43787:38:35:37:58:38:36:37:58 chr11 122738718 . T C 46.74 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0214196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.126;QD=10.3867;RBI=0.0222877;REFB=0.0551089;REVB=-0.00615975;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381916;STB=0.726721;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0185354;OID=.;OPOS=122738718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:2:9:3:4:2:9 chr11 122742050 . T C 286.14 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0106354;FXX=0.0581328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.261;QD=14.1303;RBI=0.0163564;REFB=-0.00959435;REVB=0.0124265;RO=48;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676691;STB=0.530787;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0162443;OID=.;OPOS=122742050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:81:48:49:32:32:0.395062:18:14:18:30:18:14:19:30 chr11 122928622 . A G 307.39 PASS AF=0.416667;AO=18;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0484648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.834;QD=20.4927;RBI=0.0506159;REFB=-0.0165558;REVB=0.0145988;RO=27;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423964;STB=0.557231;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0307288;OID=.;OPOS=122928622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:18:25:0.416667:12:6:10:17:13:12:10:17 chr11 122929624 . A G 881.72 PASS AF=0.533742;AO=87;DP=163;FAO=87;FDP=163;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0123404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.001;QD=21.6373;RBI=0.0138486;REFB=0.00118942;REVB=0.00628478;RO=76;SAF=40;SAR=47;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902045;STB=0.549348;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00107399;OID=.;OPOS=122929624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:76:76:87:87:0.533742:47:40:43:33:47:40:43:33 chr11 122930127 . G GCGAGT 89.82 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0119813;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=5;MLLD=326.758;QD=14.372;RBI=0.0182956;REFB=0.0149588;REVB=0.0138267;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067129;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=ins;VARB=-0.0241237;OID=.;OPOS=122930128;OREF=-;OALT=CGAGT;OMAPALT=GCGAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:11:25:11:25:14:7:4:9:5:89:14:7:4:9:5 chr11 122943802 . T C 288.33 PASS AF=0.376623;AO=23;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00148745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.038;QD=14.9781;RBI=0.0392969;REFB=-0.0146099;REVB=0.0392688;RO=41;SAF=14;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108493;STB=0.503353;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.017648;OID=.;OPOS=122943802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:43:23:29:0.376623:9:14:21:20:15:14:21:22 chr11 122954536 . C T 268.52 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00462205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.452;QD=11.6747;RBI=0.017838;REFB=-0.00205006;REVB=-0.0172288;RO=60;SAF=16;SAR=16;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376203;STB=0.521726;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00454928;OID=.;OPOS=122954536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:16:16:32:28:16:16:32:28 chr11 122955402 . C T 320.82 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00664056;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.699;QD=21.0371;RBI=0.0610129;REFB=-0.0302341;REVB=-0.0606504;RO=27;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828864;STB=0.512041;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.022387;OID=.;OPOS=122955402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:28:33:33:0.540984:18:15:12:15:18:15:12:16 chr11 123596703 . A C 219.04 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0147346;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.021;QD=11.5282;RBI=0.0149052;REFB=-0.0154984;REVB=0.00224822;RO=49;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280151;STB=0.516212;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0270248;OID=.;OPOS=123596703;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:49:49:27:27:0.355263:12:15:26:23:12:15:26:23 chr11 123598941 . T C 1046.9 PASS AF=0.469565;AO=107;DP=230;FAO=108;FDP=230;FR=.;FRO=122;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=66;FSRR=56;FWDB=-0.00386814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.553;QD=18.207;RBI=0.0147387;REFB=-0.00249378;REVB=0.014222;RO=121;SAF=52;SAR=55;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491802;STB=0.531526;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00250433;OID=.;OPOS=123598941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:121:122:107:108:0.469565:55:52:65:56:56:52:66:56 chr11 123600475 . A G 990.7 PASS AF=0.490385;AO=102;DP=208;FAO=102;FDP=208;FR=.;FRO=106;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=0.0330173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4881;QD=19.052;RBI=0.0818314;REFB=0.0153335;REVB=0.0748748;RO=106;SAF=48;SAR=54;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165201;STB=0.509089;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.014892;OID=.;OPOS=123600475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:106:106:102:102:0.490385:54:48:48:58:54:48:48:58 chr11 123676231 . G T 535.21 PASS AF=0.43609;AO=56;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.00315185;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.817;QD=16.0965;RBI=0.00742166;REFB=-0.00811058;REVB=0.00671914;RO=77;SAF=20;SAR=36;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00727473;STB=0.501263;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00978173;OID=.;OPOS=123676231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:77:75:56:58:0.43609:36:20:28:49:37:21:27:48 chr11 123676413 . G A 706.87 PASS AF=0.471698;AO=75;DP=159;FAO=75;FDP=159;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=61;FWDB=-0.0253389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.277;QD=17.7828;RBI=0.027042;REFB=-0.00619394;REVB=0.00944523;RO=84;SAF=28;SAR=47;SRF=23;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104879;STB=0.557816;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00510478;OID=.;OPOS=123676413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:84:84:75:75:0.471698:47:28:23:61:47:28:23:61 chr11 123753937 . A G 2798.11 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036801;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.732;QD=62.8788;RBI=0.011728;REFB=0;REVB=0.0111357;RO=0;SAF=84;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012999;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:177:178:1:93:84:0:0:94:84:0:0 chr11 123754844 . T C 1283.93 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.902;QD=61.8761;RBI=0.0410772;REFB=0;REVB=0.035015;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120739;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:44:38:0:0:45:38:0:0 chr11 123777302 . T G 548.45 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0202142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.957;QD=19.0765;RBI=0.021811;REFB=0.00562501;REVB=-0.008192;RO=57;SAF=22;SAR=35;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818966;STB=0.541507;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00498951;OID=.;OPOS=123777302;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:58:57:57:0.495652:35:22:27:30:35:22:27:31 chr11 123777412 . A G 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0400294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.514;QD=20.5423;RBI=0.0405236;REFB=-0.0203146;REVB=-0.00630998;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510196;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0259284;OID=.;OPOS=123777412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:12:12:12:12:12:12:12:13 chr11 123777497 . GC AC,AT 1126.43 PASS AF=0.558442,0.441558;AO=43,34;DP=78;FAO=43,34;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=22,15;FSAR=21,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224849,0.0233912;FXX=0.0128189;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=84.1154,101.976;QD=58.5157;RBI=0.0397425,0.0259997;REFB=0,0;REVB=-0.0327703,-0.0113507;RO=0;SAF=22,15;SAR=21,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.40663e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0283673,-0.00107739;OID=.,.;OPOS=123777497,123777497;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:78:77:0:0:43,34:43,34:0.558442,0.441558:21,19:22,15:0:0:21,19:22,15:0:0 chr11 123777536 . G A 1885.82 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0671411;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.198;QD=59.8672;RBI=0.0681807;REFB=-0.0989062;REVB=0.0118609;RO=2;SAF=62;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150777;STB=0.507935;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00225579;OID=.;OPOS=123777536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:126:2:2:124:124:0.984127:62:62:2:0:62:62:2:0 chr11 123777736 . T C 434.92 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0205757;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.099;QD=20.9597;RBI=0.0219342;REFB=0.00920552;REVB=-0.00759928;RO=40;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082114;STB=0.545329;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00903659;OID=.;OPOS=123777736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:24:19:14:26:24:19:14:26 chr11 123777861 . T C 427.61 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0125694;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.358;QD=14.2538;RBI=0.0137256;REFB=0.00583141;REVB=0.00551379;RO=70;SAF=19;SAR=30;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163309;STB=0.588199;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00746425;OID=.;OPOS=123777861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:71:49:49:0.408333:30:19:38:32:30:19:38:33 chr11 123777986 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.851;QD=62.9081;RBI=0.0221896;REFB=0;REVB=0.00326424;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42264e-05;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:53:37:0:0:53:37:0:0 chr11 123778031 . G A 885.64 PASS AF=1;AO=53;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.464;QD=58.0744;RBI=0.0353626;REFB=0;REVB=0.0314775;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290671;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:53:61:1:30:23:0:0:38:23:0:0 chr11 123778173 . T G 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2442;QD=53.2709;RBI=0.113084;REFB=0;REVB=0.0184072;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345333;OID=.;OPOS=123778173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr11 123810618 . A G 432.08 PASS AF=0.45283;AO=46;DP=105;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.10403;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0931;QD=16.3048;RBI=0.104234;REFB=-0.0179066;REVB=0.0065182;RO=57;SAF=27;SAR=19;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146908;STB=0.583299;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0279062;OID=.;OPOS=123810618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:57:58:46:48:0.45283:19:27:25:32:20:28:25:33 chr11 123813823 . G A 231.19 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00234586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.506;QD=14.4492;RBI=0.00623019;REFB=-0.0103825;REVB=-0.00577167;RO=37;SAF=7;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173561;STB=0.599377;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0183961;OID=.;OPOS=123813823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:20:7:15:22:20:7:15:22 chr11 123813940 . G C 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0108393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.582;QD=13.7841;RBI=0.032532;REFB=-0.0170827;REVB=-0.0306731;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512572;STB=0.529386;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0190348;OID=.;OPOS=123813940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:15:8:13:20:15:8:13:20 chr11 123814489 . A G 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.003559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.277;QD=21.3618;RBI=0.0141703;REFB=-0.00218035;REVB=0.0137161;RO=35;SAF=24;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122145;STB=0.567533;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.001656;OID=.;OPOS=123814489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:16:24:16:19:16:24:16:19 chr11 123886307 . CA TG 1012.59 PASS AF=0.483871;AO=103;DP=216;FAO=105;FDP=217;FR=.;FRO=112;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=0.000482532;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.391;QD=18.6653;RBI=0.0116813;REFB=0.000861456;REVB=0.0116713;RO=112;SAF=55;SAR=48;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742138;STB=0.540201;STBP=0.249;TYPE=mnp;VARB=-0.0012366;OID=.;OPOS=123886307;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:112:112:103:105:0.483871:48:55:51:61:49:56:51:61 chr11 123886681 . A G 1001.81 PASS AF=0.474886;AO=104;DP=219;FAO=104;FDP=219;FR=.;FRO=115;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=0.0092759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4625;QD=18.2979;RBI=0.0132477;REFB=-0.0106727;REVB=0.00945832;RO=115;SAF=44;SAR=60;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365921;STB=0.520196;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0107903;OID=.;OPOS=123886681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:115:115:104:104:0.474886:60:44:53:62:60:44:53:62 chr11 123886865 . T A 1254.08 PASS AF=0.462633;AO=130;DP=281;FAO=130;FDP=281;FR=.;FRO=151;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=81;FSRR=70;FWDB=0.00366844;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7104;QD=17.8516;RBI=0.0231947;REFB=-0.0247585;REVB=0.0229028;RO=151;SAF=72;SAR=58;SRF=81;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017113;STB=0.509451;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0271828;OID=.;OPOS=123886865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:151:151:130:130:0.462633:58:72:81:70:58:72:81:70 chr11 123886984 . A G 1050.72 PASS AF=0.510101;AO=101;DP=199;FAO=101;FDP=198;FR=.;FRO=97;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=-0.0101257;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.899;QD=21.2266;RBI=0.0235372;REFB=0.0137664;REVB=-0.0212479;RO=97;SAF=45;SAR=56;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135561;STB=0.579256;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0127622;OID=.;OPOS=123886984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:97:97:101:101:0.510101:56:45:58:39:56:45:59:38 chr11 123887164 . A C 384.02 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.0212558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.958;QD=17.8612;RBI=0.0270833;REFB=0.00501493;REVB=-0.0167837;RO=45;SAF=13;SAR=27;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648179;STB=0.540171;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00551124;OID=.;OPOS=123887164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:46:40:40:0.465116:27:13:12:33:27:13:12:34 chr11 123887184 . T G 274.98 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=0.000485377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.642;QD=15.4916;RBI=0.000592805;REFB=-0.0102118;REVB=-0.000340334;RO=39;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201111;STB=0.616868;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0110679;OID=.;OPOS=123887184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:40:31:31:0.43662:19:12:8:31:19:12:8:32 chr11 123894136 . A G 208.72 PASS AF=0.231884;AO=32;DP=138;FAO=32;FDP=138;FR=.;FRO=106;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=-0.0282245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.317;QD=6.04997;RBI=0.0292306;REFB=-0.00994408;REVB=-0.00760325;RO=106;SAF=10;SAR=22;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186471;STB=0.614569;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0555412;OID=.;OPOS=123894136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:106:106:32:32:0.231884:22:10:48:58:22:10:48:58 chr11 123900371 . C A 1190.05 PASS AF=0.459559;AO=125;DP=272;FAO=125;FDP=272;FR=.;FRO=147;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=93;FSRR=54;FWDB=-0.00487206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.523;QD=17.5008;RBI=0.0088297;REFB=0.00382022;REVB=0.00736387;RO=147;SAF=63;SAR=62;SRF=93;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126185;STB=0.5696;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00312985;OID=.;OPOS=123900371;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:147:147:125:125:0.459559:62:63:93:54:62:63:93:54 chr11 123901175 . C A 883.08 PASS AF=0.464115;AO=93;DP=206;FAO=97;FDP=209;FR=.;FRO=112;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=43;FSRR=69;FWDB=0.0169238;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.272;QD=16.9011;RBI=0.0186951;REFB=-0.0184863;REVB=-0.00794292;RO=112;SAF=43;SAR=50;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783381;STB=0.554135;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0245982;OID=.;OPOS=123901175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:209:112:112:93:97:0.464115:50:43:43:69:50:47:43:69 chr11 123909637 . G T 251.6 PASS AF=0.323529;AO=32;DP=102;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0136998;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=256.442;QD=9.86656;RBI=0.0555762;REFB=-0.00327257;REVB=-0.0538612;RO=69;SAF=30;SAR=2;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596907;STB=0.813411;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00473705;OID=.;OPOS=123909637;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:69:69:32:33:0.323529:2:30:41:28:3:30:41:28 chr11 123909671 . G A 511.79 PASS AF=0.364706;AO=62;DP=170;FAO=62;FDP=170;FR=.;FRO=108;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=67;FWDB=0.108149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.172;QD=12.0421;RBI=0.108182;REFB=0.00358996;REVB=-0.00263532;RO=107;SAF=30;SAR=32;SRF=40;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123581;STB=0.566557;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00584268;OID=.;OPOS=123909671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:107:108:62:62:0.364706:32:30:40:67:32:30:41:67 chr11 124015994 . C T 1057.44 PASS AF=0.572254;AO=99;DP=173;FAO=99;FDP=173;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0249884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.843;QD=24.4494;RBI=0.0282362;REFB=-0.013835;REVB=-0.0131476;RO=74;SAF=44;SAR=55;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312184;STB=0.516968;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00797688;OID=.;OPOS=124015994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:74:74:99:99:0.572254:55:44:30:44:55:44:30:44 chr11 124056377 . T C 912.27 PASS AF=0.474227;AO=92;DP=194;FAO=92;FDP=194;FR=.;FRO=102;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=0.0239087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5608;QD=18.8098;RBI=0.0713923;REFB=0.00133064;REVB=-0.0672699;RO=102;SAF=49;SAR=43;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868782;STB=0.547965;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00152798;OID=.;OPOS=124056377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:102:102:92:92:0.474227:43:49:45:57:43:49:45:57 chr11 124056566 . G A 374.64 PASS AF=0.391304;AO=43;DP=109;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.0605772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3524;QD=13.0309;RBI=0.0665254;REFB=-0.0413679;REVB=0.027496;RO=66;SAF=24;SAR=19;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690145;STB=0.541097;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.054678;OID=.;OPOS=124056566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:115:66:70:43:45:0.391304:19:24:41:25:19:26:45:25 chr11 124056732 . T G 475.28 PASS AF=0.410448;AO=51;DP=129;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.0166129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5883;QD=14.1874;RBI=0.0687129;REFB=-0.0239256;REVB=0.0666744;RO=70;SAF=22;SAR=29;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179856;STB=0.510078;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0298056;OID=.;OPOS=124056732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:134:70:79:51:55:0.410448:29:22:29:41:29:26:36:43 chr11 124056787 . G A 269.48 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0231207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4995;QD=10.5678;RBI=0.0307829;REFB=-0.00327029;REVB=0.0203229;RO=66;SAF=13;SAR=21;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022755;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384949;OID=.;OPOS=124056787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:68:34:34:0.333333:21:13:24:42:21:13:26:42 chr11 124095414 . C G 1276.97 PASS AF=0.411765;AO=140;DP=342;FAO=140;FDP=340;FR=.;FRO=200;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=79;FSRR=121;FWDB=-0.000770682;FXX=0.00584778;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.159;QD=15.0232;RBI=0.0398722;REFB=0.00378138;REVB=0.0398647;RO=200;SAF=73;SAR=67;SRF=79;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132863;STB=0.574023;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00539181;OID=.;OPOS=124095414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:340:200:200:140:140:0.411765:67:73:79:121:67:73:79:121 chr11 124095525 . T C 1009.99 PASS AF=0.449153;AO=105;DP=235;FAO=106;FDP=236;FR=.;FRO=130;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=-0.0124572;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.163;QD=17.1185;RBI=0.0125233;REFB=-0.00662529;REVB=-0.001285;RO=130;SAF=58;SAR=47;SRF=65;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524751;STB=0.526083;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00775115;OID=.;OPOS=124095525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:236:130:130:105:106:0.449153:47:58:65:65:48:58:65:65 chr11 124095647 . A C 951.3 PASS AF=0.417004;AO=104;DP=247;FAO=103;FDP=247;FR=.;FRO=144;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=0.0023793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6621;QD=15.4057;RBI=0.038352;REFB=-0.0252733;REVB=-0.0382781;RO=143;SAF=41;SAR=63;SRF=63;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496906;STB=0.523755;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0375142;OID=.;OPOS=124095647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:143:144:104:103:0.417004:63:41:63:80:62:41:63:81 chr11 124096122 . G A 70.64 PASS AF=0.114865;AO=17;DP=148;FAO=17;FDP=148;FR=.;FRO=131;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=74;FWDB=-0.0324255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5167;QD=1.90909;RBI=0.0348692;REFB=-0.00154973;REVB=0.0128239;RO=130;SAF=8;SAR=9;SRF=56;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493853;STB=0.531588;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0186072;OID=.;OPOS=124096122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:148:148:130:131:17:17:0.114865:9:8:56:74:9:8:57:74 chr11 124096195 . G A 63.6 PASS AF=0.123894;AO=14;DP=114;FAO=14;FDP=113;FR=.;FRO=99;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=0.0107954;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.205;QD=2.25115;RBI=0.0114343;REFB=-0.0019998;REVB=-0.00376869;RO=99;SAF=5;SAR=9;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110883;STB=0.579385;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0404005;OID=.;OPOS=124096195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:114:113:99:99:14:14:0.123894:9:5:44:55:9:5:44:55 chr11 124096247 . G A 260.76 PASS AF=0.315315;AO=35;DP=111;FAO=35;FDP=111;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0100372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.611;QD=9.39689;RBI=0.0104313;REFB=-0.00513847;REVB=-0.00284046;RO=76;SAF=16;SAR=19;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011566;STB=0.506746;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0111787;OID=.;OPOS=124096247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:76:76:35:35:0.315315:19:16:34:42:19:16:34:42 chr11 124120821 . T C 918.14 PASS AF=0.548193;AO=88;DP=166;FAO=91;FDP=166;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.00937599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7211;QD=22.1237;RBI=0.102821;REFB=-0.0464349;REVB=0.102392;RO=77;SAF=37;SAR=51;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853023;STB=0.558033;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.058903;OID=.;OPOS=124120821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:77:75:88:91:0.548193:51:37:40:37:54:37:40:35 chr11 124121199 . G C 1034.51 PASS AF=0.444;AO=111;DP=251;FAO=111;FDP=250;FR=.;FRO=139;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=82;FSRR=57;FWDB=0.0181029;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.901;QD=16.5522;RBI=0.0181034;REFB=0.00837625;REVB=-0.000133955;RO=137;SAF=53;SAR=58;SRF=80;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105812;STB=0.562287;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0118731;OID=.;OPOS=124121199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:250:137:139:111:111:0.444:58:53:80:57:58:53:82:57 chr11 124134743 . G A 150.89 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0142366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6246;QD=12.5741;RBI=0.10872;REFB=0.00928237;REVB=-0.107784;RO=31;SAF=4;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335229;STB=0.698675;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0201962;OID=.;OPOS=124134743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:13:4:16:15:13:4:16:15 chr11 124135009 . G A 514.12 PASS AF=0.369048;AO=62;DP=168;FAO=62;FDP=168;FR=.;FRO=106;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=-0.0364238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5194;QD=12.241;RBI=0.0372026;REFB=-0.00506825;REVB=0.00757217;RO=105;SAF=27;SAR=35;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136347;STB=0.511095;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00831615;OID=.;OPOS=124135009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:105:106:62:62:0.369048:35:27:47:58:35:27:48:58 chr11 124135438 . G A 763.1 PASS AF=0.447514;AO=81;DP=181;FAO=81;FDP=181;FR=.;FRO=100;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.0105768;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4261;QD=16.8642;RBI=0.0557364;REFB=-0.0139124;REVB=-0.0547237;RO=98;SAF=35;SAR=46;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057428;STB=0.532297;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0239256;OID=.;OPOS=124135438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:98:100:81:81:0.447514:46:35:48:50:46:35:49:51 chr11 124135481 . C T 941.04 PASS AF=0.479592;AO=94;DP=196;FAO=94;FDP=196;FR=.;FRO=102;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=0.00503944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0949;QD=19.2049;RBI=0.0242234;REFB=-0.0234878;REVB=-0.0236934;RO=102;SAF=47;SAR=47;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462468;STB=0.525505;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.026752;OID=.;OPOS=124135481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:102:102:94:94:0.479592:47:47:46:56:47:47:46:56 chr11 124179835 . C T 793.26 PASS AF=0.380753;AO=91;DP=240;FAO=91;FDP=239;FR=.;FRO=148;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=0.0376323;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0495;QD=13.2762;RBI=0.0392727;REFB=0.00976908;REVB=0.011232;RO=147;SAF=40;SAR=51;SRF=71;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479384;STB=0.529275;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0188734;OID=.;OPOS=124179835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:147:148:91:91:0.380753:51:40:71:76:51:40:72:76 chr11 124180082 . A G 204.52 PASS AF=0.42;AO=19;DP=48;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=-0.00447023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.261;QD=16.3616;RBI=0.00965782;REFB=-0.010638;REVB=-0.00856099;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401217;STB=0.700211;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0126756;OID=.;OPOS=124180082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:28:29:19:21:0.42:8:11:5:23:10:11:5:24 chr11 124180282 . A C 556.52 PASS AF=0.579545;AO=50;DP=87;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0175602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.519;QD=25.2965;RBI=0.0181502;REFB=-0.00875192;REVB=-0.00459003;RO=36;SAF=27;SAR=23;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334742;STB=0.507883;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00532786;OID=.;OPOS=124180282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:36:37:50:51:0.579545:23:27:21:15:23:28:21:16 chr11 124252422 . G A 427.33 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00331012;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.553;QD=21.3665;RBI=0.00696217;REFB=-0.00349425;REVB=-0.00612494;RO=38;SAF=17;SAR=25;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128168;STB=0.559112;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00377031;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:25:17:21:17:24:18:21:17 chr11 124252718 . G A 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0399024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3806;QD=19.6919;RBI=0.0463665;REFB=0.0172585;REVB=-0.0236146;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255395;STB=0.514275;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0434986;OID=.;OPOS=124252718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:17:9:8:17:17:9:8:17 chr11 124252750 . G A 167.18 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0136533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.397;QD=14.5373;RBI=0.0137155;REFB=-0.00589785;REVB=0.00130456;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118089;STB=0.567991;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00786758;OID=.;OPOS=124252750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:11:7:8:20:11:7:8:20 chr11 124252892 . A G 267.29 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0138857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9817;QD=13.7073;RBI=0.0171614;REFB=-0.0252712;REVB=0.0100846;RO=47;SAF=15;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392794;STB=0.522374;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0345163;OID=.;OPOS=124252892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:16:15:21:26:16:15:21:26 chr11 124253147 . A G 275.31 PASS AF=0.299213;AO=37;DP=124;FAO=38;FDP=127;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=59;FWDB=0.0456748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6131;QD=8.67113;RBI=0.0462784;REFB=-0.0125179;REVB=0.00744994;RO=87;SAF=12;SAR=25;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275881;STB=0.517036;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0290997;OID=.;OPOS=124253147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:87:89:37:38:0.299213:25:12:30:57:26:12:30:59 chr11 124253161 . G A 221.25 PASS AF=0.285714;AO=32;DP=104;FAO=32;FDP=112;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.107142;FXX=0.00884877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9019;QD=7.90176;RBI=0.11125;REFB=-0.00907716;REVB=0.0299531;RO=72;SAF=11;SAR=21;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322295;STB=0.504929;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.014685;OID=.;OPOS=124253161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:112:72:80:32:32:0.285714:21:11:23:49:21:11:28:52 chr11 124253170 . G A 200.68 PASS AF=0.273585;AO=28;DP=106;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=-0.019005;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.275;QD=7.57295;RBI=0.0222874;REFB=0.00439047;REVB=-0.011642;RO=77;SAF=10;SAR=18;SRF=27;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086759;STB=0.522331;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00954753;OID=.;OPOS=124253170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:77:77:28:29:0.273585:18:10:27:50:18:11:27:50 chr11 124253181 . T C 242.35 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=0.0152874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.032;QD=10.4236;RBI=0.0230597;REFB=-0.00170883;REVB=-0.017264;RO=63;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232582;STB=0.634325;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00421154;OID=.;OPOS=124253181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:63:30:30:0.322581:15:15:19:44:15:15:19:44 chr11 124266906 . C T 406.74 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00815804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.219;QD=20.086;RBI=0.0329437;REFB=-0.00173139;REVB=-0.0319176;RO=40;SAF=22;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143128;STB=0.579256;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00184207;OID=.;OPOS=124266906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:19:22:15:25:19:22:15:25 chr11 124266912 . A G 1138.16 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0283097;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.145;QD=56.9081;RBI=0.0310127;REFB=-0.0574473;REVB=0.0126629;RO=3;SAF=35;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00867413;STB=0.504586;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00183514;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:80:3:3:77:77:0.9625:42:35:1:2:42:35:1:2 chr11 124294236 . A G 417.2 PASS AF=0.435185;AO=46;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.011766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.406;QD=15.4518;RBI=0.0171333;REFB=-0.0138506;REVB=0.0124544;RO=61;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00255052;STB=0.506961;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0172772;OID=.;OPOS=124294236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:46:47:0.435185:25:21:28:33:26:21:28:33 chr11 124294349 . C A 228.0 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.011246;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.444;QD=13.6119;RBI=0.0195278;REFB=-0.0111175;REVB=-0.0159644;RO=39;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164923;STB=0.599928;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.014869;OID=.;OPOS=124294349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:40:27:27:0.402985:13:14:14:25:13:14:14:26 chr11 124294377 . A G 173.59 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0219947;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.663;QD=11.3829;RBI=0.0221759;REFB=-0.00776864;REVB=-0.00282903;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24188;STB=0.633316;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0156835;OID=.;OPOS=124294377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:40:39:22:22:0.360656:10:12:13:27:10:12:13:26 chr11 124294703 . T C 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0150929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.311;QD=21.1302;RBI=0.0155734;REFB=-0.0130584;REVB=-0.00383853;RO=21;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228841;STB=0.629018;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0103387;OID=.;OPOS=124294703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:7:15:9:12:7:15:9:12 chr11 124310622 . A G 198.33 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0202794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.09;QD=13.2221;RBI=0.0222558;REFB=0.00382612;REVB=-0.00916882;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290639;STB=0.516653;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00488691;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:12:12:17:19:12:12:17:19 chr11 124440617 . C T 2170.23 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.318;QD=62.4526;RBI=0.0213036;REFB=0;REVB=0.0162611;RO=0;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25063e-05;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:139:0:0:131:139:1:68:63:0:0:74:65:0:0 chr11 124493199 . C A 1549.37 PASS AF=0.513699;AO=148;DP=287;FAO=150;FDP=292;FR=.;FRO=142;FSAF=63;FSAR=87;FSRF=60;FSRR=82;FWDB=0.00944567;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.308;QD=21.2243;RBI=0.029325;REFB=-0.0196167;REVB=0.0277621;RO=136;SAF=62;SAR=86;SRF=58;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678847;STB=0.501265;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.017008;OID=.;OPOS=124493199;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:292:136:142:148:150:0.513699:86:62:58:78:87:63:60:82 chr11 124755062 . T C 320.43 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0038545;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.496;QD=13.4918;RBI=0.00953489;REFB=-0.00678885;REVB=-0.00872106;RO=60;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872452;STB=0.54543;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00847988;OID=.;OPOS=124755062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:60:59:36:36:0.378947:20:16:22:38:20:16:22:37 chr11 124789755 . T C 2539.97 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171712;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.045;QD=61.2041;RBI=0.0221895;REFB=-0.0754631;REVB=0.0140543;RO=0;SAF=61;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.92023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197482;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:162:166:0:0:161:166:1:100:61:0:0:103:63:0:0 chr11 124793682 . T C 2216.67 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.359;QD=63.3334;RBI=0.0494211;REFB=0;REVB=0.0206799;RO=0;SAF=76;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40495e-05;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:64:76:0:0:64:76:0:0 chr11 124972208 . A G 2550.74 PASS AF=0.994012;AO=164;DP=165;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00904005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.656;QD=61.0955;RBI=0.0116645;REFB=-0.0260863;REVB=-0.00737137;RO=1;SAF=83;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583882;STB=0.502994;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=3.2346e-07;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:167:1:1:164:166:0.994012:81:83:0:1:83:83:0:1 chr11 124972518 . A G 2096.33 PASS AF=0.965035;AO=139;DP=144;FAO=138;FDP=143;FR=.;FRO=5;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0153913;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6633;QD=58.6386;RBI=0.0154965;REFB=-0.0269974;REVB=0.0018028;RO=4;SAF=70;SAR=69;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134772;STB=0.51074;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00824789;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:144:143:4:5:139:138:0.965035:69:70:1:3:68:70:1:4 chr11 124972522 . T C 2280.62 PASS AF=0.979592;AO=135;DP=141;FAO=144;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=70;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00917148;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.645;QD=62.0577;RBI=0.0317908;REFB=-0.0504559;REVB=0.0304391;RO=1;SAF=69;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714828;STB=0.503355;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000485148;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:141:147:1:1:135:144:0.979592:66:69:0:1:74:70:0:1 chr11 125003004 . A G 456.17 PASS AF=0.485437;AO=46;DP=99;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0106446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.55;QD=17.7152;RBI=0.0151634;REFB=-0.0257202;REVB=-0.0107992;RO=53;SAF=17;SAR=29;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064977;STB=0.540346;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0299114;OID=.;OPOS=125003004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:53:53:46:50:0.485437:29:17:23:30:32:18:23:30 chr11 125301587 . T C 2795.82 PASS AF=0.994444;AO=179;DP=181;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186566;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.695;QD=62.1294;RBI=0.0822696;REFB=-0.0743709;REVB=-0.0801263;RO=0;SAF=76;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.40016e-08;STB=0.502415;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=4.77555e-05;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:180:0:1:179:179:0.994444:103:76:0:0:103:76:0:1 chr11 125326026 . C T 102.52 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00557464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.036;QD=17.8286;RBI=0.0110609;REFB=0.0287648;REVB=0.00955338;RO=11;SAF=1;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33346;STB=0.697995;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.018078;OID=.;OPOS=125326026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:11:1:3:8:11:1:3:8 chr11 125452300 . A AC 846.96 PASS AF=1;AO=79;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652541;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.3643;QD=38.0655;RBI=0.12606;REFB=-0.00425363;REVB=-0.107856;RO=10;SAF=34;SAR=45;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000216967;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:91:89:89:0:38:51:0:0:13:10:34:45:5:5 chr11 125479363 . G A 1024.53 PASS AF=0.509901;AO=103;DP=202;FAO=103;FDP=202;FR=.;FRO=99;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=0.00884564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.043;QD=20.2877;RBI=0.0220706;REFB=0.0101587;REVB=0.0202204;RO=96;SAF=58;SAR=45;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743095;STB=0.53365;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00851585;OID=.;OPOS=125479363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:96:99:103:103:0.509901:45:58:46:50:45:58:49:50 chr11 125479496 . C T 791.21 PASS AF=0.479532;AO=82;DP=171;FAO=82;FDP=171;FR=.;FRO=89;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.0179476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.721;QD=18.5079;RBI=0.0225254;REFB=-0.0184837;REVB=-0.0136117;RO=88;SAF=37;SAR=45;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777813;STB=0.545871;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0201077;OID=.;OPOS=125479496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:88:89:82:82:0.479532:45:37:47:41:45:37:48:41 chr11 125488375 . C T 523.69 PASS AF=0.344086;AO=64;DP=186;FAO=64;FDP=186;FR=.;FRO=122;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=-0.00104404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.129;QD=11.2621;RBI=0.0168224;REFB=-0.0036551;REVB=-0.0167899;RO=122;SAF=26;SAR=38;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522834;STB=0.529949;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00854685;OID=.;OPOS=125488375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:122:122:64:64:0.344086:38:26:55:67:38:26:55:67 chr11 125525195 . A G 4114.94 PASS AF=0.992593;AO=259;DP=267;FAO=268;FDP=270;FR=.;FRO=2;FSAF=112;FSAR=156;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0203489;FXX=0.0109886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.664;QD=60.962;RBI=0.0253056;REFB=0.0770105;REVB=-0.0150432;RO=1;SAF=108;SAR=151;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00314685;STB=0.500625;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000145887;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:267:270:1:2:259:268:0.992593:151:108:0:1:156:112:1:1 chr11 125617317 . A G 239.92 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0569803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3002;QD=14.3238;RBI=0.0624599;REFB=-0.0048387;REVB=-0.0255829;RO=38;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442437;STB=0.516637;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00664746;OID=.;OPOS=125617317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:15:13:16:22:15:13:17:22 chr11 125617606 . G A 310.06 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00991323;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8947;QD=15.6993;RBI=0.0196943;REFB=-0.0137804;REVB=0.0170175;RO=45;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025976;STB=0.514664;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0118938;OID=.;OPOS=125617606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:15:19:24:21:15:19:24:21 chr11 125617610 . A G 468.11 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00767948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.715;QD=22.8346;RBI=0.0222172;REFB=-0.00678537;REVB=-0.0208478;RO=36;SAF=24;SAR=21;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407321;STB=0.527857;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00518828;OID=.;OPOS=125617610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:37:45:45:0.54878:21:24:21:15:21:24:22:15 chr11 125648503 . G A 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.054;QD=63.1948;RBI=0.0226099;REFB=0;REVB=0.00854001;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32383e-05;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:54:38:0:0:54:38:0:0 chr11 125707761 . A C 310.46 PASS AF=0.37234;AO=32;DP=91;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0223187;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.973;QD=13.211;RBI=0.0364827;REFB=-0.00601795;REVB=0.0288593;RO=59;SAF=15;SAR=17;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446417;STB=0.55043;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00981782;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:59:59:32:35:0.37234:17:15:30:29:20:15:30:29 chr11 125708198 . C T 780.68 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294611;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.84;QD=56.777;RBI=0.0310437;REFB=0;REVB=0.00978521;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20039e-05;OID=.;OPOS=125708198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:0:0:49:55:1:23:26:0:0:23:32:0:0 chr11 125763746 . C G 1002.41 PASS AF=0.385621;AO=116;DP=307;FAO=118;FDP=306;FR=.;FRO=188;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=81;FSRR=107;FWDB=0.0428095;FXX=0.00325722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4181;QD=13.1035;RBI=0.075933;REFB=-0.0180365;REVB=0.062715;RO=186;SAF=62;SAR=54;SRF=80;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113869;STB=0.568203;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0241695;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:306:186:188:116:118:0.385621:54:62:80:106:54:64:81:107 chr11 125766044 . C A,T 1762.93 PASS AF=0.89916,0.10084;AO=107,12;DP=119;FAO=107,12;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=58,1;FSAR=49,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568736,-0.00260193;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.264,159.803;QD=59.258;RBI=0.0254092,0.0142387;REFB=0,0;REVB=-0.0247645,-0.013999;RO=0;SAF=58,1;SAR=49,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.23983e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0013692,0.099013;OID=.,.;OPOS=125766044,125766044;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:119:119:0:0:107,12:107,12:0.89916,0.10084:49,11:58,1:0:0:49,11:58,1:0:0 chr11 125766173 . A C 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.118;QD=61.0484;RBI=0.0629485;REFB=0;REVB=0.0373841;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139371;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr11 125769354 . T C 463.61 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0106459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.506;QD=18.1808;RBI=0.0106614;REFB=-0.020081;REVB=-0.00057549;RO=52;SAF=21;SAR=28;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102317;STB=0.552091;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0172588;OID=.;OPOS=125769354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:53:49:49:0.480392:28:21:28:24:28:21:28:25 chr11 125825699 . A G 293.58 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0699187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7573;QD=19.9038;RBI=0.0699224;REFB=-0.0080897;REVB=-0.000715906;RO=28;SAF=19;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188412;STB=0.604762;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00668603;OID=.;OPOS=125825699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:12:19:11:17:12:19:11:17 chr11 125828488 . T G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0220331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.268;QD=24.327;RBI=0.07201;REFB=0.00277247;REVB=0.0685564;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.599732;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-2.42697e-05;OID=.;OPOS=125828488;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:2:0:3:4:2:0 chr11 125828490 . A G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0247762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1784;QD=26.5991;RBI=0.166856;REFB=-0.110577;REVB=0.165006;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14689;STB=0.583138;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0193704;OID=.;OPOS=125828490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:2:0:3:5:2:0 chr11 125828492 . A T 65.05 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0756347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.87;QD=26.018;RBI=0.280646;REFB=-0.0378088;REVB=0.270262;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14689;STB=0.583138;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0119539;OID=.;OPOS=125828492;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:2:0:3:5:2:0 chr11 125830970 . A T 1815.92 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.121;QD=61.0392;RBI=0.0156424;REFB=0;REVB=0.00154349;RO=0;SAF=32;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74109e-05;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:87:32:0:0:87:32:0:0 chr11 125875757 . A AG 35.15 PASS AF=0.142857;AO=30;DP=155;FAO=22;FDP=154;FR=.;FRO=132;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=66;FSRR=66;FWDB=-0.11491;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.4181;QD=0.912994;RBI=0.115107;REFB=-0.0338162;REVB=-0.00674202;RO=124;SAF=24;SAR=6;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422882;STB=0.789197;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0760367;OID=.;OPOS=125875758;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:30:155:22:154:132:18:4:66:66:35:124:24:6:60:64 chr11 126081403 . T C 1259.28 PASS AF=0.542222;AO=120;DP=224;FAO=122;FDP=225;FR=.;FRO=103;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=-0.00879656;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.531;QD=22.3873;RBI=0.0179955;REFB=-0.00208235;REVB=0.015699;RO=100;SAF=59;SAR=61;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180799;STB=0.508063;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00278909;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:100:103:120:122:0.542222:61:59:47:53:63:59:48:55 chr11 126133641 . G A 224.11 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0474106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.056;QD=11.0672;RBI=0.0481582;REFB=-0.0204982;REVB=0.00845285;RO=51;SAF=9;SAR=9;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083379;STB=0.592524;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0481738;OID=.;OPOS=126133641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:53:18:27:0.333333:9:9:22:29:11:16:24:29 chr11 126139100 . T C 2931.72 PASS AF=0.984293;AO=186;DP=190;FAO=188;FDP=191;FR=.;FRO=3;FSAF=105;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0175607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.111;QD=61.3974;RBI=0.0340777;REFB=-0.0341466;REVB=0.0292046;RO=3;SAF=104;SAR=82;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00691392;STB=0.503583;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000208546;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:190:191:3:3:186:188:0.984293:82:104:1:2:83:105:1:2 chr11 126139313 . T A 1398.06 PASS AF=0.860656;AO=103;DP=118;FAO=105;FDP=122;FR=.;FRO=17;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0543028;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4329;QD=45.8382;RBI=0.0551827;REFB=-0.00126666;REVB=0.00981514;RO=13;SAF=61;SAR=42;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779484;STB=0.517161;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00551044;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:118:122:13:17:103:105:0.860656:42:61:3:10:43:62:8:9 chr11 126151545 . G A 767.42 PASS AF=0.509804;AO=78;DP=153;FAO=78;FDP=153;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0109543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.18;QD=20.0633;RBI=0.0116259;REFB=0.00254717;REVB=0.00389428;RO=75;SAF=32;SAR=46;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753396;STB=0.541443;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00222373;OID=.;OPOS=126151545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:75:75:78:78:0.509804:46:32:37:38:46:32:37:38 chr11 126162468 . G A 732.12 PASS AF=0.591667;AO=64;DP=114;FAO=71;FDP=120;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0707198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3742;QD=24.4041;RBI=0.0775636;REFB=-0.0528109;REVB=-0.031856;RO=43;SAF=19;SAR=45;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20883;STB=0.592728;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.024015;OID=.;OPOS=126162468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:120:43:49:64:71:0.591667:45:19:24:19:46:25:28:21 chr11 126162862 . C T 408.49 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0218751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7253;QD=17.9555;RBI=0.03803;REFB=-0.0300616;REVB=-0.0311089;RO=48;SAF=24;SAR=18;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127929;STB=0.576766;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0439453;OID=.;OPOS=126162862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:49:42:42:0.461538:18:24:21:27:18:24:21:28 chr11 126163612 . T G 1077.51 PASS AF=0.527363;AO=106;DP=201;FAO=106;FDP=201;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=32;FSRR=63;FWDB=-0.0293068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9101;QD=21.443;RBI=0.0624025;REFB=0.0159963;REVB=-0.0550925;RO=93;SAF=44;SAR=62;SRF=30;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828711;STB=0.538575;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0128957;OID=.;OPOS=126163612;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:93:95:106:106:0.527363:62:44:30:63:62:44:32:63 chr11 126174038 . C T 1199.47 PASS AF=0.529412;AO=116;DP=220;FAO=117;FDP=221;FR=.;FRO=104;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=0.00579667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.111;QD=21.7099;RBI=0.0730134;REFB=-0.0157069;REVB=0.0727829;RO=103;SAF=56;SAR=60;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732463;STB=0.539314;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0147156;OID=.;OPOS=126174038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:103:104:116:117:0.529412:60:56:41:62:60:57:42:62 chr11 126176578 . G A 2802.88 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221481;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.847;QD=62.6342;RBI=0.00394307;REFB=0;REVB=-0.00326227;RO=0;SAF=80;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97318e-05;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:179:0:0:177:179:1:97:80:0:0:98:81:0:0 chr11 126201403 . T C 353.87 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0149244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2193;QD=12.3084;RBI=0.0369082;REFB=0.0161158;REVB=0.0337562;RO=71;SAF=23;SAR=20;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458842;STB=0.53054;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0442615;OID=.;OPOS=126201403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:72:43:43:0.373913:20:23:35:36:20:23:35:37 chr11 126228403 . G C 1200.46 PASS AF=0.48249;AO=124;DP=257;FAO=124;FDP=257;FR=.;FRO=133;FSAF=41;FSAR=83;FSRF=56;FSRR=77;FWDB=0.00337065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.223;QD=18.6841;RBI=0.00347534;REFB=-0.0031021;REVB=0.0008466;RO=132;SAF=41;SAR=83;SRF=55;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878745;STB=0.551015;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00343971;OID=.;OPOS=126228403;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:132:133:124:124:0.48249:83:41:55:77:83:41:56:77 chr11 126277216 . C T 3117.19 PASS AF=1;AO=196;DP=197;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101873;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.716;QD=63.6161;RBI=0.0268329;REFB=-0.0591411;REVB=-0.0268135;RO=1;SAF=91;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451436;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.86316e-05;OID=.;OPOS=126277216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:196:1:0:196:196:1:105:91:0:1:105:91:0:0 chr11 126278075 . C T 1713.23 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.808;QD=60.6453;RBI=0.0286413;REFB=0;REVB=-0.00571219;RO=0;SAF=36;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4928e-05;OID=.;OPOS=126278075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:77:36:0:0:77:36:0:0 chr11 126294817 . G A 1813.96 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651484;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.06;QD=61.4902;RBI=0.0580197;REFB=0;REVB=0.0576528;RO=1;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373534;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:1:0:114:118:1:57:57:0:1:61:57:0:0 chr11 126310271 . C T 480.91 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=122;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.00723051;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.122;QD=15.7674;RBI=0.0133523;REFB=-0.0194192;REVB=-0.0112251;RO=68;SAF=28;SAR=25;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159535;STB=0.5045;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0243784;OID=.;OPOS=126310271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:68:69:53:53:0.434426:25:28:37:31:25:28:37:32 chr11 126391297 . T G 697.98 PASS AF=0.466667;AO=69;DP=150;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.0009746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.555;QD=18.6127;RBI=0.00329283;REFB=-0.0137274;REVB=-0.0031453;RO=81;SAF=36;SAR=33;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936466;STB=0.545128;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0152452;OID=.;OPOS=126391297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:81:80:69:70:0.466667:33:36:50:31:33:37:49:31 chr11 126870418 . C T 688.66 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0498581;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.404;QD=18.8674;RBI=0.0509135;REFB=-0.00602045;REVB=0.0103128;RO=75;SAF=41;SAR=28;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963748;STB=0.553927;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0071306;OID=.;OPOS=126870418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:75:77:69:69:0.472603:28:41:37:38:28:41:38:39 chr11 126968477 . C T 1309.41 PASS AF=0.454545;AO=135;DP=298;FAO=135;FDP=297;FR=.;FRO=162;FSAF=75;FSAR=60;FSRF=75;FSRR=87;FWDB=-0.000107606;FXX=0.00335559;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.772;QD=17.6352;RBI=0.0285551;REFB=-0.024323;REVB=-0.0285548;RO=160;SAF=75;SAR=60;SRF=74;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914102;STB=0.550554;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0322272;OID=.;OPOS=126968477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:297:160:162:135:135:0.454545:60:75:74:86:60:75:75:87 chr11 128333503 . T C 1102.17 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277729;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2859;QD=60.3927;RBI=0.0244843;REFB=0;REVB=0.0243263;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79221e-05;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:48:25:0:0:48:25:0:0 chr11 128638061 . C T 962.17 PASS AF=0.465438;AO=101;DP=219;FAO=101;FDP=217;FR=.;FRO=116;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=69;FSRR=47;FWDB=0.0573897;FXX=0.009132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1715;QD=17.7359;RBI=0.059417;REFB=0.0173675;REVB=0.0153883;RO=112;SAF=46;SAR=55;SRF=67;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135382;STB=0.574098;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0175105;OID=.;OPOS=128638061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:217:112:116:101:101:0.465438:55:46:67:45:55:46:69:47 chr11 128638216 . TGG T,TG 514.2 PASS AF=0.0403587,0.627803;AO=40,85;DP=230;FAO=9,140;FDP=223;FR=.;FRO=74;FSAF=5,53;FSAR=4,87;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0457363,0.0939239;FXX=0.0346305;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=11.9335,7.52964;QD=9.22333;RBI=0.0458259,0.0941309;REFB=-0.0216702,-0.0420375;REVB=-0.00286342,-0.00623948;RO=70;SAF=11,38;SAR=29,47;SRF=37;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.297253,-0.0676081;STB=0.525549,0.553137;STBP=0.962,0.03;TYPE=del,del;VARB=0.0878882,-0.00788951;OID=.,.;OPOS=128638217,128638217;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0403587,0.627803:40,85:230:9,140:223:74:5,53:4,87:39:35:90:70:11,38:29,47:37:33 chr11 128651893 . A G 760.81 PASS AF=0.400922;AO=87;DP=217;FAO=87;FDP=217;FR=.;FRO=130;FSAF=26;FSAR=61;FSRF=41;FSRR=89;FWDB=-0.0321408;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.255;QD=14.0242;RBI=0.0341531;REFB=-0.00578884;REVB=0.01155;RO=130;SAF=26;SAR=61;SRF=41;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208321;STB=0.511704;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00888846;OID=.;OPOS=128651893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:130:130:87:87:0.400922:61:26:41:89:61:26:41:89 chr11 128675292 . T A 1149.62 PASS AF=0.541063;AO=112;DP=209;FAO=112;FDP=207;FR=.;FRO=95;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=-0.0436962;FXX=0.014285;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.862;QD=22.2149;RBI=0.0438612;REFB=-0.00326672;REVB=0.0038003;RO=95;SAF=53;SAR=59;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00848704;STB=0.50463;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00327374;OID=.;OPOS=128675292;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:207:95:95:112:112:0.541063:59:53:44:51:59:53:44:51 chr11 128710122 . C T 637.02 PASS AF=0.44;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.0016267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.047;QD=16.9871;RBI=0.00506098;REFB=-0.00683112;REVB=-0.00479243;RO=84;SAF=30;SAR=36;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116974;STB=0.565198;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00722969;OID=.;OPOS=128710122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:84:84:66:66:0.44:36:30:48:36:36:30:48:36 chr11 128781339 . T C 3116.73 PASS AF=0.994924;AO=196;DP=197;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.71;QD=63.2839;RBI=0.0164836;REFB=0.0220363;REVB=-0.00308129;RO=1;SAF=105;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520483;STB=0.502732;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000126458;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:197:1:1:196:196:0.994924:91:105:0:1:91:105:0:1 chr11 128781978 . T G 1553.04 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00113459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7604;QD=62.7489;RBI=0.0127332;REFB=0.000578194;REVB=0.0126826;RO=1;SAF=46;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101995;STB=0.505375;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-9.49953e-06;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:52:46:1:0:52:46:1:0 chr11 128782002 . T C 1840.23 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.511;QD=61.3411;RBI=0.0488662;REFB=0;REVB=0.0370111;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1519e-06;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:118:120:1:62:56:0:0:63:57:0:0 chr11 128782012 . C G 2008.12 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000360784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2001;QD=62.2672;RBI=0.094254;REFB=0;REVB=-0.0942533;RO=0;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172849;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:67:62:0:0:67:62:0:0 chr11 128787554 . C T 784.07 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799007;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1381;QD=57.0233;RBI=0.093023;REFB=0;REVB=0.0476356;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813897;OID=.;OPOS=128787554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr11 128805548 . G A 563.72 PASS AF=0.403727;AO=65;DP=162;FAO=65;FDP=161;FR=.;FRO=96;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=64;FWDB=-0.0129214;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.392;QD=14.0055;RBI=0.0129504;REFB=-0.0029662;REVB=0.000867266;RO=90;SAF=22;SAR=43;SRF=26;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587158;STB=0.503421;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0072156;OID=.;OPOS=128805548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:90:96:65:65:0.403727:43:22:26:64:43:22:32:64 chr11 128805557 . T C 574.08 PASS AF=0.402439;AO=64;DP=164;FAO=66;FDP=164;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=67;FWDB=-0.00183229;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.499;QD=14.0019;RBI=0.0307403;REFB=-0.00901798;REVB=0.0306857;RO=97;SAF=20;SAR=44;SRF=30;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00401531;STB=0.511517;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0133781;OID=.;OPOS=128805557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:97:98:64:66:0.402439:44:20:30:67:44:22:31:67 chr11 128842873 . T C 487.69 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00345173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=323.249;QD=21.6751;RBI=0.00910313;REFB=-0.0157014;REVB=0.00842334;RO=43;SAF=23;SAR=24;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996662;STB=0.554956;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0142381;OID=.;OPOS=128842873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:24:23:26:17:24:23:26:17 chr11 128868239 . T C 768.46 PASS AF=0.513889;AO=74;DP=144;FAO=74;FDP=144;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00236089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.012;QD=21.3461;RBI=0.0491449;REFB=-0.00797518;REVB=-0.0490882;RO=70;SAF=37;SAR=37;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252662;STB=0.513885;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00807472;OID=.;OPOS=128868239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:70:70:74:74:0.513889:37:37:33:37:37:37:33:37 chr11 129072915 . C G 363.49 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0567899;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5713;QD=17.9499;RBI=0.070232;REFB=0.0156609;REVB=0.0413212;RO=44;SAF=16;SAR=22;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343421;STB=0.514049;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.019998;OID=.;OPOS=129072915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:44:43:38:38:0.469136:22:16:17:27:22:16:17:26 chr11 129312660 . C T 2267.45 PASS AF=0.993377;AO=149;DP=151;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170437;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2587;QD=60.0649;RBI=0.0241811;REFB=0.000486118;REVB=-0.0171533;RO=1;SAF=67;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704614;STB=0.503649;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-8.00422e-06;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:151:1:1:149:150:0.993377:82:67:1:0:82:68:1:0 chr11 129321818 . T G 552.74 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.639;QD=59.756;RBI=0.0378935;REFB=0;REVB=0.0183789;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100776;OID=.;OPOS=129321818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:7:28:0:0:8:29:0:0 chr11 129722553 . C T 327.86 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0164198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.695;QD=23.0075;RBI=0.0258563;REFB=-0.000811448;REVB=0.0199734;RO=24;SAF=16;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522282;STB=0.528767;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00096426;OID=.;OPOS=129722553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:17:16:10:14:17:16:10:14 chr11 129725760 . C A 616.88 PASS AF=0.428571;AO=69;DP=161;FAO=69;FDP=161;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=0.00295705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.644;QD=15.3261;RBI=0.0294267;REFB=-0.00521338;REVB=-0.0292777;RO=92;SAF=40;SAR=29;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489474;STB=0.527368;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00704518;OID=.;OPOS=129725760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:92:92:69:69:0.428571:29:40:49:43:29:40:49:43 chr11 129729775 . C T 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00299822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0341;QD=9.4905;RBI=0.0156895;REFB=0.0155163;REVB=0.0154004;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608169;STB=0.537107;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.0358666;OID=.;OPOS=129729775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:9:9:5:4:9:9 chr11 129746707 . G T 1982.0 PASS AF=0.540936;AO=186;DP=350;FAO=185;FDP=342;FR=.;FRO=157;FSAF=92;FSAR=93;FSRF=110;FSRR=47;FWDB=0.00500078;FXX=0.0228565;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.957;QD=23.1813;RBI=0.0158623;REFB=-0.00212758;REVB=0.0150534;RO=149;SAF=92;SAR=94;SRF=102;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155606;STB=0.593245;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00230111;OID=.;OPOS=129746707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:342:149:157:186:185:0.540936:94:92:102:47:93:92:110:47 chr11 129754644 . A G 1557.06 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251636;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.434;QD=63.5535;RBI=0.0120829;REFB=0;REVB=0.011818;RO=0;SAF=32;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.18502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09978e-05;OID=.;OPOS=129754644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:95:98:1:63:32:0:0:66:32:0:0 chr11 129758327 . G A 396.81 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.00525583;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.229;QD=17.636;RBI=0.0262902;REFB=0.000531426;REVB=-0.0257595;RO=49;SAF=20;SAR=21;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180492;STB=0.6006;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000839808;OID=.;OPOS=129758327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:49:49:41:41:0.455556:21:20:33:16:21:20:33:16 chr11 129775599 . C T 597.35 PASS AF=0.561905;AO=58;DP=104;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0226173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1371;QD=22.7561;RBI=0.0291923;REFB=0.00488073;REVB=0.0184567;RO=46;SAF=31;SAR=27;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629529;STB=0.530161;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0038641;OID=.;OPOS=129775599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:46:46:58:59:0.561905:27:31:21:25:28:31:21:25 chr11 129784456 . G A 990.96 PASS AF=0.476852;AO=103;DP=216;FAO=103;FDP=216;FR=.;FRO=113;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=0.00956245;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.343;QD=18.351;RBI=0.0096751;REFB=-0.0132585;REVB=-0.00147211;RO=112;SAF=47;SAR=56;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179418;STB=0.51198;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0149319;OID=.;OPOS=129784456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:112:113:103:103:0.476852:56:47:49:63:56:47:49:64 chr11 129785615 . C T 796.12 PASS AF=0.573643;AO=74;DP=131;FAO=74;FDP=129;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0173706;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.052;QD=24.6859;RBI=0.0197826;REFB=-0.0270721;REVB=-0.00946647;RO=55;SAF=37;SAR=37;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213316;STB=0.511625;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0145383;OID=.;OPOS=129785615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:55:55:74:74:0.573643:37:37:26:29:37:37:26:29 chr11 129794950 . T C 821.25 PASS AF=0.4375;AO=90;DP=209;FAO=91;FDP=208;FR=.;FRO=117;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=0.0115088;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3621;QD=15.7933;RBI=0.0404775;REFB=-0.0052201;REVB=0.0388069;RO=115;SAF=43;SAR=47;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530679;STB=0.526077;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00811217;OID=.;OPOS=129794950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:115:117:90:91:0.4375:47:43:61:54:47:44:62:55 chr11 129801043 . C T 4337.98 PASS AF=1;AO=274;DP=275;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569742;FXX=0.00362306;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1965;QD=63.0978;RBI=0.0578426;REFB=0;REVB=-0.0099856;RO=0;SAF=109;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158608;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:275:275:0:0:274:275:1:165:109:0:0:166:109:0:0 chr11 129830796 . C T 560.78 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=0.00313673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3054;QD=19.3371;RBI=0.00660525;REFB=-0.00628937;REVB=0.00581294;RO=56;SAF=33;SAR=25;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135135;STB=0.57167;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00536766;OID=.;OPOS=129830796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:58:58:58:0.5:25:33:40:16:25:33:41:17 chr11 129873028 . C T 2485.32 PASS AF=0.481836;AO=252;DP=524;FAO=252;FDP=523;FR=.;FRO=271;FSAF=133;FSAR=119;FSRF=146;FSRR=125;FWDB=-0.00582802;FXX=0.00190836;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2785;QD=19.0082;RBI=0.0234415;REFB=-0.0124405;REVB=-0.0227055;RO=270;SAF=133;SAR=119;SRF=146;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122675;STB=0.505704;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0143774;OID=.;OPOS=129873028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:524:523:270:271:252:252:0.481836:119:133:146:124:119:133:146:125 chr11 130066335 . C T 888.17 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504987;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3124;QD=58.2409;RBI=0.0521405;REFB=0;REVB=0.012981;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231156;OID=.;OPOS=130066335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr11 130271678 . T G 1899.46 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143769;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.22;QD=61.7711;RBI=0.0394651;REFB=0;REVB=0.0367533;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5063e-05;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:58:64:0:0:59:64:0:0 chr11 130281488 . G A 1713.67 PASS AF=1;AO=111;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197872;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.267;QD=60.6607;RBI=0.0307523;REFB=0;REVB=0.0235408;RO=0;SAF=24;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000841126;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:111:113:1:87:24:0:0:87:26:0:0 chr11 130319224 . T TG 331.04 PASS AF=0.369906;AO=106;DP=325;FAO=118;FDP=319;FR=.;FRO=201;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=131;FSRR=70;FWDB=0.0207001;FXX=0.0031249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.6908;QD=4.15101;RBI=0.0698702;REFB=-0.0852606;REVB=0.0667334;RO=218;SAF=54;SAR=52;SRF=137;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140649;STB=0.585508;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.110478;OID=.;OPOS=130319225;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369906:106:325:118:319:201:61:57:131:70:99:218:54:52:137:81 chr11 130341225 . TGG TG,TGT 1737.38 PASS AF=0.923767,0.0762332;AO=76,21;DP=226;FAO=206,17;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=115,0;FSAR=91,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.927871,0.102737;FXX=0.0132737;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.3722,163.981;QD=31.1638;RBI=0.954261,0.102967;REFB=-0.00099363,0.044432;REVB=0.222865,-0.00688274;RO=113;SAF=11,0;SAR=65,21;SRF=94;SRR=19;SSEN=0.386935,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.683998,-0.835882;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00867526,0.0830478;OID=.,.;OPOS=130341226,130341227;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.923767,0.0762332:76,21:226:206,17:223:0:115,0:91,17:0:0:50:113:11,0:65,21:94:19 chr11 130750642 . A C 2905.85 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00459761;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.038;QD=63.1706;RBI=0.011117;REFB=0;REVB=0.0101217;RO=0;SAF=82;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99581e-05;OID=.;OPOS=130750642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:102:82:0:0:102:82:0:0 chr11 130775688 . C T 2567.22 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.893;QD=61.8608;RBI=0.0368028;REFB=0;REVB=0.0220282;RO=0;SAF=92;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84332e-05;OID=.;OPOS=130775688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:166:0:0:158:166:1:66:92:0:0:67:99:0:0 chr11 130775782 . C T 2845.17 PASS AF=0.978723;AO=184;DP=188;FAO=184;FDP=188;FR=.;FRO=4;FSAF=93;FSAR=91;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00855876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.939;QD=60.5354;RBI=0.0277078;REFB=-0.0440156;REVB=0.0263528;RO=4;SAF=93;SAR=91;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00990548;STB=0.505204;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.000273489;OID=.;OPOS=130775782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:188:188:4:4:184:184:0.978723:91:93:3:1:91:93:3:1 chr11 130776524 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.121;QD=59.1428;RBI=0.0239751;REFB=0;REVB=-0.00768955;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05196e-05;OID=.;OPOS=130776524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chr11 130776613 . A G 1026.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.792;QD=59.5002;RBI=0.0343888;REFB=0;REVB=-0.0260785;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08021e-05;OID=.;OPOS=130776613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:34:35:0:0 chr11 130777886 . G A 945.18 PASS AF=0.489899;AO=96;DP=199;FAO=97;FDP=198;FR=.;FRO=101;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=0.0123219;FXX=0.019801;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.374;QD=19.0946;RBI=0.0153066;REFB=-0.0190477;REVB=0.00908083;RO=98;SAF=60;SAR=36;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164385;STB=0.584604;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0235461;OID=.;OPOS=130777886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:98:101:96:97:0.489899:36:60:44:54:37:60:46:55 chr11 130780015 . C T 2380.83 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=161;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126685;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.081;QD=59.895;RBI=0.0337624;REFB=0.0188111;REVB=0.0312956;RO=2;SAF=68;SAR=89;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137852;STB=0.503597;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00029166;OID=.;OPOS=130780015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:161:159:2:1:157:158:0.993711:89:68:2:0:89:69:1:0 chr11 130780225 . C A 1643.19 PASS AF=0.942623;AO=114;DP=122;FAO=115;FDP=122;FR=.;FRO=7;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0305671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5684;QD=53.875;RBI=0.0356853;REFB=-0.0265439;REVB=0.0184145;RO=3;SAF=60;SAR=54;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00941236;STB=0.5106;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.000756815;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:122:122:3:7:114:115:0.942623:54:60:1:2:54:61:5:2 chr11 130784396 . G A 651.53 PASS AF=0.449367;AO=71;DP=158;FAO=71;FDP=158;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=0.00222171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.479;QD=16.4945;RBI=0.00888249;REFB=-0.0165945;REVB=-0.00860015;RO=83;SAF=30;SAR=41;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249364;STB=0.501552;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0165736;OID=.;OPOS=130784396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:83:87:71:71:0.449367:41:30:33:50:41:30:37:50 chr11 130784488 . A G 626.2 PASS AF=0.403409;AO=71;DP=173;FAO=71;FDP=176;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=-0.00624691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.526;QD=14.2319;RBI=0.0831113;REFB=0.000801092;REVB=-0.0828762;RO=102;SAF=26;SAR=45;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113868;STB=0.562388;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00167462;OID=.;OPOS=130784488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:176:102:105:71:71:0.403409:45:26:48:54:45:26:49:56 chr11 130784616 . T C 173.58 PASS AF=0.45;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00546074;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.432;QD=17.3584;RBI=0.00771244;REFB=0.00453517;REVB=-0.00544629;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153275;STB=0.56243;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00474077;OID=.;OPOS=130784616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:24:22:18:18:0.45:11:7:13:11:11:7:11:11 chr11 130784647 . G C 99.22 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.016755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5207;QD=14.6998;RBI=0.110381;REFB=-0.0116559;REVB=-0.109102;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105065;STB=0.578812;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00830594;OID=.;OPOS=130784647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:15:15:11:12:0.444444:4:7:8:7:4:8:8:7 chr11 130784694 . C T 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0509756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.39;QD=23.2362;RBI=0.0533686;REFB=-0.00579781;REVB=-0.0158018;RO=13;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161584;STB=0.590805;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0037326;OID=.;OPOS=130784694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:6:12:6:7:6:12:6:7 chr11 130784707 . C T 210.53 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00342809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.545;QD=26.3168;RBI=0.0228059;REFB=-0.0252957;REVB=-0.0225468;RO=12;SAF=14;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149277;STB=0.583246;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0105413;OID=.;OPOS=130784707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:12:12:20:20:0.625:6:14:6:6:6:14:6:6 chr11 130784754 . C G 811.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0741419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9276;QD=56.9303;RBI=0.0757341;REFB=0;REVB=-0.0154479;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00084031;OID=.;OPOS=130784754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:24:33:0:0 chr11 130784971 . C G 1682.71 PASS AF=0.982759;AO=108;DP=110;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0126829;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.46;QD=58.0245;RBI=0.0561824;REFB=-0.0706926;REVB=0.0547322;RO=1;SAF=40;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692987;STB=0.502622;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00539725;OID=.;OPOS=130784971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:116:1:2:108:114:0.982759:68:40:0:1:73:41:1:1 chr11 130785205 . G A 207.84 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00627197;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1522;QD=16.9667;RBI=0.00916142;REFB=0.0237239;REVB=-0.00667787;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594165;STB=0.533948;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0285896;OID=.;OPOS=130785205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:13:15:10:11:13:15 chr11 130785304 . T C 300.26 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00208297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.766;QD=16.4528;RBI=0.00405088;REFB=-0.00559035;REVB=-0.00347431;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136304;STB=0.576464;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00769599;OID=.;OPOS=130785304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:16:17:15:25:16:17:15:25 chr11 131531000 . T C 1094.68 PASS AF=0.403727;AO=103;DP=323;FAO=130;FDP=322;FR=.,HEALED;FRO=192;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=84;FSRR=108;FWDB=-0.010826;FXX=0.00309588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.695;QD=13.5985;RBI=0.011187;REFB=-0.00723544;REVB=-0.00281915;RO=145;SAF=57;SAR=46;SRF=73;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525277;STB=0.573724;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00988612;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:322:145:192:103:130:0.403727:46:57:73:72:57:73:84:108 chr11 131531015 . T G 1159.94 PASS AF=0.374317;AO=136;DP=364;FAO=137;FDP=366;FR=.;FRO=229;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=99;FSRR=130;FWDB=0.00890245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.471;QD=12.6769;RBI=0.0136597;REFB=-0.00351527;REVB=-0.0103602;RO=228;SAF=71;SAR=65;SRF=98;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102235;STB=0.55362;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00396591;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:366:228:229:136:137:0.374317:65:71:98:130:66:71:99:130 chr11 131531223 . A G 835.04 PASS AF=0.494186;AO=85;DP=172;FAO=85;FDP=172;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.021317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7873;QD=19.4194;RBI=0.0358028;REFB=-0.0107826;REVB=-0.028765;RO=86;SAF=39;SAR=46;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037737;STB=0.517985;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.012601;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:86:87:85:85:0.494186:46:39:43:43:46:39:43:44 chr11 131531564 . A T 1171.86 PASS AF=0.4875;AO=117;DP=240;FAO=117;FDP=240;FR=.;FRO=123;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=52;FSRR=71;FWDB=0.000755488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.277;QD=19.5309;RBI=0.0195841;REFB=-0.00635485;REVB=-0.0195695;RO=123;SAF=65;SAR=52;SRF=52;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123405;STB=0.567855;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00542377;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:123:123:117:117:0.4875:52:65:52:71:52:65:52:71 chr11 131531720 . C T 572.33 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0151671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.167;QD=20.8121;RBI=0.0153151;REFB=-0.00775643;REVB=-0.00212382;RO=52;SAF=27;SAR=31;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462116;STB=0.525415;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00621974;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:52:58:58:0.527273:31:27:27:25:31:27:27:25 chr11 132177633 . A C 3310.51 PASS AF=0.981567;AO=205;DP=215;FAO=213;FDP=217;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=108;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.851;QD=61.0232;RBI=0.00427475;REFB=0;REVB=7.65178e-05;RO=0;SAF=105;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016861;OID=.;OPOS=132177633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:215:217:0:0:205:213:0.981567:100:105:0:0:105:108:0:0 chr11 133306894 . C G 465.16 PASS AF=0.389706;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.00993638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3473;QD=13.6813;RBI=0.0749367;REFB=0.0151683;REVB=0.074275;RO=83;SAF=29;SAR=24;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121889;STB=0.568916;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.02306;OID=.;OPOS=133306894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:83:83:53:53:0.389706:24:29:36:47:24:29:36:47 chr11 133714472 . C T 511.13 PASS AF=0.421053;AO=55;DP=134;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0205949;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2202;QD=15.3722;RBI=0.0210449;REFB=-0.0117017;REVB=0.00432869;RO=77;SAF=24;SAR=31;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077747;STB=0.538789;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0117645;OID=.;OPOS=133714472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:77:77:55:56:0.421053:31:24:28:49:32:24:28:49 chr11 133714522 . G A 1352.52 PASS AF=0.988764;AO=79;DP=81;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.157064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2172;QD=60.7876;RBI=0.159787;REFB=0.0539199;REVB=0.0293725;RO=1;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111386;STB=0.505375;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000156696;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:89:1:1:79:88:0.988764:42:37:0:1:46:42:0:1 chr11 133815981 . C G 866.56 PASS AF=1;AO=47;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.287;QD=57.7709;RBI=0.118954;REFB=0;REVB=0.118234;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447919;OID=.;OPOS=133815981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:47:60:1:21:26:0:0:32:28:0:0 chr11 134014849 . G A 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0177046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8806;QD=8.45104;RBI=0.0227164;REFB=-0.0156148;REVB=-0.0142332;RO=43;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059052;STB=0.535277;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0206463;OID=.;OPOS=134014849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:10:8:17:26:10:8:17:26 chr11 134018656 . T C 2320.48 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8712;QD=61.0652;RBI=0.0208432;REFB=0;REVB=0.0199676;RO=0;SAF=66;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27982e-05;OID=.;OPOS=134018656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:86:66:0:0:86:66:0:0 chr11 134021477 . G T 530.53 PASS AF=0.53;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00449611;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.806;QD=21.2213;RBI=0.0317669;REFB=-0.013899;REVB=-0.0314472;RO=47;SAF=24;SAR=29;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00518996;STB=0.502856;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0180506;OID=.;OPOS=134021477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:47:47:53:53:0.53:29:24:21:26:29:24:21:26 chr11 134047243 . T C 1252.66 PASS AF=0.503968;AO=126;DP=252;FAO=127;FDP=252;FR=.;FRO=125;FSAF=52;FSAR=75;FSRF=50;FSRR=75;FWDB=-0.0269006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.839;QD=19.8834;RBI=0.0269522;REFB=0.0204346;REVB=0.0016671;RO=125;SAF=51;SAR=75;SRF=50;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449067;STB=0.504854;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.026445;OID=.;OPOS=134047243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:125:125:126:127:0.503968:75:51:50:75:75:52:50:75 chr11 134073019 . A T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00501538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.492;QD=10.1734;RBI=0.00628173;REFB=-0.00460045;REVB=0.00378234;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162993;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00659021;OID=.;OPOS=134073019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:6:3:3:3:6:3 chr11 134115652 . G A 460.66 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0972157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.4205;QD=24.2454;RBI=0.0979696;REFB=-0.0128633;REVB=0.0121299;RO=31;SAF=20;SAR=24;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143062;STB=0.571396;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0303197;OID=.;OPOS=134115652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:32:44:44:0.578947:24:20:20:11:24:20:20:12 chr11 134151975 . G C 1022.65 PASS AF=0.392617;AO=111;DP=293;FAO=117;FDP=298;FR=.;FRO=181;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=89;FSRR=92;FWDB=-0.0161853;FXX=0.00334437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.996;QD=13.7269;RBI=0.0162204;REFB=-0.0108855;REVB=-0.00106715;RO=181;SAF=65;SAR=46;SRF=88;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110173;STB=0.549489;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0185547;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:298:181:181:111:117:0.392617:46:65:88:93:50:67:89:92 chr11 134182375 . G A 2403.53 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.193;QD=61.2365;RBI=0.0427316;REFB=0;REVB=0.0359332;RO=0;SAF=71;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.99165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97642e-05;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:85:71:0:0:86:71:0:0 chr11 134208765 . T C 1695.2 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.15;QD=60.5429;RBI=0.0118578;REFB=0;REVB=0.00855847;RO=0;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50433e-05;OID=.;OPOS=134208765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:52:60:0:0:52:60:0:0 chr11 134208908 . T C 708.3 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.415;QD=62.9596;RBI=0.0551078;REFB=0;REVB=0.0167297;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184419;OID=.;OPOS=134208908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr11 134226251 . T A 1082.83 PASS AF=0.519231;AO=106;DP=207;FAO=108;FDP=208;FR=.;FRO=100;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=33;FSRR=67;FWDB=0.0102728;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.194;QD=20.8237;RBI=0.0102896;REFB=0.0023707;REVB=-0.000587985;RO=101;SAF=52;SAR=54;SRF=35;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128825;STB=0.581716;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00227424;OID=.;OPOS=134226251;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:101:100:106:108:0.519231:54:52:35:66:54:54:33:67 chr11 134226278 . C T 933.43 PASS AF=0.489474;AO=93;DP=190;FAO=93;FDP=190;FR=.;FRO=97;FSAF=30;FSAR=63;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.02436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.544;QD=19.6512;RBI=0.0246541;REFB=-0.00393229;REVB=-0.00379684;RO=97;SAF=30;SAR=63;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179417;STB=0.599111;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00374615;OID=.;OPOS=134226278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:97:97:93:93:0.489474:63:30:49:48:63:30:49:48 chr11 134249321 . T C 4624.59 PASS AF=1;AO=250;DP=301;FAO=294;FDP=294;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=116;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955962;FXX=0.0101007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.295;QD=62.9196;RBI=0.053893;REFB=-0.0116539;REVB=0.0530384;RO=1;SAF=116;SAR=134;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354422;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137626;OID=.;OPOS=134249321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:301:294:1:0:250:294:1:134:116:0:1:178:116:0:0 chr12 92920 . C G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.13224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0631;QD=37.8914;RBI=0.138048;REFB=-0.0767834;REVB=-0.039621;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0126905;OID=.;OPOS=92920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:0:1:5:7:0:1 chr12 235022 . C T 1817.28 PASS AF=0.975806;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0124001;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.772;QD=58.622;RBI=0.0193818;REFB=-0.0842217;REVB=-0.014896;RO=3;SAF=73;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304258;STB=0.501602;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.000631851;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:124:3:3:121:121:0.975806:48:73:2:1:48:73:2:1 chr12 248202 . C G 281.89 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.478;QD=51.2519;RBI=0.130001;REFB=0;REVB=0.124866;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005614;OID=.;OPOS=248202;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:5:16:0:0:5:17:0:0 chr12 274647 . T C 2268.79 PASS AF=0.980645;AO=152;DP=155;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0164693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.547;QD=58.5494;RBI=0.023483;REFB=-0.071789;REVB=0.0167395;RO=1;SAF=70;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674711;STB=0.502478;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.000199527;OID=.;OPOS=274647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:155:155:1:3:152:152:0.980645:82:70:1:0:82:70:1:2 chr12 280349 . C A 5447.92 PASS AF=0.962567;AO=360;DP=374;FAO=360;FDP=374;FR=.;FRO=14;FSAF=166;FSAR=194;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0661009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5387;QD=58.2665;RBI=0.0667257;REFB=-0.116804;REVB=0.00910931;RO=4;SAF=166;SAR=194;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973485;STB=0.506837;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00319791;OID=.;OPOS=280349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:374:374:4:14:360:360:0.962567:194:166:0:4:194:166:9:5 chr12 284058 . T C 1747.37 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1914;QD=60.7781;RBI=0.0443834;REFB=0;REVB=0.00909944;RO=0;SAF=5;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85723e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156039;OID=.;OPOS=284058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:108:5:0:0:108:7:0:0 chr12 311949 . A G 223.71 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0476672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5406;QD=10.6527;RBI=0.0572679;REFB=-0.00702156;REVB=-0.0317405;RO=56;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164308;STB=0.595173;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0180238;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:14:14:20:36:14:14:20:36 chr12 319111 . T C 1093.3 PASS AF=0.646667;AO=93;DP=147;FAO=97;FDP=150;FR=.;FRO=53;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0359068;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.071;QD=29.1547;RBI=0.0373859;REFB=-0.0366446;REVB=0.0104119;RO=53;SAF=45;SAR=48;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718931;STB=0.541543;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0210857;OID=.;OPOS=319111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:53:53:93:97:0.646667:48:45:20:33:49:48:20:33 chr12 319125 . A G 1020.21 PASS AF=0.642336;AO=88;DP=137;FAO=88;FDP=137;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00569645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4734;QD=29.7871;RBI=0.0233714;REFB=-0.0110273;REVB=-0.0226666;RO=49;SAF=41;SAR=47;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522318;STB=0.528185;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00529667;OID=.;OPOS=319125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:49:49:88:88:0.642336:47:41:19:30:47:41:19:30 chr12 393489 . CTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTA,TTCTTTTTTTTTT 400.81 PASS AF=0.943396,0.0188679,0.0188679;AO=17,3,3;DP=58;FAO=50,1,1;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20,0,0;FSAR=30,1,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0486875,-0.0400879,-0.0422848;FXX=0.116647;HRUN=12,2,2;LEN=1,13,3;MLLD=12.8009,118.544,122.746;QD=30.2495;RBI=0.104326,0.106584,0.112228;REFB=-0.490598,-0.0996743,-0.10254;REVB=-0.0922688,-0.0987576,-0.103958;RO=8;SAF=8,0,0;SAR=9,3,3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0169637,-0.660908,-0.660908;STB=0.508193,0.5,0.5;STBP=0.529,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0999931,0.11159,0.153872;OID=.,.,.;OPOS=393501,393489,393489;OREF=T,CTTTTTTTTTTTT,CTT;OALT=A,TCTTTTTTTTTTA,TTC;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTA,TTCTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:5:58:53:8:1:17,3,3:50,1,1:0.943396,0.0188679,0.0188679:9,3,3:8,0,0:4:4:30,1,1:20,0,0:0:1 chr12 406292 . G A 592.06 PASS AF=0.57;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0168295;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.963;QD=23.6825;RBI=0.0168814;REFB=-0.0139866;REVB=0.00132352;RO=42;SAF=18;SAR=39;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015648;STB=0.504853;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0107605;OID=.;OPOS=406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:42:43:57:57:0.57:39:18:14:28:39:18:14:29 chr12 427575 . A G 597.09 PASS AF=0.586957;AO=53;DP=94;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0205279;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8933;QD=25.9606;RBI=0.0212319;REFB=-0.0019789;REVB=-0.005422;RO=37;SAF=21;SAR=32;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00720658;STB=0.505821;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00148522;OID=.;OPOS=427575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:37:38:53:54:0.586957:32:21:15:22:32:22:16:22 chr12 443544 . C G 283.04 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0458097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3418;QD=17.4181;RBI=0.0682157;REFB=-0.0213682;REVB=-0.0505456;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551157;STB=0.537824;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0251739;OID=.;OPOS=443544;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:15:16:19:14:15:16:20:14 chr12 496439 . A T 164.62 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=46;FWDB=0.00816146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.669;QD=7.74693;RBI=0.012318;REFB=-0.00245221;REVB=0.00922624;RO=62;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068837;STB=0.541113;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00735981;OID=.;OPOS=496439;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:62:23:23:0.270588:16:7:16:46:16:7:16:46 chr12 520947 . A C 361.83 PASS AF=0.387387;AO=42;DP=110;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00742208;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.692;QD=13.0389;RBI=0.00803265;REFB=-0.0130251;REVB=0.00307184;RO=68;SAF=22;SAR=20;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577593;STB=0.539345;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0211714;OID=.;OPOS=520947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:68:68:42:43:0.387387:20:22:32:36:20:23:32:36 chr12 547683 . T C 71.35 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0242509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.997;QD=7.71313;RBI=0.0244494;REFB=-0.0161517;REVB=0.00310935;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155746;STB=0.586645;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.028481;OID=.;OPOS=547683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:26:27:10:10:0.27027:7:3:11:15:7:3:11:16 chr12 644337 . G A 775.81 PASS AF=0.509677;AO=79;DP=155;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00909686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.433;QD=20.0209;RBI=0.0430617;REFB=-0.0126502;REVB=-0.0420899;RO=76;SAF=41;SAR=38;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638105;STB=0.535065;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0150535;OID=.;OPOS=644337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:76:76:79:79:0.509677:38:41:34:42:38:41:34:42 chr12 657404 . G A 614.68 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00678363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.172;QD=23.1953;RBI=0.0132055;REFB=-0.0334;REVB=-0.01133;RO=42;SAF=33;SAR=27;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916753;STB=0.540629;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0243915;OID=.;OPOS=657404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:42:46:60:60:0.566038:27:33:18:24:27:33:21:25 chr12 661656 . A G 625.0 PASS AF=0.57732;AO=55;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0235899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2748;QD=25.7731;RBI=0.0279184;REFB=-0.0100461;REVB=0.0149318;RO=40;SAF=22;SAR=33;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059351;STB=0.530834;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00816816;OID=.;OPOS=661656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:41:55:56:0.57732:33:22:19:21:34:22:19:22 chr12 662448 . T C 3296.26 PASS AF=1;AO=211;DP=215;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576834;FXX=0.0139528;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.109;QD=62.1936;RBI=0.0599395;REFB=0;REVB=0.0162901;RO=0;SAF=117;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88611e-05;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:212:0:0:211:212:1:94:117:0:0:94:118:0:0 chr12 662838 . T C 191.69 PASS AF=0.655172;AO=17;DP=28;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00326448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.728;QD=26.4404;RBI=0.00433886;REFB=-0.00706326;REVB=-0.00285812;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225018;STB=0.617648;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00472668;OID=.;OPOS=662838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:10:10:17:19:0.655172:10:7:1:9:11:8:1:9 chr12 666801 . A G 159.97 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00564003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.705;QD=8.53156;RBI=0.0128934;REFB=0.000461514;REVB=0.0115944;RO=53;SAF=9;SAR=13;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976967;STB=0.558229;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00109841;OID=.;OPOS=666801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:53:22:22:0.293333:13:9:26:27:13:9:26:27 chr12 862989 . T C 4710.08 PASS AF=1;AO=294;DP=296;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0664061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0522;QD=63.6497;RBI=0.0668777;REFB=0;REVB=0.00792822;RO=1;SAF=141;SAR=153;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00337046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06606e-05;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:296:296:1:0:294:296:1:153:141:1:0:154:142:0:0 chr12 939302 . A G 1176.25 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0495664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.984;QD=59.5567;RBI=0.0501178;REFB=-0.0220633;REVB=0.00741412;RO=1;SAF=26;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017855;STB=0.509432;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000107294;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:52:26:1:0:52:26:1:0 chr12 974326 . G C 1041.36 PASS AF=0.598765;AO=93;DP=158;FAO=97;FDP=162;FR=.;FRO=65;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=18;FWDB=0.00386919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.11;QD=25.7127;RBI=0.0169299;REFB=-0.0409844;REVB=0.0164818;RO=61;SAF=56;SAR=37;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799094;STB=0.549363;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0282701;OID=.;OPOS=974326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:162:61:65:93:97:0.598765:37:56:43:18:38:59:47:18 chr12 974404 . T C 81.23 PASS AF=0.212121;AO=13;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00288033;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.917;QD=4.92308;RBI=0.00314914;REFB=-0.00812386;REVB=0.00127312;RO=52;SAF=2;SAR=11;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395827;STB=0.773743;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0332493;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:66:66:52:52:13:14:0.212121:11:2:22:30:12:2:22:30 chr12 987482 . G A 579.46 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057929;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.353;QD=60.9952;RBI=0.0624805;REFB=0;REVB=-0.0234104;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241797;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr12 990912 . A C 1605.25 PASS AF=0.990826;AO=103;DP=104;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.649;QD=58.9083;RBI=0.0244707;REFB=-0.0633597;REVB=0.0104305;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000205001;OID=.;OPOS=990912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:109:0:1:103:108:0.990826:55:48:0:0:55:53:1:0 chr12 993930 . C T 1381.39 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.146;QD=61.3951;RBI=0.0242501;REFB=0.0488518;REVB=0.00495189;RO=1;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997727;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000337559;OID=.;OPOS=993930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:47:42:0:1:47:42:0:1 chr12 994487 . G C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.084;QD=61.0492;RBI=0.0169396;REFB=0;REVB=0.0164227;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75531e-05;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr12 1017197 . C T 728.82 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.662;QD=57.1622;RBI=0.0330098;REFB=0;REVB=-0.021196;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333058;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr12 1590013 . C T 333.64 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00279612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.991;QD=24.265;RBI=0.00604771;REFB=-3.12824e-05;REVB=-0.00536251;RO=20;SAF=19;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171202;STB=0.512352;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=8.86638e-06;OID=.;OPOS=1590013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:22:33:33:0.6:14:19:12:8:14:19:12:10 chr12 1590069 . G A 322.96 PASS AF=0.607843;AO=30;DP=50;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0590895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.911;QD=25.3299;RBI=0.0654887;REFB=0.0228286;REVB=-0.0282348;RO=20;SAF=11;SAR=19;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137217;STB=0.565287;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0144859;OID=.;OPOS=1590069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:20:20:30:31:0.607843:19:11:11:9:19:12:11:9 chr12 1675127 . A AG,AGAG 35.25 PASS AF=0.157895,0.210526;AO=7,3;DP=29;FAO=3,4;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=0,3;FSAR=3,1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0985573,0.0339822;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=18.1873,159.44;QD=7.42133;RBI=0.0991348,0.0465674;REFB=-0.0201765,-0.0403998;REVB=0.0106845,-0.0318392;RO=18;SAF=0,3;SAR=7,0;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.753643,0.585524;STB=0.996015,0.698951;STBP=0.108,0.433;TYPE=ins,ins;VARB=0.114997,0.125389;OID=.,.;OPOS=1675128,1675128;OREF=-,-;OALT=G,GAG;OMAPALT=AG,AGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.157895,0.210526:7,3:29:3,4:19:12:0,3:3,1:6:6:23:18:0,3:7,0:10:8 chr12 1902766 . T G 3681.79 PASS AF=0.971429;AO=238;DP=245;FAO=238;FDP=245;FR=.;FRO=7;FSAF=106;FSAR=132;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0130424;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.206;QD=60.1108;RBI=0.0131759;REFB=0.0297156;REVB=0.00187054;RO=5;SAF=106;SAR=132;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177067;STB=0.508764;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.000391512;OID=.;OPOS=1902766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:245:245:5:7:238:238:0.971429:132:106:0:5:132:106:1:6 chr12 1995403 . T C 3693.54 PASS AF=1;AO=232;DP=234;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134231;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.466;QD=63.4084;RBI=0.0146983;REFB=0;REVB=-0.00598828;RO=0;SAF=125;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16965e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50544e-06;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:233:0:0:232:233:1:107:125:0:0:107:126:0:0 chr12 2062323 . T TTGC 1050.64 PASS AF=0.84375;AO=73;DP=124;FAO=81;FDP=96;FR=.;FRO=15;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0941677;FXX=0.0679546;HRUN=2;LEN=3;MLLD=158.866;QD=43.7767;RBI=0.116086;REFB=-0.178444;REVB=0.0678852;RO=49;SAF=35;SAR=38;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378025;STB=0.544175;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.0290663;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84375:73:124:81:96:15:42:39:12:3:74:49:35:38:26:23 chr12 2694638 . C T 2408.23 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152366;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.502;QD=61.3562;RBI=0.0180819;REFB=0;REVB=0.00973661;RO=0;SAF=60;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59403e-05;OID=.;OPOS=2694638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:97:60:0:0:97:60:0:0 chr12 2721137 . C T 1968.91 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.392;QD=62.0129;RBI=0.0288745;REFB=0;REVB=0.0281922;RO=0;SAF=63;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18149e-05;OID=.;OPOS=2721137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:127:0:0:124:127:1:61:63:0:0:62:65:0:0 chr12 2750893 . C T 1225.6 PASS AF=0.565217;AO=117;DP=207;FAO=117;FDP=207;FR=.;FRO=90;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.00604808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.043;QD=23.6832;RBI=0.0115963;REFB=-0.0214357;REVB=-0.00989418;RO=90;SAF=56;SAR=61;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185052;STB=0.510059;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0167798;OID=.;OPOS=2750893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:90:90:117:117:0.565217:61:56:41:49:61:56:41:49 chr12 2788879 . G A 724.35 PASS AF=0.409326;AO=79;DP=195;FAO=79;FDP=193;FR=.;FRO=114;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=74;FWDB=-0.0283847;FXX=0.0102559;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.498;QD=15.0125;RBI=0.0310685;REFB=-0.00222805;REVB=0.0126317;RO=114;SAF=34;SAR=45;SRF=40;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867746;STB=0.548524;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00466994;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:193:114:114:79:79:0.409326:45:34:40:74:45:34:40:74 chr12 2791132 . A G 536.36 PASS AF=0.395973;AO=59;DP=149;FAO=59;FDP=149;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=59;FWDB=-0.00911993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.643;QD=14.399;RBI=0.0147941;REFB=-0.00293818;REVB=-0.0116487;RO=89;SAF=32;SAR=27;SRF=31;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205158;STB=0.617972;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0046729;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:89:90:59:59:0.395973:27:32:31:58:27:32:31:59 chr12 2791205 . A G 2347.35 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.557;QD=59.8051;RBI=0.0299632;REFB=-0.0588349;REVB=-0.00380508;RO=1;SAF=55;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00857063;STB=0.502487;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=6.41896e-05;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:157:157:1:1:155:156:0.993631:100:55:1:0:100:56:0:1 chr12 2794977 . G A 578.21 PASS AF=0.420382;AO=62;DP=154;FAO=66;FDP=157;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.0432963;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.092;QD=14.7315;RBI=0.0498235;REFB=-0.00168291;REVB=-0.0246538;RO=91;SAF=32;SAR=30;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115583;STB=0.545511;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0019195;OID=.;OPOS=2794977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:91:91:62:66:0.420382:30:32:37:54:34:32:37:54 chr12 2801469 . C CT 484.86 PASS AF=0.694444;AO=77;DP=149;FAO=100;FDP=144;FR=.;FRO=44;FSAF=84;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0120728;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.7549;QD=13.4684;RBI=0.0389353;REFB=-0.0374926;REVB=0.0370163;RO=58;SAF=68;SAR=9;SRF=44;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195961;STB=0.558923;STBP=0.088;TYPE=ins;VARB=0.0502277;OID=.;OPOS=2801470;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.694444:77:149:100:144:44:84:16:32:12:99:58:68:9:44:14 chr12 2943929 . C G 1439.2 PASS AF=0.594595;AO=128;DP=218;FAO=132;FDP=222;FR=.;FRO=90;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.0245905;FXX=0.0263146;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.554;QD=25.9315;RBI=0.0354316;REFB=-0.0301385;REVB=0.0255089;RO=89;SAF=57;SAR=71;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079872;STB=0.537873;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0168074;OID=.;OPOS=2943929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:222:89:90:128:132:0.594595:71:57:49:40:71:61:50:40 chr12 2944024 . G C 1248.35 PASS AF=0.59893;AO=112;DP=187;FAO=112;FDP=187;FR=.;FRO=75;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.00290499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.671;QD=26.7026;RBI=0.00426487;REFB=-0.0102744;REVB=0.00312252;RO=74;SAF=50;SAR=62;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792608;STB=0.54562;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00611022;OID=.;OPOS=2944024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:74:75:112:112:0.59893:62:50:41:33:62:50:42:33 chr12 2968458 . T C 1468.68 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7379;QD=63.1691;RBI=0.0758331;REFB=0;REVB=-0.0703504;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000792926;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr12 2973615 . T C 527.1 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.00243994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.31;QD=14.6417;RBI=0.00741113;REFB=0.00181557;REVB=0.00699797;RO=86;SAF=26;SAR=32;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00558054;STB=0.503144;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00279506;OID=.;OPOS=2973615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:86:86:58:58:0.402778:32:26:39:47:32:26:39:47 chr12 2996174 . A G 263.53 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00579582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.346;QD=10.4369;RBI=0.0296351;REFB=-0.00830258;REVB=0.0290629;RO=68;SAF=17;SAR=16;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515305;STB=0.529958;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0173505;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:68:68:33:33:0.326733:16:17:32:36:16:17:32:36 chr12 2997397 . G A 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0210313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9731;QD=12.5663;RBI=0.0264078;REFB=-0.00477202;REVB=-0.0159704;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169954;STB=0.597484;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00549484;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:14:11:24:16:14:11:24:16 chr12 3046802 . A G 364.28 PASS AF=0.308176;AO=49;DP=159;FAO=49;FDP=159;FR=.;FRO=110;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=0.00492618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.385;QD=9.16434;RBI=0.0132254;REFB=-0.00203554;REVB=0.0122737;RO=110;SAF=20;SAR=29;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163013;STB=0.594833;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00482236;OID=.;OPOS=3046802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:110:110:49:49:0.308176:29:20:60:50:29:20:60:50 chr12 3049698 . T C 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0147608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.702;QD=11.4912;RBI=0.0269407;REFB=0.00056024;REVB=-0.0225371;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151525;STB=0.590278;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0013759;OID=.;OPOS=3049698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:5:11:18:14:5:11:18:14 chr12 3310439 . C T 445.94 PASS AF=0.363014;AO=44;DP=137;FAO=53;FDP=146;FR=.;FRO=93;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.0111665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.197;QD=12.2175;RBI=0.0112464;REFB=-0.0259138;REVB=0.00133792;RO=93;SAF=19;SAR=25;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739743;STB=0.589456;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0473009;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:146:93:93:44:53:0.363014:25:19:46:47:34:19:46:47 chr12 3387697 . T C 1049.99 PASS AF=0.430712;AO=115;DP=267;FAO=115;FDP=267;FR=.;FRO=152;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=71;FSRR=81;FWDB=-0.0739342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7377;QD=15.7302;RBI=0.0872885;REFB=0.000613274;REVB=-0.0464007;RO=148;SAF=64;SAR=51;SRF=67;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105123;STB=0.55096;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00122828;OID=.;OPOS=3387697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:148:152:115:115:0.430712:51:64:67:81:51:64:71:81 chr12 3391032 . T G 418.01 PASS AF=0.341935;AO=53;DP=156;FAO=53;FDP=155;FR=.;FRO=102;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=64;FWDB=-0.0189721;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.033;QD=10.7873;RBI=0.0213387;REFB=-0.0120169;REVB=-0.00976729;RO=99;SAF=21;SAR=32;SRF=35;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514411;STB=0.516387;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0211469;OID=.;OPOS=3391032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:99:102:53:53:0.341935:32:21:35:64:32:21:38:64 chr12 3393419 . C T 1534.91 PASS AF=0.931034;AO=109;DP=117;FAO=108;FDP=116;FR=.;FRO=8;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0199471;FXX=0.00854628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.95;QD=52.9281;RBI=0.0214496;REFB=-0.00747459;REVB=0.00788649;RO=8;SAF=54;SAR=55;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155937;STB=0.507986;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000209349;OID=.;OPOS=3393419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:117:116:8:8:109:108:0.931034:55:54:3:5:55:53:3:5 chr12 3409277 . C T 1000.46 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00802391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.731;QD=56.364;RBI=0.0255385;REFB=-0.11718;REVB=0.0242452;RO=2;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349766;STB=0.518513;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000496895;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:26:43:0:2:26:43:0:2 chr12 3749874 . T C 645.13 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0102169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.446;QD=21.3266;RBI=0.0121812;REFB=-0.0194719;REVB=0.00663301;RO=56;SAF=26;SAR=38;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659074;STB=0.532512;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0141023;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:57:64:64:0.528926:38:26:27:29:38:26:27:30 chr12 3782647 . A T 649.1 PASS AF=0.511628;AO=63;DP=125;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.000207697;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.266;QD=20.1273;RBI=0.00802861;REFB=-0.00534592;REVB=-0.00802592;RO=61;SAF=27;SAR=36;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625694;STB=0.530573;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0040602;OID=.;OPOS=3782647;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:129:61:63:63:66:0.511628:36:27:22:39:39:27:22:41 chr12 3782701 . C T 709.51 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.036349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.382;QD=21.8309;RBI=0.0402564;REFB=-0.0032443;REVB=-0.0173012;RO=61;SAF=32;SAR=37;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118192;STB=0.564688;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00314458;OID=.;OPOS=3782701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:61:69:69:0.530769:37:32:20:41:37:32:20:41 chr12 3788145 . C T 1054.45 PASS AF=0.578035;AO=98;DP=172;FAO=100;FDP=173;FR=.;FRO=73;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0292463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.924;QD=24.3803;RBI=0.0300587;REFB=-0.0091752;REVB=-0.00694083;RO=74;SAF=47;SAR=51;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801299;STB=0.535967;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00667212;OID=.;OPOS=3788145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:74:73:98:100:0.578035:51:47:43:31:51:49:42:31 chr12 3788188 . C T 777.68 PASS AF=0.540146;AO=74;DP=137;FAO=74;FDP=137;FR=.;FRO=63;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0562159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4509;QD=22.7059;RBI=0.0711686;REFB=0.00035584;REVB=-0.0436433;RO=61;SAF=41;SAR=33;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580372;STB=0.537925;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.000196982;OID=.;OPOS=3788188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:61:63:74:74:0.540146:33:41:38:23:33:41:40:23 chr12 3788222 . G A 703.49 PASS AF=0.548387;AO=68;DP=124;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00770434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.98;QD=22.6931;RBI=0.0125971;REFB=-0.00150087;REVB=0.00996642;RO=56;SAF=37;SAR=31;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377086;STB=0.520627;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00124489;OID=.;OPOS=3788222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:56:68:68:0.548387:31:37:33:23:31:37:33:23 chr12 3789452 . C T 577.46 PASS AF=0.604651;AO=52;DP=86;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0302016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0187;QD=26.8585;RBI=0.043875;REFB=-0.00425905;REVB=0.0318258;RO=34;SAF=27;SAR=25;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120239;STB=0.565483;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00314126;OID=.;OPOS=3789452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:34:52:52:0.604651:25:27:12:22:25:27:12:22 chr12 3806147 . T C 1170.89 PASS AF=0.495902;AO=99;DP=223;FAO=121;FDP=244;FR=.;FRO=123;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=53;FSRR=70;FWDB=0.00591904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.776;QD=19.1948;RBI=0.011237;REFB=-0.0095035;REVB=0.0095517;RO=102;SAF=28;SAR=71;SRF=34;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557517;STB=0.509154;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00831025;OID=.;OPOS=3806147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:244:102:123:99:121:0.495902:71:28:34:68:71:50:53:70 chr12 4411093 . TC CT,TCT,TT 385.99 PASS AF=0.306667,0.56,0;AO=15,15,5;DP=80;FAO=23,42,0;FDP=75;FR=.;FRO=10;FSAF=21,31,0;FSAR=2,11,0;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00775885,0.196876,-0.0178264;FXX=0.0624922;HRUN=11,6,1;LEN=2,1,1;MLLD=24.9474,8.15508,200.939;QD=20.5862;RBI=0.123509,0.269199,0.0196174;REFB=0.0075679,-0.0839492,-0.0162724;REVB=0.123265,0.183597,0.0081891;RO=23;SAF=15,12,5;SAR=0,3,0;SRF=17;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.779724,0.0914783,0.608298;STB=0.591458,0.515618,0.5;STBP=0.36,0.733,1;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=0.00646314,0.115713,0;OID=.,.,.;OPOS=4411093,4411095,4411094;OREF=TC,-,C;OALT=CT,T,T;OMAPALT=CT,TCT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:92:80:75:23:10:15,15,5:23,42,0:0.306667,0.56,0:0,3,0:15,12,5:17:6:2,11,0:21,31,0:8:2 chr12 4414126 . G A 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.143;QD=61.3313;RBI=0.00997688;REFB=0;REVB=0.00990991;RO=0;SAF=2;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69347e-05;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:38:2:0:0:38:2:0:0 chr12 4430412 . C G 30.09 PASS AF=0.0576923;AO=38;DP=520;FAO=30;FDP=520;FR=.;FRO=490;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=266;FSRR=224;FWDB=-0.02038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8113;QD=0.231439;RBI=0.151201;REFB=-0.00705431;REVB=-0.149821;RO=463;SAF=4;SAR=34;SRF=254;SRR=209;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498417;STB=0.875069;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.206149;OID=.;OPOS=4430412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:520:520:463:490:38:30:0.0576923:34:4:254:209:26:4:266:224 chr12 4459032 . G A 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.129626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.495;QD=15.1567;RBI=0.129657;REFB=-0.00514621;REVB=-0.00281042;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504992;STB=0.553444;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00454554;OID=.;OPOS=4459032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:30:32:25:25:0.438596:17:8:11:19:17:8:13:19 chr12 4462161 . C T 497.8 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00884717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.84;QD=16.7328;RBI=0.0639222;REFB=-0.0160166;REVB=-0.063307;RO=64;SAF=26;SAR=28;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276774;STB=0.510913;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0168792;OID=.;OPOS=4462161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:65:54:54:0.453782:28:26:29:35:28:26:30:35 chr12 4553332 . A G 1140.3 PASS AF=0.732283;AO=93;DP=126;FAO=93;FDP=127;FR=.;FRO=34;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0666734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6856;QD=35.9151;RBI=0.0817228;REFB=0.00767476;REVB=0.0472575;RO=33;SAF=45;SAR=48;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103917;STB=0.55101;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00254023;OID=.;OPOS=4553332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:33:34:93:93:0.732283:48:45:9:24:48:45:10:24 chr12 4553383 . A G 761.74 PASS AF=0.753086;AO=61;DP=81;FAO=61;FDP=81;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.016185;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.221;QD=37.6168;RBI=0.0161891;REFB=-0.028949;REVB=-0.000364412;RO=20;SAF=22;SAR=39;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822651;STB=0.544051;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0083324;OID=.;OPOS=4553383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:20:20:61:61:0.753086:39:22:4:16:39:22:4:16 chr12 4554548 . G C 2888.27 PASS AF=0.970588;AO=179;DP=186;FAO=198;FDP=204;FR=.;FRO=6;FSAF=71;FSAR=127;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0107796;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4765;QD=56.6327;RBI=0.052993;REFB=-0.0406698;REVB=0.051885;RO=6;SAF=58;SAR=121;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000655415;STB=0.504509;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0158395;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:186:204:6:6:179:198:0.970588:121:58:2:4:127:71:3:3 chr12 4702173 . C T 148.55 PASS AF=0.229167;AO=22;DP=97;FAO=22;FDP=96;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0326213;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8926;QD=6.18965;RBI=0.0591502;REFB=0.0108395;REVB=0.0493416;RO=73;SAF=10;SAR=12;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200376;STB=0.61672;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0263366;OID=.;OPOS=4702173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:73:74:22:22:0.229167:12:10:45:28:12:10:45:29 chr12 4705317 . C T 405.19 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0284012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7866;QD=22.5107;RBI=0.0359843;REFB=0.0192289;REVB=0.0220963;RO=32;SAF=19;SAR=21;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303832;STB=0.516728;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0157689;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:21:19:14:18:21:19:14:18 chr12 4716513 . C T 279.93 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0111613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.642;QD=10.9777;RBI=0.0180528;REFB=-0.00586874;REVB=0.0141891;RO=67;SAF=13;SAR=22;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140929;STB=0.581562;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0140873;OID=.;OPOS=4716513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:67:67:35:35:0.343137:22:13:33:34:22:13:33:34 chr12 4716572 . C A 175.28 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.012469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9651;QD=10.0158;RBI=0.017191;REFB=0.0119536;REVB=0.0118345;RO=47;SAF=6;SAR=17;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367638;STB=0.716282;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0150798;OID=.;OPOS=4716572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:17:6:27:20:17:6:27:20 chr12 4735734 . T C 687.55 PASS AF=0.371041;AO=82;DP=218;FAO=82;FDP=221;FR=.;FRO=139;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=67;FSRR=72;FWDB=-0.0298315;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.99;QD=12.4444;RBI=0.0310323;REFB=-0.0034161;REVB=0.00854913;RO=135;SAF=43;SAR=39;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634841;STB=0.52664;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00613249;OID=.;OPOS=4735734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:221:135:139:82:82:0.371041:39:43:63:72:39:43:67:72 chr12 4735737 . A G 1666.57 PASS AF=0.599099;AO=132;DP=223;FAO=133;FDP=222;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=0.0302384;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5982;QD=30.0283;RBI=0.0799055;REFB=-0.0297741;REVB=-0.073963;RO=60;SAF=61;SAR=71;SRF=44;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157128;STB=0.568158;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00346518;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:60:69:132:133:0.599099:71:61:44:16:71:62:46:23 chr12 4735894 . G A 484.85 PASS AF=0.495146;AO=50;DP=102;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0383968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1806;QD=18.8292;RBI=0.0387388;REFB=-0.00467624;REVB=-0.0051355;RO=52;SAF=20;SAR=30;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368026;STB=0.504131;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00534629;OID=.;OPOS=4735894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:52:52:50:51:0.495146:30:20:21:31:30:21:21:31 chr12 4736086 . A G 1226.94 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9801;QD=61.347;RBI=0.0286939;REFB=0;REVB=-0.0224724;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000290181;OID=.;OPOS=4736086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr12 4736495 . C T 1548.7 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.459;QD=63.864;RBI=0.0223336;REFB=0;REVB=-0.0100286;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14176e-05;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:55:41:0:0:56:41:0:0 chr12 4736631 . A G 2442.51 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216809;FXX=0.00624961;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2608;QD=61.4467;RBI=0.0336514;REFB=0;REVB=-0.0257363;RO=0;SAF=54;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66389e-05;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:105:54:0:0:105:54:0:0 chr12 4736677 . G C,T 2009.46 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=124,6;DP=130;FAO=126,6;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=53,0;FSAR=73,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014563,0.00531537;FXX=0.0294096;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.8089,144.976;QD=60.8926;RBI=0.0291038,0.00959504;REFB=0,0;REVB=-0.0251982,-0.00798822;RO=0;SAF=52,0;SAR=72,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.61425e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00380206,0.0597834;OID=.,.;OPOS=4736677,4736677;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:130:132:0:0:124,6:126,6:0.954545,0.0454545:72,6:52,0:0:0:73,6:53,0:0:0 chr12 4736690 . A G 2028.95 PASS AF=0.985075;AO=131;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0195321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3238;QD=60.5658;RBI=0.0201739;REFB=-0.0400365;REVB=-0.00504805;RO=2;SAF=58;SAR=73;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00165759;STB=0.500918;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00129934;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:131:132:0.985075:73:58:1:1:74:58:1:1 chr12 4737318 . A G 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00555023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.631;QD=25.4292;RBI=0.00555453;REFB=-0.00538217;REVB=0.000218592;RO=15;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175918;STB=0.597899;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0074885;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:8:14:6:9:8:14:6:9 chr12 4737459 . C T 469.07 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0053022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.465;QD=20.3945;RBI=0.0053022;REFB=0.00213737;REVB=7.48052e-07;RO=46;SAF=27;SAR=19;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040802;STB=0.522584;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00231066;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:19:27:29:17:19:27:29:17 chr12 4737715 . C T 617.56 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00219332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.188;QD=19.1491;RBI=0.00392473;REFB=-0.00281689;REVB=-0.00325467;RO=66;SAF=32;SAR=31;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00734355;STB=0.50406;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00287706;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:66:63:63:0.488372:31:32:33:33:31:32:33:33 chr12 4740515 . A T 606.61 PASS AF=0.314286;AO=77;DP=248;FAO=77;FDP=245;FR=.;FRO=168;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=79;FSRR=89;FWDB=0.0358052;FXX=0.0160636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.442;QD=9.90388;RBI=0.0358701;REFB=-0.0111103;REVB=-0.00215628;RO=165;SAF=29;SAR=48;SRF=74;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880118;STB=0.566107;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0214667;OID=.;OPOS=4740515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:245:165:168:77:77:0.314286:48:29:74:91:48:29:79:89 chr12 4794351 . A G 244.52 PASS AF=0.308411;AO=33;DP=107;FAO=33;FDP=107;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=53;FWDB=0.011175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.567;QD=9.14109;RBI=0.0126232;REFB=-0.00375234;REVB=0.00587061;RO=74;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242613;STB=0.640288;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.011033;OID=.;OPOS=4794351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:74:74:33:33:0.308411:17:16:21:53:17:16:21:53 chr12 4830000 . T G 932.65 PASS AF=0.56962;AO=89;DP=157;FAO=90;FDP=158;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0266212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.75;QD=23.6114;RBI=0.0307364;REFB=-0.0153558;REVB=0.0153636;RO=66;SAF=35;SAR=54;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061719;STB=0.52992;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0122396;OID=.;OPOS=4830000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:66:68:89:90:0.56962:54:35:31:35:55:35:31:37 chr12 4835882 . T G 749.1 PASS AF=0.493333;AO=73;DP=150;FAO=74;FDP=150;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.0082556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.529;QD=19.976;RBI=0.010169;REFB=-0.00906531;REVB=-0.00593746;RO=76;SAF=36;SAR=37;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103569;STB=0.560013;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00993114;OID=.;OPOS=4835882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:76:76:73:74:0.493333:37:36:46:30:38:36:46:30 chr12 4873163 . G T 1800.8 PASS AF=0.587814;AO=163;DP=278;FAO=164;FDP=279;FR=.;FRO=115;FSAF=59;FSAR=105;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=0.0150294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1563;QD=25.8179;RBI=0.0250634;REFB=0.00231481;REVB=-0.0200572;RO=115;SAF=58;SAR=105;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112278;STB=0.558785;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00153514;OID=.;OPOS=4873163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:279:115:115:163:164:0.587814:105:58:57:58:105:59:57:58 chr12 4881766 . C T 528.44 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0290906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0033;QD=22.2499;RBI=0.0469815;REFB=0.0111446;REVB=0.0368917;RO=45;SAF=23;SAR=27;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911973;STB=0.550173;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00878184;OID=.;OPOS=4881766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:27:23:16:29:27:23:16:29 chr12 4919267 . A G 36.31 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.00873019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.718;QD=6.60261;RBI=0.0254813;REFB=-0.0111742;REVB=0.0239391;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274627;STB=0.666259;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0296167;OID=.;OPOS=4919267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:15:1:1:5:15:1 chr12 4921228 . T C 381.29 PASS AF=0.415094;AO=43;DP=105;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0208244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2582;QD=14.3884;RBI=0.0637191;REFB=-0.0177774;REVB=0.0602201;RO=62;SAF=19;SAR=24;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610824;STB=0.540172;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0320816;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:62:62:43:44:0.415094:24:19:31:31:25:19:31:31 chr12 4921301 . T C 135.51 PASS AF=0.321429;AO=19;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0269655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.836;QD=9.67932;RBI=0.0350787;REFB=0.000213383;REVB=-0.0224361;RO=37;SAF=13;SAR=6;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110365;STB=0.609247;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000560529;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:38:19:18:0.321429:6:13:22:15:5:13:22:16 chr12 4922030 . C G 682.66 PASS AF=0.386473;AO=80;DP=206;FAO=80;FDP=207;FR=.;FRO=127;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=68;FSRR=59;FWDB=0.00228832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.287;QD=13.1915;RBI=0.0302661;REFB=-0.00750639;REVB=-0.0301794;RO=125;SAF=44;SAR=36;SRF=67;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152773;STB=0.509009;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0131707;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:125:127:80:80:0.386473:36:44:67:58:36:44:68:59 chr12 4922734 . A G 136.35 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.000280658;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.214;QD=8.39069;RBI=0.011186;REFB=-0.00753469;REVB=-0.0111825;RO=48;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128328;STB=0.588811;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0158916;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:48:46:19:19:0.292308:14:5:17:31:14:5:17:29 chr12 4923049 . T C 238.45 PASS AF=0.297297;AO=33;DP=107;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.00742294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4212;QD=8.59282;RBI=0.0274096;REFB=0.0203622;REVB=0.0263853;RO=74;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195616;STB=0.611585;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0347865;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:74:78:33:33:0.297297:15:18:28:46:15:18:30:48 chr12 4923364 . T C 477.77 PASS AF=0.424;AO=53;DP=125;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.002495;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.587;QD=15.2887;RBI=0.00555746;REFB=-0.00894878;REVB=0.00496592;RO=72;SAF=23;SAR=30;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00356018;STB=0.501997;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0107775;OID=.;OPOS=4923364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:72:53:53:0.424:30:23:31:41:30:23:31:41 chr12 4923697 . G T 1186.3 PASS AF=0.61236;AO=94;DP=164;FAO=109;FDP=178;FR=.;FRO=69;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0318096;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.373;QD=26.6584;RBI=0.0319439;REFB=-0.0080079;REVB=-0.00292521;RO=70;SAF=50;SAR=44;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250974;STB=0.50609;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00512499;OID=.;OPOS=4923697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:178:70:69:94:109:0.61236:44:50:35:35:52:57:35:34 chr12 4959904 . G GA 310.22 PASS AF=0.567568;AO=67;DP=150;FAO=84;FDP=148;FR=.;FRO=64;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0523558;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.49795;QD=8.38419;RBI=0.120468;REFB=-0.0371505;REVB=-0.108496;RO=69;SAF=28;SAR=39;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187405;STB=0.538873;STBP=0.298;TYPE=ins;VARB=0.0556026;OID=.;OPOS=4959905;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567568:67:150:84:148:64:41:43:37:27:99:69:28:39:43:26 chr12 4959987 . C T 547.98 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0068067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.434;QD=19.0602;RBI=0.0171224;REFB=-0.0075607;REVB=0.0157113;RO=58;SAF=27;SAR=30;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13505;STB=0.574443;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00521983;OID=.;OPOS=4959987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:30:27:19:39:30:27:19:39 chr12 4959993 . C A 519.19 PASS AF=0.504587;AO=54;DP=107;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.0224404;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8961;QD=19.0527;RBI=0.046101;REFB=-0.0353535;REVB=-0.0402707;RO=53;SAF=25;SAR=29;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165099;STB=0.597869;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0412986;OID=.;OPOS=4959993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:53:54:54:55:0.504587:29:25:15:38:29:26:15:39 chr12 4960023 . C A 506.75 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0421624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.18;QD=20.4748;RBI=0.043074;REFB=0.00896408;REVB=0.00881512;RO=50;SAF=21;SAR=28;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102935;STB=0.556864;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0117623;OID=.;OPOS=4960023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:28:21:16:34:28:21:16:34 chr12 5021984 . T A 151.41 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0988975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.217;QD=12.8857;RBI=0.0989569;REFB=-0.0113164;REVB=0.00343047;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996966;STB=0.545402;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0151809;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:30:17:17:0.361702:9:8:11:18:9:8:12:18 chr12 5026471 . C T 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0210514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1369;QD=19.5182;RBI=0.0312;REFB=-0.0102811;REVB=0.0230278;RO=26;SAF=11;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746711;STB=0.504164;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0118002;OID=.;OPOS=5026471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:17:11:10:16:17:11:10:16 chr12 5154462 . T C 1758.8 PASS AF=0.991597;AO=101;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0316;QD=59.1194;RBI=0.0239812;REFB=-0.112937;REVB=0.00750599;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.504424;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00189138;OID=.;OPOS=5154462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:119:119:0:1:101:118:0.991597:41:60:0:0:56:62:0:1 chr12 5603602 . G C 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000310315;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.19;QD=24.9761;RBI=0.00110745;REFB=-0.0223978;REVB=0.00106309;RO=21;SAF=13;SAR=20;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255089;STB=0.51401;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0167423;OID=.;OPOS=5603602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:20:13:9:12:20:13:9:12 chr12 5603607 . G A 346.4 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00447756;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.239;QD=31.491;RBI=0.0118981;REFB=-0.0405467;REVB=-0.0110234;RO=14;SAF=12;SAR=17;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904282;STB=0.518446;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0335652;OID=.;OPOS=5603607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:14:15:29:29:0.659091:17:12:6:8:17:12:7:8 chr12 5603632 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0518889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.905;QD=8.81153;RBI=0.0556703;REFB=0.0027041;REVB=0.0201674;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260022;STB=0.636111;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00769135;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:22:23:10:10:0.30303:5:5:6:16:5:5:7:16 chr12 6054395 . A G 3438.06 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.153;QD=61.947;RBI=0.0251037;REFB=0;REVB=0.0240605;RO=0;SAF=74;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21802e-05;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:210:222:0:0:208:222:1:134:74:0:0:147:75:0:0 chr12 6091000 . A G 3848.72 PASS AF=1;AO=249;DP=249;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224776;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7734;QD=61.3342;RBI=0.025887;REFB=-0.0693695;REVB=-0.0128412;RO=0;SAF=123;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47455e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145477;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:249:251:0:0:249:251:1:126:123:0:0:129:122:0:0 chr12 6105387 . G A 1522.32 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065047;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.079;QD=64.0979;RBI=0.00826551;REFB=0;REVB=-0.00509975;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109575;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chr12 6127535 . T G 318.04 PASS AF=0.190635;AO=44;DP=288;FAO=57;FDP=299;FR=.;FRO=242;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=115;FSRR=127;FWDB=-0.0195073;FXX=0.00993345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.842;QD=4.25469;RBI=0.0202253;REFB=-0.0089988;REVB=0.00534118;RO=243;SAF=25;SAR=19;SRF=114;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127147;STB=0.512973;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0482975;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:299:243:242:44:57:0.190635:19:25:114:129:29:28:115:127 chr12 6127943 . A G 955.32 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.502;QD=58.7886;RBI=0.0326025;REFB=0;REVB=0.00477779;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35564e-05;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:33:30:0:0:33:32:0:0 chr12 6128169 . TC GT,TG 102.91 PASS AF=0,0.297872;AO=5,7;DP=47;FAO=0,14;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=0,9;FSAR=0,5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0657524,-0.0249314;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=36.5257,38.6987;QD=8.75819;RBI=0.0657848,0.0753519;REFB=-0.0547858,-0.0179935;REVB=0.00206455,0.0711079;RO=24;SAF=0,7;SAR=5,0;SRF=16;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.726838,0.682966;STB=0.5,0.571324;STBP=1,0.557;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0717162;OID=.,.;OPOS=6128169,6128170;OREF=TC,C;OALT=GT,G;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:47:24:33:5,7:0,14:0,0.297872:5,0:0,7:16:8:0,5:0,9:18:15 chr12 6128443 . T C 1073.27 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027974;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9483;QD=59.626;RBI=0.0298211;REFB=0;REVB=0.0103323;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354226;OID=.;OPOS=6128443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:40:30:0:0:40:32:0:0 chr12 6143984 . T C 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.161;QD=59.8331;RBI=0.0193423;REFB=0;REVB=-0.00108261;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9873e-05;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:46:56:0:0:46:56:0:0 chr12 6153514 . A G 1060.93 PASS AF=0.608696;AO=97;DP=160;FAO=98;FDP=161;FR=.;FRO=63;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0222645;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.451;QD=26.3585;RBI=0.0238875;REFB=0.0112457;REVB=-0.00865458;RO=63;SAF=48;SAR=49;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251092;STB=0.515525;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00696247;OID=.;OPOS=6153514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:63:63:97:98:0.608696:49:48:29:34:49:49:29:34 chr12 6153534 . T C 1177.35 PASS AF=0.59116;AO=107;DP=181;FAO=107;FDP=181;FR=.;FRO=74;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.00896803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.955;QD=26.0189;RBI=0.017182;REFB=-0.00641798;REVB=0.0146559;RO=74;SAF=53;SAR=54;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372537;STB=0.520195;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00465211;OID=.;OPOS=6153534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:74:74:107:107:0.59116:54:53:33:41:54:53:33:41 chr12 6172134 . T C 834.67 PASS AF=0.38403;AO=95;DP=258;FAO=101;FDP=263;FR=.;FRO=162;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=81;FSRR=81;FWDB=0.00161887;FXX=0.0112778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.653;QD=12.6946;RBI=0.0131425;REFB=-0.015318;REVB=-0.0130424;RO=150;SAF=49;SAR=46;SRF=79;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118477;STB=0.527523;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0255362;OID=.;OPOS=6172134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:263:150:162:95:101:0.38403:46:49:79:71:46:55:81:81 chr12 6172202 . T C 1809.85 PASS AF=0.560261;AO=164;DP=299;FAO=172;FDP=307;FR=.;FRO=135;FSAF=80;FSAR=92;FSRF=67;FSRR=68;FWDB=0.0114513;FXX=0.00324665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.167;QD=23.5811;RBI=0.0129975;REFB=-0.0373015;REVB=0.00614836;RO=134;SAF=72;SAR=92;SRF=67;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508211;STB=0.51375;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0327837;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:307:134:135:164:172:0.560261:92:72:67:67:92:80:67:68 chr12 6204902 . CA C 1289.67 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.8079;QD=57.9627;RBI=0.0975832;REFB=0;REVB=-0.0969764;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000578425;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:89:89:89:0:42:47:0:0:7:0:41:46:0:0 chr12 6344600 . C A 619.76 PASS AF=0.409357;AO=66;DP=168;FAO=70;FDP=171;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=0.00233376;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.465;QD=14.4974;RBI=0.00689854;REFB=0.00523831;REVB=0.0064918;RO=100;SAF=32;SAR=34;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589262;STB=0.545745;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00813761;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:100:101:66:70:0.409357:34:32:54:46:38:32:54:47 chr12 6421495 . G A 1728.19 PASS AF=0.606426;AO=149;DP=248;FAO=151;FDP=249;FR=.;FRO=98;FSAF=65;FSAR=86;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.0117698;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.112;QD=27.7622;RBI=0.0186228;REFB=0.0133446;REVB=0.0144319;RO=98;SAF=65;SAR=84;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322007;STB=0.519607;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00854571;OID=.;OPOS=6421495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:249:98:98:149:151:0.606426:84:65:47:51:86:65:47:51 chr12 6427052 . C T 1176.72 PASS AF=0.594444;AO=107;DP=180;FAO=107;FDP=180;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=83;FSRF=18;FSRR=55;FWDB=0.0449403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5953;QD=26.1492;RBI=0.0480161;REFB=-0.0547876;REVB=0.0169091;RO=71;SAF=24;SAR=83;SRF=18;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303205;STB=0.512795;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0437669;OID=.;OPOS=6427052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:71:73:107:107:0.594444:83:24:18:53:83:24:18:55 chr12 6428116 . T G 1046.14 PASS AF=0.607595;AO=95;DP=160;FAO=96;FDP=158;FR=.;FRO=62;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00755668;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.573;QD=26.4845;RBI=0.0118895;REFB=-0.0170942;REVB=-0.00917914;RO=62;SAF=41;SAR=54;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148443;STB=0.505617;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0103764;OID=.;OPOS=6428116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:62:62:95:96:0.607595:54:41:28:34:54:42:28:34 chr12 6439470 . A G 610.01 PASS AF=0.62069;AO=54;DP=87;FAO=54;FDP=87;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00505475;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.191;QD=28.0463;RBI=0.006915;REFB=-0.00625792;REVB=0.00471877;RO=33;SAF=31;SAR=23;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840054;STB=0.545711;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0035801;OID=.;OPOS=6439470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:33:33:54:54:0.62069:23:31:15:18:23:31:15:18 chr12 6442346 . A G 640.81 PASS AF=0.622222;AO=56;DP=90;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0536208;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5807;QD=28.4805;RBI=0.0621771;REFB=-0.0110031;REVB=-0.031477;RO=34;SAF=26;SAR=30;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656804;STB=0.535702;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00574763;OID=.;OPOS=6442346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:34:34:56:56:0.622222:30:26:19:15:30:26:19:15 chr12 6457062 . T C 1496.47 PASS AF=0.641414;AO=127;DP=198;FAO=127;FDP=198;FR=.;FRO=71;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.12457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.118;QD=30.2317;RBI=0.127239;REFB=0.00542807;REVB=-0.0259268;RO=71;SAF=56;SAR=71;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315842;STB=0.517004;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00772044;OID=.;OPOS=6457062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:71:71:127:127:0.641414:71:56:28:43:71:56:28:43 chr12 6463657 . T TG 43.51 PASS AF=0.0952381;AO=27;DP=170;FAO=16;FDP=168;FR=.;FRO=152;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=91;FWDB=-0.0333148;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.0059;QD=1.03599;RBI=0.0356353;REFB=-0.0194618;REVB=-0.0126492;RO=143;SAF=12;SAR=15;SRF=61;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232257;STB=0.694614;STBP=0.118;TYPE=ins;VARB=0.136716;OID=.;OPOS=6463658;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0952381:27:170:16:168:152:10:6:61:91:43:143:12:15:61:82 chr12 6464581 . C T 143.11 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00647283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.324;QD=9.86984;RBI=0.00885838;REFB=-0.0272536;REVB=-0.00604759;RO=39;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102687;STB=0.560377;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0510122;OID=.;OPOS=6464581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:9:10:24:15:9:10:24:15 chr12 6484709 . T C 2302.15 PASS AF=1;AO=90;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=85;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130998;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.442;QD=58.6535;RBI=0.131812;REFB=0;REVB=-0.0146235;RO=0;SAF=19;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.73879e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141226;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:90:157:1:71:19:0:0:72:85:0:0 chr12 6495275 . C A 1110.14 PASS AF=0.60479;AO=100;DP=169;FAO=101;FDP=167;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=66;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00711618;FXX=0.017646;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.817;QD=26.5901;RBI=0.00751599;REFB=-0.0233572;REVB=0.0024187;RO=61;SAF=34;SAR=66;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113628;STB=0.558181;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0141007;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:61:66:100:101:0.60479:66:34:30:31:66:35:32:34 chr12 6500105 . T G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0249526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.433;QD=19.3436;RBI=0.0324852;REFB=-0.0279538;REVB=-0.0208005;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0244664;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:12:6:6:12:12:6:6:12 chr12 6560473 . A G 826.51 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021621;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.338;QD=58.0007;RBI=0.0250211;REFB=0;REVB=-0.0125931;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283013;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr12 6562753 . A G 252.17 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0150422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2284;QD=10.3989;RBI=0.0355904;REFB=0.0117901;REVB=-0.0322553;RO=57;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171094;STB=0.561458;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0217973;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:66:31:31:0.319588:16:15:19:38:16:15:26:40 chr12 6562768 . G C 231.7 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00945773;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.116;QD=10.2977;RBI=0.0408578;REFB=-0.00991369;REVB=0.0397481;RO=57;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111303;STB=0.54962;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0112365;OID=.;OPOS=6562768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:57:61:29:29:0.322222:15:14:22:35:15:14:25:36 chr12 6562810 . A G 139.43 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.039208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.59;QD=9.1432;RBI=0.0438682;REFB=-0.00369047;REVB=-0.019676;RO=42;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048186;STB=0.528542;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00667931;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:11:8:16:26:11:8:16:26 chr12 6572048 . A G 277.32 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=108;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0409889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.938;QD=10.2709;RBI=0.0430069;REFB=0.000601917;REVB=-0.0130194;RO=70;SAF=21;SAR=15;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128163;STB=0.574262;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00057599;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:72:36:36:0.333333:15:21:33:37:15:21:34:38 chr12 6619284 . C G 1400.0 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0359002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.764;QD=60.8698;RBI=0.0368904;REFB=-0.126312;REVB=-0.00848962;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106495;STB=0.505617;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000388227;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:92:1:1:89:91:0.98913:45:44:1:0:47:44:1:0 chr12 6631169 . C A 271.13 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00874086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7305;QD=30.125;RBI=0.0380181;REFB=0.0484871;REVB=-0.0369996;RO=12;SAF=11;SAR=13;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18172;STB=0.599448;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.025005;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:13:11:2:10:13:11:2:10 chr12 6637845 . T C 1343.71 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0131667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.109;QD=61.0777;RBI=0.0431872;REFB=0.0505267;REVB=0.0411312;RO=1;SAF=42;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111481;STB=0.505881;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=1.46807e-05;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:45:42:1:0:45:42:1:0 chr12 6638116 . C T 697.45 PASS AF=0.619048;AO=65;DP=105;FAO=65;FDP=105;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0187867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.011;QD=26.5695;RBI=0.0188081;REFB=-0.00778092;REVB=-0.000896787;RO=39;SAF=28;SAR=37;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216053;STB=0.507451;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00580535;OID=.;OPOS=6638116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:39:40:65:65:0.619048:37:28:18:21:37:28:18:22 chr12 6639088 . A G 2490.04 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9454;QD=61.1054;RBI=0.0271436;REFB=0;REVB=-0.00775838;RO=0;SAF=72;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0997e-05;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:163:0:0:158:163:1:86:72:0:0:89:74:0:0 chr12 6646320 . T C 351.08 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=-0.00306377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0032;QD=13.0028;RBI=0.0128858;REFB=0.00498221;REVB=0.0125163;RO=66;SAF=23;SAR=19;SRF=20;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259953;STB=0.646561;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.004193;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:66:66:42:42:0.388889:19:23:20:46:19:23:20:46 chr12 6647109 . T C 199.95 PASS AF=0.254237;AO=30;DP=118;FAO=30;FDP=118;FR=.;FRO=88;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.0877229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.665;QD=6.77781;RBI=0.0880457;REFB=-0.00545121;REVB=-0.00753263;RO=88;SAF=18;SAR=12;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548137;STB=0.533079;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0165752;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:88:88:30:30:0.254237:12:18:49:39:12:18:49:39 chr12 6711147 . C A 39.07 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0183253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.05;QD=11.1626;RBI=0.0337967;REFB=-0.0332645;REVB=-0.0283972;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162008;STB=0.599657;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.02698;OID=.;OPOS=6711147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:4:4:2:4:4:4 chr12 6715527 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0285624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7702;QD=14.7979;RBI=0.0291658;REFB=-0.0068302;REVB=0.00590235;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195771;STB=0.615163;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00995065;OID=.;OPOS=6715527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:8:3:6:7:8:3:6:7 chr12 6747295 . G A 497.41 PASS AF=0.5;AO=51;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0238696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.677;QD=19.1313;RBI=0.0296382;REFB=-0.0140427;REVB=0.0175689;RO=51;SAF=11;SAR=40;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183556;STB=0.585976;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0121087;OID=.;OPOS=6747295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:52:51:52:0.5:40:11:19:32:40:12:19:33 chr12 6835068 . A G 1078.95 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.109052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3481;QD=53.9476;RBI=0.109515;REFB=0.00175378;REVB=-0.0100655;RO=4;SAF=24;SAR=51;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771676;STB=0.505719;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.000568093;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:80:80:4:5:75:75:0.9375:51:24:1:3:51:24:2:3 chr12 6835081 . G A 855.33 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.81;QD=56.0869;RBI=0.0471316;REFB=-0.0201892;REVB=0.0303324;RO=1;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011949;STB=0.506327;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000168344;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:39:21:0:1:39:21:0:1 chr12 6836852 . A G 1339.63 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0869128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9032;QD=62.3082;RBI=0.0869787;REFB=0;REVB=0.00338686;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061948;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:34:52:0:0:34:52:0:0 chr12 6836913 . G T 1406.42 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00726369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.74;QD=60.4911;RBI=0.00841441;REFB=0.0453475;REVB=-0.00424748;RO=2;SAF=53;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175502;STB=0.509257;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.000714273;OID=.;OPOS=6836913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:38:53:2:0:38:53:2:0 chr12 6840209 . G A 1206.91 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0918235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1944;QD=57.472;RBI=0.103347;REFB=-0.0155491;REVB=-0.0474235;RO=3;SAF=40;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116786;STB=0.506171;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00475981;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:81:81:0.964286:41:40:2:1:41:40:2:1 chr12 6858126 . G A 2752.46 PASS AF=0.623377;AO=240;DP=386;FAO=240;FDP=385;FR=.;FRO=145;FSAF=61;FSAR=179;FSRF=54;FSRR=91;FWDB=0.0154917;FXX=0.00259061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3193;QD=28.597;RBI=0.0198362;REFB=0.00888852;REVB=-0.0123889;RO=145;SAF=61;SAR=179;SRF=54;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102848;STB=0.555521;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00529142;OID=.;OPOS=6858126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:385:145:145:240:240:0.623377:179:61:54:91:179:61:54:91 chr12 6887020 . T C 2847.6 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.346;QD=62.5847;RBI=0.0737633;REFB=0;REVB=0.0692042;RO=0;SAF=89;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46449e-05;OID=.;OPOS=6887020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:182:0:0:178:182:1:89:89:0:0:92:90:0:0 chr12 6925149 . C T 143.48 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00537767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.466;QD=11.2533;RBI=0.0148246;REFB=-0.0196652;REVB=-0.0138148;RO=34;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864475;STB=0.551452;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0358596;OID=.;OPOS=6925149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:13:4:10:24:13:4:10:24 chr12 6926363 . T C 1927.77 PASS AF=0.986207;AO=97;DP=144;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.142915;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4002;QD=53.1799;RBI=0.142939;REFB=-0.00831914;REVB=-0.00265267;RO=0;SAF=4;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5141e-08;STB=0.505154;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00474508;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:144:145:0:2:97:143:0.986207:93:4:0:0:96:47:0:2 chr12 6928075 . T C 1572.76 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.412;QD=59.9147;RBI=0.0238908;REFB=0;REVB=0.0238345;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82169e-05;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:101:105:1:57:44:0:0:61:44:0:0 chr12 6928586 . CA AG 3260.92 PASS AF=0.96861;AO=216;DP=224;FAO=216;FDP=223;FR=.;FRO=7;FSAF=108;FSAR=108;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0731655;FXX=0.00446409;HRUN=4;LEN=2;MLLD=46.3142;QD=58.4918;RBI=0.075385;REFB=-0.123546;REVB=0.0181582;RO=5;SAF=108;SAR=108;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129247;STB=0.502242;STBP=0.806;TYPE=mnp;VARB=0.00411491;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:224:223:5:7:216:216:0.96861:108:108:1:4:108:108:3:4 chr12 6936432 . G A 397.3 PASS AF=0.519481;AO=35;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0376136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.537;QD=20.6389;RBI=0.060391;REFB=-0.0212328;REVB=0.0472471;RO=31;SAF=10;SAR=25;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186444;STB=0.573346;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0244716;OID=.;OPOS=6936432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:37:35:40:0.519481:25:10:15:16:29:11:15:22 chr12 6939850 . A G 417.81 PASS AF=0.344828;AO=49;DP=145;FAO=50;FDP=145;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=-0.0663086;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.412;QD=11.5257;RBI=0.0663316;REFB=0.0121658;REVB=-0.00174465;RO=95;SAF=31;SAR=18;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077226;STB=0.549456;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.013561;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:95:95:49:50:0.344828:18:31:54:41:18:32:54:41 chr12 6941021 . G A 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0417872;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.015;QD=14.9204;RBI=0.041861;REFB=-0.0206656;REVB=-0.00248462;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040702;STB=0.52306;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0266822;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:14:14:17:20:14:14:17:20 chr12 6942823 . A G 1470.18 PASS AF=1;AO=83;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569592;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.809;QD=59.4014;RBI=0.0572157;REFB=0;REVB=-0.00541168;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85336e-05;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:83:99:1:44:39:0:0:51:48:0:0 chr12 6946247 . G T 373.11 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00305792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.236;QD=23.3193;RBI=0.00985338;REFB=-0.0351415;REVB=0.00936687;RO=27;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169708;STB=0.509333;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0220943;OID=.;OPOS=6946247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:20:17:13:14:20:17:13:14 chr12 6947196 . C T 566.19 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0418263;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.233;QD=26.9616;RBI=0.0422158;REFB=-0.0319165;REVB=0.00572142;RO=33;SAF=26;SAR=25;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615937;STB=0.533569;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0233386;OID=.;OPOS=6947196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:33:33:51:51:0.607143:25:26:14:19:25:26:14:19 chr12 6950930 . AT A 258.84 PASS AF=0.469027;AO=52;DP=115;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0385666;FXX=0.0173898;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.702;QD=9.16255;RBI=0.0645654;REFB=0.0651011;REVB=0.0517814;RO=56;SAF=23;SAR=29;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708636;STB=0.533968;STBP=0.522;TYPE=del;VARB=-0.063742;OID=.;OPOS=6950931;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469027:52:115:53:113:60:24:29:31:29:99:56:23:29:29:27 chr12 6954875 . C T 1309.17 PASS AF=0.682927;AO=112;DP=165;FAO=112;FDP=164;FR=.;FRO=52;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.001628;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.272;QD=31.9309;RBI=0.00553499;REFB=-0.0109623;REVB=0.00529016;RO=52;SAF=51;SAR=61;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151041;STB=0.508109;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00510149;OID=.;OPOS=6954875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:52:52:112:112:0.682927:61:51:25:27:61:51:25:27 chr12 6958541 . G A 182.18 PASS AF=0.254717;AO=26;DP=105;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.0249981;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.671;QD=6.87465;RBI=0.0261876;REFB=-0.00403803;REVB=0.00780306;RO=77;SAF=20;SAR=6;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197877;STB=0.604987;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0123416;OID=.;OPOS=6958541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:77:79:26:27:0.254717:6:20:49:28:7:20:49:30 chr12 6965194 . A G 1227.75 PASS AF=0.577114;AO=116;DP=202;FAO=116;FDP=201;FR=.;FRO=85;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.00501657;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.623;QD=24.4328;RBI=0.0198746;REFB=-0.00424421;REVB=0.0192311;RO=80;SAF=55;SAR=61;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561939;STB=0.516496;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00261961;OID=.;OPOS=6965194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:80:85:116:116:0.577114:61:55:32:48:61:55:37:48 chr12 6976688 . A G 2887.67 PASS AF=0.564854;AO=265;DP=473;FAO=270;FDP=478;FR=.;FRO=208;FSAF=138;FSAR=132;FSRF=108;FSRR=100;FWDB=-0.0106397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.12;QD=24.1646;RBI=0.0331925;REFB=-0.0248974;REVB=-0.031441;RO=207;SAF=136;SAR=129;SRF=107;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00299654;STB=0.503535;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0212935;OID=.;OPOS=6976688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:473:478:207:208:265:270:0.564854:129:136:107:100:132:138:108:100 chr12 7015075 . A C 901.41 PASS AF=0.564626;AO=81;DP=144;FAO=83;FDP=147;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=-0.00803392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2558;QD=24.5282;RBI=0.0259007;REFB=0.013622;REVB=0.0246232;RO=63;SAF=38;SAR=43;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14962;STB=0.571412;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00722988;OID=.;OPOS=7015075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:63:64:81:83:0.564626:43:38:18:45:45:38:19:45 chr12 7015707 . G T 781.35 PASS AF=0.503145;AO=80;DP=159;FAO=80;FDP=159;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.0113837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.304;QD=19.6565;RBI=0.0280219;REFB=0.0150438;REVB=-0.0256055;RO=79;SAF=35;SAR=45;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00507584;STB=0.502793;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0137428;OID=.;OPOS=7015707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:79:79:80:80:0.503145:45:35:35:44:45:35:35:44 chr12 7021957 . G A 691.45 PASS AF=0.49359;AO=54;DP=156;FAO=77;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.00207878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.826;QD=17.7294;RBI=0.0993073;REFB=-0.0386121;REVB=0.0992856;RO=80;SAF=40;SAR=14;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372833;STB=0.557754;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0492626;OID=.;OPOS=7021957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:80:79:54:77:0.49359:14:40:32:48:37:40:32:47 chr12 7023123 . A G 720.03 PASS AF=0.586207;AO=66;DP=113;FAO=68;FDP=116;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.033923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5149;QD=24.8286;RBI=0.0358021;REFB=0.0102054;REVB=0.0114464;RO=47;SAF=34;SAR=32;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100687;STB=0.549075;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.00660005;OID=.;OPOS=7023123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:47:48:66:68:0.586207:32:34:18:29:33:35:19:29 chr12 7026307 . G C 1074.13 PASS AF=0.644737;AO=94;DP=149;FAO=98;FDP=152;FR=.;FRO=54;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0610636;FXX=0.0193536;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4717;QD=28.2665;RBI=0.0740494;REFB=-0.0643485;REVB=0.0418873;RO=51;SAF=58;SAR=36;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197525;STB=0.517108;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0214983;OID=.;OPOS=7026307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:51:54:94:98:0.644737:36:58:30:21:39:59:30:24 chr12 7055860 . T C 492.43 PASS AF=0.335135;AO=62;DP=185;FAO=62;FDP=185;FR=.;FRO=123;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=73;FWDB=-0.0246878;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.534;QD=10.6473;RBI=0.0371745;REFB=-0.0158718;REVB=-0.0277931;RO=123;SAF=28;SAR=34;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530818;STB=0.530444;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0272329;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:123:123:62:62:0.335135:34:28:50:73:34:28:50:73 chr12 7065635 . T C 1747.82 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0739565;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.641;QD=60.2696;RBI=0.0768922;REFB=0;REVB=0.0210438;RO=0;SAF=68;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.43355e-05;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:116:0:0:115:116:1:47:68:0:0:48:68:0:0 chr12 7079215 . T G 1227.46 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0644189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.493;QD=61.3728;RBI=0.06464;REFB=0;REVB=0.00534179;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105744;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr12 7080212 . T C 939.73 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103619;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.276;QD=58.7332;RBI=0.0660485;REFB=0;REVB=0.0652306;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31965e-05;OID=.;OPOS=7080212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:41:22:0:0:42:22:0:0 chr12 7090742 . G A 651.59 PASS AF=0.551724;AO=61;DP=113;FAO=64;FDP=116;FR=.;FRO=52;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.00447394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.34;QD=22.4686;RBI=0.0378695;REFB=-0.0135073;REVB=0.0376043;RO=52;SAF=44;SAR=17;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490094;STB=0.507479;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0127404;OID=.;OPOS=7090742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:52:52:61:64:0.551724:17:44:35:17:20:44:35:17 chr12 7241055 . A G 884.96 PASS AF=0.434389;AO=95;DP=224;FAO=96;FDP=221;FR=.;FRO=125;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=71;FSRR=54;FWDB=0.00966385;FXX=0.017777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3658;QD=16.0174;RBI=0.0349381;REFB=-0.0135953;REVB=-0.033575;RO=128;SAF=52;SAR=43;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760838;STB=0.509117;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0124828;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:221:128:125:95:96:0.434389:43:52:71:57:43:53:71:54 chr12 7241570 . C T 87.35 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0385862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.445;QD=5.45913;RBI=0.0476695;REFB=-0.00356456;REVB=-0.0279909;RO=49;SAF=6;SAR=8;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174756;STB=0.601626;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00852949;OID=.;OPOS=7241570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:49:50:14:14:0.21875:8:6:28:21:8:6:28:22 chr12 7242299 . G A 747.94 PASS AF=0.368421;AO=88;DP=247;FAO=91;FDP=247;FR=.;FRO=156;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=86;FSRR=70;FWDB=0.0189231;FXX=0.0159356;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.621;QD=12.1123;RBI=0.0190871;REFB=-0.0172536;REVB=-0.00249636;RO=152;SAF=46;SAR=42;SRF=81;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113953;STB=0.522029;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.028866;OID=.;OPOS=7242299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:152:156:88:91:0.368421:42:46:81:71:44:47:86:70 chr12 7249598 . T C 808.65 PASS AF=0.509317;AO=80;DP=159;FAO=82;FDP=161;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=24;FSRR=55;FWDB=0.015917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.236;QD=20.0906;RBI=0.050104;REFB=-0.0149333;REVB=0.0475085;RO=79;SAF=30;SAR=50;SRF=24;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700527;STB=0.533392;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.012905;OID=.;OPOS=7249598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:79:79:80:82:0.509317:50:30:24:55:52:30:24:55 chr12 7254669 . A C 485.18 PASS AF=0.788462;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0477625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3684;QD=37.3213;RBI=0.0487566;REFB=0.0141879;REVB=0.0097953;RO=11;SAF=17;SAR=24;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960432;STB=0.551598;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00314511;OID=.;OPOS=7254669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:11:11:41:41:0.788462:24:17:2:9:24:17:2:9 chr12 7280880 . C G 1626.01 PASS AF=0.567164;AO=148;DP=265;FAO=152;FDP=268;FR=.;FRO=116;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=66;FSRR=50;FWDB=0.0120513;FXX=0.00371733;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.949;QD=24.2689;RBI=0.0217611;REFB=-0.00865497;REVB=0.0181194;RO=115;SAF=74;SAR=74;SRF=66;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595223;STB=0.5242;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00740844;OID=.;OPOS=7280880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:268:115:116:148:152:0.567164:74:74:66:49:74:78:66:50 chr12 7281317 . C T 409.14 PASS AF=0.337662;AO=52;DP=152;FAO=52;FDP=154;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=-0.0243289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1297;QD=10.6271;RBI=0.0267138;REFB=0.0064966;REVB=-0.0110332;RO=100;SAF=27;SAR=25;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124872;STB=0.570869;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0134107;OID=.;OPOS=7281317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:100:102:52:52:0.337662:25:27:41:59:25:27:42:60 chr12 7287956 . C T 1568.77 PASS AF=0.5875;AO=141;DP=240;FAO=141;FDP=240;FR=.;FRO=99;FSAF=62;FSAR=79;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=0.0119318;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.888;QD=26.1461;RBI=0.0135328;REFB=0.00130722;REVB=-0.00638512;RO=98;SAF=62;SAR=79;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922395;STB=0.552048;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00124212;OID=.;OPOS=7287956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:98:99:141:141:0.5875:79:62:55:43:79:62:56:43 chr12 7309199 . G A 232.03 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00481122;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.544;QD=22.0986;RBI=0.0131308;REFB=-0.0158016;REVB=0.0122177;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188376;STB=0.592192;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0136397;OID=.;OPOS=7309199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:12:10:13:6:12:10:13:7 chr12 7309471 . C A 928.59 PASS AF=0.630769;AO=82;DP=130;FAO=82;FDP=130;FR=.;FRO=48;FSAF=57;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0127521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.081;QD=28.5719;RBI=0.0179007;REFB=0.00133833;REVB=-0.0125626;RO=46;SAF=57;SAR=25;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143358;STB=0.587607;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00273472;OID=.;OPOS=7309471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:46:48:82:82:0.630769:25:57:23:23:25:57:23:25 chr12 7309473 . G C 964.23 PASS AF=0.646154;AO=84;DP=130;FAO=84;FDP=130;FR=.;FRO=46;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.000886457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.53;QD=29.6685;RBI=0.0157526;REFB=0.00615228;REVB=-0.0157277;RO=46;SAF=57;SAR=27;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127217;STB=0.568845;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0125666;OID=.;OPOS=7309473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:46:46:84:84:0.646154:27:57:23:23:27:57:23:23 chr12 7463241 . A T 4708.09 PASS AF=1;AO=291;DP=292;FAO=294;FDP=294;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462993;FXX=0.00675653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.704;QD=64.0556;RBI=0.0464611;REFB=0;REVB=0.00387396;RO=0;SAF=161;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26016e-05;OID=.;OPOS=7463241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:292:294:0:0:291:294:1:130:161:0:0:130:164:0:0 chr12 7528471 . G A 707.02 PASS AF=0.48366;AO=74;DP=152;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.00214545;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.245;QD=18.4842;RBI=0.0338679;REFB=-0.00758522;REVB=-0.0337999;RO=75;SAF=32;SAR=42;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104566;STB=0.538451;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00761817;OID=.;OPOS=7528471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:75:79:74:74:0.48366:42:32:41:34:42:32:40:39 chr12 7548996 . C G 147.0 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0180785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0849;QD=17.294;RBI=0.0489573;REFB=-0.0123894;REVB=0.045497;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102873;STB=0.558751;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0211456;OID=.;OPOS=7548996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:11:7:8:8:11:7 chr12 7549009 . C T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0019206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.21;QD=18.6371;RBI=0.0234687;REFB=0.00102616;REVB=0.02339;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08522;STB=0.562423;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000737047;OID=.;OPOS=7549009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:8:8:9:6:8:8:10:6 chr12 7551022 . A T 1381.47 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.489;QD=61.3989;RBI=0.0160317;REFB=0.0795958;REVB=0.00218943;RO=1;SAF=58;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810203;STB=0.504273;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=1.21768e-05;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:31:58:1:0:31:58:1:0 chr12 7551050 . A C 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=337.997;QD=63.3364;RBI=0.0304314;REFB=0;REVB=0.0229613;RO=0;SAF=62;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19942e-05;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:31:62:0:0:31:62:0:0 chr12 7585247 . T C 111.87 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.5091;QD=40.6792;RBI=0.161817;REFB=0;REVB=-0.0562474;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00753847;OID=.;OPOS=7585247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:7:11:1:7:0:0:0:10:1:0:0 chr12 7649484 . T C 970.77 PASS AF=0.713043;AO=82;DP=116;FAO=82;FDP=115;FR=.;FRO=33;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0082771;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1756;QD=33.7659;RBI=0.0100984;REFB=-0.00577178;REVB=-0.00578513;RO=33;SAF=52;SAR=30;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365971;STB=0.519626;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0021664;OID=.;OPOS=7649484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:33:33:82:82:0.713043:30:52:23:10:30:52:23:10 chr12 7649653 . T C 376.01 PASS AF=0.46988;AO=35;DP=79;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0120838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.045;QD=18.1208;RBI=0.0139648;REFB=-0.0218243;REVB=0.00699968;RO=43;SAF=25;SAR=10;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729147;STB=0.555526;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0234201;OID=.;OPOS=7649653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:43:44:35:39:0.46988:10:25:28:15:10:29:29:15 chr12 7655137 . A G 337.62 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0461296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6033;QD=22.8894;RBI=0.0556322;REFB=0.00024141;REVB=0.0310966;RO=25;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686704;STB=0.537826;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000496919;OID=.;OPOS=7655137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:18:16:14:11:18:16:14:11 chr12 7655278 . T A 709.02 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.0342703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1324;QD=20.7013;RBI=0.0611195;REFB=-0.0103539;REVB=-0.0506077;RO=67;SAF=32;SAR=38;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622705;STB=0.534225;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00911107;OID=.;OPOS=7655278;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:67:67:70:70:0.510949:38:32:26:41:38:32:26:41 chr12 7779227 . A G 1377.28 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8738;QD=62.6037;RBI=0.141652;REFB=0;REVB=0.00654326;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577062;OID=.;OPOS=7779227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:54:34:0:0:54:34:0:0 chr12 7818444 . C A 197.71 PASS AF=0.362319;AO=24;DP=68;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0175284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.016;QD=11.4616;RBI=0.0175984;REFB=-0.00233091;REVB=0.0015677;RO=44;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917436;STB=0.563055;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00456535;OID=.;OPOS=7818444;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:44:44:24:25:0.362319:15:9:20:24:16:9:20:24 chr12 7966958 . C T 488.54 PASS AF=0.357143;AO=60;DP=168;FAO=60;FDP=168;FR=.;FRO=108;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=-0.00677835;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.414;QD=11.632;RBI=0.00679802;REFB=-0.00570588;REVB=-0.00051683;RO=108;SAF=33;SAR=27;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147286;STB=0.508401;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0103466;OID=.;OPOS=7966958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:108:108:60:60:0.357143:27:33:58:50:27:33:58:50 chr12 7967071 . G A 277.23 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0757096;FXX=0.0405351;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4276;QD=15.6188;RBI=0.104656;REFB=0.0149252;REVB=-0.0722562;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120432;STB=0.519113;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0256758;OID=.;OPOS=7967071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:43:40:30:31:0.43662:15:15:21:22:16:15:18:22 chr12 8043688 . G C 2045.83 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.638;QD=62.4682;RBI=0.0678155;REFB=0;REVB=0.0122138;RO=0;SAF=45;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52756e-05;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:86:45:0:0:86:45:0:0 chr12 8082367 . T C 76.33 PASS AF=0.13913;AO=16;DP=116;FAO=16;FDP=115;FR=.;FRO=99;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0137569;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.131;QD=2.655;RBI=0.0193259;REFB=0.00329918;REVB=0.0135734;RO=98;SAF=9;SAR=7;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909285;STB=0.558143;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0163368;OID=.;OPOS=8082367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:116:115:98:99:16:16:0.13913:7:9:48:50:7:9:49:50 chr12 8278181 . A T 1257.23 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0823047;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4754;QD=59.1637;RBI=0.0942532;REFB=-0.112495;REVB=0.0459304;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.510202;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00151971;OID=.;OPOS=8278181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:85:0:2:83:83:0.976471:35:48:0:0:35:48:2:0 chr12 8329652 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1639;QD=46.848;RBI=0.0323801;REFB=0;REVB=-0.022413;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00183765;OID=.;OPOS=8329652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr12 8329676 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.521;QD=39.2067;RBI=0.0558454;REFB=0;REVB=0.0548132;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666266;OID=.;OPOS=8329676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr12 8329700 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.273;QD=42.1824;RBI=0.0379563;REFB=0;REVB=0.0346136;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101505;OID=.;OPOS=8329700;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr12 8329833 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7438;QD=49.5981;RBI=0.0315132;REFB=0;REVB=0.0314403;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000959062;OID=.;OPOS=8329833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr12 8374770 . G A 901.98 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.138;QD=58.1922;RBI=0.0613874;REFB=0;REVB=0.0387094;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284604;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr12 8374781 . C CACG 762.0 PASS AF=1;AO=52;DP=60;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304574;FXX=0.0701631;HRUN=0;LEN=3;MLLD=290.382;QD=57.5096;RBI=0.0305556;REFB=0;REVB=0.00244839;RO=6;SAF=17;SAR=35;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.49034e-05;OID=.;OPOS=8374782;OREF=-;OALT=ACG;OMAPALT=CACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:60:53:53:0:18:35:0:0:4:6:17:35:4:2 chr12 8376110 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.28;QD=61.5361;RBI=0.00973706;REFB=0;REVB=0.00869067;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4143e-06;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr12 8543143 . T A 690.2 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00673506;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.441;QD=58.7406;RBI=0.0104588;REFB=0.0199092;REVB=-0.00800154;RO=2;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335467;STB=0.517849;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000768674;OID=.;OPOS=8543143;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:47:2:2:45:45:0.957447:27:18:0:2:27:18:0:2 chr12 8637403 . G T 1206.91 PASS AF=0.486381;AO=123;DP=255;FAO=125;FDP=257;FR=.;FRO=132;FSAF=38;FSAR=87;FSRF=68;FSRR=64;FWDB=-0.0282584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.235;QD=18.7846;RBI=0.0306086;REFB=-0.021576;REVB=0.0117622;RO=129;SAF=37;SAR=86;SRF=66;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210826;STB=0.616424;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0196101;OID=.;OPOS=8637403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:257:129:132:123:125:0.486381:86:37:66:63:87:38:68:64 chr12 8666378 . C A 300.57 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0218191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7472;QD=23.1206;RBI=0.0358597;REFB=0.013735;REVB=-0.0284578;RO=22;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948969;STB=0.552395;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0109073;OID=.;OPOS=8666378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:16:14:13:9:16:14:13:9 chr12 8667897 . A G 1068.43 PASS AF=0.514423;AO=106;DP=207;FAO=107;FDP=208;FR=.;FRO=101;FSAF=37;FSAR=70;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.0115873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.856;QD=20.5467;RBI=0.0122991;REFB=-0.024195;REVB=-0.00412351;RO=101;SAF=36;SAR=70;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735243;STB=0.53673;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0217576;OID=.;OPOS=8667897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:101:101:106:107:0.514423:70:36:42:59:70:37:42:59 chr12 8693333 . G A 688.88 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9277;QD=62.6251;RBI=0.0284109;REFB=0;REVB=-0.0276378;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211177;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr12 8693410 . GT G 39.84 PASS AF=0.409091;AO=5;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.133686;FXX=0.153787;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.7075;QD=7.24431;RBI=0.138924;REFB=-0.0107683;REVB=-0.0377909;RO=12;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.347107;SSSB=0.0772232;STB=0.536003;STBP=0.755;TYPE=del;VARB=-0.00256194;OID=.;OPOS=8693411;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:5:21:9:22:13:4:5:5:8:39:12:2:3:4:8 chr12 8693418 . T C 112.24 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0632936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.484;QD=16.6277;RBI=0.0836595;REFB=-0.0563844;REVB=0.0547068;RO=14;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319656;STB=0.624791;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0198191;OID=.;OPOS=8693418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:14:12:13:0.481481:10:2:6:8:10:3:6:8 chr12 8757481 . G A 1381.26 PASS AF=0.553648;AO=129;DP=235;FAO=129;FDP=233;FR=.;FRO=104;FSAF=56;FSAR=73;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.0222417;FXX=0.0127113;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4866;QD=23.7127;RBI=0.0304261;REFB=0.00365613;REVB=0.0207619;RO=102;SAF=56;SAR=73;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540006;STB=0.533986;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00316708;OID=.;OPOS=8757481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:233:102:104:129:129:0.553648:73:56:51:51:73:56:53:51 chr12 8926011 . T C 4540.55 PASS AF=1;AO=284;DP=284;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00705168;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.711;QD=63.283;RBI=0.0459878;REFB=-0.0609607;REVB=0.0454439;RO=0;SAF=128;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198317;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:284:287:0:0:284:287:1:156:128:0:0:157:130:0:0 chr12 8927168 . CTTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTA 212.83 PASS AF=0.741935,0.258065;AO=7,2;DP=31;FAO=23,8;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18,8;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294328,-0.0227441;FXX=0.0882094;HRUN=16,16;LEN=4,1;MLLD=8.96042,84.9493;QD=27.4618;RBI=0.402496,0.0969524;REFB=0,0;REVB=-0.402485,-0.0942469;RO=0;SAF=7,2;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0548753,-0.0100335;OID=.,.;OPOS=8927169,8927181;OREF=TTTT,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.741935,0.258065:7,2:31:23,8:31:0:18,8:5,0:0:0:43:0:7,2:0,0:0:0 chr12 9004512 . G A 2185.29 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224757;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.325;QD=63.3418;RBI=0.0301808;REFB=0;REVB=0.0201426;RO=0;SAF=58;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101623;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:138:0:0:138:138:1:80:58:0:0:80:58:0:0 chr12 9004892 . C A 1343.01 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840559;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.6;QD=62.4657;RBI=0.0260261;REFB=0;REVB=0.0246314;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34072e-05;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:47:38:0:0:47:39:0:0 chr12 9013755 . C T 1104.46 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191187;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1721;QD=58.9043;RBI=0.0196874;REFB=0;REVB=0.00469794;RO=0;SAF=7;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00634424;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:72:75:1:65:7:0:0:65:10:0:0 chr12 9016573 . A G 1441.55 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022443;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.087;QD=63.3647;RBI=0.0226707;REFB=0;REVB=0.00320541;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021445;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:55:36:0:0:55:36:0:0 chr12 9020489 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.383;QD=51.1843;RBI=0.026923;REFB=0;REVB=0.0247763;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220491;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr12 9020912 . A G 450.25 PASS AF=0.636364;AO=42;DP=66;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0432528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.575;QD=27.288;RBI=0.0433277;REFB=0.0251328;REVB=-0.0025475;RO=24;SAF=19;SAR=23;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808957;STB=0.544032;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0148334;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:24:42:42:0.636364:23:19:8:16:23:19:8:16 chr12 9070366 . T A 2501.6 PASS AF=0.982143;AO=165;DP=168;FAO=165;FDP=168;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0231057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.886;QD=59.5619;RBI=0.0262597;REFB=-0.0380014;REVB=0.0124778;RO=3;SAF=73;SAR=92;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037578;STB=0.501975;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00042303;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:168:168:3:3:165:165:0.982143:92:73:1:2:92:73:1:2 chr12 9074259 . C T 1051.35 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0494188;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.201;QD=58.4081;RBI=0.0513603;REFB=-0.0663205;REVB=-0.013988;RO=1;SAF=53;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255409;STB=0.51351;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00033208;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:18:53:0:1:18:53:0:1 chr12 9086898 . A G 2924.31 PASS AF=0.887931;AO=206;DP=233;FAO=206;FDP=232;FR=.;FRO=26;FSAF=122;FSAR=84;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.0152825;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.729;QD=50.4191;RBI=0.0153538;REFB=0.01752;REVB=0.00147812;RO=26;SAF=122;SAR=84;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564935;STB=0.52978;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00227016;OID=.;OPOS=9086898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:233:232:26:26:206:206:0.887931:84:122:22:4:84:122:22:4 chr12 9093001 . G A 261.55 PASS AF=0.884615;AO=13;DP=17;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0135185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.5639;QD=40.2389;RBI=0.180251;REFB=-0.105452;REVB=0.179744;RO=4;SAF=13;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533306;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0779994;OID=.;OPOS=9093001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:26:4:3:13:23:0.884615:0:13:4:0:2:21:3:0 chr12 9142297 . T C 738.42 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0871201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.752;QD=54.6975;RBI=0.0875007;REFB=0.0295589;REVB=-0.00815215;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.506847;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00114339;OID=.;OPOS=9142297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:0:1:52:53:0.981481:35:17:0:0:36:17:0:1 chr12 9161648 . T C 1266.77 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171832;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.511;QD=61.7937;RBI=0.0230849;REFB=0;REVB=-0.0230208;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131239;OID=.;OPOS=9161648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:37:44:0:0:38:44:0:0 chr12 9248233 . T C 2756.63 PASS AF=0.988889;AO=178;DP=180;FAO=178;FDP=180;FR=.;FRO=2;FSAF=101;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00989771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.124;QD=61.2584;RBI=0.0113004;REFB=0.00834955;REVB=0.00545303;RO=1;SAF=101;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469039;STB=0.504901;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.000211817;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:180:180:1:2:178:178:0.988889:77:101:1:0:77:101:2:0 chr12 9305473 . T C 3501.43 PASS AF=1;AO=223;DP=227;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000484181;FXX=0.00881018;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.343;QD=62.2477;RBI=0.0248912;REFB=-0.0141789;REVB=0.0248864;RO=1;SAF=89;SAR=134;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3875e-06;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:227:225:1:0:223:225:1:134:89:0:1:134:91:0:0 chr12 9307373 . T G 3604.55 PASS AF=0.983264;AO=230;DP=236;FAO=235;FDP=239;FR=.;FRO=4;FSAF=88;FSAR=147;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0455477;FXX=0.00416649;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6996;QD=60.3271;RBI=0.0850535;REFB=-0.0802145;REVB=0.0718296;RO=5;SAF=86;SAR=144;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975831;STB=0.50224;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00737424;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:236:239:5:4:230:235:0.983264:144:86:3:2:147:88:2:2 chr12 9315209 . A G 1917.52 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0189273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.169;QD=60.8738;RBI=0.0235976;REFB=-0.0287178;REVB=0.0140926;RO=0;SAF=45;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505494;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=4.0604e-05;OID=.;OPOS=9315209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:126:0:1:124:125:0.992063:79:45:0:0:80:45:1:0 chr12 9316773 . T C 2402.81 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=160;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116523;FXX=0.0123449;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.3535;QD=60.0702;RBI=0.0310957;REFB=0.0995369;REVB=-0.02883;RO=1;SAF=74;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563063;STB=0.502958;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000341739;OID=.;OPOS=9316773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:160:160:1:1:158:159:0.99375:84:74:0:1:84:75:0:1 chr12 9317784 . A G 246.94 PASS AF=0.285714;AO=34;DP=124;FAO=36;FDP=126;FR=.;FRO=90;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0350116;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.249;QD=7.83941;RBI=0.0426554;REFB=-0.0167626;REVB=0.0243654;RO=87;SAF=16;SAR=18;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272182;STB=0.531728;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0350113;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:87:90:34:36:0.285714:18:16:39:48:18:18:41:49 chr12 9317885 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.228;QD=60.2046;RBI=0.0192863;REFB=0;REVB=-0.00900118;RO=0;SAF=21;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57938e-05;OID=.;OPOS=9317885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:52:21:0:0:52:21:0:0 chr12 9345273 . A G 2270.03 PASS AF=1;AO=69;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201786;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9698;QD=60.9405;RBI=0.0350115;REFB=0;REVB=0.0286118;RO=0;SAF=55;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6006e-05;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:69:149:1:14:55:0:0:94:55:0:0 chr12 9439294 . T C 1028.16 PASS AF=0.588957;AO=96;DP=163;FAO=96;FDP=163;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.00193948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.522;QD=25.2308;RBI=0.0138546;REFB=0.00867536;REVB=0.0137182;RO=66;SAF=40;SAR=56;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412905;STB=0.524915;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00618068;OID=.;OPOS=9439294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:66:67:96:96:0.588957:56:40:24:42:56:40:24:43 chr12 9446433 . C T 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0658141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8553;QD=37.481;RBI=0.160045;REFB=0;REVB=0.145887;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00577838;OID=.;OPOS=9446433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr12 9447484 . C T 33.96 PASS AF=0.0882353;AO=9;DP=102;FAO=9;FDP=102;FR=.;FRO=93;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0209199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.626;QD=1.33163;RBI=0.0210461;REFB=-0.00342404;REVB=-0.00230051;RO=92;SAF=3;SAR=6;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202532;STB=0.666297;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0170484;OID=.;OPOS=9447484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:102:102:92:93:9:9:0.0882353:6:3:47:45:6:3:48:45 chr12 9447488 . C T 33.85 PASS AF=0.0882353;AO=9;DP=102;FAO=9;FDP=102;FR=.;FRO=93;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.0278744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.226;QD=1.32741;RBI=0.0279201;REFB=-0.001196;REVB=0.00159623;RO=93;SAF=3;SAR=6;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207636;STB=0.666297;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0183029;OID=.;OPOS=9447488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:102:102:93:93:9:9:0.0882353:6:3:48:45:6:3:48:45 chr12 9447492 . T C 79.12 PASS AF=0.15;AO=15;DP=100;FAO=15;FDP=100;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0101864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.489;QD=3.16461;RBI=0.0101888;REFB=-0.000493524;REVB=0.000221602;RO=85;SAF=10;SAR=5;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259105;STB=0.675264;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00268722;OID=.;OPOS=9447492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:100:100:85:85:15:15:0.15:5:10:39:46:5:10:39:46 chr12 9450357 . A G 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0474709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9947;QD=36.3483;RBI=0.0476545;REFB=-0.099901;REVB=0.0041795;RO=1;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428878;STB=0.523767;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0493293;OID=.;OPOS=9450357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:10:1:0:1:10:1:0:1 chr12 9451397 . G A 88.41 PASS AF=0.15;AO=18;DP=119;FAO=18;FDP=120;FR=.;FRO=102;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=0.00429478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1488;QD=2.94716;RBI=0.0193229;REFB=-0.00212034;REVB=0.0188396;RO=101;SAF=10;SAR=8;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125778;STB=0.580022;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.018987;OID=.;OPOS=9451397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:119:120:101:102:18:18:0.15:8:10:46:55:8:10:47:55 chr12 9452062 . A C 45.53 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0244843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4887;QD=26.0196;RBI=0.0401233;REFB=0.077357;REVB=0.0317868;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0845094;OID=.;OPOS=9452062;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:0:1:4:2:0:1 chr12 9571670 . T C 129.2 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.725;QD=43.0679;RBI=0.0412329;REFB=0;REVB=0.0412329;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353374;OID=.;OPOS=9571670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:11:0:0:0:12:0:0:0 chr12 9572819 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00137747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.53;QD=8.30766;RBI=0.0430427;REFB=-0.00666396;REVB=-0.0430206;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141447;STB=0.588012;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0096777;OID=.;OPOS=9572819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:9:9:3:5:9:9 chr12 9573130 . C T 606.97 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=138;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=-0.0108424;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.547;QD=17.4668;RBI=0.0487445;REFB=-0.0181907;REVB=0.0475234;RO=73;SAF=30;SAR=33;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174494;STB=0.605678;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0245105;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:73:76:63:63:0.453237:33:30:48:25:33:30:51:25 chr12 9573223 . C A 539.51 PASS AF=0.405229;AO=62;DP=153;FAO=62;FDP=153;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=36;FWDB=-0.0194086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.166;QD=14.1047;RBI=0.02411;REFB=-0.00956882;REVB=-0.0143039;RO=91;SAF=47;SAR=15;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194593;STB=0.610351;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0290423;OID=.;OPOS=9573223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:91:91:62:62:0.405229:15:47:55:36:15:47:55:36 chr12 9573224 . C T 584.47 PASS AF=0.427632;AO=65;DP=152;FAO=65;FDP=152;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=28;FWDB=-0.000774758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.723;QD=15.3808;RBI=0.0120761;REFB=-0.020701;REVB=0.0120512;RO=87;SAF=42;SAR=23;SRF=59;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362826;STB=0.520263;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0280138;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:87:87:65:65:0.427632:23:42:59:28:23:42:59:28 chr12 9574002 . C T 2413.8 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.729;QD=61.109;RBI=0.0264772;REFB=0;REVB=0.0263415;RO=1;SAF=87;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0073742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01318e-05;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:158:1:0:151:158:1:64:87:0:1:69:89:0:0 chr12 9574042 . C A 1207.87 PASS AF=0.595628;AO=109;DP=183;FAO=109;FDP=183;FR=.;FRO=74;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.00105303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.617;QD=26.4015;RBI=0.0162451;REFB=-0.020694;REVB=0.016211;RO=74;SAF=55;SAR=54;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470328;STB=0.525477;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0161948;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:74:74:109:109:0.595628:54:55:42:32:54:55:42:32 chr12 9578197 . A T 1267.09 PASS AF=0.88;AO=87;DP=100;FAO=88;FDP=100;FR=.;FRO=12;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.012518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2481;QD=50.6836;RBI=0.0245936;REFB=-0.0272261;REVB=0.0211694;RO=12;SAF=40;SAR=47;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00992117;STB=0.504586;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00484759;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:100:100:12:12:87:88:0.88:47:40:5:7:48:40:5:7 chr12 9581791 . T C 393.48 PASS AF=0.331126;AO=50;DP=152;FAO=50;FDP=151;FR=.;FRO=101;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=0.0129735;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.362;QD=10.4232;RBI=0.0132904;REFB=-0.0141208;REVB=0.00288509;RO=100;SAF=23;SAR=27;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115288;STB=0.569443;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0238436;OID=.;OPOS=9581791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:100:101:50:50:0.331126:27:23:56:44:27:23:57:44 chr12 9583215 . CT C,CC 74.44 PASS AF=0.125,0.875;AO=2,6;DP=8;FAO=1,7;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146154,-0.00483862;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.183,146.836;QD=37.2184;RBI=0.022926,0.021239;REFB=0,0;REVB=0.0176633,0.0206805;RO=0;SAF=0,1;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0183179,0.0172359;OID=.,.;OPOS=9583216,9583216;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:2,6:8:1,7:8:0:0,1:1,6:0:0:4:0:0,1:2,5:0:0 chr12 9583221 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.486;QD=35.5758;RBI=0.00772105;REFB=0;REVB=0.00772105;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132347;OID=.;OPOS=9583221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr12 9583324 . G A 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00149477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.063;QD=20.2091;RBI=0.0173187;REFB=-0.05648;REVB=-0.0172541;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214541;STB=0.503931;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0326734;OID=.;OPOS=9583324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:9:10:13:13:0.565217:4:9:6:3:4:9:7:3 chr12 9590052 . G A 350.12 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00697837;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.825;QD=15.059;RBI=0.0368004;REFB=-0.000849496;REVB=0.0361327;RO=55;SAF=18;SAR=20;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00100221;STB=0.500567;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187957;OID=.;OPOS=9590052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:55:55:38:38:0.408602:20:18:26:29:20:18:26:29 chr12 9590651 . A ACTGAGTAAC 81.98 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0295279;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=268.728;QD=8.62985;RBI=0.0302841;REFB=-0.0158106;REVB=-0.00672536;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13819;STB=0.583642;STBP=0.578;TYPE=ins;VARB=0.0375279;OID=.;OPOS=9590652;OREF=-;OALT=CTGAGTAAC;OMAPALT=ACTGAGTAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:11:38:11:38:27:7:4:20:7:81:27:7:4:20:7 chr12 9597776 . G A 2372.89 PASS AF=0.981366;AO=158;DP=161;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0152196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.789;QD=58.9538;RBI=0.0386932;REFB=0.0272869;REVB=0.0355742;RO=3;SAF=86;SAR=72;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163048;STB=0.50857;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.000569118;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:161:161:3:3:158:158:0.981366:72:86:3:0:72:86:3:0 chr12 9750669 . A G 1703.99 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365262;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.46;QD=60.8569;RBI=0.0378266;REFB=0;REVB=0.00983292;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31872e-05;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:112:0:0:112:112:1:56:56:0:0:56:56:0:0 chr12 9833524 . C G 369.52 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.00434141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.54;QD=13.0805;RBI=0.00894931;REFB=-0.00307834;REVB=0.00782574;RO=69;SAF=23;SAR=21;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030238;STB=0.51715;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00443267;OID=.;OPOS=9833524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:69:69:44:44:0.389381:21:23:38:31:21:23:38:31 chr12 9833628 . C T 213.5 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=-0.0160542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.715;QD=16.1128;RBI=0.0204228;REFB=-0.0126741;REVB=-0.0126235;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=3;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310568;STB=0.672015;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0120989;OID=.;OPOS=9833628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:3:26:15:9:3:26 chr12 9885707 . A ATAAGT 229.88 PASS AF=0.299065;AO=31;DP=111;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0133528;FXX=0.0360328;HRUN=1;LEN=5;MLLD=254.489;QD=8.59362;RBI=0.0205727;REFB=-0.00311607;REVB=-0.0156505;RO=76;SAF=17;SAR=14;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.539163;STBP=0.596;TYPE=ins;VARB=0.00675469;OID=.;OPOS=9885708;OREF=-;OALT=TAAGT;OMAPALT=ATAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.299065:31:111:32:107:75:17:15:44:31:99:76:17:14:44:32 chr12 9905690 . A G 435.23 PASS AF=0.327485;AO=56;DP=171;FAO=56;FDP=171;FR=.;FRO=115;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=71;FWDB=-0.0243955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.114;QD=10.1809;RBI=0.0306561;REFB=-0.00328808;REVB=0.0185649;RO=114;SAF=27;SAR=29;SRF=44;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112896;STB=0.567323;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00897013;OID=.;OPOS=9905690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:114:115:56:56:0.327485:29:27:44:70:29:27:44:71 chr12 9906143 . GTTTTTC GTTTTC,GTTTTCA,TGTTTTC 377.79 PASS AF=0.489362,0,0.404255;AO=14,4,16;DP=49;FAO=23,0,19;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=12,0,0;FSAR=11,0,19;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.029672,0.131463,0.0471074;FXX=0.059988;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=12.6394,12.7299,18.9054;QD=32.1527;RBI=0.042819,0.14449,0.0737213;REFB=-0.0120003,-0.0157368,0.0136883;REVB=0.0308713,-0.0599557,-0.0567074;RO=8;SAF=8,0,0;SAR=6,4,16;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0.461538,0,0;SSSB=-0.120515,-0.75998,-0.851568;STB=0.514006,0.5,0.999073;STBP=0.778,1,0.001;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0651174,0.0577837,-0.103505;OID=.,.,.;OPOS=9906144,9906148,9906143;OREF=T,TC,GT;OALT=-,CA,TG;OMAPALT=GTTTTC,GTTTTCA,TGTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:99:49:47:8:5:14,4,16:23,0,19:0.489362,0,0.404255:6,4,16:8,0,0:6:2:11,0,19:12,0,0:3:2 chr12 9994445 . GTGT G 1302.77 PASS AF=1;AO=80;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036732;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=3;MLLD=273.824;QD=62.0368;RBI=0.037;REFB=0;REVB=0.00444572;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.15305e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:85:84:84:0:31:53:0:0:7:0:32:48:0:0 chr12 10041364 . G A 435.86 PASS AF=0.374101;AO=49;DP=138;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0106982;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.782;QD=12.5428;RBI=0.0544981;REFB=-0.00811625;REVB=-0.0534377;RO=87;SAF=26;SAR=23;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663917;STB=0.542019;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0166888;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:87:87:49:52:0.374101:23:26:41:46:24:28:41:46 chr12 10046052 . C A 297.81 PASS AF=0.371134;AO=31;DP=92;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0494521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7025;QD=12.2807;RBI=0.0632618;REFB=-0.0194507;REVB=-0.0394531;RO=61;SAF=25;SAR=6;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338775;STB=0.663857;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0296418;OID=.;OPOS=10046052;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:97:61:61:31:36:0.371134:6:25:34:27:8:28:34:27 chr12 10066261 . G A 183.14 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00137532;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.003;QD=14.3636;RBI=0.00137717;REFB=-0.0119304;REVB=-7.14131e-05;RO=29;SAF=3;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375448;STB=0.714046;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0168311;OID=.;OPOS=10066261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:18:3:12:17:18:3:12:18 chr12 10136671 . TG T,TA 1844.19 PASS AF=0.032,0.968;AO=22,94;DP=126;FAO=4,121;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=3,94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179268,0.0134802;FXX=0.00793588;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.782,176.609;QD=59.0141;RBI=0.0179921,0.0135666;REFB=0,0;REVB=-0.00153095,-0.00152892;RO=0;SAF=1,24;SAR=21,70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.62339e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0114547,0.00317629;OID=.,.;OPOS=10136672,10136672;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.032,0.968:22,94:126:4,121:125:0:1,27:3,94:0:0:7:0:1,24:21,70:0:0 chr12 10137557 . A C 558.36 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0167704;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=216.549;QD=51.9404;RBI=0.0182457;REFB=0.0386676;REVB=-0.00718743;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218009;STB=0.503595;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.000324481;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:43:1:4:39:39:0.906977:18:21:1:0:18:21:2:2 chr12 10149851 . C T 2139.15 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0130697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.546;QD=61.5584;RBI=0.014636;REFB=-0.139936;REVB=-0.00658743;RO=1;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646821;STB=0.503355;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000211191;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:139:1:1:137:138:0.992806:73:64:0:1:74:64:0:1 chr12 10150961 . G A 1188.59 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00376201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0437;QD=57.2813;RBI=0.0358322;REFB=-0.0496545;REVB=-0.0356342;RO=3;SAF=34;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168566;STB=0.50891;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0121779;OID=.;OPOS=10150961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:3:3:80:80:0.963855:46:34:2:1:46:34:2:1 chr12 10150974 . A G 1068.97 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.531;QD=59.3874;RBI=0.0511086;REFB=0;REVB=0.0373212;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289558;OID=.;OPOS=10150974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:69:72:1:38:31:0:0:41:31:0:0 chr12 10151642 . T C 2655.78 PASS AF=0.972222;AO=172;DP=180;FAO=175;FDP=180;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0195737;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0774;QD=59.0173;RBI=0.0999795;REFB=-0.130295;REVB=0.0980448;RO=0;SAF=67;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511311;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00225021;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:180:180:0:5:172:175:0.972222:105:67:0:0:108:67:0:5 chr12 10165469 . A G 3286.8 PASS AF=0.986239;AO=213;DP=217;FAO=215;FDP=218;FR=.;FRO=3;FSAF=112;FSAR=103;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00999627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.454;QD=60.3083;RBI=0.0570283;REFB=0.0461349;REVB=0.0561454;RO=3;SAF=112;SAR=101;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373704;STB=0.502009;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00013161;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:217:218:3:3:213:215:0.986239:101:112:2:1:103:112:2:1 chr12 10167277 . G C 820.71 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141971;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.185;QD=57.5938;RBI=0.0225565;REFB=0;REVB=0.0175282;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21357e-05;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr12 10206925 . A G 456.48 PASS AF=0.363014;AO=53;DP=146;FAO=53;FDP=146;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=0.000420389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.524;QD=12.5064;RBI=0.0150584;REFB=0.00678956;REVB=0.0150525;RO=92;SAF=18;SAR=35;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100453;STB=0.554608;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0114712;OID=.;OPOS=10206925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:92:93:53:53:0.363014:35:18:39:53:35:18:39:54 chr12 10282657 . T G 366.68 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00666903;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.779;QD=24.0446;RBI=0.0171724;REFB=-0.0207351;REVB=0.0158245;RO=23;SAF=9;SAR=27;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879178;STB=0.575713;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.014141;OID=.;OPOS=10282657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:25:36:36:0.590164:27:9:8:15:27:9:10:15 chr12 10366515 . C A 234.41 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00149822;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4922;QD=10.5355;RBI=0.0560384;REFB=0.00599166;REVB=0.0560183;RO=61;SAF=9;SAR=20;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37366;STB=0.713058;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.010089;OID=.;OPOS=10366515;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:61:60:29:29:0.325843:20:9:39:22:20:9:38:22 chr12 10367376 . C T 451.58 PASS AF=0.474227;AO=44;DP=96;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.119528;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9044;QD=18.6219;RBI=0.124427;REFB=0.00282056;REVB=0.0345718;RO=51;SAF=20;SAR=24;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416835;STB=0.512346;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00234271;OID=.;OPOS=10367376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:51:51:44:46:0.474227:24:20:21:30:26:20:21:30 chr12 10462052 . T G 1378.06 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.89;QD=62.6392;RBI=0.101078;REFB=0;REVB=-0.00132955;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216552;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:52:35:0:0:52:36:0:0 chr12 10467533 . T A 754.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.031;QD=56.9257;RBI=0.0338615;REFB=0;REVB=-0.00735956;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01103e-05;OID=.;OPOS=10467533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr12 10525740 . C T 2335.43 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.202;QD=61.057;RBI=0.0696766;REFB=0;REVB=-0.066856;RO=0;SAF=81;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68008e-05;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:72:81:0:0:72:81:0:0 chr12 10532111 . T G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00794586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.603;QD=40.6387;RBI=0.0111693;REFB=-0.137847;REVB=-0.0078496;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538406;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00584791;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:8:6:0:0:8:6:1:0 chr12 10532326 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.386;QD=56.9381;RBI=0.0235485;REFB=0;REVB=-0.00267687;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11737e-05;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr12 10560957 . T C 1529.04 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0368468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.381;QD=56.631;RBI=0.0368832;REFB=-0.0512149;REVB=-0.00163969;RO=3;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261019;STB=0.513759;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000408448;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:108:3:3:105:105:0.972222:53:52:0:3:53:52:0:3 chr12 10562025 . C T 2550.33 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.408;QD=61.0857;RBI=0.0166587;REFB=-0.120388;REVB=0.00529231;RO=0;SAF=93;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11026e-08;STB=0.502674;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000103973;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:167:167:0:1:166:166:0.994012:73:93:0:0:73:93:1:0 chr12 10562089 . A C 3319.74 PASS AF=0.990741;AO=214;DP=221;FAO=214;FDP=216;FR=.;FRO=2;FSAF=120;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00969196;FXX=0.0270258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.787;QD=61.4767;RBI=0.0098554;REFB=-0.0993156;REVB=-0.00178743;RO=0;SAF=120;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000142079;OID=.;OPOS=10562089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:221:216:0:2:214:214:0.990741:94:120:0:0:94:120:2:0 chr12 10570965 . C G 2478.57 PASS AF=1;AO=152;DP=154;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8562;QD=59.0137;RBI=0.0361219;REFB=0;REVB=0.024428;RO=0;SAF=78;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00638396;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:154:168:0:0:152:168:1:74:78:0:0:87:81:0:0 chr12 10570966 . A G 48.16 PASS AF=0.0862069;AO=14;DP=173;FAO=15;FDP=174;FR=.;FRO=159;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=79;FSRR=80;FWDB=0.0201652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9492;QD=1.10714;RBI=0.0205878;REFB=-0.0309568;REVB=0.00415016;RO=159;SAF=3;SAR=11;SRF=79;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326937;STB=0.780566;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0514409;OID=.;OPOS=10570966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:173:174:159:159:14:15:0.0862069:11:3:79:80:12:3:79:80 chr12 10571042 . A G 2875.69 PASS AF=0.984043;AO=185;DP=188;FAO=185;FDP=188;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0243055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0455;QD=61.1849;RBI=0.053691;REFB=-0.111885;REVB=0.0478745;RO=2;SAF=86;SAR=99;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095209;STB=0.507462;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00448429;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:188:188:2:3:185:185:0.984043:99:86:0:2:99:86:0:3 chr12 10571091 . T G 2293.67 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.899;QD=63.7129;RBI=0.0196818;REFB=0;REVB=-0.0134013;RO=0;SAF=71;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43014e-07;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:143:144:1:72:71:0:0:73:71:0:0 chr12 10571106 . G C 1647.92 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045388;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3436;QD=60.4741;RBI=0.00827607;REFB=0;REVB=0.00692046;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297469;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:109:0:0:109:109:1:58:51:0:0:58:51:0:0 chr12 10572982 . A G 2081.35 PASS AF=1;AO=133;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105286;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.92;QD=61.6695;RBI=0.106648;REFB=-0.0247669;REVB=0.0169908;RO=0;SAF=72;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103608;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:136:135:0:0:133:135:1:61:72:0:0:61:74:0:0 chr12 10573094 . CA GG 1258.65 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181107;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=2;MLLD=306.885;QD=61.3975;RBI=0.0232835;REFB=0;REVB=0.0146329;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.98578e-05;OID=.;OPOS=10573094;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:81:82:1:44:37:0:0:45:37:0:0 chr12 10587111 . A G 14225.1 PASS AF=0.975532;AO=914;DP=939;FAO=917;FDP=940;FR=.;FRO=23;FSAF=462;FSAR=455;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00214247;FXX=0.00212312;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.555;QD=60.5322;RBI=0.0023398;REFB=-0.0324213;REVB=-0.000940482;RO=23;SAF=461;SAR=453;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00529943;STB=0.502753;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=6.17661e-05;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:939:940:23:23:914:917:0.975532:453:461:9:14:455:462:9:14 chr12 10587631 . C T 1628.61 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330754;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.417;QD=60.3188;RBI=0.0535663;REFB=0;REVB=0.0421351;RO=0;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71701e-05;OID=.;OPOS=10587631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:64:44:0:0:64:44:0:0 chr12 10588530 . C G 1152.39 PASS AF=0.426117;AO=124;DP=290;FAO=124;FDP=291;FR=.;FRO=167;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=87;FSRR=80;FWDB=-0.0180491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5285;QD=15.8404;RBI=0.0580385;REFB=0.017325;REVB=0.0551606;RO=166;SAF=51;SAR=73;SRF=87;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116967;STB=0.558722;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0212319;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:291:166:167:124:124:0.426117:73:51:87:79:72:52:87:80 chr12 10588581 . T C 566.79 PASS AF=0.334884;AO=71;DP=215;FAO=72;FDP=215;FR=.;FRO=143;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=87;FWDB=0.0113312;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.793;QD=10.545;RBI=0.0117708;REFB=-0.0114485;REVB=-0.00318686;RO=143;SAF=44;SAR=27;SRF=56;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262001;STB=0.652879;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.014771;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:143:143:71:72:0.334884:27:44:56:87:27:45:56:87 chr12 10603669 . G GC 3449.39 PASS AF=1;AO=28;DP=240;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0800594;FXX=0.00865763;HRUN=0;LEN=1;MLLD=155.872;QD=60.2514;RBI=0.0801216;REFB=-0.0818062;REVB=-0.00315578;RO=208;SAF=4;SAR=24;SRF=100;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45061;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.97095e-05;OID=.;OPOS=10603670;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:240:229:229:0:101:128:0:0:14:208:4:24:100:108 chr12 10603670 . T C 2833.25 PASS AF=0.864407;AO=203;DP=235;FAO=204;FDP=236;FR=.;FRO=32;FSAF=98;FSAR=106;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=-0.00673417;FXX=0.00840301;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.488;QD=48.0211;RBI=0.0136495;REFB=-0.0851266;REVB=0.0118727;RO=32;SAF=98;SAR=105;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084563;STB=0.544167;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00143272;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:236:32:32:203:204:0.864407:105:98:5:27:106:98:5:27 chr12 10659438 . T C 3912.81 PASS AF=1;AO=240;DP=242;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024946;FXX=0.0121453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.939;QD=64.1444;RBI=0.00493785;REFB=0;REVB=0.00426137;RO=0;SAF=106;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173016;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:244:0:0:240:244:1:134:106:0:0:134:110:0:0 chr12 10659964 . C G 1854.89 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079162;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.468;QD=61.3188;RBI=0.0198545;REFB=0;REVB=0.0182081;RO=0;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195991;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:64:55:0:0:66:55:0:0 chr12 10675250 . G C 925.51 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2288;QD=57.8446;RBI=0.0415485;REFB=0;REVB=-0.0307766;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93772e-06;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:23:39:0:0:24:40:0:0 chr12 10763205 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.235;QD=52.6131;RBI=0.0396079;REFB=0;REVB=0.00903489;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68676e-05;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr12 10763236 . G C 575.78 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7791;QD=60.6081;RBI=0.0155798;REFB=0;REVB=-0.00222747;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120575;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:23:14:0:0:24:14:0:0 chr12 10782115 . T C 1512.86 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.571;QD=59.9154;RBI=0.0275868;REFB=0;REVB=-0.00718967;RO=0;SAF=74;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.23892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.14095e-05;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:27:74:0:0:27:74:0:0 chr12 10856219 . C T 728.1 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.090036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.127;QD=63.313;RBI=0.0911964;REFB=0;REVB=0.0145013;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491862;OID=.;OPOS=10856219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:33:11:0:0:33:13:0:0 chr12 10871667 . A G 1761.67 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9843;QD=60.2279;RBI=0.184618;REFB=0;REVB=0.176395;RO=2;SAF=43;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130075;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129002;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:117:2:0:115:117:1:72:43:0:2:74:43:0:0 chr12 10875488 . T C 303.44 PASS AF=0.307692;AO=40;DP=130;FAO=40;FDP=130;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=-0.0562417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.913;QD=9.33651;RBI=0.0563603;REFB=-0.0172575;REVB=-0.00365497;RO=90;SAF=12;SAR=28;SRF=33;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896965;STB=0.552604;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0299465;OID=.;OPOS=10875488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:90:90:40:40:0.307692:28:12:33:57:28:12:33:57 chr12 10875525 . G A 86.09 PASS AF=0.255319;AO=9;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=-0.0498952;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.294;QD=7.32686;RBI=0.0533448;REFB=-0.0104844;REVB=0.0188718;RO=22;SAF=0;SAR=9;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.68716;STB=0.548694;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0380457;OID=.;OPOS=10875525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:47:47:22:34:9:12:0.255319:9:0:2:20:10:2:7:27 chr12 10954258 . C T 159.96 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.00385772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.04;QD=8.53115;RBI=0.0349607;REFB=-0.00612539;REVB=-0.0347472;RO=52;SAF=13;SAR=9;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301371;STB=0.523367;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0143379;OID=.;OPOS=10954258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:53:22:22:0.293333:9:13:32:20:9:13:33:20 chr12 10954383 . T A 103.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00803305;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.884;QD=17.2656;RBI=0.0188318;REFB=-0.0097803;REVB=0.0170325;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214087;STB=0.623086;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00818908;OID=.;OPOS=10954383;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:8:4:7:5:8:4 chr12 10954632 . C A 352.02 PASS AF=0.62963;AO=33;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0269631;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.214;QD=26.0757;RBI=0.0313046;REFB=-0.00946241;REVB=-0.0159049;RO=21;SAF=9;SAR=24;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234025;STB=0.638599;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00537335;OID=.;OPOS=10954632;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:20:33:34:0.62963:24:9:12:9:25:9:12:8 chr12 10954916 . A G 472.05 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0016351;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.786;QD=20.7494;RBI=0.00640596;REFB=0.0146068;REVB=0.00619376;RO=45;SAF=17;SAR=29;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149876;STB=0.583092;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0157801;OID=.;OPOS=10954916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:45:45:46:46:0.505495:29:17:24:21:29:17:24:21 chr12 10958658 . T C 1826.38 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030221;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.245;QD=61.3909;RBI=0.0441089;REFB=0;REVB=0.0440052;RO=0;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03262e-05;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:65:53:0:0:65:54:0:0 chr12 10959438 . G A 890.63 PASS AF=0.585714;AO=74;DP=133;FAO=82;FDP=140;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0854406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8197;QD=25.4467;RBI=0.0886027;REFB=-0.0409145;REVB=-0.0234594;RO=58;SAF=25;SAR=49;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665855;STB=0.510202;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.02871;OID=.;OPOS=10959438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:140:58:58:74:82:0.585714:49:25:24:34:50:32:24:34 chr12 10961978 . C T 1263.81 PASS AF=0.56338;AO=120;DP=213;FAO=120;FDP=213;FR=.;FRO=93;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.0186225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7909;QD=23.7336;RBI=0.0281025;REFB=0.00882687;REVB=-0.0210464;RO=93;SAF=58;SAR=62;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435841;STB=0.523694;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00757795;OID=.;OPOS=10961978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:93:93:120:120:0.56338:62:58:50:43:62:58:50:43 chr12 10962115 . A G 364.02 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0462187;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7648;QD=20.2236;RBI=0.0543032;REFB=-0.0307095;REVB=-0.0285075;RO=29;SAF=17;SAR=20;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647269;STB=0.543356;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0220736;OID=.;OPOS=10962115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:29:35:37:37:0.513889:20:17:11:18:20:17:13:22 chr12 10978402 . G A,T 678.19 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=42,2;DP=44;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173203,-0.0197784;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.352,20.7785;QD=60.2838;RBI=0.0181496,0.0807393;REFB=0,0;REVB=-0.00542347,-0.0782793;RO=0;SAF=16,0;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000289168,0.127844;OID=.,.;OPOS=10978402,10978402;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:44:45:0:0:42,2:43,2:0.955556,0.0444444:26,2:16,0:0:0:27,2:16,0:0:0 chr12 10978607 . A G 341.18 PASS AF=0.614035;AO=32;DP=55;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.052213;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.5288;QD=23.9426;RBI=0.0772406;REFB=-0.0226117;REVB=0.0569202;RO=22;SAF=18;SAR=14;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211887;STB=0.603117;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0106221;OID=.;OPOS=10978607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:22:22:32:35:0.614035:14:18:6:16:16:19:6:16 chr12 10999708 . T C 329.62 PASS AF=0.2875;AO=46;DP=162;FAO=46;FDP=160;FR=.;FRO=114;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=77;FSRR=37;FWDB=-0.010288;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.098;QD=8.2405;RBI=0.0235221;REFB=-0.00284232;REVB=0.0211529;RO=110;SAF=30;SAR=16;SRF=75;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399691;STB=0.518466;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.007188;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:110:114:46:46:0.2875:16:30:75:35:16:30:77:37 chr12 10999780 . C T 539.1 PASS AF=0.345178;AO=65;DP=196;FAO=68;FDP=197;FR=.;FRO=129;FSAF=55;FSAR=13;FSRF=104;FSRR=25;FWDB=-0.0315612;FXX=0.034312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3485;QD=10.9463;RBI=0.0315932;REFB=-0.0152826;REVB=-0.00142106;RO=121;SAF=54;SAR=11;SRF=98;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407625;STB=0.502766;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0280737;OID=.;OPOS=10999780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:121:129:65:68:0.345178:11:54:98:23:13:55:104:25 chr12 11001959 . AAT ATT,TTA 52.02 PASS AF=0.195652,0;AO=9,3;DP=46;FAO=9,0;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0681594,-0.00221376;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=26.7046,79.5524;QD=4.52383;RBI=0.0683914,0.004223;REFB=-0.0140084,-0.00218369;REVB=-0.00562818,-0.00359624;RO=31;SAF=6,3;SAR=3,0;SRF=22;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.060052,0.466817;STB=0.559197,0.5;STBP=0.75,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.096843,0;OID=.,.;OPOS=11001960,11001959;OREF=A,AAT;OALT=T,TTA;OMAPALT=ATT,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:46:46:31:37:9,3:9,0:0.195652,0:3,0:6,3:22:9:3,0:6,0:27:10 chr12 11061122 . T C 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.010664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.093;QD=18.6419;RBI=0.0130354;REFB=0.00261019;REVB=0.00749673;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877207;STB=0.549257;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00290169;OID=.;OPOS=11061122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:15:11:13:12:15:11 chr12 11083356 . A G 176.91 PASS AF=0.104126;AO=53;DP=510;FAO=53;FDP=509;FR=.;FRO=456;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=263;FSRR=193;FWDB=-0.0316558;FXX=0.00196075;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3421;QD=1.3903;RBI=0.05646;REFB=0.00314672;REVB=0.0467509;RO=457;SAF=31;SAR=22;SRF=264;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00914999;STB=0.507497;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0278681;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:510:509:457:456:53:53:0.104126:22:31:264:193:22:31:263:193 chr12 11083677 . T C 121.05 PASS AF=0.181818;AO=22;DP=121;FAO=22;FDP=121;FR=.;FRO=99;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=62;FWDB=-0.0171983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.352;QD=4.00179;RBI=0.0406253;REFB=-0.000648524;REVB=0.0368053;RO=99;SAF=14;SAR=8;SRF=37;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324891;STB=0.705877;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00340143;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:99:99:22:22:0.181818:8:14:37:62:8:14:37:62 chr12 11091432 . C T 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0296973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.417;QD=19.3443;RBI=0.0372422;REFB=-0.00329159;REVB=0.0224733;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492501;STB=0.527919;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00232791;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:9:9:10:8:9:9 chr12 11138683 . C T 458.18 PASS AF=0.365517;AO=53;DP=146;FAO=53;FDP=145;FR=.;FRO=92;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.00563351;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.785;QD=12.6395;RBI=0.0187165;REFB=0.00479439;REVB=0.0178486;RO=90;SAF=28;SAR=25;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031338;STB=0.524854;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.0130423;OID=.;OPOS=11138683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:90:92:53:53:0.365517:25:28:45:45:25:28:45:47 chr12 11138852 . C T 241.07 PASS AF=0.251799;AO=35;DP=140;FAO=35;FDP=139;FR=.;FRO=104;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.0114167;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.114;QD=6.93714;RBI=0.0161716;REFB=-0.0106067;REVB=0.0114533;RO=104;SAF=16;SAR=19;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654164;STB=0.503935;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0343065;OID=.;OPOS=11138852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:104:104:35:35:0.251799:19:16:47:57:19:16:47:57 chr12 11149711 . C A 303.39 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0212014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.879;QD=12.3833;RBI=0.0227035;REFB=-0.00237735;REVB=-0.00812116;RO=63;SAF=21;SAR=14;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690134;STB=0.539726;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00444062;OID=.;OPOS=11149711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:63:35:35:0.357143:14:21:34:29:14:21:34:29 chr12 11149720 . A G 312.5 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.000495049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.357;QD=12.1358;RBI=0.00884972;REFB=-0.00596436;REVB=-0.00883587;RO=65;SAF=23;SAR=15;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925794;STB=0.55303;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00911806;OID=.;OPOS=11149720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:15:23:34:31:15:23:34:31 chr12 11149769 . T C 426.87 PASS AF=0.408333;AO=48;DP=119;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00245487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.327;QD=14.229;RBI=0.0193611;REFB=-0.00910028;REVB=0.0192049;RO=70;SAF=30;SAR=18;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163976;STB=0.588199;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0112556;OID=.;OPOS=11149769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:70:71:48:49:0.408333:18:30:33:37:19:30:33:38 chr12 11150033 . G T 256.67 PASS AF=0.269504;AO=31;DP=135;FAO=38;FDP=141;FR=.;FRO=103;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.0155351;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.904;QD=7.28134;RBI=0.0218319;REFB=-0.0151978;REVB=0.0153391;RO=96;SAF=15;SAR=16;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020115;STB=0.535013;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0412246;OID=.;OPOS=11150033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:141:96:103:31:38:0.269504:16:15:48:48:21:17:51:52 chr12 11150046 . G T 245.49 PASS AF=0.26087;AO=35;DP=138;FAO=36;FDP=138;FR=.;FRO=102;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=-0.0351046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4916;QD=7.11578;RBI=0.0351068;REFB=0.000407231;REVB=0.000388182;RO=101;SAF=14;SAR=21;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142887;STB=0.590193;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.000938472;OID=.;OPOS=11150046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:101:102:35:36:0.26087:21:14:52:49:22:14:52:50 chr12 11150054 . C T 191.02 PASS AF=0.227273;AO=30;DP=131;FAO=30;FDP=132;FR=.;FRO=102;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.0264434;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.27;QD=5.78854;RBI=0.0318133;REFB=-0.00545609;REVB=0.0176871;RO=98;SAF=14;SAR=16;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016256;STB=0.503041;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0123634;OID=.;OPOS=11150054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:98:102:30:30:0.227273:16:14:47:51:16:14:48:54 chr12 11150214 . G A 137.3 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2387;QD=11.208;RBI=0.0686491;REFB=0.00900364;REVB=-0.0671854;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515226;STB=0.530574;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0200372;OID=.;OPOS=11150214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:8:8:18:15:8:8:18:15 chr12 11150319 . T C 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0319753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.208;QD=22.3409;RBI=0.0334797;REFB=-0.00071524;REVB=-0.00992329;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865826;STB=0.548455;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.000143928;OID=.;OPOS=11150319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:7:11:10:4:7:11:10:4 chr12 11174753 . G A 147.97 PASS AF=0.295775;AO=19;DP=70;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0120258;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.236;QD=8.33613;RBI=0.0151321;REFB=-0.0117919;REVB=-0.00918488;RO=49;SAF=10;SAR=9;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154627;STB=0.596927;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.033121;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:49:50:19:21:0.295775:9:10:32:17:10:11:33:17 chr12 11183451 . A T 343.62 PASS AF=0.309859;AO=44;DP=142;FAO=44;FDP=142;FR=.;FRO=98;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.0142762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3899;QD=9.67947;RBI=0.0547458;REFB=-0.00426066;REVB=-0.0528516;RO=98;SAF=18;SAR=26;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483158;STB=0.528165;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0122344;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:98:98:44:44:0.309859:26:18:44:54:26:18:44:54 chr12 11183576 . T C 69.72 PASS AF=0.137255;AO=14;DP=102;FAO=14;FDP=102;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.00428525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1996;QD=2.73408;RBI=0.00983384;REFB=-0.00436968;REVB=-0.00885105;RO=87;SAF=10;SAR=4;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400463;STB=0.766842;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0183717;OID=.;OPOS=11183576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:102:102:87:88:14:14:0.137255:4:10:33:54:4:10:34:54 chr12 11183642 . A G 93.84 PASS AF=0.190476;AO=16;DP=84;FAO=16;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0153845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.067;QD=4.46847;RBI=0.0375833;REFB=-0.00933147;REVB=0.0342903;RO=67;SAF=12;SAR=4;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365847;STB=0.740659;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0266777;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:84:84:67:68:16:16:0.190476:4:12:31:36:4:12:31:37 chr12 11183676 . C T 77.6 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00448594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.451;QD=3.83188;RBI=0.00460157;REFB=-0.00158318;REVB=0.00102507;RO=66;SAF=11;SAR=3;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404805;STB=0.772575;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0219116;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:81:66:67:14:14:0.17284:3:11:31:35:3:11:31:36 chr12 11183697 . C A 48.04 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.012752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3187;QD=2.49576;RBI=0.0211174;REFB=0.00200779;REVB=0.0168324;RO=67;SAF=8;SAR=2;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384949;STB=0.777802;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0236966;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:67:67:10:10:0.12987:2:8:33:34:2:8:33:34 chr12 11183708 . T C 30.07 PASS AF=0.0958904;AO=7;DP=73;FAO=7;FDP=73;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0103705;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1386;QD=1.64759;RBI=0.0337863;REFB=-0.000588837;REVB=0.0321553;RO=57;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425384;STB=0.845757;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0262563;OID=.;OPOS=11183708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:73:73:57:66:7:7:0.0958904:1:6:29:28:1:6:32:34 chr12 11214632 . AGA CCC 266.22 PASS AF=0.5125;AO=6;DP=83;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0714864;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.211;QD=13.311;RBI=0.0825418;REFB=-0.0569052;REVB=0.0412655;RO=38;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60398;STB=0.600811;STBP=0.082;TYPE=mnp;VARB=0.167892;OID=.;OPOS=11214632;OREF=AGA;OALT=CCC;OMAPALT=CCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:38:39:6:41:0.5125:1:5:10:28:21:20:11:28 chr12 11244166 . G C 429.1 PASS AF=0.333333;AO=55;DP=165;FAO=55;FDP=165;FR=.;FRO=110;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=0.0117509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.581;QD=10.4024;RBI=0.0147136;REFB=-0.00141416;REVB=-0.00885464;RO=110;SAF=24;SAR=31;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107216;STB=0.506168;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00371878;OID=.;OPOS=11244166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:110:110:55:55:0.333333:31:24:47:63:31:24:47:63 chr12 11244194 . T C 395.0 PASS AF=0.319018;AO=52;DP=163;FAO=52;FDP=163;FR=.;FRO=111;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=-0.00649928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.967;QD=9.69326;RBI=0.0104667;REFB=-0.000619913;REVB=-0.00820428;RO=111;SAF=24;SAR=28;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560928;STB=0.53243;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00152243;OID=.;OPOS=11244194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:111:111:52:52:0.319018:28:24:46:65:28:24:46:65 chr12 11244725 . C G 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0174791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.779;QD=17.0585;RBI=0.0176836;REFB=-0.00722665;REVB=-0.00268129;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184802;STB=0.609732;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00983852;OID=.;OPOS=11244725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:19:14:23:14:19:14:24:14 chr12 11338613 . CA GG 114.03 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0113984;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.376;QD=9.50275;RBI=0.0202956;REFB=-0.00438291;REVB=-0.0167925;RO=33;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277397;STB=0.660139;STBP=0.161;TYPE=mnp;VARB=0.0102436;OID=.;OPOS=11338613;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:33:34:14:14:0.291667:4:10:16:17:4:10:17:17 chr12 11338781 . C A 433.55 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0473131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6341;QD=13.0391;RBI=0.0702762;REFB=0.0117433;REVB=-0.0519636;RO=82;SAF=12;SAR=39;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295201;STB=0.66895;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0182963;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:82:82:51:51:0.383459:39:12:39:43:39:12:39:43 chr12 11338957 . A G 140.7 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0193149;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1691;QD=12.5065;RBI=0.0234739;REFB=-0.00111813;REVB=0.0133402;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424159;STB=0.538414;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00159834;OID=.;OPOS=11338957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:30:29:16:16:0.355556:9:7:12:18:9:7:11:18 chr12 11338983 . T C 122.38 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0246109;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.458;QD=14.8345;RBI=0.0259301;REFB=-0.00743062;REVB=-0.00816531;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615432;STB=0.535664;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00451296;OID=.;OPOS=11338983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:7:12:8:6:7:12 chr12 11339020 . T A 37.81 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0188028;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.775;QD=7.56161;RBI=0.0203587;REFB=-0.0104428;REVB=-0.00780566;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251248;STB=0.624531;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0429486;OID=.;OPOS=11339020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:15:14:6:6:0.3:5:1:5:10:5:1:4:10 chr12 11418954 . A G 367.73 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.00299599;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.653;QD=18.8582;RBI=0.0045731;REFB=-0.000536814;REVB=-0.00345504;RO=40;SAF=20;SAR=18;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252901;STB=0.639931;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00059658;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:40:40:38:38:0.487179:18:20:10:30:18:20:10:30 chr12 11420375 . G A 35.38 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0263998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6144;QD=5.89638;RBI=0.0264277;REFB=-0.0151588;REVB=-0.0012141;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637242;STB=0.541529;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.124318;OID=.;OPOS=11420375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:8:10:3:3:8:10 chr12 11461292 . C G 340.02 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.401;QD=54.4037;RBI=0.0411861;REFB=0;REVB=0.0344434;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164866;OID=.;OPOS=11461292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:10:15:0:0 chr12 11462275 . A G 1181.96 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00235408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.711;QD=58.3685;RBI=0.0211326;REFB=-0.0779682;REVB=0.021001;RO=2;SAF=35;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00269567;STB=0.501424;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000143445;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:44:35:1:1:44:35:1:1 chr12 11506211 . A C 196.79 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=0.0268871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.629;QD=18.3059;RBI=0.0281938;REFB=-0.0220977;REVB=0.00848387;RO=21;SAF=2;SAR=18;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121089;STB=0.519981;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0270145;OID=.;OPOS=11506211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:21:23:20:20:0.465116:18:2:2:19:18:2:2:21 chr12 11506473 . C G 56.08 PASS AF=0.875;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0731575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8367;QD=28.0418;RBI=0.1194;REFB=-0.119511;REVB=-0.0943625;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0155903;OID=.;OPOS=11506473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:8:1:1:6:7:0.875:5:1:0:1:5:2:0:1 chr12 11506893 . C T 33.56 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0109064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.6098;QD=19.179;RBI=0.0573801;REFB=-0.00126707;REVB=-0.0563341;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00655554;OID=.;OPOS=11506893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr12 11546686 . C T 44.75 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0233008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.831;QD=7.45901;RBI=0.0233099;REFB=-0.0357647;REVB=-0.000650974;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167269;STB=0.602915;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0544766;OID=.;OPOS=11546686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:3:14:5:2:3:14 chr12 11992168 . G A 2269.47 PASS AF=1;AO=141;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294599;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.848;QD=63.0408;RBI=0.0299528;REFB=0;REVB=-0.0054114;RO=0;SAF=59;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5762e-05;OID=.;OPOS=11992168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:141:144:1:82:59:0:0:82:62:0:0 chr12 12044403 . ATT ATA,ATAT,AT 198.57 PASS AF=0,0.2,0.00540541;AO=7,28,41;DP=188;FAO=0,37,1;FDP=185;FR=.;FRO=147;FSAF=0,8,1;FSAR=0,29,0;FSRF=92;FSRR=55;FWDB=-0.0244498,-0.0228567,-0.00215592;FXX=0.0414486;HRUN=6,0,6;LEN=1,1,1;MLLD=191.428,190.514,8.05108;QD=4.29333;RBI=0.0569821,0.0411223,0.281495;REFB=-0.00792333,-0.00529082,-0.0580345;REVB=-0.05147,-0.0341849,-0.281487;RO=96;SAF=0,7,9;SAR=7,21,32;SRF=77;SRR=19;SSEN=0,0,0.393701;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.716212,-0.619988,-0.626169;STB=0.5,0.811711,0.987743;STBP=1,0,0.463;TYPE=snp,ins,del;VARB=0.102385,0.0583785,-0.0941389;OID=.,.,.;OPOS=12044405,12044405,12044404;OREF=T,-,T;OALT=A,A,-;OMAPALT=ATA,ATAT,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.2,0.00540541:7,28,41:188:0,37,1:185:147:0,8,1:0,29,0:92:55:99:96:0,7,9:7,21,32:77:19 chr12 12045264 . G T 1642.78 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.086;QD=59.7375;RBI=0.0884602;REFB=0;REVB=0.037172;RO=0;SAF=18;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122715;OID=.;OPOS=12045264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:110:0:0:103:110:1:85:18:0:0:91:19:0:0 chr12 12230938 . C G 468.38 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.032;QD=56.7733;RBI=0.0319033;REFB=0;REVB=-0.016402;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007238;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:18:13:0:0:18:15:0:0 chr12 12240199 . C T 498.37 PASS AF=0.375;AO=60;DP=160;FAO=60;FDP=160;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=-0.00613826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.088;QD=12.4593;RBI=0.00638167;REFB=0.00323986;REVB=-0.00174571;RO=100;SAF=30;SAR=30;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992829;STB=0.556231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00436253;OID=.;OPOS=12240199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:100:100:60:60:0.375:30:30:41:59:30:30:41:59 chr12 12301898 . C T 1962.51 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0838;QD=59.924;RBI=0.0773997;REFB=-0.0883471;REVB=0.0281313;RO=1;SAF=53;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888003;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00674309;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:125:131:1:0:124:131:1:71:53:1:0:71:60:0:0 chr12 12483134 . T A 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00706885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.538;QD=12.5665;RBI=0.0311916;REFB=-0.00366844;REVB=-0.0303801;RO=40;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127663;STB=0.573563;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00610597;OID=.;OPOS=12483134;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:16:9:19:21:16:9:19:21 chr12 12630665 . TGCACGCTGG T 93.1 PASS AF=0.588235;AO=6;DP=11;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00206197;FXX=0.227169;HRUN=1;LEN=9;MLLD=284.334;QD=21.9068;RBI=0.0156398;REFB=-0.00532485;REVB=-0.0155033;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.627655;STBP=0.249;TYPE=del;VARB=0.00386609;OID=.;OPOS=12630666;OREF=GCACGCTGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:6:11:10:17:7:6:4:2:5:54:0:3:3:0:0 chr12 12814818 . C T 2239.42 PASS AF=0.974194;AO=150;DP=156;FAO=151;FDP=155;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0148443;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.84;QD=57.7915;RBI=0.0182559;REFB=-0.0951238;REVB=0.0106266;RO=3;SAF=65;SAR=85;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884562;STB=0.501649;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.000580192;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:156:155:3:4:150:151:0.974194:85:65:2:1:85:66:2:2 chr12 12879254 . T G 31.17 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.177044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8802;QD=3.28093;RBI=0.178244;REFB=0.0134797;REVB=0.0206524;RO=26;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226953;STB=0.721379;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0831088;OID=.;OPOS=12879254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:38:38:26:32:6:6:0.157895:5:1:8:18:5:1:12:20 chr12 12941884 . C T 1633.01 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101921;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.481;QD=60.4818;RBI=0.0167892;REFB=0;REVB=-0.0133416;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53471e-05;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:108:0:0:108:108:1:56:52:0:0:56:52:0:0 chr12 12941956 . A ATCCT 245.73 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=98;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00986694;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=4;MLLD=292.11;QD=10.9215;RBI=0.00986902;REFB=-0.000597315;REVB=0.000202488;RO=67;SAF=16;SAR=13;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122725;STB=0.609738;STBP=0.138;TYPE=ins;VARB=0.00141121;OID=.;OPOS=12941957;OREF=-;OALT=TCCT;OMAPALT=ATCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:29:98:30:90:60:17:13:24:36:99:67:16:13:30:37 chr12 12967127 . C T 883.23 PASS AF=0.416309;AO=94;DP=231;FAO=97;FDP=233;FR=.;FRO=136;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=64;FSRR=72;FWDB=0.0611343;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8164;QD=15.1627;RBI=0.0703435;REFB=-0.000162294;REVB=0.0347965;RO=137;SAF=35;SAR=59;SRF=65;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111735;STB=0.560237;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.000911377;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:233:137:136:94:97:0.416309:59:35:65:72:61:36:64:72 chr12 13028652 . CA C,CC,CG 730.26 PASS AF=0.0943396,0.0377358,0.867925;AO=8,2,44;DP=54;FAO=5,2,46;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,10;FSAR=0,2,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198852,0.0191825,0.0267127;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=192.607,177.495,208.609;QD=55.1141;RBI=0.0236543,0.0233708,0.028333;REFB=0,0,0;REVB=-0.0128105,-0.0133501,-0.00944385;RO=0;SAF=7,0,8;SAR=1,2,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.78849e-08,0,-4.42054e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0282278,-0.00293674,0.00227305;OID=.,.,.;OPOS=13028653,13028653,13028653;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0943396,0.0377358,0.867925:8,2,44:54:5,2,46:53:0:5,0,10:0,2,36:0:0:8:0:7,0,8:1,2,36:0:0 chr12 13061294 . C T 210.82 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00808371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.69;QD=14.0546;RBI=0.00817468;REFB=-0.0139348;REVB=-0.00121614;RO=31;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276054;STB=0.639888;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0143957;OID=.;OPOS=13061294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:35:25:25:0.416667:9:16:11:20:9:16:14:21 chr12 13208552 . C T 422.11 PASS AF=0.359712;AO=50;DP=139;FAO=50;FDP=139;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0126635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7594;QD=12.147;RBI=0.0222335;REFB=-0.000891745;REVB=-0.0182747;RO=88;SAF=23;SAR=27;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107843;STB=0.557796;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00145622;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:88:89:50:50:0.359712:27:23:49:39:27:23:49:40 chr12 13214537 . A G 907.29 PASS AF=0.553333;AO=83;DP=150;FAO=83;FDP=150;FR=.;FRO=67;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0152579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.453;QD=24.1945;RBI=0.0496636;REFB=-0.00360197;REVB=-0.0472618;RO=66;SAF=42;SAR=41;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540649;STB=0.532662;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00237859;OID=.;OPOS=13214537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:66:67:83:83:0.553333:41:42:29:37:41:42:29:38 chr12 13221606 . T C 1202.4 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447394;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7355;QD=60.12;RBI=0.046201;REFB=-0.123009;REVB=-0.011529;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587281;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:41:39:0:0 chr12 13349823 . C T 960.34 PASS AF=0.560241;AO=93;DP=166;FAO=93;FDP=166;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.0283305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5094;QD=23.1408;RBI=0.0370417;REFB=-0.00192685;REVB=0.0238636;RO=72;SAF=36;SAR=57;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459468;STB=0.527357;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00217746;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:72:73:93:93:0.560241:57:36:24:48:57:36:24:49 chr12 13369196 . C T 278.99 PASS AF=0.316239;AO=37;DP=118;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.0169034;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.293;QD=9.53808;RBI=0.0306305;REFB=0.0117416;REVB=-0.0255441;RO=80;SAF=24;SAR=13;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164672;STB=0.624931;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.033172;OID=.;OPOS=13369196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:80:80:37:37:0.316239:13:24:41:39:12:25:40:40 chr12 13369574 . A G 743.62 PASS AF=0.633028;AO=68;DP=109;FAO=69;FDP=109;FR=.;FRO=40;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00741056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.027;QD=27.2887;RBI=0.00823505;REFB=0.00462312;REVB=-0.0035916;RO=40;SAF=41;SAR=27;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198413;STB=0.507284;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.000964693;OID=.;OPOS=13369574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:40:40:68:69:0.633028:27:41:23:17:28:41:23:17 chr12 13526305 . T C 639.51 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=108;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00611774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.274;QD=23.6856;RBI=0.0127272;REFB=0.0192654;REVB=0.0111605;RO=45;SAF=34;SAR=28;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046047;STB=0.529966;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0153388;OID=.;OPOS=13526305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:45:46:62:62:0.574074:28:34:22:23:28:34:22:24 chr12 13593879 . G A 1115.01 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.716;QD=59.4672;RBI=0.0187473;REFB=0;REVB=0.0157319;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20672e-05;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:41:33:0:0:41:34:0:0 chr12 13715975 . A G 542.5 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0118929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.361;QD=21.485;RBI=0.0119398;REFB=-0.0131691;REVB=0.00105656;RO=47;SAF=33;SAR=21;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105439;STB=0.558039;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.010974;OID=.;OPOS=13715975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:47:54:54:0.534653:21:33:23:24:21:33:23:24 chr12 13717508 . G A 441.98 PASS AF=0.386364;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.00304785;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.375;QD=13.3933;RBI=0.0141381;REFB=-0.0111404;REVB=0.0138057;RO=78;SAF=19;SAR=32;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126073;STB=0.561379;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0226913;OID=.;OPOS=13717508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:78:81:51:51:0.386364:32:19:38:40:32:19:38:43 chr12 13761741 . G A 716.53 PASS AF=0.543307;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=127;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0283268;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2785;QD=22.5678;RBI=0.0428494;REFB=-0.0130431;REVB=0.0321506;RO=58;SAF=26;SAR=43;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00221661;STB=0.501214;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0196023;OID=.;OPOS=13761741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:127:58:58:69:69:0.543307:43:26:22:36:43:26:22:36 chr12 13836561 . T A 657.98 PASS AF=0.638298;AO=58;DP=92;FAO=60;FDP=94;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.019123;FXX=0.0693001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4414;QD=27.9992;RBI=0.0901084;REFB=-0.0172245;REVB=0.0880559;RO=30;SAF=31;SAR=27;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636844;STB=0.548462;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0254701;OID=.;OPOS=13836561;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:30:34:58:60:0.638298:27:31:13:17:29:31:13:21 chr12 13836650 . G A 636.12 PASS AF=0.594059;AO=60;DP=101;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0146682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.928;QD=25.1928;RBI=0.0170853;REFB=-0.00306993;REVB=-0.00876069;RO=41;SAF=29;SAR=31;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513416;STB=0.527962;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00199338;OID=.;OPOS=13836650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:41:60:60:0.594059:31:29:17:24:31:29:17:24 chr12 14018777 . G C 383.98 PASS AF=0.324675;AO=50;DP=145;FAO=50;FDP=154;FR=.;FRO=104;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=-0.000983076;FXX=0.0064512;HRUN=5;LEN=1;MLLD=81.5025;QD=9.97358;RBI=0.00747607;REFB=-0.0168302;REVB=0.00741116;RO=95;SAF=26;SAR=24;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648044;STB=0.53294;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0188042;OID=.;OPOS=14018777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:154:95:104:50:50:0.324675:24:26:44:51:24:26:49:55 chr12 14019128 . C T 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0177243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.386;QD=13.4957;RBI=0.0179704;REFB=-0.0142913;REVB=0.00296377;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177843;STB=0.51759;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0243971;OID=.;OPOS=14019128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:16:13:20:23:16:13:21:23 chr12 14278844 . G A 577.17 PASS AF=0.604651;AO=51;DP=85;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00934649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0838;QD=26.8451;RBI=0.0255207;REFB=-0.0214173;REVB=0.0237476;RO=33;SAF=22;SAR=29;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016967;STB=0.50731;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00803516;OID=.;OPOS=14278844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:33:34:51:52:0.604651:29:22:15:18:30:22:15:19 chr12 14587301 . A G 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.547;QD=55.8055;RBI=0.0135402;REFB=0.0233487;REVB=0.00878683;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149779;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-3.00224e-05;OID=.;OPOS=14587301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:28:31:1:0:28:31:1:0 chr12 14664595 . A G 409.59 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00901202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5848;QD=34.1327;RBI=0.07227;REFB=-0.0602441;REVB=0.0717059;RO=15;SAF=15;SAR=18;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00700129;STB=0.503814;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0412186;OID=.;OPOS=14664595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:18:15:7:8:18:15:7:8 chr12 14688644 . C T 2178.53 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.726;QD=63.1457;RBI=0.0376898;REFB=0;REVB=-0.0082296;RO=0;SAF=73;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43793e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.879e-05;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:65:73:0:0:65:73:0:0 chr12 14794062 . G A 2204.19 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0256279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0208;QD=61.6558;RBI=0.0289028;REFB=0.0337071;REVB=-0.0133635;RO=2;SAF=70;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.43219e-05;STB=0.50005;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00346884;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:2:2:141:141:0.986014:71:70:1:1:71:70:1:1 chr12 14827463 . AATC A 269.52 PASS AF=0.31016;AO=57;DP=185;FAO=58;FDP=187;FR=.;FRO=129;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=-0.0138616;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=315.335;QD=5.76517;RBI=0.0155528;REFB=-0.00204469;REVB=-0.00705314;RO=126;SAF=27;SAR=30;SRF=57;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025401;STB=0.500278;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00466432;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.31016:57:185:58:187:129:27:31:60:69:99:126:27:30:57:69 chr12 14829893 . A C 5769.94 PASS AF=0.984127;AO=368;DP=374;FAO=372;FDP=378;FR=.;FRO=6;FSAF=170;FSAR=202;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0795936;FXX=0.00787381;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1353;QD=61.0575;RBI=0.0803261;REFB=-0.0999895;REVB=0.0108228;RO=6;SAF=168;SAR=200;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134054;STB=0.500688;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00125815;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:374:378:6:6:368:372:0.984127:200:168:3:3:202:170:3:3 chr12 14924028 . A G 248.31 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=-0.00975561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9025;QD=11.685;RBI=0.0447939;REFB=-0.0192948;REVB=0.0437187;RO=55;SAF=4;SAR=26;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281711;STB=0.666536;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0427981;OID=.;OPOS=14924028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:26:4:16:39:26:4:16:39 chr12 14927994 . T C 1838.8 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0932243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8228;QD=61.2934;RBI=0.10298;REFB=0;REVB=-0.0437495;RO=0;SAF=83;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000524649;OID=.;OPOS=14927994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:37:83:0:0:37:83:0:0 chr12 14928195 . T C 430.76 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0967536;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0365;QD=17.4045;RBI=0.101875;REFB=-0.0505171;REVB=0.0318941;RO=53;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168643;STB=0.520286;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0516076;OID=.;OPOS=14928195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:53:55:44:44:0.444444:24:20:25:28:24:20:27:28 chr12 14929642 . A T 43.42 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00983217;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=19.1367;QD=6.43217;RBI=0.05862;REFB=-0.0631222;REVB=-0.0577895;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114368;STB=0.587425;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0823939;OID=.;OPOS=14929642;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:24:27:17:19:7:8:0.296296:5:2:5:12:5:3:5:14 chr12 14929667 . C G 215.04 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0261526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3299;QD=21.5035;RBI=0.0794606;REFB=-0.0106334;REVB=0.0750335;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523917;STB=0.529384;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0121794;OID=.;OPOS=14929667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:7:12:12:9:7:12 chr12 14929872 . A G 2151.22 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.844;QD=61.9055;RBI=0.0633651;REFB=-0.0739206;REVB=0.0523685;RO=1;SAF=65;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725792;STB=0.503759;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00039036;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:139:1:1:137:138:0.992806:72:65:1:0:72:66:1:0 chr12 14930055 . G T 1700.78 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.020741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.9455;QD=58.6476;RBI=0.0351274;REFB=-0.0839953;REVB=-0.0283504;RO=2;SAF=15;SAR=99;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025831;STB=0.513616;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000551733;OID=.;OPOS=14930055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:99:15:1:1:99:15:1:1 chr12 14976553 . G C 225.87 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0153779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.537;QD=23.7762;RBI=0.0564642;REFB=-0.00840698;REVB=0.0543298;RO=14;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266732;STB=0.656083;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0163803;OID=.;OPOS=14976553;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:16:20:20:0.526316:15:5:8:6:15:5:9:7 chr12 14977217 . A G 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0144902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.78;QD=11.6208;RBI=0.0153193;REFB=-0.0111471;REVB=0.00497157;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172652;STB=0.599904;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0136766;OID=.;OPOS=14977217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:10:10:23:12:10:10:23:12 chr12 14977272 . A G 157.59 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0152445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.418;QD=16.5879;RBI=0.0307163;REFB=-0.0188732;REVB=0.0266664;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293785;STB=0.686365;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0118492;OID=.;OPOS=14977272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:21:17:17:0.447368:10:7:14:5:10:7:16:5 chr12 14982352 . G C 1716.23 PASS AF=0.488506;AO=169;DP=348;FAO=170;FDP=348;FR=.;FRO=178;FSAF=70;FSAR=100;FSRF=68;FSRR=110;FWDB=0.0634886;FXX=0.00286525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6237;QD=19.7268;RBI=0.0667054;REFB=0.0215484;REVB=0.0204649;RO=174;SAF=69;SAR=100;SRF=64;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390638;STB=0.515788;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.0179929;OID=.;OPOS=14982352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:174:178:169:170:0.488506:100:69:64:110:100:70:68:110 chr12 14993439 . C T 363.09 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0134228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.43;QD=15.6168;RBI=0.0168431;REFB=5.22799e-05;REVB=-0.0101744;RO=54;SAF=12;SAR=27;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519776;STB=0.529396;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-6.682e-05;OID=.;OPOS=14993439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:27:12:19:35:27:12:19:35 chr12 14993608 . G A 605.65 PASS AF=0.374332;AO=70;DP=189;FAO=70;FDP=187;FR=.;FRO=117;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=70;FWDB=0.00439246;FXX=0.0157886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.133;QD=12.9551;RBI=0.00543438;REFB=-0.0033421;REVB=0.0031998;RO=118;SAF=29;SAR=41;SRF=47;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018303;STB=0.508127;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00546024;OID=.;OPOS=14993608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:187:118:117:70:70:0.374332:41:29:47:71:41:29:47:70 chr12 14993854 . A G 279.87 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0119564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.651;QD=14.1707;RBI=0.0119949;REFB=0.00106419;REVB=-0.000960372;RO=46;SAF=10;SAR=22;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115031;STB=0.573865;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00162212;OID=.;OPOS=14993854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:22:10:19:27:22:10:20:27 chr12 15035081 . T C 640.71 PASS AF=0.371859;AO=70;DP=197;FAO=74;FDP=199;FR=.;FRO=125;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=66;FWDB=0.00699304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5778;QD=12.8786;RBI=0.0241134;REFB=0.00064117;REVB=0.0230771;RO=124;SAF=30;SAR=40;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04458;STB=0.533858;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.001109;OID=.;OPOS=15035081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:199:124:125:70:74:0.371859:40:30:58:66:43:31:59:66 chr12 15081897 . A C 1417.59 PASS AF=0.961165;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00534046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.809;QD=55.052;RBI=0.101955;REFB=-0.00313529;REVB=-0.101815;RO=4;SAF=43;SAR=56;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235551;STB=0.51243;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-5.26367e-05;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:103:103:4:4:99:99:0.961165:56:43:3:1:56:43:3:1 chr12 15095558 . C G 534.13 PASS AF=0.452381;AO=56;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0323987;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.108;QD=16.9565;RBI=0.0328898;REFB=-0.00627449;REVB=0.00566265;RO=69;SAF=33;SAR=23;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194638;STB=0.619164;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00675613;OID=.;OPOS=15095558;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:69:56:57:0.452381:23:33:27:42:23:34:26:43 chr12 15103605 . A G 3044.39 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685758;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3332;QD=63.7568;RBI=0.0692483;REFB=0;REVB=-0.00962728;RO=0;SAF=84;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186256;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:191:0:0:191:191:1:107:84:0:0:107:84:0:0 chr12 15134353 . A G 922.84 PASS AF=0.535714;AO=89;DP=168;FAO=90;FDP=168;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0196234;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5738;QD=21.9724;RBI=0.0196247;REFB=-0.0295204;REVB=0.000223541;RO=77;SAF=39;SAR=50;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134646;STB=0.567267;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0190242;OID=.;OPOS=15134353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:77:78:89:90:0.535714:50:39:46:31:50:40:46:32 chr12 15733669 . G A 392.36 PASS AF=0.326923;AO=51;DP=156;FAO=51;FDP=156;FR=.;FRO=105;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=-0.0419924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9627;QD=10.0605;RBI=0.0438174;REFB=0.0146009;REVB=-0.0125139;RO=103;SAF=25;SAR=26;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028077;STB=0.515847;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0360638;OID=.;OPOS=15733669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:103:105:51:51:0.326923:26:25:48:55:26:25:49:56 chr12 16189694 . T A 597.42 PASS AF=0.412121;AO=68;DP=165;FAO=68;FDP=165;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.00438768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.811;QD=14.483;RBI=0.00447798;REFB=0.000522468;REVB=0.000894772;RO=97;SAF=41;SAR=27;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827092;STB=0.546453;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000915024;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:97:97:68:68:0.412121:27:41:51:46:27:41:51:46 chr12 16347308 . G A 2479.69 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0002356;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9592;QD=61.2269;RBI=0.0430625;REFB=0;REVB=-0.0430618;RO=0;SAF=85;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119932;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:162:0:0:159:162:1:74:85:0:0:75:87:0:0 chr12 16369828 . A T 1172.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.654;QD=60.9131;RBI=0.0251184;REFB=0;REVB=0.013889;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90101e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:41:35:0:0:41:36:0:0 chr12 16397677 . G A 3432.92 PASS AF=0.986667;AO=222;DP=225;FAO=222;FDP=225;FR=.;FRO=3;FSAF=121;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0100365;FXX=0.00442458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.102;QD=61.0297;RBI=0.0189044;REFB=-0.08559;REVB=0.0160202;RO=3;SAF=121;SAR=101;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00541913;STB=0.502844;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-2.23267e-05;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:225:225:3:3:222:222:0.986667:101:121:1:2:101:121:1:2 chr12 16397734 . C A 759.48 PASS AF=0.465116;AO=80;DP=172;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=0.0594045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1018;QD=17.6622;RBI=0.0722359;REFB=0.00968545;REVB=-0.041099;RO=92;SAF=46;SAR=34;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114763;STB=0.563578;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0120535;OID=.;OPOS=16397734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:92:92:80:80:0.465116:34:46:42:50:34:46:42:50 chr12 16430284 . G A 835.93 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425181;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.394;QD=57.6503;RBI=0.0425791;REFB=0;REVB=0.00227729;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111447;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:32:24:0:0:32:26:0:0 chr12 16529084 . G A 111.75 PASS AF=0.28;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.115788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.397;QD=8.93979;RBI=0.116739;REFB=-0.0238925;REVB=-0.0148713;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117583;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.056552;OID=.;OPOS=16529084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:50:30:36:14:14:0.28:9:5:8:22:9:5:13:23 chr12 18473928 . T C 988.83 PASS AF=0.521739;AO=95;DP=183;FAO=96;FDP=184;FR=.;FRO=88;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=0.00488259;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.756;QD=21.4964;RBI=0.0152069;REFB=-0.00265415;REVB=-0.0144017;RO=87;SAF=51;SAR=44;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107067;STB=0.563164;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00267886;OID=.;OPOS=18473928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:87:88:95:96:0.521739:44:51:36:51:44:52:36:52 chr12 18499636 . C T 946.5 PASS AF=0.576923;AO=90;DP=156;FAO=90;FDP=156;FR=.;FRO=66;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.019282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.819;QD=24.2692;RBI=0.0406744;REFB=0.0102163;REVB=0.0358135;RO=66;SAF=48;SAR=42;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495367;STB=0.52694;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00917378;OID=.;OPOS=18499636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:66:66:90:90:0.576923:42:48:31:35:42:48:31:35 chr12 18511315 . T C 769.32 PASS AF=0.548872;AO=73;DP=132;FAO=73;FDP=133;FR=.;FRO=60;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0112082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.49;QD=23.1374;RBI=0.0192438;REFB=0.00693965;REVB=0.0156429;RO=58;SAF=45;SAR=28;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402301;STB=0.523475;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00532911;OID=.;OPOS=18511315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:58:60:73:73:0.548872:28:45:33:25:28:45:34:26 chr12 19329493 . T C 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0123154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4342;QD=21.6121;RBI=0.013278;REFB=-0.0210404;REVB=-0.00496345;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155751;STB=0.595668;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0233007;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:12:12:7:15:12:12:7:16 chr12 19529158 . T C 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.00971446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.084;QD=14.7655;RBI=0.0205041;REFB=-0.00882433;REVB=0.0180568;RO=32;SAF=4;SAR=21;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989015;STB=0.551269;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00940786;OID=.;OPOS=19529158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:21:4:7:25:21:4:7:26 chr12 19626205 . T C 396.59 PASS AF=0.455556;AO=39;DP=89;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0121042;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.003;QD=17.6263;RBI=0.0218612;REFB=-0.0203184;REVB=0.0182044;RO=49;SAF=17;SAR=22;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538803;STB=0.541532;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0331185;OID=.;OPOS=19626205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:49:49:39:41:0.455556:22:17:24:25:24:17:24:25 chr12 19877449 . A G 2344.33 PASS AF=0.560724;AO=217;DP=387;FAO=217;FDP=387;FR=.;FRO=170;FSAF=108;FSAR=109;FSRF=68;FSRR=102;FWDB=0.0442081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.695;QD=24.2308;RBI=0.0443579;REFB=-0.00125118;REVB=0.00364168;RO=169;SAF=108;SAR=109;SRF=67;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818252;STB=0.542929;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00119438;OID=.;OPOS=19877449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:387:169:170:217:217:0.560724:109:108:67:102:109:108:68:102 chr12 20704509 . T G 2745.7 PASS AF=0.566292;AO=250;DP=444;FAO=252;FDP=445;FR=.;FRO=193;FSAF=20;FSAR=232;FSRF=96;FSRR=97;FWDB=-0.0435163;FXX=0.0022421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.225;QD=24.6804;RBI=0.0441293;REFB=-0.0147649;REVB=-0.00732982;RO=191;SAF=20;SAR=230;SRF=94;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542327;STB=0.803504;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0274926;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:444:445:191:193:250:252:0.566292:230:20:94:97:232:20:96:97 chr12 20766559 . C T 2075.93 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.098;QD=61.0567;RBI=0.0437959;REFB=0.0632654;REVB=-0.00692579;RO=1;SAF=43;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109252;STB=0.502732;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.000562388;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:136:136:1:1:134:135:0.992647:91:43:1:0:91:44:0:1 chr12 20903757 . T C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.414;QD=59.9374;RBI=0.0231816;REFB=0;REVB=-0.0220606;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58512e-05;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:60:41:0:0:60:41:0:0 chr12 20905250 . C T 2178.49 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.769;QD=61.8012;RBI=0.0457271;REFB=0;REVB=0.0360349;RO=0;SAF=75;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252631;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:128:141:0:0:127:141:1:52:75:0:0:56:85:0:0 chr12 21011480 . T G 2087.48 PASS AF=0.985294;AO=133;DP=139;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0107837;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.928;QD=61.3966;RBI=0.043517;REFB=-0.0427034;REVB=0.0421597;RO=2;SAF=47;SAR=86;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109252;STB=0.505681;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000100575;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:136:2:2:133:134:0.985294:86:47:0:2:87:47:0:2 chr12 21011792 . A G,T 1082.03 PASS AF=0.898734,0.0632911;AO=71,5;DP=76;FAO=71,5;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=46,0;FSAR=25,5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0264636,0.0189091;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.412,157.781;QD=54.7864;RBI=0.030652,0.0196671;REFB=-0.0189629,0.000343115;REVB=0.0154668,0.00540731;RO=0;SAF=45,0;SAR=26,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.528294,0.5;STBP=0.032,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000961695,0.0380697;OID=.,.;OPOS=21011792,21011792;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:76:79:0:3:71,5:71,5:0.898734,0.0632911:26,5:45,0:0:0:25,5:46,0:0:3 chr12 21011813 . C T 1538.28 PASS AF=0.989796;AO=94;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0523231;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9667;QD=62.787;RBI=0.0649717;REFB=-0.0461375;REVB=-0.0385178;RO=4;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394581;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000353242;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:4:1:94:97:0.989796:46:48:0:4:49:48:0:1 chr12 21013948 . C T 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6774;QD=63.5781;RBI=0.056419;REFB=0;REVB=-0.0338694;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00087912;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr12 21015760 . G A 2283.9 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239422;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.125;QD=63.8853;RBI=0.02607;REFB=0;REVB=-0.0103159;RO=0;SAF=60;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34053e-06;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:143:0:0:143:143:1:83:60:0:0:83:60:0:0 chr12 21036411 . A G 1829.01 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459201;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.28;QD=61.4793;RBI=0.0463287;REFB=0;REVB=0.00613937;RO=0;SAF=69;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38503e-05;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:50:69:0:0:50:69:0:0 chr12 21176135 . T C 3449.13 PASS AF=1;AO=219;DP=221;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9804;QD=62.1465;RBI=0.158657;REFB=0;REVB=0.156058;RO=1;SAF=99;SAR=120;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478846;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297586;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:222:1:0:219:222:1:120:99:1:0:121:101:0:0 chr12 21229431 . C T 1385.87 PASS AF=0.599057;AO=127;DP=212;FAO=127;FDP=212;FR=.;FRO=85;FSAF=76;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.00236251;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.753;QD=26.1485;RBI=0.0621895;REFB=-0.00637791;REVB=-0.0621446;RO=84;SAF=76;SAR=51;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741061;STB=0.542768;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00437041;OID=.;OPOS=21229431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:84:85:127:127:0.599057:51:76:42:42:51:76:42:43 chr12 21243001 . C T 1295.91 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.003;QD=61.7099;RBI=0.0287486;REFB=0;REVB=-0.00744523;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55709e-05;OID=.;OPOS=21243001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:82:84:1:54:28:0:0:54:30:0:0 chr12 21329738 . A G 349.21 PASS AF=0.690476;AO=28;DP=41;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0620178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7801;QD=33.2583;RBI=0.0867282;REFB=-0.016546;REVB=0.0606266;RO=13;SAF=15;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873854;STB=0.551688;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.014301;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:13:13:28:29:0.690476:13:15:5:8:13:16:5:8 chr12 21331599 . T C 379.77 PASS AF=0.287293;AO=52;DP=181;FAO=52;FDP=181;FR=.;FRO=129;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=74;FWDB=-0.00627063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.326;QD=8.39261;RBI=0.027203;REFB=0.0002588;REVB=0.0264704;RO=129;SAF=19;SAR=33;SRF=55;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077662;STB=0.54568;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.000899905;OID=.;OPOS=21331599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:129:129:52:52:0.287293:33:19:55:74:33:19:55:74 chr12 21331625 . C T 1259.22 PASS AF=0.685535;AO=106;DP=159;FAO=109;FDP=159;FR=.;FRO=50;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00988108;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.684;QD=31.6784;RBI=0.018258;REFB=-0.00617357;REVB=-0.0153531;RO=52;SAF=42;SAR=64;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198202;STB=0.520958;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00368622;OID=.;OPOS=21331625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:52:50:106:109:0.685535:64:42:19:33:65:44:17:33 chr12 21428246 . A C 2608.3 PASS AF=0.624324;AO=230;DP=370;FAO=231;FDP=370;FR=.;FRO=139;FSAF=101;FSAR=130;FSRF=58;FSRR=81;FWDB=0.0659295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8847;QD=28.1979;RBI=0.0933819;REFB=-0.0538057;REVB=0.0661324;RO=113;SAF=100;SAR=130;SRF=45;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229481;STB=0.507634;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0213722;OID=.;OPOS=21428246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:370:113:139:230:231:0.624324:130:100:45:68:130:101:58:81 chr12 21609773 . A G 239.63 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0119534;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5571;QD=13.8914;RBI=0.0386195;REFB=-0.0106679;REVB=0.0367231;RO=40;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869051;STB=0.5431;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0169505;OID=.;OPOS=21609773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:40:41:28:28:0.405797:11:17:21:19:11:17:22:19 chr12 21622051 . A C 381.87 PASS AF=0.333333;AO=47;DP=141;FAO=47;FDP=141;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=0.0118041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.539;QD=10.8333;RBI=0.01564;REFB=-0.00131545;REVB=0.0102602;RO=94;SAF=22;SAR=25;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159075;STB=0.591456;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00300089;OID=.;OPOS=21622051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:94:94:47:47:0.333333:25:22:57:37:25:22:57:37 chr12 21623179 . T C 175.74 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0124005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3544;QD=11.9147;RBI=0.0247153;REFB=-0.0152121;REVB=-0.0213793;RO=37;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00413111;STB=0.50239;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0246369;OID=.;OPOS=21623179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:13:9:15:22:13:9:15:22 chr12 21623969 . A G 311.04 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0227962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.913;QD=13.9794;RBI=0.0228694;REFB=0.000194864;REVB=-0.00182806;RO=52;SAF=18;SAR=17;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756546;STB=0.553461;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.000239917;OID=.;OPOS=21623969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:54:35:35:0.393258:17:18:23:29:17:18:23:31 chr12 21654831 . G T 1896.42 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.833;QD=61.672;RBI=0.0269864;REFB=0;REVB=0.023943;RO=0;SAF=27;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61202e-06;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:96:27:0:0:96:27:0:0 chr12 21670252 . G C 113.8 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00184761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3617;QD=9.89542;RBI=0.0193117;REFB=0.00981268;REVB=0.0192231;RO=32;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602343;STB=0.536371;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0297025;OID=.;OPOS=21670252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:5:9:19:13:5:9:19:13 chr12 21712574 . C T 380.7 PASS AF=0.445652;AO=37;DP=89;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00106819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7034;QD=16.5523;RBI=0.0036676;REFB=-0.00199763;REVB=-0.0035086;RO=51;SAF=24;SAR=13;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128039;STB=0.560501;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00253611;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:51:51:37:41:0.445652:13:24:27:24:15:26:27:24 chr12 21713402 . T C 993.36 PASS AF=0.646617;AO=86;DP=133;FAO=86;FDP=133;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0127263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.473;QD=29.8754;RBI=0.015257;REFB=-0.0069471;REVB=-0.00841536;RO=47;SAF=38;SAR=48;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392813;STB=0.521192;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00371994;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:47:47:86:86:0.646617:48:38:18:29:48:38:18:29 chr12 21797029 . A G 1227.39 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.033;QD=61.3693;RBI=0.0481433;REFB=0;REVB=0.00725164;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101314;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr12 22017422 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.577;QD=62.3509;RBI=0.0262996;REFB=0;REVB=0.00490812;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92482e-05;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr12 22063115 . A G 1606.99 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.027;QD=60.0743;RBI=0.0190559;REFB=0;REVB=-0.00786751;RO=0;SAF=61;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28445e-06;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:45:61:0:0:45:62:0:0 chr12 22348500 . A G 3114.38 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358065;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.951;QD=61.3672;RBI=0.0365238;REFB=-0.0897873;REVB=-0.00720321;RO=1;SAF=77;SAR=126;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061456;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106593;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:204:203:1:0:203:203:1:126:77:1:0:126:77:0:0 chr12 22354921 . A G 228.7 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0140327;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.041;QD=17.5922;RBI=0.0242118;REFB=-0.0053051;REVB=-0.0197305;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963239;STB=0.56245;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00626772;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:24:25:0.480769:14:10:14:13:15:10:14:13 chr12 22478425 . A G 1678.79 PASS AF=0.974359;AO=113;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0123271;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.519;QD=57.3945;RBI=0.017115;REFB=-0.0812306;REVB=-0.011873;RO=1;SAF=49;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959154;STB=0.514849;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000262232;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:1:3:113:114:0.974359:64:49:1:0:65:49:3:0 chr12 22602796 . A G 437.05 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0583923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8172;QD=24.2805;RBI=0.0672542;REFB=-0.0157503;REVB=0.0333686;RO=28;SAF=18;SAR=24;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528125;STB=0.543979;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0181264;OID=.;OPOS=22602796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:30:42:42:0.583333:24:18:14:14:24:18:16:14 chr12 22814036 . A G 344.51 PASS AF=0.346774;AO=43;DP=124;FAO=43;FDP=124;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00111043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0654;QD=11.1132;RBI=0.0237943;REFB=-0.0168769;REVB=-0.0237684;RO=81;SAF=21;SAR=22;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050027;STB=0.528735;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0457896;OID=.;OPOS=22814036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:81:81:43:43:0.346774:22:21:36:45:22:21:36:45 chr12 24103812 . C A 252.7 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0108672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.762;QD=21.0585;RBI=0.0114034;REFB=-0.0235031;REVB=-0.00345583;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0271492;OID=.;OPOS=24103812;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:15:9:9:15:15:9:9:15 chr12 24859899 . G A 3165.91 PASS AF=0.990521;AO=207;DP=211;FAO=209;FDP=211;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=120;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.021325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.75;QD=60.0173;RBI=0.0454094;REFB=-0.0606567;REVB=0.0400906;RO=3;SAF=89;SAR=118;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00268264;STB=0.500719;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.000241542;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:211:211:3:2:207:209:0.990521:118:89:1:2:120:89:1:1 chr12 24964383 . T C 1012.33 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0244459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7108;QD=57.8472;RBI=0.0330121;REFB=-0.162134;REVB=0.0221855;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0018998;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:39:30:1:0:39:30:1:0 chr12 24964523 . C T 937.75 PASS AF=0.884615;AO=69;DP=78;FAO=69;FDP=78;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0305248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4368;QD=48.0897;RBI=0.0308051;REFB=-0.0133766;REVB=-0.00414604;RO=9;SAF=25;SAR=44;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044764;STB=0.523803;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0193876;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:9:9:69:69:0.884615:44:25:5:4:44:25:5:4 chr12 24968131 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0606984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.884;QD=9.5698;RBI=0.061194;REFB=-0.00371832;REVB=0.00777244;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237275;STB=0.644803;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00640981;OID=.;OPOS=24968131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:9:6:5:3:9:6 chr12 24968150 . A C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00258772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.578;QD=14.6498;RBI=0.0323292;REFB=-0.00352968;REVB=0.0322255;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615432;STB=0.535664;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00832951;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:12:7:6:8:12:7 chr12 24970708 . G A 308.48 PASS AF=0.32;AO=34;DP=120;FAO=40;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.0290425;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5749;QD=9.87132;RBI=0.122571;REFB=-0.0213248;REVB=-0.119081;RO=61;SAF=13;SAR=21;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315308;STB=0.631512;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0483322;OID=.;OPOS=24970708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:125:61:85:34:40:0.32:21:13:41:20:26:14:46:39 chr12 25054891 . G A 538.68 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0130306;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6155;QD=16.08;RBI=0.01974;REFB=0.0292;REVB=-0.0148281;RO=76;SAF=37;SAR=21;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221485;STB=0.623984;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0368622;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:76:76:58:58:0.432836:21:37:32:44:21:37:32:44 chr12 25148755 . C G 2127.67 PASS AF=0.973333;AO=144;DP=151;FAO=146;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00254812;FXX=0.00662208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.508;QD=56.7378;RBI=0.0185863;REFB=0.00815884;REVB=0.0184108;RO=0;SAF=81;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.25873e-08;STB=0.511903;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=9.35207e-05;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:151:150:0:4:144:146:0.973333:63:81:0:0:64:82:4:0 chr12 25242595 . C G 1486.25 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.01003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0267;QD=58.2841;RBI=0.0354814;REFB=-0.0344246;REVB=0.0340343;RO=1;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998653;STB=0.505262;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000460839;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:100:101:0.990196:47:53:0:1:47:54:0:1 chr12 25243115 . G C 738.71 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424775;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.566;QD=61.5594;RBI=0.0424957;REFB=0;REVB=-0.00124477;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156404;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:44:48:1:29:15:0:0:29:19:0:0 chr12 25261735 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.208;QD=39.2068;RBI=0.0754248;REFB=0;REVB=-0.0692466;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000513524;OID=.;OPOS=25261735;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr12 25343516 . C T 299.57 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5259;QD=52.0995;RBI=0.0577152;REFB=0;REVB=-0.0327539;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643166;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:21:23:1:12:9:0:0:12:11:0:0 chr12 25357574 . CAA C,CGA 1103.4 PASS AF=0.972973,0.027027;AO=70,3;DP=74;FAO=72,2;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37,1;FSAR=35,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290404,-0.0123443;FXX=0.0133316;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=146.07,121.375;QD=59.6433;RBI=0.042587,0.0129874;REFB=0,0;REVB=0.0311498,-0.00403627;RO=0;SAF=36,2;SAR=34,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000520692,-0.00506492;OID=.,.;OPOS=25357575,25357575;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.972973,0.027027:70,3:74:72,2:74:0:37,1:35,1:0:0:5:0:36,2:34,1:0:0 chr12 25357628 . TA T 390.77 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3166;QD=55.8248;RBI=0.0214925;REFB=0;REVB=0.0208923;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000202081;OID=.;OPOS=25357629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:28:28:28:0:12:16:0:0:4:0:11:15:0:0 chr12 25361091 . T C 2894.97 PASS AF=1;AO=182;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791409;FXX=0.0161282;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.046;QD=63.2779;RBI=0.0849973;REFB=0;REVB=0.0310042;RO=0;SAF=83;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110417;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:183:0:0:182:183:1:99:83:0:0:99:84:0:0 chr12 25362217 . A G 1572.48 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.652;QD=62.8993;RBI=0.0302171;REFB=-0.049376;REVB=0.0238723;RO=1;SAF=33;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141557;STB=0.507461;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000126935;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:66:33:1:0:66:33:1:0 chr12 25362465 . G A 393.35 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.055;QD=56.1926;RBI=0.0246876;REFB=0;REVB=0.0209462;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015439;OID=.;OPOS=25362465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:18:7:0:0:20:8:0:0 chr12 25362552 . A C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9596;QD=56.1902;RBI=0.0392244;REFB=0;REVB=-0.0233;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52522e-05;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr12 25368462 . C T 2339.47 PASS AF=0.986667;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0462656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.078;QD=62.3859;RBI=0.0463645;REFB=-0.00645816;REVB=-0.003026;RO=0;SAF=72;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85252e-08;STB=0.50018;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=1.8161e-05;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:150:0:2:148:148:0.986667:76:72:0:0:76:72:1:1 chr12 25671759 . T A 2527.58 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2784;QD=59.4725;RBI=0.148679;REFB=0;REVB=0.146863;RO=0;SAF=71;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00528561;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:170:0:0:161:170:1:90:71:0:0:99:71:0:0 chr12 26217567 . T C 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0210007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.587;QD=12.9223;RBI=0.0217276;REFB=0.00984363;REVB=-0.00557312;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127557;STB=0.573462;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0182895;OID=.;OPOS=26217567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:13:9:18:16:13:9:18:16 chr12 26491838 . G A 1059.68 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.533;QD=59.7001;RBI=0.0640339;REFB=0;REVB=0.0304811;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00642905;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:66:71:1:32:34:0:0:37:34:0:0 chr12 26784850 . G A 959.4 PASS AF=0.581081;AO=85;DP=148;FAO=86;FDP=148;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0229016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.666;QD=25.9298;RBI=0.110517;REFB=-0.0177411;REVB=0.108118;RO=61;SAF=34;SAR=51;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722551;STB=0.544975;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0147987;OID=.;OPOS=26784850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:61:62:85:86:0.581081:51:34:30:31:52:34:31:31 chr12 26809316 . G A 2420.64 PASS AF=1;AO=156;DP=158;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463978;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.496;QD=60.8965;RBI=0.00836969;REFB=0;REVB=0.00696593;RO=0;SAF=67;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14524e-05;OID=.;OPOS=26809316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:159:0:0:156:159:1:89:67:0:0:89:70:0:0 chr12 26810777 . T C 1940.52 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.012;QD=61.1189;RBI=0.0924006;REFB=0;REVB=0.0923806;RO=1;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143777;OID=.;OPOS=26810777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:127:1:0:121:127:1:66:55:0:1:71:56:0:0 chr12 26810816 . T G 1310.04 PASS AF=0.889908;AO=97;DP=109;FAO=97;FDP=109;FR=.;FRO=12;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.00601257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.312;QD=48.0748;RBI=0.0244976;REFB=-0.0723551;REVB=-0.0237482;RO=12;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960933;STB=0.550837;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0326113;OID=.;OPOS=26810816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:109:109:12:12:97:97:0.889908:53:44:0:12:53:44:0:12 chr12 26834804 . T C,TACTC 2154.66 PASS AF=0.0392157,0.934641;AO=6,139;DP=153;FAO=6,143;FDP=153;FR=.;FRO=4;FSAF=6,78;FSAR=0,65;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0133573,-0.00152839;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,4;MLLD=115.937,242.548;QD=56.331;RBI=0.0144605,0.0124188;REFB=-0.00123296,-0.037481;REVB=0.00553966,0.0123244;RO=4;SAF=6,76;SAR=0,63;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.764666,0.00250658;STB=0.997317,0.501247;STBP=0.053,0.889;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0355673,0.00114546;OID=.,.;OPOS=26834804,26834805;OREF=T,-;OALT=C,ACTC;OMAPALT=C,TACTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:153:153:4:4:6,139:6,143:0.0392157,0.934641:0,63:6,76:2:2:0,65:6,78:2:2 chr12 27064232 . C T 2312.65 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000293322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.941;QD=63.7972;RBI=0.00853666;REFB=0;REVB=0.00853162;RO=0;SAF=76;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46301e-06;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:69:76:0:0:69:76:0:0 chr12 27165684 . G A 95.97 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00246603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.554;QD=22.5819;RBI=0.00713467;REFB=-0.0188525;REVB=-0.00669494;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461225;STB=0.526267;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0104598;OID=.;OPOS=27165684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:2:4:8:3:2:4 chr12 27175640 . A G 2718.33 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5949;QD=61.4313;RBI=0.066246;REFB=0;REVB=-0.0602191;RO=1;SAF=84;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531834;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175392;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:174:177:1:0:173:177:1:89:84:0:1:93:84:0:0 chr12 27470866 . G A 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.034;QD=59.8544;RBI=0.0229909;REFB=0;REVB=-0.0215931;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40409e-05;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr12 27627805 . G A 1249.98 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0186557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.462;QD=60.2399;RBI=0.0263142;REFB=-0.0612922;REVB=0.0185581;RO=1;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108864;STB=0.505746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000824546;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:43:39:0:1:43:39:0:1 chr12 27788021 . G A 908.74 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00705932;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7109;QD=56.7964;RBI=0.063329;REFB=-0.115746;REVB=-0.0629344;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000663678;OID=.;OPOS=27788021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:35:28:0:0:35:28:0:1 chr12 27800746 . G T 2589.48 PASS AF=0.988304;AO=169;DP=171;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00896177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1683;QD=60.5727;RBI=0.0378386;REFB=-0.0146912;REVB=0.036762;RO=1;SAF=74;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638816;STB=0.506666;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000320016;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:171:1:2:169:169:0.988304:95:74:1:0:95:74:2:0 chr12 27849795 . CA CG,TG 610.65 PASS AF=0.634146,0.365854;AO=26,15;DP=43;FAO=26,15;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7,5;FSAR=19,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295145,0.0112357;FXX=0.0465008;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=53.6842,181.015;QD=59.5755;RBI=0.0343066,0.0165618;REFB=0,0;REVB=-0.0174882,-0.0121677;RO=0;SAF=7,5;SAR=19,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.63811e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0177476,0.00199514;OID=.,.;OPOS=27849796,27849795;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:43:41:0:0:26,15:26,15:0.634146,0.365854:19,10:7,5:0:0:19,10:7,5:0:0 chr12 27867706 . C T 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00984927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.754;QD=14.1319;RBI=0.0205642;REFB=-0.00984425;REVB=-0.0180521;RO=31;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347277;STB=0.701036;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0165332;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:13:6:20:11:13:6:20:11 chr12 27915718 . A T 331.37 PASS AF=0.385417;AO=36;DP=95;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00377622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.711;QD=13.8069;RBI=0.0338967;REFB=-0.00544153;REVB=-0.0336857;RO=59;SAF=18;SAR=18;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460839;STB=0.53429;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00856609;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:59:59:36:37:0.385417:18:18:32:27:19:18:32:27 chr12 27959201 . G A 483.05 PASS AF=0.361963;AO=58;DP=163;FAO=59;FDP=163;FR=.;FRO=104;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=71;FWDB=0.00611453;FXX=0.00609719;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.944;QD=11.8541;RBI=0.00990751;REFB=-0.0132575;REVB=0.00779559;RO=104;SAF=26;SAR=32;SRF=33;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152516;STB=0.581354;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0217061;OID=.;OPOS=27959201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:104:104:58:59:0.361963:32:26:33:71:33:26:33:71 chr12 28102840 . G A 603.21 PASS AF=0.646341;AO=53;DP=82;FAO=53;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0762022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.141;QD=29.4246;RBI=0.0763868;REFB=-0.0178665;REVB=-0.00530651;RO=29;SAF=18;SAR=35;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766792;STB=0.541671;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0115892;OID=.;OPOS=28102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:29:29:53:53:0.646341:35:18:13:16:35:18:13:16 chr12 28457618 . A C 2959.3 PASS AF=0.994737;AO=187;DP=192;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022469;FXX=0.0104161;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.109;QD=62.3011;RBI=0.0241437;REFB=-0.129717;REVB=0.00883518;RO=2;SAF=81;SAR=106;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00889865;STB=0.502304;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00056819;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:192:190:2:1:187:189:0.994737:106:81:0:2:108:81:0:1 chr12 28605426 . G A 1966.99 PASS AF=1;AO=124;DP=129;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223685;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.969;QD=62.444;RBI=0.0257182;REFB=0;REVB=0.0126916;RO=0;SAF=71;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47213e-05;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:126:0:0:124:126:1:53:71:0:0:55:71:0:0 chr12 28658350 . C T 2140.58 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.628;QD=62.9581;RBI=0.013681;REFB=0;REVB=0.00478345;RO=0;SAF=55;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64223e-06;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:81:55:0:0:81:55:0:0 chr12 29423460 . G A 867.48 PASS AF=0.65812;AO=76;DP=116;FAO=77;FDP=117;FR=.;FRO=40;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0112777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0678;QD=29.6573;RBI=0.0230954;REFB=-0.00108819;REVB=0.0201547;RO=39;SAF=38;SAR=38;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241673;STB=0.510763;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000722258;OID=.;OPOS=29423460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:39:40:76:77:0.65812:38:38:21:18:39:38:21:19 chr12 29604392 . C G 1525.73 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.04;QD=59.8325;RBI=0.0354388;REFB=0;REVB=0.0123132;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65294e-05;OID=.;OPOS=29604392;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:62:40:0:0:62:40:0:0 chr12 29614709 . A G 598.61 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0340933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.673;QD=23.7075;RBI=0.0396738;REFB=-0.0191638;REVB=0.0202893;RO=42;SAF=25;SAR=33;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193136;STB=0.505401;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.01422;OID=.;OPOS=29614709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:43:58:58:0.574257:33:25:18:24:33:25:18:25 chr12 29617550 . G A 1088.28 PASS AF=0.587209;AO=99;DP=170;FAO=101;FDP=172;FR=.;FRO=71;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.00330607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.964;QD=25.3088;RBI=0.00950167;REFB=-0.0201018;REVB=0.00890795;RO=71;SAF=48;SAR=51;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495249;STB=0.530543;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.014321;OID=.;OPOS=29617550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:71:71:99:101:0.587209:51:48:39:32:53:48:39:32 chr12 29628016 . G A 1225.78 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0642193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.254;QD=60.5321;RBI=0.065237;REFB=0;REVB=-0.0114781;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14515e-05;OID=.;OPOS=29628016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:81:0:0:80:81:1:43:37:0:0:43:38:0:0 chr12 29630081 . G A 198.04 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0327182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9619;QD=11.1572;RBI=0.0368012;REFB=-0.00447191;REVB=-0.0168479;RO=46;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223269;STB=0.512955;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00790553;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:12:13:23:23:12:13:23:23 chr12 29630388 . G A 263.15 PASS AF=0.302521;AO=36;DP=119;FAO=36;FDP=119;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0169118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4957;QD=8.84546;RBI=0.0171389;REFB=-0.0155928;REVB=-0.00278047;RO=82;SAF=20;SAR=16;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123395;STB=0.567933;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0545941;OID=.;OPOS=29630388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:82:83:36:36:0.302521:16:20:37:45:16:20:38:45 chr12 29639186 . T C 1361.52 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.217;QD=61.1919;RBI=0.0510204;REFB=-0.00516769;REVB=0.0410741;RO=1;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108931;STB=0.505746;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=8.49433e-05;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:43:45:0:1:43:45:0:1 chr12 29642573 . A C 1383.34 PASS AF=0.968085;AO=82;DP=86;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0573615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.444;QD=58.8654;RBI=0.0660745;REFB=-0.0747715;REVB=-0.0327947;RO=4;SAF=38;SAR=44;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252929;STB=0.51648;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00504601;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:86:94:4:3:82:91:0.968085:44:38:3:1:47:44:3:0 chr12 29648275 . G A 2114.54 PASS AF=0.965035;AO=138;DP=144;FAO=138;FDP=143;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0413632;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.673;QD=59.1481;RBI=0.0512426;REFB=-0.0707919;REVB=0.0302472;RO=5;SAF=62;SAR=76;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167581;STB=0.508821;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00519334;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:144:143:5:5:138:138:0.965035:76:62:1:4:76:62:1:4 chr12 29655637 . C T 317.83 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.041847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8471;QD=15.5041;RBI=0.053141;REFB=-0.0034876;REVB=-0.0327536;RO=46;SAF=9;SAR=26;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599417;STB=0.529655;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00343322;OID=.;OPOS=29655637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:47:35:35:0.426829:26:9:14:32:26:9:14:33 chr12 29736480 . A G 224.47 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00398329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5317;QD=17.6057;RBI=0.0105212;REFB=-0.0011594;REVB=0.00973807;RO=27;SAF=16;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341303;STB=0.692151;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00176318;OID=.;OPOS=29736480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:8:16:8:19:8:16:8:19 chr12 31107955 . G A 848.78 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.37;QD=57.5444;RBI=0.0245502;REFB=0;REVB=-0.0149356;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62082e-06;OID=.;OPOS=31107955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:54:59:1:31:23:0:0:31:28:0:0 chr12 31132532 . G A 408.42 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=127;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0108889;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.764;QD=12.9656;RBI=0.0151991;REFB=-0.00676513;REVB=-0.010604;RO=78;SAF=17;SAR=31;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108271;STB=0.561646;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0107738;OID=.;OPOS=31132532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:78:78:48:48:0.380952:31:17:35:43:31:17:35:43 chr12 31135478 . T C 5160.21 PASS AF=1;AO=326;DP=328;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595051;FXX=0.00303942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4309;QD=62.9294;RBI=0.082548;REFB=-0.0591769;REVB=-0.0572129;RO=0;SAF=165;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127616;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:328:328:0:0:326:328:1:161:165:0:0:162:166:0:0 chr12 31135579 . T C 4601.06 PASS AF=1;AO=288;DP=292;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195271;FXX=0.0136514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.897;QD=63.6824;RBI=0.0220901;REFB=0;REVB=0.0103277;RO=0;SAF=136;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89532e-05;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:292:289:0:0:288:289:1:152:136:0:0:153:136:0:0 chr12 31231210 . A C 1153.3 PASS AF=0.619048;AO=104;DP=168;FAO=104;FDP=168;FR=.;FRO=64;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0119265;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.662;QD=27.4596;RBI=0.0150846;REFB=-0.0144738;REVB=-0.00923602;RO=63;SAF=54;SAR=50;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014307;STB=0.504586;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00839139;OID=.;OPOS=31231210;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:63:64:104:104:0.619048:50:54:34:29:50:54:34:30 chr12 31237700 . G A 1305.26 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013415;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.859;QD=62.1552;RBI=0.0424887;REFB=0;REVB=0.0403154;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100715;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr12 31240862 . A T 1866.84 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=125;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0604581;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0085;QD=60.2208;RBI=0.120353;REFB=-0.0616419;REVB=0.104066;RO=2;SAF=63;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000502831;STB=0.504201;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00125626;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:124:2:1:122:123:0.991935:59:63:1:1:59:64:0:1 chr12 31240925 . A G 3041.07 PASS AF=0.984772;AO=193;DP=197;FAO=194;FDP=197;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00590798;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.741;QD=61.7476;RBI=0.0410577;REFB=-0.111636;REVB=0.0406304;RO=3;SAF=91;SAR=102;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00404087;STB=0.502075;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.000217521;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:197:197:3:3:193:194:0.984772:102:91:1:2:103:91:1:2 chr12 31242399 . T C 3612.72 PASS AF=1;AO=230;DP=231;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131508;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.844;QD=62.83;RBI=0.0166868;REFB=-0.0899826;REVB=-0.0102716;RO=0;SAF=105;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116968;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:231:230:0:0:230:230:1:125:105:0:0:125:105:0:0 chr12 31244748 . G A 485.36 PASS AF=0.381944;AO=55;DP=144;FAO=55;FDP=144;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.0176572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1202;QD=13.4822;RBI=0.0415134;REFB=0.00206094;REVB=0.0375711;RO=88;SAF=27;SAR=28;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715563;STB=0.536818;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00330334;OID=.;OPOS=31244748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:88:89:55:55:0.381944:28:27:49:39:28:27:49:40 chr12 31247682 . T C 219.38 PASS AF=0.178261;AO=40;DP=229;FAO=41;FDP=230;FR=.;FRO=189;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=102;FSRR=87;FWDB=-0.00986342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.064;QD=3.81536;RBI=0.0098635;REFB=-0.0048979;REVB=3.96563e-05;RO=188;SAF=26;SAR=14;SRF=101;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149761;STB=0.601538;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0210378;OID=.;OPOS=31247682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:188:189:40:41:0.178261:14:26:101:87:14:27:102:87 chr12 31249861 . C G 2955.12 PASS AF=0.989583;AO=187;DP=192;FAO=190;FDP=192;FR=.;FRO=2;FSAF=116;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.125008;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0926;QD=61.565;RBI=0.127709;REFB=-0.173041;REVB=0.026127;RO=3;SAF=115;SAR=72;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00164126;STB=0.50121;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0029543;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:192:192:3:2:187:190:0.989583:72:115:2:1:74:116:1:1 chr12 31253995 . C T 1878.16 PASS AF=0.991935;AO=120;DP=123;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0977686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6552;QD=60.5857;RBI=0.0980948;REFB=-0.0646926;REVB=0.00799331;RO=0;SAF=64;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00138785;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:124:0:1:120:123:0.991935:56:64:0:0:56:67:1:0 chr12 31255263 . G A 1848.03 PASS AF=0.97619;AO=123;DP=128;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0643142;FXX=0.0156238;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.911;QD=58.6676;RBI=0.077057;REFB=-0.167234;REVB=0.0424438;RO=2;SAF=62;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00012357;STB=0.503871;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0010144;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:128:126:2:3:123:123:0.97619:61:62:1:1:61:62:2:1 chr12 31256545 . CG AT,CA 447.5 PASS AF=0.125,0.875;AO=4,21;DP=32;FAO=4,28;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=4,11;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.135938,0.019978;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=50.8076,185.407;QD=55.9373;RBI=0.136151,0.0531587;REFB=0,0;REVB=0.00762334,0.0492618;RO=0;SAF=4,4;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.45803e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.15028,0.000383645;OID=.,.;OPOS=31256545,31256546;OREF=CG,G;OALT=AT,A;OMAPALT=AT,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:32:32:0:0:4,21:4,28:0.125,0.875:0,17:4,4:0:0:0,17:4,11:0:0 chr12 31256905 . T C 1598.8 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.058;QD=58.6715;RBI=0.0242276;REFB=-0.00673859;REVB=0.015467;RO=1;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784589;STB=0.504131;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=7.96411e-05;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:60:48:0:1:60:48:0:1 chr12 31267744 . A C 556.22 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.725;QD=60.1315;RBI=0.00524912;REFB=0;REVB=0.00249776;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67617e-05;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:14:23:0:0 chr12 31270076 . A C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0766527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1626;QD=37.4858;RBI=0.127112;REFB=0;REVB=0.1014;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165972;OID=.;OPOS=31270076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr12 31282764 . A AT 235.91 PASS AF=1;AO=3;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310278;FXX=0.0384468;HRUN=6;LEN=1;MLLD=152.391;QD=37.745;RBI=0.152432;REFB=0;REVB=-0.14924;RO=23;SAF=1;SAR=2;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159872;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000835979;OID=.;OPOS=31282765;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:26:25:25:0:6:19:0:0:5:23:1:2:5:18 chr12 31282765 . A T 283.82 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00413656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.555;QD=43.6643;RBI=0.0230529;REFB=-0.0213513;REVB=-0.0226788;RO=3;SAF=5;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035392;STB=0.519214;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00624632;OID=.;OPOS=31282765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:18:5:1:2:18:5:1:2 chr12 31282784 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.375;QD=57.2026;RBI=0.0988578;REFB=0;REVB=0.0600775;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441054;OID=.;OPOS=31282784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:23:6:0:0:24:6:0:0 chr12 31285214 . A G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0190628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.965;QD=15.4097;RBI=0.0204658;REFB=0.00332231;REVB=0.00744687;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278797;STB=0.656144;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00410896;OID=.;OPOS=31285214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:8:26:13:14:8:26 chr12 31291163 . G A 565.52 PASS AF=0.390533;AO=64;DP=167;FAO=66;FDP=169;FR=.;FRO=103;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.0198104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.546;QD=13.3851;RBI=0.0222247;REFB=-0.012384;REVB=-0.0100741;RO=103;SAF=33;SAR=31;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223322;STB=0.521444;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0209696;OID=.;OPOS=31291163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:103:103:64:66:0.390533:31:33:51:52:31:35:51:52 chr12 31297871 . G C 589.88 PASS AF=0.512821;AO=59;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0471113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5661;QD=20.1669;RBI=0.0471213;REFB=0.0112969;REVB=0.00096931;RO=55;SAF=30;SAR=29;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964096;STB=0.555537;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00985296;OID=.;OPOS=31297871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:57:59:60:0.512821:29:30:34:21:30:30:35:22 chr12 31300891 . C A 1151.92 PASS AF=0.630303;AO=103;DP=164;FAO=104;FDP=165;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00679099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.789;QD=27.9252;RBI=0.0163128;REFB=0.000975149;REVB=-0.014832;RO=61;SAF=40;SAR=63;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038942;STB=0.518578;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.000578271;OID=.;OPOS=31300891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:61:61:103:104:0.630303:63:40:27:34:63:41:27:34 chr12 31303173 . G A 183.84 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0610618;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.712;QD=9.67595;RBI=0.0621077;REFB=0.00597934;REVB=-0.0113502;RO=44;SAF=5;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29611;STB=0.73409;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0118863;OID=.;OPOS=31303173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:76:44:52:24:24:0.315789:19:5:19:25:19:5:27:25 chr12 31476941 . CAAGT C 244.08 PASS AF=0.326667;AO=49;DP=156;FAO=49;FDP=150;FR=.;FRO=101;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=0.0187983;FXX=0.0384591;HRUN=2;LEN=4;MLLD=253.903;QD=6.50873;RBI=0.0196199;REFB=-0.0106317;REVB=-0.00561818;RO=102;SAF=18;SAR=31;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147026;STB=0.588133;STBP=0.134;TYPE=del;VARB=0.022316;OID=.;OPOS=31476942;OREF=AAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326667:49:156:49:150:101:18:31:50:51:99:102:18:31:50:52 chr12 31604775 . T C 248.54 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00815079;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.752;QD=16.0348;RBI=0.0177769;REFB=-0.0117989;REVB=-0.0157982;RO=34;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347599;STB=0.519616;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0158305;OID=.;OPOS=31604775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:34:28:28:0.451613:15:13:17:17:15:13:17:17 chr12 31648826 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000850678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.585;QD=57.6807;RBI=0.015997;REFB=0;REVB=0.0159743;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87742e-05;OID=.;OPOS=31648826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr12 31944567 . T G 103.49 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00597202;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.557;QD=15.9216;RBI=0.0087243;REFB=-0.0192248;REVB=0.0063599;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174839;STB=0.574206;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.017971;OID=.;OPOS=31944567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:26:16:14:12:12:0.461538:7:5:4:12:7:5:4:10 chr12 32134207 . C A 429.31 PASS AF=0.552632;AO=41;DP=75;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00536163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.352;QD=22.595;RBI=0.00848716;REFB=0.00574922;REVB=-0.00657912;RO=33;SAF=15;SAR=26;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00193545;STB=0.500664;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00512158;OID=.;OPOS=32134207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:33:34:41:42:0.552632:26:15:12:21:26:16:13:21 chr12 32134240 . C T 1302.03 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.145;QD=62.0016;RBI=0.00909347;REFB=0;REVB=-0.00651008;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40167e-07;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr12 32134638 . T C 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.716;QD=60.606;RBI=0.0131403;REFB=0;REVB=0.00398572;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23057e-05;OID=.;OPOS=32134638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr12 32135186 . T A 651.11 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9613;QD=62.0107;RBI=0.0308028;REFB=0;REVB=0.0259925;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111506;OID=.;OPOS=32135186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr12 32135441 . T C 727.05 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.919;QD=63.2217;RBI=0.0254672;REFB=0;REVB=0.0134858;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41086e-05;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:23:23:0:0 chr12 32136312 . C T 76.34 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0141514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.413;QD=17.9624;RBI=0.015549;REFB=0.0169247;REVB=0.00644284;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057902;STB=0.551615;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.0130166;OID=.;OPOS=32136312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:6:7:9:10:0.588235:2:7:5:1:2:8:5:2 chr12 32136750 . T C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0167213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.681;QD=7.12518;RBI=0.0212952;REFB=0.00350426;REVB=-0.0131864;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793713;STB=0.551576;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00803823;OID=.;OPOS=32136750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:16:18:7:7:0.28:4:3:8:8:4:3:9:9 chr12 32137565 . G A 327.86 PASS AF=0.578947;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0486155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.849;QD=23.008;RBI=0.0521296;REFB=-0.0201727;REVB=0.0188155;RO=24;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812013;STB=0.511175;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0155858;OID=.;OPOS=32137565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:24:32:33:0.578947:17:15:11:13:17:16:11:13 chr12 32137852 . C G 311.49 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0168178;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.798;QD=18.8779;RBI=0.0179952;REFB=-0.0192816;REVB=0.00640198;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214895;STB=0.619494;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0170779;OID=.;OPOS=32137852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:33:33:33:0.5:19:14:22:11:19:14:22:11 chr12 32146053 . C G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0759869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9843;QD=16.4544;RBI=0.0868064;REFB=0.0406915;REVB=0.0419684;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248791;STB=0.642482;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.0171283;OID=.;OPOS=32146053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:0:4:5:1:0:4 chr12 32260876 . G C 227.14 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0142412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.111;QD=11.3567;RBI=0.0833277;REFB=0.0143047;REVB=-0.0821017;RO=52;SAF=14;SAR=14;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864197;STB=0.549965;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.0185665;OID=.;OPOS=32260876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:14:14:30:22:14:14:30:22 chr12 32261239 . A G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0153262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.297;QD=21.8421;RBI=0.0172957;REFB=-0.0315487;REVB=0.00801558;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418591;STB=0.749058;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.014917;OID=.;OPOS=32261239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:2:0:5:1:2:0 chr12 32261252 . A C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00830745;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.173;QD=16.4547;RBI=0.0170824;REFB=-0.00945608;REVB=-0.0149263;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297985;STB=0.681121;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00391177;OID=.;OPOS=32261252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:2:2:5:1:2:2 chr12 32261419 . G A 235.13 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0168889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0111;QD=25.4196;RBI=0.0643327;REFB=-0.00179169;REVB=-0.0620763;RO=15;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128189;STB=0.571362;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000985556;OID=.;OPOS=32261419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:8:14:7:8:8:14:7:8 chr12 32261435 . A G 321.99 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00193861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.974;QD=27.9993;RBI=0.0245267;REFB=-0.0113467;REVB=0.02445;RO=18;SAF=17;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1175;STB=0.564827;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0117026;OID=.;OPOS=32261435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:11:17:8:10:11:17:8:10 chr12 32481093 . G C 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.439;QD=63.8864;RBI=0.0143844;REFB=0;REVB=-0.0141095;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23545e-05;OID=.;OPOS=32481093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr12 32943927 . C T 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0130718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.118;QD=61.8144;RBI=0.0137462;REFB=-0.0330899;REVB=0.00425266;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017757;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00108415;OID=.;OPOS=32943927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:26:23:0:1:26:23:0:1 chr12 38710819 . C T 1488.24 PASS AF=0.462462;AO=153;DP=333;FAO=154;FDP=333;FR=.;FRO=179;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=91;FSRR=88;FWDB=0.0356861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1306;QD=17.8768;RBI=0.0479509;REFB=0.0151024;REVB=0.0320279;RO=179;SAF=72;SAR=81;SRF=91;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369489;STB=0.521984;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0183976;OID=.;OPOS=38710819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:179:179:153:154:0.462462:81:72:91:88:82:72:91:88 chr12 38712142 . C G 3597.82 PASS AF=1;AO=228;DP=229;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206424;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.604;QD=63.1196;RBI=0.0211902;REFB=0;REVB=-0.00478719;RO=0;SAF=97;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33571e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09813e-06;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:229:228:0:0:228:228:1:131:97:0:0:131:97:0:0 chr12 39266792 . A T 46.0 PASS AF=0.0900901;AO=12;DP=117;FAO=10;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.00593834;FXX=0.0512777;HRUN=6;LEN=1;MLLD=88.7082;QD=1.65779;RBI=0.0326595;REFB=-0.00192699;REVB=-0.0321151;RO=87;SAF=8;SAR=4;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301481;STB=0.656633;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.156665;OID=.;OPOS=39266792;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:117:111:87:97:12:10:0.0900901:4:8:36:51:4:6:41:56 chr12 39713775 . GC CG,GA 446.03 PASS AF=0,0.325843;AO=9,50;DP=179;FAO=0,58;FDP=178;FR=.;FRO=120;FSAF=0,27;FSAR=0,31;FSRF=44;FSRR=76;FWDB=-0.0388475,-0.00998152;FXX=0.0273209;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=68.8271,88.7157;QD=10.0231;RBI=0.044779,0.0195705;REFB=-0.0112259,-0.0178276;REVB=-0.0222717,-0.0168337;RO=106;SAF=0,24;SAR=9,26;SRF=44;SRR=62;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.546808,0.0766715;STB=0.5,0.567561;STBP=1,0.223;TYPE=mnp,snp;VARB=0.173278,0.0333199;OID=.,.;OPOS=39713775,39713776;OREF=GC,C;OALT=CG,A;OMAPALT=CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:179:178:106:120:9,50:0,58:0,0.325843:9,26:0,24:44:62:0,31:0,27:44:76 chr12 40085906 . A T 627.64 PASS AF=0.448276;AO=65;DP=145;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.00772967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.998;QD=17.3142;RBI=0.00849415;REFB=-0.0115614;REVB=-0.00352176;RO=78;SAF=34;SAR=31;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352094;STB=0.519629;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0227101;OID=.;OPOS=40085906;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:78:80:65:65:0.448276:31:34:38:40:31:34:39:41 chr12 40148895 . TA T,TT 461.46 PASS AF=0.204819,0.650602;AO=10,36;DP=75;FAO=17,54;FDP=83;FR=.;FRO=12;FSAF=8,20;FSAR=9,34;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00516279,0.208013;FXX=0.0978155;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.74443,11.7558;QD=22.2391;RBI=0.0352732,0.219405;REFB=0.0684351,0.0161096;REVB=0.0348933,0.069777;RO=11;SAF=10,3;SAR=0,33;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.81387,-0.287613;STB=0.546504,0.540621;STBP=0.567,0.181;TYPE=del,snp;VARB=0.00394272,0.0905947;OID=.,.;OPOS=40148896,40148896;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.204819,0.650602:10,36:75:17,54:83:12:8,20:9,34:7:5:21:11:10,3:0,33:4:7 chr12 40152900 . G A 1632.69 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000720135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.571;QD=59.9152;RBI=0.00623101;REFB=0;REVB=0.00618925;RO=0;SAF=38;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98932e-06;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:71:38:0:0:71:38:0:0 chr12 40619082 . G A 2353.99 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00698614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.603;QD=63.1943;RBI=0.0517824;REFB=0.0501526;REVB=-0.051309;RO=1;SAF=74;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638408;STB=0.503355;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.000434759;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:149:1:1:148:148:0.993289:74:74:0:1:74:74:0:1 chr12 40631791 . T C 672.18 PASS AF=0.565217;AO=64;DP=115;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0234784;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.124;QD=23.3802;RBI=0.0422432;REFB=-0.00711715;REVB=0.0351177;RO=50;SAF=35;SAR=29;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021695;STB=0.514836;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00579369;OID=.;OPOS=40631791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:50:64:65:0.565217:29:35:26:24:29:36:26:24 chr12 40645257 . C A 862.32 PASS AF=0.576642;AO=79;DP=137;FAO=79;FDP=137;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0047003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.784;QD=25.1771;RBI=0.00471965;REFB=-0.0151518;REVB=0.00042699;RO=58;SAF=34;SAR=45;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814803;STB=0.544377;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00888722;OID=.;OPOS=40645257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:58:58:79:79:0.576642:45:34:31:27:45:34:31:27 chr12 40657700 . C G 307.82 PASS AF=0.375;AO=38;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.00956322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.857;QD=11.8393;RBI=0.00977835;REFB=-0.00564779;REVB=-0.00203982;RO=65;SAF=14;SAR=24;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190633;STB=0.517232;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0120633;OID=.;OPOS=40657700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:38:39:0.375:24:14:25:40:25:14:25:40 chr12 40702911 . G A 550.16 PASS AF=0.290076;AO=74;DP=260;FAO=76;FDP=262;FR=.;FRO=186;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=79;FSRR=107;FWDB=1.89467e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.122;QD=8.39945;RBI=0.00960251;REFB=9.32452e-05;REVB=0.00960249;RO=179;SAF=31;SAR=43;SRF=72;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020881;STB=0.502675;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.000233792;OID=.;OPOS=40702911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:262:179:186:74:76:0.290076:43:31:72:107:44:32:79:107 chr12 40702987 . G A 567.93 PASS AF=0.309623;AO=72;DP=236;FAO=74;FDP=239;FR=.;FRO=165;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=78;FSRR=87;FWDB=0.0805697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4485;QD=9.50517;RBI=0.0807545;REFB=0.00382118;REVB=0.00546087;RO=164;SAF=35;SAR=37;SRF=78;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125937;STB=0.509508;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00950877;OID=.;OPOS=40702987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:239:164:165:72:74:0.309623:37:35:78:86:38:36:78:87 chr12 40713834 . C A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0075795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.921;QD=57.177;RBI=0.00879926;REFB=0;REVB=-0.00446968;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26463e-05;OID=.;OPOS=40713834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr12 40713873 . A G 765.27 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0017389;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=310.638;QD=51.8829;RBI=0.00573016;REFB=-0.0107401;REVB=-0.00545994;RO=1;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020948;STB=0.514497;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=8.97184e-06;OID=.;OPOS=40713873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:1:3:56:56:0.949153:22:34:0:1:22:34:1:2 chr12 40713901 . T A 310.37 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0339828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2191;QD=21.4048;RBI=0.0360106;REFB=-0.0374916;REVB=0.0119136;RO=26;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437929;STB=0.524214;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0229577;OID=.;OPOS=40713901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:14:18:16:10:14:18:16:10 chr12 40716260 . T C 2663.41 PASS AF=0.988636;AO=172;DP=175;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0828248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7925;QD=60.532;RBI=0.110866;REFB=-0.0884946;REVB=0.0736982;RO=1;SAF=65;SAR=107;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442791;STB=0.504545;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00132701;OID=.;OPOS=40716260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:175:176:1:2:172:174:0.988636:107:65:0:1:109:65:0:2 chr12 40742254 . G A 266.09 PASS AF=0.397436;AO=29;DP=76;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00472631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.519;QD=13.6455;RBI=0.00472705;REFB=-0.00738222;REVB=-8.37231e-05;RO=46;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17006;STB=0.586957;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0101243;OID=.;OPOS=40742254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:46:47:29:31:0.397436:15:14:15:31:16:15:16:31 chr12 40758652 . T C 1324.3 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701777;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.452;QD=62.3199;RBI=0.00709279;REFB=0;REVB=0.00102885;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30339e-06;OID=.;OPOS=40758652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr12 40805948 . G C 235.97 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0465535;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.644;QD=24.8393;RBI=0.0465681;REFB=-0.0140311;REVB=-0.00116544;RO=16;SAF=5;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864358;STB=0.548341;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0106008;OID=.;OPOS=40805948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:16:16:22:22:0.578947:17:5:5:11:17:5:5:11 chr12 40820208 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.794;QD=57.7121;RBI=0.0235918;REFB=0;REVB=-0.00687933;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36912e-05;OID=.;OPOS=40820208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr12 40821176 . G A 1507.6 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121545;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5962;QD=58.5476;RBI=0.0251942;REFB=-0.0589983;REVB=-0.0220684;RO=1;SAF=62;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759185;STB=0.503999;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000419685;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:40:62:1:0:40:62:1:0 chr12 40821867 . G A 1201.47 PASS AF=0.517544;AO=116;DP=229;FAO=118;FDP=228;FR=.;FRO=110;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=40;FSRR=70;FWDB=0.0145348;FXX=0.0129865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.175;QD=21.0784;RBI=0.0289367;REFB=-0.0210224;REVB=0.0250214;RO=109;SAF=56;SAR=60;SRF=39;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111325;STB=0.561838;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.018729;OID=.;OPOS=40821867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:109:110:116:118:0.517544:60:56:39:70:60:58:40:70 chr12 40832126 . C T 1516.76 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375555;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.625;QD=59.4808;RBI=0.0378922;REFB=0;REVB=-0.00504028;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892784;OID=.;OPOS=40832126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:52:49:0:0:52:50:0:0 chr12 40832161 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.52;QD=61.0492;RBI=0.052251;REFB=0;REVB=0.00443591;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78629e-05;OID=.;OPOS=40832161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr12 40834376 . C G 1541.44 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.27;QD=59.8618;RBI=0.0241554;REFB=0;REVB=0.0231293;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53735e-05;OID=.;OPOS=40834376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:100:103:1:57:43:0:0:58:45:0:0 chr12 40834955 . C A,T 3372.26 PASS AF=0.959821,0.03125;AO=212,9;DP=222;FAO=215,7;FDP=224;FR=.;FRO=2;FSAF=108,7;FSAR=107,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00356431,0.00117241;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.803,144.822;QD=60.219;RBI=0.0606041,0.00656409;REFB=-0.13548,-0.162661;REVB=0.0604992,0.00645854;RO=0;SAF=106,9;SAR=106,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.500021,0.997414;STBP=0.863,0.103;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0031238,0.0639827;OID=.,.;OPOS=40834955,40834955;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:222:224:0:2:212,9:215,7:0.959821,0.03125:106,0:106,9:0:0:107,0:108,7:1:1 chr12 40835734 . C G 2372.95 PASS AF=1;AO=153;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550388;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8331;QD=60.4573;RBI=0.0593712;REFB=0;REVB=0.0222636;RO=0;SAF=66;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67317e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214521;OID=.;OPOS=40835734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:153:157:1:87:66:0:0:87:70:0:0 chr12 40838216 . T C 2945.7 PASS AF=0.994737;AO=187;DP=191;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0660432;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1396;QD=62.0147;RBI=0.0943685;REFB=-0.0771429;REVB=0.067407;RO=3;SAF=88;SAR=99;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591217;STB=0.502512;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000949858;OID=.;OPOS=40838216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:191:190:3:1:187:189:0.994737:99:88:2:1:99:90:0:1 chr12 40840325 . T C 2884.41 PASS AF=1;AO=181;DP=182;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.609;QD=63.0472;RBI=0.0571517;REFB=0;REVB=-0.0492064;RO=0;SAF=72;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60156e-05;OID=.;OPOS=40840325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:183:0:0:181:183:1:109:72:0:0:110:73:0:0 chr12 40841938 . G T 1774.41 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.874;QD=60.6635;RBI=0.020584;REFB=0;REVB=0.018485;RO=0;SAF=70;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18273e-05;OID=.;OPOS=40841938;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:46:70:0:0:46:71:0:0 chr12 40857943 . A C 1403.1 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0235483;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.932;QD=55.0236;RBI=0.0307763;REFB=0.0939917;REVB=0.0198155;RO=4;SAF=46;SAR=52;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00228272;STB=0.501205;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.000589719;OID=.;OPOS=40857943;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:103:102:4:4:98:98:0.960784:52:46:2:2:52:46:2:2 chr12 40930709 . G C 868.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0167;QD=57.8814;RBI=0.0266236;REFB=0;REVB=-0.0165295;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177212;OID=.;OPOS=40930709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:21:38:0:0:22:38:0:0 chr12 40931655 . G A 1694.21 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.648;QD=60.5074;RBI=0.0576157;REFB=0;REVB=-0.00307296;RO=0;SAF=36;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03574e-05;OID=.;OPOS=40931655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:110:112:1:74:36:0:0:76:36:0:0 chr12 40932661 . G A 1568.45 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.025;QD=64.0183;RBI=0.0263592;REFB=0;REVB=0.00456097;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33994e-05;OID=.;OPOS=40932661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:58:40:0:0:58:40:0:0 chr12 40935445 . C T 403.22 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00757041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.55;QD=24.8133;RBI=0.0111847;REFB=-0.00955746;REVB=-0.00823328;RO=26;SAF=14;SAR=25;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163736;STB=0.589863;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00582818;OID=.;OPOS=40935445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:25:14:15:11:25:14:15:11 chr12 40943970 . G A 1605.96 PASS AF=0.948718;AO=111;DP=117;FAO=111;FDP=117;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0118787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.391;QD=54.9046;RBI=0.0131595;REFB=-0.0334943;REVB=-0.00566302;RO=6;SAF=57;SAR=54;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00131435;STB=0.500693;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0029322;OID=.;OPOS=40943970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:117:117:6:6:111:111:0.948718:54:57:3:3:54:57:3:3 chr12 40951596 . A G 1951.46 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230432;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.331;QD=61.9511;RBI=0.0857683;REFB=0;REVB=0.0857373;RO=0;SAF=83;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50073e-05;OID=.;OPOS=40951596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:125:126:1:42:83:0:0:43:83:0:0 chr12 40951605 . G A 2081.02 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.428;QD=62.5872;RBI=0.0130967;REFB=0;REVB=0.0127179;RO=0;SAF=87;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23783e-06;OID=.;OPOS=40951605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:45:87:0:0:45:88:0:0 chr12 40951950 . G A 1116.85 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9657;QD=60.3705;RBI=0.0327293;REFB=0;REVB=-0.0157802;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4027e-05;OID=.;OPOS=40951950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr12 41900463 . G A 870.28 PASS AF=0.589552;AO=78;DP=134;FAO=79;FDP=134;FR=.;FRO=55;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00334317;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9295;QD=25.9786;RBI=0.00436696;REFB=0.00797455;REVB=-0.00280954;RO=54;SAF=45;SAR=33;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219478;STB=0.500194;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00618418;OID=.;OPOS=41900463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:54:55:78:79:0.589552:33:45:31:23:33:46:32:23 chr12 41967677 . G A 557.07 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.017676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.593;QD=20.2571;RBI=0.0181285;REFB=-0.00543404;REVB=-0.00402539;RO=52;SAF=20;SAR=37;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135223;STB=0.579831;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00787018;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:52:53:57:57:0.518182:37:20:26:26:37:20:27:26 chr12 42481545 . T C 516.13 PASS AF=0.585366;AO=47;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00882714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.218;QD=25.1768;RBI=0.0659304;REFB=-0.0120767;REVB=0.0653368;RO=35;SAF=30;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101163;STB=0.541384;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0112658;OID=.;OPOS=42481545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:34:47:48:0.585366:17:30:18:17:18:30:18:16 chr12 42503467 . T C 740.66 PASS AF=0.507042;AO=72;DP=143;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=0.0289904;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.55;QD=20.8636;RBI=0.0296537;REFB=0.0141037;REVB=-0.00623702;RO=69;SAF=29;SAR=43;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790762;STB=0.538578;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0129782;OID=.;OPOS=42503467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:69:70:72:72:0.507042:43:29:22:47:43:29:23:47 chr12 42512830 . T A 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00686729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.615;QD=3.0732;RBI=0.00753741;REFB=-0.000143561;REVB=-0.00310691;RO=37;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376799;STB=0.781582;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000630306;OID=.;OPOS=42512830;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:1:5:20:17:1:5:20:17 chr12 42512844 . A C 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0850097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3856;QD=3.29623;RBI=0.0855547;REFB=0.00586767;REVB=0.00964179;RO=42;SAF=6;SAR=1;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412524;STB=0.804401;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0378044;OID=.;OPOS=42512844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:1:6:23:19:1:6:23:19 chr12 42512910 . T A 36.44 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0112894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7268;QD=2.0244;RBI=0.0455295;REFB=-0.0101326;REVB=0.0441076;RO=64;SAF=7;SAR=1;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485159;STB=0.867855;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.025228;OID=.;OPOS=42512910;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:64:64:8:8:0.111111:1:7:30:34:1:7:30:34 chr12 42554505 . A G 201.98 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0550473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4876;QD=12.0587;RBI=0.0573589;REFB=-0.00298654;REVB=-0.0161195;RO=41;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553583;STB=0.542518;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00331389;OID=.;OPOS=42554505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:17:8:15:26:17:8:16:26 chr12 42599696 . T A 293.11 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.032301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.605;QD=21.3172;RBI=0.0330653;REFB=-0.0197656;REVB=0.00706806;RO=25;SAF=22;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352272;STB=0.670618;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0160677;OID=.;OPOS=42599696;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:24:30:31:0.563636:8:22:8:17:9:22:8:16 chr12 42629550 . T C 666.47 PASS AF=0.605769;AO=62;DP=103;FAO=63;FDP=104;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0209993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.925;QD=25.6335;RBI=0.0221364;REFB=-0.0218544;REVB=0.00700343;RO=41;SAF=26;SAR=36;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032879;STB=0.513962;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0164947;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:41:41:62:63:0.605769:36:26:19:22:36:27:19:22 chr12 42636124 . A G 528.48 PASS AF=0.576471;AO=49;DP=85;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00757057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.09;QD=24.8697;RBI=0.0182091;REFB=-0.0208428;REVB=0.0165608;RO=36;SAF=22;SAR=27;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472381;STB=0.525843;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0159257;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:36:49:49:0.576471:27:22:14:22:27:22:14:22 chr12 42839836 . A C 4645.27 PASS AF=1;AO=288;DP=290;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=177;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6186;QD=62.9866;RBI=0.0480402;REFB=0;REVB=0.010259;RO=1;SAF=174;SAR=114;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00416478;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:290:295:1:0:288:295:1:114:174:0:1:118:177:0:0 chr12 42853520 . A G 502.49 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.00156612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.827;QD=24.8144;RBI=0.00161135;REFB=-0.00309167;REVB=-0.000379076;RO=34;SAF=28;SAR=19;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25006;STB=0.636636;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00305686;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:19:28:9:25:19:28:9:25 chr12 42854205 . A G 671.01 PASS AF=0.425287;AO=74;DP=173;FAO=74;FDP=174;FR=.;FRO=100;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.013894;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.382;QD=15.4255;RBI=0.0212838;REFB=-0.00867942;REVB=0.0161232;RO=99;SAF=40;SAR=34;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261129;STB=0.517613;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0188923;OID=.;OPOS=42854205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:99:100:74:74:0.425287:34:40:51:48:34:40:51:49 chr12 42854208 . A G 683.61 PASS AF=0.428571;AO=75;DP=175;FAO=75;FDP=175;FR=.;FRO=100;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=-0.00495505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.866;QD=15.6253;RBI=0.0148906;REFB=-0.0132771;REVB=0.014042;RO=100;SAF=40;SAR=35;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239353;STB=0.513365;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0157097;OID=.;OPOS=42854208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:100:100:75:75:0.428571:35:40:51:49:35:40:51:49 chr12 43860526 . A G 1401.58 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.058;QD=61.6079;RBI=0.012451;REFB=0;REVB=-0.00850163;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87161e-06;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:91:0:0:87:91:1:52:35:0:0:53:38:0:0 chr12 45269284 . C T 339.37 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0197265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2261;QD=11.6024;RBI=0.0266629;REFB=0.00584179;REVB=-0.0179381;RO=75;SAF=17;SAR=25;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706703;STB=0.540521;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00796147;OID=.;OPOS=45269284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:75:75:42:42:0.358974:25:17:35:40:25:17:35:40 chr12 45307633 . T C 1005.83 PASS AF=0.495192;AO=103;DP=208;FAO=103;FDP=208;FR=.;FRO=105;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=0.0169246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.384;QD=19.3429;RBI=0.0177435;REFB=-0.0104608;REVB=0.00532827;RO=104;SAF=41;SAR=62;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507481;STB=0.525824;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00760556;OID=.;OPOS=45307633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:104:105:103:103:0.495192:62:41:47:57:62:41:47:58 chr12 45410075 . A G 2197.26 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132677;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.172;QD=62.3336;RBI=0.0358032;REFB=0;REVB=0.0332541;RO=0;SAF=66;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520334;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:141:0:0:134:141:1:68:66:0:0:70:71:0:0 chr12 45410288 . C T 734.11 PASS AF=0.393519;AO=85;DP=214;FAO=85;FDP=216;FR=.;FRO=131;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=62;FSRR=69;FWDB=-0.00330615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.911;QD=13.5946;RBI=0.0250329;REFB=-0.00338089;REVB=-0.0248137;RO=129;SAF=41;SAR=44;SRF=62;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00186096;STB=0.505509;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00597574;OID=.;OPOS=45410288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:216:129:131:85:85:0.393519:44:41:62:67:44:41:62:69 chr12 45417666 . T C 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00244289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.149;QD=56.4877;RBI=0.01635;REFB=-0.111557;REVB=0.0161665;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022817;STB=0.512188;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00152505;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:0:1:20:15:0:1 chr12 45444516 . G A 619.48 PASS AF=0.576923;AO=60;DP=104;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00889873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.347;QD=23.826;RBI=0.0172155;REFB=-0.0215715;REVB=0.0147373;RO=44;SAF=15;SAR=45;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130178;STB=0.571403;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0149963;OID=.;OPOS=45444516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:44:44:60:60:0.576923:45:15:17:27:45:15:17:27 chr12 45566976 . T C 1794.74 PASS AF=0.652361;AO=150;DP=237;FAO=152;FDP=233;FR=.;FRO=81;FSAF=106;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.00240511;FXX=0.0291655;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.474;QD=30.811;RBI=0.0296988;REFB=0.00212555;REVB=0.0296013;RO=80;SAF=104;SAR=46;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203641;STB=0.609106;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000851564;OID=.;OPOS=45566976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:233:80:81:150:152:0.652361:46:104:32:48:46:106:33:48 chr12 45610529 . C G 1911.0 PASS AF=0.480392;AO=196;DP=408;FAO=196;FDP=408;FR=.;FRO=212;FSAF=135;FSAR=61;FSRF=113;FSRR=99;FWDB=-0.0220038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.1;QD=18.7353;RBI=0.04057;REFB=-0.0109188;REVB=-0.0340846;RO=206;SAF=135;SAR=61;SRF=110;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157058;STB=0.588098;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00943581;OID=.;OPOS=45610529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:408:206:212:196:196:0.480392:61:135:110:96:61:135:113:99 chr12 45824840 . A T 416.61 PASS AF=0.344828;AO=50;DP=145;FAO=50;FDP=145;FR=.;FRO=95;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.0131316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2554;QD=11.4927;RBI=0.0223896;REFB=-0.00746588;REVB=0.0181343;RO=95;SAF=21;SAR=29;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145224;STB=0.583323;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0145761;OID=.;OPOS=45824840;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:95:95:50:50:0.344828:29:21:52:43:29:21:52:43 chr12 45825730 . C G 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0247721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.421;QD=12.8974;RBI=0.0271812;REFB=0.0105121;REVB=-0.0111875;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647654;STB=0.537772;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0164744;OID=.;OPOS=45825730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:21:9:6:11:21:9 chr12 46321514 . A T 817.59 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.627;QD=57.375;RBI=0.0108567;REFB=0;REVB=-0.00112627;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84818e-05;OID=.;OPOS=46321514;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr12 46322449 . C T 705.61 PASS AF=0.605505;AO=66;DP=109;FAO=66;FDP=109;FR=.;FRO=43;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0206222;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.292;QD=25.8938;RBI=0.0266383;REFB=-0.00109257;REVB=-0.0168619;RO=43;SAF=38;SAR=28;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301937;STB=0.516416;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.000770855;OID=.;OPOS=46322449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:43:43:66:66:0.605505:28:38:23:20:28:38:23:20 chr12 46367939 . G T 1134.06 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00180721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.851;QD=60.483;RBI=0.0232275;REFB=0;REVB=0.0231571;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16302e-05;OID=.;OPOS=46367939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:41:33:0:0:41:34:0:0 chr12 46385815 . C T 935.58 PASS AF=0.370861;AO=112;DP=303;FAO=112;FDP=302;FR=.;FRO=190;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=94;FSRR=96;FWDB=0.048513;FXX=0.00330022;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0334;QD=12.3918;RBI=0.0604556;REFB=-0.0165649;REVB=0.0360745;RO=187;SAF=60;SAR=52;SRF=92;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048522;STB=0.525813;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.034834;OID=.;OPOS=46385815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:302:187:190:112:112:0.370861:52:60:92:95:52:60:94:96 chr12 47168898 . G A 2161.49 PASS AF=0.972222;AO=140;DP=144;FAO=140;FDP=144;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0343259;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.575;QD=60.0414;RBI=0.0442613;REFB=-0.0261369;REVB=0.0279427;RO=3;SAF=69;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636288;STB=0.500198;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.000115518;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:144:144:3:4:140:140:0.972222:71:69:1:2:71:69:2:2 chr12 47470223 . T A,TTACTA 1211.78 PASS AF=0.0853659,0.914634;AO=8,66;DP=87;FAO=7,75;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=5,33;FSAR=2,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118464,-0.000981788;FXX=0.0120467;HRUN=3,3;LEN=1,5;MLLD=150.726,274.316;QD=59.1111;RBI=0.0133386,0.00665903;REFB=0,0;REVB=0.00613047,0.00658626;RO=6;SAF=6,26;SAR=2,40;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0771948,-0.0443576;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0326227,0.000568499;OID=.,.;OPOS=47470223,47470224;OREF=T,-;OALT=A,TACTA;OMAPALT=A,TTACTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:87:82:6:0:8,66:7,75:0.0853659,0.914634:2,40:6,26:4:2:2,42:5,33:0:0 chr12 47581629 . T C 953.29 PASS AF=0.546512;AO=85;DP=166;FAO=94;FDP=172;FR=.;FRO=78;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0264671;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.653;QD=22.1696;RBI=0.0274299;REFB=-0.0201092;REVB=-0.00720363;RO=78;SAF=47;SAR=38;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576321;STB=0.515467;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0162562;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:172:78:78:85:94:0.546512:38:47:38:40:45:49:38:40 chr12 47629368 . G T 2481.33 PASS AF=0.56927;AO=226;DP=397;FAO=226;FDP=397;FR=.;FRO=171;FSAF=109;FSAR=117;FSRF=77;FSRR=94;FWDB=0.00258187;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.212;QD=25.0008;RBI=0.00375308;REFB=-0.00290346;REVB=-0.00272389;RO=171;SAF=109;SAR=117;SRF=77;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255096;STB=0.513817;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00213231;OID=.;OPOS=47629368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:397:171:171:226:226:0.56927:117:109:77:94:117:109:77:94 chr12 47740069 . C A 3665.89 PASS AF=1;AO=231;DP=231;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.328;QD=63.205;RBI=0.0315423;REFB=0;REVB=0.0195501;RO=0;SAF=104;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51958e-05;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:232:0:0:231:232:1:127:104:0:0:128:104:0:0 chr12 47758032 . A G 175.39 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.554;QD=46.7698;RBI=0.00979273;REFB=0;REVB=0.00811236;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84305e-05;OID=.;OPOS=47758032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:13:1:0:0:14:1:0:0 chr12 48134695 . T C 351.13 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0799642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2895;QD=13.0047;RBI=0.0805;REFB=0.0175778;REVB=0.00927168;RO=64;SAF=26;SAR=16;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178115;STB=0.592449;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0337184;OID=.;OPOS=48134695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:66:42:42:0.388889:16:26:29:35:16:26:31:35 chr12 48144925 . T C 3431.45 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.098;QD=62.3901;RBI=0.0482548;REFB=0;REVB=0.0435231;RO=0;SAF=108;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99911e-05;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:213:220:0:0:212:220:1:104:108:0:0:105:115:0:0 chr12 48151822 . C G 958.53 PASS AF=0.312655;AO=126;DP=410;FAO=126;FDP=403;FR=.;FRO=277;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=125;FSRR=152;FWDB=0.118593;FXX=0.0170728;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3581;QD=9.51399;RBI=0.121898;REFB=0.00185438;REVB=0.0281933;RO=284;SAF=53;SAR=73;SRF=132;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537759;STB=0.521446;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00385027;OID=.;OPOS=48151822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:403:284:277:126:126:0.312655:73:53:132:152:73:53:125:152 chr12 48176792 . C T 1931.38 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7132;QD=61.8041;RBI=0.0591729;REFB=0;REVB=0.0590612;RO=0;SAF=47;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260608;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:122:125:1:75:47:0:0:75:50:0:0 chr12 48176900 . T G 866.89 PASS AF=0.866667;AO=67;DP=75;FAO=65;FDP=75;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00299474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3282;QD=46.234;RBI=0.0674526;REFB=-0.0162041;REVB=-0.0673861;RO=8;SAF=30;SAR=37;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403242;STB=0.519794;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0105997;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:8:10:67:65:0.866667:37:30:2:6:36:29:3:7 chr12 48177170 . C G 753.98 PASS AF=0.603448;AO=71;DP=117;FAO=70;FDP=116;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0122549;FXX=0.00854628;HRUN=6;LEN=1;MLLD=282.263;QD=25.9993;RBI=0.0140952;REFB=-0.00751045;REVB=-0.00696368;RO=41;SAF=23;SAR=48;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680475;STB=0.536986;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00385066;OID=.;OPOS=48177170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:41:46:71:70:0.603448:48:23:17:24:47:23:19:27 chr12 48177238 . A G 3389.16 PASS AF=1;AO=205;DP=205;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.577;QD=62.1863;RBI=0.0228762;REFB=0;REVB=0.0187946;RO=0;SAF=81;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13077e-06;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:205:218:0:0:205:218:1:124:81:0:0:136:82:0:0 chr12 48188569 . G A 1656.8 PASS AF=0.395789;AO=188;DP=475;FAO=188;FDP=475;FR=.;FRO=287;FSAF=102;FSAR=86;FSRF=145;FSRR=142;FWDB=-0.00866324;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.838;QD=13.952;RBI=0.0100913;REFB=-0.0123418;REVB=0.00517528;RO=286;SAF=102;SAR=86;SRF=145;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384802;STB=0.522628;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0195273;OID=.;OPOS=48188569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:475:475:286:287:188:188:0.395789:86:102:145:141:86:102:145:142 chr12 48238682 . G A 783.47 PASS AF=0.579365;AO=73;DP=127;FAO=73;FDP=126;FR=.;FRO=53;FSAF=54;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.00579247;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.499;QD=24.8722;RBI=0.00586394;REFB=-0.0118396;REVB=0.000912754;RO=51;SAF=54;SAR=19;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326055;STB=0.512273;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00850373;OID=.;OPOS=48238682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:51:53:73:73:0.579365:19:54:36:15:19:54:38:15 chr12 48272895 . A G 2893.34 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015397;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.619;QD=63.2423;RBI=0.0190286;REFB=0;REVB=0.0111812;RO=0;SAF=110;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21107e-05;OID=.;OPOS=48272895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:182:183:1:72:110:0:0:73:110:0:0 chr12 48359984 . C T 600.76 PASS AF=0.362245;AO=71;DP=195;FAO=71;FDP=196;FR=.;FRO=125;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=76;FWDB=0.0142049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1645;QD=12.2605;RBI=0.0307125;REFB=-0.00245287;REVB=0.0272301;RO=124;SAF=36;SAR=35;SRF=49;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125262;STB=0.573212;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00551874;OID=.;OPOS=48359984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:124:125:71:71:0.362245:35:36:49:75:35:36:49:76 chr12 48367976 . C T 708.68 PASS AF=0.432584;AO=77;DP=178;FAO=77;FDP=178;FR=.;FRO=101;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=-0.00204802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.076;QD=15.9254;RBI=0.0108045;REFB=-0.014424;REVB=-0.0106086;RO=101;SAF=39;SAR=38;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387516;STB=0.521607;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0181016;OID=.;OPOS=48367976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:101:101:77:77:0.432584:38:39:55:46:38:39:55:46 chr12 48375568 . A G 588.37 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0156729;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.678;QD=21.0132;RBI=0.0193207;REFB=-0.0103067;REVB=0.0112982;RO=52;SAF=22;SAR=37;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788949;STB=0.539619;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00882094;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:52:53:59:59:0.526786:37:22:24:28:37:22:24:29 chr12 48375965 . C T 207.42 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0187462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5714;QD=13.382;RBI=0.0219589;REFB=-0.0190367;REVB=0.0114357;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214741;STB=0.51228;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.037543;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:13:12:17:20:13:12:17:20 chr12 48376291 . G A 450.84 PASS AF=0.573333;AO=40;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0211124;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.263;QD=24.0447;RBI=0.0257024;REFB=-0.0126569;REVB=0.0146587;RO=32;SAF=23;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185187;STB=0.610957;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00552613;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:40:43:0.573333:17:23:11:21:17:26:11:21 chr12 48377898 . G A 730.9 PASS AF=0.33213;AO=92;DP=278;FAO=92;FDP=277;FR=.;FRO=185;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=43;FSRR=142;FWDB=-0.0181813;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.57;QD=10.5546;RBI=0.0295731;REFB=-0.00603637;REVB=-0.023324;RO=185;SAF=31;SAR=61;SRF=43;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145086;STB=0.582291;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0124489;OID=.;OPOS=48377898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:277:185:185:92:92:0.33213:61:31:43:142:61:31:43:142 chr12 48380682 . G A 1107.7 PASS AF=0.559783;AO=102;DP=184;FAO=103;FDP=184;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00259453;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.045;QD=24.0803;RBI=0.00333012;REFB=-0.0123756;REVB=-0.00208761;RO=82;SAF=41;SAR=61;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414938;STB=0.521118;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00927994;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:82:81:102:103:0.559783:61:41:37:45:62:41:36:45 chr12 48389643 . A C 494.99 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.0319587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3212;QD=20.6247;RBI=0.0337071;REFB=-0.00899182;REVB=-0.0107152;RO=48;SAF=9;SAR=39;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865491;STB=0.548172;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0157589;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:39:9:12:36:39:9:12:36 chr12 48391416 . G T 1336.5 PASS AF=0.611399;AO=118;DP=193;FAO=118;FDP=193;FR=.;FRO=75;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0294678;FXX=0.00515437;HRUN=6;LEN=1;MLLD=148.44;QD=27.6996;RBI=0.0294768;REFB=-0.00470484;REVB=-0.00073105;RO=69;SAF=55;SAR=63;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776263;STB=0.541619;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00227055;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:69:75:118:118:0.611399:63:55:40:29:63:55:43:32 chr12 48398080 . T A 2207.01 PASS AF=0.585014;AO=198;DP=359;FAO=203;FDP=347;FR=.;FRO=144;FSAF=79;FSAR=124;FSRF=52;FSRR=92;FWDB=-0.0200637;FXX=0.046702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9855;QD=25.441;RBI=0.046143;REFB=-0.0330479;REVB=0.0415526;RO=125;SAF=77;SAR=121;SRF=51;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143773;STB=0.512308;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0188621;OID=.;OPOS=48398080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:347:125:144:198:203:0.585014:121:77:51:74:124:79:52:92 chr12 48413944 . C T 443.75 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0768418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6424;QD=13.7598;RBI=0.0773568;REFB=0.00781249;REVB=0.00891159;RO=77;SAF=23;SAR=28;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241633;STB=0.517086;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00935832;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:78:51:51:0.395349:28:23:33:44:28:23:33:45 chr12 48413950 . A C 379.66 PASS AF=0.384;AO=37;DP=116;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0103068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6782;QD=12.1491;RBI=0.0406976;REFB=-0.0237905;REVB=0.0393708;RO=79;SAF=11;SAR=26;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170145;STB=0.513756;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0650632;OID=.;OPOS=48413950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:125:79:77:37:48:0.384:26:11:34:45:27:21:32:45 chr12 48438140 . CAT C 66.54 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.21077;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.832;QD=38.0205;RBI=0.240918;REFB=0;REVB=0.116695;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00579298;OID=.;OPOS=48438141;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:8:7:7:0:5:2:0:0:4:0:4:2:0:0 chr12 48477422 . A G 629.1 PASS AF=0.589474;AO=56;DP=95;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00377144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.185;QD=26.4882;RBI=0.00780162;REFB=0.00825838;REVB=-0.00682946;RO=39;SAF=29;SAR=27;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737186;STB=0.54019;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00445928;OID=.;OPOS=48477422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:39:56:56:0.589474:27:29:24:15:27:29:24:15 chr12 48501161 . A T 462.67 PASS AF=0.416;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.00486144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.711;QD=14.8055;RBI=0.012394;REFB=0.00179215;REVB=-0.0114007;RO=70;SAF=25;SAR=27;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342702;STB=0.51523;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00274259;OID=.;OPOS=48501161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:73:52:52:0.416:27:25:36:34:27:25:37:36 chr12 48512285 . C A 1604.02 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.147;QD=64.1608;RBI=0.0337613;REFB=0;REVB=-0.021813;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82186e-06;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:100:0:0:93:100:1:51:42:0:0:57:43:0:0 chr12 48512331 . C T 802.33 PASS AF=0.56391;AO=74;DP=132;FAO=75;FDP=133;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.00339984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.847;QD=24.1302;RBI=0.0102143;REFB=-0.0214309;REVB=-0.00963185;RO=58;SAF=28;SAR=46;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289368;STB=0.51337;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0161567;OID=.;OPOS=48512331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:58:58:74:75:0.56391:46:28:20:38:47:28:20:38 chr12 48525861 . A G 596.57 PASS AF=0.642857;AO=44;DP=84;FAO=54;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0357824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.695;QD=28.4083;RBI=0.0374499;REFB=0.0251439;REVB=0.0110505;RO=30;SAF=26;SAR=18;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260414;STB=0.607291;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0120236;OID=.;OPOS=48525861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:30:30:44:54:0.642857:18:26:7:23:25:29:7:23 chr12 48525862 . C G 38.46 PASS AF=0.105882;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=85;FR=.;FRO=76;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0986394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.913;QD=1.81002;RBI=0.0986547;REFB=-0.0155506;REVB=-0.00173382;RO=74;SAF=2;SAR=7;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283019;STB=0.729038;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0673076;OID=.;OPOS=48525862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:83:85:74:76:9:9:0.105882:7:2:33:41:7:2:35:41 chr12 48526712 . G A 930.37 PASS AF=0.535294;AO=91;DP=170;FAO=91;FDP=170;FR=.;FRO=79;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.00361345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.287;QD=21.8911;RBI=0.0248549;REFB=-0.00537904;REVB=0.0245908;RO=79;SAF=49;SAR=42;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703199;STB=0.538453;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00460716;OID=.;OPOS=48526712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:79:79:91:91:0.535294:42:49:36:43:42:49:36:43 chr12 48541757 . A G 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00441425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.443;QD=18.6367;RBI=0.0208509;REFB=0.00557723;REVB=0.0203783;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00573686;OID=.;OPOS=48541757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:5:11:11:5:5:11 chr12 48542993 . G A 451.78 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00202122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.874;QD=17.2107;RBI=0.0313077;REFB=-0.0254045;REVB=-0.0312424;RO=56;SAF=19;SAR=30;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230053;STB=0.512815;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0282045;OID=.;OPOS=48542993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:30:19:23:33:30:19:23:33 chr12 48578325 . A C 580.09 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0281022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.63;QD=22.7486;RBI=0.0369651;REFB=-0.0699333;REVB=0.0240144;RO=45;SAF=24;SAR=33;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144119;STB=0.57892;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0265963;OID=.;OPOS=48578325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:45:57:57:0.558824:33:24:27:18:33:24:27:18 chr12 48578809 . T C 1049.98 PASS AF=0.613924;AO=96;DP=157;FAO=97;FDP=158;FR=.;FRO=61;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=13;FSRR=48;FWDB=-0.0644943;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.197;QD=26.5818;RBI=0.0654787;REFB=-0.00465915;REVB=0.0113115;RO=61;SAF=41;SAR=55;SRF=13;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161541;STB=0.588474;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0050951;OID=.;OPOS=48578809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:61:61:96:97:0.613924:55:41:13:48:55:42:13:48 chr12 48596241 . A G 2910.97 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011895;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.383;QD=62.9398;RBI=0.012242;REFB=0.024024;REVB=-0.0028942;RO=1;SAF=85;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76169e-05;OID=.;OPOS=48596241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:185:1:0:185:185:1:100:85:1:0:100:85:0:0 chr12 48597053 . A G 1134.63 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.715;QD=60.5135;RBI=0.0229394;REFB=0;REVB=-0.00658642;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3596e-05;OID=.;OPOS=48597053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:35:39:0:0:35:40:0:0 chr12 48723595 . G A 2933.63 PASS AF=0.966019;AO=197;DP=207;FAO=199;FDP=206;FR=.;FRO=7;FSAF=88;FSAR=111;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0176828;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.858;QD=56.9637;RBI=0.0685249;REFB=-0.0870096;REVB=0.066204;RO=7;SAF=87;SAR=110;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103328;STB=0.505396;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00424266;OID=.;OPOS=48723595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:207:206:7:7:197:199:0.966019:110:87:2:5:111:88:2:5 chr12 48736983 . G A 46.52 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0248139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.815;QD=2.29749;RBI=0.0817086;REFB=0.00126993;REVB=0.0778496;RO=71;SAF=3;SAR=7;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206493;STB=0.650851;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00908086;OID=.;OPOS=48736983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:71:71:10:10:0.123457:7:3:33:38:7:3:33:38 chr12 48866585 . A C,T 2133.43 PASS AF=0.963768,0.0362319;AO=132,5;DP=137;FAO=133,5;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=65,5;FSAR=68,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290341,0.0105943;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.743,222.395;QD=61.8385;RBI=0.0331511,0.0206709;REFB=0,0;REVB=0.0330237,-0.0177496;RO=0;SAF=65,4;SAR=67,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.83182e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00353986,0.0393859;OID=.,.;OPOS=48866585,48866585;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:137:138:0:0:132,5:133,5:0.963768,0.0362319:67,1:65,4:0:0:68,0:65,5:0:0 chr12 48866792 . C T 1544.84 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.62;QD=63.7048;RBI=0.0251993;REFB=0;REVB=-0.0048979;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02724e-05;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:54:42:0:0:54:43:0:0 chr12 48919556 . A G 1877.76 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.05;QD=61.5659;RBI=0.035629;REFB=0;REVB=-0.00544523;RO=0;SAF=50;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68476e-05;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:72:50:0:0:72:50:0:0 chr12 48919659 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.988;QD=53.9112;RBI=0.0240633;REFB=0;REVB=0.0230097;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192845;OID=.;OPOS=48919659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr12 48919796 . C T 658.35 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0081903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.791;QD=59.8496;RBI=0.0276607;REFB=-0.170463;REVB=0.0264204;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.516121;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=6.25167e-05;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:0:1:43:43:0.977273:15:28:0:0:15:28:0:1 chr12 48920006 . G A 1928.56 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211728;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6844;QD=61.714;RBI=0.0750971;REFB=0;REVB=0.0720506;RO=0;SAF=75;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475869;OID=.;OPOS=48920006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:124:125:1:49:75:0:0:50:75:0:0 chr12 48954040 . A G 597.18 PASS AF=0.469697;AO=61;DP=131;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0345975;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.001;QD=18.0964;RBI=0.0368214;REFB=-0.0166427;REVB=-0.0126026;RO=68;SAF=34;SAR=27;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298408;STB=0.50373;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0173909;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:68:70:61:62:0.469697:27:34:40:28:27:35:40:30 chr12 49048738 . G T 2091.15 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00222095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.659;QD=61.0554;RBI=0.0118557;REFB=0.0344431;REVB=0.0116458;RO=2;SAF=57;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00221102;STB=0.501163;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=5.29752e-06;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:2:2:135:135:0.985401:78:57:1:1:78:57:1:1 chr12 49075811 . T G 2511.15 PASS AF=1;AO=160;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000937351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.616;QD=61.6233;RBI=0.0192986;REFB=0;REVB=0.0192758;RO=0;SAF=96;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43504e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31678e-05;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:160:163:1:64:96:0:0:66:97:0:0 chr12 49086963 . G A 2270.05 PASS AF=0.993197;AO=142;DP=146;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0340488;FXX=0.0134219;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.691;QD=61.77;RBI=0.0358226;REFB=-0.0110295;REVB=0.0111328;RO=2;SAF=79;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00150665;STB=0.503105;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000188458;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:147:2:1:142:146:0.993197:63:79:1:1:66:80:1:0 chr12 49221622 . G A 2366.09 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166045;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.79;QD=63.9485;RBI=0.0175202;REFB=0;REVB=-0.00558981;RO=0;SAF=73;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3363e-05;OID=.;OPOS=49221622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:148:0:0:148:148:1:75:73:0:0:75:73:0:0 chr12 49230035 . T G 518.31 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.255;QD=59.2357;RBI=0.0261108;REFB=0;REVB=0.0260224;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200622;OID=.;OPOS=49230035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:21:14:0:0 chr12 49237782 . C T 1122.24 PASS AF=0.528571;AO=103;DP=201;FAO=111;FDP=210;FR=.;FRO=99;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=0.0324537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.205;QD=21.376;RBI=0.0412791;REFB=-0.0267083;REVB=0.0255092;RO=96;SAF=42;SAR=61;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269436;STB=0.500917;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.023411;OID=.;OPOS=49237782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:210:96:99:103:111:0.528571:61:42:42:54:63:48:43:56 chr12 49332451 . T A,TGA 217.54 PASS AF=0,0.525;AO=9,8;DP=47;FAO=0,21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=0,4;FSAR=0,17;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=-0.0695574,0.0124166;FXX=0.0697512;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=39.6908,159.8;QD=21.7542;RBI=0.135365,0.124619;REFB=-0.00750622,-0.0139699;REVB=0.116127,0.123998;RO=29;SAF=0,3;SAR=9,5;SRF=23;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.819199,-0.482158;STB=0.5,0.838264;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00926556;OID=.,.;OPOS=49332451,49332452;OREF=T,-;OALT=A,GA;OMAPALT=A,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:40:29:19:9,8:0,21:0,0.525:9,5:0,3:23:6:0,17:0,4:18:1 chr12 49334762 . G C 2148.6 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.65;QD=62.733;RBI=0.0703105;REFB=0;REVB=-0.0702652;RO=0;SAF=64;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51161e-05;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:137:0:0:133:137:1:69:64:0:0:70:67:0:0 chr12 49390677 . T C 831.79 PASS AF=0.41048;AO=88;DP=224;FAO=94;FDP=229;FR=.;FRO=135;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=65;FSRR=70;FWDB=0.0100712;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.08;QD=14.529;RBI=0.0124287;REFB=-0.00837038;REVB=0.00728313;RO=134;SAF=43;SAR=45;SRF=65;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382782;STB=0.50792;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0119596;OID=.;OPOS=49390677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:229:134:135:88:94:0.41048:45:43:65:69:50:44:65:70 chr12 49391196 . TC CT,T 440.64 PASS AF=0.0956175,0.199203;AO=48,116;DP=481;FAO=48,100;FDP=502;FR=.;FRO=354;FSAF=0,21;FSAR=48,79;FSRF=236;FSRR=118;FWDB=-0.000422076,0.0337692;FXX=0.0233458;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=120.886,10.1099;QD=3.5111;RBI=0.0201965,0.0462806;REFB=-0.0114298,-0.135636;REVB=-0.0201921,-0.031647;RO=286;SAF=0,36;SAR=48,80;SRF=204;SRR=82;SSEN=0,0;SSEP=0,0.381818;SSSB=-0.793939,-0.465367;STB=0.999828,0.830668;STBP=0,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0432199,0.147705;OID=.,.;OPOS=49391196,49391197;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:481:502:286:354:48,116:48,100:0.0956175,0.199203:48,80:0,36:204:82:48,79:0,21:236:118 chr12 49425978 . T C 225.06 PASS AF=0.285714;AO=32;DP=113;FAO=32;FDP=112;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.0378227;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.838;QD=8.038;RBI=0.0453828;REFB=-0.00758505;REVB=0.0250807;RO=80;SAF=11;SAR=21;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178742;STB=0.606168;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0172284;OID=.;OPOS=49425978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:80:80:32:32:0.285714:21:11:39:41:21:11:39:41 chr12 49427096 . GCCCC GCCCG,GCCC 104.68 PASS AF=0.034188,0.350427;AO=6,45;DP=115;FAO=4,41;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=0,29;FSAR=4,12;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0532121,-0.140899;FXX=0.0409802;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=122.508,8.67634;QD=3.57891;RBI=0.062162,0.170445;REFB=-0.00109266,-0.195525;REVB=-0.0321339,-0.0959113;RO=45;SAF=0,36;SAR=6,9;SRF=20;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0.49697;SSSB=-0.612974,0.372022;STB=0.997575,0.615217;STBP=0.029,0.074;TYPE=snp,del;VARB=0.0556403,0.167032;OID=.,.;OPOS=49427100,49427097;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCG,GCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.034188,0.350427:6,45:115:4,41:117:72:0,29:4,12:39:33:88:45:0,36:6,9:20:25 chr12 49427652 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.00948422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.704;QD=18.4438;RBI=0.0128869;REFB=-0.00505717;REVB=0.00872479;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382976;STB=0.713979;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0026858;OID=.;OPOS=49427652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:0:9:6:5:0:9 chr12 49434074 . C A 219.97 PASS AF=0.322917;AO=26;DP=97;FAO=31;FDP=96;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=61;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0885161;FXX=0.0204061;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.7738;QD=9.16525;RBI=0.1354;REFB=-0.00712801;REVB=0.102459;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147235;STB=0.537671;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0329224;OID=.;OPOS=49434074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:34:61:26:31:0.322917:13:13:12:22:13:18:32:29 chr12 49434409 . G A 577.4 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00153101;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.095;QD=21.385;RBI=0.0510003;REFB=-0.00908585;REVB=-0.0509773;RO=48;SAF=33;SAR=25;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746832;STB=0.532247;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.005461;OID=.;OPOS=49434409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:50:58:58:0.537037:25:33:23:25:25:33:25:25 chr12 49443788 . TGG TG,TGT 584.54 PASS AF=0.911392,0.0886076;AO=21,8;DP=79;FAO=72,7;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0;FSAR=27,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.819787,0.0762982;FXX=0.0124984;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.9295,200.24;QD=29.5968;RBI=0.866194,0.080206;REFB=0,0;REVB=0.279715,-0.0247304;RO=41;SAF=6,0;SAR=15,8;SRF=32;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.519176,-0.792203;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0333956,0.108376;OID=.,.;OPOS=49443789,49443790;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.911392,0.0886076:21,8:79:72,7:79:0:45,0:27,7:0:0:29:41:6,0:15,8:32:9 chr12 49444545 . G A 473.14 PASS AF=0.477064;AO=50;DP=108;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.127316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.258;QD=17.3629;RBI=0.129695;REFB=-0.0137163;REVB=0.0247255;RO=57;SAF=8;SAR=42;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285303;STB=0.665897;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0180046;OID=.;OPOS=49444545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:57:57:50:52:0.477064:42:8:21:36:44:8:21:36 chr12 49494962 . A G 1984.41 PASS AF=0.984962;AO=130;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0124908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5555;QD=59.6816;RBI=0.029137;REFB=-0.0244097;REVB=-0.0263239;RO=3;SAF=57;SAR=73;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191276;STB=0.506666;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00240648;OID=.;OPOS=49494962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:133:133:3:2:130:131:0.984962:73:57:0:3:74:57:0:2 chr12 49500398 . G A 2346.37 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.856;QD=63.8468;RBI=0.0300347;REFB=0;REVB=-0.0294898;RO=0;SAF=76;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42969e-05;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:146:147:1:70:76:0:0:71:76:0:0 chr12 49500509 . C T 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.145;QD=59.9369;RBI=0.0159551;REFB=0;REVB=-0.010324;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33565e-06;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:56:45:0:0:56:45:0:0 chr12 49522578 . T C 809.33 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.178;QD=56.7947;RBI=0.060747;REFB=0;REVB=0.0591581;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207709;OID=.;OPOS=49522578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:55:57:1:40:15:0:0:42:15:0:0 chr12 49522605 . C T 1108.44 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-7.64494e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8576;QD=57.5815;RBI=0.0849054;REFB=-0.128613;REVB=-0.0849054;RO=2;SAF=24;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378009;STB=0.519995;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00187756;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:51:24:2:0:51:24:2:0 chr12 49579696 . C G 2456.75 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.155;QD=61.4187;RBI=0.0407378;REFB=0;REVB=-0.0107559;RO=0;SAF=65;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55792e-05;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:160:0:0:158:160:1:93:65:0:0:93:67:0:0 chr12 49580180 . T C 2235.68 PASS AF=0.968354;AO=152;DP=158;FAO=153;FDP=158;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=90;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0907846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9306;QD=56.5995;RBI=0.103025;REFB=-0.170157;REVB=-0.0487072;RO=5;SAF=63;SAR=89;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239302;STB=0.512623;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00561393;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:158:158:5:5:152:153:0.968354:89:63:4:1:90:63:4:1 chr12 49667103 . A T 1569.8 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.424;QD=58.6841;RBI=0.0347085;REFB=0.139248;REVB=-0.00489182;RO=1;SAF=27;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0059706;STB=0.503144;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.000279155;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:79:27:0:1:79:27:0:1 chr12 49937813 . A G 889.11 PASS AF=0.606061;AO=80;DP=132;FAO=80;FDP=132;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.00602654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.593;QD=26.9428;RBI=0.0167205;REFB=-0.0209536;REVB=-0.0155966;RO=50;SAF=35;SAR=45;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157073;STB=0.584725;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0128793;OID=.;OPOS=49937813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:50:52:80:80:0.606061:45:35:33:17:45:35:34:18 chr12 49951232 . T C 792.29 PASS AF=0.578125;AO=72;DP=126;FAO=74;FDP=128;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.00996581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7216;QD=24.7591;RBI=0.0276805;REFB=-0.0169608;REVB=-0.0258242;RO=52;SAF=36;SAR=36;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133456;STB=0.557001;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0117873;OID=.;OPOS=49951232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:52:54:72:74:0.578125:36:36:35:17:36:38:35:19 chr12 49952668 . G A 346.09 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0175496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.432;QD=24.7207;RBI=0.0214419;REFB=-0.0133899;REVB=0.0123193;RO=22;SAF=21;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869759;STB=0.547798;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00940775;OID=.;OPOS=49952668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:13:21:11:11:13:21:11:11 chr12 49960551 . C A 709.32 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.0229735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.103;QD=21.8253;RBI=0.0367684;REFB=-0.0144992;REVB=-0.0287077;RO=58;SAF=21;SAR=48;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391324;STB=0.512897;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0138747;OID=.;OPOS=49960551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:58:61:69:69:0.530769:48:21:20:38:48:21:20:41 chr12 49993678 . C T 933.95 PASS AF=0.535294;AO=91;DP=171;FAO=91;FDP=170;FR=.;FRO=79;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.0127561;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3019;QD=21.9753;RBI=0.0888961;REFB=5.81436e-05;REVB=-0.0879761;RO=76;SAF=55;SAR=36;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122558;STB=0.501555;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.000435479;OID=.;OPOS=49993678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:76:79:91:91:0.535294:36:55:47:29:36:55:48:31 chr12 50017391 . CGGGGGT CGGGGT,CGGGGTG 171.0 PASS AF=0.775,0;AO=19,3;DP=41;FAO=31,0;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=21,0;FSAR=10,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.189746,-0.0443069;FXX=0.0243843;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.86924,10.0887;QD=17.0998;RBI=0.216158,0.0572567;REFB=-0.121791,-0.0405451;REVB=0.103542,0.036266;RO=15;SAF=12,3;SAR=7,0;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0264382,0.589173;STB=0.557484,0.5;STBP=0.181,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.108558,0;OID=.,.;OPOS=50017392,50017396;OREF=G,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=CGGGGT,CGGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.775,0:19,3:41:31,0:40:9:21,0:10,0:4:5:22:15:12,3:7,0:9:6 chr12 50026423 . C T 1048.01 PASS AF=0.610738;AO=90;DP=147;FAO=91;FDP=149;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0610184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.146;QD=28.1345;RBI=0.0627646;REFB=-0.00840247;REVB=0.0147021;RO=57;SAF=37;SAR=53;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562646;STB=0.5029;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00515162;OID=.;OPOS=50026423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:57:58:90:91:0.610738:53:37:23:34:54:37:24:34 chr12 50037745 . G A 383.72 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0168655;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.895;QD=30.0957;RBI=0.0174363;REFB=-0.0297062;REVB=-0.00442476;RO=16;SAF=14;SAR=21;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13169;STB=0.57139;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0123666;OID=.;OPOS=50037745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:16:16:35:35:0.686275:21:14:3:13:21:14:3:13 chr12 50152193 . G A 818.86 PASS AF=0.527027;AO=77;DP=147;FAO=78;FDP=148;FR=.;FRO=70;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.0368957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.879;QD=22.1313;RBI=0.0370219;REFB=-0.0142949;REVB=-0.0030541;RO=68;SAF=45;SAR=32;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220752;STB=0.622408;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0182348;OID=.;OPOS=50152193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:68:70:77:78:0.527027:32:45:22:46:33:45:22:48 chr12 50158434 . C CT 135.01 PASS AF=0.485149;AO=43;DP=103;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0373521;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.26682;QD=5.34672;RBI=0.206212;REFB=-0.0825506;REVB=-0.202801;RO=49;SAF=27;SAR=16;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566707;STB=0.518065;STBP=0.734;TYPE=ins;VARB=0.059603;OID=.;OPOS=50158435;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485149:43:103:49:101:52:29:20:29:23:99:49:27:16:28:21 chr12 50185334 . A G 86.55 PASS AF=0.182927;AO=15;DP=84;FAO=15;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.00783502;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.369;QD=4.22185;RBI=0.0132447;REFB=-0.00612679;REVB=0.0106787;RO=66;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898537;STB=0.56242;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.026439;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:84:82:66:67:15:15:0.182927:9:6:22:44:9:6:22:45 chr12 50189602 . A G 652.24 PASS AF=0.445122;AO=66;DP=161;FAO=73;FDP=164;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.000311722;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.478;QD=15.9082;RBI=0.0124839;REFB=-0.0148098;REVB=-0.01248;RO=92;SAF=20;SAR=46;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162017;STB=0.534309;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0179069;OID=.;OPOS=50189602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:92:91:66:73:0.445122:46:20:41:51:46:27:39:52 chr12 50189807 . C A 294.55 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.065868;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3336;QD=14.9138;RBI=0.0724625;REFB=0.00155869;REVB=-0.030203;RO=47;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238095;STB=0.506266;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00397478;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:47:46:33:33:0.417722:19:14:21:26:19:14:20:26 chr12 50189834 . T G 183.37 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0101516;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.07;QD=11.6427;RBI=0.0101639;REFB=-0.0110852;REVB=0.00050166;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310715;STB=0.545415;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0145647;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:40:40:23:23:0.365079:11:12:22:18:12:11:22:18 chr12 50190653 . C T 138.86 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0104747;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.201;QD=10.2855;RBI=0.0200494;REFB=-0.0152941;REVB=0.0170956;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936946;STB=0.537149;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0501328;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:38:36:18:18:0.333333:8:10:18:20:8:10:18:18 chr12 50190667 . A T 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00539881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.766;QD=7.78049;RBI=0.0149655;REFB=0.00618212;REVB=0.0139578;RO=43;SAF=6;SAR=11;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165048;STB=0.608566;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0139048;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:44:17:17:0.278689:11:6:21:22:11:6:22:22 chr12 50192207 . C CG 40.93 PASS AF=0.162602;AO=29;DP=124;FAO=20;FDP=123;FR=.;FRO=103;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.0495019;FXX=0.0390594;HRUN=0;LEN=1;MLLD=45.6226;QD=1.3309;RBI=0.0535632;REFB=-0.0068491;REVB=-0.020459;RO=89;SAF=10;SAR=19;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135952;STB=0.672462;STBP=0.107;TYPE=ins;VARB=0.15405;OID=.;OPOS=50192208;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162602:29:124:20:123:103:5:15:45:58:40:89:10:19:40:49 chr12 50232169 . A T 57.86 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0371822;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.335;QD=11.5727;RBI=0.0487509;REFB=-0.0209201;REVB=-0.0315298;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0267492;OID=.;OPOS=50232169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:20:20:10:12:8:8:0.4:5:3:4:6:5:3:5:7 chr12 50348078 . T C 676.21 PASS AF=0.536;AO=66;DP=125;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00277511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.861;QD=21.6386;RBI=0.0145192;REFB=-0.0341224;REVB=0.0142515;RO=58;SAF=25;SAR=41;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135695;STB=0.576871;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0346513;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:58:66:67:0.536:41:25:31:27:42:25:31:27 chr12 50352393 . G C 60.74 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0357584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3733;QD=6.39381;RBI=0.0526319;REFB=0.00483049;REVB=0.0386194;RO=29;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464966;STB=0.794819;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0151728;OID=.;OPOS=50352393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:2:7:11:18:2:7:11:18 chr12 50369305 . G A 851.89 PASS AF=0.616;AO=77;DP=125;FAO=77;FDP=125;FR=.;FRO=48;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00572646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.172;QD=27.2606;RBI=0.0141517;REFB=-0.014098;REVB=0.0129414;RO=48;SAF=51;SAR=26;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122705;STB=0.566649;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00841044;OID=.;OPOS=50369305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:48:48:77:77:0.616:26:51:24:24:26:51:24:24 chr12 50452708 . C G 891.99 PASS AF=0.401575;AO=102;DP=254;FAO=102;FDP=254;FR=.;FRO=152;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=79;FSRR=73;FWDB=-0.010903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.97;QD=14.0471;RBI=0.0170921;REFB=-0.0266721;REVB=-0.013163;RO=151;SAF=48;SAR=54;SRF=79;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559991;STB=0.529406;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0369705;OID=.;OPOS=50452708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:151:152:102:102:0.401575:54:48:79:72:54:48:79:73 chr12 50476158 . G T 986.6 PASS AF=0.369085;AO=117;DP=319;FAO=117;FDP=317;FR=.;FRO=200;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=115;FSRR=85;FWDB=0.00126744;FXX=0.00937471;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.746;QD=12.4492;RBI=0.00193595;REFB=-0.00280069;REVB=-0.00146339;RO=198;SAF=57;SAR=60;SRF=114;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984881;STB=0.555277;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00502007;OID=.;OPOS=50476158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:317:198:200:117:117:0.369085:60:57:114:84:60:57:115:85 chr12 50523947 . A G 1433.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4178;QD=63.0078;RBI=0.0334071;REFB=0;REVB=-0.0253641;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032568;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr12 50523964 . T C 1462.81 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0945243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.453;QD=62.247;RBI=0.0956146;REFB=0;REVB=0.0143978;RO=1;SAF=39;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024428;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:94:1:0:92:94:1:53:39:1:0:54:40:0:0 chr12 50529314 . C T 1383.45 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107764;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.421;QD=62.8841;RBI=0.0407813;REFB=0;REVB=0.0393317;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245073;OID=.;OPOS=50529314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:49:38:0:0:49:39:0:0 chr12 50529736 . G A 921.07 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349123;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.084;QD=57.567;RBI=0.112971;REFB=0;REVB=0.107441;RO=1;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136707;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200516;OID=.;OPOS=50529736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:1:0:57:64:1:34:23:0:1:40:24:0:0 chr12 50537815 . A G 1619.49 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.144;QD=59.981;RBI=0.0142322;REFB=0;REVB=0.0130999;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31891e-06;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:56:52:0:0:56:52:0:0 chr12 50650057 . T C 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4756;QD=56.9961;RBI=0.0428671;REFB=0;REVB=0.0139545;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298308;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr12 50727706 . G C 1462.36 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.897;QD=62.897;RBI=0.0235572;REFB=0;REVB=-0.009449;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11176e-05;OID=.;OPOS=50727706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:51:40:0:0:51:42:0:0 chr12 50749221 . G C 797.99 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0815978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2258;QD=52.327;RBI=0.0821511;REFB=-0.0557007;REVB=-0.00951886;RO=3;SAF=29;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154418;STB=0.508194;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0361104;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:3:3:58:58:0.95082:29:29:2:1:29:29:2:1 chr12 50749227 . T G 799.61 PASS AF=0.907692;AO=62;DP=68;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0159056;FXX=0.0441112;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.142;QD=49.2068;RBI=0.0198465;REFB=-0.0437603;REVB=0.0118699;RO=5;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444052;STB=0.534714;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000334243;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:68:65:5:6:62:59:0.907692:30:32:1:4:27:32:1:5 chr12 50749294 . A G 1641.83 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1952;QD=60.2507;RBI=0.063271;REFB=0;REVB=-0.0604721;RO=0;SAF=47;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280595;OID=.;OPOS=50749294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:62:47:0:0:62:47:0:0 chr12 50824275 . C G 166.8 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0472696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3559;QD=8.33994;RBI=0.0524453;REFB=-0.0134157;REVB=0.0227178;RO=57;SAF=14;SAR=9;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141631;STB=0.584541;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0331039;OID=.;OPOS=50824275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:57:57:23:23:0.2875:9:14:28:29:9:14:28:29 chr12 50870145 . G A 5045.6 PASS AF=1;AO=322;DP=324;FAO=322;FDP=322;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115115;FXX=0.00617265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.543;QD=62.6782;RBI=0.0149686;REFB=-0.00658029;REVB=-0.0095678;RO=2;SAF=163;SAR=159;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00581666;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98641e-05;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:324:322:2:0:322:322:1:159:163:2:0:159:163:0:0 chr12 51089734 . T A 428.54 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0120943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.999;QD=22.262;RBI=0.01351;REFB=0.0181514;REVB=-0.00602062;RO=35;SAF=22;SAR=20;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394485;STB=0.521729;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00831057;OID=.;OPOS=51089734;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:20:22:20:15:20:22:20:15 chr12 51112586 . T C 616.79 PASS AF=0.425926;AO=68;DP=162;FAO=69;FDP=162;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=62;FWDB=-0.0225036;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8314;QD=15.2293;RBI=0.0394937;REFB=-0.000695327;REVB=0.0324551;RO=92;SAF=32;SAR=36;SRF=30;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151109;STB=0.583942;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00186275;OID=.;OPOS=51112586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:92:93:68:69:0.425926:36:32:30:62:36:33:31:62 chr12 51135275 . T C 1774.14 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0132007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9572;QD=59.1379;RBI=0.0334221;REFB=-0.0691805;REVB=0.0307047;RO=2;SAF=69;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00276021;STB=0.501453;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00365053;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:49:69:1:1:49:69:1:1 chr12 51141883 . A G 652.44 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=126;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0062187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.466;QD=20.7124;RBI=0.0176385;REFB=-0.0256131;REVB=-0.0165059;RO=60;SAF=35;SAR=30;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163456;STB=0.585429;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0155424;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:61:65:65:0.515873:30:35:21:39:30:35:22:39 chr12 51203371 . C T 235.21 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00466744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.862;QD=25.4281;RBI=0.005828;REFB=-0.0118046;REVB=-0.00349008;RO=15;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729464;STB=0.540504;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0084344;OID=.;OPOS=51203371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:11:11:6:9:11:11:6:9 chr12 51213765 . T C 326.13 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0695016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6401;QD=20.0694;RBI=0.0731882;REFB=0.0336312;REVB=-0.0229355;RO=31;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17234;STB=0.595612;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0291673;OID=.;OPOS=51213765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:14:20:12:19:14:20:12:19 chr12 51235317 . A G 1362.27 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448184;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.499;QD=62.6331;RBI=0.0451844;REFB=0;REVB=-0.00573981;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198603;OID=.;OPOS=51235317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:36:51:0:0:36:51:0:0 chr12 51236931 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.031;QD=48.7373;RBI=0.0417524;REFB=0;REVB=0.0361852;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303683;OID=.;OPOS=51236931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr12 51333744 . G A 122.46 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.046026;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.043;QD=14.843;RBI=0.049166;REFB=-0.00884778;REVB=-0.017289;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291325;STB=0.656431;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0128797;OID=.;OPOS=51333744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:20:19:14:14:0.424242:5:9:7:13:5:9:7:12 chr12 51333796 . C CA 83.42 PASS AF=0.419355;AO=15;DP=34;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0473382;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.2649;QD=10.7641;RBI=0.0795025;REFB=0.00445641;REVB=-0.0638729;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11279;STB=0.536026;STBP=0.752;TYPE=ins;VARB=-0.016333;OID=.;OPOS=51333797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:15:34:13:31:18:5:8:8:10:83:18:5:10:8:10 chr12 51380835 . C T 542.74 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00946241;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0173;QD=18.2432;RBI=0.0778561;REFB=-0.0305998;REVB=-0.0772789;RO=61;SAF=32;SAR=25;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117333;STB=0.501647;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0431293;OID=.;OPOS=51380835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:62:57:57:0.478992:25:32:35:26:25:32:35:27 chr12 51386066 . A G 310.63 PASS AF=0.551724;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0195445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.805;QD=21.4228;RBI=0.0222153;REFB=-0.0145536;REVB=-0.0105609;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560016;STB=0.53802;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0138953;OID=.;OPOS=51386066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:31:32:0.551724:14:17:16:10:15:17:16:10 chr12 51402905 . T G 1336.03 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.272;QD=62.141;RBI=0.111884;REFB=0;REVB=0.111473;RO=1;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957058;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279748;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:1:0:85:86:1:49:36:0:1:50:36:0:0 chr12 51442944 . G A 3366.21 PASS AF=1;AO=216;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.695;QD=62.3372;RBI=0.0390446;REFB=0;REVB=0.0360976;RO=0;SAF=93;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.40686e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28946e-05;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:0:0:216:216:1:123:93:0:0:123:93:0:0 chr12 51500398 . TA AT,T 177.67 PASS AF=0.0571429,0.5;AO=7,28;DP=70;FAO=4,35;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=0,4;FSAR=4,31;FSRF=28;FSRR=3;FWDB=-0.00081584,0.119488;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=108.546,10.7185;QD=10.1527;RBI=0.0572532,0.133031;REFB=-0.0157455,-0.0951109;REVB=-0.0572474,-0.0584799;RO=28;SAF=0,4;SAR=7,24;SRF=26;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.851348,-0.671603;STB=0.998999,0.879211;STBP=0,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.117326,0.0821634;OID=.,.;OPOS=51500398,51500399;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:70:70:28:31:7,28:4,35:0.0571429,0.5:7,24:0,4:26:2:4,31:0,4:28:3 chr12 51518787 . C G 305.77 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00299265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.072;QD=12.8745;RBI=0.0212694;REFB=-0.00860169;REVB=0.0210578;RO=60;SAF=16;SAR=19;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010558;STB=0.50605;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0119416;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:19:16:28:32:19:16:28:32 chr12 51636259 . C T 1587.4 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.58;QD=64.1375;RBI=0.0380404;REFB=0;REVB=-0.00237444;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49598e-05;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:97:99:1:49:48:0:0:49:50:0:0 chr12 51681903 . T C 758.79 PASS AF=0.440217;AO=80;DP=183;FAO=81;FDP=184;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.00759786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.617;QD=16.4953;RBI=0.00759828;REFB=-0.0140124;REVB=-7.96241e-05;RO=103;SAF=33;SAR=47;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846449;STB=0.542715;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0153288;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:103:103:80:81:0.440217:47:33:51:52:47:34:51:52 chr12 51696500 . G A 562.15 PASS AF=0.6;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0359627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2416;QD=26.454;RBI=0.0476392;REFB=-0.0131629;REVB=-0.0312438;RO=32;SAF=28;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034882;STB=0.507904;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0128589;OID=.;OPOS=51696500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:32:34:51:51:0.6:23:28:16:16:23:28:18:16 chr12 51707626 . C T 1127.15 PASS AF=0.639241;AO=101;DP=158;FAO=101;FDP=158;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=71;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0228033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.672;QD=28.5353;RBI=0.0248313;REFB=-0.00362088;REVB=-0.00982881;RO=55;SAF=30;SAR=71;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643979;STB=0.537245;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00161497;OID=.;OPOS=51707626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:55:57:101:101:0.639241:71:30:21:34:71:30:22:35 chr12 51722311 . C T 1933.54 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.678;QD=61.8734;RBI=0.00821852;REFB=0;REVB=-0.00244498;RO=0;SAF=60;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37812e-05;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:65:60:0:0:65:60:0:0 chr12 51722409 . G GT 452.66 PASS AF=0.540984;AO=64;DP=125;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.128475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.5547;QD=14.8411;RBI=0.132038;REFB=0.0369991;REVB=0.0304689;RO=59;SAF=32;SAR=32;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369577;STB=0.532777;STBP=0.455;TYPE=ins;VARB=-0.0319202;OID=.;OPOS=51722410;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.540984:64:125:66:122:56:33:33:24:32:99:59:32:32:27:32 chr12 51723499 . T C 935.28 PASS AF=0.58;AO=81;DP=144;FAO=87;FDP=150;FR=.;FRO=63;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00978195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.433;QD=24.9407;RBI=0.0115041;REFB=-0.0178782;REVB=-0.00605457;RO=60;SAF=40;SAR=41;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734414;STB=0.550447;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0127519;OID=.;OPOS=51723499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:150:60:63:81:87:0.58:41:40:24:36:42:45:25:38 chr12 51733734 . G A 1407.19 PASS AF=0.733333;AO=109;DP=149;FAO=110;FDP=150;FR=.;FRO=40;FSAF=41;FSAR=69;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00469433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.676;QD=37.5252;RBI=0.0241946;REFB=-0.0119974;REVB=0.0237349;RO=40;SAF=41;SAR=68;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520973;STB=0.52873;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00356852;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:40:40:109:110:0.733333:68:41:19:21:69:41:19:21 chr12 51737607 . G A 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.010486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.614;QD=18.902;RBI=0.0200117;REFB=-0.0247359;REVB=-0.0170444;RO=34;SAF=9;SAR=25;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0244594;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:25:9:9:25:25:9:9:25 chr12 51739648 . C G 682.55 PASS AF=0.492754;AO=67;DP=138;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=-0.0261184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9554;QD=19.7842;RBI=0.038965;REFB=-0.024822;REVB=-0.0289153;RO=68;SAF=35;SAR=32;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18077;STB=0.593949;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0244629;OID=.;OPOS=51739648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:68:70:67:68:0.492754:32:35:22:46:33:35:23:47 chr12 51740387 . ACTGG A,AATGG 866.09 PASS AF=0.245902,0.754098;AO=15,45;DP=64;FAO=15,46;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=5,21;FSAR=10,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163369,0.0138762;FXX=0.061529;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=199.307,74.9258;QD=56.7929;RBI=0.0307989,0.0230049;REFB=0,0;REVB=-0.026109,0.0183487;RO=0;SAF=5,20;SAR=10,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.09779e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0278874,0.0032404;OID=.,.;OPOS=51740388,51740388;OREF=CTGG,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.245902,0.754098:15,45:64:15,46:61:0:5,21:10,25:0:0:99:0:5,20:10,25:0:0 chr12 51740393 . CCATATCCACTT C 74.83 PASS AF=0.271186;AO=15;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.015493;FXX=0.063482;HRUN=2;LEN=11;MLLD=449.6;QD=5.07298;RBI=0.015508;REFB=-0.000742358;REVB=0.000682987;RO=40;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221199;STB=0.548631;STBP=0.67;TYPE=del;VARB=0.000891996;OID=.;OPOS=51740394;OREF=CATATCCACTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271186:15:59:16:59:43:5:11:16:27:74:40:5:10:14:26 chr12 51740409 . TA GG 113.36 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0188731;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.863;QD=6.7679;RBI=0.0204332;REFB=-0.0034608;REVB=0.00783074;RO=46;SAF=6;SAR=11;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103228;STB=0.553009;STBP=0.614;TYPE=mnp;VARB=0.0129701;OID=.;OPOS=51740409;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:50:17:17:0.253731:11:6:20:26:11:6:21:29 chr12 51754613 . C T 720.94 PASS AF=0.591304;AO=68;DP=115;FAO=68;FDP=115;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00447508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.681;QD=25.0761;RBI=0.00876073;REFB=0.00679096;REVB=-0.00753154;RO=47;SAF=19;SAR=49;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127373;STB=0.569576;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00281803;OID=.;OPOS=51754613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:47:47:68:68:0.591304:49:19:20:27:49:19:20:27 chr12 51771040 . T C 439.67 PASS AF=0.337349;AO=56;DP=165;FAO=56;FDP=166;FR=.;FRO=110;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=66;FWDB=-0.00384715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0057;QD=10.5945;RBI=0.0199447;REFB=-0.0115563;REVB=-0.0195701;RO=104;SAF=25;SAR=31;SRF=40;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717927;STB=0.531321;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0166173;OID=.;OPOS=51771040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:104:110:56:56:0.337349:31:25:40:64:31:25:44:66 chr12 51901390 . A G 1161.07 PASS AF=0.610465;AO=105;DP=174;FAO=105;FDP=172;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0407838;FXX=0.0114936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8897;QD=27.0017;RBI=0.0714028;REFB=-0.0247402;REVB=-0.0586092;RO=68;SAF=38;SAR=67;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104985;STB=0.559358;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0168224;OID=.;OPOS=51901390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:172:68:67:105:105:0.610465:67:38:34:34:67:38:34:33 chr12 52080965 . C T 1559.39 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0129084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.956;QD=57.7553;RBI=0.0130339;REFB=-0.0494138;REVB=-0.00180401;RO=2;SAF=40;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231347;STB=0.512193;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=5.67603e-05;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:2:2:106:106:0.981481:66:40:2:0:66:40:2:0 chr12 52184271 . T C 322.84 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.17;QD=53.8068;RBI=0.0709912;REFB=0;REVB=0.000797985;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173244;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr12 52200742 . C A 625.33 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00978056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5874;QD=52.1109;RBI=0.0195522;REFB=-0.221239;REVB=0.0169301;RO=3;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511606;STB=0.54384;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0147594;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:48:48:3:5:43:43:0.895833:26:17:0:3:26:17:0:5 chr12 52204246 . T C 1572.14 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00190019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.05;QD=62.8857;RBI=0.0138223;REFB=0.150502;REVB=0.0136911;RO=1;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903516;STB=0.504761;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=1.68168e-05;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:52:47:0:1:52:47:0:1 chr12 52211942 . G A 1217.24 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.913;QD=60.862;RBI=0.0190558;REFB=0;REVB=-0.00706477;RO=0;SAF=21;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82942e-06;OID=.;OPOS=52211942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:77:80:1:56:21:0:0:58:22:0:0 chr12 52215102 . T G 905.39 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328421;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.178;QD=58.4122;RBI=0.00852794;REFB=0;REVB=0.00787017;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103514;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:29:33:0:0 chr12 52215894 . GCCCT GCCT,GCCTC,GGCCT 538.22 PASS AF=0.486486,0,0;AO=75,11,16;DP=231;FAO=108,0,0;FDP=222;FR=.;FRO=114;FSAF=90,0,0;FSAR=18,0,0;FSRF=23;FSRR=91;FWDB=0.105072,-0.0865787,0.000138945;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=13.9392,58.986,19.0103;QD=9.69767;RBI=0.115162,0.106092,0.0453981;REFB=-0.122164,-0.00996083,-0.0808689;REVB=-0.0471404,-0.0613167,-0.0453978;RO=121;SAF=68,11,5;SAR=7,0,11;SRF=25;SRR=96;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.738218,0.747415,0.171542;STB=0.828206,0.5,0.5;STBP=0,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.147227,0,0;OID=.,.,.;OPOS=52215895,52215897,52215895;OREF=C,CT,C;OALT=-,TC,G;OMAPALT=GCCT,GCCTC,GGCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486,0,0:75,11,16:231:108,0,0:222:114:90,0,0:18,0,0:23:91:99:121:68,11,5:7,0,11:25:96 chr12 52284233 . T C 1347.1 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.129;QD=61.9358;RBI=0.0110647;REFB=0;REVB=-0.00273125;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.40647e-06;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:49:36:0:0:50:37:0:0 chr12 52306221 . C T 299.12 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0156989;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.893;QD=11.6162;RBI=0.0501516;REFB=0.000178158;REVB=0.0476312;RO=67;SAF=26;SAR=11;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323611;STB=0.681913;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000121236;OID=.;OPOS=52306221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:67:66:37:37:0.359223:11:26:28:39:11:26:28:38 chr12 52307053 . AGGGGG AGGGG,AGGGGC 40.7 PASS AF=0.4,0;AO=8,3;DP=30;FAO=12,0;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5,0;FSAR=7,0;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0415632,0.0183874;FXX=0.0322477;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.3015,22.1666;QD=5.42691;RBI=0.104789,0.0695192;REFB=-0.0672226,-0.0317905;REVB=0.0961938,-0.0670434;RO=16;SAF=5,0;SAR=3,3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266321,-0.575361;STB=0.517213,0.5;STBP=0.886,1;TYPE=del,snp;VARB=0.114592,0;OID=.,.;OPOS=52307054,52307058;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0:8,3:30:12,0:30:18:5,0:7,0:7:11:41:16:5,0:3,3:6:10 chr12 52390296 . C T 654.07 PASS AF=0.381188;AO=73;DP=198;FAO=77;FDP=202;FR=.;FRO=125;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=81;FWDB=0.128218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6973;QD=12.9519;RBI=0.131208;REFB=-0.00938907;REVB=-0.0278503;RO=124;SAF=34;SAR=39;SRF=44;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125359;STB=0.587758;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0184792;OID=.;OPOS=52390296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:202:124:125:73:77:0.381188:39:34:44:80:39:38:44:81 chr12 52450974 . C T 294.85 PASS AF=0.25;AO=44;DP=179;FAO=44;FDP=176;FR=.;FRO=132;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=65;FSRR=67;FWDB=-0.00106514;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.771;QD=6.70111;RBI=0.0117358;REFB=-0.000496722;REVB=-0.0116874;RO=133;SAF=25;SAR=19;SRF=66;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902892;STB=0.556969;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00167395;OID=.;OPOS=52450974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:176:133:132:44:44:0.25:19:25:66:67:19:25:65:67 chr12 52471159 . C T 2586.56 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00675217;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.277;QD=61.9536;RBI=0.00683647;REFB=0;REVB=-0.00107034;RO=0;SAF=88;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58174e-05;OID=.;OPOS=52471159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:167:167:1:79:88:0:0:79:88:0:0 chr12 52565322 . G T 1067.05 PASS AF=0.961039;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0102735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.685;QD=55.4313;RBI=0.0170088;REFB=-0.00802796;REVB=-0.0135556;RO=2;SAF=54;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496842;STB=0.538451;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=2.07391e-05;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:77:2:3:72:74:0.961039:18:54:0:2:18:56:0:3 chr12 52566047 . G A 202.0 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00332245;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.064;QD=16.1601;RBI=0.00845931;REFB=0.013384;REVB=0.00777955;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079776;STB=0.545413;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.011727;OID=.;OPOS=52566047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:28:22:22:0.44:10:12:13:15:10:12:13:15 chr12 52585570 . C T 873.88 PASS AF=0.634146;AO=78;DP=123;FAO=78;FDP=123;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0154886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.287;QD=28.4188;RBI=0.0161912;REFB=-0.00966198;REVB=-0.00471782;RO=45;SAF=35;SAR=43;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102216;STB=0.555287;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00538691;OID=.;OPOS=52585570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:45:45:78:78:0.634146:43:35:27:18:43:35:27:18 chr12 52602013 . C T 3439.63 PASS AF=0.986784;AO=223;DP=227;FAO=224;FDP=227;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=123;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.024838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.003;QD=60.6103;RBI=0.0333012;REFB=-0.0175686;REVB=0.0221822;RO=3;SAF=101;SAR=122;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00545124;STB=0.502878;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000192406;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:227:227:3:3:223:224:0.986784:122:101:2:1:123:101:2:1 chr12 52627215 . A G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0729155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6642;QD=47.8146;RBI=0.200048;REFB=-0.127275;REVB=-0.186287;RO=1;SAF=16;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279913;STB=0.515137;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00373237;OID=.;OPOS=52627215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:5:16:1:0:5:16:1:0 chr12 52629029 . G A 950.93 PASS AF=0.371622;AO=108;DP=294;FAO=110;FDP=296;FR=.;FRO=186;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=76;FSRR=110;FWDB=0.0132025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.082;QD=12.8504;RBI=0.0157241;REFB=0.00668482;REVB=-0.00854048;RO=184;SAF=50;SAR=58;SRF=74;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686246;STB=0.540587;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.011405;OID=.;OPOS=52629029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:296:184:186:108:110:0.371622:58:50:74:110:58:52:76:110 chr12 52631313 . A G 3179.44 PASS AF=0.972973;AO=210;DP=220;FAO=216;FDP=222;FR=.;FRO=6;FSAF=109;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0652531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6688;QD=57.2871;RBI=0.100174;REFB=-0.15856;REVB=0.0760052;RO=10;SAF=108;SAR=102;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444412;STB=0.513635;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00744305;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:220:222:10:6:210:216:0.972973:102:108:0:10:107:109:0:6 chr12 52639302 . G C 1875.04 PASS AF=0.947761;AO=126;DP=134;FAO=127;FDP=134;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0695822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9897;QD=55.9715;RBI=0.0861436;REFB=-0.145324;REVB=0.0507842;RO=4;SAF=46;SAR=80;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240797;STB=0.504737;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00607336;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:134:134:4:7:126:127:0.947761:80:46:3:1:80:47:2:5 chr12 52649887 . T C 403.77 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0159431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.613;QD=13.8042;RBI=0.0161604;REFB=0.0028408;REVB=-0.00264175;RO=70;SAF=14;SAR=33;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152988;STB=0.586865;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00373782;OID=.;OPOS=52649887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:70:70:47:47:0.401709:33:14:30:40:33:14:30:40 chr12 52661192 . A G 250.97 PASS AF=0.286885;AO=35;DP=117;FAO=35;FDP=122;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=3;FSRF=82;FSRR=5;FWDB=-0.0849798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1685;QD=8.22841;RBI=0.0859797;REFB=-0.00743095;REVB=-0.0130745;RO=82;SAF=32;SAR=3;SRF=77;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105278;STB=0.57187;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0195984;OID=.;OPOS=52661192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:122:82:87:35:35:0.286885:3:32:77:5:3:32:82:5 chr12 52661209 . T C 272.03 PASS AF=0.321429;AO=36;DP=112;FAO=36;FDP=112;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=5;FSRF=69;FSRR=7;FWDB=0.0528439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9096;QD=9.71551;RBI=0.0531312;REFB=0.0105373;REVB=0.00551753;RO=76;SAF=31;SAR=5;SRF=69;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12819;STB=0.573358;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0172315;OID=.;OPOS=52661209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:76:76:36:36:0.321429:5:31:69:7:5:31:69:7 chr12 52661302 . C A 784.87 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.139;QD=57.0813;RBI=0.0980262;REFB=0;REVB=0.0938341;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755383;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr12 52681056 . C T 384.45 PASS AF=0.335714;AO=47;DP=142;FAO=47;FDP=140;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.026843;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.97;QD=10.9843;RBI=0.0291691;REFB=-0.0150311;REVB=-0.0114144;RO=93;SAF=29;SAR=18;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238192;STB=0.637017;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0388967;OID=.;OPOS=52681056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:93:93:47:47:0.335714:18:29:38:55:18:29:38:55 chr12 52681080 . G A 434.76 PASS AF=0.364286;AO=51;DP=140;FAO=51;FDP=140;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0378762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.344;QD=12.4217;RBI=0.0394722;REFB=-0.0031179;REVB=-0.0111107;RO=89;SAF=34;SAR=17;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23463;STB=0.634093;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00544552;OID=.;OPOS=52681080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:89:89:51:51:0.364286:17:34:41:48:17:34:41:48 chr12 52681925 . A C 3098.32 PASS AF=1;AO=193;DP=198;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469939;FXX=0.020201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.003;QD=63.883;RBI=0.0472656;REFB=0;REVB=-0.00505996;RO=0;SAF=86;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04543e-05;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:194:0:0:193:194:1:107:86:0:0:107:87:0:0 chr12 52685096 . C G 64.43 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0360188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1424;QD=9.91267;RBI=0.0534107;REFB=0.0119964;REVB=0.0394379;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10141;STB=0.561271;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.015433;OID=.;OPOS=52685096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:11:6:4:5:11:6 chr12 52708420 . G A 2058.75 PASS AF=0.555233;AO=189;DP=342;FAO=191;FDP=344;FR=.;FRO=153;FSAF=98;FSAR=93;FSRF=80;FSRR=73;FWDB=-0.00621772;FXX=0.00864528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.29;QD=23.939;RBI=0.0173439;REFB=-0.00599239;REVB=0.0161911;RO=147;SAF=98;SAR=91;SRF=77;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427296;STB=0.504356;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00506491;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:344:147:153:189:191:0.555233:91:98:77:70:93:98:80:73 chr12 52708565 . A G 816.77 PASS AF=0.537931;AO=72;DP=140;FAO=78;FDP=145;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.00129654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.029;QD=22.5316;RBI=0.0087483;REFB=-0.0285809;REVB=0.00865169;RO=65;SAF=26;SAR=46;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221858;STB=0.618471;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0303783;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:145:65:67:72:78:0.537931:46:26:40:25:50:28:41:26 chr12 52709880 . A G 575.29 PASS AF=0.552083;AO=52;DP=95;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0286423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.989;QD=23.9703;RBI=0.0301449;REFB=-0.0161299;REVB=0.00939867;RO=43;SAF=24;SAR=28;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943173;STB=0.547401;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0126656;OID=.;OPOS=52709880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:43:43:52:53:0.552083:28:24:15:28:29:24:15:28 chr12 52709883 . T C 562.81 PASS AF=0.553191;AO=51;DP=91;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.138566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2699;QD=23.9495;RBI=0.139281;REFB=-0.0325617;REVB=-0.0140956;RO=39;SAF=24;SAR=27;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109878;STB=0.547246;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0199534;OID=.;OPOS=52709883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:39:42:51:52:0.553191:27:24:13:26:28:24:15:27 chr12 52710309 . G A 2216.73 PASS AF=0.578035;AO=197;DP=344;FAO=200;FDP=346;FR=.;FRO=146;FSAF=99;FSAR=101;FSRF=67;FSRR=79;FWDB=0.0149877;FXX=0.00288176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.254;QD=25.627;RBI=0.0149902;REFB=-0.0329132;REVB=0.000275115;RO=140;SAF=97;SAR=100;SRF=63;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325793;STB=0.515236;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0217795;OID=.;OPOS=52710309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:346:140:146:197:200:0.578035:100:97:63:77:101:99:67:79 chr12 52710715 . G A 1736.6 PASS AF=0.573477;AO=160;DP=277;FAO=160;FDP=279;FR=.;FRO=119;FSAF=81;FSAR=79;FSRF=71;FSRR=48;FWDB=-0.0072532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8353;QD=24.8975;RBI=0.01619;REFB=-0.000876473;REVB=-0.0144743;RO=117;SAF=81;SAR=79;SRF=69;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651746;STB=0.538591;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000726874;OID=.;OPOS=52710715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:279:117:119:160:160:0.573477:79:81:69:48:79:81:71:48 chr12 52710721 . G C 1784.12 PASS AF=0.578014;AO=162;DP=282;FAO=163;FDP=282;FR=.;FRO=119;FSAF=82;FSAR=81;FSRF=71;FSRR=48;FWDB=-0.00730043;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8304;QD=25.3066;RBI=0.0184716;REFB=-0.000327821;REVB=-0.0169678;RO=118;SAF=81;SAR=81;SRF=71;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079144;STB=0.539501;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000224636;OID=.;OPOS=52710721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:118:119:162:163:0.578014:81:81:71:47:81:82:71:48 chr12 52711549 . G A 736.78 PASS AF=0.533835;AO=71;DP=133;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.000821536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.68;QD=22.1587;RBI=0.0113254;REFB=-0.00905723;REVB=0.0112955;RO=62;SAF=34;SAR=37;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453736;STB=0.524871;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00933038;OID=.;OPOS=52711549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:62:71:71:0.533835:37:34:33:29:37:34:33:29 chr12 52753861 . C T 2312.33 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7992;QD=63.7884;RBI=0.0607017;REFB=0;REVB=0.0528214;RO=0;SAF=70;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030104;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:75:70:0:0:75:70:0:0 chr12 52774235 . A G 1944.08 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00254208;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3699;QD=60.2814;RBI=0.0105908;REFB=0.0034534;REVB=-0.0102812;RO=2;SAF=72;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169632;STB=0.508927;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.000109447;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:129:2:2:127:127:0.984496:55:72:0:2:55:72:0:2 chr12 52777502 . A G 613.74 PASS AF=0.4;AO=70;DP=175;FAO=70;FDP=175;FR=.;FRO=105;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.0019934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.008;QD=14.0283;RBI=0.0128356;REFB=0.000617771;REVB=-0.0126798;RO=103;SAF=29;SAR=41;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066152;STB=0.537761;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00108311;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:103:105:70:70:0.4:41:29:49:54:41:29:50:55 chr12 52788928 . G A 781.09 PASS AF=0.544118;AO=73;DP=135;FAO=74;FDP=136;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0135225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.251;QD=22.9733;RBI=0.026043;REFB=0.0260169;REVB=-0.0222571;RO=62;SAF=31;SAR=42;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00927513;STB=0.507734;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.026147;OID=.;OPOS=52788928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:62:62:73:74:0.544118:42:31:27:35:43:31:27:35 chr12 52789509 . T C 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.3;QD=62.7621;RBI=0.0375459;REFB=0;REVB=-0.0201809;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11361e-05;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:49:40:0:0:49:40:0:0 chr12 52789597 . A G 965.19 PASS AF=0.92;AO=69;DP=75;FAO=69;FDP=75;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0238071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.346;QD=51.4768;RBI=0.0305748;REFB=-0.20648;REVB=-0.0191843;RO=5;SAF=25;SAR=44;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856439;STB=0.539866;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00129722;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:75:75:5:6:69:69:0.92:44:25:5:0:44:25:5:1 chr12 52789605 . T A 1066.18 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0132182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.887;QD=58.4206;RBI=0.0151164;REFB=0.0263394;REVB=-0.00733376;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.508769;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000498752;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:0:1:71:72:0.986301:43:28:0:0:44:28:1:0 chr12 52818504 . T G 373.11 PASS AF=0.348485;AO=45;DP=132;FAO=46;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.00323391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.333;QD=11.3064;RBI=0.0278073;REFB=-0.0119417;REVB=-0.0276186;RO=69;SAF=24;SAR=21;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124276;STB=0.550965;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0236112;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:86:45:46:0.348485:21:24:36:33:21:25:40:46 chr12 52822258 . A G 119.47 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.021807;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.39;QD=6.54627;RBI=0.023653;REFB=-0.00823974;REVB=-0.00916077;RO=55;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189129;STB=0.615491;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0268796;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:55:55:18:18:0.246575:8:10:22:33:8:10:22:33 chr12 52824352 . G A 691.58 PASS AF=0.305085;AO=90;DP=295;FAO=90;FDP=295;FR=.;FRO=205;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=83;FSRR=122;FWDB=0.0116001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.333;QD=9.37735;RBI=0.0751428;REFB=-0.00682168;REVB=0.074242;RO=205;SAF=44;SAR=46;SRF=83;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101357;STB=0.558548;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0138119;OID=.;OPOS=52824352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:205:205:90:90:0.305085:46:44:83:122:46:44:83:122 chr12 52825363 . G A 366.62 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0244857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8782;QD=16.2944;RBI=0.0491305;REFB=-0.00974359;REVB=-0.042594;RO=49;SAF=19;SAR=20;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259533;STB=0.50171;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0155655;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:49:51:39:39:0.433333:20:19:24:25:20:19:25:26 chr12 52827818 . T C 541.89 PASS AF=0.430657;AO=58;DP=137;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=56;FWDB=-0.0200176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.107;QD=15.8217;RBI=0.0202418;REFB=-0.0172114;REVB=0.0030038;RO=78;SAF=18;SAR=40;SRF=22;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343795;STB=0.52655;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0199597;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:78:58:59:0.430657:40:18:22:56:40:19:22:56 chr12 52841765 . G A 370.49 PASS AF=0.317881;AO=48;DP=152;FAO=48;FDP=151;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0219112;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.649;QD=9.81435;RBI=0.0221783;REFB=0.00187476;REVB=0.00343208;RO=103;SAF=18;SAR=30;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110276;STB=0.564075;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00413816;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:103:103:48:48:0.317881:30:18:48:55:30:18:48:55 chr12 52842736 . T C 65.94 PASS AF=0.12963;AO=14;DP=108;FAO=14;FDP=108;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=0.0925411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.119;QD=2.44226;RBI=0.0971149;REFB=0.00684111;REVB=0.0294524;RO=94;SAF=6;SAR=8;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127274;STB=0.589347;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0281804;OID=.;OPOS=52842736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:108:108:94:94:14:14:0.12963:8:6:50:44:8:6:50:44 chr12 52843779 . T C 169.8 PASS AF=0.150579;AO=27;DP=254;FAO=39;FDP=259;FR=.;FRO=220;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=79;FSRR=141;FWDB=-0.00739457;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.086;QD=2.62244;RBI=0.00972675;REFB=-0.00654501;REVB=0.00631903;RO=217;SAF=9;SAR=18;SRF=77;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293253;STB=0.629735;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0245598;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:259:217:220:27:39:0.150579:18:9:77:140:19:20:79:141 chr12 52844265 . T C 907.01 PASS AF=0.373239;AO=105;DP=283;FAO=106;FDP=284;FR=.;FRO=178;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=88;FSRR=90;FWDB=0.00396402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.387;QD=12.7747;RBI=0.00496005;REFB=-0.00509197;REVB=-0.00298139;RO=177;SAF=48;SAR=57;SRF=88;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446023;STB=0.526142;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0073255;OID=.;OPOS=52844265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:284:177:178:105:106:0.373239:57:48:88:89:58:48:88:90 chr12 52845801 . T C 207.6 PASS AF=0.272727;AO=30;DP=109;FAO=30;FDP=110;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.0182481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.861;QD=7.54898;RBI=0.036761;REFB=-0.011975;REVB=-0.0319121;RO=79;SAF=14;SAR=16;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107479;STB=0.558244;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0222188;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:79:80:30:30:0.272727:16:14:30:49:16:14:31:49 chr12 52863038 . G A 339.18 PASS AF=0.298701;AO=46;DP=154;FAO=46;FDP=154;FR=.;FRO=108;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=67;FWDB=-0.00480834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.824;QD=8.80986;RBI=0.0409769;REFB=-0.00819963;REVB=-0.0406938;RO=108;SAF=21;SAR=25;SRF=41;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940643;STB=0.55483;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0173015;OID=.;OPOS=52863038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:108:108:46:46:0.298701:25:21:41:67:25:21:41:67 chr12 52863213 . C T 854.19 PASS AF=0.375465;AO=101;DP=269;FAO=101;FDP=269;FR=.;FRO=168;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=66;FSRR=102;FWDB=0.0132001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.176;QD=12.7017;RBI=0.0148496;REFB=-0.00552081;REVB=-0.00680202;RO=167;SAF=44;SAR=57;SRF=66;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457458;STB=0.527358;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00868224;OID=.;OPOS=52863213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:167:168:101:101:0.375465:57:44:66:101:57:44:66:102 chr12 52863621 . T G 361.84 PASS AF=0.335821;AO=45;DP=134;FAO=45;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0239692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.831;QD=10.8012;RBI=0.0247823;REFB=-0.00268809;REVB=-0.00629609;RO=87;SAF=19;SAR=26;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831821;STB=0.555753;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0048507;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:87:89:45:45:0.335821:26:19:43:44:26:19:45:44 chr12 52866060 . C T 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.317;QD=61.0485;RBI=0.0189821;REFB=0;REVB=0.00781942;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54667e-05;OID=.;OPOS=52866060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:45:33:0:0:45:33:0:0 chr12 52885316 . A G 381.07 PASS AF=0.251101;AO=57;DP=227;FAO=57;FDP=227;FR=.;FRO=170;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=81;FSRR=89;FWDB=-0.0377301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0754;QD=6.71488;RBI=0.0684521;REFB=0.00916541;REVB=-0.057115;RO=169;SAF=29;SAR=28;SRF=80;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443036;STB=0.524169;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.038498;OID=.;OPOS=52885316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:169:170:57:57:0.251101:28:29:80:89:28:29:81:89 chr12 52885339 . CC TT 238.48 PASS AF=0.172932;AO=46;DP=267;FAO=46;FDP=266;FR=.;FRO=220;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=110;FSRR=110;FWDB=0.0136178;FXX=0.00374518;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.843;QD=3.58615;RBI=0.0150805;REFB=-0.000903738;REVB=-0.0064789;RO=220;SAF=22;SAR=24;SRF=109;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222197;STB=0.517978;STBP=0.787;TYPE=mnp;VARB=0.00468595;OID=.;OPOS=52885339;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:220:220:46:46:0.172932:24:22:109:111:24:22:110:110 chr12 52885344 . G C 234.73 PASS AF=0.169118;AO=46;DP=272;FAO=46;FDP=272;FR=.;FRO=226;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=114;FSRR=112;FWDB=-0.00438599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.926;QD=3.4519;RBI=0.0330789;REFB=-0.00174297;REVB=-0.0327868;RO=226;SAF=22;SAR=24;SRF=114;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337926;STB=0.52173;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0100239;OID=.;OPOS=52885344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:226:226:46:46:0.169118:24:22:114:112:24:22:114:112 chr12 52885350 . T C 230.75 PASS AF=0.164286;AO=46;DP=280;FAO=46;FDP=280;FR=.;FRO=234;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=118;FSRR=116;FWDB=3.67889e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.521;QD=3.29643;RBI=0.00901617;REFB=-0.00102864;REVB=-0.00901609;RO=232;SAF=22;SAR=24;SRF=116;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280787;STB=0.52173;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00264305;OID=.;OPOS=52885350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:232:234:46:46:0.164286:24:22:116:116:24:22:118:116 chr12 52885374 . G C 162.68 PASS AF=0.13879;AO=35;DP=278;FAO=39;FDP=281;FR=.;FRO=242;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=130;FSRR=112;FWDB=-0.0269606;FXX=0.00706689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0335;QD=2.31579;RBI=0.0357441;REFB=-0.00898969;REVB=-0.0234685;RO=241;SAF=12;SAR=23;SRF=130;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246835;STB=0.608499;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0215539;OID=.;OPOS=52885374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:281:241:242:35:39:0.13879:23:12:130:111:23:16:130:112 chr12 52885377 . A G 171.93 PASS AF=0.137324;AO=39;DP=284;FAO=39;FDP=284;FR=.;FRO=245;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=129;FSRR=116;FWDB=-0.0230525;FXX=0.00699276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.198;QD=2.42155;RBI=0.0325062;REFB=-0.00313049;REVB=-0.022918;RO=245;SAF=17;SAR=22;SRF=129;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115372;STB=0.577866;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0222951;OID=.;OPOS=52885377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:245:245:39:39:0.137324:22:17:129:116:22:17:129:116 chr12 52885381 . C T 186.87 PASS AF=0.144366;AO=40;DP=284;FAO=41;FDP=284;FR=.;FRO=243;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=130;FSRR=113;FWDB=-0.00605244;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.123;QD=2.6319;RBI=0.00827405;REFB=0.000595927;REVB=0.00564162;RO=243;SAF=18;SAR=22;SRF=129;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103211;STB=0.581642;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00346028;OID=.;OPOS=52885381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:243:243:40:41:0.144366:22:18:129:114:23:18:130:113 chr12 52886478 . T C 465.85 PASS AF=0.305419;AO=62;DP=201;FAO=62;FDP=203;FR=.;FRO=141;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=62;FSRR=79;FWDB=0.00293625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.835;QD=9.17926;RBI=0.00541863;REFB=-0.011164;REVB=0.00455412;RO=136;SAF=23;SAR=39;SRF=59;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778334;STB=0.549826;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0148551;OID=.;OPOS=52886478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:136:141:62:62:0.305419:39:23:59:77:39:23:62:79 chr12 52886490 . A G 516.12 PASS AF=0.314815;AO=68;DP=216;FAO=68;FDP=216;FR=.;FRO=148;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=69;FSRR=79;FWDB=-0.0167463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.994;QD=9.55783;RBI=0.0183477;REFB=-0.0160101;REVB=-0.00749669;RO=142;SAF=26;SAR=42;SRF=69;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124094;STB=0.559119;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0333156;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:142:148:68:68:0.314815:42:26:69:73:42:26:69:79 chr12 52938364 . T C 1281.03 PASS AF=0.52766;AO=119;DP=233;FAO=124;FDP=235;FR=.;FRO=111;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=0.00174374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.529;QD=21.8048;RBI=0.00195143;REFB=-0.00698068;REVB=0.000876042;RO=110;SAF=41;SAR=78;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174933;STB=0.590726;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00522941;OID=.;OPOS=52938364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:235:110:111:119:124:0.52766:78:41:59:51:80:44:60:51 chr12 52938497 . A C 319.34 PASS AF=0.485714;AO=31;DP=67;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0154229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.389;QD=18.2478;RBI=0.0322952;REFB=-0.0221984;REVB=-0.0283745;RO=36;SAF=11;SAR=20;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19576;STB=0.57428;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0214844;OID=.;OPOS=52938497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:36:36:31:34:0.485714:20:11:20:16:20:14:20:16 chr12 52939407 . AGAGG AG,AGAGA 151.28 PASS AF=0.483871,0.0645161;AO=14,2;DP=31;FAO=15,2;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9,1;FSAR=6,1;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0256094,0.0450801;FXX=0.0312402;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=230.414,37.3967;QD=19.5198;RBI=0.0268663,0.0510557;REFB=-0.0195252,-0.0331379;REVB=0.00812135,-0.0239679;RO=13;SAF=9,1;SAR=5,1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.279836,0.204413;STB=0.616284,0.623834;STBP=0.227,0.757;TYPE=del,snp;VARB=0.0154263,0.00594525;OID=.,.;OPOS=52939408,52939411;OREF=GAG,G;OALT=-,A;OMAPALT=AG,AGAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871,0.0645161:14,2:31:15,2:31:14:9,1:6,1:5:9:99:13:9,1:5,1:4:9 chr12 52943144 . G A 537.09 PASS AF=0.515152;AO=51;DP=99;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0436806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3054;QD=21.7004;RBI=0.0448909;REFB=-0.0173065;REVB=0.0103534;RO=46;SAF=24;SAR=27;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00662124;STB=0.50417;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0168769;OID=.;OPOS=52943144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:48:51:51:0.515152:27:24:22:24:27:24:23:25 chr12 52965173 . T G 2066.11 PASS AF=0.971223;AO=135;DP=139;FAO=135;FDP=139;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.000937088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.891;QD=59.4564;RBI=0.00102409;REFB=-0.0236556;REVB=-0.000413075;RO=4;SAF=71;SAR=64;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00142099;STB=0.500748;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.000132788;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:139:139:4:4:135:135:0.971223:64:71:2:2:64:71:2:2 chr12 52965722 . T C 1657.65 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.129;QD=60.2782;RBI=0.0451242;REFB=0;REVB=0.0290909;RO=0;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05772e-05;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:63:46:0:0:63:47:0:0 chr12 52965761 . C T 1887.32 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.92;QD=61.3764;RBI=0.0436351;REFB=0;REVB=0.0375946;RO=0;SAF=52;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52851e-05;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:70:52:0:0:70:53:0:0 chr12 52965782 . T C 1696.61 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0747698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.436;QD=59.5304;RBI=0.126686;REFB=0.022075;REVB=-0.102268;RO=1;SAF=46;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102099;STB=0.505375;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.001802;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:67:46:1:0:67:46:1:0 chr12 52966249 . T A 1180.52 PASS AF=0.640244;AO=104;DP=163;FAO=105;FDP=164;FR=.;FRO=59;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0180776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8477;QD=28.7931;RBI=0.077067;REFB=-0.0196642;REVB=0.0749168;RO=59;SAF=44;SAR=60;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580881;STB=0.529095;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0115602;OID=.;OPOS=52966249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:59:59:104:105:0.640244:60:44:30:29:60:45:30:29 chr12 52967117 . C T 257.41 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0291377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.27;QD=23.9453;RBI=0.032638;REFB=0.0111282;REVB=0.0147048;RO=19;SAF=6;SAR=17;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281565;STB=0.662193;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00516029;OID=.;OPOS=52967117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:19:19:23:24:0.55814:17:6:11:8:18:6:11:8 chr12 52967436 . G A 2343.26 PASS AF=1;AO=145;DP=149;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846815;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.582;QD=63.7622;RBI=0.0388385;REFB=0;REVB=-0.0379041;RO=0;SAF=80;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530405;OID=.;OPOS=52967436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:147:0:0:145:147:1:65:80:0:0:65:82:0:0 chr12 52980761 . C T 386.63 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0010129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6378;QD=30.3237;RBI=0.0513257;REFB=-0.0120589;REVB=-0.0513157;RO=16;SAF=13;SAR=22;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00220192;STB=0.501198;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00460707;OID=.;OPOS=52980761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:22:13:6:10:22:13:6:10 chr12 52981627 . A T 418.16 PASS AF=0.379845;AO=47;DP=126;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=-0.0032895;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.694;QD=12.9663;RBI=0.0122518;REFB=-0.00885588;REVB=0.0118019;RO=79;SAF=15;SAR=32;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059084;STB=0.539861;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0170978;OID=.;OPOS=52981627;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:79:80:47:49:0.379845:32:15:29:50:34:15:29:51 chr12 52985293 . A G 1277.08 PASS AF=0.527897;AO=123;DP=231;FAO=123;FDP=233;FR=.;FRO=110;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=-0.032966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0134;QD=21.9241;RBI=0.0744819;REFB=-0.0167873;REVB=-0.0667892;RO=108;SAF=56;SAR=67;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145978;STB=0.512597;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0136235;OID=.;OPOS=52985293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:233:108:110:123:123:0.527897:67:56:51:57:67:56:53:57 chr12 52986187 . T C 396.89 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00187403;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.944;QD=23.0081;RBI=0.00350665;REFB=-0.0104584;REVB=0.00296388;RO=28;SAF=21;SAR=18;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137285;STB=0.574242;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00913143;OID=.;OPOS=52986187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:28:30:39:39:0.565217:18:21:10:18:18:21:11:19 chr12 52992812 . T C 885.34 PASS AF=0.597015;AO=80;DP=134;FAO=80;FDP=134;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00977941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5528;QD=26.4281;RBI=0.0406982;REFB=-0.0024343;REVB=0.0395058;RO=53;SAF=36;SAR=44;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259613;STB=0.509816;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0010165;OID=.;OPOS=52992812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:53:54:80:80:0.597015:44:36:22:31:44:36:23:31 chr12 52994955 . G A 565.09 PASS AF=0.55914;AO=51;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0121623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.824;QD=24.3049;RBI=0.0145214;REFB=-0.00965864;REVB=0.00793419;RO=39;SAF=19;SAR=32;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736097;STB=0.534341;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00698882;OID=.;OPOS=52994955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:41:51:52:0.55914:32:19:18:21:33:19:18:23 chr12 53011955 . G A 1434.21 PASS AF=0.540856;AO=138;DP=256;FAO=139;FDP=257;FR=.;FRO=118;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=68;FSRR=50;FWDB=0.000158857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.195;QD=22.3224;RBI=0.0031202;REFB=0.00750705;REVB=0.00311616;RO=117;SAF=61;SAR=77;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117024;STB=0.563058;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00710956;OID=.;OPOS=53011955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:257:117:118:138:139:0.540856:77:61:68:49:78:61:68:50 chr12 53045615 . A G 113.58 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=39;FWDB=-0.00296905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.741;QD=6.88352;RBI=0.0264894;REFB=-0.00309216;REVB=-0.0263225;RO=44;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417878;STB=0.766419;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00612006;OID=.;OPOS=53045615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:49:17:17:0.257576:7:10:10:34:7:10:10:39 chr12 53045626 . T C 267.89 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0242988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.618;QD=16.236;RBI=0.0343713;REFB=-0.0100879;REVB=-0.0243096;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159818;STB=0.58818;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0185127;OID=.;OPOS=53045626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:36:30:30:0.454545:18:12:8:25:18:12:9:27 chr12 53068882 . C T 448.75 PASS AF=0.335294;AO=57;DP=170;FAO=57;FDP=170;FR=.;FRO=113;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.0382298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.257;QD=10.5589;RBI=0.0382374;REFB=-0.00595543;REVB=-0.000761929;RO=111;SAF=19;SAR=38;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193655;STB=0.612204;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0101536;OID=.;OPOS=53068882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:111:113:57:57:0.335294:38:19:55:56:38:19:56:57 chr12 53069014 . T C 1086.74 PASS AF=0.554348;AO=102;DP=182;FAO=102;FDP=184;FR=.;FRO=82;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.107119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1915;QD=23.6248;RBI=0.124819;REFB=0.00117369;REVB=-0.0640727;RO=80;SAF=51;SAR=51;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504611;STB=0.527169;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00221748;OID=.;OPOS=53069014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:80:82:102:102:0.554348:51:51:35:45:51:51:36:46 chr12 53069117 . A AC,C 36.29 PASS AF=0.194444,0;AO=5,2;DP=42;FAO=7,0;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=6,0;FSAR=1,0;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0850228,-0.166567;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=83.9777,107.66;QD=4.03175;RBI=0.0850259,0.166567;REFB=-0.00327372,-0.00136864;REVB=-0.00073344,-0.000269938;RO=35;SAF=4,2;SAR=1,0;SRF=14;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.444013,0.483574;STB=0.903163,0.5;STBP=0.057,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0808415,0;OID=.,.;OPOS=53069118,53069117;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:42:36:35:29:5,2:7,0:0.194444,0:1,0:4,2:14:21:1,0:6,0:8:21 chr12 53069235 . G A 129.54 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0382066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0734;QD=12.3368;RBI=0.0382933;REFB=-0.0690375;REVB=-0.00257569;RO=25;SAF=15;SAR=2;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169479;STB=0.599866;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.110925;OID=.;OPOS=53069235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:2:15:20:5:2:15:20:5 chr12 53069243 . T C 35.45 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0399136;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.417;QD=4.17044;RBI=0.0464566;REFB=-0.0220858;REVB=-0.0237724;RO=29;SAF=4;SAR=2;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321877;STB=0.658106;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0519548;OID=.;OPOS=53069243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:36:34:29:28:6:6:0.176471:2:4:25:4:2:4:23:5 chr12 53070121 . T G 2319.79 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5283;QD=61.047;RBI=0.0648126;REFB=0;REVB=-0.0631816;RO=0;SAF=67;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183493;OID=.;OPOS=53070121;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:151:152:1:84:67:0:0:85:67:0:0 chr12 53070145 . G A 636.71 PASS AF=0.443038;AO=70;DP=158;FAO=70;FDP=158;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0122174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5862;QD=16.1193;RBI=0.0456236;REFB=-0.0101098;REVB=0.0439574;RO=87;SAF=31;SAR=39;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170146;STB=0.506584;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0146612;OID=.;OPOS=53070145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:87:88:70:70:0.443038:39:31:40:47:39:31:40:48 chr12 53085089 . T C 3459.18 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139317;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.183;QD=62.6096;RBI=0.0281861;REFB=0;REVB=0.0245023;RO=1;SAF=81;SAR=139;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584579;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41571e-06;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:221:1:0:220:221:1:139:81:1:0:140:81:0:0 chr12 53086645 . G A 331.71 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0100897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.766;QD=12.6368;RBI=0.0236576;REFB=-0.0278668;REVB=0.0213981;RO=63;SAF=26;SAR=14;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224022;STB=0.627954;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0389257;OID=.;OPOS=53086645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:65:40:40:0.380952:14:26:28:35:14:26:29:36 chr12 53088484 . C T 1088.59 PASS AF=0.536458;AO=102;DP=191;FAO=103;FDP=192;FR=.;FRO=89;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.00440732;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6664;QD=22.679;RBI=0.0274263;REFB=-0.00102093;REVB=0.0270699;RO=89;SAF=46;SAR=56;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207222;STB=0.513737;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00769253;OID=.;OPOS=53088484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:89:89:102:103:0.536458:56:46:38:51:56:47:38:51 chr12 53090190 . C T 341.46 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00411572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7124;QD=13.3906;RBI=0.0427612;REFB=-0.0062677;REVB=-0.0425627;RO=62;SAF=21;SAR=19;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00778917;STB=0.504423;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00923061;OID=.;OPOS=53090190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:19:21:33:29:19:21:33:29 chr12 53091566 . C A 520.21 PASS AF=0.380368;AO=62;DP=163;FAO=62;FDP=163;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.0126429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.789;QD=12.7658;RBI=0.0382425;REFB=-0.00206692;REVB=-0.0360922;RO=101;SAF=29;SAR=33;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299327;STB=0.516949;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00400827;OID=.;OPOS=53091566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:101:101:62:62:0.380368:33:29:50:51:33:29:50:51 chr12 53096913 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.686;QD=57.6796;RBI=0.0307065;REFB=0;REVB=0.0307065;RO=0;SAF=0;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68386e-05;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:31:0:0:0:31:0:0:0 chr12 53162528 . G A 2214.17 PASS AF=0.992958;AO=138;DP=141;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0386643;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.348;QD=62.3711;RBI=0.0638031;REFB=-0.0362083;REVB=0.0507534;RO=0;SAF=69;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503546;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000351155;OID=.;OPOS=53162528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:142:0:1:138:141:0.992958:69:69:0:0:71:70:1:0 chr12 53162773 . A G 1951.85 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3768;QD=61.9633;RBI=0.0615266;REFB=0;REVB=-0.00323672;RO=0;SAF=66;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221108;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:60:66:0:0:60:66:0:0 chr12 53165940 . C T 1788.82 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575372;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.942;QD=61.1563;RBI=0.00584622;REFB=0;REVB=0.0010359;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56282e-06;OID=.;OPOS=53165940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:116:117:1:56:60:0:0:56:61:0:0 chr12 53167395 . C T 1699.22 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778808;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3271;QD=60.6863;RBI=0.00879064;REFB=0;REVB=-0.0040769;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156739;OID=.;OPOS=53167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:65:47:0:0:65:47:0:0 chr12 53185492 . C T 803.68 PASS AF=0.568182;AO=75;DP=132;FAO=75;FDP=132;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0217381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9826;QD=24.3539;RBI=0.0384183;REFB=-0.0273783;REVB=0.0316768;RO=57;SAF=28;SAR=47;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191069;STB=0.510414;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.021232;OID=.;OPOS=53185492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:57:57:75:75:0.568182:47:28:20:37:47:28:20:37 chr12 53186122 . G A 316.04 PASS AF=0.361111;AO=38;DP=109;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0637064;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.028;QD=11.7053;RBI=0.0653974;REFB=-0.00921066;REVB=-0.0147756;RO=70;SAF=14;SAR=24;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167293;STB=0.579669;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.01418;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:70:69:38:39:0.361111:24:14:36:34:24:15:35:34 chr12 53204614 . C T 344.39 PASS AF=0.4;AO=40;DP=102;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.00377473;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.803;QD=13.1195;RBI=0.00378087;REFB=-0.0142747;REVB=0.000215403;RO=58;SAF=25;SAR=15;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23789;STB=0.599771;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.041161;OID=.;OPOS=53204614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:58:63:40:42:0.4:15:25:23:35:17:25:27:36 chr12 53207583 . C CCACCAAAGCCACCAGTGCCGAAACCAGCTCCGAAGCCGCCGG 50.0 PASS AO=54;DP=195;LEN=42;RO=141;SAF=18;SAR=59;SRF=56;SRR=62;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=53207584;OREF=-;OALT=CACCAAAGCCACCAGTGCCGAAACCAGCTCCGAAGCCGCCGG;OMAPALT=CCACCAAAGCCACCAGTGCCGAAACCAGCTCCGAAGCCGCCGG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:195:141:54:59:18:56:62 chr12 53217701 . C A 1547.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.655;QD=63.8271;RBI=0.0669772;REFB=0;REVB=0.00858628;RO=0;SAF=31;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9612e-05;OID=.;OPOS=53217701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:64:31:0:0:66:31:0:0 chr12 53227803 . A G 1306.76 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0229334;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8603;QD=58.7306;RBI=0.0316123;REFB=-0.00766447;REVB=-0.0217577;RO=3;SAF=7;SAR=79;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176526;STB=0.509315;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000262289;OID=.;OPOS=53227803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:86:86:0.966292:79:7:0:3:79:7:0:3 chr12 53242440 . A G 1090.27 PASS AF=0.60119;AO=99;DP=166;FAO=101;FDP=168;FR=.;FRO=67;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0194379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.109;QD=25.9588;RBI=0.0258953;REFB=-0.0445529;REVB=-0.0171095;RO=66;SAF=52;SAR=47;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373764;STB=0.500945;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.027894;OID=.;OPOS=53242440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:66:67:99:101:0.60119:47:52:35:31:48:53:35:32 chr12 53294381 . T C 383.3 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0133791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.929;QD=22.8835;RBI=0.0221546;REFB=-0.0236174;REVB=-0.0176585;RO=29;SAF=25;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320912;STB=0.517678;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0234145;OID=.;OPOS=53294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:13:25:18:11:13:25:18:11 chr12 53343460 . CA AC,CAC 995.56 PASS AF=0.04,0.96;AO=5,80;DP=102;FAO=4,96;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=4,44;FSAR=0,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453791,-0.0375409;FXX=0.0196059;HRUN=2,3;LEN=2,1;MLLD=11.6477,15.2447;QD=39.8225;RBI=0.0637939,0.0391551;REFB=-0.0126614,-0.0210992;REVB=0.0448375,0.0111267;RO=8;SAF=5,31;SAR=0,49;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.672922,-0.0861952;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.024599,0.0136478;OID=.,.;OPOS=53343460,53343462;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:102:100:8:0:5,80:4,96:0.04,0.96:0,49:5,31:7:1:0,52:4,44:0:0 chr12 53433089 . C A 3351.19 PASS AF=1;AO=216;DP=218;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993913;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.21;QD=62.059;RBI=0.0418053;REFB=-0.0353992;REVB=0.0406067;RO=1;SAF=79;SAR=137;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346514;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08038e-05;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:218:216:1:0:216:216:1:137:79:0:1:137:79:0:0 chr12 53433486 . C T 132.0 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00782852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.556;QD=7.65205;RBI=0.0145129;REFB=-0.0040537;REVB=-0.0122204;RO=50;SAF=12;SAR=7;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401306;STB=0.524246;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0114913;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:7:12:30:20:7:12:30:20 chr12 53442956 . G C 424.77 PASS AF=0.354839;AO=53;DP=142;FAO=55;FDP=155;FR=.;FRO=100;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.000132691;FXX=0.0189861;HRUN=6;LEN=1;MLLD=50.4925;QD=10.9617;RBI=0.0192301;REFB=-0.0183997;REVB=0.0192296;RO=89;SAF=20;SAR=33;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156233;STB=0.584008;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0330577;OID=.;OPOS=53442956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:155:89:100:53:55:0.354839:33:20:46:43:35:20:49:51 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 533.3 PASS AF=0.5;AO=76;DP=147;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.00516009;FXX=0.0493797;HRUN=2;LEN=11;MLLD=330.162;QD=13.852;RBI=0.00570104;REFB=-0.0241537;REVB=0.00242392;RO=48;SAF=45;SAR=31;SRF=30;SRR=18;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=-0.0244281;STB=0.591116;STBP=0.027;TYPE=del;VARB=0.0251362;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:76:147:77:154:77:46:31:32:45:99:48:45:31:30:18 chr12 53453844 . C T 980.76 PASS AF=0.379661;AO=110;DP=296;FAO=112;FDP=295;FR=.;FRO=183;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=103;FSRR=80;FWDB=0.00450553;FXX=0.00673378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.321;QD=13.2985;RBI=0.00649632;REFB=-0.0259198;REVB=-0.00468;RO=186;SAF=55;SAR=55;SRF=105;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718213;STB=0.544457;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0463001;OID=.;OPOS=53453844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:295:186:183:110:112:0.379661:55:55:105:81:57:55:103:80 chr12 53473083 . A AC 79.14 PASS AF=0.228346;AO=29;DP=132;FAO=29;FDP=127;FR=.;FRO=98;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=-0.0274014;FXX=0.0729874;HRUN=0;LEN=1;MLLD=71.5842;QD=2.49259;RBI=0.0458477;REFB=0.00210298;REVB=-0.0367583;RO=94;SAF=2;SAR=27;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616463;STB=0.87708;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0589626;OID=.;OPOS=53473084;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.228346:29:132:29:127:98:2:27:42:56:79:94:2:27:44:50 chr12 53495843 . G C 232.22 PASS AF=0.315789;AO=28;DP=89;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.021266;FXX=0.0206164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.829;QD=9.7777;RBI=0.0330888;REFB=-0.00684634;REVB=-0.02535;RO=60;SAF=13;SAR=15;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195556;STB=0.599936;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0253447;OID=.;OPOS=53495843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:95:60:65:28:30:0.315789:15:13:38:22:15:15:42:23 chr12 53509339 . GC TT 2546.62 PASS AF=0.609499;AO=210;DP=350;FAO=231;FDP=379;FR=.;FRO=148;FSAF=109;FSAR=122;FSRF=68;FSRR=80;FWDB=0.018813;FXX=0.00263151;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.316;QD=26.8772;RBI=0.0450185;REFB=-0.0336911;REVB=0.0408991;RO=138;SAF=98;SAR=112;SRF=68;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192282;STB=0.504861;STBP=0.797;TYPE=mnp;VARB=0.0215706;OID=.;OPOS=53509339;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:379:138:148:210:231:0.609499:112:98:68:70:122:109:68:80 chr12 53509933 . C T 1567.57 PASS AF=0.652381;AO=137;DP=209;FAO=137;FDP=210;FR=.;FRO=73;FSAF=73;FSAR=64;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00958181;FXX=0.00473911;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.597;QD=29.8584;RBI=0.0152001;REFB=-0.0187303;REVB=0.0117996;RO=72;SAF=73;SAR=64;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211043;STB=0.509064;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00965754;OID=.;OPOS=53509933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:72:73:137:137:0.652381:64:73:36:36:64:73:37:36 chr12 53563865 . G A 914.89 PASS AF=0.542683;AO=89;DP=161;FAO=89;FDP=164;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0135422;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.313;QD=22.3145;RBI=0.0142176;REFB=-0.0180673;REVB=0.00433008;RO=70;SAF=43;SAR=46;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210404;STB=0.504662;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0126628;OID=.;OPOS=53563865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:70:75:89:89:0.542683:46:43:32:38:46:43:37:38 chr12 53574366 . C T 1372.53 PASS AF=0.466019;AO=144;DP=309;FAO=144;FDP=309;FR=.;FRO=165;FSAF=89;FSAR=55;FSRF=92;FSRR=73;FWDB=0.0243536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.564;QD=17.7674;RBI=0.0246928;REFB=-0.0261284;REVB=-0.00407886;RO=161;SAF=89;SAR=55;SRF=89;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650197;STB=0.533653;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0260809;OID=.;OPOS=53574366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:161:165:144:144:0.466019:55:89:89:72:55:89:92:73 chr12 53574631 . A C 301.53 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00648606;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.875;QD=16.5221;RBI=0.0284092;REFB=-0.00327972;REVB=-0.0276589;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107716;STB=0.560431;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00349039;OID=.;OPOS=53574631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:40:33:33:0.452055:17:16:15:25:17:16:15:25 chr12 53604768 . A G 432.07 PASS AF=0.655738;AO=39;DP=62;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0118145;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.316;QD=28.3323;RBI=0.013116;REFB=-0.0139074;REVB=0.00569615;RO=21;SAF=12;SAR=27;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875058;STB=0.539489;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00810693;OID=.;OPOS=53604768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:21:21:39:40:0.655738:27:12:9:12:27:13:9:12 chr12 53607263 . AG A,GA 229.68 PASS AF=0.290698,0.244186;AO=31,9;DP=79;FAO=25,21;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=24,0;FSAR=1,21;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.105923,-0.0253964;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=9.68259,116.768;QD=10.6826;RBI=0.274715,0.140552;REFB=-0.138166,-0.0127062;REVB=-0.253473,-0.138238;RO=30;SAF=27,0;SAR=4,9;SRF=23;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.17276,-0.810629;STB=0.856734,0.999485;STBP=0.002,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.162812,-0.0850064;OID=.,.;OPOS=53607264,53607263;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:79:86:30:40:31,9:25,21:0.290698,0.244186:4,9:27,0:23:7:1,21:24,0:28:12 chr12 53647373 . T C 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.73;QD=59.9237;RBI=0.0385698;REFB=0;REVB=-0.0385563;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46863e-05;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr12 53662624 . C A 1705.26 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.138;QD=60.3632;RBI=0.031645;REFB=0;REVB=0.0100221;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79342e-05;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:111:113:1:61:50:0:0:62:51:0:0 chr12 53670545 . C A 4049.98 PASS AF=0.988889;AO=257;DP=261;FAO=267;FDP=270;FR=.;FRO=3;FSAF=129;FSAR=138;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00911731;FXX=0.0036899;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.0638;QD=59.9997;RBI=0.0162222;REFB=0.0689239;REVB=0.0134177;RO=3;SAF=121;SAR=136;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303494;STB=0.501667;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00146029;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:261:270:3:3:257:267:0.988889:136:121:1:2:138:129:1:2 chr12 53681883 . A T 1287.27 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00520019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.89;QD=60.5774;RBI=0.00524532;REFB=0.0114719;REVB=-0.000686594;RO=1;SAF=40;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116948;STB=0.506171;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-3.66018e-05;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:44:40:1:0:44:40:1:0 chr12 53682326 . G A 4242.76 PASS AF=0.958763;AO=280;DP=291;FAO=279;FDP=291;FR=.;FRO=12;FSAF=144;FSAR=135;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0334656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5304;QD=58.3197;RBI=0.0388028;REFB=-0.12724;REVB=0.0196394;RO=8;SAF=145;SAR=135;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756827;STB=0.500666;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0038911;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:291:291:8:12:280:279:0.958763:135:145:3:5:135:144:6:6 chr12 53686703 . G A 1824.47 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206216;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0517;QD=61.3267;RBI=0.0773385;REFB=0;REVB=0.0745386;RO=0;SAF=45;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15375e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407167;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:74:45:0:0:74:45:0:0 chr12 53693532 . AA CC,GC 670.9 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=2,46;DP=48;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486285,0.00661443;FXX=0.078416;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=78.227,156.02;QD=57.0977;RBI=0.0280418,0.00867394;REFB=0,0;REVB=-0.0276169,-0.00561129;RO=0;SAF=1,20;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.345493,-0.00421633;OID=.,.;OPOS=53693532,53693532;OREF=AA,AA;OALT=CC,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:48:47:0:0:2,46:1,46:0.0212766,0.978723:1,26:1,20:0:0:1,26:0,20:0:0 chr12 53700848 . C T 4008.4 PASS AF=0.992395;AO=257;DP=258;FAO=261;FDP=263;FR=.;FRO=2;FSAF=135;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00912665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7967;QD=60.9642;RBI=0.0131905;REFB=-0.00438133;REVB=0.00952331;RO=0;SAF=133;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14604e-08;STB=0.503937;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-1.6253e-05;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:258:263:0:2:257:261:0.992395:124:133:0:0:126:135:0:2 chr12 53700860 . A G 4288.25 PASS AF=1;AO=273;DP=277;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00280146;FXX=0.014388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.188;QD=62.6023;RBI=0.0646912;REFB=0.00820707;REVB=0.0646305;RO=2;SAF=140;SAR=133;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000177956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115741;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:277:274:2:0:273:274:1:133:140:1:1:134:140:0:0 chr12 53703021 . G A 1622.25 PASS AF=0.965217;AO=111;DP=115;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0307478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9422;QD=56.4259;RBI=0.0551946;REFB=-0.228631;REVB=0.0458369;RO=4;SAF=43;SAR=68;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271068;STB=0.514283;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00841878;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:115:115:4:4:111:111:0.965217:68:43:0:4:68:43:0:4 chr12 53722098 . A G 2421.05 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.071;QD=61.2924;RBI=0.00779184;REFB=0;REVB=0.000950873;RO=0;SAF=80;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38067e-06;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:78:80:0:0:78:80:0:0 chr12 53722128 . G A 1617.87 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0098;QD=59.9211;RBI=0.120362;REFB=0;REVB=0.0168361;RO=2;SAF=55;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169435;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512327;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:2:0:106:108:1:51:55:2:0:51:57:0:0 chr12 53722219 . G C 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0281549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.2;QD=19.7635;RBI=0.0359928;REFB=0.00936371;REVB=-0.0224229;RO=33;SAF=20;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18018;STB=0.599944;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00876857;OID=.;OPOS=53722219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:15:20:12:21:15:20:12:21 chr12 53928407 . TGG TG,TGT 858.4 PASS AF=0.885246,0.114754;AO=41,16;DP=124;FAO=108,14;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0;FSAR=57,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.0068,0.140614;FXX=0.0161277;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.96338,137.911;QD=28.1443;RBI=1.03306,0.144895;REFB=0,0;REVB=0.231452,-0.0349598;RO=56;SAF=3,0;SAR=38,16;SRF=40;SRR=16;SSEN=0.425926,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.719477,-0.81526;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0373934,0.10102;OID=.,.;OPOS=53928408,53928409;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.885246,0.114754:41,16:124:108,14:122:0:51,0:57,14:0:0:56:56:3,0:38,16:40:16 chr12 54067544 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00626563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6345;QD=53.9111;RBI=0.0147128;REFB=0;REVB=0.013312;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116228;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr12 54067603 . CAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAGA,CAAAATAAAAAAA 328.01 PASS AF=0,0.571429,0.0285714,0.2,0.2;AO=6,8,2,2,2;DP=35;FAO=0,20,1,7,7;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,1,7,0;FSAR=0,20,0,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153576,0.116031,0.0390115,0.0325959,0.0173601;FXX=0.124969;HRUN=16,16,16,16,16;LEN=3,4,1,1,1;MLLD=6.93856,9.17641,102.176,97.371,63.2333;QD=37.4866;RBI=0.158938,0.120043,0.0392875,0.0329711,0.0180177;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.0409349,0.0307758,-0.0046481,-0.00495956,-0.00482355;RO=0;SAF=0,0,2,2,0;SAR=6,8,0,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp,snp;VARB=0.0606673,0.00957824,-0.0159021,0.00415892,0.0250751;OID=.,.,.,.,.;OPOS=54067604,54067604,54067615,54067614,54067608;OREF=AAA,AAAA,A,A,A;OALT=-,-,G,G,T;OMAPALT=CAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAGA,CAAAATAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.571429,0.0285714,0.2,0.2:6,8,2,2,2:35:0,20,1,7,7:35:0:0,0,1,7,0:0,20,0,0,7:0:0:45:0:0,0,2,2,0:6,8,0,0,2:0:0 chr12 54109659 . C T 945.16 PASS AF=0.423237;AO=102;DP=241;FAO=102;FDP=241;FR=.;FRO=139;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=75;FSRR=64;FWDB=0.106116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9373;QD=15.6872;RBI=0.126135;REFB=-0.0101197;REVB=0.0681863;RO=138;SAF=50;SAR=52;SRF=74;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474588;STB=0.52845;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0163235;OID=.;OPOS=54109659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:138:139:102:102:0.423237:52:50:74:64:52:50:75:64 chr12 54109733 . A G 1292.78 PASS AF=0.410765;AO=145;DP=353;FAO=145;FDP=353;FR=.;FRO=208;FSAF=69;FSAR=76;FSRF=113;FSRR=95;FWDB=-0.00895612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.575;QD=14.6491;RBI=0.0635391;REFB=-0.00905933;REVB=-0.0629047;RO=207;SAF=69;SAR=76;SRF=112;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686346;STB=0.539654;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.010519;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:353:207:208:145:145:0.410765:76:69:112:95:76:69:113:95 chr12 54110197 . A G 259.99 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0233472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.012;QD=31.5137;RBI=0.0241187;REFB=0.0132696;REVB=-0.00605136;RO=10;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117255;STB=0.564459;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00798583;OID=.;OPOS=54110197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:14:9:6:4:14:9:6:4 chr12 54340077 . G A 2335.72 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.226;QD=61.0646;RBI=0.012482;REFB=0;REVB=-0.0113368;RO=0;SAF=88;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13679e-05;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:65:88:0:0:65:88:0:0 chr12 54367061 . T G 2277.92 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013324;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.237;QD=63.718;RBI=0.0178117;REFB=0;REVB=0.0118206;RO=0;SAF=84;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49877e-05;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:59:84:0:0:59:84:0:0 chr12 54370108 . G T 725.55 PASS AF=0.60177;AO=68;DP=113;FAO=68;FDP=113;FR=.;FRO=45;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0173178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.304;QD=25.683;RBI=0.0308374;REFB=-0.0096411;REVB=-0.0255155;RO=45;SAF=41;SAR=27;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359297;STB=0.519541;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00532069;OID=.;OPOS=54370108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:45:45:68:68:0.60177:27:41:25:20:27:41:25:20 chr12 54379670 . C T 945.66 PASS AF=0.537572;AO=94;DP=174;FAO=93;FDP=173;FR=.;FRO=80;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.00833222;FXX=0.0057468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.023;QD=21.8648;RBI=0.00922839;REFB=-0.00417696;REVB=0.00396703;RO=75;SAF=53;SAR=41;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111725;STB=0.578356;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00256541;OID=.;OPOS=54379670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:75:80:94:93:0.537572:41:53:32:43:40:53:32:48 chr12 54496166 . G T 234.16 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0166695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9016;QD=10.7661;RBI=0.0288078;REFB=0.0020691;REVB=-0.023495;RO=58;SAF=17;SAR=12;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119097;STB=0.56933;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00473766;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:58:29:29:0.333333:12:17:28:30:12:17:28:30 chr12 54496219 . A G 223.73 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0255004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.779;QD=12.7848;RBI=0.0349942;REFB=0.0131728;REVB=-0.0239651;RO=43;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105091;STB=0.560394;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0269016;OID=.;OPOS=54496219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:10:17:23:20:10:17:23:20 chr12 54799450 . A G 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000427147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.041;QD=56.9338;RBI=0.0086789;REFB=0;REVB=0.00866838;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79254e-06;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr12 54905815 . C G 2084.5 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0786839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.317;QD=61.7631;RBI=0.0820685;REFB=-0.0318986;REVB=0.0233257;RO=1;SAF=69;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725695;STB=0.503816;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000136311;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:65:69:0:1:65:69:0:1 chr12 54970454 . T C 1392.07 PASS AF=0.602804;AO=126;DP=214;FAO=129;FDP=214;FR=.;FRO=85;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.00757356;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1373;QD=26.0199;RBI=0.0281106;REFB=-0.0521108;REVB=-0.0270712;RO=84;SAF=59;SAR=67;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206485;STB=0.508842;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0291172;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:84:85:126:129:0.602804:67:59:37:47:70:59:37:48 chr12 54972992 . T C 1513.25 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029171;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6716;QD=59.9307;RBI=0.0310814;REFB=0;REVB=-0.0107289;RO=0;SAF=14;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463578;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:87:14:0:0:87:14:0:0 chr12 54973623 . T C 1328.14 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.87;QD=61.064;RBI=0.0477473;REFB=-0.0768331;REVB=0.0383919;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239422;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:87:87:1:0:86:87:1:41:45:0:1:42:45:0:0 chr12 54974803 . C T 1861.25 PASS AF=0.612546;AO=163;DP=268;FAO=166;FDP=271;FR=.;FRO=105;FSAF=82;FSAR=84;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=0.00271278;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.763;QD=27.4723;RBI=0.00375022;REFB=-0.0198314;REVB=0.00258939;RO=103;SAF=79;SAR=84;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133974;STB=0.517969;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0111865;OID=.;OPOS=54974803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:271:103:105:163:166:0.612546:84:79:48:55:84:82:47:58 chr12 54975837 . T C 4718.04 PASS AF=0.951807;AO=313;DP=331;FAO=316;FDP=332;FR=.;FRO=16;FSAF=129;FSAR=187;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.10348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4376;QD=56.8439;RBI=0.10593;REFB=-0.159049;REVB=-0.0226494;RO=16;SAF=126;SAR=187;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332062;STB=0.516938;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0074253;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:331:332:16:16:313:316:0.951807:187:126:12:4:187:129:12:4 chr12 55248357 . G T 2064.86 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.072;QD=62.5716;RBI=0.057633;REFB=0;REVB=0.0257771;RO=0;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12524e-05;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:68:64:0:0:68:64:0:0 chr12 55250612 . A G 1829.27 PASS AF=0.98374;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0104543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.313;QD=59.4885;RBI=0.0104637;REFB=0.00523692;REVB=0.000443425;RO=2;SAF=57;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016373;STB=0.508619;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000273364;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:123:2:2:120:121:0.98374:63:57:2:0:64:57:2:0 chr12 55344024 . G A 3140.01 PASS AF=1;AO=202;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988607;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1398;QD=61.5688;RBI=0.0689656;REFB=0;REVB=0.0682534;RO=0;SAF=102;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57819e-05;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:204:0:0:202:204:1:100:102:0:0:101:103:0:0 chr12 55344133 . C G 4926.2 PASS AF=0.98452;AO=318;DP=324;FAO=318;FDP=323;FR=.;FRO=5;FSAF=135;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0110666;FXX=0.00308632;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.918;QD=61.0055;RBI=0.0244185;REFB=-0.0220975;REVB=0.0217668;RO=4;SAF=135;SAR=183;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103105;STB=0.506738;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000765514;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:324:323:4:5:318:318:0.98452:183:135:0:4:183:135:0:5 chr12 55355033 . C T 1779.0 PASS AF=0.597786;AO=161;DP=271;FAO=162;FDP=271;FR=.;FRO=109;FSAF=69;FSAR=93;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=-0.0423274;FXX=0.00367634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7148;QD=26.2583;RBI=0.0512427;REFB=0.0306567;REVB=0.0288825;RO=110;SAF=69;SAR=92;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000995189;STB=0.501608;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0205444;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:110:109:161:162:0.597786:92:69:47:63:93:69:46:63 chr12 55368245 . G A 2097.34 PASS AF=0.573134;AO=192;DP=334;FAO=192;FDP=335;FR=.;FRO=143;FSAF=96;FSAR=96;FSRF=64;FSRR=79;FWDB=0.0179742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.188;QD=25.0429;RBI=0.0216066;REFB=-0.0118688;REVB=-0.0119906;RO=140;SAF=96;SAR=96;SRF=61;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500786;STB=0.522386;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00874923;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:335:140:143:192:192:0.573134:96:96:61:79:96:96:64:79 chr12 55688267 . G A 372.48 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.000701877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.882;QD=17.7371;RBI=0.019256;REFB=-0.00879193;REVB=-0.0192432;RO=45;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526785;STB=0.529397;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00732214;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:24:15:15:30:24:15:15:30 chr12 55714772 . G A 208.75 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0204538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.742;QD=18.152;RBI=0.0368734;REFB=-0.00731735;REVB=0.0306805;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733611;STB=0.541627;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00709255;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:10:15:11:10:10:15 chr12 55714876 . C G 424.34 PASS AF=0.525;AO=41;DP=79;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00671173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2306;QD=21.2172;RBI=0.0228538;REFB=-0.0136369;REVB=0.0218461;RO=38;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811644;STB=0.538904;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0156834;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:38:38:41:42:0.525:21:20:15:23:22:20:15:23 chr12 55715119 . G A 452.41 PASS AF=0.505618;AO=44;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0344452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.492;QD=20.3331;RBI=0.0344642;REFB=-0.00719711;REVB=-0.00114269;RO=43;SAF=20;SAR=24;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051064;STB=0.527724;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0051233;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:44:44:45:0.505618:24:20:22:21:24:21:23:21 chr12 55794976 . A G 1440.34 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0249753;FXX=0.0204061;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.576;QD=60.0143;RBI=0.0256849;REFB=-0.1585;REVB=0.00599578;RO=3;SAF=48;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0089248;STB=0.50471;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.000416019;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:97:96:3:3:93:93:0.96875:45:48:2:1:45:48:2:1 chr12 55805647 . A G 1525.28 PASS AF=0.462209;AO=156;DP=335;FAO=159;FDP=344;FR=.;FRO=185;FSAF=89;FSAR=70;FSRF=92;FSRR=93;FWDB=-0.0102858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.395;QD=17.7358;RBI=0.0454331;REFB=-0.00584849;REVB=-0.0442535;RO=179;SAF=89;SAR=67;SRF=91;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608168;STB=0.533793;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00853917;OID=.;OPOS=55805647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:344:179:185:156:159:0.462209:67:89:91:88:70:89:92:93 chr12 55806134 . T C 353.41 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00317321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.23;QD=12.2924;RBI=0.00708391;REFB=-0.00226653;REVB=0.00633344;RO=72;SAF=21;SAR=22;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636745;STB=0.536262;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00382867;OID=.;OPOS=55806134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:72:72:43:43:0.373913:22:21:31:41:22:21:31:41 chr12 55806238 . A G 780.74 PASS AF=0.544118;AO=74;DP=136;FAO=74;FDP=136;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0165851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.209;QD=22.9629;RBI=0.0248741;REFB=-0.0163325;REVB=-0.018538;RO=61;SAF=30;SAR=44;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139999;STB=0.573126;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0129915;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:61:62:74:74:0.544118:44:30:35:26:44:30:35:27 chr12 55806437 . T C 514.12 PASS AF=0.294872;AO=68;DP=233;FAO=69;FDP=234;FR=.;FRO=165;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=70;FSRR=95;FWDB=0.0119573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.127;QD=8.78834;RBI=0.03775;REFB=0.00242495;REVB=0.0358062;RO=164;SAF=33;SAR=35;SRF=70;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711492;STB=0.538278;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00526932;OID=.;OPOS=55806437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:164:165:68:69:0.294872:35:33:70:94:36:33:70:95 chr12 55807293 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.53;QD=54.5168;RBI=0.0432505;REFB=0;REVB=-0.0419773;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308655;OID=.;OPOS=55807293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr12 55807588 . C T 260.63 PASS AF=0.202703;AO=45;DP=222;FAO=45;FDP=222;FR=.;FRO=177;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=141;FSRR=36;FWDB=0.0313971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.614;QD=4.6961;RBI=0.0335935;REFB=-0.00351696;REVB=0.0119476;RO=177;SAF=32;SAR=13;SRF=141;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146444;STB=0.589171;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0142883;OID=.;OPOS=55807588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:177:177:45:45:0.202703:13:32:141:36:13:32:141:36 chr12 55808469 . C G 3186.19 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871254;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1045;QD=61.8678;RBI=0.0476653;REFB=0;REVB=-0.0468623;RO=0;SAF=107;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99718e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.8543e-05;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:206:0:0:206:206:1:99:107:0:0:99:107:0:0 chr12 55820121 . C T 674.44 PASS AF=0.598131;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=107;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0921536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7679;QD=25.2126;RBI=0.0957461;REFB=0.00703006;REVB=-0.0259814;RO=42;SAF=25;SAR=39;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046684;STB=0.531004;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00603106;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:42:43:64:64:0.598131:39:25:19:23:39:25:20:23 chr12 55863224 . C G 562.91 PASS AF=0.468254;AO=59;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0085971;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6766;QD=17.87;RBI=0.0221503;REFB=0.0063222;REVB=-0.0204139;RO=65;SAF=22;SAR=37;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423886;STB=0.51696;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00333469;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:67:59:59:0.468254:37:22:27:38:37:22:27:40 chr12 55863330 . A T 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00166532;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.314;QD=19.6555;RBI=0.00232575;REFB=-0.0221757;REVB=-0.00162352;RO=40;SAF=12;SAR=28;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101925;STB=0.556789;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0194382;OID=.;OPOS=55863330;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:28:12:16:24:28:12:16:24 chr12 55863381 . A G 394.25 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0308174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7578;QD=28.1607;RBI=0.042827;REFB=-0.0739683;REVB=-0.0297395;RO=18;SAF=17;SAR=20;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769005;STB=0.549435;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0236407;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:19:37:37:0.660714:20:17:6:12:20:17:6:13 chr12 55886294 . G A 280.74 PASS AF=0.555556;AO=28;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.000245621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.443;QD=20.7953;RBI=0.0846528;REFB=0.0110385;REVB=-0.0846525;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908685;STB=0.545772;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.0103294;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:24:28:30:0.555556:16:12:7:15:17:13:8:16 chr12 55886486 . G GA 357.95 PASS AF=0.644737;AO=8;DP=80;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00403571;FXX=0.0499937;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.3658;QD=18.8394;RBI=0.0917702;REFB=-0.00832063;REVB=0.0916815;RO=71;SAF=3;SAR=5;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121887;STB=0.502954;STBP=0.966;TYPE=ins;VARB=0.0057129;OID=.;OPOS=55886487;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.644737:8:80:49:76:27:24:25:13:14:99:71:3:5:34:37 chr12 55886489 . T A 459.52 PASS AF=0.5875;AO=43;DP=74;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0314339;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.126;QD=22.9761;RBI=0.0867223;REFB=-0.0416187;REVB=0.0808249;RO=31;SAF=21;SAR=22;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344;STB=0.519438;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0169294;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:80:31:33:43:47:0.5875:22:21:15:16:25:22:17:16 chr12 55945119 . A G 1497.43 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349024;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.245;QD=58.7228;RBI=0.040439;REFB=0;REVB=0.0204239;RO=0;SAF=33;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243228;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:102:0:0:99:102:1:66:33:0:0:66:36:0:0 chr12 56089357 . C T 3152.08 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0953627;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.946;QD=63.6785;RBI=0.0958318;REFB=-0.093983;REVB=0.00947;RO=1;SAF=67;SAR=131;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00362206;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110715;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:198:1:0:198:198:1:131:67:0:1:131:67:0:0 chr12 56151291 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.322;QD=53.9112;RBI=0.01758;REFB=0;REVB=0.0107358;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95134e-05;OID=.;OPOS=56151291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr12 56236531 . A G 5414.25 PASS AF=1;AO=328;DP=328;FAO=342;FDP=342;FR=.;FRO=0;FSAF=200;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4049;QD=63.3246;RBI=0.0661872;REFB=0;REVB=-0.0444564;RO=0;SAF=190;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1519e-05;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:328:342:0:0:328:342:1:138:190:0:0:142:200:0:0 chr12 56295734 . A G 573.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.239;QD=60.3662;RBI=0.0618197;REFB=0;REVB=0.0610052;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139334;OID=.;OPOS=56295734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:15:21:0:0:17:21:0:0 chr12 56330572 . G A 3145.39 PASS AF=0.985782;AO=207;DP=211;FAO=208;FDP=211;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=125;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0108599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.396;QD=59.6282;RBI=0.0358703;REFB=-0.0877822;REVB=0.0341869;RO=4;SAF=82;SAR=125;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00391503;STB=0.500974;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.000609957;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:211:211:4:3:207:208:0.985782:125:82:2:2:125:83:1:2 chr12 56335107 . A G 1368.61 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00381787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.031;QD=60.1588;RBI=0.00384647;REFB=-0.0138846;REVB=-0.000468249;RO=2;SAF=37;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249252;STB=0.513155;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000175034;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:52:37:2:0:52:37:2:0 chr12 56348028 . G A 1327.2 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0712;QD=61.7303;RBI=0.0182402;REFB=0;REVB=-0.0130311;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120645;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:36:49:0:0:36:50:0:0 chr12 56351346 . G A 436.38 PASS AF=0.369565;AO=51;DP=135;FAO=51;FDP=138;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=-0.0132387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.725;QD=12.6486;RBI=0.0166012;REFB=-0.00237474;REVB=-0.0100168;RO=84;SAF=28;SAR=23;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169801;STB=0.605748;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00571085;OID=.;OPOS=56351346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:84:87:51:51:0.369565:23:28:33:51:23:28:33:54 chr12 56366370 . CTTTTTTT CTTTTTTG,CTT,CTTT,CTTTT 159.84 PASS AF=0.25,0.0416667,0,0.708333;AO=2,4,3,4;DP=28;FAO=6,1,0,17;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,0,17;FSAR=6,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221631,-0.0430823,-0.0535839,-0.0707679;FXX=0.142806;HRUN=17,17,17,17;LEN=1,5,4,3;MLLD=143.791,10.3786,7.90574,6.51606;QD=26.6403;RBI=0.0233868,0.0708681,0.0881282,0.116261;REFB=0.0282677,0.0862454,0.100358,0.116429;REVB=-0.00746593,-0.056269,-0.0699667,-0.0922417;RO=2;SAF=0,4,3,4;SAR=2,0,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.727176,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=-0.00184449,0.0657384,0.00449557,0.0210072;OID=.,.,.,.;OPOS=56366377,56366371,56366371,56366371;OREF=T,TTTTT,TTTT,TTT;OALT=G,-,-,-;OMAPALT=CTTTTTTG,CTT,CTTT,CTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.25,0.0416667,0,0.708333:2,4,3,4:28:6,1,0,17:24:0:0,1,0,17:6,0,0,0:0:0:43:2:0,4,3,4:2,0,0,0:2:0 chr12 56398454 . G C 2005.29 PASS AF=0.992424;AO=129;DP=130;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0872681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4028;QD=60.7665;RBI=0.0986323;REFB=-0.0288713;REVB=-0.0459632;RO=1;SAF=55;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637921;STB=0.503267;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000746613;OID=.;OPOS=56398454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:132:1:1:129:131:0.992424:74:55:0:1:76:55:0:1 chr12 56411918 . TAAAATG TAAATG,TAAATGT 1238.24 PASS AF=0.950704,0.0492958;AO=16,11;DP=139;FAO=135,7;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=69,7;FSAR=66,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.323189,-0.22586;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=11.0452,152.532;QD=34.8801;RBI=1.07024,0.238685;REFB=0,0;REVB=1.02027,0.0771857;RO=71;SAF=15,11;SAR=1,0;SRF=8;SRR=63;SSEN=0,0;SSEP=0.422302,0;SSSB=0.818904,0.839569;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0262106,0.177871;OID=.,.;OPOS=56411919,56411922;OREF=A,ATG;OALT=-,TGT;OMAPALT=TAAATG,TAAATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.950704,0.0492958:16,11:139:135,7:142:0:69,7:66,0:0:0:10:71:15,11:1,0:8:63 chr12 56435929 . C G 954.87 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.957;QD=58.7609;RBI=0.0558384;REFB=0;REVB=0.0235838;RO=0;SAF=48;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442688;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:17:48:0:0:17:48:0:0 chr12 56478854 . G C 136.36 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0705058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.547;QD=6.99293;RBI=0.0718706;REFB=-0.00293274;REVB=-0.0139397;RO=58;SAF=11;SAR=9;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144538;STB=0.5877;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0165072;OID=.;OPOS=56478854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:20:20:0.25641:9:11:25:33:9:11:25:33 chr12 56494991 . G A 783.34 PASS AF=0.615385;AO=72;DP=117;FAO=72;FDP=117;FR=.;FRO=45;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0405803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4631;QD=26.7809;RBI=0.0705326;REFB=-0.0435878;REVB=0.0576896;RO=45;SAF=45;SAR=27;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209903;STB=0.501139;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0319127;OID=.;OPOS=56494991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:45:45:72:72:0.615385:27:45:28:17:27:45:28:17 chr12 56630764 . G A 428.47 PASS AF=0.411765;AO=48;DP=118;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00830967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.436;QD=14.4022;RBI=0.0084957;REFB=-0.00778842;REVB=-0.00176813;RO=70;SAF=24;SAR=24;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030037;STB=0.522788;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0116857;OID=.;OPOS=56630764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:70:70:48:49:0.411765:24:24:37:33:25:24:37:33 chr12 56635079 . AG AC,GA 318.14 PASS AF=0.443038,0;AO=33,4;DP=82;FAO=35,0;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=17,0;FSAR=18,0;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00980214,-0.112631;FXX=0.048187;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=64.7375,29.3133;QD=16.1083;RBI=0.0131716,0.115149;REFB=-0.0259047,-0.0399896;REVB=0.00879831,-0.0239496;RO=39;SAF=17,0;SAR=16,4;SRF=17;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0763253,-0.546257;STB=0.530077,0.5;STBP=0.649,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.020379,0.157667;OID=.,.;OPOS=56635080,56635079;OREF=G,AG;OALT=C,GA;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:79:39:44:33,4:35,0:0.443038,0:16,4:17,0:17:22:18,0:17,0:19:25 chr12 56636975 . C G 82.16 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.025864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.148;QD=8.64844;RBI=0.0274177;REFB=0.0062685;REVB=0.00909859;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292859;STB=0.700188;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0127213;OID=.;OPOS=56636975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:38:38:26:27:11:11:0.289474:9:2:10:16:9:2:11:16 chr12 56647911 . G C 499.28 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.052489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9507;QD=21.4743;RBI=0.0542115;REFB=-0.00176287;REVB=0.0135567;RO=45;SAF=25;SAR=23;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305134;STB=0.516847;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00117736;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:23:25:25:20:23:25:25:20 chr12 56649601 . A G 2183.98 PASS AF=0.609375;AO=189;DP=318;FAO=195;FDP=320;FR=.;FRO=125;FSAF=111;FSAR=84;FSRF=53;FSRR=72;FWDB=0.0266347;FXX=0.00621099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.439;QD=27.2998;RBI=0.0271671;REFB=-0.0251089;REVB=-0.00535183;RO=127;SAF=105;SAR=84;SRF=56;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854416;STB=0.556922;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0172185;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:320:127:125:189:195:0.609375:84:105:56:71:84:111:53:72 chr12 56679751 . A G 482.16 PASS AF=0.377483;AO=35;DP=149;FAO=57;FDP=151;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=63;FWDB=-0.0847536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2312;QD=12.7724;RBI=0.0861322;REFB=-0.011438;REVB=0.0153488;RO=83;SAF=22;SAR=13;SRF=28;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33813;STB=0.548545;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0117083;OID=.;OPOS=56679751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:83:94:35:57:0.377483:13:22:28:55:34:23:31:63 chr12 56718422 . T C 318.89 PASS AF=0.353982;AO=39;DP=112;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0207943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.642;QD=11.2882;RBI=0.0423295;REFB=-0.0243668;REVB=-0.0368698;RO=73;SAF=17;SAR=22;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129666;STB=0.500226;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0483448;OID=.;OPOS=56718422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:73:73:39:40:0.353982:22:17:31:42:23:17:31:42 chr12 56722060 . T G 1796.6 PASS AF=0.991736;AO=117;DP=119;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0564819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9988;QD=59.3916;RBI=0.0969317;REFB=-0.0813811;REVB=0.0787753;RO=1;SAF=40;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00612867;STB=0.503105;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00101373;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:119:121:1:1:117:120:0.991736:77:40:0:1:80:40:0:1 chr12 56733531 . G A 365.71 PASS AF=0.315068;AO=46;DP=146;FAO=46;FDP=146;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=0.00973388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.331;QD=10.0195;RBI=0.0237802;REFB=0.0060024;REVB=-0.0216968;RO=99;SAF=18;SAR=28;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883683;STB=0.548326;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0135449;OID=.;OPOS=56733531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:99:100:46:46:0.315068:28:18:46:53:28:18:46:54 chr12 56740682 . C G 168.7 PASS AF=0.242718;AO=25;DP=103;FAO=25;FDP=103;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.000306176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.263;QD=6.55127;RBI=0.00654441;REFB=-0.0111252;REVB=-0.00653724;RO=78;SAF=17;SAR=8;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199677;STB=0.622356;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0351717;OID=.;OPOS=56740682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:78:78:25:25:0.242718:8:17:41:37:8:17:41:37 chr12 56743367 . T C 635.09 PASS AF=0.370558;AO=73;DP=198;FAO=73;FDP=197;FR=.;FRO=124;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=0.00360916;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.01;QD=12.8952;RBI=0.015969;REFB=-0.00738767;REVB=-0.0155558;RO=124;SAF=48;SAR=25;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21542;STB=0.617551;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.01211;OID=.;OPOS=56743367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:124:124:73:73:0.370558:25:48:58:66:25:48:59:65 chr12 56815922 . C T 1597.1 PASS AF=0.956522;AO=109;DP=116;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0118033;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.247;QD=55.5514;RBI=0.0221031;REFB=-0.0277644;REVB=-0.0186876;RO=3;SAF=68;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334676;STB=0.519662;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000424474;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:116:115:3:5:109:110:0.956522:41:68:0:3:41:69:1:4 chr12 56818922 . C T 368.33 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=92;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0137722;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.261;QD=16.1903;RBI=0.0166196;REFB=-0.0247891;REVB=0.00930257;RO=52;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118342;STB=0.5839;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0361024;OID=.;OPOS=56818922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:52:52:38:39:0.428571:19:19:20:32:19:20:19:33 chr12 56822378 . T A 823.19 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0086405;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5357;QD=57.768;RBI=0.0621894;REFB=0;REVB=0.0615862;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198967;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr12 56825311 . C T 672.37 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.010282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.108;QD=50.7451;RBI=0.010282;REFB=-0.148919;REVB=7.91905e-06;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.531902;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00240488;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:53:53:0:3:50:50:0.943396:22:28:0:0:22:28:0:3 chr12 56862886 . T C 1424.45 PASS AF=0.978495;AO=83;DP=91;FAO=91;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8994;QD=61.2665;RBI=0.0544575;REFB=-0.0779545;REVB=0.0462194;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.505049;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0195393;OID=.;OPOS=56862886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:93:0:1:83:91:0.978495:48:35:0:0:49:42:0:1 chr12 56956213 . T C 1249.7 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.027445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0873;QD=60.2267;RBI=0.0311516;REFB=0.0683243;REVB=-0.0147374;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114108;STB=0.506023;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000858326;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:41:41:0:1:41:41:0:1 chr12 57106660 . A T 785.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.507;QD=64.1394;RBI=0.0362779;REFB=0;REVB=-0.0289176;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180286;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr12 57108203 . A G 2015.36 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.02007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2901;QD=60.6125;RBI=0.0507453;REFB=0.020697;REVB=-0.0466077;RO=1;SAF=77;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871998;STB=0.50909;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000325083;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:1:2:131:131:0.984962:54:77:0:1:54:77:0:2 chr12 57109792 . A G 1393.66 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.245;QD=62.6363;RBI=0.0646371;REFB=0;REVB=-0.0138255;RO=0;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29869e-05;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:54:33:0:0:54:35:0:0 chr12 57109931 . A T 504.28 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.319;QD=56.0307;RBI=0.0708978;REFB=0;REVB=0.0659023;RO=0;SAF=26;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247667;OID=.;OPOS=57109931;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:31:36:1:5:26:0:0:9:27:0:0 chr12 57112637 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.87;QD=50.4134;RBI=0.0262955;REFB=0;REVB=0.0255067;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123886;OID=.;OPOS=57112637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:2:17:0:0:2:17:0:0 chr12 57114100 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031251;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.736;QD=59.8394;RBI=0.00370796;REFB=0;REVB=-0.00199567;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24619e-05;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr12 57114307 . A T 834.74 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0943372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.399;QD=56.5928;RBI=0.0952644;REFB=0;REVB=0.0132588;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339764;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:36:22:0:0:36:23:0:0 chr12 57133140 . T G 940.76 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325879;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2128;QD=58.7973;RBI=0.048858;REFB=0;REVB=-0.0364025;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000458025;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:37:25:0:0:39:25:0:0 chr12 57137828 . T A 1157.45 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00898777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.089;QD=59.3564;RBI=0.0315387;REFB=-0.090645;REVB=0.0302309;RO=1;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975903;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000235864;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:48:29:0:1:48:29:0:1 chr12 57146069 . T G 409.43 PASS AF=0.629032;AO=38;DP=61;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.055978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2964;QD=26.4151;RBI=0.0696109;REFB=-0.0430617;REVB=0.0413781;RO=23;SAF=19;SAR=19;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449604;STB=0.51946;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.018935;OID=.;OPOS=57146069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:23:23:38:39:0.629032:19:19:10:13:20:19:10:13 chr12 57255195 . T C 1476.73 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00105842;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.208;QD=58.4843;RBI=0.0533024;REFB=0.0309728;REVB=0.0532918;RO=1;SAF=29;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663557;STB=0.503496;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.000933423;OID=.;OPOS=57255195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:101:1:1:100:100:0.990099:71:29:0:1:71:29:0:1 chr12 57390038 . T C 1159.45 PASS AF=0.525346;AO=113;DP=215;FAO=114;FDP=217;FR=.;FRO=103;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.0186966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.401;QD=21.3724;RBI=0.0261298;REFB=-0.0128013;REVB=-0.0182539;RO=101;SAF=46;SAR=67;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428494;STB=0.525769;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0129653;OID=.;OPOS=57390038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:217:101:103:113:114:0.525346:67:46:46:55:68:46:47:56 chr12 57395498 . GGACA G 296.64 PASS AF=0.58209;AO=38;DP=66;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00131955;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=288.912;QD=17.7096;RBI=0.0231002;REFB=-0.0159069;REVB=0.0230625;RO=24;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782961;STB=0.513882;STBP=0.795;TYPE=del;VARB=0.0111558;OID=.;OPOS=57395499;OREF=GACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.58209:38:66:39:67:28:21:18:16:12:99:24:21:17:13:11 chr12 57395678 . T G 797.38 PASS AF=0.520548;AO=76;DP=146;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0511363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4197;QD=21.846;RBI=0.0802805;REFB=-0.0155635;REVB=0.0618874;RO=68;SAF=37;SAR=39;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140114;STB=0.514256;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0175104;OID=.;OPOS=57395678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:68:70:76:76:0.520548:39:37:32:36:39:37:32:38 chr12 57406444 . T C 1411.22 PASS AF=0.530769;AO=138;DP=260;FAO=138;FDP=260;FR=.;FRO=122;FSAF=76;FSAR=62;FSRF=62;FSRR=60;FWDB=-0.00157274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.613;QD=21.7111;RBI=0.0236682;REFB=-0.00410833;REVB=-0.0236159;RO=122;SAF=76;SAR=62;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367842;STB=0.520078;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00380183;OID=.;OPOS=57406444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:122:122:138:138:0.530769:62:76:62:60:62:76:62:60 chr12 57422934 . G A 427.94 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00699512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7569;QD=19.4518;RBI=0.00785232;REFB=-0.0297935;REVB=0.00356753;RO=45;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199886;STB=0.511106;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0277235;OID=.;OPOS=57422934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:22:21:21:24:22:21:21:24 chr12 57449610 . T G 776.29 PASS AF=0.565891;AO=73;DP=129;FAO=73;FDP=129;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=2.94265e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.155;QD=24.0711;RBI=0.00904653;REFB=0.00327499;REVB=-0.00904649;RO=56;SAF=28;SAR=45;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666753;STB=0.536414;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00227432;OID=.;OPOS=57449610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:56:56:73:73:0.565891:45:28:26:30:45:28:26:30 chr12 57449705 . T C 589.95 PASS AF=0.545455;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0172194;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.554;QD=23.8364;RBI=0.0555171;REFB=0.00188755;REVB=0.0527792;RO=45;SAF=23;SAR=31;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003136;STB=0.501722;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.00100589;OID=.;OPOS=57449705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:45:45:54:54:0.545455:31:23:19:26:31:23:19:26 chr12 57451960 . C CT 389.29 PASS AF=0.637363;AO=52;DP=92;FAO=58;FDP=91;FR=.;FRO=33;FSAF=45;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.138159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.5612;QD=17.1118;RBI=0.19538;REFB=0.00488965;REVB=-0.138151;RO=35;SAF=42;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279373;STB=0.618146;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=-0.0209021;OID=.;OPOS=57451961;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.637363:52:92:58:91:33:45:13:17:16:99:35:42:10:18:17 chr12 57472502 . G A 1443.87 PASS AF=0.301262;AO=189;DP=641;FAO=191;FDP=634;FR=.;FRO=443;FSAF=62;FSAR=129;FSRF=206;FSRR=237;FWDB=-0.0140792;FXX=0.0155277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.534;QD=9.1096;RBI=0.0157856;REFB=0.00473684;REVB=0.00713885;RO=441;SAF=62;SAR=127;SRF=202;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166052;STB=0.603719;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.010053;OID=.;OPOS=57472502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:641:634:441:443:189:191:0.301262:127:62:202:239:129:62:206:237 chr12 57489648 . C T 280.74 PASS AF=0.306452;AO=38;DP=124;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.0179933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8493;QD=9.05596;RBI=0.1367;REFB=-0.0285686;REVB=-0.135511;RO=86;SAF=15;SAR=23;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575587;STB=0.533695;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0571045;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:86:86:38:38:0.306452:23:15:38:48:23:15:38:48 chr12 57499258 . C T 1201.78 PASS AF=0.603352;AO=108;DP=181;FAO=108;FDP=179;FR=.;FRO=71;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0200963;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.546;QD=26.8555;RBI=0.020907;REFB=-0.000722133;REVB=0.00576569;RO=70;SAF=54;SAR=54;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519111;STB=0.530721;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000276176;OID=.;OPOS=57499258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:179:70:71:108:108:0.603352:54:54:30:40:54:54:30:41 chr12 57500108 . T C 391.59 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0163564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.652;QD=24.8627;RBI=0.0298678;REFB=-0.00108478;REVB=0.0249911;RO=25;SAF=17;SAR=21;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348257;STB=0.519074;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00071523;OID=.;OPOS=57500108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:21:17:10:15:21:17:10:15 chr12 57548364 . T C 1206.1 PASS AF=0.613636;AO=106;DP=174;FAO=108;FDP=176;FR=.;FRO=68;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0163273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.649;QD=27.4113;RBI=0.0163968;REFB=-0.00145612;REVB=-0.00150771;RO=68;SAF=45;SAR=61;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203732;STB=0.515038;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.000911623;OID=.;OPOS=57548364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:68:68:106:108:0.613636:61:45:27:41:61:47:27:41 chr12 57548466 . C T 494.09 PASS AF=0.363636;AO=60;DP=166;FAO=60;FDP=165;FR=.;FRO=105;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=74;FWDB=-0.0155052;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.042;QD=11.9779;RBI=0.0246075;REFB=-0.00495897;REVB=0.0191081;RO=104;SAF=24;SAR=36;SRF=30;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13428;STB=0.571406;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0101134;OID=.;OPOS=57548466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:104:105:60:60:0.363636:36:24:30:74:36:24:31:74 chr12 57567762 . C T 303.58 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0224416;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.364;QD=12.266;RBI=0.0269325;REFB=-0.0151053;REVB=0.0148908;RO=64;SAF=21;SAR=14;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611703;STB=0.535249;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0336111;OID=.;OPOS=57567762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:64:64:35:35:0.353535:14:21:35:29:14:21:35:29 chr12 57584642 . G A 693.77 PASS AF=0.37963;AO=82;DP=216;FAO=82;FDP=216;FR=.;FRO=134;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=68;FSRR=66;FWDB=-0.00109036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.563;QD=12.8477;RBI=0.00442488;REFB=-0.00915595;REVB=0.00428844;RO=134;SAF=41;SAR=41;SRF=68;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00819612;STB=0.504628;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0150695;OID=.;OPOS=57584642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:134:134:82:82:0.37963:41:41:68:66:41:41:68:66 chr12 57585144 . C T 289.12 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0227307;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.662;QD=16.0622;RBI=0.0331794;REFB=-0.00928525;REVB=-0.02417;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865049;STB=0.54875;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0108637;OID=.;OPOS=57585144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:40:32:32:0.444444:14:18:19:21:14:18:19:21 chr12 57587065 . C T 388.47 PASS AF=0.386555;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.00941738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.145;QD=13.0577;RBI=0.0102072;REFB=0.00139828;REVB=-0.00393709;RO=68;SAF=10;SAR=36;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234005;STB=0.662499;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00218008;OID=.;OPOS=57587065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:73:46:46:0.386555:36:10:27:41:36:10:32:41 chr12 57588433 . G A 940.51 PASS AF=0.308458;AO=122;DP=401;FAO=124;FDP=402;FR=.;FRO=278;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=138;FSRR=140;FWDB=-0.0107725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.22;QD=9.35834;RBI=0.0299449;REFB=-0.00573013;REVB=0.0279401;RO=278;SAF=56;SAR=66;SRF=138;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450644;STB=0.525454;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0126395;OID=.;OPOS=57588433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:401:402:278:278:122:124:0.308458:66:56:138:140:67:57:138:140 chr12 57589659 . C T 359.55 PASS AF=0.311688;AO=48;DP=154;FAO=48;FDP=154;FR=.;FRO=106;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=0.0971248;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.556;QD=9.33901;RBI=0.0971807;REFB=-0.0103413;REVB=-0.00329454;RO=106;SAF=20;SAR=28;SRF=42;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250298;STB=0.514535;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0277275;OID=.;OPOS=57589659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:106:106:48:48:0.311688:28:20:42:64:28:20:42:64 chr12 57589784 . A C 1179.72 PASS AF=0.964706;AO=73;DP=79;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0380723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5669;QD=55.516;RBI=0.0483826;REFB=-0.143024;REVB=0.029856;RO=4;SAF=18;SAR=55;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640643;STB=0.516633;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00970711;OID=.;OPOS=57589784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:79:85:4:3:73:82:0.964706:55:18:3:1:59:23:2:1 chr12 57590797 . C T 1347.62 PASS AF=0.383459;AO=153;DP=400;FAO=153;FDP=399;FR=.;FRO=246;FSAF=87;FSAR=66;FSRF=132;FSRR=114;FWDB=0.0170763;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.202;QD=13.5099;RBI=0.0283043;REFB=-0.01535;REVB=-0.0225729;RO=244;SAF=87;SAR=66;SRF=130;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397094;STB=0.520021;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0266859;OID=.;OPOS=57590797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:399:244:246:153:153:0.383459:66:87:130:114:66:87:132:114 chr12 57590869 . T C 7567.19 PASS AF=1;AO=470;DP=470;FAO=479;FDP=479;FR=.;FRO=0;FSAF=234;FSAR=245;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.801;QD=63.1916;RBI=0.0293321;REFB=0;REVB=0.0189586;RO=0;SAF=230;SAR=240;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13665e-05;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:470:479:0:0:470:479:1:240:230:0:0:245:234:0:0 chr12 57593101 . G A 776.48 PASS AF=0.438503;AO=82;DP=187;FAO=82;FDP=187;FR=.;FRO=105;FSAF=61;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.101475;FXX=0.0209413;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1445;QD=16.6092;RBI=0.102251;REFB=-0.00621996;REVB=-0.012578;RO=95;SAF=61;SAR=21;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297383;STB=0.684673;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0102705;OID=.;OPOS=57593101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:95:105:82:82:0.438503:21:61:44:51:21:61:46:59 chr12 57619209 . C G 962.07 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00307619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9167;QD=53.4485;RBI=0.0039122;REFB=0.0459727;REVB=0.0024171;RO=3;SAF=56;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641576;STB=0.529721;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00197134;OID=.;OPOS=57619209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:72:3:4:68:68:0.944444:12:56:1:2:12:56:2:2 chr12 57637593 . G A 440.34 PASS AF=0.337349;AO=56;DP=166;FAO=56;FDP=166;FR=.;FRO=110;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=71;FWDB=0.00334009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.633;QD=10.6106;RBI=0.00862184;REFB=0.000562744;REVB=-0.00794858;RO=109;SAF=14;SAR=42;SRF=39;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149802;STB=0.584527;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00129651;OID=.;OPOS=57637593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:109:110:56:56:0.337349:42:14:39:70:42:14:39:71 chr12 57649840 . C T 295.73 PASS AF=0.312;AO=38;DP=124;FAO=39;FDP=125;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0108893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.702;QD=9.46341;RBI=0.0108965;REFB=-0.00574559;REVB=-0.000395949;RO=86;SAF=9;SAR=29;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361488;STB=0.694884;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.010818;OID=.;OPOS=57649840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:86:86:38:39:0.312:29:9:45:41:29:10:45:41 chr12 57848708 . C G 431.35 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00541949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.404;QD=25.7521;RBI=0.0141383;REFB=-0.0177087;REVB=0.0130584;RO=26;SAF=16;SAR=25;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524318;STB=0.528687;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00849484;OID=.;OPOS=57848708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:25:16:12:14:25:16:12:14 chr12 57871555 . A G 261.25 PASS AF=1;AO=12;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.251;QD=49.762;RBI=0.138696;REFB=0;REVB=-0.00300996;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678759;OID=.;OPOS=57871555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:12:21:1:10:2:0:0:13:8:0:0 chr12 57926791 . T G 750.94 PASS AF=0.470238;AO=78;DP=164;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.0345214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.449;QD=17.8794;RBI=0.0417865;REFB=-0.00955485;REVB=-0.0235454;RO=83;SAF=28;SAR=50;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267063;STB=0.534755;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00933963;OID=.;OPOS=57926791;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:168:83:89:78:79:0.470238:50:28:32:51:51:28:37:52 chr12 57958313 . A G 374.98 PASS AF=0.348485;AO=46;DP=133;FAO=46;FDP=132;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.0269454;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.623;QD=11.3629;RBI=0.027052;REFB=-0.0122948;REVB=-0.00240014;RO=85;SAF=18;SAR=28;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105106;STB=0.572077;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0225498;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:85:86:46:46:0.348485:28:18:41:44:29:17:41:45 chr12 57985204 . C T 985.75 PASS AF=0.450216;AO=104;DP=231;FAO=104;FDP=231;FR=.;FRO=127;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=55;FSRR=72;FWDB=0.0102986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.167;QD=17.0693;RBI=0.0104774;REFB=-0.0198329;REVB=-0.00192728;RO=125;SAF=53;SAR=51;SRF=53;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842949;STB=0.542022;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0235595;OID=.;OPOS=57985204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:125:127:104:104:0.450216:51:53:53:72:51:53:55:72 chr12 57994743 . T G 3772.96 PASS AF=0.976471;AO=250;DP=257;FAO=249;FDP=255;FR=.;FRO=6;FSAF=98;FSAR=151;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.016216;FXX=0.0077818;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.322;QD=59.1837;RBI=0.0621338;REFB=-0.0361665;REVB=-0.0599804;RO=3;SAF=96;SAR=154;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146597;STB=0.50262;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00294764;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:257:255:3:6:250:249:0.976471:154:96:3:0:151:98:3:3 chr12 57995089 . T C 1432.8 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.021;QD=61.6259;RBI=0.0315017;REFB=0.0393587;REVB=0.0253017;RO=1;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117028;STB=0.506171;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000268555;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:1:1:91:92:0.989247:40:51:0:1:40:52:0:1 chr12 58002599 . C T 169.49 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0280128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0033;QD=10.5932;RBI=0.0430887;REFB=-0.0175722;REVB=0.0327401;RO=42;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107193;STB=0.562444;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0294085;OID=.;OPOS=58002599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:11:11:17:25:11:11:17:25 chr12 58010132 . G A 660.77 PASS AF=0.434524;AO=73;DP=162;FAO=73;FDP=168;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.0114659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0337;QD=15.7325;RBI=0.0395727;REFB=-0.0403038;REVB=0.0378752;RO=89;SAF=39;SAR=34;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14964;STB=0.569601;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0404577;OID=.;OPOS=58010132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:168:89:95:73:73:0.434524:34:39:34:55:34:39:39:56 chr12 58010163 . A G 659.76 PASS AF=0.402174;AO=74;DP=184;FAO=74;FDP=184;FR=.;FRO=110;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=75;FWDB=-0.00827193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.206;QD=14.3427;RBI=0.0127761;REFB=-0.00961341;REVB=-0.00973675;RO=109;SAF=38;SAR=36;SRF=34;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213722;STB=0.616096;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0111466;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:109:110:74:74:0.402174:36:38:34:75:36:38:35:75 chr12 58010596 . T TC 69.53 PASS AF=0.296703;AO=24;DP=89;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0203646;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.4753;QD=3.05647;RBI=0.0206331;REFB=-0.0312247;REVB=0.00331791;RO=64;SAF=6;SAR=18;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23521;STB=0.526658;STBP=0.756;TYPE=ins;VARB=0.183528;OID=.;OPOS=58010597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296703:24:89:27:91:64:10:17:26:38:69:64:6:18:27:37 chr12 58015494 . G A 1382.26 PASS AF=0.563319;AO=129;DP=229;FAO=129;FDP=229;FR=.;FRO=100;FSAF=77;FSAR=52;FSRF=60;FSRR=40;FWDB=0.0424981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3127;QD=24.1443;RBI=0.0425064;REFB=-0.0136154;REVB=-0.000839959;RO=100;SAF=77;SAR=52;SRF=60;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00258994;STB=0.501407;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00886602;OID=.;OPOS=58015494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:100:100:129:129:0.563319:52:77:60:40:52:77:60:40 chr12 58017701 . T G 240.28 PASS AF=0.293103;AO=34;DP=116;FAO=34;FDP=116;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0139111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.789;QD=8.28553;RBI=0.0157773;REFB=-0.0219047;REVB=-0.0074434;RO=82;SAF=16;SAR=18;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353005;STB=0.5208;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0437853;OID=.;OPOS=58017701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:82:82:34:34:0.293103:18:16:41:41:18:16:41:41 chr12 58019472 . T G 1241.75 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.675;QD=61.3211;RBI=0.0853059;REFB=0;REVB=-0.0774959;RO=0;SAF=26;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000814088;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:55:26:0:0:55:26:0:0 chr12 58026001 . G A 671.52 PASS AF=0.59;AO=58;DP=99;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.021087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9435;QD=26.861;RBI=0.0240859;REFB=-0.0140645;REVB=0.0116393;RO=41;SAF=18;SAR=40;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166027;STB=0.583912;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0086095;OID=.;OPOS=58026001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:41:41:58:59:0.59:40:18:21:20:40:19:21:20 chr12 58112189 . A G 581.41 PASS AF=0.611765;AO=52;DP=86;FAO=52;FDP=85;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00534627;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.057;QD=27.3604;RBI=0.0207182;REFB=-0.00397031;REVB=-0.0200165;RO=33;SAF=27;SAR=25;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675971;STB=0.536814;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0019338;OID=.;OPOS=58112189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:33:33:52:52:0.611765:25:27:14:19:25:27:14:19 chr12 58114653 . TG T 39.85 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0800686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.2689;QD=2.24488;RBI=0.10159;REFB=0.0422592;REVB=0.0625266;RO=51;SAF=11;SAR=3;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258806;STB=0.741531;STBP=0.093;TYPE=del;VARB=-0.112781;OID=.;OPOS=58114654;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197183:14:71:14:71:57:12:2:36:21:39:51:11:3:31:20 chr12 58152948 . C T 1015.56 PASS AF=0.372671;AO=119;DP=321;FAO=120;FDP=322;FR=.;FRO=202;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=92;FSRR=110;FWDB=-0.0120105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.005;QD=12.6157;RBI=0.019106;REFB=-0.0163549;REVB=-0.0148589;RO=201;SAF=53;SAR=66;SRF=92;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138614;STB=0.508744;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0292321;OID=.;OPOS=58152948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:322:201:202:119:120:0.372671:66:53:92:109:67:53:92:110 chr12 58174306 . T C 817.67 PASS AF=0.585938;AO=75;DP=130;FAO=75;FDP=128;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0106257;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.914;QD=25.5523;RBI=0.0107212;REFB=-0.00913616;REVB=0.00142774;RO=52;SAF=29;SAR=46;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732543;STB=0.536491;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00645448;OID=.;OPOS=58174306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:52:53:75:75:0.585938:46:29:25:27:46:29:25:28 chr12 58176614 . T C 448.44 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0052414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8792;QD=16.9224;RBI=0.0458678;REFB=0.000557968;REVB=-0.0455673;RO=57;SAF=27;SAR=22;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409797;STB=0.522841;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00121802;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:22:27:29:28:22:27:29:28 chr12 58177437 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.029011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9149;QD=14.9786;RBI=0.0551336;REFB=0.0116216;REVB=-0.0468837;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286528;STB=0.666349;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0216249;OID=.;OPOS=58177437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:3:8:4:6:3:8 chr12 58204283 . T C 1591.73 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.104439;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.9831;QD=58.9528;RBI=0.104449;REFB=0.034872;REVB=-0.00146074;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.504064;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00101979;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:61:46:0:0:61:46:0:1 chr12 58220816 . A G 46.44 PASS AF=0.105769;AO=11;DP=104;FAO=11;FDP=104;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.0343913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.2;QD=1.7862;RBI=0.0397732;REFB=0.00365919;REVB=0.0199786;RO=93;SAF=6;SAR=5;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425915;STB=0.531857;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.020833;OID=.;OPOS=58220816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:104:104:93:93:11:11:0.105769:5:6:54:39:5:6:54:39 chr12 58220823 . C T 46.39 PASS AF=0.105769;AO=11;DP=104;FAO=11;FDP=104;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.0121837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.733;QD=1.78416;RBI=0.0443853;REFB=0.00422862;REVB=0.0426803;RO=93;SAF=6;SAR=5;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425915;STB=0.531857;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0239925;OID=.;OPOS=58220823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:104:104:93:93:11:11:0.105769:5:6:54:39:5:6:54:39 chr12 58220841 . C T 46.44 PASS AF=0.105769;AO=11;DP=104;FAO=11;FDP=104;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.0151891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.66;QD=1.78624;RBI=0.0280815;REFB=-0.00126132;REVB=-0.0236191;RO=91;SAF=7;SAR=4;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106485;STB=0.590497;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00541966;OID=.;OPOS=58220841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:104:104:91:93:11:11:0.105769:4:7:50:41:4:7:50:43 chr12 58220844 . C T 40.5 PASS AF=0.0990099;AO=10;DP=101;FAO=10;FDP=101;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.0216258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0416;QD=1.60407;RBI=0.0612051;REFB=-0.00168522;REVB=0.0572572;RO=91;SAF=7;SAR=3;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195322;STB=0.65186;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.017212;OID=.;OPOS=58220844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:101:101:91:91:10:10:0.0990099:3:7:49:42:3:7:49:42 chr12 58345606 . T C 658.74 PASS AF=0.4;AO=74;DP=185;FAO=74;FDP=185;FR=.;FRO=111;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=64;FWDB=-0.008936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.622;QD=14.243;RBI=0.0601076;REFB=0.00892588;REVB=-0.0594396;RO=110;SAF=32;SAR=42;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559563;STB=0.505513;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.0136327;OID=.;OPOS=58345606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:110:111:74:74:0.4:42:32:47:63:42:32:47:64 chr12 58350631 . C T 397.08 PASS AF=0.410714;AO=45;DP=111;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0472178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.832;QD=14.1814;RBI=0.0556622;REFB=-0.00100188;REVB=-0.0294748;RO=65;SAF=23;SAR=22;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01968;STB=0.508925;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.000821736;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:65:66:45:46:0.410714:22:23:32:33:23:23:32:34 chr12 59197107 . G A 444.08 PASS AF=0.442478;AO=49;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0169237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.406;QD=15.7198;RBI=0.0169787;REFB=-0.0129231;REVB=0.00136488;RO=57;SAF=27;SAR=22;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915236;STB=0.526772;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0190391;OID=.;OPOS=59197107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:63:49:50:0.442478:22:27:26:31:23:27:31:32 chr12 60735645 . A G 425.09 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0160488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.246;QD=18.8929;RBI=0.0211374;REFB=-0.0191469;REVB=0.0137559;RO=47;SAF=17;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409178;STB=0.527765;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0190535;OID=.;OPOS=60735645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:47:47:42:43:0.477778:25:17:21:26:26:17:21:26 chr12 62104219 . A C 280.09 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0849793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4381;QD=16.7217;RBI=0.0958279;REFB=-0.00552157;REVB=0.0442889;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287321;STB=0.523565;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00992843;OID=.;OPOS=62104219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:15:16:17:18:15:16:17:19 chr12 62114671 . T C 688.57 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9634;QD=62.5969;RBI=0.0416561;REFB=0;REVB=0.00984866;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000380782;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr12 62778065 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000663965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0544;QD=57.3842;RBI=0.0253604;REFB=0;REVB=-0.0253517;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265851;OID=.;OPOS=62778065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr12 62810961 . AG A,AA 2358.9 PASS AF=0.316456,0.683544;AO=60,95;DP=155;FAO=50,108;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=20,51;FSAR=30,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375886,-0.00317695;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=275.85,276.951;QD=59.719;RBI=0.0137325,0.0147735;REFB=0,0;REVB=0.013208,0.0144279;RO=0;SAF=22,45;SAR=38,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00892485,0.0102602;OID=.,.;OPOS=62810962,62810962;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.316456,0.683544:60,95:155:50,108:158:0:20,51:30,57:0:0:98:0:22,45:38,50:0:0 chr12 62894636 . T A 713.32 PASS AF=0.349593;AO=73;DP=233;FAO=86;FDP=246;FR=.;FRO=160;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=77;FSRR=83;FWDB=0.0246881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.479;QD=11.5986;RBI=0.029687;REFB=-0.0306513;REVB=0.0164868;RO=153;SAF=37;SAR=36;SRF=74;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272515;STB=0.565467;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0439675;OID=.;OPOS=62894636;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:246:153:160:73:86:0.349593:36:37:74:79:36:50:77:83 chr12 62926398 . G A 220.23 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0463451;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.771;QD=23.1822;RBI=0.0465185;REFB=-0.00919214;REVB=-0.00401279;RO=17;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117033;STB=0.56585;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00647204;OID=.;OPOS=62926398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:17:21:21:0.552632:16:5:6:11:16:5:6:11 chr12 62928633 . G A 541.61 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.000913606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.113;QD=24.9014;RBI=0.00213097;REFB=-0.0163023;REVB=0.00192519;RO=37;SAF=19;SAR=31;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00133682;STB=0.500732;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0126607;OID=.;OPOS=62928633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:37:37:50:50:0.574713:31:19:14:23:31:19:14:23 chr12 62986620 . G A 884.06 PASS AF=0.473684;AO=84;DP=185;FAO=90;FDP=190;FR=.;FRO=100;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=0.0624112;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.492;QD=18.6119;RBI=0.0645211;REFB=-0.0148593;REVB=-0.0163648;RO=100;SAF=37;SAR=47;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11698;STB=0.548414;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0168859;OID=.;OPOS=62986620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:190:100:100:84:90:0.473684:47:37:56:44:47:43:57:43 chr12 62990871 . C A 454.84 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.015691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.56;QD=19.9928;RBI=0.0171466;REFB=-0.00932566;REVB=-0.00691362;RO=45;SAF=20;SAR=25;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102991;STB=0.549978;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00833736;OID=.;OPOS=62990871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:46:45:45:0.494505:25:20:15:30:25:20:16:30 chr12 62997180 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.032051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.068;QD=14.0438;RBI=0.0367345;REFB=-0.0267073;REVB=0.0179489;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251123;STB=0.651584;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0190865;OID=.;OPOS=62997180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:3:1:3:2:3:1 chr12 63083521 . G A 857.01 PASS AF=0.511905;AO=86;DP=167;FAO=86;FDP=168;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.00452939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.166;QD=20.4051;RBI=0.0124031;REFB=-0.00236059;REVB=-0.0115465;RO=81;SAF=33;SAR=53;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125155;STB=0.50293;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00235354;OID=.;OPOS=63083521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:81:82:86:86:0.511905:53:33:30:51:53:33:31:51 chr12 63359168 . G A 2706.93 PASS AF=0.99435;AO=174;DP=176;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00494472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.561;QD=61.1736;RBI=0.0153022;REFB=-0.0345316;REVB=0.0144812;RO=1;SAF=70;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455528;STB=0.502347;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000167663;OID=.;OPOS=63359168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:177:1:1:174:176:0.99435:104:70:0:1:106:70:0:1 chr12 63359409 . C A 802.7 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0054387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.017;QD=55.3585;RBI=0.089956;REFB=0.133017;REVB=-0.0897915;RO=1;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125779;STB=0.506664;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00698031;OID=.;OPOS=63359409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:37:20:0:1:37:20:0:1 chr12 63987842 . TTA T,TAA 59.62 PASS AF=0.215385,0;AO=19,3;DP=72;FAO=14,0;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=10,0;FSAR=4,0;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0116182,0.0574392;FXX=0.0579626;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=19.5767,17.7008;QD=3.66884;RBI=0.100939,0.0601686;REFB=-0.0690774,0.0019789;REVB=-0.100268,0.0179164;RO=41;SAF=13,3;SAR=6,0;SRF=17;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0.398551,0;SSSB=0.310705,0.541544;STB=0.720211,0.5;STBP=0.092,1;TYPE=del,snp;VARB=0.156812,0;OID=.,.;OPOS=63987843,63987843;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.215385,0:19,3:72:14,0:65:51:10,0:4,0:22:29:60:41:13,3:6,0:17:24 chr12 64062023 . A C 429.52 PASS AF=0.333333;AO=55;DP=165;FAO=55;FDP=165;FR=.;FRO=110;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=71;FWDB=-0.0318733;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.036;QD=10.4125;RBI=0.0320554;REFB=-0.00590785;REVB=-0.00341248;RO=104;SAF=22;SAR=33;SRF=34;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889807;STB=0.531958;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0125557;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:104:110:55:55:0.333333:33:22:34:70:33:22:39:71 chr12 64062052 . G A 542.86 PASS AF=0.359116;AO=65;DP=183;FAO=65;FDP=181;FR=.;FRO=116;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=68;FWDB=-0.00226988;FXX=0.0109284;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.261;QD=11.9969;RBI=0.00273631;REFB=0.00314909;REVB=0.00152809;RO=113;SAF=28;SAR=37;SRF=47;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169458;STB=0.511123;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00634033;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:113:116:65:65:0.359116:37:28:47:66:37:28:48:68 chr12 64062065 . T C 680.27 PASS AF=0.391753;AO=76;DP=196;FAO=76;FDP=194;FR=.;FRO=118;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=67;FWDB=-0.014099;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.688;QD=14.0262;RBI=0.0205894;REFB=-0.00420037;REVB=-0.0150048;RO=119;SAF=36;SAR=40;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491502;STB=0.525362;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00393042;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:119:118:76:76:0.391753:40:36:51:68:40:36:51:67 chr12 64472803 . A T 2368.42 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5306;QD=60.3419;RBI=0.0679453;REFB=-0.073942;REVB=-0.063425;RO=0;SAF=84;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48831e-08;STB=0.502958;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000437625;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:0:1:156:156:0.993631:72:84:0:0:72:84:1:0 chr12 64519806 . T C 2917.75 PASS AF=1;AO=184;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.759;QD=62.7472;RBI=0.0164187;REFB=0;REVB=-0.0157844;RO=1;SAF=105;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52749e-05;OID=.;OPOS=64519806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:186:186:1:0:184:186:1:79:105:0:1:81:105:0:0 chr12 64587633 . C A 1015.5 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.794;QD=58.8694;RBI=0.00842917;REFB=0;REVB=-0.00425324;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89596e-05;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:33:36:0:0 chr12 64609562 . C T 1556.48 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.461;QD=59.8646;RBI=0.0221651;REFB=0;REVB=0.00476884;RO=0;SAF=33;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98331e-05;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:71:33:0:0:71:33:0:0 chr12 64669090 . C A 3249.89 PASS AF=0.990654;AO=211;DP=213;FAO=212;FDP=214;FR=.;FRO=2;FSAF=102;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0574901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1517;QD=60.7455;RBI=0.106895;REFB=0.116784;REVB=-0.0901188;RO=1;SAF=102;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435063;STB=0.504504;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00251778;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:213:214:1:2:211:212:0.990654:109:102:0:1:110:102:0:2 chr12 64712511 . A G 1499.39 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248261;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.858;QD=59.9757;RBI=0.0295669;REFB=0;REVB=0.0160583;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85196e-05;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:42:58:0:0:42:58:0:0 chr12 64803798 . A C 373.11 PASS AF=0.40404;AO=39;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0064602;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.334;QD=15.075;RBI=0.0255922;REFB=-0.00437263;REVB=0.0247634;RO=60;SAF=20;SAR=19;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314509;STB=0.505048;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00703838;OID=.;OPOS=64803798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:59:39:40:0.40404:19:20:29:31:20:20:29:30 chr12 65108160 . G C 569.92 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.00741709;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.254;QD=21.3054;RBI=0.0145209;REFB=-0.00709078;REVB=-0.0124837;RO=50;SAF=32;SAR=25;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203041;STB=0.611361;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00778064;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:57:57:0.53271:25:32:16:34:25:32:16:34 chr12 65146532 . C T 981.12 PASS AF=0.612676;AO=86;DP=143;FAO=87;FDP=142;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0742606;FXX=0.0273954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0173;QD=27.6371;RBI=0.079343;REFB=-0.00660483;REVB=-0.0279406;RO=52;SAF=40;SAR=46;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250368;STB=0.502037;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00426388;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:52:55:86:87:0.612676:46:40:24:28:47:40:25:30 chr12 65150485 . C T 356.72 PASS AF=0.447059;AO=39;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=-0.026296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4102;QD=16.7869;RBI=0.0267377;REFB=-0.0155967;REVB=-0.00484008;RO=41;SAF=20;SAR=19;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225;STB=0.659264;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0177917;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:47:39:38:0.447059:19:20:11:30:18:20:11:36 chr12 65154730 . C G 455.37 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0624536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2733;QD=22.7686;RBI=0.0626137;REFB=0.00555954;REVB=-0.00447523;RO=36;SAF=25;SAR=19;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234097;STB=0.628435;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00717376;OID=.;OPOS=65154730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:19:25:10:26:19:25:10:26 chr12 65332874 . G A 95.24 PASS AF=0.52381;AO=6;DP=19;FAO=11;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.127853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.79;QD=18.1405;RBI=0.12939;REFB=-0.0127556;REVB=0.0198846;RO=5;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.679754;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0108186;OID=.;OPOS=65332874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:19:21:5:9:6:11:0.52381:6:0:0:5:8:3:0:9 chr12 65448986 . G A 234.03 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.000409418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4015;QD=10.7598;RBI=0.00134298;REFB=-0.0203207;REVB=-0.00127905;RO=58;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119581;STB=0.569331;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0425575;OID=.;OPOS=65448986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:58:29:29:0.333333:15:14:22:36:15:14:22:36 chr12 65514266 . T C 1463.35 PASS AF=0.944954;AO=103;DP=109;FAO=103;FDP=109;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0407995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1096;QD=53.701;RBI=0.081177;REFB=-0.151778;REVB=0.0701791;RO=4;SAF=38;SAR=65;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473619;STB=0.517434;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0059479;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:109:109:4:6:103:103:0.944954:65:38:4:0:65:38:4:2 chr12 65563754 . C T 798.24 PASS AF=0.587302;AO=74;DP=126;FAO=74;FDP=126;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.000488129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.248;QD=25.341;RBI=0.00112199;REFB=-0.0155899;REVB=0.00101024;RO=52;SAF=37;SAR=37;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145841;STB=0.507934;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0100376;OID=.;OPOS=65563754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:52:52:74:74:0.587302:37:37:25:27:37:37:25:27 chr12 65857555 . T A 568.07 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00134921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.966;QD=24.9702;RBI=0.035731;REFB=-0.018673;REVB=-0.0357056;RO=38;SAF=33;SAR=19;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194904;STB=0.502966;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0163865;OID=.;OPOS=65857555;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:38:39:52:52:0.571429:19:33:25:13:19:33:25:14 chr12 66358347 . C T 1513.35 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0692;QD=59.9347;RBI=0.0741139;REFB=0;REVB=-0.0242097;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000513703;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:52:49:0:0:52:49:0:0 chr12 66359752 . C A 1444.99 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000148907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.29;QD=62.8255;RBI=0.00372813;REFB=0;REVB=0.00372516;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95744e-05;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:53:38:0:0:54:38:0:0 chr12 66532493 . A G 1178.0 PASS AF=0.942529;AO=80;DP=88;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0499909;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.88;QD=54.1607;RBI=0.082549;REFB=-0.0951162;REVB=0.0656906;RO=5;SAF=39;SAR=41;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973486;STB=0.507159;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00117411;OID=.;OPOS=66532493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:88:87:5:5:80:82:0.942529:41:39:2:3:43:39:3:2 chr12 66546100 . A G 836.33 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274124;FXX=0.0333278;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.209;QD=57.6782;RBI=0.0138718;REFB=0;REVB=-0.0135982;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46623e-06;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr12 66563102 . A G 236.58 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.0515628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.335;QD=15.7722;RBI=0.0552637;REFB=0.0193011;REVB=0.0198836;RO=33;SAF=7;SAR=20;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149123;STB=0.583278;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0266228;OID=.;OPOS=66563102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:20:7:5:28:20:7:5:28 chr12 66597607 . G A 163.46 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0130672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.674;QD=7.51552;RBI=0.0132848;REFB=-0.00523007;REVB=-0.00239483;RO=64;SAF=12;SAR=11;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645165;STB=0.538888;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0116513;OID=.;OPOS=66597607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:64:64:23:23:0.264368:11:12:30:34:11:12:30:34 chr12 66605228 . A G 213.32 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00640704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.63;QD=12.5481;RBI=0.0411294;REFB=-0.0083752;REVB=-0.0406273;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017727;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:13:13:21:20:13:13:21:21 chr12 66698895 . T C 132.41 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=21;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0806502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.767;QD=24.0739;RBI=0.0806503;REFB=0.0323877;REVB=9.7777e-05;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684983;STB=0.519972;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0155972;OID=.;OPOS=66698895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:8:8:13:14:0.636364:8:5:3:5:8:6:3:5 chr12 66700273 . G A 356.69 PASS AF=0.638298;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00908711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.242;QD=30.3563;RBI=0.0220635;REFB=-0.0104281;REVB=-0.0201053;RO=17;SAF=8;SAR=21;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626841;STB=0.538435;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00705224;OID=.;OPOS=66700273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:17:17:29:30:0.638298:21:8:6:11:22:8:6:11 chr12 66717784 . T A 744.0 PASS AF=0.514286;AO=69;DP=141;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00504368;FXX=0.0140835;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.21;QD=21.2571;RBI=0.0189001;REFB=-0.0153647;REVB=-0.0182147;RO=41;SAF=28;SAR=41;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914241;STB=0.540972;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0145534;OID=.;OPOS=66717784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:41:68:69:72:0.514286:41:28:22:19:44:28:32:36 chr12 66717910 . G T 491.72 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0346293;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.275;QD=16.9559;RBI=0.0798658;REFB=-0.00206061;REVB=-0.0719678;RO=63;SAF=26;SAR=27;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605371;STB=0.533712;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00102049;OID=.;OPOS=66717910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:116:63:63:53:53:0.456897:27:26:27:36:27:26:27:36 chr12 66725116 . G A 953.27 PASS AF=0.550898;AO=92;DP=167;FAO=92;FDP=167;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0643947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.681;QD=22.8329;RBI=0.0674767;REFB=-0.025563;REVB=0.0201602;RO=75;SAF=36;SAR=56;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640522;STB=0.534976;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0151605;OID=.;OPOS=66725116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:75:75:92:92:0.550898:56:36:35:40:56:36:35:40 chr12 66725160 . C T 603.84 PASS AF=0.42236;AO=68;DP=161;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.00295412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.791;QD=15.0022;RBI=0.00417956;REFB=-0.00381836;REVB=0.00295666;RO=92;SAF=31;SAR=37;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446001;STB=0.527651;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00432471;OID=.;OPOS=66725160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:92:93:68:68:0.42236:37:31:38:54:37:31:38:55 chr12 66731864 . C A 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0169656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.972;QD=11.9921;RBI=0.0170815;REFB=0.00223704;REVB=-0.00198644;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10273;STB=0.548966;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00463555;OID=.;OPOS=66731864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:9:9:13:19:9:9:14:19 chr12 66739539 . A G 306.6 PASS AF=0.37234;AO=34;DP=93;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0155992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.578;QD=13.0467;RBI=0.019439;REFB=0.0219578;REVB=-0.0115992;RO=59;SAF=17;SAR=17;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468427;STB=0.535499;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.0471016;OID=.;OPOS=66739539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:59:59:34:35:0.37234:17:17:32:27:18:17:32:27 chr12 66786091 . G C 820.31 PASS AF=1;AO=31;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040946;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4731;QD=57.5653;RBI=0.0480898;REFB=0;REVB=0.0252201;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223483;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:31:57:1:21:10:0:0:22:35:0:0 chr12 67706466 . G A 335.15 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0389579;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3154;QD=14.2616;RBI=0.0696889;REFB=-0.00298705;REVB=-0.0577825;RO=56;SAF=14;SAR=23;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131794;STB=0.570209;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00263462;OID=.;OPOS=67706466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:56:57:37:37:0.393617:23:14:28:28:23:14:28:29 chr12 68045403 . G A 959.5 PASS AF=0.367412;AO=115;DP=313;FAO=115;FDP=313;FR=.;FRO=198;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=75;FSRR=123;FWDB=0.0146789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.385;QD=12.262;RBI=0.0188431;REFB=-0.000744894;REVB=0.0118149;RO=198;SAF=46;SAR=69;SRF=75;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248777;STB=0.514054;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00123506;OID=.;OPOS=68045403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:198:198:115:115:0.367412:69:46:75:123:69:46:75:123 chr12 68052178 . G T 268.57 PASS AF=0.315789;AO=36;DP=113;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00232559;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=98.546;QD=9.42339;RBI=0.00830474;REFB=-0.0108172;REVB=-0.00797248;RO=76;SAF=19;SAR=17;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1088;STB=0.553906;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0319317;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:76:78:36:36:0.315789:17:19:33:43:17:19:35:43 chr12 68054233 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAAAC 50.82 PASS AF=0.454545,0.030303;AO=9,2;DP=33;FAO=15,1;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6,0;FSAR=9,1;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0649226,0.091968;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.89299,21.8227;QD=6.15969;RBI=0.214562,0.231873;REFB=-0.0798792,-0.0682231;REVB=0.204504,0.212854;RO=18;SAF=6,0;SAR=3,2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0.44898,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0660765,-0.571416;STB=0.62946,0.992314;STBP=0.18,0.22;TYPE=del,snp;VARB=0.125233,0.0765659;OID=.,.;OPOS=68054234,68054239;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545,0.030303:9,2:33:15,1:33:17:6,0:9,1:11:6:47:18:6,0:3,2:11:7 chr12 68595787 . A G 156.95 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0113122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.676;QD=10.126;RBI=0.0133633;REFB=-0.00898874;REVB=-0.00711418;RO=41;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202281;STB=0.618072;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.024198;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:9:12:16:25:9:12:16:25 chr12 69042495 . A G 833.62 PASS AF=0.622951;AO=76;DP=123;FAO=76;FDP=122;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0604969;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8134;QD=27.3319;RBI=0.0606105;REFB=-0.0234546;REVB=0.00370815;RO=45;SAF=31;SAR=45;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177462;STB=0.607819;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.015494;OID=.;OPOS=69042495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:45:46:76:76:0.622951:45:31:30:15:45:31:32:14 chr12 69082805 . G A 175.01 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0558871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3768;QD=10.0007;RBI=0.0666527;REFB=0.0322431;REVB=-0.0363209;RO=47;SAF=15;SAR=8;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236814;STB=0.638976;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0631831;OID=.;OPOS=69082805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:8:15:21:26:8:15:21:26 chr12 69096580 . ATTTTTTCT AATTTTTCT,ATTTTTCT,ATTTTTTTC 32.68 PASS AF=0,0.2,0;AO=3,19,3;DP=81;FAO=0,15,0;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=0,7,0;FSAR=0,8,0;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0385437,-0.0851906,0.0916412;FXX=0.0259707;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=25.359,9.42295,19.8256;QD=1.74268;RBI=0.124636,0.20491,0.0957106;REFB=-0.0827638,-0.151286,0.106082;REVB=0.118526,0.186362,0.0276117;RO=41;SAF=2,12,0;SAR=1,7,3;SRF=17;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.239718,0.24825,-0.466663;STB=0.5,0.526846,0.5;STBP=1,0.838,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.171024,0;OID=.,.,.;OPOS=69096581,69096581,69096587;OREF=T,T,CT;OALT=A,-,TC;OMAPALT=AATTTTTCT,ATTTTTCT,ATTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.2,0:3,19,3:81:0,15,0:75:60:0,7,0:0,8,0:26:34:35:41:2,12,0:1,7,3:17:24 chr12 69115698 . G A 556.76 PASS AF=0.334906;AO=71;DP=211;FAO=71;FDP=212;FR=.;FRO=141;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=94;FWDB=0.0316365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0193;QD=10.5049;RBI=0.0606487;REFB=-0.00525971;REVB=-0.0517435;RO=140;SAF=29;SAR=42;SRF=47;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890458;STB=0.552676;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0104964;OID=.;OPOS=69115698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:140:141:71:71:0.334906:42:29:47:93:42:29:47:94 chr12 69186904 . G A 905.93 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000951421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.651;QD=56.6208;RBI=0.0148231;REFB=0.0245408;REVB=-0.0147925;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185128;STB=0.509801;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-5.87361e-05;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:38:25:1:0:38:25:1:0 chr12 69187427 . T A 1142.13 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136214;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.585;QD=60.9136;RBI=0.0212005;REFB=0;REVB=0.0162456;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89721e-05;OID=.;OPOS=69187427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr12 69187585 . G GA 1318.0 PASS AF=1;AO=105;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168763;FXX=0.0267833;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.2751;QD=48.3671;RBI=0.031488;REFB=0;REVB=-0.0314428;RO=1;SAF=55;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855071;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.23104e-05;OID=.;OPOS=69187586;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:105:111:109:109:0:56:53:0:0:24:1:55:50:1:0 chr12 69265578 . A G 1104.23 PASS AF=0.635135;AO=94;DP=148;FAO=94;FDP=148;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0136988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.488;QD=29.8441;RBI=0.019703;REFB=-0.0263101;REVB=0.0141616;RO=54;SAF=35;SAR=59;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382875;STB=0.520689;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0117624;OID=.;OPOS=69265578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:54:54:94:94:0.635135:59:35:23:31:59:35:23:31 chr12 69645864 . A G 459.12 PASS AF=1;AO=14;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8822;QD=57.3902;RBI=0.0414118;REFB=0;REVB=-0.0123438;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002114;OID=.;OPOS=69645864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:14:32:1:12:2:0:0:26:6:0:0 chr12 69646914 . G A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00380255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=342.998;QD=17.1002;RBI=0.00388338;REFB=-0.00348557;REVB=0.000788237;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946828;STB=0.554377;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00442238;OID=.;OPOS=69646914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:8:7:8:6:8:7 chr12 69794856 . G A 396.96 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0377375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6325;QD=14.5674;RBI=0.0386506;REFB=-0.000495058;REVB=0.00835187;RO=62;SAF=26;SAR=20;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180443;STB=0.596478;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00212195;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:63:46:46:0.422018:20:26:24:38:20:26:25:38 chr12 69967862 . G A 2364.27 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.738;QD=63.8991;RBI=0.00513239;REFB=0;REVB=-0.00408117;RO=0;SAF=82;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52678e-07;OID=.;OPOS=69967862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:148:0:0:147:148:1:65:82:0:0:65:83:0:0 chr12 69971474 . G A 205.25 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4969;QD=48.2939;RBI=0.0543225;REFB=0;REVB=0.0446828;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506578;OID=.;OPOS=69971474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:9:8:0:0 chr12 69971500 . C T 452.66 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.008;QD=56.5819;RBI=0.0424002;REFB=0;REVB=0.04134;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25791e-05;OID=.;OPOS=69971500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:28:32:1:13:15:0:0:14:18:0:0 chr12 69971713 . C T 2389.72 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.997;QD=64.1535;RBI=0.0227756;REFB=0;REVB=0.0185939;RO=0;SAF=84;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84434e-05;OID=.;OPOS=69971713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:65:84:0:0:65:84:0:0 chr12 69972381 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5686;QD=49.5975;RBI=0.0485811;REFB=0;REVB=-0.0112238;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615749;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr12 69973192 . CA C 571.93 PASS AF=1;AO=49;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.1359;QD=42.3654;RBI=0.112719;REFB=0;REVB=-0.102029;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00634773;OID=.;OPOS=69973193;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:53:54:54:0:23:31:0:0:11:0:22:27:0:0 chr12 70037520 . G A 554.52 PASS AF=0.298805;AO=73;DP=248;FAO=75;FDP=251;FR=.;FRO=176;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=95;FSRR=81;FWDB=-0.0102869;FXX=0.0156857;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.421;QD=8.83704;RBI=0.0145037;REFB=-0.00320357;REVB=-0.0102243;RO=171;SAF=30;SAR=43;SRF=93;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159949;STB=0.59806;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00978742;OID=.;OPOS=70037520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:251:171:176:73:75:0.298805:43:30:93:78:45:30:95:81 chr12 70091432 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.257;QD=62.6711;RBI=0.0343721;REFB=0;REVB=-0.00772845;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.74228e-05;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr12 70209464 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAC,CCAAAAAAAAAC 434.83 PASS AF=0.272727,0.727273,0;AO=5,4,3;DP=44;FAO=12,32,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,0;FSAR=12,27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124547,0.0390902,0.0335909;FXX=0.169779;HRUN=14,14,14;LEN=2,1,11;MLLD=5.47901,186.114,177.443;QD=39.5303;RBI=0.177537,0.0413747,0.0349803;REFB=0,0,0;REVB=-0.126521,0.0135579,0.00976104;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=5,4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.265617,0.0309094,0;OID=.,.,.;OPOS=70209465,70209475,70209465;OREF=AA,A,AAAAAAAAAAA;OALT=-,C,CAAAAAAAAAC;OMAPALT=CAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAC,CCAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.272727,0.727273,0:5,4,3:44:12,32,0:44:0:0,5,0:12,27,0:0:0:83:0:0,0,0:5,4,3:0:0 chr12 70273985 . T G 2542.25 PASS AF=0.579345;AO=229;DP=398;FAO=230;FDP=397;FR=.;FRO=167;FSAF=103;FSAR=127;FSRF=87;FSRR=80;FWDB=0.00775479;FXX=0.0025125;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0533;QD=25.6146;RBI=0.0814127;REFB=-0.0378267;REVB=0.0810426;RO=167;SAF=103;SAR=126;SRF=87;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556888;STB=0.530899;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0331062;OID=.;OPOS=70273985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:397:167:167:229:230:0.579345:126:103:87:80:127:103:87:80 chr12 70321450 . C T 431.59 PASS AF=1;AO=27;DP=32;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214745;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.143;QD=57.5454;RBI=0.0268758;REFB=0;REVB=0.0161603;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361349;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:30:0:0:27:30:1:16:11:0:0:18:12:0:0 chr12 70715490 . C A 388.09 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.103594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7059;QD=21.2652;RBI=0.118781;REFB=-0.043063;REVB=-0.0581121;RO=33;SAF=19;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232132;STB=0.519653;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0337664;OID=.;OPOS=70715490;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:20:19:17:16:20:19:18:16 chr12 70912510 . C T 1770.53 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145593;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.067;QD=61.0526;RBI=0.0146868;REFB=0;REVB=0.00193041;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51252e-05;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:61:55:0:0:61:55:0:0 chr12 70928724 . A G 1592.84 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190633;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.23;QD=60.1073;RBI=0.0156898;REFB=0;REVB=0.0155735;RO=0;SAF=36;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46339e-05;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:104:106:1:68:36:0:0:70:36:0:0 chr12 70949702 . C T 223.93 PASS AF=0.163043;AO=45;DP=276;FAO=45;FDP=276;FR=.;FRO=231;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=121;FSRR=110;FWDB=0.0690112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.979;QD=3.24542;RBI=0.078979;REFB=-0.00650464;REVB=-0.0384075;RO=229;SAF=24;SAR=21;SRF=120;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120633;STB=0.507995;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0388614;OID=.;OPOS=70949702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:229:231:45:45:0.163043:21:24:120:109:21:24:121:110 chr12 70965764 . G A 1434.18 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.566;QD=63.0409;RBI=0.0211214;REFB=0;REVB=-0.00304843;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86971e-05;OID=.;OPOS=70965764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:48:41:0:0:49:42:0:0 chr12 70990054 . T C 284.63 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0152487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.336;QD=17.7894;RBI=0.0211294;REFB=-0.0121921;REVB=-0.0146263;RO=33;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229143;STB=0.512812;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0104518;OID=.;OPOS=70990054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:19:12:12:21:19:12:12:21 chr12 71002865 . T A 2692.23 PASS AF=1;AO=170;DP=173;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.016;QD=61.5366;RBI=0.0421988;REFB=-0.0458863;REVB=-0.020357;RO=0;SAF=96;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211218;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:173:175:0:0:170:175:1:74:96:0:0:78:97:0:0 chr12 71002893 . C T 3046.88 PASS AF=0.994872;AO=192;DP=194;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=115;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0262595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1506;QD=62.5;RBI=0.0300958;REFB=0.0526609;REVB=0.0147037;RO=0;SAF=113;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502164;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00221033;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:194:195:0:1:192:194:0.994872:79:113:0:0:79:115:1:0 chr12 71003524 . CTT C 221.2 PASS AF=0.285714;AO=42;DP=182;FAO=52;FDP=182;FR=.;FRO=130;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=63;FSRR=67;FWDB=-0.0167304;FXX=0.0319132;HRUN=2;LEN=2;MLLD=303.155;QD=4.86162;RBI=0.0214026;REFB=-0.0102098;REVB=-0.0133478;RO=128;SAF=19;SAR=23;SRF=62;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040199;STB=0.50275;STBP=0.982;TYPE=del;VARB=0.0235398;OID=.;OPOS=71003525;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:42:182:52:182:130:25:27:63:67:99:128:19:23:62:66 chr12 71029733 . C T 1115.0 PASS AF=0.641026;AO=100;DP=156;FAO=100;FDP=156;FR=.;FRO=56;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0241705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9432;QD=28.5898;RBI=0.0421186;REFB=0.0177272;REVB=0.034493;RO=56;SAF=44;SAR=56;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198246;STB=0.510692;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0104244;OID=.;OPOS=71029733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:56:56:100:100:0.641026:56:44:23:33:56:44:23:33 chr12 71054946 . C A 870.22 PASS AF=0.559441;AO=80;DP=143;FAO=80;FDP=143;FR=.;FRO=63;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0322119;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.12;QD=24.3417;RBI=0.0323702;REFB=-0.00483671;REVB=-0.00319681;RO=63;SAF=44;SAR=36;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072542;STB=0.539584;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00278191;OID=.;OPOS=71054946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:63:63:80:80:0.559441:36:44:29:34:36:44:29:34 chr12 71139664 . T C 2178.7 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00787159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.995;QD=63.1508;RBI=0.0537638;REFB=0;REVB=0.0531844;RO=0;SAF=70;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79144e-05;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:68:70:0:0:68:70:0:0 chr12 71526593 . G A 339.25 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.107185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1146;QD=20.5608;RBI=0.114327;REFB=-0.0143463;REVB=-0.0397755;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450646;STB=0.524986;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00981515;OID=.;OPOS=71526593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:21:14:14:17:21:14:14:17 chr12 71960208 . G A 1489.71 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067996;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.693;QD=58.9982;RBI=0.00702865;REFB=0;REVB=0.00177971;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282495;OID=.;OPOS=71960208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:98:101:1:47:51:0:0:48:53:0:0 chr12 72018028 . A G 2235.32 PASS AF=1;AO=140;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116876;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0663;QD=62.9667;RBI=0.122269;REFB=0;REVB=0.0359116;RO=2;SAF=53;SAR=87;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93963e-05;OID=.;OPOS=72018028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:2:0:140:142:1:87:53:2:0:87:55:0:0 chr12 72071045 . A G 1054.39 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507733;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.911;QD=59.4021;RBI=0.00508894;REFB=0;REVB=-0.000343658;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7674e-05;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:25:45:0:0:26:45:0:0 chr12 72164395 . C T 946.43 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0259;QD=58.2417;RBI=0.0737692;REFB=0;REVB=-0.0696741;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427739;OID=.;OPOS=72164395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:35:28:0:0:35:30:0:0 chr12 72307616 . A G 876.85 PASS AF=0.96875;AO=63;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0324216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7118;QD=54.803;RBI=0.0331706;REFB=0.0238901;REVB=-0.00700917;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149896;STB=0.516124;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00780873;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:63:62:0.96875:32:31:1:0:32:30:2:0 chr12 72312268 . G A 372.76 PASS AF=0.413462;AO=42;DP=103;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0556525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.731;QD=14.3369;RBI=0.0582252;REFB=-0.0173965;REVB=-0.0171164;RO=60;SAF=14;SAR=28;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147032;STB=0.583852;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0217007;OID=.;OPOS=72312268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:60:61:42:43:0.413462:28:14:28:32:29:14:28:33 chr12 72372862 . A G 400.39 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0112024;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.745;QD=13.236;RBI=0.0155549;REFB=-0.00357801;REVB=0.0107917;RO=74;SAF=20;SAR=27;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664181;STB=0.537679;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00402115;OID=.;OPOS=72372862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:74:74:47:47:0.38843:27:20:36:38:27:20:36:38 chr12 72416235 . A T 546.55 PASS AF=0.322727;AO=70;DP=218;FAO=71;FDP=220;FR=.;FRO=149;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=72;FSRR=77;FWDB=-0.00622222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.213;QD=9.93732;RBI=0.0122911;REFB=0.00157339;REVB=-0.0105998;RO=148;SAF=36;SAR=34;SRF=72;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327223;STB=0.516124;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00352267;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:220:148:149:70:71:0.322727:34:36:72:76:35:36:72:77 chr12 73058186 . G A 3534.47 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.917;QD=62.8351;RBI=0.0159238;REFB=0;REVB=0.0086552;RO=0;SAF=107;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37514e-05;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:225:0:0:224:225:1:117:107:0:0:118:107:0:0 chr12 74851233 . G A 172.13 PASS AF=0.461538;AO=16;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0151991;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.74;QD=17.6547;RBI=0.0423551;REFB=0.00940454;REVB=0.039534;RO=18;SAF=14;SAR=2;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811502;STB=0.512181;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00929798;OID=.;OPOS=74851233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:21:16:18:0.461538:2:14:15:3:4:14:16:5 chr12 74932159 . G C 1989.5 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.555;QD=62.1718;RBI=0.00466923;REFB=0;REVB=0.00179061;RO=0;SAF=57;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62992e-06;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:71:57:0:0:71:57:0:0 chr12 74932327 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0358674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.988;QD=7.62907;RBI=0.0369441;REFB=-0.00268927;REVB=-0.00885414;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398056;STB=0.749375;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00448762;OID=.;OPOS=74932327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:12:8:6:2:12:8 chr12 74932565 . T C 2967.48 PASS AF=0.994737;AO=187;DP=190;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0349372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8148;QD=62.4734;RBI=0.044912;REFB=0.0523199;REVB=-0.028222;RO=2;SAF=58;SAR=129;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0073248;STB=0.501901;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00227323;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:190:190:2:1:187:189:0.994737:129:58:0:2:131:58:0:1 chr12 74933166 . G A 2092.5 PASS AF=0.978417;AO=136;DP=140;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0217355;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.947;QD=60.216;RBI=0.0361363;REFB=-0.0937451;REVB=0.0288687;RO=3;SAF=62;SAR=74;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022443;STB=0.511809;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00279854;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:139:3:3:136:136:0.978417:74:62:3:0:74:62:3:0 chr12 74934634 . G A 808.24 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.357;QD=56.7184;RBI=0.077378;REFB=0;REVB=0.00815018;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035669;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:54:57:1:23:31:0:0:26:31:0:0 chr12 74934637 . T C 755.51 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.543;QD=53.9648;RBI=0.0318052;REFB=0.14211;REVB=0.0272648;RO=2;SAF=30;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303841;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000351286;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:2:1:54:55:0.982143:24:30:2:0:24:31:1:0 chr12 74934743 . G T 355.99 PASS AF=0.469136;AO=36;DP=79;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0108926;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.917;QD=17.5799;RBI=0.0156182;REFB=-0.00454529;REVB=0.0111928;RO=43;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1375;STB=0.58738;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00647473;OID=.;OPOS=74934743;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:43:43:36:38:0.469136:21:15:24:19:23:15:24:19 chr12 74934909 . AGTGTGTGT A 171.25 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00679193;FXX=0.231679;HRUN=1;LEN=8;MLLD=217.839;QD=10.8732;RBI=0.0143174;REFB=-0.0169901;REVB=-0.0126039;RO=36;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247722;STB=0.669947;STBP=0.073;TYPE=del;VARB=0.0159894;OID=.;OPOS=74934910;OREF=GTGTGTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:21:74:21:63:42:13:8:15:27:99:36:13:8:14:22 chr12 75601469 . CGC CG,GCG 1225.4 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=21,5;DP=87;FAO=84,6;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=36,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.16934,0.037956;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=20.6144,149.909;QD=54.4622;RBI=1.22472,0.0680524;REFB=0,0;REVB=0.364097,-0.0564842;RO=56;SAF=0,0;SAR=21,5;SRF=46;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.858253,-0.739827;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0416695,0.170267;OID=.,.;OPOS=75601471,75601469;OREF=C,CGC;OALT=-,GCG;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:87:90:56:0:21,5:84,6:0.933333,0.0666667:21,5:0,0:46:10:36,6:48,0:0:0 chr12 75737595 . T C 858.16 PASS AF=0.593985;AO=78;DP=134;FAO=79;FDP=133;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.016099;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.256;QD=25.8092;RBI=0.0807118;REFB=-0.00844972;REVB=0.07909;RO=55;SAF=39;SAR=39;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207336;STB=0.504949;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00584373;OID=.;OPOS=75737595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:55:54:78:79:0.593985:39:39:26:29:40:39:26:28 chr12 75760742 . G A 1316.13 PASS AF=0.6;AO=120;DP=211;FAO=123;FDP=205;FR=.;FRO=82;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=-0.0218262;FXX=0.0375569;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3493;QD=25.6806;RBI=0.046677;REFB=-0.00535412;REVB=0.0412597;RO=79;SAF=50;SAR=70;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571598;STB=0.536834;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00560657;OID=.;OPOS=75760742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:205:79:82:120:123:0.6:70:50:27:52:70:53:28:54 chr12 75785100 . C T 819.74 PASS AF=0.663636;AO=72;DP=110;FAO=73;FDP=110;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0387813;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2167;QD=29.8086;RBI=0.0585931;REFB=0.0407513;REVB=0.0439223;RO=38;SAF=36;SAR=36;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673208;STB=0.534087;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0224345;OID=.;OPOS=75785100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:38:37:72:73:0.663636:36:36:23:15:37:36:22:15 chr12 75796803 . T TA 431.27 PASS AF=0.481481;AO=63;DP=135;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.0132846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.1017;QD=12.7784;RBI=0.016132;REFB=0.0181482;REVB=0.00915201;RO=71;SAF=31;SAR=32;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120727;STB=0.577871;STBP=0.097;TYPE=ins;VARB=-0.0185012;OID=.;OPOS=75796804;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:63:135:65:135:70:33:32:25:45:99:71:31:32:26:45 chr12 75816814 . G GACA 462.93 PASS AF=0.523256;AO=43;DP=89;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00617785;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.322;QD=21.5315;RBI=0.0133765;REFB=0.00207964;REVB=0.0118644;RO=43;SAF=20;SAR=23;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127976;STB=0.562307;STBP=0.27;TYPE=ins;VARB=-0.00152354;OID=.;OPOS=75816815;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=GACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.523256:43:89:45:86:41:20:25:13:28:99:43:20:23:14:29 chr12 75824460 . T C 379.74 PASS AF=0.328671;AO=47;DP=143;FAO=47;FDP=143;FR=.;FRO=96;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0313536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.532;QD=10.6222;RBI=0.0314615;REFB=-0.0101635;REVB=-0.00260396;RO=94;SAF=27;SAR=20;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988245;STB=0.564152;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0202454;OID=.;OPOS=75824460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:94:96:47:47:0.328671:20:27:46:48:20:27:46:50 chr12 75893381 . CAA C 279.81 PASS AF=0.373134;AO=47;DP=137;FAO=50;FDP=134;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0323464;FXX=0.0289834;HRUN=3;LEN=2;MLLD=39.8097;QD=8.35258;RBI=0.0336913;REFB=-0.0184278;REVB=-0.0094239;RO=80;SAF=13;SAR=34;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225455;STB=0.619817;STBP=0.051;TYPE=del;VARB=0.030084;OID=.;OPOS=75893382;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373134:47:137:50:134:84:14:36:38:46:99:80:13:34:37:43 chr12 75893388 . T A 2008.18 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426681;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.251;QD=62.2693;RBI=0.0543998;REFB=0;REVB=0.0337457;RO=0;SAF=49;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3659e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94073e-05;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:80:49:0:0:80:49:0:0 chr12 75893399 . T G 417.17 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0277052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.976;QD=14.2622;RBI=0.0365143;REFB=-0.0134252;REVB=-0.0237848;RO=65;SAF=12;SAR=36;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148095;STB=0.599955;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.024547;OID=.;OPOS=75893399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:65:69:48:48:0.410256:36:12:24:41:36:12:27:42 chr12 75893404 . C A 1593.57 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444142;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.023;QD=64.3867;RBI=0.0472927;REFB=0;REVB=0.0162476;RO=0;SAF=27;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09459e-05;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:72:27:0:0:72:27:0:0 chr12 75893486 . A G 154.9 PASS AF=0.583333;AO=2;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0159352;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=230.34;QD=25.8162;RBI=0.054557;REFB=-0.0632764;REVB=-0.0521779;RO=0;SAF=2;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599854;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.020551;OID=.;OPOS=75893486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:24:24:0:8:2:14:0.583333:0:2:0:0:5:9:3:5 chr12 75900588 . A G 385.26 PASS AF=0.373016;AO=46;DP=126;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0155516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.932;QD=12.2305;RBI=0.0291119;REFB=-0.00233804;REVB=0.02461;RO=79;SAF=22;SAR=24;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109999;STB=0.500169;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0038178;OID=.;OPOS=75900588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:79:79:46:47:0.373016:24:22:37:42:25:22:37:42 chr12 76351726 . C G 261.99 PASS AF=0.326923;AO=34;DP=104;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0237631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.309;QD=10.0766;RBI=0.082652;REFB=0.00926358;REVB=0.0791622;RO=70;SAF=23;SAR=11;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792641;STB=0.546222;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0117418;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:70:70:34:34:0.326923:11:23:43:27:11:23:43:27 chr12 76424937 . TTGCTGCTGCTGCTGC CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG 1433.81 PASS AF=0.0729167,0.833333,0.09375;AO=16,65,10;DP=98;FAO=7,80,9;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=6,26,7;FSAR=1,54,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048732,-0.00759051,-0.0117619;FXX=0.0103082;HRUN=2,1,1;LEN=4,3,1;MLLD=201.391,177.734,87.4474;QD=59.7423;RBI=0.0793323,0.0629565,0.0147427;REFB=0,0,0;REVB=0.0626004,0.0624972,0.00888848;RO=0;SAF=6,24,7;SAR=10,41,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,5.25588e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0383903,0.00252024,0.0350039;OID=.,.,.;OPOS=76424937,76424938,76424952;OREF=TTGC,TGC,C;OALT=CTGT,-,G;OMAPALT=CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:38:98:96:0:0:16,65,10:7,80,9:0.0729167,0.833333,0.09375:10,41,3:6,24,7:0:0:1,54,2:6,26,7:0:0 chr12 76426110 . GGA G 1429.56 PASS AF=0.932836;AO=122;DP=127;FAO=125;FDP=134;FR=.;FRO=9;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.067166;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=246.35;QD=42.6734;RBI=0.0679023;REFB=-0.0221168;REVB=0.00997251;RO=0;SAF=71;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.80326e-08;STB=0.501964;STBP=0.882;TYPE=del;VARB=0.00191925;OID=.;OPOS=76426111;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.932836:122:127:125:134:9:73:52:5:4:6:0:71:51:0:0 chr12 76427547 . C CTTAAT 205.98 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000314028;FXX=0.09995;HRUN=2;LEN=5;MLLD=273.287;QD=45.7731;RBI=0.0148088;REFB=-0.0403757;REVB=-0.0148055;RO=6;SAF=13;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156393;STB=0.555487;STBP=0.149;TYPE=ins;VARB=0.00115635;OID=.;OPOS=76427548;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=CTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:17:24:17:18:1:13:4:0:1:6:6:13:4:3:3 chr12 76449900 . T C 659.41 PASS AF=0.981132;AO=48;DP=50;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297343;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.3952;QD=49.7668;RBI=0.0437661;REFB=-0.130324;REVB=0.0321146;RO=2;SAF=23;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391617;STB=0.5098;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00707063;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:53:2:1:48:52:0.981132:25:23:2:0:27:25:1:0 chr12 76453966 . G A 1701.06 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000758905;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.811;QD=60.7521;RBI=0.0326477;REFB=0;REVB=-0.0326389;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.34045e-05;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:112:0:0:112:112:1:49:63:0:0:49:63:0:0 chr12 76709606 . T C 2488.74 PASS AF=1;AO=161;DP=163;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0037965;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.692;QD=61.4503;RBI=0.0253289;REFB=0;REVB=0.0250427;RO=0;SAF=81;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41464e-06;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:162:0:0:161:162:1:80:81:0:0:80:82:0:0 chr12 76709610 . T C 2669.11 PASS AF=1;AO=171;DP=173;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00040145;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.969;QD=62.4353;RBI=0.00220936;REFB=0;REVB=0.00217259;RO=0;SAF=85;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.77944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78216e-05;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:173:171:0:0:171:171:1:86:85:0:0:86:85:0:0 chr12 76747085 . T G 198.37 PASS AF=1;AO=4;DP=22;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554128;FXX=0.304216;HRUN=16;LEN=1;MLLD=66.1468;QD=49.5927;RBI=0.163138;REFB=0;REVB=-0.153439;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0479571;OID=.;OPOS=76747085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:16:0:0:4:16:1:4:0:0:0:8:8:0:0 chr12 77256681 . T G 191.34 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0532825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6819;QD=15.9446;RBI=0.0664768;REFB=0.00959869;REVB=0.0397509;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138851;STB=0.579752;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.010499;OID=.;OPOS=77256681;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:8:12:13:15:8:12:13:15 chr12 77417509 . G T 355.93 PASS AF=0.316901;AO=45;DP=142;FAO=45;FDP=142;FR=.;FRO=97;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0414846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.454;QD=10.0263;RBI=0.0434609;REFB=-0.000882025;REVB=-0.012957;RO=87;SAF=23;SAR=22;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192994;STB=0.539214;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.002286;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:87:97:45:45:0.316901:22:23:43:44:22:23:44:53 chr12 77449790 . A G 2864.74 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.315;QD=62.9614;RBI=0.0083338;REFB=0;REVB=-0.00239195;RO=0;SAF=93;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26406e-06;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:89:93:0:0:89:93:0:0 chr12 78225374 . A G 1980.72 PASS AF=1;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022957;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.73;QD=62.3848;RBI=0.0580804;REFB=0;REVB=-0.0533508;RO=0;SAF=49;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115662;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:127:0:0:127:127:1:78:49:0:0:78:49:0:0 chr12 78400884 . G A 195.4 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0205396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.136;QD=10.5623;RBI=0.0205919;REFB=0.0104245;REVB=0.00146661;RO=48;SAF=6;SAR=19;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231925;STB=0.645158;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0305953;OID=.;OPOS=78400884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:49:25:25:0.337838:19:6:20:28:19:6:21:28 chr12 78530979 . G A 171.6 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0202252;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.902;QD=8.91409;RBI=0.0208507;REFB=-0.00317568;REVB=0.00506883;RO=54;SAF=14;SAR=9;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255746;STB=0.651035;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.011897;OID=.;OPOS=78530979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:54:54:23:23:0.298701:9:14:21:33:9:14:21:33 chr12 78542699 . T C 95.88 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0258158;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.944;QD=11.2802;RBI=0.0260246;REFB=-0.00703889;REVB=-0.00329049;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535656;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0146681;OID=.;OPOS=78542699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:35:34:22:22:11:12:0.352941:7:4:8:14:7:5:8:14 chr12 78598891 . G A 1955.06 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079129;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.718;QD=62.0654;RBI=0.0658018;REFB=0;REVB=-0.0653242;RO=0;SAF=57;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24022e-05;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:69:57:0:0:69:57:0:0 chr12 78604333 . T A,TA 112.83 PASS AF=0.0816327,0.44898;AO=4,17;DP=52;FAO=4,22;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=1,6;FSAR=3,16;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.162085,0.259051;FXX=0;HRUN=4,7;LEN=1,1;MLLD=14.9618,8.41762;QD=9.21049;RBI=0.162087,0.269324;REFB=-0.0840955,-0.106753;REVB=-0.000658915,-0.0736727;RO=27;SAF=1,4;SAR=3,13;SRF=8;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0649577,-0.084144;STB=0.512134,0.507685;STBP=0.983,0.913;TYPE=snp,ins;VARB=0.0184383,0.0874123;OID=.,.;OPOS=78604333,78604334;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:85:52:49:27:23:4,17:4,22:0.0816327,0.44898:3,13:1,4:8:19:3,16:1,6:6:17 chr12 79611374 . C T 454.91 PASS AF=0.347561;AO=56;DP=163;FAO=57;FDP=164;FR=.;FRO=107;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=66;FWDB=0.0184825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.227;QD=11.0955;RBI=0.018623;REFB=0.00766127;REVB=-0.00228322;RO=107;SAF=25;SAR=31;SRF=41;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740639;STB=0.548363;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.016102;OID=.;OPOS=79611374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:107:107:56:57:0.347561:31:25:41:66:31:26:41:66 chr12 79685913 . C A 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00576055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.109;QD=24.516;RBI=0.00808654;REFB=0.00255552;REVB=0.00567523;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036913;STB=0.52049;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00364365;OID=.;OPOS=79685913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:16:11:8:14:16:11:8:14 chr12 80014907 . A C 1115.54 PASS AF=0.6;AO=102;DP=170;FAO=102;FDP=170;FR=.;FRO=68;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.00930064;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.73;QD=26.2481;RBI=0.0145425;REFB=-0.0149611;REVB=0.0111796;RO=67;SAF=47;SAR=55;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427392;STB=0.519787;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00985759;OID=.;OPOS=80014907;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:67:68:102:102:0.6:55:47:27:40:55:47:28:40 chr12 80168461 . ATGG A 249.17 PASS AF=0.32;AO=31;DP=100;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.0232651;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=3;MLLD=208.507;QD=9.96682;RBI=0.0319878;REFB=-0.00774622;REVB=0.0219536;RO=62;SAF=7;SAR=24;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204281;STB=0.637464;STBP=0.09;TYPE=del;VARB=0.016349;OID=.;OPOS=80168462;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:31:100:32:100:68:7:25:26:42:99:62:7:24:23:39 chr12 80190650 . C G 1369.07 PASS AF=0.597156;AO=123;DP=210;FAO=126;FDP=211;FR=.;FRO=85;FSAF=48;FSAR=78;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.0214451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.674;QD=25.954;RBI=0.0214452;REFB=-0.00763632;REVB=3.42281e-05;RO=85;SAF=48;SAR=75;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00159243;STB=0.503105;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00447173;OID=.;OPOS=80190650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:85:85:123:126:0.597156:75:48:33:52:78:48:33:52 chr12 80655832 . A T 541.17 PASS AF=0.574713;AO=44;DP=81;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0205557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.762;QD=24.8811;RBI=0.0205567;REFB=-0.0155317;REVB=0.000203039;RO=37;SAF=22;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112026;STB=0.519955;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0115798;OID=.;OPOS=80655832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:87:37:37:44:50:0.574713:22:22:19:18:22:28:19:18 chr12 80660288 . C A 384.4 PASS AF=0.276042;AO=53;DP=192;FAO=53;FDP=192;FR=.;FRO=139;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=0.0304758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.405;QD=8.00824;RBI=0.0368255;REFB=-0.00284906;REVB=0.0206722;RO=138;SAF=26;SAR=27;SRF=67;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620216;STB=0.500983;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00764139;OID=.;OPOS=80660288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:138:139:53:53:0.276042:27:26:67:71:27:26:68:71 chr12 80712420 . G A 2474.67 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.13;QD=61.4824;RBI=0.0446488;REFB=0;REVB=-0.026848;RO=0;SAF=77;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.127e-06;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:84:77:0:0:84:77:0:0 chr12 80735771 . T C 310.25 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0169905;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.112;QD=23.4152;RBI=0.0197571;REFB=-0.00406408;REVB=-0.0100829;RO=22;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186938;STB=0.510303;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00307105;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:12:19:14:8:12:19:14:8 chr12 80737521 . C T 932.2 PASS AF=0.56962;AO=90;DP=155;FAO=90;FDP=158;FR=.;FRO=68;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0216347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.634;QD=23.6001;RBI=0.0247426;REFB=-0.0138393;REVB=0.0120057;RO=65;SAF=48;SAR=42;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435637;STB=0.514379;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00856586;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:65:68:90:90:0.56962:42:48:31:34:42:48:34:34 chr12 80747242 . A G 467.7 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.144825;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.538;QD=19.9021;RBI=0.145119;REFB=0.00592382;REVB=-0.00924642;RO=47;SAF=20;SAR=26;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111254;STB=0.50141;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.00457748;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:47:48:46:46:0.489362:26:20:21:26:26:20:21:27 chr12 80752660 . A G 1485.41 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531739;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.876;QD=63.2091;RBI=0.0532315;REFB=0;REVB=-0.00247679;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107058;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:93:94:1:54:39:0:0:54:40:0:0 chr12 80761430 . G A 542.4 PASS AF=0.495652;AO=56;DP=114;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0410824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.339;QD=18.8661;RBI=0.0421501;REFB=-0.00942728;REVB=-0.00942695;RO=56;SAF=24;SAR=32;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499127;STB=0.521732;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00891395;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:56:58:56:57:0.495652:32:24:21:35:33:24:22:36 chr12 80761465 . G A 1495.85 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0105494;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.491;QD=61.055;RBI=0.0205192;REFB=0.00330611;REVB=-0.0175996;RO=3;SAF=35;SAR=60;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00218825;STB=0.508195;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000314663;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:3:2:95:96:0.979592:60:35:1:2:60:36:0:2 chr12 80765800 . A G 589.81 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00553077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.449;QD=24.074;RBI=0.00560197;REFB=-0.00478578;REVB=0.000890287;RO=44;SAF=22;SAR=32;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373962;STB=0.520497;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00458335;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:54:54:0.55102:32:22:16:28:32:22:16:28 chr12 80771813 . G A 517.28 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0144311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.93;QD=25.2331;RBI=0.0204303;REFB=0.00582012;REVB=0.0144617;RO=34;SAF=26;SAR=22;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131074;STB=0.507169;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00423884;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:22:26:19:15:22:26:19:15 chr12 80816492 . C T 297.79 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0242697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6651;QD=18.6117;RBI=0.0480847;REFB=0.0130944;REVB=-0.0415105;RO=32;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715676;STB=0.548163;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0177556;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:32:31:32:0.5:18:13:11:21:18:14:11:21 chr12 80818876 . A G 1278.76 PASS AF=0.554054;AO=123;DP=222;FAO=123;FDP=222;FR=.;FRO=99;FSAF=41;FSAR=82;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=-0.0193027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.2249;QD=23.0407;RBI=0.0280391;REFB=0.0182104;REVB=0.0203371;RO=94;SAF=41;SAR=82;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890705;STB=0.544255;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0122438;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:94:99:123:123:0.554054:82:41:41:53:82:41:42:57 chr12 80889829 . T A 970.72 PASS AF=0.578616;AO=92;DP=159;FAO=92;FDP=159;FR=.;FRO=67;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.010383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.242;QD=24.4206;RBI=0.0104102;REFB=-0.00494234;REVB=0.000751755;RO=67;SAF=44;SAR=48;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937403;STB=0.550897;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00330612;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:67:67:92:92:0.578616:48:44:24:43:48:44:24:43 chr12 80899901 . C A 142.26 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00354711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.583;QD=15.3795;RBI=0.0155923;REFB=-0.0153925;REVB=-0.0151835;RO=17;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490561;STB=0.590044;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0191534;OID=.;OPOS=80899901;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:21:15:16:0.432432:12:3:4:13:12:4:8:13 chr12 80900397 . C G 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.000104167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8754;QD=17.2389;RBI=0.0581092;REFB=-0.00640205;REVB=-0.0581091;RO=43;SAF=20;SAR=19;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175758;STB=0.605289;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00644791;OID=.;OPOS=80900397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:47:39:39:0.453488:19:20:14:29:19:20:15:32 chr12 80935345 . T C 571.11 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=130;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00217346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4695;QD=17.5727;RBI=0.0111691;REFB=0.0123915;REVB=-0.0109556;RO=70;SAF=31;SAR=29;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811227;STB=0.545042;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.019403;OID=.;OPOS=80935345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:70:60:60:0.461538:29:31:42:28:29:31:42:28 chr12 80936082 . C T 180.53 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0296607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.888;QD=9.25767;RBI=0.0301374;REFB=-0.00162573;REVB=0.00533938;RO=54;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162212;STB=0.595665;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00667371;OID=.;OPOS=80936082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:10:14:24:30:10:14:24:30 chr12 81028838 . C T 404.45 PASS AF=0.335526;AO=51;DP=152;FAO=51;FDP=152;FR=.;FRO=101;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=62;FWDB=-0.00373178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.994;QD=10.6435;RBI=0.00390157;REFB=-0.00153655;REVB=0.00113843;RO=101;SAF=20;SAR=31;SRF=39;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00729966;STB=0.5042;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00269052;OID=.;OPOS=81028838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:101:101:51:51:0.335526:31:20:39:62:31:20:39:62 chr12 81329536 . A C 2105.95 PASS AF=0.992806;AO=136;DP=138;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0555554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2592;QD=60.6028;RBI=0.0767062;REFB=-0.11142;REVB=0.0528909;RO=2;SAF=74;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00122483;STB=0.503311;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00138708;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:138:139:2:1:136:138:0.992806:62:74:1:1:63:75:1:0 chr12 81627238 . C T 329.99 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0126147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2106;QD=31.4279;RBI=0.0333721;REFB=-0.0345772;REVB=-0.0308961;RO=13;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465775;STB=0.536057;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00684248;OID=.;OPOS=81627238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:14:28:28:0.666667:13:15:8:5:13:15:9:5 chr12 81769581 . C T 623.71 PASS AF=0.5;AO=62;DP=128;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0116467;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9058;QD=19.4911;RBI=0.0376372;REFB=-0.00962149;REVB=-0.0357899;RO=64;SAF=37;SAR=25;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761399;STB=0.539868;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0112265;OID=.;OPOS=81769581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:64:64:62:64:0.5:25:37:33:31:26:38:33:31 chr12 81833745 . G T 634.67 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00800443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.4;QD=23.0791;RBI=0.0131271;REFB=-0.00446776;REVB=0.0104043;RO=48;SAF=37;SAR=25;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282301;STB=0.51544;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00259443;OID=.;OPOS=81833745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:48:48:62:62:0.563636:25:37:27:21:25:37:27:21 chr12 82783668 . C T 924.48 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321865;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.608;QD=58.697;RBI=0.016229;REFB=0;REVB=-0.0159067;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99265e-05;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr12 82792787 . C A 651.06 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.124;QD=62.0061;RBI=0.0179025;REFB=0;REVB=0.00221841;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9265e-05;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:24:16:0:0:26:16:0:0 chr12 83415719 . G C 349.92 PASS AF=0.583333;AO=31;DP=59;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00268492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2158;QD=23.3277;RBI=0.0289134;REFB=0.0175196;REVB=-0.0287885;RO=20;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959575;STB=0.530905;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0132941;OID=.;OPOS=83415719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:20:25:31:35:0.583333:15:16:13:7:18:17:14:11 chr12 85432040 . T A 461.75 PASS AF=0.417323;AO=51;DP=126;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0380791;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1604;QD=14.5433;RBI=0.0928339;REFB=-0.0127035;REVB=-0.0846647;RO=75;SAF=25;SAR=26;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530746;STB=0.54479;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0140736;OID=.;OPOS=85432040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:75:74:51:53:0.417323:26:25:33:42:26:27:32:42 chr12 85438499 . G A 236.75 PASS AF=0.292035;AO=33;DP=113;FAO=33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0279209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.104;QD=8.38059;RBI=0.0287639;REFB=-0.00335701;REVB=0.0069126;RO=79;SAF=14;SAR=19;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382313;STB=0.527474;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00957885;OID=.;OPOS=85438499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:79:80:33:33:0.292035:19:14:36:43:19:14:37:43 chr12 85449465 . T A 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.41;QD=57.6773;RBI=0.0265001;REFB=0;REVB=0.0246712;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73387e-05;OID=.;OPOS=85449465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr12 85466723 . G A 520.65 PASS AF=0.393548;AO=60;DP=155;FAO=61;FDP=155;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.0222934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.171;QD=13.4361;RBI=0.0242748;REFB=-0.000206738;REVB=-0.00960567;RO=94;SAF=27;SAR=33;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026787;STB=0.510525;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000255204;OID=.;OPOS=85466723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:94:94:60:61:0.393548:33:27:40:54:34:27:40:54 chr12 88440676 . G C 2510.69 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.418;QD=61.612;RBI=0.0529103;REFB=0;REVB=0.035085;RO=0;SAF=83;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.35852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.21912e-06;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:80:83:0:0:80:83:0:0 chr12 88505078 . T C 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7648;QD=62.9788;RBI=0.100146;REFB=0;REVB=0.0813559;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182817;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr12 88547277 . T C 1227.46 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.114;QD=61.373;RBI=0.0154193;REFB=0;REVB=0.00498328;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04524e-05;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr12 89743223 . G A 3561.13 PASS AF=1;AO=226;DP=227;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158053;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.165;QD=63.0288;RBI=0.017294;REFB=0;REVB=-0.00701962;RO=0;SAF=91;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126441;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:226:0:0:226:226:1:135:91:0:0:135:91:0:0 chr12 89853408 . G A 708.21 PASS AF=1;AO=43;DP=53;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013868;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7401;QD=55.5461;RBI=0.106909;REFB=0;REVB=-0.106006;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079452;OID=.;OPOS=89853408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:51:0:0:43:51:1:30:13:0:0:36:15:0:0 chr12 89917518 . A G 1302.56 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0999051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9684;QD=62.0265;RBI=0.0999056;REFB=0;REVB=0.000326301;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311633;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:39:44:0:0:39:45:0:0 chr12 91340230 . G A 218.28 PASS AF=0.288462;AO=30;DP=104;FAO=30;FDP=104;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=22;FWDB=0.00195621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3049;QD=8.39551;RBI=0.0228117;REFB=0.00359644;REVB=-0.0227277;RO=73;SAF=17;SAR=13;SRF=51;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166773;STB=0.601143;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00612678;OID=.;OPOS=91340230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:73:74:30:30:0.288462:13:17:51:22:13:17:52:22 chr12 91348057 . G A 387.65 PASS AF=0.365672;AO=45;DP=121;FAO=49;FDP=134;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.0147841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.097;QD=11.5715;RBI=0.0764658;REFB=-0.0458746;REVB=0.075023;RO=73;SAF=37;SAR=8;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452413;STB=0.753909;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0337922;OID=.;OPOS=91348057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:134:73:85:45:49:0.365672:8:37:33:40:11:38:33:52 chr12 91348786 . G T 2477.09 PASS AF=0.970588;AO=164;DP=170;FAO=165;FDP=170;FR=.;FRO=5;FSAF=114;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0377654;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.201;QD=58.2845;RBI=0.0379646;REFB=-0.105587;REVB=-0.00388434;RO=5;SAF=114;SAR=50;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00698087;STB=0.503767;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.000290612;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:170:170:5:5:164:165:0.970588:50:114:4:1:51:114:4:1 chr12 91449990 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.602;QD=59.4356;RBI=0.01413;REFB=0;REVB=0.013729;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69332e-05;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:22:13:0:0 chr12 92537706 . ATTTT ATTTA,ATT,TTTAT 191.52 PASS AF=0.407407,0.592593,0;AO=2,5,2;DP=41;FAO=11,16,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,0;FSAR=11,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300547,-0.17201,-0.02777;FXX=0.357058;HRUN=14,14,4;LEN=1,2,4;MLLD=132.047,7.169,138.146;QD=28.3732;RBI=0.0601921,0.246936,0.0636975;REFB=-0.0062573,-0.0674174,-0.00418585;REVB=0.0521517,0.177173,0.0573254;RO=1;SAF=0,5,0;SAR=2,0,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.697199,0,-0.697199;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0116196,-0.0278382,0;OID=.,.,.;OPOS=92537710,92537707,92537706;OREF=T,TT,ATTT;OALT=A,-,TTTA;OMAPALT=ATTTA,ATT,TTTAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:98:41:27:1:0:2,5,2:11,16,0:0.407407,0.592593,0:2,0,2:0,5,0:1:0:11,0,0:0,16,0:0:0 chr12 92816362 . C T 388.2 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00222248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.565;QD=21.271;RBI=0.00435037;REFB=-0.00610807;REVB=-0.00373983;RO=33;SAF=13;SAR=26;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286199;STB=0.505152;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00474146;OID=.;OPOS=92816362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:26:13:10:23:26:13:11:23 chr12 93102295 . G A 2053.41 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5951;QD=62.2246;RBI=0.0424316;REFB=0;REVB=0.00300927;RO=0;SAF=66;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110347;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:131:132:1:65:66:0:0:66:66:0:0 chr12 93147907 . A T 3729.8 PASS AF=1;AO=235;DP=237;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127031;FXX=0.00843846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.329;QD=63.4859;RBI=0.029916;REFB=0;REVB=0.027085;RO=0;SAF=86;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.99185e-06;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:235:0:0:235:235:1:149:86:0:0:149:86:0:0 chr12 93150102 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.727;QD=61.0491;RBI=0.0239337;REFB=0;REVB=-0.0149336;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51874e-06;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:48:30:0:0:48:30:0:0 chr12 93155535 . G A 1395.96 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.913;QD=62.7399;RBI=0.0134952;REFB=0;REVB=0.0132746;RO=0;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21695e-05;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:56:33:0:0:56:33:0:0 chr12 93166538 . A G 1317.33 PASS AF=0.889908;AO=97;DP=111;FAO=97;FDP=109;FR=.;FRO=12;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00616838;FXX=0.0180164;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.605;QD=48.3424;RBI=0.0129082;REFB=-0.188559;REVB=0.011339;RO=5;SAF=40;SAR=57;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556747;STB=0.547015;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00154972;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:111:109:5:12:97:97:0.889908:57:40:5:0:57:40:10:2 chr12 93166928 . T A 55.38 PASS AF=0.16092;AO=17;DP=79;FAO=14;FDP=87;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.166541;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=32.683;QD=2.54615;RBI=0.168185;REFB=-0.00310028;REVB=0.0234573;RO=59;SAF=16;SAR=1;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.689392;STB=0.847975;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00566491;OID=.;OPOS=93166928;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:79:87:59:73:17:14:0.16092:1:16:24:35:2:12:33:40 chr12 93196421 . T TG 724.01 PASS AF=1;AO=6;DP=57;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540084;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=217.446;QD=54.6423;RBI=0.0887235;REFB=0;REVB=-0.0703914;RO=50;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690685;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000785881;OID=.;OPOS=93196422;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:57:53:53:0:24:29:0:0:4:50:3:3:22:28 chr12 93196422 . T G 602.64 PASS AF=0.857143;AO=49;DP=57;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00544789;FXX=0.0175408;HRUN=9;LEN=1;MLLD=227.206;QD=43.0457;RBI=0.00559237;REFB=0.0315544;REVB=0.00126297;RO=8;SAF=22;SAR=27;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135142;STB=0.509046;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.000303294;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:56:8:8:49:48:0.857143:27:22:4:4:27:21:4:4 chr12 93202801 . C T 2358.07 PASS AF=0.99359;AO=124;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=67;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000719232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.388;QD=60.4635;RBI=0.0458518;REFB=0.00516223;REVB=0.0458462;RO=1;SAF=67;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703889;STB=0.503703;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000102318;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:1:1:124:155:0.99359:57:67:1:0:88:67:1:0 chr12 93692934 . G A 636.78 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058515;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.388;QD=62.1245;RBI=0.0594317;REFB=0;REVB=-0.0103982;RO=0;SAF=6;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227546;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:35:6:0:0:35:6:0:0 chr12 93795749 . A AAT,AT 96.23 PASS AF=0.394737,0.0263158;AO=11,5;DP=39;FAO=15,1;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=13,1;FSAR=2,0;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0171146,-0.0219054;FXX=0.0256345;HRUN=3,5;LEN=2,1;MLLD=19.8391,10.0712;QD=10.1296;RBI=0.0180391,0.0920571;REFB=-0.119675,-0.111922;REVB=0.0057009,0.0894129;RO=23;SAF=10,4;SAR=1,1;SRF=16;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.401462,0.159118;STB=0.676023,0.986419;STBP=0.127,0.501;TYPE=ins,ins;VARB=0.197124,0.00612573;OID=.,.;OPOS=93795750,93795750;OREF=-,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AAT,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737,0.0263158:11,5:39:15,1:38:22:13,1:2,0:15:7:91:23:10,4:1,1:16:7 chr12 93895605 . G T 402.27 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0407421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0053;QD=19.3867;RBI=0.0892737;REFB=-0.0291243;REVB=-0.0794348;RO=42;SAF=15;SAR=26;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126382;STB=0.570349;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0299121;OID=.;OPOS=93895605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:26:15:21:21:26:15:21:21 chr12 93964955 . A AC 53.27 PASS AF=0.173913;AO=23;DP=117;FAO=20;FDP=115;FR=.;FRO=95;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.0132668;FXX=0.0170926;HRUN=0;LEN=1;MLLD=82.438;QD=1.85276;RBI=0.0548562;REFB=-0.00505436;REVB=-0.0532278;RO=91;SAF=0;SAR=23;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.779101;STB=0.93958;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0856312;OID=.;OPOS=93964956;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173913:23:117:20:115:95:1:19:51:44:53:91:0:23:52:39 chr12 94132186 . T A 536.31 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.000255564;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.277;QD=20.049;RBI=0.0172712;REFB=-0.00924633;REVB=-0.0172693;RO=52;SAF=23;SAR=32;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899364;STB=0.549621;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00691524;OID=.;OPOS=94132186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:52:52:55:55:0.514019:32:23:27:25:32:23:27:25 chr12 94243853 . C T 415.98 PASS AF=0.348684;AO=50;DP=149;FAO=53;FDP=152;FR=.;FRO=99;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=-0.00491328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.36;QD=10.9468;RBI=0.00985137;REFB=-0.00861472;REVB=-0.00853869;RO=99;SAF=38;SAR=12;SRF=63;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173378;STB=0.561227;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0230715;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:99:99:50:53:0.348684:12:38:63:36:15:38:63:36 chr12 94645255 . A G 2566.26 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.334;QD=61.8376;RBI=0.00208344;REFB=0;REVB=-0.00135181;RO=0;SAF=89;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08121e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06743e-07;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:77:89:0:0:77:89:0:0 chr12 94671743 . G C 2338.15 PASS AF=0.981132;AO=155;DP=158;FAO=156;FDP=159;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00172502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.673;QD=58.8213;RBI=0.0169235;REFB=-0.0413747;REVB=0.0168354;RO=3;SAF=77;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590259;STB=0.503024;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.000891569;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:158:159:3:3:155:156:0.981132:78:77:1:2:79:77:1:2 chr12 94673277 . G A 535.81 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0165791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.254;QD=20.2193;RBI=0.0167696;REFB=-0.0013975;REVB=0.00252034;RO=51;SAF=27;SAR=28;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348967;STB=0.519224;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0016631;OID=.;OPOS=94673277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:28:27:23:28:28:27:23:28 chr12 94673508 . TGCCCCCA CTGCCCCA,TGCCCCA,TGCCCCAC 827.4 PASS AF=0,1,0;AO=3,50,6;DP=64;FAO=0,63,0;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17,0;FSAR=0,46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139627,0.0395788,-0.0434955;FXX=0.0156226;HRUN=1,5,5;LEN=3,1,2;MLLD=4.72662,19.4878,5.63324;QD=52.5336;RBI=0.0424508,0.0582151,0.141827;REFB=0,0,0;REVB=-0.0400888,-0.0426909,-0.134993;RO=0;SAF=0,15,0;SAR=3,35,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.365854,0;SSSB=0,-4.87758e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.00010623,0.0277051;OID=.,.,.;OPOS=94673508,94673510,94673514;OREF=TGC,C,CA;OALT=CTG,-,AC;OMAPALT=CTGCCCCA,TGCCCCA,TGCCCCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:64:63:0:0:3,50,6:0,63,0:0,1,0:3,35,6:0,15,0:0:0:0,46,0:0,17,0:0:0 chr12 94769758 . A G 1573.16 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.158;QD=62.9263;RBI=0.0158549;REFB=-0.0540111;REVB=-0.0101359;RO=1;SAF=40;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117106;STB=0.506172;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=4.0752e-05;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:1:1:99:99:0.99:59:40:1:0:59:40:1:0 chr12 94772742 . C T 308.85 PASS AF=0.384615;AO=33;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0356888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.604;QD=13.5759;RBI=0.0361599;REFB=-0.0274913;REVB=-0.00581786;RO=55;SAF=9;SAR=24;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312126;STB=0.641377;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0252493;OID=.;OPOS=94772742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:56:33:35:0.384615:24:9:30:25:24:11:30:26 chr12 94909304 . A G 160.31 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.000841544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.261;QD=10.3428;RBI=0.00621421;REFB=-0.0165554;REVB=0.00615696;RO=41;SAF=4;SAR=17;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449685;STB=0.766006;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0384223;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:17:4:23:18:17:4:23:18 chr12 94963527 . ATT A,AT 268.41 PASS AF=0,1;AO=11,32;DP=53;FAO=0,51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652704,0.125274;FXX=0.0377287;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=9.48579,8.16016;QD=21.0516;RBI=0.130153,0.260578;REFB=0.0265438,0.0167651;REVB=-0.112604,-0.228489;RO=7;SAF=3,14;SAR=8,18;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.397807,-0.139067;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0019417,-0.00389047;OID=.,.;OPOS=94963528,94963528;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:11,32:53:0,51:51:0:0,23:0,28:0:0:4:7:3,14:8,18:6:1 chr12 94963611 . C T 553.59 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.233;QD=59.8471;RBI=0.0284916;REFB=0;REVB=-0.0231199;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000623099;OID=.;OPOS=94963611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr12 94975799 . G A 796.89 PASS AF=0.543478;AO=70;DP=135;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0157195;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.47;QD=23.0983;RBI=0.0223775;REFB=-0.00726145;REVB=0.0159264;RO=61;SAF=38;SAR=32;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988648;STB=0.528382;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00589864;OID=.;OPOS=94975799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:61:63:70:75:0.543478:32:38:26:35:37:38:28:35 chr12 94976084 . T C 917.79 PASS AF=0.607407;AO=82;DP=135;FAO=82;FDP=135;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0171259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.512;QD=27.1938;RBI=0.0175359;REFB=-0.0173189;REVB=0.00376957;RO=53;SAF=33;SAR=49;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515151;STB=0.527952;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0109669;OID=.;OPOS=94976084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:53:53:82:82:0.607407:49:33:25:28:49:33:25:28 chr12 95044161 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.059;QD=40.7629;RBI=0.0333638;REFB=0;REVB=0.00381073;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574298;OID=.;OPOS=95044161;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr12 95228286 . G C 730.75 PASS AF=0.490323;AO=76;DP=155;FAO=76;FDP=155;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.00330836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.638;QD=18.8581;RBI=0.00355535;REFB=0.00131688;REVB=-0.00130203;RO=79;SAF=37;SAR=39;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522983;STB=0.528834;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00127438;OID=.;OPOS=95228286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:79:79:76:76:0.490323:39:37:34:45:39:37:34:45 chr12 95470600 . A ATCTT 184.77 PASS AF=0.23622;AO=22;DP=145;FAO=30;FDP=127;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=0.0146376;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=4;MLLD=253.098;QD=5.81956;RBI=0.0146433;REFB=-0.00600581;REVB=-0.000406971;RO=110;SAF=11;SAR=11;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695436;STB=0.603705;STBP=0.204;TYPE=ins;VARB=0.0254604;OID=.;OPOS=95470601;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23622:22:145:30:127:97:18:12:45:52:99:110:11:11:49:61 chr12 95500727 . C G 326.71 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0580331;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5297;QD=22.532;RBI=0.108254;REFB=-0.00853711;REVB=0.0913842;RO=24;SAF=11;SAR=22;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696223;STB=0.531626;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00804825;OID=.;OPOS=95500727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:24:25:33:33:0.568966:22:11:10:14:22:11:10:15 chr12 95502303 . G A 463.98 PASS AF=0.386861;AO=51;DP=137;FAO=53;FDP=137;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=0.00509942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.023;QD=13.5468;RBI=0.00535113;REFB=-0.00343069;REVB=-0.00162187;RO=83;SAF=25;SAR=26;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882248;STB=0.564022;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00566808;OID=.;OPOS=95502303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:83:84:51:53:0.386861:26:25:34:49:26:27:34:50 chr12 95546635 . GAAAAAAAT GAAAAAAT,GAAAAAATA 30.68 PASS AF=0.173913,0.0289855;AO=14,3;DP=74;FAO=12,2;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=7,0;FSAR=5,2;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.200532,-0.00346694;FXX=0.0675584;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.1151,145.455;QD=1.77854;RBI=0.218129,0.0145155;REFB=-0.0858253,-0.00396565;REVB=0.0858312,-0.0140954;RO=44;SAF=5,0;SAR=9,3;SRF=22;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.176984,-0.490258;STB=0.604765,0.994442;STBP=0.452,0.197;TYPE=del,mnp;VARB=0.0713151,0.0932896;OID=.,.;OPOS=95546636,95546642;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=GAAAAAAT,GAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173913,0.0289855:14,3:74:12,2:69:55:7,0:5,2:25:30:26:44:5,0:9,3:22:22 chr12 95604290 . T C 275.16 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00583286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.713;QD=11.2308;RBI=0.0058554;REFB=0.00087166;REVB=0.00051319;RO=64;SAF=11;SAR=22;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162028;STB=0.589872;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00171978;OID=.;OPOS=95604290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:65:33:33:0.336735:22:11:30:34:22:11:30:35 chr12 95637234 . C T 139.92 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0708858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0121;QD=10.3647;RBI=0.0733829;REFB=-0.0221087;REVB=0.0189804;RO=34;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242703;STB=0.520525;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0418839;OID=.;OPOS=95637234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:36:18:18:0.333333:12:6:12:22:12:6:13:23 chr12 95694394 . G A 399.03 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00444369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.229;QD=18.3463;RBI=0.00619648;REFB=-0.00313387;REVB=-0.00431857;RO=44;SAF=19;SAR=22;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051008;STB=0.526869;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00420089;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:46:41:41:0.471264:22:19:18:26:22:19:19:27 chr12 95695804 . C A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0378731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.11;QD=16.0425;RBI=0.0442231;REFB=-0.0160552;REVB=-0.0228323;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118019;STB=0.568049;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0199827;OID=.;OPOS=95695804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:13:6:11:15:13:6:11:15 chr12 95703764 . CTT CTC,CT 64.8 PASS AF=0.046875,0.195312;AO=5,36;DP=138;FAO=6,25;FDP=128;FR=.;FRO=97;FSAF=0,7;FSAR=6,18;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=0.00472356,0.131401;FXX=0.0724585;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=135.99,7.50651;QD=2.02498;RBI=0.0799616,0.192176;REFB=-0.00800594,-0.11545;REVB=-0.0798219,-0.140234;RO=69;SAF=0,12;SAR=5,24;SRF=46;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.613053,-0.368655;STB=0.998482,0.732848;STBP=0.003,0.007;TYPE=snp,del;VARB=0.251957,-0.00210169;OID=.,.;OPOS=95703766,95703765;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.046875,0.195312:5,36:138:6,25:128:97:0,7:6,18:56:41:39:69:0,12:5,24:46:23 chr12 95927762 . T C 538.48 PASS AF=0.390244;AO=63;DP=164;FAO=64;FDP=164;FR=.;FRO=100;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=66;FWDB=0.0195186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0896;QD=13.1336;RBI=0.0415077;REFB=-0.00926677;REVB=0.0366321;RO=99;SAF=26;SAR=37;SRF=34;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786869;STB=0.542523;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.016145;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:99:100:63:64:0.390244:37:26:34:65:38:26:34:66 chr12 96184010 . GGC G 160.8 PASS AF=1;AO=10;DP=24;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.201316;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=14.5904;QD=32.1607;RBI=0.204864;REFB=0;REVB=0.0379642;RO=13;SAF=10;SAR=0;SRF=7;SRR=6;SSEN=0.326531;SSEP=0;SSSB=0.788781;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0156564;OID=.;OPOS=96184011;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:24:20:20:0:12:8:0:0:3:13:10:0:7:6 chr12 96260947 . A G 206.31 PASS AF=0.3375;AO=26;DP=73;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0373678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4875;QD=10.3156;RBI=0.124206;REFB=-0.0220847;REVB=-0.118451;RO=47;SAF=12;SAR=14;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125018;STB=0.555514;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0314125;OID=.;OPOS=96260947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:80:47:53:26:27:0.3375:14:12:27:20:15:12:28:25 chr12 96284650 . A G 251.82 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00346059;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.562;QD=12.284;RBI=0.025525;REFB=-0.00656867;REVB=-0.0252893;RO=53;SAF=10;SAR=20;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24123;STB=0.64453;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0167277;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:53:52:30:30:0.365854:20:10:29:24:20:10:29:23 chr12 96337183 . A G 632.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9399;QD=61.6795;RBI=0.134058;REFB=0;REVB=-0.12816;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00270873;OID=.;OPOS=96337183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr12 96337225 . C T 358.45 PASS AF=0.652174;AO=29;DP=45;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00628797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.57;QD=31.1699;RBI=0.0534227;REFB=-0.00934615;REVB=0.0530514;RO=16;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121758;STB=0.570523;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00412143;OID=.;OPOS=96337225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:16:16:29:30:0.652174:18:11:9:7:19:11:9:7 chr12 96346594 . T C 333.69 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0568277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0049;QD=21.8811;RBI=0.0586109;REFB=0.0143005;REVB=0.0143475;RO=27;SAF=14;SAR=20;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657863;STB=0.536269;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0102985;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:20:14:9:18:20:14:9:18 chr12 96374563 . T C 1505.89 PASS AF=0.886179;AO=109;DP=123;FAO=109;FDP=123;FR=.;FRO=14;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00709239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.985;QD=48.9722;RBI=0.0107357;REFB=0.0439702;REVB=-0.00805937;RO=10;SAF=44;SAR=65;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015852;STB=0.519677;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.00153045;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:123:123:10:14:109:109:0.886179:65:44:5:5:65:44:8:6 chr12 96374614 . C T 867.92 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.942;QD=57.8612;RBI=0.0265251;REFB=0;REVB=0.010543;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82118e-05;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:40:19:0:0:41:19:0:0 chr12 96661610 . TAAAAG T,TA 646.82 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=47,6;DP=54;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277774,0.0268887;FXX=0.036357;HRUN=4,4;LEN=5,4;MLLD=209.772,192.379;QD=48.8168;RBI=0.0282243,0.0268888;REFB=0,0;REVB=0.00500264,-4.95637e-05;RO=0;SAF=23,5;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00065039,0.040016;OID=.,.;OPOS=96661611,96661612;OREF=AAAAG,AAAG;OALT=-,-;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.962264,0.0377358:47,6:54:51,2:53:0:26,2:25,0:0:0:4:0:23,5:24,1:0:0 chr12 96821251 . A T 2256.12 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726133;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4727;QD=63.5528;RBI=0.0521741;REFB=0;REVB=0.0516663;RO=0;SAF=60;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28203e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011922;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:82:60:0:0:82:60:0:0 chr12 96900801 . G T 1970.4 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.369;QD=62.0598;RBI=0.035844;REFB=0;REVB=-0.00889077;RO=0;SAF=54;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92792e-05;OID=.;OPOS=96900801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:72:54:0:0:72:55:0:0 chr12 96992494 . C T 512.4 PASS AF=0.539326;AO=47;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00180214;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.991;QD=23.0292;RBI=0.01407;REFB=0.0118044;REVB=0.0139541;RO=40;SAF=18;SAR=29;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149717;STB=0.512567;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00751244;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:41:47:48:0.539326:29:18:16:24:28:20:16:25 chr12 97045481 . C T 428.65 PASS AF=0.331325;AO=55;DP=167;FAO=55;FDP=166;FR=.;FRO=111;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=0.00181969;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.574;QD=10.3288;RBI=0.00387204;REFB=1.33269e-05;REVB=-0.00341781;RO=111;SAF=29;SAR=26;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577724;STB=0.533263;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=1.24686e-05;OID=.;OPOS=97045481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:111:111:55:55:0.331325:26:29:53:58:26:29:53:58 chr12 97098549 . T C 365.97 PASS AF=0.631579;AO=35;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00884208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1432;QD=25.6821;RBI=0.0256976;REFB=0.00121724;REVB=0.0241285;RO=21;SAF=27;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242999;STB=0.618486;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000301713;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:35:36:0.631579:8:27:10:11:9:27:10:11 chr12 97102578 . G A 233.8 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.022394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8832;QD=32.2484;RBI=0.0320144;REFB=-0.00423238;REVB=-0.0228787;RO=8;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051041;STB=0.528026;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.000344808;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:11:10:3:5:11:10:3:5 chr12 97114231 . G A 608.33 PASS AF=0.56701;AO=55;DP=97;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0637285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0107;QD=25.0858;RBI=0.0664264;REFB=0.0343695;REVB=0.0187387;RO=42;SAF=28;SAR=27;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138916;STB=0.575889;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0161004;OID=.;OPOS=97114231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:42:55:55:0.56701:27:28:14:28:27:28:14:28 chr12 97136218 . T C 448.32 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0132311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1957;QD=18.6802;RBI=0.0386473;REFB=-0.0163748;REVB=0.0363118;RO=51;SAF=25;SAR=20;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136479;STB=0.576003;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0175413;OID=.;OPOS=97136218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:20:25:21:30:20:25:21:30 chr12 97136239 . G A 490.94 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.00204498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.506;QD=17.2261;RBI=0.0328778;REFB=-0.0113925;REVB=-0.0328141;RO=60;SAF=28;SAR=25;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13786;STB=0.571778;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0137873;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:61:53:53:0.464912:25:28:23:37:25:28:24:37 chr12 97254620 . G A 1178.66 PASS AF=0.547739;AO=109;DP=199;FAO=109;FDP=199;FR=.;FRO=90;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0175214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.312;QD=23.6916;RBI=0.0187088;REFB=-0.0305848;REVB=0.00655879;RO=90;SAF=59;SAR=50;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435804;STB=0.523761;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0272302;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:90:90:109:109:0.547739:50:59:44:46:50:59:44:46 chr12 98332904 . TCAG T,TG 723.34 PASS AF=0,1;AO=6,44;DP=51;FAO=0,53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836322,-0.00121322;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=76.59,211.936;QD=54.5919;RBI=0.0231498,0.0203503;REFB=0,0;REVB=-0.0215863,0.0203141;RO=0;SAF=3,20;SAR=3,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.30465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.000157562;OID=.,.;OPOS=98332905,98332905;OREF=CAG,CA;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,44:51:0,53:53:0:0,24:0,29:0:0:4:0:3,20:3,24:0:0 chr12 98811687 . G C 968.83 PASS AF=0.575;AO=91;DP=159;FAO=92;FDP=160;FR=.;FRO=68;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0319578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9398;QD=24.2208;RBI=0.0453436;REFB=0.0142403;REVB=-0.0321674;RO=68;SAF=44;SAR=47;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101751;STB=0.503267;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.011253;OID=.;OPOS=98811687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:68:68:91:92:0.575:47:44:32:36:48:44:32:36 chr12 98849314 . A T 881.07 PASS AF=0.559211;AO=85;DP=152;FAO=85;FDP=152;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00767443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.1;QD=23.186;RBI=0.00972468;REFB=-0.0115296;REVB=0.00597265;RO=67;SAF=33;SAR=52;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12288;STB=0.567077;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00676419;OID=.;OPOS=98849314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:67:67:85:85:0.559211:52:33:36:31:52:33:36:31 chr12 98897267 . C T 207.56 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00985062;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.999;QD=11.0698;RBI=0.0135216;REFB=-0.00045663;REVB=0.00926276;RO=49;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131772;STB=0.576144;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000576381;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:49:49:26:26:0.346667:14:12:17:32:14:12:17:32 chr12 98940228 . A AT 102.27 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.15596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.4284;QD=11.0563;RBI=0.160421;REFB=0.0105663;REVB=0.0375647;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261743;STB=0.651374;STBP=0.132;TYPE=ins;VARB=-0.000335584;OID=.;OPOS=98940229;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:16:37:16:37:21:11:5:9:12:99:21:11:5:9:12 chr12 99007623 . C T 476.95 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0347951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8972;QD=17.998;RBI=0.0479065;REFB=-0.0137732;REVB=-0.0329293;RO=55;SAF=28;SAR=23;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714209;STB=0.539643;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.01555;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:55:51:51:0.481132:23:28:26:29:23:28:26:29 chr12 99028145 . A G 279.84 PASS AF=0.262821;AO=41;DP=160;FAO=41;FDP=156;FR=.;FRO=115;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.0573991;FXX=0.0249984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.753;QD=7.17541;RBI=0.0574978;REFB=0.00207567;REVB=-0.00336764;RO=107;SAF=21;SAR=20;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222856;STB=0.524988;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00505115;OID=.;OPOS=99028145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:156:107:115:41:41:0.262821:20:21:55:52:20:21:55:60 chr12 99477625 . T C 1870.96 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7747;QD=61.3429;RBI=0.0752872;REFB=0;REVB=-0.0748933;RO=0;SAF=73;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416127;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:48:73:0:0:48:74:0:0 chr12 99640428 . T C 2444.54 PASS AF=1;AO=156;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.979;QD=61.1134;RBI=0.0237074;REFB=0;REVB=0.0111953;RO=0;SAF=80;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18118e-05;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:156:160:1:76:80:0:0:79:81:0:0 chr12 99640557 . T C 2869.12 PASS AF=0.989305;AO=178;DP=183;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0271216;FXX=0.0157886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.248;QD=61.3716;RBI=0.0326587;REFB=-0.13488;REVB=0.0181937;RO=0;SAF=79;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500555;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000309596;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:183:187:0:2:178:185:0.989305:99:79:0:0:102:83:1:1 chr12 100042135 . C T 258.32 PASS AF=0.307018;AO=35;DP=113;FAO=35;FDP=114;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0330671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.564;QD=9.06384;RBI=0.0330672;REFB=-0.0034683;REVB=-6.25371e-05;RO=77;SAF=11;SAR=24;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160665;STB=0.604764;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00756671;OID=.;OPOS=100042135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:77:79:35:35:0.307018:24:11:34:43:24:11:36:43 chr12 100774548 . G A 1284.62 PASS AF=0.647399;AO=112;DP=174;FAO=112;FDP=173;FR=.;FRO=61;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00745101;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4367;QD=29.7022;RBI=0.0103981;REFB=0.00769037;REVB=0.00725276;RO=61;SAF=48;SAR=64;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955526;STB=0.551486;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00676068;OID=.;OPOS=100774548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:61:61:112:112:0.647399:64:48:35:26:64:48:35:26 chr12 100893636 . C T 816.69 PASS AF=0.657658;AO=72;DP=111;FAO=73;FDP=111;FR=.;FRO=38;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0170207;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5987;QD=29.4302;RBI=0.0597706;REFB=-0.00050967;REVB=-0.0572959;RO=38;SAF=48;SAR=24;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972188;STB=0.554104;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000204119;OID=.;OPOS=100893636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:38:38:72:73:0.657658:24:48:20:18:24:49:20:18 chr12 101017445 . T C 541.63 PASS AF=0.383234;AO=63;DP=166;FAO=64;FDP=167;FR=.;FRO=103;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=0.0152161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.869;QD=12.9732;RBI=0.0471921;REFB=-0.0067969;REVB=0.0446717;RO=102;SAF=26;SAR=37;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138573;STB=0.585028;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0172029;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:102:103:63:64:0.383234:37:26:55:47:38:26:56:47 chr12 101552075 . G A 1567.88 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0735407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6749;QD=63.995;RBI=0.0801577;REFB=0;REVB=0.0318908;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245547;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:57:41:0:0:57:41:0:0 chr12 101560328 . C A 774.54 PASS AF=0.669903;AO=69;DP=103;FAO=69;FDP=103;FR=.;FRO=34;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.011456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8544;QD=30.0793;RBI=0.0872767;REFB=0.0276833;REVB=-0.0865216;RO=33;SAF=40;SAR=29;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577664;STB=0.536519;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00953198;OID=.;OPOS=101560328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:33:34:69:69:0.669903:29:40:16:17:29:40:16:18 chr12 101561940 . A T 327.09 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.011393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.781;QD=17.6807;RBI=0.016167;REFB=-0.0189024;REVB=0.0114703;RO=39;SAF=25;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208004;STB=0.616951;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.02484;OID=.;OPOS=101561940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:10:25:20:19:10:25:20:19 chr12 101587518 . C T 555.29 PASS AF=0.625;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00929127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.202;QD=27.7644;RBI=0.0136585;REFB=-0.020705;REVB=-0.0100114;RO=30;SAF=23;SAR=27;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962567;STB=0.552374;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0157655;OID=.;OPOS=101587518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:30:50:50:0.625:27:23:18:12:27:23:18:12 chr12 101680131 . T C 411.68 PASS AF=0.360294;AO=49;DP=136;FAO=49;FDP=136;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.00404295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.499;QD=12.1081;RBI=0.0106531;REFB=-0.00844541;REVB=0.00985611;RO=86;SAF=33;SAR=16;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189132;STB=0.605269;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0123714;OID=.;OPOS=101680131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:86:87:49:49:0.360294:16:33:44:42:16:33:45:42 chr12 101683929 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=46;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.424;QD=57.2367;RBI=0.0199354;REFB=0;REVB=0.00422901;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03973e-05;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:46:56:1:26:20:0:0:31:25:0:0 chr12 101685783 . C T 528.1 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.0182487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.761;QD=14.772;RBI=0.0202361;REFB=-0.00626492;REVB=0.0087455;RO=85;SAF=20;SAR=38;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036447;STB=0.520541;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00861834;OID=.;OPOS=101685783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:85:85:58:58:0.405594:38:20:32:53:38:20:32:53 chr12 101723197 . C T 221.75 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0460751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.233;QD=12.3197;RBI=0.0477631;REFB=-0.0187655;REVB=-0.0125855;RO=43;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793969;STB=0.528281;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.033142;OID=.;OPOS=101723197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:45:27:27:0.375:15:12:16:27:15:12:18:27 chr12 101734349 . G A 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00843758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.803;QD=5.32604;RBI=0.0116353;REFB=-0.00279733;REVB=0.00801178;RO=48;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252739;STB=0.658191;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0133015;OID=.;OPOS=101734349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:6:7:16:32:6:7:16:32 chr12 101750814 . T A 1316.59 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.887;QD=61.2368;RBI=0.0298717;REFB=0;REVB=0.0293752;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35057e-05;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:46:39:0:0:47:39:0:0 chr12 101755809 . T C 356.43 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00222059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.763;QD=14.2574;RBI=0.0143212;REFB=-0.00866416;REVB=-0.014148;RO=61;SAF=21;SAR=18;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676329;STB=0.538442;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0131392;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:61:39:39:0.39:18:21:29:32:18:21:29:32 chr12 101757446 . T C 357.16 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0536812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.987;QD=13.6059;RBI=0.0536944;REFB=0.00818479;REVB=-0.00119022;RO=63;SAF=23;SAR=19;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109026;STB=0.561707;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0142353;OID=.;OPOS=101757446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:19:23:28:35:19:23:28:35 chr12 101866174 . C A 1370.69 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351058;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.522;QD=62.3042;RBI=0.0448499;REFB=0;REVB=-0.0279124;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284377;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:52:35:0:0:53:35:0:0 chr12 102036305 . C T 503.95 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00278158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.134;QD=17.5286;RBI=0.0214427;REFB=-0.0293029;REVB=-0.0212616;RO=61;SAF=23;SAR=31;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947055;STB=0.552655;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0300466;OID=.;OPOS=102036305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:31:23:32:29:31:23:32:29 chr12 102045163 . C G 306.97 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00159331;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1195;QD=14.2779;RBI=0.058551;REFB=-0.0262486;REVB=-0.0585294;RO=51;SAF=13;SAR=22;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00125341;STB=0.500711;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0369878;OID=.;OPOS=102045163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:51:51:35:35:0.406977:22:13:19:32:22:13:19:32 chr12 102064118 . T C 1525.19 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5333;QD=59.8114;RBI=0.0269691;REFB=0;REVB=-0.0197247;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197334;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr12 102069077 . A G 612.48 PASS AF=0.679487;AO=52;DP=77;FAO=53;FDP=78;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00518457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.103;QD=31.4093;RBI=0.0126957;REFB=0.0196698;REVB=-0.0115888;RO=25;SAF=20;SAR=32;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838714;STB=0.547493;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0117741;OID=.;OPOS=102069077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:25:25:52:53:0.679487:32:20:13:12:33:20:13:12 chr12 102079418 . G A 1914.96 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.692;QD=61.7729;RBI=0.0334924;REFB=0;REVB=0.0296699;RO=0;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81434e-05;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:64:60:0:0:64:60:0:0 chr12 102108345 . T C 531.92 PASS AF=0.357143;AO=42;DP=178;FAO=65;FDP=182;FR=.;FRO=117;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=65;FWDB=-0.00384569;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=41.7364;QD=11.6906;RBI=0.00861454;REFB=0.0026691;REVB=-0.00770849;RO=65;SAF=23;SAR=19;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673143;STB=0.51107;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00892219;OID=.;OPOS=102108345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:182:65:117:42:65:0.357143:19:23:36:29:35:30:52:65 chr12 102117589 . C T 1938.27 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632956;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.734;QD=61.5325;RBI=0.0165164;REFB=0;REVB=-0.0152555;RO=0;SAF=44;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4524e-05;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:123:126:1:79:44:0:0:79:47:0:0 chr12 102158763 . T C 1244.27 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306129;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.529;QD=61.4454;RBI=0.0203409;REFB=0;REVB=0.0201092;RO=0;SAF=19;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119919;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:61:19:0:0:61:20:0:0 chr12 102173654 . T C 1594.52 PASS AF=0.972973;AO=107;DP=115;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0420259;FXX=0.0347796;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.429;QD=57.4603;RBI=0.0713365;REFB=-0.115478;REVB=0.0576431;RO=3;SAF=52;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935238;STB=0.505009;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00224948;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:115:111:3:3:107:108:0.972973:55:52:2:1:56:52:2:1 chr12 102279115 . C T 345.21 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0201303;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8881;QD=16.4387;RBI=0.0308003;REFB=-0.0133373;REVB=-0.0233116;RO=47;SAF=22;SAR=15;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206618;STB=0.511622;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.016641;OID=.;OPOS=102279115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:47:47:37:37:0.440476:15:22:27:20:15:22:27:20 chr12 102279193 . G A 1302.21 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00820715;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5555;QD=62.0099;RBI=0.0778343;REFB=0;REVB=-0.0774004;RO=0;SAF=54;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000482222;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:30:54:0:0:30:54:0:0 chr12 102315358 . TGTTTTA TGTTTTTA,TTTTTA,TTTTTAT,TTTTTTA 190.0 PASS AF=0,0.214286,0.107143,0.107143;AO=8,6,2,12;DP=55;FAO=0,12,6,6;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=0,5,3,4;FSAR=0,7,3,2;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.16038,0.0199813,0.0163541,0.0110666;FXX=0.0175408;HRUN=4,1,1,1;LEN=1,1,6,1;MLLD=11.096,168.059,173.373,169.822;QD=13.5717;RBI=0.211562,0.023838,0.020599,0.0135279;REFB=-0.151496,-0.024346,-0.0252252,-0.0230471;REVB=-0.137973,0.0129999,0.0125244,0.00778044;RO=24;SAF=1,2,1,6;SAR=7,4,1,6;SRF=5;SRR=19;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.178159,0.185565,0.317892,0.331989;STB=0.5,0.68157,0.762524,0.847707;STBP=1,0.223,0.275,0.182;TYPE=ins,del,mnp,snp;VARB=0,-0.00196547,0.126498,0.0273921;OID=.,.,.,.;OPOS=102315360,102315359,102315359,102315359;OREF=-,G,GTTTTA,G;OALT=T,-,TTTTAT,T;OMAPALT=TGTTTTTA,TTTTTA,TTTTTAT,TTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.214286,0.107143,0.107143:8,6,2,12:55:0,12,6,6:56:32:0,5,3,4:0,7,3,2:6:26:52:24:1,2,1,6:7,4,1,6:5:19 chr12 102321583 . C T 780.93 PASS AF=0.775;AO=62;DP=80;FAO=62;FDP=80;FR=.;FRO=18;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0145113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.688;QD=39.0467;RBI=0.0145673;REFB=-0.0179112;REVB=-0.00127569;RO=18;SAF=28;SAR=34;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303952;STB=0.501628;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00418097;OID=.;OPOS=102321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:18:18:62:62:0.775:34:28:8:10:34:28:8:10 chr12 102517753 . T C 584.77 PASS AF=0.552381;AO=57;DP=104;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00459635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.476;QD=22.277;RBI=0.0162951;REFB=-0.0175998;REVB=0.0156334;RO=47;SAF=26;SAR=31;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275023;STB=0.518512;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0147599;OID=.;OPOS=102517753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:47:47:57:58:0.552381:31:26:23:24:32:26:23:24 chr12 103237468 . G C 450.06 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.00028883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.781;QD=14.5179;RBI=0.0222079;REFB=0.0102216;REVB=-0.022206;RO=73;SAF=22;SAR=29;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365745;STB=0.520575;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0100113;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:73:73:51:51:0.41129:29:22:29:44:29:22:29:44 chr12 103248924 . C T 651.85 PASS AF=0.349345;AO=79;DP=228;FAO=80;FDP=229;FR=.;FRO=149;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=72;FSRR=77;FWDB=0.0100244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.343;QD=11.3859;RBI=0.0104283;REFB=-0.0101299;REVB=-0.00287415;RO=148;SAF=36;SAR=43;SRF=71;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276004;STB=0.513528;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0212745;OID=.;OPOS=103248924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:148:149:79:80:0.349345:43:36:71:77:43:37:72:77 chr12 103307583 . A G 598.41 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00563322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.755;QD=25.738;RBI=0.0232982;REFB=0.00133495;REVB=0.0226069;RO=39;SAF=25;SAR=29;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209169;STB=0.511428;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.000581873;OID=.;OPOS=103307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:39:54:54:0.580645:29:25:17:22:29:25:17:22 chr12 103670917 . A G 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.0476085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.027;QD=17.7909;RBI=0.0478457;REFB=-0.000750011;REVB=0.0047578;RO=33;SAF=10;SAR=21;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122866;STB=0.568278;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00122646;OID=.;OPOS=103670917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:21:10:7:26:21:10:7:26 chr12 103872172 . T G 470.16 PASS AF=0.661538;AO=41;DP=64;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00455477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.464;QD=28.9327;RBI=0.0800812;REFB=-0.00658954;REVB=0.0799516;RO=22;SAF=19;SAR=22;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00571927;STB=0.504346;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00416643;OID=.;OPOS=103872172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:22:22:41:43:0.661538:22:19:10:12:24:19:10:12 chr12 104067812 . C T 731.37 PASS AF=0.632653;AO=62;DP=99;FAO=62;FDP=98;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0097583;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.83;QD=29.852;RBI=0.0108404;REFB=-0.00451679;REVB=0.00472128;RO=36;SAF=24;SAR=38;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789284;STB=0.542843;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00240462;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:36:36:62:62:0.632653:38:24:18:18:38:24:18:18 chr12 104086631 . C T 547.46 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.00183196;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.727;QD=25.7627;RBI=0.00185685;REFB=0.00265455;REVB=-0.000303028;RO=35;SAF=21;SAR=29;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152581;STB=0.583013;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00229754;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:35:35:50:50:0.588235:29:21:8:27:29:21:8:27 chr12 104140393 . C T 503.35 PASS AF=0.36747;AO=61;DP=166;FAO=61;FDP=166;FR=.;FRO=105;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.00865017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1089;QD=12.1289;RBI=0.00968368;REFB=0.00058732;REVB=-0.00435295;RO=105;SAF=30;SAR=31;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00677702;STB=0.503852;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00120398;OID=.;OPOS=104140393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:105:105:61:61:0.36747:31:30:51:54:31:30:51:54 chr12 104152943 . C T 1107.78 PASS AF=0.647059;AO=97;DP=151;FAO=99;FDP=153;FR=.;FRO=54;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0555765;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2765;QD=28.9615;RBI=0.0602419;REFB=-0.00826322;REVB=-0.0232453;RO=53;SAF=47;SAR=50;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395349;STB=0.501782;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00482487;OID=.;OPOS=104152943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:53:54:97:99:0.647059:50:47:26:27:50:49:27:27 chr12 104153006 . G T 1012.13 PASS AF=0.597315;AO=87;DP=147;FAO=89;FDP=149;FR=.;FRO=60;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0327214;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3443;QD=27.1712;RBI=0.0635827;REFB=0.00455301;REVB=0.0545167;RO=60;SAF=46;SAR=41;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071625;STB=0.538105;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00264931;OID=.;OPOS=104153006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:60:60:87:89:0.597315:41:46:26:34:42:47:26:34 chr12 104159936 . C T 516.66 PASS AF=0.643836;AO=47;DP=73;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0952219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4793;QD=28.3099;RBI=0.0970664;REFB=-0.0309559;REVB=0.0188326;RO=23;SAF=17;SAR=30;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192965;STB=0.506014;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0101464;OID=.;OPOS=104159936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:23:26:47:47:0.643836:30:17:9:14:30:17:9:17 chr12 104170991 . G A 681.31 PASS AF=0.334677;AO=83;DP=249;FAO=83;FDP=248;FR=.;FRO=165;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=80;FSRR=85;FWDB=0.0246337;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6718;QD=10.9888;RBI=0.0266917;REFB=-0.000173867;REVB=0.0102775;RO=165;SAF=46;SAR=37;SRF=80;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080692;STB=0.546222;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000303703;OID=.;OPOS=104170991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:248:165:165:83:83:0.334677:37:46:80:85:37:46:80:85 chr12 104171742 . C T 1128.52 PASS AF=0.641509;AO=98;DP=157;FAO=102;FDP=159;FR=.;FRO=57;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0206501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.551;QD=28.3904;RBI=0.0426844;REFB=-0.00746976;REVB=0.0373568;RO=57;SAF=53;SAR=45;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933533;STB=0.552122;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00337478;OID=.;OPOS=104171742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:57:57:98:102:0.641509:45:53:23:34:46:56:23:34 chr12 104186946 . G T 813.43 PASS AF=0.738636;AO=65;DP=88;FAO=65;FDP=88;FR=.;FRO=23;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0199592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.644;QD=36.9741;RBI=0.0305585;REFB=-0.0183813;REVB=-0.0231398;RO=23;SAF=32;SAR=33;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704529;STB=0.537804;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00665569;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:23:23:65:65:0.738636:33:32:8:15:33:32:8:15 chr12 104208868 . C T 373.77 PASS AF=0.348485;AO=45;DP=131;FAO=46;FDP=132;FR=.;FRO=86;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.00261463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.948;QD=11.3262;RBI=0.00390905;REFB=-0.00282738;REVB=-0.00290593;RO=86;SAF=18;SAR=27;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553747;STB=0.502761;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00591002;OID=.;OPOS=104208868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:86:86:45:46:0.348485:27:18:34:52:28:18:34:52 chr12 104254932 . G A 403.8 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00819189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6327;QD=22.1259;RBI=0.0512223;REFB=-0.00489216;REVB=-0.050563;RO=32;SAF=20;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504291;STB=0.53423;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00316893;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:33:40:40:0.547945:20:20:14:18:20:20:14:19 chr12 104309559 . C T 1304.68 PASS AF=0.580952;AO=122;DP=211;FAO=122;FDP=210;FR=.;FRO=88;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.00186457;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2572;QD=24.851;RBI=0.0284488;REFB=-0.0153183;REVB=0.0283876;RO=88;SAF=53;SAR=69;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103563;STB=0.551472;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0106913;OID=.;OPOS=104309559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:88:88:122:122:0.580952:69:53:50:38:69:53:49:39 chr12 104341103 . C T 732.37 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00997921;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.953;QD=61.0307;RBI=0.0424649;REFB=-0.0992089;REVB=0.0412757;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000400213;OID=.;OPOS=104341103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:0:1:47:47:0.979167:23:24:0:0:23:24:0:1 chr12 104345384 . G A 98.24 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0029925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.176;QD=6.33817;RBI=0.00357581;REFB=-0.00362474;REVB=-0.0019574;RO=47;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135818;STB=0.583229;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0124605;OID=.;OPOS=104345384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:9:6:14:33:9:6:14:33 chr12 104349525 . T C 197.22 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00231184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.528;QD=11.1108;RBI=0.00433036;REFB=-0.00261025;REVB=-0.00366162;RO=46;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430333;STB=0.52498;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00393614;OID=.;OPOS=104349525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:14:11:22:24:14:11:22:24 chr12 104376693 . G A 658.31 PASS AF=0.444444;AO=71;DP=161;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.0057306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.714;QD=16.2546;RBI=0.00585385;REFB=0.000415723;REVB=0.00119488;RO=90;SAF=32;SAR=39;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049648;STB=0.523213;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.000523269;OID=.;OPOS=104376693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:90:90:71:72:0.444444:39:32:45:45:39:33:45:45 chr12 104390525 . G A 310.84 PASS AF=0.29927;AO=40;DP=137;FAO=41;FDP=137;FR=.;FRO=96;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.00111858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.394;QD=9.07553;RBI=0.00112602;REFB=-0.0023121;REVB=0.000129202;RO=96;SAF=27;SAR=13;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229078;STB=0.621423;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00497687;OID=.;OPOS=104390525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:96:96:40:41:0.29927:13:27:47:49:14:27:47:49 chr12 104408794 . C T 415.16 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0217001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8376;QD=19.3098;RBI=0.0270183;REFB=-0.0229915;REVB=0.0160965;RO=44;SAF=21;SAR=21;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837013;STB=0.54649;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0189653;OID=.;OPOS=104408794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:21:21:26:18:21:21:26:18 chr12 104492191 . TTA T,TTT 158.65 PASS AF=0.326087,0;AO=17,10;DP=106;FAO=30,0;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=16,0;FSAR=14,0;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0541201,-0.00238631;FXX=0.0612182;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=24.3187,17.8992;QD=6.89797;RBI=0.0541346,0.0281618;REFB=-0.0462938,-0.0126603;REVB=0.00125349,-0.0280605;RO=62;SAF=12,1;SAR=5,9;SRF=27;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.335798,-0.477517;STB=0.554877,0.5;STBP=0.475,1;TYPE=del,snp;VARB=0.16611,0;OID=.,.;OPOS=104492192,104492193;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326087,0:17,10:106:30,0:92:62:16,0:14,0:28:34:99:62:12,1:5,9:27:35 chr12 104512918 . T G 392.08 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00348297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.025;QD=50.5915;RBI=0.0490776;REFB=-0.117252;REVB=0.0489538;RO=1;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037234;STB=0.538435;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00272496;OID=.;OPOS=104512918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:12:17:0:1:12:17:0:2 chr12 104645363 . G A 1737.15 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0454278;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.295;QD=59.9017;RBI=0.0476787;REFB=-0.0575319;REVB=-0.0144765;RO=1;SAF=55;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855602;STB=0.504504;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=5.98462e-05;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:116:1:1:115:115:0.991379:60:55:1:0:60:55:1:0 chr12 104645405 . T C 1798.27 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251744;FXX=0.0330551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.321;QD=61.4792;RBI=0.033039;REFB=0;REVB=0.0213968;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47549e-05;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:66:50:0:0:67:50:0:0 chr12 104703836 . A G 372.74 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00945867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3364;QD=14.336;RBI=0.0125097;REFB=-0.000423522;REVB=0.00818694;RO=61;SAF=25;SAR=18;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008126;STB=0.504585;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.000987596;OID=.;OPOS=104703836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:18:25:35:26:18:25:35:26 chr12 104709559 . C T 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.491;QD=59.6752;RBI=0.0367141;REFB=0;REVB=-0.019841;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114317;OID=.;OPOS=104709559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:25:45:0:0:25:45:0:0 chr12 105245665 . T C 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.283;QD=59.6756;RBI=0.0847252;REFB=0;REVB=0.0325756;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354292;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr12 105282893 . T C 856.07 PASS AF=0.590909;AO=78;DP=133;FAO=78;FDP=132;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00990832;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.968;QD=25.9414;RBI=0.00994306;REFB=-0.00231332;REVB=0.000830456;RO=55;SAF=38;SAR=40;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248448;STB=0.517505;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00143287;OID=.;OPOS=105282893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:55:54:78:78:0.590909:40:38:25:30:40:38:24:30 chr12 105380152 . A C 3351.09 PASS AF=0.986726;AO=212;DP=218;FAO=223;FDP=226;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=158;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0762901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6599;QD=59.3113;RBI=0.0837436;REFB=-0.0192497;REVB=-0.0345371;RO=3;SAF=59;SAR=153;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127684;STB=0.505998;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000249843;OID=.;OPOS=105380152;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:218:226:3:3:212:223:0.986726:153:59:2:1:158:65:2:1 chr12 105440705 . G C 573.87 PASS AF=0.3;AO=78;DP=260;FAO=78;FDP=260;FR=.;FRO=182;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=75;FSRR=107;FWDB=0.0607853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8797;QD=8.82883;RBI=0.0611702;REFB=-0.00137956;REVB=0.0068512;RO=181;SAF=34;SAR=44;SRF=75;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264671;STB=0.517015;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00495238;OID=.;OPOS=105440705;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:181:182:78:78:0.3:44:34:75:106:44:34:75:107 chr12 105546172 . G A 2235.37 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.624;QD=63.4147;RBI=0.0335758;REFB=0;REVB=-0.0227883;RO=0;SAF=75;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24634e-06;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:66:75:0:0:66:75:0:0 chr12 105561664 . C T 585.43 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156688;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.843;QD=61.6247;RBI=0.0201937;REFB=0;REVB=-0.0127388;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171891;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr12 105562788 . T A,C 2290.92 PASS AF=0.0612245,0.938776;AO=9,137;DP=146;FAO=9,138;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=1,75;FSAR=8,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242502,-0.0113596;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.617,169.87;QD=62.3379;RBI=0.0318926,0.0303572;REFB=0,0;REVB=0.0207139,0.0281516;RO=0;SAF=1,74;SAR=8,63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.51641e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0412052,-0.000479141;OID=.,.;OPOS=105562788,105562788;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:146:147:0:0:9,137:9,138:0.0612245,0.938776:8,63:1,74:0:0:8,63:1,75:0:0 chr12 105567068 . T A 1567.91 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.595;QD=63.9962;RBI=0.0210419;REFB=0;REVB=-0.0147961;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90063e-05;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:42:55:0:0:43:55:0:0 chr12 105567070 . T A 1537.44 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205866;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.026;QD=63.3997;RBI=0.0212203;REFB=0;REVB=0.00514692;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68704e-05;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:41:54:0:0:41:56:0:0 chr12 105567087 . T TA 928.27 PASS AF=1;AO=10;DP=91;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0967279;FXX=0.0555494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.7136;QD=43.6833;RBI=0.129647;REFB=0;REVB=-0.086326;RO=78;SAF=3;SAR=7;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0035602;OID=.;OPOS=105567088;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:91:85:85:0:48:37:0:0:18:78:3:7:49:29 chr12 105567089 . T A 1079.28 PASS AF=0.913043;AO=73;DP=87;FAO=84;FDP=92;FR=.;FRO=8;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.039594;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.511;QD=46.9251;RBI=0.086468;REFB=-0.15938;REVB=0.0768703;RO=14;SAF=45;SAR=28;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124394;STB=0.543121;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0306713;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:87:92:14:8:73:84:0.913043:28:45:3:11:33:51:1:7 chr12 105567135 . T C 1119.21 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00112983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7312;QD=58.906;RBI=0.0572572;REFB=-0.026306;REVB=0.057246;RO=1;SAF=47;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996177;STB=0.505262;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00285907;OID=.;OPOS=105567135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:28:47:1:0:28:47:1:0 chr12 105568122 . G A 5119.95 PASS AF=1;AO=322;DP=331;FAO=324;FDP=324;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0869056;FXX=0.0270262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2491;QD=63.2093;RBI=0.0878962;REFB=-0.0661951;REVB=0.013159;RO=2;SAF=167;SAR=155;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000219759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370956;OID=.;OPOS=105568122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:331:324:2:0:322:324:1:155:167:1:1:156:168:0:0 chr12 105568176 . G A 4113.53 PASS AF=1;AO=260;DP=262;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407022;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.694;QD=62.5633;RBI=0.0559824;REFB=0;REVB=-0.0384365;RO=0;SAF=116;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.08125e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10094e-05;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:262:263:0:0:260:263:1:144:116:0:0:144:119:0:0 chr12 106460938 . G C 955.72 PASS AF=0.550898;AO=92;DP=167;FAO=92;FDP=167;FR=.;FRO=75;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.00826844;FXX=0.00595203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.111;QD=22.8915;RBI=0.0189188;REFB=-0.0204906;REVB=0.0170162;RO=74;SAF=49;SAR=43;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267109;STB=0.51168;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0165005;OID=.;OPOS=106460938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:74:75:92:92:0.550898:43:49:37:37:43:49:38:37 chr12 106633569 . C T 2433.63 PASS AF=0.981818;AO=161;DP=165;FAO=162;FDP=165;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0402929;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8241;QD=58.9972;RBI=0.102196;REFB=-0.144089;REVB=0.093917;RO=3;SAF=90;SAR=71;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196767;STB=0.510344;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00280811;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:165:165:3:3:161:162:0.981818:71:90:0:3:71:91:0:3 chr12 106647842 . C T 1148.08 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2283;QD=60.4251;RBI=0.041056;REFB=0;REVB=-0.0299539;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308231;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:33:41:0:0:34:42:0:0 chr12 106838340 . T C 494.11 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0257623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.976;QD=18.8233;RBI=0.0288392;REFB=-0.00663888;REVB=0.0129617;RO=53;SAF=33;SAR=19;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202507;STB=0.612201;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00901403;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:19:33:22:31:19:33:22:31 chr12 106893863 . G T 332.59 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0321755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.039;QD=11.8782;RBI=0.0364963;REFB=-0.0146694;REVB=-0.0172253;RO=71;SAF=15;SAR=26;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980512;STB=0.556185;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.027104;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:71:71:41:41:0.366071:26:15:32:39:26:15:32:39 chr12 106893930 . A T 263.39 PASS AF=0.329897;AO=28;DP=93;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.013881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.737;QD=10.8616;RBI=0.0144233;REFB=-0.00409472;REVB=0.00391773;RO=65;SAF=11;SAR=17;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155204;STB=0.536358;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00819506;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:65:65:28:32:0.329897:17:11:34:31:17:15:34:31 chr12 107083059 . C T 285.63 PASS AF=0.308943;AO=37;DP=123;FAO=38;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=0.000314348;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.896;QD=9.28874;RBI=0.0441749;REFB=-0.0269244;REVB=-0.0441738;RO=57;SAF=20;SAR=17;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414104;STB=0.570662;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0472991;OID=.;OPOS=107083059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:57:85:37:38:0.308943:17:20:33:24:18:20:36:49 chr12 107109257 . T A 144.98 PASS AF=0.15847;AO=29;DP=183;FAO=29;FDP=183;FR=.;FRO=154;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=71;FSRR=83;FWDB=-0.04189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6086;QD=3.169;RBI=0.0467943;REFB=8.95161e-05;REVB=-0.020855;RO=152;SAF=13;SAR=16;SRF=71;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242733;STB=0.510825;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.00149108;OID=.;OPOS=107109257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:152:154:29:29:0.15847:16:13:71:81:16:13:71:83 chr12 107281804 . GA G,GT 41.28 PASS AF=0.0590278,0.0381944;AO=53,11;DP=300;FAO=17,11;FDP=288;FR=.;FRO=260;FSAF=7,0;FSAR=10,11;FSRF=138;FSRR=122;FWDB=-0.0403174,-0.0110282;FXX=0.0463561;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.9322,135.741;QD=0.573279;RBI=0.0702256,0.0130278;REFB=-0.0669615,-0.00361879;REVB=0.0574991,-0.0069356;RO=182;SAF=36,0;SAR=17,11;SRF=95;SRR=87;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.207676,-0.530361;STB=0.610655,0.999108;STBP=0.371,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0646453,0.0840995;OID=.,.;OPOS=107281805,107281805;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0590278,0.0381944:53,11:300:17,11:288:260:7,0:10,11:138:122:12:182:36,0:17,11:95:87 chr12 107395106 . A G 823.33 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131879;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.767;QD=57.7772;RBI=0.106751;REFB=0;REVB=-0.105933;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000454902;OID=.;OPOS=107395106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr12 107713696 . G A 315.22 PASS AF=0.34188;AO=40;DP=118;FAO=40;FDP=117;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.00932365;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.448;QD=10.7767;RBI=0.0249367;REFB=-0.00539225;REVB=0.023128;RO=76;SAF=17;SAR=23;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199806;STB=0.515144;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00926327;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:76:77:40:40:0.34188:23:17:31:45:23:17:31:46 chr12 107937768 . G A 543.56 PASS AF=0.549451;AO=48;DP=93;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0330795;FXX=0.0807999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.399;QD=23.8926;RBI=0.034467;REFB=-0.0403891;REVB=-0.00968083;RO=38;SAF=30;SAR=18;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125218;STB=0.550275;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0386352;OID=.;OPOS=107937768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:38:41:48:50:0.549451:18:30:18:20:19:31:21:20 chr12 108618630 . C T 1449.36 PASS AF=0.518248;AO=142;DP=274;FAO=142;FDP=274;FR=.;FRO=132;FSAF=68;FSAR=74;FSRF=72;FSRR=60;FWDB=-0.00412951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.687;QD=21.1585;RBI=0.00466754;REFB=-0.0128338;REVB=-0.00217557;RO=132;SAF=68;SAR=74;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586194;STB=0.532041;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0124922;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:132:132:142:142:0.518248:74:68:72:60:74:68:72:60 chr12 108918146 . C T 3520.03 PASS AF=0.991228;AO=226;DP=228;FAO=226;FDP=228;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00314606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.343;QD=61.7548;RBI=0.0119774;REFB=-0.0412616;REVB=0.0115569;RO=2;SAF=103;SAR=123;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768455;STB=0.504032;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000410911;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:228:228:2:2:226:226:0.991228:123:103:0:2:123:103:0:2 chr12 108923950 . A G 1613.01 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047272;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.18;QD=60.2993;RBI=0.047956;REFB=0;REVB=-0.00807086;RO=0;SAF=47;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19156e-05;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:60:47:0:0:60:47:0:0 chr12 108941679 . G A 251.86 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.000827308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.916;QD=14.8155;RBI=0.00571389;REFB=-0.00639232;REVB=-0.00565368;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355432;STB=0.512187;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00659833;OID=.;OPOS=108941679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:39:29:29:0.426471:15:14:17:21:15:14:18:21 chr12 108954823 . C T 2180.56 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0312528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9783;QD=62.3016;RBI=0.0378663;REFB=-0.0518578;REVB=0.0213804;RO=1;SAF=66;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714908;STB=0.503759;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000458321;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:140:140:1:1:138:139:0.992857:72:66:1:0:73:66:1:0 chr12 108954862 . G C 879.37 PASS AF=0.626984;AO=78;DP=123;FAO=79;FDP=126;FR=.;FRO=47;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0247647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.028;QD=27.9164;RBI=0.0249845;REFB=-0.0285944;REVB=0.00330668;RO=45;SAF=38;SAR=40;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161853;STB=0.506328;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0167479;OID=.;OPOS=108954862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:45:47:78:79:0.626984:40:38:23:22:40:39:24:23 chr12 108955106 . C CT,T 1126.58 PASS AF=1,0;AO=73,3;DP=78;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=56,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138581,-0.0879425;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=27.6585,4.97378;QD=58.5238;RBI=0.0138621,0.0884212;REFB=0,0;REVB=-0.000333992,0.00918797;RO=1;SAF=18,3;SAR=55,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00852425,0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000296532,0;OID=.,.;OPOS=108955107,108955106;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:1:0:73,3:77,0:1,0:55,0:18,3:0:1:56,0:21,0:0:0 chr12 108985945 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.208;QD=46.8464;RBI=0.114557;REFB=0;REVB=-0.11093;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000693636;OID=.;OPOS=108985945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:2:13:0:0:2:13:0:0 chr12 108986031 . C T 218.58 PASS AF=0.5;AO=18;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.135992;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.8792;QD=21.8578;RBI=0.141;REFB=-0.080033;REVB=0.0372431;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261824;STB=0.548338;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0226497;OID=.;OPOS=108986031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:14:18:18:20:0.5:7:11:9:5:8:12:9:9 chr12 108986112 . G C 681.62 PASS AF=0.559322;AO=65;DP=117;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0326134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.419;QD=23.1059;RBI=0.0443189;REFB=-0.0137772;REVB=0.0300089;RO=52;SAF=31;SAR=34;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655386;STB=0.538726;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0104493;OID=.;OPOS=108986112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:52:52:65:66:0.559322:34:31:29:23:35:31:29:23 chr12 109182049 . T C 130.25 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0231206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.389;QD=7.33783;RBI=0.0289787;REFB=-0.00950097;REVB=-0.0174701;RO=52;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147335;STB=0.508919;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0167626;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:9:10:28:24:9:10:28:24 chr12 109219903 . C G 1133.98 PASS AF=0.564516;AO=105;DP=186;FAO=105;FDP=186;FR=.;FRO=81;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=0.0118524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8268;QD=24.3866;RBI=0.040258;REFB=0.00635019;REVB=-0.0384737;RO=81;SAF=47;SAR=58;SRF=25;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114176;STB=0.561977;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00291105;OID=.;OPOS=109219903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:81:81:105:105:0.564516:58:47:25:56:58:47:25:56 chr12 109277492 . C A 288.0 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00330394;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.326;QD=13.3952;RBI=0.00659647;REFB=-0.00943254;REVB=-0.00570941;RO=53;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250616;STB=0.642429;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0135236;OID=.;OPOS=109277492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:53:53:33:33:0.383721:14:19:18:35:14:19:18:35 chr12 109320267 . ATT ATA,AT,TAT 347.0 PASS AF=0.122807,0.877193,0;AO=2,13,5;DP=53;FAO=7,50,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28,0;FSAR=7,22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111665,0.948692,0.0730337;FXX=0;HRUN=4,4,2;LEN=1,1,2;MLLD=150.464,8.38741,152.868;QD=24.3506;RBI=0.112308,1.04904,0.110019;REFB=-0.0116393,0.00588449,0.0130592;REVB=-0.0119976,0.447745,-0.0822809;RO=29;SAF=0,2,0;SAR=2,11,5;SRF=25;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.702326,-0.704306,-0.802113;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.219767,0.0133287,0;OID=.,.,.;OPOS=109320269,109320268,109320267;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=ATA,AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:53:57:29:0:2,13,5:7,50,0:0.122807,0.877193,0:2,11,5:0,2,0:25:4:7,22,0:0,28,0:0:0 chr12 109511256 . T C 1377.28 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233193;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.308;QD=62.6035;RBI=0.0318742;REFB=0;REVB=0.0217296;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7562e-06;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:84:88:1:48:36:0:0:50:38:0:0 chr12 109519189 . C T 293.39 PASS AF=0.333333;AO=38;DP=114;FAO=38;FDP=114;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.03397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2188;QD=10.2943;RBI=0.0347552;REFB=-0.0041454;REVB=-0.00734607;RO=74;SAF=16;SAR=22;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446495;STB=0.526746;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00967958;OID=.;OPOS=109519189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:74:76:38:38:0.333333:22:16:34:40:22:16:35:41 chr12 109524232 . A G 236.44 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00628959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.92;QD=11.259;RBI=0.0147396;REFB=0.00820269;REVB=0.0133303;RO=55;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05261;STB=0.530457;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0167792;OID=.;OPOS=109524232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:15:14:24:31:15:14:24:31 chr12 109577735 . C T 465.59 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0212781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.49;QD=17.7368;RBI=0.0232915;REFB=-0.0121388;REVB=0.00947299;RO=55;SAF=22;SAR=28;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183482;STB=0.60177;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0158706;OID=.;OPOS=109577735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:28:22:35:20:28:22:35:20 chr12 109617865 . T C 524.96 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.000221345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.462;QD=24.1363;RBI=0.018559;REFB=-0.000385745;REVB=0.0185577;RO=38;SAF=22;SAR=27;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198285;STB=0.510875;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00034868;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:38:49:49:0.563218:27:22:18:20:27:22:18:20 chr12 109629457 . C T 1083.92 PASS AF=0.502304;AO=109;DP=219;FAO=109;FDP=217;FR=.;FRO=108;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.00138056;FXX=0.0136357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6528;QD=19.9802;RBI=0.0441881;REFB=-0.012563;REVB=-0.0441666;RO=107;SAF=61;SAR=48;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415282;STB=0.525275;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0131678;OID=.;OPOS=109629457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:217:107:108:109:109:0.502304:48:61:55:52:48:61:55:53 chr12 109675029 . T C 746.44 PASS AF=0.507042;AO=72;DP=145;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.0079153;FXX=0.0206882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.598;QD=21.0266;RBI=0.0369696;REFB=-0.021261;REVB=-0.0361123;RO=70;SAF=31;SAR=41;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412341;STB=0.522675;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0229904;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:142:70:70:72:72:0.507042:41:31:27:43:41:31:27:43 chr12 109692053 . C T 662.22 PASS AF=0.7;AO=55;DP=79;FAO=56;FDP=80;FR=.;FRO=24;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0428764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6454;QD=33.1111;RBI=0.0447103;REFB=-0.0329058;REVB=-0.0126737;RO=24;SAF=29;SAR=26;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388106;STB=0.523247;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0173119;OID=.;OPOS=109692053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:24:24:55:56:0.7:26:29:11:13:26:30:11:13 chr12 109696838 . G A 2983.0 PASS AF=0.980296;AO=195;DP=203;FAO=199;FDP=203;FR=.;FRO=4;FSAF=109;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0266006;FXX=0.0240373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.478;QD=58.7783;RBI=0.0313429;REFB=-0.199714;REVB=0.0165766;RO=1;SAF=105;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0052622;STB=0.510868;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000480956;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:203:203:1:4:195:199:0.980296:90:105:0:1:90:109:0:4 chr12 109826634 . C A 329.99 PASS AF=0.330709;AO=42;DP=127;FAO=42;FDP=127;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.0338865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.58;QD=10.3933;RBI=0.0338969;REFB=0.000966657;REVB=-0.000842409;RO=85;SAF=22;SAR=20;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207652;STB=0.512006;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00184536;OID=.;OPOS=109826634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:85:85:42:42:0.330709:20:22:43:42:20:22:43:42 chr12 109835590 . A G 252.32 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0454972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.577;QD=10.5135;RBI=0.0459308;REFB=-0.0126666;REVB=-0.00629603;RO=64;SAF=15;SAR=16;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547342;STB=0.526511;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0147526;OID=.;OPOS=109835590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:65:31:31:0.322917:16:15:34:30:16:15:34:31 chr12 109848567 . T C 154.92 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00509071;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.401;QD=10.6839;RBI=0.00719267;REFB=-0.00241461;REVB=-0.00508125;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853325;STB=0.54995;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00494691;OID=.;OPOS=109848567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:38:38:20:20:0.344828:9:11:18:20:9:11:18:20 chr12 109883374 . T C 122.5 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0115827;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.235;QD=14.4116;RBI=0.025925;REFB=-0.00373984;REVB=0.0231937;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021973;STB=0.512802;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00473853;OID=.;OPOS=109883374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:9:11:8:6:9:11 chr12 109937534 . G A 677.93 PASS AF=0.416667;AO=75;DP=176;FAO=75;FDP=180;FR=.;FRO=105;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=-0.0153541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.469;QD=15.0652;RBI=0.0187084;REFB=0.00131919;REVB=0.0106891;RO=101;SAF=30;SAR=45;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149384;STB=0.578454;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00187464;OID=.;OPOS=109937534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:180:101:105:75:75:0.416667:45:30:55:46:45:30:56:49 chr12 109968427 . C T 711.96 PASS AF=0.414894;AO=77;DP=188;FAO=78;FDP=188;FR=.;FRO=110;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=0.00129631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.761;QD=15.148;RBI=0.00468738;REFB=-0.0104793;REVB=0.00450456;RO=107;SAF=30;SAR=47;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16923;STB=0.587155;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0149396;OID=.;OPOS=109968427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:107:110:77:78:0.414894:47:30:59:48:47:31:60:50 chr12 109994455 . A T 60.69 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00461425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7252;QD=6.93613;RBI=0.116494;REFB=-0.00110292;REVB=0.116402;RO=26;SAF=1;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497451;STB=0.824553;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0259592;OID=.;OPOS=109994455;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:35:35:26:26:9:9:0.257143:8:1:12:14:8:1:12:14 chr12 109994870 . A T 81.48 PASS AF=0.191781;AO=13;DP=72;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.021283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.717;QD=4.46448;RBI=0.0274722;REFB=-0.00582638;REVB=-0.0173711;RO=58;SAF=5;SAR=8;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165797;STB=0.623584;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0233323;OID=.;OPOS=109994870;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:72:73:58:59:13:14:0.191781:8:5:30:28:9:5:30:29 chr12 110011229 . GC TT 798.78 PASS AF=0.444444;AO=74;DP=179;FAO=84;FDP=189;FR=.;FRO=105;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=0.0587554;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.591;QD=16.9054;RBI=0.0615245;REFB=-0.0119637;REVB=0.0182502;RO=105;SAF=23;SAR=51;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124708;STB=0.515148;STBP=0.732;TYPE=mnp;VARB=0.0149167;OID=.;OPOS=110011229;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:189:105:105:74:84:0.444444:51:23:44:61:51:33:44:61 chr12 110100795 . T C 500.61 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0311775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2467;QD=24.4199;RBI=0.0497603;REFB=0.0135866;REVB=0.0387821;RO=35;SAF=28;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195642;STB=0.510725;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00931861;OID=.;OPOS=110100795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:47:47:0.573171:19:28:20:15:19:28:20:15 chr12 110240838 . T G 992.56 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00347097;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2229;QD=56.7176;RBI=0.046804;REFB=-0.153544;REVB=0.0466752;RO=2;SAF=16;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181727;STB=0.504672;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00190109;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:2:1:67:69:0.985714:51:16:0:2:53:16:0:1 chr12 110290073 . G A 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00917125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.755;QD=19.7624;RBI=0.00933102;REFB=0.00510678;REVB=0.00171931;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195478;STB=0.605644;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00783447;OID=.;OPOS=110290073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:25:23:23:0.479167:13:10:14:7:13:10:16:9 chr12 110342598 . G A 213.33 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00618287;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4822;QD=10.2812;RBI=0.0338317;REFB=-0.0122831;REVB=0.033262;RO=57;SAF=19;SAR=8;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219111;STB=0.633834;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0296049;OID=.;OPOS=110342598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:57:56:27:27:0.325301:8:19:30:27:8:19:29:27 chr12 110368201 . G A 1128.53 PASS AF=0.587571;AO=104;DP=177;FAO=104;FDP=177;FR=.;FRO=73;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.000630329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.092;QD=25.5036;RBI=0.00816015;REFB=-0.00918628;REVB=-0.00813577;RO=72;SAF=48;SAR=56;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235584;STB=0.50963;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00694834;OID=.;OPOS=110368201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:72:73:104:104:0.587571:56:48:31:41:56:48:32:41 chr12 110390979 . T C 720.24 PASS AF=0.407216;AO=79;DP=194;FAO=79;FDP=194;FR=.;FRO=115;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=0.0138937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.483;QD=14.8504;RBI=0.0151105;REFB=-0.00312208;REVB=0.00594061;RO=115;SAF=31;SAR=48;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129338;STB=0.572622;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0047214;OID=.;OPOS=110390979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:115:115:79:79:0.407216:48:31:59:56:48:31:59:56 chr12 110974890 . T C 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0191156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.467;QD=18.3009;RBI=0.0235912;REFB=0.00974682;REVB=0.0138254;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144846;STB=0.508227;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00971634;OID=.;OPOS=110974890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:10:13:11:9:10:13 chr12 111353556 . A G 178.42 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0150231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.488;QD=8.81102;RBI=0.016612;REFB=0.00387507;REVB=-0.00708966;RO=57;SAF=15;SAR=9;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571369;STB=0.533952;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00679965;OID=.;OPOS=111353556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:57:24:24:0.296296:9:15:33:24:9:15:33:24 chr12 111733133 . G A 455.06 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0190979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0609;QD=22.7532;RBI=0.0247113;REFB=0.000203636;REVB=-0.0156818;RO=36;SAF=22;SAR=22;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681544;STB=0.537483;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.000567731;OID=.;OPOS=111733133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:22:22:21:15:22:22:21:15 chr12 111747963 . C T 2250.03 PASS AF=0.95679;AO=154;DP=162;FAO=155;FDP=162;FR=.;FRO=7;FSAF=75;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0156433;FXX=0.0121944;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.033;QD=55.5562;RBI=0.017034;REFB=-0.0876872;REVB=-0.00674119;RO=5;SAF=74;SAR=80;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004821;STB=0.502392;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.000629474;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:162:162:5:7:154:155:0.95679:80:74:2:3:80:75:3:4 chr12 111760251 . G C 2298.35 PASS AF=1;AO=152;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216083;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5327;QD=59.6973;RBI=0.0469051;REFB=0;REVB=-0.0416313;RO=2;SAF=62;SAR=90;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278261;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:155:154:2:0:152:154:1:90:62:0:2:92:62:0:0 chr12 111785586 . T C 1553.63 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280144;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.594;QD=64.067;RBI=0.0805533;REFB=0;REVB=0.075525;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110998;OID=.;OPOS=111785586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr12 111786082 . G C 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.659;QD=59.8332;RBI=0.0600195;REFB=0;REVB=0.0331065;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535558;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr12 111786892 . T C 1209.58 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.08;QD=61.2444;RBI=0.0241372;REFB=0;REVB=0.0212646;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65064e-05;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:42:36:0:0:42:37:0:0 chr12 111798553 . A G 2525.03 PASS AF=0.934783;AO=168;DP=180;FAO=172;FDP=184;FR=.;FRO=12;FSAF=50;FSAR=122;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0438885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6724;QD=54.8919;RBI=0.0455958;REFB=-0.0213755;REVB=-0.0123602;RO=8;SAF=46;SAR=122;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00258907;STB=0.516322;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00211868;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:180:184:8:12:168:172:0.934783:122:46:2:6:122:50:6:6 chr12 111800826 . TGCCACCCCC T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617853;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=253.048;QD=33.4285;RBI=0.00617853;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.41038e-05;OID=.;OPOS=111800827;OREF=GCCACCCCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:6:6:6:0:6:0:0:0:4:0:6:0:0:0 chr12 111884608 . T C 1496.49 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220121;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.363;QD=59.8598;RBI=0.0228386;REFB=0;REVB=-0.00608837;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81081e-05;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:54:46:0:0:54:46:0:0 chr12 111886967 . T A 1461.31 PASS AF=0.980392;AO=102;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00232905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.232;QD=57.3061;RBI=0.0087152;REFB=-0.0162146;REVB=0.00839823;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.508927;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000454062;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:0:2:102:100:0.980392:57:45:0:0:55:45:0:2 chr12 111993712 . C T 1135.19 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4351;QD=60.5435;RBI=0.101655;REFB=0;REVB=0.0138681;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484043;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr12 112036753 . GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC GGCGGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT 244.66 PASS AF=0.05,0.7,0.25;AO=4,8,3;DP=21;FAO=1,14,5;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,4;FSAR=1,12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196375,0.0229951,0.139561;FXX=0.0475964;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=84.1213,91.2194,80.8482;QD=48.9328;RBI=0.100335,0.0998995,0.143515;REFB=0,0,0;REVB=0.0983942,0.097217,0.0334569;RO=0;SAF=0,1,2;SAR=4,7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0523169,0.0313056,0.0848261;OID=.,.,.;OPOS=112036756,112036754,112036779;OREF=T,GCT,C;OALT=G,-,T;OMAPALT=GGCGGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.05,0.7,0.25:4,8,3:21:1,14,5:20:0:0,2,4:1,12,1:0:0:33:0:0,1,2:4,7,1:0:0 chr12 112036782 . T C 37.27 PASS AF=0.24;AO=7;DP=22;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0564754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8301;QD=5.96361;RBI=0.179781;REFB=-0.0602596;REVB=-0.170681;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57638;STB=0.913009;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0964525;OID=.;OPOS=112036782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:25:15:19:7:6:0.24:2:5:2:13:1:5:3:16 chr12 112036796 . GC G,GT 184.32 PASS AF=1,0;AO=3,12;DP=25;FAO=17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114163,0.0678028;FXX=0.149925;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=35.7159,27.5437;QD=43.3703;RBI=0.245886,0.212999;REFB=0,0;REVB=0.217777,-0.20192;RO=8;SAF=2,1;SAR=1,11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.177018,-0.484843;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0100988,0;OID=.,.;OPOS=112036797,112036797;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:3,12:25:17,0:17:0:2,0:15,0:0:0:3:8:2,1:1,11:4:4 chr12 112110489 . T C 194.55 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0136565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.036;QD=10.3757;RBI=0.0251908;REFB=-0.0173566;REVB=0.0211678;RO=50;SAF=10;SAR=14;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507566;STB=0.513474;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0339569;OID=.;OPOS=112110489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:50:50:24:25:0.333333:14:10:23:27:14:11:23:27 chr12 112191641 . G A 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.232;QD=62.9075;RBI=0.0839279;REFB=0;REVB=0.0838404;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227881;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr12 112194727 . C T 937.1 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.261;QD=58.5687;RBI=0.0148582;REFB=0;REVB=-0.0135912;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10844e-05;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr12 112241766 . G A 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00164811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.712;QD=12.1427;RBI=0.00728385;REFB=-0.000287668;REVB=0.00709494;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121441;STB=0.57048;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.000493236;OID=.;OPOS=112241766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:9:10:21:12:9:10:21:12 chr12 112460147 . T G 187.88 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0200288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.837;QD=10.8918;RBI=0.0226868;REFB=-0.005977;REVB=-0.0106553;RO=45;SAF=15;SAR=9;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554252;STB=0.532292;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0118994;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:9:15:26:19:9:15:26:19 chr12 112460749 . A G 742.67 PASS AF=0.392694;AO=86;DP=220;FAO=86;FDP=219;FR=.;FRO=133;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=59;FSRR=74;FWDB=0.0163449;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.203;QD=13.5648;RBI=0.0204044;REFB=0.00419103;REVB=0.0122141;RO=132;SAF=40;SAR=46;SRF=59;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196685;STB=0.513146;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00646279;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:132:133:86:86:0.392694:46:40:59:73:46:40:59:74 chr12 112477055 . T C 178.04 PASS AF=0.343284;AO=16;DP=64;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.00474505;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.592;QD=10.629;RBI=0.00847001;REFB=-0.0150726;REVB=0.0070161;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430223;STB=0.760768;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0233194;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:23:44:16:23:0.343284:9:7:20:3:16:7:32:12 chr12 112577990 . T C 267.68 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0226226;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.975;QD=27.4542;RBI=0.0399897;REFB=-0.0084519;REVB=-0.0329757;RO=16;SAF=5;SAR=19;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306666;STB=0.65503;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00407775;OID=.;OPOS=112577990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:15:24:24:0.615385:19:5:9:7:19:5:8:7 chr12 112601367 . G A 990.94 PASS AF=0.608392;AO=87;DP=143;FAO=87;FDP=143;FR=.;FRO=56;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0144326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6187;QD=27.7185;RBI=0.0543509;REFB=-0.00300075;REVB=0.0523996;RO=55;SAF=55;SAR=32;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382601;STB=0.525233;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00119762;OID=.;OPOS=112601367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:55:56:87:87:0.608392:32:55:32:23:32:55:32:24 chr12 112667675 . T G 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.784;QD=62.0074;RBI=0.0383805;REFB=0;REVB=0.0127617;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96174e-05;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:52:32:0:0:52:32:0:0 chr12 112703732 . A C 546.86 PASS AF=0.406452;AO=62;DP=154;FAO=63;FDP=155;FR=.;FRO=92;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=61;FSRR=31;FWDB=0.0034898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.965;QD=14.1125;RBI=0.00562648;REFB=-0.00244944;REVB=0.00441346;RO=90;SAF=42;SAR=20;SRF=60;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128799;STB=0.513218;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00379483;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:90:92:62:63:0.406452:20:42:60:30:20:43:61:31 chr12 112704961 . A G 177.73 PASS AF=0.343284;AO=22;DP=66;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00220216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.672;QD=10.6109;RBI=0.0249226;REFB=-0.0177669;REVB=-0.0248252;RO=42;SAF=15;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212941;STB=0.635494;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0493676;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:42:44:22:23:0.343284:7:15:21:21:7:16:22:22 chr12 112705013 . C T 227.91 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0243023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3712;QD=11.5399;RBI=0.0341514;REFB=-0.0113478;REVB=0.023994;RO=50;SAF=16;SAR=12;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797878;STB=0.552689;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0171608;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:51:28:28:0.35443:12:16:25:25:12:16:25:26 chr12 113313470 . C T 6180.07 PASS AF=0.980488;AO=402;DP=410;FAO=402;FDP=410;FR=.;FRO=8;FSAF=192;FSAR=210;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0154182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3711;QD=60.2934;RBI=0.0614982;REFB=-0.213743;REVB=0.0595341;RO=3;SAF=192;SAR=210;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00204416;STB=0.506898;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00801552;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:410:410:3:8:402:402:0.980488:210:192:1:2:210:192:1:7 chr12 113319600 . C T 1563.16 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223297;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1617;QD=59.5488;RBI=0.0321915;REFB=0;REVB=-0.0231879;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90872e-05;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:104:105:1:50:54:0:0:50:55:0:0 chr12 113325629 . T C 2590.86 PASS AF=1;AO=168;DP=170;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209653;FXX=0.0174408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.862;QD=61.3221;RBI=0.0229016;REFB=-0.0327353;REVB=0.00921623;RO=1;SAF=72;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656415;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47524e-05;OID=.;OPOS=113325629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:170:169:1:0:168:169:1:96:72:1:0:96:73:0:0 chr12 113348870 . G A 387.01 PASS AF=0.324503;AO=49;DP=151;FAO=49;FDP=151;FR=.;FRO=102;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=65;FWDB=0.00681212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4627;QD=10.2519;RBI=0.0146256;REFB=0.000272732;REVB=0.0129423;RO=102;SAF=24;SAR=25;SRF=37;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149642;STB=0.586126;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0003086;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:102:102:49:49:0.324503:25:24:37:65:25:24:37:65 chr12 113357193 . G A 61.25 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0242923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6732;QD=6.80591;RBI=0.083538;REFB=-0.00173919;REVB=-0.0799279;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216967;STB=0.636074;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00239351;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:4:5:10:17:4:5:10:17 chr12 113357209 . G A 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0127311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.429;QD=10.6981;RBI=0.0342977;REFB=-0.00705651;REVB=-0.0318474;RO=32;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2949;STB=0.675823;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0130271;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:5:10:13:19:5:10:13:19 chr12 113357237 . G C 221.74 PASS AF=0.375;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00324079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8291;QD=12.319;RBI=0.0119863;REFB=-0.0194631;REVB=0.0115399;RO=45;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787145;STB=0.555514;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0202345;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:45:45:26:27:0.375:12:14:21:24:12:15:21:24 chr12 113357442 . G A 261.35 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=44;FWDB=0.0113554;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2522;QD=12.1557;RBI=0.0360321;REFB=0.00766659;REVB=0.034196;RO=56;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249692;STB=0.650966;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0143631;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:56:55:31:31:0.360465:18:13:12:44:18:13:11:44 chr12 113369715 . TA T 196.71 PASS AF=0.28125;AO=26;DP=96;FAO=27;FDP=96;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0160281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.236;QD=8.19615;RBI=0.0265081;REFB=0.00134306;REVB=0.0211134;RO=69;SAF=14;SAR=12;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17753;STB=0.590878;STBP=0.29;TYPE=del;VARB=-0.00358841;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:26:96:27:96:69:14:13:27:42:99:69:14:12:27:42 chr12 113369759 . G C 252.16 PASS AF=0.316832;AO=32;DP=101;FAO=32;FDP=101;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=0.0347847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5253;QD=9.98659;RBI=0.0448395;REFB=0.00810723;REVB=0.0282949;RO=69;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161873;STB=0.59391;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0143788;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:69:69:32:32:0.316832:17:15:23:46:17:15:23:46 chr12 113376388 . G A 780.91 PASS AF=0.422111;AO=80;DP=193;FAO=84;FDP=199;FR=.;FRO=115;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=-0.0999164;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0893;QD=15.6968;RBI=0.140858;REFB=-0.0415459;REVB=0.0992865;RO=112;SAF=39;SAR=41;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429027;STB=0.503065;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0589298;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:199:112:115:80:84:0.422111:41:39:50:62:45:39:54:61 chr12 113376452 . C T 694.07 PASS AF=0.613208;AO=65;DP=106;FAO=65;FDP=106;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=47;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00147875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.835;QD=26.1913;RBI=0.00543082;REFB=-0.0480746;REVB=0.00522562;RO=41;SAF=18;SAR=47;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115155;STB=0.562758;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0374116;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:41:41:65:65:0.613208:47:18:17:24:47:18:17:24 chr12 113386950 . T C 2045.98 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0758903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.41;QD=62.4727;RBI=0.0760484;REFB=0;REVB=0.00490226;RO=0;SAF=55;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46063e-05;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:76:55:0:0:76:55:0:0 chr12 113398918 . CG C,CA 1463.84 PASS AF=0.108911,0.891089;AO=12,89;DP=103;FAO=11,90;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=9,49;FSAR=2,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572171,0.0174467;FXX=0.00980296;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.723,139.013;QD=57.9738;RBI=0.0595501,0.0248418;REFB=0,0;REVB=-0.0165049,-0.0176842;RO=0;SAF=10,48;SAR=2,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.30324e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0605533,-0.00169329;OID=.,.;OPOS=113398919,113398919;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.108911,0.891089:12,89:103:11,90:101:0:9,49:2,41:0:0:30:0:10,48:2,41:0:0 chr12 113398921 . G A 46.16 PASS AF=0.111111;AO=12;DP=108;FAO=12;FDP=108;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=0.0118895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9227;QD=1.70962;RBI=0.0305054;REFB=-0.0134178;REVB=-0.028093;RO=96;SAF=10;SAR=2;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369695;STB=0.780738;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.112485;OID=.;OPOS=113398921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:108:108:96:96:12:12:0.111111:2:10:53:43:2:10:53:43 chr12 113425154 . C G 289.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.032;QD=52.648;RBI=0.0986968;REFB=0;REVB=-0.0105297;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018025;OID=.;OPOS=113425154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:19:2:0:0:19:3:0:0 chr12 113435450 . A T 2658.78 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.859;QD=62.1938;RBI=0.0283391;REFB=0;REVB=0.0251552;RO=0;SAF=75;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00664e-05;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:96:75:0:0:96:75:0:0 chr12 113448288 . A G 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.123;QD=61.467;RBI=0.0123811;REFB=0;REVB=0.00435299;RO=0;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21234e-06;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:63:58:0:0:63:58:0:0 chr12 113553481 . C T 1214.69 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00131015;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.809;QD=59.2531;RBI=0.012776;REFB=-0.110358;REVB=0.0127086;RO=2;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189319;STB=0.504949;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000209646;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:82:2:1:80:81:0.987805:49:31:0:2:50:31:0:1 chr12 113603515 . AC CA 57.37 PASS AF=0.123077;AO=22;DP=132;FAO=16;FDP=130;FR=.;FRO=114;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=73;FSRR=41;FWDB=-0.0320126;FXX=0.0151504;HRUN=4;LEN=2;MLLD=123.088;QD=1.76527;RBI=0.0320745;REFB=-0.00299888;REVB=-0.00199127;RO=95;SAF=20;SAR=2;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505934;STB=0.87684;STBP=0.008;TYPE=mnp;VARB=0.125977;OID=.;OPOS=113603515;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:132:130:95:114:22:16:0.123077:2:20:57:38:1:15:73:41 chr12 113740442 . A G 181.06 PASS AF=0.241379;AO=28;DP=116;FAO=28;FDP=116;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.00676286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.322;QD=6.24355;RBI=0.0182331;REFB=-0.00423973;REVB=-0.0169325;RO=88;SAF=10;SAR=18;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167495;STB=0.602198;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0176074;OID=.;OPOS=113740442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:88:88:28:28:0.241379:18:10:43:45:18:10:43:45 chr12 113740467 . G A 195.64 PASS AF=0.24;AO=30;DP=126;FAO=30;FDP=125;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0208689;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3403;QD=6.26046;RBI=0.0532411;REFB=-0.000744732;REVB=0.0489806;RO=92;SAF=11;SAR=19;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168477;STB=0.606858;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00215691;OID=.;OPOS=113740467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:92:95:30:30:0.24:19:11:46:46:19:11:48:47 chr12 113796566 . A C 2783.23 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.71;QD=62.5445;RBI=0.0112991;REFB=0;REVB=-0.0111471;RO=0;SAF=107;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68437e-06;OID=.;OPOS=113796566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:177:178:1:70:107:0:0:71:107:0:0 chr12 113863514 . A T 158.31 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0153974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.691;QD=16.664;RBI=0.0173419;REFB=0.00443104;REVB=0.00797876;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019532;STB=0.503102;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00734557;OID=.;OPOS=113863514;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:21:17:17:0.447368:9:8:9:11:9:8:10:11 chr12 113863573 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0354575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.091;QD=13.4417;RBI=0.0422204;REFB=-0.00128098;REVB=-0.02292;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133539;STB=0.578788;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00197474;OID=.;OPOS=113863573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:6:7:4:6:6:7 chr12 113863963 . C G 311.3 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=29;FWDB=-0.00759184;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.072;QD=18.8669;RBI=0.0227472;REFB=-0.04499;REVB=0.0214429;RO=32;SAF=4;SAR=29;SRF=3;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601718;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0407493;OID=.;OPOS=113863963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:32:33:33:33:0.5:29:4:3:29:29:4:4:29 chr12 113863969 . C T 334.29 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=-0.0111634;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.348;QD=16.7144;RBI=0.014596;REFB=-0.0246913;REVB=-0.00940335;RO=44;SAF=4;SAR=32;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189554;STB=0.608118;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0369752;OID=.;OPOS=113863969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:32:4:9:35:32:4:9:35 chr12 114362483 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=339.279;QD=57.5452;RBI=0.0103191;REFB=0;REVB=0.0040555;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28528e-05;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr12 114374887 . T C 1505.46 PASS AF=0.694444;AO=124;DP=180;FAO=125;FDP=180;FR=.;FRO=55;FSAF=49;FSAR=76;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.028787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7781;QD=33.4547;RBI=0.0429174;REFB=-0.0278497;REVB=0.0318309;RO=55;SAF=48;SAR=76;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253147;STB=0.515013;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0150805;OID=.;OPOS=114374887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:55:55:124:125:0.694444:76:48:19:36:76:49:19:36 chr12 114377835 . A G 1701.38 PASS AF=0.641921;AO=147;DP=229;FAO=147;FDP=229;FR=.;FRO=82;FSAF=61;FSAR=86;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=0.00551292;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.619;QD=29.7185;RBI=0.00826421;REFB=-0.00858335;REVB=-0.00615669;RO=80;SAF=61;SAR=86;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00676115;STB=0.500122;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0046776;OID=.;OPOS=114377835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:80:82:147:147:0.641921:86:61:34:46:86:61:34:48 chr12 114377877 . T C 1801.69 PASS AF=0.656652;AO=153;DP=233;FAO=153;FDP=233;FR=.;FRO=80;FSAF=69;FSAR=84;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0158456;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.541;QD=30.9303;RBI=0.01701;REFB=0.00809978;REVB=-0.00618545;RO=79;SAF=69;SAR=84;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043325;STB=0.525529;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00279969;OID=.;OPOS=114377877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:79:80:153:153:0.656652:84:69:41:38:84:69:42:38 chr12 114377899 . G C 3123.77 PASS AF=0.980952;AO=206;DP=211;FAO=206;FDP=210;FR=.;FRO=4;FSAF=104;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000490478;FXX=0.00473911;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.139;QD=59.5004;RBI=0.0446452;REFB=-0.120128;REVB=0.0446425;RO=3;SAF=104;SAR=102;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468934;STB=0.500092;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.000505601;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:211:210:3:4:206:206:0.980952:102:104:1:2:102:104:2:2 chr12 114383651 . C T 1469.7 PASS AF=0.596413;AO=132;DP=223;FAO=133;FDP=223;FR=.;FRO=90;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=34;FSRR=56;FWDB=0.00616282;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.54;QD=26.3623;RBI=0.0141226;REFB=0.000865558;REVB=-0.012707;RO=88;SAF=56;SAR=76;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288131;STB=0.521049;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.000369561;OID=.;OPOS=114383651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:88:90:132:133:0.596413:76:56:34:54:76:57:34:56 chr12 114386572 . C T 461.59 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00959604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.88;QD=21.4693;RBI=0.0121398;REFB=-0.00228482;REVB=-0.00743578;RO=40;SAF=28;SAR=17;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485582;STB=0.518572;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00175925;OID=.;OPOS=114386572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:17:28:27:13:17:28:27:14 chr12 114386639 . A G 861.99 PASS AF=0.576642;AO=79;DP=137;FAO=79;FDP=137;FR=.;FRO=58;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0179099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.916;QD=25.1676;RBI=0.0219867;REFB=0.00162114;REVB=0.0127534;RO=58;SAF=48;SAR=31;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045032;STB=0.524534;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.000922898;OID=.;OPOS=114386639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:58:58:79:79:0.576642:31:48:32:26:31:48:32:26 chr12 114395651 . T C 1297.96 PASS AF=0.496269;AO=127;DP=263;FAO=133;FDP=268;FR=.;FRO=135;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=69;FSRR=66;FWDB=0.00406561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6257;QD=19.3725;RBI=0.024033;REFB=-0.00305463;REVB=0.0236866;RO=136;SAF=66;SAR=61;SRF=70;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468514;STB=0.507673;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00590149;OID=.;OPOS=114395651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:268:136:135:127:133:0.496269:61:66:70:66:63:70:69:66 chr12 114793297 . T C 773.09 PASS AF=1;AO=26;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.208178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.276;QD=57.266;RBI=0.222262;REFB=0;REVB=0.0778629;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639569;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:26:54:1:23:3:0:0:32:22:0:0 chr12 115112055 . G A 2038.75 PASS AF=0.436508;AO=220;DP=504;FAO=220;FDP=504;FR=.;FRO=284;FSAF=110;FSAR=110;FSRF=123;FSRR=161;FWDB=0.00875119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.086;QD=16.1805;RBI=0.0120983;REFB=0.00269409;REVB=0.0083538;RO=281;SAF=110;SAR=110;SRF=121;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703452;STB=0.537695;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00284577;OID=.;OPOS=115112055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:504:504:281:284:220:220:0.436508:110:110:121:160:110:110:123:161 chr12 116866112 . CCA C,CC,CCC 220.97 PASS AF=0.444444,0.5,0.0555556;AO=7,4,11;DP=22;FAO=8,9,1;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=8,9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0;FXX=0.142789;HRUN=6,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=222.012,222.146,215.826;QD=49.1039;RBI=0.0255176,0.0240145,0.0195193;REFB=0,0,0;REVB=0.0255176,0.0240145,0.0195193;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=7,4,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.461538,0,0;SSEP=0.645161,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00330425,-0.0192628,0.0203537;OID=.,.,.;OPOS=116866113,116866114,116866114;OREF=CA,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.444444,0.5,0.0555556:7,4,11:22:8,9,1:18:0:0,0,0:8,9,1:0:0:16:0:0,0,0:7,4,11:0:0 chr12 117014131 . G GA 106.63 PASS AF=0.445652;AO=35;DP=99;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0624921;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.83499;QD=4.63608;RBI=0.0862932;REFB=0.00291088;REVB=0.0595084;RO=50;SAF=13;SAR=22;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116331;STB=0.52858;STBP=0.661;TYPE=ins;VARB=-0.0402241;OID=.;OPOS=117014132;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445652:35:99:41:92:51:18:23:25:26:99:50:13:22:24:26 chr12 117014406 . A G 161.15 PASS AF=0.833333;AO=9;DP=25;FAO=15;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0658231;FXX=0.142789;HRUN=15;LEN=1;MLLD=211.128;QD=35.8107;RBI=0.0680637;REFB=-0.110843;REVB=0.0173203;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55166;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00880224;OID=.;OPOS=117014406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:25:18:0:3:9:15:0.833333:8:1:0:0:13:2:0:3 chr12 117217141 . T C 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.557;QD=59.8319;RBI=0.0438523;REFB=0;REVB=0.0438055;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41541e-05;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr12 117219947 . G A 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0721117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.476;QD=18.7433;RBI=0.0942158;REFB=0.0154379;REVB=0.0606343;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197383;STB=0.615061;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000294826;OID=.;OPOS=117219947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:1:3:3:4:1:3 chr12 117289585 . A G 42.46 PASS AF=0.241379;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=-0.0926881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.3807;QD=5.85701;RBI=0.0968912;REFB=-0.0370641;REVB=0.028228;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498587;STB=0.782099;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.1057;OID=.;OPOS=117289585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:25:29:19:22:6:7:0.241379:3:3:17:2:3:4:20:2 chr12 117289603 . A G 321.22 PASS AF=0.409091;AO=35;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.039637;FXX=0.0222198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9093;QD=14.6007;RBI=0.0404069;REFB=-0.0139959;REVB=-0.00785023;RO=52;SAF=19;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653856;STB=0.527762;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0168358;OID=.;OPOS=117289603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:35:36:0.409091:16:19:25:27:17:19:25:27 chr12 117383320 . G A 1544.1 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00113757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3513;QD=63.6743;RBI=0.0739944;REFB=0;REVB=-0.0739857;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221075;OID=.;OPOS=117383320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:52:44:0:0:53:44:0:0 chr12 117465857 . T C 3156.41 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157168;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.622;QD=64.0896;RBI=0.0218762;REFB=0;REVB=0.0152168;RO=0;SAF=102;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85257e-06;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:95:102:0:0:95:102:0:0 chr12 117584066 . G A 1120.54 PASS AF=0.637584;AO=95;DP=149;FAO=95;FDP=149;FR=.;FRO=54;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0103469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.933;QD=30.0817;RBI=0.0150762;REFB=0.000765708;REVB=0.010965;RO=54;SAF=46;SAR=49;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392218;STB=0.521168;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000526488;OID=.;OPOS=117584066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:54:54:95:95:0.637584:49:46:23:31:49:46:23:31 chr12 117593387 . G A 2024.57 PASS AF=0.390785;AO=228;DP=578;FAO=229;FDP=586;FR=.;FRO=357;FSAF=128;FSAR=101;FSRF=202;FSRR=155;FWDB=0.00874148;FXX=0.0200666;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.853;QD=13.8196;RBI=0.00877544;REFB=-0.0189419;REVB=-0.000771205;RO=337;SAF=128;SAR=100;SRF=200;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349853;STB=0.504251;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.015393;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:578:586:337:357:228:229:0.390785:100:128:200:137:101:128:202:155 chr12 117593391 . A G 2065.85 PASS AF=0.385737;AO=236;DP=618;FAO=238;FDP=617;FR=.;FRO=379;FSAF=128;FSAR=110;FSRF=196;FSRR=183;FWDB=-0.0426202;FXX=0.00644112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.107;QD=13.3929;RBI=0.0492221;REFB=0.000189398;REVB=-0.0246238;RO=375;SAF=126;SAR=110;SRF=195;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152674;STB=0.512741;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.000429596;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:618:617:375:379:236:238:0.385737:110:126:195:180:110:128:196:183 chr12 117669914 . G A 1102.46 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00502162;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.95;QD=56.5362;RBI=0.0255407;REFB=-0.157066;REVB=0.0250422;RO=2;SAF=31;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295456;STB=0.523071;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00240084;OID=.;OPOS=117669914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:79:78:2:3:75:75:0.961538:44:31:2:0:44:31:3:0 chr12 117685270 . G A 2449.45 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.198;QD=60.8559;RBI=0.0508914;REFB=0;REVB=0.0507204;RO=0;SAF=72;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185632;OID=.;OPOS=117685270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:153:161:0:0:153:161:1:81:72:0:0:89:72:0:0 chr12 117693817 . G A 1343.06 PASS AF=0.928571;AO=96;DP=110;FAO=104;FDP=112;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.141663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.841;QD=47.9665;RBI=0.142181;REFB=-0.140177;REVB=-0.0121345;RO=11;SAF=35;SAR=61;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074297;STB=0.500726;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0167439;OID=.;OPOS=117693817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:110:112:11:8:96:104:0.928571:61:35:8:3:64:40:3:5 chr12 117701714 . A G 1094.44 PASS AF=0.566667;AO=101;DP=179;FAO=102;FDP=180;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=20;FSRR=58;FWDB=-0.0320701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.891;QD=24.3209;RBI=0.0775754;REFB=-0.0030041;REVB=-0.070636;RO=77;SAF=37;SAR=64;SRF=19;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1059;STB=0.555332;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00193597;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:77:78:101:102:0.566667:64:37:19:58:64:38:20:58 chr12 117890947 . T C 1829.9 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102496;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.554;QD=61.5093;RBI=0.029683;REFB=0;REVB=0.0278573;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01929e-05;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:119:119:1:61:58:0:0:61:58:0:0 chr12 117894232 . C A 897.1 PASS AF=0.568627;AO=83;DP=152;FAO=87;FDP=153;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0080396;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.899;QD=23.4536;RBI=0.0106947;REFB=-0.0066092;REVB=-0.0070527;RO=69;SAF=35;SAR=48;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135639;STB=0.504637;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00507389;OID=.;OPOS=117894232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:69:66:83:87:0.568627:48:35:28:41:51:36:28:38 chr12 118020115 . G A 400.19 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0385193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.187;QD=14.5522;RBI=0.0388336;REFB=-0.0211429;REVB=-0.00493068;RO=64;SAF=27;SAR=19;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423161;STB=0.523838;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0314878;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:19:27:35:29:19:27:35:29 chr12 118199286 . C G 885.36 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0851935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.894;QD=58.0564;RBI=0.0859279;REFB=0;REVB=0.0112103;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016207;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:38:22:0:0:39:22:0:0 chr12 118467553 . A G,T 1464.38 PASS AF=0.85567,0.14433;AO=82,11;DP=93;FAO=83,14;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45,9;FSAR=38,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189365,0.0048606;FXX=0.010203;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.4359,55.46;QD=60.3869;RBI=0.0223525,0.0181158;REFB=-0.0460361,-0.104305;REVB=0.0118762,-0.0174516;RO=0;SAF=44,6;SAR=38,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.11453e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00196077,0.0705854;OID=.,.;OPOS=118467553,118467553;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:65:93:97:0:0:82,11:83,14:0.85567,0.14433:38,5:44,6:0:0:38,5:45,9:0:0 chr12 118473054 . T C 1573.06 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337016;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.789;QD=64.2064;RBI=0.0337017;REFB=0;REVB=0.000112311;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319537;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:43:55:0:0:43:55:0:0 chr12 118506327 . TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCC TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCT 306.04 PASS AF=0.653846,0.307692;AO=15,5;DP=23;FAO=17,8;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=1,1;FSAR=16,7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0660473,0.0454799;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=6,1;MLLD=232.374,58.7702;QD=47.0831;RBI=0.0759701,0.0572688;REFB=0.137474,0.139822;REVB=0.0375396,0.0348037;RO=1;SAF=0,0;SAR=15,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.844787,-0.767767;STB=0.666417,0.666169;STBP=0.044,0.104;TYPE=del,snp;VARB=0.0242337,-0.0150707;OID=.,.;OPOS=118506328,118506348;OREF=TCCTCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.653846,0.307692:15,5:23:17,8:26:1:1,1:16,7:1:0:56:1:0,0:15,5:1:0 chr12 118509191 . G A 814.15 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189094;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.208;QD=57.1333;RBI=0.0236222;REFB=0;REVB=-0.0141578;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57791e-06;OID=.;OPOS=118509191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr12 118517275 . C T 372.33 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0102451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.98;QD=15.1971;RBI=0.0217757;REFB=-0.00890211;REVB=0.0192151;RO=58;SAF=18;SAR=22;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344661;STB=0.519497;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0149569;OID=.;OPOS=118517275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:58:40:40:0.408163:22:18:28:30:22:18:28:30 chr12 118520170 . G A 645.12 PASS AF=0.587629;AO=56;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00528684;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.027;QD=26.6031;RBI=0.01631;REFB=-0.000254127;REVB=0.0154294;RO=39;SAF=27;SAR=29;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230827;STB=0.521165;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000188233;OID=.;OPOS=118520170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:39:40:56:57:0.587629:29:27:20:19:30:27:21:19 chr12 118682751 . C T 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.508;QD=57.5433;RBI=0.0195199;REFB=0;REVB=0.00460177;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26525e-05;OID=.;OPOS=118682751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr12 118828755 . G A 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00386645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.7;QD=26.3143;RBI=0.0280862;REFB=-0.0106307;REVB=0.0278188;RO=14;SAF=16;SAR=6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409448;STB=0.727066;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0106829;OID=.;OPOS=118828755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:6:16:2:12:6:16:2:12 chr12 118855405 . A G 343.36 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0137208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.321;QD=13.8731;RBI=0.0137208;REFB=-0.00711038;REVB=-2.66393e-05;RO=60;SAF=20;SAR=18;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757194;STB=0.509067;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0109227;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:61:38:38:0.383838:18:20:32:28:18:20:33:28 chr12 119431750 . G T 654.26 PASS AF=0.577982;AO=62;DP=108;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0247323;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.161;QD=24.0094;RBI=0.0325746;REFB=-0.0059416;REVB=0.0211995;RO=46;SAF=31;SAR=31;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050875;STB=0.53084;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00374628;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:46:46:62:63:0.577982:31:31:26:20:32:31:26:20 chr12 119540063 . G T 978.47 PASS AF=0.59589;AO=85;DP=145;FAO=87;FDP=146;FR=.;FRO=59;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00883414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.658;QD=26.8074;RBI=0.00898825;REFB=0.0112552;REVB=-0.00165726;RO=59;SAF=51;SAR=34;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963833;STB=0.550694;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00906159;OID=.;OPOS=119540063;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:59:59:85:87:0.59589:34:51:28:31:35:52:28:31 chr12 119871387 . A G 1492.27 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.138;QD=58.5204;RBI=0.0313506;REFB=-0.00488863;REVB=0.0147006;RO=1;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784213;STB=0.504131;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=7.039e-05;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:60:41:0:1:60:41:0:1 chr12 120067561 . T C 1017.05 PASS AF=0.504902;AO=102;DP=204;FAO=103;FDP=204;FR=.;FRO=101;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=-0.0373861;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.408;QD=19.9421;RBI=0.0379563;REFB=-0.00684456;REVB=-0.00655425;RO=101;SAF=47;SAR=55;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490659;STB=0.529052;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00546782;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:101:101:102:103:0.504902:55:47:52:49:56:47:52:49 chr12 120114421 . T C,TC 96.74 PASS AF=0,0.207317;AO=6,14;DP=82;FAO=0,17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=0,2;FSAR=0,15;FSRF=8;FSRR=57;FWDB=0.00101631,-0.0619263;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=169.018,91.6574;QD=4.71896;RBI=0.0141854,0.0633433;REFB=-0.00636978,-0.000666363;REVB=-0.014149,-0.0133229;RO=62;SAF=0,3;SAR=6,11;SRF=7;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.461904,0.230355;STB=0.5,0.510192;STBP=1,0.959;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00187716;OID=.,.;OPOS=120114421,120114422;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:97:82:82:62:65:6,14:0,17:0,0.207317:6,11:0,3:7:55:0,15:0,2:8:57 chr12 120171995 . T C 675.86 PASS AF=0.602041;AO=59;DP=98;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0316222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2705;QD=27.5859;RBI=0.042219;REFB=0.0234203;REVB=-0.0279729;RO=38;SAF=37;SAR=22;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151724;STB=0.578098;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0153878;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:38:39:59:59:0.602041:22:37:16:22:22:37:17:22 chr12 120189879 . A G 511.59 PASS AF=0.515789;AO=46;DP=92;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00644268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.946;QD=21.5408;RBI=0.0190673;REFB=-0.0174659;REVB=0.0179459;RO=46;SAF=31;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860611;STB=0.534556;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.01644;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:46:46:46:49:0.515789:15:31:27:19:17:32:27:19 chr12 120189888 . T C 496.61 PASS AF=0.521739;AO=42;DP=86;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00849009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.624;QD=21.5916;RBI=0.0929657;REFB=-0.0304851;REVB=0.0925772;RO=44;SAF=30;SAR=12;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129815;STB=0.517234;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0404057;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:92:44:44:42:48:0.521739:12:30:26:18:18:30:26:18 chr12 120457035 . A G 702.42 PASS AF=0.577586;AO=66;DP=116;FAO=67;FDP=116;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0184951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0753;QD=24.2214;RBI=0.0196003;REFB=0.0238439;REVB=0.00648857;RO=49;SAF=34;SAR=32;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162823;STB=0.584828;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0217078;OID=.;OPOS=120457035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:49:49:66:67:0.577586:32:34:15:34:33:34:15:34 chr12 120575549 . A C 2421.12 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.091;QD=61.2941;RBI=0.0156162;REFB=0;REVB=0.00994275;RO=0;SAF=63;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78897e-05;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:157:158:1:94:63:0:0:94:64:0:0 chr12 120589160 . A G 1450.47 PASS AF=0.95;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0137663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.149;QD=58.0188;RBI=0.0160183;REFB=0.0626189;REVB=0.00818988;RO=5;SAF=55;SAR=40;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365556;STB=0.519309;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00124141;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:100:100:5:5:95:95:0.95:40:55:1:4:40:55:1:4 chr12 120608031 . A G 605.48 PASS AF=0.550459;AO=59;DP=108;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00224709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.626;QD=22.2193;RBI=0.0344106;REFB=-0.00835354;REVB=-0.0343371;RO=49;SAF=24;SAR=35;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358802;STB=0.514862;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00557969;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:49:49:59:60:0.550459:35:24:22:27:35:25:22:27 chr12 120636549 . C A 628.62 PASS AF=0.589474;AO=55;DP=94;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0105112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2231;QD=26.4683;RBI=0.0526378;REFB=-0.000623956;REVB=-0.0515777;RO=38;SAF=33;SAR=22;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154594;STB=0.584151;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.000203947;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:38:39:55:56:0.589474:22:33:15:23:23:33:15:24 chr12 120636727 . GGCCCG CGGCCG,GCCG,GGCC,GGCCG 274.64 PASS AF=0,0.0645161,0,0.526882;AO=5,17,11,20;DP=99;FAO=0,6,0,49;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=0,4,0,5;FSAR=0,2,0,44;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0652321,-0.056092,-0.024734,0.0523724;FXX=0.0312467;HRUN=3,3,3,3;LEN=3,2,2,1;MLLD=127.958,20.2691,35.9999,11.9369;QD=11.8124;RBI=0.128434,0.125099,0.113286,0.0549444;REFB=-0.00530329,-0.0817658,-0.0700398,-0.198288;REVB=-0.110634,-0.111818,-0.110553,-0.0166136;RO=39;SAF=0,6,0,1;SAR=5,11,11,19;SRF=25;SRR=14;SSEN=0,0.276576,0,0;SSEP=0,0,0.23296,0.23296;SSSB=-0.674515,-0.327273,-0.781794,-0.733703;STB=0.5,0.508446,0.5,0.822272;STBP=1,0.971,1,0;TYPE=mnp,del,del,del;VARB=0,0.145164,0,0.179805;OID=.,.,.,.;OPOS=120636727,120636728,120636731,120636729;OREF=GGC,GC,CG,C;OALT=CGG,-,-,-;OMAPALT=CGGCCG,GCCG,GGCC,GGCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:99:99:93:39:38:5,17,11,20:0,6,0,49:0,0.0645161,0,0.526882:5,11,11,19:0,6,0,1:25:14:0,2,0,44:0,4,0,5:25:13 chr12 120649970 . C T 135.96 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0076936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.145;QD=17.5434;RBI=0.0135663;REFB=0.00290968;REVB=0.0111738;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10615;STB=0.515131;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00135071;OID=.;OPOS=120649970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:16:15:15:0.483871:7:8:8:4:7:8:9:7 chr12 120661977 . T C 908.29 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.773;QD=57.6691;RBI=0.0390452;REFB=0;REVB=0.039011;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79694e-05;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:22:39:0:0:22:41:0:0 chr12 120730926 . C T 655.64 PASS AF=0.601942;AO=62;DP=103;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00616163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.48;QD=25.4619;RBI=0.0278006;REFB=-0.00750652;REVB=-0.0271092;RO=41;SAF=30;SAR=32;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00287957;STB=0.501567;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00673014;OID=.;OPOS=120730926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:41:41:62:62:0.601942:32:30:20:21:32:30:20:21 chr12 120762765 . C T 624.44 PASS AF=0.351598;AO=77;DP=219;FAO=77;FDP=219;FR=.;FRO=142;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=72;FSRR=70;FWDB=0.0230443;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.196;QD=11.4054;RBI=0.0333855;REFB=-0.00263701;REVB=-0.0241569;RO=142;SAF=43;SAR=34;SRF=72;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058794;STB=0.533516;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.005045;OID=.;OPOS=120762765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:142:142:77:77:0.351598:34:43:72:70:34:43:72:70 chr12 120882217 . G T 347.4 PASS AF=0.4;AO=37;DP=94;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.01232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.318;QD=14.6274;RBI=0.0127505;REFB=-0.00340206;REVB=-0.00328522;RO=56;SAF=21;SAR=16;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00417168;STB=0.510753;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00533782;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:56:57:37:38:0.4:16:21:32:24:16:22:32:25 chr12 120882264 . AAAG A 269.24 PASS AF=0.447917;AO=29;DP=98;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00154514;FXX=0.0857061;HRUN=7;LEN=3;MLLD=221.12;QD=11.2182;RBI=0.00266641;REFB=-0.0060707;REVB=-0.00217308;RO=59;SAF=11;SAR=18;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131698;STB=0.511622;STBP=0.856;TYPE=del;VARB=0.00678927;OID=.;OPOS=120882265;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447917:29:98:43:96:53:22:21:26:27:99:59:11:18:29:30 chr12 120884328 . C T 572.62 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0145548;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8912;QD=23.1361;RBI=0.0486628;REFB=-0.0166719;REVB=0.0464352;RO=44;SAF=39;SAR=14;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275182;STB=0.653752;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00978393;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:46:53:53:0.535354:14:39:19:25:14:39:20:26 chr12 120934407 . C T 681.69 PASS AF=0.471338;AO=72;DP=153;FAO=74;FDP=157;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.0326137;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.0747;QD=17.3678;RBI=0.0799049;REFB=-0.0373605;REVB=0.0729462;RO=81;SAF=34;SAR=38;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324789;STB=0.523844;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0318183;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:157:81:83:72:74:0.471338:38:34:41:40:39:35:43:40 chr12 120934624 . A C 277.34 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0208408;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3281;QD=17.893;RBI=0.0213646;REFB=0.00367266;REVB=-0.00470195;RO=32;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255069;STB=0.514276;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0051697;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:32:30:30:0.483871:17:13:13:19:17:13:13:19 chr12 120966921 . A G 664.81 PASS AF=0.623656;AO=53;DP=89;FAO=58;FDP=93;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0375277;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.861;QD=28.5942;RBI=0.0624921;REFB=-0.0299767;REVB=0.0499694;RO=36;SAF=26;SAR=27;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158707;STB=0.568612;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0223018;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:36:35:53:58:0.623656:27:26:10:26:31:27:10:25 chr12 121017171 . A G 924.9 PASS AF=0.563291;AO=88;DP=159;FAO=89;FDP=158;FR=.;FRO=69;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00434292;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7654;QD=23.4152;RBI=0.00580327;REFB=-0.0213587;REVB=-0.00384929;RO=68;SAF=53;SAR=35;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238593;STB=0.518843;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0142159;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:68:69:88:89:0.563291:35:53:39:29:35:54:39:30 chr12 121093629 . CGTGCGT C 82.05 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0219111;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=6;MLLD=166.371;QD=16.4108;RBI=0.0256948;REFB=-0.0383766;REVB=-0.0134211;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20428;STB=0.631356;STBP=0.422;TYPE=del;VARB=0.044497;OID=.;OPOS=121093630;OREF=GTGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:10:21:10:20:10:7:3:9:1:78:9:7:3:8:1 chr12 121131891 . C T 402.81 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.022421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.032;QD=13.6546;RBI=0.0296622;REFB=0.00505805;REVB=0.0194202;RO=71;SAF=24;SAR=23;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382605;STB=0.502164;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00815906;OID=.;OPOS=121131891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:71:47:47:0.398305:23:24:36:35:23:24:36:35 chr12 121174899 . T C 736.31 PASS AF=0.356;AO=89;DP=250;FAO=89;FDP=250;FR=.;FRO=161;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=61;FSRR=100;FWDB=-0.0511799;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1016;QD=11.781;RBI=0.0520111;REFB=-0.00891068;REVB=0.00926149;RO=158;SAF=42;SAR=47;SRF=58;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119759;STB=0.560495;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0168483;OID=.;OPOS=121174899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:158:161:89:89:0.356:47:42:58:100:47:42:61:100 chr12 121175984 . T C 183.12 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0253323;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.611;QD=14.3621;RBI=0.037439;REFB=0.00324874;REVB=0.0275673;RO=29;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373906;STB=0.706017;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00633605;OID=.;OPOS=121175984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:6:15:10:19:6:15:11:19 chr12 121176083 . G A 275.12 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0118473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.749;QD=15.4997;RBI=0.0119795;REFB=-0.00949233;REVB=0.00177458;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00988037;STB=0.500917;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.013882;OID=.;OPOS=121176083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:40:31:31:0.43662:14:17:21:18:14:17:22:18 chr12 121176679 . C T 317.08 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=107;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0522917;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.155;QD=11.9653;RBI=0.0601116;REFB=-0.0105012;REVB=-0.0296476;RO=66;SAF=20;SAR=19;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473958;STB=0.522232;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0147931;OID=.;OPOS=121176679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:66:67:39:39:0.367925:19:20:31:35:19:20:32:35 chr12 121416622 . C G 3762.03 PASS AF=1;AO=236;DP=236;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.897;QD=63.4942;RBI=0.0469835;REFB=0;REVB=0.0443037;RO=0;SAF=127;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.063e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43056e-05;OID=.;OPOS=121416622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:237:0:0:236:237:1:109:127:0:0:109:128:0:0 chr12 121416650 . A C 4133.55 PASS AF=1;AO=265;DP=267;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02447;FXX=0.00749036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.049;QD=62.3932;RBI=0.04086;REFB=0.0225403;REVB=-0.0327224;RO=0;SAF=143;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02676e-05;OID=.;OPOS=121416650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:267:265:0:0:265:265:1:122:143:0:0:122:143:0:0 chr12 121434630 . C CTCATTCAT,T 459.8 PASS AF=0.597222,0.0138889;AO=40,8;DP=81;FAO=43,1;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=23,1;FSAR=20,0;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0258787,0.00659518;FXX=0.0999875;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=176.869,111.164;QD=25.5443;RBI=0.0305652,0.021317;REFB=-0.00546784,-0.000838962;REVB=-0.0162641,-0.0202711;RO=30;SAF=20,8;SAR=20,0;SRF=22;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.182532,0.668186;STB=0.571776,0.985884;STBP=0.167,0.501;TYPE=ins,snp;VARB=0.00283682,-0.00254743;OID=.,.;OPOS=121434631,121434630;OREF=-,C;OALT=TCATTCAT,T;OMAPALT=CTCATTCAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:72:30:28:40,8:43,1:0.597222,0.0138889:20,0:20,8:22:8:20,0:23,1:20:8 chr12 121435427 . G A 304.49 PASS AF=0.722222;AO=25;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00777025;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.37;QD=33.8326;RBI=0.0113973;REFB=0.00532897;REVB=0.0083379;RO=10;SAF=9;SAR=16;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181513;STB=0.588676;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00185627;OID=.;OPOS=121435427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:36:36:10:10:25:26:0.722222:16:9:7:3:16:10:7:3 chr12 121435475 . G A 308.95 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0123145;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.86;QD=20.5968;RBI=0.034376;REFB=-0.0249655;REVB=0.0320946;RO=20;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161023;STB=0.580696;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0364974;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:20:28:32:32:0.533333:17:15:14:6:17:15:18:10 chr12 121435587 . G T 343.81 PASS AF=0.430233;AO=32;DP=79;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00558212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.884;QD=15.9913;RBI=0.0597239;REFB=-0.0105813;REVB=0.0594625;RO=45;SAF=22;SAR=10;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320447;STB=0.632429;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0119907;OID=.;OPOS=121435587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:86:45:49:32:37:0.430233:10:22:17:28:14:23:19:30 chr12 121437221 . T C 3901.42 PASS AF=0.984674;AO=255;DP=262;FAO=257;FDP=261;FR=.;FRO=4;FSAF=134;FSAR=123;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0612138;FXX=0.00381665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1931;QD=59.7919;RBI=0.0658356;REFB=-0.0317304;REVB=0.0242322;RO=4;SAF=134;SAR=121;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000752184;STB=0.500329;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00102762;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:262:261:4:4:255:257:0.984674:121:134:2:2:123:134:2:2 chr12 121437382 . A G 1191.51 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.186461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.339;QD=61.1029;RBI=0.186627;REFB=0;REVB=0.00787696;RO=0;SAF=6;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13687e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201473;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:75:78:1:69:6:0:0:70:8:0:0 chr12 121442064 . G A 631.39 PASS AF=0.365;AO=73;DP=199;FAO=73;FDP=200;FR=.;FRO=127;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=66;FSRR=61;FWDB=-0.00424315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.006;QD=12.6279;RBI=0.0064811;REFB=0.0102116;REVB=0.00489902;RO=125;SAF=21;SAR=52;SRF=65;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272518;STB=0.655893;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0120022;OID=.;OPOS=121442064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:125:127:73:73:0.365:52:21:65:60:52:21:66:61 chr12 121454257 . T A 1519.6 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4077;QD=63.3168;RBI=0.0416722;REFB=0;REVB=0.0368225;RO=0;SAF=33;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10899e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260372;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:62:33:0:0:63:33:0:0 chr12 121458570 . C T 1059.39 PASS AF=0.575581;AO=99;DP=172;FAO=99;FDP=172;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.021048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.458;QD=24.637;RBI=0.0219147;REFB=-0.00705309;REVB=-0.00610199;RO=71;SAF=43;SAR=56;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045548;STB=0.531051;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00543284;OID=.;OPOS=121458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:71:73:99:99:0.575581:56:43:35:36:56:43:37:36 chr12 121605355 . G A 1886.07 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145892;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.673;QD=61.8384;RBI=0.0150977;REFB=0;REVB=0.00388563;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99925e-06;OID=.;OPOS=121605355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:122:0:0:122:122:1:57:65:0:0:57:65:0:0 chr12 121622520 . A T 1047.61 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276724;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.705;QD=59.8636;RBI=0.0365561;REFB=0;REVB=0.0364512;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2222e-05;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr12 121757519 . T A 435.52 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00861007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.067;QD=23.8642;RBI=0.0106425;REFB=-0.0150127;REVB=-0.00625542;RO=30;SAF=16;SAR=26;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416855;STB=0.53132;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0116071;OID=.;OPOS=121757519;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:30:31:42:42:0.575342:26:16:13:17:26:16:14:17 chr12 121853164 . T C 264.13 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0474065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4786;QD=20.3177;RBI=0.0512047;REFB=-0.0297595;REVB=0.0193531;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238106;STB=0.522145;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0256398;OID=.;OPOS=121853164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:24:27:28:0.538462:15:12:10:14:15:13:10:14 chr12 121870922 . G A 148.24 PASS AF=0.322581;AO=18;DP=60;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0803202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4821;QD=9.56404;RBI=0.112159;REFB=-0.0126838;REVB=0.0782841;RO=42;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439577;STB=0.738902;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0493181;OID=.;OPOS=121870922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:42:42:18:20:0.322581:5:13:14:28:6:14:14:28 chr12 121871006 . A C 100.33 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0348727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.543;QD=6.68846;RBI=0.0385011;REFB=-0.00386383;REVB=0.0163164;RO=43;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175301;STB=0.6189;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00936823;OID=.;OPOS=121871006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:45:15:15:0.25:8:7:14:29:8:7:14:31 chr12 121878659 . C T 936.13 PASS AF=0.41502;AO=105;DP=254;FAO=105;FDP=253;FR=.;FRO=148;FSAF=32;FSAR=73;FSRF=51;FSRR=97;FWDB=-0.00246657;FXX=0.00784283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.887;QD=14.8005;RBI=0.0151381;REFB=-0.0022782;REVB=0.0149358;RO=148;SAF=32;SAR=73;SRF=51;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480842;STB=0.52691;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00304214;OID=.;OPOS=121878659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:148:148:105:105:0.41502:73:32:51:97:73:32:51:97 chr12 121880520 . G A 1147.63 PASS AF=0.415584;AO=128;DP=315;FAO=128;FDP=308;FR=.;FRO=180;FSAF=77;FSAR=51;FSRF=99;FSRR=81;FWDB=0.026591;FXX=0.0222215;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.208;QD=14.9043;RBI=0.0277933;REFB=-0.0228373;REVB=0.00808615;RO=171;SAF=77;SAR=51;SRF=96;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426153;STB=0.53103;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0307856;OID=.;OPOS=121880520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:308:171:180:128:128:0.415584:51:77:96:75:51:77:99:81 chr12 121881848 . G A 174.91 PASS AF=0.241071;AO=27;DP=112;FAO=27;FDP=112;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00137296;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.378;QD=6.24676;RBI=0.00874759;REFB=-0.00469263;REVB=0.00863917;RO=82;SAF=13;SAR=14;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380675;STB=0.509589;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.015981;OID=.;OPOS=121881848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:82:85:27:27:0.241071:14:13:42:40:14:13:42:43 chr12 122042844 . A G 724.06 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7989;QD=54.6462;RBI=0.0259488;REFB=-0.105094;REVB=-0.017083;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015962;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00229439;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:51:52:0.981132:29:22:0:1:30:22:0:1 chr12 122079189 . C T 1598.02 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.81;QD=59.7392;RBI=0.0248123;REFB=0;REVB=0.00504718;RO=0;SAF=66;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7857e-05;OID=.;OPOS=122079189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:40:66:0:0:40:67:0:0 chr12 122079441 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.095;QD=62.0219;RBI=0.0234277;REFB=0;REVB=0.00694776;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.47343e-05;OID=.;OPOS=122079441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr12 122107255 . G A 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00267932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4124;QD=9.26729;RBI=0.00477533;REFB=0.00336857;REVB=-0.00395285;RO=46;SAF=15;SAR=6;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285153;STB=0.669476;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00661436;OID=.;OPOS=122107255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:6:15:22:24:6:15:22:24 chr12 122186268 . C T 145.91 PASS AF=0.269231;AO=20;DP=77;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0377735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0822;QD=7.48276;RBI=0.0380354;REFB=-0.00137006;REVB=0.00445618;RO=56;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130732;STB=0.587297;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00897703;OID=.;OPOS=122186268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:56:57:20:21:0.269231:10:10:22:34:10:11:23:34 chr12 122186317 . G A 171.1 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0140299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2906;QD=9.24887;RBI=0.0398638;REFB=-0.000824201;REVB=0.0373133;RO=51;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150871;STB=0.58871;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00426319;OID=.;OPOS=122186317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:11:12:20:31:11:12:20:31 chr12 122217559 . C T 1616.5 PASS AF=0.523026;AO=159;DP=308;FAO=159;FDP=304;FR=.;FRO=145;FSAF=80;FSAR=79;FSRF=77;FSRR=68;FWDB=-0.0639391;FXX=0.0129866;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.082;QD=21.2697;RBI=0.0639849;REFB=-0.0111107;REVB=0.00241953;RO=141;SAF=80;SAR=79;SRF=74;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186829;STB=0.513304;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00904183;OID=.;OPOS=122217559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:304:141:145:159:159:0.523026:79:80:74:67:79:80:77:68 chr12 122234089 . T A 351.66 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.00524487;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6868;QD=13.0243;RBI=0.0586254;REFB=0.00557708;REVB=0.0583903;RO=65;SAF=24;SAR=18;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688187;STB=0.534743;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00620902;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:66:42:42:0.388889:18:24:33:32:18:24:34:32 chr12 122243905 . C T 509.51 PASS AF=0.424242;AO=55;DP=131;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.0488417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.694;QD=15.4397;RBI=0.0508497;REFB=-0.00414214;REVB=-0.0141485;RO=75;SAF=25;SAR=30;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121705;STB=0.558232;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00492921;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:75:76:55:56:0.424242:30:25:43:32:30:26:43:33 chr12 122246136 . T C 607.78 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00106748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.875;QD=22.5102;RBI=0.0598608;REFB=-0.00494192;REVB=-0.0598513;RO=48;SAF=23;SAR=37;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632615;STB=0.53467;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00361805;OID=.;OPOS=122246136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:48:60:60:0.555556:37:23:22:26:37:23:22:26 chr12 122247853 . C T 801.42 PASS AF=0.666667;AO=66;DP=99;FAO=66;FDP=99;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00321788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.863;QD=32.3806;RBI=0.00708092;REFB=-0.0092982;REVB=0.00630751;RO=33;SAF=32;SAR=34;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112856;STB=0.560867;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00614339;OID=.;OPOS=122247853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:33:33:66:66:0.666667:34:32:10:23:34:32:10:23 chr12 122248582 . C G 1898.18 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.279;QD=60.7418;RBI=0.018028;REFB=-0.137358;REVB=0.00651955;RO=1;SAF=27;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00487361;STB=0.502564;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-9.82533e-06;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:97:27:0:1:97:27:0:1 chr12 122260549 . T C 190.82 PASS AF=0.434783;AO=18;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0252794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8921;QD=16.5926;RBI=0.0439701;REFB=0.0043788;REVB=-0.0359767;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227294;STB=0.65145;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00898981;OID=.;OPOS=122260549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:26:18:20:0.434783:11:7:5:21:11:9:5:21 chr12 122261456 . G A 1954.43 PASS AF=0.425963;AO=200;DP=494;FAO=210;FDP=493;FR=.,HEALED;FRO=283;FSAF=85;FSAR=125;FSRF=123;FSRR=160;FWDB=-0.0396648;FXX=0.00202425;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.643;QD=15.8574;RBI=0.0424847;REFB=-0.0450055;REVB=-0.0152202;RO=218;SAF=75;SAR=125;SRF=71;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506878;STB=0.517669;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0548916;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:494:493:218:283:200:210:0.425963:125:75:71:147:125:85:123:160 chr12 122265517 . C T 3325.49 PASS AF=0.603696;AO=294;DP=488;FAO=294;FDP=487;FR=.;FRO=193;FSAF=157;FSAR=137;FSRF=115;FSRR=78;FWDB=-0.00237576;FXX=0.00814647;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.222;QD=27.3141;RBI=0.00416703;REFB=-0.0012313;REVB=-0.00342343;RO=193;SAF=157;SAR=137;SRF=115;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458494;STB=0.524703;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000786458;OID=.;OPOS=122265517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:488:487:193:193:294:294:0.603696:137:157:115:78:137:157:115:78 chr12 122277891 . C A 968.93 PASS AF=0.495;AO=98;DP=199;FAO=99;FDP=200;FR=.;FRO=101;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=0.0198095;FXX=0.0099005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7191;QD=19.3787;RBI=0.0661315;REFB=0.0141253;REVB=-0.0630948;RO=101;SAF=44;SAR=54;SRF=38;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683946;STB=0.53514;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0141844;OID=.;OPOS=122277891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:101:101:98:99:0.495:54:44:38:63:55:44:38:63 chr12 122295335 . T C 1567.97 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5958;QD=63.9987;RBI=0.0440965;REFB=0;REVB=0.00246677;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153744;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:43:55:0:0:43:55:0:0 chr12 122326812 . T C 1606.87 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2549;QD=60.0699;RBI=0.089794;REFB=0;REVB=-0.0594366;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000641206;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:54:53:0:0:54:53:0:0 chr12 122353796 . A G 1439.82 PASS AF=0.990476;AO=73;DP=108;FAO=104;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0891827;FXX=0.0277752;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.8172;QD=54.8501;RBI=0.152117;REFB=-0.0624939;REVB=0.123232;RO=2;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205583;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00890522;OID=.;OPOS=122353796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:108:105:2:0:73:104:0.990476:45:28:0:2:60:44:0:0 chr12 122355716 . C T 1560.32 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.379;QD=59.4406;RBI=0.0506509;REFB=0;REVB=0.0499784;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79593e-05;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:101:105:1:56:45:0:0:59:46:0:0 chr12 122369762 . C T 1495.65 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0458788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9594;QD=62.3188;RBI=0.0522322;REFB=0.0716063;REVB=-0.0249669;RO=1;SAF=35;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133545;STB=0.507041;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00114301;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:60:35:1:0:60:35:1:0 chr12 122396395 . C G,T 2188.79 PASS AF=0.0352113,0.964789;AO=5,129;DP=134;FAO=5,137;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=1,73;FSAR=4,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176395,0.0186474;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.363,259.826;QD=61.656;RBI=0.0187985,0.0199116;REFB=0,0;REVB=-0.00649859,-0.00698199;RO=0;SAF=1,65;SAR=4,64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.05633e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0165498,-0.000623634;OID=.,.;OPOS=122396395,122396395;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:134:142:0:0:5,129:5,137:0.0352113,0.964789:4,64:1,65:0:0:4,64:1,73:0:0 chr12 122405912 . G T 1061.51 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0611145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3005;QD=55.869;RBI=0.09871;REFB=0.0448673;REVB=-0.0775157;RO=3;SAF=35;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388291;STB=0.520542;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00872495;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:3:3:73:73:0.960526:38:35:3:0:38:35:3:0 chr12 122437780 . C T 346.22 PASS AF=0.435294;AO=36;DP=88;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0258514;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.627;QD=16.2928;RBI=0.0330315;REFB=0.00671728;REVB=-0.0205618;RO=50;SAF=16;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118533;STB=0.550133;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00888497;OID=.;OPOS=122437780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:50:48:36:37:0.435294:20:16:28:22:21:16:25:23 chr12 122497001 . T C 2181.6 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00864026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.277;QD=62.3315;RBI=0.00886507;REFB=-0.0828358;REVB=-0.00198379;RO=1;SAF=68;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694071;STB=0.503649;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000254448;OID=.;OPOS=122497001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:71:68:1:0:71:68:1:0 chr12 122617989 . A G 1540.35 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.439;QD=59.8195;RBI=0.0556895;REFB=0;REVB=0.0382935;RO=0;SAF=31;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12402e-05;OID=.;OPOS=122617989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:71:31:0:0:72:31:0:0 chr12 122618131 . A G 905.78 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.399;QD=58.4374;RBI=0.00280673;REFB=0;REVB=0.00280673;RO=0;SAF=0;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28943e-06;OID=.;OPOS=122618131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:62:0:0:0:62:0:0:0 chr12 122623000 . T C 1095.91 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190287;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.106;QD=60.0498;RBI=0.027213;REFB=0;REVB=-0.0194539;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117614;OID=.;OPOS=122623000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:34:39:0:0 chr12 122626842 . G A 3678.12 PASS AF=1;AO=233;DP=235;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224641;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9606;QD=62.8739;RBI=0.0384541;REFB=-0.0941472;REVB=0.0312103;RO=0;SAF=118;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010517;OID=.;OPOS=122626842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:235:234:0:0:233:234:1:115:118:0:0:116:118:0:0 chr12 122628219 . T C 2386.51 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.17;QD=61.1925;RBI=0.0212656;REFB=0;REVB=0.0188688;RO=0;SAF=73;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10734e-06;OID=.;OPOS=122628219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:155:156:1:82:73:0:0:82:74:0:0 chr12 122628516 . A T 2524.1 PASS AF=0.965517;AO=168;DP=174;FAO=168;FDP=174;FR=.;FRO=6;FSAF=80;FSAR=88;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0532306;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.382;QD=58.0252;RBI=0.0532408;REFB=0.0506727;REVB=0.00104271;RO=6;SAF=80;SAR=88;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156441;STB=0.500823;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.00849619;OID=.;OPOS=122628516;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:174:174:6:6:168:168:0.965517:88:80:3:3:88:80:3:3 chr12 122674032 . C T 1378.02 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652951;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.726;QD=62.6371;RBI=0.00663036;REFB=0;REVB=-0.00115205;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61193e-05;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr12 122674758 . G A 2143.45 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129597;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6981;QD=63.0427;RBI=0.0521806;REFB=0;REVB=0.0505456;RO=0;SAF=68;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19857e-05;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:68:68:0:0:68:68:0:0 chr12 122676013 . A C 2669.43 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.811;QD=62.0797;RBI=0.0138676;REFB=0;REVB=-0.0126602;RO=0;SAF=87;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62948e-06;OID=.;OPOS=122676013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:172:0:0:171:172:1:84:87:0:0:84:88:0:0 chr12 122689161 . C G 1433.03 PASS AF=0.936364;AO=102;DP=110;FAO=103;FDP=110;FR=.;FRO=7;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=1.49967e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3299;QD=52.1103;RBI=0.094801;REFB=0.00867532;REVB=0.094801;RO=7;SAF=54;SAR=48;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225865;STB=0.512132;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00264575;OID=.;OPOS=122689161;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:110:110:7:7:102:103:0.936364:48:54:5:2:49:54:5:2 chr12 122689181 . C G 1741.21 PASS AF=0.983471;AO=111;DP=117;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0817132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9048;QD=57.5608;RBI=0.0877441;REFB=-0.0629311;REVB=-0.0319685;RO=2;SAF=52;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179073;STB=0.508332;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00365753;OID=.;OPOS=122689181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:121:2:2:111:119:0.983471:59:52:2:0:59:60:0:2 chr12 122689244 . C T 2438.19 PASS AF=0.993827;AO=150;DP=152;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00501887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3784;QD=60.2023;RBI=0.0680133;REFB=-0.102727;REVB=0.0678278;RO=2;SAF=60;SAR=90;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155882;STB=0.503937;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000849018;OID=.;OPOS=122689244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:152:162:2:1:150:161:0.993827:90:60:2:0:98:63:1:0 chr12 122691738 . C A 1343.49 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404211;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.834;QD=62.4881;RBI=0.0663482;REFB=0;REVB=0.0526138;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66735e-05;OID=.;OPOS=122691738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr12 122692820 . T C 708.5 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.533;QD=62.9776;RBI=0.0735696;REFB=0;REVB=0.0461099;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214239;OID=.;OPOS=122692820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:25:17:0:0:27:18:0:0 chr12 122756342 . G A 763.09 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.23;QD=56.5252;RBI=0.0322824;REFB=0;REVB=0.0277812;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54648e-05;OID=.;OPOS=122756342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:22:29:0:0:24:30:0:0 chr12 123087442 . A G 1213.73 PASS AF=1;AO=66;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115646;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.574;QD=60.6863;RBI=0.116162;REFB=0;REVB=-0.0109377;RO=0;SAF=8;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136783;OID=.;OPOS=123087442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:66:80:1:58:8:0:0:58:22:0:0 chr12 123089499 . G C 316.08 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0168522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6551;QD=12.771;RBI=0.0287242;REFB=-0.00581962;REVB=0.0232612;RO=63;SAF=19;SAR=17;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309773;STB=0.517757;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0109812;OID=.;OPOS=123089499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:63:36:36:0.363636:17:19:35:28:17:19:35:28 chr12 123103015 . TG T,TT 69.96 PASS AF=1,0;AO=5,4;DP=9;FAO=7,0;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811739,-0.00167747;FXX=0.221976;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.165,199.065;QD=39.9789;RBI=0.041693,0.0308638;REFB=0,0;REVB=0.0408951,0.0308182;RO=0;SAF=4,2;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0101994,0.000658788;OID=.,.;OPOS=123103016,123103016;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:5,4:9:7,0:7:0:5,0:2,0:0:0:3:0:4,2:1,2:0:0 chr12 123105143 . C T 1556.51 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.015;QD=58.7361;RBI=0.0291352;REFB=0.00819694;REVB=0.00887824;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.504424;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-2.25032e-05;OID=.;OPOS=123105143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:49:56:0:0:49:56:1:0 chr12 123185864 . A G 435.82 PASS AF=0.181015;AO=82;DP=453;FAO=82;FDP=453;FR=.;FRO=371;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=213;FSRR=158;FWDB=-0.00135356;FXX=0.00875254;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.598;QD=3.84833;RBI=0.0600799;REFB=-0.00403953;REVB=-0.0600647;RO=363;SAF=50;SAR=32;SRF=212;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347076;STB=0.530245;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0131142;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:453:453:363:371:82:82:0.181015:32:50:212:151:32:50:213:158 chr12 123185962 . T G 63.96 PASS AF=0.0653846;AO=33;DP=514;FAO=34;FDP=520;FR=.;FRO=486;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=238;FSRR=248;FWDB=-0.0223833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3895;QD=0.492009;RBI=0.0223906;REFB=0.000946328;REVB=-0.000569189;RO=481;SAF=16;SAR=17;SRF=233;SRR=248;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000476702;STB=0.517887;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.0149131;OID=.;OPOS=123185962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:514:520:481:486:33:34:0.0653846:17:16:233:248:18:16:238:248 chr12 123199327 . A G 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.107;QD=30.7873;RBI=0.0354622;REFB=-0.0468782;REVB=-0.0312879;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.599732;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0117811;OID=.;OPOS=123199327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:2:6:0:1:2:6:0:1 chr12 123200158 . G C 101.55 PASS AF=0.110656;AO=27;DP=243;FAO=27;FDP=244;FR=.;FRO=217;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=122;FSRR=95;FWDB=0.00721817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.792;QD=1.6647;RBI=0.0169371;REFB=-0.00089872;REVB=-0.0153219;RO=216;SAF=13;SAR=14;SRF=121;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972575;STB=0.571463;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0221112;OID=.;OPOS=123200158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:244:216:217:27:27:0.110656:14:13:121:95:14:13:122:95 chr12 123200247 . G C 3021.31 PASS AF=1;AO=188;DP=190;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.293;QD=62.944;RBI=0.00567059;REFB=-0.0349589;REVB=0.001615;RO=1;SAF=115;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647799;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07937e-06;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:190:192:1:0:188:192:1:73:115:0:1:76:116:0:0 chr12 123200334 . T C 592.06 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0137722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7727;QD=56.3863;RBI=0.0363101;REFB=-0.15778;REVB=0.0335969;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199568;STB=0.520823;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00423875;OID=.;OPOS=123200334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:1:2:40:40:0.952381:17:23:1:0:17:23:2:0 chr12 123200693 . A G 1437.66 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0939;QD=61.8349;RBI=0.030181;REFB=0.00457075;REVB=-0.00497199;RO=1;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117038;STB=0.506171;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000689342;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:40:52:0:1:40:52:0:1 chr12 123200768 . T G 2376.74 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.262;QD=63.805;RBI=0.0282401;REFB=0;REVB=-0.00298496;RO=0;SAF=87;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43626e-06;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:147:149:1:60:87:0:0:62:87:0:0 chr12 123200937 . T G 1573.01 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0706652;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4202;QD=64.2043;RBI=0.0708073;REFB=0;REVB=-0.00448265;RO=0;SAF=34;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49539e-05;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:64:34:0:0:64:34:0:0 chr12 123246781 . T A 183.94 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00337598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.708;QD=19.8855;RBI=0.0111996;REFB=-0.00747236;REVB=0.0106786;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177501;STB=0.568895;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0111512;OID=.;OPOS=123246781;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:18:18:19:0.513514:9:9:5:12:10:9:6:12 chr12 123253700 . T A 36.49 PASS AF=0.352941;AO=4;DP=15;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0731251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.332;QD=8.58646;RBI=0.0731252;REFB=-0.0168024;REVB=-5.32007e-05;RO=11;SAF=1;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328321;STB=0.639526;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0183495;OID=.;OPOS=123253700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:15:17:11:11:4:6:0.352941:3:1:6:5:4:2:6:5 chr12 123253852 . T C 93.45 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=-0.00843293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8776;QD=5.49693;RBI=0.105669;REFB=0.0081753;REVB=0.105332;RO=53;SAF=14;SAR=1;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443384;STB=0.797948;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0149058;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:1:14:39:14:1:14:39:14 chr12 123253856 . C CAT,T 947.86 PASS AF=0.564103,0.346154;AO=44,27;DP=78;FAO=44,27;FDP=78;FR=.;FRO=7;FSAF=36,26;FSAR=8,1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0227882,0.0186234;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=161.667,76.8005;QD=48.6084;RBI=0.0249883,0.0739658;REFB=-0.139349,-0.0137907;REVB=0.0102526,-0.0715829;RO=7;SAF=36,26;SAR=8,1;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.240935,0.659843;STB=0.629934,0.870418;STBP=0.001,0;TYPE=ins,snp;VARB=0.0400974,-0.00238385;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:78:78:7:7:44,27:44,27:0.564103,0.346154:8,1:36,26:1:6:8,1:36,26:1:6 chr12 123333065 . C T 566.99 PASS AF=0.445255;AO=61;DP=137;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=0.00721119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.869;QD=16.5545;RBI=0.0282766;REFB=-0.0125669;REVB=0.0273416;RO=75;SAF=27;SAR=34;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180605;STB=0.60366;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.018001;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:75:76:61:61:0.445255:34:27:47:28:34:27:48:28 chr12 123339931 . GC G,GG 277.48 PASS AF=0.479592,0.183673;AO=34,20;DP=99;FAO=47,18;FDP=98;FR=.;FRO=33;FSAF=29,1;FSAR=18,17;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0918929,0.00254849;FXX=0.0392118;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.99627,14.8232;QD=11.3256;RBI=0.152258,0.0681687;REFB=-0.0966322,-0.0598753;REVB=0.1214,0.0681211;RO=29;SAF=26,1;SAR=8,19;SRF=6;SRR=23;SSEN=0.513514,0;SSEP=0,0;SSSB=0.4671,-0.430686;STB=0.651793,0.784182;STBP=0.004,0.041;TYPE=del,snp;VARB=0.106955,-0.00478355;OID=.,.;OPOS=123339932,123339932;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479592,0.183673:34,20:99:47,18:98:33:29,1:18,17:8:25:99:29:26,1:8,19:6:23 chr12 123339939 . CGGGGGA CCGGGGA,CGGGGA,CGGGGAG 454.22 PASS AF=0,0.761468,0;AO=4,38,19;DP=111;FAO=0,83,0;FDP=109;FR=.;FRO=26;FSAF=0,33,0;FSAR=0,50,0;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00119584,0.164431,-0.136749;FXX=0.00909008;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=15.2143,9.96119,17.0013;QD=16.6685;RBI=0.140718,0.235134,0.137005;REFB=-0.0303946,-0.0832665,0.0200818;REVB=0.140712,0.168079,0.00836969;RO=42;SAF=4,4,18;SAR=0,34,1;SRF=14;SRR=28;SSEN=0,0.311111,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.639122,-0.369918,0.739308;STB=0.5,0.503234,0.5;STBP=1,0.909,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0780337,-0.0133719;OID=.,.,.;OPOS=123339940,123339940,123339944;OREF=G,G,GA;OALT=C,-,AG;OMAPALT=CCGGGGA,CGGGGA,CGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.761468,0:4,38,19:111:0,83,0:109:26:0,33,0:0,50,0:10:16:77:42:4,4,18:0,34,1:14:28 chr12 123340453 . G GC 85.38 PASS AF=0.313725;AO=13;DP=61;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0141774;FXX=0.0892698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.6618;QD=6.69657;RBI=0.0659615;REFB=0.0108062;REVB=0.0644199;RO=47;SAF=8;SAR=5;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00213165;STB=0.567008;STBP=0.56;TYPE=ins;VARB=-0.0169242;OID=.;OPOS=123340454;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313725:13:61:16:51:35:9:7:23:12:85:47:8:5:29:18 chr12 123344021 . G A 856.76 PASS AF=0.549669;AO=83;DP=151;FAO=83;FDP=151;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.013827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.616;QD=22.6956;RBI=0.0143876;REFB=-0.010395;REVB=0.00397687;RO=67;SAF=42;SAR=41;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476492;STB=0.52918;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0076705;OID=.;OPOS=123344021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:67:68:83:83:0.549669:41:42:30:37:41:42:30:38 chr12 123345736 . C G 982.61 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.075;QD=56.9631;RBI=0.0138402;REFB=-0.0995837;REVB=0.00879331;RO=1;SAF=20;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995023;STB=0.505262;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000288101;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:47:20:0:1:47:21:0:1 chr12 123345756 . G GC 96.64 PASS AF=0.5;AO=15;DP=42;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0081434;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.2391;QD=10.1728;RBI=0.108118;REFB=-0.0817147;REVB=-0.107811;RO=25;SAF=2;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427854;STB=0.59273;STBP=0.311;TYPE=ins;VARB=0.0427807;OID=.;OPOS=123345757;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:15:42:19:38:19:5:14:8:11:84:25:2:13:11:14 chr12 123345929 . C T 550.21 PASS AF=0.356757;AO=66;DP=184;FAO=66;FDP=185;FR=.;FRO=119;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=71;FSRR=48;FWDB=-0.00272955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.864;QD=11.8964;RBI=0.0237291;REFB=-0.0119827;REVB=-0.0235716;RO=117;SAF=40;SAR=26;SRF=70;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00911603;STB=0.506327;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0187911;OID=.;OPOS=123345929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:117:119:66:66:0.356757:26:40:70:47:26:40:71:48 chr12 123350154 . CCTTT C 110.62 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0303741;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=135.795;QD=10.7926;RBI=0.0316346;REFB=0.00780795;REVB=-0.00884096;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192031;STB=0.599883;STBP=0.319;TYPE=del;VARB=-0.0129459;OID=.;OPOS=123350155;OREF=CTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:17:42:17:41:24:10:7:10:14:99:25:10:7:10:15 chr12 123460823 . A G 3796.15 PASS AF=0.995984;AO=230;DP=268;FAO=248;FDP=249;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=162;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0476193;FXX=0.0708929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.09;QD=60.9824;RBI=0.082053;REFB=-0.0626684;REVB=0.0668213;RO=0;SAF=160;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501538;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000277688;OID=.;OPOS=123460823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:268:249:0:1:230:248:0.995984:70:160:0:0:86:162:1:0 chr12 123469647 . G T 553.83 PASS AF=0.340102;AO=67;DP=197;FAO=67;FDP=197;FR=.;FRO=130;FSAF=17;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=83;FWDB=-0.0117648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.542;QD=11.2452;RBI=0.0128812;REFB=-0.0105437;REVB=0.00524557;RO=130;SAF=17;SAR=50;SRF=47;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148916;STB=0.585946;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.018367;OID=.;OPOS=123469647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:130:130:67:67:0.340102:50:17:47:83:50:17:47:83 chr12 123495289 . C A 817.6 PASS AF=0.543624;AO=80;DP=149;FAO=81;FDP=149;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0332666;FXX=0.0261421;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9669;QD=21.9489;RBI=0.0337626;REFB=-0.00631973;REVB=-0.00576645;RO=69;SAF=30;SAR=50;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103106;STB=0.548403;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00972261;OID=.;OPOS=123495289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:69:68:80:81:0.543624:50:30:34:35:50:31:33:35 chr12 123645803 . G A 2529.48 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.871;QD=61.6945;RBI=0.0286636;REFB=0;REVB=0.0130958;RO=0;SAF=81;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18985e-05;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:83:81:0:0:83:81:0:0 chr12 123664514 . G A 52.58 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0902301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.199;QD=6.7847;RBI=0.0906853;REFB=0.00248922;REVB=-0.00907446;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220255;STB=0.639653;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00440634;OID=.;OPOS=123664514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:13:10:5:3:13:10 chr12 123665695 . A G 1521.29 PASS AF=0.954955;AO=106;DP=114;FAO=106;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0620025;FXX=0.0263135;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.271;QD=54.8213;RBI=0.0635793;REFB=0.00025427;REVB=0.0140719;RO=3;SAF=43;SAR=63;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140874;STB=0.500264;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-7.93235e-05;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:114:111:3:5:106:106:0.954955:63:43:2:1:63:43:2:3 chr12 123705962 . C T 318.84 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00562063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.937;QD=26.5703;RBI=0.0144715;REFB=0.00266771;REVB=0.0133354;RO=20;SAF=9;SAR=19;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322808;STB=0.678444;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00267358;OID=.;OPOS=123705962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:19:9:15:5:19:9:15:5 chr12 123738494 . C T 274.85 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0073416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.922;QD=39.2639;RBI=0.0304195;REFB=0.0120152;REVB=0.0295202;RO=5;SAF=10;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546704;STB=0.529755;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00514367;OID=.;OPOS=123738494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:5:5:23:23:0.821429:13:10:3:2:13:10:3:2 chr12 123746357 . C G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6169;QD=57.8844;RBI=0.127504;REFB=0;REVB=-0.0472379;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134638;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr12 123799974 . A G 1426.18 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197075;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2626;QD=62.008;RBI=0.0389804;REFB=-0.0218021;REVB=0.0336317;RO=1;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106514;STB=0.505617;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000188884;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:92:1:1:91:91:0.98913:44:47:0:1:44:47:0:1 chr12 123810873 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.424;QD=60.6102;RBI=0.00983251;REFB=0;REVB=0.00973939;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25358e-05;OID=.;OPOS=123810873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr12 123879666 . A G 175.86 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00268353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.561;QD=8.27588;RBI=0.0208334;REFB=-0.00378853;REVB=0.0206599;RO=61;SAF=12;SAR=12;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00984761;STB=0.505877;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0110549;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:61:61:24:24:0.282353:12:12:30:31:12:12:30:31 chr12 123879668 . G C 175.86 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0289591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7296;QD=8.27585;RBI=0.0555048;REFB=0.00447113;REVB=-0.0473514;RO=61;SAF=12;SAR=12;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00984761;STB=0.505877;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00145424;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:61:61:24:24:0.282353:12:12:30:31:12:12:30:31 chr12 123879768 . AA CG 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0491131;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=126.749;QD=13.6997;RBI=0.0533901;REFB=0.00996816;REVB=0.0209381;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130602;STB=0.575953;STBP=0.451;TYPE=mnp;VARB=-0.0204779;OID=.;OPOS=123879768;OREF=AA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:8:10:13:17:8:10:13:17 chr12 123889492 . A C 43.52 PASS AF=0.078534;AO=15;DP=191;FAO=15;FDP=191;FR=.;FRO=176;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=93;FSRR=83;FWDB=-0.0329793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.343;QD=0.911421;RBI=0.0349659;REFB=-0.00200153;REVB=-0.0116179;RO=172;SAF=4;SAR=11;SRF=93;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307785;STB=0.739115;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0130312;OID=.;OPOS=123889492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:191:191:172:176:15:15:0.078534:11:4:93:79:11:4:93:83 chr12 123892095 . T C 253.67 PASS AF=0.229885;AO=40;DP=174;FAO=40;FDP=174;FR=.;FRO=134;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=81;FWDB=-0.0150808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.318;QD=5.83158;RBI=0.0199794;REFB=0.00857582;REVB=0.0131052;RO=132;SAF=17;SAR=23;SRF=53;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305344;STB=0.523375;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0184521;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:132:134:40:40:0.229885:23:17:53:79:23:17:53:81 chr12 123892186 . T C 493.88 PASS AF=0.407407;AO=54;DP=134;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0167565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.306;QD=14.6333;RBI=0.0168789;REFB=-0.00540393;REVB=-0.00202903;RO=80;SAF=32;SAR=22;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164187;STB=0.585387;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00750211;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:80:80:54:55:0.407407:22:32:35:45:23:32:35:45 chr12 123892235 . G A 200.93 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0157765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.134;QD=11.8196;RBI=0.0159975;REFB=0.0134053;REVB=-0.00265022;RO=43;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144863;STB=0.583873;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0383959;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:9:16:22:21:9:16:22:21 chr12 123892590 . C T 95.93 PASS AF=0.142857;AO=20;DP=140;FAO=20;FDP=140;FR=.;FRO=120;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=-0.0305044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.423;QD=2.74079;RBI=0.0355398;REFB=-0.00295236;REVB=-0.0182361;RO=120;SAF=3;SAR=17;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480874;STB=0.830481;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0156058;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:140:140:120:120:20:20:0.142857:17:3:62:58:17:3:62:58 chr12 123892770 . GT GG,G 78.15 PASS AF=0.0724638,0.202899;AO=5,12;DP=71;FAO=5,14;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=3,11;FSAR=2,3;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0259173,-0.143204;FXX=0.028165;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=26.8007,12.2046;QD=4.53037;RBI=0.0668678,0.146045;REFB=-0.0396989,-0.0658079;REVB=0.0616409,0.0286657;RO=42;SAF=3,6;SAR=2,6;SRF=16;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.244191,0.146754;STB=0.658964,0.785306;STBP=0.54,0.028;TYPE=snp,del;VARB=0.0748787,0.0329297;OID=.,.;OPOS=123892771,123892771;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0724638,0.202899:5,12:71:5,14:69:50:3,11:2,3:21:29:53:42:3,6:2,6:16:26 chr12 123892824 . C T 428.33 PASS AF=0.941176;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0835113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.8735;QD=50.3916;RBI=0.084131;REFB=-0.131561;REVB=0.0101932;RO=1;SAF=7;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619954;STB=0.515685;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00245686;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:34:1:2:30:32:0.941176:23:7:1:0:23:9:1:1 chr12 123893830 . C T 1048.07 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00845005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.313;QD=58.2259;RBI=0.0151666;REFB=-0.0458908;REVB=0.0125945;RO=1;SAF=12;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00794925;STB=0.504201;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00018566;OID=.;OPOS=123893830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:59:12:0:1:59:12:0:1 chr12 123951099 . CTTTTT CTTTTC,CTT,CTTT,TTCTTT 306.79 PASS AF=0.181818,0.818182,0,0;AO=2,8,5,4;DP=36;FAO=6,27,0,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21,0,0;FSAR=5,6,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235587,0.0708283,0.0558697,-0.0218433;FXX=0.108079;HRUN=14,14,14,1;LEN=1,3,2,3;MLLD=133.676,13.9615,7.12144,13.5709;QD=37.1865;RBI=0.0302197,0.0762453,0.0860075,0.0220656;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0189267,0.0282258,0.0653902,0.00312364;RO=0;SAF=0,5,4,3;SAR=2,3,1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,4.46938e-08,0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.00656208,0.0431707,0.0349931,0;OID=.,.,.,.;OPOS=123951104,123951100,123951100,123951099;OREF=T,TTT,TT,CTT;OALT=C,-,-,TTC;OMAPALT=CTTTTC,CTT,CTTT,TTCTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:36:33:0:0:2,8,5,4:6,27,0,0:0.181818,0.818182,0,0:2,3,1,1:0,5,4,3:0:0:5,6,0,0:1,21,0,0:0:0 chr12 124008073 . A G 3005.69 PASS AF=1;AO=189;DP=191;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394403;FXX=0.0104707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.4651;QD=63.6126;RBI=0.0969447;REFB=0;REVB=-0.0885592;RO=0;SAF=101;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182375;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:189:0:0:189:189:1:88:101:0:0:88:101:0:0 chr12 124069213 . T C 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0256;QD=57.5398;RBI=0.0699454;REFB=0;REVB=-0.0187123;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000906908;OID=.;OPOS=124069213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr12 124090453 . A G 3374.19 PASS AF=1;AO=214;DP=215;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400415;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.239;QD=61.9118;RBI=0.00520238;REFB=0.0985611;REVB=-0.00332138;RO=1;SAF=125;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532288;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78666e-06;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:215:218:1:0:214:218:1:89:125:0:1:91:127:0:0 chr12 124139463 . A G 485.99 PASS AF=0.652778;AO=42;DP=69;FAO=47;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00158224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.054;QD=26.9992;RBI=0.0169971;REFB=-0.0297814;REVB=0.0169233;RO=21;SAF=18;SAR=24;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296593;STB=0.505128;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.014716;OID=.;OPOS=124139463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:21:25:42:47:0.652778:24:18:10:11:27:20:11:14 chr12 124209332 . T C 727.49 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.504;QD=63.2602;RBI=0.00512003;REFB=0;REVB=-0.00109723;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05053e-06;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr12 124229429 . T C 2370.3 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.189;QD=64.0621;RBI=0.0222981;REFB=0;REVB=-0.0153002;RO=0;SAF=79;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36441e-05;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:69:79:0:0:69:79:0:0 chr12 124243707 . T C 1246.05 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.782;QD=61.5335;RBI=0.0557421;REFB=0;REVB=-0.00436134;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80988e-05;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr12 124265687 . T C 1587.17 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.831;QD=64.1282;RBI=0.0202441;REFB=0;REVB=0.0198121;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82666e-05;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:51:47:0:0:51:48:0:0 chr12 124267703 . T C 2856.56 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.968;QD=62.7816;RBI=0.0153994;REFB=0;REVB=0.0152237;RO=0;SAF=83;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179121;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:182:0:0:179:182:1:96:83:0:0:99:83:0:0 chr12 124274474 . A G 2537.99 PASS AF=1;AO=160;DP=163;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00117019;FXX=0.0236672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.18;QD=61.527;RBI=0.00730724;REFB=0;REVB=0.00721293;RO=0;SAF=67;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680705;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:165:0:0:160:165:1:93:67:0:0:93:72:0:0 chr12 124325977 . T G 922.41 PASS AF=0.411067;AO=104;DP=252;FAO=104;FDP=253;FR=.;FRO=149;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=69;FSRR=80;FWDB=0.0124555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.796;QD=14.5836;RBI=0.0470351;REFB=-0.0290522;REVB=-0.045356;RO=148;SAF=38;SAR=66;SRF=69;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1102;STB=0.56002;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0355612;OID=.;OPOS=124325977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:253:148:149:104:104:0.411067:66:38:69:79:66:38:69:80 chr12 124798801 . C T 395.44 PASS AF=0.342857;AO=47;DP=140;FAO=48;FDP=140;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.0288427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.683;QD=11.2983;RBI=0.0299526;REFB=-0.00510218;REVB=0.00807823;RO=92;SAF=27;SAR=20;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17197;STB=0.590388;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0103755;OID=.;OPOS=124798801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:92:92:47:48:0.342857:20:27:39:53:21:27:39:53 chr12 124824721 . C CGCCGCTGCT,T 279.18 PASS AF=0.204819,0.192771;AO=13,16;DP=85;FAO=17,16;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=10,13;FSAR=7,3;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0517179,0.0233086;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=9,1;MLLD=156.586,78.4361;QD=13.4543;RBI=0.0531828,0.0233795;REFB=-0.00337165,-0.00758791;REVB=-0.012396,-0.00181916;RO=52;SAF=7,13;SAR=6,3;SRF=34;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.147784,0.250429;STB=0.540395,0.66888;STBP=0.756,0.158;TYPE=ins,snp;VARB=0.0149782,0.0237624;OID=.,.;OPOS=124824722,124824721;OREF=-,C;OALT=GCCGCTGCT,T;OMAPALT=CGCCGCTGCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:52:50:13,16:17,16:0.204819,0.192771:6,3:7,13:34:18:7,3:10,13:32:18 chr12 124826462 . C T 832.62 PASS AF=0.630252;AO=75;DP=120;FAO=75;FDP=119;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0410255;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9637;QD=27.9871;RBI=0.0471237;REFB=-0.0189358;REVB=-0.023185;RO=44;SAF=32;SAR=43;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188296;STB=0.601839;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00766886;OID=.;OPOS=124826462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:44:44:75:75:0.630252:43:32:31:13:43:32:31:13 chr12 124826598 . T C 191.48 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.0203901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6026;QD=22.5274;RBI=0.0359853;REFB=-0.010393;REVB=0.0296511;RO=14;SAF=17;SAR=2;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729009;STB=0.548625;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00610002;OID=.;OPOS=124826598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:15:19:19:0.558824:2:17:13:1:2:17:14:1 chr12 124887096 . T C 63.46 PASS AF=0.3;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0164124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.628;QD=8.4614;RBI=0.0648827;REFB=-0.0468671;REVB=-0.0627726;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10141;STB=0.579982;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0838613;OID=.;OPOS=124887096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:30:17:21:9:9:0.3:5:4:6:11:5:4:7:14 chr12 124968349 . T C 365.76 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.050122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7124;QD=16.2561;RBI=0.0501473;REFB=0.018273;REVB=0.00159419;RO=50;SAF=13;SAR=26;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114398;STB=0.571391;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.0336305;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:51:39:39:0.433333:26:13:22:28:26:13:23:28 chr12 125263061 . CG GT,TG 334.14 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,22;DP=24;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00355874,0.0241883;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=100.979,134.212;QD=53.4621;RBI=0.00380795,0.026163;REFB=0,0;REVB=-0.00135494,0.00997127;RO=0;SAF=1,13;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0460082,-3.92589e-05;OID=.,.;OPOS=125263061,125263061;OREF=CG,C;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:25:0:0:2,22:2,23:0.08,0.92:1,9:1,13:0:0:1,10:1,13:0:0 chr12 125270773 . A G 3498.66 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427635;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.124;QD=62.476;RBI=0.0590409;REFB=-0.0624677;REVB=0.0407077;RO=1;SAF=126;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171348;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:225:224:1:0:224:224:1:98:126:1:0:98:126:0:0 chr12 125284748 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.237;QD=59.679;RBI=0.0119049;REFB=0;REVB=-0.0101743;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.078e-05;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:46:24:0:0:46:24:0:0 chr12 125298877 . G A 3119.26 PASS AF=0.981395;AO=206;DP=212;FAO=211;FDP=215;FR=.;FRO=4;FSAF=87;FSAR=124;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00826482;FXX=0.0137608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.039;QD=58.0328;RBI=0.0174134;REFB=-0.0752482;REVB=0.015327;RO=3;SAF=87;SAR=119;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161388;STB=0.506466;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00104424;OID=.;OPOS=125298877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:212:215:3:4:206:211:0.981395:119:87:3:0:124:87:3:1 chr12 125323760 . ACCCC ACCC,ACCCT 823.77 PASS AF=0.846154,0.153846;AO=28,17;DP=104;FAO=88,16;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=26,16;FSAR=62,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0962119,-0.0195721;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.0277,210.117;QD=31.6834;RBI=1.01058,0.115726;REFB=0,0;REVB=1.00599,0.114059;RO=49;SAF=25,17;SAR=3,0;SRF=0;SRR=49;SSEN=0.518519,0;SSEP=0,0;SSSB=0.805685,0.896634;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0123808,0.0838121;OID=.,.;OPOS=125323761,125323764;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=ACCC,ACCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.846154,0.153846:28,17:104:88,16:104:0:26,16:62,0:0:0:80:49:25,17:3,0:0:49 chr12 125324553 . C T 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0110224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.447;QD=50.836;RBI=0.0120999;REFB=-0.00752992;REVB=-0.00499136;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000227166;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:10:15:1:0:10:15:1:0 chr12 125324566 . G A 411.23 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00258852;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.823;QD=53.0614;RBI=0.0320622;REFB=-0.0166179;REVB=0.0319575;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251798;STB=0.512812;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000630064;OID=.;OPOS=125324566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:11:18:1:0:11:19:1:0 chr12 125324570 . C T 457.67 PASS AF=0.945946;AO=31;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00814695;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.66;QD=49.4778;RBI=0.146557;REFB=-0.0676475;REVB=0.14633;RO=5;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473711;STB=0.526301;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00951903;OID=.;OPOS=125324570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:36:37:5:2:31:35:0.945946:13:18:2:3:17:18:2:0 chr12 125386076 . T C 741.17 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338576;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0512;QD=57.0134;RBI=0.0517123;REFB=0;REVB=0.0390874;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95728e-05;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:29:23:0:0 chr12 125397750 . A G 1286.57 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00986422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2667;QD=60.5444;RBI=0.0101966;REFB=-0.124079;REVB=-0.00258214;RO=1;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126298;STB=0.506665;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00199498;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:37:47:0:1:37:47:0:1 chr12 125398500 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.376;QD=55.0984;RBI=0.0179332;REFB=0;REVB=-0.0123467;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109814;OID=.;OPOS=125398500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr12 125398733 . C T 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.9949;QD=58.7802;RBI=0.0408509;REFB=0;REVB=-0.0258129;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000481549;OID=.;OPOS=125398733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr12 125399286 . C T 3095.62 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8176;QD=62.2235;RBI=0.0886526;REFB=0;REVB=0.0806555;RO=0;SAF=81;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346373;OID=.;OPOS=125399286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:199:0:0:179:199:1:98:81:0:0:111:88:0:0 chr12 125434580 . C T 2046.07 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.417;QD=62.4754;RBI=0.0569207;REFB=0;REVB=0.0355273;RO=0;SAF=87;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09821e-05;OID=.;OPOS=125434580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:44:87:0:0:44:87:0:0 chr12 125434716 . G A 2181.97 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.475;QD=62.3419;RBI=0.0218525;REFB=-0.0787376;REVB=0.0144636;RO=0;SAF=67;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36576e-08;STB=0.503448;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-4.52788e-06;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:140:140:0:1:139:139:0.992857:72:67:0:0:72:67:0:1 chr12 125437019 . T C 2451.84 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7253;QD=61.2961;RBI=0.0362178;REFB=0;REVB=0.0156407;RO=0;SAF=69;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13076e-05;OID=.;OPOS=125437019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:160:0:0:158:160:1:89:69:0:0:91:69:0:0 chr12 125438516 . T C 3065.07 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123486;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.147;QD=61.3015;RBI=0.00517405;REFB=0.0130222;REVB=-0.00502453;RO=1;SAF=96;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72816e-05;OID=.;OPOS=125438516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:200:1:0:198:200:1:102:96:1:0:102:98:0:0 chr12 125438523 . C T 3080.11 PASS AF=1;AO=195;DP=197;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179278;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8985;QD=60.9924;RBI=0.0718245;REFB=-0.101006;REVB=0.069551;RO=1;SAF=94;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126569;OID=.;OPOS=125438523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:202:1:0:195:202:1:101:94:0:1:102:100:0:0 chr12 125448960 . C T 2666.71 PASS AF=0.988571;AO=173;DP=175;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0149436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.804;QD=60.9533;RBI=0.0256749;REFB=-0.117081;REVB=0.020878;RO=2;SAF=74;SAR=99;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160496;STB=0.500843;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00016001;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:175:175:2:2:173:173:0.988571:99:74:1:1:99:74:1:1 chr12 125467158 . C T 503.88 PASS AF=0.382166;AO=60;DP=157;FAO=60;FDP=157;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.0110885;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.986;QD=12.8377;RBI=0.0451092;REFB=-0.0105182;REVB=-0.0437251;RO=96;SAF=26;SAR=34;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842201;STB=0.550942;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0176293;OID=.;OPOS=125467158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:96:97:60:60:0.382166:34:26:49:47:34:26:50:47 chr12 125562784 . C T 707.32 PASS AF=0.522727;AO=67;DP=132;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0445422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.665;QD=21.434;RBI=0.0447362;REFB=-0.0281004;REVB=0.0041624;RO=62;SAF=37;SAR=30;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830359;STB=0.534135;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0243024;OID=.;OPOS=125562784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:62:63:67:69:0.522727:30:37:40:22:30:39:40:23 chr12 125562809 . G A 1697.96 PASS AF=0.966387;AO=113;DP=119;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00934786;FXX=0.0325177;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.856;QD=57.0742;RBI=0.0210903;REFB=-0.0264774;REVB=0.0189055;RO=5;SAF=70;SAR=43;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0016584;STB=0.504457;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.000852559;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:119:5:4:113:115:0.966387:43:70:3:2:43:72:3:1 chr12 125626685 . C T 633.19 PASS AF=0.374359;AO=72;DP=194;FAO=73;FDP=195;FR=.;FRO=122;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=0.0221968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.709;QD=12.9886;RBI=0.0225337;REFB=-0.0160265;REVB=-0.00388202;RO=121;SAF=29;SAR=43;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131522;STB=0.575388;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0294219;OID=.;OPOS=125626685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:121:122:72:73:0.374359:43:29:63:58:44:29:63:59 chr12 125834395 . T C 1134.98 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0955503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.546;QD=60.5322;RBI=0.0998521;REFB=0;REVB=0.0289928;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000508837;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr12 126068417 . T C 4704.92 PASS AF=1;AO=297;DP=300;FAO=301;FDP=301;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.597;QD=62.5238;RBI=0.0172611;REFB=0;REVB=0.00105648;RO=0;SAF=146;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24699e-06;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:300:301:0:0:297:301:1:151:146:0:0:152:149:0:0 chr12 126137060 . C T 1400.1 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0242905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3548;QD=61.5426;RBI=0.0358327;REFB=0.00262353;REVB=0.026343;RO=1;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957343;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00014049;OID=.;OPOS=126137060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:1:1:88:90:0.989011:49:39:0:1:51:39:0:1 chr12 127067932 . A G 82.99 PASS AF=0.631579;AO=9;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.156627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.1443;QD=17.4714;RBI=0.156646;REFB=-0.179662;REVB=-0.00241361;RO=4;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34935;STB=0.580502;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0619655;OID=.;OPOS=127067932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:19:4:7:9:12:0.631579:1:8:2:2:3:9:4:3 chr12 127068865 . A G 638.75 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.444;QD=59.4188;RBI=0.0610506;REFB=-0.0284236;REVB=0.0588673;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019159;STB=0.510199;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000632578;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:0:1:24:18:0:1 chr12 127068892 . C T 1207.42 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.246;QD=61.1353;RBI=0.0523761;REFB=0;REVB=-0.0499392;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126971;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr12 127650467 . G C 14176.0 PASS AF=0.973461;AO=903;DP=937;FAO=917;FDP=942;FR=.;FRO=25;FSAF=471;FSAR=446;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0177755;FXX=0.00632905;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3344;QD=60.1954;RBI=0.0364216;REFB=-0.0365852;REVB=0.0317894;RO=23;SAF=465;SAR=438;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000322225;STB=0.502294;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.000827527;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:937:942:23:25:903:917:0.973461:438:465:12:11:446:471:15:10 chr12 127650471 . AT GG 16371.9 PASS AF=1;AO=946;DP=970;FAO=1052;FDP=1052;FR=.;FRO=0;FSAF=605;FSAR=447;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394909;FXX=0.0232124;HRUN=1;LEN=2;MLLD=315.425;QD=62.2507;RBI=0.0398312;REFB=-0.0051741;REVB=0.00519571;RO=17;SAF=514;SAR=432;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000439162;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:970:1052:17:0:946:1052:1:432:514:8:9:447:605:0:0 chr12 127650538 . A G 31250.5 PASS AF=0.989;AO=2825;DP=2872;FAO=1978;FDP=2000;FR=.;FRO=22;FSAF=997;FSAR=981;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.000894711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2474;QD=62.501;RBI=0.0760006;REFB=0.000713771;REVB=-0.0759954;RO=42;SAF=1400;SAR=1425;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254296;STB=0.500456;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-3.37075e-05;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:2872:2000:42:22:2825:1978:0.989:1425:1400:17:25:981:997:12:10 chr12 127650583 . T G 31042.6 PASS AF=0.98797;AO=2467;DP=2511;FAO=1971;FDP=1995;FR=.;FRO=24;FSAF=986;FSAR=985;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0724203;FXX=0.00249999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4402;QD=62.2408;RBI=0.0828658;REFB=-0.00752318;REVB=0.0402745;RO=37;SAF=1252;SAR=1215;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00441031;STB=0.502509;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=7.33658e-05;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:2511:1995:37:24:2467:1971:0.98797:1215:1252:13:24:985:986:7:17 chr12 127650599 . A G 30785.7 PASS AF=0.984391;AO=1579;DP=2120;FAO=1955;FDP=1986;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=1015;FSAR=940;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0655928;FXX=0.00699996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.629;QD=62.0055;RBI=0.0656646;REFB=-0.0462782;REVB=-0.00306962;RO=40;SAF=594;SAR=985;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00370696;STB=0.503073;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.000674157;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:2120:1986:40:31:1579:1955:0.984391:985:594:18:22:940:1015:10:21 chr12 127650616 . G A 3686.35 PASS AF=0.276596;AO=518;DP=1878;FAO=520;FDP=1880;FR=.;FRO=1360;FSAF=239;FSAR=281;FSRF=635;FSRR=725;FWDB=0.019736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9707;QD=7.8433;RBI=0.0286653;REFB=-0.0013084;REVB=0.0207892;RO=1358;SAF=239;SAR=279;SRF=633;SRR=725;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059119;STB=0.505308;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0033985;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1878:1880:1358:1360:518:520:0.276596:279:239:633:725:281:239:635:725 chr12 127650639 . A G 15934.7 PASS AF=0.956126;AO=767;DP=1159;FAO=1155;FDP=1208;FR=.;FRO=53;FSAF=417;FSAR=738;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.04037;FXX=0.0033003;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.518;QD=52.7638;RBI=0.0503614;REFB=-0.0650829;REVB=0.0301087;RO=33;SAF=377;SAR=390;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901334;STB=0.512353;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00299788;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:1159:1208:33:53:767:1155:0.956126:390:377:20:13:738:417:33:20 chr12 127650662 . T C 4467.09 PASS AF=0.893258;AO=296;DP=342;FAO=318;FDP=356;FR=.;FRO=38;FSAF=102;FSAR=216;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.000362418;FXX=0.00558644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.136;QD=50.192;RBI=0.00324063;REFB=-0.0282193;REVB=-0.0032203;RO=36;SAF=90;SAR=206;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912036;STB=0.540104;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00403532;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:356:36:38:296:318:0.893258:206:90:25:11:216:102:25:13 chr12 127650669 . A G 1760.25 PASS AF=0.8;AO=134;DP=168;FAO=136;FDP=170;FR=.;FRO=34;FSAF=43;FSAR=93;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0010818;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.724;QD=41.4177;RBI=0.0165251;REFB=-0.0166851;REVB=-0.0164897;RO=31;SAF=43;SAR=91;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160139;STB=0.578499;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00181037;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:31:34:134:136:0.8:91:43:23:8:93:43:23:11 chr12 127650675 . G C 521.07 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0274328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.625;QD=26.0536;RBI=0.0303419;REFB=-0.012903;REVB=-0.0129642;RO=31;SAF=6;SAR=42;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5466;STB=0.799067;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0104921;OID=.;OPOS=127650675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:32:48:48:0.6:42:6:23:8:42:6:23:9 chr12 127650852 . C A 66.53 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224295;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.027;QD=38.0149;RBI=0.00224295;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98093e-05;OID=.;OPOS=127650852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr12 127650855 . TC GG 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0319403;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.877;QD=30.7904;RBI=0.0319403;REFB=-0.139152;REVB=0;RO=1;SAF=8;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0162782;OID=.;OPOS=127650855;OREF=TC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:0:8:1:0:0:8:1:0 chr12 127650859 . A G 88.79 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=3;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00377808;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.454;QD=27.3203;RBI=0.00377808;REFB=-0.0157833;REVB=0;RO=3;SAF=7;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00697897;OID=.;OPOS=127650859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:14:13:3:3:7:7:0.538462:0:7:3:0:0:7:3:0 chr12 127650863 . CGA TAT 48.24 PASS AF=0.625;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0236903;FXX=0.499688;HRUN=2;LEN=3;MLLD=152.282;QD=24.1214;RBI=0.0236903;REFB=-0.00919569;REVB=0;RO=3;SAF=5;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00402743;OID=.;OPOS=127650863;OREF=CGA;OALT=TAT;OMAPALT=TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:16:8:3:3:5:5:0.625:0:5:3:0:0:5:3:0 chr12 127650883 . G T 521.84 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0179228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.716;QD=50.9113;RBI=0.0923782;REFB=0.02366;REVB=0.0906229;RO=4;SAF=23;SAR=14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250161;STB=0.513392;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00238062;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:41:4:4:37:37:0.902439:14:23:3:1:14:23:3:1 chr12 127650890 . G C 601.46 PASS AF=0.875;AO=42;DP=48;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0114579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.206;QD=50.1218;RBI=0.0121828;REFB=-0.00145813;REVB=0.00413953;RO=6;SAF=28;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140269;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:6:6:42:42:0.875:14:28:4:2:14:28:4:2 chr12 127650927 . TA T,TT 663.47 PASS AF=0.833333,0.0666667;AO=49,4;DP=61;FAO=50,4;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=36,2;FSAR=14,2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0187623,0.0630944;FXX=0.0163908;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.5942,11.6949;QD=44.2316;RBI=0.119175,0.0775914;REFB=-0.00934828,-0.060185;REVB=-0.117689,-0.0451611;RO=7;SAF=35,2;SAR=14,2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0787949,0.0699385;STB=0.549132,0.599519;STBP=0.061,0.639;TYPE=del,snp;VARB=-0.00294336,-0.0426381;OID=.,.;OPOS=127650928,127650928;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333,0.0666667:49,4:61:50,4:60:6:36,2:14,2:2:4:30:7:35,2:14,2:3:4 chr12 128899673 . A G 368.17 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.016926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6566;QD=12.9182;RBI=0.0408784;REFB=-0.00614988;REVB=-0.0372096;RO=70;SAF=22;SAR=22;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100605;OID=.;OPOS=128899673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:70:44:44:0.385965:22:22:35:35:22:22:35:35 chr12 128900005 . G A 403.2 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.01299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.327;QD=24.8125;RBI=0.0151218;REFB=-0.00468254;REVB=-0.00774134;RO=26;SAF=9;SAR=30;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175821;STB=0.596961;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00357316;OID=.;OPOS=128900005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:30:9:11:15:30:9:11:15 chr12 129181810 . A G 4530.11 PASS AF=0.99308;AO=287;DP=289;FAO=287;FDP=289;FR=.;FRO=2;FSAF=136;FSAR=151;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00941089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.971;QD=62.7004;RBI=0.0415775;REFB=-0.0111911;REVB=-0.0404984;RO=2;SAF=136;SAR=151;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000345865;STB=0.500181;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-1.81637e-05;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:289:289:2:2:287:287:0.99308:151:136:1:1:151:136:1:1 chr12 129181834 . A G 5450.33 PASS AF=1;AO=343;DP=345;FAO=343;FDP=343;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835224;FXX=0.00579693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.669;QD=63.5607;RBI=0.00883726;REFB=-0.0827531;REVB=-0.00288742;RO=0;SAF=158;SAR=185;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.81981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602081;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:345:343:0:0:343:343:1:185:158:0:0:185:158:0:0 chr12 129189941 . G A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0190978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.169;QD=10.9405;RBI=0.0193265;REFB=-0.00651068;REVB=0.00296406;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555553;STB=0.559328;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00998141;OID=.;OPOS=129189941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:19:20:11:11:0.354839:8:3:6:13:8:3:7:13 chr12 129190021 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2705;QD=61.3351;RBI=0.0534231;REFB=0;REVB=0.0476686;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363291;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr12 129190474 . G A 843.91 PASS AF=0.350694;AO=101;DP=294;FAO=101;FDP=288;FR=.;FRO=187;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=103;FSRR=84;FWDB=0.0174176;FXX=0.0204075;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.383;QD=11.7209;RBI=0.0185871;REFB=-0.0113615;REVB=0.00648918;RO=183;SAF=61;SAR=40;SRF=102;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544659;STB=0.535535;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0229453;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:288:183:187:101:101:0.350694:40:61:102:81:40:61:103:84 chr12 129278864 . A G 209.0 PASS AF=0.947368;AO=15;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0355982;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=77.3628;QD=44.0004;RBI=0.0374272;REFB=-0.142268;REVB=0.0115568;RO=1;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365123;STB=0.518498;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00959657;OID=.;OPOS=129278864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:19:19:1:1:15:18:0.947368:12:3:0:1:13:5:0:1 chr12 129298735 . C G 3863.64 PASS AF=0.90099;AO=271;DP=301;FAO=273;FDP=303;FR=.;FRO=30;FSAF=220;FSAR=53;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0742684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7382;QD=51.0051;RBI=0.0743731;REFB=-0.0608444;REVB=-0.00394522;RO=30;SAF=218;SAR=53;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862374;STB=0.545683;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0171197;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:303:30:30:271:273:0.90099:53:218:15:15:53:220:15:15 chr12 129298799 . T C 1960.52 PASS AF=0.888199;AO=142;DP=160;FAO=143;FDP=161;FR=.;FRO=18;FSAF=56;FSAR=87;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0275897;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4063;QD=48.7085;RBI=0.0288763;REFB=-0.0361944;REVB=-0.00852353;RO=17;SAF=54;SAR=88;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442752;STB=0.526691;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00576815;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:160:161:17:18:142:143:0.888199:88:54:3:14:87:56:3:15 chr12 129298848 . G A 4137.74 PASS AF=0.964539;AO=272;DP=282;FAO=272;FDP=282;FR=.;FRO=10;FSAF=45;FSAR=227;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0708315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1021;QD=58.6913;RBI=0.0708712;REFB=-0.0696417;REVB=0.00236994;RO=10;SAF=45;SAR=227;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0042129;STB=0.502212;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0052497;OID=.;OPOS=129298848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:282:282:10:10:272:272:0.964539:227:45:2:8:227:45:2:8 chr12 129299385 . G A 1568.49 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0795228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.863;QD=64.0199;RBI=0.0795741;REFB=0;REVB=0.0028568;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110536;OID=.;OPOS=129299385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:55:42:0:0:55:43:0:0 chr12 129329082 . T C 546.44 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.875;QD=59.0748;RBI=0.0428278;REFB=0;REVB=0.0152784;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201956;OID=.;OPOS=129329082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:27:7:0:0:27:10:0:0 chr12 129383848 . GTGT G 654.76 PASS AF=0.396739;AO=75;DP=192;FAO=73;FDP=184;FR=.;FRO=111;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=0.00845122;FXX=0.0416645;HRUN=1;LEN=3;MLLD=257.512;QD=14.2338;RBI=0.0178212;REFB=-0.0106257;REVB=-0.0156899;RO=108;SAF=29;SAR=46;SRF=64;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215957;STB=0.596424;STBP=0.049;TYPE=del;VARB=0.0148336;OID=.;OPOS=129383849;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396739:75:192:73:184:111:31:42:65:46:99:108:29:46:64:44 chr12 129559421 . C T 889.67 PASS AF=0.446512;AO=95;DP=214;FAO=96;FDP=215;FR=.;FRO=119;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=0.00637234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.415;QD=16.5519;RBI=0.00643872;REFB=-0.00448162;REVB=-0.000922206;RO=117;SAF=40;SAR=55;SRF=57;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666043;STB=0.53506;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00589326;OID=.;OPOS=129559421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:117:119:95:96:0.446512:55:40:57:60:56:40:57:62 chr12 129559557 . C T 435.36 PASS AF=0.621212;AO=42;DP=67;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00757063;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.043;QD=26.3855;RBI=0.0101775;REFB=-0.00207259;REVB=0.00680205;RO=25;SAF=20;SAR=22;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135694;STB=0.579027;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00128622;OID=.;OPOS=129559557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:25:25:42:41:0.621212:22:20:7:18:21:20:7:18 chr12 130185054 . A T 158.41 PASS AF=0.216667;AO=26;DP=120;FAO=26;FDP=120;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.0224128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.266;QD=5.28021;RBI=0.033393;REFB=-0.00371977;REVB=-0.0247539;RO=94;SAF=11;SAR=15;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975254;STB=0.56052;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0188355;OID=.;OPOS=130185054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:94:94:26:26:0.216667:15:11:47:47:15:11:47:47 chr12 130649328 . T A 35.81 PASS AF=0.0989011;AO=8;DP=89;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.0860922;FXX=0.0108684;HRUN=13;LEN=1;MLLD=148.16;QD=1.5739;RBI=0.090085;REFB=-0.00614107;REVB=-0.0265223;RO=75;SAF=7;SAR=1;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560908;STB=0.816284;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0529957;OID=.;OPOS=130649328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:89:91:75:82:8:9:0.0989011:1:7:26:49:2:7:33:49 chr12 130649543 . C G 1537.82 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.375;QD=62.7682;RBI=0.0541027;REFB=-0.0766014;REVB=0.0265208;RO=0;SAF=32;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418017;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:98:98:0:0:97:98:1:65:32:0:0:66:32:0:0 chr12 130649770 . C T 313.48 PASS AF=0.338983;AO=40;DP=118;FAO=40;FDP=118;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.0092654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.302;QD=10.6265;RBI=0.0126667;REFB=-0.00466065;REVB=0.00863707;RO=76;SAF=16;SAR=24;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401156;STB=0.524463;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00816351;OID=.;OPOS=130649770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:76:78:40:40:0.338983:24:16:33:43:24:16:34:44 chr12 130649962 . C T 282.84 PASS AF=0.308943;AO=39;DP=123;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0207346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1888;QD=9.19807;RBI=0.0267869;REFB=-0.0104878;REVB=0.0169592;RO=83;SAF=24;SAR=15;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225173;STB=0.616797;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0266279;OID=.;OPOS=130649962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:83:85:39:38:0.308943:15:24:35:48:15:23:37:48 chr12 130650016 . G C,T 1468.18 PASS AF=0.960396,0.039604;AO=87,4;DP=91;FAO=97,4;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=30,4;FSAR=67,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134679,0.0128453;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.763,79.0609;QD=58.1457;RBI=0.038791,0.0128755;REFB=0,0;REVB=0.036378,-0.000881113;RO=0;SAF=30,4;SAR=57,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.04997e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00143356,-0.0233323;OID=.,.;OPOS=130650016,130650016;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:91:101:0:0:87,4:97,4:0.960396,0.039604:57,0:30,4:0:0:67,0:30,4:0:0 chr12 130650180 . A G 518.33 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0237537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.499;QD=22.7837;RBI=0.0238546;REFB=-0.0214038;REVB=-0.00219229;RO=41;SAF=19;SAR=30;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232987;STB=0.519655;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0202321;OID=.;OPOS=130650180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:42:49:49:0.538462:30:19:17:24:30:19:18:24 chr12 130839165 . G A 874.82 PASS AF=0.607692;AO=79;DP=130;FAO=79;FDP=130;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00918149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.33;QD=26.9174;RBI=0.00995642;REFB=0.000340753;REVB=0.00385104;RO=51;SAF=29;SAR=50;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786025;STB=0.542688;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.000106728;OID=.;OPOS=130839165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:51:51:79:79:0.607692:50:29:24:27:50:29:24:27 chr12 130841638 . G A 191.93 PASS AF=0.487805;AO=16;DP=37;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000572081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.354;QD=18.7252;RBI=0.0100341;REFB=-0.0138145;REVB=-0.0100178;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304499;STB=0.646002;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0122199;OID=.;OPOS=130841638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:41:19:21:16:20:0.487805:5:11:7:12:6:14:9:12 chr12 130847389 . A G 1685.92 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7411;QD=60.2114;RBI=0.0031076;REFB=0;REVB=-0.00269664;RO=0;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270698;OID=.;OPOS=130847389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:64:47:0:0:65:47:0:0 chr12 130884347 . A G 351.51 PASS AF=0.583333;AO=33;DP=59;FAO=35;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0484804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.483;QD=23.4341;RBI=0.0524259;REFB=-0.0272251;REVB=-0.0199529;RO=18;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553144;STB=0.594378;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0203968;OID=.;OPOS=130884347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:18:25:33:35:0.583333:21:12:8:10:23:12:14:11 chr12 130912757 . C T 484.54 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0147097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3092;QD=21.0669;RBI=0.0505814;REFB=0.0370981;REVB=-0.0483953;RO=45;SAF=22;SAR=25;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772592;STB=0.542707;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0256642;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:25:22:25:20:25:22:25:20 chr12 130921471 . T C 184.78 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0274419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.836;QD=8.3046;RBI=0.0281886;REFB=-0.0374321;REVB=-0.00644524;RO=62;SAF=5;SAR=20;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395382;STB=0.739792;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0744969;OID=.;OPOS=130921471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:62:64:25:25:0.280899:20:5:31:31:20:5:32:32 chr12 131275484 . G A 614.69 PASS AF=0.423313;AO=69;DP=163;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=-0.000750681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.083;QD=15.0844;RBI=0.0136475;REFB=0.00400598;REVB=-0.0136268;RO=93;SAF=25;SAR=44;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389464;STB=0.519317;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00378513;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:93:94:69:69:0.423313:44:25:37:56:44:25:37:57 chr12 131276448 . G T 2252.57 PASS AF=0.986842;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0037957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.13;QD=59.2781;RBI=0.0244496;REFB=0.0509663;REVB=-0.0241532;RO=2;SAF=60;SAR=90;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155882;STB=0.508196;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.000287895;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:152:2:2:150:150:0.986842:90:60:2:0:90:60:2:0 chr12 131299974 . A G 1701.65 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.098;QD=60.2352;RBI=0.0213286;REFB=0;REVB=-0.0179526;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298948;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:62:50:0:0:62:51:0:0 chr12 131306314 . C G 172.14 PASS AF=0.25;AO=26;DP=103;FAO=26;FDP=104;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.051978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3203;QD=6.62074;RBI=0.0574217;REFB=0.00185591;REVB=0.0244037;RO=76;SAF=10;SAR=16;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131153;STB=0.520108;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00664961;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:76:78:26:26:0.25:16:10:30:46:16:10:32:46 chr12 131354294 . AGA AA,AG 34.95 PASS AF=0.384615,0.307692;AO=2,6;DP=20;FAO=5,4;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=0,2;FSAR=5,2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0201119,0.153112;FXX=0.187383;HRUN=1,8;LEN=1,1;MLLD=186.291,5.48882;QD=10.7544;RBI=0.0317135,0.164595;REFB=-0.00946459,0.0450189;REVB=-0.0245206,-0.060401;RO=9;SAF=1,2;SAR=1,4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.307174,0.129519;STB=0.5,0.749055;STBP=1,0.342;TYPE=del,del;VARB=0.0286885,0.395242;OID=.,.;OPOS=131354295,131354296;OREF=G,A;OALT=-,-;OMAPALT=AA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.384615,0.307692:2,6:20:5,4:13:4:0,2:5,2:0:4:20:9:1,2:1,4:2:7 chr12 131466562 . T C 1989.58 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8396;QD=62.1743;RBI=0.0493963;REFB=0;REVB=0.0458297;RO=0;SAF=51;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68604e-05;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:77:51:0:0:77:51:0:0 chr12 131590404 . G A 593.43 PASS AF=0.353535;AO=70;DP=197;FAO=70;FDP=198;FR=.;FRO=128;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=0.00233179;FXX=0.00502487;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.602;QD=11.9885;RBI=0.00667028;REFB=-0.00636117;REVB=0.00624943;RO=127;SAF=34;SAR=36;SRF=69;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651012;STB=0.534438;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0106856;OID=.;OPOS=131590404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:127:128:70:70:0.353535:36:34:69:58:36:34:69:59 chr12 131620588 . A G 1770.54 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6469;QD=59.5138;RBI=0.0463591;REFB=0;REVB=0.021949;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180975;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:119:0:0:116:119:1:58:58:0:0:61:58:0:0 chr12 131622735 . T C 245.34 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=76;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0196989;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.248;QD=13.085;RBI=0.0227488;REFB=-0.00875135;REVB=-0.0113783;RO=45;SAF=18;SAR=10;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146351;STB=0.562456;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0118339;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:45:46:28:29:0.386667:10:18:23:22:11:18:24:22 chr12 132237848 . T C 1141.77 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028227;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.522;QD=60.8943;RBI=0.0337683;REFB=0;REVB=0.0185348;RO=0;SAF=4;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83916e-05;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:76:75:1:72:4:0:0:71:4:0:0 chr12 132271113 . T C 3858.65 PASS AF=1;AO=241;DP=242;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.651;QD=63.7794;RBI=0.0374988;REFB=0;REVB=-0.00851457;RO=0;SAF=110;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.88612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05891e-05;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:242:0:0:241:242:1:131:110:0:0:131:111:0:0 chr12 132325239 . G A 2068.53 PASS AF=0.605178;AO=187;DP=309;FAO=187;FDP=309;FR=.;FRO=122;FSAF=107;FSAR=80;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=-0.00473081;FXX=0.0032257;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.448;QD=26.777;RBI=0.0365856;REFB=-0.00275079;REVB=0.0362784;RO=119;SAF=107;SAR=80;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374571;STB=0.522352;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00163842;OID=.;OPOS=132325239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:119:122:187:187:0.605178:80:107:62:57:80:107:63:59 chr12 132396603 . C T 1729.24 PASS AF=0.361888;AO=207;DP=574;FAO=207;FDP=572;FR=.;FRO=365;FSAF=82;FSAR=125;FSRF=165;FSRR=200;FWDB=-0.0072529;FXX=0.00348426;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.263;QD=12.0926;RBI=0.0152674;REFB=-0.0312364;REVB=0.0134346;RO=332;SAF=82;SAR=125;SRF=132;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00166844;STB=0.53672;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0556727;OID=.;OPOS=132396603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:574:572:332:365:207:207:0.361888:125:82:132:200:125:82:165:200 chr12 132402020 . T C 1331.52 PASS AF=0.34413;AO=159;DP=471;FAO=170;FDP=494;FR=.;FRO=324;FSAF=72;FSAR=98;FSRF=129;FSRR=195;FWDB=-0.0719873;FXX=0.00403218;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1689;QD=10.7815;RBI=0.0776661;REFB=-0.00918557;REVB=0.0291522;RO=309;SAF=67;SAR=92;SRF=120;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395923;STB=0.517133;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0233749;OID=.;OPOS=132402020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:471:494:309:324:159:170:0.34413:92:67:120:189:98:72:129:195 chr12 132403161 . A G 2833.62 PASS AF=0.994505;AO=179;DP=181;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=129;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0522753;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.693;QD=62.2775;RBI=0.0522914;REFB=-0.0538693;REVB=-0.00129749;RO=1;SAF=50;SAR=129;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942506;STB=0.504761;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=1.26766e-05;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:181:182:1:1:179:181:0.994505:129:50:1:0:129:52:1:0 chr12 132406666 . G C 766.32 PASS AF=0.293948;AO=102;DP=346;FAO=102;FDP=347;FR=.;FRO=245;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=131;FSRR=114;FWDB=-0.00470708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.478;QD=8.83362;RBI=0.0960562;REFB=-0.00976748;REVB=-0.0959408;RO=242;SAF=56;SAR=46;SRF=130;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014444;STB=0.51019;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.023882;OID=.;OPOS=132406666;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:347:242:245:102:102:0.293948:46:56:130:112:46:56:131:114 chr12 132508389 . A G 310.99 PASS AF=0.347826;AO=39;DP=114;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.00739714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.436;QD=10.8169;RBI=0.0076253;REFB=-0.00401704;REVB=-0.00185136;RO=75;SAF=20;SAR=19;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234303;STB=0.505449;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00893312;OID=.;OPOS=132508389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:75:75:39:40:0.347826:19:20:40:35:19:21:40:35 chr12 132538025 . A G 538.86 PASS AF=0.450382;AO=51;DP=124;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0567017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.2838;QD=16.4538;RBI=0.0826504;REFB=-0.0238899;REVB=0.0601333;RO=68;SAF=17;SAR=34;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148068;STB=0.552033;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0521195;OID=.;OPOS=132538025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:131:68:72:51:59:0.450382:34:17:32:36:35:24:36:36 chr12 132589430 . G A 153.09 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.889;QD=43.7404;RBI=0.0730512;REFB=0;REVB=0.010324;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714342;OID=.;OPOS=132589430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:1:0:13:14:1:7:6:1:0:7:7:0:0 chr12 132589466 . G A 95.19 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0424086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.498;QD=34.6159;RBI=0.0479372;REFB=0.0480743;REVB=-0.0223492;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000961972;OID=.;OPOS=132589466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:1:0:4:6:1:0 chr12 132589649 . C T 158.23 PASS AF=0.229358;AO=25;DP=109;FAO=25;FDP=109;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.0118775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.143;QD=5.80651;RBI=0.0119039;REFB=-0.00316918;REVB=-0.000792928;RO=84;SAF=9;SAR=16;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122338;STB=0.507528;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00945374;OID=.;OPOS=132589649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:84:84:25:25:0.229358:16:9:31:53:16:9:31:53 chr12 132598995 . C T 186.07 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=7.77604e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2753;QD=10.4828;RBI=0.0508892;REFB=0.00615899;REVB=-0.0508891;RO=47;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120585;STB=0.507036;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0131419;OID=.;OPOS=132598995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:12:12:23:24:12:12:23:24 chr12 132624252 . G A 298.59 PASS AF=0.353535;AO=31;DP=96;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0194229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.664;QD=12.0641;RBI=0.0247604;REFB=-0.0174932;REVB=-0.0153567;RO=64;SAF=14;SAR=17;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380571;STB=0.500866;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.034014;OID=.;OPOS=132624252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:64:64:31:35:0.353535:17:14:31:33:18:17:31:33 chr12 132626425 . G A 661.15 PASS AF=0.386598;AO=74;DP=194;FAO=75;FDP=194;FR=.;FRO=119;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=66;FSRR=53;FWDB=-0.0166517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0206;QD=13.6319;RBI=0.0170335;REFB=-0.000553827;REVB=0.00358645;RO=119;SAF=37;SAR=37;SRF=66;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596598;STB=0.537554;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000694177;OID=.;OPOS=132626425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:119:119:74:75:0.386598:37:37:66:53:38:37:66:53 chr12 132626668 . T C 569.88 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.013129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.819;QD=25.328;RBI=0.0206349;REFB=-0.0131781;REVB=0.0159194;RO=35;SAF=19;SAR=33;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646395;STB=0.522846;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0102999;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:35:38:52:52:0.577778:33:19:10:25:33:19:12:26 chr12 132627365 . G A 559.95 PASS AF=0.425532;AO=60;DP=142;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.029982;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.713;QD=15.885;RBI=0.0428965;REFB=0.0010016;REVB=0.0306787;RO=81;SAF=24;SAR=36;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185482;STB=0.510382;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00145951;OID=.;OPOS=132627365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:81:81:60:60:0.425532:36:24:31:50:36:24:31:50 chr12 132628281 . C T 422.31 PASS AF=0.359712;AO=49;DP=139;FAO=50;FDP=139;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=85;FWDB=0.0581403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.062;QD=12.1527;RBI=0.062764;REFB=0.00729889;REVB=0.0236437;RO=80;SAF=7;SAR=42;SRF=3;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300098;STB=0.654447;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0139907;OID=.;OPOS=132628281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:89:49:50:0.359712:42:7:3:77:43:7:4:85 chr12 132628285 . G A 383.69 PASS AF=0.34058;AO=48;DP=138;FAO=47;FDP=138;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=87;FWDB=0.0100426;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0012;QD=11.1215;RBI=0.0822277;REFB=-0.00516778;REVB=0.0816121;RO=87;SAF=7;SAR=41;SRF=4;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285718;STB=0.668872;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0110554;OID=.;OPOS=132628285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:87:91:48:47:0.34058:41:7:4:83:40:7:4:87 chr12 132635521 . T C 283.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00142086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.899;QD=17.729;RBI=0.0191064;REFB=-0.00674423;REVB=-0.0190535;RO=33;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217993;STB=0.512187;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00779198;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:11:20:22:11:11:20:22:11 chr12 132635581 . C T 406.55 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0552387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5677;QD=20.0766;RBI=0.0576409;REFB=-0.034397;REVB=-0.0164668;RO=38;SAF=19;SAR=22;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318703;STB=0.530425;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.038718;OID=.;OPOS=132635581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:40:41:41:0.506173:22:19:19:19:22:19:21:19 chr12 132682481 . T G 6283.7 PASS AF=1;AO=396;DP=398;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=188;FSAR=212;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00708214;FXX=0.0024937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.675;QD=62.837;RBI=0.0113032;REFB=0;REVB=-0.00880942;RO=0;SAF=185;SAR=211;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67309e-06;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:398:400:0:0:396:400:1:211:185:0:0:212:188:0:0 chr12 132682484 . A G 6343.68 PASS AF=1;AO=390;DP=392;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=188;FSAR=210;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106686;FXX=0.0025062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.662;QD=63.7556;RBI=0.106925;REFB=0;REVB=0.00714813;RO=1;SAF=180;SAR=210;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264397;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93503e-05;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:392:398:1:0:390:398:1:210:180:1:0:210:188:0:0 chr12 132811399 . A G 577.98 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00867734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0536;QD=59.2799;RBI=0.112089;REFB=0;REVB=0.111753;RO=0;SAF=27;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458174;OID=.;OPOS=132811399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:39:0:0:31:39:1:4:27:0:0:9:30:0:0 chr12 132811431 . G A 66.88 PASS AF=0.275;AO=4;DP=43;FAO=11;FDP=40;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=28;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00400419;FXX=0.0476077;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.292;QD=6.68756;RBI=0.00400565;REFB=-0.0429736;REVB=0.000107835;RO=14;SAF=2;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247161;STB=0.716582;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.125197;OID=.;OPOS=132811431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:43:40:14:28:4:11:0.275:2:2:10:4:8:3:16:12 chr12 132811498 . TC T 698.45 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143623;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.5208;QD=49.0138;RBI=0.149468;REFB=0;REVB=-0.0413917;RO=1;SAF=21;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00229023;OID=.;OPOS=132811499;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:58:57:57:0:22:35:0:0:12:1:21:35:1:0 chr12 132824450 . G T 631.22 PASS AF=0.387097;AO=72;DP=187;FAO=72;FDP=186;FR=.;FRO=114;FSAF=6;FSAR=66;FSRF=17;FSRR=97;FWDB=0.00601988;FXX=0.00534731;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.139;QD=13.5747;RBI=0.0134848;REFB=-0.0199265;REVB=-0.0120665;RO=114;SAF=6;SAR=66;SRF=17;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188166;STB=0.608138;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0357676;OID=.;OPOS=132824450;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:114:114:72:72:0.387097:66:6:17:97:66:6:17:97 chr12 132862976 . G A 194.64 PASS AF=0.282609;AO=26;DP=92;FAO=26;FDP=92;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.00608486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.111;QD=8.46275;RBI=0.0141174;REFB=0.00534374;REVB=0.0127388;RO=64;SAF=11;SAR=15;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207166;STB=0.510301;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00901592;OID=.;OPOS=132862976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:64:66:26:26:0.282609:15:11:26:38:15:11:27:39 chr12 132905556 . G A 76.34 PASS AF=0.19697;AO=12;DP=65;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.0140581;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.144;QD=4.62657;RBI=0.0148951;REFB=-0.00606064;REVB=0.00492257;RO=53;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107377;STB=0.512176;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0310037;OID=.;OPOS=132905556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:65:66:53:53:12:13:0.19697:9:3:17:36:9:4:17:36 chr12 133124555 . GCC GC,G,GGC 2304.1 PASS AF=0.478632,0.508547,0;AO=76,83,9;DP=223;FAO=112,119,0;FDP=234;FR=.;FRO=3;FSAF=103,114,0;FSAR=9,5,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.100514,-0.0444034,-0.00970698;FXX=0.0290444;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=13.361,17.7439,6.34224;QD=39.3864;RBI=0.257572,0.133277,0.0497796;REFB=0.0562032,0.035532,-0.00813227;REVB=-0.23715,-0.125662,0.048824;RO=12;SAF=76,83,2;SAR=0,0,7;SRF=12;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0.445946,0.445946,0;SSSB=0,0,-0.656205;STB=0.507176,0.506492,0.5;STBP=0.619,0.619,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.051111,0.0221549,0;OID=.,.,.;OPOS=133124556,133124556,133124556;OREF=C,CC,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GC,G,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.478632,0.508547,0:76,83,9:223:112,119,0:234:3:103,114,0:9,5,0:3:0:99:12:76,83,2:0,0,7:12:0 chr12 133159733 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0136972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.636;QD=14.0434;RBI=0.0139422;REFB=0.0233275;REVB=0.00260201;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0173714;OID=.;OPOS=133159733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr12 133181399 . T C 1782.86 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.606;QD=60.9526;RBI=0.0223458;REFB=0;REVB=-0.0129869;RO=0;SAF=66;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53118e-06;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:117:0:0:114:117:1:48:66:0:0:49:68:0:0 chr12 133181408 . C G 287.74 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.00325735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.897;QD=10.5593;RBI=0.0038622;REFB=-0.0110181;REVB=0.00207515;RO=72;SAF=20;SAR=17;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983538;STB=0.556645;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0275441;OID=.;OPOS=133181408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:72:37:37:0.33945:17:20:45:27:17:20:45:27 chr12 133182818 . G A 1467.27 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0320925;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.401;QD=56.4335;RBI=0.0441185;REFB=-0.0262772;REVB=0.0302741;RO=2;SAF=38;SAR=63;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148221;STB=0.501319;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.000774082;OID=.;OPOS=133182818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:104:2:3:101:101:0.971154:63:38:0:2:63:38:1:2 chr12 133196596 . T C 1500.67 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000351429;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.155;QD=59.4326;RBI=0.0455884;REFB=0;REVB=0.045587;RO=0;SAF=73;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162666;OID=.;OPOS=133196596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:99:101:1:26:73:0:0:27:74:0:0 chr12 133196909 . A G 393.92 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0274082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1711;QD=13.8218;RBI=0.0275156;REFB=0.00307538;REVB=-0.00242842;RO=67;SAF=31;SAR=15;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183769;STB=0.609013;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00355366;OID=.;OPOS=133196909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:68:46:46:0.403509:15:31:34:33:15:31:34:34 chr12 133201947 . T C 1250.22 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0616973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.309;QD=60.2517;RBI=0.07864;REFB=-0.0389155;REVB=0.0487616;RO=1;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119881;STB=0.506328;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=1.11847e-05;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:39:43:0:1:39:43:0:1 chr12 133202004 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.704;QD=57.7121;RBI=0.0416092;REFB=0;REVB=0.0227861;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277547;OID=.;OPOS=133202004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr12 133208979 . T C 2563.93 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.008;QD=61.7815;RBI=0.00623252;REFB=0;REVB=-0.000740508;RO=0;SAF=76;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1215e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58886e-06;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:166:0:0:165:166:1:89:76:0:0:89:77:0:0 chr12 133219831 . T C 2855.64 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011721;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.281;QD=63.1081;RBI=0.0316072;REFB=0;REVB=0.0293536;RO=0;SAF=77;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72516e-05;OID=.;OPOS=133219831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:181:0:0:180:181:1:103:77:0:0:103:78:0:0 chr12 133236000 . C T 2197.73 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.656;QD=63.2439;RBI=0.0324274;REFB=0;REVB=-0.0190901;RO=0;SAF=58;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49311e-06;OID=.;OPOS=133236000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:81:58:0:0:81:58:0:0 chr12 133245001 . C T 783.76 PASS AF=0.584;AO=73;DP=125;FAO=73;FDP=125;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0314764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.912;QD=25.0802;RBI=0.0315805;REFB=0.00193373;REVB=0.00256263;RO=51;SAF=30;SAR=43;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310382;STB=0.5134;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00127316;OID=.;OPOS=133245001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:51:52:73:73:0.584:43:30:23:28:43:30:23:29 chr12 133294101 . T C 360.8 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=0.00814756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.028;QD=13.1198;RBI=0.0185301;REFB=-0.00548989;REVB=-0.0166427;RO=66;SAF=22;SAR=21;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206754;STB=0.620056;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0111386;OID=.;OPOS=133294101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:67:43:43:0.390909:21:22:21:45:21:22:21:46 chr12 133295353 . C T 1074.3 PASS AF=0.554945;AO=101;DP=182;FAO=101;FDP=182;FR=.;FRO=81;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.00373999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.191;QD=23.6109;RBI=0.00375696;REFB=-0.00661997;REVB=0.000356678;RO=80;SAF=56;SAR=45;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138968;STB=0.505058;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00577762;OID=.;OPOS=133295353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:80:81:101:101:0.554945:45:56:43:37:45:56:44:37 chr12 133363376 . G T 1778.05 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.382;QD=60.7881;RBI=0.0474919;REFB=0;REVB=-0.020733;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71997e-05;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:117:0:0:111:117:1:58:53:0:0:58:59:0:0 chr12 133384864 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0198232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.537;QD=10.5422;RBI=0.0225722;REFB=0.00548055;REVB=0.0107955;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224451;STB=0.637514;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0132208;OID=.;OPOS=133384864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:9:2:7:14:9:2:7:14 chr12 133393323 . C T 274.46 PASS AF=0.258278;AO=39;DP=151;FAO=39;FDP=151;FR=.;FRO=112;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=-0.00464553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.454;QD=7.27033;RBI=0.0136131;REFB=-0.00119468;REVB=0.0127959;RO=112;SAF=15;SAR=24;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187509;STB=0.612187;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00339973;OID=.;OPOS=133393323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:112:112:39:39:0.258278:24:15:60:52:24:15:60:52 chr12 133411987 . G C 2814.78 PASS AF=0.989071;AO=180;DP=182;FAO=181;FDP=183;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.024517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.633;QD=61.5253;RBI=0.0245269;REFB=-0.0290049;REVB=-0.000699352;RO=2;SAF=79;SAR=101;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129771;STB=0.500642;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00021526;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:182:183:2:2:180:181:0.989071:101:79:1:1:101:80:1:1 chr12 133417982 . T TAA 348.95 PASS AF=0.542553;AO=37;DP=96;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0965122;FXX=0.0309246;HRUN=3;LEN=2;MLLD=26.0731;QD=14.8487;RBI=0.132335;REFB=0.0351669;REVB=-0.0905427;RO=43;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108696;STB=0.5357;STBP=0.458;TYPE=ins;VARB=-0.0329579;OID=.;OPOS=133417983;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542553:37:96:51:94:43:21:30:21:22:99:43:14:23:21:22 chr12 133423695 . A G 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00277187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.427;QD=10.8236;RBI=0.00608086;REFB=-0.0165817;REVB=0.00541235;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16234;STB=0.596995;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0264622;OID=.;OPOS=133423695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:13:10:7:5:13:10 chr12 133433173 . T C 1188.34 PASS AF=0.94186;AO=81;DP=86;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0854094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0588;QD=55.2717;RBI=0.0996115;REFB=-0.117728;REVB=-0.0512609;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528083;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00811197;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:86:86:0:5:81:81:0.94186:39:42:0:0:39:42:5:0 chr12 133433240 . C T 303.33 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0408814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.092;QD=22.0603;RBI=0.040936;REFB=0.00456005;REVB=0.00211534;RO=23;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798357;STB=0.553811;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00258417;OID=.;OPOS=133433240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:31:31:0.563636:18:13:12:11:18:13:13:11 chr12 133433300 . C T 218.55 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0718963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9442;QD=31.2219;RBI=0.0853062;REFB=-0.0118522;REVB=-0.0459137;RO=8;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106183;STB=0.558337;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0015512;OID=.;OPOS=133433300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:9:11:6:2:9:11:6:2 chr12 133435716 . T G 397.39 PASS AF=0.355556;AO=46;DP=135;FAO=48;FDP=135;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=0.00330245;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.528;QD=11.7746;RBI=0.016757;REFB=-0.00317448;REVB=-0.0164284;RO=87;SAF=25;SAR=21;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626829;STB=0.544127;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00632785;OID=.;OPOS=133435716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:87:87:46:48:0.355556:21:25:52:35:22:26:53:34 chr12 133502802 . T G 512.21 PASS AF=0.320574;AO=67;DP=209;FAO=67;FDP=209;FR=.;FRO=142;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=60;FSRR=82;FWDB=0.0223959;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.831;QD=9.80315;RBI=0.02901;REFB=-0.00488916;REVB=-0.0184391;RO=140;SAF=35;SAR=32;SRF=58;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126533;STB=0.567548;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0116237;OID=.;OPOS=133502802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:140:142:67:67:0.320574:32:35:58:82:32:35:60:82 chr12 133587980 . C T 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.704;QD=64.4107;RBI=0.0400243;REFB=0;REVB=0.032039;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015214;OID=.;OPOS=133587980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr12 133618022 . G A 415.35 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0245466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4464;QD=19.3185;RBI=0.0264274;REFB=0.0101739;REVB=0.00979147;RO=44;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00200887;STB=0.501117;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.012879;OID=.;OPOS=133618022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:23:19:20:24:23:19:20:24 chr12 133634450 . A C 257.61 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0468052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.613;QD=46.8374;RBI=0.0468478;REFB=-0.157203;REVB=0.00199692;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.519981;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00256578;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:21:22:1:1:20:21:0.954545:9:11:1:0:9:12:1:0 chr12 133664122 . G A 52.73 PASS AF=0.533333;AO=6;DP=13;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.113943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.209;QD=14.0625;RBI=0.114733;REFB=-0.0326147;REVB=-0.0134445;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406329;STB=0.683871;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0974304;OID=.;OPOS=133664122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:13:15:7:7:6:8:0.533333:4:2:0:7:6:2:0:7 chr12 133677542 . T C 344.68 PASS AF=0.607143;AO=33;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.015545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2396;QD=24.6198;RBI=0.0335169;REFB=0.00284778;REVB=-0.029694;RO=21;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162091;STB=0.599943;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00390574;OID=.;OPOS=133677542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:22:33:34:0.607143:17:16:15:6:18:16:16:6 chr12 133682655 . A G 144.14 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00886273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.742;QD=24.0238;RBI=0.0115008;REFB=0.00697438;REVB=-0.0073294;RO=9;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105445;STB=0.559242;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0032976;OID=.;OPOS=133682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:6:9:4:5:6:9:4:5 chr12 133683261 . T C 133.84 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0121702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.783;QD=25.4942;RBI=0.0213836;REFB=0.012514;REVB=0.0175825;RO=7;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853821;STB=0.547876;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00940362;OID=.;OPOS=133683261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:6:8:3:4:6:8:3:4 chr12 133683280 . A T 163.99 PASS AF=0.6;AO=15;DP=27;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.110033;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=25.366;QD=21.8647;RBI=0.110772;REFB=-0.0647153;REVB=-0.0127732;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202987;STB=0.578859;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0476464;OID=.;OPOS=133683280;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:30:12:12:15:18:0.6:10:5:7:5:11:7:7:5 chr12 133683628 . A T 398.88 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.028058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.271;QD=26.5918;RBI=0.0304342;REFB=-0.0071088;REVB=-0.0117893;RO=22;SAF=12;SAR=26;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254401;STB=0.639269;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00605916;OID=.;OPOS=133683628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:26:12:15:7:26:12:15:7 chr12 133683750 . C A 285.14 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00547667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.266;QD=30.0151;RBI=0.00863223;REFB=-0.0311573;REVB=0.00667245;RO=13;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122736;STB=0.559275;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00976461;OID=.;OPOS=133683750;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:24:25:0.657895:12:12:4:9:13:12:4:9 chr12 133732624 . C T 236.06 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0176204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3995;QD=17.4857;RBI=0.0181725;REFB=-0.0220634;REVB=0.00444555;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355447;STB=0.519985;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0283058;OID=.;OPOS=133732624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:14:14:14:12:14:14 chr12 133778796 . C T 376.36 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00791757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.079;QD=23.5226;RBI=0.00824317;REFB=-0.00282777;REVB=-0.00229391;RO=25;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353924;STB=0.536607;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00186098;OID=.;OPOS=133778796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:25:27:37:37:0.578125:21:16:12:13:21:16:14:13 chr12 133780459 . C T 190.34 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0251034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1827;QD=21.1494;RBI=0.0328013;REFB=0.00746741;REVB=0.0211127;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065238;STB=0.585712;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00769757;OID=.;OPOS=133780459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:17:19:19:0.527778:10:9:5:8:10:9:5:12 chr12 133781231 . GA G 103.54 PASS AF=0.348485;AO=22;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.131102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.7586;QD=6.27506;RBI=0.162953;REFB=0.0243431;REVB=0.0967769;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166981;STB=0.585035;STBP=0.326;TYPE=del;VARB=-0.0218179;OID=.;OPOS=133781232;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348485:22:66:23:66:43:11:12:15:28:99:39:10:12:12:27 chr12 133781428 . A C 306.75 PASS AF=0.345133;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0179468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.174;QD=10.8584;RBI=0.0183229;REFB=-0.00307633;REVB=-0.00369381;RO=72;SAF=15;SAR=24;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698392;STB=0.541586;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00610653;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:72:74:39:39:0.345133:24:15:32:40:24:15:33:41 chr12 133781605 . A G 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.000605632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.771;QD=12.7851;RBI=0.00841138;REFB=-0.0080617;REVB=0.00838955;RO=43;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571195;STB=0.532745;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0115813;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:13:14:20:23:13:14:20:23 chr12 133795885 . G A 1369.61 PASS AF=0.401575;AO=152;DP=385;FAO=153;FDP=381;FR=.;FRO=228;FSAF=69;FSAR=84;FSRF=98;FSRR=130;FWDB=0.0182419;FXX=0.0103893;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.017;QD=14.3791;RBI=0.0243775;REFB=0.00332447;REVB=0.0161708;RO=217;SAF=69;SAR=83;SRF=91;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369374;STB=0.512814;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00455651;OID=.;OPOS=133795885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:381:217:228:152:153:0.401575:83:69:91:126:84:69:98:130 chr12 133795960 . A G 973.11 PASS AF=0.429752;AO=104;DP=242;FAO=104;FDP=242;FR=.;FRO=138;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=43;FSRR=95;FWDB=0.00108256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.298;QD=16.0845;RBI=0.00369412;REFB=-0.00521864;REVB=0.00353194;RO=138;SAF=48;SAR=56;SRF=43;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157237;STB=0.587152;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00706945;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:138:138:104:104:0.429752:56:48:43:95:56:48:43:95 chr13 19600126 . G A 591.7 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.537;QD=60.6869;RBI=0.0151287;REFB=0;REVB=-0.0127556;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16981e-06;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr13 19600200 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.301;QD=56.7065;RBI=0.0234025;REFB=0;REVB=-0.0200132;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.29071e-05;OID=.;OPOS=19600200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr13 19600475 . C A 2608.12 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0498707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7662;QD=61.3675;RBI=0.0626729;REFB=-0.0664167;REVB=0.0379579;RO=1;SAF=83;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745639;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:170:170:1:0:169:170:1:86:83:0:1:87:83:0:0 chr13 19751544 . C T 1641.39 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0570463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3366;QD=60.2345;RBI=0.0571643;REFB=0;REVB=0.00367118;RO=0;SAF=68;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95179e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.64429e-05;OID=.;OPOS=19751544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:107:109:1:39:68:0:0:39:70:0:0 chr13 19753585 . GT G,TG 2708.77 PASS AF=0.908425,0.0915751;AO=45,24;DP=257;FAO=248,25;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=134,0;FSAR=114,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.04994,0.0744247;FXX=0.00727246;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=12.5813,157.872;QD=39.6889;RBI=1.16096,0.0744339;REFB=0,0;REVB=0.495429,0.00116561;RO=181;SAF=6,0;SAR=39,24;SRF=125;SRR=56;SSEN=0.326923,0;SSEP=0.324136,0;SSSB=-0.657763,-0.752066;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0402792,0.059888;OID=.,.;OPOS=19753586,19753585;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:76:257:273:181:0:45,24:248,25:0.908425,0.0915751:39,24:6,0:125:56:114,25:134,0:0:0 chr13 19999913 . G A 1643.96 PASS AF=0.90625;AO=116;DP=128;FAO=116;FDP=128;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=96;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0224134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.736;QD=51.3737;RBI=0.0227237;REFB=-0.0282322;REVB=0.00374244;RO=12;SAF=20;SAR=96;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138203;STB=0.573365;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00145397;OID=.;OPOS=19999913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:128:128:12:12:116:116:0.90625:96:20:8:4:96:20:8:4 chr13 19999968 . T C 1581.9 PASS AF=0.876923;AO=113;DP=129;FAO=114;FDP=130;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=96;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0356413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6548;QD=48.6738;RBI=0.0405878;REFB=-0.0178076;REVB=-0.0194182;RO=16;SAF=17;SAR=96;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117635;STB=0.507691;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00698612;OID=.;OPOS=19999968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:129:130:16:16:113:114:0.876923:96:17:2:14:96:18:2:14 chr13 20000630 . T C 838.73 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0207318;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.376;QD=53.2529;RBI=0.0211363;REFB=-0.0100245;REVB=0.00411548;RO=2;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307191;STB=0.501309;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000449666;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:63:2:2:60:61:0.968254:33:27:1:1:33:28:1:1 chr13 20006620 . C T 380.11 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0274326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5597;QD=14.9061;RBI=0.0444798;REFB=-0.0222771;REVB=-0.0350129;RO=58;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175252;STB=0.592902;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0199297;OID=.;OPOS=20006620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:59:43:43:0.421569:20:23:21:37:20:23:22:37 chr13 20006680 . G C 92.25 PASS AF=0.181818;AO=16;DP=88;FAO=16;FDP=88;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00517848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0056;QD=4.19332;RBI=0.0077941;REFB=0.00886915;REVB=-0.00582506;RO=72;SAF=7;SAR=9;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267776;STB=0.51737;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0309798;OID=.;OPOS=20006680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:88:88:72:72:16:16:0.181818:9:7:30:42:9:7:30:42 chr13 20038584 . A G 1131.25 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.125;QD=58.0127;RBI=0.0254763;REFB=-0.215444;REVB=0.00615603;RO=2;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337627;STB=0.50877;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000556586;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:2:1:76:77:0.987179:27:49:0:2:28:49:0:1 chr13 20066994 . T C 64.88 PASS AF=0.0917431;AO=20;DP=218;FAO=20;FDP=218;FR=.;FRO=198;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=75;FSRR=123;FWDB=0.0237173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.4315;QD=1.19052;RBI=0.0239222;REFB=0.00212096;REVB=0.00312366;RO=197;SAF=11;SAR=9;SRF=75;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200645;STB=0.652149;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0582356;OID=.;OPOS=20066994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:218:218:197:198:20:20:0.0917431:9:11:75:122:9:11:75:123 chr13 20067011 . AG A,CG 1763.39 PASS AF=0.866995,0.118227;AO=51,20;DP=201;FAO=176,24;FDP=203;FR=.;FRO=3;FSAF=59,10;FSAR=117,14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.19436,-0.0378757;FXX=0.00975562;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=11.4634,171.498;QD=34.7465;RBI=0.8769,0.0401492;REFB=-0.0510301,-0.0133019;REVB=0.85509,-0.0133187;RO=117;SAF=50,7;SAR=1,13;SRF=4;SRR=113;SSEN=0,0;SSEP=0.570681,0;SSSB=0.885848,0.632974;STB=0.512395,0.565163;STBP=0.026,0.075;TYPE=del,snp;VARB=0.077935,0.0558384;OID=.,.;OPOS=20067012,20067011;OREF=G,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:92:201:203:117:3:51,20:176,24:0.866995,0.118227:1,13:50,7:4:113:117,14:59,10:3:0 chr13 20233804 . CAAAAAAAAAAAAAAT CAAAAAAAAAAAAATA,CAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAATAAAT 153.88 PASS AF=0.04,0.64,0.32;AO=2,8,2;DP=32;FAO=1,16,8;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,8;FSAR=1,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.513821,-0.175775,-0.0445013;FXX=0.218682;HRUN=14,14,14;LEN=2,2,1;MLLD=12.4269,5.47485,170.458;QD=24.6209;RBI=0.55411,0.259618,0.0532968;REFB=-0.0609881,-0.0275171,-0.0138437;REVB=-0.207427,-0.191062,-0.0293288;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=2,8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.304055,0.016678,-0.00498846;OID=.,.,.;OPOS=20233818,20233805,20233815;OREF=AT,AA,A;OALT=TA,-,T;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAATA,CAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAATAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.04,0.64,0.32:2,8,2:32:1,16,8:25:0:0,0,8:1,16,0:0:0:57:0:0,0,2:2,8,0:0:0 chr13 20247226 . CGGT CG,CGT,CGTT 117.53 PASS AF=0,1,0;AO=2,4,8;DP=15;FAO=0,15,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,0;FSAR=0,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.310714,0.0715468,-0.182882;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=8.09756,11.1367,7.06977;QD=31.3414;RBI=0.582907,0.151855,0.314237;REFB=0,0,0;REVB=-0.493191,-0.133944,0.255537;RO=0;SAF=1,4,8;SAR=1,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.124892,-0.00604339,0.0578047;OID=.,.,.;OPOS=20247228,20247227,20247228;OREF=GT,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=CG,CGT,CGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:2,4,8:15:0,15,0:15:0:0,13,0:0,2,0:0:0:3:0:1,4,8:1,0,0:0:0 chr13 20277413 . T C 328.81 PASS AF=0.273256;AO=47;DP=169;FAO=47;FDP=172;FR=.;FRO=125;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=-0.0440362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.213;QD=7.64667;RBI=0.0441784;REFB=-0.0157979;REVB=-0.00354094;RO=122;SAF=23;SAR=24;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170758;STB=0.506806;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0429093;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:122:125:47:47:0.273256:24:23:58:64:24:23:60:65 chr13 20398669 . T C 954.33 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0955742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4902;QD=56.1369;RBI=0.13316;REFB=-0.134779;REVB=0.0927204;RO=1;SAF=29;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160106;STB=0.508472;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00550434;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:65:67:0.985294:36:29:1:0:38:29:1:0 chr13 20398742 . C T 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5292;QD=56.9996;RBI=0.0565638;REFB=0;REVB=-0.0254467;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000444955;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr13 20539389 . A G 792.89 PASS AF=0.503106;AO=80;DP=160;FAO=81;FDP=161;FR=.;FRO=80;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.042876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.782;QD=19.6991;RBI=0.0430334;REFB=-0.00289174;REVB=0.00367715;RO=77;SAF=35;SAR=45;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387707;STB=0.509063;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00242847;OID=.;OPOS=20539389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:77:80:80:81:0.503106:45:35:37:40:45:36:37:43 chr13 20716533 . G T 2650.91 PASS AF=0.994286;AO=160;DP=161;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0535369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4994;QD=60.5923;RBI=0.0735579;REFB=-0.0908636;REVB=0.0504437;RO=0;SAF=76;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3059e-08;STB=0.50303;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000780367;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:161:175:0:1:160:174:0.994286:84:76:0:0:92:82:1:0 chr13 20763380 . T C 921.47 PASS AF=0.477612;AO=96;DP=202;FAO=96;FDP=201;FR=.;FRO=105;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=-0.0325688;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8313;QD=18.3377;RBI=0.0357701;REFB=0.00307858;REVB=0.014791;RO=104;SAF=47;SAR=49;SRF=45;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537438;STB=0.521947;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00424171;OID=.;OPOS=20763380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:104:105:96:96:0.477612:49:47:45:59:49:47:47:58 chr13 20763642 . C T 698.92 PASS AF=0.451807;AO=75;DP=167;FAO=75;FDP=166;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=59;FWDB=-0.000455524;FXX=0.0177504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.492;QD=16.8415;RBI=0.00945283;REFB=-0.0115728;REVB=-0.00944185;RO=88;SAF=34;SAR=41;SRF=31;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100452;STB=0.556815;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0150503;OID=.;OPOS=20763642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:88:91:75:75:0.451807:41:34:31:57:41:34:32:59 chr13 21063524 . A G 205.52 PASS AF=0.308511;AO=25;DP=93;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0124469;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.519;QD=8.74539;RBI=0.0210595;REFB=0.00629656;REVB=-0.0169876;RO=61;SAF=10;SAR=15;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130182;STB=0.615593;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0095736;OID=.;OPOS=21063524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:61:65:25:29:0.308511:15:10:31:30:19:10:33:32 chr13 21157164 . TGAAAAAAATT ATGAAAAAATT,TGAAAAAATT,TGAAAAAATTT,TGAAAATTAAA 222.88 PASS AF=0,0.605263,0,0.342105;AO=2,7,3,2;DP=46;FAO=0,23,0,13;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=0,18,0,0;FSAR=0,5,0,13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0518666,-0.0641463,0.0428497,-0.0276331;FXX=0.20829;HRUN=1,7,7,7;LEN=3,1,1,5;MLLD=24.8196,7.7814,3.51018,148.702;QD=23.4614;RBI=0.114666,0.278655,0.172072,0.0690772;REFB=0.0421243,0.057335,-0.016367,0.0221418;REVB=0.102265,0.271171,0.166651,0.0633093;RO=3;SAF=1,7,2,0;SAR=1,0,1,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.142842,0.791268,0.255936,-0.599865;STB=0.5,0.526294,0.5,0.998655;STBP=1,0.62,1,0.005;TYPE=mnp,del,snp,mnp;VARB=0,-0.0689957,0.0651927,0.0522014;OID=.,.,.,.;OPOS=21157164,21157166,21157172,21157170;OREF=TGA,A,A,AAATT;OALT=ATG,-,T,TTAAA;OMAPALT=ATGAAAAAATT,TGAAAAAATT,TGAAAAAATTT,TGAAAATTAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:99:46:38:3:2:2,7,3,2:0,23,0,13:0,0.605263,0,0.342105:1,0,1,2:1,7,2,0:1:2:0,5,0,13:0,18,0,0:2:0 chr13 21205192 . G A 1278.03 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.081;QD=61.5918;RBI=0.0293018;REFB=0;REVB=0.0183113;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68382e-05;OID=.;OPOS=21205192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:80:83:1:42:38:0:0:43:40:0:0 chr13 21356650 . T A 5400.03 PASS AF=1;AO=339;DP=342;FAO=340;FDP=340;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013061;FXX=0.0087461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9078;QD=63.5297;RBI=0.0534634;REFB=0.0177829;REVB=-0.0518435;RO=1;SAF=161;SAR=178;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106974;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:342:340:1:0:339:340:1:178:161:0:1:178:162:0:0 chr13 21562832 . C T 2255.09 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.282;QD=63.5238;RBI=0.0129979;REFB=0;REVB=-0.0122608;RO=0;SAF=58;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.3211e-06;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:84:58:0:0:84:58:0:0 chr13 21562948 . G A 628.5 PASS AF=0.44;AO=64;DP=150;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.0137186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8628;QD=16.76;RBI=0.0705581;REFB=-0.0239941;REVB=0.0692116;RO=84;SAF=39;SAR=25;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195685;STB=0.59731;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0239238;OID=.;OPOS=21562948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:84:84:64:66:0.44:25:39:35:49:27:39:35:49 chr13 21620085 . T C 2347.56 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060348;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.003;QD=60.5822;RBI=0.010784;REFB=0;REVB=-0.00893733;RO=0;SAF=70;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34143e-06;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:154:155:1:84:70:0:0:85:70:0:0 chr13 21714920 . G A 2077.83 PASS AF=0.978261;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0229158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.625;QD=60.2268;RBI=0.0336369;REFB=-0.0838697;REVB=0.0246233;RO=2;SAF=61;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126731;STB=0.502602;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.000198695;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:138:2:3:135:135:0.978261:74:61:0:2:74:61:1:2 chr13 21720956 . C T 791.64 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00939391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.34;QD=53.6703;RBI=0.021291;REFB=0.0196025;REVB=-0.0191066;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165422;STB=0.516661;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.000914193;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:56:57:0.966102:28:28:1:0:28:29:2:0 chr13 21732094 . C T 1381.47 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0012214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.654;QD=61.3989;RBI=0.030748;REFB=-0.00803366;REVB=-0.0307238;RO=1;SAF=29;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783432;STB=0.504131;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=5.90437e-05;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:60:29:0:1:60:29:0:1 chr13 21752154 . G A 801.21 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.303;QD=57.2293;RBI=0.0166593;REFB=0;REVB=-0.0142616;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22674e-05;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr13 22275394 . A G 2282.64 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018001;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.214;QD=60.0695;RBI=0.0394812;REFB=-0.103325;REVB=0.0351387;RO=1;SAF=71;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665254;STB=0.503496;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000213366;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:151:151:0.993421:80:71:1:0:80:71:1:0 chr13 22275583 . G A 2140.13 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.103;QD=62.9451;RBI=0.0372109;REFB=0;REVB=-0.0371925;RO=0;SAF=57;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80127e-05;OID=.;OPOS=22275583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:79:57:0:0:79:57:0:0 chr13 23251016 . CT C 425.64 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.0748;QD=38.6947;RBI=0.162307;REFB=0;REVB=0.0945552;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000941829;OID=.;OPOS=23251017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:44:44:44:0:19:25:0:0:8:1:18:23:0:1 chr13 23253313 . T C 1475.65 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435931;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.593;QD=63.4688;RBI=0.0744284;REFB=0;REVB=0.060326;RO=0;SAF=67;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245771;OID=.;OPOS=23253313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:23:67:0:0:26:67:0:0 chr13 23824783 . T G 3069.62 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127284;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4104;QD=61.3925;RBI=0.0676685;REFB=0.0416469;REVB=0.0664606;RO=1;SAF=100;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473924;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100784;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:201:200:1:0:200:200:1:100:100:1:0:100:100:0:0 chr13 23898509 . T C 4378.35 PASS AF=1;AO=276;DP=278;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317129;FXX=0.0071426;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1496;QD=62.9979;RBI=0.0456852;REFB=-0.0428985;REVB=0.0328852;RO=0;SAF=152;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27361e-05;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:278:278:0:0:276:278:1:124:152:0:0:124:154:0:0 chr13 23898664 . A G 2380.33 PASS AF=0.993671;AO=156;DP=157;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.315;QD=60.2614;RBI=0.0219224;REFB=0.0325312;REVB=-0.00425065;RO=1;SAF=51;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00450982;STB=0.502347;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-3.54725e-05;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:158:1:1:156:157:0.993671:105:51:0:1:106:51:0:1 chr13 23905711 . A G 209.71 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0364696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5014;QD=18.6404;RBI=0.0444014;REFB=0.0160149;REVB=0.025327;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0119714;OID=.;OPOS=23905711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:14:7:8:16:14:7:8:16 chr13 23907677 . C T 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.44;QD=61.5342;RBI=0.0551261;REFB=0;REVB=-0.0551037;RO=0;SAF=60;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116942;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:21:60:0:0:21:60:0:0 chr13 23907909 . A G 278.49 PASS AF=0.316239;AO=37;DP=117;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0086771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.183;QD=9.52089;RBI=0.00888999;REFB=0.00291256;REVB=0.00193388;RO=79;SAF=19;SAR=18;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675712;STB=0.543335;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00515821;OID=.;OPOS=23907909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:79:80:37:37:0.316239:18:19:36:43:18:19:36:44 chr13 23908034 . A G 573.12 PASS AF=0.5;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0371674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.054;QD=19.4276;RBI=0.0388621;REFB=0.0109314;REVB=-0.011351;RO=57;SAF=23;SAR=36;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123807;STB=0.577401;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00834079;OID=.;OPOS=23908034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:57:59:59:59:0.5:36:23:30:27:36:23:32:27 chr13 23909162 . A G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0152631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.813;QD=14.0974;RBI=0.016064;REFB=0.00340577;REVB=0.00500901;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120675;STB=0.507032;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00848552;OID=.;OPOS=23909162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:10:3:4:14:10:3:4:14 chr13 23911820 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00203685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6997;QD=13.4546;RBI=0.032572;REFB=0.0099277;REVB=-0.0325083;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210453;STB=0.624759;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0149045;OID=.;OPOS=23911820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:7:8:8:3:7:8 chr13 23929842 . T C 377.67 PASS AF=0.411215;AO=43;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0133196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.753;QD=14.1187;RBI=0.0260444;REFB=0.000675253;REVB=0.0223808;RO=63;SAF=26;SAR=17;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120092;STB=0.572942;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.000813431;OID=.;OPOS=23929842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:63:43:44:0.411215:17:26:31:32:17:27:31:32 chr13 23985391 . T C 766.06 PASS AF=0.465517;AO=80;DP=173;FAO=81;FDP=174;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.0351313;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.236;QD=17.6106;RBI=0.0358998;REFB=-0.0160705;REVB=0.00738863;RO=90;SAF=33;SAR=47;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421186;STB=0.517377;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0177688;OID=.;OPOS=23985391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:90:93:80:81:0.465517:47:33:41:49:47:34:42:51 chr13 24167505 . T A 883.8 PASS AF=0.461929;AO=86;DP=191;FAO=91;FDP=197;FR=.;FRO=106;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=40;FSRR=66;FWDB=0.0212092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.044;QD=17.9452;RBI=0.0212831;REFB=-0.0160072;REVB=0.00177099;RO=104;SAF=36;SAR=50;SRF=38;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545226;STB=0.516396;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0173817;OID=.;OPOS=24167505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:197:104:106:86:91:0.461929:50:36:38:66:54:37:40:66 chr13 24234517 . A G 864.16 PASS AF=0.453659;AO=93;DP=205;FAO=93;FDP=205;FR=.;FRO=112;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=0.0314398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6588;QD=16.8616;RBI=0.0316606;REFB=-0.0240757;REVB=0.00373283;RO=112;SAF=48;SAR=45;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510471;STB=0.528296;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0263124;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:112:112:93:93:0.453659:45:48:52:60:45:48:52:60 chr13 24243200 . T C 286.4 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0689843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.648;QD=15.693;RBI=0.0692502;REFB=-0.000654979;REVB=0.00606209;RO=41;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232889;STB=0.631317;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00206533;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:12:20:16:25:12:20:16:25 chr13 24384049 . ATTTTTT ATTTTT,ATTTTTG 136.19 PASS AF=0.416667,0.0104167;AO=34,5;DP=107;FAO=40,1;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=23,0;FSAR=17,1;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.211406,-0.148445;FXX=0.102794;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.48785,20.4586;QD=5.67475;RBI=0.231764,0.155285;REFB=-0.0944808,-0.0253033;REVB=0.0949859,0.0455785;RO=47;SAF=19,4;SAR=15,1;SRF=18;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.178811,0.440903;STB=0.600472,0.988131;STBP=0.105,0.487;TYPE=del,snp;VARB=0.0890102,0.0512969;OID=.,.;OPOS=24384050,24384055;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0.0104167:34,5:107:40,1:96:55:23,0:17,1:22:33:99:47:19,4:15,1:18:29 chr13 24411772 . T C 2471.75 PASS AF=0.993865;AO=159;DP=160;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00601272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.684;QD=60.6563;RBI=0.0299354;REFB=-0.0231177;REVB=0.0293254;RO=0;SAF=68;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502645;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000218888;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:163:0:1:159:162:0.993865:91:68:0:0:94:68:0:1 chr13 24465717 . A G 191.66 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0819341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.683;QD=11.7943;RBI=0.0830461;REFB=0.0122015;REVB=-0.0135448;RO=41;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111615;STB=0.564442;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.0193156;OID=.;OPOS=24465717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:11:13:18:23:11:13:18:23 chr13 24465743 . A G 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.609;QD=58.2415;RBI=0.0221667;REFB=-0.0439877;REVB=-0.00426411;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00241196;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:19:20:0:1:19:20:0:1 chr13 24468704 . G A 651.59 PASS AF=0.329268;AO=81;DP=246;FAO=81;FDP=246;FR=.;FRO=165;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=69;FSRR=96;FWDB=0.0249173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7682;QD=10.5949;RBI=0.0953639;REFB=-0.0146515;REVB=0.0920511;RO=164;SAF=34;SAR=47;SRF=69;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00117155;STB=0.501082;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0365987;OID=.;OPOS=24468704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:164:165:81:81:0.329268:47:34:69:95:47:34:69:96 chr13 24471039 . T G 889.71 PASS AF=0.391635;AO=103;DP=264;FAO=103;FDP=263;FR=.;FRO=160;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=66;FSRR=94;FWDB=-0.00466473;FXX=0.00378774;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.131;QD=13.5318;RBI=0.00634805;REFB=0.00442426;REVB=-0.00430559;RO=156;SAF=53;SAR=50;SRF=64;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111796;STB=0.561908;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00658474;OID=.;OPOS=24471039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:156:160:103:103:0.391635:50:53:64:92:50:53:66:94 chr13 24471048 . C T 922.49 PASS AF=0.406977;AO=105;DP=256;FAO=105;FDP=258;FR=.;FRO=153;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=70;FSRR=83;FWDB=-0.0185576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.466;QD=14.3022;RBI=0.0324009;REFB=-0.0237626;REVB=-0.02656;RO=151;SAF=55;SAR=50;SRF=69;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704181;STB=0.539248;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0161414;OID=.;OPOS=24471048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:258:151:153:105:105:0.406977:50:55:69:82:50:55:70:83 chr13 24797913 . C T 421.33 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.032345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.889;QD=23.407;RBI=0.0325477;REFB=-0.00230465;REVB=-0.00362657;RO=31;SAF=25;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126033;STB=0.569324;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00188258;OID=.;OPOS=24797913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:16:25:14:17:16:25:14:17 chr13 24798120 . T C 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=-0.080384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6741;QD=9.84351;RBI=0.102531;REFB=-0.00509726;REVB=-0.0636481;RO=20;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334925;STB=0.69204;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0030851;OID=.;OPOS=24798120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:8:2:1:19:8:2:1:19 chr13 24876752 . T C 346.03 PASS AF=0.395833;AO=39;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.00157322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.089;QD=14.418;RBI=0.0239924;REFB=-0.016419;REVB=0.0239408;RO=55;SAF=15;SAR=24;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306152;STB=0.520822;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0224788;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:58:39:38:0.395833:24:15:21:34:23:15:21:37 chr13 24895559 . A G 505.58 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249126;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.879;QD=59.48;RBI=0.0571387;REFB=0;REVB=0.0514217;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560472;OID=.;OPOS=24895559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr13 24895684 . A G 1704.18 PASS AF=0.878571;AO=121;DP=137;FAO=123;FDP=140;FR=.;FRO=17;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0051077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7781;QD=48.6909;RBI=0.0172698;REFB=-0.048267;REVB=-0.0164972;RO=16;SAF=70;SAR=51;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390786;STB=0.523486;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00478853;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:137:140:16:17:121:123:0.878571:51:70:12:4:52:71:13:4 chr13 25000617 . C G 493.06 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.0149126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.604;QD=16.0344;RBI=0.0210919;REFB=0.000580888;REVB=0.0149158;RO=69;SAF=29;SAR=25;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728011;STB=0.540649;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.000784948;OID=.;OPOS=25000617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:69:54:54:0.439024:25:29:42:27:25:29:42:27 chr13 25008588 . A G 1936.57 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0663878;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6778;QD=61.9701;RBI=0.0675795;REFB=0;REVB=-0.0126353;RO=0;SAF=67;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256264;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:58:67:0:0:58:67:0:0 chr13 25008630 . A G 2311.39 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.537;QD=60.0362;RBI=0.0379847;REFB=-0.0325755;REVB=0.0348279;RO=1;SAF=81;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583598;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130759;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:149:154:1:0:148:154:1:67:81:1:0:68:86:0:0 chr13 25008903 . G T 1144.69 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0173681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.818;QD=57.9591;RBI=0.0280064;REFB=-0.0493869;REVB=0.0219706;RO=2;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220023;STB=0.511625;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0014519;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:42:35:0:2:42:35:0:2 chr13 25009099 . A C 1366.41 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00992798;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3272;QD=61.4116;RBI=0.0199628;REFB=-0.148608;REVB=-0.017319;RO=1;SAF=44;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106485;STB=0.505617;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000842899;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:88:88:0.988764:44:44:1:0:44:44:1:0 chr13 25009297 . G T 584.64 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.0216931;FXX=0.00819605;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.542;QD=19.3268;RBI=0.025384;REFB=-0.00295534;REVB=0.0131818;RO=56;SAF=32;SAR=28;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169093;STB=0.610651;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00331843;OID=.;OPOS=25009297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:56:61:60:60:0.495868:28:32:19:37:28:32:19:42 chr13 25009441 . C G 751.69 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0148649;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.308;QD=21.9473;RBI=0.0212655;REFB=-0.00499468;REVB=0.0152071;RO=63;SAF=36;SAR=36;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087889;STB=0.540135;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00501474;OID=.;OPOS=25009441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:63:65:72:72:0.525547:36:36:25:38:36:36:27:38 chr13 25009485 . C G 362.48 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0990849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9389;QD=19.0779;RBI=0.110917;REFB=-0.0103541;REVB=0.049848;RO=37;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100306;STB=0.568113;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0124028;OID=.;OPOS=25009485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:37:38:37:38:0.5:23:14:18:19:24:14:19:19 chr13 25016008 . C T 513.88 PASS AF=0.340541;AO=63;DP=185;FAO=63;FDP=185;FR=.;FRO=122;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=78;FWDB=0.012307;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.464;QD=11.1108;RBI=0.012449;REFB=-0.0027978;REVB=-0.00187503;RO=121;SAF=32;SAR=31;SRF=43;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175444;STB=0.596822;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00571767;OID=.;OPOS=25016008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:121:122:63:63:0.340541:31:32:43:78:31:32:44:78 chr13 25016092 . C T 272.33 PASS AF=0.298387;AO=37;DP=124;FAO=37;FDP=124;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=58;FWDB=-0.0189765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9962;QD=8.78478;RBI=0.0416794;REFB=-0.0136106;REVB=-0.0371089;RO=87;SAF=18;SAR=19;SRF=29;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185649;STB=0.608106;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0327908;OID=.;OPOS=25016092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:87:87:37:37:0.298387:19:18:29:58:19:18:29:58 chr13 25016762 . G A 67.37 PASS AF=0.118519;AO=16;DP=135;FAO=16;FDP=135;FR=.;FRO=119;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=64;FWDB=-0.0280427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.897;QD=1.99611;RBI=0.0282678;REFB=-0.00213758;REVB=-0.00355958;RO=115;SAF=7;SAR=9;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398562;STB=0.521956;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0206142;OID=.;OPOS=25016762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:135:135:115:119:16:16:0.118519:9:7:54:61:9:7:55:64 chr13 25020863 . G A 1607.07 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.883;QD=64.2829;RBI=0.0161541;REFB=0;REVB=-0.00819047;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81011e-05;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:45:54:0:0:45:55:0:0 chr13 25021154 . C T 129.36 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0357918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0331;QD=12.936;RBI=0.0398551;REFB=-0.0185833;REVB=-0.0175322;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211241;STB=0.623599;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0279406;OID=.;OPOS=25021154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:10:15:6:9:10:15 chr13 25021200 . A C 722.59 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208739;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.923;QD=56.6739;RBI=0.0232576;REFB=0;REVB=-0.0102566;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144952;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr13 25021211 . C T 731.68 PASS AF=0.916667;AO=54;DP=60;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.000987192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.076;QD=48.7789;RBI=0.0265237;REFB=-0.0192151;REVB=0.0265053;RO=3;SAF=30;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222233;STB=0.512191;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.003328;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:60:60:3:5:54:55:0.916667:24:30:1:2:25:30:2:3 chr13 25021245 . A G 943.77 PASS AF=0.884615;AO=69;DP=78;FAO=69;FDP=78;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0135192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1602;QD=48.3987;RBI=0.0227996;REFB=0.0348791;REVB=0.0183591;RO=9;SAF=33;SAR=36;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016797;STB=0.508926;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00389527;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:9:9:69:69:0.884615:36:33:5:4:36:33:5:4 chr13 25021323 . A G 30.02 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0290298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7618;QD=2.14439;RBI=0.0398302;REFB=-0.00873807;REVB=-0.0272711;RO=49;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825858;STB=0.571196;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0540561;OID=.;OPOS=25021323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:49:50:6:6:0.107143:3:3:21:28:3:3:21:29 chr13 25027744 . A G 2339.72 PASS AF=1;AO=152;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495251;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.56;QD=61.1692;RBI=0.0678876;REFB=0;REVB=-0.0677067;RO=0;SAF=92;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.49438e-05;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:152:153:1:60:92:0:0:60:93:0:0 chr13 25029218 . C T 597.76 PASS AF=0.434211;AO=66;DP=152;FAO=66;FDP=152;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0276855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9103;QD=15.7305;RBI=0.0759812;REFB=-0.0359242;REVB=-0.0707577;RO=83;SAF=29;SAR=37;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307772;STB=0.527926;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0343548;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:83:86:66:66:0.434211:37:29:39:44:37:29:42:44 chr13 25029295 . C T 536.49 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0128634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.537;QD=18.9908;RBI=0.0136605;REFB=0.0106117;REVB=-0.00459805;RO=57;SAF=25;SAR=31;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411171;STB=0.522741;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00681365;OID=.;OPOS=25029295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:31:25:28:29:31:25:28:29 chr13 25052261 . C T 352.37 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.00173893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.253;QD=12.6981;RBI=0.0116191;REFB=-0.00444835;REVB=-0.0114882;RO=67;SAF=24;SAR=19;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425669;STB=0.527991;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00830482;OID=.;OPOS=25052261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:68:43:43:0.387387:19:24:40:27:19:24:41:27 chr13 25075859 . C T 824.2 PASS AF=0.52;AO=78;DP=150;FAO=78;FDP=150;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0233446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.05;QD=21.9786;RBI=0.0233507;REFB=-0.0273306;REVB=-0.000532697;RO=72;SAF=28;SAR=50;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116212;STB=0.563893;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0206566;OID=.;OPOS=25075859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:72:72:78:78:0.52:50:28:35:37:50:28:35:37 chr13 25265103 . A G 478.35 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00545454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.464;QD=16.9326;RBI=0.00551757;REFB=0.00871413;REVB=0.000831629;RO=61;SAF=24;SAR=28;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108421;STB=0.560357;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00859555;OID=.;OPOS=25265103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:52:52:0.460177:28:24:35:26:28:24:35:26 chr13 25265139 . T C 613.09 PASS AF=0.435897;AO=67;DP=155;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.0034683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.718;QD=15.7201;RBI=0.0873879;REFB=-0.015893;REVB=-0.0873191;RO=87;SAF=29;SAR=38;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973446;STB=0.560921;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0232237;OID=.;OPOS=25265139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:87:88:67:68:0.435897:38:29:46:41:39:29:47:41 chr13 25266932 . C A 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0287022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.15;QD=25.1492;RBI=0.0295913;REFB=-0.0126871;REVB=-0.007199;RO=20;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129055;STB=0.559956;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0103089;OID=.;OPOS=25266932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:13:14:7:13:13:14:8:13 chr13 25272870 . C T 1284.76 PASS AF=0.506073;AO=122;DP=245;FAO=125;FDP=247;FR=.;FRO=122;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=66;FSRR=56;FWDB=0.042306;FXX=0.0119995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1873;QD=20.8058;RBI=0.045011;REFB=-0.0142478;REVB=-0.0153683;RO=123;SAF=54;SAR=68;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934803;STB=0.541984;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.013288;OID=.;OPOS=25272870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:247:123:122:122:125:0.506073:68:54:67:56:68:57:66:56 chr13 25277795 . A G 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00634323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.167;QD=13.4911;RBI=0.0230874;REFB=-0.00745987;REVB=0.0221989;RO=46;SAF=12;SAR=18;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130283;STB=0.574418;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00855078;OID=.;OPOS=25277795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:18:12:24:22:18:12:24:22 chr13 25356053 . T C 293.27 PASS AF=0.352381;AO=37;DP=107;FAO=37;FDP=105;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00149875;FXX=0.0186898;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.3612;QD=11.1721;RBI=0.00909574;REFB=-0.00236856;REVB=-0.00897141;RO=63;SAF=19;SAR=18;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113452;STB=0.500772;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00460291;OID=.;OPOS=25356053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:63:68:37:37:0.352381:18:19:33:30:18:19:35:33 chr13 25367301 . C T 444.67 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0355447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9233;QD=17.9666;RBI=0.0367624;REFB=-0.0220469;REVB=0.00938307;RO=53;SAF=16;SAR=29;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228484;STB=0.508768;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0299453;OID=.;OPOS=25367301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:29:16:20:33:29:16:20:34 chr13 25419176 . A G 1882.26 PASS AF=0.947761;AO=127;DP=134;FAO=127;FDP=134;FR=.;FRO=7;FSAF=44;FSAR=83;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0133953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.298;QD=56.1868;RBI=0.0166355;REFB=-0.0808677;REVB=0.00986447;RO=6;SAF=44;SAR=83;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453122;STB=0.528927;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0023153;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:134:134:6:7:127:127:0.947761:83:44:5:1:83:44:6:1 chr13 25460428 . A G 1866.27 PASS AF=0.992188;AO=123;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00771329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.757;QD=58.3208;RBI=0.0108924;REFB=0.0250129;REVB=-0.00769094;RO=1;SAF=56;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703848;STB=0.504504;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000317749;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:128:128:1:1:123:127:0.992188:67:56:0:1:72:55:1:0 chr13 25466955 . T C 979.48 PASS AF=0.42;AO=104;DP=249;FAO=105;FDP=250;FR=.;FRO=145;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=66;FSRR=79;FWDB=0.00899398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.46;QD=15.6716;RBI=0.0108801;REFB=-0.0161842;REVB=-0.00612245;RO=145;SAF=39;SAR=65;SRF=66;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868835;STB=0.544655;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0213779;OID=.;OPOS=25466955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:250:145:145:104:105:0.42:65:39:66:79:65:40:66:79 chr13 25479714 . G A 486.66 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0404322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.607;QD=16.638;RBI=0.0429375;REFB=-0.0135106;REVB=0.0144519;RO=63;SAF=30;SAR=23;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103219;STB=0.561811;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0194668;OID=.;OPOS=25479714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:64:53:53:0.452991:23:30:29:34:23:30:29:35 chr13 25517089 . TC T 148.82 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.122633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.2618;QD=11.9053;RBI=0.123568;REFB=0.00323784;REVB=0.0151783;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168371;STB=0.566954;STBP=0.38;TYPE=del;VARB=0.00921055;OID=.;OPOS=25517090;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:24:50:24:50:26:15:9:13:13:99:23:15:9:10:13 chr13 25525544 . T C 769.91 PASS AF=0.438503;AO=81;DP=187;FAO=82;FDP=187;FR=.;FRO=105;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=0.0223465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.125;QD=16.4687;RBI=0.0296421;REFB=-0.0111957;REVB=-0.0194753;RO=104;SAF=40;SAR=41;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353381;STB=0.518712;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0146519;OID=.;OPOS=25525544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:104:105:81:82:0.438503:41:40:55:49:41:41:56:49 chr13 25671062 . A G 35.0 PASS AF=0.0797101;AO=11;DP=138;FAO=11;FDP=138;FR=.;FRO=127;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=86;FWDB=-0.00456711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.88;QD=1.01443;RBI=0.0145183;REFB=0.000201146;REVB=-0.0137813;RO=127;SAF=5;SAR=6;SRF=41;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157163;STB=0.624792;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00359645;OID=.;OPOS=25671062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:138:138:127:127:11:11:0.0797101:6:5:41:86:6:5:41:86 chr13 25671089 . G T 30.78 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=114;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=-0.0498263;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.576;QD=1.08948;RBI=0.0680325;REFB=-0.00238765;REVB=0.0463223;RO=105;SAF=5;SAR=4;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140092;STB=0.619897;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0215656;OID=.;OPOS=25671089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:114:113:105:104:9:9:0.079646:4:5:45:60:4:5:44:60 chr13 25671122 . C T 34.01 PASS AF=0.0882353;AO=9;DP=101;FAO=9;FDP=102;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.0269808;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.824;QD=1.33388;RBI=0.0394588;REFB=0.00207367;REVB=-0.028793;RO=91;SAF=5;SAR=4;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119421;STB=0.58423;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0532526;OID=.;OPOS=25671122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:101:102:91:93:9:9:0.0882353:4:5:41:50:4:5:43:50 chr13 25671195 . A G 30.19 PASS AF=0.06875;AO=11;DP=160;FAO=11;FDP=160;FR=.;FRO=149;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=72;FSRR=77;FWDB=0.00344627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.99;QD=0.754721;RBI=0.0369529;REFB=-0.00244252;REVB=-0.0367918;RO=146;SAF=6;SAR=5;SRF=71;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637965;STB=0.557719;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0291805;OID=.;OPOS=25671195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:160:160:146:149:11:11:0.06875:5:6:71:75:5:6:72:77 chr13 25671206 . A G 38.46 PASS AF=0.0700935;AO=15;DP=214;FAO=15;FDP=214;FR=.;FRO=199;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=93;FSRR=106;FWDB=-5.6808e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.75;QD=0.718901;RBI=0.0267875;REFB=-0.000465736;REVB=0.0267874;RO=198;SAF=8;SAR=7;SRF=92;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750491;STB=0.561061;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00415099;OID=.;OPOS=25671206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:214:214:198:199:15:15:0.0700935:7:8:92:106:7:8:93:106 chr13 25671210 . C T 53.51 PASS AF=0.0798319;AO=19;DP=239;FAO=19;FDP=238;FR=.;FRO=219;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=101;FSRR=118;FWDB=-0.00822628;FXX=0.00418393;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.411;QD=0.899401;RBI=0.0438021;REFB=0.000372329;REVB=-0.0430227;RO=219;SAF=10;SAR=9;SRF=101;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742933;STB=0.559656;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00479546;OID=.;OPOS=25671210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:239:238:219:219:19:19:0.0798319:9:10:101:118:9:10:101:118 chr13 25671214 . T G 77.48 PASS AF=0.0941176;AO=24;DP=251;FAO=24;FDP=255;FR=.;FRO=231;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=105;FSRR=126;FWDB=0.0293864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3733;QD=1.21541;RBI=0.0761353;REFB=-0.00286689;REVB=-0.0702355;RO=227;SAF=10;SAR=14;SRF=104;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503573;STB=0.534854;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0304038;OID=.;OPOS=25671214;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:251:255:227:231:24:24:0.0941176:14:10:104:123:14:10:105:126 chr13 25671271 . A G 196.74 PASS AF=0.122549;AO=50;DP=408;FAO=50;FDP=408;FR=.;FRO=358;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=162;FSRR=196;FWDB=-0.00334311;FXX=0.00244493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.127;QD=1.92878;RBI=0.0209665;REFB=-0.00149514;REVB=-0.0206982;RO=358;SAF=25;SAR=25;SRF=162;SRR=196;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601826;STB=0.54165;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.01278;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:408:358:358:50:50:0.122549:25:25:162:196:25:25:162:196 chr13 25671274 . C T 195.39 PASS AF=0.121951;AO=48;DP=410;FAO=50;FDP=410;FR=.;FRO=360;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=160;FSRR=200;FWDB=0.000846441;FXX=0.0144227;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.154;QD=1.90621;RBI=0.00887884;REFB=-0.000673844;REVB=-0.0088384;RO=350;SAF=22;SAR=26;SRF=158;SRR=192;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00878425;STB=0.548761;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00788229;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:410:350:360:48:50:0.121951:26:22:158:192:25:25:160:200 chr13 25671292 . C T 234.58 PASS AF=0.121032;AO=61;DP=504;FAO=61;FDP=504;FR=.;FRO=443;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=199;FSRR=244;FWDB=-0.0254875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6356;QD=1.86176;RBI=0.10343;REFB=-0.00570869;REVB=-0.100241;RO=440;SAF=31;SAR=30;SRF=198;SRR=242;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737861;STB=0.551757;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0568652;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:504:504:440:443:61:61:0.121032:30:31:198:242:30:31:199:244 chr13 25671310 . TTATGA T 66.89 PASS AF=0.110057;AO=55;DP=534;FAO=58;FDP=527;FR=.;FRO=469;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=208;FSRR=261;FWDB=-0.0104865;FXX=0.00939832;HRUN=2;LEN=5;MLLD=325.455;QD=0.507732;RBI=0.0157601;REFB=-0.00371487;REVB=-0.011765;RO=462;SAF=28;SAR=27;SRF=208;SRR=254;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730468;STB=0.550268;STBP=0.41;TYPE=del;VARB=0.0285823;OID=.;OPOS=25671311;OREF=TATGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.110057:55:534:58:527:469:29:29:208:261:66:462:28:27:208:254 chr13 25671320 . A G 214.38 PASS AF=0.110708;AO=61;DP=550;FAO=61;FDP=551;FR=.;FRO=490;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=212;FSRR=278;FWDB=-0.0093483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7654;QD=1.55629;RBI=0.0825545;REFB=-0.0144257;REVB=-0.0820235;RO=475;SAF=30;SAR=31;SRF=209;SRR=266;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652888;STB=0.55269;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0978414;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:550:551:475:490:61:61:0.110708:31:30:209:266:31:30:212:278 chr13 25671332 . CA C 42.19 PASS AF=0.099278;AO=60;DP=554;FAO=55;FDP=554;FR=.;FRO=499;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=213;FSRR=286;FWDB=0.0133218;FXX=0.0053859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.3011;QD=0.304629;RBI=0.0142976;REFB=0.00800232;REVB=0.00519138;RO=476;SAF=29;SAR=31;SRF=208;SRR=268;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583829;STB=0.557816;STBP=0.363;TYPE=del;VARB=-0.0651243;OID=.;OPOS=25671333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.099278:60:554:55:554:499:27:28:213:286:42:476:29:31:208:268 chr13 25671369 . G T 161.87 PASS AF=0.0956679;AO=53;DP=555;FAO=53;FDP=554;FR=.;FRO=501;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=230;FSRR=271;FWDB=-0.000501135;FXX=0.00180177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0345;QD=1.1687;RBI=0.0149012;REFB=-8.23346e-05;REVB=-0.0148927;RO=497;SAF=27;SAR=26;SRF=230;SRR=267;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567298;STB=0.545456;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000474009;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:555:554:497:501:53:53:0.0956679:26:27:230:267:26:27:230:271 chr13 25671398 . C T 67.33 PASS AF=0.0670732;AO=33;DP=491;FAO=33;FDP=492;FR=.;FRO=459;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=209;FSRR=250;FWDB=-0.0242307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.671;QD=0.547359;RBI=0.0250079;REFB=-0.000806909;REVB=0.00618628;RO=450;SAF=16;SAR=17;SRF=203;SRR=247;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373877;STB=0.527586;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.011438;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:491:492:450:459:33:33:0.0670732:17:16:203:247:17:16:209:250 chr13 25672792 . CTTTTTC CTTTTC,CTTTTCT 434.6 PASS AF=0.803922,0.176471;AO=17,10;DP=52;FAO=41,9;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19,9;FSAR=22,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338195,-0.0102547;FXX=0.0192271;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.1746,168.187;QD=34.0861;RBI=0.505578,0.0222314;REFB=-0.0156344,-0.00537875;REVB=0.504446,0.019725;RO=14;SAF=9,10;SAR=8,0;SRF=2;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.307609,0.843225;STB=0.512814,0.5;STBP=0.312,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00532636,0.152925;OID=.,.;OPOS=25672793,25672797;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=CTTTTC,CTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.803922,0.176471:17,10:52:41,9:51:1:19,9:22,0:1:0:27:14:9,10:8,0:2:12 chr13 25825889 . T C 406.02 PASS AF=0.342657;AO=49;DP=143;FAO=49;FDP=143;FR=.;FRO=94;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=0.0399114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5027;QD=11.3572;RBI=0.0498229;REFB=0.0123105;REVB=0.0298229;RO=94;SAF=34;SAR=15;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255521;STB=0.647364;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0209798;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:94:94:49:49:0.342657:15:34:45:49:15:34:45:49 chr13 25831336 . T C 372.32 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=122;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.0217563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4884;QD=12.2073;RBI=0.0221079;REFB=0.0196224;REVB=0.00392722;RO=77;SAF=28;SAR=17;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138583;STB=0.507908;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.03955;OID=.;OPOS=25831336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:77:77:45:45:0.368852:17:28:47:30:17:28:47:30 chr13 25831888 . T C 952.91 PASS AF=0.479798;AO=94;DP=193;FAO=95;FDP=198;FR=.;FRO=103;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=66;FSRR=37;FWDB=0.0118668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.012;QD=19.2507;RBI=0.0194027;REFB=-0.00822404;REVB=-0.0153507;RO=95;SAF=54;SAR=40;SRF=66;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114861;STB=0.538757;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0101768;OID=.;OPOS=25831888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:198:95:103:94:95:0.479798:40:54:66:29:41:54:66:37 chr13 25876011 . G A 1051.36 PASS AF=0.395425;AO=121;DP=306;FAO=121;FDP=306;FR=.;FRO=185;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=85;FSRR=100;FWDB=-0.000163217;FXX=0.00325722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.224;QD=13.7433;RBI=0.00146181;REFB=-0.00975639;REVB=-0.00145267;RO=185;SAF=50;SAR=71;SRF=85;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050841;STB=0.528531;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0128581;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:185:185:121:121:0.395425:71:50:85:100:71:50:85:100 chr13 26273385 . G C 2277.35 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406917;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0346;QD=63.7022;RBI=0.0730164;REFB=0;REVB=-0.0729029;RO=0;SAF=71;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356286;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:72:71:0:0:72:71:0:0 chr13 26620777 . G A 953.39 PASS AF=0.5;AO=94;DP=189;FAO=94;FDP=188;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=-0.0191632;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.686;QD=20.2849;RBI=0.0193198;REFB=-0.00891283;REVB=-0.00245482;RO=93;SAF=41;SAR=53;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120936;STB=0.56904;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00981855;OID=.;OPOS=26620777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:93:94:94:94:0.5:53:41:53:40:53:41:54:40 chr13 26620924 . G A 1121.89 PASS AF=0.483051;AO=113;DP=235;FAO=114;FDP=236;FR=.;FRO=122;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=74;FSRR=48;FWDB=0.0086662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.257;QD=19.0151;RBI=0.0232063;REFB=-0.0129618;REVB=0.0215275;RO=120;SAF=60;SAR=53;SRF=73;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730923;STB=0.537317;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0141047;OID=.;OPOS=26620924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:236:120:122:113:114:0.483051:53:60:73:47:53:61:74:48 chr13 26620978 . G T 1114.69 PASS AF=0.452471;AO=119;DP=263;FAO=119;FDP=263;FR=.;FRO=144;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=86;FSRR=58;FWDB=0.0275244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4039;QD=16.9535;RBI=0.0330584;REFB=0.00564062;REVB=0.0183103;RO=143;SAF=57;SAR=62;SRF=86;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120386;STB=0.564487;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00721056;OID=.;OPOS=26620978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:143:144:119:119:0.452471:62:57:86:57:62:57:86:58 chr13 26625047 . G A 468.18 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0376208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.283;QD=25.6537;RBI=0.0389494;REFB=0.0098396;REVB=0.0100862;RO=29;SAF=18;SAR=26;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0035299;STB=0.50193;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.00625147;OID=.;OPOS=26625047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:44:44:0.60274:26:18:12:17:26:18:12:17 chr13 27250823 . T C 534.76 PASS AF=0.388889;AO=62;DP=161;FAO=63;FDP=162;FR=.;FRO=99;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0011185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.767;QD=13.204;RBI=0.00546673;REFB=-0.00515645;REVB=0.00535108;RO=98;SAF=28;SAR=34;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526101;STB=0.531025;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00948243;OID=.;OPOS=27250823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:98:99:62:63:0.388889:34:28:49:49:35:28:49:50 chr13 28009031 . G C 847.33 PASS AF=0.444444;AO=88;DP=198;FAO=88;FDP=198;FR=.;FRO=110;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=0.0148029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.682;QD=17.1177;RBI=0.0433223;REFB=-0.00756927;REVB=0.0407148;RO=109;SAF=37;SAR=51;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937106;STB=0.55472;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00878288;OID=.;OPOS=28009031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:109:110:88:88:0.444444:51:37:56:53:51:37:57:53 chr13 28009920 . G C 556.52 PASS AF=0.450382;AO=57;DP=130;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.000811152;FXX=0.050721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1194;QD=16.993;RBI=0.00233714;REFB=-0.00397446;REVB=-0.00219186;RO=69;SAF=14;SAR=43;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364192;STB=0.686476;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0102556;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:69:72:57:59:0.450382:43:14:41:28:44:15:41:31 chr13 28121707 . G A 2080.52 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.55;QD=62.572;RBI=0.0205487;REFB=0;REVB=-0.0181216;RO=0;SAF=62;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26364e-05;OID=.;OPOS=28121707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:70:62:0:0:71:62:0:0 chr13 28143229 . A G 2389.28 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368434;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3409;QD=61.2635;RBI=0.0462522;REFB=0;REVB=-0.0279612;RO=0;SAF=68;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250238;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:155:156:1:87:68:0:0:88:68:0:0 chr13 28367061 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00641206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5416;QD=39.2068;RBI=0.0263461;REFB=0;REVB=0.0255539;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897154;OID=.;OPOS=28367061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr13 28537242 . A C 2032.42 PASS AF=0.950704;AO=136;DP=142;FAO=135;FDP=142;FR=.;FRO=7;FSAF=81;FSAR=54;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0159221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2663;QD=57.2513;RBI=0.0291891;REFB=-0.00592888;REVB=-0.0244641;RO=6;SAF=82;SAR=54;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335174;STB=0.520707;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00380691;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:142:142:6:7:136:135:0.950704:54:82:6:0:54:81:7:0 chr13 28537317 . G A 1785.59 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.533;QD=61.0459;RBI=0.0560441;REFB=0;REVB=0.00995342;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39003e-05;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:60:57:0:0:60:57:0:0 chr13 28610183 . A G 1556.34 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.763;QD=58.7299;RBI=0.0403706;REFB=-0.0189008;REVB=-0.0197626;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=5.28985e-05;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:48:57:0:0:48:57:0:1 chr13 28624294 . G A 3459.42 PASS AF=1;AO=221;DP=221;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00820782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.614;QD=62.6139;RBI=0.0118928;REFB=0;REVB=-0.00860635;RO=0;SAF=106;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47609e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02264e-05;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:221:0:0:221:221:1:115:106:0:0:115:106:0:0 chr13 28636084 . G A 2238.47 PASS AF=0.986755;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0184503;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.973;QD=59.2971;RBI=0.0184901;REFB=-0.0735563;REVB=-0.00121272;RO=0;SAF=80;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8194e-08;STB=0.507142;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-1.35028e-05;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:0:2:149:149:0.986755:69:80:0:0:69:80:0:2 chr13 28835527 . T C,TC 2832.11 PASS AF=0.0104167,0.96875;AO=16,162;DP=195;FAO=2,186;FDP=192;FR=.;FRO=4;FSAF=1,84;FSAR=1,102;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00442169,0.0156561;FXX=0.0153838;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=232.581,251.851;QD=59.0024;RBI=0.0213855,0.0265199;REFB=-0.0151045,-0.16889;REVB=-0.0209234,-0.0214054;RO=12;SAF=14,65;SAR=2,97;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.271522,-0.0358692;STB=0.831449,0.511627;STBP=0.756,0.039;TYPE=snp,ins;VARB=0.0095196,0.000151074;OID=.,.;OPOS=28835527,28835528;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:195:192:12:4:16,162:2,186:0.0104167,0.96875:2,97:14,65:8:4:1,102:1,84:4:0 chr13 28867563 . G A 187.12 PASS AF=0.463415;AO=20;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00329198;FXX=0.0238039;HRUN=7;LEN=1;MLLD=257.031;QD=18.2557;RBI=0.00669778;REFB=0.000684777;REVB=0.00583293;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125132;STB=0.557582;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000725176;OID=.;OPOS=28867563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:22:20:19:0.463415:9:11:15:7:8:11:15:7 chr13 28869147 . G GGATATAAAC 330.23 PASS AF=0.353448;AO=41;DP=116;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00723796;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=9;MLLD=279.854;QD=11.3871;RBI=0.00873205;REFB=-0.00367279;REVB=-0.00488474;RO=73;SAF=14;SAR=27;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145699;STB=0.576474;STBP=0.239;TYPE=ins;VARB=0.00710304;OID=.;OPOS=28869148;OREF=-;OALT=GATATAAAC;OMAPALT=GGATATAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.353448:41:116:41:116:75:14:27:34:41:99:73:14:27:34:39 chr13 28883061 . G A 1080.16 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.013;QD=60.0089;RBI=0.0153395;REFB=0;REVB=0.00019634;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68115e-05;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr13 28970917 . C T 446.65 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5087;QD=57.6321;RBI=0.0730745;REFB=0;REVB=0.0684041;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604112;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr13 29275102 . T C 1435.14 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.324;QD=61.7266;RBI=0.0387112;REFB=0;REVB=0.0220283;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162652;OID=.;OPOS=29275102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:93:0:0:86:93:1:43:43:0:0:50:43:0:0 chr13 29600599 . T TC 62.71 PASS AF=0.102484;AO=41;DP=329;FAO=33;FDP=322;FR=.;FRO=289;FSAF=30;FSAR=3;FSRF=123;FSRR=166;FWDB=-0.0442563;FXX=0.00309588;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.6646;QD=0.778952;RBI=0.0442696;REFB=-0.00577151;REVB=-0.00108892;RO=281;SAF=34;SAR=7;SRF=119;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502709;STB=0.916741;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.156319;OID=.;OPOS=29600600;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.102484:41:329:33:322:289:30:3:123:166:62:281:34:7:119:162 chr13 29898768 . A C 474.14 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248343;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.666;QD=59.2673;RBI=0.0272414;REFB=0;REVB=0.0111961;RO=1;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630231;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:1:0:32:32:1:10:22:1:0:10:22:0:0 chr13 30054312 . AC ACA,CA 34.2 PASS AF=0.106667,0;AO=25,7;DP=155;FAO=16,0;FDP=150;FR=.;FRO=134;FSAF=13,0;FSAR=3,0;FSRF=55;FSRR=79;FWDB=-0.0254962,-0.0542321;FXX=0.00662208;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=47.8639,57.4439;QD=0.911951;RBI=0.0308481,0.057094;REFB=-0.00735211,-0.00526461;REVB=-0.0173652,-0.0178496;RO=122;SAF=17,3;SAR=8,4;SRF=52;SRR=70;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.318906,0.00231633;STB=0.838973,0.5;STBP=0.008,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0524763,0;OID=.,.;OPOS=30054314,30054312;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:155:150:122:134:25,7:16,0:0.106667,0:8,4:17,3:52:70:3,0:13,0:55:79 chr13 30084173 . G A 1987.82 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285334;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.287;QD=62.1192;RBI=0.0325895;REFB=0;REVB=-0.0157456;RO=0;SAF=69;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163231;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:128:0:0:129:128:1:60:69:0:0:59:69:0:0 chr13 30087768 . C T 1125.87 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0567265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5807;QD=57.7368;RBI=0.0572641;REFB=-0.0633539;REVB=-0.00782856;RO=2;SAF=26;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350108;STB=0.518514;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0114223;OID=.;OPOS=30087768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:50:26:2:0:50:26:2:0 chr13 30087778 . T A 1236.79 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00195988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.297;QD=61.0759;RBI=0.00733121;REFB=0;REVB=0.00706438;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78748e-05;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:52:28:0:0:52:29:0:0 chr13 30091714 . G A 2385.33 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.47;QD=61.1624;RBI=0.00949049;REFB=0;REVB=0.00943428;RO=0;SAF=66;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81768e-06;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:90:66:0:0:90:66:0:0 chr13 30091818 . AG A,AC 3580.59 PASS AF=0.957265,0.042735;AO=30,166;DP=207;FAO=224,10;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=64,5;FSAR=160,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765553,0.0692942;FXX=0.00847422;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.686,210.944;QD=61.2066;RBI=0.0774212,0.0750354;REFB=0,0;REVB=-0.0115467,-0.0287859;RO=0;SAF=28,9;SAR=2,157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.56306e-08,3.73594e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00192283,-0.0325427;OID=.,.;OPOS=30091819,30091819;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.957265,0.042735:30,166:207:224,10:234:0:64,5:160,5:0:0:12:0:28,9:2,157:0:0 chr13 30104840 . G A 81.54 PASS AF=0.111111;AO=21;DP=192;FAO=21;FDP=189;FR=.;FRO=168;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=92;FSRR=76;FWDB=-0.0184985;FXX=0.0207243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.14;QD=1.72579;RBI=0.0185123;REFB=0.000177411;REVB=-0.000714279;RO=168;SAF=9;SAR=12;SRF=93;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152564;STB=0.604692;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0016045;OID=.;OPOS=30104840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:192:189:168:168:21:21:0.111111:12:9:93:75:12:9:92:76 chr13 30107067 . G C 3269.78 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.024;QD=61.9863;RBI=0.0240679;REFB=0;REVB=-0.00245349;RO=0;SAF=96;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19179e-05;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:211:0:0:209:211:1:113:96:0:0:114:97:0:0 chr13 30339472 . C T 414.83 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00926818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1735;QD=16.7609;RBI=0.0406114;REFB=0.00235848;REVB=-0.0395397;RO=56;SAF=16;SAR=27;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781601;STB=0.54396;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0026902;OID=.;OPOS=30339472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:27:16:25:31:27:16:25:31 chr13 30438728 . G A 310.13 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.011846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1772;QD=28.8495;RBI=0.0235813;REFB=-0.0211904;REVB=-0.0203899;RO=16;SAF=7;SAR=20;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143957;STB=0.579648;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0153896;OID=.;OPOS=30438728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:20:7:7:9:20:7:7:9 chr13 30781111 . C A 954.84 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.764;QD=58.7592;RBI=0.0196601;REFB=0;REVB=-0.00681203;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22159e-05;OID=.;OPOS=30781111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr13 31036642 . C G 433.42 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0251692;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.001;QD=16.2025;RBI=0.0293719;REFB=-0.0074929;REVB=0.0151401;RO=58;SAF=23;SAR=25;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473536;STB=0.530687;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0199738;OID=.;OPOS=31036642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:58:59:48:48:0.448598:25:23:25:33:25:23:25:34 chr13 31036681 . A G 1491.38 PASS AF=0.990196;AO=98;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.113;QD=58.4854;RBI=0.0131709;REFB=0.00770792;REVB=0.0016;RO=1;SAF=43;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109026;STB=0.505375;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-8.68563e-07;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:1:1:98:101:0.990196:55:43:1:0:55:46:1:0 chr13 31231806 . T C 529.72 PASS AF=0.408451;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=142;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.03457;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8437;QD=14.9218;RBI=0.0521316;REFB=0.0118628;REVB=0.0390208;RO=83;SAF=28;SAR=30;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117515;STB=0.510201;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0165126;OID=.;OPOS=31231806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:83:84:58:58:0.408451:30:28:41:42:30:28:42:42 chr13 31233063 . G A 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.000287045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4517;QD=18.828;RBI=0.0618431;REFB=0.0341055;REVB=-0.0618424;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839961;STB=0.547572;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0332152;OID=.;OPOS=31233063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:9:13:10:10:9:13 chr13 31287978 . G GGTGT 488.5 PASS AF=0.754717;AO=32;DP=117;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0174352;FXX=0.499953;HRUN=2;LEN=4;MLLD=123.452;QD=36.8678;RBI=0.024897;REFB=-0.0863566;REVB=0.0177729;RO=69;SAF=15;SAR=17;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112429;STB=0.515573;STBP=0.715;TYPE=ins;VARB=0.024325;OID=.;OPOS=31287979;OREF=-;OALT=GTGT;OMAPALT=GGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.754717:32:117:40:53:13:19:21:7:6:99:69:15:17:39:30 chr13 31287979 . G GTA 303.58 PASS AF=0.389474;AO=33;DP=116;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0145941;FXX=0.103764;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.463;QD=12.7822;RBI=0.0290131;REFB=-0.0428553;REVB=-0.0250753;RO=81;SAF=22;SAR=11;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254964;STB=0.604158;STBP=0.115;TYPE=ins;VARB=0.0716027;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.389474:33:116:37:95:58:24:13:28:30:99:81:22:11:37:44 chr13 31480827 . A G 805.83 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040398;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.634;QD=56.5498;RBI=0.040522;REFB=0;REVB=-0.00316724;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164219;OID=.;OPOS=31480827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:53:57:1:27:26:0:0:31:26:0:0 chr13 31728703 . T C 219.17 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.014102;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.383;QD=15.6553;RBI=0.0271182;REFB=-0.0182219;REVB=0.0231632;RO=31;SAF=17;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384064;STB=0.521792;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0252672;OID=.;OPOS=31728703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:31:31:25:25:0.446429:8:17:20:11:8:17:20:11 chr13 31821240 . C T 716.06 PASS AF=0.469136;AO=76;DP=162;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.000519339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7049;QD=17.6805;RBI=0.0417895;REFB=0.01262;REVB=-0.0417863;RO=86;SAF=33;SAR=43;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412237;STB=0.522833;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0135857;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:86:86:76:76:0.469136:43:33:41:45:43:33:41:45 chr13 31821992 . T C 1386.49 PASS AF=0.97;AO=93;DP=97;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0186207;FXX=0.0654144;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.892;QD=55.4597;RBI=0.0208832;REFB=-0.0940673;REVB=0.00945395;RO=2;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206026;STB=0.515786;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00305032;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:97:100:2:3:93:97:0.97:45:48:0:2:46:51:0:3 chr13 31821993 . T C 44.36 PASS AF=0.101852;AO=10;DP=107;FAO=11;FDP=108;FR=.;FRO=97;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.0241905;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.3654;QD=1.643;RBI=0.0247783;REFB=-0.00701518;REVB=0.00536531;RO=97;SAF=6;SAR=4;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121768;STB=0.627517;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0264176;OID=.;OPOS=31821993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:107:108:97:97:10:11:0.101852:4:6:48:49:4:7:48:49 chr13 31891746 . G A 689.92 PASS AF=0.476821;AO=71;DP=149;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0028773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1271;QD=18.276;RBI=0.0289238;REFB=-0.00260587;REVB=0.0287804;RO=78;SAF=33;SAR=38;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454921;STB=0.517859;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00287314;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:78:79:71:72:0.476821:38:33:40:38:38:34:40:39 chr13 31905557 . C T 31.3 PASS AF=0.030303;AO=44;DP=172;FAO=4;FDP=132;FR=.;FRO=128;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=-0.00655463;FXX=0.241365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.619;QD=0.948441;RBI=0.0678216;REFB=4.12679e-05;REVB=0.0675042;RO=128;SAF=21;SAR=23;SRF=69;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767689;STB=0.77075;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0532897;OID=.;OPOS=31905557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:172:132:128:128:44:4:0.030303:23:21:69:59:3:1:69:59 chr13 32676114 . A G 228.99 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00453642;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.13;QD=14.0914;RBI=0.0162185;REFB=-0.00641307;REVB=0.0155711;RO=36;SAF=10;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106206;STB=0.577901;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00924365;OID=.;OPOS=32676114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:38:27:27:0.415385:17:10:17:19:17:10:19:19 chr13 32760476 . C A 1101.48 PASS AF=0.60119;AO=101;DP=168;FAO=101;FDP=168;FR=.;FRO=67;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00286282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.583;QD=26.2257;RBI=0.0073401;REFB=-0.00372578;REVB=0.0067588;RO=66;SAF=44;SAR=57;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474198;STB=0.522931;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00238397;OID=.;OPOS=32760476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:66:67:101:101:0.60119:57:44:33:33:57:44:33:34 chr13 32776603 . T C 1208.18 PASS AF=0.555024;AO=116;DP=209;FAO=116;FDP=209;FR=.;FRO=93;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=-0.0371265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0266;QD=23.1232;RBI=0.0375261;REFB=-0.0236422;REVB=0.00546171;RO=93;SAF=60;SAR=56;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798827;STB=0.543471;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0169232;OID=.;OPOS=32776603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:93:93:116:116:0.555024:56:60:39:54:56:60:39:54 chr13 32785086 . G A 424.32 PASS AF=0.411765;AO=47;DP=120;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=-0.000789433;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.151;QD=14.263;RBI=0.00915431;REFB=-0.0215506;REVB=0.00912021;RO=67;SAF=34;SAR=13;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280928;STB=0.504251;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0230412;OID=.;OPOS=32785086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:67:70:47:49:0.411765:13:34:47:20:15:34:49:21 chr13 32832149 . T C 1974.41 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00640342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.397;QD=61.2219;RBI=0.0762638;REFB=-0.123609;REVB=0.0759945;RO=1;SAF=57;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674044;STB=0.503546;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000200354;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:129:1:1:127:128:0.992248:70:57:0:1:70:58:0:1 chr13 32885654 . T C 979.08 PASS AF=0.476636;AO=102;DP=214;FAO=102;FDP=214;FR=.;FRO=112;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=-0.123416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.772;QD=18.3006;RBI=0.124377;REFB=-0.00576577;REVB=-0.0154352;RO=111;SAF=46;SAR=56;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166537;STB=0.51172;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00191598;OID=.;OPOS=32885654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:111:112:102:102:0.476636:56:46:52:59:56:46:53:59 chr13 32885658 . G A 892.76 PASS AF=0.45933;AO=95;DP=212;FAO=96;FDP=209;FR=.;FRO=113;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=0.0216707;FXX=0.0187785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.755;QD=17.0864;RBI=0.0222311;REFB=-0.00720466;REVB=0.0049601;RO=113;SAF=46;SAR=49;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323182;STB=0.515094;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00766705;OID=.;OPOS=32885658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:209:113:113:95:96:0.45933:49:46:51:62:50:46:51:62 chr13 32906729 . A C 341.5 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00541318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.421;QD=13.392;RBI=0.00547715;REFB=-0.00257204;REVB=-0.000834703;RO=62;SAF=17;SAR=23;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239445;STB=0.513588;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00379065;OID=.;OPOS=32906729;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:23:17:25:37:23:17:25:37 chr13 32912299 . T C 184.14 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0400485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.445;QD=10.0898;RBI=0.0401965;REFB=0.0107453;REVB=0.00344668;RO=48;SAF=12;SAR=12;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951413;STB=0.547906;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0162995;OID=.;OPOS=32912299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:49:24:24:0.328767:12:12:28:20:12:12:28:21 chr13 32913055 . A G 2528.04 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6536;QD=61.6595;RBI=0.0682871;REFB=0;REVB=-0.0514103;RO=0;SAF=75;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029291;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:162:164:1:87:75:0:0:87:77:0:0 chr13 32915005 . G C 1532.81 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145184;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.148;QD=59.5267;RBI=0.0630489;REFB=0;REVB=-0.0613546;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527679;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:101:103:1:41:60:0:0:41:62:0:0 chr13 32929387 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2411;QD=49.599;RBI=0.0614831;REFB=0;REVB=0.0126112;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000925336;OID=.;OPOS=32929387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr13 32972884 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00499604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.102;QD=12.7299;RBI=0.0556042;REFB=-0.0129306;REVB=0.0553793;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196246;STB=0.615148;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0122525;OID=.;OPOS=32972884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:3:9:5:4:3:9 chr13 33232435 . A G 434.9 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0155553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.745;QD=20.9589;RBI=0.0167196;REFB=-0.0213391;REVB=0.0061302;RO=40;SAF=22;SAR=21;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536469;STB=0.529661;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0157187;OID=.;OPOS=33232435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:21:22:18:22:21:22:18:22 chr13 33315206 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00129574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.096;QD=11.4398;RBI=0.0480338;REFB=-0.00396592;REVB=-0.0480163;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198262;STB=0.604686;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00934672;OID=.;OPOS=33315206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:2:7:8:5:2:7:9:5 chr13 33590851 . T C 4766.88 PASS AF=1;AO=303;DP=304;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.083;QD=62.5165;RBI=0.071196;REFB=0;REVB=-0.0705506;RO=0;SAF=162;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72044e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02255e-05;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:304:305:0:0:303:305:1:141:162:0:0:143:162:0:0 chr13 33629393 . C T 1421.39 PASS AF=0.481848;AO=145;DP=291;FAO=146;FDP=303;FR=.;FRO=157;FSAF=63;FSAR=83;FSRF=66;FSRR=91;FWDB=0.00590852;FXX=0.00328937;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.7228;QD=18.7642;RBI=0.0129892;REFB=-0.00601693;REVB=-0.0115675;RO=146;SAF=62;SAR=83;SRF=57;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034951;STB=0.505883;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00640611;OID=.;OPOS=33629393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:303:146:157:145:146:0.481848:83:62:57:89:83:63:66:91 chr13 33635463 . T C 1596.44 PASS AF=0.533333;AO=151;DP=284;FAO=152;FDP=285;FR=.;FRO=133;FSAF=67;FSAR=85;FSRF=69;FSRR=64;FWDB=-0.010551;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.422;QD=22.4061;RBI=0.0127915;REFB=-0.0212553;REVB=0.00723174;RO=133;SAF=66;SAR=85;SRF=69;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705686;STB=0.536596;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0197718;OID=.;OPOS=33635463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:285:133:133:151:152:0.533333:85:66:69:64:85:67:69:64 chr13 33635835 . T C 1574.93 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033587;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.81;QD=59.9974;RBI=0.0350005;REFB=0;REVB=0.00984627;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15511e-05;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr13 33678505 . C T 327.35 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00289397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.48;QD=17.6944;RBI=0.00896375;REFB=-0.00547492;REVB=-0.00848374;RO=39;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183807;STB=0.602916;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00622695;OID=.;OPOS=33678505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:13:22:17:22:13:22:17:22 chr13 33703656 . T C 978.18 PASS AF=0.474419;AO=102;DP=212;FAO=102;FDP=215;FR=.;FRO=113;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=0.00454473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.412;QD=18.1986;RBI=0.0081497;REFB=0.00253431;REVB=0.00676484;RO=109;SAF=62;SAR=40;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116137;STB=0.560264;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00353767;OID=.;OPOS=33703656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:215:109:113:102:102:0.474419:40:62:53:56:40:62:56:57 chr13 35692349 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA 70.14 PASS AF=0.207207,0.0540541;AO=23,21;DP=119;FAO=23,6;FDP=111;FR=.;FRO=82;FSAF=2,0;FSAR=21,6;FSRF=26;FSRR=56;FWDB=0.132276,0.0564087;FXX=0.0512777;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=18.7736,9.81664;QD=2.52763;RBI=0.168543,0.168697;REFB=-0.0548188,-0.0785932;REVB=-0.10445,-0.158987;RO=53;SAF=1,1;SAR=22,20;SRF=24;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.670707,-0.65641;STB=0.792129,0.99766;STBP=0.014,0.031;TYPE=del,del;VARB=0.137659,0.0620593;OID=.,.;OPOS=35692355,35692350;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.207207,0.0540541:23,21:119:23,6:111:82:2,0:21,6:26:56:41:53:1,1:22,20:24:29 chr13 36639771 . A C 603.13 PASS AF=0.512605;AO=62;DP=121;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0734077;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5439;QD=20.2731;RBI=0.073892;REFB=-0.0197881;REVB=0.00844583;RO=57;SAF=17;SAR=45;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802648;STB=0.559268;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.020663;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:57:58:62:61:0.512605:45:17:20:37:45:16:21:37 chr13 36686138 . T C 1110.01 PASS AF=0.462745;AO=116;DP=254;FAO=118;FDP=255;FR=.;FRO=137;FSAF=69;FSAR=49;FSRF=73;FSRR=64;FWDB=0.0199827;FXX=0.0116275;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.861;QD=17.4119;RBI=0.0221045;REFB=-0.012907;REVB=0.00944979;RO=125;SAF=67;SAR=49;SRF=64;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625778;STB=0.528426;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0186635;OID=.;OPOS=36686138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:125:137:116:118:0.462745:49:67:64:61:49:69:73:64 chr13 36744800 . G A 1716.92 PASS AF=0.544554;AO=165;DP=302;FAO=165;FDP=303;FR=.;FRO=138;FSAF=69;FSAR=96;FSRF=54;FSRR=84;FWDB=-0.0137393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.123;QD=22.6656;RBI=0.0144397;REFB=-0.00789615;REVB=0.00444273;RO=137;SAF=69;SAR=96;SRF=53;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269736;STB=0.512628;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00654021;OID=.;OPOS=36744800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:303:137:138:165:165:0.544554:96:69:53:84:96:69:54:84 chr13 36744910 . C T 420.52 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0335878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.858;QD=16.4908;RBI=0.0472612;REFB=-0.0220652;REVB=-0.0332488;RO=56;SAF=19;SAR=27;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864812;STB=0.54838;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0158419;OID=.;OPOS=36744910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:27:19:28:28:27:19:28:28 chr13 36801415 . C T 1358.87 PASS AF=0.462783;AO=143;DP=309;FAO=143;FDP=309;FR=.;FRO=166;FSAF=79;FSAR=64;FSRF=73;FSRR=93;FWDB=0.00147641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.08;QD=17.5905;RBI=0.00221411;REFB=-0.00513186;REVB=-0.00165001;RO=166;SAF=79;SAR=64;SRF=73;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109508;STB=0.560427;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00779121;OID=.;OPOS=36801415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:166:166:143:143:0.462783:64:79:73:93:64:79:73:93 chr13 36828237 . T C 803.64 PASS AF=0.535211;AO=75;DP=141;FAO=76;FDP=142;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.115316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9635;QD=22.6377;RBI=0.152186;REFB=-0.00935522;REVB=0.0993113;RO=66;SAF=34;SAR=41;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00104399;STB=0.50337;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00962187;OID=.;OPOS=36828237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:66:66:75:76:0.535211:41:34:30:36:42:34:30:36 chr13 36855375 . C T 1745.06 PASS AF=0.967213;AO=117;DP=121;FAO=118;FDP=122;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0386305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6883;QD=57.2152;RBI=0.0414574;REFB=-0.135622;REVB=-0.0150465;RO=2;SAF=54;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00123475;STB=0.509638;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00390091;OID=.;OPOS=36855375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:121:122:2:4:117:118:0.967213:63:54:1:1:64:54:3:1 chr13 36855405 . A G 1557.16 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000493487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.098;QD=58.7609;RBI=0.00400707;REFB=-0.121396;REVB=0.00397656;RO=1;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735807;STB=0.503875;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=9.17562e-05;OID=.;OPOS=36855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:64:41:0:1:64:41:0:1 chr13 36857639 . T C 1528.79 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9262;QD=58.7997;RBI=0.134863;REFB=-0.0671493;REVB=0.132325;RO=1;SAF=55;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157847;OID=.;OPOS=36857639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:104:104:1:0:103:104:1:48:55:1:0:48:56:0:0 chr13 36877977 . T TC 680.53 PASS AF=1;AO=8;DP=55;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792337;FXX=0.019604;HRUN=0;LEN=1;MLLD=172.781;QD=54.4424;RBI=0.0970082;REFB=0;REVB=-0.0559697;RO=47;SAF=1;SAR=7;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.584351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0010571;OID=.;OPOS=36877978;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:55:50:50:0:27:23:0:0:4:47:1:7:30:17 chr13 36877978 . T C 466.8 PASS AF=0.769231;AO=42;DP=54;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0094042;FXX=0.0370302;HRUN=7;LEN=1;MLLD=180.829;QD=35.908;RBI=0.0411643;REFB=-0.0642344;REVB=0.0400757;RO=8;SAF=27;SAR=15;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159684;STB=0.588191;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000822531;OID=.;OPOS=36877978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:54:52:8:12:42:40:0.769231:15:27:1:7:15:25:3:9 chr13 36886469 . T C 1012.08 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0211255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.174;QD=57.8331;RBI=0.0580436;REFB=-0.0926416;REVB=0.0540627;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00145844;OID=.;OPOS=36886469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:40:29:0:0:40:29:1:0 chr13 36939688 . C T 2238.73 PASS AF=0.993007;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00275895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4017;QD=62.6218;RBI=0.036078;REFB=-0.022544;REVB=-0.0359724;RO=1;SAF=77;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061354;STB=0.503184;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000167728;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:143:1:1:141:142:0.993007:64:77:1:0:64:78:1:0 chr13 36939758 . A G 2861.89 PASS AF=0.989189;AO=183;DP=187;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=111;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00453456;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.234;QD=61.8786;RBI=0.0104624;REFB=-0.116284;REVB=0.00942869;RO=2;SAF=111;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00850079;STB=0.504464;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-1.39744e-05;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:185:2:2:183:183:0.989189:72:111:2:0:72:111:2:0 chr13 37269675 . C A 629.52 PASS AF=0.433962;AO=69;DP=166;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.0248378;FXX=0.0535682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0116;QD=15.8368;RBI=0.0264024;REFB=-0.00331831;REVB=-0.0089537;RO=86;SAF=35;SAR=34;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651086;STB=0.522953;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0063024;OID=.;OPOS=37269675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:159:86:90:69:69:0.433962:34:35:38:48:34:35:42:48 chr13 37269835 . G A 2720.43 PASS AF=0.988764;AO=176;DP=178;FAO=176;FDP=178;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0305077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.701;QD=61.1332;RBI=0.0310158;REFB=-0.0660862;REVB=-0.00559091;RO=1;SAF=81;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498462;STB=0.50045;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.000869888;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:178:178:1:2:176:176:0.988764:95:81:0:1:95:81:1:1 chr13 37271428 . GCACACACACACACACACAT GCACACACACACACACA,GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA 115.02 PASS AF=0,0.909091,0.0909091;AO=3,7,4;DP=14;FAO=0,10,1;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,0;FSAR=0,8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0860066,0.00917195,0.11469;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,2,3;MLLD=110.782,79.5405,62.281;QD=41.8259;RBI=0.0940724,0.0253091,0.142468;REFB=0,0,0;REVB=-0.0381114,0.0235886,0.0845178;RO=0;SAF=0,2,0;SAR=3,5,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.0074442,-0.101728;OID=.,.,.;OPOS=37271445,37271429,37271445;OREF=CAT,CA,CAT;OALT=-,-,TAA;OMAPALT=GCACACACACACACACA,GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.909091,0.0909091:3,7,4:14:0,10,1:11:0:0,2,0:0,8,1:0:0:6:0:0,2,0:3,5,4:0:0 chr13 37271707 . A T 1120.91 PASS AF=0.523585;AO=110;DP=211;FAO=111;FDP=212;FR=.;FRO=101;FSAF=37;FSAR=74;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=0.00914039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.092;QD=21.1493;RBI=0.0143734;REFB=-0.0282424;REVB=0.0110927;RO=100;SAF=37;SAR=73;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698616;STB=0.542947;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0217124;OID=.;OPOS=37271707;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:100:101:110:111:0.523585:73:37:41:59:74:37:42:59 chr13 37372429 . T C 742.71 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0154679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8234;QD=53.0508;RBI=0.0191172;REFB=-0.00502565;REVB=0.0112343;RO=2;SAF=27;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033633;STB=0.517851;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00309738;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:27:27:2:0:27:27:2:0 chr13 37580139 . G A 585.33 PASS AF=0.491935;AO=60;DP=123;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=50;FWDB=-0.00274895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.674;QD=18.8815;RBI=0.00448619;REFB=0.0105586;REVB=0.00354531;RO=59;SAF=27;SAR=33;SRF=13;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21488;STB=0.631998;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00967676;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:59:63:60:61:0.491935:33:27:13:46:33:28:13:50 chr13 37583831 . G A 346.13 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=45;FWDB=0.0148226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.738;QD=13.708;RBI=0.0186821;REFB=-0.00626481;REVB=0.0113714;RO=60;SAF=6;SAR=34;SRF=15;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175728;STB=0.612048;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00808484;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:61:40:40:0.39604:34:6:15:45:34:6:16:45 chr13 37625601 . T C 710.2 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0219617;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.022;QD=54.6308;RBI=0.0243637;REFB=0.0705927;REVB=0.0105487;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00028713;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr13 37679268 . G T 1659.55 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3415;QD=60.3472;RBI=0.0359281;REFB=0;REVB=0.0348248;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82565e-05;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:48:62:0:0:48:62:0:0 chr13 37679535 . G C 3153.0 PASS AF=1;AO=196;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.634;QD=64.0204;RBI=0.014633;REFB=0;REVB=-0.014354;RO=0;SAF=97;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16575e-06;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:196:197:1:99:97:0:0:100:97:0:0 chr13 37679729 . C T 1290.62 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=87;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.119894;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1772;QD=60.7352;RBI=0.124059;REFB=-0.147223;REVB=0.031876;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133379;STB=0.506848;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00667592;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:85:1:1:82:84:0.988235:47:35:1:0:48:36:1:0 chr13 37679776 . G A 727.34 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0338535;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.063;QD=54.8938;RBI=0.0340309;REFB=0.0460645;REVB=-0.00347033;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.507689;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000204033;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:0:1:52:52:0.981132:32:20:0:0:32:20:0:1 chr13 38357264 . G A 646.48 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=154;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.00689952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9722;QD=16.7916;RBI=0.00690437;REFB=0.0134881;REVB=0.000258701;RO=84;SAF=31;SAR=39;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102806;STB=0.557127;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0190254;OID=.;OPOS=38357264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:84:84:70:70:0.454545:39:31:46:38:39:31:46:38 chr13 38429073 . G A 383.92 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0559474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.499;QD=13.7114;RBI=0.0774047;REFB=-0.0227703;REVB=0.0534918;RO=67;SAF=17;SAR=28;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445364;STB=0.525208;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0348207;OID=.;OPOS=38429073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:67:45:45:0.401786:28:17:28:39:28:17:28:39 chr13 38924083 . A T 5288.84 PASS AF=1;AO=331;DP=335;FAO=336;FDP=336;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135104;FXX=0.0088493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8562;QD=62.9624;RBI=0.00508333;REFB=0;REVB=0.0049005;RO=1;SAF=163;SAR=168;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00283128;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913596;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:335:336:1:0:331:336:1:168:163:0:1:173:163:0:0 chr13 38924263 . T C 5155.75 PASS AF=0.976744;AO=333;DP=341;FAO=336;FDP=344;FR=.;FRO=8;FSAF=151;FSAR=185;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0223453;FXX=0.00289847;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.353;QD=59.9506;RBI=0.0505481;REFB=0.0358882;REVB=-0.0453409;RO=7;SAF=149;SAR=184;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000749402;STB=0.501188;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0012527;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:341:344:7:8:333:336:0.976744:184:149:3:4:185:151:4:4 chr13 39262057 . G A 4180.29 PASS AF=1;AO=263;DP=265;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.703;QD=62.1604;RBI=0.0266754;REFB=-0.0309667;REVB=0.0254919;RO=0;SAF=109;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32491e-05;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:265:269:0:0:263:269:1:154:109:0:0:155:114:0:0 chr13 39263713 . GT G,GC 1293.66 PASS AF=0.177778,0.822222;AO=29,56;DP=92;FAO=16,74;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=10,34;FSAR=6,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113449,0.00587442;FXX=0.0217368;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=40.881,45.8484;QD=57.496;RBI=0.0215663,0.00712842;REFB=0,0;REVB=0.0183411,-0.00403801;RO=1;SAF=24,20;SAR=5,36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0843371,0.0129193;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0359653,0.0408511;OID=.,.;OPOS=39263714,39263714;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.177778,0.822222:29,56:92:16,74:90:0:10,34:6,40:0:0:26:1:24,20:5,36:0:1 chr13 39266484 . G A 1798.1 PASS AF=0.97561;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.049821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.731;QD=58.4747;RBI=0.050117;REFB=-0.0143029;REVB=0.00543837;RO=3;SAF=59;SAR=61;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235372;STB=0.512395;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=3.29615e-05;OID=.;OPOS=39266484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:123:3:3:120:120:0.97561:61:59:3:0:61:59:3:0 chr13 39430313 . A AT 1459.85 PASS AF=1;AO=26;DP=157;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491002;FXX=0.0891663;HRUN=0;LEN=1;MLLD=162.023;QD=40.835;RBI=0.0536657;REFB=0;REVB=0.0216607;RO=130;SAF=1;SAR=25;SRF=87;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.741649;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000797199;OID=.;OPOS=39430314;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:157:143:143:0:87:56:0:0:30:130:1:25:87:43 chr13 39430314 . C G,T 2227.47 PASS AF=0.158228,0.822785;AO=24,129;DP=157;FAO=25,130;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=0,87;FSAR=25,43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0173873,-0.00953145;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=49.605,207.068;QD=56.3916;RBI=0.017407,0.0173757;REFB=0.0763751,0.0204148;REVB=-0.000827094,0.0145281;RO=3;SAF=0,87;SAR=24,42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.861581,0.0166586;STB=0.999211,0.508506;STBP=0.039,0.295;TYPE=snp,snp;VARB=0.0586096,-2.71954e-05;OID=.,.;OPOS=39430314,39430314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:157:158:3:3:24,129:25,130:0.158228,0.822785:24,42:0,87:1:2:25,43:0,87:1:2 chr13 39433606 . A G 537.35 PASS AF=0.403974;AO=61;DP=151;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=0.0374788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.373;QD=14.2344;RBI=0.0398984;REFB=-0.0035004;REVB=0.0136829;RO=89;SAF=31;SAR=30;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097483;STB=0.551154;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00528569;OID=.;OPOS=39433606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:89:90:61:61:0.403974:30:31:37:52:30:31:38:52 chr13 39455266 . G A 1330.66 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.816;QD=61.8913;RBI=0.0184438;REFB=0;REVB=-0.00192137;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40209e-05;OID=.;OPOS=39455266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:42:43:0:0:42:44:0:0 chr13 39608335 . TAAAAAAAAAAAAC TAAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAAAACA 152.0 PASS AF=0.75,0.25;AO=5,3;DP=32;FAO=21,7;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=14,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119365,0.0969426;FXX=0.124961;HRUN=12,12;LEN=1,2;MLLD=7.6623,14.0395;QD=21.7141;RBI=0.181717,0.186156;REFB=-0.297699,-0.271249;REVB=-0.137014,-0.158922;RO=6;SAF=2,0;SAR=3,3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0892949,-0.672276;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.083714,-0.140232;OID=.,.;OPOS=39608336,39608347;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.25:5,3:32:21,7:28:0:7,2:14,5:0:0:28:6:2,0:3,3:3:3 chr13 39917634 . C T 1344.03 PASS AF=0.528926;AO=128;DP=242;FAO=128;FDP=242;FR=.;FRO=114;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=-0.0450827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1233;QD=22.2154;RBI=0.0508041;REFB=-0.00787127;REVB=-0.0234224;RO=112;SAF=55;SAR=73;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000973665;STB=0.504154;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00598915;OID=.;OPOS=39917634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:112:114:128:128:0.528926:73:55:48:64:73:55:48:66 chr13 40298622 . T C 89.68 PASS AF=0.5;AO=4;DP=15;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0151909;FXX=0;HRUN=18;LEN=1;MLLD=97.0567;QD=13.7966;RBI=0.17922;REFB=-0.0689639;REVB=-0.178575;RO=11;SAF=4;SAR=0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637903;STB=0.782041;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0237576;OID=.;OPOS=40298622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:15:26:11:13:4:13:0.5:0:4:8:3:1:12:8:5 chr13 40298623 . T C 48.97 PASS AF=0.346154;AO=2;DP=18;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.012624;FXX=0;HRUN=18;LEN=1;MLLD=105.65;QD=7.53316;RBI=0.0736439;REFB=-0.0758231;REVB=-0.0725538;RO=16;SAF=1;SAR=1;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272748;STB=0.705323;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.058071;OID=.;OPOS=40298623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:26:16:17:2:9:0.346154:1:1:12:4:1:8:12:5 chr13 41133064 . G T 30.12 PASS AF=0.214286;AO=7;DP=29;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000337572;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.58;QD=4.30306;RBI=0.0100303;REFB=-0.0114655;REVB=0.0100246;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381716;STB=0.734406;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0958798;OID=.;OPOS=41133064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:29:28:17:22:7:6:0.214286:1:6:10:7:1:5:13:9 chr13 41134122 . C T 533.16 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00244282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.244;QD=23.181;RBI=0.0142976;REFB=0.00453504;REVB=0.0140874;RO=42;SAF=25;SAR=25;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989343;STB=0.554326;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00291475;OID=.;OPOS=41134122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:25:25:16:26:25:25:16:26 chr13 41379272 . C T 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.246;QD=64.0203;RBI=0.00446037;REFB=0;REVB=0.0033346;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29117e-05;OID=.;OPOS=41379272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr13 41383962 . C G 1425.39 PASS AF=0.978723;AO=90;DP=93;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0089171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.274;QD=60.6549;RBI=0.012074;REFB=-0.0514033;REVB=0.00814044;RO=2;SAF=42;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220325;STB=0.511361;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000704169;OID=.;OPOS=41383962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:94:2:2:90:92:0.978723:48:42:2:0:49:43:2:0 chr13 41515182 . T C 2572.43 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353094;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.296;QD=61.9863;RBI=0.0556798;REFB=0;REVB=0.0430521;RO=0;SAF=78;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1823e-05;OID=.;OPOS=41515182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:166:0:0:166:166:1:88:78:0:0:88:78:0:0 chr13 41515368 . T C 5370.75 PASS AF=1;AO=332;DP=340;FAO=339;FDP=339;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103609;FXX=0.0116615;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.54;QD=63.3716;RBI=0.0939814;REFB=0;REVB=0.0934085;RO=0;SAF=167;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031359;OID=.;OPOS=41515368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:340:339:0:0:332:339:1:165:167:0:0:171:168:0:0 chr13 41657136 . A T 1481.9 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.464;QD=63.0594;RBI=0.049924;REFB=0;REVB=0.0319958;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6397e-05;OID=.;OPOS=41657136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:94:0:0:88:94:1:49:39:0:0:52:42:0:0 chr13 41696073 . G A 456.02 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0192334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.445;QD=20.2674;RBI=0.0192553;REFB=-0.0171968;REVB=0.000917853;RO=45;SAF=20;SAR=25;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603997;STB=0.533484;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0145696;OID=.;OPOS=41696073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:25:20:23:22:25:20:23:22 chr13 41705495 . A G 473.92 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.010503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.62;QD=16.342;RBI=0.0178151;REFB=-0.0126263;REVB=0.0143898;RO=64;SAF=23;SAR=29;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108133;STB=0.506038;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0148613;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:64:52:52:0.448276:29:23:29:35:29:23:29:35 chr13 41706628 . G A 1317.27 PASS AF=0.458065;AO=142;DP=310;FAO=142;FDP=310;FR=.;FRO=168;FSAF=62;FSAR=80;FSRF=67;FSRR=101;FWDB=-0.0210028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.912;QD=16.997;RBI=0.0213979;REFB=-0.00896879;REVB=0.00409315;RO=166;SAF=62;SAR=80;SRF=67;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329098;STB=0.520933;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0130841;OID=.;OPOS=41706628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:166:168:142:142:0.458065:80:62:67:99:80:62:67:101 chr13 41706800 . A G 2252.28 PASS AF=0.993056;AO=137;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00562335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.9;QD=62.5633;RBI=0.00750573;REFB=-0.061737;REVB=0.00497131;RO=0;SAF=59;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5753e-08;STB=0.502958;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=1.20474e-06;OID=.;OPOS=41706800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:0:1:137:143:0.993056:78:59:0:0:84:59:0:1 chr13 41831945 . A G 39.13 PASS AF=0.0852273;AO=20;DP=165;FAO=15;FDP=176;FR=.;FRO=161;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=91;FSRR=70;FWDB=-0.0161316;FXX=0.0056494;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.143;QD=0.889327;RBI=0.110953;REFB=-0.00231205;REVB=-0.109774;RO=145;SAF=3;SAR=17;SRF=88;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541279;STB=0.938215;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.129164;OID=.;OPOS=41831945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:165:176:145:161:20:15:0.0852273:17:3:88:57:14:1:91:70 chr13 41834744 . C T 512.11 PASS AF=0.427481;AO=57;DP=131;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00150755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0071;QD=15.6369;RBI=0.0331642;REFB=-0.0216342;REVB=0.03313;RO=72;SAF=24;SAR=33;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449853;STB=0.517206;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.018849;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:72:75:57:56:0.427481:33:24:30:42:33:23:33:42 chr13 41902939 . T C 1678.56 PASS AF=0.99115;AO=92;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9165;QD=59.418;RBI=0.0266675;REFB=-0.145056;REVB=0.0210042;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00442356;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:0:1:92:112:0.99115:55:37:0:0:65:47:1:0 chr13 42032572 . T C 3916.1 PASS AF=1;AO=245;DP=245;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.111009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.516;QD=63.9363;RBI=0.111418;REFB=0;REVB=-0.00953875;RO=0;SAF=105;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.77088e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.49511e-05;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:245:0:0:245:245:1:140:105:0:0:140:105:0:0 chr13 42185868 . C G 357.95 PASS AF=0.383929;AO=42;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.00334744;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.738;QD=12.7839;RBI=0.0136935;REFB=0.00181397;REVB=0.0132781;RO=69;SAF=18;SAR=24;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706188;STB=0.546197;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00268323;OID=.;OPOS=42185868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:69:69:42:43:0.383929:24:18:34:35:25:18:34:35 chr13 42381889 . T C 1624.36 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.749;QD=60.1616;RBI=0.0081377;REFB=0;REVB=0.00500345;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7266e-06;OID=.;OPOS=42381889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:54:54:0:0:54:54:0:0 chr13 42703682 . T C 585.19 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0139562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4036;QD=21.0878;RBI=0.017186;REFB=0.00672792;REVB=0.0100292;RO=50;SAF=33;SAR=26;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666351;STB=0.536985;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00321176;OID=.;OPOS=42703682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:52:59:59:0.531532:26:33:24:26:26:33:25:27 chr13 42764564 . C G 300.57 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00179276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.356;QD=23.1211;RBI=0.0102961;REFB=-0.010819;REVB=-0.0101389;RO=20;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121616;STB=0.524532;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00489629;OID=.;OPOS=42764564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:22:30:30:0.576923:14:16:11:9:14:16:13:9 chr13 42793479 . G A 295.59 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00845947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6012;QD=15.3552;RBI=0.0537202;REFB=-0.0170085;REVB=0.05305;RO=44;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157243;STB=0.50888;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0241815;OID=.;OPOS=42793479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:19:14:18:26:19:14:18:26 chr13 42799438 . GAAAAAAG GAAAAAGA 31.16 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0926498;FXX=0.020829;HRUN=6;LEN=2;MLLD=22.2991;QD=2.6522;RBI=0.129979;REFB=-0.0283243;REVB=-0.0911626;RO=30;SAF=6;SAR=0;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.735845;STB=0.855053;STBP=0.094;TYPE=mnp;VARB=0.108053;OID=.;OPOS=42799444;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12766:6:48:6:47:40:5:1:16:24:27:30:6:0:10:20 chr13 42803341 . T C 3887.28 PASS AF=0.984615;AO=255;DP=260;FAO=256;FDP=260;FR=.;FRO=4;FSAF=123;FSAR=133;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0306555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4624;QD=59.8043;RBI=0.031289;REFB=-0.163342;REVB=0.00626412;RO=4;SAF=122;SAR=133;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000635953;STB=0.503552;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00244387;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:260:260:4:4:255:256:0.984615:133:122:2:2:133:123:1:3 chr13 43462422 . A T 293.53 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00819594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.137;QD=19.9003;RBI=0.00859149;REFB=-0.011683;REVB=0.00257687;RO=28;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442158;STB=0.524574;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0117918;OID=.;OPOS=43462422;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:16:15:15:13:16:15:15:13 chr13 43469157 . G A 546.34 PASS AF=0.42446;AO=59;DP=139;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.0300846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.104;QD=15.7221;RBI=0.0348515;REFB=-0.00735593;REVB=0.0175938;RO=80;SAF=28;SAR=31;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382725;STB=0.521434;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0115123;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:80:59:59:0.42446:31:28:35:45:31:28:35:45 chr13 43469211 . G A 746.8 PASS AF=0.454023;AO=78;DP=174;FAO=79;FDP=174;FR=.;FRO=95;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.0075456;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.199;QD=17.1679;RBI=0.0115158;REFB=-0.000523903;REVB=-0.00869934;RO=95;SAF=40;SAR=38;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698209;STB=0.53503;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.000487279;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:95:95:78:79:0.454023:38:40:42:53:39:40:42:53 chr13 43597865 . A G 948.85 PASS AF=0.490196;AO=93;DP=197;FAO=100;FDP=204;FR=.;FRO=104;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=0.0153391;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.188;QD=18.6049;RBI=0.0154571;REFB=-0.0384108;REVB=-0.00190633;RO=102;SAF=42;SAR=51;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000605004;STB=0.519128;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0398337;OID=.;OPOS=43597865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:204:102:104:93:100:0.490196:51:42:46:56:53:47:45:59 chr13 43788158 . G A 2083.28 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.736;QD=62.655;RBI=0.0119595;REFB=0;REVB=0.00371265;RO=0;SAF=59;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32989e-05;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:73:59:0:0:74:59:0:0 chr13 45492146 . G A 359.33 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00271235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2147;QD=12.9489;RBI=0.00325375;REFB=-0.000977296;REVB=0.00179722;RO=66;SAF=19;SAR=24;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137032;STB=0.517758;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00203813;OID=.;OPOS=45492146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:68:43:43:0.387387:24:19:30:36:24:19:32:36 chr13 45515395 . G A 546.07 PASS AF=0.542553;AO=39;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00123866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.261;QD=23.2372;RBI=0.00159482;REFB=-0.00223134;REVB=-0.00100457;RO=25;SAF=18;SAR=21;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702367;STB=0.504881;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0019817;OID=.;OPOS=45515395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:25:43:39:51:0.542553:21:18:14:11:29:22:19:24 chr13 45563464 . G C 3241.87 PASS AF=0.494673;AO=324;DP=656;FAO=325;FDP=657;FR=.;FRO=332;FSAF=128;FSAR=197;FSRF=130;FSRR=202;FWDB=0.0113052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.839;QD=19.7374;RBI=0.0113496;REFB=-0.00606866;REVB=0.0010036;RO=326;SAF=128;SAR=196;SRF=125;SRR=201;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011185;STB=0.501207;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00604152;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:656:657:326:332:324:325:0.494673:196:128:125:201:197:128:130:202 chr13 46067593 . G A 1769.25 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309147;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6673;QD=60.4872;RBI=0.0710154;REFB=0;REVB=0.0639333;RO=0;SAF=34;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266296;OID=.;OPOS=46067593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:113:117:1:79:34:0:0:82:35:0:0 chr13 46077381 . G A 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.058;QD=56.6979;RBI=0.0135546;REFB=0;REVB=-0.00575988;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90403e-05;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr13 46103935 . A G 1580.38 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00731828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.888;QD=58.5327;RBI=0.0705136;REFB=-0.0210515;REVB=0.0701328;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50505;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000242153;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:106:107:0.990741:48:58:0:0:49:58:0:1 chr13 46108853 . TG CA 2528.37 PASS AF=1;AO=162;DP=169;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676468;FXX=0.0355009;HRUN=2;LEN=2;MLLD=227.709;QD=62.0458;RBI=0.0120179;REFB=0;REVB=-0.00993326;RO=0;SAF=75;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.45681e-05;OID=.;OPOS=46108853;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:163:0:0:162:163:1:87:75:0:0:88:75:0:0 chr13 46115731 . C A 2299.7 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0387902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.995;QD=60.1228;RBI=0.0768261;REFB=-0.0716962;REVB=0.0663142;RO=1;SAF=71;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590892;STB=0.503067;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0006508;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:152:153:1:1:151:152:0.993464:80:71:0:1:81:71:0:1 chr13 46137837 . T C 5422.71 PASS AF=1;AO=347;DP=351;FAO=347;FDP=347;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=189;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350752;FXX=0.0113957;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.308;QD=62.5096;RBI=0.0600041;REFB=-0.00730865;REVB=0.0599015;RO=1;SAF=158;SAR=189;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251786;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57962e-06;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:351:347:1:0:347:347:1:189:158:0:1:189:158:0:0 chr13 46288145 . A G 116.1 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.127759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1449;QD=11.3268;RBI=0.129195;REFB=-0.00670801;REVB=-0.019207;RO=27;SAF=2;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348078;STB=0.712513;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00693112;OID=.;OPOS=46288145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:12:2:10:17:12:2:10:17 chr13 46357380 . CA C 90.05 PASS AF=0.74359;AO=19;DP=38;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0350803;FXX=0.0249938;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.56148;QD=9.23569;RBI=0.0425865;REFB=-0.0187911;REVB=0.0241451;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262914;STB=0.504422;STBP=0.94;TYPE=del;VARB=0.0668976;OID=.;OPOS=46357381;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.74359:19:38:29:39:10:14:15:5:5:19:12:12:7:3:9 chr13 46541673 . T A 1496.3 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.823;QD=62.3459;RBI=0.0194418;REFB=-0.127521;REVB=0.0146561;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000137183;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:51:44:0:0:51:44:1:0 chr13 46562935 . A G 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.067;QD=60.5457;RBI=0.0192779;REFB=0;REVB=0.00987318;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36349e-05;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:56:56:0:0:56:56:0:0 chr13 46629944 . A G 1306.38 PASS AF=0.939394;AO=93;DP=103;FAO=93;FDP=99;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.026883;FXX=0.0388312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.946;QD=52.7832;RBI=0.0273236;REFB=-0.00845342;REVB=-0.00488716;RO=6;SAF=56;SAR=37;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515061;STB=0.52723;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000785421;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:103:99:6:6:93:93:0.939394:37:56:1:5:37:56:1:5 chr13 46638826 . G A 1606.38 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0097995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.999;QD=64.2553;RBI=0.0103717;REFB=0;REVB=0.00339721;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25761e-05;OID=.;OPOS=46638826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:48:52:0:0:48:52:0:0 chr13 46641481 . T C 2362.14 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871872;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.978;QD=64.276;RBI=0.0109608;REFB=0;REVB=0.00664247;RO=0;SAF=75;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139454;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:72:75:0:0:72:75:0:0 chr13 46656669 . A G 4611.11 PASS AF=1;AO=288;DP=290;FAO=290;FDP=290;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195242;FXX=0.0102386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.259;QD=63.6015;RBI=0.0197203;REFB=-0.0234867;REVB=0.00277445;RO=0;SAF=139;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.322e-05;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:290:290:0:0:288:290:1:149:139:0:0:151:139:0:0 chr13 46700642 . G T 404.81 PASS AF=0.401575;AO=42;DP=118;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.000684319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.01;QD=12.7501;RBI=0.0116943;REFB=-0.00611159;REVB=0.0116742;RO=75;SAF=18;SAR=24;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281356;STB=0.513961;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0108735;OID=.;OPOS=46700642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:127:75:76:42:51:0.401575:24:18:34:41:27:24:34:42 chr13 46708291 . T C 617.38 PASS AF=0.453901;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0132163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.921;QD=17.5144;RBI=0.0146326;REFB=-0.00571325;REVB=0.00628048;RO=75;SAF=30;SAR=34;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368602;STB=0.513545;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00626108;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:77:64:64:0.453901:34:30:38:37:34:30:38:39 chr13 46801970 . A G 1329.4 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05759;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.25;QD=61.1217;RBI=0.0576145;REFB=-0.0690911;REVB=-0.00168114;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255711;OID=.;OPOS=46801970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:87:87:0:0:85:87:1:44:41:0:0:44:43:0:0 chr13 46802177 . A G 1833.04 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.575;QD=60.0997;RBI=0.0375061;REFB=0.0151637;REVB=0.0290673;RO=1;SAF=53;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887818;STB=0.504672;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=3.64432e-05;OID=.;OPOS=46802177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:120:121:0.991803:67:53:1:0:68:53:1:0 chr13 46946157 . C T 1641.73 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.31;QD=60.2469;RBI=0.0151621;REFB=0;REVB=0.0149107;RO=0;SAF=38;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63748e-06;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:70:38:0:0:71:38:0:0 chr13 46948548 . G A 977.34 PASS AF=0.958904;AO=68;DP=72;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0441718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.959;QD=53.5526;RBI=0.0441726;REFB=-0.241575;REVB=-0.000253525;RO=3;SAF=29;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760384;STB=0.509957;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00197684;OID=.;OPOS=46948548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:73:3:3:68:70:0.958904:39:29:1:2:40:30:2:1 chr13 47127813 . C T 730.47 PASS AF=0.472727;AO=77;DP=165;FAO=78;FDP=165;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.06085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4201;QD=17.7084;RBI=0.0665763;REFB=-5.36483e-06;REVB=0.0270127;RO=86;SAF=33;SAR=44;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129045;STB=0.506623;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000957752;OID=.;OPOS=47127813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:86:87:77:78:0.472727:44:33:38:48:44:34:39:48 chr13 47260054 . T C 2456.97 PASS AF=0.993976;AO=160;DP=165;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2167;QD=59.2042;RBI=0.0372323;REFB=-0.0733953;REVB=0.032316;RO=4;SAF=86;SAR=74;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133956;STB=0.502857;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0016237;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:166:4:1:160:165:0.993976:74:86:1:3:78:87:1:0 chr13 47273458 . G C,T 2430.32 PASS AF=0.932099,0.0679012;AO=151,11;DP=162;FAO=151,11;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=81,8;FSAR=70,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243908,-0.00319924;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.272,230.213;QD=60.008;RBI=0.0247784,0.00829754;REFB=0,0;REVB=0.00436533,-0.00765598;RO=0;SAF=81,8;SAR=70,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00450834,0.0251688;OID=.,.;OPOS=47273458,47273458;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:162:162:0:0:151,11:151,11:0.932099,0.0679012:70,3:81,8:0:0:70,3:81,8:0:0 chr13 47279454 . A G 2886.57 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059352;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.169;QD=62.7516;RBI=0.00635164;REFB=0.058066;REVB=-0.00226201;RO=1;SAF=77;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004513;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18179e-06;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:184:1:0:182:184:1:105:77:0:1:107:77:0:0 chr13 47308109 . A G 3924.56 PASS AF=0.97026;AO=257;DP=269;FAO=261;FDP=269;FR=.;FRO=8;FSAF=132;FSAR=129;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0280348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.973;QD=58.3577;RBI=0.0287187;REFB=-0.112054;REVB=0.00623039;RO=4;SAF=132;SAR=125;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000398102;STB=0.507266;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00209144;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:269:269:4:8:257:261:0.97026:125:132:2:2:129:132:6:2 chr13 47315984 . T C 399.21 PASS AF=0.432692;AO=44;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0207668;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.313;QD=15.3541;RBI=0.0208975;REFB=-0.0120031;REVB=-0.00233354;RO=59;SAF=20;SAR=24;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142647;STB=0.514832;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0203015;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:44:45:0.432692:24:20:26:33:24:21:26:33 chr13 47354101 . C T 304.67 PASS AF=0.360825;AO=34;DP=95;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0227849;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2096;QD=12.5635;RBI=0.0563631;REFB=0.00975022;REVB=0.0515523;RO=60;SAF=12;SAR=22;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203771;STB=0.604119;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0152376;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:60:62:34:35:0.360825:22:12:32:28:22:13:33:29 chr13 47469940 . G A 822.71 PASS AF=0.469613;AO=85;DP=180;FAO=85;FDP=181;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.00282492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.223;QD=18.1815;RBI=0.0028391;REFB=0.00428041;REVB=0.00028342;RO=95;SAF=37;SAR=48;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471467;STB=0.529058;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00498051;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:95:96:85:85:0.469613:48:37:46:49:48:37:47:49 chr13 47470824 . C T 753.46 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8583;QD=56.8651;RBI=0.0701774;REFB=0;REVB=0.067103;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108438;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr13 48033224 . G A 1172.47 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3656;QD=60.1267;RBI=0.0484752;REFB=0;REVB=-0.016382;RO=0;SAF=23;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011877;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:53:23:0:0:54:24:0:0 chr13 48619855 . C T 3292.48 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6407;QD=62.1223;RBI=0.0562085;REFB=0;REVB=-0.0328838;RO=0;SAF=95;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106633;OID=.;OPOS=48619855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:212:0:0:212:212:1:117:95:0:0:117:95:0:0 chr13 48916895 . C T 371.52 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0154596;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.785;QD=19.8143;RBI=0.0163123;REFB=-0.00508162;REVB=-0.00520503;RO=37;SAF=12;SAR=26;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359574;STB=0.519989;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0045331;OID=.;OPOS=48916895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:37:38:38:0.506667:26:12:13:24:26:12:13:24 chr13 49051481 . T A 303.48 PASS AF=0.436782;AO=26;DP=90;FAO=38;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0218984;FXX=0.0333296;HRUN=7;LEN=1;MLLD=22.1654;QD=13.953;RBI=0.165304;REFB=-0.0259595;REVB=0.163847;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091505;STB=0.543455;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0379198;OID=.;OPOS=49051481;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:30:49:26:38:0.436782:12:14:19:11:20:18:27:22 chr13 49107241 . T C 2321.52 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466735;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.389;QD=61.0927;RBI=0.014148;REFB=0;REVB=-0.0133559;RO=0;SAF=25;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199026;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:152:0:0:152:152:1:127:25:0:0:127:25:0:0 chr13 49283031 . C T 563.76 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0142976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.09;QD=21.0752;RBI=0.0241976;REFB=-0.0170239;REVB=0.0195219;RO=49;SAF=24;SAR=33;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023991;STB=0.518549;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0105382;OID=.;OPOS=49283031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:50:57:57:0.53271:33:24:22:27:33:24:23:27 chr13 49783215 . A T 420.31 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0212664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9761;QD=17.6974;RBI=0.0212926;REFB=0.0283816;REVB=0.00105458;RO=53;SAF=15;SAR=27;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399666;STB=0.513302;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0492629;OID=.;OPOS=49783215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:52:42:43:0.452632:27:15:17:36:28:15:17:35 chr13 49840024 . A G 1497.52 PASS AF=0.980952;AO=100;DP=103;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0509747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6247;QD=57.0484;RBI=0.0510904;REFB=0.0269718;REVB=-0.00343577;RO=2;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163528;STB=0.508473;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00282002;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:105:2:2:100:103:0.980952:57:43:0:2:58:45:0:2 chr13 50008301 . A G 2143.68 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0225723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.735;QD=62.1355;RBI=0.0254599;REFB=-0.0260151;REVB=0.011777;RO=1;SAF=68;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684033;STB=0.503597;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-8.91624e-05;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:69:68:0:1:69:68:0:1 chr13 50050620 . A G 1322.49 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0804639;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.6724;QD=60.1132;RBI=0.151086;REFB=-0.140779;REVB=0.127877;RO=1;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104125;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00625669;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:86:87:0.988636:45:41:0:1:46:41:0:1 chr13 50057097 . G A 1194.18 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0174096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8165;QD=59.7088;RBI=0.0229381;REFB=-0.105289;REVB=-0.0149353;RO=1;SAF=39;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011984;STB=0.506328;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00132504;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:40:39:1:0:40:39:1:0 chr13 50057633 . A G 846.55 PASS AF=0.339744;AO=104;DP=313;FAO=106;FDP=312;FR=.;FRO=206;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=121;FSRR=85;FWDB=-0.0111866;FXX=0.00319479;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.517;QD=10.8532;RBI=0.0121461;REFB=-0.0132453;REVB=0.00473177;RO=203;SAF=63;SAR=41;SRF=121;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117333;STB=0.504756;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0245362;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:312:203:206:104:106:0.339744:41:63:121:82:43:63:121:85 chr13 50080847 . A G 980.0 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516443;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.661;QD=58.5076;RBI=0.0543698;REFB=0;REVB=-0.0169984;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129446;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347131;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:1:0:66:67:1:30:36:1:0:30:37:0:0 chr13 50106550 . GA G 268.95 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.2167;QD=43.0323;RBI=0.031605;REFB=0;REVB=-0.00653493;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00140711;OID=.;OPOS=50106551;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:25:25:0:9:16:0:0:5:0:7:15:0:0 chr13 50106584 . G A 353.61 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.3;QD=54.4017;RBI=0.0122717;REFB=0;REVB=0.0108396;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267453;OID=.;OPOS=50106584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:16:8:0:0:17:9:0:0 chr13 50123622 . G C 2978.44 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2202;QD=63.371;RBI=0.0748825;REFB=0;REVB=0.069014;RO=0;SAF=106;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120598;OID=.;OPOS=50123622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:82:106:0:0:82:106:0:0 chr13 50126382 . G A 629.22 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0176677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2591;QD=57.2015;RBI=0.0514624;REFB=-0.0108645;REVB=0.0483346;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218198;STB=0.521729;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00456824;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:1:2:41:42:0.954545:21:20:0:1:22:20:0:2 chr13 50141345 . G A 2068.63 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228714;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.718;QD=62.6857;RBI=0.0257085;REFB=0;REVB=-0.0117398;RO=0;SAF=60;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55386e-05;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:131:132:1:71:60:0:0:71:61:0:0 chr13 50205540 . C CAAT 83.47 PASS AF=0.268293;AO=10;DP=42;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00638025;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=3;MLLD=243.809;QD=8.14382;RBI=0.0283341;REFB=-0.0110215;REVB=-0.0276064;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119979;STB=0.577837;STBP=0.565;TYPE=ins;VARB=0.0239523;OID=.;OPOS=50205541;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=CAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268293:10:42:11:41:30:4:7:14:16:83:30:4:6:15:15 chr13 50206001 . A T 973.95 PASS AF=0.431535;AO=104;DP=242;FAO=104;FDP=241;FR=.;FRO=137;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=57;FSRR=80;FWDB=0.0312985;FXX=0.00413206;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5696;QD=16.1652;RBI=0.0436235;REFB=-0.0134161;REVB=0.0303876;RO=134;SAF=46;SAR=58;SRF=56;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251318;STB=0.515173;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0152356;OID=.;OPOS=50206001;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:241:134:137:104:104:0.431535:58:46:56:78:58:46:57:80 chr13 50207885 . G A 1533.0 PASS AF=0.546468;AO=144;DP=249;FAO=147;FDP=269;FR=.;FRO=122;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=59;FSRR=63;FWDB=-0.0129695;FXX=0.00370357;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.8728;QD=22.7956;RBI=0.0340077;REFB=-0.0259624;REVB=-0.0314375;RO=105;SAF=66;SAR=78;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584275;STB=0.515816;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0288096;OID=.;OPOS=50207885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:269:105:122:144:147:0.546468:78:66:56:49:81:66:59:63 chr13 50273831 . T C 192.64 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0840695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0968;QD=14.8183;RBI=0.0840705;REFB=-0.000226609;REVB=-0.000396991;RO=29;SAF=4;SAR=17;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170532;STB=0.579468;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.000815857;OID=.;OPOS=50273831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:21:22:0.423077:17:4:9:20:17:5:10:20 chr13 50273970 . C T 531.14 PASS AF=0.448819;AO=56;DP=126;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.0334853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.059;QD=16.7287;RBI=0.0536671;REFB=-0.0088131;REVB=-0.0419392;RO=63;SAF=26;SAR=30;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343151;STB=0.539375;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0105003;OID=.;OPOS=50273970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:63:70:56:57:0.448819:30:26:27:36:31:26:27:43 chr13 50283819 . T C 858.16 PASS AF=0.465608;AO=88;DP=189;FAO=88;FDP=189;FR=.;FRO=101;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.00858825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.044;QD=18.1621;RBI=0.00916108;REFB=-0.0287478;REVB=0.00318865;RO=101;SAF=28;SAR=60;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172264;STB=0.595645;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0308412;OID=.;OPOS=50283819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:101:101:88:88:0.465608:60:28:49:52:60:28:49:52 chr13 50296115 . C G,T 969.07 PASS AF=0.0857143,0.9;AO=4,62;DP=66;FAO=6,63;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=4,35;FSAR=2,28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00284885,-0.0102255;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.717,53.4042;QD=55.3757;RBI=0.00819703,0.0102277;REFB=-0.11283,-0.0782806;REVB=0.00768605,0.000213911;RO=0;SAF=3,35;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,5.46408e-08;STB=0.599655,0.508769;STBP=0.333,0.307;TYPE=snp,snp;VARB=0.0619286,-0.0130485;OID=.,.;OPOS=50296115,50296115;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:66:70:0:1:4,62:6,63:0.0857143,0.9:1,27:3,35:0:0:2,28:4,35:0:1 chr13 50466749 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1737;QD=33.4285;RBI=0.00562814;REFB=0;REVB=-0.0027393;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000715471;OID=.;OPOS=50466749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr13 50502221 . C A 44.54 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0108051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.031;QD=3.95887;RBI=0.0332533;REFB=-0.00304797;REVB=-0.0314489;RO=37;SAF=1;SAR=7;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563061;STB=0.878849;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.111927;OID=.;OPOS=50502221;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:45:45:37:37:8:8:0.177778:7:1:22:15:7:1:22:15 chr13 50587718 . A G 145.37 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.97;QD=44.7293;RBI=0.0564984;REFB=0;REVB=0.0356256;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938621;OID=.;OPOS=50587718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:9:4:0:0 chr13 50588496 . T C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.12;QD=41.8673;RBI=0.0223741;REFB=-0.0521677;REVB=-0.0109857;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00924524;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:7:8:1:0:7:8:1:0 chr13 50591480 . T C 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.287;QD=59.5001;RBI=0.0596326;REFB=0;REVB=0.0578111;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118239;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr13 50592459 . T C 1918.03 PASS AF=0.923077;AO=130;DP=143;FAO=132;FDP=143;FR=.;FRO=11;FSAF=59;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0399357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.4169;QD=53.6511;RBI=0.0702206;REFB=-0.114627;REVB=0.0577588;RO=3;SAF=57;SAR=73;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00991596;STB=0.520716;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00518819;OID=.;OPOS=50592459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:143:143:3:11:130:132:0.923077:73:57:2:1:73:59:2:9 chr13 51387124 . A G 618.17 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.00180613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0898;QD=16.0563;RBI=0.0419443;REFB=-0.00754823;REVB=0.0419054;RO=85;SAF=31;SAR=37;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147558;STB=0.511714;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0122914;OID=.;OPOS=51387124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:85:86:68:68:0.441558:37:31:40:45:37:31:41:45 chr13 51417535 . G A 294.48 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0897031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.496;QD=15.1013;RBI=0.0900018;REFB=0.0057558;REVB=-0.00732671;RO=45;SAF=10;SAR=23;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157808;STB=0.589687;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00499182;OID=.;OPOS=51417535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:23:10:20:25:23:10:20:25 chr13 51594741 . T G 375.95 PASS AF=0.290503;AO=51;DP=179;FAO=52;FDP=179;FR=.;FRO=127;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=60;FSRR=67;FWDB=0.0335309;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4095;QD=8.40103;RBI=0.0405229;REFB=-0.00574807;REVB=-0.0227549;RO=115;SAF=25;SAR=26;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349622;STB=0.519546;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0291631;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:115:127:51:52:0.290503:26:25:53:62:26:26:60:67 chr13 51603768 . T C 509.78 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0110164;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.149;QD=20.8072;RBI=0.0190182;REFB=-0.0183901;REVB=0.0155026;RO=49;SAF=18;SAR=31;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019698;STB=0.510909;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0146473;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:31:18:19:30:31:18:19:30 chr13 52440130 . A G 557.98 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00565828;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.294;QD=25.3625;RBI=0.0155104;REFB=0.00966661;REVB=0.0144415;RO=37;SAF=27;SAR=24;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00858669;STB=0.504696;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00685959;OID=.;OPOS=52440130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:37:51:51:0.579545:24:27:20:17:24:27:20:17 chr13 52544805 . C G 3255.81 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6844;QD=62.0154;RBI=0.0255361;REFB=0;REVB=-0.00790977;RO=0;SAF=89;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.63654e-05;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:210:0:0:210:210:1:121:89:0:0:121:89:0:0 chr13 52548140 . A C 2849.75 PASS AF=0.980296;AO=187;DP=199;FAO=199;FDP=203;FR=.;FRO=4;FSAF=113;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0346453;FXX=0.0193227;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7313;QD=56.1527;RBI=0.123945;REFB=-0.128933;REVB=0.119005;RO=4;SAF=110;SAR=77;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00362751;STB=0.501361;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00414834;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:199:203:4:4:187:199:0.980296:77:110:2:2:86:113:2:2 chr13 52603194 . G T 3480.7 PASS AF=1;AO=223;DP=226;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0715821;FXX=0.0132737;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.173;QD=62.4341;RBI=0.0726921;REFB=-0.00670875;REVB=-0.0126548;RO=1;SAF=89;SAR=134;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00532371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85757e-05;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:226:223:1:0:223:223:1:134:89:1:0:134:89:0:0 chr13 52603775 . C T 981.53 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447756;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.347;QD=58.599;RBI=0.00656053;REFB=-0.0802056;REVB=-0.004795;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340493;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:0:0:66:67:1:38:28:0:0:39:28:0:0 chr13 52605675 . A G 770.82 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132569;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.468;QD=64.2351;RBI=0.039627;REFB=0;REVB=0.0373437;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07032e-05;OID=.;OPOS=52605675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:27:21:0:0 chr13 52607169 . T C 676.67 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00741783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6694;QD=60.1481;RBI=0.0188856;REFB=0.0533358;REVB=0.0173678;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000467021;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:0:1:24:20:0:1 chr13 52709938 . A C 503.29 PASS AF=0.461538;AO=51;DP=113;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.00586189;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.438;QD=17.2064;RBI=0.0169418;REFB=0.00035241;REVB=0.0158954;RO=57;SAF=25;SAR=26;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150773;STB=0.591803;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=1.22125e-05;OID=.;OPOS=52709938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:57:63:51:54:0.461538:26:25:37:20:29:25:40:23 chr13 52952497 . C T 1141.35 PASS AF=0.547264;AO=111;DP=200;FAO=110;FDP=201;FR=.;FRO=91;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=34;FSRR=57;FWDB=-0.017107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.964;QD=22.7135;RBI=0.0211411;REFB=-0.00726914;REVB=0.0124216;RO=89;SAF=51;SAR=60;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07348;STB=0.541206;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00764516;OID=.;OPOS=52952497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:89:91:111:110:0.547264:60:51:33:56:59:51:34:57 chr13 52971893 . G A 888.4 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00878458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.059;QD=56.4063;RBI=0.0507805;REFB=-0.080743;REVB=0.0500149;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129329;STB=0.506665;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000952107;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:36:25:0:1:37:25:0:1 chr13 53035783 . T C 803.29 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0217456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6273;QD=55.3994;RBI=0.0677447;REFB=0.0220693;REVB=-0.0641597;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0012471;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:29:28:0:1:29:28:0:1 chr13 53035925 . A G 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0836781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.833;QD=57.1745;RBI=0.0837463;REFB=0;REVB=-0.00338114;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200271;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr13 53035960 . G A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0217807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.137;QD=4.62983;RBI=0.0423535;REFB=0.000666804;REVB=0.0363238;RO=24;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422638;STB=0.791633;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00174893;OID=.;OPOS=53035960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:1:5:12:12:1:5:12:12 chr13 53050479 . G A 1646.04 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0713442;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.04;QD=60.4053;RBI=0.0728494;REFB=0;REVB=-0.0147323;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164088;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:109:0:0:109:109:1:50:59:0:0:50:59:0:0 chr13 53422553 . A G 636.67 PASS AF=0.467626;AO=65;DP=138;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0433981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6063;QD=18.3213;RBI=0.0503166;REFB=-0.0112889;REVB=-0.025463;RO=73;SAF=33;SAR=32;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661112;STB=0.532837;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00973468;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:73:74:65:65:0.467626:32:33:32:41:32:33:33:41 chr13 53608632 . C T 1532.8 PASS AF=0.98;AO=96;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0809035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.502;QD=61.3122;RBI=0.0837606;REFB=0.0133004;REVB=-0.0216904;RO=2;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201697;STB=0.510415;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0010539;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:96:98:0.98:46:50:0:2:47:51:0:2 chr13 55748673 . T C 3259.94 PASS AF=1;AO=210;DP=211;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00185277;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7209;QD=61.7998;RBI=0.142054;REFB=0;REVB=0.142042;RO=0;SAF=102;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84449e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854807;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:211:0:0:210:211:1:108:102:0:0:109:102:0:0 chr13 58206779 . G C 1243.18 PASS AF=0.59893;AO=109;DP=183;FAO=112;FDP=187;FR=.;FRO=75;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.017158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3246;QD=26.5922;RBI=0.0896312;REFB=-0.00981036;REVB=0.0879736;RO=74;SAF=65;SAR=44;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632888;STB=0.524648;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0110165;OID=.;OPOS=58206779;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:187:74:75:109:112:0.59893:44:65:38:36:47:65:39:36 chr13 58458579 . C T 1683.36 PASS AF=0.35;AO=202;DP=588;FAO=203;FDP=580;FR=.;FRO=377;FSAF=112;FSAR=91;FSRF=145;FSRR=232;FWDB=0.0288863;FXX=0.0186122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.3;QD=11.6093;RBI=0.0327509;REFB=-0.0176451;REVB=-0.0154339;RO=372;SAF=112;SAR=90;SRF=145;SRR=227;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186709;STB=0.607347;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0317953;OID=.;OPOS=58458579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:588:580:372:377:202:203:0.35:90:112:145:227:91:112:145:232 chr13 60385058 . C CTAT 80.06 PASS AF=0.261905;AO=10;DP=57;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00546501;FXX=0.263112;HRUN=1;LEN=3;MLLD=174.628;QD=7.62494;RBI=0.0329414;REFB=-0.0114871;REVB=-0.0324849;RO=46;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525552;STB=0.687429;STBP=0.163;TYPE=ins;VARB=0.01204;OID=.;OPOS=60385059;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261905:10:57:11:42:31:8:3:15:16:80:46:8:2:16:30 chr13 60385059 . T TATTAC 95.85 PASS AF=0.25;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0118551;FXX=0.0175408;HRUN=7;LEN=5;MLLD=247.336;QD=6.84632;RBI=0.0121616;REFB=-0.0029939;REVB=0.00271329;RO=42;SAF=1;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.655356;STB=0.91228;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0173472;OID=.;OPOS=60385060;OREF=-;OALT=ATTAC;OMAPALT=TATTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:14:57:14:56:42:1:13:24:18:95:42:1:13:24:18 chr13 60453495 . A G 564.17 PASS AF=0.53271;AO=56;DP=105;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0393909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.031;QD=21.0906;RBI=0.0394086;REFB=-0.00476814;REVB=0.0011817;RO=49;SAF=20;SAR=36;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117817;STB=0.563818;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00360027;OID=.;OPOS=60453495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:49:50:56:57:0.53271:36:20:24:25:36:21:25:25 chr13 61103052 . GA G,TG 167.04 PASS AF=0.595238,0;AO=19,2;DP=42;FAO=25,0;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=5,0;FSAR=20,0;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.205913,0.0594314;FXX=0.0232504;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.5844,16.7502;QD=15.9083;RBI=0.237695,0.118744;REFB=-0.102844,-0.0744829;REVB=0.118736,0.102801;RO=18;SAF=2,0;SAR=17,2;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.284978,-0.444428;STB=0.521721,0.5;STBP=0.818,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0931247,0;OID=.,.;OPOS=61103053,61103052;OREF=A,GA;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:18:17:19,2:25,0:0.595238,0:17,2:2,0:5:13:20,0:5,0:4:13 chr13 61986918 . C A 1147.15 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0598;QD=60.3764;RBI=0.0656144;REFB=0;REVB=-0.0607981;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263647;OID=.;OPOS=61986918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr13 61989175 . G T 4915.11 PASS AF=1;AO=313;DP=314;FAO=313;FDP=313;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868201;FXX=0.00318461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.461;QD=62.8129;RBI=0.0107657;REFB=0;REVB=0.00636585;RO=0;SAF=165;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44779e-06;OID=.;OPOS=61989175;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:314:313:0:0:313:313:1:148:165:0:0:148:165:0:0 chr13 64320999 . TG CA 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0204705;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.451;QD=5.37736;RBI=0.0232813;REFB=-0.0100577;REVB=0.0110894;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.652374;STB=0.908161;STBP=0.073;TYPE=mnp;VARB=0.0209767;OID=.;OPOS=64320999;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:6:1:19:6:6:1:19:6 chr13 64321002 . T C 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00803286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.411;QD=5.19198;RBI=0.028393;REFB=-0.00939667;REVB=-0.027233;RO=26;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633211;STB=0.901303;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.031622;OID=.;OPOS=64321002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:6:1:19:7:6:1:19:7 chr13 64413891 . T A 270.03 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0138507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.628;QD=22.9811;RBI=0.0335261;REFB=-0.00608634;REVB=0.0305313;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263821;STB=0.51472;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00463368;OID=.;OPOS=64413891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:11:14:13:9:11:14:13:9 chr13 64414974 . CG CC,CGC,GC 124.45 PASS AF=0.0348837,0.255814,0;AO=8,15,5;DP=91;FAO=3,22,0;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=0,3,0;FSAR=3,19,0;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.112573,0.0135013,0.0765578;FXX=0.0114929;HRUN=1,1,5;LEN=1,1,2;MLLD=189.65,17.255,27.9583;QD=5.78844;RBI=0.116119,0.166254,0.087385;REFB=0.00541084,-0.0299642,-0.0112434;REVB=-0.0284792,-0.165705,-0.0421314;RO=58;SAF=2,2,2;SAR=6,13,3;SRF=32;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.355848,-0.543413,-0.160128;STB=0.996994,0.842144,0.5;STBP=0.055,0.001,1;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.0248872,-0.0578621,0.0927564;OID=.,.,.;OPOS=64414975,64414976,64414974;OREF=G,-,CG;OALT=C,C,GC;OMAPALT=CC,CGC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:96:91:86:58:61:8,15,5:3,22,0:0.0348837,0.255814,0:6,13,3:2,2,2:32:26:3,19,0:0,3,0:35:26 chr13 64415080 . AG A,GA 118.83 PASS AF=0.137056,0.0913706;AO=44,20;DP=204;FAO=27,18;FDP=197;FR=.;FRO=152;FSAF=21,17;FSAR=6,1;FSRF=59;FSRR=93;FWDB=-0.0979879,-0.0256294;FXX=0.0390225;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=9.11998,118.406;QD=2.41277;RBI=0.236431,0.0257894;REFB=-0.134585,-0.0173493;REVB=0.21517,0.00286797;RO=109;SAF=39,19;SAR=5,1;SRF=31;SRR=78;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.691131,0.740306;STB=0.812211,0.954144;STBP=0.001,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.157025,0.136038;OID=.,.;OPOS=64415081,64415080;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:204:197:109:152:44,20:27,18:0.137056,0.0913706:5,1:39,19:31:78:6,1:21,17:59:93 chr13 67205463 . C A 885.88 PASS AF=0.471204;AO=90;DP=191;FAO=90;FDP=191;FR=.;FRO=101;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=-0.019092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.651;QD=18.5525;RBI=0.0198397;REFB=-0.00618253;REVB=-0.00539515;RO=89;SAF=39;SAR=51;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371253;STB=0.530986;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00774384;OID=.;OPOS=67205463;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:89:101:90:90:0.471204:51:39:35:54:51:39:38:63 chr13 67802339 . A T 1212.17 PASS AF=0.489796;AO=120;DP=245;FAO=120;FDP=245;FR=.;FRO=125;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=67;FSRR=58;FWDB=-0.00232625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.07;QD=19.7906;RBI=0.00233038;REFB=-0.0107412;REVB=-0.000138605;RO=125;SAF=53;SAR=67;SRF=67;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877296;STB=0.548236;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0119437;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:125:125:120:120:0.489796:67:53:67:58:67:53:67:58 chr13 69267981 . T C 1109.4 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0188779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.705;QD=57.6313;RBI=0.0351009;REFB=-0.13175;REVB=0.0295922;RO=2;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236442;STB=0.512497;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000505176;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:77:2:2:75:75:0.974026:39:36:0:2:39:36:0:2 chr13 70681598 . T C 483.1 PASS AF=0.472727;AO=51;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.00699633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.562;QD=17.5671;RBI=0.0170736;REFB=-0.0210455;REVB=-0.0155743;RO=58;SAF=32;SAR=19;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107524;STB=0.512625;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0161242;OID=.;OPOS=70681598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:58:51:52:0.472727:19:32:37:21:20:32:37:21 chr13 71033601 . T C 146.35 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0131911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.369;QD=16.7252;RBI=0.0144921;REFB=-0.00672516;REVB=0.00600121;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27835;STB=0.658351;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00953418;OID=.;OPOS=71033601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:5:14:7:9:5:14 chr13 73280182 . T C 701.0 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00798332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.931;QD=54.9804;RBI=0.0353638;REFB=-0.119389;REVB=0.0344509;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.508471;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000709634;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:51:0:1:50:50:0.980392:29:21:0:0:29:21:0:1 chr13 73301655 . A C 2605.43 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00826692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.06;QD=61.3042;RBI=0.00971959;REFB=-0.140532;REVB=-0.00511161;RO=1;SAF=101;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046893;STB=0.502463;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=5.43504e-05;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:170:1:1:169:169:0.994118:68:101:1:0:68:101:1:0 chr13 73301728 . T C 1730.79 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.04437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.702;QD=59.6824;RBI=0.0445783;REFB=-0.0559426;REVB=0.00430451;RO=1;SAF=68;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999632;STB=0.505262;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000217692;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:47:68:0:1:47:68:0:1 chr13 73302261 . G A 750.97 PASS AF=0.510067;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0543481;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.475;QD=20.1602;RBI=0.0598418;REFB=-0.00883109;REVB=0.0250464;RO=73;SAF=27;SAR=49;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141273;STB=0.50777;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00954236;OID=.;OPOS=73302261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:73:73:76:76:0.510067:49:27:27:46:49:27:27:46 chr13 73319171 . T C 536.89 PASS AF=0.372093;AO=64;DP=171;FAO=64;FDP=172;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=70;FSRR=38;FWDB=0.00198248;FXX=0.0114936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.223;QD=12.4859;RBI=0.00628445;REFB=-0.00181498;REVB=0.00596356;RO=107;SAF=22;SAR=42;SRF=69;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326604;STB=0.686999;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00241126;OID=.;OPOS=73319171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:107:108:64:64:0.372093:42:22:69:38:42:22:70:38 chr13 73329358 . G A 854.19 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00869542;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.19;QD=57.9108;RBI=0.018056;REFB=0;REVB=-0.0158243;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.28369e-05;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr13 73343039 . C T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.811;QD=58.7811;RBI=0.0229075;REFB=0;REVB=-0.0151549;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12521e-06;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:43:22:0:0:43:22:0:0 chr13 73349359 . G C 536.27 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=135;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.0248669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0999;QD=15.8895;RBI=0.0381414;REFB=-0.0266763;REVB=-0.0289206;RO=76;SAF=25;SAR=33;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654568;STB=0.531904;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0318323;OID=.;OPOS=73349359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:77:58:58:0.42963:33:25:28:48:33:25:29:48 chr13 73350079 . T C 817.3 PASS AF=0.405286;AO=92;DP=226;FAO=92;FDP=227;FR=.;FRO=135;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=73;FSRR=62;FWDB=0.0102419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.684;QD=14.4018;RBI=0.0180923;REFB=-0.0195396;REVB=-0.0149142;RO=134;SAF=50;SAR=42;SRF=73;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0013841;STB=0.50164;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0250428;OID=.;OPOS=73350079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:227:134:135:92:92:0.405286:42:50:73:61:42:50:73:62 chr13 73357819 . C T 387.26 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0258521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.204;QD=23.8311;RBI=0.0305069;REFB=-0.0100388;REVB=-0.0161968;RO=27;SAF=20;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618501;STB=0.533963;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00841123;OID=.;OPOS=73357819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:18:20:12:15:18:20:12:15 chr13 73369642 . A G 633.62 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=140;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0673379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4733;QD=18.1034;RBI=0.0795226;REFB=0.0174215;REVB=0.0423019;RO=74;SAF=25;SAR=40;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743111;STB=0.538186;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0185978;OID=.;OPOS=73369642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:75:65:65:0.464286:40:25:34:40:40:25:34:41 chr13 73649915 . GC G 295.38 PASS AF=0.524272;AO=55;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=51;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.100826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.4471;QD=11.471;RBI=0.265078;REFB=-0.0417815;REVB=0.245154;RO=45;SAF=55;SAR=0;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.872521;STB=0.863704;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0450451;OID=.;OPOS=73649916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.524272:55:103:54:103:49:51:3:24:25:99:45:55:0:20:25 chr13 73650112 . C A 718.39 PASS AF=1;AO=40;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220;QD=59.8661;RBI=0.0285608;REFB=0;REVB=0.0215128;RO=1;SAF=16;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129181;OID=.;OPOS=73650112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:1:0:40:48:1:24:16:1:0:29:19:0:0 chr13 73650117 . GC AA,AC 717.49 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,45;DP=51;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104731,0.0521782;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=118.912,114.788;QD=56.2738;RBI=0.00364784,0.0521879;REFB=0,0;REVB=-0.00349427,0.00100606;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00893265,0.00132035;OID=.,.;OPOS=73650117,73650117;OREF=GC,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:2,45:2,49:0.0392157,0.960784:2,28:0,17:0:0:2,30:0,19:0:0 chr13 74518210 . G A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0198466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.491;QD=15.1008;RBI=0.0292059;REFB=-0.0203364;REVB=-0.0214266;RO=31;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174825;STB=0.599913;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0239461;OID=.;OPOS=74518210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:17:7:14:17:17:7:14:17 chr13 74988714 . C T 3031.61 PASS AF=0.416877;AO=329;DP=793;FAO=331;FDP=794;FR=.;FRO=463;FSAF=171;FSAR=160;FSRF=258;FSRR=205;FWDB=-0.00755099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.125;QD=15.2726;RBI=0.041512;REFB=-0.030265;REVB=-0.0408194;RO=449;SAF=169;SAR=160;SRF=256;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589139;STB=0.523748;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.046459;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:793:794:449:463:329:331:0.416877:160:169:256:193:160:171:258:205 chr13 75814018 . C T 724.07 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0179677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.52;QD=59.1079;RBI=0.0277497;REFB=-0.0219355;REVB=0.0211473;RO=2;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375874;STB=0.519992;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00107487;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:24:23:0:2:24:23:0:2 chr13 75814070 . C G 203.64 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0926699;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.035;QD=29.0918;RBI=0.0927191;REFB=0.00554506;REVB=-0.00302001;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175617;STB=0.596916;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00446645;OID=.;OPOS=75814070;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:28:9:9:19:19:0.678571:9:10:2:7:9:10:2:7 chr13 75814344 . C A 411.23 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0610123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.129;QD=21.0888;RBI=0.0646118;REFB=-0.0574773;REVB=-0.0212645;RO=36;SAF=16;SAR=25;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076874;STB=0.533317;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0493974;OID=.;OPOS=75814344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:36:37:41:41:0.525641:25:16:11:25:25:16:12:25 chr13 75814349 . A T 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0198518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.383;QD=18.7514;RBI=0.0198763;REFB=-0.0119563;REVB=-0.000986544;RO=42;SAF=15;SAR=25;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583124;STB=0.501607;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0133092;OID=.;OPOS=75814349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:25:15:16:26:25:15:16:27 chr13 75863238 . C A 284.76 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.12329;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.8657;QD=18.6729;RBI=0.124385;REFB=-0.0299322;REVB=0.0164671;RO=29;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12567;STB=0.569988;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0251478;OID=.;OPOS=75863238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:29:29:32:32:0.52459:21:11:14:15:21:11:14:15 chr13 75884216 . C T 597.5 PASS AF=0.424051;AO=67;DP=159;FAO=67;FDP=158;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=36;FWDB=0.0116094;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.062;QD=15.1266;RBI=0.0485729;REFB=-0.0204593;REVB=-0.0471651;RO=89;SAF=31;SAR=36;SRF=55;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157582;STB=0.581057;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0442016;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:89:91:67:67:0.424051:36:31:55:34:36:31:55:36 chr13 75936519 . C G 1016.41 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0181433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.813;QD=54.2086;RBI=0.0209035;REFB=0.0763465;REVB=0.0103816;RO=4;SAF=40;SAR=31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449707;STB=0.523803;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000511408;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:75:75:4:4:71:71:0.946667:31:40:4:0:31:40:4:0 chr13 76055820 . G C 2693.61 PASS AF=0.508349;AO=269;DP=532;FAO=274;FDP=539;FR=.;FRO=265;FSAF=154;FSAR=120;FSRF=102;FSRR=163;FWDB=-0.0706059;FXX=0.00185182;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.966;QD=19.9897;RBI=0.0723972;REFB=-0.0347013;REVB=0.016005;RO=262;SAF=151;SAR=118;SRF=102;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154556;STB=0.586546;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0286932;OID=.;OPOS=76055820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:532:539:262:265:269:274:0.508349:118:151:102:160:120:154:102:163 chr13 76124151 . C T 3266.54 PASS AF=0.986111;AO=212;DP=216;FAO=213;FDP=216;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=123;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0351748;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3828;QD=60.4914;RBI=0.0483563;REFB=-0.153147;REVB=-0.0331823;RO=2;SAF=89;SAR=123;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105837;STB=0.508196;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00149205;OID=.;OPOS=76124151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:216:216:2:3:212:213:0.986111:123:89:2:0:123:90:3:0 chr13 76378459 . T C 3866.12 PASS AF=1;AO=250;DP=252;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345701;FXX=0.00793619;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.52;QD=61.858;RBI=0.0414916;REFB=0.0124281;REVB=0.0229447;RO=1;SAF=103;SAR=147;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460548;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40585e-06;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:252:250:1:0:250:250:1:147:103:1:0:147:103:0:0 chr13 76382100 . C T 323.3 PASS AF=0.53125;AO=32;DP=62;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0146535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.307;QD=20.2065;RBI=0.0152865;REFB=-0.00703854;REVB=-0.00435349;RO=28;SAF=7;SAR=25;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281768;STB=0.660915;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0194751;OID=.;OPOS=76382100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:28:30:32:34:0.53125:25:7:14:14:26:8:16:14 chr13 76395620 . C T 259.38 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0191143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.766;QD=14.2127;RBI=0.019314;REFB=0.00469138;REVB=-0.00276988;RO=42;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107284;STB=0.567228;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00606914;OID=.;OPOS=76395620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:14:16:18:24:14:16:18:25 chr13 76397731 . G A 490.96 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0382317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.762;QD=19.2534;RBI=0.0384499;REFB=-0.0354783;REVB=-0.00409111;RO=50;SAF=29;SAR=22;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798539;STB=0.539519;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0338561;OID=.;OPOS=76397731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:51:51:51:0.5:22:29:24:26:22:29:25:26 chr13 76423248 . T C 1158.78 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173018;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9788;QD=60.9885;RBI=0.0475276;REFB=0;REVB=0.0442665;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052697;OID=.;OPOS=76423248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr13 76429413 . G A 555.67 PASS AF=0.412162;AO=61;DP=148;FAO=61;FDP=148;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.00588155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.273;QD=15.018;RBI=0.0180501;REFB=-0.00470764;REVB=-0.017065;RO=86;SAF=33;SAR=28;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180311;STB=0.506361;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00687874;OID=.;OPOS=76429413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:86:87:61:61:0.412162:28:33:48:38:28:33:48:39 chr13 76457183 . T C 621.58 PASS AF=0.442953;AO=58;DP=141;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00365936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.628;QD=16.6866;RBI=0.00877111;REFB=-0.0138016;REVB=0.00797129;RO=82;SAF=34;SAR=24;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128573;STB=0.540309;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.021704;OID=.;OPOS=76457183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:149:82:83:58:66:0.442953:24:34:38:44:31:35:38:45 chr13 76709108 . G A 1432.67 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.069;QD=62.29;RBI=0.0358391;REFB=0;REVB=0.0260461;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78421e-05;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:89:92:1:39:50:0:0:40:52:0:0 chr13 76709223 . C A 3908.47 PASS AF=1;AO=158;DP=250;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252142;FXX=0.0159994;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9305;QD=63.5524;RBI=0.0255095;REFB=0.0105481;REVB=0.00387045;RO=0;SAF=147;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.129e-05;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:250:246:0:0:158:246:1:11:147:0:0:98:148:0:0 chr13 77522725 . GACTT G 1772.82 PASS AF=0.911765;AO=118;DP=141;FAO=124;FDP=136;FR=.;FRO=12;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00462144;FXX=0.0748248;HRUN=1;LEN=4;MLLD=247.955;QD=52.1416;RBI=0.0178838;REFB=-0.0195019;REVB=0.0172764;RO=0;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505937;STBP=0.67;TYPE=del;VARB=0.00280154;OID=.;OPOS=77522726;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.911765:118:141:124:136:12:64:60:7:5:42:0:62:56:0:0 chr13 77570078 . T G 634.95 PASS AF=0.432927;AO=70;DP=163;FAO=71;FDP=164;FR=.;FRO=93;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.00630006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.828;QD=15.4865;RBI=0.00882371;REFB=-0.00839003;REVB=0.00617795;RO=93;SAF=45;SAR=25;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123574;STB=0.571974;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00818982;OID=.;OPOS=77570078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:93:93:70:71:0.432927:25:45:49:44:25:46:49:44 chr13 77574983 . A G 453.71 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00202498;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.044;QD=19.5145;RBI=0.0255661;REFB=-0.00294564;REVB=-0.0254858;RO=48;SAF=13;SAR=32;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154898;STB=0.586483;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00349764;OID=.;OPOS=77574983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:48:48:45:45:0.483871:32:13:21:27:32:13:21:27 chr13 77663138 . C T 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.000556062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.875;QD=13.0226;RBI=0.0285381;REFB=-0.0101314;REVB=-0.0285327;RO=44;SAF=8;SAR=20;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221537;STB=0.62761;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0215129;OID=.;OPOS=77663138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:20:8:21:23:20:8:21:23 chr13 77751892 . C T 709.29 PASS AF=0.492958;AO=70;DP=143;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00218918;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.923;QD=19.9799;RBI=0.00655447;REFB=-0.0205144;REVB=-0.00617807;RO=71;SAF=31;SAR=39;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319682;STB=0.513493;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0218516;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:71:72:70:70:0.492958:39:31:29:42:39:31:30:42 chr13 78146301 . C T 2624.21 PASS AF=0.97191;AO=173;DP=178;FAO=173;FDP=178;FR=.;FRO=5;FSAF=78;FSAR=95;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0770193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3805;QD=58.971;RBI=0.0776262;REFB=-0.00532004;REVB=-0.00968813;RO=4;SAF=78;SAR=95;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129685;STB=0.509882;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000917507;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:178:178:4:5:173:173:0.97191:95:78:3:1:95:78:4:1 chr13 78178550 . G A 737.23 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0496719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2724;QD=54.6099;RBI=0.0502802;REFB=0.00351618;REVB=0.00779756;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154473;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00125629;OID=.;OPOS=78178550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:30:23:0:1:30:23:0:1 chr13 78475313 . T C 429.86 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0209574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5396;QD=17.3681;RBI=0.0237559;REFB=-0.0052267;REVB=-0.0111861;RO=54;SAF=14;SAR=30;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576784;STB=0.53955;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00587594;OID=.;OPOS=78475313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:44:44:0.444444:30:14:20:34:30:14:21:34 chr13 78477674 . A G 1556.36 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.223;QD=59.8602;RBI=0.0334396;REFB=0;REVB=-0.00524077;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00122e-05;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:55:48:0:0:55:49:0:0 chr13 78521890 . C A 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0289524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.207;QD=14.1926;RBI=0.0302633;REFB=-0.00508163;REVB=0.00881048;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167469;STB=0.598188;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0086728;OID=.;OPOS=78521890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:4:11:13:9:4:11:13:9 chr13 79213195 . A G 239.01 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0273035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.556;QD=14.0592;RBI=0.0282771;REFB=-0.0111194;REVB=0.00735599;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189545;STB=0.599929;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0171035;OID=.;OPOS=79213195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:12:16:15:24:12:16:16:24 chr13 79940811 . T C 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00837544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.291;QD=15.7376;RBI=0.0108895;REFB=-0.00878173;REVB=0.00695937;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720445;STB=0.546635;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0115696;OID=.;OPOS=79940811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:12:17:23:12:12:17:24:12 chr13 80910786 . C A 918.95 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0686755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5565;QD=54.0558;RBI=0.102801;REFB=-0.0559531;REVB=-0.0764959;RO=2;SAF=25;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362956;STB=0.528293;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00128772;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:2:3:65:65:0.955882:40:25:2:0:40:25:3:0 chr13 80910792 . T G 342.55 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00413054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.513;QD=21.4093;RBI=0.0196449;REFB=-0.00398107;REVB=0.0192057;RO=29;SAF=13;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948856;STB=0.552528;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00314963;OID=.;OPOS=80910792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:22:13:14:15:22:13:14:15 chr13 80910851 . A C 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00224802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.366;QD=14.8342;RBI=0.00956468;REFB=-0.0118885;REVB=0.00929675;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158969;STB=0.590826;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0138257;OID=.;OPOS=80910851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:13:9:17:13:13:9:17:13 chr13 80911525 . G A 632.61 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=143;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00278531;FXX=0.00699252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.524;QD=17.82;RBI=0.00370369;REFB=-0.00566646;REVB=-0.00244118;RO=77;SAF=40;SAR=25;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962326;STB=0.553555;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00560693;OID=.;OPOS=80911525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:77:77:65:65:0.457746:25:40:40:37:25:40:40:37 chr13 86367009 . C A 1548.53 PASS AF=1;AO=87;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.187;QD=58.9915;RBI=0.0514602;REFB=0;REVB=0.0459136;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014644;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:87:105:1:35:52:0:0:48:57:0:0 chr13 86367973 . CTTTTTC CTTTTC,CTTTTCT,TCTTTTC,TTCTTTC 571.09 PASS AF=0.964912,0,0,0.0175439;AO=34,4,13,4;DP=62;FAO=55,0,0,1;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30,0,0,0;FSAR=25,0,0,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.107284,-0.0619247,0.0635535,0.0271036;FXX=0.0806322;HRUN=5,5,1,1;LEN=1,2,2,3;MLLD=15.0738,7.18143,9.16549,26.0307;QD=40.0764;RBI=0.187125,0.133794,0.230094,0.117172;REFB=-0.0411917,0.0140909,-0.0637794,-0.0582286;REVB=-0.153316,-0.118601,-0.221143,-0.113994;RO=3;SAF=24,4,1,0;SAR=10,0,12,4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.00711519,0.705357,-0.409514,-0.74182;STB=0.508194,0.5,0.5,0.989913;STBP=0.516,1,1,0.496;TYPE=del,mnp,mnp,mnp;VARB=-0.00646185,0.051425,0.0267352,0.013738;OID=.,.,.,.;OPOS=86367974,86367978,86367973,86367973;OREF=T,TC,CT,CTT;OALT=-,CT,TC,TTC;OMAPALT=CTTTTC,CTTTTCT,TCTTTTC,TTCTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:57:3:1:34,4,13,4:55,0,0,1:0.964912,0,0,0.0175439:10,0,12,4:24,4,1,0:2:1:25,0,0,1:30,0,0,0:1:0 chr13 86369120 . C T 1540.72 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029794;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.84;QD=63.535;RBI=0.00822731;REFB=0;REVB=-0.00766889;RO=0;SAF=32;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.18502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155382;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:63:32:0:0:63:34:0:0 chr13 88331240 . AT A,ATTGTA 329.43 PASS AF=0.15625,0.6875;AO=5,21;DP=33;FAO=5,22;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=5,16;FSAR=0,6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0198837,0.0126078;FXX=0.0302939;HRUN=2,2;LEN=1,4;MLLD=28.2602,269.96;QD=41.1785;RBI=0.0348764,0.0145477;REFB=0.013799,-0.00442596;REVB=0.0286531,-0.00725808;RO=4;SAF=5,15;SAR=0,6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.7737,0.15417;STB=0.997194,0.57136;STBP=0.037,0.186;TYPE=del,ins;VARB=-0.164632,0.00276304;OID=.,.;OPOS=88331241,88331242;OREF=T,-;OALT=-,TGTA;OMAPALT=A,ATTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.15625,0.6875:5,21:33:5,22:32:5:5,16:0,6:2:3:30:4:5,15:0,6:1:3 chr13 95034763 . G A 1007.96 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.137;QD=59.2916;RBI=0.0207295;REFB=0;REVB=0.0195483;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07225e-05;OID=.;OPOS=95034763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:66:68:1:37:29:0:0:38:30:0:0 chr13 95121039 . CA C 32.68 PASS AF=0.258427;AO=33;DP=95;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0907422;FXX=0.0824657;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.6698;QD=1.4686;RBI=0.0995043;REFB=-0.114999;REVB=0.0408285;RO=42;SAF=22;SAR=11;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241334;STB=0.640531;STBP=0.132;TYPE=del;VARB=0.0392246;OID=.;OPOS=95121040;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258427:33:95:23:89:66:16:7:34:32:32:42:22:11:18:24 chr13 95264604 . C T 635.12 PASS AF=0.440252;AO=70;DP=159;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=0.00314429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.155;QD=15.9779;RBI=0.0199897;REFB=-0.00885808;REVB=-0.0197408;RO=89;SAF=38;SAR=32;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191988;STB=0.510697;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0127233;OID=.;OPOS=95264604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:89:89:70:70:0.440252:32:38:50:39:32:38:50:39 chr13 95279505 . T A 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0111473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.803;QD=24.3901;RBI=0.0112344;REFB=-0.00493973;REVB=-0.00139576;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219561;STB=0.62263;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00304006;OID=.;OPOS=95279505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:13:7:9:5:13:7:9:5 chr13 95280923 . A T 857.02 PASS AF=0.408511;AO=94;DP=229;FAO=96;FDP=235;FR=.;FRO=139;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=86;FWDB=0.0290366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.877;QD=14.5876;RBI=0.0311989;REFB=-0.0271302;REVB=0.0114127;RO=135;SAF=48;SAR=46;SRF=52;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132038;STB=0.582097;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0380372;OID=.;OPOS=95280923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:235:135:139:94:96:0.408511:46:48:52:83:46:50:53:86 chr13 95364046 . C G 1883.2 PASS AF=0.44469;AO=201;DP=452;FAO=201;FDP=452;FR=.;FRO=251;FSAF=118;FSAR=83;FSRF=134;FSRR=117;FWDB=-0.00291792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.815;QD=16.6655;RBI=0.0178553;REFB=-0.018625;REVB=-0.0176153;RO=249;SAF=118;SAR=83;SRF=134;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499607;STB=0.530143;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0217652;OID=.;OPOS=95364046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:452:452:249:251:201:201:0.44469:83:118:134:115:83:118:134:117 chr13 95364337 . T G 312.85 PASS AF=0.37;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0313398;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.79;QD=12.514;RBI=0.0353869;REFB=-0.0100306;REVB=0.0164332;RO=63;SAF=12;SAR=25;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176383;STB=0.601318;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0194895;OID=.;OPOS=95364337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:63:63:37:37:0.37:25:12:30:33:25:12:30:33 chr13 95672950 . A G 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0337954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.62;QD=17.6942;RBI=0.0351769;REFB=0.0052272;REVB=0.00976109;RO=39;SAF=13;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136734;STB=0.576604;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00515215;OID=.;OPOS=95672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:22:13:20:19:22:13:20:19 chr13 95673135 . C T 426.24 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0111969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3734;QD=19.1568;RBI=0.0142116;REFB=0.0149061;REVB=-0.00875208;RO=41;SAF=20;SAR=23;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448909;STB=0.506817;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.0228429;OID=.;OPOS=95673135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:46:43:43:0.483146:23:20:17:24:23:20:22:24 chr13 95673518 . T C 1580.79 PASS AF=0.549451;AO=150;DP=273;FAO=150;FDP=273;FR=.;FRO=123;FSAF=69;FSAR=81;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.0100738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.082;QD=23.1618;RBI=0.0150841;REFB=0.00524058;REVB=-0.0112271;RO=123;SAF=69;SAR=81;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175103;STB=0.509525;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0045164;OID=.;OPOS=95673518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:123:123:150:150:0.549451:81:69:54:69:81:69:54:69 chr13 95673938 . TA T,TG 2536.03 PASS AF=0.186047,0.813953;AO=32,140;DP=176;FAO=32,140;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=11,62;FSAR=21,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311407,0.0270516;FXX=0.022726;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.034,115.903;QD=58.9774;RBI=0.0339669,0.0313631;REFB=0,0;REVB=0.013565,0.01587;RO=0;SAF=12,61;SAR=20,79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0112757,-0.00650402;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.186047,0.813953:32,140:176:32,140:172:0:11,62:21,78:0:0:99:0:12,61:20,79:0:0 chr13 95714976 . C T 515.05 PASS AF=0.434109;AO=55;DP=128;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0131377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.532;QD=15.9704;RBI=0.0203156;REFB=0.00405356;REVB=0.0154959;RO=73;SAF=26;SAR=29;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486752;STB=0.521719;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00542237;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:73:73:55:56:0.434109:29:26:38:35:29:27:38:35 chr13 95726541 . A G 680.83 PASS AF=0.445783;AO=74;DP=166;FAO=74;FDP=166;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=0.00732474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.02;QD=16.4056;RBI=0.0482198;REFB=-0.00657154;REVB=0.0476602;RO=92;SAF=37;SAR=37;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433096;STB=0.52409;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00776941;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:92:92:74:74:0.445783:37:37:42:50:37:37:42:50 chr13 95727780 . T C 996.4 PASS AF=0.549133;AO=95;DP=176;FAO=95;FDP=173;FR=.;FRO=78;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0122237;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5952;QD=23.0382;RBI=0.0186673;REFB=-0.00415453;REVB=-0.0141086;RO=76;SAF=44;SAR=51;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237764;STB=0.506551;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00356748;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:173:76:78:95:95:0.549133:51:44:33:43:51:44:35:43 chr13 95815856 . T C 280.56 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0484831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3326;QD=17.8131;RBI=0.0753046;REFB=-0.0607041;REVB=0.057621;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645969;STB=0.55552;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0503715;OID=.;OPOS=95815856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:32:30:31:0.492063:16:14:11:17:16:15:12:20 chr13 95858978 . T C 231.04 PASS AF=0.349398;AO=28;DP=82;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0309579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.966;QD=11.1346;RBI=0.0309737;REFB=0.0122065;REVB=-0.000991292;RO=54;SAF=12;SAR=16;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306286;STB=0.514733;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.0164906;OID=.;OPOS=95858978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:54:54:28:29:0.349398:16:12:23:31:16:13:23:31 chr13 95858996 . T C 188.79 PASS AF=0.352113;AO=23;DP=69;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00377993;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.301;QD=10.6363;RBI=0.00387028;REFB=-0.00537982;REVB=-0.000831349;RO=45;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102993;STB=0.508765;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.010695;OID=.;OPOS=95858996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:45:46:23:25:0.352113:14:9:18:27:15:10:19:27 chr13 95859035 . C A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0290304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.242;QD=11.8305;RBI=0.0293806;REFB=-0.00335259;REVB=0.00452264;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100581;STB=0.559337;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00806095;OID=.;OPOS=95859035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:5:13:7:4:5:13 chr13 95861804 . A G 2254.93 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.333;QD=63.5192;RBI=0.0481383;REFB=0;REVB=-0.00755063;RO=0;SAF=55;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8205e-05;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:86:55:0:0:86:56:0:0 chr13 96540141 . T C 6999.45 PASS AF=0.984816;AO=451;DP=461;FAO=454;FDP=461;FR=.;FRO=7;FSAF=237;FSAR=217;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0159013;FXX=0.00216446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3227;QD=60.7327;RBI=0.0265718;REFB=-0.0311592;REVB=0.0212888;RO=8;SAF=236;SAR=215;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132664;STB=0.505765;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00100099;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:461:461:8:7:451:454:0.984816:215:236:1:7:217:237:1:6 chr13 96540143 . T C 7247.1 PASS AF=1;AO=458;DP=461;FAO=462;FDP=462;FR=.;FRO=0;FSAF=241;FSAR=221;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051534;FXX=0.00858351;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.907;QD=62.7455;RBI=0.0562992;REFB=-0.0302855;REVB=0.0560628;RO=3;SAF=240;SAR=218;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00237432;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08921e-05;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:461:462:3:0:458:462:1:218:240:1:2:221:241:0:0 chr13 96543207 . G A 365.45 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00669212;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.985;QD=17.8267;RBI=0.00901379;REFB=-0.0202918;REVB=0.00603854;RO=44;SAF=13;SAR=25;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179633;STB=0.600747;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0214321;OID=.;OPOS=96543207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:44:44:38:38:0.463415:25:13:23:21:25:13:23:21 chr13 96601679 . C T 829.12 PASS AF=0.446701;AO=85;DP=194;FAO=88;FDP=197;FR=.;FRO=109;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=-0.00662281;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1248;QD=16.8349;RBI=0.0386276;REFB=-0.0220617;REVB=-0.0380557;RO=104;SAF=41;SAR=44;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111159;STB=0.510296;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0220242;OID=.;OPOS=96601679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:197:104:109:85:88:0.446701:44:41:49:55:46:42:50:59 chr13 96624836 . A G 343.63 PASS AF=0.530303;AO=32;DP=69;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0125788;FXX=0.0571347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.29;QD=20.826;RBI=0.0164433;REFB=-0.0207334;REVB=-0.0105904;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562914;STB=0.542833;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.02198;OID=.;OPOS=96624836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:28:31:32:35:0.530303:17:15:15:13:19:16:17:14 chr13 96638636 . A C 2989.72 PASS AF=0.994792;AO=190;DP=192;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0424754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.491;QD=62.2859;RBI=0.0450658;REFB=-0.0687052;REVB=0.0150588;RO=0;SAF=80;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80718e-08;STB=0.503067;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=9.79155e-05;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:192:192:0:1:190:191:0.994792:110:80:0:0:110:81:1:0 chr13 96821982 . G T 1770.74 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033867;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.187;QD=61.06;RBI=0.00580087;REFB=0;REVB=0.0047096;RO=0;SAF=67;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42425e-07;OID=.;OPOS=96821982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:49:67:0:0:49:67:0:0 chr13 97489457 . G A 476.53 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0273105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.714;QD=18.6875;RBI=0.0285205;REFB=-0.00517708;REVB=-0.00821921;RO=49;SAF=22;SAR=28;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290299;STB=0.501193;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00475546;OID=.;OPOS=97489457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:49:52:50:50:0.490196:28:22:20:29:28:22:23:29 chr13 97639059 . A G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0480817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.763;QD=20.601;RBI=0.0492719;REFB=-0.0230182;REVB=-0.0107645;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113857;STB=0.564039;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0159465;OID=.;OPOS=97639059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:12:7:10:10:12:7 chr13 97639414 . C T 410.05 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00695845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.743;QD=15.621;RBI=0.0121657;REFB=0.0136924;REVB=-0.00997915;RO=59;SAF=21;SAR=25;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00111603;STB=0.500626;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0151124;OID=.;OPOS=97639414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:25:21:27:32:25:21:27:32 chr13 98645253 . A G 534.78 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=0.0162174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.521;QD=18.7644;RBI=0.0174435;REFB=0.00270506;REVB=0.00642449;RO=58;SAF=32;SAR=24;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130223;STB=0.571777;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00202005;OID=.;OPOS=98645253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:24:32:41:17:24:32:41:17 chr13 98674667 . A T 553.42 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0260398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0648;QD=22.1369;RBI=0.0375101;REFB=0.0157743;REVB=-0.0269987;RO=48;SAF=27;SAR=25;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00139689;STB=0.50077;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.0196621;OID=.;OPOS=98674667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:25:27:25:23:25:27:25:23 chr13 98829176 . T C 2864.7 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.932;QD=62.9604;RBI=0.0192632;REFB=0;REVB=-0.00402471;RO=0;SAF=91;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1939e-06;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:91:91:0:0:91:91:0:0 chr13 98896776 . C T 2140.83 PASS AF=0.972028;AO=139;DP=143;FAO=139;FDP=143;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=86;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0271827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.175;QD=59.8834;RBI=0.0282485;REFB=0.0514616;REVB=0.00768632;RO=3;SAF=53;SAR=86;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121046;STB=0.510871;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000315902;OID=.;OPOS=98896776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:143:143:3:4:139:139:0.972028:86:53:2:1:86:53:3:1 chr13 99088006 . G A 720.51 PASS AF=0.466667;AO=77;DP=165;FAO=77;FDP=165;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=57;FWDB=0.02905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3449;QD=17.4668;RBI=0.0373898;REFB=-0.000115397;REVB=0.0235392;RO=87;SAF=35;SAR=42;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107391;STB=0.555541;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00117993;OID=.;OPOS=99088006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:87:88:77:77:0.466667:42:35:30:57:42:35:31:57 chr13 99088113 . C T 466.62 PASS AF=0.436975;AO=51;DP=118;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=47;FWDB=0.0730433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9775;QD=15.6846;RBI=0.0750866;REFB=-0.0120166;REVB=-0.0173977;RO=67;SAF=23;SAR=28;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15949;STB=0.593633;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0150133;OID=.;OPOS=99088113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:67:67:51:52:0.436975:28:23:20:47:28:24:20:47 chr13 99100547 . T C 3329.75 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149282;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.956;QD=61.9488;RBI=0.0225429;REFB=-0.0102449;REVB=-0.0168917;RO=0;SAF=100;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18045e-05;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:214:215:0:0:214:215:1:114:100:0:0:115:100:0:0 chr13 99112680 . C G,T 680.44 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=2,42;DP=44;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397123,-0.0178656;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.1043,61.5981;QD=61.8582;RBI=0.0743917,0.03791;REFB=0,0;REVB=-0.0629051,-0.0334364;RO=0;SAF=1,20;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0207346,0.000299804;OID=.,.;OPOS=99112680,99112680;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:44:44:0:0:2,42:1,43:0.0227273,0.977273:1,22:1,20:0:0:1,22:0,21:0:0 chr13 99324248 . T C 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.21;QD=59.4323;RBI=0.0472169;REFB=0;REVB=0.0415045;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343478;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr13 99324524 . T C 308.21 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0383955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7673;QD=15.8059;RBI=0.038527;REFB=-0.0107559;REVB=0.00318098;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206079;STB=0.511621;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0122313;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:20:14:19:25:20:14:19:25 chr13 99356612 . A G 1639.49 PASS AF=0.529801;AO=158;DP=300;FAO=160;FDP=302;FR=.;FRO=142;FSAF=60;FSAR=100;FSRF=53;FSRR=89;FWDB=0.00641669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.22;QD=21.7151;RBI=0.0229159;REFB=-0.00918381;REVB=0.0219992;RO=142;SAF=59;SAR=99;SRF=53;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000165195;STB=0.500883;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00761908;OID=.;OPOS=99356612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:302:142:142:158:160:0.529801:99:59:53:89:100:60:53:89 chr13 99376181 . C T 2347.98 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.035;QD=60.9864;RBI=0.128038;REFB=0;REVB=0.127745;RO=0;SAF=76;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62872e-05;OID=.;OPOS=99376181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:140:154:0:0:138:154:1:62:76:0:0:78:76:0:0 chr13 99447005 . T C 902.49 PASS AF=0.478947;AO=91;DP=190;FAO=91;FDP=190;FR=.;FRO=99;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.0209011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6164;QD=18.9999;RBI=0.0223072;REFB=0.0034918;REVB=-0.00779463;RO=98;SAF=51;SAR=40;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763046;STB=0.544811;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00363121;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:98:99:91:91:0.478947:40:51:47:51:40:51:47:52 chr13 99448441 . T A 332.23 PASS AF=0.6;AO=31;DP=53;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00756946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.997;QD=24.1618;RBI=0.0177105;REFB=0.00585674;REVB=-0.0160114;RO=22;SAF=20;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182279;STB=0.593163;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0066986;OID=.;OPOS=99448441;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:22:22:31:33:0.6:11:20:9:13:12:21:9:13 chr13 99449717 . C T 846.84 PASS AF=0.463158;AO=87;DP=190;FAO=88;FDP=190;FR=.;FRO=102;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=36;FSRR=66;FWDB=0.0243215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3797;QD=17.8282;RBI=0.0309656;REFB=0.0082146;REVB=-0.0191659;RO=102;SAF=36;SAR=51;SRF=36;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619068;STB=0.537622;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0102195;OID=.;OPOS=99449717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:102:102:87:88:0.463158:51:36:36:66:51:37:36:66 chr13 99457431 . T G 1598.66 PASS AF=0.519737;AO=156;DP=301;FAO=158;FDP=304;FR=.;FRO=146;FSAF=69;FSAR=89;FSRF=78;FSRR=68;FWDB=0.0290939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.052;QD=21.035;RBI=0.0304134;REFB=0.00599711;REVB=0.00886129;RO=144;SAF=69;SAR=87;SRF=77;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814273;STB=0.547034;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00535629;OID=.;OPOS=99457431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:304:144:146:156:158:0.519737:87:69:77:67:89:69:78:68 chr13 99512774 . A G 548.51 PASS AF=0.437037;AO=58;DP=133;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0369467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.551;QD=16.2523;RBI=0.0370943;REFB=-0.0203948;REVB=0.00330536;RO=75;SAF=29;SAR=29;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128022;STB=0.571262;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0292158;OID=.;OPOS=99512774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:75:76:58:59:0.437037:29:29:28:47:29:30:29:47 chr13 99540397 . TAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TAAAAAAAAC,TTAAAAAAAC 108.17 PASS AF=0.269231,0.384615,0.0769231;AO=5,8,2;DP=28;FAO=7,10,2;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=2,4,0;FSAR=5,6,2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.160823,0.173139,0.109566;FXX=0.103413;HRUN=9,9,9;LEN=1,1,9;MLLD=5.00125,24.0108,32.2207;QD=16.6416;RBI=0.197071,0.173373,0.109577;REFB=-0.0826761,0.0240893,-0.0163369;REVB=-0.113897,-0.0090122,0.00158362;RO=6;SAF=1,3,0;SAR=4,5,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.308675,-0.0946669,-0.606693;STB=0.5,0.549903,0.992254;STBP=1,0.693,0.385;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0679083,-0.16282,0.0433032;OID=.,.,.;OPOS=99540398,99540406,99540398;OREF=A,A,AAAAAAAAA;OALT=-,C,TAAAAAAAC;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAAAC,TTAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.269231,0.384615,0.0769231:5,8,2:28:7,10,2:26:7:2,4,0:5,6,2:2:5:31:6:1,3,0:4,5,2:3:3 chr13 99575568 . G A 211.42 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00862253;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.984;QD=9.72032;RBI=0.0511745;REFB=0.00461308;REVB=-0.0504429;RO=60;SAF=10;SAR=17;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116424;STB=0.56861;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0179949;OID=.;OPOS=99575568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:60:60:27:27:0.310345:17:10:28:32:17:10:28:32 chr13 99853443 . T G 1227.01 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00957408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3557;QD=61.3507;RBI=0.0308172;REFB=0;REVB=-0.0292923;RO=0;SAF=10;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71718e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220843;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:70:10:0:0:70:10:0:0 chr13 99857984 . T C 456.64 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0261503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4602;QD=16.7573;RBI=0.0408073;REFB=-0.0137663;REVB=0.0313272;RO=59;SAF=26;SAR=24;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027647;STB=0.515412;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0152745;OID=.;OPOS=99857984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:24:26:29:30:24:26:29:30 chr13 100004108 . G A 322.79 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0382433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.256;QD=19.271;RBI=0.0397447;REFB=-0.0163257;REVB=0.0108208;RO=33;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703244;STB=0.539061;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0107297;OID=.;OPOS=100004108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:15:19:21:12:15:19:21:12 chr13 100188585 . A T 342.64 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0424349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.066;QD=16.1241;RBI=0.0464537;REFB=-0.0106294;REVB=0.0189004;RO=43;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042932;STB=0.507629;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0119961;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:85:43:48:37:37:0.435294:19:18:19:24:19:18:24:24 chr13 100436131 . CAT AAC,C 1854.4 PASS AF=0.0483871,0.951613;AO=6,105;DP=118;FAO=6,118;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=6,54;FSAR=0,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458348,0.0204228;FXX=0.0158718;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=176.253,194.624;QD=59.8193;RBI=0.0121194,0.0321987;REFB=0,0;REVB=0.0112193,0.0248931;RO=0;SAF=6,47;SAR=0,58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0224352,0.001099;OID=.,.;OPOS=100436131,100436132;OREF=CAT,AT;OALT=AAC,-;OMAPALT=AAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:118:124:0:0:6,105:6,118:0.0483871,0.951613:0,58:6,47:0:0:0,64:6,54:0:0 chr13 100436228 . G C 687.44 PASS AF=0.47619;AO=68;DP=145;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0063659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0543;QD=18.7059;RBI=0.00775323;REFB=-0.00806394;REVB=0.00442583;RO=74;SAF=35;SAR=33;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392809;STB=0.517002;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00801569;OID=.;OPOS=100436228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:74:77:68:70:0.47619:33:35:35:39:35:35:36:41 chr13 100517189 . CTTTTTCTG CTTTTCTG,CTTTTTC 415.76 PASS AF=0.030303,0.474747;AO=18,16;DP=113;FAO=3,47;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=0,21;FSAR=3,26;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.376427,-0.0410736;FXX=0.139118;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=7.47951,142.664;QD=16.7984;RBI=0.376701,0.0455993;REFB=-0.185838,-0.0960426;REVB=-0.0143605,0.0198055;RO=25;SAF=9,7;SAR=9,9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.14173,-0.209509;STB=0.997192,0.583848;STBP=0.028,0.134;TYPE=del,del;VARB=0.116328,0.0647781;OID=.,.;OPOS=100517190,100517196;OREF=T,TG;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTTCTG,CTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.030303,0.474747:18,16:113:3,47:99:49:0,21:3,26:30:19:99:25:9,7:9,9:16:9 chr13 100518580 . A G 2918.67 PASS AF=0.975124;AO=194;DP=203;FAO=196;FDP=201;FR=.;FRO=5;FSAF=106;FSAR=90;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.060321;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0603;QD=58.0829;RBI=0.0711022;REFB=-0.19156;REVB=-0.0376417;RO=0;SAF=104;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51152;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00259619;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:203:201:0:5:194:196:0.975124:90:104:0:0:90:106:5:0 chr13 100537232 . T C 2178.7 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.731;QD=63.1508;RBI=0.011059;REFB=0;REVB=0.000488958;RO=0;SAF=80;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94497e-06;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:58:80:0:0:58:80:0:0 chr13 100945533 . G A 2216.77 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.898;QD=63.3363;RBI=0.0285745;REFB=0;REVB=-0.00990742;RO=0;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50232e-05;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:69:71:0:0:69:71:0:0 chr13 101287365 . T C 1822.22 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.274;QD=61.251;RBI=0.029752;REFB=0;REVB=-0.025264;RO=0;SAF=31;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97483e-05;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:117:119:1:86:31:0:0:86:33:0:0 chr13 101287404 . G A 1563.39 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00422959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.723;QD=56.8507;RBI=0.00607789;REFB=0.00107129;REVB=0.00436478;RO=2;SAF=31;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123264;STB=0.509676;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-4.08699e-05;OID=.;OPOS=101287404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:110:2:3:107:107:0.972727:76:31:0:2:76:31:0:3 chr13 101289969 . C T 2692.38 PASS AF=0.968421;AO=175;DP=184;FAO=184;FDP=190;FR=.;FRO=6;FSAF=58;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0189208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9452;QD=56.6816;RBI=0.0251064;REFB=-0.113407;REVB=0.0165025;RO=5;SAF=58;SAR=117;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199044;STB=0.511627;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00199112;OID=.;OPOS=101289969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:184:190:5:6:175:184:0.968421:117:58:0:5:126:58:0:6 chr13 101726980 . C T 242.06 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00527469;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.021;QD=12.103;RBI=0.00901293;REFB=-0.00439494;REVB=0.00730826;RO=51;SAF=19;SAR=10;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145338;STB=0.584027;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00724029;OID=.;OPOS=101726980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:51:51:29:29:0.3625:10:19:27:24:10:19:27:24 chr13 101795317 . A C 344.75 PASS AF=0.506849;AO=35;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0245244;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1288;QD=18.8903;RBI=0.0253867;REFB=-0.0142931;REVB=-0.00656014;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391721;STB=0.534503;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0158596;OID=.;OPOS=101795317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:32:36:35:37:0.506849:17:18:15:17:19:18:15:21 chr13 101795422 . A G 575.41 PASS AF=0.48;AO=56;DP=123;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.00615667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.241;QD=18.4131;RBI=0.00919198;REFB=-0.0184725;REVB=-0.00682553;RO=64;SAF=32;SAR=24;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172378;STB=0.568979;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0225925;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:64:65:56:60:0.48:24:32:25:39:28:32:26:39 chr13 102366825 . A G 2932.18 PASS AF=0.984293;AO=188;DP=191;FAO=188;FDP=191;FR=.;FRO=3;FSAF=100;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0480697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0149;QD=61.4069;RBI=0.0520815;REFB=-0.133283;REVB=-0.0200447;RO=2;SAF=100;SAR=88;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106976;STB=0.508379;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00797643;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:191:191:2:3:188:188:0.984293:88:100:0:2:88:100:0:3 chr13 102431351 . G C 1886.54 PASS AF=0.961832;AO=126;DP=131;FAO=126;FDP=131;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00485368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.803;QD=57.6044;RBI=0.0144416;REFB=0.0204549;REVB=-0.0136015;RO=5;SAF=59;SAR=67;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341433;STB=0.517983;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.000218306;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:131:131:5:5:126:126:0.961832:67:59:0:5:67:59:0:5 chr13 103328660 . A G 614.33 PASS AF=0.484615;AO=62;DP=129;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0167243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.157;QD=18.9026;RBI=0.0205279;REFB=-0.018;REVB=-0.0119035;RO=66;SAF=39;SAR=23;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813515;STB=0.535866;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0194005;OID=.;OPOS=103328660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:66:67:62:63:0.484615:23:39:36:30:24:39:37:30 chr13 103346806 . C G 901.84 PASS AF=0.928571;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00983854;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=303.358;QD=51.5339;RBI=0.0103317;REFB=-0.121656;REVB=0.00315391;RO=3;SAF=21;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322799;STB=0.506251;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-6.5277e-05;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:70:70:3:5:65:65:0.928571:44:21:2:1:44:21:2:3 chr13 103384824 . G A 985.85 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0208183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.914;QD=55.5409;RBI=0.021153;REFB=-0.127975;REVB=-0.00374766;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502748;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000854599;OID=.;OPOS=103384824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:71:0:2:68:69:0.971831:28:40:0:0:28:41:1:1 chr13 103385015 . A G 2212.85 PASS AF=0.985816;AO=118;DP=141;FAO=139;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.921;QD=62.776;RBI=0.0512518;REFB=0;REVB=0.0503106;RO=0;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00055017;OID=.;OPOS=103385015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:141:0:0:118:139:0.985816:55:63:0:0:75:64:0:0 chr13 103385299 . A C 1822.51 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.978;QD=61.2608;RBI=0.0187154;REFB=0;REVB=-0.000473713;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40852e-05;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:62:56:0:0:62:57:0:0 chr13 103385798 . T C 1577.44 PASS AF=0.981651;AO=104;DP=108;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0140702;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.1161;QD=57.8878;RBI=0.0140703;REFB=-0.16208;REVB=-6.20257e-05;RO=2;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197617;STB=0.510415;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.000120251;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:109:2:2:104:107:0.981651:47:57:0:2:47:60:0:2 chr13 103386116 . C G 1012.15 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00420381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.945;QD=57.8373;RBI=0.0109202;REFB=-0.123068;REVB=0.0100786;RO=1;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113915;STB=0.506022;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-2.60187e-06;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:41:28:0:1:41:28:0:1 chr13 103386283 . A G 4148.02 PASS AF=1;AO=264;DP=264;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.625;QD=62.6117;RBI=0.0079266;REFB=0;REVB=0.0033901;RO=0;SAF=122;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90005e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79862e-06;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:264:265:0:0:264:265:1:142:122:0:0:142:123:0:0 chr13 103388220 . A G 1994.89 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403984;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.062;QD=62.3404;RBI=0.0407953;REFB=0;REVB=0.00567654;RO=0;SAF=65;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148272;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:125:128:1:60:65:0:0:61:67:0:0 chr13 103388370 . C T 464.62 PASS AF=0.389706;AO=52;DP=135;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.0777776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3689;QD=13.6654;RBI=0.0777859;REFB=-0.0141273;REVB=0.00113882;RO=78;SAF=21;SAR=31;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356771;STB=0.500869;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0161777;OID=.;OPOS=103388370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:78:83:52:53:0.389706:31:21:29:49:32:21:33:50 chr13 103391634 . C T 168.51 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00754675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2743;QD=16.0487;RBI=0.028136;REFB=-0.0078465;REVB=-0.027105;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966124;STB=0.555494;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0110734;OID=.;OPOS=103391634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:11:13:8:10:11:13 chr13 103394003 . G A 79.14 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0238295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.52;QD=15.8272;RBI=0.0311051;REFB=-0.0247196;REVB=-0.019992;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187606;STB=0.549901;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.018747;OID=.;OPOS=103394003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:18:20:9:10:9:10:0.5:5:4:6:3:5:5:6:4 chr13 103394716 . T C 583.12 PASS AF=0.446809;AO=61;DP=141;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.00350532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.938;QD=16.5424;RBI=0.0856311;REFB=-0.0115614;REVB=0.0855593;RO=77;SAF=40;SAR=21;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902053;STB=0.541297;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0226312;OID=.;OPOS=103394716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:78:61:63:0.446809:21:40:44:33:23:40:44:34 chr13 103395819 . C T 2229.05 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988427;FXX=0.00704176;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.658;QD=63.2354;RBI=0.0108918;REFB=0;REVB=-0.00457523;RO=0;SAF=55;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80561e-05;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:86:55:0:0:86:55:0:0 chr13 103396716 . C G 487.85 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0413985;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.86;QD=21.4441;RBI=0.0444793;REFB=-0.0096161;REVB=0.0162658;RO=44;SAF=21;SAR=26;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743553;STB=0.541013;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00875603;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:44:47:47:0.516484:26:21:16:28:26:21:16:28 chr13 103397583 . C G 702.56 PASS AF=0.465839;AO=75;DP=160;FAO=75;FDP=161;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=-0.00497785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9071;QD=17.4549;RBI=0.0384082;REFB=0.00482049;REVB=0.0380842;RO=85;SAF=39;SAR=36;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137264;STB=0.578614;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00545211;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:85:86:75:75:0.465839:36:39:32:53:36:39:32:54 chr13 103397937 . T G 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0142445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.577;QD=18.4898;RBI=0.0143318;REFB=-0.0141968;REVB=0.00157954;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260566;STB=0.646715;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0145458;OID=.;OPOS=103397937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:10:12:7:19:10:12:7:19 chr13 103400083 . G A 544.27 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=0.00535572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6631;QD=15.4404;RBI=0.0166511;REFB=-0.0101205;REVB=0.0157662;RO=82;SAF=29;SAR=30;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143739;STB=0.580393;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0154878;OID=.;OPOS=103400083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:82:82:59:59:0.41844:30:29:29:53:30:29:29:53 chr13 103400729 . G A 222.92 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00775569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.575;QD=16.5123;RBI=0.0221771;REFB=-0.0110883;REVB=0.0207767;RO=29;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267818;STB=0.515139;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00818602;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:8:17:19:10:8:17:19:10 chr13 103402522 . C T 573.4 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0113266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.285;QD=20.851;RBI=0.0252866;REFB=-0.0191151;REVB=-0.0226079;RO=49;SAF=23;SAR=36;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101958;STB=0.547859;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0180792;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:49:51:59:59:0.536364:36:23:25:24:36:23:25:26 chr13 103410782 . T C 296.13 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00456756;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8396;QD=17.4196;RBI=0.0311011;REFB=-0.012049;REVB=0.0307638;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225475;STB=0.60288;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0191211;OID=.;OPOS=103410782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:32:36:32:32:0.470588:16:16:24:8:16:16:25:11 chr13 103410914 . A T 433.3 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=95;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0142752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.344;QD=18.0541;RBI=0.0145055;REFB=-0.0122601;REVB=0.00257453;RO=52;SAF=10;SAR=33;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381319;STB=0.716973;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00599367;OID=.;OPOS=103410914;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:52:52:43:44:0.458333:33:10:31:21:34:10:31:21 chr13 103420671 . T TA 250.3 PASS AF=1;AO=30;DP=56;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319555;FXX=0.0666519;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.29568;QD=23.838;RBI=0.102471;REFB=0.0095377;REVB=0.0973612;RO=21;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00701089;OID=.;OPOS=103420672;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:56:42:42:0:15:27:0:0:4:21:10:20:11:10 chr13 103420680 . C A 263.11 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0162421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5316;QD=22.3924;RBI=0.0495132;REFB=-0.0207456;REVB=-0.0467734;RO=21;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305224;STB=0.689997;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0274851;OID=.;OPOS=103420680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:23:24:0.510638:18:5:11:10:19:5:12:10 chr13 103449202 . T C 3165.96 PASS AF=0.942731;AO=213;DP=229;FAO=214;FDP=227;FR=.;FRO=13;FSAF=121;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0220899;FXX=0.0130429;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.937;QD=55.7879;RBI=0.0223099;REFB=-0.161719;REVB=0.00312569;RO=5;SAF=120;SAR=93;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249195;STB=0.523829;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000681404;OID=.;OPOS=103449202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:229:227:5:13:213:214:0.942731:93:120:0:5:93:121:2:11 chr13 103450973 . T C 761.48 PASS AF=0.503226;AO=78;DP=155;FAO=78;FDP=155;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0117552;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.684;QD=19.6512;RBI=0.0118032;REFB=-0.00599676;REVB=-0.00106326;RO=77;SAF=40;SAR=38;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642634;STB=0.535351;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00469254;OID=.;OPOS=103450973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:77:77:78:78:0.503226:38:40:34:43:38:40:34:43 chr13 103527849 . G C 1133.4 PASS AF=0.879121;AO=80;DP=93;FAO=80;FDP=91;FR=.;FRO=11;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0101856;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.539;QD=49.8199;RBI=0.0108402;REFB=-0.0214185;REVB=-0.00370993;RO=8;SAF=36;SAR=44;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730492;STB=0.533619;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00490635;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:93:91:8:11:80:80:0.879121:44:36:7:1:44:36:8:3 chr13 103527850 . G A 33.59 PASS AF=0.10989;AO=7;DP=88;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0126104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.341;QD=1.47641;RBI=0.0352762;REFB=-0.000769906;REVB=-0.0329452;RO=74;SAF=7;SAR=0;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589316;STB=0.795864;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.143399;OID=.;OPOS=103527850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:88:91:74:81:7:10:0.10989:0:7:37:37:2:8:38:43 chr13 103527930 . G C 1240.93 PASS AF=0.94382;AO=81;DP=86;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00146525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.32;QD=55.7719;RBI=0.00821474;REFB=-0.0355134;REVB=0.00808301;RO=5;SAF=34;SAR=47;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647002;STB=0.534238;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00528593;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:86:89:5:5:81:84:0.94382:47:34:5:0:50:34:5:0 chr13 103528002 . G C 512.51 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0663194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7128;QD=18.4688;RBI=0.0803228;REFB=0.0199024;REVB=0.0453155;RO=56;SAF=22;SAR=32;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138936;STB=0.502074;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0189558;OID=.;OPOS=103528002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:57:54:54:0.486486:32:22:22:34:32:22:23:34 chr13 103528337 . G A 524.16 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0440835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.57;QD=15.7643;RBI=0.0459241;REFB=0.00628522;REVB=0.0128713;RO=75;SAF=24;SAR=33;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583732;STB=0.50769;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00759648;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:75:76:57:57:0.428571:33:24:32:43:33:24:33:43 chr13 103705044 . A C 558.76 PASS AF=0.425532;AO=60;DP=142;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=-0.0386936;FXX=0.00704176;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.779;QD=15.8513;RBI=0.038723;REFB=-0.0239026;REVB=0.00151047;RO=81;SAF=28;SAR=32;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100142;STB=0.555963;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0390634;OID=.;OPOS=103705044;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:81:81:60:60:0.425532:32:28:30:51:32:28:30:51 chr13 106119446 . G A 687.9 PASS AF=0.460123;AO=73;DP=161;FAO=75;FDP=163;FR=.;FRO=88;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.0382494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1449;QD=16.881;RBI=0.0660614;REFB=0.0138455;REVB=-0.0538617;RO=88;SAF=30;SAR=43;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110959;STB=0.567146;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0183019;OID=.;OPOS=106119446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:88:88:73:75:0.460123:43:30:46:42:45:30:46:42 chr13 106124937 . A G 889.07 PASS AF=0.47644;AO=89;DP=189;FAO=91;FDP=191;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.0185665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7667;QD=18.6192;RBI=0.0455458;REFB=-0.0197259;REVB=-0.0415897;RO=100;SAF=41;SAR=48;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039322;STB=0.521946;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0204038;OID=.;OPOS=106124937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:191:100:100:89:91:0.47644:48:41:42:58:49:42:42:58 chr13 107144320 . G A 535.62 PASS AF=0.393333;AO=59;DP=150;FAO=59;FDP=150;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.0241681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.54;QD=14.2832;RBI=0.0352349;REFB=-0.0126756;REVB=-0.0256399;RO=91;SAF=32;SAR=27;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750359;STB=0.542359;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0214936;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:91:91:59:59:0.393333:27:32:43:48:27:32:43:48 chr13 107145463 . G C 5659.01 PASS AF=1;AO=352;DP=352;FAO=360;FDP=360;FR=.;FRO=0;FSAF=204;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.596;QD=62.8779;RBI=0.033695;REFB=0;REVB=0.00116625;RO=0;SAF=200;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2178e-06;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:352:360:0:0:352:360:1:152:200:0:0:156:204:0:0 chr13 108518715 . CGCTGCTGCTGCT TGCTGCTGCTGCC 135.5 PASS AF=0.2;AO=8;DP=51;FAO=10;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.010355;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=13;MLLD=127.109;QD=10.8401;RBI=0.0351157;REFB=-0.0184064;REVB=-0.0335543;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170787;STB=0.576768;STBP=0.619;TYPE=mnp;VARB=0.0324203;OID=.;OPOS=108518715;OREF=CGCTGCTGCTGCT;OALT=TGCTGCTGCTGCC;OMAPALT=TGCTGCTGCTGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:51:50:31:32:8:10:0.2:5:3:16:15:6:4:16:16 chr13 108862436 . GTAA AGTA,GTA,GTAT 63.18 PASS AF=0,0.301887,0.0377358;AO=4,12,2;DP=53;FAO=0,16,2;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=0,2,0;FSAR=0,14,2;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.000526743,0.13142,0.0177874;FXX=0.0185151;HRUN=1,5,5;LEN=3,1,1;MLLD=69.8725,9.84363,191.886;QD=4.76842;RBI=0.0728768,0.164206,0.0774882;REFB=-0.0120763,-0.0616579,0.00254127;REVB=-0.0728748,-0.0984506,-0.075419;RO=26;SAF=0,4,0;SAR=4,8,2;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.595738,-0.108659,-0.445644;STB=0.5,0.792024,0.994379;STBP=1,0.012,0.189;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0788367,0.167156;OID=.,.,.;OPOS=108862436,108862438,108862439;OREF=GTA,A,A;OALT=AGT,-,T;OMAPALT=AGTA,GTA,GTAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:53:53:26:35:4,12,2:0,16,2:0,0.301887,0.0377358:4,8,2:0,4,0:11:15:0,14,2:0,2,0:16:19 chr13 108884457 . CAAAAAAAAA CAAAAAAAA,CAAAAAAAAC,TCAAAAAAAA 155.44 PASS AF=0.847826,0.0869565,0;AO=15,3,3;DP=50;FAO=39,4,0;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=14,2,0;FSAR=25,2,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0434082,0.108493,0.00218724;FXX=0.079984;HRUN=9,9,1;LEN=1,1,2;MLLD=6.09552,15.1129,98.6506;QD=13.516;RBI=0.171213,0.174962,0.00218725;REFB=-0.0780711,-0.0352908,-0.0195126;REVB=0.165618,0.137262,7.07388e-06;RO=15;SAF=5,2,0;SAR=10,1,3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.353583,-0.569668;STB=0.501991,0.571077,0.5;STBP=0.963,0.794,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0999603,-0.0805679,0;OID=.,.,.;OPOS=108884458,108884466,108884457;OREF=A,A,CA;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CAAAAAAAA,CAAAAAAAAC,TCAAAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:50:46:15:3:15,3,3:39,4,0:0.847826,0.0869565,0:10,1,3:5,2,0:5:10:25,2,0:14,2,0:1:2 chr13 109438084 . T A 2702.59 PASS AF=1;AO=172;DP=175;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.92893e-05;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.768;QD=62.4877;RBI=0.00830427;REFB=0;REVB=0.00830398;RO=0;SAF=62;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6228e-06;OID=.;OPOS=109438084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:173:0:0:172:173:1:110:62:0:0:110:63:0:0 chr13 109518578 . T C 754.97 PASS AF=0.478788;AO=78;DP=165;FAO=79;FDP=165;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.00725756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.472;QD=18.3023;RBI=0.0104436;REFB=-0.0109039;REVB=0.00750982;RO=85;SAF=35;SAR=43;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128199;STB=0.506771;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0122198;OID=.;OPOS=109518578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:85:86:78:79:0.478788:43:35:37:48:44:35:37:49 chr13 109535415 . G C 1016.21 PASS AF=0.436735;AO=107;DP=248;FAO=107;FDP=245;FR=.;FRO=138;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=80;FSRR=58;FWDB=-0.0191351;FXX=0.0120963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8379;QD=16.5912;RBI=0.0196551;REFB=-6.66423e-05;REVB=0.00449132;RO=141;SAF=45;SAR=62;SRF=80;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14982;STB=0.589337;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=1.82043e-05;OID=.;OPOS=109535415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:245:141:138:107:107:0.436735:62:45:80:61:62:45:80:58 chr13 109661359 . C G 1139.7 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166914;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.659;QD=59.2051;RBI=0.0430659;REFB=-0.100128;REVB=0.0396997;RO=1;SAF=42;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111346;STB=0.505881;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000642035;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:34:42:1:0:34:42:1:0 chr13 109717928 . A G 574.37 PASS AF=0.975;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000337547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.421;QD=57.4373;RBI=0.0104557;REFB=-0.0752236;REVB=0.0104503;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518509;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000151087;OID=.;OPOS=109717928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:40:0:1:37:39:0.975:25:12:0:0:26:13:1:0 chr13 109779906 . C T 2823.12 PASS AF=0.925926;AO=199;DP=216;FAO=200;FDP=216;FR=.;FRO=16;FSAF=113;FSAR=87;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.161737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.7019;QD=52.28;RBI=0.162687;REFB=-0.228911;REVB=-0.0175634;RO=10;SAF=113;SAR=86;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00298208;STB=0.518737;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0149979;OID=.;OPOS=109779906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:216:216:10:16:199:200:0.925926:86:113:6:4:87:113:13:3 chr13 109793474 . T C 3860.21 PASS AF=0.992157;AO=253;DP=254;FAO=253;FDP=255;FR=.;FRO=2;FSAF=131;FSAR=122;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0849379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8569;QD=60.5523;RBI=0.115501;REFB=-0.0828249;REVB=-0.0782689;RO=1;SAF=131;SAR=122;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362517;STB=0.50014;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000210708;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:254:255:1:2:253:253:0.992157:122:131:1:0:122:131:1:1 chr13 109793720 . A C 5855.3 PASS AF=1;AO=362;DP=373;FAO=371;FDP=371;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=258;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651464;FXX=0.018518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.896;QD=63.13;RBI=0.0688535;REFB=0;REVB=0.0222879;RO=0;SAF=108;SAR=254;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00651e-05;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:373:371:0:0:362:371:1:254:108:0:0:258:113:0:0 chr13 110408608 . C T 2289.83 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0262582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.389;QD=62.7351;RBI=0.0265214;REFB=-0.0726079;REVB=-0.00372675;RO=1;SAF=66;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715074;STB=0.503703;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000747397;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:146:1:1:144:145:0.993151:78:66:1:0:78:67:1:0 chr13 110435953 . A G 562.84 PASS AF=0.483607;AO=58;DP=123;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0159464;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.549;QD=18.4537;RBI=0.0629645;REFB=-0.0113383;REVB=-0.0609117;RO=61;SAF=34;SAR=24;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581046;STB=0.535722;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00920799;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:61:63:58:59:0.483607:24:34:32:29:25:34:32:31 chr13 110436232 . G A 358.17 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0243499;FXX=0.0684838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.619;QD=21.069;RBI=0.0246574;REFB=-0.0192764;REVB=0.0038824;RO=31;SAF=3;SAR=33;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280666;STB=0.679651;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0110865;OID=.;OPOS=110436232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:31:32:36:36:0.529412:33:3:7:24:33:3:8:24 chr13 110819586 . G A 2369.77 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.159;QD=60.3764;RBI=0.0429581;REFB=-0.103082;REVB=-0.037777;RO=1;SAF=72;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569754;STB=0.502994;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000274536;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:155:156:0.993631:83:72:0:1:83:73:0:1 chr13 110839550 . T G 3444.99 PASS AF=1;AO=200;DP=232;FAO=232;FDP=232;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=125;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8715;QD=59.3963;RBI=0.0774083;REFB=0;REVB=-0.0053732;RO=1;SAF=95;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00446263;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:232:232:1:0:200:232:1:105:95:1:0:107:125:0:0 chr13 110843985 . T C 867.65 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0393582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.108;QD=53.3939;RBI=0.0423755;REFB=-0.0481433;REVB=0.015704;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016002;STB=0.509206;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000370455;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:65:65:1:3:62:62:0.953846:33:29:1:0:33:29:2:1 chr13 110857823 . C T 2383.95 PASS AF=0.981366;AO=155;DP=163;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00589858;FXX=0.0301187;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.283;QD=59.2285;RBI=0.0226926;REFB=-0.00386212;REVB=0.0219126;RO=3;SAF=62;SAR=93;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00250906;STB=0.501271;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.000219784;OID=.;OPOS=110857823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:163:161:3:3:155:158:0.981366:93:62:1:2:95:63:1:2 chr13 110857895 . A G 2154.46 PASS AF=0.986014;AO=138;DP=140;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0397597;FXX=0.00694396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.698;QD=60.2646;RBI=0.0445271;REFB=-0.0900579;REVB=0.0200456;RO=1;SAF=49;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960318;STB=0.509433;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00143406;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:143:1:2:138:141:0.986014:89:49:1:0:89:52:2:0 chr13 110861785 . C G 1629.76 PASS AF=0.982143;AO=108;DP=110;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0400899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.275;QD=58.2056;RBI=0.0456194;REFB=-0.0719582;REVB=0.0217699;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.509998;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000452223;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:112:0:2:108:110:0.982143:59:49:0:0:61:49:2:0 chr13 110864225 . A T 4952.33 PASS AF=1;AO=315;DP=316;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833542;FXX=0.00316446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.446;QD=62.8867;RBI=0.0119746;REFB=0;REVB=0.00859718;RO=0;SAF=137;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.97174e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40016e-06;OID=.;OPOS=110864225;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:316:315:0:0:315:315:1:178:137:0:0:178:137:0:0 chr13 110959356 . C G 535.89 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0524463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.728;QD=53.5893;RBI=0.0534954;REFB=-0.0572525;REVB=0.0105426;RO=3;SAF=13;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965034;STB=0.533316;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00120733;OID=.;OPOS=110959356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:3:2:37:38:0.95:24:13:3:0:24:14:2:0 chr13 111077197 . G A 5722.97 PASS AF=0.9511;AO=380;DP=416;FAO=389;FDP=409;FR=.;FRO=20;FSAF=201;FSAR=188;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=0.0145364;FXX=0.0215306;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.627;QD=55.9703;RBI=0.0166863;REFB=-0.139992;REVB=0.00819312;RO=11;SAF=200;SAR=180;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185111;STB=0.522811;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0037098;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:416:409:11:20:380:389:0.9511:180:200:2:9:188:201:1:19 chr13 111098226 . C T 2126.41 PASS AF=0.985714;AO=136;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.052849;FXX=0.0070917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.517;QD=60.7545;RBI=0.0535568;REFB=-0.151752;REVB=-0.00867875;RO=3;SAF=56;SAR=80;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332233;STB=0.50128;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000302412;OID=.;OPOS=111098226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:3:2:136:138:0.985714:80:56:1:2:81:57:1:1 chr13 111154058 . T A 1940.97 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303719;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.871;QD=62.111;RBI=0.0123633;REFB=0;REVB=-0.0119845;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10761e-06;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:69:56:0:0:69:56:0:0 chr13 111154061 . T C 1935.13 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347088;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4531;QD=61.9241;RBI=0.0362472;REFB=0;REVB=0.0104478;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39134e-05;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:69:56:0:0:69:56:0:0 chr13 111155773 . T C 1848.22 PASS AF=1;AO=119;DP=123;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184055;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.444;QD=61.0981;RBI=0.0223786;REFB=0;REVB=0.0127294;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37067e-05;OID=.;OPOS=111155773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:121:0:0:119:121:1:57:62:0:0:58:63:0:0 chr13 111155779 . G A 421.32 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=8.58888e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.018;QD=14.7831;RBI=0.000580248;REFB=-0.0188384;REVB=0.000573856;RO=65;SAF=28;SAR=20;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176119;STB=0.504516;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0216712;OID=.;OPOS=111155779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:66:48:48:0.421053:20:28:39:26:20:28:39:27 chr13 111156499 . C T 5527.55 PASS AF=0.934837;AO=356;DP=385;FAO=373;FDP=399;FR=.;FRO=26;FSAF=188;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=26;FWDB=-0.0440287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0186;QD=55.414;RBI=0.045881;REFB=0.00403477;REVB=-0.0129052;RO=28;SAF=175;SAR=181;SRF=2;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583695;STB=0.532827;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00686518;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:385:399:28:26:356:373:0.934837:181:175:2:26:185:188:0:26 chr13 111158874 . A G 583.49 PASS AF=0.425806;AO=65;DP=157;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=-0.0130767;FXX=0.0251557;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4605;QD=15.0579;RBI=0.0365722;REFB=-0.0143098;REVB=-0.0341545;RO=88;SAF=32;SAR=33;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779254;STB=0.548373;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0222304;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:88:89:65:66:0.425806:33:32:50:38:33:33:52:37 chr13 111164614 . T C 633.41 PASS AF=0.415205;AO=70;DP=168;FAO=71;FDP=171;FR=.;FRO=100;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=-0.0203691;FXX=0.00581362;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.664;QD=14.8166;RBI=0.020414;REFB=-0.0139937;REVB=-0.00135307;RO=96;SAF=33;SAR=37;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352631;STB=0.516935;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0179858;OID=.;OPOS=111164614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:96:100:70:71:0.415205:37:33:42:54:37:34:45:55 chr13 111176393 . A G 2188.24 PASS AF=0.992908;AO=138;DP=139;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293641;FXX=0.013985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.211;QD=62.0779;RBI=0.0320937;REFB=-0.078525;REVB=-0.012952;RO=1;SAF=58;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590618;STB=0.50303;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000472066;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:139:141:1:1:138:140:0.992908:80:58:0:1:82:58:0:1 chr13 111279817 . A G 848.7 PASS AF=0.419643;AO=93;DP=221;FAO=94;FDP=224;FR=.;FRO=130;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=-0.03434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7585;QD=15.1554;RBI=0.0863957;REFB=-0.00354194;REVB=-0.0792779;RO=127;SAF=50;SAR=43;SRF=67;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104695;STB=0.515836;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00387997;OID=.;OPOS=111279817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:224:127:130:93:94:0.419643:43:50:67:60:43:51:67:63 chr13 111290630 . T C 447.88 PASS AF=0.41129;AO=50;DP=127;FAO=51;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0638377;FXX=0.0236202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5283;QD=14.4476;RBI=0.0706232;REFB=-0.0314996;REVB=-0.0302058;RO=49;SAF=22;SAR=28;SRF=10;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222303;STB=0.524262;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0598254;OID=.;OPOS=111290630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:124:49:73:50:51:0.41129:28:22:10:39:30:21:33:40 chr13 111290967 . T C 717.32 PASS AF=0.42623;AO=78;DP=183;FAO=78;FDP=183;FR=.;FRO=105;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=-0.00537118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.689;QD=15.6791;RBI=0.0161005;REFB=0.00170494;REVB=0.0151782;RO=105;SAF=33;SAR=45;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024394;STB=0.513615;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00192945;OID=.;OPOS=111290967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:105:105:78:78:0.42623:45:33:42:63:45:33:42:63 chr13 111291044 . T C 512.17 PASS AF=0.393103;AO=57;DP=145;FAO=57;FDP=145;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.0117743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.646;QD=14.1288;RBI=0.0134902;REFB=-0.0109046;REVB=-0.00658427;RO=88;SAF=24;SAR=33;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000658957;STB=0.500372;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164434;OID=.;OPOS=111291044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:88:88:57:57:0.393103:33:24:37:51:33:24:37:51 chr13 111293915 . T G 1137.33 PASS AF=0.451493;AO=121;DP=269;FAO=121;FDP=268;FR=.;FRO=147;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=62;FSRR=85;FWDB=0.00969393;FXX=0.00371733;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.724;QD=16.9751;RBI=0.0260248;REFB=-0.0120954;REVB=0.0241519;RO=143;SAF=56;SAR=65;SRF=62;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288824;STB=0.522709;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0148924;OID=.;OPOS=111293915;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:268:143:147:121:121:0.451493:65:56:62:81:65:56:62:85 chr13 111315405 . G A 630.29 PASS AF=0.862069;AO=50;DP=58;FAO=50;FDP=58;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0765148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2761;QD=43.4682;RBI=0.0765396;REFB=-0.0244452;REVB=0.00194959;RO=8;SAF=16;SAR=34;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154443;STB=0.582678;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00241936;OID=.;OPOS=111315405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:8:8:50:50:0.862069:34:16:7:1:34:16:7:1 chr13 111315407 . G A 39.93 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0730419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1706;QD=2.75371;RBI=0.0772715;REFB=-0.013331;REVB=0.0252143;RO=50;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.610853;STB=0.913322;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.110655;OID=.;OPOS=111315407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:58:58:50:50:8:8:0.137931:1:7:16:34:1:7:16:34 chr13 111319754 . T C 2568.03 PASS AF=0.994048;AO=166;DP=167;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113771;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.292;QD=61.1436;RBI=0.0197298;REFB=-0.114082;REVB=-0.0161191;RO=0;SAF=76;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08707e-08;STB=0.503225;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000135802;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:168:0:1:166:167:0.994048:90:76:0:0:90:77:1:0 chr13 111340342 . G A 519.92 PASS AF=0.416058;AO=56;DP=136;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.00856124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.743;QD=15.1802;RBI=0.0138516;REFB=-0.0047886;REVB=0.0108891;RO=80;SAF=27;SAR=29;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578438;STB=0.537209;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00906957;OID=.;OPOS=111340342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:80:80:56:57:0.416058:29:27:43:37:30:27:43:37 chr13 111365104 . A G 4290.67 PASS AF=1;AO=272;DP=272;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.961;QD=62.867;RBI=0.0169703;REFB=0;REVB=0.00914376;RO=0;SAF=126;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69852e-05;OID=.;OPOS=111365104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:272:273:0:0:272:273:1:146:126:0:0:147:126:0:0 chr13 111368163 . CT C,CG 862.7 PASS AF=0.114754,0.885246;AO=7,54;DP=61;FAO=7,54;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=5,17;FSAR=2,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369015,0.0359307;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.2314,110.613;QD=56.5705;RBI=0.039891,0.0417459;REFB=0,0;REVB=0.0151515,0.0212534;RO=0;SAF=5,17;SAR=2,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,-4.08382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000782399,0.000937945;OID=.,.;OPOS=111368164,111368164;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.114754,0.885246:7,54:61:7,54:61:0:5,17:2,37:0:0:23:0:5,17:2,37:0:0 chr13 111368166 . C G 32.71 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.0638746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.5887;QD=2.11064;RBI=0.0899587;REFB=-0.0128871;REVB=0.0633451;RO=55;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449836;STB=0.818929;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.142148;OID=.;OPOS=111368166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:62:62:55:55:7:7:0.112903:2:5:17:38:2:5:17:38 chr13 111368316 . C T 88.36 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0801571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.125;QD=39.2719;RBI=0.0980529;REFB=0;REVB=0.0564731;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021622;OID=.;OPOS=111368316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:6:3:0:0 chr13 111372392 . T A 230.28 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.506;QD=46.0554;RBI=0.0248217;REFB=-0.112862;REVB=-0.0157304;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.533298;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0100357;OID=.;OPOS=111372392;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:1:0:12:7:1:0 chr13 111531885 . C A 537.19 PASS AF=0.460938;AO=51;DP=121;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0811469;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.542;QD=16.787;RBI=0.0818992;REFB=-0.0115662;REVB=0.0110754;RO=67;SAF=19;SAR=32;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484012;STB=0.525177;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0119188;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:128:67:69:51:59:0.460938:32:19:28:39:36:23:30:39 chr13 111806245 . A G 5521.38 PASS AF=1;AO=348;DP=349;FAO=355;FDP=355;FR=.;FRO=0;FSAF=211;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573892;FXX=0.00560208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.723;QD=62.2127;RBI=0.0622248;REFB=0;REVB=0.0240501;RO=0;SAF=206;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158784;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:349:355:0:0:348:355:1:142:206:0:0:144:211:0:0 chr13 111870037 . T C 386.53 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=84;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.006648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.792;QD=18.1895;RBI=0.0528464;REFB=-0.0227878;REVB=0.0524266;RO=44;SAF=21;SAR=18;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943862;STB=0.550995;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0311876;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:44:45:39:40:0.470588:18:21:28:16:18:22:29:16 chr13 111918009 . C A 46.97 PASS AF=0.0915493;AO=12;DP=143;FAO=13;FDP=142;FR=.;FRO=129;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=0.0133227;FXX=0.00699252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.702;QD=1.3231;RBI=0.0209721;REFB=-0.00732457;REVB=-0.0161967;RO=118;SAF=11;SAR=1;SRF=45;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583665;STB=0.928235;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.137077;OID=.;OPOS=111918009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:143:142:118:129:12:13:0.0915493:1:11:45:73:1:12:56:73 chr13 111980537 . C T 3723.9 PASS AF=1;AO=234;DP=234;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.575;QD=63.3855;RBI=0.0333821;REFB=0;REVB=0.0323221;RO=0;SAF=142;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.24538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98831e-05;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:235:0:0:234:235:1:92:142:0:0:92:143:0:0 chr13 111992247 . C A 485.25 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0137046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.228;QD=16.4491;RBI=0.0279435;REFB=-0.0158572;REVB=0.0243521;RO=65;SAF=27;SAR=26;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320699;STB=0.517896;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0175737;OID=.;OPOS=111992247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:26:27:31:34:26:27:31:34 chr13 112725791 . G A 203.21 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0652075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2058;QD=12.3156;RBI=0.0787737;REFB=0.010902;REVB=-0.0441959;RO=41;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130057;STB=0.57482;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0392125;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:11:14:18:23:11:14:18:23 chr13 113153217 . C A 727.56 PASS AF=0.406863;AO=83;DP=204;FAO=83;FDP=204;FR=.;FRO=121;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=-0.00190984;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.305;QD=14.2658;RBI=0.00815149;REFB=-0.00154187;REVB=0.0079246;RO=119;SAF=39;SAR=44;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960961;STB=0.500711;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00240071;OID=.;OPOS=113153217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:119:121:83:83:0.406863:44:39:57:62:44:39:57:64 chr13 113153271 . G A 630.57 PASS AF=0.429448;AO=59;DP=154;FAO=70;FDP=163;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0215907;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.693;QD=15.4741;RBI=0.0309759;REFB=-0.0120592;REVB=0.0222115;RO=90;SAF=27;SAR=32;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021676;STB=0.505189;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0152898;OID=.;OPOS=113153271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:163:90:93:59:70:0.429448:32:27:43:47:37:33:43:50 chr13 113479820 . A G 2788.82 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1408;QD=62.6702;RBI=0.0159658;REFB=0;REVB=0.0154593;RO=0;SAF=73;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36714e-05;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:177:178:1:104:73:0:0:104:74:0:0 chr13 113508839 . G C 1415.34 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0615336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4818;QD=62.9039;RBI=0.0619619;REFB=0;REVB=-0.00727352;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315771;OID=.;OPOS=113508839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:58:32:0:0:58:32:0:0 chr13 113527967 . G A 315.07 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0126214;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5674;QD=14.6542;RBI=0.0151487;REFB=0.000494576;REVB=0.00837751;RO=49;SAF=23;SAR=12;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296676;STB=0.6777;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.000147791;OID=.;OPOS=113527967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:49:51:35:35:0.406977:12:23:18:31:12:23:18:33 chr13 113536132 . T C 1502.38 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223354;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.101;QD=63.258;RBI=0.0350366;REFB=0;REVB=-0.0269943;RO=0;SAF=25;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.92137e-06;OID=.;OPOS=113536132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:68:25:0:0:70:25:0:0 chr13 113735608 . G A 2238.65 PASS AF=0.9;AO=154;DP=171;FAO=162;FDP=180;FR=.;FRO=18;FSAF=104;FSAR=58;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.050916;FXX=0.00552456;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.088;QD=49.7478;RBI=0.0551613;REFB=-0.0992955;REVB=0.021221;RO=5;SAF=103;SAR=51;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887828;STB=0.515306;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00326918;OID=.;OPOS=113735608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:171:180:5:18:154:162:0.9:51:103:4:1:58:104:9:9 chr13 113739226 . T C 4660.76 PASS AF=1;AO=290;DP=292;FAO=292;FDP=292;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243232;FXX=0.00680249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.701;QD=63.846;RBI=0.0536953;REFB=0;REVB=0.0478703;RO=0;SAF=178;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75864e-05;OID=.;OPOS=113739226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:292:292:0:0:290:292:1:112:178:0:0:112:180:0:0 chr13 113744441 . C T 2843.03 PASS AF=0.973958;AO=185;DP=192;FAO=187;FDP=192;FR=.;FRO=5;FSAF=85;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0209125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3219;QD=59.2298;RBI=0.0308581;REFB=-0.0576065;REVB=0.0226912;RO=3;SAF=85;SAR=100;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140673;STB=0.506691;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00208367;OID=.;OPOS=113744441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:192:192:3:5:185:187:0.973958:100:85:0:3:102:85:1:4 chr13 113747070 . A C 866.88 PASS AF=0.445498;AO=94;DP=211;FAO=94;FDP=211;FR=.;FRO=117;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=73;FSRR=44;FWDB=-0.0445395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.689;QD=16.4338;RBI=0.0486672;REFB=-0.00577689;REVB=-0.0196144;RO=117;SAF=52;SAR=42;SRF=73;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721522;STB=0.540004;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00535925;OID=.;OPOS=113747070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:117:117:94:94:0.445498:42:52:73:44:42:52:73:44 chr13 113747124 . A G 2884.35 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.779;QD=63.0459;RBI=0.0240871;REFB=0;REVB=0.0184708;RO=0;SAF=105;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40711e-05;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:78:105:0:0:78:105:0:0 chr13 113747135 . T C 2749.9 PASS AF=1;AO=175;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490399;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3725;QD=61.4502;RBI=0.0746703;REFB=-0.0499464;REVB=0.0563093;RO=1;SAF=104;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665712;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00388887;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:179:179:1:0:175:179:1:71:104:0:1:75:104:0:0 chr13 113792754 . T C 405.55 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0106216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.335;QD=22.5307;RBI=0.0108184;REFB=-0.017777;REVB=0.00205399;RO=32;SAF=23;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612316;STB=0.533738;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0156071;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:17:23:16:16:17:23:16:16 chr13 113801737 . C T 759.98 PASS AF=0.465116;AO=80;DP=172;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0202348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.28;QD=17.6739;RBI=0.0202543;REFB=0.000571663;REVB=-0.000889679;RO=92;SAF=53;SAR=27;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111764;STB=0.562055;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.000689297;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:92:92:80:80:0.465116:27:53:51:41:27:53:51:41 chr13 113812962 . G A 417.17 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00163801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.545;QD=17.2028;RBI=0.0264713;REFB=-0.0115544;REVB=-0.0264206;RO=54;SAF=20;SAR=23;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530559;STB=0.529737;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00996059;OID=.;OPOS=113812962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:23:20:28:26:23:20:28:26 chr13 113818900 . A G 3403.3 PASS AF=1;AO=218;DP=218;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7088;QD=62.4459;RBI=0.0780615;REFB=0;REVB=-0.0715262;RO=0;SAF=101;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.03692e-05;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:218:0:0:218:218:1:117:101:0:0:117:101:0:0 chr13 113897320 . C T 997.38 PASS AF=0.456522;AO=103;DP=230;FAO=105;FDP=230;FR=.;FRO=125;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=66;FWDB=-0.0103876;FXX=0.0295346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.831;QD=17.3457;RBI=0.0118869;REFB=-0.00853491;REVB=0.00577897;RO=122;SAF=56;SAR=47;SRF=57;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749272;STB=0.533327;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0125025;OID=.;OPOS=113897320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:122:125:103:105:0.456522:47:56:57:65:49:56:59:66 chr13 113909339 . A G 516.47 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0131737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.418;QD=19.1286;RBI=0.0176998;REFB=-0.0259578;REVB=-0.0118209;RO=54;SAF=31;SAR=23;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133954;STB=0.574047;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0195985;OID=.;OPOS=113909339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:23:31:23:31:23:31:23:31 chr13 113965176 . C A 630.64 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00793547;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.594;QD=52.5533;RBI=0.0115945;REFB=0.0205197;REVB=0.00845349;RO=5;SAF=15;SAR=28;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528889;STB=0.528289;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000458069;OID=.;OPOS=113965176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:48:5:5:43:43:0.895833:28:15:3:2:28:15:3:2 chr13 113974781 . G C 451.84 PASS AF=0.320442;AO=58;DP=181;FAO=58;FDP=181;FR=.;FRO=123;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=73;FSRR=50;FWDB=-0.0269161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.738;QD=9.98539;RBI=0.0269489;REFB=-0.00820712;REVB=0.00132973;RO=123;SAF=19;SAR=39;SRF=73;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311116;STB=0.679613;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0161892;OID=.;OPOS=113974781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:123:123:58:58:0.320442:39:19:73:50:39:19:73:50 chr13 114083316 . C T 790.95 PASS AF=0.479532;AO=82;DP=171;FAO=82;FDP=171;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=0.0173899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.297;QD=18.5018;RBI=0.0459706;REFB=-0.00927428;REVB=-0.0425545;RO=89;SAF=38;SAR=44;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668862;STB=0.5369;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0111794;OID=.;OPOS=114083316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:89:89:82:82:0.479532:44:38:35:54:44:38:35:54 chr13 114152755 . C T 523.15 PASS AF=0.425373;AO=57;DP=133;FAO=57;FDP=134;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.00328366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.203;QD=15.6163;RBI=0.0265829;REFB=-0.0248741;REVB=-0.0263793;RO=76;SAF=25;SAR=32;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319568;STB=0.521104;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0284753;OID=.;OPOS=114152755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:76:77:57:57:0.425373:32:25:31:45:32:25:31:46 chr13 114154419 . G A 780.22 PASS AF=0.517241;AO=72;DP=143;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.00424928;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.72;QD=21.5233;RBI=0.0131875;REFB=-0.0137303;REVB=-0.0124841;RO=70;SAF=33;SAR=39;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113723;STB=0.563686;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0151943;OID=.;OPOS=114154419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:70:70:72:75:0.517241:39:33:41:29:41:34:41:29 chr13 114156093 . C T 553.47 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0630765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8197;QD=18.2965;RBI=0.141621;REFB=0.0142703;REVB=0.126798;RO=61;SAF=27;SAR=31;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605078;STB=0.50272;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.011699;OID=.;OPOS=114156093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:63:58:58:0.479339:31:27:28:33:31:27:29:34 chr13 114175004 . C T 912.04 PASS AF=0.470588;AO=96;DP=204;FAO=96;FDP=204;FR=.;FRO=108;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=67;FWDB=0.00733056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.948;QD=17.8831;RBI=0.00915859;REFB=-0.00464522;REVB=-0.00549023;RO=108;SAF=47;SAR=49;SRF=41;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10581;STB=0.558366;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00623898;OID=.;OPOS=114175004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:108:108:96:96:0.470588:49:47:41:67:49:47:41:67 chr13 114175032 . G A 818.91 PASS AF=0.461957;AO=85;DP=184;FAO=85;FDP=184;FR=.;FRO=99;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=63;FWDB=0.00770355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.963;QD=17.8023;RBI=0.0210002;REFB=-0.00698589;REVB=0.0195362;RO=97;SAF=39;SAR=46;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960258;STB=0.551994;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00662519;OID=.;OPOS=114175032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:97:99:85:85:0.461957:46:39:35:62:46:39:36:63 chr13 114204175 . C T 422.81 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0448995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.921;QD=20.6247;RBI=0.0510354;REFB=-0.0241564;REVB=-0.0242621;RO=39;SAF=14;SAR=28;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119601;STB=0.561373;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0217157;OID=.;OPOS=114204175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:40:42:42:0.512195:28:14:18:21:28:14:18:22 chr13 114312354 . T G 3959.67 PASS AF=1;AO=251;DP=251;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.999;QD=62.1124;RBI=0.0228489;REFB=0;REVB=0.000445241;RO=0;SAF=112;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45033e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.75692e-06;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:251:255:0:0:251:255:1:139:112:0:0:140:115:0:0 chr13 114453605 . C CTGTGTGCACG 148.93 PASS AF=0.276316;AO=20;DP=78;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0449343;FXX=0;HRUN=1;LEN=10;MLLD=250.765;QD=7.83864;RBI=0.0450405;REFB=-0.0151512;REVB=-0.00309155;RO=56;SAF=5;SAR=15;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200407;STB=0.637967;STBP=0.185;TYPE=ins;VARB=0.0355828;OID=.;OPOS=114453606;OREF=-;OALT=TGTGTGCACG;OMAPALT=CTGTGTGCACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276316:20:78:21:76:55:5:16:22:33:99:56:5:15:22:34 chr13 114453619 . C G 36.38 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.15417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0686;QD=2.50894;RBI=0.163959;REFB=-0.0140419;REVB=-0.0558062;RO=50;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206398;STB=0.655732;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0634337;OID=.;OPOS=114453619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:50:51:7:7:0.12069:6:1:13:37:6:1:13:38 chr13 114453873 . G C 448.2 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0128203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.693;QD=21.6001;RBI=0.0608646;REFB=0.0134479;REVB=0.0594991;RO=39;SAF=20;SAR=24;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00599764;STB=0.50331;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0119558;OID=.;OPOS=114453873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:24:20:18:21:24:20:18:21 chr13 114453912 . C T 626.02 PASS AF=0.589474;AO=53;DP=93;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00710044;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.543;QD=26.3589;RBI=0.0071671;REFB=-0.0197254;REVB=0.000975258;RO=39;SAF=16;SAR=37;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137499;STB=0.57385;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0210487;OID=.;OPOS=114453912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:39:39:53:56:0.589474:37:16:18:21:38:18:19:20 chr13 114453997 . CAT C 559.8 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0193802;FXX=0.0612182;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.831;QD=24.3393;RBI=0.0296733;REFB=-0.00891124;REVB=0.0224703;RO=41;SAF=9;SAR=42;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220353;STB=0.622169;STBP=0.023;TYPE=del;VARB=0.00697434;OID=.;OPOS=114453998;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.554348:51:97:51:92:41:9:42:15:26:99:41:9:42:15:26 chr13 114524944 . A G 3019.17 PASS AF=0.516637;AO=289;DP=562;FAO=295;FDP=571;FR=.;FRO=276;FSAF=152;FSAR=143;FSRF=128;FSRR=148;FWDB=0.0132839;FXX=0.00522639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.926;QD=21.1501;RBI=0.0171826;REFB=-0.0392559;REVB=-0.0108986;RO=273;SAF=149;SAR=140;SRF=128;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415665;STB=0.52487;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.031233;OID=.;OPOS=114524944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:562:571:273:276:289:295:0.516637:140:149:128:145:143:152:128:148 chr13 114525098 . C T 2206.73 PASS AF=0.526316;AO=210;DP=398;FAO=210;FDP=399;FR=.;FRO=189;FSAF=99;FSAR=111;FSRF=123;FSRR=66;FWDB=-0.0311582;FXX=0.00249994;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2351;QD=22.1226;RBI=0.0316163;REFB=-0.0130933;REVB=-0.00536238;RO=187;SAF=99;SAR=111;SRF=123;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16025;STB=0.58441;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0160373;OID=.;OPOS=114525098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:399:187:189:210:210:0.526316:111:99:123:64:111:99:123:66 chr13 114530114 . G A 365.76 PASS AF=0.348837;AO=45;DP=129;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.00165408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.101;QD=11.3415;RBI=0.0293867;REFB=0.00215676;REVB=-0.0293401;RO=84;SAF=17;SAR=28;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739157;STB=0.5425;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00370451;OID=.;OPOS=114530114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:84:84:45:45:0.348837:28:17:37:47:28:17:37:47 chr13 114531565 . C G 566.09 PASS AF=0.408805;AO=65;DP=159;FAO=65;FDP=159;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.0368253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1216;QD=14.2412;RBI=0.0440889;REFB=0.0332926;REVB=-0.0242432;RO=94;SAF=41;SAR=24;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141285;STB=0.579509;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0536408;OID=.;OPOS=114531565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:94:94:65:65:0.408805:24:41:47:47:24:41:47:47 chr13 114545925 . A G 1035.62 PASS AF=0.362573;AO=121;DP=346;FAO=124;FDP=342;FR=.;FRO=218;FSAF=13;FSAR=111;FSRF=91;FSRR=127;FWDB=0.0149654;FXX=0.0115604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5221;QD=12.1125;RBI=0.0498019;REFB=-0.00689188;REVB=-0.0475002;RO=202;SAF=13;SAR=108;SRF=83;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48128;STB=0.788575;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0254293;OID=.;OPOS=114545925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:342:202:218:121:124:0.362573:108:13:83:119:111:13:91:127 chr13 114623809 . G A 532.34 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0102931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.777;QD=16.8997;RBI=0.0437002;REFB=0.00408973;REVB=0.0424707;RO=68;SAF=22;SAR=35;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412585;STB=0.519644;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00492702;OID=.;OPOS=114623809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:69:57:57:0.452381:35:22:29:39:35:22:29:40 chr13 114623880 . G A 1480.01 PASS AF=0.979381;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0164421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6334;QD=61.0312;RBI=0.0226261;REFB=-0.048987;REVB=0.0155434;RO=1;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839173;STB=0.501904;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000484179;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:97:1:2:93:95:0.979381:56:37:0:1:56:39:1:1 chr13 114747187 . G C 653.57 PASS AF=0.619565;AO=57;DP=93;FAO=57;FDP=92;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=31;FWDB=-0.0539679;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3148;QD=28.4161;RBI=0.06074;REFB=-0.00349586;REVB=0.0278713;RO=34;SAF=17;SAR=40;SRF=3;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188306;STB=0.589615;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00200671;OID=.;OPOS=114747187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:34:35:57:57:0.619565:40:17:3:31:40:17:4:31 chr13 114780764 . A G 2564.97 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.801;QD=61.8064;RBI=0.0423521;REFB=0;REVB=-0.0334484;RO=0;SAF=73;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.019e-06;OID=.;OPOS=114780764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:166:0:0:164:166:1:91:73:0:0:91:75:0:0 chr14 19378030 . T A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00826274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.326;QD=20.8926;RBI=0.139852;REFB=-0.0234986;REVB=0.139608;RO=6;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123424;STB=0.571275;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0201786;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:2:8:4:2:2:8:4:2 chr14 19686757 . A G 109.49 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0425812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.596;QD=36.4981;RBI=0.0426462;REFB=-0.0712405;REVB=0.0023533;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571292;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00195789;OID=.;OPOS=19686757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:12:12:0:1:11:11:0.916667:8:3:0:0:8:3:1:0 chr14 19686792 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.507;QD=43.4858;RBI=0.0346644;REFB=0;REVB=-0.0165809;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392974;OID=.;OPOS=19686792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr14 20216298 . T C 2386.69 PASS AF=0.9875;AO=156;DP=158;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00803443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8711;QD=59.6673;RBI=0.0573588;REFB=-0.0492462;REVB=0.0567933;RO=1;SAF=82;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576664;STB=0.500317;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00396008;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:160:1:2:156:158:0.9875:74:82:1:0:75:83:1:1 chr14 20248828 . C T 763.77 PASS AF=0.506494;AO=79;DP=155;FAO=78;FDP=154;FR=.;FRO=76;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0106954;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.603;QD=19.8383;RBI=0.0162593;REFB=-0.0148201;REVB=0.0122464;RO=76;SAF=48;SAR=31;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14459;STB=0.584157;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0149184;OID=.;OPOS=20248828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:76:76:79:78:0.506494:31:48:34:42:30:48:34:42 chr14 20249176 . G A 1267.44 PASS AF=0.601064;AO=113;DP=188;FAO=113;FDP=188;FR=.;FRO=75;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=0.0129492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.869;QD=26.9669;RBI=0.0193688;REFB=0.00404218;REVB=-0.0144037;RO=75;SAF=67;SAR=46;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259003;STB=0.514014;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00267515;OID=.;OPOS=20249176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:75:75:113:113:0.601064:46:67:47:28:46:67:47:28 chr14 20249456 . G A 568.41 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=87;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.080701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6255;QD=24.9849;RBI=0.086079;REFB=-0.0315704;REVB=0.0299491;RO=39;SAF=23;SAR=25;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00654454;STB=0.505492;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0323616;OID=.;OPOS=20249456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:39:39:48:52:0.571429:25:23:19:20:26:26:19:20 chr14 20295763 . C T 876.55 PASS AF=0.463054;AO=93;DP=201;FAO=94;FDP=203;FR=.;FRO=109;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=0.00615596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.59;QD=17.2719;RBI=0.0162154;REFB=-0.037437;REVB=-0.0150015;RO=107;SAF=53;SAR=40;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546134;STB=0.52219;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0164469;OID=.;OPOS=20295763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:107:109:93:94:0.463054:40:53:55:52:41:53:57:52 chr14 20295834 . T C 1185.66 PASS AF=0.508696;AO=116;DP=230;FAO=117;FDP=230;FR=.;FRO=113;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=0.0275031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.322;QD=20.6201;RBI=0.030992;REFB=-0.00603224;REVB=-0.0142859;RO=113;SAF=59;SAR=57;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196997;STB=0.512818;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00640334;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:113:113:116:117:0.508696:57:59:55:58:57:60:55:58 chr14 20296004 . C T 2086.36 PASS AF=0.6;AO=188;DP=314;FAO=189;FDP=315;FR=.;FRO=126;FSAF=104;FSAR=85;FSRF=58;FSRR=68;FWDB=-0.0242086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0921;QD=26.4935;RBI=0.0556753;REFB=0.00772797;REVB=-0.0501366;RO=126;SAF=103;SAR=85;SRF=58;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651949;STB=0.536079;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00532723;OID=.;OPOS=20296004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:315:126:126:188:189:0.6:85:103:58:68:85:104:58:68 chr14 20296177 . C G 1055.53 PASS AF=0.46383;AO=109;DP=235;FAO=109;FDP=235;FR=.;FRO=126;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=0.0141332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7169;QD=17.9665;RBI=0.0451984;REFB=0.0132758;REVB=0.0429319;RO=126;SAF=65;SAR=44;SRF=63;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949906;STB=0.552544;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0140198;OID=.;OPOS=20296177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:126:126:109:109:0.46383:44:65:63:63:44:65:63:63 chr14 20389606 . G A 1689.4 PASS AF=1;AO=109;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150166;FXX=0.0347796;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.324;QD=60.8792;RBI=0.0186951;REFB=0;REVB=0.0111359;RO=0;SAF=23;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130212;OID=.;OPOS=20389606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:111:0:0:109:111:1:86:23:0:0:88:23:0:0 chr14 20389721 . G A 671.49 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.445;QD=62.4644;RBI=0.0569031;REFB=0;REVB=-0.00682615;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24999e-05;OID=.;OPOS=20389721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:27:14:0:0:27:16:0:0 chr14 20404238 . G A,T 709.92 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=43,2;DP=45;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227816,-0.0158327;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=115.48,123.989;QD=61.7323;RBI=0.0228699,0.0172256;REFB=0,0;REVB=-0.00200781,-0.00678576;RO=0;SAF=27,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0013174,0.16418;OID=.,.;OPOS=20404238,20404238;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:45:46:0:0:43,2:44,2:0.956522,0.0434783:16,2:27,0:0:0:16,2:28,0:0:0 chr14 20404736 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.585;QD=62.67;RBI=0.0253255;REFB=0;REVB=-0.0194591;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19607e-05;OID=.;OPOS=20404736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr14 20404767 . A G 460.64 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.456;QD=57.5796;RBI=0.0647748;REFB=0;REVB=0.0255723;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323559;OID=.;OPOS=20404767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:16:14:0:0:16:16:0:0 chr14 20444490 . C T 1355.98 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154913;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.931;QD=62.344;RBI=0.0190199;REFB=0;REVB=0.0110353;RO=0;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57141e-06;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:50:36:0:0:51:36:0:0 chr14 20470399 . G A 702.04 PASS AF=0.511111;AO=69;DP=135;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0537752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.498;QD=20.8013;RBI=0.0540057;REFB=-0.0083457;REVB=-0.00498496;RO=66;SAF=32;SAR=37;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218079;STB=0.511997;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00699564;OID=.;OPOS=20470399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:66:66:69:69:0.511111:37:32:29:37:37:32:29:37 chr14 20470737 . G A 501.2 PASS AF=0.372671;AO=60;DP=157;FAO=60;FDP=161;FR=.;FRO=101;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=0.0112615;FXX=0.0182916;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.557;QD=12.4521;RBI=0.0151047;REFB=0.00423817;REVB=0.0100662;RO=96;SAF=27;SAR=33;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110768;STB=0.553055;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.0083082;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:161:96:101:60:60:0.372671:33:27:53:43:33:27:54:47 chr14 20470852 . CT C 80.99 PASS AF=0.410853;AO=40;DP=134;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.176816;FXX=0.0785658;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.68312;QD=2.51117;RBI=0.223792;REFB=-0.055781;REVB=0.137182;RO=59;SAF=18;SAR=22;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794325;STB=0.535607;STBP=0.506;TYPE=del;VARB=0.0228932;OID=.;OPOS=20470853;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410853:40:134:53:129:76:24:29:39:37:80:59:18:22:31:28 chr14 20470903 . T C 444.81 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=0.00501708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.837;QD=13.7926;RBI=0.00844064;REFB=0.00241316;REVB=-0.00678773;RO=77;SAF=26;SAR=25;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141768;STB=0.583175;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00392731;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:78:51:51:0.395349:25:26:29:48:25:26:29:49 chr14 20482471 . C T 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.71;QD=47.8176;RBI=0.0511455;REFB=0;REVB=0.0494404;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238967;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr14 20502331 . T C 336.14 PASS AF=0.604167;AO=28;DP=47;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0285963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.824;QD=28.0114;RBI=0.0300962;REFB=-0.0134412;REVB=-0.00938269;RO=19;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232705;STB=0.613416;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00589007;OID=.;OPOS=20502331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:19:28:29:0.604167:20:8:11:8:20:9:11:8 chr14 20528207 . G A 597.38 PASS AF=0.977273;AO=40;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.158773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4072;QD=54.3068;RBI=0.15888;REFB=-0.176084;REVB=-0.00583564;RO=4;SAF=17;SAR=23;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983605;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0382985;OID=.;OPOS=20528207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:44:44:4:1:40:43:0.977273:23:17:4:0:23:20:1:0 chr14 20528321 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.086;QD=54.5173;RBI=0.0166819;REFB=0;REVB=0.0165757;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120871;OID=.;OPOS=20528321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr14 20528359 . G T 272.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7195;QD=51.9051;RBI=0.0993132;REFB=0;REVB=-0.0828029;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00385339;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr14 20528362 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.652;QD=51.9166;RBI=0.0309554;REFB=0;REVB=0.0273048;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17291e-05;OID=.;OPOS=20528362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr14 20528448 . TCATAGATTTGCTCACTGAC T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593127;FXX=0;HRUN=1;LEN=19;MLLD=609.349;QD=55.0987;RBI=0.00599456;REFB=0;REVB=0.000868761;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.6763e-06;OID=.;OPOS=20528449;OREF=CATAGATTTGCTCACTGAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:26:26:26:0:17:9:0:0:4:0:17:9:0:0 chr14 20528505 . T A 1066.14 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000476504;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.485;QD=60.0642;RBI=0.0557813;REFB=0;REVB=0.0557793;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000381702;OID=.;OPOS=20528505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr14 20528528 . G A 1376.55 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0398548;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.599;QD=59.2065;RBI=0.0403424;REFB=-0.0835839;REVB=0.00625301;RO=1;SAF=35;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133487;STB=0.520543;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.000317148;OID=.;OPOS=20528528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:1:3:90:90:0.967742:55:35:1:0:55:35:3:0 chr14 20529019 . C T 1859.3 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.609;QD=61.4643;RBI=0.0203429;REFB=0;REVB=-0.000641553;RO=0;SAF=42;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92362e-05;OID=.;OPOS=20529019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:79:42:0:0:79:42:0:0 chr14 20529043 . C G 1433.12 PASS AF=0.989474;AO=90;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.106748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4621;QD=60.3417;RBI=0.107844;REFB=-0.160113;REVB=0.0153314;RO=3;SAF=29;SAR=61;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227387;STB=0.503936;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00201517;OID=.;OPOS=20529043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:3:1:90:94:0.989474:61:29:0:3:63:31:0:1 chr14 20586042 . G C 330.32 PASS AF=0.353448;AO=38;DP=114;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00479211;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.037;QD=11.3905;RBI=0.00776262;REFB=-0.00301587;REVB=-0.00610688;RO=69;SAF=18;SAR=20;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376768;STB=0.536568;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00454934;OID=.;OPOS=20586042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:69:75:38:41:0.353448:20:18:35:34:22:19:39:36 chr14 20586432 . C T 492.87 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00476424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.504;QD=16.0283;RBI=0.0287523;REFB=-0.00921975;REVB=-0.0283549;RO=69;SAF=20;SAR=34;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826668;STB=0.546296;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0210885;OID=.;OPOS=20586432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:69:69:54:54:0.439024:34:20:31:38:34:20:31:38 chr14 20665790 . T A,G 758.87 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=46,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856046,-0.00821622;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=247.174,197.436;QD=61.9484;RBI=0.00860552,0.00981808;REFB=0,0;REVB=-0.000879431,-0.0053748;RO=0;SAF=25,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.85991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00189048,0.0434425;OID=.,.;OPOS=20665790,20665790;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:0:0:46,2:47,2:0.959184,0.0408163:21,0:25,2:0:0:22,0:25,2:0:0 chr14 20665840 . G A 832.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3726;QD=57.3938;RBI=0.0629607;REFB=0;REVB=0.0484922;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681443;OID=.;OPOS=20665840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:23:31:0:0:25:33:0:0 chr14 20665887 . G C 1120.35 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0231434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1249;QD=58.9658;RBI=0.0289806;REFB=0.168599;REVB=-0.0174429;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00306677;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:34:41:0:0:34:41:1:0 chr14 20692188 . T C 316.41 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00748687;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.301;QD=16.8749;RBI=0.0192295;REFB=-0.0249022;REVB=-0.0177121;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137854;STB=0.530788;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0165781;OID=.;OPOS=20692188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:41:34:34:0.453333:16:18:18:17:16:18:24:17 chr14 20692291 . C T 546.3 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00319547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.732;QD=18.838;RBI=0.0238888;REFB=-0.00387148;REVB=-0.0236741;RO=59;SAF=34;SAR=23;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051062;STB=0.528268;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00312578;OID=.;OPOS=20692291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:23:34:32:27:23:34:32:27 chr14 20692453 . G T 530.34 PASS AF=0.583333;AO=48;DP=83;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0310186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3079;QD=25.2541;RBI=0.035096;REFB=0.00629296;REVB=-0.0164186;RO=35;SAF=27;SAR=21;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153282;STB=0.503433;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00751805;OID=.;OPOS=20692453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:35:35:48:49:0.583333:21:27:19:16:22:27:19:16 chr14 20692574 . T C 479.94 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.0170287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.733;QD=17.1407;RBI=0.0178501;REFB=-0.0061951;REVB=-0.00535233;RO=60;SAF=22;SAR=30;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200431;STB=0.611371;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00564585;OID=.;OPOS=20692574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:30:22:38:22:30:22:38:22 chr14 20692643 . T C 750.85 PASS AF=0.591667;AO=70;DP=119;FAO=71;FDP=120;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0120251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.775;QD=25.0282;RBI=0.0251985;REFB=-0.0252645;REVB=0.0221441;RO=49;SAF=23;SAR=47;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327951;STB=0.519941;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0144037;OID=.;OPOS=20692643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:49:49:70:71:0.591667:47:23:18:31:48:23:18:31 chr14 20697600 . T G 438.41 PASS AF=0.351351;AO=52;DP=148;FAO=52;FDP=148;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=0.0176075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3205;QD=11.8489;RBI=0.0708993;REFB=-0.0140365;REVB=-0.0686781;RO=96;SAF=31;SAR=21;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392166;STB=0.522463;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0305393;OID=.;OPOS=20697600;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:96:96:52:52:0.351351:21:31:54:42:21:31:54:42 chr14 20698068 . G T 174.46 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0318694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5274;QD=19.9382;RBI=0.0955507;REFB=0.00465618;REVB=-0.0900792;RO=17;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076961;STB=0.543676;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00831627;OID=.;OPOS=20698068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:5:13:11:6:5:13:11:6 chr14 20698239 . T C 1165.47 PASS AF=0.572193;AO=107;DP=187;FAO=107;FDP=187;FR=.;FRO=80;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.00529783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.777;QD=24.9299;RBI=0.029014;REFB=0.00899435;REVB=-0.0285262;RO=79;SAF=55;SAR=52;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388761;STB=0.504702;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0074176;OID=.;OPOS=20698239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:79:80:107:107:0.572193:52:55:41:38:52:55:42:38 chr14 20698298 . T G 1216.63 PASS AF=0.588235;AO=110;DP=187;FAO=110;FDP=187;FR=.;FRO=77;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0758347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9058;QD=26.0242;RBI=0.0901747;REFB=-0.0124776;REVB=-0.0487911;RO=77;SAF=54;SAR=56;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610933;STB=0.53312;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00964036;OID=.;OPOS=20698298;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:77:77:110:110:0.588235:56:54:44:33:56:54:44:33 chr14 20764585 . A C 2121.66 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1416;QD=62.8641;RBI=0.0333408;REFB=0;REVB=-0.0193524;RO=0;SAF=55;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131242;OID=.;OPOS=20764585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:80:55:0:0:80:55:0:0 chr14 20770036 . T C 2042.37 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00942519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.698;QD=60.9663;RBI=0.0532393;REFB=-0.00827299;REVB=0.0523983;RO=2;SAF=69;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000646027;STB=0.503597;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000328956;OID=.;OPOS=20770036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:134:134:2:1:132:133:0.992537:63:69:1:1:64:69:1:0 chr14 20824181 . T C 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.114;QD=57.1019;RBI=0.0483242;REFB=0;REVB=0.0172724;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247691;OID=.;OPOS=20824181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr14 20852029 . A G 489.64 PASS AF=0.633803;AO=44;DP=70;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0151927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.258;QD=27.5855;RBI=0.0152153;REFB=-0.0206243;REVB=0.000829102;RO=26;SAF=12;SAR=32;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914087;STB=0.541158;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0079625;OID=.;OPOS=20852029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:26:26:44:45:0.633803:32:12:10:16:32:13:10:16 chr14 20852817 . G A 637.41 PASS AF=0.629213;AO=56;DP=89;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.024105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.373;QD=28.6478;RBI=0.024988;REFB=-0.0120822;REVB=0.00658402;RO=32;SAF=27;SAR=29;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537811;STB=0.523457;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0078114;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:32:33:56:56:0.629213:29:27:18:14:29:27:18:15 chr14 20854734 . A G 2621.72 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.85;QD=62.0524;RBI=0.0100778;REFB=0;REVB=-0.00937274;RO=0;SAF=76;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32021e-06;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:93:76:0:0:93:76:0:0 chr14 20872881 . G T 362.9 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0045368;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.279;QD=17.7025;RBI=0.0155188;REFB=0.0117985;REVB=0.0148408;RO=44;SAF=13;SAR=24;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357227;STB=0.529397;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0138925;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:37:38:0.463415:24:13:14:30:24:14:14:30 chr14 20876253 . A G 352.46 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0171055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.46;QD=18.3095;RBI=0.0186019;REFB=-0.0247424;REVB=-0.00730973;RO=40;SAF=27;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165937;STB=0.593112;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0274488;OID=.;OPOS=20876253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:10:27:23:17:10:27:23:17 chr14 20897064 . C T 426.73 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0457282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170;QD=27.5313;RBI=0.0467304;REFB=-0.0424685;REVB=0.00962628;RO=20;SAF=14;SAR=26;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975889;STB=0.539772;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0187668;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:20:22:40:40:0.645161:26:14:10:10:26:14:10:12 chr14 20897676 . T C 1031.56 PASS AF=0.520833;AO=93;DP=185;FAO=100;FDP=192;FR=.;FRO=92;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=0.000202226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.364;QD=21.4908;RBI=0.00194527;REFB=-0.030898;REVB=-0.00193473;RO=92;SAF=45;SAR=48;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643412;STB=0.532211;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.030841;OID=.;OPOS=20897676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:192:92:92:93:100:0.520833:48:45:38:54:52:48:38:54 chr14 20898058 . G C 708.91 PASS AF=0.645161;AO=51;DP=93;FAO=60;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0236381;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.8317;QD=30.4909;RBI=0.0356492;REFB=-0.0437998;REVB=-0.0266853;RO=22;SAF=27;SAR=24;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601125;STB=0.548747;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0215619;OID=.;OPOS=20898058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:22:32:51:60:0.645161:24:27:14:8:29:31:21:11 chr14 20916249 . T C 431.02 PASS AF=0.628571;AO=36;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0104654;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=102.65;QD=24.6296;RBI=0.0107525;REFB=-0.0552869;REVB=-0.00246829;RO=18;SAF=23;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182935;STB=0.543604;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0265024;OID=.;OPOS=20916249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:18:26:36:44:0.628571:13:23:11:7:17:27:13:13 chr14 20916958 . T C 346.08 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00127547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.708;QD=24.72;RBI=0.0117522;REFB=0.00262034;REVB=-0.0116828;RO=22;SAF=20;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967859;STB=0.55316;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00213671;OID=.;OPOS=20916958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:14:20:10:12:14:20:10:12 chr14 20920250 . T C 773.85 PASS AF=0.622807;AO=71;DP=114;FAO=71;FDP=114;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.000798799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.724;QD=27.1527;RBI=0.00647057;REFB=-0.00911219;REVB=-0.00642108;RO=43;SAF=31;SAR=40;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963808;STB=0.552149;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00552023;OID=.;OPOS=20920250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:43:43:71:71:0.622807:40:31:13:30:40:31:13:30 chr14 20924204 . A G 333.94 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0007167;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.512;QD=12.8439;RBI=0.0111246;REFB=0.00592034;REVB=-0.0111015;RO=64;SAF=20;SAR=20;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845526;STB=0.548053;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0104778;OID=.;OPOS=20924204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:64:64:40:40:0.384615:20:20:37:27:20:20:37:27 chr14 20925154 . T G 337.34 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0214279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.382;QD=34.5989;RBI=0.021441;REFB=-0.0170827;REVB=0.000747209;RO=11;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107756;STB=0.558781;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00722756;OID=.;OPOS=20925154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:11:11:28:28:0.717949:16:12:7:4:16:12:7:4 chr14 20940606 . G A 1043.74 PASS AF=0.629371;AO=90;DP=143;FAO=90;FDP=143;FR=.;FRO=53;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00122774;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.104;QD=29.1954;RBI=0.0461091;REFB=0.00766572;REVB=-0.0460927;RO=53;SAF=44;SAR=46;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786788;STB=0.542511;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00655032;OID=.;OPOS=20940606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:53:53:90:90:0.629371:46:44:32:21:46:44:32:21 chr14 20940626 . C T 1088.95 PASS AF=0.60241;AO=100;DP=166;FAO=100;FDP=166;FR=.;FRO=66;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0110829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.616;QD=26.2398;RBI=0.0121555;REFB=0.00628958;REVB=-0.00499244;RO=66;SAF=45;SAR=55;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070205;STB=0.538036;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00360002;OID=.;OPOS=20940626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:66:66:100:100:0.60241:55:45:36:30:55:45:36:30 chr14 20948314 . C G 139.52 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0777918;FXX=0.0605877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8982;QD=18.0023;RBI=0.0978402;REFB=0.0046234;REVB=0.0593392;RO=16;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178367;STB=0.510191;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.000586397;OID=.;OPOS=20948314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:16:16:15:15:0.483871:12:3:3:13:12:3:3:13 chr14 20978834 . G A 260.32 PASS AF=0.359551;AO=28;DP=86;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.00461191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.687;QD=11.6998;RBI=0.0163345;REFB=-0.0188296;REVB=-0.01567;RO=57;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301454;STB=0.568899;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0242321;OID=.;OPOS=20978834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:57:57:28:32:0.359551:18:10:19:38:18:14:19:38 chr14 21024619 . A G 318.81 PASS AF=0.283019;AO=45;DP=159;FAO=45;FDP=159;FR=.;FRO=114;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=0.0108846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5104;QD=8.02047;RBI=0.0308757;REFB=-0.00848183;REVB=-0.0288935;RO=112;SAF=32;SAR=13;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326233;STB=0.697928;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0141004;OID=.;OPOS=21024619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:112:114:45:45:0.283019:13:32:50:62:13:32:50:64 chr14 21024786 . A G 567.35 PASS AF=0.368132;AO=67;DP=183;FAO=67;FDP=182;FR=.;FRO=115;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=-0.00611179;FXX=0.00546418;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.155;QD=12.4691;RBI=0.00688901;REFB=-0.00590946;REVB=-0.00317875;RO=115;SAF=31;SAR=36;SRF=47;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607974;STB=0.534473;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0103257;OID=.;OPOS=21024786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:115:115:67:67:0.368132:36:31:47:68:36:31:47:68 chr14 21058902 . G A 1663.0 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1859;QD=59.928;RBI=0.0229145;REFB=0;REVB=0.0163518;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079815;OID=.;OPOS=21058902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:60:50:0:0:61:50:0:0 chr14 21081996 . C T 2694.51 PASS AF=0.957672;AO=178;DP=188;FAO=181;FDP=189;FR=.;FRO=8;FSAF=97;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0176938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.77;QD=57.0267;RBI=0.066654;REFB=-0.156349;REVB=0.0642627;RO=8;SAF=96;SAR=82;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339885;STB=0.522725;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00208836;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:188:189:8:8:178:181:0.957672:82:96:1:7:84:97:0:8 chr14 21099400 . G A 944.5 PASS AF=0.585526;AO=89;DP=153;FAO=89;FDP=152;FR=.;FRO=63;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.00261457;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.073;QD=24.8552;RBI=0.0143823;REFB=-0.024282;REVB=-0.0141427;RO=64;SAF=42;SAR=47;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874242;STB=0.551301;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0175486;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:64:63:89:89:0.585526:47:42:23:41:47:42:22:41 chr14 21101155 . C T 475.74 PASS AF=0.490196;AO=49;DP=101;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00711113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.414;QD=18.6565;RBI=0.0165221;REFB=-0.0199939;REVB=0.0149134;RO=52;SAF=24;SAR=25;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262374;STB=0.50943;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0190472;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:52:52:49:50:0.490196:25:24:24:28:26:24:24:28 chr14 21109141 . C T 1387.01 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301255;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9519;QD=63.046;RBI=0.048384;REFB=0;REVB=0.0378612;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295801;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr14 21109170 . T A 1694.48 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5958;QD=60.5171;RBI=0.062192;REFB=0;REVB=-0.0251126;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027578;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:61:51:0:0:61:51:0:0 chr14 21109671 . A G 333.97 PASS AF=0.383178;AO=37;DP=103;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.00528858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.266;QD=12.4848;RBI=0.0100302;REFB=-0.00554925;REVB=-0.00852263;RO=60;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469451;STB=0.539286;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00743327;OID=.;OPOS=21109671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:60:66:37:41:0.383178:20:17:25:35:21:20:28:38 chr14 21109726 . G A 288.6 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0441999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.808;QD=11.5439;RBI=0.0503397;REFB=-0.0169861;REVB=-0.0240925;RO=65;SAF=14;SAR=20;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751272;STB=0.538899;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0256901;OID=.;OPOS=21109726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:65:66:34:34:0.34:20:14:31:34:20:14:31:35 chr14 21128133 . T C 1684.71 PASS AF=0.607143;AO=152;DP=252;FAO=153;FDP=252;FR=.;FRO=99;FSAF=92;FSAR=61;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.0498231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5611;QD=26.7415;RBI=0.0529518;REFB=0.0116879;REVB=-0.0179318;RO=97;SAF=92;SAR=60;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892197;STB=0.550775;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0106966;OID=.;OPOS=21128133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:97:99:152:153:0.607143:60:92:47:50:61:92:47:52 chr14 21149930 . T C 878.06 PASS AF=0.632;AO=78;DP=127;FAO=79;FDP=125;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00179884;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.726;QD=28.0979;RBI=0.00250024;REFB=0.000944181;REVB=0.00173648;RO=48;SAF=27;SAR=51;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114668;STB=0.548375;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.000384325;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:48:46:78:79:0.632:51:27:24:24:51:28:22:24 chr14 21151483 . T G 3134.04 PASS AF=0.578529;AO=288;DP=501;FAO=291;FDP=503;FR=.;FRO=212;FSAF=133;FSAR=158;FSRF=90;FSRR=122;FWDB=0.0378331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7266;QD=24.9227;RBI=0.0378851;REFB=-0.0352378;REVB=-0.00198277;RO=212;SAF=130;SAR=158;SRF=90;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021309;STB=0.513838;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0216446;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:501:503:212:212:288:291:0.578529:158:130:90:122:158:133:90:122 chr14 21152167 . G C 802.19 PASS AF=0.531469;AO=76;DP=143;FAO=76;FDP=143;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=0.013467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.006;QD=22.4388;RBI=0.0285074;REFB=0.00703796;REVB=0.0251259;RO=66;SAF=29;SAR=47;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162015;STB=0.511661;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00549896;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:66:67:76:76:0.531469:47:29:24:42:47:29:24:43 chr14 21152259 . T C 826.16 PASS AF=0.543624;AO=66;DP=151;FAO=81;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=48;FWDB=-0.0110625;FXX=0.0132442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.889;QD=22.1788;RBI=0.0340575;REFB=-0.0053568;REVB=-0.0322108;RO=43;SAF=30;SAR=36;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263712;STB=0.564571;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00315382;OID=.;OPOS=21152259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:43:67:66:81:0.543624:36:30:18:25:47:34:19:48 chr14 21167576 . A T 544.61 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0164718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8443;QD=22.9309;RBI=0.0813029;REFB=-0.0178158;REVB=-0.0796169;RO=40;SAF=33;SAR=18;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258861;STB=0.632448;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0224028;OID=.;OPOS=21167576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:40:44:51:51:0.536842:18:33:13:27:18:33:16:28 chr14 21168055 . T C 1114.07 PASS AF=0.588571;AO=99;DP=173;FAO=103;FDP=175;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.0047021;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.28;QD=25.4645;RBI=0.0189328;REFB=0.00241891;REVB=0.0183396;RO=71;SAF=38;SAR=61;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311881;STB=0.515529;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00119366;OID=.;OPOS=21168055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:71:72:99:103:0.588571:61:38:30:41:61:42:32:40 chr14 21168084 . C T 1733.26 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.055228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3819;QD=59.7676;RBI=0.0585172;REFB=-0.0293772;REVB=0.0193426;RO=1;SAF=42;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655013;STB=0.503401;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00338625;OID=.;OPOS=21168084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:114:115:0.991379:72:42:0:1:73:42:0:1 chr14 21215997 . C T 1542.06 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115138;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.053;QD=59.8858;RBI=0.0117569;REFB=0;REVB=0.00237873;RO=0;SAF=72;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18802e-05;OID=.;OPOS=21215997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:31:72:0:0:31:72:0:0 chr14 21216423 . A C 800.53 PASS AF=0.551471;AO=75;DP=138;FAO=75;FDP=136;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0154372;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.283;QD=23.545;RBI=0.0174653;REFB=-0.0209545;REVB=-0.00816885;RO=61;SAF=37;SAR=38;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525288;STB=0.528701;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0155616;OID=.;OPOS=21216423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:61:61:75:75:0.551471:38:37:34:27:38:37:34:27 chr14 21216499 . C T 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0422444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.471;QD=17.247;RBI=0.0462881;REFB=-0.00121056;REVB=-0.0189208;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891061;STB=0.550849;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00169876;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:13:14:9:12:13:14 chr14 21238318 . G A 152.85 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.00924167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.075;QD=10.3628;RBI=0.0328497;REFB=-0.0225285;REVB=-0.0315229;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100932;STB=0.565155;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0184209;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:39:20:20:0.338983:12:8:12:26:12:8:12:27 chr14 21238322 . C G 435.91 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.000233499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.356;QD=26.8254;RBI=0.0444421;REFB=-0.03072;REVB=0.0444415;RO=24;SAF=14;SAR=27;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553976;STB=0.530263;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00831035;OID=.;OPOS=21238322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:27:14:10:14:27:14:10:14 chr14 21238871 . A G 610.73 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00827126;FXX=0.0183469;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9161;QD=22.8311;RBI=0.0264565;REFB=-0.00645787;REVB=-0.0251303;RO=46;SAF=26;SAR=34;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121894;STB=0.56205;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00636633;OID=.;OPOS=21238871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:47:60:60:0.560748:34:26:27:19:34:26:27:20 chr14 21238926 . T C 470.99 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0292182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3871;QD=17.2839;RBI=0.0298832;REFB=-0.0217607;REVB=0.00626927;RO=57;SAF=25;SAR=26;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841683;STB=0.550986;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0119104;OID=.;OPOS=21238926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:58:51:51:0.46789:26:25:33:24:26:25:34:24 chr14 21238946 . A G 443.77 PASS AF=0.47;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00637455;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.617;QD=17.7509;RBI=0.0177084;REFB=-0.0128689;REVB=0.0165212;RO=52;SAF=25;SAR=22;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244779;STB=0.508123;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0149566;OID=.;OPOS=21238946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:52:53:47:47:0.47:22:25:29:23:22:25:29:24 chr14 21238979 . A T 469.16 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00252059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.36;QD=17.0602;RBI=0.0103193;REFB=6.90519e-05;REVB=-0.0100067;RO=59;SAF=28;SAR=23;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100294;STB=0.505583;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-9.4627e-05;OID=.;OPOS=21238979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:59:51:51:0.463636:23:28:33:26:23:28:33:26 chr14 21239104 . G C 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0100032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.253;QD=25.2762;RBI=0.0271746;REFB=-0.0159146;REVB=0.0252664;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113182;STB=0.563073;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0112541;OID=.;OPOS=21239104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:11:8:7:5:11:8:7:5 chr14 21250124 . G A 274.2 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.01241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.365;QD=24.9272;RBI=0.0128523;REFB=-0.00991139;REVB=0.00334263;RO=19;SAF=6;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172229;STB=0.59633;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0102569;OID=.;OPOS=21250124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:19:6:8:11:19:6:8:11 chr14 21250365 . AT AC,TC 1872.91 PASS AF=0.951724,0;AO=129,10;DP=147;FAO=138,0;FDP=145;FR=.;FRO=7;FSAF=88,0;FSAR=50,0;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0136011,0.0132579;FXX=0.0136045;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=77.3492,60.1952;QD=51.6665;RBI=0.0823097,0.0240014;REFB=-0.226617,-0.196439;REVB=0.0811782,0.0200073;RO=0;SAF=88,0;SAR=41,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.532705,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00799531,0;OID=.,.;OPOS=21250366,21250365;OREF=T,AT;OALT=C,TC;OMAPALT=AC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:147:145:0:7:129,10:138,0:0.951724,0:41,10:88,0:0:0:50,0:88,0:0:7 chr14 21360216 . C G 197.43 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00313931;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.887;QD=10.3912;RBI=0.0296043;REFB=-0.01406;REVB=0.0294374;RO=48;SAF=16;SAR=9;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115558;STB=0.589948;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0182493;OID=.;OPOS=21360216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:48:51:25:25:0.328947:9:16:26:22:9:16:26:25 chr14 21360344 . G C 632.38 PASS AF=0.647059;AO=55;DP=85;FAO=55;FDP=85;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0209637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0247;QD=29.7589;RBI=0.0413542;REFB=-0.0146207;REVB=-0.0356468;RO=30;SAF=30;SAR=25;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945416;STB=0.551263;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0104157;OID=.;OPOS=21360344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:30:30:55:55:0.647059:25:30:12:18:25:30:12:18 chr14 21387994 . A G 457.2 PASS AF=0.302439;AO=61;DP=198;FAO=62;FDP=205;FR=.;FRO=143;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=67;FSRR=76;FWDB=-0.00294569;FXX=0.00966137;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.644;QD=8.92105;RBI=0.0215663;REFB=-0.00345653;REVB=0.0213641;RO=136;SAF=24;SAR=37;SRF=66;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111184;STB=0.558263;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0106832;OID=.;OPOS=21387994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:205:136:143:61:62:0.302439:37:24:66:70:38:24:67:76 chr14 21388266 . G C 535.86 PASS AF=0.5;AO=55;DP=111;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0115238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.851;QD=19.138;RBI=0.0254752;REFB=-0.0180606;REVB=-0.0227197;RO=56;SAF=20;SAR=35;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456886;STB=0.528678;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0202343;OID=.;OPOS=21388266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:56:56:55:56:0.5:35:20:23:33:36:20:23:33 chr14 21458320 . CCCCG C 635.53 PASS AF=0.337731;AO=114;DP=390;FAO=128;FDP=379;FR=.;FRO=251;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=138;FSRR=113;FWDB=0.0313293;FXX=0.0231953;HRUN=5;LEN=4;MLLD=265.46;QD=6.70743;RBI=0.0337564;REFB=-0.00480859;REVB=-0.0125686;RO=246;SAF=50;SAR=64;SRF=131;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111481;STB=0.548382;STBP=0.175;TYPE=del;VARB=0.0091068;OID=.;OPOS=21458321;OREF=CCCG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337731:114:390:128:379:251:61:67:138:113:99:246:50:64:131:115 chr14 21467913 . T G 510.58 PASS AF=0.385135;AO=57;DP=149;FAO=57;FDP=148;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.00657991;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.265;QD=13.7994;RBI=0.018344;REFB=-0.00588616;REVB=0.0171233;RO=91;SAF=25;SAR=32;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372049;STB=0.521065;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00893976;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:91:91:57:57:0.385135:32:25:43:48:32:25:43:48 chr14 21469151 . T C 302.18 PASS AF=0.450704;AO=29;DP=72;FAO=32;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00219888;FXX=0.013887;HRUN=6;LEN=1;MLLD=224.697;QD=17.0243;RBI=0.0218438;REFB=-0.0318609;REVB=-0.0217328;RO=18;SAF=8;SAR=21;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00166624;STB=0.534391;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0295169;OID=.;OPOS=21469151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:18:38:29:32:0.450704:21:8:5:13:22:10:14:24 chr14 21486137 . G C 2303.13 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2818;QD=61.0101;RBI=0.0193247;REFB=0;REVB=-0.0190941;RO=0;SAF=60;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42305e-05;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:151:0:0:147:151:1:87:60:0:0:87:64:0:0 chr14 21500121 . G T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.016;QD=59.3227;RBI=0.0306309;REFB=0;REVB=0.0304579;RO=0;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44585e-05;OID=.;OPOS=21500121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:21:47:0:0:21:47:0:0 chr14 21511458 . G C 578.89 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0606038;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.3935;QD=53.8499;RBI=0.0729574;REFB=-0.188739;REVB=0.0406198;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683707;STB=0.520823;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0188882;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:40:41:0.953488:17:23:1:1:18:23:2:0 chr14 21511497 . C T 940.97 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025947;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.181;QD=58.8106;RBI=0.028302;REFB=0;REVB=-0.0113029;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134046;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr14 21542753 . G A 1499.87 PASS AF=0.639423;AO=133;DP=209;FAO=133;FDP=208;FR=.;FRO=75;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00645752;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.377;QD=28.8437;RBI=0.0179804;REFB=-0.0188657;REVB=0.0167808;RO=74;SAF=71;SAR=62;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135002;STB=0.509489;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0106615;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:74:75:133:133:0.639423:62:71:41:33:62:71:42:33 chr14 21546354 . C T 544.37 PASS AF=0.513761;AO=55;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0139021;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.218;QD=19.977;RBI=0.0144448;REFB=-0.0182042;REVB=0.00392235;RO=53;SAF=28;SAR=27;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338929;STB=0.522928;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0278111;OID=.;OPOS=21546354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:55:56:0.513761:27:28:29:24:28:28:29:24 chr14 21549893 . G C 277.92 PASS AF=0.281481;AO=38;DP=137;FAO=38;FDP=135;FR=.;FRO=97;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=-0.0191806;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.796;QD=8.23456;RBI=0.0205552;REFB=-0.012393;REVB=0.00739061;RO=98;SAF=19;SAR=19;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112077;STB=0.56293;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0251506;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:98:97:38:38:0.281481:19:19:58:40:19:19:57:40 chr14 21550473 . G GC 36.65 PASS AF=0.0599078;AO=68;DP=447;FAO=26;FDP=434;FR=.;FRO=408;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=174;FSRR=234;FWDB=-0.0128531;FXX=0.0203156;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.4886;QD=0.337812;RBI=0.0550302;REFB=-0.00525307;REVB=-0.0535081;RO=373;SAF=36;SAR=32;SRF=155;SRR=218;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147113;STB=0.533308;STBP=0.725;TYPE=ins;VARB=0.180927;OID=.;OPOS=21550474;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0599078:68:447:26:434:408:12:14:174:234:36:373:36:32:155:218 chr14 21551058 . G A 304.37 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0187851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.224;QD=11.9359;RBI=0.026318;REFB=0.000175513;REVB=-0.0184324;RO=64;SAF=12;SAR=25;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134468;STB=0.573354;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000253561;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:65:37:37:0.362745:25:12:28:36:25:12:28:37 chr14 21551069 . T C 1453.41 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.852;QD=63.1917;RBI=0.026666;REFB=0;REVB=-0.0123677;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86045e-05;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:56:36:0:0:56:36:0:0 chr14 21553006 . A AT 37.47 PASS AF=0.123967;AO=17;DP=126;FAO=15;FDP=121;FR=.;FRO=106;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=67;FWDB=-0.0139917;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=49.7865;QD=1.23852;RBI=0.0158485;REFB=-0.0209496;REVB=-0.00744358;RO=108;SAF=16;SAR=1;SRF=41;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666071;STB=0.946734;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.181838;OID=.;OPOS=21553007;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.123967:17:126:15:121:106:14:1:39:67:37:108:16:1:41:67 chr14 21556963 . A AT,T 1078.78 PASS AF=0.9875,0.0125;AO=72,5;DP=80;FAO=79,1;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047526,0.0300619;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=22.0255,9.10533;QD=53.9392;RBI=0.140825,0.0502204;REFB=0,0;REVB=0.132563,0.040229;RO=2;SAF=33,1;SAR=39,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0236348,0.171367;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00143683,-0.0765928;OID=.,.;OPOS=21556964,21556963;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:2:0:72,5:79,1:0.9875,0.0125:39,4:33,1:0:2:45,0:34,1:0:0 chr14 21560706 . C G 263.54 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00416895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1628;QD=26.3541;RBI=0.0267793;REFB=-0.0071565;REVB=0.0264528;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00449812;OID=.;OPOS=21560706;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:15:9:6:10:15:9:6:10 chr14 21562560 . T C 439.59 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=110;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.000463455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9188;QD=15.841;RBI=0.00681335;REFB=-0.0102453;REVB=-0.00679757;RO=60;SAF=24;SAR=24;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166068;STB=0.604355;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0110349;OID=.;OPOS=21562560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:60:62:48:49:0.441441:24:24:20:40:24:25:20:42 chr14 21570273 . T C 1716.24 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617129;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.354;QD=60.752;RBI=0.063948;REFB=0;REVB=0.0167589;RO=0;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79992e-05;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:68:45:0:0:68:45:0:0 chr14 21570614 . A C 2279.71 PASS AF=1;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494436;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.576;QD=61.2003;RBI=0.0154276;REFB=0;REVB=0.0146138;RO=0;SAF=54;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95124e-05;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:149:0:0:149:149:1:95:54:0:0:95:54:0:0 chr14 21623290 . T C 2330.75 PASS AF=1;AO=151;DP=155;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135673;FXX=0.0316436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.996;QD=60.9346;RBI=0.0446376;REFB=0;REVB=0.0425258;RO=0;SAF=62;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117719;OID=.;OPOS=21623290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:153:0:0:151:153:1:89:62:0:0:91:62:0:0 chr14 21623489 . C T 221.91 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.00629921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.471;QD=13.2483;RBI=0.00636999;REFB=-0.000113826;REVB=-0.000946989;RO=40;SAF=6;SAR=20;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963077;STB=0.530703;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.000809705;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:40:26:27:0.402985:20:6:12:28:20:7:12:28 chr14 21623648 . G A 132.4 PASS AF=0.608696;AO=12;DP=25;FAO=14;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0118622;FXX=0.0416493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.37;QD=23.0252;RBI=0.022579;REFB=-0.00322393;REVB=-0.0192119;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12387;STB=0.633961;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00411962;OID=.;OPOS=21623648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:25:23:8:9:12:14:0.608696:7:5:2:6:6:8:2:7 chr14 21623836 . G A 713.6 PASS AF=0.514706;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.0364663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6401;QD=20.9883;RBI=0.0629286;REFB=-0.0485184;REVB=-0.0512857;RO=61;SAF=32;SAR=38;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976249;STB=0.553595;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0445316;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:136:61:66:70:70:0.514706:38:32:21:40:38:32:23:43 chr14 21770681 . A G 2300.93 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192916;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.028;QD=60.9518;RBI=0.0204386;REFB=0;REVB=0.0067507;RO=0;SAF=73;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51476e-05;OID=.;OPOS=21770681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:150:151:1:77:73:0:0:77:74:0:0 chr14 21785790 . G A 940.57 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0421428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0474;QD=57.004;RBI=0.105832;REFB=-0.0828007;REVB=-0.0970791;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000197868;OID=.;OPOS=21785790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:0:1:37:28:0:1 chr14 21829129 . C G 2300.15 PASS AF=0.987179;AO=152;DP=155;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00058532;FXX=0.00636902;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.909;QD=58.9781;RBI=0.0129808;REFB=-0.0679716;REVB=0.0129676;RO=2;SAF=80;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117423;STB=0.506172;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00066527;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:156:2:2:152:154:0.987179:72:80:2:0:74:80:2:0 chr14 21831052 . T C 1320.91 PASS AF=0.967033;AO=87;DP=92;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00355253;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.049;QD=58.0618;RBI=0.130441;REFB=-0.0678323;REVB=0.130392;RO=2;SAF=48;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222504;STB=0.507041;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0010847;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:92:91:2:3:87:88:0.967033:39:48:1:1:40:48:1:2 chr14 21871653 . C T 1627.37 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136116;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7872;QD=60.2729;RBI=0.0158887;REFB=0;REVB=-0.00819598;RO=0;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257244;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:46:62:0:0:46:62:0:0 chr14 21899631 . C T 2668.3 PASS AF=0.983051;AO=174;DP=177;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0365689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.772;QD=60.3005;RBI=0.036757;REFB=-0.189746;REVB=0.00371386;RO=3;SAF=91;SAR=83;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168906;STB=0.508875;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000739165;OID=.;OPOS=21899631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:177:177:3:3:174:174:0.983051:83:91:0:3:83:91:0:3 chr14 21960816 . T C 1328.06 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027946;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.62;QD=61.0602;RBI=0.0314971;REFB=-0.0335145;REVB=-0.0145289;RO=1;SAF=29;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160551;STB=0.508473;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000312769;OID=.;OPOS=21960816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:1:1:86:86:0.988506:57:29:1:0:57:29:1:0 chr14 21960969 . G A 1230.1 PASS AF=0.788618;AO=88;DP=123;FAO=97;FDP=123;FR=.;FRO=26;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0442896;FXX=0.0238076;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.924;QD=40.0033;RBI=0.0469296;REFB=0.0227415;REVB=-0.0155183;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.550408;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00129418;OID=.;OPOS=21960969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:0:26:88:97:0.788618:39:49:0:0:44:53:8:18 chr14 21993498 . G A 522.76 PASS AF=0.607595;AO=47;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0212719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0398;QD=26.4689;RBI=0.0896338;REFB=-0.0114281;REVB=0.0870731;RO=32;SAF=26;SAR=21;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102035;STB=0.567105;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00908903;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:31:47:48:0.607595:21:26:22:10:22:26:22:9 chr14 22038450 . G A 451.74 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0587915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.363;QD=24.7527;RBI=0.0654914;REFB=-0.0304816;REVB=0.0288562;RO=30;SAF=11;SAR=32;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424492;STB=0.523292;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0248562;OID=.;OPOS=22038450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:32:11:9:21:32:11:9:21 chr14 22038659 . T C 211.99 PASS AF=0.45098;AO=18;DP=46;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00475437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.906;QD=16.6268;RBI=0.0195841;REFB=-0.0298521;REVB=0.0189982;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585465;STB=0.560922;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0406308;OID=.;OPOS=22038659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:51:28:28:18:23:0.45098:10:8:14:14:14:9:14:14 chr14 22090594 . C G 1307.0 PASS AF=0.387013;AO=149;DP=386;FAO=149;FDP=385;FR=.;FRO=236;FSAF=63;FSAR=86;FSRF=121;FSRR=115;FWDB=-0.0165959;FXX=0.00259061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.314;QD=13.5793;RBI=0.017027;REFB=-0.00872037;REVB=0.00380728;RO=234;SAF=63;SAR=86;SRF=120;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986095;STB=0.555474;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0159228;OID=.;OPOS=22090594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:385:234:236:149:149:0.387013:86:63:120:114:86:63:121:115 chr14 22102592 . T C 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0016206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.929;QD=4.99981;RBI=0.0106686;REFB=-0.000442629;REVB=-0.0105448;RO=38;SAF=1;SAR=8;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362416;STB=0.752932;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00133891;OID=.;OPOS=22102592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:8:1:12:26:8:1:12:26 chr14 22102612 . T C 119.41 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0224034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7071;QD=8.84546;RBI=0.0630599;REFB=0.0170538;REVB=0.058946;RO=37;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999804;STB=0.545399;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00945401;OID=.;OPOS=22102612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:38:16:16:0.296296:10:6:11:26:10:6:12:26 chr14 22102745 . C A 541.6 PASS AF=0.676056;AO=48;DP=71;FAO=48;FDP=71;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00837861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.251;QD=30.5125;RBI=0.0217066;REFB=-0.0140245;REVB=-0.0200244;RO=22;SAF=22;SAR=26;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109744;STB=0.550635;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0068044;OID=.;OPOS=22102745;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:22:23:48:48:0.676056:26:22:6:16:26:22:7:16 chr14 22111660 . C T 1370.35 PASS AF=0.566372;AO=128;DP=226;FAO=128;FDP=226;FR=.;FRO=98;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=0.0227048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.033;QD=24.2539;RBI=0.0232978;REFB=-0.00213045;REVB=0.00522318;RO=96;SAF=68;SAR=60;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024719;STB=0.50915;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00163415;OID=.;OPOS=22111660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:96:98:128:128:0.566372:60:68:48:48:60:68:50:48 chr14 22133374 . GT G 90.76 PASS AF=0.527778;AO=17;DP=40;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0165706;FXX=0.099975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2947;QD=10.084;RBI=0.121111;REFB=-0.130589;REVB=-0.119972;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192319;STB=0.596618;STBP=0.354;TYPE=del;VARB=0.102223;OID=.;OPOS=22133375;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527778:17:40:19:36:17:5:14:2:15:62:16:5:12:2:14 chr14 22133416 . A G 453.87 PASS AF=0.564103;AO=40;DP=75;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=31;FWDB=0.0237894;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.977;QD=23.2751;RBI=0.0241086;REFB=-0.0117093;REVB=0.00391019;RO=34;SAF=8;SAR=32;SRF=3;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162722;STB=0.5952;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0094914;OID=.;OPOS=22133416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:34:34:40:44:0.564103:32:8:3:31:34:10:3:31 chr14 22133648 . G A 1484.83 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0356754;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4821;QD=62.5193;RBI=0.0520036;REFB=-0.145311;REVB=0.037837;RO=1;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117059;STB=0.506171;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00250809;OID=.;OPOS=22133648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:95:1:1:94:94:0.989474:40:54:0:1:40:54:0:1 chr14 22133997 . A G 2664.76 PASS AF=1;AO=162;DP=166;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.687;QD=60.2206;RBI=0.0469706;REFB=0;REVB=-0.0275042;RO=0;SAF=94;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403107;OID=.;OPOS=22133997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:166:177:0:0:162:177:1:68:94:0:0:74:103:0:0 chr14 22236756 . G C 1806.48 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.043848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6872;QD=60.2159;RBI=0.0927584;REFB=-0.0953483;REVB=0.0817403;RO=1;SAF=70;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959467;STB=0.50505;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00162365;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:49:70:0:1:49:70:0:1 chr14 22237070 . C T 2197.76 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00866588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.531;QD=63.245;RBI=0.0104622;REFB=0;REVB=0.00586169;RO=0;SAF=61;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58707e-06;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:78:61:0:0:78:61:0:0 chr14 22237127 . C T 1557.34 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00255977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.114;QD=57.6792;RBI=0.015751;REFB=-0.057095;REVB=0.0155416;RO=2;SAF=43;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00331524;STB=0.501618;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000185382;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:2:2:105:106:0.981481:62:43:1:1:62:44:1:1 chr14 22294079 . T G 710.06 PASS AF=0.534884;AO=68;DP=129;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00571418;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.444;QD=22.0173;RBI=0.0058104;REFB=-0.000503144;REVB=0.00105304;RO=60;SAF=25;SAR=43;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18712;STB=0.60478;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000536042;OID=.;OPOS=22294079;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:60:60:68:69:0.534884:43:25:35:25:44:25:35:25 chr14 22309847 . T C 301.25 PASS AF=0.327731;AO=39;DP=118;FAO=39;FDP=119;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=53;FWDB=0.00196664;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.39;QD=10.1261;RBI=0.0136901;REFB=-0.00268949;REVB=-0.0135481;RO=79;SAF=21;SAR=18;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225631;STB=0.633056;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00487972;OID=.;OPOS=22309847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:79:80:39:39:0.327731:18:21:27:52:18:21:27:53 chr14 22309948 . T C 308.22 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0291854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.549;QD=15.8061;RBI=0.0401244;REFB=-0.00932144;REVB=0.0275351;RO=44;SAF=23;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937998;STB=0.553036;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.012607;OID=.;OPOS=22309948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:11:23:26:18:11:23:26:18 chr14 22314985 . T C 2985.74 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208233;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.473;QD=63.5264;RBI=0.0211351;REFB=0;REVB=0.00361703;RO=0;SAF=103;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32387e-05;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:188:0:0:186:188:1:83:103:0:0:83:105:0:0 chr14 22315212 . A G 2780.27 PASS AF=1;AO=168;DP=170;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225918;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.205;QD=62.478;RBI=0.0328028;REFB=0;REVB=0.0237831;RO=0;SAF=87;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99687e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28513e-05;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:170:178:0:0:168:178:1:81:87:0:0:85:93:0:0 chr14 22337393 . G A 578.98 PASS AF=0.375691;AO=65;DP=178;FAO=68;FDP=181;FR=.;FRO=113;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=70;FWDB=0.0764458;FXX=0.0109284;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6788;QD=12.7952;RBI=0.107905;REFB=-0.00562463;REVB=-0.0761554;RO=113;SAF=23;SAR=42;SRF=44;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427067;STB=0.508608;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0112478;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:181:113:113:65:68:0.375691:42:23:44:69:43:25:43:70 chr14 22356491 . G T 421.55 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0391333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0847;QD=14.922;RBI=0.048957;REFB=0.0093619;REVB=0.0294172;RO=63;SAF=21;SAR=27;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556144;STB=0.540584;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0151213;OID=.;OPOS=22356491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:65:48:48:0.424779:27:21:31:32:27:21:33:32 chr14 22356551 . T C 377.22 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00379225;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8786;QD=12.787;RBI=0.00790576;REFB=-0.00997541;REVB=0.00693685;RO=74;SAF=21;SAR=24;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227865;STB=0.509087;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0169503;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:74:73:45:45:0.381356:24:21:33:41:24:21:33:40 chr14 22362971 . A G 742.26 PASS AF=0.375;AO=87;DP=233;FAO=87;FDP=232;FR=.;FRO=145;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=64;FSRR=81;FWDB=0.012915;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3765;QD=12.7975;RBI=0.0510602;REFB=-0.0171836;REVB=-0.0493999;RO=145;SAF=37;SAR=50;SRF=64;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181358;STB=0.510253;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0284096;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:145:145:87:87:0.375:50:37:64:81:50:37:64:81 chr14 22386449 . C T 610.77 PASS AF=0.302583;AO=80;DP=270;FAO=82;FDP=271;FR=.;FRO=189;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=59;FSRR=130;FWDB=-0.00577961;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.525;QD=9.01503;RBI=0.0132524;REFB=-0.00061962;REVB=0.0119257;RO=183;SAF=25;SAR=55;SRF=58;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00618082;STB=0.503959;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00147067;OID=.;OPOS=22386449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:183:189:80:82:0.302583:55:25:58:125:56:26:59:130 chr14 22392304 . G A 223.77 PASS AF=0.239726;AO=32;DP=142;FAO=35;FDP=146;FR=.;FRO=111;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=0.00438865;FXX=0.0135126;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7432;QD=6.13058;RBI=0.0396824;REFB=0.00359795;REVB=-0.039439;RO=110;SAF=18;SAR=14;SRF=53;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101858;STB=0.54962;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0236266;OID=.;OPOS=22392304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:146:110:111:32:35:0.239726:14:18:53:57:16:19:53:58 chr14 22392366 . C T 344.4 PASS AF=0.306667;AO=45;DP=151;FAO=46;FDP=150;FR=.;FRO=104;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=0.00925222;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.414;QD=9.18403;RBI=0.0121465;REFB=-0.00181084;REVB=-0.00786978;RO=103;SAF=26;SAR=19;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296045;STB=0.505298;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00351302;OID=.;OPOS=22392366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:103:104:45:46:0.306667:19:26:57:46:20:26:58:46 chr14 22392626 . A C 419.78 PASS AF=0.385827;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0255733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6369;QD=13.2213;RBI=0.028863;REFB=0.00247998;REVB=0.013382;RO=77;SAF=23;SAR=26;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301949;STB=0.512757;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.004138;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:77:78:49:49:0.385827:26:23:34:43:26:23:35:43 chr14 22392703 . G C 307.88 PASS AF=0.348214;AO=39;DP=112;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.00200123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.847;QD=10.9956;RBI=0.00228727;REFB=-0.00893595;REVB=0.00110756;RO=73;SAF=23;SAR=16;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170928;STB=0.598307;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0153754;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:73:73:39:39:0.348214:16:23:32:41:16:23:32:41 chr14 22509188 . T C 2013.31 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0131702;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2828;QD=61.475;RBI=0.0246118;REFB=-0.0512645;REVB=-0.0207915;RO=1;SAF=30;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155753;STB=0.508195;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000124132;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:100:30:1:0:100:30:1:0 chr14 22521051 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.273;QD=60.2042;RBI=0.0269697;REFB=0;REVB=-0.0228414;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4338e-05;OID=.;OPOS=22521051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:43:30:0:0:43:30:0:0 chr14 22591988 . C A 579.82 PASS AF=0.576087;AO=51;DP=92;FAO=53;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0377034;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216.152;QD=25.2095;RBI=0.0412146;REFB=-0.0306129;REVB=-0.016646;RO=24;SAF=25;SAR=26;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104211;STB=0.520288;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.01833;OID=.;OPOS=22591988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:24:39:51:53:0.576087:26:25:16:8:27:26:21:18 chr14 22600490 . C T 282.32 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00864802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.85;QD=12.4097;RBI=0.0218062;REFB=-0.0057719;REVB=0.020018;RO=58;SAF=18;SAR=15;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695634;STB=0.539976;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00998536;OID=.;OPOS=22600490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:15:18:28:30:15:18:28:30 chr14 22616547 . A G 1349.12 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.446;QD=62.0284;RBI=0.0416706;REFB=0;REVB=0.0275431;RO=0;SAF=55;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135008;OID=.;OPOS=22616547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:31:55:0:0:31:56:0:0 chr14 22631678 . C T 1546.69 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.774;QD=63.7809;RBI=0.0535998;REFB=0;REVB=0.0528367;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28533e-05;OID=.;OPOS=22631678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:97:0:0:88:97:1:40:48:0:0:47:50:0:0 chr14 22636784 . A C 982.63 PASS AF=0.857143;AO=73;DP=85;FAO=72;FDP=84;FR=.;FRO=12;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.010361;FXX=0.0117633;HRUN=6;LEN=1;MLLD=214.252;QD=46.7919;RBI=0.0258916;REFB=-0.0154843;REVB=0.0237282;RO=10;SAF=41;SAR=32;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319978;STB=0.50402;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00018733;OID=.;OPOS=22636784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:85:84:10:12:73:72:0.857143:32:41:7:3:32:40:7:5 chr14 22636874 . C T 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.672;QD=62.6657;RBI=0.0395341;REFB=0;REVB=0.0386689;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292129;OID=.;OPOS=22636874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr14 22670458 . C T 2259.31 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0230156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2965;QD=62.7587;RBI=0.0826862;REFB=-0.0981631;REVB=0.0794185;RO=0;SAF=66;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14598e-08;STB=0.503225;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000579588;OID=.;OPOS=22670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:144:144:0:1:143:143:0.993056:77:66:0:0:77:66:0:1 chr14 22670975 . G A 868.1 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9112;QD=57.8733;RBI=0.080201;REFB=0;REVB=-0.0652987;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179763;OID=.;OPOS=22670975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr14 22690209 . A C 1235.56 PASS AF=0.965116;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0759625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8629;QD=57.4678;RBI=0.087202;REFB=-0.199473;REVB=-0.0428239;RO=3;SAF=49;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281116;STB=0.514848;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00704942;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:86:3:3:82:83:0.965116:33:49:3:0:34:49:3:0 chr14 22695084 . C T 961.64 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1124;QD=58.2811;RBI=0.051252;REFB=0;REVB=0.0507626;RO=2;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037724;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707271;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:2:0:62:66:1:24:38:0:2:27:39:0:0 chr14 22739862 . A T 539.37 PASS AF=0.439394;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=0.0255808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2703;QD=16.3446;RBI=0.0764221;REFB=-0.00725653;REVB=-0.0720136;RO=74;SAF=29;SAR=29;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122264;STB=0.568159;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0081863;OID=.;OPOS=22739862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:74:74:58:58:0.439394:29:29:28:46:29:29:28:46 chr14 22740245 . A G 455.2 PASS AF=0.367347;AO=54;DP=151;FAO=54;FDP=147;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=56;FSRR=37;FWDB=0.0165618;FXX=0.0264883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.463;QD=12.3865;RBI=0.0304917;REFB=-0.0146826;REVB=0.0256017;RO=90;SAF=29;SAR=25;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826577;STB=0.541662;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0294637;OID=.;OPOS=22740245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:147:90:93:54:54:0.367347:25:29:55:35:25:29:56:37 chr14 22740270 . G A 545.34 PASS AF=0.402516;AO=64;DP=159;FAO=64;FDP=159;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=0.0135401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.421;QD=13.7192;RBI=0.0146635;REFB=0.011412;REVB=-0.00562896;RO=94;SAF=36;SAR=28;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243844;STB=0.516434;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.014846;OID=.;OPOS=22740270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:94:95:64:64:0.402516:28:36:55:39:28:36:56:39 chr14 22887459 . CGGGG CGGG,CGGGA 464.5 PASS AF=0.568807,0.0366972;AO=56,4;DP=108;FAO=62,4;FDP=109;FR=.;FRO=43;FSAF=27,2;FSAR=35,2;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.106883,0.102561;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.5013,15.254;QD=17.0457;RBI=0.21243,0.166747;REFB=0.0219233,-0.0195608;REVB=0.183583,0.131476;RO=43;SAF=24,2;SAR=32,2;SRF=18;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0.492754,0;SSSB=0.00808385,0.0867543;STB=0.50704,0.574105;STBP=0.883,0.822;TYPE=del,snp;VARB=0.00101672,-0.0116317;OID=.,.;OPOS=22887460,22887463;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CGGG,CGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568807,0.0366972:56,4:108:62,4:109:43:27,2:35,2:18:25:99:43:24,2:32,2:18:25 chr14 22891883 . G C 337.9 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0772835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2157;QD=17.5532;RBI=0.0773679;REFB=-0.00825219;REVB=0.00361384;RO=41;SAF=14;SAR=22;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187362;STB=0.604862;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00889019;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:22:14:24:17:22:14:24:17 chr14 22942890 . G T 609.96 PASS AF=0.362319;AO=75;DP=207;FAO=75;FDP=207;FR=.;FRO=132;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=77;FWDB=-0.00210246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.352;QD=11.7867;RBI=0.0184869;REFB=-0.00094696;REVB=-0.018367;RO=132;SAF=31;SAR=44;SRF=55;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385363;STB=0.502189;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0018711;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:132:132:75:75:0.362319:44:31:55:77:44:31:55:77 chr14 22947903 . C T 395.78 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0333174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.906;QD=14.01;RBI=0.035148;REFB=-0.00241053;REVB=-0.0111954;RO=67;SAF=30;SAR=16;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203482;STB=0.615091;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00385325;OID=.;OPOS=22947903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:67:67:46:46:0.40708:16:30:31:36:16:30:31:36 chr14 22961854 . A G 934.27 PASS AF=0.614815;AO=83;DP=135;FAO=83;FDP=135;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00844754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5127;QD=27.6821;RBI=0.0494433;REFB=0.040671;REVB=-0.0487164;RO=52;SAF=32;SAR=51;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701258;STB=0.538025;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0329585;OID=.;OPOS=22961854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:52:52:83:83:0.614815:51:32:25:27:51:32:25:27 chr14 22964880 . A C 202.77 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0578011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6214;QD=10.0132;RBI=0.063493;REFB=-0.0239836;REVB=-0.0262752;RO=54;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632396;STB=0.542276;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0630187;OID=.;OPOS=22964880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:55:26:26:0.320988:14:12:22:32:14:12:22:33 chr14 22972742 . G A 1046.38 PASS AF=0.529101;AO=100;DP=189;FAO=100;FDP=189;FR=.;FRO=89;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.00993471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.231;QD=22.1456;RBI=0.0100159;REFB=-0.00431556;REVB=0.00127278;RO=88;SAF=45;SAR=55;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527415;STB=0.531592;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00484546;OID=.;OPOS=22972742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:88:89:100:100:0.529101:55:45:45:43:55:45:46:43 chr14 22972783 . AC A 1705.22 PASS AF=1;AO=136;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.3152;QD=46.7184;RBI=0.148631;REFB=0;REVB=-0.148613;RO=0;SAF=70;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00118705;OID=.;OPOS=22972784;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:136:145:146:146:0:75:71:0:0:32:0:70:66:0:0 chr14 22972815 . C T 654.27 PASS AF=0.52;AO=65;DP=125;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0196917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.674;QD=20.9368;RBI=0.0197618;REFB=-0.0181705;REVB=-0.00166252;RO=58;SAF=33;SAR=32;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037842;STB=0.52833;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0171296;OID=.;OPOS=22972815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:60:65:65:0.52:32:33:32:26:32:33:34:26 chr14 22975700 . T G 1094.24 PASS AF=0.519048;AO=109;DP=210;FAO=109;FDP=210;FR=.;FRO=101;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=0.00252599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.141;QD=20.8426;RBI=0.0230621;REFB=-0.00296917;REVB=-0.0229234;RO=101;SAF=65;SAR=44;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731225;STB=0.540062;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00288013;OID=.;OPOS=22975700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:101:101:109:109:0.519048:44:65:52:49:44:65:52:49 chr14 22978335 . C T 4516.19 PASS AF=1;AO=285;DP=286;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319193;FXX=0.0104163;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.706;QD=63.3852;RBI=0.0348538;REFB=0.00915872;REVB=0.0139981;RO=1;SAF=148;SAR=137;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346816;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44335e-05;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:286:285:1:0:285:285:1:137:148:0:1:137:148:0:0 chr14 22984586 . A C 2720.24 PASS AF=0.994444;AO=172;DP=174;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=109;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00100231;FXX=0.00552456;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.817;QD=60.4498;RBI=0.0155465;REFB=-0.0109257;REVB=0.0155142;RO=1;SAF=109;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749493;STB=0.503546;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=8.96246e-05;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:174:180:1:1:172:179:0.994444:63:109:0:1:70:109:0:1 chr14 22988972 . G C 2497.05 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168008;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.014;QD=61.6556;RBI=0.0184627;REFB=0;REVB=-0.00765552;RO=0;SAF=88;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40933e-06;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:74:88:0:0:74:88:0:0 chr14 22993278 . A AG 1175.12 PASS AF=1;AO=109;DP=124;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.6954;QD=39.1707;RBI=0.0852038;REFB=0;REVB=-0.0843544;RO=11;SAF=54;SAR=55;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000499142;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:109:124:120:120:0:60:60:0:0:21:11:54:55:9:2 chr14 22994636 . C T 1017.95 PASS AF=0.631206;AO=88;DP=142;FAO=89;FDP=141;FR=.;FRO=52;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.000962251;FXX=0.00704176;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.209;QD=28.8779;RBI=0.00282403;REFB=-0.0154402;REVB=0.00265504;RO=51;SAF=48;SAR=40;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774844;STB=0.535792;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00881259;OID=.;OPOS=22994636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:51:52:88:89:0.631206:40:48:22:29:41:48:23:29 chr14 22997524 . A G 3167.07 PASS AF=1;AO=196;DP=201;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000941373;FXX=0.00956892;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1636;QD=61.1995;RBI=0.00431578;REFB=0.0346426;REVB=-0.00421186;RO=3;SAF=100;SAR=96;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050788;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000472683;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:201:207:3:0:196:207:1:96:100:1:2:103:104:0:0 chr14 22998590 . AG A 1390.9 PASS AF=1;AO=112;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00667543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.4393;QD=47.962;RBI=0.0436371;REFB=0;REVB=0.0431235;RO=0;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00041289;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:112:116:116:116:0:67:49:0:0:25:0:64:48:0:0 chr14 22998619 . AC A 1155.89 PASS AF=1;AO=96;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.15962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.7537;QD=44.4573;RBI=0.160234;REFB=-0.0213325;REVB=0.0140192;RO=1;SAF=57;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000432344;OID=.;OPOS=22998620;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:104:104:104:0:62:42:0:0:19:1:57:39:1:0 chr14 23000062 . T C 1553.2 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1822;QD=62.7557;RBI=0.0217379;REFB=-0.0403321;REVB=0.00702313;RO=1;SAF=56;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839512;STB=0.504424;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000295771;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:42:56:1:0:42:56:1:0 chr14 23025932 . A T 5333.16 PASS AF=0.994269;AO=341;DP=345;FAO=347;FDP=349;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=259;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0479583;FXX=0.00852249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.425;QD=61.125;RBI=0.0481731;REFB=-0.0925689;REVB=-0.00454407;RO=2;SAF=84;SAR=257;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112214;STB=0.505618;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000201971;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:345:349:2:2:341:347:0.994269:257:84:2:0:259:88:2:0 chr14 23044002 . G T 322.98 PASS AF=0.559322;AO=34;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0122278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.361;QD=21.8969;RBI=0.0242741;REFB=0.00935266;REVB=-0.0209693;RO=25;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535391;STB=0.547916;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0061349;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:26:34:33:0.559322:14:20:13:12:13:20:13:13 chr14 23081223 . T C 1426.88 PASS AF=0.919643;AO=102;DP=110;FAO=103;FDP=112;FR=.;FRO=9;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0192976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4025;QD=50.9599;RBI=0.0466821;REFB=-0.0193702;REVB=0.0425068;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.529447;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0089412;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:110:112:0:9:102:103:0.919643:55:47:0:0:54:49:1:8 chr14 23102969 . G A 209.45 PASS AF=0.4375;AO=22;DP=50;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.072919;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4393;QD=17.4541;RBI=0.072922;REFB=-0.00542445;REVB=0.000659628;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702579;STB=0.502979;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00702595;OID=.;OPOS=23102969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:28:27:22:21:0.4375:11:11:12:16:11:10:13:14 chr14 23236524 . C T 2221.93 PASS AF=0.986207;AO=140;DP=143;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=102;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0167028;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.158;QD=61.2945;RBI=0.021042;REFB=-0.141166;REVB=0.0127976;RO=3;SAF=101;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013912;STB=0.504854;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.000188346;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:143:145:3:2:140:143:0.986207:39:101:3:0:41:102:2:0 chr14 23240328 . T A 3099.06 PASS AF=0.990244;AO=203;DP=206;FAO=203;FDP=205;FR=.;FRO=2;FSAF=109;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0470683;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7671;QD=60.4695;RBI=0.0523707;REFB=-0.0403634;REVB=0.0229624;RO=2;SAF=109;SAR=94;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100253;STB=0.505263;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000436859;OID=.;OPOS=23240328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:206:205:2:2:203:203:0.990244:94:109:0:2:94:109:0:2 chr14 23240713 . T C,TAGC 977.89 PASS AF=0,0.958904;AO=3,61;DP=76;FAO=0,70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=0,21;FSAR=0,49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0207309,0.0152275;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=75.625,239.824;QD=53.5827;RBI=0.0320285,0.0370248;REFB=-0.0659966,-0.0302809;REVB=0.0244141,0.0337484;RO=11;SAF=2,17;SAR=1,44;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.136146,-0.090739;STB=0.5,0.51768;STBP=1,0.2;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0010154;OID=.,.;OPOS=23240713,23240714;OREF=T,-;OALT=C,AGC;OMAPALT=C,TAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:9:76:73:11:3:3,61:0,70:0,0.958904:1,44:2,17:6:5:0,49:0,21:2:1 chr14 23242828 . T C 1186.01 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174681;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6683;QD=60.821;RBI=0.036499;REFB=0;REVB=-0.0320475;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809994;OID=.;OPOS=23242828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:46:31:0:0:46:32:0:0 chr14 23248112 . A G 157.7 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0642276;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.651;QD=9.70463;RBI=0.0690332;REFB=-0.00628728;REVB=0.0253059;RO=43;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231408;STB=0.623962;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0227128;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:43:44:21:21:0.323077:11:10:12:31:11:10:13:31 chr14 23282110 . A G 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.918;QD=57.5407;RBI=0.0314505;REFB=0;REVB=0.015331;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51196e-05;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr14 23282449 . C T 972.22 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0147304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.836;QD=54.7727;RBI=0.016791;REFB=-0.00506949;REVB=0.00805932;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506427;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.000235749;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:0:3:68:68:0.957746:33:35:0:0:33:35:2:1 chr14 23299135 . G T 3019.06 PASS AF=0.979695;AO=193;DP=198;FAO=193;FDP=197;FR=.;FRO=4;FSAF=111;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00733289;FXX=0.00505025;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.814;QD=61.3007;RBI=0.0362559;REFB=-0.166182;REVB=-0.0355066;RO=3;SAF=111;SAR=82;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273054;STB=0.50156;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.000627896;OID=.;OPOS=23299135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:198:197:3:4:193:193:0.979695:82:111:2:1:82:111:2:2 chr14 23299286 . T C 2291.78 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191511;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.751;QD=61.114;RBI=0.02613;REFB=0;REVB=-0.0177767;RO=0;SAF=56;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.35061e-05;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:149:150:1:93:56:0:0:94:56:0:0 chr14 23303641 . A C 1310.97 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203101;FXX=0.054939;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.609;QD=60.9753;RBI=0.0314807;REFB=0.143034;REVB=0.0240528;RO=1;SAF=48;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976579;STB=0.505049;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00017594;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:83:85:0.988372:35:48:1:0:36:49:1:0 chr14 23306048 . C T 2732.97 PASS AF=0.931373;AO=190;DP=204;FAO=190;FDP=204;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=178;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.00209658;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=306.952;QD=53.5876;RBI=0.0145702;REFB=-0.0855387;REVB=0.0144186;RO=11;SAF=12;SAR=178;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120529;STB=0.502388;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.000800118;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:204:204:11:14:190:190:0.931373:178:12:1:10:178:12:1:13 chr14 23312554 . C G 544.31 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.0051477;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.977;QD=15.3328;RBI=0.0737312;REFB=0.0030391;REVB=-0.0735513;RO=76;SAF=26;SAR=33;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746806;STB=0.525692;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00406733;OID=.;OPOS=23312554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:76:83:59:59:0.415493:33:26:28:48:33:26:33:50 chr14 23312923 . T C 430.16 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00349702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2984;QD=17.38;RBI=0.0467581;REFB=-0.015301;REVB=-0.0466272;RO=54;SAF=14;SAR=30;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224703;STB=0.615332;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0202161;OID=.;OPOS=23312923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:54:54:44:45:0.454545:30:14:29:25:30:15:29:25 chr14 23321900 . G A 1098.68 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.902;QD=60.2018;RBI=0.0198159;REFB=0;REVB=-0.00261525;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20248e-05;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:36:37:0:0 chr14 23346025 . G A 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0117841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.914;QD=27.235;RBI=0.0130793;REFB=0.00856599;REVB=0.00567474;RO=14;SAF=17;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371929;STB=0.706416;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00400287;OID=.;OPOS=23346025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:6:17:3:11:6:17:3:11 chr14 23371055 . G C 124.07 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.000797562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.777;QD=7.40704;RBI=0.0288605;REFB=-0.00840315;REVB=0.0288495;RO=49;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176254;STB=0.606442;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0214973;OID=.;OPOS=23371055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:8:10:20:29:8:10:20:29 chr14 23371255 . G GGGC 39.67 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0303574;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=3;MLLD=205.461;QD=8.81545;RBI=0.0440109;REFB=-0.0334878;REVB=-0.0318651;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399996;STB=0.713605;STBP=0.214;TYPE=ins;VARB=0.0798884;OID=.;OPOS=23371256;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:20:6:18:12:4:2:4:8:39:14:4:2:4:10 chr14 23374435 . G A 697.14 PASS AF=0.547619;AO=63;DP=122;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0126416;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.353;QD=22.1314;RBI=0.0126601;REFB=-0.0218705;REVB=0.000682777;RO=57;SAF=28;SAR=35;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558757;STB=0.54844;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0181812;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:57:57:63:69:0.547619:35:28:29:28:40:29:30:27 chr14 23374862 . C T 336.47 PASS AF=0.604167;AO=28;DP=45;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0125914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.41;QD=28.0392;RBI=0.066093;REFB=-0.0169965;REVB=-0.0648825;RO=17;SAF=19;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689584;STB=0.554493;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00721802;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:17:19:28:29:0.604167:9:19:10:7:10:19:10:9 chr14 23398902 . C T 389.88 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0135358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.017;QD=16.416;RBI=0.0788541;REFB=-0.0156237;REVB=0.0776836;RO=54;SAF=23;SAR=18;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712314;STB=0.539981;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0296367;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:18:23:34:20:18:23:34:20 chr14 23398990 . T G 398.82 PASS AF=0.432692;AO=44;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00253967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.825;QD=15.3392;RBI=0.0208738;REFB=-0.00962578;REVB=-0.0207188;RO=59;SAF=21;SAR=23;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548386;STB=0.524537;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0113655;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:44:45:0.432692:23:21:25:34:24:21:25:34 chr14 23426182 . C A 1009.68 PASS AF=0.592593;AO=92;DP=159;FAO=96;FDP=162;FR=.;FRO=66;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0386871;FXX=0.0299383;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.451;QD=24.9304;RBI=0.0485249;REFB=-0.042117;REVB=0.0292912;RO=63;SAF=44;SAR=48;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459871;STB=0.520829;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0194245;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:63:66:92:96:0.592593:48:44:34:29:50:46:35:31 chr14 23440742 . A G 114.15 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.034653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.701;QD=10.1471;RBI=0.0346966;REFB=-0.0035324;REVB=-0.00173969;RO=31;SAF=3;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4615;STB=0.777733;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.020905;OID=.;OPOS=23440742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:11:3:19:12:11:3:19:12 chr14 23441179 . G A 140.09 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00148269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.259;QD=12.7357;RBI=0.0137864;REFB=-0.017252;REVB=-0.0137065;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220438;STB=0.636206;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0180428;OID=.;OPOS=23441179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:8:8:8:19:8:8:8:20 chr14 23511579 . G A 1014.72 PASS AF=0.388158;AO=117;DP=302;FAO=118;FDP=304;FR=.;FRO=186;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=76;FSRR=110;FWDB=-0.0279636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.562;QD=13.3516;RBI=0.0295124;REFB=-0.00958304;REVB=0.00943502;RO=185;SAF=49;SAR=68;SRF=76;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896151;STB=0.504196;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0153302;OID=.;OPOS=23511579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:304:185:186:117:118:0.388158:68:49:76:109:69:49:76:110 chr14 23548783 . A AGAACGT,T 976.36 PASS AF=0.412371,0.103093;AO=78,20;DP=195;FAO=80,20;FDP=194;FR=.;FRO=94;FSAF=40,10;FSAR=40,10;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.0184138,-0.00908294;FXX=0.00512794;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=223.335,88.8202;QD=20.1311;RBI=0.0280417,0.0091682;REFB=-0.0145992,-0.0108908;REVB=-0.0211487,-0.00124742;RO=94;SAF=38,10;SAR=40,10;SRF=45;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00832911,0.0270031;STB=0.511491,0.517526;STBP=0.795,0.87;TYPE=ins,snp;VARB=0.0114951,0.0475806;OID=.,.;OPOS=23548784,23548783;OREF=-,A;OALT=GAACGT,T;OMAPALT=AGAACGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:94:94:78,20:80,20:0.412371,0.103093:40,10:38,10:45:49:40,10:40,10:45:49 chr14 23549379 . C G 1790.07 PASS AF=1;AO=104;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547559;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.824;QD=60.6805;RBI=0.0596244;REFB=0;REVB=0.0593725;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011462;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:104:118:1:49:55:0:0:59:59:0:0 chr14 23549785 . T C 1079.49 PASS AF=0.62585;AO=91;DP=145;FAO=92;FDP=147;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0413233;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.798;QD=29.374;RBI=0.0503644;REFB=-0.033519;REVB=0.0287917;RO=51;SAF=37;SAR=54;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436959;STB=0.513229;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0181665;OID=.;OPOS=23549785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:51:55:91:92:0.62585:54:37:24:27:55:37:24:31 chr14 23549878 . TTCCTCCTCCTCCTCCTCC TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCT 399.05 PASS AF=0.517241,0.172414;AO=23,11;DP=59;FAO=30,10;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=10,7;FSAR=20,3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.013424,0.11183;FXX=0.0169463;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=127.421,42.2021;QD=27.5205;RBI=0.0155362,0.112419;REFB=-0.0864803,-0.0395413;REVB=-0.00782111,-0.0114951;RO=15;SAF=3,8;SAR=20,3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.248419,0.385972;STB=0.5,0.728723;STBP=1,0.084;TYPE=del,snp;VARB=0.0538279,0.103869;OID=.,.;OPOS=23549879,23549896;OREF=TCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241,0.172414:23,11:59:30,10:58:18:10,7:20,3:6:12:99:15:3,8:20,3:5:10 chr14 23567774 . T A 248.31 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00128356;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.177;QD=19.1004;RBI=0.0250481;REFB=-0.0244725;REVB=-0.0250151;RO=24;SAF=19;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367853;STB=0.513503;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.014389;OID=.;OPOS=23567774;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:8:19:16:8:8:19:17:8 chr14 23568286 . A G 199.41 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0179277;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.826;QD=18.9915;RBI=0.0344814;REFB=0.00611029;REVB=0.0294545;RO=22;SAF=16;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436791;STB=0.749732;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00990016;OID=.;OPOS=23568286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:4:16:8:14:4:16:8:14 chr14 23568376 . G A 402.76 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0377003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.566;QD=19.179;RBI=0.0383829;REFB=-0.0218898;REVB=-0.00720644;RO=42;SAF=26;SAR=15;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21068;STB=0.622967;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.026685;OID=.;OPOS=23568376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:43:41:41:0.488095:15:26:17:25:15:26:17:26 chr14 23568597 . G T 636.17 PASS AF=0.594059;AO=60;DP=101;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00174622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.812;QD=25.1948;RBI=0.0130779;REFB=0.0133234;REVB=-0.0129608;RO=41;SAF=33;SAR=27;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283491;STB=0.515448;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00738015;OID=.;OPOS=23568597;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:41:60:60:0.594059:27:33:21:20:27:33:21:20 chr14 23569106 . A G 980.69 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0237432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.743;QD=53.7363;RBI=0.0271078;REFB=0.00354881;REVB=-0.0130802;RO=3;SAF=44;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257074;STB=0.508124;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.000195563;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:73:3:4:69:69:0.945205:25:44:1:2:25:44:2:2 chr14 23571671 . A T 2305.12 PASS AF=1;AO=149;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173894;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.273;QD=61.0627;RBI=0.0191213;REFB=0;REVB=-0.00795189;RO=0;SAF=59;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15368e-05;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:149:151:1:90:59:0:0:90:61:0:0 chr14 23573659 . C T 1206.21 PASS AF=0.591398;AO=108;DP=185;FAO=110;FDP=186;FR=.;FRO=76;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00499832;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.758;QD=25.9401;RBI=0.0223781;REFB=-0.0090446;REVB=-0.0218127;RO=75;SAF=48;SAR=60;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679568;STB=0.504564;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00694625;OID=.;OPOS=23573659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:75:76:108:110:0.591398:60:48:34:41:62:48:34:42 chr14 23574094 . C T 282.61 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.0258355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6654;QD=17.3911;RBI=0.0312495;REFB=-0.0278352;REVB=-0.0175801;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300541;STB=0.665885;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0276234;OID=.;OPOS=23574094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:17:14:5:29:17:14:5:29 chr14 23594921 . T C 406.74 PASS AF=0.571429;AO=39;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0129836;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.303;QD=23.2425;RBI=0.0130075;REFB=-0.00708005;REVB=0.000787284;RO=30;SAF=28;SAR=11;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487229;STB=0.522841;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00591639;OID=.;OPOS=23594921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:39:40:0.571429:11:28:23:7:11:29:23:7 chr14 23595721 . A G 2298.44 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=158;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0545556;FXX=0.0379723;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3736;QD=60.4851;RBI=0.0545564;REFB=0.0757734;REVB=0.000298369;RO=1;SAF=80;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665254;STB=0.503496;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00042727;OID=.;OPOS=23595721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:158:152:1:1:151:151:0.993421:71:80:0:1:71:80:0:1 chr14 23596243 . T A,TCA 872.84 PASS AF=0.0670103,0.407216;AO=13,79;DP=197;FAO=13,79;FDP=194;FR=.;FRO=102;FSAF=4,44;FSAR=9,35;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0191343,-0.0189777;FXX=0.0152277;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=55.1552,167.432;QD=17.9966;RBI=0.025016,0.0260092;REFB=-0.0380342,-0.0227904;REVB=-0.0161146,-0.0177856;RO=99;SAF=4,44;SAR=9,35;SRF=47;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.208536,0.0823778;STB=0.641733,0.55422;STBP=0.276,0.214;TYPE=snp,ins;VARB=0.0673054,0.0241372;OID=.,.;OPOS=23596243,23596244;OREF=T,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:197:194:99:102:13,79:13,79:0.0670103,0.407216:9,35:4,44:47:52:9,35:4,44:47:55 chr14 23598952 . A G 2324.39 PASS AF=0.993506;AO=151;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0721527;FXX=0.0314446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.78;QD=60.3737;RBI=0.081128;REFB=-0.118589;REVB=0.037091;RO=0;SAF=59;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000336266;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:154:0:1:151:153:0.993506:92:59:0:0:94:59:1:0 chr14 23744826 . TTCC ATCT,T 176.97 PASS AF=0.0425532,0.361702;AO=4,15;DP=42;FAO=2,17;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=1,3;FSAR=1,14;FSRF=2;FSRR=26;FWDB=-0.00327928,-0.0422136;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=137.93,127.274;QD=15.0609;RBI=0.0241488,0.0462873;REFB=-0.0317525,-0.032339;REVB=-0.0239251,-0.0189875;RO=22;SAF=1,3;SAR=3,12;SRF=0;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.692716,0.435308;STB=0.898554,0.631455;STBP=0.766,0.448;TYPE=mnp,del;VARB=0.0841774,0.076668;OID=.,.;OPOS=23744826,23744827;OREF=TTCC,TCC;OALT=ATCT,-;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:42:47:22:28:4,15:2,17:0.0425532,0.361702:3,12:1,3:0:22:1,14:1,3:2:26 chr14 23745533 . C T 499.0 PASS AF=0.388889;AO=56;DP=144;FAO=56;FDP=144;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0824114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4393;QD=13.8611;RBI=0.0833739;REFB=0.000918142;REVB=-0.0126321;RO=87;SAF=26;SAR=30;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173457;STB=0.512982;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00117755;OID=.;OPOS=23745533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:87:88:56:56:0.388889:30:26:39:48:30:26:39:49 chr14 23746269 . C G 1125.7 PASS AF=0.618182;AO=102;DP=165;FAO=102;FDP=165;FR=.;FRO=63;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00484756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.257;QD=27.2898;RBI=0.0137902;REFB=-0.0130185;REVB=0.0129102;RO=62;SAF=61;SAR=41;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587962;STB=0.535276;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0083674;OID=.;OPOS=23746269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:62:63:102:102:0.618182:41:61:32:30:41:61:32:31 chr14 23777374 . A G 3347.77 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.734;QD=62.2842;RBI=0.0390661;REFB=0;REVB=0.0125779;RO=0;SAF=101;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78699e-05;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:0:0:215:215:1:114:101:0:0:114:101:0:0 chr14 23780569 . TTA T,TAA,TTT 52.84 PASS AF=0.375,0,0;AO=6,3,3;DP=36;FAO=9,0,0;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0181909,-0.0281771,0.0275191;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=25.7954,16.8889,18.3784;QD=8.80737;RBI=0.126538,0.0957429,0.0932559;REFB=-0.0221712,-0.0311203,0.028491;REVB=0.125224,0.0915028,-0.0891031;RO=20;SAF=2,3,0;SAR=4,0,3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0.391304,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.141693,0.613473,-0.576344;STB=0.666296,0.5,0.5;STBP=0.227,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0473659,0,0;OID=.,.,.;OPOS=23780570,23780570,23780571;OREF=TA,T,A;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TAA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0,0:6,3,3:36:9,0,0:24:15:3,0,0:6,0,0:9:6:53:20:2,3,0:4,0,3:9:11 chr14 23817491 . G A 372.22 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00381063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.407;QD=31.0182;RBI=0.00559095;REFB=-0.000465565;REVB=0.00409119;RO=17;SAF=12;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016723;STB=0.509162;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0002654;OID=.;OPOS=23817491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:19:12:7:10:19:12:7:10 chr14 23826822 . C T 1679.65 PASS AF=0.582707;AO=155;DP=267;FAO=155;FDP=266;FR=.;FRO=111;FSAF=59;FSAR=96;FSRF=45;FSRR=66;FWDB=-0.00127952;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.267;QD=25.2579;RBI=0.00460843;REFB=0.00462623;REVB=-0.00442724;RO=111;SAF=59;SAR=96;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201156;STB=0.510898;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0033945;OID=.;OPOS=23826822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:111:111:155:155:0.582707:96:59:45:66:96:59:45:66 chr14 23830042 . T C 285.11 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0143429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3002;QD=23.759;RBI=0.0157057;REFB=0.00869353;REVB=0.00639926;RO=22;SAF=21;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204991;STB=0.583264;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0131735;OID=.;OPOS=23830042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:22:25:26:0.541667:4:21:15:7:5:21:15:7 chr14 23902320 . C G 580.46 PASS AF=0.371585;AO=68;DP=185;FAO=68;FDP=183;FR=.;FRO=115;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=0.0346181;FXX=0.0108102;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5181;QD=12.6876;RBI=0.0347417;REFB=0.00120295;REVB=-0.00292763;RO=114;SAF=42;SAR=26;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122975;STB=0.572768;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00101738;OID=.;OPOS=23902320;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:183:114:115:68:68:0.371585:26:42:58:56:26:42:58:57 chr14 23902753 . G A 813.97 PASS AF=0.595238;AO=75;DP=126;FAO=75;FDP=126;FR=.;FRO=51;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.00541189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.96;QD=25.8402;RBI=0.0197767;REFB=0.00201876;REVB=-0.0190218;RO=51;SAF=39;SAR=36;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124912;STB=0.567757;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00169129;OID=.;OPOS=23902753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:51:51:75:75:0.595238:36:39:35:16:36:39:35:16 chr14 23944505 . G A 368.53 PASS AF=0.354331;AO=45;DP=127;FAO=45;FDP=127;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.00419342;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5953;QD=11.6073;RBI=0.0276132;REFB=-0.0186481;REVB=0.027293;RO=82;SAF=22;SAR=23;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00122171;STB=0.5007;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0238784;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:82:82:45:45:0.354331:23:22:40:42:23:22:40:42 chr14 23944514 . C A 303.38 PASS AF=0.336207;AO=39;DP=116;FAO=39;FDP=116;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0184777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.463;QD=10.4613;RBI=0.0192938;REFB=0.00135039;REVB=0.00555215;RO=77;SAF=22;SAR=17;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125577;STB=0.572526;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00248816;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:77:77:39:39:0.336207:17:22:35:42:17:22:35:42 chr14 23947374 . G A 367.91 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0295539;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.625;QD=12.7969;RBI=0.0296552;REFB=-0.00269212;REVB=0.00244862;RO=71;SAF=25;SAR=19;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102882;STB=0.505847;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00340223;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:71:71:44:44:0.382609:19:25:41:30:19:25:41:30 chr14 23992742 . T G 1322.63 PASS AF=0.642458;AO=115;DP=179;FAO=115;FDP=179;FR=.;FRO=64;FSAF=67;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00665471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.423;QD=29.5561;RBI=0.030494;REFB=-0.00619597;REVB=-0.029759;RO=64;SAF=67;SAR=48;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760993;STB=0.5041;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00384656;OID=.;OPOS=23992742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:64:64:115:115:0.642458:48:67:38:26:48:67:38:26 chr14 23994237 . C G 196.97 PASS AF=0.295455;AO=25;DP=88;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0145458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.182;QD=8.95321;RBI=0.046143;REFB=-0.00408584;REVB=0.0437904;RO=62;SAF=12;SAR=13;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817552;STB=0.560929;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0131881;OID=.;OPOS=23994237;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:62:25:26:0.295455:13:12:34:28:14:12:34:28 chr14 23994517 . A G 950.41 PASS AF=0.557576;AO=91;DP=167;FAO=92;FDP=165;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00321072;FXX=0.0119753;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.828;QD=23.0402;RBI=0.0198765;REFB=-0.0201437;REVB=-0.0196155;RO=73;SAF=42;SAR=49;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258918;STB=0.516279;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0159916;OID=.;OPOS=23994517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:73:73:91:92:0.557576:49:42:36:37:50:42:36:37 chr14 24026493 . A G 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0069548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8047;QD=21.8714;RBI=0.0195296;REFB=-0.000279946;REVB=-0.0182493;RO=23;SAF=5;SAR=23;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515353;STB=0.528714;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.000180756;OID=.;OPOS=24026493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:23:5:5:18:23:5:5:18 chr14 24458162 . G C 3052.09 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.65;QD=63.5852;RBI=0.038096;REFB=0;REVB=-0.036757;RO=0;SAF=113;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86188e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115159;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:192:0:0:190:192:1:77:113:0:0:78:114:0:0 chr14 24458211 . A T 4177.66 PASS AF=1;AO=259;DP=259;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000169217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.018;QD=62.5867;RBI=0.00877168;REFB=0;REVB=-0.00877004;RO=0;SAF=150;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54213e-06;OID=.;OPOS=24458211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:259:267:0:0:259:267:1:109:150:0:0:116:151:0:0 chr14 24505722 . C G 3534.25 PASS AF=1;AO=222;DP=222;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219353;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.008;QD=62.5531;RBI=0.0248723;REFB=0;REVB=0.0117251;RO=0;SAF=116;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47562e-06;OID=.;OPOS=24505722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:226:0:0:222:226:1:106:116:0:0:108:118:0:0 chr14 24507003 . A C 2909.51 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866023;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7755;QD=62.9082;RBI=0.0524762;REFB=0;REVB=-0.0517566;RO=0;SAF=82;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122742;OID=.;OPOS=24507003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:185:0:0:181:185:1:99:82:0:0:101:84:0:0 chr14 24527220 . C T 1116.89 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.192;QD=60.3727;RBI=0.0655471;REFB=0;REVB=0.0602892;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244359;OID=.;OPOS=24527220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr14 24529209 . C T 1656.59 PASS AF=0.95;AO=114;DP=120;FAO=114;FDP=120;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0412962;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.848;QD=55.2195;RBI=0.0415326;REFB=-0.0507226;REVB=0.00442458;RO=2;SAF=51;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182545;STB=0.505772;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000264898;OID=.;OPOS=24529209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:120:120:2:6:114:114:0.95:63:51:2:0:63:51:2:4 chr14 24529260 . C T 1880.48 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.202;QD=60.6605;RBI=0.0211187;REFB=-0.0251609;REVB=0.00368221;RO=0;SAF=57;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=6.64458e-05;OID=.;OPOS=24529260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:123:123:0.991935:66:57:0:0:66:57:0:1 chr14 24529890 . A G 987.79 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343694;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.477;QD=58.1053;RBI=0.0372693;REFB=0;REVB=0.0144135;RO=0;SAF=4;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636133;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:65:68:1:61:4:0:0:62:6:0:0 chr14 24543808 . G C 796.92 PASS AF=0.684211;AO=65;DP=95;FAO=65;FDP=95;FR=.;FRO=30;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=3;FWDB=-0.0197154;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.985;QD=33.5545;RBI=0.0291519;REFB=-0.0373142;REVB=0.0214741;RO=30;SAF=41;SAR=24;SRF=27;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178738;STB=0.595811;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0150844;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:30:30:65:65:0.684211:24:41:27:3:24:41:27:3 chr14 24545366 . T C 183.02 PASS AF=0.365079;AO=22;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.0719474;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.562;QD=11.6204;RBI=0.0741983;REFB=-0.0142334;REVB=-0.0181373;RO=38;SAF=3;SAR=19;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191011;STB=0.610577;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0216465;OID=.;OPOS=24545366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:40:22:23:0.365079:19:3:9:29:20:3:9:31 chr14 24545375 . C T 976.22 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1691;QD=57.4244;RBI=0.0658445;REFB=-0.104174;REVB=0.0613508;RO=1;SAF=16;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00917784;STB=0.504853;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00124788;OID=.;OPOS=24545375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:51:16:0:1:51:16:0:1 chr14 24551796 . A AC,C 204.69 PASS AF=0.139241,0.056962;AO=59,18;DP=330;FAO=44,18;FDP=316;FR=.;FRO=254;FSAF=7,4;FSAR=37,14;FSRF=105;FSRR=149;FWDB=-0.115734,-0.1004;FXX=0.018633;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=76.2747,83.8859;QD=2.59098;RBI=0.115801,0.100408;REFB=-0.00233389,-0.000771295;REVB=0.00395094,-0.00130025;RO=250;SAF=12,4;SAR=47,14;SRF=107;SRR=143;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.329695,-0.239089;STB=0.760791,0.700402;STBP=0.001,0.109;TYPE=ins,snp;VARB=0.0678371,-0.00359149;OID=.,.;OPOS=24551797,24551796;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:316:250:254:59,18:44,18:0.139241,0.056962:47,14:12,4:107:143:37,14:7,4:105:149 chr14 24563339 . A G 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.036;QD=53.9052;RBI=0.0407591;REFB=0;REVB=0.0390951;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46371e-05;OID=.;OPOS=24563339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr14 24567498 . A C 3353.35 PASS AF=0.986425;AO=216;DP=221;FAO=218;FDP=221;FR=.;FRO=3;FSAF=107;FSAR=111;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.032541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1923;QD=60.6941;RBI=0.0892592;REFB=0.0260854;REVB=-0.0831162;RO=3;SAF=106;SAR=110;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132905;STB=0.506912;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00157747;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:221:221:3:3:216:218:0.986425:110:106:3:0:111:107:3:0 chr14 24567508 . T C 652.15 PASS AF=0.343348;AO=80;DP=234;FAO=80;FDP=233;FR=.;FRO=153;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=68;FSRR=85;FWDB=-0.0125902;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9832;QD=11.1957;RBI=0.0135387;REFB=0.000863854;REVB=-0.00497831;RO=148;SAF=44;SAR=36;SRF=65;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125761;STB=0.569029;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00169088;OID=.;OPOS=24567508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:148:153:80:80:0.343348:36:44:65:83:36:44:68:85 chr14 24569418 . A G 554.38 PASS AF=0.340102;AO=65;DP=197;FAO=67;FDP=197;FR=.;FRO=130;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=-0.0369177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.871;QD=11.2565;RBI=0.0404718;REFB=-0.00759962;REVB=-0.0165848;RO=101;SAF=42;SAR=23;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21908;STB=0.59617;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0203229;OID=.;OPOS=24569418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:101:130:65:67:0.340102:23:42:45:56:24:43:65:65 chr14 24614361 . T G 2048.23 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.821;QD=61.6009;RBI=0.0436674;REFB=-0.116761;REVB=0.0375671;RO=1;SAF=58;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066468;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476449;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:131:133:1:0:129:133:1:71:58:0:1:74:59:0:0 chr14 24615435 . T C 2636.3 PASS AF=0.994186;AO=170;DP=171;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.994;QD=61.3092;RBI=0.0228414;REFB=-0.0980814;REVB=-0.00574764;RO=0;SAF=73;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98294e-08;STB=0.502564;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=4.03741e-05;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:172:0:1:170:171:0.994186:97:73:0:0:97:74:0:1 chr14 24617238 . C T 2215.98 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.826;QD=63.3137;RBI=0.0330337;REFB=0;REVB=0.0315787;RO=0;SAF=73;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0245e-05;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:67:73:0:0:67:73:0:0 chr14 24641838 . C T 480.51 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0224265;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0013;QD=25.2899;RBI=0.024197;REFB=-0.0148067;REVB=-0.00908571;RO=30;SAF=22;SAR=23;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105535;STB=0.563566;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00946934;OID=.;OPOS=24641838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:30:31:45:45:0.592105:23:22:19:11:23:22:20:11 chr14 24642348 . C T 709.35 PASS AF=0.616162;AO=60;DP=99;FAO=61;FDP=99;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0130138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.134;QD=28.6605;RBI=0.0132872;REFB=-0.00407646;REVB=-0.00268161;RO=38;SAF=34;SAR=26;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668124;STB=0.538809;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00223921;OID=.;OPOS=24642348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:38:38:60:61:0.616162:26:34:18:20:26:35:18:20 chr14 24646406 . G GGAA 1321.29 PASS AF=0.853448;AO=98;DP=123;FAO=99;FDP=116;FR=.;FRO=17;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0246902;FXX=0.025208;HRUN=2;LEN=3;MLLD=264.199;QD=45.5618;RBI=0.0247972;REFB=-0.048413;REVB=0.002302;RO=22;SAF=44;SAR=54;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334704;STB=0.511039;STBP=0.562;TYPE=ins;VARB=0.00701158;OID=.;OPOS=24646407;OREF=-;OALT=GAA;OMAPALT=GGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.853448:98:123:99:116:17:45:54:9:8:78:22:44:54:12:10 chr14 24647814 . T C 871.42 PASS AF=0.556291;AO=80;DP=147;FAO=84;FDP=151;FR=.;FRO=67;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=51;FWDB=0.0616986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.359;QD=23.0841;RBI=0.0621034;REFB=-0.00786998;REVB=0.00707895;RO=66;SAF=41;SAR=39;SRF=16;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223164;STB=0.629929;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00795554;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:151:66:67:80:84:0.556291:39:41:16:50:39:45:16:51 chr14 24652882 . A G 302.89 PASS AF=0.333333;AO=38;DP=118;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0716356;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6883;QD=10.3552;RBI=0.0743915;REFB=0.00090056;REVB=-0.0200606;RO=76;SAF=20;SAR=18;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907359;STB=0.551155;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00377992;OID=.;OPOS=24652882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:76:78:38:39:0.333333:18:20:34:42:19:20:34:44 chr14 24653523 . G C 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0129459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.931;QD=15.6194;RBI=0.0155036;REFB=-0.0148534;REVB=-0.00853024;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115251;STB=0.56659;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0193958;OID=.;OPOS=24653523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:6:12:14:11:6:12:14:11 chr14 24653954 . G A 281.54 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0346256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.129;QD=17.0633;RBI=0.0358649;REFB=-0.00132433;REVB=0.00934664;RO=34;SAF=9;SAR=22;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368777;STB=0.53285;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00092791;OID=.;OPOS=24653954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:22:9:11:23:22:9:12:23 chr14 24653965 . C T 298.9 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0824887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2924;QD=18.6815;RBI=0.0825028;REFB=0.00428418;REVB=-0.00152614;RO=31;SAF=10;SAR=22;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426537;STB=0.535376;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00445267;OID=.;OPOS=24653965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:22:10:11:20:22:10:12:20 chr14 24654489 . T C 1833.84 PASS AF=0.98374;AO=120;DP=124;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0236373;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.155;QD=59.6372;RBI=0.0415168;REFB=-0.0307933;REVB=-0.034131;RO=0;SAF=53;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500883;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=3.69829e-05;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:123:0:2:120:121:0.98374:67:53:0:0:67:54:1:1 chr14 24657407 . T G 2266.88 PASS AF=1;AO=99;DP=134;FAO=143;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=80;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.496;QD=63.4093;RBI=0.110132;REFB=0;REVB=0.0985883;RO=0;SAF=69;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020255;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:143:0:0:99:143:1:30:69:0:0:63:80:0:0 chr14 24682767 . C T 534.75 PASS AF=0.345745;AO=65;DP=189;FAO=65;FDP=188;FR=.;FRO=123;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=80;FWDB=0.0142384;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5103;QD=11.3777;RBI=0.0174398;REFB=-0.00776432;REVB=0.0100705;RO=123;SAF=28;SAR=37;SRF=43;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964265;STB=0.554956;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0167092;OID=.;OPOS=24682767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:123:123:65:65:0.345745:37:28:43:80:37:28:43:80 chr14 24702789 . C T 772.31 PASS AF=0.438503;AO=82;DP=188;FAO=82;FDP=187;FR=.;FRO=105;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=0.0108698;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.592;QD=16.5201;RBI=0.023771;REFB=0.00274445;REVB=-0.0211401;RO=104;SAF=46;SAR=36;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131289;STB=0.510299;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.00360775;OID=.;OPOS=24702789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:104:105:82:82:0.438503:36:46:57:47:36:46:57:48 chr14 24705295 . T C 357.0 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0373676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2674;QD=13.6;RBI=0.0524661;REFB=0.00134627;REVB=0.0368287;RO=61;SAF=16;SAR=26;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185955;STB=0.605429;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00127166;OID=.;OPOS=24705295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:63:42:42:0.4:26:16:34:27:26:16:35:28 chr14 24736027 . G A 1420.34 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0169296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9369;QD=56.2512;RBI=0.0170902;REFB=-0.156296;REVB=-0.00233697;RO=2;SAF=44;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00195494;STB=0.506524;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00561611;OID=.;OPOS=24736027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:101:2:3:98:98:0.970297:54:44:1:1:54:44:2:1 chr14 24736961 . T C 2972.54 PASS AF=0.989583;AO=189;DP=192;FAO=190;FDP=192;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=110;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0121479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.513;QD=61.928;RBI=0.0196208;REFB=0.0324398;REVB=-0.015408;RO=2;SAF=79;SAR=110;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00168;STB=0.500843;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=5.83589e-05;OID=.;OPOS=24736961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:192:192:2:2:189:190:0.989583:110:79:1:1:110:80:1:1 chr14 24771256 . T C 2949.81 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.728;QD=63.0976;RBI=0.0730538;REFB=0;REVB=0.0728182;RO=0;SAF=87;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64706e-05;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:187:0:0:184:187:1:97:87:0:0:98:89:0:0 chr14 24785784 . C T 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00534388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.395;QD=29.8274;RBI=0.0273026;REFB=-0.0250918;REVB=0.0267745;RO=6;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867463;STB=0.547888;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0127591;OID=.;OPOS=24785784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:5:11:5:1:5:11:5:1 chr14 24786293 . T G 763.9 PASS AF=0.878788;AO=57;DP=66;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0139298;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.34;QD=46.297;RBI=0.0325975;REFB=-0.0136744;REVB=0.0294713;RO=0;SAF=13;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.600763;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00363316;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:0:8:57:58:0.878788:44:13:0:0:45:13:7:1 chr14 24786823 . C A 150.5 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0343016;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4828;QD=12.2859;RBI=0.0475313;REFB=-0.00488483;REVB=0.0329032;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161623;STB=0.561416;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0294166;OID=.;OPOS=24786823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:31:17:18:0.367347:6:11:14:14:7:11:16:15 chr14 24786976 . T C 885.67 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.081;QD=58.0767;RBI=0.0359331;REFB=0;REVB=0.0182537;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170572;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:35:24:0:0:36:25:0:0 chr14 24793600 . G A 1302.12 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.711;QD=62.0058;RBI=0.0278843;REFB=0;REVB=0.00612223;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58642e-05;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:54:30:0:0:54:30:0:0 chr14 24846757 . A G 1025.62 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.568;QD=59.4561;RBI=0.0146426;REFB=0;REVB=0.00589387;RO=0;SAF=52;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2085e-05;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:17:52:0:0:17:52:0:0 chr14 24877699 . A G 441.91 PASS AF=0.356164;AO=49;DP=143;FAO=52;FDP=146;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=63;FWDB=0.00528271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.872;QD=12.1071;RBI=0.00900237;REFB=-0.0102597;REVB=0.00728942;RO=92;SAF=16;SAR=33;SRF=29;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014724;STB=0.511719;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0200391;OID=.;OPOS=24877699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:146:92:94:49:52:0.356164:33:16:29:63:34:18:31:63 chr14 24885001 . C T 1839.81 PASS AF=0.514451;AO=178;DP=346;FAO=178;FDP=346;FR=.;FRO=168;FSAF=77;FSAR=101;FSRF=66;FSRR=102;FWDB=0.0356886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.554;QD=21.2695;RBI=0.0357014;REFB=-0.0207541;REVB=-0.000956856;RO=162;SAF=77;SAR=101;SRF=61;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502473;STB=0.519749;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0196261;OID=.;OPOS=24885001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:162:168:178:178:0.514451:101:77:61:101:101:77:66:102 chr14 24898556 . G C 570.09 PASS AF=0.376404;AO=67;DP=178;FAO=67;FDP=178;FR=.;FRO=111;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=68;FWDB=0.00876203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.608;QD=12.8111;RBI=0.010075;REFB=-0.0124718;REVB=-0.00497323;RO=111;SAF=30;SAR=37;SRF=43;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678424;STB=0.538358;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0230389;OID=.;OPOS=24898556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:111:111:67:67:0.376404:37:30:43:68:37:30:43:68 chr14 24898558 . C T 1122.9 PASS AF=0.588571;AO=104;DP=176;FAO=103;FDP=175;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=67;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0422601;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.637;QD=25.6664;RBI=0.0422634;REFB=-0.00201748;REVB=-0.000524059;RO=69;SAF=37;SAR=67;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732725;STB=0.553708;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000883548;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:69:72:104:103:0.588571:67:37:31:38:67:36:34:38 chr14 24901248 . A AC 101.79 PASS AF=0.615385;AO=3;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0184043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.34;QD=15.6593;RBI=0.0751328;REFB=-0.0428241;REVB=-0.0728438;RO=24;SAF=3;SAR=0;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502898;STB=0.619432;STBP=0.166;TYPE=ins;VARB=0.0364971;OID=.;OPOS=24901249;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:3:27:16:26:10:10:6:9:1:61:24:3:0:17:7 chr14 24901249 . A C 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0112297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.381;QD=16.6275;RBI=0.0140223;REFB=-0.00928171;REVB=0.00839744;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301241;STB=0.670362;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0116245;OID=.;OPOS=24901249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:12:2:6:7:12:2 chr14 24901276 . G T 65.74 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.1033;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=23.9869;QD=21.914;RBI=0.1033;REFB=-0.217162;REVB=0;RO=4;SAF=7;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0697311;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:11:12:4:4:7:8:0.666667:0:7:4:0:0:8:4:0 chr14 24909362 . T C 1791.75 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217007;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.966;QD=61.2564;RBI=0.0223143;REFB=0;REVB=-0.00519694;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21791e-05;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:61:55:0:0:61:56:0:0 chr14 24909475 . C G 647.43 PASS AF=0.910714;AO=49;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00697607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.967;QD=46.2449;RBI=0.0351495;REFB=0.0126963;REVB=-0.0344503;RO=6;SAF=38;SAR=11;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199734;STB=0.586171;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=5.35639e-06;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:56:56:6:5:49:51:0.910714:11:38:0:6:12:39:0:5 chr14 24909731 . C T 1756.22 PASS AF=0.959677;AO=121;DP=124;FAO=119;FDP=124;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=88;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0339316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9699;QD=56.6522;RBI=0.0350784;REFB=-0.0802967;REVB=0.00889624;RO=3;SAF=31;SAR=90;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437716;STB=0.517465;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0102553;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:124:124:3:5:121:119:0.959677:90:31:3:0:88:31:3:2 chr14 24910210 . C A 3479.44 PASS AF=0.966102;AO=227;DP=236;FAO=228;FDP=236;FR=.;FRO=8;FSAF=94;FSAR=134;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0229639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.108;QD=58.9736;RBI=0.0317764;REFB=-0.0204747;REVB=0.0219636;RO=4;SAF=93;SAR=134;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307756;STB=0.50742;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000108624;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:236:236:4:8:227:228:0.966102:134:93:2:2:134:94:5:3 chr14 24910973 . TT GA 1506.94 PASS AF=1;AO=93;DP=98;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384635;FXX=0.0377323;HRUN=2;LEN=2;MLLD=87.0745;QD=59.0955;RBI=0.0930839;REFB=0;REVB=0.0930044;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000564865;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:102:0:0:93:102:1:40:53:0:0:49:53:0:0 chr14 24912008 . T C 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=37;FWDB=0.0179333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.454;QD=10.2124;RBI=0.0205213;REFB=3.02222e-05;REVB=0.00997601;RO=46;SAF=3;SAR=20;SRF=9;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141062;STB=0.583861;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-5.89819e-06;OID=.;OPOS=24912008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:20:3:9:37:20:3:9:37 chr14 24970942 . A G 1120.7 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0253671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9495;QD=58.984;RBI=0.0254372;REFB=-0.00730129;REVB=-0.00188601;RO=1;SAF=21;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219938;STB=0.511625;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000488345;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:54:21:1:0:54:21:1:0 chr14 24975435 . G T 340.65 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0310376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.535;QD=48.6639;RBI=0.0313247;REFB=-0.113179;REVB=0.0042315;RO=2;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223251;STB=0.512039;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00107668;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:17:9:1:1:17:9:1:1 chr14 25076836 . G A 59.81 PASS AF=0.0722222;AO=26;DP=361;FAO=26;FDP=360;FR=.;FRO=334;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=172;FSRR=162;FWDB=-0.0161742;FXX=0.00552471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6588;QD=0.664585;RBI=0.0188972;REFB=-0.00494756;REVB=0.00977245;RO=326;SAF=7;SAR=19;SRF=166;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271205;STB=0.728401;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0618159;OID=.;OPOS=25076836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:361:360:326:334:26:26:0.0722222:19:7:166:160:19:7:172:162 chr14 25100282 . A G 172.8 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0246072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0046;QD=18.6808;RBI=0.0249439;REFB=0.0169762;REVB=-0.0040841;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170494;STB=0.596172;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0137801;OID=.;OPOS=25100282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:5:14:10:8:5:14 chr14 25101589 . G C 151.77 PASS AF=0.136;AO=32;DP=251;FAO=34;FDP=250;FR=.,HEALED;FRO=216;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=123;FSRR=93;FWDB=0.0071468;FXX=0.00398391;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.224;QD=2.42825;RBI=0.0778357;REFB=-0.00355751;REVB=-0.0775069;RO=161;SAF=20;SAR=12;SRF=120;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178289;STB=0.570328;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0134072;OID=.;OPOS=25101589;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:250:161:216:32:34:0.136:12:20:120:41:12:22:123:93 chr14 25101629 . T C 400.56 PASS AF=0.199422;AO=68;DP=351;FAO=69;FDP=346;FR=.;FRO=277;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=121;FSRR=156;FWDB=0.0789674;FXX=0.0198295;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4167;QD=4.63077;RBI=0.0834401;REFB=0.0126189;REVB=0.0269518;RO=283;SAF=29;SAR=39;SRF=125;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200422;STB=0.501661;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0402498;OID=.;OPOS=25101629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:346:283:277:68:69:0.199422:39:29:125:158:39:30:121:156 chr14 25101878 . C CT 334.33 PASS AF=0.376543;AO=61;DP=164;FAO=61;FDP=162;FR=.;FRO=101;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=52;FWDB=-0.0307352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.9341;QD=8.25496;RBI=0.0334142;REFB=0.0220428;REVB=0.0131094;RO=103;SAF=26;SAR=35;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768715;STB=0.537127;STBP=0.444;TYPE=ins;VARB=-0.0356499;OID=.;OPOS=25101879;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376543:61:164:61:162:101:26:35:49:52:99:103:26:35:51:52 chr14 25101897 . C T 623.23 PASS AF=0.396648;AO=71;DP=179;FAO=71;FDP=179;FR=.;FRO=108;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.0101213;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.108;QD=13.9269;RBI=0.0109149;REFB=0.00257657;REVB=0.0040859;RO=108;SAF=35;SAR=36;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00237624;STB=0.501338;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00381738;OID=.;OPOS=25101897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:108:108:71:71:0.396648:36:35:53:55:36:35:53:55 chr14 25102160 . C T 886.99 PASS AF=0.550336;AO=81;DP=148;FAO=82;FDP=149;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0680375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7361;QD=23.8119;RBI=0.0711824;REFB=0.010846;REVB=0.0209243;RO=67;SAF=38;SAR=43;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704374;STB=0.506411;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00601521;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:67:67:81:82:0.550336:43:38:32:35:44:38:32:35 chr14 25103414 . G A 585.08 PASS AF=0.330357;AO=75;DP=225;FAO=74;FDP=224;FR=.;FRO=150;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=65;FSRR=85;FWDB=-0.00251929;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.598;QD=10.4479;RBI=0.00940952;REFB=-0.00897877;REVB=-0.00906599;RO=149;SAF=32;SAR=43;SRF=65;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113287;STB=0.509879;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0203878;OID=.;OPOS=25103414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:149:150:75:74:0.330357:43:32:65:84:43:31:65:85 chr14 26916354 . G T 413.87 PASS AF=0.333333;AO=50;DP=150;FAO=50;FDP=150;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.00890552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.981;QD=11.0365;RBI=0.0154289;REFB=-0.00869881;REVB=-0.0125993;RO=99;SAF=25;SAR=25;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408006;STB=0.526656;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0159405;OID=.;OPOS=26916354;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:99:100:50:50:0.333333:25:25:46:53:25:25:46:54 chr14 29238428 . CCTTTT C 95.78 PASS AF=0.421053;AO=13;DP=40;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0072724;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=5;MLLD=269.151;QD=10.0818;RBI=0.044211;REFB=-0.00298661;REVB=0.0436087;RO=22;SAF=10;SAR=3;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775116;STB=0.594156;STBP=0.411;TYPE=del;VARB=0.00489541;OID=.;OPOS=29238429;OREF=CTTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:13:40:16:38:22:11:5:18:4:95:22:10:3:18:4 chr14 29261309 . A AAAC,AAC,C 346.08 PASS AF=0.65625,0.09375,0.15625;AO=14,10,33;DP=69;FAO=21,3,5;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=8,1,2;FSAR=13,2,3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0487563,0.0367158,0.0151319;FXX=0.475332;HRUN=8,8,8;LEN=3,2,1;MLLD=129.251,131.594,122.112;QD=43.2597;RBI=0.0607647,0.0533715,0.0516469;REFB=-0.0470616,-0.0430361,0.0192339;REVB=0.0362653,0.0387359,0.0493804;RO=12;SAF=6,3,12;SAR=8,7,21;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0584636,-0.198747,-0.0707417;STB=0.506323,0.5,0.526212;STBP=0.955,1,0.986;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.00573317,0.00780929,-0.0200702;OID=.,.,.;OPOS=29261310,29261310,29261309;OREF=-,-,A;OALT=AAC,AC,C;OMAPALT=AAAC,AAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:24:69:32:12:3:14,10,33:21,3,5:0.65625,0.09375,0.15625:8,7,21:6,3,12:6:6:13,2,3:8,1,2:1:2 chr14 30045978 . C T 406.72 PASS AF=0.431193;AO=44;DP=106;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=55;FWDB=0.0266851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.993;QD=14.9254;RBI=0.0272555;REFB=-0.0176577;REVB=0.00554703;RO=61;SAF=20;SAR=24;SRF=7;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374993;STB=0.692209;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.012837;OID=.;OPOS=30045978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:61:62:44:47:0.431193:24:20:7:54:27:20:7:55 chr14 30396622 . G GCCCGGA 98.75 PASS AF=0.147059;AO=20;DP=144;FAO=20;FDP=136;FR=.;FRO=116;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=95;FWDB=-0.0740798;FXX=0.0354585;HRUN=3;LEN=6;MLLD=302.454;QD=2.90439;RBI=0.0750188;REFB=-0.00169214;REVB=-0.0118328;RO=124;SAF=1;SAR=19;SRF=27;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424451;STB=0.785318;STBP=0.057;TYPE=ins;VARB=0.00985133;OID=.;OPOS=30396623;OREF=-;OALT=CCCGGA;OMAPALT=GCCCGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.147059:20:144:20:136:116:1:19:21:95:98:124:1:19:27:97 chr14 31059969 . G A 955.19 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0731;QD=58.7811;RBI=0.0565255;REFB=0;REVB=-0.0250804;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154799;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:40:24:0:0:40:25:0:0 chr14 31099738 . A G 1507.67 PASS AF=0.930435;AO=108;DP=115;FAO=107;FDP=115;FR=.;FRO=8;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00858756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5149;QD=52.4406;RBI=0.0233136;REFB=-0.0516087;REVB=0.0216744;RO=7;SAF=47;SAR=61;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065621;STB=0.539993;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0241074;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:115:115:7:8:108:107:0.930435:61:47:7:0:61:46:8:0 chr14 31108977 . T C 1457.61 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.028;QD=62.0259;RBI=0.0183268;REFB=-0.122642;REVB=-0.00453625;RO=1;SAF=39;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012001;STB=0.506328;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000131192;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:54:39:1:0:54:39:1:0 chr14 31191772 . T C 2125.6 PASS AF=0.978571;AO=137;DP=142;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.011281;FXX=0.0140835;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.908;QD=60.7313;RBI=0.0152025;REFB=-0.108753;REVB=-0.0101908;RO=3;SAF=49;SAR=88;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159292;STB=0.508379;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000908157;OID=.;OPOS=31191772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:142:140:3:3:137:137:0.978571:88:49:0:3:88:49:0:3 chr14 31355096 . C G 543.89 PASS AF=0.407895;AO=62;DP=152;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=-0.00654821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.63;QD=14.313;RBI=0.0130129;REFB=0.00799369;REVB=0.0112453;RO=90;SAF=25;SAR=37;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183391;STB=0.603057;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00968066;OID=.;OPOS=31355096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:90:90:62:62:0.407895:37:25:52:38:37:25:52:38 chr14 31359847 . T A 1358.61 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7542;QD=62.4647;RBI=0.101273;REFB=0;REVB=0.0974111;RO=1;SAF=39;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471408;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:1:0:85:87:1:46:39:1:0:47:40:0:0 chr14 31381351 . T C 626.46 PASS AF=0.53913;AO=61;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0129217;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.68;QD=21.7899;RBI=0.0174144;REFB=0.00293654;REVB=0.0116745;RO=53;SAF=17;SAR=44;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200285;STB=0.60233;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00188443;OID=.;OPOS=31381351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:53:53:61:62:0.53913:44:17:26:27:44:18:26:27 chr14 31570401 . G A 571.41 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0122616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.176;QD=19.047;RBI=0.012451;REFB=-0.0043561;REVB=-0.00216377;RO=60;SAF=28;SAR=31;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037813;STB=0.516307;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00305566;OID=.;OPOS=31570401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:60:61:59:59:0.491667:31:28:26:34:31:28:27:34 chr14 31582380 . A G 865.24 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0270195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5901;QD=53.2454;RBI=0.0278449;REFB=-0.00954231;REVB=0.0067294;RO=2;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024201;STB=0.502617;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00297182;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:2:3:62:62:0.953846:38:24:0:2:38:24:1:2 chr14 31582526 . T C 1310.75 PASS AF=0.556054;AO=124;DP=223;FAO=124;FDP=223;FR=.;FRO=99;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=0.00512384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.331;QD=23.5112;RBI=0.014451;REFB=-0.00775844;REVB=-0.0135121;RO=99;SAF=57;SAR=67;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863741;STB=0.54699;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00620648;OID=.;OPOS=31582526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:99:99:124:124:0.556054:67:57:56:43:67:57:56:43 chr14 31617919 . A G 571.87 PASS AF=0.604651;AO=51;DP=85;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0158138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.477;QD=26.5988;RBI=0.0296187;REFB=-0.000878896;REVB=0.0250438;RO=34;SAF=32;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161259;STB=0.581786;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000670097;OID=.;OPOS=31617919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:34:34:51:52:0.604651:19:32:14:20:20:32:14:20 chr14 31647241 . G A 542.29 PASS AF=0.442748;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.0175233;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.11;QD=16.5583;RBI=0.0371862;REFB=0.00297757;REVB=0.0327986;RO=73;SAF=25;SAR=33;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170292;STB=0.594951;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00435935;OID=.;OPOS=31647241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:73:58:58:0.442748:33:25:44:29:33:25:44:29 chr14 31819047 . C T 2017.55 PASS AF=0.992481;AO=126;DP=128;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00580623;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.922;QD=60.6781;RBI=0.0058128;REFB=-0.011579;REVB=-0.000276298;RO=0;SAF=82;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505376;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00055667;OID=.;OPOS=31819047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:133:0:1:126:132:0.992481:44:82:0:0:46:86:0:1 chr14 31819913 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.795;QD=62.0211;RBI=0.035862;REFB=0;REVB=0.0248928;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41414e-06;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr14 31858162 . T A 352.59 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0466183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0534;QD=15.8469;RBI=0.0469139;REFB=-0.0256007;REVB=-0.00525865;RO=51;SAF=18;SAR=20;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031556;STB=0.501778;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0400188;OID=.;OPOS=31858162;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:20:18:24:27:20:18:24:27 chr14 31864485 . G C 2773.22 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605769;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.334;QD=62.6716;RBI=0.0327671;REFB=0;REVB=0.0322023;RO=0;SAF=87;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134814;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:177:0:0:177:177:1:90:87:0:0:90:87:0:0 chr14 32071665 . G A 1677.34 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.031;QD=60.4448;RBI=0.0222408;REFB=0;REVB=-0.00718261;RO=0;SAF=41;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65433e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57385e-05;OID=.;OPOS=32071665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:70:41:0:0:70:41:0:0 chr14 32414145 . C A 1694.95 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.769;QD=60.5338;RBI=0.043487;REFB=0;REVB=0.0251855;RO=0;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04325e-05;OID=.;OPOS=32414145;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:55:57:0:0:55:57:0:0 chr14 32419330 . AC A,AT 1531.24 PASS AF=0.11,0.89;AO=13,87;DP=101;FAO=11,89;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=11,48;FSAR=0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219305,-0.014016;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.496,153.071;QD=61.2495;RBI=0.0234265,0.0186204;REFB=0,0;REVB=0.00823729,0.0122585;RO=0;SAF=13,46;SAR=0,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.027872,0.000799186;OID=.,.;OPOS=32419331,32419331;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.11,0.89:13,87:101:11,89:100:0:11,48:0,41:0:0:30:0:13,46:0,41:0:0 chr14 33015014 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8305;QD=52.6129;RBI=0.0268847;REFB=0;REVB=-0.0260766;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000617863;OID=.;OPOS=33015014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr14 33046388 . A G 1264.68 PASS AF=0.924731;AO=86;DP=93;FAO=86;FDP=93;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00945435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.455;QD=54.3947;RBI=0.0109226;REFB=-0.0740628;REVB=0.0054697;RO=6;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675039;STB=0.530467;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00165515;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:93:93:6:7:86:86:0.924731:39:47:0:6:39:47:1:6 chr14 33293122 . A G 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0141154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.647;QD=11.6171;RBI=0.0299307;REFB=0.00213977;REVB=-0.0263932;RO=34;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211543;STB=0.624082;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00365563;OID=.;OPOS=33293122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:6:13:17:17:6:13:17:17 chr14 33293531 . T A 364.87 PASS AF=0.297619;AO=50;DP=168;FAO=50;FDP=168;FR=.;FRO=118;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=64;FWDB=0.0227199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.838;QD=8.68749;RBI=0.0227669;REFB=-0.0138724;REVB=-0.00146096;RO=117;SAF=22;SAR=28;SRF=53;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157714;STB=0.512519;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0357982;OID=.;OPOS=33293531;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:117:118:50:50:0.297619:28:22:53:64:28:22:54:64 chr14 33294042 . G A 475.48 PASS AF=0.420635;AO=53;DP=126;FAO=53;FDP=126;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0478198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.814;QD=15.0947;RBI=0.0478198;REFB=-0.00356675;REVB=7.06295e-05;RO=71;SAF=24;SAR=29;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267446;STB=0.507541;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00520424;OID=.;OPOS=33294042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:71:73:53:53:0.420635:29:24:34:37:29:24:34:39 chr14 34047414 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4216;QD=39.2054;RBI=0.12638;REFB=0;REVB=-0.11264;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0110629;OID=.;OPOS=34047414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr14 34270027 . G A 1415.59 PASS AF=0.323214;AO=181;DP=570;FAO=181;FDP=560;FR=.;FRO=379;FSAF=96;FSAR=85;FSRF=198;FSRR=181;FWDB=-0.0095489;FXX=0.0192641;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.863;QD=10.1114;RBI=0.011322;REFB=-0.0157597;REVB=-0.00608326;RO=377;SAF=96;SAR=85;SRF=197;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00928288;STB=0.505403;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0335229;OID=.;OPOS=34270027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:570:560:377:379:181:181:0.323214:85:96:197:180:85:96:198:181 chr14 34393602 . A G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0848278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4156;QD=52.7696;RBI=0.0944443;REFB=-0.0979683;REVB=0.0415208;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00534236;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:21:7:0:0:21:7:0:1 chr14 34394733 . C T 262.82 PASS AF=0.318182;AO=35;DP=110;FAO=35;FDP=110;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0305007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.958;QD=9.55705;RBI=0.0380306;REFB=-0.0104722;REVB=-0.0227163;RO=75;SAF=16;SAR=19;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678992;STB=0.539493;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0348759;OID=.;OPOS=34394733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:75:75:35:35:0.318182:19:16:30:45:19:16:30:45 chr14 35062312 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.966;QD=58.5878;RBI=0.0253442;REFB=0;REVB=-0.0245529;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98758e-05;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr14 35099099 . A G 442.95 PASS AF=0.354839;AO=55;DP=154;FAO=55;FDP=155;FR=.;FRO=100;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.0344476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9333;QD=11.431;RBI=0.0849295;REFB=0.00558258;REVB=-0.0776298;RO=99;SAF=20;SAR=35;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1958;STB=0.609018;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0113958;OID=.;OPOS=35099099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:99:100:55:55:0.354839:35:20:53:46:35:20:53:47 chr14 35181786 . T C 451.21 PASS AF=0.361842;AO=55;DP=153;FAO=55;FDP=152;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.00786076;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9206;QD=11.8738;RBI=0.0132081;REFB=-0.00245838;REVB=0.0106143;RO=96;SAF=20;SAR=35;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121613;STB=0.573174;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00584284;OID=.;OPOS=35181786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:96:97:55:55:0.361842:35:20:45:51:35:20:46:51 chr14 35546372 . GT G,GC 463.56 PASS AF=0.235897,0.0820513;AO=36,17;DP=185;FAO=46,16;FDP=195;FR=.;FRO=133;FSAF=18,8;FSAR=28,8;FSRF=64;FSRR=69;FWDB=0.0950775,0.110212;FXX=0.0151508;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.013,182.598;QD=9.5089;RBI=0.095658,0.110566;REFB=-0.013138,-0.0114112;REVB=0.0105219,0.00884384;RO=131;SAF=18,4;SAR=18,13;SRF=63;SRR=68;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0242753,-0.312886;STB=0.568006,0.516758;STBP=0.271,0.885;TYPE=del,snp;VARB=0.0343957,-0.00334595;OID=.,.;OPOS=35546373,35546373;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235897,0.0820513:36,17:185:46,16:195:133:18,8:28,8:64:69:99:131:18,4:18,13:63:68 chr14 35591174 . T C 625.13 PASS AF=0.351598;AO=77;DP=219;FAO=77;FDP=219;FR=.;FRO=142;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=82;FWDB=-0.0632372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1585;QD=11.4179;RBI=0.0780683;REFB=-0.00716241;REVB=-0.045779;RO=141;SAF=37;SAR=40;SRF=60;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627611;STB=0.537755;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0104295;OID=.;OPOS=35591174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:141:142:77:77:0.351598:40:37:60:81:40:37:60:82 chr14 35736063 . GT G 116.5 PASS AF=0.591549;AO=33;DP=75;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.146114;FXX=0.0533262;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.5879;QD=6.56341;RBI=0.29456;REFB=-0.0778351;REVB=0.255766;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16474;STB=0.525638;STBP=0.622;TYPE=del;VARB=0.12416;OID=.;OPOS=35736064;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.591549:33:75:42:71:29:17:25:10:19:51:33:16:17:10:23 chr14 35747918 . C T 491.62 PASS AF=0.378205;AO=58;DP=157;FAO=59;FDP=156;FR=.;FRO=97;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.045454;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5052;QD=12.6055;RBI=0.0459186;REFB=0.0154443;REVB=0.00651498;RO=98;SAF=22;SAR=36;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798675;STB=0.545707;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0263603;OID=.;OPOS=35747918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:98:97:58:59:0.378205:36:22:44:54:37:22:43:54 chr14 35871217 . G A 186.82 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.0175638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.343;QD=14.6523;RBI=0.0318494;REFB=-0.00948459;REVB=0.0265687;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366787;STB=0.706256;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00608625;OID=.;OPOS=35871217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:5:25:10:11:5:25 chr14 35873770 . G A 1833.41 PASS AF=0.302879;AO=240;DP=799;FAO=242;FDP=799;FR=.;FRO=557;FSAF=120;FSAR=122;FSRF=310;FSRR=247;FWDB=0.031633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1694;QD=9.1785;RBI=0.0546931;REFB=-0.00711102;REVB=0.0446171;RO=553;SAF=118;SAR=122;SRF=308;SRR=245;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789138;STB=0.542275;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0159988;OID=.;OPOS=35873770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:799:799:553:557:240:242:0.302879:122:118:308:245:122:120:310:247 chr14 36003547 . GGCCCCA GCCCA,GGCCC,GGCCCA,GGGCCCA 649.18 PASS AF=0,0.00917431,0.954128,0;AO=25,15,33,6;DP=112;FAO=0,1,104,0;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=0,1,36,0;FSAR=0,0,68,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0134235,-0.0257546,0.0140004,0.0272805;FXX=0.0180164;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,2,1,1;MLLD=8.62915,74.7086,9.02411,5.11963;QD=23.8232;RBI=0.08493,0.031675,0.160461,0.269931;REFB=0.04738,0.0203733,-0.0898847,-0.158797;REVB=-0.0838624,-0.0184393,0.159849,0.268549;RO=24;SAF=0,12,15,4;SAR=25,3,18,2;SRF=8;SRR=16;SSEN=0.5,0,0,0;SSEP=0,0.533333,0.533333,0;SSSB=-0.831644,0.497138,0.0943891,0.378376;STB=0.5,0.992027,0.503942,0.5;STBP=1,0.249,0.69,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0,0.0495411,0.0677072,0;OID=.,.,.,.;OPOS=36003548,36003552,36003549,36003549;OREF=GC,CA,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=GCCCA,GGCCC,GGCCCA,GGGCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.00917431,0.954128,0:25,15,33,6:112:0,1,104,0:109:4:0,1,36,0:0,0,68,0:1:3:6:24:0,12,15,4:25,3,18,2:8:16 chr14 36004075 . A G 727.13 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1311;QD=63.2286;RBI=0.0250424;REFB=0;REVB=-0.0225791;RO=0;SAF=35;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9568e-05;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:11:35:0:0:11:35:0:0 chr14 36004247 . C CG 35.99 PASS AF=0.110843;AO=74;DP=420;FAO=46;FDP=415;FR=.;FRO=369;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=121;FSRR=248;FWDB=-0.0346391;FXX=0.0142514;HRUN=0;LEN=1;MLLD=29.6737;QD=0.346908;RBI=0.0459778;REFB=-0.0263886;REVB=-0.030234;RO=343;SAF=49;SAR=25;SRF=107;SRR=236;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432531;STB=0.811285;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.162847;OID=.;OPOS=36004248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.110843:74:420:46:415:369:33:13:121:248:35:343:49:25:107:236 chr14 36005659 . T C 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0854107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1356;QD=20.7546;RBI=0.105413;REFB=0.00219958;REVB=0.0617805;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329235;STB=0.687239;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00408039;OID=.;OPOS=36005659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:4:11:4:8:4:11:4:8 chr14 36153177 . T C 1801.49 PASS AF=0.953125;AO=121;DP=128;FAO=122;FDP=128;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00672274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.668;QD=56.2967;RBI=0.00685229;REFB=-0.0249242;REVB=0.00132612;RO=6;SAF=55;SAR=66;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490483;STB=0.52542;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000759871;OID=.;OPOS=36153177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:128:128:6:6:121:122:0.953125:66:55:6:0:66:56:6:0 chr14 36191030 . A G 1641.21 PASS AF=0.965517;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0106422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.535;QD=56.5935;RBI=0.0124422;REFB=-0.0173872;REVB=0.00644594;RO=4;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306006;STB=0.516126;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=7.86889e-05;OID=.;OPOS=36191030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:116:116:4:4:112:112:0.965517:60:52:0:4:60:52:0:4 chr14 36334905 . CTTTTTTTTTTTT CCTCTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTT 197.85 PASS AF=0.111111,0.0888889,0.711111;AO=2,2,9;DP=55;FAO=5,4,32;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=1,4,28;FSAR=4,0,4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0349446,-0.11249,-0.210353;FXX=0.181785;HRUN=15,15,15;LEN=3,1,3;MLLD=202.702,102.939,7.00998;QD=17.5864;RBI=0.110656,0.15278,0.236854;REFB=-0.0296397,-0.0885052,-0.207533;REVB=-0.104993,-0.103381,-0.108865;RO=1;SAF=2,2,9;SAR=0,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.832095,0.5,0.533313;STBP=0.058,1,0.577;TYPE=mnp,snp,del;VARB=-0.0111358,0.0691762,0.049059;OID=.,.,.;OPOS=36334906,36334917,36334906;OREF=TTT,T,TTT;OALT=CTC,A,-;OMAPALT=CCTCTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.111111,0.0888889,0.711111:2,2,9:55:5,4,32:45:4:1,4,28:4,0,4:4:0:34:1:2,2,9:0,0,0:1:0 chr14 36400983 . T G 386.52 PASS AF=0.348148;AO=47;DP=135;FAO=47;FDP=135;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0262054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.21;QD=11.4525;RBI=0.0343957;REFB=-0.0136596;REVB=-0.0222786;RO=88;SAF=24;SAR=23;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249847;STB=0.514334;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0239035;OID=.;OPOS=36400983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:88:88:47:47:0.348148:23:24:43:45:23:24:43:45 chr14 36840807 . A G 787.2 PASS AF=0.342756;AO=94;DP=282;FAO=97;FDP=283;FR=.;FRO=186;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=85;FSRR=101;FWDB=-0.00410741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.634;QD=11.1264;RBI=0.00417678;REFB=-0.00858563;REVB=0.000758097;RO=187;SAF=43;SAR=51;SRF=85;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0033996;STB=0.50224;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0152232;OID=.;OPOS=36840807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:283:187:186:94:97:0.342756:51:43:85:102:53:44:85:101 chr14 37063123 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.805;QD=58.2393;RBI=0.0229006;REFB=0;REVB=0.0181764;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91328e-05;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr14 37063294 . A G 871.24 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00465278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.494;QD=56.2088;RBI=0.00958644;REFB=0.124142;REVB=0.00838162;RO=1;SAF=24;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192603;STB=0.510201;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=6.46069e-06;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:37:24:1:0:37:24:1:0 chr14 37135752 . C T 2162.71 PASS AF=0.716049;AO=173;DP=242;FAO=174;FDP=243;FR=.;FRO=69;FSAF=65;FSAR=109;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00754641;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.493;QD=35.6002;RBI=0.0137113;REFB=-0.0214051;REVB=-0.0114478;RO=66;SAF=65;SAR=108;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183056;STB=0.518396;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0342259;OID=.;OPOS=37135752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:66:69:173:174:0.716049:108:65:27:39:109:65:30:39 chr14 37135753 . G C 413.38 PASS AF=0.25523;AO=60;DP=239;FAO=61;FDP=239;FR=.;FRO=178;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=71;FSRR=107;FWDB=0.0299565;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.849;QD=6.91844;RBI=0.0448135;REFB=0.00464803;REVB=0.0333294;RO=178;SAF=22;SAR=38;SRF=71;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427708;STB=0.517151;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0046062;OID=.;OPOS=37135753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:178:178:60:61:0.25523:38:22:71:107:38:23:71:107 chr14 37180685 . T C 2240.12 PASS AF=0.986755;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0292222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.499;QD=59.341;RBI=0.0294697;REFB=-0.0416434;REVB=0.00381124;RO=2;SAF=57;SAR=92;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010227;STB=0.505376;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000417159;OID=.;OPOS=37180685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:151:2:2:149:149:0.986755:92:57:0:2:92:57:0:2 chr14 37203697 . G A 2190.98 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00378161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3152;QD=62.1554;RBI=0.0928356;REFB=-0.0252413;REVB=-0.0927585;RO=0;SAF=64;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33035e-08;STB=0.503268;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000182633;OID=.;OPOS=37203697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:0:1:140:140:0.992908:76:64:0:0:76:64:0:1 chr14 37344229 . A AG 199.05 PASS AF=0.444444;AO=22;DP=59;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.014179;FXX=0.0181785;HRUN=0;LEN=1;MLLD=144.468;QD=14.7444;RBI=0.0250961;REFB=-0.00443159;REVB=0.0207067;RO=34;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537808;STB=0.528822;STBP=0.727;TYPE=ins;VARB=0.00858167;OID=.;OPOS=37344230;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:22:59:24:54:30:10:14:11:19:99:34:8:14:14:20 chr14 37641880 . C A 95.43 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0433451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.9222;QD=7.34105;RBI=0.0449444;REFB=0.00620057;REVB=-0.0118831;RO=39;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195846;STB=0.622446;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0182811;OID=.;OPOS=37641880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:9:4:18:21:9:4:18:21 chr14 38061742 . C T 1868.46 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000126552;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.802;QD=61.2608;RBI=0.0828856;REFB=0;REVB=0.0828855;RO=0;SAF=62;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014017;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:58:62:0:0:60:62:0:0 chr14 38218343 . A G 435.81 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.00308719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.745;QD=16.4458;RBI=0.0315299;REFB=-0.0160445;REVB=-0.0313784;RO=57;SAF=22;SAR=26;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540106;STB=0.534222;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0155593;OID=.;OPOS=38218343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:58:48:48:0.45283:26:22:23:34:26:22:23:35 chr14 38266074 . C T 484.08 PASS AF=0.376623;AO=58;DP=154;FAO=58;FDP=154;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=0.0117517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6903;QD=12.5735;RBI=0.0268626;REFB=0.00424484;REVB=-0.0241557;RO=96;SAF=28;SAR=30;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845617;STB=0.547892;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00576668;OID=.;OPOS=38266074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:96:96:58:58:0.376623:30:28:39:57:30:28:39:57 chr14 38277999 . C T 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0107138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7941;QD=30.6476;RBI=0.0146947;REFB=-0.0463991;REVB=0.0100572;RO=14;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588612;STB=0.532323;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0166174;OID=.;OPOS=38277999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:16:11:7:7:16:11:7:7 chr14 39650234 . A T 134.86 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117681;FXX=0.076864;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.604;QD=44.9519;RBI=0.0120651;REFB=0;REVB=0.00266063;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210301;OID=.;OPOS=39650234;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr14 39650824 . C T 230.81 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0110346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.585;QD=38.4685;RBI=0.0265392;REFB=-0.00826424;REVB=-0.0241365;RO=2;SAF=15;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539403;STB=0.599893;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00508854;OID=.;OPOS=39650824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:2:4:20:20:0.833333:5:15:1:1:5:15:1:3 chr14 39650924 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.791;QD=57.6806;RBI=0.0396932;REFB=0;REVB=0.00599563;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213229;OID=.;OPOS=39650924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr14 39703324 . A G 3106.09 PASS AF=0.980952;AO=204;DP=208;FAO=206;FDP=210;FR=.;FRO=4;FSAF=97;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.000714231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.361;QD=59.1635;RBI=0.0489304;REFB=0.0529909;REVB=-0.0489252;RO=3;SAF=95;SAR=109;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00367146;STB=0.504223;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.000201342;OID=.;OPOS=39703324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:208:210:3:4:204:206:0.980952:109:95:1:2:109:97:1:3 chr14 39716201 . A G 1781.25 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=123;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00121547;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.33;QD=58.4015;RBI=0.00195099;REFB=-0.085407;REVB=-0.00152611;RO=0;SAF=56;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511626;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000399497;OID=.;OPOS=39716201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:122:0:3:119:119:0.97541:63:56:0:0:63:56:0:3 chr14 39722023 . G C 1063.81 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175222;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9869;QD=59.9331;RBI=0.0319855;REFB=0;REVB=0.026759;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142434;OID=.;OPOS=39722023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr14 39736680 . T C 1547.19 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00264093;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.502;QD=59.5073;RBI=0.00605298;REFB=0;REVB=0.00544647;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00818e-05;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:58:45:0:0:59:45:0:0 chr14 39784014 . A G 871.06 PASS AF=0.890411;AO=63;DP=73;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0858562;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1196;QD=47.729;RBI=0.087999;REFB=-0.00579962;REVB=0.0193013;RO=9;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930976;STB=0.541882;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00262952;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:9:8:63:65:0.890411:31:32:1:8:32:33:1:7 chr14 39818028 . A G 2421.05 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.83;QD=61.2924;RBI=0.0223406;REFB=0;REVB=-0.00571003;RO=0;SAF=96;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49442e-05;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:62:96:0:0:62:96:0:0 chr14 39818032 . G A 442.58 PASS AF=0.350318;AO=55;DP=160;FAO=55;FDP=157;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=63;FSRR=39;FWDB=0.00271043;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.592;QD=11.2759;RBI=0.00949486;REFB=8.97053e-05;REVB=0.00909978;RO=104;SAF=31;SAR=24;SRF=65;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072089;STB=0.535981;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000146711;OID=.;OPOS=39818032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:157:104:102:55:55:0.350318:24:31:65:39:24:31:63:39 chr14 39819734 . T G 2405.86 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216051;FXX=0.00632871;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234;QD=61.2957;RBI=0.0225955;REFB=0;REVB=0.0066166;RO=0;SAF=60;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15615e-05;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:157:0:0:157:157:1:97:60:0:0:97:60:0:0 chr14 39868646 . C A 326.3 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0336284;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.085;QD=22.5035;RBI=0.0386371;REFB=-0.00907737;REVB=-0.0190251;RO=26;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118836;STB=0.506325;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00905443;OID=.;OPOS=39868646;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:25:32:33:0.568966:18:14:11:15:18:15:11:14 chr14 39871017 . T C 271.2 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0180202;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.8451;QD=22.1391;RBI=0.019275;REFB=0.00589329;REVB=-0.00684076;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528002;STB=0.529581;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.000834847;OID=.;OPOS=39871017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:12:12:14:11:12:12 chr14 39901157 . C A 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0525536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.914;QD=11.9714;RBI=0.0527012;REFB=-0.0190455;REVB=-0.00394169;RO=33;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152373;STB=0.590135;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0231233;OID=.;OPOS=39901157;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:11:6:16:17:11:6:16:17 chr14 42360633 . T C 526.23 PASS AF=0.398693;AO=58;DP=150;FAO=61;FDP=153;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.00651582;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.579;QD=13.7576;RBI=0.0216422;REFB=-0.00617811;REVB=0.020638;RO=92;SAF=33;SAR=25;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1565;STB=0.570035;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0082839;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:92:92:58:61:0.398693:25:33:39:53:28:33:39:53 chr14 42368186 . C A 121.47 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=61;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00171936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.472;QD=7.71258;RBI=0.0213336;REFB=-0.00955806;REVB=0.0212642;RO=45;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267189;STB=0.609637;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0150546;OID=.;OPOS=42368186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:45:45:16:18:0.285714:6:10:18:27:8:10:18:27 chr14 42998026 . T C 892.41 PASS AF=0.941176;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0465485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.7;QD=52.4948;RBI=0.0524269;REFB=-0.0017155;REVB=0.0241208;RO=4;SAF=27;SAR=37;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886683;STB=0.504702;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.000374624;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:68:4:4:64:64:0.941176:37:27:2:2:37:27:2:2 chr14 44974966 . G A 482.51 PASS AF=0.321053;AO=61;DP=190;FAO=61;FDP=190;FR=.;FRO=129;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=66;FSRR=63;FWDB=0.00565915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.305;QD=10.1581;RBI=0.00941355;REFB=-0.000422393;REVB=0.00752256;RO=129;SAF=30;SAR=31;SRF=66;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023304;STB=0.513453;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.000927585;OID=.;OPOS=44974966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:129:129:61:61:0.321053:31:30:66:63:31:30:66:63 chr14 44975052 . A G 454.89 PASS AF=0.364238;AO=55;DP=151;FAO=55;FDP=151;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.00589142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9737;QD=12.05;RBI=0.0141124;REFB=-0.00928986;REVB=0.0128239;RO=96;SAF=24;SAR=31;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829405;STB=0.547262;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0231926;OID=.;OPOS=44975052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:96:96:55:55:0.364238:31:24:49:47:31:24:49:47 chr14 44975606 . G T 314.81 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.013902;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2124;QD=14.4742;RBI=0.0326171;REFB=-0.0125835;REVB=0.0295061;RO=52;SAF=19;SAR=16;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00465686;STB=0.520573;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0178458;OID=.;OPOS=44975606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:52:52:35:35:0.402299:16:19:28:24:16:19:30:22 chr14 45432870 . G C 168.9 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0534933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1854;QD=12.992;RBI=0.0781902;REFB=0.011204;REVB=-0.0570279;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190667;STB=0.599908;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0165478;OID=.;OPOS=45432870;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:32:20:20:0.384615:8:12:23:7:8:12:24:8 chr14 45433155 . C G 1086.19 PASS AF=0.595238;AO=100;DP=169;FAO=100;FDP=168;FR=.;FRO=68;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0328574;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3403;QD=25.8617;RBI=0.0331082;REFB=0.00947072;REVB=0.00406752;RO=66;SAF=55;SAR=45;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257545;STB=0.520355;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00762055;OID=.;OPOS=45433155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:66:68:100:100:0.595238:45:55:34:32:45:55:34:34 chr14 45515838 . A G 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00562004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.105;QD=16.9929;RBI=0.0169813;REFB=-0.0109953;REVB=-0.0160244;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766364;STB=0.543049;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0112437;OID=.;OPOS=45515838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:13:14:18:12:13:14:18:12 chr14 45606287 . C T 923.38 PASS AF=0.742857;AO=75;DP=102;FAO=78;FDP=105;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0452527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1888;QD=35.1762;RBI=0.052944;REFB=-0.0427901;REVB=0.0274819;RO=27;SAF=34;SAR=41;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323458;STB=0.514702;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0148642;OID=.;OPOS=45606287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:27:27:75:78:0.742857:41:34:14:13:42:36:14:13 chr14 45650900 . A G 193.81 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0658974;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3661;QD=13.8433;RBI=0.070626;REFB=-0.0069207;REVB=0.0254079;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486882;STB=0.538428;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00698149;OID=.;OPOS=45650900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:14:9:14:18:14:9:15:18 chr14 45664721 . C G 612.55 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0124449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.337;QD=21.683;RBI=0.0704853;REFB=-0.00940639;REVB=0.0693779;RO=52;SAF=27;SAR=34;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965829;STB=0.552989;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0116748;OID=.;OPOS=45664721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:52:61:61:0.539823:34:27:29:23:34:27:29:23 chr14 45665468 . C G 691.08 PASS AF=0.607477;AO=65;DP=106;FAO=65;FDP=107;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0375522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.455;QD=25.8346;RBI=0.0391754;REFB=-0.0323584;REVB=-0.0111601;RO=41;SAF=29;SAR=36;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582817;STB=0.535609;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0152024;OID=.;OPOS=45665468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:41:42:65:65:0.607477:36:29:15:26:36:29:15:27 chr14 45696037 . T G 263.67 PASS AF=0.6;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00620778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.832;QD=26.3674;RBI=0.00715941;REFB=-0.00486711;REVB=-0.00356659;RO=16;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824495;STB=0.551904;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00315132;OID=.;OPOS=45696037;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:23:24:0.6:9:14:8:8:9:15:8:8 chr14 45711594 . T C 470.58 PASS AF=0.484536;AO=46;DP=95;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.00976213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.663;QD=19.4055;RBI=0.0502159;REFB=-0.0229694;REVB=0.0492579;RO=49;SAF=29;SAR=17;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645106;STB=0.546211;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0341471;OID=.;OPOS=45711594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:49:50:46:47:0.484536:17:29:34:15:18:29:35:15 chr14 47309496 . G T 283.5 PASS AF=0.367089;AO=24;DP=81;FAO=29;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0258427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7363;QD=14.3546;RBI=0.0273625;REFB=-0.0208908;REVB=0.00899232;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882762;STB=0.522433;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0306883;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:33:39:24:29:0.367089:11:13:15:18:16:13:19:20 chr14 47341131 . C G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.728;QD=57.2024;RBI=0.0291935;REFB=0;REVB=-0.0090149;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012321;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr14 47528470 . T C 1602.46 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.9662;QD=64.0984;RBI=0.0534022;REFB=0;REVB=0.0152999;RO=0;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117626;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:62:38:0:0:62:38:0:0 chr14 47528551 . T A 1655.14 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.887;QD=59.6448;RBI=0.0193847;REFB=0;REVB=0.0125575;RO=1;SAF=43;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109117;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00295e-05;OID=.;OPOS=47528551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:1:0:110:111:1:67:43:1:0:67:44:0:0 chr14 48143852 . C T 377.83 PASS AF=0.353846;AO=46;DP=130;FAO=46;FDP=130;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.00755765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.29;QD=11.6256;RBI=0.0164262;REFB=-0.0253312;REVB=-0.0145843;RO=84;SAF=23;SAR=23;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402786;STB=0.523067;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.049207;OID=.;OPOS=48143852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:84:84:46:46:0.353846:23:23:45:39:23:23:45:39 chr14 50019417 . G C 223.77 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0109218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.555;QD=17.5505;RBI=0.0243475;REFB=-0.00667801;REVB=0.0217604;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269503;STB=0.629517;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00851582;OID=.;OPOS=50019417;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:27:23:24:0.470588:17:6:14:13:17:7:14:13 chr14 50044392 . T C 803.22 PASS AF=0.62931;AO=73;DP=116;FAO=73;FDP=116;FR=.;FRO=43;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0149084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.56;QD=27.6971;RBI=0.0200267;REFB=0.000374891;REVB=0.0133719;RO=43;SAF=49;SAR=24;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101507;STB=0.555082;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.000110618;OID=.;OPOS=50044392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:43:43:73:73:0.62931:24:49:23:20:24:49:23:20 chr14 50065359 . C G 1526.17 PASS AF=0.572016;AO=139;DP=243;FAO=139;FDP=243;FR=.;FRO=104;FSAF=60;FSAR=79;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=0.0762364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5755;QD=25.1222;RBI=0.0772017;REFB=0.00619587;REVB=-0.0121697;RO=104;SAF=60;SAR=79;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544626;STB=0.529562;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00323055;OID=.;OPOS=50065359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:104:104:139:139:0.572016:79:60:52:52:79:60:52:52 chr14 50065445 . A C 942.71 PASS AF=0.582781;AO=88;DP=139;FAO=88;FDP=151;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0189568;FXX=0.0503113;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.214;QD=24.9725;RBI=0.019616;REFB=-0.0230549;REVB=0.00504247;RO=49;SAF=38;SAR=50;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115607;STB=0.551848;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.017069;OID=.;OPOS=50065445;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:151:49:63:88:88:0.582781:50:38:22:27:50:38:35:28 chr14 50065717 . G C 1708.11 PASS AF=0.653333;AO=147;DP=225;FAO=147;FDP=225;FR=.;FRO=78;FSAF=48;FSAR=99;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00199069;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.935;QD=30.3664;RBI=0.00214286;REFB=-0.0090761;REVB=0.0007931;RO=76;SAF=48;SAR=99;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119278;STB=0.56526;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00324154;OID=.;OPOS=50065717;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:76:78:147:147:0.653333:99:48:38:38:99:48:39:39 chr14 50074122 . T A 220.07 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0350317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.7722;QD=32.603;RBI=0.0411586;REFB=0.0160829;REVB=-0.0216057;RO=7;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168864;STB=0.592503;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00811929;OID=.;OPOS=50074122;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:7:7:20:20:0.740741:10:10:1:6:10:10:1:6 chr14 50074520 . C T 489.74 PASS AF=0.509804;AO=50;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0116986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.392;QD=19.2056;RBI=0.0291213;REFB=0.000831071;REVB=-0.0266682;RO=49;SAF=22;SAR=28;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063183;STB=0.538153;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.000615833;OID=.;OPOS=50074520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:50:50:52:0.509804:28:22:25:24:30:22:25:25 chr14 50085571 . G A 612.79 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.044236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.661;QD=21.6917;RBI=0.044301;REFB=-0.00409013;REVB=-0.00239966;RO=50;SAF=23;SAR=38;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371717;STB=0.531458;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00369806;OID=.;OPOS=50085571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:50:52:61:61:0.539823:38:23:21:29:38:23:23:29 chr14 50085655 . GAAAATTG GAAATGAT,GAAATTG,GAAATTGG 1355.95 PASS AF=0.0534351,0.946565,0;AO=7,40,5;DP=132;FAO=7,124,0;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=7,51,0;FSAR=0,73,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0695693,0.269507,0.156054;FXX=0.00757518;HRUN=4,4,4;LEN=4,1,3;MLLD=206.13,13.5129,8.64903;QD=41.403;RBI=0.0885193,0.970253,0.33073;REFB=0,0,0;REVB=0.0547337,0.932071,0.291598;RO=69;SAF=7,32,5;SAR=0,8,0;SRF=5;SRR=64;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.413897,0;SSSB=0.838745,0.696758,0.816045;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.229442,0.0419697,0;OID=.,.,.;OPOS=50085659,50085656,50085659;OREF=ATTG,A,ATT;OALT=TGAT,-,TTG;OMAPALT=GAAATGAT,GAAATTG,GAAATTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0534351,0.946565,0:7,40,5:132:7,124,0:131:0:7,51,0:0,73,0:0:0:14:69:7,32,5:0,8,0:5:64 chr14 50088754 . T G 352.89 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00887562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.67;QD=26.14;RBI=0.0101597;REFB=-0.00389167;REVB=0.0049439;RO=20;SAF=11;SAR=23;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163335;STB=0.589689;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00282006;OID=.;OPOS=50088754;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:23:11:11:9:23:11:11:9 chr14 50089558 . A G 195.52 PASS AF=0.72;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0114674;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.8815;QD=31.2839;RBI=0.0531769;REFB=-0.0223326;REVB=0.0519257;RO=6;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515135;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0142649;OID=.;OPOS=50089558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:6:7:18:18:0.72:12:6:2:4:12:6:2:5 chr14 50092598 . T C 406.7 PASS AF=0.555556;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0116914;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.245;QD=22.5945;RBI=0.0155403;REFB=-0.00457684;REVB=-0.0102377;RO=30;SAF=18;SAR=21;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00407256;STB=0.502784;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00563114;OID=.;OPOS=50092598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:32:39:40:0.555556:21:18:14:16:21:19:15:17 chr14 50100386 . T C 419.02 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00380846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.621;QD=20.1935;RBI=0.00458422;REFB=-0.010803;REVB=0.00255162;RO=41;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539979;STB=0.529962;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0098333;OID=.;OPOS=50100386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:26:16:18:23:26:16:18:23 chr14 50101370 . G A 1998.09 PASS AF=0.592233;AO=182;DP=308;FAO=183;FDP=309;FR=.;FRO=126;FSAF=77;FSAR=106;FSRF=73;FSRR=53;FWDB=0.0241809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.864;QD=25.8653;RBI=0.0500302;REFB=-0.0380077;REVB=0.0437985;RO=126;SAF=76;SAR=106;SRF=73;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123018;STB=0.564965;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0293247;OID=.;OPOS=50101370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:309:126:126:182:183:0.592233:106:76:73:53:106:77:73:53 chr14 50101682 . C G 2253.59 PASS AF=0.547804;AO=211;DP=385;FAO=212;FDP=387;FR=.;FRO=175;FSAF=85;FSAR=127;FSRF=86;FSRR=89;FWDB=0.0301078;FXX=0.00257725;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.948;QD=23.2929;RBI=0.0302886;REFB=-0.0221393;REVB=-0.00330378;RO=174;SAF=84;SAR=127;SRF=86;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818476;STB=0.541878;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0161062;OID=.;OPOS=50101682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:387:174:175:211:212:0.547804:127:84:86:88:127:85:86:89 chr14 50120858 . C T 562.21 PASS AF=0.542857;AO=55;DP=103;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00995806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.7;QD=21.4175;RBI=0.0111847;REFB=-0.00210411;REVB=-0.00509252;RO=48;SAF=21;SAR=34;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249957;STB=0.515437;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00176526;OID=.;OPOS=50120858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:48:48:55:57:0.542857:34:21:17:31:35:22:17:31 chr14 50121507 . G C 1694.78 PASS AF=0.570397;AO=158;DP=278;FAO=158;FDP=277;FR=.;FRO=119;FSAF=67;FSAR=91;FSRF=55;FSRR=64;FWDB=-0.00248357;FXX=0.00359699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.045;QD=24.4734;RBI=0.0560707;REFB=0.00297176;REVB=-0.0560156;RO=117;SAF=67;SAR=91;SRF=53;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231532;STB=0.516682;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0025471;OID=.;OPOS=50121507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:277:117:119:158:158:0.570397:91:67:53:64:91:67:55:64 chr14 50131846 . G T 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00788045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.376;QD=25.8142;RBI=0.0233051;REFB=-0.0244961;REVB=-0.0219323;RO=20;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180082;STB=0.599294;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0196486;OID=.;OPOS=50131846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:14:13:5:15:14:13:5:15 chr14 50140880 . T C 883.92 PASS AF=0.517647;AO=88;DP=170;FAO=88;FDP=170;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=64;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0174013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9097;QD=20.7981;RBI=0.0270651;REFB=0.0110716;REVB=0.0207296;RO=82;SAF=24;SAR=64;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179177;STB=0.598749;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00997066;OID=.;OPOS=50140880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:82:82:88:88:0.517647:64:24:37:45:64:24:37:45 chr14 50195679 . A G 4020.08 PASS AF=1;AO=257;DP=257;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7122;QD=62.3268;RBI=0.0079389;REFB=0;REVB=0.0047325;RO=0;SAF=117;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39413e-05;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:257:258:0:0:257:258:1:140:117:0:0:141:117:0:0 chr14 50251369 . A G,T 1497.69 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=92,4;DP=96;FAO=92,4;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44,4;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150726,0.00351293;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.423,151.073;QD=62.4039;RBI=0.0177858,0.0140044;REFB=0,0;REVB=-0.00944208,-0.0135566;RO=0;SAF=44,4;SAR=48,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000325744,0.141281;OID=.,.;OPOS=50251369,50251369;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:96:96:0:0:92,4:92,4:0.958333,0.0416667:48,0:44,4:0:0:48,0:44,4:0:0 chr14 50298962 . T A 905.55 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.919;QD=56.5971;RBI=0.0182253;REFB=-0.0357616;REVB=0.0141227;RO=1;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154807;STB=0.508194;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=7.33303e-05;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:30:33:0:1:30:33:0:1 chr14 50320391 . A G 349.09 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.101;QD=53.7055;RBI=0.0817643;REFB=0;REVB=-0.0793557;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52273e-05;OID=.;OPOS=50320391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:10:16:0:0 chr14 50477643 . G C 1393.09 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152318;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0021;QD=61.2349;RBI=0.0610873;REFB=-0.0276609;REVB=-0.0591579;RO=1;SAF=47;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997727;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=5.74964e-05;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:91:1:1:89:90:0.989011:42:47:1:0:43:47:1:0 chr14 50575408 . C T 156.28 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0209253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.132;QD=15.6275;RBI=0.0578177;REFB=-0.00978213;REVB=-0.0538982;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124324;STB=0.571347;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.012653;OID=.;OPOS=50575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:8:15:9:8:8:15 chr14 50575411 . A G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0228522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.314;QD=16.6157;RBI=0.0245706;REFB=-0.00220531;REVB=-0.00902747;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872856;STB=0.549942;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0034496;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:8:13:9:8:8:13 chr14 50583083 . G T 445.84 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0265598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2547;QD=23.4652;RBI=0.0300182;REFB=-0.0261699;REVB=0.0139883;RO=28;SAF=22;SAR=21;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598473;STB=0.511622;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0201147;OID=.;OPOS=50583083;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:28:33:43:43:0.565789:21:22:12:16:21:22:16:17 chr14 50585248 . C T 1224.09 PASS AF=0.557143;AO=117;DP=212;FAO=117;FDP=210;FR=.;FRO=93;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=0.0254699;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.691;QD=23.3159;RBI=0.029826;REFB=-0.00995746;REVB=0.0155202;RO=93;SAF=54;SAR=63;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346387;STB=0.518844;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00809121;OID=.;OPOS=50585248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:210:93:93:117:117:0.557143:63:54:39:54:63:54:39:54 chr14 50623657 . G A 495.65 PASS AF=0.433071;AO=51;DP=123;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0269798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5295;QD=15.611;RBI=0.0373306;REFB=-0.0389963;REVB=-0.0258005;RO=71;SAF=16;SAR=35;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928217;STB=0.563708;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0282403;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:127:71:72:51:55:0.433071:35:16:28:43:39:16:28:44 chr14 50623669 . G A 61.02 PASS AF=0.121739;AO=14;DP=115;FAO=14;FDP=115;FR=.;FRO=101;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=65;FWDB=-0.0901514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.885;QD=2.12236;RBI=0.0934903;REFB=-0.00717578;REVB=-0.0247619;RO=100;SAF=3;SAR=11;SRF=36;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212134;STB=0.652728;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0479956;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:115:115:100:101:14:14:0.121739:11:3:36:64:11:3:36:65 chr14 50623679 . G A 186.91 PASS AF=0.320513;AO=28;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00813347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3873;QD=9.58497;RBI=0.0624198;REFB=-0.0528116;REVB=-0.0618876;RO=50;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00344749;STB=0.543444;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.084855;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:53:28:25:0.320513:18:10:18:32:15:10:18:35 chr14 50623683 . A G 166.27 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0377461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2983;QD=9.36751;RBI=0.0479854;REFB=-0.0436431;REVB=-0.0296282;RO=46;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350819;STB=0.520392;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0883371;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:17:8:16:30:17:8:16:30 chr14 50623696 . TA AT,T 57.93 PASS AF=0,0.362319;AO=5,15;DP=64;FAO=0,25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=0,4;FSAR=0,21;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0176912,0.0892086;FXX=0.054787;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=34.398,9.08617;QD=3.35851;RBI=0.229342,0.247685;REFB=-0.00203602,-0.0997211;REVB=-0.228659,-0.231062;RO=37;SAF=1,1;SAR=4,14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.316687,-0.604827;STB=0.5,0.736625;STBP=1,0.008;TYPE=mnp,del;VARB=0.076176,0.11655;OID=.,.;OPOS=50623696,50623697;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:64:69:37:44:5,15:0,25:0,0.362319:4,14:1,1:17:20:0,21:0,4:20:24 chr14 50704331 . C T 293.17 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00155076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.657;QD=22.9933;RBI=0.00834426;REFB=-0.0156268;REVB=-0.00819889;RO=22;SAF=12;SAR=17;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155022;STB=0.58531;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0148447;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:17:12:5:17:17:12:5:17 chr14 50713679 . T G 401.45 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.064;QD=53.5264;RBI=0.0376704;REFB=0;REVB=0.0270081;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000901358;OID=.;OPOS=50713679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:27:30:1:21:6:0:0:23:7:0:0 chr14 50769717 . G A 348.59 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0271046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5312;QD=33.1994;RBI=0.0302379;REFB=0.0045123;REVB=0.0134043;RO=13;SAF=11;SAR=18;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487675;STB=0.52666;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00117335;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:13:29:29:0.690476:18:11:6:7:18:11:6:7 chr14 50778816 . A C 1524.86 PASS AF=0.599138;AO=136;DP=221;FAO=139;FDP=232;FR=.;FRO=93;FSAF=85;FSAR=54;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.0326828;FXX=0.00429166;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.77;QD=26.2907;RBI=0.0330171;REFB=-0.0155726;REVB=0.00468644;RO=81;SAF=83;SAR=53;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509221;STB=0.512943;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0103689;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:232:81:93:136:139:0.599138:53:83:50:31:54:85:54:39 chr14 50786004 . A G 268.45 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0533703;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.2222;QD=21.4756;RBI=0.0551968;REFB=-0.00595297;REVB=-0.0140821;RO=23;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232789;STB=0.629534;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00517015;OID=.;OPOS=50786004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:17:10:15:8:17:10:15:8 chr14 50788213 . C T 688.84 PASS AF=0.621359;AO=64;DP=103;FAO=64;FDP=103;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.000196089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.13;QD=26.7512;RBI=0.033486;REFB=0.0150698;REVB=-0.0334855;RO=39;SAF=40;SAR=24;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255364;STB=0.638511;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00410217;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:39:39:64:64:0.621359:24:40:10:29:24:40:10:29 chr14 50798743 . G A 485.9 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0113024;FXX=0.0645092;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.62;QD=22.3401;RBI=0.0206612;REFB=-0.0220244;REVB=-0.0172957;RO=40;SAF=22;SAR=24;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195748;STB=0.599959;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0132363;OID=.;OPOS=50798743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:87:40:41:46:46:0.528736:24:22:10:30:24:22:11:30 chr14 50799126 . G C 705.08 PASS AF=0.635417;AO=60;DP=95;FAO=61;FDP=96;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.000888599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8949;QD=29.3782;RBI=0.0137709;REFB=-0.0190416;REVB=0.0137422;RO=35;SAF=22;SAR=38;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14322;STB=0.579591;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00882732;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:35:35:60:61:0.635417:38:22:20:15:39:22:20:15 chr14 50802727 . A C 715.15 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0212963;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.5279;QD=20.7289;RBI=0.022417;REFB=-0.0119723;REVB=0.0069993;RO=67;SAF=29;SAR=41;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00331652;STB=0.50128;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0179146;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:67:68:70:70:0.507246:41:29:28:39:41:29:28:40 chr14 50802840 . A G 494.22 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00239359;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.542;QD=17.3409;RBI=0.00928222;REFB=0.00199042;REVB=0.0089683;RO=60;SAF=23;SAR=30;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155454;STB=0.51359;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.0022836;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:60:61:53:53:0.464912:30:23:27:33:30:23:28:33 chr14 50824839 . G A 781.47 PASS AF=0.656566;AO=63;DP=97;FAO=65;FDP=99;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00977975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.937;QD=31.5744;RBI=0.0425061;REFB=-0.033255;REVB=0.0413658;RO=33;SAF=29;SAR=34;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924547;STB=0.548834;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0210955;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:33:34:63:65:0.656566:34:29:20:13:36:29:20:14 chr14 50844367 . G GA 364.69 PASS AF=0.488235;AO=47;DP=177;FAO=83;FDP=170;FR=.;FRO=87;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=62;FWDB=0.161281;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.2247;QD=8.58106;RBI=0.201323;REFB=-0.106745;REVB=0.120497;RO=127;SAF=44;SAR=3;SRF=32;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.772444;STB=0.645647;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.184821;OID=.;OPOS=50844368;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488235:47:177:83:170:87:48:35:25:62:99:127:44:3:32:95 chr14 50935150 . A G 1529.27 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0107196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.623;QD=56.6397;RBI=0.0110257;REFB=-0.00962783;REVB=-0.00258017;RO=3;SAF=47;SAR=58;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116527;STB=0.506143;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=2.51406e-05;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:108:3:3:105:105:0.972222:58:47:2:1:58:47:2:1 chr14 51057727 . G A 1543.53 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300606;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.212;QD=59.943;RBI=0.0304224;REFB=0;REVB=0.00467733;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16638e-05;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:50:52:0:0:50:53:0:0 chr14 51192659 . G A 4264.61 PASS AF=0.985714;AO=275;DP=281;FAO=276;FDP=280;FR=.;FRO=4;FSAF=119;FSAR=157;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0341643;FXX=0.00355859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.9081;QD=60.9231;RBI=0.0342296;REFB=-0.116632;REVB=0.00211467;RO=4;SAF=119;SAR=156;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509011;STB=0.50264;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00058443;OID=.;OPOS=51192659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:281:280:4:4:275:276:0.985714:156:119:1:3:157:119:1:3 chr14 51204996 . C T 1461.21 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8901;QD=62.8476;RBI=0.0374246;REFB=0;REVB=0.024533;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00287e-08;OID=.;OPOS=51204996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:90:93:1:57:33:0:0:59:34:0:0 chr14 51237701 . A G 1831.49 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511423;FXX=0.0245881;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1577;QD=61.5627;RBI=0.0513846;REFB=0;REVB=0.00498395;RO=0;SAF=72;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.20685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47481e-05;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:119:0:0:119:119:1:47:72:0:0:47:72:0:0 chr14 51239067 . C G 1606.88 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0781;QD=60.0704;RBI=0.0244107;REFB=0;REVB=-0.0126499;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129984;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:59:48:0:0:59:48:0:0 chr14 51324884 . A G 1298.69 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.495;QD=60.4043;RBI=0.0187237;REFB=0;REVB=0.0178509;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186207;OID=.;OPOS=51324884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:81:86:1:41:40:0:0:43:43:0:0 chr14 51324893 . AAAGAGAG AAAGA,AAAGAG,AAGAG 1021.12 PASS AF=0,1,0;AO=14,32,12;DP=72;FAO=0,71,0;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36,0;FSAR=0,35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138361,0.0144396,0.0122283;FXX=0.013887;HRUN=1,1,5;LEN=3,2,3;MLLD=199.344,221.865,211.544;QD=57.5281;RBI=0.0245285,0.0270857,0.0285153;REFB=0,0,0;REVB=0.0202536,0.0229158,0.0257602;RO=0;SAF=4,17,8;SAR=10,15,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.63386e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,9.72604e-05,0.0354648;OID=.,.,.;OPOS=51324898,51324895,51324894;OREF=GAG,AG,AAG;OALT=-,-,-;OMAPALT=AAAGA,AAAGAG,AAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:14,32,12:72:0,71,0:71:0:0,36,0:0,35,0:0:0:6:0:4,17,8:10,15,4:0:0 chr14 51368610 . A G 2117.3 PASS AF=0.960265;AO=145;DP=152;FAO=145;FDP=151;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=94;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0209349;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.293;QD=56.0874;RBI=0.0409362;REFB=-0.0226166;REVB=0.0351782;RO=1;SAF=51;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923283;STB=0.520721;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000456842;OID=.;OPOS=51368610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:152:151:1:6:145:145:0.960265:94:51:1:0:94:51:5:1 chr14 51378589 . CCTTT CCTT,CCTTG,CTT 2075.44 PASS AF=0.938272,0.0617284,0;AO=101,25,19;DP=161;FAO=152,10,0;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=86,7,0;FSAR=66,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339766,-0.0674102,0.0224608;FXX=0;HRUN=3,3,2;LEN=1,1,2;MLLD=19.7288,8.74561,5.7083;QD=51.2454;RBI=0.0687963,0.109459,0.212016;REFB=0,0,0;REVB=0.0598207,-0.0862385,-0.210823;RO=0;SAF=79,10,0;SAR=22,15,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-6.02264e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.00290013,0.019564,0;OID=.,.,.;OPOS=51378591,51378593,51378590;OREF=T,T,CT;OALT=-,G,-;OMAPALT=CCTT,CCTTG,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.938272,0.0617284,0:101,25,19:161:152,10,0:162:0:86,7,0:66,3,0:0:0:19:0:79,10,0:22,15,19:0:0 chr14 51383432 . G A 1607.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.862;QD=60.075;RBI=0.0232894;REFB=0;REVB=-0.0148858;RO=0;SAF=39;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95179e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87869e-06;OID=.;OPOS=51383432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:68:39:0:0:68:39:0:0 chr14 51446216 . T G 1563.87 PASS AF=0.635945;AO=138;DP=218;FAO=138;FDP=217;FR=.;FRO=79;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0382709;FXX=0.00458695;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.2839;QD=28.8271;RBI=0.0383404;REFB=-0.00418491;REVB=-0.00230706;RO=78;SAF=65;SAR=73;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637818;STB=0.500972;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00229409;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:78:79:138:138:0.635945:73:65:36:42:73:65:37:42 chr14 51712092 . T C 716.01 PASS AF=0.447674;AO=77;DP=172;FAO=77;FDP=172;FR=.;FRO=95;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=0.0049032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.545;QD=16.6514;RBI=0.00589235;REFB=-0.0145561;REVB=0.00326779;RO=94;SAF=34;SAR=43;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370766;STB=0.523745;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0199642;OID=.;OPOS=51712092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:94:95:77:77:0.447674:43:34:45:49:43:34:46:49 chr14 51716188 . T G 974.61 PASS AF=0.909091;AO=68;DP=77;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0519336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.101;QD=50.6291;RBI=0.0519339;REFB=-0.097062;REVB=-0.0001863;RO=7;SAF=24;SAR=44;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409746;STB=0.522502;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.000920687;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:77:77:7:7:68:70:0.909091:44:24:1:6:44:26:1:6 chr14 51716467 . G A 893.3 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346702;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.608;QD=58.5769;RBI=0.0403553;REFB=0;REVB=0.0206525;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109943;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr14 52384093 . G C 550.41 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0172128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.163;QD=21.5848;RBI=0.0185022;REFB=-0.0355273;REVB=-0.00678624;RO=47;SAF=22;SAR=33;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129883;STB=0.571402;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0183949;OID=.;OPOS=52384093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:55:55:0.539216:33:22:26:21:33:22:26:21 chr14 52418587 . T C 417.72 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00813556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4531;QD=17.2255;RBI=0.0751204;REFB=-0.0152868;REVB=0.0746786;RO=54;SAF=21;SAR=22;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140133;STB=0.578358;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0315299;OID=.;OPOS=52418587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:22:21:34:20:22:21:34:20 chr14 52418617 . C T 422.5 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00723454;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.267;QD=17.7893;RBI=0.0169143;REFB=-0.005816;REVB=-0.0152891;RO=49;SAF=18;SAR=25;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183684;STB=0.616783;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00872551;OID=.;OPOS=52418617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:49:52:43:43:0.452632:25:18:30:19:25:18:33:19 chr14 52418636 . G T 410.77 PASS AF=0.47191;AO=43;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0387168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3802;QD=18.4616;RBI=0.0412969;REFB=0.0121798;REVB=-0.0143682;RO=45;SAF=18;SAR=25;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186096;STB=0.621965;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0215719;OID=.;OPOS=52418636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:47:43:42:0.47191:25:18:28:17:25:17:30:17 chr14 52433339 . C T 750.97 PASS AF=0.490566;AO=78;DP=159;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=0.0569846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3264;QD=18.8924;RBI=0.0704847;REFB=0.0198429;REVB=0.0414832;RO=81;SAF=36;SAR=42;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737809;STB=0.540636;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0196141;OID=.;OPOS=52433339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:81:81:78:78:0.490566:42:36:31:50:42:36:31:50 chr14 52478315 . A G 822.42 PASS AF=0.637931;AO=75;DP=117;FAO=74;FDP=116;FR=.;FRO=42;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0144394;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.886;QD=28.3594;RBI=0.0144752;REFB=-0.00533394;REVB=0.0010169;RO=42;SAF=41;SAR=34;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152782;STB=0.50258;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00322029;OID=.;OPOS=52478315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:42:42:75:74:0.637931:34:41:22:20:34:40:23:19 chr14 52481916 . C CT 661.99 PASS AF=0.59887;AO=23;DP=187;FAO=106;FDP=177;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=69;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=0.00765864;FXX=0.027471;HRUN=0;LEN=1;MLLD=161.973;QD=14.9603;RBI=0.045417;REFB=0.0027827;REVB=-0.0447666;RO=161;SAF=6;SAR=17;SRF=60;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158786;STB=0.501347;STBP=0.974;TYPE=ins;VARB=-0.000319482;OID=.;OPOS=52481917;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59887:23:187:106:177:71:37:69:25:46:99:161:6:17:60:101 chr14 52481917 . C T 865.18 PASS AF=0.478261;AO=88;DP=185;FAO=88;FDP=184;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=65;FWDB=0.00102571;FXX=0.00540511;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.548;QD=18.8082;RBI=0.00358462;REFB=-0.00536989;REVB=0.00343474;RO=96;SAF=35;SAR=53;SRF=31;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751908;STB=0.541417;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00573124;OID=.;OPOS=52481917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:96:96:88:88:0.478261:53:35:31:65:53:35:31:65 chr14 52481918 . C G 85.19 PASS AF=0.120219;AO=24;DP=182;FAO=22;FDP=183;FR=.;FRO=161;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=100;FWDB=0.000465883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.5595;QD=1.86213;RBI=0.0461094;REFB=-0.00133096;REVB=-0.046107;RO=132;SAF=6;SAR=18;SRF=53;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215807;STB=0.606233;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0693169;OID=.;OPOS=52481918;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:182:183:132:161:24:22:0.120219:18:6:53:79:16:6:61:100 chr14 52496387 . C A 2632.07 PASS AF=0.982857;AO=172;DP=176;FAO=172;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0200522;FXX=0.0056815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.691;QD=60.1615;RBI=0.0213577;REFB=-0.0427148;REVB=0.00735258;RO=3;SAF=77;SAR=95;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00721706;STB=0.503792;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-1.16398e-05;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:176:175:3:3:172:172:0.982857:95:77:2:1:95:77:2:1 chr14 52496407 . C T 2262.48 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1788;QD=62.8466;RBI=0.0474315;REFB=-0.0771895;REVB=-0.0257889;RO=0;SAF=60;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359394;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:144:144:0:0:143:144:1:83:60:0:0:84:60:0:0 chr14 52507429 . A G 5061.91 PASS AF=1;AO=320;DP=320;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.63;QD=63.0767;RBI=0.00505832;REFB=0;REVB=0.00475467;RO=0;SAF=139;SAR=181;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68992e-06;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:320:321:0:0:320:321:1:181:139:0:0:181:140:0:0 chr14 52509501 . T C 1300.49 PASS AF=0.545852;AO=125;DP=219;FAO=125;FDP=229;FR=.;FRO=104;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.0581547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2193;QD=22.7159;RBI=0.0645657;REFB=-0.0461111;REVB=-0.0280494;RO=94;SAF=65;SAR=60;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410229;STB=0.508366;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0427957;OID=.;OPOS=52509501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:229:94:104:125:125:0.545852:60:65:44:50:59:66:53:51 chr14 52520368 . C T 393.1 PASS AF=0.4;AO=45;DP=113;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00493937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.979;QD=13.6732;RBI=0.00969143;REFB=-0.025196;REVB=0.00833826;RO=67;SAF=23;SAR=22;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912464;STB=0.543707;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0361054;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:67:69:45:46:0.4:22:23:40:27:22:24:41:28 chr14 52520853 . A G 2718.02 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.904;QD=62.1261;RBI=0.0435345;REFB=0;REVB=0.0272079;RO=0;SAF=51;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08816e-05;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:169:175:0:0:169:175:1:118:51:0:0:118:57:0:0 chr14 52535648 . G T 1880.5 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0348458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.599;QD=60.6612;RBI=0.0359825;REFB=-0.0464084;REVB=-0.00897303;RO=1;SAF=51;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922425;STB=0.504854;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=3.40679e-05;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:72:51:1:0:72:51:1:0 chr14 52536512 . T C 1844.06 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567952;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5216;QD=61.4687;RBI=0.062234;REFB=0;REVB=0.0254437;RO=0;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229547;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:118:120:1:56:62:0:0:57:63:0:0 chr14 52741929 . C G 389.88 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00318398;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.972;QD=21.3635;RBI=0.00870476;REFB=-0.0181897;REVB=0.00810155;RO=34;SAF=22;SAR=17;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200608;STB=0.610631;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0107143;OID=.;OPOS=52741929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:34:34:39:39:0.534247:17:22:11:23:17:22:11:23 chr14 52741950 . A G 281.17 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0142608;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=177.633;QD=22.4935;RBI=0.0151805;REFB=-0.000146514;REVB=0.00520346;RO=23;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153887;STB=0.576743;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00020526;OID=.;OPOS=52741950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:10:16:10:13:10:16:11:13 chr14 52742644 . C T 682.06 PASS AF=0.492754;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=138;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0111209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.246;QD=19.7698;RBI=0.0234912;REFB=-0.0241375;REVB=-0.0206921;RO=69;SAF=32;SAR=36;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993561;STB=0.558182;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0215549;OID=.;OPOS=52742644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:69:70:68:68:0.492754:36:32:40:29:36:32:41:29 chr14 52743206 . A G 493.89 PASS AF=0.607595;AO=42;DP=72;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0403009;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.8923;QD=25.007;RBI=0.0504647;REFB=-0.0726433;REVB=0.0303731;RO=30;SAF=25;SAR=17;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302346;STB=0.500288;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0272966;OID=.;OPOS=52743206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:79:30:31:42:48:0.607595:17:25:19:11:17:31:20:11 chr14 52781341 . A T 3111.57 PASS AF=0.600858;AO=277;DP=465;FAO=280;FDP=466;FR=.;FRO=186;FSAF=120;FSAR=160;FSRF=71;FSRR=115;FWDB=0.0494112;FXX=0.00639645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.923;QD=26.7087;RBI=0.0496707;REFB=-0.0192807;REVB=-0.00507126;RO=183;SAF=118;SAR=159;SRF=69;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037157;STB=0.519193;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0126765;OID=.;OPOS=52781341;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:465:466:183:186:277:280:0.600858:159:118:69:114:160:120:71:115 chr14 52906081 . T C,G 1516.26 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=8,96;DP=104;FAO=8,96;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=1,52;FSAR=7,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174068,-0.0233481;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.101,112.598;QD=58.3178;RBI=0.0177746,0.0350387;REFB=0,0;REVB=0.00359726,0.0261261;RO=0;SAF=1,52;SAR=7,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.157794,-0.00135588;OID=.,.;OPOS=52906081,52906081;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:104:104:0:0:8,96:8,96:0.0769231,0.923077:7,44:1,52:0:0:7,44:1,52:0:0 chr14 52907353 . C T 1749.89 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.518;QD=60.3412;RBI=0.0325734;REFB=0;REVB=0.0109296;RO=0;SAF=44;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40696e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131421;OID=.;OPOS=52907353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:114:116:1:70:44:0:0:70:46:0:0 chr14 52907367 . T C 376.5 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=118;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0469776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.204;QD=12.7629;RBI=0.0487581;REFB=0.0120093;REVB=-0.0130557;RO=73;SAF=15;SAR=30;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914321;STB=0.552123;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0145003;OID=.;OPOS=52907367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:73:73:45:45:0.381356:30:15:30:43:30:15:30:43 chr14 52937255 . C T 815.77 PASS AF=0.637931;AO=73;DP=115;FAO=74;FDP=116;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00166499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.069;QD=28.1298;RBI=0.0026146;REFB=-0.010876;REVB=-0.00201593;RO=42;SAF=31;SAR=42;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190735;STB=0.512389;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00536566;OID=.;OPOS=52937255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:42:42:73:74:0.637931:42:31:19:23:43:31:19:23 chr14 53063621 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0278886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.859;QD=14.6538;RBI=0.028996;REFB=0.0217437;REVB=-0.00793708;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335325;STB=0.699474;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0338861;OID=.;OPOS=53063621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:5:3:6:2:5:3 chr14 53124807 . C T 203.96 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.034817;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.383;QD=19.8982;RBI=0.0368461;REFB=-0.0157171;REVB=-0.0120588;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34822;STB=0.697818;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0179621;OID=.;OPOS=53124807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:20:21:0.512195:9:11:3:17:9:12:3:17 chr14 53345378 . G A 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.149;QD=57.105;RBI=0.0167683;REFB=0;REVB=-0.0159371;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95999e-05;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr14 53529669 . A T 1524.28 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617743;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.575;QD=59.7757;RBI=0.0254288;REFB=0;REVB=0.0246671;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94879e-05;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:102:0:0:92:102:1:53:39:0:0:63:39:0:0 chr14 53619463 . G A 2220.29 PASS AF=0.980263;AO=149;DP=152;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=89;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0201696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.765;QD=58.4288;RBI=0.0201728;REFB=-0.127955;REVB=-0.000359673;RO=2;SAF=89;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155876;STB=0.505403;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00101017;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:152:152:2:3:149:149:0.980263:60:89:0:2:60:89:1:2 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 2346.36 PASS AF=0.0876289,0.804124;AO=19,141;DP=200;FAO=17,156;FDP=194;FR=.;FRO=21;FSAF=17,97;FSAR=0,59;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=-0.0352002,-0.0520583;FXX=0.0299985;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=86.7551,172.283;QD=48.3786;RBI=0.0583336,0.0522014;REFB=-0.033277,-0.0505857;REVB=0.0465162,0.00386341;RO=24;SAF=18,91;SAR=1,50;SRF=22;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.128046,-0.0836492;STB=0.998874,0.536317;STBP=0.154,0.014;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0219935,0.00249779;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:87:200:194:24:21:19,141:17,156:0.0876289,0.804124:1,50:18,91:22:2:0,59:17,97:19:2 chr14 53619544 . G A 5951.65 PASS AF=0.92517;AO=390;DP=410;FAO=408;FDP=441;FR=.;FRO=33;FSAF=174;FSAR=234;FSRF=33;FSRR=0;FWDB=0.0304115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.273;QD=53.9832;RBI=0.0483771;REFB=-0.0402895;REVB=0.0376229;RO=4;SAF=169;SAR=221;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111592;STB=0.543305;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00595804;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:410:441:4:33:390:408:0.92517:221:169:4:0:234:174:33:0 chr14 54875276 . C A 108.79 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.023826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.94;QD=7.13362;RBI=0.02418;REFB=0.00557983;REVB=-0.00412231;RO=44;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753728;STB=0.554347;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0124201;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:45:16:16:0.262295:9:7:22:22:9:7:23:22 chr14 54875514 . A G 79.71 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0303148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1551;QD=7.41527;RBI=0.0328727;REFB=-0.0044927;REVB=-0.0127132;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136266;STB=0.584269;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0176273;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:43:43:32:32:11:11:0.255814:6:5:11:21:6:5:11:21 chr14 55255673 . C T 4099.37 PASS AF=1;AO=261;DP=264;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608322;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.042;QD=62.1116;RBI=0.0711181;REFB=0;REVB=0.0368406;RO=0;SAF=130;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87463e-05;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:264:264:0:0:261:264:1:131:130:0:0:133:131:0:0 chr14 55308770 . C A 2803.36 PASS AF=0.978495;AO=181;DP=186;FAO=182;FDP=186;FR=.;FRO=4;FSAF=87;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0245247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7316;QD=60.2874;RBI=0.0398298;REFB=-0.0180499;REVB=-0.031384;RO=3;SAF=86;SAR=95;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00441278;STB=0.500473;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.000965155;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:186:186:3:4:181:182:0.978495:95:86:1:2:95:87:2:2 chr14 55344901 . C T 1044.27 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.116;QD=59.6723;RBI=0.00931282;REFB=0;REVB=0.000512442;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78455e-06;OID=.;OPOS=55344901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:37:32:0:0:38:32:0:0 chr14 55619374 . G A,GA 36.76 PASS AF=0,0.352941;AO=4,5;DP=38;FAO=0,12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=0,6;FSAR=0,6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0175527,0.0639932;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=259.175,8.37729;QD=4.32479;RBI=0.0194799,0.0939123;REFB=0.00153196,-0.0192833;REVB=0.00844799,0.0687342;RO=25;SAF=1,3;SAR=3,2;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.230338,0.185184;STB=0.5,0.588093;STBP=1,0.439;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0221331;OID=.,.;OPOS=55619374,55619375;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:38:34:25:22:4,5:0,12:0,0.352941:3,2:1,3:11:14:0,6:0,6:8:14 chr14 55864130 . A G 785.53 PASS AF=0.584;AO=72;DP=125;FAO=73;FDP=125;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.00844952;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.905;QD=25.1368;RBI=0.0270602;REFB=-0.00929706;REVB=0.0257072;RO=51;SAF=29;SAR=43;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07167;STB=0.539524;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0069898;OID=.;OPOS=55864130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:51:52:72:73:0.584:43:29:16:35:44:29:16:36 chr14 55907172 . C G 686.98 PASS AF=0.237778;AO=107;DP=447;FAO=107;FDP=450;FR=.;FRO=343;FSAF=75;FSAR=32;FSRF=222;FSRR=121;FWDB=-0.0381593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4494;QD=6.10651;RBI=0.0381719;REFB=0.00224957;REVB=0.000979651;RO=333;SAF=75;SAR=32;SRF=213;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882089;STB=0.546967;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00949313;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:450:333:343:107:107:0.237778:32:75:213:120:32:75:222:121 chr14 56958247 . C T 613.64 PASS AF=0.463768;AO=62;DP=136;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00370576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5759;QD=17.7867;RBI=0.0398157;REFB=-0.0107518;REVB=0.0396428;RO=74;SAF=29;SAR=33;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842659;STB=0.537302;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.020722;OID=.;OPOS=56958247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:74:74:62:64:0.463768:33:29:41:33:33:31:41:33 chr14 57052511 . G T 1236.37 PASS AF=0.530973;AO=120;DP=227;FAO=120;FDP=226;FR=.;FRO=106;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.0271197;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.056;QD=21.8826;RBI=0.0686408;REFB=-0.0225699;REVB=-0.0630561;RO=105;SAF=70;SAR=50;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681726;STB=0.539664;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0131447;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:105:106:120:120:0.530973:50:70:53:52:50:70:53:53 chr14 57072338 . C T 186.23 PASS AF=0.235772;AO=29;DP=123;FAO=29;FDP=123;FR=.;FRO=94;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=59;FWDB=-0.0155641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3933;QD=6.05634;RBI=0.0321727;REFB=-0.00564706;REVB=-0.0281574;RO=93;SAF=16;SAR=13;SRF=34;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230558;STB=0.634622;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0164506;OID=.;OPOS=57072338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:93:94:29:29:0.235772:13:16:34:59:13:16:35:59 chr14 57101682 . A G 861.86 PASS AF=0.59542;AO=78;DP=133;FAO=78;FDP=131;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=13;FSRR=40;FWDB=-0.00727169;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0966;QD=26.3164;RBI=0.0103582;REFB=-0.00873266;REVB=0.00737669;RO=53;SAF=24;SAR=54;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559232;STB=0.530317;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00686569;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:53:53:78:78:0.59542:54:24:13:40:54:24:13:40 chr14 57115622 . C G 283.65 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0024154;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5817;QD=12.3326;RBI=0.0324492;REFB=-0.00576285;REVB=-0.0323592;RO=61;SAF=15;SAR=18;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135423;STB=0.501991;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0107783;OID=.;OPOS=57115622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:61:59:33:33:0.358696:18:15:27:34:18:15:27:32 chr14 57866623 . A G 994.98 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0116767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7567;QD=53.7829;RBI=0.0117127;REFB=-0.0513835;REVB=0.000918203;RO=4;SAF=34;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240889;STB=0.512757;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00148986;OID=.;OPOS=57866623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:74:74:4:4:70:70:0.945946:36:34:1:3:36:34:1:3 chr14 57876265 . G A 3456.97 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6221;QD=62.5695;RBI=0.0373915;REFB=0;REVB=0.00421859;RO=0;SAF=125;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00017e-05;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:221:0:0:220:221:1:95:125:0:0:95:126:0:0 chr14 57938124 . C T 388.16 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0269128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2636;QD=21.2689;RBI=0.0309744;REFB=0.00108034;REVB=-0.0153334;RO=34;SAF=22;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451829;STB=0.502497;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.000759693;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:17:22:19:15:17:22:19:15 chr14 57938260 . T C 1436.34 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.010803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6718;QD=61.1207;RBI=0.0336195;REFB=-0.13318;REVB=0.0318366;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00112634;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:0:1:91:93:0.989362:50:41:0:0:51:42:0:1 chr14 57945689 . G A 1302.08 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.73;QD=62.004;RBI=0.0605727;REFB=0;REVB=0.0114627;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82852e-05;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr14 57948380 . T C 633.42 PASS AF=0.547826;AO=60;DP=112;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0179911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.923;QD=22.0318;RBI=0.0222469;REFB=-0.0137435;REVB=0.0130861;RO=52;SAF=19;SAR=41;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214374;STB=0.606026;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.012535;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:52:52:60:63:0.547826:41:19:29:23:42:21:29:23 chr14 57957664 . T A 2374.26 PASS AF=0.981366;AO=158;DP=161;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00485984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.156;QD=58.9878;RBI=0.00860916;REFB=-0.0828964;REVB=0.00710631;RO=1;SAF=74;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063862;STB=0.502527;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.000423868;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:161:161:1:3:158:158:0.981366:84:74:1:0:84:74:1:2 chr14 58678057 . G A 1278.97 PASS AF=0.530172;AO=123;DP=232;FAO=123;FDP=232;FR=.;FRO=109;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=-0.0118987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0874;QD=22.0513;RBI=0.0377178;REFB=-0.0103267;REVB=-0.0357918;RO=109;SAF=59;SAR=64;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498082;STB=0.527189;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00598047;OID=.;OPOS=58678057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:109:109:123:123:0.530172:64:59:46:63:64:59:46:63 chr14 58690427 . TAAAAAAAAAAAAG TAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAGAA,TTAAAAAAAAAAAG 445.7 PASS AF=0.151899,0.0506329,0.696203,0.101266,0;AO=16,3,13,3,3;DP=84;FAO=12,4,55,8,0;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=6,4,12,8,0;FSAR=6,0,43,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781223,0.00959317,0.0654238,0.00573224,0.0690507;FXX=0.0595167;HRUN=12,12,12,12,12;LEN=1,2,2,3,1;MLLD=7.22594,143.538,8.18292,145.862,4.7593;QD=22.567;RBI=0.159359,0.00959441,0.0987178,0.0057342,0.129856;REFB=-0.261203,-0.0425187,-0.239177,-0.0445279,-0.249102;REVB=0.138896,0.000154402,0.0739252,0.000149946,0.109976;RO=19;SAF=7,3,1,3,1;SAR=9,0,12,0,2;SRF=5;SRR=14;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.17293,0.700525,-0.38395,0.700525,0.0921868;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,mnp,snp;VARB=0.131513,0.0752977,0.118276,0.0591564,-0.110135;OID=.,.,.,.,.;OPOS=58690428,58690439,58690428,58690438,58690428;OREF=A,AG,AA,AAG,A;OALT=-,GA,-,GAA,T;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAAAG,TAAAAAAAAAAGAA,TTAAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.151899,0.0506329,0.696203,0.101266,0:16,3,13,3,3:84:12,4,55,8,0:79:0:6,4,12,8,0:6,0,43,0,0:0:0:41:19:7,3,1,3,1:9,0,12,0,2:5:14 chr14 58706609 . C T 928.85 PASS AF=0.367347;AO=108;DP=294;FAO=108;FDP=294;FR=.;FRO=186;FSAF=67;FSAR=41;FSRF=103;FSRR=83;FWDB=0.0140442;FXX=0.00675653;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.53;QD=12.6374;RBI=0.0149611;REFB=0.00204689;REVB=0.00515712;RO=183;SAF=67;SAR=41;SRF=101;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079011;STB=0.54378;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00352026;OID=.;OPOS=58706609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:183:186:108:108:0.367347:41:67:101:82:41:67:103:83 chr14 58766617 . A G 343.42 PASS AF=0.305556;AO=44;DP=146;FAO=44;FDP=144;FR=.;FRO=100;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=0.00423146;FXX=0.0136977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6822;QD=9.53953;RBI=0.0124925;REFB=0.00523184;REVB=0.011754;RO=101;SAF=16;SAR=28;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101804;STB=0.55553;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0127557;OID=.;OPOS=58766617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:101:100:44:44:0.305556:28:16:45:56:28:16:44:56 chr14 58838668 . A G 958.42 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00953566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.417;QD=57.2192;RBI=0.0171229;REFB=0.000998655;REVB=-0.0142219;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-1.99662e-05;OID=.;OPOS=58838668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:0:1:64:66:0.985075:31:33:0:0:33:33:0:1 chr14 58838701 . C T 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0570639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.7;QD=64.1529;RBI=0.0589611;REFB=0;REVB=-0.0148368;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000426561;OID=.;OPOS=58838701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr14 58839339 . A C 1000.4 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.017158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.506;QD=56.3605;RBI=0.0237569;REFB=-0.0468078;REVB=0.0164316;RO=2;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027272;STB=0.501443;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000628208;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:38:31:1:1:38:31:1:1 chr14 58917454 . G A 2178.49 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.274;QD=63.1447;RBI=0.0744913;REFB=0;REVB=0.0213568;RO=0;SAF=39;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161095;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:98:39:0:0:99:39:0:0 chr14 58937416 . T C 1305.71 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000241789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7765;QD=60.7309;RBI=0.020296;REFB=0.0783424;REVB=-0.0202946;RO=1;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976784;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00640099;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:48:37:0:1:48:37:0:1 chr14 58953746 . C G 1051.17 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103423;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4477;QD=58.3983;RBI=0.0229935;REFB=-0.0155161;REVB=-0.0205363;RO=1;SAF=44;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106271;STB=0.505616;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-7.18136e-05;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:27:44:1:0:27:44:1:0 chr14 59010649 . T C 274.72 PASS AF=0.376471;AO=31;DP=84;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.000942932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.737;QD=12.928;RBI=0.00577392;REFB=-0.00217795;REVB=0.00569641;RO=52;SAF=10;SAR=21;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140348;STB=0.594533;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00668569;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:52:53:31:32:0.376471:21:10:23:29:22:10:24:29 chr14 59112732 . C T 150.96 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.00317578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.683;QD=12.5797;RBI=0.0051803;REFB=0.0133365;REVB=-0.00409267;RO=30;SAF=14;SAR=3;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424521;STB=0.551117;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0227386;OID=.;OPOS=59112732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:3:14:24:6:3:14:24:7 chr14 59789727 . G A 546.16 PASS AF=0.42446;AO=57;DP=136;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0783348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.113;QD=15.7168;RBI=0.0912669;REFB=0.0253226;REVB=-0.0468328;RO=79;SAF=32;SAR=25;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442719;STB=0.517261;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0417662;OID=.;OPOS=59789727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:79:80:57:59:0.42446:25:32:41:38:27:32:41:39 chr14 59797235 . A G 1476.61 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00798333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.718;QD=62.1733;RBI=0.026372;REFB=-0.120873;REVB=0.0251346;RO=1;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810566;STB=0.504273;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000375062;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:58:36:0:1:58:36:0:1 chr14 59939727 . T C 858.65 PASS AF=0.6;AO=78;DP=130;FAO=78;FDP=130;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00290854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1683;QD=26.4198;RBI=0.0412409;REFB=-0.0246331;REVB=0.0411382;RO=52;SAF=35;SAR=43;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477415;STB=0.502592;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0187433;OID=.;OPOS=59939727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:52:52:78:78:0.6:43:35:23:29:43:35:23:29 chr14 59950417 . T G 435.96 PASS AF=0.466019;AO=45;DP=98;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0249315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6004;QD=16.9306;RBI=0.0249342;REFB=-0.0454114;REVB=-0.000370125;RO=53;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640532;STB=0.518101;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0532383;OID=.;OPOS=59950417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:103:53:55:45:48:0.466019:26:19:19:34:29:19:20:35 chr14 59950690 . A C 909.84 PASS AF=0.589928;AO=82;DP=139;FAO=82;FDP=139;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.000325228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.536;QD=26.1826;RBI=0.0172346;REFB=-0.0187523;REVB=0.0172315;RO=56;SAF=37;SAR=45;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232614;STB=0.509282;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0153019;OID=.;OPOS=59950690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:56:57:82:82:0.589928:45:37:27:29:45:37:27:30 chr14 59951278 . T C 921.72 PASS AF=0.648;AO=81;DP=125;FAO=81;FDP=125;FR=.;FRO=44;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0210803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7011;QD=29.4952;RBI=0.0250031;REFB=-0.0154139;REVB=0.0134453;RO=44;SAF=39;SAR=42;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120795;STB=0.506523;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00874371;OID=.;OPOS=59951278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:44:44:81:81:0.648:42:39:22:22:42:39:22:22 chr14 59971314 . CA AC,C 31.65 PASS AF=0.0285714,0.257143;AO=2,9;DP=34;FAO=1,9;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=0,2;FSAR=1,7;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0688109,0.0261469;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=70.8763,10.5412;QD=3.61709;RBI=0.0840736,0.072048;REFB=-0.0237904,-0.147319;REVB=-0.0483056,-0.0671361;RO=22;SAF=0,2;SAR=2,7;SRF=4;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.392249,0.0706764;STB=0.983538,0.571284;STBP=0.534,0.733;TYPE=mnp,del;VARB=0.0769531,0.112256;OID=.,.;OPOS=59971314,59971315;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:34:35:22:25:2,9:1,9:0.0285714,0.257143:2,7:0,2:4:18:1,7:0,2:4:21 chr14 59988324 . C T 619.99 PASS AF=0.582524;AO=59;DP=103;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0269824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.823;QD=24.0772;RBI=0.0276128;REFB=0.00454419;REVB=-0.00586632;RO=42;SAF=30;SAR=29;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066242;STB=0.527093;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00375433;OID=.;OPOS=59988324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:43:59:60:0.582524:29:30:25:17:29:31:25:18 chr14 60004844 . C T 132.17 PASS AF=0.32;AO=14;DP=49;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0553646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3104;QD=10.5732;RBI=0.0554824;REFB=-0.0158683;REVB=0.00361454;RO=33;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250842;STB=0.57408;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0561257;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:34:14:16:0.32:11:3:13:20:11:5:14:20 chr14 60031996 . G A 652.1 PASS AF=0.410112;AO=73;DP=177;FAO=73;FDP=178;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.00642813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.017;QD=14.654;RBI=0.0066475;REFB=-0.00899262;REVB=-0.00169364;RO=104;SAF=36;SAR=37;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00289928;STB=0.504387;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0128001;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:104:105:73:73:0.410112:37:36:51:53:37:36:51:54 chr14 60043422 . A G 4452.53 PASS AF=1;AO=280;DP=282;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368557;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.475;QD=63.3812;RBI=0.0541934;REFB=0;REVB=-0.0397314;RO=0;SAF=134;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09313e-06;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:282:281:0:0:280:281:1:146:134:0:0:146:135:0:0 chr14 60063472 . A G 2696.26 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6501;QD=62.3412;RBI=0.0139117;REFB=0;REVB=0.00496919;RO=0;SAF=81;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53859e-05;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:173:0:0:172:173:1:91:81:0:0:92:81:0:0 chr14 60574426 . G A 416.64 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0322527;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.393;QD=18.938;RBI=0.034649;REFB=-0.018371;REVB=-0.0126618;RO=46;SAF=15;SAR=27;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118765;STB=0.566294;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0167115;OID=.;OPOS=60574426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:46:46:42:42:0.477273:27:15:22:24:27:15:22:24 chr14 60574539 . A G 1552.66 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235239;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5309;QD=64.0273;RBI=0.0238348;REFB=0;REVB=0.00383762;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.38554e-05;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:53:44:0:0:53:44:0:0 chr14 60575240 . T C 266.1 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0119739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.128;QD=21.2879;RBI=0.0301953;REFB=-0.00194414;REVB=-0.0277197;RO=25;SAF=2;SAR=23;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373897;STB=0.716042;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.004196;OID=.;OPOS=60575240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:23:2:7:18:23:2:7:18 chr14 60575869 . A G 1387.76 PASS AF=0.631579;AO=120;DP=190;FAO=120;FDP=190;FR=.;FRO=70;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0187793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.952;QD=29.216;RBI=0.0239802;REFB=-0.00733074;REVB=-0.0149126;RO=70;SAF=54;SAR=66;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343625;STB=0.518535;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00450756;OID=.;OPOS=60575869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:70:70:120:120:0.631579:66:54:35:35:66:54:35:35 chr14 60576241 . G C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0252853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.37;QD=15.3789;RBI=0.0270576;REFB=-0.0264034;REVB=-0.00963165;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574537;STB=0.533279;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0213526;OID=.;OPOS=60576241;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:9:5:5:7:9:5 chr14 60576637 . A T 686.28 PASS AF=0.503704;AO=68;DP=135;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.000760343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.731;QD=20.3341;RBI=0.000762244;REFB=-0.0130052;REVB=5.37935e-05;RO=67;SAF=32;SAR=36;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00634418;STB=0.503495;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0116777;OID=.;OPOS=60576637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:67:67:68:68:0.503704:36:32:32:35:36:32:32:35 chr14 60576750 . T G 347.46 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00133299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.441;QD=17.1584;RBI=0.0113095;REFB=-0.000884132;REVB=0.0112306;RO=44;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173829;STB=0.502687;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00149239;OID=.;OPOS=60576750;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:36:37:0.45679:17:19:24:20:17:20:24:20 chr14 60576951 . A G 621.04 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00843899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.991;QD=22.7906;RBI=0.0182021;REFB=0.00451964;REVB=-0.0161276;RO=46;SAF=28;SAR=33;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365419;STB=0.528132;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00347962;OID=.;OPOS=60576951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:46:48:61:61:0.559633:33:28:19:27:33:28:19:29 chr14 60577712 . A G 531.08 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=140;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.00849496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.478;QD=15.1737;RBI=0.014104;REFB=-0.0019582;REVB=-0.0112587;RO=82;SAF=21;SAR=37;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16061;STB=0.590394;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00252356;OID=.;OPOS=60577712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:82:82:58:58:0.414286:37:21:42:40:37:21:42:40 chr14 60577873 . C G 39.77 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0807134;FXX=0.09995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5219;QD=8.83721;RBI=0.0823676;REFB=0.00203276;REVB=0.0164248;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497665;STB=0.798934;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0114476;OID=.;OPOS=60577873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:20:18:13:12:6:6:0.333333:5:1:8:5:5:1:7:5 chr14 60581863 . G A 497.4 PASS AF=0.5;AO=51;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0146537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.819;QD=19.1307;RBI=0.0162503;REFB=-0.00443686;REVB=0.00702443;RO=51;SAF=24;SAR=27;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509655;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00344288;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:52:51:52:0.5:27:24:24:27:28:24:25:27 chr14 60581935 . C T 2379.31 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237078;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.989;QD=63.874;RBI=0.029466;REFB=0;REVB=-0.0174981;RO=0;SAF=71;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189736;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:146:149:1:75:71:0:0:78:71:0:0 chr14 60582053 . G A 544.21 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00572574;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.548;QD=25.0211;RBI=0.00746692;REFB=-0.00808441;REVB=0.00479278;RO=35;SAF=25;SAR=25;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075358;STB=0.540214;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00716943;OID=.;OPOS=60582053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:35:37:50:50:0.574713:25:25:14:21:25:25:15:22 chr14 60585131 . A G 524.82 PASS AF=0.394558;AO=36;DP=147;FAO=58;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.10578;FXX=0.0067563;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.0763;QD=14.2808;RBI=0.112137;REFB=0.0254049;REVB=0.0372221;RO=48;SAF=13;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165808;STB=0.527417;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0419395;OID=.;OPOS=60585131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:48:89:36:58:0.394558:23:13:25:23:30:28:47:42 chr14 60591199 . A T 536.23 PASS AF=0.372093;AO=64;DP=172;FAO=64;FDP=172;FR=.;FRO=108;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=-0.038874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3169;QD=12.4705;RBI=0.0395108;REFB=-0.000809505;REVB=0.00706514;RO=108;SAF=34;SAR=30;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105999;STB=0.560083;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000956378;OID=.;OPOS=60591199;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:108:108:64:64:0.372093:30:34:47:61:30:34:47:61 chr14 60591829 . T C 320.52 PASS AF=0.3;AO=42;DP=140;FAO=42;FDP=140;FR=.;FRO=98;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.0257201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.01;QD=9.15771;RBI=0.033097;REFB=-0.0103329;REVB=0.0208301;RO=98;SAF=21;SAR=21;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855263;STB=0.549976;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0167503;OID=.;OPOS=60591829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:98:98:42:42:0.3:21:21:42:56:21:21:42:56 chr14 60591887 . G A 299.31 PASS AF=0.294118;AO=40;DP=136;FAO=40;FDP=136;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.0011955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.7;QD=8.80311;RBI=0.00508831;REFB=-0.00905151;REVB=-0.00494587;RO=96;SAF=23;SAR=17;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164338;STB=0.596373;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0219421;OID=.;OPOS=60591887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:96:96:40:40:0.294118:17:23:42:54:17:23:42:54 chr14 60601308 . G A 181.29 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0086039;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.851;QD=8.95263;RBI=0.0237773;REFB=-0.00842807;REVB=-0.022166;RO=56;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181606;STB=0.612942;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0210973;OID=.;OPOS=60601308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:56:57:24:24:0.296296:10:14:24:32:10:14:24:33 chr14 60611585 . T C 245.09 PASS AF=0.265152;AO=35;DP=133;FAO=35;FDP=132;FR=.;FRO=97;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.00817713;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.729;QD=7.4271;RBI=0.0174063;REFB=-0.00158318;REVB=-0.015366;RO=97;SAF=23;SAR=12;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167342;STB=0.600301;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00410214;OID=.;OPOS=60611585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:97:97:35:35:0.265152:12:23:51:46:12:23:51:46 chr14 60611648 . C T 454.83 PASS AF=0.31;AO=55;DP=196;FAO=62;FDP=200;FR=.;FRO=138;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=68;FSRR=70;FWDB=-0.0130028;FXX=0.0147776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.47;QD=9.09651;RBI=0.0134198;REFB=-0.0103332;REVB=-0.00331906;RO=141;SAF=41;SAR=14;SRF=70;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323149;STB=0.619728;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0262637;OID=.;OPOS=60611648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:200:141:138:55:62:0.31:14:41:70:71:21:41:68:70 chr14 60611675 . G A 488.44 PASS AF=0.311005;AO=65;DP=209;FAO=65;FDP=209;FR=.;FRO=144;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=65;FSRR=79;FWDB=-0.00843677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.56;QD=9.34806;RBI=0.0140131;REFB=0.00148158;REVB=-0.0111888;RO=144;SAF=39;SAR=26;SRF=65;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176582;STB=0.602263;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00595037;OID=.;OPOS=60611675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:144:144:65:65:0.311005:26:39:65:79:26:39:65:79 chr14 60615914 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0116325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6383;QD=11.0924;RBI=0.0236767;REFB=-0.0237513;REVB=0.0206221;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429211;STB=0.749312;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0263286;OID=.;OPOS=60615914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:0:6:3:2:0:6 chr14 60616042 . C T 242.97 PASS AF=0.285714;AO=34;DP=120;FAO=34;FDP=119;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.0211403;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.153;QD=8.16692;RBI=0.0450845;REFB=-0.00121802;REVB=-0.0398208;RO=85;SAF=18;SAR=16;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169808;STB=0.599943;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0061934;OID=.;OPOS=60616042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:85:85:34:34:0.285714:16:18:33:52:16:18:33:52 chr14 60712682 . GAAAAAG GAAAA,GAAAAG,GGAAAAG 35.54 PASS AF=0.14,0,0.02;AO=6,9,2;DP=54;FAO=7,0,1;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=2,0,1;FSAR=5,0,0;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.195581,-0.214815,-0.122424;FXX=0.0384541;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=29.3301,13.2703,29.22;QD=2.84281;RBI=0.208939,0.260447,0.198846;REFB=-0.0601526,-0.0571405,-0.0178763;REVB=-0.0735111,-0.147266,-0.156691;RO=31;SAF=3,7,1;SAR=3,2,1;SRF=10;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.216181,0.516258,0.165441;STB=0.632514,0.5,0.991304;STBP=0.524,1,0.256;TYPE=del,del,snp;VARB=0.168271,0,-0.0768897;OID=.,.,.;OPOS=60712687,60712683,60712683;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GAAAA,GAAAAG,GGAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.14,0,0.02:6,9,2:54:7,0,1:50:42:2,0,1:5,0,0:18:24:29:31:3,7,1:3,2,1:10:21 chr14 60923783 . C T 1171.9 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4386;QD=60.8779;RBI=0.004395;REFB=0;REVB=0.00425257;RO=0;SAF=21;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28733e-05;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:56:21:0:0:56:21:0:0 chr14 61124940 . A G 1483.13 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00064712;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.471;QD=63.7904;RBI=0.0051884;REFB=0;REVB=0.00514789;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115464;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:50:43:0:0:50:43:0:0 chr14 61176485 . T C 784.42 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.175;QD=57.0485;RBI=0.01794;REFB=0;REVB=0.0095651;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32125e-05;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr14 61180657 . T G 2771.37 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.835;QD=62.6299;RBI=0.0318649;REFB=0;REVB=0.00939836;RO=0;SAF=74;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19103e-05;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:177:0:0:176:177:1:102:74:0:0:103:74:0:0 chr14 61445967 . A G 765.01 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.077;QD=56.6674;RBI=0.0371248;REFB=0;REVB=-0.00106575;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342167;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:34:19:0:0:34:20:0:0 chr14 61449328 . T A 2784.12 PASS AF=0.932367;AO=193;DP=208;FAO=193;FDP=207;FR=.;FRO=14;FSAF=90;FSAR=103;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0358656;FXX=0.00480746;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.941;QD=53.7995;RBI=0.036618;REFB=-0.0651025;REVB=0.00738478;RO=3;SAF=90;SAR=103;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00389455;STB=0.521634;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0011962;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:208:207:3:14:193:193:0.932367:103:90:1:2:103:90:11:3 chr14 61453739 . C CT,CTT,T 410.58 PASS AF=0.909091,0,0.0909091;AO=21,4,4;DP=36;FAO=30,0,3;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0,0;FSAR=13,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.143193,-0.0909806,-0.0416292;FXX=0.0833102;HRUN=2,2,1;LEN=1,2,1;MLLD=18.9625,13.6619,195.971;QD=49.7676;RBI=0.299318,0.171598,0.0638122;REFB=0,0,0;REVB=-0.262844,-0.145494,-0.0483633;RO=7;SAF=13,1,0;SAR=8,3,4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0466135,-0.43924,-0.751977;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.036571,0,0.126332;OID=.,.,.;OPOS=61453740,61453740,61453739;OREF=-,-,C;OALT=T,TT,T;OMAPALT=CT,CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:15:36:33:7:0:21,4,4:30,0,3:0.909091,0,0.0909091:8,3,4:13,1,0:5:2:13,0,3:17,0,0:0:0 chr14 61509924 . T C 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.349;QD=56.9337;RBI=0.0349956;REFB=0;REVB=0.00183667;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11763e-05;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr14 61747644 . A G 681.43 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.858;QD=61.9485;RBI=0.0443002;REFB=0;REVB=-0.0125995;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52759e-05;OID=.;OPOS=61747644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:26:18:0:0 chr14 61997226 . C T 3553.6 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.985;QD=62.8956;RBI=0.0164269;REFB=0;REVB=-0.010183;RO=0;SAF=107;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24371e-05;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:226:0:0:225:226:1:118:107:0:0:119:107:0:0 chr14 62037421 . C T 425.32 PASS AF=0.378788;AO=50;DP=132;FAO=50;FDP=132;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.0100277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.387;QD=12.8884;RBI=0.0105342;REFB=-0.00185186;REVB=0.00322724;RO=82;SAF=23;SAR=27;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305067;STB=0.517329;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00366878;OID=.;OPOS=62037421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:82:82:50:50:0.378788:27:23:40:42:27:23:40:42 chr14 62462766 . T C 362.54 PASS AF=0.369748;AO=44;DP=119;FAO=44;FDP=119;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.00533109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.704;QD=12.1861;RBI=0.0195368;REFB=-0.0135716;REVB=-0.0187953;RO=75;SAF=26;SAR=18;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237033;STB=0.634801;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0174227;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:75:75:44:44:0.369748:18:26:28:47:18:26:28:47 chr14 62463214 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0134902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.825;QD=15.1968;RBI=0.0212663;REFB=-0.00348844;REVB=0.0164399;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07888;STB=0.545392;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00394689;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:4:14:10:4:4:14 chr14 62551094 . C T 115.24 PASS AF=0.165414;AO=22;DP=133;FAO=22;FDP=133;FR=.;FRO=111;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=0.0120983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.7;QD=3.46571;RBI=0.0144316;REFB=0.00106439;REVB=0.00786784;RO=110;SAF=12;SAR=10;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115295;STB=0.571364;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00504838;OID=.;OPOS=62551094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:110:111:22:22:0.165414:10:12:50:60:10:12:51:60 chr14 63174616 . T C 2237.23 PASS AF=0.986207;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00214262;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.8593;QD=61.7168;RBI=0.0208427;REFB=-0.076481;REVB=-0.0207323;RO=1;SAF=63;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590723;STB=0.500831;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00069675;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:145:1:2:143:143:0.986207:80:63:0:1:80:63:1:1 chr14 63758429 . C A 600.5 PASS AF=0.378378;AO=68;DP=183;FAO=70;FDP=185;FR=.;FRO=115;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=71;FWDB=-0.0521121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6211;QD=12.9837;RBI=0.058623;REFB=-0.00943988;REVB=0.0268511;RO=115;SAF=28;SAR=40;SRF=43;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437221;STB=0.520424;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0189088;OID=.;OPOS=63758429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:185:115:115:68:70:0.378378:40:28:43:72:41:29:44:71 chr14 63758432 . A G 629.46 PASS AF=0.387097;AO=72;DP=186;FAO=72;FDP=186;FR=.;FRO=114;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=72;FWDB=0.011442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.503;QD=13.5367;RBI=0.0122209;REFB=7.39865e-05;REVB=0.0042933;RO=113;SAF=34;SAR=38;SRF=42;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110237;STB=0.564255;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-8.46673e-05;OID=.;OPOS=63758432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:113:114:72:72:0.387097:38:34:42:71:38:34:42:72 chr14 63779665 . T A 693.64 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=132;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00892992;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.941;QD=21.1799;RBI=0.0148406;REFB=-0.0178392;REVB=0.0118532;RO=63;SAF=31;SAR=37;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733493;STB=0.540316;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.016331;OID=.;OPOS=63779665;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:63:63:68:68:0.519084:37:31:34:29:37:31:34:29 chr14 63784407 . A AG,G 1986.34 PASS AF=0.678322,0.321678;AO=81,55;DP=145;FAO=97,46;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=60,1;FSAR=37,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329529,-0.00659083;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=22.0308,18.0393;QD=55.562;RBI=0.113846,0.08505;REFB=0,0;REVB=-0.108972,-0.0847943;RO=8;SAF=55,2;SAR=26,53;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0104639,-0.489943;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00156594,0.0604736;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:145:143:8:0:81,55:97,46:0.678322,0.321678:26,53:55,2:5:3:37,45:60,1:0:0 chr14 63842235 . T C 421.47 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0131596;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.175;QD=23.0942;RBI=0.0176308;REFB=0.010598;REVB=0.0117332;RO=32;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985091;STB=0.55419;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0072788;OID=.;OPOS=63842235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:32:32:41:41:0.561644:23:18:18:14:23:18:18:14 chr14 64084799 . A T 321.21 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00216891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.685;QD=18.8946;RBI=0.0157856;REFB=-0.00010945;REVB=0.0156359;RO=33;SAF=21;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224066;STB=0.631366;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000154238;OID=.;OPOS=64084799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:13:21:12:21:13:21:12:22 chr14 64315069 . C T 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0174632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.275;QD=7.4712;RBI=0.0177081;REFB=-0.00763344;REVB=0.00293515;RO=32;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214431;STB=0.635254;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0258797;OID=.;OPOS=64315069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:8:3:14:18:8:3:14:18 chr14 64423187 . C A 241.16 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0140092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.38;QD=14.6159;RBI=0.0204253;REFB=-0.0120138;REVB=0.0148639;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035246;STB=0.519986;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0113966;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:16:12:15:23:16:12:15:23 chr14 64447776 . T C 462.18 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0214114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.013;QD=16.2168;RBI=0.0289274;REFB=-0.00560083;REVB=0.0194512;RO=62;SAF=18;SAR=33;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861035;STB=0.553589;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00467945;OID=.;OPOS=64447776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:63:51:51:0.447368:33:18:27:35:33:18:28:35 chr14 64491695 . T C 2035.53 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212096;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.653;QD=62.6316;RBI=0.0398029;REFB=0;REVB=0.0336813;RO=0;SAF=65;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45571e-05;OID=.;OPOS=64491695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:130:130:1:65:65:0:0:65:65:0:0 chr14 64494278 . C T 2496.43 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694892;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.092;QD=61.6403;RBI=0.0140248;REFB=0;REVB=0.0121823;RO=0;SAF=67;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92214e-05;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:162:0:0:161:162:1:94:67:0:0:94:68:0:0 chr14 64496749 . C T 1218.58 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.647;QD=60.9292;RBI=0.121599;REFB=0;REVB=-0.0049611;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371486;OID=.;OPOS=64496749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:42:37:0:0:43:37:0:0 chr14 64497930 . G A 445.72 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.504;QD=57.5124;RBI=0.01758;REFB=0;REVB=0.0149638;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53802e-05;OID=.;OPOS=64497930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr14 64498037 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.545;QD=62.9829;RBI=0.0135416;REFB=0;REVB=0.0123815;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36784e-05;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr14 64519035 . A G 537.47 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8433;QD=59.7186;RBI=0.140296;REFB=0;REVB=-0.0253366;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096672;OID=.;OPOS=64519035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:13:23:0:0 chr14 64519455 . A G 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.869;QD=45.8003;RBI=0.0653059;REFB=0;REVB=0.0606814;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218923;OID=.;OPOS=64519455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr14 64522674 . G A,C 717.92 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,49;DP=51;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=2,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137228,-0.00675136;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.159,65.0628;QD=56.3074;RBI=0.00382612,0.0545846;REFB=0,0;REVB=-0.00357156,0.0541655;RO=0;SAF=0,20;SAR=2,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0685545,-0.00316062;OID=.,.;OPOS=64522674,64522674;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:2,49:2,49:0.0392157,0.960784:2,29:0,20:0:0:2,29:0,20:0:0 chr14 64522843 . A G 1713.14 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8748;QD=60.642;RBI=0.0736532;REFB=0;REVB=0.0484133;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392151;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:60:52:0:0:61:52:0:0 chr14 64540823 . A G 430.96 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.00705568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.275;QD=14.7335;RBI=0.00706252;REFB=-0.00236199;REVB=0.000310668;RO=66;SAF=22;SAR=27;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732077;STB=0.548218;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00315558;OID=.;OPOS=64540823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:68:49:49:0.418803:27:22:25:41:27:22:25:43 chr14 64551688 . C T 2266.13 PASS AF=0.993377;AO=145;DP=148;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000999358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.406;QD=60.0299;RBI=0.00977957;REFB=-0.0248815;REVB=0.00972838;RO=1;SAF=62;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760856;STB=0.503875;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=9.22893e-05;OID=.;OPOS=64551688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:151:1:1:145:150:0.993377:83:62:1:0:86:64:1:0 chr14 64565582 . T C 1265.19 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.324;QD=61.7164;RBI=0.0292991;REFB=0;REVB=0.00158325;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31285e-05;OID=.;OPOS=64565582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:42:38:0:0:43:39:0:0 chr14 64591835 . G A 384.84 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0321346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.114;QD=15.3935;RBI=0.062772;REFB=-0.0109559;REVB=-0.053923;RO=59;SAF=18;SAR=23;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903686;STB=0.551075;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0215741;OID=.;OPOS=64591835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:23:18:31:28:23:18:31:28 chr14 64612845 . C T 570.27 PASS AF=0.588889;AO=49;DP=87;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0137235;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.312;QD=25.3453;RBI=0.0142603;REFB=-0.0110164;REVB=0.00387579;RO=38;SAF=30;SAR=19;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174419;STB=0.579909;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00759782;OID=.;OPOS=64612845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:38:37:49:53:0.588889:19:30:15:23:20:33:16:21 chr14 64612858 . C A 1409.57 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468868;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.249;QD=63.3516;RBI=0.0268359;REFB=0;REVB=-0.0264232;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123983;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:39:49:0:0:39:50:0:0 chr14 64637147 . C A 1463.36 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0197445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7859;QD=60.9735;RBI=0.0711349;REFB=-0.147139;REVB=0.0683398;RO=1;SAF=35;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133534;STB=0.50284;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00336325;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:1:2:94:94:0.979167:59:35:1:0:59:35:1:1 chr14 64656855 . T C 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0200861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.207;QD=8.55713;RBI=0.0233747;REFB=-0.00287023;REVB=0.0119552;RO=50;SAF=11;SAR=10;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909361;STB=0.554003;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00642796;OID=.;OPOS=64656855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:10:11:30:20:10:11:30:20 chr14 64657684 . C A 2604.45 PASS AF=0.988304;AO=169;DP=178;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0224076;FXX=0.0446902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.641;QD=60.9229;RBI=0.0224557;REFB=-0.0553074;REVB=-0.00146993;RO=1;SAF=93;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622116;STB=0.506493;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00102085;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:178:171:1:2:169:169:0.988304:76:93:0:1:76:93:0:2 chr14 64694749 . T G 168.19 PASS AF=0.242424;AO=24;DP=98;FAO=24;FDP=99;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0238801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.512;QD=6.79546;RBI=0.0238801;REFB=4.04859e-05;REVB=2.11022e-05;RO=73;SAF=10;SAR=14;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784667;STB=0.538429;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-7.18367e-05;OID=.;OPOS=64694749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:73:75:24:24:0.242424:14:10:35:38:14:10:35:40 chr14 64724051 . C T 689.93 PASS AF=0.690476;AO=58;DP=84;FAO=58;FDP=84;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0649447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.993;QD=32.854;RBI=0.0658731;REFB=-0.0103585;REVB=-0.0110206;RO=26;SAF=24;SAR=34;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173004;STB=0.509335;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00377431;OID=.;OPOS=64724051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:26:26:58:58:0.690476:34:24:10:16:34:24:10:16 chr14 64805001 . A G 568.47 PASS AF=0.535354;AO=51;DP=97;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.000170095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.763;QD=22.9683;RBI=0.023263;REFB=-0.00446099;REVB=-0.0232624;RO=46;SAF=30;SAR=21;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583411;STB=0.53917;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00377335;OID=.;OPOS=64805001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:46:46:51:53:0.535354:21:30:24:22:21:32:24:22 chr14 64855041 . T C 4838.02 PASS AF=1;AO=282;DP=285;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.867;QD=62.2253;RBI=0.0332404;REFB=0;REVB=0.0304986;RO=0;SAF=125;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04438e-05;OID=.;OPOS=64855041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:285:311:0:0:282:311:1:157:125:0:0:185:126:0:0 chr14 64882380 . A G 775.26 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0169402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.938;QD=53.4662;RBI=0.017214;REFB=-0.028712;REVB=-0.00305836;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161546;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:28:28:1:1:28:28:1:1 chr14 64908845 . G A 1238.67 PASS AF=0.57732;AO=111;DP=192;FAO=112;FDP=194;FR=.;FRO=82;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=-0.00240473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.059;QD=25.5396;RBI=0.00260462;REFB=-0.0115722;REVB=-0.00100065;RO=81;SAF=59;SAR=52;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769975;STB=0.540508;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.008531;OID=.;OPOS=64908845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:194:81:82:111:112:0.57732:52:59:51:30:53:59:51:31 chr14 64935520 . A C 63.73 PASS AF=0.243243;AO=8;DP=38;FAO=9;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0626335;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.8653;QD=6.88969;RBI=0.127873;REFB=-0.0180353;REVB=0.111483;RO=25;SAF=1;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.672029;STB=0.917233;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0679071;OID=.;OPOS=64935520;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:38:37:25:27:8:9:0.243243:7:1:19:6:8:1:20:7 chr14 64935720 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00765009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.012;QD=52.6124;RBI=0.0146446;REFB=0;REVB=0.0124876;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07337e-05;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr14 64954683 . A G 862.78 PASS AF=0.447236;AO=88;DP=200;FAO=89;FDP=199;FR=.;FRO=110;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=0.000729709;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.459;QD=17.3424;RBI=0.0305158;REFB=-0.00709372;REVB=-0.030507;RO=110;SAF=37;SAR=51;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162642;STB=0.505298;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00821735;OID=.;OPOS=64954683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:110:110:88:89:0.447236:51:37:48:62:51:38:48:62 chr14 65008251 . C T 571.83 PASS AF=0.684932;AO=50;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.020396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1847;QD=31.3333;RBI=0.0205373;REFB=0.0039589;REVB=0.0024049;RO=23;SAF=28;SAR=22;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225276;STB=0.51219;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00230878;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:23:23:50:50:0.684932:22:28:12:11:22:28:12:11 chr14 65016702 . T G 663.8 PASS AF=0.623656;AO=57;DP=93;FAO=58;FDP=93;FR=.;FRO=35;FSAF=50;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00536081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.672;QD=28.5505;RBI=0.0157074;REFB=-0.0230944;REVB=-0.0147643;RO=33;SAF=50;SAR=7;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22658;STB=0.631261;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0126772;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:33:35:57:58:0.623656:7:50:23:10:8:50:23:12 chr14 65031534 . C T 591.46 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0107397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.444;QD=24.3899;RBI=0.0186872;REFB=0.0025356;REVB=-0.0152928;RO=43;SAF=23;SAR=31;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322132;STB=0.517663;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00161742;OID=.;OPOS=65031534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:31:23:20:23:31:23:20:23 chr14 65241228 . A G 582.24 PASS AF=0.299242;AO=78;DP=262;FAO=79;FDP=264;FR=.;FRO=185;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=100;FSRR=85;FWDB=0.0089144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.646;QD=8.82187;RBI=0.0279662;REFB=-0.0116114;REVB=-0.0265074;RO=183;SAF=29;SAR=49;SRF=99;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204944;STB=0.622255;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0255531;OID=.;OPOS=65241228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:264:183:185:78:79:0.299242:49:29:99:84:50:29:100:85 chr14 65242044 . C T 396.35 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0437048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.941;QD=12.7856;RBI=0.0467659;REFB=-0.00861414;REVB=-0.0166416;RO=77;SAF=26;SAR=21;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121557;STB=0.569054;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0167843;OID=.;OPOS=65242044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:77:77:47:47:0.379032:21:26:34:43:21:26:34:43 chr14 65412748 . G C 353.98 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0221221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.984;QD=16.0899;RBI=0.0433908;REFB=-0.0130158;REVB=-0.0373279;RO=48;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162798;STB=0.59995;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0193615;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:50:38:38:0.431818:20:18:15:33:20:18:15:35 chr14 65417070 . C A 313.64 PASS AF=0.283871;AO=44;DP=155;FAO=44;FDP=155;FR=.;FRO=111;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=0.0301963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.887;QD=8.09388;RBI=0.0342259;REFB=-0.0170384;REVB=0.016112;RO=111;SAF=17;SAR=27;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801918;STB=0.547331;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0401079;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:111:111:44:44:0.283871:27:17:50:61:27:17:50:61 chr14 65419293 . A G 214.35 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0218191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4694;QD=12.7968;RBI=0.0218247;REFB=0.0291796;REVB=0.00049434;RO=42;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126445;STB=0.540438;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0460643;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:41:25:26:0.38806:18:7:16:26:18:8:15:26 chr14 65801821 . T C 281.56 PASS AF=0.415584;AO=29;DP=75;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00399275;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.284;QD=14.6264;RBI=0.00519415;REFB=-0.00952506;REVB=0.00332222;RO=45;SAF=19;SAR=10;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112187;STB=0.562622;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0105609;OID=.;OPOS=65801821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:45:45:29:32:0.415584:10:19:25:20:11:21:25:20 chr14 65878807 . C T 437.33 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=134;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00713346;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6388;QD=13.1528;RBI=0.0160059;REFB=-0.0236595;REVB=0.0143284;RO=82;SAF=17;SAR=34;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188593;STB=0.607287;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0353533;OID=.;OPOS=65878807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:82:82:51:51:0.383459:34:17:41:41:34:17:41:41 chr14 66028446 . A G 1518.08 PASS AF=0.915966;AO=107;DP=119;FAO=109;FDP=119;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=98;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0529375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.987;QD=51.0279;RBI=0.0544337;REFB=-0.0654056;REVB=0.0126748;RO=1;SAF=9;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498515;STB=0.642802;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00035619;OID=.;OPOS=66028446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:119:119:1:10:107:109:0.915966:98:9:1:0:98:11:9:1 chr14 66974474 . T C 166.43 PASS AF=0.280488;AO=22;DP=80;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=-0.0443189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.407;QD=8.11846;RBI=0.0473229;REFB=-0.00571891;REVB=-0.0165919;RO=57;SAF=5;SAR=17;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111438;STB=0.568902;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0159706;OID=.;OPOS=66974474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:57:59:22:23:0.280488:17:5:17:40:18:5:17:42 chr14 67147816 . T C 184.55 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0209878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7332;QD=18.4553;RBI=0.0751109;REFB=0.0048049;REVB=0.072119;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131428;STB=0.574392;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00343348;OID=.;OPOS=67147816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:7:14:10:9:7:14 chr14 67667019 . C T 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0130566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.817;QD=12.7799;RBI=0.0178516;REFB=0.0215586;REVB=-0.0121739;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11072;STB=0.583171;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.0307191;OID=.;OPOS=67667019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:5:5:5:8:5:5:5:9 chr14 67671701 . C T 131.49 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0523491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6177;QD=11.6876;RBI=0.0697895;REFB=-0.0173302;REVB=0.0461534;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168599;STB=0.614381;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0257585;OID=.;OPOS=67671701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:15:16:0.355556:9:6:16:13:10:6:16:13 chr14 67769177 . A C 873.11 PASS AF=0.370504;AO=103;DP=276;FAO=103;FDP=278;FR=.;FRO=175;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=74;FSRR=101;FWDB=0.00499897;FXX=0.0035841;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.178;QD=12.5628;RBI=0.00656597;REFB=-0.00289005;REVB=-0.00425703;RO=172;SAF=44;SAR=59;SRF=74;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00344727;STB=0.502785;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00515367;OID=.;OPOS=67769177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:278:172:175:103:103:0.370504:59:44:74:98:59:44:74:101 chr14 67800316 . G A 201.81 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0165149;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.299;QD=11.8712;RBI=0.0189837;REFB=-0.00566879;REVB=-0.0093617;RO=44;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915866;STB=0.513761;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0086601;OID=.;OPOS=67800316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:44:43:25:25:0.367647:14:11:19:25:14:11:18:25 chr14 67800815 . G A 139.23 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0778299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1546;QD=9.12972;RBI=0.0827551;REFB=-0.00423808;REVB=0.0281232;RO=42;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983244;STB=0.558759;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0100619;OID=.;OPOS=67800815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:14:5:14:28:14:5:14:28 chr14 67938818 . G A 1245.1 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.853;QD=61.4866;RBI=0.0197494;REFB=0;REVB=0.00775834;RO=1;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2345e-05;OID=.;OPOS=67938818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:1:0:79:81:1:32:47:0:1:33:48:0:0 chr14 67938866 . C T 548.0 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0401434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.389;QD=20.486;RBI=0.0401686;REFB=-0.0063432;REVB=0.00142099;RO=49;SAF=24;SAR=32;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00718674;OID=.;OPOS=67938866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:49:51:56:56:0.523364:32:24:21:28:32:24:21:30 chr14 68024134 . A T 539.84 PASS AF=0.568182;AO=49;DP=87;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0373669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.733;QD=24.5381;RBI=0.0486946;REFB=-0.00662013;REVB=0.031223;RO=38;SAF=22;SAR=27;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108707;STB=0.563284;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00499825;OID=.;OPOS=68024134;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:38:38:49:50:0.568182:27:22:12:26:27:23:12:26 chr14 68029313 . G A 290.43 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0142353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.167;QD=14.1673;RBI=0.018774;REFB=-0.00771503;REVB=0.01224;RO=49;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799237;STB=0.545427;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0106024;OID=.;OPOS=68029313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:15:18:23:26:15:18:23:26 chr14 68042255 . A G 520.34 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0180592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8401;QD=26.0169;RBI=0.054572;REFB=-0.00454381;REVB=-0.0514973;RO=32;SAF=14;SAR=34;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451269;STB=0.524681;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0022923;OID=.;OPOS=68042255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:34:14:11:21:34:14:11:21 chr14 68042574 . A G 1458.03 PASS AF=0.628141;AO=125;DP=199;FAO=125;FDP=199;FR=.;FRO=74;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.00372935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4019;QD=29.3071;RBI=0.0343765;REFB=-0.0475247;REVB=0.0341736;RO=74;SAF=57;SAR=68;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769375;STB=0.541499;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0346128;OID=.;OPOS=68042574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:74:74:125:125:0.628141:68:57:42:32:68:57:42:32 chr14 68045935 . G A 763.87 PASS AF=0.509934;AO=77;DP=151;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0493681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.717;QD=20.2348;RBI=0.0495262;REFB=-0.0201997;REVB=-0.00395482;RO=73;SAF=41;SAR=36;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105912;STB=0.502676;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0223968;OID=.;OPOS=68045935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:73:74:77:77:0.509934:36:41:38:35:36:41:39:35 chr14 68053149 . A G 1211.63 PASS AF=0.60221;AO=109;DP=181;FAO=109;FDP=181;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0310229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.573;QD=26.7763;RBI=0.0400442;REFB=-0.00619405;REVB=-0.0253203;RO=72;SAF=41;SAR=68;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526522;STB=0.52853;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00477123;OID=.;OPOS=68053149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:72:72:109:109:0.60221:68:41:32:40:68:41:32:40 chr14 68053802 . T C 234.57 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0138041;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9144;QD=19.9634;RBI=0.0143698;REFB=-0.0352095;REVB=0.00399225;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154286;STB=0.574564;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0225447;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:24:22:23:0.489362:11:11:8:16:12:11:8:16 chr14 68053977 . A C 3463.78 PASS AF=0.986784;AO=223;DP=227;FAO=224;FDP=227;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=140;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00642275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0602;QD=61.0357;RBI=0.0264216;REFB=0.019025;REVB=-0.025629;RO=1;SAF=84;SAR=139;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00341585;STB=0.500588;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.000209449;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:227:227:1:3:223:224:0.986784:139:84:0:1:140:84:1:2 chr14 68055613 . C G 575.87 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0144261;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.382;QD=22.364;RBI=0.016026;REFB=-0.010331;REVB=-0.00698;RO=45;SAF=23;SAR=34;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141347;STB=0.582362;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00486731;OID=.;OPOS=68055613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:45:46:57:57:0.553398:34:23:26:19:34:23:27:19 chr14 68193819 . C T 718.39 PASS AF=0.403061;AO=79;DP=196;FAO=79;FDP=196;FR=.;FRO=117;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=-0.00863769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.475;QD=14.661;RBI=0.00891486;REFB=0.00145234;REVB=0.00220568;RO=117;SAF=40;SAR=39;SRF=54;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475985;STB=0.526717;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00229304;OID=.;OPOS=68193819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:117:117:79:79:0.403061:39:40:54:63:39:40:54:63 chr14 68213744 . G A 1494.63 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.232;QD=62.2764;RBI=0.0154741;REFB=0;REVB=0.00281724;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107113;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:93:96:1:52:41:0:0:53:43:0:0 chr14 68214788 . T A,C 1222.36 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=3,76;DP=79;FAO=3,78;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=2,34;FSAR=1,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00706675,-0.00175534;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.912,194.082;QD=60.3634;RBI=0.0071107,0.00355367;REFB=0,0;REVB=0.000789325,0.00308988;RO=0;SAF=2,33;SAR=1,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.66218e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0738125,-0.00304179;OID=.,.;OPOS=68214788,68214788;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:79:81:0:0:3,76:3,78:0.037037,0.962963:1,43:2,33:0:0:1,44:2,34:0:0 chr14 68218165 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.926;QD=59.4346;RBI=0.102573;REFB=0;REVB=-0.000527656;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000713817;OID=.;OPOS=68218165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr14 68234539 . T C 1706.85 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323234;FXX=0.0260847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.698;QD=60.959;RBI=0.0444885;REFB=0;REVB=0.0305684;RO=0;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55852e-05;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:112:0:0:112:112:1:54:58:0:0:54:58:0:0 chr14 68264867 . A G 735.62 PASS AF=1;AO=40;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.38;QD=56.5862;RBI=0.0422132;REFB=0;REVB=0.00441813;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155233;OID=.;OPOS=68264867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:40:52:1:16:24:0:0:18:34:0:0 chr14 68616597 . G A 393.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0583;QD=56.1601;RBI=0.0971584;REFB=0;REVB=-0.0858598;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0024323;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr14 68935769 . G T 169.43 PASS AF=0.207407;AO=28;DP=135;FAO=28;FDP=135;FR=.;FRO=107;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=0.0119762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.665;QD=5.02003;RBI=0.029122;REFB=-0.00753563;REVB=0.0265455;RO=107;SAF=9;SAR=19;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215293;STB=0.63497;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.026796;OID=.;OPOS=68935769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:107:107:28:28:0.207407:19:9:52:55:19:9:52:55 chr14 68935789 . T C 2274.21 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9837;QD=63.6142;RBI=0.0192168;REFB=0;REVB=-0.0155905;RO=0;SAF=62;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54494e-05;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:81:62:0:0:81:62:0:0 chr14 68944343 . CTTT CTCT,CTTC,CT 160.12 PASS AF=0,0.214286,0.785714;AO=3,2,6;DP=34;FAO=0,6,22;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,22;FSAR=0,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0738576,-0.0832781,-0.529357;FXX=0.199943;HRUN=14,14,14;LEN=1,1,2;MLLD=224.565,221.112,5.13905;QD=22.8748;RBI=0.0901282,0.0874309,0.529619;REFB=0,0,0;REVB=0.051654,0.0266257,0.0166473;RO=0;SAF=3,0,6;SAR=0,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0,-0.0208445,0.0317657;OID=.,.,.;OPOS=68944345,68944346,68944344;OREF=T,T,TT;OALT=C,C,-;OMAPALT=CTCT,CTTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.214286,0.785714:3,2,6:34:0,6,22:28:0:0,3,22:0,3,0:0:0:43:0:3,0,6:0,2,0:0:0 chr14 69012355 . C G 1624.38 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.42;QD=60.1624;RBI=0.0447294;REFB=0;REVB=0.00123581;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53921e-05;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:59:48:0:0:59:49:0:0 chr14 69117512 . T C 267.28 PASS AF=0.307692;AO=36;DP=118;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=0.0147501;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.682;QD=9.13784;RBI=0.0158411;REFB=-0.00158458;REVB=-0.00577704;RO=81;SAF=15;SAR=21;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725904;STB=0.542325;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00811526;OID=.;OPOS=69117512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:81:81:36:36:0.307692:21:15:29:52:21:15:29:52 chr14 69262441 . A G 2281.17 PASS AF=0.962733;AO=155;DP=161;FAO=155;FDP=161;FR=.;FRO=6;FSAF=77;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.015838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.511;QD=56.6749;RBI=0.0412406;REFB=0.00241526;REVB=-0.0380782;RO=6;SAF=77;SAR=78;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233829;STB=0.512303;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.000238445;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:161:161:6:6:155:155:0.962733:78:77:1:5:78:77:1:5 chr14 69263074 . G A 639.46 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0388116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3052;QD=55.6055;RBI=0.0594079;REFB=-0.00635358;REVB=-0.0449774;RO=3;SAF=14;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465988;STB=0.524875;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00511504;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:29:14:2:1:29:14:2:1 chr14 69520518 . ATTTTT ATTTTA,ATT,ATTT,ATTTT 412.73 PASS AF=0.25,0.288462,0.461538,0;AO=3,12,12,11;DP=52;FAO=13,15,24,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,22,0;FSAR=13,2,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525038,0.0149904,0.0336367,-0.0228102;FXX=0;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,3,2,1;MLLD=206.375,15.4189,13.3611,3.31262;QD=31.7487;RBI=0.0487008,0.0909263,0.104395,0.420082;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0484169,0.0896821,0.0988276,0.419462;RO=0;SAF=0,12,10,11;SAR=3,0,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0.0393485,0.0881786,0.083541,-0.497399;OID=.,.,.,.;OPOS=69520523,69520519,69520519,69520519;OREF=T,TTT,TT,T;OALT=A,-,-,-;OMAPALT=ATTTTA,ATT,ATTT,ATTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.25,0.288462,0.461538,0:3,12,12,11:52:13,15,24,0:52:0:0,13,22,0:13,2,2,0:0:0:85:0:0,12,10,11:3,0,2,0:0:0 chr14 69695792 . G A 1463.8 PASS AF=0.99;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.033853;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7721;QD=58.552;RBI=0.0450822;REFB=-0.109299;REVB=0.0297721;RO=1;SAF=38;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123185;STB=0.506492;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.001244;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:1:1:99:99:0.99:61:38:1:0:61:38:1:0 chr14 69703158 . A G 4638.81 PASS AF=1;AO=291;DP=294;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228792;FXX=0.0101348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.962;QD=63.3284;RBI=0.0229205;REFB=-0.0806843;REVB=0.00137476;RO=2;SAF=126;SAR=165;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00750875;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012154;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:294:293:2:0:291:293:1:165:126:2:0:166:127:0:0 chr14 69704553 . G T 2279.17 PASS AF=0.987097;AO=152;DP=156;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00265897;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.197;QD=58.8172;RBI=0.0331091;REFB=-0.139417;REVB=0.0330022;RO=0;SAF=75;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506493;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00131299;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:156:155:0:2:152:153:0.987097:77:75:0:0:77:76:2:0 chr14 69799806 . C T 88.7 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0246072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0656;QD=6.45121;RBI=0.0246081;REFB=-0.00894012;REVB=-0.000217793;RO=42;SAF=5;SAR=8;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555143;STB=0.534829;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0387148;OID=.;OPOS=69799806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:8:5:18:24:8:5:18:24 chr14 69799892 . A G 139.85 PASS AF=0.322034;AO=18;DP=58;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00664224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.024;QD=9.48121;RBI=0.00664566;REFB=-0.000552193;REVB=-0.000212919;RO=40;SAF=6;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27988;STB=0.639286;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00109592;OID=.;OPOS=69799892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:40:40:18:19:0.322034:12:6:23:17:12:7:23:17 chr14 69820946 . C A 181.44 PASS AF=0.263158;AO=25;DP=95;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.00896554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.168;QD=7.63973;RBI=0.0125161;REFB=-0.0122989;REVB=-0.00873334;RO=65;SAF=12;SAR=13;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154757;STB=0.56992;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0431384;OID=.;OPOS=69820946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:65:70:25:25:0.263158:13:12:23:42:13:12:27:43 chr14 70038786 . A G 4146.78 PASS AF=1;AO=263;DP=266;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613241;FXX=0.0183817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7168;QD=62.124;RBI=0.0220133;REFB=-0.0940571;REVB=-0.0211419;RO=0;SAF=93;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120833;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:266:267:0:0:263:267:1:170:93:0:0:173:94:0:0 chr14 70171418 . T C 807.55 PASS AF=0.491124;AO=83;DP=169;FAO=83;FDP=169;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0315489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.3744;QD=19.1135;RBI=0.0323418;REFB=-0.0224928;REVB=0.00711781;RO=86;SAF=45;SAR=38;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283184;STB=0.515608;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0211343;OID=.;OPOS=70171418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:86:86:83:83:0.491124:38:45:44:42:38:45:44:42 chr14 70178770 . C G 513.79 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0252902;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.657;QD=24.7609;RBI=0.0253194;REFB=-0.0082454;REVB=0.00121578;RO=35;SAF=14;SAR=34;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120112;STB=0.565987;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00624643;OID=.;OPOS=70178770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:34:14:15:20:34:14:15:20 chr14 70180778 . C G 2307.67 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.904;QD=63.66;RBI=0.0152303;REFB=0;REVB=0.00559916;RO=0;SAF=59;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8276e-05;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:145:0:0:142:145:1:83:59:0:0:84:61:0:0 chr14 70263648 . C T 362.66 PASS AF=0.333333;AO=45;DP=136;FAO=45;FDP=135;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=59;FSRR=31;FWDB=-0.0206784;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.822;QD=10.7453;RBI=0.020691;REFB=-0.01341;REVB=0.000723865;RO=83;SAF=16;SAR=29;SRF=54;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326153;STB=0.693698;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0298902;OID=.;OPOS=70263648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:83:90:45:45:0.333333:29:16:54:29:29:16:59:31 chr14 70634087 . A G 3612.5 PASS AF=0.987288;AO=230;DP=237;FAO=233;FDP=236;FR=.;FRO=3;FSAF=117;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0477835;FXX=0.020746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.841;QD=61.2289;RBI=0.104657;REFB=-0.102493;REVB=-0.0931125;RO=2;SAF=116;SAR=114;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828621;STB=0.506382;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000278648;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:237:236:2:3:230:233:0.987288:114:116:0:2:116:117:0:3 chr14 70712880 . A C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.881;QD=57.6807;RBI=0.022602;REFB=0;REVB=0.00221968;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02515e-05;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr14 70713156 . G A 463.42 PASS AF=0.384058;AO=52;DP=137;FAO=53;FDP=138;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.00399591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.494;QD=13.4324;RBI=0.00657204;REFB=-0.00778156;REVB=0.00521771;RO=85;SAF=26;SAR=26;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192869;STB=0.51667;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0120782;OID=.;OPOS=70713156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:85:85:52:53:0.384058:26:26:44:41:27:26:44:41 chr14 70713858 . T C 519.8 PASS AF=0.491071;AO=44;DP=103;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.045136;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.107;QD=18.5641;RBI=0.0476994;REFB=-0.0282575;REVB=0.0154263;RO=58;SAF=19;SAR=25;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345493;STB=0.536153;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0305069;OID=.;OPOS=70713858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:112:58:57:44:55:0.491071:25:19:27:31:26:29:26:31 chr14 70827773 . T C 1539.96 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00278116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1658;QD=59.8041;RBI=0.0155659;REFB=0;REVB=0.0153154;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26834e-05;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr14 70839389 . A C 429.2 PASS AF=0.602941;AO=35;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0158895;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=211.532;QD=25.2472;RBI=0.0228818;REFB=-0.00913686;REVB=-0.0164651;RO=12;SAF=23;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038054;STB=0.502957;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00555898;OID=.;OPOS=70839389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:12:27:35:41:0.602941:12:23:7:5:17:24:16:11 chr14 70924249 . A G 1320.61 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.891;QD=62.1462;RBI=0.05468;REFB=0;REVB=0.0516291;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67457e-05;OID=.;OPOS=70924249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:85:0:0:77:85:1:44:33:0:0:51:34:0:0 chr14 70924450 . C T 83.74 PASS AF=0.172414;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=-0.0195448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.361;QD=3.85032;RBI=0.0220534;REFB=-0.00188989;REVB=-0.0102153;RO=72;SAF=5;SAR=10;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00834212;OID=.;OPOS=70924450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:87:72:72:15:15:0.172414:10:5:24:48:10:5:24:48 chr14 70924462 . A G 93.95 PASS AF=0.190476;AO=16;DP=84;FAO=16;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=0.00923353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.28;QD=4.47372;RBI=0.0235024;REFB=0.00416385;REVB=0.0216127;RO=68;SAF=4;SAR=12;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133047;STB=0.586841;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0297923;OID=.;OPOS=70924462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:84:84:68:68:16:16:0.190476:12:4:23:45:12:4:23:45 chr14 70924501 . C G 1128.94 PASS AF=0.908046;AO=79;DP=87;FAO=79;FDP=87;FR=.;FRO=8;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.000343642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.538;QD=51.9052;RBI=0.0327886;REFB=0.0338839;REVB=-0.0327868;RO=8;SAF=32;SAR=47;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280693;STB=0.514872;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00393931;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:8:8:79:79:0.908046:47:32:2:6:47:32:2:6 chr14 70924566 . CA GT 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00944147;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.587;QD=13.5148;RBI=0.0155491;REFB=-0.00630239;REVB=-0.0123544;RO=42;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896013;STB=0.551218;STBP=0.522;TYPE=mnp;VARB=0.00610309;OID=.;OPOS=70924566;OREF=CA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:17:11:20:22:17:11:20:22 chr14 70924693 . T C 45.63 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00964566;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.168;QD=2.72392;RBI=0.019034;REFB=-0.00301854;REVB=0.016409;RO=55;SAF=2;SAR=7;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284464;STB=0.702117;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0179963;OID=.;OPOS=70924693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:55:58:9:9:0.134328:7:2:24:31:7:2:25:33 chr14 70924955 . A C 561.17 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0309995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5334;QD=19.3506;RBI=0.0412935;REFB=-0.00568794;REVB=0.0272798;RO=58;SAF=28;SAR=30;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046788;STB=0.525838;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00468999;OID=.;OPOS=70924955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:58:58:58:0.5:30:28:31:27:30:28:31:27 chr14 70925257 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.47;QD=45.8068;RBI=0.0129959;REFB=0;REVB=-0.0117942;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.86638e-05;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr14 70925818 . T C 32.19 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0340083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3409;QD=21.4581;RBI=0.0341218;REFB=-0.139679;REVB=0.0027819;RO=1;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272709;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0248342;OID=.;OPOS=70925818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:6:6:1:1:4:5:0.833333:3:1:1:0:3:2:1:0 chr14 70991650 . A C 267.79 PASS AF=0.363636;AO=31;DP=87;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=9;FWDB=0.00303737;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.4488;QD=12.1721;RBI=0.0201991;REFB=-0.0150979;REVB=0.0199694;RO=50;SAF=18;SAR=13;SRF=41;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283877;STB=0.672325;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0667437;OID=.;OPOS=70991650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:50:56:31:32:0.363636:13:18:41:9:13:19:47:9 chr14 71109153 . C G 786.72 PASS AF=0.393013;AO=90;DP=229;FAO=90;FDP=229;FR=.;FRO=139;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=76;FSRR=63;FWDB=-0.00446729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.41;QD=13.7419;RBI=0.00483046;REFB=-0.0111776;REVB=0.00183756;RO=139;SAF=38;SAR=52;SRF=76;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134499;STB=0.575629;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0213979;OID=.;OPOS=71109153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:139:139:90:90:0.393013:52:38:76:63:52:38:76:63 chr14 71138589 . G A 430.21 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0280806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.507;QD=22.6426;RBI=0.028386;REFB=-0.0174402;REVB=-0.00415262;RO=34;SAF=13;SAR=29;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143315;STB=0.579162;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0122292;OID=.;OPOS=71138589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:29:13:16:18:29:13:16:18 chr14 71139279 . G T 1004.77 PASS AF=0.572289;AO=94;DP=165;FAO=95;FDP=166;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=21;FSRR=50;FWDB=0.00721416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.216;QD=24.2113;RBI=0.0233421;REFB=-0.0135776;REVB=-0.0221993;RO=68;SAF=37;SAR=57;SRF=20;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821867;STB=0.547305;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00960606;OID=.;OPOS=71139279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:68:71:94:95:0.572289:57:37:20:48:57:38:21:50 chr14 71199452 . G A 1094.32 PASS AF=0.671533;AO=92;DP=135;FAO=92;FDP=137;FR=.;FRO=45;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.000212075;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.463;QD=31.9509;RBI=0.00716407;REFB=-0.00436757;REVB=0.00716093;RO=38;SAF=50;SAR=42;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1222;STB=0.563517;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00169911;OID=.;OPOS=71199452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:38:45:92:92:0.671533:42:50:29:9:42:50:33:12 chr14 71204973 . C T 654.05 PASS AF=0.551724;AO=64;DP=116;FAO=64;FDP=116;FR=.;FRO=52;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00441346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.717;QD=22.5534;RBI=0.00833804;REFB=-0.0164821;REVB=-0.0070742;RO=51;SAF=43;SAR=21;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745675;STB=0.546703;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0166168;OID=.;OPOS=71204973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:51:52:64:64:0.551724:21:43:30:21:21:43:30:22 chr14 71374702 . G A 3691.72 PASS AF=0.593583;AO=332;DP=568;FAO=333;FDP=561;FR=.;FRO=228;FSAF=150;FSAR=183;FSRF=116;FSRR=112;FWDB=0.0349979;FXX=0.0226477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3588;QD=26.3224;RBI=0.0381031;REFB=-0.0158612;REVB=0.0150663;RO=220;SAF=151;SAR=181;SRF=111;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369308;STB=0.523823;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00807928;OID=.;OPOS=71374702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:568:561:220:228:332:333:0.593583:181:151:111:109:183:150:116:112 chr14 71444788 . G A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00348881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.047;QD=10.1699;RBI=0.0115686;REFB=0.00275416;REVB=0.01103;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430673;STB=0.753448;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00542264;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:5:17:4:7:5:17 chr14 71577898 . C G 230.16 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0423626;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5879;QD=21.9204;RBI=0.0599251;REFB=0.00609031;REVB=0.0423843;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150015;STB=0.571365;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00570502;OID=.;OPOS=71577898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:21:22:0.52381:11:10:13:7:11:11:13:7 chr14 71915415 . T G,TGTG 507.61 PASS AF=0.114286,0.885714;AO=5,30;DP=36;FAO=4,31;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=4,15;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156224,-0.0196749;FXX=0.0277701;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=49.1466,236.938;QD=58.0126;RBI=0.0992029,0.0253381;REFB=0,0;REVB=0.0979651,0.0159661;RO=1;SAF=4,15;SAR=1,15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.277405,0.0300657;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00696481,0.000317234;OID=.,.;OPOS=71915415,71915416;OREF=T,-;OALT=G,GTG;OMAPALT=G,TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:36:35:1:0:5,30:4,31:0.114286,0.885714:1,15:4,15:0:1:0,16:4,15:0:0 chr14 72055468 . A C,T 756.54 PASS AF=0.94,0.06;AO=46,3;DP=50;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=24,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210914,0.00185138;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.886,63.2097;QD=60.5228;RBI=0.0822596,0.0648012;REFB=-0.0284524,-0.0531238;REVB=0.0822326,0.0647748;RO=1;SAF=23,0;SAR=23,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0200022,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00104012,0.0448585;OID=.,.;OPOS=72055468,72055468;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:50:50:1:0:46,3:47,3:0.94,0.06:23,3:23,0:0:1:24,3:23,0:0:0 chr14 72117156 . T C 1132.31 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0403388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8122;QD=57.3323;RBI=0.103191;REFB=-0.0469194;REVB=0.0949799;RO=3;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129145;STB=0.506328;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00207231;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:79:79:3:1:76:78:0.987342:37:39:1:2:39:39:1:0 chr14 73079291 . G GA,GAA 960.51 PASS AF=0,1;AO=24,50;DP=93;FAO=0,89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=0,47;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.394932,0.207484;FXX=0.0111099;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=12.7585,21.3677;QD=43.1692;RBI=0.415527,0.215902;REFB=0,0;REVB=0.129196,0.0596975;RO=13;SAF=17,20;SAR=7,30;SRF=12;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.181096,-0.200533;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00789677;OID=.,.;OPOS=73079292,73079292;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:24,50:93:0,89:89:0:0,47:0,42:0:0:18:13:17,20:7,30:12:1 chr14 73220020 . A G 394.94 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0433686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9439;QD=22.8953;RBI=0.0511906;REFB=0.00426127;REVB=-0.0271965;RO=29;SAF=13;SAR=26;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965018;STB=0.562467;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00337296;OID=.;OPOS=73220020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:30:39:39:0.565217:26:13:13:16:26:13:14:16 chr14 73240486 . A G 57.19 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0756152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9599;QD=12.7099;RBI=0.135016;REFB=0.0060732;REVB=0.111855;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105859;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00275429;OID=.;OPOS=73240486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:10:8:8:0.444444:4:4:3:5:4:4:4:6 chr14 73358945 . A C 4604.43 PASS AF=0.956522;AO=307;DP=321;FAO=308;FDP=322;FR=.;FRO=14;FSAF=130;FSAR=178;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.046222;FXX=0.00309588;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.747;QD=57.1978;RBI=0.0468425;REFB=-0.177257;REVB=-0.00759882;RO=1;SAF=130;SAR=177;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00268722;STB=0.516121;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000708256;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:321:322:1:14:307:308:0.956522:177:130:0:1:178:130:11:3 chr14 73360819 . T TTGTC 1162.51 PASS AF=0.833333;AO=89;DP=115;FAO=90;FDP=108;FR=.;FRO=18;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00999701;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=4;MLLD=278.143;QD=43.0558;RBI=0.0186957;REFB=-0.0228916;REVB=0.0157984;RO=24;SAF=31;SAR=58;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116578;STB=0.547734;STBP=0.034;TYPE=ins;VARB=0.00334573;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:89:115:90:108:18:31:59:11:7:96:24:31:58:15:9 chr14 73422350 . T G 1121.36 PASS AF=0.610778;AO=100;DP=165;FAO=102;FDP=167;FR=.;FRO=65;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.01483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.736;QD=26.8589;RBI=0.0753754;REFB=-0.0206815;REVB=0.0739021;RO=65;SAF=49;SAR=51;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128705;STB=0.502993;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0147654;OID=.;OPOS=73422350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:65:65:100:102:0.610778:51:49:33:32:51:51:33:32 chr14 73429755 . G A 415.07 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0324037;FXX=0.0476134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.981;QD=20.7534;RBI=0.0369836;REFB=-0.0316006;REVB=-0.0178266;RO=37;SAF=13;SAR=28;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108857;STB=0.576705;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0233049;OID=.;OPOS=73429755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:37:39:41:41:0.5125:28:13:16:21:28:13:18:21 chr14 73528645 . G A 229.39 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0409964;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.314;QD=11.6148;RBI=0.0415316;REFB=-0.0117237;REVB=0.00664593;RO=49;SAF=18;SAR=10;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599443;STB=0.550632;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0255998;OID=.;OPOS=73528645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:49:51:28:28:0.35443:10:18:29:20:10:18:29:22 chr14 73711394 . A G 539.38 PASS AF=0.331731;AO=65;DP=205;FAO=69;FDP=208;FR=.;FRO=139;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=72;FWDB=-0.00234084;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.01;QD=10.3728;RBI=0.00310075;REFB=-0.00782463;REVB=0.00203349;RO=140;SAF=28;SAR=37;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570229;STB=0.541749;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0181333;OID=.;OPOS=73711394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:208:140:139:65:69:0.331731:37:28:67:73:40:29:67:72 chr14 73727509 . T G 159.51 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.00647989;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.402;QD=11.0007;RBI=0.031044;REFB=-0.0084334;REVB=-0.0303602;RO=38;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111746;STB=0.577548;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0109702;OID=.;OPOS=73727509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:37:20:21:0.362069:13:7:10:28:13:8:10:27 chr14 73730695 . A G 190.08 PASS AF=0.433962;AO=21;DP=51;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0097599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.093;QD=14.3455;RBI=0.051397;REFB=-0.0336624;REVB=-0.0504618;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382852;STB=0.669715;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0384688;OID=.;OPOS=73730695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:29:30:21:23:0.433962:14:7:21:8:14:9:21:9 chr14 73957772 . A G 312.35 PASS AF=0.281879;AO=42;DP=150;FAO=42;FDP=149;FR=.;FRO=107;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=0.0389359;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0727;QD=8.38523;RBI=0.0744294;REFB=-0.0175299;REVB=-0.0634329;RO=106;SAF=21;SAR=21;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503354;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0831827;OID=.;OPOS=73957772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:106:107:42:42:0.281879:21:21:53:53:21:21:54:53 chr14 73958375 . T C 229.55 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00274094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.352;QD=11.9248;RBI=0.00728971;REFB=0.00337244;REVB=-0.00675479;RO=40;SAF=21;SAR=7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285468;STB=0.692163;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00650643;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:40:49:28:28:0.363636:7:21:20:20:7:21:23:26 chr14 73958812 . T C 326.13 PASS AF=0.318182;AO=42;DP=132;FAO=42;FDP=132;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=58;FWDB=-0.016245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.484;QD=9.88278;RBI=0.0236636;REFB=-0.0134069;REVB=-0.0172065;RO=90;SAF=21;SAR=21;SRF=32;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170393;STB=0.59844;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0268834;OID=.;OPOS=73958812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:90:90:42:42:0.318182:21:21:32:58:21:21:32:58 chr14 73963383 . T C 323.85 PASS AF=0.341667;AO=41;DP=120;FAO=41;FDP=120;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.00778511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.432;QD=10.795;RBI=0.00940526;REFB=-0.0200553;REVB=0.00527742;RO=78;SAF=18;SAR=23;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069727;STB=0.536179;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.03983;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:78:79:41:41:0.341667:23:18:39:39:23:18:39:40 chr14 73969610 . G A 219.07 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0287379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.995;QD=9.62946;RBI=0.0384097;REFB=0.00119546;REVB=0.0254841;RO=63;SAF=5;SAR=23;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462439;STB=0.775069;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00175466;OID=.;OPOS=73969610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:63:28:28:0.307692:23:5:34:29:23:5:34:29 chr14 73989859 . C T 2439.84 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0077551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.05;QD=60.6171;RBI=0.0142782;REFB=-0.0641333;REVB=0.0119886;RO=0;SAF=79;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29815e-08;STB=0.503067;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=2.13303e-06;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:0:1:160:160:0.993789:81:79:0:0:81:79:0:1 chr14 74042189 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.241;QD=35.5759;RBI=0.0708463;REFB=0;REVB=-0.0624855;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000555498;OID=.;OPOS=74042189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr14 74061968 . T C 958.15 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0891318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.653;QD=57.2032;RBI=0.0950163;REFB=-0.0699448;REVB=0.0329184;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.507244;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000411227;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:32:34:0:0:32:34:1:0 chr14 74083901 . G A 967.24 PASS AF=0.959459;AO=67;DP=71;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0219041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.474;QD=52.2833;RBI=0.0305837;REFB=-0.193038;REVB=0.0213442;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523803;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00198;OID=.;OPOS=74083901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:74:0:3:67:71:0.959459:38:29:0:0:41:30:3:0 chr14 74168625 . G A 347.07 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00803565;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.115;QD=24.7904;RBI=0.00805007;REFB=-0.0147007;REVB=0.000481652;RO=22;SAF=10;SAR=24;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581827;STB=0.532;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00900242;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:24:10:8:14:24:10:8:14 chr14 74179813 . A G 97.33 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0334175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.843;QD=6.1798;RBI=0.0348909;REFB=-0.00212605;REVB=-0.0100325;RO=48;SAF=10;SAR=5;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184508;STB=0.615227;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00705164;OID=.;OPOS=74179813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:48:48:15:15:0.238095:5:10:25:23:5:10:25:23 chr14 74181044 . T C 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0075477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.281;QD=15.6431;RBI=0.00768;REFB=-0.0328121;REVB=0.00141938;RO=29;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1201;STB=0.569547;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0528866;OID=.;OPOS=74181044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:15:5:10:19:15:5:10:19 chr14 74196686 . T C 1528.64 PASS AF=0.56917;AO=144;DP=253;FAO=144;FDP=253;FR=.;FRO=109;FSAF=55;FSAR=89;FSRF=31;FSRR=78;FWDB=-0.0224964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.415;QD=24.1682;RBI=0.0225534;REFB=-0.030281;REVB=-0.00160318;RO=109;SAF=55;SAR=89;SRF=31;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839466;STB=0.545454;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0248457;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:109:109:144:144:0.56917:89:55:31:78:89:55:31:78 chr14 74196792 . T C 514.44 PASS AF=0.483607;AO=48;DP=110;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=49;FSRF=14;FSRR=49;FWDB=0.0233591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4957;QD=16.8668;RBI=0.0250602;REFB=-0.0300668;REVB=-0.00907572;RO=62;SAF=0;SAR=48;SRF=13;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.824005;STB=0.545438;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0339657;OID=.;OPOS=74196792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:122:62:63:48:59:0.483607:48:0:13:49:49:10:14:49 chr14 74196844 . T C 486.39 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=37;FWDB=-0.0137944;FXX=0.0107515;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.985;QD=21.1476;RBI=0.0138035;REFB=-0.00322258;REVB=0.00050233;RO=45;SAF=4;SAR=43;SRF=8;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208469;STB=0.617166;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00324384;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:45:45:47:47:0.51087:43:4:8:37:43:4:8:37 chr14 74206481 . T C 430.18 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00252291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5718;QD=22.6413;RBI=0.0119478;REFB=0.00393399;REVB=0.0116784;RO=34;SAF=23;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110113;STB=0.560596;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00303757;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:19:23:14:20:19:23:14:20 chr14 74340797 . A T 1808.91 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107869;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0243;QD=61.3188;RBI=0.0117929;REFB=0;REVB=0.00476623;RO=0;SAF=53;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036894;OID=.;OPOS=74340797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:65:53:0:0:65:53:0:0 chr14 74404756 . T C 499.65 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.018522;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.037;QD=54.0158;RBI=0.0198915;REFB=-0.059874;REVB=0.00725315;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.502331;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000346193;OID=.;OPOS=74404756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:0:2:35:35:0.945946:19:16:0:0:19:16:1:1 chr14 74428000 . A T 1571.83 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502222;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.608;QD=64.1562;RBI=0.0141423;REFB=0;REVB=0.0132205;RO=0;SAF=38;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32058e-06;OID=.;OPOS=74428000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:60:38:0:0:60:38:0:0 chr14 74489735 . G A 2360.09 PASS AF=0.975309;AO=156;DP=161;FAO=158;FDP=162;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0533362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.105;QD=58.2737;RBI=0.0533829;REFB=-0.0800289;REVB=-0.00223416;RO=3;SAF=60;SAR=96;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146329;STB=0.509999;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000619306;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:161:162:3:4:156:158:0.975309:96:60:0:3:98:60:0:4 chr14 74514674 . A T 1676.36 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.881;QD=60.4093;RBI=0.0177131;REFB=0;REVB=-0.0153288;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06559e-05;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:50:61:0:0:50:61:0:0 chr14 74539323 . AAC A,AA,AAA 686.19 PASS AF=0,1,0;AO=12,21,30;DP=64;FAO=0,47,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,0;FSAR=0,39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467969,-0.00532848,-0.0146571;FXX=0.040808;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=226.776,229.185,228.123;QD=58.3992;RBI=0.0182017,0.0165707,0.0203614;REFB=0,0,0;REVB=0.0175898,0.0156906,0.0141336;RO=0;SAF=2,3,7;SAR=10,18,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0467816,-0.000606413,-0.0465601;OID=.,.,.;OPOS=74539324,74539325,74539325;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:12,21,30:64:0,47,0:47:0:0,8,0:0,39,0:0:0:3:0:2,3,7:10,18,23:0:0 chr14 74824365 . A G 604.11 PASS AF=0.6;AO=54;DP=90;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=43;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0146111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.051;QD=26.8494;RBI=0.0172532;REFB=-0.0142708;REVB=0.00917558;RO=36;SAF=43;SAR=11;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079129;STB=0.543305;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00857746;OID=.;OPOS=74824365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:36:36:54:54:0.6:11:43:26:10:11:43:26:10 chr14 74876181 . T G 3444.1 PASS AF=0.991071;AO=222;DP=224;FAO=222;FDP=224;FR=.;FRO=2;FSAF=119;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0063483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9073;QD=61.5018;RBI=0.0358127;REFB=-0.0368143;REVB=-0.0352455;RO=2;SAF=119;SAR=103;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000616241;STB=0.500323;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000400305;OID=.;OPOS=74876181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:224:224:2:2:222:222:0.991071:103:119:1:1:103:119:1:1 chr14 74994011 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00813671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.295;QD=10.4385;RBI=0.011273;REFB=-0.040586;REVB=0.00780217;RO=26;SAF=9;SAR=4;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516954;STB=0.539476;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0503359;OID=.;OPOS=74994011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:26:27:13:13:0.325:4:9:19:7:4:9:20:7 chr14 75019002 . C T 1658.79 PASS AF=0.355752;AO=200;DP=565;FAO=201;FDP=565;FR=.;FRO=364;FSAF=97;FSAR=104;FSRF=140;FSRR=224;FWDB=-0.0175772;FXX=0.00176675;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.45;QD=11.7436;RBI=0.0195391;REFB=-0.00541231;REVB=0.00853336;RO=360;SAF=96;SAR=104;SRF=139;SRR=221;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10763;STB=0.563468;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0135612;OID=.;OPOS=75019002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:565:565:360:364:200:201:0.355752:104:96:139:221:104:97:140:224 chr14 75022271 . G T 523.14 PASS AF=0.372781;AO=60;DP=165;FAO=63;FDP=169;FR=.;FRO=106;FSAF=57;FSAR=6;FSRF=91;FSRR=15;FWDB=0.0774328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6049;QD=12.382;RBI=0.112953;REFB=0.00936217;REVB=0.0822341;RO=105;SAF=54;SAR=6;SRF=90;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117245;STB=0.574075;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0138446;OID=.;OPOS=75022271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:169:105:106:60:63:0.372781:6:54:90:15:6:57:91:15 chr14 75279395 . T A 1196.14 PASS AF=0.673469;AO=99;DP=147;FAO=99;FDP=147;FR=.;FRO=48;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00628979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.794;QD=32.5479;RBI=0.0150433;REFB=-0.0189943;REVB=-0.0136653;RO=47;SAF=55;SAR=44;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143061;STB=0.511448;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0103397;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:47:48:99:99:0.673469:44:55:25:22:44:55:25:23 chr14 75359670 . G A 484.32 PASS AF=0.357143;AO=58;DP=166;FAO=60;FDP=168;FR=.;FRO=108;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=70;FWDB=0.0205391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.451;QD=11.5313;RBI=0.0208615;REFB=-0.0041761;REVB=0.00365387;RO=101;SAF=17;SAR=41;SRF=31;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184337;STB=0.538448;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.005088;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:101:108:58:60:0.357143:41:17:31:70:42:18:38:70 chr14 75367807 . C T 658.6 PASS AF=0.324427;AO=84;DP=263;FAO=85;FDP=262;FR=.;FRO=177;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=73;FSRR=104;FWDB=-0.072892;FXX=0.00757547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6927;QD=10.0549;RBI=0.0832635;REFB=-0.00505645;REVB=-0.0402438;RO=174;SAF=39;SAR=45;SRF=72;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599261;STB=0.539601;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00850042;OID=.;OPOS=75367807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:262:174:177:84:85:0.324427:45:39:72:102:45:40:73:104 chr14 75386576 . G A 1759.01 PASS AF=0.663717;AO=150;DP=226;FAO=150;FDP=226;FR=.;FRO=76;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=0.0152909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.355;QD=31.1328;RBI=0.0298575;REFB=-0.0562729;REVB=0.0256449;RO=73;SAF=77;SAR=73;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630945;STB=0.530983;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0256457;OID=.;OPOS=75386576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:73:76:150:150:0.663717:73:77:45:28:73:77:46:30 chr14 75388183 . C T 595.19 PASS AF=0.71831;AO=50;DP=71;FAO=51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0275577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.64;QD=33.5317;RBI=0.0334423;REFB=-0.0097608;REVB=0.0189463;RO=20;SAF=25;SAR=25;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264628;STB=0.516835;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00223159;OID=.;OPOS=75388183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:20:20:50:51:0.71831:25:25:11:9:26:25:11:9 chr14 75412908 . A C,G 3127.63 PASS AF=0.0333333,0.957143;AO=10,201;DP=212;FAO=7,201;FDP=210;FR=.;FRO=2;FSAF=7,89;FSAR=0,112;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00368249,0.0137426;FXX=0.0140838;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.762,82.9606;QD=59.5739;RBI=0.0476777,0.081012;REFB=-0.0864569,-0.0859078;REVB=-0.0475352,-0.0798379;RO=1;SAF=9,89;SAR=1,112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.290714,0.00423389;STB=0.5,0.505555;STBP=1,0.156;TYPE=snp,snp;VARB=0.191491,0.000507711;OID=.,.;OPOS=75412908,75412908;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:212:210:1:2:10,201:7,201:0.0333333,0.957143:1,112:9,89:0:1:0,112:7,89:2:0 chr14 75483812 . T C 3334.18 PASS AF=0.986364;AO=214;DP=219;FAO=217;FDP=220;FR=.;FRO=3;FSAF=111;FSAR=106;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.036027;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.691;QD=60.6214;RBI=0.0363041;REFB=-0.0303465;REVB=-0.00447654;RO=3;SAF=108;SAR=106;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130475;STB=0.506666;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000669748;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:219:220:3:3:214:217:0.986364:106:108:3:0:106:111:3:0 chr14 75513883 . T C 1469.59 PASS AF=0.971429;AO=101;DP=106;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0354903;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5565;QD=55.9845;RBI=0.0355123;REFB=0.0222898;REVB=-0.00124978;RO=2;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185965;STB=0.514283;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.000112172;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:105:2:3:101:102:0.971429:50:51:0:2:51:51:0:3 chr14 75537381 . C T 1493.8 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.916;QD=58.5803;RBI=0.0111109;REFB=-0.114115;REVB=0.00436783;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.505262;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-3.39325e-06;OID=.;OPOS=75537381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:102:0:1:99:101:0.990196:52:47:0:0:54:47:1:0 chr14 75538217 . G T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5507;QD=55.6538;RBI=0.0966558;REFB=0;REVB=-0.0905627;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00290591;OID=.;OPOS=75538217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr14 75544470 . T A 431.42 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00296327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.162;QD=53.9278;RBI=0.00298562;REFB=0.115577;REVB=-0.000364655;RO=1;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227444;STB=0.51162;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00267306;OID=.;OPOS=75544470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:30:31:0.96875:20:10:0:1:21:10:0:1 chr14 75574087 . C T 1510.61 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.866;QD=63.6046;RBI=0.0331736;REFB=0;REVB=0.0112461;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07628e-05;OID=.;OPOS=75574087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:47:47:0:0:48:47:0:0 chr14 75590822 . G A 2144.16 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107966;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.769;QD=63.0637;RBI=0.108243;REFB=0;REVB=-0.00774067;RO=0;SAF=60;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186822;OID=.;OPOS=75590822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:76:60:0:0:76:60:0:0 chr14 75600697 . C T 464.97 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.609;QD=58.1209;RBI=0.0170568;REFB=0;REVB=-0.0117335;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78273e-06;OID=.;OPOS=75600697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr14 75705656 . G A 490.62 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.0109518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.878;QD=15.6999;RBI=0.0155078;REFB=-0.00491241;REVB=0.0109796;RO=71;SAF=20;SAR=34;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277897;STB=0.655317;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00332785;OID=.;OPOS=75705656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:71:71:54:54:0.432:34:20:46:25:34:20:46:25 chr14 75705863 . C T 204.97 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00819662;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.732;QD=12.4226;RBI=0.0194919;REFB=-0.00129223;REVB=-0.0176847;RO=39;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459041;STB=0.522275;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00328551;OID=.;OPOS=75705863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:41:25:25:0.378788:15:10:14:25:15:10:15:26 chr14 75746690 . C T 329.18 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.00818853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2331;QD=12.4217;RBI=0.0102259;REFB=-0.00420002;REVB=0.00612508;RO=66;SAF=19;SAR=21;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224185;STB=0.512778;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0124666;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:66:40:40:0.377358:21:19:30:36:21:19:30:36 chr14 75758885 . A G 1644.18 PASS AF=0.982456;AO=110;DP=115;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0436759;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6114;QD=57.6904;RBI=0.0441837;REFB=-0.124536;REVB=-0.00667918;RO=3;SAF=51;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102732;STB=0.50063;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00212041;OID=.;OPOS=75758885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:114:3:2:110:112:0.982456:59:51:2:1:60:52:1:1 chr14 75759060 . C T 494.28 PASS AF=0.55814;AO=46;DP=87;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0454854;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.709;QD=22.9899;RBI=0.046923;REFB=-0.0224274;REVB=-0.011526;RO=34;SAF=18;SAR=28;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219957;STB=0.605726;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0125339;OID=.;OPOS=75759060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:34:38:46:48:0.55814:28:18:23:11:28:20:25:13 chr14 75904660 . A G 6635.74 PASS AF=1;AO=419;DP=420;FAO=420;FDP=420;FR=.;FRO=0;FSAF=242;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382575;FXX=0.00237524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.718;QD=63.1975;RBI=0.0576238;REFB=0;REVB=-0.0430914;RO=0;SAF=242;SAR=177;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53417e-05;OID=.;OPOS=75904660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:420:420:0:0:419:420:1:177:242:0:0:178:242:0:0 chr14 75937022 . G A 177.73 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=8;FWDB=-0.057867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.644;QD=10.6109;RBI=0.0592394;REFB=-0.00576764;REVB=-0.0126773;RO=44;SAF=13;SAR=10;SRF=36;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310165;STB=0.676667;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00527454;OID=.;OPOS=75937022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:10:13:36:8:10:13:36:8 chr14 76045362 . T C 773.58 PASS AF=0.673684;AO=64;DP=95;FAO=64;FDP=95;FR=.;FRO=31;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0279832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.413;QD=32.5718;RBI=0.0281539;REFB=-0.0203709;REVB=-0.00309619;RO=31;SAF=33;SAR=31;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019192;STB=0.510362;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0100584;OID=.;OPOS=76045362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:31:31:64:64:0.673684:31:33:15:16:31:33:15:16 chr14 76045858 . G A 97.66 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00420932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.437;QD=24.4139;RBI=0.0173742;REFB=-0.0532349;REVB=-0.0168566;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304345;STB=0.51721;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0329126;OID=.;OPOS=76045858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:2:3:6:5:2:3 chr14 76045963 . C G 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0233555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3206;QD=20.159;RBI=0.0380416;REFB=0.0344141;REVB=-0.030028;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308282;STB=0.644577;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0309463;OID=.;OPOS=76045963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:9:7:1:12:9:7:2:12 chr14 76156609 . C T 280.06 PASS AF=0.375;AO=29;DP=84;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00692985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.724;QD=12.7298;RBI=0.0165154;REFB=-0.00117684;REVB=0.0149911;RO=53;SAF=17;SAR=12;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10773;STB=0.522808;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00172258;OID=.;OPOS=76156609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:53:55:29:33:0.375:12:17:26:27:15:18:28:27 chr14 76175550 . A G 624.83 PASS AF=0.639535;AO=54;DP=85;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00847608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.474;QD=29.062;RBI=0.0155763;REFB=-0.0178968;REVB=-0.0130682;RO=31;SAF=22;SAR=32;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180904;STB=0.593058;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0138081;OID=.;OPOS=76175550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:31:31:54:55:0.639535:32:22:21:10:32:23:21:10 chr14 76175565 . C A 249.13 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0511002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.357;QD=11.8635;RBI=0.0511858;REFB=0.00350031;REVB=-0.0029589;RO=54;SAF=19;SAR=11;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211585;STB=0.622122;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00828066;OID=.;OPOS=76175565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:30:30:0.357143:11:19:24:30:11:19:24:30 chr14 76175594 . G A 215.59 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00280217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.315;QD=10.9159;RBI=0.0105442;REFB=-0.00767882;REVB=-0.010165;RO=51;SAF=16;SAR=11;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159474;STB=0.598617;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0156378;OID=.;OPOS=76175594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:52:27:27:0.341772:11:16:23:28:11:16:23:29 chr14 76224153 . T A 1942.61 PASS AF=0.984496;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0159755;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.804;QD=60.2361;RBI=0.071781;REFB=0.121227;REVB=0.0699807;RO=2;SAF=63;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148438;STB=0.507811;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000524266;OID=.;OPOS=76224153;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:2:2:126:127:0.984496:63:63:2:0:64:63:2:0 chr14 76368544 . T C 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00838986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.438;QD=63.4762;RBI=0.0175723;REFB=0;REVB=0.0154401;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06796e-06;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:52:42:0:0:52:42:0:0 chr14 76619167 . A C 202.76 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=98;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.00993428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.64;QD=8.27586;RBI=0.0103016;REFB=-0.0049459;REVB=0.00272647;RO=71;SAF=16;SAR=11;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363455;STB=0.521723;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0163172;OID=.;OPOS=76619167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:71:71:27:27:0.27551:11:16:40:31:11:16:40:31 chr14 76621213 . C T 786.15 PASS AF=0.62069;AO=72;DP=116;FAO=72;FDP=116;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0258308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.281;QD=27.1085;RBI=0.0383401;REFB=-0.00373823;REVB=-0.0283326;RO=44;SAF=32;SAR=40;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107096;STB=0.557941;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00214513;OID=.;OPOS=76621213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:44:44:72:72:0.62069:40:32:13:31:40:32:13:31 chr14 76638358 . A G 241.0 PASS AF=0.253623;AO=35;DP=138;FAO=35;FDP=138;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.028586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.428;QD=6.98538;RBI=0.0503405;REFB=-0.00623498;REVB=-0.0414367;RO=103;SAF=18;SAR=17;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237595;STB=0.514278;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0202984;OID=.;OPOS=76638358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:103:103:35:35:0.253623:17:18:51:52:17:18:51:52 chr14 76662370 . T C 840.67 PASS AF=0.485876;AO=86;DP=177;FAO=86;FDP=177;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.00965605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7056;QD=18.9982;RBI=0.0274824;REFB=-0.0175222;REVB=0.0257302;RO=91;SAF=35;SAR=51;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727438;STB=0.540143;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0219463;OID=.;OPOS=76662370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:91:91:86:86:0.485876:51:35:44:47:51:35:44:47 chr14 76662376 . G GT 197.46 PASS AF=0.417722;AO=59;DP=161;FAO=66;FDP=158;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.0223805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.0657;QD=4.99899;RBI=0.02494;REFB=-0.0761693;REVB=-0.0110052;RO=94;SAF=19;SAR=40;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235399;STB=0.591715;STBP=0.052;TYPE=ins;VARB=0.074591;OID=.;OPOS=76662377;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.417722:59:161:66:158:92:23:43:46:46:99:94:19:40:50:44 chr14 76662446 . C T 409.98 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0947293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2157;QD=15.6183;RBI=0.0957411;REFB=-0.00261369;REVB=-0.0138827;RO=58;SAF=19;SAR=27;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034895;STB=0.513508;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00649424;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:58:59:46:46:0.438095:27:19:22:36:27:19:23:36 chr14 76957887 . T C 2155.98 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5118;QD=62.9482;RBI=0.0262924;REFB=0;REVB=-0.00889351;RO=0;SAF=57;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109423;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:79:57:0:0:80:57:0:0 chr14 77236380 . C T 802.67 PASS AF=0.526316;AO=80;DP=152;FAO=80;FDP=152;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.000811487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.263;QD=21.1228;RBI=0.0187708;REFB=-0.0123127;REVB=-0.0187533;RO=70;SAF=32;SAR=48;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747622;STB=0.541768;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0115167;OID=.;OPOS=77236380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:70:72:80:80:0.526316:48:32:34:36:48:32:35:37 chr14 77245286 . C T 2781.96 PASS AF=0.587007;AO=249;DP=429;FAO=253;FDP=431;FR=.;FRO=178;FSAF=131;FSAR=122;FSRF=87;FSRR=91;FWDB=0.0224595;FXX=0.00231476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7515;QD=25.8187;RBI=0.059448;REFB=-0.022005;REVB=0.0550422;RO=178;SAF=127;SAR=122;SRF=87;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164061;STB=0.51199;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0140591;OID=.;OPOS=77245286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:431:178:178:249:253:0.587007:122:127:87:91:122:131:87:91 chr14 77269788 . A C 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0143181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.196;QD=22.9238;RBI=0.0300759;REFB=-0.0235256;REVB=0.026449;RO=25;SAF=20;SAR=14;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263036;STB=0.644449;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0184926;OID=.;OPOS=77269788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:14:20:6:19:14:20:6:19 chr14 77293072 . C A 414.93 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00510347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.414;QD=36.0806;RBI=0.009723;REFB=-0.0459392;REVB=0.00827595;RO=13;SAF=15;SAR=18;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118924;STB=0.564478;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0145261;OID=.;OPOS=77293072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:13:33:33:0.717391:18:15:3:10:18:15:3:10 chr14 77294876 . T C 547.81 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0130997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.86;QD=23.5617;RBI=0.0629033;REFB=-0.0104119;REVB=0.0615242;RO=42;SAF=15;SAR=36;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243227;STB=0.634091;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0129652;OID=.;OPOS=77294876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:42:51:51:0.548387:36:15:24:18:36:15:24:18 chr14 77323782 . G A 223.56 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0132392;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.745;QD=10.5204;RBI=0.0446349;REFB=-0.00398864;REVB=-0.0426262;RO=58;SAF=13;SAR=15;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809209;STB=0.541532;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.011439;OID=.;OPOS=77323782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:58:57:28:28:0.329412:15:13:31:27:15:13:30:27 chr14 77332367 . C T 1049.39 PASS AF=0.537634;AO=100;DP=186;FAO=100;FDP=186;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=23;FSRR=63;FWDB=-0.00557289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.649;QD=22.5676;RBI=0.0120342;REFB=-0.0180212;REVB=0.0106661;RO=82;SAF=39;SAR=61;SRF=23;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975529;STB=0.561139;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0124014;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:82:86:100:100:0.537634:61:39:23:59:61:39:23:63 chr14 77336521 . G A 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0170755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.732;QD=19.2766;RBI=0.0185078;REFB=0.000951822;REVB=0.00713892;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333363;STB=0.524666;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.000871337;OID=.;OPOS=77336521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:34:34:0.507463:14:20:20:12:14:20:21:12 chr14 77492891 . G A 765.04 PASS AF=0.50641;AO=78;DP=155;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00230084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.464;QD=19.6163;RBI=0.00958071;REFB=-0.00896555;REVB=-0.00930033;RO=77;SAF=41;SAR=37;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297401;STB=0.513298;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0122771;OID=.;OPOS=77492891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:77:77:78:79:0.50641:37:41:43:34:37:42:43:34 chr14 77493875 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0352931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.097;QD=10.0338;RBI=0.0365097;REFB=0.0292285;REVB=0.00934637;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0321264;OID=.;OPOS=77493875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr14 77494682 . G A 2113.35 PASS AF=0.627986;AO=178;DP=287;FAO=184;FDP=293;FR=.;FRO=109;FSAF=80;FSAR=104;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=0.0862721;FXX=0.00340124;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3078;QD=28.8512;RBI=0.130091;REFB=-0.032204;REVB=0.0973698;RO=109;SAF=78;SAR=100;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536698;STB=0.529655;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0236494;OID=.;OPOS=77494682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:293:109:109:178:184:0.627986:100:78:56:53:104:80:56:53 chr14 77697967 . A G 2083.75 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.039;QD=62.6693;RBI=0.0852603;REFB=0;REVB=-0.0816341;RO=0;SAF=61;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153344;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:71:61:0:0:71:62:0:0 chr14 77703057 . A G 737.45 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.402;QD=55.6568;RBI=0.0200293;REFB=0;REVB=0.0144662;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115827;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:21:30:0:0:21:32:0:0 chr14 77723259 . G C 1640.75 PASS AF=0.965517;AO=98;DP=116;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0639979;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.669;QD=56.5776;RBI=0.0644639;REFB=-0.137065;REVB=0.00773676;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520405;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000516094;OID=.;OPOS=77723259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:116:116:0:4:98:112:0.965517:52:46:0:0:65:47:4:0 chr14 77745193 . A C 1737.93 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.149;QD=60.4496;RBI=0.0284364;REFB=0;REVB=-0.00998895;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155172;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:64:50:0:0:65:50:0:0 chr14 77746812 . T C 287.59 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0261508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.433;QD=13.5337;RBI=0.0262762;REFB=0.00116365;REVB=0.0025645;RO=51;SAF=19;SAR=14;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917256;STB=0.546734;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00216124;OID=.;OPOS=77746812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:52:33:33:0.388235:14:19:25:26:14:19:26:26 chr14 77751332 . T C 892.75 PASS AF=0.554054;AO=82;DP=148;FAO=82;FDP=148;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00139176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9807;QD=24.1284;RBI=0.0318001;REFB=0.00217423;REVB=0.0317696;RO=66;SAF=34;SAR=48;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583923;STB=0.531893;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00189152;OID=.;OPOS=77751332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:66:66:82:82:0.554054:48:34:32:34:48:34:32:34 chr14 77751925 . C T 2278.02 PASS AF=0.987013;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0138942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0091;QD=59.1693;RBI=0.0139437;REFB=0.00687674;REVB=0.00117292;RO=0;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00274173;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:154:0:2:151:152:0.987013:77:74:0:0:78:74:0:2 chr14 77786863 . C A 642.54 PASS AF=0.413793;AO=72;DP=174;FAO=72;FDP=174;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=0.00113346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.164;QD=14.771;RBI=0.0244118;REFB=-0.0180936;REVB=-0.0243855;RO=100;SAF=27;SAR=45;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598098;STB=0.534629;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0190278;OID=.;OPOS=77786863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:100:102:72:72:0.413793:45:27:43:57:45:27:44:58 chr14 77794283 . T C 3019.07 PASS AF=1;AO=189;DP=191;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209102;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4503;QD=63.5593;RBI=0.0264913;REFB=0;REVB=-0.016265;RO=0;SAF=101;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79167e-05;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:190:0:0:189:190:1:88:101:0:0:89:101:0:0 chr14 77926011 . C T 1419.24 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0847807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4265;QD=61.706;RBI=0.0863188;REFB=-0.0507529;REVB=0.0162225;RO=1;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902916;STB=0.504761;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00509115;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:52:39:0:1:52:39:0:1 chr14 77928525 . A G 1080.44 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8097;QD=60.0245;RBI=0.0161077;REFB=0;REVB=-0.0155217;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.36379e-05;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:45:27:0:0:45:27:0:0 chr14 77935520 . G A 2317.3 PASS AF=0.987179;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0490515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.658;QD=59.418;RBI=0.0505244;REFB=-0.00675267;REVB=-0.0121105;RO=2;SAF=61;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264658;STB=0.501391;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.000187027;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:156:2:2:154:154:0.987179:93:61:1:1:93:61:1:1 chr14 77951124 . C T 2568.16 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426752;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.483;QD=61.5129;RBI=0.0291892;REFB=0;REVB=0.0288755;RO=0;SAF=84;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17554e-05;OID=.;OPOS=77951124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:166:167:1:82:84:0:0:82:85:0:0 chr14 77976325 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.705;QD=60.2307;RBI=0.0797806;REFB=0;REVB=0.0795163;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191038;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr14 77987958 . C A 893.5 PASS AF=1;AO=58;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026129;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.526;QD=56.7302;RBI=0.0570364;REFB=0;REVB=-0.0506993;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294965;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:58:63:1:32:26:0:0:32:31:0:0 chr14 78014103 . G A 439.06 PASS AF=0.677966;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0320759;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.002;QD=29.7669;RBI=0.0325124;REFB=-0.0318323;REVB=0.00530967;RO=17;SAF=19;SAR=21;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622153;STB=0.550271;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0144585;OID=.;OPOS=78014103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:17:19:40:40:0.677966:21:19:10:7:21:19:12:7 chr14 78028803 . A G 920.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.131;QD=58.4147;RBI=0.0490289;REFB=0;REVB=-0.0445869;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.89241e-05;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr14 78174473 . A C 3018.34 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9144;QD=63.5439;RBI=0.0352176;REFB=0;REVB=-0.0335633;RO=0;SAF=80;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80718e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.85411e-05;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:190:190:1:110:80:0:0:110:80:0:0 chr14 78184566 . C A 814.58 PASS AF=0.604839;AO=72;DP=121;FAO=75;FDP=124;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00573822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.202;QD=26.2768;RBI=0.0226015;REFB=-0.0169102;REVB=-0.0218609;RO=48;SAF=20;SAR=52;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676082;STB=0.541238;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00914747;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:48:49:72:75:0.604839:52:20:17:31:54:21:18:31 chr14 78197365 . C T 252.45 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00651479;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.227;QD=26.5742;RBI=0.0131475;REFB=-0.0191758;REVB=-0.0114199;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302011;STB=0.504583;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0113222;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:16:15:23:23:0.605263:12:11:7:9:12:11:7:8 chr14 78287414 . T C 387.36 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=120;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.0294185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.957;QD=12.9121;RBI=0.0417432;REFB=-0.0244982;REVB=0.029615;RO=74;SAF=20;SAR=26;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782775;STB=0.544351;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.044765;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:74:74:46:46:0.383333:26:20:27:47:26:20:27:47 chr14 79181226 . C T 823.62 PASS AF=0.376;AO=94;DP=250;FAO=94;FDP=250;FR=.;FRO=156;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=78;FSRR=78;FWDB=0.00897165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.742;QD=13.1779;RBI=0.00901362;REFB=-0.00285358;REVB=-0.000868745;RO=156;SAF=42;SAR=52;SRF=78;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589989;STB=0.533326;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00511141;OID=.;OPOS=79181226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:156:156:94:94:0.376:52:42:78:78:52:42:78:78 chr14 80327756 . T G 104.91 PASS AF=0.269231;AO=13;DP=51;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00588447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.8149;QD=8.06963;RBI=0.0079394;REFB=-0.000271703;REVB=0.00532983;RO=38;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234999;STB=0.662883;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00066597;OID=.;OPOS=80327756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:38:38:13:14:0.269231:6:7:13:25:6:8:13:25 chr14 80963383 . A AGC 236.54 PASS AF=0.345238;AO=26;DP=91;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00438632;FXX=0.0454494;HRUN=0;LEN=2;MLLD=260.393;QD=11.2638;RBI=0.00452264;REFB=0.000139946;REVB=0.00110203;RO=58;SAF=16;SAR=10;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973208;STB=0.551087;STBP=0.524;TYPE=ins;VARB=6.39467e-05;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345238:26:91:29:84:55:17:12:28:27:99:58:16:10:31:27 chr14 81329198 . C T 251.87 PASS AF=0.316832;AO=32;DP=101;FAO=32;FDP=101;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.000102473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9656;QD=9.97512;RBI=0.0214702;REFB=-0.00449718;REVB=0.02147;RO=69;SAF=14;SAR=18;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480377;STB=0.528072;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0129854;OID=.;OPOS=81329198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:69:69:32:32:0.316832:18:14:33:36:18:14:33:36 chr14 81610583 . G C 937.51 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5357;QD=58.5944;RBI=0.0325179;REFB=0;REVB=0.0212373;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31995e-05;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr14 86088056 . T C 1516.66 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.889;QD=59.477;RBI=0.00750578;REFB=0;REVB=-0.0055871;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79524e-07;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:55:46:0:0:55:47:0:0 chr14 86091415 . G A 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0482357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8339;QD=54.8231;RBI=0.0486769;REFB=0.103807;REVB=0.00653899;RO=1;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149453;STB=0.507933;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00176679;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:31:19:0:1:31:19:0:1 chr14 86092246 . A G 474.2 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0148878;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2584;QD=14.8189;RBI=0.0151139;REFB=-0.0106785;REVB=-0.00260429;RO=75;SAF=20;SAR=33;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961767;STB=0.554178;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0282682;OID=.;OPOS=86092246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:75:75:53:53:0.414062:33:20:35:40:33:20:35:40 chr14 86093344 . C T 309.29 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=0.0252661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0345;QD=11.8959;RBI=0.0274747;REFB=-0.0106843;REVB=-0.0107927;RO=65;SAF=8;SAR=30;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164406;STB=0.591784;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0208973;OID=.;OPOS=86093344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:66:38:38:0.365385:30:8:21:44:30:8:21:45 chr14 86093378 . C T 378.29 PASS AF=0.321918;AO=47;DP=146;FAO=47;FDP=146;FR=.;FRO=99;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0205414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.347;QD=10.364;RBI=0.0211555;REFB=-0.00595416;REVB=0.0050603;RO=99;SAF=11;SAR=36;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234326;STB=0.637215;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.01111;OID=.;OPOS=86093378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:99:99:47:47:0.321918:36:11:40:59:36:11:40:59 chr14 86094035 . G A 383.74 PASS AF=0.401786;AO=46;DP=111;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0278859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5485;QD=13.7051;RBI=0.0281307;REFB=0.0100619;REVB=-0.00370303;RO=65;SAF=19;SAR=27;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189115;STB=0.520286;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0154078;OID=.;OPOS=86094035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:65:67:46:45:0.401786:27:19:28:37:27:18:29:38 chr14 88400449 . T C 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.353;QD=60.0277;RBI=0.0620054;REFB=0;REVB=0.0431295;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301974;OID=.;OPOS=88400449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr14 88400486 . A G,T 851.26 PASS AF=0.953125,0.03125;AO=57,3;DP=62;FAO=61,2;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31,0;FSAR=30,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145092,0.000503693;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.752,97.6249;QD=53.2037;RBI=0.0177133,0.00694168;REFB=-0.0820339,-0.109327;REVB=0.0101609,-0.00692339;RO=2;SAF=27,1;SAR=30,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0336561,-0.39997;STB=0.507934,0.993266;STBP=0.526,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00201107,0.0718062;OID=.,.;OPOS=88400486,88400486;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:62:64:2:1:57,3:61,2:0.953125,0.03125:30,2:27,1:2:0:30,2:31,0:1:0 chr14 88401213 . T C 972.67 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0221275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8869;QD=57.2157;RBI=0.157298;REFB=-0.142562;REVB=0.155734;RO=1;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160134;STB=0.508194;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00456863;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:66:67:0.985294:29:37:0:1:30:37:0:1 chr14 88407875 . T A 1490.19 PASS AF=0.990196;AO=95;DP=95;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00676714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.204;QD=58.4388;RBI=0.0203455;REFB=-0.0871658;REVB=0.0191871;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.503936;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000125449;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:102:0:1:95:101:0.990196:58:37:0:0:63:38:0:1 chr14 88411947 . T C 3274.47 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0684108;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3419;QD=61.7824;RBI=0.0735222;REFB=-0.15066;REVB=0.0269347;RO=0;SAF=119;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165938;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:213:212:0:0:212:212:1:93:119:0:0:93:119:0:0 chr14 88431898 . C T 724.88 PASS AF=0.963636;AO=54;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0290326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6924;QD=52.7188;RBI=0.0335349;REFB=-0.0150263;REVB=0.0167839;RO=0;SAF=9;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17126e-08;STB=0.555533;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00267314;OID=.;OPOS=88431898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:0:2:54:53:0.963636:45:9:0:0:45:8:2:0 chr14 88431969 . T C 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0557344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.795;QD=8.81184;RBI=0.0564587;REFB=-0.00737508;REVB=0.00901442;RO=23;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160116;STB=0.599782;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0110118;OID=.;OPOS=88431969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:8:2:7:16:8:2:7:16 chr14 88453422 . AGGA AAGA,AG,AGA,AGAA 361.87 PASS AF=0.0294118,0,0.970588,0;AO=4,6,15,14;DP=43;FAO=1,0,33,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,17,0;FSAR=1,0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247123,0.0551982,0.0928344,0.0730508;FXX=0.149963;HRUN=2,2,2,2;LEN=1,2,1,1;MLLD=7.95431,10.8416,13.9693,10.9193;QD=42.5734;RBI=0.0718825,0.101592,0.163651,0.120596;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0675011,-0.0852886,-0.134772,-0.095953;RO=0;SAF=0,4,8,7;SAR=4,2,7,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.0261949,-0.0684416,0.0142975,0.0686115;OID=.,.,.,.;OPOS=88453423,88453424,88453423,88453424;OREF=G,GA,G,G;OALT=A,-,-,A;OMAPALT=AAGA,AG,AGA,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0294118,0,0.970588,0:4,6,15,14:43:1,0,33,0:34:0:0,0,17,0:1,0,16,0:0:0:8:0:0,4,8,7:4,2,7,7:0:0 chr14 88477413 . C T 1783.85 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.075778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4224;QD=60.9862;RBI=0.0775611;REFB=0;REVB=-0.0165356;RO=0;SAF=46;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354497;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:71:46:0:0:71:46:0:0 chr14 88652389 . C T 1404.71 PASS AF=0.379953;AO=163;DP=429;FAO=163;FDP=429;FR=.;FRO=266;FSAF=91;FSAR=72;FSRF=158;FSRR=108;FWDB=0.0175823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.931;QD=13.0975;RBI=0.0460802;REFB=-0.00777706;REVB=-0.042594;RO=266;SAF=91;SAR=72;SRF=158;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040151;STB=0.522558;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0134549;OID=.;OPOS=88652389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:429:266:266:163:163:0.379953:72:91:158:108:72:91:158:108 chr14 88693725 . G C 386.95 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00634168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.777;QD=15.3246;RBI=0.0209759;REFB=-0.00544455;REVB=-0.0199942;RO=58;SAF=21;SAR=22;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409915;STB=0.523052;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00752769;OID=.;OPOS=88693725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:22:21:26:32:22:21:26:32 chr14 88792816 . T G 1902.57 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127275;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.749;QD=61.872;RBI=0.030763;REFB=0;REVB=0.0280067;RO=0;SAF=42;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78043e-05;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:123:0:0:123:123:1:81:42:0:0:81:42:0:0 chr14 88852279 . TGGGG TGGG,TGGGC,TTGGG 2979.97 PASS AF=0.992063,0,0.00793651;AO=197,9,27;DP=243;FAO=250,0,2;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=119,0,2;FSAR=131,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436498,-0.0373807,0.0559215;FXX=0.00395241;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=17.1176,8.93179,6.54517;QD=47.3012;RBI=0.136938,0.0374642,0.0747738;REFB=0,0,0;REVB=-0.129795,0.00250024,0.0496378;RO=2;SAF=101,9,8;SAR=96,0,19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.289157,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00933658,0,-0.102852;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00125615,0,0.0527484;OID=.,.,.;OPOS=88852280,88852283,88852280;OREF=G,G,G;OALT=-,C,T;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TTGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992063,0,0.00793651:197,9,27:243:250,0,2:252:0:119,0,2:131,0,0:0:0:12:2:101,9,8:96,0,19:2:0 chr14 89094243 . G C 462.89 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00165641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5986;QD=30.3531;RBI=0.0304798;REFB=0.0181667;REVB=-0.0304347;RO=19;SAF=28;SAR=14;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224635;STB=0.512189;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00884316;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:19:42:42:0.688525:14:28:12:7:14:28:12:7 chr14 89154624 . T C 331.76 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0271652;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2858;QD=27.0824;RBI=0.0309773;REFB=0.0288186;REVB=-0.0148878;RO=14;SAF=18;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417948;STB=0.705373;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0175444;OID=.;OPOS=89154624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:14:19:23:28:0.571429:5:18:3:11:8:20:4:15 chr14 89623525 . C T 433.7 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0235547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.338;QD=23.443;RBI=0.0263819;REFB=-0.0146888;REVB=-0.0118818;RO=32;SAF=25;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265661;STB=0.514601;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0112674;OID=.;OPOS=89623525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:17:25:18:14:17:25:18:14 chr14 89627942 . C T 501.59 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0316571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8783;QD=55.7316;RBI=0.0477431;REFB=-0.148211;REVB=0.0357384;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207798;STB=0.510632;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00441586;OID=.;OPOS=89627942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:22:12:0:1:23:12:0:1 chr14 89750819 . A G 1477.08 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.11;QD=62.8543;RBI=0.0201516;REFB=0;REVB=0.0113696;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111196;OID=.;OPOS=89750819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:94:0:0:87:94:1:44:43:0:0:50:44:0:0 chr14 89867978 . T C 2433.84 PASS AF=1;AO=160;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0499;QD=60.0948;RBI=0.0239547;REFB=-0.0773506;REVB=0.0179798;RO=2;SAF=71;SAR=89;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290977;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:162:162:2:0:160:162:1:89:71:0:2:91:71:0:0 chr14 89884022 . A C 531.88 PASS AF=0.691176;AO=47;DP=68;FAO=47;FDP=68;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0269727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.611;QD=31.2873;RBI=0.0484284;REFB=0.00686313;REVB=-0.0402216;RO=21;SAF=30;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407627;STB=0.522079;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00287662;OID=.;OPOS=89884022;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:21:47:47:0.691176:17:30:12:9:17:30:12:9 chr14 90178913 . T C 854.32 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0585281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.536;QD=56.0212;RBI=0.0590902;REFB=-0.148416;REVB=-0.008131;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000693165;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:28:32:0:0:28:32:0:1 chr14 90178992 . G A 240.5 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00634178;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.681;QD=19.24;RBI=0.0201739;REFB=-0.0118194;REVB=0.0191512;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176737;STB=0.598971;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.015767;OID=.;OPOS=90178992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:16:9:14:11:16:9 chr14 90302996 . T G 296.87 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0116223;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.859;QD=15.0312;RBI=0.0232212;REFB=0.00518793;REVB=0.0201034;RO=46;SAF=11;SAR=22;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134679;STB=0.576529;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0068935;OID=.;OPOS=90302996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:46:46:33:33:0.417722:22:11:21:25:22:11:21:25 chr14 90303383 . A G 154.25 PASS AF=0.223214;AO=25;DP=114;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.00835323;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.232;QD=5.50897;RBI=0.0152754;REFB=-0.00342036;REVB=0.0127891;RO=86;SAF=16;SAR=9;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274216;STB=0.664192;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00919193;OID=.;OPOS=90303383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:86:87:25:25:0.223214:9:16:36:50:9:16:37:50 chr14 90303435 . T A 220.38 PASS AF=0.242647;AO=33;DP=136;FAO=33;FDP=136;FR=.;FRO=103;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=60;FWDB=-0.019931;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=341.597;QD=6.48188;RBI=0.0210004;REFB=-0.000264479;REVB=-0.0066161;RO=103;SAF=20;SAR=13;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232901;STB=0.640548;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000905577;OID=.;OPOS=90303435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:103:103:33:33:0.242647:13:20:43:60:13:20:43:60 chr14 90303445 . T C 222.65 PASS AF=0.24812;AO=32;DP=134;FAO=33;FDP=133;FR=.;FRO=100;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=-0.016747;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.953;QD=6.69615;RBI=0.0446841;REFB=-0.00618336;REVB=-0.0414271;RO=100;SAF=19;SAR=13;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214736;STB=0.637834;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0202693;OID=.;OPOS=90303445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:100:100:32:33:0.24812:13:19:42:58:13:20:42:58 chr14 90341494 . G A 2128.52 PASS AF=0.985612;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0173856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8581;QD=61.2523;RBI=0.0194055;REFB=-0.0564031;REVB=-0.00862066;RO=0;SAF=63;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51641e-08;STB=0.507811;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000574767;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:139:0:2:137:137:0.985612:74:63:0:0:74:63:2:0 chr14 90730071 . C T 617.15 PASS AF=0.406977;AO=70;DP=171;FAO=70;FDP=172;FR=.;FRO=102;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=-0.0388602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3008;QD=14.3524;RBI=0.0390911;REFB=0.00376667;REVB=0.00424249;RO=101;SAF=37;SAR=33;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144684;STB=0.511149;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00498969;OID=.;OPOS=90730071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:101:102:70:70:0.406977:33:37:52:49:33:37:52:50 chr14 90767607 . C T 2962.93 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4242;QD=63.0412;RBI=0.0133803;REFB=0;REVB=0.00929746;RO=0;SAF=88;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48442e-07;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:188:0:0:184:188:1:96:88:0:0:99:89:0:0 chr14 90865462 . C G 1558.39 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417726;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.695;QD=59.9379;RBI=0.0429715;REFB=0;REVB=0.0100799;RO=0;SAF=35;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179518;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:69:35:0:0:69:35:0:0 chr14 90871478 . T C 806.67 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000331246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.395;QD=53.7783;RBI=0.0109606;REFB=-0.0624757;REVB=0.0109556;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192485;STB=0.519993;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000947949;OID=.;OPOS=90871478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:58:58:0.966667:34:24:1:0:34:24:2:0 chr14 91084338 . C T 2045.37 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6055;QD=62.454;RBI=0.0492694;REFB=0;REVB=0.010521;RO=0;SAF=53;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269855;OID=.;OPOS=91084338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:78:53:0:0:78:53:0:0 chr14 91123575 . T C 951.89 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218411;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.165;QD=58.5777;RBI=0.0221333;REFB=0;REVB=-0.00358459;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72873e-05;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:45:19:0:0:45:20:0:0 chr14 91161862 . C T 14144.2 PASS AF=1;AO=878;DP=885;FAO=888;FDP=888;FR=.;FRO=0;FSAF=478;FSAR=410;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183946;FXX=0.00224717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.712;QD=63.7124;RBI=0.0361288;REFB=-0.0216937;REVB=0.0310955;RO=1;SAF=474;SAR=404;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00118123;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50964e-06;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:65:885:888:1:0:878:888:1:404:474:0:1:410:478:0:0 chr14 91165572 . G A 2549.42 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00961433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.239;QD=61.0639;RBI=0.0207833;REFB=0.0147665;REVB=-0.0184258;RO=0;SAF=76;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08707e-08;STB=0.502762;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-4.73523e-05;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:0:1:166:166:0.994012:90:76:0:0:90:76:0:1 chr14 91671124 . G A 845.84 PASS AF=0.518293;AO=85;DP=164;FAO=85;FDP=164;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0285404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5543;QD=20.6303;RBI=0.0999711;REFB=-0.00608392;REVB=0.0958106;RO=69;SAF=35;SAR=50;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115027;STB=0.57038;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0060998;OID=.;OPOS=91671124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:69:79:85:85:0.518293:50:35:38:31:50:35:44:35 chr14 91700846 . G A 1042.58 PASS AF=0.591463;AO=97;DP=164;FAO=97;FDP=164;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.0215089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.371;QD=25.4288;RBI=0.111363;REFB=-0.0358907;REVB=0.109266;RO=67;SAF=37;SAR=60;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307027;STB=0.516645;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0242427;OID=.;OPOS=91700846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:67:67:97:97:0.591463:60:37:23:44:60:37:23:44 chr14 91717214 . C T 1209.88 PASS AF=0.598901;AO=109;DP=182;FAO=109;FDP=182;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=74;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.0162386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.681;QD=26.5907;RBI=0.0193226;REFB=-0.00231614;REVB=0.0104725;RO=72;SAF=35;SAR=74;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00139634;STB=0.503517;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00180019;OID=.;OPOS=91717214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:72:73:109:109:0.598901:74:35:23:49:74:35:24:49 chr14 91739081 . A G 878.24 PASS AF=0.301299;AO=113;DP=386;FAO=116;FDP=385;FR=.;FRO=269;FSAF=81;FSAR=35;FSRF=210;FSRR=59;FWDB=-0.0070849;FXX=0.0102825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.236;QD=9.12459;RBI=0.00711836;REFB=-0.00688563;REVB=0.00068932;RO=270;SAF=81;SAR=32;SRF=209;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901414;STB=0.572212;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0178019;OID=.;OPOS=91739081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:385:270:269:113:116:0.301299:32:81:209:61:35:81:210:59 chr14 91751788 . TC T 161.08 PASS AF=0.494505;AO=37;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.262002;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.7782;QD=7.08033;RBI=0.295555;REFB=-0.0347713;REVB=-0.136777;RO=39;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242356;STB=0.539198;STBP=0.48;TYPE=del;VARB=0.0577196;OID=.;OPOS=91751789;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494505:37:91:45:91:46:25:20:22:24:99:39:19:18:19:20 chr14 91773494 . G A 568.23 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.0308977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.341;QD=15.6752;RBI=0.0352674;REFB=-0.0222497;REVB=-0.0170035;RO=84;SAF=40;SAR=21;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203034;STB=0.614058;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0407497;OID=.;OPOS=91773494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:84:84:61:61:0.42069:21:40:39:45:21:40:39:45 chr14 91792320 . G A 497.31 PASS AF=0.319588;AO=62;DP=196;FAO=62;FDP=194;FR=.;FRO=132;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=59;FSRR=73;FWDB=-0.0122087;FXX=0.0251244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.315;QD=10.2538;RBI=0.0332647;REFB=-0.0112275;REVB=0.0309433;RO=124;SAF=26;SAR=36;SRF=54;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191313;STB=0.519166;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0290652;OID=.;OPOS=91792320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:124:132:62:62:0.319588:36:26:54:70:36:26:59:73 chr14 91883499 . G A 2303.62 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361513;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.885;QD=60.2253;RBI=0.0798614;REFB=-0.0455229;REVB=-0.0712105;RO=1;SAF=53;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889004;STB=0.504672;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000513801;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:153:1:1:152:152:0.993464:99:53:1:0:99:53:1:0 chr14 91883967 . G T 1486.18 PASS AF=0.55;AO=143;DP=261;FAO=143;FDP=260;FR=.;FRO=117;FSAF=75;FSAR=68;FSRF=48;FSRR=69;FWDB=-0.00669375;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.467;QD=22.8643;RBI=0.0613786;REFB=-0.0310745;REVB=0.0610126;RO=112;SAF=75;SAR=68;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113271;STB=0.551256;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0139301;OID=.;OPOS=91883967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:260:112:117:143:143:0.55:68:75:43:69:68:75:48:69 chr14 91925027 . G T 485.11 PASS AF=0.642857;AO=42;DP=67;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=37;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0128818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.972;QD=27.7204;RBI=0.0173482;REFB=-0.0111744;REVB=0.0116197;RO=25;SAF=34;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130046;STB=0.578087;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00636956;OID=.;OPOS=91925027;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:25:25:42:45:0.642857:8:34:17:8:8:37:17:8 chr14 91942087 . AG A,AA 131.31 PASS AF=0.4,0;AO=14,2;DP=39;FAO=16,0;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7,0;FSAR=9,0;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00710145,-0.0238364;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.9251,67.298;QD=13.1309;RBI=0.0463505,0.0512355;REFB=-0.0116722,-0.0174605;REVB=-0.0458032,-0.0453531;RO=23;SAF=5,2;SAR=9,0;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.132719,0.502119;STB=0.537688,0.5;STBP=0.711,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0115329,0.0317724;OID=.,.;OPOS=91942088,91942088;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0:14,2:39:16,0:40:24:7,0:9,0:12:12:99:23:5,2:9,0:11:12 chr14 92040736 . C T 446.86 PASS AF=0.284404;AO=62;DP=224;FAO=62;FDP=218;FR=.;FRO=156;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=85;FSRR=71;FWDB=0.00353165;FXX=0.0267845;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.148;QD=8.19934;RBI=0.0747801;REFB=0.00753459;REVB=-0.0746967;RO=151;SAF=33;SAR=29;SRF=82;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131506;STB=0.509072;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0247489;OID=.;OPOS=92040736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:218:151:156:62:62:0.284404:29:33:82:69:29:33:85:71 chr14 92040793 . C G 775.5 PASS AF=0.336806;AO=97;DP=288;FAO=97;FDP=288;FR=.;FRO=191;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=102;FSRR=89;FWDB=-0.00124698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4822;QD=10.7708;RBI=0.015604;REFB=-0.00750839;REVB=0.015554;RO=191;SAF=45;SAR=52;SRF=102;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812308;STB=0.54642;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0172151;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:191:191:97:97:0.336806:52:45:102:89:52:45:102:89 chr14 92084004 . C G 879.01 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046859;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2078;QD=57.6401;RBI=0.0514587;REFB=0;REVB=0.0212658;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00085245;OID=.;OPOS=92084004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:33:27:0:0:34:27:0:0 chr14 92088016 . G A 1189.95 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.141;QD=61.023;RBI=0.0206836;REFB=0;REVB=0.0206476;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12795e-05;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:36:40:0:0:37:41:0:0 chr14 92181405 . G A 1212.77 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00950637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.106;QD=59.8901;RBI=0.0197538;REFB=-0.121378;REVB=0.017316;RO=1;SAF=39;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119854;STB=0.506328;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00291918;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:41:39:1:0:41:39:1:0 chr14 92249126 . G A 2315.19 PASS AF=1;AO=129;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.652;QD=62.9983;RBI=0.0160479;REFB=0;REVB=-0.0115152;RO=0;SAF=40;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.90852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181388;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:129:147:1:89:40:0:0:103:44:0:0 chr14 92268615 . T G 1158.08 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.773;QD=59.3886;RBI=0.0471379;REFB=-0.0945062;REVB=0.0458562;RO=1;SAF=44;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106344;STB=0.505493;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00061381;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:32:44:1:0:32:45:1:0 chr14 92280037 . T A,C 891.32 PASS AF=0.031746,0.968254;AO=3,58;DP=61;FAO=2,61;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=1,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016549,-0.0095658;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.203,99.3017;QD=56.5918;RBI=0.0166612,0.0539965;REFB=0,0;REVB=0.00192975,0.0531424;RO=0;SAF=2,16;SAR=1,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.83285e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0453735,-0.00179208;OID=.,.;OPOS=92280037,92280037;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:61:63:0:0:3,58:2,61:0.031746,0.968254:1,42:2,16:0:0:1,42:1,19:0:0 chr14 92344300 . A G 375.57 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3377;QD=55.6402;RBI=0.0292762;REFB=0;REVB=0.026518;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892193;OID=.;OPOS=92344300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr14 92347680 . A G 1777.15 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3101;QD=60.7573;RBI=0.0590481;REFB=0;REVB=-0.0577738;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176569;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:56:59:0:0:56:61:0:0 chr14 92443583 . TTGA T 249.33 PASS AF=0.474359;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0079452;FXX=0.0370325;HRUN=2;LEN=3;MLLD=327.701;QD=12.7862;RBI=0.00925356;REFB=-0.00366574;REVB=0.00474364;RO=33;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351064;STB=0.554908;STBP=0.378;TYPE=del;VARB=0.00373647;OID=.;OPOS=92443584;OREF=TGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.474359:36:79:37:78:41:16:21:22:19:99:33:16:20:16:17 chr14 92530675 . C CT,T 54.81 PASS AF=0.106599,0;AO=22,13;DP=198;FAO=21,0;FDP=197;FR=.;FRO=176;FSAF=15,0;FSAR=6,0;FSRF=93;FSRR=83;FWDB=-0.0908791,-0.0134935;FXX=0.00505025;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.1103,43.9617;QD=1.11295;RBI=0.184641,0.0719244;REFB=-0.0339533,-0.0093045;REVB=-0.160728,-0.0706473;RO=162;SAF=15,6;SAR=7,7;SRF=87;SRR=75;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.185694,-0.0833525;STB=0.673052,0.5;STBP=0.098,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.140142,0;OID=.,.;OPOS=92530676,92530675;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:198:197:162:176:22,13:21,0:0.106599,0:7,7:15,6:87:75:6,0:15,0:93:83 chr14 92549888 . T C 564.17 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0113264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.221;QD=26.8653;RBI=0.0822459;REFB=-0.0178705;REVB=0.0814622;RO=32;SAF=23;SAR=28;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012676;STB=0.513394;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0142434;OID=.;OPOS=92549888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:32:33:51:51:0.607143:28:23:15:17:28:23:16:17 chr14 92588002 . T G 976.08 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571561;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.422;QD=59.1564;RBI=0.0572176;REFB=0;REVB=0.00265282;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141458;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr14 92732101 . A C 642.93 PASS AF=0.390374;AO=73;DP=187;FAO=73;FDP=187;FR=.;FRO=114;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=-0.00665076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.909;QD=13.7524;RBI=0.00671202;REFB=0.000304683;REVB=0.000904787;RO=114;SAF=27;SAR=46;SRF=48;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058267;STB=0.532892;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.000397173;OID=.;OPOS=92732101;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:114:114:73:73:0.390374:46:27:48:66:46:27:48:66 chr14 92792255 . G A 1933.48 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7377;QD=61.8712;RBI=0.00609893;REFB=0;REVB=0.00593485;RO=0;SAF=63;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71865e-05;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:61:63:0:0:62:63:0:0 chr14 92909073 . T C 2259.92 PASS AF=0.993506;AO=142;DP=149;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00875643;FXX=0.0253149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.909;QD=58.6993;RBI=0.0526681;REFB=0.0223639;REVB=0.0519351;RO=1;SAF=87;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543467;STB=0.502793;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000214846;OID=.;OPOS=92909073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:154:1:1:142:153:0.993506:55:87:1:0:64:89:1:0 chr14 92920371 . C T 780.19 PASS AF=0.358491;AO=95;DP=265;FAO=95;FDP=265;FR=.;FRO=170;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=62;FSRR=108;FWDB=-0.000278587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.659;QD=11.7764;RBI=0.0268475;REFB=-0.00510321;REVB=0.026846;RO=170;SAF=44;SAR=51;SRF=62;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113259;STB=0.564089;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00809344;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:170:170:95:95:0.358491:51:44:62:108:51:44:62:108 chr14 92950085 . G A 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0227431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.027;QD=12.1357;RBI=0.0314965;REFB=-0.00647161;REVB=-0.0217895;RO=48;SAF=16;SAR=12;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101487;STB=0.558449;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.010895;OID=.;OPOS=92950085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:12:16:23:25:12:16:23:25 chr14 92958502 . TG T 1756.18 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.097;QD=60.5579;RBI=0.0528283;REFB=0;REVB=0.0522484;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.53521e-05;OID=.;OPOS=92958503;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:112:115:116:116:0:65:51:0:0:10:0:63:49:0:0 chr14 92959228 . G A 668.29 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.018232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7715;QD=21.2155;RBI=0.0266627;REFB=-0.0104556;REVB=-0.0194549;RO=59;SAF=19;SAR=47;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148409;STB=0.587153;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00932267;OID=.;OPOS=92959228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:59:60:66:66:0.52381:47:19:26:33:47:19:27:33 chr14 93117986 . AG GC 57.91 PASS AF=0.0652174;AO=8;DP=140;FAO=9;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=119;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=59;FWDB=-0.0784028;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=2;MLLD=81.803;QD=1.67853;RBI=0.0784449;REFB=-0.000885747;REVB=0.00257047;RO=116;SAF=3;SAR=5;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1384;STB=0.65933;STBP=0.353;TYPE=mnp;VARB=0.0164194;OID=.;OPOS=93117986;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:140:138:116:119:8:9:0.0652174:5:3:59:57:6:3:60:59 chr14 93118038 . A G 1171.81 PASS AF=0.628743;AO=105;DP=168;FAO=105;FDP=167;FR=.;FRO=62;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.037131;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.026;QD=28.0674;RBI=0.0371339;REFB=-0.0240174;REVB=-0.000462411;RO=61;SAF=48;SAR=57;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552408;STB=0.526311;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0141532;OID=.;OPOS=93118038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:61:62:105:105:0.628743:57:48:23:38:57:48:24:38 chr14 93118669 . G A 217.17 PASS AF=0.4;AO=21;DP=60;FAO=26;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.020768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.794;QD=13.3645;RBI=0.0808957;REFB=-0.0103781;REVB=0.0781844;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361869;STB=0.584351;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0254206;OID=.;OPOS=93118669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:65:28:39:21:26:0.4:9:12:15:13:11:15:17:22 chr14 93154537 . TGGC T,TGGT 524.51 PASS AF=0.75,0.0294118;AO=41,3;DP=47;FAO=51,2;FDP=68;FR=.;FRO=15;FSAF=24,0;FSAR=27,2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0380254,-0.0374216;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=174.921,96.5638;QD=30.8534;RBI=0.0505843,0.0604238;REFB=-0.0734377,-0.064255;REVB=0.0333593,0.0474411;RO=0;SAF=16,0;SAR=25,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.1719e-08,0;STB=0.51428,0.994743;STBP=0.687,0.173;TYPE=del,snp;VARB=0.0132716,-0.0183536;OID=.,.;OPOS=93154538,93154540;OREF=GGC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75,0.0294118:41,3:47:51,2:68:15:24,0:27,2:8:7:99:0:16,0:25,3:0:0 chr14 93178191 . A G 3440.16 PASS AF=1;AO=220;DP=222;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762933;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.077;QD=62.2653;RBI=0.00892697;REFB=-0.0044015;REVB=0.00463509;RO=1;SAF=80;SAR=140;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339143;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67297e-06;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:222:221:1:0:220:221:1:140:80:0:1:140:81:0:0 chr14 93199080 . C T 414.87 PASS AF=0.447917;AO=42;DP=95;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.000372747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.003;QD=17.2864;RBI=0.00642414;REFB=-0.0142216;REVB=-0.00641332;RO=52;SAF=25;SAR=17;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05738;STB=0.532718;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0135884;OID=.;OPOS=93199080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:52:53:42:43:0.447917:17:25:28:24:17:26:29:24 chr14 93276654 . T C 660.87 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.011797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.492;QD=48.9536;RBI=0.0408116;REFB=0.0297304;REVB=-0.0390694;RO=4;SAF=18;SAR=32;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166901;STB=0.508882;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00158678;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:4:4:50:50:0.925926:32:18:1:3:32:18:1:3 chr14 93399169 . G A 1572.36 PASS AF=0.504792;AO=157;DP=313;FAO=158;FDP=313;FR=.;FRO=155;FSAF=70;FSAR=88;FSRF=66;FSRR=89;FWDB=0.0956668;FXX=0.00318461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8515;QD=20.0941;RBI=0.0970894;REFB=-0.025584;REVB=0.0165594;RO=156;SAF=70;SAR=87;SRF=67;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150992;STB=0.508661;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0254177;OID=.;OPOS=93399169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:156:155:157:158:0.504792:87:70:67:89:88:70:66:89 chr14 93401178 . A G 563.65 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0322956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1208;QD=57.81;RBI=0.0364042;REFB=0.00990286;REVB=-0.0168006;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322882;STB=0.517232;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00361774;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:14:24:0:1:14:24:0:1 chr14 93407062 . A G 1939.4 PASS AF=0.929078;AO=131;DP=141;FAO=131;FDP=141;FR=.;FRO=10;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0180716;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.898;QD=55.0183;RBI=0.0329536;REFB=-0.0539017;REVB=0.0275564;RO=10;SAF=57;SAR=74;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185242;STB=0.50977;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00479059;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:141:141:10:10:131:131:0.929078:74:57:3:7:74:57:3:7 chr14 93407301 . C A 1070.29 PASS AF=0.62585;AO=92;DP=147;FAO=92;FDP=147;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=66;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.017684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.407;QD=29.1235;RBI=0.0252637;REFB=-0.0104032;REVB=0.0180425;RO=55;SAF=26;SAR=66;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176462;STB=0.595765;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00520054;OID=.;OPOS=93407301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:55:55:92:92:0.62585:66:26:28:27:66:26:28:27 chr14 93693831 . C T 637.1 PASS AF=0.40678;AO=71;DP=177;FAO=72;FDP=177;FR=.;FRO=105;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=0.00627722;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.944;QD=14.3977;RBI=0.0296151;REFB=-0.00913624;REVB=0.0289422;RO=105;SAF=32;SAR=39;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547323;STB=0.53504;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0157918;OID=.;OPOS=93693831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:105:105:71:72:0.40678:39:32:42:63:39:33:42:63 chr14 93703854 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0464;QD=44.6892;RBI=0.0545716;REFB=0;REVB=-0.0408892;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00339692;OID=.;OPOS=93703854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr14 93705708 . T C 452.75 PASS AF=0.390977;AO=51;DP=132;FAO=52;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0415167;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.31;QD=13.6166;RBI=0.0425558;REFB=-0.00894208;REVB=0.00934656;RO=79;SAF=26;SAR=25;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00986752;STB=0.503758;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0151512;OID=.;OPOS=93705708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:79:81:51:52:0.390977:25:26:41:38:26:26:41:40 chr14 93799221 . G A 958.6 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.080943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5663;QD=57.2297;RBI=0.0877007;REFB=-0.0578584;REVB=0.0337584;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00126866;OID=.;OPOS=93799221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:43:23:0:0:43:23:1:0 chr14 93943998 . G A 1763.69 PASS AF=0.991525;AO=115;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000354177;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.878;QD=59.7861;RBI=0.0247946;REFB=-0.0700743;REVB=0.0247921;RO=0;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19391e-08;STB=0.503875;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00420125;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:0:1:115:117:0.991525:62:53:0:0:64:53:0:1 chr14 94391699 . G A 169.14 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0636415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.31;QD=12.0815;RBI=0.0638164;REFB=-0.00210732;REVB=0.0047217;RO=35;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19453;STB=0.612039;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00298981;OID=.;OPOS=94391699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:10:11:12:23:10:11:12:23 chr14 94405871 . G C 872.16 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0441077;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.826;QD=56.268;RBI=0.0455594;REFB=-0.137335;REVB=-0.0114092;RO=1;SAF=18;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254976;STB=0.513509;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000333712;OID=.;OPOS=94405871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:43:18:1:0:43:18:1:0 chr14 94410275 . CA C 1422.89 PASS AF=1;AO=141;DP=151;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545174;FXX=0.0132442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.2972;QD=38.1983;RBI=0.0124278;REFB=0;REVB=-0.0111682;RO=1;SAF=71;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674443;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000178539;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:141:151:149:149:0:74:75:0:0:26:1:71:70:0:1 chr14 94417421 . G A 4088.41 PASS AF=1;AO=259;DP=262;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315301;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.475;QD=62.1811;RBI=0.0428108;REFB=0;REVB=0.0289589;RO=0;SAF=120;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.08839e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81709e-05;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:262:263:0:0:259:263:1:139:120:0:0:143:120:0:0 chr14 94417541 . A G 1513.31 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120358;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.931;QD=59.3453;RBI=0.0153688;REFB=0;REVB=-0.00955714;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.15431e-05;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:60:41:0:0:61:41:0:0 chr14 94417586 . G A 786.57 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0608807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8587;QD=55.1978;RBI=0.0793851;REFB=0.088597;REVB=0.0509463;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136677;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000666436;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:34:22:0:1:34:22:0:1 chr14 94467549 . C T 769.43 PASS AF=0.622807;AO=69;DP=113;FAO=71;FDP=114;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.000227456;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.777;QD=26.9976;RBI=0.0131116;REFB=0.000539331;REVB=0.0131096;RO=42;SAF=31;SAR=38;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852781;STB=0.546028;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.000132143;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:42:43:69:71:0.622807:38:31:24:18:40:31:24:19 chr14 94510964 . T C 279.64 PASS AF=0.339623;AO=34;DP=104;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.000244096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1746;QD=10.5523;RBI=0.0153433;REFB=-0.0120988;REVB=-0.0153413;RO=70;SAF=17;SAR=17;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994045;STB=0.538522;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0175639;OID=.;OPOS=94510964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:70:70:34:36:0.339623:17:17:29:41:19:17:29:41 chr14 94524216 . T C 144.24 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00709238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.149;QD=8.6113;RBI=0.0509589;REFB=-0.00605173;REVB=-0.0504629;RO=47;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163703;STB=0.596922;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0103892;OID=.;OPOS=94524216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:10:10:17:30:10:10:17:30 chr14 94564035 . A G 1020.61 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372381;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6979;QD=59.1659;RBI=0.0428088;REFB=-0.0700664;REVB=-0.0211167;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000797638;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr14 94564039 . A G 1062.25 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3615;QD=59.8452;RBI=0.0647304;REFB=0;REVB=-0.0381237;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124413;OID=.;OPOS=94564039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr14 94564058 . G A 755.23 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0801212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5594;QD=54.926;RBI=0.128345;REFB=0.00175783;REVB=0.100264;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218994;STB=0.511107;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00199701;OID=.;OPOS=94564058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:55:1:1:52:54:0.981818:31:21:1:0:32:22:1:0 chr14 94756450 . T A 1361.86 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150118;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.278;QD=62.6141;RBI=0.0759129;REFB=0;REVB=0.0758981;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172528;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:36:51:0:0:36:51:0:0 chr14 94756750 . T C 2816.45 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.877;QD=62.5878;RBI=0.0489897;REFB=0;REVB=0.0479191;RO=0;SAF=79;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21028e-05;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:180:0:0:179:180:1:100:79:0:0:100:80:0:0 chr14 94756794 . T C 2574.53 PASS AF=0.982759;AO=166;DP=171;FAO=171;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=92;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0360459;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6569;QD=59.1845;RBI=0.0504621;REFB=-0.0431824;REVB=0.0353146;RO=4;SAF=76;SAR=90;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024384;STB=0.509316;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00467697;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:171:174:4:3:166:171:0.982759:90:76:4:0:92:79:3:0 chr14 94776221 . A C 3135.36 PASS AF=1;AO=203;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.502;QD=61.1777;RBI=0.0251259;REFB=0;REVB=-0.0116241;RO=0;SAF=96;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75577e-05;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:205:0:0:203:205:1:107:96:0:0:107:98:0:0 chr14 94780545 . G A 1789.35 PASS AF=0.631148;AO=154;DP=244;FAO=154;FDP=244;FR=.;FRO=90;FSAF=58;FSAR=96;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.0171848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9033;QD=29.3336;RBI=0.0417291;REFB=-0.00292876;REVB=0.0380263;RO=90;SAF=58;SAR=96;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644697;STB=0.534755;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00191957;OID=.;OPOS=94780545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:90:90:154:154:0.631148:96:58:42:48:96:58:42:48 chr14 94780608 . G A 685.86 PASS AF=0.531746;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0104072;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.145;QD=21.7732;RBI=0.0206213;REFB=-0.00593809;REVB=0.0178025;RO=59;SAF=34;SAR=33;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858582;STB=0.547075;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00528331;OID=.;OPOS=94780608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:59:59:67:67:0.531746:33:34:24:35:33:34:24:35 chr14 94929541 . G A 1339.19 PASS AF=0.602041;AO=118;DP=196;FAO=118;FDP=196;FR=.;FRO=78;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.00470908;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.954;QD=27.3304;RBI=0.0104044;REFB=-0.0109419;REVB=-0.00927777;RO=78;SAF=61;SAR=57;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253007;STB=0.513689;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00576598;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:78:78:118:118:0.602041:57:61:43:35:57:61:43:35 chr14 94931105 . A G 434.07 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00614323;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.724;QD=20.6702;RBI=0.00615692;REFB=0.00723782;REVB=-0.000410268;RO=40;SAF=21;SAR=22;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101312;STB=0.500277;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00397636;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:40:41:43:43:0.511905:22:21:20:20:22:21:20:21 chr14 94933473 . C A 800.56 PASS AF=0.559701;AO=75;DP=134;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.0181171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.945;QD=23.8974;RBI=0.0186042;REFB=-0.00291408;REVB=-0.00422932;RO=58;SAF=31;SAR=44;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178839;STB=0.601042;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00300102;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:58:59:75:75:0.559701:44:31:37:21:44:31:38:21 chr14 94933640 . A T 642.26 PASS AF=0.52459;AO=62;DP=120;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0330269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.549;QD=21.0578;RBI=0.0384122;REFB=-0.00805943;REVB=-0.0196144;RO=58;SAF=29;SAR=33;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784864;STB=0.542903;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0075466;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:58:58:62:64:0.52459:33:29:22:36:34:30:22:36 chr14 94933695 . G A 566.19 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.000651439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2316;QD=24.6168;RBI=0.0175523;REFB=-0.034146;REVB=0.0175402;RO=39;SAF=23;SAR=29;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050885;STB=0.507637;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0223969;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:39:40:52:52:0.565217:29:23:17:22:29:23:17:23 chr14 95029852 . G T 604.77 PASS AF=0.572816;AO=58;DP=101;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0751211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8594;QD=23.4861;RBI=0.0890715;REFB=0.0156037;REVB=0.0478598;RO=43;SAF=31;SAR=27;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721016;STB=0.539914;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.0135217;OID=.;OPOS=95029852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:43:44:58:59:0.572816:27:31:19:24:28:31:19:25 chr14 95053849 . T C 384.67 PASS AF=0.270408;AO=54;DP=196;FAO=53;FDP=196;FR=.;FRO=143;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=66;FSRR=77;FWDB=-0.0403557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2794;QD=7.85036;RBI=0.0437115;REFB=-0.00111635;REVB=0.0167962;RO=141;SAF=22;SAR=32;SRF=64;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058215;STB=0.548769;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00247776;OID=.;OPOS=95053849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:141:143:54:53:0.270408:32:22:64:77:32:21:66:77 chr14 95053863 . C T 454.97 PASS AF=0.304124;AO=59;DP=194;FAO=59;FDP=194;FR=.;FRO=135;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=-0.018681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.378;QD=9.38085;RBI=0.0227349;REFB=0.00164632;REVB=0.0129574;RO=135;SAF=27;SAR=32;SRF=60;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159143;STB=0.509251;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.0036815;OID=.;OPOS=95053863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:135:135:59:59:0.304124:32:27:60:75:32:27:60:75 chr14 95053890 . GC AT 378.32 PASS AF=0.3;AO=51;DP=173;FAO=51;FDP=170;FR=.;FRO=119;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=0.00153516;FXX=0.01734;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.016;QD=8.90153;RBI=0.0124948;REFB=-0.00328414;REVB=-0.0124001;RO=119;SAF=19;SAR=32;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13087;STB=0.576546;STBP=0.178;TYPE=mnp;VARB=0.00717875;OID=.;OPOS=95053890;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:170:119:119:51:51:0.3:32:19:57:62:32:19:57:62 chr14 95080803 . G A 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6283;QD=46.8457;RBI=0.0907912;REFB=0;REVB=0.0907766;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128367;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr14 95107973 . C T 509.06 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0680783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4602;QD=20.9921;RBI=0.10796;REFB=-0.0459249;REVB=0.0837897;RO=48;SAF=21;SAR=28;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270487;STB=0.514964;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0467486;OID=.;OPOS=95107973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:28:21:22:26:28:21:22:26 chr14 95555205 . C T 1494.9 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7606;QD=58.6233;RBI=0.0217622;REFB=-0.111576;REVB=0.0187806;RO=1;SAF=50;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151249;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:102:102:1:0:101:102:1:51:50:1:0:51:51:0:0 chr14 95572562 . T TA 45.62 PASS AF=0.736842;AO=5;DP=35;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.187019;FXX=0.136302;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.73763;QD=9.60476;RBI=0.280693;REFB=-0.123304;REVB=0.209314;RO=30;SAF=3;SAR=2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191887;STB=0.512178;STBP=0.906;TYPE=ins;VARB=0.197298;OID=.;OPOS=95572563;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.736842:5:35:14:19:5:5:9:2:3:16:30:3:2:13:17 chr14 95660242 . A G 621.73 PASS AF=0.706667;AO=53;DP=75;FAO=53;FDP=75;FR=.;FRO=22;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00687867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.604;QD=33.1587;RBI=0.00920372;REFB=0.00525045;REVB=0.00611492;RO=22;SAF=29;SAR=24;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000940415;STB=0.500507;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00211112;OID=.;OPOS=95660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:22:22:53:53:0.706667:24:29:12:10:24:29:12:10 chr14 95786115 . C T 3898.29 PASS AF=1;AO=249;DP=250;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916481;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.569;QD=61.8777;RBI=0.0929332;REFB=-0.0456536;REVB=0.0154013;RO=0;SAF=112;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.5295e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740696;OID=.;OPOS=95786115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:250:252:0:0:249:252:1:137:112:0:0:137:115:0:0 chr14 95903307 . TAGA T 421.28 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0287513;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=3;MLLD=196.98;QD=25.9246;RBI=0.0425563;REFB=-0.0361434;REVB=-0.0313752;RO=24;SAF=19;SAR=21;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981307;STB=0.544517;STBP=0.359;TYPE=del;VARB=0.0153166;OID=.;OPOS=95903308;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:40:66:40:65:25:19:21:9:16:99:24:19:21:8:16 chr14 95906321 . G A 6992.32 PASS AF=1;AO=442;DP=448;FAO=449;FDP=449;FR=.;FRO=0;FSAF=188;FSAR=261;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240881;FXX=0.00882983;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.672;QD=62.2924;RBI=0.0363823;REFB=0.0667805;REVB=0.027266;RO=1;SAF=185;SAR=257;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00185381;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44877e-05;OID=.;OPOS=95906321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:448:449:1:0:442:449:1:257:185:0:1:261:188:0:0 chr14 95910933 . T C 92.14 PASS AF=0.237288;AO=13;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.000706524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5573;QD=6.24657;RBI=0.0101131;REFB=-0.0118745;REVB=-0.0100884;RO=45;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363367;STB=0.737045;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0256762;OID=.;OPOS=95910933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:13:14:0.237288:6:7:11:34:6:8:11:34 chr14 95918625 . T C 1643.7 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0422729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7242;QD=59.2324;RBI=0.0570755;REFB=-0.0934852;REVB=0.0383486;RO=1;SAF=55;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855347;STB=0.504504;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00061949;OID=.;OPOS=95918625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:55:55:1:0:55:55:1:0 chr14 95921741 . C T 1491.11 PASS AF=0.989362;AO=74;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=65;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573821;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.964;QD=63.4515;RBI=0.0581884;REFB=0;REVB=-0.00965344;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548986;OID=.;OPOS=95921741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:0:0:74:93:0.989362:27:47:0:0:28:65:0:0 chr14 95923670 . A C 1194.67 PASS AF=1;AO=70;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.588;QD=61.265;RBI=0.0594376;REFB=0;REVB=0.0107407;RO=0;SAF=21;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162116;OID=.;OPOS=95923670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:70:78:1:49:21:0:0:51:27:0:0 chr14 95999820 . T C 125.98 PASS AF=0.178295;AO=23;DP=129;FAO=23;FDP=129;FR=.;FRO=106;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=0.00260783;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.839;QD=3.90649;RBI=0.00719616;REFB=0.00289737;REVB=-0.006707;RO=106;SAF=10;SAR=13;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107008;STB=0.568964;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00965805;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:106:106:23:23:0.178295:13:10:55:51:13:10:55:51 chr14 96131432 . A G 650.38 PASS AF=0.658824;AO=56;DP=85;FAO=56;FDP=85;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0350204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5331;QD=30.6059;RBI=0.0382596;REFB=-0.0200966;REVB=-0.0154069;RO=28;SAF=25;SAR=31;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206716;STB=0.616619;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00796873;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:28:29:56:56:0.658824:31:25:22:6:31:25:23:6 chr14 96134589 . C T 776.38 PASS AF=0.680851;AO=64;DP=94;FAO=64;FDP=94;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00217382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0358;QD=33.0374;RBI=0.0931113;REFB=-0.0166737;REVB=0.0930859;RO=30;SAF=33;SAR=31;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107587;STB=0.558006;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0100707;OID=.;OPOS=96134589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:30:30:64:64:0.680851:31:33:10:20:31:33:10:20 chr14 96136794 . A G 510.7 PASS AF=0.791667;AO=38;DP=48;FAO=38;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0537068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8298;QD=42.5582;RBI=0.0722039;REFB=-0.00745757;REVB=0.0482595;RO=10;SAF=15;SAR=23;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386677;STB=0.520822;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00241934;OID=.;OPOS=96136794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:10:10:38:38:0.791667:23:15:3:7:23:15:3:7 chr14 96157187 . G A 737.31 PASS AF=0.647619;AO=67;DP=107;FAO=68;FDP=105;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0147018;FXX=0.0186898;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.43;QD=28.0879;RBI=0.0157369;REFB=-0.00285308;REVB=-0.00561326;RO=37;SAF=28;SAR=39;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120846;STB=0.56728;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00271125;OID=.;OPOS=96157187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:37:37:67:68:0.647619:39:28:9:28:39:29:9:28 chr14 96556914 . T C 2064.79 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.742;QD=62.5693;RBI=0.0695913;REFB=0;REVB=0.0512911;RO=0;SAF=81;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85473e-06;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:51:81:0:0:51:81:0:0 chr14 96557121 . T C 758.03 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4224;QD=56.1502;RBI=0.0215295;REFB=0;REVB=0.0200036;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164008;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:20:33:0:0:20:34:0:0 chr14 96557873 . G T 1291.49 PASS AF=1;AO=75;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8414;QD=61.4995;RBI=0.0425407;REFB=0;REVB=0.020241;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240827;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:75:84:1:34:41:0:0:40:44:0:0 chr14 96558235 . T C 1264.26 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9999;QD=61.6714;RBI=0.0161097;REFB=0;REVB=-0.00394046;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45988e-05;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr14 96558881 . C G 1601.33 PASS AF=0.964912;AO=108;DP=113;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00356398;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.11;QD=56.1869;RBI=0.014075;REFB=-0.0647891;REVB=0.0136163;RO=3;SAF=30;SAR=78;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017905;STB=0.512498;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000384729;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:114:3:4:108:110:0.964912:78:30:0:3:78:32:0:4 chr14 96559723 . G A 1495.91 PASS AF=0.979798;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0223551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.759;QD=60.441;RBI=0.0255441;REFB=-0.161286;REVB=0.0123593;RO=1;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870172;STB=0.508927;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000389681;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:99:99:1:2:96:97:0.979798:54:42:0:1:55:42:0:2 chr14 96559791 . C T 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.515;QD=56.9353;RBI=0.0283201;REFB=0;REVB=0.0114607;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34668e-05;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr14 96560092 . G A 1224.9 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00403104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6931;QD=61.245;RBI=0.0324405;REFB=0;REVB=0.0321891;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166209;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr14 96671207 . GGGTGGGGAC G 1125.77 PASS AF=0.72619;AO=103;DP=151;FAO=122;FDP=168;FR=.;FRO=46;FSAF=83;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0131525;FXX=0.0508446;HRUN=4;LEN=9;MLLD=266.106;QD=26.8041;RBI=0.0278473;REFB=-0.032763;REVB=0.0245455;RO=0;SAF=69;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.585354;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0111163;OID=.;OPOS=96671208;OREF=GGTGGGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72619:103:151:122:168:46:83:39:18:28:99:0:69:34:0:0 chr14 96707457 . A G 902.65 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2322;QD=58.2356;RBI=0.0317046;REFB=0;REVB=-0.0244606;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0992e-05;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr14 96708667 . T C 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0496063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.41;QD=54.6507;RBI=0.0497572;REFB=-0.0217854;REVB=0.00387135;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.510634;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000777889;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:29:23:0:0:29:23:1:0 chr14 96708782 . A T 2147.78 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.089;QD=62.7088;RBI=0.0393931;REFB=0;REVB=0.0378737;RO=0;SAF=47;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65819e-05;OID=.;OPOS=96708782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:137:0:0:134:137:1:87:47:0:0:90:47:0:0 chr14 96709359 . A AC 663.95 PASS AF=1;AO=54;DP=59;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559361;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.8728;QD=47.4253;RBI=0.058898;REFB=0;REVB=-0.0184424;RO=3;SAF=25;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000900621;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:59:56:56:0:27:29:0:0:12:3:25:29:3:0 chr14 96730142 . A G 3170.07 PASS AF=0.985782;AO=207;DP=211;FAO=208;FDP=211;FR=.;FRO=3;FSAF=113;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00820133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.651;QD=60.0962;RBI=0.0155472;REFB=0.0581068;REVB=0.0132081;RO=3;SAF=113;SAR=94;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014957;STB=0.507771;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.000265617;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:211:211:3:3:207:208:0.985782:94:113:0:3:95:113:0:3 chr14 96742603 . G A 79.73 PASS AF=0.146789;AO=16;DP=109;FAO=16;FDP=109;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=0.0148697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.525;QD=2.92584;RBI=0.0551595;REFB=-0.00103161;REVB=0.0531174;RO=93;SAF=7;SAR=9;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232421;STB=0.51577;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00970766;OID=.;OPOS=96742603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:109:109:93:93:16:16:0.146789:9:7:39:54:9:7:39:54 chr14 96751010 . T C 47.25 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.0325038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.113;QD=2.39252;RBI=0.0478385;REFB=-0.00304773;REVB=-0.0351002;RO=69;SAF=6;SAR=4;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959052;STB=0.569091;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0265974;OID=.;OPOS=96751010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:69:69:10:10:0.126582:4:6:36:33:4:6:36:33 chr14 96771959 . A G 122.63 PASS AF=0.194444;AO=21;DP=108;FAO=21;FDP=108;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=51;FWDB=0.0324303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.327;QD=4.54177;RBI=0.033168;REFB=-0.00318361;REVB=0.00695672;RO=87;SAF=6;SAR=15;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17731;STB=0.613921;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0152556;OID=.;OPOS=96771959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:87:87:21:21:0.194444:15:6:36:51:15:6:36:51 chr14 96777468 . G C 75.54 PASS AF=0.162791;AO=14;DP=86;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.00628921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.818;QD=3.51369;RBI=0.00817441;REFB=-0.0063308;REVB=0.00522177;RO=71;SAF=4;SAR=10;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403271;STB=0.759145;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0291301;OID=.;OPOS=96777468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:86:71:72:14:14:0.162791:10:4:44:27:10:4:44:28 chr14 96781912 . T C 209.79 PASS AF=0.260504;AO=31;DP=119;FAO=31;FDP=119;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.0447471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.573;QD=7.05166;RBI=0.0503786;REFB=0.00394882;REVB=-0.0231452;RO=88;SAF=9;SAR=22;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294315;STB=0.677374;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0120966;OID=.;OPOS=96781912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:88:88:31:31:0.260504:22:9:46:42:22:9:46:42 chr14 96797724 . G A 148.61 PASS AF=0.18705;AO=26;DP=139;FAO=26;FDP=139;FR=.;FRO=113;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=-0.0255349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.404;QD=4.2766;RBI=0.0269679;REFB=-0.0028393;REVB=-0.00867381;RO=113;SAF=12;SAR=14;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959971;STB=0.506113;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.011625;OID=.;OPOS=96797724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:113:113:26:26:0.18705:14:12:53:60:14:12:53:60 chr14 96829290 . G A 332.4 PASS AF=0.214844;AO=55;DP=255;FAO=55;FDP=256;FR=.;FRO=201;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=101;FSRR=100;FWDB=-0.0251216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.182;QD=5.19369;RBI=0.048012;REFB=-0.0125218;REVB=-0.0409152;RO=200;SAF=28;SAR=27;SRF=100;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116354;STB=0.505184;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0359905;OID=.;OPOS=96829290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:256:200:201:55:55:0.214844:27:28:100:100:27:28:101:100 chr14 96922752 . C G 1227.5 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.084;QD=61.375;RBI=0.0456648;REFB=0;REVB=0.0374674;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103162;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:34:45:0:0:34:46:0:0 chr14 97104758 . A G 1878.16 PASS AF=0.984;AO=110;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00131574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.974;QD=60.101;RBI=0.0656101;REFB=-0.0371156;REVB=0.0655969;RO=1;SAF=66;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106666;STB=0.504347;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000612731;OID=.;OPOS=97104758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:110:123:0.984:44:66:0:1:57:66:0:1 chr14 97299853 . A G 324.0 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0389338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.5612;QD=28.7998;RBI=0.0412884;REFB=-0.00301083;REVB=0.0137438;RO=17;SAF=9;SAR=19;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697865;STB=0.538291;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00423654;OID=.;OPOS=97299853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:19:9:4:13:19:9:4:13 chr14 97321689 . C T 156.49 PASS AF=0.230769;AO=24;DP=104;FAO=24;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.0069386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7653;QD=6.01891;RBI=0.038022;REFB=0.00118496;REVB=-0.0373835;RO=80;SAF=11;SAR=13;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581534;STB=0.535685;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00521129;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:80:80:24:24:0.230769:13:11:33:47:13:11:33:47 chr14 98435696 . T C 3042.07 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106559;FXX=0.0149246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.521;QD=61.4561;RBI=0.0267174;REFB=-0.116382;REVB=0.0245004;RO=1;SAF=73;SAR=125;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379524;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159018;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:200:198:1:0:198:198:1:125:73:0:1:125:73:0:0 chr14 98444369 . T C 1695.24 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.419;QD=60.5443;RBI=0.0145153;REFB=0;REVB=-0.00125643;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14423e-05;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:63:49:0:0:63:49:0:0 chr14 98817896 . T C 218.11 PASS AF=0.294737;AO=27;DP=97;FAO=28;FDP=95;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=0.0780525;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4629;QD=9.18345;RBI=0.0780631;REFB=0.015517;REVB=0.0012899;RO=70;SAF=10;SAR=17;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352451;STB=0.679879;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0476698;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:70:67:27:28:0.294737:17:10:47:23:17:11:44:23 chr14 99642236 . TGCCCG CTGCCG,TGCC,TGCCG,TGCCGG 545.64 PASS AF=0,0,0.704762,0;AO=11,15,36,4;DP=107;FAO=0,0,74,0;FDP=105;FR=.;FRO=31;FSAF=0,0,60,0;FSAR=0,0,14,0;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0395216,-0.108799,0.0599588,0.169893;FXX=0.00943307;HRUN=1,3,3,3;LEN=3,2,1,1;MLLD=71.5878,18.3657,14.2512,13.7075;QD=20.7863;RBI=0.059948,0.111638,0.0603,0.172793;REFB=-0.0379538,-0.0386339,-0.129611,-0.0935339;REVB=-0.0450755,0.0250179,-0.00640649,-0.0315256;RO=35;SAF=0,15,35,4;SAR=11,0,1,0;SRF=12;SRR=23;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.720544,0.818964,0.781165,0.65547;STB=0.5,0.5,0.699813,0.5;STBP=1,1,0,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,0.00637511,0.0834204,0;OID=.,.,.,.;OPOS=99642236,99642240,99642238,99642240;OREF=TGC,CG,C,C;OALT=CTG,-,-,G;OMAPALT=CTGCCG,TGCC,TGCCG,TGCCGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:107:105:35:31:11,15,36,4:0,0,74,0:0,0,0.704762,0:11,0,1,0:0,15,35,4:12:23:0,0,14,0:0,0,60,0:8:23 chr14 99642360 . C G 1087.11 PASS AF=0.636986;AO=93;DP=145;FAO=93;FDP=146;FR=.;FRO=53;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0495247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6165;QD=29.7837;RBI=0.0503361;REFB=-0.0096142;REVB=-0.00900146;RO=49;SAF=53;SAR=40;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779838;STB=0.549619;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00514788;OID=.;OPOS=99642360;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:49:53:93:93:0.636986:40:53:22:27:40:53:23:30 chr14 99876505 . A G 49.04 PASS AF=0.16;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00863363;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.822;QD=3.92311;RBI=0.0164216;REFB=-0.00503442;REVB=-0.0139688;RO=41;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502721;STB=0.505306;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.025543;OID=.;OPOS=99876505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:51:50:41:42:8:8:0.16:5:3:17:24:5:3:16:26 chr14 100039109 . C G 1332.96 PASS AF=0.74;AO=110;DP=150;FAO=111;FDP=150;FR=.;FRO=39;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0123648;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.514;QD=35.5456;RBI=0.0125764;REFB=-0.0132339;REVB=-0.00229757;RO=39;SAF=46;SAR=64;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05619;STB=0.531101;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0036605;OID=.;OPOS=100039109;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:39:39:110:111:0.74:64:46:12:27:64:47:12:27 chr14 100049433 . C G 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0178524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5014;QD=26.4131;RBI=0.0279212;REFB=0.0109468;REVB=0.0214682;RO=17;SAF=8;SAR=17;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219344;STB=0.512132;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00382275;OID=.;OPOS=100049433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:17:8:5:12:17:8:5:12 chr14 100070030 . G A 300.03 PASS AF=0.231884;AO=45;DP=204;FAO=48;FDP=207;FR=.;FRO=159;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=90;FSRR=69;FWDB=0.022927;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.015;QD=5.79758;RBI=0.0379776;REFB=-0.0133312;REVB=0.0302762;RO=159;SAF=21;SAR=24;SRF=90;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126101;STB=0.566445;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0508348;OID=.;OPOS=100070030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:207:159:159:45:48:0.231884:24:21:90:69:25:23:90:69 chr14 100189287 . C T 157.28 PASS AF=0.232323;AO=23;DP=99;FAO=23;FDP=99;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0292035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.371;QD=6.35484;RBI=0.0295612;REFB=-0.00346461;REVB=-0.00458433;RO=76;SAF=9;SAR=14;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448737;STB=0.50276;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0111457;OID=.;OPOS=100189287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:76:76:23:23:0.232323:14:9:30:46:14:9:30:46 chr14 100331926 . G A 991.57 PASS AF=0.786408;AO=81;DP=103;FAO=81;FDP=103;FR=.;FRO=22;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0119422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9896;QD=38.5076;RBI=0.0213965;REFB=0.00424563;REVB=0.0177537;RO=22;SAF=34;SAR=47;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875754;STB=0.546765;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.000796329;OID=.;OPOS=100331926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:22:22:81:81:0.786408:47:34:14:8:47:34:14:8 chr14 100375707 . C T 1681.34 PASS AF=0.70297;AO=141;DP=202;FAO=142;FDP=202;FR=.;FRO=60;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0357356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4618;QD=33.2938;RBI=0.0373786;REFB=0.00681198;REVB=-0.0109601;RO=60;SAF=73;SAR=68;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180311;STB=0.510681;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00420333;OID=.;OPOS=100375707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:60:60:141:142:0.70297:68:73:33:27:69:73:33:27 chr14 100380948 . T C 1215.03 PASS AF=0.751938;AO=97;DP=129;FAO=97;FDP=129;FR=.;FRO=32;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0198054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.409;QD=37.6753;RBI=0.021486;REFB=0.0064472;REVB=-0.00833039;RO=32;SAF=58;SAR=39;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00202063;STB=0.50108;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.0018165;OID=.;OPOS=100380948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:32:32:97:97:0.751938:39:58:19:13:39:58:19:13 chr14 100411774 . G A 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.548;QD=57.8832;RBI=0.00810316;REFB=0;REVB=-0.00782771;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03838e-05;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr14 100607595 . C T 75.88 PASS AF=0.164706;AO=14;DP=85;FAO=14;FDP=85;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0333699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9983;QD=3.57091;RBI=0.0445959;REFB=-0.0056516;REVB=-0.0295845;RO=71;SAF=2;SAR=12;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436737;STB=0.79952;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0309685;OID=.;OPOS=100607595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:85:85:71:71:14:14:0.164706:12:2:32:39:12:2:32:39 chr14 100615665 . T C 5030.25 PASS AF=1;AO=319;DP=319;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253711;FXX=0.00623034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.033;QD=63.0752;RBI=0.0397923;REFB=0;REVB=0.0306551;RO=0;SAF=153;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34728e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81127e-06;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:319:319:0:0:319:319:1:166:153:0:0:166:153:0:0 chr14 100615961 . C T 351.09 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0230885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0612;QD=34.2524;RBI=0.0614952;REFB=-0.0410584;REVB=0.0569964;RO=12;SAF=16;SAR=13;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160763;STB=0.587586;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0229323;OID=.;OPOS=100615961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:13:16:3:9:13:16:3:9 chr14 100625902 . C T 5086.2 PASS AF=1;AO=323;DP=325;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534133;FXX=0.00615366;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7222;QD=62.9869;RBI=0.071128;REFB=-0.0761657;REVB=0.0469703;RO=0;SAF=150;SAR=173;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187512;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:325:323:0:0:323:323:1:173:150:0:0:173:150:0:0 chr14 100758502 . G A 1393.66 PASS AF=0.736486;AO=109;DP=148;FAO=109;FDP=148;FR=.;FRO=39;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0113688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.648;QD=37.6664;RBI=0.0126263;REFB=-0.018722;REVB=-0.00549295;RO=39;SAF=56;SAR=53;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000464149;STB=0.500248;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0066754;OID=.;OPOS=100758502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:39:39:109:109:0.736486:53:56:20:19:53:56:20:19 chr14 100792126 . C T 215.53 PASS AF=0.253968;AO=32;DP=126;FAO=32;FDP=126;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.037483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9979;QD=6.84234;RBI=0.066337;REFB=-0.00677639;REVB=-0.0547322;RO=93;SAF=15;SAR=17;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982687;STB=0.554862;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.018093;OID=.;OPOS=100792126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:93:94:32:32:0.253968:17:15:51:42:17:15:51:43 chr14 100792482 . C A 1258.88 PASS AF=0.713333;AO=105;DP=148;FAO=107;FDP=150;FR=.;FRO=43;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0507469;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.943;QD=33.5702;RBI=0.051752;REFB=-0.0291798;REVB=0.0101499;RO=42;SAF=49;SAR=56;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305437;STB=0.515456;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.010243;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:42:43:105:107:0.713333:56:49:22:20:58:49:22:21 chr14 100795338 . G C 298.03 PASS AF=0.241935;AO=45;DP=184;FAO=45;FDP=186;FR=.;FRO=141;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=71;FSRR=70;FWDB=-0.0626507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9497;QD=6.40929;RBI=0.0817428;REFB=0.0171675;REVB=0.052505;RO=139;SAF=21;SAR=24;SRF=70;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463703;STB=0.527965;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0540424;OID=.;OPOS=100795338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:139:141:45:45:0.241935:24:21:70:69:24:21:71:70 chr14 100808845 . G A 891.34 PASS AF=0.775281;AO=69;DP=89;FAO=69;FDP=89;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0275878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.685;QD=40.0602;RBI=0.0291377;REFB=-0.0343585;REVB=0.00937652;RO=20;SAF=20;SAR=49;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205256;STB=0.510975;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0104895;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:20:20:69:69:0.775281:49:20:5:15:49:20:5:15 chr14 100832391 . T C 1204.03 PASS AF=0.678082;AO=98;DP=147;FAO=99;FDP=146;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=72;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.053601;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.276;QD=32.987;RBI=0.0572233;REFB=-0.0178292;REVB=0.0200359;RO=47;SAF=27;SAR=71;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149236;STB=0.581378;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00756735;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:47:47:98:99:0.678082:71:27:23:24:72:27:23:24 chr14 100847523 . T C 540.08 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0194951;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9195;QD=55.3929;RBI=0.0209329;REFB=-0.00019423;REVB=0.0076243;RO=2;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659507;STB=0.503524;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.00159117;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:39:2:2:37:37:0.948718:21:16:1:1:21:16:1:1 chr14 100847707 . A G 211.09 PASS AF=0.20339;AO=36;DP=177;FAO=36;FDP=177;FR=.;FRO=141;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=64;FSRR=77;FWDB=-0.00565295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.483;QD=4.77031;RBI=0.0447823;REFB=-0.00170051;REVB=-0.0444241;RO=141;SAF=16;SAR=20;SRF=64;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122162;STB=0.50761;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00712402;OID=.;OPOS=100847707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:141:141:36:36:0.20339:20:16:64:77:20:16:64:77 chr14 100847930 . A G 231.41 PASS AF=0.277311;AO=33;DP=119;FAO=33;FDP=119;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0240292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.149;QD=7.77832;RBI=0.0265256;REFB=0.00811484;REVB=-0.011234;RO=86;SAF=19;SAR=14;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148225;STB=0.587973;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0255187;OID=.;OPOS=100847930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:86:86:33:33:0.277311:14:19:39:47:14:19:39:47 chr14 100996312 . T C 807.05 PASS AF=0.702128;AO=65;DP=93;FAO=66;FDP=94;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00277794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.034;QD=34.3426;RBI=0.0130243;REFB=-0.0380228;REVB=-0.0127246;RO=28;SAF=24;SAR=41;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731321;STB=0.537302;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0122272;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:28:28:65:66:0.702128:41:24:7:21:42:24:7:21 chr14 101005215 . T C 1312.37 PASS AF=0.723684;AO=99;DP=142;FAO=110;FDP=152;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=74;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00157384;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.568;QD=34.536;RBI=0.0267659;REFB=-0.0513322;REVB=0.0267196;RO=43;SAF=36;SAR=63;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469875;STB=0.531095;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0207538;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:152:43:42:99:110:0.723684:63:36:19:24:74:36:18:24 chr14 101005236 . A G 1115.94 PASS AF=0.739837;AO=91;DP=123;FAO=91;FDP=123;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0122702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.412;QD=36.2906;RBI=0.0158938;REFB=-0.0107474;REVB=-0.0101022;RO=32;SAF=34;SAR=57;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155842;STB=0.508336;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00569866;OID=.;OPOS=101005236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:32:32:91:91:0.739837:57:34:11:21:57:34:11:21 chr14 101138230 . A C 1527.87 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2382;QD=59.3347;RBI=0.0665969;REFB=0;REVB=0.0555593;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170279;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:0:0:102:103:1:48:54:0:0:49:54:0:0 chr14 101198417 . A G 2306.38 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.123;QD=61.0962;RBI=0.0268989;REFB=0;REVB=0.0251067;RO=0;SAF=67;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98198e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98564e-05;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:151:0:0:146:151:1:79:67:0:0:84:67:0:0 chr14 101200645 . T C,G 685.82 PASS AF=0.78,0.16;AO=39,8;DP=50;FAO=39,8;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=20,2;FSAR=19,6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00273102,-0.00600641;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=249.565,43.8304;QD=54.8652;RBI=0.0392994,0.0216251;REFB=-0.0274421,-0.0444849;REVB=0.0392044,0.0207742;RO=3;SAF=20,2;SAR=19,6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0652762,-0.370397;STB=0.534866,0.713728;STBP=0.124,0.051;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00025921,0.0183807;OID=.,.;OPOS=101200645,101200645;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:50:50:3:3:39,8:39,8:0.78,0.16:19,6:20,2:3:0:19,6:20,2:3:0 chr14 101301038 . C G 145.8 PASS AF=0.214286;AO=24;DP=112;FAO=24;FDP=112;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0520871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6048;QD=5.20707;RBI=0.0570622;REFB=-0.00266106;REVB=0.0233029;RO=88;SAF=7;SAR=17;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258251;STB=0.661854;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0107542;OID=.;OPOS=101301038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:88:88:24:24:0.214286:17:7:43:45:17:7:43:45 chr14 101302211 . G T 1196.47 PASS AF=0.772358;AO=95;DP=123;FAO=95;FDP=123;FR=.;FRO=28;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00849479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.651;QD=38.9097;RBI=0.00893163;REFB=-0.021747;REVB=0.0027591;RO=27;SAF=42;SAR=53;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474152;STB=0.529628;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00835268;OID=.;OPOS=101302211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:27:28:95:95:0.772358:53:42:15:12:53:42:16:12 chr14 101348584 . C G 489.52 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0133102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.917;QD=30.5947;RBI=0.021423;REFB=-0.0131337;REVB=0.0167864;RO=19;SAF=22;SAR=22;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0077525;OID=.;OPOS=101348584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:19:20:44:44:0.6875:22:22:9:10:22:22:10:10 chr14 101349017 . A G 1806.22 PASS AF=0.739583;AO=142;DP=191;FAO=142;FDP=192;FR=.;FRO=50;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.00631433;FXX=0.00518108;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.492;QD=37.6296;RBI=0.0214746;REFB=-0.00827559;REVB=-0.0205253;RO=48;SAF=73;SAR=69;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855043;STB=0.550432;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00182271;OID=.;OPOS=101349017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:48:50:142:142:0.739583:69:73:16:32:69:73:16:34 chr14 101350298 . T C 783.47 PASS AF=0.741176;AO=63;DP=85;FAO=63;FDP=85;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0730425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6114;QD=36.8691;RBI=0.0739736;REFB=0.0322276;REVB=-0.0116994;RO=22;SAF=33;SAR=30;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770741;STB=0.541374;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0119879;OID=.;OPOS=101350298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:22:22:63:63:0.741176:30:33:8:14:30:33:8:14 chr14 101507727 . C T 564.46 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=76;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00285195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.806;QD=29.7085;RBI=0.00587062;REFB=0.0269342;REVB=0.00513132;RO=26;SAF=29;SAR=21;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229949;STB=0.512468;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00858222;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:26:26:50:50:0.657895:21:29:16:10:21:29:16:10 chr14 101522589 . C T 219.07 PASS AF=0.19;AO=37;DP=198;FAO=38;FDP=200;FR=.;FRO=162;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=72;FSRR=90;FWDB=0.0232157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.975;QD=4.38144;RBI=0.0274259;REFB=-0.00506962;REVB=-0.0146017;RO=161;SAF=21;SAR=16;SRF=71;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161622;STB=0.586945;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0200699;OID=.;OPOS=101522589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:161:162:37:38:0.19:16:21:71:90:17:21:72:90 chr14 102431074 . T C 482.01 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=66;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0406735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5893;QD=28.7767;RBI=0.0427449;REFB=-0.0145691;REVB=-0.013145;RO=22;SAF=16;SAR=28;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879184;STB=0.556792;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0053939;OID=.;OPOS=102431074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:22:23:44:44:0.656716:28:16:11:11:28:16:12:11 chr14 102453876 . G A 424.18 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00537704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.135;QD=26.932;RBI=0.0180172;REFB=-0.012627;REVB=-0.0171961;RO=22;SAF=14;SAR=26;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416407;STB=0.516399;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00719448;OID=.;OPOS=102453876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:22:23:40:40:0.634921:26:14:9:13:26:14:9:14 chr14 102476659 . CT C 69.64 PASS AF=0.388889;AO=15;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.21605;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.6101;QD=7.73739;RBI=0.220725;REFB=-0.0649108;REVB=0.0451889;RO=21;SAF=13;SAR=2;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.656432;STB=0.869722;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.086117;OID=.;OPOS=102476660;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:15:37:14:36:22:12:2:5:17:69:21:13:2:4:17 chr14 102483120 . A G 774.55 PASS AF=0.669903;AO=69;DP=103;FAO=69;FDP=103;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00537833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.281;QD=30.0794;RBI=0.0765783;REFB=-0.0113655;REVB=-0.0763892;RO=34;SAF=32;SAR=37;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222323;STB=0.511999;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00339439;OID=.;OPOS=102483120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:34:34:69:69:0.669903:37:32:17:17:37:32:17:17 chr14 102514227 . T C 948.86 PASS AF=0.713043;AO=78;DP=112;FAO=82;FDP=115;FR=.;FRO=33;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0218151;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.285;QD=33.0039;RBI=0.0231665;REFB=-0.0431236;REVB=-0.00779673;RO=33;SAF=35;SAR=43;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307309;STB=0.520098;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0186364;OID=.;OPOS=102514227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:33:33:78:82:0.713043:43:35:13:20:44:38:13:20 chr14 102550803 . G A,T 576.37 PASS AF=0.871795,0.128205;AO=35,4;DP=39;FAO=34,5;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=18,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319656,-0.032985;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.7692,192.514;QD=59.1151;RBI=0.0169353,0.0332554;REFB=0,0;REVB=-0.0166309,0.00423244;RO=0;SAF=16,0;SAR=19,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.1382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0013896,-0.000776579;OID=.,.;OPOS=102550803,102550803;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:39:39:0:0:35,4:34,5:0.871795,0.128205:19,4:16,0:0:0:18,5:16,0:0:0 chr14 102568296 . G A 1869.69 PASS AF=0.969466;AO=125;DP=131;FAO=127;FDP=131;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00336575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4675;QD=57.0898;RBI=0.0349537;REFB=-0.106568;REVB=-0.0347913;RO=1;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772572;STB=0.515382;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00235897;OID=.;OPOS=102568296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:131:131:1:4:125:127:0.969466:61:64:0:1:63:64:0:4 chr14 102568367 . T A 1859.2 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.003;QD=61.4611;RBI=0.0209476;REFB=0;REVB=0.0205267;RO=0;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9721e-05;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:65:56:0:0:65:56:0:0 chr14 102675350 . G C 2234.27 PASS AF=0.773333;AO=174;DP=225;FAO=174;FDP=225;FR=.;FRO=51;FSAF=68;FSAR=106;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.0119859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.538;QD=39.7204;RBI=0.0120655;REFB=-0.0292738;REVB=0.00138332;RO=49;SAF=68;SAR=106;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371021;STB=0.523244;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0084425;OID=.;OPOS=102675350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:49:51:174:174:0.773333:106:68:15:34:106:68:15:36 chr14 102676266 . C T 83.23 PASS AF=0.625;AO=6;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0219021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3306;QD=20.8081;RBI=0.0263758;REFB=-0.0997534;REVB=0.0146964;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435573;STB=0.674571;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0124344;OID=.;OPOS=102676266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:5:6:6:10:0.625:1:5:4:1:1:9:4:2 chr14 102689619 . C T 1258.19 PASS AF=0.746269;AO=100;DP=134;FAO=100;FDP=134;FR=.;FRO=34;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0204925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.802;QD=37.5578;RBI=0.0240074;REFB=-0.00262176;REVB=0.0125065;RO=34;SAF=51;SAR=49;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511878;STB=0.527349;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00093619;OID=.;OPOS=102689619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:34:34:100:100:0.746269:49:51:21:13:49:51:21:13 chr14 102689926 . AAT A 322.46 PASS AF=0.744681;AO=31;DP=48;FAO=35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0175193;FXX=0.059988;HRUN=4;LEN=2;MLLD=255.185;QD=27.4433;RBI=0.0191695;REFB=0.0145793;REVB=-0.0077809;RO=11;SAF=10;SAR=21;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.453704;SSSB=-0.161712;STB=0.596801;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=-0.00299334;OID=.;OPOS=102689927;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.744681:31:48:35:47:12:11:24:8:4:52:11:10:21:7:4 chr14 102692657 . T C 1661.78 PASS AF=0.69802;AO=139;DP=200;FAO=141;FDP=202;FR=.;FRO=61;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0072914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.135;QD=32.9066;RBI=0.00735118;REFB=-0.0232192;REVB=-0.000935569;RO=61;SAF=58;SAR=81;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243306;STB=0.512535;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00937938;OID=.;OPOS=102692657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:61:61:139:141:0.69802:81:58:28:33:82:59:28:33 chr14 102695693 . T C 255.27 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0394496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.424;QD=36.4673;RBI=0.0394954;REFB=0.0115543;REVB=0.00190121;RO=6;SAF=14;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123419;STB=0.567505;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00434494;OID=.;OPOS=102695693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:8:14:2:4:8:14:2:4 chr14 102700117 . G C 1147.93 PASS AF=0.688406;AO=95;DP=138;FAO=95;FDP=138;FR=.;FRO=43;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00851133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.098;QD=33.2732;RBI=0.0111835;REFB=-0.0407464;REVB=-0.00725458;RO=42;SAF=42;SAR=53;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060574;STB=0.536331;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0165473;OID=.;OPOS=102700117;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:42:43:95:95:0.688406:53:42:23:19:53:42:24:19 chr14 102792386 . T C 108.49 PASS AF=0.151724;AO=21;DP=144;FAO=22;FDP=145;FR=.;FRO=123;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=73;FSRR=50;FWDB=-0.00606883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.837;QD=2.99283;RBI=0.0257256;REFB=-0.00352918;REVB=-0.0249995;RO=119;SAF=9;SAR=12;SRF=69;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18995;STB=0.616235;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0189303;OID=.;OPOS=102792386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:119:123:21:22:0.151724:12:9:69:50:12:10:73:50 chr14 102792631 . G A 70.6 PASS AF=0.25641;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0115763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.033;QD=7.24106;RBI=0.0324696;REFB=-0.00737289;REVB=-0.0303359;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278098;STB=0.690934;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0141627;OID=.;OPOS=102792631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:39:28:29:9:10:0.25641:7:2:12:16:8:2:12:17 chr14 102798055 . G A 119.61 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0198763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0449;QD=6.64477;RBI=0.0220416;REFB=0.0034584;REVB=-0.00952709;RO=54;SAF=8;SAR=10;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696516;STB=0.54254;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0120058;OID=.;OPOS=102798055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:54:18:18:0.25:10:8:21:33:10:8:21:33 chr14 102965317 . AC A 35.45 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0188202;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.1022;QD=5.25257;RBI=0.0198211;REFB=-0.0471031;REVB=-0.00621898;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.394737;SSSB=0.0713947;STB=0.592369;STBP=0.515;TYPE=del;VARB=0.0995958;OID=.;OPOS=102965318;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:7:28:8:27:19:4:4:7:12:35:19:3:4:7:12 chr14 102965367 . TCACCACACCACACCACACCA TCACCACACCACACCA,TCACCACACCACACCACACCT 318.47 PASS AF=0.6,0.04;AO=23,2;DP=50;FAO=30,2;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=6,0;FSAR=24,2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0311921,0.0431406;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=148.369,113.809;QD=25.4774;RBI=0.0843547,0.0454053;REFB=-0.0770107,-0.0328841;REVB=0.0783758,-0.0141606;RO=16;SAF=6,0;SAR=17,2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.248708,-0.560396;STB=0.645054,0.994543;STBP=0.022,0.186;TYPE=del,snp;VARB=0.0595278,0.0351121;OID=.,.;OPOS=102965368,102965387;OREF=CACCA,A;OALT=-,T;OMAPALT=TCACCACACCACACCA,TCACCACACCACACCACACCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6,0.04:23,2:50:30,2:50:18:6,0:24,2:9:9:99:16:6,0:17,2:9:7 chr14 102965435 . A G 879.78 PASS AF=0.732673;AO=74;DP=101;FAO=74;FDP=101;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00492709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.512;QD=34.8429;RBI=0.0417627;REFB=-0.0235326;REVB=0.041471;RO=27;SAF=24;SAR=50;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025903;STB=0.513902;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00559167;OID=.;OPOS=102965435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:27:27:74:74:0.732673:50:24:10:17:50:24:10:17 chr14 102965437 . A T 889.99 PASS AF=0.735294;AO=75;DP=102;FAO=75;FDP=102;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0179336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.037;QD=34.9017;RBI=0.0280476;REFB=0.00344103;REVB=-0.0215651;RO=27;SAF=25;SAR=50;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204053;STB=0.510946;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00170076;OID=.;OPOS=102965437;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:27:27:75:75:0.735294:50:25:10:17:50:25:10:17 chr14 103161736 . A AG,G 1098.32 PASS AF=0.9875,0.0125;AO=70,6;DP=82;FAO=79,1;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49,1;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118048,-0.0316707;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.6889,7.97501;QD=54.9159;RBI=0.185003,0.168785;REFB=0,0;REVB=-0.184626,-0.165787;RO=4;SAF=43,4;SAR=27,2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0419738,-0.28888;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00456077,-0.0229524;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:80:4:0:70,6:79,1:0.9875,0.0125:27,2:43,4:4:0:30,0:49,1:0:0 chr14 103193028 . G A 688.01 PASS AF=0.730769;AO=57;DP=78;FAO=57;FDP=78;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0161357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4411;QD=35.2826;RBI=0.0169992;REFB=-0.0137389;REVB=-0.005349;RO=20;SAF=28;SAR=29;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124864;STB=0.572686;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00493356;OID=.;OPOS=103193028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:20:21:57:57:0.730769:29:28:15:5:29:28:16:5 chr14 103369723 . G A 466.78 PASS AF=0.813953;AO=34;DP=42;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0423427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.094;QD=43.4214;RBI=0.0578476;REFB=-0.038484;REVB=0.0394137;RO=8;SAF=16;SAR=18;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785783;STB=0.539061;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00452802;OID=.;OPOS=103369723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:43:8:8:34:35:0.813953:18:16:2:6:19:16:2:6 chr14 103410811 . G A 130.04 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0171144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.735;QD=8.66916;RBI=0.0260112;REFB=-0.00852098;REVB=-0.0195877;RO=42;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374174;STB=0.522363;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0194377;OID=.;OPOS=103410811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:8:10:22:20:8:10:22:20 chr14 103566785 . C T 1910.36 PASS AF=0.699115;AO=158;DP=226;FAO=158;FDP=226;FR=.;FRO=68;FSAF=74;FSAR=84;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.014274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.461;QD=33.8117;RBI=0.0144158;REFB=-0.0184442;REVB=0.00201701;RO=68;SAF=74;SAR=84;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704479;STB=0.503769;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00729564;OID=.;OPOS=103566785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:68:68:158:158:0.699115:84:74:31:37:84:74:31:37 chr14 103566835 . C G 1868.96 PASS AF=0.701357;AO=154;DP=220;FAO=155;FDP=221;FR=.;FRO=66;FSAF=75;FSAR=80;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0213081;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.828;QD=33.8273;RBI=0.0312067;REFB=-0.020966;REVB=-0.0227995;RO=66;SAF=74;SAR=80;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316444;STB=0.517844;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00765876;OID=.;OPOS=103566835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:66:66:154:155:0.701357:80:74:28:38:80:75:28:38 chr14 103566904 . G A 387.05 PASS AF=0.280423;AO=53;DP=190;FAO=53;FDP=189;FR=.;FRO=136;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=72;FSRR=64;FWDB=0.00298321;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.476;QD=8.19161;RBI=0.00804737;REFB=-0.000769337;REVB=0.00747399;RO=133;SAF=25;SAR=28;SRF=69;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572978;STB=0.541452;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00215798;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:133:136:53:53:0.280423:28:25:69:64:28:25:72:64 chr14 103568614 . T A 2861.93 PASS AF=0.713415;AO=226;DP=335;FAO=234;FDP=328;FR=.;FRO=94;FSAF=129;FSAR=105;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.00328047;FXX=0.0324474;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.987;QD=34.9015;RBI=0.047468;REFB=-0.00785146;REVB=0.0473545;RO=91;SAF=129;SAR=97;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830169;STB=0.542211;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00268337;OID=.;OPOS=103568614;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:328:91:94:226:234:0.713415:97:129:38:53:105:129:38:56 chr14 103568729 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9437;QD=54.5162;RBI=0.0336164;REFB=0;REVB=0.00180518;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000595458;OID=.;OPOS=103568729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr14 103568981 . A C 1460.38 PASS AF=0.731707;AO=101;DP=166;FAO=120;FDP=164;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=47;FSAR=73;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0153994;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.381;QD=35.6191;RBI=0.0176417;REFB=-0.00956867;REVB=0.00860742;RO=44;SAF=31;SAR=70;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659252;STB=0.511246;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00417898;OID=.;OPOS=103568981;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:44:44:101:120:0.731707:70:31:18:26:73:47:19:25 chr14 103576395 . G A 598.32 PASS AF=0.254237;AO=90;DP=356;FAO=90;FDP=354;FR=.;FRO=264;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=144;FSRR=120;FWDB=0.0224227;FXX=0.00561782;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3245;QD=6.76064;RBI=0.0925625;REFB=-0.00781776;REVB=0.0898055;RO=264;SAF=48;SAR=42;SRF=144;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153093;STB=0.509089;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0250595;OID=.;OPOS=103576395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:354:264:264:90:90:0.254237:42:48:144:120:42:48:144:120 chr14 103576415 . A G 4847.12 PASS AF=1;AO=308;DP=309;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493959;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8022;QD=62.3424;RBI=0.0377627;REFB=-0.0770942;REVB=0.0374382;RO=0;SAF=143;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174026;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:309:311:0:0:308:311:1:165:143:0:0:166:145:0:0 chr14 103576443 . TC CG 583.83 PASS AF=0.272727;AO=81;DP=297;FAO=81;FDP=297;FR=.;FRO=216;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=93;FSRR=123;FWDB=0.011969;FXX=0.00668874;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.397;QD=7.86304;RBI=0.0130432;REFB=-0.00885839;REVB=-0.00518341;RO=214;SAF=35;SAR=46;SRF=93;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00311699;STB=0.501143;STBP=0.98;TYPE=mnp;VARB=0.0226848;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:214:216:81:81:0.272727:46:35:93:121:46:35:93:123 chr14 103576775 . C T 168.7 PASS AF=0.242718;AO=25;DP=103;FAO=25;FDP=103;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.00560926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.417;QD=6.55148;RBI=0.0108878;REFB=-0.00791633;REVB=-0.00933164;RO=75;SAF=14;SAR=11;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661625;STB=0.555166;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0225042;OID=.;OPOS=103576775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:75:78:25:25:0.242718:11:14:38:37:11:14:38:40 chr14 103602278 . A G 571.52 PASS AF=0.761905;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0130938;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.204;QD=36.2868;RBI=0.0137177;REFB=-0.0144685;REVB=0.00409022;RO=14;SAF=28;SAR=20;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00513697;STB=0.504085;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00342857;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:63:63:14:15:48:48:0.761905:20:28:8:6:20:28:9:6 chr14 103808153 . A G 1576.9 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247301;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.739;QD=60.0725;RBI=0.025031;REFB=0;REVB=-0.00386963;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33662e-05;OID=.;OPOS=103808153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:44:61:0:0:44:61:0:0 chr14 103808199 . T TAAAC 485.51 PASS AF=0.666667;AO=41;DP=68;FAO=44;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0325513;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=4;MLLD=242.516;QD=29.4246;RBI=0.0329983;REFB=0.0007588;REVB=-0.00541297;RO=23;SAF=22;SAR=19;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136028;STB=0.570785;STBP=0.137;TYPE=ins;VARB=-0.000415526;OID=.;OPOS=103808200;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:41:68:44:66:22:25:19:17:5:99:23:22:19:17:6 chr14 103808471 . C T 30.03 PASS AF=0.1875;AO=3;DP=36;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0366176;FXX=0.179441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.276;QD=3.75373;RBI=0.0372234;REFB=-0.000682008;REVB=0.00668815;RO=31;SAF=1;SAR=2;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313795;STB=0.562295;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.137775;OID=.;OPOS=103808471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:36:32:31:26:3:6:0.1875:2:1:20:11:3:3:15:11 chr14 103808472 . C T 351.52 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0122599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4141;QD=39.0574;RBI=0.0451593;REFB=-0.0275878;REVB=-0.0434633;RO=6;SAF=18;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401586;STB=0.510114;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0427065;OID=.;OPOS=103808472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:36:36:6:7:29:29:0.805556:11:18:3:3:11:18:4:3 chr14 103852725 . C T 1989.26 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.945;QD=62.1645;RBI=0.0705479;REFB=0;REVB=-0.00175928;RO=0;SAF=66;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45088e-05;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:62:66:0:0:62:66:0:0 chr14 103934488 . T C 2127.85 PASS AF=0.992701;AO=137;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00160933;FXX=0.00724585;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.925;QD=62.1269;RBI=0.0118235;REFB=0.00620668;REVB=-0.0117134;RO=1;SAF=69;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684033;STB=0.503597;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-1.06166e-05;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:137:1:1:137:136:0.992701:68:69:1:0:67:69:1:0 chr14 103969909 . A G 1041.47 PASS AF=0.713115;AO=87;DP=122;FAO=87;FDP=122;FR=.;FRO=35;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0303013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.799;QD=34.1465;RBI=0.0303126;REFB=-0.0150095;REVB=-0.000829112;RO=35;SAF=39;SAR=48;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573776;STB=0.530758;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00675345;OID=.;OPOS=103969909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:35:35:87:87:0.713115:48:39:12:23:48:39:12:23 chr14 103986255 . C T 2841.02 PASS AF=1;AO=179;DP=181;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287043;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.861;QD=63.1337;RBI=0.0449883;REFB=0;REVB=0.0346411;RO=0;SAF=92;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70667e-05;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:180:0:0:179:180:1:87:92:0:0:87:93:0:0 chr14 103988180 . G T 601.32 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0440209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.414;QD=58.6654;RBI=0.0527862;REFB=-0.134742;REVB=0.0291298;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00434058;OID=.;OPOS=103988180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:1:0:21:19:1:0 chr14 103996396 . G A 1983.88 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0482043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.903;QD=59.6654;RBI=0.0498761;REFB=-0.0957995;REVB=0.0128051;RO=2;SAF=57;SAR=73;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179874;STB=0.505219;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000625159;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:133:2:3:130:130:0.977444:73:57:1:1:73:57:2:1 chr14 104001517 . G A 165.55 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=7;FWDB=-0.0232392;FXX=0.0266631;HRUN=6;LEN=1;MLLD=179.998;QD=9.07131;RBI=0.0506044;REFB=-0.0264442;REVB=-0.0449527;RO=32;SAF=15;SAR=6;SRF=27;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183959;STB=0.636763;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0438721;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:32:49:21:21:0.287671:6:15:27:5:6:15:42:7 chr14 104178442 . ACAG ACAGGCCCGGCGTGGA,TGGA 571.55 PASS AF=0.534653,0.049505;AO=44,5;DP=112;FAO=54,5;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=25,5;FSAR=29,0;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00180051,-0.0203991;FXX=0.00980296;HRUN=2,1;LEN=12,4;MLLD=479.192,152.6;QD=22.6357;RBI=0.00494523,0.0377987;REFB=-0.0191231,-0.0100593;REVB=-0.00460581,0.0318217;RO=51;SAF=24,5;SAR=20,0;SRF=31;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0609342,0.537523;STB=0.516248,0.997794;STBP=0.725,0.014;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0153156,0.0102808;OID=.,.;OPOS=104178446,104178442;OREF=-,ACAG;OALT=GCCCGGCGTGGA,TGGA;OMAPALT=ACAGGCCCGGCGTGGA,TGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:101:51:42:44,5:54,5:0.534653,0.049505:20,0:24,5:31:20:29,0:25,5:21:21 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 50.0 PASS AO=43;DP=125;LEN=12;RO=82;SAF=25;SAR=29;SRF=38;SRR=33;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:125:82:43:29:25:38:33 chr14 104194196 . C G 2968.28 PASS AF=0.682192;AO=249;DP=363;FAO=249;FDP=365;FR=.;FRO=116;FSAF=134;FSAR=115;FSRF=76;FSRR=40;FWDB=0.0141856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.489;QD=32.5291;RBI=0.0321384;REFB=-0.0243126;REVB=0.0288383;RO=112;SAF=134;SAR=115;SRF=74;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720184;STB=0.537619;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00938662;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:365:112:116:249:249:0.682192:115:134:74:38:115:134:76:40 chr14 104201549 . C T 1438.03 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6555;QD=61.8507;RBI=0.0398102;REFB=-0.000736387;REVB=0.0376851;RO=1;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886129;STB=0.504672;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000254589;OID=.;OPOS=104201549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:53:39:0:1:53:39:0:1 chr14 104208286 . G T 1436.57 PASS AF=0.701754;AO=120;DP=171;FAO=120;FDP=171;FR=.;FRO=51;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0167754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.332;QD=33.6039;RBI=0.0168114;REFB=-0.00683801;REVB=-0.00109887;RO=48;SAF=58;SAR=62;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133674;STB=0.509664;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00330475;OID=.;OPOS=104208286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:48:51:120:120:0.701754:62:58:22:26:62:58:23:28 chr14 104429453 . A G 1943.88 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.674;QD=61.7103;RBI=0.017107;REFB=0;REVB=0.0168896;RO=0;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137226;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:124:126:1:59:65:0:0:61:65:0:0 chr14 104465037 . T C 1244.33 PASS AF=0.965116;AO=81;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0184589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6038;QD=57.876;RBI=0.0589234;REFB=0.000483076;REVB=0.0559575;RO=3;SAF=39;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350356;STB=0.518068;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000318765;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:3:3:81:83:0.965116:42:39:3:0:43:40:3:0 chr14 104480071 . G A 645.67 PASS AF=0.658824;AO=55;DP=84;FAO=56;FDP=85;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=-0.0188664;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4433;QD=30.3843;RBI=0.0201879;REFB=0.0145389;REVB=-0.00718404;RO=28;SAF=14;SAR=41;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130096;STB=0.571405;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00515622;OID=.;OPOS=104480071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:28:29:55:56:0.658824:41:14:3:25:42:14:3:26 chr14 104480201 . C A 1696.77 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00906792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5822;QD=59.5358;RBI=0.0126858;REFB=-0.121834;REVB=0.0088715;RO=1;SAF=43;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673549;STB=0.503545;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00065737;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:70:43:0:1:70:43:0:1 chr14 104559552 . G C 837.39 PASS AF=0.672727;AO=74;DP=109;FAO=74;FDP=110;FR=.;FRO=36;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0252343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.469;QD=30.4505;RBI=0.0267965;REFB=-0.0241791;REVB=-0.00901561;RO=35;SAF=42;SAR=32;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663415;STB=0.540583;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0109831;OID=.;OPOS=104559552;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:35:36:74:74:0.672727:32:42:16:19:32:42:16:20 chr14 104559623 . T C 3294.08 PASS AF=0.990741;AO=213;DP=215;FAO=214;FDP=216;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.048249;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.628;QD=61.0015;RBI=0.0793437;REFB=-0.0349514;REVB=0.0629877;RO=0;SAF=103;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73851e-08;STB=0.504464;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000821953;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:215:216:0:2:213:214:0.990741:110:103:0:0:111:103:0:2 chr14 104559852 . T C 1142.94 PASS AF=0.703704;AO=95;DP=135;FAO=95;FDP=135;FR=.;FRO=40;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0406348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5566;QD=33.865;RBI=0.0473486;REFB=-0.0271933;REVB=-0.0243045;RO=39;SAF=54;SAR=41;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724822;STB=0.54279;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0105487;OID=.;OPOS=104559852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:39:40:95:95:0.703704:41:54:17:22:41:54:17:23 chr14 104559919 . T C 767.96 PASS AF=0.663462;AO=69;DP=104;FAO=69;FDP=104;FR=.;FRO=35;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.032784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.729;QD=29.537;RBI=0.0367854;REFB=-0.00495455;REVB=-0.0166845;RO=35;SAF=41;SAR=28;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869133;STB=0.546963;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0105264;OID=.;OPOS=104559919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:35:35:69:69:0.663462:28:41:16:19:28:41:16:19 chr14 104559922 . C G 743.53 PASS AF=0.663366;AO=66;DP=101;FAO=67;FDP=101;FR=.;FRO=34;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00447451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.989;QD=29.4466;RBI=0.00465489;REFB=-0.00920867;REVB=-0.00128328;RO=33;SAF=39;SAR=27;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104113;STB=0.553367;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00597381;OID=.;OPOS=104559922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:33:34:66:67:0.663366:27:39:14:19:27:40:15:19 chr14 104563932 . G T 2007.07 PASS AF=0.757009;AO=148;DP=205;FAO=162;FDP=214;FR=.;FRO=52;FSAF=72;FSAR=90;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=0.00859502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.93;QD=37.5152;RBI=0.0100806;REFB=-0.00791009;REVB=-0.00526727;RO=53;SAF=60;SAR=88;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073558;STB=0.543519;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00163825;OID=.;OPOS=104563932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:214:53:52:148:162:0.757009:88:60:14:39:90:72:14:38 chr14 104571054 . C G 390.3 PASS AF=0.213115;AO=65;DP=305;FAO=65;FDP=305;FR=.;FRO=240;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=116;FSRR=124;FWDB=0.0193447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9241;QD=5.11871;RBI=0.0366113;REFB=0.00292813;REVB=-0.0310832;RO=240;SAF=30;SAR=35;SRF=116;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280634;STB=0.517201;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.0112595;OID=.;OPOS=104571054;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:240:240:65:65:0.213115:35:30:116:124:35:30:116:124 chr14 104633266 . G A 162.37 PASS AF=0.235849;AO=25;DP=106;FAO=25;FDP=106;FR=.;FRO=81;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=61;FWDB=-0.0159236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0632;QD=6.12715;RBI=0.0159236;REFB=0.00352796;REVB=-1.33121e-05;RO=81;SAF=2;SAR=23;SRF=20;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388358;STB=0.750482;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0177752;OID=.;OPOS=104633266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:81:81:25:25:0.235849:23:2:20:61:23:2:20:61 chr14 104641612 . T C 2177.4 PASS AF=0.753247;AO=165;DP=227;FAO=174;FDP=231;FR=.;FRO=57;FSAF=62;FSAR=112;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00390989;FXX=0.00858332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.421;QD=37.7039;RBI=0.00561731;REFB=-0.0323658;REVB=0.00403323;RO=52;SAF=57;SAR=108;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193577;STB=0.507936;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00758259;OID=.;OPOS=104641612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:231:52:57:165:174:0.753247:108:57:20:32:112:62:22:35 chr14 104642341 . A G 3570.87 PASS AF=0.788571;AO=274;DP=350;FAO=276;FDP=350;FR=.;FRO=74;FSAF=51;FSAR=225;FSRF=16;FSRR=58;FWDB=0.00163085;FXX=0.00568166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.681;QD=40.81;RBI=0.0016383;REFB=-0.0218174;REVB=0.00015601;RO=76;SAF=50;SAR=224;SRF=16;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189758;STB=0.510878;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00571241;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:350:76:74:274:276:0.788571:224:50:16:60:225:51:16:58 chr14 104642422 . A G 968.03 PASS AF=0.75;AO=76;DP=103;FAO=81;FDP=108;FR=.;FRO=27;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0200758;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.39;QD=35.8529;RBI=0.0205438;REFB=-0.0167114;REVB=-0.00436022;RO=26;SAF=47;SAR=29;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774413;STB=0.534454;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00419398;OID=.;OPOS=104642422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:108:26:27:76:81:0.75:29:47:12:14:34:47:12:15 chr14 104643270 . C T 288.22 PASS AF=0.288889;AO=39;DP=135;FAO=39;FDP=135;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=73;FWDB=-0.0161422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.248;QD=8.53981;RBI=0.0161643;REFB=-0.0163302;REVB=0.000844798;RO=96;SAF=8;SAR=31;SRF=23;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607047;STB=0.535954;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0343946;OID=.;OPOS=104643270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:96:96:39:39:0.288889:31:8:23:73:31:8:23:73 chr14 104643409 . A G 470.25 PASS AF=0.833333;AO=35;DP=42;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0353145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.705;QD=44.7858;RBI=0.0368074;REFB=-0.078767;REVB=-0.0103761;RO=7;SAF=18;SAR=17;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620872;STB=0.533405;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0170404;OID=.;OPOS=104643409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:7:7:35:35:0.833333:17:18:5:2:17:18:5:2 chr14 104644147 . C T 403.72 PASS AF=0.744186;AO=32;DP=43;FAO=32;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0593448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0628;QD=37.5549;RBI=0.0593738;REFB=-0.0321447;REVB=0.0018555;RO=11;SAF=23;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960806;STB=0.552282;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0241318;OID=.;OPOS=104644147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:11:11:32:32:0.744186:9:23:6:5:9:23:6:5 chr14 104646448 . G A 1511.19 PASS AF=1;AO=99;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299256;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.402;QD=58.687;RBI=0.144611;REFB=-0.121234;REVB=0.141481;RO=3;SAF=36;SAR=63;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002066;OID=.;OPOS=104646448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:103:3:0:99:103:1:63:36:0:3:66:37:0:0 chr14 104710651 . C T 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0225964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7272;QD=28.9913;RBI=0.0337547;REFB=0.0453407;REVB=0.0250755;RO=14;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667754;STB=0.536812;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.0274234;OID=.;OPOS=104710651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:10:15:7:7:10:15:7:7 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 962.28 PASS AF=0.444444;AO=97;DP=196;FAO=104;FDP=234;FR=.;FRO=130;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=78;FSRR=52;FWDB=0.0192818;FXX=0.0750958;HRUN=1;LEN=9;MLLD=261.93;QD=16.4493;RBI=0.0332747;REFB=-0.0240663;REVB=0.0271187;RO=51;SAF=50;SAR=47;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00893054;STB=0.555545;STBP=0.127;TYPE=del;VARB=0.0284597;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:97:196:104:234:130:52:52:78:52:99:51:50:47:27:24 chr14 105058498 . A G 75.16 PASS AF=0.16092;AO=14;DP=87;FAO=14;FDP=87;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0635215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.777;QD=3.45542;RBI=0.0638478;REFB=-0.00675261;REVB=0.00644658;RO=73;SAF=3;SAR=11;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309324;STB=0.711318;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0290396;OID=.;OPOS=105058498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:87:87:73:73:14:14:0.16092:11:3:32:41:11:3:32:41 chr14 105070791 . G T 93.06 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.0300609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.415;QD=4.32847;RBI=0.0311408;REFB=-0.00524965;REVB=0.00812969;RO=70;SAF=4;SAR=12;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177003;STB=0.616283;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0300366;OID=.;OPOS=105070791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:86:86:70:70:16:16:0.186047:12:4:26:44:12:4:26:44 chr14 105071055 . G A 855.22 PASS AF=0.711538;AO=71;DP=101;FAO=74;FDP=104;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0670852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5703;QD=32.8932;RBI=0.0671122;REFB=-0.00694267;REVB=-0.00190285;RO=29;SAF=20;SAR=51;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511264;STB=0.534518;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00287281;OID=.;OPOS=105071055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:29:30:71:74:0.711538:51:20:6:23:52:22:6:24 chr14 105150467 . G A 435.3 PASS AF=0.677966;AO=40;DP=59;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0254472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7367;QD=29.5118;RBI=0.0289567;REFB=-0.00590698;REVB=0.0138177;RO=19;SAF=12;SAR=28;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821349;STB=0.544724;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00336584;OID=.;OPOS=105150467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:19:40:40:0.677966:28:12:8:11:28:12:8:11 chr14 105167807 . C T 2526.62 PASS AF=0.971098;AO=168;DP=174;FAO=168;FDP=173;FR=.;FRO=5;FSAF=74;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0168464;FXX=0.0057468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.695;QD=58.419;RBI=0.017542;REFB=-0.0567277;REVB=0.00489086;RO=2;SAF=74;SAR=94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0013517;STB=0.501187;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=6.71875e-05;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:174:173:2:5:168:168:0.971098:94:74:1:1:94:74:2:3 chr14 105170222 . G A 754.04 PASS AF=0.704545;AO=62;DP=88;FAO=62;FDP=88;FR=.;FRO=26;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00779115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.313;QD=34.2747;RBI=0.00794637;REFB=-0.00296325;REVB=-0.00156292;RO=26;SAF=36;SAR=26;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450311;STB=0.524264;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00105493;OID=.;OPOS=105170222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:26:26:62:62:0.704545:26:36:13:13:26:36:13:13 chr14 105173831 . G T 147.62 PASS AF=0.218182;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=110;FR=.;FRO=86;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.00291202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.433;QD=5.36812;RBI=0.00308167;REFB=0.00105919;REVB=-0.00100839;RO=86;SAF=4;SAR=20;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424556;STB=0.768982;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00273951;OID=.;OPOS=105173831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:86:86:24:24:0.218182:20:4:40:46:20:4:40:46 chr14 105177351 . CA C,CG 3241.49 PASS AF=1,0;AO=192,20;DP=216;FAO=216,0;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=109,0;FSAR=107,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226788,0.00846052;FXX=0.00460808;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.1313,63.5661;QD=60.0277;RBI=0.00413419,0.0102434;REFB=0,0;REVB=-0.00345662,-0.00577462;RO=0;SAF=107,1;SAR=85,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.97126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00043197,-0.0300215;OID=.,.;OPOS=105177352,105177352;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:192,20:216:216,0:216:0:109,0:107,0:0:0:18:0:107,1:85,19:0:0 chr14 105179194 . T C 3133.68 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.658;QD=61.7475;RBI=0.0485392;REFB=0;REVB=0.0485208;RO=0;SAF=108;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69389e-05;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:203:0:0:203:203:1:95:108:0:0:95:108:0:0 chr14 105180565 . T C 3209.33 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6139;QD=61.4227;RBI=0.0241042;REFB=0;REVB=-0.0113467;RO=0;SAF=78;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10468e-05;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:189:209:0:0:189:209:1:111:78:0:0:112:97:0:0 chr14 105180706 . A C 2390.21 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.959;QD=64.1667;RBI=0.0166711;REFB=0;REVB=-0.0131777;RO=0;SAF=72;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.99898e-07;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:149:0:0:145:149:1:73:72:0:0:74:75:0:0 chr14 105309608 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.927;QD=39.2066;RBI=0.0530485;REFB=0;REVB=-0.0522447;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000668344;OID=.;OPOS=105309608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr14 105309645 . A G 67.86 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0228395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.594;QD=24.6774;RBI=0.0292846;REFB=-0.0343442;REVB=0.0183287;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141139;STB=0.624715;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0042893;OID=.;OPOS=105309645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:11:11:3:2:8:9:0.818182:5:3:2:1:6:3:2:0 chr14 105309966 . G A 635.71 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064139;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.944;QD=62.0205;RBI=0.0730425;REFB=0;REVB=0.0349484;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228638;OID=.;OPOS=105309966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:31:10:0:0:31:10:0:0 chr14 105310163 . G A 94.97 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0157891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8775;QD=5.84457;RBI=0.0177655;REFB=-0.0177506;REVB=0.00814354;RO=48;SAF=7;SAR=8;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408525;STB=0.510274;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0905439;OID=.;OPOS=105310163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:65:65:48:50:15:15:0.230769:8:7:24:24:8:7:24:26 chr14 105310258 . GCCTCCCCTCCCCTCCC GCCTCCCCTCCC,GCCTCCCCTCCCCT 1080.04 PASS AF=1,0;AO=50,11;DP=96;FAO=89,0;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431651,0.0638096;FXX=0.0531858;HRUN=4,4;LEN=5,3;MLLD=155.774,31.7142;QD=48.5413;RBI=0.0511124,0.0644396;REFB=0,0;REVB=0.0273726,0.00898828;RO=0;SAF=19,9;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=8.93026e-05,0;OID=.,.;OPOS=105310259,105310272;OREF=CCTCC,CCC;OALT=-,-;OMAPALT=GCCTCCCCTCCC,GCCTCCCCTCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:50,11:96:89,0:89:0:48,0:41,0:0:0:19:0:19,9:31,2:0:0 chr14 105310498 . T C 1007.64 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5219;QD=59.2732;RBI=0.110914;REFB=0;REVB=-0.0980062;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123327;OID=.;OPOS=105310498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr14 105310677 . T G 699.14 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.48;QD=54.8342;RBI=0.0344892;REFB=0.0306909;REVB=0.00764111;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000382721;OID=.;OPOS=105310677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:0:1:49:50:0.980392:29:20:0:0:29:21:1:0 chr14 105311249 . G A 575.93 PASS AF=0.836735;AO=41;DP=50;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00244209;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.644;QD=47.0144;RBI=0.037545;REFB=-0.0288343;REVB=0.0374655;RO=8;SAF=17;SAR=24;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266013;STB=0.514279;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00504283;OID=.;OPOS=105311249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:50:49:8:8:41:41:0.836735:24:17:4:4:24:17:4:4 chr14 105312054 . A G 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00122657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.534;QD=56.2119;RBI=0.018055;REFB=-0.00631329;REVB=0.0180133;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132969;STB=0.50704;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000131756;OID=.;OPOS=105312054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:35:26:0:1:35:26:0:1 chr14 105312067 . T C 854.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0509666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.184;QD=56.0075;RBI=0.0510717;REFB=0.0644363;REVB=-0.00327452;RO=1;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129304;STB=0.506847;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00102565;OID=.;OPOS=105312067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:36:24:0:1:36:24:0:1 chr14 105344293 . C T 158.97 PASS AF=0.239583;AO=21;DP=94;FAO=23;FDP=96;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0242881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.106;QD=6.62369;RBI=0.0280338;REFB=-0.00154739;REVB=-0.0139993;RO=73;SAF=13;SAR=8;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224202;STB=0.661427;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00838577;OID=.;OPOS=105344293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:73:73:21:23:0.239583:8:13:32:41:8:15:32:41 chr14 105344761 . C T 94.35 PASS AF=0.165049;AO=17;DP=103;FAO=17;FDP=103;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.0179694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.528;QD=3.66412;RBI=0.0360318;REFB=-0.0123189;REVB=-0.0312312;RO=86;SAF=5;SAR=12;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225544;STB=0.650419;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0458596;OID=.;OPOS=105344761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:103:103:86:86:17:17:0.165049:12:5:40:46:12:5:40:46 chr14 105344823 . G A 865.14 PASS AF=0.788235;AO=67;DP=85;FAO=67;FDP=85;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0158528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.744;QD=40.7122;RBI=0.0236867;REFB=-0.0230158;REVB=0.0175997;RO=18;SAF=27;SAR=40;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521145;STB=0.527841;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00604961;OID=.;OPOS=105344823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:18:18:67:67:0.788235:40:27:5:13:40:27:5:13 chr14 105346632 . G A 433.08 PASS AF=0.735849;AO=30;DP=52;FAO=39;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.115377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.409;QD=32.6854;RBI=0.115652;REFB=-0.141239;REVB=-0.00797266;RO=12;SAF=7;SAR=23;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221665;STB=0.551973;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00932015;OID=.;OPOS=105346632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:52:53:12:13:30:39:0.735849:23:7:7:5:23:16:8:5 chr14 105349388 . A C 1191.88 PASS AF=1;AO=63;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.928;QD=60.3483;RBI=0.118699;REFB=0;REVB=0.00649621;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152016;OID=.;OPOS=105349388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:63:79:1:39:24:0:0:39:40:0:0 chr14 105350355 . A G 195.06 PASS AF=0.195402;AO=34;DP=175;FAO=34;FDP=174;FR=.;FRO=140;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=69;FWDB=0.0119435;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.985;QD=4.48407;RBI=0.0121108;REFB=0.00162322;REVB=0.00200625;RO=133;SAF=25;SAR=9;SRF=67;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308138;STB=0.692846;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00585299;OID=.;OPOS=105350355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:133:140:34:34:0.195402:9:25:67:66:9:25:71:69 chr14 105350799 . C T 92.75 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9911;QD=37.0989;RBI=0.149643;REFB=0;REVB=0.0764119;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00458734;OID=.;OPOS=105350799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:8:10:1:6:2:0:0:8:2:0:0 chr14 105350868 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.646;QD=51.1846;RBI=0.00612495;REFB=0;REVB=0.00593347;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55633e-05;OID=.;OPOS=105350868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr14 105352884 . CGCAGGA C 104.62 PASS AF=0.172414;AO=17;DP=129;FAO=20;FDP=116;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.0191683;FXX=0.100767;HRUN=1;LEN=6;MLLD=245.056;QD=3.60743;RBI=0.0193046;REFB=-0.00511701;REVB=0.0022897;RO=91;SAF=9;SAR=8;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716288;STB=0.568898;STBP=0.535;TYPE=del;VARB=0.0204681;OID=.;OPOS=105352885;OREF=GCAGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.172414:17:129:20:116:96:10:10:40:56:99:91:9:8:43:48 chr14 105354293 . A G 1840.93 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00506422;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.827;QD=60.8573;RBI=0.0408928;REFB=0;REVB=0.040578;RO=0;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102799;OID=.;OPOS=105354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:121:0:0:111:121:1:44:67:0:0:53:68:0:0 chr14 105361424 . G A 1598.93 PASS AF=0.732955;AO=129;DP=176;FAO=129;FDP=176;FR=.;FRO=47;FSAF=46;FSAR=83;FSRF=7;FSRR=40;FWDB=0.00354533;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.809;QD=36.3393;RBI=0.0144712;REFB=-0.0281146;REVB=0.0140302;RO=46;SAF=46;SAR=83;SRF=6;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126422;STB=0.562584;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00819442;OID=.;OPOS=105361424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:46:47:129:129:0.732955:83:46:6:40:83:46:7:40 chr14 105361934 . T C,G 1129.17 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=71,4;DP=75;FAO=72,4;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=34,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517316,0.0368427;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.798,151.401;QD=59.4298;RBI=0.0531173,0.0385193;REFB=0,0;REVB=0.0120535,0.0112406;RO=0;SAF=37,0;SAR=34,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.12261e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00154421,0.0608899;OID=.,.;OPOS=105361934,105361934;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:75:76:0:0:71,4:72,4:0.947368,0.0526316:34,4:37,0:0:0:34,4:38,0:0:0 chr14 105393556 . G C 231.64 PASS AF=0.263566;AO=34;DP=129;FAO=34;FDP=129;FR=.;FRO=95;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=0.0421455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0223;QD=7.18251;RBI=0.0423426;REFB=-0.0152048;REVB=0.00408035;RO=94;SAF=16;SAR=18;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14026;STB=0.579283;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0290749;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:94:95:34:34:0.263566:18:16:55:39:18:16:55:40 chr14 105398392 . G A 746.81 PASS AF=0.688889;AO=61;DP=89;FAO=62;FDP=90;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=26;FWDB=0.0100799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.285;QD=33.1915;RBI=0.0259635;REFB=-0.0416978;REVB=0.023927;RO=28;SAF=12;SAR=49;SRF=2;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12584;STB=0.565737;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0137207;OID=.;OPOS=105398392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:28:28:61:62:0.688889:49:12:2:26:50:12:2:26 chr14 105404014 . G A 795.84 PASS AF=0.847222;AO=61;DP=72;FAO=61;FDP=72;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0429745;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.609;QD=44.2135;RBI=0.0446507;REFB=-0.0244404;REVB=0.0121194;RO=11;SAF=25;SAR=36;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131998;STB=0.50704;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00262299;OID=.;OPOS=105404014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:72:72:11:11:61:61:0.847222:36:25:5:6:36:25:5:6 chr14 105405599 . G C 777.11 PASS AF=0.724138;AO=63;DP=87;FAO=63;FDP=87;FR=.;FRO=24;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00615741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.387;QD=35.7294;RBI=0.0135037;REFB=-0.0241013;REVB=0.0120182;RO=24;SAF=32;SAR=31;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816044;STB=0.543846;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00710387;OID=.;OPOS=105405599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:24:24:63:63:0.724138:31:32:16:8:31:32:16:8 chr14 105405942 . G A 631.87 PASS AF=0.639535;AO=53;DP=84;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0499136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.645;QD=29.3893;RBI=0.0509347;REFB=-0.0419403;REVB=-0.0101473;RO=31;SAF=22;SAR=31;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134786;STB=0.563613;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0249086;OID=.;OPOS=105405942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:31:31:53:55:0.639535:31:22:19:12:31:24:19:12 chr14 105406238 . A C 378.97 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00875565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.631;QD=33.6863;RBI=0.0105168;REFB=-0.00435847;REVB=-0.00582587;RO=14;SAF=16;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498776;STB=0.527203;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00156203;OID=.;OPOS=105406238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:15:16:6:8:15:16:6:8 chr14 105406848 . G A 135.31 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.000165695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.729;QD=8.32687;RBI=0.0322851;REFB=-0.00830426;REVB=-0.0322847;RO=46;SAF=13;SAR=6;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150885;STB=0.59081;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0184259;OID=.;OPOS=105406848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:6:13:26:20:6:13:26:20 chr14 105407031 . A G 564.85 PASS AF=0.869565;AO=40;DP=46;FAO=40;FDP=46;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0224588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.818;QD=49.1171;RBI=0.049039;REFB=-0.0371535;REVB=0.0435939;RO=6;SAF=20;SAR=20;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405576;STB=0.521728;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00513749;OID=.;OPOS=105407031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:6:6:40:40:0.869565:20:20:4:2:20:20:4:2 chr14 105407208 . T C 324.35 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00703245;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6572;QD=28.204;RBI=0.0527538;REFB=-0.00596368;REVB=0.0522829;RO=18;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181755;STB=0.59993;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00374954;OID=.;OPOS=105407208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:18:18:28:28:0.608696:15:13:13:5:15:13:13:5 chr14 105407327 . G A 351.09 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0333543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4092;QD=34.2526;RBI=0.0382877;REFB=0.024668;REVB=0.0188;RO=12;SAF=19;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891375;STB=0.548702;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00888485;OID=.;OPOS=105407327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:10:19:6:6:10:19:6:6 chr14 105407525 . G A 578.21 PASS AF=0.753846;AO=49;DP=65;FAO=49;FDP=65;FR=.;FRO=16;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00873981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7899;QD=35.5822;RBI=0.0380459;REFB=-0.0202566;REVB=-0.0370284;RO=16;SAF=29;SAR=20;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128756;STB=0.569319;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00611388;OID=.;OPOS=105407525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:16:16:49:49:0.753846:20:29:5:11:20:29:5:11 chr14 105407798 . T C 391.0 PASS AF=0.833333;AO=30;DP=37;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00632056;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.458;QD=43.4439;RBI=0.0183411;REFB=0.0160299;REVB=0.0172176;RO=6;SAF=20;SAR=10;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591693;STB=0.531894;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00194696;OID=.;OPOS=105407798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:37:36:6:6:30:30:0.833333:10:20:5:1:10:20:5:1 chr14 105408030 . A G 806.21 PASS AF=0.837838;AO=61;DP=74;FAO=62;FDP=74;FR=.;FRO=12;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.005722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.685;QD=43.5791;RBI=0.0113398;REFB=-0.00551967;REVB=-0.00979024;RO=12;SAF=29;SAR=32;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844079;STB=0.545677;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00137635;OID=.;OPOS=105408030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:12:12:61:62:0.837838:32:29:9:3:33:29:9:3 chr14 105408315 . T C 1390.03 PASS AF=0.731544;AO=109;DP=150;FAO=109;FDP=149;FR=.;FRO=40;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00501517;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.405;QD=37.3164;RBI=0.0116302;REFB=-0.0108363;REVB=-0.0104933;RO=40;SAF=48;SAR=61;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302427;STB=0.516174;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00617679;OID=.;OPOS=105408315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:40:40:109:109:0.731544:61:48:20:20:61:48:20:20 chr14 105408811 . A G 670.27 PASS AF=0.623656;AO=57;DP=94;FAO=58;FDP=93;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0157273;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4797;QD=28.8286;RBI=0.0317043;REFB=-0.0252431;REVB=-0.0275284;RO=35;SAF=32;SAR=25;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093161;STB=0.553054;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0142639;OID=.;OPOS=105408811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:35:35:57:58:0.623656:25:32:15:20:25:33:15:20 chr14 105408827 . A C 656.04 PASS AF=0.585859;AO=58;DP=99;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0761549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1776;QD=26.5065;RBI=0.0772788;REFB=-0.0287233;REVB=-0.0131318;RO=41;SAF=29;SAR=29;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00925366;STB=0.505049;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0242763;OID=.;OPOS=105408827;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:41:41:58:58:0.585859:29:29:20:21:29:29:20:21 chr14 105408955 . A G 804.05 PASS AF=0.714286;AO=65;DP=91;FAO=65;FDP=91;FR=.;FRO=26;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00797191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.536;QD=35.3429;RBI=0.0344422;REFB=-0.0236488;REVB=-0.0335069;RO=26;SAF=41;SAR=24;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729321;STB=0.53927;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00925421;OID=.;OPOS=105408955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:26:26:65:65:0.714286:24:41:13:13:24:41:13:13 chr14 105409959 . G T 1944.85 PASS AF=0.757143;AO=152;DP=205;FAO=159;FDP=210;FR=.;FRO=51;FSAF=84;FSAR=75;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=0.0729699;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3217;QD=37.0448;RBI=0.075117;REFB=-0.0510387;REVB=0.0178314;RO=53;SAF=79;SAR=73;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1055;STB=0.548299;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0173992;OID=.;OPOS=105409959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:210:53:51:152:159:0.757143:73:79:39:14:75:84:37:14 chr14 105410183 . T C 608.99 PASS AF=0.693333;AO=52;DP=77;FAO=52;FDP=75;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0390176;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.949;QD=32.4794;RBI=0.0446018;REFB=-0.0118247;REVB=0.0216091;RO=23;SAF=25;SAR=27;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970461;STB=0.55241;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00610576;OID=.;OPOS=105410183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:23:23:52:52:0.693333:27:25:15:8:27:25:15:8 chr14 105410411 . C T 529.75 PASS AF=0.555556;AO=49;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00816252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.452;QD=23.5445;RBI=0.0154927;REFB=0.00521862;REVB=-0.0131681;RO=39;SAF=27;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517565;STB=0.528929;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00317399;OID=.;OPOS=105410411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:40:49:50:0.555556:22:27:19:20:23:27:19:21 chr14 105410775 . A G 497.33 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0151446;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.939;QD=26.175;RBI=0.0151762;REFB=0.0015976;REVB=0.000979373;RO=30;SAF=24;SAR=22;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130128;STB=0.570904;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00117157;OID=.;OPOS=105410775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:30:30:46:46:0.605263:22:24:21:9:22:24:21:9 chr14 105410827 . C T 625.69 PASS AF=0.625;AO=55;DP=88;FAO=55;FDP=88;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00306975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.377;QD=28.4406;RBI=0.0093335;REFB=-0.00284824;REVB=0.00881424;RO=33;SAF=31;SAR=24;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116865;STB=0.563358;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00180638;OID=.;OPOS=105410827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:33:33:55:55:0.625:24:31:24:9:24:31:24:9 chr14 105411162 . C T 498.41 PASS AF=0.671642;AO=44;DP=68;FAO=45;FDP=67;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0130827;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.132;QD=29.7557;RBI=0.0188901;REFB=-0.0309293;REVB=0.0136264;RO=22;SAF=24;SAR=20;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280419;STB=0.518386;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0139686;OID=.;OPOS=105411162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:22:22:44:45:0.671642:20:24:11:11:20:25:11:11 chr14 105411700 . A G 1081.32 PASS AF=0.758621;AO=88;DP=116;FAO=88;FDP=116;FR=.;FRO=28;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00575225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6104;QD=37.2868;RBI=0.027034;REFB=-0.0441955;REVB=-0.026415;RO=28;SAF=34;SAR=54;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367512;STB=0.519652;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0191494;OID=.;OPOS=105411700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:28:28:88:88:0.758621:54:34:13:15:54:34:13:15 chr14 105411781 . G A 1098.44 PASS AF=0.737705;AO=89;DP=121;FAO=90;FDP=122;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0302644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2527;QD=36.0145;RBI=0.0464317;REFB=-0.0169425;REVB=0.0352132;RO=32;SAF=34;SAR=55;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921069;STB=0.550253;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00797606;OID=.;OPOS=105411781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:32:32:89:90:0.737705:55:34:18:14:56:34:18:14 chr14 105412066 . C T 37.36 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0223426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2351;QD=2.13509;RBI=0.030987;REFB=-0.00699994;REVB=-0.021471;RO=61;SAF=2;SAR=6;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260422;STB=0.691801;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0255157;OID=.;OPOS=105412066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:61:62:8:8:0.114286:6:2:28:33:6:2:28:34 chr14 105412259 . GG CC 1169.07 PASS AF=0.746032;AO=94;DP=127;FAO=94;FDP=126;FR=.;FRO=32;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00746092;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=2;MLLD=102.853;QD=37.1132;RBI=0.00913252;REFB=-0.0028943;REVB=-0.00526665;RO=32;SAF=43;SAR=51;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203159;STB=0.510864;STBP=0.696;TYPE=mnp;VARB=0.00115411;OID=.;OPOS=105412259;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:32:32:94:94:0.746032:51:43:16:16:51:43:16:16 chr14 105412541 . CA TG 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.011702;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=301.995;QD=15.1962;RBI=0.0146775;REFB=-0.00325622;REVB=0.00885957;RO=26;SAF=3;SAR=15;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212837;STB=0.624844;STBP=0.226;TYPE=mnp;VARB=0.00534017;OID=.;OPOS=105412541;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:15:3:8:18:15:3:8:18 chr14 105413142 . TG CA 37.43 PASS AF=0.0852713;AO=11;DP=131;FAO=11;FDP=129;FR=.;FRO=118;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=71;FSRR=47;FWDB=-0.016565;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.103;QD=1.16052;RBI=0.030775;REFB=-0.000507941;REVB=0.0259365;RO=115;SAF=6;SAR=5;SRF=70;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744466;STB=0.552274;STBP=0.727;TYPE=mnp;VARB=0.0037316;OID=.;OPOS=105413142;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:131:129:115:118:11:11:0.0852713:5:6:70:45:5:6:71:47 chr14 105413204 . G T 1024.23 PASS AF=0.679688;AO=87;DP=128;FAO=87;FDP=128;FR=.;FRO=41;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0107711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.263;QD=32.0071;RBI=0.0187978;REFB=-0.00181593;REVB=0.0154059;RO=40;SAF=52;SAR=35;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320733;STB=0.512192;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.000998663;OID=.;OPOS=105413204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:40:41:87:87:0.679688:35:52:26:14:35:52:26:15 chr14 105413223 . A G 1278.38 PASS AF=0.728571;AO=101;DP=139;FAO=102;FDP=140;FR=.;FRO=38;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0148363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.417;QD=36.5252;RBI=0.0151078;REFB=-0.00726038;REVB=0.00285127;RO=36;SAF=58;SAR=43;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467986;STB=0.517495;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00261761;OID=.;OPOS=105413223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:36:38:101:102:0.728571:43:58:24:12:44:58:24:14 chr14 105413791 . G A 1339.26 PASS AF=0.722581;AO=112;DP=155;FAO=112;FDP=155;FR=.;FRO=43;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.028984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6616;QD=34.5615;RBI=0.039915;REFB=-0.0301949;REVB=0.0274433;RO=41;SAF=53;SAR=59;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805285;STB=0.536419;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0132401;OID=.;OPOS=105413791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:41:43:112:112:0.722581:59:53:26:15:59:53:26:17 chr14 105414238 . C A 867.26 PASS AF=0.678571;AO=76;DP=112;FAO=76;FDP=112;FR=.;FRO=36;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0257664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.386;QD=30.9737;RBI=0.0366926;REFB=-0.0124526;REVB=0.0261237;RO=36;SAF=35;SAR=41;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769215;STB=0.541398;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0050932;OID=.;OPOS=105414238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:36:36:76:76:0.678571:41:35:12:24:41:35:12:24 chr14 105414252 . C T 803.89 PASS AF=0.634783;AO=73;DP=115;FAO=73;FDP=115;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0479693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0214;QD=27.9615;RBI=0.050082;REFB=-0.00392855;REVB=0.014393;RO=34;SAF=36;SAR=37;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828478;STB=0.506195;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00358533;OID=.;OPOS=105414252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:34:42:73:73:0.634783:37:36:12:22:37:36:20:22 chr14 105414280 . T G 798.76 PASS AF=0.648649;AO=72;DP=111;FAO=72;FDP=111;FR=.;FRO=39;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0187953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3772;QD=28.7843;RBI=0.0299572;REFB=-0.0173428;REVB=-0.0233275;RO=39;SAF=43;SAR=29;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106438;STB=0.557573;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.012476;OID=.;OPOS=105414280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:39:39:72:72:0.648649:29:43:17:22:29:43:17:22 chr14 105414629 . G A 817.73 PASS AF=0.709677;AO=66;DP=93;FAO=66;FDP=93;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0169506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.931;QD=35.1712;RBI=0.0194751;REFB=-0.00735522;REVB=0.00958929;RO=27;SAF=29;SAR=37;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082953;STB=0.544638;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0022888;OID=.;OPOS=105414629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:27:27:66:66:0.709677:37:29:16:11:37:29:16:11 chr14 105414790 . A G 724.2 PASS AF=0.60177;AO=68;DP=113;FAO=68;FDP=113;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0109184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9007;QD=25.6354;RBI=0.0436216;REFB=0.00899577;REVB=-0.042233;RO=42;SAF=25;SAR=43;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971934;STB=0.559483;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0246596;OID=.;OPOS=105414790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:42:45:68:68:0.60177:43:25:21:21:43:25:23:22 chr14 105414810 . C G 845.64 PASS AF=0.633333;AO=76;DP=120;FAO=76;FDP=120;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0296873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.331;QD=28.1881;RBI=0.0298575;REFB=0.00532671;REVB=0.00318333;RO=44;SAF=28;SAR=48;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139428;STB=0.575545;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00184189;OID=.;OPOS=105414810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:44:44:76:76:0.633333:48:28:25:19:48:28:25:19 chr14 105415166 . C T 34.64 PASS AF=0.0947368;AO=9;DP=95;FAO=9;FDP=95;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0328548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2548;QD=1.45847;RBI=0.071191;REFB=-0.00135848;REVB=-0.0631563;RO=84;SAF=1;SAR=8;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397897;STB=0.829122;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0292828;OID=.;OPOS=105415166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:95:95:84:86:9:9:0.0947368:8:1:34:50:8:1:35:51 chr14 105415352 . G C 3114.97 PASS AF=0.971831;AO=204;DP=212;FAO=207;FDP=213;FR=.;FRO=6;FSAF=105;FSAR=102;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0294409;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.954;QD=58.4971;RBI=0.0539109;REFB=-0.134589;REVB=0.0451622;RO=6;SAF=104;SAR=100;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176072;STB=0.509189;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.000842005;OID=.;OPOS=105415352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:212:213:6:6:204:207:0.971831:100:104:5:1:102:105:5:1 chr14 105415431 . C G 102.41 PASS AF=0.112033;AO=27;DP=241;FAO=27;FDP=241;FR=.;FRO=214;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=105;FSRR=109;FWDB=0.00352527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6053;QD=1.69967;RBI=0.0239622;REFB=0.00216648;REVB=-0.0237015;RO=211;SAF=10;SAR=17;SRF=105;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158699;STB=0.608006;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0238604;OID=.;OPOS=105415431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:211:214:27:27:0.112033:17:10:105:106:17:10:105:109 chr14 105415433 . T C 103.06 PASS AF=0.112971;AO=27;DP=239;FAO=27;FDP=239;FR=.;FRO=212;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=104;FSRR=108;FWDB=-0.0298927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.456;QD=1.7249;RBI=0.0604322;REFB=-0.00111832;REVB=-0.0525212;RO=211;SAF=10;SAR=17;SRF=104;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153053;STB=0.607824;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0111311;OID=.;OPOS=105415433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:211:212:27:27:0.112971:17:10:104:107:17:10:104:108 chr14 105415469 . T C 2347.49 PASS AF=0.761506;AO=182;DP=239;FAO=182;FDP=239;FR=.;FRO=57;FSAF=94;FSAR=88;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0203558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.6699;QD=39.2886;RBI=0.0252853;REFB=-5.70324e-05;REVB=-0.0149996;RO=57;SAF=94;SAR=88;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506054;STB=0.526922;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-7.40837e-05;OID=.;OPOS=105415469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:57:57:182:182:0.761506:88:94:23:34:88:94:23:34 chr14 105415497 . T C 329.82 PASS AF=0.241706;AO=51;DP=211;FAO=51;FDP=211;FR=.;FRO=160;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=87;FSRR=73;FWDB=0.0149608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.939;QD=6.25257;RBI=0.0149812;REFB=-4.73195e-05;REVB=0.000781088;RO=160;SAF=22;SAR=29;SRF=87;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141032;STB=0.584796;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000465145;OID=.;OPOS=105415497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:160:160:51:51:0.241706:29:22:87:73:29:22:87:73 chr14 105415551 . C G 406.74 PASS AF=0.342657;AO=49;DP=143;FAO=49;FDP=143;FR=.;FRO=94;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=0.0481461;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0204;QD=11.3772;RBI=0.0487478;REFB=-0.017444;REVB=0.0076359;RO=91;SAF=21;SAR=28;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161158;STB=0.5952;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0263669;OID=.;OPOS=105415551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:91:94:49:49:0.342657:28:21:52:39:28:21:54:40 chr14 105415577 . G A 267.85 PASS AF=0.310345;AO=36;DP=116;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.0319439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1085;QD=9.23622;RBI=0.0357201;REFB=0.00720274;REVB=0.0159846;RO=80;SAF=16;SAR=20;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138658;STB=0.580908;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0147397;OID=.;OPOS=105415577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:80:80:36:36:0.310345:20:16:45:35:20:16:45:35 chr14 105415587 . G A 199.6 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.00474559;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.315;QD=8.06478;RBI=0.00501963;REFB=0.00491481;REVB=-0.00163587;RO=74;SAF=12;SAR=15;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165688;STB=0.609677;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00706405;OID=.;OPOS=105415587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:74:72:27:27:0.272727:15:12:43:31:15:12:43:29 chr14 105415607 . C G 87.22 PASS AF=0.189873;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00141254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.752;QD=4.41617;RBI=0.0043018;REFB=-0.00516547;REVB=-0.00406328;RO=64;SAF=4;SAR=11;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319495;STB=0.707542;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0143356;OID=.;OPOS=105415607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:79:79:64:64:15:15:0.189873:11:4:33:31:11:4:33:31 chr14 105415608 . G C 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0039464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.564;QD=15.8129;RBI=0.00521959;REFB=-0.0175562;REVB=0.00341615;RO=44;SAF=23;SAR=11;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372363;STB=0.709132;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0255029;OID=.;OPOS=105415608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:11:23:13:31:11:23:13:31 chr14 105415812 . T C 822.98 PASS AF=0.8;AO=64;DP=79;FAO=64;FDP=80;FR=.;FRO=16;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00462809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.342;QD=41.149;RBI=0.0167872;REFB=-0.0314878;REVB=0.0161367;RO=15;SAF=38;SAR=26;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221455;STB=0.50646;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00633058;OID=.;OPOS=105415812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:79:80:15:16:64:64:0.8:26:38:8:7:26:38:9:7 chr14 105416010 . T C 965.59 PASS AF=0.706897;AO=82;DP=116;FAO=82;FDP=116;FR=.;FRO=34;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00198671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.973;QD=33.2961;RBI=0.00680165;REFB=0.00304601;REVB=-0.00650503;RO=34;SAF=39;SAR=43;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125234;STB=0.567195;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00210769;OID=.;OPOS=105416010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:34:34:82:82:0.706897:43:39:24:10:43:39:24:10 chr14 105416220 . T A 1350.72 PASS AF=0.787879;AO=104;DP=133;FAO=104;FDP=132;FR=.;FRO=28;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0142517;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.709;QD=40.9308;RBI=0.0202353;REFB=-0.00605704;REVB=0.0143651;RO=28;SAF=53;SAR=51;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322594;STB=0.517183;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0013579;OID=.;OPOS=105416220;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:28:28:104:104:0.787879:51:53:12:16:51:53:12:16 chr14 105416685 . C G 1840.23 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3985;QD=61.3408;RBI=0.0951967;REFB=0;REVB=-0.0870877;RO=0;SAF=50;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000474507;OID=.;OPOS=105416685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:70:50:0:0:70:50:0:0 chr14 105416823 . G A 885.52 PASS AF=0.655462;AO=78;DP=120;FAO=78;FDP=119;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0245093;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8331;QD=29.7653;RBI=0.0353829;REFB=-0.0536011;REVB=0.0255195;RO=39;SAF=35;SAR=43;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118577;STB=0.563706;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0267501;OID=.;OPOS=105416823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:39:41:78:78:0.655462:43:35:25:14:43:35:26:15 chr14 105416959 . A G 749.56 PASS AF=0.673469;AO=66;DP=102;FAO=66;FDP=98;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0328127;FXX=0.0392118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.9919;QD=30.5942;RBI=0.0330683;REFB=-0.0221957;REVB=-0.00410322;RO=32;SAF=34;SAR=32;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143132;STB=0.577092;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0143236;OID=.;OPOS=105416959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:98:32:32:66:66:0.673469:32:34:24:8:32:34:24:8 chr14 105417102 . T C 991.0 PASS AF=0.817204;AO=73;DP=91;FAO=76;FDP=93;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0351912;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.69;QD=42.6235;RBI=0.0353528;REFB=-0.0127311;REVB=-0.00337655;RO=17;SAF=27;SAR=46;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809783;STB=0.536433;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00303114;OID=.;OPOS=105417102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:17:17:73:76:0.817204:46:27:10:7:46:30:10:7 chr14 105417396 . C G 1763.61 PASS AF=0.759563;AO=138;DP=183;FAO=139;FDP=183;FR=.;FRO=44;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00746182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.02;QD=38.5489;RBI=0.00848279;REFB=-0.0084988;REVB=0.00403473;RO=44;SAF=73;SAR=65;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282391;STB=0.514157;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00178352;OID=.;OPOS=105417396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:44:44:138:139:0.759563:65:73:26:18:65:74:26:18 chr14 105417765 . AG AA,CA 774.91 PASS AF=0.727273,0;AO=4,57;DP=85;FAO=64,0;FDP=88;FR=.;FRO=24;FSAF=24,0;FSAR=40,0;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0553447,0.0483908;FXX=0.0222198;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=196.792,182.129;QD=35.2231;RBI=0.0812848,0.0556036;REFB=-0.0574353,-0.0385905;REVB=0.059533,0.0273877;RO=24;SAF=3,21;SAR=1,36;SRF=13;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.249693,-0.0992393;STB=0.547322,0.5;STBP=0.167,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0176141,0;OID=.,.;OPOS=105417766,105417765;OREF=G,AG;OALT=A,CA;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:24:24:4,57:64,0:0.727273,0:1,36:3,21:13:11:40,0:24,0:13:11 chr14 105417768 . C A 793.75 PASS AF=0.730337;AO=64;DP=89;FAO=65;FDP=89;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.000895645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.089;QD=35.6742;RBI=0.022998;REFB=-0.00949902;REVB=0.0229806;RO=24;SAF=24;SAR=40;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879643;STB=0.532364;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00256892;OID=.;OPOS=105417768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:24:24:64:65:0.730337:40:24:13:11:40:25:12:12 chr14 105417774 . G A 858.16 PASS AF=0.73913;AO=65;DP=88;FAO=68;FDP=92;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0119395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.402;QD=37.3114;RBI=0.0164094;REFB=-0.0216586;REVB=0.0112568;RO=23;SAF=24;SAR=41;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077852;STB=0.53199;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00512625;OID=.;OPOS=105417774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:92:23:24:65:68:0.73913:41:24:12:11:42:26:12:12 chr14 105417837 . A G 666.31 PASS AF=0.753425;AO=55;DP=73;FAO=55;FDP=73;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00911106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.084;QD=36.5101;RBI=0.00981249;REFB=-0.0240284;REVB=0.00364329;RO=18;SAF=18;SAR=37;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165536;STB=0.589139;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0100935;OID=.;OPOS=105417837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:18:18:55:55:0.753425:37:18:12:6:37:18:12:6 chr14 105417894 . C G 477.71 PASS AF=0.736842;AO=42;DP=57;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00336508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.276;QD=33.5232;RBI=0.00939726;REFB=-0.0131797;REVB=0.0087741;RO=15;SAF=13;SAR=29;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154477;STB=0.583673;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0026934;OID=.;OPOS=105417894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:15:15:42:42:0.736842:29:13:9:6:29:13:9:6 chr14 105418166 . T C 52.09 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=104;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=0.00105827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.345;QD=1.94714;RBI=0.00903433;REFB=-0.00217584;REVB=-0.00897214;RO=82;SAF=4;SAR=8;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220326;STB=0.710508;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0461931;OID=.;OPOS=105418166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:104:107:82:95:12:12:0.11215:8:4:42:40:8:4:55:40 chr14 105418170 . G C 76.61 PASS AF=0.144231;AO=15;DP=104;FAO=15;FDP=104;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=0.0712952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3251;QD=2.94648;RBI=0.0917768;REFB=0.00326928;REVB=0.0577924;RO=89;SAF=7;SAR=8;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132683;STB=0.590213;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.0131401;OID=.;OPOS=105418170;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:104:104:89:89:15:15:0.144231:8:7:51:38:8:7:51:38 chr14 105418234 . GA AT 154.6 PASS AF=0.227723;AO=23;DP=101;FAO=23;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0308585;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.548;QD=6.12292;RBI=0.0444135;REFB=-0.0107432;REVB=-0.0319424;RO=55;SAF=7;SAR=16;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725299;STB=0.599722;STBP=0.321;TYPE=mnp;VARB=0.0250723;OID=.;OPOS=105418234;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:78:23:23:0.227723:16:7:14:41:16:7:33:45 chr14 105418260 . T A 94.44 PASS AF=0.162162;AO=18;DP=111;FAO=18;FDP=111;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=0.015271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.234;QD=3.40336;RBI=0.01528;REFB=-0.00498241;REVB=0.000523648;RO=92;SAF=5;SAR=13;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159728;STB=0.603503;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00849092;OID=.;OPOS=105418260;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:111:111:92:93:18:18:0.162162:13:5:36:56:13:5:36:57 chr14 105418264 . G A 95.28 PASS AF=0.163636;AO=18;DP=110;FAO=18;FDP=110;FR=.;FRO=92;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=0.0088347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.127;QD=3.46483;RBI=0.013048;REFB=-0.00469823;REVB=-0.00960197;RO=86;SAF=5;SAR=13;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135174;STB=0.606936;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0497355;OID=.;OPOS=105418264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:110:110:86:92:18:18:0.163636:13:5:32:54:13:5:36:56 chr14 105418269 . G A 93.55 PASS AF=0.162162;AO=18;DP=112;FAO=18;FDP=111;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=0.0231456;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8098;QD=3.37125;RBI=0.0339926;REFB=-0.00827251;REVB=-0.0248954;RO=92;SAF=5;SAR=13;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159728;STB=0.612662;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0974886;OID=.;OPOS=105418269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:112:111:92:93:18:18:0.162162:13:5:36:56:13:5:37:56 chr14 105418275 . T C 100.67 PASS AF=0.169643;AO=19;DP=112;FAO=19;FDP=112;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=-0.00876381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.808;QD=3.59516;RBI=0.0178544;REFB=-0.00792364;REVB=0.0155555;RO=91;SAF=6;SAR=13;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109885;STB=0.574431;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.032967;OID=.;OPOS=105418275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:91:93:19:19:0.169643:13:6:36:55:13:6:37:56 chr14 105418337 . G A 44.32 PASS AF=0.100917;AO=12;DP=108;FAO=11;FDP=109;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=-0.00123107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7299;QD=1.62644;RBI=0.0390847;REFB=0.00539699;REVB=0.0390653;RO=96;SAF=4;SAR=8;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933168;STB=0.542176;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0449721;OID=.;OPOS=105418337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:108:109:96:98:12:11:0.100917:8:4:39:57:7:4:40:58 chr14 105418344 . T G 930.77 PASS AF=0.783505;AO=75;DP=103;FAO=76;FDP=97;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0192814;FXX=0.0582468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6218;QD=38.3823;RBI=0.0365145;REFB=0.0264677;REVB=0.0310086;RO=21;SAF=25;SAR=50;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164768;STB=0.584689;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00563115;OID=.;OPOS=105418344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:97:21:21:75:76:0.783505:50:25:15:6:50:26:15:6 chr14 105418391 . C T 799.89 PASS AF=0.744186;AO=63;DP=85;FAO=64;FDP=86;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0195883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.241;QD=37.2044;RBI=0.0377858;REFB=-0.0225349;REVB=0.0323119;RO=22;SAF=26;SAR=37;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151886;STB=0.582456;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00848017;OID=.;OPOS=105418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:22:22:63:64:0.744186:37:26:16:6:38:26:16:6 chr14 105418481 . C T 72.73 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00203559;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.547;QD=4.76947;RBI=0.00640756;REFB=-0.00335842;REVB=-0.00607562;RO=49;SAF=10;SAR=2;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312068;STB=0.708821;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0182498;OID=.;OPOS=105418481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:62:61:49:49:12:12:0.196721:2:10:31:18:2:10:31:18 chr14 105418502 . G T 123.91 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00100509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.766;QD=8.6951;RBI=0.00418977;REFB=-0.00476436;REVB=0.00406743;RO=40;SAF=9;SAR=8;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143951;STB=0.585677;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0206935;OID=.;OPOS=105418502;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:8:9:26:14:8:9:26:14 chr14 105418504 . G T 329.09 PASS AF=0.578947;AO=34;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00628384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.198;QD=23.0937;RBI=0.00855198;REFB=-0.0107319;REVB=0.00580084;RO=22;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701522;STB=0.508375;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00895018;OID=.;OPOS=105418504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:24:34:33:0.578947:14:20:15:7:13:20:15:9 chr14 105418535 . C G 92.17 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.000983211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.18;QD=6.24885;RBI=0.0314488;REFB=-0.00350903;REVB=-0.0314334;RO=45;SAF=9;SAR=5;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271329;STB=0.516947;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0134556;OID=.;OPOS=105418535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:5:9:28:17:5:9:28:17 chr14 105418547 . A G 66.44 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0456845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6453;QD=4.50463;RBI=0.0459503;REFB=-0.000979448;REVB=-0.00493502;RO=46;SAF=8;SAR=3;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136464;STB=0.577469;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00261364;OID=.;OPOS=105418547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:46:48:11:11:0.186441:3:8:29:17:3:8:31:17 chr14 105418557 . A G 31.3 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0393485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7145;QD=2.40767;RBI=0.0403055;REFB=0.000338253;REVB=0.00873098;RO=32;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361901;STB=0.707541;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00247904;OID=.;OPOS=105418557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:52:32:46:6:6:0.115385:1:5:18:14:1:5:30:16 chr14 105418638 . A G 510.3 PASS AF=0.758621;AO=42;DP=56;FAO=44;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00598111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.27;QD=35.1934;RBI=0.0411788;REFB=-0.0268133;REVB=0.0407421;RO=14;SAF=24;SAR=18;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335836;STB=0.516686;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00967185;OID=.;OPOS=105418638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:56:58:14:14:42:44:0.758621:18:24:7:7:19:25:7:7 chr14 105419234 . T C 1298.37 PASS AF=0.751825;AO=102;DP=136;FAO=103;FDP=137;FR=.;FRO=34;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0203652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.802;QD=37.9087;RBI=0.0270212;REFB=-0.0110334;REVB=-0.0177596;RO=34;SAF=58;SAR=44;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046422;STB=0.525721;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00397352;OID=.;OPOS=105419234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:34:34:102:103:0.751825:44:58:16:18:44:59:16:18 chr14 105419549 . G T 558.44 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00127365;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.383;QD=25.6754;RBI=0.0103358;REFB=-0.00800656;REVB=0.010257;RO=35;SAF=23;SAR=28;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260514;STB=0.520391;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00477949;OID=.;OPOS=105419549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:35:36:51:51:0.586207:28:23:17:18:28:23:18:18 chr14 105419557 . G A 433.7 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0145037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.594;QD=23.4432;RBI=0.0210404;REFB=-0.00312926;REVB=0.0152428;RO=32;SAF=17;SAR=25;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100993;STB=0.555529;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00291132;OID=.;OPOS=105419557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:25:17:17:15:25:17:17:15 chr14 105419559 . A G 143.11 PASS AF=0.592105;AO=44;DP=75;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0963648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.8588;QD=7.53203;RBI=0.11452;REFB=-0.268055;REVB=0.0618753;RO=29;SAF=19;SAR=25;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626134;STB=0.529399;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.290251;OID=.;OPOS=105419559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:29:31:44:45:0.592105:25:19:15:14:25:20:16:15 chr14 105419568 . A G 542.47 PASS AF=0.625;AO=49;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0244916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.14;QD=27.1235;RBI=0.0251214;REFB=0.00815685;REVB=-0.00558961;RO=31;SAF=21;SAR=28;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857142;STB=0.535197;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0125164;OID=.;OPOS=105419568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:30:49:50:0.625:28:21:17:14:28:22:16:14 chr14 105419610 . C G 784.63 PASS AF=0.703297;AO=64;DP=91;FAO=64;FDP=91;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00434499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.858;QD=34.4891;RBI=0.00981879;REFB=-0.0122615;REVB=0.0088051;RO=26;SAF=28;SAR=36;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957174;STB=0.557066;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00440286;OID=.;OPOS=105419610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:26:27:64:64:0.703297:36:28:16:10:36:28:17:10 chr14 105420215 . T C 938.8 PASS AF=0.720721;AO=78;DP=110;FAO=80;FDP=111;FR=.;FRO=31;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0192547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.042;QD=33.8307;RBI=0.019625;REFB=-0.00340366;REVB=-0.0037945;RO=30;SAF=34;SAR=44;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366317;STB=0.523584;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00137147;OID=.;OPOS=105420215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:30:31:78:80:0.720721:44:34:11:19:45:35:11:20 chr14 105461067 . C T 1306.12 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0137541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.313;QD=60.7496;RBI=0.0141773;REFB=-0.10237;REVB=0.00343787;RO=1;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101877;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000388184;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:46:39:0:1:46:39:0:1 chr14 105477180 . A G 138.93 PASS AF=0.213592;AO=20;DP=98;FAO=22;FDP=103;FR=.;FRO=81;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00630059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5648;QD=5.39532;RBI=0.109107;REFB=0.000358207;REVB=0.108925;RO=78;SAF=2;SAR=18;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517853;STB=0.853551;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000778887;OID=.;OPOS=105477180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:103:78:81:20:22:0.213592:18:2:34:44:20:2:36:45 chr14 105477613 . T C 74.11 PASS AF=0.211538;AO=10;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00661484;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.951;QD=5.70108;RBI=0.0215343;REFB=-0.00821104;REVB=-0.0204932;RO=37;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140222;STB=0.522347;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0248001;OID=.;OPOS=105477613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:52:52:37:41:10:11:0.211538:7:3:15:22:7:4:16:25 chr14 105477955 . T TC 33.79 PASS AF=0.163265;AO=13;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0375722;FXX=0.019996;HRUN=0;LEN=1;MLLD=91.1694;QD=2.75863;RBI=0.0431419;REFB=-0.00349008;REVB=-0.0212025;RO=36;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141134;STB=0.51348;STBP=0.935;TYPE=ins;VARB=0.140389;OID=.;OPOS=105477956;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.163265:13:49:8:49:41:3:5:16:25:33:36:4:9:15:21 chr14 105517775 . G A 1244.86 PASS AF=0.75;AO=99;DP=132;FAO=99;FDP=132;FR=.;FRO=33;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00230606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.784;QD=37.7231;RBI=0.0306858;REFB=0.00349957;REVB=0.0305991;RO=33;SAF=49;SAR=50;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377932;STB=0.520192;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00114864;OID=.;OPOS=105517775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:33:33:99:99:0.75:50:49:19:14:50:49:19:14 chr14 105518336 . G T 87.18 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00701872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.485;QD=6.22745;RBI=0.00848853;REFB=-0.00390883;REVB=-0.00477417;RO=41;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453179;STB=0.781247;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00945802;OID=.;OPOS=105518336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:55:56:41:43:13:13:0.232143:3:10:16:25:3:10:17:26 chr14 105609335 . A G 1459.88 PASS AF=0.711765;AO=121;DP=170;FAO=121;FDP=170;FR=.;FRO=49;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.00331456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.778;QD=34.3501;RBI=0.0838674;REFB=-0.0241777;REVB=-0.0838019;RO=49;SAF=68;SAR=53;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957902;STB=0.551192;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00879937;OID=.;OPOS=105609335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:49:49:121:121:0.711765:53:68:36:13:53:68:36:13 chr14 105609836 . G A 914.86 PASS AF=0.686957;AO=79;DP=116;FAO=79;FDP=115;FR=.;FRO=36;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.024648;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.151;QD=31.8211;RBI=0.0263547;REFB=-0.0171088;REVB=0.0093297;RO=32;SAF=40;SAR=39;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120763;STB=0.545403;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00744993;OID=.;OPOS=105609836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:32:36:79:79:0.686957:39:40:9:23:39:40:13:23 chr14 105614734 . C T 917.01 PASS AF=0.75;AO=70;DP=97;FAO=72;FDP=96;FR=.;FRO=24;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0942363;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.432;QD=38.2089;RBI=0.0971922;REFB=-0.0594482;REVB=0.0237872;RO=24;SAF=31;SAR=39;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532099;STB=0.531626;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0219467;OID=.;OPOS=105614734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:24:24:70:72:0.75:39:31:8:16:39:33:8:16 chr14 105642334 . T G 1598.61 PASS AF=0.680412;AO=130;DP=193;FAO=132;FDP=194;FR=.;FRO=62;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0100917;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.443;QD=32.961;RBI=0.011632;REFB=-0.00768737;REVB=0.00578452;RO=63;SAF=64;SAR=66;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484637;STB=0.520974;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00377902;OID=.;OPOS=105642334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:63:62:130:132:0.680412:66:64:26:37:68:64:26:36 chr14 105643652 . A C 186.32 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.114796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.738;QD=27.603;RBI=0.117181;REFB=-0.0212314;REVB=0.0235205;RO=9;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160172;STB=0.588145;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00962276;OID=.;OPOS=105643652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:12:6:1:8:12:6:1:8 chr14 105715548 . GCCCCCGG GCCC,GCCCCGG,GCCCCGGG,GCCCGG 212.75 PASS AF=0,0,0.242424,0.727273;AO=4,4,2,5;DP=32;FAO=0,0,8,24;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,8,18;FSAR=0,0,0,6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.109925,0.339865,0.539394,0.182891;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=4,1,1,2;MLLD=20.0645,7.57092,5.29147,11.9945;QD=25.7882;RBI=0.329622,0.429646,1.04148,0.239005;REFB=0.0837631,0.144911,0.0770018,0.128672;REVB=-0.310752,0.262844,0.890914,0.153864;RO=5;SAF=3,4,2,5;SAR=1,0,0,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.386089,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.513502;STBP=1,1,1,0.632;TYPE=del,del,snp,del;VARB=0,0.15834,0.243516,0.000894149;OID=.,.,.,.;OPOS=105715552,105715549,105715553,105715549;OREF=CCGG,C,C,CC;OALT=-,-,G,-;OMAPALT=GCCC,GCCCCGG,GCCCCGGG,GCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.242424,0.727273:4,4,2,5:32:0,0,8,24:33:1:0,0,8,18:0,0,0,6:1:0:16:5:3,4,2,5:1,0,0,0:5:0 chr14 105916420 . C T 2518.61 PASS AF=0.97093;AO=163;DP=169;FAO=167;FDP=172;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0481389;FXX=0.0114936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.543;QD=58.5722;RBI=0.0502295;REFB=0.00325411;REVB=0.0143407;RO=5;SAF=70;SAR=93;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132755;STB=0.507015;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=2.98849e-05;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:169:172:5:5:163:167:0.97093:93:70:1:4:94:73:1:4 chr14 105935824 . G A 1305.88 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0332659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.723;QD=60.7386;RBI=0.0333429;REFB=-0.00546229;REVB=-0.00226461;RO=1;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106453;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=5.94263e-05;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:44:41:0:1:44:41:0:1 chr14 105953595 . T C 1377.48 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.305;QD=62.6127;RBI=0.0819163;REFB=0;REVB=-0.0550594;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205724;OID=.;OPOS=105953595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:36:51:0:0:36:52:0:0 chr14 105962234 . T C 1534.04 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.57;QD=59.5745;RBI=0.0152652;REFB=0;REVB=0.0147572;RO=0;SAF=74;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.23892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4603e-05;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:101:103:1:27:74:0:0:28:75:0:0 chr14 105962369 . A G 2289.25 PASS AF=1;AO=150;DP=153;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871019;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.035;QD=61.0467;RBI=0.0220425;REFB=0;REVB=0.0202486;RO=0;SAF=66;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24455e-06;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:150:0:0:150:150:1:84:66:0:0:84:66:0:0 chr14 105963700 . C T 850.19 PASS AF=0.752809;AO=67;DP=89;FAO=67;FDP=89;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0285087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8124;QD=38.2106;RBI=0.0291596;REFB=-0.0375812;REVB=0.00612673;RO=22;SAF=27;SAR=40;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189282;STB=0.510144;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0130262;OID=.;OPOS=105963700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:22:22:67:67:0.752809:40:27:8:14:40:27:8:14 chr14 105964215 . CGG CGC,CG 469.92 PASS AF=0.084507,0.915493;AO=8,13;DP=71;FAO=6,65;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=0,51;FSAR=6,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850419,0.81771;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=211.943,7.77113;QD=26.4745;RBI=0.109272,0.8876;REFB=0,0;REVB=-0.0686171,-0.345233;RO=42;SAF=0,11;SAR=8,2;SRF=40;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.866918,-0.340214;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0512325,-0.0135046;OID=.,.;OPOS=105964217,105964216;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.084507,0.915493:8,13:71:6,65:71:0:0,51:6,14:0:0:25:42:0,11:8,2:40:2 chr14 105995534 . G A 875.52 PASS AF=0.758242;AO=65;DP=89;FAO=69;FDP=91;FR=.;FRO=22;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0607828;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1379;QD=38.4843;RBI=0.123012;REFB=-0.0258861;REVB=0.106946;RO=22;SAF=33;SAR=32;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250395;STB=0.509239;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00638975;OID=.;OPOS=105995534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:22:22:65:69:0.758242:32:33:10:12:35:34:10:12 chr14 105996119 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0157768;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=320.342;QD=39.318;RBI=0.0335073;REFB=-0.0210465;REVB=0.0295607;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0013571;OID=.;OPOS=105996119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:1:0:5:8:1:0 chr14 106053491 . C T 956.39 PASS AF=0.8;AO=72;DP=92;FAO=72;FDP=90;FR=.;FRO=18;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00709929;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.057;QD=42.5064;RBI=0.0394752;REFB=0.00520862;REVB=0.0388316;RO=18;SAF=46;SAR=26;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983733;STB=0.552583;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00188024;OID=.;OPOS=106053491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:18:18:72:72:0.8:26:46:7:11:26:46:7:11 chr14 106053559 . A G 205.77 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.044805;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5121;QD=14.6975;RBI=0.0532253;REFB=-0.0191;REVB=-0.0287305;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157336;STB=0.589214;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0226853;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:32:24:24:0.428571:12:12:11:21:12:12:11:21 chr14 106053577 . A G 120.8 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0277688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8466;QD=9.1172;RBI=0.0601444;REFB=-0.00728567;REVB=-0.0533502;RO=37;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20639;STB=0.622497;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0179892;OID=.;OPOS=106053577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:8:8:12:25:8:8:12:25 chr14 106053975 . G A 1441.47 PASS AF=0.647368;AO=123;DP=191;FAO=123;FDP=190;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=77;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0380849;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0436;QD=30.3468;RBI=0.0398279;REFB=-0.0316586;REVB=0.0116534;RO=64;SAF=46;SAR=77;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322376;STB=0.516401;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0141971;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:64:67:123:123:0.647368:77:46:27:37:77:46:28:39 chr14 106054456 . A G 74.59 PASS AF=0.136752;AO=16;DP=116;FAO=16;FDP=117;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.0121123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0867;QD=2.55012;RBI=0.070941;REFB=0.00194059;REVB=-0.0698994;RO=100;SAF=10;SAR=6;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252068;STB=0.675465;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0152078;OID=.;OPOS=106054456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:116:117:100:101:16:16:0.136752:6:10:42:58:6:10:42:59 chr14 106054568 . A G 2799.01 PASS AF=0.752577;AO=215;DP=288;FAO=219;FDP=291;FR=.;FRO=72;FSAF=98;FSAR=121;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00973229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.658;QD=38.4744;RBI=0.0123298;REFB=-0.0476966;REVB=-0.0075701;RO=72;SAF=96;SAR=119;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761489;STB=0.50424;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0147535;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:291:72:72:215:219:0.752577:119:96:31:41:121:98:31:41 chr14 106066454 . T C 1721.83 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0477294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.801;QD=58.8659;RBI=0.0518348;REFB=-0.157366;REVB=0.0202174;RO=2;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150706;STB=0.503936;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000257768;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:117:117:2:1:115:116:0.991453:62:53:0:2:63:53:0:1 chr14 106066690 . A C 376.95 PASS AF=0.769231;AO=29;DP=38;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00970632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.414;QD=38.6619;RBI=0.0104154;REFB=-0.0245577;REVB=0.00377727;RO=9;SAF=15;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800438;STB=0.546044;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00843988;OID=.;OPOS=106066690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:39:9:9:29:30:0.769231:14:15:3:6:14:16:3:6 chr14 106067298 . T C 504.55 PASS AF=0.807692;AO=42;DP=52;FAO=42;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0241806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.346;QD=38.8113;RBI=0.0309145;REFB=-0.00751852;REVB=0.0192614;RO=10;SAF=25;SAR=17;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392213;STB=0.521063;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00288151;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:10:10:42:42:0.807692:17:25:7:3:17:25:7:3 chr14 106067958 . C T 2672.89 PASS AF=0.749104;AO=209;DP=289;FAO=209;FDP=279;FR=.;FRO=70;FSAF=82;FSAR=127;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.00913708;FXX=0.0346009;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.069;QD=38.321;RBI=0.00996687;REFB=-0.023004;REVB=0.00398149;RO=66;SAF=82;SAR=127;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000754573;STB=0.505515;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00713791;OID=.;OPOS=106067958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:279:66:70:209:209:0.749104:127:82:26:40:127:82:26:44 chr14 106090823 . A G 31.98 PASS AF=0.0825688;AO=9;DP=109;FAO=9;FDP=109;FR=.;FRO=100;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=0.00741102;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.989;QD=1.17372;RBI=0.00752242;REFB=0.00310865;REVB=0.0012898;RO=100;SAF=4;SAR=5;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503872;STB=0.504123;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.019039;OID=.;OPOS=106090823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:109:109:100:100:9:9:0.0825688:5:4:44:56:5:4:44:56 chr14 106090846 . T C 1460.03 PASS AF=0.731707;AO=120;DP=164;FAO=120;FDP=164;FR=.;FRO=44;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0316693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.302;QD=35.6105;RBI=0.0401327;REFB=-0.0333371;REVB=0.0246514;RO=43;SAF=60;SAR=60;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172244;STB=0.512193;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0125425;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:43:44:120:120:0.731707:60:60:20:23:60:60:20:24 chr14 106090927 . G T 5082.39 PASS AF=1;AO=322;DP=322;FAO=322;FDP=322;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349852;FXX=0.00309588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.447;QD=63.1353;RBI=0.0357742;REFB=0;REVB=-0.00747191;RO=0;SAF=170;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82052e-05;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:322:322:0:0:322:322:1:152:170:0:0:152:170:0:0 chr14 106091329 . G C 2488.5 PASS AF=0.755725;AO=198;DP=262;FAO=198;FDP=262;FR=.;FRO=64;FSAF=94;FSAR=104;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00273146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2473;QD=37.9923;RBI=0.0091978;REFB=0.00187744;REVB=0.00878286;RO=64;SAF=94;SAR=104;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054607;STB=0.529055;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.000637082;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:64:64:198:198:0.755725:104:94:38:26:104:94:38:26 chr14 106091504 . A G 1034.93 PASS AF=0.835165;AO=75;DP=89;FAO=76;FDP=91;FR=.;FRO=15;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00466284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.942;QD=45.4914;RBI=0.0063174;REFB=0.00267012;REVB=0.00426233;RO=14;SAF=30;SAR=45;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521519;STB=0.523661;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000537384;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:89:91:14:15:75:76:0.835165:45:30:8:6:46:30:8:7 chr14 106091555 . C T 805.07 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=66;FAO=60;FDP=66;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.01958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.073;QD=48.7924;RBI=0.040034;REFB=-0.0369976;REVB=0.0349192;RO=6;SAF=21;SAR=29;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503878;STB=0.528898;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00167406;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:66:66:6:6:50:60:0.909091:29:21:4:2:38:22:4:2 chr14 106091697 . T C 439.69 PASS AF=0.709091;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=55;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00769963;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.179;QD=31.9776;RBI=0.0732591;REFB=-0.0250124;REVB=0.0728533;RO=12;SAF=20;SAR=19;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672458;STB=0.514465;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0100434;OID=.;OPOS=106091697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:12:16:39:39:0.709091:19:20:8:4:19:20:9:7 chr14 106091743 . CA C 355.4 PASS AF=0.641509;AO=33;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00880872;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.416;QD=26.8224;RBI=0.0184971;REFB=-0.0219374;REVB=-0.016265;RO=19;SAF=20;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904019;STB=0.553233;STBP=0.285;TYPE=del;VARB=0.0139664;OID=.;OPOS=106091744;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.641509:33:53:34:53:19:21:13:9:10:99:19:20:13:9:10 chr14 106092152 . G A 2297.42 PASS AF=0.707865;AO=189;DP=270;FAO=189;FDP=267;FR=.;FRO=78;FSAF=98;FSAR=91;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0160254;FXX=0.0147596;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.014;QD=34.4182;RBI=0.0768045;REFB=-0.00773827;REVB=0.075114;RO=76;SAF=98;SAR=91;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382045;STB=0.520386;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00494548;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:267:76:78:189:189:0.707865:91:98:34:42:91:98:35:43 chr14 106092383 . C G 255.77 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0916358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8134;QD=51.1544;RBI=0.0934267;REFB=0;REVB=0.0182048;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00217943;OID=.;OPOS=106092383;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:19:1:0:0:19:1:0:0 chr14 106109573 . T C 124.06 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.0220987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.65;QD=7.51881;RBI=0.0223311;REFB=-0.00397809;REVB=-0.00321345;RO=48;SAF=12;SAR=6;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285288;STB=0.517222;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0119846;OID=.;OPOS=106109573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:6:12:33:15:6:12:33:15 chr14 106109752 . A C 3285.58 PASS AF=1;AO=210;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444005;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2568;QD=61.9921;RBI=0.0505668;REFB=0;REVB=-0.0241992;RO=0;SAF=108;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84449e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55579e-05;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:212:0:0:210:212:1:102:108:0:0:103:109:0:0 chr14 106110057 . G A 592.14 PASS AF=0.225352;AO=93;DP=425;FAO=96;FDP=426;FR=.;FRO=330;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=157;FSRR=173;FWDB=0.0273751;FXX=0.00699284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6969;QD=5.55997;RBI=0.0316931;REFB=-0.00490359;REVB=-0.0159705;RO=328;SAF=33;SAR=60;SRF=155;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155304;STB=0.588465;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0171615;OID=.;OPOS=106110057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:426:328:330:93:96:0.225352:60:33:155:173:61:35:157:173 chr14 106110137 . C T 2860.43 PASS AF=0.764706;AO=221;DP=289;FAO=221;FDP=289;FR=.;FRO=68;FSAF=116;FSAR=105;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.00778025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.455;QD=39.5908;RBI=0.0448303;REFB=0.00140434;REVB=0.04415;RO=68;SAF=116;SAR=105;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110364;STB=0.505866;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.000332233;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:68:68:221:221:0.764706:105:116:34:34:105:116:34:34 chr14 106110914 . G T 2124.14 PASS AF=0.688462;AO=179;DP=260;FAO=179;FDP=260;FR=.;FRO=81;FSAF=92;FSAR=87;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00425733;FXX=0.00383127;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.274;QD=32.679;RBI=0.0162939;REFB=-0.0338007;REVB=0.0157279;RO=80;SAF=92;SAR=87;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369077;STB=0.521647;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.016504;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:80:81:179:179:0.688462:87:92:36:44:87:92:36:45 chr14 106110966 . C T 470.33 PASS AF=0.26506;AO=66;DP=250;FAO=66;FDP=249;FR=.;FRO=183;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=89;FSRR=94;FWDB=0.0285667;FXX=0.00399984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.968;QD=7.55545;RBI=0.0331952;REFB=-0.00174915;REVB=-0.0169077;RO=176;SAF=30;SAR=36;SRF=86;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422003;STB=0.523453;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00403408;OID=.;OPOS=106110966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:249:176:183:66:66:0.26506:36:30:86:90:36:30:89:94 chr14 106173722 . C T 42.5 PASS AF=0.0769231;AO=15;DP=194;FAO=15;FDP=195;FR=.;FRO=180;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=105;FSRR=75;FWDB=0.0345868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.101;QD=0.871715;RBI=0.0423758;REFB=0.00360626;REVB=-0.0244839;RO=175;SAF=4;SAR=11;SRF=105;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364323;STB=0.776713;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0313127;OID=.;OPOS=106173722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:194:195:175:180:15:15:0.0769231:11:4:105:70:11:4:105:75 chr14 106173790 . A G 1297.02 PASS AF=0.844828;AO=98;DP=116;FAO=98;FDP=116;FR=.;FRO=18;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0100026;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3671;QD=44.7249;RBI=0.0326995;REFB=-0.00170146;REVB=-0.0311321;RO=17;SAF=36;SAR=62;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985003;STB=0.557419;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000853982;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:116:116:17:18:98:98:0.844828:62:36:12:5:62:36:13:5 chr14 106173808 . G A 33.95 PASS AF=0.0882353;AO=8;DP=102;FAO=9;FDP=102;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=58;FWDB=0.00233673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9837;QD=1.33145;RBI=0.0161972;REFB=-0.00761068;REVB=0.0160278;RO=93;SAF=7;SAR=1;SRF=35;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5152;STB=0.83268;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0834853;OID=.;OPOS=106173808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:102:102:93:93:8:9:0.0882353:1:7:35:58:2:7:35:58 chr14 106174261 . C G 345.62 PASS AF=0.323529;AO=44;DP=136;FAO=44;FDP=136;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.0159227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.406;QD=10.1653;RBI=0.0184812;REFB=0.000649045;REVB=-0.00938191;RO=92;SAF=22;SAR=22;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253792;STB=0.514699;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00121711;OID=.;OPOS=106174261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:92:92:44:44:0.323529:22:22:48:44:22:22:48:44 chr14 106188230 . C T 428.49 PASS AF=0.44;AO=43;DP=99;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0461814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.683;QD=17.1397;RBI=0.0483165;REFB=-0.0100932;REVB=-0.0142043;RO=54;SAF=16;SAR=27;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561931;STB=0.53489;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0163614;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:56:43:44:0.44:27:16:23:31:27:17:25:31 chr14 106204113 . C T 2140.96 PASS AF=0.689655;AO=180;DP=262;FAO=180;FDP=261;FR=.;FRO=81;FSAF=78;FSAR=102;FSRF=26;FSRR=55;FWDB=0.00447457;FXX=0.00381665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.917;QD=32.8116;RBI=0.00562771;REFB=-0.0107555;REVB=-0.00341311;RO=76;SAF=78;SAR=102;SRF=26;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519947;STB=0.535832;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00546802;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:76:81:180:180:0.689655:102:78:26:50:102:78:26:55 chr14 106207843 . T C 1422.48 PASS AF=0.94;AO=94;DP=100;FAO=94;FDP=100;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.021142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.409;QD=56.8991;RBI=0.0275898;REFB=0.0174853;REVB=0.017726;RO=6;SAF=48;SAR=46;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120823;STB=0.500638;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.000971414;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:100:100:6:6:94:94:0.94:46:48:3:3:46:48:3:3 chr14 106207862 . G C 102.04 PASS AF=0.143836;AO=21;DP=146;FAO=21;FDP=146;FR=.;FRO=125;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=66;FWDB=-0.0180886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.086;QD=2.79573;RBI=0.0204487;REFB=-0.00354606;REVB=0.0095367;RO=123;SAF=14;SAR=7;SRF=59;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237354;STB=0.666508;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0190912;OID=.;OPOS=106207862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:123:125:21:21:0.143836:7:14:59:64:7:14:59:66 chr14 106209119 . T C 1351.48 PASS AF=0.703704;AO=114;DP=162;FAO=114;FDP=162;FR=.;FRO=48;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.011221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.604;QD=33.3698;RBI=0.0118317;REFB=-0.0311871;REVB=-0.00375208;RO=47;SAF=69;SAR=45;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768124;STB=0.538455;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0114868;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:47:48:114:114:0.703704:45:69:22:25:45:69:23:25 chr14 106209340 . T C 2616.51 PASS AF=1;AO=165;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061447;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.445;QD=61.565;RBI=0.0201986;REFB=0;REVB=0.0192413;RO=0;SAF=68;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91858e-05;OID=.;OPOS=106209340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:170:0:0:165:170:1:97:68:0:0:100:70:0:0 chr14 106209362 . T C 68.15 PASS AF=0.0929204;AO=21;DP=225;FAO=21;FDP=226;FR=.;FRO=205;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=82;FSRR=123;FWDB=0.00391289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1643;QD=1.20626;RBI=0.0352976;REFB=0.00268552;REVB=0.03508;RO=204;SAF=9;SAR=12;SRF=81;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387032;STB=0.526633;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0273307;OID=.;OPOS=106209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:225:226:204:205:21:21:0.0929204:12:9:81:123:12:9:82:123 chr14 106209368 . G C 78.36 PASS AF=0.0995671;AO=23;DP=231;FAO=23;FDP=231;FR=.;FRO=208;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=82;FSRR=126;FWDB=0.0248777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.524;QD=1.35682;RBI=0.0328427;REFB=-0.00132821;REVB=-0.0214416;RO=206;SAF=9;SAR=14;SRF=81;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240781;STB=0.50276;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0757286;OID=.;OPOS=106209368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:231:231:206:208:23:23:0.0995671:14:9:81:125:14:9:82:126 chr14 106209373 . T C 86.39 PASS AF=0.105263;AO=24;DP=228;FAO=24;FDP=228;FR=.;FRO=204;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=79;FSRR=125;FWDB=-0.0118576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.894;QD=1.51557;RBI=0.0186357;REFB=-0.00501612;REVB=-0.0143766;RO=204;SAF=9;SAR=15;SRF=79;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158369;STB=0.511618;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0445454;OID=.;OPOS=106209373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:228:228:204:204:24:24:0.105263:15:9:79:125:15:9:79:125 chr14 106236143 . G A 307.31 PASS AF=0.187713;AO=55;DP=293;FAO=55;FDP=293;FR=.;FRO=238;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=131;FSRR=107;FWDB=0.0138821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.74;QD=4.19532;RBI=0.0140442;REFB=-0.00119317;REVB=-0.00212774;RO=238;SAF=33;SAR=22;SRF=131;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06551;STB=0.541244;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00665662;OID=.;OPOS=106236143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:238:238:55:55:0.187713:22:33:131:107:22:33:131:107 chr14 106237624 . C T 466.01 PASS AF=0.734694;AO=36;DP=49;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00955372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.653;QD=38.0415;RBI=0.0123764;REFB=0.00868043;REVB=0.00786773;RO=11;SAF=18;SAR=18;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196749;STB=0.510198;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.00393185;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:11:13:36:36:0.734694:18:18:5:6:18:18:6:7 chr14 106237642 . T G 689.57 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.154;QD=62.6882;RBI=0.00507699;REFB=0;REVB=0.00171039;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31497e-06;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chr14 106303534 . C CG,G 42.64 PASS AF=0.104167,0.00694444;AO=15,6;DP=148;FAO=15,1;FDP=144;FR=.;FRO=128;FSAF=14,1;FSAR=1,0;FSRF=79;FSRR=49;FWDB=-0.0185905,-0.0204203;FXX=0.0204068;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=160.745,177.302;QD=1.18431;RBI=0.0296155,0.0340831;REFB=-0.000459871,0.000396292;REVB=-0.0230536,-0.0272886;RO=126;SAF=15,3;SAR=0,3;SRF=77;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.614039,-0.101748;STB=0.882097,0.987897;STBP=0.006,0.495;TYPE=ins,snp;VARB=0.0896962,0.0436388;OID=.,.;OPOS=106303535,106303534;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:148:144:126:128:15,6:15,1:0.104167,0.00694444:0,3:15,3:77:49:1,0:14,1:79:49 chr14 106303846 . C T 1324.21 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483863;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.716;QD=62.3158;RBI=0.0520479;REFB=0;REVB=0.0191768;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26299e-05;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr14 106307418 . G A 4352.67 PASS AF=0.906061;AO=298;DP=341;FAO=299;FDP=330;FR=.;FRO=31;FSAF=136;FSAR=163;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0475293;FXX=0.0378998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.104;QD=52.7597;RBI=0.0478153;REFB=-0.0181319;REVB=0.00522232;RO=24;SAF=135;SAR=163;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111682;STB=0.505797;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00077199;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:341:330:24:31:298:299:0.906061:163:135:9:15:163:136:16:15 chr14 106321590 . C A 2284.85 PASS AF=0.993243;AO=145;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.758;QD=61.7527;RBI=0.0155603;REFB=-0.102803;REVB=0.0088488;RO=0;SAF=72;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00959e-08;STB=0.503311;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000672227;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:0:1:145:147:0.993243:73:72:0:0:75:72:0:1 chr14 106329435 . T G 1387.25 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0241458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4809;QD=60.3154;RBI=0.0253321;REFB=-0.120779;REVB=-0.00766128;RO=1;SAF=34;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137353;STB=0.502821;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00235319;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:92:1:2:90:90:0.978261:56:34:1:0:56:34:1:1 chr14 106329451 . GTA ACC 1216.36 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169906;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=3;MLLD=173.017;QD=60.067;RBI=0.0175892;REFB=0.0438937;REVB=0.00454972;RO=1;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919411;STB=0.504853;STBP=0.528;TYPE=mnp;VARB=-0.000332863;OID=.;OPOS=106329451;OREF=GTA;OALT=ACC;OMAPALT=ACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:80:80:0.987654:51:29:0:1:51:29:0:1 chr14 106370603 . G C 1647.62 PASS AF=0.957627;AO=114;DP=118;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.105518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.615;QD=55.8514;RBI=0.105785;REFB=-0.0223261;REVB=-0.00751763;RO=4;SAF=55;SAR=59;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014977;STB=0.503307;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0104152;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:118:118:4:5:114:113:0.957627:59:55:1:3:59:54:2:3 chr14 106385332 . G C 3076.16 PASS AF=0.962617;AO=206;DP=214;FAO=206;FDP=214;FR=.;FRO=8;FSAF=105;FSAR=101;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0558744;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0688;QD=57.4983;RBI=0.0669735;REFB=-0.200281;REVB=0.0369255;RO=2;SAF=105;SAR=101;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000177918;STB=0.513667;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00405371;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:214:214:2:8:206:206:0.962617:101:105:1:1:101:105:7:1 chr14 106436780 . A G,T 638.63 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328643,0.0123997;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.584,83.2675;QD=60.8216;RBI=0.013757,0.0292424;REFB=0,0;REVB=-0.0133587,-0.0264833;RO=0;SAF=23,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.4817e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00304692,-0.079003;OID=.,.;OPOS=106436780,106436780;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:17,2:23,0:0:0:17,2:23,0:0:0 chr14 106452690 . G A 68.59 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0125841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1456;QD=4.81353;RBI=0.016692;REFB=0.00862347;REVB=0.0109665;RO=43;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157573;STB=0.53392;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0322114;OID=.;OPOS=106452690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:43:46:11:11:0.192982:6:5:19:24:6:5:19:27 chr14 106452766 . T A 1252.77 PASS AF=0.834783;AO=96;DP=115;FAO=96;FDP=115;FR=.;FRO=19;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.017244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.641;QD=43.5747;RBI=0.0814418;REFB=-0.0558894;REVB=0.0795953;RO=18;SAF=50;SAR=46;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392175;STB=0.516488;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00990609;OID=.;OPOS=106452766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:18:19:96:96:0.834783:46:50:7:11:46:50:8:11 chr14 106452817 . A G 121.82 PASS AF=0.183333;AO=22;DP=121;FAO=22;FDP=120;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=-0.00311983;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7837;QD=4.06061;RBI=0.0112483;REFB=0.000745794;REVB=-0.0108069;RO=98;SAF=9;SAR=13;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216738;STB=0.63827;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00374457;OID=.;OPOS=106452817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:98:98:22:22:0.183333:13:9:57:41:13:9:57:41 chr14 106471268 . A G 1767.36 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.003;QD=60.9435;RBI=0.0479998;REFB=0;REVB=-0.0394273;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52465e-05;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:113:116:1:54:59:0:0:57:59:0:0 chr14 106471273 . C T 1815.76 PASS AF=0.975806;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0508603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3407;QD=58.5728;RBI=0.0703866;REFB=-0.0492331;REVB=0.048657;RO=3;SAF=61;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227861;STB=0.511998;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00688694;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:124:3:3:121:121:0.975806:60:61:3:0:60:61:3:0 chr14 106471353 . C T 2778.25 PASS AF=0.98895;AO=178;DP=181;FAO=179;FDP=181;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.042935;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2626;QD=61.3978;RBI=0.0430217;REFB=0.0010889;REVB=-0.00273016;RO=3;SAF=84;SAR=94;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061609;STB=0.500278;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-1.21984e-08;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:181:181:3:2:178:179:0.98895:94:84:2:1:94:85:1:1 chr14 106471388 . C A 2329.77 PASS AF=0.987261;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0228061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.708;QD=59.3571;RBI=0.0420903;REFB=-0.138316;REVB=0.0353762;RO=1;SAF=71;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066531;STB=0.506848;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000307788;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:157:1:2:154:155:0.987261:83:71:1:0:83:72:2:0 chr14 106471522 . C T 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.0436896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.238;QD=2.2809;RBI=0.0549012;REFB=-0.00120527;REVB=0.0332471;RO=48;SAF=2;SAR=4;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418445;STB=0.799201;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00940523;OID=.;OPOS=106471522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:4:2:34:14:4:2:34:14 chr14 106471528 . C A 624.56 PASS AF=0.914894;AO=41;DP=46;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0932479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1497;QD=53.1543;RBI=0.0934143;REFB=-0.0470557;REVB=0.00557331;RO=4;SAF=29;SAR=12;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604548;STB=0.532243;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0128188;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:47:4:4:41:43:0.914894:12:29:4:0:14:29:4:0 chr14 106471534 . A C,G 681.66 PASS AF=0.0434783,0.934783;AO=2,43;DP=46;FAO=2,43;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=2,29;FSAR=0,14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00663698,-0.0807947;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=200.126,49.7217;QD=59.2747;RBI=0.021083,0.113334;REFB=0.102238,-0.0192801;REVB=-0.0200111,-0.0794781;RO=1;SAF=2,29;SAR=0,14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0159212;STB=0.5,0.508471;STBP=1,0.591;TYPE=snp,snp;VARB=0.032432,-0.00533463;OID=.,.;OPOS=106471534,106471534;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:46:1:1:2,43:2,43:0.0434783,0.934783:0,14:2,29:1:0:0,14:2,29:1:0 chr14 106471547 . A G 446.72 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5127;QD=57.6417;RBI=0.091066;REFB=0;REVB=0.0886768;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102032;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr14 106471685 . G A 183.67 PASS AF=0.247788;AO=28;DP=112;FAO=28;FDP=113;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.0168886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.968;QD=6.5017;RBI=0.017622;REFB=-0.00352179;REVB=0.00503069;RO=84;SAF=11;SAR=17;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155313;STB=0.512982;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0107119;OID=.;OPOS=106471685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:84:85:28:28:0.247788:17:11:32:52:17:11:32:53 chr14 106471689 . A C 1037.43 PASS AF=0.74359;AO=85;DP=117;FAO=87;FDP=117;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0189548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7241;QD=35.4678;RBI=0.0461397;REFB=-0.0305577;REVB=0.0420664;RO=31;SAF=33;SAR=52;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000597793;STB=0.505617;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00974691;OID=.;OPOS=106471689;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:31:30:85:87:0.74359:52:33:12:19:54:33:12:18 chr14 106478113 . C G 116.2 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=22;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0690866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6684;QD=20.2093;RBI=0.0694759;REFB=-0.0471643;REVB=-0.00734502;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302688;STB=0.63359;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0805183;OID=.;OPOS=106478113;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:10:10:12:13:0.565217:9:3:6:4:9:4:6:4 chr14 106478183 . G C 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0450711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.016;QD=30.7883;RBI=0.0454801;REFB=-0.0195303;REVB=-0.00608613;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00190203;OID=.;OPOS=106478183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:1:0:5:3:1:0 chr14 106478194 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0331008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4932;QD=23.2183;RBI=0.0343597;REFB=0.0372361;REVB=0.00921538;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0122557;OID=.;OPOS=106478194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr14 106478401 . G A 517.9 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00604723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.531;QD=54.516;RBI=0.0383048;REFB=0.00598107;REVB=-0.0378244;RO=2;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274091;STB=0.501465;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.000474693;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:19:17:1:1:19:17:1:1 chr14 106478513 . C G 2223.04 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=143;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241597;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.706;QD=62.6207;RBI=0.0269461;REFB=-0.0313152;REVB=-0.0119332;RO=1;SAF=50;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941381;STB=0.50495;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000182292;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:142:1:1:140:141:0.992958:90:50:1:0:91:50:1:0 chr14 106478556 . T C 183.19 PASS AF=0.226562;AO=29;DP=127;FAO=29;FDP=128;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=66;FWDB=0.0230634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7586;QD=5.72483;RBI=0.0351849;REFB=-0.00532654;REVB=0.0265718;RO=96;SAF=6;SAR=23;SRF=31;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188071;STB=0.626738;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0201284;OID=.;OPOS=106478556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:96:99:29:29:0.226562:23:6:31:65:23:6:33:66 chr14 106494269 . T C 2382.16 PASS AF=1;AO=130;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=78;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.213233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6771;QD=59.9285;RBI=0.215329;REFB=0;REVB=0.0299661;RO=0;SAF=52;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196044;OID=.;OPOS=106494269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:130:159:1:78:52:0:0:81:78:0:0 chr14 106518418 . A G 839.72 PASS AF=0.875;AO=63;DP=72;FAO=63;FDP=72;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00307039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.56;QD=46.651;RBI=0.0400757;REFB=0.00442311;REVB=0.0399579;RO=9;SAF=33;SAR=30;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336824;STB=0.517923;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.000470891;OID=.;OPOS=106518418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:9:9:63:63:0.875:30:33:6:3:30:33:6:3 chr14 106518848 . T C 538.05 PASS AF=0.803571;AO=44;DP=55;FAO=45;FDP=56;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0666581;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.718;QD=38.4318;RBI=0.0668866;REFB=-0.0056106;REVB=-0.00552453;RO=10;SAF=20;SAR=24;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540569;STB=0.516122;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00187524;OID=.;OPOS=106518848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:55:56:10:11:44:45:0.803571:24:20:3:7:25:20:4:7 chr14 106573248 . C A 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0225714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.914;QD=19.7626;RBI=0.024248;REFB=0.00661591;REVB=0.00886003;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156869;STB=0.588588;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00688092;OID=.;OPOS=106573248;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:9:14:11:14:9:14:11:14 chr14 106573251 . G A 318.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.027803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.605;QD=26.5704;RBI=0.0284841;REFB=-0.0135525;REVB=-0.0061917;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376673;STB=0.520818;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00793408;OID=.;OPOS=106573251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:14:14:11:9:14:14:11:9 chr14 106573311 . C T 546.86 PASS AF=0.644737;AO=49;DP=76;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00603262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.851;QD=28.7821;RBI=0.0156732;REFB=-0.0287523;REVB=0.0144657;RO=27;SAF=27;SAR=22;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00299676;STB=0.501628;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.014124;OID=.;OPOS=106573311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:27:27:49:49:0.644737:22:27:15:12:22:27:15:12 chr14 106573352 . A T 191.29 PASS AF=0.311828;AO=23;DP=88;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=0.0234043;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.057;QD=8.22755;RBI=0.0556021;REFB=-0.0398977;REVB=0.0504364;RO=65;SAF=13;SAR=10;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102769;STB=0.640374;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.108308;OID=.;OPOS=106573352;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:65:64:23:29:0.311828:10:13:42:23:16:13:42:22 chr14 106573354 . A G 229.27 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=0.0155253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5988;QD=9.75615;RBI=0.0326828;REFB=-0.00776594;REVB=-0.0287599;RO=64;SAF=13;SAR=16;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223241;STB=0.634374;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0161354;OID=.;OPOS=106573354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:64:65:29:29:0.308511:16:13:41:23:16:13:42:23 chr14 106573357 . GT TA 210.25 PASS AF=0.3;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0504451;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=2;MLLD=54.1219;QD=9.34444;RBI=0.08578;REFB=-0.0283456;REVB=-0.0693794;RO=63;SAF=13;SAR=14;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200596;STB=0.617564;STBP=0.173;TYPE=mnp;VARB=0.0640075;OID=.;OPOS=106573357;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:63:63:27:27:0.3:14:13:41:22:14:13:41:22 chr14 106573364 . C T 280.81 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0309449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.088;QD=12.0777;RBI=0.0309539;REFB=-0.0472494;REVB=-0.000747023;RO=60;SAF=16;SAR=17;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203564;STB=0.616513;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0339722;OID=.;OPOS=106573364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:60:33:33:0.354839:17:16:40:20:17:16:40:20 chr14 106586259 . T G 575.33 PASS AF=0.704225;AO=46;DP=67;FAO=50;FDP=71;FR=.;FRO=21;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0632224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.085;QD=32.4128;RBI=0.0697668;REFB=-0.0370673;REVB=0.0295014;RO=21;SAF=28;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508842;STB=0.529746;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0167233;OID=.;OPOS=106586259;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:21:21:46:50:0.704225:18:28:11:10:19:31:11:10 chr14 106641761 . A G 1304.27 PASS AF=0.789062;AO=101;DP=128;FAO=101;FDP=128;FR=.;FRO=27;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0120104;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.534;QD=40.7584;RBI=0.0138711;REFB=0.0115081;REVB=-0.00693955;RO=27;SAF=44;SAR=57;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354092;STB=0.501886;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00333857;OID=.;OPOS=106641761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:27:27:101:101:0.789062:57:44:12:15:57:44:12:15 chr14 106691778 . T A 76.6 PASS AF=0.10989;AO=20;DP=182;FAO=20;FDP=182;FR=.;FRO=162;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=75;FSRR=87;FWDB=-0.00212361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.124;QD=1.68342;RBI=0.0229764;REFB=-0.00581494;REVB=0.0228781;RO=161;SAF=10;SAR=10;SRF=74;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495352;STB=0.532934;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0533444;OID=.;OPOS=106691778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:182:182:161:162:20:20:0.10989:10:10:74:87:10:10:75:87 chr14 106691792 . A T 53.77 PASS AF=0.0899471;AO=13;DP=185;FAO=17;FDP=189;FR=.;FRO=172;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=80;FSRR=92;FWDB=-0.0188723;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.306;QD=1.13793;RBI=0.0312184;REFB=-0.00858839;REVB=-0.0248681;RO=171;SAF=7;SAR=6;SRF=79;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832048;STB=0.504994;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.088318;OID=.;OPOS=106691792;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:185:189:171:172:13:17:0.0899471:6:7:79:92:9:8:80:92 chr14 106691794 . A G 61.24 PASS AF=0.0947368;AO=18;DP=190;FAO=18;FDP=190;FR=.;FRO=172;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=80;FSRR=92;FWDB=-0.000390102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1314;QD=1.28927;RBI=0.0194348;REFB=-0.00882292;REVB=0.0194309;RO=170;SAF=9;SAR=9;SRF=79;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420457;STB=0.531544;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0544418;OID=.;OPOS=106691794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:190:190:170:172:18:18:0.0947368:9:9:79:91:9:9:80:92 chr14 106733520 . C A 165.72 PASS AF=0.234234;AO=26;DP=111;FAO=26;FDP=111;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.00494761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4837;QD=5.97175;RBI=0.0229053;REFB=0.0106219;REVB=0.0223646;RO=85;SAF=15;SAR=11;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147132;STB=0.589993;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0396135;OID=.;OPOS=106733520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:85:85:26:26:0.234234:11:15:39:46:11:15:39:46 chr14 106733593 . G A 307.86 PASS AF=0.281046;AO=43;DP=153;FAO=43;FDP=153;FR=.;FRO=110;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=0.00986235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.9;QD=8.04867;RBI=0.0336829;REFB=-0.00696096;REVB=0.0322067;RO=110;SAF=17;SAR=26;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150484;STB=0.588878;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0157898;OID=.;OPOS=106733593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:110:110:43:43:0.281046:26:17:57:53:26:17:57:53 chr14 106780586 . G C 31.01 PASS AF=0.0595238;AO=15;DP=252;FAO=15;FDP=252;FR=.;FRO=237;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=139;FSRR=98;FWDB=-0.0117799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.604;QD=0.492218;RBI=0.032732;REFB=-0.00103374;REVB=-0.0305388;RO=235;SAF=4;SAR=11;SRF=137;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319937;STB=0.782629;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0424986;OID=.;OPOS=106780586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:252:252:235:237:15:15:0.0595238:11:4:137:98:11:4:139:98 chr14 106780647 . A G 31.62 PASS AF=0.0568562;AO=17;DP=295;FAO=17;FDP=299;FR=.;FRO=282;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=152;FSRR=130;FWDB=-0.000717066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7277;QD=0.42297;RBI=0.00574258;REFB=-0.000934469;REVB=-0.00569763;RO=278;SAF=5;SAR=12;SRF=149;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245917;STB=0.726031;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.012206;OID=.;OPOS=106780647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:295:299:278:282:17:17:0.0568562:12:5:149:129:12:5:152:130 chr14 106780803 . C G 64.36 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0211666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.967;QD=3.47868;RBI=0.0319406;REFB=-0.0264779;REVB=0.0239202;RO=62;SAF=4;SAR=8;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210223;STB=0.641961;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0993449;OID=.;OPOS=106780803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:62:62:12:12:0.162162:8:4:31:31:8:4:31:31 chr14 106780817 . A C 1289.06 PASS AF=0.988095;AO=68;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.884;QD=61.3836;RBI=0.0873328;REFB=0;REVB=0.0247475;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160853;OID=.;OPOS=106780817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:0:68:83:0.988095:38:30:0:0:44:39:0:0 chr14 106791006 . C T 1441.08 PASS AF=0.666667;AO=120;DP=183;FAO=122;FDP=183;FR=.;FRO=61;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0015819;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.274;QD=31.499;RBI=0.00248227;REFB=-0.0289414;REVB=-0.00191292;RO=62;SAF=56;SAR=64;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000684059;STB=0.508222;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0134887;OID=.;OPOS=106791006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:62:61:120:122:0.666667:64:56:29:33:65:57:30:31 chr14 106791119 . A G 869.71 PASS AF=0.319209;AO=113;DP=356;FAO=113;FDP=354;FR=.;FRO=241;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=123;FSRR=118;FWDB=0.00742964;FXX=0.00840313;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.611;QD=9.82718;RBI=0.00743907;REFB=-0.00275584;REVB=-0.000374334;RO=238;SAF=53;SAR=60;SRF=122;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051466;STB=0.528153;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0069064;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:354:238:241:113:113:0.319209:60:53:122:116:60:53:123:118 chr14 106791131 . A G 597.18 PASS AF=0.254237;AO=90;DP=354;FAO=90;FDP=354;FR=.;FRO=264;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=138;FSRR=126;FWDB=0.0067198;FXX=0.00281682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.009;QD=6.74775;RBI=0.00805321;REFB=-0.00653661;REVB=-0.0044383;RO=260;SAF=37;SAR=53;SRF=134;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131095;STB=0.583388;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0283417;OID=.;OPOS=106791131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:260:264:90:90:0.254237:53:37:134:126:53:37:138:126 chr14 106791200 . GC AG 579.09 PASS AF=0.348485;AO=69;DP=198;FAO=69;FDP=198;FR=.;FRO=129;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=63;FSRR=66;FWDB=-0.0305531;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.287;QD=11.6987;RBI=0.0351756;REFB=-0.00528218;REVB=-0.0174308;RO=129;SAF=26;SAR=43;SRF=63;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130261;STB=0.574516;STBP=0.139;TYPE=mnp;VARB=0.0114015;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:129:129:69:69:0.348485:43:26:63:66:43:26:63:66 chr14 106805212 . C G 686.92 PASS AF=0.409574;AO=65;DP=176;FAO=77;FDP=188;FR=.;FRO=111;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=0.093133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.74;QD=14.6153;RBI=0.0976512;REFB=-0.0381142;REVB=0.0293601;RO=111;SAF=29;SAR=36;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024992;STB=0.537751;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0318483;OID=.;OPOS=106805212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:188:111:111:65:77:0.409574:36:29:52:59:36:41:52:59 chr14 106805236 . C T 911.07 PASS AF=0.40873;AO=103;DP=253;FAO=103;FDP=252;FR=.;FRO=149;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=69;FSRR=80;FWDB=-0.0216855;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.848;QD=14.4615;RBI=0.0218981;REFB=-0.0217929;REVB=0.00304382;RO=149;SAF=50;SAR=53;SRF=69;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023657;STB=0.513234;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.029624;OID=.;OPOS=106805236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:149:149:103:103:0.40873:53:50:69:80:53:50:69:80 chr14 106805278 . A G 1695.71 PASS AF=0.448101;AO=175;DP=394;FAO=177;FDP=395;FR=.;FRO=218;FSAF=86;FSAR=91;FSRF=92;FSRR=126;FWDB=0.00550275;FXX=0.0075375;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.83;QD=17.1718;RBI=0.0196218;REFB=-0.000866739;REVB=-0.0188344;RO=217;SAF=85;SAR=90;SRF=91;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666392;STB=0.535337;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00101459;OID=.;OPOS=106805278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:395:217:218:175:177:0.448101:90:85:91:126:91:86:92:126 chr14 106805341 . G A 105.06 PASS AF=0.0813492;AO=41;DP=504;FAO=41;FDP=504;FR=.;FRO=463;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=197;FSRR=266;FWDB=-0.0738424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.354;QD=0.833766;RBI=0.0738457;REFB=-0.00109485;REVB=-0.00069313;RO=461;SAF=21;SAR=20;SRF=197;SRR=264;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992851;STB=0.579356;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0215787;OID=.;OPOS=106805341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:504:504:461:463:41:41:0.0813492:20:21:197:264:20:21:197:266 chr14 106805343 . A G 123.48 PASS AF=0.0876494;AO=44;DP=501;FAO=44;FDP=502;FR=.;FRO=458;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=195;FSRR=263;FWDB=0.000335435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.63;QD=0.983906;RBI=0.0126748;REFB=0.000416908;REVB=-0.0126704;RO=457;SAF=22;SAR=22;SRF=195;SRR=262;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875966;STB=0.567699;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0049891;OID=.;OPOS=106805343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:501:502:457:458:44:44:0.0876494:22:22:195:262:22:22:195:263 chr14 106805380 . GT GG,TG 1833.94 PASS AF=0.398515,0.0915842;AO=151,37;DP=406;FAO=161,37;FDP=404;FR=.;FRO=206;FSAF=67,18;FSAR=94,19;FSRF=83;FSRR=123;FWDB=0.0315185,-0.106837;FXX=0.00492599;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=281.676,38.1283;QD=18.1579;RBI=0.0316462,0.106837;REFB=-0.0167632,-0.0265187;REVB=-0.0028407,-9.23384e-05;RO=195;SAF=61,18;SAR=90,19;SRF=72;SRR=123;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0369674,0.153312;STB=0.507663,0.571136;STBP=0.806,0.358;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0265497,-0.0249661;OID=.,.;OPOS=106805381,106805380;OREF=T,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:404:195:206:151,37:161,37:0.398515,0.0915842:90,19:61,18:72:123:94,19:67,18:83:123 chr14 106805386 . G C 188.86 PASS AF=0.122137;AO=48;DP=393;FAO=48;FDP=393;FR=.;FRO=345;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=140;FSRR=205;FWDB=-0.0246661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8029;QD=1.9222;RBI=0.0300312;REFB=0.00688608;REVB=0.0171306;RO=343;SAF=25;SAR=23;SRF=140;SRR=203;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142781;STB=0.600275;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.05329;OID=.;OPOS=106805386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:343:345:48:48:0.122137:23:25:140:203:23:25:140:205 chr14 106805395 . G A 1320.09 PASS AF=0.403794;AO=149;DP=369;FAO=149;FDP=369;FR=.;FRO=220;FSAF=61;FSAR=88;FSRF=90;FSRR=130;FWDB=-0.0174959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.867;QD=14.3099;RBI=0.0175717;REFB=-0.00238218;REVB=0.00163074;RO=220;SAF=61;SAR=88;SRF=90;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000336427;STB=0.500188;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00588773;OID=.;OPOS=106805395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:369:220:220:149:149:0.403794:88:61:90:130:88:61:90:130 chr14 106805402 . T G 249.84 PASS AF=0.150568;AO=53;DP=353;FAO=53;FDP=352;FR=.;FRO=299;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=116;FSRR=183;FWDB=-0.0272715;FXX=0.00845047;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.637;QD=2.83904;RBI=0.0272762;REFB=0.00521503;REVB=0.000505849;RO=300;SAF=27;SAR=26;SRF=117;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154854;STB=0.602783;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0277696;OID=.;OPOS=106805402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:352:300:299:53:53:0.150568:26:27:117:183:26:27:116:183 chr14 106805408 . C T 1174.14 PASS AF=0.386628;AO=132;DP=342;FAO=133;FDP=344;FR=.;FRO=211;FSAF=54;FSAR=79;FSRF=86;FSRR=125;FWDB=0.00620707;FXX=0.00578018;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.787;QD=13.6528;RBI=0.00807019;REFB=0.00361607;REVB=0.00515753;RO=208;SAF=53;SAR=79;SRF=85;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00807348;STB=0.500996;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00409863;OID=.;OPOS=106805408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:344:208:211:132:133:0.386628:79:53:85:123:79:54:86:125 chr14 106805439 . TA CG,TG 3742.22 PASS AF=0.168033,0.831967;AO=42,202;DP=246;FAO=41,203;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=18,86;FSAR=23,117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133418,0.0242076;FXX=0.00812975;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=59.6614,135.544;QD=61.3478;RBI=0.0229536,0.0243751;REFB=0,0;REVB=-0.018678,-0.00285229;RO=0;SAF=18,86;SAR=24,116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0158688,0.00124521;OID=.,.;OPOS=106805439,106805440;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:246:244:0:0:42,202:41,203:0.168033,0.831967:24,116:18,86:0:0:23,117:18,86:0:0 chr14 106805481 . G A 106.42 PASS AF=0.17094;AO=20;DP=117;FAO=20;FDP=117;FR=.;FRO=97;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=0.00628473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.037;QD=3.63841;RBI=0.0245052;REFB=-0.00453819;REVB=-0.0236856;RO=97;SAF=11;SAR=9;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173622;STB=0.612549;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0285981;OID=.;OPOS=106805481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:97:97:20:20:0.17094:9:11:40:57:9:11:40:57 chr14 106805485 . C G 56.94 PASS AF=0.117117;AO=13;DP=111;FAO=13;FDP=111;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.051449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.696;QD=2.0518;RBI=0.0569717;REFB=0.00396653;REVB=0.02447;RO=98;SAF=7;SAR=6;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1335;STB=0.596009;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0324405;OID=.;OPOS=106805485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:111:111:98:98:13:13:0.117117:6:7:42:56:6:7:42:56 chr14 106805508 . G A 1472.78 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0128184;FXX=0.019998;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.5263;QD=60.1135;RBI=0.0128819;REFB=-0.0404077;REVB=0.00127755;RO=2;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163465;STB=0.502127;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.001275;OID=.;OPOS=106805508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:98:98:2:3:95:95:0.969388:57:38:0:2:57:38:1:2 chr14 106866565 . C A 2556.5 PASS AF=0.994048;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00695793;FXX=0.0175428;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.398;QD=60.869;RBI=0.0132769;REFB=-0.0888768;REVB=0.0113077;RO=1;SAF=82;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563188;STB=0.502958;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0001029;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:168:1:1:166:167:0.994048:84:82:0:1:84:83:0:1 chr14 106877551 . A C 2061.18 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180317;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.077;QD=62.46;RBI=0.0756622;REFB=0;REVB=0.0734821;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149898;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:132:0:0:123:132:1:63:60:0:0:72:60:0:0 chr14 106877591 . G C 48.57 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=102;FAO=11;FDP=99;FR=.;FRO=88;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.00935062;FXX=0.0294089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5911;QD=1.96223;RBI=0.00941467;REFB=0.00899732;REVB=0.00109635;RO=90;SAF=5;SAR=6;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675666;STB=0.56033;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.042877;OID=.;OPOS=106877591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:102:99:90:88:11:11:0.111111:6:5:46:44:6:5:46:42 chr14 106877637 . A G 58.27 PASS AF=0.105634;AO=15;DP=144;FAO=15;FDP=142;FR=.;FRO=127;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=67;FSRR=60;FWDB=0.0120295;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.033;QD=1.64132;RBI=0.0234095;REFB=0.00265574;REVB=0.0200823;RO=128;SAF=10;SAR=5;SRF=66;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184592;STB=0.627845;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0237421;OID=.;OPOS=106877637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:144:142:128:127:15:15:0.105634:5:10:66:62:5:10:67:60 chr14 106926328 . A C 1946.83 PASS AF=0.977612;AO=126;DP=132;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00573675;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8254;QD=58.1142;RBI=0.116378;REFB=-0.147063;REVB=0.116237;RO=5;SAF=65;SAR=61;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840029;STB=0.503309;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00593814;OID=.;OPOS=106926328;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:132:134:5:3:126:131:0.977612:61:65:2:3:63:68:2:1 chr14 106926362 . C T 1328.98 PASS AF=0.936842;AO=89;DP=95;FAO=89;FDP=95;FR=.;FRO=6;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0131896;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.342;QD=55.9572;RBI=0.013519;REFB=-0.153403;REVB=-0.0029657;RO=4;SAF=43;SAR=46;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420645;STB=0.532601;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000706094;OID=.;OPOS=106926362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:95:95:4:6:89:89:0.936842:46:43:4:0:46:43:6:0 chr14 106926388 . T C 1080.44 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.126;QD=60.0245;RBI=0.0113443;REFB=0;REVB=-0.00556403;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39557e-05;OID=.;OPOS=106926388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr14 106926456 . A C 223.08 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00018864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4485;QD=49.5736;RBI=0.00469306;REFB=0;REVB=0.00468927;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152896;OID=.;OPOS=106926456;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr14 106926649 . C A 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.377;QD=63.5798;RBI=0.0465596;REFB=0;REVB=0.0011691;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125266;OID=.;OPOS=106926649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr14 106963101 . C G,T 1834.36 PASS AF=0.0583942,0.875912;AO=9,120;DP=137;FAO=8,120;FDP=137;FR=.;FRO=9;FSAF=1,52;FSAR=7,68;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0167447,-0.00281088;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.4013,187.261;QD=53.5578;RBI=0.0279358,0.0165925;REFB=-0.0102995,0.0134482;REVB=-0.0223612,0.0163526;RO=7;SAF=2,51;SAR=7,69;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.301282,-0.0156134;STB=0.791595,0.50866;STBP=0.06,0.493;TYPE=snp,snp;VARB=0.0751261,-0.00194695;OID=.,.;OPOS=106963101,106963101;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:137:137:7:9:9,120:8,120:0.0583942,0.875912:7,69:2,51:4:3:7,68:1,52:5:4 chr14 106993845 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.88;QD=33.4285;RBI=0.00785559;REFB=0;REVB=0.00785559;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265659;OID=.;OPOS=106993845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr14 106993886 . A G 469.83 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954207;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.596;QD=58.7281;RBI=0.00962952;REFB=0;REVB=0.00129477;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273433;OID=.;OPOS=106993886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr14 106993945 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.339;QD=57.1059;RBI=0.0715294;REFB=0;REVB=0.0669926;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165309;OID=.;OPOS=106993945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr14 106994009 . GCT TTC 976.41 PASS AF=1;AO=62;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546095;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=3;MLLD=257.055;QD=59.1765;RBI=0.059048;REFB=0;REVB=0.0224605;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000108939;OID=.;OPOS=106994009;OREF=GCT;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:62:66:1:34:28:0:0:36:30:0:0 chr14 106994015 . G A 1007.01 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.199;QD=59.2361;RBI=0.0413548;REFB=0;REVB=0.00363188;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36532e-05;OID=.;OPOS=106994015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:38:30:0:0 chr14 106994063 . C T 576.9 PASS AF=0.882353;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0302569;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=276.208;QD=45.2472;RBI=0.0303153;REFB=-0.00891748;REVB=-0.00188078;RO=6;SAF=25;SAR=20;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248351;STB=0.513268;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000668743;OID=.;OPOS=106994063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:6:6:45:45:0.882353:20:25:4:2:20:25:4:2 chr14 107013129 . A C 1088.23 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00421677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0701;QD=57.2754;RBI=0.00987139;REFB=0.0228593;REVB=0.00892542;RO=1;SAF=35;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133249;STB=0.513885;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00448851;OID=.;OPOS=107013129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:1:2:74:74:0.973684:39:35:1:0:39:35:2:0 chr14 107034863 . C T 38.46 PASS AF=0.0677966;AO=16;DP=236;FAO=16;FDP=236;FR=.;FRO=220;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=94;FSRR=126;FWDB=0.0147286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.551;QD=0.651869;RBI=0.0149432;REFB=-8.97865e-05;REVB=0.00252367;RO=218;SAF=10;SAR=6;SRF=94;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208137;STB=0.678798;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000654102;OID=.;OPOS=107034863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:236:236:218:220:16:16:0.0677966:6:10:94:124:6:10:94:126 chr14 107034869 . AG CA 38.26 PASS AF=0.0675105;AO=16;DP=237;FAO=16;FDP=237;FR=.;FRO=221;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=98;FSRR=123;FWDB=0.0221861;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.82;QD=0.645761;RBI=0.0274454;REFB=1.03953e-05;REVB=-0.0161563;RO=219;SAF=10;SAR=6;SRF=98;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19076;STB=0.665434;STBP=0.191;TYPE=mnp;VARB=-7.11558e-05;OID=.;OPOS=107034869;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:237:237:219:221:16:16:0.0675105:6:10:98:121:6:10:98:123 chr14 107034873 . GA CC 38.7 PASS AF=0.0680851;AO=16;DP=236;FAO=16;FDP=235;FR=.;FRO=219;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=97;FSRR=122;FWDB=-0.0102886;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.739;QD=0.658647;RBI=0.0267884;REFB=-0.000720412;REVB=-0.0247339;RO=213;SAF=11;SAR=5;SRF=95;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260308;STB=0.720952;STBP=0.08;TYPE=mnp;VARB=0.00581215;OID=.;OPOS=107034873;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:236:235:213:219:16:16:0.0680851:5:11:95:118:5:11:97:122 chr14 107034920 . C T 130.16 PASS AF=0.139303;AO=28;DP=201;FAO=28;FDP=201;FR=.;FRO=173;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=83;FSRR=90;FWDB=-0.00816084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.801;QD=2.59016;RBI=0.00817114;REFB=-0.000410571;REVB=-0.000410289;RO=173;SAF=12;SAR=16;SRF=83;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654436;STB=0.544381;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00378939;OID=.;OPOS=107034920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:173:173:28:28:0.139303:16:12:83:90:16:12:83:90 chr14 107034967 . T C 338.64 PASS AF=0.323308;AO=43;DP=133;FAO=43;FDP=133;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=-0.0292195;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4502;QD=10.1846;RBI=0.0612682;REFB=-0.00457725;REVB=-0.0538518;RO=90;SAF=23;SAR=20;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902804;STB=0.544534;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00669581;OID=.;OPOS=107034967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:90:90:43:43:0.323308:20:23:55:35:20:23:54:36 chr14 107035002 . A G 416.96 PASS AF=0.424779;AO=46;DP=111;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.028604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.714;QD=14.7595;RBI=0.0320069;REFB=-0.00790742;REVB=-0.0143616;RO=63;SAF=22;SAR=24;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955066;STB=0.554797;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.009932;OID=.;OPOS=107035002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:63:65:46:48:0.424779:24:22:36:27:26:22:36:29 chr14 107035020 . C T 328.96 PASS AF=0.356522;AO=41;DP=115;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.108502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8282;QD=11.4422;RBI=0.111498;REFB=0.00432485;REVB=0.0256757;RO=74;SAF=19;SAR=22;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131433;STB=0.575248;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00641368;OID=.;OPOS=107035020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:74:41:41:0.356522:22:19:43:31:22:19:43:31 chr14 107035163 . GA CC 178.78 PASS AF=0.235294;AO=28;DP=119;FAO=28;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.00648634;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.366;QD=6.00951;RBI=0.0230534;REFB=-0.0043938;REVB=0.0221221;RO=91;SAF=11;SAR=17;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247325;STB=0.650278;STBP=0.08;TYPE=mnp;VARB=0.0128423;OID=.;OPOS=107035163;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:91:91:28:28:0.235294:17:11:54:37:17:11:54:37 chr14 107035168 . T A 161.23 PASS AF=0.224138;AO=26;DP=116;FAO=26;FDP=116;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=-0.0184812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.067;QD=5.55963;RBI=0.0199574;REFB=-0.00452333;REVB=-0.00753268;RO=89;SAF=11;SAR=15;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227706;STB=0.634665;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0194981;OID=.;OPOS=107035168;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:89:90:26:26:0.224138:15:11:54:35:15:11:54:36 chr14 107035182 . T G 158.11 PASS AF=0.229358;AO=25;DP=110;FAO=25;FDP=109;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.0098202;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.4;QD=5.80232;RBI=0.0101304;REFB=0.000272662;REVB=-0.00248753;RO=84;SAF=11;SAR=14;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192688;STB=0.617853;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00111203;OID=.;OPOS=107035182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:84:84:25:25:0.229358:14:11:50:34:14:11:50:34 chr14 107048690 . G A 119.31 PASS AF=0.189189;AO=21;DP=112;FAO=21;FDP=111;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.0142428;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.58;QD=4.29945;RBI=0.0386841;REFB=-0.0111296;REVB=-0.0359667;RO=90;SAF=12;SAR=9;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615507;STB=0.503933;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0265848;OID=.;OPOS=107048690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:90:90:21:21:0.189189:9:12:51:39:9:12:51:39 chr14 107048702 . G A 367.34 PASS AF=0.316129;AO=47;DP=155;FAO=49;FDP=155;FR=.;FRO=106;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0158141;FXX=0.012738;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.265;QD=9.47985;RBI=0.0322967;REFB=-0.00767956;REVB=-0.0281601;RO=106;SAF=30;SAR=17;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178839;STB=0.598993;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0214564;OID=.;OPOS=107048702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:106:106:47:49:0.316129:17:30:52:54:18:31:52:54 chr14 107048749 . C G 1216.53 PASS AF=0.533937;AO=118;DP=221;FAO=118;FDP=221;FR=.;FRO=103;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0341298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.819;QD=22.0186;RBI=0.0394958;REFB=-0.00342631;REVB=-0.0198764;RO=103;SAF=68;SAR=50;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617366;STB=0.533721;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00261399;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:103:103:118:118:0.533937:50:68:52:51:50:68:52:51 chr14 107048767 . G T 1048.49 PASS AF=0.450413;AO=109;DP=243;FAO=109;FDP=242;FR=.;FRO=133;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=79;FSRR=54;FWDB=0.00351129;FXX=0.00411506;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.984;QD=17.3304;RBI=0.0107273;REFB=-0.00565102;REVB=-0.0101364;RO=133;SAF=54;SAR=55;SRF=79;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977616;STB=0.554115;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00880722;OID=.;OPOS=107048767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:242:133:133:109:109:0.450413:55:54:79:54:55:54:79:54 chr14 107048885 . C T 563.01 PASS AF=0.6;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0177807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.585;QD=26.4944;RBI=0.0178436;REFB=-0.00295796;REVB=-0.00149688;RO=33;SAF=25;SAR=26;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615937;STB=0.539155;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.000965984;OID=.;OPOS=107048885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:33:34:51:51:0.6:26:25:19:14:26:25:20:14 chr14 107048929 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.573;QD=33.4285;RBI=0.0777581;REFB=0;REVB=0.0444601;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000449982;OID=.;OPOS=107048929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr14 107078790 . C T 1810.98 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0311695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.653;QD=59.3763;RBI=0.0319383;REFB=-0.057582;REVB=-0.00696554;RO=2;SAF=56;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166602;STB=0.50877;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00012004;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:2:2:120:120:0.983607:64:56:2:0:64:56:2:0 chr14 107083283 . C T 92.42 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.039447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.326;QD=5.35795;RBI=0.0625885;REFB=-0.00625735;REVB=0.0485928;RO=54;SAF=6;SAR=9;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235441;STB=0.647536;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0309198;OID=.;OPOS=107083283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:54:54:15:15:0.217391:9:6:32:22:9:6:32:22 chr14 107083286 . A G 90.34 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0225316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.895;QD=4.94987;RBI=0.0321814;REFB=-0.000700572;REVB=-0.0229775;RO=57;SAF=6;SAR=9;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199311;STB=0.632259;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00111959;OID=.;OPOS=107083286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:57:58:15:15:0.205479:9:6:32:25:9:6:33:25 chr14 107083633 . T C 4642.82 PASS AF=1;AO=290;DP=291;FAO=292;FDP=292;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116015;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1179;QD=63.6003;RBI=0.0394659;REFB=-0.0749575;REVB=-0.0394489;RO=0;SAF=141;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20752e-05;OID=.;OPOS=107083633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:291:292:0:0:290:292:1:149:141:0:0:150:142:0:0 chr14 107113742 . C T 100.06 PASS AF=0.25;AO=12;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00196425;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.866;QD=6.67075;RBI=0.00697622;REFB=-0.0148285;REVB=-0.00669398;RO=48;SAF=3;SAR=9;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277173;STB=0.740394;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0416998;OID=.;OPOS=107113742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:48:45:12:15:0.25:9:3:22:26:12:3:22:23 chr14 107113745 . G A 94.89 PASS AF=0.227273;AO=14;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0469092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.688;QD=5.75077;RBI=0.0521371;REFB=0.00268993;REVB=-0.0227552;RO=51;SAF=3;SAR=11;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324834;STB=0.721898;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0218116;OID=.;OPOS=107113745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:66:51:51:14:15:0.227273:11:3:23:28:12:3:23:28 chr14 107113763 . A G 231.9 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00663849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.321;QD=10.3065;RBI=0.0306346;REFB=-0.00380615;REVB=-0.0299067;RO=60;SAF=8;SAR=21;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201762;STB=0.614374;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00839445;OID=.;OPOS=107113763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:60:61:29:29:0.322222:21:8:26:34:21:8:26:35 chr14 107113780 . G A 379.51 PASS AF=0.387931;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0119047;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.082;QD=13.0866;RBI=0.0134299;REFB=0.000290674;REVB=0.00621607;RO=71;SAF=16;SAR=29;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608728;STB=0.534601;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.000910859;OID=.;OPOS=107113780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:71:71:45:45:0.387931:29:16:29:42:29:16:29:42 chr14 107113785 . C T 426.18 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0204513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.148;QD=14.0887;RBI=0.0390972;REFB=-0.0136309;REVB=-0.0333217;RO=71;SAF=18;SAR=31;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301897;STB=0.5224;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0255268;OID=.;OPOS=107113785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:71:72:49:49:0.404959:31:18:28:43:31:18:29:43 chr14 107113846 . A G 757.47 PASS AF=0.445055;AO=80;DP=181;FAO=81;FDP=182;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.00779345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.695;QD=16.6478;RBI=0.013357;REFB=-0.0164481;REVB=0.0108477;RO=100;SAF=28;SAR=52;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851301;STB=0.545626;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0222398;OID=.;OPOS=107113846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:100:101:80:81:0.445055:52:28:43:57:52:29:44:57 chr14 107113851 . C T 1037.67 PASS AF=0.546961;AO=97;DP=179;FAO=99;FDP=181;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=0.0182522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.984;QD=22.9319;RBI=0.0228331;REFB=-0.0197331;REVB=0.0137188;RO=82;SAF=40;SAR=57;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405997;STB=0.527292;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0176675;OID=.;OPOS=107113851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:82:82:97:99:0.546961:57:40:30:52:57:42:30:52 chr14 107113855 . A G 765.23 PASS AF=0.445055;AO=81;DP=183;FAO=81;FDP=182;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.0168125;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.427;QD=16.8182;RBI=0.0202862;REFB=0.000465684;REVB=-0.011352;RO=101;SAF=29;SAR=52;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819153;STB=0.545626;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000208558;OID=.;OPOS=107113855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:101:101:81:81:0.445055:52:29:44:57:52:29:44:57 chr14 107113858 . A G 786.6 PASS AF=0.446237;AO=83;DP=186;FAO=83;FDP=186;FR=.;FRO=103;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=0.0164484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.763;QD=16.9161;RBI=0.0164499;REFB=-0.00440352;REVB=0.000217556;RO=101;SAF=32;SAR=51;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615419;STB=0.529595;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00390156;OID=.;OPOS=107113858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:101:103:83:83:0.446237:51:32:45:56:51:32:45:58 chr14 107113968 . C A 257.2 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.015081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.91;QD=11.4309;RBI=0.015107;REFB=-0.00974691;REVB=-0.000886196;RO=59;SAF=17;SAR=14;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026159;STB=0.515142;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0192093;OID=.;OPOS=107113968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:59:59:31:31:0.344444:14:17:31:28:14:17:31:28 chr14 107114009 . T C 637.89 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0187105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4773;QD=59.3386;RBI=0.0428365;REFB=0.0121821;REVB=-0.0385341;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00401951;OID=.;OPOS=107114009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:0:1:42:42:0.976744:20:22:0:0:20:22:1:0 chr14 107114193 . A G 789.61 PASS AF=0.921875;AO=58;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0728979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.504;QD=49.3506;RBI=0.0817745;REFB=-0.0101156;REVB=0.0370534;RO=5;SAF=33;SAR=25;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256131;STB=0.512583;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000709042;OID=.;OPOS=107114193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:64:64:5:5:58:59:0.921875:25:33:2:3:26:33:2:3 chr14 107131063 . A G 305.68 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0112451;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.689;QD=45.2863;RBI=0.0117451;REFB=-0.0298387;REVB=-0.00339045;RO=3;SAF=20;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587342;STB=0.531887;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00379559;OID=.;OPOS=107131063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:27:3:3:24:24:0.888889:4:20:2:1:4:20:2:1 chr14 107131128 . G T 142.89 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0233704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.673;QD=31.7523;RBI=0.0331501;REFB=-0.056537;REVB=-0.0235107;RO=3;SAF=11;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10908;STB=0.576824;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00802651;OID=.;OPOS=107131128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:18:18:3:4:14:14:0.777778:3:11:3:0:3:11:4:0 chr14 107131410 . A G 785.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1428;QD=57.0976;RBI=0.0387698;REFB=0;REVB=0.00546151;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430423;OID=.;OPOS=107131410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr14 107170055 . G A 1803.96 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.617;QD=61.1511;RBI=0.0337692;REFB=0;REVB=0.0244225;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61405e-05;OID=.;OPOS=107170055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:57:61:0:0:57:61:0:0 chr14 107170062 . A G 1613.8 PASS AF=0.94958;AO=112;DP=119;FAO=113;FDP=119;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0508153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2263;QD=54.2452;RBI=0.0521205;REFB=-0.0802611;REVB=0.011591;RO=4;SAF=56;SAR=56;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016353;STB=0.516587;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0105087;OID=.;OPOS=107170062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:119:119:4:6:112:113:0.94958:56:56:3:1:56:57:5:1 chr14 107170077 . C T 1829.36 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0472147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5029;QD=59.4913;RBI=0.0472171;REFB=-0.121646;REVB=0.000482647;RO=2;SAF=63;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148401;STB=0.507811;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00237829;OID=.;OPOS=107170077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:2:2:121:121:0.98374:58:63:2:0:58:63:2:0 chr14 107170219 . C G 1026.77 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.511;QD=59.5228;RBI=0.032097;REFB=0;REVB=0.00463374;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90968e-05;OID=.;OPOS=107170219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:34:35:0:0 chr14 107178832 . A G 3914.83 PASS AF=0.995984;AO=247;DP=249;FAO=248;FDP=249;FR=.;FRO=1;FSAF=129;FSAR=119;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0383845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5372;QD=62.8888;RBI=0.0836637;REFB=-0.157451;REVB=-0.0743387;RO=2;SAF=128;SAR=119;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00738895;STB=0.50193;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00110755;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:249:249:2:1:247:248:0.995984:119:128:2:0:119:129:1:0 chr14 107178965 . A C 2642.22 PASS AF=0.988636;AO=169;DP=174;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0853454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.59;QD=60.0505;RBI=0.0853768;REFB=-0.0912844;REVB=0.0023171;RO=2;SAF=66;SAR=103;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0025579;STB=0.501154;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000356502;OID=.;OPOS=107178965;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:174:176:2:2:169:174:0.988636:103:66:1:1:104:70:1:1 chr14 107179268 . A G 1760.96 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.247;QD=60.7227;RBI=0.0311282;REFB=0;REVB=-0.0299607;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39414e-05;OID=.;OPOS=107179268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:114:116:1:54:60:0:0:55:61:0:0 chr14 107211211 . G A 890.96 PASS AF=0.955224;AO=63;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0123149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.188;QD=53.1916;RBI=0.0135178;REFB=-0.037622;REVB=0.00557434;RO=3;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410115;STB=0.52112;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00302404;OID=.;OPOS=107211211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:63:64:0.955224:33:30:0:3:34:30:0:3 chr14 107259782 . A G 32.93 PASS AF=0.125;AO=7;DP=49;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0885871;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2813;QD=2.74407;RBI=0.108376;REFB=0.00514799;REVB=-0.0624319;RO=42;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432517;STB=0.780227;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0515933;OID=.;OPOS=107259782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:48:42:42:7:6:0.125:6:1:20:22:5:1:19:23 chr14 107259787 . A C 34.46 PASS AF=0.15;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0198439;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.836;QD=3.44634;RBI=0.0218471;REFB=-0.00285943;REVB=0.00913857;RO=36;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338534;STB=0.728299;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0137529;OID=.;OPOS=107259787;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:42:40:36:34:6:6:0.15:5:1:15:21:5:1:13:21 chr15 20170150 . C T 1933.58 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.089;QD=61.8746;RBI=0.0114848;REFB=0;REVB=0.000577199;RO=0;SAF=60;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18804e-05;OID=.;OPOS=20170150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:65:60:0:0:65:60:0:0 chr15 20362818 . G T 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000906598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3862;QD=45.8026;RBI=0.0337766;REFB=0;REVB=-0.0337645;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150169;OID=.;OPOS=20362818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr15 20462585 . A G 160.04 PASS AF=0.129252;AO=38;DP=294;FAO=38;FDP=294;FR=.;FRO=256;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=141;FSRR=115;FWDB=0.012761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.305;QD=2.17738;RBI=0.0208008;REFB=-0.00220014;REVB=-0.0164266;RO=255;SAF=26;SAR=12;SRF=140;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178748;STB=0.622248;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0199947;OID=.;OPOS=20462585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:255:256:38:38:0.129252:12:26:140:115:12:26:141:115 chr15 20462603 . G T 836.18 PASS AF=0.340909;AO=105;DP=308;FAO=105;FDP=308;FR=.;FRO=203;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=111;FSRR=92;FWDB=0.00438465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.602;QD=10.8594;RBI=0.00861078;REFB=0.0125675;REVB=-0.00741083;RO=202;SAF=65;SAR=40;SRF=111;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829845;STB=0.549286;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0176844;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:202:203:105:105:0.340909:40:65:111:91:40:65:111:92 chr15 20462613 . G C 466.46 PASS AF=0.234177;AO=73;DP=312;FAO=74;FDP=316;FR=.;FRO=242;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=136;FSRR=106;FWDB=0.0153033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.157;QD=5.90456;RBI=0.0205874;REFB=0.000354126;REVB=-0.0137714;RO=239;SAF=43;SAR=30;SRF=136;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260863;STB=0.514943;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00168892;OID=.;OPOS=20462613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:316:239:242:73:74:0.234177:30:43:136:103:31:43:136:106 chr15 20588705 . C A 1037.84 PASS AF=0.556818;AO=96;DP=176;FAO=98;FDP=176;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=24;FSRR=54;FWDB=0.0288174;FXX=0.0276228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0433;QD=23.5873;RBI=0.0336086;REFB=-0.0152129;REVB=-0.0172943;RO=78;SAF=35;SAR=61;SRF=24;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512969;STB=0.524189;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0175644;OID=.;OPOS=20588705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:78:78:96:98:0.556818:61:35:24:54:63:35:24:54 chr15 20645751 . G A 257.43 PASS AF=0.282443;AO=32;DP=126;FAO=37;FDP=131;FR=.;FRO=94;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.0197831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.459;QD=7.86042;RBI=0.0367649;REFB=-0.00661004;REVB=0.0309884;RO=90;SAF=16;SAR=16;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136761;STB=0.548709;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0215861;OID=.;OPOS=20645751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:131:90:94:32:37:0.282443:16:16:46:44:21:16:47:47 chr15 20645827 . A G 939.49 PASS AF=0.56962;AO=91;DP=158;FAO=90;FDP=158;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=21;FSRR=47;FWDB=-0.00068042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1698;QD=23.7845;RBI=0.00613634;REFB=-0.0157713;REVB=-0.0060985;RO=61;SAF=40;SAR=51;SRF=14;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161676;STB=0.55535;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0143372;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:61:68:91:90:0.56962:51:40:14:47:51:39:21:47 chr15 20648687 . GCAGA G 50.0 PASS AO=132;DP=367;LEN=4;RO=235;SAF=77;SAR=68;SRF=117;SRR=105;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=20648688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:367:235:132:68:77:117:105 chr15 20874846 . G A 564.11 PASS AF=0.165939;AO=114;DP=684;FAO=114;FDP=687;FR=.;FRO=573;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=257;FSRR=316;FWDB=-0.0242141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9035;QD=3.28449;RBI=0.0303578;REFB=-9.54878e-05;REVB=-0.0183105;RO=562;SAF=51;SAR=63;SRF=252;SRR=310;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00135628;STB=0.500968;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.000402886;OID=.;OPOS=20874846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:684:687:562:573:114:114:0.165939:63:51:252:310:63:51:257:316 chr15 20874897 . A G 5400.78 PASS AF=0.632353;AO=466;DP=746;FAO=473;FDP=748;FR=.;FRO=275;FSAF=190;FSAR=283;FSRF=122;FSRR=153;FWDB=0.0208593;FXX=0.00531908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.861;QD=28.8812;RBI=0.039199;REFB=-0.0281581;REVB=-0.0331881;RO=273;SAF=190;SAR=276;SRF=122;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277317;STB=0.51594;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.016385;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:746:748:273:275:466:473:0.632353:276:190:122:151:283:190:122:153 chr15 20874927 . T A 1759.27 PASS AF=0.322082;AO=215;DP=699;FAO=229;FDP=711;FR=.;FRO=482;FSAF=86;FSAR=143;FSRF=201;FSRR=281;FWDB=-0.00169585;FXX=0.00559433;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.63;QD=9.89744;RBI=0.011803;REFB=-0.0057116;REVB=0.0116805;RO=471;SAF=80;SAR=135;SRF=196;SRR=275;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553218;STB=0.529525;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0120126;OID=.;OPOS=20874927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:699:711:471:482:215:229:0.322082:135:80:196:275:143:86:201:281 chr15 20876452 . G A 157.18 PASS AF=0.115385;AO=42;DP=364;FAO=42;FDP=364;FR=.;FRO=322;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=185;FSRR=137;FWDB=-0.0290744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.238;QD=1.7272;RBI=0.0319527;REFB=-0.00365902;REVB=-0.0132536;RO=319;SAF=18;SAR=24;SRF=182;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176569;STB=0.626968;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0227181;OID=.;OPOS=20876452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:364:319:322:42:42:0.115385:24:18:182:137:24:18:185:137 chr15 20876515 . A G 3719.83 PASS AF=0.681223;AO=312;DP=460;FAO=312;FDP=458;FR=.;FRO=146;FSAF=175;FSAR=137;FSRF=68;FSRR=78;FWDB=0.0251955;FXX=0.00434773;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.259;QD=32.4876;RBI=0.0266477;REFB=-0.0179379;REVB=0.00867678;RO=146;SAF=175;SAR=137;SRF=68;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571366;STB=0.530555;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00929473;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:460:458:146:146:312:312:0.681223:137:175:68:78:137:175:68:78 chr15 22368862 . G A 1649.71 PASS AF=0.381048;AO=189;DP=496;FAO=189;FDP=496;FR=.;FRO=307;FSAF=85;FSAR=104;FSRF=153;FSRR=154;FWDB=0.00260894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1638;QD=13.3041;RBI=0.00567263;REFB=-0.00509155;REVB=-0.00503707;RO=303;SAF=85;SAR=104;SRF=151;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535399;STB=0.530223;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0085288;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:496:496:303:307:189:189:0.381048:104:85:151:152:104:85:153:154 chr15 22368905 . G A 1111.36 PASS AF=0.367403;AO=132;DP=362;FAO=133;FDP=362;FR=.;FRO=229;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=118;FSRR=111;FWDB=0.0161321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.486;QD=12.2802;RBI=0.0161499;REFB=-0.00595948;REVB=0.000757442;RO=229;SAF=67;SAR=65;SRF=118;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00865355;STB=0.50729;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00989412;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:362:229:229:132:133:0.367403:65:67:118:111:66:67:118:111 chr15 22369175 . CT GG 548.46 PASS AF=0.352941;AO=64;DP=185;FAO=66;FDP=187;FR=.;FRO=121;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=-0.00141277;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.723;QD=11.7317;RBI=0.00370924;REFB=-0.0086583;REVB=0.00342966;RO=121;SAF=35;SAR=29;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395876;STB=0.521478;STBP=0.654;TYPE=mnp;VARB=0.0139101;OID=.;OPOS=22369175;OREF=CT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:121:121:64:66:0.352941:29:35:62:59:30:36:62:59 chr15 22369248 . T C 1309.88 PASS AF=0.572093;AO=123;DP=215;FAO=123;FDP=215;FR=.;FRO=92;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=0.000179043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.48;QD=24.3699;RBI=0.0331458;REFB=-0.00473475;REVB=-0.0331453;RO=92;SAF=60;SAR=63;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078044;STB=0.542358;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00528351;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:92:92:123:123:0.572093:63:60:54:38:63:60:54:38 chr15 22369279 . C G 570.58 PASS AF=0.258462;AO=84;DP=324;FAO=84;FDP=325;FR=.;FRO=241;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=124;FSRR=117;FWDB=-0.00505891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.878;QD=7.02251;RBI=0.0153221;REFB=-0.00204461;REVB=-0.0144628;RO=240;SAF=33;SAR=51;SRF=123;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150604;STB=0.590857;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00811401;OID=.;OPOS=22369279;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:325:240:241:84:84:0.258462:51:33:123:117:51:33:124:117 chr15 22369290 . A G 205.29 PASS AF=0.128866;AO=51;DP=389;FAO=50;FDP=388;FR=.;FRO=338;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=172;FSRR=166;FWDB=-0.0154699;FXX=0.00257063;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.482;QD=2.11641;RBI=0.0184978;REFB=-0.00365873;REVB=0.0101416;RO=335;SAF=21;SAR=30;SRF=170;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122292;STB=0.577456;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0231102;OID=.;OPOS=22369290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:388:335:338:51:50:0.128866:30:21:170:165:29:21:172:166 chr15 22369426 . G A 311.65 PASS AF=0.137476;AO=73;DP=529;FAO=73;FDP=531;FR=.;FRO=458;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=235;FSRR=223;FWDB=-0.0122262;FXX=0.00187966;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.425;QD=2.34766;RBI=0.0192202;REFB=-0.000363592;REVB=-0.0148303;RO=453;SAF=35;SAR=38;SRF=232;SRR=221;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042039;STB=0.528994;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00236273;OID=.;OPOS=22369426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:529:531:453:458:73:73:0.137476:38:35:232:221:38:35:235:223 chr15 22382704 . G C 171.26 PASS AF=0.144531;AO=37;DP=257;FAO=37;FDP=256;FR=.;FRO=219;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=106;FSRR=113;FWDB=0.0433962;FXX=0.0038909;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4609;QD=2.67597;RBI=0.0648101;REFB=-0.00128361;REVB=-0.0481365;RO=220;SAF=14;SAR=23;SRF=106;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134129;STB=0.591717;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00804006;OID=.;OPOS=22382704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:256:220:219:37:37:0.144531:23:14:106:114:23:14:106:113 chr15 22382739 . A G 3142.95 PASS AF=0.976526;AO=208;DP=213;FAO=208;FDP=213;FR=.;FRO=5;FSAF=106;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00771019;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.967;QD=59.0226;RBI=0.0134454;REFB=-0.0535676;REVB=-0.011015;RO=2;SAF=106;SAR=102;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000174508;STB=0.502574;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00025902;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:213:213:2:5:208:208:0.976526:102:106:1:1:102:106:2:3 chr15 22382897 . A G 1059.73 PASS AF=0.235955;AO=171;DP=713;FAO=168;FDP=712;FR=.;FRO=544;FSAF=93;FSAR=75;FSRF=272;FSRR=272;FWDB=-0.00741501;FXX=0.0014025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9034;QD=5.95356;RBI=0.100242;REFB=-0.00793542;REVB=-0.0999675;RO=536;SAF=93;SAR=78;SRF=272;SRR=264;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463879;STB=0.541037;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0247203;OID=.;OPOS=22382897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:713:712:536:544:171:168:0.235955:78:93:272:264:75:93:272:272 chr15 22383066 . A G 2354.33 PASS AF=0.486598;AO=234;DP=482;FAO=236;FDP=485;FR=.;FRO=249;FSAF=112;FSAR=124;FSRF=125;FSRR=124;FWDB=-0.00244862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4766;QD=19.4171;RBI=0.0260506;REFB=-0.00222142;REVB=0.0259352;RO=248;SAF=112;SAR=122;SRF=125;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238392;STB=0.514099;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0039139;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:482:485:248:249:234:236:0.486598:122:112:125:123:124:112:125:124 chr15 22383189 . G A 255.42 PASS AF=0.132196;AO=61;DP=468;FAO=62;FDP=469;FR=.;FRO=407;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=198;FSRR=209;FWDB=-0.00114701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.642;QD=2.17843;RBI=0.0101718;REFB=0.000512821;REVB=-0.0101069;RO=407;SAF=26;SAR=35;SRF=198;SRR=209;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773326;STB=0.558662;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00317395;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:468:469:407:407:61:62:0.132196:35:26:198:209:36:26:198:209 chr15 22383482 . GA G 467.22 PASS AF=0.395522;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.00338018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.358;QD=13.9469;RBI=0.0118501;REFB=-0.00311062;REVB=0.0113578;RO=81;SAF=25;SAR=28;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109769;STB=0.554272;STBP=0.335;TYPE=del;VARB=0.00467843;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395522:53:136:53:134:81:25:28:31:50:99:81:25:28:30:51 chr15 22413700 . A G 3982.03 PASS AF=0.977528;AO=261;DP=267;FAO=261;FDP=267;FR=.;FRO=6;FSAF=160;FSAR=101;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00560215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2924;QD=59.6559;RBI=0.033774;REFB=-0.0146605;REVB=0.0333061;RO=5;SAF=160;SAR=101;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000491715;STB=0.501271;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00144935;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:267:267:5:6:261:261:0.977528:101:160:3:2:101:160:4:2 chr15 22413844 . T G 2452.68 PASS AF=0.387052;AO=280;DP=726;FAO=281;FDP=726;FR=.;FRO=445;FSAF=161;FSAR=120;FSRF=226;FSRR=219;FWDB=0.0039168;FXX=0.00411517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.119;QD=13.5134;RBI=0.00666831;REFB=-0.000363087;REVB=0.00539677;RO=444;SAF=160;SAR=120;SRF=225;SRR=219;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714018;STB=0.540282;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000538641;OID=.;OPOS=22413844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:726:726:444:445:280:281:0.387052:120:160:225:219:120:161:226:219 chr15 22413954 . C T 3529.58 PASS AF=0.472585;AO=362;DP=766;FAO=362;FDP=766;FR=.;FRO=404;FSAF=168;FSAR=194;FSRF=206;FSRR=198;FWDB=0.00151533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.107;QD=18.4312;RBI=0.00349212;REFB=-0.0112741;REVB=-0.00314622;RO=397;SAF=168;SAR=194;SRF=206;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052284;STB=0.524202;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0124713;OID=.;OPOS=22413954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:766:766:397:404:362:362:0.472585:194:168:206:191:194:168:206:198 chr15 22414005 . C T 3479.1 PASS AF=0.486824;AO=350;DP=722;FAO=351;FDP=721;FR=.;FRO=370;FSAF=157;FSAR=194;FSRF=188;FSRR=182;FWDB=0.00661866;FXX=0.00138502;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.281;QD=19.3015;RBI=0.00988353;REFB=-0.00388271;REVB=0.00734013;RO=367;SAF=156;SAR=194;SRF=185;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548257;STB=0.531349;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00555626;OID=.;OPOS=22414005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:722:721:367:370:350:351:0.486824:194:156:185:182:194:157:188:182 chr15 22414100 . A G 275.31 PASS AF=0.13843;AO=63;DP=480;FAO=67;FDP=484;FR=.;FRO=417;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=189;FSRR=228;FWDB=-0.00582364;FXX=0.00206181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.619;QD=2.27531;RBI=0.0658261;REFB=-0.000893146;REVB=-0.0655679;RO=411;SAF=31;SAR=32;SRF=188;SRR=223;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444416;STB=0.54665;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00618693;OID=.;OPOS=22414100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:480:484:411:417:63:67:0.13843:32:31:188:223:33:34:189:228 chr15 22414190 . T C 3131.17 PASS AF=0.810345;AO=233;DP=291;FAO=235;FDP=290;FR=.;FRO=55;FSAF=103;FSAR=132;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0284431;FXX=0.00343631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.121;QD=43.1885;RBI=0.0344721;REFB=0.00737218;REVB=0.019476;RO=56;SAF=101;SAR=132;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246719;STB=0.510106;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00143805;OID=.;OPOS=22414190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:290:56:55:233:235:0.810345:132:101:28:28:132:103:27:28 chr15 22414353 . A G 405.96 PASS AF=0.375;AO=48;DP=128;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.00271995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.986;QD=12.6861;RBI=0.0149937;REFB=-0.00839585;REVB=0.0147449;RO=79;SAF=28;SAR=20;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00118666;STB=0.50268;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.012942;OID=.;OPOS=22414353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:79:80:48:48:0.375:20:28:46:33:20:28:47:33 chr15 22440297 . A G 1657.84 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.238;QD=59.2086;RBI=0.0472351;REFB=0;REVB=-0.0423936;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566531;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:112:0:0:104:112:1:47:57:0:0:48:64:0:0 chr15 22440322 . A G 1816.33 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.031706;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.733;QD=59.5518;RBI=0.0563041;REFB=-0.179196;REVB=-0.0465282;RO=1;SAF=68;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693477;STB=0.507245;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0013141;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:122:122:1:2:120:120:0.983607:52:68:1:0:52:68:2:0 chr15 22440816 . A G 3977.26 PASS AF=0.776119;AO=306;DP=403;FAO=312;FDP=402;FR=.;FRO=90;FSAF=148;FSAR=164;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.01369;FXX=0.00740722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.903;QD=39.5747;RBI=0.0228479;REFB=-0.0305991;REVB=-0.0182923;RO=90;SAF=142;SAR=164;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0036583;STB=0.504222;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00830844;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:403:402:90:90:306:312:0.776119:164:142:41:49:164:148:41:49 chr15 22448436 . G A 495.68 PASS AF=0.244373;AO=76;DP=310;FAO=76;FDP=311;FR=.;FRO=235;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=114;FSRR=121;FWDB=0.00514086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.893;QD=6.37534;RBI=0.0212975;REFB=-0.00252955;REVB=0.0206677;RO=234;SAF=32;SAR=44;SRF=114;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841463;STB=0.548859;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.011212;OID=.;OPOS=22448436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:311:234:235:76:76:0.244373:44:32:114:120:44:32:114:121 chr15 22448456 . C T 520.31 PASS AF=0.216285;AO=85;DP=392;FAO=85;FDP=393;FR=.;FRO=308;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=141;FSRR=167;FWDB=-0.0134561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.119;QD=5.29578;RBI=0.0607264;REFB=0.00185134;REVB=-0.0592168;RO=305;SAF=43;SAR=42;SRF=139;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064391;STB=0.537652;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0045691;OID=.;OPOS=22448456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:393:305:308:85:85:0.216285:42:43:139:166:42:43:141:167 chr15 22448565 . C T 203.94 PASS AF=0.144231;AO=45;DP=312;FAO=45;FDP=312;FR=.;FRO=267;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=221;FWDB=-0.00113061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.749;QD=2.61459;RBI=0.00619865;REFB=-0.00156561;REVB=-0.00609467;RO=263;SAF=11;SAR=34;SRF=44;SRR=219;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152364;STB=0.591362;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0120485;OID=.;OPOS=22448565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:312:263:267:45:45:0.144231:34:11:44:219:34:11:46:221 chr15 22709918 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.000385031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.854;QD=11.9207;RBI=0.0194228;REFB=-0.0103709;REVB=-0.019419;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642184;STB=0.538357;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0115399;OID=.;OPOS=22709918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:8:1:1:6:8:1 chr15 22840279 . G T 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0240645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.851;QD=28.0796;RBI=0.0254656;REFB=-0.0109865;REVB=-0.00833044;RO=15;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637471;STB=0.535183;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00670858;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:14:11:8:7:14:11:8:7 chr15 22873784 . C T 687.48 PASS AF=0.6;AO=60;DP=100;FAO=60;FDP=100;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0109773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.822;QD=27.4991;RBI=0.0290354;REFB=-0.0112978;REVB=0.0268803;RO=40;SAF=28;SAR=32;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115893;STB=0.56306;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00804793;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:40:40:60:60:0.6:32:28:25:15:32:28:25:15 chr15 22926229 . G A 254.29 PASS AF=0.307018;AO=34;DP=114;FAO=35;FDP=114;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0171358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2695;QD=8.92233;RBI=0.0675642;REFB=-0.0308561;REVB=-0.0653551;RO=79;SAF=13;SAR=21;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119911;STB=0.578007;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0364096;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:79:79:34:35:0.307018:21:13:38:41:22:13:38:41 chr15 22933569 . AGT AG,TAG 33.51 PASS AF=0.0917431,0.0458716;AO=21,9;DP=109;FAO=10,5;FDP=109;FR=.;FRO=94;FSAF=2,0;FSAR=8,5;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.0590354,-0.0162697;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=11.9772,155.017;QD=1.22965;RBI=0.0712943,0.0300863;REFB=-0.100816,-0.00547799;REVB=-0.0399712,-0.0253077;RO=70;SAF=5,0;SAR=16,9;SRF=44;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0.37931,0;SSSB=-0.471365,-0.697801;STB=0.786815,0.997946;STBP=0.074,0.015;TYPE=del,mnp;VARB=0.143293,0.0921661;OID=.,.;OPOS=22933571,22933569;OREF=T,AGT;OALT=-,TAG;OMAPALT=AG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:109:109:70:94:21,9:10,5:0.0917431,0.0458716:16,9:5,0:44:26:8,5:2,0:48:46 chr15 23052632 . T C 1556.5 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.665;QD=59.8655;RBI=0.00818157;REFB=0;REVB=-0.000565849;RO=0;SAF=67;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28781e-05;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:37:67:0:0:37:67:0:0 chr15 23059394 . C T 1044.08 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.6417;QD=59.6617;RBI=0.0211574;REFB=0;REVB=-0.0158475;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101348;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:42:28:0:0:42:28:0:0 chr15 23098401 . C T 379.99 PASS AF=0.288889;AO=49;DP=177;FAO=52;FDP=180;FR=.;FRO=128;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=65;FSRR=63;FWDB=-0.0245968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.025;QD=8.44421;RBI=0.0258922;REFB=-0.0158564;REVB=0.00808739;RO=128;SAF=23;SAR=26;SRF=65;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470758;STB=0.546683;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0364883;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:180:128:128:49:52:0.288889:26:23:65:63:29:23:65:63 chr15 23098449 . C T 527.03 PASS AF=0.271739;AO=75;DP=277;FAO=75;FDP=276;FR=.;FRO=201;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=101;FSRR=100;FWDB=0.0311915;FXX=0.00360998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.752;QD=7.63815;RBI=0.0393159;REFB=-0.0140298;REVB=-0.023934;RO=199;SAF=37;SAR=38;SRF=101;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175285;STB=0.506665;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0267328;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:276:199:201:75:75:0.271739:38:37:101:98:38:37:101:100 chr15 23098503 . G T 232.04 PASS AF=0.13602;AO=54;DP=372;FAO=54;FDP=397;FR=.;FRO=343;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=152;FSRR=191;FWDB=-0.0156092;FXX=0.0269601;HRUN=6;LEN=1;MLLD=128.998;QD=2.3379;RBI=0.0161264;REFB=-0.00355398;REVB=0.00405109;RO=311;SAF=14;SAR=40;SRF=128;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21635;STB=0.672406;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0345887;OID=.;OPOS=23098503;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:397:311:343:54:54:0.13602:40:14:128:183:40:14:152:191 chr15 23098518 . G A 302.11 PASS AF=0.158974;AO=63;DP=390;FAO=62;FDP=390;FR=.;FRO=328;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=152;FSRR=176;FWDB=-0.0475662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2166;QD=3.09853;RBI=0.0539247;REFB=-0.000555384;REVB=-0.0254034;RO=323;SAF=17;SAR=46;SRF=148;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258682;STB=0.685044;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00119819;OID=.;OPOS=23098518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:390:323:328:63:62:0.158974:46:17:148:175:46:16:152:176 chr15 23099355 . G C 599.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036605;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7334;QD=61.4862;RBI=0.0459626;REFB=0;REVB=-0.0277963;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168013;OID=.;OPOS=23099355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr15 23158337 . G GC 6738.19 PASS AF=1;AO=80;DP=745;FAO=737;FDP=737;FR=.;FRO=0;FSAF=390;FSAR=347;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0850343;FXX=0.004054;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.0907;QD=36.5709;RBI=0.0928299;REFB=0;REVB=-0.0372366;RO=656;SAF=74;SAR=6;SRF=316;SRR=340;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574227;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00023574;OID=.;OPOS=23158338;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:745:737:737:0:390:347:0:0:99:656:74:6:316:340 chr15 23158339 . G C 9358.53 PASS AF=0.88814;AO=654;DP=741;FAO=659;FDP=742;FR=.;FRO=83;FSAF=312;FSAR=347;FSRF=82;FSRR=1;FWDB=0.0397104;FXX=0.00134588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.985;QD=50.4503;RBI=0.0549836;REFB=-0.0437642;REVB=-0.0380299;RO=84;SAF=310;SAR=344;SRF=82;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108298;STB=0.557362;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00601653;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:741:742:84:83:654:659:0.88814:344:310:82:2:347:312:82:1 chr15 23259270 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.669;QD=33.4285;RBI=0.0522726;REFB=0;REVB=0.0274412;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231804;OID=.;OPOS=23259270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr15 23259835 . C T 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0178797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.778;QD=21.293;RBI=0.0208667;REFB=0.00316156;REVB=0.010758;RO=25;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356249;STB=0.519984;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00358499;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:13:12:13:12:13:12:13:12 chr15 23261950 . A G 785.83 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0550844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3137;QD=55.146;RBI=0.0551679;REFB=-0.0413192;REVB=-0.00303351;RO=1;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020948;STB=0.511107;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00617584;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:22:34:0:1:22:34:0:1 chr15 23326356 . G C 455.38 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.000212339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.482;QD=22.7688;RBI=0.0173258;REFB=-0.00545906;REVB=0.0173245;RO=36;SAF=24;SAR=20;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101124;STB=0.555531;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00377705;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:20:24:24:12:20:24:24:12 chr15 23445448 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0331394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5294;QD=7.46443;RBI=0.125507;REFB=0.0289799;REVB=0.121053;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156386;STB=0.5997;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.055929;OID=.;OPOS=23445448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:7:10:5:2:7:10 chr15 23686673 . G A 102.35 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=5;FWDB=-0.046305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1859;QD=9.09751;RBI=0.0472865;REFB=-0.0530194;REVB=-0.00958472;RO=32;SAF=12;SAR=1;SRF=27;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234817;STB=0.64837;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0738892;OID=.;OPOS=23686673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:1:12:27:5:1:12:27:5 chr15 23686687 . T G 339.6 PASS AF=0.59322;AO=33;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0107047;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.315;QD=23.0237;RBI=0.101786;REFB=-0.0615751;REVB=0.101221;RO=24;SAF=27;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169576;STB=0.556667;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0388954;OID=.;OPOS=23686687;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:24:24:33:35:0.59322:6:27:16:8:8:27:16:8 chr15 23687214 . C G 468.52 PASS AF=0.271605;AO=65;DP=243;FAO=66;FDP=243;FR=.;FRO=177;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=80;FSRR=97;FWDB=-0.0370877;FXX=0.00816293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.38;QD=7.7122;RBI=0.0484294;REFB=-0.00674225;REVB=-0.0311433;RO=176;SAF=32;SAR=33;SRF=80;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467745;STB=0.523993;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0168734;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:176:177:65:66:0.271605:33:32:80:96:34:32:80:97 chr15 23688944 . A G 466.51 PASS AF=0.36;AO=53;DP=148;FAO=54;FDP=150;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.011022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1805;QD=12.4403;RBI=0.0134605;REFB=-0.00816805;REVB=-0.00772662;RO=94;SAF=33;SAR=20;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197882;STB=0.604716;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0198766;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:94:96:53:54:0.36:20:33:42:52:21:33:43:53 chr15 23889033 . G T 157.69 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0183165;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.185;QD=20.3464;RBI=0.0190655;REFB=-0.00591275;REVB=-0.00529151;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464188;STB=0.504582;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00254753;OID=.;OPOS=23889033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:14:16:17:0.548387:11:5:4:11:12:5:4:10 chr15 23889739 . G T 2825.31 PASS AF=0.603819;AO=253;DP=419;FAO=253;FDP=419;FR=.;FRO=166;FSAF=124;FSAR=129;FSRF=83;FSRR=83;FWDB=0.00233184;FXX=0.0023809;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.194;QD=26.972;RBI=0.00328774;REFB=-0.000462338;REVB=-0.0023177;RO=165;SAF=124;SAR=129;SRF=82;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00501713;STB=0.503915;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000443817;OID=.;OPOS=23889739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:419:419:165:166:253:253:0.603819:129:124:82:83:129:124:83:83 chr15 23931507 . G A 355.68 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00398772;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.374;QD=14.8201;RBI=0.00399044;REFB=0.00649638;REVB=-0.000147355;RO=55;SAF=22;SAR=17;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168748;STB=0.584442;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0110655;OID=.;OPOS=23931507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:57:39:39:0.40625:17:22:22:33:17:22:24:33 chr15 24921649 . T C 159.67 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0673306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.442;QD=11.6123;RBI=0.0674175;REFB=-0.00676895;REVB=0.00342264;RO=35;SAF=6;SAR=14;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40909;STB=0.736615;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0061092;OID=.;OPOS=24921649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:14:6:24:11:14:6:24:11 chr15 24921771 . G C 637.36 PASS AF=0.474453;AO=64;DP=136;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0141079;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9224;QD=18.6091;RBI=0.047025;REFB=-0.00131394;REVB=0.0448589;RO=69;SAF=23;SAR=41;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00299265;STB=0.512066;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.000853755;OID=.;OPOS=24921771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:69:72:64:65:0.474453:41:23:25:44:42:23:27:45 chr15 24922230 . C G 250.1 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.0342177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3902;QD=14.9312;RBI=0.0569557;REFB=-0.0120961;REVB=0.0455314;RO=37;SAF=2;SAR=26;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384703;STB=0.653961;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0118397;OID=.;OPOS=24922230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:37:38:28:29:0.432836:26:2:9:28:26:3:9:29 chr15 24923390 . C T 229.35 PASS AF=0.300971;AO=30;DP=102;FAO=31;FDP=103;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.00133675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7225;QD=8.90685;RBI=0.0893893;REFB=-0.00914544;REVB=0.0893793;RO=72;SAF=13;SAR=17;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142706;STB=0.573358;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0240087;OID=.;OPOS=24923390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:72:72:30:31:0.300971:17:13:23:49:18:13:23:49 chr15 24924663 . T C 237.24 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.034338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.051;QD=11.4335;RBI=0.0371849;REFB=-0.0102662;REVB=-0.0142697;RO=53;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020333;STB=0.504285;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0176801;OID=.;OPOS=24924663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:53:54:29:29:0.349398:17:12:21:32:17:12:22:32 chr15 24924729 . T C 187.91 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.007037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.051;QD=10.8934;RBI=0.0223347;REFB=-0.00173602;REVB=0.0211972;RO=45;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156972;STB=0.509128;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00522932;OID=.;OPOS=24924729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:13:11:20:25:13:11:20:25 chr15 25307562 . A G 1647.6 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910751;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.474;QD=59.9126;RBI=0.0237937;REFB=0;REVB=0.0219816;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015493;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:110:0:0:105:110:1:50:55:0:0:55:55:0:0 chr15 25330550 . T A 1629.52 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0127993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.734;QD=58.1973;RBI=0.0311269;REFB=-0.0343266;REVB=0.0283736;RO=1;SAF=52;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904204;STB=0.500488;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=9.94404e-05;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:1:2:110:110:0.982143:58:52:1:0:58:52:1:1 chr15 25334018 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.256;QD=43.4862;RBI=0.046953;REFB=0;REVB=0.0426154;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228419;OID=.;OPOS=25334018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:9:3:0:0 chr15 25924539 . T C 2083.95 PASS AF=0.495283;AO=195;DP=411;FAO=210;FDP=424;FR=.;FRO=214;FSAF=99;FSAR=111;FSRF=111;FSRR=103;FWDB=0.0388521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1845;QD=19.6599;RBI=0.0584253;REFB=0.00270905;REVB=0.0436352;RO=213;SAF=88;SAR=107;SRF=110;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620447;STB=0.523865;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0020523;OID=.;OPOS=25924539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:411:424:213:214:195:210:0.495283:107:88:110:103:111:99:111:103 chr15 25925094 . C G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00153073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.809;QD=15.3789;RBI=0.00167758;REFB=-0.00297562;REVB=0.00068638;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781007;STB=0.545378;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00408751;OID=.;OPOS=25925094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:7:7:5:7:7:7 chr15 25926179 . C T 786.92 PASS AF=0.552239;AO=74;DP=136;FAO=74;FDP=134;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0380917;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7535;QD=23.49;RBI=0.039362;REFB=-0.0159544;REVB=0.00991915;RO=58;SAF=37;SAR=37;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111128;STB=0.559686;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0136532;OID=.;OPOS=25926179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:58:60:74:74:0.552239:37:37:21:37:37:37:22:38 chr15 25926186 . G A 1788.26 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0129092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.859;QD=60.1096;RBI=0.0144207;REFB=-0.0252953;REVB=0.00642732;RO=1;SAF=54;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871445;STB=0.504586;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=7.58704e-05;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:64:54:1:0:64:54:1:0 chr15 25926198 . C G 224.26 PASS AF=0.292453;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0545949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.505;QD=8.46276;RBI=0.055764;REFB=0.00804779;REVB=0.0113587;RO=74;SAF=11;SAR=20;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975013;STB=0.563339;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0161447;OID=.;OPOS=25926198;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:74:75:31:31:0.292453:20:11:32:42:20:11:33:42 chr15 25926204 . C G 207.88 PASS AF=0.277228;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=101;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0326024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6609;QD=8.23287;RBI=0.0339808;REFB=0.00640995;REVB=0.00958018;RO=72;SAF=10;SAR=18;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110207;STB=0.561619;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0255836;OID=.;OPOS=25926204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:72:73:28:28:0.277228:18:10:32:40:18:10:32:41 chr15 25961964 . A G 2255.28 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.052;QD=63.5289;RBI=0.0430951;REFB=0;REVB=0.0285628;RO=0;SAF=78;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23711e-05;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:142:0:0:140:142:1:62:78:0:0:62:80:0:0 chr15 26260621 . C T 776.28 PASS AF=0.548148;AO=73;DP=134;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0546047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6878;QD=23.001;RBI=0.0547419;REFB=0.0130515;REVB=-0.00387306;RO=61;SAF=38;SAR=35;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037544;STB=0.517209;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00995569;OID=.;OPOS=26260621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:61:61:73:74:0.548148:35:38:29:32:36:38:29:32 chr15 26790784 . G T 146.55 PASS AF=0.180556;AO=26;DP=144;FAO=26;FDP=144;FR=.;FRO=118;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=-0.00376264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.614;QD=4.07075;RBI=0.0153978;REFB=0.00160993;REVB=0.014931;RO=116;SAF=9;SAR=17;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124678;STB=0.5881;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00850242;OID=.;OPOS=26790784;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:116:118:26:26:0.180556:17:9:51:65:17:9:53:65 chr15 27182357 . T C 566.12 PASS AF=0.408805;AO=65;DP=159;FAO=65;FDP=159;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=0.0296514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.204;QD=14.2421;RBI=0.0306211;REFB=-0.00974502;REVB=-0.00764502;RO=94;SAF=32;SAR=33;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120019;STB=0.567297;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0137328;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:94:94:65:65:0.408805:33:32:57:37:33:32:57:37 chr15 27184435 . C T 973.64 PASS AF=0.6;AO=90;DP=150;FAO=90;FDP=150;FR=.;FRO=60;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00829811;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.28;QD=25.9636;RBI=0.0143059;REFB=0.0356272;REVB=0.0116533;RO=60;SAF=48;SAR=42;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247402;STB=0.506701;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0120324;OID=.;OPOS=27184435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:60:60:90:90:0.6:42:48:34:26:42:48:33:27 chr15 27184482 . C T 658.08 PASS AF=0.556522;AO=64;DP=117;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0496956;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.145;QD=22.8896;RBI=0.0531259;REFB=-0.00355804;REVB=-0.0187805;RO=51;SAF=42;SAR=22;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042794;STB=0.523435;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00261419;OID=.;OPOS=27184482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:51:51:64:64:0.556522:22:42:31:20:22:42:31:20 chr15 27184517 . G A 549.63 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00895029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.395;QD=23.897;RBI=0.0204514;REFB=-0.00852329;REVB=0.018389;RO=41;SAF=33;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115163;STB=0.563317;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00586256;OID=.;OPOS=27184517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:41:51:51:0.554348:18:33:21:20:18:33:21:20 chr15 27188459 . C T 491.45 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0157845;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.234;QD=24.8834;RBI=0.0235793;REFB=-0.00523972;REVB=0.0175166;RO=33;SAF=23;SAR=23;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346646;STB=0.518979;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00356709;OID=.;OPOS=27188459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:33:33:46:46:0.582278:23:23:18:15:23:23:18:15 chr15 27516740 . GAGTC G 1458.6 PASS AF=1;AO=85;DP=99;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569385;FXX=0.0807999;HRUN=1;LEN=4;MLLD=295.56;QD=64.1144;RBI=0.00595155;REFB=0;REVB=0.00173235;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.89065e-06;OID=.;OPOS=27516741;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:85:99:91:91:0:47:44:0:0:8:0:45:40:0:0 chr15 27772676 . C T 3155.27 PASS AF=0.994975;AO=198;DP=199;FAO=198;FDP=199;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.204;QD=63.4225;RBI=0.0297281;REFB=-0.0910958;REVB=0.015483;RO=0;SAF=87;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502242;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=9.07412e-05;OID=.;OPOS=27772676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:199:0:1:198:198:0.994975:111:87:0:0:111:87:0:1 chr15 28090173 . C T 405.46 PASS AF=0.279412;AO=57;DP=204;FAO=57;FDP=204;FR=.;FRO=147;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=68;FSRR=79;FWDB=0.0242248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.193;QD=7.9503;RBI=0.0332323;REFB=-0.00455793;REVB=-0.0227496;RO=147;SAF=33;SAR=24;SRF=68;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142289;STB=0.58369;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0118992;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:147:147:57:57:0.279412:24:33:68:79:24:33:68:79 chr15 28096538 . A G 1269.84 PASS AF=0.580488;AO=118;DP=207;FAO=119;FDP=205;FR=.;FRO=86;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0587352;FXX=0.00966137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3764;QD=24.7775;RBI=0.064808;REFB=-0.045421;REVB=-0.0273907;RO=86;SAF=54;SAR=64;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330441;STB=0.520792;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0302427;OID=.;OPOS=28096538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:205:86:86:118:119:0.580488:64:54:43:43:64:55:44:42 chr15 28197037 . T C 179.0 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0211323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.487;QD=12.5614;RBI=0.0212373;REFB=-0.0198239;REVB=-0.00210923;RO=35;SAF=5;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222064;STB=0.629502;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0289116;OID=.;OPOS=28197037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:17:5:14:21:17:5:14:21 chr15 28231793 . T C,G 1717.71 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=108,6;DP=114;FAO=110,5;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=69,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000887803,-0.0109472;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.65,165.293;QD=59.7465;RBI=0.0246377,0.0341867;REFB=0,0;REVB=0.0246217,-0.0323865;RO=0;SAF=39,1;SAR=69,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.89526e-08,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=1.10717e-05,0.0994483;OID=.,.;OPOS=28231793,28231793;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:114:115:0:0:108,6:110,5:0.956522,0.0434783:69,5:39,1:0:0:69,5:41,0:0:0 chr15 28235773 . C T 243.32 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.000944928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.311;QD=12.8064;RBI=0.0197407;REFB=-0.0105355;REVB=-0.019718;RO=47;SAF=18;SAR=11;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188569;STB=0.608144;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0121262;OID=.;OPOS=28235773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:11:18:21:26:11:18:21:26 chr15 28326891 . C CG 38.53 PASS AF=0.104167;AO=16;DP=147;FAO=15;FDP=144;FR=.;FRO=129;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=58;FSRR=71;FWDB=-0.0166002;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.7864;QD=1.07022;RBI=0.0236912;REFB=-0.00700687;REVB=0.0169029;RO=129;SAF=16;SAR=0;SRF=58;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.679106;STB=0.932756;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0365491;OID=.;OPOS=28326892;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.104167:16:147:15:144:129:14:1:58:71:38:129:16:0:58:71 chr15 28356557 . G A,GA,GAA 347.39 PASS AF=0.0133333,0.773333,0.186667;AO=9,30,11;DP=88;FAO=1,58,14;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=0,25,5;FSAR=1,33,9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00613852,0.0993403,0.0574422;FXX=0;HRUN=1,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=226.235,6.77239,8.50016;QD=18.5275;RBI=0.0301621,0.261426,0.125182;REFB=-0.00226629,-0.0492862,-0.0242918;REVB=0.0295308,0.241816,0.111225;RO=34;SAF=3,10,4;SAR=6,20,7;SRF=21;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.335554,-0.27136,-0.298641;STB=0.986712,0.502341,0.519203;STBP=0.516,0.87,0.765;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.417465,-0.0122726,0.185591;OID=.,.,.;OPOS=28356557,28356558,28356558;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:17:88:75:34:2:9,30,11:1,58,14:0.0133333,0.773333,0.186667:6,20,7:3,10,4:21:13:1,33,9:0,25,5:1:1 chr15 28362459 . G A 1878.56 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153;QD=61.5922;RBI=0.00988114;REFB=0;REVB=0.00548826;RO=0;SAF=56;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2302e-06;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:120:122:1:64:56:0:0:65:57:0:0 chr15 28412872 . G A 334.68 PASS AF=0.266667;AO=48;DP=179;FAO=48;FDP=180;FR=.;FRO=132;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=68;FSRR=64;FWDB=0.010086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.484;QD=7.43733;RBI=0.0255104;REFB=0.00510207;REVB=-0.0234319;RO=131;SAF=29;SAR=19;SRF=68;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106642;STB=0.566325;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.012614;OID=.;OPOS=28412872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:131:132:48:48:0.266667:19:29:68:63:19:29:68:64 chr15 28414665 . T C 2244.92 PASS AF=0.986207;AO=141;DP=143;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0131337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.989;QD=61.9288;RBI=0.0567146;REFB=-0.129658;REVB=0.0551729;RO=1;SAF=86;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549723;STB=0.501458;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00121261;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:143:145:1:2:141:143:0.986207:55:86:1:0:57:86:1:1 chr15 28419587 . G A 169.97 PASS AF=0.125373;AO=42;DP=309;FAO=42;FDP=335;FR=.;FRO=293;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=149;FSRR=144;FWDB=-0.024791;FXX=0.0029761;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.153;QD=2.02945;RBI=0.0844172;REFB=-0.00966456;REVB=-0.0806949;RO=267;SAF=15;SAR=27;SRF=147;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244517;STB=0.633141;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0657263;OID=.;OPOS=28419587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:335:267:293:42:42:0.125373:27:15:147:120:27:15:149:144 chr15 28419746 . G A 1630.49 PASS AF=0.596708;AO=145;DP=242;FAO=145;FDP=243;FR=.;FRO=98;FSAF=69;FSAR=76;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=0.0781816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.18;QD=26.8394;RBI=0.0783718;REFB=-0.0125774;REVB=0.0054574;RO=94;SAF=69;SAR=76;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639787;STB=0.538482;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00734242;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:94:98:145:145:0.596708:76:69:53:41:76:69:56:42 chr15 28422609 . C T 536.06 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00278231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.861;QD=20.2286;RBI=0.00342469;REFB=0.00338938;REVB=0.00199681;RO=51;SAF=21;SAR=34;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452356;STB=0.524946;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00326281;OID=.;OPOS=28422609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:34:21:22:29:34:21:22:29 chr15 28447562 . A G 126.02 PASS AF=0.305085;AO=16;DP=60;FAO=18;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.160411;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.1198;QD=8.54339;RBI=0.177832;REFB=0.00923756;REVB=-0.0767637;RO=33;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330447;STB=0.665878;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0301328;OID=.;OPOS=28447562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:41:16:18:0.305085:5:11:13:20:7:11:15:26 chr15 28517436 . T C 803.21 PASS AF=0.378486;AO=94;DP=255;FAO=95;FDP=251;FR=.;FRO=156;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=79;FSRR=77;FWDB=-0.00874811;FXX=0.0195305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.081;QD=12.8002;RBI=0.0178383;REFB=0.00697102;REVB=-0.0155459;RO=145;SAF=48;SAR=46;SRF=76;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014582;STB=0.500713;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00676191;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:251:145:156:94:95:0.378486:46:48:76:69:47:48:79:77 chr15 28517454 . G T 263.25 PASS AF=0.182156;AO=49;DP=269;FAO=49;FDP=269;FR=.;FRO=220;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=108;FSRR=112;FWDB=-0.00512013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.477;QD=3.91451;RBI=0.0143417;REFB=-0.00583935;REVB=-0.0133966;RO=220;SAF=18;SAR=31;SRF=108;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161887;STB=0.602735;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0219187;OID=.;OPOS=28517454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:220:220:49:49:0.182156:31:18:108:112:31:18:108:112 chr15 28632820 . T C 111.57 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0285173;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.534;QD=6.37543;RBI=0.0418736;REFB=-0.0126775;REVB=-0.0306621;RO=52;SAF=9;SAR=8;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106868;STB=0.571347;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0337663;OID=.;OPOS=28632820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:52:53:17:17:0.242857:8:9:32:20:8:9:33:20 chr15 29090572 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00775638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.141;QD=16.884;RBI=0.0318002;REFB=0.0100524;REVB=0.0308398;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112057;STB=0.56423;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00405646;OID=.;OPOS=29090572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:10:7:8:7:10:7 chr15 29410238 . A G 350.63 PASS AF=0.305195;AO=46;DP=153;FAO=47;FDP=154;FR=.;FRO=107;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=70;FSRR=37;FWDB=-0.0116644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.314;QD=9.10713;RBI=0.0116975;REFB=-0.00307564;REVB=-0.000880346;RO=106;SAF=27;SAR=19;SRF=69;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803606;STB=0.557608;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0064324;OID=.;OPOS=29410238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:106:107:46:47:0.305195:19:27:69:37:20:27:70:37 chr15 29415560 . G A 365.84 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00523848;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.648;QD=21.2083;RBI=0.0137518;REFB=-0.00199877;REVB=-0.0127149;RO=31;SAF=16;SAR=21;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695652;STB=0.546074;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00170381;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:32:37:37:0.536232:21:16:16:15:21:16:17:15 chr15 29415698 . A G 2443.99 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7363;QD=61.0997;RBI=0.0198471;REFB=0;REVB=-0.0142179;RO=0;SAF=65;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114597;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:160:0:0:158:160:1:93:65:0:0:93:67:0:0 chr15 29416901 . A G 795.37 PASS AF=0.519231;AO=80;DP=156;FAO=81;FDP=156;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=0.0218629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.627;QD=20.3941;RBI=0.0264393;REFB=-0.0416978;REVB=-0.0148676;RO=74;SAF=29;SAR=51;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010596;STB=0.501032;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.035601;OID=.;OPOS=29416901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:74:75:80:81:0.519231:51:29:26:48:52:29:27:48 chr15 29418520 . C T 1002.23 PASS AF=0.542373;AO=96;DP=178;FAO=96;FDP=177;FR=.;FRO=81;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.0680058;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7165;QD=22.6493;RBI=0.0685342;REFB=0.0207092;REVB=0.00849328;RO=78;SAF=52;SAR=44;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118141;STB=0.561226;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0108304;OID=.;OPOS=29418520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:78:81:96:96:0.542373:44:52:31:47:44:52:33:48 chr15 29418573 . AT GC 700.27 PASS AF=0.548387;AO=66;DP=126;FAO=68;FDP=124;FR=.;FRO=56;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00283608;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=2;MLLD=205.181;QD=22.5894;RBI=0.0346432;REFB=-0.0299829;REVB=-0.0345269;RO=47;SAF=42;SAR=24;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149098;STB=0.586679;STBP=0.045;TYPE=mnp;VARB=0.0202333;OID=.;OPOS=29418573;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:47:56:66:68:0.548387:24:42:21:26:26:42:24:32 chr15 30008856 . C A 1940.18 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401881;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.259;QD=62.0856;RBI=0.0414511;REFB=0;REVB=0.0101542;RO=0;SAF=72;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51232e-05;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:125:0:0:125:125:1:53:72:0:0:53:72:0:0 chr15 30008889 . G A 2147.42 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00177818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.773;QD=61.3548;RBI=0.00359978;REFB=-0.0117284;REVB=-0.00312993;RO=1;SAF=79;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598048;STB=0.501057;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=7.6075e-05;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:1:2:138:138:0.985714:59:79:1:0:59:79:1:1 chr15 30516461 . A C 208.7 PASS AF=0.284404;AO=24;DP=103;FAO=31;FDP=109;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.0119298;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.134;QD=7.65862;RBI=0.0414778;REFB=-0.0292529;REVB=-0.0397252;RO=78;SAF=12;SAR=12;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112252;STB=0.517316;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0718586;OID=.;OPOS=30516461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:109:78:78:24:31:0.284404:12:12:46:32:12:19:46:32 chr15 30516531 . A G 130.47 PASS AF=0.14;AO=28;DP=200;FAO=28;FDP=200;FR=.;FRO=172;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=97;FSRR=75;FWDB=-0.0119622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7273;QD=2.60933;RBI=0.012911;REFB=-0.000958141;REVB=0.00485771;RO=171;SAF=12;SAR=16;SRF=97;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174895;STB=0.61487;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00608136;OID=.;OPOS=30516531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:171:172:28:28:0.14:16:12:97:74:16:12:97:75 chr15 30664453 . C T 1098.61 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8186;QD=60.1979;RBI=0.0566827;REFB=0;REVB=0.0545901;RO=0;SAF=22;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426898;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:51:22:0:0:51:22:0:0 chr15 30665280 . TCA T 277.59 PASS AF=0.476923;AO=29;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00106552;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=339.976;QD=17.0827;RBI=0.00753069;REFB=0.00587673;REVB=0.00745493;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139311;STB=0.573087;STBP=0.307;TYPE=del;VARB=-0.00610337;OID=.;OPOS=30665281;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.476923:29:64:31:65:34:13:18:19:15:99:34:12:17:19:15 chr15 31197564 . G A 598.02 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0209616;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6552;QD=25.4477;RBI=0.0210626;REFB=-0.0282409;REVB=0.00206065;RO=41;SAF=22;SAR=32;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957063;STB=0.548155;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.026312;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:41:40:54:54:0.574468:32:22:12:29:32:22:12:28 chr15 31229420 . T C 1470.06 PASS AF=0.634615;AO=132;DP=208;FAO=132;FDP=208;FR=.;FRO=76;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.00770964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0269;QD=28.2705;RBI=0.0649366;REFB=0.00545648;REVB=0.0644773;RO=76;SAF=60;SAR=72;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229536;STB=0.512366;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00264982;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:76:76:132:132:0.634615:72:60:32:44:72:60:32:44 chr15 31231190 . T C 695.57 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2528;QD=60.4841;RBI=0.0373783;REFB=-0.0398425;REVB=-0.0350198;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177343;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000308496;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:19:26:1:0:19:26:1:0 chr15 31267123 . A T 135.7 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.115183;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9454;QD=9.6929;RBI=0.124386;REFB=-0.0155181;REVB=-0.0469555;RO=38;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689924;STB=0.540938;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0351466;OID=.;OPOS=31267123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:38:38:18:18:0.321429:11:7:17:21:11:7:17:21 chr15 31267147 . C T 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.02675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.608;QD=25.4134;RBI=0.0276896;REFB=-0.00977091;REVB=0.00715207;RO=24;SAF=18;SAR=20;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100209;STB=0.554766;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00578632;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:20:18:8:16:20:18:8:16 chr15 31294654 . C T 80.08 PASS AF=0.75;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.155745;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8826;QD=26.694;RBI=0.156606;REFB=-0.000503987;REVB=0.0163995;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240503;STB=0.636074;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00329669;OID=.;OPOS=31294654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:13:12:3:3:9:9:0.75:5:4:3:0:5:4:3:0 chr15 31330280 . A G 3068.81 PASS AF=1;AO=190;DP=194;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271763;FXX=0.0349982;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.159;QD=63.6022;RBI=0.0300893;REFB=0;REVB=0.0299663;RO=0;SAF=86;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.72978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557489;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:193:0:0:190:193:1:104:86:0:0:104:89:0:0 chr15 31342744 . C T 3210.49 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043097;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.45;QD=61.4448;RBI=0.0500497;REFB=-0.0508116;REVB=-0.0254483;RO=0;SAF=99;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32964e-05;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:210:209:0:0:208:209:1:109:99:0:0:109:100:0:0 chr15 31362352 . C T 1135.83 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.619;QD=60.5777;RBI=0.0297386;REFB=0;REVB=0.0293881;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34084e-05;OID=.;OPOS=31362352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:75:0:0:70:75:1:30:40:0:0:32:43:0:0 chr15 31362654 . G A 199.95 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0112076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.082;QD=11.591;RBI=0.0159165;REFB=-0.00939038;REVB=0.0113016;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13128;STB=0.58125;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0133454;OID=.;OPOS=31362654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:44:25:25:0.362319:11:14:17:22:11:14:19:25 chr15 31369123 . A G 2185.97 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7759;QD=62.9055;RBI=0.0371315;REFB=0;REVB=0.00628971;RO=0;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154532;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:136:139:1:69:67:0:0:69:70:0:0 chr15 31515856 . G A 102.28 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.129962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0967;QD=9.09188;RBI=0.132292;REFB=-0.00380837;REVB=0.024719;RO=32;SAF=2;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304425;STB=0.69048;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0168444;OID=.;OPOS=31515856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:11:2:11:21:11:2:11:21 chr15 31664397 . G A 1068.38 PASS AF=0.540107;AO=101;DP=187;FAO=101;FDP=187;FR=.;FRO=86;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.0125078;FXX=0.0105815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.917;QD=22.853;RBI=0.0130286;REFB=0.000373385;REVB=0.00364715;RO=85;SAF=46;SAR=55;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170352;STB=0.506304;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00043852;OID=.;OPOS=31664397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:85:86:101:101:0.540107:55:46:37:48:55:46:38:48 chr15 31664662 . AC ACA,CA 81.43 PASS AF=0.363636,0.0909091;AO=9,5;DP=47;FAO=16,4;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=3,1;FSAR=13,3;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0668796,-0.0861081;FXX=0.0434688;HRUN=1,8;LEN=1,2;MLLD=11.0467,19.372;QD=7.40264;RBI=0.0702599,0.0901628;REFB=-0.143493,-0.0963338;REVB=0.0215308,0.0267343;RO=29;SAF=1,1;SAR=8,4;SRF=7;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.27031,-0.0693573;STB=0.519974,0.549765;STBP=0.898,0.921;TYPE=ins,mnp;VARB=0.147951,0.0554769;OID=.,.;OPOS=31664664,31664662;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:44:29:24:9,5:16,4:0.363636,0.0909091:8,4:1,1:7:22:13,3:3,1:5:19 chr15 31669122 . G A 338.34 PASS AF=0.355932;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.0267203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.073;QD=11.469;RBI=0.0332159;REFB=-0.0128137;REVB=0.0197313;RO=75;SAF=17;SAR=25;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526574;STB=0.524502;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0168763;OID=.;OPOS=31669122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:75:76:42:42:0.355932:25:17:27:48:25:17:28:48 chr15 31669255 . C T 1124.62 PASS AF=0.328294;AO=88;DP=467;FAO=152;FDP=463;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=309;FSAF=69;FSAR=83;FSRF=125;FSRR=184;FWDB=0.00621379;FXX=0.00856513;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.3143;QD=9.71595;RBI=0.166588;REFB=-0.00595794;REVB=0.166472;RO=232;SAF=58;SAR=30;SRF=120;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180959;STB=0.533609;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0296846;OID=.;OPOS=31669255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:467:463:232:309:88:152:0.328294:30:58:120:112:83:69:125:184 chr15 31793930 . A G 2278.48 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0379046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.804;QD=62.8547;RBI=0.049175;REFB=-0.0751139;REVB=-0.0313277;RO=0;SAF=81;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.25873e-08;STB=0.503067;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000144922;OID=.;OPOS=31793930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:0:1:144:144:0.993103:63:81:0:0:63:81:1:0 chr15 32450704 . G A 603.03 PASS AF=0.42236;AO=68;DP=161;FAO=68;FDP=161;FR=.;FRO=93;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=79;FSRR=14;FWDB=0.0223413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.782;QD=14.9822;RBI=0.0396927;REFB=-0.00968941;REVB=0.0328082;RO=92;SAF=50;SAR=18;SRF=78;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163031;STB=0.592021;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0197658;OID=.;OPOS=32450704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:92:93:68:68:0.42236:18:50:78:14:18:50:79:14 chr15 32450712 . A G 570.0 PASS AF=0.424837;AO=65;DP=154;FAO=65;FDP=153;FR=.;FRO=88;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=76;FSRR=12;FWDB=-0.0297526;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.158;QD=14.9019;RBI=0.0414797;REFB=-0.0147971;REVB=-0.0289025;RO=87;SAF=48;SAR=17;SRF=75;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181766;STB=0.602258;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0614128;OID=.;OPOS=32450712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:87:88:65:65:0.424837:17:48:75:12:17:48:76:12 chr15 32686392 . T C 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0243844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.762;QD=50.134;RBI=0.0740835;REFB=-0.0566219;REVB=0.0699555;RO=1;SAF=23;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197387;STB=0.510629;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00380846;OID=.;OPOS=32686392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:1:23:1:0:1:23:1:0 chr15 32890282 . C T 408.96 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.000766761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.896;QD=17.9764;RBI=0.00571983;REFB=-0.00889163;REVB=-0.0056682;RO=49;SAF=25;SAR=17;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144515;STB=0.580266;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0140529;OID=.;OPOS=32890282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:17:25:36:13:17:25:36:13 chr15 33010412 . G A 554.79 PASS AF=0.340102;AO=67;DP=198;FAO=67;FDP=197;FR=.;FRO=130;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=89;FWDB=-0.0176125;FXX=0.00505025;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5477;QD=11.2648;RBI=0.0296911;REFB=-0.0089356;REVB=0.0239032;RO=130;SAF=19;SAR=48;SRF=41;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043978;STB=0.525252;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0197154;OID=.;OPOS=33010412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:130:130:67:67:0.340102:48:19:41:89:48:19:41:89 chr15 33010736 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.028773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.706;QD=17.8004;RBI=0.0317821;REFB=-0.001695;REVB=0.0134988;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28742;STB=0.660997;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00233722;OID=.;OPOS=33010736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:4:20:11:9:4:20 chr15 33023670 . C T 1191.18 PASS AF=0.932584;AO=81;DP=88;FAO=83;FDP=89;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0174209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2541;QD=53.5363;RBI=0.0180957;REFB=-0.047906;REVB=0.00489548;RO=7;SAF=46;SAR=35;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212486;STB=0.515913;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00462034;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:88:89:7:6:81:83:0.932584:35:46:3:4:36:47:2:4 chr15 33023685 . A C 1622.08 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0819805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5479;QD=58.9848;RBI=0.0820419;REFB=-0.141364;REVB=0.00317532;RO=1;SAF=58;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811401;STB=0.504201;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00117502;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:110:1:1:108:109:0.990909:50:58:1:0:50:59:1:0 chr15 33023951 . T C 1153.26 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7626;QD=60.6981;RBI=0.0900571;REFB=0;REVB=0.0855199;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054087;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr15 33023985 . A G 828.63 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0512472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5458;QD=52.6114;RBI=0.0577371;REFB=-0.0656668;REVB=0.0265952;RO=3;SAF=21;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00164471;STB=0.500872;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0199124;OID=.;OPOS=33023985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:3:3:60:60:0.952381:39:21:1:2:39:21:1:2 chr15 33025627 . C T 1011.75 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221643;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.278;QD=59.5149;RBI=0.0307223;REFB=0;REVB=-0.0212745;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43291e-05;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr15 33025979 . C T 631.79 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.015;QD=61.6376;RBI=0.0409756;REFB=0;REVB=-0.0122879;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000677805;OID=.;OPOS=33025979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr15 33187448 . T A 663.94 PASS AF=0.366972;AO=80;DP=218;FAO=80;FDP=218;FR=.;FRO=138;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=54;FSRR=84;FWDB=-0.000888242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8416;QD=12.1823;RBI=0.00875334;REFB=-0.0188416;REVB=0.00870815;RO=137;SAF=33;SAR=47;SRF=53;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296593;STB=0.513905;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0364117;OID=.;OPOS=33187448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:137:138:80:80:0.366972:47:33:53:84:47:33:54:84 chr15 33191023 . A G 1459.47 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0316697;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.611;QD=57.2343;RBI=0.0317173;REFB=-0.0589416;REVB=-0.00173736;RO=1;SAF=46;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102011;STB=0.510636;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000151902;OID=.;OPOS=33191023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:102:1:2:100:100:0.980392:54:46:1:0:54:46:2:0 chr15 33261232 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.136;QD=40.7621;RBI=0.0181306;REFB=0;REVB=0.0170603;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337399;OID=.;OPOS=33261232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr15 33359574 . C A 429.05 PASS AF=0.422414;AO=47;DP=115;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0504095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4471;QD=14.7949;RBI=0.0508289;REFB=-0.0230342;REVB=0.00651625;RO=68;SAF=20;SAR=27;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633242;STB=0.516648;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0336713;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:68:67:47:49:0.422414:27:20:33:35:27:22:32:35 chr15 33603228 . C T 392.22 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=0.0257682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.283;QD=14.6624;RBI=0.0384362;REFB=-0.00690788;REVB=0.0285192;RO=60;SAF=22;SAR=23;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197778;STB=0.617974;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0143484;OID=.;OPOS=33603228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:62:45:45:0.420561:23:22:41:19:23:22:43:19 chr15 33905410 . A G 213.33 PASS AF=0.283019;AO=30;DP=106;FAO=30;FDP=106;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.00567416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.472;QD=8.05014;RBI=0.0336557;REFB=0.00205596;REVB=0.0331739;RO=76;SAF=17;SAR=13;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965865;STB=0.557339;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00437075;OID=.;OPOS=33905410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:76:76:30:30:0.283019:13:17:37:39:13:17:37:39 chr15 33954652 . C T 591.22 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.0305209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.261;QD=21.897;RBI=0.0343262;REFB=-0.0307155;REVB=0.0157086;RO=48;SAF=31;SAR=28;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169402;STB=0.596092;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0209057;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:49:59:59:0.546296:28:31:35:13:28:31:36:13 chr15 34014753 . T C 1190.32 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3587;QD=61.042;RBI=0.0508978;REFB=0;REVB=0.0237198;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121737;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr15 34015013 . G A 1402.19 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0137853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1696;QD=58.4246;RBI=0.0552842;REFB=-0.178281;REVB=0.0535379;RO=1;SAF=38;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123114;STB=0.507021;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00895681;OID=.;OPOS=34015013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:96:1:4:92:92:0.958333:54:38:1:0:54:38:1:3 chr15 34016274 . G A 1480.96 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0166485;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.146;QD=58.6519;RBI=0.0359205;REFB=-0.188627;REVB=0.0318294;RO=1;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870439;STB=0.504586;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00029735;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:1:100:100:0.990099:54:46:0:1:54:46:0:1 chr15 34113010 . C T 1227.69 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000995192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8838;QD=60.6268;RBI=0.00346349;REFB=0;REVB=0.00331743;RO=0;SAF=24;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61737e-05;OID=.;OPOS=34113010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:81:0:0:77:81:1:53:24:0:0:53:28:0:0 chr15 34158266 . A G 2664.42 PASS AF=0.972222;AO=174;DP=180;FAO=175;FDP=180;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=106;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0168313;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9566;QD=59.2093;RBI=0.0555033;REFB=-0.153038;REVB=0.0528897;RO=1;SAF=69;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684843;STB=0.511737;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00155453;OID=.;OPOS=34158266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:180:180:1:5:174:175:0.972222:105:69:1:0:106:69:4:1 chr15 34168207 . GAAAAAAAAAAAAA GAAAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAAT,GAAAAAAAAATAAA,GGAAAAAAAAAAAA 183.79 PASS AF=0.675,0,0.325,0;AO=12,2,4,2;DP=41;FAO=27,0,13,0;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,13,0;FSAR=27,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.354829,0.456697,0.0335024,0.189888;FXX=0.0697512;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,1,1,1;MLLD=2.69681,9.06577,212.5,14.7375;QD=18.3794;RBI=1.01459,0.759125,0.0805501,0.449793;REFB=0.0163652,-0.0201637,0.0161993,-0.0422908;REVB=-0.95052,-0.606381,-0.0732524,-0.407745;RO=0;SAF=0,0,4,0;SAR=12,2,0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,snp,snp;VARB=-0.0299578,0,0.00134803,0.128155;OID=.,.,.,.;OPOS=34168208,34168220,34168217,34168208;OREF=A,A,A,A;OALT=-,T,T,G;OMAPALT=GAAAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAAT,GAAAAAAAAATAAA,GGAAAAAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.675,0,0.325,0:12,2,4,2:41:27,0,13,0:40:0:0,0,13,0:27,0,0,0:0:0:99:0:0,0,4,0:12,2,0,2:0:0 chr15 34356988 . G A 1983.61 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00760137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.632;QD=61.9879;RBI=0.0319397;REFB=0;REVB=0.031022;RO=0;SAF=57;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8537e-05;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:126:128:1:69:57:0:0:71:57:0:0 chr15 34357259 . T A 929.3 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00945249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.79;QD=55.4806;RBI=0.0145191;REFB=-0.0650639;REVB=0.0110206;RO=2;SAF=26;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349541;STB=0.518513;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00045841;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:39:26:2:0:39:26:2:0 chr15 34434105 . GTTTTTTTTTTTT GTTGTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTA,TGTTTTTTTTTTT 187.49 PASS AF=0,0,0.6875,0.125,0.1875;AO=3,6,5,3,2;DP=32;FAO=0,0,22,4,6;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,18,4,5;FSAR=0,0,4,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210076,-0.0666008,-0.0392273,-0.0552322,-0.00230986;FXX=0.0588062;HRUN=12,12,12,12,1;LEN=1,2,1,1,2;MLLD=194.401,6.9191,5.54947,9.88528,19.8421;QD=23.4358;RBI=0.0474268,0.0670028,0.0396767,0.0552394,0.00831943;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.0425203,0.00732921,0.00595516,0.000893294,-0.00799234;RO=3;SAF=2,6,3,3,2;SAR=1,0,2,0,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0.754681,-0.0436878,0.664835,0.599865;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp,mnp;VARB=0,-0.224729,0.0876332,-0.106923,0.138063;OID=.,.,.,.,.;OPOS=34434108,34434106,34434106,34434117,34434105;OREF=T,TT,T,T,GT;OALT=G,-,-,A,TG;OMAPALT=GTTGTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTA,TGTTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/5:39:32:32:3:0:3,6,5,3,2:0,0,22,4,6:0,0,0.6875,0.125,0.1875:1,0,2,0,0:2,6,3,3,2:2:1:0,0,4,0,1:0,0,18,4,5:0:0 chr15 34517929 . T C 1023.91 PASS AF=0.554286;AO=96;DP=176;FAO=97;FDP=175;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00950935;FXX=0.0112988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.874;QD=23.4037;RBI=0.0188502;REFB=-0.0138085;REVB=0.0162759;RO=78;SAF=40;SAR=56;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483156;STB=0.528217;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0107374;OID=.;OPOS=34517929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:78:78:96:97:0.554286:56:40:37:41:57:40:37:41 chr15 34522108 . ACT A 660.54 PASS AF=0.639175;AO=53;DP=106;FAO=62;FDP=97;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00889992;FXX=0.101842;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.174;QD=27.2386;RBI=0.0103815;REFB=-0.0194389;REVB=-0.00534487;RO=33;SAF=18;SAR=35;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419965;STB=0.505971;STBP=0.891;TYPE=del;VARB=0.011677;OID=.;OPOS=34522109;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.639175:53:106:62:97:35:24:38:13:22:99:33:18:35:13:20 chr15 34522935 . GAGAC G 606.05 PASS AF=0.475177;AO=59;DP=131;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0125624;FXX=0.0342442;HRUN=1;LEN=4;MLLD=248.18;QD=17.193;RBI=0.0145378;REFB=-0.0132356;REVB=0.00731655;RO=66;SAF=26;SAR=33;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133543;STB=0.524468;STBP=0.601;TYPE=del;VARB=0.0164288;OID=.;OPOS=34522936;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475177:59:131:67:141:74:33:34:33:41:99:66:26:33:30:36 chr15 34522985 . C G 2029.79 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270733;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3726;QD=62.4552;RBI=0.0463022;REFB=0;REVB=0.0375624;RO=0;SAF=50;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204049;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:79:50:0:0:80:50:0:0 chr15 34524995 . G T 2335.69 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.971;QD=63.5561;RBI=0.0102539;REFB=0;REVB=-0.00641332;RO=0;SAF=59;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25023e-05;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:147:0:0:141:147:1:82:59:0:0:84:63:0:0 chr15 34525035 . T C 500.71 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.024216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.928;QD=17.1181;RBI=0.0363996;REFB=0.0123802;REVB=0.0271756;RO=63;SAF=28;SAR=26;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512518;STB=0.502852;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.0145523;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:26:28:33:30:26:28:33:30 chr15 34528948 . G A 292.88 PASS AF=0.333333;AO=38;DP=114;FAO=38;FDP=114;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.00245434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8422;QD=10.2763;RBI=0.0517136;REFB=-0.0190815;REVB=0.0516553;RO=75;SAF=18;SAR=20;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083618;STB=0.552459;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.039931;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:75:76:38:38:0.333333:20:18:41:34:20:18:42:34 chr15 34542872 . C G 261.66 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0278544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4882;QD=14.7412;RBI=0.0280785;REFB=0.0179623;REVB=-0.00354048;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136959;STB=0.577414;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0305513;OID=.;OPOS=34542872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:15:15:15:26:15:15:15:26 chr15 34544468 . C T 704.44 PASS AF=0.645161;AO=60;DP=93;FAO=60;FDP=93;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0408753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4357;QD=30.2986;RBI=0.0441237;REFB=-0.00223415;REVB=-0.0166166;RO=33;SAF=32;SAR=28;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480163;STB=0.526003;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00159143;OID=.;OPOS=34544468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:33:33:60:60:0.645161:28:32:20:13:28:32:20:13 chr15 34551082 . G A 972.08 PASS AF=0.6;AO=83;DP=141;FAO=87;FDP=145;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00363104;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.568;QD=26.816;RBI=0.0117833;REFB=-0.000864664;REVB=-0.0112099;RO=58;SAF=38;SAR=45;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320436;STB=0.523047;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000795914;OID=.;OPOS=34551082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:145:58:58:83:87:0.6:45:38:29:29:47:40:30:28 chr15 34635863 . G C 772.17 PASS AF=0.503185;AO=79;DP=159;FAO=79;FDP=157;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.00131998;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.132;QD=19.6732;RBI=0.00708078;REFB=0.00153577;REVB=-0.00695665;RO=78;SAF=39;SAR=40;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867011;STB=0.547668;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00154567;OID=.;OPOS=34635863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:78:78:79:79:0.503185:40:39:46:32:40:39:46:32 chr15 34638198 . A G 748.73 PASS AF=0.563492;AO=71;DP=126;FAO=71;FDP=126;FR=.;FRO=55;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0175636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.033;QD=23.7693;RBI=0.0184533;REFB=-0.00671719;REVB=-0.0056608;RO=55;SAF=47;SAR=24;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385352;STB=0.521058;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00416438;OID=.;OPOS=34638198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:55:55:71:71:0.563492:24:47:34:21:24:47:34:21 chr15 34640218 . C T 2609.66 PASS AF=0.956044;AO=174;DP=182;FAO=174;FDP=182;FR=.;FRO=8;FSAF=72;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0499873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.395;QD=57.3551;RBI=0.0611433;REFB=-0.142876;REVB=0.0352104;RO=3;SAF=72;SAR=102;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137921;STB=0.513141;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00118266;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:182:182:3:8:174:174:0.956044:102:72:0:3:102:72:1:7 chr15 34640378 . T C,G 1062.86 PASS AF=0.917808,0.0821918;AO=64,5;DP=70;FAO=67,6;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=43,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173981,-0.0165218;FXX=0.0266631;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.355,120.706;QD=58.2392;RBI=0.0176679,0.016824;REFB=0,0;REVB=0.00307572,0.00317427;RO=0;SAF=24,1;SAR=40,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.3845e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000787071,0.0388763;OID=.,.;OPOS=34640378,34640378;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:70:73:0:0:64,5:67,6:0.917808,0.0821918:40,4:24,1:0:0:43,4:24,2:0:0 chr15 34659257 . G A 2664.92 PASS AF=0.865471;AO=193;DP=223;FAO=193;FDP=223;FR=.;FRO=30;FSAF=143;FSAR=50;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00128522;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.621;QD=47.8012;RBI=0.00314452;REFB=-0.0627289;REVB=-0.00286988;RO=9;SAF=143;SAR=50;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00407419;STB=0.507122;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00234895;OID=.;OPOS=34659257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:9:30:193:193:0.865471:50:143:7:2:50:143:21:9 chr15 34673722 . C T 733.73 PASS AF=0.550388;AO=70;DP=128;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00894863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.129;QD=22.7514;RBI=0.0261475;REFB=0.0240333;REVB=0.0245685;RO=58;SAF=45;SAR=25;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109162;STB=0.561992;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0159131;OID=.;OPOS=34673722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:58:58:70:71:0.550388:25:45:30:28:25:46:30:28 chr15 35045057 . G A 393.93 PASS AF=0.338028;AO=48;DP=142;FAO=48;FDP=142;FR=.;FRO=94;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=-0.0172066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.906;QD=11.0966;RBI=0.0298812;REFB=-0.00768253;REVB=0.0244299;RO=94;SAF=16;SAR=32;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186643;STB=0.607797;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0136201;OID=.;OPOS=35045057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:94:94:48:48:0.338028:32:16:46:48:32:16:46:48 chr15 35045312 . T A 291.75 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.00709094;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.893;QD=14.06;RBI=0.0207316;REFB=0.0060962;REVB=-0.0194812;RO=50;SAF=6;SAR=27;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153249;STB=0.588177;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00811948;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:27:6:14:36:27:6:14:36 chr15 35080931 . T C 240.08 PASS AF=0.276423;AO=34;DP=124;FAO=34;FDP=123;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.000162299;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.037;QD=7.80755;RBI=0.00806377;REFB=0.00190155;REVB=0.00806213;RO=85;SAF=16;SAR=18;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284514;STB=0.517231;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00525239;OID=.;OPOS=35080931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:85:89:34:34:0.276423:18:16:42:43:18:16:44:45 chr15 35149008 . C T 2314.09 PASS AF=0.940476;AO=158;DP=173;FAO=158;FDP=168;FR=.;FRO=10;FSAF=64;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0127727;FXX=0.0289001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.53;QD=55.0974;RBI=0.0135942;REFB=-0.00524945;REVB=-0.00465413;RO=10;SAF=64;SAR=94;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241619;STB=0.512722;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00033179;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:173:168:10:10:158:158:0.940476:94:64:2:8:94:64:2:8 chr15 35230934 . A ATAGT,T 546.42 PASS AF=0.846154,0.128205;AO=33,5;DP=41;FAO=33,5;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14,4;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00426413,-0.00409026;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=196.35,53.4809;QD=56.0431;RBI=0.0198596,0.00554321;REFB=-0.0697727,-0.198466;REVB=0.0193964,0.00374125;RO=3;SAF=14,4;SAR=19,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0144833,0.335094;STB=0.512813,0.66592;STBP=0.524,0.23;TYPE=ins,snp;VARB=0.00615748,0.108667;OID=.,.;OPOS=35230935,35230934;OREF=-,A;OALT=TAGT,T;OMAPALT=ATAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:41:39:3:1:33,5:33,5:0.846154,0.128205:19,1:14,4:1:2:19,1:14,4:0:1 chr15 35256624 . C G 2213.15 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0713852;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.107;QD=62.3421;RBI=0.0733621;REFB=-0.0655497;REVB=-0.0169157;RO=1;SAF=66;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714971;STB=0.503759;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=8.31805e-05;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:142:1:1:140:141:0.992958:74:66:1:0:75:66:1:0 chr15 35272234 . C G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.93;QD=35.5741;RBI=0.0820575;REFB=0;REVB=0.0599481;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26454e-05;OID=.;OPOS=35272234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr15 36946303 . C G 3544.87 PASS AF=1;AO=225;DP=229;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218577;FXX=0.0174665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.871;QD=63.02;RBI=0.0445829;REFB=0;REVB=0.0388571;RO=0;SAF=93;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73621e-05;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:229:225:0:0:225:225:1:132:93:0:0:132:93:0:0 chr15 36983962 . T C 377.65 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0030677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.455;QD=12.911;RBI=0.00379986;REFB=0.00299389;REVB=0.00224236;RO=72;SAF=22;SAR=23;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633686;STB=0.535957;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00445776;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:72:72:45:45:0.384615:23:22:31:41:23:22:31:41 chr15 37173267 . G A 2311.25 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000574079;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2456;QD=63.7586;RBI=0.109519;REFB=0;REVB=-0.109518;RO=0;SAF=78;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.18654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353039;OID=.;OPOS=37173267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:144:145:1:66:78:0:0:67:78:0:0 chr15 37343040 . C G 276.26 PASS AF=0.324561;AO=36;DP=113;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.00312212;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1058;QD=9.69341;RBI=0.107271;REFB=-0.0361201;REVB=-0.107225;RO=73;SAF=18;SAR=18;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553839;STB=0.539751;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0492411;OID=.;OPOS=37343040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:73:77:36:37:0.324561:18:18:40:33:19:18:42:35 chr15 38233869 . T C 1456.95 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.398;QD=61.9979;RBI=0.0120525;REFB=-0.00113052;REVB=-0.00228472;RO=1;SAF=42;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111534;STB=0.505746;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=7.58304e-06;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:92:93:0.989362:50:42:1:0:50:43:1:0 chr15 38614525 . G A 433.12 PASS AF=0.361702;AO=50;DP=140;FAO=51;FDP=141;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.0148174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.959;QD=12.2871;RBI=0.016604;REFB=0.00567689;REVB=0.0074926;RO=89;SAF=24;SAR=26;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353073;STB=0.504601;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.010411;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:89:90:50:51:0.361702:26:24:43:46:27:24:43:47 chr15 38643574 . T C 291.41 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=80;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0466149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.181;QD=14.3904;RBI=0.0497557;REFB=-0.0064243;REVB=-0.0173979;RO=47;SAF=11;SAR=21;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914698;STB=0.546071;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00763034;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:47:48:32:33:0.407407:21:11:20:27:21:12:21:27 chr15 38645589 . A C 586.18 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00158216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1764;QD=23.447;RBI=0.0144884;REFB=0.00876557;REVB=0.0144018;RO=43;SAF=25;SAR=29;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743971;STB=0.543462;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00610785;OID=.;OPOS=38645589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:43:46:54:54:0.54:29:25:16:27:29:25:17:29 chr15 38857631 . C G 908.89 PASS AF=0.557047;AO=83;DP=149;FAO=83;FDP=149;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.0391197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.542;QD=24.3997;RBI=0.056872;REFB=0.0213066;REVB=-0.0412804;RO=66;SAF=39;SAR=44;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112265;STB=0.561137;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.012402;OID=.;OPOS=38857631;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:66:66:83:83:0.557047:44:39:22:44:44:39:22:44 chr15 38988815 . C G 549.72 PASS AF=0.464;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0204021;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.716;QD=17.5911;RBI=0.0210634;REFB=0.00499628;REVB=0.00523636;RO=67;SAF=28;SAR=30;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955937;STB=0.553091;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00703189;OID=.;OPOS=38988815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:67:67:58:58:0.464:30:28:39:28:30:28:39:28 chr15 39545032 . T G 2334.21 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.843;QD=60.2378;RBI=0.021573;REFB=-0.0898681;REVB=0.0139223;RO=0;SAF=89;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502793;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=3.30588e-06;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:155:0:1:154:154:0.993548:65:89:0:0:65:89:1:0 chr15 39545148 . C T 164.07 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00238718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.826;QD=12.8678;RBI=0.00629149;REFB=-0.00423072;REVB=0.00582101;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164237;STB=0.509544;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00649713;OID=.;OPOS=39545148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:11:8:13:19:11:8:13:19 chr15 39545268 . G A 643.49 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.974;QD=59.8592;RBI=0.0199927;REFB=-0.106614;REVB=0.0162841;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207684;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:43:1:0:41:43:1:19:22:0:1:20:23:0:0 chr15 39879717 . G A 645.57 PASS AF=0.451613;AO=64;DP=150;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.0389495;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.014;QD=16.6598;RBI=0.0396723;REFB=0.000287614;REVB=-0.00753831;RO=85;SAF=27;SAR=37;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354172;STB=0.538307;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.000306004;OID=.;OPOS=39879717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:155:85:85:64:70:0.451613:37:27:33:52:38:32:33:52 chr15 39880358 . C T 636.08 PASS AF=0.402235;AO=72;DP=179;FAO=72;FDP=179;FR=.;FRO=107;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=0.000946005;FXX=0.0164826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.191;QD=14.2141;RBI=0.0299566;REFB=-0.012794;REVB=-0.0299417;RO=105;SAF=31;SAR=41;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889021;STB=0.544604;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0146484;OID=.;OPOS=39880358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:105:107:72:72:0.402235:41:31:54:51:41:31:54:53 chr15 39880822 . A G 866.77 PASS AF=0.348993;AO=104;DP=299;FAO=104;FDP=298;FR=.;FRO=194;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=73;FSRR=121;FWDB=0.0334423;FXX=0.00334437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4858;QD=11.6345;RBI=0.0354341;REFB=-0.0042593;REVB=0.0117126;RO=191;SAF=44;SAR=60;SRF=72;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543967;STB=0.531494;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00655356;OID=.;OPOS=39880822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:298:191:194:104:104:0.348993:60:44:72:119:60:44:73:121 chr15 39910052 . C G 326.81 PASS AF=0.350427;AO=41;DP=116;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0704769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4128;QD=11.173;RBI=0.088676;REFB=0.0187053;REVB=-0.0538186;RO=75;SAF=19;SAR=22;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13815;STB=0.574591;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0427833;OID=.;OPOS=39910052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:75:76:41:41:0.350427:22:19:44:31:22:19:44:32 chr15 39910404 . G A 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0259731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.791;QD=7.48139;RBI=0.02945;REFB=0.00490389;REVB=-0.0138818;RO=36;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0165531;OID=.;OPOS=39910404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:6:6:18:18:6:6:18:18 chr15 39910431 . A G 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0181827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.792;QD=7.08566;RBI=0.0226349;REFB=0.00491534;REVB=-0.0134807;RO=33;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112506;STB=0.583179;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0296569;OID=.;OPOS=39910431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:33:34:11:11:0.244444:7:4:15:18:7:4:16:18 chr15 40056059 . T A 100.8 PASS AF=0.121339;AO=39;DP=244;FAO=29;FDP=239;FR=.,HEALED;FRO=195;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=82;FSRR=113;FWDB=-0.0725134;FXX=0.0736406;HRUN=7;LEN=1;MLLD=14.7762;QD=1.68708;RBI=0.0822053;REFB=-0.0317605;REVB=0.0387237;RO=128;SAF=2;SAR=37;SRF=57;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.646899;STB=0.942424;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0118735;OID=.;OPOS=40056059;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:244:239:128:195:39:29:0.121339:37:2:57:71:28:1:82:113 chr15 40226415 . GC G,GG 1566.55 PASS AF=1,0;AO=91,29;DP=190;FAO=201,0;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=128,0;FSAR=73,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.273265,0.137158;FXX=0.00985173;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.8846,6.47082;QD=31.1751;RBI=0.273851,0.196922;REFB=0.00241795,-0.00688477;REVB=0.0179088,-0.141301;RO=33;SAF=74,2;SAR=17,27;SRF=27;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00409757,-0.746263;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0149645,0;OID=.,.;OPOS=40226416,40226416;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:91,29:190:201,0:201:0:128,0:73,0:0:0:5:33:74,2:17,27:27:6 chr15 40226495 . T C 6822.19 PASS AF=0.971739;AO=445;DP=461;FAO=447;FDP=460;FR=.;FRO=13;FSAF=223;FSAR=224;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0117081;FXX=0.00216915;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.766;QD=59.3234;RBI=0.0137472;REFB=0.00349185;REVB=0.00720462;RO=13;SAF=221;SAR=224;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230838;STB=0.511987;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=5.17301e-06;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:461:460:13:13:445:447:0.971739:224:221:12:1:224:223:12:1 chr15 40259848 . A C 696.43 PASS AF=0.563025;AO=67;DP=119;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00846275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.282;QD=23.4093;RBI=0.0134515;REFB=0.00764244;REVB=0.0104559;RO=52;SAF=36;SAR=31;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136847;STB=0.574685;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00450851;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:52:52:67:67:0.563025:31:36:19:33:31:36:19:33 chr15 40265799 . A G 2458.88 PASS AF=0.987805;AO=161;DP=163;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0215068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8122;QD=59.9727;RBI=0.10244;REFB=0.103494;REVB=-0.100157;RO=2;SAF=81;SAR=80;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117456;STB=0.506172;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00154817;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:164:2:2:161:162:0.987805:80:81:0:2:80:82:0:2 chr15 40268998 . G GGACGAC 803.23 PASS AF=0.276029;AO=111;DP=420;FAO=114;FDP=413;FR=.;FRO=299;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=135;FSRR=164;FWDB=-0.0282547;FXX=0.0166663;HRUN=2;LEN=6;MLLD=260.911;QD=7.77943;RBI=0.0436028;REFB=-0.0162192;REVB=-0.0332096;RO=300;SAF=50;SAR=61;SRF=134;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00474788;STB=0.509465;STBP=0.848;TYPE=ins;VARB=0.0437852;OID=.;OPOS=40268999;OREF=-;OALT=GACGAC;OMAPALT=GGACGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276029:111:420:114:413:299:50:64:135:164:99:300:50:61:134:166 chr15 40313141 . C T 650.04 PASS AF=0.336134;AO=80;DP=237;FAO=80;FDP=238;FR=.;FRO=158;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=70;FSRR=88;FWDB=-0.0402655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8322;QD=10.925;RBI=0.0411068;REFB=-0.0134131;REVB=-0.008274;RO=157;SAF=31;SAR=49;SRF=69;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622659;STB=0.538159;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0173963;OID=.;OPOS=40313141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:238:157:158:80:80:0.336134:49:31:69:88:49:31:70:88 chr15 40327290 . A G 2767.14 PASS AF=0.553191;AO=260;DP=470;FAO=260;FDP=470;FR=.;FRO=210;FSAF=145;FSAR=115;FSRF=90;FSRR=120;FWDB=0.0189728;FXX=0.0042372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.562;QD=23.5501;RBI=0.0190832;REFB=-0.00719206;REVB=0.00204985;RO=208;SAF=145;SAR=115;SRF=90;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102455;STB=0.557688;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00716272;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:470:470:208:210:260:260:0.553191:115:145:90:118:115:145:90:120 chr15 40327301 . G A 2722.59 PASS AF=0.561404;AO=252;DP=458;FAO=256;FDP=456;FR=.;FRO=200;FSAF=141;FSAR=115;FSRF=88;FSRR=112;FWDB=-0.0283182;FXX=0.00869546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8308;QD=23.8824;RBI=0.0477158;REFB=0.00545502;REVB=-0.0384041;RO=199;SAF=139;SAR=113;SRF=87;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931008;STB=0.548606;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00427597;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:458:456:199:200:252:256:0.561404:113:139:87:112:115:141:88:112 chr15 40327793 . CCTGCTGC CCTGCTGCT,CCTGC 404.2 PASS AF=0,0.262931;AO=28,44;DP=234;FAO=0,61;FDP=232;FR=.;FRO=171;FSAF=0,20;FSAR=0,41;FSRF=66;FSRR=105;FWDB=0.0707261,-0.0203973;FXX=0.025209;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=9.555,273.599;QD=6.96899;RBI=0.333638,0.0373489;REFB=0.0283619,-0.00747289;REVB=-0.326055,-0.0312872;RO=118;SAF=1,18;SAR=27,26;SRF=47;SRR=71;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.639193,0.0137498;STB=0.5,0.54699;STBP=1,0.395;TYPE=ins,del;VARB=0,0.0228978;OID=.,.;OPOS=40327801,40327794;OREF=-,CTG;OALT=T,-;OMAPALT=CCTGCTGCT,CCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.262931:28,44:234:0,61:232:171:0,20:0,41:66:105:99:118:1,18:27,26:47:71 chr15 40328575 . G C 2567.41 PASS AF=0.982558;AO=168;DP=176;FAO=169;FDP=172;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0360547;FXX=0.022726;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.205;QD=59.7071;RBI=0.0648547;REFB=-0.0529292;REVB=0.0539091;RO=2;SAF=74;SAR=94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0013517;STB=0.501952;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00040819;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:176:172:2:3:168:169:0.982558:94:74:1:1:94:75:1:2 chr15 40328665 . G A 216.0 PASS AF=0.280374;AO=30;DP=107;FAO=30;FDP=107;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=55;FWDB=-0.00707824;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.106;QD=8.0747;RBI=0.0297055;REFB=-0.0103561;REVB=-0.0288498;RO=69;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184329;STB=0.564844;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0235542;OID=.;OPOS=40328665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:69:77:30:30:0.280374:19:11:16:53:19:11:22:55 chr15 40330564 . C T 892.92 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0138842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3807;QD=54.9491;RBI=0.0617267;REFB=-0.0826543;REVB=-0.060145;RO=1;SAF=21;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219486;STB=0.511108;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0022773;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:62:64:0.984615:41:21:1:0:42:22:1:0 chr15 40383347 . T C 2027.15 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00078263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.296;QD=62.3738;RBI=0.0235772;REFB=0;REVB=0.0235642;RO=0;SAF=73;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1807e-06;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:56:73:0:0:56:74:0:0 chr15 40383779 . A C 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=1.5887e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.438;QD=11.6231;RBI=0.00935649;REFB=-0.00027987;REVB=-0.00935648;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717298;STB=0.541628;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.000471007;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:13:9:18:20:13:9:18:20 chr15 40426913 . C A 1511.36 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348199;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.127;QD=59.8557;RBI=0.0360014;REFB=0;REVB=-0.00914727;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83638e-05;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:54:47:0:0:54:47:0:0 chr15 40477831 . G A 1804.16 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1967;QD=61.1579;RBI=0.0327594;REFB=0;REVB=-0.0302667;RO=0;SAF=68;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93745e-05;OID=.;OPOS=40477831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:49:68:0:0:49:69:0:0 chr15 40488851 . G A 449.06 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0375761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.307;QD=21.3839;RBI=0.0436349;REFB=-0.0173685;REVB=-0.022182;RO=40;SAF=22;SAR=22;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215451;STB=0.511899;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0110115;OID=.;OPOS=40488851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:22:22:19:21:22:22:19:21 chr15 40544493 . A G 1008.45 PASS AF=0.490566;AO=102;DP=210;FAO=104;FDP=212;FR=.;FRO=108;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.00787341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.168;QD=19.0274;RBI=0.0290051;REFB=-0.00936623;REVB=-0.0279161;RO=106;SAF=51;SAR=51;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174716;STB=0.509614;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0105752;OID=.;OPOS=40544493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:212:106:108:102:104:0.490566:51:51:55:51:53:51:55:53 chr15 40544520 . G C 995.58 PASS AF=0.505208;AO=96;DP=192;FAO=97;FDP=192;FR=.;FRO=95;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.0349913;FXX=0.0103087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1547;QD=20.7413;RBI=0.0455657;REFB=-0.00238126;REVB=0.0291864;RO=95;SAF=45;SAR=51;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805774;STB=0.541323;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00198153;OID=.;OPOS=40544520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:95:95:96:97:0.505208:51:45:53:42:51:46:53:42 chr15 40544617 . G A 973.98 PASS AF=0.58;AO=87;DP=150;FAO=87;FDP=150;FR=.;FRO=63;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0493005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9978;QD=25.9728;RBI=0.056909;REFB=-0.0139401;REVB=0.0284271;RO=61;SAF=50;SAR=37;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386307;STB=0.514978;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00970198;OID=.;OPOS=40544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:61:63:87:87:0.58:37:50:32:29:37:50:34:29 chr15 40573716 . A G 4340.49 PASS AF=1;AO=275;DP=276;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6544;QD=62.9056;RBI=0.0390763;REFB=0;REVB=-0.0375195;RO=0;SAF=112;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72513e-05;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:276:276:0:0:275:276:1:163:112:0:0:164:112:0:0 chr15 40583560 . G A,T 540.53 PASS AF=0.0789474,0.921053;AO=3,34;DP=39;FAO=3,35;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=3,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305429,0.025554;FXX=0.0256345;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=37.9541,63.7385;QD=56.8974;RBI=0.0309531,0.0373082;REFB=-0.00664061,-0.0690108;REVB=0.00502233,-0.0271825;RO=1;SAF=0,19;SAR=3,15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.0239715;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0310319,-0.00522151;OID=.,.;OPOS=40583560,40583560;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:39:38:1:0:3,34:3,35:0.0789474,0.921053:3,15:0,19:1:0:3,15:0,20:0:0 chr15 40583876 . T G 1604.48 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3362;QD=59.9805;RBI=0.0439691;REFB=0;REVB=0.041519;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103039;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:103:107:1:50:53:0:0:53:54:0:0 chr15 40595474 . A C 3292.81 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.772;QD=62.1285;RBI=0.0178516;REFB=0;REVB=0.00653311;RO=0;SAF=114;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2129e-05;OID=.;OPOS=40595474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:212:0:0:211:212:1:97:114:0:0:97:115:0:0 chr15 40595565 . C T 2973.73 PASS AF=0.994709;AO=186;DP=191;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0416792;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.138;QD=62.9362;RBI=0.0420781;REFB=0.089824;REVB=0.00578036;RO=1;SAF=90;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526123;STB=0.502762;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=1.76325e-05;OID=.;OPOS=40595565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:189:1:1:186:188:0.994709:96:90:1:0:98:90:1:0 chr15 40627845 . G A 235.15 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.03743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7883;QD=19.1956;RBI=0.0429201;REFB=-0.0191655;REVB=0.0210032;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885263;STB=0.549957;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.021407;OID=.;OPOS=40627845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:16:10:11:12:16:10 chr15 40633138 . A T 1316.07 PASS AF=0.649718;AO=115;DP=175;FAO=115;FDP=177;FR=.;FRO=62;FSAF=43;FSAR=72;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0384724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2752;QD=29.7417;RBI=0.0463354;REFB=-0.0495587;REVB=-0.0258233;RO=60;SAF=43;SAR=72;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399638;STB=0.516851;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0223865;OID=.;OPOS=40633138;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:60:62:115:115:0.649718:72:43:26:34:72:43:26:36 chr15 40655845 . C G 237.27 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=25;FWDB=0.0267509;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.8279;QD=17.5755;RBI=0.0486219;REFB=-0.0529702;REVB=0.0406014;RO=25;SAF=3;SAR=21;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102212;STB=0.550527;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0658408;OID=.;OPOS=40655845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:25:27:24:27:0.5:21:3:2:23:24:3:2:25 chr15 40655873 . G C 396.95 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=0.0335642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5832;QD=23.3502;RBI=0.0337529;REFB=-0.0272876;REVB=-0.00356445;RO=29;SAF=2;SAR=37;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252171;STB=0.641529;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0252188;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:37:2:4:25:37:2:4:25 chr15 40656141 . T C 292.03 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00886325;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.463;QD=16.6877;RBI=0.014813;REFB=-0.0190982;REVB=-0.0118688;RO=38;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148986;STB=0.583284;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0204321;OID=.;OPOS=40656141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:38:32:32:0.457143:18:14:11:27:18:14:11:27 chr15 40662501 . G A 604.18 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0197102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.96;QD=23.928;RBI=0.0231431;REFB=-0.0217586;REVB=0.0121289;RO=42;SAF=17;SAR=41;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265143;STB=0.650505;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0179204;OID=.;OPOS=40662501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:43:58:58:0.574257:41:17:26:16:41:17:27:16 chr15 40710723 . G A 1061.05 PASS AF=0.524752;AO=103;DP=199;FAO=106;FDP=202;FR=.;FRO=96;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0260161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0379;QD=21.011;RBI=0.0396057;REFB=-0.0159268;REVB=0.0298626;RO=93;SAF=44;SAR=59;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777815;STB=0.536295;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.034792;OID=.;OPOS=40710723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:202:93:96:103:106:0.524752:59:44:48:45:61:45:48:48 chr15 40751555 . C A 1322.32 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030523;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7141;QD=62.227;RBI=0.030707;REFB=0;REVB=-0.00335648;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31184e-05;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:82:85:1:30:52:0:0:33:52:0:0 chr15 40764616 . G A 585.89 PASS AF=0.422819;AO=61;DP=149;FAO=63;FDP=149;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=0.00780171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.485;QD=15.7285;RBI=0.00972486;REFB=-0.0106044;REVB=0.0058057;RO=86;SAF=33;SAR=28;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672895;STB=0.546961;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0166544;OID=.;OPOS=40764616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:86:86:61:63:0.422819:28:33:52:34:30:33:52:34 chr15 40845952 . A G 673.87 PASS AF=0.59596;AO=59;DP=99;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.025468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.747;QD=27.2272;RBI=0.0313044;REFB=-0.00357352;REVB=0.0182029;RO=40;SAF=40;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16105;STB=0.587988;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00267394;OID=.;OPOS=40845952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:40:40:59:59:0.59596:19:40:19:21:19:40:19:21 chr15 40849408 . C T 388.42 PASS AF=0.348148;AO=47;DP=136;FAO=47;FDP=135;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.0162581;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8736;QD=11.5088;RBI=0.0419299;REFB=0.00524487;REVB=-0.0386496;RO=88;SAF=24;SAR=23;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396131;STB=0.522718;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0113391;OID=.;OPOS=40849408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:88:88:47:47:0.348148:23:24:48:40:23:24:48:40 chr15 40855210 . T A 592.73 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=1.47004e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.142;QD=27.2518;RBI=0.00616259;REFB=0.00924949;REVB=0.00616257;RO=33;SAF=18;SAR=35;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109482;STB=0.566841;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00579387;OID=.;OPOS=40855210;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:33:34:53:53:0.609195:35:18:16:17:35:18:17:17 chr15 40856989 . C T 988.8 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0116947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.87;QD=54.9333;RBI=0.0117029;REFB=0.00836907;REVB=-0.000438318;RO=0;SAF=17;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.540528;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-7.74512e-05;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:0:3:69:69:0.958333:52:17:0:0:52:17:3:0 chr15 40862064 . C T 1366.13 PASS AF=0.563877;AO=128;DP=227;FAO=128;FDP=227;FR=.;FRO=99;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=0.00104306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5223;QD=24.0727;RBI=0.0220835;REFB=-0.0160963;REVB=-0.0220588;RO=98;SAF=71;SAR=57;SRF=37;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140766;STB=0.574178;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.019218;OID=.;OPOS=40862064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:98:99:128:128:0.563877:57:71:37:61:57:71:38:61 chr15 40898643 . G C 613.05 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0276894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.573;QD=23.134;RBI=0.0288537;REFB=0.0206073;REVB=0.00811393;RO=46;SAF=26;SAR=34;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360909;STB=0.519739;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00891657;OID=.;OPOS=40898643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:46:46:60:60:0.566038:34:26:22:24:34:26:22:24 chr15 40903684 . A G 818.16 PASS AF=0.485549;AO=84;DP=173;FAO=84;FDP=173;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.00520462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.517;QD=18.917;RBI=0.0109446;REFB=-0.00770416;REVB=0.0096279;RO=88;SAF=28;SAR=56;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131338;STB=0.576113;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00832845;OID=.;OPOS=40903684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:88:89:84:84:0.485549:56:28:41:47:56:28:42:47 chr15 40913840 . G T 735.28 PASS AF=0.493151;AO=71;DP=147;FAO=72;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.00120656;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.015;QD=20.1447;RBI=0.00810166;REFB=-0.00193594;REVB=-0.00801132;RO=75;SAF=31;SAR=40;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102484;STB=0.548767;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00219163;OID=.;OPOS=40913840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:75:74:71:72:0.493151:40:31:41:34:40:32:40:34 chr15 40915190 . A G 49.62 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0345734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.203;QD=16.5409;RBI=0.0400573;REFB=-0.028932;REVB=0.0202304;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115856;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0235144;OID=.;OPOS=40915190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:4:5:7:7:0.583333:4:3:1:3:4:3:2:3 chr15 40916237 . A G 316.56 PASS AF=0.607843;AO=28;DP=48;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0626989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.903;QD=24.8283;RBI=0.0627644;REFB=0.0323868;REVB=0.002867;RO=20;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220541;STB=0.532974;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0218124;OID=.;OPOS=40916237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:20:20:28:31:0.607843:12:16:12:8:15:16:12:8 chr15 41043871 . A G 174.77 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00605709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.748;QD=19.974;RBI=0.0148007;REFB=-0.0112103;REVB=0.0135046;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172046;STB=0.597335;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0107374;OID=.;OPOS=41043871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:7:10:7:11:7:10 chr15 41105926 . T G 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00970003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.465;QD=11.3359;RBI=0.0331532;REFB=-0.00942136;REVB=-0.0317024;RO=40;SAF=9;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138287;STB=0.574649;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.015382;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:43:24:24:0.358209:15:9:20:20:15:9:21:22 chr15 41146880 . T C 320.8 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0146617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.44;QD=16.243;RBI=0.0150211;REFB=-0.00676156;REVB=-0.00326614;RO=43;SAF=12;SAR=23;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237383;STB=0.639744;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00781482;OID=.;OPOS=41146880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:44:35:35:0.443038:23:12:25:18:23:12:26:18 chr15 41148199 . C T 898.84 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125836;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.291;QD=57.9899;RBI=0.0393005;REFB=0;REVB=0.0372314;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005307;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:37:24:0:0:38:24:0:0 chr15 41148516 . G A 439.66 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=0.0177307;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.717;QD=14.4151;RBI=0.0185067;REFB=-0.0137303;REVB=-0.00530285;RO=70;SAF=24;SAR=26;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128686;STB=0.578952;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0241704;OID=.;OPOS=41148516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:70:72:50:50:0.409836:26:24:25:45:26:24:25:47 chr15 41149161 . G C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.171;QD=64.1539;RBI=0.0346463;REFB=0;REVB=0.0117778;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83083e-05;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:36:13:0:0:36:13:0:0 chr15 41190989 . A G 62.41 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00236515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.156;QD=7.8016;RBI=0.015197;REFB=-0.00783884;REVB=-0.0150119;RO=23;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279278;STB=0.67699;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0141362;OID=.;OPOS=41190989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:2:7:13:10:2:7:13:10 chr15 41245676 . G A 402.29 PASS AF=0.293478;AO=54;DP=184;FAO=54;FDP=184;FR=.;FRO=130;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=69;FWDB=0.053076;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.203;QD=8.74539;RBI=0.0592242;REFB=0.00191835;REVB=0.0262762;RO=130;SAF=23;SAR=31;SRF=61;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529399;STB=0.530984;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00399346;OID=.;OPOS=41245676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:130:130:54:54:0.293478:31:23:61:69:31:23:61:69 chr15 41271718 . C T 4209.42 PASS AF=1;AO=254;DP=255;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.372;QD=62.5937;RBI=0.041975;REFB=0;REVB=0.0395078;RO=1;SAF=119;SAR=135;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2188e-06;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:255:269:1:0:254:269:1:135:119:0:1:148:121:0:0 chr15 41476209 . T C 1090.36 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885027;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0545;QD=60.5755;RBI=0.00894969;REFB=0;REVB=0.00133024;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125399;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:46:25:0:0:46:26:0:0 chr15 41476465 . G A 328.7 PASS AF=0.37;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00145215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.972;QD=13.1482;RBI=0.0090621;REFB=-0.00134631;REVB=-0.00894499;RO=62;SAF=18;SAR=19;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286712;STB=0.50649;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00196124;OID=.;OPOS=41476465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:62:63:37:37:0.37:19:18:30:32:19:18:30:33 chr15 41483682 . A G 298.55 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0115205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8419;QD=12.0627;RBI=0.0250385;REFB=-0.0148035;REVB=-0.0222307;RO=60;SAF=14;SAR=21;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200898;STB=0.6332;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.026511;OID=.;OPOS=41483682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:60:64:35:35:0.353535:21:14:35:25:22:13:37:27 chr15 41484287 . C A 172.0 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00556422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.554;QD=9.29733;RBI=0.010023;REFB=-0.00725665;REVB=-0.00833667;RO=51;SAF=12;SAR=11;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139416;STB=0.508228;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.014139;OID=.;OPOS=41484287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:11:12:26:25:11:12:26:25 chr15 41508037 . A G 222.7 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.066975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4123;QD=12.5465;RBI=0.0734628;REFB=0.00674247;REVB=0.030185;RO=44;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361936;STB=0.520818;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0122229;OID=.;OPOS=41508037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:18:9:16:28:18:9:16:28 chr15 41509288 . T A 69.92 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00422458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.165;QD=6.65949;RBI=0.00428689;REFB=-0.0075886;REVB=-0.000728288;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112965;STB=0.571289;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0338903;OID=.;OPOS=41509288;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:5:5:13:19:5:5:13:19 chr15 41564393 . A G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0127417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.645;QD=18.2489;RBI=0.0156263;REFB=-0.00349821;REVB=-0.00904609;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101714;STB=0.558193;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00169421;OID=.;OPOS=41564393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:7:5:7:6:7:5 chr15 41805237 . C T 284.24 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00224491;FXX=0.077912;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.039;QD=16.0134;RBI=0.0240106;REFB=0.000225403;REVB=-0.0239055;RO=35;SAF=24;SAR=7;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143027;STB=0.606126;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.000127736;OID=.;OPOS=41805237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:71:35:40:31:31:0.43662:7:24:23:12:7:24:25:15 chr15 41813279 . C T 228.5 PASS AF=0.241135;AO=34;DP=141;FAO=34;FDP=141;FR=.;FRO=107;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.0360776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.923;QD=6.48216;RBI=0.0361285;REFB=-0.00337917;REVB=0.00191816;RO=107;SAF=16;SAR=18;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159045;STB=0.509634;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0105588;OID=.;OPOS=41813279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:107:107:34:34:0.241135:18:16:49:58:18:16:49:58 chr15 41815516 . G C 2318.4 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00907786;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.567;QD=63.9559;RBI=0.0128995;REFB=0;REVB=0.00916458;RO=0;SAF=66;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04189e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7186e-05;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:79:66:0:0:78:67:0:0 chr15 41820200 . C T 668.06 PASS AF=0.605769;AO=63;DP=104;FAO=63;FDP=104;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0040128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.671;QD=25.6945;RBI=0.0112514;REFB=-0.0121354;REVB=-0.0105115;RO=36;SAF=21;SAR=42;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212402;STB=0.622477;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.011339;OID=.;OPOS=41820200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:36:41:63:63:0.605769:42:21:23:13:42:21:26:15 chr15 41829230 . A G 253.47 PASS AF=0.375;AO=29;DP=81;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0176315;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.476;QD=12.6737;RBI=0.0274456;REFB=-0.0269348;REVB=0.0210331;RO=49;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744822;STB=0.524983;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0402709;OID=.;OPOS=41829230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:49:50:29:30:0.375:14:15:22:27:15:15:23:27 chr15 41991315 . A T 768.89 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1266;QD=56.9545;RBI=0.0468184;REFB=0;REVB=-0.0411218;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021258;OID=.;OPOS=41991315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr15 42026764 . C T 2494.14 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130125;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.344;QD=61.5836;RBI=0.0221959;REFB=0;REVB=0.0179814;RO=0;SAF=58;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63812e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18758e-05;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:162:0:0:158:162:1:100:58:0:0:100:62:0:0 chr15 42041712 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.549;QD=60.2307;RBI=0.0218069;REFB=0;REVB=0.00390644;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95214e-05;OID=.;OPOS=42041712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr15 42111753 . G A,GA,T 448.48 PASS AF=0.377778,0.444444,0;AO=6,9,2;DP=50;FAO=17,20,0;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=17,20,0;FSAR=0,0,0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0645584,0.0915766,-0.00769483;FXX=0.09998;HRUN=10,0,10;LEN=1,1,1;MLLD=31.7665,31.0325,42.4057;QD=39.8652;RBI=0.0645584,0.0915766,0.00769483;REFB=-0.141576,-0.192856,-0.0487266;REVB=0,0,0;RO=2;SAF=6,9,2;SAR=0,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,snp;VARB=0.0655256,0.110856,0;OID=.,.,.;OPOS=42111753,42111754,42111753;OREF=G,-,G;OALT=A,A,T;OMAPALT=A,GA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:50:45:2:8:6,9,2:17,20,0:0.377778,0.444444,0:0,0,0:6,9,2:2:0:0,0,0:17,20,0:8:0 chr15 42115796 . C T 228.81 PASS AF=0.154341;AO=48;DP=311;FAO=48;FDP=311;FR=.;FRO=263;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=108;FSRR=155;FWDB=0.000542203;FXX=0.00320503;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.6;QD=2.94289;RBI=0.00122379;REFB=0.000132793;REVB=0.00109712;RO=260;SAF=19;SAR=29;SRF=106;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159079;STB=0.513019;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.000676967;OID=.;OPOS=42115796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:260:263:48:48:0.154341:29:19:106:154:29:19:108:155 chr15 42134097 . C T 1197.68 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129519;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.361;QD=59.884;RBI=0.0147052;REFB=-0.0125171;REVB=0.00696362;RO=1;SAF=25;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868727;STB=0.504586;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-1.53496e-05;OID=.;OPOS=42134097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:54:25:0:1:54:25:0:1 chr15 42135988 . C T 9252.38 PASS AF=1;AO=582;DP=589;FAO=583;FDP=583;FR=.;FRO=0;FSAF=272;FSAR=311;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195694;FXX=0.0168631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.587;QD=63.4812;RBI=0.0319406;REFB=-0.157083;REVB=0.0252437;RO=0;SAF=272;SAR=310;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174516;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:589:583:0:0:582:583:1:310:272:0:0:311:272:0:0 chr15 42138321 . A C,G 509.56 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=2,33;DP=35;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00835028,-0.00473886;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.4701,174.781;QD=58.2358;RBI=0.0208954,0.00474351;REFB=0,0;REVB=-0.0191544,0.000209935;RO=0;SAF=2,22;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.193821,0.000312499;OID=.,.;OPOS=42138321,42138321;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:35:35:0:0:2,33:2,33:0.0571429,0.942857:0,11:2,22:0:0:0,11:2,22:0:0 chr15 42139642 . C T 1665.02 PASS AF=0.942623;AO=114;DP=122;FAO=115;FDP=122;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0524407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.337;QD=54.5907;RBI=0.0601237;REFB=-0.103829;REVB=0.029408;RO=4;SAF=16;SAR=98;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189862;STB=0.51707;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00199087;OID=.;OPOS=42139642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:122:122:4:7:114:115:0.942623:98:16:0:4:99:16:0:7 chr15 42149472 . T C 4515.79 PASS AF=0.983333;AO=295;DP=301;FAO=295;FDP=300;FR=.;FRO=5;FSAF=109;FSAR=186;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00855401;FXX=0.00332215;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.154;QD=60.2105;RBI=0.0242927;REFB=-0.0635616;REVB=0.0227369;RO=5;SAF=109;SAR=186;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784251;STB=0.504114;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000562434;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:301:300:5:5:295:295:0.983333:186:109:3:2:186:109:3:2 chr15 42149506 . G C 3383.24 PASS AF=0.99095;AO=212;DP=215;FAO=219;FDP=221;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00658317;FXX=0.0045043;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.056;QD=61.2351;RBI=0.00761112;REFB=0.0486721;REVB=-0.00381983;RO=3;SAF=71;SAR=141;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100272;STB=0.503472;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-5.29115e-05;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:215:221:3:2:212:219:0.99095:141:71:0:3:143:76:0:2 chr15 42168368 . C T 437.23 PASS AF=0.380597;AO=50;DP=133;FAO=51;FDP=134;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.02761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.002;QD=13.0517;RBI=0.0373669;REFB=-0.0090919;REVB=-0.0251789;RO=83;SAF=30;SAR=20;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117831;STB=0.571655;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0171473;OID=.;OPOS=42168368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:83:83:50:51:0.380597:20:30:41:42:20:31:41:42 chr15 42171537 . A G 2594.83 PASS AF=0.587654;AO=235;DP=404;FAO=238;FDP=405;FR=.;FRO=167;FSAF=119;FSAR=119;FSRF=95;FSRR=72;FWDB=0.0114966;FXX=0.00246299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2636;QD=25.628;RBI=0.0146828;REFB=-0.0279594;REVB=-0.00913307;RO=159;SAF=118;SAR=117;SRF=87;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336795;STB=0.528393;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0248673;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:405:159:167:235:238:0.587654:117:118:87:72:119:119:95:72 chr15 42178155 . T C 1400.51 PASS AF=0.430636;AO=149;DP=346;FAO=149;FDP=346;FR=.;FRO=197;FSAF=70;FSAR=79;FSRF=101;FSRR=96;FWDB=0.0135354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2223;QD=16.1909;RBI=0.0184323;REFB=-0.0221403;REVB=-0.0125117;RO=196;SAF=70;SAR=79;SRF=101;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465732;STB=0.524435;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0293922;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:196:197:149:149:0.430636:79:70:101:95:79:70:101:96 chr15 42187492 . T C 353.77 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0774779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.689;QD=18.6192;RBI=0.0815025;REFB=0.0126901;REVB=0.0252949;RO=39;SAF=23;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10328;STB=0.557647;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0151633;OID=.;OPOS=42187492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:14:23:20:19:14:23:20:19 chr15 42211486 . A G 1553.53 PASS AF=0.543165;AO=146;DP=267;FAO=151;FDP=278;FR=.;FRO=127;FSAF=76;FSAR=75;FSRF=73;FSRR=54;FWDB=0.0164884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.276;QD=22.3529;RBI=0.110193;REFB=-0.0130449;REVB=-0.108953;RO=120;SAF=76;SAR=70;SRF=73;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731879;STB=0.532671;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0126988;OID=.;OPOS=42211486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:278:120:127:146:151:0.543165:70:76:73:47:75:76:73:54 chr15 42281719 . G A 559.68 PASS AF=0.641026;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00525496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.108;QD=28.7016;RBI=0.00995835;REFB=0.0225651;REVB=0.00845896;RO=28;SAF=27;SAR=23;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120339;STB=0.565347;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0151612;OID=.;OPOS=42281719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:28:28:50:50:0.641026:23:27:10:18:23:27:10:18 chr15 42287578 . G A 2141.34 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9947;QD=62.9805;RBI=0.0284395;REFB=0;REVB=0.000564118;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92346e-05;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:73:62:0:0:73:63:0:0 chr15 42297112 . GCCCC GCCC,GCCCG 1028.91 PASS AF=0.682464,0.0236967;AO=115,11;DP=210;FAO=144,5;FDP=211;FR=.;FRO=62;FSAF=82,5;FSAR=62,0;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00965112,0.00344539;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.4399,15.2999;QD=19.5053;RBI=0.0177583,0.0288977;REFB=-0.0943659,-0.0163774;REVB=-0.0149068,-0.0286916;RO=64;SAF=71,5;SAR=44,6;SRF=31;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0911478,-0.0369168;STB=0.530939,0.997976;STBP=0.168,0.015;TYPE=del,snp;VARB=0.0745185,0.0450757;OID=.,.;OPOS=42297113,42297116;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.682464,0.0236967:115,11:210:144,5:211:62:82,5:62,0:29:33:99:64:71,5:44,6:31:33 chr15 42371752 . A T 2257.87 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405303;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.6;QD=63.6021;RBI=0.0572231;REFB=0;REVB=-0.0403952;RO=0;SAF=86;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139031;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:55:86:0:0:55:87:0:0 chr15 42373810 . G C 7303.88 PASS AF=0.985294;AO=462;DP=472;FAO=469;FDP=476;FR=.;FRO=7;FSAF=242;FSAR=227;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00321895;FXX=0.00209639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.35;QD=61.3771;RBI=0.0410141;REFB=-0.0510111;REVB=0.0408875;RO=4;SAF=242;SAR=220;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085993;STB=0.501287;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.000213167;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:472:476:4:7:462:469:0.985294:220:242:0:4:227:242:3:4 chr15 42377744 . C G 871.25 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162934;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.109;QD=58.0831;RBI=0.0164527;REFB=0;REVB=0.0163718;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36081e-05;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr15 42433802 . A G 740.76 PASS AF=0.373391;AO=86;DP=230;FAO=87;FDP=233;FR=.;FRO=146;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=81;FSRR=65;FWDB=-0.0114205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.411;QD=12.7169;RBI=0.0183639;REFB=-0.016798;REVB=-0.0143807;RO=144;SAF=47;SAR=39;SRF=81;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178926;STB=0.509197;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0285015;OID=.;OPOS=42433802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:233:144:146:86:87:0.373391:39:47:81:63:40:47:81:65 chr15 42434254 . G A 588.4 PASS AF=0.634146;AO=52;DP=82;FAO=52;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00341578;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.999;QD=28.7025;RBI=0.0469166;REFB=0.00792267;REVB=0.0467921;RO=28;SAF=31;SAR=21;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314993;STB=0.514196;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00602445;OID=.;OPOS=42434254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:28:30:52:52:0.634146:21:31:18:10:21:31:19:11 chr15 42434336 . G C 804.95 PASS AF=0.66055;AO=72;DP=109;FAO=72;FDP=109;FR=.;FRO=37;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0104142;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.692;QD=29.5396;RBI=0.0222225;REFB=-0.00274863;REVB=-0.0196312;RO=37;SAF=39;SAR=33;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517842;STB=0.527962;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00109244;OID=.;OPOS=42434336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:37:37:72:72:0.66055:33:39:17:20:33:39:17:20 chr15 42434837 . T C 1298.17 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.765;QD=61.0904;RBI=0.121855;REFB=0;REVB=-0.00229434;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72098e-05;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:83:85:1:52:31:0:0:52:33:0:0 chr15 42439376 . G A 948.7 PASS AF=0.494737;AO=94;DP=190;FAO=94;FDP=190;FR=.;FRO=96;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.0161734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.595;QD=19.9727;RBI=0.0975882;REFB=0.00348998;REVB=0.0962386;RO=93;SAF=40;SAR=54;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157124;STB=0.504586;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.00323034;OID=.;OPOS=42439376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:93:96:94:94:0.494737:54:40:38:55:54:40:40:56 chr15 42442823 . G C 740.69 PASS AF=0.75;AO=60;DP=80;FAO=60;FDP=80;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00068269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.5;QD=37.0344;RBI=0.0105147;REFB=-0.00970308;REVB=-0.0104925;RO=20;SAF=24;SAR=36;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479659;STB=0.525765;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00348867;OID=.;OPOS=42442823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:20:20:60:60:0.75:36:24:10:10:36:24:10:10 chr15 42444920 . GA AC 58.93 PASS AF=0.117647;AO=16;DP=138;FAO=16;FDP=136;FR=.;FRO=120;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=-0.0444099;FXX=0.0144917;HRUN=2;LEN=2;MLLD=56.6924;QD=1.73323;RBI=0.0903927;REFB=-0.00475738;REVB=-0.0787312;RO=99;SAF=12;SAR=4;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304875;STB=0.705896;STBP=0.093;TYPE=mnp;VARB=0.0820901;OID=.;OPOS=42444920;OREF=GA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:138:136:99:120:16:16:0.117647:4:12:51:48:5:11:54:66 chr15 42445554 . G T 482.78 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.020176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.472;QD=26.0962;RBI=0.0427443;REFB=0.000690936;REVB=-0.037683;RO=29;SAF=14;SAR=31;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160493;STB=0.587925;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.000510162;OID=.;OPOS=42445554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:31:14:15:14:31:14:15:14 chr15 42446362 . A G 355.82 PASS AF=0.349206;AO=45;DP=126;FAO=44;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0466806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.939;QD=11.2959;RBI=0.0508171;REFB=-0.0159331;REVB=-0.0200823;RO=81;SAF=22;SAR=23;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00554522;STB=0.507933;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0193424;OID=.;OPOS=42446362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:81:82:45:44:0.349206:23:22:40:41:22:22:40:42 chr15 42446398 . G A 381.42 PASS AF=0.365079;AO=45;DP=126;FAO=46;FDP=126;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.00239642;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.816;QD=12.1086;RBI=0.0189581;REFB=-0.00838328;REVB=-0.0188061;RO=80;SAF=24;SAR=21;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233618;STB=0.513806;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0149272;OID=.;OPOS=42446398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:80:80:45:46:0.365079:21:24:41:39:22:24:40:40 chr15 42448659 . C A 373.36 PASS AF=0.256881;AO=56;DP=207;FAO=56;FDP=218;FR=.;FRO=162;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=75;FSRR=87;FWDB=-0.00272152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.292;QD=6.85056;RBI=0.0363166;REFB=-0.0110368;REVB=-0.0362145;RO=150;SAF=31;SAR=25;SRF=72;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906579;STB=0.567111;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0185739;OID=.;OPOS=42448659;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:218:150:162:56:56:0.256881:25:31:72:78:25:31:75:87 chr15 42453963 . T C 743.77 PASS AF=0.57377;AO=70;DP=124;FAO=70;FDP=122;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.042149;FXX=0.0239981;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8678;QD=24.386;RBI=0.0439066;REFB=-0.0137137;REVB=-0.0122983;RO=54;SAF=26;SAR=44;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106357;STB=0.548641;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0183496;OID=.;OPOS=42453963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:54:52:70:70:0.57377:44:26:27:27:44:26:25:27 chr15 42458347 . T C 79.87 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00453532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.22;QD=5.809;RBI=0.00480474;REFB=0.00135445;REVB=0.00158631;RO=42;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736415;STB=0.55648;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00744808;OID=.;OPOS=42458347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:42:43:12:12:0.218182:7:5:20:22:7:5:21:22 chr15 42459034 . T C 1686.64 PASS AF=0.974359;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0379944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.077;QD=57.6627;RBI=0.0450666;REFB=-0.168837;REVB=0.0242369;RO=2;SAF=52;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153118;STB=0.511809;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000742954;OID=.;OPOS=42459034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:116:117:2:3:113:114:0.974359:61:52:0:2:62:52:0:3 chr15 42483769 . C G 93.21 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0138499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.773;QD=7.03439;RBI=0.0186443;REFB=0.00450658;REVB=0.0124815;RO=31;SAF=3;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384438;STB=0.733569;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00604928;OID=.;OPOS=42483769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:53:53:31:40:13:13:0.245283:10:3:17:14:10:3:21:19 chr15 42491848 . A C 460.94 PASS AF=0.517241;AO=43;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0180519;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.743;QD=21.1926;RBI=0.0234949;REFB=-0.0236852;REVB=0.015038;RO=41;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909364;STB=0.55495;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0211942;OID=.;OPOS=42491848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:41:42:43:45:0.517241:24:19:14:27:25:20:14:28 chr15 42502896 . A T 552.06 PASS AF=0.402516;AO=63;DP=159;FAO=64;FDP=159;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.0125648;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.315;QD=13.8883;RBI=0.0225805;REFB=-0.0199591;REVB=-0.0187618;RO=95;SAF=22;SAR=41;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161034;STB=0.583663;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0333838;OID=.;OPOS=42502896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:95:95:63:64:0.402516:41:22:47:48:41:23:47:48 chr15 42553211 . TAAAAAAAT TAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAT 307.83 PASS AF=0.0416667,0.541667,0,0.0208333;AO=11,13,4,8;DP=54;FAO=2,26,0,1;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=1,13,0,0;FSAR=1,13,0,1;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0289452,0.045827,0.0542354,-0.445911;FXX=0.020404;HRUN=7,1,1,7;LEN=2,1,1,1;MLLD=282.635,285.218,282.403,6.19009;QD=25.6521;RBI=0.0295115,0.0461585,0.0543701,0.451719;REFB=-0.0171772,-0.0153015,-0.0133773,-0.0867484;REVB=0.00575385,0.0055223,0.00382498,0.0722032;RO=14;SAF=8,6,0,5;SAR=3,7,4,3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.468864,0.230746,-0.60469,0.410879;STB=0.570734,0.533308,0.5,0.988244;STBP=0.853,0.609,1,0.487;TYPE=del,del,snp,del;VARB=0.0243226,0.0131051,0,0.048812;OID=.,.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219,42553212;OREF=AT,T,T,A;OALT=-,-,A,-;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0416667,0.541667,0,0.0208333:11,13,4,8:54:2,26,0,1:48:19:1,13,0,0:1,13,0,1:8:11:99:14:8,6,0,5:3,7,4,3:3:11 chr15 42568547 . C G 532.17 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00817777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.904;QD=25.6469;RBI=0.00855286;REFB=-0.0321488;REVB=-0.00250509;RO=34;SAF=19;SAR=30;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130508;STB=0.571399;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0226373;OID=.;OPOS=42568547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:34:49:49:0.590361:30:19:19:15:30:19:19:15 chr15 42575956 . A G 486.02 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00416341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.297;QD=21.3636;RBI=0.00418327;REFB=-0.008472;REVB=-0.000407148;RO=44;SAF=26;SAR=21;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106084;STB=0.558593;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00989421;OID=.;OPOS=42575956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:21:26:19:25:21:26:19:25 chr15 42575963 . A G 487.7 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0252072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.814;QD=21.6756;RBI=0.027107;REFB=-0.01232;REVB=0.00996937;RO=43;SAF=25;SAR=22;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578023;STB=0.531901;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0123087;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:22:25:20:23:22:25:20:23 chr15 42579948 . T C 447.68 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00722146;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.49;QD=23.2559;RBI=0.00725907;REFB=0.013877;REVB=0.000738024;RO=34;SAF=15;SAR=28;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103636;STB=0.557097;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0116279;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:34:34:43:43:0.558442:28:15:16:18:28:15:16:18 chr15 42579984 . G A 380.25 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.029072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.302;QD=24.9345;RBI=0.0318441;REFB=0.0082089;REVB=0.0129948;RO=24;SAF=12;SAR=25;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407806;STB=0.522376;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00517543;OID=.;OPOS=42579984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:25:12:9:15:25:12:9:15 chr15 42640302 . T A 425.41 PASS AF=0.37037;AO=50;DP=135;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.0728252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6255;QD=12.6046;RBI=0.0729722;REFB=0.00734837;REVB=-0.00462902;RO=85;SAF=31;SAR=19;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636403;STB=0.536284;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.0134323;OID=.;OPOS=42640302;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:85:85:50:50:0.37037:19:31:48:37:19:31:48:37 chr15 42643529 . T C 1387.8 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0222101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.108;QD=60.339;RBI=0.0232014;REFB=0.0295376;REVB=0.00670934;RO=1;SAF=42;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111514;STB=0.511625;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-9.46888e-06;OID=.;OPOS=42643529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:92:1:2:90:90:0.978261:48:42:1:0:48:42:2:0 chr15 42643538 . A G 703.37 PASS AF=0.659341;AO=59;DP=93;FAO=60;FDP=91;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.000598608;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.958;QD=30.9171;RBI=0.00304179;REFB=-0.0174352;REVB=-0.00298231;RO=31;SAF=29;SAR=30;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025408;STB=0.516478;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00847071;OID=.;OPOS=42643538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:31:31:59:60:0.659341:30:29:14:17:30:30:14:17 chr15 42696606 . G T 251.54 PASS AF=0.309091;AO=34;DP=110;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0150447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.766;QD=9.14675;RBI=0.0150757;REFB=-0.0176636;REVB=0.000966367;RO=75;SAF=20;SAR=14;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180208;STB=0.515907;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0342455;OID=.;OPOS=42696606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:75:76:34:34:0.309091:14:20:43:32:14:20:43:33 chr15 42703177 . G A 547.92 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0241209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.117;QD=23.5662;RBI=0.0354909;REFB=-0.0107011;REVB=0.0260343;RO=42;SAF=28;SAR=23;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186409;STB=0.510235;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00692287;OID=.;OPOS=42703177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:42:42:51:51:0.548387:23:28:24:18:23:28:24:18 chr15 42706022 . A T 229.17 PASS AF=0.290909;AO=32;DP=110;FAO=32;FDP=110;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0162761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.004;QD=8.33351;RBI=0.0163626;REFB=0.0128086;REVB=-0.00168105;RO=76;SAF=11;SAR=21;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820309;STB=0.559962;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0234775;OID=.;OPOS=42706022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:76:78:32:32:0.290909:21:11:31:45:21:11:33:45 chr15 42706287 . T C 197.03 PASS AF=0.267327;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=101;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=0.00423669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6314;QD=7.80336;RBI=0.00542866;REFB=-0.00423223;REVB=0.00339423;RO=71;SAF=18;SAR=9;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132768;STB=0.597148;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.011488;OID=.;OPOS=42706287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:71:74:27:27:0.267327:9:18:40:31:9:18:40:34 chr15 42709493 . CA AC,C 43.94 PASS AF=0.019802,0.217822;AO=5,26;DP=104;FAO=2,22;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=0,11;FSAR=2,11;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.0425945,-0.118714;FXX=0.0648088;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=110.877,7.26443;QD=1.74014;RBI=0.0426814,0.131064;REFB=-0.0164738,-0.152645;REVB=0.00272178,0.0555407;RO=53;SAF=0,15;SAR=5,11;SRF=14;SRR=39;SSEN=0,0.52381;SSEP=0,0;SSSB=-0.489434,0.350271;STB=0.993867,0.585783;STBP=0.202,0.371;TYPE=mnp,del;VARB=0.0466316,0.139906;OID=.,.;OPOS=42709493,42709494;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:104:101:53:77:5,26:2,22:0.019802,0.217822:5,11:0,15:14:39:2,11:0,11:30:47 chr15 42729508 . G A 1255.67 PASS AF=0.58209;AO=117;DP=201;FAO=117;FDP=201;FR=.;FRO=84;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.00112252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.491;QD=24.9885;RBI=0.0102385;REFB=0.00956909;REVB=0.0101768;RO=84;SAF=49;SAR=68;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634866;STB=0.534456;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00826316;OID=.;OPOS=42729508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:84:84:117:117:0.58209:68:49:42:42:68:49:42:42 chr15 42740369 . C T 759.91 PASS AF=0.509934;AO=77;DP=152;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.00564696;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.77;QD=20.1299;RBI=0.0238518;REFB=0.00848767;REVB=-0.0231737;RO=74;SAF=27;SAR=50;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198091;STB=0.609081;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0104181;OID=.;OPOS=42740369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:74:74:77:77:0.509934:50:27:42:32:50:27:42:32 chr15 42742464 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.518;QD=58.6003;RBI=0.0227628;REFB=0;REVB=0.0153877;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67368e-06;OID=.;OPOS=42742464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr15 42834962 . C T 417.76 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.012796;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.393;QD=22.2804;RBI=0.0131327;REFB=-0.0140379;REVB=-0.00295491;RO=34;SAF=19;SAR=22;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102362;STB=0.556393;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0123097;OID=.;OPOS=42834962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:34:34:41:41:0.546667:22:19:20:14:22:19:20:14 chr15 43022911 . G A 501.49 PASS AF=0.379747;AO=60;DP=158;FAO=60;FDP=158;FR=.;FRO=98;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=34;FWDB=-0.0341002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.4888;QD=12.6959;RBI=0.0629161;REFB=-0.00732767;REVB=0.0528735;RO=98;SAF=29;SAR=31;SRF=64;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1855;STB=0.604622;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00959051;OID=.;OPOS=43022911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:98:98:60:60:0.379747:31:29:64:34:31:29:64:34 chr15 43094353 . G A 568.03 PASS AF=0.411392;AO=65;DP=158;FAO=65;FDP=158;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.00818057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.897;QD=14.3806;RBI=0.0294602;REFB=-0.0184733;REVB=-0.0283016;RO=93;SAF=27;SAR=38;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840754;STB=0.547233;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0236333;OID=.;OPOS=43094353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:93:93:65:65:0.411392:38:27:46:47:38:27:46:47 chr15 43545728 . G A 705.13 PASS AF=0.611111;AO=66;DP=108;FAO=66;FDP=108;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00347507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.747;QD=26.1161;RBI=0.0588384;REFB=-0.00742079;REVB=0.0587357;RO=42;SAF=36;SAR=30;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187834;STB=0.510201;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0059593;OID=.;OPOS=43545728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:42:42:66:66:0.611111:30:36:24:18:30:36:24:18 chr15 43568794 . G A 1268.88 PASS AF=0.552511;AO=121;DP=219;FAO=121;FDP=219;FR=.;FRO=98;FSAF=45;FSAR=76;FSRF=29;FSRR=69;FWDB=0.00945568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.207;QD=23.1759;RBI=0.00973355;REFB=-7.99833e-05;REVB=0.00230915;RO=98;SAF=45;SAR=76;SRF=29;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682329;STB=0.537075;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=8.02399e-05;OID=.;OPOS=43568794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:98:98:121:121:0.552511:76:45:29:69:76:45:29:69 chr15 43571390 . C G 993.71 PASS AF=0.55814;AO=95;DP=172;FAO=96;FDP=172;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0696087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6758;QD=23.1096;RBI=0.0697629;REFB=-0.0147376;REVB=0.00463606;RO=76;SAF=40;SAR=55;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129043;STB=0.567203;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0118506;OID=.;OPOS=43571390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:76:76:95:96:0.55814:55:40:44:32:55:41:44:32 chr15 43571958 . C A 753.59 PASS AF=0.493671;AO=78;DP=159;FAO=78;FDP=158;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.0555587;FXX=0.00628891;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7649;QD=19.0783;RBI=0.0592401;REFB=0.00312551;REVB=-0.0205578;RO=80;SAF=39;SAR=39;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804248;STB=0.544293;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00296349;OID=.;OPOS=43571958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:80:80:78:78:0.493671:39:39:33:47:39:39:33:47 chr15 43579566 . A G 348.83 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00483161;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.11;QD=19.933;RBI=0.0637811;REFB=0.00808735;REVB=-0.0635978;RO=34;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00143358;STB=0.500796;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00967296;OID=.;OPOS=43579566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:34:36:36:0.514286:19:17:16:18:19:17:16:18 chr15 43579621 . C T 377.81 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00470615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.123;QD=16.4265;RBI=0.0161574;REFB=-0.0060192;REVB=0.0154568;RO=52;SAF=15;SAR=25;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128909;STB=0.572589;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00668055;OID=.;OPOS=43579621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:25:15:26:26:25:15:26:26 chr15 43621947 . A G 1672.56 PASS AF=0.605578;AO=152;DP=251;FAO=152;FDP=251;FR=.;FRO=99;FSAF=77;FSAR=75;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=0.0165287;FXX=0.0039681;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.898;QD=26.6544;RBI=0.0231079;REFB=-0.00190502;REVB=0.0161486;RO=98;SAF=77;SAR=75;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343918;STB=0.516533;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00129544;OID=.;OPOS=43621947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:98:99:152:152:0.605578:75:77:45:53:75:77:46:53 chr15 43632549 . T C 530.2 PASS AF=0.537634;AO=48;DP=92;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0164352;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.774;QD=22.8041;RBI=0.0176119;REFB=-0.0131322;REVB=0.00632957;RO=42;SAF=30;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890359;STB=0.551826;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0104522;OID=.;OPOS=43632549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:42:43:48:50:0.537634:18:30:22:20:19:31:22:21 chr15 43650384 . G A 290.23 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00908042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.641;QD=21.4986;RBI=0.0189299;REFB=-0.0207858;REVB=0.0166099;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105233;STB=0.548355;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0142456;OID=.;OPOS=43650384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:24:29:30:0.555556:12:17:11:13:13:17:11:13 chr15 43661802 . T C 435.31 PASS AF=0.677966;AO=40;DP=59;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00211757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.155;QD=29.5122;RBI=0.00235446;REFB=-0.0135205;REVB=0.00102926;RO=19;SAF=27;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964885;STB=0.552531;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00668497;OID=.;OPOS=43661802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:19:40:40:0.677966:13:27:10:9:13:27:10:9 chr15 43690300 . T C 957.42 PASS AF=0.571429;AO=91;DP=161;FAO=92;FDP=161;FR=.;FRO=69;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.00717593;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.971;QD=23.7869;RBI=0.010994;REFB=0.00937995;REVB=-0.00832913;RO=68;SAF=44;SAR=47;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360612;STB=0.524833;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0072166;OID=.;OPOS=43690300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:68:69:91:92:0.571429:47:44:36:32:48:44:37:32 chr15 44038899 . C T 5039.66 PASS AF=0.959302;AO=329;DP=345;FAO=330;FDP=344;FR=.;FRO=14;FSAF=205;FSAR=125;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0280026;FXX=0.00289847;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.79;QD=58.6007;RBI=0.0284109;REFB=0.00194841;REVB=0.00479961;RO=14;SAF=204;SAR=125;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137179;STB=0.507137;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-4.30106e-05;OID=.;OPOS=44038899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:345:344:14:14:329:330:0.959302:125:204:11:3:125:205:11:3 chr15 44061802 . C T 1529.81 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8595;QD=63.742;RBI=0.0246635;REFB=0;REVB=0.0145071;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27842e-05;OID=.;OPOS=44061802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:49:46:0:0:50:46:0:0 chr15 44120559 . T G 1588.72 PASS AF=1;AO=89;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.205;QD=58.8415;RBI=0.0376632;REFB=0;REVB=0.0274505;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61377e-05;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:89:108:1:48:41:0:0:58:50:0:0 chr15 44120560 . C G 104.73 PASS AF=0.175926;AO=19;DP=108;FAO=19;FDP=108;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.000569802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5221;QD=3.87893;RBI=0.0423512;REFB=-0.0597712;REVB=-0.0423474;RO=89;SAF=8;SAR=11;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650882;STB=0.542361;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0384754;OID=.;OPOS=44120560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:89:89:19:19:0.175926:11:8:42:47:11:8:42:47 chr15 44912607 . TGAAAAAAAAC ATGAAAAAAAC,TGAAAAAAAC,TGAAAAAAACA,TGAAAAAACAC 225.82 PASS AF=0,0.641026,0,0.0769231;AO=9,33,4,5;DP=84;FAO=0,50,0,6;FDP=78;FR=.;FRO=22;FSAF=0,14,0,5;FSAR=0,36,0,1;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.100761,-0.156715,-0.227627,-0.00641636;FXX=0.0602337;HRUN=1,8,8,8;LEN=3,1,2,1;MLLD=14.5645,7.14119,16.7783,232.933;QD=11.5803;RBI=0.10077,0.171229,0.227699,0.00647941;REFB=-0.117071,-0.197602,-0.0610346,-0.018531;REVB=-0.00129516,0.0689906,0.00572047,-0.000901705;RO=26;SAF=2,8,3,4;SAR=7,25,1,1;SRF=5;SRR=21;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0531841,0.056311,0.585009,0.632136;STB=0.5,0.557142,0.5,0.925024;STBP=1,0.244,1,0.152;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=0,0.105379,0,0.058136;OID=.,.,.,.;OPOS=44912607,44912609,44912616,44912615;OREF=TGA,A,AC,A;OALT=ATG,-,CA,C;OMAPALT=ATGAAAAAAAC,TGAAAAAAAC,TGAAAAAAACA,TGAAAAAACAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:84:78:26:22:9,33,4,5:0,50,0,6:0,0.641026,0,0.0769231:7,25,1,1:2,8,3,4:5:21:0,36,0,1:0,14,0,5:3:19 chr15 44966389 . T C 538.37 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6075;QD=59.8184;RBI=0.0205317;REFB=0;REVB=-0.0160184;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237288;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr15 45047573 . C T 591.81 PASS AF=0.57;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0279382;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.288;QD=23.6725;RBI=0.028466;REFB=-0.0161772;REVB=0.00545583;RO=43;SAF=21;SAR=36;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366013;STB=0.519993;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0145299;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:43:43:57:57:0.57:36:21:14:29:36:21:14:29 chr15 45048651 . C T 287.93 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0266256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.469;QD=18.5761;RBI=0.0294971;REFB=-0.00748174;REVB=-0.0126947;RO=30;SAF=9;SAR=22;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256505;STB=0.519885;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00788864;OID=.;OPOS=45048651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:22:9:8:22:22:9:8:23 chr15 45361180 . A T 133.92 PASS AF=0.2;AO=23;DP=115;FAO=23;FDP=115;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.0220434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.691;QD=4.65824;RBI=0.0228759;REFB=-0.0071109;REVB=-0.00611498;RO=92;SAF=10;SAR=13;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013974;STB=0.508818;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0241567;OID=.;OPOS=45361180;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:92:92:23:23:0.2:13:10:41:51:13:10:41:51 chr15 45365724 . C T 697.7 PASS AF=0.5;AO=69;DP=138;FAO=69;FDP=138;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.00924518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.763;QD=20.2233;RBI=0.00996751;REFB=0.00468903;REVB=0.00372529;RO=69;SAF=33;SAR=36;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106059;STB=0.558359;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00550115;OID=.;OPOS=45365724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:69:69:69:69:0.5:36:33:25:44:36:33:25:44 chr15 45365905 . G C 354.21 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0180203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.668;QD=13.8907;RBI=0.0184161;REFB=-0.00566662;REVB=0.00379789;RO=61;SAF=21;SAR=20;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00422342;STB=0.502391;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00922092;OID=.;OPOS=45365905;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:20:21:31:30:20:21:31:30 chr15 45392075 . G A 2615.97 PASS AF=0.988439;AO=169;DP=170;FAO=171;FDP=173;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0560954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4994;QD=60.4849;RBI=0.0598533;REFB=-0.0630628;REVB=0.0208738;RO=0;SAF=87;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92111e-08;STB=0.506023;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00392551;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:173:0:2:169:171:0.988439:82:87:0:0:82:89:0:2 chr15 45400358 . C G 1440.89 PASS AF=0.959184;AO=63;DP=96;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0290839;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.585;QD=58.812;RBI=0.047735;REFB=-0.109053;REVB=0.0378518;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.000329845;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:98:0:4:63:94:0.959184:28:35:0:0:34:60:3:1 chr15 45404066 . G A 4916.22 PASS AF=0.916216;AO=339;DP=370;FAO=339;FDP=370;FR=.;FRO=31;FSAF=127;FSAR=212;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.040205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.35;QD=53.1483;RBI=0.0402086;REFB=-0.0422727;REVB=-0.000542009;RO=17;SAF=127;SAR=212;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206117;STB=0.521076;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000483932;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:370:370:17:31:339:339:0.916216:212:127:10:7:212:127:19:12 chr15 45408414 . C G 1388.81 PASS AF=1;AO=71;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0971087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4765;QD=63.1277;RBI=0.171719;REFB=0;REVB=0.141623;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346096;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:71:88:1:31:40:0:0:47:41:0:0 chr15 45408933 . T C 2219.73 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.051793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.711;QD=62.5277;RBI=0.0539752;REFB=0.0169346;REVB=0.0151922;RO=1;SAF=40;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468506;STB=0.502463;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.000191443;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:141:141:0.992958:101:40:0:1:101:40:0:1 chr15 45442896 . T C 3876.82 PASS AF=1;AO=249;DP=250;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191668;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.553;QD=61.7819;RBI=0.020079;REFB=0.0434543;REVB=-0.00598343;RO=1;SAF=111;SAR=138;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344179;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.8044e-05;OID=.;OPOS=45442896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:250:251:1:0:249:251:1:138:111:0:1:140:111:0:0 chr15 45457458 . G T 3526.22 PASS AF=0.96;AO=238;DP=250;FAO=240;FDP=250;FR=.;FRO=10;FSAF=117;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.00852093;FXX=0.00398391;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3953;QD=56.4195;RBI=0.0481113;REFB=-0.238924;REVB=0.0473507;RO=12;SAF=116;SAR=122;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445995;STB=0.51953;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00904626;OID=.;OPOS=45457458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:250:250:12:10:238:240:0.96:122:116:0:12:123:117:0:10 chr15 45467540 . C G 1299.11 PASS AF=0.977778;AO=83;DP=83;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0416715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.216;QD=57.7384;RBI=0.049256;REFB=-0.0381268;REVB=0.0262611;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666539;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:83:90:0:2:83:88:0.977778:43:40:0:0:44:44:1:1 chr15 45653707 . T C 382.73 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.561;QD=52.7899;RBI=0.0225979;REFB=-0.0981335;REVB=0.0124883;RO=1;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618951;STB=0.533309;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000459035;OID=.;OPOS=45653707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:7:21:0:1:7:21:0:1 chr15 45654327 . A G 3885.04 PASS AF=0.987952;AO=246;DP=250;FAO=246;FDP=249;FR=.;FRO=3;FSAF=97;FSAR=149;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000440704;FXX=0.00399984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.441;QD=62.4102;RBI=0.0128274;REFB=-0.123569;REVB=-0.0128198;RO=3;SAF=97;SAR=149;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00146623;STB=0.500769;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00226516;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:250:249:3:3:246:246:0.987952:149:97:1:2:149:97:1:2 chr15 45661678 . T A 2737.47 PASS AF=1;AO=174;DP=177;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564908;FXX=0.0112988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.053;QD=62.5706;RBI=0.0201586;REFB=0;REVB=0.0193509;RO=0;SAF=91;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09798e-06;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:175:0:0:174:175:1:83:91:0:0:84:91:0:0 chr15 45695695 . G A 4916.17 PASS AF=0.948571;AO=332;DP=353;FAO=332;FDP=350;FR=.;FRO=18;FSAF=178;FSAR=154;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0386554;FXX=0.00849834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1697;QD=56.1848;RBI=0.0640845;REFB=-0.019496;REVB=0.0511134;RO=10;SAF=178;SAR=154;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204184;STB=0.501868;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00102549;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:353:350:10:18:332:332:0.948571:154:178:9:1:154:178:9:9 chr15 45777344 . T C 609.1 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.031112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5559;QD=25.3792;RBI=0.0321836;REFB=-0.0231711;REVB=-0.00823581;RO=41;SAF=24;SAR=31;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213983;STB=0.511704;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.019828;OID=.;OPOS=45777344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:41:55:55:0.572917:31:24:19:22:31:24:19:22 chr15 45779810 . G A 1163.29 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.023698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.228;QD=58.1644;RBI=0.024508;REFB=-0.0496131;REVB=-0.00624848;RO=2;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230769;STB=0.512192;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=6.76761e-05;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:2:2:78:78:0.975:40:38:0:2:40:38:0:2 chr15 45781192 . G A 381.92 PASS AF=0.335714;AO=43;DP=140;FAO=47;FDP=140;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.024371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2766;QD=10.9121;RBI=0.043543;REFB=-0.00346703;REVB=0.0360838;RO=93;SAF=16;SAR=27;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159473;STB=0.613138;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00693841;OID=.;OPOS=45781192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:93:93:43:47:0.335714:27:16:47:46:31:16:47:46 chr15 45814306 . A G 628.26 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0201861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.754;QD=22.2393;RBI=0.0235156;REFB=-0.0102333;REVB=0.0120625;RO=51;SAF=33;SAR=29;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301523;STB=0.516513;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00810921;OID=.;OPOS=45814306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:51:62:62:0.548673:29:33:29:22:29:33:29:22 chr15 45968435 . T C 613.75 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0143796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.692;QD=26.117;RBI=0.0367246;REFB=0.000324996;REVB=-0.0337924;RO=39;SAF=37;SAR=18;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245066;STB=0.634067;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000227229;OID=.;OPOS=45968435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:39:55:55:0.585106:18:37:14:25:18:37:14:25 chr15 48053229 . C A 233.41 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0906342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0784;QD=15.0584;RBI=0.134305;REFB=-0.0444346;REVB=-0.0991126;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160362;STB=0.509084;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0357869;OID=.;OPOS=48053229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:12:15:20:15:12:15:20:15 chr15 48058071 . G A 148.88 PASS AF=0.283784;AO=20;DP=73;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0348709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.853;QD=8.04774;RBI=0.0530909;REFB=-0.0301063;REVB=-0.0400333;RO=53;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25079;STB=0.630456;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0516234;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:53:53:20:21:0.283784:9:11:18:35:10:11:18:35 chr15 48063076 . T C 712.76 PASS AF=0.376682;AO=84;DP=223;FAO=84;FDP=223;FR=.;FRO=139;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=78;FSRR=61;FWDB=-0.0277653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.457;QD=12.7849;RBI=0.0280911;REFB=-0.0163361;REVB=0.00426611;RO=137;SAF=36;SAR=48;SRF=77;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146119;STB=0.582356;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0271698;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:137:139:84:84:0.376682:48:36:77:60:48:36:78:61 chr15 48426484 . A G 1534.33 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199786;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.604;QD=61.9931;RBI=0.0402441;REFB=-0.135378;REVB=0.0349348;RO=2;SAF=44;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179218;STB=0.504672;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000840132;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:2:1:97:98:0.989899:53:44:1:1:53:45:0:1 chr15 48443699 . T C 1476.56 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0371521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1922;QD=62.1709;RBI=0.0459619;REFB=-0.125788;REVB=-0.0270595;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00116188;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:54:40:0:0:54:40:0:1 chr15 48460927 . C T 2733.77 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.676;QD=62.4862;RBI=0.0243161;REFB=0;REVB=-0.00823488;RO=0;SAF=79;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57231e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57114e-05;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:96:79:0:0:96:79:0:0 chr15 48495508 . C T 1114.24 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.351;QD=60.229;RBI=0.0217903;REFB=0;REVB=-0.012482;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22561e-05;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:46:27:0:0:46:28:0:0 chr15 48539587 . T C 1696.57 PASS AF=1;AO=109;DP=115;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242289;FXX=0.0512777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6372;QD=61.1378;RBI=0.0288327;REFB=0;REVB=0.0156296;RO=0;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184171;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:111:0:0:109:111:1:48:61:0:0:49:62:0:0 chr15 48580713 . T C 990.6 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.788;QD=59.14;RBI=0.0588193;REFB=0;REVB=-0.00160423;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37943e-05;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:42:24:0:0:42:25:0:0 chr15 48701029 . C T 803.72 PASS AF=0.936508;AO=58;DP=62;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.000651308;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.418;QD=51.0297;RBI=0.00982275;REFB=-0.0627543;REVB=0.00980113;RO=3;SAF=28;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478974;STB=0.533322;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0020795;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:62:63:3:4:58:59:0.936508:30:28:3:0:31:28:4:0 chr15 48702457 . C A 2571.0 PASS AF=0.988235;AO=167;DP=170;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0114526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.867;QD=60.4941;RBI=0.0126173;REFB=0.0200935;REVB=-0.00529474;RO=1;SAF=72;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656397;STB=0.506756;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00012113;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:170:1:2:167:168:0.988235:95:72:1:0:95:73:2:0 chr15 48807637 . C T 2444.64 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0306;QD=61.116;RBI=0.0608292;REFB=0;REVB=0.0545359;RO=0;SAF=66;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443949;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:158:160:1:92:66:0:0:93:67:0:0 chr15 49031444 . A AT,T 57.48 PASS AF=0.273585,0;AO=24,4;DP=112;FAO=29,0;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=6,0;FSAR=23,0;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.238498,-0.0217051;FXX=0.0275204;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=6.85567,253.496;QD=2.16917;RBI=0.258469,0.0292222;REFB=-0.116296,0.00215578;REVB=-0.0996241,-0.0195659;RO=73;SAF=3,0;SAR=21,4;SRF=33;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.487507,-0.448292;STB=0.681609,0.5;STBP=0.025,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.114223,0;OID=.,.;OPOS=49031445,49031444;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:112:106:73:77:24,4:29,0:0.273585,0:21,4:3,0:33:40:23,0:6,0:32:45 chr15 49052345 . G A 479.54 PASS AF=0.438017;AO=51;DP=119;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=44;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.01279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.588;QD=15.8524;RBI=0.0218812;REFB=-0.0154258;REVB=-0.017754;RO=61;SAF=42;SAR=9;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333271;STB=0.674254;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0207819;OID=.;OPOS=49052345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:61:68:51:53:0.438017:9:42:34:27:9:44:41:27 chr15 49171337 . GA G 63.79 PASS AF=0.516129;AO=13;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.252725;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.56558;QD=8.23035;RBI=0.268466;REFB=-0.0674271;REVB=-0.0905756;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191832;STB=0.54745;STBP=0.638;TYPE=del;VARB=0.0860152;OID=.;OPOS=49171338;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516129:13:31:16:31:15:5:11:6:9:44:15:3:10:6:9 chr15 49172317 . T G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=3;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00570769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.189;QD=16.8228;RBI=0.00952463;REFB=-0.0148308;REVB=-0.00762502;RO=4;SAF=1;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848588;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00322401;OID=.;OPOS=49172317;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:4:5:3:7:0.583333:2:1:1:3:4:3:1:4 chr15 49288160 . A G 1296.21 PASS AF=0.977778;AO=86;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0226784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0999;QD=57.6094;RBI=0.0827928;REFB=0.018974;REVB=0.0796263;RO=1;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938213;STB=0.501812;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.000734363;OID=.;OPOS=49288160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:90:1:2:86:88:0.977778:50:36:0:1:51:37:1:1 chr15 49325289 . A C 692.15 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=131;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00232716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.397;QD=21.1345;RBI=0.00245698;REFB=0.00542102;REVB=0.000788081;RO=62;SAF=23;SAR=45;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134115;STB=0.570689;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00466912;OID=.;OPOS=49325289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:62:63:68:68:0.519084:45:23:30:32:45:23:30:33 chr15 49716845 . T C 151.86 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0197423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.047;QD=8.55531;RBI=0.109933;REFB=-0.00495237;REVB=0.108146;RO=49;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082673;STB=0.543134;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0239534;OID=.;OPOS=49716845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:50:21:21:0.295775:13:8:22:27:13:8:22:28 chr15 50151140 . A G 215.5 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0124435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.705;QD=10.9112;RBI=0.0124488;REFB=-0.0161796;REVB=-0.000362947;RO=51;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014938;STB=0.514275;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0329386;OID=.;OPOS=50151140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:52:27:27:0.341772:15:12:22:29:15:12:22:30 chr15 50152583 . G T 2954.35 PASS AF=1;AO=186;DP=188;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754322;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.342;QD=63.5344;RBI=0.0264471;REFB=0;REVB=-0.0253485;RO=0;SAF=92;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.89043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39545e-05;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:186:0:0:186:186:1:94:92:0:0:94:92:0:0 chr15 50189448 . C A 215.3 PASS AF=0.341463;AO=25;DP=77;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=-0.00607103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.021;QD=10.5022;RBI=0.0089489;REFB=-0.0210212;REVB=0.0065746;RO=46;SAF=4;SAR=21;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208182;STB=0.525107;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0400153;OID=.;OPOS=50189448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:46:54:25:28:0.341463:21:4:13:33:22:6:13:41 chr15 50226313 . G T 139.1 PASS AF=0.225806;AO=20;DP=91;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=52;FWDB=-0.0849649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9892;QD=5.98262;RBI=0.137351;REFB=0.00921626;REVB=0.107918;RO=71;SAF=3;SAR=17;SRF=19;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223851;STB=0.66328;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0300284;OID=.;OPOS=50226313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:71:72:20:21:0.225806:17:3:19:52:18:3:20:52 chr15 50311135 . C A 411.2 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.000313561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0826;QD=21.3611;RBI=0.00542922;REFB=-0.0324668;REVB=-0.00542016;RO=36;SAF=17;SAR=24;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471149;STB=0.525991;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0330377;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:24:17:13:23:24:17:13:23 chr15 50311148 . A G 408.35 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0073824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.46;QD=20.4176;RBI=0.0106877;REFB=-0.00412608;REVB=-0.00772833;RO=39;SAF=16;SAR=25;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184049;STB=0.510199;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00487477;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:25:16:16:23:25:16:16:23 chr15 50474766 . A C 2964.83 PASS AF=0.97561;AO=197;DP=202;FAO=200;FDP=205;FR=.;FRO=5;FSAF=119;FSAR=81;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0230608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.022;QD=57.8503;RBI=0.0291133;REFB=0.0158659;REVB=0.0177702;RO=5;SAF=119;SAR=78;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096707;STB=0.505197;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-5.27999e-05;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:202:205:5:5:197:200:0.97561:78:119:4:1:81:119:4:1 chr15 50646783 . C T 654.38 PASS AF=0.723684;AO=55;DP=76;FAO=55;FDP=76;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.00361484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1153;QD=34.4411;RBI=0.0285349;REFB=-0.0405498;REVB=0.028305;RO=19;SAF=8;SAR=47;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961408;STB=0.501446;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0198417;OID=.;OPOS=50646783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:19:21:55:55:0.723684:47:8:1:18:47:8:3:18 chr15 50773755 . G A 1166.54 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.507;QD=60.5993;RBI=0.0140695;REFB=0;REVB=0.00194809;RO=0;SAF=25;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019744;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:51:25:0:0:52:25:0:0 chr15 50867082 . G A 853.39 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.089733;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1706;QD=57.857;RBI=0.0928831;REFB=0;REVB=-0.0239846;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000701315;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr15 50878630 . G A 196.26 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0485577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.254;QD=10.7542;RBI=0.0541977;REFB=-0.00958495;REVB=-0.0240735;RO=47;SAF=11;SAR=14;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150135;STB=0.580089;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0138207;OID=.;OPOS=50878630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:48:25:25:0.342466:14:11:27:20:14:11:27:21 chr15 50981098 . T C 1193.33 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0294549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.529;QD=59.6667;RBI=0.029455;REFB=-0.13554;REVB=5.46532e-05;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000670583;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:80:0:1:78:79:0.9875:39:39:0:0:39:40:1:0 chr15 51057719 . C A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.073762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.48;QD=25.3616;RBI=0.07995;REFB=0.0433271;REVB=0.0308412;RO=8;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468104;STB=0.52628;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0131583;OID=.;OPOS=51057719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:12:3:2:6:12:3:2:6 chr15 51217361 . T C 2630.14 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.175;QD=61.8857;RBI=0.00363706;REFB=0;REVB=0.00244021;RO=0;SAF=80;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0402e-06;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:170:0:0:167:170:1:87:80:0:0:90:80:0:0 chr15 51294832 . G A 785.45 PASS AF=0.569231;AO=73;DP=129;FAO=74;FDP=130;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0437855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5772;QD=24.1676;RBI=0.0438631;REFB=0.0231765;REVB=0.00260907;RO=56;SAF=29;SAR=44;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335935;STB=0.521733;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0126427;OID=.;OPOS=51294832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:56:56:73:74:0.569231:44:29:20:36:44:30:20:36 chr15 51295934 . G A 34.03 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0390329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.833;QD=3.88896;RBI=0.055431;REFB=-0.00520166;REVB=-0.0393576;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181457;STB=0.627018;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0381187;OID=.;OPOS=51295934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:4:2:14:15:4:2:14:15 chr15 51502844 . A C 506.11 PASS AF=0.286307;AO=70;DP=241;FAO=69;FDP=241;FR=.;FRO=172;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=77;FSRR=95;FWDB=0.0161645;FXX=0.00413206;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.097;QD=8.40013;RBI=0.071031;REFB=-0.0226249;REVB=0.0691672;RO=171;SAF=32;SAR=38;SRF=76;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015568;STB=0.511563;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0600281;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:171:172:70:69:0.286307:38:32:76:95:37:32:77:95 chr15 51502986 . G A 610.67 PASS AF=0.339286;AO=76;DP=219;FAO=76;FDP=224;FR=.;FRO=148;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=75;FSRR=73;FWDB=-0.00903025;FXX=0.00884917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.559;QD=10.9049;RBI=0.00905789;REFB=-0.00793379;REVB=-0.000707062;RO=143;SAF=40;SAR=36;SRF=75;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00211041;STB=0.512938;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0152204;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:224:143:148:76:76:0.339286:36:40:75:68:36:40:75:73 chr15 51503881 . T A 153.92 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=62;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0241361;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.628;QD=9.77268;RBI=0.034815;REFB=-0.0133717;REVB=-0.0250905;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113032;STB=0.563193;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0263015;OID=.;OPOS=51503881;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:40:42:20:21:0.333333:9:11:18:22:10:11:18:24 chr15 51503897 . G A 123.8 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0479428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.964;QD=8.68779;RBI=0.0518812;REFB=-0.00954607;REVB=-0.0198279;RO=40;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150889;STB=0.59006;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0193272;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:8:9:16:24:8:9:16:24 chr15 51520131 . C G 132.77 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0298361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.952;QD=7.81003;RBI=0.02985;REFB=-0.00429871;REVB=-0.000910566;RO=48;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381704;STB=0.720916;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0193377;OID=.;OPOS=51520131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:49:19:19:0.279412:6:13:17:31:6:13:18:31 chr15 51529112 . T C 650.17 PASS AF=0.4;AO=73;DP=185;FAO=74;FDP=185;FR=.;FRO=111;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=-0.0132776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0525;QD=14.0577;RBI=0.0243599;REFB=0.00472829;REVB=0.0204232;RO=111;SAF=42;SAR=31;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124377;STB=0.573146;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00632933;OID=.;OPOS=51529112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:111:111:73:74:0.4:31:42:51:60:31:43:51:60 chr15 51696856 . G A 1511.04 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892914;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.056;QD=59.8432;RBI=0.0303775;REFB=0;REVB=0.0290355;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45479e-05;OID=.;OPOS=51696856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:102:101:1:56:46:0:0:56:45:0:0 chr15 52517714 . C T 163.91 PASS AF=0.328571;AO=18;DP=65;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0371426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4568;QD=9.36614;RBI=0.0371488;REFB=-0.0156955;REVB=0.000678699;RO=47;SAF=6;SAR=12;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143144;STB=0.50819;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0457694;OID=.;OPOS=52517714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:47:47:18:23:0.328571:12:6:21:26:13:10:21:26 chr15 52531941 . A G 768.6 PASS AF=0.356061;AO=94;DP=264;FAO=94;FDP=264;FR=.;FRO=170;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=97;FSRR=73;FWDB=0.0181923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.45;QD=11.6455;RBI=0.0205882;REFB=-0.00800251;REVB=-0.00963918;RO=170;SAF=47;SAR=47;SRF=97;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800775;STB=0.545445;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0151521;OID=.;OPOS=52531941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:170:170:94:94:0.356061:47:47:97:73:47:47:97:73 chr15 52539673 . C T 2324.71 PASS AF=0.975;AO=156;DP=160;FAO=156;FDP=160;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=88;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0556672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7302;QD=58.1178;RBI=0.0556673;REFB=0.0216637;REVB=-6.93997e-05;RO=4;SAF=68;SAR=88;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027159;STB=0.514284;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00276351;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:160:160:4:4:156:156:0.975:88:68:4:0:88:68:4:0 chr15 52556429 . A G 1644.88 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425148;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.768;QD=60.3625;RBI=0.0597685;REFB=0;REVB=-0.0596171;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204871;OID=.;OPOS=52556429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:47:61:0:0:47:62:0:0 chr15 52604136 . A ATTTGTCATT 513.17 PASS AF=1;AO=28;DP=51;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317988;FXX=0.149963;HRUN=3;LEN=9;MLLD=278.036;QD=60.3724;RBI=0.0355733;REFB=0;REVB=0.0159466;RO=15;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11718;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000331827;OID=.;OPOS=52604137;OREF=-;OALT=TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:51:34:34:0:11:23:0:0:3:15:10:18:8:7 chr15 52611451 . A G 5732.37 PASS AF=1;AO=363;DP=366;FAO=365;FDP=365;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393219;FXX=0.00815195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.979;QD=62.8205;RBI=0.0463877;REFB=0;REVB=0.0246091;RO=0;SAF=188;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35363e-05;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:366:365:0:0:363:365:1:175:188:0:0:176:189:0:0 chr15 52667552 . G A 2008.38 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.949;QD=62.2754;RBI=0.0251159;REFB=0;REVB=-0.0110308;RO=0;SAF=68;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12261e-05;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:60:68:0:0:61:68:0:0 chr15 52689526 . T C 1917.99 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.4733;QD=60.8886;RBI=0.0140345;REFB=-0.0440055;REVB=0.00468472;RO=0;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-4.82448e-05;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:126:0:1:125:125:0.992063:66:59:0:0:66:59:0:1 chr15 52689631 . T G 1768.93 PASS AF=0.991525;AO=115;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00907391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8331;QD=59.9637;RBI=0.0538535;REFB=0.0299103;REVB=-0.0530836;RO=1;SAF=45;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104354;STB=0.505494;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.000568585;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:118:1:1:115:117:0.991525:70:45:1:0:72:45:1:0 chr15 52873974 . TCA ATC,TC 118.23 PASS AF=0,0.454545;AO=4,28;DP=76;FAO=0,35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=0,4;FSAR=0,31;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00849161,0.147954;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=71.8575,9.0797;QD=6.14197;RBI=0.121056,0.151344;REFB=-0.0259171,-0.149124;REVB=-0.120758,-0.0318511;RO=33;SAF=0,2;SAR=4,26;SRF=26;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.731473,-0.73367;STB=0.5,0.852989;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.196159;OID=.,.;OPOS=52873974,52873976;OREF=TCA,A;OALT=ATC,-;OMAPALT=ATC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:76:77:33:42:4,28:0,35:0,0.454545:4,26:0,2:26:7:0,31:0,4:29:13 chr15 52901283 . TT CC 1513.73 PASS AF=1;AO=91;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274647;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=2;MLLD=90.173;QD=63.7361;RBI=0.0581875;REFB=0;REVB=0.0512979;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000124906;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:91:95:1:49:42:0:0:51:44:0:0 chr15 52906071 . G A 42.78 PASS AF=0.134146;AO=8;DP=79;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0287863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.1591;QD=2.08672;RBI=0.0288673;REFB=-0.00406559;REVB=0.00216119;RO=68;SAF=0;SAR=8;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.646525;STB=0.810238;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0307344;OID=.;OPOS=52906071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:79:82:68:71:8:11:0.134146:8:0:37:31:9:2:38:33 chr15 53049634 . C T 447.85 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=126;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.0144851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.297;QD=14.2175;RBI=0.0173818;REFB=0.000775912;REVB=-0.00960782;RO=75;SAF=36;SAR=15;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957767;STB=0.554221;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00218016;OID=.;OPOS=53049634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:75:51:51:0.404762:15:36:47:28:15:36:47:28 chr15 53081221 . C A 547.4 PASS AF=0.409091;AO=62;DP=148;FAO=63;FDP=154;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=60;FSRR=31;FWDB=-0.0469814;FXX=0.0128197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.4238;QD=14.2181;RBI=0.0489244;REFB=-0.0422116;REVB=-0.0136511;RO=84;SAF=37;SAR=25;SRF=54;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497826;STB=0.535157;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0620195;OID=.;OPOS=53081221;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:154:84:91:62:63:0.409091:25:37:54:30:25:38:60:31 chr15 53809958 . A C 271.11 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.016399;FXX=0.020829;HRUN=6;LEN=1;MLLD=299.144;QD=23.0728;RBI=0.0173582;REFB=-0.0126666;REVB=0.0056904;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160664;STB=0.552636;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0096611;OID=.;OPOS=53809958;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:16:21:23:24:0.510638:12:11:8:8:13:11:12:9 chr15 53994493 . A G 2001.5 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.186;QD=62.0621;RBI=0.0499174;REFB=0;REVB=0.0231628;RO=0;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135676;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:129:0:0:125:129:1:64:61:0:0:67:62:0:0 chr15 54008795 . T C 357.04 PASS AF=0.34375;AO=44;DP=130;FAO=44;FDP=128;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0418225;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3286;QD=11.1576;RBI=0.0563895;REFB=-0.00739253;REVB=0.0378239;RO=83;SAF=14;SAR=30;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235186;STB=0.639641;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0165247;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:83:84:44:44:0.34375:30:14:43:40:30:14:44:40 chr15 54008845 . T C 1970.94 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7433;QD=62.077;RBI=0.0417994;REFB=0;REVB=0.00124311;RO=0;SAF=62;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001347;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:65:62:0:0:65:62:0:0 chr15 54306925 . G A 2044.11 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8087;QD=62.4156;RBI=0.0482712;REFB=0;REVB=-0.00882468;RO=0;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158401;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:131:0:0:129:131:1:67:62:0:0:68:63:0:0 chr15 54336662 . A G 1525.6 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00658126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.102;QD=59.8276;RBI=0.00799927;REFB=0;REVB=0.00454701;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00136e-06;OID=.;OPOS=54336662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr15 54624313 . T A 369.23 PASS AF=0.417476;AO=42;DP=101;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.000728646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.357;QD=14.3391;RBI=0.0255859;REFB=-0.00247732;REVB=0.0255755;RO=59;SAF=20;SAR=22;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054631;STB=0.528461;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00223543;OID=.;OPOS=54624313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:59:60:42:43:0.417476:22:20:25:34:23:20:25:35 chr15 54841874 . A G 540.09 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0102444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.305;QD=51.4375;RBI=0.0289899;REFB=-0.0104657;REVB=0.0271194;RO=3;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800838;STB=0.555526;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.000862557;OID=.;OPOS=54841874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:3:4:38:38:0.904762:16:22:0:3:16:22:0:4 chr15 54847677 . C T 2385.84 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0269;QD=61.1754;RBI=0.0551872;REFB=0;REVB=-0.0367806;RO=0;SAF=69;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172895;OID=.;OPOS=54847677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:87:69:0:0:87:69:0:0 chr15 54919047 . A G 1171.85 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.058;QD=60.8755;RBI=0.0205483;REFB=0;REVB=0.0153629;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80683e-05;OID=.;OPOS=54919047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr15 55489065 . G A 639.77 PASS AF=0.330677;AO=77;DP=247;FAO=83;FDP=251;FR=.;FRO=168;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=84;FSRR=84;FWDB=0.00816253;FXX=0.0118106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.435;QD=10.1955;RBI=0.0118269;REFB=-0.00355566;REVB=-0.00855848;RO=167;SAF=31;SAR=46;SRF=83;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113237;STB=0.561126;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00726143;OID=.;OPOS=55489065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:251:167:168:77:83:0.330677:46:31:83:84:49:34:84:84 chr15 55619796 . T C 630.36 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0431976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.074;QD=22.9222;RBI=0.0432901;REFB=-0.00235681;REVB=-0.00282815;RO=48;SAF=21;SAR=41;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136938;STB=0.507489;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00207479;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:48:48:62:62:0.563636:41:21:17:31:41:21:17:31 chr15 55632859 . G T 1547.2 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438141;FXX=0.00934492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9216;QD=58.385;RBI=0.0541358;REFB=0.0909316;REVB=-0.0317963;RO=1;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903847;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.00032498;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:52:52:0:1:53:52:0:1 chr15 55652719 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0630793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.804;QD=11.4397;RBI=0.0658164;REFB=-0.0246869;REVB=-0.0187829;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163296;STB=0.509782;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0302483;OID=.;OPOS=55652719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:8:6:4:5:8:6 chr15 55652845 . A G 199.73 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00828122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.682;QD=9.51108;RBI=0.0303335;REFB=0.0126064;REVB=0.0291812;RO=55;SAF=16;SAR=10;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062124;STB=0.557394;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0300317;OID=.;OPOS=55652845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:58:26:26:0.309524:10:16:31:24:10:16:31:27 chr15 55653031 . A G 97.89 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00596918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1216;QD=13.5026;RBI=0.0188296;REFB=-0.0254378;REVB=-0.0178584;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449392;STB=0.526273;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0311477;OID=.;OPOS=55653031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:5:12:8:4:5:12 chr15 55722872 . G C 133.31 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0100871;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1646;QD=7.84157;RBI=0.0194078;REFB=-0.000199934;REVB=0.0165805;RO=49;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286461;STB=0.671534;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00132769;OID=.;OPOS=55722872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:49:49:19:19:0.279412:7:12:19:30:7:12:19:30 chr15 55759193 . T C 252.01 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0328729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8684;QD=27.244;RBI=0.0329832;REFB=-0.0157313;REVB=-0.00269462;RO=14;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172835;STB=0.595661;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00706814;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:9:14:5:9:9:14:5:9 chr15 55759334 . AT A 52.14 PASS AF=0.833333;AO=8;DP=19;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.193315;FXX=0.0526039;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.25031;QD=11.5861;RBI=0.224073;REFB=-0.0987299;REVB=0.113304;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162764;STB=0.533289;STBP=0.611;TYPE=del;VARB=0.135077;OID=.;OPOS=55759335;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:8:19:15:18:3:8:7:1:2:16:9:3:5:5:4 chr15 55790530 . C T 330.06 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.00657283;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.359;QD=12.4551;RBI=0.0088869;REFB=0.00463676;REVB=0.00598121;RO=62;SAF=17;SAR=23;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199132;STB=0.620406;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00601269;OID=.;OPOS=55790530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:62:66:40:40:0.377358:23:17:38:24:23:17:41:25 chr15 56120962 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00735906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.862;QD=13.9477;RBI=0.00946015;REFB=-0.0250398;REVB=0.00594464;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101589;STB=0.559251;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0375563;OID=.;OPOS=56120962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:12:15:11:6:12:15 chr15 56139153 . T C 1085.49 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378418;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.295;QD=60.3048;RBI=0.112899;REFB=0;REVB=0.106368;RO=0;SAF=50;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309156;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:22:50:0:0:22:50:0:0 chr15 56140995 . T A 795.54 PASS AF=0.691489;AO=65;DP=94;FAO=65;FDP=94;FR=.;FRO=29;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0228325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.507;QD=33.8527;RBI=0.0250838;REFB=-0.0335216;REVB=0.0103863;RO=29;SAF=39;SAR=26;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688038;STB=0.537106;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0141405;OID=.;OPOS=56140995;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:29:29:65:65:0.691489:26:39:14:15:26:39:14:15 chr15 56152729 . T C 620.72 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0114852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.679;QD=21.2213;RBI=0.0169542;REFB=0.00203581;REVB=-0.0124713;RO=55;SAF=22;SAR=40;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415915;STB=0.522868;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0017654;OID=.;OPOS=56152729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:55:62:62:0.529915:40:22:22:33:40:22:22:33 chr15 56152872 . C T 915.56 PASS AF=0.568493;AO=83;DP=145;FAO=83;FDP=146;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0254265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7352;QD=25.0838;RBI=0.0282953;REFB=0.00551512;REVB=-0.0124142;RO=62;SAF=31;SAR=52;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226314;STB=0.620044;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00650109;OID=.;OPOS=56152872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:62:63:83:83:0.568493:52:31:41:21:52:31:41:22 chr15 56207811 . T G 136.37 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00485536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.377;QD=6.99332;RBI=0.0185021;REFB=-0.00615382;REVB=0.0178537;RO=56;SAF=9;SAR=11;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608806;STB=0.537238;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0139698;OID=.;OPOS=56207811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:58:20:20:0.25641:11:9:28:28:11:9:29:29 chr15 56208535 . G A 414.3 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0114771;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.436;QD=14.9297;RBI=0.0458577;REFB=-0.0149984;REVB=0.0443982;RO=64;SAF=20;SAR=27;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449522;STB=0.525281;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0208148;OID=.;OPOS=56208535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:27:20:30:34:27:20:30:34 chr15 56258659 . A T 305.66 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00933668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.384;QD=12.8698;RBI=0.0159315;REFB=-0.0089389;REVB=-0.0129089;RO=60;SAF=19;SAR=16;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793465;STB=0.504546;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0193495;OID=.;OPOS=56258659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:16:19:33:27:16:19:33:27 chr15 56285695 . C T 1337.52 PASS AF=0.487455;AO=136;DP=279;FAO=136;FDP=279;FR=.;FRO=143;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=54;FSRR=89;FWDB=0.0024093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.227;QD=19.1759;RBI=0.00649925;REFB=-0.0119046;REVB=0.00603618;RO=142;SAF=57;SAR=79;SRF=53;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441781;STB=0.521992;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0125837;OID=.;OPOS=56285695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:142:143:136:136:0.487455:79:57:53:89:79:57:54:89 chr15 56322148 . C T 340.55 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1447;QD=54.4874;RBI=0.0190276;REFB=0;REVB=0.00891413;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130175;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr15 56322156 . T C 147.66 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0598662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3185;QD=26.848;RBI=0.0979473;REFB=0.02088;REVB=0.0775223;RO=7;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596536;STB=0.533289;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00503702;OID=.;OPOS=56322156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:7:8:3:4:7:8:3:4 chr15 56386403 . G A 1210.1 PASS AF=0.566502;AO=114;DP=202;FAO=115;FDP=203;FR=.;FRO=88;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.00381639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.905;QD=23.8442;RBI=0.00531971;REFB=0.00438585;REVB=0.00370601;RO=88;SAF=47;SAR=67;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00674594;STB=0.505262;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00225564;OID=.;OPOS=56386403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:88:88:114:115:0.566502:67:47:37:51:68:47:37:51 chr15 56386577 . T G 2090.87 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.010871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.094;QD=61.0472;RBI=0.0198281;REFB=-0.0896598;REVB=-0.0165824;RO=1;SAF=60;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785684;STB=0.500821;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000238977;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:1:2:135:135:0.985401:75:60:1:0:75:60:1:1 chr15 56387859 . T C 505.46 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.0089632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.52;QD=16.1747;RBI=0.0100751;REFB=-0.0172814;REVB=-0.00460089;RO=70;SAF=12;SAR=43;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195259;STB=0.610113;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0215553;OID=.;OPOS=56387859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:70:55:55:0.44:43:12:26:44:43:12:26:44 chr15 56387931 . C T 1283.4 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0018;QD=61.8504;RBI=0.0270329;REFB=0;REVB=-0.00215999;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150212;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr15 56388033 . T C 435.3 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0130085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.06;QD=13.9296;RBI=0.0276602;REFB=-0.000690474;REVB=0.0244104;RO=75;SAF=22;SAR=28;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570003;STB=0.532204;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00133991;OID=.;OPOS=56388033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:75:75:50:50:0.4:28:22:37:38:28:22:37:38 chr15 56471449 . T G 291.74 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.0487229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9104;QD=12.1559;RBI=0.090367;REFB=0.000219209;REVB=0.076107;RO=61;SAF=27;SAR=7;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504704;STB=0.793945;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00151694;OID=.;OPOS=56471449;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:61:62:34:34:0.354167:7:27:21:40:7:27:21:41 chr15 56721264 . G A 702.01 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333366;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.895;QD=57.3072;RBI=0.00459505;REFB=0;REVB=0.00316246;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4696e-05;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr15 56923714 . G A 1263.29 PASS AF=1;AO=80;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300717;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.557;QD=60.8812;RBI=0.00482709;REFB=0;REVB=-0.00377594;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588909;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:80:83:1:44:36:0:0:45:38:0:0 chr15 56946980 . T G 789.82 PASS AF=0.535714;AO=75;DP=140;FAO=75;FDP=140;FR=.;FRO=65;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00891365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9634;QD=22.5664;RBI=0.0114169;REFB=-0.015662;REVB=0.00713398;RO=65;SAF=50;SAR=25;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169254;STB=0.592939;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0143196;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:65:65:75:75:0.535714:25:50:31:34:25:50:31:34 chr15 56959028 . C T 379.04 PASS AF=0.285714;AO=52;DP=182;FAO=52;FDP=182;FR=.;FRO=130;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=60;FSRR=70;FWDB=-0.0312627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.493;QD=8.3305;RBI=0.0321083;REFB=-8.70261e-06;REVB=-0.00732059;RO=128;SAF=27;SAR=25;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705916;STB=0.541124;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000121775;OID=.;OPOS=56959028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:128:130:52:52:0.285714:25:27:59:69:25:27:60:70 chr15 57213283 . A G 286.1 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0262297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.64;QD=20.4358;RBI=0.0304449;REFB=-0.000708569;REVB=-0.0154562;RO=26;SAF=8;SAR=22;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366766;STB=0.704293;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000559475;OID=.;OPOS=57213283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:22:8:18:8:22:8:18:8 chr15 57731335 . A C 915.11 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.619;QD=58.1021;RBI=0.064127;REFB=0;REVB=0.0189951;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302389;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:59:63:1:28:31:0:0:31:32:0:0 chr15 57731728 . A G 1679.33 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00796571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.383;QD=59.4453;RBI=0.00799652;REFB=0.104349;REVB=0.000701241;RO=1;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724901;STB=0.503816;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.000255624;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:65:47:0:1:65:47:0:1 chr15 57835903 . T G 422.68 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00285501;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7943;QD=21.4016;RBI=0.060062;REFB=0.0283826;REVB=-0.0599941;RO=37;SAF=21;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220492;STB=0.517483;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.0252766;OID=.;OPOS=57835903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:37:41:42:0.531646:20:21:18:19:20:22:18:19 chr15 57840127 . T C 1303.86 PASS AF=0.608466;AO=115;DP=190;FAO=115;FDP=189;FR=.;FRO=74;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.00269362;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.449;QD=27.5949;RBI=0.0799877;REFB=-0.0264814;REVB=0.0799423;RO=73;SAF=68;SAR=47;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187468;STB=0.512333;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0186756;OID=.;OPOS=57840127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:73:74:115:115:0.608466:47:68:45:28:47:68:46:28 chr15 57918090 . A G 1749.33 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000143597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4978;QD=60.8463;RBI=0.0709783;REFB=0;REVB=0.0709781;RO=0;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363929;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:61:54:0:0:61:54:0:0 chr15 57925836 . C T 1677.31 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3987;QD=60.4437;RBI=0.0491216;REFB=0;REVB=-0.0189608;RO=0;SAF=44;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341629;OID=.;OPOS=57925836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:67:44:0:0:67:44:0:0 chr15 57967219 . T C 1844.13 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258528;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.953;QD=61.4709;RBI=0.0265669;REFB=0;REVB=0.00611817;RO=1;SAF=72;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655229;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91271e-05;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:1:0:120:120:1:48:72:1:0:48:72:0:0 chr15 58006854 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0212442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.284;QD=22.1887;RBI=0.0217753;REFB=-0.011004;REVB=0.0047797;RO=22;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262187;STB=0.646935;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0162065;OID=.;OPOS=58006854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:16:8:14:8:16:8:14:8 chr15 58471368 . C T 2504.7 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.23;QD=61.465;RBI=0.0551953;REFB=0;REVB=0.0551422;RO=0;SAF=84;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97605e-05;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:151:163:0:0:151:163:1:67:84:0:0:78:85:0:0 chr15 58476281 . A G 1008.25 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.838;QD=59.309;RBI=0.00854651;REFB=0;REVB=0.00343656;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08351e-05;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:42:25:0:0:43:25:0:0 chr15 58834741 . G T 606.02 PASS AF=0.413174;AO=68;DP=166;FAO=69;FDP=167;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=0.0430846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.624;QD=14.5154;RBI=0.0450432;REFB=-0.0123771;REVB=0.013138;RO=98;SAF=21;SAR=47;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223234;STB=0.61816;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.014897;OID=.;OPOS=58834741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:98:98:68:69:0.413174:47:21:50:48:47:22:50:48 chr15 58838010 . A G 2565.7 PASS AF=0.802419;AO=193;DP=247;FAO=199;FDP=248;FR=.;FRO=49;FSAF=109;FSAR=90;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0075778;FXX=0.0312488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.742;QD=41.3822;RBI=0.00797648;REFB=-0.00011189;REVB=0.00249021;RO=0;SAF=108;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.547734;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0024614;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:0:49:193:199:0.802419:85:108:0:0:90:109:15:34 chr15 58853079 . C A 882.82 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.889;QD=57.8899;RBI=0.0551972;REFB=0;REVB=0.04898;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50559e-05;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:25:33:0:0:27:34:0:0 chr15 58853109 . A G 1084.3 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.286;QD=58.6109;RBI=0.101789;REFB=-0.0747952;REVB=0.0992045;RO=1;SAF=35;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133231;STB=0.50704;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000560228;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:38:35:1:0:38:35:1:0 chr15 58860963 . C A 286.02 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00592356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.925;QD=20.4297;RBI=0.00632844;REFB=-0.0143532;REVB=0.00222722;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873579;STB=0.504851;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0108115;OID=.;OPOS=58860963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:17:13:11:15:17:13:11:15 chr15 58892410 . T C 542.49 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00439572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.295;QD=21.4846;RBI=0.00975153;REFB=-0.0161096;REVB=-0.0087046;RO=47;SAF=23;SAR=31;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180069;STB=0.509903;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0089742;OID=.;OPOS=58892410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:47:54:54:0.534653:31:23:21:26:31:23:21:26 chr15 58947619 . T TG 38.85 PASS AF=0.6;AO=5;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.142388;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.59813;QD=7.7691;RBI=0.142496;REFB=-0.0532239;REVB=-0.00555319;RO=14;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327935;STB=0.517213;STBP=0.852;TYPE=ins;VARB=0.0355319;OID=.;OPOS=58947620;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:5:20:12:20:8:5:7:3:5:33:14:2:3:6:8 chr15 58947625 . A G 76.56 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0141308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9053;QD=14.5838;RBI=0.0257439;REFB=-0.0103584;REVB=0.021519;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166393;STB=0.618823;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.053775;OID=.;OPOS=58947625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:21:11:11:9:10:0.47619:5:4:3:8:5:5:3:8 chr15 58983425 . G C 631.8 PASS AF=0.692308;AO=54;DP=78;FAO=54;FDP=78;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0314695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.988;QD=32.4002;RBI=0.0335642;REFB=-0.0163719;REVB=0.0116714;RO=24;SAF=25;SAR=29;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265161;STB=0.501432;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00593577;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:24:24:54:54:0.692308:29:25:11:13:29:25:11:13 chr15 58983588 . T A 1072.78 PASS AF=0.65942;AO=91;DP=138;FAO=91;FDP=138;FR=.;FRO=47;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00616057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1778;QD=31.0951;RBI=0.0421526;REFB=-0.0187215;REVB=0.0417;RO=47;SAF=42;SAR=49;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00937166;STB=0.505049;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00813939;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:47:47:91:91:0.65942:49:42:21:26:49:42:21:26 chr15 58985164 . T G 462.88 PASS AF=0.457944;AO=33;DP=110;FAO=49;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0366234;FXX=0.0360328;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.7352;QD=17.3041;RBI=0.0840481;REFB=0.00541996;REVB=0.0756492;RO=51;SAF=31;SAR=2;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.610182;STB=0.569887;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0258464;OID=.;OPOS=58985164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:51:54:33:49:0.457944:2:31:29:22:15:34:31:23 chr15 59147037 . A T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.356;QD=57.2024;RBI=0.0550253;REFB=0;REVB=0.0350203;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043776;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr15 59147413 . T A 797.51 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0116668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.846;QD=53.1677;RBI=0.0273568;REFB=-0.024246;REVB=0.0247443;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.516661;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000473749;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:60:1:2:57:58:0.966667:29:28:0:1:29:29:0:2 chr15 59147436 . A G 344.8 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00546583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.92;QD=21.8918;RBI=0.00616283;REFB=-0.0132275;REVB=0.00284697;RO=28;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583297;STB=0.538022;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0102525;OID=.;OPOS=59147436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:28:34:35:0.555556:17:17:12:16:17:18:12:16 chr15 59147800 . C T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00990811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.751;QD=18.1541;RBI=0.0164199;REFB=-0.00965907;REVB=-0.0130936;RO=25;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187494;STB=0.607485;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0115224;OID=.;OPOS=59147800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:16:5:10:15:16:5:10:15 chr15 59323048 . C G 547.41 PASS AF=0.662162;AO=40;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0278725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8384;QD=29.5897;RBI=0.060031;REFB=-0.0139957;REVB=0.0531681;RO=25;SAF=19;SAR=21;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815134;STB=0.509914;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0210505;OID=.;OPOS=59323048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:25:25:40:49:0.662162:21:19:9:16:30:19:9:16 chr15 59347929 . C A 797.47 PASS AF=0.520548;AO=76;DP=146;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0366187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0536;QD=21.8484;RBI=0.0368973;REFB=0.0298398;REVB=0.00452594;RO=69;SAF=24;SAR=52;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214569;STB=0.615236;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0301559;OID=.;OPOS=59347929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:69:70:76:76:0.520548:52:24:38:31:52:24:38:32 chr15 59368167 . G A 493.56 PASS AF=0.384106;AO=58;DP=151;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=59;FSRR=34;FWDB=-0.0217682;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.286;QD=13.0745;RBI=0.0222567;REFB=-0.0147758;REVB=0.00463745;RO=91;SAF=22;SAR=36;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263576;STB=0.654347;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0256345;OID=.;OPOS=59368167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:91:93:58:58:0.384106:36:22:57:34:36:22:59:34 chr15 59383329 . T C 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00430936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.644;QD=10.8099;RBI=0.014338;REFB=0.0059898;REVB=0.013675;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774885;STB=0.545217;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00712864;OID=.;OPOS=59383329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:12:7:11:25:12:7:11:25 chr15 59429160 . G A 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00860508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8375;QD=20.5628;RBI=0.0161373;REFB=-0.0167757;REVB=0.0136516;RO=31;SAF=14;SAR=21;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114203;STB=0.506325;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0151951;OID=.;OPOS=59429160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:21:14:12:19:21:14:12:19 chr15 59453384 . T C 642.81 PASS AF=0.440994;AO=44;DP=165;FAO=71;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=0.0019489;FXX=0.024241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.033;QD=15.9704;RBI=0.00594758;REFB=-0.0088748;REVB=-0.00561921;RO=91;SAF=10;SAR=34;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221277;STB=0.540202;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0160866;OID=.;OPOS=59453384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:161:91:89:44:71:0.440994:34:10:35:56:38:33:35:54 chr15 59499472 . G A 278.88 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00431224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.917;QD=16.4049;RBI=0.0411223;REFB=-0.0218665;REVB=-0.0408956;RO=36;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338644;STB=0.525489;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0264553;OID=.;OPOS=59499472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:37:31:31:0.455882:14:17:21:15:14:17:22:15 chr15 59500117 . T C 145.73 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0208043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.237;QD=7.28646;RBI=0.0208938;REFB=0.000535336;REVB=0.00193219;RO=59;SAF=14;SAR=7;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330514;STB=0.699003;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00223718;OID=.;OPOS=59500117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:59:59:21:21:0.2625:7:14:23:36:7:14:23:36 chr15 59500255 . C T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00328242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.551;QD=10.4293;RBI=0.00487406;REFB=-0.00477575;REVB=0.00360308;RO=30;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290322;STB=0.676646;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00855122;OID=.;OPOS=59500255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:11:3:13:17:11:3:13:17 chr15 59500346 . C T 240.61 PASS AF=0.367089;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00084982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.921;QD=12.183;RBI=0.0261849;REFB=0.00284955;REVB=-0.0261711;RO=50;SAF=12;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123636;STB=0.579997;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00610137;OID=.;OPOS=59500346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:50:50:28:29:0.367089:16:12:27:23:17:12:27:23 chr15 59500405 . T C 400.23 PASS AF=0.373016;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.00262647;FXX=0.0307669;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.76;QD=12.7056;RBI=0.0165866;REFB=-0.00804311;REVB=-0.0163774;RO=73;SAF=18;SAR=29;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220454;STB=0.624443;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0203415;OID=.;OPOS=59500405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:126:73:79:47:47:0.373016:29:18:43:30:29:18:46:33 chr15 59510189 . G A 526.1 PASS AF=0.389937;AO=62;DP=159;FAO=62;FDP=159;FR=.;FRO=97;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=61;FWDB=0.00719382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.587;QD=13.2352;RBI=0.0157629;REFB=0.00425099;REVB=0.0140256;RO=96;SAF=23;SAR=39;SRF=35;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737972;STB=0.500109;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00720343;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:96:97:62:62:0.389937:39:23:35:61:39:23:36:61 chr15 59682428 . G A 268.79 PASS AF=0.284615;AO=37;DP=131;FAO=37;FDP=130;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=0.0012104;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.206;QD=8.27035;RBI=0.00795577;REFB=-0.00258112;REVB=0.00786315;RO=93;SAF=16;SAR=21;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235546;STB=0.513917;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00757074;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:93:93:37:37:0.284615:21:16:42:51:21:16:42:51 chr15 59682486 . G GT 71.64 PASS AF=0.222222;AO=21;DP=103;FAO=22;FDP=99;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.0470875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.4649;QD=2.89464;RBI=0.0956632;REFB=0.002019;REVB=-0.0832719;RO=80;SAF=6;SAR=15;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205947;STB=0.592213;STBP=0.388;TYPE=ins;VARB=-0.0309935;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:21:103:22:99:77:7:15:33:44:71:80:6:15:35:45 chr15 59682493 . C T 956.33 PASS AF=0.776596;AO=73;DP=94;FAO=73;FDP=94;FR=.;FRO=21;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00370422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.647;QD=40.6947;RBI=0.00631298;REFB=0.0116383;REVB=-0.00511199;RO=21;SAF=33;SAR=40;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503371;STB=0.5269;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00335532;OID=.;OPOS=59682493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:21:21:73:73:0.776596:40:33:7:14:40:33:7:14 chr15 59784493 . C T 1749.93 PASS AF=0.967213;AO=118;DP=122;FAO=118;FDP=122;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0318059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.882;QD=57.3747;RBI=0.0383734;REFB=-0.028073;REVB=0.0214686;RO=4;SAF=59;SAR=59;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155553;STB=0.508195;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.000596121;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:122:122:4:4:118:118:0.967213:59:59:1:3:59:59:1:3 chr15 59866305 . C T 1498.65 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0590715;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3154;QD=62.4439;RBI=0.0703103;REFB=0.0316799;REVB=0.0381327;RO=1;SAF=47;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998174;STB=0.505154;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000966026;OID=.;OPOS=59866305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:94:95:0.989583:47:47:1:0:47:48:1:0 chr15 59911421 . A T 415.83 PASS AF=0.40678;AO=43;DP=118;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=0.0219773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.216;QD=14.0961;RBI=0.0219818;REFB=-0.0221206;REVB=-0.000444361;RO=51;SAF=31;SAR=12;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45626;STB=0.703215;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0325922;OID=.;OPOS=59911421;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:51:70:43:48:0.40678:12:31:12:39:16:32:22:48 chr15 59911892 . G T 1171.61 PASS AF=0.5;AO=115;DP=234;FAO=116;FDP=232;FR=.;FRO=116;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=-0.0100521;FXX=0.0127654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.412;QD=20.2001;RBI=0.0247712;REFB=-0.00967228;REVB=0.0226399;RO=119;SAF=60;SAR=55;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472963;STB=0.517238;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00908092;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:232:119:116:115:116:0.5:55:60:56:63:56:60:56:60 chr15 59911970 . A C 1059.43 PASS AF=0.460251;AO=110;DP=239;FAO=110;FDP=239;FR=.;FRO=129;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=70;FSRR=59;FWDB=-0.0223938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9;QD=17.7311;RBI=0.0228819;REFB=-0.0308361;REVB=-0.00470103;RO=127;SAF=54;SAR=56;SRF=70;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584041;STB=0.527895;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0274826;OID=.;OPOS=59911970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:127:129:110:110:0.460251:56:54:70:57:56:54:70:59 chr15 59912253 . A C 489.24 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0466989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4439;QD=24.7719;RBI=0.0551568;REFB=-0.0209987;REVB=0.0293511;RO=32;SAF=24;SAR=22;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397195;STB=0.515412;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0235886;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:33:46:46:0.582278:22:24:15:17:22:24:16:17 chr15 59912625 . G A 988.64 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.114;QD=59.0234;RBI=0.0669101;REFB=0;REVB=-0.0668899;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134107;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:37:28:0:0:39:28:0:0 chr15 59963488 . A G 247.11 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00212942;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.921;QD=17.6504;RBI=0.00841594;REFB=0.012365;REVB=0.00814209;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130195;STB=0.573069;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0101466;OID=.;OPOS=59963488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:29:27:27:0.482143:12:15:12:17:12:15:12:17 chr15 59981515 . A G 297.97 PASS AF=0.806452;AO=24;DP=30;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0196861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.1;QD=38.4482;RBI=0.0402315;REFB=-0.0414014;REVB=0.035086;RO=6;SAF=13;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153846;STB=0.503873;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0104371;OID=.;OPOS=59981515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:31:6:6:24:25:0.806452:11:13:3:3:12:13:3:3 chr15 59981590 . G A 505.75 PASS AF=0.840909;AO=37;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0158608;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.455;QD=45.9774;RBI=0.0423296;REFB=-0.0504416;REVB=0.0392458;RO=7;SAF=25;SAR=12;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131005;STB=0.507038;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00755134;OID=.;OPOS=59981590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:7:7:37:37:0.840909:12:25:5:2:12:25:5:2 chr15 60678298 . T A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.349;QD=48.7373;RBI=0.0125256;REFB=0;REVB=-0.0122073;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53106e-05;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr15 60690089 . A C,G 1021.04 PASS AF=0.0833333,0.902778;AO=7,64;DP=72;FAO=6,65;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=0,33;FSAR=6,32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0231416,0.0488111;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.23,66.0939;QD=56.7247;RBI=0.0235458,0.0577695;REFB=0.0581151,0.06549;REVB=-0.00434373,-0.0308997;RO=1;SAF=1,32;SAR=6,32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.2842,-0.0145314;STB=0.997093,0.50746;STBP=0.043,0.518;TYPE=snp,snp;VARB=0.0726098,-0.00458831;OID=.,.;OPOS=60690089,60690089;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:72:72:1:1:7,64:6,65:0.0833333,0.902778:6,32:1,32:1:0:6,32:0,33:1:0 chr15 60715800 . T G 539.05 PASS AF=0.953488;AO=34;DP=39;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0258698;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=36.7739;QD=50.144;RBI=0.238302;REFB=-0.179177;REVB=0.236894;RO=4;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382009;STB=0.504082;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00907369;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:39:43:4:2:34:41:0.953488:19:15:1:3:24:17:1:1 chr15 60724118 . C G 892.96 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00879144;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.232;QD=56.6957;RBI=0.021135;REFB=0.00473269;REVB=-0.0192198;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149869;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=2.66756e-05;OID=.;OPOS=60724118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:31:31:0:1:31:31:0:1 chr15 60734697 . A G 448.14 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0896096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.931;QD=57.8243;RBI=0.0896103;REFB=0;REVB=0.000357178;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350436;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:17:12:0:0:17:14:0:0 chr15 60789798 . G T 1715.26 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00830797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0239;QD=59.6611;RBI=0.0320907;REFB=-0.061982;REVB=-0.0309966;RO=1;SAF=58;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811696;STB=0.504273;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000262474;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:56:58:1:0:56:58:1:0 chr15 62160874 . C T 140.53 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0563611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.12;QD=7.80723;RBI=0.0641655;REFB=-0.0160252;REVB=-0.0306697;RO=50;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333509;STB=0.6998;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.025685;OID=.;OPOS=62160874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:50:52:20:20:0.277778:6:14:21:29:6:14:22:30 chr15 62199580 . T A 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0173142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.45;QD=10.3652;RBI=0.0179391;REFB=-0.000910881;REVB=0.00469343;RO=39;SAF=4;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391532;STB=0.732571;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00176259;OID=.;OPOS=62199580;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:16:4:20:19:16:4:20:19 chr15 62202482 . C T 8268.64 PASS AF=1;AO=509;DP=511;FAO=523;FDP=523;FR=.;FRO=0;FSAF=228;FSAR=295;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016233;FXX=0.00190836;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.773;QD=63.2401;RBI=0.0188338;REFB=0.0271432;REVB=-0.00955004;RO=0;SAF=223;SAR=286;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55415e-05;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:511:523:0:0:509:523:1:286:223:0:0:295:228:0:0 chr15 62212447 . A G 173.42 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0102415;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5067;QD=9.50255;RBI=0.0454974;REFB=-0.00144428;REVB=-0.0443297;RO=51;SAF=9;SAR=14;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13972;STB=0.575508;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00164783;OID=.;OPOS=62212447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:51:50:23:23:0.315068:14:9:26:25:14:9:25:25 chr15 62212781 . T C 792.91 PASS AF=0.573643;AO=74;DP=129;FAO=74;FDP=129;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.0154898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.18;QD=24.5864;RBI=0.0204504;REFB=-0.0264128;REVB=-0.0133524;RO=54;SAF=31;SAR=43;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841767;STB=0.54884;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.01716;OID=.;OPOS=62212781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:54:55:74:74:0.573643:43:31:17:37:43:31:17:38 chr15 62254989 . T C 1092.75 PASS AF=0.542105;AO=102;DP=191;FAO=103;FDP=190;FR=.;FRO=87;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=0.00836579;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9967;QD=23.0052;RBI=0.0434726;REFB=0.00160262;REVB=0.0426601;RO=81;SAF=52;SAR=50;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831223;STB=0.557416;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00207253;OID=.;OPOS=62254989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:81:87:102:103:0.542105:50:52:33:48:51:52:33:54 chr15 62259637 . C T 831.07 PASS AF=0.924242;AO=61;DP=66;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00301534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5717;QD=50.3681;RBI=0.0319916;REFB=0.0111147;REVB=-0.0318492;RO=5;SAF=34;SAR=27;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226789;STB=0.512044;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00795032;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:66:66:5:5:61:61:0.924242:27:34:2:3:27:34:2:3 chr15 62299603 . T G 644.42 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00503522;FXX=0.00769172;HRUN=6;LEN=1;MLLD=62.443;QD=19.9819;RBI=0.00546996;REFB=-0.00546963;REVB=-0.00213707;RO=52;SAF=34;SAR=31;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187659;STB=0.542368;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00455625;OID=.;OPOS=62299603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:52:64:65:65:0.503876:31:34:26:26:31:34:28:36 chr15 62316035 . C T 222.61 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0172604;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.566;QD=24.7343;RBI=0.0176478;REFB=-0.00578495;REVB=-0.00367738;RO=15;SAF=5;SAR=16;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256021;STB=0.643815;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00236716;OID=.;OPOS=62316035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:15:15:21:21:0.583333:16:5:8:7:16:5:8:7 chr15 62539781 . A G 507.96 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0187439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.857;QD=20.7329;RBI=0.0217408;REFB=-0.0110428;REVB=-0.0110149;RO=49;SAF=25;SAR=24;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736547;STB=0.540749;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0104765;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:24:25:21:28:24:25:21:28 chr15 62990971 . C T 554.53 PASS AF=0.412162;AO=60;DP=148;FAO=61;FDP=148;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0463507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8865;QD=14.9873;RBI=0.0463535;REFB=-0.00290857;REVB=0.000505273;RO=87;SAF=41;SAR=19;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232234;STB=0.616146;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0038528;OID=.;OPOS=62990971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:87:87:60:61:0.412162:19:41:41:46:20:41:42:45 chr15 63009804 . C T 940.06 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.639;QD=56.9731;RBI=0.0746243;REFB=0;REVB=0.0463834;RO=1;SAF=24;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192676;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361643;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:1:0:63:66:1:39:24:1:0:39:27:0:0 chr15 63047778 . C T 2895.77 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257069;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8985;QD=62.9515;RBI=0.0735157;REFB=0;REVB=0.0688747;RO=0;SAF=104;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019275;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:184:0:0:182:184:1:78:104:0:0:80:104:0:0 chr15 63340982 . TCCCCCCCC TCCCCCCCCGT,TCCCCCCC 124.85 PASS AF=0.483871,0;AO=4,4;DP=31;FAO=15,0;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=11,0;FSAR=4,0;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0196646,-0.689066;FXX=0;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=148.541,5.3613;QD=16.1099;RBI=0.0198269,0.721792;REFB=-0.00412929,0.061028;REVB=-0.00253165,-0.214875;RO=7;SAF=3,1;SAR=1,3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.545627,0.158242;STB=0.769206,0.5;STBP=0.007,1;TYPE=ins,del;VARB=0.00903132,0.0202699;OID=.,.;OPOS=63340991,63340983;OREF=-,C;OALT=GT,-;OMAPALT=TCCCCCCCCGT,TCCCCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871,0:4,4:31:15,0:31:16:11,0:4,0:3:13:99:7:3,1:1,3:1:6 chr15 63351840 . C A 526.67 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0569775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5041;QD=56.9377;RBI=0.0633658;REFB=-0.0701066;REVB=-0.027727;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208029;STB=0.511105;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000540333;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:22:14:0:1:22:14:0:1 chr15 63363421 . T TGTTTT 50.0 PASS AO=79;DP=202;LEN=5;RO=123;SAF=34;SAR=72;SRF=52;SRR=44;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=63363421;OREF=-;OALT=TGTTT;OMAPALT=TGTTTT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:202:123:79:72:34:52:44 chr15 63414083 . A C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6507;QD=49.5971;RBI=0.0181241;REFB=0;REVB=-0.0164199;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152509;OID=.;OPOS=63414083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr15 63433766 . G A 1674.54 PASS AF=0.966102;AO=112;DP=117;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0217188;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.698;QD=56.7641;RBI=0.0597836;REFB=-0.00250915;REVB=-0.0556989;RO=5;SAF=56;SAR=56;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810337;STB=0.508181;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00162333;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:118:5:4:112:114:0.966102:56:56:3:2:56:58:3:1 chr15 63446199 . CAAAATT C 81.35 PASS AF=0.35;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0218896;FXX=0.0697512;HRUN=4;LEN=6;MLLD=273.765;QD=8.13464;RBI=0.0329047;REFB=0.00372326;REVB=0.0245675;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223717;STB=0.708624;STBP=0.082;TYPE=del;VARB=-0.00566636;OID=.;OPOS=63446200;OREF=AAAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:13:43:14:40:26:5:9:18:8:81:18:5:8:11:7 chr15 63548787 . G A 171.3 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0233022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.216;QD=12.4581;RBI=0.0284153;REFB=-0.0278984;REVB=-0.0162616;RO=34;SAF=4;SAR=17;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230671;STB=0.63537;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0328408;OID=.;OPOS=63548787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:17:4:12:22:17:4:12:22 chr15 63986898 . T C 619.43 PASS AF=0.59;AO=59;DP=103;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0055276;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3733;QD=24.7771;RBI=0.0152562;REFB=-0.0261983;REVB=0.0142196;RO=41;SAF=31;SAR=28;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119573;STB=0.565137;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0169072;OID=.;OPOS=63986898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:41:41:59:59:0.59:28:31:15:26:28:31:15:26 chr15 64041563 . T C 365.19 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0121161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.04;QD=26.559;RBI=0.0156663;REFB=0.00849425;REVB=-0.00993134;RO=20;SAF=9;SAR=26;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153249;STB=0.584219;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0096939;OID=.;OPOS=64041563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:26:9:9:11:26:9:9:11 chr15 64215375 . G C 1434.34 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5811;QD=63.0477;RBI=0.022086;REFB=0;REVB=-0.0204169;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46352e-05;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:57:34:0:0:57:34:0:0 chr15 64385851 . T C 1255.5 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0133578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4195;QD=59.0824;RBI=0.0355401;REFB=-0.0856636;REVB=0.0329343;RO=2;SAF=30;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305258;STB=0.516125;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00444684;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:53:30:2:0:53:30:2:0 chr15 64418397 . G A 971.53 PASS AF=1;AO=53;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1338;QD=58.0017;RBI=0.0726225;REFB=0;REVB=0.0694138;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921382;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:53:67:1:28:25:0:0:32:35:0:0 chr15 64430607 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=19;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.803;QD=60.2305;RBI=0.0377678;REFB=0;REVB=0.032598;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011725;OID=.;OPOS=64430607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:19:37:1:9:10:0:0:26:11:0:0 chr15 64634884 . C A 1011.49 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151879;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7056;QD=57.7994;RBI=0.0172942;REFB=0;REVB=-0.00827141;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151085;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:70:0:0:65:70:1:34:31:0:0:38:32:0:0 chr15 64737225 . G A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.082;QD=64.1537;RBI=0.0308803;REFB=0;REVB=0.0114815;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21091e-05;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr15 64792532 . G T 1896.38 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.801;QD=61.6708;RBI=0.0454146;REFB=0;REVB=-0.0449496;RO=0;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12665e-05;OID=.;OPOS=64792532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:64:59:0:0:64:59:0:0 chr15 64792896 . G A 2145.13 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.089;QD=60.8548;RBI=0.0184826;REFB=0;REVB=-0.00317717;RO=0;SAF=69;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.83631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149404;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:131:141:0:0:131:141:1:62:69:0:0:65:76:0:0 chr15 64793617 . A G 1508.37 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0287322;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.681;QD=58.5774;RBI=0.0314626;REFB=-0.0333889;REVB=0.0128201;RO=1;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854891;STB=0.504504;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00130794;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:55:47:0:1:55:47:0:1 chr15 64915106 . C T 2407.49 PASS AF=0.987578;AO=159;DP=161;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000255627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6893;QD=59.8134;RBI=0.0805826;REFB=-0.153338;REVB=0.0805822;RO=2;SAF=80;SAR=79;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118916;STB=0.506249;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00222182;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:161:161:2:2:159:159:0.987578:79:80:0:2:79:80:0:2 chr15 65041622 . C A 526.93 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.44;QD=56.965;RBI=0.0391032;REFB=-0.151183;REVB=0.037189;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228293;STB=0.512188;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00346474;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:16:20:1:0:16:20:1:0 chr15 65108479 . T C 1589.62 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3971;QD=59.9855;RBI=0.0327149;REFB=0;REVB=-0.00915085;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236161;OID=.;OPOS=65108479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:55:51:0:0:55:51:0:0 chr15 65153690 . G A 2157.61 PASS AF=1;AO=119;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.855;QD=62.9958;RBI=0.0332703;REFB=0;REVB=0.0220829;RO=0;SAF=61;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89994e-05;OID=.;OPOS=65153690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:119:137:1:58:61:0:0:75:62:0:0 chr15 65157482 . C T 981.92 PASS AF=0.945205;AO=67;DP=72;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0391959;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.556;QD=53.8039;RBI=0.0437452;REFB=-0.131883;REVB=0.0194249;RO=4;SAF=36;SAR=31;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306294;STB=0.516589;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00255058;OID=.;OPOS=65157482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:72:73:4:4:67:69:0.945205:31:36:1:3:31:38:1:3 chr15 65159797 . T G 88.97 PASS AF=0.769231;AO=9;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0993269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.446;QD=27.3765;RBI=0.103107;REFB=-0.0385466;REVB=-0.0276625;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292304;STB=0.636096;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00424162;OID=.;OPOS=65159797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:9:10:0.769231:6:3:3:0:6:4:3:0 chr15 65236875 . T C 2421.53 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.793;QD=61.3046;RBI=0.054937;REFB=0;REVB=0.0547933;RO=0;SAF=54;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67549e-05;OID=.;OPOS=65236875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:157:158:1:103:54:0:0:104:54:0:0 chr15 65347405 . G A 2028.63 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00827194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.568;QD=61.4736;RBI=0.0287617;REFB=-0.141329;REVB=0.0275465;RO=1;SAF=65;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072558;STB=0.503816;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00021696;OID=.;OPOS=65347405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:132:1:1:130:131:0.992424:65:65:1:0:66:65:1:0 chr15 65369531 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1249;QD=33.4285;RBI=0.0571587;REFB=0;REVB=-0.00791392;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00476996;OID=.;OPOS=65369531;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr15 65369951 . A G 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9495;QD=59.6765;RBI=0.0656219;REFB=0;REVB=-0.023782;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0007125;OID=.;OPOS=65369951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:44:26:0:0:44:26:0:0 chr15 65370353 . T C 4220.54 PASS AF=1;AO=270;DP=271;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203286;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0078;QD=62.5265;RBI=0.0384891;REFB=0.0458863;REVB=-0.0326827;RO=1;SAF=151;SAR=119;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000384601;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:271:270:1:0:270:270:1:119:151:1:0:119:151:0:0 chr15 65448189 . T C 1572.95 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3964;QD=59.9218;RBI=0.0331971;REFB=0;REVB=0.00995352;RO=0;SAF=35;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168165;OID=.;OPOS=65448189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:70:35:0:0:70:35:0:0 chr15 65449169 . C T 1524.91 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.374;QD=62.883;RBI=0.0218382;REFB=0;REVB=0.0199815;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049558;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:41:54:0:0:43:54:0:0 chr15 65489128 . C T 1090.4 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0283857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.697;QD=57.3895;RBI=0.0433542;REFB=-0.0836896;REVB=0.0327695;RO=1;SAF=38;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122874;STB=0.512817;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.000483422;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:1:2:74:74:0.973684:36:38:1:0:36:38:2:0 chr15 65489688 . T C 2388.76 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0009502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.338;QD=64.1278;RBI=0.00177192;REFB=0;REVB=-0.0014956;RO=0;SAF=77;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67246e-07;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:71:77:0:0:71:78:0:0 chr15 65490901 . T C 1906.31 PASS AF=0.962121;AO=127;DP=132;FAO=127;FDP=132;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00282458;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.286;QD=57.7671;RBI=0.0284981;REFB=0.00900055;REVB=-0.0283577;RO=5;SAF=58;SAR=69;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00410865;STB=0.502164;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00025821;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:132:132:5:5:127:127:0.962121:69:58:2:3:69:58:2:3 chr15 65619427 . T A,C 347.74 PASS AF=0.884615,0.115385;AO=22,3;DP=25;FAO=23,3;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401101,0.120761;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.894,82.6537;QD=53.498;RBI=0.0467287,0.12081;REFB=0,0;REVB=0.0239741,-0.00342685;RO=0;SAF=0,0;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00120529,0.0115574;OID=.,.;OPOS=65619427,65619427;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:25:26:0:0:22,3:23,3:0.884615,0.115385:22,3:0,0:0:0:23,2:0,1:0:0 chr15 65620156 . C T 1814.52 PASS AF=0.96063;AO=122;DP=127;FAO=122;FDP=127;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0833432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6158;QD=57.1504;RBI=0.101192;REFB=-0.172467;REVB=0.0573914;RO=3;SAF=41;SAR=81;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017268;STB=0.506025;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00188502;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:127:127:3:5:122:122:0.96063:81:41:0:3:81:41:1:4 chr15 65621441 . C A 1713.07 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.092;QD=60.6397;RBI=0.0900391;REFB=0;REVB=0.0894843;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149913;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:46:65:0:0:48:65:0:0 chr15 65621857 . T C 1555.31 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3707;QD=59.8195;RBI=0.110693;REFB=0;REVB=0.0270658;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022879;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:61:42:0:0:62:42:0:0 chr15 65667724 . A G 1475.65 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590777;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.037;QD=63.4689;RBI=0.0600525;REFB=0;REVB=0.0107765;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103322;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:55:37:0:0:56:37:0:0 chr15 65676617 . T C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.666;QD=59.8317;RBI=0.0441175;REFB=0;REVB=0.0398578;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143026;OID=.;OPOS=65676617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr15 65676726 . C T 810.3 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824684;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.206;QD=57.8782;RBI=0.0269066;REFB=0;REVB=0.0256117;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64694e-05;OID=.;OPOS=65676726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:27:29:0:0 chr15 65916527 . A T 3314.02 PASS AF=1;AO=213;DP=214;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354282;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.082;QD=62.2351;RBI=0.0354349;REFB=0;REVB=-0.000688498;RO=0;SAF=116;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88362e-05;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:213:0:0:213:213:1:97:116:0:0:97:116:0:0 chr15 66011630 . A G 1573.18 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.752;QD=63.5629;RBI=0.0236766;REFB=0;REVB=0.00968817;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01174e-05;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:47:49:0:0:49:50:0:0 chr15 66023798 . A AT 229.79 PASS AF=1;AO=5;DP=47;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944079;FXX=0.288825;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.529;QD=28.7236;RBI=0.0948549;REFB=0;REVB=0.00919784;RO=42;SAF=3;SAR=2;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0115392;OID=.;OPOS=66023799;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:47:32:32:0:19:13:0:0:6:42:3:2:20:22 chr15 66023799 . G A,T 675.64 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=5,40;DP=45;FAO=5,40;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=3,18;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472027,0.00231659;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.818,66.7805;QD=60.0567;RBI=0.00485531,0.0245662;REFB=0,0;REVB=-0.00113716,-0.0244568;RO=0;SAF=3,18;SAR=2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.19993e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.101608,0.00218675;OID=.,.;OPOS=66023799,66023799;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:45:45:0:0:5,40:5,40:0.111111,0.888889:2,22:3,18:0:0:2,22:3,18:0:0 chr15 66191077 . A G 332.59 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0502649;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0597;QD=11.878;RBI=0.05128;REFB=-0.00975578;REVB=0.0101526;RO=71;SAF=21;SAR=20;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369168;STB=0.521104;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0164778;OID=.;OPOS=66191077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:71:71:41:41:0.366071:20:21:34:37:20:21:34:37 chr15 66257408 . T C 1943.55 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.102318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.353;QD=60.265;RBI=0.106884;REFB=-0.122606;REVB=0.0309062;RO=2;SAF=67;SAR=60;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155739;STB=0.504064;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0010267;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:129:129:2:1:127:128:0.992248:60:67:0:2:61:67:0:1 chr15 66274690 . T C 2696.85 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061789;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0659;QD=61.9964;RBI=0.0640563;REFB=0;REVB=-0.0168915;RO=0;SAF=77;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182823;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:174:0:0:174:174:1:97:77:0:0:97:77:0:0 chr15 66411441 . C T 1081.42 PASS AF=0.567416;AO=101;DP=178;FAO=101;FDP=178;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=68;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.0257195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.201;QD=24.3015;RBI=0.0368021;REFB=-0.00344133;REVB=0.026323;RO=77;SAF=33;SAR=68;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996268;STB=0.554314;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00207477;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:77:77:101:101:0.567416:68:33:34:43:68:33:34:43 chr15 66625161 . A G 244.28 PASS AF=0.316327;AO=29;DP=96;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00684584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.315;QD=9.9707;RBI=0.00684861;REFB=-0.00167564;REVB=0.000194823;RO=67;SAF=15;SAR=14;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11749;STB=0.566887;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00392575;OID=.;OPOS=66625161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:67:67:29:31:0.316327:14:15:28:39:15:16:28:39 chr15 66640619 . C A 770.24 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.172;QD=57.0546;RBI=0.0122423;REFB=0;REVB=-0.00546293;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97543e-06;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:51:54:1:29:22:0:0:31:23:0:0 chr15 66641732 . G C 495.52 PASS AF=0.633803;AO=42;DP=69;FAO=45;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0172068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.75;QD=27.9168;RBI=0.0173636;REFB=-0.0150273;REVB=0.00232806;RO=17;SAF=19;SAR=23;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150944;STB=0.509574;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0029798;OID=.;OPOS=66641732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:17:25:42:45:0.633803:23:19:3:14:24:21:11:14 chr15 66644521 . C G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.237;QD=60.2294;RBI=0.0265382;REFB=0;REVB=0.0250117;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60364e-05;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr15 66782048 . C T 319.29 PASS AF=0.328;AO=41;DP=125;FAO=41;FDP=125;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=-0.00585729;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.139;QD=10.2172;RBI=0.00719301;REFB=0.00179755;REVB=-0.00417511;RO=83;SAF=24;SAR=17;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201463;STB=0.612238;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00691576;OID=.;OPOS=66782048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:83:84:41:41:0.328:17:24:34:49:17:24:35:49 chr15 66832466 . A G 223.25 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00939904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.762;QD=10.506;RBI=0.0194682;REFB=-0.0120365;REVB=0.017049;RO=57;SAF=13;SAR=15;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712452;STB=0.541532;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.024369;OID=.;OPOS=66832466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:57:57:28:28:0.329412:15:13:30:27:15:13:30:27 chr15 67073549 . C T 600.41 PASS AF=0.319502;AO=74;DP=241;FAO=77;FDP=241;FR=.;FRO=164;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=96;FSRR=68;FWDB=0.0433829;FXX=0.0122946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.566;QD=9.96536;RBI=0.043751;REFB=-0.00400254;REVB=-0.00566353;RO=166;SAF=43;SAR=31;SRF=98;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114086;STB=0.508484;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00919627;OID=.;OPOS=67073549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:166:164:74:77:0.319502:31:43:98:68:31:46:96:68 chr15 67234251 . A G 2642.22 PASS AF=0.994186;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.211;QD=61.4471;RBI=0.0415054;REFB=-0.0164553;REVB=0.031602;RO=0;SAF=78;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82406e-08;STB=0.503184;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000106951;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:172:0:1:171:171:0.994186:93:78:0:0:93:78:1:0 chr15 67457335 . A G 2125.0 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017432;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.797;QD=62.963;RBI=0.0177919;REFB=0;REVB=0.00356066;RO=0;SAF=75;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29465e-05;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:135:135:1:60:75:0:0:60:75:0:0 chr15 67484297 . C T 689.62 PASS AF=0.606061;AO=59;DP=99;FAO=60;FDP=99;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00170584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.285;QD=27.8635;RBI=0.00503311;REFB=0.00429982;REVB=-0.00473522;RO=36;SAF=29;SAR=30;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122033;STB=0.535342;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00248365;OID=.;OPOS=67484297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:36:39:59:60:0.606061:30:29:24:12:30:30:23:16 chr15 67486775 . T C 237.49 PASS AF=0.469388;AO=24;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0100602;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.844;QD=19.3867;RBI=0.0336267;REFB=-0.0134687;REVB=0.0320866;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142266;STB=0.570602;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0184582;OID=.;OPOS=67486775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:24:23:0.469388:12:12:17:9:11:12:17:9 chr15 67486847 . T C 154.75 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0166471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.082;QD=14.7383;RBI=0.0166876;REFB=0.000306916;REVB=0.00116167;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152274;STB=0.588131;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.000527846;OID=.;OPOS=67486847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:14:11:10:7:14:11 chr15 67494304 . T G 369.33 PASS AF=0.362903;AO=42;DP=121;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=70;FWDB=-0.00455215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.865;QD=11.914;RBI=0.0231389;REFB=0.00279434;REVB=0.0226867;RO=76;SAF=8;SAR=34;SRF=6;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24376;STB=0.595469;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00458728;OID=.;OPOS=67494304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:76:79:42:45:0.362903:34:8:6:70:36:9:9:70 chr15 67528374 . T G 625.48 PASS AF=0.575758;AO=53;DP=95;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00411229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6637;QD=25.2718;RBI=0.0752676;REFB=0.0112755;REVB=0.0751552;RO=42;SAF=25;SAR=28;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034967;STB=0.511807;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0079782;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:42:42:53:57:0.575758:28:25:18:24:31:26:18:24 chr15 67547301 . C A 3220.68 PASS AF=0.571429;AO=293;DP=512;FAO=300;FDP=525;FR=.;FRO=225;FSAF=178;FSAR=122;FSRF=115;FSRR=110;FWDB=0.0389108;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=98.4036;QD=24.5385;RBI=0.0389606;REFB=-0.0121425;REVB=0.00197053;RO=218;SAF=173;SAR=120;SRF=110;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690004;STB=0.536017;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00984878;OID=.;OPOS=67547301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:512:525:218:225:293:300:0.571429:120:173:110:108:122:178:115:110 chr15 67574440 . C G 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.016491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.218;QD=21.1199;RBI=0.0177127;REFB=-0.00458908;REVB=0.00646409;RO=32;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041156;STB=0.522751;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00405193;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:18:19:18:14:18:19:18:14 chr15 67692502 . T C 3258.75 PASS AF=0.990654;AO=212;DP=214;FAO=212;FDP=214;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=113;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00139175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.107;QD=60.9112;RBI=0.0630483;REFB=-0.00276488;REVB=-0.0630329;RO=2;SAF=99;SAR=113;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952584;STB=0.505;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=1.20428e-06;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:214:214:2:2:212:212:0.990654:113:99:2:0:113:99:2:0 chr15 67768151 . G C 2307.07 PASS AF=1;AO=151;DP=154;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107488;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.46;QD=61.1146;RBI=0.023459;REFB=0;REVB=0.0208516;RO=0;SAF=71;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24061e-05;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:151:0:0:151:151:1:80:71:0:0:80:71:0:0 chr15 67841568 . A G 1718.53 PASS AF=0.623431;AO=149;DP=243;FAO=149;FDP=239;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=106;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.00635755;FXX=0.0164602;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.901;QD=28.762;RBI=0.00682268;REFB=0.00663887;REVB=-0.002476;RO=90;SAF=43;SAR=106;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157528;STB=0.585215;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0054937;OID=.;OPOS=67841568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:239:90:90:149:149:0.623431:106:43:44:46:106:43:44:46 chr15 67951150 . G T 472.37 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00367292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.065;QD=26.6126;RBI=0.00677527;REFB=0.00264332;REVB=0.00569332;RO=26;SAF=15;SAR=29;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884464;STB=0.557283;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00198924;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:27:44:44:0.619718:29:15:12:14:29:15:13:14 chr15 68117300 . T A 1609.7 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318972;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.788;QD=60.1758;RBI=0.0355126;REFB=0;REVB=0.0156114;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215295;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:63:44:0:0:63:44:0:0 chr15 68583175 . T C 1715.39 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.388;QD=59.6657;RBI=0.0397911;REFB=-0.0531734;REVB=0.0343201;RO=1;SAF=58;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811696;STB=0.504273;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00128658;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:56:58:1:0:56:58:1:0 chr15 68603625 . C T 2658.97 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.552;QD=62.1982;RBI=0.0437447;REFB=0;REVB=0.0281902;RO=0;SAF=76;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17681e-05;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:170:171:1:94:76:0:0:95:76:0:0 chr15 68605169 . G A 515.44 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=16;FWDB=0.00687747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.359;QD=17.622;RBI=0.0141235;REFB=-0.00782138;REVB=0.0123358;RO=62;SAF=34;SAR=21;SRF=46;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129915;STB=0.571793;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00855043;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:62:55:55:0.470085:21:34:46:16:21:34:46:16 chr15 68609647 . G T 834.59 PASS AF=0.617886;AO=75;DP=122;FAO=76;FDP=123;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00278143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.482;QD=27.1412;RBI=0.0183294;REFB=-0.0156443;REVB=0.0181171;RO=47;SAF=28;SAR=47;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233079;STB=0.509138;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00960829;OID=.;OPOS=68609647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:47:47:75:76:0.617886:47:28:19:28:47:29:19:28 chr15 68612556 . T C 3326.13 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055075;FXX=0.0229347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.699;QD=62.4625;RBI=0.0725454;REFB=0;REVB=0.0472185;RO=0;SAF=110;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252084;OID=.;OPOS=68612556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:203:213:0:0:201:213:1:91:110:0:0:103:110:0:0 chr15 68624290 . G A 3044.03 PASS AF=1;AO=197;DP=202;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639718;FXX=0.0294103;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.461;QD=61.4956;RBI=0.0639883;REFB=0;REVB=0.0014524;RO=0;SAF=70;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76052e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92957e-05;OID=.;OPOS=68624290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:198:0:0:197:198:1:127:70:0:0:127:71:0:0 chr15 68624396 . A C 1133.14 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.214;QD=58.8646;RBI=0.0349176;REFB=0;REVB=0.0313977;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:77:0:0:72:77:1:47:25:0:0:49:28:0:0 chr15 68628143 . C T 3349.28 PASS AF=0.961207;AO=222;DP=231;FAO=223;FDP=232;FR=.;FRO=9;FSAF=102;FSAR=121;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0679913;FXX=0.00429166;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.956;QD=57.7463;RBI=0.0683745;REFB=-0.162385;REVB=0.0072289;RO=4;SAF=101;SAR=121;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100185;STB=0.516811;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00152976;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:231:232:4:9:222:223:0.961207:121:101:3:1:121:102:8:1 chr15 68649587 . G A 2083.67 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.405;QD=62.6669;RBI=0.00580081;REFB=0;REVB=-0.00263665;RO=0;SAF=53;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78944e-06;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:80:53:0:0:80:53:0:0 chr15 69011119 . C T 152.77 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0370844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.421;QD=11.3165;RBI=0.0376507;REFB=-0.0254086;REVB=0.00650519;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723444;STB=0.542361;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0402195;OID=.;OPOS=69011119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:11:8:17:18:11:8:17:18 chr15 69019582 . G C 368.34 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00709645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.54;QD=16.7427;RBI=0.0103019;REFB=-0.0170741;REVB=-0.00746796;RO=49;SAF=17;SAR=22;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538803;STB=0.530261;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0238174;OID=.;OPOS=69019582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:22:17:24:25:22:17:24:25 chr15 69238445 . G A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00289665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.171;QD=6.78772;RBI=0.0121873;REFB=-0.00474584;REVB=-0.0118381;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761304;STB=0.548267;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0117983;OID=.;OPOS=69238445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:13:10:4:4:13:10 chr15 69325581 . C T 4376.35 PASS AF=1;AO=278;DP=280;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625088;FXX=0.0071426;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1178;QD=62.969;RBI=0.102621;REFB=-0.0126778;REVB=0.0813861;RO=1;SAF=139;SAR=139;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00341822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356674;OID=.;OPOS=69325581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:280:278:1:0:278:278:1:139:139:1:0:139:139:0:0 chr15 69327825 . C T 1858.5 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.413;QD=61.4379;RBI=0.044807;REFB=0;REVB=0.0414376;RO=0;SAF=75;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04499e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88841e-05;OID=.;OPOS=69327825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:46:75:0:0:46:75:0:0 chr15 69339787 . G A 577.64 PASS AF=0.359375;AO=69;DP=200;FAO=69;FDP=192;FR=.;FRO=123;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=0.00330767;FXX=0.0447739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.585;QD=12.0342;RBI=0.00952024;REFB=-0.00677302;REVB=0.00892716;RO=120;SAF=37;SAR=32;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312543;STB=0.525847;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0138429;OID=.;OPOS=69339787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:192:120:123:69:69:0.359375:32:37:61:59:32:37:61:62 chr15 69542968 . G A 804.66 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.095;QD=64.3727;RBI=0.101437;REFB=0;REVB=0.0938902;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151547;OID=.;OPOS=69542968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:28:22:0:0 chr15 69561518 . G A 475.49 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.543;QD=57.6354;RBI=0.0168484;REFB=0;REVB=0.0133378;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084137;OID=.;OPOS=69561518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:14:19:0:0 chr15 69564343 . C T 1697.88 PASS AF=0.95082;AO=116;DP=122;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0575634;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3777;QD=55.6681;RBI=0.0617355;REFB=-0.170111;REVB=-0.0223098;RO=6;SAF=53;SAR=63;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116213;STB=0.506128;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00803452;OID=.;OPOS=69564343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:122:122:6:6:116:116:0.95082:63:53:2:4:63:53:2:4 chr15 69652451 . G A 772.29 PASS AF=0.366142;AO=93;DP=254;FAO=93;FDP=254;FR=.;FRO=161;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=93;FWDB=0.00539115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.984;QD=12.1621;RBI=0.00600313;REFB=0.00553999;REVB=-0.00264066;RO=161;SAF=42;SAR=51;SRF=68;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331809;STB=0.518781;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00740903;OID=.;OPOS=69652451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:161:161:93:93:0.366142:51:42:68:93:51:42:68:93 chr15 69683945 . C G 632.18 PASS AF=0.558559;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0160629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2074;QD=22.7811;RBI=0.095878;REFB=-0.0141777;REVB=-0.0945228;RO=48;SAF=27;SAR=35;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666864;STB=0.540148;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.010407;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:48:49:62:62:0.558559:35:27:17:31:35:27:17:32 chr15 69684050 . C T 350.78 PASS AF=0.333333;AO=44;DP=132;FAO=44;FDP=132;FR=.;FRO=88;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=0.0222893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8622;QD=10.6298;RBI=0.0223077;REFB=0.0060878;REVB=-0.000906189;RO=88;SAF=16;SAR=28;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0126015;OID=.;OPOS=69684050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:88:88:44:44:0.333333:28:16:32:56:28:16:32:56 chr15 69697756 . G A 1286.96 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002702;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.604;QD=62.0221;RBI=0.0295409;REFB=0;REVB=0.0294171;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.99995e-05;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr15 69709748 . C A 280.04 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00518565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.562;QD=11.9168;RBI=0.0104749;REFB=-0.000976052;REVB=-0.00910126;RO=58;SAF=19;SAR=14;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918599;STB=0.542755;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00138943;OID=.;OPOS=69709748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:61:33:33:0.351064:14:19:38:20:14:19:39:22 chr15 69728949 . A G 1265.28 PASS AF=0.575758;AO=114;DP=198;FAO=114;FDP=198;FR=.;FRO=84;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.00676438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.742;QD=25.5611;RBI=0.0158226;REFB=0.00528096;REVB=-0.0143038;RO=83;SAF=58;SAR=56;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488626;STB=0.523907;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00485154;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:83:84:114:114:0.575758:56:58:37:46:56:58:38:46 chr15 69732736 . C T 549.26 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0191249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.885;QD=19.2724;RBI=0.0194126;REFB=0.0142507;REVB=0.00332954;RO=56;SAF=22;SAR=35;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889021;STB=0.545294;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0140423;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:57:57:57:0.5:35:22:27:29:35:22:27:30 chr15 69740350 . A G 429.02 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0650105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7053;QD=20.4293;RBI=0.0727593;REFB=-0.0467996;REVB=0.0326735;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435796;STB=0.524115;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.046434;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:21:22:23:18:21:22:23:18 chr15 70347362 . C A 452.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155829;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.038;QD=58.3234;RBI=0.0316428;REFB=0;REVB=0.0275398;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000841215;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr15 70347816 . A AG 872.39 PASS AF=1;AO=59;DP=64;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163915;FXX=0.0322529;HRUN=0;LEN=1;MLLD=201.133;QD=58.1594;RBI=0.0197872;REFB=0;REVB=0.0110839;RO=2;SAF=27;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000178728;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:64:60:60:0:27:33:0:0:5:2:27:32:2:0 chr15 70347915 . A G 714.62 PASS AF=0.62037;AO=62;DP=103;FAO=67;FDP=108;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00290421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.195;QD=26.4675;RBI=0.0331036;REFB=-0.0335273;REVB=0.032976;RO=40;SAF=25;SAR=37;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160455;STB=0.582065;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0136464;OID=.;OPOS=70347915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:108:40:41:62:67:0.62037:37:25:25:15:39:28:26:15 chr15 70347920 . T C 322.88 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.00947578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.785;QD=11.7409;RBI=0.0154163;REFB=-0.000591428;REVB=-0.0121603;RO=66;SAF=25;SAR=15;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187656;STB=0.61638;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000676387;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:70:40:40:0.363636:15:25:30:36:15:25:31:39 chr15 70350607 . C T 807.22 PASS AF=0.472222;AO=77;DP=182;FAO=85;FDP=180;FR=.,HEALED;FRO=95;FSAF=61;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.0154746;FXX=0.0109884;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.645;QD=17.9383;RBI=0.213092;REFB=-0.0274227;REVB=-0.212529;RO=69;SAF=60;SAR=17;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113631;STB=0.601093;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0184984;OID=.;OPOS=70350607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:69:95:77:85:0.472222:17:60:47:22:24:61:52:43 chr15 70351788 . T C 779.12 PASS AF=0.540146;AO=74;DP=137;FAO=74;FDP=137;FR=.;FRO=63;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.00782881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.888;QD=22.748;RBI=0.0101644;REFB=-0.0182146;REVB=-0.00648258;RO=63;SAF=41;SAR=33;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656325;STB=0.535938;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0154139;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:63:63:74:74:0.540146:33:41:30:33:33:41:30:33 chr15 70368432 . T C 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0032196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.915;QD=11.734;RBI=0.0178783;REFB=1.01426e-05;REVB=-0.017586;RO=49;SAF=10;SAR=18;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832242;STB=0.555944;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.000218458;OID=.;OPOS=70368432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:50:28:28:0.358974:18:10:21:28:18:10:22:28 chr15 70371777 . C G 477.55 PASS AF=0.582278;AO=45;DP=78;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0146859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1115;QD=24.1799;RBI=0.0159546;REFB=0.0060912;REVB=-0.00623489;RO=30;SAF=25;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895245;STB=0.54644;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0038988;OID=.;OPOS=70371777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:30:33:45:46:0.582278:20:25:13:17:20:26:15:18 chr15 70960068 . G A 455.04 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0054919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.051;QD=55.1558;RBI=0.0156931;REFB=-0.0808148;REVB=0.0147008;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000375818;OID=.;OPOS=70960068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:0:1:32:32:0.969697:13:19:0:0:13:19:0:1 chr15 70991925 . G C 3003.91 PASS AF=0.985294;AO=197;DP=205;FAO=201;FDP=204;FR=.;FRO=3;FSAF=106;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00607118;FXX=0.0144921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.007;QD=58.9002;RBI=0.00900817;REFB=-0.0337678;REVB=-0.00665492;RO=2;SAF=102;SAR=95;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000340484;STB=0.502055;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.000348821;OID=.;OPOS=70991925;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:205:204:2:3:197:201:0.985294:95:102:1:1:95:106:2:1 chr15 71125093 . G A 274.17 PASS AF=0.330275;AO=35;DP=109;FAO=36;FDP=109;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=55;FWDB=-0.0207083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3461;QD=10.0614;RBI=0.0225205;REFB=-2.07596e-05;REVB=0.00885104;RO=73;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34109;STB=0.684937;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000116348;OID=.;OPOS=71125093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:73:73:35:36:0.330275:16:19:18:55:17:19:18:55 chr15 71125204 . A G 155.62 PASS AF=0.259259;AO=20;DP=86;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=47;FWDB=0.0199303;FXX=0.0898775;HRUN=5;LEN=1;MLLD=82.8729;QD=7.68483;RBI=0.0238813;REFB=-0.00285485;REVB=0.0131568;RO=49;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382891;STB=0.748972;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00555948;OID=.;OPOS=71125204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:81:49:60:20:21:0.259259:9:11:11:38:9:12:13:47 chr15 71184278 . G T 1294.64 PASS AF=0.567442;AO=123;DP=216;FAO=122;FDP=215;FR=.;FRO=93;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.027931;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5401;QD=24.0863;RBI=0.0281646;REFB=-0.020593;REVB=-0.00361972;RO=91;SAF=60;SAR=63;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740355;STB=0.541898;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0153581;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:91:93:123:122:0.567442:63:60:53:38:63:59:54:39 chr15 71184495 . A G 1200.44 PASS AF=0.436426;AO=125;DP=291;FAO=127;FDP=291;FR=.;FRO=164;FSAF=41;FSAR=86;FSRF=91;FSRR=73;FWDB=-0.00161;FXX=0.0102037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.26;QD=16.5009;RBI=0.0357648;REFB=-0.0201256;REVB=-0.0357285;RO=107;SAF=41;SAR=84;SRF=41;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518144;STB=0.635197;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0236833;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:107:164:125:127:0.436426:84:41:41:66:86:41:91:73 chr15 71276480 . GCAA G 182.44 PASS AF=0.415094;AO=17;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00831327;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=246.726;QD=13.7687;RBI=0.0293357;REFB=-0.0116514;REVB=0.0281331;RO=27;SAF=3;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475931;STB=0.706793;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.0132376;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094:17:52:22:53:31:5:17:17:14:99:27:3:14:16:11 chr15 71403406 . T C 798.73 PASS AF=0.555556;AO=75;DP=135;FAO=75;FDP=135;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0160611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.979;QD=23.666;RBI=0.0167008;REFB=-0.0199136;REVB=0.00457806;RO=60;SAF=36;SAR=39;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298361;STB=0.516297;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0134799;OID=.;OPOS=71403406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:60:60:75:75:0.555556:39:36:31:29:39:36:31:29 chr15 71953045 . G A 1983.95 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0126196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.404;QD=59.6676;RBI=0.015553;REFB=-0.0562348;REVB=0.00909081;RO=3;SAF=50;SAR=80;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0023225;STB=0.501222;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=1.85116e-05;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:133:3:3:130:130:0.977444:80:50:1:2:80:50:1:2 chr15 72050214 . C G 624.45 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=48;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0194693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.213;QD=21.7198;RBI=0.0299227;REFB=-0.0215853;REVB=0.0227226;RO=50;SAF=48;SAR=14;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197887;STB=0.628487;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0153754;OID=.;OPOS=72050214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:53:62:62:0.53913:14:48:29:21:14:48:29:24 chr15 72070067 . A G 342.45 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.021533;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9593;QD=18.0236;RBI=0.0269569;REFB=-0.0124573;REVB=0.0162175;RO=40;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113768;STB=0.506356;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0168638;OID=.;OPOS=72070067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:40:36:36:0.473684:23:13:14:26:23:13:14:26 chr15 72070075 . G A 340.75 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0217583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3729;QD=17.9342;RBI=0.0261427;REFB=-0.00841313;REVB=0.014492;RO=39;SAF=12;SAR=24;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780373;STB=0.53844;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0175133;OID=.;OPOS=72070075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:40:36:36:0.473684:24:12:16:23:24:12:16:24 chr15 72073003 . C T 357.3 PASS AF=0.295181;AO=49;DP=165;FAO=49;FDP=166;FR=.;FRO=117;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=78;FWDB=0.0020515;FXX=0.00598767;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.804;QD=8.60972;RBI=0.00650684;REFB=-0.00865723;REVB=0.00617497;RO=113;SAF=25;SAR=24;SRF=37;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219323;STB=0.624034;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0138678;OID=.;OPOS=72073003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:113:117:49:49:0.295181:24:25:37:76:24:25:39:78 chr15 72103173 . C CG 32.29 PASS AF=0.0517241;AO=59;DP=535;FAO=27;FDP=522;FR=.;FRO=495;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=271;FSRR=224;FWDB=-0.0304313;FXX=0.0224715;HRUN=0;LEN=1;MLLD=47.3912;QD=0.247431;RBI=0.0573859;REFB=-0.00335413;REVB=-0.0486526;RO=465;SAF=42;SAR=17;SRF=243;SRR=222;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243924;STB=0.527532;STBP=0.76;TYPE=ins;VARB=0.0934118;OID=.;OPOS=72103174;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0517241:59:535:27:522:495:14:13:271:224:32:465:42:17:243:222 chr15 72104306 . G A 1553.05 PASS AF=0.346642;AO=188;DP=550;FAO=191;FDP=551;FR=.;FRO=360;FSAF=87;FSAR=104;FSRF=189;FSRR=171;FWDB=0.0151197;FXX=0.00361657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.211;QD=11.2744;RBI=0.030574;REFB=-0.00171646;REVB=-0.0265738;RO=350;SAF=85;SAR=103;SRF=187;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941402;STB=0.545398;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00287926;OID=.;OPOS=72104306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:550:551:350:360:188:191:0.346642:103:85:187:163:104:87:189:171 chr15 72105928 . AC A 1561.76 PASS AF=1;AO=125;DP=143;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459291;FXX=0.00680226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=19.8264;QD=42.788;RBI=0.0493221;REFB=0;REVB=0.0179774;RO=4;SAF=38;SAR=87;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00126491;OID=.;OPOS=72105929;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:125:143:146:146:0:53:93:0:0:25:4:38:87:2:2 chr15 72191073 . T C 98.24 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0162887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.354;QD=6.33811;RBI=0.0227146;REFB=-0.00652752;REVB=-0.0158314;RO=47;SAF=6;SAR=9;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135856;STB=0.584302;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0242667;OID=.;OPOS=72191073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:9:6:24:23:9:6:24:23 chr15 72191266 . C T 1395.9 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6794;QD=62.737;RBI=0.0653048;REFB=0;REVB=0.0431347;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666472;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr15 72432583 . A G 1001.26 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.493;QD=58.8976;RBI=0.0505187;REFB=0;REVB=0.00899817;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146293;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:38:30:0:0 chr15 72433144 . A G 356.71 PASS AF=0.4;AO=41;DP=104;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0124461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.219;QD=13.5888;RBI=0.0136963;REFB=-0.0022466;REVB=0.00571707;RO=62;SAF=17;SAR=24;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846306;STB=0.535034;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00288905;OID=.;OPOS=72433144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:62:63:41:42:0.4:24:17:21:41:25:17:22:41 chr15 72433182 . C T 590.13 PASS AF=0.593407;AO=51;DP=88;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0206699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.888;QD=25.9399;RBI=0.0207773;REFB=-0.0239589;REVB=-0.00211036;RO=36;SAF=18;SAR=33;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163393;STB=0.508323;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0168024;OID=.;OPOS=72433182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:36:37:51:54:0.593407:33:18:12:24:34:20:13:24 chr15 72637795 . T C 1650.4 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00518073;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.197;QD=58.4211;RBI=0.013332;REFB=0.0314053;REVB=-0.0122842;RO=1;SAF=61;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771984;STB=0.500885;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00085218;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:113:1:2:111:111:0.982301:50:61:1:0:50:61:1:1 chr15 72638892 . T C 1624.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.193;QD=60.1635;RBI=0.0186936;REFB=0;REVB=0.013674;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36286e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:53:55:0:0:53:55:0:0 chr15 72700069 . G A 293.66 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.012428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0465;QD=19.9094;RBI=0.0435133;REFB=-0.0152683;REVB=-0.0417007;RO=26;SAF=20;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124832;STB=0.572035;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.010246;OID=.;OPOS=72700069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:28:31:31:0.525424:11:20:13:13:11:20:14:14 chr15 72879653 . A ATTG 791.38 PASS AF=0.794872;AO=62;DP=79;FAO=62;FDP=78;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00612304;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=3;MLLD=300.773;QD=40.5834;RBI=0.0063686;REFB=0.00415019;REVB=0.00175141;RO=16;SAF=24;SAR=38;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00489253;STB=0.502617;STBP=0.93;TYPE=ins;VARB=-0.000989158;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.794872:62:79:62:78:16:24:38:6:10:97:16:24:38:6:10 chr15 72904223 . C T 342.88 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0249396;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.367;QD=21.1002;RBI=0.0283848;REFB=-0.00426087;REVB=-0.0135541;RO=30;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138579;STB=0.576809;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00412265;OID=.;OPOS=72904223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:30:30:35:35:0.538462:22:13:16:14:22:13:16:14 chr15 72987588 . G T 1101.93 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.105701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3482;QD=58.7697;RBI=0.116134;REFB=0.00470546;REVB=-0.0481088;RO=2;SAF=35;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00103772;STB=0.506492;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0020169;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:2:1:73:74:0.986667:38:35:1:1:38:36:0:1 chr15 73002035 . G A 1165.76 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00846738;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.453;QD=60.5588;RBI=0.013465;REFB=0;REVB=0.0104694;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114028;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:76:77:1:38:38:0:0:39:38:0:0 chr15 73023937 . T C 2912.15 PASS AF=0.994709;AO=185;DP=188;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0207116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6438;QD=61.6328;RBI=0.0506214;REFB=0.0309206;REVB=0.0461904;RO=2;SAF=74;SAR=111;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00850121;STB=0.503355;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000525289;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:188:189:2:1:185:188:0.994709:111:74:0:2:114:74:1:0 chr15 73052840 . T C 389.87 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0133739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4911;QD=21.6593;RBI=0.0313945;REFB=-0.0323007;REVB=0.0284034;RO=32;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132945;STB=0.565924;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0277925;OID=.;OPOS=73052840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:32:33:39:39:0.541667:21:18:20:12:21:18:20:13 chr15 73052845 . A G 406.04 PASS AF=0.555556;AO=38;DP=70;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0466505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.878;QD=22.558;RBI=0.0480397;REFB=-0.00134556;REVB=0.0114693;RO=32;SAF=17;SAR=21;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146232;STB=0.57731;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00220802;OID=.;OPOS=73052845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:32:32:38:40:0.555556:21:17:20:12:22:18:20:12 chr15 73067234 . T C 1365.67 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496465;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.186;QD=62.7896;RBI=0.0322834;REFB=0;REVB=0.0318993;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275892;OID=.;OPOS=73067234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr15 73541513 . A G 596.69 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0240547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.1677;QD=23.3995;RBI=0.0242223;REFB=0.0092255;REVB=0.0028442;RO=44;SAF=27;SAR=31;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448875;STB=0.524531;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00752058;OID=.;OPOS=73541513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:31:27:18:26:31:27:18:26 chr15 73545732 . T C 156.88 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.311;QD=39.2187;RBI=0.0119281;REFB=-0.0136922;REVB=-0.00407769;RO=1;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128919;STB=0.555478;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00098083;OID=.;OPOS=73545732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:16:1:1:14:15:0.9375:11:3:1:0:11:4:1:0 chr15 73564881 . C T 475.07 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00795278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.87;QD=17.7597;RBI=0.017392;REFB=-0.0063087;REVB=0.0154672;RO=56;SAF=19;SAR=32;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106873;STB=0.559459;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00502688;OID=.;OPOS=73564881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:32:19:27:29:32:19:27:29 chr15 73614114 . T C 1590.98 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00772416;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.994;QD=64.2822;RBI=0.0428718;REFB=0;REVB=0.0421702;RO=0;SAF=34;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120934;OID=.;OPOS=73614114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:65:34:0:0:65:34:0:0 chr15 73614834 . T C 127.83 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00667947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.715;QD=42.6085;RBI=0.00687536;REFB=0;REVB=0.00162949;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77796e-05;OID=.;OPOS=73614834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:8:4:0:0 chr15 73617435 . G A 1085.99 PASS AF=0.528205;AO=100;DP=193;FAO=103;FDP=195;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=69;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=0.00948201;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2381;QD=22.2768;RBI=0.0211249;REFB=0.00642231;REVB=-0.0188773;RO=88;SAF=32;SAR=68;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845112;STB=0.537458;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00463877;OID=.;OPOS=73617435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:88:92:100:103:0.528205:68:32:36:52:69:34:37:55 chr15 74032783 . A G 871.14 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0119934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.692;QD=56.2025;RBI=0.0125216;REFB=-0.0545881;REVB=0.00359814;RO=1;SAF=23;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200789;STB=0.510635;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00241283;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:38:23:1:0:38:23:1:0 chr15 74219542 . G A 38.31 PASS AF=0.75;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.16233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5149;QD=19.157;RBI=0.170534;REFB=-0.0747283;REVB=0.0522575;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.624607;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0531257;OID=.;OPOS=74219542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:8:8:3:2:5:6:0.75:3:2:1:2:3:3:0:2 chr15 74219546 . G T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.804;QD=35.5759;RBI=0.0198953;REFB=0;REVB=-0.0171133;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239511;OID=.;OPOS=74219546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr15 74244278 . C G 446.08 PASS AF=0.354037;AO=52;DP=157;FAO=57;FDP=161;FR=.;FRO=104;FSAF=10;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=69;FWDB=-0.0033543;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.629;QD=11.0827;RBI=0.00625313;REFB=-0.0231546;REVB=-0.00527734;RO=103;SAF=10;SAR=42;SRF=34;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213698;STB=0.645744;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0619;OID=.;OPOS=74244278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:161:103:104:52:57:0.354037:42:10:34:69:47:10:35:69 chr15 74244344 . C T 1339.75 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.655;QD=62.3139;RBI=0.0280576;REFB=0;REVB=0.0047572;RO=0;SAF=28;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61802e-05;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:57:28:0:0:58:28:0:0 chr15 74277795 . T C 7119.25 PASS AF=1;AO=444;DP=447;FAO=447;FDP=447;FR=.;FRO=0;FSAF=220;FSAR=227;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0754894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.373;QD=63.707;RBI=0.0755507;REFB=0;REVB=-0.00304253;RO=0;SAF=217;SAR=227;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16681e-07;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:447:447:0:0:444:447:1:227:217:0:0:227:220:0:0 chr15 74328116 . A G 1213.02 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3004;QD=59.902;RBI=0.0508739;REFB=-0.0963221;REVB=-0.0495252;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.505881;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000522788;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:81:0:1:80:80:0.987654:42:38:0:0:42:38:0:1 chr15 74328141 . G T 1339.06 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8182;QD=62.2817;RBI=0.0653459;REFB=0;REVB=-0.000261731;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000476462;OID=.;OPOS=74328141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr15 74368293 . A G 775.41 PASS AF=0.361538;AO=94;DP=262;FAO=94;FDP=260;FR=.;FRO=166;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=73;FSRR=93;FWDB=0.0201808;FXX=0.0114064;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.191;QD=11.9293;RBI=0.0312269;REFB=0.0125953;REVB=0.0238298;RO=163;SAF=38;SAR=56;SRF=73;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500721;STB=0.523315;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0209037;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:260:163:166:94:94:0.361538:56:38:73:90:56:38:73:93 chr15 74368297 . C G 935.92 PASS AF=0.382979;AO=108;DP=282;FAO=108;FDP=282;FR=.;FRO=174;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=76;FSRR=98;FWDB=0.0193869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4824;QD=13.2755;RBI=0.0575705;REFB=0.0146889;REVB=0.054208;RO=174;SAF=45;SAR=63;SRF=76;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225639;STB=0.512709;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0505301;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:174:174:108:108:0.382979:63:45:76:98:63:45:76:98 chr15 74467856 . G A 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0257906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.734;QD=22.5825;RBI=0.0513866;REFB=0.00733248;REVB=-0.0444457;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149226;STB=0.583011;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00810657;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:12:14:17:7:12:14:17:7 chr15 74473167 . A AG,G 46.47 PASS AF=0.122807,0.00877193;AO=19,5;DP=117;FAO=14,1;FDP=114;FR=.;FRO=99;FSAF=7,1;FSAR=7,0;FSRF=61;FSRR=38;FWDB=-0.00942097,-0.0132259;FXX=0.0256388;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=85.7194,153.929;QD=1.63069;RBI=0.0571738,0.0703142;REFB=-0.00471274,-0.0001448;REVB=-0.0563923,-0.0690591;RO=92;SAF=6,2;SAR=13,3;SRF=63;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.443325,-0.271287;STB=0.601631,0.987889;STBP=0.44,0.496;TYPE=ins,snp;VARB=0.135562,-0.0830943;OID=.,.;OPOS=74473168,74473167;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:117:114:92:99:19,5:14,1:0.122807,0.00877193:13,3:6,2:63:29:7,0:7,1:61:38 chr15 74473739 . C T 525.68 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.012891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.836;QD=17.3779;RBI=0.0257522;REFB=-0.0191069;REVB=-0.0222935;RO=64;SAF=25;SAR=31;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00649284;STB=0.500149;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0204148;OID=.;OPOS=74473739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:64:65:56:56:0.46281:31:25:29:35:31:25:29:36 chr15 74509732 . G A 507.67 PASS AF=0.333333;AO=63;DP=175;FAO=63;FDP=189;FR=.;FRO=126;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=76;FSRR=50;FWDB=0.0204742;FXX=0.0104707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.8594;QD=10.7443;RBI=0.036186;REFB=-0.0142048;REVB=-0.0298369;RO=112;SAF=25;SAR=38;SRF=76;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308824;STB=0.635599;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0307762;OID=.;OPOS=74509732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:189:112:126:63:63:0.333333:38:25:76:36:38:25:76:50 chr15 74622678 . G A 218.89 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0229079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.941;QD=13.898;RBI=0.0229867;REFB=-0.00740023;REVB=-0.00190234;RO=37;SAF=11;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066033;STB=0.537672;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0107354;OID=.;OPOS=74622678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:15:11:18:19:15:11:18:19 chr15 74702778 . G A 291.06 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0198788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.642;QD=26.4601;RBI=0.0237341;REFB=-0.0129625;REVB=0.0129669;RO=18;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155096;STB=0.586138;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00541258;OID=.;OPOS=74702778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:18:8:9:9:18:8:9:9 chr15 74703022 . G A 455.33 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=63;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0431717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.531;QD=28.4583;RBI=0.0641468;REFB=-0.0842124;REVB=0.0474449;RO=21;SAF=22;SAR=20;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882878;STB=0.554697;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0169357;OID=.;OPOS=74703022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:21:22:42:42:0.65625:20:22:14:7:20:22:15:7 chr15 74703929 . T C 1669.84 PASS AF=0.699507;AO=140;DP=203;FAO=142;FDP=203;FR=.;FRO=61;FSAF=65;FSAR=77;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0198285;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2764;QD=32.9033;RBI=0.0400967;REFB=0.0113497;REVB=-0.0348507;RO=63;SAF=63;SAR=77;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245385;STB=0.50534;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00536835;OID=.;OPOS=74703929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:63:61:140:142:0.699507:77:63:31:32:77:65:29:32 chr15 74706943 . G A 2126.91 PASS AF=0.60828;AO=190;DP=314;FAO=191;FDP=314;FR=.;FRO=123;FSAF=101;FSAR=90;FSRF=60;FSRR=63;FWDB=0.0569582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3384;QD=27.0943;RBI=0.0912562;REFB=-0.0102669;REVB=0.0712984;RO=121;SAF=100;SAR=90;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219959;STB=0.516079;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00687021;OID=.;OPOS=74706943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:314:121:123:190:191:0.60828:90:100:60:61:90:101:60:63 chr15 74710593 . C T 458.75 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.000574771;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.566;QD=23.5257;RBI=0.0245495;REFB=-0.0243352;REVB=0.0245427;RO=34;SAF=14;SAR=30;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201596;STB=0.611059;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0200313;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:30:14:19:15:30:14:19:15 chr15 74749015 . A G 747.81 PASS AF=0.631579;AO=42;DP=98;FAO=60;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0399131;FXX=0.0306091;HRUN=7;LEN=1;MLLD=97.2725;QD=31.4867;RBI=0.0405562;REFB=-0.0214921;REVB=-0.00719408;RO=16;SAF=21;SAR=21;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519087;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0185771;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:95:16:24:42:60:0.631579:21:21:8:8:31:29:10:14 chr15 74783370 . C T 90.67 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0527517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.896;QD=8.05949;RBI=0.0533164;REFB=-0.00067054;REVB=-0.00773927;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179713;STB=0.511093;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0010445;OID=.;OPOS=74783370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:6:6:16:17:6:6:16:17 chr15 74836316 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00793073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.896;QD=17.3208;RBI=0.00830244;REFB=-0.0250051;REVB=-0.00245643;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651334;STB=0.503727;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0314019;OID=.;OPOS=74836316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:9:7:8:10:9:7:8:10 chr15 74888196 . A G 173.1 PASS AF=0.315068;AO=22;DP=72;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00924452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9245;QD=9.48487;RBI=0.0395027;REFB=-0.00897284;REVB=0.0384058;RO=50;SAF=6;SAR=16;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303224;STB=0.688436;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0227737;OID=.;OPOS=74888196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:50:50:22:23:0.315068:16:6:26:24:17:6:26:24 chr15 74889163 . C T 940.64 PASS AF=0.578231;AO=83;DP=147;FAO=85;FDP=147;FR=.;FRO=62;FSAF=61;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0865323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7849;QD=25.5955;RBI=0.0873677;REFB=-0.00820696;REVB=0.0120532;RO=61;SAF=59;SAR=24;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213997;STB=0.616789;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0145391;OID=.;OPOS=74889163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:61:62:83:85:0.578231:24:59:28:33:24:61:29:33 chr15 74908132 . G A 122.3 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.000762001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.681;QD=25.7465;RBI=0.0759999;REFB=-0.0139643;REVB=0.0759961;RO=5;SAF=11;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167845;STB=0.607004;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00718878;OID=.;OPOS=74908132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:19:19:5:6:13:13:0.684211:2:11:5:0:2:11:6:0 chr15 74924808 . GTTTTA GTTTA,GTTT,GTTTT,TAGTTT 1476.09 PASS AF=0,0,0.921053,0.0789474;AO=19,16,13,6;DP=113;FAO=0,0,105,9;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,62,0;FSAR=0,0,43,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427824,0.706788,0.989762,0.0425892;FXX=0.0086949;HRUN=4,4,2,1;LEN=1,2,1,6;MLLD=11.4758,11.4353,19.36,188.325;QD=51.7926;RBI=0.361709,0.707731,1.05734,0.0564999;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.35917,0.0365363,0.371951,-0.0371268;RO=51;SAF=17,0,0,0;SAR=2,16,13,6;SRF=44;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0918396,-0.858215,-0.848538,-0.795001;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0,-0.0593774,0.0265089,0.124607;OID=.,.,.,.;OPOS=74924809,74924812,74924813,74924808;OREF=T,TA,A,GTTTTA;OALT=-,-,-,TAGTTT;OMAPALT=GTTTA,GTTT,GTTTT,TAGTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:29:113:114:51:0:19,16,13,6:0,0,105,9:0,0,0.921053,0.0789474:2,16,13,6:17,0,0,0:44:7:0,0,43,9:0,0,62,0:0:0 chr15 75012985 . T C 917.55 PASS AF=0.594203;AO=82;DP=138;FAO=82;FDP=138;FR=.;FRO=56;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00410905;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.376;QD=26.5958;RBI=0.0214621;REFB=-0.0156856;REVB=-0.021065;RO=55;SAF=46;SAR=36;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387332;STB=0.517681;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00933444;OID=.;OPOS=75012985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:55:56:82:82:0.594203:36:46:28:27:36:46:29:27 chr15 75015305 . C T 303.66 PASS AF=0.305344;AO=40;DP=129;FAO=40;FDP=131;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.00876326;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.153;QD=9.27219;RBI=0.0200051;REFB=0.0118213;REVB=0.0179836;RO=89;SAF=23;SAR=17;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826501;STB=0.541051;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0150923;OID=.;OPOS=75015305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:89:91:40:40:0.305344:17:23:45:44:17:23:47:44 chr15 75091012 . C T 695.59 PASS AF=0.662921;AO=59;DP=89;FAO=59;FDP=89;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00792575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.443;QD=31.2623;RBI=0.0142066;REFB=-0.0122479;REVB=0.0117903;RO=29;SAF=30;SAR=29;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685254;STB=0.530882;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0069752;OID=.;OPOS=75091012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:29:30:59:59:0.662921:29:30:18:11:29:30:18:12 chr15 75131661 . A G 251.68 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0104025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.317;QD=12.4286;RBI=0.0163363;REFB=-0.00844214;REVB=-0.0125961;RO=51;SAF=9;SAR=21;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221433;STB=0.62788;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0163103;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:21:9:25:26:21:9:25:26 chr15 75305040 . A G 708.4 PASS AF=0.576271;AO=67;DP=117;FAO=68;FDP=118;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00861924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.449;QD=24.0137;RBI=0.013261;REFB=-0.00709449;REVB=0.0100778;RO=49;SAF=32;SAR=35;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222468;STB=0.519225;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0059513;OID=.;OPOS=75305040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:49:50:67:68:0.576271:35:32:22:27:35:33:22:28 chr15 75312715 . C G 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0013038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.72;QD=20.5623;RBI=0.0139745;REFB=-0.0113357;REVB=-0.0139135;RO=25;SAF=10;SAR=19;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185102;STB=0.603102;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00982989;OID=.;OPOS=75312715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:19:10:14:11:19:10:14:11 chr15 75336729 . A G 2563.93 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.778;QD=61.7815;RBI=0.0506308;REFB=0;REVB=-0.0198716;RO=0;SAF=73;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11026e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30929e-05;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:93:73:0:0:93:73:0:0 chr15 75498548 . A G 2231.0 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.238;QD=63.2907;RBI=0.0352429;REFB=0;REVB=0.0132336;RO=0;SAF=62;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37165e-05;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:141:0:0:136:141:1:74:62:0:0:77:64:0:0 chr15 75499602 . C A 1543.18 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264786;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3788;QD=63.6363;RBI=0.034884;REFB=0;REVB=0.0227107;RO=0;SAF=31;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416572;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:65:31:0:0:65:32:0:0 chr15 75499619 . T C 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.266;QD=64.0206;RBI=0.0118787;REFB=0;REVB=-0.00893911;RO=0;SAF=34;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34179e-05;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:64:34:0:0:64:34:0:0 chr15 75499861 . G A 1490.62 PASS AF=0.962617;AO=103;DP=110;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00451802;FXX=0.0272702;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.441;QD=55.7242;RBI=0.013589;REFB=-0.0301536;REVB=0.0128159;RO=1;SAF=66;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126505;STB=0.504445;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00238134;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:110:107:1:4:103:103:0.962617:37:66:0:1:37:66:3:1 chr15 75499995 . T G 923.7 PASS AF=0.378092;AO=107;DP=286;FAO=107;FDP=283;FR=.;FRO=176;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=68;FSRR=108;FWDB=-0.0121744;FXX=0.0104891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.62;QD=13.0559;RBI=0.0161172;REFB=-0.00593179;REVB=0.0105617;RO=162;SAF=65;SAR=42;SRF=65;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220027;STB=0.635734;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0115782;OID=.;OPOS=75499995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:283:162:176:107:107:0.378092:42:65:65:97:42:65:68:108 chr15 75503147 . G A 1769.96 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0401648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.316;QD=59.9987;RBI=0.0406434;REFB=0.0461814;REVB=-0.00621889;RO=1;SAF=56;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840555;STB=0.504424;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=5.84075e-05;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:61:56:1:0:61:56:1:0 chr15 75650836 . G A 1442.57 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120383;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.286;QD=62.0459;RBI=0.0122485;REFB=-0.0907659;REVB=0.00225943;RO=1;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957698;STB=0.505049;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000112322;OID=.;OPOS=75650836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:49:43:0:1:49:43:0:1 chr15 75893474 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0119748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.801;QD=21.5109;RBI=0.0219664;REFB=-0.00587407;REVB=0.0184153;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00212294;STB=0.501192;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00714181;OID=.;OPOS=75893474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:9:10:11:10:9:10 chr15 75971412 . T A 444.31 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.000949991;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0613;QD=22.7852;RBI=0.0571837;REFB=-0.0226439;REVB=0.0571759;RO=35;SAF=14;SAR=29;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418005;STB=0.523035;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0328374;OID=.;OPOS=75971412;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:35:35:43:43:0.551282:29:14:13:22:29:14:13:22 chr15 75971505 . T C 213.54 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0298711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.713;QD=16.116;RBI=0.0298824;REFB=-0.0066285;REVB=-0.000822582;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116742;STB=0.565984;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00653803;OID=.;OPOS=75971505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:18:11:12:12:18:11 chr15 75971676 . G T 422.34 PASS AF=0.264069;AO=61;DP=233;FAO=61;FDP=231;FR=.;FRO=170;FSAF=11;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=142;FWDB=-0.0814298;FXX=0.00858332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.451;QD=7.3133;RBI=0.0835039;REFB=-0.00822431;REVB=-0.0184959;RO=168;SAF=11;SAR=50;SRF=26;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056239;STB=0.519935;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0247722;OID=.;OPOS=75971676;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:231:168:170:61:61:0.264069:50:11:26:142:50:11:28:142 chr15 75972027 . A C 72.49 PASS AF=0.375;AO=10;DP=27;FAO=9;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0.11107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.95;QD=12.0816;RBI=0.0108252;REFB=-0.00653843;REVB=0.0108252;RO=14;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0175218;OID=.;OPOS=75972027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:27:24:14:14:10:9:0.375:10:0:0:14:9:0:0:14 chr15 75980112 . A G 302.05 PASS AF=0.231527;AO=47;DP=203;FAO=47;FDP=203;FR=.;FRO=156;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=70;FSRR=86;FWDB=-0.0113607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.394;QD=5.95162;RBI=0.0113786;REFB=-0.000300911;REVB=-0.00063853;RO=156;SAF=23;SAR=24;SRF=70;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516057;STB=0.531276;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00071799;OID=.;OPOS=75980112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:156:156:47:47:0.231527:24:23:70:86:24:23:70:86 chr15 75981550 . C T 192.02 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.0150883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.115;QD=11.8168;RBI=0.0186856;REFB=-0.00375181;REVB=0.0110225;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366575;STB=0.697734;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00526982;OID=.;OPOS=75981550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:11:13:8:32:11:13:9:32 chr15 75981972 . A G 718.0 PASS AF=0.32971;AO=90;DP=274;FAO=91;FDP=276;FR=.;FRO=185;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=125;FSRR=60;FWDB=-0.037639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.734;QD=10.4058;RBI=0.0475765;REFB=-0.0124861;REVB=-0.0291003;RO=183;SAF=59;SAR=31;SRF=125;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036118;STB=0.520321;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0226207;OID=.;OPOS=75981972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:276:183:185:90:91:0.32971:31:59:125:58:32:59:125:60 chr15 75982072 . G A 184.65 PASS AF=0.102151;AO=56;DP=560;FAO=57;FDP=558;FR=.;FRO=501;FSAF=10;FSAR=47;FSRF=189;FSRR=312;FWDB=-0.00816792;FXX=0.00357136;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9232;QD=1.32367;RBI=0.0202819;REFB=-0.00154999;REVB=0.0185645;RO=500;SAF=10;SAR=46;SRF=189;SRR=311;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28794;STB=0.722542;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00536213;OID=.;OPOS=75982072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:560:558:500:501:56:57:0.102151:46:10:189:311:47:10:189:312 chr15 75982085 . C T 162.37 PASS AF=0.0952381;AO=54;DP=572;FAO=54;FDP=567;FR=.;FRO=513;FSAF=8;FSAR=46;FSRF=196;FSRR=317;FWDB=0.000144095;FXX=0.00874111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.767;QD=1.14547;RBI=0.0129686;REFB=-0.00272511;REVB=-0.0129678;RO=513;SAF=8;SAR=46;SRF=198;SRR=315;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34063;STB=0.76356;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0187153;OID=.;OPOS=75982085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:572:567:513:513:54:54:0.0952381:46:8:198:315:46:8:196:317 chr15 75982872 . G A 429.86 PASS AF=0.37594;AO=50;DP=133;FAO=50;FDP=133;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=0.00609288;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.641;QD=12.928;RBI=0.0600056;REFB=-0.00102775;REVB=0.0596954;RO=83;SAF=30;SAR=20;SRF=52;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305432;STB=0.517343;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00196047;OID=.;OPOS=75982872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:83:83:50:50:0.37594:20:30:52:31:20:30:52:31 chr15 76019567 . A T 591.4 PASS AF=0.354369;AO=74;DP=208;FAO=73;FDP=206;FR=.;FRO=133;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=80;FWDB=0.0504788;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.971;QD=11.4836;RBI=0.0543953;REFB=-0.0129548;REVB=-0.0202666;RO=127;SAF=39;SAR=35;SRF=49;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156633;STB=0.578404;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0265547;OID=.;OPOS=76019567;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:206:127:133:74:73:0.354369:35:39:49:78:35:38:53:80 chr15 76030482 . AAGG AAGA,AAG,AG 126.32 PASS AF=0.0681818,0,0.340909;AO=3,8,10;DP=45;FAO=3,0,15;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=0,0,1;FSAR=3,0,14;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.024758,0.0488793,0.0614854;FXX=0.0222173;HRUN=5,5,2;LEN=1,1,2;MLLD=181.763,13.0038,26.0167;QD=11.4835;RBI=0.0446163,0.0499752,0.14129;REFB=-0.000944545,-0.0308459,-0.0918;REVB=-0.0371167,0.0104086,0.127211;RO=20;SAF=0,1,0;SAR=3,7,10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0.423077,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.655715,-0.597084,-0.804593;STB=0.996796,0.5,0.898972;STBP=0.044,1,0;TYPE=snp,del,del;VARB=0.119175,0.00844369,0.13322;OID=.,.,.;OPOS=76030485,76030484,76030483;OREF=G,G,AG;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAGA,AAG,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0681818,0,0.340909:3,8,10:45:3,0,15:44:26:0,0,1:3,0,14:15:11:97:20:0,1,0:3,7,10:13:7 chr15 76030993 . A G 290.59 PASS AF=0.322034;AO=25;DP=125;FAO=38;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=76;FWDB=-0.0462086;FXX=0.0559955;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.31;QD=9.85062;RBI=0.0528442;REFB=-0.0265686;REVB=0.0256373;RO=74;SAF=4;SAR=21;SRF=2;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440958;STB=0.683165;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0621657;OID=.;OPOS=76030993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:118:74:78:25:38:0.322034:21:4:2:72:34:4:2:76 chr15 76071821 . G A 141.79 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0228364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8805;QD=11.1208;RBI=0.0246836;REFB=-0.00158141;REVB=-0.009369;RO=33;SAF=13;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36736;STB=0.71118;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.000760158;OID=.;OPOS=76071821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:4:13:15:18:4:13:16:18 chr15 76074504 . C T 111.14 PASS AF=0.195876;AO=18;DP=97;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0696716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.68;QD=4.58325;RBI=0.0763975;REFB=-0.00448054;REVB=-0.0313439;RO=79;SAF=7;SAR=11;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195239;STB=0.593854;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0284969;OID=.;OPOS=76074504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:79:78:18:19:0.195876:11:7:43:36:11:8:42:36 chr15 76074518 . T G 74.13 PASS AF=0.157303;AO=13;DP=88;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0250041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.204;QD=3.3317;RBI=0.038974;REFB=-0.0090644;REVB=0.0298959;RO=75;SAF=4;SAR=9;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265889;STB=0.637484;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0701368;OID=.;OPOS=76074518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:89:75:75:13:14:0.157303:9:4:39:36:9:5:39:36 chr15 76078564 . A G 397.42 PASS AF=0.436893;AO=44;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00581978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.991;QD=15.4337;RBI=0.0215021;REFB=-0.01461;REVB=0.0206996;RO=58;SAF=24;SAR=20;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461519;STB=0.518798;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0156897;OID=.;OPOS=76078564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:58:44:45:0.436893:20:24:29:29:21:24:29:29 chr15 76078918 . C T 195.12 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0207138;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1974;QD=15.3033;RBI=0.0301373;REFB=-0.00804845;REVB=-0.0218906;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030387;STB=0.523445;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0185923;OID=.;OPOS=76078918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:29:22:22:0.431373:12:10:11:15:12:10:12:17 chr15 76191802 . G A 1896.38 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.215;QD=61.6709;RBI=0.0346451;REFB=0;REVB=-0.0280544;RO=0;SAF=52;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.44355e-05;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:71:52:0:0:71:52:0:0 chr15 76496232 . G A 928.68 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5863;QD=56.2836;RBI=0.0192457;REFB=-0.0977787;REVB=-0.0152066;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0030088;OID=.;OPOS=76496232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:64:65:0.984848:37:27:0:0:38:27:1:0 chr15 76496340 . C T 347.67 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0365432;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.325;QD=51.5063;RBI=0.0365685;REFB=-0.0448715;REVB=-0.00136061;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000599671;OID=.;OPOS=76496340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:9:17:0:0:9:17:1:0 chr15 76496954 . TG CT,T 64.9 PASS AF=0,0.269036;AO=8,53;DP=205;FAO=0,53;FDP=197;FR=.;FRO=144;FSAF=0,22;FSAR=0,31;FSRF=82;FSRR=62;FWDB=0.00684931,0.0056294;FXX=0.0619018;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=78.6465,7.06865;QD=1.31775;RBI=0.105865,0.0971911;REFB=-0.00719443,-0.143648;REVB=-0.105643,-0.097028;RO=98;SAF=0,24;SAR=8,29;SRF=61;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.625939,-0.190706;STB=0.5,0.611723;STBP=1,0.057;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.12592;OID=.,.;OPOS=76496954,76496955;OREF=TG,G;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:205:197:98:144:8,53:0,53:0,0.269036:8,29:0,24:61:37:0,31:0,22:82:62 chr15 76496977 . G C 4204.9 PASS AF=1;AO=266;DP=267;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204406;FXX=0.00371733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.568;QD=62.7598;RBI=0.0288349;REFB=0;REVB=-0.020338;RO=0;SAF=111;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90526e-06;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:267:268:0:0:266:268:1:155:111:0:0:156:112:0:0 chr15 76630303 . T C 1021.13 PASS AF=0.273946;AO=144;DP=534;FAO=143;FDP=522;FR=.;FRO=379;FSAF=38;FSAR=105;FSRF=189;FSRR=190;FWDB=-0.0621531;FXX=0.0242986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.142;QD=7.82475;RBI=0.0621882;REFB=-2.0279e-05;REVB=-0.00208997;RO=357;SAF=39;SAR=105;SRF=171;SRR=186;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273296;STB=0.680099;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000101893;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:534:522:357:379:144:143:0.273946:105:39:171:186:105:38:189:190 chr15 76634680 . T C 399.22 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0103579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.921;QD=15.3546;RBI=0.024832;REFB=0.00888231;REVB=0.0225686;RO=59;SAF=17;SAR=28;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836874;STB=0.547048;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0106488;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:28:17:27:32:28:17:27:32 chr15 76673716 . T C 421.04 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-5.86696e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.217;QD=15.8881;RBI=0.00427906;REFB=-0.00771885;REVB=0.00427866;RO=59;SAF=17;SAR=30;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622441;STB=0.503483;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0119765;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:30:17:21:38:30:17:21:38 chr15 76726465 . G T 698.49 PASS AF=0.349794;AO=85;DP=242;FAO=85;FDP=243;FR=.;FRO=158;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=77;FSRR=81;FWDB=-0.0377638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5654;QD=11.4978;RBI=0.0522578;REFB=-0.0302035;REVB=-0.0361217;RO=149;SAF=54;SAR=31;SRF=72;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173976;STB=0.606532;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0439637;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:149:158:85:85:0.349794:31:54:72:77:30:55:77:81 chr15 77176158 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00942071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.117;QD=11.8306;RBI=0.00953358;REFB=-0.0264693;REVB=-0.00146268;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106346;STB=0.506318;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0426046;OID=.;OPOS=77176158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:8:10:6:5:8:10 chr15 77176200 . A T 88.08 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0219096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.583;QD=14.0928;RBI=0.045513;REFB=-0.0197904;REVB=-0.0398924;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161818;STB=0.514679;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0224121;OID=.;OPOS=77176200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:14:11:11:0.44:6:5:3:8:6:5:6:8 chr15 77324880 . A G 1145.96 PASS AF=0.535;AO=89;DP=202;FAO=107;FDP=200;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=31;FSAR=76;FSRF=25;FSRR=63;FWDB=-0.0188687;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.291;QD=22.9191;RBI=0.0234224;REFB=-0.0195615;REVB=0.0138773;RO=85;SAF=28;SAR=61;SRF=21;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719374;STB=0.503093;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0175886;OID=.;OPOS=77324880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:200:85:88:89:107:0.535:61:28:21:64:76:31:25:63 chr15 77325279 . C T 2320.94 PASS AF=0.527059;AO=224;DP=425;FAO=224;FDP=425;FR=.;FRO=201;FSAF=79;FSAR=145;FSRF=86;FSRR=115;FWDB=0.00766678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.474;QD=21.8441;RBI=0.0122613;REFB=-0.0156807;REVB=-0.00956867;RO=198;SAF=79;SAR=145;SRF=86;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750699;STB=0.53806;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0143505;OID=.;OPOS=77325279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:425:198:201:224:224:0.527059:145:79:86:112:145:79:86:115 chr15 77328158 . T TC 48.99 PASS AF=0.164021;AO=44;DP=189;FAO=31;FDP=189;FR=.;FRO=158;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=81;FSRR=77;FWDB=-0.0134406;FXX=0.0207243;HRUN=0;LEN=1;MLLD=53.5042;QD=1.03678;RBI=0.0360427;REFB=-0.00862372;REVB=-0.0334429;RO=145;SAF=33;SAR=11;SRF=70;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351329;STB=0.701336;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=0.191554;OID=.;OPOS=77328159;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.164021:44:189:31:189:158:23:8:81:77:48:145:33:11:70:75 chr15 77907145 . G A 2161.97 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.518;QD=62.215;RBI=0.0152711;REFB=0.0440623;REVB=-0.00942575;RO=0;SAF=32;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502347;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=3.02056e-06;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:0:1:138:138:0.992806:106:32:0:0:106:32:0:1 chr15 77907535 . C G 3009.01 PASS AF=1;AO=188;DP=191;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170933;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.734;QD=63.6826;RBI=0.0257666;REFB=0;REVB=-0.0192805;RO=0;SAF=73;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39238e-05;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:189:0:0:188:189:1:115:73:0:0:115:74:0:0 chr15 77907775 . T C 1495.02 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294198;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.492;QD=63.6178;RBI=0.0330304;REFB=0;REVB=0.0150162;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80802e-05;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:56:38:0:0:56:38:0:0 chr15 77907784 . G A 1563.57 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.645;QD=63.8192;RBI=0.0341839;REFB=0;REVB=-0.00264209;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01978e-05;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:59:39:0:0:59:39:0:0 chr15 78208880 . G A 2565.72 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7907;QD=61.8246;RBI=0.0386662;REFB=0;REVB=0.0357055;RO=0;SAF=67;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1834e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54909e-05;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:99:67:0:0:99:67:0:0 chr15 78209131 . T C 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0930038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9472;QD=56.183;RBI=0.098068;REFB=0;REVB=0.0311065;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127222;OID=.;OPOS=78209131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr15 78209436 . C T 1441.57 PASS AF=1;AO=89;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018101;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.984;QD=63.3658;RBI=0.018113;REFB=0;REVB=-0.000658874;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68542e-05;OID=.;OPOS=78209436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:89:91:1:43:46:0:0:43:48:0:0 chr15 78211345 . A G 1034.43 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171478;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.266;QD=58.2779;RBI=0.0272653;REFB=-0.0368378;REVB=-0.0211979;RO=1;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145457;STB=0.50769;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000588464;OID=.;OPOS=78211345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:1:1:70:70:0.985915:32:38:0:1:32:38:0:1 chr15 78276660 . A G 1416.92 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0483683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0389;QD=60.9428;RBI=0.0486253;REFB=-0.129188;REVB=0.00499216;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0011588;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:93:0:1:90:92:0.989247:42:48:0:0:42:50:1:0 chr15 78403004 . A G 1318.35 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00200901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.868;QD=59.9248;RBI=0.0206671;REFB=0.00996545;REVB=-0.0205692;RO=2;SAF=45;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205893;STB=0.505375;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000102644;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:2:1:86:87:0.988636:41:45:2:0:41:46:1:0 chr15 78565478 . C T 535.07 PASS AF=0.549451;AO=48;DP=89;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00704003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.052;QD=23.5194;RBI=0.00715314;REFB=-0.0203022;REVB=-0.00126701;RO=41;SAF=18;SAR=30;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118278;STB=0.571399;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0153488;OID=.;OPOS=78565478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:41:41:48:50:0.549451:30:18:21:20:32:18:21:20 chr15 78573626 . C T 595.37 PASS AF=0.702703;AO=51;DP=73;FAO=52;FDP=74;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=51;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0390348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.278;QD=32.1822;RBI=0.0861175;REFB=-0.0335348;REVB=0.0767626;RO=22;SAF=0;SAR=51;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.889616;STB=0.942257;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0140007;OID=.;OPOS=78573626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:22:22:51:52:0.702703:51:0:17:5:51:1:17:5 chr15 78587910 . A G 2657.36 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.179;QD=62.1604;RBI=0.0499749;REFB=0;REVB=0.0101219;RO=0;SAF=71;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79031e-05;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:171:0:0:169:171:1:98:71:0:0:99:72:0:0 chr15 78632830 . C G 2045.08 PASS AF=0.555241;AO=193;DP=349;FAO=196;FDP=353;FR=.;FRO=157;FSAF=91;FSAR=105;FSRF=87;FSRR=70;FWDB=0.000930374;FXX=0.00282478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8927;QD=23.1737;RBI=0.00441342;REFB=-0.00551658;REVB=-0.00431424;RO=151;SAF=88;SAR=105;SRF=86;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917902;STB=0.539935;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00432467;OID=.;OPOS=78632830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:353:151:157:193:196:0.555241:105:88:86:65:105:91:87:70 chr15 78633595 . T G 2333.64 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.665;QD=61.0103;RBI=0.0499724;REFB=0;REVB=0.0450103;RO=0;SAF=44;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3826e-05;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:144:153:0:0:143:153:1:99:44:0:0:107:46:0:0 chr15 78758677 . G C 1985.75 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200865;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.642;QD=62.0546;RBI=0.0110841;REFB=0;REVB=0.0109005;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877839;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:126:128:1:62:64:0:0:63:65:0:0 chr15 78780104 . T C 1282.22 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.027445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.085;QD=58.2825;RBI=0.0288187;REFB=0.0398776;REVB=0.00879149;RO=1;SAF=28;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166162;STB=0.525418;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000199912;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:1:3:85:85:0.965909:57:28:1:0:57:28:3:0 chr15 78789488 . C T 238.87 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0105116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.557;QD=11.796;RBI=0.0259637;REFB=-0.00773146;REVB=-0.0237406;RO=51;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250123;STB=0.649228;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0152767;OID=.;OPOS=78789488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:51:52:29:29:0.358025:11:18:20:31:11:18:20:32 chr15 78789672 . A G 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0236505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.295;QD=29.5807;RBI=0.0258648;REFB=-0.0163632;REVB=0.0104711;RO=10;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105038;STB=0.558083;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00362105;OID=.;OPOS=78789672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:14:7:5:5:14:7:5:5 chr15 78790841 . A G 761.7 PASS AF=0.64;AO=64;DP=100;FAO=64;FDP=100;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0227093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.83;QD=30.468;RBI=0.0227102;REFB=-0.0150704;REVB=-0.000206611;RO=33;SAF=31;SAR=33;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955193;STB=0.554597;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00751858;OID=.;OPOS=78790841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:33:36:64:64:0.64:33:31:11:22:33:31:12:24 chr15 78834965 . GA G 30.82 PASS AF=0.268293;AO=10;DP=40;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0570471;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.62433;QD=3.00656;RBI=0.0759406;REFB=-0.0787776;REVB=-0.0501258;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.387255;SSSB=0.0790598;STB=0.524228;STBP=0.883;TYPE=del;VARB=0.0559796;OID=.;OPOS=78834966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268293:10:40:11:41:30:4:7:10:20:30:21:4:6:7:14 chr15 78841220 . T C 740.42 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.467;QD=56.9554;RBI=0.0317801;REFB=0;REVB=0.00651016;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15391e-05;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:37:14:0:0:37:15:0:0 chr15 78885574 . T A 445.54 PASS AF=0.453704;AO=48;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0159162;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.013;QD=16.5014;RBI=0.0228653;REFB=-0.0107955;REVB=0.0164164;RO=59;SAF=22;SAR=26;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856908;STB=0.55189;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0116141;OID=.;OPOS=78885574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:48:49:0.453704:26:22:22:37:27:22:21:38 chr15 78887709 . G GTCTC 422.64 PASS AF=0.346405;AO=53;DP=158;FAO=53;FDP=153;FR=.;FRO=100;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.00687228;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=4;MLLD=248.143;QD=11.0494;RBI=0.0101889;REFB=-0.00356866;REVB=0.00752227;RO=100;SAF=28;SAR=25;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777513;STB=0.525034;STBP=0.638;TYPE=ins;VARB=0.00697531;OID=.;OPOS=78887710;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346405:53:158:53:153:100:28:25:49:51:99:100:28:25:46:54 chr15 78911181 . T C 183.55 PASS AF=0.32;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00540518;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.968;QD=9.78942;RBI=0.00817033;REFB=0.00019591;REVB=0.00612685;RO=51;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130673;STB=0.576773;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.000407498;OID=.;OPOS=78911181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:51:51:24:24:0.32:10:14:24:27:10:14:24:27 chr15 79054900 . C G 523.44 PASS AF=0.604938;AO=44;DP=77;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.100807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9711;QD=25.8486;RBI=0.108091;REFB=-0.0324358;REVB=0.0390078;RO=31;SAF=13;SAR=31;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157964;STB=0.573882;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0239623;OID=.;OPOS=79054900;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:31:32:44:49:0.604938:31:13:15:16:33:16:16:16 chr15 79058040 . CGGGGGGC CGGCGGGG,CGGGGG,CGGGGGC 612.36 PASS AF=0.0530973,0,0.946903;AO=7,18,28;DP=113;FAO=6,0,107;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,54;FSAR=6,0,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288349,0.304801,0.640436;FXX=0.00877116;HRUN=6,6,6;LEN=5,2,1;MLLD=253.828,10.6952,7.17231;QD=21.6765;RBI=0.0662373,0.322887,0.700747;REFB=0,0,0;REVB=-0.0596316,-0.106549,0.284408;RO=41;SAF=0,3,20;SAR=7,15,8;SRF=29;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.363636,0.363636;SSSB=-0.748048,-0.601785,0.00884988;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.128277,0,0.0221438;OID=.,.,.;OPOS=79058043,79058046,79058041;OREF=GGGGC,GC,G;OALT=CGGGG,-,-;OMAPALT=CGGCGGGG,CGGGGG,CGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0530973,0,0.946903:7,18,28:113:6,0,107:113:0:0,0,54:6,0,53:0:0:15:41:0,3,20:7,15,8:29:12 chr15 79058090 . A G 38.75 PASS AF=0.0810811;AO=11;DP=146;FAO=12;FDP=148;FR=.;FRO=136;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=78;FWDB=-0.0127498;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.45;QD=1.04735;RBI=0.0203123;REFB=-0.00109014;REVB=-0.0158125;RO=131;SAF=6;SAR=5;SRF=55;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139556;STB=0.567457;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0202897;OID=.;OPOS=79058090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:146:148:131:136:11:12:0.0810811:5:6:55:76:6:6:58:78 chr15 79058572 . T G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2643;QD=63.2846;RBI=0.0184535;REFB=0;REVB=0.0176113;RO=0;SAF=39;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68525e-05;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:7:39:0:0:7:39:0:0 chr15 79058923 . G A 1463.1 PASS AF=0.962617;AO=102;DP=106;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00321878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.425;QD=54.6954;RBI=0.0145146;REFB=-0.0218003;REVB=-0.0141532;RO=4;SAF=57;SAR=45;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223334;STB=0.511443;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=8.77474e-05;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:107:4:4:102:103:0.962617:45:57:1:3:46:57:1:3 chr15 79058960 . G A 901.53 PASS AF=0.479167;AO=90;DP=191;FAO=92;FDP=192;FR=.;FRO=100;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=-0.00585539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.924;QD=18.7819;RBI=0.0342135;REFB=-0.013493;REVB=0.0337088;RO=100;SAF=39;SAR=51;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640161;STB=0.540065;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0156602;OID=.;OPOS=79058960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:100:100:90:92:0.479167:51:39:50:50:53:39:50:50 chr15 79059182 . T C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0436121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5225;QD=22.5853;RBI=0.0492358;REFB=-0.0285122;REVB=0.0228506;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131;STB=0.574334;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.005862;OID=.;OPOS=79059182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:4:2:6:5:4:2 chr15 79066581 . G A 1391.96 PASS AF=0.617347;AO=120;DP=195;FAO=121;FDP=196;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=82;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.02081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.874;QD=28.4074;RBI=0.0212598;REFB=-0.0129803;REVB=-0.00434977;RO=75;SAF=39;SAR=81;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109893;STB=0.560492;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00678401;OID=.;OPOS=79066581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:75:75:120:121:0.617347:81:39:35:40:82:39:35:40 chr15 79082108 . C T 838.87 PASS AF=0.617886;AO=76;DP=123;FAO=76;FDP=123;FR=.;FRO=47;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0260143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.684;QD=27.2802;RBI=0.0352169;REFB=-0.026977;REVB=0.0237378;RO=47;SAF=42;SAR=34;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448533;STB=0.524316;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0204441;OID=.;OPOS=79082108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:47:47:76:76:0.617886:34:42:23:24:34:42:23:24 chr15 79089007 . T C 1699.49 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179291;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.64;QD=60.6962;RBI=0.0534922;REFB=0;REVB=0.050398;RO=0;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114582;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:113:112:1:50:63:0:0:49:63:0:0 chr15 79089111 . A G 363.12 PASS AF=0.37931;AO=43;DP=115;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0328547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.954;QD=12.5213;RBI=0.0341596;REFB=-0.000211829;REVB=0.00935112;RO=70;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112382;STB=0.577552;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0013053;OID=.;OPOS=79089111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:70:72:43:44:0.37931:22:21:27:43:22:22:27:45 chr15 79092750 . G C 1700.03 PASS AF=0.444988;AO=180;DP=409;FAO=182;FDP=409;FR=.;FRO=227;FSAF=89;FSAR=93;FSRF=103;FSRR=124;FWDB=-0.00286321;FXX=0.00243896;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.5;QD=16.6262;RBI=0.0365736;REFB=-0.00186003;REVB=0.0364614;RO=227;SAF=89;SAR=91;SRF=103;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410347;STB=0.519598;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00215852;OID=.;OPOS=79092750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:409:227:227:180:182:0.444988:91:89:103:124:93:89:103:124 chr15 79152897 . T C 741.23 PASS AF=0.411765;AO=84;DP=204;FAO=84;FDP=204;FR=.;FRO=120;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=0.00835494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.649;QD=14.534;RBI=0.00852856;REFB=-0.0171977;REVB=-0.00171213;RO=119;SAF=49;SAR=35;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06625;STB=0.534875;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0255629;OID=.;OPOS=79152897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:119:120:84:84:0.411765:35:49:62:57:35:49:63:57 chr15 79189583 . C T 53.7 PASS AF=0.171429;AO=14;DP=67;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=-0.00332253;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.392;QD=3.06841;RBI=0.00348797;REFB=-0.0109157;REVB=0.00106149;RO=51;SAF=11;SAR=3;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158455;STB=0.538399;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0712771;OID=.;OPOS=79189583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:67:70:51:58:14:12:0.171429:3:11:35:16:4:8:41:17 chr15 79191209 . C T 371.52 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00790825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.696;QD=20.0822;RBI=0.00892211;REFB=-0.0126588;REVB=-0.00413081;RO=36;SAF=22;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356377;STB=0.525024;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0137065;OID=.;OPOS=79191209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:36:37:38:0.513514:15:22:20:16:15:23:20:16 chr15 79217690 . G C 1517.8 PASS AF=0.979798;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00388568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2488;QD=61.3252;RBI=0.0158622;REFB=-0.0904787;REVB=0.0153789;RO=2;SAF=38;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00406808;STB=0.502055;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00250156;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:97:99:2:2:95:97:0.979798:57:38:1:1:58:39:1:1 chr15 79224747 . C T 413.64 PASS AF=0.321429;AO=54;DP=168;FAO=54;FDP=168;FR=.;FRO=114;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=0.016545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.535;QD=9.84847;RBI=0.0165485;REFB=0.00194784;REVB=0.000339843;RO=114;SAF=35;SAR=19;SRF=49;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256189;STB=0.648093;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00569565;OID=.;OPOS=79224747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:114:114:54:54:0.321429:19:35:49:65:19:35:49:65 chr15 79231518 . A G 768.59 PASS AF=0.571429;AO=72;DP=124;FAO=72;FDP=126;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00876726;FXX=0.0078734;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.293;QD=24.3996;RBI=0.0160252;REFB=-0.0267388;REVB=-0.0134143;RO=52;SAF=28;SAR=44;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120732;STB=0.508316;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0246264;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:52:54:72:72:0.571429:44:28:21:31:44:28:22:32 chr15 79231526 . A AG 587.01 PASS AF=0.611111;AO=39;DP=115;FAO=55;FDP=90;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0212542;FXX=0.0322546;HRUN=0;LEN=1;MLLD=227.081;QD=26.0893;RBI=0.0401502;REFB=-0.0260233;REVB=-0.0340631;RO=71;SAF=14;SAR=25;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425374;STB=0.589713;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.0169585;OID=.;OPOS=79231527;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.611111:39:115:55:90:35:23:32:7:28:99:71:14:25:28:43 chr15 79231527 . A G 77.4 PASS AF=0.141593;AO=16;DP=113;FAO=16;FDP=113;FR=.;FRO=97;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=62;FWDB=-0.00356503;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=160.261;QD=2.73988;RBI=0.0234868;REFB=-0.00815455;REVB=-0.0232147;RO=97;SAF=7;SAR=9;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100082;STB=0.567918;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0281165;OID=.;OPOS=79231527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:113:113:97:97:16:16:0.141593:9:7:35:62:9:7:35:62 chr15 79237405 . A C,G 85.31 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=3,3;DP=6;FAO=3,6;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=3,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.748,156.532;QD=37.9152;RBI=0.00208136,0.0323431;REFB=0,0;REVB=0.00208136,0.0323431;RO=0;SAF=0,0;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0026871,0.0273117;OID=.,.;OPOS=79237405,79237405;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:6:9:0:0:3,3:3,6:0.333333,0.666667:3,3:0,0:0:0:3,6:0,0:0:0 chr15 79277247 . A C 4596.89 PASS AF=1;AO=288;DP=288;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273986;FXX=0.00687262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.195;QD=63.6248;RBI=0.00309037;REFB=0;REVB=-0.00142955;RO=0;SAF=142;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17383e-06;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:288:289:0:0:288:289:1:146:142:0:0:146:143:0:0 chr15 79586361 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.634;QD=59.4356;RBI=0.0168914;REFB=0;REVB=0.0105319;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13575e-06;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr15 79587964 . C A 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0178579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.679;QD=22.4378;RBI=0.0223625;REFB=0.00409782;REVB=0.0134601;RO=30;SAF=15;SAR=23;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110389;STB=0.560601;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00307818;OID=.;OPOS=79587964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:23:15:8:22:23:15:8:22 chr15 79588710 . C T 365.92 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0235928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.166;QD=13.6794;RBI=0.0339902;REFB=-0.0290225;REVB=-0.0244686;RO=62;SAF=20;SAR=23;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701358;STB=0.530216;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0286161;OID=.;OPOS=79588710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:62:64:43:43:0.401869:23:20:33:29:23:20:33:31 chr15 79589174 . C G 483.61 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.028;QD=58.6192;RBI=0.0689039;REFB=0;REVB=0.0655854;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133953;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:21:12:0:0 chr15 79590208 . A G 400.2 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0194174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.614;QD=53.3605;RBI=0.0295766;REFB=-0.0401527;REVB=0.0223102;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00334646;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:14:15:0:0:14:15:0:1 chr15 79606137 . G A 1449.16 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00850444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.231;QD=57.3926;RBI=0.0178523;REFB=-0.0423203;REVB=0.0156965;RO=1;SAF=52;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903516;STB=0.509432;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=8.04825e-05;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:1:2:99:99:0.980198:47:52:1:0:47:52:2:0 chr15 79614418 . A G 3748.47 PASS AF=1;AO=236;DP=237;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110763;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.207;QD=62.9995;RBI=0.02605;REFB=-0.0711541;REVB=-0.0235779;RO=1;SAF=123;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258414;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:237:238:1:0:236:238:1:113:123:0:1:113:125:0:0 chr15 79675301 . T C 232.86 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0227803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4668;QD=10.8309;RBI=0.103228;REFB=0.000241089;REVB=-0.100684;RO=55;SAF=16;SAR=13;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555579;STB=0.518295;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00393052;OID=.;OPOS=79675301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:55:57:29:29:0.337209:13:16:33:22:13:16:33:24 chr15 79749155 . C T 321.69 PASS AF=0.330645;AO=33;DP=126;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.00218989;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.136;QD=10.3772;RBI=0.0112123;REFB=-0.00773432;REVB=0.0109963;RO=72;SAF=17;SAR=16;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665827;STB=0.585324;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0219828;OID=.;OPOS=79749155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:72:83:33:41:0.330645:16:17:33:39:17:24:38:45 chr15 79750127 . A G 239.52 PASS AF=0.482143;AO=24;DP=53;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.032058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.176;QD=17.1084;RBI=0.0386175;REFB=-0.0232873;REVB=0.0215313;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647651;STB=0.500662;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0245284;OID=.;OPOS=79750127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:29:29:24:27:0.482143:10:14:15:14:13:14:15:14 chr15 79750256 . A G 60.16 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0147408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0806;QD=6.01606;RBI=0.0149228;REFB=-0.004786;REVB=0.00232352;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286425;STB=0.518477;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0165329;OID=.;OPOS=79750256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:6:3:11:20:6:3:11:20 chr15 79750307 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4551;QD=56.7052;RBI=0.0197964;REFB=0;REVB=-0.00874357;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361887;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:17:12:0:0 chr15 79755604 . A G 854.11 PASS AF=0.549669;AO=82;DP=150;FAO=83;FDP=151;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.00728286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.893;QD=22.6254;RBI=0.00910435;REFB=-0.00104885;REVB=-0.00546344;RO=64;SAF=32;SAR=50;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129146;STB=0.5156;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00122056;OID=.;OPOS=79755604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:64:68:82:83:0.549669:50:32:24:40:51:32:24:44 chr15 79761231 . T C 315.97 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0158168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.004;QD=12.7665;RBI=0.0158809;REFB=-0.0188125;REVB=-0.00142521;RO=63;SAF=18;SAR=18;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880243;STB=0.505048;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0334979;OID=.;OPOS=79761231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:63:36:36:0.363636:18:18:32:31:18:18:32:31 chr15 79764365 . AGT AGA,A 516.98 PASS AF=0,0.378049;AO=6,56;DP=168;FAO=0,62;FDP=164;FR=.;FRO=102;FSAF=0,32;FSAR=0,30;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.0638791,-0.00985043;FXX=0.0238081;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=53.1767,246.894;QD=12.6094;RBI=0.0663676,0.0167676;REFB=0.00685497,-0.0113571;REVB=0.0180036,-0.0135692;RO=98;SAF=2,29;SAR=4,27;SRF=42;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0970137,0.0995482;STB=0.5,0.552573;STBP=1,0.288;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0189125;OID=.,.;OPOS=79764367,79764366;OREF=T,GT;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.378049:6,56:168:0,62:164:102:0,32:0,30:44:58:99:98:2,29:4,27:42:56 chr15 80191343 . G A 595.59 PASS AF=0.424051;AO=66;DP=158;FAO=67;FDP=158;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=59;FWDB=0.00595617;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.466;QD=15.0782;RBI=0.0174904;REFB=0.00709214;REVB=-0.016445;RO=90;SAF=29;SAR=37;SRF=32;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889363;STB=0.548222;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0082522;OID=.;OPOS=80191343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:90:91:66:67:0.424051:37:29:32:58:38:29:32:59 chr15 80215300 . T C 805.81 PASS AF=0.634783;AO=73;DP=115;FAO=73;FDP=115;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=8;FSRR=34;FWDB=-0.0134052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.894;QD=28.0281;RBI=0.0157319;REFB=-0.0371489;REVB=-0.00823354;RO=41;SAF=21;SAR=52;SRF=8;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779783;STB=0.544949;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0191492;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:41:42:73:73:0.634783:52:21:8:33:52:21:8:34 chr15 80216532 . A T 1234.61 PASS AF=0.593583;AO=111;DP=187;FAO=111;FDP=187;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=77;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.0204712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.649;QD=26.4087;RBI=0.0245743;REFB=0.00270941;REVB=-0.013595;RO=75;SAF=34;SAR=77;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100686;STB=0.552622;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0022544;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:75:76:111:111:0.593583:77:34:32:43:77:34:32:44 chr15 80217100 . A G 981.21 PASS AF=0.530726;AO=95;DP=179;FAO=95;FDP=179;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.00976777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2369;QD=21.9265;RBI=0.0139856;REFB=-0.0128722;REVB=0.0100093;RO=83;SAF=44;SAR=51;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00456818;STB=0.500532;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0124229;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:83:84:95:95:0.530726:51:44:38:45:51:44:39:45 chr15 80259964 . C T 631.69 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1475;QD=61.628;RBI=0.0527282;REFB=0;REVB=-0.0399758;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117123;OID=.;OPOS=80259964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr15 80260014 . T C 751.82 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0314161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2504;QD=61.373;RBI=0.0314609;REFB=0.0112008;REVB=-0.00167811;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000471184;OID=.;OPOS=80260014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:0:1:23:25:0:1 chr15 80263217 . C T 1733.42 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0487226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.393;QD=59.7732;RBI=0.0502286;REFB=-0.0393331;REVB=0.0122073;RO=1;SAF=57;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825856;STB=0.504347;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-9.50343e-05;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:58:57:1:0:58:57:1:0 chr15 80263345 . A C,T 1652.82 PASS AF=0.929204,0.0707965;AO=97,13;DP=110;FAO=105,8;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58,6;FSAR=47,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192518,-0.0199133;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=274.858,236.045;QD=58.507;RBI=0.0321,0.0449284;REFB=0,0;REVB=-0.0256862,-0.0402743;RO=0;SAF=55,8;SAR=42,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00374296,0.0544693;OID=.,.;OPOS=80263345,80263345;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:110:113:0:0:97,13:105,8:0.929204,0.0707965:42,5:55,8:0:0:47,2:58,6:0:0 chr15 80263406 . C T 920.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6156;QD=58.414;RBI=0.0603037;REFB=0;REVB=-0.00508875;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495248;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:23:40:0:0:23:40:0:0 chr15 80472561 . C T 2081.18 PASS AF=0.503632;AO=207;DP=417;FAO=208;FDP=413;FR=.;FRO=205;FSAF=110;FSAR=98;FSRF=104;FSRR=101;FWDB=0.0235871;FXX=0.0143195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8914;QD=20.1567;RBI=0.0336402;REFB=-0.0181643;REVB=0.0239857;RO=200;SAF=110;SAR=97;SRF=104;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010281;STB=0.510708;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0161517;OID=.;OPOS=80472561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:413:200:205:207:208:0.503632:97:110:104:96:98:110:104:101 chr15 81047404 . T C 485.54 PASS AF=0.5;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0420337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5362;QD=19.0407;RBI=0.0522855;REFB=-0.0105407;REVB=0.0310958;RO=49;SAF=20;SAR=31;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160262;STB=0.598417;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0110252;OID=.;OPOS=81047404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:49:51:51:51:0.5:31:20:28:21:31:20:30:21 chr15 81047829 . C A 655.32 PASS AF=0.644444;AO=55;DP=89;FAO=58;FDP=90;FR=.;FRO=32;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0124705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.061;QD=29.1255;RBI=0.0170642;REFB=-0.0133397;REVB=0.0116479;RO=31;SAF=35;SAR=20;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105798;STB=0.558803;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00610551;OID=.;OPOS=81047829;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:31:32:55:58:0.644444:20:35:15:16:20:38:16:16 chr15 81212608 . G A 1058.58 PASS AF=0.986486;AO=69;DP=70;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161951;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.28;QD=57.2204;RBI=0.0161978;REFB=0.0329595;REVB=-0.000293975;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141097;STB=0.506665;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00176628;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:74:1:1:69:73:0.986486:36:33:1:0:36:37:1:0 chr15 81591943 . C G 535.48 PASS AF=0.388889;AO=63;DP=163;FAO=63;FDP=162;FR=.;FRO=99;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=0.00192537;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.827;QD=13.2217;RBI=0.0215075;REFB=-0.0232484;REVB=0.0214212;RO=97;SAF=39;SAR=24;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231948;STB=0.636321;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0308866;OID=.;OPOS=81591943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:97:99:63:63:0.388889:24:39:39:58:24:39:39:60 chr15 81592802 . A G 1098.04 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.79;QD=60.1665;RBI=0.0323836;REFB=0;REVB=0.0255056;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68426e-05;OID=.;OPOS=81592802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:43:28:0:0:43:30:0:0 chr15 81598269 . T G 2677.92 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.114;QD=61.5613;RBI=0.0208177;REFB=0;REVB=-0.0104271;RO=0;SAF=78;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21338e-05;OID=.;OPOS=81598269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:170:174:0:0:169:174:1:91:78:0:0:95:79:0:0 chr15 81598416 . G A 704.85 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0185816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.917;QD=58.7378;RBI=0.0638826;REFB=0.0555757;REVB=0.0611204;RO=2;SAF=38;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241069;STB=0.512815;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0146059;OID=.;OPOS=81598416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:8:38:2:0:8:38:2:0 chr15 81600995 . A G 2008.2 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.916;QD=62.2699;RBI=0.0339718;REFB=0;REVB=-0.0115026;RO=0;SAF=55;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40071e-05;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:74:55:0:0:74:55:0:0 chr15 81616329 . G A 162.36 PASS AF=0.258427;AO=23;DP=89;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.00248754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.928;QD=7.29695;RBI=0.0209082;REFB=-0.00907039;REVB=-0.0207597;RO=65;SAF=4;SAR=19;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323398;STB=0.706992;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0177515;OID=.;OPOS=81616329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:65:66:23:23:0.258427:19:4:25:40:19:4:26:40 chr15 81624768 . C T 282.73 PASS AF=0.346535;AO=31;DP=97;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0047357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.982;QD=11.1972;RBI=0.0114632;REFB=-0.0113688;REVB=0.0104392;RO=66;SAF=9;SAR=22;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240755;STB=0.617894;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0248088;OID=.;OPOS=81624768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:66:66:31:35:0.346535:22:9:32:34:24:11:32:34 chr15 81625028 . C T 435.4 PASS AF=0.345455;AO=49;DP=159;FAO=57;FDP=165;FR=.;FRO=108;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.00150439;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.95;QD=10.5552;RBI=0.00248908;REFB=-0.0109529;REVB=0.00198301;RO=110;SAF=32;SAR=17;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155278;STB=0.539786;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0215826;OID=.;OPOS=81625028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:165:110:108:49:57:0.345455:17:32:58:52:23:34:58:50 chr15 81636267 . C T 311.01 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00962768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.063;QD=13.9777;RBI=0.017547;REFB=-0.00979061;REVB=0.0146699;RO=53;SAF=18;SAR=17;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349041;STB=0.525082;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0144766;OID=.;OPOS=81636267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:54:35:35:0.393258:17:18:29:24:17:18:30:24 chr15 82443939 . G A 548.2 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0217402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8077;QD=26.4193;RBI=0.0368909;REFB=-0.0122817;REVB=-0.0298045;RO=33;SAF=29;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316959;STB=0.501729;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00608103;OID=.;OPOS=82443939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:33:50:50:0.60241:21:29:19:14:21:29:19:14 chr15 82444437 . A G 657.4 PASS AF=0.551724;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=116;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00203113;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.653;QD=22.669;RBI=0.0102131;REFB=-0.00692321;REVB=0.010009;RO=49;SAF=34;SAR=30;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000508037;STB=0.503246;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00736684;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:49:52:64:64:0.551724:30:34:26:23:30:34:28:24 chr15 82512429 . C G 1194.3 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0726;QD=59.7148;RBI=0.0317204;REFB=-0.0666557;REVB=-0.01607;RO=1;SAF=32;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145631;STB=0.50769;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000642275;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:47:32:1:0:47:32:1:0 chr15 82555242 . A G 727.35 PASS AF=0.434066;AO=74;DP=177;FAO=79;FDP=182;FR=.;FRO=103;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.00999653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.825;QD=15.9858;RBI=0.0120451;REFB=-0.0251859;REVB=0.00671972;RO=103;SAF=44;SAR=30;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104722;STB=0.542462;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0340193;OID=.;OPOS=82555242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:182:103:103:74:79:0.434066:30:44:51:52:34:45:51:52 chr15 82558034 . G C 304.31 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00882251;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.136;QD=14.6654;RBI=0.00890809;REFB=0.00525003;REVB=0.00123188;RO=48;SAF=13;SAR=21;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124176;STB=0.576961;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00745619;OID=.;OPOS=82558034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:49:34:34:0.409639:21:13:24:24:21:13:25:24 chr15 82563991 . C T 265.47 PASS AF=0.347826;AO=30;DP=90;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00393781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.996;QD=11.5423;RBI=0.0482692;REFB=-0.00877476;REVB=-0.0481083;RO=60;SAF=15;SAR=15;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573407;STB=0.512287;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0128004;OID=.;OPOS=82563991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:60:60:30:32:0.347826:15:15:27:33:17:15:27:33 chr15 82574879 . T C 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0139883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.334;QD=11.2962;RBI=0.0141339;REFB=-0.0083177;REVB=-0.00202348;RO=32;SAF=15;SAR=3;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547964;STB=0.822001;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00957875;OID=.;OPOS=82574879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:34:18:18:0.346154:3:15:11:21:3:15:12:22 chr15 82636940 . T C 575.36 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0832;QD=60.5645;RBI=0.115925;REFB=0;REVB=-0.115169;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0018776;OID=.;OPOS=82636940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr15 82636963 . G A 280.18 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0152294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.243;QD=16.7274;RBI=0.0432991;REFB=-0.0111817;REVB=0.0405324;RO=36;SAF=11;SAR=20;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19576;STB=0.610164;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00855585;OID=.;OPOS=82636963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:20:11:20:16:20:11:20:16 chr15 82637061 . C T 1368.19 PASS AF=0.830645;AO=103;DP=124;FAO=103;FDP=124;FR=.;FRO=21;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0777845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.5718;QD=44.1353;RBI=0.0858086;REFB=-0.113484;REVB=0.0362311;RO=18;SAF=45;SAR=58;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803908;STB=0.539145;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0185169;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:124:124:18:21:103:103:0.830645:58:45:13:5:58:45:14:7 chr15 82637079 . C T 1443.53 PASS AF=0.889831;AO=105;DP=118;FAO=105;FDP=118;FR=.;FRO=13;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0503691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.351;QD=48.9332;RBI=0.051972;REFB=-0.0364107;REVB=0.012808;RO=13;SAF=44;SAR=61;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577962;STB=0.530603;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00229116;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:118:118:13:13:105:105:0.889831:61:44:9:4:61:44:9:4 chr15 82637159 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.421;QD=43.4861;RBI=0.0100191;REFB=0;REVB=0.0100191;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109795;OID=.;OPOS=82637159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr15 83014106 . T C 173.13 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00230236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.528;QD=36.4488;RBI=0.0918077;REFB=0.0472309;REVB=0.0917788;RO=3;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160401;STB=0.588126;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00737299;OID=.;OPOS=83014106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:9:7:3:0:9:7:3:0 chr15 83215251 . T C 769.39 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.115;QD=56.9921;RBI=0.0155531;REFB=0;REVB=-0.00858642;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52085e-05;OID=.;OPOS=83215251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chr15 83224696 . C T 3911.62 PASS AF=1;AO=243;DP=245;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931525;FXX=0.0120477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.954;QD=63.6036;RBI=0.0294958;REFB=0;REVB=0.0279862;RO=1;SAF=109;SAR=134;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012481;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:245:246:1:0:243:246:1:134:109:0:1:137:109:0:0 chr15 83297138 . C T 1008.29 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.4;QD=59.311;RBI=0.0538158;REFB=0;REVB=0.0442934;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70136e-05;OID=.;OPOS=83297138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:68:0:0:62:68:1:34:28:0:0:39:29:0:0 chr15 83499738 . C T 712.8 PASS AF=0.539062;AO=68;DP=128;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0101429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.941;QD=22.2751;RBI=0.0101464;REFB=-0.00412412;REVB=0.000266678;RO=56;SAF=31;SAR=37;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00786676;STB=0.504006;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00368662;OID=.;OPOS=83499738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:56:59:68:69:0.539062:37:31:25:31:38:31:26:33 chr15 83561452 . A G 518.28 PASS AF=0.391026;AO=61;DP=156;FAO=61;FDP=156;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.00653914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.362;QD=13.2891;RBI=0.0257985;REFB=-0.00187236;REVB=0.024956;RO=94;SAF=27;SAR=34;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161027;STB=0.506166;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00323168;OID=.;OPOS=83561452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:94:95:61:61:0.391026:34:27:43:51:34:27:43:52 chr15 83680287 . A G 3655.31 PASS AF=0.619231;AO=321;DP=519;FAO=322;FDP=520;FR=.;FRO=198;FSAF=188;FSAR=134;FSRF=101;FSRR=97;FWDB=0.0159938;FXX=0.00191935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.816;QD=28.1178;RBI=0.0196639;REFB=-0.0326784;REVB=0.0114397;RO=197;SAF=188;SAR=133;SRF=100;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562338;STB=0.528615;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0172778;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:519:520:197:198:321:322:0.619231:133:188:100:97:134:188:101:97 chr15 84324594 . T C 828.26 PASS AF=0.532468;AO=81;DP=160;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.00820892;FXX=0.0374977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1318;QD=21.5133;RBI=0.0194257;REFB=-0.00904292;REVB=0.017606;RO=69;SAF=43;SAR=38;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00769698;STB=0.511415;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0106594;OID=.;OPOS=84324594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:154:69:72:81:82:0.532468:38:43:36:33:39:43:36:36 chr15 84386216 . T C 412.92 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0173295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4146;QD=24.2892;RBI=0.0174007;REFB=-0.0223964;REVB=-0.00157298;RO=28;SAF=19;SAR=21;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171531;STB=0.593705;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0137528;OID=.;OPOS=84386216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:21:19:7:21:21:19:7:21 chr15 84488636 . A G 2305.02 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246661;FXX=0.0204068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.83;QD=64.0283;RBI=0.0275957;REFB=0;REVB=-0.0123737;RO=0;SAF=68;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14731e-05;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:144:144:1:76:68:0:0:76:68:0:0 chr15 84493651 . T C 3246.06 PASS AF=0.981567;AO=211;DP=216;FAO=213;FDP=217;FR=.;FRO=4;FSAF=107;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0264963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0539;QD=59.8352;RBI=0.0336181;REFB=-0.0286911;REVB=-0.020691;RO=3;SAF=105;SAR=106;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132894;STB=0.504651;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00186742;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:216:217:3:4:211:213:0.981567:106:105:0:3:106:107:1:3 chr15 84539619 . C G 1804.23 PASS AF=0.991736;AO=118;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.025;QD=59.644;RBI=0.0158135;REFB=-0.126219;REVB=0.00371668;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000479776;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:118:120:0.991736:58:60:0:0:58:62:0:1 chr15 84581904 . T C 1825.21 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186886;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2271;QD=61.3517;RBI=0.105387;REFB=0;REVB=0.103717;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339926;OID=.;OPOS=84581904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:57:62:0:0:57:62:0:0 chr15 84582124 . G T 1434.06 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.664;QD=63.0355;RBI=0.0235955;REFB=0;REVB=-0.0222801;RO=0;SAF=24;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28169e-05;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:66:24:0:0:66:25:0:0 chr15 84639350 . C T 2144.69 PASS AF=0.96732;AO=145;DP=152;FAO=148;FDP=153;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0359479;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.65;QD=56.0704;RBI=0.0393881;REFB=-0.0134991;REVB=0.0160989;RO=5;SAF=61;SAR=84;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134445;STB=0.500858;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00062065;OID=.;OPOS=84639350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:152:153:5:5:145:148:0.96732:84:61:2:3:85:63:2:3 chr15 84651185 . C A 1788.97 PASS AF=1;AO=97;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106448;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.093;QD=61.1613;RBI=0.0121586;REFB=0;REVB=0.00587551;RO=0;SAF=32;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59029e-05;OID=.;OPOS=84651185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:97:117:1:65:32:0:0:68:49:0:0 chr15 84651290 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.579;QD=57.0001;RBI=0.0373279;REFB=0;REVB=0.0361584;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27969e-05;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr15 84909385 . G A 1359.72 PASS AF=0.908257;AO=99;DP=109;FAO=99;FDP=109;FR=.;FRO=10;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0578092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8288;QD=49.898;RBI=0.0628545;REFB=-0.0369049;REVB=0.0246736;RO=9;SAF=55;SAR=44;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177649;STB=0.513455;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00663869;OID=.;OPOS=84909385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:109:109:9:10:99:99:0.908257:44:55:6:3:44:55:7:3 chr15 84911245 . A G 55.01 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0546898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1927;QD=9.56744;RBI=0.164154;REFB=-0.0277827;REVB=-0.154776;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354635;STB=0.521685;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0403465;OID=.;OPOS=84911245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:7:8:4:4:7:8 chr15 85149771 . G T 1576.38 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4923;QD=63.6923;RBI=0.047308;REFB=0;REVB=-0.000327874;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190126;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:46:53:0:0:46:53:0:0 chr15 85163998 . G C 1248.67 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.919;QD=60.1768;RBI=0.0472662;REFB=-0.104677;REVB=0.0471601;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195989;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:83:0:0:80:83:1:45:35:0:0:48:35:0:0 chr15 85166362 . AGG AGA,AG 52.07 PASS AF=0,0.346154;AO=2,7;DP=26;FAO=0,9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0440137,0.0416278;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.9904,17.725;QD=8.01023;RBI=0.0474898,0.0496359;REFB=-0.0391173,-0.0802263;REVB=0.0178345,-0.0270342;RO=17;SAF=2,6;SAR=0,1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0.508475;SSSB=0.540081,0.480714;STB=0.5,0.832479;STBP=1,0.029;TYPE=snp,del;VARB=0,0.130181;OID=.,.;OPOS=85166364,85166363;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.346154:2,7:26:0,9:26:17:0,8:0,1:8:9:51:17:2,6:0,1:8:9 chr15 85188994 . T C 1515.88 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270825;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1936;QD=63.8265;RBI=0.0280665;REFB=0;REVB=-0.0073665;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89798e-05;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:96:95:1:48:48:0:0:48:47:0:0 chr15 85198362 . G T 688.55 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.094;QD=62.5953;RBI=0.0270486;REFB=0;REVB=0.00935704;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59287e-05;OID=.;OPOS=85198362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr15 85333953 . A G 2285.84 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0225313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.449;QD=60.1537;RBI=0.0237136;REFB=-0.0719654;REVB=0.00739423;RO=1;SAF=91;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00786161;STB=0.504132;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=7.49332e-05;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:151:151:0.993421:60:91:0:1:60:91:0:1 chr15 85341859 . G A 2140.17 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.822;QD=62.9461;RBI=0.0398395;REFB=0;REVB=-0.0177627;RO=0;SAF=58;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07709e-05;OID=.;OPOS=85341859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:77:58:0:0:77:59:0:0 chr15 85360101 . T C 3133.47 PASS AF=1;AO=203;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512432;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.505;QD=61.4406;RBI=0.00983768;REFB=0.00631331;REVB=0.0083977;RO=1;SAF=100;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.41536e-05;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:204:1:0:203:204:1:103:100:1:0:103:101:0:0 chr15 85383839 . G A 2162.18 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.875;QD=62.221;RBI=0.0208718;REFB=-0.0486537;REVB=0.0168735;RO=0;SAF=47;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92354e-08;STB=0.502732;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=2.75489e-05;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:0:1:138:138:0.992806:91:47:0:0:91:47:0:1 chr15 85401259 . C T 4176.82 PASS AF=0.996337;AO=270;DP=273;FAO=272;FDP=273;FR=.;FRO=1;FSAF=106;FSAR=166;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00418043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3246;QD=61.1989;RBI=0.0388264;REFB=0.020493;REVB=0.0386007;RO=1;SAF=105;SAR=165;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451915;STB=0.502347;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000268303;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:273:273:1:1:270:272:0.996337:165:105:1:0:166:106:1:0 chr15 85401419 . T C 3414.9 PASS AF=1;AO=212;DP=214;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497218;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.593;QD=62.089;RBI=0.051243;REFB=-0.0129839;REVB=0.0123932;RO=1;SAF=86;SAR=126;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376614;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54308e-05;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:214:220:1:0:212:220:1:126:86:0:1:134:86:0:0 chr15 85402597 . G A 94.7 PASS AF=0.120419;AO=23;DP=191;FAO=23;FDP=191;FR=.;FRO=168;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=86;FSRR=82;FWDB=-0.0121144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0479;QD=1.98321;RBI=0.0253685;REFB=-0.000552716;REVB=0.0222891;RO=164;SAF=13;SAR=10;SRF=84;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664439;STB=0.547077;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00388533;OID=.;OPOS=85402597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:191:191:164:168:23:23:0.120419:10:13:84:80:10:13:86:82 chr15 85411941 . A G 2029.98 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.427;QD=61.5145;RBI=0.0139859;REFB=-0.0839305;REVB=-0.00890303;RO=1;SAF=54;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871998;STB=0.504586;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=3.89899e-06;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:77:54:1:0:77:54:1:0 chr15 85467275 . C T 433.64 PASS AF=0.361702;AO=51;DP=140;FAO=51;FDP=141;FR=.;FRO=90;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=0.0226772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2311;QD=12.3017;RBI=0.0420917;REFB=0.00702921;REVB=-0.0354605;RO=89;SAF=25;SAR=26;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133966;STB=0.579094;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00999787;OID=.;OPOS=85467275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:89:90:51:51:0.361702:26:25:33:56:26:25:33:57 chr15 85476441 . G A 1108.98 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322304;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.02;QD=59.9448;RBI=0.0534726;REFB=0;REVB=0.0426675;RO=0;SAF=13;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485046;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:71:74:1:58:13:0:0:60:14:0:0 chr15 85478410 . A G 1362.14 PASS AF=0.941748;AO=97;DP=103;FAO=97;FDP=103;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=65;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0379024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9027;QD=52.8985;RBI=0.0611317;REFB=-0.0212514;REVB=-0.0479634;RO=6;SAF=32;SAR=65;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061329;STB=0.532426;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00382324;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:103:103:6:6:97:97:0.941748:65:32:5:1:65:32:5:1 chr15 85478696 . C T 645.86 PASS AF=0.396739;AO=73;DP=184;FAO=73;FDP=184;FR=.;FRO=111;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=71;FWDB=0.0463257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5035;QD=14.0404;RBI=0.0463407;REFB=0.0107522;REVB=-0.00117586;RO=110;SAF=30;SAR=43;SRF=39;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631584;STB=0.531873;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0176666;OID=.;OPOS=85478696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:110:111:73:73:0.396739:43:30:39:71:43:30:40:71 chr15 85607670 . G T 753.0 PASS AF=0.65625;AO=63;DP=97;FAO=63;FDP=96;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0192482;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4822;QD=31.3749;RBI=0.0448501;REFB=-0.000327307;REVB=-0.0405098;RO=32;SAF=29;SAR=34;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024822;STB=0.508472;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.000113069;OID=.;OPOS=85607670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:32:33:63:63:0.65625:34:29:16:16:34:29:16:17 chr15 85681118 . G A 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00618281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8679;QD=16.4073;RBI=0.0162799;REFB=0.019403;REVB=-0.0150602;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373906;STB=0.714082;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0172068;OID=.;OPOS=85681118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:15:6:19:10:15:6:19:10 chr15 86122654 . T C 149.46 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698022;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.869;QD=45.9889;RBI=0.0094346;REFB=0;REVB=-0.00634729;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236021;OID=.;OPOS=86122654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr15 86122779 . T C 1249.99 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.27;QD=60.2407;RBI=0.0364409;REFB=0.0405007;REVB=0.00474894;RO=1;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111424;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-7.64888e-05;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:42:40:0:1:42:40:0:1 chr15 86122916 . T C 1970.95 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.684;QD=62.0773;RBI=0.0180487;REFB=0;REVB=0.0108668;RO=0;SAF=63;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55483e-05;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:64:63:0:0:64:63:0:0 chr15 86123019 . C T 757.57 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359591;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.33;QD=63.1309;RBI=0.0409319;REFB=0;REVB=0.0195541;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401894;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:28:20:0:0 chr15 86123833 . T C 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.638;QD=61.8521;RBI=0.0192966;REFB=0;REVB=0.0017166;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44357e-05;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:46:37:0:0:46:37:0:0 chr15 86123924 . C T 1038.23 PASS AF=0.924051;AO=73;DP=80;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0015379;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.364;QD=52.5686;RBI=0.0308965;REFB=-0.0635827;REVB=0.0308582;RO=2;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242433;STB=0.536575;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000528226;OID=.;OPOS=86123924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:80:79:2:6:73:73:0.924051:38:35:0:2:38:35:0:6 chr15 86123988 . G A 1047.42 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196893;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.07;QD=59.8525;RBI=0.0233945;REFB=0;REVB=0.0126346;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.8658e-05;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr15 86124419 . C T 1606.6 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5991;QD=64.2641;RBI=0.00662222;REFB=0;REVB=0.00638776;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29615e-05;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:59:41:0:0:59:41:0:0 chr15 86124483 . C G 1555.14 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5728;QD=59.8131;RBI=0.0405223;REFB=0;REVB=-0.0303271;RO=0;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334989;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:64:40:0:0:64:40:0:0 chr15 86124555 . G A 1479.36 PASS AF=0.990099;AO=96;DP=98;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0608855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.705;QD=58.5884;RBI=0.0611969;REFB=-0.0561704;REVB=-0.00616559;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000709016;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:101:0:1:96:100:0.990099:55:41:0:0:56:44:0:1 chr15 86124616 . A G 2339.02 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.667;QD=63.2167;RBI=0.0492882;REFB=-0.0814125;REVB=0.0305053;RO=0;SAF=65;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00316e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199337;OID=.;OPOS=86124616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:146:148:0:0:146:148:1:81:65:0:0:82:66:0:0 chr15 86124946 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.367;QD=60.6102;RBI=0.0263398;REFB=0;REVB=-0.0130893;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85457e-05;OID=.;OPOS=86124946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr15 86124968 . G A 800.56 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0154791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.515;QD=53.3704;RBI=0.0325526;REFB=-0.125314;REVB=0.0286368;RO=2;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325048;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000805959;OID=.;OPOS=86124968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:28:30:0:2:28:30:0:2 chr15 86125031 . G A 1585.65 PASS AF=0.932773;AO=111;DP=119;FAO=111;FDP=119;FR=.;FRO=8;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0363825;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.944;QD=53.2992;RBI=0.0395066;REFB=-0.151091;REVB=0.0153976;RO=0;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.539209;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000814563;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:119:119:0:8:111:111:0.932773:64:47:0:0:64:47:8:0 chr15 86287910 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.682;QD=60.2046;RBI=0.0138799;REFB=0;REVB=0.00888824;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08112e-05;OID=.;OPOS=86287910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr15 86288518 . G C 1321.51 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.482;QD=61.4654;RBI=0.075702;REFB=0;REVB=-0.03333;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209748;OID=.;OPOS=86288518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:86:0:0:79:86:1:49:30:0:0:49:37:0:0 chr15 86292324 . G C 2246.08 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.569;QD=58.7211;RBI=0.037882;REFB=0;REVB=0.0363803;RO=0;SAF=60;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494799;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:141:153:0:0:141:153:1:81:60:0:0:90:63:0:0 chr15 86368898 . G A 422.95 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=9;FWDB=-0.00417581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.027;QD=18.3893;RBI=0.00419032;REFB=-0.0161458;REVB=-0.000348409;RO=48;SAF=34;SAR=9;SRF=39;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318729;STB=0.521117;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0103365;OID=.;OPOS=86368898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:43:43:0.467391:9:34:39:9:9:34:40:9 chr15 86368959 . A T 527.34 PASS AF=0.363636;AO=65;DP=176;FAO=64;FDP=176;FR=.;FRO=112;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=70;FSRR=42;FWDB=-0.00243252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.471;QD=11.9851;RBI=0.0240757;REFB=0.000697566;REVB=0.0239525;RO=104;SAF=40;SAR=25;SRF=65;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110904;STB=0.510488;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00225511;OID=.;OPOS=86368959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:104:112:65:64:0.363636:25:40:65:39:25:39:70:42 chr15 86800209 . C T 1016.16 PASS AF=0.504902;AO=103;DP=205;FAO=103;FDP=204;FR=.;FRO=101;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=-0.00685403;FXX=0.00487781;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.585;QD=19.9246;RBI=0.0255423;REFB=-0.0119687;REVB=-0.0246055;RO=96;SAF=57;SAR=46;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655926;STB=0.548537;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00911814;OID=.;OPOS=86800209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:96:101:103:103:0.504902:46:57:46:50:46:57:46:55 chr15 86806029 . C T 1089.31 PASS AF=0.532338;AO=105;DP=200;FAO=107;FDP=201;FR=.;FRO=94;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.013454;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6108;QD=21.6778;RBI=0.0204554;REFB=0.00236621;REVB=-0.0154082;RO=94;SAF=49;SAR=56;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00123028;STB=0.504008;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00200032;OID=.;OPOS=86806029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:94:94:105:107:0.532338:56:49:44:50:56:51:44:50 chr15 86807761 . A G 972.61 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.104;QD=58.9461;RBI=0.0350143;REFB=0;REVB=0.00512847;RO=0;SAF=15;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26206e-05;OID=.;OPOS=86807761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:51:15:0:0:51:15:0:0 chr15 86814866 . A G 1249.45 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511204;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3465;QD=61.7013;RBI=0.0531048;REFB=0;REVB=0.0143814;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361265;OID=.;OPOS=86814866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr15 86838497 . C T 455.44 PASS AF=0.578947;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0115897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.583;QD=23.9703;RBI=0.0341596;REFB=-0.00566166;REVB=-0.0321334;RO=32;SAF=31;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266492;STB=0.646581;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00242769;OID=.;OPOS=86838497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:32:44:44:0.578947:13:31:12:20:13:31:12:20 chr15 86940622 . T C 2806.75 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.717;QD=62.7206;RBI=0.0301686;REFB=0;REVB=0.0238508;RO=0;SAF=106;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.77801e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51124e-06;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:179:0:0:175:179:1:69:106:0:0:72:107:0:0 chr15 87217613 . A G 1513.37 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.938;QD=59.9354;RBI=0.0486133;REFB=0;REVB=-0.0371654;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47818e-05;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:47:53:0:0:48:53:0:0 chr15 87531281 . A C 2469.15 PASS AF=0.987952;AO=163;DP=166;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0116498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8111;QD=59.4975;RBI=0.110909;REFB=-0.20965;REVB=0.110295;RO=3;SAF=85;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647833;STB=0.500221;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0028983;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:166:166:3:2:163:164:0.987952:78:85:1:2:79:85:1:1 chr15 88476365 . G A 646.18 PASS AF=0.5625;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00184492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.11;QD=23.0778;RBI=0.0390444;REFB=-0.00429417;REVB=0.0390008;RO=49;SAF=35;SAR=28;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854206;STB=0.546705;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00275988;OID=.;OPOS=88476365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:49:49:63:63:0.5625:28:35:22:27:28:35:22:27 chr15 88520734 . T C 654.91 PASS AF=0.714286;AO=53;DP=76;FAO=55;FDP=77;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0429696;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.286;QD=34.021;RBI=0.0451711;REFB=-0.0308124;REVB=0.0139299;RO=22;SAF=24;SAR=29;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491796;STB=0.531358;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0130466;OID=.;OPOS=88520734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:22:22:53:55:0.714286:29:24:8:14:29:26:8:14 chr15 88576185 . G C 1336.52 PASS AF=0.391858;AO=151;DP=389;FAO=154;FDP=393;FR=.;FRO=239;FSAF=63;FSAR=91;FSRF=94;FSRR=145;FWDB=0.0130612;FXX=0.00253801;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6565;QD=13.6032;RBI=0.0171779;REFB=-0.00179507;REVB=-0.0111573;RO=237;SAF=61;SAR=90;SRF=94;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00832294;STB=0.509963;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0021355;OID=.;OPOS=88576185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:393:237:239:151:154:0.391858:90:61:94:143:91:63:94:145 chr15 88679785 . G A 2754.48 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247985;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.856;QD=62.6019;RBI=0.0480367;REFB=0;REVB=0.0411408;RO=0;SAF=82;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35001e-05;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:174:176:1:92:82:0:0:94:82:0:0 chr15 89169858 . A G 1171.01 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00126436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.588;QD=57.1226;RBI=0.0428352;REFB=-0.0456125;REVB=-0.0428165;RO=2;SAF=37;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248992;STB=0.519476;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-7.40689e-05;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:2:3:79:79:0.963415:42:37:2:0:42:37:3:0 chr15 89172558 . G C 1864.1 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134777;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.872;QD=61.623;RBI=0.0188273;REFB=0;REVB=-0.013146;RO=0;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65069e-06;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:57:64:0:0:57:64:0:0 chr15 89173657 . A G,T 1707.23 PASS AF=0.0347826,0.965217;AO=5,109;DP=114;FAO=4,111;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=0,75;FSAR=4,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000200529,0.0018163;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.927,185.113;QD=59.382;RBI=0.00866355,0.0139063;REFB=0,0;REVB=0.00866123,0.0137872;RO=0;SAF=0,75;SAR=5,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.11142e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00616865,0.00171285;OID=.,.;OPOS=89173657,89173657;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:114:115:0:0:5,109:4,111:0.0347826,0.965217:5,34:0,75:0:0:4,36:0,75:0:0 chr15 89173732 . T C 2770.47 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0678794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3798;QD=62.6095;RBI=0.0721234;REFB=0;REVB=0.0243759;RO=0;SAF=100;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141991;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:77:100:0:0:77:100:0:0 chr15 89174748 . G C 1460.54 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4053;QD=62.1505;RBI=0.0518371;REFB=-0.11716;REVB=-0.000922108;RO=1;SAF=53;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023359;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:94:1:0:91:94:1:38:53:1:0:39:55:0:0 chr15 89193497 . A T 846.53 PASS AF=0.573529;AO=78;DP=136;FAO=78;FDP=136;FR=.;FRO=58;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.014361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7107;QD=24.8979;RBI=0.0145304;REFB=-0.0167938;REVB=-0.00221247;RO=57;SAF=41;SAR=37;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674214;STB=0.540276;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.012554;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:57:58:78:78:0.573529:37:41:25:32:37:41:25:33 chr15 89195178 . G C 2225.04 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.49;QD=63.1218;RBI=0.0145098;REFB=0;REVB=0.0123375;RO=0;SAF=73;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225999;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:140:141:1:67:73:0:0:68:73:0:0 chr15 89195245 . C T 750.05 PASS AF=0.649485;AO=63;DP=97;FAO=63;FDP=97;FR=.;FRO=34;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0429811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7435;QD=30.9298;RBI=0.0458084;REFB=0.00528011;REVB=-0.0158443;RO=34;SAF=40;SAR=23;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503423;STB=0.527212;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00312365;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:34:34:63:63:0.649485:23:40:24:10:23:40:24:10 chr15 89195264 . A G 237.02 PASS AF=0.35;AO=27;DP=86;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=9;FWDB=0.0180951;FXX=0.0804505;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.635;QD=11.8509;RBI=0.0201036;REFB=-0.00677735;REVB=-0.00875896;RO=51;SAF=23;SAR=4;SRF=44;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248648;STB=0.537902;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0179626;OID=.;OPOS=89195264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:80:51:52:27:28:0.35:4:23:44:7:4:24:43:9 chr15 89195526 . A G 2284.76 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.581;QD=60.1252;RBI=0.0111578;REFB=-0.0834775;REVB=0.00402311;RO=1;SAF=72;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656086;STB=0.503448;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=1.76989e-05;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:151:151:0.993421:79:72:1:0:79:72:1:0 chr15 89391160 . C A 2830.87 PASS AF=0.97861;AO=184;DP=188;FAO=183;FDP=187;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00228689;FXX=0.00531887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.159;QD=60.5533;RBI=0.0121579;REFB=-0.133149;REVB=-0.0119409;RO=3;SAF=73;SAR=111;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126924;STB=0.508928;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00017079;OID=.;OPOS=89391160;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:188:187:3:4:184:183:0.97861:111:73:0:3:110:73:0:4 chr15 89392745 . T C 7013.65 PASS AF=1;AO=437;DP=439;FAO=440;FDP=440;FR=.;FRO=0;FSAF=214;FSAR=226;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151963;FXX=0.00226752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7835;QD=63.7605;RBI=0.0110269;REFB=0;REVB=0.0109217;RO=0;SAF=213;SAR=224;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91714e-05;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:439:440:0:0:437:440:1:224:213:0:0:226:214:0:0 chr15 89398330 . G A 1815.9 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=123;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166512;FXX=0.0243883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.847;QD=60.5301;RBI=0.0318731;REFB=-0.0315349;REVB=0.0271778;RO=1;SAF=40;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117256;STB=0.506172;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000571355;OID=.;OPOS=89398330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:120:1:1:119:119:0.991667:79:40:1:0:79:40:1:0 chr15 89398553 . C A 1541.58 PASS AF=0.972727;AO=102;DP=106;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000643074;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9823;QD=56.0575;RBI=0.0200595;REFB=-0.00118306;REVB=-0.0200492;RO=3;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031951;STB=0.515149;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000774014;OID=.;OPOS=89398553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:110:3:3:102:107:0.972727:43:59:0:3:48:59:0:3 chr15 89400339 . A C 592.81 PASS AF=0.517241;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00545747;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.301;QD=20.4418;RBI=0.0138609;REFB=-0.0134902;REVB=-0.0127413;RO=55;SAF=28;SAR=32;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369285;STB=0.524733;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0133365;OID=.;OPOS=89400339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:55:56:60:60:0.517241:32:28:28:27:32:28:29:27 chr15 89401109 . A G 3781.94 PASS AF=1;AO=237;DP=237;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.245;QD=63.562;RBI=0.0222793;REFB=0;REVB=-0.0177637;RO=0;SAF=115;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38063e-05;OID=.;OPOS=89401109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:238:0:0:237:238:1:122:115:0:0:123:115:0:0 chr15 89401615 . T G 1012.55 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0899821;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.023;QD=59.5615;RBI=0.090883;REFB=0;REVB=0.0127654;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174459;OID=.;OPOS=89401615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr15 89402051 . A G 654.93 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142468;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.298;QD=62.3746;RBI=0.0147218;REFB=0;REVB=-0.00370927;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42146e-05;OID=.;OPOS=89402051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr15 89402239 . T C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.855;QD=58.7812;RBI=0.0252729;REFB=0;REVB=-0.00468144;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.0551e-05;OID=.;OPOS=89402239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr15 89402596 . T G 762.14 PASS AF=0.596639;AO=71;DP=119;FAO=71;FDP=119;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0154416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.728;QD=25.6183;RBI=0.0165519;REFB=-0.00511884;REVB=-0.0059599;RO=48;SAF=27;SAR=44;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168284;STB=0.591571;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00446477;OID=.;OPOS=89402596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:48:48:71:71:0.596639:44:27:29:19:44:27:29:19 chr15 89422360 . A G 1524.42 PASS AF=0.349057;AO=185;DP=534;FAO=185;FDP=530;FR=.;FRO=345;FSAF=83;FSAR=102;FSRF=157;FSRR=188;FWDB=-0.0164437;FXX=0.0074905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.972;QD=11.505;RBI=0.0176499;REFB=-0.0173554;REVB=-0.00641279;RO=341;SAF=83;SAR=102;SRF=154;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342478;STB=0.504222;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0274203;OID=.;OPOS=89422360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:534:530:341:345:185:185:0.349057:102:83:154:187:102:83:157:188 chr15 89436244 . T C 2062.79 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5518;QD=62.5087;RBI=0.0800265;REFB=0;REVB=0.0794871;RO=0;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204514;OID=.;OPOS=89436244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:132:0:0:128:132:1:59:69:0:0:63:69:0:0 chr15 89436295 . G A 2064.84 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.476;QD=62.5708;RBI=0.0357427;REFB=0;REVB=0.0356491;RO=0;SAF=63;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37783e-05;OID=.;OPOS=89436295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:69:63:0:0:69:63:0:0 chr15 89450003 . G A 922.88 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00293138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2867;QD=56.7925;RBI=0.0319646;REFB=-0.0312306;REVB=0.0318299;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145288;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00235658;OID=.;OPOS=89450003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:32:31:0:1:33:31:1:0 chr15 89450546 . C T 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.339;QD=60.5459;RBI=0.0302256;REFB=0;REVB=-0.000796506;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33276e-05;OID=.;OPOS=89450546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:59:53:0:0:59:53:0:0 chr15 89450587 . G T 964.56 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00988332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.128;QD=55.9166;RBI=0.0122281;REFB=-0.00582728;REVB=0.00720049;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126017;STB=0.513154;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000290291;OID=.;OPOS=89450587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:67:67:0.971014:37:30:0:1:37:30:0:2 chr15 89739259 . G C 644.07 PASS AF=0.557522;AO=63;DP=113;FAO=63;FDP=113;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0769613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.879;QD=22.7991;RBI=0.0784476;REFB=0.013468;REVB=0.0151977;RO=50;SAF=31;SAR=32;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259473;STB=0.514193;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.00967629;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:50:50:63:63:0.557522:32:31:23:27:32:31:23:27 chr15 89740373 . G C 195.32 PASS AF=0.288889;AO=24;DP=88;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0145384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.437;QD=8.68078;RBI=0.0154431;REFB=-0.00951939;REVB=0.0052081;RO=64;SAF=13;SAR=11;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125722;STB=0.544411;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0249186;OID=.;OPOS=89740373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:64:64:24:26:0.288889:11:13:28:36:13:13:28:36 chr15 89740384 . T G 251.76 PASS AF=0.319588;AO=30;DP=96;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0762393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3097;QD=10.3818;RBI=0.0763335;REFB=-0.00111343;REVB=-0.00379158;RO=65;SAF=13;SAR=17;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00305234;STB=0.518856;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00184792;OID=.;OPOS=89740384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:65:66:30:31:0.319588:17:13:28:37:17:14:28:38 chr15 89740469 . T C 400.4 PASS AF=0.38843;AO=46;DP=119;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=-0.00555078;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.718;QD=13.2364;RBI=0.0129667;REFB=-0.0171877;REVB=-0.0117185;RO=72;SAF=22;SAR=24;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158166;STB=0.601372;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0191046;OID=.;OPOS=89740469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:72:74:46:47:0.38843:24:22:24:48:24:23:24:50 chr15 89740616 . G A 2360.2 PASS AF=1;AO=150;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033145;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1414;QD=60.1325;RBI=0.0334913;REFB=0;REVB=0.00480352;RO=0;SAF=65;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00595193;OID=.;OPOS=89740616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:157:0:0:150:157:1:85:65:0:0:88:69:0:0 chr15 89744476 . G T 3016.82 PASS AF=0.994792;AO=182;DP=184;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=118;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00399625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.988;QD=62.8504;RBI=0.0118275;REFB=0.00867876;REVB=0.0111319;RO=1;SAF=64;SAR=118;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00738057;STB=0.503401;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-1.60412e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:192:1:1:182:191:0.994792:118:64:1:0:118:73:1:0 chr15 89804043 . C T 244.68 PASS AF=0.290598;AO=34;DP=118;FAO=34;FDP=117;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0355225;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1349;QD=8.36521;RBI=0.0788598;REFB=-0.018341;REVB=-0.0704061;RO=83;SAF=14;SAR=20;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997662;STB=0.558908;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0351513;OID=.;OPOS=89804043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:83:83:34:34:0.290598:20:14:41:42:20:14:41:42 chr15 89806710 . C T 155.97 PASS AF=0.23;AO=24;DP=100;FAO=23;FDP=100;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0308083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3924;QD=6.23862;RBI=0.0681024;REFB=-0.0246049;REVB=-0.0607354;RO=73;SAF=12;SAR=12;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423575;STB=0.531684;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0638429;OID=.;OPOS=89806710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:73:77:24:23:0.23:12:12:34:39:11:12:37:40 chr15 89820008 . T C 375.35 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.00218397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.5;QD=12.6168;RBI=0.0263837;REFB=0.00594687;REVB=0.0262931;RO=73;SAF=24;SAR=21;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103054;STB=0.554166;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00821543;OID=.;OPOS=89820008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:73:74:45:45:0.378151:21:24:32:41:21:24:33:41 chr15 89836228 . G C 302.72 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0409994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2553;QD=17.0547;RBI=0.0418234;REFB=0.00249203;REVB=-0.00826125;RO=38;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370792;STB=0.520821;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00250525;OID=.;OPOS=89836228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:22:11:14:24:22:11:14:24 chr15 89838236 . G A 2011.76 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0694827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.575;QD=61.4277;RBI=0.0735853;REFB=0;REVB=-0.0242269;RO=0;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10662e-06;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:129:131:0:0:129:131:1:63:66:0:0:64:67:0:0 chr15 89838318 . A T 380.97 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0114136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.435;QD=14.3764;RBI=0.0114824;REFB=-0.00271929;REVB=0.00125493;RO=62;SAF=11;SAR=33;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151789;STB=0.586165;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00367523;OID=.;OPOS=89838318;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:44:44:0.415094:33:11:23:39:33:11:23:39 chr15 89858602 . T C 188.65 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0140788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.401;QD=9.09178;RBI=0.0142513;REFB=-0.00687221;REVB=0.00221075;RO=58;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736923;STB=0.543444;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0179413;OID=.;OPOS=89858602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:58:25:25:0.301205:14:11:22:36:14:11:22:36 chr15 89878377 . A T 3636.38 PASS AF=1;AO=231;DP=234;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282827;FXX=0.00854664;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.487;QD=62.6961;RBI=0.0780061;REFB=-0.0360975;REVB=-0.0726983;RO=1;SAF=95;SAR=136;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498988;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298691;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:232:1:0:231:232:1:136:95:1:0:137:95:0:0 chr15 90126121 . C T 424.9 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00141708;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.536;QD=23.9377;RBI=0.00451512;REFB=-0.00296026;REVB=-0.00428698;RO=30;SAF=16;SAR=25;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608124;STB=0.533412;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00150362;OID=.;OPOS=90126121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:30:30:41:41:0.577465:25:16:14:16:25:16:14:16 chr15 90128966 . C T 1309.68 PASS AF=0.520161;AO=129;DP=251;FAO=129;FDP=248;FR=.;FRO=119;FSAF=76;FSAR=53;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=-0.00510846;FXX=0.0119517;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.217;QD=21.1239;RBI=0.00740176;REFB=-0.0115982;REVB=-0.00535628;RO=113;SAF=76;SAR=53;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661335;STB=0.525207;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00939013;OID=.;OPOS=90128966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:248:113:119:129:129:0.520161:53:76:58:55:53:76:64:55 chr15 90138670 . C T 576.47 PASS AF=0.47619;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=126;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0157881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.919;QD=18.3007;RBI=0.0162823;REFB=0.00208627;REVB=-0.00398123;RO=65;SAF=20;SAR=40;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113781;STB=0.559979;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00203141;OID=.;OPOS=90138670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:65:66:60:60:0.47619:40:20:29:36:40:20:29:37 chr15 90168108 . C T 647.89 PASS AF=0.567568;AO=63;DP=111;FAO=63;FDP=111;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00546241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.224;QD=23.3475;RBI=0.00610327;REFB=-0.0379897;REVB=-0.0027225;RO=43;SAF=35;SAR=28;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503392;STB=0.506071;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.02202;OID=.;OPOS=90168108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:43:48:63:63:0.567568:28:35:21:22:28:35:26:22 chr15 90174789 . C T 2178.65 PASS AF=0.595745;AO=195;DP=329;FAO=196;FDP=329;FR=.;FRO=133;FSAF=76;FSAR=120;FSRF=61;FSRR=72;FWDB=0.035843;FXX=0.00303021;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6215;QD=26.4882;RBI=0.0358472;REFB=0.00380095;REVB=-0.000547775;RO=133;SAF=76;SAR=119;SRF=61;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053617;STB=0.529773;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00287861;OID=.;OPOS=90174789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:329:133:133:195:196:0.595745:119:76:61:72:120:76:61:72 chr15 90174824 . C T 1590.19 PASS AF=0.525952;AO=151;DP=289;FAO=152;FDP=289;FR=.;FRO=137;FSAF=69;FSAR=83;FSRF=73;FSRR=64;FWDB=0.003186;FXX=0.00344816;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.068;QD=22.0096;RBI=0.0156753;REFB=-0.0204428;REVB=-0.0153481;RO=127;SAF=69;SAR=82;SRF=63;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032947;STB=0.537457;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0136305;OID=.;OPOS=90174824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:127:137:151:152:0.525952:82:69:63:64:83:69:73:64 chr15 90176073 . C A 1151.22 PASS AF=0.614035;AO=103;DP=170;FAO=105;FDP=171;FR=.;FRO=66;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0805735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.389;QD=26.9292;RBI=0.0844194;REFB=-0.0188452;REVB=0.0251903;RO=65;SAF=45;SAR=58;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040038;STB=0.51824;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.011894;OID=.;OPOS=90176073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:65:66:103:105:0.614035:58:45:32:33:59:46:32:34 chr15 90176432 . T G 1909.57 PASS AF=0.570064;AO=176;DP=312;FAO=179;FDP=314;FR=.;FRO=135;FSAF=97;FSAR=82;FSRF=57;FSRR=78;FWDB=0.00772518;FXX=0.0031745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.548;QD=24.3257;RBI=0.0188191;REFB=-0.0148538;REVB=-0.0171604;RO=136;SAF=94;SAR=82;SRF=57;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921815;STB=0.551366;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0114822;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:314:136:135:176:179:0.570064:82:94:57:79:82:97:57:78 chr15 90191827 . T C 244.83 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.017087;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.21;QD=17.4878;RBI=0.0369336;REFB=0.00787093;REVB=-0.0327433;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138954;STB=0.578172;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.01485;OID=.;OPOS=90191827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:29:27:27:0.482143:17:10:15:14:17:10:15:14 chr15 90195967 . C G 1567.51 PASS AF=0.562738;AO=148;DP=264;FAO=148;FDP=263;FR=.;FRO=115;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=69;FSRR=46;FWDB=0.0369407;FXX=0.00378774;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.9285;QD=23.8404;RBI=0.0455975;REFB=0.026733;REVB=-0.0267304;RO=116;SAF=67;SAR=81;SRF=69;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114647;STB=0.564191;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0179383;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:116:115:148:148:0.562738:81:67:69:47:81:67:69:46 chr15 90213229 . G C 884.74 PASS AF=0.597015;AO=80;DP=134;FAO=80;FDP=134;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00425302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.018;QD=26.4103;RBI=0.00727872;REFB=-0.00492681;REVB=-0.00590691;RO=54;SAF=34;SAR=46;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13808;STB=0.574981;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00504042;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:54:54:80:80:0.597015:46:34:33:21:46:34:33:21 chr15 90246401 . C T 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0313163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6721;QD=11.0816;RBI=0.0496576;REFB=0.00686036;REVB=0.0385379;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423195;STB=0.532229;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0136098;OID=.;OPOS=90246401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:40:22:22:0.354839:11:11:18:21:11:11:18:22 chr15 90616413 . C A 880.99 PASS AF=0.588235;AO=80;DP=136;FAO=80;FDP=136;FR=.;FRO=56;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0322219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.352;QD=25.9115;RBI=0.0322324;REFB=-0.0303651;REVB=0.000823623;RO=56;SAF=44;SAR=36;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051605;STB=0.528058;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0182899;OID=.;OPOS=90616413;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:56:56:80:80:0.588235:36:44:27:29:36:44:27:29 chr15 90617539 . C T 255.62 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00262399;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.463;QD=27.6341;RBI=0.0356591;REFB=-0.0451702;REVB=-0.0355625;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508228;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0193178;OID=.;OPOS=90617539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:11:11:7:7:12:11:7:7 chr15 90623052 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000547584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.116;QD=59.3224;RBI=0.0138592;REFB=0;REVB=0.0138484;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93751e-05;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr15 90628537 . G A 153.87 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=5;FWDB=0.0361363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1097;QD=11.613;RBI=0.0577847;REFB=-0.00101463;REVB=0.0450915;RO=34;SAF=10;SAR=9;SRF=29;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378747;STB=0.714687;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00254871;OID=.;OPOS=90628537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:9:10:29:5:9:10:29:5 chr15 90628549 . G A 299.9 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00638814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6137;QD=21.4213;RBI=0.00728428;REFB=-0.00897477;REVB=0.00350036;RO=25;SAF=28;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.534046;STB=0.802456;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0192109;OID=.;OPOS=90628549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:3:28:11:14:3:28:11:14 chr15 90673809 . G C 963.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.492;QD=58.3709;RBI=0.016218;REFB=0;REVB=-0.0060464;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140699;OID=.;OPOS=90673809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:42:23:0:0:43:23:0:0 chr15 90764219 . G A 680.34 PASS AF=0.554622;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00306727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.924;QD=22.8687;RBI=0.00742089;REFB=-0.0104308;REVB=0.00675733;RO=53;SAF=39;SAR=27;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430007;STB=0.523499;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00861761;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:53:53:66:66:0.554622:27:39:34:19:27:39:34:19 chr15 90771750 . T G 630.12 PASS AF=0.463855;AO=39;DP=150;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.0160125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.853;QD=15.1837;RBI=0.0223523;REFB=-0.028814;REVB=0.0155957;RO=78;SAF=13;SAR=26;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110915;STB=0.521898;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0366043;OID=.;OPOS=90771750;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:166:78:89:39:77:0.463855:26:13:33:45:41:36:38:51 chr15 90772200 . G A 720.02 PASS AF=0.614679;AO=67;DP=110;FAO=67;FDP=109;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0158563;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.296;QD=26.4228;RBI=0.0219845;REFB=-0.0203906;REVB=-0.015228;RO=42;SAF=31;SAR=36;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243957;STB=0.522513;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0115605;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:42:42:67:67:0.614679:36:31:18:24:36:31:17:25 chr15 90772831 . C T 334.03 PASS AF=0.45;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0278537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1388;QD=16.7015;RBI=0.08063;REFB=-0.0549439;REVB=-0.0756661;RO=44;SAF=11;SAR=24;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488016;STB=0.521619;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0416153;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:35:36:0.45:24:11:12:32:25:11:12:32 chr15 90774259 . G C 426.78 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.035604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.166;QD=27.5339;RBI=0.03568;REFB=-0.0257779;REVB=0.00232652;RO=21;SAF=19;SAR=21;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294715;STB=0.507278;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0117282;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:22:40:40:0.645161:21:19:9:12:21:19:10:12 chr15 90774447 . TAGAG T 246.6 PASS AF=0.52;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0257127;FXX=0.0908926;HRUN=1;LEN=4;MLLD=247.683;QD=19.7283;RBI=0.0258332;REFB=-0.0243957;REVB=-0.00249256;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123281;STB=0.558238;STBP=0.419;TYPE=del;VARB=0.0211652;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:26:55:26:50:24:14:12:10:14:99:23:14:12:9:14 chr15 90784207 . A G 4099.01 PASS AF=1;AO=247;DP=247;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.579;QD=61.8719;RBI=0.0289269;REFB=0;REVB=0.0213814;RO=0;SAF=127;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03082e-05;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:247:265:0:0:247:265:1:120:127:0:0:134:131:0:0 chr15 90784250 . T C 1782.05 PASS AF=0.6375;AO=152;DP=237;FAO=153;FDP=240;FR=.;FRO=87;FSAF=72;FSAR=81;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0134531;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.525;QD=29.7008;RBI=0.0152337;REFB=-0.0145247;REVB=0.00714714;RO=84;SAF=71;SAR=81;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177187;STB=0.508123;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00778462;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:240:84:87:152:153:0.6375:81:71:37:47:81:72:39:48 chr15 90794102 . G A 461.14 PASS AF=0.505495;AO=39;DP=85;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.0211531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.194;QD=20.27;RBI=0.0228241;REFB=-0.0133992;REVB=-0.00857228;RO=45;SAF=15;SAR=24;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172989;STB=0.619117;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0139462;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:91:45:45:39:46:0.505495:24:15:10:35:25:21:10:35 chr15 90794757 . T G 572.75 PASS AF=0.6375;AO=51;DP=80;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0143575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.029;QD=28.6375;RBI=0.0431003;REFB=-0.0256491;REVB=0.0406386;RO=29;SAF=31;SAR=20;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06239;STB=0.533928;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0160508;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:29:29:51:51:0.6375:20:31:15:14:20:31:15:14 chr15 90794845 . G A 621.39 PASS AF=0.658537;AO=54;DP=82;FAO=54;FDP=82;FR=.;FRO=28;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.018078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.23;QD=30.3115;RBI=0.0269633;REFB=-0.00939427;REVB=0.0200051;RO=28;SAF=32;SAR=22;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596455;STB=0.532335;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00442419;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:28:28:54:54:0.658537:22:32:14:14:22:32:14:14 chr15 90796558 . G A 931.36 PASS AF=0.695652;AO=80;DP=115;FAO=80;FDP=115;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0463312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3284;QD=32.395;RBI=0.0493806;REFB=0.02965;REVB=0.0170842;RO=35;SAF=34;SAR=46;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311866;STB=0.516759;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0157851;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:35:35:80:80:0.695652:46:34:13:22:46:34:13:22 chr15 90800408 . C G 680.96 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0233459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0455;QD=21.2799;RBI=0.024427;REFB=0.0117075;REVB=0.00718657;RO=61;SAF=31;SAR=36;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00320172;STB=0.501759;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.010689;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:61:61:67:67:0.523438:36:31:28:33:36:31:28:33 chr15 90800449 . C T 846.88 PASS AF=0.573529;AO=78;DP=136;FAO=78;FDP=136;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0120883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5088;QD=24.9082;RBI=0.0206723;REFB=-0.00532535;REVB=-0.0167696;RO=57;SAF=38;SAR=40;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104738;STB=0.509246;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00306501;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:57:58:78:78:0.573529:40:38:27:30:40:38:27:31 chr15 90809633 . G A 415.07 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0485348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.971;QD=24.7805;RBI=0.0501643;REFB=0.0130707;REVB=-0.012682;RO=27;SAF=16;SAR=24;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337671;STB=0.518509;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00912809;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:27:40:40:0.597015:24:16:12:15:24:16:12:15 chr15 90818400 . A T 1254.45 PASS AF=0.721429;AO=99;DP=139;FAO=101;FDP=140;FR=.;FRO=39;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.00264298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.303;QD=35.8415;RBI=0.0154796;REFB=-0.0387007;REVB=0.0152523;RO=39;SAF=64;SAR=35;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266872;STB=0.514922;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.016049;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:39:39:99:101:0.721429:35:64:27:12:36:65:27:12 chr15 90819132 . C T 211.75 PASS AF=0.44;AO=17;DP=45;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0152909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.229;QD=16.9401;RBI=0.0207979;REFB=-0.0241142;REVB=-0.0140976;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293769;STB=0.509425;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.036485;OID=.;OPOS=90819132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:50:26:28:17:22:0.44:7:10:16:10:9:13:17:11 chr15 90819641 . A C 464.69 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0107416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8272;QD=27.7426;RBI=0.021559;REFB=0.0151625;REVB=-0.0186925;RO=24;SAF=28;SAR=15;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419995;STB=0.52284;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.0093613;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:24:43:43:0.641791:15:28:17:7:15:28:17:7 chr15 90820063 . T C 389.97 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0128792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.811;QD=38.046;RBI=0.0142552;REFB=-0.00929936;REVB=-0.00611042;RO=10;SAF=13;SAR=18;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894403;STB=0.504851;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00302362;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:10:10:31:31:0.756098:18:13:4:6:18:13:4:6 chr15 90820721 . C T 219.87 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0244033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.526;QD=17.5898;RBI=0.0345886;REFB=-0.0110259;REVB=-0.0245123;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554061;STB=0.53157;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0120657;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:15:13:9:13:15:13 chr15 90892246 . G C 858.68 PASS AF=0.348684;AO=106;DP=304;FAO=106;FDP=304;FR=.;FRO=198;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=94;FSRR=104;FWDB=0.000497415;FXX=0.00327858;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.816;QD=11.2984;RBI=0.000648427;REFB=-0.00739713;REVB=-0.000415976;RO=198;SAF=48;SAR=58;SRF=94;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252364;STB=0.514362;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0134474;OID=.;OPOS=90892246;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:198:198:106:106:0.348684:58:48:94:104:58:48:94:104 chr15 90892293 . C T 4148.17 PASS AF=1;AO=264;DP=265;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2627;QD=62.6138;RBI=0.0732083;REFB=0;REVB=0.0399685;RO=0;SAF=128;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49309e-05;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:265:265:0:0:264:265:1:136:128:0:0:137:128:0:0 chr15 90892412 . C T 352.66 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0362676;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1774;QD=13.1836;RBI=0.0362678;REFB=-0.0119022;REVB=-0.000124417;RO=64;SAF=23;SAR=19;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839794;STB=0.533674;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0266313;OID=.;OPOS=90892412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:64:65:42:42:0.392523:19:23:30:34:19:23:32:33 chr15 90892585 . G C 62.2 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0487671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.5154;QD=8.57996;RBI=0.0844397;REFB=-0.0422398;REVB=-0.0689336;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172769;STB=0.60583;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0852195;OID=.;OPOS=90892585;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:8:12:4:5:8:12 chr15 90897952 . C T 466.13 PASS AF=0.33908;AO=57;DP=172;FAO=59;FDP=174;FR=.;FRO=115;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=72;FWDB=0.0594134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0507;QD=10.7155;RBI=0.061309;REFB=-0.00820339;REVB=0.0151276;RO=115;SAF=27;SAR=30;SRF=43;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117394;STB=0.567136;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0167822;OID=.;OPOS=90897952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:115:115:57:59:0.33908:30:27:43:72:31:28:43:72 chr15 90903311 . A G 905.92 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.365;QD=56.62;RBI=0.0388255;REFB=-0.0347777;REVB=0.0334896;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000914507;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:35:28:0:1:35:28:0:1 chr15 91010776 . T C 220.26 PASS AF=0.364865;AO=23;DP=70;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0232819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.092;QD=11.9059;RBI=0.0277435;REFB=-0.0128639;REVB=0.0150883;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136263;STB=0.558839;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0225505;OID=.;OPOS=91010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:45:47:23:27:0.364865:13:10:25:20:14:13:27:20 chr15 91045408 . G A 464.92 PASS AF=0.384058;AO=53;DP=137;FAO=53;FDP=138;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.00130603;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.874;QD=13.4761;RBI=0.00385889;REFB=-0.0160062;REVB=-0.00363116;RO=83;SAF=28;SAR=25;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110569;STB=0.500686;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0305063;OID=.;OPOS=91045408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:83:85:53:53:0.384058:25:28:43:40:25:28:45:40 chr15 91185971 . G A 260.15 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0192313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4363;QD=16.7841;RBI=0.0277581;REFB=-0.00388018;REVB=0.0200168;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181078;STB=0.6017;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00508259;OID=.;OPOS=91185971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:17:12:20:13:17:12:20:13 chr15 91185994 . C T 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0020249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.288;QD=16.5721;RBI=0.00280281;REFB=0.00657528;REVB=0.00193792;RO=35;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728516;STB=0.540956;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.0082971;OID=.;OPOS=91185994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:16:14:19:16:16:14:19:16 chr15 91295110 . C T 449.11 PASS AF=0.52381;AO=43;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0173494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.389;QD=21.3859;RBI=0.0419383;REFB=-0.0190794;REVB=-0.0381813;RO=37;SAF=23;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108231;STB=0.557209;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0112226;OID=.;OPOS=91295110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:40:43:44:0.52381:20:23:15:22:20:24:17:23 chr15 91424574 . G C 2767.09 PASS AF=0.472637;AO=116;DP=605;FAO=285;FDP=603;FR=.;FRO=318;FSAF=126;FSAR=159;FSRF=189;FSRR=129;FWDB=0.00114126;FXX=0.00658968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.906;QD=18.3555;RBI=0.0191405;REFB=-0.0160667;REVB=-0.0191064;RO=240;SAF=2;SAR=114;SRF=155;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.822345;STB=0.579863;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0171862;OID=.;OPOS=91424574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:605:603:240:318:116:285:0.472637:114:2:155:85:159:126:189:129 chr15 91428290 . C T 1514.07 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.03196e-05;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.529;QD=63.7505;RBI=0.0230695;REFB=0;REVB=0.0230695;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68391e-05;OID=.;OPOS=91428290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:48:47:0:0:48:47:0:0 chr15 91428589 . T G 2714.61 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.652;QD=62.4049;RBI=0.0271192;REFB=0;REVB=0.0231962;RO=0;SAF=92;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17772e-05;OID=.;OPOS=91428589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:174:0:0:173:174:1:81:92:0:0:81:93:0:0 chr15 91428636 . G A 2225.23 PASS AF=0.993289;AO=146;DP=152;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0221036;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.952;QD=59.7378;RBI=0.0573269;REFB=-0.235807;REVB=0.0528942;RO=1;SAF=76;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674565;STB=0.503546;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00168388;OID=.;OPOS=91428636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:149:1:1:146:148:0.993289:70:76:0:1:70:78:0:1 chr15 91430436 . T C 3181.06 PASS AF=1;AO=195;DP=198;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.185;QD=63.9409;RBI=0.0554813;REFB=0;REVB=0.0551018;RO=0;SAF=94;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45713e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0237e-05;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:199:0:0:195:199:1:101:94:0:0:105:94:0:0 chr15 91452595 . A G 2494.29 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.506;QD=60.8362;RBI=0.0564999;REFB=-0.0510035;REVB=-0.0479243;RO=1;SAF=66;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488082;STB=0.502564;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=9.2719e-05;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:97:66:0:1:97:66:0:1 chr15 91474236 . T C 2228.8 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657851;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.367;QD=63.2285;RBI=0.00720747;REFB=0;REVB=0.00294462;RO=0;SAF=58;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60381e-05;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:141:0:0:138:141:1:80:58:0:0:82:59:0:0 chr15 91474738 . G C 2796.75 PASS AF=0.989011;AO=180;DP=182;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=113;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0215897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.369;QD=61.4671;RBI=0.0551842;REFB=-0.0369594;REVB=0.0507856;RO=2;SAF=113;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139964;STB=0.507352;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=6.20902e-05;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:182:182:2:2:180:180:0.989011:67:113:0:2:67:113:0:2 chr15 91478544 . A C 3690.02 PASS AF=0.97541;AO=238;DP=244;FAO=238;FDP=244;FR=.;FRO=6;FSAF=117;FSAR=121;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00974183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8707;QD=60.4921;RBI=0.0118126;REFB=0.0267982;REVB=0.00668082;RO=6;SAF=117;SAR=121;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238087;STB=0.512499;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00329542;OID=.;OPOS=91478544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:244:244:6:6:238:238:0.97541:121:117:6:0:121:117:6:0 chr15 91485867 . C T 1335.06 PASS AF=0.485612;AO=135;DP=279;FAO=135;FDP=278;FR=.;FRO=143;FSAF=78;FSAR=57;FSRF=75;FSRR=68;FWDB=-0.000337894;FXX=0.0035841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.698;QD=19.2095;RBI=0.0337627;REFB=-0.00295445;REVB=-0.0337611;RO=142;SAF=78;SAR=57;SRF=75;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047009;STB=0.52785;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00302468;OID=.;OPOS=91485867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:278:142:143:135:135:0.485612:57:78:75:67:57:78:75:68 chr15 91509592 . T C 1689.22 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0738849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1417;QD=59.2707;RBI=0.076527;REFB=-0.0145533;REVB=-0.0199349;RO=1;SAF=24;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193677;STB=0.509802;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000475019;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:112:113:0.991228:88:24:1:0:88:25:1:0 chr15 91517479 . G A 1918.2 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338045;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9287;QD=61.8774;RBI=0.0424371;REFB=0;REVB=0.0256547;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205736;OID=.;OPOS=91517479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:57:67:0:0:57:67:0:0 chr15 91524841 . G T 1645.09 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323622;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.229;QD=60.3703;RBI=0.00914231;REFB=0;REVB=-0.00855036;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257434;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:108:109:1:59:49:0:0:59:50:0:0 chr15 91543761 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.601;QD=61.6834;RBI=0.0553788;REFB=0;REVB=0.0376475;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307193;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr15 91836683 . T C 1556.49 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.146;QD=59.8652;RBI=0.060939;REFB=0;REVB=0.0609111;RO=0;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9505e-05;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:48:55:0:0:49:55:0:0 chr15 92638193 . G A 407.86 PASS AF=0.308571;AO=54;DP=173;FAO=54;FDP=175;FR=.;FRO=121;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=59;FSRR=62;FWDB=-0.0381992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.27;QD=9.32239;RBI=0.0382053;REFB=-0.00705561;REVB=0.000682509;RO=119;SAF=21;SAR=33;SRF=58;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118844;STB=0.569553;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0160083;OID=.;OPOS=92638193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:119:121:54:54:0.308571:33:21:58:61:33:21:59:62 chr15 92647645 . G C 1284.0 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.467;QD=61.8794;RBI=0.0428748;REFB=0;REVB=-0.0103374;RO=0;SAF=19;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6089e-05;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:63:19:0:0:63:20:0:0 chr15 93198671 . A G 3870.09 PASS AF=1;AO=247;DP=249;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512358;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6893;QD=61.6747;RBI=0.0528027;REFB=0;REVB=-0.0127677;RO=0;SAF=101;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18632e-05;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:249:251:0:0:247:251:1:146:101:0:0:146:105:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 2877.86 PASS AF=0.79703,0.20297;AO=129,34;DP=198;FAO=161,41;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=62,19;FSAR=99,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457043,-0.0451899;FXX=0.0288448;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=210.352,95.8279;QD=56.9873;RBI=0.0244744,0.0453828;REFB=0,0;REVB=0.0240439,-0.00417904;RO=0;SAF=32,17;SAR=97,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.38826e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00999521,0.0134089;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.79703,0.20297:129,34:198:161,41:202:0:62,19:99,22:0:0:99:0:32,17:97,17:0:0 chr15 93198697 . T C 67.53 PASS AF=0.102151;AO=15;DP=185;FAO=19;FDP=186;FR=.;FRO=167;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=106;FWDB=-0.0710697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3244;QD=1.45232;RBI=0.0788567;REFB=-0.0177759;REVB=-0.0341685;RO=166;SAF=11;SAR=4;SRF=61;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401072;STB=0.685067;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0636539;OID=.;OPOS=93198697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:185:186:166:167:15:19:0.102151:4:11:61:105:8:11:61:106 chr15 93447631 . T G 893.18 PASS AF=0.366013;AO=88;DP=277;FAO=112;FDP=306;FR=.;FRO=194;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=89;FSRR=105;FWDB=0.0137091;FXX=0.0064933;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.161;QD=11.6756;RBI=0.0158463;REFB=-0.0118827;REVB=-0.00794764;RO=152;SAF=43;SAR=45;SRF=63;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083219;STB=0.526139;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0190362;OID=.;OPOS=93447631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:306:152:194:88:112:0.366013:45:43:63:89:56:56:89:105 chr15 93510603 . A G 1483.59 PASS AF=0.962617;AO=102;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0291222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.629;QD=55.4612;RBI=0.0291835;REFB=-0.0941771;REVB=0.00189093;RO=2;SAF=45;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0021754;STB=0.507445;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00184881;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:2:4:102:103:0.962617:57:45:1:1:57:46:1:3 chr15 93521604 . A G 1872.0 PASS AF=0.976378;AO=122;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0107314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.173;QD=58.9606;RBI=0.0145585;REFB=-0.0512928;REVB=0.00983812;RO=3;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243434;STB=0.512603;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00056158;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:127:3:3:122:124:0.976378:57:65:0:3:58:66:0:3 chr15 93536197 . C T 614.9 PASS AF=0.627907;AO=54;DP=87;FAO=54;FDP=86;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.017751;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.857;QD=28.5998;RBI=0.0177845;REFB=-0.0402307;REVB=0.00108959;RO=32;SAF=29;SAR=25;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110565;STB=0.560064;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0243814;OID=.;OPOS=93536197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:32:32:54:54:0.627907:25:29:12:20:25:29:12:20 chr15 93568465 . AAGGGGA AAGGGGG,AAGGGGGGA,AAGGGGGGGA,AAGGGGGGGGA,AGGGGGA,GGGGGGA 540.76 PASS AF=0.0487805,0,0.658537,0.121951,0.0731707,0.097561;AO=2,8,17,5,3,4;DP=42;FAO=2,0,27,5,3,4;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,25,5,0,4;FSAR=0,0,2,0,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111482,0.0249263,0.0172475,0.0128551,-0.0226091,-0.00519338;FXX=0.0238039;HRUN=1,4,4,4,2,2;LEN=1,2,3,4,1,2;MLLD=113.146,27.7221,34.399,30.7273,13.0919,205.791;QD=52.7573;RBI=0.0145455,0.0463008,0.0325754,0.024946,0.023321,0.0110014;REFB=0,0,0,0,0,0;REVB=-0.00934292,0.0390185,0.0276348,0.0213787,0.00571824,-0.0096984;RO=0;SAF=2,6,17,5,0,4;SAR=0,2,0,0,3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0,5.58669e-08,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=snp,ins,ins,ins,snp,mnp;VARB=0.0770994,-0.0880244,0.00333712,0.0124919,-0.0150931,-0.0200994;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=93568471,93568467,93568467,93568467,93568466,93568465;OREF=A,-,-,-,A,AA;OALT=G,GG,GGG,GGGG,G,GG;OMAPALT=AAGGGGG,AAGGGGGGA,AAGGGGGGGA,AAGGGGGGGGA,AGGGGGA,GGGGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/6:25:42:41:0:0:2,8,17,5,3,4:2,0,27,5,3,4:0.0487805,0,0.658537,0.121951,0.0731707,0.097561:0,2,0,0,3,0:2,6,17,5,0,4:0:0:0,0,2,0,3,0:2,0,25,5,0,4:0:0 chr15 93570241 . T C 3764.52 PASS AF=0.983607;AO=240;DP=245;FAO=240;FDP=244;FR=.;FRO=4;FSAF=105;FSAR=135;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0065137;FXX=0.00812975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.445;QD=61.7135;RBI=0.0170006;REFB=-0.219737;REVB=0.0157033;RO=0;SAF=105;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99174e-08;STB=0.505197;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000358767;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:245:244:0:4:240:240:0.983607:135:105:0:0:135:105:3:1 chr15 93588264 . G C 242.82 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0221065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.124;QD=22.5883;RBI=0.0451035;REFB=-0.0104025;REVB=0.0393144;RO=20;SAF=17;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182515;STB=0.602742;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00517936;OID=.;OPOS=93588264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:6:17:11:9:6:17:11:9 chr15 93588336 . A C 2275.41 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639067;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.25;QD=63.6478;RBI=0.0094219;REFB=0;REVB=0.00692326;RO=0;SAF=83;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70524e-05;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:60:83:0:0:60:83:0:0 chr15 93609460 . A T 1093.15 PASS AF=0.533333;AO=103;DP=195;FAO=104;FDP=195;FR=.;FRO=91;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.00295504;FXX=0.00510178;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.388;QD=22.4235;RBI=0.030689;REFB=0.00170054;REVB=-0.0305464;RO=91;SAF=52;SAR=51;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571747;STB=0.533327;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00165908;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:91:91:103:104:0.533333:51:52:52:39:52:52:52:39 chr15 93616933 . C G 3966.92 PASS AF=1;AO=254;DP=255;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0949269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.869;QD=62.2262;RBI=0.103133;REFB=0;REVB=0.0403143;RO=0;SAF=138;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36046e-05;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:255:0:0:254:255:1:116:138:0:0:117:138:0:0 chr15 93616975 . A G 2452.9 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354802;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.406;QD=60.9417;RBI=0.0357453;REFB=0;REVB=-0.00434591;RO=0;SAF=63;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19677e-05;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:154:161:0:0:153:161:1:90:63:0:0:94:67:0:0 chr15 93632123 . T C 770.11 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118171;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2196;QD=64.176;RBI=0.0312116;REFB=0;REVB=-0.028888;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000787679;OID=.;OPOS=93632123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:36:12:0:0:36:12:0:0 chr15 93750027 . C T 300.65 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00839623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=346.934;QD=21.4747;RBI=0.0133597;REFB=-0.00719694;REVB=0.0103916;RO=24;SAF=8;SAR=23;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282341;STB=0.650282;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00479173;OID=.;OPOS=93750027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:23:8:14:10:23:8:14:11 chr15 93750256 . G T 1264.73 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.825;QD=61.6943;RBI=0.0251098;REFB=0;REVB=0.0244976;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06914e-05;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:40:41:0:0:41:41:0:0 chr15 94304132 . C T 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000223357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4383;QD=59.4998;RBI=0.0298306;REFB=0;REVB=-0.0298298;RO=0;SAF=49;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259017;OID=.;OPOS=94304132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:20:49:0:0:20:49:0:0 chr15 94304189 . T C 906.82 PASS AF=0.831325;AO=69;DP=83;FAO=69;FDP=83;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.00779133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6177;QD=43.702;RBI=0.0373756;REFB=-0.0530066;REVB=-0.0365545;RO=3;SAF=22;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602016;STB=0.620654;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00425482;OID=.;OPOS=94304189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:83:83:3:14:69:69:0.831325:47:22:3:0:47:22:14:0 chr15 94841691 . G A 637.05 PASS AF=0.44;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=54;FSRF=7;FSRR=77;FWDB=-0.0054824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.303;QD=16.9879;RBI=0.0263411;REFB=0.00466522;REVB=0.0257642;RO=83;SAF=12;SAR=54;SRF=7;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188186;STB=0.605054;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00416575;OID=.;OPOS=94841691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:83:84:66:66:0.44:54:12:7:76:54:12:7:77 chr15 94884108 . G C 384.63 PASS AF=0.34058;AO=47;DP=139;FAO=47;FDP=138;FR=.;FRO=91;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=0.0404556;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8647;QD=11.1486;RBI=0.0465081;REFB=0.000589507;REVB=-0.0229424;RO=90;SAF=19;SAR=28;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342037;STB=0.516532;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00129947;OID=.;OPOS=94884108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:90:91:47:47:0.34058:28:19:39:51:28:19:39:52 chr15 94945719 . G T 221.77 PASS AF=0.271186;AO=32;DP=119;FAO=32;FDP=118;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=59;FSRR=27;FWDB=-0.0318331;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.532;QD=7.5176;RBI=0.0332193;REFB=-0.0105551;REVB=-0.0094961;RO=81;SAF=20;SAR=12;SRF=56;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882903;STB=0.548582;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0218722;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:81:86:32:32:0.271186:12:20:56:25:12:20:59:27 chr15 94986217 . CAAAAAAAC ACAAAAAAC,CAAAAAAC,CAAAAAACA 45.85 PASS AF=0.0869565,0.195652,0.0217391;AO=5,10,3;DP=49;FAO=4,9,1;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=2,3,1;FSAR=2,6,0;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.159903,-0.231236,-0.214484;FXX=0.061212;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=21.3463,7.92369,19.8868;QD=3.98679;RBI=0.159973,0.290055,0.216471;REFB=-0.0205516,-0.0581766,-0.0267328;REVB=-0.00473498,0.175104,0.0292654;RO=24;SAF=3,4,3;SAR=2,6,0;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.258404,0.0300877,0.627715;STB=0.555282,0.58601,0.991055;STBP=0.849,0.54,0.256;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.163218,0.0478516,-0.00157381;OID=.,.,.;OPOS=94986217,94986218,94986224;OREF=CA,A,AC;OALT=AC,-,CA;OMAPALT=ACAAAAAAC,CAAAAAAC,CAAAAAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:49:46:24:32:5,10,3:4,9,1:0.0869565,0.195652,0.0217391:2,6,0:3,4,3:9:15:2,6,0:2,3,1:14:18 chr15 98015489 . A G 1007.13 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.165;QD=59.243;RBI=0.0715789;REFB=0;REVB=0.0115634;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417632;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:40:27:0:0:41:27:0:0 chr15 98301845 . C T 463.93 PASS AF=1;AO=22;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346405;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.326;QD=57.9914;RBI=0.0370429;REFB=0;REVB=0.0368806;RO=0;SAF=20;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019081;OID=.;OPOS=98301845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:22:32:1:2:20:0:0:11:21:0:0 chr15 98504100 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.958;QD=51.9163;RBI=0.0865151;REFB=0;REVB=0.0842218;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333032;OID=.;OPOS=98504100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr15 98513845 . T C 1637.45 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.743;QD=60.0898;RBI=0.0300308;REFB=0;REVB=0.0107208;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137451;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:109:0:0:105:109:1:59:46:0:0:59:50:0:0 chr15 98995081 . A G 2512.69 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.018;QD=60.9136;RBI=0.0198692;REFB=-0.0574185;REVB=-0.00502067;RO=0;SAF=91;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17809e-08;STB=0.502732;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000411967;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:165:0:1:164:164:0.993939:73:91:0:0:73:91:1:0 chr15 99023968 . T G 625.95 PASS AF=0.666667;AO=54;DP=82;FAO=54;FDP=81;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.000230711;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.037;QD=30.9112;RBI=0.00529368;REFB=-0.0153298;REVB=0.00528865;RO=26;SAF=17;SAR=37;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321716;STB=0.50719;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00645015;OID=.;OPOS=99023968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:26:27:54:54:0.666667:37:17:7:19:37:17:8:19 chr15 99478225 . G A 350.86 PASS AF=0.310345;AO=44;DP=145;FAO=45;FDP=145;FR=.;FRO=100;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=75;FWDB=0.00902678;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.179;QD=9.67901;RBI=0.0193884;REFB=-0.00549676;REVB=-0.0171589;RO=101;SAF=14;SAR=30;SRF=26;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087122;STB=0.567539;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0116851;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:101:100:44:45:0.310345:30:14:26:75:30:15:25:75 chr15 99501758 . A G 533.39 PASS AF=0.6125;AO=48;DP=80;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0286512;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.709;QD=26.6694;RBI=0.0287844;REFB=-0.0097692;REVB=0.00276634;RO=32;SAF=24;SAR=24;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114558;STB=0.57249;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0066376;OID=.;OPOS=99501758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:31:48:49:0.6125:24:24:21:11:25:24:21:10 chr15 99503199 . GGT G 208.84 PASS AF=0.741935;AO=20;DP=27;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0233447;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=2;MLLD=151.77;QD=26.9476;RBI=0.0293969;REFB=-0.0558573;REVB=0.0178662;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.556911;STBP=0.343;TYPE=del;VARB=0.0310283;OID=.;OPOS=99503200;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.741935:20:27:23:31:8:16:7:4:4:39:0:15:5:0:0 chr15 99504437 . C T 636.5 PASS AF=0.324;AO=81;DP=249;FAO=81;FDP=250;FR=.;FRO=169;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=70;FSRR=99;FWDB=0.0149595;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.858;QD=10.1839;RBI=0.0150448;REFB=0.00173578;REVB=-0.00159997;RO=166;SAF=26;SAR=55;SRF=70;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127494;STB=0.568703;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00509545;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:250:166:169:81:81:0.324:55:26:70:96:55:26:70:99 chr15 99504671 . C T 921.22 PASS AF=0.658537;AO=75;DP=117;FAO=81;FDP=123;FR=.;FRO=42;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0126953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3641;QD=29.9583;RBI=0.0299403;REFB=0.00831084;REVB=0.0271155;RO=41;SAF=40;SAR=35;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775291;STB=0.54723;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00252731;OID=.;OPOS=99504671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:123:41:42:75:81:0.658537:35:40:17:24:37:44:17:25 chr15 99511732 . A G 1669.54 PASS AF=0.549296;AO=154;DP=284;FAO=156;FDP=284;FR=.;FRO=128;FSAF=80;FSAR=76;FSRF=63;FSRR=65;FWDB=0.00121069;FXX=0.0138884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.115;QD=23.5146;RBI=0.0201882;REFB=-0.00204447;REVB=-0.0201519;RO=128;SAF=79;SAR=75;SRF=63;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173486;STB=0.5093;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00286627;OID=.;OPOS=99511732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:128:128:154:156:0.549296:75:79:63:65:76:80:63:65 chr15 99646105 . GCA CAG,GCAG 956.73 PASS AF=0,1;AO=3,59;DP=80;FAO=0,66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450613,0.0672198;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=212.298,237.368;QD=57.9836;RBI=0.0668931,0.0871619;REFB=0,0;REVB=0.0494385,0.0554859;RO=13;SAF=0,20;SAR=3,39;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.576447,0.011843;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.00041585;OID=.,.;OPOS=99646105,99646108;OREF=GCA,-;OALT=CAG,G;OMAPALT=CAG,GCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:80:66:13:0:3,59:0,66:0,1:3,39:0,20:4:9:0,46:0,20:0:0 chr15 99653800 . T C 563.03 PASS AF=0.40625;AO=65;DP=160;FAO=65;FDP=160;FR=.;FRO=95;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.0289091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0549;QD=14.0757;RBI=0.0494282;REFB=-0.0149658;REVB=0.0400925;RO=95;SAF=34;SAR=31;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521359;STB=0.529301;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0228204;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:95:95:65:65:0.40625:31:34:45:50:31:34:45:50 chr15 99669628 . A T 268.68 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0144426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.015;QD=13.9574;RBI=0.0215324;REFB=0.00095705;REVB=0.0159704;RO=43;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235575;STB=0.535691;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00168124;OID=.;OPOS=99669628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:46:31:31:0.402597:13:18:24:19:13:18:24:22 chr15 99670161 . C T 155.72 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=92;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0276253;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.07;QD=6.84495;RBI=0.0535485;REFB=-0.0162105;REVB=-0.0458725;RO=67;SAF=12;SAR=11;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127204;STB=0.581679;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.055074;OID=.;OPOS=99670161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:67:68:23:23:0.252747:11:12:28:39:11:12:28:40 chr15 99670278 . C T 160.31 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00168247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.702;QD=10.3428;RBI=0.0327708;REFB=-0.0200328;REVB=-0.0327276;RO=40;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114772;STB=0.578869;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0361803;OID=.;OPOS=99670278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:41:21:21:0.33871:15:6:15:25:15:6:16:25 chr15 99670989 . T C 170.0 PASS AF=0.354839;AO=19;DP=60;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00958107;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.248;QD=10.9678;RBI=0.0109977;REFB=-0.0260274;REVB=-0.00539939;RO=41;SAF=7;SAR=12;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300076;STB=0.65173;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0473313;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:41:40:19:22:0.354839:12:7:26:15:13:9:26:14 chr15 99671760 . T C 1222.12 PASS AF=0.397101;AO=136;DP=344;FAO=137;FDP=345;FR=.;FRO=208;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=103;FSRR=105;FWDB=-0.00683014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.036;QD=14.1695;RBI=0.00842712;REFB=-0.0051818;REVB=-0.00493614;RO=208;SAF=59;SAR=77;SRF=103;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666838;STB=0.539234;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00908984;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:345:208:208:136:137:0.397101:77:59:103:105:78:59:103:105 chr15 99672722 . A G 261.89 PASS AF=0.369048;AO=28;DP=82;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0120805;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.064;QD=12.4709;RBI=0.0164754;REFB=-0.0210992;REVB=-0.0112027;RO=54;SAF=11;SAR=17;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184412;STB=0.592137;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0346912;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:54:53:28:31:0.369048:17:11:30:24:18:13:30:23 chr15 99677707 . G A 689.03 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000765599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.152;QD=62.6388;RBI=0.00298066;REFB=0;REVB=0.00288066;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54214e-05;OID=.;OPOS=99677707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr15 99715352 . A G 364.2 PASS AF=0.310811;AO=46;DP=147;FAO=46;FDP=148;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=-0.0338775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.885;QD=9.84325;RBI=0.0339944;REFB=-0.0114755;REVB=-0.00281706;RO=101;SAF=27;SAR=19;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200451;STB=0.612874;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0257147;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:101:102:46:46:0.310811:19:27:42:59:19:27:43:59 chr15 100246936 . T C 353.8 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0312986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.185;QD=16.082;RBI=0.0383677;REFB=-0.0133769;REVB=0.0221918;RO=50;SAF=24;SAR=14;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534199;STB=0.530011;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.021144;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:14:24:34:16:14:24:34:16 chr15 100246942 . G A 1434.77 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.429;QD=63.0666;RBI=0.00655217;REFB=0;REVB=0.00393805;RO=0;SAF=58;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33812e-06;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:31:58:0:0:33:58:0:0 chr15 100252709 . CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA,CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCC 157.19 PASS AF=0.285714,0.142857;AO=9,8;DP=43;FAO=12,6;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=5,6;FSAR=7,0;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0492208,0.00997079;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=103.086,65.8965;QD=14.9709;RBI=0.0927164,0.0528272;REFB=-0.0938725,-0.0336633;REVB=-0.0785725,-0.0518777;RO=20;SAF=3,8;SAR=6,0;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.244737,0.742075;STB=0.555981,0.998004;STBP=0.657,0.01;TYPE=del,snp;VARB=0.149806,0.124232;OID=.,.;OPOS=100252710,100252741;OREF=CAG,A;OALT=-,C;OMAPALT=CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA,CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0.142857:9,8:43:12,6:42:24:5,6:7,0:12:12:87:20:3,8:6,0:11:9 chr15 100257173 . T C 522.96 PASS AF=0.459016;AO=55;DP=121;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0476275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.769;QD=17.1462;RBI=0.051244;REFB=-0.00716248;REVB=0.0189095;RO=66;SAF=21;SAR=34;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434267;STB=0.528007;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00781961;OID=.;OPOS=100257173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:66:66:55:56:0.459016:34:21:28:38:35:21:28:38 chr15 100269635 . G C 475.61 PASS AF=0.367089;AO=58;DP=158;FAO=58;FDP=158;FR=.;FRO=100;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.01664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.22;QD=12.0408;RBI=0.017748;REFB=-0.00733545;REVB=0.00617286;RO=100;SAF=28;SAR=30;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414126;STB=0.523552;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0179203;OID=.;OPOS=100269635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:100:100:58:58:0.367089:30:28:52:48:30:28:52:48 chr15 100269680 . G C 696.48 PASS AF=0.563025;AO=67;DP=119;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00573176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.526;QD=23.4109;RBI=0.0105742;REFB=-0.000202032;REVB=-0.008886;RO=52;SAF=37;SAR=30;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879803;STB=0.548065;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000176597;OID=.;OPOS=100269680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:52:52:67:67:0.563025:30:37:23:29:30:37:23:29 chr15 100269737 . G A 519.13 PASS AF=0.525;AO=37;DP=70;FAO=42;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0425721;FXX=0.0361402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.1656;QD=25.9567;RBI=0.0445883;REFB=-0.114243;REVB=0.0132565;RO=20;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233377;STB=0.61189;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.012355;OID=.;OPOS=100269737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:80:20:25:37:42:0.525:19:18:17:3:21:21:20:5 chr15 100269749 . G A 430.74 PASS AF=0.494118;AO=30;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0213552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5503;QD=20.27;RBI=0.0299194;REFB=-0.0471075;REVB=0.0209553;RO=30;SAF=10;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967619;STB=0.530106;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0223669;OID=.;OPOS=100269749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:30:41:30:42:0.494118:20:10:13:17:21:21:18:23 chr15 100269796 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.817;QD=58.5997;RBI=0.0146816;REFB=0;REVB=0.0102425;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63193e-05;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr15 100332799 . A C 435.19 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0101797;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1509;QD=23.5236;RBI=0.0141826;REFB=-0.0423106;REVB=0.0098753;RO=32;SAF=29;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111904;STB=0.561663;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0268571;OID=.;OPOS=100332799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:32:32:42:42:0.567568:13:29:18:14:13:29:18:14 chr15 100332807 . C T 464.49 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0612267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8184;QD=24.773;RBI=0.0762333;REFB=-0.0367951;REVB=-0.0454182;RO=31;SAF=28;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701026;STB=0.538444;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0334485;OID=.;OPOS=100332807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:16:28:17:14:16:28:17:14 chr15 100332919 . T C 46.21 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00990533;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.043;QD=7.1091;RBI=0.0100408;REFB=-0.0131165;REVB=0.0016439;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48202;STB=0.813829;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0302373;OID=.;OPOS=100332919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:26:26:19:19:7:7:0.269231:6:1:10:9:6:1:10:9 chr15 100339897 . T C 1683.59 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0432202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.681;QD=58.5597;RBI=0.0523182;REFB=-0.150235;REVB=0.0294823;RO=2;SAF=56;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163668;STB=0.508619;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000537911;OID=.;OPOS=100339897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:2:2:113:113:0.982609:57:56:0:2:57:56:0:2 chr15 100339938 . C T 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.152;QD=60.0288;RBI=0.0117425;REFB=0;REVB=0.00195325;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83321e-05;OID=.;OPOS=100339938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr15 100339960 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00552829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.959;QD=10.7534;RBI=0.0140201;REFB=-0.00968796;REVB=0.0128842;RO=26;SAF=2;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510449;STB=0.80901;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00807862;OID=.;OPOS=100339960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:11:2:15:11:11:2:15:11 chr15 100340375 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1018;QD=39.2063;RBI=0.0718414;REFB=0;REVB=-0.0532081;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00520922;OID=.;OPOS=100340375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr15 100512047 . A G 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0754645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.471;QD=12.0821;RBI=0.0755386;REFB=0.0129903;REVB=-0.00334465;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127383;STB=0.5479;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0241118;OID=.;OPOS=100512047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:35:21:21:0.375:11:10:11:20:11:10:14:21 chr15 100512079 . A G 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0162491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.43;QD=11.8133;RBI=0.0482621;REFB=-0.011632;REVB=-0.0454444;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276494;STB=0.660576;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0265539;OID=.;OPOS=100512079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:5:18:7:6:5:18 chr15 100514614 . T C 327.67 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0101959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.499;QD=15.2405;RBI=0.0561992;REFB=-0.0208121;REVB=-0.0552666;RO=49;SAF=15;SAR=21;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336826;STB=0.513881;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0327219;OID=.;OPOS=100514614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:49:50:36:36:0.418605:21:15:22:27:21:15:22:28 chr15 100672237 . T G 1531.86 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135661;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.248;QD=59.4898;RBI=0.0371254;REFB=0;REVB=0.034558;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179592;OID=.;OPOS=100672237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:55:47:0:0:56:47:0:0 chr15 100794363 . C T 1031.03 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0429819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.347;QD=56.495;RBI=0.0446724;REFB=0.00338157;REVB=0.0121731;RO=2;SAF=33;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277951;STB=0.514702;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000107913;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:38:33:2:0:38:33:2:0 chr15 100801698 . G A 2147.09 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00527271;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.266;QD=62.2345;RBI=0.0106329;REFB=-0.052001;REVB=0.00923343;RO=1;SAF=77;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613445;STB=0.503225;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000128841;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:138:1:1:137:137:0.992754:60:77:1:0:60:77:1:0 chr15 100821467 . G A 6500.76 PASS AF=0.984716;AO=394;DP=463;FAO=451;FDP=458;FR=.;FRO=7;FSAF=239;FSAR=212;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0473585;FXX=0.0129308;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.638;QD=56.7752;RBI=0.052371;REFB=-0.0645811;REVB=0.0223584;RO=1;SAF=186;SAR=208;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228896;STB=0.503744;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00490882;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:463:458:1:7:394:451:0.984716:208:186:0:1:212:239:2:5 chr15 100821576 . G A 3468.95 PASS AF=1;AO=210;DP=212;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.728;QD=62.2234;RBI=0.023729;REFB=0;REVB=0.0056552;RO=0;SAF=89;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67271e-05;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:212:223:0:0:210:223:1:121:89:0:0:122:101:0:0 chr15 100942962 . T C 949.87 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.044;QD=58.4536;RBI=0.0215131;REFB=0;REVB=0.0111479;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36442e-05;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:62:65:1:41:21:0:0:42:23:0:0 chr15 101041896 . T C 894.47 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.959;QD=57.7075;RBI=0.0161896;REFB=0;REVB=0.000544164;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656175;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:28:32:0:0:28:34:0:0 chr15 101324497 . A T 573.33 PASS AF=0.597701;AO=51;DP=86;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.042717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4374;QD=26.3601;RBI=0.0543567;REFB=-0.00623121;REVB=0.0336142;RO=35;SAF=25;SAR=26;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188162;STB=0.597665;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0060762;OID=.;OPOS=101324497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:35:35:51:52:0.597701:26:25:26:9:26:26:26:9 chr15 101324510 . C A 265.6 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.0243408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.702;QD=13.2802;RBI=0.0244832;REFB=-0.00254112;REVB=-0.00263661;RO=49;SAF=16;SAR=15;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216029;STB=0.622384;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00372276;OID=.;OPOS=101324510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:15:16:35:14:15:16:35:14 chr15 101421673 . G A 191.48 PASS AF=0.268041;AO=24;DP=95;FAO=26;FDP=97;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0274214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.364;QD=7.896;RBI=0.0387903;REFB=-0.00974678;REVB=-0.0274364;RO=71;SAF=6;SAR=18;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287322;STB=0.691331;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0473303;OID=.;OPOS=101421673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:71:71:24:26:0.268041:18:6:33:38:20:6:33:38 chr15 101445766 . C A 351.58 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=1.51195e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.575;QD=13.0215;RBI=0.0472793;REFB=-0.0157963;REVB=-0.0472793;RO=65;SAF=23;SAR=19;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757262;STB=0.547596;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0177869;OID=.;OPOS=101445766;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:65:66:42:42:0.388889:19:23:31:34:19:23:31:35 chr15 101562793 . G A 785.04 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.673;QD=57.0938;RBI=0.0409984;REFB=0;REVB=-0.0144903;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120771;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr15 101591923 . A G 1066.5 PASS AF=0.635762;AO=96;DP=151;FAO=96;FDP=151;FR=.;FRO=55;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00417281;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.932;QD=28.2517;RBI=0.0049036;REFB=-0.0366909;REVB=0.00257545;RO=52;SAF=55;SAR=41;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101171;STB=0.510188;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0219382;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:52:55:96:96:0.635762:41:55:29:23:41:55:30:25 chr15 101598200 . G A 406.59 PASS AF=0.34507;AO=49;DP=142;FAO=49;FDP=142;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=0.00734852;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0139;QD=11.4532;RBI=0.0712704;REFB=-0.0373795;REVB=0.0708906;RO=92;SAF=28;SAR=21;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019759;STB=0.515331;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0521893;OID=.;OPOS=101598200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:92:93:49:49:0.34507:21:28:51:41:21:28:51:42 chr15 101598314 . C T 391.81 PASS AF=0.293785;AO=52;DP=185;FAO=52;FDP=177;FR=.;FRO=125;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=74;FSRR=51;FWDB=0.0277406;FXX=0.0432409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.862;QD=8.85442;RBI=0.0390597;REFB=0.00119236;REVB=-0.0274976;RO=114;SAF=33;SAR=19;SRF=71;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149838;STB=0.531878;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00278628;OID=.;OPOS=101598314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:177:114:125:52:52:0.293785:19:33:71:43:19:33:74:51 chr15 101606889 . GC AA 992.13 PASS AF=0.539773;AO=95;DP=179;FAO=95;FDP=176;FR=.;FRO=81;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0117386;FXX=0.0167588;HRUN=2;LEN=2;MLLD=299.694;QD=22.5484;RBI=0.0283216;REFB=-0.00984495;REVB=0.0257744;RO=80;SAF=50;SAR=45;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053399;STB=0.52631;STBP=0.488;TYPE=mnp;VARB=0.00845427;OID=.;OPOS=101606889;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:176:80:81:95:95:0.539773:45:50:37:43:45:50:38:43 chr15 101607513 . T C 1573.48 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.5;QD=58.8216;RBI=0.0186312;REFB=-0.0658342;REVB=-0.0142285;RO=1;SAF=41;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114343;STB=0.506023;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-5.15266e-05;OID=.;OPOS=101607513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:65:41:1:0:65:41:1:0 chr15 101717680 . G T 1194.34 PASS AF=0.690141;AO=98;DP=142;FAO=98;FDP=142;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.019426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.794;QD=33.6433;RBI=0.022907;REFB=-0.0322346;REVB=0.0121393;RO=44;SAF=35;SAR=63;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100664;STB=0.554129;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.013293;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:44:44:98:98:0.690141:63:35:23:21:63:35:23:21 chr15 101718106 . G A 146.39 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0182808;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.609;QD=15.8262;RBI=0.0183097;REFB=-0.0175571;REVB=-0.00102893;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781561;STB=0.522156;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0174484;OID=.;OPOS=101718106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:15:16:0.432432:9:6:10:11:9:7:10:11 chr15 101718190 . C T 577.43 PASS AF=0.604651;AO=52;DP=86;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0160598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7251;QD=26.8571;RBI=0.0175609;REFB=-0.0201446;REVB=0.0071042;RO=34;SAF=21;SAR=31;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712445;STB=0.538869;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0112144;OID=.;OPOS=101718190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:34:52:52:0.604651:31:21:17:17:31:21:17:17 chr15 101718529 . T C 1060.27 PASS AF=0.552486;AO=100;DP=181;FAO=100;FDP=181;FR=.;FRO=81;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0227814;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9316;QD=23.4314;RBI=0.0370095;REFB=-0.0284432;REVB=-0.0291669;RO=81;SAF=52;SAR=48;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00893531;STB=0.500664;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0267409;OID=.;OPOS=101718529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:81:81:100:100:0.552486:48:52:43:38:48:52:42:39 chr15 101718700 . G A 213.51 PASS AF=0.38806;AO=19;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0237631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.557;QD=12.747;RBI=0.0244593;REFB=0.000727832;REVB=-0.00579429;RO=35;SAF=14;SAR=5;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697754;STB=0.52898;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00192638;OID=.;OPOS=101718700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:41:19:26:0.38806:5:14:24:11:12:14:24:17 chr15 101718950 . T C 530.38 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00872106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.778;QD=20.5974;RBI=0.027353;REFB=-0.0116253;REVB=0.0259255;RO=49;SAF=30;SAR=24;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863114;STB=0.547444;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0108847;OID=.;OPOS=101718950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:24:30:32:17:24:30:32:17 chr15 101827137 . C T 679.68 PASS AF=0.659091;AO=58;DP=88;FAO=58;FDP=88;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0163517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.614;QD=30.8944;RBI=0.0246256;REFB=-0.00318141;REVB=-0.0184131;RO=29;SAF=30;SAR=28;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212879;STB=0.516883;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00172231;OID=.;OPOS=101827137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:29:30:58:58:0.659091:28:30:16:13:28:30:17:13 chr15 101827855 . C T 802.64 PASS AF=0.596774;AO=74;DP=124;FAO=74;FDP=124;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0123724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.266;QD=25.8917;RBI=0.0360756;REFB=0.00241903;REVB=-0.0338877;RO=50;SAF=29;SAR=45;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1268;STB=0.56897;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00192119;OID=.;OPOS=101827855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:50:50:74:74:0.596774:45:29:28:22:45:29:28:22 chr15 101910550 . G A 1372.05 PASS AF=0.651934;AO=108;DP=171;FAO=118;FDP=181;FR=.;FRO=63;FSAF=74;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0367879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.509;QD=30.3216;RBI=0.0377266;REFB=-0.00438887;REVB=0.00836322;RO=62;SAF=67;SAR=41;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622584;STB=0.502907;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00237162;OID=.;OPOS=101910550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:181:62:63:108:118:0.651934:41:67:39:23:44:74:40:23 chr15 102192548 . A C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.445;QD=63.1954;RBI=0.0602096;REFB=0;REVB=-0.0117938;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07594e-05;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr15 102223771 . G A 403.56 PASS AF=0.369231;AO=48;DP=131;FAO=48;FDP=130;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.0594349;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2153;QD=12.4171;RBI=0.0614839;REFB=-0.0118225;REVB=-0.0157403;RO=80;SAF=27;SAR=21;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0167987;OID=.;OPOS=102223771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:80:82:48:48:0.369231:21:27:45:35:21:27:45:37 chr15 102224341 . G A 406.99 PASS AF=0.325153;AO=53;DP=163;FAO=53;FDP=163;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=-0.0162887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.756;QD=9.98756;RBI=0.0203701;REFB=-0.00425672;REVB=-0.0122319;RO=109;SAF=32;SAR=21;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117273;STB=0.570999;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00858653;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:109:110:53:53:0.325153:21:32:55:54:21:32:55:55 chr15 102284675 . A G 295.47 PASS AF=0.184932;AO=52;DP=291;FAO=54;FDP=292;FR=.;FRO=238;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=116;FSRR=122;FWDB=0.00922649;FXX=0.0101691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.71;QD=4.04749;RBI=0.0116289;REFB=-0.00547001;REVB=-0.0070784;RO=238;SAF=28;SAR=24;SRF=116;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660097;STB=0.540426;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0249954;OID=.;OPOS=102284675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:292:238:238:52:54:0.184932:24:28:116:122:25:29:116:122 chr15 102284706 . G A 501.11 PASS AF=0.299559;AO=68;DP=227;FAO=68;FDP=227;FR=.;FRO=159;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=67;FSRR=92;FWDB=0.0430584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.8176;QD=8.83006;RBI=0.0554065;REFB=-0.00433351;REVB=0.0348692;RO=156;SAF=36;SAR=32;SRF=64;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14231;STB=0.575236;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0139633;OID=.;OPOS=102284706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:156:159:68:68:0.299559:32:36:64:92:32:36:67:92 chr15 102389423 . C G 1389.67 PASS AF=0.59447;AO=127;DP=219;FAO=129;FDP=217;FR=.;FRO=88;FSAF=53;FSAR=76;FSRF=55;FSRR=33;FWDB=0.0159889;FXX=0.009132;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.524;QD=25.6161;RBI=0.0210952;REFB=-0.0240131;REVB=-0.0137609;RO=87;SAF=53;SAR=74;SRF=55;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161076;STB=0.586901;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0151777;OID=.;OPOS=102389423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:217:87:88:127:129:0.59447:74:53:55:32:76:53:55:33 chr15 102506321 . A G 343.53 PASS AF=0.109902;AO=101;DP=922;FAO=101;FDP=919;FR=.;FRO=818;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=435;FSRR=383;FWDB=0.0399678;FXX=0.00325376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.886;QD=1.49525;RBI=0.0463399;REFB=-0.00110542;REVB=-0.0234512;RO=800;SAF=55;SAR=46;SRF=432;SRR=368;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576171;STB=0.511432;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00865093;OID=.;OPOS=102506321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:922:919:800:818:101:101:0.109902:46:55:432:368:46:55:435:383 chr15 102515257 . C T 93.0 PASS AF=0.109649;AO=25;DP=228;FAO=25;FDP=228;FR=.;FRO=203;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=102;FSRR=101;FWDB=0.0048296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.215;QD=1.63164;RBI=0.0293758;REFB=0.0055903;REVB=-0.0289761;RO=200;SAF=14;SAR=11;SRF=99;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801722;STB=0.551295;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0247033;OID=.;OPOS=102515257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:228:228:200:203:25:25:0.109649:11:14:99:101:11:14:102:101 chr15 102516350 . G A 566.58 PASS AF=0.451852;AO=55;DP=129;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0494428;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8759;QD=16.7875;RBI=0.0696823;REFB=-0.0195321;REVB=0.0491022;RO=74;SAF=26;SAR=29;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830589;STB=0.534083;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0274787;OID=.;OPOS=102516350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:135:74:74:55:61:0.451852:29:26:41:33:31:30:41:33 chr16 103517 . A C 4330.83 PASS AF=1;AO=274;DP=276;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240442;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.21;QD=62.9939;RBI=0.0402456;REFB=0;REVB=-0.0322736;RO=0;SAF=128;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4939e-06;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:276:275:0:0:274:275:1:146:128:0:0:147:128:0:0 chr16 108585 . T C 644.42 PASS AF=0.468085;AO=60;DP=137;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.0103937;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.834;QD=18.2814;RBI=0.0114874;REFB=-0.00824136;REVB=0.00489196;RO=74;SAF=25;SAR=35;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00229344;STB=0.514113;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0106255;OID=.;OPOS=108585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:141:74:75:60:66:0.468085:35:25:31:43:37:29:31:44 chr16 113883 . G GCC 1187.81 PASS AF=1;AO=97;DP=111;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608798;FXX=0.0848977;HRUN=1;LEN=2;MLLD=41.0758;QD=48.9818;RBI=0.0617114;REFB=0;REVB=-0.0100969;RO=12;SAF=54;SAR=43;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000144075;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:111:97:97:0:54:43:0:0:21:12:54:43:11:1 chr16 113886 . GC G 1002.83 PASS AF=1;AO=91;DP=103;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109831;FXX=0.0776624;HRUN=5;LEN=1;MLLD=19.1725;QD=42.2245;RBI=0.113901;REFB=0;REVB=0.0301789;RO=3;SAF=53;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0052404;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00313041;OID=.;OPOS=113887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:91:103:95:95:0:56:39:0:0:17:3:53:38:2:1 chr16 322934 . C T 2206.46 PASS AF=0.643836;AO=188;DP=292;FAO=188;FDP=292;FR=.;FRO=104;FSAF=83;FSAR=105;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.0296769;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.215;QD=30.2255;RBI=0.0302098;REFB=-0.0140625;REVB=0.00564946;RO=101;SAF=83;SAR=105;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169585;STB=0.510144;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00891432;OID=.;OPOS=322934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:101:104:188:188:0.643836:105:83:42:59:105:83:43:61 chr16 336660 . G A 1798.13 PASS AF=0.983607;AO=119;DP=123;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0310941;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.426;QD=58.9551;RBI=0.0360012;REFB=0.0289906;REVB=-0.0181451;RO=3;SAF=54;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056749;STB=0.507574;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.000238851;OID=.;OPOS=336660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:122:3:2:119:120:0.983607:65:54:1:2:65:55:0:2 chr16 447910 . G A 1658.31 PASS AF=0.482955;AO=170;DP=354;FAO=170;FDP=352;FR=.;FRO=182;FSAF=70;FSAR=100;FSRF=70;FSRR=112;FWDB=-0.0141792;FXX=0.00845047;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.58;QD=18.8445;RBI=0.0563689;REFB=-0.0105187;REVB=0.0545564;RO=179;SAF=70;SAR=100;SRF=68;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309368;STB=0.514561;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0113639;OID=.;OPOS=447910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:352:179:182:170:170:0.482955:100:70:68:111:100:70:70:112 chr16 450165 . T C 194.24 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.013348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0479;QD=12.3329;RBI=0.043113;REFB=-0.0164108;REVB=-0.0409947;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197524;STB=0.603092;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0206081;OID=.;OPOS=450165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:38:39:24:24:0.380952:12:12:26:12:12:12:26:13 chr16 455646 . A G 657.76 PASS AF=0.458065;AO=69;DP=153;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.0267135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.274;QD=16.9745;RBI=0.0267431;REFB=-0.016483;REVB=-0.00125768;RO=84;SAF=38;SAR=31;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05028;STB=0.51912;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0240459;OID=.;OPOS=455646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:84:84:69:71:0.458065:31:38:42:42:33:38:42:42 chr16 456416 . T G 727.75 PASS AF=0.459016;AO=74;DP=177;FAO=84;FDP=183;FR=.;FRO=99;FSAF=65;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=30;FWDB=-0.00985553;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4576;QD=15.907;RBI=0.0568287;REFB=-0.0165776;REVB=0.0559676;RO=97;SAF=64;SAR=10;SRF=69;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258092;STB=0.555735;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0204104;OID=.;OPOS=456416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:183:97:99:74:84:0.459016:10:64:69:28:19:65:69:30 chr16 570557 . T C 1328.46 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184028;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.71;QD=62.5157;RBI=0.0192724;REFB=0;REVB=0.00572366;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136605;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:86:85:1:46:40:0:0:46:39:0:0 chr16 593277 . T G 4389.69 PASS AF=0.437673;AO=457;DP=1069;FAO=474;FDP=1083;FR=.;FRO=609;FSAF=264;FSAR=210;FSRF=333;FSRR=276;FWDB=-0.00782421;FXX=0.00459555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.006;QD=16.2131;RBI=0.0105218;REFB=-0.0114073;REVB=-0.00703487;RO=603;SAF=255;SAR=202;SRF=326;SRR=277;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180327;STB=0.505783;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0157964;OID=.;OPOS=593277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1069:1083:603:609:457:474:0.437673:202:255:326:277:210:264:333:276 chr16 602313 . C A 3744.63 PASS AF=1;AO=237;DP=238;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017723;FXX=0.0042015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8753;QD=63.2004;RBI=0.0212633;REFB=-0.0953851;REVB=0.0117483;RO=1;SAF=123;SAR=114;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00416246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510818;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:238:237:1:0:237:237:1:114:123:0:1:114:123:0:0 chr16 603471 . A G 909.15 PASS AF=0.42437;AO=72;DP=246;FAO=101;FDP=238;FR=.,HEALED;FRO=137;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=69;FSRR=68;FWDB=-0.0538187;FXX=0.032519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.347;QD=15.2799;RBI=0.0538187;REFB=-0.0136953;REVB=-2.568e-06;RO=89;SAF=26;SAR=46;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10353;STB=0.527826;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0244831;OID=.;OPOS=603471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:238:89:137:72:101:0.42437:46:26:41:48:55:46:69:68 chr16 622565 . A G 790.78 PASS AF=0.414747;AO=88;DP=216;FAO=90;FDP=217;FR=.;FRO=127;FSAF=70;FSAR=20;FSRF=93;FSRR=34;FWDB=-0.0120081;FXX=0.009132;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4388;QD=14.5767;RBI=0.0192813;REFB=-0.0139518;REVB=-0.0150855;RO=123;SAF=68;SAR=20;SRF=90;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584956;STB=0.536923;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0299936;OID=.;OPOS=622565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:123:127:88:90:0.414747:20:68:90:33:20:70:93:34 chr16 624114 . A G 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00635591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5676;QD=20.5997;RBI=0.0602228;REFB=0.00178442;REVB=-0.0598865;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422861;STB=0.511616;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00323183;OID=.;OPOS=624114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:19:20:20:0.512821:11:9:9:9:11:9:9:10 chr16 624713 . C T 1256.67 PASS AF=0.440129;AO=136;DP=308;FAO=136;FDP=309;FR=.;FRO=173;FSAF=38;FSAR=98;FSRF=45;FSRR=128;FWDB=0.0205401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.178;QD=16.2676;RBI=0.0217299;REFB=-0.0103189;REVB=0.00709196;RO=172;SAF=38;SAR=98;SRF=45;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225091;STB=0.513573;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0129659;OID=.;OPOS=624713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:309:172:173:136:136:0.440129:98:38:45:127:98:38:45:128 chr16 632073 . C T 783.58 PASS AF=0.427861;AO=86;DP=200;FAO=86;FDP=201;FR=.;FRO=115;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=0.0272962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.737;QD=15.5936;RBI=0.0272964;REFB=-0.00585368;REVB=0.000120295;RO=113;SAF=50;SAR=36;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156742;STB=0.509476;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00518078;OID=.;OPOS=632073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:113:115:86:86:0.427861:36:50:64:49:36:50:65:50 chr16 632115 . G A 828.91 PASS AF=0.394191;AO=91;DP=243;FAO=95;FDP=241;FR=.;FRO=146;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=93;FSRR=53;FWDB=-0.0086095;FXX=0.0436491;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.393;QD=13.7578;RBI=0.00902721;REFB=-0.0229666;REVB=0.00271424;RO=131;SAF=45;SAR=46;SRF=82;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138637;STB=0.573823;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0292234;OID=.;OPOS=632115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:241:131:146:91:95:0.394191:46:45:82:49:46:49:93:53 chr16 632138 . C T 1010.69 PASS AF=0.405018;AO=105;DP=273;FAO=113;FDP=279;FR=.;FRO=166;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=87;FSRR=79;FWDB=0.0722485;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.492;QD=14.4902;RBI=0.072994;REFB=-0.0123542;REVB=0.0104058;RO=162;SAF=51;SAR=54;SRF=84;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354251;STB=0.501176;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0182512;OID=.;OPOS=632138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:279:162:166:105:113:0.405018:54:51:84:78:54:59:87:79 chr16 632180 . G C 974.5 PASS AF=0.389474;AO=110;DP=283;FAO=111;FDP=285;FR=.;FRO=174;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=78;FSRR=96;FWDB=-0.0180471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.904;QD=13.6772;RBI=0.0182551;REFB=-0.00268258;REVB=0.00274774;RO=173;SAF=50;SAR=60;SRF=77;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010383;STB=0.50688;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00376709;OID=.;OPOS=632180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:285:173:174:110:111:0.389474:60:50:77:96:60:51:78:96 chr16 632198 . T A 824.12 PASS AF=0.375912;AO=92;DP=269;FAO=103;FDP=274;FR=.;FRO=171;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=75;FSRR=96;FWDB=0.0123397;FXX=0.0108299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.42;QD=12.031;RBI=0.0333208;REFB=-0.00279865;REVB=0.0309517;RO=146;SAF=34;SAR=58;SRF=63;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707626;STB=0.50108;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00655896;OID=.;OPOS=632198;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:274:146:171:92:103:0.375912:58:34:63:83:58:45:75:96 chr16 632225 . T C 624.67 PASS AF=0.333333;AO=78;DP=234;FAO=78;FDP=234;FR=.;FRO=156;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=69;FSRR=87;FWDB=-0.00148932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4165;QD=10.6781;RBI=0.0179864;REFB=-0.00559035;REVB=0.0179246;RO=156;SAF=32;SAR=46;SRF=69;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381704;STB=0.5219;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00531082;OID=.;OPOS=632225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:156:156:78:78:0.333333:46:32:69:87:46:32:69:87 chr16 632230 . CG C 586.63 PASS AF=0.344037;AO=66;DP=217;FAO=75;FDP=218;FR=.;FRO=143;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=63;FSRR=80;FWDB=0.0471292;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.224;QD=10.7638;RBI=0.0486799;REFB=-0.00831729;REVB=-0.0121891;RO=138;SAF=25;SAR=41;SRF=58;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509321;STB=0.509286;STBP=0.827;TYPE=del;VARB=0.0118497;OID=.;OPOS=632231;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344037:66:217:75:218:143:32:43:63:80:99:138:25:41:58:80 chr16 632233 . T C 585.64 PASS AF=0.342466;AO=73;DP=219;FAO=75;FDP=219;FR=.;FRO=144;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=-0.0941258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5396;QD=10.6966;RBI=0.122254;REFB=-0.0159608;REVB=-0.0780155;RO=146;SAF=30;SAR=43;SRF=65;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040718;STB=0.507262;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0355503;OID=.;OPOS=632233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:146:144:73:75:0.342466:43:30:65:81:43:32:63:81 chr16 633125 . T C 2211.53 PASS AF=0.459725;AO=231;DP=508;FAO=234;FDP=509;FR=.;FRO=275;FSAF=125;FSAR=109;FSRF=147;FSRR=128;FWDB=0.00631789;FXX=0.00196075;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.242;QD=17.3794;RBI=0.0398057;REFB=-0.00253749;REVB=0.0393011;RO=271;SAF=123;SAR=108;SRF=143;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00471189;STB=0.500194;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00335947;OID=.;OPOS=633125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:508:509:271:275:231:234:0.459725:108:123:143:128:109:125:147:128 chr16 633353 . TG CA 1548.41 PASS AF=0.386609;AO=178;DP=464;FAO=179;FDP=463;FR=.;FRO=284;FSAF=75;FSAR=104;FSRF=166;FSRR=118;FWDB=-0.0185847;FXX=0.00430098;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.68;QD=13.3772;RBI=0.0195299;REFB=-0.00988779;REVB=-0.00600194;RO=280;SAF=75;SAR=103;SRF=162;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170586;STB=0.600842;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0155784;OID=.;OPOS=633353;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:464:463:280:284:178:179:0.386609:103:75:162:118:104:75:166:118 chr16 633764 . G A 1549.24 PASS AF=0.487578;AO=157;DP=322;FAO=157;FDP=322;FR=.;FRO=165;FSAF=64;FSAR=93;FSRF=79;FSRR=86;FWDB=-0.0294598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6512;QD=19.2452;RBI=0.0294687;REFB=-0.00216764;REVB=0.000724952;RO=165;SAF=64;SAR=93;SRF=79;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677258;STB=0.53722;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0026826;OID=.;OPOS=633764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:165:165:157:157:0.487578:93:64:79:86:93:64:79:86 chr16 677579 . G GC 86.96 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=38;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.161124;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.51631;QD=10.5407;RBI=0.208181;REFB=-0.0403146;REVB=0.131827;RO=19;SAF=0;SAR=16;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.786396;STB=0.597306;STBP=0.378;TYPE=ins;VARB=0.0988624;OID=.;OPOS=677580;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:16:38:24:33:9:1:23:1:8:22:19:0:16:3:16 chr16 678843 . C T 1755.11 PASS AF=0.46056;AO=181;DP=393;FAO=181;FDP=393;FR=.;FRO=212;FSAF=73;FSAR=108;FSRF=88;FSRR=124;FWDB=0.0719729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.041;QD=17.8637;RBI=0.0722073;REFB=-0.00938966;REVB=0.00581332;RO=212;SAF=73;SAR=108;SRF=88;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119337;STB=0.506584;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00961056;OID=.;OPOS=678843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:212:212:181:181:0.46056:108:73:88:124:108:73:88:124 chr16 679814 . T C 8399.28 PASS AF=0.989189;AO=532;DP=551;FAO=549;FDP=555;FR=.;FRO=6;FSAF=247;FSAR=302;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0107923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0991;QD=60.5353;RBI=0.0278132;REFB=0.0345582;REVB=-0.025634;RO=17;SAF=232;SAR=300;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161644;STB=0.501273;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00169155;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:551:555:17:6:532:549:0.989189:300:232:12:5:302:247:2:4 chr16 681280 . G T 415.21 PASS AF=0.4;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.00742921;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.871;QD=13.8404;RBI=0.0462005;REFB=-0.0189317;REVB=-0.0455993;RO=71;SAF=33;SAR=15;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961804;STB=0.560159;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0293494;OID=.;OPOS=681280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:71:72:48:48:0.4:15:33:43:28:15:33:43:29 chr16 700644 . G C 1066.48 PASS AF=0.522167;AO=106;DP=203;FAO=106;FDP=203;FR=.;FRO=97;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=-0.000904291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.19;QD=21.0143;RBI=0.00111146;REFB=-0.011657;REVB=0.000646228;RO=97;SAF=54;SAR=52;SRF=56;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593812;STB=0.532483;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0112019;OID=.;OPOS=700644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:97:97:106:106:0.522167:52:54:56:41:52:54:56:41 chr16 701656 . C T 607.43 PASS AF=0.44;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=150;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.0106192;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.507;QD=16.1981;RBI=0.010782;REFB=-0.00555889;REVB=-0.00186638;RO=79;SAF=29;SAR=37;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216195;STB=0.512954;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00649509;OID=.;OPOS=701656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:79:84:66:66:0.44:37:29:33:46:37:29:35:49 chr16 705360 . T C 2083.72 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.286;QD=62.6684;RBI=0.052642;REFB=0;REVB=0.0110067;RO=0;SAF=73;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39924e-05;OID=.;OPOS=705360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:60:73:0:0:60:73:0:0 chr16 705795 . C T 449.06 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0138274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.131;QD=16.9456;RBI=0.0497397;REFB=-0.0630705;REVB=-0.0477791;RO=56;SAF=26;SAR=23;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293606;STB=0.511767;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0625676;OID=.;OPOS=705795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:56:57:49:49:0.462264:23:26:28:28:23:26:29:28 chr16 705844 . T C 1889.54 PASS AF=0.941176;AO=128;DP=136;FAO=128;FDP=136;FR=.;FRO=8;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00779085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5406;QD=55.5747;RBI=0.0516863;REFB=-0.0179283;REVB=-0.0510958;RO=8;SAF=63;SAR=65;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287527;STB=0.51516;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00940309;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:136:136:8:8:128:128:0.941176:65:63:6:2:65:63:6:2 chr16 705920 . G C 847.44 PASS AF=0.577778;AO=78;DP=135;FAO=78;FDP=135;FR=.;FRO=57;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00711692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9803;QD=25.1093;RBI=0.0221847;REFB=0.0278815;REVB=-0.0210121;RO=57;SAF=45;SAR=33;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399046;STB=0.521734;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.0236827;OID=.;OPOS=705920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:57:57:78:78:0.577778:33:45:30:27:33:45:30:27 chr16 706010 . C CA 694.7 PASS AF=1;AO=57;DP=65;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437198;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.7726;QD=45.5542;RBI=0.0440683;REFB=0;REVB=0.00553102;RO=6;SAF=31;SAR=26;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00790395;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000771351;OID=.;OPOS=706011;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:65:61:61:0:32:29:0:0:13:6:31:26:3:3 chr16 706534 . G A 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0416918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.91;QD=16.8212;RBI=0.0440305;REFB=-0.0130733;REVB=0.0141591;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.014173;OID=.;OPOS=706534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:2:3:5:2:2:3 chr16 708275 . C A 1569.11 PASS AF=0.46875;AO=160;DP=348;FAO=165;FDP=352;FR=.;FRO=187;FSAF=96;FSAR=69;FSRF=83;FSRR=104;FWDB=0.113627;FXX=0.00283278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6894;QD=17.8308;RBI=0.13289;REFB=0.0344498;REVB=0.0689104;RO=186;SAF=95;SAR=65;SRF=84;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13933;STB=0.573492;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0411081;OID=.;OPOS=708275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:352:186:187:160:165:0.46875:65:95:84:102:69:96:83:104 chr16 709001 . C A 2910.05 PASS AF=0.989362;AO=185;DP=187;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=121;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0312734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.804;QD=61.9161;RBI=0.0333796;REFB=-0.145583;REVB=0.0116693;RO=2;SAF=120;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00331707;STB=0.501759;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.000216316;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:188:2:2:185:186:0.989362:65:120:1:1:65:121:1:1 chr16 709152 . G A 347.31 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0423638;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.513;QD=17.5853;RBI=0.0478312;REFB=-0.00832282;REVB=0.0222065;RO=42;SAF=7;SAR=29;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329289;STB=0.689834;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00800111;OID=.;OPOS=709152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:42:36:37:0.468354:29:7:20:22:30:7:20:22 chr16 711712 . C T 6541.38 PASS AF=1;AO=417;DP=420;FAO=418;FDP=418;FR=.;FRO=0;FSAF=223;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108435;FXX=0.00476179;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.06;QD=62.597;RBI=0.156133;REFB=-0.103714;REVB=0.112336;RO=2;SAF=223;SAR=194;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000318347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411603;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:420:418:2:0:417:418:1:194:223:1:1:195:223:0:0 chr16 711905 . A G 2307.24 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.69;QD=61.1189;RBI=0.0717828;REFB=0;REVB=-0.0581284;RO=0;SAF=87;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.47263e-05;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:64:87:0:0:64:87:0:0 chr16 712867 . A G 2106.43 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461922;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.869;QD=62.8786;RBI=0.0462099;REFB=0;REVB=-0.00127973;RO=0;SAF=75;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33934e-05;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:58:75:0:0:58:76:0:0 chr16 715990 . G A,C 4287.1 PASS AF=0.946809,0.0531915;AO=265,15;DP=284;FAO=267,15;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=108,13;FSAR=159,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666433,0.00071979;FXX=0.00704201;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.5464,217.775;QD=60.81;RBI=0.108274,0.0184431;REFB=-0.150323,-0.182842;REVB=0.0853337,-0.0184291;RO=4;SAF=108,13;SAR=157,2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00271174,0.238562;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00162287,0.0903384;OID=.,.;OPOS=715990,715990;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:284:282:4:0:265,15:267,15:0.946809,0.0531915:157,2:108,13:2:2:159,2:108,13:0:0 chr16 716273 . T C 694.6 PASS AF=0.453488;AO=68;DP=164;FAO=78;FDP=172;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0240952;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.286;QD=16.1536;RBI=0.0241265;REFB=-0.01732;REVB=-0.00122818;RO=94;SAF=28;SAR=40;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804299;STB=0.510567;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0175435;OID=.;OPOS=716273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:172:94:94:68:78:0.453488:40:28:38:56:45:33:38:56 chr16 716287 . C A 762.59 PASS AF=0.470588;AO=80;DP=170;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0090782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.531;QD=17.9432;RBI=0.0131201;REFB=0.00782911;REVB=0.0094722;RO=89;SAF=33;SAR=47;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141661;STB=0.51133;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00575354;OID=.;OPOS=716287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:89:90:80:80:0.470588:47:33:38:51:47:33:39:51 chr16 717523 . G T 3460.95 PASS AF=1;AO=219;DP=220;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141485;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.111;QD=62.6416;RBI=0.0376983;REFB=0;REVB=0.0349425;RO=0;SAF=81;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02889e-05;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:221:0:0:219:221:1:138:81:0:0:138:83:0:0 chr16 717544 . G C 1131.48 PASS AF=0.52093;AO=112;DP=216;FAO=112;FDP=215;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=74;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.104768;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8018;QD=21.0508;RBI=0.108096;REFB=0.0205896;REVB=0.0266164;RO=104;SAF=38;SAR=74;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973698;STB=0.550448;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0189285;OID=.;OPOS=717544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:104:103:112:112:0.52093:74:38:46:58:74:38:45:58 chr16 718514 . C G 1675.62 PASS AF=0.533784;AO=158;DP=296;FAO=158;FDP=296;FR=.;FRO=138;FSAF=67;FSAR=91;FSRF=57;FSRR=81;FWDB=0.00623112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.92;QD=22.6436;RBI=0.00661914;REFB=-0.00793546;REVB=0.00223298;RO=137;SAF=67;SAR=91;SRF=57;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00697954;STB=0.505261;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00649939;OID=.;OPOS=718514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:137:138:158:158:0.533784:91:67:57:80:91:67:57:81 chr16 719592 . G A 640.54 PASS AF=0.40678;AO=72;DP=177;FAO=72;FDP=177;FR=.;FRO=105;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.00730306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.384;QD=14.4756;RBI=0.00730655;REFB=-0.00420901;REVB=-0.0002257;RO=103;SAF=38;SAR=34;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10527;STB=0.553037;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00596866;OID=.;OPOS=719592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:103:105:72:72:0.40678:34:38:44:59:34:38:46:59 chr16 720152 . T C 347.35 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0112234;FXX=0.0684838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.19;QD=20.4322;RBI=0.0242093;REFB=-0.00110191;REVB=0.0214505;RO=27;SAF=11;SAR=24;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00564131;OID=.;OPOS=720152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:68:27:30:35:36:0.529412:24:11:13:14:24:12:10:20 chr16 720960 . C T 538.53 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=0.00419166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.877;QD=16.1962;RBI=0.00497413;REFB=-0.00856778;REVB=0.00267806;RO=73;SAF=30;SAR=28;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996657;STB=0.562023;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00977687;OID=.;OPOS=720960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:73:75:58:58:0.43609:28:30:45:28:28:30:47:28 chr16 720986 . G A 807.65 PASS AF=0.546763;AO=75;DP=138;FAO=76;FDP=139;FR=.;FRO=63;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0293953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.404;QD=23.2418;RBI=0.0318024;REFB=-0.0292414;REVB=0.012137;RO=63;SAF=49;SAR=26;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114441;STB=0.557804;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.023996;OID=.;OPOS=720986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:63:63:75:76:0.546763:26:49:33:30:27:49:33:30 chr16 722331 . C T 968.37 PASS AF=0.985294;AO=64;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0561131;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.455;QD=56.963;RBI=0.0561179;REFB=0.0190956;REVB=-0.000731508;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.511108;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000263946;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:64:67:0.985294:21:43:0:0:22:45:0:1 chr16 722548 . A G 989.24 PASS AF=0.985507;AO=65;DP=66;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0843166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.972;QD=57.3474;RBI=0.0843339;REFB=-0.235022;REVB=-0.00170544;RO=1;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014995;STB=0.50746;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0020422;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:69:1:1:65:68:0.985507:34:31:1:0:35:33:1:0 chr16 735921 . T C 367.27 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0119884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.562;QD=16.5067;RBI=0.036945;REFB=-0.0144798;REVB=0.0349458;RO=50;SAF=11;SAR=28;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456607;STB=0.525717;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0143078;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:28:11:16:34:28:11:16:34 chr16 740404 . C G 498.1 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00885084;FXX=0.0406471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9236;QD=16.8846;RBI=0.047879;REFB=-0.0124224;REVB=0.0470538;RO=60;SAF=20;SAR=33;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182562;STB=0.581941;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0180423;OID=.;OPOS=740404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:60:65:53:53:0.449153:33:20:34:26:33:20:34:31 chr16 746884 . A C 3288.29 PASS AF=0.519355;AO=316;DP=612;FAO=322;FDP=620;FR=.;FRO=298;FSAF=132;FSAR=190;FSRF=151;FSRR=147;FWDB=-0.078955;FXX=0.00161028;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2233;QD=21.2148;RBI=0.0965595;REFB=-0.00650676;REVB=0.0555864;RO=296;SAF=131;SAR=185;SRF=149;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798898;STB=0.547252;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00738549;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:612:620:296:298:316:322:0.519355:185:131:149:147:190:132:151:147 chr16 746914 . G A 3130.39 PASS AF=0.524306;AO=302;DP=575;FAO=302;FDP=576;FR=.;FRO=274;FSAF=131;FSAR=171;FSRF=149;FSRR=125;FWDB=0.00316273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.561;QD=21.7388;RBI=0.00472075;REFB=-0.00902526;REVB=0.00350466;RO=273;SAF=131;SAR=171;SRF=148;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948007;STB=0.552526;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00826408;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:575:576:273:274:302:302:0.524306:171:131:148:125:171:131:149:125 chr16 772061 . C T 3933.82 PASS AF=0.904918;AO=276;DP=310;FAO=276;FDP=305;FR=.;FRO=29;FSAF=128;FSAR=148;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00778632;FXX=0.019292;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.902;QD=51.5911;RBI=0.0207416;REFB=0.0219839;REVB=0.0192246;RO=24;SAF=128;SAR=148;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052;STB=0.521321;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00052982;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:310:305:24:29:276:276:0.904918:148:128:3:21:148:128:7:22 chr16 772062 . G T 61.76 PASS AF=0.0764331;AO=24;DP=314;FAO=24;FDP=314;FR=.;FRO=290;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=135;FSRR=155;FWDB=0.0256315;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.0642;QD=0.78681;RBI=0.0375402;REFB=-0.000712454;REVB=0.027428;RO=290;SAF=3;SAR=21;SRF=135;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411379;STB=0.845572;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00147508;OID=.;OPOS=772062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:314:314:290:290:24:24:0.0764331:21:3:135:155:21:3:135:155 chr16 772141 . G C 4236.17 PASS AF=1;AO=269;DP=272;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810104;FXX=0.0108692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.912;QD=62.0685;RBI=0.0175972;REFB=-0.098017;REVB=0.0156216;RO=0;SAF=147;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022801;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:272:273:0:0:269:273:1:122:147:0:0:125:148:0:0 chr16 773341 . G A 1116.66 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9626;QD=60.3599;RBI=0.042449;REFB=0;REVB=0.0396628;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107276;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr16 774520 . C T 787.81 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080238;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.065;QD=57.2956;RBI=0.0264238;REFB=0;REVB=0.0251761;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000396172;OID=.;OPOS=774520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr16 774543 . ACCCCCCA ACCCCCAC 91.48 PASS AF=0.264706;AO=6;DP=36;FAO=9;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0840405;FXX=0.0555401;HRUN=6;LEN=2;MLLD=48.199;QD=10.7627;RBI=0.0856571;REFB=-0.000625578;REVB=-0.0165631;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633411;STB=0.790167;STBP=0.049;TYPE=mnp;VARB=-0.00614734;OID=.;OPOS=774549;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=ACCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:6:36:9:34:17:6:3:3:14:60:15:5:1:3:12 chr16 774692 . A G 3260.36 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0174;QD=61.5162;RBI=0.0463982;REFB=0;REVB=-0.0435267;RO=0;SAF=120;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169328;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:212:212:0:0:211:212:1:91:120:0:0:92:120:0:0 chr16 774760 . T C 129.68 PASS AF=0.137097;AO=43;DP=240;FAO=34;FDP=248;FR=.;FRO=214;FSAF=32;FSAR=2;FSRF=89;FSRR=125;FWDB=0.00125751;FXX=0.0040159;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1716;QD=2.09154;RBI=0.0242669;REFB=-0.0136296;REVB=-0.0242343;RO=190;SAF=41;SAR=2;SRF=72;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.725034;STB=0.943544;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.159891;OID=.;OPOS=774760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:248:190:214:43:34:0.137097:2:41:72:118:2:32:89:125 chr16 778024 . T C 3118.32 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.581;QD=61.7489;RBI=0.0280701;REFB=0;REVB=0.013754;RO=0;SAF=95;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.47983e-06;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:202:202:1:107:95:0:0:107:95:0:0 chr16 778820 . G A 3241.73 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223826;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2976;QD=62.0427;RBI=0.0252523;REFB=0;REVB=-0.0116918;RO=0;SAF=121;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.56557e-05;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:208:209:1:87:121:0:0:88:121:0:0 chr16 778953 . GT GG,TG 44.8 PASS AF=0.0232558,0.139535;AO=4,4;DP=44;FAO=1,6;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=1,6;FSAR=0,0;FSRF=36;FSRR=0;FWDB=0.00146395,0.0170718;FXX=0.0227221;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=210.66,41.0709;QD=4.16759;RBI=0.00146395,0.0170718;REFB=-4.27531e-05,0.00634587;REVB=0,0;RO=24;SAF=4,4;SAR=0,0;SRF=24;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.133204,-0.0272895;OID=.,.;OPOS=778954,778953;OREF=T,GT;OALT=G,TG;OMAPALT=GG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:44:43:24:36:4,4:1,6:0.0232558,0.139535:0,0:4,4:24:0:0,0:1,6:36:0 chr16 781633 . G A 2962.21 PASS AF=1;AO=186;DP=192;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206817;FXX=0.0208322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.062;QD=63.0258;RBI=0.0651499;REFB=-0.0495618;REVB=0.06178;RO=0;SAF=76;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157315;OID=.;OPOS=781633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:192:188:0:0:186:188:1:110:76:0:0:111:77:0:0 chr16 784765 . C T 923.94 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.631;QD=57.7463;RBI=0.106894;REFB=0;REVB=-0.00790459;RO=0;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014493;OID=.;OPOS=784765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:46:16:0:0:47:17:0:0 chr16 820662 . G T 30.06 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=92;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=-0.0182058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.054;QD=1.29275;RBI=0.032737;REFB=-0.00438474;REVB=-0.0272077;RO=84;SAF=3;SAR=5;SRF=28;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515439;STB=0.545345;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.055808;OID=.;OPOS=820662;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:93:84:85:8:8:0.0860215:5:3:28:56:5:3:28:57 chr16 839262 . A G 8528.27 PASS AF=1;AO=529;DP=529;FAO=535;FDP=535;FR=.;FRO=0;FSAF=266;FSAR=269;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.219;QD=63.7627;RBI=0.0801278;REFB=0;REVB=-0.0102381;RO=0;SAF=262;SAR=267;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92371e-05;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:529:535:0:0:529:535:1:267:262:0:0:269:266:0:0 chr16 845730 . G T 771.76 PASS AF=0.465517;AO=81;DP=174;FAO=81;FDP=174;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=29;FSRR=64;FWDB=-0.00663379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.763;QD=17.7415;RBI=0.044293;REFB=-0.00592601;REVB=0.0437934;RO=93;SAF=27;SAR=54;SRF=29;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023571;STB=0.51304;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0062697;OID=.;OPOS=845730;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:93:93:81:81:0.465517:54:27:29:64:54:27:29:64 chr16 863336 . T C 393.9 PASS AF=0.403509;AO=45;DP=113;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0168388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.612;QD=13.8211;RBI=0.0420725;REFB=-0.0197883;REVB=-0.0385559;RO=66;SAF=20;SAR=25;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107452;STB=0.509234;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0315312;OID=.;OPOS=863336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:66:68:45:46:0.403509:25:20:30:36:25:21:30:38 chr16 863498 . G C 1650.07 PASS AF=0.471074;AO=170;DP=363;FAO=171;FDP=363;FR=.;FRO=192;FSAF=90;FSAR=81;FSRF=91;FSRR=101;FWDB=0.00454421;FXX=0.00274718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.145;QD=18.1826;RBI=0.0115637;REFB=-0.00184881;REVB=0.0106335;RO=191;SAF=90;SAR=80;SRF=90;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559167;STB=0.527686;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0020347;OID=.;OPOS=863498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:363:191:192:170:171:0.471074:80:90:90:101:81:90:91:101 chr16 929711 . C T 851.34 PASS AF=0.549669;AO=83;DP=153;FAO=83;FDP=151;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0147659;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.981;QD=22.5519;RBI=0.0152093;REFB=-0.00159513;REVB=0.00364551;RO=67;SAF=31;SAR=52;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161519;STB=0.591751;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00172656;OID=.;OPOS=929711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:67:68:83:83:0.549669:52:31:38:29:52:31:39:29 chr16 1034740 . A C 40.2 PASS AF=0.0944882;AO=13;DP=127;FAO=12;FDP=127;FR=.;FRO=115;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=85;FWDB=-0.0482089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1895;QD=1.26628;RBI=0.106894;REFB=-0.00662957;REVB=-0.0954056;RO=102;SAF=1;SAR=12;SRF=30;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394752;STB=0.77972;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.139923;OID=.;OPOS=1034740;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:127:127:102:115:13:12:0.0944882:12:1:30:72:11:1:30:85 chr16 1034834 . T C 5179.65 PASS AF=1;AO=328;DP=330;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251914;FXX=0.00606042;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8654;QD=63.1665;RBI=0.0328451;REFB=-0.042262;REVB=0.0210758;RO=1;SAF=133;SAR=195;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51549e-05;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:330:328:1:0:328:328:1:195:133:0:1:195:133:0:0 chr16 1115904 . G A 317.37 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00679588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.114;QD=18.1355;RBI=0.00773775;REFB=-0.00602057;REVB=-0.00369983;RO=36;SAF=19;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00304939;STB=0.501703;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00730904;OID=.;OPOS=1115904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:15:19:20:16:15:19:20:16 chr16 1116169 . A G 2863.18 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.911;QD=62.927;RBI=0.0238033;REFB=0;REVB=-0.00634703;RO=0;SAF=73;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66595e-05;OID=.;OPOS=1116169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:182:0:0:180:182:1:107:73:0:0:109:73:0:0 chr16 1116220 . T TG,TGG 185.97 PASS AF=0.909091,0;AO=23,6;DP=58;FAO=40,0;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=12,0;FSAR=28,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0179922,0.0091453;FXX=0.0222173;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.16121,9.99549;QD=16.9061;RBI=0.0191398,0.0154585;REFB=0.0547366,0.0299565;REVB=0.0065278,0.0124631;RO=28;SAF=8,1;SAR=15,5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.118673,-0.389479;STB=0.505432,0.5;STBP=0.888,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.000568104,0;OID=.,.;OPOS=1116221,1116221;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091,0:23,6:58:40,0:44:4:12,0:28,0:1:3:7:28:8,1:15,5:13:15 chr16 1116445 . A G 775.75 PASS AF=1;AO=34;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.739;QD=57.4629;RBI=0.1406;REFB=0;REVB=0.138783;RO=0;SAF=29;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457037;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:34:54:1:5:29:0:0:24:30:0:0 chr16 1129872 . C T 508.4 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0325278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.021;QD=56.4889;RBI=0.0571548;REFB=-0.120804;REVB=0.0469959;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0018503;OID=.;OPOS=1129872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:1:0:17:18:1:0 chr16 1129912 . A G 598.2 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530486;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.071;QD=61.3543;RBI=0.029597;REFB=0;REVB=-0.0291178;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.71606e-05;OID=.;OPOS=1129912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr16 1131181 . C T 5555.62 PASS AF=1;AO=354;DP=359;FAO=355;FDP=355;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=184;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100379;FXX=0.0111418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.71;QD=62.5986;RBI=0.0100698;REFB=0.0332607;REVB=-0.000801656;RO=0;SAF=170;SAR=184;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04123e-06;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:359:355:0:0:354:355:1:184:170:0:0:184:171:0:0 chr16 1131373 . G A 197.8 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00238959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4249;QD=14.6518;RBI=0.0129554;REFB=0.00373289;REVB=0.0127331;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635979;STB=0.515334;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00352875;OID=.;OPOS=1131373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:31:23:23:0.425926:12:11:12:17:12:11:14:17 chr16 1131393 . A G 902.44 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148203;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9028;QD=58.2222;RBI=0.0152937;REFB=0;REVB=-0.00377558;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8029e-05;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr16 1252369 . C T 3035.79 PASS AF=0.980676;AO=201;DP=210;FAO=203;FDP=207;FR=.;FRO=4;FSAF=107;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0196175;FXX=0.014285;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.879;QD=58.6626;RBI=0.0580026;REFB=-0.0895159;REVB=0.0545843;RO=5;SAF=107;SAR=94;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246564;STB=0.505367;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000206695;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:210:207:5:4:201:203:0.980676:94:107:0:5:96:107:1:3 chr16 1254369 . C T 77.92 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0499451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0174;QD=14.1679;RBI=0.0720413;REFB=-0.0242044;REVB=0.0519175;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120736;STB=0.57128;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0387034;OID=.;OPOS=1254369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:5:7:7:3:5:7 chr16 1260481 . T C 1134.97 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.425;QD=60.5319;RBI=0.0260565;REFB=0;REVB=-0.0224656;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111791;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:47:28:0:0:47:28:0:0 chr16 1261219 . A G 553.83 PASS AF=0.386905;AO=65;DP=168;FAO=65;FDP=168;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.00363955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.158;QD=13.1864;RBI=0.0169375;REFB=-0.0078298;REVB=-0.0165418;RO=103;SAF=38;SAR=27;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346201;STB=0.519567;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0189885;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:103:103:65:65:0.386905:27:38:57:46:27:38:57:46 chr16 1261222 . A G 590.79 PASS AF=0.397661;AO=68;DP=171;FAO=68;FDP=171;FR=.;FRO=103;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.0236782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8083;QD=13.8196;RBI=0.0253417;REFB=0.0117302;REVB=-0.00903011;RO=103;SAF=42;SAR=26;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712682;STB=0.540181;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0117413;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:103:103:68:68:0.397661:26:42:57:46:26:42:57:46 chr16 1261282 . T C 2151.19 PASS AF=0.954839;AO=148;DP=156;FAO=148;FDP=155;FR=.;FRO=7;FSAF=76;FSAR=72;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00700701;FXX=0.00640985;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.961;QD=55.5145;RBI=0.0236954;REFB=-0.0310671;REVB=0.0226357;RO=4;SAF=76;SAR=72;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131857;STB=0.502617;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.000244272;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:156:155:4:7:148:148:0.954839:72:76:1:3:72:76:4:3 chr16 1268494 . C T 464.83 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.00364869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.638;QD=17.7079;RBI=0.0138621;REFB=-0.0171655;REVB=0.0133733;RO=51;SAF=19;SAR=31;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304506;STB=0.54061;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0222863;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:55:50:50:0.47619:31:19:21:30:31:19:25:30 chr16 1268542 . G A 297.48 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0157366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2158;QD=18.3065;RBI=0.0163873;REFB=-0.00834278;REVB=0.00457178;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450208;STB=0.525157;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0092804;OID=.;OPOS=1268542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:19:13:15:18:19:13:15:18 chr16 1269003 . A G 403.52 PASS AF=0.354037;AO=48;DP=152;FAO=57;FDP=161;FR=.;FRO=104;FSAF=48;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.00311834;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.82;QD=10.0253;RBI=0.00365045;REFB=-0.0185644;REVB=0.00189782;RO=102;SAF=48;SAR=0;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.825031;STB=0.764786;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.035939;OID=.;OPOS=1269003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:161:102:104:48:57:0.354037:0:48:52:50:9:48:52:52 chr16 1269029 . T C 899.71 PASS AF=0.520468;AO=88;DP=169;FAO=89;FDP=171;FR=.;FRO=82;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=62;FSRR=20;FWDB=-0.0187659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.563;QD=21.0459;RBI=0.0189629;REFB=-0.00166264;REVB=0.0027265;RO=81;SAF=45;SAR=43;SRF=61;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213647;STB=0.615727;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=2.05904e-05;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:81:82:88:89:0.520468:43:45:61:20:43:46:62:20 chr16 1270055 . T C 2616.47 PASS AF=0.474427;AO=269;DP=568;FAO=269;FDP=567;FR=.;FRO=298;FSAF=151;FSAR=118;FSRF=135;FSRR=163;FWDB=-0.0483243;FXX=0.00176053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8724;QD=18.4584;RBI=0.0541466;REFB=-0.00952708;REVB=-0.0244257;RO=298;SAF=151;SAR=118;SRF=135;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103717;STB=0.556987;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0106006;OID=.;OPOS=1270055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:568:567:298:298:269:269:0.474427:118:151:135:163:118:151:135:163 chr16 1270162 . G A 1268.08 PASS AF=0.494253;AO=129;DP=261;FAO=129;FDP=261;FR=.;FRO=132;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=55;FSRR=77;FWDB=-0.0182815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4536;QD=19.4343;RBI=0.0191633;REFB=-0.0144921;REVB=0.00574624;RO=132;SAF=54;SAR=75;SRF=55;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00183403;STB=0.501007;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0146185;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:132:132:129:129:0.494253:75:54:55:77:75:54:55:77 chr16 1270349 . T C 2382.6 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268776;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.086;QD=63.9624;RBI=0.0303315;REFB=0;REVB=-0.0140567;RO=0;SAF=80;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34466e-05;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:148:149:1:68:80:0:0:69:80:0:0 chr16 1271890 . G T 573.49 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.0521046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4229;QD=18.0628;RBI=0.0658111;REFB=-0.0163079;REVB=0.0402022;RO=67;SAF=34;SAR=26;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168741;STB=0.593507;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0166414;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:67:60:60:0.472441:26:34:26:41:26:34:26:41 chr16 1272038 . G A 1355.44 PASS AF=1;AO=85;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6678;QD=60.9185;RBI=0.104375;REFB=0;REVB=-0.0106998;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326055;OID=.;OPOS=1272038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:85:89:1:51:34:0:0:51:38:0:0 chr16 1272865 . G A 2976.42 PASS AF=0.532833;AO=279;DP=528;FAO=284;FDP=533;FR=.;FRO=249;FSAF=116;FSAR=168;FSRF=105;FSRR=144;FWDB=0.00833869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.529;QD=22.3371;RBI=0.00859748;REFB=-0.0101571;REVB=-0.00209353;RO=248;SAF=116;SAR=163;SRF=104;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00318671;STB=0.506383;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00890128;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:528:533:248:249:279:284:0.532833:163:116:104:144:168:116:105:144 chr16 1273444 . G T 688.36 PASS AF=0.327273;AO=87;DP=274;FAO=90;FDP=275;FR=.;FRO=185;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=83;FSRR=102;FWDB=-0.00619131;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.95;QD=10.0125;RBI=0.0116587;REFB=-0.00594514;REVB=-0.00987896;RO=186;SAF=29;SAR=58;SRF=83;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141488;STB=0.591034;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0127827;OID=.;OPOS=1273444;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:275:186:185:87:90:0.327273:58:29:83:103:61:29:83:102 chr16 1291188 . C T 468.73 PASS AF=0.307692;AO=59;DP=196;FAO=60;FDP=195;FR=.;FRO=135;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=64;FSRR=71;FWDB=0.00100407;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4151;QD=9.615;RBI=0.0110238;REFB=0.000912358;REVB=-0.010978;RO=118;SAF=29;SAR=30;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393505;STB=0.517943;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00173114;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:118:135:59:60:0.307692:30:29:54:64:30:30:64:71 chr16 1291597 . C G 222.34 PASS AF=0.160714;AO=45;DP=281;FAO=45;FDP=280;FR=.;FRO=235;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=99;FSRR=136;FWDB=-0.0303488;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.95;QD=3.17626;RBI=0.0358681;REFB=-2.2165e-05;REVB=0.0191172;RO=234;SAF=19;SAR=26;SRF=97;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101974;STB=0.500813;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=9.60447e-05;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:280:234:235:45:45:0.160714:26:19:97:137:26:19:99:136 chr16 1291622 . A G 550.34 PASS AF=0.261745;AO=78;DP=300;FAO=78;FDP=298;FR=.;FRO=220;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=101;FSRR=119;FWDB=-0.00483835;FXX=0.00666644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.69;QD=7.38706;RBI=0.035053;REFB=0.00300295;REVB=0.0347175;RO=217;SAF=30;SAR=48;SRF=98;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858031;STB=0.556544;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0104573;OID=.;OPOS=1291622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:298:217:220:78:78:0.261745:48:30:98:119:48:30:101:119 chr16 1306346 . C T 544.5 PASS AF=0.450382;AO=55;DP=132;FAO=59;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0198503;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.508;QD=16.6259;RBI=0.0262874;REFB=-0.0486377;REVB=-0.0172334;RO=53;SAF=33;SAR=22;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229234;STB=0.571937;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0559186;OID=.;OPOS=1306346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:53:72:55:59:0.450382:22:33:18:35:22:37:36:36 chr16 1306355 . T C 536.78 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0506527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8501;QD=16.0232;RBI=0.0518884;REFB=-0.0604551;REVB=0.0112565;RO=74;SAF=34;SAR=24;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330188;STB=0.519487;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0347785;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:74:76:58:58:0.432836:24:34:41:33:24:34:42:34 chr16 1306559 . AG A,CG 735.04 PASS AF=0.517007,0.0408163;AO=68,7;DP=156;FAO=76,6;FDP=147;FR=.;FRO=65;FSAF=50,0;FSAR=26,6;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=0.11622,0.0113863;FXX=0.0576886;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=24.6158,98.456;QD=20.0012;RBI=0.132268,0.029323;REFB=0.0151497,-0.0157089;REVB=0.0631469,-0.027022;RO=61;SAF=49,0;SAR=19,7;SRF=44;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.000773698,-0.717947;STB=0.517815,0.998781;STBP=0.731,0.001;TYPE=del,snp;VARB=-0.00591915,0.054936;OID=.,.;OPOS=1306560,1306559;OREF=G,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:147:61:65:68,7:76,6:0.517007,0.0408163:19,7:49,0:44:17:26,6:50,0:45:20 chr16 1306680 . C T 679.65 PASS AF=0.476821;AO=72;DP=151;FAO=72;FDP=151;FR=.;FRO=79;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00407875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.252;QD=18.0039;RBI=0.0118908;REFB=-0.0059826;REVB=-0.0111694;RO=78;SAF=49;SAR=23;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204078;STB=0.616856;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00722392;OID=.;OPOS=1306680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:78:79:72:72:0.476821:23:49:37:41:23:49:37:42 chr16 1306981 . G A 1120.55 PASS AF=0.495614;AO=112;DP=229;FAO=113;FDP=228;FR=.;FRO=115;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=-0.0262396;FXX=0.0129865;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.354;QD=19.6587;RBI=0.027138;REFB=-0.00621872;REVB=-0.00692473;RO=114;SAF=59;SAR=53;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000432583;STB=0.504201;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00718412;OID=.;OPOS=1306981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:114:115:112:113:0.495614:53:59:60:54:54:59:61:54 chr16 1311361 . C T 1597.46 PASS AF=0.506369;AO=158;DP=316;FAO=159;FDP=314;FR=.;FRO=155;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=91;FSRR=64;FWDB=0.0277247;FXX=0.00946342;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.862;QD=20.3498;RBI=0.0289747;REFB=-0.011834;REVB=0.00841873;RO=154;SAF=76;SAR=82;SRF=90;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093051;STB=0.550637;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0126158;OID=.;OPOS=1311361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:314:154:155:158:159:0.506369:82:76:90:64:82:77:91:64 chr16 1312843 . G A 700.83 PASS AF=0.319149;AO=90;DP=282;FAO=90;FDP=282;FR=.;FRO=192;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=86;FSRR=106;FWDB=-0.00625707;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.281;QD=9.94078;RBI=0.0196849;REFB=-0.00623682;REVB=-0.0186639;RO=188;SAF=45;SAR=45;SRF=86;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500891;STB=0.535453;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0124532;OID=.;OPOS=1312843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:188:192:90:90:0.319149:45:45:86:102:45:45:86:106 chr16 1370597 . G C 1661.37 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.879;QD=59.3346;RBI=0.0310974;REFB=0.0615754;REVB=0.0147964;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.504201;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.000129525;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:111:111:0.991071:59:52:0:0:59:52:0:1 chr16 1370614 . C G 1497.17 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.918;QD=63.0387;RBI=0.0236301;REFB=0;REVB=0.022766;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20904e-05;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:47:46:0:0:49:46:0:0 chr16 1370630 . A G 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.545;QD=60.7147;RBI=0.0137877;REFB=0;REVB=-0.0100114;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56213e-06;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr16 1374818 . A G 2262.98 PASS AF=0.986301;AO=144;DP=146;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000989846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.187;QD=61.9994;RBI=0.0251887;REFB=-0.0332768;REVB=0.0251692;RO=2;SAF=103;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022627;STB=0.511903;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=2.17234e-05;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:146:2:2:144:144:0.986301:41:103:0:2:41:103:0:2 chr16 1389153 . C A 4335.47 PASS AF=0.965986;AO=282;DP=295;FAO=284;FDP=294;FR=.;FRO=10;FSAF=146;FSAR=138;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0459019;FXX=0.00338972;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7741;QD=58.986;RBI=0.0473531;REFB=-0.117357;REVB=0.0116332;RO=11;SAF=146;SAR=136;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00198498;STB=0.502925;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00328567;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:295:294:11:10:282:284:0.965986:136:146:6:5:138:146:6:4 chr16 1391871 . C G 2655.69 PASS AF=0.977528;AO=173;DP=177;FAO=174;FDP=178;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0199779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.74;QD=59.6783;RBI=0.0228777;REFB=-0.154038;REVB=-0.0111478;RO=0;SAF=75;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507291;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000853367;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:177:178:0:4:173:174:0.977528:98:75:0:0:99:75:3:1 chr16 1394507 . A C 2955.14 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.497;QD=62.5426;RBI=0.0874418;REFB=0;REVB=0.00777102;RO=1;SAF=82;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001842;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:189:1:0:177:189:1:95:82:0:1:105:84:0:0 chr16 1400822 . G A 1277.95 PASS AF=0.478102;AO=131;DP=274;FAO=131;FDP=274;FR=.;FRO=143;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=70;FSRR=73;FWDB=0.00786616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.314;QD=18.6562;RBI=0.0105816;REFB=0.00129606;REVB=0.00707772;RO=139;SAF=60;SAR=71;SRF=69;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360622;STB=0.516506;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00138412;OID=.;OPOS=1400822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:139:143:131:131:0.478102:71:60:69:70:71:60:70:73 chr16 1413427 . G A 214.47 PASS AF=0.375;AO=20;DP=65;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00772863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.916;QD=11.915;RBI=0.0168469;REFB=-0.0189054;REVB=0.0149695;RO=44;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263612;STB=0.514008;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0316963;OID=.;OPOS=1413427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:72:44:45:20:27:0.375:10:10:23:21:12:15:24:21 chr16 1419947 . A G 1153.36 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.821;QD=60.7034;RBI=0.0170137;REFB=0;REVB=0.0110513;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9212e-05;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:41:33:0:0:43:33:0:0 chr16 1433766 . T C 6181.37 PASS AF=1;AO=394;DP=398;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=194;FSAR=205;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108691;FXX=0.0123759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.729;QD=61.9686;RBI=0.0337823;REFB=-0.0764452;REVB=0.031986;RO=3;SAF=192;SAR=202;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222233;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015396;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:398:399:3:0:394:399:1:202:192:1:2:205:194:0:0 chr16 1447278 . A C,G 2227.97 PASS AF=0.0551724,0.944828;AO=8,136;DP=146;FAO=8,137;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=7,63;FSAR=1,74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484779,0.0108436;FXX=0.00684885;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.266,126.64;QD=61.4612;RBI=0.0443044,0.014281;REFB=-0.0547524,-0.10756;REVB=-0.0440384,0.00929319;RO=1;SAF=7,62;SAR=1,74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0589957,-0.00760583;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00594728,0.00244674;OID=.,.;OPOS=1447278,1447278;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:146:145:1:0:8,136:8,137:0.0551724,0.944828:1,74:7,62:1:0:1,74:7,63:0:0 chr16 1453343 . C CG 49.35 PASS AF=0.270833;AO=12;DP=49;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=-0.00725905;FXX=0.020404;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.9769;QD=4.11274;RBI=0.0316186;REFB=-0.00389716;REVB=-0.030774;RO=36;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529287;STB=0.831549;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.0716155;OID=.;OPOS=1453344;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270833:12:49:13:48:35:9:4:6:29:49:36:8:4:7:29 chr16 1484392 . G C 2320.22 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233992;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.474;QD=61.0585;RBI=0.0636642;REFB=0;REVB=0.0592081;RO=0;SAF=85;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124854;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:151:152:1:66:85:0:0:66:86:0:0 chr16 1484473 . A G 3005.61 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.473;QD=63.276;RBI=0.00940229;REFB=0;REVB=-0.00666482;RO=0;SAF=91;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01323e-05;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:189:190:1:98:91:0:0:99:91:0:0 chr16 1488646 . A G 1294.22 PASS AF=0.406877;AO=142;DP=349;FAO=142;FDP=349;FR=.;FRO=207;FSAF=55;FSAR=87;FSRF=71;FSRR=136;FWDB=-0.0200274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7281;QD=14.8335;RBI=0.0254113;REFB=0.0178841;REVB=-0.0156409;RO=207;SAF=55;SAR=87;SRF=71;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502822;STB=0.528045;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0254005;OID=.;OPOS=1488646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:349:207:207:142:142:0.406877:87:55:71:136:87:55:71:136 chr16 1503879 . T A 4856.09 PASS AF=1;AO=308;DP=309;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342943;FXX=0.00321533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.25;QD=62.6593;RBI=0.0351718;REFB=0;REVB=-0.00780758;RO=0;SAF=146;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14195e-05;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:309:310:0:0:308:310:1:162:146:0:0:164:146:0:0 chr16 1536372 . G A 804.7 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.284;QD=64.376;RBI=0.0168691;REFB=0;REVB=0.0158409;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20332e-05;OID=.;OPOS=1536372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr16 1536535 . C T 1357.89 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4808;QD=62.4316;RBI=0.0633117;REFB=0;REVB=-0.0456563;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000594787;OID=.;OPOS=1536535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:57:30:0:0:57:30:0:0 chr16 1537454 . CT C,CC,CG 774.19 PASS AF=0.916667,0.0833333,0;AO=14,39,5;DP=58;FAO=55,5,0;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30,3,0;FSAR=25,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00117028,0.000851834,-0.055499;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=73.1057,63.2395,62.0662;QD=51.6123;RBI=0.0113594,0.00782434,0.0575928;REFB=0,0,0;REVB=0.0112989,0.00777783,0.0153882;RO=0;SAF=1,25,5;SAR=13,14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00670808,0.0135745,0.0199888;OID=.,.,.;OPOS=1537455,1537455,1537455;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.916667,0.0833333,0:14,39,5:58:55,5,0:60:0:30,3,0:25,2,0:0:0:18:0:1,25,5:13,14,0:0:0 chr16 1537839 . G A 3766.22 PASS AF=0.979675;AO=238;DP=245;FAO=241;FDP=246;FR=.;FRO=5;FSAF=121;FSAR=120;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00977106;FXX=0.00404842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.53;QD=61.2393;RBI=0.0171102;REFB=-0.0482768;REVB=0.0140458;RO=3;SAF=121;SAR=117;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00375577;STB=0.50199;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00168778;OID=.;OPOS=1537839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:245:246:3:5:238:241:0.979675:117:121:2:1:120:121:3:2 chr16 1538363 . C A 5324.0 PASS AF=0.977077;AO=341;DP=350;FAO=341;FDP=349;FR=.;FRO=8;FSAF=177;FSAR=164;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0228665;FXX=0.00285706;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.353;QD=61.02;RBI=0.0384151;REFB=-0.190549;REVB=0.0308681;RO=6;SAF=177;SAR=164;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158939;STB=0.511049;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00046103;OID=.;OPOS=1538363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:350:349:6:8:341:341:0.977077:164:177:6:0:164:177:8:0 chr16 1538433 . A G 3978.29 PASS AF=0.963504;AO=263;DP=273;FAO=264;FDP=274;FR=.;FRO=10;FSAF=134;FSAR=130;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0307601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3142;QD=58.0772;RBI=0.0349453;REFB=-0.143308;REVB=0.0165828;RO=10;SAF=133;SAR=130;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282932;STB=0.514871;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0103233;OID=.;OPOS=1538433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:273:274:10:10:263:264:0.963504:130:133:1:9:130:134:1:9 chr16 1538464 . C T 3053.86 PASS AF=0.979899;AO=195;DP=199;FAO=195;FDP=199;FR=.;FRO=4;FSAF=91;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0353137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.979;QD=61.3841;RBI=0.0372956;REFB=-0.044409;REVB=0.0119962;RO=3;SAF=91;SAR=104;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135371;STB=0.504377;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.000344529;OID=.;OPOS=1538464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:199:199:3:4:195:195:0.979899:104:91:0:3:104:91:1:3 chr16 1544301 . GA CG 1305.61 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754671;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.693;QD=62.1719;RBI=0.0296489;REFB=0;REVB=0.0286724;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.44731e-05;OID=.;OPOS=1544301;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr16 1547477 . T C 1077.39 PASS AF=0.452756;AO=115;DP=259;FAO=115;FDP=254;FR=.;FRO=139;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=52;FSRR=87;FWDB=-0.00690785;FXX=0.0193043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.403;QD=16.9668;RBI=0.00924662;REFB=-0.0200995;REVB=-0.00614668;RO=137;SAF=56;SAR=59;SRF=50;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120595;STB=0.561991;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0390108;OID=.;OPOS=1547477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:254:137:139:115:115:0.452756:59:56:50:87:59:56:52:87 chr16 1552761 . C T 747.0 PASS AF=0.510638;AO=54;DP=142;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=0.00667955;FXX=0.013985;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.078;QD=21.1914;RBI=0.00990153;REFB=-0.00484288;REVB=0.00730916;RO=66;SAF=30;SAR=24;SRF=20;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245521;STB=0.550048;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00512169;OID=.;OPOS=1552761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:66:69:54:72:0.510638:24:30:20:46:42:30:22:47 chr16 1555589 . A G 613.11 PASS AF=0.420732;AO=69;DP=164;FAO=69;FDP=164;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.0256637;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.176;QD=14.9538;RBI=0.0258633;REFB=-0.00549555;REVB=-0.00320662;RO=95;SAF=39;SAR=30;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127183;STB=0.571181;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0101421;OID=.;OPOS=1555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:95:95:69:69:0.420732:30:39:42:53:30:39:42:53 chr16 1573890 . G A 1407.94 PASS AF=0.491289;AO=140;DP=287;FAO=141;FDP=287;FR=.;FRO=146;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=61;FSRR=85;FWDB=0.0238124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.407;QD=19.6228;RBI=0.0290489;REFB=-0.0146448;REVB=0.0166376;RO=144;SAF=72;SAR=68;SRF=60;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900273;STB=0.550705;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0143411;OID=.;OPOS=1573890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:144:146:140:141:0.491289:68:72:60:84:68:73:61:85 chr16 1614097 . A G 1246.67 PASS AF=0.498039;AO=126;DP=256;FAO=127;FDP=255;FR=.;FRO=128;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=-0.0495216;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.221;QD=19.5557;RBI=0.0496983;REFB=-0.00330168;REVB=0.00418698;RO=123;SAF=59;SAR=67;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249996;STB=0.506046;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00246845;OID=.;OPOS=1614097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:255:123:128:126:127:0.498039:67:59:61:62:68:59:61:67 chr16 1616201 . C T 553.21 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00545267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.88;QD=19.7575;RBI=0.00787315;REFB=-0.00818272;REVB=-0.00567933;RO=54;SAF=29;SAR=28;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893723;STB=0.544415;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00817044;OID=.;OPOS=1616201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:55:57:57:0.508929:28:29:22:32:28:29:23:32 chr16 1682281 . A G 753.49 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.027924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9653;QD=61.5095;RBI=0.0326156;REFB=2.02416e-07;REVB=0.0168531;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218744;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-9.76734e-05;OID=.;OPOS=1682281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:27:21:1:0:27:21:1:0 chr16 1706698 . CGGGG CGGG,CGGGC 514.35 PASS AF=0.783133,0.180723;AO=34,17;DP=84;FAO=65,15;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=41,14;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.346526,0.0864342;FXX=0.0119033;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=9.04555,12.8354;QD=24.7877;RBI=0.353232,0.118098;REFB=-0.0691168,-0.0384679;REVB=-0.0685002,0.0804751;RO=26;SAF=16,16;SAR=18,1;SRF=19;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.203011,0.46785;STB=0.529403,0.799465;STBP=0.039,0.003;TYPE=del,snp;VARB=0.0799089,0.00503053;OID=.,.;OPOS=1706699,1706702;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.783133,0.180723:34,17:84:65,15:83:3:41,14:24,1:0:3:49:26:16,16:18,1:19:7 chr16 1812972 . G C 655.36 PASS AF=0.561404;AO=64;DP=114;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0756849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3304;QD=22.9952;RBI=0.0771483;REFB=-0.00441958;REVB=-0.014955;RO=50;SAF=25;SAR=39;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604471;STB=0.532992;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00392907;OID=.;OPOS=1812972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:50:64:64:0.561404:39:25:16:34:39:25:16:34 chr16 1814391 . T C 913.97 PASS AF=0.508287;AO=87;DP=178;FAO=92;FDP=181;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0026246;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.511;QD=20.1981;RBI=0.018088;REFB=-0.0369634;REVB=-0.0178966;RO=83;SAF=38;SAR=49;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812369;STB=0.518397;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0252501;OID=.;OPOS=1814391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:181:83:89:87:92:0.508287:49:38:37:46:53:39:41:48 chr16 1814440 . A G 756.97 PASS AF=0.506579;AO=77;DP=152;FAO=77;FDP=152;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00820107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.981;QD=19.9203;RBI=0.0227371;REFB=-0.0112375;REVB=-0.0212066;RO=74;SAF=37;SAR=40;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00532481;STB=0.500257;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00998949;OID=.;OPOS=1814440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:74:75:77:77:0.506579:40:37:36:38:40:37:36:39 chr16 1818503 . G C 413.9 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.037563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.895;QD=16.5561;RBI=0.0376316;REFB=-0.00435797;REVB=-0.00227171;RO=57;SAF=20;SAR=23;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872132;STB=0.504902;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0084083;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:57:43:43:0.43:23:20:27:30:23:20:27:30 chr16 1818913 . G A 953.13 PASS AF=0.286957;AO=132;DP=462;FAO=132;FDP=460;FR=.;FRO=328;FSAF=44;FSAR=88;FSRF=106;FSRR=222;FWDB=0.0117458;FXX=0.00432891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0637;QD=8.28806;RBI=0.0347653;REFB=-0.00673725;REVB=0.032721;RO=321;SAF=44;SAR=88;SRF=102;SRR=219;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215732;STB=0.508196;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0211008;OID=.;OPOS=1818913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:462:460:321:328:132:132:0.286957:88:44:102:219:88:44:106:222 chr16 1820992 . T A 614.65 PASS AF=0.444444;AO=63;DP=144;FAO=64;FDP=144;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=0.00729808;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.047;QD=17.0737;RBI=0.0105443;REFB=-0.0131828;REVB=-0.0076106;RO=81;SAF=35;SAR=28;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635368;STB=0.544137;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0153021;OID=.;OPOS=1820992;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:81:80:63:64:0.444444:28:35:50:31:29:35:50:30 chr16 1823024 . G T 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0343176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8798;QD=22.5839;RBI=0.0570937;REFB=0.0237352;REVB=0.0456289;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765456;STB=0.5434;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0117128;OID=.;OPOS=1823024;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:4:2:5:6:4:2 chr16 1827836 . T C 680.94 PASS AF=0.523438;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0010714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.058;QD=21.2793;RBI=0.00584233;REFB=-0.0120785;REVB=0.00574325;RO=61;SAF=32;SAR=35;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591067;STB=0.532449;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0118473;OID=.;OPOS=1827836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:61:61:67:67:0.523438:35:32:25:36:35:32:25:36 chr16 1836796 . C A 676.17 PASS AF=0.440476;AO=68;DP=172;FAO=74;FDP=168;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.0418439;FXX=0.0232545;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.956;QD=16.0993;RBI=0.0433269;REFB=-0.0124776;REVB=-0.0112389;RO=66;SAF=25;SAR=43;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122515;STB=0.56768;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0165863;OID=.;OPOS=1836796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:168:66:93:68:74:0.440476:43:25:33:33:49:25:42:51 chr16 1838640 . T C 1901.62 PASS AF=0.453917;AO=188;DP=430;FAO=197;FDP=434;FR=.;FRO=237;FSAF=95;FSAR=102;FSRF=115;FSRR=122;FWDB=0.00305455;FXX=0.0113893;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.461;QD=17.5264;RBI=0.00326477;REFB=-0.0151426;REVB=-0.00115257;RO=229;SAF=87;SAR=101;SRF=111;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218932;STB=0.501639;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.018088;OID=.;OPOS=1838640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:434:229:237:188:197:0.453917:101:87:111:118:102:95:115:122 chr16 1842209 . A G 913.55 PASS AF=0.396226;AO=105;DP=265;FAO=105;FDP=265;FR=.;FRO=160;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=80;FSRR=80;FWDB=-0.0235398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.87;QD=13.7894;RBI=0.0525772;REFB=-0.0069581;REVB=-0.0470131;RO=158;SAF=61;SAR=44;SRF=78;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943047;STB=0.54938;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00927607;OID=.;OPOS=1842209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:158:160:105:105:0.396226:44:61:78:80:44:61:80:80 chr16 1842386 . C T 833.57 PASS AF=0.57037;AO=76;DP=137;FAO=77;FDP=135;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.131929;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.243;QD=24.6983;RBI=0.13773;REFB=-0.0327254;REVB=0.0395508;RO=58;SAF=34;SAR=42;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964945;STB=0.541768;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.01923;OID=.;OPOS=1842386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:58:58:76:77:0.57037:42:34:33:25:42:35:32:26 chr16 1843672 . T C 3763.69 PASS AF=0.474785;AO=380;DP=809;FAO=386;FDP=813;FR=.;FRO=427;FSAF=184;FSAR=202;FSRF=199;FSRR=228;FWDB=-0.0642224;FXX=0.00245396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.425;QD=18.5175;RBI=0.0644885;REFB=-0.0219273;REVB=0.00585287;RO=415;SAF=184;SAR=196;SRF=193;SRR=222;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182525;STB=0.505604;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0280759;OID=.;OPOS=1843672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:809:813:415:427:380:386:0.474785:196:184:193:222:202:184:199:228 chr16 1859432 . G C 755.09 PASS AF=0.533333;AO=70;DP=138;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0697362;FXX=0.0357117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9344;QD=22.373;RBI=0.0697424;REFB=-0.0146118;REVB=-0.000931887;RO=68;SAF=37;SAR=33;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650009;STB=0.559983;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0208576;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:135:68:63:70:72:0.533333:33:37:31:37:33:39:26:37 chr16 1877494 . T C 259.58 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0141088;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.877;QD=16.4811;RBI=0.0177212;REFB=-0.0176177;REVB=-0.010723;RO=35;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211667;STB=0.501741;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0209359;OID=.;OPOS=1877494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:34:29:29:0.460317:18:11:14:21:18:11:13:21 chr16 1877534 . G T 379.63 PASS AF=0.550725;AO=37;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00226106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.196;QD=22.0076;RBI=0.00781876;REFB=-0.00376036;REVB=0.00748469;RO=31;SAF=12;SAR=25;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11414;STB=0.567078;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00226185;OID=.;OPOS=1877534;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:37:38:0.550725:25:12:14:17:26:12:14:17 chr16 1877558 . G A 484.21 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00279127;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8791;QD=23.3356;RBI=0.0167759;REFB=0.0188266;REVB=-0.016542;RO=38;SAF=16;SAR=30;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131492;STB=0.577523;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0148616;OID=.;OPOS=1877558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:38:37:46:46:0.554217:30:16:19:19:30:16:19:18 chr16 1878031 . GC AT 471.85 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0158669;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.709;QD=20.9711;RBI=0.0159484;REFB=-0.0188327;REVB=-0.00161001;RO=44;SAF=17;SAR=29;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254513;STB=0.640669;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.0163109;OID=.;OPOS=1878031;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:29:17:29:15:29:17:29:15 chr16 1878067 . C G 278.83 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00896211;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.791;QD=25.9375;RBI=0.0146314;REFB=-0.0151232;REVB=0.0115654;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322235;STB=0.525308;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0087997;OID=.;OPOS=1878067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:18:24:25:0.581395:13:11:9:9:14:11:9:9 chr16 1878492 . G A 406.3 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0172231;FXX=0.0350846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.204;QD=14.7744;RBI=0.0176643;REFB=-0.00416787;REVB=0.00392335;RO=63;SAF=21;SAR=25;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957488;STB=0.557498;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00653484;OID=.;OPOS=1878492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:110:63:64:46:46:0.418182:25:21:23:40:25:21:23:41 chr16 1878521 . C G 349.44 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00982368;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.656;QD=17.0457;RBI=0.0104265;REFB=-0.0170003;REVB=0.00349383;RO=45;SAF=21;SAR=16;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22606;STB=0.626393;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0251736;OID=.;OPOS=1878521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:45:45:37:37:0.45122:16:21:15:30:16:21:15:30 chr16 1878597 . T C 296.55 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0670275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2288;QD=15.6078;RBI=0.103746;REFB=0.00405587;REVB=0.0791868;RO=43;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185283;STB=0.603956;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00339578;OID=.;OPOS=1878597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:17:16:13:30:17:16:13:30 chr16 1878641 . A C 182.58 PASS AF=0.4;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0106259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6596;QD=13.2787;RBI=0.0123691;REFB=-0.0477265;REVB=-0.00633134;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244479;STB=0.631291;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.074509;OID=.;OPOS=1878641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:31:33:22:22:0.4:12:10:7:24:12:10:8:25 chr16 1878740 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0424966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.415;QD=10.8848;RBI=0.0438241;REFB=-0.00469383;REVB=-0.0107045;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149263;STB=0.588062;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00603166;OID=.;OPOS=1878740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:2:13:7:2:2:13 chr16 1878801 . G T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0837208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.307;QD=19.1338;RBI=0.0885571;REFB=0.0450207;REVB=0.0288652;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0403357;OID=.;OPOS=1878801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:0:2:4:1:0:2 chr16 1894912 . C T 319.55 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00522977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9638;QD=18.5248;RBI=0.0484319;REFB=-0.0186357;REVB=-0.0481487;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129874;STB=0.507242;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0139569;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:17:17:18:17:17:17:18:17 chr16 1894961 . A G 223.17 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0131088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.137;QD=15.1302;RBI=0.0135173;REFB=-0.00810975;REVB=0.00329771;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954085;STB=0.513079;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0057208;OID=.;OPOS=1894961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:33:25:26:0.440678:12:13:18:16:12:14:17:16 chr16 1918125 . T G 1283.26 PASS AF=0.570755;AO=121;DP=212;FAO=121;FDP=212;FR=.;FRO=91;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.0263042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.749;QD=24.2125;RBI=0.0263704;REFB=0.00110953;REVB=-0.00186699;RO=91;SAF=71;SAR=50;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142817;STB=0.577584;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00104946;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:91:91:121:121:0.570755:50:71:37:54:50:71:37:54 chr16 1961674 . G C 3755.64 PASS AF=0.972763;AO=248;DP=255;FAO=250;FDP=257;FR=.;FRO=7;FSAF=108;FSAR=142;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0342392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.177;QD=58.4536;RBI=0.0346046;REFB=-0.0724375;REVB=0.00501537;RO=7;SAF=106;SAR=142;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00757776;STB=0.504064;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000327143;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:255:257:7:7:248:250:0.972763:142:106:2:5:142:108:2:5 chr16 1962046 . CG TA,TG 1812.85 PASS AF=0.414634,0.585366;AO=51,72;DP=123;FAO=51,72;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=19,32;FSAR=32,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278988,0.00600712;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=61.236,120.007;QD=58.9546;RBI=0.049101,0.0122593;REFB=0,0;REVB=0.0404051,0.0106867;RO=0;SAF=19,32;SAR=32,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.2152e-08,-4.05346e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0113836,0.020429;OID=.,.;OPOS=1962046,1962046;OREF=CG,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:123:123:0:0:51,72:51,72:0.414634,0.585366:32,40:19,32:0:0:32,40:19,32:0:0 chr16 1962132 . G A 746.32 PASS AF=0.933333;AO=55;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.102111;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=86.1033;QD=49.7549;RBI=0.102203;REFB=-0.0827662;REVB=0.00433721;RO=3;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136238;STB=0.502392;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.000462874;OID=.;OPOS=1962132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:60:60:3:4:55:56:0.933333:29:26:1:2:30:26:2:2 chr16 1988605 . G T 194.36 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.10285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8181;QD=17.2767;RBI=0.109384;REFB=0.0145995;REVB=0.0372379;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067669;STB=0.523341;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0208682;OID=.;OPOS=1988605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:12:8:8:16:12:8:9:16 chr16 2014283 . A G 454.53 PASS AF=0.46729;AO=45;DP=102;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00690636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.358;QD=16.9918;RBI=0.015669;REFB=-0.0296829;REVB=0.0140648;RO=55;SAF=35;SAR=10;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197088;STB=0.576093;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0364408;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:107:55:57:45:50:0.46729:10:35:34:21:14:36:34:23 chr16 2024131 . T C 439.59 PASS AF=0.564103;AO=43;DP=76;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.125641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4184;QD=22.5429;RBI=0.126099;REFB=-0.0326498;REVB=0.0107418;RO=31;SAF=27;SAR=16;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124266;STB=0.58061;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0304583;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:31:34:43:44:0.564103:16:27:24:7:18:26:26:8 chr16 2029083 . G A 1059.7 PASS AF=0.495413;AO=105;DP=214;FAO=108;FDP=218;FR=.;FRO=110;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=0.0102623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.835;QD=19.444;RBI=0.0195487;REFB=-0.0272056;REVB=-0.0166384;RO=105;SAF=52;SAR=53;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781416;STB=0.536668;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0310636;OID=.;OPOS=2029083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:218:105:110:105:108:0.495413:53:52:43:62:55:53:46:64 chr16 2144182 . G A 1839.62 PASS AF=0.436681;AO=195;DP=453;FAO=200;FDP=458;FR=.;FRO=258;FSAF=95;FSAR=105;FSRF=126;FSRR=132;FWDB=-0.00499271;FXX=0.0021786;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.624;QD=16.0666;RBI=0.00818339;REFB=-0.0115168;REVB=0.00648389;RO=256;SAF=95;SAR=100;SRF=124;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00287213;STB=0.507545;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0151179;OID=.;OPOS=2144182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:453:458:256:258:195:200:0.436681:100:95:124:132:105:95:126:132 chr16 2226328 . C T 323.06 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0247514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.659;QD=25.3377;RBI=0.0282006;REFB=-0.0277956;REVB=0.0135143;RO=20;SAF=22;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354961;STB=0.519488;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0232811;OID=.;OPOS=2226328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:9:22:15:5:9:22:15:5 chr16 2257105 . C G 3734.08 PASS AF=0.976378;AO=246;DP=254;FAO=248;FDP=254;FR=.;FRO=6;FSAF=120;FSAR=128;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0113131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.577;QD=58.8044;RBI=0.0164792;REFB=-0.0138752;REVB=0.0119824;RO=4;SAF=119;SAR=127;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000496314;STB=0.504321;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=2.34647e-05;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:254:254:4:6:246:248:0.976378:127:119:2:2:128:120:4:2 chr16 2260567 . C T 3527.64 PASS AF=0.980545;AO=227;DP=235;FAO=252;FDP=257;FR=.;FRO=5;FSAF=119;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.076451;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.836;QD=54.9048;RBI=0.0816416;REFB=-0.0480119;REVB=0.0286461;RO=8;SAF=102;SAR=125;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00486995;STB=0.509224;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00290897;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:235:257:8:5:227:252:0.980545:125:102:3:5:133:119:0:5 chr16 2260612 . T C 2313.17 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.745;QD=63.8116;RBI=0.0293491;REFB=0;REVB=0.0247649;RO=0;SAF=63;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82375e-05;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:145:0:0:141:145:1:78:63:0:0:79:66:0:0 chr16 2263146 . A G 1411.91 PASS AF=1;AO=70;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2498;QD=61.3873;RBI=0.101122;REFB=0;REVB=0.0946804;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314559;OID=.;OPOS=2263146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:70:92:1:21:49:0:0:35:57:0:0 chr16 2263516 . A G 585.99 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292555;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3732;QD=58.5991;RBI=0.0300827;REFB=-0.0779669;REVB=0.007006;RO=1;SAF=5;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135934;STB=0.507243;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00283627;OID=.;OPOS=2263516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:34:5:0:1:34:5:0:1 chr16 2282256 . G A 1796.16 PASS AF=0.99187;AO=59;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0643846;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5954;QD=58.4118;RBI=0.127663;REFB=-0.0772034;REVB=0.110238;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00237982;OID=.;OPOS=2282256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:124:123:0:1:59:122:0.99187:42:17:0:0:66:56:0:1 chr16 2283964 . C T 1011.08 PASS AF=0.479452;AO=104;DP=219;FAO=105;FDP=219;FR=.;FRO=114;FSAF=32;FSAR=73;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=0.0755401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9228;QD=18.4673;RBI=0.0830869;REFB=0.000491758;REVB=0.0345995;RO=110;SAF=31;SAR=73;SRF=46;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125965;STB=0.572452;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000109266;OID=.;OPOS=2283964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:110:114:104:105:0.479452:73:31:46:64:73:32:49:65 chr16 2285357 . C T 1059.3 PASS AF=0.552486;AO=100;DP=181;FAO=100;FDP=181;FR=.;FRO=81;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.00383727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.42;QD=23.4099;RBI=0.0132508;REFB=-0.0193589;REVB=0.012683;RO=81;SAF=59;SAR=41;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802398;STB=0.54377;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0181208;OID=.;OPOS=2285357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:81:81:100:100:0.552486:41:59:40:41:41:59:40:41 chr16 2303353 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00656364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.625;QD=12.7388;RBI=0.0383185;REFB=-0.00503707;REVB=0.0377522;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.67431;STB=0.896529;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00411204;OID=.;OPOS=2303353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:1:7:1:9:1:7:1:9 chr16 2331430 . A G 2080.57 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131;QD=62.5735;RBI=0.0107989;REFB=0;REVB=-0.00452699;RO=0;SAF=58;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91513e-06;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:74:58:0:0:75:58:0:0 chr16 2367336 . G A 406.4 PASS AF=0.47191;AO=38;DP=85;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0336173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.35;QD=18.2652;RBI=0.0504134;REFB=-0.0452955;REVB=0.0375684;RO=47;SAF=11;SAR=27;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234087;STB=0.598377;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0421566;OID=.;OPOS=2367336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:47:47:38:42:0.47191:27:11:24:23:28:14:24:23 chr16 2505561 . C T 440.93 PASS AF=0.284404;AO=62;DP=218;FAO=62;FDP=218;FR=.;FRO=156;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=66;FSRR=90;FWDB=0.0295637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0257;QD=8.09047;RBI=0.0400693;REFB=-0.0105269;REVB=-0.027047;RO=156;SAF=24;SAR=38;SRF=66;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045634;STB=0.526793;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0309572;OID=.;OPOS=2505561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:156:156:62:62:0.284404:38:24:66:90:38:24:66:90 chr16 2512523 . G A 293.3 PASS AF=0.507937;AO=29;DP=60;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00273444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.356;QD=18.622;RBI=0.0487258;REFB=-0.00941986;REVB=0.048649;RO=31;SAF=3;SAR=26;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523532;STB=0.806497;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0111446;OID=.;OPOS=2512523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:31:31:29:32:0.507937:26:3:16:15:29:3:16:15 chr16 2766483 . AGGGC ACGGC,AGG,AGGC,GACGG,GCGGC 1859.7 PASS AF=0,0,0.987879,0,0;AO=7,23,20,6,7;DP=152;FAO=0,0,163,0,0;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,81,0,0;FSAR=0,0,82,0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0857014,-0.268597,0.0235441,-0.153381,-0.13424;FXX=0.0119753;HRUN=3,3,3,1,1;LEN=1,2,1,5,2;MLLD=15.9221,5.77375,15.2935,52.78,49.0533;QD=45.0836;RBI=0.239926,0.464113,0.0523408,0.217224,0.178785;REFB=0.0295865,0.107597,-0.0155504,0.0940011,0.113407;REVB=-0.224098,-0.378493,0.0467465,-0.15382,-0.118082;RO=7;SAF=3,16,20,0,0;SAR=4,7,0,6,7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.235769,-0.00943394,0.843631,-0.787422,-0.799197;STB=0.5,0.5,0.506097,0.5,0.5;STBP=1,1,0.258,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp,mnp;VARB=0,0,0.003926,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=2766484,2766486,2766484,2766483,2766483;OREF=G,GC,G,AGGGC,AG;OALT=C,-,-,GACGG,GC;OMAPALT=ACGGC,AGG,AGGC,GACGG,GCGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:4:152:165:7:2:7,23,20,6,7:0,0,163,0,0:0,0,0.987879,0,0:4,7,0,6,7:3,16,20,0,0:5:2:0,0,82,0,0:0,0,81,0,0:2:0 chr16 2812890 . A G 2074.08 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240259;FXX=0.0147048;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.648;QD=61.9129;RBI=0.0246533;REFB=-0.0764024;REVB=0.00552634;RO=1;SAF=69;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683923;STB=0.503597;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00033925;OID=.;OPOS=2812890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:134:1:1:133:133:0.992537:64:69:1:0:64:69:1:0 chr16 2812939 . C A 1650.73 PASS AF=0.974138;AO=111;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.06084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4329;QD=56.9218;RBI=0.0647168;REFB=-0.0971754;REVB=0.0220628;RO=5;SAF=51;SAR=60;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442962;STB=0.513759;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0173616;OID=.;OPOS=2812939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:5:3:111:113:0.974138:60:51:5:0:60:53:3:0 chr16 2814162 . G A 1740.58 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000571697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.732;QD=58.0194;RBI=0.0156099;REFB=-0.0302743;REVB=0.0155994;RO=3;SAF=59;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811238;STB=0.504273;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000677306;OID=.;OPOS=2814162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:3:3:117:117:0.975:58:59:1:2:58:59:1:2 chr16 2815237 . A C 1898.71 PASS AF=0.962121;AO=127;DP=132;FAO=127;FDP=132;FR=.;FRO=5;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00242977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.024;QD=57.5367;RBI=0.0164319;REFB=-0.0238538;REVB=-0.0162512;RO=3;SAF=67;SAR=60;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853505;STB=0.502753;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00126123;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:132:132:3:5:127:127:0.962121:60:67:1:2:60:67:3:2 chr16 2818161 . T C 5609.84 PASS AF=0.991758;AO=359;DP=364;FAO=361;FDP=364;FR=.;FRO=3;FSAF=179;FSAR=182;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0329476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4644;QD=61.6466;RBI=0.0343134;REFB=0.0541574;REVB=-0.0095845;RO=4;SAF=177;SAR=182;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000146471;STB=0.501339;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00112542;OID=.;OPOS=2818161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:364:364:4:3:359:361:0.991758:182:177:2:2:182:179:1:2 chr16 2818704 . T G 3511.92 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.602;QD=62.7128;RBI=0.0669085;REFB=0;REVB=0.0655302;RO=0;SAF=100;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1223e-05;OID=.;OPOS=2818704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:224:0:0:221:224:1:121:100:0:0:123:101:0:0 chr16 2821573 . C T 416.75 PASS AF=0.307263;AO=55;DP=179;FAO=55;FDP=179;FR=.;FRO=124;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=69;FSRR=55;FWDB=0.0141605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.205;QD=9.31279;RBI=0.0142958;REFB=-0.00392248;REVB=-0.00196257;RO=120;SAF=26;SAR=29;SRF=69;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120601;STB=0.557784;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00784073;OID=.;OPOS=2821573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:120:124:55:55:0.307263:29:26:69:51:29:26:69:55 chr16 2821988 . TCCTC GTCTC,TCTC,TCTCG 2225.98 PASS AF=0,0.993671,0.00632911;AO=11,104,7;DP=130;FAO=0,157,1;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=0,84,1;FSAR=0,73,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105169,-0.109867,-0.0568123;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=2,1,3;MLLD=10.9323,22.7971,22.2107;QD=56.354;RBI=0.116939,0.147072,0.0610013;REFB=0,0,0;REVB=-0.0511297,-0.0977731,-0.0222154;RO=0;SAF=9,60,7;SAR=2,44,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.228917,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,-0.000920308,0.00280862;OID=.,.,.;OPOS=2821988,2821989,2821990;OREF=TC,C,CTC;OALT=GT,-,TCG;OMAPALT=GTCTC,TCTC,TCTCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:130:158:0:0:11,104,7:0,157,1:0,0.993671,0.00632911:2,44,0:9,60,7:0:0:0,73,0:0,84,1:0:0 chr16 2867450 . G C 865.54 PASS AF=0.517647;AO=80;DP=163;FAO=88;FDP=170;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=0.00760469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.354;QD=20.3656;RBI=0.0514384;REFB=-0.0329292;REVB=0.0508731;RO=80;SAF=31;SAR=49;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011919;STB=0.519828;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0251392;OID=.;OPOS=2867450;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:170:80:82:80:88:0.517647:49:31:32:48:57:31:32:50 chr16 2871555 . G A 1971.8 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100973;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.172;QD=61.1412;RBI=0.029041;REFB=-0.135374;REVB=0.0272291;RO=0;SAF=80;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47695e-08;STB=0.503105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00011248;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:129:0:1:128:128:0.992248:48:80:0:0:48:80:1:0 chr16 2891212 . G A 593.75 PASS AF=0.381215;AO=69;DP=181;FAO=69;FDP=181;FR=.;FRO=112;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=-0.0113689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5881;QD=13.1216;RBI=0.0533939;REFB=-0.00439473;REVB=0.0521695;RO=111;SAF=32;SAR=37;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150161;STB=0.511408;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00850228;OID=.;OPOS=2891212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:111:112:69:69:0.381215:37:32:53:58:37:32:54:58 chr16 2892438 . T TC 46.79 PASS AF=0.0961538;AO=65;DP=363;FAO=35;FDP=364;FR=.;FRO=329;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=234;FSRR=95;FWDB=-0.0497906;FXX=0.00817416;HRUN=0;LEN=1;MLLD=17.5746;QD=0.514135;RBI=0.0540219;REFB=-0.0376666;REVB=-0.0209587;RO=290;SAF=34;SAR=31;SRF=201;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227963;STB=0.852823;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.109193;OID=.;OPOS=2892439;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0961538:65:363:35:364:329:9:26:234:95:46:290:34:31:201:89 chr16 2986553 . T C,TC 46.2 PASS AF=0,0.2;AO=2,12;DP=50;FAO=0,10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=0,2;FSAR=0,8;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00901985,-0.180492;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.114,19.7514;QD=3.6959;RBI=0.00920189,0.190327;REFB=-0.00351677,-0.0452306;REVB=-0.00182128,0.0603901;RO=36;SAF=2,4;SAR=0,8;SRF=24;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.367445,-0.385553;STB=0.5,0.856531;STBP=1,0.019;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.168483;OID=.,.;OPOS=2986553,2986554;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:50:50:36:40:2,12:0,10:0,0.2:0,8:2,4:24:12:0,8:0,2:28:12 chr16 3065455 . ACCCCCCC ACCCCCC,ACCCCCCG,GACCCCCC 79.48 PASS AF=0.141573,0,0;AO=131,19,16;DP=442;FAO=63,0,0;FDP=445;FR=.;FRO=382;FSAF=36,0,0;FSAR=27,0,0;FSRF=183;FSRR=199;FWDB=-0.199274,-0.0695415,-0.0999488;FXX=0.0241223;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.26902,20.2516,18.6911;QD=0.714444;RBI=0.289506,0.170942,0.123386;REFB=-0.0836376,-0.0276163,-0.0298524;REVB=-0.210009,-0.156157,-0.0723484;RO=232;SAF=77,0,2;SAR=54,19,14;SRF=121;SRR=111;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0759192,-0.599972,-0.42403;STB=0.579091,0.5,0.5;STBP=0.178,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0711401,0.0291766,0;OID=.,.,.;OPOS=3065456,3065462,3065455;OREF=C,C,AC;OALT=-,G,GA;OMAPALT=ACCCCCC,ACCCCCCG,GACCCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:442:445:232:382:131,19,16:63,0,0:0.141573,0,0:54,19,14:77,0,2:121:111:27,0,0:36,0,0:183:199 chr16 3119020 . A G 51.46 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.038261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.313;QD=5.71724;RBI=0.0382741;REFB=-0.00336718;REVB=-0.00100009;RO=28;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311843;STB=0.699534;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0115967;OID=.;OPOS=3119020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:3:5:10:18:3:5:10:18 chr16 3119167 . T C 94.15 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0170839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9775;QD=5.62083;RBI=0.0485965;REFB=0.000737201;REVB=-0.0454946;RO=51;SAF=8;SAR=7;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194646;STB=0.503995;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00428841;OID=.;OPOS=3119167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:51:52:15:15:0.223881:7:8:28:23:7:8:28:24 chr16 3119304 . A G 140.78 PASS AF=0.247191;AO=19;DP=88;FAO=22;FDP=89;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0243531;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0944;QD=6.32713;RBI=0.0262135;REFB=-0.00313435;REVB=0.00969913;RO=62;SAF=5;SAR=14;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341537;STB=0.676762;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00685108;OID=.;OPOS=3119304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:62:67:19:22:0.247191:14:5:33:29:15:7:37:30 chr16 3131663 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.000222908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.858;QD=14.6525;RBI=0.0115093;REFB=-0.0287095;REVB=-0.0115072;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435573;STB=0.526224;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.023934;OID=.;OPOS=3131663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:4:1:1:5:4:1 chr16 3132197 . A G 1384.32 PASS AF=0.581818;AO=129;DP=221;FAO=128;FDP=220;FR=.;FRO=92;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.00553042;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.729;QD=25.1694;RBI=0.036592;REFB=0.00185495;REVB=-0.0361717;RO=88;SAF=58;SAR=71;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549846;STB=0.541167;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00177206;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:88:92:129:128:0.581818:71:58:46:42:71:57:50:42 chr16 3170188 . C T 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5257;QD=57.1979;RBI=0.106986;REFB=0;REVB=0.10627;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153863;OID=.;OPOS=3170188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr16 3207446 . G A 3468.53 PASS AF=0.991111;AO=223;DP=226;FAO=223;FDP=225;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0213431;FXX=0.00442458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.828;QD=61.6628;RBI=0.0226071;REFB=0.0235573;REVB=0.00745333;RO=2;SAF=123;SAR=100;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000882832;STB=0.500463;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.000161434;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:226:225:2:2:223:223:0.991111:100:123:1:1:100:123:1:1 chr16 3208911 . G A 1045.25 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379234;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.235;QD=58.0692;RBI=0.0406093;REFB=0;REVB=0.0145235;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113029;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:26:42:0:0:27:45:0:0 chr16 3208914 . T C 1065.11 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.957;QD=58.3622;RBI=0.016674;REFB=-0.0636366;REVB=0.0029245;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.509088;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000460325;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:27:45:0:0:27:45:0:1 chr16 3254470 . T C 577.6 PASS AF=0.413333;AO=62;DP=150;FAO=62;FDP=150;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.0488044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2097;QD=15.4026;RBI=0.0694754;REFB=-0.0117676;REVB=-0.0494465;RO=87;SAF=27;SAR=35;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376358;STB=0.524764;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0208979;OID=.;OPOS=3254470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:87:88:62:62:0.413333:35:27:41:46:35:27:42:46 chr16 3254972 . T C 550.85 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00147934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.778;QD=17.9138;RBI=0.0358532;REFB=-0.0108199;REVB=-0.0358227;RO=65;SAF=22;SAR=36;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811831;STB=0.545121;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0175386;OID=.;OPOS=3254972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:65:58:58:0.471545:36:22:30:35:36:22:30:35 chr16 3266071 . A G 265.02 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00683148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5567;QD=15.5896;RBI=0.0448482;REFB=0.000572537;REVB=-0.0443248;RO=38;SAF=8;SAR=22;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175824;STB=0.599929;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00178504;OID=.;OPOS=3266071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:22:8:16:22:22:8:16:22 chr16 3293888 . C T 341.8 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0026797;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.713;QD=15.5364;RBI=0.0132824;REFB=-0.00804983;REVB=0.0130093;RO=50;SAF=18;SAR=19;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156163;STB=0.581352;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0139444;OID=.;OPOS=3293888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:50:51:37:37:0.420455:19:18:32:18:19:18:32:19 chr16 3293922 . A T 534.01 PASS AF=0.433071;AO=42;DP=127;FAO=55;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0359089;FXX=0.0155027;HRUN=7;LEN=1;MLLD=24.3736;QD=16.8192;RBI=0.138012;REFB=-0.0515483;REVB=0.133259;RO=36;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811732;STB=0.597815;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.000526035;OID=.;OPOS=3293922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:36:59:42:55:0.433071:25:17:18:18:31:24:37:22 chr16 3297073 . A G 479.94 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00435845;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.247;QD=19.7914;RBI=0.0043791;REFB=-0.0175319;REVB=-0.000424784;RO=50;SAF=22;SAR=25;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826633;STB=0.545838;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0149963;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:25:22:19:31:25:22:19:31 chr16 3297175 . T C 889.38 PASS AF=0.502825;AO=87;DP=176;FAO=89;FDP=177;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.0367896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6497;QD=20.0991;RBI=0.0418868;REFB=0.00557556;REVB=-0.0200257;RO=87;SAF=42;SAR=45;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524233;STB=0.525732;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00607309;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:87:88:87:89:0.502825:45:42:37:50:47:42:37:51 chr16 3297181 . C T 892.4 PASS AF=0.505682;AO=89;DP=177;FAO=89;FDP=176;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0129584;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5592;QD=20.2818;RBI=0.0838286;REFB=0.0135758;REVB=0.082821;RO=88;SAF=41;SAR=48;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015941;STB=0.506171;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0177821;OID=.;OPOS=3297181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:88:87:89:89:0.505682:48:41:39:49:48:41:39:48 chr16 3299749 . G A 955.63 PASS AF=0.457014;AO=98;DP=221;FAO=101;FDP=221;FR=.;FRO=120;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=-0.00360386;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.232;QD=17.2964;RBI=0.0208764;REFB=-0.0079939;REVB=0.020563;RO=120;SAF=39;SAR=59;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531886;STB=0.524567;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00837115;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:120:120:98:101:0.457014:59:39:54:66:60:41:54:66 chr16 3304626 . C G 1132.98 PASS AF=0.47451;AO=110;DP=247;FAO=121;FDP=255;FR=.;FRO=134;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=75;FSRR=59;FWDB=0.0357043;FXX=0.0154434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0128;QD=17.7722;RBI=0.0415571;REFB=-0.0163786;REVB=0.0212648;RO=127;SAF=51;SAR=59;SRF=69;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771816;STB=0.550803;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0175788;OID=.;OPOS=3304626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:255:127:134:110:121:0.47451:59:51:69:58:65:56:75:59 chr16 3334170 . G C 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0215914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.477;QD=12.4135;RBI=0.0270373;REFB=0.00113304;REVB=-0.0162734;RO=36;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16522;STB=0.59992;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00201703;OID=.;OPOS=3334170;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:14:9:9:27:14:9:9:28 chr16 3405994 . A G 520.45 PASS AF=0.435115;AO=54;DP=130;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0176356;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.194;QD=15.8915;RBI=0.0276139;REFB=0.00428566;REVB=0.0212488;RO=74;SAF=33;SAR=21;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102863;STB=0.537446;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00617059;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:74:74:54:57:0.435115:21:33:38:36:24:33:38:36 chr16 3406387 . C G 1294.42 PASS AF=0.971963;AO=87;DP=92;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0821593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0514;QD=48.3896;RBI=0.164439;REFB=-0.124197;REVB=0.142443;RO=3;SAF=71;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490053;STB=0.511209;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0232518;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:107:3:3:87:104:0.971963:16:71:1:2:33:71:1:2 chr16 3419934 . G T 1349.4 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.693;QD=62.0414;RBI=0.0113128;REFB=0;REVB=0.00267019;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14383e-05;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:87:0:0:81:87:1:32:49:0:0:34:53:0:0 chr16 3452193 . T G 781.42 PASS AF=0.55303;AO=73;DP=138;FAO=73;FDP=132;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.015588;FXX=0.0503561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8749;QD=23.6795;RBI=0.0225639;REFB=0.00505466;REVB=0.0163139;RO=58;SAF=37;SAR=36;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893389;STB=0.552225;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00357003;OID=.;OPOS=3452193;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:132:58:59:73:73:0.55303:36:37:23:35:36:37:23:36 chr16 3486285 . C A 1212.99 PASS AF=0.51073;AO=119;DP=228;FAO=119;FDP=233;FR=.;FRO=114;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=-0.0122524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.639;QD=20.8239;RBI=0.013408;REFB=-0.0143867;REVB=-0.00544532;RO=109;SAF=62;SAR=57;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00634304;STB=0.514576;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0199204;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:233:109:114:119:119:0.51073:57:62:56:53:57:62:56:58 chr16 3490922 . G C 497.53 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.046907;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3967;QD=26.1859;RBI=0.0493725;REFB=-0.0014231;REVB=-0.0154073;RO=30;SAF=20;SAR=26;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151881;STB=0.582605;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=3.0125e-05;OID=.;OPOS=3490922;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:30:30:46:46:0.605263:26:20:7:23:26:20:7:23 chr16 3533577 . C G 2153.58 PASS AF=1;AO=101;DP=148;FAO=143;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161607;FXX=0.0337815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.9377;QD=60.2401;RBI=0.294109;REFB=0;REVB=0.245731;RO=3;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00535683;OID=.;OPOS=3533577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:148:143:3:0:101:143:1:54:47:0:3:85:58:0:0 chr16 3534892 . G A 1676.75 PASS AF=0.974138;AO=113;DP=118;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0270633;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.081;QD=57.8189;RBI=0.0362273;REFB=-0.0559029;REVB=0.0240831;RO=3;SAF=14;SAR=99;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141708;STB=0.507461;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00141936;OID=.;OPOS=3534892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:116:3:3:113:113:0.974138:99:14:0:3:99:14:0:3 chr16 3535116 . T C 5243.1 PASS AF=1;AO=329;DP=331;FAO=332;FDP=332;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659005;FXX=0.00300291;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2396;QD=63.1698;RBI=0.0668678;REFB=0;REVB=-0.0113327;RO=0;SAF=164;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.48083e-05;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:331:332:0:0:329:332:1:165:164:0:0:167:165:0:0 chr16 3535540 . G A 2644.48 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131913;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.988;QD=62.223;RBI=0.0420748;REFB=0;REVB=0.0399535;RO=0;SAF=89;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.85996e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63596e-05;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:170:170:1:81:89:0:0:81:89:0:0 chr16 3536872 . G A 1488.41 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.541;QD=63.3365;RBI=0.0329452;REFB=0;REVB=0.0299112;RO=0;SAF=18;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79765e-05;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:0:0:90:94:1:72:18:0:0:75:19:0:0 chr16 3602227 . AG A 1538.53 PASS AF=1;AO=120;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633358;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.1714;QD=46.622;RBI=0.279101;REFB=0;REVB=-0.271819;RO=0;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00304581;OID=.;OPOS=3602228;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:120:130:132:132:0:68:64:0:0:28:0:67:53:0:0 chr16 3612940 . TG T 72.18 PASS AF=0.421053;AO=11;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.141726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.4618;QD=7.59781;RBI=0.188204;REFB=0.0389194;REVB=0.123833;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310237;STB=0.708061;STBP=0.027;TYPE=del;VARB=-0.0392863;OID=.;OPOS=3612941;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:11:38:16:38:22:12:4:9:13:72:20:8:3:9:11 chr16 3613150 . A G 1324.3 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322908;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.519;QD=62.3198;RBI=0.00604678;REFB=0;REVB=-0.0051124;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7891e-06;OID=.;OPOS=3613150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr16 3613207 . G A 905.84 PASS AF=0.532934;AO=89;DP=167;FAO=89;FDP=167;FR=.;FRO=78;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00996377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.035;QD=21.6968;RBI=0.0104485;REFB=-0.0134069;REVB=-0.00314539;RO=77;SAF=45;SAR=44;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322911;STB=0.514594;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0111013;OID=.;OPOS=3613207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:77:78:89:89:0.532934:44:45:36:41:44:45:37:41 chr16 3613637 . G A 531.69 PASS AF=0.414634;AO=60;DP=151;FAO=68;FDP=164;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0277623;FXX=0.00606024;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.9219;QD=12.968;RBI=0.0337309;REFB=-0.0209526;REVB=-0.019158;RO=91;SAF=30;SAR=30;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293587;STB=0.510157;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0422428;OID=.;OPOS=3613637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:164:91:96:60:68:0.414634:30:30:43:48:38:30:44:52 chr16 3639139 . A G 1725.66 PASS AF=0.487535;AO=175;DP=361;FAO=176;FDP=361;FR=.;FRO=185;FSAF=71;FSAR=105;FSRF=80;FSRR=105;FWDB=-0.00798259;FXX=0.00824153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.763;QD=19.1209;RBI=0.0137121;REFB=-0.0153882;REVB=-0.011149;RO=179;SAF=70;SAR=105;SRF=76;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234815;STB=0.515357;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0125168;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:361:179:185:175:176:0.487535:105:70:76:103:105:71:80:105 chr16 3640274 . G A 807.06 PASS AF=0.435897;AO=84;DP=194;FAO=85;FDP=195;FR=.;FRO=110;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=0.00773123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.938;QD=16.555;RBI=0.0133576;REFB=-0.00586992;REVB=-0.0108928;RO=110;SAF=46;SAR=38;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103755;STB=0.560521;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00659089;OID=.;OPOS=3640274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:110:110:84:85:0.435897:38:46:49:61:38:47:49:61 chr16 3640477 . C T 607.65 PASS AF=0.42953;AO=63;DP=146;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=0.00645054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.253;QD=16.3127;RBI=0.0202918;REFB=-0.0144009;REVB=-0.0192392;RO=80;SAF=29;SAR=34;SRF=25;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151769;STB=0.565198;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.01795;OID=.;OPOS=3640477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:80:85:63:64:0.42953:34:29:25:55:35:29:29:56 chr16 3656557 . G A 483.55 PASS AF=0.445378;AO=52;DP=118;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.010013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1989;QD=16.2538;RBI=0.0538838;REFB=-0.00684461;REVB=0.0529453;RO=66;SAF=26;SAR=26;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121432;STB=0.562139;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00952999;OID=.;OPOS=3656557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:66:66:52:53:0.445378:26:26:25:41:27:26:25:41 chr16 3707747 . G A 984.32 PASS AF=0.45614;AO=103;DP=226;FAO=104;FDP=228;FR=.;FRO=124;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=0.032651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4945;QD=17.2688;RBI=0.0627063;REFB=0.00175234;REVB=0.053535;RO=123;SAF=57;SAR=46;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805745;STB=0.539364;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00161806;OID=.;OPOS=3707747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:228:123:124:103:104:0.45614:46:57:58:65:47:57:59:65 chr16 3724465 . G C 1483.06 PASS AF=0.458333;AO=152;DP=334;FAO=154;FDP=336;FR=.;FRO=182;FSAF=70;FSAR=84;FSRF=70;FSRR=112;FWDB=-0.0444008;FXX=0.00591698;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7031;QD=17.6555;RBI=0.0444533;REFB=0.0116632;REVB=0.00216003;RO=181;SAF=69;SAR=83;SRF=71;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616491;STB=0.538457;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0136526;OID=.;OPOS=3724465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:336:181:182:152:154:0.458333:83:69:71:110:84:70:70:112 chr16 4013467 . C T 770.77 PASS AF=0.462857;AO=81;DP=175;FAO=81;FDP=175;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=0.0064184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.439;QD=17.6175;RBI=0.0080435;REFB=-0.0118473;REVB=0.00484789;RO=94;SAF=36;SAR=45;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541436;STB=0.530005;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0143375;OID=.;OPOS=4013467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:94:94:81:81:0.462857:45:36:47:47:45:36:47:47 chr16 4015313 . A G 461.82 PASS AF=0.443478;AO=49;DP=113;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.0281988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.474;QD=16.0634;RBI=0.0282376;REFB=-0.0138988;REVB=0.00148125;RO=64;SAF=19;SAR=30;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646055;STB=0.537972;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0145245;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:64:64:49:51:0.443478:30:19:21:43:31:20:21:43 chr16 4015316 . A G 416.8 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0302297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5267;QD=15.5813;RBI=0.0455207;REFB=0.0119391;REVB=-0.0340337;RO=60;SAF=19;SAR=28;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394183;STB=0.522056;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.0184253;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:60:47:47:0.439252:28:19:22:38:28:19:22:38 chr16 4016676 . A G 967.06 PASS AF=0.48;AO=96;DP=200;FAO=96;FDP=200;FR=.;FRO=104;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=67;FSRR=37;FWDB=-0.0207197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.218;QD=19.3412;RBI=0.0223798;REFB=0.00298212;REVB=0.00845873;RO=104;SAF=58;SAR=38;SRF=67;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398841;STB=0.521973;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0033632;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:104:104:96:96:0.48:38:58:67:37:38:58:67:37 chr16 4027605 . C T 953.86 PASS AF=0.550898;AO=92;DP=167;FAO=92;FDP=167;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0262643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.317;QD=22.847;RBI=0.0327775;REFB=0.00695812;REVB=0.01961;RO=75;SAF=42;SAR=50;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194313;STB=0.510603;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00342739;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:75:75:92:92:0.550898:50:42:36:39:50:42:36:39 chr16 4033436 . T C 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0142905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.799;QD=14.6978;RBI=0.0164507;REFB=-0.000141692;REVB=0.0081491;RO=23;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268264;STB=0.658006;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000403047;OID=.;OPOS=4033436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:13:3:9:14:13:3:9:14 chr16 4164364 . C T 395.41 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0427011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5211;QD=17.5739;RBI=0.08329;REFB=-0.00678488;REVB=-0.0715112;RO=49;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455772;STB=0.525503;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00688505;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:22:19:25:24:22:19:25:24 chr16 4165069 . G A 619.76 PASS AF=0.604396;AO=54;DP=90;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00868635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.208;QD=27.242;RBI=0.0143102;REFB=-0.0312082;REVB=-0.0113723;RO=36;SAF=31;SAR=23;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115802;STB=0.565665;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0212273;OID=.;OPOS=4165069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:36:36:54:55:0.604396:23:31:15:21:23:32:15:21 chr16 4165432 . T C,G 1376.82 PASS AF=0.977528,0.0224719;AO=82,4;DP=86;FAO=87,2;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=63,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311198,-0.00612471;FXX=0.0111099;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.7733,150.567;QD=61.8794;RBI=0.0945158,0.0202489;REFB=0,0;REVB=0.0892458,-0.0193004;RO=0;SAF=24,0;SAR=58,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00140801,0.136312;OID=.,.;OPOS=4165432,4165432;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:86:89:0:0:82,4:87,2:0.977528,0.0224719:58,4:24,0:0:0:63,2:24,0:0:0 chr16 4242028 . A T 1000.21 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00458822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.244;QD=56.3501;RBI=0.00467793;REFB=-0.0149224;REVB=-0.000911711;RO=1;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108681;STB=0.503687;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.000298624;OID=.;OPOS=4242028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:1:2:69:69:0.971831:43:26:0:1:43:26:1:1 chr16 4242093 . C T 1486.98 PASS AF=1;AO=82;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7111;QD=63.2758;RBI=0.144969;REFB=0;REVB=-0.01162;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114114;OID=.;OPOS=4242093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:82:94:1:41:41:0:0:44:50:0:0 chr16 4245693 . A G 2828.09 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.381;QD=62.8465;RBI=0.0234434;REFB=0;REVB=-0.00377012;RO=0;SAF=105;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20482e-05;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:75:105:0:0:75:105:0:0 chr16 4257095 . CA AC 36.0 PASS AF=0.136986;AO=14;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=52;FWDB=-0.0738111;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=2;MLLD=26.1395;QD=1.97251;RBI=0.094389;REFB=-0.0467803;REVB=-0.0588319;RO=55;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.656026;STB=0.876527;STBP=0.073;TYPE=mnp;VARB=0.222388;OID=.;OPOS=4257095;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:73:73:55:63:14:10:0.136986:4:10:7:48:3:7:11:52 chr16 4307646 . A G 1217.65 PASS AF=0.477273;AO=124;DP=264;FAO=126;FDP=264;FR=.;FRO=138;FSAF=46;FSAR=80;FSRF=37;FSRR=101;FWDB=0.0186437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8214;QD=18.4492;RBI=0.0273492;REFB=-0.0228472;REVB=0.0200098;RO=138;SAF=46;SAR=78;SRF=36;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116944;STB=0.556319;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0212619;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:138:138:124:126:0.477273:78:46:36:102:80:46:37:101 chr16 4310143 . G A 413.95 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0144807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8059;QD=19.0322;RBI=0.0485331;REFB=-0.00790754;REVB=0.0463225;RO=44;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109884;STB=0.555838;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0176711;OID=.;OPOS=4310143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:45:42:42:0.482759:17:25:21:23:17:25:22:23 chr16 4310468 . C G 1376.35 PASS AF=0.468227;AO=137;DP=296;FAO=140;FDP=299;FR=.;FRO=159;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=77;FSRR=82;FWDB=0.00167906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.615;QD=18.4128;RBI=0.0141874;REFB=-0.00237866;REVB=0.0140876;RO=158;SAF=62;SAR=75;SRF=77;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339357;STB=0.518341;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00228577;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:299:158:159:137:140:0.468227:75:62:77:81:77:63:77:82 chr16 4386814 . T C 3256.07 PASS AF=1;AO=210;DP=210;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000267507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.205;QD=62.0204;RBI=0.0157239;REFB=0;REVB=0.0157216;RO=0;SAF=106;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69192e-06;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:210:0:0:210:210:1:104:106:0:0:104:106:0:0 chr16 4431202 . A G 2207.89 PASS AF=0.46888;AO=226;DP=484;FAO=226;FDP=482;FR=.;FRO=256;FSAF=102;FSAR=124;FSRF=114;FSRR=142;FWDB=0.0636152;FXX=0.00618544;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.328;QD=18.3228;RBI=0.0663669;REFB=-0.00428014;REVB=-0.018912;RO=254;SAF=102;SAR=124;SRF=112;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100952;STB=0.503227;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00446151;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:484:482:254:256:226:226:0.46888:124:102:112:142:124:102:114:142 chr16 4432029 . A C 1155.75 PASS AF=0.460377;AO=122;DP=265;FAO=122;FDP=265;FR=.;FRO=143;FSAF=11;FSAR=111;FSRF=51;FSRR=92;FWDB=-0.0285222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.304;QD=17.4454;RBI=0.0304672;REFB=-0.0123178;REVB=-0.0107113;RO=135;SAF=11;SAR=111;SRF=51;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464262;STB=0.754966;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0116119;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:135:143:122:122:0.460377:111:11:51:84:111:11:51:92 chr16 4625274 . A G 236.27 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.00745368;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.301;QD=15.4933;RBI=0.0238147;REFB=0.00337597;REVB=-0.0226182;RO=34;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165633;STB=0.603063;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00316274;OID=.;OPOS=4625274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:34:26:27:0.442623:16:10:8:26:16:11:8:26 chr16 4625938 . A T 167.49 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00751211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5364;QD=18.6104;RBI=0.0122869;REFB=-0.0214338;REVB=0.00972302;RO=14;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247883;STB=0.607359;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0633367;OID=.;OPOS=4625938;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:14:17:18:19:0.527778:13:5:8:6:13:6:9:8 chr16 4787935 . G C 273.61 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.0477658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.7302;QD=17.6522;RBI=0.0493937;REFB=-0.0659587;REVB=-0.0125765;RO=30;SAF=10;SAR=19;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193041;STB=0.610324;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0583462;OID=.;OPOS=4787935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:30:32:29:30:0.483871:19:10:5:25:20:10:5:27 chr16 4790273 . G A 488.21 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=123;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0712342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9714;QD=15.4987;RBI=0.139776;REFB=-0.0064887;REVB=0.120263;RO=72;SAF=29;SAR=22;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100577;STB=0.537023;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0108352;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:72:72:51:54:0.428571:22:29:34:38:25:29:34:38 chr16 4794873 . C T 1228.02 PASS AF=0.49187;AO=121;DP=247;FAO=121;FDP=246;FR=.;FRO=125;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=0.0060653;FXX=0.00404842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.855;QD=19.9678;RBI=0.021877;REFB=-0.0212545;REVB=-0.0210194;RO=125;SAF=61;SAR=60;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000122272;STB=0.500067;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0207252;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:246:125:125:121:121:0.49187:60:61:63:62:60:61:63:62 chr16 4796393 . A G 1087.18 PASS AF=0.533679;AO=96;DP=186;FAO=103;FDP=193;FR=.;FRO=90;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0101133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.899;QD=22.5322;RBI=0.021896;REFB=-0.015244;REVB=0.0194205;RO=77;SAF=64;SAR=32;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620793;STB=0.542402;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00751109;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:193:77:90:96:103:0.533679:32:64:46:31:38:65:49:41 chr16 4797457 . C T 1599.24 PASS AF=0.473088;AO=167;DP=353;FAO=167;FDP=353;FR=.;FRO=186;FSAF=82;FSAR=85;FSRF=72;FSRR=114;FWDB=0.00448486;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7812;QD=18.1217;RBI=0.0420308;REFB=0.0174849;REVB=-0.0417909;RO=184;SAF=82;SAR=85;SRF=72;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953207;STB=0.554877;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0212198;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:353:184:186:167:167:0.473088:85:82:72:112:85:82:72:114 chr16 4802386 . G T 1272.4 PASS AF=0.406593;AO=138;DP=354;FAO=148;FDP=364;FR=.;FRO=216;FSAF=62;FSAR=86;FSRF=106;FSRR=110;FWDB=0.0330394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9175;QD=13.9824;RBI=0.0369253;REFB=0.00156586;REVB=0.0164887;RO=216;SAF=58;SAR=80;SRF=106;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774408;STB=0.543152;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00203952;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:364:216:216:138:148:0.406593:80:58:106:110:86:62:106:110 chr16 4815608 . A G 1806.5 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00319673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1364;QD=60.2165;RBI=0.0955915;REFB=0.000685473;REVB=-0.095538;RO=1;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826032;STB=0.504347;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00026091;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:57:62:0:1:57:62:0:1 chr16 4829705 . CA AC 33.77 PASS AF=0.0813008;AO=10;DP=124;FAO=10;FDP=123;FR=.;FRO=113;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=0.0122218;FXX=0.00806387;HRUN=4;LEN=2;MLLD=43.7352;QD=1.09825;RBI=0.0164821;REFB=-0.004674;REVB=-0.0110584;RO=112;SAF=9;SAR=1;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44;STB=0.874857;STBP=0.029;TYPE=mnp;VARB=0.0675148;OID=.;OPOS=4829705;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:124:123:112:113:10:10:0.0813008:1:9:60:52:1:9:60:53 chr16 4846068 . T C 679.41 PASS AF=0.51938;AO=67;DP=129;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00842166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.509;QD=21.0669;RBI=0.00845241;REFB=-0.010779;REVB=0.000720394;RO=60;SAF=35;SAR=32;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671766;STB=0.535928;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.01128;OID=.;OPOS=4846068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:60:62:67:67:0.51938:32:35:36:24:32:35:37:25 chr16 4847524 . T C 648.21 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0102265;FXX=0.0312476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.961;QD=20.9101;RBI=0.0421549;REFB=-0.0169882;REVB=0.0408956;RO=45;SAF=30;SAR=34;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866864;STB=0.501012;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.019141;OID=.;OPOS=4847524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:124:45:60:64:64:0.516129:34:30:16:29:34:30:28:32 chr16 4855279 . A G 607.97 PASS AF=0.470149;AO=62;DP=133;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0143497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.998;QD=18.1483;RBI=0.0144148;REFB=-0.00610979;REVB=0.00136883;RO=71;SAF=33;SAR=29;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378307;STB=0.516353;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00622621;OID=.;OPOS=4855279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:71:71:62:63:0.470149:29:33:35:36:30:33:35:36 chr16 4861709 . G C 2057.19 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00662921;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.509;QD=62.339;RBI=0.0172554;REFB=0;REVB=0.0159311;RO=0;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138636;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:131:132:1:68:63:0:0:68:64:0:0 chr16 4909898 . A G 608.65 PASS AF=0.45;AO=63;DP=140;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.00302682;FXX=0.0140835;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.639;QD=17.3899;RBI=0.0239261;REFB=-0.042789;REVB=0.0237339;RO=75;SAF=22;SAR=41;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107618;STB=0.568605;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0406438;OID=.;OPOS=4909898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:75:77:63:63:0.45:41:22:34:41:41:22:36:41 chr16 4910861 . C G 516.87 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=6.11011e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.877;QD=22.4725;RBI=0.00256983;REFB=-0.0183361;REVB=-0.0025691;RO=43;SAF=25;SAR=24;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209575;STB=0.511541;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0187375;OID=.;OPOS=4910861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:24:25:23:20:24:25:23:20 chr16 4930100 . C T 1088.16 PASS AF=0.52551;AO=103;DP=196;FAO=103;FDP=196;FR=.;FRO=93;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=0.0103832;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5469;QD=22.2074;RBI=0.0231572;REFB=0.0114036;REVB=-0.0206989;RO=92;SAF=50;SAR=53;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780906;STB=0.540006;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0127584;OID=.;OPOS=4930100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:92:93:103:103:0.52551:53:50:53:39:53:50:53:40 chr16 4933939 . G C 199.48 PASS AF=0.357143;AO=24;DP=69;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0405496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.803;QD=11.399;RBI=0.0415202;REFB=-0.0153347;REVB=0.00892505;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137653;STB=0.551683;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0249489;OID=.;OPOS=4933939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:45:24:25:0.357143:13:11:13:26:13:12:18:27 chr16 4934549 . G A 108.09 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.019071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.717;QD=13.1017;RBI=0.0357899;REFB=-0.0125458;REVB=0.0302855;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504685;STB=0.775487;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0281423;OID=.;OPOS=4934549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:9:4:16:3:9:4:16:4 chr16 4934564 . C G 64.52 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0707246;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.279;QD=8.89916;RBI=0.0757608;REFB=-0.00423834;REVB=0.0271612;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501648;STB=0.738643;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00588016;OID=.;OPOS=4934564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:29:21:20:8:9:0.310345:6:2:15:6:6:3:14:6 chr16 4938160 . T G 1840.92 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.724;QD=61.3641;RBI=0.0354967;REFB=0;REVB=0.0328528;RO=0;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24066e-05;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:74:46:0:0:74:46:0:0 chr16 4940809 . A G 5339.43 PASS AF=1;AO=337;DP=337;FAO=338;FDP=338;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.902;QD=63.1886;RBI=0.0983353;REFB=0;REVB=-0.0974254;RO=0;SAF=154;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137785;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:337:338:0:0:337:338:1:183:154:0:0:183:155:0:0 chr16 4942099 . C T 721.31 PASS AF=0.475;AO=76;DP=160;FAO=76;FDP=160;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=57;FWDB=-0.00105683;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.998;QD=18.0328;RBI=0.00391724;REFB=0.00482256;REVB=-0.00377199;RO=78;SAF=37;SAR=39;SRF=24;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166044;STB=0.587279;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00450029;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:78:84:76:76:0.475:39:37:24:54:39:37:27:57 chr16 4944518 . C G 1563.99 PASS AF=0.990654;AO=104;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0617621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.204;QD=58.467;RBI=0.0617669;REFB=-0.136554;REVB=-0.000768167;RO=1;SAF=51;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092139;STB=0.504672;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000268464;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:1:1:104:106:0.990654:53:51:1:0:53:53:1:0 chr16 4945687 . G T 998.53 PASS AF=0.429688;AO=109;DP=256;FAO=110;FDP=256;FR=.;FRO=146;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=71;FSRR=75;FWDB=0.00415395;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.486;QD=15.6021;RBI=0.0629517;REFB=-0.0219676;REVB=-0.0628145;RO=146;SAF=59;SAR=50;SRF=71;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566092;STB=0.533802;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0256019;OID=.;OPOS=4945687;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:146:146:109:110:0.429688:50:59:71:75:50:60:71:75 chr16 5074952 . C T 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.473;QD=59.8544;RBI=0.00293067;REFB=0;REVB=-0.000961249;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54262e-06;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr16 5075542 . G A 1079.89 PASS AF=0.495455;AO=109;DP=221;FAO=109;FDP=220;FR=.;FRO=111;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.00197258;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.702;QD=19.6344;RBI=0.00197443;REFB=0.000732705;REVB=-8.5518e-05;RO=111;SAF=47;SAR=62;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678635;STB=0.537309;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.000712801;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:111:111:109:109:0.495455:62:47:56:55:62:47:56:55 chr16 5075633 . G A 670.65 PASS AF=0.45625;AO=70;DP=157;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0503385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5714;QD=16.7662;RBI=0.0504672;REFB=0.00414895;REVB=0.00360243;RO=87;SAF=38;SAR=32;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10532;STB=0.567771;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00575942;OID=.;OPOS=5075633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:87:87:70:73:0.45625:32:38:38:49:32:41:38:49 chr16 5097947 . A G 325.69 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0308338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.336;QD=14.8041;RBI=0.0570371;REFB=0.000351626;REVB=0.0479845;RO=52;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516015;STB=0.529209;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.000334406;OID=.;OPOS=5097947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:19:17:22:30:19:17:22:30 chr16 5105713 . C CG 39.54 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0527042;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=16.6764;QD=6.08314;RBI=0.0794905;REFB=-0.0412121;REVB=0.0595063;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602754;STB=0.874063;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.101979;OID=.;OPOS=5105714;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:8:26:8:26:18:1:7:12:6:39:18:1:7:12:6 chr16 5106184 . C T 1134.92 PASS AF=0.451613;AO=113;DP=257;FAO=126;FDP=279;FR=.;FRO=153;FSAF=36;FSAR=90;FSRF=62;FSRR=91;FWDB=-0.0164998;FXX=0.0210519;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.7687;QD=16.2713;RBI=0.0283133;REFB=-0.0253546;REVB=-0.0230086;RO=133;SAF=28;SAR=85;SRF=50;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152703;STB=0.575105;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0243902;OID=.;OPOS=5106184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:279:133:153:113:126:0.451613:85:28:50:83:90:36:62:91 chr16 5128817 . G A 3885.34 PASS AF=1;AO=240;DP=242;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.466;QD=63.6941;RBI=0.0489281;REFB=0;REVB=0.0348322;RO=1;SAF=115;SAR=125;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379774;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28843e-05;OID=.;OPOS=5128817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:244:1:0:240:244:1:125:115:0:1:128:116:0:0 chr16 5139186 . G C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.999;QD=58.7815;RBI=0.0365972;REFB=0;REVB=0.0346826;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96211e-05;OID=.;OPOS=5139186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:43:22:0:0:43:22:0:0 chr16 5139217 . C G 711.47 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0171829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.462;QD=52.7017;RBI=0.0198159;REFB=-0.018123;REVB=0.00987015;RO=2;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313793;STB=0.51666;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000552099;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:29:23:0:2:29:23:0:2 chr16 5140561 . C T 1452.89 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.00599e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.226;QD=63.1692;RBI=0.00283068;REFB=0;REVB=0.00283066;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78541e-06;OID=.;OPOS=5140561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:55:37:0:0:55:37:0:0 chr16 5145474 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.702;QD=48.7373;RBI=0.0198013;REFB=0;REVB=-0.0139751;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218373;OID=.;OPOS=5145474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr16 5289893 . C A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0694601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9848;QD=5.78789;RBI=0.0709105;REFB=0.00597115;REVB=-0.0142686;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328123;STB=0.713674;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0136168;OID=.;OPOS=5289893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:2:5:10:13:2:5:10:13 chr16 5649140 . T TTAGGAAA 977.57 PASS AF=1;AO=61;DP=90;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183496;FXX=0.0972087;HRUN=1;LEN=7;MLLD=357.054;QD=60.1579;RBI=0.0221625;REFB=0;REVB=-0.0124285;RO=20;SAF=35;SAR=26;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000267655;OID=.;OPOS=5649141;OREF=-;OALT=TAGGAAA;OMAPALT=TTAGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:90:65:65:0:39:26:0:0:5:20:35:26:17:3 chr16 6923966 . A G 1904.82 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0434967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1646;QD=59.9944;RBI=0.0565267;REFB=-0.178778;REVB=-0.0361013;RO=2;SAF=67;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00108261;STB=0.50057;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00111913;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:127:2:2:125:125:0.984252:58:67:1:1:58:67:1:1 chr16 7102036 . CTTCA CCTCA,CTCA,CTCAT 1744.74 PASS AF=0.0694444,0.916667,0.0138889;AO=24,90,8;DP=141;FAO=10,132,2;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=8,71,0;FSAR=2,61,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208513,-0.0141813,-0.0508538;FXX=0.0270252;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,3;MLLD=9.7876,18.3113,6.83309;QD=48.4649;RBI=0.104642,0.221965,0.0601073;REFB=0,0,0;REVB=0.102544,0.221512,0.0320433;RO=4;SAF=10,58,3;SAR=14,32,5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0455365,0.0342883,0.0788369;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0257904,0.00409716,0.178411;OID=.,.,.;OPOS=7102037,7102037,7102038;OREF=T,T,TCA;OALT=C,-,CAT;OMAPALT=CCTCA,CTCA,CTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0694444,0.916667,0.0138889:24,90,8:141:10,132,2:144:0:8,71,0:2,61,2:0:0:15:4:10,58,3:14,32,5:1:3 chr16 7760884 . T G 391.26 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0193817;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.183;QD=19.0859;RBI=0.0247926;REFB=-0.00618189;REVB=0.0154602;RO=40;SAF=13;SAR=27;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524475;STB=0.523294;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00501278;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:40:42:40:40:0.487805:27:13:11:29:27:13:12:30 chr16 7761529 . C T 306.57 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0151594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.294;QD=27.2508;RBI=0.017381;REFB=-0.00728028;REVB=-0.00850244;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275925;STB=0.515243;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00467236;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:11:16:10:8:11:16:10:8 chr16 8722629 . G C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0257521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.192;QD=15.6259;RBI=0.0261559;REFB=0.00809464;REVB=-0.00457827;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251598;STB=0.645233;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0091334;OID=.;OPOS=8722629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:6:13:12:15:6:13:12:15 chr16 8728953 . C T 3937.61 PASS AF=1;AO=246;DP=248;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212509;FXX=0.0040321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.15;QD=63.7669;RBI=0.0215706;REFB=-0.0742585;REVB=0.00369996;RO=0;SAF=132;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13391e-05;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:248:247:0:0:246:247:1:114:132:0:0:114:133:0:0 chr16 8736028 . T C 4387.19 PASS AF=1;AO=279;DP=280;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240574;FXX=0.0035713;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1093;QD=62.8988;RBI=0.0712884;REFB=0.0164604;REVB=-0.0671065;RO=1;SAF=135;SAR=144;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324388;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:280:279:1:0:279:279:1:144:135:1:0:144:135:0:0 chr16 8738427 . T C 2030.53 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02521;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.711;QD=62.4779;RBI=0.0314895;REFB=0;REVB=0.0188691;RO=0;SAF=63;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.72728e-06;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:66:63:0:0:66:64:0:0 chr16 8738499 . G A 2307.69 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.919;QD=61.1309;RBI=0.0536057;REFB=0;REVB=0.00761965;RO=0;SAF=76;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103165;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:75:76:0:0:75:76:0:0 chr16 8738579 . A G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.437;QD=61.6951;RBI=0.0380062;REFB=0;REVB=0.0146714;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16335e-05;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:51:31:0:0:51:31:0:0 chr16 8739954 . G A 2248.94 PASS AF=0.986667;AO=142;DP=151;FAO=148;FDP=150;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00198447;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7545;QD=59.9716;RBI=0.0604824;REFB=0.0658357;REVB=0.0604498;RO=1;SAF=71;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665036;STB=0.503496;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.000392773;OID=.;OPOS=8739954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:150:1:1:142:148:0.986667:71:71:1:0:77:71:1:0 chr16 8740015 . A C 2224.93 PASS AF=0.972973;AO=140;DP=144;FAO=144;FDP=148;FR=.;FRO=4;FSAF=78;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.072062;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3555;QD=60.1332;RBI=0.0728181;REFB=-0.000928986;REVB=-0.0104662;RO=3;SAF=77;SAR=63;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220988;STB=0.514704;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000291009;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:144:148:3:4:140:144:0.972973:63:77:0:3:66:78:0:4 chr16 8740418 . T C 2335.63 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0682901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6648;QD=61.0622;RBI=0.0800749;REFB=0;REVB=-0.0418145;RO=0;SAF=79;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60783e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269164;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:74:79:0:0:74:79:0:0 chr16 8740503 . G A 2079.3 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.309;QD=62.0685;RBI=0.0247899;REFB=-0.0593884;REVB=0.0178571;RO=0;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29375e-05;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:121:134:0:0:120:134:1:63:57:0:0:75:59:0:0 chr16 8875763 . T C 405.1 PASS AF=0.4;AO=44;DP=116;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.000846509;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.975;QD=13.5034;RBI=0.00638301;REFB=-0.0167381;REVB=-0.00632663;RO=66;SAF=16;SAR=28;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116802;STB=0.56864;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0256952;OID=.;OPOS=8875763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:120:66:72:44:48:0.4:28:16:31:35:30:18:35:37 chr16 8877854 . C G 693.26 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0185541;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.056;QD=20.85;RBI=0.0312345;REFB=-0.00303502;REVB=-0.0251265;RO=66;SAF=35;SAR=33;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537601;STB=0.533456;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00327002;OID=.;OPOS=8877854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:66:65:68:68:0.511278:33:35:30:36:33:35:29:36 chr16 8952248 . A G 2410.37 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.604;QD=64.2766;RBI=0.00967011;REFB=0;REVB=0.00759537;RO=0;SAF=78;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87026e-06;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:148:150:1:70:78:0:0:72:78:0:0 chr16 8953081 . C G 2079.49 PASS AF=0.440711;AO=223;DP=509;FAO=223;FDP=506;FR=.;FRO=283;FSAF=105;FSAR=118;FSRF=145;FSRR=138;FWDB=-0.0169202;FXX=0.00589379;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.064;QD=16.4386;RBI=0.0172351;REFB=-0.0207861;REVB=-0.00327926;RO=283;SAF=105;SAR=118;SRF=145;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419828;STB=0.523233;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0254128;OID=.;OPOS=8953081;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:509:506:283:283:223:223:0.440711:118:105:145:138:118:105:145:138 chr16 8979046 . A G 3095.68 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.13;QD=63.8285;RBI=0.0568291;REFB=0;REVB=-0.0564145;RO=0;SAF=99;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39564e-05;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:191:194:0:0:191:194:1:92:99:0:0:93:101:0:0 chr16 9030444 . C G 1891.0 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=128;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0107076;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9016;QD=60.0316;RBI=0.0455304;REFB=-0.125347;REVB=0.0442534;RO=1;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079849;STB=0.500385;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00268879;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:126:1:2:124:124:0.984127:59:65:0:1:59:65:1:1 chr16 9693953 . C G 284.48 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.013115;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.772;QD=19.9633;RBI=0.0131222;REFB=-0.0242846;REVB=-0.000435067;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472987;STB=0.526298;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0255582;OID=.;OPOS=9693953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:27:27:30:30:0.526316:15:15:12:15:15:15:12:15 chr16 9693997 . C G 261.76 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0374011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.606;QD=17.1648;RBI=0.0379202;REFB=-0.0184061;REVB=0.00625305;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196835;STB=0.606671;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0130921;OID=.;OPOS=9693997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:32:29:29:0.47541:14:15:9:21:14:15:10:22 chr16 9857615 . G A 177.43 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0620138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.288;QD=14.4838;RBI=0.0629537;REFB=0.0117677;REVB=0.0108379;RO=30;SAF=4;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209929;STB=0.623126;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0224058;OID=.;OPOS=9857615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:15:4:11:19:15:4:11:19 chr16 10524656 . GGAC G 58.12 PASS AF=0.227273;AO=14;DP=65;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.022049;FXX=0.0571347;HRUN=2;LEN=3;MLLD=208.425;QD=3.52261;RBI=0.0264401;REFB=-0.0156439;REVB=-0.0145917;RO=44;SAF=10;SAR=4;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16598;STB=0.610375;STBP=0.34;TYPE=del;VARB=0.062729;OID=.;OPOS=10524657;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.227273:14:65:15:66:51:10:5:27:24:58:44:10:4:26:18 chr16 10575824 . C A 337.64 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0748032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5834;QD=17.5396;RBI=0.077832;REFB=-0.0101718;REVB=-0.0215012;RO=40;SAF=16;SAR=20;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122569;STB=0.574671;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0101863;OID=.;OPOS=10575824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:20:16:23:17:20:16:24:17 chr16 10631912 . C T 675.26 PASS AF=0.470199;AO=70;DP=150;FAO=71;FDP=151;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.00773946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.613;QD=17.8878;RBI=0.0183122;REFB=-0.0123359;REVB=-0.0165963;RO=80;SAF=20;SAR=50;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138853;STB=0.569961;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0142733;OID=.;OPOS=10631912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:80:80:70:71:0.470199:50:20:33:47:50:21:33:47 chr16 10769958 . T C 999.23 PASS AF=0.495146;AO=102;DP=207;FAO=102;FDP=206;FR=.;FRO=104;FSAF=67;FSAR=35;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=-0.0173348;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.452;QD=19.4024;RBI=0.0213133;REFB=-0.00886359;REVB=-0.0124001;RO=104;SAF=67;SAR=35;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790316;STB=0.543532;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00942999;OID=.;OPOS=10769958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:104:104:102:102:0.495146:35:67:60:44:35:67:60:44 chr16 10775855 . G A 225.93 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0318561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.24;QD=20.5389;RBI=0.0486879;REFB=0.000138559;REVB=0.0368198;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413286;STB=0.523284;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-6.04681e-05;OID=.;OPOS=10775855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:9:13:12:10:9:13:12:10 chr16 10788406 . G T 326.92 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00139323;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.589;QD=16.9826;RBI=0.0075932;REFB=-0.0208121;REVB=-0.00746428;RO=41;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340101;STB=0.526301;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0220986;OID=.;OPOS=10788406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:20:15:19:22:20:15:20:22 chr16 10862964 . A G 208.39 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0519168;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.6359;QD=11.2644;RBI=0.0531268;REFB=0.0176715;REVB=0.0112743;RO=48;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164611;STB=0.509547;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0416896;OID=.;OPOS=10862964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:48:48:26:26:0.351351:15:11:21:27:15:11:21:27 chr16 10912306 . G A 169.92 PASS AF=0.244898;AO=24;DP=99;FAO=24;FDP=98;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=65;FWDB=0.0434143;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1754;QD=6.93552;RBI=0.0516072;REFB=-0.00869792;REVB=0.0279016;RO=69;SAF=2;SAR=22;SRF=9;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154846;STB=0.581654;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0214919;OID=.;OPOS=10912306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:69:74:24:24:0.244898:22:2:9:60:22:2:9:65 chr16 10995933 . A G 1561.01 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.325;QD=59.4672;RBI=0.0145054;REFB=0;REVB=0.0136555;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19319e-05;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:101:105:1:54:47:0:0:57:48:0:0 chr16 11000848 . G C 436.86 PASS AF=0.256098;AO=39;DP=163;FAO=42;FDP=164;FR=.,HEALED;FRO=105;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.0369983;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2847;QD=10.655;RBI=0.0374891;REFB=-0.00314359;REVB=-0.00604605;RO=102;SAF=20;SAR=19;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395689;STB=0.533964;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0340777;OID=.;OPOS=11000848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:102:105:39:42:0.256098:19:20:49:53:20:22:50:55 chr16 11001743 . G A 825.77 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=153;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.00796813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.4833;QD=21.4484;RBI=0.0137539;REFB=-0.0124263;REVB=0.0112106;RO=71;SAF=32;SAR=50;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101384;STB=0.552653;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0089491;OID=.;OPOS=11001743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:71:72:82:82:0.532468:50:32:36:35:50:32:36:36 chr16 11001770 . G T 916.6 PASS AF=0.462264;AO=94;DP=207;FAO=98;FDP=212;FR=.;FRO=114;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=0.062744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.405;QD=17.2944;RBI=0.0635998;REFB=-0.0144808;REVB=-0.0103983;RO=113;SAF=45;SAR=49;SRF=50;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358256;STB=0.522117;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0176728;OID=.;OPOS=11001770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:212:113:114:94:98:0.462264:49:45:50:63:51:47:50:64 chr16 11002133 . C G 465.79 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0634793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7007;QD=16.6352;RBI=0.0658024;REFB=-0.00997666;REVB=-0.0173305;RO=59;SAF=18;SAR=33;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700824;STB=0.525078;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0130553;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:61:51:51:0.455357:33:18:17:42:33:18:19:42 chr16 11002904 . G A 1052.06 PASS AF=0.523316;AO=99;DP=191;FAO=101;FDP=193;FR=.;FRO=92;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.000108056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1867;QD=21.8044;RBI=0.0444505;REFB=-0.0140928;REVB=0.0444504;RO=92;SAF=56;SAR=43;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390468;STB=0.515725;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0133895;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:193:92:92:99:101:0.523316:43:56:48:44:45:56:48:44 chr16 11002927 . A G 3454.19 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.997;QD=62.5193;RBI=0.0312155;REFB=0;REVB=0.0309222;RO=0;SAF=114;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50642e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8495e-06;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:221:0:0:220:221:1:106:114:0:0:107:114:0:0 chr16 11023208 . T C 924.67 PASS AF=0.563291;AO=89;DP=157;FAO=89;FDP=158;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0121093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.88;QD=23.4094;RBI=0.0121168;REFB=-0.00556659;REVB=-0.000425329;RO=68;SAF=33;SAR=56;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467811;STB=0.529485;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00435104;OID=.;OPOS=11023208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:68:69:89:89:0.563291:56:33:29:39:56:33:30:39 chr16 11361895 . C G 786.62 PASS AF=0.488095;AO=81;DP=168;FAO=82;FDP=168;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=-0.00289908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.544;QD=18.7291;RBI=0.0135044;REFB=0.00403081;REVB=-0.0131896;RO=84;SAF=41;SAR=40;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126627;STB=0.565579;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00443015;OID=.;OPOS=11361895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:84:86:81:82:0.488095:40:41:31:53:40:42:33:53 chr16 11362729 . G A 607.02 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00936454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7787;QD=20.0667;RBI=0.0219769;REFB=-0.00818679;REVB=0.0198819;RO=59;SAF=37;SAR=25;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187711;STB=0.510341;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00915247;OID=.;OPOS=11362729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:59:62:62:0.512397:25:37:34:25:25:37:34:25 chr16 11367143 . G A 2955.73 PASS AF=0.984375;AO=189;DP=193;FAO=189;FDP=192;FR=.;FRO=3;FSAF=103;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0226281;FXX=0.00518108;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.387;QD=61.5778;RBI=0.0347037;REFB=-0.0575944;REVB=0.0263119;RO=2;SAF=103;SAR=86;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00915558;STB=0.501917;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=6.57248e-05;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:193:192:2:3:189:189:0.984375:86:103:2:0:86:103:2:1 chr16 11374866 . G T 1102.74 PASS AF=0.493333;AO=111;DP=225;FAO=111;FDP=225;FR=.;FRO=114;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=-0.0131866;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5378;QD=19.6042;RBI=0.0192466;REFB=-0.000324073;REVB=-0.0140195;RO=114;SAF=57;SAR=54;SRF=49;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770425;STB=0.542329;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000486713;OID=.;OPOS=11374866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:114:114:111:111:0.493333:54:57:49:65:54:57:49:65 chr16 11387117 . A G 3799.47 PASS AF=0.988048;AO=246;DP=249;FAO=248;FDP=251;FR=.;FRO=3;FSAF=96;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0270012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.423;QD=60.5493;RBI=0.0325245;REFB=0.0361593;REVB=-0.0181323;RO=3;SAF=96;SAR=150;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00943637;STB=0.504886;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000329346;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:249:251:3:3:246:248:0.988048:150:96:0:3:152:96:0:3 chr16 11387129 . C A 1246.86 PASS AF=0.519313;AO=121;DP=233;FAO=121;FDP=233;FR=.;FRO=112;FSAF=40;FSAR=81;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=0.0142614;FXX=0.00427332;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.555;QD=21.4053;RBI=0.019757;REFB=0.00391452;REVB=0.0136731;RO=111;SAF=40;SAR=81;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113204;STB=0.560328;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00342769;OID=.;OPOS=11387129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:111:112:121:121:0.519313:81:40:50:61:81:40:50:62 chr16 11387164 . T C 763.24 PASS AF=0.447514;AO=81;DP=180;FAO=81;FDP=181;FR=.;FRO=100;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=28;FSRR=72;FWDB=0.0164548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.915;QD=16.8671;RBI=0.0192257;REFB=-0.0227448;REVB=0.00994314;RO=98;SAF=37;SAR=44;SRF=28;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173671;STB=0.600089;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0221198;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:98:100:81:81:0.447514:44:37:28:70:44:37:28:72 chr16 11540712 . T C 1542.35 PASS AF=1;AO=78;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.311;QD=64.2644;RBI=0.0678432;REFB=0;REVB=0.0310806;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217514;OID=.;OPOS=11540712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:78:96:1:41:37:0:0:42:54:0:0 chr16 11541896 . G A,C 1726.23 PASS AF=0.948276,0.0517241;AO=109,6;DP=116;FAO=110,6;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54,6;FSAR=56,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160395,0.0133412;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.6736,177.777;QD=59.525;RBI=0.0363845,0.0134242;REFB=0,0;REVB=-0.0326583,0.00149033;RO=0;SAF=53,6;SAR=56,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00567124,0.101426;OID=.,.;OPOS=11541896,11541896;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:116:116:0:0:109,6:110,6:0.948276,0.0517241:56,0:53,6:0:0:56,0:54,6:0:0 chr16 11542894 . C T 798.71 PASS AF=0.37247;AO=92;DP=247;FAO=92;FDP=247;FR=.;FRO=155;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=76;FSRR=79;FWDB=0.00275775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.989;QD=12.9345;RBI=0.0071239;REFB=-0.00248917;REVB=-0.00656847;RO=153;SAF=48;SAR=44;SRF=75;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348709;STB=0.519714;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0039052;OID=.;OPOS=11542894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:153:155:92:92:0.37247:44:48:75:78:44:48:76:79 chr16 11544673 . G A 272.77 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0212772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.903;QD=26.6113;RBI=0.0253481;REFB=-0.00439234;REVB=-0.013777;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154142;STB=0.515139;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00181977;OID=.;OPOS=11544673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:24:25:0.609756:14:10:7:9:15:10:7:9 chr16 11553883 . C G 4692.96 PASS AF=1;AO=294;DP=298;FAO=294;FDP=294;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502335;FXX=0.0134224;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.891;QD=63.8498;RBI=0.0503957;REFB=-0.0708992;REVB=0.00404047;RO=1;SAF=153;SAR=141;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00337046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53997e-05;OID=.;OPOS=11553883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:298:294:1:0:294:294:1:141:153:0:1:141:153:0:0 chr16 11556014 . G C 6094.36 PASS AF=1;AO=377;DP=377;FAO=383;FDP=383;FR=.;FRO=0;FSAF=199;FSAR=184;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.803;QD=63.6487;RBI=0.0683526;REFB=0;REVB=0.0277988;RO=0;SAF=194;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25187e-05;OID=.;OPOS=11556014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:377:383:0:0:377:383:1:183:194:0:0:184:199:0:0 chr16 11556121 . A G 4629.11 PASS AF=1;AO=287;DP=287;FAO=290;FDP=290;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383633;FXX=0.00684908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.151;QD=63.8498;RBI=0.0454276;REFB=0;REVB=0.0243295;RO=0;SAF=131;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86071e-05;OID=.;OPOS=11556121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:287:290:0:0:287:290:1:156:131:0:0:157:133:0:0 chr16 11658459 . A AT 398.48 PASS AF=0.43299;AO=41;DP=98;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00487287;FXX=0.010203;HRUN=0;LEN=1;MLLD=175.3;QD=16.4323;RBI=0.0100211;REFB=-0.00593364;REVB=-0.00875662;RO=53;SAF=22;SAR=19;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273212;STB=0.508354;STBP=0.896;TYPE=ins;VARB=0.00670408;OID=.;OPOS=11658460;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43299:41:98:42:97:55:22:20:28:27:99:53:22:19:27:26 chr16 11792171 . C T 158.87 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00246161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5833;QD=11.3479;RBI=0.0424033;REFB=0.0223481;REVB=0.0423318;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468398;STB=0.517839;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0186288;OID=.;OPOS=11792171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:10:10:16:19:10:10:17:19 chr16 11852354 . A C 996.46 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0373369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6441;QD=56.1385;RBI=0.080819;REFB=0.161084;REVB=-0.0716774;RO=2;SAF=44;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00791034;STB=0.504186;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00414415;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:25:44:1:1:25:44:1:1 chr16 11933678 . G C 413.98 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=-0.0377219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.15;QD=16.559;RBI=0.0401104;REFB=-0.000226407;REVB=-0.0136346;RO=57;SAF=21;SAR=22;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194944;STB=0.608932;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000203305;OID=.;OPOS=11933678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:57:43:43:0.43:22:21:17:40:22:21:17:40 chr16 11940390 . T C 329.33 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00239249;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.413;QD=15.4977;RBI=0.034491;REFB=-0.00553502;REVB=0.0344079;RO=48;SAF=10;SAR=25;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173121;STB=0.578407;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00942179;OID=.;OPOS=11940390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:35:36:0.423529:25:10:21:27:25:11:21:28 chr16 11969724 . G C 1670.05 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397793;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.163;QD=60.7291;RBI=0.039976;REFB=0;REVB=-0.00396047;RO=0;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.57823e-05;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:110:0:0:110:110:1:55:55:0:0:55:55:0:0 chr16 12009277 . C A 197.84 PASS AF=0.612903;AO=14;DP=33;FAO=19;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.134371;FXX=0.0605877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0953;QD=25.5276;RBI=0.158571;REFB=-0.00295566;REVB=0.0841976;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32036;STB=0.65776;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0242468;OID=.;OPOS=12009277;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:12:12:14:19:0.612903:3:11:12:0:6:13:12:0 chr16 12009279 . A G 445.6 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00223936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.681;QD=52.4232;RBI=0.0462008;REFB=-0.157681;REVB=0.0461465;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.57138;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00185051;OID=.;OPOS=12009279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:0:2:32:32:0.941176:6:26:0:0:6:26:0:2 chr16 12021329 . T C 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0217488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.974;QD=7.30269;RBI=0.0270625;REFB=-0.0154693;REVB=-0.016105;RO=37;SAF=4;SAR=8;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339234;STB=0.710191;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.037111;OID=.;OPOS=12021329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:8:4:23:14:8:4:23:14 chr16 12021332 . G A 109.25 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00423768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.689;QD=8.56855;RBI=0.00651206;REFB=-0.0184775;REVB=-0.0049446;RO=33;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277397;STB=0.654531;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0374043;OID=.;OPOS=12021332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:33:37:14:14:0.27451:4:10:16:17:4:10:19:18 chr16 12021337 . G A 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0103235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1705;QD=6.07059;RBI=0.0303163;REFB=0.00305879;REVB=0.0285044;RO=46;SAF=6;SAR=8;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243929;STB=0.650958;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00776841;OID=.;OPOS=12021337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:8:6:29:17:8:6:29:17 chr16 12021340 . A ATGG 76.52 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0238131;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=3;MLLD=161.783;QD=5.36994;RBI=0.052674;REFB=-0.0084245;REVB=-0.0469838;RO=42;SAF=4;SAR=8;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366255;STB=0.732973;STBP=0.096;TYPE=ins;VARB=0.0472723;OID=.;OPOS=12021341;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526:12:59:12:57:45:4:8:29:16:76:42:4:8:27:15 chr16 12021346 . C T 105.07 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0200636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.48;QD=6.46593;RBI=0.0213645;REFB=-0.0168721;REVB=-0.00734127;RO=49;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641736;STB=0.539602;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0661748;OID=.;OPOS=12021346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:49:49:16:16:0.246154:7:9:25:24:7:9:25:24 chr16 12021353 . G C 76.42 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0649006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5673;QD=4.56231;RBI=0.0679388;REFB=0.00710118;REVB=-0.0200896;RO=52;SAF=7;SAR=6;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477833;STB=0.530987;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0423397;OID=.;OPOS=12021353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:65:67:52:54:13:13:0.19403:6:7:26:26:6:7:27:27 chr16 12021356 . C T 59.74 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0031794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.14;QD=3.51388;RBI=0.0426639;REFB=-0.0139082;REVB=-0.0425453;RO=57;SAF=6;SAR=5;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886972;STB=0.559891;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0778613;OID=.;OPOS=12021356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:5:6:27:30:5:6:27:30 chr16 12021361 . G A 74.57 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0292518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4389;QD=4.26112;RBI=0.0946195;REFB=-0.0136824;REVB=0.0899843;RO=56;SAF=7;SAR=6;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921929;STB=0.552551;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0112295;OID=.;OPOS=12021361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:56:57:13:13:0.185714:6:7:26:30:6:7:27:30 chr16 12021373 . C T 47.76 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.007244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.712;QD=2.48095;RBI=0.0368959;REFB=-0.0103688;REVB=-0.0361778;RO=64;SAF=5;SAR=5;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190772;STB=0.532403;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0622747;OID=.;OPOS=12021373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:77:77:64:67:10:10:0.12987:5:5:31:33:5:5:31:36 chr16 12021486 . G A 168.57 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0379231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.998;QD=16.0538;RBI=0.0407603;REFB=-0.0123758;REVB=0.0149414;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662078;STB=0.538173;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0218271;OID=.;OPOS=12021486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:13:5:8:16:13:5:8:16 chr16 12027474 . CAT C,CGT 809.78 PASS AF=1,0;AO=54,5;DP=59;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358348,0.0189222;FXX=0.0338926;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=212.857,43.9971;QD=56.8265;RBI=0.0385633,0.022047;REFB=0,0;REVB=0.0142476,-0.0113147;RO=0;SAF=10,1;SAR=44,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=3.28947e-05,0;OID=.,.;OPOS=12027475,12027475;OREF=AT,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:54,5:59:57,0:57:0:10,0:47,0:0:0:4:0:10,1:44,4:0:0 chr16 12027781 . A C 376.24 PASS AF=0.230769;AO=60;DP=260;FAO=60;FDP=260;FR=.;FRO=200;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=89;FSRR=111;FWDB=-0.0176882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.41;QD=5.78829;RBI=0.0650804;REFB=-0.00580747;REVB=0.0626305;RO=200;SAF=31;SAR=29;SRF=89;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909732;STB=0.554969;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.022557;OID=.;OPOS=12027781;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:200:200:60:60:0.230769:29:31:89:111:29:31:89:111 chr16 12060163 . A G 1795.61 PASS AF=0.954545;AO=120;DP=133;FAO=126;FDP=132;FR=.;FRO=6;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0186382;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.025;QD=54.4125;RBI=0.0199856;REFB=-0.142784;REVB=0.00721389;RO=11;SAF=55;SAR=65;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860576;STB=0.523434;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00173645;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:133:132:11:6:120:126:0.954545:65:55:11:0:65:61:6:0 chr16 12061626 . G A 592.01 PASS AF=0.459259;AO=61;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00160888;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.83;QD=17.541;RBI=0.0586643;REFB=-0.0126703;REVB=-0.0586422;RO=71;SAF=33;SAR=28;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872631;STB=0.544701;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0104234;OID=.;OPOS=12061626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:71:73:61:62:0.459259:28:33:32:39:28:34:34:39 chr16 12162969 . A G 966.71 PASS AF=0.436441;AO=103;DP=237;FAO=103;FDP=236;FR=.;FRO=133;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=60;FSRR=73;FWDB=-0.00498076;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.319;QD=16.3849;RBI=0.0128643;REFB=-0.00364158;REVB=-0.0118609;RO=133;SAF=46;SAR=57;SRF=60;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00463705;STB=0.502578;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00459285;OID=.;OPOS=12162969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:133:133:103:103:0.436441:57:46:60:73:57:46:60:73 chr16 12621176 . C G 813.56 PASS AF=0.558824;AO=76;DP=136;FAO=76;FDP=136;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00573999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.283;QD=23.9281;RBI=0.00633148;REFB=-0.0156055;REVB=0.0026721;RO=60;SAF=31;SAR=45;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349502;STB=0.519088;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0124567;OID=.;OPOS=12621176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:60:60:76:76:0.558824:45:31:27:33:45:31:27:33 chr16 12666984 . T A 365.82 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0259912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.667;QD=18.76;RBI=0.0370229;REFB=0.01002;REVB=0.0263658;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865673;STB=0.539898;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00723823;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:40:37:38:0.487179:21:16:21:19:21:17:21:19 chr16 13002359 . T C 2339.19 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231254;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.973;QD=60.7581;RBI=0.0297192;REFB=0;REVB=-0.0186667;RO=0;SAF=79;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70733e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59233e-06;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:151:154:1:72:79:0:0:73:81:0:0 chr16 14304175 . A C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.348;QD=59.8317;RBI=0.00844635;REFB=0;REVB=0.00831581;RO=0;SAF=5;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17602e-05;OID=.;OPOS=14304175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:31:5:0:0:31:5:0:0 chr16 14311035 . T C 2105.65 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.135;QD=62.3895;RBI=0.0463839;REFB=0;REVB=0.00956187;RO=0;SAF=50;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80741e-05;OID=.;OPOS=14311035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:135:0:0:122:135:1:72:50:0:0:74:61:0:0 chr16 14356373 . T C 1665.3 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.011435;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3346;QD=59.4751;RBI=0.016282;REFB=-0.0578218;REVB=0.0115907;RO=1;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871089;STB=0.504586;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000378293;OID=.;OPOS=14356373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:54:57:0:1:54:57:0:1 chr16 14356920 . A C 1385.73 PASS AF=0.938776;AO=89;DP=97;FAO=92;FDP=98;FR=.;FRO=6;FSAF=60;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00710197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.265;QD=56.5604;RBI=0.017812;REFB=-0.0876514;REVB=0.0163349;RO=4;SAF=57;SAR=32;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00971233;STB=0.510202;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000709141;OID=.;OPOS=14356920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:97:98:4:6:89:92:0.938776:32:57:3:1:32:60:3:3 chr16 14359205 . G A 516.2 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.75;QD=58.9942;RBI=0.0299442;REFB=0;REVB=-0.00445616;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84297e-05;OID=.;OPOS=14359205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:20:15:0:0 chr16 14359233 . T A 619.0 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000538756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7777;QD=58.9524;RBI=0.0177982;REFB=-0.107092;REVB=-0.01779;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191513;STB=0.510199;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00472174;OID=.;OPOS=14359233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:24:17:0:1:24:17:0:1 chr16 14369420 . T TC 578.62 PASS AF=1;AO=46;DP=54;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136725;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.1957;QD=45.3823;RBI=0.0235174;REFB=0;REVB=0.0191345;RO=5;SAF=27;SAR=19;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351604;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00117604;OID=.;OPOS=14369421;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:54:51:51:0:29:22:0:0:11:5:27:19:2:3 chr16 14742400 . T G 822.22 PASS AF=0.439614;AO=86;DP=202;FAO=91;FDP=207;FR=.;FRO=116;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=71;FSRR=45;FWDB=0.00210712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.769;QD=15.8882;RBI=0.0353712;REFB=-0.0111655;REVB=0.0353084;RO=114;SAF=38;SAR=48;SRF=70;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174657;STB=0.608018;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.022099;OID=.;OPOS=14742400;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:207:114:116:86:91:0.439614:48:38:70:44:53:38:71:45 chr16 14988868 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0327129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.578;QD=15.6998;RBI=0.0508195;REFB=0.00877823;REVB=-0.0388908;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117088;STB=0.56798;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0138417;OID=.;OPOS=14988868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:11:4:7:12:11:4:7:12 chr16 15082865 . C T 378.01 PASS AF=0.284153;AO=52;DP=180;FAO=52;FDP=183;FR=.;FRO=131;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=65;FSRR=66;FWDB=0.000883007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3111;QD=8.2624;RBI=0.030733;REFB=-0.0128855;REVB=-0.0307203;RO=128;SAF=31;SAR=21;SRF=64;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117701;STB=0.572219;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0310257;OID=.;OPOS=15082865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:183:128:131:52:52:0.284153:21:31:64:64:21:31:65:66 chr16 15083131 . A T 370.05 PASS AF=0.290698;AO=50;DP=173;FAO=50;FDP=172;FR=.;FRO=122;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=-0.0137832;FXX=0.022726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.925;QD=8.60591;RBI=0.0145107;REFB=-0.00576697;REVB=0.00453702;RO=121;SAF=20;SAR=30;SRF=58;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973861;STB=0.55448;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0144966;OID=.;OPOS=15083131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:121:122:50:50:0.290698:30:20:58:63:30:20:58:64 chr16 15083383 . G A 422.27 PASS AF=0.277778;AO=60;DP=216;FAO=60;FDP=216;FR=.;FRO=156;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=78;FSRR=78;FWDB=0.002365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.08;QD=7.81976;RBI=0.107435;REFB=-0.00196294;REVB=0.107409;RO=156;SAF=18;SAR=42;SRF=78;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255504;STB=0.651111;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00827018;OID=.;OPOS=15083383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:156:156:60:60:0.277778:42:18:78:78:42:18:78:78 chr16 15091601 . G C 69.43 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0250125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.373;QD=6.31136;RBI=0.0357549;REFB=-0.00827793;REVB=-0.0255497;RO=34;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711862;STB=0.545364;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0295221;OID=.;OPOS=15091601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:5:5:19:15:5:5:19:15 chr16 15095675 . C A 173.29 PASS AF=0.247619;AO=26;DP=106;FAO=26;FDP=105;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.00458648;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9241;QD=6.60139;RBI=0.0229849;REFB=-0.00903925;REVB=-0.0225226;RO=80;SAF=12;SAR=14;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940475;STB=0.561996;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0204692;OID=.;OPOS=15095675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:80:79:26:26:0.247619:14:12:43:37:14:12:43:36 chr16 15098047 . C G 267.14 PASS AF=0.256579;AO=39;DP=152;FAO=39;FDP=152;FR=.;FRO=113;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=69;FWDB=-0.00251115;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.795;QD=7.03004;RBI=0.0135118;REFB=-0.00750698;REVB=-0.0132764;RO=112;SAF=17;SAR=22;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663273;STB=0.535461;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0219038;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:112:113:39:39:0.256579:22:17:43:69:22:17:44:69 chr16 15110077 . C T 137.12 PASS AF=0.214286;AO=21;DP=99;FAO=21;FDP=98;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0662941;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.592;QD=5.59671;RBI=0.0666632;REFB=-0.00677429;REVB=-0.00700546;RO=77;SAF=11;SAR=10;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602899;STB=0.537599;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0242154;OID=.;OPOS=15110077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:77:77:21:21:0.214286:10:11:44:33:10:11:44:33 chr16 15111218 . C T 341.46 PASS AF=0.303448;AO=44;DP=145;FAO=44;FDP=145;FR=.;FRO=101;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.00736892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3082;QD=9.4196;RBI=0.0283977;REFB=0.00543602;REVB=-0.027425;RO=99;SAF=25;SAR=19;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754076;STB=0.551158;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.013528;OID=.;OPOS=15111218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:99:101:44:44:0.303448:19:25:50:49:19:25:50:51 chr16 15116625 . G T 375.1 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0255874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.798;QD=18.2978;RBI=0.0300223;REFB=-0.0256352;REVB=-0.0157042;RO=42;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785498;STB=0.555955;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0247603;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:43:38:39:0.47561:23:15:20:22:24:15:21:22 chr16 15129970 . A G 733.64 PASS AF=0.525926;AO=71;DP=135;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0179961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.577;QD=21.7376;RBI=0.018428;REFB=-0.0229699;REVB=-0.00396617;RO=64;SAF=29;SAR=42;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532679;STB=0.529253;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0245335;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:64:64:71:71:0.525926:42:29:30:34:42:29:30:34 chr16 15131962 . A G 270.2 PASS AF=0.251534;AO=41;DP=155;FAO=41;FDP=163;FR=.;FRO=122;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=-0.0663715;FXX=0.0121205;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9005;QD=6.63055;RBI=0.0738732;REFB=0.00433825;REVB=0.0324356;RO=114;SAF=22;SAR=19;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120518;STB=0.557848;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0149221;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:163:114:122:41:41:0.251534:19:22:50:64:19:22:56:66 chr16 15131974 . G T 325.05 PASS AF=0.280488;AO=45;DP=162;FAO=46;FDP=164;FR=.;FRO=118;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=-0.00553827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7896;QD=7.92814;RBI=0.00651808;REFB=0.00101791;REVB=-0.00343699;RO=117;SAF=26;SAR=19;SRF=52;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162209;STB=0.583078;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0041393;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:117:118:45:46:0.280488:19:26:52:65:20:26:53:65 chr16 15133889 . T G 1345.27 PASS AF=0.498155;AO=134;DP=272;FAO=135;FDP=271;FR=.;FRO=136;FSAF=53;FSAR=82;FSRF=52;FSRR=84;FWDB=0.000515374;FXX=0.0109485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.371;QD=19.8564;RBI=0.0196071;REFB=-0.00782869;REVB=-0.0196003;RO=136;SAF=53;SAR=81;SRF=51;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197921;STB=0.505399;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00813331;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:136:136:134:135:0.498155:81:53:51:85:82:53:52:84 chr16 15155407 . G A 157.93 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0292952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.559;QD=16.6241;RBI=0.053738;REFB=-0.0133093;REVB=-0.0450507;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131045;STB=0.588131;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0386219;OID=.;OPOS=15155407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:7:10:9:11:7:10:9:12 chr16 15178499 . G A 131.98 PASS AF=0.194915;AO=23;DP=119;FAO=23;FDP=118;FR=.;FRO=95;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=-0.0218209;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.41;QD=4.47379;RBI=0.0326617;REFB=-0.00921217;REVB=-0.024303;RO=96;SAF=12;SAR=11;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119642;STB=0.580601;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0352673;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:96:95:23:23:0.194915:11:12:59:37:11:12:59:36 chr16 15221957 . T C 1260.92 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2044;QD=61.5085;RBI=0.0290822;REFB=0;REVB=-0.0289803;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127912;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:48:33:0:0:49:33:0:0 chr16 15225148 . G C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.011967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.532;QD=8.69065;RBI=0.0176735;REFB=-0.0151871;REVB=0.0130055;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097172;STB=0.559852;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0285318;OID=.;OPOS=15225148;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:10:7:4:4:10:7 chr16 15248798 . A G 1122.2 PASS AF=1;AO=66;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.757;QD=60.6596;RBI=0.151468;REFB=0;REVB=0.151426;RO=0;SAF=64;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85404e-05;OID=.;OPOS=15248798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:66:74:1:2:64:0:0:10:64:0:0 chr16 15696387 . G A 141.39 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0636005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4067;QD=21.7516;RBI=0.0643883;REFB=-0.0231416;REVB=0.0100417;RO=10;SAF=1;SAR=14;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475036;STB=0.807145;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0176956;OID=.;OPOS=15696387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:10:11:15:15:0.576923:14:1:4:6:14:1:5:6 chr16 15820863 . C T 4435.02 PASS AF=1;AO=280;DP=281;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122443;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.486;QD=63.3574;RBI=0.0261664;REFB=0;REVB=0.0231249;RO=0;SAF=115;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02102e-05;OID=.;OPOS=15820863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:281:280:0:0:280:280:1:165:115:0:0:165:115:0:0 chr16 15839034 . G A 742.72 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0361146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1234;QD=53.0514;RBI=0.0726663;REFB=-0.0287146;REVB=0.0630566;RO=2;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012472;STB=0.500662;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00233514;OID=.;OPOS=15839034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:28:26:1:1:28:26:1:1 chr16 15843899 . G A 1175.53 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00189216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.604;QD=58.7767;RBI=0.0117085;REFB=-0.0609026;REVB=-0.0115546;RO=1;SAF=68;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00691083;STB=0.503649;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=8.64714e-05;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:80:1:1:77:79:0.9875:9:68:1:0:11:68:1:0 chr16 15850204 . A G 1755.9 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0208448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.55;QD=59.0219;RBI=0.0354844;REFB=-0.0892823;REVB=0.0287165;RO=2;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153152;STB=0.508063;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00246379;OID=.;OPOS=15850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:61:56:0:2:61:56:0:2 chr16 15971028 . C G 1976.6 PASS AF=0.992366;AO=121;DP=127;FAO=130;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236548;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4692;QD=60.3542;RBI=0.0436135;REFB=0;REVB=0.0435493;RO=0;SAF=41;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326248;OID=.;OPOS=15971028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:131:0:0:121:130:0.992366:80:41:0:0:86:44:0:0 chr16 15973654 . G T 850.75 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.89;QD=57.6778;RBI=0.0285512;REFB=0;REVB=-0.0222345;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31188e-06;OID=.;OPOS=15973654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr16 15982422 . C A 936.65 PASS AF=0.511111;AO=92;DP=180;FAO=92;FDP=180;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=0.00767602;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.314;QD=20.8144;RBI=0.0133803;REFB=-0.00770765;REVB=0.0109595;RO=87;SAF=44;SAR=48;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882963;STB=0.550791;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00750742;OID=.;OPOS=15982422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:87:88:92:92:0.511111:48:44:33:54:48:44:33:55 chr16 16138322 . T C 888.13 PASS AF=0.47619;AO=90;DP=189;FAO=90;FDP=189;FR=.;FRO=99;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0178575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.8;QD=18.7965;RBI=0.0293191;REFB=-0.0203037;REVB=0.0232534;RO=97;SAF=39;SAR=51;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486363;STB=0.532567;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0210323;OID=.;OPOS=16138322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:97:99:90:90:0.47619:51:39:47:50:51:39:49:50 chr16 16139714 . T C 796.36 PASS AF=0.461111;AO=83;DP=180;FAO=83;FDP=180;FR=.;FRO=97;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=0.00825762;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.987;QD=17.697;RBI=0.0368484;REFB=-0.00959206;REVB=-0.0359113;RO=97;SAF=35;SAR=48;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131488;STB=0.572867;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0131907;OID=.;OPOS=16139714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:97:97:83:83:0.461111:48:35:54:43:48:35:54:43 chr16 16162019 . T C 881.25 PASS AF=0.396761;AO=95;DP=244;FAO=98;FDP=247;FR=.;FRO=149;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=75;FSRR=74;FWDB=0.0127212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3622;QD=14.2712;RBI=0.0902566;REFB=-3.04817e-05;REVB=0.0893556;RO=149;SAF=59;SAR=36;SRF=75;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130635;STB=0.567075;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000665125;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:247:149:149:95:98:0.396761:36:59:75:74:38:60:75:74 chr16 16228242 . G A 346.29 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0285025;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8249;QD=15.9211;RBI=0.0368781;REFB=-0.0246398;REVB=0.0234009;RO=47;SAF=23;SAR=14;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11349;STB=0.582971;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0314033;OID=.;OPOS=16228242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:47:50:37:37:0.425287:14:23:24:23:14:23:24:26 chr16 16251599 . C T 830.25 PASS AF=0.459893;AO=86;DP=187;FAO=86;FDP=187;FR=.;FRO=101;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=58;FSRR=43;FWDB=0.0131012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.517;QD=17.7592;RBI=0.0134854;REFB=-0.00193748;REVB=0.00319567;RO=99;SAF=35;SAR=51;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163286;STB=0.590418;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00186113;OID=.;OPOS=16251599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:99:101:86:86:0.459893:51:35:57:42:51:35:58:43 chr16 16271357 . T C 3854.24 PASS AF=1;AO=242;DP=246;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.003717;FXX=0.0162595;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.513;QD=63.7064;RBI=0.0181935;REFB=-0.0164241;REVB=-0.0178098;RO=1;SAF=118;SAR=124;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00402216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55917e-05;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:246:242:1:0:242:242:1:124:118:1:0:124:118:0:0 chr16 16272670 . T C 2565.67 PASS AF=1;AO=137;DP=166;FAO=167;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=88;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3739;QD=61.4533;RBI=0.12377;REFB=0;REVB=0.116738;RO=0;SAF=83;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202364;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:167:0:0:137:167:1:54:83:0:0:79:88:0:0 chr16 16278050 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0988944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.493;QD=8.69803;RBI=0.105344;REFB=-0.00269267;REVB=-0.0362933;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152225;STB=0.594327;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0273851;OID=.;OPOS=16278050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:6:8:3:4:6:8 chr16 16278863 . G T 1050.0 PASS AF=0.392857;AO=118;DP=307;FAO=121;FDP=308;FR=.;FRO=187;FSAF=75;FSAR=46;FSRF=78;FSRR=109;FWDB=-0.000923864;FXX=0.00964599;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.523;QD=13.6364;RBI=0.00771858;REFB=-0.00557048;REVB=-0.00766309;RO=188;SAF=73;SAR=45;SRF=79;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216467;STB=0.62287;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00987308;OID=.;OPOS=16278863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:308:188:187:118:121:0.392857:45:73:79:109:46:75:78:109 chr16 16278869 . G C 1016.0 PASS AF=0.385113;AO=117;DP=307;FAO=119;FDP=309;FR=.;FRO=190;FSAF=74;FSAR=45;FSRF=79;FSRR=111;FWDB=0.0326805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5651;QD=13.152;RBI=0.0351309;REFB=0.00775424;REVB=0.0128905;RO=190;SAF=72;SAR=45;SRF=79;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21863;STB=0.626383;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00897512;OID=.;OPOS=16278869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:309:190:190:117:119:0.385113:45:72:79:111:45:74:79:111 chr16 16281007 . A G 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.00597901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.399;QD=20.8994;RBI=0.0181418;REFB=0.00243174;REVB=-0.0171283;RO=24;SAF=8;SAR=20;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12937;STB=0.571381;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00171897;OID=.;OPOS=16281007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:20:8:4:20:20:8:4:20 chr16 16468294 . C T 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.000144743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.106;QD=13.2874;RBI=0.0264269;REFB=-0.00306429;REVB=0.0264265;RO=41;SAF=6;SAR=21;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217809;STB=0.625915;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00462422;OID=.;OPOS=16468294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:21:6:16:25:21:6:16:25 chr16 17196433 . G C 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0349561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2044;QD=19.3864;RBI=0.0350698;REFB=0.0202566;REVB=0.00282267;RO=34;SAF=16;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406727;STB=0.5226;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0242374;OID=.;OPOS=17196433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:19:16:14:20:19:16:14:20 chr16 17196622 . T TTC 119.45 PASS AF=0.65;AO=8;DP=24;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00663917;FXX=0.0908678;HRUN=8;LEN=2;MLLD=279.772;QD=23.891;RBI=0.0607613;REFB=-0.01255;REVB=0.0603974;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137746;STB=0.705591;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=0.0124259;OID=.;OPOS=17196623;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65:8:24:13:20:7:5:8:7:0:51:16:5:3:8:8 chr16 17199794 . CA AC 33.02 PASS AF=0.208333;AO=5;DP=26;FAO=5;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0567434;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=2;MLLD=25.6877;QD=5.50262;RBI=0.125052;REFB=0.00978988;REVB=0.111436;RO=13;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06903;STB=0.660401;STBP=0.452;TYPE=mnp;VARB=-0.0167974;OID=.;OPOS=17199794;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:26:24:13:18:5:5:0.208333:2:3:7:6:2:3:7:11 chr16 18823379 . T C 2362.04 PASS AF=0.993671;AO=140;DP=162;FAO=157;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=76;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0021927;FXX=0.0246898;HRUN=7;LEN=1;MLLD=208.047;QD=59.7985;RBI=0.00583067;REFB=-0.098309;REVB=-0.00540266;RO=5;SAF=67;SAR=73;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796522;STB=0.503067;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000354498;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:158:5:1:140:157:0.993671:73:67:3:2:81:76:0:1 chr16 19041595 . G A 2243.54 PASS AF=0.986207;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0132145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.066;QD=61.8907;RBI=0.0139666;REFB=-0.100676;REVB=-0.0045215;RO=2;SAF=67;SAR=76;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000828616;STB=0.500436;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000110053;OID=.;OPOS=19041595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:145:2:2:143:143:0.986207:76:67:1:1:76:67:1:1 chr16 19067933 . G A 3377.13 PASS AF=1;AO=213;DP=217;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8969;QD=61.9658;RBI=0.0344256;REFB=0;REVB=-0.0100553;RO=0;SAF=101;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110283;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:218:0:0:213:218:1:112:101:0:0:113:105:0:0 chr16 19080184 . C T 1355.75 PASS AF=0.967391;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0100267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4574;QD=58.9458;RBI=0.0211222;REFB=0.0171838;REVB=0.0185907;RO=3;SAF=44;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104042;STB=0.505617;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.00346832;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:92:3:3:88:89:0.967391:44:44:1:2:44:45:1:2 chr16 19080227 . C CTG,G 602.3 PASS AF=0.779661,0.0677966;AO=42,4;DP=61;FAO=46,4;FDP=59;FR=.;FRO=9;FSAF=11,0;FSAR=35,4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00153112,0.0519872;FXX=0.0166639;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=278.248,54.2736;QD=40.8338;RBI=0.0230315,0.0524717;REFB=-0.0191027,0.0202339;REVB=0.0229805,0.0071136;RO=11;SAF=9,0;SAR=33,4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.283171,-0.778933;STB=0.626708,0.998075;STBP=0.001,0.002;TYPE=ins,snp;VARB=0.00562845,-0.0050398;OID=.,.;OPOS=19080228,19080227;OREF=-,C;OALT=TG,G;OMAPALT=CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:61:59:11:9:42,4:46,4:0.779661,0.0677966:33,4:9,0:9:2:35,4:11,0:8:1 chr16 19085298 . C T 3714.78 PASS AF=1;AO=235;DP=237;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014506;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.302;QD=62.9624;RBI=0.0261674;REFB=-0.0242565;REVB=-0.0217786;RO=1;SAF=108;SAR=127;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00373797;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18146e-06;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:237:236:1:0:235:236:1:127:108:0:1:128:108:0:0 chr16 19089626 . A T 56.2 PASS AF=0.193548;AO=9;DP=60;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0104473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6573;QD=3.62576;RBI=0.0827342;REFB=-0.00461749;REVB=-0.082072;RO=49;SAF=8;SAR=1;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457688;STB=0.857436;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.144242;OID=.;OPOS=19089626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:60:62:49:50:9:12:0.193548:1:8:28:21:1:11:29:21 chr16 19128048 . G A 354.79 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.006466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.245;QD=17.0984;RBI=0.0231156;REFB=-0.00765473;REVB=-0.0221929;RO=45;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830744;STB=0.537255;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0111383;OID=.;OPOS=19128048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:45:45:37:38:0.457831:22:15:22:23:22:16:22:23 chr16 19128433 . T TA 53.22 PASS AF=0.342105;AO=14;DP=118;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0711858;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=8.56947;QD=1.86733;RBI=0.123211;REFB=-0.0664668;REVB=0.100566;RO=94;SAF=7;SAR=7;SRF=54;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924712;STB=0.538024;STBP=0.59;TYPE=ins;VARB=0.0129738;OID=.;OPOS=19128434;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:14:118:39:114:75:22:17:38:37:53:94:7:7:54:40 chr16 19128436 . G A 160.71 PASS AF=0.220339;AO=26;DP=120;FAO=26;FDP=118;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=-0.0219045;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8233;QD=5.44763;RBI=0.0273361;REFB=0.00248008;REVB=0.0163541;RO=91;SAF=16;SAR=10;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180104;STB=0.607247;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0161941;OID=.;OPOS=19128436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:91:92:26:26:0.220339:10:16:43:48:10:16:44:48 chr16 19128437 . G T 87.39 PASS AF=0.155172;AO=17;DP=122;FAO=18;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=98;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0149139;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8516;QD=3.01342;RBI=0.0498902;REFB=-0.0161969;REVB=-0.0476089;RO=87;SAF=8;SAR=9;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087727;STB=0.508611;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0694487;OID=.;OPOS=19128437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:122:116:87:98:17:18:0.155172:9:8:47:40:9:9:48:50 chr16 19128775 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0112222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.598;QD=13.6305;RBI=0.0275857;REFB=-0.0181301;REVB=0.0251998;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149044;STB=0.588021;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0205824;OID=.;OPOS=19128775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:3:6:4:4:3:6 chr16 19128995 . C A 1240.55 PASS AF=0.603261;AO=111;DP=183;FAO=111;FDP=184;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.00224334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8678;QD=26.9686;RBI=0.0740262;REFB=0.0013245;REVB=-0.0739922;RO=72;SAF=41;SAR=70;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149328;STB=0.583846;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00113296;OID=.;OPOS=19128995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:72:73:111:111:0.603261:70:41:41:31:70:41:42:31 chr16 19129513 . GT AC 383.37 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0136997;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.625;QD=14.4667;RBI=0.0137744;REFB=-0.00563432;REVB=-0.00143257;RO=57;SAF=25;SAR=19;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778486;STB=0.558873;STBP=0.301;TYPE=mnp;VARB=0.00785011;OID=.;OPOS=19129513;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:106:57:62:44:44:0.415094:19:25:28:29:19:25:29:33 chr16 19129614 . T C 77.1 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00272617;FXX=0.157812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.037;QD=19.2748;RBI=0.0238694;REFB=0.0258272;REVB=-0.0237133;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138165;STB=0.675319;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00734267;OID=.;OPOS=19129614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:19:16:10:7:9:9:0.5625:4:5:4:6:4:5:1:6 chr16 19130011 . T G 92.9 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0290894;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.32;QD=9.52849;RBI=0.0299297;REFB=-0.0266792;REVB=0.00704225;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695111;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0376731;OID=.;OPOS=19130011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:37:39:25:27:12:12:0.307692:8:4:7:18:8:4:9:18 chr16 19131435 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00808599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.577;QD=21.2667;RBI=0.00934925;REFB=0.00222255;REVB=-0.0046931;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805621;STB=0.545401;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00223187;OID=.;OPOS=19131435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:6:8:8:9:6:8 chr16 19132447 . A C 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0193644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.531;QD=18.6433;RBI=0.061739;REFB=-0.00465898;REVB=0.0586236;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22989;STB=0.631986;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00793943;OID=.;OPOS=19132447;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:7:6:10:4:7:6 chr16 19132780 . T C 629.48 PASS AF=0.445161;AO=69;DP=155;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0395297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.528;QD=16.2446;RBI=0.0477311;REFB=-0.00806493;REVB=0.026752;RO=86;SAF=43;SAR=26;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148749;STB=0.582943;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0149485;OID=.;OPOS=19132780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:86:86:69:69:0.445161:26:43:41:45:26:43:41:45 chr16 19310092 . T C 528.01 PASS AF=0.41844;AO=55;DP=137;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.000813807;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.86;QD=14.9789;RBI=0.0127823;REFB=-0.0138465;REVB=-0.0127563;RO=80;SAF=15;SAR=40;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154442;STB=0.563438;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0213614;OID=.;OPOS=19310092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:141:80:82:55:59:0.41844:40:15:32:48:41:18:33:49 chr16 19336855 . A C 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.032322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3827;QD=31.2412;RBI=0.0412932;REFB=-0.00384764;REVB=-0.0256985;RO=3;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764114;STB=0.571326;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000650184;OID=.;OPOS=19336855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:3:4:14:14:0.777778:6:8:1:2:6:8:1:3 chr16 19475099 . C A 711.77 PASS AF=0.496454;AO=70;DP=141;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00158998;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.67;QD=20.1921;RBI=0.0105495;REFB=-0.0066995;REVB=-0.010429;RO=69;SAF=35;SAR=35;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326482;STB=0.524816;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00718256;OID=.;OPOS=19475099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:69:71:70:70:0.496454:35:35:32:37:35:35:32:39 chr16 19509938 . G GCA 2910.24 PASS AF=0.960784;AO=195;DP=207;FAO=196;FDP=204;FR=.;FRO=8;FSAF=113;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0137753;FXX=0.0422515;HRUN=1;LEN=2;MLLD=299.708;QD=57.0635;RBI=0.0138554;REFB=-0.0288227;REVB=0.00148757;RO=9;SAF=112;SAR=83;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300626;STB=0.513059;STBP=0.068;TYPE=ins;VARB=0.000555309;OID=.;OPOS=19509939;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.960784:195:207:196:204:8:113:83:2:6:11:9:112:83:2:7 chr16 19514483 . C T 455.94 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=56;FWDB=-0.0466182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4795;QD=15.3256;RBI=0.0529694;REFB=0.00558723;REVB=-0.0251496;RO=68;SAF=15;SAR=36;SRF=12;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156214;STB=0.586704;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0065078;OID=.;OPOS=19514483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:68:51:51:0.428571:36:15:12:56:36:15:12:56 chr16 19547357 . A G 748.83 PASS AF=0.475904;AO=79;DP=166;FAO=79;FDP=166;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.0139099;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.054;QD=18.0441;RBI=0.0298216;REFB=0.00747017;REVB=0.0263788;RO=86;SAF=32;SAR=47;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579952;STB=0.535499;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00968625;OID=.;OPOS=19547357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:86:87:79:79:0.475904:47:32:40:46:47:32:41:46 chr16 19547503 . C T 635.66 PASS AF=0.45098;AO=69;DP=153;FAO=69;FDP=153;FR=.;FRO=84;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=-0.0152875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.938;QD=16.6186;RBI=0.016085;REFB=-0.00523656;REVB=-0.00500191;RO=80;SAF=31;SAR=38;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857965;STB=0.538184;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00647476;OID=.;OPOS=19547503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:80:84:69:69:0.45098:38:31:29:51:38:31:32:52 chr16 19547747 . C G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.161;QD=63.5826;RBI=0.0168755;REFB=0;REVB=0.00885255;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234028;OID=.;OPOS=19547747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr16 19548461 . C T 291.59 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0313773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.2;QD=33.325;RBI=0.0320521;REFB=-0.00928157;REVB=-0.00654215;RO=10;SAF=15;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157379;STB=0.586138;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00486408;OID=.;OPOS=19548461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:10:10:25:25:0.714286:10:15:3:7:10:15:3:7 chr16 19590334 . G A 948.6 PASS AF=0.550898;AO=92;DP=167;FAO=92;FDP=167;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00763968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.414;QD=22.721;RBI=0.0658105;REFB=-0.00932864;REVB=-0.0653656;RO=75;SAF=42;SAR=50;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633072;STB=0.534543;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00843921;OID=.;OPOS=19590334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:75:75:92:92:0.550898:50:42:40:35:50:42:40:35 chr16 19648898 . T C 331.61 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00568158;FXX=0.0117633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.2454;QD=15.7909;RBI=0.00605889;REFB=-0.0169771;REVB=0.00210472;RO=45;SAF=25;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172523;STB=0.607081;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0199729;OID=.;OPOS=19648898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:48:36:36:0.428571:11:25:24:21:11:25:25:23 chr16 19653708 . TG T,TT 753.47 PASS AF=0.52518,0;AO=65,5;DP=138;FAO=73,0;FDP=139;FR=.;FRO=66;FSAF=45,0;FSAR=28,0;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.000299785,-0.00476951;FXX=0.00714235;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=225.993,223.078;QD=21.6825;RBI=0.00056877,0.00512263;REFB=-0.00447159,-0.00338169;REVB=0.000483351,0.00186899;RO=66;SAF=39,4;SAR=26,1;SRF=22;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.240471,0.454382;STB=0.633271,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00456242,0;OID=.,.;OPOS=19653709,19653709;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52518,0:65,5:138:73,0:139:66:45,0:28,0:22:44:99:66:39,4:26,1:22:44 chr16 19680546 . T C 992.87 PASS AF=0.521739;AO=96;DP=185;FAO=96;FDP=184;FR=.;FRO=88;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.0142391;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.738;QD=21.5842;RBI=0.0151956;REFB=-0.000775111;REVB=-0.00530601;RO=87;SAF=43;SAR=53;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901719;STB=0.552073;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00075762;OID=.;OPOS=19680546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:87:88:96:96:0.521739:53:43:48:39:53:43:49:39 chr16 19800213 . T C 421.06 PASS AF=0.467391;AO=40;DP=89;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.000353383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.351;QD=18.307;RBI=0.00988506;REFB=-0.00471536;REVB=-0.00987875;RO=49;SAF=23;SAR=17;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201912;STB=0.600555;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00613678;OID=.;OPOS=19800213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:49:49:40:43:0.467391:17:23:18:31:19:24:18:31 chr16 19868687 . G C 1580.06 PASS AF=0.95614;AO=108;DP=115;FAO=109;FDP=114;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00178456;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.163;QD=55.4408;RBI=0.00370598;REFB=-0.0324797;REVB=0.00324802;RO=5;SAF=53;SAR=55;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076147;STB=0.504185;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000903454;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:115:114:5:5:108:109:0.95614:55:53:2:3:55:54:2:3 chr16 20043330 . T C 1715.93 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185675;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.952;QD=60.7407;RBI=0.0234023;REFB=0;REVB=0.0142448;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23413e-06;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:56:57:0:0:56:57:0:0 chr16 20360101 . G A 854.29 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0455074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7301;QD=56.0188;RBI=0.0460749;REFB=-0.0594362;REVB=0.00720968;RO=1;SAF=33;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140874;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00190601;OID=.;OPOS=20360101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:27:33:1:0:27:33:1:0 chr16 20387421 . G A 892.18 PASS AF=0.550633;AO=87;DP=158;FAO=87;FDP=158;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.00707166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7045;QD=22.5867;RBI=0.019422;REFB=0.0110134;REVB=-0.0180888;RO=71;SAF=35;SAR=52;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018924;STB=0.510326;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00790963;OID=.;OPOS=20387421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:71:71:87:87:0.550633:52:35:27:44:52:35:27:44 chr16 20439199 . G A 651.61 PASS AF=0.447205;AO=72;DP=161;FAO=72;FDP=161;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.0738807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.414;QD=16.1891;RBI=0.0739677;REFB=0.00356436;REVB=0.00358702;RO=89;SAF=39;SAR=33;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124617;STB=0.569275;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00546931;OID=.;OPOS=20439199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:89:89:72:72:0.447205:33:39:37:52:33:39:37:52 chr16 20441053 . C G 3911.96 PASS AF=0.984615;AO=256;DP=260;FAO=256;FDP=260;FR=.;FRO=4;FSAF=118;FSAR=138;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00576041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.567;QD=60.184;RBI=0.0105381;REFB=-0.0377863;REVB=0.00882438;RO=2;SAF=118;SAR=138;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000580836;STB=0.503267;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.000348895;OID=.;OPOS=20441053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:260:260:2:4:256:256:0.984615:138:118:1:1:138:118:1:3 chr16 20441084 . T C 3681.33 PASS AF=1;AO=230;DP=231;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252309;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.908;QD=63.1988;RBI=0.0549699;REFB=0;REVB=0.0549119;RO=0;SAF=100;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143804;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:233:0:0:230:233:1:130:100:0:0:129:104:0:0 chr16 20471450 . G A 166.48 PASS AF=0.368421;AO=19;DP=55;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00230802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.371;QD=11.683;RBI=0.0394627;REFB=-0.00336116;REVB=0.0393951;RO=35;SAF=15;SAR=4;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114288;STB=0.580405;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00558806;OID=.;OPOS=20471450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:35:36:19:21:0.368421:4:15:25:10:4:17:26:10 chr16 20476852 . T C 3064.24 PASS AF=0.967136;AO=192;DP=199;FAO=206;FDP=213;FR=.;FRO=7;FSAF=95;FSAR=111;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0166869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.445;QD=57.5445;RBI=0.0194068;REFB=-0.0103065;REVB=0.00990805;RO=7;SAF=85;SAR=107;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183717;STB=0.508357;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00067227;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:199:213:7:7:192:206:0.967136:107:85:5:2:111:95:5:2 chr16 20477004 . C T 588.26 PASS AF=0.425806;AO=45;DP=150;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.00637464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.212;QD=15.1809;RBI=0.0115574;REFB=-0.015994;REVB=-0.00964042;RO=70;SAF=22;SAR=23;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272542;STB=0.574552;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.022643;OID=.;OPOS=20477004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:155:70:89:45:66:0.425806:23:22:36:34:41:25:45:44 chr16 20488696 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.065;QD=51.1835;RBI=0.0276358;REFB=0;REVB=-0.0101194;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8238e-05;OID=.;OPOS=20488696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr16 20494408 . C T 1219.29 PASS AF=0.484615;AO=125;DP=259;FAO=126;FDP=260;FR=.;FRO=134;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=0.0179559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.219;QD=18.7583;RBI=0.0179973;REFB=-0.011032;REVB=-0.0012206;RO=134;SAF=60;SAR=65;SRF=63;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0092792;STB=0.503121;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0112165;OID=.;OPOS=20494408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:260:134:134:125:126:0.484615:65:60:63:71:66:60:63:71 chr16 20570661 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.696;QD=40.7629;RBI=0.0198984;REFB=0;REVB=0.00884494;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261437;OID=.;OPOS=20570661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr16 20576048 . C A 729.06 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.062;QD=57.1814;RBI=0.00800869;REFB=0;REVB=0.00507685;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61772e-05;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:27:23:0:0:28:23:0:0 chr16 20635418 . C T 829.99 PASS AF=0.435185;AO=92;DP=216;FAO=94;FDP=216;FR=.;FRO=122;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=77;FWDB=0.00622876;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.544;QD=15.3702;RBI=0.0569603;REFB=-0.030145;REVB=0.0566187;RO=121;SAF=55;SAR=37;SRF=43;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243983;STB=0.620597;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0547728;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:121:122:92:94:0.435185:37:55:43:78:39:55:45:77 chr16 20636814 . G A 621.81 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=139;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.00996413;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.151;QD=18.0235;RBI=0.0364168;REFB=-0.0116753;REVB=0.0350272;RO=74;SAF=21;SAR=43;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817728;STB=0.545508;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0174809;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:74:74:64:64:0.463768:43:21:30:44:43:21:30:44 chr16 20638576 . A T 2404.78 PASS AF=1;AO=150;DP=153;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701712;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.317;QD=59.7461;RBI=0.074305;REFB=0;REVB=0.0244385;RO=0;SAF=66;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328555;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:161:0:0:150:161:1:84:66:0:0:86:75:0:0 chr16 20648702 . G A 920.73 PASS AF=0.486772;AO=92;DP=188;FAO=92;FDP=189;FR=.;FRO=97;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=-0.00107889;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.246;QD=19.4863;RBI=0.0296467;REFB=-0.00467567;REVB=0.029627;RO=91;SAF=45;SAR=47;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942421;STB=0.550454;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00484352;OID=.;OPOS=20648702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:91:97:92:92:0.486772:47:45:54:37:47:45:57:40 chr16 20748331 . C A 1192.43 PASS AF=0.522321;AO=117;DP=224;FAO=117;FDP=224;FR=.;FRO=107;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=78;FSRR=29;FWDB=-0.0285904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0288;QD=21.2934;RBI=0.0385626;REFB=-0.0340458;REVB=0.0258778;RO=104;SAF=57;SAR=60;SRF=76;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209517;STB=0.614875;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0280301;OID=.;OPOS=20748331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:104:107:117:117:0.522321:60:57:76:28:60:57:78:29 chr16 20753123 . T C 5175.04 PASS AF=1;AO=323;DP=323;FAO=327;FDP=327;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.219;QD=63.3033;RBI=0.031444;REFB=0;REVB=0.0305924;RO=0;SAF=164;SAR=159;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26053e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48455e-05;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:323:327:0:0:323:327:1:159:164:0:0:162:165:0:0 chr16 20753139 . G A 1613.77 PASS AF=0.489426;AO=161;DP=331;FAO=162;FDP=331;FR=.;FRO=169;FSAF=66;FSAR=96;FSRF=93;FSRR=76;FWDB=0.00867996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.059;QD=19.5018;RBI=0.0219845;REFB=0.00848209;REVB=0.0201984;RO=167;SAF=65;SAR=96;SRF=93;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143014;STB=0.57348;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00775997;OID=.;OPOS=20753139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:331:167:169:161:162:0.489426:96:65:93:74:96:66:93:76 chr16 20796387 . G C 607.65 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.0229933;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8012;QD=17.4863;RBI=0.0459853;REFB=0.0245403;REVB=0.0398241;RO=76;SAF=25;SAR=38;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113246;STB=0.506303;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0320935;OID=.;OPOS=20796387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:76:76:63:63:0.453237:38:25:31:45:38:25:31:45 chr16 20809283 . C A 675.37 PASS AF=0.43787;AO=74;DP=169;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.0123461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.294;QD=15.9851;RBI=0.0254102;REFB=-0.0106861;REVB=-0.0222092;RO=95;SAF=31;SAR=43;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239006;STB=0.513324;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0188321;OID=.;OPOS=20809283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:95:95:74:74:0.43787:43:31:42:53:43:31:42:53 chr16 20809480 . GTTTTTTTGC GTTTTTTGC,GTTTTTTGCG 34.73 PASS AF=0.216667,0.05;AO=18,4;DP=60;FAO=13,3;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=5,0;FSAR=8,3;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.076802,-0.0209064;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=6.81277,193.681;QD=2.31529;RBI=0.111205,0.0315619;REFB=-0.164697,-0.0121209;REVB=-0.0804243,-0.0236448;RO=36;SAF=6,0;SAR=12,4;SRF=27;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.445896,-0.702286;STB=0.687229,0.997316;STBP=0.157,0.028;TYPE=del,mnp;VARB=0.184646,0.235898;OID=.,.;OPOS=20809481,20809487;OREF=T,TGC;OALT=-,GCG;OMAPALT=GTTTTTTGC,GTTTTTTGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216667,0.05:18,4:60:13,3:60:44:5,0:8,3:28:16:26:36:6,0:12,4:27:9 chr16 20811681 . C T 425.67 PASS AF=0.4375;AO=44;DP=107;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00282183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.685;QD=15.2024;RBI=0.00962338;REFB=-0.00317933;REVB=0.00920037;RO=63;SAF=29;SAR=15;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180704;STB=0.581362;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00304421;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:112:63:63:44:49:0.4375:15:29:31:32:18:31:31:32 chr16 20855309 . A G 2597.51 PASS AF=0.977143;AO=171;DP=175;FAO=171;FDP=175;FR=.;FRO=4;FSAF=81;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.01077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1544;QD=59.3716;RBI=0.0148997;REFB=-0.0145634;REVB=-0.010296;RO=4;SAF=81;SAR=90;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00114741;STB=0.500603;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00184565;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:175:175:4:4:171:171:0.977143:90:81:2:2:90:81:2:2 chr16 20873767 . T G 518.58 PASS AF=0.515789;AO=38;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00227053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.52;QD=21.8347;RBI=0.00477902;REFB=-0.00601578;REVB=0.00420521;RO=34;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725247;STB=0.513269;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00559909;OID=.;OPOS=20873767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:34:46:38:49:0.515789:20:18:19:15:29:20:20:26 chr16 20959918 . G A 1499.16 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00578837;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.265;QD=62.4649;RBI=0.0058014;REFB=-0.0448027;REVB=-0.000388609;RO=1;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101972;STB=0.505375;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=9.69322e-05;OID=.;OPOS=20959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:46:49:0:1:46:49:0:1 chr16 20966273 . G A 2547.34 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.454;QD=61.7538;RBI=0.0327077;REFB=0;REVB=0.0320699;RO=0;SAF=76;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1215e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44365e-05;OID=.;OPOS=20966273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:89:76:0:0:89:76:0:0 chr16 20966362 . T C 1893.58 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0168;QD=61.5797;RBI=0.0545196;REFB=0;REVB=0.0392502;RO=0;SAF=47;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.88373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287043;OID=.;OPOS=20966362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:76:47:0:0:76:47:0:0 chr16 20975069 . G A 1713.06 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.651;QD=60.6392;RBI=0.0366286;REFB=0;REVB=0.0349104;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7437e-05;OID=.;OPOS=20975069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:62:50:0:0:62:51:0:0 chr16 20975303 . A G 2870.35 PASS AF=0.994681;AO=183;DP=185;FAO=187;FDP=188;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327795;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.587;QD=61.0712;RBI=0.0328907;REFB=-0.074731;REVB=-0.00270234;RO=0;SAF=78;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000733475;OID=.;OPOS=20975303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:185:188:0:1:183:187:0.994681:105:78:0:0:106:81:1:0 chr16 20975522 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.333;QD=58.5847;RBI=0.0228502;REFB=0;REVB=-0.0177542;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07552e-05;OID=.;OPOS=20975522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr16 20976360 . T G 1391.2 PASS AF=0.901786;AO=100;DP=111;FAO=101;FDP=112;FR=.;FRO=11;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00193129;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.218;QD=49.6859;RBI=0.0118477;REFB=-0.0846927;REVB=0.0116892;RO=11;SAF=56;SAR=44;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669279;STB=0.535514;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00351776;OID=.;OPOS=20976360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:111:112:11:11:100:101:0.901786:44:56:10:1:45:56:10:1 chr16 20981162 . T C 3596.99 PASS AF=1;AO=230;DP=232;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044959;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.218;QD=62.5564;RBI=0.00454411;REFB=-0.109736;REVB=-0.000660197;RO=0;SAF=109;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34114e-05;OID=.;OPOS=20981162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:232:230:0:0:230:230:1:121:109:0:0:121:109:0:0 chr16 21008690 . T C 3066.06 PASS AF=0.95814;AO=207;DP=217;FAO=206;FDP=215;FR=.;FRO=9;FSAF=94;FSAR=112;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0205091;FXX=0.00921617;HRUN=6;LEN=1;MLLD=222.189;QD=57.043;RBI=0.0208927;REFB=0.0145052;REVB=-0.00398533;RO=4;SAF=94;SAR=113;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198344;STB=0.504183;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.000102908;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:217:215:4:9:207:206:0.95814:113:94:4:0:112:94:5:4 chr16 21045369 . A G 1539.76 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6682;QD=63.4954;RBI=0.0619282;REFB=0;REVB=-0.054555;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66113e-05;OID=.;OPOS=21045369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:47:47:0:0:47:50:0:0 chr16 21078693 . T G 1948.06 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.653;QD=61.3564;RBI=0.0450289;REFB=0;REVB=0.043322;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98376e-05;OID=.;OPOS=21078693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:127:0:0:125:127:1:69:56:0:0:71:56:0:0 chr16 21132298 . T C 3312.14 PASS AF=1;AO=213;DP=215;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157343;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3473;QD=61.9092;RBI=0.0221083;REFB=-0.105932;REVB=-0.0155308;RO=1;SAF=113;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00474036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00028265;OID=.;OPOS=21132298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:215:214:1:0:213:214:1:100:113:0:1:101:113:0:0 chr16 21132338 . T C 661.46 PASS AF=0.471831;AO=67;DP=142;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=-0.0387376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.043;QD=18.6327;RBI=0.0397953;REFB=-0.00153127;REVB=-0.00911401;RO=75;SAF=38;SAR=29;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694457;STB=0.503848;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00139094;OID=.;OPOS=21132338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:75:75:67:67:0.471831:29:38:42:33:29:38:42:33 chr16 21132749 . A C 1037.44 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0372419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.735;QD=56.8458;RBI=0.042147;REFB=-0.218117;REVB=0.0197336;RO=2;SAF=40;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00333423;STB=0.501764;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00123539;OID=.;OPOS=21132749;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:73:2:2:71:71:0.972603:31:40:1:1:31:40:1:1 chr16 21145648 . C T 1788.79 PASS AF=0.983471;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0147776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1412;QD=59.1334;RBI=0.0169564;REFB=-0.0125056;REVB=-0.00831528;RO=2;SAF=62;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000806768;STB=0.500488;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000162825;OID=.;OPOS=21145648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:121:2:2:118:119:0.983471:56:62:1:1:56:63:1:1 chr16 21145657 . G A 365.5 PASS AF=0.371901;AO=44;DP=121;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0155812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1023;QD=12.0826;RBI=0.0197143;REFB=-0.0180031;REVB=0.0120781;RO=75;SAF=24;SAR=20;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134764;STB=0.503874;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0316917;OID=.;OPOS=21145657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:75:76:44:45:0.371901:20:24:40:35:21:24:41:35 chr16 21151913 . G T 656.16 PASS AF=0.455128;AO=71;DP=158;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00717235;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.333;QD=16.8245;RBI=0.0228495;REFB=-0.00646264;REVB=-0.0216946;RO=87;SAF=32;SAR=39;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319181;STB=0.523768;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00737822;OID=.;OPOS=21151913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:87:85:71:71:0.455128:39:32:42:45:39:32:42:43 chr16 21151980 . T C 743.84 PASS AF=0.456647;AO=78;DP=173;FAO=79;FDP=173;FR=.;FRO=94;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.000667434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.006;QD=17.1987;RBI=0.00117417;REFB=-0.00351879;REVB=0.000966025;RO=93;SAF=43;SAR=35;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557344;STB=0.536892;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00375411;OID=.;OPOS=21151980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:93:94:78:79:0.456647:35:43:46:47:35:44:46:48 chr16 21190853 . A C 1869.49 PASS AF=0.992063;AO=123;DP=125;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.007;QD=59.3489;RBI=0.0239686;REFB=-0.0139855;REVB=-0.00284644;RO=1;SAF=53;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887953;STB=0.504672;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000344766;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:125:126:1:1:123:125:0.992063:70:53:1:0:72:53:1:0 chr16 21222941 . C A 2158.45 PASS AF=0.985915;AO=138;DP=140;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0366526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.809;QD=60.8015;RBI=0.0549501;REFB=-0.0868602;REVB=0.0409401;RO=2;SAF=66;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014187;STB=0.507352;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000269998;OID=.;OPOS=21222941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:142:2:2:138:140:0.985915:72:66:2:0:73:67:2:0 chr16 21272591 . G C 3199.32 PASS AF=0.995305;AO=204;DP=210;FAO=212;FDP=213;FR=.;FRO=1;FSAF=110;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0878462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8542;QD=60.0811;RBI=0.0909436;REFB=0.0123767;REVB=0.0235327;RO=3;SAF=109;SAR=95;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367146;STB=0.502262;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000966473;OID=.;OPOS=21272591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:210:213:3:1:204:212:0.995305:95:109:2:1:102:110:1:0 chr16 21531133 . C G 298.98 PASS AF=0.227488;AO=48;DP=211;FAO=48;FDP=211;FR=.;FRO=163;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=61;FSRR=102;FWDB=0.00978347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4513;QD=5.66777;RBI=0.0411686;REFB=-0.00333082;REVB=0.0399892;RO=163;SAF=18;SAR=30;SRF=61;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00103892;STB=0.500632;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0142089;OID=.;OPOS=21531133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:163:163:48:48:0.227488:30:18:61:102:30:18:61:102 chr16 21531154 . G C 319.73 PASS AF=0.213992;AO=52;DP=243;FAO=52;FDP=243;FR=.;FRO=191;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=75;FSRR=116;FWDB=-0.0507081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.277;QD=5.263;RBI=0.0508596;REFB=-0.00725678;REVB=-0.00392285;RO=191;SAF=21;SAR=31;SRF=75;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149169;STB=0.50915;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0252135;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:191:191:52:52:0.213992:31:21:75:116:31:21:75:116 chr16 21531457 . T C 333.86 PASS AF=0.190031;AO=61;DP=317;FAO=61;FDP=321;FR=.;FRO=260;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=126;FSRR=134;FWDB=-0.0289318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1965;QD=4.16028;RBI=0.0627843;REFB=-0.00319334;REVB=-0.055721;RO=256;SAF=35;SAR=26;SRF=124;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115581;STB=0.572222;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.013255;OID=.;OPOS=21531457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:321:256:260:61:61:0.190031:26:35:124:132:26:35:126:134 chr16 21531473 . G A 415.93 PASS AF=0.2;AO=73;DP=365;FAO=73;FDP=365;FR=.;FRO=292;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=151;FSRR=141;FWDB=-0.0280711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.4385;QD=4.55814;RBI=0.030813;REFB=-0.00122388;REVB=0.0127064;RO=292;SAF=37;SAR=36;SRF=151;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132792;STB=0.50822;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00745031;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:365:292:292:73:73:0.2:36:37:151:141:36:37:151:141 chr16 21531494 . T C 3233.38 PASS AF=0.669927;AO=270;DP=408;FAO=274;FDP=409;FR=.;FRO=135;FSAF=145;FSAR=129;FSRF=71;FSRR=64;FWDB=0.0251457;FXX=0.00486606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.357;QD=31.6223;RBI=0.0276247;REFB=-0.0274383;REVB=-0.0114376;RO=135;SAF=141;SAR=129;SRF=72;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693101;STB=0.501083;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0127225;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:409:135:135:270:274:0.669927:129:141:72:63:129:145:71:64 chr16 21531609 . C T 1649.84 PASS AF=0.672986;AO=142;DP=211;FAO=142;FDP=211;FR=.;FRO=69;FSAF=53;FSAR=89;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0141548;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.635;QD=31.2766;RBI=0.0258575;REFB=-0.0336958;REVB=0.0216391;RO=68;SAF=53;SAR=89;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586842;STB=0.501247;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0124872;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:68:69:142:142:0.672986:89:53:26:42:89:53:26:43 chr16 21531681 . C G 306.95 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0501481;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0035;QD=22.7368;RBI=0.055433;REFB=0.00470287;REVB=-0.0236219;RO=22;SAF=13;SAR=18;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115982;STB=0.55109;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00992626;OID=.;OPOS=21531681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:22:23:31:31:0.574074:18:13:6:16:18:13:7:16 chr16 21730449 . C T 463.75 PASS AF=0.463636;AO=50;DP=109;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0205538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.123;QD=16.8636;RBI=0.0250872;REFB=-0.0285149;REVB=-0.0143844;RO=59;SAF=30;SAR=20;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155419;STB=0.590334;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0326782;OID=.;OPOS=21730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:59:59:50:51:0.463636:20:30:26:33:20:31:26:33 chr16 21742188 . G A 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0271013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.691;QD=6.20607;RBI=0.0556675;REFB=-0.00389912;REVB=0.0486251;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106226;STB=0.568031;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0170704;OID=.;OPOS=21742188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:5:4:16:14:5:4:16:14 chr16 21747633 . A C 160.43 PASS AF=0.150442;AO=31;DP=223;FAO=34;FDP=226;FR=.;FRO=192;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=98;FSRR=94;FWDB=0.00599173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.122;QD=2.83942;RBI=0.0289057;REFB=-0.00388318;REVB=-0.0282779;RO=189;SAF=16;SAR=15;SRF=98;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304704;STB=0.541272;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0220766;OID=.;OPOS=21747633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:226:189:192:31:34:0.150442:15:16:98:91:15:19:98:94 chr16 21747639 . G T 182.39 PASS AF=0.15812;AO=37;DP=234;FAO=37;FDP=234;FR=.;FRO=197;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=98;FSRR=99;FWDB=0.00540003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5485;QD=3.11774;RBI=0.046724;REFB=0.000891613;REVB=-0.0464109;RO=197;SAF=20;SAR=17;SRF=98;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554153;STB=0.536273;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00113959;OID=.;OPOS=21747639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:197:197:37:37:0.15812:17:20:98:99:17:20:98:99 chr16 21747662 . G A 192.17 PASS AF=0.155039;AO=39;DP=259;FAO=40;FDP=258;FR=.;FRO=218;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=104;FSRR=114;FWDB=-0.00401273;FXX=0.0114938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.431;QD=2.97933;RBI=0.0240701;REFB=-0.00239261;REVB=-0.0237333;RO=209;SAF=23;SAR=16;SRF=103;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124977;STB=0.582519;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0130338;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:209:218:39:40:0.155039:16:23:103:106:17:23:104:114 chr16 22111704 . G A 395.32 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.0364642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.188;QD=17.5698;RBI=0.0367386;REFB=-0.000706237;REVB=-0.00448207;RO=47;SAF=9;SAR=32;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075512;STB=0.563844;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.000690119;OID=.;OPOS=22111704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:49:41:41:0.455556:32:9:13:34:32:9:15:34 chr16 22137603 . G A 840.65 PASS AF=0.49711;AO=84;DP=173;FAO=86;FDP=173;FR=.;FRO=87;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0167065;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.668;QD=19.437;RBI=0.0184919;REFB=-0.000918015;REVB=-0.00792743;RO=87;SAF=42;SAR=42;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159166;STB=0.514513;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00162865;OID=.;OPOS=22137603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:87:87:84:86:0.49711:42:42:42:45:42:44:42:45 chr16 22144318 . C T 398.79 PASS AF=0.414414;AO=45;DP=110;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0895847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8425;QD=14.3707;RBI=0.0998192;REFB=0.00381573;REVB=0.0440277;RO=65;SAF=21;SAR=24;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216054;STB=0.51886;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00375625;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:65:65:45:46:0.414414:24:21:29:36:24:22:29:36 chr16 22155629 . A G 1745.69 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00547703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9807;QD=59.6816;RBI=0.00818159;REFB=-0.0970095;REVB=-0.00607788;RO=0;SAF=73;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42309e-08;STB=0.505746;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000129913;OID=.;OPOS=22155629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:0:1:115:116:0.991453:42:73:0:0:43:73:0:1 chr16 22161136 . T C 1885.19 PASS AF=1;AO=100;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2083;QD=61.307;RBI=0.141834;REFB=0;REVB=0.0266;RO=0;SAF=11;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.34478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456836;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:100:123:1:89:11:0:0:89:34:0:0 chr16 22178256 . G A 2125.45 PASS AF=0.936047;AO=149;DP=173;FAO=161;FDP=172;FR=.;FRO=11;FSAF=108;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0036154;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.939;QD=49.4291;RBI=0.152489;REFB=-0.245086;REVB=0.152446;RO=22;SAF=108;SAR=41;SRF=1;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188028;STB=0.54081;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0183464;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:173:172:22:11:149:161:0.936047:41:108:1:21:53:108:1:10 chr16 22262514 . C A 1456.89 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190728;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.661;QD=63.3433;RBI=0.0276795;REFB=0;REVB=-0.0200595;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122192;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr16 22269848 . GA G,GG 675.16 PASS AF=0.929293,0.0707071;AO=34,11;DP=99;FAO=92,7;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=60,2;FSAR=32,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.445669,0.161902;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.88696,13.4765;QD=27.2793;RBI=0.792781,0.294038;REFB=0.0192872,-0.0183049;REVB=0.655653,0.24545;RO=41;SAF=28,3;SAR=6,8;SRF=22;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0.329412,0;SSSB=0.350713,-0.327737;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0517857,-0.108265;OID=.,.;OPOS=22269849,22269849;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.929293,0.0707071:34,11:99:92,7:99:0:60,2:32,5:0:0:15:41:28,3:6,8:22:19 chr16 22269867 . A G 2179.4 PASS AF=0.972414;AO=140;DP=144;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0199617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.497;QD=60.1212;RBI=0.0256851;REFB=0.00472397;REVB=-0.0161634;RO=3;SAF=67;SAR=73;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191355;STB=0.513331;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.000207498;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:144:145:3:4:140:141:0.972414:73:67:0:3:73:68:0:4 chr16 22357850 . C CAG,G 2025.38 PASS AF=0.940741,0.0592593;AO=116,8;DP=140;FAO=127,8;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=61,4;FSAR=66,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620389,-0.0150179;FXX=0.0217376;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=213.339,56.1029;QD=60.0114;RBI=0.00620978,0.0306016;REFB=0,0;REVB=0.000270355,-0.0266632;RO=5;SAF=54,4;SAR=62,4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0105824,-0.0661115;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000627381,-0.00889245;OID=.,.;OPOS=22357851,22357850;OREF=-,C;OALT=AG,G;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:140:135:5:0:116,8:127,8:0.940741,0.0592593:62,4:54,4:3:2:66,4:61,4:0:0 chr16 22826339 . A G 3893.91 PASS AF=1;AO=243;DP=244;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.408;QD=63.8345;RBI=0.0221379;REFB=0;REVB=0.00253536;RO=0;SAF=105;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.85408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39275e-05;OID=.;OPOS=22826339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:244:0:0:243:244:1:138:105:0:0:139:105:0:0 chr16 23072833 . C T 362.34 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0269404;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.536;QD=15.2563;RBI=0.0294429;REFB=-0.00830095;REVB=-0.0118784;RO=52;SAF=14;SAR=25;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222914;STB=0.616378;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00967239;OID=.;OPOS=23072833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:56:39:39:0.410526:25:14:30:22:25:14:31:25 chr16 23073531 . C G 377.41 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0225319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6708;QD=16.2329;RBI=0.0533867;REFB=-0.00471738;REVB=0.0483989;RO=51;SAF=24;SAR=16;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13041;STB=0.573876;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00581179;OID=.;OPOS=23073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:51:53:40:40:0.430108:16:24:24:27:16:24:25:28 chr16 23098422 . A G 1211.07 PASS AF=0.480769;AO=125;DP=262;FAO=125;FDP=260;FR=.;FRO=135;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=45;FSRR=90;FWDB=-0.000938857;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5807;QD=18.6318;RBI=0.0397026;REFB=0.0126532;REVB=-0.0396915;RO=134;SAF=47;SAR=78;SRF=45;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407408;STB=0.523882;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0146133;OID=.;OPOS=23098422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:260:134:135:125:125:0.480769:78:47:45:89:78:47:45:90 chr16 23200761 . T C 515.79 PASS AF=0.495413;AO=53;DP=109;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00309283;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.23;QD=18.9281;RBI=0.0149338;REFB=-0.00470056;REVB=-0.01461;RO=50;SAF=19;SAR=34;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759713;STB=0.525512;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00340984;OID=.;OPOS=23200761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:55:53:54:0.495413:34:19:22:28:34:20:23:32 chr16 23200848 . T C 1231.57 PASS AF=0.474074;AO=129;DP=270;FAO=128;FDP=270;FR=.;FRO=142;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=60;FSRR=82;FWDB=-0.0592764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3645;QD=18.2455;RBI=0.0838992;REFB=0.00583067;REVB=-0.0593749;RO=137;SAF=55;SAR=74;SRF=59;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00411299;STB=0.503841;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00953003;OID=.;OPOS=23200848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:137:142:129:128:0.474074:74:55:59:78:73:55:60:82 chr16 23360199 . T C 351.42 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0492009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.124;QD=23.8254;RBI=0.0492033;REFB=-0.00523205;REVB=0.000490175;RO=24;SAF=18;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115679;STB=0.567946;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00533614;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:24:24:34:35:0.59322:16:18:9:15:16:19:9:15 chr16 23477997 . CCA C 209.47 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00784911;FXX=0.0309246;HRUN=2;LEN=2;MLLD=251.746;QD=8.91364;RBI=0.0204608;REFB=-0.00587883;REVB=-0.0188954;RO=51;SAF=15;SAR=21;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771034;STB=0.519916;STBP=0.757;TYPE=del;VARB=0.0101109;OID=.;OPOS=23477998;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382979:36:93:36:94:58:15:21:26:32:99:51:15:21:25:26 chr16 23489711 . C G 352.9 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0133276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.393;QD=15.8607;RBI=0.0202473;REFB=-0.00626472;REVB=-0.0152422;RO=51;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897706;STB=0.550535;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00620237;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:19:19:21:30:19:19:21:30 chr16 23490353 . T G 147.38 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00921697;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.678;QD=15.5135;RBI=0.014477;REFB=-0.00503868;REVB=-0.0111638;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290181;STB=0.516758;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00597913;OID=.;OPOS=23490353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:13:9:7:9:13:9 chr16 23536684 . T C 425.28 PASS AF=0.552632;AO=40;DP=74;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00451166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.533;QD=22.3834;RBI=0.006774;REFB=-0.0192593;REVB=-0.00505291;RO=34;SAF=24;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849736;STB=0.554954;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0139852;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:34:34:40:42:0.552632:16:24:17:17:16:26:17:17 chr16 23546561 . G C 465.61 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=42;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0264452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7564;QD=17.7374;RBI=0.0463384;REFB=-0.0127064;REVB=-0.0380512;RO=54;SAF=42;SAR=8;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371211;STB=0.706327;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0225143;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:55:50:50:0.47619:8:42:29:25:8:42:30:25 chr16 23563501 . C T 2668.72 PASS AF=0.441498;AO=282;DP=642;FAO=283;FDP=641;FR=.;FRO=358;FSAF=143;FSAR=140;FSRF=168;FSRR=190;FWDB=0.00432966;FXX=0.00155761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.84;QD=16.6534;RBI=0.00560872;REFB=-0.0135918;REVB=-0.00356537;RO=357;SAF=143;SAR=139;SRF=168;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368718;STB=0.520113;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0195046;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:642:641:357:358:282:283:0.441498:139:143:168:189:140:143:168:190 chr16 23582153 . G A 487.83 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0324877;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4681;QD=21.443;RBI=0.048513;REFB=0.000332439;REVB=-0.0360286;RO=45;SAF=28;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565616;STB=0.524989;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.000807682;OID=.;OPOS=23582153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:45:44:47:47:0.516484:19:28:24:21:19:28:24:20 chr16 23585061 . T C 2331.38 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00387756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8391;QD=63.8735;RBI=0.0038869;REFB=0;REVB=-0.000269346;RO=0;SAF=68;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42093e-06;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:145:146:1:77:68:0:0:77:69:0:0 chr16 23607502 . CAG CAC,CGC 1782.53 PASS AF=0.40795,0;AO=171,26;DP=486;FAO=195,0;FDP=478;FR=.,HEALED;FRO=279;FSAF=103,0;FSAR=92,0;FSRF=127;FSRR=152;FWDB=0.00969837,-0.0386937;FXX=0.00829858;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=49.1392,39.5458;QD=14.9166;RBI=0.0773756,0.179891;REFB=0.0218705,0.00589438;REVB=0.0767654,-0.175681;RO=218;SAF=102,0;SAR=69,26;SRF=128;SRR=90;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00978428,-0.696576;STB=0.542897,0.5;STBP=0.121,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.030759,0;OID=.,.;OPOS=23607504,23607503;OREF=G,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=CAC,CGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40795,0:171,26:486:195,0:478:279:103,0:92,0:127:152:99:218:102,0:69,26:128:90 chr16 23646191 . T C 594.86 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.00180677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5238;QD=17.6255;RBI=0.0116283;REFB=-0.0121003;REVB=-0.0114871;RO=72;SAF=34;SAR=28;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070027;STB=0.507244;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0123885;OID=.;OPOS=23646191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:73:62:62:0.459259:28:34:40:32:28:34:41:32 chr16 23677006 . A G 1083.24 PASS AF=0.53202;AO=106;DP=201;FAO=108;FDP=203;FR=.;FRO=95;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=0.00510109;FXX=0.0193227;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.226;QD=21.3446;RBI=0.00526339;REFB=0.00542388;REVB=0.00129696;RO=94;SAF=46;SAR=60;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389283;STB=0.527654;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00439486;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:94:95:106:108:0.53202:60:46:45:49:62:46:46:49 chr16 23701283 . G T 195.03 PASS AF=0.238095;AO=30;DP=127;FAO=30;FDP=126;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=0.0120101;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.13;QD=6.19136;RBI=0.0224286;REFB=-0.00415444;REVB=-0.018942;RO=96;SAF=11;SAR=19;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206622;STB=0.625846;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0163689;OID=.;OPOS=23701283;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:96:96:30:30:0.238095:19:11:51:45:19:11:51:45 chr16 23701538 . A G 259.19 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0163277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.459;QD=14.2021;RBI=0.018672;REFB=-0.00582434;REVB=-0.00905826;RO=42;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830129;STB=0.540119;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00954545;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:16:14:23:19:16:14:23:20 chr16 23711925 . C G 718.43 PASS AF=0.428571;AO=78;DP=182;FAO=78;FDP=182;FR=.;FRO=104;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=-0.0058329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.203;QD=15.7896;RBI=0.0180853;REFB=-0.000434009;REVB=-0.0171188;RO=104;SAF=39;SAR=39;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295291;STB=0.516479;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.000611418;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:104:104:78:78:0.428571:39:39:49:55:39:39:49:55 chr16 23767447 . T C 634.83 PASS AF=0.45098;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=153;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0178219;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.114;QD=16.597;RBI=0.0214269;REFB=-0.0221573;REVB=0.0118951;RO=83;SAF=36;SAR=33;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678062;STB=0.533971;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.033342;OID=.;OPOS=23767447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:83:84:69:69:0.45098:33:36:49:34:33:36:49:35 chr16 24564879 . GTA G 98.7 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=16;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.171251;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.296;QD=21.9324;RBI=0.17612;REFB=-0.180855;REVB=0.0411263;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0747604;OID=.;OPOS=24564880;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:5:16:12:18:6:4:8:2:4:29:4:2:3:2:2 chr16 24788434 . C A 352.44 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00881155;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.958;QD=18.3087;RBI=0.00953282;REFB=-0.0420171;REVB=0.00363747;RO=40;SAF=15;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188299;STB=0.510509;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0414089;OID=.;OPOS=24788434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:22:15:17:23:22:15:17:23 chr16 24788645 . T A 515.13 PASS AF=0.526882;AO=40;DP=88;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0723272;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.155;QD=22.156;RBI=0.0723508;REFB=-0.0202577;REVB=0.00184645;RO=45;SAF=12;SAR=28;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126189;STB=0.546937;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0194011;OID=.;OPOS=24788645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:45:44:40:49:0.526882:28:12:13:32:30:19:13:31 chr16 24801737 . G A 416.07 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00355736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.076;QD=22.1902;RBI=0.0193306;REFB=-0.0205927;REVB=-0.0190005;RO=34;SAF=19;SAR=22;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921411;STB=0.5507;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0172699;OID=.;OPOS=24801737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:22:19:12:22:22:19:12:22 chr16 24802325 . C T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0159972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.58;QD=15.2302;RBI=0.0160334;REFB=-0.00761547;REVB=0.00107641;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299476;STB=0.505612;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00475904;OID=.;OPOS=24802325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:19:19:0.404255:9:10:15:12:9:10:15:13 chr16 24834233 . C T 604.93 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0227471;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.818;QD=20.506;RBI=0.0408114;REFB=-0.00813535;REVB=0.0338842;RO=56;SAF=35;SAR=26;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156833;STB=0.590239;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00671503;OID=.;OPOS=24834233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:56:57:61:61:0.516949:26:35:22:34:26:35:22:35 chr16 24902194 . T C 4859.73 PASS AF=0.981651;AO=318;DP=329;FAO=321;FDP=327;FR=.;FRO=6;FSAF=157;FSAR=164;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.106104;FXX=0.00607884;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.72;QD=59.4463;RBI=0.106491;REFB=-0.118812;REVB=0.00907163;RO=4;SAF=154;SAR=164;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630063;STB=0.5002;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.000564241;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:329:327:4:6:318:321:0.981651:164:154:3:1:164:157:3:3 chr16 25043277 . G A 347.36 PASS AF=0.385321;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00074554;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1291;QD=12.747;RBI=0.0470885;REFB=-0.0121024;REVB=0.0470826;RO=66;SAF=16;SAR=26;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146729;STB=0.579284;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0205836;OID=.;OPOS=25043277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:67:42:42:0.385321:26:16:34:32:26:16:34:33 chr16 25137289 . G C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.014;QD=57.7123;RBI=0.0208928;REFB=0;REVB=-0.018688;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71008e-05;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr16 25137385 . G A 568.99 PASS AF=0.35;AO=70;DP=202;FAO=70;FDP=200;FR=.;FRO=130;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=69;FWDB=0.0116157;FXX=0.0099005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.464;QD=11.3799;RBI=0.0386458;REFB=0.00620828;REVB=-0.0368589;RO=129;SAF=41;SAR=29;SRF=60;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137356;STB=0.575953;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0144668;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:200:129:130:70:70:0.35:29:41:60:69:29:41:61:69 chr16 25137449 . A T 983.54 PASS AF=0.510638;AO=96;DP=187;FAO=96;FDP=188;FR=.;FRO=92;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.0176795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.203;QD=20.9264;RBI=0.0181876;REFB=-0.0194263;REVB=0.00426908;RO=91;SAF=49;SAR=47;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00436813;STB=0.500222;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.018938;OID=.;OPOS=25137449;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:91:92:96:96:0.510638:47:49:46:45:47:49:47:45 chr16 25239805 . G C 544.81 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0394059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7466;QD=18.626;RBI=0.0845551;REFB=0.013983;REVB=0.0748114;RO=60;SAF=31;SAR=26;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00981302;STB=0.505433;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.0133284;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:57:57:0.487179:26:31:32:28:26:31:32:28 chr16 25255506 . C T 501.59 PASS AF=0.469565;AO=50;DP=111;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.00859378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.676;QD=17.4467;RBI=0.0151242;REFB=-0.0021832;REVB=0.0124454;RO=60;SAF=30;SAR=20;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515641;STB=0.544862;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00230705;OID=.;OPOS=25255506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:115:60:61:50:54:0.469565:20:30:39:21:23:31:40:21 chr16 25258035 . A G 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0135235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.014;QD=19.2749;RBI=0.014687;REFB=-0.0158243;REVB=0.00572913;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035428;STB=0.529386;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0174013;OID=.;OPOS=25258035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:11:12:14:11:11:12:15:11 chr16 25263278 . G A 483.99 PASS AF=0.412214;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.0140999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1126;QD=14.7783;RBI=0.0153025;REFB=0.0104305;REVB=-0.00594625;RO=77;SAF=26;SAR=28;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937973;STB=0.552716;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0148348;OID=.;OPOS=25263278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:77:77:54:54:0.412214:28:26:44:33:28:26:44:33 chr16 25268368 . A G 146.91 PASS AF=0.470588;AO=12;DP=31;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0109584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.604;QD=17.2829;RBI=0.0109713;REFB=-0.0254384;REVB=-0.000530581;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292886;STB=0.545396;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0190214;OID=.;OPOS=25268368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:18:18:12:16:0.470588:5:7:11:7:5:11:11:7 chr16 25704145 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.555;QD=45.806;RBI=0.00782192;REFB=0;REVB=0.00240744;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102205;OID=.;OPOS=25704145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr16 26148981 . T TTGTTATAAAGCTTAA 629.93 PASS AF=0.296167;AO=82;DP=294;FAO=85;FDP=287;FR=.;FRO=202;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=103;FSRR=99;FWDB=-0.0164653;FXX=0.00692018;HRUN=2;LEN=15;MLLD=503.374;QD=8.77952;RBI=0.0179344;REFB=-0.00236869;REVB=-0.00710883;RO=209;SAF=30;SAR=52;SRF=109;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192942;STB=0.595285;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=0.00483409;OID=.;OPOS=26148982;OREF=-;OALT=TGTTATAAAGCTTAA;OMAPALT=TTGTTATAAAGCTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296167:82:294:85:287:202:32:53:103:99:99:209:30:52:109:100 chr16 27226106 . G A 301.1 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0313238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.429;QD=14.1694;RBI=0.0416558;REFB=-0.00891481;REVB=-0.0274596;RO=51;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726786;STB=0.541324;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0143019;OID=.;OPOS=27226106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:19:15:26:25:19:15:26:25 chr16 27238110 . C T 1185.5 PASS AF=0.44964;AO=125;DP=278;FAO=125;FDP=278;FR=.;FRO=153;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=-0.00350626;FXX=0.0035841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.503;QD=17.0576;RBI=0.00480027;REFB=0.00685719;REVB=0.00327853;RO=152;SAF=59;SAR=66;SRF=71;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048682;STB=0.504389;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00731287;OID=.;OPOS=27238110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:152:153:125:125:0.44964:66:59:71:81:66:59:71:82 chr16 27246617 . T C 649.69 PASS AF=0.507812;AO=65;DP=128;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0207216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.45;QD=20.3026;RBI=0.0271358;REFB=-0.00625565;REVB=-0.0175204;RO=63;SAF=30;SAR=35;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055684;STB=0.530676;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00432469;OID=.;OPOS=27246617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:63:63:65:65:0.507812:35:30:33:30:35:30:33:30 chr16 27366341 . CA AT,C,TC 131.45 PASS AF=0,0.733333,0;AO=4,9,2;DP=28;FAO=0,22,0;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=0,12,0;FSAR=0,10,0;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0502213,0.0746425,-0.0104206;FXX=0;HRUN=1,3,1;LEN=2,1,2;MLLD=96.0477,9.82929,33.4417;QD=17.5266;RBI=0.188141,0.197052,0.0104287;REFB=-0.0122221,-0.213831,-0.0192134;REVB=-0.181315,0.182368,-0.0004122;RO=12;SAF=0,8,0;SAR=4,1,2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.664388,0.542617,-0.532086;STB=0.5,0.545413,0.5;STBP=1,0.463,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.16225,0;OID=.,.,.;OPOS=27366341,27366342,27366341;OREF=CA,A,CA;OALT=AT,-,TC;OMAPALT=AT,C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:28:30:12:8:4,9,2:0,22,0:0,0.733333,0:4,1,2:0,8,0:5:7:0,10,0:0,12,0:3:5 chr16 27371158 . C T 288.36 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0153785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6532;QD=11.1984;RBI=0.0160852;REFB=0.00511718;REVB=-0.00471527;RO=67;SAF=22;SAR=14;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102406;STB=0.559083;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0162436;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:67:67:36:36:0.349515:14:22:35:32:14:22:35:32 chr16 27373872 . A C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00203357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.987;QD=9.44482;RBI=0.00512178;REFB=-0.0182572;REVB=-0.00470077;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309795;STB=0.686962;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0341792;OID=.;OPOS=27373872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:2:8:3:3:2:8 chr16 27373915 . G T 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00078077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.338;QD=16.6181;RBI=0.0581223;REFB=-0.00611056;REVB=0.058117;RO=28;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118673;STB=0.567507;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00724332;OID=.;OPOS=27373915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:8:15:15:13:8:15:15:13 chr16 27373964 . T C 386.81 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0258858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.707;QD=15.7881;RBI=0.0415292;REFB=0.00763173;REVB=0.0324746;RO=57;SAF=26;SAR=15;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971386;STB=0.554892;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00800879;OID=.;OPOS=27373964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:15:26:31:26:15:26:31:26 chr16 27373972 . T C 437.53 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0578789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5682;QD=16.6678;RBI=0.0668227;REFB=0.0149953;REVB=-0.0333963;RO=57;SAF=28;SAR=20;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438347;STB=0.502446;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0154538;OID=.;OPOS=27373972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:57:48:48:0.457143:20:28:33:24:20:28:33:24 chr16 27374180 . T C 152.24 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00711111;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.961;QD=19.6444;RBI=0.0106456;REFB=-0.0164204;REVB=0.00792215;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325116;STB=0.516109;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0144655;OID=.;OPOS=27374180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:15:16:0.516129:8:7:6:8:8:8:7:8 chr16 27374400 . A G 557.9 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.017078;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.027;QD=18.753;RBI=0.0197469;REFB=-0.00413812;REVB=-0.0099138;RO=62;SAF=24;SAR=34;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213637;STB=0.622384;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00473228;OID=.;OPOS=27374400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:62:61:58:58:0.487395:34:24:40:22:34:24:40:21 chr16 27461902 . TC T,TT 32.77 PASS AF=0.3125,0;AO=2,4;DP=19;FAO=5,0;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=2,0;FSAR=3,0;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0167928,-0.0158531;FXX=0.1999;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.615,204.401;QD=8.19281;RBI=0.0188428,0.0176613;REFB=-0.0201732,-0.0178949;REVB=0.00854707,0.00778466;RO=12;SAF=2,1;SAR=0,3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.481962,-0.510407;STB=0.657928,0.5;STBP=0.458,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0838041,0.0548173;OID=.,.;OPOS=27461903,27461903;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125,0:2,4:19:5,0:16:11:2,0:3,0:7:4:27:12:2,1:0,3:9:3 chr16 27772901 . G A 1621.61 PASS AF=0.956897;AO=111;DP=119;FAO=111;FDP=116;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0288716;FXX=0.025208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.073;QD=55.9175;RBI=0.0327224;REFB=-0.0901691;REVB=-0.015401;RO=4;SAF=42;SAR=69;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430883;STB=0.528085;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000411678;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:119:116:4:5:111:111:0.956897:69:42:4:0:69:42:5:0 chr16 28123226 . G A 1303.08 PASS AF=0.443038;AO=140;DP=316;FAO=140;FDP=316;FR=.;FRO=176;FSAF=56;FSAR=84;FSRF=69;FSRR=107;FWDB=0.00551042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.963;QD=16.4947;RBI=0.0182985;REFB=0.00219009;REVB=0.0174491;RO=175;SAF=56;SAR=84;SRF=68;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119716;STB=0.504623;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00358784;OID=.;OPOS=28123226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:175:176:140:140:0.443038:84:56:68:107:84:56:69:107 chr16 28354090 . C G 263.76 PASS AF=0.3;AO=37;DP=120;FAO=36;FDP=120;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=27;FWDB=-0.0466555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5834;QD=8.79206;RBI=0.0575829;REFB=-0.0160206;REVB=-0.0337499;RO=77;SAF=26;SAR=11;SRF=53;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198084;STB=0.536809;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0490517;OID=.;OPOS=28354090;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:77:84:37:36:0.3:11:26:53:24:10:26:57:27 chr16 28354223 . G A 58.96 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.130625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.1248;QD=5.24096;RBI=0.135473;REFB=-0.0119775;REVB=0.0359162;RO=36;SAF=7;SAR=2;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900083;STB=0.559859;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0499806;OID=.;OPOS=28354223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:45:45:36:36:9:9:0.2:2:7:26:10:2:7:26:10 chr16 28508245 . C G 502.15 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.00660283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.235;QD=22.0725;RBI=0.0550476;REFB=-0.0504482;REVB=-0.0546502;RO=42;SAF=21;SAR=27;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909227;STB=0.554433;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0340134;OID=.;OPOS=28508245;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:42:43:48:48:0.527473:27:21:14:28:27:21:14:29 chr16 28508447 . A G 519.21 PASS AF=0.391026;AO=61;DP=155;FAO=61;FDP=156;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=69;FWDB=-0.0117238;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.876;QD=13.3131;RBI=0.0146089;REFB=-0.020371;REVB=-0.00871633;RO=94;SAF=24;SAR=37;SRF=26;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136662;STB=0.578947;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0331429;OID=.;OPOS=28508447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:94:95:61:61:0.391026:37:24:26:68:37:24:26:69 chr16 28508716 . T C 892.9 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233387;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.657;QD=56.6923;RBI=0.0442037;REFB=-0.0464676;REVB=0.0375403;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.509088;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000157718;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:0:1:62:62:0.984127:35:27:0:0:35:27:1:0 chr16 28602991 . A G 664.03 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.0292797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.934;QD=18.9724;RBI=0.0316888;REFB=-0.0202488;REVB=-0.0121192;RO=73;SAF=27;SAR=40;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739527;STB=0.540839;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0259767;OID=.;OPOS=28602991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:73:73:67:67:0.478571:40:27:24:49:40:27:24:49 chr16 28603393 . T C 1293.55 PASS AF=0.988636;AO=84;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0736605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.335;QD=58.7976;RBI=0.0962655;REFB=-0.0266665;REVB=-0.0619772;RO=2;SAF=45;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205852;STB=0.505153;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00315005;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:2:1:84:87:0.988636:39:45:2:0:39:48:1:0 chr16 28617485 . C T 4487.47 PASS AF=0.976974;AO=295;DP=304;FAO=297;FDP=304;FR=.;FRO=7;FSAF=138;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0142454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.875;QD=59.0456;RBI=0.081129;REFB=-0.174087;REVB=0.0798685;RO=8;SAF=138;SAR=157;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023676;STB=0.510768;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00123285;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:304:304:8:7:295:297:0.976974:157:138:0:8:159:138:0:7 chr16 28617507 . C T 203.01 PASS AF=0.131016;AO=49;DP=375;FAO=49;FDP=374;FR=.;FRO=325;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=151;FSRR=174;FWDB=-0.0228091;FXX=0.0026666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.319;QD=2.17122;RBI=0.0232746;REFB=-0.00188388;REVB=0.00463179;RO=324;SAF=18;SAR=31;SRF=151;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128472;STB=0.586704;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0279217;OID=.;OPOS=28617507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:374:324:325:49:49:0.131016:31:18:151:173:31:18:151:174 chr16 28617552 . C G 333.38 PASS AF=0.163895;AO=55;DP=403;FAO=69;FDP=421;FR=.;FRO=352;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=157;FSRR=195;FWDB=-0.00284377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.78;QD=3.16745;RBI=0.00468044;REFB=-0.00545905;REVB=-0.00371746;RO=333;SAF=24;SAR=31;SRF=157;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454612;STB=0.547024;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0234641;OID=.;OPOS=28617552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:403:421:333:352:55:69:0.163895:31:24:157:176:42:27:157:195 chr16 28619911 . T C 133.89 PASS AF=0.1;AO=40;DP=410;FAO=41;FDP=410;FR=.;FRO=369;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=186;FSRR=183;FWDB=-0.0176614;FXX=0.00243303;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.814;QD=1.30622;RBI=0.0328496;REFB=-0.00494432;REVB=-0.0276979;RO=368;SAF=14;SAR=26;SRF=185;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186575;STB=0.64741;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0353787;OID=.;OPOS=28619911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:410:368:369:40:41:0.1:26:14:185:183:27:14:186:183 chr16 28619920 . A G 138.58 PASS AF=0.102757;AO=41;DP=397;FAO=41;FDP=399;FR=.;FRO=358;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=176;FSRR=182;FWDB=0.010484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.07;QD=1.38927;RBI=0.0186738;REFB=-0.00448504;REVB=-0.015453;RO=348;SAF=14;SAR=27;SRF=176;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203593;STB=0.636725;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0346681;OID=.;OPOS=28619920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:399:348:358:41:41:0.102757:27:14:176:172:27:14:176:182 chr16 28620120 . C T 823.55 PASS AF=0.203125;AO=144;DP=707;FAO=143;FDP=704;FR=.;FRO=561;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=235;FSRR=326;FWDB=0.0112073;FXX=0.00564964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5119;QD=4.67925;RBI=0.0143953;REFB=-0.000329343;REVB=0.00903445;RO=554;SAF=58;SAR=86;SRF=233;SRR=321;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237941;STB=0.510944;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00193938;OID=.;OPOS=28620120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:707:704:554:561:144:143:0.203125:86:58:233:321:85:58:235:326 chr16 28621311 . T C 4737.44 PASS AF=0.695423;AO=372;DP=564;FAO=395;FDP=568;FR=.;FRO=173;FSAF=227;FSAR=168;FSRF=101;FSRR=72;FWDB=0.0174561;FXX=0.0257285;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.304;QD=33.3623;RBI=0.0270786;REFB=-0.023887;REVB=0.0207011;RO=170;SAF=204;SAR=168;SRF=101;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271858;STB=0.502847;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00747931;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:568:170:173:372:395:0.695423:168:204:101:69:168:227:101:72 chr16 28649787 . G A 108.62 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0181607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.229;QD=13.5774;RBI=0.0223608;REFB=-0.00399591;REVB=-0.0130458;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151548;STB=0.588105;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00535715;OID=.;OPOS=28649787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:13:6:6:7:13:6 chr16 28842311 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.725;QD=61.5362;RBI=0.0128706;REFB=0;REVB=0.0105572;RO=0;SAF=26;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4483e-06;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:55:26:0:0:55:26:0:0 chr16 28846506 . A AC 45.27 PASS AF=0.197674;AO=20;DP=87;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.12062;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=55.4686;QD=2.10561;RBI=0.123699;REFB=9.46237e-06;REVB=-0.0274256;RO=64;SAF=4;SAR=16;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36938;STB=0.679772;STBP=0.133;TYPE=ins;VARB=-0.0226307;OID=.;OPOS=28846507;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197674:20:87:17:86:69:4:13:30:39:45:64:4:16:30:34 chr16 28848508 . A G 985.93 PASS AF=0.434783;AO=109;DP=254;FAO=110;FDP=253;FR=.;FRO=143;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=77;FSRR=66;FWDB=0.00289606;FXX=0.0117183;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.869;QD=15.5878;RBI=0.0178714;REFB=-0.00207648;REVB=0.0176352;RO=140;SAF=57;SAR=52;SRF=77;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274866;STB=0.506346;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00170398;OID=.;OPOS=28848508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:140:143:109:110:0.434783:52:57:77:63:52:58:77:66 chr16 28909622 . G A 705.17 PASS AF=0.427778;AO=77;DP=180;FAO=77;FDP=180;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=-0.000419549;FXX=0.00552456;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.338;QD=15.6705;RBI=0.0180967;REFB=-0.0111525;REVB=-0.0180919;RO=103;SAF=38;SAR=39;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315181;STB=0.517595;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0151718;OID=.;OPOS=28909622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:103:103:77:77:0.427778:39:38:54:49:39:38:54:49 chr16 28913710 . G T 296.67 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00512564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.402;QD=15.6143;RBI=0.00533964;REFB=-0.000885183;REVB=0.00149652;RO=43;SAF=6;SAR=27;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230874;STB=0.632017;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000894168;OID=.;OPOS=28913710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:27:6:15:28:27:6:15:28 chr16 28915527 . G A 2167.19 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.67455e-05;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.391;QD=63.2756;RBI=0.0202294;REFB=0;REVB=0.0202292;RO=0;SAF=48;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92872e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53051e-05;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:137:0:0:137:137:1:89:48:0:0:89:48:0:0 chr16 28917404 . C G 1233.89 PASS AF=0.481203;AO=127;DP=265;FAO=128;FDP=266;FR=.;FRO=138;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=69;FSRR=69;FWDB=0.0122732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0468;QD=18.5548;RBI=0.0320711;REFB=-0.0132946;REVB=0.0296298;RO=136;SAF=59;SAR=68;SRF=68;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333733;STB=0.51624;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0155086;OID=.;OPOS=28917404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:266:136:138:127:128:0.481203:68:59:68:68:68:60:69:69 chr16 28944396 . C G 1392.39 PASS AF=0.98913;AO=88;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00253799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7086;QD=60.5388;RBI=0.0231438;REFB=-0.0574467;REVB=0.0230043;RO=1;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885804;STB=0.504424;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00148941;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:88:91:0.98913:53:35:0:1:56:35:0:1 chr16 28993369 . C T 523.36 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00206547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4874;QD=18.6913;RBI=0.00344012;REFB=-0.015965;REVB=0.00275104;RO=57;SAF=23;SAR=32;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116148;STB=0.564314;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0151491;OID=.;OPOS=28993369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:57:55:55:0.491071:32:23:31:26:32:23:31:26 chr16 28995757 . C A 1715.53 PASS AF=0.966667;AO=115;DP=119;FAO=116;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00590621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.109;QD=57.1843;RBI=0.0256309;REFB=-0.191193;REVB=-0.0249411;RO=2;SAF=70;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00369969;STB=0.505113;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00228959;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:119:120:2:4:115:116:0.966667:45:70:1:1:46:70:3:1 chr16 29057392 . A G 540.56 PASS AF=0.504505;AO=54;DP=108;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0531527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.32;QD=19.4797;RBI=0.0539345;REFB=-0.00213565;REVB=-0.00915001;RO=54;SAF=29;SAR=25;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168627;STB=0.513929;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00233568;OID=.;OPOS=29057392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:54:55:54:56:0.504505:25:29:30:24:26:30:31:24 chr16 29097556 . C CAT 58.61 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0206928;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=115.219;QD=2.66415;RBI=0.0258938;REFB=0.00170027;REVB=0.0155658;RO=77;SAF=3;SAR=9;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401441;STB=0.774285;STBP=0.059;TYPE=ins;VARB=-0.0184955;OID=.;OPOS=29097557;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.136364:12:89:12:88:76:3:9:44:32:58:77:3:9:45:32 chr16 29124421 . T C 3033.19 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850433;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.354;QD=63.1915;RBI=0.013806;REFB=-0.0807484;REVB=-0.0108758;RO=1;SAF=86;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045569;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2257e-05;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:191:192:1:0:190:192:1:104:86:0:1:104:88:0:0 chr16 29580611 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5138;QD=56.7063;RBI=0.123305;REFB=0;REVB=-0.0104579;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00227817;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr16 29677873 . A G 48.45 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0195;QD=12.9187;RBI=0.0213099;REFB=-0.0329371;REVB=0.0213099;RO=8;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118888;OID=.;OPOS=29677873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:16:15:8:8:5:5:0.333333:5:0:0:8:5:0:0:8 chr16 29679989 . A G 2186.58 PASS AF=0.986755;AO=144;DP=148;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0139649;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.534;QD=57.9228;RBI=0.0193888;REFB=-0.0741531;REVB=0.0134502;RO=3;SAF=78;SAR=66;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211209;STB=0.506944;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000886816;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:148:151:3:2:144:149:0.986755:66:78:0:3:71:78:0:2 chr16 29680256 . T G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.156;QD=56.189;RBI=0.0627018;REFB=0;REVB=0.000715345;RO=0;SAF=2;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244155;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:26:2:0:0:26:2:0:0 chr16 29708350 . A G 2373.51 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419582;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4015;QD=64.149;RBI=0.00751783;REFB=0;REVB=0.00623801;RO=0;SAF=73;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.32842e-05;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:147:148:1:74:73:0:0:75:73:0:0 chr16 29790864 . G A 2794.97 PASS AF=0.989011;AO=179;DP=181;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0260787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8114;QD=61.4279;RBI=0.0764332;REFB=-0.0421089;REVB=0.0718466;RO=2;SAF=81;SAR=98;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961564;STB=0.504999;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00158704;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:181:182:2:2:179:180:0.989011:98:81:0:2:99:81:0:2 chr16 29791561 . T G 3152.67 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.945;QD=64.0137;RBI=0.0518198;REFB=0;REVB=0.00375066;RO=0;SAF=107;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173906;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:90:107:0:0:90:107:0:0 chr16 29791721 . G C,T 756.31 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=45,2;DP=47;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31,2;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243374,0.00464556;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.2735,51.5575;QD=61.7399;RBI=0.0465994,0.013444;REFB=0,0;REVB=-0.0397391,0.0126158;RO=0;SAF=29,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.49331e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0207844,0.120311;OID=.,.;OPOS=29791721,29791721;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:49:0:0:45,2:47,2:0.959184,0.0408163:16,0:29,2:0:0:16,0:31,2:0:0 chr16 29811319 . C T 512.38 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.89;QD=58.5574;RBI=0.0337322;REFB=0;REVB=0.0215887;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297366;OID=.;OPOS=29811319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:11:23:0:0:11:24:0:0 chr16 29814234 . G A 2507.37 PASS AF=0.976471;AO=166;DP=170;FAO=166;FDP=170;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0152859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.294;QD=58.9969;RBI=0.0270008;REFB=0.0106889;REVB=0.0222573;RO=4;SAF=70;SAR=96;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788779;STB=0.504146;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=4.41898e-05;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:170:170:4:4:166:166:0.976471:96:70:1:3:96:70:1:3 chr16 29821744 . G A 2249.63 PASS AF=0.986842;AO=149;DP=152;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0177688;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.216;QD=59.2009;RBI=0.0197184;REFB=-0.142462;REVB=-0.00854914;RO=1;SAF=78;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605903;STB=0.500264;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000817679;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:152:1:2:149:150:0.986842:71:78:1:0:72:78:1:1 chr16 29824787 . C G 154.62 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.0148163;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.08;QD=12.3696;RBI=0.0213927;REFB=0.0201715;REVB=-0.0154313;RO=33;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206805;STB=0.639213;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0352018;OID=.;OPOS=29824787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:33:32:18:18:0.36:12:6:6:27:12:6:5:27 chr16 29825126 . T C 2034.48 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00190185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9799;QD=60.7309;RBI=0.00286218;REFB=0.0216065;REVB=-0.00213893;RO=2;SAF=42;SAR=90;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104448;STB=0.505494;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-2.36081e-06;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:90:42:0:2:90:42:0:2 chr16 29826538 . T C 505.2 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287313;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.843;QD=59.4349;RBI=0.0309172;REFB=0;REVB=0.0114186;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145352;OID=.;OPOS=29826538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr16 29882490 . C T 296.76 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0250596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4269;QD=15.6191;RBI=0.0489274;REFB=-0.0106725;REVB=-0.0420226;RO=42;SAF=13;SAR=20;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176715;STB=0.605996;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0121915;OID=.;OPOS=29882490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:43:33:33:0.434211:20:13:24:18:20:13:25:18 chr16 29899123 . G T 1774.05 PASS AF=0.983333;AO=119;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0166295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7891;QD=59.1351;RBI=0.0203196;REFB=-0.0259683;REVB=0.0116768;RO=1;SAF=50;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940483;STB=0.501301;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.000133062;OID=.;OPOS=29899123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:1:2:119:118:0.983333:69:50:1:0:68:50:1:1 chr16 29908433 . C G 3835.76 PASS AF=0.988281;AO=251;DP=255;FAO=253;FDP=256;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=162;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0428795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6356;QD=59.9337;RBI=0.047112;REFB=-0.152908;REVB=0.0195165;RO=1;SAF=90;SAR=161;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526685;STB=0.503896;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00162621;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:255:256:1:3:251:253:0.988281:161:90:1:0:162:91:2:1 chr16 29918034 . T C 899.78 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178224;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.168;QD=59.002;RBI=0.0179808;REFB=0;REVB=-0.00238178;RO=0;SAF=54;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41313e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53823e-05;OID=.;OPOS=29918034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:61:61:1:7:54:0:0:7:54:0:0 chr16 29994922 . C T 1318.85 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0135047;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.912;QD=59.9475;RBI=0.0168177;REFB=0.0128021;REVB=0.0100229;RO=2;SAF=14;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261062;STB=0.513793;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=3.38474e-06;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:88:2:2:86:86:0.977273:72:14:1:1:72:14:1:1 chr16 29998200 . A G 2808.9 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.903;QD=62.7686;RBI=0.0340042;REFB=0;REVB=-0.0308509;RO=0;SAF=60;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02645e-05;OID=.;OPOS=29998200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:179:0:0:179:179:1:119:60:0:0:119:60:0:0 chr16 30006914 . T C 886.86 PASS AF=0.473684;AO=90;DP=190;FAO=90;FDP=190;FR=.;FRO=100;FSAF=22;FSAR=68;FSRF=22;FSRR=78;FWDB=-0.0290252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2692;QD=18.6707;RBI=0.0664875;REFB=-0.0106434;REVB=-0.0598174;RO=100;SAF=22;SAR=68;SRF=22;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032148;STB=0.517727;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0125132;OID=.;OPOS=30006914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:100:100:90:90:0.473684:68:22:22:78:68:22:22:78 chr16 30018500 . C T 1469.57 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0167621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0632;QD=59.9826;RBI=0.0175054;REFB=-0.0682522;REVB=0.00504713;RO=3;SAF=28;SAR=67;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256458;STB=0.513538;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00705945;OID=.;OPOS=30018500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:3:3:95:95:0.969388:67:28:2:1:67:28:2:1 chr16 30021402 . C T 3201.01 PASS AF=0.898039;AO=229;DP=255;FAO=229;FDP=255;FR=.;FRO=26;FSAF=143;FSAR=86;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00605101;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.111;QD=50.212;RBI=0.0242001;REFB=-0.039678;REVB=0.0234314;RO=10;SAF=143;SAR=86;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207449;STB=0.529798;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000894063;OID=.;OPOS=30021402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:255:255:10:26:229:229:0.898039:86:143:6:4:86:143:9:17 chr16 30037128 . A C 1433.64 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.356;QD=63.0172;RBI=0.0276806;REFB=0;REVB=0.0150265;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67371e-05;OID=.;OPOS=30037128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:91:0:0:88:91:1:48:40:0:0:49:42:0:0 chr16 30081367 . G T 989.98 PASS AF=0.490385;AO=102;DP=208;FAO=102;FDP=208;FR=.;FRO=106;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=68;FSRR=38;FWDB=0.0165422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.917;QD=19.0381;RBI=0.0247952;REFB=-0.0261435;REVB=0.0184705;RO=105;SAF=59;SAR=43;SRF=68;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662491;STB=0.533294;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0306262;OID=.;OPOS=30081367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:105:106:102:102:0.490385:43:59:68:37:43:59:68:38 chr16 30097630 . C T 176.16 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0155535;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.762;QD=11.5517;RBI=0.0169076;REFB=-0.00339552;REVB=-0.0066298;RO=36;SAF=17;SAR=5;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271247;STB=0.672807;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0421723;OID=.;OPOS=30097630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:39:22:22:0.360656:5:17:20:16:5:17:21:18 chr16 30097847 . ACTGG ACTG,TGCGT 931.92 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=47,9;DP=165;FAO=176,8;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=63,0;FSAR=113,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.947784,0.0500446;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,5;MLLD=7.25126,183.875;QD=20.2592;RBI=0.951041,0.124547;REFB=0.0976775,0.0731203;REVB=-0.0786463,-0.114051;RO=64;SAF=0,0;SAR=47,9;SRF=46;SRR=18;SSEN=0.416667,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.87261,-0.746823;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0237497,0.20521;OID=.,.;OPOS=30097850,30097847;OREF=G,ACTGG;OALT=-,TGCGT;OMAPALT=ACTG,TGCGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:165:184:64:0:47,9:176,8:0.956522,0.0434783:47,9:0,0:46:18:113,8:63,0:0:0 chr16 30119525 . C A 1754.9 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860929;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.609;QD=61.04;RBI=0.0111287;REFB=0;REVB=0.00705189;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141275;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:60:55:0:0:60:55:0:0 chr16 30198151 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.166;QD=57.1062;RBI=0.0149025;REFB=0;REVB=-0.000842331;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20301e-05;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr16 30199579 . C T 506.87 PASS AF=0.495495;AO=53;DP=104;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0298314;FXX=0.00892777;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.7408;QD=18.2656;RBI=0.097291;REFB=-0.0335588;REVB=0.0926046;RO=51;SAF=17;SAR=36;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161075;STB=0.603774;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0342838;OID=.;OPOS=30199579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:111:51:56:53:55:0.495495:36:17:25:26:38:17:28:28 chr16 30199584 . G A 505.21 PASS AF=0.486486;AO=53;DP=112;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0027144;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3413;QD=18.2059;RBI=0.0468153;REFB=0.00822518;REVB=0.0467365;RO=54;SAF=27;SAR=26;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177439;STB=0.576549;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0148919;OID=.;OPOS=30199584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:54:57:53:54:0.486486:26:27:17:37:27:27:20:37 chr16 30393660 . G A 1312.65 PASS AF=0.92233;AO=95;DP=103;FAO=95;FDP=103;FR=.;FRO=8;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.00817996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.487;QD=50.9767;RBI=0.0110789;REFB=-0.0347903;REVB=0.00747194;RO=8;SAF=61;SAR=34;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099403;STB=0.55262;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000199868;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:103:103:8:8:95:95:0.92233:34:61:0:8:34:61:0:8 chr16 30408765 . C T 1626.34 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.038464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.323;QD=59.1395;RBI=0.047399;REFB=-0.0104682;REVB=-0.0276981;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00087968;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:0:1:108:109:0.990909:53:55:0:0:54:55:1:0 chr16 30455945 . A C 612.7 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00793418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.274;QD=23.1206;RBI=0.0138459;REFB=-0.0123156;REVB=0.0113471;RO=46;SAF=28;SAR=32;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112338;STB=0.561383;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0095528;OID=.;OPOS=30455945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:46:46:60:60:0.566038:32:28:28:18:32:28:28:18 chr16 30518041 . G C 562.34 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=141;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.0227545;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.551;QD=16.0668;RBI=0.0241024;REFB=-0.0109414;REVB=0.0079473;RO=80;SAF=30;SAR=30;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15359;STB=0.585687;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0158899;OID=.;OPOS=30518041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:80:80:60:60:0.428571:30:30:28:52:30:30:28:52 chr16 30536672 . A G 591.45 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0047;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.877;QD=18.4829;RBI=0.014564;REFB=-0.0184094;REVB=-0.0137848;RO=67;SAF=26;SAR=35;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105334;STB=0.558396;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0173695;OID=.;OPOS=30536672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:67:67:61:61:0.476562:35:26:36:31:35:26:36:31 chr16 30543925 . GCCCCT GCCCT,GCCCTC,GGCCCT 34.57 PASS AF=0.217391,0,0;AO=16,4,4;DP=84;FAO=20,0,0;FDP=92;FR=.;FRO=72;FSAF=4,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0284382,-0.0317118,0.00751208;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=11.3047,92.1624,23.5183;QD=1.50318;RBI=0.0603149,0.082588,0.0920273;REFB=-0.155968,-0.00688022,-0.0828029;REVB=-0.0531898,-0.0762571,0.0917202;RO=53;SAF=8,0,1;SAR=8,4,3;SRF=39;SRR=14;SSEN=0.402062,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.298448,-0.651231,-0.472633;STB=0.826138,0.5,0.5;STBP=0,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.180928,0,0;OID=.,.,.;OPOS=30543926,30543929,30543926;OREF=C,CT,C;OALT=-,TC,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTC,GGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217391,0,0:16,4,4:84:20,0,0:92:72:4,0,0:16,0,0:46:26:36:53:8,0,1:8,4,3:39:14 chr16 30544305 . CA AA,C 38.69 PASS AF=0.0172414,0.241379;AO=2,10;DP=55;FAO=1,14;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=1,8;FSAR=0,6;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0188736,0.116102;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=145.196,9.97682;QD=2.6683;RBI=0.027265,0.117181;REFB=-0.00179475,-0.0682369;REVB=-0.0196766,0.0158615;RO=34;SAF=1,9;SAR=1,1;SRF=23;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0.428571;SSSB=-0.160492,0.402622;STB=0.986271,0.599867;STBP=0.499,0.427;TYPE=snp,del;VARB=0.0237193,0.101172;OID=.,.;OPOS=30544305,30544306;OREF=C,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:55:58:34:43:2,10:1,14:0.0172414,0.241379:1,1:1,9:23:11:0,6:1,8:30:13 chr16 30666367 . C T 692.17 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.0292367;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.332;QD=20.9748;RBI=0.029237;REFB=-0.0179285;REVB=-0.000126632;RO=64;SAF=34;SAR=34;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151869;STB=0.58331;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0217131;OID=.;OPOS=30666367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:64:64:68:68:0.515152:34:34:21:43:34:34:21:43 chr16 30671670 . C G 84.35 PASS AF=0.0690647;AO=48;DP=695;FAO=48;FDP=695;FR=.;FRO=647;FSAF=7;FSAR=41;FSRF=323;FSRR=324;FWDB=0.00239669;FXX=0.00143676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.269;QD=0.485445;RBI=0.0419557;REFB=-0.000619907;REVB=-0.0418872;RO=579;SAF=7;SAR=41;SRF=298;SRR=281;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4281;STB=0.84101;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0612588;OID=.;OPOS=30671670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:695:695:579:647:48:48:0.0690647:41:7:298:281:41:7:323:324 chr16 30724070 . G T 2424.11 PASS AF=0.987654;AO=159;DP=162;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.048229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0463;QD=59.8545;RBI=0.0554009;REFB=-0.0413071;REVB=-0.0272622;RO=2;SAF=72;SAR=87;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108111;STB=0.505617;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00246995;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:162:162:2:2:159:160:0.987654:87:72:0:2:88:72:0:2 chr16 30724867 . T C 984.48 PASS AF=0.627737;AO=85;DP=136;FAO=86;FDP=137;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=-0.00555225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.222;QD=28.7439;RBI=0.00707794;REFB=0.00070212;REVB=0.00438973;RO=49;SAF=38;SAR=47;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192739;STB=0.604409;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000464331;OID=.;OPOS=30724867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:49:51:85:86:0.627737:47:38:36:13:48:38:37:14 chr16 30732218 . C T 444.66 PASS AF=0.462264;AO=48;DP=104;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0129211;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.892;QD=16.7796;RBI=0.0208251;REFB=-0.0177506;REVB=0.0163319;RO=56;SAF=11;SAR=37;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213891;STB=0.61321;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.021144;OID=.;OPOS=30732218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:56:57:48:49:0.462264:37:11:23:33:37:12:24:33 chr16 30734963 . C A 1481.73 PASS AF=0.945455;AO=104;DP=110;FAO=104;FDP=110;FR=.;FRO=6;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0318806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.614;QD=53.881;RBI=0.0322604;REFB=-0.129028;REVB=0.0049357;RO=4;SAF=63;SAR=41;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291759;STB=0.522723;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000537357;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:110:110:4:6:104:104:0.945455:41:63:4:0:41:63:6:0 chr16 30762640 . C T 1451.82 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0286481;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=185.256;QD=59.8688;RBI=0.0288914;REFB=-0.00307307;REVB=-0.00374195;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506509;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=2.6726e-05;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:0:3:94:94:0.969072:51:43:0:0:51:43:2:1 chr16 30772004 . GAA G 255.72 PASS AF=0.47619;AO=36;DP=80;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0225257;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=28.6817;QD=12.1773;RBI=0.0225267;REFB=0.00424648;REVB=0.000210137;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126099;STB=0.558366;STBP=0.3;TYPE=del;VARB=-0.00417221;OID=.;OPOS=30772005;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:36:80:40:84:44:18:22:15:29:99:41:17:19:14:27 chr16 30779716 . A G 5627.31 PASS AF=1;AO=355;DP=357;FAO=360;FDP=360;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=245;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.126;QD=62.5257;RBI=0.0589875;REFB=0;REVB=0.0412424;RO=0;SAF=112;SAR=243;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42573e-05;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:357:360:0:0:355:360:1:243:112:0:0:245:115:0:0 chr16 30780828 . A G 1457.45 PASS AF=0.989362;AO=94;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.938;QD=62.0192;RBI=0.0276415;REFB=0.00353425;REVB=-2.1331e-05;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=4.10183e-05;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:0:1:94:93:0.989362:55:39:0:0:54:39:0:1 chr16 30795390 . C G 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0018588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.883;QD=20.0309;RBI=0.00636039;REFB=-0.00368271;REVB=0.00608272;RO=26;SAF=20;SAR=4;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410977;STB=0.523236;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00393345;OID=.;OPOS=30795390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:4:20:21:5:4:20:21:5 chr16 30886643 . T C 3023.89 PASS AF=0.953704;AO=204;DP=215;FAO=206;FDP=216;FR=.;FRO=10;FSAF=91;FSAR=115;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0189636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7328;QD=55.9979;RBI=0.0207862;REFB=-0.0664687;REVB=0.00851167;RO=10;SAF=89;SAR=115;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327822;STB=0.506662;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00656309;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:215:216:10:10:204:206:0.953704:115:89:4:6:115:91:3:7 chr16 30900235 . G A 308.42 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0100909;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.024;QD=15.4211;RBI=0.010091;REFB=-0.00212169;REVB=1.48969e-05;RO=44;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16494;STB=0.581538;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00504437;OID=.;OPOS=30900235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:46:34:34:0.425:13:21:20:24:13:21:22:24 chr16 30939219 . G GC 35.95 PASS AF=0.111111;AO=13;DP=107;FAO=11;FDP=99;FR=.;FRO=88;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=64;FWDB=-0.0296503;FXX=0.0747594;HRUN=0;LEN=1;MLLD=113.95;QD=1.45244;RBI=0.0337491;REFB=0.000234878;REVB=-0.0161203;RO=91;SAF=0;SAR=13;SRF=25;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.607027;STB=0.770979;STBP=0.147;TYPE=ins;VARB=0.01729;OID=.;OPOS=30939220;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.111111:13:107:11:99:88:1:10:24:64:35:91:0:13:25:66 chr16 30964940 . A G 3573.01 PASS AF=0.959016;AO=234;DP=245;FAO=234;FDP=244;FR=.;FRO=10;FSAF=132;FSAR=102;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0633604;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2271;QD=58.5739;RBI=0.0877823;REFB=-0.110425;REVB=-0.0607552;RO=10;SAF=132;SAR=102;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347386;STB=0.518247;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.02079;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:245:244:10:10:234:234:0.959016:102:132:10:0:102:132:10:0 chr16 30999142 . A G 398.99 PASS AF=0.471264;AO=40;DP=86;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=43;FWDB=0.0123891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2593;QD=18.3443;RBI=0.0164579;REFB=-0.0117655;REVB=-0.0108339;RO=0;SAF=37;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.934058;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0320517;OID=.;OPOS=30999142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:0:46:40:41:0.471264:3:37:0:0:3:38:3:43 chr16 30999462 . T C 2352.68 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049675;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1578;QD=61.1086;RBI=0.0754866;REFB=0;REVB=-0.0568386;RO=0;SAF=69;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395554;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:85:69:0:0:85:69:0:0 chr16 31075175 . G A,C 2506.01 PASS AF=0.804734,0.195266;AO=135,28;DP=163;FAO=136,33;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=79,2;FSAR=57,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285634,-0.0290768;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.92,82.0891;QD=59.3138;RBI=0.0286259,0.0384749;REFB=0,0;REVB=0.0018903,-0.0251963;RO=0;SAF=79,2;SAR=56,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0033778,0.11264;OID=.,.;OPOS=31075175,31075175;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:163:169:0:0:135,28:136,33:0.804734,0.195266:56,26:79,2:0:0:57,31:79,2:0:0 chr16 31075708 . C G 728.54 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.078;QD=57.1401;RBI=0.0190708;REFB=0;REVB=0.000467756;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0268e-05;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr16 31088347 . G A 3102.02 PASS AF=0.990385;AO=201;DP=205;FAO=206;FDP=208;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0628151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6503;QD=59.6542;RBI=0.0731677;REFB=-0.118934;REVB=0.0375202;RO=3;SAF=84;SAR=117;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00243532;STB=0.504166;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00360397;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:205:208:3:2:201:206:0.990385:117:84:1:2:119:87:0:2 chr16 31088625 . A G 1055.29 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.343;QD=59.4528;RBI=0.0398329;REFB=0;REVB=0.0214609;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38499e-05;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:24:44:0:0:24:47:0:0 chr16 31088893 . CAA CA,CAC 564.08 PASS AF=0.890411,0.109589;AO=18,4;DP=78;FAO=65,8;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0;FSAR=20,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.761032,0.0725836;FXX=0.0640943;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.069,179.533;QD=30.9085;RBI=0.762195,0.111822;REFB=0,0;REVB=0.0420838,-0.0850629;RO=36;SAF=7,0;SAR=11,4;SRF=36;SRR=0;SSEN=0.326923,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.652381,-0.884611;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0432697,0.0969822;OID=.,.;OPOS=31088894,31088895;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.890411,0.109589:18,4:78:65,8:73:0:45,0:20,8:0:0:31:36:7,0:11,4:36:0 chr16 31093892 . A G 3031.32 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.597;QD=63.1525;RBI=0.030064;REFB=0;REVB=-0.0299925;RO=0;SAF=123;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124561;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:192:0:0:188:192:1:65:123:0:0:69:123:0:0 chr16 31099011 . T C 891.9 PASS AF=0.557823;AO=81;DP=146;FAO=82;FDP=147;FR=.;FRO=65;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0269069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.086;QD=24.2694;RBI=0.0308904;REFB=-0.0182348;REVB=-0.0151735;RO=63;SAF=45;SAR=36;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388759;STB=0.524562;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0159198;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:63:65:81:82:0.557823:36:45:38:25:36:46:40:25 chr16 31121793 . G A 1069.46 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00184168;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.275;QD=58.6007;RBI=0.0412187;REFB=-0.103407;REVB=0.0411775;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137071;STB=0.507244;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=8.92567e-05;OID=.;OPOS=31121793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:34:38:0:1:34:38:0:1 chr16 31141826 . A G 972.6 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5714;QD=58.9454;RBI=0.0573886;REFB=0;REVB=-0.0570968;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033956;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr16 31141880 . A G 920.08 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.117;QD=58.4179;RBI=0.0246157;REFB=0;REVB=0.0226345;RO=1;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125907;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80826e-05;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:37:25:0:1:38:25:0:0 chr16 31153105 . A G 2586.34 PASS AF=0.988304;AO=168;DP=171;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=87;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0510569;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3762;QD=60.4992;RBI=0.0653816;REFB=-0.0485237;REVB=-0.0408404;RO=2;SAF=81;SAR=87;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116046;STB=0.506023;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000345005;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:171:2:2:168:169:0.988304:87:81:2:0:87:82:2:0 chr16 31154146 . G A 393.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.709;QD=56.177;RBI=0.0498962;REFB=0;REVB=0.0162914;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429225;OID=.;OPOS=31154146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr16 31193942 . C A 640.59 PASS AF=0.512;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.00379089;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.296;QD=20.4989;RBI=0.00922867;REFB=-0.00160307;REVB=-0.00841412;RO=61;SAF=33;SAR=31;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151511;STB=0.583246;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00197569;OID=.;OPOS=31193942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:61:61:64:64:0.512:31:33:21:40:31:33:21:40 chr16 31195279 . C T 692.66 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0114922;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.104;QD=20.9897;RBI=0.0116467;REFB=-0.0364998;REVB=0.00189042;RO=59;SAF=38;SAR=30;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142567;STB=0.558806;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0299682;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:132:59:64:68:68:0.515152:30:38:23:36:30:38:28:36 chr16 31230463 . C T 410.17 PASS AF=0.384;AO=48;DP=125;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.00331786;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.521;QD=13.1254;RBI=0.0258274;REFB=-0.0136909;REVB=0.0256134;RO=76;SAF=22;SAR=26;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734607;STB=0.537676;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0200378;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:76:77:48:48:0.384:26:22:40:36:26:22:40:37 chr16 31308901 . G A 832.43 PASS AF=0.439394;AO=87;DP=198;FAO=87;FDP=198;FR=.;FRO=111;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=0.0140998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.912;QD=16.8168;RBI=0.0141355;REFB=0.000705321;REVB=-0.0010041;RO=108;SAF=40;SAR=47;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309804;STB=0.525134;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.000829977;OID=.;OPOS=31308901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:108:111:87:87:0.439394:47:40:53:55:47:40:56:55 chr16 31336719 . G A 650.02 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.00810654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.018;QD=18.7056;RBI=0.00816757;REFB=0.00611618;REVB=0.000996581;RO=73;SAF=17;SAR=49;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18517;STB=0.603198;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00810525;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:73:73:66:66:0.47482:49:17:31:42:49:17:31:42 chr16 31372988 . AGGG AGGA,AGG 847.37 PASS AF=0.0880503,0.91195;AO=10,41;DP=157;FAO=14,145;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=0,89;FSAR=14,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365093,0.743803;FXX=0.0124216;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=160.435,6.71113;QD=21.3175;RBI=0.07604,0.774624;REFB=0,0;REVB=-0.066702,-0.216333;RO=60;SAF=0,19;SAR=10,22;SRF=54;SRR=6;SSEN=0,0.514286;SSEP=0,0.525;SSSB=-0.845823,-0.455726;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.150868,-0.014393;OID=.,.;OPOS=31372991,31372989;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGGA,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0880503,0.91195:10,41:157:14,145:159:0:0,89:14,56:0:0:44:60:0,19:10,22:54:6 chr16 31374535 . C G 239.95 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00254674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.019;QD=14.3253;RBI=0.00478686;REFB=-0.00349044;REVB=-0.00405317;RO=37;SAF=11;SAR=16;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293559;STB=0.655784;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0049205;OID=.;OPOS=31374535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:39:27:28:0.41791:16:11:26:11:17:11:26:13 chr16 31422429 . T C 780.25 PASS AF=0.5;AO=81;DP=160;FAO=80;FDP=160;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.00569332;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.734;QD=19.5063;RBI=0.0697118;REFB=-0.0117406;REVB=0.0694789;RO=78;SAF=38;SAR=43;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161466;STB=0.518798;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0127415;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:78:80:81:80:0.5:43:38:38:40:43:37:40:40 chr16 31448170 . T C 1192.76 PASS AF=0.473282;AO=123;DP=262;FAO=124;FDP=262;FR=.;FRO=138;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=61;FSRR=77;FWDB=-0.0384616;FXX=0.00757547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8607;QD=18.21;RBI=0.0433009;REFB=-0.0154299;REVB=-0.0198916;RO=136;SAF=44;SAR=79;SRF=59;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768555;STB=0.548725;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0136043;OID=.;OPOS=31448170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:136:138:123:124:0.473282:79:44:59:77:80:44:61:77 chr16 31539934 . G T 180.9 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0347874;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6738;QD=16.4452;RBI=0.0361784;REFB=-0.015055;REVB=-0.00993534;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293387;STB=0.681988;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0220097;OID=.;OPOS=31539934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:25:19:19:0.431818:10:9:5:21:10:9:4:21 chr16 31724836 . T C 572.26 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0412955;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5492;QD=19.2357;RBI=0.0824469;REFB=-0.0037691;REVB=-0.0713594;RO=58;SAF=30;SAR=29;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787719;STB=0.504131;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0058223;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:60:59:59:0.495798:29:30:30:28:29:30:31:29 chr16 31765220 . G A 433.68 PASS AF=0.420168;AO=49;DP=118;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=46;FWDB=-0.0640127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4248;QD=14.5776;RBI=0.0642676;REFB=-0.0386776;REVB=-0.00571804;RO=69;SAF=25;SAR=24;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183785;STB=0.607435;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0537723;OID=.;OPOS=31765220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:69:69:49:50:0.420168:24:25:23:46:24:26:23:46 chr16 31926619 . G A,C 348.58 PASS AF=0.884615,0.115385;AO=22,3;DP=25;FAO=23,3;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6,3;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277761,0.0179707;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=225.082,166.051;QD=53.6282;RBI=0.0293299,0.0203696;REFB=0,0;REVB=0.00941997,0.0095903;RO=0;SAF=5,3;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.58081e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00253753,-0.065568;OID=.,.;OPOS=31926619,31926619;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:25:26:0:0:22,3:23,3:0.884615,0.115385:17,0:5,3:0:0:17,0:6,3:0:0 chr16 32077537 . G T 1177.34 PASS AF=0.328125;AO=147;DP=448;FAO=147;FDP=448;FR=.;FRO=301;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=135;FSRR=166;FWDB=-0.00832487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.58;QD=10.5119;RBI=0.00908172;REFB=-0.00213174;REVB=0.00362963;RO=299;SAF=64;SAR=83;SRF=134;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152092;STB=0.50895;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00468759;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:448:299:301:147:147:0.328125:83:64:134:165:83:64:135:166 chr16 32077580 . A G 1173.74 PASS AF=0.328889;AO=145;DP=447;FAO=148;FDP=450;FR=.;FRO=302;FSAF=62;FSAR=86;FSRF=132;FSRR=170;FWDB=0.0387992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0773;QD=10.4333;RBI=0.0622057;REFB=0.00212397;REVB=-0.0486228;RO=302;SAF=62;SAR=83;SRF=132;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114189;STB=0.512469;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00372187;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:450:302:302:145:148:0.328889:83:62:132:170:86:62:132:170 chr16 32191941 . C T 98.27 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.028944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.509;QD=6.34031;RBI=0.0551646;REFB=-0.00746994;REVB=-0.0469614;RO=47;SAF=3;SAR=12;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519514;STB=0.819467;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.029226;OID=.;OPOS=32191941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:12:3:30:17:12:3:30:17 chr16 33629700 . G A 714.52 PASS AF=0.339552;AO=89;DP=256;FAO=91;FDP=268;FR=.;FRO=177;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=80;FSRR=97;FWDB=0.0193268;FXX=0.0110697;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.747;QD=10.6645;RBI=0.0378483;REFB=-0.00870464;REVB=-0.0325418;RO=166;SAF=52;SAR=37;SRF=79;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124337;STB=0.578706;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0167378;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:268:166:177:89:91:0.339552:37:52:79:87:39:52:80:97 chr16 33629846 . T A 592.64 PASS AF=0.379121;AO=69;DP=182;FAO=69;FDP=182;FR=.;FRO=113;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=-0.0176539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.615;QD=13.025;RBI=0.0223835;REFB=-0.0103611;REVB=0.0137608;RO=112;SAF=40;SAR=29;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685305;STB=0.541749;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0108353;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:112:113:69:69:0.379121:29:40:58:54:29:40:58:55 chr16 33629950 . G T 722.41 PASS AF=0.402913;AO=83;DP=206;FAO=83;FDP=206;FR=.;FRO=123;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=99;FSRR=24;FWDB=0.00340431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.083;QD=14.0274;RBI=0.00620877;REFB=0.00198684;REVB=-0.00519226;RO=122;SAF=40;SAR=43;SRF=99;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350366;STB=0.690384;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00360947;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:122:123:83:83:0.402913:43:40:99:23:43:40:99:24 chr16 33629973 . G A 625.85 PASS AF=0.363636;AO=75;DP=209;FAO=76;FDP=209;FR=.;FRO=133;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=90;FSRR=43;FWDB=-0.0112179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.007;QD=11.9779;RBI=0.0132182;REFB=-0.0228634;REVB=-0.00699142;RO=131;SAF=27;SAR=48;SRF=89;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347503;STB=0.69765;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.023318;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:131:133:75:76:0.363636:48:27:89:42:49:27:90:43 chr16 33630022 . A T 549.22 PASS AF=0.264706;AO=78;DP=305;FAO=81;FDP=306;FR=.;FRO=225;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=86;FSRR=139;FWDB=-0.00451837;FXX=0.00325722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.729;QD=7.17937;RBI=0.00684549;REFB=-0.00268367;REVB=0.00514247;RO=223;SAF=33;SAR=45;SRF=85;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542816;STB=0.519309;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00800588;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:306:223:225:78:81:0.264706:45:33:85:138:48:33:86:139 chr16 33784710 . C T 1207.88 PASS AF=0.483871;AO=119;DP=247;FAO=120;FDP=248;FR=.;FRO=128;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=67;FSRR=61;FWDB=0.0783502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0513;QD=19.4819;RBI=0.0787975;REFB=-0.0170797;REVB=0.00838369;RO=127;SAF=70;SAR=49;SRF=66;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654711;STB=0.535953;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0242873;OID=.;OPOS=33784710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:127:128:119:120:0.483871:49:70:66:61:49:71:67:61 chr16 33961123 . T C 43.58 PASS AF=0.0823529;AO=14;DP=169;FAO=14;FDP=170;FR=.;FRO=156;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=92;FSRR=64;FWDB=-0.0319669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5262;QD=1.02539;RBI=0.0673897;REFB=-0.00259046;REVB=-0.0593252;RO=155;SAF=7;SAR=7;SRF=91;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100378;STB=0.582239;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0290697;OID=.;OPOS=33961123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:169:170:155:156:14:14:0.0823529:7:7:91:64:7:7:92:64 chr16 33961159 . A G 30.15 PASS AF=0.061674;AO=13;DP=224;FAO=14;FDP=227;FR=.;FRO=213;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=126;FSRR=87;FWDB=0.0183712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9154;QD=0.531225;RBI=0.0223808;REFB=-0.00254548;REVB=-0.0127829;RO=210;SAF=7;SAR=6;SRF=125;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594026;STB=0.519352;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0433157;OID=.;OPOS=33961159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:224:227:210:213:13:14:0.061674:6:7:125:85:6:8:126:87 chr16 33961238 . C A 48.02 PASS AF=0.0725191;AO=19;DP=262;FAO=19;FDP=262;FR=.;FRO=243;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=128;FSRR=115;FWDB=0.0252773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.853;QD=0.733117;RBI=0.0331772;REFB=0.000165262;REVB=-0.0214892;RO=240;SAF=8;SAR=11;SRF=128;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124673;STB=0.597342;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00124403;OID=.;OPOS=33961238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:262:262:240:243:19:19:0.0725191:11:8:128:112:11:8:128:115 chr16 33961249 . CC CG,TG 175.76 PASS AF=0.0789474,0.0789474;AO=21,20;DP=264;FAO=21,21;FDP=266;FR=.;FRO=224;FSAF=4,6;FSAR=17,15;FSRF=123;FSRR=101;FWDB=-0.0437928,0.00166975;FXX=0.00374518;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=51.3675,145.617;QD=2.64301;RBI=0.0442086,0.00225327;REFB=-0.00454638,-0.00247358;REVB=0.00604929,-0.001513;RO=221;SAF=4,6;SAR=17,14;SRF=120;SRR=101;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.408043,-0.277526;STB=0.820303,0.735243;STBP=0.001,0.03;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0170233,0.0269365;OID=.,.;OPOS=33961250,33961249;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:264:266:221:224:21,20:21,21:0.0789474,0.0789474:17,14:4,6:120:101:17,15:4,6:123:101 chr16 33961265 . A G 60.67 PASS AF=0.080292;AO=22;DP=274;FAO=22;FDP=274;FR=.;FRO=252;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=118;FSRR=134;FWDB=-0.00517126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.723;QD=0.885639;RBI=0.0623213;REFB=0.00110577;REVB=-0.0621063;RO=250;SAF=3;SAR=19;SRF=117;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404947;STB=0.833248;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0493356;OID=.;OPOS=33961265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:274:274:250:252:22:22:0.080292:19:3:117:133:19:3:118:134 chr16 33961302 . G C 72.44 PASS AF=0.0948276;AO=22;DP=232;FAO=22;FDP=232;FR=.;FRO=210;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=83;FSRR=127;FWDB=0.00311158;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.294;QD=1.24901;RBI=0.015095;REFB=-0.00162833;REVB=-0.0147708;RO=209;SAF=2;SAR=20;SRF=83;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438863;STB=0.852177;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0287641;OID=.;OPOS=33961302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:232:232:209:210:22:22:0.0948276:20:2:83:126:20:2:83:127 chr16 33961314 . G T 122.79 PASS AF=0.135678;AO=27;DP=199;FAO=27;FDP=199;FR=.;FRO=172;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=65;FSRR=107;FWDB=0.00280872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.689;QD=2.46814;RBI=0.024147;REFB=0.00050614;REVB=0.0239831;RO=171;SAF=5;SAR=22;SRF=65;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293287;STB=0.704636;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0088465;OID=.;OPOS=33961314;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:171:172:27:27:0.135678:22:5:65:106:22:5:65:107 chr16 33961317 . G A 333.87 PASS AF=0.248731;AO=48;DP=196;FAO=49;FDP=197;FR=.;FRO=148;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=95;FWDB=0.022724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.534;QD=6.77912;RBI=0.0361276;REFB=0.0115541;REVB=0.028086;RO=148;SAF=17;SAR=31;SRF=53;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539755;STB=0.509203;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0203102;OID=.;OPOS=33961317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:148:148:48:49:0.248731:31:17:53:95:32:17:53:95 chr16 33961318 . G T 125.38 PASS AF=0.141361;AO=27;DP=191;FAO=27;FDP=191;FR=.;FRO=164;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=65;FSRR=99;FWDB=-0.0248441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.066;QD=2.62581;RBI=0.0257021;REFB=-0.00459697;REVB=0.00658563;RO=164;SAF=5;SAR=22;SRF=65;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312959;STB=0.717769;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0187402;OID=.;OPOS=33961318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:164:164:27:27:0.141361:22:5:65:99:22:5:65:99 chr16 33961323 . G C 139.72 PASS AF=0.156425;AO=28;DP=186;FAO=28;FDP=179;FR=.;FRO=151;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=58;FSRR=93;FWDB=-0.042157;FXX=0.0376324;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.366;QD=3.12221;RBI=0.0470278;REFB=-0.00875467;REVB=-0.0208423;RO=148;SAF=6;SAR=22;SRF=58;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26302;STB=0.670981;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0470115;OID=.;OPOS=33961323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:179:148:151:28:28:0.156425:22:6:58:90:22:6:58:93 chr16 33961327 . G T 331.93 PASS AF=0.258065;AO=47;DP=183;FAO=48;FDP=186;FR=.;FRO=138;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=91;FWDB=-0.00638129;FXX=0.0106377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.596;QD=7.13832;RBI=0.0254305;REFB=-0.00912873;REVB=-0.0246168;RO=133;SAF=18;SAR=29;SRF=47;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393408;STB=0.543616;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0324936;OID=.;OPOS=33961327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:186:133:138:47:48:0.258065:29:18:47:86:29:19:47:91 chr16 33961352 . G A 214.73 PASS AF=0.22449;AO=33;DP=147;FAO=33;FDP=147;FR=.;FRO=114;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=74;FWDB=0.0384327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.718;QD=5.84307;RBI=0.0706081;REFB=-0.00639657;REVB=0.0592321;RO=114;SAF=14;SAR=19;SRF=40;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097172;STB=0.559244;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0258681;OID=.;OPOS=33961352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:114:114:33:33:0.22449:19:14:40:74:19:14:40:74 chr16 33961363 . C T 32.78 PASS AF=0.08;AO=9;DP=124;FAO=10;FDP=125;FR=.;FRO=115;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=71;FWDB=-0.0225447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.652;QD=1.04908;RBI=0.0261192;REFB=-0.0046908;REVB=-0.0131889;RO=114;SAF=5;SAR=4;SRF=43;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194279;STB=0.607794;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.046968;OID=.;OPOS=33961363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:124:125:114:115:9:10:0.08:4:5:43:71:5:5:44:71 chr16 33961370 . A C 835.12 PASS AF=0.681818;AO=64;DP=104;FAO=75;FDP=110;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0152222;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.502;QD=30.3678;RBI=0.015377;REFB=-0.0285377;REVB=0.00217614;RO=36;SAF=25;SAR=39;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403948;STB=0.540973;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0156546;OID=.;OPOS=33961370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:110:36:35:64:75:0.681818:39:25:12:24:42:33:11:24 chr16 33961379 . G C 239.47 PASS AF=0.309278;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0614369;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7973;QD=9.87513;RBI=0.0615805;REFB=-0.002695;REVB=0.00420208;RO=68;SAF=13;SAR=17;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026974;STB=0.510112;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0124824;OID=.;OPOS=33961379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:68:67:30:30:0.309278:17:13:31:37:17:13:30:37 chr16 33961382 . C T 204.58 PASS AF=0.284211;AO=27;DP=95;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00853703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.405;QD=8.61382;RBI=0.0249029;REFB=-0.0386265;REVB=0.0233939;RO=64;SAF=13;SAR=14;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151683;STB=0.52893;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0490787;OID=.;OPOS=33961382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:68:27:27:0.284211:14:13:30:34:14:13:30:38 chr16 33961386 . G A 208.19 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00914671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.495;QD=9.35673;RBI=0.0465094;REFB=-0.0229649;REVB=0.0456011;RO=58;SAF=16;SAR=11;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167585;STB=0.619353;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0711012;OID=.;OPOS=33961386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:62:27:27:0.303371:11:16:26:32:11:16:26:36 chr16 33961400 . G C 118.88 PASS AF=0.269841;AO=16;DP=70;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0226998;FXX=0.124983;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.363;QD=7.54818;RBI=0.0227069;REFB=3.73952e-05;REVB=0.000568638;RO=46;SAF=12;SAR=4;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320342;STB=0.657342;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000924633;OID=.;OPOS=33961400;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:63:46:46:16:17:0.269841:4:12:23:23:5:12:23:23 chr16 33961444 . G A 150.28 PASS AF=0.322581;AO=19;DP=60;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0115404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.751;QD=9.6956;RBI=0.0126034;REFB=-0.00271404;REVB=-0.00506594;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211481;STB=0.501627;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0119055;OID=.;OPOS=33961444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:41:42:19:20:0.322581:8:11:23:18:9:11:23:19 chr16 33961448 . C T 150.27 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0177376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.039;QD=9.85388;RBI=0.0248084;REFB=0.00361407;REVB=0.0173445;RO=41;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126652;STB=0.507455;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00807733;OID=.;OPOS=33961448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:9:11:23:18:9:11:23:18 chr16 33961453 . A G 191.47 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.018841;FXX=0.0645057;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.165;QD=13.2046;RBI=0.018885;REFB=-0.0128162;REVB=-0.00128919;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1275;STB=0.573072;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0178414;OID=.;OPOS=33961453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:21:14:12:11:21:14 chr16 33961464 . C T 122.27 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00774894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.013;QD=8.43246;RBI=0.00793861;REFB=-0.0052727;REVB=0.00172498;RO=41;SAF=11;SAR=6;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770021;STB=0.546381;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.013361;OID=.;OPOS=33961464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:6:11:24:17:6:11:24:17 chr16 33961481 . AT CC 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.018781;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.727;QD=8.22856;RBI=0.0290648;REFB=-0.000401014;REVB=-0.0221819;RO=35;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541287;STB=0.545384;STBP=0.697;TYPE=mnp;VARB=0.00119046;OID=.;OPOS=33961481;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:35:36:13:13:0.265306:5:8:20:15:5:8:20:16 chr16 33961539 . A C 60.9 PASS AF=0.146341;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.023272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.569;QD=2.97057;RBI=0.0285847;REFB=-0.000752562;REVB=-0.0165983;RO=67;SAF=1;SAR=11;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.659152;STB=0.932934;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00588938;OID=.;OPOS=33961539;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:82:67:70:12:12:0.146341:11:1:44:23:11:1:45:25 chr16 33961541 . T G 62.25 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0145105;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.714;QD=3.07388;RBI=0.0145133;REFB=-0.00558251;REVB=-0.000281871;RO=67;SAF=1;SAR=11;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641338;STB=0.931553;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0231501;OID=.;OPOS=33961541;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:82:81:67:69:12:12:0.148148:11:1:42:25:11:1:44:25 chr16 33961556 . A G 52.63 PASS AF=0.130952;AO=10;DP=83;FAO=11;FDP=84;FR=.;FRO=73;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.0304759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.223;QD=2.5064;RBI=0.0352507;REFB=-0.00527046;REVB=0.0177153;RO=73;SAF=0;SAR=10;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.704469;STB=0.922987;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0178942;OID=.;OPOS=33961556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:84:73:73:10:11:0.130952:10:0:45:28:10:1:45:28 chr16 33961563 . C G 92.21 PASS AF=0.175824;AO=14;DP=91;FAO=16;FDP=91;FR=.;FRO=75;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.0114881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.587;QD=4.05302;RBI=0.0287175;REFB=-0.00782377;REVB=-0.0263195;RO=74;SAF=3;SAR=11;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51237;STB=0.852063;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0216115;OID=.;OPOS=33961563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:91:91:74:75:14:16:0.175824:11:3:48:26:13:3:49:26 chr16 33961570 . G C 41.65 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=97;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=0.0176869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.453;QD=1.71759;RBI=0.01866;REFB=0.000701019;REVB=0.00594716;RO=87;SAF=1;SAR=9;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568728;STB=0.917957;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0328751;OID=.;OPOS=33961570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:97:97:87:87:10:10:0.103093:9:1:53:34:9:1:53:34 chr16 33961572 . G A 39.92 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=97;FAO=10;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=0.010954;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9997;QD=1.6633;RBI=0.0426054;REFB=-0.0141693;REVB=-0.0411732;RO=74;SAF=1;SAR=9;SRF=51;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638058;STB=0.916546;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0586923;OID=.;OPOS=33961572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:97:96:74:86:10:10:0.104167:9:1:51:23:9:1:52:34 chr16 33961581 . G A 78.74 PASS AF=0.144144;AO=16;DP=111;FAO=16;FDP=111;FR=.;FRO=95;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=-0.00578448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.254;QD=2.83764;RBI=0.0271225;REFB=-0.00146926;REVB=0.0264985;RO=94;SAF=2;SAR=14;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565686;STB=0.884068;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0117433;OID=.;OPOS=33961581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:111:111:94:95:16:16:0.144144:14:2:55:39:14:2:56:39 chr16 33961607 . G T 43.53 PASS AF=0.0860927;AO=13;DP=151;FAO=13;FDP=151;FR=.;FRO=138;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=74;FWDB=-0.0112841;FXX=0.013071;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.948;QD=1.15316;RBI=0.0282557;REFB=-0.00336231;REVB=-0.0259047;RO=136;SAF=4;SAR=9;SRF=63;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184481;STB=0.648071;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0441772;OID=.;OPOS=33961607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:151:151:136:138:13:13:0.0860927:9:4:63:73:9:4:64:74 chr16 33961628 . A G 76.97 PASS AF=0.134146;AO=13;DP=151;FAO=22;FDP=164;FR=.;FRO=142;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=66;FSRR=76;FWDB=-0.0157014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.478;QD=1.87725;RBI=0.021553;REFB=-0.00841883;REVB=-0.0147648;RO=133;SAF=5;SAR=8;SRF=64;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112883;STB=0.721676;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.06545;OID=.;OPOS=33961628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:151:164:133:142:13:22:0.134146:8:5:64:69:17:5:66:76 chr16 33961658 . AG AA,GA 62.59 PASS AF=0.05,0.0625;AO=9,10;DP=157;FAO=8,10;FDP=160;FR=.;FRO=142;FSAF=3,1;FSAR=5,9;FSRF=64;FSRR=78;FWDB=-0.0199409,-0.0654892;FXX=0.0123449;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=38.6491,103.288;QD=1.56469;RBI=0.061968,0.0733227;REFB=0.00145091,0.000619981;REVB=0.0586719,-0.0329756;RO=122;SAF=3,1;SAR=6,9;SRF=58;SRR=64;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.153344,-0.436713;STB=0.573444,0.869717;STBP=0.682,0.025;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.009497,-0.122886;OID=.,.;OPOS=33961659,33961658;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:157:160:122:142:9,10:8,10:0.05,0.0625:6,9:3,1:58:64:5,9:3,1:64:78 chr16 33961689 . G A 38.54 PASS AF=0.088;AO=7;DP=125;FAO=11;FDP=125;FR=.;FRO=114;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=69;FWDB=0.0285738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.039;QD=1.23313;RBI=0.0285752;REFB=-0.000910107;REVB=0.000284268;RO=114;SAF=4;SAR=3;SRF=45;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175546;STB=0.530084;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0107511;OID=.;OPOS=33961689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:125:125:114:114:7:11:0.088:3:4:45:69:7:4:45:69 chr16 33961702 . C A 52.7 PASS AF=0.108333;AO=13;DP=120;FAO=13;FDP=120;FR=.;FRO=107;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=0.0349425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.226;QD=1.75666;RBI=0.035727;REFB=-0.00228666;REVB=-0.00744574;RO=107;SAF=4;SAR=9;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122035;STB=0.591462;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0146582;OID=.;OPOS=33961702;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:120:120:107:107:13:13:0.108333:9:4:43:64:9:4:43:64 chr16 33961705 . A G 75.49 PASS AF=0.137931;AO=16;DP=116;FAO=16;FDP=116;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=60;FWDB=-0.0486869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.461;QD=2.60299;RBI=0.0624833;REFB=-0.00829125;REVB=-0.0391631;RO=97;SAF=5;SAR=11;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13394;STB=0.582246;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0510087;OID=.;OPOS=33961705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:116:116:97:100:16:16:0.137931:11:5:40:57:11:5:40:60 chr16 33961768 . T G 75.91 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=71;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0048298;FXX=0.0416609;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.663;QD=4.40067;RBI=0.0284998;REFB=-0.00106351;REVB=-0.0280875;RO=52;SAF=11;SAR=2;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482671;STB=0.817226;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00560696;OID=.;OPOS=33961768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:71:69:52:56:13:13:0.188406:2:11:25:27:2:11:27:29 chr16 33961772 . G A 75.7 PASS AF=0.191781;AO=12;DP=71;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.000615029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2496;QD=4.14774;RBI=0.0187405;REFB=-0.00915464;REVB=0.0187304;RO=59;SAF=10;SAR=2;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385851;STB=0.63539;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0364464;OID=.;OPOS=33961772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:71:73:59:59:12:14:0.191781:2:10:33:26:4:10:33:26 chr16 33961779 . C A 70.33 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0195768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.41;QD=4.26255;RBI=0.0520159;REFB=-0.00744576;REVB=-0.0481914;RO=45;SAF=10;SAR=2;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323931;STB=0.752539;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0261265;OID=.;OPOS=33961779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:66:66:45:54:12:12:0.181818:2:10:28:17:2:10:31:23 chr16 33961792 . C T 35.38 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0284524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5956;QD=1.9386;RBI=0.0302891;REFB=-0.0135616;REVB=-0.0103869;RO=61;SAF=2;SAR=6;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277367;STB=0.73367;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.142647;OID=.;OPOS=33961792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:69:73:61:65:8:8:0.109589:6:2:29:32:6:2:33:32 chr16 33961810 . T C 86.53 PASS AF=0.15534;AO=16;DP=102;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=-0.101734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1705;QD=3.3602;RBI=0.107063;REFB=-0.00529768;REVB=-0.0333583;RO=82;SAF=2;SAR=14;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391587;STB=0.79649;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0216526;OID=.;OPOS=33961810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:102:103:82:87:16:16:0.15534:14:2:30:52:14:2:35:52 chr16 33961827 . CCT C 38.43 PASS AF=0.148515;AO=15;DP=105;FAO=15;FDP=101;FR=.;FRO=86;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=-0.0198541;FXX=0.0288434;HRUN=2;LEN=2;MLLD=121.571;QD=1.52207;RBI=0.0200581;REFB=0.000113423;REVB=0.00285372;RO=87;SAF=3;SAR=12;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251286;STB=0.679346;STBP=0.17;TYPE=del;VARB=-0.00134968;OID=.;OPOS=33961828;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148515:15:105:15:101:86:3:12:32:54:38:87:3:12:32:55 chr16 33961855 . T G 296.17 PASS AF=0.377778;AO=33;DP=89;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=44;FWDB=0.00620896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.396;QD=13.1631;RBI=0.00661517;REFB=-0.0158025;REVB=0.00228237;RO=55;SAF=7;SAR=26;SRF=11;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200779;STB=0.507916;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0355244;OID=.;OPOS=33961855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:55:56:33:34:0.377778:26:7:11:44:27:7:12:44 chr16 33961873 . G A 252.07 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=0.000317173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.718;QD=12.4481;RBI=0.0130328;REFB=0.00350296;REVB=0.0130289;RO=50;SAF=4;SAR=26;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171428;STB=0.615297;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00773788;OID=.;OPOS=33961873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:50:51:30:30:0.37037:26:4:11:39:26:4:12:39 chr16 33961877 . CA CG,TG 201.66 PASS AF=0.0375,0.3;AO=3,22;DP=78;FAO=3,24;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=1,4;FSAR=2,20;FSRF=13;FSRR=40;FWDB=-0.0573552,0.00377232;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=57.1446,173.018;QD=10.0828;RBI=0.0881911,0.0183417;REFB=-0.0039446,-0.00229336;REVB=-0.0669929,-0.0179496;RO=51;SAF=1,3;SAR=2,19;SRF=13;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0885656,-0.230081;STB=0.599403,0.586128;STBP=0.823,0.387;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.096417,0.00989854;OID=.,.;OPOS=33961878,33961877;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:78:80:51:53:3,22:3,24:0.0375,0.3:2,19:1,3:13:38:2,20:1,4:13:40 chr16 33961880 . CA CG,TG 453.86 PASS AF=0.263158,0.328947;AO=20,25;DP=77;FAO=20,25;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=4,4;FSAR=16,21;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0439662,-0.028148;FXX=0.0129853;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=104.63,96.8933;QD=23.8873;RBI=0.0501537,0.0521052;REFB=-0.0175763,-0.00374788;REVB=-0.0241321,-0.0438479;RO=28;SAF=4,4;SAR=16,21;SRF=8;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.123201,-0.185044;STB=0.55167,0.588707;STBP=0.614,0.332;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00368995,0.014905;OID=.,.;OPOS=33961881,33961880;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:77:76:28:31:20,25:20,25:0.263158,0.328947:16,21:4,4:8:20:16,21:4,4:8:23 chr16 33961898 . CCCCC CCCCA,TCCCG 267.17 PASS AF=0.288136,0.220339;AO=13,10;DP=66;FAO=17,13;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=4,4;FSAR=13,9;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0112533,-0.0343957;FXX=0.132333;HRUN=5,5;LEN=1,5;MLLD=108.636,101.128;QD=18.113;RBI=0.0119189,0.0398742;REFB=-0.0128133,-0.00912798;REVB=-0.00392744,-0.0201716;RO=23;SAF=0,3;SAR=13,7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.762973,0.0545814;STB=0.534205,0.526276;STBP=0.746,0.83;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0248816,0.0238106;OID=.,.;OPOS=33961902,33961898;OREF=C,CCCCC;OALT=A,TCCCG;OMAPALT=CCCCA,TCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:59:23:29:13,10:17,13:0.288136,0.220339:13,7:0,3:6:17:13,9:4,4:8:21 chr16 33961918 . G T 114.4 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.0190375;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.766;QD=6.93332;RBI=0.0268279;REFB=-0.00840037;REVB=-0.0189027;RO=48;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346186;STB=0.507551;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0239676;OID=.;OPOS=33961918;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:49:17:17:0.257576:12:5:13:35:12:5:14:35 chr16 33961938 . T C 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0219792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.669;QD=5.39692;RBI=0.0364982;REFB=-0.0201223;REVB=-0.0291382;RO=35;SAF=1;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445556;STB=0.804559;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0684526;OID=.;OPOS=33961938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:8:1:14:21:8:1:14:21 chr16 33961942 . A G 70.74 PASS AF=0.227273;AO=13;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0207825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5163;QD=6.43103;RBI=0.112545;REFB=-0.0086761;REVB=-0.110609;RO=29;SAF=1;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590514;STB=0.836411;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0356598;OID=.;OPOS=33961942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:44:44:29:34:13:10:0.227273:12:1:14:15:9:1:15:19 chr16 33961944 . G C 79.64 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0275874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6099;QD=7.07886;RBI=0.0569402;REFB=-0.0190691;REVB=-0.0498108;RO=33;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342559;STB=0.712437;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0566051;OID=.;OPOS=33961944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:45:33:34:11:11:0.244444:9:2:14:19:9:2:14:20 chr16 33961960 . G C 43.02 PASS AF=0.111111;AO=4;DP=46;FAO=5;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0219767;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6259;QD=3.82412;RBI=0.043975;REFB=-0.0174835;REVB=0.0380897;RO=37;SAF=2;SAR=2;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737362;STB=0.644298;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0427107;OID=.;OPOS=33961960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:45:37:37:4:5:0.111111:2:2:21:16:3:2:21:16 chr16 33961975 . C T 32.18 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0181775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.983;QD=2.68128;RBI=0.0182769;REFB=-0.00167061;REVB=0.00190333;RO=41;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18391;STB=0.647389;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0266078;OID=.;OPOS=33961975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:41:42:6:6:0.125:4:2:20:21:4:2:21:21 chr16 33961982 . G T 40.5 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0168427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7561;QD=3.37532;RBI=0.0540898;REFB=0.0129663;REVB=0.0514007;RO=41;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15769;STB=0.611452;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0218615;OID=.;OPOS=33961982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:3:4:18:23:3:4:18:23 chr16 33961990 . C G 56.65 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0280507;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5142;QD=4.35806;RBI=0.0347569;REFB=0.0011077;REVB=-0.0205231;RO=42;SAF=7;SAR=2;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35509;STB=0.749424;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00418091;OID=.;OPOS=33961990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:53:52:42:43:9:9:0.173077:2:7:21:21:2:7:21:22 chr16 33962009 . T C 87.98 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=61;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0143953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.153;QD=5.58603;RBI=0.0145005;REFB=-0.00666118;REVB=0.00174388;RO=49;SAF=7;SAR=5;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407192;STB=0.539626;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0266424;OID=.;OPOS=33962009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:61:63:49:49:12:14:0.222222:5:7:27:22:7:7:27:22 chr16 33962026 . A T 79.9 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00209675;FXX=0.0596926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8156;QD=5.07314;RBI=0.0998759;REFB=-0.00617938;REVB=-0.0998539;RO=50;SAF=6;SAR=7;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121493;STB=0.577552;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0286428;OID=.;OPOS=33962026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:67:63:50:50:13:13:0.206349:7:6:28:22:7:6:28:22 chr16 33962078 . C T 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0226294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.745;QD=3.44839;RBI=0.0313417;REFB=-0.00378105;REVB=-0.0216844;RO=40;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936189;STB=0.589396;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0211051;OID=.;OPOS=33962078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:53:54:40:46:8:8:0.148148:3:5:22:18:3:5:24:22 chr16 33962100 . A C 55.02 PASS AF=0.235294;AO=7;DP=37;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00798511;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.05;QD=6.47245;RBI=0.0206285;REFB=-0.0175866;REVB=0.0190203;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341614;STB=0.728656;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0432464;OID=.;OPOS=33962100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:37:34:25:26:7:8:0.235294:4:3:18:7:5:3:18:8 chr16 33962111 . G A 45.96 PASS AF=0.222222;AO=5;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0662702;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.099;QD=6.80906;RBI=0.122881;REFB=-0.0183135;REVB=-0.103479;RO=18;SAF=3;SAR=2;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419547;STB=0.759367;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0300206;OID=.;OPOS=33962111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:27:27:18:19:5:6:0.222222:2:3:16:2:3:3:16:3 chr16 33962246 . A G 48.9 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0407061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.283;QD=3.99184;RBI=0.0568128;REFB=-0.00851311;REVB=-0.0396322;RO=41;SAF=6;SAR=2;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374915;STB=0.756939;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0811488;OID=.;OPOS=33962246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:49:49:41:41:8:8:0.163265:2:6:18:23:2:6:18:23 chr16 33962277 . GT CC,GG 102.69 PASS AF=0.0925926,0.185185;AO=5,10;DP=54;FAO=5,10;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=1,7;FSAR=4,3;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0210882,-0.102443;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=92.0507,36.8911;QD=7.60697;RBI=0.0211826,0.104233;REFB=-0.0154251,-0.0247922;REVB=-0.00199736,-0.019238;RO=35;SAF=1,7;SAR=4,3;SRF=13;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.231698,0.385767;STB=0.733678,0.708089;STBP=0.377,0.167;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000994701,0.062127;OID=.,.;OPOS=33962277,33962278;OREF=GT,T;OALT=CC,G;OMAPALT=CC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:67:54:54:35:39:5,10:5,10:0.0925926,0.185185:4,3:1,7:13:22:4,3:1,7:17:22 chr16 33962280 . CG TA 66.0 PASS AF=0.188679;AO=9;DP=52;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0126267;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.625;QD=4.98099;RBI=0.0271159;REFB=-0.00150173;REVB=-0.0239967;RO=40;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473359;STB=0.737727;STBP=0.121;TYPE=mnp;VARB=0.00819137;OID=.;OPOS=33962280;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:52:53:40:43:9:10:0.188679:2:7:15:25:3:7:17:26 chr16 33962291 . G A 85.64 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00126554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7225;QD=6.58744;RBI=0.121946;REFB=-0.0174789;REVB=0.12194;RO=40;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372302;STB=0.731349;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0454051;OID=.;OPOS=33962291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:4:8:14:26:4:8:14:26 chr16 33962298 . T G 137.47 PASS AF=0.326531;AO=14;DP=45;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.000346967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1335;QD=11.222;RBI=0.0619555;REFB=-0.0464271;REVB=-0.0619545;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11335;STB=0.572472;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0889597;OID=.;OPOS=33962298;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:49:30:33:14:16:0.326531:8:6:10:20:9:7:11:22 chr16 33962329 . C G 199.47 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00244422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.196;QD=15.6445;RBI=0.0353875;REFB=-0.0297058;REVB=-0.0353029;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117043;STB=0.555507;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0309327;OID=.;OPOS=33962329;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:29:21:22:0.431373:13:8:8:21:14:8:8:21 chr16 33962369 . C T 89.74 PASS AF=0.423077;AO=12;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0813998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.316;QD=13.8062;RBI=0.0830301;REFB=-0.0188056;REVB=0.0163727;RO=14;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185242;STB=0.629946;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0253928;OID=.;OPOS=33962369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:26:14:15:12:11:0.423077:10:2:1:13:9:2:1:14 chr16 33962375 . CC GG 82.39 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0140123;FXX=0.049975;HRUN=6;LEN=2;MLLD=270.941;QD=17.3452;RBI=0.0224532;REFB=-0.00150778;REVB=0.0175442;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299338;STB=0.666427;STBP=0.735;TYPE=mnp;VARB=0.00116396;OID=.;OPOS=33962375;OREF=CC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:19:9:9:10:10:0.526316:9:1:0:9:9:1:0:9 chr16 33962412 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.699;QD=49.5988;RBI=0.0194707;REFB=0;REVB=0.0174096;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188641;OID=.;OPOS=33962412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr16 33962416 . G A,C 196.69 PASS AF=0.789474,0.157895;AO=14,3;DP=18;FAO=15,3;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7,1;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00358747,-0.0373878;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=180.667,24.3566;QD=41.4075;RBI=0.0431868,0.0386309;REFB=-0.00922189,0.0117294;REVB=0.0430375,-0.00972135;RO=1;SAF=7,1;SAR=7,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.060556,0.163246;STB=0.529373,0.59939;STBP=0.534,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=0.00736969,0.0263903;OID=.,.;OPOS=33962416,33962416;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:18:19:1:1:14,3:15,3:0.789474,0.157895:7,2:7,1:0:1:8,2:7,1:0:1 chr16 33962422 . C A 150.05 PASS AF=0.5;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00374881;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3181;QD=18.7562;RBI=0.0141012;REFB=-0.0196066;REVB=-0.0135937;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283782;STB=0.531211;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0229979;OID=.;OPOS=33962422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:16:16:16:0.5:8:8:8:7:8:8:9:7 chr16 33962435 . G A 488.37 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0316745;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9138;QD=41.5632;RBI=0.0380616;REFB=0.0190664;REVB=0.0211048;RO=9;SAF=11;SAR=19;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842478;STB=0.562458;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00370389;OID=.;OPOS=33962435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:51:47:9:9:30:30:0.638298:19:11:5:4:18:12:6:3 chr16 33962500 . T G 78.92 PASS AF=0.137097;AO=16;DP=123;FAO=17;FDP=124;FR=.;FRO=107;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=65;FWDB=-0.00568798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.218;QD=2.54566;RBI=0.0117306;REFB=-0.000180184;REVB=0.0102594;RO=107;SAF=10;SAR=6;SRF=42;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282966;STB=0.664024;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00103228;OID=.;OPOS=33962500;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:123:124:107:107:16:17:0.137097:6:10:42:65:7:10:42:65 chr16 33962542 . T A 121.76 PASS AF=0.165468;AO=23;DP=140;FAO=23;FDP=139;FR=.;FRO=116;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=67;FWDB=0.0237256;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0752;QD=3.50401;RBI=0.0452192;REFB=0.00758323;REVB=0.0384951;RO=116;SAF=13;SAR=10;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18048;STB=0.617421;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0309272;OID=.;OPOS=33962542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:116:116:23:23:0.165468:10:13:49:67:10:13:49:67 chr16 33962561 . GG CA,CG 986.96 PASS AF=0.601504,0.0526316;AO=81,6;DP=124;FAO=80,7;FDP=133;FR=.;FRO=46;FSAF=37,4;FSAR=43,3;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.000687911,0.0591397;FXX=0.0148137;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=139.935,78.6403;QD=29.6829;RBI=0.00594572,0.0604281;REFB=-0.0490869,-0.0620298;REVB=0.0059058,0.0124115;RO=36;SAF=38,3;SAR=43,3;SRF=9;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.127142,0.313392;STB=0.534288,0.669706;STBP=0.336,0.376;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0185362,0.0467072;OID=.,.;OPOS=33962561,33962561;OREF=GG,G;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:133:36:46:81,6:80,7:0.601504,0.0526316:43,3:38,3:9:27:43,3:37,4:17:29 chr16 33962570 . G A 594.76 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0146256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.6;QD=17.6225;RBI=0.0148992;REFB=0.0126494;REVB=0.00284237;RO=72;SAF=30;SAR=32;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517277;STB=0.524669;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0123094;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:72:73:62:62:0.459259:32:30:31:41:32:30:32:41 chr16 33962582 . C T 64.61 PASS AF=0.119048;AO=14;DP=125;FAO=15;FDP=126;FR=.;FRO=111;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=-0.00889471;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.695;QD=2.05118;RBI=0.0152928;REFB=-0.00465278;REVB=0.01244;RO=110;SAF=8;SAR=6;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130399;STB=0.61499;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0295071;OID=.;OPOS=33962582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:125:126:110:111:14:15:0.119048:6:8:51:59:6:9:52:59 chr16 33962586 . G A 127.32 PASS AF=0.188525;AO=21;DP=120;FAO=23;FDP=122;FR=.;FRO=99;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.0162986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.251;QD=4.1745;RBI=0.0167889;REFB=-0.00259929;REVB=0.00402753;RO=98;SAF=7;SAR=14;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22727;STB=0.60077;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0173265;OID=.;OPOS=33962586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:98:99:21:23:0.188525:14:7:50:48:14:9:51:48 chr16 33962608 . T G 34.27 PASS AF=0.0891089;AO=9;DP=102;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.0112414;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.079;QD=1.35709;RBI=0.0245464;REFB=0.000742765;REVB=0.0218211;RO=91;SAF=6;SAR=3;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278688;STB=0.712924;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00306476;OID=.;OPOS=33962608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:102:101:91:92:9:9:0.0891089:3:6:38:53:3:6:39:53 chr16 33962617 . TGG CAT,TGA 436.4 PASS AF=0.0740741,0.469136;AO=6,37;DP=86;FAO=6,38;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=2,20;FSAR=4,18;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.000545443,-0.00584903;FXX=0.0581328;HRUN=4,2;LEN=3,1;MLLD=204.672,211.866;QD=21.5504;RBI=0.0115743,0.0103394;REFB=-0.0127583,-0.0145371;REVB=0.0115615,0.00852598;RO=37;SAF=2,19;SAR=4,18;SRF=13;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0235749,0.145528;STB=0.517183,0.58573;STBP=0.958,0.155;TYPE=mnp,snp;VARB=0.011231,0.0140814;OID=.,.;OPOS=33962617,33962619;OREF=TGG,G;OALT=CAT,A;OMAPALT=CAT,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:86:81:37:37:6,37:6,38:0.0740741,0.469136:4,18:2,19:13:24:4,18:2,20:13:24 chr16 33962621 . C T 52.97 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0500599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7084;QD=2.55253;RBI=0.0520966;REFB=-0.0135219;REVB=-0.0144245;RO=72;SAF=5;SAR=6;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467444;STB=0.503305;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.033088;OID=.;OPOS=33962621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:83:72:72:11:11:0.13253:6:5:33:39:6:5:33:39 chr16 33962641 . G T 279.9 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00989641;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5598;QD=15.994;RBI=0.0111287;REFB=-0.0105673;REVB=0.00509014;RO=38;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205377;STB=0.621741;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.033149;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:39:31:31:0.442857:13:18:14:24:13:18:14:25 chr16 33962669 . G A 71.06 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0113878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.9;QD=4.51192;RBI=0.0258394;REFB=-0.000112148;REVB=0.0231947;RO=51;SAF=6;SAR=6;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364929;STB=0.52377;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.000875524;OID=.;OPOS=33962669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:51:51:12:12:0.190476:6:6:27:24:6:6:27:24 chr16 33962676 . G A 34.94 PASS AF=0.114754;AO=6;DP=60;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0136947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9522;QD=2.29104;RBI=0.016375;REFB=-0.000125947;REVB=0.00897763;RO=52;SAF=3;SAR=3;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088301;STB=0.6108;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000721115;OID=.;OPOS=33962676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:60:61:52:54:6:7:0.114754:3:3:30:22:4:3:30:24 chr16 33962682 . T C 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00383742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.974;QD=14.1956;RBI=0.00582884;REFB=0.00175286;REVB=0.00438744;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981261;STB=0.538183;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00370772;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:23:23:0.418182:10:13:14:16:10:13:16:16 chr16 33962697 . C T 78.85 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0350994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2624;QD=6.57111;RBI=0.0520778;REFB=-0.0167107;REVB=-0.0384724;RO=36;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088449;STB=0.565918;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0354244;OID=.;OPOS=33962697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:36:37:11:11:0.229167:5:6:17:19:5:6:17:20 chr16 33962709 . C G 94.55 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0198283;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.757;QD=9.95216;RBI=0.0240635;REFB=0.00546127;REVB=0.0136341;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926362;STB=0.552545;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0104949;OID=.;OPOS=33962709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:39:38:24:26:12:12:0.315789:6:6:14:10:6:6:15:11 chr16 33962844 . CG AG,GT 35.28 PASS AF=0.0588235,0.0784314;AO=3,4;DP=51;FAO=3,4;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=2,3;FSAR=1,1;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.0282855,0.00388556;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=90.3985,192.79;QD=2.76705;RBI=0.0288682,0.0114094;REFB=0.0126204,0.00601297;REVB=0.00577062,-0.0107274;RO=44;SAF=2,3;SAR=1,1;SRF=33;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0987405,0;STB=0.592658,0.5;STBP=0.814,0.975;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0212339,-0.0656089;OID=.,.;OPOS=33962844,33962844;OREF=C,CG;OALT=A,GT;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:51:51:44:44:3,4:3,4:0.0588235,0.0784314:1,1:2,3:33:11:1,1:2,3:33:11 chr16 33962867 . C T 46.43 PASS AF=0.150943;AO=7;DP=62;FAO=8;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=10;FWDB=0.0202882;FXX=0.158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.977;QD=3.504;RBI=0.020831;REFB=0.00380597;REVB=0.00472439;RO=40;SAF=2;SAR=5;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468437;STB=0.807946;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0169143;OID=.;OPOS=33962867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:62:53:40:45:7:8:0.150943:5:2:28:12:5:3:35:10 chr16 33962868 . G A 42.84 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0327503;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.022;QD=2.34764;RBI=0.0328555;REFB=0.0014177;REVB=0.00262696;RO=65;SAF=5;SAR=4;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547624;STB=0.548182;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0120132;OID=.;OPOS=33962868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:73:65:64:9:9:0.123288:4:5:39:26:4:5:39:25 chr16 33962877 . C T 40.54 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.0144977;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.414;QD=2.0527;RBI=0.01485;REFB=0.00696525;REVB=-0.00321537;RO=70;SAF=5;SAR=4;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721661;STB=0.540142;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.057224;OID=.;OPOS=33962877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:79:70:70:9:9:0.113924:4:5:43:27:4:5:42:28 chr16 33962891 . A T 320.56 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0313027;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.555;QD=15.6372;RBI=0.0377276;REFB=0.0156203;REVB=0.0210597;RO=44;SAF=17;SAR=18;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148872;STB=0.587044;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.0108263;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:47:35:35:0.426829:18:17:28:16:18:17:30:17 chr16 33962907 . AGGA CAAG,CGGG,TGGG 351.21 PASS AF=0.123711,0.0824742,0.226804;AO=12,7,22;DP=98;FAO=12,8,22;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=6,6,7;FSAR=6,2,15;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00846181,0.0154187,0.0124592;FXX=0.010203;HRUN=2,2,2;LEN=4,4,4;MLLD=140.484,156.718,167.228;QD=14.4829;RBI=0.0128427,0.0170149,0.0144335;REFB=-0.00564678,-0.00662982,-0.00169645;REVB=-0.00966087,-0.00719525,-0.0072865;RO=53;SAF=6,6,7;SAR=6,1,15;SRF=29;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0586591,0.399386,-0.275018;STB=0.537252,0.691801,0.664519;STBP=0.796,0.286,0.066;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=0.00308706,0.0593165,0.00913597;OID=.,.,.;OPOS=33962907,33962907,33962907;OREF=AGGA,AGGA,AGGA;OALT=CAAG,CGGG,TGGG;OMAPALT=CAAG,CGGG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:98:97:53:55:12,7,22:12,8,22:0.123711,0.0824742,0.226804:6,1,15:6,6,7:29:24:6,2,15:6,6,7:30:25 chr16 33962918 . G A 110.83 PASS AF=0.169355;AO=21;DP=124;FAO=21;FDP=124;FR=.;FRO=103;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=0.00579218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.139;QD=3.57509;RBI=0.0215872;REFB=-0.0027499;REVB=-0.0207957;RO=101;SAF=11;SAR=10;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491064;STB=0.539839;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0101512;OID=.;OPOS=33962918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:101:103:21:21:0.169355:10:11:49:52:10:11:49:54 chr16 33962923 . G A 161.29 PASS AF=0.204545;AO=27;DP=132;FAO=27;FDP=132;FR=.;FRO=105;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=0.0178988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.702;QD=4.88746;RBI=0.0283251;REFB=-0.00051237;REVB=-0.0219532;RO=105;SAF=11;SAR=16;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764302;STB=0.547909;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0028673;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:105:105:27:27:0.204545:16:11:49:56:16:11:49:56 chr16 33962930 . G T 176.59 PASS AF=0.204225;AO=29;DP=143;FAO=29;FDP=142;FR=.;FRO=113;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=-0.0169725;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.593;QD=4.97444;RBI=0.0246159;REFB=-0.00342373;REVB=-0.0178291;RO=113;SAF=11;SAR=18;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105466;STB=0.566105;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0170651;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:113:113:29:29:0.204225:18:11:52:61:18:11:52:61 chr16 33962978 . AT GC 48.05 PASS AF=0.0862069;AO=15;DP=174;FAO=15;FDP=174;FR=.;FRO=159;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=71;FSRR=88;FWDB=0.00420901;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=171.824;QD=1.10458;RBI=0.00502351;REFB=0.00116939;REVB=0.00274225;RO=158;SAF=4;SAR=11;SRF=71;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22152;STB=0.67543;STBP=0.16;TYPE=mnp;VARB=-0.012737;OID=.;OPOS=33962978;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:174:174:158:159:15:15:0.0862069:11:4:71:87:11:4:71:88 chr16 33962990 . C T 34.51 PASS AF=0.0702703;AO=13;DP=186;FAO=13;FDP=185;FR=.;FRO=172;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=95;FWDB=0.0309149;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.147;QD=0.746169;RBI=0.0345337;REFB=-0.00286015;REVB=-0.0153897;RO=171;SAF=3;SAR=10;SRF=76;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245748;STB=0.717135;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0208235;OID=.;OPOS=33962990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:186:185:171:172:13:13:0.0702703:10:3:76:95:10:3:77:95 chr16 33962996 . TG CG,CT 1177.77 PASS AF=0.63522,0.0503145;AO=102,27;DP=179;FAO=101,8;FDP=159;FR=.;FRO=50;FSAF=41,4;FSAR=60,4;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00381444,-0.00631223;FXX=0.11666;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=259.486,140.707;QD=29.6293;RBI=0.0094996,0.018227;REFB=-0.0130072,-0.0136722;REVB=0.00870015,0.0170991;RO=49;SAF=41,10;SAR=61,17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0544689,-0.136424;STB=0.531894,0.5;STBP=0.262,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00454239,0.0757561;OID=.,.;OPOS=33962996,33962996;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:159:49:50:102,27:101,8:0.63522,0.0503145:61,17:41,10:24:25:60,4:41,4:25:25 chr16 33963000 . T C 1055.12 PASS AF=0.558659;AO=96;DP=175;FAO=100;FDP=179;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0120983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.141;QD=23.5782;RBI=0.0193041;REFB=-0.00638301;REVB=0.0150427;RO=79;SAF=41;SAR=55;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346793;STB=0.521745;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0056501;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:179:79:79:96:100:0.558659:55:41:37:42:58:42:37:42 chr16 33963002 . G A 199.92 PASS AF=0.194444;AO=35;DP=179;FAO=35;FDP=180;FR=.;FRO=145;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=83;FWDB=-0.00110536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.575;QD=4.44263;RBI=0.0358109;REFB=0.00129731;REVB=-0.0357938;RO=135;SAF=17;SAR=18;SRF=58;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071986;STB=0.546963;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.014048;OID=.;OPOS=33963002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:135:145:35:35:0.194444:18:17:58:77:18:17:62:83 chr16 33963003 . A G 362.13 PASS AF=0.283333;AO=42;DP=171;FAO=51;FDP=180;FR=.;FRO=129;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=70;FWDB=0.00687815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.119;QD=8.04727;RBI=0.0371427;REFB=-0.0252271;REVB=0.0365003;RO=128;SAF=17;SAR=25;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716288;STB=0.547978;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0239949;OID=.;OPOS=33963003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:180:128:129:42:51:0.283333:25:17:59:69:31:20:59:70 chr16 33963004 . G A 245.73 PASS AF=0.204878;AO=42;DP=205;FAO=42;FDP=205;FR=.;FRO=163;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=66;FSRR=97;FWDB=-0.000879291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.607;QD=4.79474;RBI=0.0243649;REFB=-0.00484443;REVB=-0.024349;RO=163;SAF=15;SAR=27;SRF=66;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648762;STB=0.540381;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0848867;OID=.;OPOS=33963004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:163:163:42:42:0.204878:27:15:66:97:27:15:66:97 chr16 33963015 . T C 2124.61 PASS AF=0.635417;AO=183;DP=289;FAO=183;FDP=288;FR=.;FRO=105;FSAF=54;FSAR=129;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.00123389;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.047;QD=29.5085;RBI=0.0347316;REFB=-0.0229849;REVB=0.0347096;RO=103;SAF=54;SAR=129;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149905;STB=0.581813;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0132786;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:288:103:105:183:183:0.635417:129:54:51:52:129:54:52:53 chr16 33963020 . C A 4212.2 PASS AF=0.801527;AO=259;DP=399;FAO=315;FDP=393;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=90;FSAR=225;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0928856;FXX=0.0150372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.313;QD=42.8723;RBI=0.095727;REFB=-0.0334281;REVB=0.0231499;RO=79;SAF=59;SAR=200;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164035;STB=0.555552;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00882241;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:393:79:78:259:315:0.801527:200:59:41:38:225:90:41:37 chr16 33963024 . A C 57.51 PASS AF=0.0615385;AO=32;DP=538;FAO=32;FDP=520;FR=.;FRO=488;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=160;FSRR=328;FWDB=0.0347395;FXX=0.0334566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5092;QD=0.442405;RBI=0.0841123;REFB=0.00184025;REVB=0.0766032;RO=502;SAF=16;SAR=16;SRF=159;SRR=343;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203749;STB=0.661448;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.026718;OID=.;OPOS=33963024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:538:520:502:488:32:32:0.0615385:16:16:159:343:16:16:160:328 chr16 33963041 . C T 77.97 PASS AF=0.0554475;AO=52;DP=1023;FAO=57;FDP=1028;FR=.;FRO=971;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=390;FSRR=581;FWDB=-0.0122361;FXX=0.00194173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.323;QD=0.303375;RBI=0.0124091;REFB=-0.000325754;REVB=0.0020644;RO=968;SAF=15;SAR=37;SRF=387;SRR=581;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118903;STB=0.551017;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0090706;OID=.;OPOS=33963041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:1023:1028:968:971:52:57:0.0554475:37:15:387:581:37:20:390:581 chr16 33963046 . T C 15316.3 PASS AF=0.898148;AO=1013;DP=1137;FAO=1067;FDP=1188;FR=.;FRO=121;FSAF=456;FSAR=611;FSRF=54;FSRR=67;FWDB=-0.0126258;FXX=0.00251887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.312;QD=51.57;RBI=0.057542;REFB=-0.0182539;REVB=0.0561398;RO=122;SAF=450;SAR=563;SRF=54;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000331654;STB=0.501967;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00468029;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1137:1188:122:121:1013:1067:0.898148:563:450:54:68:611:456:54:67 chr16 33963086 . A G 21055.3 PASS AF=0.956401;AO=1385;DP=1444;FAO=1382;FDP=1445;FR=.;FRO=63;FSAF=593;FSAR=789;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0119011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.436;QD=58.2844;RBI=0.0194202;REFB=-0.031715;REVB=0.0153463;RO=46;SAF=597;SAR=788;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838332;STB=0.509134;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00340946;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:1444:1445:46:63:1385:1382:0.956401:788:597:26:20:789:593:40:23 chr16 33963106 . T C 23099.0 PASS AF=1;AO=1485;DP=1523;FAO=1489;FDP=1489;FR=.;FRO=0;FSAF=659;FSAR=830;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508863;FXX=0.0242462;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.496;QD=62.0523;RBI=0.00531562;REFB=-0.0536043;REVB=-0.00153678;RO=32;SAF=656;SAR=829;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85417e-06;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:1523:1489:32:0:1485:1489:1:829:656:20:12:830:659:0:0 chr16 33963108 . A G 22508.9 PASS AF=0.963303;AO=1456;DP=1511;FAO=1470;FDP=1526;FR=.;FRO=56;FSAF=660;FSAR=810;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0176001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.134;QD=59.001;RBI=0.0203041;REFB=0.00792337;REVB=-0.0101239;RO=55;SAF=651;SAR=805;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179933;STB=0.500568;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.000588752;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:1511:1526:55:56:1456:1470:0.963303:805:651:26:29:810:660:26:30 chr16 33963175 . C G 27070.6 PASS AF=0.985194;AO=1719;DP=1747;FAO=1730;FDP=1756;FR=.;FRO=26;FSAF=816;FSAR=914;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0145386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.382;QD=61.6642;RBI=0.0192942;REFB=-0.019795;REVB=-0.0126845;RO=20;SAF=806;SAR=913;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262365;STB=0.500151;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.000145175;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:1747:1756:20:26:1719:1730:0.985194:913:806:7:13:914:816:12:14 chr16 33963202 . A G 20853.5 PASS AF=0.988069;AO=1315;DP=1332;FAO=1325;FDP=1341;FR=.;FRO=16;FSAF=603;FSAR=722;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00718462;FXX=0.000745151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.813;QD=62.2028;RBI=0.0105001;REFB=-0.0071311;REVB=-0.00765726;RO=16;SAF=599;SAR=716;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00186455;STB=0.500964;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=8.7004e-05;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:1332:1341:16:16:1315:1325:0.988069:716:599:6:10:722:603:6:10 chr16 33963210 . AT GC 18596.2 PASS AF=0.986689;AO=1185;DP=1217;FAO=1186;FDP=1202;FR=.;FRO=16;FSAF=530;FSAR=656;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0126712;FXX=0.0131362;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.221;QD=61.8842;RBI=0.0424444;REFB=-0.00630878;REVB=-0.0405089;RO=16;SAF=529;SAR=656;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00183927;STB=0.500968;STBP=0.583;TYPE=mnp;VARB=3.4746e-05;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:1217:1202:16:16:1185:1186:0.986689:656:529:6:10:656:530:6:10 chr16 33963224 . T C 16310.0 PASS AF=0.983114;AO=1044;DP=1065;FAO=1048;FDP=1066;FR=.;FRO=18;FSAF=498;FSAR=550;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0508217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6496;QD=61.2006;RBI=0.0508218;REFB=0.00852047;REVB=2.73027e-05;RO=17;SAF=496;SAR=548;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194342;STB=0.50052;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00011398;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:1065:1066:17:18:1044:1048:0.983114:548:496:7:10:550:498:8:10 chr16 33963248 . T C 12590.5 PASS AF=0.940067;AO=845;DP=903;FAO=847;FDP=901;FR=.;FRO=54;FSAF=345;FSAR=502;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0129048;FXX=0.00331855;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.587;QD=55.8957;RBI=0.022748;REFB=-0.040941;REVB=0.0187333;RO=53;SAF=345;SAR=500;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270038;STB=0.513727;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00249516;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:903:901:53:54:845:847:0.940067:500:345:34:19:502:345:34:20 chr16 33963279 . T C 11222.8 PASS AF=0.94368;AO=763;DP=800;FAO=754;FDP=799;FR=.;FRO=45;FSAF=295;FSAR=459;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0405494;FXX=0.00124998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7028;QD=56.1843;RBI=0.0405524;REFB=0.0294115;REVB=0.000491535;RO=36;SAF=299;SAR=464;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017189;STB=0.509672;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00626563;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:800:799:36:45:763:754:0.94368:464:299:21:15:459:295:25:20 chr16 33963283 . C CGG 7157.51 PASS AF=0.973561;AO=526;DP=786;FAO=626;FDP=643;FR=.;FRO=17;FSAF=206;FSAR=420;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.067155;FXX=0.054411;HRUN=2;LEN=2;MLLD=27.2556;QD=44.5257;RBI=0.0673208;REFB=-0.00948814;REVB=-0.00472294;RO=198;SAF=136;SAR=390;SRF=151;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286797;STB=0.502471;STBP=0.47;TYPE=ins;VARB=0.000632135;OID=.;OPOS=33963284;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.973561:526:786:626:643:17:206:420:7:10:33:198:136:390:151:47 chr16 33963288 . CA CG,GG 9768.87 PASS AF=0.967115,0;AO=590,34;DP=673;FAO=647,0;FDP=669;FR=.;FRO=22;FSAF=219,0;FSAR=428,0;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0199964,0.00832931;FXX=0.00594345;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=122.264,79.5826;QD=58.4088;RBI=0.0200109,0.00832982;REFB=-0.015085,-0.00991375;REVB=-0.00076257,-9.20158e-05;RO=23;SAF=166,34;SAR=424,0;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0134876,0.866539;STB=0.502588,0.5;STBP=0.488,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000537773,0;OID=.,.;OPOS=33963289,33963288;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:673:669:23:22:590,34:647,0:0.967115,0:424,0:166,34:10:13:428,0:219,0:9:13 chr16 33963329 . T C 6685.31 PASS AF=0.922;AO=456;DP=499;FAO=461;FDP=500;FR=.;FRO=39;FSAF=205;FSAR=256;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0299775;FXX=0.0059641;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.703;QD=53.4824;RBI=0.0363641;REFB=0.0143866;REVB=-0.0205839;RO=40;SAF=200;SAR=256;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173137;STB=0.50941;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00249827;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:499:500:40:39:456:461:0.922:256:200:22:18:256:205:22:17 chr16 33963332 . A G 7061.44 PASS AF=0.94;AO=468;DP=499;FAO=470;FDP=500;FR=.;FRO=30;FSAF=217;FSAR=253;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0239164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3578;QD=56.4915;RBI=0.0283817;REFB=-0.0690593;REVB=-0.0152815;RO=30;SAF=217;SAR=251;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118678;STB=0.506329;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00282256;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:499:500:30:30:468:470:0.94:251:217:17:13:253:217:17:13 chr16 33963395 . AT TC 3450.44 PASS AF=0.842623;AO=214;DP=319;FAO=257;FDP=305;FR=.;FRO=48;FSAF=104;FSAR=153;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0180579;FXX=0.0438858;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.051;QD=45.2516;RBI=0.0396729;REFB=-0.0251979;REVB=0.035325;RO=47;SAF=89;SAR=125;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182017;STB=0.512109;STBP=0.319;TYPE=mnp;VARB=0.00487592;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:305:47:48:214:257:0.842623:125:89:22:25:153:104:23:25 chr16 33963424 . A G 2072.12 PASS AF=0.736842;AO=144;DP=208;FAO=168;FDP=228;FR=.;FRO=60;FSAF=63;FSAR=105;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0227141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.262;QD=36.3531;RBI=0.0451355;REFB=-0.0271755;REVB=-0.0390036;RO=60;SAF=43;SAR=101;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114917;STB=0.52995;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00274767;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:228:60:60:144:168:0.736842:101:43:29:31:105:63:29:31 chr16 33963427 . T C 1732.56 PASS AF=0.712963;AO=122;DP=191;FAO=154;FDP=216;FR=.;FRO=62;FSAF=66;FSAR=88;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.00230758;FXX=0.048456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.866;QD=32.0845;RBI=0.0214605;REFB=-0.0265513;REVB=0.0213361;RO=52;SAF=45;SAR=77;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657392;STB=0.511439;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00534998;OID=.;OPOS=33963427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:216:52:62:122:154:0.712963:77:45:25:27:88:66:29:33 chr16 33963437 . T C 2756.05 PASS AF=0.745704;AO=217;DP=291;FAO=217;FDP=291;FR=.;FRO=74;FSAF=75;FSAR=142;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.00969259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.1752;QD=37.8839;RBI=0.0162614;REFB=-0.00485605;REVB=-0.013057;RO=65;SAF=75;SAR=142;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616171;STB=0.524037;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00809504;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:65:74:217:217:0.745704:142:75:31:34:142:75:32:42 chr16 33963445 . A G 3443.18 PASS AF=0.79878;AO=258;DP=325;FAO=262;FDP=328;FR=.;FRO=66;FSAF=90;FSAR=172;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0020144;FXX=0.00303942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6544;QD=41.99;RBI=0.0626569;REFB=0.0109668;REVB=-0.0626245;RO=63;SAF=87;SAR=171;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564087;STB=0.530916;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0034582;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:328:63:66:258:262:0.79878:171:87:30:33:172:90:32:34 chr16 33963468 . A G 64.27 PASS AF=0.0731707;AO=27;DP=368;FAO=27;FDP=369;FR=.;FRO=342;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=129;FSRR=213;FWDB=-0.0260804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.957;QD=0.696722;RBI=0.0262253;REFB=0.00274692;REVB=0.00275347;RO=340;SAF=11;SAR=16;SRF=129;SRR=211;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330822;STB=0.529291;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0254236;OID=.;OPOS=33963468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:368:369:340:342:27:27:0.0731707:16:11:129:211:16:11:129:213 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 2879.02 PASS AF=0.615873,0.142857;AO=189,44;DP=320;FAO=194,45;FDP=315;FR=.;FRO=76;FSAF=51,19;FSAR=143,26;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0102295,0.00073304;FXX=0.0217385;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=194.907,105.638;QD=36.5589;RBI=0.0177386,0.0285231;REFB=0.00951057,0.000948515;REVB=0.0144919,0.0285137;RO=69;SAF=48,19;SAR=141,25;SRF=36;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.161534,-0.097052;STB=0.579598,0.549274;STBP=0,0.416;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00167506,-0.0048386;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:315:69:76:189,44:194,45:0.615873,0.142857:141,25:48,19:36:33:143,26:51,19:38:38 chr16 33963490 . T C 2180.41 PASS AF=0.626667;AO=188;DP=300;FAO=188;FDP=300;FR=.;FRO=112;FSAF=51;FSAR=137;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=-0.042351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9553;QD=29.0721;RBI=0.0838742;REFB=0.033847;REVB=0.0723966;RO=110;SAF=51;SAR=137;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18001;STB=0.594763;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0206619;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:110:112:188:188:0.626667:137:51:55:55:137:51:55:57 chr16 33963528 . T C 1663.48 PASS AF=0.691176;AO=131;DP=198;FAO=141;FDP=204;FR=.;FRO=63;FSAF=52;FSAR=89;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00564277;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.291;QD=32.6173;RBI=0.0207085;REFB=-0.0228041;REVB=0.0199249;RO=63;SAF=43;SAR=88;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107693;STB=0.540019;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0108287;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:204:63:63:131:141:0.691176:88:43:31:32:89:52:31:32 chr16 33963560 . C A 102.72 PASS AF=0.126984;AO=24;DP=190;FAO=24;FDP=189;FR=.;FRO=165;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=78;FSRR=87;FWDB=-0.0317585;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.624;QD=2.17386;RBI=0.0317737;REFB=-0.00279954;REVB=-0.000981694;RO=163;SAF=12;SAR=12;SRF=78;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269745;STB=0.52379;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0168532;OID=.;OPOS=33963560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:163:165:24:24:0.126984:12:12:78:85:12:12:78:87 chr16 33963563 . G C 1053.63 PASS AF=0.565714;AO=99;DP=175;FAO=99;FDP=175;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.000147236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.715;QD=24.083;RBI=0.00550377;REFB=-0.0114188;REVB=-0.0055018;RO=76;SAF=39;SAR=60;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159374;STB=0.586779;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00757955;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:76:76:99:99:0.565714:60:39:45:31:60:39:45:31 chr16 33963571 . T C 972.84 PASS AF=0.578616;AO=92;DP=159;FAO=92;FDP=159;FR=.;FRO=67;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.00315192;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.363;QD=24.4739;RBI=0.013116;REFB=0.00588592;REVB=0.0127316;RO=67;SAF=39;SAR=53;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145594;STB=0.579139;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00497736;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:67:67:92:92:0.578616:53:39:41:26:53:39:41:26 chr16 33963588 . G A 44.92 PASS AF=0.0970149;AO=12;DP=133;FAO=13;FDP=134;FR=.;FRO=121;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=78;FSRR=43;FWDB=-0.00010451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.376;QD=1.34079;RBI=0.0375279;REFB=-0.000712722;REVB=0.0375278;RO=121;SAF=7;SAR=5;SRF=78;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753005;STB=0.528213;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00783412;OID=.;OPOS=33963588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:133:134:121:121:12:13:0.0970149:5:7:78:43:5:8:78:43 chr16 33963591 . T C 239.74 PASS AF=0.276423;AO=34;DP=124;FAO=34;FDP=123;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.00560231;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.496;QD=7.79631;RBI=0.00585792;REFB=-0.0106969;REVB=-0.00171156;RO=89;SAF=24;SAR=10;SRF=55;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120469;STB=0.580596;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0287319;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:89:89:34:34:0.276423:10:24:55:34:10:24:54:35 chr16 33963595 . A G 383.4 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.0251901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2031;QD=14.6056;RBI=0.0475929;REFB=0.0133509;REVB=-0.04038;RO=61;SAF=24;SAR=20;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134038;STB=0.575188;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.0156292;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:20:24:41:20:20:24:41:20 chr16 33963597 . C T 407.63 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=0.0108832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.953;QD=15.3821;RBI=0.0192163;REFB=0.0143592;REVB=0.0158374;RO=60;SAF=26;SAR=20;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123879;STB=0.569215;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.0182951;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:20:26:41:19:20:26:41:19 chr16 33963599 . T C 126.55 PASS AF=0.19469;AO=22;DP=113;FAO=22;FDP=113;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.0196151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.862;QD=4.47979;RBI=0.0247842;REFB=0.00327466;REVB=0.0151494;RO=86;SAF=17;SAR=5;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231638;STB=0.667748;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0106368;OID=.;OPOS=33963599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:86:91:22:22:0.19469:5:17:53:33:5:17:54:37 chr16 33963605 . T C 629.27 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=123;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.0323047;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8958;QD=20.6317;RBI=0.0419871;REFB=-0.0104406;REVB=-0.0268202;RO=59;SAF=38;SAR=25;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860423;STB=0.547228;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00506849;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:59:59:63:63:0.516393:25:38:41:18:25:38:41:18 chr16 33963624 . T C 318.01 PASS AF=0.291667;AO=42;DP=143;FAO=42;FDP=144;FR=.;FRO=102;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.00357058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.597;QD=8.83368;RBI=0.00380827;REFB=0.00773641;REVB=-0.00132434;RO=99;SAF=32;SAR=10;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267192;STB=0.664067;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0106267;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:99:102:42:42:0.291667:10:32:56:43:10:32:57:45 chr16 33963636 . AA GG 343.76 PASS AF=0.297297;AO=44;DP=149;FAO=44;FDP=148;FR=.;FRO=104;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=43;FWDB=0.0141367;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=2;MLLD=251.273;QD=9.29067;RBI=0.0165542;REFB=-0.00258771;REVB=0.00861358;RO=105;SAF=35;SAR=9;SRF=61;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306119;STB=0.678003;STBP=0.01;TYPE=mnp;VARB=0.00516365;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:105:104:44:44:0.297297:9:35:61:44:9:35:61:43 chr16 33963653 . GGGTTTTTA G 62.92 PASS AF=0.179487;AO=20;DP=122;FAO=21;FDP=117;FR=.;FRO=96;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.00567721;FXX=0.0930161;HRUN=3;LEN=8;MLLD=298.667;QD=2.15102;RBI=0.0138008;REFB=-0.00475156;REVB=-0.012579;RO=78;SAF=17;SAR=3;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397662;STB=0.753585;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0188187;OID=.;OPOS=33963654;OREF=GGTTTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.179487:20:122:21:117:96:17:4:51:45:62:78:17:3:46:32 chr16 33963678 . C T 1103.57 PASS AF=0.625;AO=100;DP=160;FAO=100;FDP=160;FR=.;FRO=60;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0123811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.989;QD=27.5892;RBI=0.0123931;REFB=-0.000776366;REVB=0.000545836;RO=53;SAF=46;SAR=54;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291339;STB=0.508792;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000450318;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:53:60:100:100:0.625:54:46:22:31:54:46:29:31 chr16 33963708 . GT AC 120.26 PASS AF=0.154362;AO=23;DP=150;FAO=23;FDP=149;FR=.;FRO=126;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=75;FWDB=0.000402389;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=2;MLLD=213.354;QD=3.22833;RBI=0.0020295;REFB=0.000769473;REVB=0.00198921;RO=124;SAF=19;SAR=4;SRF=49;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529506;STB=0.842499;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.00624899;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:124:126:23:23:0.154362:4:19:49:75:4:19:51:75 chr16 33963722 . C G 421.84 PASS AF=0.357143;AO=49;DP=139;FAO=50;FDP=140;FR=.;FRO=90;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=0.00648069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.873;QD=12.0524;RBI=0.0116525;REFB=-0.00259167;REVB=-0.00968411;RO=90;SAF=19;SAR=30;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213908;STB=0.626658;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0070453;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:90:90:49:50:0.357143:30:19:52:38:31:19:52:38 chr16 33963732 . AG CA,CG 399.94 PASS AF=0.0437956,0.321168;AO=6,44;DP=137;FAO=6,44;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=1,18;FSAR=5,26;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.01155,0.00754227;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=144.814,133.761;QD=11.677;RBI=0.0137358,0.018083;REFB=-0.00119564,0.00297921;REVB=-0.00743438,-0.016435;RO=84;SAF=1,18;SAR=5,26;SRF=48;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.404118,-0.184269;STB=0.862682,0.616443;STBP=0.097,0.072;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00674426,-0.00331978;OID=.,.;OPOS=33963732,33963732;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:137:137:84:87:6,44:6,44:0.0437956,0.321168:5,26:1,18:48:36:5,26:1,18:51:36 chr16 33963737 . GC AT 692.18 PASS AF=0.355072;AO=49;DP=139;FAO=49;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=-0.00354002;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.347;QD=20.0633;RBI=0.00422163;REFB=-0.0175448;REVB=-0.00230009;RO=66;SAF=20;SAR=29;SRF=46;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288828;STB=0.661306;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=0.00841122;OID=.;OPOS=33963737;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:66:66:49:49:0.355072:29:20:46:20:29:20:46:20 chr16 33963758 . T C 93.75 PASS AF=0.136054;AO=20;DP=146;FAO=20;FDP=147;FR=.;FRO=127;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=-3.62332e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.519;QD=2.55099;RBI=0.0290747;REFB=-0.00172165;REVB=-0.0290747;RO=125;SAF=18;SAR=2;SRF=60;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553819;STB=0.882461;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0070774;OID=.;OPOS=33963758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:146:147:125:127:20:20:0.136054:2:18:60:65:2:18:62:65 chr16 33963769 . C A 1016.75 PASS AF=0.693548;AO=86;DP=124;FAO=86;FDP=124;FR=.;FRO=38;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00514163;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=328.885;QD=32.7983;RBI=0.00864422;REFB=0.00869058;REVB=0.00694883;RO=37;SAF=41;SAR=45;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248993;STB=0.509027;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00323438;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:37:38:86:86:0.693548:45:41:16:21:45:41:17:21 chr16 33963775 . G C 649.08 PASS AF=0.505263;AO=46;DP=141;FAO=48;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0504154;FXX=0.340254;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.2021;QD=27.3295;RBI=0.0541657;REFB=1.219e-05;REVB=-0.0198042;RO=28;SAF=21;SAR=25;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447236;STB=0.522669;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0126174;OID=.;OPOS=33963775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:95:28:30:46:48:0.505263:25:21:11:17:26:22:12:18 chr16 33963778 . G A 34.07 PASS AF=0.0695187;AO=13;DP=187;FAO=13;FDP=187;FR=.;FRO=174;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=106;FWDB=-0.019188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.786;QD=0.728875;RBI=0.0230141;REFB=5.46296e-05;REVB=0.0127071;RO=173;SAF=4;SAR=9;SRF=68;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998743;STB=0.584702;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00083214;OID=.;OPOS=33963778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:187:187:173:174:13:13:0.0695187:9:4:68:105:9:4:68:106 chr16 33963783 . G C,T 2272.67 PASS AF=0.374384,0.492611;AO=76,98;DP=201;FAO=76,100;FDP=203;FR=.;FRO=27;FSAF=13,47;FSAR=63,53;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=1.333e-05,0.0102993;FXX=0.00490172;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=140.775,156.173;QD=44.7818;RBI=0.0207553,0.0198762;REFB=-0.0224665,-0.0178747;REVB=0.0207553,0.0169996;RO=27;SAF=13,45;SAR=63,53;SRF=10;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152311,0.0363486;STB=0.582138,0.521308;STBP=0.02,0.357;TYPE=snp,snp;VARB=0.0213235,0.000214754;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:201:203:27:27:76,98:76,100:0.374384,0.492611:63,53:13,45:10:17:63,53:13,47:10:17 chr16 33963788 . A C 87.55 PASS AF=0.0984848;AO=26;DP=264;FAO=26;FDP=264;FR=.;FRO=238;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=182;FWDB=-0.0145431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.526;QD=1.32646;RBI=0.018724;REFB=-0.000895389;REVB=0.0117934;RO=238;SAF=15;SAR=11;SRF=56;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422215;STB=0.787378;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00718693;OID=.;OPOS=33963788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:264:264:238:238:26:26:0.0984848:11:15:56:182:11:15:56:182 chr16 33963809 . G C 3846.9 PASS AF=0.848024;AO=279;DP=330;FAO=279;FDP=329;FR=.;FRO=50;FSAF=51;FSAR=228;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00555949;FXX=0.00903587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5079;QD=46.7709;RBI=0.0352446;REFB=-0.0120927;REVB=0.0348033;RO=49;SAF=51;SAR=228;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162986;STB=0.585521;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0029366;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:329:49:50:279:279:0.848024:228:51:28:21:228:51:28:22 chr16 33963816 . TG GA 2558.6 PASS AF=0.630252;AO=223;DP=360;FAO=225;FDP=357;FR=.;FRO=132;FSAF=29;FSAR=196;FSRF=63;FSRR=69;FWDB=0.00875871;FXX=0.0272472;HRUN=1;LEN=2;MLLD=114.032;QD=28.6677;RBI=0.0320009;REFB=-0.0243552;REVB=0.0307789;RO=128;SAF=29;SAR=194;SRF=61;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362646;STB=0.701149;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0247198;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:357:128:132:223:225:0.630252:194:29:61:67:196:29:63:69 chr16 33963822 . A G 3957.97 PASS AF=0.714602;AO=323;DP=452;FAO=323;FDP=452;FR=.;FRO=129;FSAF=63;FSAR=260;FSRF=64;FSRR=65;FWDB=-0.00107105;FXX=0.00220746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.066;QD=35.0263;RBI=0.0130952;REFB=-0.0170121;REVB=-0.0130514;RO=127;SAF=63;SAR=260;SRF=63;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216508;STB=0.617246;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0069315;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:452:452:127:129:323:323:0.714602:260:63:63:64:260:63:64:65 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 7226.22 PASS AF=0.770588,0.0455882;AO=508,31;DP=683;FAO=524,31;FDP=680;FR=.;FRO=125;FSAF=180,31;FSAR=344,0;FSRF=63;FSRR=62;FWDB=0.00738011,-0.000655859;FXX=0.00439232;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=193.749,98.6302;QD=42.5072;RBI=0.0223328,0.0436714;REFB=-0.0131954,-0.009646;REVB=-0.0210781,-0.0436665;RO=131;SAF=173,31;SAR=335,0;SRF=66;SRR=65;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0686778,0.759862;STB=0.533547,0.999612;STBP=0,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00558634,-0.0436954;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:683:680:131:125:508,31:524,31:0.770588,0.0455882:335,0:173,31:66:65:344,0:180,31:63:62 chr16 33963855 . T C 15977.7 PASS AF=0.882168;AO=1121;DP=1273;FAO=1123;FDP=1273;FR=.;FRO=150;FSAF=386;FSAR=737;FSRF=73;FSRR=77;FWDB=0.000810787;FXX=0.00156862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2434;QD=50.205;RBI=0.0161007;REFB=0.034568;REVB=-0.0160803;RO=139;SAF=385;SAR=736;SRF=73;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416605;STB=0.518451;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00304295;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1273:1273:139:150:1121:1123:0.882168:736:385:73:66:737:386:73:77 chr16 33963875 . A G 26722.6 PASS AF=0.983276;AO=1687;DP=1717;FAO=1705;FDP=1734;FR=.;FRO=29;FSAF=687;FSAR=1018;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.013942;FXX=0.0028752;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7322;QD=61.6439;RBI=0.0452689;REFB=0.0460411;REVB=-0.0430685;RO=29;SAF=675;SAR=1012;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00277774;STB=0.501387;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.000972416;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:1717:1734:29:29:1687:1705:0.983276:1012:675:14:15:1018:687:14:15 chr16 33963881 . C G 24295.9 PASS AF=0.920891;AO=1649;DP=1805;FAO=1653;FDP=1795;FR=.;FRO=142;FSAF=659;FSAR=994;FSRF=69;FSRR=73;FWDB=-0.00773048;FXX=0.00719023;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.849;QD=54.1412;RBI=0.0234646;REFB=0.00659234;REVB=-0.0221546;RO=140;SAF=658;SAR=991;SRF=68;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134328;STB=0.507177;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.000478627;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1805:1795:140:142:1649:1653:0.920891:991:658:68:72:994:659:69:73 chr16 33963912 . T C 29994.9 PASS AF=0.97047;AO=2027;DP=2091;FAO=1939;FDP=1998;FR=.;FRO=59;FSAF=818;FSAR=1121;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0302775;FXX=0.000999995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4152;QD=60.0498;RBI=0.033894;REFB=-0.0105808;REVB=0.0152339;RO=57;SAF=850;SAR=1177;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085478;STB=0.503131;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000249965;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:2091:1998:57:59:2027:1939:0.97047:1177:850:33:24:1121:818:31:28 chr16 33963961 . C G 29156.0 PASS AF=0.958312;AO=2234;DP=2349;FAO=1908;FDP=1991;FR=.;FRO=83;FSAF=797;FSAR=1111;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0317037;FXX=0.00449998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.824;QD=58.5756;RBI=0.032853;REFB=-0.0149972;REVB=-0.00861392;RO=78;SAF=930;SAR=1304;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129898;STB=0.502749;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000439356;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:2349:1991:78:83:2234:1908:0.958312:1304:930:34:44:1111:797:40:43 chr16 33963975 . A G 27509.1 PASS AF=0.9265;AO=2075;DP=2250;FAO=1853;FDP=2000;FR=.;FRO=147;FSAF=809;FSAR=1044;FSRF=63;FSRR=84;FWDB=-0.00773167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.271;QD=55.0182;RBI=0.00833839;REFB=0.00128899;REVB=0.0031225;RO=172;SAF=895;SAR=1180;SRF=76;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156581;STB=0.500599;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-6.97588e-05;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:2250:2000:172:147:2075:1853:0.9265:1180:895:76:96:1044:809:63:84 chr16 33963991 . A G 29195.7 PASS AF=0.957436;AO=2046;DP=2144;FAO=1912;FDP=1997;FR=.;FRO=85;FSAF=846;FSAR=1066;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0228767;FXX=0.00149999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.473;QD=58.4791;RBI=0.0234975;REFB=-0.00371531;REVB=-0.00536553;RO=92;SAF=904;SAR=1142;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00393538;STB=0.502227;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.000145494;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:2144:1997:92:85:2046:1912:0.957436:1142:904:45:47:1066:846:42:43 chr16 33964012 . C A 43.78 PASS AF=0.0398936;AO=74;DP=1873;FAO=75;FDP=1880;FR=.;FRO=1805;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=842;FSRR=963;FWDB=-0.00361368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.764;QD=0.0931566;RBI=0.0144023;REFB=-0.000562942;REVB=-0.0139415;RO=1790;SAF=32;SAR=42;SRF=841;SRR=949;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335197;STB=0.525631;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0151697;OID=.;OPOS=33964012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:1873:1880:1790:1805:74:75:0.0398936:42:32:841:949:42:33:842:963 chr16 33964017 . A G 23855.2 PASS AF=0.9375;AO=1506;DP=1625;FAO=1620;FDP=1728;FR=.;FRO=108;FSAF=732;FSAR=888;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.0208909;FXX=0.00115606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9882;QD=55.2203;RBI=0.024584;REFB=-0.00817164;REVB=-0.0129592;RO=105;SAF=709;SAR=797;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304815;STB=0.501868;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00040723;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1625:1728:105:108:1506:1620:0.9375:797:709:52:53:888:732:52:56 chr16 33964025 . C T 82.44 PASS AF=0.0492701;AO=64;DP=1629;FAO=81;FDP=1644;FR=.;FRO=1563;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=728;FSRR=835;FWDB=0.0521364;FXX=0.00121506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.771;QD=0.200593;RBI=0.0542975;REFB=-0.000516245;REVB=-0.0151662;RO=1558;SAF=28;SAR=36;SRF=727;SRR=831;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260145;STB=0.508588;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0210488;OID=.;OPOS=33964025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:1629:1644:1558:1563:64:81:0.0492701:36:28:727:831:44:37:728:835 chr16 33964028 . G A 33.96 PASS AF=0.0385832;AO=62;DP=1581;FAO=61;FDP=1581;FR=.;FRO=1520;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=715;FSRR=805;FWDB=-0.0277745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0189;QD=0.0859096;RBI=0.0693426;REFB=-0.000849122;REVB=-0.0635372;RO=1512;SAF=25;SAR=37;SRF=711;SRR=801;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598863;STB=0.558881;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0300829;OID=.;OPOS=33964028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:1581:1581:1512:1520:62:61:0.0385832:37:25:711:801:36:25:715:805 chr16 33964048 . G A 70.04 PASS AF=0.0507365;AO=62;DP=1222;FAO=62;FDP=1222;FR=.;FRO=1160;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=513;FSRR=647;FWDB=-0.0286432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.954;QD=0.229252;RBI=0.0422629;REFB=0.00160206;REVB=0.031076;RO=1159;SAF=31;SAR=31;SRF=512;SRR=647;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058273;STB=0.554811;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.01996;OID=.;OPOS=33964048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:1222:1222:1159:1160:62:62:0.0507365:31:31:512:647:31:31:513:647 chr16 33964050 . G A 68.91 PASS AF=0.0506645;AO=61;DP=1204;FAO=61;FDP=1204;FR=.;FRO=1143;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=503;FSRR=640;FWDB=-0.0116779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.89;QD=0.228931;RBI=0.0119174;REFB=-4.75065e-05;REVB=0.00237701;RO=1141;SAF=30;SAR=31;SRF=502;SRR=639;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519249;STB=0.549189;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0017122;OID=.;OPOS=33964050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:1204:1204:1141:1143:61:61:0.0506645:31:30:502:639:31:30:503:640 chr16 33964062 . C T 257.96 PASS AF=0.0949367;AO=87;DP=945;FAO=90;FDP=948;FR=.;FRO=858;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=302;FSRR=556;FWDB=-0.071457;FXX=0.00524653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.714;QD=1.08842;RBI=0.0746849;REFB=-0.0121363;REVB=0.0217195;RO=858;SAF=37;SAR=50;SRF=302;SRR=556;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936884;STB=0.566482;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0593675;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:945:948:858:858:87:90:0.0949367:50:37:302:556:52:38:302:556 chr16 33964064 . T C 8285.57 PASS AF=0.749712;AO=610;DP=874;FAO=650;FDP=867;FR=.;FRO=217;FSAF=189;FSAR=461;FSRF=92;FSRR=125;FWDB=0.0135072;FXX=0.0158909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2867;QD=38.2264;RBI=0.0137035;REFB=-0.0670657;REVB=0.00231133;RO=211;SAF=169;SAR=441;SRF=89;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837643;STB=0.53909;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0160328;OID=.;OPOS=33964064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:874:867:211:217:610:650:0.749712:441:169:89:122:461:189:92:125 chr16 33964070 . AG GC 7533.12 PASS AF=0.726942;AO=594;DP=830;FAO=599;FDP=824;FR=.;FRO=225;FSAF=192;FSAR=407;FSRF=97;FSRR=128;FWDB=0.00815942;FXX=0.0143539;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.559;QD=36.5686;RBI=0.0235821;REFB=-0.0627546;REVB=0.0221255;RO=217;SAF=192;SAR=402;SRF=91;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540977;STB=0.533817;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.0245468;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:830:824:217:225:594:599:0.726942:402:192:91:126:407:192:97:128 chr16 33964082 . T C 7061.17 PASS AF=0.728682;AO=560;DP=777;FAO=564;FDP=774;FR=.;FRO=210;FSAF=200;FSAR=364;FSRF=85;FSRR=125;FWDB=0.0115202;FXX=0.00514132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.413;QD=36.4918;RBI=0.0205655;REFB=-0.00192634;REVB=0.0170361;RO=209;SAF=197;SAR=363;SRF=84;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027819;STB=0.514736;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000913973;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:777:774:209:210:560:564:0.728682:363:197:84:125:364:200:85:125 chr16 33964091 . T C 9579.43 PASS AF=0.92645;AO=529;DP=707;FAO=655;FDP=707;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=242;FSAR=413;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0623602;FXX=0.00141241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.51;QD=54.1976;RBI=0.0623931;REFB=-0.0134383;REVB=-0.00202564;RO=53;SAF=117;SAR=412;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292404;STB=0.501842;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00154173;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:707:707:53:52:529:655:0.92645:412:117:18:35:413:242:18:34 chr16 33964108 . G C 4085.53 PASS AF=0.643761;AO=354;DP=547;FAO=356;FDP=553;FR=.;FRO=197;FSAF=140;FSAR=216;FSRF=72;FSRR=125;FWDB=0.00938344;FXX=0.0107333;HRUN=5;LEN=1;MLLD=120.758;QD=29.5517;RBI=0.0232908;REFB=-0.00920576;REVB=0.021317;RO=193;SAF=139;SAR=215;SRF=70;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207708;STB=0.510413;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0030322;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:547:553:193:197:354:356:0.643761:215:139:70:123:216:140:72:125 chr16 33964119 . A G 156.27 PASS AF=0.102845;AO=47;DP=457;FAO=47;FDP=457;FR=.;FRO=410;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=166;FSRR=244;FWDB=0.0107289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.662;QD=1.36782;RBI=0.0204104;REFB=-0.000444157;REVB=0.0173631;RO=407;SAF=15;SAR=32;SRF=166;SRR=241;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116566;STB=0.583129;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00601081;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:457:457:407:410:47:47:0.102845:32:15:166:241:32:15:166:244 chr16 33964134 . G C 1824.63 PASS AF=0.531915;AO=174;DP=329;FAO=175;FDP=329;FR=.;FRO=154;FSAF=78;FSAR=97;FSRF=64;FSRR=90;FWDB=-0.0231883;FXX=0.00303021;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.546;QD=22.1839;RBI=0.0232002;REFB=-0.000905965;REVB=0.000741921;RO=153;SAF=77;SAR=97;SRF=63;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268607;STB=0.514314;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00190311;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:329:153:154:174:175:0.531915:97:77:63:90:97:78:64:90 chr16 33964143 . T C 1453.09 PASS AF=0.496552;AO=144;DP=290;FAO=144;FDP=290;FR=.;FRO=146;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=63;FSRR=83;FWDB=-0.054515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4687;QD=20.0426;RBI=0.0608144;REFB=0.00221491;REVB=-0.0269539;RO=144;SAF=73;SAR=71;SRF=63;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063299;STB=0.537941;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00215857;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:144:146:144:144:0.496552:71:73:63:81:71:73:63:83 chr16 33964153 . G T 195.92 PASS AF=0.154135;AO=41;DP=266;FAO=41;FDP=266;FR=.;FRO=225;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=118;FSRR=107;FWDB=-0.00622503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.38;QD=2.94616;RBI=0.0100927;REFB=-0.000984065;REVB=-0.00794424;RO=222;SAF=18;SAR=23;SRF=116;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107294;STB=0.572021;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00484873;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:222:225:41:41:0.154135:23:18:116:106:23:18:118:107 chr16 33964154 . C T 276.81 PASS AF=0.190114;AO=50;DP=264;FAO=50;FDP=263;FR=.;FRO=213;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=113;FSRR=100;FWDB=-0.0327034;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.632;QD=4.21002;RBI=0.0378299;REFB=-0.00304526;REVB=-0.0190156;RO=206;SAF=21;SAR=29;SRF=112;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158614;STB=0.589199;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.011018;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:206:213:50:50:0.190114:29:21:112:94:29:21:113:100 chr16 33964168 . G A 277.82 PASS AF=0.216981;AO=46;DP=212;FAO=46;FDP=212;FR=.;FRO=166;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=92;FSRR=74;FWDB=-0.0113985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.709;QD=5.24196;RBI=0.0170177;REFB=-0.00270055;REVB=0.0126363;RO=165;SAF=20;SAR=26;SRF=92;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155694;STB=0.592794;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00860965;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:165:166:46:46:0.216981:26:20:92:73:26:20:92:74 chr16 33964170 . C A 50.82 PASS AF=0.0945946;AO=14;DP=158;FAO=14;FDP=148;FR=.;FRO=134;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=0.0123154;FXX=0.0632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.473;QD=1.3736;RBI=0.013058;REFB=0.000774423;REVB=0.00434085;RO=132;SAF=2;SAR=12;SRF=61;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405266;STB=0.824025;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.031607;OID=.;OPOS=33964170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:158:148:132:134:14:14:0.0945946:12:2:61:71:12:2:63:71 chr16 33964196 . T C 293.07 PASS AF=0.3;AO=39;DP=132;FAO=39;FDP=130;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.0017476;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.575;QD=9.01762;RBI=0.0182816;REFB=0.00137532;REVB=-0.0181978;RO=90;SAF=16;SAR=23;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107858;STB=0.559602;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00291036;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:90:91:39:39:0.3:23:16:45:45:23:16:45:46 chr16 33964202 . C T 663.71 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=129;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0149532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.606;QD=20.5802;RBI=0.018278;REFB=-0.00740574;REVB=-0.0105112;RO=63;SAF=29;SAR=37;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103123;STB=0.556766;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0092947;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:63:66:66:0.511628:37:29:35:28:37:29:35:28 chr16 33964204 . T G 148.29 PASS AF=0.206612;AO=25;DP=121;FAO=25;FDP=121;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.0172306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.671;QD=4.90211;RBI=0.021115;REFB=-0.00435871;REVB=0.0122044;RO=95;SAF=13;SAR=12;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0080121;STB=0.508939;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0383005;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:95:96:25:25:0.206612:12:13:50:45:12:13:51:45 chr16 33964233 . CC TA,TC 127.29 PASS AF=0.0825688,0.12844;AO=9,14;DP=106;FAO=9,14;FDP=109;FR=.;FRO=86;FSAF=5,9;FSAR=4,5;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0105325,-0.0151448;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=218.463,160.231;QD=4.67134;RBI=0.0108131,0.0155261;REFB=-0.0041525,-0.0083794;REVB=-0.00244736,0.00341992;RO=83;SAF=5,9;SAR=4,5;SRF=46;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00157245,0.114236;STB=0.502364,0.575782;STBP=1,0.542;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00639874,0.0306898;OID=.,.;OPOS=33964233,33964233;OREF=CC,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:106:109:83:86:9,14:9,14:0.0825688,0.12844:4,5:5,9:46:37:4,5:5,9:48:38 chr16 33964238 . T G 183.95 PASS AF=0.257143;AO=27;DP=102;FAO=27;FDP=105;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.00629059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.491;QD=7.00776;RBI=0.0174646;REFB=-0.00456711;REVB=-0.0162923;RO=65;SAF=16;SAR=11;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477374;STB=0.531384;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0222334;OID=.;OPOS=33964238;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:65:78:27:27:0.257143:11:16:41:24:11:16:43:35 chr16 33964242 . CA CG,GG 114.71 PASS AF=0.132075,0.0660377;AO=14,7;DP=106;FAO=14,7;FDP=106;FR=.;FRO=85;FSAF=9,3;FSAR=5,4;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.0083773,-0.0151899;FXX=0.00934492;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=113.518,204.131;QD=4.32854;RBI=0.0476035,0.0218828;REFB=-0.0147857,-0.00616047;REVB=-0.0468606,-0.015752;RO=81;SAF=9,3;SAR=5,4;SRF=48;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0662107,-0.17841;STB=0.570033,0.62351;STBP=0.621,0.508;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0179989,0.0333191;OID=.,.;OPOS=33964243,33964242;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:106:106:81:85:14,7:14,7:0.132075,0.0660377:5,4:9,3:48:33:5,4:9,3:48:37 chr16 33964276 . A G 99.35 PASS AF=0.169811;AO=18;DP=106;FAO=18;FDP=106;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.0823495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1966;QD=3.74911;RBI=0.0883784;REFB=-0.00670134;REVB=-0.0320827;RO=85;SAF=11;SAR=7;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177406;STB=0.610988;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0201529;OID=.;OPOS=33964276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:85:88:18:18:0.169811:7:11:40:45:7:11:42:46 chr16 33964293 . G A 69.89 PASS AF=0.137255;AO=13;DP=101;FAO=14;FDP=102;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.00612775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3094;QD=2.74077;RBI=0.00647567;REFB=0.000530738;REVB=-0.00209403;RO=87;SAF=7;SAR=6;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08266;STB=0.58089;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00113722;OID=.;OPOS=33964293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:101:102:87:88:13:14:0.137255:6:7:41:46:6:8:42:46 chr16 33965449 . G C 379.98 PASS AF=0.237903;AO=59;DP=248;FAO=59;FDP=248;FR=.;FRO=189;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=90;FSRR=99;FWDB=0.000593655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5044;QD=6.12876;RBI=0.00421676;REFB=-0.0179239;REVB=-0.00417476;RO=188;SAF=26;SAR=33;SRF=90;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484144;STB=0.527263;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0631926;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:188:189:59:59:0.237903:33:26:90:98:33:26:90:99 chr16 33965456 . T C 1246.23 PASS AF=0.502058;AO=122;DP=243;FAO=122;FDP=243;FR=.;FRO=121;FSAF=42;FSAR=80;FSRF=70;FSRR=51;FWDB=0.0135819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.505;QD=20.5141;RBI=0.0182596;REFB=-0.0207065;REVB=0.0122044;RO=120;SAF=42;SAR=80;SRF=69;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213764;STB=0.619535;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.01479;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:120:121:122:122:0.502058:80:42:69:51:80:42:70:51 chr16 33965459 . C T 489.12 PASS AF=0.283898;AO=67;DP=235;FAO=67;FDP=236;FR=.;FRO=169;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=82;FSRR=87;FWDB=-0.00962554;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1572;QD=8.29023;RBI=0.0257377;REFB=0.00149948;REVB=-0.02387;RO=168;SAF=27;SAR=40;SRF=82;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105201;STB=0.559746;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00495466;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:236:168:169:67:67:0.283898:40:27:82:86:40:27:82:87 chr16 33965460 . G A 262.71 PASS AF=0.193277;AO=47;DP=239;FAO=46;FDP=238;FR=.;FRO=192;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=97;FSRR=95;FWDB=0.0240257;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4214;QD=4.41523;RBI=0.0347059;REFB=0.00736394;REVB=0.0250452;RO=189;SAF=12;SAR=35;SRF=95;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330687;STB=0.705275;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0384335;OID=.;OPOS=33965460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:189:192:47:46:0.193277:35:12:95:94:34:12:97:95 chr16 33965470 . G A 53.44 PASS AF=0.0798319;AO=19;DP=238;FAO=19;FDP=238;FR=.;FRO=219;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=110;FSRR=109;FWDB=-0.0567878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.997;QD=0.898083;RBI=0.0617902;REFB=-0.000285953;REVB=0.0243553;RO=218;SAF=4;SAR=15;SRF=109;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336628;STB=0.774863;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00254763;OID=.;OPOS=33965470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:238:238:218:219:19:19:0.0798319:15:4:109:109:15:4:110:109 chr16 33965481 . T C 40.34 PASS AF=0.0711111;AO=16;DP=225;FAO=16;FDP=225;FR=.;FRO=209;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=105;FSRR=104;FWDB=-0.00682245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6534;QD=0.71713;RBI=0.00981885;REFB=-0.00295124;REVB=0.00706145;RO=205;SAF=11;SAR=5;SRF=103;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206014;STB=0.673755;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0576663;OID=.;OPOS=33965481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:225:225:205:209:16:16:0.0711111:5:11:103:102:5:11:105:104 chr16 33965482 . GA G 156.2 PASS AF=0.149321;AO=33;DP=226;FAO=33;FDP=221;FR=.;FRO=188;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=106;FSRR=82;FWDB=-0.00937317;FXX=0.017777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.782;QD=2.82719;RBI=0.0208129;REFB=-0.000540976;REVB=0.0185828;RO=192;SAF=8;SAR=25;SRF=107;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399225;STB=0.768863;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.00347664;OID=.;OPOS=33965483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.149321:33:226:33:221:188:8:25:106:82:99:192:8:25:107:85 chr16 33965487 . C T 56.47 PASS AF=0.0826087;AO=19;DP=230;FAO=19;FDP=230;FR=.;FRO=211;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=106;FSRR=105;FWDB=-0.0204797;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.781;QD=0.982123;RBI=0.0272043;REFB=-0.00242166;REVB=0.017907;RO=211;SAF=14;SAR=5;SRF=106;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273724;STB=0.719391;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0301644;OID=.;OPOS=33965487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:230:230:211:211:19:19:0.0826087:5:14:106:105:5:14:106:105 chr16 33965489 . A T 142.45 PASS AF=0.137931;AO=32;DP=231;FAO=32;FDP=232;FR=.;FRO=200;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=114;FSRR=86;FWDB=0.0364039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.645;QD=2.45595;RBI=0.0619882;REFB=0.00615189;REVB=0.0501726;RO=199;SAF=8;SAR=24;SRF=114;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402875;STB=0.768744;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0384411;OID=.;OPOS=33965489;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:199:200:32:32:0.137931:24:8:114:85:24:8:114:86 chr16 33965493 . T C 131.41 PASS AF=0.132479;AO=31;DP=234;FAO=31;FDP=234;FR=.;FRO=203;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=118;FSRR=85;FWDB=0.0114014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9759;QD=2.24638;RBI=0.012806;REFB=-0.00919833;REVB=-0.00583103;RO=201;SAF=8;SAR=23;SRF=116;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395376;STB=0.770168;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0283089;OID=.;OPOS=33965493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:201:203:31:31:0.132479:23:8:116:85:23:8:118:85 chr16 33965496 . A T 117.46 PASS AF=0.121849;AO=30;DP=238;FAO=29;FDP=238;FR=.;FRO=209;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=124;FSRR=85;FWDB=0.00387132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6004;QD=1.9741;RBI=0.0352438;REFB=-0.00260945;REVB=-0.0350306;RO=206;SAF=8;SAR=22;SRF=123;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402916;STB=0.765573;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0185154;OID=.;OPOS=33965496;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:206:209:30:29:0.121849:22:8:123:83:21:8:124:85 chr16 33965505 . C T 187.55 PASS AF=0.155738;AO=38;DP=244;FAO=38;FDP=244;FR=.;FRO=206;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=133;FSRR=73;FWDB=0.0120223;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.163;QD=3.07453;RBI=0.0133362;REFB=-0.000469744;REVB=-0.00577222;RO=206;SAF=9;SAR=29;SRF=133;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496115;STB=0.817563;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00291916;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:206:206:38:38:0.155738:29:9:133:73:29:9:133:73 chr16 33965507 . G C 1051.03 PASS AF=0.454167;AO=108;DP=240;FAO=109;FDP=240;FR=.;FRO=131;FSAF=66;FSAR=43;FSRF=74;FSRR=57;FWDB=0.00758533;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.236;QD=17.5172;RBI=0.0151337;REFB=-0.0265732;REVB=-0.0130955;RO=128;SAF=66;SAR=42;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572886;STB=0.522975;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0391717;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:128:131:108:109:0.454167:42:66:71:57:43:66:74:57 chr16 33965533 . A C 1461.37 PASS AF=0.577586;AO=134;DP=232;FAO=134;FDP=232;FR=.;FRO=98;FSAF=85;FSAR=49;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=0.0106507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.056;QD=25.196;RBI=0.0476851;REFB=-0.00370044;REVB=-0.0464805;RO=97;SAF=85;SAR=49;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385112;STB=0.519143;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00155717;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:97:98:134:134:0.577586:49:85:57:40:49:85:58:40 chr16 33965537 . CA CG,TG 1205.89 PASS AF=0.444444,0.115741;AO=96,25;DP=198;FAO=96,25;FDP=216;FR=.;FRO=95;FSAF=65,13;FSAR=31,12;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=0.0152692,0.0166353;FXX=0.00460808;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=128.96,127.285;QD=22.3313;RBI=0.0511317,0.0480158;REFB=-0.00902331,-0.0108251;REVB=-0.0487986,-0.045042;RO=73;SAF=65,13;SAR=31,12;SRF=54;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0582423,-0.280378;STB=0.548116,0.555288;STBP=0.2,0.567;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00258641,0.0103008;OID=.,.;OPOS=33965538,33965537;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:216:73:95:96,25:96,25:0.444444,0.115741:31,12:65,13:54:19:31,12:65,13:56:39 chr16 33965539 . G GC 247.5 PASS AF=0.364103;AO=66;DP=219;FAO=71;FDP=195;FR=.;FRO=124;FSAF=56;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=55;FWDB=0.00668118;FXX=0.0972177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.151;QD=5.07687;RBI=0.0486145;REFB=-0.0844792;REVB=-0.0481533;RO=151;SAF=54;SAR=12;SRF=78;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412983;STB=0.676391;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0857953;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.364103:66:219:71:195:124:56:15:69:55:99:151:54:12:78:73 chr16 33965542 . C T 42.06 PASS AF=0.0727273;AO=16;DP=220;FAO=16;FDP=220;FR=.;FRO=204;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=130;FSRR=74;FWDB=-0.00825864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.416;QD=0.764647;RBI=0.0162089;REFB=0.000214937;REVB=-0.0139472;RO=193;SAF=5;SAR=11;SRF=127;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375613;STB=0.777184;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0043291;OID=.;OPOS=33965542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:220:220:193:204:16:16:0.0727273:11:5:127:66:11:5:130:74 chr16 33965554 . A G 853.79 PASS AF=0.387755;AO=47;DP=199;FAO=76;FDP=196;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=96;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.00454666;FXX=0.0248744;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.896;QD=17.4243;RBI=0.00606978;REFB=-0.0305458;REVB=-0.00402121;RO=66;SAF=23;SAR=24;SRF=12;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326547;STB=0.64791;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0564814;OID=.;OPOS=33965554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:196:66:96:47:76:0.387755:24:23:12:54:24:52:41:55 chr16 33965560 . TT AC,AT 1118.63 PASS AF=0.430052,0.134715;AO=82,26;DP=198;FAO=83,26;FDP=193;FR=.;FRO=84;FSAF=63,9;FSAR=20,17;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0112963,0.000851144;FXX=0.0252513;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=201.56,235.829;QD=23.1841;RBI=0.012908,0.00983904;REFB=-0.00399545,-0.0074322;REVB=0.00624592,0.00980216;RO=84;SAF=63,9;SAR=19,17;SRF=45;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.252795,-0.237711;STB=0.632431,0.645457;STBP=0.001,0.112;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00427445,-0.00299923;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:193:84:84:82,26:83,26:0.430052,0.134715:19,17:63,9:45:39:20,17:63,9:45:39 chr16 34969362 . C T 560.57 PASS AF=0.517241;AO=51;DP=107;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0869651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.2242;QD=19.3298;RBI=0.112764;REFB=-0.0358457;REVB=0.0717828;RO=56;SAF=25;SAR=26;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160134;STB=0.548032;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0385886;OID=.;OPOS=34969362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:116:56:56:51:60:0.517241:26:25:18:38:35:25:18:38 chr16 34980627 . T C 729.46 PASS AF=0.427027;AO=79;DP=185;FAO=79;FDP=185;FR=.;FRO=106;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=-0.0888668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0332;QD=15.772;RBI=0.0888969;REFB=0.050097;REVB=-0.00231582;RO=106;SAF=39;SAR=40;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452022;STB=0.52523;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.0664237;OID=.;OPOS=34980627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:106:106:79:79:0.427027:40:39:57:49:40:39:57:49 chr16 46565019 . T G 1802.84 PASS AF=0.953125;AO=121;DP=128;FAO=122;FDP=128;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00373755;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.238;QD=56.3388;RBI=0.016707;REFB=-0.090024;REVB=0.0162835;RO=5;SAF=57;SAR=64;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537134;STB=0.501543;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.000416476;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:128:128:5:6:121:122:0.953125:64:57:2:3:65:57:3:3 chr16 46590024 . T C 1594.53 PASS AF=0.981818;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0127795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4284;QD=57.9828;RBI=0.0583539;REFB=0.0388494;REVB=-0.0569374;RO=2;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163608;STB=0.508619;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.000833352;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:110:2:2:107:108:0.981818:57:50:0:2:57:51:0:2 chr16 46642286 . G A 363.61 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343228;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0484;QD=53.8676;RBI=0.045996;REFB=0;REVB=0.0306199;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00570943;OID=.;OPOS=46642286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:27:0:0:26:27:1:7:19:0:0:8:19:0:0 chr16 46655210 . A G 5084.28 PASS AF=1;AO=317;DP=324;FAO=322;FDP=322;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157167;FXX=0.00617265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.666;QD=63.1587;RBI=0.0157669;REFB=0;REVB=-0.00125695;RO=0;SAF=155;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40301e-05;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:324:322:0:0:317:322:1:162:155:0:0:162:160:0:0 chr16 46696284 . G A 1769.8 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0317168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.31;QD=59.9932;RBI=0.031731;REFB=-0.0763422;REVB=-0.000947266;RO=0;SAF=52;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10611e-08;STB=0.504761;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000160581;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:0:1:117:117:0.991525:65:52:0:0:65:52:1:0 chr16 46773999 . C A 2311.89 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176898;FXX=0.0135126;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4456;QD=63.3394;RBI=0.0433407;REFB=0;REVB=-0.0395662;RO=0;SAF=68;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319248;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:144:146:1:76:68:0:0:76:70:0:0 chr16 48122582 . G A 3817.1 PASS AF=0.980469;AO=249;DP=255;FAO=251;FDP=256;FR=.;FRO=5;FSAF=108;FSAR=143;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0735169;FXX=0.00775164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1659;QD=59.6422;RBI=0.0813043;REFB=-0.101798;REVB=0.0347226;RO=5;SAF=108;SAR=141;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139549;STB=0.507349;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00144886;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:255:256:5:5:249:251:0.980469:141:108:4:1:143:108:4:1 chr16 48234327 . C T 550.89 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00731211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.354;QD=17.9152;RBI=0.0119395;REFB=-0.0306484;REVB=0.00943851;RO=64;SAF=19;SAR=39;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971551;STB=0.550796;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0321796;OID=.;OPOS=48234327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:65:58:58:0.471545:39:19:27:37:39:19:27:38 chr16 48258198 . C T 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0519055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.492;QD=56.2118;RBI=0.0536801;REFB=-0.0843232;REVB=0.0136886;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000218762;OID=.;OPOS=48258198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:33:28:1:0:33:28:1:0 chr16 48303976 . C A 159.05 PASS AF=0.218487;AO=26;DP=119;FAO=26;FDP=119;FR=.;FRO=93;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.0539064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6013;QD=5.34607;RBI=0.0937262;REFB=-0.00451258;REVB=-0.0766727;RO=92;SAF=19;SAR=7;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372931;STB=0.733884;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0198387;OID=.;OPOS=48303976;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:92:93:26:26:0.218487:7:19:40:52:7:19:40:53 chr16 48575878 . G A 473.6 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0550031;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.885;QD=16.1916;RBI=0.0573216;REFB=0.00125449;REVB=0.0161379;RO=64;SAF=19;SAR=33;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05901;STB=0.53834;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.00136777;OID=.;OPOS=48575878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:64:65:52:52:0.444444:33:19:27:37:33:19:28:37 chr16 49525238 . C T 468.54 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00485761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1584;QD=18.0207;RBI=0.02686;REFB=0.00267875;REVB=-0.0264171;RO=54;SAF=18;SAR=32;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203157;STB=0.612933;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00249483;OID=.;OPOS=49525238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:32:18:31:23:32:18:31:23 chr16 49672520 . A G 215.2 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0780008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6587;QD=13.0422;RBI=0.121116;REFB=-0.0419375;REVB=-0.0926546;RO=40;SAF=18;SAR=8;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212529;STB=0.512186;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0600059;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:8:18:27:13:8:18:27:13 chr16 50059279 . C A 3404.61 PASS AF=0.927711;AO=228;DP=249;FAO=231;FDP=249;FR=.;FRO=18;FSAF=90;FSAR=141;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0431457;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.475;QD=54.6925;RBI=0.0431637;REFB=-0.1007;REVB=0.00124442;RO=4;SAF=89;SAR=139;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209302;STB=0.533222;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00156031;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:249:249:4:18:228:231:0.927711:139:89:4:0:141:90:15:3 chr16 50069772 . A G 1751.76 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00353402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.72;QD=59.8891;RBI=0.0139908;REFB=-0.036176;REVB=-0.0135371;RO=1;SAF=47;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683355;STB=0.503597;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=5.40294e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:69:47:0:1:69:47:0:1 chr16 50071011 . C CTTTAG,T 485.21 PASS AF=0.808511,0;AO=33,2;DP=46;FAO=38,0;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=12,0;FSAR=26,0;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00519175,-0.0239184;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=5,1;MLLD=197.579,113.189;QD=41.2947;RBI=0.00540271,0.0260954;REFB=-0.010213,0.00692208;REVB=0.00149498,-0.0104346;RO=10;SAF=11,0;SAR=22,2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.166093,-0.655147;STB=0.573489,0.5;STBP=0.07,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000300128,0;OID=.,.;OPOS=50071012,50071011;OREF=-,C;OALT=TTTAG,T;OMAPALT=CTTTAG,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:47:10:9:33,2:38,0:0.808511,0:22,2:11,0:7:3:26,0:12,0:6:3 chr16 50263762 . G A 340.78 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.908;QD=54.5248;RBI=0.0260839;REFB=0;REVB=-0.0206522;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36345e-05;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:12:13:0:0 chr16 50265818 . C T 251.55 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0371097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2269;QD=17.054;RBI=0.0677778;REFB=0.0128815;REVB=-0.0567159;RO=30;SAF=6;SAR=22;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309236;STB=0.685407;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0160049;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:22:6:15:15:22:6:16:15 chr16 50326661 . A G 3500.64 PASS AF=1;AO=222;DP=228;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238073;FXX=0.0263146;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.786;QD=63.0746;RBI=0.0244929;REFB=0;REVB=0.00575483;RO=0;SAF=103;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64086e-05;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:222:0:0:222:222:1:119:103:0:0:119:103:0:0 chr16 50368663 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.905;QD=58.6006;RBI=0.00166434;REFB=0;REVB=0.00127869;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15546e-06;OID=.;OPOS=50368663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr16 50642201 . G C 2150.64 PASS AF=0.985816;AO=138;DP=141;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=97;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0218478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0898;QD=61.011;RBI=0.0343695;REFB=-0.0803265;REVB=-0.0265317;RO=2;SAF=41;SAR=97;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226218;STB=0.511626;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00174382;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:141:141:2:2:138:139:0.985816:97:41:2:0:97:42:2:0 chr16 50756560 . G T 298.77 PASS AF=0.280822;AO=41;DP=141;FAO=41;FDP=146;FR=.;FRO=105;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=-0.00460823;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.828;QD=8.18559;RBI=0.0312791;REFB=-0.00856061;REVB=-0.0309378;RO=94;SAF=24;SAR=17;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164459;STB=0.624652;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0241284;OID=.;OPOS=50756560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:146:94:105:41:41:0.280822:17:24:42:52:17:24:43:62 chr16 51171175 . C T 3879.54 PASS AF=1;AO=251;DP=252;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340061;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0441;QD=61.8254;RBI=0.0346009;REFB=-0.0604466;REVB=-0.00638836;RO=1;SAF=106;SAR=145;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447582;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169962;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:252:251:1:0:251:251:1:145:106:1:0:145:106:0:0 chr16 51173559 . G A 477.9 PASS AF=0.442623;AO=49;DP=117;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.015993;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.788;QD=15.6689;RBI=0.0556653;REFB=-0.0181085;REVB=0.0533184;RO=68;SAF=21;SAR=28;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809868;STB=0.521269;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00937473;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:122:68:68:49:54:0.442623:28:21:24:44:33:21:24:44 chr16 51705448 . C T 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.256;QD=61.3737;RBI=0.0103836;REFB=0;REVB=0.00691711;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43711e-06;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr16 53262964 . C T 1212.96 PASS AF=0.4;AO=138;DP=354;FAO=140;FDP=350;FR=.;FRO=210;FSAF=58;FSAR=82;FSRF=73;FSRR=137;FWDB=-0.0205808;FXX=0.0250689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9207;QD=13.8624;RBI=0.0330031;REFB=-0.0105168;REVB=-0.0257999;RO=181;SAF=56;SAR=82;SRF=68;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032122;STB=0.541796;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0154218;OID=.;OPOS=53262964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:350:181:210:138:140:0.4:82:56:68:113:82:58:73:137 chr16 53341748 . T G 2363.45 PASS AF=1;AO=143;DP=150;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449525;FXX=0.035926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1901;QD=58.7192;RBI=0.0517848;REFB=-0.038291;REVB=0.0257086;RO=1;SAF=64;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737208;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0058214;OID=.;OPOS=53341748;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:150:161:1:0:143:161:1:79:64:1:0:80:81:0:0 chr16 53396356 . T C 2356.74 PASS AF=1;AO=141;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8127;QD=63.6956;RBI=0.102315;REFB=0;REVB=0.0984737;RO=2;SAF=76;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123471;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294605;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:148:2:0:141:148:1:65:76:2:0:70:78:0:0 chr16 53397537 . G A 569.88 PASS AF=0.423611;AO=61;DP=144;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.00913032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.535;QD=15.8301;RBI=0.016414;REFB=-0.00508776;REVB=0.0136402;RO=83;SAF=28;SAR=33;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388189;STB=0.521732;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.008279;OID=.;OPOS=53397537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:83:83:61:61:0.423611:33:28:35:48:33:28:35:48 chr16 53404203 . C A 1301.96 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3996;QD=61.998;RBI=0.0733562;REFB=0;REVB=-0.0733084;RO=1;SAF=16;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000508424;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:1:0:83:84:1:67:16:1:0:67:17:0:0 chr16 53503934 . G A 760.52 PASS AF=0.442623;AO=81;DP=183;FAO=81;FDP=183;FR=.;FRO=102;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=0.00988246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1677;QD=16.6234;RBI=0.0752302;REFB=0.00684695;REVB=0.0745782;RO=102;SAF=44;SAR=37;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139062;STB=0.507736;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00893771;OID=.;OPOS=53503934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:102:102:81:81:0.442623:37:44:54:48:37:44:54:48 chr16 53503943 . C G 796.95 PASS AF=0.442105;AO=84;DP=190;FAO=84;FDP=190;FR=.;FRO=106;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=0.0141562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.425;QD=16.7779;RBI=0.0272239;REFB=-0.00568492;REVB=0.0232539;RO=102;SAF=48;SAR=36;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012682;STB=0.513758;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0054497;OID=.;OPOS=53503943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:102:106:84:84:0.442105:36:48:57:45:36:48:58:48 chr16 53504721 . T C 453.19 PASS AF=0.40625;AO=49;DP=126;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.00888364;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.564;QD=14.1622;RBI=0.0147772;REFB=0.00263688;REVB=-0.0118088;RO=76;SAF=27;SAR=22;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549867;STB=0.546099;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00358877;OID=.;OPOS=53504721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:76:76:49:52:0.40625:22:27:38:38:22:30:38:38 chr16 53513055 . T C 383.58 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0498047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6321;QD=20.4578;RBI=0.0514178;REFB=-0.0248074;REVB=0.0127783;RO=36;SAF=17;SAR=22;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416838;STB=0.523065;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0255664;OID=.;OPOS=53513055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:22:17:14:22:22:17:14:22 chr16 53682949 . C T 980.43 PASS AF=0.432099;AO=104;DP=243;FAO=105;FDP=243;FR=.;FRO=138;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=63;FSRR=75;FWDB=-0.0510502;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0654;QD=16.1387;RBI=0.0901933;REFB=-0.00475317;REVB=-0.0743553;RO=138;SAF=48;SAR=56;SRF=64;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00229648;STB=0.50579;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00478837;OID=.;OPOS=53682949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:138:138:104:105:0.432099:56:48:64:74:56:49:63:75 chr16 53945351 . G A 612.92 PASS AF=0.423313;AO=67;DP=161;FAO=69;FDP=163;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=31;FSRR=63;FWDB=0.00932633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5786;QD=15.0409;RBI=0.0131541;REFB=-0.00829276;REVB=0.00927627;RO=93;SAF=23;SAR=44;SRF=31;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114968;STB=0.502303;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0132157;OID=.;OPOS=53945351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:93:94:67:69:0.423313:44:23:31:62:46:23:31:63 chr16 54279640 . G T 426.98 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0183109;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.213;QD=14.1149;RBI=0.0187915;REFB=-0.0167057;REVB=0.00422289;RO=71;SAF=25;SAR=24;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180934;STB=0.50607;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.022785;OID=.;OPOS=54279640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:71:72:49:49:0.404959:24:25:35:36:24:25:36:36 chr16 54279687 . G C 377.97 PASS AF=0.415094;AO=41;DP=104;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.015646;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.025;QD=14.2629;RBI=0.0232692;REFB=-0.0188696;REVB=0.0172237;RO=63;SAF=20;SAR=21;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463893;STB=0.528289;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0213606;OID=.;OPOS=54279687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:63:62:41:44:0.415094:21:20:28:35:22:22:28:34 chr16 54279693 . A G 370.55 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0125424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.061;QD=14.8221;RBI=0.0209532;REFB=-0.0233931;REVB=0.0167847;RO=59;SAF=18;SAR=22;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0080981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0238305;OID=.;OPOS=54279693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:60:40:40:0.4:22:18:27:32:22:18:27:33 chr16 54319073 . CGT CGTC,GTC 54.4 PASS AF=0.151899,0.0379747;AO=14,4;DP=85;FAO=12,3;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=1,2;FSAR=11,1;FSRF=10;FSRR=54;FWDB=-0.0124928,-0.0145302;FXX=0.0246883;HRUN=0,6;LEN=1,3;MLLD=37.6767,46.1156;QD=2.75457;RBI=0.0363626,0.037244;REFB=-0.00566132,-0.00466756;REVB=-0.0341492,-0.0342927;RO=66;SAF=1,2;SAR=13,2;SRF=15;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.373271,0.296728;STB=0.650233,0.900344;STBP=0.467,0.585;TYPE=ins,mnp;VARB=0.105086,0.0732065;OID=.,.;OPOS=54319076,54319073;OREF=-,CGT;OALT=C,GTC;OMAPALT=CGTC,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:85:79:66:64:14,4:12,3:0.151899,0.0379747:13,2:1,2:15:51:11,1:1,2:10:54 chr16 55325460 . T C 626.03 PASS AF=0.570093;AO=61;DP=107;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.0207082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0237;QD=23.4028;RBI=0.0334307;REFB=0.000832057;REVB=-0.0262447;RO=46;SAF=17;SAR=44;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395062;STB=0.521546;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.000718429;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:46:61:61:0.570093:44:17:11:35:44:17:11:35 chr16 55523705 . T C 509.67 PASS AF=0.378049;AO=62;DP=163;FAO=62;FDP=164;FR=.;FRO=102;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=-0.0354144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.853;QD=12.4311;RBI=0.0407305;REFB=-0.0220293;REVB=-0.0201194;RO=101;SAF=28;SAR=34;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397085;STB=0.525132;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0389751;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:101:102:62:62:0.378049:34:28:42:59:34:28:42:60 chr16 55536727 . C T 602.71 PASS AF=0.441379;AO=61;DP=142;FAO=64;FDP=145;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=0.0974015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.6778;QD=16.6265;RBI=0.103198;REFB=-0.01712;REVB=0.0340989;RO=81;SAF=29;SAR=32;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119099;STB=0.551708;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0213537;OID=.;OPOS=55536727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:81:81:61:64:0.441379:32:29:48:33:32:32:48:33 chr16 55539614 . A C 239.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=35;FWDB=0.00152991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.223;QD=14.3243;RBI=0.014164;REFB=0.0106124;REVB=-0.0140812;RO=39;SAF=6;SAR=22;SRF=4;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194419;STB=0.608475;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0177708;OID=.;OPOS=55539614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:22:6:4:35:22:6:4:35 chr16 55562466 . G A 1684.76 PASS AF=0.481375;AO=168;DP=341;FAO=168;FDP=349;FR=.;FRO=181;FSAF=65;FSAR=103;FSRF=68;FSRR=113;FWDB=-0.0266529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.928;QD=19.3095;RBI=0.0322824;REFB=-0.0164403;REVB=-0.0182147;RO=173;SAF=65;SAR=103;SRF=64;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166077;STB=0.506146;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0174456;OID=.;OPOS=55562466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:349:173:181:168:168:0.481375:103:65:64:109:103:65:68:113 chr16 55601388 . A G 768.75 PASS AF=0.576;AO=72;DP=126;FAO=72;FDP=125;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.027925;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.759;QD=24.5999;RBI=0.0283526;REFB=-0.0113649;REVB=-0.00490564;RO=53;SAF=33;SAR=39;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251855;STB=0.513727;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00994728;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:53:53:72:72:0.576:39:33:26:27:39:33:26:27 chr16 55731835 . G A 427.1 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00667957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.7985;QD=15.5309;RBI=0.0580474;REFB=0.000529156;REVB=0.0576618;RO=62;SAF=28;SAR=20;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847566;STB=0.547526;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.000342298;OID=.;OPOS=55731835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:20:28:31:31:20:28:31:31 chr16 55803989 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8216;QD=43.486;RBI=0.0229515;REFB=0;REVB=0.0122041;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000344146;OID=.;OPOS=55803989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr16 55806311 . G T 782.75 PASS AF=0.426471;AO=87;DP=204;FAO=87;FDP=204;FR=.;FRO=117;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=75;FWDB=-0.000535196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.182;QD=15.348;RBI=0.010505;REFB=-0.00869122;REVB=-0.0104914;RO=114;SAF=38;SAR=49;SRF=42;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715425;STB=0.545865;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0105627;OID=.;OPOS=55806311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:114:117:87:87:0.426471:49:38:42:72:49:38:42:75 chr16 55806409 . T C 3837.05 PASS AF=0.992063;AO=249;DP=252;FAO=250;FDP=252;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=146;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0385044;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5976;QD=60.9055;RBI=0.0423218;REFB=-0.120882;REVB=0.0175656;RO=2;SAF=104;SAR=145;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128517;STB=0.500686;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.000576121;OID=.;OPOS=55806409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:252:252:2:2:249:250:0.992063:145:104:1:1:146:104:1:1 chr16 55862691 . G A 569.05 PASS AF=0.320175;AO=73;DP=231;FAO=73;FDP=228;FR=.;FRO=155;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=73;FSRR=82;FWDB=-0.0140197;FXX=0.0129865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.263;QD=9.98336;RBI=0.0140224;REFB=0.00163369;REVB=0.000278444;RO=158;SAF=39;SAR=34;SRF=73;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853899;STB=0.542955;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00307463;OID=.;OPOS=55862691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:228:158:155:73:73:0.320175:34:39:73:85:34:39:73:82 chr16 55862717 . T C 597.13 PASS AF=0.293478;AO=81;DP=276;FAO=81;FDP=276;FR=.;FRO=195;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=93;FSRR=102;FWDB=-0.00482822;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.052;QD=8.65406;RBI=0.00489812;REFB=0.00461596;REVB=0.00082454;RO=194;SAF=47;SAR=34;SRF=93;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122526;STB=0.573153;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.0122468;OID=.;OPOS=55862717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:194:195:81:81:0.293478:34:47:93:101:34:47:93:102 chr16 55862720 . T C 583.43 PASS AF=0.288809;AO=80;DP=277;FAO=80;FDP=277;FR=.;FRO=197;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=94;FSRR=103;FWDB=0.0115283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.729;QD=8.42491;RBI=0.0151586;REFB=-0.00620903;REVB=-0.00984283;RO=197;SAF=47;SAR=33;SRF=94;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134786;STB=0.578704;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0128454;OID=.;OPOS=55862720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:197:197:80:80:0.288809:33:47:94:103:33:47:94:103 chr16 55862762 . C G 503.35 PASS AF=0.252525;AO=74;DP=300;FAO=75;FDP=297;FR=.;FRO=222;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=103;FSRR=119;FWDB=0.000927079;FXX=0.0132886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.003;QD=6.77914;RBI=0.00417162;REFB=-0.00608509;REVB=-0.0040673;RO=225;SAF=36;SAR=38;SRF=104;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306294;STB=0.512014;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0179672;OID=.;OPOS=55862762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:297:225:222:74:75:0.252525:38:36:104:121:39:36:103:119 chr16 55862791 . T C 452.28 PASS AF=0.239726;AO=67;DP=292;FAO=70;FDP=292;FR=.;FRO=222;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=97;FSRR=125;FWDB=-0.013637;FXX=0.0101691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.791;QD=6.19568;RBI=0.0452417;REFB=-0.00560344;REVB=-0.0431375;RO=218;SAF=26;SAR=41;SRF=95;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625485;STB=0.51763;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0234229;OID=.;OPOS=55862791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:218:222:67:70:0.239726:41:26:95:123:41:29:97:125 chr16 55862824 . C T 420.05 PASS AF=0.247104;AO=64;DP=259;FAO=64;FDP=259;FR=.;FRO=195;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=86;FSRR=109;FWDB=0.0114664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6938;QD=6.4872;RBI=0.0150807;REFB=0.00306883;REVB=-0.00979543;RO=195;SAF=30;SAR=34;SRF=86;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351372;STB=0.521004;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.0115889;OID=.;OPOS=55862824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:195:195:64:64:0.247104:34:30:86:109:34:30:86:109 chr16 55862836 . G A 379.76 PASS AF=0.241803;AO=47;DP=235;FAO=59;FDP=244;FR=.;FRO=185;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=82;FSRR=103;FWDB=0.0201293;FXX=0.00812975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.036;QD=6.22554;RBI=0.0207209;REFB=-0.0102421;REVB=0.00491628;RO=184;SAF=16;SAR=31;SRF=82;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141229;STB=0.523868;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0337574;OID=.;OPOS=55862836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:244:184:185:47:59:0.241803:31:16:82:102:31:28:82:103 chr16 55862883 . C A 1003.09 PASS AF=0.603896;AO=93;DP=154;FAO=93;FDP=154;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00951203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.599;QD=26.0544;RBI=0.0124511;REFB=-0.00328055;REVB=-0.00803438;RO=61;SAF=32;SAR=61;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15094;STB=0.581958;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00203878;OID=.;OPOS=55862883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:61:61:93:93:0.603896:61:32:33:28:61:32:33:28 chr16 55883618 . T C 677.91 PASS AF=0.416667;AO=74;DP=180;FAO=75;FDP=180;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.0103579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2932;QD=15.0646;RBI=0.0339434;REFB=-0.00666419;REVB=0.0323244;RO=105;SAF=36;SAR=38;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916291;STB=0.508894;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0108725;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:105:105:74:75:0.416667:38:36:52:53:39:36:52:53 chr16 55897289 . C T 1116.69 PASS AF=0.332386;AO=91;DP=353;FAO=117;FDP=352;FR=.,HEALED;FRO=209;FSAF=35;FSAR=82;FSRF=102;FSRR=107;FWDB=0.116006;FXX=0.00283278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4584;QD=12.6896;RBI=0.117112;REFB=-0.00711632;REVB=0.0160527;RO=201;SAF=12;SAR=79;SRF=99;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51217;STB=0.629368;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0475592;OID=.;OPOS=55897289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:352:201:209:91:117:0.332386:79:12:99:102:82:35:102:107 chr16 55905636 . A G 3362.44 PASS AF=1;AO=216;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7649;QD=62.2674;RBI=0.0674077;REFB=0;REVB=-0.00177359;RO=0;SAF=92;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66884e-05;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:0:0:216:216:1:124:92:0:0:124:92:0:0 chr16 56228066 . A G 2539.05 PASS AF=0.993976;AO=164;DP=169;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159847;FXX=0.023528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.669;QD=61.182;RBI=0.0163292;REFB=0.0618905;REVB=-0.00333689;RO=0;SAF=91;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17809e-08;STB=0.502702;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-8.49582e-05;OID=.;OPOS=56228066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:166:0:1:164:165:0.993976:73:91:0:0:73:92:1:0 chr16 56228219 . G C 443.39 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0328654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2438;QD=15.0302;RBI=0.0340085;REFB=-0.00036934;REVB=-0.00874339;RO=67;SAF=28;SAR=22;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084288;STB=0.543209;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=4.02721e-05;OID=.;OPOS=56228219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:68:50:50:0.423729:22:28:32:35:22:28:33:35 chr16 56368689 . C T 667.8 PASS AF=0.442424;AO=73;DP=165;FAO=73;FDP=165;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=58;FSRR=34;FWDB=0.0120568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.573;QD=16.1892;RBI=0.0241573;REFB=-0.0185592;REVB=0.0209334;RO=91;SAF=32;SAR=41;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185798;STB=0.605883;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0168244;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:91:92:73:73:0.442424:41:32:57:34:41:32:58:34 chr16 56395610 . G A 1627.36 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146612;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.19;QD=60.2728;RBI=0.0787193;REFB=0;REVB=0.077342;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12809e-05;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:106:108:1:47:59:0:0:49:59:0:0 chr16 56396486 . C T 1511.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.41;QD=63.6504;RBI=0.0315581;REFB=0;REVB=0.018834;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74232e-05;OID=.;OPOS=56396486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:38:56:0:0:38:57:0:0 chr16 56510299 . A C 696.57 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0323259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.878;QD=52.571;RBI=0.03241;REFB=-0.0174794;REVB=0.00233342;RO=2;SAF=37;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198961;STB=0.510575;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00161953;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:14:37:1:1:14:37:1:1 chr16 56545175 . T C 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0322156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.587;QD=16.4201;RBI=0.0341323;REFB=-0.00146986;REVB=-0.0112771;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057773;STB=0.532446;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00110931;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:18:11:11:23:18:11:11:23 chr16 56548501 . C T 1116.08 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.105;QD=60.3284;RBI=0.0372607;REFB=0;REVB=0.00748761;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53834e-05;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:36:37:0:0:37:37:0:0 chr16 56601720 . A G 986.66 PASS AF=0.536723;AO=95;DP=177;FAO=95;FDP=177;FR=.;FRO=82;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=0.0272837;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.224;QD=22.2974;RBI=0.0276132;REFB=0.00442855;REVB=-0.00425301;RO=82;SAF=43;SAR=52;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106883;STB=0.558294;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00456285;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:82:82:95:95:0.536723:52:43:27:55:52:43:27:55 chr16 56601722 . T C 928.51 PASS AF=0.526012;AO=91;DP=174;FAO=91;FDP=173;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=0.0309567;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9928;QD=21.4684;RBI=0.0311314;REFB=0.00320451;REVB=-0.00329422;RO=80;SAF=42;SAR=49;SRF=27;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107858;STB=0.557749;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00371274;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:80:82:91:91:0.526012:49:42:27:53:49:42:28:54 chr16 56643205 . C T 298.9 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0232192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3236;QD=16.1566;RBI=0.0384402;REFB=-0.0015395;REVB=-0.0306352;RO=38;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979402;STB=0.535633;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00152738;OID=.;OPOS=56643205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:38:41:33:33:0.445946:19:14:20:18:19:14:20:21 chr16 56651456 . C A 1086.84 PASS AF=0.514286;AO=106;DP=215;FAO=108;FDP=210;FR=.;FRO=102;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=0.00900172;FXX=0.0232547;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.769;QD=20.7017;RBI=0.0289782;REFB=-0.0124761;REVB=0.0275446;RO=99;SAF=66;SAR=40;SRF=58;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341612;STB=0.516572;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.012975;OID=.;OPOS=56651456;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:210:99:102:106:108:0.514286:40:66:58:41:42:66:59:43 chr16 56667282 . C A 292.8 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00746076;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.081;QD=12.2;RBI=0.0205341;REFB=-0.00597766;REVB=0.0191307;RO=62;SAF=15;SAR=19;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808917;STB=0.546456;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00936798;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:62:62:34:34:0.354167:19:15:23:39:19:15:23:39 chr16 56673227 . C A 219.06 PASS AF=0.454545;AO=26;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.123469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9256;QD=15.9317;RBI=0.125253;REFB=0.00542251;REVB=0.021066;RO=28;SAF=7;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235452;STB=0.613541;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0107623;OID=.;OPOS=56673227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:30:26:25:0.454545:19:7:14:14:18:7:14:16 chr16 56673249 . T C 174.66 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0372803;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3034;QD=18.8822;RBI=0.0413427;REFB=-0.0236826;REVB=0.0178717;RO=17;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292682;STB=0.680337;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0407866;OID=.;OPOS=56673249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:19:17:18:0.486486:13:4:9:8:14:4:10:9 chr16 56673828 . A G 516.28 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0263791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.419;QD=22.4468;RBI=0.0384772;REFB=-0.0133827;REVB=-0.0280113;RO=41;SAF=29;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875281;STB=0.559921;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0110844;OID=.;OPOS=56673828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:43:49:49:0.532609:20:29:20:21:20:29:20:23 chr16 56686470 . C T 449.5 PASS AF=0.36646;AO=49;DP=154;FAO=59;FDP=161;FR=.;FRO=102;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=0.00894381;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.363;QD=11.1676;RBI=0.011969;REFB=-0.00297259;REVB=0.00795391;RO=104;SAF=32;SAR=17;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117904;STB=0.516796;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0573752;OID=.;OPOS=56686470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:161:104:102:49:59:0.36646:17:32:58:46:27:32:58:44 chr16 56686471 . G T 1169.76 PASS AF=0.625;AO=104;DP=167;FAO=105;FDP=168;FR=.;FRO=63;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00377964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.408;QD=27.8514;RBI=0.00433429;REFB=0.0012391;REVB=-0.00212142;RO=63;SAF=58;SAR=46;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350392;STB=0.516789;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00976884;OID=.;OPOS=56686471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:63:63:104:105:0.625:46:58:32:31:47:58:32:31 chr16 56701294 . T A 201.59 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0222858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.702;QD=17.1566;RBI=0.0293983;REFB=-0.0114864;REVB=-0.0191729;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873898;STB=0.53438;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0138312;OID=.;OPOS=56701294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:9:11:12:14:10:11:12:14 chr16 56709728 . GA CG 342.86 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196284;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=2;MLLD=151.378;QD=54.858;RBI=0.027575;REFB=0;REVB=0.0193676;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-9.31326e-05;OID=.;OPOS=56709728;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:24:25:1:4:20:0:0:5:20:0:0 chr16 56855496 . C G 1434.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.845;QD=63.0511;RBI=0.0380745;REFB=0;REVB=0.0370382;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101429;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr16 56868700 . A G 1299.61 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0976641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.067;QD=61.886;RBI=0.0976869;REFB=0;REVB=0.00210715;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013297;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:52:32:0:0:52:32:0:0 chr16 56904587 . C G 1643.41 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00786772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1854;QD=59.2219;RBI=0.0155569;REFB=-0.0530901;REVB=-0.0134207;RO=1;SAF=53;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887305;STB=0.504672;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.000114635;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:57:53:1:0:57:53:1:0 chr16 56913513 . C T 1129.83 PASS AF=0.518519;AO=112;DP=216;FAO=112;FDP=216;FR=.;FRO=104;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.0052007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.114;QD=20.9228;RBI=0.00538608;REFB=-0.0282203;REVB=-0.00140089;RO=104;SAF=47;SAR=65;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00558617;STB=0.503058;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.025347;OID=.;OPOS=56913513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:104:104:112:112:0.518519:65:47:43:61:65:47:43:61 chr16 56938387 . C T 853.18 PASS AF=0.460733;AO=88;DP=191;FAO=88;FDP=191;FR=.;FRO=103;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=-0.0170052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.3946;QD=17.8677;RBI=0.0389218;REFB=0.00138256;REVB=-0.0350104;RO=98;SAF=36;SAR=52;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173907;STB=0.593417;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00280689;OID=.;OPOS=56938387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:98:103:88:88:0.460733:52:36:58:40:52:36:60:43 chr16 57005301 . C T 1415.24 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.559;QD=62.8995;RBI=0.0364102;REFB=0;REVB=-0.0088713;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258177;OID=.;OPOS=57005301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr16 57067595 . A T 545.27 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0231105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.301;QD=25.6597;RBI=0.0231376;REFB=0.00888675;REVB=0.00112001;RO=33;SAF=24;SAR=26;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256172;STB=0.52586;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00571319;OID=.;OPOS=57067595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:33:35:50:50:0.588235:26:24:17:16:26:24:19:16 chr16 57070004 . C CT,T 443.16 PASS AF=0.837838,0.0810811;AO=14,11;DP=40;FAO=31,3;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=18,2;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00363182,0.0109468;FXX=0;HRUN=0,6;LEN=1,1;MLLD=94.4101,87.2553;QD=47.9093;RBI=0.0803235,0.0771013;REFB=-0.0993262,-0.100198;REVB=0.0802414,0.0763202;RO=7;SAF=14,4;SAR=0,7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.83447,-0.0469824;STB=0.551691,0.798389;STBP=0.077,0.353;TYPE=ins,snp;VARB=0.013397,-0.0446482;OID=.,.;OPOS=57070005,57070004;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:40:37:7:3:14,11:31,3:0.837838,0.0810811:0,7:14,4:3:4:13,1:18,2:0:3 chr16 57071113 . TA CG 1923.65 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355196;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.26;QD=62.0533;RBI=0.068305;REFB=0;REVB=-0.0583433;RO=0;SAF=79;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.43858e-05;OID=.;OPOS=57071113;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:124:124:1:45:79:0:0:45:79:0:0 chr16 57073683 . G C 2368.69 PASS AF=1;AO=93;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.794;QD=61.1275;RBI=0.0332138;REFB=0;REVB=-0.0310375;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9532e-05;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:93:155:1:39:54:0:0:70:85:0:0 chr16 57095842 . AAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA AAAAGAAAGAAAGAAAG,AAAAGAAAGAAAGAAAGA 306.41 PASS AF=0,1;AO=6,7;DP=30;FAO=0,27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747984,0.0796504;FXX=0.128991;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=192.378,203.978;QD=45.3933;RBI=0.0799709,0.0883322;REFB=0,0;REVB=0.0282941,0.0381888;RO=0;SAF=0,1;SAR=6,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000479362;OID=.,.;OPOS=57095859,57095843;OREF=AAAGA,AAAG;OALT=-,-;OMAPALT=AAAAGAAAGAAAGAAAG,AAAAGAAAGAAAGAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,7:30:0,27:27:0:0,7:0,20:0:0:6:0:0,1:6,6:0:0 chr16 57392733 . A C 899.88 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456215;FXX=0.0605969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9765;QD=58.0566;RBI=0.0456216;REFB=0;REVB=6.03678e-05;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247961;OID=.;OPOS=57392733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:40:21:0:0:40:22:0:0 chr16 57499902 . T C 1491.39 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0175098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4628;QD=57.3611;RBI=0.0619283;REFB=0.0578077;REVB=0.0594014;RO=2;SAF=48;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193561;STB=0.510202;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000674847;OID=.;OPOS=57499902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:54:48:2:0:54:48:2:0 chr16 57503213 . C T 3443.25 PASS AF=0.986726;AO=222;DP=226;FAO=223;FDP=226;FR=.;FRO=3;FSAF=92;FSAR=131;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.023545;FXX=0.0173905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.671;QD=60.9424;RBI=0.0255309;REFB=-0.126885;REVB=-0.00987229;RO=3;SAF=92;SAR=130;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659314;STB=0.503475;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.000717334;OID=.;OPOS=57503213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:226:226:3:3:222:223:0.986726:130:92:2:1:131:92:2:1 chr16 57562804 . G A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00292762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.869;QD=39.3184;RBI=0.0217214;REFB=-0.0568659;REVB=0.0215232;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00385134;OID=.;OPOS=57562804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:6:7:1:0:6:7:1:0 chr16 57595999 . A G 789.18 PASS AF=0.528169;AO=75;DP=143;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00116754;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.792;QD=22.2303;RBI=0.0346952;REFB=-0.00941403;REVB=-0.0346755;RO=67;SAF=30;SAR=45;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813698;STB=0.544657;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00938001;OID=.;OPOS=57595999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:67:67:75:75:0.528169:45:30:33:34:45:30:33:34 chr16 57601792 . C T 291.18 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0151288;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.962;QD=25.32;RBI=0.0241754;REFB=-0.0185338;REVB=-0.0188565;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227804;STB=0.630341;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0146966;OID=.;OPOS=57601792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:20:25:26:0.565217:13:12:4:16:13:13:4:16 chr16 57689385 . C G 709.81 PASS AF=0.413265;AO=67;DP=187;FAO=81;FDP=196;FR=.;FRO=115;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=0.000167502;FXX=0.0248744;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.903;QD=14.486;RBI=0.0154211;REFB=-0.0173034;REVB=-0.0154202;RO=113;SAF=39;SAR=28;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574789;STB=0.557626;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0216519;OID=.;OPOS=57689385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:196:113:115:67:81:0.413265:28:39:60:53:33:48:57:58 chr16 57689883 . T C 664.23 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0539162;FXX=0.0150365;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6205;QD=20.2818;RBI=0.062559;REFB=-0.00410741;REVB=-0.0317281;RO=64;SAF=32;SAR=34;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564594;STB=0.526894;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00368711;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:64:65:66:66:0.503817:34:32:27:37:34:32:28:37 chr16 57723752 . A G 2622.11 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4729;QD=61.3359;RBI=0.0729411;REFB=0.00984995;REVB=-0.0701192;RO=1;SAF=85;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556671;STB=0.502924;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000326128;OID=.;OPOS=57723752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:1:1:170:170:0.994152:85:85:0:1:85:85:0:1 chr16 57786711 . C T 406.95 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00977086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.897;QD=20.0963;RBI=0.012379;REFB=-0.0140566;REVB=0.00760064;RO=34;SAF=16;SAR=25;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925689;STB=0.5678;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0125284;OID=.;OPOS=57786711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:34:40:41:41:0.506173:25:16:17:17:25:16:21:19 chr16 57787906 . C T 1901.81 PASS AF=0.466825;AO=194;DP=423;FAO=197;FDP=422;FR=.;FRO=225;FSAF=89;FSAR=108;FSRF=96;FSRR=129;FWDB=-0.00511661;FXX=0.0117093;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.638;QD=18.0266;RBI=0.00556727;REFB=-0.00519031;REVB=-0.00219427;RO=217;SAF=86;SAR=108;SRF=94;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00984912;STB=0.513548;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0058396;OID=.;OPOS=57787906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:422:217:225:194:197:0.466825:108:86:94:123:108:89:96:129 chr16 57795394 . G A 466.21 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00628822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.614;QD=16.6503;RBI=0.0138017;REFB=-0.0224964;REVB=0.0122859;RO=60;SAF=35;SAR=16;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207934;STB=0.621253;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0314341;OID=.;OPOS=57795394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:60:61:51:51:0.455357:16:35:29:31:16:35:29:32 chr16 57805176 . A G 1369.01 PASS AF=0.466443;AO=139;DP=297;FAO=139;FDP=298;FR=.;FRO=159;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=82;FSRR=77;FWDB=-0.0182988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.752;QD=18.3759;RBI=0.0225878;REFB=-0.0160976;REVB=0.0132424;RO=158;SAF=71;SAR=68;SRF=82;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00791112;STB=0.502633;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0199113;OID=.;OPOS=57805176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:298:158:159:139:139:0.466443:68:71:82:76:68:71:82:77 chr16 57937788 . T C 1581.69 PASS AF=0.461538;AO=164;DP=361;FAO=168;FDP=364;FR=.;FRO=196;FSAF=81;FSAR=87;FSRF=100;FSRR=96;FWDB=0.00547689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1193;QD=17.3812;RBI=0.00882875;REFB=-0.0120873;REVB=0.00692464;RO=190;SAF=81;SAR=83;SRF=99;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264154;STB=0.515111;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0324766;OID=.;OPOS=57937788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:364:190:196:164:168:0.461538:83:81:99:91:87:81:100:96 chr16 57937856 . G C,T 3556.02 PASS AF=0.438662,0.513011;AO=115,137;DP=269;FAO=118,138;FDP=269;FR=.;FRO=13;FSAF=61,58;FSAR=57,80;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0454863,0.0267111;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=33.7641,180.421;QD=52.8777;RBI=0.0657682,0.0267112;REFB=-0.117676,-0.0841713;REVB=0.047502,3.19399e-05;RO=11;SAF=58,57;SAR=57,80;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.066932,-0.0705587;STB=0.540453,0.543789;STBP=0.006,0.001;TYPE=snp,snp;VARB=0.0192103,0.00911302;OID=.,.;OPOS=57937856,57937856;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:269:269:11:13:115,137:118,138:0.438662,0.513011:57,80:58,57:10:1:57,80:61,58:12:1 chr16 57950057 . G A 1530.9 PASS AF=0.508361;AO=152;DP=301;FAO=152;FDP=299;FR=.;FRO=147;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=82;FSRR=65;FWDB=-0.0141554;FXX=0.0066443;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7817;QD=20.4803;RBI=0.0233141;REFB=-0.00158598;REVB=-0.0185249;RO=144;SAF=72;SAR=80;SRF=80;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727293;STB=0.541295;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00151984;OID=.;OPOS=57950057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:299:144:147:152:152:0.508361:80:72:80:64:80:72:82:65 chr16 57996960 . C T 1329.6 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.895;QD=61.8418;RBI=0.0680528;REFB=0;REVB=0.0141428;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156404;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:47:38:0:0:48:38:0:0 chr16 58030634 . C T 627.95 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0124616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.917;QD=20.5885;RBI=0.0134066;REFB=-0.00190974;REVB=-0.00494436;RO=58;SAF=29;SAR=34;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869354;STB=0.551198;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00176732;OID=.;OPOS=58030634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:59:63:63:0.516393:34:29:21:37:34:29:21:38 chr16 58030741 . G A 383.52 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00752866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.515;QD=20.1853;RBI=0.0188183;REFB=-0.00991933;REVB=0.0172467;RO=37;SAF=21;SAR=18;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186578;STB=0.603155;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0115564;OID=.;OPOS=58030741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:18:21:12:25:18:21:12:25 chr16 58080009 . C T 1973.69 PASS AF=0.963768;AO=132;DP=138;FAO=133;FDP=138;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=111;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0209526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9421;QD=57.2084;RBI=0.0659251;REFB=-0.189491;REVB=0.0625069;RO=6;SAF=21;SAR=111;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263372;STB=0.502262;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0172503;OID=.;OPOS=58080009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:138:138:6:5:132:133:0.963768:111:21:2:4:111:22:1:4 chr16 58191966 . C T 1918.03 PASS AF=1;AO=121;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00884754;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9907;QD=61.8719;RBI=0.077637;REFB=0;REVB=0.0771313;RO=0;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868874;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:121:124:1:71:50:0:0:74:50:0:0 chr16 58201628 . T C 574.72 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.024622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.363;QD=19.6486;RBI=0.0261022;REFB=-0.000668407;REVB=-0.00866499;RO=58;SAF=23;SAR=36;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701489;STB=0.538748;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.000961634;OID=.;OPOS=58201628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:36:23:27:31:36:23:27:31 chr16 58292303 . G A 399.39 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=-0.0207406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.514;QD=13.203;RBI=0.0207831;REFB=-0.0116107;REVB=0.00132859;RO=74;SAF=18;SAR=29;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683122;STB=0.53862;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0170932;OID=.;OPOS=58292303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:74:74:47:47:0.38843:29:18:24:50:29:18:24:50 chr16 58318604 . T C 621.15 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0164463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.3;QD=22.7943;RBI=0.022034;REFB=-0.00822991;REVB=0.0146634;RO=48;SAF=30;SAR=31;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269551;STB=0.514745;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00700319;OID=.;OPOS=58318604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:48:61:61:0.559633:31:30:22:26:31:30:22:26 chr16 58327646 . A G 724.91 PASS AF=0.441341;AO=78;DP=179;FAO=79;FDP=179;FR=.;FRO=100;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.000636759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7509;QD=16.1991;RBI=0.0200164;REFB=-0.0263601;REVB=-0.0200063;RO=100;SAF=40;SAR=38;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129319;STB=0.516193;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0201367;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:100:100:78:79:0.441341:38:40:50:50:38:41:49:51 chr16 58540531 . A G 3412.75 PASS AF=0.990991;AO=92;DP=221;FAO=220;FDP=222;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=93;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0831755;FXX=0.00892817;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.818;QD=61.4909;RBI=0.0896172;REFB=0;REVB=0.0333629;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741214;OID=.;OPOS=58540531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:221:222:0:0:92:220:0.990991:41:51:0:0:127:93:0:0 chr16 58542901 . G A 989.15 PASS AF=0.423077;AO=106;DP=258;FAO=110;FDP=260;FR=.;FRO=150;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=103;FSRR=47;FWDB=0.00760991;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0708;QD=15.2177;RBI=0.0366324;REFB=-0.0108348;REVB=-0.0358333;RO=151;SAF=63;SAR=43;SRF=102;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904096;STB=0.547967;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0127694;OID=.;OPOS=58542901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:260:151:150:106:110:0.423077:43:63:102:49:43:67:103:47 chr16 58545426 . A G 6418.48 PASS AF=1;AO=400;DP=400;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=213;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.448;QD=64.1848;RBI=0.0373647;REFB=0;REVB=0.00766157;RO=0;SAF=213;SAR=187;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10799e-05;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:400:400:0:0:400:400:1:187:213:0:0:187:213:0:0 chr16 58549932 . T C 1175.83 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0207026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3209;QD=59.5358;RBI=0.0211677;REFB=-0.0521944;REVB=0.00441323;RO=1;SAF=32;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145613;STB=0.50769;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00235617;OID=.;OPOS=58549932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:46:32:1:0:46:32:1:0 chr16 58552921 . G A 1527.56 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.716;QD=63.6485;RBI=0.0381234;REFB=0;REVB=0.00275633;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50544e-05;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:50:45:0:0:50:46:0:0 chr16 58553944 . A G 541.64 PASS AF=0.528846;AO=54;DP=103;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0175294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4649;QD=20.8323;RBI=0.0565596;REFB=-0.00717701;REVB=0.0537746;RO=49;SAF=20;SAR=34;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124645;STB=0.571661;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00757026;OID=.;OPOS=58553944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:49:49:54:55:0.528846:34:20:25:24:35:20:25:24 chr16 58575489 . G A 557.55 PASS AF=0.522936;AO=56;DP=108;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0293224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.491;QD=20.4604;RBI=0.0295923;REFB=0.000624061;REVB=-0.00398745;RO=52;SAF=21;SAR=35;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162429;STB=0.592267;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.000780816;OID=.;OPOS=58575489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:52:52:56:57:0.522936:35:21:29:23:36:21:29:23 chr16 58577315 . GAAAAAAAAAAAA GAAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAC,GAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAACA 321.68 PASS AF=0.508772,0,0.175439,0.315789;AO=14,3,11,3;DP=58;FAO=29,0,10,18;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,3,13;FSAR=26,0,7,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.260262,-0.0571569,-0.063985,-0.0791784;FXX=0.0499917;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,1,3,1;MLLD=3.12007,138.412,10.839,139.61;QD=22.5743;RBI=0.876185,0.0800699,0.233662,0.100205;REFB=0.16205,0.0571938,0.209016,0.0621835;REVB=-0.836638,-0.0560738,-0.22473,-0.0614145;RO=1;SAF=1,0,0,2;SAR=13,3,11,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0337274,0,0,0.266641;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,snp;VARB=-0.549982,0.0162416,0.137295,0.0124972;OID=.,.,.,.;OPOS=58577316,58577327,58577316,58577326;OREF=A,A,AAA,A;OALT=-,C,-,C;OMAPALT=GAAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAC,GAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.508772,0,0.175439,0.315789:14,3,11,3:58:29,0,10,18:57:0:3,0,3,13:26,0,7,5:0:0:99:1:1,0,0,2:13,3,11,1:0:1 chr16 58577421 . C T 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.623;QD=58.2342;RBI=0.02163;REFB=0;REVB=0.0144461;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55863e-05;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr16 58579274 . C T 1296.58 PASS AF=0.41691;AO=140;DP=339;FAO=143;FDP=343;FR=.;FRO=200;FSAF=75;FSAR=68;FSRF=100;FSRR=100;FWDB=-0.0202384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.521;QD=15.1205;RBI=0.021066;REFB=-0.026209;REVB=-0.00584673;RO=196;SAF=73;SAR=67;SRF=99;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171003;STB=0.514284;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0444084;OID=.;OPOS=58579274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:343:196:200:140:143:0.41691:67:73:99:97:68:75:100:100 chr16 58587737 . C T 433.81 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=49;FWDB=-0.0262297;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.964;QD=14.8312;RBI=0.0461057;REFB=0.0124234;REVB=0.0379176;RO=65;SAF=19;SAR=30;SRF=16;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158701;STB=0.568319;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0123884;OID=.;OPOS=58587737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:65:68:49:49:0.418803:30:19:16:49:30:19:19:49 chr16 58633158 . G A 407.5 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.069474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.937;QD=12.9365;RBI=0.0703825;REFB=-0.00929867;REVB=0.0112722;RO=78;SAF=30;SAR=18;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139269;STB=0.579235;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0195126;OID=.;OPOS=58633158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:78:78:48:48:0.380952:18:30:39:39:18:30:39:39 chr16 58712340 . C T 629.54 PASS AF=0.445161;AO=69;DP=156;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.0272899;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.461;QD=16.2462;RBI=0.0326239;REFB=-0.0154331;REVB=-0.0178768;RO=86;SAF=37;SAR=32;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139682;STB=0.577673;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0208007;OID=.;OPOS=58712340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:86:86:69:69:0.445161:32:37:34:52:32:37:34:52 chr16 58713850 . C T 1523.62 PASS AF=0.485893;AO=154;DP=319;FAO=155;FDP=319;FR=.;FRO=164;FSAF=80;FSAR=75;FSRF=75;FSRR=89;FWDB=0.0442538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.445;QD=19.105;RBI=0.0458515;REFB=0.00805785;REVB=-0.0119982;RO=162;SAF=80;SAR=74;SRF=74;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584591;STB=0.530204;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00990238;OID=.;OPOS=58713850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:162:164:154:155:0.485893:74:80:74:88:75:80:75:89 chr16 58743454 . A C 432.34 PASS AF=0.416667;AO=47;DP=117;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0241077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.091;QD=14.4113;RBI=0.0348976;REFB=-0.00726213;REVB=0.0252321;RO=70;SAF=23;SAR=24;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341557;STB=0.513364;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0109604;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:70:70:47:50:0.416667:24:23:32:38:26:24:32:38 chr16 58750604 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0158323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2737;QD=14.3999;RBI=0.027335;REFB=0.00598907;REVB=-0.0222832;RO=34;SAF=21;SAR=4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278322;STB=0.661269;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00631894;OID=.;OPOS=58750604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:4:21:22:12:4:21:22:12 chr16 58757668 . A C 534.79 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00983504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.506;QD=18.7647;RBI=0.0109749;REFB=-0.00888272;REVB=-0.00487041;RO=58;SAF=28;SAR=28;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792953;STB=0.543844;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00828668;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:28:28:34:24:28:28:34:24 chr16 58757683 . A G 622.24 PASS AF=0.467153;AO=63;DP=136;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0158161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.096;QD=18.1675;RBI=0.0158175;REFB=0.0029103;REVB=0.000205028;RO=71;SAF=31;SAR=32;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546332;STB=0.525539;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00301992;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:71:73:63:64:0.467153:32:31:39:32:32:32:40:33 chr16 58804449 . T C 359.39 PASS AF=0.580645;AO=35;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0412266;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7427;QD=23.1863;RBI=0.0453559;REFB=-0.0250617;REVB=-0.0189084;RO=27;SAF=27;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351235;STB=0.70269;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0131699;OID=.;OPOS=58804449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:26:35:36:0.580645:8:27:10:17:8:28:9:17 chr16 64980818 . C T 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.506;QD=62.3136;RBI=0.0106082;REFB=0;REVB=0.0105144;RO=0;SAF=55;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52144e-06;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:31:55:0:0:31:55:0:0 chr16 65016087 . A C 3133.26 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2991;QD=61.7392;RBI=0.050606;REFB=0;REVB=0.0197893;RO=0;SAF=96;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192318;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:203:0:0:203:203:1:107:96:0:0:107:96:0:0 chr16 65022234 . C T 486.11 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0219873;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2975;QD=17.839;RBI=0.0510158;REFB=-0.0119768;REVB=-0.0460344;RO=56;SAF=27;SAR=25;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134393;STB=0.578474;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.013333;OID=.;OPOS=65022234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:56:57:52:52:0.477064:25:27:21:35:25:27:21:36 chr16 66420885 . C T 2737.02 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234106;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.682;QD=62.5605;RBI=0.026359;REFB=0;REVB=-0.0121137;RO=0;SAF=72;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17179e-05;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:103:72:0:0:103:72:0:0 chr16 66432423 . TC CC,CT 1575.18 PASS AF=0.504132,0.487603;AO=60,56;DP=121;FAO=61,59;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=21,30;FSAR=40,29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023881,0.0884906;FXX=0.00819605;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=89.2262,82.4378;QD=52.0721;RBI=0.0428197,0.101987;REFB=-0.0595208,-0.0524502;REVB=0.0355418,0.0507028;RO=0;SAF=21,28;SAR=39,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.506171,0.508472;STBP=0.535,0.548;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00967726,0.0573623;OID=.,.;OPOS=66432423,66432423;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:121:121:0:1:60,56:61,59:0.504132,0.487603:39,28:21,28:0:0:40,29:21,30:0:1 chr16 66436882 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 187.49 PASS AF=0.116,0.0506667;AO=141,66;DP=759;FAO=87,38;FDP=750;FR=.;FRO=625;FSAF=44,0;FSAR=43,38;FSRF=334;FSRR=291;FWDB=0.122092,-0.0993987;FXX=0.010554;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.88802,58.9471;QD=0.999963;RBI=0.123258,0.10435;REFB=-0.113993,-0.0174367;REVB=0.0169114,-0.0317613;RO=383;SAF=67,3;SAR=74,63;SRF=213;SRR=170;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.10052,-0.677041;STB=0.525164,0.99974;STBP=0.585,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.0787559,0.0626029;OID=.,.;OPOS=66436883,66436889;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.116,0.0506667:141,66:759:87,38:750:625:44,0:43,38:334:291:91:383:67,3:74,63:213:170 chr16 66527192 . G A 410.63 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.000304167;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.965;QD=26.4925;RBI=0.0154527;REFB=-0.0114116;REVB=-0.0154497;RO=22;SAF=22;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125038;STB=0.50042;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00705964;OID=.;OPOS=66527192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:22:23:39:39:0.629032:17:22:12:10:17:22:13:10 chr16 66584002 . T C 1617.99 PASS AF=0.455764;AO=170;DP=371;FAO=170;FDP=373;FR=.;FRO=203;FSAF=91;FSAR=79;FSRF=104;FSRR=99;FWDB=-0.0323708;FXX=0.00267373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2264;QD=17.3511;RBI=0.0614756;REFB=-0.0095669;REVB=-0.0522626;RO=200;SAF=91;SAR=79;SRF=104;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150359;STB=0.512545;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0124302;OID=.;OPOS=66584002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:373:200:203:170:170:0.455764:79:91:104:96:79:91:104:99 chr16 66600479 . G A 486.4 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.130477;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.101;QD=21.1479;RBI=0.1305;REFB=0.00121718;REVB=-0.00244613;RO=45;SAF=24;SAR=23;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11738;STB=0.564809;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00153099;OID=.;OPOS=66600479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:45:45:47:47:0.51087:23:24:17:28:23:24:17:28 chr16 66613525 . G A 759.0 PASS AF=0.445055;AO=81;DP=181;FAO=81;FDP=182;FR=.;FRO=101;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=65;FWDB=0.0134203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.939;QD=16.6813;RBI=0.02092;REFB=-0.00970988;REVB=-0.0160481;RO=100;SAF=43;SAR=38;SRF=35;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178746;STB=0.595994;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00999526;OID=.;OPOS=66613525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:100:101:81:81:0.445055:38:43:35:65:38:43:36:65 chr16 66614008 . T C 421.23 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00670466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5443;QD=15.8953;RBI=0.0207326;REFB=-0.0268948;REVB=0.0196186;RO=59;SAF=18;SAR=29;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768195;STB=0.543053;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0248578;OID=.;OPOS=66614008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:29:18:27:32:29:18:27:32 chr16 66656102 . C T 573.61 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0109784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.786;QD=26.0732;RBI=0.0131669;REFB=-0.0187005;REVB=-0.00726936;RO=36;SAF=16;SAR=36;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459763;STB=0.525141;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0122682;OID=.;OPOS=66656102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:36:16:13:23:36:16:13:23 chr16 66765067 . G A 3079.51 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225722;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.333;QD=63.824;RBI=0.0431784;REFB=0;REVB=0.0368086;RO=0;SAF=103;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01921e-05;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:193:0:0:194:193:1:91:103:0:0:90:103:0:0 chr16 66792714 . T C 635.89 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506956;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3158;QD=62.038;RBI=0.0403188;REFB=0;REVB=-0.0399988;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000677606;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr16 66812797 . C T 1677.26 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.956;QD=60.4417;RBI=0.0262426;REFB=0;REVB=-0.0056799;RO=0;SAF=41;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65433e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82347e-05;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:70:41:0:0:70:41:0:0 chr16 66851305 . ATTTTTTTTA ATTTTTTT,ATTTTTTTA,ATTTTTTTAA 90.84 PASS AF=0.10989,0.274725,0;AO=12,23,6;DP=107;FAO=10,25,0;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=5,12,0;FSAR=5,13,0;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0305447,-0.0188025,-0.0518144;FXX=0.116494;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=13.292,7.34211,9.03413;QD=3.99305;RBI=0.0882754,0.135124,0.0585529;REFB=0.0164331,-0.0355496,-0.0519161;REVB=0.0828225,0.133809,0.027271;RO=38;SAF=4,18,6;SAR=8,5,0;SRF=21;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.265424,0.29064,0.63636;STB=0.560487,0.562942,0.5;STBP=0.686,0.468,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0136522,0.0509711,0;OID=.,.,.;OPOS=66851313,66851306,66851313;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTA,ATTTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.10989,0.274725,0:12,23,6:107:10,25,0:91:56:5,12,0:5,13,0:32:24:42:38:4,18,6:8,5,0:21:17 chr16 66919929 . G C 373.83 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00722155;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.615;QD=19.9374;RBI=0.0389478;REFB=0.00381774;REVB=-0.0382725;RO=37;SAF=18;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610756;STB=0.533881;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.0044592;OID=.;OPOS=66919929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:37:38:38:0.506667:20:18:15:22:20:18:15:22 chr16 66920510 . A G 380.78 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0289172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4417;QD=19.5272;RBI=0.0372924;REFB=-0.00377656;REVB=-0.0235482;RO=39;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023256;STB=0.512916;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00381879;OID=.;OPOS=66920510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:21:18:17:22:21:18:17:22 chr16 66920949 . G A 690.95 PASS AF=0.48951;AO=67;DP=140;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.0118199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7934;QD=19.3273;RBI=0.0128189;REFB=-0.0111175;REVB=0.00496135;RO=71;SAF=35;SAR=32;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105766;STB=0.552433;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0121258;OID=.;OPOS=66920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:71:73:67:70:0.48951:32:35:29:42:35:35:29:44 chr16 66946748 . G C 648.16 PASS AF=0.401015;AO=65;DP=187;FAO=79;FDP=197;FR=.;FRO=118;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=68;FWDB=0.0115062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.67;QD=13.1607;RBI=0.0116326;REFB=-0.00861274;REVB=-0.00170988;RO=112;SAF=27;SAR=38;SRF=49;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252202;STB=0.504066;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0113057;OID=.;OPOS=66946748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:197:112:118:65:79:0.401015:38:27:49:63:45:34:50:68 chr16 66948130 . G A 734.87 PASS AF=0.464706;AO=78;DP=169;FAO=79;FDP=170;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=-0.00780062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.373;QD=17.2911;RBI=0.0184069;REFB=-0.00556943;REVB=-0.0166722;RO=91;SAF=47;SAR=31;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200328;STB=0.6062;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00910446;OID=.;OPOS=66948130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:91:91:78:79:0.464706:31:47:36:55:32:47:36:55 chr16 67037054 . A C 556.06 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00180288;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.163;QD=18.5354;RBI=0.0241156;REFB=-0.0202452;REVB=-0.0240482;RO=61;SAF=30;SAR=28;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387207;STB=0.525551;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0202376;OID=.;OPOS=67037054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:62:58:58:0.483333:28:30:29:32:28:30:29:33 chr16 67181999 . A G 238.69 PASS AF=0.45;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00220148;FXX=0.0322529;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.091;QD=15.9124;RBI=0.0260854;REFB=-0.0199914;REVB=0.0259924;RO=24;SAF=19;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18532;STB=0.561134;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.022614;OID=.;OPOS=67181999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:24:33:26:27:0.45:7:19:13:11:8:19:20:13 chr16 67233266 . A C 1734.99 PASS AF=0.458647;AO=183;DP=382;FAO=183;FDP=399;FR=.;FRO=216;FSAF=78;FSAR=105;FSRF=109;FSRR=107;FWDB=-0.0313706;FXX=0.00498741;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6639;QD=17.3934;RBI=0.112422;REFB=-0.0069651;REVB=-0.107956;RO=197;SAF=77;SAR=106;SRF=108;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120728;STB=0.542833;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00722353;OID=.;OPOS=67233266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:399:197:216:183:183:0.458647:106:77:108:89:105:78:109:107 chr16 67574233 . G T 655.78 PASS AF=0.556522;AO=64;DP=115;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0371677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.701;QD=22.8097;RBI=0.0393634;REFB=-0.0225187;REVB=-0.0129631;RO=51;SAF=44;SAR=20;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727237;STB=0.539865;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0282179;OID=.;OPOS=67574233;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:51:64:64:0.556522:20:44:31:20:20:44:31:20 chr16 67691668 . A G 590.12 PASS AF=0.442857;AO=62;DP=141;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0164325;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.873;QD=16.8607;RBI=0.025708;REFB=-0.00360809;REVB=-0.0197705;RO=79;SAF=23;SAR=39;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626388;STB=0.530602;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0038994;OID=.;OPOS=67691668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:79:78:62:62:0.442857:39:23:34:45:39:23:33:45 chr16 67918003 . G A 62.44 PASS AF=0.103896;AO=12;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=-0.0425601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7749;QD=3.24345;RBI=0.120192;REFB=-0.0362084;REVB=0.112404;RO=42;SAF=9;SAR=3;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242247;STB=0.561606;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.13225;OID=.;OPOS=67918003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:77:77:42:61:12:8:0.103896:3:9:24:18:3:5:42:19 chr16 67963887 . G A 820.99 PASS AF=0.429907;AO=90;DP=212;FAO=92;FDP=214;FR=.;FRO=122;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=70;FSRR=52;FWDB=-0.0108145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5189;QD=15.3456;RBI=0.0170092;REFB=0.00727218;REVB=-0.0131286;RO=122;SAF=44;SAR=46;SRF=70;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874461;STB=0.554283;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00941441;OID=.;OPOS=67963887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:122:122:90:92:0.429907:46:44:70:52:48:44:70:52 chr16 67965002 . T C 444.61 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00559621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.544;QD=16.4672;RBI=0.0191688;REFB=-0.0172673;REVB=-0.0183337;RO=59;SAF=19;SAR=30;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00213696;STB=0.501193;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0235447;OID=.;OPOS=67965002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:30:19:23:36:30:19:23:36 chr16 68025801 . G C 1661.23 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0413266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.166;QD=59.3297;RBI=0.0669924;REFB=0.0791763;REVB=-0.0527266;RO=1;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736083;STB=0.503875;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00240052;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:64:47:0:1:64:47:0:1 chr16 68057096 . T C 3085.07 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.099293;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4838;QD=61.0905;RBI=0.0992974;REFB=0.0530829;REVB=-0.000934755;RO=1;SAF=93;SAR=107;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443067;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935894;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:201:202:1:0:200:202:1:107:93:0:1:107:95:0:0 chr16 68100461 . C T 681.91 PASS AF=0.464968;AO=73;DP=158;FAO=73;FDP=157;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0308296;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0592;QD=17.3736;RBI=0.105088;REFB=-0.00840329;REVB=0.100464;RO=85;SAF=33;SAR=40;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181009;STB=0.512997;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0122232;OID=.;OPOS=68100461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:85:84:73:73:0.464968:40:33:40:45:40:33:40:44 chr16 68569440 . T G 213.22 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00379357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.898;QD=10.401;RBI=0.0285913;REFB=-0.000363097;REVB=0.0283385;RO=55;SAF=11;SAR=16;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15855;STB=0.592524;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00104177;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:55:27:27:0.329268:16:11:30:25:16:11:30:25 chr16 68569459 . T C 222.53 PASS AF=0.325581;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.012504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.405;QD=10.35;RBI=0.0127361;REFB=-0.010129;REVB=0.00242;RO=57;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725738;STB=0.536886;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0220675;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:58:28:28:0.325581:16:12:28:29:16:12:28:30 chr16 68598007 . A G 482.02 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00949788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1805;QD=20.5114;RBI=0.0424679;REFB=-0.0075764;REVB=0.0413922;RO=47;SAF=21;SAR=26;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133876;STB=0.574101;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0078997;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:26:21:28:19:26:21:28:19 chr16 68712797 . G A 166.22 PASS AF=0.219512;AO=27;DP=123;FAO=27;FDP=123;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0344725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.754;QD=5.40556;RBI=0.038671;REFB=-0.0075826;REVB=0.017524;RO=96;SAF=10;SAR=17;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114224;STB=0.570842;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0259004;OID=.;OPOS=68712797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:96:96:27:27:0.219512:17:10:44:52:17:10:44:52 chr16 68713730 . G A 2963.36 PASS AF=0.994709;AO=188;DP=189;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.026061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.233;QD=62.7166;RBI=0.037022;REFB=0.0045832;REVB=0.0262954;RO=1;SAF=108;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438875;STB=0.502304;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-4.64276e-05;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:189:1:1:188:188:0.994709:80:108:1:0:80:108:1:0 chr16 68713823 . C A 2870.68 PASS AF=0.951456;AO=196;DP=206;FAO=196;FDP=206;FR=.;FRO=10;FSAF=98;FSAR=98;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0193116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5841;QD=55.7413;RBI=0.03491;REFB=-0.0140321;REVB=-0.0290821;RO=8;SAF=98;SAR=98;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279727;STB=0.519415;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00590118;OID=.;OPOS=68713823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:206:206:8:10:196:196:0.951456:98:98:7:1:98:98:9:1 chr16 68721470 . T C 1540.3 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00942096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.033;QD=59.8176;RBI=0.00978262;REFB=0;REVB=0.00263537;RO=0;SAF=36;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10323e-06;OID=.;OPOS=68721470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:67:36:0:0:67:36:0:0 chr16 68721533 . G C 491.08 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0155195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.06;QD=19.8415;RBI=0.0437158;REFB=-0.0261158;REVB=-0.0408683;RO=49;SAF=18;SAR=30;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126596;STB=0.561332;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0285569;OID=.;OPOS=68721533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:49:51:48:48:0.484848:30:18:25:24:30:18:25:26 chr16 68725783 . G A 513.39 PASS AF=0.58427;AO=46;DP=81;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0153419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.8351;QD=23.0736;RBI=0.0815593;REFB=-0.071426;REVB=0.0801034;RO=34;SAF=26;SAR=20;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1636;STB=0.588407;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0590264;OID=.;OPOS=68725783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:89:34:37:46:52:0.58427:20:26:12:22:20:32:15:22 chr16 68729785 . C A 412.79 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.00253819;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.107;QD=14.7424;RBI=0.0405126;REFB=-0.0211785;REVB=-0.040433;RO=64;SAF=26;SAR=21;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866561;STB=0.553169;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0214624;OID=.;OPOS=68729785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:64:65:47:47:0.419643:21:26:30:34:21:26:30:35 chr16 68732049 . A C 338.7 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.061628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.975;QD=15.2224;RBI=0.0617624;REFB=-0.0175465;REVB=-0.00407328;RO=51;SAF=26;SAR=11;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110076;STB=0.570214;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0212437;OID=.;OPOS=68732049;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:52:37:37:0.41573:11:26:31:20:11:26:31:21 chr16 68771372 . C T 1164.46 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.845;QD=58.2232;RBI=0.0341438;REFB=-0.185849;REVB=0.0243214;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129667;STB=0.500967;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000617976;OID=.;OPOS=68771372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:1:2:78:78:0.975:36:42:0:1:36:42:1:1 chr16 68776416 . G A 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0130088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.292;QD=26.4135;RBI=0.0137502;REFB=-0.00743289;REVB=-0.00445419;RO=17;SAF=6;SAR=19;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663058;STB=0.536557;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00552252;OID=.;OPOS=68776416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:19:6:3:14:19:6:3:14 chr16 68857441 . T C 417.75 PASS AF=0.371212;AO=48;DP=131;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.00269503;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.263;QD=12.659;RBI=0.0208983;REFB=0.00356948;REVB=0.0207238;RO=80;SAF=23;SAR=25;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459666;STB=0.514919;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00634593;OID=.;OPOS=68857441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:80:83:48:49:0.371212:25:23:35:45:26:23:37:46 chr16 68869449 . A G 497.72 PASS AF=0.947368;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0268942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.992;QD=52.3916;RBI=0.0300717;REFB=-0.0171155;REVB=0.0134541;RO=2;SAF=12;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166044;STB=0.509798;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000678746;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:38:2:2:34:36:0.947368:22:12:1:1:24:12:1:1 chr16 68919559 . T C 430.63 PASS AF=0.351724;AO=51;DP=145;FAO=51;FDP=145;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.00664385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.754;QD=11.8794;RBI=0.0277009;REFB=-0.000506335;REVB=-0.0268924;RO=93;SAF=27;SAR=24;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514036;STB=0.525964;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000719508;OID=.;OPOS=68919559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:93:94:51:51:0.351724:24:27:45:48:24:27:46:48 chr16 69008037 . C T 689.45 PASS AF=0.468354;AO=72;DP=159;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=0.0046037;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5151;QD=17.4543;RBI=0.0154849;REFB=0.0116104;REVB=-0.0147848;RO=79;SAF=32;SAR=40;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501698;STB=0.534637;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0194977;OID=.;OPOS=69008037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:79:84:72:74:0.468354:40:32:31:48:42:32:31:53 chr16 69143577 . A G 747.82 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.014296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8723;QD=19.8098;RBI=0.0152693;REFB=0.0127067;REVB=0.00536438;RO=75;SAF=30;SAR=46;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422815;STB=0.523287;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.0129386;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:75:75:76:76:0.503311:46:30:33:42:46:30:33:42 chr16 69334880 . CAAAAAAAAAAAAG CAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAGA,CAAAAAAAAAAG 200.0 PASS AF=0.735294,0.176471,0.0882353;AO=5,2,6;DP=36;FAO=25,6,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7,6,1;FSAR=18,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302219,-0.048708,-0.00255434;FXX=0.0555401;HRUN=12,12,12;LEN=1,2,2;MLLD=7.57181,44.1643,8.11301;QD=23.5293;RBI=0.104721,0.0492477,0.0587465;REFB=-0.29727,-0.061474,-0.24533;REVB=0.104678,0.00727081,0.0586909;RO=8;SAF=1,2,0;SAR=4,0,6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0712392,0.684179,-0.718972;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.110092,-0.0916691,0.0395055;OID=.,.,.;OPOS=69334881,69334892,69334881;OREF=A,AG,AA;OALT=-,GA,-;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAGA,CAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.735294,0.176471,0.0882353:5,2,6:36:25,6,3:34:0:7,6,1:18,0,2:0:0:22:8:1,2,0:4,0,6:2:6 chr16 69338271 . G A 819.94 PASS AF=0.542254;AO=78;DP=143;FAO=77;FDP=142;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.10805;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3754;QD=23.0968;RBI=0.110396;REFB=-0.025029;REVB=-0.022637;RO=65;SAF=40;SAR=38;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469931;STB=0.528737;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0103438;OID=.;OPOS=69338271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:65:65:78:77:0.542254:38:40:37:28:38:39:37:28 chr16 69338561 . CTTTTTTTT CTTTTTTT,CTTTTTTTC,CTTTTTTTTT,TCTTTTTTT 31.76 PASS AF=0.155556,0.0444444,0,0.0444444;AO=9,2,6,2;DP=47;FAO=7,2,0,2;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=5,0,0,0;FSAR=2,2,0,2;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0109522,-0.082583,0.00712098,-0.0400213;FXX=0.0425441;HRUN=8,8,8,1;LEN=1,1,1,2;MLLD=6.70912,27.44,7.63045,26.0054;QD=2.82296;RBI=0.0161889,0.0837574,0.00712488,0.0596996;REFB=-0.04484,-0.0233101,0.0279912,-0.0152893;REVB=-0.0119219,-0.0139773,0.000235673,-0.0442984;RO=24;SAF=7,0,4,0;SAR=2,2,2,2;SRF=18;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0448843,-0.62448,-0.118643,-0.62448;STB=0.50845,0.996682,0.5,0.996682;STBP=1,0.047,1,0.047;TYPE=del,snp,ins,mnp;VARB=0.0272316,0.0644988,0.0562876,-0.0209889;OID=.,.,.,.;OPOS=69338562,69338569,69338562,69338561;OREF=T,T,-,CT;OALT=-,C,T,TC;OMAPALT=CTTTTTTT,CTTTTTTTC,CTTTTTTTTT,TCTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:47:45:24:34:9,2,6,2:7,2,0,2:0.155556,0.0444444,0,0.0444444:2,2,2,2:7,0,4,0:18:6:2,2,0,2:5,0,0,0:24:10 chr16 69458591 . C T 688.06 PASS AF=0.474026;AO=72;DP=154;FAO=73;FDP=154;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=-0.0510793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2944;QD=17.8717;RBI=0.051946;REFB=0.0294957;REVB=-0.0094495;RO=81;SAF=32;SAR=40;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724207;STB=0.543714;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0386511;OID=.;OPOS=69458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:81:81:72:73:0.474026:40:32:30:51:40:33:30:51 chr16 69499731 . T C 318.36 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00358713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.269;QD=18.1923;RBI=0.0253742;REFB=-0.000655169;REVB=-0.0251194;RO=36;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288637;STB=0.51612;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.000824605;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:15:19:19:17:15:19:19:17 chr16 69704122 . C CTG 294.97 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200588;FXX=0.0832986;HRUN=5;LEN=2;MLLD=226.878;QD=53.6303;RBI=0.0326492;REFB=0;REVB=0.0257607;RO=4;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715858;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000244476;OID=.;OPOS=69704123;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:25:22:22:0:12:10:0:0:4:4:10:9:3:1 chr16 69733460 . G A 1916.17 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00749497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4591;QD=60.3518;RBI=0.0309605;REFB=-0.148549;REVB=-0.0300396;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.503597;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00196866;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:127:0:1:125:126:0.992126:69:56:0:0:69:57:0:1 chr16 69733665 . T G 1629.77 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0206211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.8126;QD=58.2059;RBI=0.030374;REFB=-0.0471387;REVB=0.0223014;RO=2;SAF=47;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00251737;STB=0.501326;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00023028;OID=.;OPOS=69733665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:63:47:1:1:63:47:1:1 chr16 69733755 . A G 247.41 PASS AF=0.484848;AO=29;DP=55;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.177493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.4828;QD=14.9945;RBI=0.187175;REFB=-0.18018;REVB=-0.0594208;RO=21;SAF=28;SAR=1;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.777931;STB=0.730699;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.240122;OID=.;OPOS=69733755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:66:21:34:29:32:0.484848:1:28:4:17:9:23:9:25 chr16 69735271 . T A 2295.52 PASS AF=0.993333;AO=142;DP=145;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4567;QD=61.2139;RBI=0.0948677;REFB=-0.187309;REVB=0.0909626;RO=0;SAF=84;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503937;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00192991;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:145:150:0:1:142:149:0.993333:58:84:0:0:63:86:0:1 chr16 69963355 . G A 1261.23 PASS AF=0.988095;AO=77;DP=78;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0432379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.196;QD=60.0584;RBI=0.043846;REFB=0.0147785;REVB=0.00727671;RO=1;SAF=49;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956196;STB=0.504672;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000351645;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:84:1:1:77:83:0.988095:28:49:1:0:30:53:1:0 chr16 69963403 . G A 265.6 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0105834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.957;QD=13.2802;RBI=0.0144515;REFB=0.000460599;REVB=-0.0098407;RO=48;SAF=19;SAR=12;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613956;STB=0.526209;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00206115;OID=.;OPOS=69963403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:12:19:32:16:12:19:32:17 chr16 69967897 . T C 1804.14 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.972;QD=61.1573;RBI=0.010599;REFB=0;REVB=0.00466995;RO=0;SAF=47;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64652e-05;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:71:47:0:0:71:47:0:0 chr16 69970329 . A G 1695.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.707;QD=60.5453;RBI=0.0321413;REFB=0;REVB=0.0283793;RO=0;SAF=46;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23116e-05;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:66:46:0:0:66:46:0:0 chr16 69973297 . C T 1237.42 PASS AF=0.468864;AO=128;DP=276;FAO=128;FDP=273;FR=.;FRO=145;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=85;FSRR=60;FWDB=0.0097342;FXX=0.0108692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.948;QD=18.1308;RBI=0.0122666;REFB=-0.00829576;REVB=0.00746426;RO=146;SAF=57;SAR=71;SRF=84;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125198;STB=0.574494;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0103452;OID=.;OPOS=69973297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:273:146:145:128:128:0.468864:71:57:84:62:71:57:85:60 chr16 69988373 . T C 2517.24 PASS AF=0.994083;AO=164;DP=168;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0561112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3658;QD=59.5797;RBI=0.0982785;REFB=0.0259853;REVB=0.0806858;RO=4;SAF=91;SAR=73;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253566;STB=0.503225;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000299555;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:168:169:4:1:164:168:0.994083:73:91:0:4:77:91:0:1 chr16 70010516 . ATGT A 106.85 PASS AF=0.6;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0133131;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=3;MLLD=159.244;QD=21.3704;RBI=0.0182898;REFB=0.00121711;REVB=0.0125411;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594792;STB=0.533841;STBP=0.767;TYPE=del;VARB=-0.000909993;OID=.;OPOS=70010517;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:12:22:12:20:8:7:5:4:4:59:8:7:5:4:4 chr16 70010589 . T C 885.02 PASS AF=0.3829;AO=103;DP=270;FAO=103;FDP=269;FR=.;FRO=166;FSAF=34;FSAR=69;FSRF=69;FSRR=97;FWDB=-0.0192235;FXX=0.0073798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.135;QD=13.1601;RBI=0.027838;REFB=-0.012176;REVB=0.0201348;RO=165;SAF=34;SAR=69;SRF=68;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973124;STB=0.557357;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0280918;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:165:166:103:103:0.3829:69:34:68:97:69:34:69:97 chr16 70010610 . C T 1102.76 PASS AF=0.407166;AO=125;DP=307;FAO=125;FDP=307;FR=.;FRO=182;FSAF=48;FSAR=77;FSRF=76;FSRR=106;FWDB=0.00859844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.725;QD=14.3681;RBI=0.0108358;REFB=0.00796246;REVB=-0.0065941;RO=180;SAF=48;SAR=77;SRF=75;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360955;STB=0.520835;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.012227;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:180:182:125:125:0.407166:77:48:75:105:77:48:76:106 chr16 70016573 . G A 5279.43 PASS AF=0.991124;AO=335;DP=339;FAO=335;FDP=338;FR=.;FRO=3;FSAF=196;FSAR=139;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0299752;FXX=0.00294977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.807;QD=62.4785;RBI=0.054432;REFB=0.0215122;REVB=0.045435;RO=3;SAF=196;SAR=139;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438638;STB=0.502299;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-6.10396e-05;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:339:338:3:3:335:335:0.991124:139:196:1:2:139:196:1:2 chr16 70064261 . C T 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.008;QD=55.65;RBI=0.046094;REFB=0;REVB=0.0449163;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643092;OID=.;OPOS=70064261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr16 70161263 . T C 107.05 PASS AF=0.272727;AO=14;DP=54;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.00857784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.8;QD=7.78541;RBI=0.016916;REFB=6.07971e-05;REVB=0.0145799;RO=40;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379668;STB=0.739454;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=2.70261e-05;OID=.;OPOS=70161263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:40:40:14:15:0.272727:6:8:10:30:6:9:10:30 chr16 70164334 . A G 655.64 PASS AF=0.32197;AO=84;DP=264;FAO=85;FDP=264;FR=.;FRO=179;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=96;FSRR=83;FWDB=-0.00133849;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.817;QD=9.93393;RBI=0.0224369;REFB=-0.00374736;REVB=0.022397;RO=178;SAF=44;SAR=40;SRF=95;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011715;STB=0.504697;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00824999;OID=.;OPOS=70164334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:178:179:84:85:0.32197:40:44:95:83:40:45:96:83 chr16 70165914 . T C 82.9 PASS AF=0.168539;AO=15;DP=89;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0579235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.606;QD=3.72573;RBI=0.0607949;REFB=-0.00589729;REVB=0.0184633;RO=74;SAF=8;SAR=7;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926153;STB=0.561113;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0248405;OID=.;OPOS=70165914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:89:89:74:74:15:15:0.168539:7:8:34:40:7:8:34:40 chr16 70180088 . A T 812.95 PASS AF=0.474576;AO=84;DP=177;FAO=84;FDP=177;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=32;FSRR=61;FWDB=-0.00351397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.988;QD=18.3718;RBI=0.00683686;REFB=-0.00562782;REVB=0.0058647;RO=92;SAF=34;SAR=50;SRF=31;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676393;STB=0.533495;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00603507;OID=.;OPOS=70180088;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:92:93:84:84:0.474576:50:34:31:61:50:34:32:61 chr16 70182375 . T C 55.41 PASS AF=0.114035;AO=13;DP=114;FAO=13;FDP=114;FR=.;FRO=101;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.0678617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8907;QD=1.94438;RBI=0.0681757;REFB=-0.00535625;REVB=-0.00653488;RO=100;SAF=2;SAR=11;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385672;STB=0.793664;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0191854;OID=.;OPOS=70182375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:114:114:100:101:13:13:0.114035:11:2:44:56:11:2:45:56 chr16 70182390 . T G 77.26 PASS AF=0.147541;AO=13;DP=118;FAO=18;FDP=122;FR=.;FRO=104;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.0110401;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.13;QD=2.53325;RBI=0.0112237;REFB=-0.00305686;REVB=0.0020222;RO=103;SAF=2;SAR=11;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354002;STB=0.823378;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0215521;OID=.;OPOS=70182390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:118:122:103:104:13:18:0.147541:11:2:42:61:16:2:43:61 chr16 70190401 . C T 34.73 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0116337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.966;QD=4.63023;RBI=0.0779812;REFB=-0.00803598;REVB=-0.0771085;RO=24;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523806;STB=0.84995;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0200541;OID=.;OPOS=70190401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:1:5:9:15:1:5:9:15 chr16 70191029 . T G 689.92 PASS AF=0.317857;AO=89;DP=280;FAO=89;FDP=280;FR=.;FRO=191;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=92;FSRR=99;FWDB=-0.00374067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.608;QD=9.85595;RBI=0.0381123;REFB=-0.00942537;REVB=-0.0379283;RO=191;SAF=48;SAR=41;SRF=92;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682604;STB=0.539317;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0220903;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:191:191:89:89:0.317857:41:48:92:99:41:48:92:99 chr16 70191161 . C T 602.21 PASS AF=0.255072;AO=88;DP=345;FAO=88;FDP=345;FR=.;FRO=257;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=123;FSRR=134;FWDB=0.03855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0423;QD=6.98212;RBI=0.0385539;REFB=-0.00200848;REVB=-0.000547311;RO=255;SAF=44;SAR=44;SRF=121;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319504;STB=0.515938;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00750208;OID=.;OPOS=70191161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:255:257:88:88:0.255072:44:44:121:134:44:44:123:134 chr16 70191333 . T C 1342.24 PASS AF=0.648045;AO=116;DP=180;FAO=116;FDP=179;FR=.;FRO=63;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0065371;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.757;QD=29.9942;RBI=0.0202163;REFB=-0.0298795;REVB=0.0191302;RO=61;SAF=61;SAR=55;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519829;STB=0.521727;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.014378;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:61:63:116:116:0.648045:55:61:37:24:55:61:37:26 chr16 70191556 . G A 222.62 PASS AF=0.179916;AO=44;DP=239;FAO=43;FDP=239;FR=.;FRO=196;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=82;FSRR=114;FWDB=-0.0126292;FXX=0.00416649;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.213;QD=3.72588;RBI=0.0292626;REFB=-0.0150162;REVB=0.0263971;RO=173;SAF=15;SAR=29;SRF=72;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102567;STB=0.560434;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.045241;OID=.;OPOS=70191556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:173:196:44:43:0.179916:29:15:72:101:28:15:82:114 chr16 70191566 . A G 1446.74 PASS AF=0.577586;AO=133;DP=232;FAO=134;FDP=232;FR=.;FRO=98;FSAF=45;FSAR=89;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=0.0770698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1161;QD=24.9438;RBI=0.0784797;REFB=0.0059195;REVB=-0.0148091;RO=97;SAF=44;SAR=89;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103495;STB=0.556241;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00413451;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:97:98:133:134:0.577586:89:44:44:53:89:45:45:53 chr16 70287177 . A G 995.95 PASS AF=0.985714;AO=64;DP=65;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0106543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2165;QD=56.9115;RBI=0.0211364;REFB=-0.115226;REVB=-0.0182547;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140981;STB=0.506847;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00221944;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:70:1:1:64:69:0.985714:31:33:1:0:33:36:1:0 chr16 70303580 . G A 663.1 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0088096;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.058;QD=20.4031;RBI=0.0259966;REFB=-0.0258028;REVB=0.0244584;RO=64;SAF=36;SAR=30;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012781;STB=0.50704;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0218611;OID=.;OPOS=70303580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:64:66:66:0.507692:30:36:34:30:30:36:34:30 chr16 70395387 . C T 513.44 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00948922;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.245;QD=18.6706;RBI=0.0287279;REFB=-0.00841312;REVB=-0.0271154;RO=56;SAF=26;SAR=28;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334376;STB=0.518512;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00928448;OID=.;OPOS=70395387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:56:56:54:54:0.490909:28:26:29:27:28:26:29:27 chr16 70506907 . T C 1144.9 PASS AF=0.566138;AO=98;DP=180;FAO=107;FDP=189;FR=.;FRO=82;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.00763046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.944;QD=24.2307;RBI=0.0114207;REFB=-0.0187907;REVB=0.00849752;RO=82;SAF=54;SAR=44;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428087;STB=0.530747;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0168951;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:189:82:82:98:107:0.566138:44:54:41:41:46:61:41:41 chr16 70546234 . G A 306.85 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.018209;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.92;QD=12.9199;RBI=0.0186198;REFB=-0.00361107;REVB=0.00388978;RO=61;SAF=19;SAR=16;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109133;STB=0.558107;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00536214;OID=.;OPOS=70546234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:61:60:35:35:0.368421:16:19:39:22:16:19:38:22 chr16 70548297 . G A 2231.53 PASS AF=0.986014;AO=104;DP=145;FAO=141;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=65;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274758;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.56;QD=62.4205;RBI=0.125864;REFB=0;REVB=0.122829;RO=0;SAF=65;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0148969;OID=.;OPOS=70548297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:145:143:0:0:104:141:0.986014:39:65:0:0:76:65:0:0 chr16 70569215 . A T 779.17 PASS AF=0.455556;AO=82;DP=180;FAO=82;FDP=180;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=0.0205341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.357;QD=17.3149;RBI=0.0451662;REFB=-0.0152907;REVB=-0.0402286;RO=98;SAF=40;SAR=42;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482187;STB=0.526738;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.016692;OID=.;OPOS=70569215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:98:98:82:82:0.455556:42:40:43:55:42:40:43:55 chr16 70602221 . C T 652.66 PASS AF=0.511811;AO=66;DP=128;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0352544;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4342;QD=20.5562;RBI=0.0607609;REFB=-0.00226508;REVB=-0.0494875;RO=62;SAF=34;SAR=32;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275357;STB=0.511624;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00155478;OID=.;OPOS=70602221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:62:62:66:65:0.511811:32:34:30:32:32:33:30:32 chr16 70680856 . CCG C 280.44 PASS AF=0.6;AO=34;DP=79;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=39;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0571926;FXX=0.0540468;HRUN=4;LEN=2;MLLD=21.5015;QD=16.0251;RBI=0.109057;REFB=-0.105252;REVB=-0.0928575;RO=38;SAF=32;SAR=2;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.62193;STB=0.817983;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0599659;OID=.;OPOS=70680857;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:34:79:42:70:28:39:3:13:15:99:38:32:2:20:18 chr16 70796515 . G A 4263.94 PASS AF=1;AO=273;DP=275;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244074;FXX=0.00727246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.535;QD=62.4753;RBI=0.0262959;REFB=-0.0410734;REVB=0.00978532;RO=1;SAF=113;SAR=160;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00420089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99826e-06;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:275:273:1:0:273:273:1:160:113:1:0:160:113:0:0 chr16 70818759 . A G 1423.76 PASS AF=0.488136;AO=125;DP=277;FAO=144;FDP=295;FR=.;FRO=151;FSAF=52;FSAR=92;FSRF=62;FSRR=89;FWDB=0.0100581;FXX=0.00337826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.714;QD=19.3053;RBI=0.0108835;REFB=-0.0319408;REVB=-0.00415752;RO=136;SAF=37;SAR=88;SRF=55;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116203;STB=0.527031;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0348445;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:295:136:151:125:144:0.488136:88:37:55:81:92:52:62:89 chr16 70883694 . G A 579.42 PASS AF=0.216895;AO=94;DP=438;FAO=95;FDP=438;FR=.;FRO=343;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=164;FSRR=179;FWDB=-0.0594533;FXX=0.00227785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.885;QD=5.29146;RBI=0.0624669;REFB=-0.00383076;REVB=-0.0191682;RO=339;SAF=46;SAR=48;SRF=162;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014778;STB=0.504764;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0118866;OID=.;OPOS=70883694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:438:339:343:94:95:0.216895:48:46:162:177:49:46:164:179 chr16 70884524 . C G 761.93 PASS AF=0.400922;AO=87;DP=218;FAO=87;FDP=217;FR=.;FRO=130;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=61;FSRR=69;FWDB=-0.0156633;FXX=0.009132;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.272;QD=14.0447;RBI=0.0180164;REFB=-0.0107068;REVB=-0.00890232;RO=130;SAF=40;SAR=47;SRF=61;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101512;STB=0.505698;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0102515;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:130:130:87:87:0.400922:47:40:61:69:47:40:61:69 chr16 70884534 . T A 666.96 PASS AF=0.390625;AO=75;DP=193;FAO=75;FDP=192;FR=.;FRO=117;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=60;FWDB=0.0277236;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.328;QD=13.8949;RBI=0.0278428;REFB=0.000163296;REVB=-0.00257355;RO=117;SAF=40;SAR=35;SRF=57;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499302;STB=0.528137;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.000150369;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:117:117:75:75:0.390625:35:40:57:60:35:40:57:60 chr16 70886630 . C T 776.5 PASS AF=0.506667;AO=74;DP=148;FAO=76;FDP=150;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.0250249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.369;QD=20.7065;RBI=0.0306573;REFB=-0.0292689;REVB=0.0177094;RO=74;SAF=37;SAR=37;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135173;STB=0.567107;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0406743;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:74:74:74:76:0.506667:37:37:26:48:39:37:26:48 chr16 70889147 . A G 1833.63 PASS AF=0.466993;AO=191;DP=409;FAO=191;FDP=409;FR=.;FRO=218;FSAF=74;FSAR=117;FSRF=89;FSRR=129;FWDB=0.00333738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.272;QD=17.9328;RBI=0.0093871;REFB=0.000663113;REVB=-0.0087738;RO=218;SAF=74;SAR=117;SRF=89;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211043;STB=0.511629;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.000881937;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:409:218:218:191:191:0.466993:117:74:89:129:117:74:89:129 chr16 70891640 . T C 1379.01 PASS AF=0.464968;AO=144;DP=311;FAO=146;FDP=314;FR=.;FRO=168;FSAF=68;FSAR=78;FSRF=79;FSRR=89;FWDB=0.00654842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1352;QD=17.567;RBI=0.0109068;REFB=-0.017126;REVB=-0.00872222;RO=167;SAF=68;SAR=76;SRF=79;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000811624;STB=0.50241;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0196931;OID=.;OPOS=70891640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:314:167:168:144:146:0.464968:76:68:79:88:78:68:79:89 chr16 70894024 . C T 2123.3 PASS AF=0.408304;AO=236;DP=578;FAO=236;FDP=578;FR=.;FRO=342;FSAF=105;FSAR=131;FSRF=152;FSRR=190;FWDB=-0.0210058;FXX=0.00172709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.271;QD=14.6941;RBI=0.021185;REFB=0.00883158;REVB=-0.0027498;RO=338;SAF=105;SAR=131;SRF=149;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00437608;STB=0.500282;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0147524;OID=.;OPOS=70894024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:578:578:338:342:236:236:0.408304:131:105:149:189:131:105:152:190 chr16 70896015 . GA G 883.93 PASS AF=0.447447;AO=145;DP=335;FAO=149;FDP=333;FR=.;FRO=184;FSAF=70;FSAR=79;FSRF=91;FSRR=93;FWDB=-0.125028;FXX=0.00596997;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.6458;QD=10.6178;RBI=0.158474;REFB=-0.0187581;REVB=-0.0973764;RO=180;SAF=68;SAR=77;SRF=89;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255335;STB=0.51371;STBP=0.643;TYPE=del;VARB=0.0206003;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447447:145:335:149:333:184:70:79:91:93:99:180:68:77:89:91 chr16 70896033 . C T 1576.82 PASS AF=0.463687;AO=165;DP=359;FAO=166;FDP=358;FR=.;FRO=192;FSAF=84;FSAR=82;FSRF=95;FSRR=97;FWDB=0.00728142;FXX=0.00831002;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.691;QD=17.6181;RBI=0.00909631;REFB=0.00105548;REVB=0.00545195;RO=189;SAF=83;SAR=82;SRF=92;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157453;STB=0.506023;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.000994931;OID=.;OPOS=70896033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:358:189:192:165:166:0.463687:82:83:92:97:82:84:95:97 chr16 70896118 . A G 1543.67 PASS AF=0.454286;AO=159;DP=350;FAO=159;FDP=350;FR=.;FRO=191;FSAF=74;FSAR=85;FSRF=76;FSRR=115;FWDB=-0.0257463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2363;QD=17.642;RBI=0.0561292;REFB=0.0079946;REVB=-0.049876;RO=190;SAF=74;SAR=85;SRF=76;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651494;STB=0.5372;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0117579;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:350:190:191:159:159:0.454286:85:74:76:114:85:74:76:115 chr16 70897039 . C G 1345.65 PASS AF=0.465986;AO=137;DP=296;FAO=137;FDP=294;FR=.;FRO=157;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=76;FSRR=81;FWDB=0.0219766;FXX=0.00675653;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.837;QD=18.3082;RBI=0.0278401;REFB=0.000304784;REVB=0.0170909;RO=157;SAF=60;SAR=77;SRF=76;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450387;STB=0.524856;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.000341705;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:294:157:157:137:137:0.465986:77:60:76:81:77:60:76:81 chr16 70902559 . C T 2251.84 PASS AF=0.416244;AO=245;DP=591;FAO=246;FDP=591;FR=.;FRO=345;FSAF=116;FSAR=130;FSRF=147;FSRR=198;FWDB=0.0169932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.213;QD=15.2409;RBI=0.0250317;REFB=-0.0112531;REVB=-0.0183798;RO=342;SAF=116;SAR=129;SRF=144;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552872;STB=0.526701;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0158649;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:591:591:342:345:245:246:0.416244:129:116:144:198:130:116:147:198 chr16 70902568 . C T 2093.09 PASS AF=0.415771;AO=231;DP=556;FAO=232;FDP=558;FR=.;FRO=326;FSAF=108;FSAR=124;FSRF=134;FSRR=192;FWDB=0.00813464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.353;QD=15.0042;RBI=0.0087973;REFB=0.00564344;REVB=-0.00334964;RO=325;SAF=108;SAR=123;SRF=134;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585501;STB=0.532117;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00758464;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:556:558:325:326:231:232:0.415771:123:108:134:191:124:108:134:192 chr16 70902683 . G A 306.77 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0134818;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.291;QD=15.149;RBI=0.0138147;REFB=-0.00162992;REVB=0.00301426;RO=47;SAF=9;SAR=25;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188944;STB=0.607644;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0019016;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:25:9:20:27:25:9:20:27 chr16 70908239 . G A 736.45 PASS AF=0.357143;AO=90;DP=255;FAO=90;FDP=252;FR=.;FRO=162;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=87;FSRR=75;FWDB=-0.00672756;FXX=0.0117642;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.249;QD=11.6898;RBI=0.0473228;REFB=0.000428047;REVB=0.0468422;RO=164;SAF=41;SAR=49;SRF=87;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850221;STB=0.552296;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.000764638;OID=.;OPOS=70908239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:252:164:162:90:90:0.357143:49:41:87:77:49:41:87:75 chr16 70908736 . A G 1116.29 PASS AF=0.42268;AO=123;DP=295;FAO=123;FDP=291;FR=.;FRO=168;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=79;FSRR=89;FWDB=-0.00399078;FXX=0.049018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.769;QD=15.3443;RBI=0.0230461;REFB=-0.00238496;REVB=-0.022698;RO=150;SAF=65;SAR=58;SRF=74;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348812;STB=0.533585;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00368747;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:291:150:168:123:123:0.42268:58:65:74:76:58:65:79:89 chr16 70913386 . G A 1212.17 PASS AF=0.456835;AO=127;DP=278;FAO=127;FDP=278;FR=.;FRO=151;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=61;FSRR=90;FWDB=-0.0015753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.081;QD=17.4412;RBI=0.0104115;REFB=-0.0165813;REVB=-0.0102916;RO=151;SAF=65;SAR=62;SRF=61;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105801;STB=0.558435;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0207431;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:151:151:127:127:0.456835:62:65:61:90:62:65:61:90 chr16 70917855 . A G 1604.45 PASS AF=0.429975;AO=174;DP=407;FAO=175;FDP=407;FR=.;FRO=232;FSAF=92;FSAR=83;FSRF=104;FSRR=128;FWDB=-0.0171942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0136;QD=15.7686;RBI=0.019705;REFB=-0.00902801;REVB=0.00962536;RO=228;SAF=92;SAR=82;SRF=104;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741126;STB=0.544053;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0110409;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:407:228:232:174:175:0.429975:82:92:104:124:83:92:104:128 chr16 70917931 . C G 1651.99 PASS AF=0.488304;AO=151;DP=326;FAO=167;FDP=342;FR=.;FRO=175;FSAF=78;FSAR=89;FSRF=85;FSRR=90;FWDB=0.045018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.588;QD=19.3215;RBI=0.0452403;REFB=-0.00757899;REVB=0.00448014;RO=175;SAF=67;SAR=84;SRF=85;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411664;STB=0.509571;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00837963;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:342:175:175:151:167:0.488304:84:67:85:90:89:78:85:90 chr16 70926334 . G C 1584.89 PASS AF=0.426065;AO=170;DP=399;FAO=170;FDP=399;FR=.;FRO=229;FSAF=80;FSAR=90;FSRF=110;FSRR=119;FWDB=0.00263008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.742;QD=15.8886;RBI=0.0181621;REFB=-0.00287446;REVB=0.0179706;RO=224;SAF=80;SAR=90;SRF=110;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210211;STB=0.505617;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00340447;OID=.;OPOS=70926334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:399:224:229:170:170:0.426065:90:80:110:114:90:80:110:119 chr16 70934994 . C T 1248.14 PASS AF=0.5;AO=122;DP=244;FAO=123;FDP=246;FR=.;FRO=123;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=0.0296783;FXX=0.00806419;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6761;QD=20.2949;RBI=0.0440632;REFB=-0.0246553;REVB=0.0325694;RO=122;SAF=43;SAR=79;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132796;STB=0.572096;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.02354;OID=.;OPOS=70934994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:246:122:123:122:123:0.5:79:43:60:62:79:44:61:62 chr16 70942688 . A C 1468.67 PASS AF=0.413882;AO=160;DP=388;FAO=161;FDP=389;FR=.;FRO=228;FSAF=87;FSAR=74;FSRF=113;FSRR=115;FWDB=-0.0248876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.438;QD=15.102;RBI=0.0336122;REFB=-0.0146231;REVB=-0.0225917;RO=227;SAF=87;SAR=73;SRF=113;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048478;STB=0.526291;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0173308;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:389:227:228:160:161:0.413882:73:87:113:114:74:87:113:115 chr16 70954513 . T C 668.86 PASS AF=0.373832;AO=79;DP=208;FAO=80;FDP=214;FR=.;FRO=134;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=77;FSRR=57;FWDB=-0.00678642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0506;QD=12.5021;RBI=0.104292;REFB=-0.0333499;REVB=-0.104071;RO=129;SAF=46;SAR=33;SRF=78;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253758;STB=0.508289;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0489843;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:214:129:134:79:80:0.373832:33:46:78:51:33:47:77:57 chr16 70954571 . CT TA 454.36 PASS AF=0.293023;AO=62;DP=217;FAO=63;FDP=215;FR=.;FRO=152;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=86;FSRR=66;FWDB=-0.0171613;FXX=0.018264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.168;QD=8.45314;RBI=0.024326;REFB=-0.00831195;REVB=0.0172408;RO=150;SAF=39;SAR=23;SRF=84;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869942;STB=0.539158;STBP=0.468;TYPE=mnp;VARB=0.0159751;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:215:150:152:62:63:0.293023:23:39:84:66:24:39:86:66 chr16 70954606 . C T 409.8 PASS AF=0.298913;AO=55;DP=184;FAO=55;FDP=184;FR=.;FRO=129;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=75;FSRR=54;FWDB=-0.0299356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.759;QD=8.90873;RBI=0.0336364;REFB=-0.0217946;REVB=-0.0153385;RO=129;SAF=28;SAR=27;SRF=75;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872201;STB=0.550784;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0539529;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:129:129:55:55:0.298913:27:28:75:54:27:28:75:54 chr16 70954691 . T C 209.59 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0892532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7373;QD=9.63638;RBI=0.127205;REFB=-0.018234;REVB=-0.090636;RO=60;SAF=11;SAR=16;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090249;STB=0.553115;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0410407;OID=.;OPOS=70954691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:60:27:27:0.310345:16:11:29:31:16:11:29:31 chr16 70954703 . GGCGCTCCTTCTCCGT G,GGCGCTCCTTCTCCAG 139.36 PASS AF=0.238095,0.0793651;AO=14,5;DP=67;FAO=15,5;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=5,4;FSAR=10,1;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0193524,-0.00157214;FXX=0.0307645;HRUN=2,1;LEN=15,2;MLLD=246.263,154.957;QD=8.84822;RBI=0.0349773,0.0175493;REFB=-0.00872018,-0.0134349;REVB=-0.0291358,0.0174788;RO=44;SAF=4,4;SAR=10,1;SRF=21;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.245937,0.363987;STB=0.602269,0.798803;STBP=0.366,0.244;TYPE=del,mnp;VARB=0.0289739,0.0627569;OID=.,.;OPOS=70954704,70954717;OREF=GCGCTCCTTCTCCGT,GT;OALT=-,AG;OMAPALT=G,GGCGCTCCTTCTCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095,0.0793651:14,5:67:15,5:63:43:5,4:10,1:20:23:99:44:4,4:10,1:21:23 chr16 70954774 . A G 278.68 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=105;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0172462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.207;QD=10.4178;RBI=0.112129;REFB=-0.0082391;REVB=-0.110795;RO=66;SAF=15;SAR=21;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194284;STB=0.605815;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0218356;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:66:71:36:36:0.336449:21:15:39:27:21:15:41:30 chr16 70954809 . C A 377.57 PASS AF=0.381356;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=118;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0130857;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.729;QD=12.7988;RBI=0.0131885;REFB=-0.00659078;REVB=0.00164381;RO=73;SAF=18;SAR=27;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146948;STB=0.58358;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00689914;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:73:73:45:45:0.381356:27:18:39:34:27:18:39:34 chr16 70954915 . G T 2900.04 PASS AF=0.979058;AO=186;DP=190;FAO=187;FDP=191;FR=.;FRO=4;FSAF=93;FSAR=94;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00392031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.717;QD=60.7338;RBI=0.00521095;REFB=-0.10005;REVB=-0.00343295;RO=4;SAF=93;SAR=93;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100172;STB=0.505291;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=8.78494e-05;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:190:191:4:4:186:187:0.979058:93:93:3:1:94:93:3:1 chr16 70954945 . T A 858.79 PASS AF=0.468085;AO=88;DP=187;FAO=88;FDP=188;FR=.;FRO=100;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=0.00288592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.276;QD=18.2721;RBI=0.00626066;REFB=-0.00468197;REVB=0.00555584;RO=98;SAF=43;SAR=45;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574025;STB=0.531243;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00493903;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:98:100:88:88:0.468085:45:43:42:56:45:43:43:57 chr16 70972595 . T C 1749.81 PASS AF=0.602273;AO=159;DP=264;FAO=159;FDP=264;FR=.;FRO=105;FSAF=73;FSAR=86;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.0446019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2634;QD=26.5122;RBI=0.0527821;REFB=0.00687191;REVB=0.0282245;RO=104;SAF=73;SAR=86;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159317;STB=0.510629;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00496402;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:104:105:159:159:0.602273:86:73:50:54:86:73:51:54 chr16 70972620 . G C 658.95 PASS AF=0.341772;AO=77;DP=234;FAO=81;FDP=237;FR=.;FRO=156;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=70;FSRR=86;FWDB=0.0268777;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.157;QD=11.1215;RBI=0.0315079;REFB=-0.0142022;REVB=-0.0164418;RO=156;SAF=32;SAR=45;SRF=70;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394419;STB=0.502846;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0241352;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:237:156:156:77:81:0.341772:45:32:70:86:45:36:70:86 chr16 70975565 . T C 1541.71 PASS AF=0.456825;AO=162;DP=359;FAO=164;FDP=359;FR=.;FRO=195;FSAF=91;FSAR=73;FSRF=93;FSRR=102;FWDB=0.00182144;FXX=0.00554001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.512;QD=17.1778;RBI=0.0050959;REFB=-0.00880678;REVB=0.00475926;RO=196;SAF=90;SAR=72;SRF=94;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754561;STB=0.542455;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00928161;OID=.;OPOS=70975565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:359:196:195:162:164:0.456825:72:90:94:102:73:91:93:102 chr16 70975667 . T C 1264.65 PASS AF=0.452055;AO=129;DP=294;FAO=132;FDP=292;FR=.;FRO=160;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=71;FSRR=89;FWDB=9.96005e-05;FXX=0.0135131;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.799;QD=17.324;RBI=0.000996787;REFB=-0.0125036;REVB=-0.000991798;RO=163;SAF=66;SAR=63;SRF=74;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579731;STB=0.543188;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0141762;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:292:163:160:129:132:0.452055:63:66:74:89:63:69:71:89 chr16 70986480 . G A 1999.53 PASS AF=0.425532;AO=217;DP=515;FAO=220;FDP=517;FR=.;FRO=297;FSAF=126;FSAR=94;FSRF=153;FSRR=144;FWDB=0.0704335;FXX=0.00576912;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2104;QD=15.4703;RBI=0.0705194;REFB=0.0101871;REVB=0.00347822;RO=298;SAF=125;SAR=92;SRF=154;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624466;STB=0.533458;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0153413;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:515:517:298:297:217:220:0.425532:92:125:154:144:94:126:153:144 chr16 70989299 . C T 1464.96 PASS AF=0.446328;AO=157;DP=351;FAO=158;FDP=354;FR=.;FRO=196;FSAF=83;FSAR=75;FSRF=104;FSRR=92;FWDB=0.00949536;FXX=0.00561782;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.273;QD=16.5533;RBI=0.00987739;REFB=-0.00556819;REVB=0.00272047;RO=180;SAF=82;SAR=75;SRF=90;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216135;STB=0.50294;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00698526;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:354:180:196:157:158:0.446328:75:82:90:90:75:83:104:92 chr16 70989335 . G A 1507.04 PASS AF=0.425587;AO=162;DP=378;FAO=163;FDP=383;FR=.;FRO=220;FSAF=79;FSAR=84;FSRF=113;FSRR=107;FWDB=-0.00534657;FXX=0.0026041;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.365;QD=15.7393;RBI=0.0128268;REFB=-0.00893277;REVB=0.0116593;RO=214;SAF=79;SAR=83;SRF=108;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174455;STB=0.51664;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0124579;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:383:214:220:162:163:0.425587:83:79:108:106:84:79:113:107 chr16 70993566 . A G 2562.76 PASS AF=0.472272;AO=264;DP=560;FAO=264;FDP=559;FR=.;FRO=295;FSAF=133;FSAR=131;FSRF=137;FSRR=158;FWDB=0.00883519;FXX=0.00178568;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2137;QD=18.3382;RBI=0.0385142;REFB=0.0203684;REVB=-0.0374871;RO=295;SAF=133;SAR=131;SRF=137;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378033;STB=0.520776;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0208767;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:560:559:295:295:264:264:0.472272:131:133:137:158:131:133:137:158 chr16 71008169 . T C 1171.48 PASS AF=0.482072;AO=121;DP=253;FAO=121;FDP=251;FR=.;FRO=130;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=58;FSRR=72;FWDB=-0.00630851;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.219;QD=18.6691;RBI=0.0099323;REFB=-0.00450697;REVB=0.00767158;RO=129;SAF=46;SAR=75;SRF=58;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677668;STB=0.535635;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00516067;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:251:129:130:121:121:0.482072:75:46:58:71:75:46:58:72 chr16 71012855 . T C 1215.39 PASS AF=0.421384;AO=133;DP=317;FAO=134;FDP=318;FR=.;FRO=184;FSAF=83;FSAR=51;FSRF=111;FSRR=73;FWDB=0.000704782;FXX=0.0031347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.424;QD=15.288;RBI=0.0275206;REFB=-0.00306054;REVB=0.0275116;RO=183;SAF=82;SAR=51;SRF=110;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169002;STB=0.509857;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00380802;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:318:183:184:133:134:0.421384:51:82:110:73:51:83:111:73 chr16 71025245 . C T 866.17 PASS AF=0.445498;AO=91;DP=210;FAO=94;FDP=211;FR=.;FRO=117;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=0.00227801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.328;QD=16.4203;RBI=0.00927612;REFB=-0.00333516;REVB=-0.00899206;RO=117;SAF=49;SAR=42;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260124;STB=0.510615;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00394946;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:117:117:91:94:0.445498:42:49:60:57:44:50:60:57 chr16 71026076 . C G 944.3 PASS AF=0.375862;AO=108;DP=292;FAO=109;FDP=290;FR=.;FRO=181;FSAF=29;FSAR=80;FSRF=77;FSRR=104;FWDB=0.0419906;FXX=0.00684908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.454;QD=13.0248;RBI=0.0513635;REFB=-0.00464671;REVB=-0.0295804;RO=180;SAF=29;SAR=79;SRF=77;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199538;STB=0.613759;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00642983;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:290:180:181:108:109:0.375862:79:29:77:103:80:29:77:104 chr16 71026098 . C T 606.09 PASS AF=0.359813;AO=75;DP=217;FAO=77;FDP=214;FR=.;FRO=137;FSAF=7;FSAR=70;FSRF=43;FSRR=94;FWDB=-0.112928;FXX=0.02283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.866;QD=11.3288;RBI=0.112963;REFB=-0.0161191;REVB=0.00281428;RO=129;SAF=7;SAR=68;SRF=35;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369275;STB=0.752929;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0219725;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:214:129:137:75:77:0.359813:68:7:35:94:70:7:43:94 chr16 71054178 . T C 1310.73 PASS AF=0.409742;AO=142;DP=349;FAO=143;FDP=349;FR=.;FRO=206;FSAF=82;FSAR=61;FSRF=106;FSRR=100;FWDB=-0.00288185;FXX=0.00285706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.314;QD=15.0227;RBI=0.00815156;REFB=0.00186324;REVB=0.00762515;RO=205;SAF=81;SAR=61;SRF=105;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062199;STB=0.535139;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00206648;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:349:205:206:142:143:0.409742:61:81:105:100:61:82:106:100 chr16 71061495 . A G 2292.67 PASS AF=0.441392;AO=240;DP=547;FAO=241;FDP=546;FR=.;FRO=305;FSAF=130;FSAR=111;FSRF=157;FSRR=148;FWDB=0.00907355;FXX=0.00364957;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.03;QD=16.7961;RBI=0.0123481;REFB=-0.0183831;REVB=0.00837534;RO=302;SAF=129;SAR=111;SRF=156;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211806;STB=0.513833;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0255699;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:547:546:302:305:240:241:0.441392:111:129:156:146:111:130:157:148 chr16 71094434 . G A 579.46 PASS AF=0.157088;AO=123;DP=780;FAO=123;FDP=783;FR=.;FRO=660;FSAF=30;FSAR=93;FSRF=244;FSRR=416;FWDB=-0.0162279;FXX=0.00127549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0052;QD=2.96021;RBI=0.0434401;REFB=0.000819137;REVB=0.0402952;RO=629;SAF=32;SAR=91;SRF=228;SRR=401;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154267;STB=0.625273;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00527728;OID=.;OPOS=71094434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:780:783:629:660:123:123:0.157088:91:32:228:401:93:30:244:416 chr16 71098649 . T C 1623.88 PASS AF=0.468144;AO=169;DP=361;FAO=169;FDP=361;FR=.;FRO=192;FSAF=68;FSAR=101;FSRF=82;FSRR=110;FWDB=0.0182342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9805;QD=17.9931;RBI=0.0182775;REFB=0.00390589;REVB=-0.00125726;RO=191;SAF=68;SAR=101;SRF=82;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268208;STB=0.513593;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00417408;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:361:191:192:169:169:0.468144:101:68:82:109:101:68:82:110 chr16 71100830 . T C 689.01 PASS AF=0.496403;AO=68;DP=138;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.000543673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.836;QD=19.8276;RBI=0.00354132;REFB=-0.0038851;REVB=0.00349934;RO=70;SAF=33;SAR=35;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654776;STB=0.539558;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00396699;OID=.;OPOS=71100830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:70:70:68:69:0.496403:35:33:29:41:35:34:29:41 chr16 71100838 . T C 223.77 PASS AF=0.251908;AO=33;DP=132;FAO=33;FDP=131;FR=.;FRO=98;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.0162559;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.224;QD=6.83258;RBI=0.0279491;REFB=-0.00359633;REVB=0.0227354;RO=99;SAF=15;SAR=18;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378169;STB=0.518817;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0108714;OID=.;OPOS=71100838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:99:98:33:33:0.251908:18:15:48:51:18:15:47:51 chr16 71101200 . T C 802.17 PASS AF=0.444444;AO=84;DP=192;FAO=84;FDP=189;FR=.;FRO=105;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=0.0107636;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.654;QD=16.9772;RBI=0.0109194;REFB=0.0057366;REVB=0.00183803;RO=104;SAF=40;SAR=44;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042843;STB=0.521164;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00861775;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:189:104:105:84:84:0.444444:44:40:54:50:44:40:54:51 chr16 71101270 . C T 836.59 PASS AF=0.469945;AO=85;DP=184;FAO=86;FDP=183;FR=.;FRO=97;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=0.0383701;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.919;QD=18.2862;RBI=0.0474304;REFB=0.00800714;REVB=-0.0278815;RO=96;SAF=50;SAR=35;SRF=57;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546352;STB=0.509032;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00859007;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:96:97:85:86:0.469945:35:50:57:39:36:50:58:39 chr16 71103269 . T C 2622.55 PASS AF=0.43662;AO=274;DP=633;FAO=279;FDP=639;FR=.;FRO=360;FSAF=140;FSAR=139;FSRF=155;FSRR=205;FWDB=0.0094012;FXX=0.00930218;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.951;QD=16.4166;RBI=0.0209914;REFB=-0.0110206;REVB=-0.0187685;RO=347;SAF=138;SAR=136;SRF=155;SRR=192;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575535;STB=0.540119;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0131139;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:633:639:347:360:274:279:0.43662:136:138:155:192:139:140:155:205 chr16 71109904 . C A 1035.15 PASS AF=0.399329;AO=118;DP=304;FAO=119;FDP=298;FR=.;FRO=179;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=87;FSRR=92;FWDB=0.00910704;FXX=0.0197362;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.918;QD=13.8946;RBI=0.00968996;REFB=-0.00890579;REVB=-0.00331017;RO=177;SAF=48;SAR=70;SRF=86;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860892;STB=0.545301;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0113636;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:298:177:179:118:119:0.399329:70:48:86:91:70:49:87:92 chr16 71113780 . C T 324.18 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0332237;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.173;QD=12.9673;RBI=0.0424101;REFB=-0.00238267;REVB=-0.0263591;RO=62;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240948;STB=0.513735;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00476251;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:20:18:28:34:20:18:28:34 chr16 71122408 . C T 521.13 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0207786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2614;QD=19.6652;RBI=0.0706239;REFB=0.013642;REVB=-0.0674981;RO=52;SAF=21;SAR=33;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316852;STB=0.517499;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0178569;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:33:21:22:30:33:21:22:30 chr16 71163579 . C T 877.94 PASS AF=0.408333;AO=96;DP=238;FAO=98;FDP=240;FR=.;FRO=142;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=69;FSRR=73;FWDB=-0.0285758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.846;QD=14.6324;RBI=0.0456487;REFB=0.00195969;REVB=0.0355981;RO=141;SAF=54;SAR=42;SRF=69;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077991;STB=0.538611;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00276368;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:240:141:142:96:98:0.408333:42:54:69:72:44:54:69:73 chr16 71163693 . A G 755.11 PASS AF=0.514085;AO=73;DP=142;FAO=73;FDP=142;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0516175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.644;QD=21.2708;RBI=0.0518283;REFB=-0.0355304;REVB=0.0046699;RO=69;SAF=34;SAR=39;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665016;STB=0.536518;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0379544;OID=.;OPOS=71163693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:69:69:73:73:0.514085:39:34:27:42:39:34:27:42 chr16 71237702 . C T 886.7 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0273654;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.8;QD=55.4187;RBI=0.0345576;REFB=-0.126426;REVB=0.0211036;RO=2;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248371;STB=0.506491;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=2.15771e-05;OID=.;OPOS=71237702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:65:64:2:1:62:63:0.984375:37:25:0:2:38:25:0:1 chr16 71264523 . T A 2332.53 PASS AF=1;AO=151;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0917;QD=60.5852;RBI=0.0159547;REFB=0;REVB=-0.00330277;RO=0;SAF=19;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208872;OID=.;OPOS=71264523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:151:154:1:132:19:0:0:135:19:0:0 chr16 71264561 . A G 2762.62 PASS AF=1;AO=175;DP=180;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170403;FXX=0.0276228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.367;QD=62.7869;RBI=0.0205815;REFB=0;REVB=-0.0115423;RO=0;SAF=25;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63472e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.65447e-05;OID=.;OPOS=71264561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:176:0:0:175:176:1:150:25:0:0:151:25:0:0 chr16 71318577 . T C 1227.45 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.579;QD=61.3727;RBI=0.0353381;REFB=0;REVB=0.0342932;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55201e-05;OID=.;OPOS=71318577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:33:46:0:0:33:47:0:0 chr16 71319539 . C T 631.85 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.134;QD=61.6434;RBI=0.0496318;REFB=0;REVB=-0.00432234;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94305e-05;OID=.;OPOS=71319539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:25:16:0:0 chr16 71319646 . G A 2274.79 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7571;QD=63.1885;RBI=0.0353389;REFB=0;REVB=0.0145856;RO=0;SAF=58;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18443e-05;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:144:0:0:138:144:1:80:58:0:0:85:59:0:0 chr16 71487206 . T C 275.82 PASS AF=0.308333;AO=37;DP=119;FAO=37;FDP=120;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0379535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8028;QD=9.19411;RBI=0.0388296;REFB=0.00425182;REVB=-0.00820203;RO=82;SAF=19;SAR=18;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00155634;STB=0.503154;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.013303;OID=.;OPOS=71487206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:82:83:37:37:0.308333:18:19:42:40:18:19:43:40 chr16 71509588 . G A 361.02 PASS AF=0.493827;AO=37;DP=79;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0330782;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2491;QD=17.8283;RBI=0.0352573;REFB=-0.0162708;REVB=0.0122027;RO=42;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128462;STB=0.50617;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0285838;OID=.;OPOS=71509588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:42:41:37:40:0.493827:18:19:21:21:20:20:21:20 chr16 71509634 . G C 361.49 PASS AF=0.438202;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.00356843;FXX=0.0430061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.673;QD=16.2467;RBI=0.0552193;REFB=-0.00815677;REVB=-0.0551038;RO=43;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00060798;STB=0.526789;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00995951;OID=.;OPOS=71509634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:43:50:38:39:0.438202:23:15:17:26:24:15:17:33 chr16 71509685 . C G 280.1 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00749584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.635;QD=16.7224;RBI=0.0138778;REFB=-0.00887523;REVB=-0.0116793;RO=36;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199883;STB=0.611583;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0208932;OID=.;OPOS=71509685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:16:15:10:26:16:15:10:26 chr16 71509796 . C G 204.48 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.035856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5542;QD=22.7203;RBI=0.0642249;REFB=0.00625239;REVB=0.0532841;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605442;STB=0.533865;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00470657;OID=.;OPOS=71509796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:9:11:10:6:9:11:10:6 chr16 71660310 . G A 2544.65 PASS AF=0.939891;AO=172;DP=183;FAO=172;FDP=183;FR=.;FRO=11;FSAF=105;FSAR=67;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0878434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9809;QD=55.6208;RBI=0.0935444;REFB=-0.161954;REVB=0.0321571;RO=6;SAF=105;SAR=67;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296902;STB=0.5041;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0204118;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:183:183:6:11:172:172:0.939891:67:105:1:5:67:105:6:5 chr16 71668634 . T G 612.55 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.837;QD=61.255;RBI=0.0350515;REFB=0;REVB=0.00941992;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55134e-05;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:19:21:0:0 chr16 71674882 . C G 742.63 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6519;QD=55.0093;RBI=0.108532;REFB=-0.102119;REVB=-0.000193616;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00511825;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:30:24:0:0 chr16 71678932 . T C 979.93 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0141113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.576;QD=55.9958;RBI=0.0660965;REFB=-0.00085388;REVB=-0.0645726;RO=2;SAF=36;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00205397;STB=0.50127;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-2.39822e-05;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:70:2:2:67:68:0.971429:31:36:1:1:31:37:1:1 chr16 71679057 . C T 489.94 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.916;QD=57.6399;RBI=0.0202221;REFB=0;REVB=0.0101188;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74537e-05;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:23:9:0:0:25:9:0:0 chr16 71800384 . T A 1251.56 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00365611;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.365;QD=60.3163;RBI=0.00946267;REFB=-0.0384727;REVB=-0.00872783;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.504761;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=2.15276e-05;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:0:1:81:82:0.987952:51:30:0:0:52:30:0:1 chr16 71886530 . T A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.87;QD=58.9621;RBI=0.0268913;REFB=0;REVB=-0.0157818;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31677e-06;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr16 71886793 . AGGGGGT AGGGGT,AGGGGTG 40.23 PASS AF=0.163265,0.102041;AO=14,5;DP=50;FAO=8,5;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=4,5;FSAR=4,0;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00950888,0.00951176;FXX=0.019996;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.26734,120.047;QD=3.284;RBI=0.112343,0.0314835;REFB=-0.158427,-0.0135048;REVB=-0.11194,-0.0300123;RO=27;SAF=7,5;SAR=7,0;SRF=8;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.228141,0.733433;STB=0.636048,0.998344;STBP=0.422,0.002;TYPE=del,mnp;VARB=0.112971,0.118693;OID=.,.;OPOS=71886794,71886798;OREF=G,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=AGGGGT,AGGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.163265,0.102041:14,5:50:8,5:49:36:4,5:4,0:12:24:19:27:7,5:7,0:8:19 chr16 71889173 . C T 2439.18 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000331158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.406;QD=61.3631;RBI=0.000572318;REFB=0;REVB=0.000466779;RO=0;SAF=70;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27293e-07;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:159:0:0:158:159:1:88:70:0:0:88:71:0:0 chr16 71890489 . C G 3635.84 PASS AF=1;AO=229;DP=230;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.733;QD=62.9583;RBI=0.0200526;REFB=0;REVB=0.00765784;RO=0;SAF=120;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29794e-06;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:230:231:0:0:229:231:1:109:120:0:0:109:122:0:0 chr16 71981414 . C CTTTG 2428.72 PASS AF=0.876923;AO=163;DP=199;FAO=171;FDP=195;FR=.;FRO=24;FSAF=84;FSAR=87;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00987597;FXX=0.0200995;HRUN=3;LEN=4;MLLD=260.161;QD=49.8198;RBI=0.0103076;REFB=-0.0458984;REVB=-0.00295175;RO=24;SAF=81;SAR=82;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108613;STB=0.506208;STBP=0.638;TYPE=ins;VARB=0.00531981;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.876923:163:199:171:195:24:84:87:13:11:99:24:81:82:13:11 chr16 71983772 . G C 2293.49 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.883;QD=63.708;RBI=0.0140344;REFB=0;REVB=0.0112749;RO=0;SAF=66;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39465e-05;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:144:0:0:142:144:1:76:66:0:0:77:67:0:0 chr16 71986946 . A G 3117.54 PASS AF=1;AO=194;DP=196;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205983;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7609;QD=63.9495;RBI=0.0399992;REFB=0;REVB=-0.0342877;RO=0;SAF=83;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93564e-05;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:195:0:0:194:195:1:111:83:0:0:111:84:0:0 chr16 71986995 . G A 1696.25 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.125;QD=60.5805;RBI=0.0044147;REFB=0;REVB=0.00425638;RO=0;SAF=35;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69759e-06;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:112:0:0:109:112:1:74:35:0:0:75:37:0:0 chr16 71988106 . C T 2144.72 PASS AF=0.966887;AO=145;DP=150;FAO=146;FDP=151;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.022829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.917;QD=56.8138;RBI=0.0393309;REFB=-0.143178;REVB=0.0320275;RO=5;SAF=61;SAR=84;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134445;STB=0.500836;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.000759732;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:150:151:5:5:145:146:0.966887:84:61:2:3:84:62:2:3 chr16 72001136 . G A 505.1 PASS AF=0.402878;AO=56;DP=139;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.00731901;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.455;QD=14.5353;RBI=0.0132956;REFB=0.00190102;REVB=0.0110998;RO=82;SAF=34;SAR=22;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127723;STB=0.575793;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00259687;OID=.;OPOS=72001136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:82:83:56:56:0.402878:22:34:40:42:22:34:40:43 chr16 72007232 . G A 843.07 PASS AF=0.546667;AO=82;DP=148;FAO=82;FDP=150;FR=.;FRO=68;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.028773;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.39;QD=22.4817;RBI=0.0290444;REFB=-0.00851708;REVB=0.00396154;RO=65;SAF=45;SAR=37;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120197;STB=0.555362;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00762468;OID=.;OPOS=72007232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:65:68:82:82:0.546667:37:45:26:39:37:45:29:39 chr16 72007399 . C T 344.63 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00609299;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.258;QD=21.5395;RBI=0.0119993;REFB=-0.0095109;REVB=0.0103373;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822353;STB=0.545429;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00743084;OID=.;OPOS=72007399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:18:17:17:12:18:17:17:12 chr16 72011181 . G T 324.82 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0147571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1513;QD=12.6145;RBI=0.01621;REFB=-0.00213092;REVB=0.00670764;RO=64;SAF=22;SAR=17;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203825;STB=0.615856;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00473595;OID=.;OPOS=72011181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:17:22:24:40:17:22:24:40 chr16 72011193 . A C 410.42 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0144136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2651;QD=14.6579;RBI=0.0308294;REFB=-0.0077071;REVB=-0.0272525;RO=65;SAF=26;SAR=21;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188033;STB=0.605516;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0127556;OID=.;OPOS=72011193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:47:47:0.419643:21:26:24:41:21:26:24:41 chr16 72011261 . A G 737.13 PASS AF=0.467066;AO=76;DP=165;FAO=78;FDP=167;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.00441081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4626;QD=17.6559;RBI=0.0350464;REFB=0.00355215;REVB=-0.0347677;RO=86;SAF=33;SAR=43;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381447;STB=0.504014;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00441362;OID=.;OPOS=72011261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:86:89:76:78:0.467066:43:33:34:52:45:33:37:52 chr16 72013797 . G C 432.53 PASS AF=0.511905;AO=41;DP=82;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0630714;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0529;QD=20.5966;RBI=0.066213;REFB=0.00723639;REVB=-0.0201533;RO=41;SAF=15;SAR=26;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00544784;OID=.;OPOS=72013797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:41:41:41:43:0.511905:26:15:15:26:26:17:15:26 chr16 72020134 . T C 843.03 PASS AF=0.508982;AO=85;DP=167;FAO=85;FDP=167;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.0163747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8104;QD=20.1923;RBI=0.0313724;REFB=0.0176235;REVB=-0.02676;RO=81;SAF=38;SAR=47;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582636;STB=0.534512;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0208743;OID=.;OPOS=72020134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:81:82:85:85:0.508982:47:38:31:50:47:38:31:51 chr16 72020294 . G A 420.86 PASS AF=0.413793;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=-0.000761065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.287;QD=14.5125;RBI=0.0404862;REFB=-0.025636;REVB=-0.040479;RO=57;SAF=19;SAR=29;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280731;STB=0.526565;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0326643;OID=.;OPOS=72020294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:116:57:68:48:48:0.413793:29:19:21:36:29:19:24:44 chr16 72020323 . A G 390.97 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.0108664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.395;QD=16.6369;RBI=0.0152361;REFB=-0.0108548;REVB=-0.0106798;RO=53;SAF=16;SAR=25;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116837;STB=0.565309;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0103568;OID=.;OPOS=72020323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:25:16:15:38:25:16:15:38 chr16 72027191 . T A 550.22 PASS AF=0.380117;AO=65;DP=171;FAO=65;FDP=171;FR=.;FRO=106;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=0.0167413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.486;QD=12.8707;RBI=0.0250943;REFB=-0.00228895;REVB=-0.0186936;RO=103;SAF=28;SAR=37;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387413;STB=0.525675;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00385775;OID=.;OPOS=72027191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:103:106:65:65:0.380117:37:28:48:55:37:28:50:56 chr16 72032231 . T A 545.86 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0127549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.425;QD=18.9865;RBI=0.0150531;REFB=-0.0115507;REVB=-0.00799428;RO=58;SAF=31;SAR=26;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558456;STB=0.530876;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00925868;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:26:31:28:30:26:31:28:30 chr16 72033801 . G T 907.84 PASS AF=0.520548;AO=74;DP=146;FAO=76;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=-0.030622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.023;QD=24.8722;RBI=0.0672864;REFB=-0.0535663;REVB=0.0599145;RO=42;SAF=37;SAR=37;SRF=36;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240187;STB=0.582473;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0286332;OID=.;OPOS=72033801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:42:50:74:76:0.520548:37:37:36:6:37:39:36:14 chr16 72042682 . A C 2621.95 PASS AF=0.977273;AO=172;DP=177;FAO=172;FDP=176;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.024359;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.46;QD=59.5898;RBI=0.0324313;REFB=-0.14556;REVB=0.0214109;RO=4;SAF=69;SAR=103;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681188;STB=0.50358;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000417868;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:177:176:4:4:172:172:0.977273:103:69:1:3:103:69:1:3 chr16 72818965 . T A,TA 2004.07 PASS AF=0.00632911,0.993671;AO=8,128;DP=159;FAO=1,157;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=1,74;FSAR=0,83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171281,-0.100471;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=275.043,19.5606;QD=50.736;RBI=0.0212819,0.103877;REFB=0,0;REVB=-0.0126313,-0.0263819;RO=17;SAF=5,63;SAR=3,65;SRF=3;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.470147,0.0701042;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.103931,-0.00208149;OID=.,.;OPOS=72818965,72818966;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:9:159:158:17:0:8,128:1,157:0.00632911,0.993671:3,65:5,63:3:14:0,83:1,74:0:0 chr16 72820833 . CTTTTTTTTTTTTT CTTTTTCTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTCT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTC 410.33 PASS AF=0.16129,0.193548,0,0.645161;AO=2,2,9,4;DP=32;FAO=5,6,0,20;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,0,20;FSAR=5,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604776,-0.131287,-0.417723,-0.166836;FXX=0.0605877;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,1,3,1;MLLD=46.8456,56.7385,7.19311,61.3013;QD=52.9457;RBI=0.060777,0.131388,0.417832,0.166932;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.00602529,-0.00515772,-0.00956581,-0.00566716;RO=0;SAF=0,2,9,4;SAR=2,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,snp;VARB=0.000191353,0.0102928,0,0.044164;OID=.,.,.,.;OPOS=72820839,72820845,72820834,72820846;OREF=T,T,TTT,T;OALT=C,C,-,C;OMAPALT=CTTTTTCTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTCT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.16129,0.193548,0,0.645161:2,2,9,4:32:5,6,0,20:31:0:0,6,0,20:5,0,0,0:0:0:30:0:0,2,9,4:2,0,0,0:0:0 chr16 72821618 . A G 74.65 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0142665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.462;QD=10.297;RBI=0.017183;REFB=-0.0350991;REVB=-0.00957725;RO=19;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.647779;STB=0.892808;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0162858;OID=.;OPOS=72821618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:1:9:6:13:1:9:6:13 chr16 72821621 . G A 93.33 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.022355;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.896;QD=17.777;RBI=0.0510501;REFB=-0.0315931;REVB=0.0458952;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501661;STB=0.799313;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0101954;OID=.;OPOS=72821621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:21:21:10:10:11:11:0.52381:1:10:5:5:1:10:5:5 chr16 72827758 . T C 1670.3 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.247;QD=60.1912;RBI=0.0147916;REFB=0;REVB=0.0124959;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08518e-06;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:111:0:0:107:111:1:50:57:0:0:52:59:0:0 chr16 72828403 . A G 815.54 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7767;QD=57.231;RBI=0.0218426;REFB=0;REVB=-0.0207028;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88477e-05;OID=.;OPOS=72828403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:23:34:0:0 chr16 72829630 . A G 1644.52 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255313;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.419;QD=60.3493;RBI=0.0238053;REFB=0;REVB=0.023668;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504031;OID=.;OPOS=72829630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:107:109:1:59:48:0:0:60:49:0:0 chr16 72831652 . G A 850.49 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.205;QD=57.6606;RBI=0.0182926;REFB=0;REVB=0.0160444;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69564e-05;OID=.;OPOS=72831652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:37:21:0:0:38:21:0:0 chr16 72832135 . T A 1822.44 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.281;QD=61.2586;RBI=0.0357309;REFB=0;REVB=-0.00998435;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27839e-05;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:61:58:0:0:61:58:0:0 chr16 72991660 . C G 1858.74 PASS AF=0.99187;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6576;QD=60.4469;RBI=0.033464;REFB=-0.014901;REVB=0.00385932;RO=0;SAF=38;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37086e-08;STB=0.506328;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00116415;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:123:0:1:120:122:0.99187:82:38:0:0:83:39:1:0 chr16 72991715 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.38;QD=57.0001;RBI=0.0379018;REFB=0;REVB=-0.0135331;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17712e-05;OID=.;OPOS=72991715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:32:20:0:0:33:21:0:0 chr16 73143402 . C CAGA 385.23 PASS AF=0.409091;AO=42;DP=112;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.00224474;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.247;QD=14.0082;RBI=0.00332321;REFB=0.0135649;REVB=-0.00245049;RO=65;SAF=36;SAR=6;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273482;STB=0.649496;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=-0.0165463;OID=.;OPOS=73143403;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:42:112:45:110:65:38:7:44:21:99:65:36:6:45:20 chr16 74366531 . A C 272.2 PASS AF=0.308333;AO=36;DP=119;FAO=37;FDP=120;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.00247535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.506;QD=9.07348;RBI=0.0148693;REFB=-0.0031527;REVB=-0.0146618;RO=80;SAF=10;SAR=26;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342799;STB=0.695585;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00538313;OID=.;OPOS=74366531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:80:83:36:37:0.308333:26:10:45:35:26:11:48:35 chr16 74394671 . T C 254.78 PASS AF=0.202765;AO=44;DP=217;FAO=44;FDP=217;FR=.;FRO=173;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=86;FSRR=87;FWDB=-0.00629349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.23;QD=4.69644;RBI=0.00792228;REFB=-0.00370323;REVB=0.00481191;RO=173;SAF=24;SAR=20;SRF=86;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620897;STB=0.538573;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0111051;OID=.;OPOS=74394671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:173:173:44:44:0.202765:20:24:86:87:20:24:86:87 chr16 74425314 . G A 271.48 PASS AF=0.196653;AO=47;DP=239;FAO=47;FDP=239;FR=.;FRO=192;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=109;FSRR=83;FWDB=-0.0165485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.454;QD=4.54362;RBI=0.0501959;REFB=0.000940977;REVB=0.0473896;RO=191;SAF=18;SAR=29;SRF=108;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232335;STB=0.646193;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0050384;OID=.;OPOS=74425314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:191:192:47:47:0.196653:29:18:108:83:29:18:109:83 chr16 74425358 . G A 1918.24 PASS AF=0.485149;AO=194;DP=404;FAO=196;FDP=404;FR=.;FRO=208;FSAF=95;FSAR=101;FSRF=125;FSRR=83;FWDB=-0.00282199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.679;QD=18.9925;RBI=0.0368004;REFB=0.00744111;REVB=-0.036692;RO=207;SAF=95;SAR=99;SRF=124;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102694;STB=0.559692;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00922291;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:404:207:208:194:196:0.485149:99:95:124:83:101:95:125:83 chr16 74425548 . A G 4237.35 PASS AF=0.776995;AO=324;DP=425;FAO=331;FDP=426;FR=.;FRO=95;FSAF=154;FSAR=177;FSRF=57;FSRR=38;FWDB=0.0126957;FXX=0.00467279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2365;QD=39.7873;RBI=0.0283531;REFB=-0.0534472;REVB=0.0253519;RO=96;SAF=148;SAR=176;SRF=57;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591014;STB=0.530066;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0130557;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:426:96:95:324:331:0.776995:176:148:57:39:177:154:57:38 chr16 74425569 . C T 853.86 PASS AF=0.338608;AO=107;DP=318;FAO=107;FDP=316;FR=.;FRO=209;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=102;FSRR=107;FWDB=0.0180464;FXX=0.00628911;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.651;QD=10.8083;RBI=0.0229956;REFB=-0.0285867;REVB=-0.0142521;RO=204;SAF=42;SAR=65;SRF=97;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975818;STB=0.564387;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0533116;OID=.;OPOS=74425569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:316:204:209:107:107:0.338608:65:42:97:107:65:42:102:107 chr16 74425702 . GG AA 561.8 PASS AF=0.20428;AO=81;DP=500;FAO=105;FDP=514;FR=.;FRO=409;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=176;FSRR=233;FWDB=-0.00893198;FXX=0.020952;HRUN=2;LEN=2;MLLD=158.456;QD=4.37199;RBI=0.0106259;REFB=-0.00875103;REVB=0.00575588;RO=402;SAF=51;SAR=30;SRF=175;SRR=227;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249436;STB=0.559164;STBP=0.178;TYPE=mnp;VARB=0.0273145;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:500:514:402:409:81:105:0.20428:30:51:175:227:52:53:176:233 chr16 74425732 . G T 868.34 PASS AF=0.254902;AO=128;DP=509;FAO=130;FDP=510;FR=.,HEALED;FRO=380;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=180;FSRR=200;FWDB=-0.000158089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.936;QD=6.81047;RBI=0.0567027;REFB=-0.0206368;REVB=-0.0567025;RO=313;SAF=63;SAR=65;SRF=172;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699566;STB=0.519605;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0614906;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:509:510:313:380:128:130:0.254902:65:63:172:141:65:65:180:200 chr16 74425769 . C T 798.13 PASS AF=0.250518;AO=120;DP=485;FAO=121;FDP=483;FR=.;FRO=362;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=156;FSRR=206;FWDB=0.000286004;FXX=0.00617271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7876;QD=6.60974;RBI=0.0579599;REFB=-0.0199441;REVB=-0.0579592;RO=359;SAF=58;SAR=62;SRF=154;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689423;STB=0.542578;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0811215;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:485:483:359:362:120:121:0.250518:62:58:154:205:62:59:156:206 chr16 74425787 . G T 729.37 PASS AF=0.265306;AO=104;DP=393;FAO=104;FDP=392;FR=.;FRO=288;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=121;FSRR=167;FWDB=0.0179878;FXX=0.00507601;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.826;QD=7.44251;RBI=0.0259835;REFB=-0.0125606;REVB=-0.0187505;RO=283;SAF=45;SAR=59;SRF=117;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244908;STB=0.509415;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0332496;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:392:283:288:104:104:0.265306:59:45:117:166:59:45:121:167 chr16 74425793 . T C 689.86 PASS AF=0.275;AO=98;DP=356;FAO=99;FDP=360;FR=.;FRO=261;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=106;FSRR=155;FWDB=-0.00844263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.121;QD=7.66509;RBI=0.0224423;REFB=-0.0187849;REVB=-0.0207938;RO=254;SAF=44;SAR=54;SRF=102;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595277;STB=0.535616;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0386742;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:360:254:261:98:99:0.275:54:44:102:152:54:45:106:155 chr16 74425795 . G A 707.29 PASS AF=0.281609;AO=97;DP=348;FAO=98;FDP=348;FR=.;FRO=250;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=104;FSRR=146;FWDB=0.0277002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1416;QD=8.12975;RBI=0.0381779;REFB=-0.0395023;REVB=-0.0262727;RO=244;SAF=44;SAR=53;SRF=101;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049344;STB=0.531385;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0139832;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:244:250:97:98:0.281609:53:44:101:143:53:45:104:146 chr16 74425826 . G A 364.54 PASS AF=0.261084;AO=53;DP=203;FAO=53;FDP=203;FR=.;FRO=150;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=68;FSRR=82;FWDB=-0.0170752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.876;QD=7.18307;RBI=0.0246248;REFB=-0.00337952;REVB=-0.0177431;RO=148;SAF=24;SAR=29;SRF=66;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00862127;STB=0.500375;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0103428;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:148:150:53:53:0.261084:29:24:66:82:29:24:68:82 chr16 74537591 . C T 696.81 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231386;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.82;QD=54.6514;RBI=0.0241653;REFB=0.0646638;REVB=0.00696909;RO=1;SAF=19;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241289;STB=0.512815;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=5.63713e-05;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:31:19:1:0:31:19:1:0 chr16 74657635 . T C 367.83 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.00450526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.269;QD=13.0205;RBI=0.00953531;REFB=-0.0129525;REVB=-0.00840385;RO=69;SAF=20;SAR=24;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103256;STB=0.558561;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0244036;OID=.;OPOS=74657635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:69:69:44:44:0.389381:24:20:38:31:24:20:38:31 chr16 74664743 . T C 681.89 PASS AF=0.464968;AO=73;DP=157;FAO=73;FDP=157;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.0244673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.364;QD=17.373;RBI=0.0280528;REFB=0.0026176;REVB=-0.0137226;RO=84;SAF=32;SAR=41;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00207662;STB=0.501151;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00242005;OID=.;OPOS=74664743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:84:84:73:73:0.464968:41:32:37:47:41:32:37:47 chr16 74664810 . A T 749.99 PASS AF=0.489933;AO=72;DP=146;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.069519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2125;QD=20.1339;RBI=0.0719968;REFB=-0.0253352;REVB=0.0187254;RO=72;SAF=35;SAR=37;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0314292;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:72:76:72:73:0.489933:37:35:35:37:37:36:39:37 chr16 74670458 . C T 393.14 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0010937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7838;QD=17.0928;RBI=0.05577;REFB=0.00824575;REVB=-0.0557593;RO=51;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229957;STB=0.512885;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00919228;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:24:17:20:31:24:17:20:31 chr16 74695079 . G T 3118.81 PASS AF=0.98995;AO=195;DP=197;FAO=197;FDP=199;FR=.;FRO=2;FSAF=105;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0349729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3166;QD=62.6896;RBI=0.0433481;REFB=-0.0731065;REVB=-0.0256115;RO=0;SAF=105;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47789e-08;STB=0.500333;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-1.89734e-05;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:197:199:0:2:195:197:0.98995:90:105:0:0:92:105:1:1 chr16 75203200 . C T 95.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0147066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.539;QD=11.1971;RBI=0.0635208;REFB=-0.00524695;REVB=0.0617949;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378991;STB=0.726884;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0183127;OID=.;OPOS=75203200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:13:9:9:3:13:9 chr16 75238103 . C T 3297.76 PASS AF=1;AO=212;DP=214;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155042;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9925;QD=62.2218;RBI=0.0184493;REFB=0;REVB=0.00999983;RO=0;SAF=98;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.70948e-05;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:212:0:0:212:212:1:114:98:0:0:114:98:0:0 chr16 75269267 . A G 2588.74 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453547;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.161;QD=62.0057;RBI=0.0535835;REFB=0;REVB=-0.0285332;RO=0;SAF=90;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08394e-05;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:167:167:1:77:90:0:0:77:90:0:0 chr16 75269534 . C G,T 1439.95 PASS AF=0.05,0.91;AO=7,89;DP=100;FAO=5,91;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=1,52;FSAR=4,39;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00250166,0.0224908;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.9311,113.885;QD=57.5978;RBI=0.0234135,0.0442924;REFB=-0.00518786,-0.0532703;REVB=0.0232795,0.0381573;RO=3;SAF=2,51;SAR=5,38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.367917,-0.0270611;STB=0.760793,0.507691;STBP=0.154,0.547;TYPE=snp,snp;VARB=0.0885834,0.00150554;OID=.,.;OPOS=75269534,75269534;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:100:100:3:4:7,89:5,91:0.05,0.91:5,38:2,51:3:0:4,39:1,52:3:1 chr16 75276775 . G A 481.48 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00585814;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.905;QD=53.4981;RBI=0.0453832;REFB=-0.085658;REVB=0.0450036;RO=1;SAF=27;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017006;STB=0.517847;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.000764418;OID=.;OPOS=75276775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:34:34:0.944444:7:27:1:0:7:27:2:0 chr16 75281964 . A C 728.79 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267065;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.959;QD=57.1601;RBI=0.0272742;REFB=0;REVB=0.0055362;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522795;OID=.;OPOS=75281964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr16 75327916 . A G 1942.45 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0304713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.684;QD=60.2311;RBI=0.040236;REFB=0.0637214;REVB=0.0262761;RO=2;SAF=60;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000814264;STB=0.500428;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00132196;OID=.;OPOS=75327916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:2:2:127:127:0.984496:67:60:1:1:67:60:1:1 chr16 75564668 . C G 647.46 PASS AF=0.44375;AO=71;DP=160;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.01531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6099;QD=16.1866;RBI=0.0598453;REFB=0.0205227;REVB=-0.0578538;RO=89;SAF=34;SAR=37;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427397;STB=0.50238;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0259441;OID=.;OPOS=75564668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:89:89:71:71:0.44375:37:34:43:46:37:34:43:46 chr16 75564952 . G T 339.62 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=57;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0282301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9202;QD=23.422;RBI=0.0354267;REFB=-0.00671207;REVB=-0.0214035;RO=24;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585981;STB=0.524525;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00476103;OID=.;OPOS=75564952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:24:24:33:34:0.586207:19:14:12:12:19:15:12:12 chr16 75565284 . G A 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000346448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.709;QD=57.3911;RBI=0.0331266;REFB=0.0539501;REVB=0.0331248;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019929;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00184008;OID=.;OPOS=75565284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:14:23:1:0:14:23:1:0 chr16 75565420 . A G 1598.19 PASS AF=0.973214;AO=109;DP=112;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0339801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.505;QD=57.0781;RBI=0.0457908;REFB=0.0697733;REVB=-0.0306944;RO=3;SAF=62;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121749;STB=0.506417;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.000881484;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:112:3:3:109:109:0.973214:47:62:1:2:47:62:1:2 chr16 75574030 . C T 665.82 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=0.0157917;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.884;QD=20.6455;RBI=0.0159329;REFB=-0.00544274;REVB=0.00211661;RO=62;SAF=24;SAR=42;SRF=18;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713885;STB=0.542044;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0047913;OID=.;OPOS=75574030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:62:63:66:66:0.511628:42:24:18:44:42:24:18:45 chr16 75590092 . G C 2438.06 PASS AF=0.522222;AO=231;DP=442;FAO=235;FDP=450;FR=.;FRO=215;FSAF=105;FSAR=130;FSRF=97;FSRR=118;FWDB=0.0345104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7461;QD=21.6716;RBI=0.0444442;REFB=-0.0496187;REVB=-0.0280057;RO=208;SAF=105;SAR=126;SRF=95;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00191534;STB=0.502103;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0481536;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:442:450:208:215:231:235:0.522222:126:105:95:113:130:105:97:118 chr16 75600365 . G A 2125.3 PASS AF=0.440546;AO=215;DP=526;FAO=226;FDP=513;FR=.;FRO=287;FSAF=110;FSAR=116;FSRF=159;FSRR=128;FWDB=-0.00920583;FXX=0.0302452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.364;QD=16.5716;RBI=0.0149894;REFB=-0.010843;REVB=0.0118295;RO=284;SAF=110;SAR=105;SRF=156;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387213;STB=0.537589;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0145982;OID=.;OPOS=75600365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:526:513:284:287:215:226:0.440546:105:110:156:128:116:110:159:128 chr16 75642772 . A G 741.47 PASS AF=0.402844;AO=85;DP=211;FAO=85;FDP=211;FR=.;FRO=126;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=76;FSRR=50;FWDB=-0.0109567;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4664;QD=14.0563;RBI=0.0223108;REFB=-0.0187597;REVB=-0.0194351;RO=126;SAF=46;SAR=39;SRF=76;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669124;STB=0.537497;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0228003;OID=.;OPOS=75642772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:126:126:85:85:0.402844:39:46:76:50:39:46:76:50 chr16 75646576 . G T 1810.41 PASS AF=0.562712;AO=166;DP=294;FAO=166;FDP=295;FR=.;FRO=129;FSAF=88;FSAR=78;FSRF=81;FSRR=48;FWDB=-0.0193448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.457;QD=24.548;RBI=0.0584638;REFB=-0.0121376;REVB=-0.0551706;RO=124;SAF=87;SAR=79;SRF=78;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833918;STB=0.543135;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00652335;OID=.;OPOS=75646576;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:295:124:129:166:166:0.562712:79:87:78:46:78:88:81:48 chr16 75646685 . G T 1221.9 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.178862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4018;QD=61.0948;RBI=0.181071;REFB=0;REVB=-0.0282005;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153687;OID=.;OPOS=75646685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr16 75652551 . T C 576.04 PASS AF=0.508621;AO=57;DP=114;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=46;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0232491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.381;QD=19.8635;RBI=0.0267874;REFB=-0.00308461;REVB=-0.0133058;RO=57;SAF=13;SAR=44;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230788;STB=0.632826;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00326427;OID=.;OPOS=75652551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:57:57:57:59:0.508621:44:13:25:32:46:13:25:32 chr16 75728368 . A G 387.3 PASS AF=0.350746;AO=47;DP=134;FAO=47;FDP=134;FR=.;FRO=87;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=0.000389764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8463;QD=11.5612;RBI=0.0304934;REFB=-3.42038e-05;REVB=-0.0304909;RO=87;SAF=17;SAR=30;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352349;STB=0.520223;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00029732;OID=.;OPOS=75728368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:87:87:47:47:0.350746:30:17:34:53:30:17:34:53 chr16 75894994 . T G 3570.58 PASS AF=0.420259;AO=390;DP=929;FAO=390;FDP=928;FR=.;FRO=538;FSAF=176;FSAR=214;FSRF=260;FSRR=278;FWDB=-0.0145949;FXX=0.00215051;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.132;QD=15.3904;RBI=0.0146925;REFB=0.00013525;REVB=-0.00169085;RO=522;SAF=176;SAR=214;SRF=260;SRR=262;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485325;STB=0.518654;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.000334645;OID=.;OPOS=75894994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:929:928:522:538:390:390:0.420259:214:176:260:262:214:176:260:278 chr16 76311602 . G GT 1028.1 PASS AF=1;AO=86;DP=93;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.4966;QD=46.2069;RBI=0.18139;REFB=0;REVB=0.180783;RO=7;SAF=41;SAR=45;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00277406;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:86:93:89:89:0:41:48:0:0:19:7:41:45:2:5 chr16 76528874 . G A 970.33 PASS AF=0.428;AO=107;DP=251;FAO=107;FDP=250;FR=.;FRO=143;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=64;FSRR=79;FWDB=-0.022389;FXX=0.0118572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.509;QD=15.5252;RBI=0.0301802;REFB=-0.00384048;REVB=-0.020238;RO=142;SAF=42;SAR=65;SRF=64;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615004;STB=0.532534;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00463443;OID=.;OPOS=76528874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:250:142:143:107:107:0.428:65:42:64:78:65:42:64:79 chr16 76532583 . A G 2481.35 PASS AF=0.993902;AO=157;DP=159;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.397;QD=60.5208;RBI=0.0189295;REFB=0.00245144;REVB=-0.0116129;RO=0;SAF=61;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60301e-08;STB=0.502512;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-2.82386e-05;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:164:0:1:157:163:0.993902:96:61:0:0:99:64:0:1 chr16 76555115 . C T 265.06 PASS AF=0.274074;AO=37;DP=135;FAO=37;FDP=135;FR=.;FRO=98;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=0.018307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2614;QD=7.85353;RBI=0.050526;REFB=0.0238848;REVB=-0.0470928;RO=98;SAF=19;SAR=18;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663526;STB=0.539363;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.0643295;OID=.;OPOS=76555115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:98:98:37:37:0.274074:18:19:45:53:18:19:45:53 chr16 76587202 . T G 700.23 PASS AF=0.439306;AO=76;DP=173;FAO=76;FDP=173;FR=.;FRO=97;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=-0.0175181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3982;QD=16.1902;RBI=0.0255392;REFB=0.0130149;REVB=0.018584;RO=96;SAF=51;SAR=25;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956879;STB=0.557177;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0142214;OID=.;OPOS=76587202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:96:97:76:76:0.439306:25:51:56:40:25:51:56:41 chr16 76587331 . T C 1576.0 PASS AF=0.496875;AO=158;DP=319;FAO=159;FDP=320;FR=.;FRO=161;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=65;FSRR=96;FWDB=-0.0697475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.625;QD=19.7;RBI=0.0698843;REFB=0.00106658;REVB=-0.0043707;RO=159;SAF=76;SAR=82;SRF=64;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721995;STB=0.540666;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00117881;OID=.;OPOS=76587331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:320:159:161:158:159:0.496875:82:76:64:95:82:77:65:96 chr16 77228389 . A T 556.18 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.02473;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.494;QD=18.386;RBI=0.0301453;REFB=-0.0104654;REVB=-0.0172385;RO=62;SAF=28;SAR=30;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106121;STB=0.554274;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0121824;OID=.;OPOS=77228389;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:62:63:58:58:0.479339:30:28:37:25:30:28:37:26 chr16 77228629 . A G 862.8 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5774;QD=56.5773;RBI=0.0215416;REFB=0;REVB=0.0173136;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00455215;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:24:35:0:0:24:37:0:0 chr16 77228866 . T C 1879.64 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0715526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.871;QD=60.6336;RBI=0.0743479;REFB=-0.140748;REVB=0.0201948;RO=1;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736582;STB=0.503875;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00129021;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:64:59:0:1:64:59:0:1 chr16 77232746 . A C 425.75 PASS AF=0.37037;AO=50;DP=135;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=-0.00627217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.739;QD=12.6149;RBI=0.00645572;REFB=-0.0167816;REVB=0.00152847;RO=84;SAF=25;SAR=25;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131495;STB=0.570343;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0312494;OID=.;OPOS=77232746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:84:85:50:50:0.37037:25:25:52:32:25:25:52:33 chr16 77233338 . C T 4502.03 PASS AF=0.480423;AO=453;DP=944;FAO=454;FDP=945;FR=.;FRO=491;FSAF=193;FSAR=261;FSRF=223;FSRR=268;FWDB=0.00499911;FXX=0.00105707;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.88;QD=19.0562;RBI=0.0104149;REFB=-0.00730414;REVB=0.00913673;RO=490;SAF=192;SAR=261;SRF=222;SRR=268;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282105;STB=0.515376;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00750963;OID=.;OPOS=77233338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:944:945:490:491:453:454:0.480423:261:192:222:268:261:193:223:268 chr16 77233394 . A G 10451.2 PASS AF=1;AO=658;DP=660;FAO=660;FDP=660;FR=.;FRO=0;FSAF=244;FSAR=416;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342854;FXX=0.0030211;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.892;QD=63.3403;RBI=0.0514105;REFB=-0.0196653;REVB=0.0383086;RO=1;SAF=243;SAR=415;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00196159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50068e-06;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:660:660:1:0:658:660:1:415:243:1:0:416:244:0:0 chr16 77246218 . G A 442.98 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=10;FWDB=0.00566817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.897;QD=17.5437;RBI=0.032955;REFB=-0.0158528;REVB=0.0324639;RO=53;SAF=27;SAR=20;SRF=44;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262831;STB=0.636719;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0161641;OID=.;OPOS=77246218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:54:47:47:0.465347:20:27:44:9:20:27:44:10 chr16 77246795 . C G 1912.0 PASS AF=0.446389;AO=205;DP=458;FAO=204;FDP=457;FR=.;FRO=253;FSAF=82;FSAR=122;FSRF=111;FSRR=142;FWDB=-0.0358093;FXX=0.00218336;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2926;QD=16.7353;RBI=0.0376322;REFB=-0.00662304;REVB=-0.0115705;RO=252;SAF=82;SAR=123;SRF=111;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416513;STB=0.520996;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00716649;OID=.;OPOS=77246795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:458:457:252:253:205:204:0.446389:123:82:111:141:122:82:111:142 chr16 77353973 . G T 1840.22 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2419;QD=61.3407;RBI=0.0331418;REFB=0;REVB=0.0233009;RO=0;SAF=56;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121731;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:63:56:0:0:63:57:0:0 chr16 77359919 . A T 1929.74 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00766361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.759;QD=60.7791;RBI=0.027237;REFB=-0.00867975;REVB=-0.0261366;RO=0;SAF=52;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-4.68907e-05;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:0:1:126:126:0.992126:74:52:0:0:74:52:1:0 chr16 77389956 . A G 497.51 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0030414;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.332;QD=17.9281;RBI=0.00369999;REFB=-0.00874745;REVB=-0.00210709;RO=58;SAF=17;SAR=36;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615508;STB=0.534233;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0116702;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:58:58:53:53:0.477477:36:17:22:36:36:17:22:36 chr16 77769369 . C T 9487.26 PASS AF=1;AO=592;DP=599;FAO=598;FDP=598;FR=.;FRO=0;FSAF=258;FSAR=340;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511275;FXX=0.00333328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.231;QD=63.4599;RBI=0.0527006;REFB=-0.0754843;REVB=0.0127801;RO=3;SAF=253;SAR=339;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14614e-05;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:599:598:3:0:592:598:1:339:253:3:0:340:258:0:0 chr16 77769834 . G A 984.56 PASS AF=0.428571;AO=105;DP=245;FAO=105;FDP=245;FR=.;FRO=140;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=79;FSRR=61;FWDB=0.0144312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.82;QD=16.0745;RBI=0.0152003;REFB=-0.0103793;REVB=-0.00477397;RO=138;SAF=47;SAR=58;SRF=77;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112399;STB=0.566455;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0114099;OID=.;OPOS=77769834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:138:140:105:105:0.428571:58:47:77:61:58:47:79:61 chr16 78013123 . C T 1624.32 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.211;QD=60.1601;RBI=0.0436685;REFB=0;REVB=-0.0202734;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.83416e-05;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:59:49:0:0:59:49:0:0 chr16 78063000 . T C 1514.73 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.597;QD=62.463;RBI=0.0437287;REFB=0.0320475;REVB=0.0391788;RO=1;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886434;STB=0.504672;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000739536;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:53:43:0:1:53:43:0:1 chr16 78063064 . G T 727.39 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000805715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8691;QD=63.2509;RBI=0.0736376;REFB=0;REVB=-0.0736332;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000981741;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr16 78065139 . A G 1747.77 PASS AF=0.952;AO=119;DP=125;FAO=119;FDP=125;FR=.;FRO=6;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00154463;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.45;QD=55.9287;RBI=0.0132526;REFB=-0.0270269;REVB=0.0131623;RO=2;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163723;STB=0.524996;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00013146;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:125:125:2:6:119:119:0.952:57:62:0:2:57:62:0:6 chr16 78586531 . T C 4261.61 PASS AF=1;AO=271;DP=275;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030725;FXX=0.0108299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3207;QD=62.2133;RBI=0.0134984;REFB=-0.114654;REVB=0.013144;RO=1;SAF=140;SAR=131;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427043;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:275:274:1:0:271:274:1:131:140:1:0:134:140:0:0 chr16 79245786 . A G 789.27 PASS AF=0.5;AO=80;DP=164;FAO=81;FDP=162;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=0.00534815;FXX=0.0181807;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.888;QD=19.4881;RBI=0.00535344;REFB=-0.0140177;REVB=0.000237866;RO=80;SAF=33;SAR=47;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353984;STB=0.51912;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0207725;OID=.;OPOS=79245786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:162:80:81:80:81:0.5:47:33:30:50:47:34:31:50 chr16 79245930 . G C 667.94 PASS AF=0.394737;AO=74;DP=190;FAO=75;FDP=190;FR=.;FRO=115;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=69;FSRR=46;FWDB=0.0174952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.267;QD=14.0618;RBI=0.0194056;REFB=-0.00669704;REVB=0.00839602;RO=115;SAF=40;SAR=34;SRF=69;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650866;STB=0.54074;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00940396;OID=.;OPOS=79245930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:115:115:74:75:0.394737:34:40:69:46:35:40:69:46 chr16 79245956 . C G 656.98 PASS AF=0.375;AO=77;DP=210;FAO=78;FDP=208;FR=.;FRO=130;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=77;FSRR=53;FWDB=-0.0114524;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.924;QD=12.6342;RBI=0.0275883;REFB=-0.000217375;REVB=-0.0250989;RO=127;SAF=42;SAR=35;SRF=74;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415242;STB=0.534023;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.000525364;OID=.;OPOS=79245956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:127:130:77:78:0.375:35:42:74:53:36:42:77:53 chr16 79245961 . T C 696.88 PASS AF=0.384977;AO=82;DP=213;FAO=82;FDP=213;FR=.;FRO=131;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=78;FSRR=53;FWDB=-0.00186015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.916;QD=13.0869;RBI=0.00505456;REFB=-0.000716208;REVB=-0.00469984;RO=131;SAF=47;SAR=35;SRF=78;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249071;STB=0.514037;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.000842066;OID=.;OPOS=79245961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:131:131:82:82:0.384977:35:47:78:53:35:47:78:53 chr16 79245998 . A ATTCTC 422.12 PASS AF=0.293194;AO=55;DP=195;FAO=56;FDP=191;FR=.;FRO=135;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=66;FSRR=69;FWDB=-0.0202002;FXX=0.0103622;HRUN=2;LEN=5;MLLD=280.087;QD=8.84016;RBI=0.0283166;REFB=-0.00650326;REVB=-0.019844;RO=137;SAF=28;SAR=27;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154928;STB=0.507851;STBP=0.903;TYPE=ins;VARB=0.0138876;OID=.;OPOS=79245999;OREF=-;OALT=TTCTC;OMAPALT=ATTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.293194:55:195:56:191:135:28:28:66:69:99:137:28:27:68:69 chr16 79633805 . TGCC T 817.23 PASS AF=0.535948;AO=69;DP=171;FAO=82;FDP=153;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=60;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0016308;FXX=0.0783085;HRUN=1;LEN=3;MLLD=179.749;QD=21.3656;RBI=0.0168602;REFB=-0.0858737;REVB=0.0167811;RO=62;SAF=15;SAR=54;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122373;STB=0.576903;STBP=0.062;TYPE=del;VARB=0.0714816;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535948:69:171:82:153:71:22:60:29:42:99:62:15:54:20:42 chr16 79634442 . A T 112.75 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0104463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7435;QD=18.0407;RBI=0.0105183;REFB=-0.0142141;REVB=0.00122859;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271432;STB=0.674727;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0141358;OID=.;OPOS=79634442;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:4:9:4:7:4:9:4:8 chr16 81010073 . C T 254.69 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0002062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.671;QD=19.5914;RBI=0.0157363;REFB=-0.0147299;REVB=-0.0157349;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068799;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0122421;OID=.;OPOS=81010073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:25:26:27:0.519231:14:12:13:11:14:13:13:12 chr16 81050965 . A T 1346.33 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=93;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00725133;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.396;QD=59.1793;RBI=0.0438505;REFB=0.0264966;REVB=-0.0432468;RO=3;SAF=53;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174524;STB=0.509216;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00133671;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:91:3:3:88:88:0.967033:35:53:1:2:35:53:1:2 chr16 81061827 . G A 905.01 PASS AF=0.466019;AO=97;DP=206;FAO=96;FDP=206;FR=.;FRO=110;FSAF=27;FSAR=69;FSRF=42;FSRR=68;FWDB=0.00210314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9135;QD=17.5729;RBI=0.0398319;REFB=0.00714146;REVB=-0.0397763;RO=102;SAF=27;SAR=70;SRF=41;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133222;STB=0.562752;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00736931;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:102:110:97:96:0.466019:70:27:41:61:69:27:42:68 chr16 81062171 . C T 546.82 PASS AF=0.543689;AO=52;DP=99;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00628266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.187;QD=21.2356;RBI=0.0221153;REFB=-0.0179721;REVB=-0.0212041;RO=43;SAF=26;SAR=26;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863008;STB=0.535664;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0218186;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:43:47:52:56:0.543689:26:26:26:17:27:29:28:19 chr16 81077049 . G A 715.81 PASS AF=0.514706;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0102186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.868;QD=21.0533;RBI=0.013998;REFB=0.000311195;REVB=0.00956671;RO=65;SAF=28;SAR=42;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282685;STB=0.510766;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.000305675;OID=.;OPOS=81077049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:65:66:70:70:0.514706:42:28:24:41:42:28:25:41 chr16 81077915 . T C 376.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.279;QD=55.713;RBI=0.0619119;REFB=0;REVB=0.0125788;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312321;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr16 81095363 . C T 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.704;QD=60.2267;RBI=0.0174738;REFB=0;REVB=0.0116811;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88114e-06;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr16 81142257 . T C 460.32 PASS AF=0.489362;AO=47;DP=93;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0108622;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9631;QD=19.588;RBI=0.0119717;REFB=-0.0102638;REVB=0.00503336;RO=46;SAF=16;SAR=31;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734121;STB=0.515145;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0135063;OID=.;OPOS=81142257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:46:48:47:46:0.489362:31:16:16:30:30:16:18:30 chr16 81145807 . C G 3860.09 PASS AF=1;AO=243;DP=244;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092809;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6703;QD=63.5406;RBI=0.0206884;REFB=-0.0580112;REVB=-0.0184898;RO=0;SAF=98;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194343;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:244:243:0:0:243:243:1:145:98:0:0:145:98:0:0 chr16 81151122 . A C 3210.18 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.237;QD=64.2036;RBI=0.0181144;REFB=0;REVB=0.00983449;RO=0;SAF=93;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25367e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67701e-06;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:200:200:1:107:93:0:0:107:93:0:0 chr16 81157324 . G A 1917.61 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3235;QD=60.8765;RBI=0.0483852;REFB=-0.0576686;REVB=-0.0463024;RO=1;SAF=45;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104409;STB=0.505494;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000638562;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:126:1:1:125:125:0.992063:80:45:1:0:80:45:1:0 chr16 81157385 . G T 429.05 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0338855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3039;QD=15.745;RBI=0.0616372;REFB=-0.00831385;REVB=0.0514871;RO=60;SAF=15;SAR=33;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181524;STB=0.598227;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0119439;OID=.;OPOS=81157385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:61:48:48:0.440367:33:15:29:31:33:15:29:32 chr16 81161473 . G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 173.7 PASS AF=0.168317;AO=29;DP=212;FAO=34;FDP=202;FR=.;FRO=168;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=104;FSRR=64;FWDB=0.00363738;FXX=0.042652;HRUN=1;LEN=22;MLLD=471.333;QD=3.43954;RBI=0.00875503;REFB=-0.00136153;REVB=-0.00796367;RO=170;SAF=10;SAR=19;SRF=106;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344489;STB=0.711937;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.00555346;OID=.;OPOS=81161474;OREF=-;OALT=TACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC;OMAPALT=GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.168317:29:212:34:202:168:12:22:104:64:99:170:10:19:106:64 chr16 81161552 . C T 465.98 PASS AF=0.349398;AO=58;DP=167;FAO=58;FDP=166;FR=.;FRO=108;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.00279131;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.311;QD=11.2284;RBI=0.00867749;REFB=-0.00105231;REVB=-0.00821629;RO=108;SAF=23;SAR=35;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129646;STB=0.574227;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00180368;OID=.;OPOS=81161552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:108:108:58:58:0.349398:35:23:55:53:35:23:55:53 chr16 81161569 . T G 427.59 PASS AF=0.342282;AO=51;DP=149;FAO=51;FDP=149;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=0.0022586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.861;QD=11.4789;RBI=0.0151463;REFB=-0.00524691;REVB=-0.014977;RO=98;SAF=23;SAR=28;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446372;STB=0.525638;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0106215;OID=.;OPOS=81161569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:98:98:51:51:0.342282:28:23:48:50:28:23:48:50 chr16 81161571 . T C 429.49 PASS AF=0.349315;AO=51;DP=146;FAO=51;FDP=146;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=0.0152153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.169;QD=11.7669;RBI=0.0276399;REFB=-0.00350084;REVB=0.0230751;RO=95;SAF=23;SAR=28;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379232;STB=0.521731;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0134997;OID=.;OPOS=81161571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:95:95:51:51:0.349315:28:23:46:49:28:23:46:49 chr16 81161578 . G A 414.05 PASS AF=0.368421;AO=49;DP=132;FAO=49;FDP=133;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.00428301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.953;QD=12.4527;RBI=0.0110346;REFB=-0.0163961;REVB=-0.0101695;RO=83;SAF=24;SAR=25;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869236;STB=0.501074;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0366131;OID=.;OPOS=81161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:83:84:49:49:0.368421:25:24:40:43:25:24:41:43 chr16 81161608 . T C 330.29 PASS AF=0.377551;AO=36;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0015504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.042;QD=13.4813;RBI=0.0114892;REFB=-0.0117868;REVB=-0.0113841;RO=61;SAF=16;SAR=20;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342765;STB=0.509972;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0150857;OID=.;OPOS=81161608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:36:37:0.377551:20:16:29:32:20:17:29:32 chr16 81173136 . T C 3346.96 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1271;QD=62.269;RBI=0.0511977;REFB=0;REVB=0.01812;RO=0;SAF=120;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40356e-05;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:215:215:0:0:215:215:1:95:120:0:0:95:120:0:0 chr16 81173193 . C T 906.57 PASS AF=0.462312;AO=92;DP=199;FAO=92;FDP=199;FR=.;FRO=107;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=-0.0117442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.289;QD=18.2225;RBI=0.0169772;REFB=-0.0118022;REVB=0.0122597;RO=105;SAF=51;SAR=41;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120907;STB=0.566714;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00961708;OID=.;OPOS=81173193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:105:107:92:92:0.462312:41:51:45:60:41:51:46:61 chr16 81181821 . T C 3175.29 PASS AF=1;AO=199;DP=204;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8668;QD=60.7711;RBI=0.0282025;REFB=-0.0567745;REVB=0.0192818;RO=1;SAF=101;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174082;OID=.;OPOS=81181821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:204:209:1:0:199:209:1:98:101:0:1:103:106:0:0 chr16 81185416 . A G 1512.73 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9715;QD=59.9102;RBI=0.0865796;REFB=0;REVB=0.0459778;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394196;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:47:53:0:0:48:53:0:0 chr16 81190601 . T C 2895.26 PASS AF=1;AO=183;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213026;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.614;QD=62.9405;RBI=0.0348144;REFB=0;REVB=0.0275362;RO=0;SAF=97;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88754e-05;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:184:0:0:183:184:1:86:97:0:0:86:98:0:0 chr16 81190613 . A G 3116.3 PASS AF=0.995169;AO=201;DP=204;FAO=206;FDP=207;FR=.;FRO=1;FSAF=106;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000876735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5981;QD=60.2184;RBI=0.0161966;REFB=-0.140519;REVB=0.0161728;RO=2;SAF=104;SAR=97;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000327193;STB=0.502347;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00050143;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:204:207:2:1:201:206:0.995169:97:104:1:1:100:106:1:0 chr16 81198306 . C A 2324.19 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.339;QD=63.2432;RBI=0.0376418;REFB=0;REVB=-0.00459277;RO=0;SAF=69;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24717e-05;OID=.;OPOS=81198306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:147:0:0:141:147:1:72:69:0:0:77:70:0:0 chr16 81199520 . T C 1654.09 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0711318;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7572;QD=60.1488;RBI=0.0797915;REFB=0;REVB=0.0361519;RO=0;SAF=42;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495718;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:111:110:0:0:110:110:1:68:42:0:0:68:42:0:0 chr16 81199538 . T C 1602.77 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4118;QD=64.1107;RBI=0.0482025;REFB=0;REVB=0.00260101;RO=0;SAF=37;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175421;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:63:37:0:0:63:37:0:0 chr16 81199544 . G A 1446.64 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.544;QD=62.8973;RBI=0.0343086;REFB=0;REVB=-0.0273119;RO=0;SAF=33;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.45581e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.09849e-06;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:58:33:0:0:59:33:0:0 chr16 81199554 . CA TG 1092.58 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0929945;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.232;QD=60.6991;RBI=0.0947914;REFB=0;REVB=-0.0183692;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000186269;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr16 81208175 . C T 590.16 PASS AF=0.428571;AO=66;DP=155;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.021274;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.149;QD=15.3289;RBI=0.038197;REFB=-0.0156821;REVB=0.0317243;RO=88;SAF=30;SAR=36;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233573;STB=0.51306;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0172988;OID=.;OPOS=81208175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:88:88:66:66:0.428571:36:30:42:46:36:30:42:46 chr16 81208203 . G T 902.71 PASS AF=0.449074;AO=97;DP=216;FAO=97;FDP=216;FR=.;FRO=119;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=-0.017484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.595;QD=16.7168;RBI=0.0188613;REFB=-0.00917378;REVB=-0.00707538;RO=118;SAF=44;SAR=53;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711538;STB=0.541789;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0118204;OID=.;OPOS=81208203;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:118:119:97:97:0.449074:53:44:62:56:53:44:63:56 chr16 81208515 . G A 237.11 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0279741;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.417;QD=13.1729;RBI=0.0305546;REFB=-0.00955739;REVB=-0.0122894;RO=44;SAF=7;SAR=21;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397733;STB=0.728404;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0153421;OID=.;OPOS=81208515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:21:7:27:17:21:7:27:17 chr16 81209207 . T C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.899;QD=56.9981;RBI=0.0267836;REFB=0;REVB=0.0184927;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67367e-06;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr16 81209234 . C T 169.49 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0125404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.094;QD=10.5929;RBI=0.0130659;REFB=-0.008247;REVB=0.00366829;RO=42;SAF=17;SAR=5;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466695;STB=0.772479;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0306618;OID=.;OPOS=81209234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:5:17:15:27:5:17:15:27 chr16 81213378 . A G 1513.4 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.131;QD=59.9367;RBI=0.0122916;REFB=0;REVB=0.0112995;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94284e-06;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr16 81232275 . G A 887.52 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000913817;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.577;QD=58.1978;RBI=0.0236571;REFB=0;REVB=0.0236394;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.57528e-05;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:37:23:0:0:38:23:0:0 chr16 81232564 . T G 4679.33 PASS AF=1;AO=301;DP=302;FAO=301;FDP=301;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768451;FXX=0.00331115;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.5469;QD=62.1838;RBI=0.0284768;REFB=-0.0474448;REVB=-0.0274204;RO=1;SAF=124;SAR=177;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00268705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67621e-05;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:302:301:1:0:301:301:1:177:124:0:1:177:124:0:0 chr16 81241098 . C T 2396.84 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00337919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.092;QD=63.9156;RBI=0.0246324;REFB=0;REVB=0.0243995;RO=0;SAF=48;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48966e-05;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:148:150:1:100:48:0:0:101:49:0:0 chr16 81241100 . G C 2303.94 PASS AF=0.986486;AO=146;DP=150;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0137673;FXX=0.0133324;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.906;QD=62.2688;RBI=0.0444532;REFB=-0.0322153;REVB=0.0422676;RO=0;SAF=48;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48057e-08;STB=0.502616;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=3.04863e-05;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:148:0:2:146:146:0.986486:98:48:0:0:98:48:1:1 chr16 81242102 . G A 1806.15 PASS AF=0.975806;AO=120;DP=123;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00323323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.666;QD=58.2629;RBI=0.0225546;REFB=-0.0753056;REVB=-0.0223217;RO=2;SAF=55;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130627;STB=0.502958;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00121624;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:124:2:3:120:121:0.975806:65:55:1:1:66:55:1:2 chr16 81242194 . T C 2545.98 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.068;QD=61.7206;RBI=0.0169636;REFB=0;REVB=0.00240197;RO=0;SAF=75;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01859e-06;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:165:0:0:159:165:1:84:75:0:0:84:81:0:0 chr16 81248745 . A G 8232.12 PASS AF=0.974592;AO=536;DP=558;FAO=537;FDP=551;FR=.;FRO=14;FSAF=265;FSAR=272;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0587109;FXX=0.0125446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.497;QD=59.7613;RBI=0.0607686;REFB=-0.0449907;REVB=0.0156794;RO=3;SAF=264;SAR=272;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00169268;STB=0.509239;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000720563;OID=.;OPOS=81248745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:558:551:3:14:536:537:0.974592:272:264:1:2:272:265:12:2 chr16 81249954 . T A 3053.22 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102728;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.899;QD=63.6087;RBI=0.0350332;REFB=0;REVB=0.0334932;RO=0;SAF=103;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109707;OID=.;OPOS=81249954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:192:0:0:190:192:1:87:103:0:0:87:105:0:0 chr16 81253745 . C G 2706.77 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238434;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.15;QD=61.17;RBI=0.043799;REFB=0;REVB=0.0367402;RO=0;SAF=96;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444115;OID=.;OPOS=81253745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:166:177:0:0:165:177:1:69:96:0:0:75:102:0:0 chr16 81253759 . A G 2884.88 PASS AF=0.994595;AO=183;DP=184;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0591397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8076;QD=62.3759;RBI=0.0678132;REFB=-0.0770186;REVB=0.0331831;RO=1;SAF=95;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498548;STB=0.50259;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000699904;OID=.;OPOS=81253759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:185:1:1:183:184:0.994595:88:95:1:0:88:96:1:0 chr16 81253917 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.047;QD=62.0082;RBI=0.0329781;REFB=0;REVB=0.0212819;RO=0;SAF=36;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42466e-05;OID=.;OPOS=81253917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:48:36:0:0:48:36:0:0 chr16 81279120 . T C 600.83 PASS AF=0.419753;AO=68;DP=160;FAO=68;FDP=162;FR=.;FRO=94;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=0.009554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.69;QD=14.8353;RBI=0.0566742;REFB=8.26851e-05;REVB=-0.0558631;RO=92;SAF=41;SAR=27;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017081;STB=0.510756;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.000197748;OID=.;OPOS=81279120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:92:94:68:68:0.419753:27:41:54:38:27:41:55:39 chr16 81301694 . A T 437.99 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.00427944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.748;QD=15.6426;RBI=0.0055447;REFB=-0.013417;REVB=-0.00352564;RO=62;SAF=30;SAR=19;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000691903;STB=0.505358;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0193513;OID=.;OPOS=81301694;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:63:49:49:0.4375:19:30:38:24:19:30:38:25 chr16 81314496 . C T 624.04 PASS AF=0.447368;AO=68;DP=153;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.00258619;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3492;QD=16.4221;RBI=0.0102943;REFB=-0.00235301;REVB=-0.0099641;RO=84;SAF=36;SAR=32;SRF=31;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158397;STB=0.587984;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00363529;OID=.;OPOS=81314496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:84:84:68:68:0.447368:32:36:31:53:32:36:31:53 chr16 81413521 . GTTTTTTTTTTTT GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTA 595.75 PASS AF=0,0.907407,0.0925926;AO=25,24,7;DP=126;FAO=0,98,10;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=0,67,9;FSAR=0,31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329671,-0.0100802,-0.000266347;FXX=0.169218;HRUN=12,12,12;LEN=2,1,1;MLLD=8.53961,7.27333,11.9208;QD=22.0649;RBI=0.0365888,0.0311741,0.0183931;REFB=-0.0654835,-0.0635256,-0.0790976;REVB=0.0158716,0.0294994,0.0183912;RO=25;SAF=21,19,6;SAR=4,5,1;SRF=17;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.217391,0.13821,0.292628;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.091553,0.0136235,-0.0858187;OID=.,.,.;OPOS=81413522,81413522,81413533;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.907407,0.0925926:25,24,7:126:0,98,10:108:0:0,67,9:0,31,1:0:0:24:25:21,19,6:4,5,1:17:8 chr16 81413551 . T A 1498.86 PASS AF=0.485714;AO=153;DP=315;FAO=153;FDP=315;FR=.;FRO=162;FSAF=64;FSAR=89;FSRF=67;FSRR=95;FWDB=-0.00950541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.144;QD=19.0331;RBI=0.0308151;REFB=-0.0141559;REVB=0.0293124;RO=162;SAF=64;SAR=89;SRF=67;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00454331;STB=0.502496;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.016235;OID=.;OPOS=81413551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:162:162:153:153:0.485714:89:64:67:95:89:64:67:95 chr16 81497952 . A G 799.42 PASS AF=0.581395;AO=74;DP=129;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.000593072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.879;QD=24.7882;RBI=0.00348004;REFB=-0.00636421;REVB=0.00342914;RO=54;SAF=35;SAR=39;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00777775;STB=0.501557;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00508711;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:54:54:74:75:0.581395:39:35:25:29:40:35:25:29 chr16 81679151 . A G 2371.02 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211486;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.943;QD=61.1877;RBI=0.0305763;REFB=0;REVB=-0.0220827;RO=0;SAF=81;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39181e-05;OID=.;OPOS=81679151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:155:155:1:74:81:0:0:74:81:0:0 chr16 81726738 . G A 1089.89 PASS AF=0.448276;AO=115;DP=260;FAO=117;FDP=261;FR=.;FRO=144;FSAF=76;FSAR=41;FSRF=93;FSRR=51;FWDB=0.0132086;FXX=0.0150938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9021;QD=16.7033;RBI=0.066998;REFB=-0.0294311;REVB=0.0656831;RO=135;SAF=76;SAR=39;SRF=93;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030892;STB=0.502262;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0427531;OID=.;OPOS=81726738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:135:144:115:117:0.448276:39:76:93:42:41:76:93:51 chr16 81726863 . C G 1286.24 PASS AF=0.473118;AO=130;DP=279;FAO=132;FDP=279;FR=.;FRO=147;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=74;FSRR=73;FWDB=0.00200265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.953;QD=18.4407;RBI=0.0348267;REFB=0.00454153;REVB=-0.0347691;RO=144;SAF=64;SAR=66;SRF=74;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205801;STB=0.501792;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00461859;OID=.;OPOS=81726863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:144:147:130:132:0.473118:66:64:74:70:66:66:74:73 chr16 81743328 . A G 790.29 PASS AF=0.430693;AO=87;DP=202;FAO=87;FDP=202;FR=.;FRO=115;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=0.00895715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6715;QD=15.6493;RBI=0.0128073;REFB=0.00361959;REVB=0.00915398;RO=113;SAF=41;SAR=46;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00227804;STB=0.50097;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00474099;OID=.;OPOS=81743328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:113:115:87:87:0.430693:46:41:53:60:46:41:54:61 chr16 81892708 . T A 166.29 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00437275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.453;QD=12.5502;RBI=0.00806524;REFB=-0.00224515;REVB=0.00677696;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700342;STB=0.540602;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00247943;OID=.;OPOS=81892708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:16:17:9:11:16:17 chr16 81902079 . T C 2396.36 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3671;QD=63.9029;RBI=0.0568398;REFB=0;REVB=0.056272;RO=0;SAF=62;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154571;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:147:150:1:85:62:0:0:85:65:0:0 chr16 81902139 . G C 2475.87 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0731326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1119;QD=60.7574;RBI=0.0748799;REFB=-0.0543255;REVB=0.0160818;RO=1;SAF=72;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005258;STB=0.502762;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000840999;OID=.;OPOS=81902139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:163:163:1:1:162:162:0.993865:90:72:0:1:90:72:0:1 chr16 81929488 . C T 1564.33 PASS AF=0.489164;AO=159;DP=326;FAO=158;FDP=323;FR=.;FRO=165;FSAF=97;FSAR=61;FSRF=84;FSRR=81;FWDB=0.0218065;FXX=0.00920217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.419;QD=19.3725;RBI=0.0309158;REFB=-0.0112105;REVB=-0.0219148;RO=164;SAF=97;SAR=62;SRF=83;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985747;STB=0.55506;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0103918;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:323:164:165:159:158:0.489164:62:97:83:81:61:97:84:81 chr16 81941319 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.201;QD=62.908;RBI=0.0189813;REFB=0;REVB=0.00693958;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6087e-05;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:49:39:0:0:51:39:0:0 chr16 81971403 . T C 343.57 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0149961;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.787;QD=15.1021;RBI=0.0203012;REFB=-0.0208988;REVB=0.0136841;RO=53;SAF=25;SAR=13;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120918;STB=0.568494;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0277881;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:13:25:29:24:13:25:29:24 chr16 81995543 . G T 172.71 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.0307602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.269;QD=9.46376;RBI=0.0337203;REFB=-0.00517573;REVB=0.0138156;RO=50;SAF=18;SAR=5;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154978;STB=0.59239;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.023197;OID=.;OPOS=81995543;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:5:18:34:16:5:18:34:16 chr16 82182354 . G A 901.83 PASS AF=0.508475;AO=85;DP=172;FAO=90;FDP=177;FR=.;FRO=87;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.000888604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.986;QD=20.3804;RBI=0.00653351;REFB=-0.000790102;REVB=0.0064728;RO=86;SAF=45;SAR=40;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269125;STB=0.519241;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.000816026;OID=.;OPOS=82182354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:177:86:87:85:90:0.508475:40:45:43:43:42:48:43:44 chr16 82203705 . A C 656.5 PASS AF=0.41954;AO=73;DP=174;FAO=73;FDP=174;FR=.;FRO=101;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.0229946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.885;QD=15.0919;RBI=0.029987;REFB=-0.0319852;REVB=-0.0192477;RO=99;SAF=34;SAR=39;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508866;STB=0.522782;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0357453;OID=.;OPOS=82203705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:99:101:73:73:0.41954:39:34:51:48:39:34:51:50 chr16 82203711 . G T 653.3 PASS AF=0.414773;AO=73;DP=176;FAO=73;FDP=176;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.00760562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6867;QD=14.8476;RBI=0.00885755;REFB=-0.0190834;REVB=0.0045399;RO=103;SAF=34;SAR=39;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307625;STB=0.517237;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0619643;OID=.;OPOS=82203711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:103:103:73:73:0.414773:39:34:51:52:39:34:51:52 chr16 82203742 . T C 567.06 PASS AF=0.390533;AO=66;DP=170;FAO=66;FDP=169;FR=.;FRO=103;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=-0.0466429;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.383;QD=13.4216;RBI=0.0471133;REFB=-0.00460049;REVB=0.0066415;RO=102;SAF=29;SAR=37;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339082;STB=0.516399;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00487285;OID=.;OPOS=82203742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:102:103:66:66:0.390533:37:29:48:54:37:29:48:55 chr16 82203758 . C T 508.99 PASS AF=0.38961;AO=60;DP=154;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.025998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9786;QD=13.2205;RBI=0.0774687;REFB=0.0137687;REVB=0.0729761;RO=88;SAF=27;SAR=33;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728203;STB=0.511122;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.0214926;OID=.;OPOS=82203758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:88:94:60:60:0.38961:33:27:39:49:33:27:44:50 chr16 82203768 . G T 501.88 PASS AF=0.397163;AO=56;DP=141;FAO=56;FDP=141;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.000950172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.975;QD=14.2377;RBI=0.0154588;REFB=-0.0147652;REVB=-0.0154296;RO=85;SAF=25;SAR=31;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120483;STB=0.506798;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0143197;OID=.;OPOS=82203768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:85:85:56:56:0.397163:31:25:37:48:31:25:37:48 chr16 82487931 . T C 682.69 PASS AF=0.5;AO=68;DP=136;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=20;FWDB=-0.00460994;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.363;QD=20.079;RBI=0.00464786;REFB=-0.0152042;REVB=-0.000592561;RO=67;SAF=32;SAR=36;SRF=48;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219903;STB=0.616406;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0118736;OID=.;OPOS=82487931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:67:68:68:68:0.5:36:32:48:19:36:32:48:20 chr16 82673047 . C T 1958.9 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.961;QD=61.6976;RBI=0.0279564;REFB=0;REVB=0.0279233;RO=0;SAF=55;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82367e-05;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:72:55:0:0:72:55:0:0 chr16 82903030 . A C 453.64 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.12618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3922;QD=54.9866;RBI=0.128512;REFB=-0.1297;REVB=0.0243667;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00923631;OID=.;OPOS=82903030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:14:18:0:0:14:18:1:0 chr16 83065664 . G A 1733.29 PASS AF=0.513678;AO=169;DP=333;FAO=169;FDP=329;FR=.;FRO=160;FSAF=74;FSAR=95;FSRF=65;FSRR=95;FWDB=-0.0112078;FXX=0.0120117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.528;QD=21.0734;RBI=0.0113077;REFB=-0.0178885;REVB=-0.00150005;RO=162;SAF=74;SAR=95;SRF=65;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334649;STB=0.515678;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0176255;OID=.;OPOS=83065664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:329:162:160:169:169:0.513678:95:74:65:97:95:74:65:95 chr16 83214480 . C A 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00303279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.417;QD=15.5754;RBI=0.00977461;REFB=0.00153609;REVB=-0.00929221;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205188;STB=0.511619;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00172883;OID=.;OPOS=83214480;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:14:11:13:18:14:11:13:18 chr16 83817019 . A G 1510.72 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.533;QD=59.244;RBI=0.031978;REFB=0;REVB=-0.0266412;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.64033e-06;OID=.;OPOS=83817019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:102:0:0:98:102:1:58:40:0:0:59:43:0:0 chr16 83983071 . C G,T 1664.89 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=4,108;DP=112;FAO=4,108;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=2,59;FSAR=2,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0836602,-0.00971921;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.1331,201.297;QD=59.4604;RBI=0.14552,0.0524917;REFB=0,0;REVB=-0.119067,0.051584;RO=0;SAF=2,59;SAR=2,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.62579e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.194326,0.000181378;OID=.,.;OPOS=83983071,83983071;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:112:112:0:0:4,108:4,108:0.0357143,0.964286:2,49:2,59:0:0:2,49:2,59:0:0 chr16 83984776 . A C 5680.71 PASS AF=0.966408;AO=371;DP=384;FAO=374;FDP=387;FR=.;FRO=13;FSAF=94;FSAR=280;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00113983;FXX=0.00257725;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4555;QD=58.7153;RBI=0.0295958;REFB=-0.0493478;REVB=-0.0295738;RO=13;SAF=92;SAR=279;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628034;STB=0.525863;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00446008;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:384:387:13:13:371:374:0.966408:279:92:13:0:280:94:11:2 chr16 83984844 . A C 5582.93 PASS AF=1;AO=347;DP=347;FAO=348;FDP=348;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=256;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199229;FXX=0.00286525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.002;QD=64.1716;RBI=0.0203855;REFB=0;REVB=0.00431772;RO=0;SAF=92;SAR=255;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56406e-06;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:347:348:0:0:347:348:1:255:92:0:0:256:92:0:0 chr16 83984850 . C G 5337.06 PASS AF=1;AO=344;DP=351;FAO=347;FDP=347;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=254;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186278;FXX=0.0113957;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.437;QD=61.5224;RBI=0.0221215;REFB=-0.0866164;REVB=0.0119317;RO=2;SAF=91;SAR=253;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00375658;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159625;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:351:347:2:0:344:347:1:253:91:0:2:254:93:0:0 chr16 84035446 . C G 2021.7 PASS AF=0.501235;AO=203;DP=407;FAO=203;FDP=405;FR=.;FRO=202;FSAF=112;FSAR=91;FSRF=95;FSRR=107;FWDB=0.00611487;FXX=0.00491388;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.983;QD=19.9674;RBI=0.0108084;REFB=0.00315447;REVB=0.00891239;RO=200;SAF=112;SAR=91;SRF=95;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697757;STB=0.540703;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00324904;OID=.;OPOS=84035446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:405:200:202:203:203:0.501235:91:112:95:105:91:112:95:107 chr16 84067004 . C T 791.02 PASS AF=0.490909;AO=81;DP=168;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=67;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.0076865;FXX=0.0236672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.385;QD=19.1763;RBI=0.0108233;REFB=-0.0149239;REVB=0.00761984;RO=84;SAF=14;SAR=67;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302735;STB=0.668997;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0113307;OID=.;OPOS=84067004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:165:84:84:81:81:0.490909:67:14:35:49:67:14:35:49 chr16 84070500 . C G 352.94 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00821269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.335;QD=13.194;RBI=0.0111876;REFB=-0.0152215;REVB=0.00759698;RO=65;SAF=13;SAR=29;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14181;STB=0.58081;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0290637;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:65:65:42:42:0.392523:29:13:28:37:29:13:28:37 chr16 84115393 . G A 1501.07 PASS AF=0.479751;AO=152;DP=319;FAO=154;FDP=321;FR=.;FRO=167;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=85;FSRR=82;FWDB=0.0124357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.146;QD=18.705;RBI=0.0160601;REFB=-0.00795601;REVB=-0.0101627;RO=166;SAF=72;SAR=80;SRF=84;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030709;STB=0.521592;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0081543;OID=.;OPOS=84115393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:321:166:167:152:154:0.479751:80:72:84:82:82:72:85:82 chr16 84125373 . G A 982.54 PASS AF=0.430279;AO=108;DP=255;FAO=108;FDP=251;FR=.;FRO=143;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=72;FSRR=71;FWDB=-0.0290313;FXX=0.0156857;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.108;QD=15.658;RBI=0.0385324;REFB=0.00283712;REVB=-0.0253364;RO=142;SAF=55;SAR=53;SRF=72;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00226388;STB=0.503283;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.003682;OID=.;OPOS=84125373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:251:142:143:108:108:0.430279:53:55:72:70:53:55:72:71 chr16 84157193 . A T 407.83 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.009;QD=56.2521;RBI=0.019239;REFB=0;REVB=0.017539;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07065e-05;OID=.;OPOS=84157193;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:14:13:0:0:15:14:0:0 chr16 84158248 . G C 2008.41 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.361;QD=62.2764;RBI=0.0119416;REFB=0;REVB=0.00842869;RO=0;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36117e-08;OID=.;OPOS=84158248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:65:64:0:0:65:64:0:0 chr16 84203730 . G C 142.97 PASS AF=0.346154;AO=15;DP=49;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0591424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9514;QD=10.9973;RBI=0.0804695;REFB=-0.0403125;REVB=0.0545666;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575708;STB=0.561337;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0597893;OID=.;OPOS=84203730;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:34:34:15:18:0.346154:6:9:22:12:8:10:22:12 chr16 84209634 . C G 646.33 PASS AF=0.481481;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=135;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0155738;FXX=0.0217376;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.692;QD=19.1506;RBI=0.0156624;REFB=-0.0085979;REVB=-0.00166358;RO=69;SAF=28;SAR=37;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175138;STB=0.506377;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00819144;OID=.;OPOS=84209634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:69:70:65:65:0.481481:37:28:31:38:37:28:31:39 chr16 84212779 . G A 431.1 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=2;FWDB=0.0194309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.5391;QD=25.7375;RBI=0.0206613;REFB=-0.021938;REVB=-0.00702344;RO=25;SAF=35;SAR=6;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997812;STB=0.558334;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0246118;OID=.;OPOS=84212779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:25:26:41:41:0.61194:6:35:23:2:6:35:24:2 chr16 84212928 . G A 659.0 PASS AF=0.551724;AO=64;DP=112;FAO=64;FDP=116;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0149107;FXX=0.025208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.892;QD=22.7243;RBI=0.0149179;REFB=-0.0183025;REVB=-0.000461163;RO=47;SAF=28;SAR=36;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138856;STB=0.553979;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0143505;OID=.;OPOS=84212928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:47:52:64:64:0.551724:36:28:29:18:36:28:29:23 chr16 84213652 . G A 2370.42 PASS AF=0.584958;AO=145;DP=371;FAO=210;FDP=359;FR=.,HEALED;FRO=126;FSAF=110;FSAR=100;FSRF=79;FSRR=47;FWDB=0.00378585;FXX=0.0323441;HRUN=8;LEN=1;MLLD=224.483;QD=26.4114;RBI=0.0117234;REFB=-0.0187405;REVB=0.0110953;RO=86;SAF=78;SAR=67;SRF=59;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103921;STB=0.538918;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0108645;OID=.;OPOS=84213652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:359:86:126:145:210:0.584958:67:78:59:27:100:110:79:47 chr16 84217062 . C T 1549.61 PASS AF=0.981651;AO=106;DP=110;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0146756;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.252;QD=56.8666;RBI=0.0234823;REFB=-0.0953118;REVB=0.0183316;RO=3;SAF=29;SAR=77;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00391613;STB=0.506409;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00092302;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:109:3:2:106:107:0.981651:77:29:1:2:77:30:0:2 chr16 84218565 . T C 336.65 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0333694;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.96;QD=13.0737;RBI=0.0337153;REFB=-0.0102725;REVB=-0.00481693;RO=60;SAF=25;SAR=15;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100337;STB=0.544281;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0171756;OID=.;OPOS=84218565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:103:60:63:40:40:0.38835:15:25:32:28:15:25:35:28 chr16 84224967 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00109249;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=290.134;QD=12.4824;RBI=0.0377826;REFB=-0.0164584;REVB=-0.0377668;RO=19;SAF=11;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424901;STB=0.761812;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0235992;OID=.;OPOS=84224967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:1:11:13:6:1:11:13:6 chr16 84228199 . G T 726.96 PASS AF=0.525926;AO=71;DP=135;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0295571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.647;QD=21.5394;RBI=0.0358214;REFB=-0.00812776;REVB=0.0202374;RO=63;SAF=35;SAR=36;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552556;STB=0.533728;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0112435;OID=.;OPOS=84228199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:63:64:71:71:0.525926:36:35:27:36:36:35:27:37 chr16 84228237 . A C 506.96 PASS AF=0.5;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0378825;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.195;QD=19.1307;RBI=0.0379161;REFB=-0.00589847;REVB=-0.00159616;RO=52;SAF=19;SAR=34;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120668;STB=0.510311;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00417183;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:52:53:53:53:0.5:34:19:18:34:34:19:18:35 chr16 84228305 . C G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0402313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.094;QD=16.2716;RBI=0.0512212;REFB=-0.00873078;REVB=-0.0317025;RO=17;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31313;STB=0.675048;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00586012;OID=.;OPOS=84228305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:13:2:6:11:13:2:6:12 chr16 84228770 . G C 479.37 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00173013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.911;QD=19.9739;RBI=0.014478;REFB=-0.00385124;REVB=0.0143742;RO=49;SAF=26;SAR=21;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187993;STB=0.604078;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00431808;OID=.;OPOS=84228770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:21:26:17:32:21:26:17:32 chr16 84228873 . C T 1444.02 PASS AF=0.43804;AO=152;DP=349;FAO=152;FDP=347;FR=.;FRO=195;FSAF=88;FSAR=64;FSRF=113;FSRR=82;FWDB=-0.000434033;FXX=0.00857118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8619;QD=16.6457;RBI=0.0771048;REFB=0.0237355;REVB=0.0771035;RO=195;SAF=88;SAR=64;SRF=111;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010078;STB=0.500311;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.0217419;OID=.;OPOS=84228873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:347:195:195:152:152:0.43804:64:88:111:84:64:88:113:82 chr16 84229559 . T C 2566.11 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.12294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.72;QD=61.834;RBI=0.123447;REFB=0;REVB=-0.0111718;RO=0;SAF=70;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.28438e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258133;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:96:70:0:0:96:70:0:0 chr16 84229580 . C T 597.49 PASS AF=0.425676;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=148;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00259616;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.867;QD=16.1484;RBI=0.0121397;REFB=-0.0193864;REVB=-0.0118589;RO=84;SAF=29;SAR=34;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284726;STB=0.519469;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0267461;OID=.;OPOS=84229580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:84:85:63:63:0.425676:34:29:41:43:34:29:42:43 chr16 84230376 . T C 1850.03 PASS AF=0.96124;AO=123;DP=128;FAO=124;FDP=129;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0159396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.11;QD=57.3654;RBI=0.0159406;REFB=-0.096685;REVB=-0.000181004;RO=2;SAF=11;SAR=112;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840872;STB=0.510821;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.000674275;OID=.;OPOS=84230376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:128:129:2:5:123:124:0.96124:112:11:0:2:113:11:0:5 chr16 84230500 . A C 1635.97 PASS AF=0.449086;AO=171;DP=382;FAO=172;FDP=383;FR=.;FRO=211;FSAF=48;FSAR=124;FSRF=79;FSRR=132;FWDB=-0.0015554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.273;QD=17.0858;RBI=0.0129008;REFB=-0.00460185;REVB=-0.0128067;RO=210;SAF=48;SAR=123;SRF=78;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105787;STB=0.561699;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0048181;OID=.;OPOS=84230500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:383:210:211:171:172:0.449086:123:48:78:132:124:48:79:132 chr16 84256103 . C T 629.59 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=130;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0086588;FXX=0.0370343;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.66;QD=19.3721;RBI=0.0159823;REFB=-0.010275;REVB=-0.0134335;RO=61;SAF=26;SAR=37;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422673;STB=0.510662;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00934552;OID=.;OPOS=84256103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:67:63:63:0.484615:37:26:28:33:37:26:29:38 chr16 84256410 . C T 1555.38 PASS AF=0.506711;AO=151;DP=298;FAO=151;FDP=298;FR=.;FRO=147;FSAF=71;FSAR=80;FSRF=72;FSRR=75;FWDB=0.000441337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.347;QD=20.8776;RBI=0.00979728;REFB=-0.00182928;REVB=0.00978733;RO=142;SAF=71;SAR=80;SRF=72;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326983;STB=0.509689;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00180925;OID=.;OPOS=84256410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:142:147:151:151:0.506711:80:71:72:70:80:71:72:75 chr16 84256422 . C T 1553.59 PASS AF=0.47181;AO=157;DP=337;FAO=159;FDP=337;FR=.;FRO=178;FSAF=75;FSAR=84;FSRF=85;FSRR=93;FWDB=0.0222564;FXX=0.00589953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.796;QD=18.4402;RBI=0.0228378;REFB=-0.0143949;REVB=0.00512031;RO=177;SAF=74;SAR=83;SRF=84;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0031247;STB=0.503088;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0113009;OID=.;OPOS=84256422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:337:177:178:157:159:0.47181:83:74:84:93:84:75:85:93 chr16 84270381 . G A 1799.91 PASS AF=0.452381;AO=190;DP=420;FAO=190;FDP=420;FR=.;FRO=230;FSAF=98;FSAR=92;FSRF=112;FSRR=118;FWDB=-0.027669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8605;QD=17.142;RBI=0.0486438;REFB=0.00899519;REVB=0.0400081;RO=230;SAF=98;SAR=92;SRF=112;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285832;STB=0.515788;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0100445;OID=.;OPOS=84270381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:420:230:230:190:190:0.452381:92:98:112:118:92:98:112:118 chr16 84270565 . G GCCAGCTCCT 364.21 PASS AF=0.326389;AO=45;DP=154;FAO=47;FDP=144;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0733586;FXX=0.0649308;HRUN=2;LEN=9;MLLD=182.977;QD=10.117;RBI=0.0740071;REFB=-0.0188857;REVB=-0.00977622;RO=104;SAF=20;SAR=25;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436644;STB=0.519223;STBP=0.753;TYPE=ins;VARB=0.0391666;OID=.;OPOS=84270566;OREF=-;OALT=CCAGCTCCT;OMAPALT=GCCAGCTCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326389:45:154:47:144:97:20:27:44:53:99:104:20:25:50:54 chr16 84270743 . G A 1209.8 PASS AF=0.524444;AO=117;DP=224;FAO=118;FDP=225;FR=.;FRO=107;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=65;FWDB=0.0141244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.493;QD=21.5075;RBI=0.0141328;REFB=0.00460619;REVB=0.000487646;RO=107;SAF=63;SAR=54;SRF=42;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126925;STB=0.566918;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00419057;OID=.;OPOS=84270743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:107:107:117:118:0.524444:54:63:42:65:55:63:42:65 chr16 84402275 . G C 2313.66 PASS AF=0.433798;AO=130;DP=565;FAO=249;FDP=574;FR=.;FRO=325;FSAF=174;FSAR=75;FSRF=226;FSRR=99;FWDB=-0.00737103;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.772;QD=16.1231;RBI=0.0197361;REFB=-0.0145725;REVB=-0.0183079;RO=245;SAF=64;SAR=66;SRF=174;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251602;STB=0.502289;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0170067;OID=.;OPOS=84402275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:565:574:245:325:130:249:0.433798:66:64:174:71:75:174:226:99 chr16 84438512 . G A 2048.88 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00726788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.4;QD=61.6205;RBI=0.0147101;REFB=-0.00254457;REVB=-0.0127893;RO=1;SAF=76;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841184;STB=0.504424;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-2.89126e-05;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:56:76:0:1:56:76:0:1 chr16 84444349 . A C 2064.93 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.955;QD=62.5737;RBI=0.028496;REFB=0;REVB=0.0246288;RO=0;SAF=56;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.94421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46697e-06;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:76:56:0:0:76:56:0:0 chr16 84485573 . C A 2821.22 PASS AF=1;AO=177;DP=180;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157374;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0079;QD=62.3473;RBI=0.0653142;REFB=-0.0358309;REVB=0.0633898;RO=2;SAF=82;SAR=95;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234813;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:180:181:2:0:177:181:1:95:82:0:2:99:82:0:0 chr16 84493144 . C G 2293.44 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.277;QD=63.7067;RBI=0.0179606;REFB=0;REVB=0.0170508;RO=0;SAF=66;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.18654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73306e-05;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:78:66:0:0:78:66:0:0 chr16 84494020 . G T 1982.19 PASS AF=0.984733;AO=128;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00108654;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.449;QD=60.5249;RBI=0.0058371;REFB=-0.0823287;REVB=-0.00573508;RO=2;SAF=50;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186256;STB=0.509802;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=4.27768e-05;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:2:2:128:129:0.984733:78:50:2:0:79:50:2:0 chr16 84494275 . C T 1899.39 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199827;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.533;QD=61.7687;RBI=0.0203196;REFB=0;REVB=0.00368485;RO=0;SAF=52;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53797e-06;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:71:52:0:0:71:52:0:0 chr16 84513531 . C T 2592.68 PASS AF=0.500971;AO=258;DP=516;FAO=258;FDP=515;FR=.;FRO=257;FSAF=147;FSAR=111;FSRF=153;FSRR=104;FWDB=-0.00227501;FXX=0.00193795;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.604;QD=20.1373;RBI=0.0154683;REFB=0.00251721;REVB=-0.0153001;RO=251;SAF=147;SAR=111;SRF=150;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257355;STB=0.513057;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0025893;OID=.;OPOS=84513531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:516:515:251:257:258:258:0.500971:111:147:150:101:111:147:153:104 chr16 84516309 . G A 841.77 PASS AF=0.52071;AO=80;DP=162;FAO=88;FDP=169;FR=.;FRO=81;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.0265109;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6238;QD=19.9234;RBI=0.0588785;REFB=0.0191117;REVB=0.0525723;RO=80;SAF=41;SAR=39;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907087;STB=0.565902;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00630822;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:169:80:81:80:88:0.52071:39:41:33:47:40:48:33:48 chr16 84520321 . AGGGT AGGGC,CAGGC 201.46 PASS AF=0.461538,0;AO=11,2;DP=53;FAO=24,0;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=12,0;FSAR=12,0;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0355471,-0.00721227;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,5;MLLD=34.6747,40.898;QD=15.4969;RBI=0.0365118,0.122221;REFB=0.0224511,0.0180305;REVB=-0.00833758,-0.122008;RO=17;SAF=7,0;SAR=4,2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0792561,-0.626525;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0227925,0;OID=.,.;OPOS=84520325,84520321;OREF=T,AGGGT;OALT=C,CAGGC;OMAPALT=AGGGC,CAGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:17:28:11,2:24,0:0.461538,0:4,2:7,0:12:5:12,0:12,0:14:14 chr16 84520396 . A G 1492.06 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282473;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.306;QD=59.6822;RBI=0.0340754;REFB=0;REVB=-0.0190585;RO=0;SAF=30;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014688;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:70:30:0:0:70:30:0:0 chr16 84520537 . T C 2696.19 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.43;QD=62.3396;RBI=0.0266934;REFB=0;REVB=-0.0226885;RO=0;SAF=92;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43945e-05;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:81:92:0:0:81:92:0:0 chr16 84522897 . G C 572.53 PASS AF=0.465116;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=44;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.00976875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8927;QD=17.7529;RBI=0.0217798;REFB=-0.0159866;REVB=-0.0194662;RO=69;SAF=44;SAR=16;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185732;STB=0.603782;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0182715;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:69:69:60:60:0.465116:16:44:39:30:16:44:39:30 chr16 84691044 . C T 1062.47 PASS AF=0.558659;AO=100;DP=179;FAO=100;FDP=179;FR=.;FRO=79;FSAF=66;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.02383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5493;QD=23.7424;RBI=0.0475651;REFB=0.0152099;REVB=0.0411652;RO=78;SAF=66;SAR=34;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394096;STB=0.525344;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0134803;OID=.;OPOS=84691044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:78:79:100:100:0.558659:34:66:48:30:34:66:48:31 chr16 84778690 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144583;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.837;QD=57.7124;RBI=0.017673;REFB=0;REVB=0.0101632;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07785e-05;OID=.;OPOS=84778690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr16 84778694 . T C 771.32 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237854;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.559;QD=57.135;RBI=0.0238143;REFB=0;REVB=0.00117313;RO=1;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132766;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4898e-05;OID=.;OPOS=84778694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:1:0:54:54:1:35:19:0:1:35:19:0:0 chr16 84778697 . G C 740.8 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151096;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4442;QD=56.9844;RBI=0.0660005;REFB=0;REVB=-0.0659832;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000957243;OID=.;OPOS=84778697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr16 84778775 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00860334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.594;QD=9.56962;RBI=0.0138617;REFB=-0.0138716;REVB=-0.0108687;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319318;STB=0.697155;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.02905;OID=.;OPOS=84778775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:7:8:2:6:7:8 chr16 84808824 . C G 644.2 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00453096;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3906;QD=21.1213;RBI=0.0312514;REFB=-0.0073956;REVB=-0.0309212;RO=57;SAF=35;SAR=29;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177519;STB=0.514171;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00743775;OID=.;OPOS=84808824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:57:58:64:64:0.52459:29:35:30:27:29:35:30:28 chr16 84882997 . C T 825.22 PASS AF=0.553957;AO=76;DP=138;FAO=77;FDP=139;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.00858519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.689;QD=23.7474;RBI=0.0101195;REFB=-0.00359478;REVB=0.00535715;RO=61;SAF=31;SAR=45;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427322;STB=0.529844;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00244631;OID=.;OPOS=84882997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:61:62:76:77:0.553957:45:31:28:33:46:31:29:33 chr16 84883102 . C T 2064.07 PASS AF=0.985185;AO=133;DP=138;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00977316;FXX=0.0217376;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.357;QD=61.1578;RBI=0.00989579;REFB=-0.065959;REVB=0.00155304;RO=1;SAF=54;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597912;STB=0.501442;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.000106891;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:135:1:2:133:133:0.985185:79:54:0:1:79:54:1:1 chr16 84922859 . C T 2334.66 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0110596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.233;QD=63.0989;RBI=0.0281338;REFB=-0.096025;REVB=0.0258688;RO=1;SAF=70;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613682;STB=0.503225;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000918957;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:77:70:0:1:77:70:0:1 chr16 85009463 . T C 1898.9 PASS AF=1;AO=122;DP=126;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944874;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.637;QD=61.7528;RBI=0.0099227;REFB=0;REVB=0.00303005;RO=0;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001802;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:123:0:0:122:123:1:60:62:0:0:60:63:0:0 chr16 85009510 . C T 729.1 PASS AF=0.510791;AO=71;DP=139;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.0277205;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.884;QD=20.9814;RBI=0.0436884;REFB=0.000860619;REVB=0.0337676;RO=68;SAF=42;SAR=29;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241368;STB=0.513271;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.000867711;OID=.;OPOS=85009510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:68:68:71:71:0.510791:29:42:42:26:29:42:42:26 chr16 85009970 . A G 3674.26 PASS AF=1;AO=231;DP=235;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135953;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.531;QD=63.0774;RBI=0.0143987;REFB=0;REVB=0.0047422;RO=0;SAF=100;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.47211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67049e-05;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:233:0:0:231:233:1:131:100:0:0:132:101:0:0 chr16 85015541 . G A 901.8 PASS AF=0.471503;AO=91;DP=196;FAO=91;FDP=193;FR=.;FRO=102;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=57;FWDB=-0.0199141;FXX=0.0153053;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.651;QD=18.6902;RBI=0.0224744;REFB=-0.00504706;REVB=-0.0104176;RO=102;SAF=42;SAR=49;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196229;STB=0.510841;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00596069;OID=.;OPOS=85015541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:193:102:102:91:91:0.471503:49:42:45:57:49:42:45:57 chr16 85112002 . T G 1045.52 PASS AF=0.446215;AO=112;DP=251;FAO=112;FDP=251;FR=.;FRO=139;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=65;FSRR=74;FWDB=0.017852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7646;QD=16.6616;RBI=0.0334616;REFB=-0.0114743;REVB=-0.0283017;RO=138;SAF=58;SAR=54;SRF=64;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053817;STB=0.527793;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0135261;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:138:139:112:112:0.446215:54:58:64:74:54:58:65:74 chr16 85141292 . T C 845.82 PASS AF=0.442211;AO=86;DP=197;FAO=88;FDP=199;FR=.;FRO=111;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=61;FSRR=50;FWDB=-0.0152744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.3;QD=17.0014;RBI=0.0212215;REFB=-0.00180895;REVB=-0.0147325;RO=108;SAF=46;SAR=40;SRF=60;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208362;STB=0.508671;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00226947;OID=.;OPOS=85141292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:199:108:111:86:88:0.442211:40:46:60:48:41:47:61:50 chr16 85145977 . T C 320.79 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00980737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.355;QD=21.3857;RBI=0.0173336;REFB=0.00207625;REVB=0.0142923;RO=27;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191626;STB=0.605996;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00159162;OID=.;OPOS=85145977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:13:20:10:17:13:20:10:17 chr16 85705880 . C T 971.98 PASS AF=0.513514;AO=95;DP=185;FAO=95;FDP=185;FR=.;FRO=90;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=-0.0122152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.358;QD=21.0158;RBI=0.0264007;REFB=0.00464065;REVB=0.0234048;RO=89;SAF=45;SAR=50;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282004;STB=0.512818;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00533584;OID=.;OPOS=85705880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:89:90:95:95:0.513514:50:45:45:44:50:45:45:45 chr16 85705901 . G A 1042.48 PASS AF=0.520202;AO=103;DP=199;FAO=103;FDP=198;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=0.0176236;FXX=0.0149246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.125;QD=21.0602;RBI=0.0182196;REFB=-0.00656771;REVB=0.00462186;RO=94;SAF=38;SAR=65;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052126;STB=0.526475;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00679356;OID=.;OPOS=85705901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:94:95:103:103:0.520202:65:38:40:54:65:38:40:55 chr16 85706047 . A C 698.83 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=0.0287964;FXX=0.00606024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0206;QD=17.0446;RBI=0.0288445;REFB=-0.0126503;REVB=-0.00166617;RO=86;SAF=30;SAR=45;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00467482;STB=0.502537;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0198373;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:86:89:75:75:0.457317:45:30:34:52:45:30:36:53 chr16 85707289 . C G 491.13 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00974056;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.093;QD=19.8437;RBI=0.0102927;REFB=-0.00711118;REVB=0.00332573;RO=50;SAF=25;SAR=23;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191723;STB=0.505687;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00867353;OID=.;OPOS=85707289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:51:48:48:0.484848:23:25:25:25:23:25:26:25 chr16 85814899 . T TAGTC 1787.22 PASS AF=0.838509;AO=133;DP=165;FAO=135;FDP=161;FR=.;FRO=26;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0285619;FXX=0.024241;HRUN=1;LEN=4;MLLD=268.492;QD=44.4031;RBI=0.0301671;REFB=-0.0104653;REVB=0.00970942;RO=26;SAF=61;SAR=72;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366052;STB=0.51784;STBP=0.302;TYPE=ins;VARB=0.00186739;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.838509:133:165:135:161:26:63:72:15:11:99:26:61:72:15:11 chr16 85834818 . G A 2130.39 PASS AF=0.965278;AO=139;DP=144;FAO=139;FDP=144;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=83;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00464517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.715;QD=59.1774;RBI=0.00479134;REFB=-0.0347041;REVB=-0.00117446;RO=3;SAF=56;SAR=83;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0029037;STB=0.500104;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00116317;OID=.;OPOS=85834818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:144:144:3:5:139:139:0.965278:83:56:1:2:83:56:2:3 chr16 85838653 . T C 3054.49 PASS AF=0.984772;AO=194;DP=198;FAO=194;FDP=197;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0443868;FXX=0.0100497;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.926;QD=62.0201;RBI=0.0565074;REFB=-0.147746;REVB=0.03497;RO=2;SAF=82;SAR=112;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00153904;STB=0.501394;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.000821542;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:198:197:2:3:194:194:0.984772:112:82:1:1:112:82:1:2 chr16 85945231 . C T 874.17 PASS AF=0.520958;AO=87;DP=167;FAO=87;FDP=167;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=-0.0529525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2577;QD=20.9381;RBI=0.0593833;REFB=-0.0296833;REVB=-0.0268777;RO=80;SAF=40;SAR=47;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863087;STB=0.547246;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0289599;OID=.;OPOS=85945231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:80:80:87:87:0.520958:47:40:29:51:47:40:29:51 chr16 86069722 . A G 1555.7 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000884318;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2223;QD=62.8566;RBI=0.0709056;REFB=-0.0575426;REVB=-0.0709;RO=1;SAF=46;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101995;STB=0.505375;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000300028;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:98:98:0.989899:52:46:1:0:52:46:1:0 chr16 86069738 . C G 361.29 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0265221;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.708;QD=15.0537;RBI=0.0266618;REFB=0.00477059;REVB=-0.00272539;RO=57;SAF=21;SAR=18;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104424;STB=0.559075;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00682196;OID=.;OPOS=86069738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:57:57:39:39:0.40625:18:21:25:32:18:21:25:32 chr16 86069788 . GT TG 324.35 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.013727;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=2;MLLD=118.399;QD=15.6312;RBI=0.0354202;REFB=-0.015059;REVB=-0.0326521;RO=46;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258588;STB=0.634103;STBP=0.042;TYPE=mnp;VARB=0.0126846;OID=.;OPOS=86069788;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:83:46:48:35:35:0.421687:13:22:17:29:13:22:19:29 chr16 86069827 . A G 363.09 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.000704542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.217;QD=15.6167;RBI=0.00145096;REFB=0.00237955;REVB=-0.00126843;RO=54;SAF=24;SAR=15;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249325;STB=0.640452;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00367142;OID=.;OPOS=86069827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:15:24:20:34:15:24:20:34 chr16 86371123 . G A 1473.8 PASS AF=0.519856;AO=141;DP=274;FAO=144;FDP=277;FR=.;FRO=133;FSAF=64;FSAR=80;FSRF=68;FSRR=65;FWDB=-0.00863692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.333;QD=21.2823;RBI=0.0245664;REFB=-0.0139143;REVB=-0.0229981;RO=132;SAF=64;SAR=77;SRF=68;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543065;STB=0.532254;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0151922;OID=.;OPOS=86371123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:277:132:133:141:144:0.519856:77:64:68:64:80:64:68:65 chr16 86371258 . A G 1268.59 PASS AF=0.51626;AO=116;DP=238;FAO=127;FDP=246;FR=.;FRO=119;FSAF=50;FSAR=77;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=0.0243744;FXX=0.00806419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.832;QD=20.6275;RBI=0.024414;REFB=-0.00510202;REVB=-0.00138981;RO=119;SAF=44;SAR=72;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949435;STB=0.542425;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00415875;OID=.;OPOS=86371258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:246:119:119:116:127:0.51626:72:44:57:62:77:50:57:62 chr16 86547496 . C T 668.94 PASS AF=0.450617;AO=73;DP=162;FAO=73;FDP=162;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.0414864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4883;QD=16.5169;RBI=0.0422921;REFB=-0.0097886;REVB=0.00821583;RO=89;SAF=32;SAR=41;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000154438;STB=0.500086;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0143803;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:89:89:73:73:0.450617:41:32:39:50:41:32:39:50 chr16 86564671 . G T 518.48 PASS AF=0.478261;AO=54;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0140048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.185;QD=18.0339;RBI=0.0613896;REFB=0.00260163;REVB=-0.0597708;RO=58;SAF=21;SAR=33;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090033;STB=0.544468;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00342549;OID=.;OPOS=86564671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:60:54:55:0.478261:33:21:28:30:33:22:29:31 chr16 86565826 . C G 3230.25 PASS AF=0.921162;AO=221;DP=241;FAO=222;FDP=241;FR=.;FRO=19;FSAF=135;FSAR=87;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00754881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.6936;QD=53.6141;RBI=0.00786506;REFB=-0.177831;REVB=0.00220788;RO=12;SAF=135;SAR=86;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023047;STB=0.501943;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00328087;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:241:241:12:19:221:222:0.921162:86:135:10:2:87:135:12:7 chr16 86566039 . C T 731.91 PASS AF=0.45614;AO=78;DP=171;FAO=78;FDP=171;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=58;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0236837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.098;QD=17.1207;RBI=0.0242233;REFB=-0.00396222;REVB=0.00508455;RO=93;SAF=20;SAR=58;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208665;STB=0.616559;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0121055;OID=.;OPOS=86566039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:93:93:78:78:0.45614:58:20:41:52:58:20:41:52 chr16 86566042 . G A 730.2 PASS AF=0.472393;AO=77;DP=163;FAO=77;FDP=163;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=57;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.000602698;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.328;QD=17.919;RBI=0.0140973;REFB=-0.00304307;REVB=0.0140844;RO=86;SAF=20;SAR=57;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200309;STB=0.611512;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00508433;OID=.;OPOS=86566042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:86:86:77:77:0.472393:57:20:38:48:57:20:38:48 chr16 86574818 . C G 165.67 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0385583;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.628;QD=20.7084;RBI=0.0385792;REFB=-0.0107657;REVB=0.00127053;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519842;STB=0.529377;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0080708;OID=.;OPOS=86574818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:8:7:9:8:8:7 chr16 86575737 . C T 645.69 PASS AF=0.626374;AO=56;DP=91;FAO=57;FDP=91;FR=.;FRO=34;FSAF=45;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=5;FWDB=-0.0268208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8314;QD=28.3818;RBI=0.0316213;REFB=0.0250407;REVB=0.0167497;RO=33;SAF=44;SAR=12;SRF=29;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100736;STB=0.537193;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0116442;OID=.;OPOS=86575737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:33:34:56:57:0.626374:12:44:29:4:12:45:29:5 chr16 87336669 . C A 263.46 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0049792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.8;QD=17.5639;RBI=0.0067965;REFB=-0.010357;REVB=0.00462601;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356394;STB=0.519986;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0106473;OID=.;OPOS=87336669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:17:12:14:17:17:12:14:17 chr16 87350773 . C A 6648.32 PASS AF=1;AO=379;DP=445;FAO=433;FDP=433;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=181;FSAR=252;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.194293;FXX=0.00915311;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.213;QD=61.4164;RBI=0.194536;REFB=-0.00675824;REVB=0.00971592;RO=13;SAF=127;SAR=252;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357835;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166662;OID=.;OPOS=87350773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:445:433:13:0:379:433:1:252:127:11:2:252:181:0:0 chr16 87417621 . G A 1781.87 PASS AF=0.511429;AO=173;DP=345;FAO=179;FDP=350;FR=.;FRO=171;FSAF=73;FSAR=106;FSRF=69;FSRR=102;FWDB=-0.00115925;FXX=0.0112991;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.737;QD=20.3642;RBI=0.00189774;REFB=0.0085399;REVB=0.00150252;RO=158;SAF=67;SAR=106;SRF=56;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305163;STB=0.502183;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.00670537;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:350:158:171:173:179:0.511429:106:67:56:102:106:73:69:102 chr16 87436720 . G T 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177088;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.21;QD=57.1423;RBI=0.0179537;REFB=0;REVB=-0.00295556;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36659e-05;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr16 87436764 . A G 1168.82 PASS AF=0.943182;AO=80;DP=86;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0262112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.517;QD=53.1282;RBI=0.0262249;REFB=-0.0700186;REVB=-0.000845403;RO=5;SAF=29;SAR=51;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749196;STB=0.536223;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00142686;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:86:88:5:5:80:83:0.943182:51:29:5:0:51:32:5:0 chr16 87445270 . T C 889.79 PASS AF=0.517442;AO=88;DP=171;FAO=89;FDP=172;FR=.;FRO=83;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0120564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.598;QD=20.6928;RBI=0.0133898;REFB=-0.0269805;REVB=-0.00582505;RO=83;SAF=46;SAR=42;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467286;STB=0.522654;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0210955;OID=.;OPOS=87445270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:83:83:88:89:0.517442:42:46:39:44:43:46:39:44 chr16 87446368 . C T 436.95 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.00231058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.169;QD=18.7935;RBI=0.013097;REFB=-0.0159182;REVB=-0.0128916;RO=47;SAF=25;SAR=19;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150969;STB=0.568717;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0134789;OID=.;OPOS=87446368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:49:44:44:0.473118:19:25:34:13:19:25:34:15 chr16 87493737 . T C 515.63 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00363233;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.653;QD=21.4844;RBI=0.0101902;REFB=0.00185072;REVB=0.00952082;RO=47;SAF=22;SAR=27;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078927;STB=0.543546;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00279421;OID=.;OPOS=87493737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:47:47:49:49:0.510417:27:22:17:30:27:22:17:30 chr16 87678144 . T C 347.3 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00079666;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.403;QD=16.9415;RBI=0.014698;REFB=-0.00493376;REVB=-0.0146764;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497358;STB=0.535341;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00882378;OID=.;OPOS=87678144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:45:45:36:37:0.45122:19:17:19:26:19:18:19:26 chr16 87678165 . G A 308.41 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0376683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.884;QD=15.8161;RBI=0.0451157;REFB=0.00207049;REVB=-0.0248299;RO=43;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168594;STB=0.501557;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0038087;OID=.;OPOS=87678165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:20:14:17:26:20:14:18:26 chr16 87729334 . C CA 395.69 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00477917;FXX=0.03571;HRUN=0;LEN=1;MLLD=239.727;QD=19.54;RBI=0.00494612;REFB=-0.0290916;REVB=0.00127423;RO=45;SAF=25;SAR=15;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111397;STB=0.583554;STBP=0.143;TYPE=ins;VARB=0.0256571;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493827:40:85:40:81:41:25:15:19:22:99:45:25:15:23:22 chr16 87736244 . GAAAAAAAC GAAAAAAC,GAAAAAACA 725.71 PASS AF=0.935065,0.0649351;AO=36,6;DP=159;FAO=144,10;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=42,10;FSAR=102,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.450724,-0.0438117;FXX=0.0064512;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=6.33277,242.556;QD=18.8497;RBI=0.901034,0.0807694;REFB=0.0734304,0.0214157;REVB=0.780198,0.0678545;RO=84;SAF=8,6;SAR=28,0;SRF=17;SRR=67;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.035126,0.70547;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0256817,-0.0368254;OID=.,.;OPOS=87736245,87736251;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=GAAAAAAC,GAAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.935065,0.0649351:36,6:159:144,10:154:0:42,10:102,0:0:0:19:84:8,6:28,0:17:67 chr16 87738313 . C T 682.04 PASS AF=0.645161;AO=55;DP=89;FAO=60;FDP=93;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.0186426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.254;QD=29.335;RBI=0.0186613;REFB=-0.0336239;REVB=0.00083687;RO=33;SAF=20;SAR=35;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166871;STB=0.595319;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0123343;OID=.;OPOS=87738313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:33:33:55:60:0.645161:35:20:5:28:36:24:5:28 chr16 87738319 . TAAAAAAAAAAT TAAAAAAAAAATA,TAAAAAAAAAT,TAAAAAAAAATA 179.45 PASS AF=0.235294,0.470588,0.0147059;AO=10,19,5;DP=72;FAO=16,32,1;FDP=68;FR=.;FRO=19;FSAF=2,8,0;FSAR=14,24,1;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0343301,0.260614,0.0169104;FXX=0.0422476;HRUN=0,10,10;LEN=1,1,2;MLLD=74.4391,4.76795,73.127;QD=10.5557;RBI=0.0344444,0.26083,0.0172314;REFB=-0.016003,-0.128989,-0.0184595;REVB=-0.00280444,-0.0106173,-0.00331049;RO=20;SAF=2,2,0;SAR=8,17,5;SRF=4;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.185549,-0.609488;STB=0.538411,0.547917,0.983435;STBP=0.831,0.482,0.547;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.0697905,0.11866,0.0298581;OID=.,.,.;OPOS=87738331,87738320,87738329;OREF=-,A,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=TAAAAAAAAAATA,TAAAAAAAAAT,TAAAAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.235294,0.470588,0.0147059:10,19,5:72:16,32,1:68:19:2,8,0:14,24,1:3:16:72:20:2,2,0:8,17,5:4:16 chr16 87738709 . GCTTCCT G 1557.35 PASS AF=0.401848;AO=175;DP=437;FAO=174;FDP=433;FR=.;FRO=259;FSAF=92;FSAR=82;FSRF=114;FSRR=145;FWDB=-0.0331603;FXX=0.0136671;HRUN=1;LEN=6;MLLD=357.011;QD=14.3866;RBI=0.0332301;REFB=-0.000784842;REVB=0.00215122;RO=247;SAF=91;SAR=84;SRF=105;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994915;STB=0.552832;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.00120044;OID=.;OPOS=87738710;OREF=CTTCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401848:175:437:174:433:259:92:82:114:145:99:247:91:84:105:142 chr16 87738853 . T C 1234.7 PASS AF=0.577114;AO=114;DP=199;FAO=116;FDP=201;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=83;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=-0.065191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.746;QD=24.5711;RBI=0.065337;REFB=-0.00729977;REVB=0.00436573;RO=79;SAF=32;SAR=82;SRF=24;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213584;STB=0.534493;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00699223;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:201:79:85:114:116:0.577114:82:32:24:55:83:33:30:55 chr16 87788864 . G A 781.29 PASS AF=0.432292;AO=83;DP=193;FAO=83;FDP=192;FR=.;FRO=109;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=43;FSRR=66;FWDB=0.00293089;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.789;QD=16.2769;RBI=0.0116553;REFB=-0.0180522;REVB=-0.0112808;RO=108;SAF=30;SAR=53;SRF=43;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398019;STB=0.520092;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0241959;OID=.;OPOS=87788864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:108:109:83:83:0.432292:53:30:43:65:53:30:43:66 chr16 87925542 . G C 198.55 PASS AF=0.151625;AO=41;DP=278;FAO=42;FDP=277;FR=.;FRO=235;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=91;FSRR=144;FWDB=0.0065303;FXX=0.0071682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.444;QD=2.86718;RBI=0.00709919;REFB=-0.000590685;REVB=0.00278453;RO=235;SAF=13;SAR=28;SRF=90;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925801;STB=0.549714;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00291104;OID=.;OPOS=87925542;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:277:235:235:41:42:0.151625:28:13:90:145:28:14:91:144 chr16 88017809 . C T 371.78 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0558691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6582;QD=15.0212;RBI=0.0629392;REFB=-0.00514238;REVB=0.0289826;RO=57;SAF=15;SAR=25;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10595;STB=0.551155;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00828655;OID=.;OPOS=88017809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:57:59:40:40:0.40404:25:15:27:30:25:15:27:32 chr16 88052161 . C A 3885.63 PASS AF=1;AO=248;DP=249;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.512;QD=61.9224;RBI=0.0472576;REFB=0;REVB=0.0467361;RO=0;SAF=141;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27905e-05;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:249:251:0:0:248:251:1:107:141:0:0:109:142:0:0 chr16 88066717 . C T 279.32 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0381486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.274;QD=18.937;RBI=0.0438785;REFB=-0.0102919;REVB=0.0216797;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134379;STB=0.574922;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00798787;OID=.;OPOS=88066717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:17:13:17:12:17:13:17:12 chr16 88105053 . T A 1020.97 PASS AF=0.442623;AO=103;DP=239;FAO=108;FDP=244;FR=.;FRO=136;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=60;FSRR=76;FWDB=0.0092097;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.449;QD=16.7372;RBI=0.00966505;REFB=-0.0157873;REVB=-0.00293166;RO=132;SAF=45;SAR=58;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00256705;STB=0.501845;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0185794;OID=.;OPOS=88105053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:244:132:136:103:108:0.442623:58:45:58:74:60:48:60:76 chr16 88105725 . G A 7463.45 PASS AF=0.973737;AO=476;DP=491;FAO=482;FDP=495;FR=.;FRO=13;FSAF=259;FSAR=223;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0413085;FXX=0.00201609;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.388;QD=60.3107;RBI=0.0792592;REFB=-0.0930243;REVB=0.0676435;RO=7;SAF=258;SAR=218;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00878609;STB=0.510202;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000502012;OID=.;OPOS=88105725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:491:495:7:13:476:482:0.973737:218:258:6:1:223:259:12:1 chr16 88123598 . C G 1986.96 PASS AF=0.984962;AO=129;DP=132;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0073032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1295;QD=59.7581;RBI=0.0202689;REFB=-0.129858;REVB=0.0189074;RO=0;SAF=58;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1079e-08;STB=0.500753;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00175767;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:133:0:2:129:131:0.984962:71:58:0:0:72:59:1:1 chr16 88123697 . C A 1792.39 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4752;QD=60.2482;RBI=0.0942266;REFB=-0.0494734;REVB=0.0941514;RO=1;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798151;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144918;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:117:119:1:0:116:119:1:59:57:0:1:62:57:0:0 chr16 88124525 . A G 548.81 PASS AF=0.716418;AO=47;DP=67;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00401215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.068;QD=32.7646;RBI=0.111851;REFB=-0.04779;REVB=-0.111779;RO=19;SAF=25;SAR=22;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110615;STB=0.556235;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0264804;OID=.;OPOS=88124525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:19:19:47:48:0.716418:22:25:14:5:22:26:14:5 chr16 88134285 . A G 2103.36 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.100552;FXX=0.00719373;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.8787;QD=60.9669;RBI=0.102975;REFB=0.150862;REVB=0.0222059;RO=1;SAF=58;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812575;STB=0.504201;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00180475;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:138:1:1:136:137:0.992754:78:58:1:0:78:59:1:0 chr16 88494947 . T C 2913.37 PASS AF=0.880851;AO=212;DP=235;FAO=207;FDP=235;FR=.;FRO=28;FSAF=94;FSAR=113;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0132595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0643;QD=49.5893;RBI=0.054075;REFB=-0.00132263;REVB=-0.0524242;RO=21;SAF=98;SAR=114;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00579897;STB=0.501223;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.000654944;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:21:28:212:207:0.880851:114:98:9:12:113:94:13:15 chr16 88494976 . A C 1042.31 PASS AF=0.443137;AO=109;DP=254;FAO=113;FDP=255;FR=.;FRO=142;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=0.000408606;FXX=0.0116275;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.621;QD=16.35;RBI=0.0412145;REFB=-0.017319;REVB=0.0412125;RO=141;SAF=42;SAR=67;SRF=66;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865609;STB=0.545963;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0273705;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:141:142:109:113:0.443137:67:42:66:75:68:45:68:74 chr16 88495349 . G A 441.77 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.0153643;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.107;QD=15.9198;RBI=0.0181647;REFB=-0.0119595;REVB=-0.00968988;RO=61;SAF=26;SAR=23;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142737;STB=0.583114;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0191712;OID=.;OPOS=88495349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:111:61:62:49:49:0.441441:23:26:41:20:23:26:42:20 chr16 88495401 . CGGGGGG CGCGGGG,CGGGG,CGGGGGC 296.97 PASS AF=0,0.92,0.08;AO=4,7,2;DP=24;FAO=0,23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,1;FSAR=0,19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524799,-0.0968003,-0.0596148;FXX=0.0384468;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=208.957,19.1685,8.20792;QD=47.5148;RBI=0.0655599,0.109365,0.247361;REFB=0,0,0;REVB=-0.0392932,0.0508953,-0.24007;RO=0;SAF=2,0,0;SAR=2,7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.513514,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,0.0223028,-0.109131;OID=.,.,.;OPOS=88495403,88495402,88495407;OREF=G,GG,G;OALT=C,-,C;OMAPALT=CGCGGGG,CGGGG,CGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.92,0.08:4,7,2:24:0,23,2:25:0:0,4,1:0,19,1:0:0:10:0:2,0,0:2,7,2:0:0 chr16 88495654 . A G 818.43 PASS AF=0.485549;AO=84;DP=173;FAO=84;FDP=173;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.0175057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3587;QD=18.9232;RBI=0.0793511;REFB=-0.0028441;REVB=0.077396;RO=89;SAF=42;SAR=42;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996517;STB=0.5549;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00318255;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:89:89:84:84:0.485549:42:42:35:54:42:42:35:54 chr16 88497400 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2037;QD=49.5988;RBI=0.133898;REFB=0;REVB=0.13271;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296047;OID=.;OPOS=88497400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr16 88497446 . A G 220.93 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.00436758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.899;QD=18.0351;RBI=0.0065036;REFB=-0.00525563;REVB=0.00481882;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370806;STB=0.693728;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00792153;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:27:21:22:0.44898:11:10:23:4:11:11:23:4 chr16 88498221 . C T 511.2 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00452633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.076;QD=17.0401;RBI=0.0159136;REFB=0.00275282;REVB=-0.0152563;RO=65;SAF=29;SAR=26;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00409145;STB=0.502278;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00399713;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:65:65:55:55:0.458333:26:29:34:31:26:29:34:31 chr16 88498297 . T G 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0108613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.234;QD=18.4892;RBI=0.0114717;REFB=-0.0173845;REVB=-0.0036922;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199506;STB=0.60474;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0197555;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:15:7:13:12:15:7:13:13 chr16 88498312 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00767637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.549;QD=13.6608;RBI=0.0169238;REFB=-0.00263687;REVB=0.0150827;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268732;STB=0.515673;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00641561;OID=.;OPOS=88498312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:7:14:9:5:7:14 chr16 88498804 . G A 2151.13 PASS AF=0.484234;AO=215;DP=443;FAO=215;FDP=444;FR=.;FRO=229;FSAF=110;FSAR=105;FSRF=123;FSRR=106;FWDB=0.0145459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.563;QD=19.3796;RBI=0.020893;REFB=0.00790123;REVB=0.0149978;RO=225;SAF=110;SAR=105;SRF=122;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285673;STB=0.513161;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00805564;OID=.;OPOS=88498804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:443:444:225:229:215:215:0.484234:105:110:122:103:105:110:123:106 chr16 88499539 . C G 1742.21 PASS AF=0.528125;AO=169;DP=320;FAO=169;FDP=320;FR=.;FRO=151;FSAF=88;FSAR=81;FSRF=68;FSRR=83;FWDB=-0.00884755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.516;QD=21.7777;RBI=0.0210142;REFB=-0.0185981;REVB=-0.0190609;RO=142;SAF=88;SAR=81;SRF=63;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645712;STB=0.533172;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0128708;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:142:151:169:169:0.528125:81:88:63:79:81:88:68:83 chr16 88500340 . G A 122.9 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0203192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.769;QD=15.8576;RBI=0.0720048;REFB=0.000582303;REVB=0.0690784;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162921;STB=0.614827;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.000509356;OID=.;OPOS=88500340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:4:9:14:3:5:9:14:3 chr16 88502090 . G A 788.26 PASS AF=0.512821;AO=79;DP=155;FAO=80;FDP=156;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=-0.016069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.804;QD=20.2118;RBI=0.0195116;REFB=-0.00678983;REVB=0.0110676;RO=76;SAF=31;SAR=48;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602902;STB=0.536576;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00489987;OID=.;OPOS=88502090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:76:76:79:80:0.512821:48:31:25:51:48:32:25:51 chr16 88502482 . C T 470.43 PASS AF=0.611111;AO=42;DP=69;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0142889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.305;QD=26.135;RBI=0.0155598;REFB=0.013457;REVB=0.00615908;RO=27;SAF=22;SAR=20;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130172;STB=0.583296;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0088921;OID=.;OPOS=88502482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:27:28:42:44:0.611111:20:22:19:8:22:22:20:8 chr16 88502505 . A G 1000.11 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0122691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7818;QD=56.344;RBI=0.0773755;REFB=-0.0703605;REVB=-0.0763966;RO=2;SAF=43;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214794;STB=0.51136;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00105565;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:26:43:2:0:26:43:2:0 chr16 88504868 . A G 4721.38 PASS AF=1;AO=295;DP=295;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356149;FXX=0.00337826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.478;QD=64.0188;RBI=0.0612701;REFB=0;REVB=-0.0498558;RO=0;SAF=138;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71385e-06;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:295:295:0:0:295:295:1:157:138:0:0:157:138:0:0 chr16 88505635 . A C,G 2036.01 PASS AF=0.0921986,0.879433;AO=12,128;DP=141;FAO=13,124;FDP=141;FR=.;FRO=4;FSAF=0,67;FSAR=13,57;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00759039,0.0433376;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.706,58.4079;QD=57.7591;RBI=0.0301903,0.043355;REFB=0.0366221,-0.0447633;REVB=-0.0292206,-0.00122873;RO=1;SAF=0,67;SAR=12,61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0077268;STB=0.5,0.516946;STBP=1,0.045;TYPE=snp,snp;VARB=0.188105,-0.00732;OID=.,.;OPOS=88505635,88505635;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:141:141:1:4:12,128:13,124:0.0921986,0.879433:12,61:0,67:0:1:13,57:0,67:0:4 chr16 88505734 . C T 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.197;QD=58.2383;RBI=0.0251855;REFB=0;REVB=0.00553661;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83712e-05;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr16 88535341 . G A 4921.45 PASS AF=0.969789;AO=321;DP=333;FAO=321;FDP=331;FR=.;FRO=10;FSAF=143;FSAR=178;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0123036;FXX=0.00600583;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.021;QD=59.4737;RBI=0.0137749;REFB=-0.0310536;REVB=0.00619429;RO=8;SAF=143;SAR=178;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918056;STB=0.507517;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000289745;OID=.;OPOS=88535341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:333:331:8:10:321:321:0.969789:178:143:2:6:178:143:2:8 chr16 88535407 . C G 3674.15 PASS AF=0.9875;AO=233;DP=237;FAO=237;FDP=240;FR=.;FRO=3;FSAF=105;FSAR=132;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.103636;FXX=0.00414921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2322;QD=61.2359;RBI=0.103887;REFB=-0.185344;REVB=0.00720525;RO=4;SAF=103;SAR=130;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00188797;STB=0.50139;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00304768;OID=.;OPOS=88535407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:237:240:4:3:233:237:0.9875:130:103:2:2:132:105:1:2 chr16 88552344 . C T 1319.49 PASS AF=0.394737;AO=150;DP=380;FAO=150;FDP=380;FR=.;FRO=230;FSAF=83;FSAR=67;FSRF=120;FSRR=110;FWDB=0.0360055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0248;QD=13.8894;RBI=0.0369165;REFB=0.00182514;REVB=-0.00815049;RO=225;SAF=83;SAR=67;SRF=120;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216316;STB=0.519261;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00306105;OID=.;OPOS=88552344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:380:225:230:150:150:0.394737:67:83:120:105:67:83:120:110 chr16 88552370 . A G 6249.97 PASS AF=1;AO=380;DP=381;FAO=392;FDP=392;FR=.;FRO=0;FSAF=200;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465842;FXX=0.00254446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.992;QD=63.7752;RBI=0.046589;REFB=-0.0545282;REVB=0.000668445;RO=1;SAF=189;SAR=191;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00249203;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116044;OID=.;OPOS=88552370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:381:392:1:0:380:392:1:191:189:0:1:192:200:0:0 chr16 88594567 . C T 872.36 PASS AF=0.447005;AO=95;DP=208;FAO=97;FDP=217;FR=.;FRO=120;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=45;FSRR=75;FWDB=0.0680615;FXX=0.00458695;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.111;QD=16.0804;RBI=0.0683638;REFB=-0.0323897;REVB=0.00642185;RO=113;SAF=40;SAR=55;SRF=38;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867353;STB=0.527235;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0251775;OID=.;OPOS=88594567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:217:113:120:95:97:0.447005:55:40:38:75:56:41:45:75 chr16 88599023 . A G 1971.63 PASS AF=0.423301;AO=205;DP=508;FAO=218;FDP=515;FR=.;FRO=297;FSAF=101;FSAR=117;FSRF=145;FSRR=152;FWDB=0.0083824;FXX=0.00579139;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.351;QD=15.3136;RBI=0.0175877;REFB=-0.015598;REVB=-0.0154616;RO=294;SAF=91;SAR=114;SRF=142;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416203;STB=0.514413;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0206546;OID=.;OPOS=88599023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:508:515:294:297:205:218:0.423301:114:91:142:152:117:101:145:152 chr16 88599697 . AG CC 116.18 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13683;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.731;QD=42.2469;RBI=0.137883;REFB=0;REVB=0.0170045;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00122518;OID=.;OPOS=88599697;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:10:0:0:0:10:1:0:0 chr16 88600079 . C G 75.77 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043781;FXX=0.110988;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.0433;QD=37.8832;RBI=0.284973;REFB=0;REVB=0.28159;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0325879;OID=.;OPOS=88600079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:8:0:0:5:8:1:0:5:0:0:3:5:0:0 chr16 88633052 . G C 560.64 PASS AF=0.412903;AO=64;DP=155;FAO=64;FDP=155;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.0079114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.812;QD=14.468;RBI=0.0146475;REFB=0.000495563;REVB=-0.0123271;RO=91;SAF=36;SAR=28;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485309;STB=0.527249;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.000723799;OID=.;OPOS=88633052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:91:91:64:64:0.412903:28:36:47:44:28:36:47:44 chr16 88644005 . A G 777.84 PASS AF=0.430052;AO=82;DP=193;FAO=83;FDP=193;FR=.;FRO=110;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=43;FSRR=67;FWDB=-0.0201679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.485;QD=16.1209;RBI=0.0697644;REFB=-0.0158868;REVB=-0.0667857;RO=111;SAF=26;SAR=56;SRF=44;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905468;STB=0.541351;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0151345;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:111:110:82:83:0.430052:56:26:44:67:56:27:43:67 chr16 88697819 . AG AA,GA 78.92 PASS AF=0.111111,0.0740741;AO=8,16;DP=108;FAO=12,8;FDP=108;FR=.;FRO=88;FSAF=3,1;FSAR=9,7;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.00514301,-0.00166468;FXX=0.0357111;HRUN=1,6;LEN=1,2;MLLD=140.343,34.0139;QD=2.92291;RBI=0.034891,0.0433802;REFB=-0.00899736,-0.115918;REVB=-0.0345099,-0.0433483;RO=70;SAF=3,0;SAR=5,16;SRF=42;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.257273,-0.76819;STB=0.757002,0.878555;STBP=0.083,0.04;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0446466,0.0520997;OID=.,.;OPOS=88697820,88697819;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:108:108:70:88:8,16:12,8:0.111111,0.0740741:5,16:3,0:42:28:9,7:3,1:48:40 chr16 88709828 . A G 1083.77 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0092233;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.181;QD=60.2095;RBI=0.01597;REFB=0;REVB=0.0130373;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04248e-06;OID=.;OPOS=88709828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr16 88713236 . A G 488.09 PASS AF=0.390071;AO=54;DP=140;FAO=55;FDP=141;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.00407902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236;QD=13.8466;RBI=0.00408116;REFB=0.000539197;REVB=-0.000132039;RO=86;SAF=20;SAR=34;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144035;STB=0.585626;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.000686269;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:86:86:54:55:0.390071:34:20:43:43:35:20:43:43 chr16 88717074 . G A 272.51 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00665847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1595;QD=24.2229;RBI=0.0559501;REFB=0.0702116;REVB=0.0555525;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0289375;OID=.;OPOS=88717074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:15:10:8:12:15:10:8:12 chr16 88717386 . T C 6671.7 PASS AF=1;AO=421;DP=424;FAO=423;FDP=423;FR=.;FRO=0;FSAF=194;FSAR=229;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153226;FXX=0.00470577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.145;QD=63.0894;RBI=0.0246419;REFB=-0.0548716;REVB=-0.0192987;RO=1;SAF=192;SAR=229;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247959;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144511;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:424:423:1:0:421:423:1:229:192:1:0:229:194:0:0 chr16 88724347 . G T 2230.87 PASS AF=1;AO=140;DP=143;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152081;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.596;QD=63.2872;RBI=0.0354376;REFB=0;REVB=0.0320084;RO=0;SAF=61;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.74116e-05;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:141:0:0:140:141:1:79:61:0:0:79:62:0:0 chr16 88767769 . G C 626.88 PASS AF=0.416667;AO=70;DP=169;FAO=70;FDP=168;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=0.0166501;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9548;QD=14.9256;RBI=0.0250476;REFB=-0.00390174;REVB=-0.0187125;RO=98;SAF=32;SAR=38;SRF=43;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193015;STB=0.51081;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00636313;OID=.;OPOS=88767769;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:98:98:70:70:0.416667:38:32:43:55:38:32:43:55 chr16 88778615 . G A 3431.9 PASS AF=0.961702;AO=226;DP=235;FAO=226;FDP=235;FR=.;FRO=9;FSAF=110;FSAR=116;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0351263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.739;QD=58.4152;RBI=0.0481017;REFB=-0.067477;REVB=0.032862;RO=8;SAF=110;SAR=116;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252678;STB=0.515399;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0024042;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:235:235:8:9:226:226:0.961702:116:110:7:1:116:110:8:1 chr16 88779739 . A G 7048.05 PASS AF=1;AO=446;DP=449;FAO=450;FDP=450;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=272;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106602;FXX=0.00662237;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.015;QD=62.6493;RBI=0.0220278;REFB=-0.040086;REVB=-0.0192765;RO=1;SAF=175;SAR=271;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00175828;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32398e-05;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:449:450:1:0:446:450:1:271:175:0:1:272:178:0:0 chr16 88780634 . AGGTGTGGGTGT AGGTGT,AGGTGTGTGTGG 681.34 PASS AF=0.74,0.26;AO=35,9;DP=50;FAO=37,13;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17,5;FSAR=20,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301048,0.0147264;FXX=0.0384541;HRUN=3,3;LEN=6,5;MLLD=209.221,58.5144;QD=54.5072;RBI=0.0598896,0.0179571;REFB=0,0;REVB=0.0517732,0.0102757;RO=0;SAF=17,5;SAR=18,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.11116e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00917878,0.084424;OID=.,.;OPOS=88780635,88780641;OREF=GGTGTG,GGTGT;OALT=-,TGTGG;OMAPALT=AGGTGT,AGGTGTGTGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.74,0.26:35,9:50:37,13:50:0:17,5:20,8:0:0:94:0:17,5:18,4:0:0 chr16 88781040 . A G 4533.31 PASS AF=1;AO=282;DP=282;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00835142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.707;QD=62.7447;RBI=0.00963025;REFB=0;REVB=0.00479536;RO=0;SAF=148;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236187;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:282:289:0:0:282:289:1:134:148:0:0:139:150:0:0 chr16 88781125 . T C 2248.55 PASS AF=0.979592;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=98;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0463465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3246;QD=61.1852;RBI=0.0726877;REFB=0.00882004;REVB=0.0559956;RO=2;SAF=46;SAR=98;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202224;STB=0.515787;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.000142018;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:147:147:2:3:144:144:0.979592:98:46:2:0:98:46:3:0 chr16 88782676 . A G 4066.82 PASS AF=1;AO=257;DP=257;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.878;QD=62.3267;RBI=0.0289758;REFB=0;REVB=0.0282219;RO=0;SAF=125;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47834e-06;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:257:261:0:0:257:261:1:132:125:0:0:135:126:0:0 chr16 88783449 . C G 1767.54 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6079;QD=60.9497;RBI=0.0290276;REFB=0;REVB=0.00401305;RO=0;SAF=49;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016845;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:66:49:0:0:66:50:0:0 chr16 88783521 . T C 1503.0 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102205;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0009;QD=59.5246;RBI=0.0123145;REFB=0;REVB=-0.00686938;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0082358;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:98:101:1:57:41:0:0:58:43:0:0 chr16 88787704 . G C 4744.99 PASS AF=1;AO=306;DP=308;FAO=306;FDP=306;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032641;FXX=0.0064933;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6379;QD=62.026;RBI=0.0329413;REFB=-0.0205962;REVB=0.0044381;RO=2;SAF=186;SAR=120;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0014006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387751;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:308:306:2:0:306:306:1:120:186:1:1:120:186:0:0 chr16 88788477 . A G 289.2 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5418;QD=52.5824;RBI=0.0123892;REFB=0;REVB=-0.00839025;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340993;OID=.;OPOS=88788477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr16 88792047 . A G 2750.04 PASS AF=1;AO=172;DP=174;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451;FXX=0.010869;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.503;QD=60.4404;RBI=0.0102669;REFB=-0.0669552;REVB=-0.0092233;RO=2;SAF=74;SAR=98;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009614;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00550094;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:174:182:2:0:172:182:1:98:74:0:2:108:74:0:0 chr16 88792097 . A G 2187.64 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.508;QD=62.9537;RBI=0.0172469;REFB=0;REVB=0.00627425;RO=0;SAF=51;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28766e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57738e-06;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:129:139:0:0:129:139:1:78:51:0:0:86:53:0:0 chr16 88803124 . T C 7111.07 PASS AF=1;AO=440;DP=445;FAO=448;FDP=448;FR=.;FRO=0;FSAF=195;FSAR=253;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00257419;FXX=0.00222712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0525;QD=63.4917;RBI=0.0026364;REFB=-0.049636;REVB=0.00056933;RO=1;SAF=194;SAR=246;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0019366;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80745e-05;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:445:448:1:0:440:448:1:246:194:0:1:253:195:0:0 chr16 88803982 . C G 3122.83 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8606;QD=61.232;RBI=0.077741;REFB=0;REVB=0.0680399;RO=1;SAF=99;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00478661;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328814;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:204:1:0:197:204:1:98:99:1:0:102:102:0:0 chr16 88804734 . A G 1876.31 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.401;QD=61.5183;RBI=0.0575734;REFB=0;REVB=-0.0535164;RO=0;SAF=60;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68868e-05;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:62:60:0:0:62:60:0:0 chr16 88804924 . TC CT,T 1459.86 PASS AF=0,1;AO=8,99;DP=112;FAO=0,112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=0,56;FSAR=0,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422608,0.0905914;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=5.46158,20.4751;QD=52.1378;RBI=0.0594431,0.128389;REFB=0,0;REVB=-0.0418032,0.0909778;RO=4;SAF=1,53;SAR=7,46;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.141787,0.0210692;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.103097,0.00268352;OID=.,.;OPOS=88804924,88804925;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:112:112:4:0:8,99:0,112:0,1:7,46:1,53:1:3:0,56:0,56:0:0 chr16 88805183 . G A 262.58 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.030631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1764;QD=47.7425;RBI=0.0410867;REFB=-0.065241;REVB=0.0273836;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00508507;OID=.;OPOS=88805183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:10:11:1:0:10:11:1:0 chr16 88805231 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5735;QD=39.2063;RBI=0.10238;REFB=0;REVB=-0.0210359;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00507495;OID=.;OPOS=88805231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr16 88805236 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0323907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.309;QD=28.5377;RBI=0.0346253;REFB=0.0208396;REVB=0.0122375;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.001285;OID=.;OPOS=88805236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chr16 88808743 . A G 1494.67 PASS AF=0.971698;AO=102;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0183931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.942;QD=56.4025;RBI=0.0184629;REFB=-0.0773019;REVB=0.00160388;RO=3;SAF=44;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03125;STB=0.51648;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000743811;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:3:3:102:103:0.971698:58:44:3:0:59:44:3:0 chr16 88809773 . G C 5512.11 PASS AF=1;AO=349;DP=349;FAO=352;FDP=352;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711419;FXX=0.00283278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.863;QD=62.6376;RBI=0.0804121;REFB=0;REVB=0.0374825;RO=0;SAF=157;SAR=192;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72068e-05;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:349:352:0:0:349:352:1:192:157:0:0:192:160:0:0 chr16 88872145 . T C 3368.76 PASS AF=1;AO=216;DP=218;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1666;QD=61.8121;RBI=0.0855261;REFB=-0.0345884;REVB=0.0491294;RO=1;SAF=106;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431167;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244486;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:218:218:1:0:216:218:1:110:106:0:1:112:106:0:0 chr16 88872511 . T C 3117.28 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0559228;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.532;QD=63.9442;RBI=0.0570787;REFB=0;REVB=0.0114289;RO=0;SAF=80;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59957e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.231e-05;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:195:0:0:195:195:1:115:80:0:0:115:80:0:0 chr16 88921634 . C G 665.85 PASS AF=0.41573;AO=74;DP=174;FAO=74;FDP=178;FR=.;FRO=104;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=0.00346414;FXX=0.00558628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.26;QD=14.963;RBI=0.0199078;REFB=-0.0135504;REVB=0.0196041;RO=94;SAF=29;SAR=45;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121306;STB=0.58098;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.021439;OID=.;OPOS=88921634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:178:94:104:74:74:0.41573:45:29:48:46:45:29:55:49 chr16 89119156 . CTTTTTT CTTTTTC,CTT,CTTT 219.92 PASS AF=0.428571,0.285714,0.285714;AO=2,7,6;DP=34;FAO=12,8,8;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8,8;FSAR=11,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324385,-0.069008,-0.0917055;FXX=0.199943;HRUN=16,16,16;LEN=1,4,3;MLLD=184.147,9.62287,7.72648;QD=31.4171;RBI=0.0357637,0.06902,0.0917214;REFB=-0.0225019,-0.0935474,-0.0946211;REVB=0.0150593,0.00128596,0.00170313;RO=0;SAF=0,7,6;SAR=2,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0293833,0.0597417,0.00870877;OID=.,.,.;OPOS=89119162,89119157,89119157;OREF=T,TTTT,TTT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTTTC,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.428571,0.285714,0.285714:2,7,6:34:12,8,8:28:0:1,8,8:11,0,0:0:0:34:0:0,7,6:2,0,0:0:0 chr16 89167094 . T C 256.76 PASS AF=0.268657;AO=35;DP=135;FAO=36;FDP=134;FR=.;FRO=98;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.00296479;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.668;QD=7.66455;RBI=0.0150628;REFB=-0.00428681;REVB=0.0147682;RO=97;SAF=17;SAR=18;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396043;STB=0.50957;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0148031;OID=.;OPOS=89167094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:97:98:35:36:0.268657:18:17:44:53:19:17:45:53 chr16 89167140 . G C 494.5 PASS AF=0.369048;AO=57;DP=163;FAO=62;FDP=168;FR=.;FRO=106;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=63;FWDB=0.0215062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5809;QD=11.7737;RBI=0.0841254;REFB=-0.0258352;REVB=0.08133;RO=106;SAF=29;SAR=28;SRF=43;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117186;STB=0.539522;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0623699;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:168:106:106:57:62:0.369048:28:29:43:63:33:29:43:63 chr16 89167395 . C T 326.69 PASS AF=0.283951;AO=46;DP=162;FAO=46;FDP=162;FR=.;FRO=116;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=-0.024512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2456;QD=8.06639;RBI=0.0444948;REFB=-0.00422287;REVB=0.0371343;RO=116;SAF=22;SAR=24;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00502398;STB=0.502957;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00703063;OID=.;OPOS=89167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:116:116:46:46:0.283951:24:22:55:61:24:22:55:61 chr16 89167404 . T C 365.59 PASS AF=0.295858;AO=50;DP=169;FAO=50;FDP=169;FR=.;FRO=119;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=-0.0222753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.017;QD=8.65304;RBI=0.0276546;REFB=0.00533585;REVB=0.0163887;RO=119;SAF=24;SAR=26;SRF=56;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011354;STB=0.506639;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.0130415;OID=.;OPOS=89167404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:119:119:50:50:0.295858:26:24:56:63:26:24:56:63 chr16 89167431 . G C 508.21 PASS AF=0.328125;AO=60;DP=190;FAO=63;FDP=192;FR=.;FRO=129;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=76;FWDB=0.0261449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.239;QD=10.5877;RBI=0.0803413;REFB=0.0193838;REVB=0.0759682;RO=127;SAF=31;SAR=29;SRF=52;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125861;STB=0.565089;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0102904;OID=.;OPOS=89167431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:127:129:60:63:0.328125:29:31:52:75:31:32:53:76 chr16 89167443 . T C 545.84 PASS AF=0.330189;AO=70;DP=214;FAO=70;FDP=212;FR=.;FRO=142;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=60;FSRR=82;FWDB=0.0224813;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.32;QD=10.2989;RBI=0.0281975;REFB=-0.00280831;REVB=-0.0170203;RO=141;SAF=35;SAR=35;SRF=59;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950387;STB=0.551872;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0050917;OID=.;OPOS=89167443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:212:141:142:70:70:0.330189:35:35:59:82:35:35:60:82 chr16 89167458 . C A 675.76 PASS AF=0.358407;AO=81;DP=213;FAO=81;FDP=226;FR=.;FRO=145;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=63;FSRR=82;FWDB=0.00570582;FXX=0.00877155;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.092;QD=11.9603;RBI=0.0203351;REFB=-0.0120195;REVB=-0.0195182;RO=132;SAF=35;SAR=46;SRF=60;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249861;STB=0.501557;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0156;OID=.;OPOS=89167458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:226:132:145:81:81:0.358407:46:35:60:72:46:35:63:82 chr16 89180883 . G A 631.86 PASS AF=0.445161;AO=70;DP=157;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=0.0322696;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.351;QD=16.3062;RBI=0.0334677;REFB=-0.00948115;REVB=0.00887478;RO=85;SAF=35;SAR=35;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122029;STB=0.560597;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0107092;OID=.;OPOS=89180883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:85:86:70:69:0.445161:35:35:32:53:35:34:33:53 chr16 89211764 . G A 690.05 PASS AF=0.478873;AO=68;DP=149;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=-0.0116482;FXX=0.0469767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7573;QD=19.4381;RBI=0.0533766;REFB=-0.0241807;REVB=0.0520901;RO=74;SAF=20;SAR=48;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336763;STB=0.518659;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0233876;OID=.;OPOS=89211764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:142:74:74:68:68:0.478873:48:20:24:50:48:20:24:50 chr16 89235184 . T G 1041.5 PASS AF=0.522167;AO=101;DP=197;FAO=106;FDP=203;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=73;FSRF=27;FSRR=70;FWDB=0.0228377;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.655;QD=20.5221;RBI=0.0228668;REFB=-0.0180127;REVB=-0.00115388;RO=87;SAF=29;SAR=72;SRF=23;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238308;STB=0.518625;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0161117;OID=.;OPOS=89235184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:203:87:97:101:106:0.522167:72:29:23:64:73:33:27:70 chr16 89245890 . G T 3018.98 PASS AF=0.980488;AO=199;DP=210;FAO=201;FDP=205;FR=.;FRO=4;FSAF=98;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0441817;FXX=0.0284347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0038;QD=58.9069;RBI=0.0574263;REFB=-0.217842;REVB=0.0366845;RO=4;SAF=97;SAR=102;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0089153;STB=0.504639;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00324892;OID=.;OPOS=89245890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:210:205:4:4:199:201:0.980488:102:97:1:3:103:98:1:3 chr16 89246670 . T C 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.101;QD=60.1633;RBI=0.044443;REFB=0;REVB=-0.0326719;RO=0;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31719e-05;OID=.;OPOS=89246670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:63:45:0:0:63:45:0:0 chr16 89251851 . A G 2162.66 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105042;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8174;QD=63.1434;RBI=0.0787589;REFB=0;REVB=-0.0780553;RO=0;SAF=36;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79084e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315452;OID=.;OPOS=89251851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:137:137:1:101:36:0:0:101:36:0:0 chr16 89256695 . G A 635.07 PASS AF=0.420118;AO=71;DP=169;FAO=71;FDP=169;FR=.;FRO=98;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.0255097;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.213;QD=15.0312;RBI=0.0431709;REFB=-0.0099755;REVB=0.0348279;RO=96;SAF=36;SAR=35;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500537;STB=0.527728;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0147627;OID=.;OPOS=89256695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:96:98:71:71:0.420118:35:36:44:52:35:36:45:53 chr16 89259993 . A G 3976.25 PASS AF=0.97417;AO=264;DP=271;FAO=264;FDP=271;FR=.;FRO=7;FSAF=106;FSAR=158;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0114849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8246;QD=58.69;RBI=0.0341981;REFB=-0.000302774;REVB=-0.0322119;RO=7;SAF=104;SAR=160;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237373;STB=0.504557;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00356764;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:271:271:7:7:264:264:0.97417:160:104:6:1:158:106:4:3 chr16 89265087 . A G 2924.73 PASS AF=0.9801;AO=178;DP=183;FAO=197;FDP=201;FR=.;FRO=4;FSAF=97;FSAR=100;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.139627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1703;QD=58.2037;RBI=0.157286;REFB=-0.141921;REVB=0.0724105;RO=5;SAF=79;SAR=99;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291736;STB=0.5101;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00506064;OID=.;OPOS=89265087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:183:201:5:4:178:197:0.9801:99:79:5:0:100:97:4:0 chr16 89265100 . GC AT 2956.04 PASS AF=0.994681;AO=184;DP=196;FAO=187;FDP=188;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00523034;FXX=0.0408142;HRUN=4;LEN=2;MLLD=209.652;QD=62.8944;RBI=0.0102154;REFB=-0.00809093;REVB=0.00877489;RO=1;SAF=85;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0047852;STB=0.502463;STBP=0.494;TYPE=mnp;VARB=-4.08887e-06;OID=.;OPOS=89265100;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:196:188:1:1:184:187:0.994681:99:85:0:1:101:86:0:1 chr16 89265466 . AC CG,GC 1716.04 PASS AF=0.0608696,0.93913;AO=7,106;DP=116;FAO=7,108;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=5,15;FSAR=2,93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061258,0.0409735;FXX=0.0254216;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=45.6085,71.0121;QD=59.6882;RBI=0.0645491,0.0444677;REFB=0,0;REVB=0.0203482,-0.0172787;RO=0;SAF=5,13;SAR=2,93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,-4.33338e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0311338,0.0177346;OID=.,.;OPOS=89265466,89265466;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:116:115:0:0:7,106:7,108:0.0608696,0.93913:2,93:5,13:0:0:2,93:5,15:0:0 chr16 89291210 . G GGTGA 1383.44 PASS AF=0.918182;AO=94;DP=116;FAO=101;FDP=110;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0405276;FXX=0.0434745;HRUN=2;LEN=4;MLLD=312.793;QD=50.3068;RBI=0.0414951;REFB=-0.00776328;REVB=-0.0089085;RO=12;SAF=35;SAR=59;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101;STB=0.513561;STBP=0.346;TYPE=ins;VARB=0.00053235;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.918182:94:116:101:110:9:40:61:5:4:31:12:35:59:5:7 chr16 89291951 . C T 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0606956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.525;QD=54.8231;RBI=0.0785374;REFB=-0.0614953;REVB=0.0498415;RO=1;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303442;STB=0.516122;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00183192;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:15:35:0:1:15:35:0:1 chr16 89293271 . A C 3102.16 PASS AF=0.980861;AO=205;DP=209;FAO=205;FDP=209;FR=.;FRO=4;FSAF=99;FSAR=106;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0238611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.974;QD=59.3714;RBI=0.0369367;REFB=-0.0230507;REVB=0.0281952;RO=4;SAF=99;SAR=106;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974087;STB=0.505115;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000237957;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:209:209:4:4:205:205:0.980861:106:99:3:1:106:99:3:1 chr16 89293614 . A G 2320.52 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=348.047;QD=61.0664;RBI=0.0100876;REFB=0;REVB=-0.00258715;RO=0;SAF=67;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58468e-06;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:85:67:0:0:85:67:0:0 chr16 89294184 . G A 1437.18 PASS AF=0.989247;AO=93;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0409839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.999;QD=61.8143;RBI=0.041661;REFB=-0.0355381;REVB=0.00748046;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.504672;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00107915;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:93:92:0.989247:54:39:0:0:53:39:0:1 chr16 89294381 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6047;QD=54.5168;RBI=0.0967425;REFB=0;REVB=0.0956913;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255901;OID=.;OPOS=89294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr16 89294439 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.674;QD=48.7373;RBI=0.063504;REFB=0;REVB=-0.0613335;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000995271;OID=.;OPOS=89294439;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr16 89294511 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.488;QD=61.6837;RBI=0.0220315;REFB=0;REVB=0.0190842;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24601e-05;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr16 89294697 . C T 982.33 PASS AF=0.985294;AO=68;DP=70;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03757;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4221;QD=57.7842;RBI=0.0452881;REFB=-0.172149;REVB=0.0252884;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122766;STB=0.506665;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00338594;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:68:1:1:68:67:0.985294:38:30:0:1:37:30:0:1 chr16 89299200 . C A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.859;QD=59.0187;RBI=0.0724631;REFB=0;REVB=0.0696826;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435448;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr16 89299227 . C T 764.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00772232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.027;QD=56.6191;RBI=0.0574132;REFB=0;REVB=0.0568915;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191474;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:24:28:0:0:26:28:0:0 chr16 89299280 . T A 860.0 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131298;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.858;QD=57.3336;RBI=0.027983;REFB=0;REVB=0.0247115;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049409;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:31:29:0:0 chr16 89299383 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.479;QD=52.6128;RBI=0.0488116;REFB=0;REVB=-0.0395612;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0007864;OID=.;OPOS=89299383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr16 89299830 . A G 31.74 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0538177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2491;QD=14.1074;RBI=0.148672;REFB=-0.132184;REVB=0.138589;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0893566;OID=.;OPOS=89299830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr16 89299890 . A G 43.71 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0421512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8857;QD=21.8548;RBI=0.0695182;REFB=-0.108733;REVB=-0.0552817;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173071;STB=0.599697;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0322573;OID=.;OPOS=89299890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:2:0:2:4:2:0 chr16 89299899 . A G 130.29 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8276;QD=43.4286;RBI=0.0919778;REFB=0;REVB=-0.0122752;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259905;OID=.;OPOS=89299899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr16 89300015 . A G 390.37 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.103447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.956;QD=44.6141;RBI=0.129095;REFB=-0.12824;REVB=0.0772288;RO=5;SAF=15;SAR=15;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132569;STB=0.571382;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0105841;OID=.;OPOS=89300015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:35:35:5:5:30:30:0.857143:15:15:5:0:15:15:5:0 chr16 89300147 . A G,T 190.18 PASS AF=0.833333,0.111111;AO=15,2;DP=18;FAO=15,2;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=12,2;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0490984,0.0116001;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.2858,59.9975;QD=42.2619;RBI=0.0597403,0.0251354;REFB=-0.166009,-0.127319;REVB=-0.0340332,-0.0222985;RO=1;SAF=12,2;SAR=3,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.129286,0.697199;STB=0.571326,0.993266;STBP=0.165,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000518454,0.2526;OID=.,.;OPOS=89300147,89300147;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:18:18:1:1:15,2:15,2:0.833333,0.111111:3,0:12,2:0:1:3,0:12,2:0:1 chr16 89350178 . G A 538.28 PASS AF=0.42963;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=52;FWDB=-0.003036;FXX=0.0145975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.317;QD=15.9491;RBI=0.00559833;REFB=-0.00867402;REVB=-0.00470361;RO=75;SAF=30;SAR=28;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198514;STB=0.609101;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0128805;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:75:77:58:58:0.42963:28:30:24:51:28:30:25:52 chr16 89590168 . T C,TATCTC 845.43 PASS AF=0.0412371,0.427835;AO=8,80;DP=195;FAO=8,83;FDP=194;FR=.;FRO=103;FSAF=3,42;FSAR=5,41;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=-0.00497894,-0.0110418;FXX=0.00512794;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=150.335,247.311;QD=17.4315;RBI=0.0123792,0.0182465;REFB=-0.0013095,-0.00256832;REVB=-0.0113338,-0.0145263;RO=103;SAF=3,42;SAR=5,38;SRF=45;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0681623,0.0888402;STB=0.55929,0.538243;STBP=0.797,0.33;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0538967,0.00293156;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:195:194:103:103:8,80:8,83:0.0412371,0.427835:5,38:3,42:45:58:5,41:3,42:45:58 chr16 89590243 . G A 997.55 PASS AF=0.483568;AO=103;DP=214;FAO=103;FDP=213;FR=.;FRO=110;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=39;FSRR=71;FWDB=0.0125081;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.729;QD=18.7333;RBI=0.0132507;REFB=-0.000805772;REVB=-0.0043737;RO=107;SAF=44;SAR=59;SRF=38;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069007;STB=0.538751;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000676044;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:213:107:110:103:103:0.483568:59:44:38:69:59:44:39:71 chr16 89644001 . T C 1222.64 PASS AF=0.432886;AO=129;DP=297;FAO=129;FDP=298;FR=.;FRO=169;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=87;FSRR=82;FWDB=-0.00879156;FXX=0.00334437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5846;QD=16.4112;RBI=0.0228425;REFB=-0.00680869;REVB=-0.0210829;RO=167;SAF=61;SAR=68;SRF=86;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427876;STB=0.523781;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00863283;OID=.;OPOS=89644001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:298:167:169:129:129:0.432886:68:61:86:81:68:61:87:82 chr16 89651175 . T TC 104.7 PASS AF=0.318182;AO=26;DP=91;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0201863;FXX=0.0222198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.0215;QD=4.75893;RBI=0.101733;REFB=-0.00620156;REVB=-0.0997106;RO=61;SAF=12;SAR=14;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267228;STB=0.635908;STBP=0.082;TYPE=ins;VARB=-0.0629813;OID=.;OPOS=89651176;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:26:91:28:88:60:13:15:40:20:99:61:12:14:42:19 chr16 89652183 . A G 35.51 PASS AF=0.0684932;AO=17;DP=219;FAO=15;FDP=219;FR=.;FRO=204;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=90;FSRR=114;FWDB=-0.0327658;FXX=0.047824;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.258;QD=0.648548;RBI=0.0343866;REFB=-0.00521952;REVB=-0.0104324;RO=198;SAF=9;SAR=8;SRF=88;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964326;STB=0.70388;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.120287;OID=.;OPOS=89652183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:219:219:198:204:17:15:0.0684932:8:9:88:110:5:10:90:114 chr16 89652191 . C T 103.35 PASS AF=0.124352;AO=23;DP=196;FAO=24;FDP=193;FR=.;FRO=169;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=71;FSRR=98;FWDB=-0.0295285;FXX=0.039799;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.96;QD=2.14188;RBI=0.0297348;REFB=-0.0128648;REVB=0.0034965;RO=163;SAF=18;SAR=5;SRF=68;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443724;STB=0.812796;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0633301;OID=.;OPOS=89652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:193:163:169:23:24:0.124352:5:18:68:95:5:19:71:98 chr16 89653943 . C T 855.67 PASS AF=0.486034;AO=87;DP=179;FAO=87;FDP=179;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.000447127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.19;QD=19.1212;RBI=0.00173048;REFB=-0.0190216;REVB=-0.00167172;RO=90;SAF=45;SAR=42;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568851;STB=0.536736;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0177976;OID=.;OPOS=89653943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:90:92:87:87:0.486034:42:45:41:49:42:45:41:51 chr16 89661807 . C T 1316.25 PASS AF=0.391645;AO=150;DP=383;FAO=150;FDP=383;FR=.;FRO=233;FSAF=69;FSAR=81;FSRF=122;FSRR=111;FWDB=-0.00131355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.398;QD=13.7468;RBI=0.0567376;REFB=-0.0262697;REVB=-0.0567224;RO=229;SAF=69;SAR=81;SRF=119;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643789;STB=0.538697;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0446072;OID=.;OPOS=89661807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:383:229:233:150:150:0.391645:81:69:119:110:81:69:122:111 chr16 89661952 . C T 1020.56 PASS AF=0.303855;AO=133;DP=445;FAO=134;FDP=441;FR=.;FRO=307;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=153;FSRR=154;FWDB=0.0405871;FXX=0.0156247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.52;QD=9.25674;RBI=0.0412446;REFB=-0.0024723;REVB=0.00733554;RO=287;SAF=61;SAR=72;SRF=143;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471874;STB=0.524884;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00446703;OID=.;OPOS=89661952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:445:441:287:307:133:134:0.303855:72:61:143:144:72:62:153:154 chr16 89662990 . T C 2985.1 PASS AF=1;AO=187;DP=189;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6241;QD=62.8443;RBI=0.0317691;REFB=0;REVB=-0.0203694;RO=0;SAF=87;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106875;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:190:0:0:187:190:1:100:87:0:0:102:88:0:0 chr16 89663025 . C T 726.25 PASS AF=0.496689;AO=75;DP=151;FAO=75;FDP=151;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0417079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.754;QD=19.2384;RBI=0.0577211;REFB=-0.0367309;REVB=-0.0399021;RO=74;SAF=32;SAR=43;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177176;STB=0.517323;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0341548;OID=.;OPOS=89663025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:74:76:75:75:0.496689:43:32:33:41:43:32:35:41 chr16 89704365 . G C 349.85 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0187475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.51;QD=17.7137;RBI=0.018748;REFB=-0.0144177;REVB=0.000136216;RO=42;SAF=22;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458145;STB=0.525636;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0182579;OID=.;OPOS=89704365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:15:22:23:19:15:22:23:19 chr16 89712374 . A C 660.57 PASS AF=0.617021;AO=58;DP=94;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0304858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.028;QD=28.1092;RBI=0.0324045;REFB=-0.0549027;REVB=0.0109847;RO=35;SAF=23;SAR=35;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635381;STB=0.529891;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0373122;OID=.;OPOS=89712374;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:35:36:58:58:0.617021:35:23:17:18:35:23:17:19 chr16 89712380 . G A 641.76 PASS AF=0.647059;AO=49;DP=90;FAO=55;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00628564;FXX=0.0555494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.816;QD=30.2005;RBI=0.0375281;REFB=-0.0261763;REVB=0.036998;RO=15;SAF=17;SAR=32;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146062;STB=0.516568;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0166006;OID=.;OPOS=89712380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:85:15:28:49:55:0.647059:32:17:10:5:34:21:12:16 chr16 89713563 . C G 671.82 PASS AF=0.403226;AO=75;DP=186;FAO=75;FDP=186;FR=.;FRO=111;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=0.0707597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.786;QD=14.4478;RBI=0.076336;REFB=-0.0223215;REVB=-0.0286401;RO=111;SAF=43;SAR=32;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102262;STB=0.557461;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0373056;OID=.;OPOS=89713563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:111:111:75:75:0.403226:32:43:53:58:32:43:53:58 chr16 89724313 . C G 712.81 PASS AF=0.370192;AO=55;DP=210;FAO=77;FDP=208;FR=.,HEALED;FRO=120;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=85;FWDB=-0.00504742;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1337;QD=13.708;RBI=0.0401106;REFB=-0.0236934;REVB=0.0397917;RO=115;SAF=28;SAR=27;SRF=31;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282683;STB=0.556632;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0296906;OID=.;OPOS=89724313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:115:120:55:77:0.370192:27:28:31:84:48:29:35:85 chr16 89762432 . C G 1538.81 PASS AF=0.546816;AO=95;DP=272;FAO=146;FDP=267;FR=.,HEALED;FRO=120;FSAF=59;FSAR=87;FSRF=52;FSRR=68;FWDB=0.0226928;FXX=0.0183817;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.82;QD=23.0533;RBI=0.0459242;REFB=-0.0185794;REVB=-0.0399258;RO=70;SAF=36;SAR=59;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062423;STB=0.513614;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0135844;OID=.;OPOS=89762432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:267:70:120:95:146:0.546816:59:36:26:44:87:59:52:68 chr16 89764549 . G A 390.39 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00907815;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.116;QD=24.0238;RBI=0.0140884;REFB=-0.0205849;REVB=0.0107736;RO=28;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617418;STB=0.540962;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0149653;OID=.;OPOS=89764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:28:27:38:38:0.584615:22:16:14:14:22:16:14:13 chr16 89777761 . C T 674.99 PASS AF=0.453416;AO=73;DP=162;FAO=73;FDP=161;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.0006163;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.31;QD=16.77;RBI=0.00594549;REFB=-0.0172737;REVB=-0.00591346;RO=86;SAF=35;SAR=38;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140024;STB=0.507417;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0198925;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:86:88:73:73:0.453416:38:35:40:46:38:35:41:47 chr16 89782989 . A G 385.09 PASS AF=0.412844;AO=39;DP=101;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0958444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3307;QD=14.1318;RBI=0.0958719;REFB=-0.0122425;REVB=-0.00229771;RO=61;SAF=20;SAR=19;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225443;STB=0.515688;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0276045;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:109:61:64:39:45:0.412844:19:20:30:31:23:22:33:31 chr16 89783187 . C T 2518.47 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5864;QD=61.426;RBI=0.0408933;REFB=0;REVB=0.0196183;RO=0;SAF=63;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45166e-05;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:164:0:0:160:164:1:97:63:0:0:98:66:0:0 chr16 89784065 . C T 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00602554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.423;QD=18.0356;RBI=0.00603744;REFB=-0.0159886;REVB=-0.000378961;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235245;STB=0.632541;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0163433;OID=.;OPOS=89784065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:11:11:7:20:11:11:7:20 chr16 89785603 . A C 586.57 PASS AF=0.43662;AO=62;DP=142;FAO=62;FDP=142;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0361197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6438;QD=16.5232;RBI=0.0558419;REFB=0.0133361;REVB=-0.0425875;RO=80;SAF=30;SAR=32;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596017;STB=0.533262;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0179332;OID=.;OPOS=89785603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:80:80:62:62:0.43662:32:30:34:46:32:30:34:46 chr16 89789898 . T C 1437.16 PASS AF=0.489726;AO=141;DP=296;FAO=143;FDP=292;FR=.;FRO=149;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=79;FSRR=70;FWDB=-0.080811;FXX=0.0234106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3905;QD=19.6871;RBI=0.0829554;REFB=-0.0129008;REVB=-0.0187395;RO=147;SAF=76;SAR=65;SRF=79;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0014882;STB=0.504237;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.015059;OID=.;OPOS=89789898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:292:147:149:141:143:0.489726:65:76:79:68:66:77:79:70 chr16 89799950 . C T 376.45 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.028009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2048;QD=16.019;RBI=0.0362643;REFB=-0.013325;REVB=0.0230346;RO=54;SAF=15;SAR=25;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092972;STB=0.55246;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0166147;OID=.;OPOS=89799950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:25:15:25:29:25:15:25:29 chr16 89805914 . T C 1055.0 PASS AF=0.482143;AO=108;DP=224;FAO=108;FDP=224;FR=.;FRO=116;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=43;FSRR=73;FWDB=-0.0188445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4802;QD=18.8393;RBI=0.0259686;REFB=-0.0191754;REVB=-0.0178677;RO=115;SAF=46;SAR=62;SRF=43;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502573;STB=0.529497;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0223162;OID=.;OPOS=89805914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:115:116:108:108:0.482143:62:46:43:72:62:46:43:73 chr16 89806343 . C A 689.73 PASS AF=0.475862;AO=68;DP=145;FAO=69;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.00594132;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.582;QD=19.0271;RBI=0.0142559;REFB=-0.00473167;REVB=-0.0129589;RO=75;SAF=38;SAR=30;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370925;STB=0.519809;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00485112;OID=.;OPOS=89806343;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:75:76:68:69:0.475862:30:38:39:36:31:38:39:37 chr16 89806347 . A T 2368.23 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.295;QD=64.0063;RBI=0.00646911;REFB=0;REVB=-0.00555086;RO=0;SAF=79;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81031e-06;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:69:79:0:0:69:79:0:0 chr16 89807233 . C G 689.96 PASS AF=0.417582;AO=76;DP=182;FAO=76;FDP=182;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=-0.0193701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.992;QD=15.1639;RBI=0.0237984;REFB=-0.00839029;REVB=0.0138262;RO=106;SAF=38;SAR=38;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196309;STB=0.510986;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00970881;OID=.;OPOS=89807233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:106:106:76:76:0.417582:38:38:55:51:38:38:55:51 chr16 89809319 . T C 195.67 PASS AF=0.373134;AO=21;DP=64;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=2;FWDB=0.00450698;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5272;QD=11.6818;RBI=0.102504;REFB=-0.0150688;REVB=0.102405;RO=37;SAF=20;SAR=1;SRF=35;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371581;STB=0.628298;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.025643;OID=.;OPOS=89809319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:37:42:21:25:0.373134:1:20:35:2:3:22:40:2 chr16 89825065 . G A 832.26 PASS AF=0.488372;AO=60;DP=174;FAO=84;FDP=172;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.00485955;FXX=0.0114936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6196;QD=19.3549;RBI=0.133662;REFB=-0.0486176;REVB=0.133574;RO=80;SAF=39;SAR=21;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279634;STB=0.552965;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0551833;OID=.;OPOS=89825065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:172:80:86:60:84:0.488372:21:39:30:50:41:43:35:51 chr16 89828437 . A G 531.51 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00321936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.029;QD=18.328;RBI=0.00968835;REFB=-0.0411844;REVB=-0.00913782;RO=60;SAF=23;SAR=33;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130705;STB=0.572465;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0472328;OID=.;OPOS=89828437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:60:60:56:56:0.482759:33:23:33:27:33:23:33:27 chr16 89836323 . C T 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.494;QD=61.3743;RBI=0.0355373;REFB=0;REVB=0.0346741;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60599e-05;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr16 89839766 . G C 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00858231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.797;QD=21.2649;RBI=0.00985245;REFB=0.00916794;REVB=-0.00483887;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467648;STB=0.52629;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00849091;OID=.;OPOS=89839766;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:8:10:10:10:8:10 chr16 89845194 . A G 1264.55 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=86;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00145355;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.309;QD=59.5082;RBI=0.0233551;REFB=0.0774981;REVB=-0.0233098;RO=2;SAF=41;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500142;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00076624;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:86:85:2:2:82:83:0.976471:41:41:1:1:42:41:1:1 chr16 89849480 . C T 1418.2 PASS AF=0.952381;AO=99;DP=104;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0313166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7094;QD=54.0268;RBI=0.0338056;REFB=0.0631727;REVB=0.0127315;RO=5;SAF=63;SAR=36;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423802;STB=0.521708;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00185738;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:104:105:5:5:99:100:0.952381:36:63:1:4:37:63:1:4 chr16 89857935 . G A 526.31 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0559723;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6439;QD=18.9661;RBI=0.0624522;REFB=0.00672777;REVB=-0.0277016;RO=56;SAF=15;SAR=40;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073441;STB=0.54074;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00678281;OID=.;OPOS=89857935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:56:56:55:55:0.495495:40:15:19:37:40:15:19:37 chr16 89858417 . C A 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00396624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.163;QD=16.0924;RBI=0.00422135;REFB=0.000734676;REVB=0.00144524;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150171;STB=0.577896;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.000898462;OID=.;OPOS=89858417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:19:12:20:17:19:12:20:18 chr16 89866043 . T C 1320.84 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4373;QD=62.1572;RBI=0.0874239;REFB=0;REVB=0.0707497;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136832;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr16 89986154 . G A 441.99 PASS AF=0.459184;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0216185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2816;QD=18.0403;RBI=0.0306067;REFB=-0.0169986;REVB=0.0216658;RO=53;SAF=22;SAR=22;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13859;STB=0.570748;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0169227;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:53:53:44:45:0.459184:22:22:19:34:23:22:19:34 chr16 90037828 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5825;QD=57.1771;RBI=0.0234327;REFB=0;REVB=-0.0204583;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236587;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr16 90038786 . C A 3210.42 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.358;QD=64.2085;RBI=0.044252;REFB=0;REVB=-0.00314891;RO=0;SAF=74;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20629e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:200:200:1:126:74:0:0:126:74:0:0 chr16 90095484 . C T 1394.65 PASS AF=0.43787;AO=148;DP=339;FAO=148;FDP=338;FR=.;FRO=190;FSAF=64;FSAR=84;FSRF=70;FSRR=120;FWDB=-0.0263761;FXX=0.00294977;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.492;QD=16.5047;RBI=0.0265942;REFB=-0.021658;REVB=-0.00339877;RO=189;SAF=64;SAR=84;SRF=70;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646468;STB=0.537014;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0262306;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:338:189:190:148:148:0.43787:84:64:70:119:84:64:70:120 chr16 90095561 . C T 517.15 PASS AF=0.509259;AO=54;DP=114;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0110825;FXX=0.0608643;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.659;QD=19.1536;RBI=0.0117005;REFB=-0.00696055;REVB=0.00375239;RO=44;SAF=19;SAR=35;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182183;STB=0.592367;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00712215;OID=.;OPOS=90095561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:108:44:53:54:55:0.509259:35:19:25:19:35:20:29:24 chr16 90096003 . C G 1072.69 PASS AF=0.539683;AO=101;DP=189;FAO=102;FDP=189;FR=.;FRO=87;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0244771;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7548;QD=22.7024;RBI=0.0247195;REFB=-0.0210717;REVB=-0.00345321;RO=86;SAF=50;SAR=51;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252181;STB=0.513225;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0174519;OID=.;OPOS=90096003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:86:87:101:102:0.539683:51:50:40:46:51:51:41:46 chr16 90096052 . CCTT C 510.7 PASS AF=0.412621;AO=83;DP=219;FAO=85;FDP=206;FR=.;FRO=121;FSAF=29;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=0.00656488;FXX=0.0678702;HRUN=2;LEN=3;MLLD=207.11;QD=9.9164;RBI=0.0139443;REFB=-0.0239537;REVB=-0.0123023;RO=119;SAF=29;SAR=54;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106729;STB=0.570718;STBP=0.109;TYPE=del;VARB=0.0321103;OID=.;OPOS=90096053;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412621:83:219:85:206:121:29:56:55:66:99:119:29:54:53:66 chr16 90096067 . G A 1296.86 PASS AF=0.532189;AO=124;DP=234;FAO=124;FDP=233;FR=.;FRO=109;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=39;FSRR=70;FWDB=0.0423754;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.104;QD=22.2636;RBI=0.0504682;REFB=-0.00838235;REVB=0.0274111;RO=108;SAF=58;SAR=66;SRF=38;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100108;STB=0.551986;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0047981;OID=.;OPOS=90096067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:108:109:124:124:0.532189:66:58:38:70:66:58:39:70 chr16 90097748 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0373991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.148;QD=18.087;RBI=0.0443391;REFB=-0.0397919;REVB=0.0238172;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153353;STB=0.586041;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.025311;OID=.;OPOS=90097748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:15:11:16:11:15:11:16:11 chr16 90099244 . G C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0896094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2956;QD=11.1032;RBI=0.101781;REFB=-0.0274498;REVB=0.0482655;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.510175;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.050456;OID=.;OPOS=90099244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:5:2:3:6:5:2:3:7 chr16 90109711 . A G 237.27 PASS AF=0.479167;AO=24;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0375569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3394;QD=19.7724;RBI=0.104847;REFB=-0.0375209;REVB=-0.0978899;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751199;STB=0.568206;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0373737;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:24:23:0.479167:10:14:12:12:9:14:12:13 chr16 90110027 . G A 584.16 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0152557;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.147;QD=23.1349;RBI=0.0168885;REFB=-0.0100061;REVB=0.00724473;RO=44;SAF=31;SAR=26;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112081;STB=0.561196;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00591459;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:44:44:57:57:0.564356:26:31:30:14:26:31:30:14 chr16 90110284 . G A 217.96 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.017272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.261;QD=15.5682;RBI=0.0190251;REFB=-0.0158173;REVB=0.00797699;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835894;STB=0.547407;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0155873;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:15:10:15:16:15:10:15:16 chr16 90110289 . C A 222.09 PASS AF=0.458333;AO=20;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0134925;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.563;QD=18.5078;RBI=0.0425998;REFB=-0.0117439;REVB=0.0404066;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556976;STB=0.517226;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0403267;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:26:20:22:0.458333:10:10:12:15:12:10:11:15 chr16 90141355 . A C 1899.33 PASS AF=1;AO=121;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162162;FXX=0.0238076;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.47;QD=61.767;RBI=0.0435639;REFB=0;REVB=-0.0404333;RO=0;SAF=53;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122316;OID=.;OPOS=90141355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:123:0:0:121:123:1:68:53:0:0:70:53:0:0 chr16 90160829 . G A 830.91 PASS AF=0.574627;AO=77;DP=134;FAO=77;FDP=134;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0375502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7669;QD=24.8034;RBI=0.0472456;REFB=-0.0156346;REVB=0.0286729;RO=56;SAF=33;SAR=44;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140619;STB=0.511927;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0115644;OID=.;OPOS=90160829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:56:57:77:77:0.574627:44:33:25:31:44:33:26:31 chr16 90160953 . T C 200.39 PASS AF=0.278846;AO=25;DP=101;FAO=29;FDP=104;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.0268603;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.112;QD=7.70713;RBI=0.0299636;REFB=-0.0120771;REVB=-0.0132792;RO=75;SAF=10;SAR=15;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510281;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0285334;OID=.;OPOS=90160953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:75:75:25:29:0.278846:15:10:30:45:17:12:30:45 chr16 90161003 . C CGG 153.75 PASS AF=0.25974;AO=29;DP=155;FAO=40;FDP=154;FR=.;FRO=114;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=-0.0893259;FXX=0.0064512;HRUN=4;LEN=2;MLLD=23.5311;QD=3.99359;RBI=0.122968;REFB=-0.0168176;REVB=0.084511;RO=103;SAF=14;SAR=15;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646695;STB=0.593703;STBP=0.161;TYPE=ins;VARB=0.0425332;OID=.;OPOS=90161004;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25974:29:155:40:154:114:16:24:60:54:99:103:14:15:55:48 chr16 90161065 . A T 224.18 PASS AF=0.216374;AO=37;DP=168;FAO=37;FDP=171;FR=.;FRO=134;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=74;FSRR=60;FWDB=0.0232486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6051;QD=5.24403;RBI=0.0382474;REFB=-0.0089974;REVB=-0.0303704;RO=130;SAF=15;SAR=22;SRF=73;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196542;STB=0.614117;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0235896;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:130:134:37:37:0.216374:22:15:73:57:22:15:74:60 chr16 90161231 . T G 48.58 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00153822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.098;QD=3.1345;RBI=0.00474714;REFB=0.00158986;REVB=0.00449101;RO=53;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792323;STB=0.555432;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0140829;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:53:53:9:9:0.145161:4:5:26:27:4:5:26:27 chr16 90232832 . A C 666.09 PASS AF=0.297297;AO=88;DP=296;FAO=88;FDP=296;FR=.;FRO=208;FSAF=64;FSAR=24;FSRF=125;FSRR=83;FWDB=-0.0184509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.282;QD=9.0012;RBI=0.0310376;REFB=-0.0162179;REVB=-0.024958;RO=207;SAF=64;SAR=24;SRF=124;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175629;STB=0.601522;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0399223;OID=.;OPOS=90232832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:207:208:88:88:0.297297:24:64:124:83:24:64:125:83 chr16 90232893 . C A 576.06 PASS AF=0.283688;AO=79;DP=281;FAO=80;FDP=282;FR=.;FRO=202;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=127;FSRR=75;FWDB=0.114316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1612;QD=8.17111;RBI=0.130554;REFB=-0.0242711;REVB=0.0630581;RO=197;SAF=49;SAR=30;SRF=122;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124851;STB=0.50284;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0635171;OID=.;OPOS=90232893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:282:197:202:79:80:0.283688:30:49:122:75:30:50:127:75 chr17 6115 . G C 1961.5 PASS AF=0.984615;AO=127;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0192337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.772;QD=60.354;RBI=0.0430321;REFB=-0.075405;REVB=0.0384945;RO=1;SAF=54;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646535;STB=0.501231;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000210617;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:130:130:1:2:127:128:0.984615:73:54:0:1:74:54:1:1 chr17 6157 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.809;QD=63.0524;RBI=0.0219181;REFB=0;REVB=0.0102994;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66227e-05;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:55:36:0:0:55:36:0:0 chr17 71479 . C G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.150727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.884;QD=23.2183;RBI=0.167656;REFB=0.0106187;REVB=0.0734163;RO=1;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272709;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00410876;OID=.;OPOS=71479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:4:5:0.833333:3:1:1:0:4:1:1:0 chr17 171098 . T G 1281.08 PASS AF=0.712418;AO=107;DP=151;FAO=109;FDP=153;FR=.;FRO=44;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.000290573;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.092;QD=33.4922;RBI=0.00558677;REFB=-0.0220901;REVB=-0.00557921;RO=42;SAF=56;SAR=51;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112249;STB=0.558679;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00756607;OID=.;OPOS=171098;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:42:44:107:109:0.712418:51:56:13:29:52:57:14:30 chr17 171137 . C A 1012.9 PASS AF=0.602564;AO=94;DP=156;FAO=94;FDP=156;FR=.;FRO=62;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=16;FSRR=46;FWDB=0.000724902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.439;QD=25.9719;RBI=0.0138269;REFB=-0.00754405;REVB=0.0138079;RO=55;SAF=49;SAR=45;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156768;STB=0.603852;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00720393;OID=.;OPOS=171137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:55:62:94:94:0.602564:45:49:16:39:45:49:16:46 chr17 171138 . G A 60.38 PASS AF=0.101911;AO=16;DP=151;FAO=16;FDP=157;FR=.;FRO=141;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=64;FSRR=77;FWDB=-0.0122429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.862;QD=1.5383;RBI=0.0128105;REFB=-0.0149688;REVB=0.0037711;RO=135;SAF=1;SAR=15;SRF=64;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545518;STB=0.913187;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0590747;OID=.;OPOS=171138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:151:157:135:141:16:16:0.101911:15:1:64:71:15:1:64:77 chr17 181474 . T C 216.52 PASS AF=0.20904;AO=36;DP=176;FAO=37;FDP=177;FR=.;FRO=140;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=60;FSRR=80;FWDB=-0.0257856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.128;QD=4.89313;RBI=0.0399715;REFB=-0.00688026;REVB=-0.0305421;RO=140;SAF=16;SAR=20;SRF=60;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206103;STB=0.503112;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0176441;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:140:140:36:37:0.20904:20:16:60:80:21:16:60:80 chr17 292759 . C T 244.51 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0215292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.54;QD=30.5643;RBI=0.0245582;REFB=0.0151324;REVB=0.0118153;RO=10;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313131;STB=0.517226;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0122773;OID=.;OPOS=292759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:12:10:4:6:12:10:4:6 chr17 505129 . A C 128.77 PASS AF=0.186992;AO=23;DP=123;FAO=23;FDP=123;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.0334511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.639;QD=4.18751;RBI=0.0445151;REFB=5.84248e-05;REVB=-0.0293704;RO=99;SAF=7;SAR=16;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150936;STB=0.602058;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000202665;OID=.;OPOS=505129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:99:100:23:23:0.186992:16:7:41:58:16:7:42:58 chr17 636265 . AA AAGGGCC,CC 259.04 PASS AF=0.488889,0.0666667;AO=15,3;DP=43;FAO=22,3;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13,3;FSAR=9,0;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0535088,0.00547303;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=5,2;MLLD=181.709,81.0579;QD=23.0257;RBI=0.0623416,0.0604384;REFB=-0.0215023,-0.0181854;REVB=0.0319889,-0.0601901;RO=12;SAF=11,3;SAR=4,0;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.207143,0.531021;STB=0.606887,0.994521;STBP=0.19,0.295;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00737661,-0.0167519;OID=.,.;OPOS=636267,636265;OREF=-,AA;OALT=GGGCC,CC;OMAPALT=AAGGGCC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:12:20:15,3:22,3:0.488889,0.0666667:4,0:11,3:11:1:9,0:13,3:16:4 chr17 636320 . T C,TCTC 836.17 PASS AF=0.0106383,0.712766;AO=6,62;DP=104;FAO=1,67;FDP=94;FR=.;FRO=26;FSAF=1,29;FSAR=0,38;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0328759,-0.0120573;FXX=0.0208312;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=49.17,204.883;QD=35.5817;RBI=0.0377373,0.0318437;REFB=-0.0178055,-0.0361584;REVB=0.0185278,0.0294727;RO=35;SAF=6,24;SAR=0,38;SRF=24;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.606954,-0.199191;STB=0.987687,0.551242;STBP=0.473,0.118;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0898726,0.0142579;OID=.,.;OPOS=636320,636321;OREF=T,-;OALT=C,CTC;OMAPALT=C,TCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:104:94:35:26:6,62:1,67:0.0106383,0.712766:0,38:6,24:24:11:0,38:1,29:16:10 chr17 644986 . A C 873.2 PASS AF=0.807229;AO=67;DP=83;FAO=67;FDP=83;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0123326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.592;QD=42.0817;RBI=0.0225481;REFB=-0.00440321;REVB=0.0188765;RO=15;SAF=27;SAR=40;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920395;STB=0.543705;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00131512;OID=.;OPOS=644986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:83:83:15:16:67:67:0.807229:40:27:10:5:40:27:10:6 chr17 648157 . G A 577.85 PASS AF=0.824561;AO=47;DP=57;FAO=47;FDP=57;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00389244;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.212;QD=40.551;RBI=0.0341905;REFB=0.0017535;REVB=0.0339682;RO=10;SAF=19;SAR=28;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065564;STB=0.535153;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.000107395;OID=.;OPOS=648157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:57:57:10:10:47:47:0.824561:28:19:6:4:28:19:6:4 chr17 648186 . GC AT 81.92 PASS AF=0.189873;AO=14;DP=79;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.016839;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.744;QD=4.14788;RBI=0.0460702;REFB=0.0052167;REVB=0.0428825;RO=64;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204708;STB=0.601875;STBP=0.388;TYPE=mnp;VARB=-0.0170194;OID=.;OPOS=648186;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:79:79:64:64:14:15:0.189873:6:8:26:38:7:8:26:38 chr17 648498 . C T 740.17 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00823507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.874;QD=56.9358;RBI=0.0184391;REFB=0;REVB=-0.016498;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08285e-05;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr17 649232 . C T 172.49 PASS AF=0.26087;AO=24;DP=93;FAO=24;FDP=92;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0239856;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.878;QD=7.49952;RBI=0.0255566;REFB=-0.00153541;REVB=0.00882216;RO=68;SAF=12;SAR=12;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126475;STB=0.586886;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00645973;OID=.;OPOS=649232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:68:68:24:24:0.26087:12:12:27:41:12:12:26:42 chr17 649505 . T A 357.94 PASS AF=0.848485;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0157723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.801;QD=43.3872;RBI=0.0262177;REFB=0.00849137;REVB=-0.0209428;RO=5;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487277;STB=0.526297;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.000641338;OID=.;OPOS=649505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:33:33:5:5:28:28:0.848485:18:10:1:4:18:10:1:4 chr17 649935 . G C 519.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00097049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3706;QD=59.4188;RBI=0.0577166;REFB=0;REVB=-0.0577084;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000676543;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr17 650206 . C T 69.94 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0331989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.458;QD=6.66117;RBI=0.0403824;REFB=0.00430015;REVB=0.0229908;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29915;STB=0.679247;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0121795;OID=.;OPOS=650206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:31:32:10:10:0.238095:7:3:17:14:7:3:17:15 chr17 685640 . G T 227.37 PASS AF=0.298969;AO=29;DP=97;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0520284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1214;QD=9.37619;RBI=0.0589761;REFB=-3.80161e-05;REVB=0.0277708;RO=68;SAF=8;SAR=21;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232562;STB=0.638247;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00143048;OID=.;OPOS=685640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:68:68:29:29:0.298969:21:8:31:37:21:8:31:37 chr17 685752 . G A 870.92 PASS AF=0.690909;AO=76;DP=110;FAO=76;FDP=110;FR=.;FRO=34;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0221908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5544;QD=31.6699;RBI=0.0301556;REFB=-0.017373;REVB=0.0204188;RO=33;SAF=45;SAR=31;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1128;STB=0.565473;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0131645;OID=.;OPOS=685752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:33:34:76:76:0.690909:31:45:13:20:31:45:13:21 chr17 704017 . A G 949.98 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0140135;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4895;QD=55.8814;RBI=0.0174753;REFB=0.00328568;REVB=-0.0104406;RO=2;SAF=49;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188958;STB=0.509997;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000426876;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:2:2:66:66:0.970588:17:49:2:0:17:49:2:0 chr17 704042 . T G 84.81 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=0.080594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4585;QD=4.98857;RBI=0.134461;REFB=-0.0028871;REVB=-0.107631;RO=53;SAF=12;SAR=2;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232089;STB=0.666389;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00538524;OID=.;OPOS=704042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:67:68:53:54:14:14:0.205882:2:12:39:14:2:12:39:15 chr17 908502 . A G 785.43 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1791;QD=64.1171;RBI=0.0356569;REFB=0;REVB=0.00961363;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305868;OID=.;OPOS=908502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr17 908529 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.448;QD=60.6095;RBI=0.0310741;REFB=0;REVB=-0.0235715;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22323e-05;OID=.;OPOS=908529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr17 915368 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.766;QD=33.4282;RBI=0.0395777;REFB=0;REVB=0.0389496;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113589;OID=.;OPOS=915368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 970413 . C T 323.82 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.65;QD=53.9691;RBI=0.0970715;REFB=0;REVB=0.0934471;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386194;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr17 1183354 . T C 784.53 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.150584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4694;QD=57.0564;RBI=0.162342;REFB=0;REVB=-0.0606573;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00224287;OID=.;OPOS=1183354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr17 1183464 . A G 1804.74 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.569;QD=61.1776;RBI=0.0472907;REFB=0;REVB=-0.0472088;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.63739e-05;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:63:54:0:0:63:55:0:0 chr17 1201721 . C T 722.97 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0275717;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.858;QD=57.8373;RBI=0.0319902;REFB=0.0462825;REVB=0.0162226;RO=2;SAF=17;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521576;STB=0.526305;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.000240128;OID=.;OPOS=1201721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:50:50:2:2:47:48:0.96:30:17:2:0:30:18:2:0 chr17 1209700 . A G 45.06 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=10;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0218538;FXX=0.0999001;HRUN=13;LEN=1;MLLD=144.387;QD=20.0263;RBI=0.0223703;REFB=-0.0303461;REVB=0.00477902;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122639;STB=0.614989;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00922119;OID=.;OPOS=1209700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:10:9:3:3:7:6:0.666667:3:4:1:2:2:4:1:2 chr17 1209747 . A G 158.22 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0129237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.894;QD=35.1599;RBI=0.067849;REFB=0.0630783;REVB=0.0666067;RO=3;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603541;STB=0.533289;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00444247;OID=.;OPOS=1209747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:8:7:2:1:8:7:2:1 chr17 1373612 . C T 222.22 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.0269895;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.002;QD=22.7919;RBI=0.0286117;REFB=-0.0115393;REVB=-0.00949699;RO=17;SAF=17;SAR=4;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101791;STB=0.564047;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0136436;OID=.;OPOS=1373612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:17:18:21:21:0.538462:4:17:15:2:4:17:16:2 chr17 1384066 . A C,G 1236.59 PASS AF=0.0581395,0.94186;AO=9,69;DP=79;FAO=5,81;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=2,55;FSAR=3,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101974,0.00385492;FXX=0.0114929;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.5055,150.42;QD=57.5156;RBI=0.0102752,0.0736007;REFB=0,0;REVB=-0.00126214,-0.0734997;RO=0;SAF=6,46;SAR=3,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0084073,-0.000720101;OID=.,.;OPOS=1384066,1384066;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:79:86:0:0:9,69:5,81:0.0581395,0.94186:3,23:6,46:0:0:3,26:2,55:0:0 chr17 1384067 . C G 37.58 PASS AF=0.102273;AO=8;DP=87;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=52;FSRR=27;FWDB=-0.00380143;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=89.6819;QD=1.70837;RBI=0.0243505;REFB=-0.00297662;REVB=-0.024052;RO=79;SAF=5;SAR=3;SRF=52;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041316;STB=0.595101;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00524533;OID=.;OPOS=1384067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:88:79:79:8:9:0.102273:3:5:52:27:4:5:52:27 chr17 1387484 . G A 1145.09 PASS AF=0.779661;AO=86;DP=112;FAO=92;FDP=118;FR=.;FRO=26;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00113569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.346;QD=38.8165;RBI=0.0119972;REFB=0.00408732;REVB=0.0119433;RO=23;SAF=45;SAR=41;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339277;STB=0.503692;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.000900748;OID=.;OPOS=1387484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:118:23:26:86:92:0.779661:41:45:14:9:44:48:14:12 chr17 1424948 . A G 191.3 PASS AF=0.229008;AO=30;DP=131;FAO=30;FDP=131;FR=.;FRO=101;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.0145678;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=242.567;QD=5.84111;RBI=0.0211907;REFB=-0.00248028;REVB=-0.0153892;RO=101;SAF=16;SAR=14;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122502;STB=0.574849;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00617052;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:101:101:30:30:0.229008:14:16:44:57:14:16:44:57 chr17 1489076 . G A 846.41 PASS AF=0.731183;AO=67;DP=91;FAO=68;FDP=93;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0120268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5121;QD=36.4048;RBI=0.018047;REFB=-0.0314714;REVB=0.0134554;RO=24;SAF=30;SAR=37;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258641;STB=0.510553;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00985736;OID=.;OPOS=1489076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:24:25:67:68:0.731183:37:30:12:12:38:30:12:13 chr17 1489088 . C G 1511.75 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210935;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.409;QD=63.6525;RBI=0.021447;REFB=0;REVB=0.0038778;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29537e-05;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:53:41:0:0:53:42:0:0 chr17 1516480 . T C 1615.23 PASS AF=0.991071;AO=98;DP=103;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0537453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.777;QD=57.6869;RBI=0.055558;REFB=-0.0272604;REVB=0.0140759;RO=0;SAF=33;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503596;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00143594;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:112:0:1:98:111:0.991071:65:33:0:0:69:42:0:1 chr17 1538546 . C T 4001.44 PASS AF=0.988593;AO=258;DP=270;FAO=260;FDP=263;FR=.;FRO=3;FSAF=116;FSAR=144;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0197392;FXX=0.0295192;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.631;QD=60.8585;RBI=0.0380269;REFB=-0.0730387;REVB=0.0325025;RO=4;SAF=114;SAR=144;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00171458;STB=0.501302;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.000708997;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:270:263:4:3:258:260:0.988593:144:114:2:2:144:116:1:2 chr17 1538628 . C G 3981.21 PASS AF=1;AO=256;DP=257;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.351;QD=61.9643;RBI=0.0388067;REFB=0;REVB=-0.0233692;RO=1;SAF=123;SAR=133;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00386002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71169e-06;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:257:257:1:0:256:257:1:133:123:1:0:133:124:0:0 chr17 1542124 . G C 45.59 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=0.0466572;FXX=0.0135117;HRUN=6;LEN=1;MLLD=24.032;QD=2.49832;RBI=0.0508946;REFB=-0.047174;REVB=0.0203315;RO=48;SAF=1;SAR=9;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424569;STB=0.766151;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.105056;OID=.;OPOS=1542124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:74:73:48:61:10:10:0.136986:9:1:17:31:9:1:18:43 chr17 1542153 . G A 1257.07 PASS AF=0.914894;AO=86;DP=94;FAO=86;FDP=94;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=70;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0238288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1755;QD=53.4923;RBI=0.0275344;REFB=-0.00476562;REVB=-0.013796;RO=8;SAF=16;SAR=70;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078715;STB=0.541785;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00157645;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:94:94:8:8:86:86:0.914894:70:16:4:4:70:16:4:4 chr17 1542190 . G A 1105.54 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107942;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.375;QD=58.9621;RBI=0.0164886;REFB=-0.12302;REVB=0.0124643;RO=0;SAF=21;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66544e-08;STB=0.511625;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00351111;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:53:21:0:0:53:21:1:0 chr17 1611433 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.822;QD=43.4861;RBI=0.0837675;REFB=0;REVB=-0.00599201;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901232;OID=.;OPOS=1611433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr17 1629550 . G A 31.15 PASS AF=0.0810811;AO=2;DP=37;FAO=3;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=28;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.196072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.8908;QD=3.36745;RBI=0.19654;REFB=-0.0317143;REVB=-0.0135599;RO=25;SAF=0;SAR=2;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.729564;STB=0.871259;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.132473;OID=.;OPOS=1629550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:25:28:2:3:0.0810811:2:0:22:3:2:1:23:5 chr17 1630208 . C T 145.04 PASS AF=0.219048;AO=23;DP=105;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.0107572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.521;QD=5.52545;RBI=0.0242725;REFB=-0.0112628;REVB=0.0217586;RO=82;SAF=12;SAR=11;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103788;STB=0.564301;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0433547;OID=.;OPOS=1630208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:82:82:23:23:0.219048:11:12:36:46:11:12:36:46 chr17 1630395 . T C 147.61 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0163156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4235;QD=7.66791;RBI=0.0163156;REFB=-0.00206943;REVB=-4.45754e-05;RO=54;SAF=12;SAR=9;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194821;STB=0.602844;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00511218;OID=.;OPOS=1630395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:54:56:21:21:0.272727:9:12:22:32:9:12:24:32 chr17 1630584 . A G 100.76 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0356424;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.289;QD=5.37414;RBI=0.0419498;REFB=-0.00529622;REVB=-0.0221224;RO=55;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395949;STB=0.516109;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0193611;OID=.;OPOS=1630584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:59:16:16:0.213333:10:6:19:36:10:6:21:38 chr17 1636934 . A G 343.75 PASS AF=0.243119;AO=51;DP=216;FAO=53;FDP=218;FR=.;FRO=165;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=70;FSRR=95;FWDB=-0.0268156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.746;QD=6.30726;RBI=0.0361853;REFB=-0.0118456;REVB=-0.024296;RO=163;SAF=34;SAR=17;SRF=69;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304122;STB=0.662277;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0334334;OID=.;OPOS=1636934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:218:163:165:51:53:0.243119:17:34:69:94:19:34:70:95 chr17 1637074 . A G 2915.24 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3934;QD=62.6934;RBI=0.0503129;REFB=0;REVB=-0.0323389;RO=0;SAF=118;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044378;OID=.;OPOS=1637074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:186:0:0:185:186:1:67:118:0:0:68:118:0:0 chr17 1637302 . A G 3116.73 PASS AF=0.990291;AO=202;DP=204;FAO=204;FDP=206;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=119;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.01276;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.546;QD=60.519;RBI=0.0163979;REFB=-0.0190831;REVB=-0.0102992;RO=2;SAF=83;SAR=119;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113372;STB=0.505813;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-2.8381e-05;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:204:206:2:2:202:204:0.990291:119:83:2:0:119:85:2:0 chr17 1639458 . A G 317.8 PASS AF=0.279503;AO=45;DP=155;FAO=45;FDP=161;FR=.;FRO=116;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=66;FSRR=50;FWDB=0.0137693;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7489;QD=7.89556;RBI=0.0284543;REFB=-0.00447777;REVB=-0.0249009;RO=108;SAF=23;SAR=22;SRF=65;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109918;STB=0.541764;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00888018;OID=.;OPOS=1639458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:161:108:116:45:45:0.279503:22:23:65:43:22:23:66:50 chr17 1658360 . CT CTC,TC 56.68 PASS AF=0.171429,0;AO=20,5;DP=112;FAO=18,0;FDP=105;FR=.;FRO=87;FSAF=1,0;FSAR=17,0;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=-0.166183,-0.0529768;FXX=0.00943307;HRUN=0,5;LEN=1,2;MLLD=93.6791,96.8473;QD=2.15913;RBI=0.16702,0.0565289;REFB=-0.003902,-0.00288958;REVB=-0.0167032,-0.0197224;RO=84;SAF=4,0;SAR=16,5;SRF=37;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.341457,-0.468441;STB=0.894183,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.128229,-0.026587;OID=.,.;OPOS=1658362,1658360;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:112:105:84:87:20,5:18,0:0.171429,0:16,5:4,0:37:47:17,0:1,0:34:53 chr17 1673276 . C T 2172.45 PASS AF=0.742489;AO=172;DP=233;FAO=173;FDP=233;FR=.;FRO=60;FSAF=94;FSAR=79;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0670637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2019;QD=37.2953;RBI=0.096117;REFB=-0.0376859;REVB=0.0688544;RO=61;SAF=94;SAR=78;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350906;STB=0.515529;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0189316;OID=.;OPOS=1673276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:61:60:172:173:0.742489:78:94:29:32:79:94:29:31 chr17 1674429 . T C 58.27 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0192244;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2341;QD=2.5899;RBI=0.0192318;REFB=0.00080276;REVB=-0.000533486;RO=78;SAF=7;SAR=5;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164584;STB=0.625707;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00598204;OID=.;OPOS=1674429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:91:90:78:78:12:12:0.133333:5:7:35:43:5:7:34:44 chr17 1680002 . T C 613.01 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.273;QD=61.3006;RBI=0.0218943;REFB=0;REVB=-0.021555;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141889;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr17 1684605 . G T 634.58 PASS AF=0.701299;AO=54;DP=77;FAO=54;FDP=77;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.010135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=345.38;QD=32.9652;RBI=0.0129995;REFB=-0.00188218;REVB=0.00814053;RO=23;SAF=26;SAR=28;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942584;STB=0.550845;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000674344;OID=.;OPOS=1684605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:23:23:54:54:0.701299:28:26:15:8:28:26:15:8 chr17 1686410 . T C 1343.61 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0586818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.238;QD=61.073;RBI=0.0590569;REFB=-0.0367897;REVB=0.00664519;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.505153;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=6.04078e-05;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:87:87:0.988636:39:48:0:0:39:48:1:0 chr17 1690752 . G A 2415.68 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0750291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1671;QD=61.1566;RBI=0.101468;REFB=0;REVB=0.0683107;RO=0;SAF=68;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50002e-05;OID=.;OPOS=1690752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:90:68:0:0:90:68:0:0 chr17 1782957 . C T 1157.08 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118432;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.442;QD=60.8987;RBI=0.0239351;REFB=0;REVB=0.0207997;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21494e-06;OID=.;OPOS=1782957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr17 1801144 . C T 2050.61 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0179051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.787;QD=61.6724;RBI=0.0203894;REFB=-0.138877;REVB=0.00975367;RO=0;SAF=71;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=9.41462e-05;OID=.;OPOS=1801144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:133:133:0:1:132:132:0.992481:61:71:0:0:61:71:0:1 chr17 1838107 . G A 68.13 PASS AF=0.12931;AO=14;DP=117;FAO=15;FDP=116;FR=.;FRO=101;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=-0.0206863;FXX=0.0169477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.063;QD=2.34941;RBI=0.0268223;REFB=-0.00490618;REVB=-0.0170737;RO=98;SAF=10;SAR=4;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257129;STB=0.69793;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0291036;OID=.;OPOS=1838107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:117:116:98:101:14:15:0.12931:4:10:50:48:4:11:52:49 chr17 1839674 . G C 1547.12 PASS AF=0.815603;AO=115;DP=141;FAO=115;FDP=141;FR=.;FRO=26;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0244206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9771;QD=43.8898;RBI=0.0446528;REFB=0.0251598;REVB=-0.0373833;RO=26;SAF=42;SAR=73;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714875;STB=0.503798;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00576718;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:26:26:115:115:0.815603:73:42:9:17:73:42:9:17 chr17 1840468 . C T 2216.37 PASS AF=0.756522;AO=174;DP=231;FAO=174;FDP=230;FR=.;FRO=56;FSAF=84;FSAR=90;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0249391;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.082;QD=38.5456;RBI=0.0332531;REFB=0.00336938;REVB=0.0219956;RO=56;SAF=84;SAR=90;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486908;STB=0.525918;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00101651;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:56:56:174:174:0.756522:90:84:33:23:90:84:33:23 chr17 1943888 . T C 1245.72 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.542;QD=61.5168;RBI=0.034164;REFB=0;REVB=0.0315297;RO=0;SAF=24;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96009e-05;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:57:24:0:0:57:24:0:0 chr17 1962394 . C T 1406.9 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=102;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00768475;FXX=0.0192289;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.174;QD=55.1725;RBI=0.0262028;REFB=0.0222387;REVB=0.0250506;RO=4;SAF=68;SAR=30;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591434;STB=0.531243;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0014587;OID=.;OPOS=1962394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:102:102:4:4:98:98:0.960784:30:68:0:4:30:68:0:4 chr17 2202943 . T C 1141.03 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431647;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.655;QD=60.8548;RBI=0.0466721;REFB=0;REVB=0.0177508;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203619;OID=.;OPOS=2202943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr17 2203167 . T G 1391.26 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394624;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6981;QD=61.8338;RBI=0.0134639;REFB=-0.0817532;REVB=-0.0128726;RO=1;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00340478;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:91:90:1:0:89:90:1:44:45:0:1:45:45:0:0 chr17 2203348 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.084472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4694;QD=47.8222;RBI=0.0933537;REFB=0;REVB=-0.0397417;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00425936;OID=.;OPOS=2203348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr17 2203453 . A G 868.99 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.645;QD=56.9827;RBI=0.0421616;REFB=0;REVB=-0.00363222;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066878;OID=.;OPOS=2203453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:61:0:0:55:61:1:37:18:0:0:40:21:0:0 chr17 2236404 . T C 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6104;QD=59.0107;RBI=0.0191332;REFB=0;REVB=0.0183502;RO=0;SAF=1;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219522;OID=.;OPOS=2236404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:33:1:0:0:33:1:0:0 chr17 2266799 . G A 2944.58 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6944;QD=63.3244;RBI=0.166495;REFB=0;REVB=0.132575;RO=0;SAF=98;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812067;OID=.;OPOS=2266799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:181:186:0:0:181:186:1:83:98:0:0:85:101:0:0 chr17 2266812 . T C 3087.12 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0931429;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.797;QD=61.7425;RBI=0.0988597;REFB=0;REVB=0.0331305;RO=0;SAF=108;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78512e-05;OID=.;OPOS=2266812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:200:200:1:92:108:0:0:92:108:0:0 chr17 2268311 . G A 2880.37 PASS AF=0.947115;AO=195;DP=207;FAO=197;FDP=208;FR=.;FRO=11;FSAF=101;FSAR=96;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0141728;FXX=0.00478446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.065;QD=55.3917;RBI=0.0376184;REFB=-0.0159355;REVB=0.0348464;RO=5;SAF=100;SAR=95;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013679;STB=0.507884;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000244693;OID=.;OPOS=2268311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:207:208:5:11:195:197:0.947115:95:100:4:1:96:101:4:7 chr17 2297571 . G A 1381.45 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0863607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9033;QD=61.3977;RBI=0.0863642;REFB=-0.141521;REVB=0.000784601;RO=1;SAF=26;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178761;STB=0.509432;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0015785;OID=.;OPOS=2297571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:63:26:1:0:63:26:1:0 chr17 2318550 . G C 1600.88 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.08;QD=58.2138;RBI=0.0162052;REFB=0;REVB=0.0128818;RO=0;SAF=31;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82367e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129483;OID=.;OPOS=2318550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:110:0:0:101:110:1:70:31:0:0:70:40:0:0 chr17 2606715 . G A 4190.97 PASS AF=1;AO=265;DP=265;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.755;QD=62.0885;RBI=0.0267065;REFB=0;REVB=-0.0234954;RO=0;SAF=134;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503187;OID=.;OPOS=2606715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:265:270:0:0:265:270:1:131:134:0:0:131:139:0:0 chr17 2868935 . T C 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0536453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.354;QD=55.2207;RBI=0.0542394;REFB=-0.0148753;REVB=0.00800575;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015982;STB=0.508472;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000398601;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:29:27:0:1:29:27:0:1 chr17 2883588 . C A 197.8 PASS AF=0.247934;AO=30;DP=121;FAO=30;FDP=121;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.0512937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8149;QD=6.53882;RBI=0.0520435;REFB=0.000393235;REVB=-0.00880254;RO=90;SAF=12;SAR=18;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289625;STB=0.512103;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00178087;OID=.;OPOS=2883588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:90:91:30:30:0.247934:18:12:34:56:18:12:35:56 chr17 2929392 . G A 730.79 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147542;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.804;QD=63.5473;RBI=0.0151444;REFB=0;REVB=-0.00341588;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8503e-05;OID=.;OPOS=2929392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr17 2929674 . T C 3128.54 PASS AF=1;AO=193;DP=198;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408482;FXX=0.0249988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.007;QD=64.1752;RBI=0.0427075;REFB=0;REVB=-0.0124644;RO=0;SAF=80;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68005e-05;OID=.;OPOS=2929674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:195:0:0:193:195:1:113:80:0:0:113:82:0:0 chr17 2930339 . G A 1166.32 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.548;QD=60.5881;RBI=0.0801277;REFB=0;REVB=-0.031097;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82791e-05;OID=.;OPOS=2930339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:50:24:0:0:50:27:0:0 chr17 2938715 . C G 179.35 PASS AF=0.252525;AO=25;DP=99;FAO=25;FDP=99;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0400477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.72;QD=7.24625;RBI=0.0432912;REFB=-0.00718531;REVB=-0.0164411;RO=74;SAF=15;SAR=10;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580844;STB=0.535241;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0215673;OID=.;OPOS=2938715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:74:74:25:25:0.252525:10:15:41:33:10:15:41:33 chr17 2940720 . C A 205.26 PASS AF=0.265487;AO=30;DP=114;FAO=30;FDP=113;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=62;FWDB=-0.0297943;FXX=0.0341851;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.45;QD=7.26567;RBI=0.0412594;REFB=-0.0101936;REVB=-0.0285419;RO=80;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311294;STB=0.681311;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0328118;OID=.;OPOS=2940720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:80:83:30:30:0.265487:15:15:20:60:15:15:21:62 chr17 2940759 . A G 1391.58 PASS AF=0.736486;AO=107;DP=147;FAO=109;FDP=148;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=73;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.000287826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.973;QD=37.6102;RBI=0.0246423;REFB=-0.0301515;REVB=-0.0246407;RO=39;SAF=35;SAR=72;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140927;STB=0.573412;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00906561;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:39:39:107:109:0.736486:72:35:23:16:73:36:23:16 chr17 3057413 . T C 887.68 PASS AF=1;AO=53;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.176737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.034;QD=58.2087;RBI=0.17828;REFB=0;REVB=0.0234102;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000876893;OID=.;OPOS=3057413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:53:61:1:31:22:0:0:31:30:0:0 chr17 3057511 . G T 746.66 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7518;QD=63.5456;RBI=0.0388534;REFB=0;REVB=0.0332713;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168205;OID=.;OPOS=3057511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr17 3100827 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.683;QD=61.3336;RBI=0.00516252;REFB=0;REVB=0.00202389;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04055e-06;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr17 3101076 . G C 1268.55 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00410912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.288;QD=60.4069;RBI=0.0133249;REFB=0.0172758;REVB=0.0126755;RO=1;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133394;STB=0.507041;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-2.9801e-05;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:35:48:0:1:35:48:0:1 chr17 3101578 . G T 1572.5 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.267;QD=62.9;RBI=0.0387823;REFB=0.0540139;REVB=-0.0249873;RO=1;SAF=48;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977988;STB=0.505154;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-9.20668e-05;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:51:48:1:0:51:48:1:0 chr17 3101691 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.851;QD=56.1916;RBI=0.00545846;REFB=0;REVB=0.00273905;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51513e-05;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr17 3181384 . C T 756.45 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.032908;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.146;QD=61.7515;RBI=0.0436318;REFB=0.110942;REVB=0.0286497;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.51219;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000280531;OID=.;OPOS=3181384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:48:48:0.979592:28:20:1:0:28:20:1:0 chr17 3195503 . C T 1880.11 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334149;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.933;QD=61.643;RBI=0.0334975;REFB=0;REVB=0.00235148;RO=0;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37531e-05;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:120:122:1:74:46:0:0:74:48:0:0 chr17 3214181 . T G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.053;QD=62.3484;RBI=0.0178252;REFB=0;REVB=-0.0170939;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72655e-05;OID=.;OPOS=3214181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr17 3300934 . A T 233.07 PASS AF=0.282051;AO=33;DP=117;FAO=33;FDP=117;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0513869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.047;QD=7.96815;RBI=0.0519249;REFB=-0.0148219;REVB=0.00745543;RO=82;SAF=14;SAR=19;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149637;STB=0.579879;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0310652;OID=.;OPOS=3300934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:82:84:33:33:0.282051:19:14:45:37:19:14:45:39 chr17 3301549 . G A 527.28 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0100173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.314;QD=27.3913;RBI=0.0164012;REFB=-0.0257493;REVB=-0.0129867;RO=29;SAF=24;SAR=24;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119177;STB=0.506491;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.017398;OID=.;OPOS=3301549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:29:48:48:0.623377:24:24:14:15:24:24:14:15 chr17 3337057 . A G 1208.9 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7853;QD=61.2102;RBI=0.0581396;REFB=0;REVB=-0.0569973;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188478;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr17 3343519 . T C 1163.07 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=4.39196e-05;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.249;QD=59.6444;RBI=0.000202459;REFB=-0.0506763;REVB=-0.000197638;RO=1;SAF=40;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116855;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000205513;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:37:40:1:0:37:40:1:0 chr17 3352294 . A G 1156.73 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190287;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.16;QD=60.8804;RBI=0.0203866;REFB=0;REVB=0.00731586;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29632e-05;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr17 3352331 . C T 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.518;QD=60.3748;RBI=0.0407444;REFB=0;REVB=0.00104502;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118652;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr17 3416555 . C A 80.04 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0744205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.373;QD=5.16399;RBI=0.0747059;REFB=-0.00612696;REVB=0.00652334;RO=49;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050126;STB=0.531867;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0273035;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:49:49:13:13:0.209677:8:5:17:32:8:5:17:32 chr17 3422032 . G A 1770.31 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00585418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.608;QD=60.0106;RBI=0.0117254;REFB=-0.136182;REVB=-0.0101594;RO=0;SAF=49;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15086e-08;STB=0.503649;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000155197;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:0:1:117:117:0.991525:68:49:0:0:68:49:0:1 chr17 3422073 . C T 688.0 PASS AF=0.601852;AO=64;DP=107;FAO=65;FDP=108;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0164861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9074;QD=25.4813;RBI=0.0197568;REFB=-0.0169532;REVB=-0.0108875;RO=42;SAF=30;SAR=34;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821552;STB=0.551333;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00898039;OID=.;OPOS=3422073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:42:43:64:65:0.601852:34:30:15:27:34:31:15:28 chr17 3422077 . G A 373.69 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0099772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8682;QD=13.5887;RBI=0.0164205;REFB=0.0162982;REVB=0.0130418;RO=66;SAF=16;SAR=28;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132803;STB=0.575308;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0286632;OID=.;OPOS=3422077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:44:44:0.4:28:16:32:34:28:16:32:34 chr17 3436080 . C T 1095.87 PASS AF=0.805556;AO=87;DP=108;FAO=87;FDP=108;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0130326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1721;QD=40.5878;RBI=0.0130929;REFB=0.0161023;REVB=-0.00125553;RO=21;SAF=28;SAR=59;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100171;STB=0.553458;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00383553;OID=.;OPOS=3436080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:21:21:87:87:0.805556:59:28:12:9:59:28:12:9 chr17 3445901 . T G 172.65 PASS AF=0.217054;AO=28;DP=129;FAO=28;FDP=129;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=-0.0179584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.293;QD=5.35351;RBI=0.0251195;REFB=-0.00317091;REVB=0.0175638;RO=101;SAF=9;SAR=19;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140772;STB=0.587681;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00981448;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:101:101:28:28:0.217054:19:9:43:58:19:9:43:58 chr17 3447914 . C T 392.05 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0423847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9091;QD=50.5872;RBI=0.06479;REFB=-0.0644997;REVB=-0.0490029;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619954;STB=0.53331;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0128718;OID=.;OPOS=3447914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:14:15:0:2:14:15:0:2 chr17 3458072 . T C 1810.28 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011272;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.605;QD=61.3655;RBI=0.0156091;REFB=0;REVB=-0.0107976;RO=0;SAF=68;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00366e-05;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:49:68:0:0:50:68:0:0 chr17 3475490 . C T 686.44 PASS AF=0.621359;AO=64;DP=103;FAO=64;FDP=103;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0244232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0233;QD=26.6579;RBI=0.026748;REFB=-0.0106191;REVB=-0.010907;RO=35;SAF=33;SAR=31;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093988;STB=0.530151;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0063303;OID=.;OPOS=3475490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:35:39:64:64:0.621359:31:33:13:22:31:33:17:22 chr17 3476990 . G A 541.16 PASS AF=0.723077;AO=47;DP=65;FAO=47;FDP=65;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00644453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0447;QD=33.3022;RBI=0.00959744;REFB=-0.0390827;REVB=0.00711188;RO=17;SAF=9;SAR=38;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339831;STB=0.513508;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0148231;OID=.;OPOS=3476990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:17:18:47:47:0.723077:38:9:4:13:38:9:4:14 chr17 3480910 . A G 789.34 PASS AF=0.835616;AO=61;DP=73;FAO=61;FDP=73;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0361258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188;QD=43.2512;RBI=0.0377319;REFB=-0.0127093;REVB=-0.0108915;RO=12;SAF=27;SAR=34;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871369;STB=0.546443;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00312127;OID=.;OPOS=3480910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:12:12:61:61:0.835616:34:27:2:10:34:27:2:10 chr17 3486702 . G A 111.29 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=54;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00554339;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.627;QD=7.80979;RBI=0.00562018;REFB=-0.00350719;REVB=-0.000925873;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251321;STB=0.503077;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0175054;OID=.;OPOS=3486702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:32:39:12:18:0.315789:7:5:14:18:11:7:15:24 chr17 3492201 . C T 200.64 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0317253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3168;QD=20.5786;RBI=0.059912;REFB=0.00269448;REVB=0.0508228;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178195;STB=0.614057;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00210286;OID=.;OPOS=3492201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:7:13:8:10:7:13:8:11 chr17 3514028 . G C 844.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7723;QD=57.2333;RBI=0.0327382;REFB=0;REVB=0.0222765;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20363e-06;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr17 3564401 . T G 1367.98 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00909979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.522;QD=60.1311;RBI=0.0438357;REFB=-0.0213617;REVB=0.0428808;RO=2;SAF=49;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00242264;STB=0.501378;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000493342;OID=.;OPOS=3564401;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:88:89:0.978022:39:49:1:1:39:50:1:1 chr17 3582954 . C T 3015.68 PASS AF=0.994764;AO=187;DP=188;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=109;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213184;FXX=0.0205118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.66;QD=63.1556;RBI=0.0416894;REFB=-0.0483956;REVB=0.0358265;RO=1;SAF=107;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442948;STB=0.502283;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=8.20915e-05;OID=.;OPOS=3582954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:188:191:1:1:187:190:0.994764:80:107:1:0:81:109:1:0 chr17 3594276 . TGG TG,T 875.72 PASS AF=1,0;AO=72,16;DP=92;FAO=90,0;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=70,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454325,-0.0238581;FXX=0.0217368;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=15.9344,8.39107;QD=38.9207;RBI=0.197035,0.104131;REFB=-0.00547099,-0.00822804;REVB=-0.191726,-0.101361;RO=1;SAF=19,0;SAR=53,16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00884155,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00297987,0;OID=.,.;OPOS=3594277,3594277;OREF=G,GG;OALT=-,-;OMAPALT=TG,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:72,16:92:90,0:90:0:20,0:70,0:0:0:13:1:19,0:53,16:0:1 chr17 3649214 . G A 1139.2 PASS AF=0.975;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00753985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0191;QD=56.9601;RBI=0.0603039;REFB=-0.103972;REVB=-0.0598306;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00407433;OID=.;OPOS=3649214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:0:2:77:78:0.975:30:47:0:0:30:48:2:0 chr17 3657159 . C T 2296.44 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.052;QD=62.9161;RBI=0.0176136;REFB=-0.00114285;REVB=0.0132686;RO=1;SAF=64;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590752;STB=0.503067;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-1.14901e-05;OID=.;OPOS=3657159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:146:1:1:144:145:0.993151:80:64:0:1:81:64:0:1 chr17 3657175 . T C 2220.18 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135606;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.951;QD=63.4338;RBI=0.0182276;REFB=0;REVB=-0.0121801;RO=0;SAF=61;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96222e-06;OID=.;OPOS=3657175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:140:0:0:139:140:1:78:61:0:0:78:62:0:0 chr17 3704385 . C T 241.8 PASS AF=0.222857;AO=39;DP=175;FAO=39;FDP=175;FR=.;FRO=136;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=78;FSRR=58;FWDB=0.0409202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.564;QD=5.52693;RBI=0.0506894;REFB=-0.00439294;REVB=-0.0299158;RO=135;SAF=25;SAR=14;SRF=77;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938285;STB=0.555184;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0174463;OID=.;OPOS=3704385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:135:136:39:39:0.222857:14:25:77:58:14:25:78:58 chr17 3775848 . T C 314.1 PASS AF=0.256983;AO=42;DP=176;FAO=46;FDP=179;FR=.;FRO=133;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=59;FSRR=74;FWDB=-0.00705414;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.266;QD=7.01902;RBI=0.0114909;REFB=-0.0122456;REVB=-0.00907089;RO=134;SAF=25;SAR=17;SRF=59;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193675;STB=0.58973;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0320355;OID=.;OPOS=3775848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:179:134:133:42:46:0.256983:17:25:59:75:20:26:59:74 chr17 3775916 . T C 267.92 PASS AF=0.246988;AO=37;DP=164;FAO=41;FDP=166;FR=.,HEALED;FRO=125;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=77;FWDB=0.0158553;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8558;QD=6.45593;RBI=0.0449068;REFB=-0.00746575;REVB=-0.0420147;RO=54;SAF=22;SAR=15;SRF=42;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21012;STB=0.630894;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0201573;OID=.;OPOS=3775916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:54:125:37:41:0.246988:15:22:42:12:18:23:48:77 chr17 3818788 . G A 1023.29 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.163;QD=59.3209;RBI=0.0255935;REFB=0;REVB=-0.0126671;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45718e-06;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr17 3818830 . A G 1227.44 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1717;QD=61.3719;RBI=0.0175382;REFB=0;REVB=0.0106865;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107435;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr17 3819002 . T C 226.79 PASS AF=0.448276;AO=20;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.0114361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.545;QD=15.6403;RBI=0.0140334;REFB=-0.022205;REVB=0.00813343;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366441;STB=0.58148;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0350059;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:32:20:26:0.448276:7:13:22:1:9:17:25:7 chr17 3828086 . C G 144.78 PASS AF=0.160428;AO=30;DP=183;FAO=30;FDP=187;FR=.;FRO=157;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=89;FSRR=68;FWDB=0.0267678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7813;QD=3.09699;RBI=0.0290092;REFB=-0.0223742;REVB=-0.0111812;RO=151;SAF=16;SAR=14;SRF=84;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296668;STB=0.528378;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.103426;OID=.;OPOS=3828086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:187:151:157:30:30:0.160428:14:16:84:67:14:16:89:68 chr17 3828702 . T C 937.73 PASS AF=0.707965;AO=80;DP=113;FAO=80;FDP=113;FR=.;FRO=33;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0114325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.964;QD=33.194;RBI=0.0134513;REFB=-0.0172734;REVB=0.00708777;RO=33;SAF=38;SAR=42;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711652;STB=0.538214;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00820614;OID=.;OPOS=3828702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:33:33:80:80:0.707965:42:38:20:13:42:38:20:13 chr17 3909404 . C A 1100.52 PASS AF=0.785714;AO=86;DP=111;FAO=88;FDP=112;FR=.;FRO=24;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0378257;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.483;QD=39.3043;RBI=0.068443;REFB=-0.0169148;REVB=0.0570409;RO=24;SAF=35;SAR=51;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735367;STB=0.538071;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00287257;OID=.;OPOS=3909404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:24:24:86:88:0.785714:51:35:14:10:52:36:14:10 chr17 3916823 . G A 467.33 PASS AF=0.784314;AO=39;DP=50;FAO=40;FDP=51;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00925613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.756;QD=36.653;RBI=0.0602103;REFB=-0.0278403;REVB=-0.0594946;RO=11;SAF=20;SAR=19;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607999;STB=0.534752;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00896407;OID=.;OPOS=3916823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:51:11:11:39:40:0.784314:19:20:4:7:19:21:4:7 chr17 3926110 . C G 342.47 PASS AF=0.583333;AO=32;DP=58;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0325742;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7063;QD=22.8315;RBI=0.0333339;REFB=-0.0252099;REVB=0.0070764;RO=25;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177945;STB=0.567529;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0217185;OID=.;OPOS=3926110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:25:25:32:35:0.583333:21:11:14:11:21:14:14:11 chr17 3947644 . T C 987.09 PASS AF=0.752294;AO=81;DP=108;FAO=82;FDP=109;FR=.;FRO=27;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0321771;FXX=0.0180164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0266;QD=36.2236;RBI=0.0376847;REFB=0.00334107;REVB=0.0196155;RO=27;SAF=39;SAR=42;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501567;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00130896;OID=.;OPOS=3947644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:27:27:81:82:0.752294:42:39:13:14:42:40:13:14 chr17 3953083 . T C 1472.82 PASS AF=0.772727;AO=118;DP=154;FAO=119;FDP=154;FR=.;FRO=35;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00467507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.717;QD=38.255;RBI=0.0058545;REFB=0.00730234;REVB=-0.00352404;RO=35;SAF=61;SAR=57;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256771;STB=0.512603;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00216816;OID=.;OPOS=3953083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:35:35:118:119:0.772727:57:61:16:19:58:61:16:19 chr17 3953102 . A G 1435.37 PASS AF=0.774648;AO=105;DP=138;FAO=110;FDP=142;FR=.;FRO=32;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00775703;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.47;QD=40.4328;RBI=0.0154498;REFB=-0.02492;REVB=0.0133613;RO=32;SAF=54;SAR=51;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336095;STB=0.516126;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00702174;OID=.;OPOS=3953102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:142:32:32:105:110:0.774648:51:54:14:18:54:56:14:18 chr17 3966064 . A G 1073.81 PASS AF=0.717742;AO=89;DP=124;FAO=89;FDP=124;FR=.;FRO=35;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0104714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.463;QD=34.639;RBI=0.0105861;REFB=-0.00248648;REVB=0.00155439;RO=35;SAF=46;SAR=43;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121371;STB=0.565014;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.001634;OID=.;OPOS=3966064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:35:35:89:89:0.717742:43:46:10:25:43:46:10:25 chr17 3981290 . A G 249.37 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00365231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.391;QD=33.2495;RBI=0.0112385;REFB=-0.0497494;REVB=-0.0106285;RO=8;SAF=11;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0175084;OID=.;OPOS=3981290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:11:11:4:4:11:11:4:4 chr17 4015997 . A G 421.83 PASS AF=0.842105;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0141322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.337;QD=44.4027;RBI=0.0159095;REFB=-0.0216876;REVB=0.00730696;RO=6;SAF=17;SAR=15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399218;STB=0.52151;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0036048;OID=.;OPOS=4015997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:6:6:32:32:0.842105:15:17:4:2:15:17:4:2 chr17 4058111 . T C 219.05 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0572703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.855;QD=11.6826;RBI=0.0621315;REFB=0.0132225;REVB=-0.024092;RO=47;SAF=16;SAR=11;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359458;STB=0.507687;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0303419;OID=.;OPOS=4058111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:11:16:28:19:11:16:29:19 chr17 4068153 . C T 1460.26 PASS AF=0.768707;AO=104;DP=137;FAO=113;FDP=147;FR=.;FRO=34;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0132831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.888;QD=39.7351;RBI=0.033689;REFB=-0.0218689;REVB=0.0309598;RO=31;SAF=45;SAR=59;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774991;STB=0.53454;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00624829;OID=.;OPOS=4068153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:147:31:34:104:113:0.768707:59:45:8:23:67:46:9:25 chr17 4088291 . C T 769.28 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.65;QD=56.9839;RBI=0.0510543;REFB=0;REVB=-0.0213552;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101123;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr17 4089699 . G A 297.67 PASS AF=0.862069;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0398837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0726;QD=41.0584;RBI=0.0421345;REFB=-0.1538;REVB=-0.013587;RO=4;SAF=11;SAR=13;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767789;STB=0.542902;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0211556;OID=.;OPOS=4089699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:29:4:4:24:25:0.862069:13:11:3:1:14:11:3:1 chr17 4098748 . G A 695.62 PASS AF=0.662921;AO=59;DP=89;FAO=59;FDP=89;FR=.;FRO=30;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0275961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.246;QD=31.2639;RBI=0.0282255;REFB=-0.00306338;REVB=0.00592699;RO=30;SAF=35;SAR=24;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594003;STB=0.532153;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00132976;OID=.;OPOS=4098748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:30:30:59:59:0.662921:24:35:15:15:24:35:15:15 chr17 4109722 . G A 2026.79 PASS AF=0.840659;AO=140;DP=170;FAO=153;FDP=182;FR=.;FRO=29;FSAF=64;FSAR=89;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0521307;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.133;QD=44.5449;RBI=0.0636646;REFB=-0.0370387;REVB=0.0365455;RO=30;SAF=53;SAR=87;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192564;STB=0.500738;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00588709;OID=.;OPOS=4109722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:182:30:29:140:153:0.840659:87:53:13:17:89:64:12:17 chr17 4440907 . A G 1494.11 PASS AF=0.786207;AO=113;DP=145;FAO=114;FDP=145;FR=.;FRO=31;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0590443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8222;QD=41.2168;RBI=0.0593216;REFB=-0.0134444;REVB=-0.00572942;RO=31;SAF=48;SAR=65;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506905;STB=0.52767;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00341763;OID=.;OPOS=4440907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:31:31:113:114:0.786207:65:48:17:14:66:48:17:14 chr17 4446457 . G A 106.15 PASS AF=0.18;AO=18;DP=100;FAO=18;FDP=100;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0218788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.491;QD=4.24601;RBI=0.0219012;REFB=-0.00526385;REVB=0.000990763;RO=82;SAF=11;SAR=7;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171254;STB=0.610988;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.024652;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:82:82:18:18:0.18:7:11:39:43:7:11:39:43 chr17 4453620 . T C 122.26 PASS AF=0.184874;AO=22;DP=119;FAO=22;FDP=119;FR=.;FRO=97;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.0133867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.228;QD=4.10957;RBI=0.0215939;REFB=-0.00537359;REVB=0.0169438;RO=96;SAF=12;SAR=10;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709785;STB=0.541247;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0214152;OID=.;OPOS=4453620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:96:97:22:22:0.184874:10:12:47:49:10:12:48:49 chr17 4455500 . T C 1512.82 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.304;QD=59.9138;RBI=0.0496658;REFB=0;REVB=-0.0194439;RO=0;SAF=34;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.22205e-05;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:67:34:0:0:67:34:0:0 chr17 4457580 . G A 181.49 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.00591872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2281;QD=24.1991;RBI=0.0244018;REFB=0.0151203;REVB=0.0236732;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192156;STB=0.605957;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00921131;OID=.;OPOS=4457580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:13:5:1:11:13:5:1:11 chr17 4461809 . AG A 42.52 PASS AF=0.287879;AO=15;DP=63;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=10;FWDB=-0.124443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.4394;QD=2.57709;RBI=0.291952;REFB=-0.0491755;REVB=-0.264101;RO=45;SAF=2;SAR=13;SRF=37;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.227976;SSSB=-0.720535;STB=0.891021;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.054066;OID=.;OPOS=4461810;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287879:15:63:19:66:47:3:16:37:10:42:45:2:13:37:8 chr17 4463023 . G A 3620.38 PASS AF=0.949612;AO=244;DP=262;FAO=245;FDP=258;FR=.;FRO=13;FSAF=128;FSAR=117;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0201242;FXX=0.0152666;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.371;QD=56.1299;RBI=0.0743513;REFB=-0.101804;REVB=-0.0715761;RO=12;SAF=127;SAR=117;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429296;STB=0.520263;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000617366;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:262:258:12:13:244:245:0.949612:117:127:12:0:117:128:12:1 chr17 4495740 . G A 1021.68 PASS AF=0.821782;AO=78;DP=101;FAO=83;FDP=101;FR=.;FRO=18;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0191293;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.914;QD=40.4624;RBI=0.210522;REFB=-0.0304868;REVB=0.209651;RO=23;SAF=38;SAR=40;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014724;STB=0.53724;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00751284;OID=.;OPOS=4495740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:23:18:78:83:0.821782:40:38:12:11:45:38:12:6 chr17 4497160 . T C 859.05 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271705;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.074;QD=57.2701;RBI=0.0387878;REFB=0;REVB=0.0276814;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395738;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:36:22:0:0:37:23:0:0 chr17 4545581 . C T 508.79 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.141108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.578;QD=56.5317;RBI=0.142763;REFB=-0.145265;REVB=0.0216745;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00118202;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:1:0:20:15:1:0 chr17 4575283 . A G 1401.31 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.602;QD=62.2804;RBI=0.00805795;REFB=0;REVB=0.00669752;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07769e-06;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:42:47:0:0:43:47:0:0 chr17 4620497 . C T 1120.14 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00529025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4316;QD=58.9549;RBI=0.0437219;REFB=-0.0711163;REVB=0.0434007;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.509088;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00927893;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:48:27:0:0:48:27:1:0 chr17 4622638 . C T 151.1 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0311053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.715;QD=8.39447;RBI=0.0447929;REFB=-0.0138386;REVB=0.0322314;RO=51;SAF=9;SAR=12;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00338978;STB=0.502022;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0325131;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:51:51:21:21:0.291667:12:9:22:29:12:9:22:29 chr17 4638484 . T C 145.76 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00556505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.795;QD=7.28799;RBI=0.043515;REFB=-0.00654054;REVB=-0.0431577;RO=59;SAF=14;SAR=7;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138062;STB=0.583988;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0192153;OID=.;OPOS=4638484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:59:59:21:21:0.2625:7:14:33:26:7:14:33:26 chr17 4638563 . G A 246.53 PASS AF=0.273438;AO=35;DP=128;FAO=35;FDP=128;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.0309278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.139;QD=7.70411;RBI=0.0323356;REFB=0.0078901;REVB=-0.00943728;RO=93;SAF=21;SAR=14;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244662;STB=0.514555;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0281284;OID=.;OPOS=4638563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:93:93:35:35:0.273438:14:21:54:39:14:21:54:39 chr17 4638737 . A G 124.74 PASS AF=0.19802;AO=20;DP=98;FAO=20;FDP=101;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.00255302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.73;QD=4.94001;RBI=0.0631869;REFB=-0.0163011;REVB=-0.0631353;RO=76;SAF=7;SAR=13;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159906;STB=0.588992;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0621184;OID=.;OPOS=4638737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:76:81:20:20:0.19802:13:7:36:40:13:7:37:44 chr17 4641755 . C T 129.9 PASS AF=0.171429;AO=24;DP=140;FAO=24;FDP=140;FR=.;FRO=116;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=-0.0287724;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=306.751;QD=3.71153;RBI=0.0288788;REFB=-0.00308659;REVB=-0.00247682;RO=115;SAF=10;SAR=14;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101246;STB=0.56932;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0152701;OID=.;OPOS=4641755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:115:116:24:24:0.171429:14:10:57:58:14:10:58:58 chr17 4649378 . T C 78.11 PASS AF=0.2;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.000302767;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8931;QD=4.80703;RBI=0.00560481;REFB=-0.00813934;REVB=0.00559663;RO=51;SAF=8;SAR=5;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156105;STB=0.607909;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0184775;OID=.;OPOS=4649378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:66:65:51:52:13:13:0.2:5:8:25:26:5:8:25:27 chr17 4684095 . G A 863.8 PASS AF=0.747253;AO=68;DP=91;FAO=68;FDP=91;FR=.;FRO=23;FSAF=51;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0156963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.578;QD=37.9694;RBI=0.0281281;REFB=0.0228236;REVB=0.0233414;RO=23;SAF=51;SAR=17;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334934;STB=0.51798;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00616849;OID=.;OPOS=4684095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:23:23:68:68:0.747253:17:51:16:7:17:51:16:7 chr17 4693054 . G A 1509.28 PASS AF=0.861538;AO=108;DP=130;FAO=112;FDP=130;FR=.;FRO=18;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.00809802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.878;QD=46.4394;RBI=0.0276735;REFB=-0.0621287;REVB=0.0264621;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.556154;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0189472;OID=.;OPOS=4693054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:130:130:0:18:108:112:0.861538:50:58:0:0:54:58:2:16 chr17 4693170 . T C 905.91 PASS AF=1;AO=58;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0771183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8953;QD=57.5183;RBI=0.0884374;REFB=0;REVB=0.043289;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.97549e-05;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:58:63:1:38:20:0:0:36:27:0:0 chr17 4693171 . G C 40.85 PASS AF=0.126984;AO=7;DP=62;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.00182323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2205;QD=2.59372;RBI=0.153738;REFB=-0.047644;REVB=0.153727;RO=55;SAF=7;SAR=0;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.689392;STB=0.902335;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0639241;OID=.;OPOS=4693171;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:62:63:55:55:7:8:0.126984:0:7:20:35:1:7:20:35 chr17 4701402 . C T 765.35 PASS AF=0.692308;AO=63;DP=91;FAO=63;FDP=91;FR=.;FRO=28;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0115512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.971;QD=33.6419;RBI=0.0118173;REFB=-0.0147748;REVB=-0.0024935;RO=28;SAF=34;SAR=29;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595846;STB=0.5321;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00727677;OID=.;OPOS=4701402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:28:28:63:63:0.692308:29:34:18:10:29:34:18:10 chr17 4712394 . GA G,GT 196.97 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=3,13;DP=17;FAO=1,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675461,0.0621205;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.619,204.181;QD=46.3457;RBI=0.0690609,0.0643338;REFB=0,0;REVB=0.0143851,0.0167296;RO=0;SAF=3,6;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0184959,0.0027939;OID=.,.;OPOS=4712395,4712395;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:3,13:17:1,16:17:0:1,9:0,7:0:0:4:0:3,6:0,7:0:0 chr17 4722133 . C G,T 244.73 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,17;DP=19;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236662,0.0209278;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.3468,118.424;QD=48.9452;RBI=0.0342232,0.0320082;REFB=0,0;REVB=-0.0247212,-0.0242189;RO=0;SAF=1,6;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00713711,0.000922688;OID=.,.;OPOS=4722133,4722133;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:19:20:0:0:2,17:2,18:0.1,0.9:1,11:1,6:0:0:1,12:1,6:0:0 chr17 4722876 . G A 499.54 PASS AF=0.721311;AO=43;DP=60;FAO=44;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00457119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.101;QD=32.757;RBI=0.0266359;REFB=-0.0160952;REVB=0.0262407;RO=16;SAF=14;SAR=29;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221662;STB=0.629799;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00691027;OID=.;OPOS=4722876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:16:17:43:44:0.721311:29:14:12:4:30:14:13:4 chr17 4793052 . C T 1107.5 PASS AF=0.733871;AO=90;DP=124;FAO=91;FDP=124;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=66;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0805396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5524;QD=35.7258;RBI=0.0983314;REFB=-0.0625611;REVB=0.056413;RO=33;SAF=25;SAR=65;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216819;STB=0.617041;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0232101;OID=.;OPOS=4793052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:33:33:90:91:0.733871:65:25:22:11:66:25:22:11 chr17 4796271 . C T 184.42 PASS AF=0.205479;AO=30;DP=146;FAO=30;FDP=146;FR=.;FRO=116;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=69;FSRR=47;FWDB=0.00967444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.361;QD=5.0525;RBI=0.0437767;REFB=-0.0111383;REVB=-0.0426943;RO=114;SAF=16;SAR=14;SRF=69;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929439;STB=0.549367;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0356849;OID=.;OPOS=4796271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:114:116:30:30:0.205479:14:16:69:45:14:16:69:47 chr17 4796274 . T C 2275.25 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000586068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.509;QD=62.3356;RBI=0.00341539;REFB=-0.0128707;REVB=0.00336473;RO=1;SAF=84;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562799;STB=0.502958;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-5.15815e-06;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:146:146:1:1:144:145:0.993151:60:84:1:0:61:84:1:0 chr17 4796286 . C T 2105.15 PASS AF=0.945578;AO=139;DP=148;FAO=139;FDP=147;FR=.;FRO=8;FSAF=76;FSAR=63;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0240521;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.039;QD=57.283;RBI=0.0314365;REFB=-0.110945;REVB=0.0202423;RO=7;SAF=76;SAR=63;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417976;STB=0.524996;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0012375;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:148:147:7:8:139:139:0.945578:63:76:7:0:63:76:8:0 chr17 4801163 . C A 613.14 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.034;QD=55.74;RBI=0.00347864;REFB=-0.0291786;REVB=0.00347864;RO=0;SAF=0;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16885e-05;OID=.;OPOS=4801163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:0:2:41:42:0.954545:41:0:0:0:42:0:0:2 chr17 4802317 . T C 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00189421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.064;QD=47.8797;RBI=0.0163747;REFB=-0.0303452;REVB=0.0162647;RO=2;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00834051;STB=0.504501;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00172414;OID=.;OPOS=4802317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:11:14:1:1:11:14:1:1 chr17 4849284 . G A 149.03 PASS AF=0.231579;AO=21;DP=94;FAO=22;FDP=95;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.112976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5652;QD=6.27498;RBI=0.124067;REFB=-0.00968962;REVB=0.0512753;RO=73;SAF=9;SAR=12;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500158;STB=0.523235;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0357592;OID=.;OPOS=4849284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:73:73:21:22:0.231579:12:9:31:42:12:10:31:42 chr17 4856376 . A G 107.78 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0181913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2183;QD=5.74816;RBI=0.0229146;REFB=-0.00449186;REVB=0.013934;RO=58;SAF=6;SAR=11;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323599;STB=0.699776;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0243075;OID=.;OPOS=4856376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:58:58:17:17:0.226667:11:6:36:22:11:6:36:22 chr17 4862645 . CAT C,CAC 418.46 PASS AF=0.690909,0.0181818;AO=33,6;DP=55;FAO=38,1;FDP=55;FR=.;FRO=16;FSAF=16,1;FSAR=22,0;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00547221,-0.103438;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=174.202,97.6266;QD=30.4337;RBI=0.0155576,0.103451;REFB=-0.091634,-0.0313487;REVB=-0.0145634,-0.00166673;RO=16;SAF=16,1;SAR=17,5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00906967,-0.416902;STB=0.523797,0.989595;STBP=0.668,0.473;TYPE=del,snp;VARB=0.0374456,0.169213;OID=.,.;OPOS=4862646,4862647;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.690909,0.0181818:33,6:55:38,1:55:16:16,1:22,0:8:8:99:16:16,1:17,5:8:8 chr17 4862810 . A C 36.69 PASS AF=0.117647;AO=12;DP=101;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=-0.0445239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7822;QD=1.43878;RBI=0.0479979;REFB=-0.012731;REVB=0.0179283;RO=81;SAF=12;SAR=0;SRF=24;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.754703;STB=0.934845;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.203268;OID=.;OPOS=4862810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:101:102:81:90:12:12:0.117647:0:12:24:57:1:11:33:57 chr17 4863410 . A G 649.81 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5085;QD=61.8864;RBI=0.0374229;REFB=0;REVB=-0.0357591;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349656;OID=.;OPOS=4863410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr17 4875566 . T C 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=0.00855845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.465;QD=5.12633;RBI=0.0110093;REFB=-0.00427165;REVB=0.00692514;RO=37;SAF=7;SAR=2;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615267;STB=0.540061;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0150671;OID=.;OPOS=4875566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:2:7:30:7:2:7:30:7 chr17 4883045 . C T 74.43 PASS AF=0.209677;AO=12;DP=59;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.0249609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.111;QD=4.8022;RBI=0.0447262;REFB=-0.00534907;REVB=-0.0371131;RO=42;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108206;STB=0.625776;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0375215;OID=.;OPOS=4883045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:62:42:49:12:13:0.209677:7:5:14:28:7:6:15:34 chr17 4883450 . T C 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00518373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.343;QD=38.2056;RBI=0.0159834;REFB=-0.0812133;REVB=0.0151194;RO=2;SAF=13;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147635;STB=0.581968;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00461958;OID=.;OPOS=4883450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:2:13:1:1:2:13:1:1 chr17 4883818 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.353;QD=39.2068;RBI=0.0199768;REFB=0;REVB=0.012245;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07114e-05;OID=.;OPOS=4883818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr17 4890932 . C A 296.99 PASS AF=0.240838;AO=46;DP=191;FAO=46;FDP=191;FR=.;FRO=145;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=75;FSRR=70;FWDB=0.0309277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.2595;QD=6.21962;RBI=0.0344602;REFB=-0.00489767;REVB=0.015198;RO=144;SAF=18;SAR=28;SRF=74;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155041;STB=0.596112;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0227686;OID=.;OPOS=4890932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:144:145:46:46:0.240838:28:18:74:70:28:18:75:70 chr17 4892176 . C G 320.77 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0456692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5838;QD=21.3849;RBI=0.0462152;REFB=-0.0266819;REVB=-0.00708274;RO=27;SAF=17;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574416;STB=0.531767;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0206062;OID=.;OPOS=4892176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:16:17:12:15:16:17:12:15 chr17 4904564 . T C 701.91 PASS AF=0.618557;AO=60;DP=100;FAO=60;FDP=97;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0283713;FXX=0.029997;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.806;QD=28.9448;RBI=0.028446;REFB=-0.00659788;REVB=0.00206108;RO=34;SAF=25;SAR=35;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762298;STB=0.527136;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00673341;OID=.;OPOS=4904564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:97:34:37:60:60:0.618557:35:25:18:16:35:25:18:19 chr17 4936336 . A T 1055.98 PASS AF=0.8125;AO=77;DP=95;FAO=78;FDP=96;FR=.;FRO=18;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00528641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.001;QD=43.999;RBI=0.0215977;REFB=-0.015037;REVB=0.0209408;RO=18;SAF=37;SAR=40;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266693;STB=0.512817;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00474629;OID=.;OPOS=4936336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:18:18:77:78:0.8125:40:37:10:8:40:38:10:8 chr17 4937575 . T C 339.91 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0414467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5746;QD=48.558;RBI=0.0422878;REFB=-0.00871489;REVB=-0.00839263;RO=2;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925505;STB=0.549961;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.000140351;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:9:17:0:2:9:17:0:2 chr17 4996915 . AC A 282.65 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.2;QD=47.109;RBI=0.030596;REFB=0;REVB=-0.0257195;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.56276e-05;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:24:24:0:12:12:0:0:4:0:12:11:0:0 chr17 4997039 . G C 803.36 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0993264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0289;QD=55.4043;RBI=0.113407;REFB=0.0591841;REVB=0.0547303;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0019938;OID=.;OPOS=4997039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:1:0:28:29:1:0 chr17 4997176 . C T 608.81 PASS AF=0.888889;AO=47;DP=53;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00449161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.898;QD=45.0973;RBI=0.0305473;REFB=-0.0273073;REVB=-0.0302152;RO=5;SAF=19;SAR=28;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072877;STB=0.52829;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00353234;OID=.;OPOS=4997176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:53:54:5:6:47:48:0.888889:28:19:4:1:28:20:4:2 chr17 4997433 . G A 124.14 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0390188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8178;QD=9.93104;RBI=0.0510999;REFB=-0.0175196;REVB=0.032996;RO=35;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229627;STB=0.637616;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0382421;OID=.;OPOS=4997433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:6:9:14:21:6:9:14:21 chr17 4997715 . A G 498.06 PASS AF=0.807692;AO=38;DP=48;FAO=42;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0546799;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.241;QD=38.3123;RBI=0.0549819;REFB=-0.0198282;REVB=-0.00575482;RO=9;SAF=17;SAR=21;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781354;STB=0.519222;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00360571;OID=.;OPOS=4997715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:48:52:9:10:38:42:0.807692:21:17:6:3:21:21:6:4 chr17 4997787 . A G 1083.62 PASS AF=0.961039;AO=73;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0430885;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.342;QD=56.292;RBI=0.0430886;REFB=0.0156627;REVB=9.64926e-05;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012613;STB=0.519475;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00100095;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:1:3:73:74:0.961039:37:36:0:1:37:37:0:3 chr17 4998030 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.099;QD=40.7629;RBI=0.0223555;REFB=0;REVB=-0.0210499;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303464;OID=.;OPOS=4998030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr17 4998228 . G C 800.69 PASS AF=0.752941;AO=64;DP=85;FAO=64;FDP=85;FR=.;FRO=21;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0609092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3413;QD=37.6797;RBI=0.0991826;REFB=-0.0291996;REVB=0.0782768;RO=17;SAF=35;SAR=29;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531723;STB=0.552683;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.013206;OID=.;OPOS=4998228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:17:21:64:64:0.752941:29:35:7:10:29:35:7:14 chr17 4998586 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.048;QD=57.2019;RBI=0.0167814;REFB=0;REVB=0.00327642;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106804;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr17 4998852 . G C 689.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.973;QD=62.6565;RBI=0.0400173;REFB=0;REVB=-0.0175082;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75692e-05;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:21:23:0:0 chr17 5015129 . C A 766.82 PASS AF=0.772152;AO=61;DP=80;FAO=61;FDP=79;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0335103;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.749;QD=38.8263;RBI=0.0496386;REFB=-0.0221125;REVB=0.0366204;RO=18;SAF=30;SAR=31;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978576;STB=0.552407;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00636216;OID=.;OPOS=5015129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:18:18:61:61:0.772152:31:30:13:5:31:30:13:5 chr17 5035657 . G T 931.36 PASS AF=0.695652;AO=79;DP=114;FAO=80;FDP=115;FR=.;FRO=35;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.0456081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.26;QD=32.3951;RBI=0.0503496;REFB=-0.0123114;REVB=0.0213303;RO=35;SAF=45;SAR=34;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119844;STB=0.565641;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00452961;OID=.;OPOS=5035657;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:35:35:79:80:0.695652:34:45:27:8:35:45:27:8 chr17 5036210 . TC GT 32.87 PASS AF=0.0849057;AO=9;DP=108;FAO=9;FDP=106;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=60;FWDB=-0.0379605;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=2;MLLD=134.579;QD=1.24042;RBI=0.0505335;REFB=-0.0012375;REVB=-0.0333562;RO=94;SAF=5;SAR=4;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195927;STB=0.655414;STBP=0.39;TYPE=mnp;VARB=0.00879642;OID=.;OPOS=5036210;OREF=TC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:108:106:94:97:9:9:0.0849057:4:5:36:58:4:5:37:60 chr17 5036214 . C T 32.47 PASS AF=0.0849057;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=106;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=60;FWDB=-0.0337397;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.286;QD=1.22526;RBI=0.0340918;REFB=-0.000912138;REVB=0.00488746;RO=94;SAF=5;SAR=4;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18357;STB=0.655414;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.105448;OID=.;OPOS=5036214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:106:94:97:9:9:0.0849057:4:5:37:57:4:5:37:60 chr17 5036224 . C G 43.58 PASS AF=0.0990991;AO=11;DP=111;FAO=11;FDP=111;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=60;FWDB=-0.029071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.517;QD=1.57043;RBI=0.0330947;REFB=-0.00220302;REVB=-0.0158156;RO=100;SAF=5;SAR=6;SRF=40;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656804;STB=0.549911;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0210018;OID=.;OPOS=5036224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:111:111:100:100:11:11:0.0990991:6:5:40:60:6:5:40:60 chr17 5036274 . C A 57.73 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.016216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.042;QD=2.53763;RBI=0.0164862;REFB=0.00243982;REVB=0.00297254;RO=79;SAF=5;SAR=7;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796977;STB=0.556283;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0143845;OID=.;OPOS=5036274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:79:79:12:12:0.131868:7:5:38:41:7:5:38:41 chr17 5036281 . G C 66.2 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0220269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.167;QD=2.97548;RBI=0.0237543;REFB=0.00109515;REVB=-0.00889278;RO=75;SAF=6;SAR=7;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230417;STB=0.510401;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00480205;OID=.;OPOS=5036281;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:75:76:13:13:0.146067:7:6:36:39:7:6:36:40 chr17 5039138 . C T 549.18 PASS AF=0.653333;AO=49;DP=75;FAO=49;FDP=75;FR=.;FRO=26;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0450561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7458;QD=29.2894;RBI=0.0450747;REFB=0.003791;REVB=-0.00129381;RO=26;SAF=35;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744852;STB=0.540524;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.000938112;OID=.;OPOS=5039138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:26:26:49:49:0.653333:14:35:16:10:14:35:16:10 chr17 5042422 . G A 73.41 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.00193033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.958;QD=4.44939;RBI=0.0575197;REFB=-0.011483;REVB=-0.0574873;RO=50;SAF=2;SAR=11;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306858;STB=0.68943;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0435755;OID=.;OPOS=5042422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:66:66:50:53:13:13:0.19697:11:2:17:33:11:2:17:36 chr17 5042715 . G A 540.16 PASS AF=0.620253;AO=48;DP=78;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0237432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.147;QD=27.3499;RBI=0.0592757;REFB=-0.012435;REVB=0.0543127;RO=30;SAF=23;SAR=25;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108464;STB=0.554388;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00855934;OID=.;OPOS=5042715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:30:30:48:49:0.620253:25:23:19:11:25:24:19:11 chr17 5042837 . C T 1786.09 PASS AF=0.727723;AO=147;DP=202;FAO=147;FDP=202;FR=.;FRO=55;FSAF=85;FSAR=62;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0125639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.632;QD=35.3681;RBI=0.0125948;REFB=0.00515001;REVB=0.000882187;RO=52;SAF=85;SAR=62;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956164;STB=0.553889;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00177809;OID=.;OPOS=5042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:52:55:147:147:0.727723:62:85:20:32:62:85:21:34 chr17 5042894 . T C 3595.04 PASS AF=1;AO=227;DP=227;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166328;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.433;QD=63.0709;RBI=0.0320006;REFB=0;REVB=0.0273385;RO=0;SAF=117;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29332e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48596e-05;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:228:0:0:227:228:1:110:117:0:0:110:118:0:0 chr17 5051848 . T C 1660.62 PASS AF=0.851064;AO=120;DP=141;FAO=120;FDP=141;FR=.;FRO=21;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0155607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.366;QD=47.1099;RBI=0.0344068;REFB=-0.0257633;REVB=0.030687;RO=21;SAF=64;SAR=56;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107596;STB=0.505702;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00303352;OID=.;OPOS=5051848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:21:21:120:120:0.851064:56:64:12:9:56:64:12:9 chr17 5072333 . T G 320.2 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0628826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.944;QD=40.0244;RBI=0.0674867;REFB=-0.0224929;REVB=-0.0244997;RO=6;SAF=7;SAR=19;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277057;STB=0.515049;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00499608;OID=.;OPOS=5072333;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:6:6:26:26:0.8125:19:7:2:4:19:7:2:4 chr17 5084763 . G A 959.28 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507992;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.446;QD=59.0328;RBI=0.00822541;REFB=0;REVB=0.0064693;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100028;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr17 5085649 . C T 372.93 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.000236561;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.801;QD=20.1582;RBI=0.0285896;REFB=-0.0129314;REVB=0.0285886;RO=36;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115735;OID=.;OPOS=5085649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:36:36:38:38:0.513514:19:19:18:18:19:19:18:18 chr17 5280440 . T C 83.82 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0137469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8392;QD=4.85902;RBI=0.0269327;REFB=0.00156431;REVB=0.0231601;RO=55;SAF=7;SAR=7;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242418;STB=0.651977;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.0057875;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:69:55:55:14:14:0.202899:7:7:38:17:7:7:38:17 chr17 5284698 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.787;QD=54.5165;RBI=0.0306561;REFB=0;REVB=0.0253066;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114246;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr17 5284719 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121;QD=53.9111;RBI=0.0386158;REFB=0;REVB=0.0262306;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248523;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr17 5284770 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.413;QD=57.2026;RBI=0.0335419;REFB=0;REVB=-0.0281405;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60976e-05;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr17 5287297 . AG A 700.47 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.4535;QD=48.3086;RBI=0.243586;REFB=0;REVB=-0.218154;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00684167;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:58:58:58:0:28:30:0:0:12:0:28:26:0:0 chr17 5288760 . A G 513.44 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.249;QD=58.6792;RBI=0.130867;REFB=0;REVB=0.00505195;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120867;OID=.;OPOS=5288760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:30:35:1:18:12:0:0:18:17:0:0 chr17 5288769 . CA C 526.22 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3456;QD=58.4685;RBI=0.0381654;REFB=0;REVB=-0.0212976;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.73909e-05;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:36:36:36:0:18:18:0:0:4:1:18:17:0:1 chr17 5288794 . G C 474.18 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2936;QD=57.4759;RBI=0.104638;REFB=0;REVB=-0.0983662;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0019896;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:28:33:1:12:16:0:0:17:16:0:0 chr17 5289580 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.957;QD=59.1424;RBI=0.020497;REFB=0;REVB=0.00496367;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84216e-05;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:34:33:0:0 chr17 5290033 . T C 931.94 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9237;QD=58.2463;RBI=0.0685805;REFB=0;REVB=-0.0612804;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000951862;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:41:22:0:0:41:23:0:0 chr17 5290703 . G A 1526.1 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.273;QD=63.5874;RBI=0.0169865;REFB=0;REVB=0.0118498;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0708e-06;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:47:47:0:0:49:47:0:0 chr17 5294976 . T A 1140.76 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033734;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.351;QD=60.8407;RBI=0.00776434;REFB=0;REVB=-0.00699322;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156738;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:33:41:0:0:33:42:0:0 chr17 5308377 . C T 137.45 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00164556;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.235;QD=7.1401;RBI=0.00929198;REFB=-0.00300606;REVB=0.00914511;RO=56;SAF=7;SAR=13;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206708;STB=0.63193;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00857092;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:56:57:20:20:0.25974:13:7:29:27:13:7:30:27 chr17 5326089 . C T 205.08 PASS AF=0.287234;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0164421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.55;QD=8.72666;RBI=0.023727;REFB=-0.0158547;REVB=-0.0171064;RO=66;SAF=11;SAR=16;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147253;STB=0.582217;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0434354;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:66:67:27:27:0.287234:16:11:35:31:16:11:35:32 chr17 5326145 . C G 103.73 PASS AF=0.202381;AO=17;DP=84;FAO=17;FDP=84;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0417552;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.45;QD=4.93947;RBI=0.0435832;REFB=0.00856957;REVB=0.0124903;RO=66;SAF=5;SAR=12;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176295;STB=0.608162;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0356497;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:66:67:17:17:0.202381:12:5:28:38:12:5:28:39 chr17 5326162 . G A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.995;QD=60.7156;RBI=0.0534774;REFB=0;REVB=-0.00248871;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013979;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr17 5334850 . G A 95.32 PASS AF=0.197531;AO=16;DP=81;FAO=16;FDP=81;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0314121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7423;QD=4.70733;RBI=0.0371227;REFB=0.00426142;REVB=-0.0197832;RO=65;SAF=6;SAR=10;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130142;STB=0.58349;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0170765;OID=.;OPOS=5334850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:81:81:65:65:16:16:0.197531:10:6:31:34:10:6:31:34 chr17 5334873 . GA G 59.44 PASS AF=0.206897;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0746054;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.7531;QD=2.73281;RBI=0.137487;REFB=-0.0189829;REVB=-0.115485;RO=68;SAF=8;SAR=10;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329929;STB=0.515447;STBP=0.896;TYPE=del;VARB=0.0531246;OID=.;OPOS=5334874;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897:18:89:18:87:69:8:10:32:37:59:68:8:10:32:36 chr17 5347576 . G A 83.8 PASS AF=0.152381;AO=16;DP=104;FAO=16;FDP=105;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0312484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9363;QD=3.19232;RBI=0.0316739;REFB=-0.00277072;REVB=-0.00517427;RO=87;SAF=11;SAR=5;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311254;STB=0.707348;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0130604;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:104:105:87:89:16:16:0.152381:5:11:38:49:5:11:39:50 chr17 5356913 . C T 594.24 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.593;QD=60.9474;RBI=0.0140976;REFB=0;REVB=0.00301693;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16572e-05;OID=.;OPOS=5356913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:13:25:0:0:14:25:0:0 chr17 5393461 . T C 132.4 PASS AF=0.205882;AO=21;DP=102;FAO=21;FDP=102;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=0.00600969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8328;QD=5.19197;RBI=0.0367488;REFB=-0.00863606;REVB=0.0362541;RO=80;SAF=7;SAR=14;SRF=25;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299857;STB=0.522367;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0355187;OID=.;OPOS=5393461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:80:81:21:21:0.205882:14:7:25:55:14:7:25:56 chr17 5393524 . A G 667.91 PASS AF=0.753425;AO=56;DP=74;FAO=55;FDP=73;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00555679;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.35;QD=36.5976;RBI=0.012801;REFB=0.00820892;REVB=0.011532;RO=18;SAF=14;SAR=42;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800253;STB=0.541834;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00230937;OID=.;OPOS=5393524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:18:18:56:55:0.753425:42:14:7:11:41:14:7:11 chr17 5393784 . T TTTAA 112.57 PASS AF=0.290909;AO=14;DP=57;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00864717;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=257.368;QD=8.18671;RBI=0.0169381;REFB=-0.013245;REVB=-0.0145645;RO=41;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189571;STB=0.64687;STBP=0.182;TYPE=ins;VARB=0.0344643;OID=.;OPOS=5393785;OREF=-;OALT=TTAA;OMAPALT=TTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290909:14:57:16:55:39:5:11:20:19:99:41:5:9:21:20 chr17 5404011 . T C 414.98 PASS AF=0.308989;AO=53;DP=176;FAO=55;FDP=178;FR=.;FRO=123;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=0.0103264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.707;QD=9.32545;RBI=0.0131709;REFB=0.000325089;REVB=-0.00817554;RO=120;SAF=17;SAR=36;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240202;STB=0.645929;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000434593;OID=.;OPOS=5404011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:120:123:53:55:0.308989:36:17:62:58:38:17:63:60 chr17 5404062 . C T 639.51 PASS AF=0.675;AO=54;DP=83;FAO=54;FDP=80;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0501983;FXX=0.0697593;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.66;QD=31.9756;RBI=0.0502551;REFB=-0.00676529;REVB=-0.00238996;RO=25;SAF=23;SAR=31;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163975;STB=0.579429;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00635442;OID=.;OPOS=5404062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:25:26:54:54:0.675:31:23:4:21:31:23:5:21 chr17 5418107 . G A 155.77 PASS AF=0.208;AO=26;DP=126;FAO=26;FDP=125;FR=.;FRO=99;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.0225929;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.787;QD=4.98469;RBI=0.0242133;REFB=-0.00467289;REVB=0.00870887;RO=97;SAF=14;SAR=12;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682079;STB=0.55033;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0164865;OID=.;OPOS=5418107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:97:99:26:26:0.208:12:14:47:50:12:14:47:52 chr17 5418799 . G A 98.3 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0165094;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.291;QD=5.04095;RBI=0.0502797;REFB=-0.00326272;REVB=-0.0474919;RO=61;SAF=5;SAR=11;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151942;STB=0.591895;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0144936;OID=.;OPOS=5418799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:77:78:61:62:16:16:0.205128:11:5:26:35:11:5:26:36 chr17 5424886 . G A 125.54 PASS AF=0.2;AO=20;DP=100;FAO=20;FDP=100;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0185787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7118;QD=5.0217;RBI=0.0755974;REFB=0.00520892;REVB=0.073279;RO=80;SAF=9;SAR=11;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125698;STB=0.579444;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0180871;OID=.;OPOS=5424886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:80:80:20:20:0.2:11:9:44:36:11:9:44:36 chr17 5425077 . T C 1262.52 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00048847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.516;QD=61.5861;RBI=0.0419692;REFB=0;REVB=0.0419663;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37012e-05;OID=.;OPOS=5425077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr17 5440197 . T C 134.75 PASS AF=0.186047;AO=24;DP=127;FAO=24;FDP=129;FR=.;FRO=105;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=44;FWDB=-0.0121705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.978;QD=4.17836;RBI=0.0405002;REFB=-0.00136843;REVB=-0.0386283;RO=103;SAF=13;SAR=11;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401499;STB=0.532347;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00498041;OID=.;OPOS=5440197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:103:105:24:24:0.186047:11:13:59:44:11:13:61:44 chr17 5487164 . C G 2952.38 PASS AF=0.770764;AO=232;DP=303;FAO=232;FDP=301;FR=.;FRO=69;FSAF=117;FSAR=115;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0137066;FXX=0.00660044;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7485;QD=39.2343;RBI=0.0706985;REFB=0.00976151;REVB=0.0693571;RO=67;SAF=117;SAR=115;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427446;STB=0.522574;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.00286405;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:301:67:69:232:232:0.770764:115:117:27:40:115:117:28:41 chr17 5991344 . C T 1491.66 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.645;QD=63.4748;RBI=0.0604954;REFB=0;REVB=0.0378477;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171325;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:40:54:0:0:40:54:0:0 chr17 6014176 . A G 1320.45 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.836;QD=62.139;RBI=0.0926633;REFB=0;REVB=-0.0883308;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129249;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:40:45:0:0:40:45:0:0 chr17 6330068 . T C 64.35 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.0182776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.077;QD=3.47851;RBI=0.0305631;REFB=-0.00692466;REVB=-0.0244955;RO=59;SAF=2;SAR=10;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211695;STB=0.678671;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0295812;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:59:62:12:12:0.162162:10:2:17:42:10:2:20:42 chr17 6331803 . T C 235.82 PASS AF=0.289474;AO=32;DP=114;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.0781048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0215;QD=8.27433;RBI=0.0790968;REFB=-0.000592229;REVB=0.0124875;RO=81;SAF=13;SAR=19;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321257;STB=0.528036;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00304894;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:81:81:32:33:0.289474:19:13:35:46:20:13:35:46 chr17 6353679 . A C 1062.35 PASS AF=0.936709;AO=74;DP=79;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0219575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.841;QD=53.7901;RBI=0.0285794;REFB=-0.0194526;REVB=0.0182935;RO=3;SAF=38;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132722;STB=0.505478;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000434678;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:79:79:3:5:74:74:0.936709:36:38:1:2:36:38:3:2 chr17 6364753 . A G 2533.22 PASS AF=1;AO=143;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467085;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.888;QD=61.7859;RBI=0.0648721;REFB=0;REVB=-0.045019;RO=0;SAF=74;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42731e-05;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:164:0:0:143:164:1:69:74:0:0:72:92:0:0 chr17 6381939 . G A 675.55 PASS AF=0.736842;AO=56;DP=76;FAO=56;FDP=76;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00233191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.482;QD=35.5553;RBI=0.00965169;REFB=0.00398292;REVB=0.00936576;RO=20;SAF=24;SAR=32;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142991;STB=0.50769;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00128992;OID=.;OPOS=6381939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:20:20:56:56:0.736842:32:24:8:12:32:24:8:12 chr17 6483046 . T C 2375.3 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131879;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.042;QD=61.2982;RBI=0.0133125;REFB=0;REVB=-0.00181704;RO=0;SAF=62;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404744;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:93:62:0:0:93:62:0:0 chr17 6493198 . T C 3485.74 PASS AF=1;AO=218;DP=221;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2073;QD=62.2453;RBI=0.0139711;REFB=0;REVB=-0.0132927;RO=0;SAF=127;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.33194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1288e-05;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:224:0:0:218:224:1:91:127:0:0:94:130:0:0 chr17 6511781 . A G 1492.03 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.963;QD=63.4907;RBI=0.011189;REFB=0;REVB=0.00992917;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22977e-05;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:45:47:0:0:47:47:0:0 chr17 6515387 . A G 2335.19 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290387;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.832;QD=63.9779;RBI=0.0329538;REFB=0;REVB=0.015579;RO=0;SAF=73;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30584e-05;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:145:146:1:72:73:0:0:72:74:0:0 chr17 6515454 . C T 1167.74 PASS AF=1;AO=66;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.098;QD=59.8839;RBI=0.00752736;REFB=0;REVB=0.00582484;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18394e-05;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:66:78:1:33:33:0:0:44:34:0:0 chr17 6531648 . A G 4167.33 PASS AF=1;AO=265;DP=265;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.59;QD=62.6667;RBI=0.0295562;REFB=0;REVB=-0.0108931;RO=0;SAF=118;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.89399e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45698e-05;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:265:266:0:0:265:266:1:147:118:0:0:148:118:0:0 chr17 6546259 . T C 946.98 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0213219;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.065;QD=55.7048;RBI=0.0217026;REFB=-0.114407;REVB=0.00404759;RO=2;SAF=26;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00615971;STB=0.503261;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000471479;OID=.;OPOS=6546259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:40:26:1:1:40:26:1:1 chr17 6556022 . A G 1230.92 PASS AF=0.796748;AO=93;DP=118;FAO=98;FDP=123;FR=.;FRO=25;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0185786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.721;QD=40.0299;RBI=0.0194282;REFB=-0.00793927;REVB=0.00568238;RO=25;SAF=51;SAR=42;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591456;STB=0.530817;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00233221;OID=.;OPOS=6556022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:123:25:25:93:98:0.796748:42:51:10:15:44:54:10:15 chr17 6556194 . T TAGAAG 534.88 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0102793;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=5;MLLD=281.21;QD=23.2556;RBI=0.0110661;REFB=-0.00671476;REVB=0.00409812;RO=44;SAF=25;SAR=25;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579609;STB=0.52173;STBP=0.653;TYPE=ins;VARB=0.00595296;OID=.;OPOS=6556195;OREF=-;OALT=AGAAG;OMAPALT=TAGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.543478:50:95:50:92:42:25:25:19:23:99:44:25:25:19:25 chr17 6556326 . G A 687.78 PASS AF=0.707317;AO=56;DP=80;FAO=58;FDP=82;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-5.66964e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.191;QD=33.5504;RBI=0.0193929;REFB=-0.00855295;REVB=-0.0193929;RO=23;SAF=26;SAR=30;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310989;STB=0.510123;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00346032;OID=.;OPOS=6556326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:23:24:56:58:0.707317:30:26:12:11:31:27:12:12 chr17 6556538 . G C 1601.78 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3571;QD=59.8796;RBI=0.0745108;REFB=0;REVB=-0.00592851;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314899;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:105:107:1:46:59:0:0:46:61:0:0 chr17 6556541 . A T 1563.74 PASS AF=0.973214;AO=107;DP=112;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0360964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.345;QD=55.8478;RBI=0.0443334;REFB=-0.0365281;REVB=0.0257392;RO=3;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312605;STB=0.506993;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.000460208;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:112:112:3:3:107:109:0.973214:44:63:0:3:45:64:1:2 chr17 6558768 . C T 529.8 PASS AF=0.948718;AO=34;DP=37;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0378219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.717;QD=54.3388;RBI=0.0404053;REFB=-0.0901817;REVB=0.014216;RO=2;SAF=23;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389367;STB=0.519221;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.019624;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:39:2:2:34:37:0.948718:11:23:2:0:12:25:2:0 chr17 6607435 . G A 1048.55 PASS AF=0.779817;AO=84;DP=108;FAO=85;FDP=109;FR=.;FRO=24;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00144171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.345;QD=38.479;RBI=0.00536377;REFB=0.01557;REVB=0.00516638;RO=24;SAF=34;SAR=50;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407626;STB=0.522722;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00521779;OID=.;OPOS=6607435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:24:24:84:85:0.779817:50:34:12:12:51:34:12:12 chr17 6665512 . C A 346.25 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00844521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.77;QD=32.2094;RBI=0.0160179;REFB=-0.00659086;REVB=0.0136107;RO=14;SAF=7;SAR=22;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223046;STB=0.512187;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00377013;OID=.;OPOS=6665512;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:22:7:3:11:22:7:3:11 chr17 6683215 . C T 435.89 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00352015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.2233;QD=54.4856;RBI=0.0164056;REFB=-0.141479;REVB=0.0160234;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345339;STB=0.518507;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00192356;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:13:18:0:1:13:18:0:1 chr17 6690161 . C T 1594.84 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8733;QD=63.7937;RBI=0.0398682;REFB=0;REVB=-0.0146904;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21191e-05;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:44:55:0:0:45:55:0:0 chr17 6716242 . G A 1246.04 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.885;QD=61.533;RBI=0.0107931;REFB=0;REVB=0.00888177;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13935e-06;OID=.;OPOS=6716242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr17 6733672 . T C 2093.11 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00299824;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2043;QD=62.0181;RBI=0.093277;REFB=-0.0994672;REVB=0.0932288;RO=0;SAF=53;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90283e-08;STB=0.503067;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00139738;OID=.;OPOS=6733672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:135:0:1:134:134:0.992593:81:53:0:0:81:53:0:1 chr17 6899559 . C G 923.46 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0220574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7199;QD=56.828;RBI=0.0519144;REFB=-0.0855338;REVB=-0.0469956;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.506171;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.000295646;OID=.;OPOS=6899559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:40:24:0:0:40:24:0:1 chr17 6904934 . A G 1458.29 PASS AF=0.9375;AO=103;DP=113;FAO=105;FDP=112;FR=.;FRO=7;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0166258;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.204;QD=52.0817;RBI=0.0399941;REFB=0.0331273;REVB=0.0363746;RO=6;SAF=54;SAR=49;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498548;STB=0.520918;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00170531;OID=.;OPOS=6904934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:113:112:6:7:103:105:0.9375:49:54:6:0:50:55:6:1 chr17 6913652 . G A 1056.66 PASS AF=0.849462;AO=77;DP=93;FAO=79;FDP=93;FR=.;FRO=14;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.01804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.753;QD=45.4476;RBI=0.0587058;REFB=-0.0294192;REVB=0.0558653;RO=16;SAF=31;SAR=46;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518202;STB=0.516959;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00732905;OID=.;OPOS=6913652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:93:93:16:14:77:79:0.849462:46:31:4:12:48:31:4:10 chr17 6919093 . T C 845.93 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00074924;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.324;QD=57.3515;RBI=0.0262132;REFB=0;REVB=0.0262025;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251325;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr17 6928018 . TC AG,TCCAG 203.85 PASS AF=0,0.875;AO=3,11;DP=20;FAO=0,21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=0,13;FSAR=0,8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0649594,-0.0268866;FXX=0.0768935;HRUN=1,2;LEN=2,3;MLLD=200.219,81.8738;QD=33.9752;RBI=0.118415,0.139122;REFB=-0.105062,-0.264282;REVB=0.0990071,0.1365;RO=0;SAF=0,9;SAR=3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.537154;STBP=1,0.364;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.0555414;OID=.,.;OPOS=6928018,6928020;OREF=TC,-;OALT=AG,CAG;OMAPALT=AG,TCCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:20:24:0:3:3,11:0,21:0,0.875:3,2:0,9:0:0:0,8:0,13:1:2 chr17 6929924 . T C 1488.16 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.269;QD=63.326;RBI=0.0472297;REFB=0;REVB=-0.0347244;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.95088e-05;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:49:43:0:0:50:44:0:0 chr17 6931174 . GCT G 349.86 PASS AF=0.674419;AO=28;DP=45;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00770145;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.764;QD=32.5452;RBI=0.0143218;REFB=-0.0355717;REVB=0.0120748;RO=14;SAF=7;SAR=21;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133462;STB=0.576557;STBP=0.184;TYPE=del;VARB=0.018559;OID=.;OPOS=6931175;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.674419:28:45:29:43:14:7:22:6:8:99:14:7:21:6:8 chr17 6943266 . G A 140.55 PASS AF=0.238636;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.130139;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.371;QD=6.38841;RBI=0.1305;REFB=0.00296629;REVB=0.00970116;RO=67;SAF=14;SAR=7;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254316;STB=0.656338;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0207674;OID=.;OPOS=6943266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:67:67:21:21:0.238636:7:14:31:36:7:14:31:36 chr17 6979179 . A G 602.19 PASS AF=0.654321;AO=50;DP=78;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00697035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.986;QD=29.7379;RBI=0.0165837;REFB=-0.0142283;REVB=-0.0150477;RO=28;SAF=20;SAR=30;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195666;STB=0.501897;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00989207;OID=.;OPOS=6979179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:28:28:50:53:0.654321:30:20:12:16:30:23:12:16 chr17 6981353 . G C 922.71 PASS AF=0.747573;AO=77;DP=105;FAO=77;FDP=103;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0035602;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.478;QD=35.8335;RBI=0.0183843;REFB=-0.0354191;REVB=0.0180363;RO=26;SAF=29;SAR=48;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349322;STB=0.518694;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0128669;OID=.;OPOS=6981353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:26:26:77:77:0.747573:48:29:8:18:48:29:8:18 chr17 6981397 . A G 1038.94 PASS AF=0.735043;AO=86;DP=117;FAO=86;FDP=117;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.00819517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.961;QD=35.5192;RBI=0.00969509;REFB=-0.0205376;REVB=-0.00518014;RO=31;SAF=30;SAR=56;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502839;STB=0.526895;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00691569;OID=.;OPOS=6981397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:31:31:86:86:0.735043:56:30:8:23:56:30:8:23 chr17 7011129 . C T 53.98 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0189879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1758;QD=3.32162;RBI=0.0190685;REFB=-0.00399314;REVB=-0.00175089;RO=55;SAF=6;SAR=4;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0248946;OID=.;OPOS=7011129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:65:55:55:10:10:0.153846:4:6:33:22:4:6:33:22 chr17 7120419 . C T 2117.19 PASS AF=1;AO=79;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547011;FXX=0.0205465;HRUN=7;LEN=1;MLLD=30.8474;QD=59.2221;RBI=0.0981722;REFB=0;REVB=0.0815203;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169749;OID=.;OPOS=7120419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:79:143:1:48:31:0:0:74:69:0:0 chr17 7128727 . C T 955.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.86;QD=58.7731;RBI=0.0634045;REFB=0;REVB=-0.0167393;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69975e-05;OID=.;OPOS=7128727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr17 7132556 . C T 1498.94 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.92;QD=63.1131;RBI=0.0356214;REFB=0;REVB=-0.00762034;RO=0;SAF=34;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83634e-05;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:60:34:0:0:60:35:0:0 chr17 7134129 . A G 1376.69 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0762066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9085;QD=62.577;RBI=0.0906672;REFB=0;REVB=-0.0491232;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000666402;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr17 7154534 . G A 2476.77 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.4;QD=61.5346;RBI=0.0288848;REFB=0;REVB=0.0141776;RO=0;SAF=68;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44857e-05;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:155:161:0:0:155:161:1:87:68:0:0:89:72:0:0 chr17 7158203 . T G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0953417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.443;QD=37.4864;RBI=0.0978249;REFB=0;REVB=-0.0219013;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105915;OID=.;OPOS=7158203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr17 7163723 . A C 1047.65 PASS AF=1;AO=62;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244343;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.014;QD=59.8656;RBI=0.0411979;REFB=0;REVB=0.0331698;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216814;OID=.;OPOS=7163723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:62:70:1:41:21:0:0:41:29:0:0 chr17 7163739 . A C,G 1097.29 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=3,71;DP=74;FAO=2,72;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=2,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375332,0.00122019;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.1918,205.392;QD=59.3128;RBI=0.0251481,0.00838558;REFB=0,0;REVB=-0.0248664,-0.00829634;RO=0;SAF=0,28;SAR=3,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.30751e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.019422,0.000295889;OID=.,.;OPOS=7163739,7163739;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:74:74:0:0:3,71:2,72:0.027027,0.972973:3,43:0,28:0:0:2,44:0,28:0:0 chr17 7185788 . T C 1677.94 PASS AF=0.982759;AO=107;DP=108;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.046646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.485;QD=57.86;RBI=0.0471355;REFB=-0.0151428;REVB=0.00677511;RO=1;SAF=35;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065473;STB=0.506409;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000773703;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:116:1:2:107:114:0.982759:72:35:0:1:77:37:0:2 chr17 7187123 . T C,G 1005.71 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=66,3;DP=69;FAO=66,3;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=33,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121298,-0.00753346;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.98,119.283;QD=58.3018;RBI=0.0373683,0.01106;REFB=0,0;REVB=0.0353448,-0.00809761;RO=0;SAF=33,0;SAR=33,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00186929,0.238757;OID=.,.;OPOS=7187123,7187123;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:69:69:0:0:66,3:66,3:0.956522,0.0434783:33,3:33,0:0:0:33,3:33,0:0:0 chr17 7213560 . C G 403.82 PASS AF=0.744186;AO=32;DP=43;FAO=32;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0354714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.613;QD=37.5642;RBI=0.0380884;REFB=-0.0144097;REVB=0.0138748;RO=10;SAF=19;SAR=13;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488849;STB=0.511339;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00660296;OID=.;OPOS=7213560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:10:11:32:32:0.744186:13:19:7:3:13:19:7:4 chr17 7213694 . C A 616.15 PASS AF=0.772727;AO=51;DP=67;FAO=51;FDP=66;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0181887;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.856;QD=37.3424;RBI=0.0202079;REFB=-0.00704283;REVB=-0.00880531;RO=14;SAF=19;SAR=32;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112287;STB=0.568949;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00241401;OID=.;OPOS=7213694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:67:66:14:15:51:51:0.772727:32:19:9:5:32:19:10:5 chr17 7213773 . GGT G 36.51 PASS AF=0.235294;AO=6;DP=31;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0201984;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=279.176;QD=4.29524;RBI=0.0511024;REFB=-0.013763;REVB=0.0469412;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484322;STB=0.821806;STBP=0.085;TYPE=del;VARB=0.033406;OID=.;OPOS=7213774;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:6:31:8:34:26:5:3:4:22:36:18:3:3:2:16 chr17 7216540 . G A 60.87 PASS AF=0.209302;AO=7;DP=41;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0207558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.141;QD=5.66233;RBI=0.0268388;REFB=-0.00182138;REVB=-0.0170152;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316367;STB=0.589958;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00704013;OID=.;OPOS=7216540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:43:33:34:7:9:0.209302:4:3:15:18:6:3:15:19 chr17 7217463 . T C 448.4 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=62;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0067989;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.078;QD=29.403;RBI=0.0068861;REFB=-0.0230663;REVB=-0.00109242;RO=20;SAF=17;SAR=24;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112694;STB=0.56126;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00635192;OID=.;OPOS=7217463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:20:20:41:41:0.672131:24:17:12:8:24:17:12:8 chr17 7219230 . A G 1123.67 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3562;QD=59.929;RBI=0.0418414;REFB=0;REVB=0.00263347;RO=0;SAF=30;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327459;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:44:30:0:0:45:30:0:0 chr17 7221385 . G A 1542.4 PASS AF=0.955357;AO=107;DP=112;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00752503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.064;QD=55.0858;RBI=0.0321956;REFB=-0.146117;REVB=0.0313039;RO=4;SAF=38;SAR=69;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00786249;STB=0.502183;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00111553;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:112:112:4:5:107:107:0.955357:69:38:1:3:69:38:2:3 chr17 7230845 . G T 256.02 PASS AF=0.724138;AO=14;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00292986;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.356;QD=35.3132;RBI=0.00348648;REFB=-0.00108335;REVB=0.00188983;RO=5;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119729;STB=0.565154;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00430345;OID=.;OPOS=7230845;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:29:29:5:6:14:21:0.724138:9:5:3:2:13:8:4:2 chr17 7292107 . G A 2058.25 PASS AF=0.985294;AO=132;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0123824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.492;QD=60.5367;RBI=0.0125114;REFB=-0.129256;REVB=0.00179194;RO=1;SAF=85;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555951;STB=0.502406;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000369684;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:1:2:132:134:0.985294:47:85:1:0:47:87:1:1 chr17 7318396 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.158;QD=63.3366;RBI=0.0294064;REFB=0;REVB=0.000987861;RO=0;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116821;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:40:53:0:0:40:53:0:0 chr17 7318935 . C T 2456.8 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.762;QD=61.4201;RBI=0.0343622;REFB=0;REVB=0.0210705;RO=0;SAF=71;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3399e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.46846e-06;OID=.;OPOS=7318935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:89:71:0:0:89:71:0:0 chr17 7330168 . GC G 130.06 PASS AF=0.95;AO=4;DP=31;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.263473;FXX=0.354724;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.255;QD=26.0118;RBI=0.263621;REFB=-0.0647923;REVB=0.00883617;RO=4;SAF=4;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.381818;SSSB=0;STB=0.545405;STBP=0.15;TYPE=del;VARB=0.0556709;OID=.;OPOS=7330169;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:4:31:19:20:1:14:5:0:1:6:4:4:0:4:0 chr17 7363088 . T C 90.99 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.011272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.175;QD=8.27214;RBI=0.0129745;REFB=-0.0154779;REVB=-0.00642498;RO=32;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135193;STB=0.583194;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0264931;OID=.;OPOS=7363088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:44:32:32:12:12:0.272727:5:7:15:17:5:7:15:17 chr17 7363474 . C G 52.4 PASS AF=0.175;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=40;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=31;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.00195008;FXX=0.0243843;HRUN=7;LEN=1;MLLD=364.483;QD=5.23999;RBI=0.00772029;REFB=-0.000954286;REVB=-0.00746995;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117113;STB=0.615011;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00341496;OID=.;OPOS=7363474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:41:40:20:31:7:7:0.175:6:1:4:16:6:1:7:24 chr17 7366651 . C G 45.9 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0181333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.632;QD=3.33786;RBI=0.0575188;REFB=-0.0067644;REVB=-0.0545857;RO=45;SAF=7;SAR=1;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339875;STB=0.772196;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0572026;OID=.;OPOS=7366651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:45:47:8:8:0.145455:1:7:30:15:1:7:30:17 chr17 7385454 . G A 187.21 PASS AF=0.239669;AO=29;DP=121;FAO=29;FDP=121;FR=.;FRO=92;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.0128771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.338;QD=6.18894;RBI=0.013588;REFB=-0.0102941;REVB=0.00433763;RO=91;SAF=18;SAR=11;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159012;STB=0.592999;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.027356;OID=.;OPOS=7385454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:91:92:29:29:0.239669:11:18:45:46:11:18:46:46 chr17 7386055 . C T 3737.17 PASS AF=0.97561;AO=240;DP=248;FAO=240;FDP=246;FR=.;FRO=6;FSAF=96;FSAR=144;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.015316;FXX=0.00806419;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.675;QD=60.7671;RBI=0.0153368;REFB=-0.115119;REVB=-0.000799036;RO=2;SAF=96;SAR=144;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00164034;STB=0.506756;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000324957;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:248:246:2:6:240:240:0.97561:144:96:1:1:144:96:4:2 chr17 7386279 . TG CA 1744.1 PASS AF=0.983051;AO=115;DP=120;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0466817;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=2;MLLD=149.159;QD=59.1219;RBI=0.046742;REFB=-0.00193582;REVB=0.00237276;RO=2;SAF=68;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306382;STB=0.501505;STBP=0.851;TYPE=mnp;VARB=-0.000363749;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:118:2:2:115:116:0.983051:47:68:1:1:48:68:1:1 chr17 7400137 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.491;QD=58.4197;RBI=0.0442725;REFB=0;REVB=0.0417972;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127762;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr17 7402600 . T C 834.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.332;QD=57.5351;RBI=0.031242;REFB=0;REVB=0.0193068;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023701;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr17 7404107 . T C 1977.8 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458275;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7674;QD=61.8062;RBI=0.0103602;REFB=0;REVB=-0.0092915;RO=1;SAF=56;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840988;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107573;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:1:0:127:128:1:71:56:1:0:71:57:0:0 chr17 7404991 . T C 1822.3 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7683;QD=61.2537;RBI=0.035638;REFB=0;REVB=0.0292956;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79018e-05;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:65:54:0:0:65:54:0:0 chr17 7405937 . C T 143.39 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0131419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.718;QD=8.43453;RBI=0.0211614;REFB=0.00195102;REVB=-0.0165861;RO=48;SAF=17;SAR=3;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329966;STB=0.702243;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00498604;OID=.;OPOS=7405937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:3:17:31:17:3:17:31:17 chr17 7412403 . T C 214.85 PASS AF=0.195767;AO=37;DP=189;FAO=37;FDP=189;FR=.;FRO=152;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=68;FSRR=84;FWDB=0.00652957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9331;QD=4.54706;RBI=0.074905;REFB=-0.00226911;REVB=-0.0746198;RO=151;SAF=12;SAR=25;SRF=67;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16108;STB=0.604537;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00784753;OID=.;OPOS=7412403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:151:152:37:37:0.195767:25:12:67:84:25:12:68:84 chr17 7416683 . A G 396.69 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440424;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.742;QD=56.6705;RBI=0.0873906;REFB=0;REVB=0.0754809;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366458;OID=.;OPOS=7416683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr17 7417086 . G A 145.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0058;QD=44.6755;RBI=0.0329585;REFB=0;REVB=-0.0329585;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134643;OID=.;OPOS=7417086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr17 7460517 . G C 150.41 PASS AF=0.23913;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00338776;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1032;QD=6.5394;RBI=0.0427882;REFB=-0.00236108;REVB=-0.0426539;RO=70;SAF=8;SAR=14;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154617;STB=0.584443;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0137508;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:70:70:22:22:0.23913:14:8:34:36:14:8:33:37 chr17 7460559 . T G 1122.54 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.897;QD=59.8688;RBI=0.0343447;REFB=0;REVB=0.0296925;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140967;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:31:42:0:0:33:42:0:0 chr17 7462969 . A G 1641.8 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.211;QD=60.2496;RBI=0.00562696;REFB=0;REVB=0.00512259;RO=0;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45279e-06;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:54:55:0:0:54:55:0:0 chr17 7470285 . CA C 1337.72 PASS AF=1;AO=113;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.3688;QD=42.133;RBI=0.027179;REFB=-0.0347574;REVB=-0.00449734;RO=1;SAF=44;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106686;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00245472;OID=.;OPOS=7470286;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:113:125:127:127:0:47:80:0:0:23:1:44:69:1:0 chr17 7475159 . A T 219.53 PASS AF=0.369863;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0184843;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.285;QD=12.0292;RBI=0.0233182;REFB=-0.00109916;REVB=-0.0142151;RO=49;SAF=2;SAR=24;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.566757;STB=0.824771;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00212311;OID=.;OPOS=7475159;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:49:46:26:27:0.369863:24:2:21:28:25:2:18:28 chr17 7477938 . G C 1549.18 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.191;QD=63.8838;RBI=0.0129546;REFB=0;REVB=-0.000691987;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41681e-05;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chr17 7479892 . C T 1298.05 PASS AF=0.717105;AO=109;DP=153;FAO=109;FDP=152;FR=.;FRO=43;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0382423;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9906;QD=34.1593;RBI=0.0499267;REFB=-0.00348573;REVB=0.0320968;RO=43;SAF=62;SAR=47;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193626;STB=0.510363;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00128041;OID=.;OPOS=7479892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:43:43:109:109:0.717105:47:62:26:17:47:62:26:17 chr17 7482125 . A G 586.28 PASS AF=0.813559;AO=48;DP=59;FAO=48;FDP=59;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.094916;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4564;QD=39.7479;RBI=0.097763;REFB=-0.0292823;REVB=-0.0234212;RO=11;SAF=24;SAR=24;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158026;STB=0.508471;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00657059;OID=.;OPOS=7482125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:11:11:48:48:0.813559:24:24:6:5:24:24:6:5 chr17 7490379 . G C 63.36 PASS AF=0.473684;AO=5;DP=16;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0187061;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=108.801;QD=13.3383;RBI=0.0962329;REFB=-0.00413617;REVB=0.0943973;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.708019;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0421318;OID=.;OPOS=7490379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:16:19:5:10:5:9:0.473684:0:5:5:0:2:7:10:0 chr17 7530271 . C T 134.13 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0114339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.835;QD=9.4126;RBI=0.0136677;REFB=0.000214712;REVB=-0.00748825;RO=39;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036651;STB=0.521715;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.000591056;OID=.;OPOS=7530271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:11:7:14:25:11:7:14:25 chr17 7557419 . A G 1477.69 PASS AF=0.989583;AO=91;DP=94;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000666431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.173;QD=61.5703;RBI=0.00846897;REFB=0.0615831;REVB=0.00844271;RO=1;SAF=42;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111524;STB=0.505746;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.000116669;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:96:1:1:91:95:0.989583:49:42:1:0:52:43:1:0 chr17 7572314 . G T 503.7 PASS AF=0.76;AO=38;DP=50;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00382479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.165;QD=40.2961;RBI=0.0178421;REFB=-0.0254957;REVB=-0.0174273;RO=12;SAF=12;SAR=26;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507225;STB=0.527432;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00931951;OID=.;OPOS=7572314;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:12:12:38:38:0.76:26:12:5:7:26:12:5:7 chr17 7577094 . G A 452.17 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0180692;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.92;QD=21.7915;RBI=0.0181075;REFB=-0.0203118;REVB=0.00117597;RO=39;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15773;STB=0.586918;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0161789;OID=.;OPOS=7577094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:39:39:44:44:0.53012:24:20:25:14:24:20:25:14 chr17 7578115 . T C 508.4 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0051474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.5;QD=56.4893;RBI=0.00584429;REFB=-0.0772403;REVB=-0.00276767;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.512813;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000891044;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:16:18:1:0:16:19:1:0 chr17 7579472 . G C 914.83 PASS AF=0.860759;AO=62;DP=73;FAO=68;FDP=79;FR=.;FRO=11;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00135929;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.645;QD=46.3204;RBI=0.0112709;REFB=-0.048322;REVB=0.0111887;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.550024;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00450532;OID=.;OPOS=7579472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:73:79:0:11:62:68:0.860759:33:29:0:0:38:30:1:10 chr17 7579800 . T TC 261.01 PASS AF=1;AO=3;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336387;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.3382;QD=49.7159;RBI=0.0336387;REFB=0;REVB=0;RO=19;SAF=3;SAR=0;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000357237;OID=.;OPOS=7579801;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:22:21:21:0:21:0:0:0:4:19:3:0:19:0 chr17 7579801 . G C 203.68 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0103776;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.1394;QD=38.796;RBI=0.0103776;REFB=-0.139365;REVB=0;RO=3;SAF=18;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00659634;OID=.;OPOS=7579801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:0:18:3:0:0:18:3:0 chr17 7613765 . G A 178.78 PASS AF=0.235294;AO=28;DP=119;FAO=28;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.0313788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4339;QD=6.00947;RBI=0.0313988;REFB=0.00676402;REVB=-0.00112034;RO=91;SAF=11;SAR=17;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108459;STB=0.50662;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0184337;OID=.;OPOS=7613765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:91:91:28:28:0.235294:17:11:35:56:17:11:35:56 chr17 7673605 . A G 69.29 PASS AF=0.147368;AO=12;DP=94;FAO=14;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.00751095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.484;QD=2.9176;RBI=0.0169084;REFB=-0.00394043;REVB=0.0151486;RO=81;SAF=6;SAR=6;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14569;STB=0.540316;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0244602;OID=.;OPOS=7673605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:94:95:81:81:12:14:0.147368:6:6:31:50:8:6:31:50 chr17 7673928 . C G 807.09 PASS AF=0.666667;AO=72;DP=108;FAO=72;FDP=108;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0295353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.7116;QD=29.8924;RBI=0.0349425;REFB=-0.0273742;REVB=0.018672;RO=36;SAF=31;SAR=41;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087341;STB=0.504713;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00938819;OID=.;OPOS=7673928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:36:36:72:72:0.666667:41:31:16:20:41:31:16:20 chr17 7681412 . C G 1085.96 PASS AF=0.831579;AO=79;DP=96;FAO=79;FDP=95;FR=.;FRO=16;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0149348;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9871;QD=45.7247;RBI=0.0244661;REFB=0.0101164;REVB=-0.0193788;RO=16;SAF=42;SAR=37;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692742;STB=0.536875;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00166908;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:96:95:16:16:79:79:0.831579:37:42:5:11:37:42:5:11 chr17 7722047 . C A 2583.65 PASS AF=0.705085;AO=208;DP=296;FAO=208;FDP=295;FR=.;FRO=87;FSAF=102;FSAR=106;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=0.00637992;FXX=0.00673378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.126;QD=35.0325;RBI=0.0133096;REFB=-0.00961005;REVB=0.0116809;RO=85;SAF=102;SAR=106;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00202875;STB=0.501141;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00371709;OID=.;OPOS=7722047;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:295:85:87:208:208:0.705085:106:102:42:43:106:102:43:44 chr17 7750232 . T C 324.54 PASS AF=0.83871;AO=23;DP=28;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00561447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.986;QD=41.8758;RBI=0.129251;REFB=-0.0421191;REVB=0.129129;RO=5;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091928;STB=0.537247;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00223825;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:28:31:5:5:23:26:0.83871:12:11:1:4:15:11:1:4 chr17 7751388 . C A 1018.29 PASS AF=0.720339;AO=85;DP=119;FAO=85;FDP=118;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=73;FSRF=3;FSRR=30;FWDB=-0.0172571;FXX=0.00840265;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.978;QD=34.5182;RBI=0.017278;REFB=-0.0138287;REVB=0.000849292;RO=30;SAF=12;SAR=73;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428119;STB=0.530238;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00492849;OID=.;OPOS=7751388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:30:33:85:85:0.720339:73:12:3:27:73:12:3:30 chr17 7751751 . C T 252.08 PASS AF=0.71875;AO=22;DP=31;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0340641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.358;QD=31.5104;RBI=0.0643481;REFB=-0.0186336;REVB=0.0545923;RO=9;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230625;STB=0.609871;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0145684;OID=.;OPOS=7751751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:31:32:9:9:22:23:0.71875:16:6:6:3:16:7:6:3 chr17 7760704 . A G 2315.01 PASS AF=0.730924;AO=179;DP=247;FAO=182;FDP=249;FR=.;FRO=67;FSAF=79;FSAR=103;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0385619;FXX=0.00399984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.783;QD=37.1889;RBI=0.0385625;REFB=0.00410694;REVB=-0.000218537;RO=67;SAF=77;SAR=102;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629397;STB=0.532083;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00144676;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:249:67:67:179:182:0.730924:102:77:37:30:103:79:37:30 chr17 7761926 . C T 90.7 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0795912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.222;QD=8.06183;RBI=0.0802023;REFB=-0.000989482;REVB=0.00988147;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117165;STB=0.57237;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00698545;OID=.;OPOS=7761926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:5:7:16:17:5:7:16:17 chr17 7843053 . C T 359.33 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.206;QD=55.281;RBI=0.132842;REFB=0;REVB=0.0314301;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170754;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:17:6:0:0:17:9:0:0 chr17 7847955 . C A 340.61 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6854;QD=54.4974;RBI=0.027537;REFB=0;REVB=-0.0176593;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40979e-05;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:24:1:0:0:24:1:0:0 chr17 7849087 . C G 2196.27 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1283;QD=63.2019;RBI=0.0228404;REFB=0;REVB=-0.0182939;RO=0;SAF=55;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55853e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012854;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:84:55:0:0:84:55:0:0 chr17 7906519 . G T 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5275;QD=57.1019;RBI=0.0292539;REFB=0;REVB=0.000565849;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314878;OID=.;OPOS=7906519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr17 7942901 . C G 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0193015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.993;QD=9.33499;RBI=0.0194864;REFB=-0.00137782;REVB=-0.00267762;RO=31;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29551;STB=0.677706;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00440138;OID=.;OPOS=7942901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:5:8:11:20:5:8:11:20 chr17 7951819 . A G 212.79 PASS AF=0.204545;AO=37;DP=178;FAO=36;FDP=176;FR=.;FRO=140;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=66;FSRR=74;FWDB=0.00776275;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.788;QD=4.83621;RBI=0.0222613;REFB=-0.000660418;REVB=-0.020864;RO=141;SAF=13;SAR=24;SRF=65;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144708;STB=0.614108;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00314779;OID=.;OPOS=7951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:141:140:37:36:0.204545:24:13:65:76:24:12:66:74 chr17 7979986 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 158.05 PASS AF=0.508333,0.0166667;AO=48,5;DP=124;FAO=61,2;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=30,2;FSAR=31,0;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0197046,-0.0562007;FXX=0.0322555;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.34952,18.5217;QD=5.26835;RBI=0.0760171,0.0899052;REFB=-0.143669,-0.0746381;REVB=0.0734189,0.0701743;RO=50;SAF=22,5;SAR=26,0;SRF=18;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0919961,0.644328;STB=0.534213,0.995627;STBP=0.476,0.114;TYPE=del,mnp;VARB=0.161437,0.0315638;OID=.,.;OPOS=7979987,7979993;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.508333,0.0166667:48,5:124:61,2:120:57:30,2:31,0:24:33:99:50:22,5:26,0:18:32 chr17 7983681 . G A 218.24 PASS AF=0.223684;AO=34;DP=150;FAO=34;FDP=152;FR=.;FRO=118;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=-0.0535332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9297;QD=5.74321;RBI=0.0535796;REFB=-0.00391302;REVB=-0.00222936;RO=116;SAF=20;SAR=14;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133483;STB=0.588183;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0115325;OID=.;OPOS=7983681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:116:118:34:34:0.223684:14:20:56:60:14:20:56:62 chr17 7983799 . A G 252.63 PASS AF=0.246667;AO=36;DP=150;FAO=37;FDP=150;FR=.;FRO=113;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=-0.0149698;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.843;QD=6.7368;RBI=0.015625;REFB=-0.00958084;REVB=0.00447735;RO=114;SAF=22;SAR=14;SRF=51;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204367;STB=0.613673;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0197323;OID=.;OPOS=7983799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:114:113:36:37:0.246667:14:22:51:63:15:22:50:63 chr17 7983969 . G C 375.91 PASS AF=0.264423;AO=55;DP=210;FAO=55;FDP=208;FR=.;FRO=153;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=73;FSRR=80;FWDB=-0.0509056;FXX=0.00952336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.778;QD=7.22894;RBI=0.0573188;REFB=-0.00632887;REVB=-0.0263453;RO=152;SAF=26;SAR=29;SRF=72;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00118844;STB=0.503242;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0205909;OID=.;OPOS=7983969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:208:152:153:55:55:0.264423:29:26:72:80:29:26:73:80 chr17 7999957 . G A 150.94 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=51;FSRR=17;FWDB=0.00378579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0226;QD=6.70834;RBI=0.0334654;REFB=-0.00490121;REVB=0.0332506;RO=68;SAF=20;SAR=2;SRF=51;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355797;STB=0.727707;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0190578;OID=.;OPOS=7999957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:68:68:22:22:0.244444:2:20:51:17:2:20:51:17 chr17 8022065 . G A 125.13 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.011354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.455;QD=8.34165;RBI=0.0122396;REFB=-0.00567536;REVB=0.00457106;RO=42;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278738;STB=0.516648;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0211429;OID=.;OPOS=8022065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:9:9:20:22:9:9:20:22 chr17 8023057 . A C 445.55 PASS AF=0.714286;AO=39;DP=55;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0011358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.785;QD=31.8251;RBI=0.00691515;REFB=-0.0173075;REVB=-0.00682123;RO=16;SAF=27;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788643;STB=0.545059;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00463557;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:16:16:39:40:0.714286:12:27:9:7:12:28:9:7 chr17 8023059 . A C 473.86 PASS AF=0.724138;AO=42;DP=58;FAO=42;FDP=58;FR=.;FRO=16;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00552237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.413;QD=32.6798;RBI=0.0355825;REFB=-0.0213813;REVB=0.0351513;RO=16;SAF=30;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090599;STB=0.549109;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00782818;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:16:16:42:42:0.724138:12:30:9:7:12:30:9:7 chr17 8023143 . G A 684.79 PASS AF=0.777778;AO=52;DP=68;FAO=56;FDP=72;FR=.;FRO=16;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00460045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.65;QD=38.0438;RBI=0.00474842;REFB=0.0209863;REVB=0.00117616;RO=15;SAF=35;SAR=17;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303255;STB=0.510866;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00392606;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:15:16:52:56:0.777778:17:35:10:5:20:36:11:5 chr17 8024237 . T C 1337.77 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2757;QD=62.2217;RBI=0.0302861;REFB=0;REVB=-0.0166258;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131733;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:56:28:0:0:57:29:0:0 chr17 8026364 . C T 903.56 PASS AF=0.210454;AO=154;DP=726;FAO=153;FDP=727;FR=.;FRO=574;FSAF=84;FSAR=69;FSRF=245;FSRR=329;FWDB=0.0232235;FXX=0.00137361;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.494;QD=4.97145;RBI=0.0394139;REFB=-0.0112073;REVB=-0.0318453;RO=572;SAF=84;SAR=70;SRF=244;SRR=328;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152751;STB=0.595573;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0591098;OID=.;OPOS=8026364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:726:727:572:574:154:153:0.210454:70:84:244:328:69:84:245:329 chr17 8047081 . G A 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=1;FWDB=-0.0241252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.79;QD=4.46074;RBI=0.0245095;REFB=-0.0146148;REVB=0.00432293;RO=25;SAF=5;SAR=1;SRF=24;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402587;STB=0.743118;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0643179;OID=.;OPOS=8047081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:1:5:24:1:1:5:24:1 chr17 8048169 . T C 214.86 PASS AF=0.251969;AO=32;DP=127;FAO=32;FDP=127;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=66;FSRR=29;FWDB=0.0137784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0374;QD=6.76729;RBI=0.014856;REFB=-0.0146967;REVB=0.00555494;RO=95;SAF=23;SAR=9;SRF=66;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360343;STB=0.521777;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0344344;OID=.;OPOS=8048169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:95:95:32:32:0.251969:9:23:66:29:9:23:66:29 chr17 8062583 . A G 274.28 PASS AF=0.258278;AO=38;DP=151;FAO=39;FDP=151;FR=.;FRO=112;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=83;FSRR=29;FWDB=0.0145175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.462;QD=7.26571;RBI=0.0187822;REFB=0.00213108;REVB=0.011917;RO=112;SAF=28;SAR=10;SRF=83;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681125;STB=0.521561;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00721474;OID=.;OPOS=8062583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:112:112:38:39:0.258278:10:28:83:29:11:28:83:29 chr17 8064083 . T G 95.47 PASS AF=0.0971223;AO=22;DP=280;FAO=27;FDP=278;FR=.,HEALED;FRO=249;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=170;FSRR=79;FWDB=-0.0152257;FXX=0.021126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.084;QD=1.37371;RBI=0.0287537;REFB=-0.00448322;REVB=-0.0243917;RO=194;SAF=21;SAR=1;SRF=136;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468726;STB=0.838188;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0350627;OID=.;OPOS=8064083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:280:278:194:249:22:27:0.0971223:1:21:136:58:2:25:170:79 chr17 8076778 . C T 79.45 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0298271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.734;QD=5.04474;RBI=0.0413985;REFB=-0.00287713;REVB=-0.0287086;RO=49;SAF=8;SAR=5;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180493;STB=0.622683;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0103268;OID=.;OPOS=8076778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:49:50:13:13:0.206349:5:8:23:26:5:8:23:27 chr17 8076802 . T A 83.18 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0189563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1623;QD=4.75287;RBI=0.0375014;REFB=0.00728846;REVB=-0.0323576;RO=55;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122589;STB=0.571327;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.0301296;OID=.;OPOS=8076802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:55:56:14:14:0.2:6:8:26:29:6:8:27:29 chr17 8079029 . G C 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0510304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3515;QD=8.22955;RBI=0.0520425;REFB=0.000554899;REVB=0.010214;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263465;STB=0.65796;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00142563;OID=.;OPOS=8079029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:6:4:5:20:6:4:5:20 chr17 8089673 . GC CG,G 847.52 PASS AF=0.103448,0.862069;AO=8,28;DP=81;FAO=9,75;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=0,34;FSAR=9,41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0528799,1.08047;FXX=0.0113623;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=123.538,14.9073;QD=38.9665;RBI=0.177064,1.10886;REFB=0.0638855,-0.0283489;REVB=-0.168983,-0.249344;RO=33;SAF=0,0;SAR=8,28;SRF=29;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.837331,-0.881859;STB=0.5,0.517642;STBP=1,0.129;TYPE=mnp,del;VARB=0.265517,0.0246683;OID=.,.;OPOS=8089673,8089674;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:81:87:33:3:8,28:9,75:0.103448,0.862069:8,28:0,0:29:4:9,41:0,34:0:3 chr17 8090908 . A G 330.43 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00688118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5894;QD=13.4867;RBI=0.0143873;REFB=0.00297348;REVB=-0.012635;RO=61;SAF=19;SAR=18;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236597;STB=0.513506;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00340004;OID=.;OPOS=8090908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:37:37:0.377551:18:19:30:31:18:19:30:31 chr17 8092694 . T G 303.76 PASS AF=0.230047;AO=48;DP=213;FAO=49;FDP=213;FR=.;FRO=164;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=90;FSRR=74;FWDB=-0.0227624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6902;QD=5.70431;RBI=0.0262201;REFB=-0.000380629;REVB=-0.013014;RO=155;SAF=23;SAR=25;SRF=90;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127931;STB=0.545332;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00111473;OID=.;OPOS=8092694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:155:164:48:49:0.230047:25:23:90:65:25:24:90:74 chr17 8108331 . A G 103.6 PASS AF=0.2;AO=16;DP=85;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=52;FWDB=-0.0579227;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.252;QD=4.87507;RBI=0.0624565;REFB=-0.0178478;REVB=-0.023362;RO=68;SAF=3;SAR=13;SRF=16;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089956;STB=0.573183;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0860505;OID=.;OPOS=8108331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:68:68:16:17:0.2:13:3:16:52:14:3:16:52 chr17 8108339 . G A 103.6 PASS AF=0.204819;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=51;FWDB=-0.00670007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.01;QD=4.99251;RBI=0.0210383;REFB=-0.0118576;REVB=-0.0199429;RO=66;SAF=3;SAR=14;SRF=15;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09893;STB=0.563678;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0282904;OID=.;OPOS=8108339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:66:66:17:17:0.204819:14:3:15:51:14:3:15:51 chr17 8130004 . G A 234.43 PASS AF=0.261538;AO=34;DP=130;FAO=34;FDP=130;FR=.;FRO=96;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=0.000608595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.259;QD=7.21313;RBI=0.00810822;REFB=-0.00449004;REVB=0.00808534;RO=96;SAF=25;SAR=9;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209762;STB=0.62684;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0117596;OID=.;OPOS=8130004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:96:96:34:34:0.261538:9:25:56:40:9:25:56:40 chr17 8135061 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.671;QD=56.9375;RBI=0.0272618;REFB=0;REVB=0.00392735;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26989e-05;OID=.;OPOS=8135061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr17 8141707 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.768;QD=57.237;RBI=0.0396625;REFB=0;REVB=-0.00856228;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291083;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr17 8157310 . C T 137.07 PASS AF=0.216495;AO=21;DP=97;FAO=21;FDP=97;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=0.00290304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.099;QD=5.6524;RBI=0.00799197;REFB=-0.00692244;REVB=0.00744606;RO=74;SAF=10;SAR=11;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199051;STB=0.630592;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0213472;OID=.;OPOS=8157310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:74:76:21:21:0.216495:11:10:47:27:11:10:49:27 chr17 8161149 . C T 202.52 PASS AF=0.236641;AO=31;DP=131;FAO=31;FDP=131;FR=.;FRO=100;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=66;FSRR=34;FWDB=0.00758727;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.108;QD=6.18385;RBI=0.00790239;REFB=0.00365937;REVB=-0.00220932;RO=99;SAF=17;SAR=14;SRF=65;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140015;STB=0.587408;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0120276;OID=.;OPOS=8161149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:99:100:31:31:0.236641:14:17:65:34:14:17:66:34 chr17 8167600 . T C 149.57 PASS AF=0.308824;AO=19;DP=66;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=-0.0456882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.979;QD=8.79803;RBI=0.0456956;REFB=-0.0112817;REVB=-0.000825645;RO=46;SAF=1;SAR=18;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47584;STB=0.691651;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.016166;OID=.;OPOS=8167600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:46:47:19:21:0.308824:18:1:11:35:19:2:11:36 chr17 8168224 . T C 112.68 PASS AF=0.261538;AO=15;DP=63;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0173366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.213;QD=6.93391;RBI=0.0173514;REFB=-0.00161429;REVB=0.000717536;RO=47;SAF=7;SAR=8;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277711;STB=0.565616;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00474458;OID=.;OPOS=8168224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:47:48:15:17:0.261538:8:7:23:24:10:7:24:24 chr17 8172732 . A G 84.07 PASS AF=0.174419;AO=15;DP=83;FAO=15;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0509515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1416;QD=3.91003;RBI=0.0539392;REFB=-0.00711833;REVB=0.0177027;RO=68;SAF=11;SAR=4;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36515;STB=0.723836;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0389048;OID=.;OPOS=8172732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:83:86:68:71:15:15:0.174419:4:11:30:38:4:11:33:38 chr17 8215534 . C T 76.44 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0106744;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.806;QD=25.4812;RBI=0.0113225;REFB=-0.00436658;REVB=-0.00377575;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.599799;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00072239;OID=.;OPOS=8215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:0:3:6:3:0:3 chr17 8216468 . T C 908.45 PASS AF=0.821429;AO=63;DP=80;FAO=69;FDP=84;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=0.00750795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.293;QD=43.2593;RBI=0.0136475;REFB=-0.0496601;REVB=0.0113967;RO=15;SAF=14;SAR=49;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124851;STB=0.559984;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00881709;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:80:84:15:15:63:69:0.821429:49:14:0:15:55:14:0:15 chr17 8272765 . CGG CG,CGA 374.23 PASS AF=0.310345,0.689655;AO=8,19;DP=29;FAO=9,20;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=9,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530699,-0.0949651;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.7931,41.7518;QD=51.6173;RBI=0.0579961,0.148986;REFB=0,0;REVB=0.0233911,0.114797;RO=0;SAF=0,15;SAR=8,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.224771,0;SSSB=0,-5.00629e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0355259,-0.00362614;OID=.,.;OPOS=8272766,8272767;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.310345,0.689655:8,19:29:9,20:29:0:0,15:9,5:0:0:48:0:0,15:8,4:0:0 chr17 8339283 . C T 655.95 PASS AF=0.307143;AO=86;DP=282;FAO=86;FDP=280;FR=.;FRO=194;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=88;FSRR=106;FWDB=-0.00215766;FXX=0.0106003;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.58;QD=9.37068;RBI=0.00715134;REFB=-0.0224246;REVB=0.00681808;RO=191;SAF=45;SAR=41;SRF=85;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931459;STB=0.548133;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0490665;OID=.;OPOS=8339283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:280:191:194:86:86:0.307143:41:45:85:106:41:45:88:106 chr17 8339307 . G A 4287.43 PASS AF=0.979021;AO=277;DP=286;FAO=280;FDP=286;FR=.;FRO=6;FSAF=134;FSAR=146;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0381898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.907;QD=59.964;RBI=0.0721587;REFB=-0.120729;REVB=0.0612243;RO=5;SAF=133;SAR=144;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094869;STB=0.506559;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000722852;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:286:286:5:6:277:280:0.979021:144:133:1:4:146:134:1:5 chr17 8378932 . A G 304.03 PASS AF=0.336207;AO=39;DP=117;FAO=39;FDP=116;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00599905;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6532;QD=10.4838;RBI=0.00681712;REFB=-0.00459265;REVB=-0.00323799;RO=77;SAF=21;SAR=18;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231371;STB=0.513362;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00621551;OID=.;OPOS=8378932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:77:77:39:39:0.336207:18:21:43:34:18:21:43:34 chr17 8383817 . C T 43.62 PASS AF=0.126761;AO=8;DP=70;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.00521802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.418;QD=2.4575;RBI=0.00646718;REFB=-0.00406049;REVB=0.00382056;RO=62;SAF=6;SAR=2;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16297;STB=0.655054;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0369802;OID=.;OPOS=8383817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:70:71:62:62:8:9:0.126761:2:6:39:23:2:7:39:23 chr17 8383894 . A G 885.25 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000597029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.918;QD=58.0491;RBI=0.00935256;REFB=0;REVB=0.00933349;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74309e-05;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr17 8416901 . C T 157.77 PASS AF=0.214876;AO=26;DP=121;FAO=26;FDP=121;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=0.0884727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4407;QD=5.21562;RBI=0.0915973;REFB=-0.00194638;REVB=0.0237202;RO=95;SAF=14;SAR=12;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154104;STB=0.509571;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0138928;OID=.;OPOS=8416901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:95:95:26:26:0.214876:12:14:50:45:12:14:50:45 chr17 8424270 . G A 624.6 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146004;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.29;QD=59.4856;RBI=0.0151319;REFB=-0.143926;REVB=0.00397546;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00147602;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:41:41:0.97619:26:15:0:0:26:15:1:0 chr17 8450357 . C A 204.56 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.000328682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.673;QD=10.4903;RBI=0.0145527;REFB=-0.0133253;REVB=-0.014549;RO=50;SAF=7;SAR=19;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396541;STB=0.730592;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0248004;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:50:52:26:26:0.333333:19:7:31:19:19:7:32:20 chr17 8647931 . G C 451.71 PASS AF=0.744681;AO=35;DP=47;FAO=35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0503472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7903;QD=38.443;RBI=0.0537735;REFB=0.00596668;REVB=-0.0188878;RO=12;SAF=18;SAR=17;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673496;STB=0.503648;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00426475;OID=.;OPOS=8647931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:12:12:35:35:0.744681:17:18:6:6:17:18:6:6 chr17 8701092 . A G 92.35 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0658944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0701;QD=5.35356;RBI=0.0847894;REFB=-0.00458634;REVB=-0.0533588;RO=54;SAF=6;SAR=9;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169477;STB=0.606794;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0076825;OID=.;OPOS=8701092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:54:54:15:15:0.217391:9:6:29:25:9:6:29:25 chr17 8701116 . G A 621.57 PASS AF=0.796875;AO=51;DP=64;FAO=51;FDP=64;FR=.;FRO=13;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.000841212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.457;QD=38.8478;RBI=0.0426919;REFB=-0.0337062;REVB=0.0426836;RO=12;SAF=29;SAR=22;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841492;STB=0.55321;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00825014;OID=.;OPOS=8701116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:12:13:51:51:0.796875:22:29:4:8:22:29:4:9 chr17 8701799 . G T 689.76 PASS AF=0.802817;AO=54;DP=71;FAO=57;FDP=71;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0182982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3709;QD=38.8596;RBI=0.0455043;REFB=-0.0189353;REVB=0.0416632;RO=15;SAF=21;SAR=33;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528092;STB=0.517679;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00335084;OID=.;OPOS=8701799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:71:71:15:14:54:57:0.802817:33:21:4:11:36:21:4:10 chr17 8725214 . A AG 456.79 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122087;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.1329;QD=38.8757;RBI=0.0799897;REFB=0;REVB=-0.0790525;RO=3;SAF=14;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000740366;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:48:47:47:0:15:32:0:0:9:3:14:28:1:2 chr17 8792514 . G A 71.95 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0213282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5906;QD=3.83753;RBI=0.0968756;REFB=0.00972101;REVB=0.0944986;RO=61;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362664;STB=0.740827;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0426958;OID=.;OPOS=8792514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:75:61:62:13:13:0.173333:4:9:24:37:4:9:24:38 chr17 9086712 . C T 256.48 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00437765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.435;QD=44.6049;RBI=0.0115018;REFB=-0.0126038;REVB=0.0106362;RO=2;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512914;STB=0.527752;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00200465;OID=.;OPOS=9086712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:17:4:0:2:17:4:0:2 chr17 9395231 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.309;QD=60.1586;RBI=0.022334;REFB=-0.097389;REVB=-0.0174298;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218451;STB=0.511623;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000421432;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:23:21:1:0:23:21:1:0 chr17 9471711 . T G 480.14 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0319285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.529;QD=53.3485;RBI=0.0328675;REFB=-0.117504;REVB=0.00780013;RO=2;SAF=19;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466723;STB=0.524985;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000696994;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:36:2:2:33:34:0.944444:14:19:2:0:15:19:2:0 chr17 9479098 . C A 2151.4 PASS AF=0.954839;AO=148;DP=155;FAO=148;FDP=155;FR=.;FRO=7;FSAF=76;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-9.68741e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.886;QD=55.52;RBI=0.054524;REFB=-0.147689;REVB=0.0545239;RO=3;SAF=76;SAR=72;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680986;STB=0.503838;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.000682441;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:155:155:3:7:148:148:0.954839:72:76:1:2:72:76:3:4 chr17 9586165 . C T 117.61 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00236256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.679;QD=7.58753;RBI=0.00237228;REFB=-0.0117661;REVB=0.000214535;RO=45;SAF=9;SAR=8;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048494;STB=0.529377;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0310752;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:8:9:22:23:8:9:22:23 chr17 9632247 . A G 104.56 PASS AF=0.181818;AO=17;DP=98;FAO=18;FDP=99;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.0185854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.551;QD=4.2246;RBI=0.0212052;REFB=-0.00721734;REVB=-0.01021;RO=81;SAF=9;SAR=8;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16939;STB=0.585766;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.03225;OID=.;OPOS=9632247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:81:81:17:18:0.181818:8:9:32:49:9:9:32:49 chr17 9676134 . G A 1045.15 PASS AF=0.795918;AO=78;DP=98;FAO=78;FDP=98;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00220543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6169;QD=42.6594;RBI=0.0590678;REFB=-0.0347496;REVB=0.0590266;RO=19;SAF=28;SAR=50;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451054;STB=0.51995;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00774437;OID=.;OPOS=9676134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:19:20:78:78:0.795918:50:28:9:10:50:28:9:11 chr17 9676148 . C T 981.57 PASS AF=0.794118;AO=78;DP=99;FAO=81;FDP=102;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0863985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.444;QD=38.4931;RBI=0.0873816;REFB=-0.0189351;REVB=0.0130708;RO=20;SAF=29;SAR=49;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516891;STB=0.53635;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00405198;OID=.;OPOS=9676148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:20:21:78:81:0.794118:49:29:10:10:52:29:11:10 chr17 9694551 . G A 678.23 PASS AF=0.746667;AO=56;DP=75;FAO=56;FDP=75;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0372128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0686;QD=36.1723;RBI=0.0511439;REFB=-0.0200606;REVB=0.0350842;RO=19;SAF=27;SAR=29;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128998;STB=0.569214;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0054717;OID=.;OPOS=9694551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:19:19:56:56:0.746667:29:27:4:15:29:27:4:15 chr17 9712255 . G A 115.22 PASS AF=0.179487;AO=20;DP=116;FAO=21;FDP=117;FR=.;FRO=96;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0147123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.603;QD=3.9391;RBI=0.0232276;REFB=0.0035708;REVB=-0.0179742;RO=96;SAF=13;SAR=7;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217664;STB=0.655023;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0146025;OID=.;OPOS=9712255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:96:96:20:21:0.179487:7:13:46:50:7:14:46:50 chr17 9814202 . C G 149.87 PASS AF=0.23913;AO=23;DP=92;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0168499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8254;QD=6.516;RBI=0.0662225;REFB=0.00858965;REVB=-0.064043;RO=59;SAF=12;SAR=11;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566443;STB=0.565159;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0205386;OID=.;OPOS=9814202;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:70:23:22:0.23913:11:12:28:31:11:11:29:41 chr17 10216510 . G A 4221.88 PASS AF=1;AO=267;DP=268;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222194;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.669;QD=62.5463;RBI=0.0345631;REFB=-0.0483668;REVB=0.0264746;RO=1;SAF=148;SAR=119;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032107;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245938;OID=.;OPOS=10216510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:268:270:1:0:267:270:1:119:148:1:0:120:150:0:0 chr17 10223697 . G T 34.09 PASS AF=0.109375;AO=6;DP=63;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00215476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.661;QD=2.13063;RBI=0.0262908;REFB=-0.00320837;REVB=-0.0262024;RO=56;SAF=3;SAR=3;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020125;STB=0.586421;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0276089;OID=.;OPOS=10223697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:63:64:56:57:6:7:0.109375:3:3:27:29:3:4:27:30 chr17 10223714 . T C 692.72 PASS AF=0.857143;AO=54;DP=63;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0204072;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.249;QD=43.9821;RBI=0.0977537;REFB=-0.0850049;REVB=0.0955998;RO=9;SAF=25;SAR=29;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349789;STB=0.518665;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00264575;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:9:9:54:54:0.857143:29:25:3:6:29:25:3:6 chr17 10236465 . G A 1293.7 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209092;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.382;QD=61.6046;RBI=0.0345402;REFB=0;REVB=-0.0274924;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013577;OID=.;OPOS=10236465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:42:41:0:0:42:42:0:0 chr17 10243717 . G A,C 1176.46 PASS AF=0.95,0.0375;AO=75,3;DP=79;FAO=76,3;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=30,0;FSAR=46,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03627,0.00339703;FXX=0.0123442;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.84,161.77;QD=58.8231;RBI=0.0383746,0.00868129;REFB=-0.0364879,0.0345674;REVB=-0.0125337,-0.00798905;RO=1;SAF=30,0;SAR=45,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0155095,-0.727144;STB=0.508195,0.994936;STBP=0.279,0.121;TYPE=snp,snp;VARB=0.00018272,0.110878;OID=.,.;OPOS=10243717,10243717;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:79:80:1:1:75,3:76,3:0.95,0.0375:45,3:30,0:1:0:46,3:30,0:1:0 chr17 10318636 . A G 2036.58 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.502;QD=60.7935;RBI=0.0860196;REFB=0;REVB=0.0493934;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103097;OID=.;OPOS=10318636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:134:0:0:124:134:1:67:57:0:0:68:66:0:0 chr17 10346781 . T C 2947.02 PASS AF=0.989474;AO=188;DP=190;FAO=188;FDP=190;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0172316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.503;QD=62.0425;RBI=0.0183513;REFB=0.0170558;REVB=-0.00631194;RO=2;SAF=89;SAR=99;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000534588;STB=0.500281;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.000178169;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:190:190:2:2:188:188:0.989474:99:89:1:1:99:89:1:1 chr17 10348354 . T C 1491.66 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.417;QD=63.4748;RBI=0.0176944;REFB=0;REVB=0.0105522;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12201e-06;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:46:47:0:0:47:47:0:0 chr17 10350385 . ATTT AT,ATTC,ATT 1172.41 PASS AF=0,0.0526316,0.947368;AO=47,7,16;DP=157;FAO=0,8,144;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,65;FSAR=0,0,79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.328467,-0.101207,-0.8213;FXX=0.0379723;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=10.2865,247.792,9.68336;QD=30.853;RBI=0.543718,0.134704,1.21543;REFB=0.0775994,0.0462268,0.051519;REVB=0.433289,0.0888946,0.895956;RO=73;SAF=47,7,12;SAR=0,0,4;SRF=2;SRR=71;SSEN=0.452899,0,0.452899;SSEP=0,0,0;SSSB=0.901775,0.874999,0.788368;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.156202,-0.0228675;OID=.,.,.;OPOS=10350386,10350388,10350386;OREF=TT,T,T;OALT=-,C,-;OMAPALT=AT,ATTC,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0526316,0.947368:47,7,16:157:0,8,144:152:0:0,8,65:0,0,79:0:0:21:73:47,7,12:0,0,4:2:71 chr17 10355371 . C T 1585.92 PASS AF=0.964602;AO=109;DP=113;FAO=109;FDP=113;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0372028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5353;QD=56.1387;RBI=0.132477;REFB=0.0205901;REVB=0.127146;RO=4;SAF=53;SAR=56;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000924511;STB=0.500487;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.000140989;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:113:113:4:4:109:109:0.964602:56:53:2:2:56:53:2:2 chr17 10355763 . T C 1914.83 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000402893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.834;QD=61.7687;RBI=0.0547987;REFB=0;REVB=0.0547972;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67534e-05;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:69:55:0:0:69:55:0:0 chr17 10363410 . A G 4836.2 PASS AF=1;AO=306;DP=309;FAO=309;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262096;FXX=0.0159231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.26;QD=62.6045;RBI=0.0344226;REFB=0;REVB=-0.0343227;RO=0;SAF=153;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63971e-05;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:309:309:0:0:306:309:1:153:153:0:0:156:153:0:0 chr17 10403994 . G A 84.97 PASS AF=0.150442;AO=17;DP=113;FAO=17;FDP=113;FR=.;FRO=96;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.0149647;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.703;QD=3.00769;RBI=0.0493228;REFB=-0.0125224;REVB=-0.0469978;RO=96;SAF=9;SAR=8;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762416;STB=0.551342;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0613119;OID=.;OPOS=10403994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:113:113:96:96:17:17:0.150442:8:9:45:51:8:9:45:51 chr17 10415840 . A G 702.59 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202997;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.308;QD=55.1052;RBI=0.0213139;REFB=-0.0337952;REVB=0.00649655;RO=1;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553399;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:51:1:0:50:51:1:31:19:0:1:32:19:0:0 chr17 10427924 . G A 1376.58 PASS AF=0.95098;AO=97;DP=103;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.01182;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.96;QD=53.9835;RBI=0.0161139;REFB=-0.0467366;REVB=0.0109519;RO=5;SAF=36;SAR=61;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421314;STB=0.522256;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00328026;OID=.;OPOS=10427924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:103:102:5:5:97:97:0.95098:61:36:4:1:61:36:4:1 chr17 10448769 . A T 2581.13 PASS AF=1;AO=166;DP=169;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406622;FXX=0.0233904;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.358;QD=61.8236;RBI=0.0414393;REFB=0;REVB=-0.00798747;RO=0;SAF=60;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424944;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:167:0:0:166:167:1:106:60:0:0:106:61:0:0 chr17 10450816 . T C 2662.36 PASS AF=0.988571;AO=173;DP=175;FAO=173;FDP=175;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00208334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.471;QD=60.854;RBI=0.0306522;REFB=-0.0153345;REVB=-0.0305813;RO=1;SAF=79;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503705;STB=0.505263;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=5.74947e-05;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:175:175:1:2:173:173:0.988571:94:79:0:1:94:79:0:2 chr17 10541741 . A G 453.79 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4986;QD=55.0052;RBI=0.0403502;REFB=0.0744229;REVB=0.0256541;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227759;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00913551;OID=.;OPOS=10541741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:0:1:20:12:0:1 chr17 10614442 . A G 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.114072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1526;QD=4.23783;RBI=0.116669;REFB=0.01184;REVB=0.0244774;RO=47;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855284;STB=0.557649;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0438891;OID=.;OPOS=10614442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:7:3:17:30:7:3:17:30 chr17 10617803 . G T 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0658237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4955;QD=2.84581;RBI=0.101123;REFB=-0.0117896;REVB=-0.0767671;RO=46;SAF=2;SAR=5;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349853;STB=0.756883;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0621339;OID=.;OPOS=10617803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:54:46:47:7:7:0.12963:5:2:27:19:5:2:28:19 chr17 11166782 . G A 78.81 PASS AF=0.144144;AO=16;DP=111;FAO=16;FDP=111;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=-0.0138304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1338;QD=2.83994;RBI=0.0244606;REFB=0.0138387;REVB=0.0201753;RO=95;SAF=9;SAR=7;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202041;STB=0.636301;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0819197;OID=.;OPOS=11166782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:111:111:95:95:16:16:0.144144:7:9:38:57:7:9:38:57 chr17 11523082 . A G 1298.04 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.029;QD=60.374;RBI=0.0347942;REFB=0.0904421;REVB=-0.0331763;RO=1;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997231;STB=0.505262;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000737776;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:47:37:0:1:47:38:0:1 chr17 11583089 . T C 1453.41 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.924;QD=63.1916;RBI=0.0275978;REFB=0;REVB=0.0271785;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85429e-05;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr17 11648332 . C T 1386.03 PASS AF=0.968421;AO=83;DP=89;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.188626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2744;QD=58.3591;RBI=0.188946;REFB=-0.0398612;REVB=-0.0109937;RO=3;SAF=27;SAR=56;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000603833;STB=0.501579;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00101668;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:89:95:3:3:83:92:0.968421:56:27:1:2:57:35:1:2 chr17 11651057 . A G 791.82 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0329076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0442;QD=53.6828;RBI=0.0329283;REFB=0.0556364;REVB=0.00116903;RO=2;SAF=21;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428118;STB=0.522719;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00418106;OID=.;OPOS=11651057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:36:21:2:0:36:21:2:0 chr17 11757556 . C G 1042.63 PASS AF=0.96;AO=73;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.091801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1653;QD=55.6067;RBI=0.114798;REFB=-0.142828;REVB=0.0689278;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.518513;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00479188;OID=.;OPOS=11757556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:75:75:0:3:73:72:0.96:40:33:0:0:39:33:0:3 chr17 11786951 . T C 758.86 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0080594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.17;QD=53.2534;RBI=0.0274284;REFB=0.0562768;REVB=-0.0262177;RO=2;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012472;STB=0.500959;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.000811264;OID=.;OPOS=11786951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:57:2:2:54:55:0.964912:26:28:1:1:26:29:1:1 chr17 11787936 . A G 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.81;QD=56.9521;RBI=0.00976167;REFB=0;REVB=-0.00103482;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51667e-05;OID=.;OPOS=11787936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr17 11833287 . A G 70.1 PASS AF=0.166667;AO=13;DP=78;FAO=13;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.000365375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.062;QD=3.59504;RBI=0.00498989;REFB=-0.0022638;REVB=0.00497649;RO=64;SAF=5;SAR=8;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680639;STB=0.552763;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0111289;OID=.;OPOS=11833287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:78:78:64:65:13:13:0.166667:8:5:28:36:8:5:29:36 chr17 11835331 . G A 181.72 PASS AF=0.169154;AO=34;DP=201;FAO=34;FDP=201;FR=.;FRO=167;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=90;FSRR=77;FWDB=0.0184788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2146;QD=3.61628;RBI=0.0256382;REFB=0.0100093;REVB=-0.0177722;RO=165;SAF=24;SAR=10;SRF=90;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217356;STB=0.64675;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0485142;OID=.;OPOS=11835331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:165:167:34:34:0.169154:10:24:90:75:10:24:90:77 chr17 11865462 . G A 1026.84 PASS AF=0.783019;AO=83;DP=107;FAO=83;FDP=106;FR=.;FRO=23;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00914969;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.782;QD=38.7485;RBI=0.0101017;REFB=0.00916998;REVB=0.00428113;RO=23;SAF=40;SAR=43;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547035;STB=0.52919;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00315696;OID=.;OPOS=11865462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:23:23:83:83:0.783019:43:40:8:15:43:40:8:15 chr17 11881775 . G A 89.2 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.00284757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.881;QD=3.71683;RBI=0.0064937;REFB=-0.00129112;REVB=0.00583605;RO=80;SAF=6;SAR=10;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248384;STB=0.663067;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00833294;OID=.;OPOS=11881775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:96:96:80:80:16:16:0.166667:10:6:46:34:10:6:46:34 chr17 12820632 . A C 174.84 PASS AF=0.227642;AO=27;DP=122;FAO=28;FDP=123;FR=.;FRO=95;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.0402789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.227;QD=5.68584;RBI=0.0403384;REFB=0.00358799;REVB=-0.00218938;RO=95;SAF=15;SAR=12;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129221;STB=0.591159;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.011669;OID=.;OPOS=12820632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:95:95:27:28:0.227642:12:15:43:52:12:16:43:52 chr17 12820646 . G C 1095.22 PASS AF=0.754237;AO=89;DP=118;FAO=89;FDP=118;FR=.;FRO=29;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0121763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6494;QD=37.1261;RBI=0.0357781;REFB=-0.0194581;REVB=-0.0336423;RO=28;SAF=41;SAR=48;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337115;STB=0.513955;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00483729;OID=.;OPOS=12820646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:28:29:89:89:0.754237:48:41:15:13:48:41:15:14 chr17 12852459 . A G 61.82 PASS AF=0.152174;AO=8;DP=88;FAO=14;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.00412509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.405;QD=2.68794;RBI=0.042528;REFB=-0.0114715;REVB=0.0423275;RO=65;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121326;STB=0.739849;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.111501;OID=.;OPOS=12852459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:88:92:65:78:8:14:0.152174:5:3:31:34:10:4:45:33 chr17 14095309 . A G 118.95 PASS AF=0.136842;AO=26;DP=191;FAO=26;FDP=190;FR=.;FRO=164;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=76;FSRR=88;FWDB=0.000626749;FXX=0.0206175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.416;QD=2.50429;RBI=0.0401298;REFB=-0.00646986;REVB=-0.0401249;RO=158;SAF=6;SAR=20;SRF=72;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305841;STB=0.716607;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0303614;OID=.;OPOS=14095309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:158:164:26:26:0.136842:20:6:72:86:20:6:76:88 chr17 14095514 . G C 719.76 PASS AF=0.413613;AO=78;DP=190;FAO=79;FDP=191;FR=.;FRO=112;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=-0.0142598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.63;QD=15.0736;RBI=0.0207508;REFB=-0.00566473;REVB=0.0150749;RO=110;SAF=37;SAR=41;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363055;STB=0.511138;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.012526;OID=.;OPOS=14095514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:110:112:78:79:0.413613:41:37:56:54:41:38:56:56 chr17 14111176 . C A 125.45 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0301809;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.844;QD=6.35211;RBI=0.0304215;REFB=0.00424119;REVB=-0.003818;RO=59;SAF=5;SAR=14;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177886;STB=0.605755;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0115096;OID=.;OPOS=14111176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:60:19:19:0.240506:14:5:23:36:14:5:23:37 chr17 14139276 . G A 69.54 PASS AF=0.124031;AO=16;DP=129;FAO=16;FDP=129;FR=.;FRO=113;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=0.0177043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4445;QD=2.15633;RBI=0.0181839;REFB=0.00462385;REVB=0.00414844;RO=112;SAF=3;SAR=13;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32293;STB=0.732486;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0201972;OID=.;OPOS=14139276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:129:129:112:113:16:16:0.124031:13:3:47:65:13:3:47:66 chr17 14139891 . A C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.535;QD=43.016;RBI=0.0176617;REFB=-0.00275711;REVB=0.00250443;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000657786;OID=.;OPOS=14139891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:0:1:9:7:0:1 chr17 14140103 . A G 1527.01 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807665;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.976;QD=59.8827;RBI=0.0080773;REFB=0;REVB=-0.000102881;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49026e-05;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:58:43:0:0:59:43:0:0 chr17 14248423 . T C 814.74 PASS AF=0.983051;AO=47;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0592315;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.704;QD=55.2367;RBI=0.0637627;REFB=-0.0330257;REVB=-0.0236073;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019193;STB=0.50746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00532873;OID=.;OPOS=14248423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:47:58:0.983051:23:24:1:0:25:33:1:0 chr17 14249167 . C T 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.184;QD=58.9627;RBI=0.031569;REFB=0;REVB=0.0216277;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02251e-05;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr17 15154966 . T A 109.57 PASS AF=0.147651;AO=22;DP=151;FAO=22;FDP=149;FR=.;FRO=127;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=84;FWDB=-0.0348854;FXX=0.0197355;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.673;QD=2.94145;RBI=0.0352155;REFB=-0.000619314;REVB=0.00481027;RO=127;SAF=10;SAR=12;SRF=43;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153242;STB=0.601417;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00333448;OID=.;OPOS=15154966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:127:127:22:22:0.147651:12:10:43:84:12:10:43:84 chr17 15207364 . T G 509.95 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0126278;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.029;QD=25.8204;RBI=0.0135184;REFB=-0.0139727;REVB=0.00482573;RO=33;SAF=26;SAR=21;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517746;STB=0.534328;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00995395;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:33:32:47:47:0.594937:21:26:16:17:21:26:15:17 chr17 15215660 . T C 947.47 PASS AF=0.764706;AO=78;DP=102;FAO=78;FDP=102;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0164148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.122;QD=37.1558;RBI=0.0274945;REFB=0.0174316;REVB=-0.0220568;RO=24;SAF=31;SAR=47;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277832;STB=0.514863;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.00571376;OID=.;OPOS=15215660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:24:24:78:78:0.764706:47:31:11:13:47:31:11:13 chr17 15234895 . C T 93.58 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.006981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.94;QD=6.45368;RBI=0.0132336;REFB=-0.00205969;REVB=-0.0112424;RO=44;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554214;STB=0.534434;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00908772;OID=.;OPOS=15234895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:7:7:20:24:7:7:20:24 chr17 15311975 . G A,C 642.62 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=42,2;DP=44;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158236,-0.020268;FXX=0.0454442;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.0221,184.865;QD=61.2023;RBI=0.0196058,0.0248192;REFB=0,0;REVB=-0.0195418,-0.0143249;RO=0;SAF=24,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00861569,-0.0171758;OID=.,.;OPOS=15311975,15311975;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:42:0:0:42,2:40,2:0.952381,0.047619:18,2:24,0:0:0:18,2:22,0:0:0 chr17 15341183 . A C 167.1 PASS AF=0.169312;AO=30;DP=189;FAO=32;FDP=189;FR=.;FRO=157;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=85;FSRR=72;FWDB=-0.0126693;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.186;QD=3.53659;RBI=0.0233569;REFB=-0.0118814;REVB=0.0196223;RO=157;SAF=17;SAR=13;SRF=85;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327365;STB=0.508469;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0554845;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:157:157:30:32:0.169312:13:17:85:72:15:17:85:72 chr17 15343524 . C CCTT 540.64 PASS AF=0.948718;AO=34;DP=41;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0385587;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=3;MLLD=199.205;QD=55.4501;RBI=0.0385717;REFB=-0.00877666;REVB=0.00100388;RO=6;SAF=1;SAR=33;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778333;STB=0.513506;STBP=0.613;TYPE=ins;VARB=0.000647983;OID=.;OPOS=15343525;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.948718:34:41:37:39:2:1:36:0:2:9:6:1:33:0:6 chr17 15443734 . A G 299.6 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.56;QD=52.1037;RBI=0.0135277;REFB=0;REVB=0.0107902;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118652;OID=.;OPOS=15443734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:15:8:0:0 chr17 15443742 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.144;QD=56.1916;RBI=0.0174413;REFB=0;REVB=0.00683711;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65115e-05;OID=.;OPOS=15443742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr17 15477417 . A G 610.34 PASS AF=1;AO=35;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.35;QD=61.0341;RBI=0.156254;REFB=0;REVB=0.156207;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717453;OID=.;OPOS=15477417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:35:40:1:14:21:0:0:19:21:0:0 chr17 15492426 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.469;QD=37.4881;RBI=0.1284;REFB=0;REVB=0.127833;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00620092;OID=.;OPOS=15492426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr17 15611495 . T C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.94;QD=63.6148;RBI=0.0275593;REFB=0;REVB=0.0257246;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76287e-05;OID=.;OPOS=15611495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:55:40:0:0:55:40:0:0 chr17 15620647 . G A 937.4 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2947;QD=58.5874;RBI=0.0316204;REFB=0;REVB=-0.0182764;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359769;OID=.;OPOS=15620647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr17 15690281 . C T 1293.39 PASS AF=0.988372;AO=81;DP=82;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0239303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7067;QD=60.1575;RBI=0.155143;REFB=0.000530201;REVB=0.153287;RO=1;SAF=46;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101833;STB=0.505262;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00088909;OID=.;OPOS=15690281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:86:1:1:81:85:0.988372:35:46:1:0:38:47:1:0 chr17 15690294 . CCTT C 1018.55 PASS AF=0.977528;AO=79;DP=84;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00407448;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=157.359;QD=45.7775;RBI=0.0236164;REFB=-0.0372203;REVB=0.0232622;RO=1;SAF=45;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.385093;SSSB=-0.0104046;STB=0.501716;STBP=0.851;TYPE=del;VARB=0.000856829;OID=.;OPOS=15690295;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.977528:79:84:87:89:2:50:37:1:1:8:1:45:34:1:0 chr17 15690793 . T C 3589.1 PASS AF=1;AO=228;DP=231;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246357;FXX=0.0129305;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.259;QD=62.6916;RBI=0.0246357;REFB=-0.0421316;REVB=5.85744e-06;RO=1;SAF=106;SAR=122;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00389004;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47435e-05;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:231:229:1:0:228:229:1:122:106:0:1:123:106:0:0 chr17 15690928 . G C 1150.36 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.209;QD=60.545;RBI=0.0280754;REFB=0;REVB=-0.0254016;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79774e-05;OID=.;OPOS=15690928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr17 16068340 . C T 391.42 PASS AF=0.2723;AO=51;DP=209;FAO=58;FDP=213;FR=.;FRO=155;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=85;FSRR=70;FWDB=-0.00388265;FXX=0.0184323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.45;QD=7.35053;RBI=0.0243536;REFB=-0.0197328;REVB=-0.0240421;RO=154;SAF=24;SAR=27;SRF=82;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774395;STB=0.597516;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0459237;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:213:154:155:51:58:0.2723:27:24:82:72:34:24:85:70 chr17 16068343 . G A 398.49 PASS AF=0.266055;AO=58;DP=217;FAO=58;FDP=218;FR=.;FRO=160;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=88;FSRR=72;FWDB=-0.0231625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.891;QD=7.31177;RBI=0.0320831;REFB=-0.00689636;REVB=-0.0221996;RO=158;SAF=24;SAR=34;SRF=87;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168503;STB=0.599462;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0109245;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:158:160:58:58:0.266055:34:24:87:71:34:24:88:72 chr17 16068362 . C T 510.41 PASS AF=0.302222;AO=67;DP=227;FAO=68;FDP=225;FR=.;FRO=157;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=79;FSRR=78;FWDB=0.00417585;FXX=0.0131573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.512;QD=9.07396;RBI=0.0163225;REFB=-0.00953321;REVB=-0.0157793;RO=160;SAF=28;SAR=39;SRF=81;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107404;STB=0.55383;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0190525;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:225:160:157:67:68:0.302222:39:28:81:79:39:29:79:78 chr17 16068377 . C G 470.59 PASS AF=0.293578;AO=64;DP=225;FAO=64;FDP=218;FR=.;FRO=154;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=76;FSRR=78;FWDB=0.0095961;FXX=0.0311097;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.515;QD=8.63462;RBI=0.011925;REFB=0.00466507;REVB=-0.00707958;RO=151;SAF=25;SAR=39;SRF=73;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113879;STB=0.57384;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0114612;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:218:151:154:64:64:0.293578:39:25:73:78:39:25:76:78 chr17 16068383 . G A 554.68 PASS AF=0.327273;AO=67;DP=216;FAO=72;FDP=220;FR=.;FRO=148;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=78;FSRR=70;FWDB=-0.00187426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.366;QD=10.0851;RBI=0.0041178;REFB=-0.00220922;REVB=0.00366653;RO=149;SAF=30;SAR=37;SRF=78;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901623;STB=0.574447;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00524231;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:220:149:148:67:72:0.327273:37:30:78:71:42:30:78:70 chr17 16068396 . G A 624.4 PASS AF=0.33913;AO=77;DP=229;FAO=78;FDP=230;FR=.;FRO=152;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=-0.0264996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.706;QD=10.8591;RBI=0.0297881;REFB=-0.00427139;REVB=0.0136052;RO=145;SAF=31;SAR=46;SRF=76;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139947;STB=0.577285;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0138907;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:145:152:77:78:0.33913:46:31:76:69:47:31:78:74 chr17 16068463 . C T 269.49 PASS AF=0.21327;AO=45;DP=211;FAO=45;FDP=211;FR=.;FRO=166;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=75;FSRR=91;FWDB=-0.0231513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.476;QD=5.10884;RBI=0.0247099;REFB=-0.00866596;REVB=-0.00863673;RO=163;SAF=20;SAR=25;SRF=75;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201915;STB=0.505855;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0289485;OID=.;OPOS=16068463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:163:166:45:45:0.21327:25:20:75:88:25:20:75:91 chr17 16097870 . C A 47.15 PASS AF=0.0847458;AO=15;DP=177;FAO=15;FDP=177;FR=.;FRO=162;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=61;FSRR=101;FWDB=0.0217727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.759;QD=1.06557;RBI=0.0268445;REFB=0.00287401;REVB=0.0157027;RO=162;SAF=2;SAR=13;SRF=61;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334599;STB=0.781798;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.030856;OID=.;OPOS=16097870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:177:177:162:162:15:15:0.0847458:13:2:61:101:13:2:61:101 chr17 16623521 . T TA 30.44 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.133919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.1704;QD=6.40866;RBI=0.134107;REFB=-0.0907518;REVB=0.00711011;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491325;STB=0.802399;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.0968411;OID=.;OPOS=16623522;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:8:19:8:19:11:1:7:6:5:30:11:1:7:6:5 chr17 16664991 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9169;QD=42.1815;RBI=0.0894477;REFB=0;REVB=-0.0593498;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406747;OID=.;OPOS=16664991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr17 16735618 . G A 2286.18 PASS AF=0.993421;AO=150;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0129227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.489;QD=60.1627;RBI=0.0435239;REFB=-0.0311076;REVB=0.0415612;RO=1;SAF=87;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00749005;STB=0.503875;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-8.71235e-06;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:150:151:0.993421:63:87:0:1:64:87:0:1 chr17 16746358 . G A 789.49 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197962;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0686;QD=55.4029;RBI=0.0235881;REFB=0.106275;REVB=0.0128261;RO=1;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200576;STB=0.510634;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000133429;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:1:1:56:56:0.982456:23:33:0:1:23:33:0:1 chr17 16749022 . ACCCAGGCCGCCAGACAGCTGGCAGGAGGTGCGGGACGAGCCGCCC A 50.0 PASS AO=45;DP=269;LEN=45;RO=224;SAF=40;SAR=35;SRF=108;SRR=86;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=16749023;OREF=CCCAGGCCGCCAGACAGCTGGCAGGAGGTGCGGGACGAGCCGCCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:269:224:45:35:40:108:86 chr17 16828713 . A T 241.21 PASS AF=0.221591;AO=39;DP=176;FAO=39;FDP=176;FR=.;FRO=137;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=64;FSRR=73;FWDB=-0.0194883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0525;QD=5.48213;RBI=0.0207035;REFB=0.00535329;REVB=-0.00698874;RO=137;SAF=22;SAR=17;SRF=64;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122819;STB=0.575209;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0219471;OID=.;OPOS=16828713;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:137:137:39:39:0.221591:17:22:64:73:17:22:64:73 chr17 16828790 . TG CA 156.6 PASS AF=0.211382;AO=26;DP=123;FAO=26;FDP=123;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.0444505;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.512;QD=5.09267;RBI=0.0454271;REFB=-0.0136053;REVB=0.00936867;RO=96;SAF=9;SAR=17;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172719;STB=0.604314;STBP=0.239;TYPE=mnp;VARB=0.0409803;OID=.;OPOS=16828790;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:96:97:26:26:0.211382:17:9:46:50:17:9:46:51 chr17 16836425 . G A 272.28 PASS AF=0.221649;AO=43;DP=194;FAO=43;FDP=194;FR=.;FRO=151;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=79;FSRR=72;FWDB=-0.0181645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.931;QD=5.61405;RBI=0.022557;REFB=-0.00624617;REVB=0.0133743;RO=151;SAF=23;SAR=20;SRF=79;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149362;STB=0.509139;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0236318;OID=.;OPOS=16836425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:151:151:43:43:0.221649:20:23:79:72:20:23:79:72 chr17 16842912 . A G 239.83 PASS AF=0.302752;AO=21;DP=102;FAO=33;FDP=109;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0142903;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.7;QD=8.80101;RBI=0.0762047;REFB=-0.0142307;REVB=-0.0748528;RO=65;SAF=13;SAR=8;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01542;STB=0.610366;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0403596;OID=.;OPOS=16842912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:109:65:76:21:33:0.302752:8:13:41:24:20:13:42:34 chr17 16842991 . G A 258.76 PASS AF=0.226519;AO=41;DP=181;FAO=41;FDP=181;FR=.;FRO=140;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=82;FWDB=-0.00695006;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.629;QD=5.71847;RBI=0.0299666;REFB=-0.00252574;REVB=-0.0291495;RO=139;SAF=23;SAR=18;SRF=58;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18052;STB=0.611974;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00695103;OID=.;OPOS=16842991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:139:140:41:41:0.226519:18:23:58:81:18:23:58:82 chr17 16855878 . C T 676.22 PASS AF=0.896552;AO=52;DP=58;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0831124;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.1057;QD=46.6361;RBI=0.083116;REFB=-0.175201;REVB=-0.000764538;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218994;STB=0.527918;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00448273;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:58:58:1:6:52:52:0.896552:31:21:1:0:31:21:4:2 chr17 16892265 . G A 1018.13 PASS AF=0.77;AO=77;DP=100;FAO=77;FDP=100;FR=.;FRO=23;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0506401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1108;QD=40.725;RBI=0.0581327;REFB=0.0253182;REVB=-0.0285481;RO=23;SAF=38;SAR=39;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062741;STB=0.533533;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00907228;OID=.;OPOS=16892265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:23:23:77:77:0.77:39:38:8:15:39:38:8:15 chr17 16892273 . A G 965.92 PASS AF=0.762887;AO=74;DP=97;FAO=74;FDP=97;FR=.;FRO=23;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00701034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.076;QD=39.8315;RBI=0.0342727;REFB=-0.0238842;REVB=0.033548;RO=22;SAF=36;SAR=38;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136987;STB=0.512273;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.01208;OID=.;OPOS=16892273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:22:23:74:74:0.762887:38:36:10:12:38:36:10:13 chr17 17039561 . CCAG C 163.22 PASS AF=0.375;AO=21;DP=64;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0201263;FXX=0.441826;HRUN=2;LEN=3;MLLD=180.297;QD=9.06781;RBI=0.0239925;REFB=-0.0458379;REVB=-0.0130602;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.250253;SSEP=0;SSSB=-0.0401224;STB=0.880953;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0658527;OID=.;OPOS=17039562;OREF=CAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:21:64:27:72:45:1:26:15:30:99:1:11:10:1:0 chr17 17046024 . C A 1476.42 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.112128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6609;QD=62.1651;RBI=0.122658;REFB=-0.0776286;REVB=-0.0497222;RO=1;SAF=33;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01415;STB=0.507461;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00647709;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:61:33:1:0:61:33:1:0 chr17 17062241 . C G 7520.03 PASS AF=0.91358;AO=518;DP=567;FAO=518;FDP=567;FR=.;FRO=49;FSAF=241;FSAR=277;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.00407515;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.9;QD=53.0513;RBI=0.00571933;REFB=-0.0341352;REVB=0.00401297;RO=41;SAF=241;SAR=277;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440823;STB=0.52156;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000868799;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:567:567:41:49:518:518:0.91358:277:241:32:9:277:241:35:14 chr17 17069105 . G A 1226.88 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.988;QD=61.3441;RBI=0.0391936;REFB=0;REVB=-0.00611493;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87882e-05;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:47:32:0:0:48:32:0:0 chr17 17168164 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.552;QD=59.1432;RBI=0.0432554;REFB=0;REVB=0.0099903;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67691e-05;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr17 17179481 . G A 1044.35 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0876958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7019;QD=59.677;RBI=0.0877911;REFB=0;REVB=-0.00408903;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000329773;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:35:35:0:0 chr17 17250159 . C T 120.38 PASS AF=0.213483;AO=19;DP=89;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0143999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.074;QD=5.41047;RBI=0.0158818;REFB=-0.00591491;REVB=-0.00669887;RO=68;SAF=10;SAR=9;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022354;STB=0.51305;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0246229;OID=.;OPOS=17250159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:68:70:19:19:0.213483:9:10:37:31:9:10:38:32 chr17 17363784 . A C 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00278053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.389;QD=3.89779;RBI=0.00811229;REFB=-0.00576749;REVB=-0.00762088;RO=42;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289192;STB=0.51995;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0367152;OID=.;OPOS=17363784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:4:4:20:22:4:4:20:22 chr17 17397818 . G C 126.01 PASS AF=0.20202;AO=20;DP=99;FAO=20;FDP=99;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.00315186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.237;QD=5.09143;RBI=0.086806;REFB=-0.00253686;REVB=-0.0867487;RO=77;SAF=10;SAR=10;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024531;STB=0.515136;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0139593;OID=.;OPOS=17397818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:77:79:20:20:0.20202:10:10:40:37:10:10:41:38 chr17 17397982 . T C 2786.08 PASS AF=0.943878;AO=185;DP=197;FAO=185;FDP=196;FR=.;FRO=11;FSAF=89;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0556085;FXX=0.0101005;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.986;QD=56.8588;RBI=0.0556382;REFB=-0.0660376;REVB=-0.00181754;RO=10;SAF=89;SAR=96;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470529;STB=0.527091;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000821081;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:197:196:10:11:185:185:0.943878:96:89:0:10:96:89:0:11 chr17 17409560 . C T 230.01 PASS AF=0.246377;AO=34;DP=138;FAO=34;FDP=138;FR=.;FRO=104;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=74;FWDB=-0.0137497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5845;QD=6.66704;RBI=0.0140304;REFB=-0.00491895;REVB=0.00279264;RO=103;SAF=13;SAR=21;SRF=29;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139678;STB=0.5776;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0140363;OID=.;OPOS=17409560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:103:104:34:34:0.246377:21:13:29:74:21:13:30:74 chr17 17682484 . G A 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00226225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.777;QD=64.4102;RBI=0.00726079;REFB=0;REVB=0.00689937;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55451e-06;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr17 17696531 . G C 1394.47 PASS AF=0.942857;AO=99;DP=105;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0156355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1514;QD=53.1227;RBI=0.0189252;REFB=-0.00216892;REVB=0.0106628;RO=6;SAF=50;SAR=49;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355349;STB=0.518764;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000144953;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:105:105:6:6:99:99:0.942857:49:50:5:1:49:50:5:1 chr17 17696755 . C A 2332.81 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.589;QD=60.2016;RBI=0.0579744;REFB=-0.0845222;REVB=-0.0393167;RO=1;SAF=61;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00773454;STB=0.504065;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000112687;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:155:1:1:154:154:0.993548:93:61:1:0:93:61:1:0 chr17 17715101 . G A 1456.92 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.211;QD=61.9967;RBI=0.0316844;REFB=0.0220906;REVB=0.0297228;RO=0;SAF=30;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.52795e-08;STB=0.508195;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.000634019;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:0:1:93:93:0.989362:63:30:0:0:63:30:1:0 chr17 17896089 . TC T 346.04 PASS AF=0.683544;AO=40;DP=77;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=50;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=1;FWDB=-0.0776686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.4949;QD=17.5212;RBI=0.080696;REFB=0.102928;REVB=0.0218959;RO=25;SAF=40;SAR=0;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.845913;STB=0.54211;STBP=0.624;TYPE=del;VARB=-0.0378041;OID=.;OPOS=17896090;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.683544:40:77:54:79:25:50:4:24:1:99:25:40:0:23:2 chr17 17896205 . C T 1134.19 PASS AF=0.771186;AO=91;DP=118;FAO=91;FDP=118;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0367736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.347;QD=38.4472;RBI=0.0377597;REFB=-0.0199147;REVB=0.00857296;RO=27;SAF=36;SAR=55;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011337;STB=0.506051;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00522138;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:27:27:91:91:0.771186:55:36:10:17:55:36:10:17 chr17 17942293 . C T 314.6 PASS AF=0.223176;AO=50;DP=225;FAO=52;FDP=233;FR=.;FRO=181;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=74;FSRR=107;FWDB=0.085291;FXX=0.00427332;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.0353;QD=5.4008;RBI=0.0967696;REFB=-0.0138517;REVB=0.0457143;RO=175;SAF=22;SAR=28;SRF=71;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446864;STB=0.526501;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.048829;OID=.;OPOS=17942293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:233:175:181:50:52:0.223176:28:22:71:104:29:23:74:107 chr17 17997146 . C G 133.94 PASS AF=0.207547;AO=22;DP=106;FAO=22;FDP=106;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=0.0205975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4004;QD=5.05432;RBI=0.036953;REFB=0.00351975;REVB=-0.0306801;RO=84;SAF=5;SAR=17;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456989;STB=0.78546;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0149412;OID=.;OPOS=17997146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:84:84:22:22:0.207547:17:5:50:34:17:5:50:34 chr17 18003671 . T G 1495.65 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00845983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.951;QD=62.3189;RBI=0.0138566;REFB=-0.0425828;REVB=0.0109744;RO=1;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903231;STB=0.504761;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000458887;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:52:43:0:1:52:43:0:1 chr17 18023292 . AC A,TA 75.73 PASS AF=0.375,0;AO=39,4;DP=98;FAO=36,0;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=22,0;FSAR=14,0;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.21918,-0.0229706;FXX=0.0204061;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=6.94349,27.8346;QD=3.15548;RBI=0.287256,0.143591;REFB=-0.119794,-0.0643829;REVB=0.185677,0.141742;RO=41;SAF=30,0;SAR=9,4;SRF=10;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.483376,-0.475197;STB=0.640334,0.5;STBP=0.046,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.111503,0;OID=.,.;OPOS=18023293,18023292;OREF=C,AC;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:98:96:41:60:39,4:36,0:0.375,0:9,4:30,0:10:31:14,0:22,0:23:37 chr17 18023897 . G A 286.73 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0192343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.506;QD=30.9975;RBI=0.170173;REFB=-0.0497526;REVB=0.169083;RO=12;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137163;STB=0.575105;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0173801;OID=.;OPOS=18023897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:12:13:9:3:12:13:9:3 chr17 18024266 . T G 174.11 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.000359205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.142;QD=27.8583;RBI=0.108367;REFB=-0.0127354;REVB=-0.108366;RO=8;SAF=16;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324721;STB=0.685432;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00812123;OID=.;OPOS=18024266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:1:16:6:2:1:16:6:2 chr17 18025527 . A G 266.96 PASS AF=0.227027;AO=42;DP=185;FAO=42;FDP=185;FR=.;FRO=143;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=77;FSRR=66;FWDB=-0.0128049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4677;QD=5.77216;RBI=0.0265426;REFB=-0.0071233;REVB=0.0232496;RO=143;SAF=28;SAR=14;SRF=77;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169307;STB=0.603723;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0259259;OID=.;OPOS=18025527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:143:143:42:42:0.227027:14:28:77:66:14:28:77:66 chr17 18039800 . G A 301.93 PASS AF=0.25;AO=45;DP=180;FAO=45;FDP=180;FR=.;FRO=135;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=76;FWDB=-0.00753921;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.494;QD=6.70948;RBI=0.0273661;REFB=-0.00581812;REVB=0.0263071;RO=132;SAF=20;SAR=25;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637841;STB=0.50563;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0177511;OID=.;OPOS=18039800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:132:135:45:45:0.25:25:20:58:74:25:20:59:76 chr17 18046898 . T C 486.77 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0440998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0425;QD=46.3586;RBI=0.0460764;REFB=-0.0674193;REVB=0.013351;RO=6;SAF=32;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361666;STB=0.519469;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0197874;OID=.;OPOS=18046898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:42:42:6:6:36:36:0.857143:4:32:5:1:4:32:5:1 chr17 18052867 . T C 1340.01 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0626041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.2038;QD=57.6348;RBI=0.0735377;REFB=-0.148967;REVB=0.0385813;RO=3;SAF=68;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204492;STB=0.500837;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0022664;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:93:93:3:4:89:89:0.956989:21:68:3:0:21:68:3:1 chr17 18077175 . T C 1664.54 PASS AF=0.743017;AO=133;DP=178;FAO=133;FDP=179;FR=.;FRO=46;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0185754;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.943;QD=37.1965;RBI=0.018767;REFB=-0.00456534;REVB=-0.00267501;RO=45;SAF=63;SAR=70;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282985;STB=0.517949;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0013641;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:45:46:133:133:0.743017:70:63:24:21:70:63:25:21 chr17 18087299 . C T 1001.75 PASS AF=0.797872;AO=75;DP=95;FAO=75;FDP=94;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0263735;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.363;QD=42.6278;RBI=0.028064;REFB=-0.03393;REVB=0.00959293;RO=18;SAF=27;SAR=48;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113295;STB=0.501845;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00881501;OID=.;OPOS=18087299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:18:19:75:75:0.797872:48:27:7:11:48:27:7:12 chr17 18137141 . A G 3950.37 PASS AF=1;AO=252;DP=254;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065561;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.939;QD=62.2105;RBI=0.0216657;REFB=0;REVB=0.0206499;RO=0;SAF=125;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15817e-05;OID=.;OPOS=18137141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:254:0:0:252:254:1:127:125:0:0:129:125:0:0 chr17 18148046 . G C 34.4 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=60;FSRR=8;FWDB=-0.0241526;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=169.923;QD=1.81048;RBI=0.0269352;REFB=-0.00408496;REVB=-0.0119231;RO=61;SAF=7;SAR=1;SRF=54;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289428;STB=0.515347;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0232772;OID=.;OPOS=18148046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:76:76:61:68:8:8:0.105263:1:7:54:7:1:7:60:8 chr17 18148047 . G C 96.97 PASS AF=0.222222;AO=15;DP=71;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=53;FSRR=3;FWDB=-0.0161306;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=202.759;QD=5.38747;RBI=0.0211949;REFB=-0.0086216;REVB=-0.0137488;RO=51;SAF=13;SAR=2;SRF=48;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25657;STB=0.717217;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0239654;OID=.;OPOS=18148047;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:71:72:51:56:15:16:0.222222:2:13:48:3:3:13:53:3 chr17 18149456 . G A 160.49 PASS AF=0.222222;AO=26;DP=117;FAO=26;FDP=117;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=72;FWDB=0.0026036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5238;QD=5.4869;RBI=0.0696961;REFB=0.0121941;REVB=-0.0696475;RO=91;SAF=8;SAR=18;SRF=19;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160196;STB=0.596948;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0399086;OID=.;OPOS=18149456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:91:91:26:26:0.222222:18:8:19:72:18:8:19:72 chr17 18167397 . G T 843.82 PASS AF=0.853333;AO=64;DP=75;FAO=64;FDP=75;FR=.;FRO=11;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0317652;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3178;QD=45.0038;RBI=0.0357663;REFB=0.00292902;REVB=0.0164378;RO=10;SAF=35;SAR=29;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119842;STB=0.513623;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.000145974;OID=.;OPOS=18167397;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:75:75:10:11:64:64:0.853333:29:35:5:5:29:35:5:6 chr17 18167505 . T C 963.82 PASS AF=0.680328;AO=81;DP=120;FAO=83;FDP=122;FR=.;FRO=39;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0127404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8323;QD=31.6008;RBI=0.0523209;REFB=-0.0264859;REVB=0.0507461;RO=39;SAF=53;SAR=28;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229041;STB=0.61551;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0170348;OID=.;OPOS=18167505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:39:39:81:83:0.680328:28:53:11:28:30:53:11:28 chr17 18167684 . G A 1397.08 PASS AF=0.741497;AO=109;DP=147;FAO=109;FDP=147;FR=.;FRO=38;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0289376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.692;QD=38.0159;RBI=0.0294768;REFB=-0.0407089;REVB=0.00561189;RO=38;SAF=46;SAR=63;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512493;STB=0.527392;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0132792;OID=.;OPOS=18167684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:38:38:109:109:0.741497:63:46:20:18:63:46:20:18 chr17 18220770 . G A 387.66 PASS AF=0.833333;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00247205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9565;QD=43.0736;RBI=0.0271823;REFB=0.0666855;REVB=-0.0270696;RO=6;SAF=12;SAR=18;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840516;STB=0.545424;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0112326;OID=.;OPOS=18220770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:6:6:30:30:0.833333:18:12:4:2:18:12:4:2 chr17 18230380 . T C 663.8 PASS AF=0.691358;AO=56;DP=81;FAO=56;FDP=81;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0360227;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.753;QD=32.7801;RBI=0.0360714;REFB=-0.00327217;REVB=0.00187338;RO=24;SAF=22;SAR=34;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377952;STB=0.515146;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00187454;OID=.;OPOS=18230380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:24:25:56:56:0.691358:34:22:11:13:34:22:11:14 chr17 18256979 . C T 907.74 PASS AF=0.739583;AO=71;DP=96;FAO=71;FDP=96;FR=.;FRO=25;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0530233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1034;QD=37.8225;RBI=0.0554511;REFB=0.00314112;REVB=0.016228;RO=25;SAF=36;SAR=35;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257255;STB=0.513795;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00101642;OID=.;OPOS=18256979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:25:25:71:71:0.739583:35:36:14:11:35:36:14:11 chr17 18284262 . G A 463.62 PASS AF=0.732143;AO=41;DP=56;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0021023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.027;QD=33.1154;RBI=0.00448202;REFB=-0.002229;REVB=-0.00395839;RO=15;SAF=27;SAR=14;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802415;STB=0.543263;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000635626;OID=.;OPOS=18284262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:15:15:41:41:0.732143:14:27:12:3:14:27:12:3 chr17 18291544 . A G 809.83 PASS AF=0.680412;AO=65;DP=95;FAO=66;FDP=97;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=51;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0309216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4115;QD=33.395;RBI=0.0314877;REFB=-0.0149375;REVB=-0.00594389;RO=29;SAF=15;SAR=50;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086989;STB=0.541388;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0074928;OID=.;OPOS=18291544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:29:31:65:66:0.680412:50:15:10:19:51:15:10:21 chr17 18291559 . T C 764.51 PASS AF=0.666667;AO=68;DP=101;FAO=68;FDP=102;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=52;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0085139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.906;QD=29.9807;RBI=0.022215;REFB=-0.074876;REVB=0.0205187;RO=33;SAF=16;SAR=52;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101313;STB=0.551499;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0334497;OID=.;OPOS=18291559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:33:34:68:68:0.666667:52:16:12:21:52:16:12:22 chr17 18330294 . TGGCCTGGGGGGCGGCTCGTCCCGCACCTCCTGCCAGCTGTCTGGC T 50.0 PASS AO=55;DP=272;LEN=45;RO=217;SAF=33;SAR=41;SRF=104;SRR=94;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=18330295;OREF=GGCCTGGGGGGCGGCTCGTCCCGCACCTCCTGCCAGCTGTCTGGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:272:217:55:41:33:104:94 chr17 18333915 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.821;QD=40.7629;RBI=0.00867306;REFB=0;REVB=0.000260272;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68602e-05;OID=.;OPOS=18333915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr17 18380154 . A G 619.04 PASS AF=0.236585;AO=97;DP=410;FAO=97;FDP=410;FR=.;FRO=313;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=173;FSRR=140;FWDB=-0.00972045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.621;QD=6.03942;RBI=0.0112027;REFB=-0.00527211;REVB=0.00556891;RO=312;SAF=58;SAR=39;SRF=172;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607041;STB=0.535396;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.016849;OID=.;OPOS=18380154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:410:312:313:97:97:0.236585:39:58:172:140:39:58:173:140 chr17 18390993 . C T 352.6 PASS AF=0.283237;AO=46;DP=173;FAO=49;FDP=173;FR=.;FRO=124;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=0.0104208;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.108;QD=8.15256;RBI=0.0141318;REFB=0.0037432;REVB=0.00954538;RO=125;SAF=27;SAR=19;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170477;STB=0.585492;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00860046;OID=.;OPOS=18390993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:125:124:46:49:0.283237:19:27:56:69:21:28:56:68 chr17 18391003 . G A 408.57 PASS AF=0.278846;AO=57;DP=206;FAO=58;FDP=208;FR=.;FRO=150;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=68;FSRR=82;FWDB=0.00127449;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5821;QD=7.85713;RBI=0.032237;REFB=0.00332165;REVB=0.0322118;RO=148;SAF=28;SAR=29;SRF=68;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039005;STB=0.533642;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00905086;OID=.;OPOS=18391003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:208:148:150:57:58:0.278846:29:28:68:80:29:29:68:82 chr17 18528623 . A G 2180.9 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6684;QD=62.3114;RBI=0.0635744;REFB=0.0253585;REVB=-0.0554608;RO=1;SAF=67;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704349;STB=0.503703;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000535225;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:72:67:1:0:72:67:1:0 chr17 18542519 . T G 242.45 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0616621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7054;QD=14.9201;RBI=0.0763337;REFB=-0.0106308;REVB=-0.0449957;RO=37;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18933;STB=0.614376;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0203897;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:27:28:0.430769:11:16:15:22:11:17:15:22 chr17 18681833 . C G 89.07 PASS AF=0.157407;AO=17;DP=108;FAO=17;FDP=108;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.00710827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.034;QD=3.29881;RBI=0.00740916;REFB=-0.00187632;REVB=0.00209001;RO=91;SAF=11;SAR=6;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220052;STB=0.646886;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0120957;OID=.;OPOS=18681833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:108:108:91:91:17:17:0.157407:6:11:43:48:6:11:43:48 chr17 18684642 . G T 99.45 PASS AF=0.165217;AO=19;DP=115;FAO=19;FDP=115;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=0.0185781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.6042;QD=3.45913;RBI=0.0308355;REFB=-0.000291121;REVB=-0.0246106;RO=95;SAF=10;SAR=9;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810112;STB=0.547921;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00157739;OID=.;OPOS=18684642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:95:96:19:19:0.165217:9:10:56:39:9:10:56:40 chr17 18694277 . G A 727.04 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0244798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.121;QD=52.8759;RBI=0.0464013;REFB=-0.128752;REVB=0.0394186;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.503175;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000802427;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:0:2:53:53:0.963636:22:31:0:0:22:31:1:1 chr17 18702220 . T C 2403.67 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=160;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020165;FXX=0.0245384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1872;QD=60.4696;RBI=0.0530513;REFB=0.0407777;REVB=0.0490695;RO=2;SAF=72;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00106183;STB=0.50289;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000196073;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:159:2:1:158:158:0.993711:86:72:1:1:86:72:0:1 chr17 18775900 . A G 191.64 PASS AF=0.268041;AO=26;DP=97;FAO=26;FDP=97;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0238908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9382;QD=7.9025;RBI=0.0337157;REFB=-0.015795;REVB=-0.0237904;RO=71;SAF=17;SAR=9;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183603;STB=0.610525;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0455186;OID=.;OPOS=18775900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:71:71:26:26:0.268041:9:17:36:35:9:17:36:35 chr17 18855611 . T C 411.18 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00912801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.723;QD=29.3702;RBI=0.0308407;REFB=-0.00684134;REVB=-0.0294589;RO=18;SAF=24;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114719;STB=0.562467;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00293542;OID=.;OPOS=18855611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:18:38:38:0.678571:14:24:8:10:14:24:8:10 chr17 18874720 . C G 113.59 PASS AF=0.160584;AO=22;DP=137;FAO=22;FDP=137;FR=.;FRO=115;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=64;FSRR=51;FWDB=-0.00316276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2423;QD=3.31635;RBI=0.00494278;REFB=-0.000635378;REVB=-0.00379843;RO=115;SAF=11;SAR=11;SRF=64;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720369;STB=0.547403;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00316354;OID=.;OPOS=18874720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:115:115:22:22:0.160584:11:11:64:51:11:11:64:51 chr17 19186810 . G A 527.43 PASS AF=0.795918;AO=39;DP=49;FAO=39;FDP=49;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00176901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1347;QD=43.0558;RBI=0.093084;REFB=-0.0226969;REVB=0.0930671;RO=10;SAF=23;SAR=16;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731716;STB=0.539425;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00798401;OID=.;OPOS=19186810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:10:10:39:39:0.795918:16:23:4:6:16:23:4:6 chr17 19216733 . T C 141.1 PASS AF=0.307692;AO=18;DP=63;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00545324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.083;QD=8.68275;RBI=0.00818516;REFB=-0.00325951;REVB=0.00610401;RO=44;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134865;STB=0.569163;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00766903;OID=.;OPOS=19216733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:44:45:18:20:0.307692:9:9:17:27:10:10:18:27 chr17 19216917 . T C 480.76 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8989;QD=58.2744;RBI=0.00902823;REFB=0;REVB=-0.007244;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264834;OID=.;OPOS=19216917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:20:12:0:0:20:13:0:0 chr17 19232078 . T C 2263.21 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237197;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.022;QD=63.7524;RBI=0.0827927;REFB=0;REVB=-0.0793222;RO=0;SAF=71;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235713;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:142:0:0:142:142:1:71:71:0:0:71:71:0:0 chr17 19232949 . CA AC,C 96.8 PASS AF=0.144578,0.192771;AO=10,22;DP=83;FAO=12,16;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=0,3;FSAR=12,13;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00447442,0.225963;FXX=0.0235266;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=148.014,6.89518;QD=4.66507;RBI=0.0206715,0.252393;REFB=-0.00478759,-0.127347;REVB=-0.0201815,-0.112439;RO=42;SAF=0,4;SAR=10,18;SRF=15;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.689652,-0.260786;STB=0.998857,0.688477;STBP=0.004,0.114;TYPE=mnp,del;VARB=0.085725,0.0488026;OID=.,.;OPOS=19232949,19232950;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:83:83:42:55:10,22:12,16:0.144578,0.192771:10,18:0,4:15:27:12,13:0,3:21:34 chr17 19265952 . C T 3481.09 PASS AF=0.9625;AO=228;DP=239;FAO=231;FDP=240;FR=.;FRO=9;FSAF=75;FSAR=156;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.085466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3171;QD=58.0182;RBI=0.0902281;REFB=-0.154274;REVB=0.0289252;RO=7;SAF=72;SAR=156;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737859;STB=0.50037;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00657076;OID=.;OPOS=19265952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:239:240:7:9:228:231:0.9625:156:72:3:4:156:75:3:6 chr17 19411489 . G C 466.47 PASS AF=0.769231;AO=40;DP=52;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00307499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3373;QD=35.8822;RBI=0.0114874;REFB=-0.0306272;REVB=0.0110682;RO=12;SAF=18;SAR=22;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215492;STB=0.511622;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0186549;OID=.;OPOS=19411489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:12:12:40:40:0.769231:22:18:6:6:22:18:6:6 chr17 19460972 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.262;QD=58.061;RBI=0.0295045;REFB=0;REVB=-0.0133965;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61825e-05;OID=.;OPOS=19460972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr17 19568258 . C T 590.35 PASS AF=0.790323;AO=49;DP=62;FAO=49;FDP=62;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00820113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.056;QD=38.0869;RBI=0.010265;REFB=-0.00645603;REVB=0.0061734;RO=13;SAF=24;SAR=25;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411349;STB=0.522074;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00109444;OID=.;OPOS=19568258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:13:13:49:49:0.790323:25:24:5:8:25:24:5:8 chr17 19578873 . A T 2060.74 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128827;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.626;QD=62.4466;RBI=0.0218434;REFB=0;REVB=-0.0176401;RO=0;SAF=51;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220324;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:80:51:0:0:80:52:0:0 chr17 19642820 . C T 132.17 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=86;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=45;FWDB=-0.00408323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.279;QD=6.14759;RBI=0.0384847;REFB=0.00310544;REVB=0.0382675;RO=66;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229206;STB=0.639406;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00602934;OID=.;OPOS=19642820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:66:66:20:20:0.232558:10:10:21:45:10:10:21:45 chr17 19644472 . A T 1076.67 PASS AF=0.756522;AO=86;DP=115;FAO=87;FDP=115;FR=.;FRO=28;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0077861;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.737;QD=37.4495;RBI=0.0206403;REFB=0.00232689;REVB=-0.0191154;RO=27;SAF=37;SAR=49;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232754;STB=0.509682;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00027635;OID=.;OPOS=19644472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:27:28:86:87:0.756522:49:37:13:14:50:37:13:15 chr17 19645938 . A C 610.71 PASS AF=0.697368;AO=52;DP=75;FAO=53;FDP=76;FR=.;FRO=23;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0188351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.655;QD=32.1424;RBI=0.0368392;REFB=-0.0384763;REVB=-0.0316601;RO=23;SAF=32;SAR=20;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298244;STB=0.512128;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0125994;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:23:23:52:53:0.697368:20:32:13:10:21:32:13:10 chr17 19678475 . G A 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.353;QD=54.5111;RBI=0.0255924;REFB=0;REVB=-0.0249947;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.68271e-05;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr17 19713740 . C T 2438.97 PASS AF=0.993789;AO=158;DP=160;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0595389;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.374;QD=60.5954;RBI=0.0608507;REFB=0.00861733;REVB=-0.0125668;RO=2;SAF=72;SAR=86;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130308;STB=0.50289;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=8.45014e-05;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:161:2:1:158:160:0.993789:86:72:2:0:86:74:0:1 chr17 19729495 . T C 1234.89 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845582;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.216;QD=61.7445;RBI=0.0453798;REFB=0;REVB=0.044585;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116454;OID=.;OPOS=19729495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:39:40:0:0:40:40:0:0 chr17 20107773 . T C 1434.33 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000482513;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7391;QD=63.0475;RBI=0.0242039;REFB=0;REVB=-0.0241991;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161771;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:46:44:0:0:47:44:0:0 chr17 20108239 . A T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000962718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.318;QD=59.8394;RBI=0.0133093;REFB=0;REVB=0.0132745;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97841e-05;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr17 20109189 . C T 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000401799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3091;QD=62.0077;RBI=0.0106756;REFB=0;REVB=-0.010668;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33052e-05;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr17 20163529 . A G 1034.75 PASS AF=1;AO=52;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.319;QD=54.4604;RBI=0.130508;REFB=0;REVB=0.00182456;RO=0;SAF=12;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00904806;OID=.;OPOS=20163529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:52:76:1:40:12:0:0:42:34:0:0 chr17 20244264 . G C 451.21 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743894;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.181;QD=58.2205;RBI=0.0216243;REFB=0;REVB=0.0203045;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240507;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr17 20268754 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.835;QD=33.4282;RBI=0.0656302;REFB=0;REVB=0.036163;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0038278;OID=.;OPOS=20268754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 20361493 . T C 223.73 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.0117608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8903;QD=12.7846;RBI=0.0499972;REFB=0.00425281;REVB=-0.0485943;RO=43;SAF=7;SAR=20;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381001;STB=0.521784;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00628794;OID=.;OPOS=20361493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:20:7:10:33:20:7:10:33 chr17 20370735 . T C 156.35 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7119;QD=41.6934;RBI=0.0113559;REFB=-0.167579;REVB=0.0109947;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00682186;OID=.;OPOS=20370735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:15:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:9:6:0:0 chr17 20370767 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.837;QD=45.8068;RBI=0.0498572;REFB=0;REVB=-0.00600099;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235914;OID=.;OPOS=20370767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr17 20370796 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.867;QD=45.8068;RBI=0.0192319;REFB=0;REVB=0.0172779;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260071;OID=.;OPOS=20370796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr17 20370806 . G A 124.55 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5427;QD=41.5172;RBI=0.0202101;REFB=0;REVB=0.00166212;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00683069;OID=.;OPOS=20370806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:9:3:0:0 chr17 20769862 . T A 139.43 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00938197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.673;QD=9.14317;RBI=0.0398557;REFB=-0.00415188;REVB=-0.0387357;RO=41;SAF=15;SAR=4;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356643;STB=0.708422;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0135402;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:42:19:19:0.311475:4:15:21:20:4:15:22:20 chr17 20769866 . G A 117.52 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0107811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.006;QD=7.58176;RBI=0.0232569;REFB=0.00877733;REVB=-0.020607;RO=45;SAF=13;SAR=4;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280441;STB=0.672195;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0471569;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:4:13:25:20:4:13:25:20 chr17 20769896 . G T 292.03 PASS AF=0.4125;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00895474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.099;QD=14.6013;RBI=0.0123764;REFB=-0.0105956;REVB=-0.0085433;RO=46;SAF=21;SAR=11;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123668;STB=0.563941;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0130321;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:46:47:32:33:0.4125:11:21:25:21:12:21:25:22 chr17 20769899 . G T 291.41 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00244406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.636;QD=14.3904;RBI=0.042729;REFB=-0.00402911;REVB=-0.0426591;RO=48;SAF=21;SAR=12;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124872;STB=0.571052;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00804837;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:12:21:25:23:12:21:25:23 chr17 20769904 . G A 379.54 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.028988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3175;QD=16.6829;RBI=0.0391563;REFB=-0.00795558;REVB=-0.0263232;RO=51;SAF=26;SAR=14;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145734;STB=0.582048;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0107364;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:14:26:26:25:14:26:26:25 chr17 20769954 . T G 513.86 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0341417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.812;QD=21.8662;RBI=0.0343651;REFB=-0.0156205;REVB=-0.00391179;RO=45;SAF=28;SAR=21;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562783;STB=0.503104;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0132113;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:21:28:26:19:21:28:26:19 chr17 20769964 . C A 456.08 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.123475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2089;QD=20.2704;RBI=0.142458;REFB=0.0237389;REVB=-0.0710496;RO=45;SAF=26;SAR=19;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020458;STB=0.511341;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0225423;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:19:26:25:20:19:26:25:20 chr17 20769968 . G A 444.48 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.022734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.756;QD=20.4357;RBI=0.0390326;REFB=-0.0226684;REVB=-0.0317287;RO=41;SAF=25;SAR=19;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00639679;STB=0.505048;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.020802;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:41:43:44:44:0.505747:19:25:23:18:19:25:24:19 chr17 20769995 . C T 369.92 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0667571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7044;QD=19.7291;RBI=0.0685363;REFB=-0.0179002;REVB=0.0155151;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134372;STB=0.507459;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0185897;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:17:21:21:16:17:21:21:16 chr17 20770002 . CC AG 322.35 PASS AF=0.5;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0142074;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=2;MLLD=203.802;QD=18.9619;RBI=0.0148307;REFB=-0.0236286;REVB=-0.00425458;RO=34;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671674;STB=0.529395;STBP=0.664;TYPE=mnp;VARB=0.024903;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:34:33:34:0.5:17:16:19:15:17:17:19:15 chr17 20903068 . C A 2460.67 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.884;QD=60.3845;RBI=0.021227;REFB=0;REVB=0.0165574;RO=0;SAF=65;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457938;OID=.;OPOS=20903068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:156:163:0:0:155:163:1:90:65:0:0:94:69:0:0 chr17 20903080 . C A 2656.11 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.707;QD=62.1313;RBI=0.0200951;REFB=0;REVB=-0.00586691;RO=0;SAF=64;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.73103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32236e-06;OID=.;OPOS=20903080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:171:0:0:162:171:1:98:64:0:0:103:68:0:0 chr17 20914514 . G A 538.07 PASS AF=0.245509;AO=82;DP=338;FAO=82;FDP=334;FR=.;FRO=252;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=127;FSRR=125;FWDB=0.0233605;FXX=0.0147488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.911;QD=6.44393;RBI=0.0321761;REFB=0.0058829;REVB=0.0221267;RO=244;SAF=46;SAR=36;SRF=123;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717896;STB=0.54319;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0189082;OID=.;OPOS=20914514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:334:244:252:82:82:0.245509:36:46:123:121:36:46:127:125 chr17 20924523 . G A 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.261;QD=61.1581;RBI=0.0262265;REFB=0;REVB=-0.0154783;RO=0;SAF=48;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51863e-05;OID=.;OPOS=20924523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:70:48:0:0:70:48:0:0 chr17 21117589 . C A 650.03 PASS AF=0.248718;AO=97;DP=390;FAO=97;FDP=390;FR=.;FRO=293;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=137;FSRR=156;FWDB=0.008644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0549;QD=6.66692;RBI=0.0238926;REFB=0.00192436;REVB=0.0222741;RO=292;SAF=41;SAR=56;SRF=137;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593452;STB=0.534184;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00483462;OID=.;OPOS=21117589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:390:292:293:97:97:0.248718:56:41:137:155:56:41:137:156 chr17 21132915 . C T 1457.51 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00372149;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8058;QD=63.37;RBI=0.0145979;REFB=0;REVB=0.0141156;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36279e-05;OID=.;OPOS=21132915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chr17 21144074 . G A 6723.81 PASS AF=0.933884;AO=451;DP=486;FAO=452;FDP=484;FR=.;FRO=32;FSAF=227;FSAR=225;FSRF=3;FSRR=29;FWDB=0.0159387;FXX=0.00616004;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.274;QD=55.5687;RBI=0.0189123;REFB=-0.00601174;REVB=-0.0101801;RO=30;SAF=226;SAR=225;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476384;STB=0.526999;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000208236;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:486:484:30:32:451:452:0.933884:225:226:3:27:225:227:3:29 chr17 21144125 . C G 43.45 PASS AF=0.0684932;AO=9;DP=146;FAO=10;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=131;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=98;FWDB=-0.0366813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.082;QD=1.19044;RBI=0.038195;REFB=-0.00275608;REVB=0.0106461;RO=120;SAF=7;SAR=2;SRF=30;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532479;STB=0.854406;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.181475;OID=.;OPOS=21144125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:146:146:120:131:9:10:0.0684932:2:7:30:90:3:7:33:98 chr17 21144139 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG 34.41 PASS AF=0.152672,0.0229008;AO=27,17;DP=133;FAO=20,3;FDP=131;FR=.;FRO=108;FSAF=5,0;FSAR=15,3;FSRF=32;FSRR=76;FWDB=0.178531,0.0177065;FXX=0.0150365;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.84354,57.2131;QD=1.05074;RBI=0.191869,0.0584415;REFB=-0.108027,-0.00747313;REVB=-0.070289,-0.0556946;RO=72;SAF=4,0;SAR=23,17;SRF=30;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.408086,-0.725334;STB=0.549453,0.995296;STBP=0.682,0.168;TYPE=del,mnp;VARB=0.140668,0.118879;OID=.,.;OPOS=21144140,21144144;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152672,0.0229008:27,17:133:20,3:131:108:5,0:15,3:32:76:23:72:4,0:23,17:30:42 chr17 21144155 . C G 2955.55 PASS AF=0.989583;AO=186;DP=187;FAO=190;FDP=192;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0195982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3358;QD=61.574;RBI=0.0489117;REFB=-0.0253232;REVB=0.0448136;RO=1;SAF=35;SAR=151;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00314319;STB=0.503225;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000204997;OID=.;OPOS=21144155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:192:1:2:186:190:0.989583:151:35:0:1:154:36:0:2 chr17 21144352 . G A 3626.74 PASS AF=0.987854;AO=210;DP=242;FAO=244;FDP=247;FR=.;FRO=3;FSAF=159;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00553025;FXX=0.0040321;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.409;QD=58.7326;RBI=0.0509593;REFB=-0.1249;REVB=0.0506584;RO=0;SAF=159;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22271e-08;STB=0.50867;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00205687;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:242:247:0:3:210:244:0.987854:51:159:0:0:85:159:0:3 chr17 21194769 . C T 248.64 PASS AF=0.172043;AO=47;DP=275;FAO=48;FDP=279;FR=.;FRO=231;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=103;FSRR=128;FWDB=0.00289267;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.505;QD=3.56475;RBI=0.0035937;REFB=-0.00169305;REVB=-0.0021324;RO=227;SAF=25;SAR=22;SRF=99;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123424;STB=0.561814;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00696716;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:279:227:231:47:48:0.172043:22:25:99:128:23:25:103:128 chr17 21194771 . A T 257.77 PASS AF=0.175627;AO=49;DP=278;FAO=49;FDP=279;FR=.;FRO=230;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=103;FSRR=127;FWDB=-0.000210402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2049;QD=3.69564;RBI=0.00715092;REFB=-0.000993291;REVB=-0.00714782;RO=229;SAF=26;SAR=23;SRF=103;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10423;STB=0.567906;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00470632;OID=.;OPOS=21194771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:279:229:230:49:49:0.175627:23:26:103:126:23:26:103:127 chr17 21194785 . T C 279.55 PASS AF=0.178082;AO=52;DP=292;FAO=52;FDP=292;FR=.;FRO=240;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=109;FSRR=131;FWDB=0.00405705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.436;QD=3.82938;RBI=0.0104028;REFB=-0.00260474;REVB=-0.00957905;RO=235;SAF=28;SAR=24;SRF=106;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112645;STB=0.56893;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0184308;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:235:240:52:52:0.178082:24:28:106:129:24:28:109:131 chr17 21194820 . G A 335.31 PASS AF=0.192926;AO=59;DP=311;FAO=60;FDP=311;FR=.;FRO=251;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=99;FSRR=152;FWDB=-0.027289;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.37;QD=4.31266;RBI=0.0344137;REFB=-0.00661518;REVB=-0.0209669;RO=251;SAF=36;SAR=23;SRF=99;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273592;STB=0.674213;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0309749;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:251:251:59:60:0.192926:23:36:99:152:23:37:99:152 chr17 21194843 . T C 412.16 PASS AF=0.21865;AO=67;DP=310;FAO=68;FDP=311;FR=.;FRO=243;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=81;FSRR=162;FWDB=-0.0576262;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.303;QD=5.30114;RBI=0.0591853;REFB=-0.00396678;REVB=-0.0134954;RO=242;SAF=41;SAR=26;SRF=81;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344859;STB=0.711679;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0269948;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:311:242:243:67:68:0.21865:26:41:81:161:26:42:81:162 chr17 21194852 . G A 437.47 PASS AF=0.223975;AO=71;DP=317;FAO=71;FDP=317;FR=.;FRO=246;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=86;FSRR=160;FWDB=0.0166039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.254;QD=5.52014;RBI=0.0166209;REFB=-0.00470882;REVB=-0.000750544;RO=246;SAF=42;SAR=29;SRF=86;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302404;STB=0.681326;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0128882;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:317:246:246:71:71:0.223975:29:42:86:160:29:42:86:160 chr17 21194859 . G A 412.0 PASS AF=0.221865;AO=67;DP=308;FAO=69;FDP=311;FR=.;FRO=242;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=87;FSRR=155;FWDB=0.0310126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0017;QD=5.29899;RBI=0.0359133;REFB=-0.00304755;REVB=-0.0181104;RO=240;SAF=39;SAR=28;SRF=87;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276241;STB=0.67669;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0121555;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:311:240:242:67:69:0.221865:28:39:87:153:28:41:87:155 chr17 21199022 . A T 269.8 PASS AF=0.248485;AO=41;DP=166;FAO=41;FDP=165;FR=.;FRO=124;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=0.048953;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.339;QD=6.54066;RBI=0.0512038;REFB=-0.011069;REVB=-0.0150146;RO=119;SAF=11;SAR=30;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334423;STB=0.709632;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0244616;OID=.;OPOS=21199022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:119:124:41:41:0.248485:30:11:63:56:30:11:67:57 chr17 21199037 . G A 262.2 PASS AF=0.245399;AO=40;DP=163;FAO=40;FDP=163;FR=.;FRO=123;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=-0.00604115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0968;QD=6.43428;RBI=0.0117614;REFB=0.00245548;REVB=0.0100913;RO=119;SAF=12;SAR=28;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300881;STB=0.676196;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00754228;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:119:123:40:40:0.245399:28:12:64:55:28:12:65:58 chr17 21199083 . T A 207.37 PASS AF=0.260504;AO=30;DP=121;FAO=31;FDP=119;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.0580752;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.257;QD=6.97057;RBI=0.0606714;REFB=-0.00687202;REVB=-0.0175582;RO=85;SAF=8;SAR=22;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269448;STB=0.64696;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0152127;OID=.;OPOS=21199083;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:85:88:30:31:0.260504:22:8:40:45:22:9:42:46 chr17 21199390 . C T 249.16 PASS AF=0.174545;AO=48;DP=275;FAO=48;FDP=275;FR=.;FRO=227;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=128;FSRR=99;FWDB=-0.00582867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7495;QD=3.62411;RBI=0.00632719;REFB=-0.00175967;REVB=0.00246171;RO=224;SAF=25;SAR=23;SRF=125;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483436;STB=0.535683;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0176138;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:224:227:48:48:0.174545:23:25:125:99:23:25:128:99 chr17 21199403 . C T 372.68 PASS AF=0.20712;AO=63;DP=309;FAO=64;FDP=309;FR=.;FRO=245;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=127;FSRR=118;FWDB=-0.00908663;FXX=0.0032257;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.617;QD=4.82431;RBI=0.0673244;REFB=-0.000428057;REVB=-0.0667084;RO=246;SAF=32;SAR=31;SRF=127;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107286;STB=0.502176;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00165037;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:246:245:63:64:0.20712:31:32:127:119:31:33:127:118 chr17 21201719 . T C 544.48 PASS AF=0.213115;AO=90;DP=420;FAO=91;FDP=427;FR=.;FRO=336;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=166;FSRR=170;FWDB=-0.0637987;FXX=0.00233639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4925;QD=5.10047;RBI=0.0641636;REFB=-0.0102867;REVB=-0.00683333;RO=329;SAF=49;SAR=41;SRF=160;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747566;STB=0.543637;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.035797;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:427:329:336:90:91:0.213115:41:49:160:169:41:50:166:170 chr17 21202191 . C A 485.09 PASS AF=0.255319;AO=65;DP=289;FAO=72;FDP=282;FR=.,HEALED;FRO=209;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=66;FSRR=143;FWDB=-0.0276191;FXX=0.0309268;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.1587;QD=6.88075;RBI=0.0326697;REFB=-0.0171096;REVB=0.0174498;RO=153;SAF=29;SAR=36;SRF=37;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26147;STB=0.627645;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0239281;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:282:153:209:65:72:0.255319:36:29:37:116:37:35:66:143 chr17 21202237 . G C 558.08 PASS AF=0.296875;AO=76;DP=256;FAO=76;FDP=256;FR=.;FRO=180;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=65;FSRR=115;FWDB=0.00865214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.156;QD=8.72;RBI=0.015826;REFB=-0.00670582;REVB=-0.0132515;RO=179;SAF=36;SAR=40;SRF=64;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142485;STB=0.580021;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0151679;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:179:180:76:76:0.296875:40:36:64:115:40:36:65:115 chr17 21203893 . T C 509.03 PASS AF=0.227397;AO=79;DP=363;FAO=83;FDP=365;FR=.;FRO=282;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=140;FSRR=142;FWDB=0.0126011;FXX=0.00544944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.149;QD=5.57838;RBI=0.0139967;REFB=-0.000883567;REVB=-0.00609266;RO=284;SAF=27;SAR=52;SRF=141;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202655;STB=0.596515;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00301736;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:365:284:282:79:83:0.227397:52:27:141:143:52:31:140:142 chr17 21203934 . G A 347.78 PASS AF=0.194357;AO=62;DP=321;FAO=62;FDP=319;FR=.;FRO=257;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=116;FSRR=141;FWDB=0.0439311;FXX=0.00623034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.493;QD=4.3609;RBI=0.0577875;REFB=-0.00031564;REVB=0.0375428;RO=254;SAF=20;SAR=42;SRF=115;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17614;STB=0.609439;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00136743;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:319:254:257:62:62:0.194357:42:20:115:139:42:20:116:141 chr17 21203949 . C T 293.8 PASS AF=0.188612;AO=53;DP=281;FAO=53;FDP=281;FR=.;FRO=228;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=103;FSRR=125;FWDB=0.0324836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1292;QD=4.18215;RBI=0.0332879;REFB=-0.0165917;REVB=0.00727316;RO=226;SAF=19;SAR=34;SRF=102;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124017;STB=0.578572;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0572483;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:226:228:53:53:0.188612:34:19:102:124:34:19:103:125 chr17 21204187 . G T 289.17 PASS AF=0.176849;AO=55;DP=311;FAO=55;FDP=311;FR=.;FRO=256;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=147;FSRR=109;FWDB=0.0244959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.526;QD=3.71925;RBI=0.0245017;REFB=-0.00134533;REVB=-0.000530471;RO=256;SAF=29;SAR=26;SRF=147;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613369;STB=0.53891;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00669522;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:256:256:55:55:0.176849:26:29:147:109:26:29:147:109 chr17 21204192 . C T 256.02 PASS AF=0.161994;AO=52;DP=322;FAO=52;FDP=321;FR=.;FRO=269;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=154;FSRR=115;FWDB=0.0150958;FXX=0.00310549;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.505;QD=3.19026;RBI=0.0202389;REFB=0.00381528;REVB=0.0134807;RO=264;SAF=29;SAR=23;SRF=153;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028802;STB=0.5126;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0204301;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:321:264:269:52:52:0.161994:23:29:153:111:23:29:154:115 chr17 21204210 . C T 280.88 PASS AF=0.149144;AO=61;DP=410;FAO=61;FDP=409;FR=.;FRO=348;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=183;FSRR=165;FWDB=0.0200067;FXX=0.00243896;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.472;QD=2.74694;RBI=0.0618514;REFB=0.00753199;REVB=0.0585262;RO=348;SAF=33;SAR=28;SRF=183;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196036;STB=0.512922;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0477147;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:409:348:348:61:61:0.149144:28:33:183:165:28:33:183:165 chr17 21204257 . G A 289.76 PASS AF=0.139004;AO=67;DP=479;FAO=67;FDP=482;FR=.;FRO=415;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=213;FSRR=202;FWDB=0.00523477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.648;QD=2.40464;RBI=0.00562952;REFB=-0.000418663;REVB=-0.00207091;RO=411;SAF=36;SAR=31;SRF=211;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030857;STB=0.520761;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00221111;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:479:482:411:415:67:67:0.139004:31:36:211:200:31:36:213:202 chr17 21204266 . T C 264.09 PASS AF=0.129293;AO=62;DP=476;FAO=64;FDP=495;FR=.;FRO=431;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=226;FSRR=205;FWDB=0.017749;FXX=0.00201609;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.239;QD=2.13404;RBI=0.0329968;REFB=0.00136245;REVB=-0.0278165;RO=413;SAF=36;SAR=26;SRF=224;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049556;STB=0.533442;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0100441;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:476:495:413:431:62:64:0.129293:26:36:224:189:28:36:226:205 chr17 21204308 . G T 228.19 PASS AF=0.128146;AO=55;DP=441;FAO=56;FDP=437;FR=.;FRO=381;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=189;FSRR=192;FWDB=0.0106469;FXX=0.00907009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.15;QD=2.0887;RBI=0.0134054;REFB=0.00150835;REVB=0.0081455;RO=384;SAF=33;SAR=22;SRF=192;SRR=192;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127461;STB=0.581481;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00870036;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:437:384:381:55:56:0.128146:22:33:192:192:23:33:189:192 chr17 21205460 . C T 285.18 PASS AF=0.196787;AO=48;DP=249;FAO=49;FDP=249;FR=.;FRO=200;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=110;FSRR=90;FWDB=-0.0110556;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.395;QD=4.58115;RBI=0.0134829;REFB=-0.00734935;REVB=-0.00771772;RO=188;SAF=20;SAR=28;SRF=100;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147681;STB=0.596772;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.027845;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:188:200:48:49:0.196787:28:20:100:88:28:21:110:90 chr17 21206556 . C T 371.41 PASS AF=0.187845;AO=68;DP=361;FAO=68;FDP=362;FR=.;FRO=294;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=67;FSRR=227;FWDB=0.0281822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.263;QD=4.10399;RBI=0.0337728;REFB=-0.00301697;REVB=0.018611;RO=289;SAF=24;SAR=44;SRF=65;SRR=224;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199268;STB=0.618926;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0101656;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:362:289:294:68:68:0.187845:44:24:65:224:44:24:67:227 chr17 21207813 . T G 683.67 PASS AF=0.196141;AO=121;DP=623;FAO=122;FDP=622;FR=.;FRO=500;FSAF=34;FSAR=88;FSRF=252;FSRR=248;FWDB=-0.0067552;FXX=0.00160511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8777;QD=4.3966;RBI=0.0367096;REFB=-0.000295943;REVB=-0.0360827;RO=491;SAF=34;SAR=87;SRF=249;SRR=242;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301761;STB=0.687769;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000633863;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:623:622:491:500:121:122:0.196141:87:34:249:242:88:34:252:248 chr17 21207835 . G A 869.72 PASS AF=0.229236;AO=138;DP=602;FAO=138;FDP=602;FR=.;FRO=464;FSAF=44;FSAR=94;FSRF=225;FSRR=239;FWDB=0.0321905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2192;QD=5.77889;RBI=0.0321925;REFB=0.0085669;REVB=-0.000351511;RO=462;SAF=44;SAR=94;SRF=224;SRR=238;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21989;STB=0.633112;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0203373;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:602:602:462:464:138:138:0.229236:94:44:224:238:94:44:225:239 chr17 21207844 . C T 447.75 PASS AF=0.15952;AO=93;DP=583;FAO=93;FDP=583;FR=.;FRO=490;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=211;FSRR=279;FWDB=-0.0167939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.879;QD=3.07207;RBI=0.0196499;REFB=-0.00559908;REVB=-0.0102021;RO=484;SAF=44;SAR=49;SRF=207;SRR=277;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595942;STB=0.53596;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0269147;OID=.;OPOS=21207844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:583:583:484:490:93:93:0.15952:49:44:207:277:49:44:211:279 chr17 21208413 . C T 1074.55 PASS AF=0.364162;AO=125;DP=346;FAO=126;FDP=346;FR=.;FRO=220;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=107;FSRR=113;FWDB=-0.00562583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.182;QD=12.4225;RBI=0.0136577;REFB=-0.00579289;REVB=-0.0124452;RO=218;SAF=57;SAR=68;SRF=105;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028957;STB=0.51662;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0101815;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:218:220:125:126:0.364162:68:57:105:113:68:58:107:113 chr17 21208449 . G T 653.44 PASS AF=0.319549;AO=85;DP=267;FAO=85;FDP=266;FR=.;FRO=181;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=98;FSRR=83;FWDB=-0.00885069;FXX=0.00374518;HRUN=6;LEN=1;MLLD=224.87;QD=9.82616;RBI=0.0236217;REFB=-0.00590428;REVB=-0.0219009;RO=179;SAF=40;SAR=45;SRF=98;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904254;STB=0.548091;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0131521;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:179:181:85:85:0.319549:45:40:98:81:45:40:98:83 chr17 21215483 . C T 3559.95 PASS AF=0.422826;AO=388;DP=922;FAO=389;FDP=920;FR=.;FRO=531;FSAF=216;FSAR=173;FSRF=263;FSRR=268;FWDB=-0.00418343;FXX=0.00432896;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.501;QD=15.478;RBI=0.0088283;REFB=-0.0082835;REVB=-0.00777418;RO=525;SAF=215;SAR=173;SRF=262;SRR=263;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573735;STB=0.534775;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0103035;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:922:920:525:531:388:389:0.422826:173:215:262:263:173:216:263:268 chr17 21215537 . C A 2468.0 PASS AF=0.347126;AO=303;DP=873;FAO=302;FDP=870;FR=.;FRO=568;FSAF=146;FSAR=156;FSRF=254;FSRR=314;FWDB=-0.00338695;FXX=0.00343639;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.989;QD=11.3471;RBI=0.0135521;REFB=-0.00892234;REVB=0.013122;RO=560;SAF=147;SAR=156;SRF=251;SRR=309;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424532;STB=0.523735;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0138357;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:873:870:560:568:303:302:0.347126:156:147:251:309:156:146:254:314 chr17 21215552 . C T 2354.24 PASS AF=0.347255;AO=290;DP=838;FAO=291;FDP=838;FR=.;FRO=547;FSAF=128;FSAR=163;FSRF=254;FSRR=293;FWDB=0.0128904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.621;QD=11.2374;RBI=0.0164884;REFB=-0.0107202;REVB=0.0102813;RO=527;SAF=127;SAR=163;SRF=235;SRR=292;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00924322;STB=0.516155;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0219944;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:838:838:527:547:290:291:0.347255:163:127:235:292:163:128:254:293 chr17 21215557 . G A 2637.22 PASS AF=0.379481;AO=304;DP=809;FAO=307;FDP=809;FR=.;FRO=502;FSAF=151;FSAR=156;FSRF=222;FSRR=280;FWDB=0.00105447;FXX=0.0097918;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.686;QD=13.0394;RBI=0.00108519;REFB=-0.00240939;REVB=-0.000256405;RO=476;SAF=150;SAR=154;SRF=214;SRR=262;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478641;STB=0.530831;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00423712;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:809:809:476:502:304:307:0.379481:154:150:214:262:156:151:222:280 chr17 21216788 . C T 987.58 PASS AF=0.343575;AO=123;DP=358;FAO=123;FDP=358;FR=.;FRO=235;FSAF=75;FSAR=48;FSRF=134;FSRR=101;FWDB=0.0200568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.227;QD=11.0344;RBI=0.0205518;REFB=-0.00195282;REVB=0.00448379;RO=233;SAF=75;SAR=48;SRF=134;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413889;STB=0.526944;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00295298;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:358:233:235:123:123:0.343575:48:75:134:99:48:75:134:101 chr17 21216846 . G C 739.41 PASS AF=0.323024;AO=93;DP=290;FAO=94;FDP=291;FR=.;FRO=197;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=120;FSRR=77;FWDB=-0.00375004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3576;QD=10.1637;RBI=0.0392327;REFB=-0.0115791;REVB=0.0390531;RO=197;SAF=58;SAR=35;SRF=120;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181554;STB=0.505631;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0268039;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:291:197:197:93:94:0.323024:35:58:120:77:36:58:120:77 chr17 21217513 . G A 1396.68 PASS AF=0.344828;AO=170;DP=493;FAO=170;FDP=493;FR=.;FRO=323;FSAF=69;FSAR=101;FSRF=166;FSRR=157;FWDB=-0.0180839;FXX=0.00202425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6496;QD=11.3321;RBI=0.036527;REFB=0.0127007;REVB=0.0317363;RO=322;SAF=69;SAR=101;SRF=165;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123752;STB=0.57141;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0225474;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:493:493:322:323:170:170:0.344828:101:69:165:157:101:69:166:157 chr17 21217547 . T C 1337.61 PASS AF=0.335329;AO=169;DP=503;FAO=168;FDP=501;FR=.;FRO=333;FSAF=72;FSAR=96;FSRF=180;FSRR=153;FWDB=-0.000906823;FXX=0.00595226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.05;QD=10.6795;RBI=0.0133119;REFB=0.000712338;REVB=-0.0132809;RO=323;SAF=73;SAR=96;SRF=177;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133717;STB=0.57435;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00232575;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:503:501:323:333:169:168:0.335329:96:73:177:146:96:72:180:153 chr17 21217586 . G T 1332.18 PASS AF=0.32381;AO=165;DP=528;FAO=170;FDP=525;FR=.;FRO=355;FSAF=86;FSAR=84;FSRF=189;FSRR=166;FWDB=-0.00380497;FXX=0.0331486;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.943;QD=10.15;RBI=0.0042217;REFB=-0.00628716;REVB=0.00182891;RO=340;SAF=81;SAR=84;SRF=181;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048756;STB=0.517935;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00973275;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:528:525:340:355:165:170:0.32381:84:81:181:159:84:86:189:166 chr17 21217596 . C G 1533.4 PASS AF=0.277014;AO=119;DP=527;FAO=141;FDP=509;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=316;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=171;FSRR=145;FWDB=-0.00713938;FXX=0.0396219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.78;QD=12.0503;RBI=0.02616;REFB=-0.0308862;REVB=-0.0251669;RO=209;SAF=38;SAR=81;SRF=101;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194505;STB=0.574869;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.057542;OID=.;OPOS=21217596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:527:509:209:316:119:141:0.277014:81:38:101:108:80:61:171:145 chr17 21217660 . C T 1631.64 PASS AF=0.337248;AO=201;DP=598;FAO=201;FDP=596;FR=.;FRO=395;FSAF=101;FSAR=100;FSRF=221;FSRR=174;FWDB=-0.00154689;FXX=0.00334443;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.613;QD=10.9506;RBI=0.00704379;REFB=-0.00652187;REVB=0.00687184;RO=395;SAF=101;SAR=100;SRF=221;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664234;STB=0.537792;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0139569;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:598:596:395:395:201:201:0.337248:100:101:221:174:100:101:221:174 chr17 21217690 . C T 1652.61 PASS AF=0.340604;AO=203;DP=596;FAO=203;FDP=596;FR=.;FRO=393;FSAF=103;FSAR=100;FSRF=214;FSRR=179;FWDB=0.032635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3592;QD=11.0913;RBI=0.0343766;REFB=-0.00819767;REVB=0.0108034;RO=391;SAF=103;SAR=100;SRF=212;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403532;STB=0.524511;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0167495;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:596:596:391:393:203:203:0.340604:100:103:212:179:100:103:214:179 chr17 21217727 . T C 792.27 PASS AF=0.267606;AO=114;DP=424;FAO=114;FDP=426;FR=.;FRO=312;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=186;FSRR=126;FWDB=-0.0790726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.59;QD=7.43921;RBI=0.0811383;REFB=-0.00691147;REVB=-0.018192;RO=287;SAF=52;SAR=62;SRF=167;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153341;STB=0.601483;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0181387;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:424:426:287:312:114:114:0.267606:62:52:167:120:62:52:186:126 chr17 21217749 . G C 626.62 PASS AF=0.285246;AO=87;DP=304;FAO=87;FDP=305;FR=.;FRO=218;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=115;FSRR=103;FWDB=-0.0284865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4537;QD=8.21801;RBI=0.0360889;REFB=-0.0084449;REVB=-0.022157;RO=203;SAF=34;SAR=53;SRF=100;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124647;STB=0.59819;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0192261;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:305:203:218:87:87:0.285246:53:34:100:103:53:34:115:103 chr17 21318663 . G A 166.62 PASS AF=0.155251;AO=34;DP=216;FAO=34;FDP=219;FR=.;FRO=185;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=72;FSRR=113;FWDB=-0.0343694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.954;QD=3.04328;RBI=0.0344113;REFB=-0.00340744;REVB=0.0016966;RO=182;SAF=16;SAR=18;SRF=70;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112493;STB=0.569525;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0177334;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:219:182:185:34:34:0.155251:18:16:70:112:18:16:72:113 chr17 21318671 . G A 32.3 PASS AF=0.0614754;AO=15;DP=242;FAO=15;FDP=244;FR=.;FRO=229;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=86;FSRR=143;FWDB=-0.0177414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.9065;QD=0.529484;RBI=0.0465345;REFB=-0.000782318;REVB=0.0430198;RO=227;SAF=7;SAR=8;SRF=84;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105201;STB=0.586785;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0127625;OID=.;OPOS=21318671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:242:244:227:229:15:15:0.0614754:8:7:84:143:8:7:86:143 chr17 21318698 . C T 593.94 PASS AF=0.277592;AO=82;DP=300;FAO=83;FDP=299;FR=.;FRO=216;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=75;FSRR=141;FWDB=0.0564745;FXX=0.00993345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9793;QD=7.94564;RBI=0.0581746;REFB=0.00510013;REVB=0.0139612;RO=215;SAF=42;SAR=40;SRF=74;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207614;STB=0.622463;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0172144;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:299:215:216:82:83:0.277592:40:42:74:141:40:43:75:141 chr17 21318770 . G A 968.87 PASS AF=0.293454;AO=130;DP=441;FAO=130;FDP=443;FR=.;FRO=313;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=133;FSRR=180;FWDB=-0.00308888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.546;QD=8.7483;RBI=0.00688319;REFB=-0.00546324;REVB=-0.00615119;RO=311;SAF=55;SAR=75;SRF=133;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00568944;STB=0.501333;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0138314;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:443:311:313:130:130:0.293454:75:55:133:178:75:55:133:180 chr17 21318773 . G A 977.51 PASS AF=0.292411;AO=131;DP=448;FAO=131;FDP=448;FR=.;FRO=317;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=139;FSRR=178;FWDB=0.0166443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.056;QD=8.72772;RBI=0.0291383;REFB=-0.0124047;REVB=-0.0239167;RO=316;SAF=55;SAR=76;SRF=138;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209767;STB=0.513476;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0192921;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:448:316:317:131:131:0.292411:76:55:138:178:76:55:139:178 chr17 21318782 . G A 176.95 PASS AF=0.109914;AO=50;DP=464;FAO=51;FDP=464;FR=.;FRO=413;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=178;FSRR=235;FWDB=-0.0354816;FXX=0.00642384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.754;QD=1.5254;RBI=0.038027;REFB=-0.0020936;REVB=0.0136786;RO=408;SAF=21;SAR=29;SRF=175;SRR=233;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113474;STB=0.500344;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0198429;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:464:464:408:413:50:51:0.109914:29:21:175:233:29:22:178:235 chr17 21318867 . G A 233.83 PASS AF=0.116883;AO=63;DP=540;FAO=63;FDP=539;FR=.;FRO=476;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=252;FSRR=224;FWDB=0.0200892;FXX=0.00185182;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.967;QD=1.73527;RBI=0.0221772;REFB=0.00368326;REVB=-0.00939427;RO=471;SAF=34;SAR=29;SRF=250;SRR=221;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112774;STB=0.509112;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0270024;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:540:539:471:476:63:63:0.116883:29:34:250:221:29:34:252:224 chr17 21318897 . G C 1426.66 PASS AF=0.323894;AO=182;DP=564;FAO=183;FDP=565;FR=.;FRO=382;FSAF=100;FSAR=83;FSRF=216;FSRR=166;FWDB=-0.0337052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.905;QD=10.1002;RBI=0.0761208;REFB=-0.0154001;REVB=-0.068252;RO=381;SAF=99;SAR=83;SRF=216;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274525;STB=0.512986;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0367349;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:565:381:382:182:183:0.323894:83:99:216:165:83:100:216:166 chr17 21318912 . C A 247.31 PASS AF=0.117544;AO=67;DP=570;FAO=67;FDP=570;FR=.;FRO=503;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=280;FSRR=223;FWDB=0.0283224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0498;QD=1.73551;RBI=0.0393262;REFB=-0.000343759;REVB=0.0272835;RO=498;SAF=38;SAR=29;SRF=278;SRR=220;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114578;STB=0.509413;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00466272;OID=.;OPOS=21318912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:570:570:498:503:67:67:0.117544:29:38:278:220:29:38:280:223 chr17 21318918 . G A 246.32 PASS AF=0.119217;AO=67;DP=562;FAO=67;FDP=562;FR=.;FRO=495;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=274;FSRR=221;FWDB=0.0458134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0506;QD=1.75314;RBI=0.0464421;REFB=0.0037162;REVB=0.00761538;RO=493;SAF=38;SAR=29;SRF=272;SRR=221;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197955;STB=0.512181;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0301562;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:562:562:493:495:67:67:0.119217:29:38:272:221:29:38:274:221 chr17 21318948 . C T 239.42 PASS AF=0.121905;AO=59;DP=521;FAO=64;FDP=525;FR=.;FRO=461;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=254;FSRR=207;FWDB=-0.0462817;FXX=0.00568171;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8051;QD=1.82413;RBI=0.05154;REFB=-0.00576033;REVB=-0.0226798;RO=459;SAF=29;SAR=30;SRF=254;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776817;STB=0.544748;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0455392;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:521:525:459:461:59:64:0.121905:30:29:254:205:32:32:254:207 chr17 21318951 . CA CG,TG 1950.54 PASS AF=0.324219,0.115234;AO=163,61;DP=515;FAO=166,59;FDP=512;FR=.;FRO=287;FSAF=87,30;FSAR=79,29;FSRF=164;FSRR=123;FWDB=-0.0445055,-0.0325496;FXX=0.00582513;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=81.2399,168.04;QD=15.2386;RBI=0.0538174,0.045177;REFB=-0.0208779,-0.0109774;REVB=-0.0302584,-0.0313287;RO=284;SAF=85,31;SAR=78,30;SRF=163;SRR=121;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0593491,-0.0856152;STB=0.530141,0.552309;STBP=0.332,0.393;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0179905,0.0202599;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:515:512:284:287:163,61:166,59:0.324219,0.115234:78,30:85,31:163:121:79,29:87,30:164:123 chr17 21318969 . C T 237.56 PASS AF=0.121331;AO=62;DP=516;FAO=62;FDP=511;FR=.;FRO=449;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=248;FSRR=201;FWDB=0.0147112;FXX=0.00968973;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.526;QD=1.85954;RBI=0.0270058;REFB=-0.000116725;REVB=-0.0226471;RO=434;SAF=34;SAR=28;SRF=237;SRR=197;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00295466;STB=0.503506;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00125411;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:516:511:434:449:62:62:0.121331:28:34:237:197:28:34:248:201 chr17 21318981 . C T 209.42 PASS AF=0.111954;AO=59;DP=527;FAO=59;FDP=527;FR=.;FRO=468;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=245;FSRR=223;FWDB=0.00726122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2614;QD=1.5895;RBI=0.0233867;REFB=-0.00587268;REVB=-0.0222309;RO=461;SAF=36;SAR=23;SRF=243;SRR=218;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105469;STB=0.578079;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0406131;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:527:527:461:468:59:59:0.111954:23:36:243:218:23:36:245:223 chr17 21319007 . GG AC,GC 1852.44 PASS AF=0.327309,0.104418;AO=163,51;DP=502;FAO=163,52;FDP=498;FR=.;FRO=283;FSAF=68,19;FSAR=95,33;FSRF=144;FSRR=139;FWDB=0.00274606,-0.000440052;FXX=0.0196847;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=231.462,213.604;QD=14.8791;RBI=0.0164262,0.00919648;REFB=-0.0150291,-0.0187228;REVB=0.016195,0.00918595;RO=276;SAF=68,19;SAR=95,32;SRF=142;SRR=134;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.109248,-0.183809;STB=0.55863,0.622018;STBP=0.05,0.046;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0267249,-0.00258826;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:498:276:283:163,51:163,52:0.327309,0.104418:95,32:68,19:142:134:95,33:68,19:144:139 chr17 21319069 . G A 259.57 PASS AF=0.114833;AO=72;DP=627;FAO=72;FDP=627;FR=.;FRO=555;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=238;FSRR=317;FWDB=-0.00486711;FXX=0.0031796;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7154;QD=1.65596;RBI=0.0137102;REFB=0.00106247;REVB=-0.0128172;RO=554;SAF=26;SAR=46;SRF=236;SRR=318;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850284;STB=0.562673;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.012531;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:627:627:554:555:72:72:0.114833:46:26:236:318:46:26:238:317 chr17 21319079 . C A 263.72 PASS AF=0.114961;AO=72;DP=633;FAO=73;FDP=635;FR=.;FRO=562;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=235;FSRR=327;FWDB=0.00465612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0965;QD=1.6612;RBI=0.0524578;REFB=0.00444213;REVB=0.0522508;RO=561;SAF=27;SAR=45;SRF=235;SRR=326;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573849;STB=0.531877;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0330815;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:633:635:561:562:72:73:0.114961:45:27:235:326:45:28:235:327 chr17 21319087 . G A 303.75 PASS AF=0.122291;AO=79;DP=644;FAO=79;FDP=646;FR=.;FRO=567;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=239;FSRR=328;FWDB=0.0115571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.357;QD=1.88082;RBI=0.0134348;REFB=0.00174889;REVB=0.00685037;RO=565;SAF=30;SAR=49;SRF=239;SRR=326;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570295;STB=0.538188;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0126544;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:644:646:565:567:79:79:0.122291:49:30:239:326:49:30:239:328 chr17 21319110 . G A 346.28 PASS AF=0.132911;AO=84;DP=630;FAO=84;FDP=632;FR=.;FRO=548;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=225;FSRR=323;FWDB=0.0135876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8577;QD=2.19162;RBI=0.0155144;REFB=-0.00342149;REVB=-0.00748832;RO=546;SAF=32;SAR=52;SRF=225;SRR=321;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416747;STB=0.526882;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0167687;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:630:632:546:548:84:84:0.132911:52:32:225:321:52:32:225:323 chr17 21319121 . C T 1711.73 PASS AF=0.348333;AO=209;DP=601;FAO=209;FDP=600;FR=.;FRO=391;FSAF=81;FSAR=128;FSRF=169;FSRR=222;FWDB=-0.000230523;FXX=0.00166387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.4994;QD=11.4115;RBI=0.0312447;REFB=-0.00502894;REVB=-0.0312439;RO=385;SAF=81;SAR=128;SRF=164;SRR=221;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456982;STB=0.530237;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0108401;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:601:600:385:391:209:209:0.348333:128:81:164:221:128:81:169:222 chr17 21319171 . G A 260.2 PASS AF=0.12766;AO=65;DP=517;FAO=66;FDP=517;FR=.;FRO=451;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=208;FSRR=243;FWDB=0.00374931;FXX=0.00576912;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0822;QD=2.01316;RBI=0.0458569;REFB=-0.00216805;REVB=-0.0457033;RO=450;SAF=24;SAR=41;SRF=208;SRR=242;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120982;STB=0.587527;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0144986;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:517:517:450:451:65:66:0.12766:41:24:208:242:42:24:208:243 chr17 21319208 . C T 201.42 PASS AF=0.12178;AO=52;DP=426;FAO=52;FDP=427;FR=.;FRO=375;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=166;FSRR=209;FWDB=0.00838941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.757;QD=1.88686;RBI=0.0251294;REFB=-0.00481935;REVB=-0.0236876;RO=371;SAF=19;SAR=33;SRF=165;SRR=206;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103573;STB=0.570373;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0237386;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:427:371:375:52:52:0.12178:33:19:165:206:33:19:166:209 chr17 21319230 . G C 867.05 PASS AF=0.305851;AO=115;DP=376;FAO=115;FDP=376;FR=.;FRO=261;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=94;FSRR=167;FWDB=0.0906001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.758;QD=9.22397;RBI=0.0920144;REFB=-0.0101916;REVB=-0.0160707;RO=260;SAF=52;SAR=63;SRF=93;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116384;STB=0.56526;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.030557;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:376:260:261:115:115:0.305851:63:52:93:167:63:52:94:167 chr17 21319251 . C T 130.29 PASS AF=0.103175;AO=40;DP=379;FAO=39;FDP=378;FR=.;FRO=339;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=145;FSRR=194;FWDB=-0.0120103;FXX=0.00526302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.97;QD=1.37869;RBI=0.0132018;REFB=0.00296545;REVB=0.00548109;RO=336;SAF=17;SAR=23;SRF=145;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824953;STB=0.507459;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.0253372;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:378:336:339:40:39:0.103175:23:17:145:191:22:17:145:194 chr17 21319272 . C T 166.72 PASS AF=0.110588;AO=47;DP=425;FAO=47;FDP=425;FR=.;FRO=378;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=167;FSRR=211;FWDB=-0.0232123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.918;QD=1.56917;RBI=0.0425363;REFB=-0.00319762;REVB=-0.0356445;RO=375;SAF=17;SAR=30;SRF=166;SRR=209;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104163;STB=0.573951;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0594595;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:425:375:378:47:47:0.110588:30:17:166:209:30:17:167:211 chr17 21319285 . C T 167.05 PASS AF=0.104822;AO=50;DP=478;FAO=50;FDP=477;FR=.;FRO=427;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=189;FSRR=238;FWDB=0.0332167;FXX=0.00209201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8434;QD=1.40082;RBI=0.0557077;REFB=-0.00226826;REVB=0.0447213;RO=428;SAF=22;SAR=28;SRF=189;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00198858;STB=0.50238;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0243205;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:478:477:428:427:50:50:0.104822:28:22:189:239:28:22:189:238 chr17 21319302 . T C 2392.23 PASS AF=0.450704;AO=254;DP=566;FAO=256;FDP=568;FR=.;FRO=312;FSAF=131;FSAR=125;FSRF=135;FSRR=177;FWDB=-0.0187464;FXX=0.00525385;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1295;QD=16.8467;RBI=0.0230658;REFB=-0.0172307;REVB=-0.0134388;RO=304;SAF=129;SAR=125;SRF=130;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792178;STB=0.543341;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0336105;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:566:568:304:312:254:256:0.450704:125:129:130:174:125:131:135:177 chr17 21319311 . C T 251.31 PASS AF=0.114007;AO=70;DP=615;FAO=70;FDP=614;FR=.;FRO=544;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=254;FSRR=290;FWDB=0.00993072;FXX=0.00162599;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.504;QD=1.63719;RBI=0.0180819;REFB=-0.000102383;REVB=0.0151107;RO=536;SAF=33;SAR=37;SRF=253;SRR=283;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000740432;STB=0.504016;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00130631;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:615:614:536:544:70:70:0.114007:37:33:253:283:37:33:254:290 chr17 21319369 . G A 206.87 PASS AF=0.0949796;AO=70;DP=742;FAO=70;FDP=737;FR=.;FRO=667;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=323;FSRR=344;FWDB=-0.00928112;FXX=0.00673845;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.399;QD=1.12274;RBI=0.019084;REFB=-0.00338885;REVB=-0.0166751;RO=670;SAF=30;SAR=40;SRF=323;SRR=347;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652735;STB=0.550687;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0343904;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:742:737:670:667:70:70:0.0949796:40:30:323:347:40:30:323:344 chr17 21319392 . G A 168.45 PASS AF=0.0847458;AO=65;DP=765;FAO=65;FDP=767;FR=.;FRO=702;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=337;FSRR=365;FWDB=-0.0328935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.689;QD=0.878472;RBI=0.0365584;REFB=-0.00129053;REVB=0.0159542;RO=699;SAF=27;SAR=38;SRF=334;SRR=365;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743863;STB=0.559687;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0181228;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:765:767:699:702:65:65:0.0847458:38:27:334:365:38:27:337:365 chr17 21319399 . A G 2368.19 PASS AF=0.370224;AO=278;DP=756;FAO=281;FDP=759;FR=.;FRO=478;FSAF=143;FSAR=138;FSRF=222;FSRR=256;FWDB=-0.00740816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.986;QD=12.4806;RBI=0.00779845;REFB=-0.000903187;REVB=-0.00243618;RO=475;SAF=140;SAR=138;SRF=220;SRR=255;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453035;STB=0.52798;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00115625;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:756:759:475:478:278:281:0.370224:138:140:220:255:138:143:222:256 chr17 21319407 . C T 150.73 PASS AF=0.081117;AO=61;DP=751;FAO=61;FDP=752;FR=.;FRO=691;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=338;FSRR=353;FWDB=0.0649993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0982;QD=0.801773;RBI=0.0801448;REFB=0.00476146;REVB=-0.0468858;RO=684;SAF=27;SAR=34;SRF=332;SRR=352;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502079;STB=0.542879;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0232587;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:751:752:684:691:61:61:0.081117:34:27:332:352:34:27:338:353 chr17 21319436 . G A 101.7 PASS AF=0.0736;AO=45;DP=625;FAO=46;FDP=625;FR=.;FRO=579;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=280;FSRR=299;FWDB=-0.0174023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.344;QD=0.650882;RBI=0.0188481;REFB=-0.00113804;REVB=-0.00723958;RO=568;SAF=19;SAR=26;SRF=277;SRR=291;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743508;STB=0.545435;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0152618;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:625:625:568:579:45:46:0.0736:26:19:277:291:26:20:280:299 chr17 21319439 . T G 103.14 PASS AF=0.0740741;AO=46;DP=618;FAO=46;FDP=621;FR=.;FRO=575;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=277;FSRR=298;FWDB=-0.00243044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.376;QD=0.664318;RBI=0.00486298;REFB=-0.00141778;REVB=0.00421207;RO=569;SAF=20;SAR=26;SRF=273;SRR=296;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514687;STB=0.543707;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0112728;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:618:621:569:575:46:46:0.0740741:26:20:273:296:26:20:277:298 chr17 21319452 . G A 46.12 PASS AF=0.0546737;AO=31;DP=568;FAO=31;FDP=567;FR=.;FRO=536;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=255;FSRR=281;FWDB=-0.0174932;FXX=0.00351488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.503;QD=0.325329;RBI=0.0513344;REFB=-0.00120565;REVB=-0.0482618;RO=519;SAF=13;SAR=18;SRF=243;SRR=276;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507175;STB=0.553748;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0241769;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:568:567:519:536:31:31:0.0546737:18:13:243:276:18:13:255:281 chr17 21319473 . G A 1654.25 PASS AF=0.38809;AO=186;DP=488;FAO=189;FDP=487;FR=.;FRO=298;FSAF=98;FSAR=91;FSRF=132;FSRR=166;FWDB=0.00556977;FXX=0.0040899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.935;QD=13.5873;RBI=0.00955342;REFB=-0.00342389;REVB=-0.0077618;RO=300;SAF=95;SAR=91;SRF=134;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703886;STB=0.54614;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00521001;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:488:487:300:298:186:189:0.38809:91:95:134:166:91:98:132:166 chr17 21319543 . G A 58.95 PASS AF=0.063655;AO=31;DP=487;FAO=31;FDP=487;FR=.;FRO=456;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=227;FSRR=229;FWDB=0.0121061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.988;QD=0.484149;RBI=0.0132404;REFB=-0.00295564;REVB=-0.00536179;RO=453;SAF=15;SAR=16;SRF=224;SRR=229;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114426;STB=0.513043;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0427354;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:487:487:453:456:31:31:0.063655:16:15:224:229:16:15:227:229 chr17 21319560 . G T 87.72 PASS AF=0.0728972;AO=37;DP=534;FAO=39;FDP=535;FR=.;FRO=496;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=225;FSRR=271;FWDB=0.00717732;FXX=0.00186564;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3215;QD=0.655857;RBI=0.104518;REFB=0.0046949;REVB=0.104271;RO=496;SAF=19;SAR=18;SRF=225;SRR=271;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665598;STB=0.531159;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0611537;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:534:535:496:496:37:39:0.0728972:18:19:225:271:20:19:225:271 chr17 21319682 . C T 272.98 PASS AF=0.11049;AO=79;DP=718;FAO=79;FDP=715;FR=.;FRO=636;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=263;FSRR=373;FWDB=-0.0108743;FXX=0.00417821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6981;QD=1.52715;RBI=0.0110495;REFB=-0.00200549;REVB=0.00196013;RO=638;SAF=46;SAR=33;SRF=264;SRR=374;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208586;STB=0.646797;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0134278;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:718:715:638:636:79:79:0.11049:33:46:264:374:33:46:263:373 chr17 21319716 . G A 178.38 PASS AF=0.0953895;AO=60;DP=635;FAO=60;FDP=629;FR=.;FRO=569;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=251;FSRR=318;FWDB=-0.00895502;FXX=0.0156492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7168;QD=1.1344;RBI=0.0123594;REFB=0.00156607;REVB=0.00851842;RO=525;SAF=36;SAR=24;SRF=229;SRR=296;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199784;STB=0.641204;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00695391;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:635:629:525:569:60:60:0.0953895:24:36:229:296:24:36:251:318 chr17 21319728 . T C 247.35 PASS AF=0.1133;AO=70;DP=609;FAO=69;FDP=609;FR=.;FRO=540;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=242;FSRR=298;FWDB=-0.0300203;FXX=0.00327327;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.924;QD=1.6246;RBI=0.0335201;REFB=-0.00790864;REVB=-0.0149124;RO=532;SAF=40;SAR=30;SRF=235;SRR=297;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162347;STB=0.615265;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0590815;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:609:609:532:540:70:69:0.1133:30:40:235:297:29:40:242:298 chr17 21319743 . A G 246.14 PASS AF=0.115717;AO=67;DP=579;FAO=67;FDP=579;FR=.;FRO=512;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=237;FSRR=275;FWDB=-0.0205051;FXX=0.00172411;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.936;QD=1.70048;RBI=0.0251088;REFB=-0.00322398;REVB=-0.0144911;RO=511;SAF=37;SAR=30;SRF=236;SRR=275;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113445;STB=0.578546;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0165636;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:579:579:511:512:67:67:0.115717:30:37:236:275:30:37:237:275 chr17 21319767 . C T 1816.83 PASS AF=0.421277;AO=198;DP=534;FAO=198;FDP=470;FR=.;FRO=272;FSAF=93;FSAR=105;FSRF=127;FSRR=145;FWDB=0.0162224;FXX=0.119848;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.33;QD=15.4624;RBI=0.0162415;REFB=-0.0178799;REVB=0.000789139;RO=270;SAF=93;SAR=105;SRF=126;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315785;STB=0.501618;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0235691;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:534:470:270:272:198:198:0.421277:105:93:126:144:105:93:127:145 chr17 21319785 . C T 1663.7 PASS AF=0.367041;AO=197;DP=535;FAO=196;FDP=534;FR=.;FRO=338;FSAF=104;FSAR=92;FSRF=156;FSRR=182;FWDB=-0.001567;FXX=0.00373127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.278;QD=12.4622;RBI=0.00797604;REFB=-0.00550807;REVB=-0.0078206;RO=336;SAF=104;SAR=93;SRF=156;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710957;STB=0.543646;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00948463;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:535:534:336:338:197:196:0.367041:93:104:156:180:92:104:156:182 chr17 21319786 . G A 235.68 PASS AF=0.118421;AO=63;DP=532;FAO=63;FDP=532;FR=.;FRO=469;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=229;FSRR=240;FWDB=0.0158792;FXX=0.00187614;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.957;QD=1.77204;RBI=0.020439;REFB=0.00353886;REVB=-0.0128688;RO=468;SAF=30;SAR=33;SRF=229;SRR=239;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165881;STB=0.510662;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0283001;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:532:532:468:469:63:63:0.118421:33:30:229:239:33:30:229:240 chr17 21319845 . C T 204.32 PASS AF=0.120455;AO=53;DP=441;FAO=53;FDP=440;FR=.;FRO=387;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=193;FSRR=194;FWDB=-0.0220404;FXX=0.00226752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.966;QD=1.85743;RBI=0.0240061;REFB=-0.00572111;REVB=0.00951391;RO=383;SAF=24;SAR=29;SRF=192;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613336;STB=0.540388;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0245;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:440:383:387:53:53:0.120455:29:24:192:191:29:24:193:194 chr17 21319860 . C T 1273.97 PASS AF=0.403955;AO=143;DP=399;FAO=143;FDP=354;FR=.;FRO=211;FSAF=78;FSAR=65;FSRF=104;FSRR=107;FWDB=0.0578045;FXX=0.117204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9228;QD=14.3952;RBI=0.0681946;REFB=-0.00714185;REVB=0.0361822;RO=210;SAF=78;SAR=65;SRF=104;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535849;STB=0.531407;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0115846;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:354:210:211:143:143:0.403955:65:78:104:106:65:78:104:107 chr17 21319868 . G T 186.96 PASS AF=0.12336;AO=46;DP=381;FAO=47;FDP=381;FR=.;FRO=334;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=169;FSRR=165;FWDB=-0.00400169;FXX=0.0078123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.459;QD=1.96283;RBI=0.0364223;REFB=-0.00214983;REVB=-0.0362018;RO=296;SAF=21;SAR=25;SRF=155;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855608;STB=0.533208;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0258094;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:381:296:334:46:47:0.12336:25:21:155:141:25:22:169:165 chr17 21319908 . C T 146.46 PASS AF=0.11875;AO=38;DP=323;FAO=38;FDP=320;FR=.;FRO=282;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=139;FSRR=143;FWDB=0.0480527;FXX=0.00928764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.051;QD=1.83068;RBI=0.0508538;REFB=-0.00338831;REVB=-0.0166449;RO=282;SAF=19;SAR=19;SRF=139;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00890093;STB=0.506247;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0298334;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:320:282:282:38:38:0.11875:19:19:139:143:19:19:139:143 chr17 21319943 . A G 642.02 PASS AF=0.324324;AO=76;DP=252;FAO=84;FDP=259;FR=.;FRO=175;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=85;FSRR=90;FWDB=0.018677;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.627;QD=9.9154;RBI=0.0189684;REFB=-0.00646458;REVB=0.00331195;RO=174;SAF=44;SAR=32;SRF=85;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10899;STB=0.591328;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0148283;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:259:174:175:76:84:0.324324:32:44:85:89:32:52:85:90 chr17 21319955 . G A 120.49 PASS AF=0.121457;AO=28;DP=245;FAO=30;FDP=247;FR=.;FRO=217;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=113;FSRR=104;FWDB=0.100126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.64;QD=1.95131;RBI=0.100233;REFB=-0.00574219;REVB=-0.00464751;RO=217;SAF=12;SAR=16;SRF=113;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11419;STB=0.547382;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0239783;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:247:217:217:28:30:0.121457:16:12:113:104:16:14:113:104 chr17 21319977 . A G 99.14 PASS AF=0.119403;AO=24;DP=201;FAO=24;FDP=201;FR=.;FRO=177;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=90;FSRR=87;FWDB=0.00320512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.349;QD=1.97286;RBI=0.00510647;REFB=-0.00206394;REVB=0.00397533;RO=174;SAF=12;SAR=12;SRF=90;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215106;STB=0.507456;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0154198;OID=.;OPOS=21319977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:174:177:24:24:0.119403:12:12:90:84:12:12:90:87 chr17 21319989 . C T 477.18 PASS AF=0.37013;AO=57;DP=170;FAO=57;FDP=154;FR=.;FRO=97;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.029188;FXX=0.0994094;HRUN=5;LEN=1;MLLD=93.9997;QD=12.3943;RBI=0.0296986;REFB=0.00449765;REVB=0.00548354;RO=94;SAF=33;SAR=24;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406291;STB=0.533969;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00171901;OID=.;OPOS=21319989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:154:94:97:57:57:0.37013:24:33:51:43:24:33:51:46 chr17 21319993 . T C 668.21 PASS AF=0.445122;AO=72;DP=165;FAO=73;FDP=164;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.000526325;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.694;QD=16.2978;RBI=0.00555187;REFB=-0.00730172;REVB=-0.00552687;RO=88;SAF=38;SAR=34;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288662;STB=0.516081;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0101666;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:88:91:72:73:0.445122:34:38:49:39:35:38:50:41 chr17 21320008 . C T 58.02 PASS AF=0.0993789;AO=16;DP=162;FAO=16;FDP=161;FR=.;FRO=145;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=82;FSRR=63;FWDB=-0.0281907;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.859;QD=1.44139;RBI=0.0327964;REFB=-0.00267582;REVB=-0.0167596;RO=144;SAF=9;SAR=7;SRF=81;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84371e-08;STB=0.502759;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0471224;OID=.;OPOS=21320008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:162:161:144:145:16:16:0.0993789:7:9:81:63:7:9:82:63 chr17 21320012 . C T 60.29 PASS AF=0.101266;AO=15;DP=156;FAO=16;FDP=158;FR=.;FRO=142;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=80;FSRR=62;FWDB=0.0243507;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4296;QD=1.52636;RBI=0.0244232;REFB=-0.00568045;REVB=-0.00187985;RO=141;SAF=9;SAR=6;SRF=79;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480915;STB=0.500803;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0306032;OID=.;OPOS=21320012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:156:158:141:142:15:16:0.101266:6:9:79:62:7:9:80:62 chr17 21320025 . C T 316.09 PASS AF=0.27381;AO=46;DP=168;FAO=46;FDP=168;FR=.;FRO=122;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=63;FWDB=0.00596067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.516;QD=7.52597;RBI=0.0082327;REFB=-0.000377314;REVB=0.00567872;RO=121;SAF=31;SAR=15;SRF=58;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243258;STB=0.641657;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000502358;OID=.;OPOS=21320025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:121:122:46:46:0.27381:15:31:58:63:15:31:59:63 chr17 21320041 . G A 89.81 PASS AF=0.119565;AO=22;DP=183;FAO=22;FDP=184;FR=.;FRO=162;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=85;FSRR=77;FWDB=-0.0153004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.039;QD=1.95244;RBI=0.0160888;REFB=-4.30803e-07;REVB=-0.00497453;RO=161;SAF=7;SAR=15;SRF=85;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260431;STB=0.681653;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-6.6875e-05;OID=.;OPOS=21320041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:183:184:161:162:22:22:0.119565:15:7:85:76:15:7:85:77 chr17 21320102 . C A 433.22 PASS AF=0.256917;AO=63;DP=253;FAO=65;FDP=253;FR=.;FRO=188;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=76;FSRR=112;FWDB=0.00671844;FXX=0.00784283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.567;QD=6.84936;RBI=0.0100561;REFB=-0.00875431;REVB=0.00748243;RO=183;SAF=22;SAR=41;SRF=74;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736014;STB=0.539988;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0224929;OID=.;OPOS=21320102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:183:188:63:65:0.256917:41:22:74:109:42:23:76:112 chr17 21320114 . T G 401.37 PASS AF=0.245059;AO=62;DP=252;FAO=62;FDP=253;FR=.;FRO=191;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=72;FSRR=119;FWDB=0.0191971;FXX=0.00393685;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.895;QD=6.34573;RBI=0.125471;REFB=0.00816914;REVB=-0.123994;RO=190;SAF=20;SAR=42;SRF=73;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851456;STB=0.54544;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0254663;OID=.;OPOS=21320114;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:253:190:191:62:62:0.245059:42:20:73:117:42:20:72:119 chr17 21320197 . G C 225.58 PASS AF=0.14759;AO=49;DP=332;FAO=49;FDP=332;FR=.;FRO=283;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=84;FSRR=199;FWDB=0.00484241;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.04;QD=2.71788;RBI=0.0117099;REFB=-0.00410149;REVB=-0.0106618;RO=283;SAF=16;SAR=33;SRF=84;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446082;STB=0.529366;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0193601;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:283:283:49:49:0.14759:33:16:84:199:33:16:84:199 chr17 21320210 . C T 240.64 PASS AF=0.146006;AO=52;DP=364;FAO=53;FDP=363;FR=.;FRO=310;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=110;FSRR=200;FWDB=0.00395293;FXX=0.0054793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.838;QD=2.65167;RBI=0.0100654;REFB=-0.00346821;REVB=-0.00925667;RO=293;SAF=21;SAR=31;SRF=102;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765727;STB=0.537497;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0121299;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:363:293:310:52:53:0.146006:31:21:102:191:32:21:110:200 chr17 21320212 . A G 2246.59 PASS AF=0.564516;AO=204;DP=368;FAO=210;FDP=372;FR=.;FRO=162;FSAF=84;FSAR=126;FSRF=56;FSRR=106;FWDB=0.00537816;FXX=0.00534745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.701;QD=24.1569;RBI=0.0055232;REFB=-0.00893109;REVB=-0.00125744;RO=162;SAF=81;SAR=123;SRF=56;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442267;STB=0.524885;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00684984;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:372:162:162:204:210:0.564516:123:81:56:106:126:84:56:106 chr17 21320252 . G T 311.88 PASS AF=0.147122;AO=69;DP=465;FAO=69;FDP=469;FR=.;FRO=400;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=174;FSRR=226;FWDB=-0.000168436;FXX=0.00212761;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.747;QD=2.65994;RBI=0.00489578;REFB=-0.00206128;REVB=-0.00489288;RO=395;SAF=34;SAR=35;SRF=171;SRR=224;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776807;STB=0.549323;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0129865;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:465:469:395:400:69:69:0.147122:35:34:171:224:35:34:174:226 chr17 21320263 . T C 1664.55 PASS AF=0.406926;AO=187;DP=461;FAO=188;FDP=462;FR=.;FRO=274;FSAF=90;FSAR=98;FSRF=127;FSRR=147;FWDB=-0.00388186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.017;QD=14.4117;RBI=0.0162115;REFB=-0.0124506;REVB=-0.0157399;RO=274;SAF=89;SAR=98;SRF=127;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132784;STB=0.509049;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0162947;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:461:462:274:274:187:188:0.406926:98:89:127:147:98:90:127:147 chr17 21320279 . C T 293.0 PASS AF=0.141649;AO=67;DP=470;FAO=67;FDP=473;FR=.;FRO=406;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=206;FSRR=200;FWDB=-0.000819572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2568;QD=2.4778;RBI=0.0103326;REFB=0.00812137;REVB=-0.0103001;RO=403;SAF=36;SAR=31;SRF=206;SRR=197;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337488;STB=0.525723;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0670696;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:470:473:403:406:67:67:0.141649:31:36:206:197:31:36:206:200 chr17 21320350 . G A 221.93 PASS AF=0.134367;AO=51;DP=385;FAO=52;FDP=387;FR=.;FRO=335;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=170;FSRR=165;FWDB=-0.00607207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.447;QD=2.29387;RBI=0.0157044;REFB=0.00243246;REVB=0.0144831;RO=334;SAF=30;SAR=21;SRF=170;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10172;STB=0.560416;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0147696;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:387:334:335:51:52:0.134367:21:30:170:164:22:30:170:165 chr17 21320365 . T C 1531.81 PASS AF=0.457627;AO=161;DP=354;FAO=162;FDP=354;FR=.;FRO=192;FSAF=78;FSAR=84;FSRF=107;FSRR=85;FWDB=0.0189276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7317;QD=17.3086;RBI=0.0218894;REFB=-7.03073e-05;REVB=-0.0109951;RO=190;SAF=78;SAR=83;SRF=105;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667585;STB=0.541044;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=9.65434e-05;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:190:192:161:162:0.457627:83:78:105:85:84:78:107:85 chr17 21320404 . AT AA,A 315.82 PASS AF=0.0462963,0.361111;AO=5,18;DP=87;FAO=5,39;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=5,1;FSAR=0,38;FSRF=13;FSRR=51;FWDB=0.119992,-0.0366865;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.9232,21.4055;QD=11.697;RBI=0.360467,0.0889338;REFB=-0.137577,-0.00166164;REVB=0.33991,0.0810143;RO=60;SAF=5,0;SAR=0,18;SRF=13;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.70605,-0.712725;STB=0.998957,0.856405;STBP=0,0.007;TYPE=snp,del;VARB=0.162397,-0.026121;OID=.,.;OPOS=21320405,21320405;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0462963,0.361111:5,18:87:5,39:108:64:5,1:0,38:13:51:99:60:5,0:0,18:13:47 chr17 21320711 . C G 558.52 PASS AF=0.223618;AO=89;DP=401;FAO=89;FDP=398;FR=.;FRO=309;FSAF=80;FSAR=9;FSRF=278;FSRR=31;FWDB=-0.0293998;FXX=0.00748111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5208;QD=5.61323;RBI=0.0495139;REFB=-0.00594285;REVB=-0.0398407;RO=298;SAF=80;SAR=9;SRF=267;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100735;STB=0.501712;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.021595;OID=.;OPOS=21320711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:401:398:298:309:89:89:0.223618:9:80:267:31:9:80:278:31 chr17 21320787 . G A 588.68 PASS AF=0.138308;AO=138;DP=1005;FAO=139;FDP=1005;FR=.;FRO=866;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=352;FSRR=514;FWDB=-0.0269853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.874;QD=2.34302;RBI=0.0457234;REFB=-0.00401799;REVB=-0.036911;RO=860;SAF=61;SAR=77;SRF=350;SRR=510;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463328;STB=0.528521;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0295634;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1005:1005:860:866:138:139:0.138308:77:61:350:510:78:61:352:514 chr17 21320796 . C T 2726.64 PASS AF=0.351812;AO=330;DP=938;FAO=330;FDP=938;FR=.;FRO=608;FSAF=111;FSAR=219;FSRF=256;FSRR=352;FWDB=-0.0110264;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.324;QD=11.6274;RBI=0.0249513;REFB=-0.0152204;REVB=-0.0223826;RO=604;SAF=111;SAR=219;SRF=255;SRR=349;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105288;STB=0.559097;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0225307;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:938:938:604:608:330:330:0.351812:219:111:255:349:219:111:256:352 chr17 21320798 . G C 2068.38 PASS AF=0.374172;AO=327;DP=902;FAO=339;FDP=906;FR=.;FRO=567;FSAF=115;FSAR=224;FSRF=239;FSRR=328;FWDB=0.00274077;FXX=0.00983596;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.008;QD=9.13191;RBI=0.0204103;REFB=-0.0356464;REVB=0.0202254;RO=556;SAF=108;SAR=219;SRF=230;SRR=326;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101099;STB=0.555384;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.112757;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:902:906:556:567:327:339:0.374172:219:108:230:326:224:115:239:328 chr17 21320980 . C G 2462.67 PASS AF=0.413636;AO=273;DP=662;FAO=273;FDP=660;FR=.;FRO=387;FSAF=132;FSAR=141;FSRF=103;FSRR=284;FWDB=-0.00824211;FXX=0.00452482;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.659;QD=14.9253;RBI=0.01025;REFB=-0.0157052;REVB=0.00609339;RO=376;SAF=132;SAR=141;SRF=96;SRR=280;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242259;STB=0.628668;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0189604;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:662:660:376:387:273:273:0.413636:141:132:96:280:141:132:103:284 chr17 21320991 . C T 193.69 PASS AF=0.10066;AO=61;DP=607;FAO=61;FDP=606;FR=.;FRO=545;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=172;FSRR=373;FWDB=-0.0104338;FXX=0.00328942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.44;QD=1.27846;RBI=0.0241985;REFB=-0.00707857;REVB=-0.0218335;RO=523;SAF=30;SAR=31;SRF=170;SRR=353;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213496;STB=0.659294;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0644207;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:607:606:523:545:61:61:0.10066:31:30:170:353:31:30:172:373 chr17 21320993 . G T 2174.97 PASS AF=0.40599;AO=244;DP=601;FAO=244;FDP=601;FR=.;FRO=357;FSAF=104;FSAR=140;FSRF=94;FSRR=263;FWDB=0.0231854;FXX=0.0016611;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.404;QD=14.4757;RBI=0.0319881;REFB=-0.0264918;REVB=-0.0220381;RO=354;SAF=104;SAR=140;SRF=93;SRR=261;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184186;STB=0.601899;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0388112;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:601:601:354:357:244:244:0.40599:140:104:93:261:140:104:94:263 chr17 21321005 . C A 151.02 PASS AF=0.0930657;AO=51;DP=548;FAO=51;FDP=548;FR=.;FRO=497;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=148;FSRR=349;FWDB=0.006268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9703;QD=1.10233;RBI=0.0606536;REFB=-0.00366499;REVB=0.0603289;RO=484;SAF=24;SAR=27;SRF=145;SRR=339;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220296;STB=0.660173;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0339886;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:548:548:484:497:51:51:0.0930657:27:24:145:339:27:24:148:349 chr17 21321016 . T C 1333.86 PASS AF=0.364896;AO=157;DP=432;FAO=158;FDP=433;FR=.;FRO=275;FSAF=49;FSAR=109;FSRF=46;FSRR=229;FWDB=0.0430209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.301;QD=12.3221;RBI=0.0432797;REFB=-0.0163471;REVB=-0.00472595;RO=275;SAF=49;SAR=108;SRF=46;SRR=229;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209794;STB=0.615286;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0303305;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:433:275:275:157:158:0.364896:108:49:46:229:109:49:46:229 chr17 21321028 . CC TG 861.38 PASS AF=0.260997;AO=89;DP=342;FAO=89;FDP=341;FR=.,HEALED;FRO=226;FSAF=15;FSAR=74;FSRF=13;FSRR=213;FWDB=0.0123951;FXX=0.00292389;HRUN=6;LEN=2;MLLD=262.878;QD=10.1041;RBI=0.0134001;REFB=-0.00426461;REVB=-0.00509139;RO=225;SAF=15;SAR=74;SRF=13;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310997;STB=0.675054;STBP=0.039;TYPE=mnp;VARB=0.00907589;OID=.;OPOS=21321028;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:341:225:226:89:89:0.260997:74:15:13:212:74:15:13:213 chr17 21322933 . C T 143.77 PASS AF=0.2;AO=25;DP=125;FAO=25;FDP=125;FR=.;FRO=100;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.0116313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.661;QD=4.60052;RBI=0.0418139;REFB=-0.00330007;REVB=0.0401636;RO=96;SAF=14;SAR=11;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089277;STB=0.540161;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0278886;OID=.;OPOS=21322933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:96:100:25:25:0.2:11:14:47:49:11:14:51:49 chr17 21322972 . GT CC 317.15 PASS AF=0.232558;AO=52;DP=217;FAO=50;FDP=215;FR=.;FRO=165;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=101;FSRR=64;FWDB=0.00316546;FXX=0.0137608;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.534;QD=5.9005;RBI=0.00605517;REFB=0.00308288;REVB=-0.00516188;RO=150;SAF=29;SAR=23;SRF=89;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453399;STB=0.556184;STBP=0.37;TYPE=mnp;VARB=-0.0106913;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:215:150:165:52:50:0.232558:23:29:89:61:23:27:101:64 chr17 21322975 . G A 55.4 PASS AF=0.0826087;AO=19;DP=230;FAO=19;FDP=230;FR=.;FRO=211;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=130;FSRR=81;FWDB=0.00293328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.816;QD=0.963457;RBI=0.0151755;REFB=0.000961431;REVB=-0.0148893;RO=205;SAF=9;SAR=10;SRF=124;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153092;STB=0.629115;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00858018;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:230:230:205:211:19:19:0.0826087:10:9:124:81:10:9:130:81 chr17 21323001 . C T 437.68 PASS AF=0.252918;AO=65;DP=264;FAO=65;FDP=257;FR=.;FRO=192;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=114;FSRR=78;FWDB=0.0154138;FXX=0.0410432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.923;QD=6.8122;RBI=0.0188644;REFB=-0.00515765;REVB=-0.0108757;RO=184;SAF=36;SAR=29;SRF=109;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489421;STB=0.530349;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0187935;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:257:184:192:65:65:0.252918:29:36:109:75:29:36:114:78 chr17 21323049 . C T 264.58 PASS AF=0.138009;AO=61;DP=442;FAO=61;FDP=442;FR=.;FRO=381;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=195;FSRR=186;FWDB=0.00376183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.426;QD=2.39435;RBI=0.0165862;REFB=-0.00416234;REVB=-0.016154;RO=373;SAF=30;SAR=31;SRF=189;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191547;STB=0.517236;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0328028;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:442:442:373:381:61:61:0.138009:31:30:189:184:31:30:195:186 chr17 21323056 . G T 260.72 PASS AF=0.134199;AO=62;DP=463;FAO=62;FDP=462;FR=.;FRO=400;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=202;FSRR=198;FWDB=-0.00379572;FXX=0.00215978;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.626;QD=2.25732;RBI=0.0458375;REFB=-0.00318839;REVB=-0.0456801;RO=400;SAF=34;SAR=28;SRF=202;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556624;STB=0.537631;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0182148;OID=.;OPOS=21323056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:462:400:400:62:62:0.134199:28:34:202:198:28:34:202:198 chr17 21323074 . T C 244.14 PASS AF=0.12549;AO=62;DP=493;FAO=64;FDP=510;FR=.;FRO=446;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=216;FSRR=230;FWDB=0.00522367;FXX=0.00390617;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.178;QD=1.9148;RBI=0.0117992;REFB=-0.000691046;REVB=0.0105799;RO=430;SAF=38;SAR=24;SRF=207;SRR=223;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167192;STB=0.609341;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00497976;OID=.;OPOS=21323074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:493:510:430:446:62:64:0.12549:24:38:207:223:25:39:216:230 chr17 21323096 . G A 887.98 PASS AF=0.263804;AO=124;DP=490;FAO=129;FDP=489;FR=.;FRO=360;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=172;FSRR=188;FWDB=-0.00373387;FXX=0.012121;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.2;QD=7.26364;RBI=0.0222568;REFB=-0.00219864;REVB=-0.0219413;RO=341;SAF=64;SAR=60;SRF=161;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547699;STB=0.524901;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00543326;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:490:489:341:360:124:129:0.263804:60:64:161:180:63:66:172:188 chr17 21323107 . A G 292.45 PASS AF=0.139875;AO=67;DP=484;FAO=67;FDP=479;FR=.;FRO=412;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=200;FSRR=212;FWDB=0.0181586;FXX=0.0164268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.485;QD=2.44216;RBI=0.021148;REFB=-0.00449551;REVB=-0.0108398;RO=383;SAF=28;SAR=39;SRF=191;SRR=192;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104734;STB=0.558525;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0305452;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:484:479:383:412:67:67:0.139875:39:28:191:192:39:28:200:212 chr17 21323119 . T C 226.41 PASS AF=0.123404;AO=58;DP=471;FAO=58;FDP=470;FR=.;FRO=412;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=193;FSRR=219;FWDB=0.0190787;FXX=0.0021231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.095;QD=1.92693;RBI=0.0210192;REFB=-0.00601892;REVB=0.00882092;RO=408;SAF=30;SAR=28;SRF=191;SRR=217;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623004;STB=0.542683;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0350665;OID=.;OPOS=21323119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:471:470:408:412:58:58:0.123404:28:30:191:217:28:30:193:219 chr17 21323136 . G A 191.22 PASS AF=0.119617;AO=50;DP=417;FAO=50;FDP=418;FR=.;FRO=368;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=175;FSRR=193;FWDB=-0.00385194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.648;QD=1.82987;RBI=0.00564332;REFB=-0.00403889;REVB=-0.00412427;RO=365;SAF=28;SAR=22;SRF=174;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104899;STB=0.574069;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0462955;OID=.;OPOS=21323136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:418:365:368:50:50:0.119617:22:28:174:191:22:28:175:193 chr17 21825565 . G T 6717.64 PASS AF=0.97561;AO=440;DP=454;FAO=440;FDP=451;FR=.;FRO=11;FSAF=173;FSAR=267;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0104482;FXX=0.00660778;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.26;QD=59.5799;RBI=0.0153335;REFB=-0.134994;REVB=0.0112229;RO=7;SAF=173;SAR=267;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557418;STB=0.503885;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000803173;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:454:451:7:11:440:440:0.97561:267:173:4:3:267:173:6:5 chr17 21826256 . A G 1731.3 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.35;QD=60.7473;RBI=0.00778591;REFB=0;REVB=0.00641677;RO=0;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3371e-06;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:55:59:0:0:55:59:0:0 chr17 22023528 . G C 861.61 PASS AF=0.585185;AO=75;DP=133;FAO=79;FDP=135;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0005897;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.806;QD=25.529;RBI=0.0104097;REFB=0.00260207;REVB=0.010393;RO=56;SAF=24;SAR=51;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172484;STB=0.519226;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00177195;OID=.;OPOS=22023528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:56:56:75:79:0.585185:51:24:19:37:54:25:20:36 chr17 22023591 . T C 1022.63 PASS AF=0.601266;AO=94;DP=157;FAO=95;FDP=158;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=72;FSRF=17;FSRR=46;FWDB=0.000573682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.368;QD=25.8893;RBI=0.00454155;REFB=-0.000414953;REVB=-0.00450518;RO=62;SAF=23;SAR=71;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287702;STB=0.514834;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000249965;OID=.;OPOS=22023591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:62:63:94:95:0.601266:71:23:17:45:72:23:17:46 chr17 25620983 . G C 723.09 PASS AF=0.438202;AO=78;DP=178;FAO=78;FDP=178;FR=.;FRO=100;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=-0.0417695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.572;QD=16.2492;RBI=0.0418232;REFB=-0.0137959;REVB=0.00211957;RO=100;SAF=37;SAR=41;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348211;STB=0.519387;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0181096;OID=.;OPOS=25620983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:100:100:78:78:0.438202:41:37:44:56:41:37:44:56 chr17 25628820 . T C 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.755;QD=64.1531;RBI=0.025228;REFB=0;REVB=0.00161664;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44669e-05;OID=.;OPOS=25628820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:42:57:0:0:42:57:0:0 chr17 25909816 . C T 863.83 PASS AF=0.454082;AO=87;DP=194;FAO=89;FDP=196;FR=.;FRO=107;FSAF=15;FSAR=74;FSRF=24;FSRR=83;FWDB=0.0298597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.8379;QD=17.6292;RBI=0.0632016;REFB=-0.033655;REVB=0.0557032;RO=104;SAF=13;SAR=74;SRF=21;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933563;STB=0.550646;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0403657;OID=.;OPOS=25909816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:104:107:87:89:0.454082:74:13:21:83:74:15:24:83 chr17 25932609 . C T 2259.36 PASS AF=0.460348;AO=236;DP=518;FAO=238;FDP=517;FR=.;FRO=279;FSAF=132;FSAR=106;FSRF=158;FSRR=121;FWDB=0.0320253;FXX=0.00385349;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.573;QD=17.4805;RBI=0.0327423;REFB=0.000261314;REVB=0.00681442;RO=278;SAF=132;SAR=104;SRF=159;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125822;STB=0.506391;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.000244338;OID=.;OPOS=25932609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:518:517:278:279:236:238:0.460348:104:132:159:119:106:132:158:121 chr17 25958304 . G A 539.12 PASS AF=0.33;AO=66;DP=196;FAO=66;FDP=200;FR=.;FRO=134;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=59;FSRR=75;FWDB=0.000897532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.551;QD=10.7823;RBI=0.00769615;REFB=-0.00890735;REVB=-0.00764364;RO=130;SAF=29;SAR=37;SRF=59;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169135;STB=0.500615;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0197458;OID=.;OPOS=25958304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:200:130:134:66:66:0.33:37:29:59:71:37:29:59:75 chr17 25970633 . G A 483.23 PASS AF=0.322751;AO=61;DP=189;FAO=61;FDP=189;FR=.;FRO=128;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=0.00453191;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.749;QD=10.2272;RBI=0.00494166;REFB=-0.00811106;REVB=0.00197023;RO=128;SAF=33;SAR=28;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114856;STB=0.506627;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0177421;OID=.;OPOS=25970633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:128:128:61:61:0.322751:28:33:68:60:28:33:68:60 chr17 26089867 . T C 4766.47 PASS AF=1;AO=303;DP=306;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238905;FXX=0.00651445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.55;QD=62.5111;RBI=0.0243369;REFB=0;REVB=0.00463989;RO=0;SAF=128;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18775e-05;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:306:305:0:0:303:305:1:175:128:0:0:177:128:0:0 chr17 26092631 . A G 3778.81 PASS AF=1;AO=238;DP=239;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376533;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.779;QD=63.5094;RBI=0.0414861;REFB=0;REVB=-0.0174162;RO=0;SAF=115;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.99569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04944e-05;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:238:0:0:238:238:1:123:115:0:0:123:115:0:0 chr17 26654991 . A C 476.65 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0066093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.761;QD=16.7244;RBI=0.0137707;REFB=-0.0100115;REVB=-0.012081;RO=59;SAF=31;SAR=21;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196223;STB=0.621196;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0127052;OID=.;OPOS=26654991;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:59:62:52:52:0.45614:21:31:23:36:21:31:23:39 chr17 26672360 . G GC 236.0 PASS AF=0.961538;AO=21;DP=29;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.5827;QD=36.3077;RBI=0.0216288;REFB=0.01006;REVB=-0.0122412;RO=7;SAF=1;SAR=20;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19019;STB=0.666494;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.00457931;OID=.;OPOS=26672361;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538:21:29:25:26:1:1:24:1:0:4:7:1:20:1:6 chr17 26674131 . TAGCCAGGTCGTA T 146.62 PASS AF=0.307692;AO=21;DP=66;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0268833;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=12;MLLD=335.213;QD=9.02268;RBI=0.0373572;REFB=0.0035517;REVB=-0.0259394;RO=42;SAF=15;SAR=6;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940756;STB=0.605392;STBP=0.294;TYPE=del;VARB=-0.00744094;OID=.;OPOS=26674132;OREF=AGCCAGGTCGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:21:66:20:65:45:15:5:28:17:99:42:15:6:27:15 chr17 26674151 . CTG C 176.17 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0200468;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.633;QD=10.213;RBI=0.0205607;REFB=0.00303172;REVB=0.00456814;RO=46;SAF=16;SAR=6;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181777;STB=0.616728;STBP=0.197;TYPE=del;VARB=-0.00439932;OID=.;OPOS=26674152;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:22:69:23:69:46:17:6:27:19:99:46:16:6:27:19 chr17 26676135 . C T 616.21 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=144;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.0446335;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3626;QD=17.2366;RBI=0.0448551;REFB=-0.000540987;REVB=0.00445252;RO=79;SAF=32;SAR=32;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188277;STB=0.510486;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00115232;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:79:79:64:64:0.447552:32:32:38:41:32:32:38:41 chr17 26684390 . G C,GC 1015.77 PASS AF=0,1;AO=5,59;DP=80;FAO=0,75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=0,48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118053,0.042592;FXX=0.0131562;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=5.55777,26.5979;QD=54.1742;RBI=0.126365,0.0748474;REFB=0,0;REVB=0.0450728,0.0615472;RO=15;SAF=5,17;SAR=0,42;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.714275,-0.0792674;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00188839;OID=.,.;OPOS=26684390,26684391;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:80:75:15:0:5,59:0,75:0,1:0,42:5,17:7:8:0,48:0,27:0:0 chr17 26684392 . T C 45.85 PASS AF=0.12987;AO=11;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.107826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7502;QD=2.38156;RBI=0.113826;REFB=-0.00957091;REVB=0.0364707;RO=66;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156295;STB=0.552385;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0391138;OID=.;OPOS=26684392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:77:77:66:67:11:10:0.12987:6:5:22:44:6:4:23:44 chr17 26684394 . T G 927.46 PASS AF=0.906667;AO=68;DP=76;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00954673;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8337;QD=49.4646;RBI=0.0259827;REFB=0.038131;REVB=0.0241653;RO=8;SAF=25;SAR=43;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252528;STB=0.508257;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00433304;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:76:75:8:7:68:68:0.906667:43:25:2:6:43:25:2:5 chr17 26684449 . G C 160.04 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4848;QD=45.725;RBI=0.142701;REFB=0;REVB=0.142305;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0061921;OID=.;OPOS=26684449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr17 26686416 . G A 967.66 PASS AF=0.505319;AO=95;DP=188;FAO=95;FDP=188;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0137846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.602;QD=20.5884;RBI=0.0152979;REFB=-0.0121159;REVB=-0.00663409;RO=93;SAF=39;SAR=56;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477488;STB=0.526238;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00954538;OID=.;OPOS=26686416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:93:93:95:95:0.505319:56:39:43:50:56:39:43:50 chr17 26691916 . T C 592.65 PASS AF=0.5625;AO=53;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0521657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8889;QD=24.6938;RBI=0.0547949;REFB=-0.0120172;REVB=0.0167696;RO=42;SAF=25;SAR=28;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611741;STB=0.537023;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00806818;OID=.;OPOS=26691916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:53:54:0.5625:28:25:23:19:29:25:23:19 chr17 26692224 . A AG 1193.86 PASS AF=1;AO=127;DP=143;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.099929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.8199;QD=34.1101;RBI=0.103261;REFB=0;REVB=0.0260208;RO=12;SAF=71;SAR=56;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00164296;OID=.;OPOS=26692225;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:127:143:140:140:0:80:60:0:0:24:12:71:56:9:3 chr17 26694483 . A G 933.96 PASS AF=0.581699;AO=87;DP=153;FAO=89;FDP=153;FR=.;FRO=64;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00615659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.765;QD=24.4173;RBI=0.00688522;REFB=0.00034788;REVB=-0.00308264;RO=62;SAF=46;SAR=41;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270566;STB=0.507888;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00026673;OID=.;OPOS=26694483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:62:64:87:89:0.581699:41:46:33:29:42:47:35:29 chr17 26694861 . G A 544.42 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0100717;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.365;QD=18.4549;RBI=0.128049;REFB=-0.0183393;REVB=0.127653;RO=61;SAF=24;SAR=33;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107526;STB=0.505956;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0206043;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:61:61:57:57:0.483051:33:24:25:36:33:24:25:36 chr17 26699121 . G C 74.88 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5291;QD=37.439;RBI=0.119121;REFB=0;REVB=-0.0370069;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0123691;OID=.;OPOS=26699121;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr17 26699367 . G GC 1238.42 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478678;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.0135;QD=48.5656;RBI=0.0492261;REFB=0;REVB=-0.0114839;RO=2;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169388;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000459201;OID=.;OPOS=26699368;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:102:104:102:102:0:47:55:0:0:22:2:47:55:0:2 chr17 26708300 . T C 3921.9 PASS AF=0.980916;AO=257;DP=262;FAO=257;FDP=262;FR=.;FRO=5;FSAF=113;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00374793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.861;QD=59.8763;RBI=0.0218438;REFB=-0.0359025;REVB=0.0215199;RO=5;SAF=113;SAR=144;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162613;STB=0.508532;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000259438;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:262:262:5:5:257:257:0.980916:144:113:0:5:144:113:0:5 chr17 26708302 . G T 3750.3 PASS AF=0.961686;AO=251;DP=261;FAO=251;FDP=261;FR=.;FRO=10;FSAF=110;FSAR=141;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0526538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.666;QD=57.4759;RBI=0.0540385;REFB=-0.053841;REVB=0.0121546;RO=10;SAF=110;SAR=141;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102546;STB=0.505386;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.000303082;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:261:261:10:10:251:251:0.961686:141:110:3:7:141:110:3:7 chr17 26708547 . CTTTC CTTCG 5764.3 PASS AF=1;AO=258;DP=366;FAO=365;FDP=365;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=195;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.220779;FXX=0.00273217;HRUN=3;LEN=2;MLLD=42.2609;QD=63.1704;RBI=0.270212;REFB=0;REVB=-0.155791;RO=1;SAF=97;SAR=161;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488924;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000152013;OID=.;OPOS=26708550;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:258:366:365:365:0:195:170:0:0:31:1:97:161:1:0 chr17 26727721 . GA G 2030.4 PASS AF=1;AO=162;DP=167;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572971;FXX=0.0116952;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.6649;QD=48.0568;RBI=0.149204;REFB=0;REVB=-0.137764;RO=0;SAF=58;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00129521;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:162:167:169:169:0:61:108:0:0:37:0:58:104:0:0 chr17 26733110 . G C 30.44 PASS AF=0.152174;AO=6;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0523897;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.2941;QD=2.64719;RBI=0.0725916;REFB=-0.0202123;REVB=0.0502479;RO=29;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341703;STB=0.793172;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.13475;OID=.;OPOS=26733110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:46:46:29:39:6:7:0.152174:5:1:12:17:6:1:17:22 chr17 26824156 . A G 214.34 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0127643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.953;QD=12.7965;RBI=0.0132124;REFB=-0.00522161;REVB=0.00341166;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650482;STB=0.537285;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00660325;OID=.;OPOS=26824156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:13:13:23:18:13:13:23:18 chr17 26851602 . C T 611.9 PASS AF=0.364532;AO=74;DP=203;FAO=74;FDP=203;FR=.;FRO=129;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=-0.00900477;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.548;QD=12.0572;RBI=0.0133775;REFB=-0.00579729;REVB=-0.00989302;RO=120;SAF=46;SAR=28;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126975;STB=0.590995;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0112353;OID=.;OPOS=26851602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:120:129:74:74:0.364532:28:46:61:59:28:46:62:67 chr17 26857788 . T C 572.26 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0236824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.87;QD=20.8094;RBI=0.0244864;REFB=-0.0028492;REVB=-0.00622332;RO=52;SAF=31;SAR=27;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702977;STB=0.538619;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00308129;OID=.;OPOS=26857788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:52:58:58:0.527273:27:31:32:20:27:31:32:20 chr17 27009749 . C T 730.14 PASS AF=0.490323;AO=76;DP=155;FAO=76;FDP=155;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.00705695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.746;QD=18.8424;RBI=0.0144715;REFB=-0.00193943;REVB=0.0126342;RO=79;SAF=25;SAR=51;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172932;STB=0.595661;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00206463;OID=.;OPOS=27009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:79:79:76:76:0.490323:51:25:40:39:51:25:40:39 chr17 27075423 . C T 407.14 PASS AF=0.431193;AO=46;DP=108;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0499144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3236;QD=14.941;RBI=0.0504222;REFB=-0.00570898;REVB=-0.00713796;RO=61;SAF=26;SAR=20;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914554;STB=0.56093;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00847006;OID=.;OPOS=27075423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:61:62:46:47:0.431193:20:26:29:32:20:27:29:33 chr17 27085564 . A G 164.9 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0446424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1747;QD=12.9331;RBI=0.0482092;REFB=0.00233576;REVB=-0.0181986;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189841;STB=0.588385;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00867337;OID=.;OPOS=27085564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:18:19:0.372549:11:7:18:14:11:8:18:14 chr17 27185827 . C T 721.08 PASS AF=0.591304;AO=68;DP=114;FAO=68;FDP=115;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0293779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6353;QD=25.0811;RBI=0.0412712;REFB=-0.0158188;REVB=-0.0289871;RO=46;SAF=26;SAR=42;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573234;STB=0.536445;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00626357;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:46:47:68:68:0.591304:42:26:21:25:42:26:22:25 chr17 27207453 . G A 1989.68 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.388;QD=62.1774;RBI=0.0393396;REFB=0;REVB=-0.037537;RO=0;SAF=50;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.18216e-05;OID=.;OPOS=27207453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:78:50:0:0:78:50:0:0 chr17 27228198 . G A 569.88 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=146;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0575748;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9366;QD=15.7209;RBI=0.0726196;REFB=0.0055211;REVB=0.0442578;RO=84;SAF=28;SAR=33;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547277;STB=0.530681;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00669927;OID=.;OPOS=27228198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:84:84:61:61:0.42069:33:28:43:41:33:28:43:41 chr17 27284443 . A G 3917.9 PASS AF=1;AO=244;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200766;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.763;QD=63.7058;RBI=0.020367;REFB=0.00424223;REVB=-0.00342725;RO=0;SAF=131;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63037e-06;OID=.;OPOS=27284443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:247:246:0:0:244:246:1:113:131:0:0:113:133:0:0 chr17 27286851 . T C 767.99 PASS AF=0.39819;AO=88;DP=221;FAO=88;FDP=221;FR=.;FRO=133;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=61;FSRR=72;FWDB=-0.00697749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2989;QD=13.9003;RBI=0.0201309;REFB=-0.0249439;REVB=0.018883;RO=133;SAF=47;SAR=41;SRF=61;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807204;STB=0.545323;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0360366;OID=.;OPOS=27286851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:133:133:88:88:0.39819:41:47:61:72:41:47:61:72 chr17 27290969 . T G,TG 1266.64 PASS AF=0,0.993243;AO=9,94;DP=149;FAO=0,147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=0,61;FSAR=0,86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0342,0.200899;FXX=0.00671096;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=59.32,11.9156;QD=34.2335;RBI=0.0476931,0.275825;REFB=-0.00480277,-0.0763147;REVB=-0.0332414,-0.188994;RO=34;SAF=4,20;SAR=5,74;SRF=29;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.505722,-0.364888;STB=0.5,0.50289;STBP=1,0.499;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0909624;OID=.,.;OPOS=27290969,27290970;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:149:148:34:1:9,94:0,147:0,0.993243:5,74:4,20:29:5:0,86:0,61:0:1 chr17 27422053 . C T 1293.35 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.031558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.717;QD=59.4644;RBI=0.0321874;REFB=-0.101639;REVB=-0.00633418;RO=2;SAF=28;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326341;STB=0.517237;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000567251;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:57:28:2:0:57:28:2:0 chr17 27438469 . G A 1060.97 PASS AF=0.914634;AO=74;DP=83;FAO=75;FDP=82;FR=.;FRO=7;FSAF=58;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0353666;FXX=0.0120467;HRUN=6;LEN=1;MLLD=91.6311;QD=51.7547;RBI=0.0368706;REFB=-0.0156476;REVB=0.0104235;RO=4;SAF=58;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727734;STB=0.540122;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000685701;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:83:82:4:7:74:75:0.914634:16:58:1:3:17:58:3:4 chr17 27441077 . C G 1996.96 PASS AF=1;AO=105;DP=133;FAO=131;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=74;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.03849e-06;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.336;QD=60.9759;RBI=0.0207165;REFB=0;REVB=0.0207165;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231759;OID=.;OPOS=27441077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:131:0:0:105:131:1:45:60:0:0:57:74:0:0 chr17 27580756 . C T 324.02 PASS AF=0.387097;AO=35;DP=92;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00143675;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.088;QD=13.9362;RBI=0.00748261;REFB=-0.00238566;REVB=-0.00734338;RO=57;SAF=16;SAR=19;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938923;STB=0.560825;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00398295;OID=.;OPOS=27580756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:57:57:35:36:0.387097:19:16:31:26:20:16:31:26 chr17 27585083 . CAAT ACTA,ACTT,CAA,CACT,CATT 120.26 PASS AF=0.25,0,0.75,0,0;AO=3,2,7,3,3;DP=54;FAO=6,0,18,0,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,11,0,0;FSAR=6,0,7,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193759,-0.0909262,0.0529263,-0.101564,0.221197;FXX=0.3999;HRUN=2,2,12,2,2;LEN=4,3,1,1,1;MLLD=71.8227,53.3413,7.59846,20.1212,7.79292;QD=20.043;RBI=0.168565,0.0914404,0.189831,0.13054,0.245567;REFB=0,0,0,0,0;REVB=-0.167448,0.00968367,-0.182303,-0.0820082,0.106654;RO=33;SAF=0,0,6,0,0;SAR=3,2,1,3,3;SRF=28;SRR=5;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.735843,-0.677817,0.0207019,-0.735843,-0.735843;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,del,snp,snp;VARB=0.0209227,0,-0.125971,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=27585083,27585083,27585086,27585085,27585085;OREF=CAAT,CAA,T,A,A;OALT=ACTA,ACT,-,C,T;OMAPALT=ACTA,ACTT,CAA,CACT,CATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:41:54:24:33:0:3,2,7,3,3:6,0,18,0,0:0.25,0,0.75,0,0:3,2,1,3,3:0,0,6,0,0:28:5:6,0,7,0,0:0,0,11,0,0:0:0 chr17 27585087 . T A 40.21 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=53;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0436947;FXX=0.0322529;HRUN=12;LEN=1;MLLD=109.575;QD=2.68085;RBI=0.0586505;REFB=-0.00461976;REVB=-0.0391236;RO=45;SAF=0;SAR=6;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.700419;STB=0.906528;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0423784;OID=.;OPOS=27585087;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:53:60:45:52:6:8:0.133333:6:0:30:15:7:1:34:18 chr17 27588806 . C A 221.6 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.000472832;FXX=0.0256377;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.4285;QD=11.6631;RBI=0.0552266;REFB=-0.00210738;REVB=-0.0552246;RO=45;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184209;STB=0.60516;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00522834;OID=.;OPOS=27588806;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:45:49:27:27:0.355263:11:16:19:26:11:16:21:28 chr17 27588980 . CAG C 237.21 PASS AF=0.522727;AO=21;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0334521;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.878;QD=21.5641;RBI=0.038833;REFB=-0.024466;REVB=-0.019722;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421918;STB=0.542706;STBP=0.566;TYPE=del;VARB=0.0258967;OID=.;OPOS=27588981;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.522727:21:43:23:44:21:13:10:10:11:99:21:11:10:10:11 chr17 27591620 . TAAAAAAAT TAAAAAAAA,TAAAAAAT 34.89 PASS AF=0.0135135,0.216216;AO=4,16;DP=81;FAO=1,16;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=0,9;FSAR=1,7;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0249882,0.0465482;FXX=0.0263123;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=210.971,8.06194;QD=1.88571;RBI=0.0283584,0.252973;REFB=-0.00118896,-0.0646764;REVB=0.0134085,0.248653;RO=50;SAF=0,10;SAR=4,6;SRF=24;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.525233,0.178619;STB=0.989193,0.582521;STBP=0.465,0.492;TYPE=snp,del;VARB=0.0154354,0.082772;OID=.,.;OPOS=27591628,27591621;OREF=T,A;OALT=A,-;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0135135,0.216216:4,16:81:1,16:74:57:0,9:1,7:26:31:32:50:0,10:4,6:24:26 chr17 27835138 . C T 616.87 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589002;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.44;QD=61.6868;RBI=0.00691723;REFB=0;REVB=-0.00362708;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95265e-06;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr17 27889578 . T C 1387.27 PASS AF=0.548523;AO=130;DP=238;FAO=130;FDP=237;FR=.;FRO=107;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=-0.00480561;FXX=0.0042015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.25;QD=23.4138;RBI=0.0131046;REFB=-0.0192316;REVB=0.0121917;RO=107;SAF=68;SAR=62;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157817;STB=0.508592;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0169937;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:107:107:130:130:0.548523:62:68:58:49:62:68:58:49 chr17 27889986 . T C 2513.55 PASS AF=0.988095;AO=164;DP=167;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0209813;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.543;QD=59.8463;RBI=0.0394355;REFB=-0.0579311;REVB=0.0333908;RO=0;SAF=92;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506666;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000240473;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:168:0:2:164:166:0.988095:72:92:0:0:74:92:0:2 chr17 27901975 . A G 586.81 PASS AF=0.588889;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0192563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.099;QD=26.0806;RBI=0.0584554;REFB=-0.0193948;REVB=-0.0551927;RO=36;SAF=27;SAR=26;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00699291;STB=0.501677;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.011782;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:36:37:53:53:0.588889:26:27:18:18:26:27:19:18 chr17 27903280 . AGGGGGGC AGGGGG,AGGGGGC,AGGGGGCC,GAGGGGGC 66.44 PASS AF=0.0384615,0.230769,0,0.0384615;AO=9,13,6,3;DP=80;FAO=3,18,0,3;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=2,10,0,0;FSAR=1,8,0,3;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00289947,0.0815178,0.0843718,0.0189542;FXX=0.0249969;HRUN=6,6,6,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=17.1445,9.24975,13.6622,83.023;QD=3.40705;RBI=0.195514,0.202887,0.0846993,0.0229389;REFB=-0.0516155,-0.126405,-0.0798676,-0.00669041;REVB=-0.195493,-0.18579,0.00744109,-0.0129202;RO=37;SAF=5,8,2,0;SAR=4,5,4,3;SRF=27;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.54717,0.54717,0,0;SSSB=-0.228154,-0.153001,-0.449247,-0.638884;STB=0.556575,0.54254,0.5,0.997205;STBP=0.908,0.703,1,0.017;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.146216,0.124221,0,0.0372582;OID=.,.,.,.;OPOS=27903286,27903281,27903286,27903280;OREF=GC,G,G,AG;OALT=-,-,C,GA;OMAPALT=AGGGGG,AGGGGGC,AGGGGGCC,GAGGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:80:78:37:54:9,13,6,3:3,18,0,3:0.0384615,0.230769,0,0.0384615:4,5,4,3:5,8,2,0:27:10:1,8,0,3:2,10,0,0:33:21 chr17 27904711 . G A 743.86 PASS AF=0.478528;AO=78;DP=162;FAO=78;FDP=163;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.00413832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8192;QD=18.2542;RBI=0.0307767;REFB=-0.0130719;REVB=-0.0304972;RO=84;SAF=36;SAR=42;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259327;STB=0.501424;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0206286;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:84:85:78:78:0.478528:42:36:39:45:42:36:39:46 chr17 27959903 . G A 331.04 PASS AF=0.433735;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0348334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.636;QD=15.9536;RBI=0.0392625;REFB=-0.0113334;REVB=0.0181156;RO=46;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115855;STB=0.56562;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0125815;OID=.;OPOS=27959903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:46:47:35:36:0.433735:15:20:21:25:15:21:22:25 chr17 28320248 . T A 1782.32 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.279;QD=60.9342;RBI=0.0272383;REFB=0;REVB=0.0066186;RO=0;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51871e-05;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:63:52:0:0:65:52:0:0 chr17 28381141 . C G 965.84 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00314755;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.389;QD=57.6619;RBI=0.00346513;REFB=-0.0295899;REVB=0.00144916;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.506022;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00100242;OID=.;OPOS=28381141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:67:0:1:66:66:0.985075:41:25:0:0:41:25:0:1 chr17 28407876 . T G 2500.77 PASS AF=0.988166;AO=153;DP=155;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0579582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1378;QD=59.1898;RBI=0.104755;REFB=-0.0707314;REVB=0.087261;RO=2;SAF=78;SAR=75;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000240755;STB=0.500391;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00233371;OID=.;OPOS=28407876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:155:169:2:2:153:167:0.988166:75:78:1:1:89:78:1:1 chr17 28511884 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0196569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.523;QD=16.5358;RBI=0.019658;REFB=-0.00919259;REVB=-0.000206384;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530323;STB=0.530353;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0147456;OID=.;OPOS=28511884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:9:14:10:8:9:14 chr17 28576076 . T C 436.26 PASS AF=0.354167;AO=51;DP=145;FAO=51;FDP=144;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.0230079;FXX=0.0270252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7545;QD=12.1184;RBI=0.0232481;REFB=-0.00906683;REVB=0.00333372;RO=87;SAF=27;SAR=24;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135061;STB=0.50533;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0186843;OID=.;OPOS=28576076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:87:93:51:51:0.354167:24:27:45:42:24:27:50:43 chr17 28612448 . G C 728.25 PASS AF=0.384615;AO=85;DP=221;FAO=85;FDP=221;FR=.;FRO=136;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=67;FSRR=69;FWDB=0.0255523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5865;QD=13.181;RBI=0.0281212;REFB=0.0153697;REVB=0.0117424;RO=136;SAF=34;SAR=51;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102756;STB=0.557997;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0154646;OID=.;OPOS=28612448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:136:136:85:85:0.384615:51:34:67:69:51:34:67:69 chr17 28687518 . G T 80.71 PASS AF=0.3125;AO=11;DP=36;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0143347;FXX=0.11108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.657;QD=10.0887;RBI=0.0178206;REFB=-0.00202677;REVB=-0.0105872;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608311;STB=0.609928;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00175658;OID=.;OPOS=28687518;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:36:32:22:22:11:10:0.3125:8:3:7:15:8:2:7:15 chr17 28712037 . C T 1047.74 PASS AF=0.531915;AO=100;DP=188;FAO=100;FDP=188;FR=.;FRO=88;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.00443137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.892;QD=22.2924;RBI=0.00851283;REFB=-0.00708468;REVB=-0.00726851;RO=88;SAF=54;SAR=46;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246148;STB=0.513459;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00560205;OID=.;OPOS=28712037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:88:88:100:100:0.531915:46:54:45:43:46:54:45:43 chr17 28900708 . G T 487.18 PASS AF=0.676923;AO=44;DP=65;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0156654;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.362;QD=29.9805;RBI=0.0188818;REFB=-0.0329881;REVB=0.0105412;RO=21;SAF=16;SAR=28;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509409;STB=0.527595;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0119377;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:21:44:44:0.676923:28:16:6:15:28:16:6:15 chr17 29029690 . G C 1024.35 PASS AF=0.49763;AO=103;DP=209;FAO=105;FDP=211;FR=.;FRO=106;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=64;FSRR=42;FWDB=0.0435124;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5395;QD=19.419;RBI=0.0513142;REFB=0.00478612;REVB=0.0271996;RO=106;SAF=51;SAR=52;SRF=64;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100156;STB=0.554463;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00213288;OID=.;OPOS=29029690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:106:106:103:105:0.49763:52:51:64:42:53:52:64:42 chr17 29029728 . A C 2315.97 PASS AF=0.987179;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0572951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.068;QD=59.384;RBI=0.0601353;REFB=-0.119066;REVB=0.0182626;RO=1;SAF=74;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638536;STB=0.506666;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000375049;OID=.;OPOS=29029728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:156:1:2:154:154:0.987179:80:74:1:0:80:74:2:0 chr17 29109908 . CTA C 106.68 PASS AF=0.288462;AO=14;DP=54;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0111083;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.676;QD=8.20649;RBI=0.0125121;REFB=-0.00422997;REVB=-0.00575837;RO=32;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293492;STB=0.688655;STBP=0.101;TYPE=del;VARB=0.00899855;OID=.;OPOS=29109909;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288462:14:54:15:52:37:9:6:12:25:99:32:8:6:10:22 chr17 29109954 . A G 159.22 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00740514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.368;QD=10.109;RBI=0.00768759;REFB=-0.0125473;REVB=-0.00206469;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613395;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0223574;OID=.;OPOS=29109954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:42:21:21:0.333333:11:10:16:22:11:10:20:22 chr17 29110196 . T C 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.000219969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.82;QD=14.5324;RBI=0.000355541;REFB=-0.0145517;REVB=0.000279326;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940022;STB=0.553303;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0158074;OID=.;OPOS=29110196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:14:15:17:23:14:15:17:23 chr17 29111125 . T G 188.72 PASS AF=0.5;AO=14;DP=38;FAO=17;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.012251;FXX=0.105235;HRUN=9;LEN=1;MLLD=175.187;QD=22.2023;RBI=0.0141049;REFB=-0.0122126;REVB=0.00699009;RO=6;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139697;STB=0.50209;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107418;OID=.;OPOS=29111125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:38:34:6:12:14:17:0.5:5:9:4:2:7:10:7:5 chr17 29111368 . A G 623.26 PASS AF=0.504;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0533817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.637;QD=19.9443;RBI=0.0545587;REFB=-0.00832927;REVB=0.0112713;RO=62;SAF=31;SAR=32;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713791;STB=0.503936;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0101865;OID=.;OPOS=29111368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:62:63:63:0.504:32:31:31:31:32:31:31:31 chr17 29113016 . A G 417.69 PASS AF=0.447917;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.005928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9144;QD=17.4035;RBI=0.0124251;REFB=-0.0306509;REVB=0.0109198;RO=53;SAF=22;SAR=20;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517948;STB=0.534867;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0369464;OID=.;OPOS=29113016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:42:43:0.447917:20:22:25:28:20:23:25:28 chr17 29159404 . G C 403.47 PASS AF=0.424528;AO=21;DP=102;FAO=45;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0142063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.08;QD=15.2253;RBI=0.0819629;REFB=-0.0247334;REVB=0.0807224;RO=61;SAF=18;SAR=3;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551464;STB=0.515618;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0404958;OID=.;OPOS=29159404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:61:61:21:45:0.424528:3:18:26:35:27:18:26:35 chr17 29161202 . A T 626.62 PASS AF=0.385027;AO=71;DP=185;FAO=72;FDP=187;FR=.;FRO=115;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=0.0110865;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.446;QD=13.4036;RBI=0.0119889;REFB=-0.00776641;REVB=-0.0045634;RO=113;SAF=19;SAR=52;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242031;STB=0.624717;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0100969;OID=.;OPOS=29161202;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:113:115:71:72:0.385027:52:19:53:60:52:20:53:62 chr17 29161358 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0026689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.654;QD=16.0426;RBI=0.0067336;REFB=0.00388261;REVB=-0.0061821;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242524;STB=0.51391;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00446525;OID=.;OPOS=29161358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:9:17:12:7:9:17 chr17 29161845 . G A 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.00270512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.368;QD=9.9929;RBI=0.0111936;REFB=-0.00484792;REVB=0.0108619;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129671;STB=0.576385;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0122109;OID=.;OPOS=29161845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:10:7:11:25:10:7:11:25 chr17 29162173 . T C 217.27 PASS AF=0.409091;AO=24;DP=63;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.000835842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.906;QD=13.1679;RBI=0.0108862;REFB=-0.0082602;REVB=0.0108541;RO=39;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894454;STB=0.549413;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0137938;OID=.;OPOS=29162173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:39:39:24:27:0.409091:16:8:16:23:18:9:16:23 chr17 29167653 . A C 1442.43 PASS AF=0.432507;AO=142;DP=356;FAO=157;FDP=363;FR=.;FRO=206;FSAF=92;FSAR=65;FSRF=91;FSRR=115;FWDB=0.000445395;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.005;QD=15.8945;RBI=0.010855;REFB=-0.00930172;REVB=-0.0108458;RO=152;SAF=84;SAR=58;SRF=63;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166469;STB=0.581961;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0143821;OID=.;OPOS=29167653;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:363:152:206:142:157:0.432507:58:84:63:89:65:92:91:115 chr17 29187497 . A G 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00380968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.592;QD=9.93966;RBI=0.0116901;REFB=-0.00808511;REVB=-0.0110519;RO=45;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142743;STB=0.583261;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0166898;OID=.;OPOS=29187497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:12:10:15:30:12:10:15:30 chr17 29206433 . G A 336.16 PASS AF=0.330769;AO=43;DP=130;FAO=43;FDP=130;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0378903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2842;QD=10.3435;RBI=0.043355;REFB=-0.0257425;REVB=-0.0210708;RO=87;SAF=23;SAR=20;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337916;STB=0.519532;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.100243;OID=.;OPOS=29206433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:87:87:43:43:0.330769:20:23:44:43:20:23:44:43 chr17 29214387 . T C 241.29 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00432919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.429;QD=12.3739;RBI=0.00879599;REFB=-0.0185547;REVB=-0.00765686;RO=49;SAF=12;SAR=17;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171561;STB=0.598524;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0208062;OID=.;OPOS=29214387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:49:29:29:0.371795:17:12:28:21:17:12:28:21 chr17 29226228 . T C 175.64 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00561246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3939;QD=10.182;RBI=0.0600253;REFB=-0.00517923;REVB=0.0597624;RO=46;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839018;STB=0.549312;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0114329;OID=.;OPOS=29226228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:16:7:17:29:16:7:17:29 chr17 29233163 . C T 175.54 PASS AF=0.372881;AO=20;DP=57;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0148834;FXX=0.063482;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.835;QD=11.9012;RBI=0.014884;REFB=-0.00327508;REVB=0.000136334;RO=37;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675666;STB=0.503103;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00797956;OID=.;OPOS=29233163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:37:37:20:22:0.372881:12:8:17:20:12:10:17:20 chr17 29486152 . G A 487.21 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=-0.0164513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.57;QD=15.2253;RBI=0.0213877;REFB=0.00116919;REVB=-0.0136671;RO=73;SAF=22;SAR=32;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100364;STB=0.559073;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00160155;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:74:54:54:0.421875:32:22:23:50:32:22:23:51 chr17 29496819 . C T 187.68 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0864117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.686;QD=20.2894;RBI=0.0940133;REFB=0.00594018;REVB=-0.037034;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688096;STB=0.538864;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00259403;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:9:9:8:11:9:9 chr17 29497041 . GAAAAAAATC GAAAAAATC,GAAAAAATCA 47.66 PASS AF=0.206349,0.0793651;AO=20,4;DP=63;FAO=13,5;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=3,4;FSAR=10,1;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.132893,0.0590708;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=8.3569,22.2198;QD=3.02621;RBI=0.132898,0.0619148;REFB=-0.0682641,-0.0240565;REVB=0.00112551,-0.0185496;RO=29;SAF=4,3;SAR=16,1;SRF=5;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0459193,0.605365;STB=0.537574,0.893608;STBP=0.814,0.22;TYPE=del,mnp;VARB=0.0299418,0.0599814;OID=.,.;OPOS=29497042,29497048;OREF=A,ATC;OALT=-,TCA;OMAPALT=GAAAAAATC,GAAAAAATCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206349,0.0793651:20,4:63:13,5:63:45:3,4:10,1:12:33:33:29:4,3:16,1:5:24 chr17 29508775 . G A 211.7 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0584935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.978;QD=10.0807;RBI=0.0585267;REFB=0.00623635;REVB=-0.00197031;RO=57;SAF=14;SAR=13;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112733;STB=0.565857;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0173198;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:13:14:24:33:13:14:24:33 chr17 29533434 . AT A 34.14 PASS AF=0.210526;AO=29;DP=117;FAO=24;FDP=114;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0522156;FXX=0.0338954;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.7269;QD=1.19772;RBI=0.0525159;REFB=-0.0369368;REVB=-0.00560751;RO=69;SAF=18;SAR=11;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216579;STB=0.60114;STBP=0.282;TYPE=del;VARB=0.00136014;OID=.;OPOS=29533435;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526:29:117:24:114:90:16:8:49:41:34:69:18:11:44:25 chr17 29553485 . G A 787.5 PASS AF=0.525;AO=78;DP=152;FAO=84;FDP=160;FR=.;FRO=76;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0228331;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3685;QD=19.6876;RBI=0.0261258;REFB=-0.00663335;REVB=-0.0126966;RO=73;SAF=37;SAR=41;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197089;STB=0.518145;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0118434;OID=.;OPOS=29553485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:160:73:76:78:84:0.525:41:37:33:40:41:43:36:40 chr17 29647374 . A G 32.02 PASS AF=0.0918367;AO=8;DP=97;FAO=9;FDP=98;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=62;FWDB=-0.0496159;FXX=0.0101;HRUN=16;LEN=1;MLLD=183.952;QD=1.30687;RBI=0.0543376;REFB=0.00318897;REVB=-0.0221548;RO=88;SAF=8;SAR=0;SRF=27;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.679507;STB=0.934339;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.104217;OID=.;OPOS=29647374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:97:98:88:89:8:9:0.0918367:0:8:27:61:1:8:27:62 chr17 29857460 . G A 454.11 PASS AF=0.355705;AO=53;DP=149;FAO=53;FDP=149;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.00594993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.779;QD=12.191;RBI=0.0270995;REFB=-0.00496728;REVB=0.0264383;RO=96;SAF=21;SAR=32;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599476;STB=0.534294;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0087262;OID=.;OPOS=29857460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:96:96:53:53:0.355705:32:21:43:53:32:21:43:53 chr17 29859506 . G T 426.91 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00525895;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8309;QD=18.7653;RBI=0.018052;REFB=0.00478231;REVB=-0.017269;RO=47;SAF=30;SAR=13;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149333;STB=0.579178;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00529395;OID=.;OPOS=29859506;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:48:43:43:0.472527:13:30:26:21:13:30:27:21 chr17 29890808 . C T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0423045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.187;QD=19.7634;RBI=0.0433345;REFB=-0.0171097;REVB=-0.00939154;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415942;STB=0.52989;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00860788;OID=.;OPOS=29890808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:17:18:18:14:17:18:19:14 chr17 29890870 . C G 377.84 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.010023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.095;QD=18.8918;RBI=0.0285397;REFB=0.00137333;REVB=-0.0267217;RO=40;SAF=19;SAR=20;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344079;STB=0.525291;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0010981;OID=.;OPOS=29890870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:41:39:39:0.4875:20:19:21:19:20:19:22:19 chr17 30183857 . T C 1385.92 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0629575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.948;QD=62.2886;RBI=0.066993;REFB=0;REVB=0.0229001;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258972;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:42:45:0:0:44:45:0:0 chr17 30222002 . T C 224.6 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0282729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.122;QD=17.616;RBI=0.0301173;REFB=-0.0145046;REVB=0.0103778;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111896;STB=0.507407;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0160537;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:23:24:0.470588:13:10:11:15:13:11:12:15 chr17 30372739 . C T 199.85 PASS AF=0.22963;AO=31;DP=133;FAO=31;FDP=135;FR=.;FRO=104;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.0519909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.025;QD=5.92152;RBI=0.0525677;REFB=0.00169489;REVB=-0.00776595;RO=102;SAF=14;SAR=17;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486134;STB=0.52256;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00542979;OID=.;OPOS=30372739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:102:104:31:31:0.22963:17:14:50:52:17:14:50:54 chr17 30470028 . G GC 129.09 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=76;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.116345;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.443;QD=6.88451;RBI=0.139162;REFB=-0.0349553;REVB=-0.0763542;RO=47;SAF=0;SAR=27;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.797039;STB=0.849514;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0485654;OID=.;OPOS=30470029;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373333:27:76:28:75:47:1:27:12:35:99:47:0:27:13:34 chr17 30533970 . A G 358.08 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00335304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.661;QD=17.0517;RBI=0.0131964;REFB=-0.0195106;REVB=0.0127633;RO=46;SAF=17;SAR=20;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463128;STB=0.5334;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0224394;OID=.;OPOS=30533970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:46:37:38:0.452381:20:17:19:27:20:18:19:27 chr17 30625205 . G A 1210.43 PASS AF=0.504237;AO=119;DP=236;FAO=119;FDP=236;FR=.;FRO=117;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=-0.00944937;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.437;QD=20.5157;RBI=0.0698368;REFB=0.0093941;REVB=0.0691945;RO=116;SAF=64;SAR=55;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00301632;STB=0.500322;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00779092;OID=.;OPOS=30625205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:116:117:119:119:0.504237:55:64:62:54:55:64:63:54 chr17 31318933 . A ACTG 448.75 PASS AF=0.454545;AO=49;DP=116;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0118807;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=3;MLLD=296.565;QD=16.3183;RBI=0.0126949;REFB=-0.0181484;REVB=0.00447329;RO=67;SAF=23;SAR=26;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391615;STB=0.519992;STBP=0.728;TYPE=ins;VARB=0.0223927;OID=.;OPOS=31318934;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:49:116:50:110:60:24:26:31:29:99:67:23:26:34:33 chr17 31618732 . A G 228.27 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0118697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.568;QD=21.7404;RBI=0.0181033;REFB=-0.0108297;REVB=-0.013669;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594771;STB=0.521719;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00973408;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:20:22:22:0.52381:12:10:10:9:12:10:10:10 chr17 32483237 . A G 573.04 PASS AF=0.382857;AO=66;DP=175;FAO=67;FDP=175;FR=.;FRO=108;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=70;FWDB=0.000743883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.56;QD=13.0981;RBI=0.0246265;REFB=-0.00555849;REVB=-0.0246153;RO=103;SAF=31;SAR=35;SRF=35;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142724;STB=0.578291;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00660466;OID=.;OPOS=32483237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:103:108:66:67:0.382857:35:31:35:68:35:32:38:70 chr17 32483270 . C G 481.45 PASS AF=0.361963;AO=59;DP=163;FAO=59;FDP=163;FR=.;FRO=104;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=68;FWDB=-0.0544529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6457;QD=11.8146;RBI=0.054455;REFB=0.00387644;REVB=0.000480342;RO=104;SAF=33;SAR=26;SRF=36;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235647;STB=0.633535;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00974545;OID=.;OPOS=32483270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:104:104:59:59:0.361963:26:33:36:68:26:33:36:68 chr17 32612894 . G A 223.55 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.000704283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2143;QD=14.9035;RBI=0.0445932;REFB=0.0551491;REVB=0.0445876;RO=33;SAF=1;SAR=25;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63177;STB=0.883422;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0672023;OID=.;OPOS=32612894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:25:1:12:21:25:1:13:21 chr17 32647831 . A C 229.24 PASS AF=0.275;AO=33;DP=119;FAO=33;FDP=120;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=0.0103146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1954;QD=7.64116;RBI=0.0277966;REFB=-0.0158339;REVB=-0.025812;RO=86;SAF=12;SAR=21;SRF=30;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195873;STB=0.514843;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0409846;OID=.;OPOS=32647831;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:86:87:33:33:0.275:21:12:30:56:21:12:30:57 chr17 32904586 . C T 1733.4 PASS AF=0.991379;AO=116;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0591736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.248;QD=59.7726;RBI=0.0719708;REFB=-0.0424393;REVB=-0.0409667;RO=0;SAF=63;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14374e-08;STB=0.504761;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000112594;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:0:1:116:115:0.991379:53:63:0:0:52:63:0:1 chr17 32906008 . C G 2392.61 PASS AF=0.574026;AO=173;DP=382;FAO=221;FDP=385;FR=.;FRO=164;FSAF=110;FSAR=111;FSRF=83;FSRR=81;FWDB=-0.00414999;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.0476;QD=24.8583;RBI=0.00623693;REFB=0.00180923;REVB=0.00465584;RO=112;SAF=71;SAR=102;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467916;STB=0.503561;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00147784;OID=.;OPOS=32906008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:385:112:164:173:221:0.574026:102:71:53:59:111:110:83:81 chr17 32953258 . G A 775.32 PASS AF=0.432292;AO=81;DP=190;FAO=83;FDP=192;FR=.;FRO=109;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=0.0235358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3967;QD=16.1524;RBI=0.116416;REFB=-0.0265845;REVB=0.114012;RO=109;SAF=52;SAR=29;SRF=64;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600025;STB=0.523577;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0419612;OID=.;OPOS=32953258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:192:109:109:81:83:0.432292:29:52:64:45:31:52:64:45 chr17 33286664 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.015;QD=61.2132;RBI=0.00796042;REFB=0;REVB=0.00545039;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89426e-06;OID=.;OPOS=33286664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr17 33288363 . C T 7731.94 PASS AF=0.941392;AO=514;DP=546;FAO=514;FDP=546;FR=.;FRO=32;FSAF=182;FSAR=332;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0335911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.863;QD=56.6442;RBI=0.0366555;REFB=-0.0383085;REVB=-0.0146719;RO=29;SAF=182;SAR=332;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218314;STB=0.513248;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000450355;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:546:546:29:32:514:514:0.941392:332:182:16:13:332:182:18:14 chr17 33288882 . T G 2331.87 PASS AF=0.987578;AO=148;DP=150;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00479529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.248;QD=57.9346;RBI=0.00481374;REFB=0.000839687;REVB=0.000421108;RO=1;SAF=54;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503329;STB=0.505262;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00322522;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:161:1:2:148:159:0.987578:94:54:0:1:94:65:0:2 chr17 33289046 . G C 331.48 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0129588;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1699;QD=22.861;RBI=0.0246741;REFB=0.00975428;REVB=-0.0209972;RO=24;SAF=25;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262466;STB=0.639373;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00237393;OID=.;OPOS=33289046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:24:25:33:33:0.568966:8:25:11:13:8:25:12:13 chr17 33289113 . AAG AA,A 66.42 PASS AF=0,0.276316;AO=8,14;DP=77;FAO=0,21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=0,11;FSAR=0,10;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.191097,-0.144557;FXX=0.0129853;HRUN=6,5;LEN=1,2;MLLD=12.7194,23.3213;QD=3.49601;RBI=0.193441,0.145173;REFB=-0.00873548,-0.0446683;REVB=0.0300192,0.0133599;RO=45;SAF=5,9;SAR=3,5;SRF=22;SRR=23;SSEN=0.6,0;SSEP=0.480519,0;SSSB=0.165548,0.190383;STB=0.5,0.510655;STBP=1,0.962;TYPE=del,del;VARB=0.0222216,0.127884;OID=.,.;OPOS=33289115,33289114;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.276316:8,14:77:0,21:76:55:0,11:0,10:28:27:62:45:5,9:3,5:22:23 chr17 33289937 . A T 1855.94 PASS AF=1;AO=108;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285373;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.729;QD=61.3535;RBI=0.00305345;REFB=0;REVB=0.00108617;RO=0;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187837;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:108:121:1:46:62:0:0:57:64:0:0 chr17 33336914 . T G 2628.39 PASS AF=0.923077;AO=179;DP=195;FAO=180;FDP=195;FR=.;FRO=15;FSAF=79;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=-0.024949;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8937;QD=53.9158;RBI=0.0269101;REFB=-0.204841;REVB=0.0100848;RO=1;SAF=79;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473711;STB=0.534558;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00597296;OID=.;OPOS=33336914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:195:195:1:15:179:180:0.923077:100:79:0:1:101:79:0:15 chr17 33353531 . C T 1126.65 PASS AF=0.552632;AO=104;DP=188;FAO=105;FDP=190;FR=.;FRO=85;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=-0.00484673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.576;QD=23.719;RBI=0.00489039;REFB=-0.000299763;REVB=-0.000651969;RO=84;SAF=58;SAR=46;SRF=28;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182396;STB=0.598751;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000185543;OID=.;OPOS=33353531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:84:85:104:105:0.552632:46:58:28:56:47:58:28:57 chr17 33448818 . T C 2090.55 PASS AF=0.952055;AO=138;DP=145;FAO=139;FDP=146;FR=.;FRO=7;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0596289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1029;QD=57.2753;RBI=0.0661955;REFB=0.0184457;REVB=-0.0287445;RO=5;SAF=63;SAR=75;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00378352;STB=0.50571;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00130701;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:145:146:5:7:138:139:0.952055:75:63:2:3:76:63:4:3 chr17 33454415 . C A 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.766;QD=58.6114;RBI=0.0268481;REFB=-0.0632429;REVB=0.00816759;RO=1;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141179;STB=0.507461;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00185075;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:33:40:0:1:33:40:0:1 chr17 33464864 . C T 1478.25 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0012076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7609;QD=56.3144;RBI=0.0315887;REFB=-0.036539;REVB=0.0315656;RO=2;SAF=39;SAR=63;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148231;STB=0.511626;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00668474;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:2:3:102:102:0.971429:63:39:0:2:63:39:0:3 chr17 33469279 . G C 2370.78 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.100933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4377;QD=63.2208;RBI=0.10476;REFB=0.0163421;REVB=-0.0280576;RO=0;SAF=50;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25921e-08;STB=0.502512;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00135649;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:150:0:1:149:149:0.993333:99:50:0:0:99:50:0:1 chr17 33476001 . G A 513.99 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.002525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.622;QD=17.4234;RBI=0.00272257;REFB=-0.00170769;REVB=0.00101823;RO=63;SAF=26;SAR=29;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185953;STB=0.510339;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00210302;OID=.;OPOS=33476001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:63:55:55:0.466102:29:26:31:32:29:26:31:32 chr17 33495347 . CAA CA,C,CAAC,CCA 288.11 PASS AF=0.648649,0,0.351351,0;AO=4,4,8,2;DP=37;FAO=24,0,13,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0,0,0;FSAR=11,0,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.918845,0.497317,0.0924785,0.327907;FXX=0.0263089;HRUN=5,5,0,5;LEN=1,2,1,1;MLLD=12.2081,13.356,95.8617,6.42985;QD=31.1475;RBI=0.919284,0.497654,0.0952629,0.335521;REFB=0.0369354,0.0590834,0.0358806,0.0178946;REVB=-0.0284229,-0.0183044,-0.0228638,-0.0710721;RO=10;SAF=1,0,0,0;SAR=3,4,8,2;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.706729,-0.836524,-0.851555,-0.826059;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,ins,snp;VARB=0.0232237,0.0159474,0.103424,0;OID=.,.,.,.;OPOS=33495348,33495348,33495350,33495348;OREF=A,AA,-,A;OALT=-,-,C,C;OMAPALT=CA,C,CAAC,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.648649,0,0.351351,0:4,4,8,2:37:24,0,13,0:37:0:13,0,0,0:11,0,13,0:0:0:99:10:1,0,0,0:3,4,8,2:10:0 chr17 33520663 . C T 762.59 PASS AF=0.359073;AO=89;DP=255;FAO=93;FDP=259;FR=.;FRO=166;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=75;FSRR=91;FWDB=0.000276178;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.164;QD=11.7774;RBI=0.015864;REFB=-0.0201385;REVB=0.0158616;RO=164;SAF=53;SAR=36;SRF=73;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171143;STB=0.582506;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0424613;OID=.;OPOS=33520663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:259:164:166:89:93:0.359073:36:53:73:91:39:54:75:91 chr17 33592194 . C G 331.47 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00483987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1936;QD=18.6742;RBI=0.0142996;REFB=0.0190875;REVB=0.0134556;RO=34;SAF=16;SAR=19;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120953;STB=0.563899;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0256951;OID=.;OPOS=33592194;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:36:35:35:0.492958:19:16:11:23:19:16:12:24 chr17 33592621 . C T 1567.99 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.496;QD=63.9996;RBI=0.0132375;REFB=0;REVB=0.01271;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33141e-05;OID=.;OPOS=33592621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr17 33680807 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3324;QD=47.8222;RBI=0.0345638;REFB=0;REVB=-0.0332349;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000695967;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr17 33680840 . T C 739.0 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.115;QD=54.7406;RBI=0.0302901;REFB=0.0546345;REVB=0.0153423;RO=1;SAF=13;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348586;STB=0.518511;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00898633;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:40:13:1:0:40:13:1:0 chr17 33689926 . T C 4617.3 PASS AF=1;AO=291;DP=292;FAO=291;FDP=291;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631202;FXX=0.00342454;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2021;QD=63.4681;RBI=0.0733489;REFB=0.0495979;REVB=-0.0373618;RO=0;SAF=153;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00165332;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:292:291:0:0:291:291:1:138:153:0:0:138:153:0:0 chr17 33690466 . C A 883.13 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.087;QD=57.9098;RBI=0.00332417;REFB=0;REVB=-0.00234654;RO=0;SAF=14;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.96892e-09;OID=.;OPOS=33690466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:46:14:0:0:47:14:0:0 chr17 33768199 . G A 741.25 PASS AF=0.451429;AO=79;DP=175;FAO=79;FDP=175;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.0259981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.573;QD=16.9429;RBI=0.0329567;REFB=-0.00181883;REVB=-0.0202544;RO=95;SAF=31;SAR=48;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185938;STB=0.513869;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00219719;OID=.;OPOS=33768199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:95:96:79:79:0.451429:48:31:39:56:48:31:40:56 chr17 33768334 . T G 1522.49 PASS AF=0.93913;AO=106;DP=112;FAO=108;FDP=115;FR=.;FRO=7;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0113493;FXX=0.0336106;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.912;QD=52.956;RBI=0.0142417;REFB=-0.08799;REVB=0.00860333;RO=5;SAF=46;SAR=60;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143962;STB=0.50903;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00156182;OID=.;OPOS=33768334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:112:115:5:7:106:108:0.93913:60:46:3:2:62:46:4:3 chr17 33768354 . C T 1260.52 PASS AF=0.965909;AO=76;DP=80;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0261143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.1393;QD=57.2965;RBI=0.114856;REFB=-0.140282;REVB=0.111848;RO=4;SAF=35;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200501;STB=0.514848;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00893183;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:80:88:4:3:76:85:0.965909:41:35:1:3:49:36:0:3 chr17 33768937 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8978;QD=23.2183;RBI=0.035374;REFB=-0.0337162;REVB=0.0338803;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0131816;OID=.;OPOS=33768937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr17 33769034 . G A 219.47 PASS AF=0.23913;AO=33;DP=138;FAO=33;FDP=138;FR=.;FRO=105;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=-0.0044556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.879;QD=6.36153;RBI=0.00985121;REFB=0.00144444;REVB=-0.00878601;RO=105;SAF=19;SAR=14;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148071;STB=0.589802;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00397286;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:105:105:33:33:0.23913:14:19:48:57:14:19:48:57 chr17 33771996 . G A 316.9 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=61;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0128388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.876;QD=20.4449;RBI=0.0173524;REFB=-0.0232487;REVB=0.0116736;RO=29;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277619;STB=0.509548;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0193029;OID=.;OPOS=33771996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:29:32:33:0.532258:20:12:10:19:21:12:10:19 chr17 33802156 . T G 734.51 PASS AF=0.412935;AO=83;DP=203;FAO=83;FDP=201;FR=.;FRO=118;FSAF=60;FSAR=23;FSRF=80;FSRR=38;FWDB=0.00560952;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.013;QD=14.6171;RBI=0.0457723;REFB=-0.00899609;REVB=0.0454272;RO=119;SAF=60;SAR=23;SRF=81;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537741;STB=0.531969;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0111073;OID=.;OPOS=33802156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:201:119:118:83:83:0.412935:23:60:81:38:23:60:80:38 chr17 33805150 . T C 2534.41 PASS AF=1;AO=163;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723518;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.476;QD=61.8149;RBI=0.0661365;REFB=0;REVB=0.0657396;RO=0;SAF=83;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.35852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03725e-05;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:164:0:0:163:164:1:80:83:0:0:80:84:0:0 chr17 33805180 . G C 687.54 PASS AF=0.4625;AO=74;DP=160;FAO=74;FDP=160;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.00376271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5557;QD=17.1884;RBI=0.0281166;REFB=0.00485011;REVB=-0.0278637;RO=85;SAF=28;SAR=46;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192376;STB=0.60379;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00494796;OID=.;OPOS=33805180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:85:86:74:74:0.4625:46:28:49:36:46:28:49:37 chr17 33806546 . G A 811.51 PASS AF=0.497006;AO=83;DP=167;FAO=83;FDP=167;FR=.;FRO=84;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.00354854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.971;QD=19.4374;RBI=0.0260942;REFB=-0.0009856;REVB=0.0258518;RO=84;SAF=45;SAR=38;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380233;STB=0.520922;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00159337;OID=.;OPOS=33806546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:84:84:83:83:0.497006:38:45:49:35:38:45:49:35 chr17 33806841 . AG A 426.87 PASS AF=0.444444;AO=46;DP=112;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0161752;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.099;QD=15.8099;RBI=0.0164011;REFB=-0.015375;REVB=0.00271321;RO=63;SAF=17;SAR=29;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804366;STB=0.537113;STBP=0.52;TYPE=del;VARB=0.0147787;OID=.;OPOS=33806842;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:46:112:48:108:60:17:31:25:35:99:63:17:29:28:35 chr17 33806863 . G A 727.4 PASS AF=0.542636;AO=70;DP=129;FAO=70;FDP=129;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.00827414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.493;QD=22.555;RBI=0.00827785;REFB=-0.00937498;REVB=0.00024778;RO=59;SAF=34;SAR=36;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109;STB=0.559592;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00503218;OID=.;OPOS=33806863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:59:59:70:70:0.542636:36:34:21:38:36:34:21:38 chr17 33875262 . T A 289.53 PASS AF=0.52459;AO=29;DP=59;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00468217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.672;QD=18.9857;RBI=0.0237008;REFB=-0.0237667;REVB=0.0232337;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930683;STB=0.571821;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0337347;OID=.;OPOS=33875262;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:29:29:29:32:0.52459:14:15:18:11:17:15:18:11 chr17 33880455 . C G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00106632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.301;QD=24.073;RBI=0.0314346;REFB=-0.0497314;REVB=0.0314165;RO=7;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810804;STB=0.545388;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0209319;OID=.;OPOS=33880455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:10:3:1:6:10:3:1:6 chr17 33885049 . C T 128.99 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00949226;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.82;QD=11.9988;RBI=0.0268248;REFB=-0.00538001;REVB=-0.0250892;RO=27;SAF=3;SAR=12;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47987;STB=0.792058;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00462022;OID=.;OPOS=33885049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:12:3:17:10:12:3:18:10 chr17 33901917 . TTAAG T 106.1 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00975658;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=311.44;QD=9.2261;RBI=0.019523;REFB=0.000574993;REVB=-0.0169103;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145054;STB=0.565146;STBP=0.498;TYPE=del;VARB=-0.000940564;OID=.;OPOS=33901918;OREF=TAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:17:46:18:46:28:9:9:11:17:99:28:9:8:11:17 chr17 33998802 . G C 361.22 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0107179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.879;QD=18.2895;RBI=0.0142395;REFB=-0.0143476;REVB=0.00937496;RO=41;SAF=17;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785737;STB=0.504381;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0181495;OID=.;OPOS=33998802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:21:17:18:23:21:17:18:23 chr17 34072898 . C T 959.16 PASS AF=0.427386;AO=103;DP=235;FAO=103;FDP=241;FR=.;FRO=138;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=66;FSRR=72;FWDB=-0.00525881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.051;QD=15.9197;RBI=0.0353711;REFB=-0.0131976;REVB=-0.034978;RO=132;SAF=46;SAR=57;SRF=62;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235371;STB=0.518262;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0158674;OID=.;OPOS=34072898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:241:132:138:103:103:0.427386:57:46:62:70:57:46:66:72 chr17 34091078 . C G 1618.73 PASS AF=0.418824;AO=178;DP=425;FAO=178;FDP=425;FR=.;FRO=247;FSAF=120;FSAR=58;FSRF=112;FSRR=135;FWDB=0.00306144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1368;QD=15.2351;RBI=0.0627466;REFB=-0.0337155;REVB=-0.0626718;RO=244;SAF=120;SAR=58;SRF=111;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235105;STB=0.632495;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0462375;OID=.;OPOS=34091078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:425:244:247:178:178:0.418824:58:120:111:133:58:120:112:135 chr17 34091523 . CGA C 1441.17 PASS AF=0.507143;AO=140;DP=282;FAO=142;FDP=280;FR=.;FRO=138;FSAF=61;FSAR=81;FSRF=74;FSRR=64;FWDB=-0.0348273;FXX=0.00709195;HRUN=1;LEN=2;MLLD=104.261;QD=20.5881;RBI=0.0610967;REFB=-0.00764673;REVB=-0.0501982;RO=136;SAF=60;SAR=80;SRF=73;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978058;STB=0.552824;STBP=0.071;TYPE=del;VARB=0.00932762;OID=.;OPOS=34091524;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507143:140:282:142:280:138:61:81:74:64:99:136:60:80:73:63 chr17 34093597 . T C 628.61 PASS AF=0.408046;AO=71;DP=173;FAO=71;FDP=174;FR=.;FRO=103;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=63;FWDB=-0.0360727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.018;QD=14.4509;RBI=0.0385135;REFB=-0.0100276;REVB=0.0134923;RO=102;SAF=33;SAR=38;SRF=39;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087809;STB=0.545754;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0160314;OID=.;OPOS=34093597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:102:103:71:71:0.408046:38:33:39:63:38:33:40:63 chr17 34093663 . G A 449.06 PASS AF=0.31694;AO=40;DP=183;FAO=58;FDP=183;FR=.;FRO=125;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=-0.0375322;FXX=0.00543449;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.383;QD=9.81544;RBI=0.0379819;REFB=-0.0131223;REVB=0.00582715;RO=97;SAF=3;SAR=37;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564192;STB=0.588524;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0345946;OID=.;OPOS=34093663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:97:125:40:58:0.31694:37:3:39:58:37:21:61:64 chr17 34093681 . G A 652.58 PASS AF=0.376884;AO=74;DP=199;FAO=75;FDP=199;FR=.;FRO=124;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=0.0243632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8794;QD=13.1171;RBI=0.0244382;REFB=-0.00485324;REVB=-0.00191351;RO=123;SAF=34;SAR=40;SRF=60;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313766;STB=0.524149;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00457799;OID=.;OPOS=34093681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:123:124:74:75:0.376884:40:34:60:63:41:34:61:63 chr17 34100350 . G C,GC 2242.96 PASS AF=0.0138889,0.986111;AO=10,129;DP=153;FAO=2,142;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=2,55;FSAR=0,87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249305,0.00424507;FXX=0.00689608;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=197.626,223.657;QD=62.3045;RBI=0.0348741,0.0390436;REFB=0,0;REVB=0.024386,0.0388121;RO=11;SAF=5,49;SAR=5,80;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.204937,-0.0541031;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0198269,-0.000212737;OID=.,.;OPOS=34100350,34100351;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:153:144:11:0:10,129:2,142:0.0138889,0.986111:5,80:5,49:8:3:0,87:2,55:0:0 chr17 34182341 . G A 1524.63 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.88;QD=63.5263;RBI=0.0679786;REFB=0;REVB=0.0679099;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20299e-05;OID=.;OPOS=34182341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:47:47:0:0:49:47:0:0 chr17 34195739 . T C 360.87 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0104759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.561;QD=14.2917;RBI=0.0244578;REFB=-0.0165428;REVB=0.0221006;RO=60;SAF=21;SAR=20;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652405;STB=0.536885;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0137886;OID=.;OPOS=34195739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:20:21:27:33:20:21:27:33 chr17 34215825 . T C 3809.7 PASS AF=0.984375;AO=245;DP=250;FAO=252;FDP=256;FR=.;FRO=4;FSAF=134;FSAR=118;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0119901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.082;QD=59.5266;RBI=0.014337;REFB=-0.0551174;REVB=0.00786054;RO=3;SAF=129;SAR=116;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00324059;STB=0.503425;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.000215267;OID=.;OPOS=34215825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:250:256:3:4:245:252:0.984375:116:129:2:1:118:134:3:1 chr17 34216624 . G C 257.02 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.026407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9944;QD=16.064;RBI=0.0388425;REFB=-0.0117004;REVB=0.0284853;RO=35;SAF=18;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1062;STB=0.559958;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.014526;OID=.;OPOS=34216624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:11:18:18:17:11:18:18:17 chr17 34252537 . A C 796.33 PASS AF=0.466292;AO=83;DP=178;FAO=83;FDP=178;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=0.0244374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1576;QD=17.895;RBI=0.0245132;REFB=-0.00761378;REVB=0.00192627;RO=94;SAF=30;SAR=53;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330736;STB=0.516055;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00884454;OID=.;OPOS=34252537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:94:95:83:83:0.466292:53:30:37:57:53:30:37:58 chr17 34257637 . T C 605.48 PASS AF=0.425;AO=68;DP=160;FAO=68;FDP=160;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.0127232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.78;QD=15.1369;RBI=0.0127703;REFB=-0.0240376;REVB=-0.00109529;RO=90;SAF=41;SAR=27;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184213;STB=0.602911;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0361519;OID=.;OPOS=34257637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:90:92:68:68:0.425:27:41:38:52:27:41:39:53 chr17 34261831 . A G 1521.17 PASS AF=0.526882;AO=145;DP=276;FAO=147;FDP=279;FR=.;FRO=132;FSAF=52;FSAR=95;FSRF=61;FSRR=71;FWDB=0.0265339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8682;QD=21.8089;RBI=0.0770217;REFB=0.0136549;REVB=0.0723069;RO=131;SAF=52;SAR=93;SRF=60;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091106;STB=0.554286;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0119512;OID=.;OPOS=34261831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:279:131:132:145:147:0.526882:93:52:60:71:95:52:61:71 chr17 34264859 . A G 615.82 PASS AF=0.43871;AO=68;DP=155;FAO=68;FDP=155;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=56;FWDB=0.0350978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.477;QD=15.8922;RBI=0.0375027;REFB=-0.00767571;REVB=-0.0132135;RO=87;SAF=25;SAR=43;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123039;STB=0.506859;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00983426;OID=.;OPOS=34264859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:87:87:68:68:0.43871:43:25:31:56:43:25:31:56 chr17 34303694 . T C 41.65 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=92;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=-0.0560298;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=100.153;QD=1.73543;RBI=0.104676;REFB=-0.00841698;REVB=-0.088418;RO=81;SAF=3;SAR=7;SRF=53;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404176;STB=0.780274;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0589389;OID=.;OPOS=34303694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:92:96:81:86:10:10:0.104167:7:3:53:28:7:3:55:31 chr17 34328461 . A G 1840.68 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.477;QD=61.3559;RBI=0.0473602;REFB=0;REVB=-0.0341343;RO=0;SAF=65;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52226e-06;OID=.;OPOS=34328461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:55:65:0:0:55:65:0:0 chr17 34340284 . C T 2474.84 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.106;QD=61.4867;RBI=0.00687618;REFB=0;REVB=0.00614229;RO=0;SAF=74;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11473e-06;OID=.;OPOS=34340284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:87:74:0:0:87:74:0:0 chr17 34431287 . G T 4212.29 PASS AF=1;AO=251;DP=253;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000966168;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.197;QD=62.4043;RBI=0.0229188;REFB=0;REVB=0.0228985;RO=0;SAF=123;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36413e-05;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:253:270:0:0:251:270:1:128:123:0:0:144:126:0:0 chr17 34431961 . T C 334.63 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0370871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.336;QD=33.4626;RBI=0.0387891;REFB=-0.0336341;REVB=0.011364;RO=12;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538641;STB=0.529391;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0102964;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:12:16:8:4:12:16:8:4 chr17 34863301 . G A 268.72 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0685465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.639;QD=10.5379;RBI=0.0691845;REFB=-0.0134562;REVB=-0.00937408;RO=68;SAF=9;SAR=25;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15736;STB=0.591959;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0224532;OID=.;OPOS=34863301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:68:68:34:34:0.333333:25:9:26:42:25:9:26:42 chr17 34871721 . T C 211.03 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00505531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.104;QD=9.93099;RBI=0.00536029;REFB=-0.0116189;REVB=-0.00178229;RO=58;SAF=12;SAR=15;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124412;STB=0.572863;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0237377;OID=.;OPOS=34871721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:58:27:27:0.317647:15:12:32:26:15:12:32:26 chr17 34893326 . A G 424.16 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0302293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.552;QD=18.6446;RBI=0.0367091;REFB=-0.00599474;REVB=0.0208266;RO=47;SAF=16;SAR=27;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732805;STB=0.536215;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00413462;OID=.;OPOS=34893326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:47:48:43:43:0.472527:27:16:21:26:27:16:21:27 chr17 34958566 . A G 1534.49 PASS AF=0.430809;AO=165;DP=383;FAO=165;FDP=383;FR=.;FRO=218;FSAF=97;FSAR=68;FSRF=113;FSRR=105;FWDB=0.0217838;FXX=0.0026041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.293;QD=16.026;RBI=0.0445874;REFB=-0.00606561;REVB=-0.0389037;RO=217;SAF=97;SAR=68;SRF=113;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698773;STB=0.540255;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00688931;OID=.;OPOS=34958566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:383:217:218:165:165:0.430809:68:97:113:104:68:97:113:105 chr17 34958598 . G C 1526.77 PASS AF=0.425258;AO=163;DP=386;FAO=165;FDP=388;FR=.;FRO=223;FSAF=101;FSAR=64;FSRF=128;FSRR=95;FWDB=-0.0199721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.618;QD=15.7399;RBI=0.0199739;REFB=-0.00606613;REVB=0.000267121;RO=223;SAF=100;SAR=63;SRF=128;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427477;STB=0.522836;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0076061;OID=.;OPOS=34958598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:388:223:223:163:165:0.425258:63:100:128:95:64:101:128:95 chr17 35343913 . C T 962.57 PASS AF=0.531073;AO=93;DP=177;FAO=94;FDP=177;FR=.;FRO=83;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.00895857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.853;QD=21.753;RBI=0.00916544;REFB=-0.00438087;REVB=0.00193632;RO=79;SAF=55;SAR=38;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835052;STB=0.548985;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.004182;OID=.;OPOS=35343913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:79:83:93:94:0.531073:38:55:39:40:39:55:40:43 chr17 35444172 . A T 1005.21 PASS AF=0.510417;AO=87;DP=180;FAO=98;FDP=192;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.00263552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.57;QD=20.9418;RBI=0.0082567;REFB=-0.00379333;REVB=0.00782478;RO=91;SAF=35;SAR=52;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107466;STB=0.550939;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00225074;OID=.;OPOS=35444172;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:192:91:94:87:98:0.510417:52:35:47:44:58:40:48:46 chr17 35478362 . T C 1572.7 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.979;QD=59.9122;RBI=0.0195857;REFB=0;REVB=0.00870344;RO=0;SAF=49;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97303e-05;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:55:49:0:0:56:49:0:0 chr17 35696804 . G A 318.56 PASS AF=0.613636;AO=22;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00399858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.02;QD=28.9601;RBI=0.0150807;REFB=-0.0173956;REVB=-0.0145409;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699798;STB=0.506891;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0143297;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:22:27:0.613636:13:9:8:8:14:13:8:8 chr17 35696820 . AAAAG A,AAGAG 181.63 PASS AF=0.392857,0.25;AO=10,7;DP=29;FAO=11,7;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=8,3;FSAR=3,4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00156412,-0.00747104;FXX=0.0666445;HRUN=5,5;LEN=4,1;MLLD=196.215,126.6;QD=25.9467;RBI=0.00156456,0.0101134;REFB=-0.0450237,-0.0447569;REVB=-3.71057e-05,-0.00681653;RO=10;SAF=7,3;SAR=3,4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.185184,-0.0695696;STB=0.621126,0.542251;STBP=0.258,0.727;TYPE=del,snp;VARB=0.0201684,0.0193413;OID=.,.;OPOS=35696821,35696822;OREF=AAAG,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857,0.25:10,7:29:11,7:28:10:8,3:3,4:5:5:86:10:7,3:3,4:5:5 chr17 35696826 . G A 41.35 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.017205;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.195;QD=5.7035;RBI=0.0190456;REFB=-0.00893322;REVB=-0.00816838;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218582;STB=0.754028;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0676203;OID=.;OPOS=35696826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:28:29:21:22:7:7:0.241379:4:3:13:8:5:2:14:8 chr17 35743010 . C G 1505.91 PASS AF=0.929825;AO=106;DP=117;FAO=106;FDP=114;FR=.;FRO=8;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0169491;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4162;QD=52.8389;RBI=0.0614327;REFB=-0.156911;REVB=0.0590484;RO=2;SAF=60;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155558;STB=0.522434;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0108494;OID=.;OPOS=35743010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:117:114:2:8:106:106:0.929825:46:60:2:0:46:60:2:6 chr17 35771468 . C T 743.98 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0538697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0311;QD=54.1074;RBI=0.0572507;REFB=-0.0984366;REVB=0.019383;RO=1;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285388;STB=0.515146;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00244747;OID=.;OPOS=35771468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:16:38:0:1:16:38:0:1 chr17 35873399 . TA T 1979.48 PASS AF=1;AO=154;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109117;FXX=0.011764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8192;QD=47.1305;RBI=0.054118;REFB=0;REVB=-0.054107;RO=0;SAF=70;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000119612;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:154:168:168:168:0:81:87:0:0:36:0:70:84:0:0 chr17 35902225 . C G 2226.1 PASS AF=1;AO=134;DP=139;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812185;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.22;QD=60.5741;RBI=0.0814847;REFB=0;REVB=-0.00658117;RO=1;SAF=55;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856398;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027999;OID=.;OPOS=35902225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:147:1:0:134:147:1:79:55:1:0:79:68:0:0 chr17 36351912 . C G 372.51 PASS AF=0.264706;AO=54;DP=204;FAO=54;FDP=204;FR=.;FRO=150;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=86;FSRR=64;FWDB=0.056604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8346;QD=7.30418;RBI=0.0617108;REFB=-0.00520327;REVB=0.0245808;RO=150;SAF=31;SAR=23;SRF=86;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000938163;STB=0.500557;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0154385;OID=.;OPOS=36351912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:150:150:54:54:0.264706:23:31:86:64:23:31:86:64 chr17 36358847 . T A 3250.53 PASS AF=0.986175;AO=212;DP=216;FAO=214;FDP=217;FR=.;FRO=3;FSAF=106;FSAR=108;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0021363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4263;QD=59.9175;RBI=0.0731803;REFB=-0.0317692;REVB=0.0731491;RO=4;SAF=105;SAR=107;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177986;STB=0.506976;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000877741;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:216:217:4:3:212:214:0.986175:107:105:4:0:108:106:3:0 chr17 36508385 . T C 139.26 PASS AF=0.289855;AO=15;DP=65;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00435603;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.004;QD=8.07307;RBI=0.00672839;REFB=-0.0160598;REVB=-0.00512799;RO=50;SAF=5;SAR=10;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162446;STB=0.588145;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0351664;OID=.;OPOS=36508385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:50:49:15:20:0.289855:10:5:23:27:13:7:23:26 chr17 36617210 . A G 1788.15 PASS AF=0.448357;AO=187;DP=422;FAO=191;FDP=426;FR=.;FRO=235;FSAF=100;FSAR=91;FSRF=116;FSRR=119;FWDB=-0.0205481;FXX=0.00234187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.675;QD=16.7902;RBI=0.0233189;REFB=-0.0131171;REVB=-0.0110249;RO=232;SAF=99;SAR=88;SRF=115;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337973;STB=0.516527;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0164496;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:422:426:232:235:187:191:0.448357:88:99:115:117:91:100:116:119 chr17 36635721 . C T 606.51 PASS AF=0.384615;AO=70;DP=182;FAO=70;FDP=182;FR=.;FRO=112;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=0.0149916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0042;QD=13.3299;RBI=0.0179603;REFB=0.0118322;REVB=0.00989069;RO=110;SAF=37;SAR=33;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702484;STB=0.5395;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0238089;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:110:112:70:70:0.384615:33:37:51:59:33:37:52:60 chr17 36646386 . A G 6650.06 PASS AF=1;AO=420;DP=423;FAO=422;FDP=422;FR=.;FRO=0;FSAF=183;FSAR=239;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103561;FXX=0.00705866;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.058;QD=63.0338;RBI=0.0211822;REFB=-0.0911877;REVB=-0.0211569;RO=0;SAF=183;SAR=237;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44851e-05;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:423:422:0:0:420:422:1:237:183:0:0:239:183:0:0 chr17 36666551 . T C 113.27 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7746;QD=41.1883;RBI=0.0286811;REFB=0;REVB=-0.0261516;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352889;OID=.;OPOS=36666551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:7:4:0:0 chr17 36861983 . T C 3466.04 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104505;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9088;QD=62.1712;RBI=0.0276572;REFB=-0.109759;REVB=0.0256068;RO=1;SAF=83;SAR=139;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570607;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8348e-05;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:223:223:1:0:222:223:1:139:83:1:0:140:83:0:0 chr17 36868139 . G A 971.05 PASS AF=0.583893;AO=87;DP=148;FAO=87;FDP=149;FR=.;FRO=62;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.023584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7098;QD=26.0685;RBI=0.0887264;REFB=-0.0514106;REVB=0.0855346;RO=56;SAF=47;SAR=40;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420789;STB=0.536886;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0404998;OID=.;OPOS=36868139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:56:62:87:87:0.583893:40:47:27:29:40:47:28:34 chr17 36882595 . T A 232.21 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.019615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.78;QD=19.3504;RBI=0.029459;REFB=-0.00486309;REVB=0.0219791;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556139;STB=0.518503;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00385474;OID=.;OPOS=36882595;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:25:23:23:0.479167:13:10:9:15:13:10:10:15 chr17 36889559 . C T 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0571695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.401;QD=19.3853;RBI=0.0579602;REFB=-0.0058606;REVB=0.00954123;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219277;STB=0.634483;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00643521;OID=.;OPOS=36889559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:12:8:13:7:12:8:14:7 chr17 36906480 . G A 711.4 PASS AF=0.5;AO=65;DP=138;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.168866;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.2368;QD=19.2269;RBI=0.177689;REFB=-0.0243323;REVB=0.0552985;RO=72;SAF=21;SAR=44;SRF=23;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394455;STB=0.514952;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0223387;OID=.;OPOS=36906480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:148:72:74:65:74:0.5:44:21:23:49:48:26:24:50 chr17 36909061 . A G 1483.41 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.335;QD=61.1715;RBI=0.0469992;REFB=-0.0650969;REVB=0.00435851;RO=1;SAF=45;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104194;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687825;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:95:97:1:0:93:97:1:48:45:1:0:49:48:0:0 chr17 36909499 . A T 830.38 PASS AF=0.502994;AO=84;DP=168;FAO=84;FDP=167;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=55;FWDB=0.0143869;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.57;QD=19.8893;RBI=0.0179367;REFB=-0.00479733;REVB=-0.0107118;RO=82;SAF=37;SAR=47;SRF=28;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915009;STB=0.552631;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00588268;OID=.;OPOS=36909499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:82:83:84:84:0.502994:47:37:28:54:47:37:28:55 chr17 36922839 . C G 351.43 PASS AF=0.392523;AO=41;DP=106;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.0104433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6583;QD=13.1376;RBI=0.0529961;REFB=-0.0209697;REVB=-0.0519569;RO=64;SAF=27;SAR=14;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316845;STB=0.672266;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0159725;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:64:65:41:42:0.392523:14:27:23:41:15:27:23:42 chr17 36926731 . T G 538.37 PASS AF=0.405229;AO=62;DP=153;FAO=62;FDP=153;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=64;FWDB=0.034042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4151;QD=14.075;RBI=0.0658855;REFB=-0.0235142;REVB=0.0564096;RO=87;SAF=25;SAR=37;SRF=26;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116175;STB=0.567522;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0334587;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:87:91:62:62:0.405229:37:25:26:61:37:25:27:64 chr17 36926767 . G A 540.75 PASS AF=0.40411;AO=55;DP=142;FAO=59;FDP=146;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=59;FWDB=-0.00557266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.796;QD=14.8149;RBI=0.0069541;REFB=-0.00147935;REVB=-0.00415993;RO=84;SAF=25;SAR=30;SRF=28;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133084;STB=0.563343;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00237649;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:146:84:87:55:59:0.40411:30:25:28:56:34:25:28:59 chr17 36966825 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 64.11 PASS AF=0.216216,0.189189;AO=11,6;DP=38;FAO=8,7;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3,7;FSAR=5,0;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.110812,-0.101803;FXX=0.0263089;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.52227,21.8761;QD=6.9307;RBI=0.11828,0.10315;REFB=-0.112703,-0.070691;REVB=0.0413629,0.0166145;RO=17;SAF=4,6;SAR=7,0;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0792561,0.775928;STB=0.545344,0.998622;STBP=0.802,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0325179,0.0442969;OID=.,.;OPOS=36966826,36966832;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216216,0.189189:11,6:38:8,7:37:22:3,7:5,0:7:15:27:17:4,6:7,0:5:12 chr17 36990036 . GC G 480.15 PASS AF=0.49697;AO=82;DP=167;FAO=82;FDP=165;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.118877;FXX=0.0178561;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.5841;QD=11.6399;RBI=0.123206;REFB=0.0371687;REVB=-0.0323745;RO=77;SAF=39;SAR=43;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0.411168;SSSB=0.0186445;STB=0.502889;STBP=0.947;TYPE=del;VARB=-0.0351751;OID=.;OPOS=36990037;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.49697:82:167:82:165:83:39:43:39:44:99:77:39:43:35:42 chr17 37017938 . G A 523.12 PASS AF=0.475;AO=54;DP=112;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0760954;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.0003;QD=17.4374;RBI=0.0821477;REFB=-0.0462613;REVB=0.0309475;RO=58;SAF=34;SAR=20;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434196;STB=0.521119;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0432036;OID=.;OPOS=37017938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:120:58:63:54:57:0.475:20:34:39:19:23:34:40:23 chr17 37017969 . T G 603.57 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.00958949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5366;QD=18.8617;RBI=0.0303363;REFB=0.0232146;REVB=0.0287808;RO=65;SAF=36;SAR=26;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253354;STB=0.510569;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0245592;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:66:62:62:0.484375:26:36:36:29:26:36:37:29 chr17 37070646 . G A 950.65 PASS AF=0.622222;AO=83;DP=134;FAO=84;FDP=135;FR=.;FRO=51;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00364707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.849;QD=28.1672;RBI=0.0150728;REFB=0.00244803;REVB=0.0146249;RO=51;SAF=46;SAR=37;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242654;STB=0.515526;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00134599;OID=.;OPOS=37070646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:51:51:83:84:0.622222:37:46:30:21:38:46:30:21 chr17 37070658 . A G 378.8 PASS AF=0.353846;AO=46;DP=131;FAO=46;FDP=130;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.0318957;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4151;QD=11.6554;RBI=0.0319051;REFB=-0.00618263;REVB=-0.000776134;RO=84;SAF=26;SAR=20;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00652342;STB=0.503737;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0103533;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:84:84:46:46:0.353846:20:26:47:37:20:26:47:37 chr17 37076331 . G A 191.48 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0261476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.473;QD=9.69493;RBI=0.0297128;REFB=-0.0149066;REVB=-0.0141123;RO=54;SAF=10;SAR=15;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138708;STB=0.581567;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0460618;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:54:25:25:0.316456:15:10:28:26:15:10:28:26 chr17 37101380 . T C 1573.54 PASS AF=0.964286;AO=89;DP=112;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0158051;FXX=0.00884877;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.17;QD=56.1978;RBI=0.0398302;REFB=-0.108176;REVB=0.0365601;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.508602;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.000344496;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:112:112:0:4:89:108:0.964286:41:48:0:0:55:53:1:3 chr17 37213317 . C A 764.78 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00302418;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8954;QD=54.6273;RBI=0.0387101;REFB=-0.0568608;REVB=0.0385918;RO=0;SAF=14;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.000815524;OID=.;OPOS=37213317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:53:55:0.982143:39:14:0:0:40:15:0:1 chr17 37224102 . C T 579.14 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00434705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.734;QD=21.6502;RBI=0.0358491;REFB=0.0033498;REVB=-0.0355846;RO=49;SAF=39;SAR=19;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109869;STB=0.560441;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00291735;OID=.;OPOS=37224102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:49:58:58:0.542056:19:39:27:22:19:39:27:22 chr17 37228765 . A G 1374.22 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5626;QD=62.4646;RBI=0.0142053;REFB=0;REVB=-0.0130813;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02836e-05;OID=.;OPOS=37228765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr17 37235720 . C T 1080.62 PASS AF=0.542553;AO=102;DP=188;FAO=102;FDP=188;FR=.;FRO=86;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.00853159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.276;QD=22.9918;RBI=0.0483399;REFB=-0.0197568;REVB=-0.0475811;RO=86;SAF=58;SAR=44;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775319;STB=0.542332;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0164229;OID=.;OPOS=37235720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:86:86:102:102:0.542553:44:58:41:45:44:58:41:45 chr17 37235754 . C T 987.85 PASS AF=0.536723;AO=95;DP=179;FAO=95;FDP=177;FR=.;FRO=82;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.0132383;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3089;QD=22.3243;RBI=0.0227114;REFB=0.00787397;REVB=-0.0184541;RO=82;SAF=48;SAR=47;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767876;STB=0.541945;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00681595;OID=.;OPOS=37235754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:177:82:82:95:95:0.536723:47:48:34:48:47:48:34:48 chr17 37243927 . A G 370.67 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00618524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.301;QD=17.2402;RBI=0.007355;REFB=-0.0213726;REVB=-0.00397981;RO=47;SAF=23;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139899;STB=0.578403;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0174659;OID=.;OPOS=37243927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:16:23:21:26:16:23:21:26 chr17 37313176 . A G 221.7 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00653649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.56;QD=12.3164;RBI=0.00947514;REFB=0.0105993;REVB=-0.00685948;RO=45;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163104;STB=0.593295;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0181238;OID=.;OPOS=37313176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:14:13:15:30:14:13:15:30 chr17 37316988 . T C 359.94 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0226583;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.72;QD=12.9709;RBI=0.0236569;REFB=-2.17595e-05;REVB=-0.00680088;RO=68;SAF=12;SAR=31;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256184;STB=0.637793;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-2.78727e-05;OID=.;OPOS=37316988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:68:68:43:43:0.387387:31:12:34:34:31:12:33:35 chr17 37319029 . T G 281.61 PASS AF=0.324561;AO=37;DP=114;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00113956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.098;QD=9.88102;RBI=0.00125539;REFB=-0.00772819;REVB=-0.000526709;RO=77;SAF=23;SAR=14;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762319;STB=0.544354;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0161342;OID=.;OPOS=37319029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:77:77:37:37:0.324561:14:23:43:34:14:23:43:34 chr17 37319065 . C T 249.47 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0144562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.188;QD=10.0795;RBI=0.0220114;REFB=-0.00306643;REVB=0.0165989;RO=67;SAF=20;SAR=11;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182256;STB=0.602342;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0150373;OID=.;OPOS=37319065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:67:68:31:31:0.313131:11:20:33:34:11:20:34:34 chr17 37319103 . T C 190.06 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0127389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.465;QD=9.38588;RBI=0.0182836;REFB=-0.000867844;REVB=-0.0131152;RO=54;SAF=16;SAR=9;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102606;STB=0.549959;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00120538;OID=.;OPOS=37319103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:54:56:25:25:0.308642:9:16:30:24:9:16:32:24 chr17 37321961 . C T 529.58 PASS AF=0.394904;AO=62;DP=157;FAO=62;FDP=157;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=58;FWDB=-0.00163342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.891;QD=13.4925;RBI=0.0026297;REFB=-0.0108364;REVB=-0.00206089;RO=95;SAF=30;SAR=32;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101926;STB=0.557372;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0169271;OID=.;OPOS=37321961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:95:95:62:62:0.394904:32:30:37:58:32:30:37:58 chr17 37349710 . C G 3720.14 PASS AF=0.543116;AO=340;DP=642;FAO=359;FDP=661;FR=.;FRO=302;FSAF=117;FSAR=242;FSRF=115;FSRR=187;FWDB=0.0261824;FXX=0.00301655;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.792;QD=22.5122;RBI=0.0547817;REFB=-0.054043;REVB=0.0481199;RO=295;SAF=113;SAR=227;SRF=112;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447511;STB=0.52798;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.044571;OID=.;OPOS=37349710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:642:661:295:302:340:359:0.543116:227:113:112:183:242:117:115:187 chr17 37410892 . C G 1729.72 PASS AF=1;AO=113;DP=117;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026295;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.74;QD=61.2289;RBI=0.0288273;REFB=0;REVB=-0.0118145;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70552e-05;OID=.;OPOS=37410892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:113:0:0:113:113:1:62:51:0:0:62:51:0:0 chr17 37898543 . T C 3336.14 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0924141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.406;QD=61.7803;RBI=0.104579;REFB=0;REVB=0.0489531;RO=1;SAF=125;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526419;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06363e-06;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:216:216:1:0:215:216:1:90:125:0:1:91:125:0:0 chr17 38121993 . G A 4752.35 PASS AF=1;AO=300;DP=302;FAO=308;FDP=308;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145174;FXX=0.0064514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7739;QD=61.7188;RBI=0.0267626;REFB=-0.0242535;REVB=-0.022483;RO=1;SAF=126;SAR=174;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00377022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463029;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:302:308:1:0:300:308:1:174:126:1:0:181:127:0:0 chr17 38131187 . C A 2264.05 PASS AF=0.980769;AO=152;DP=156;FAO=153;FDP=156;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0371143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3163;QD=58.0526;RBI=0.0558203;REFB=0.0289715;REVB=0.0416945;RO=4;SAF=65;SAR=87;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885662;STB=0.501801;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.000166747;OID=.;OPOS=38131187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:156:4:3:152:153:0.980769:87:65:1:3:88:65:1:2 chr17 38246286 . A G 1697.31 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.332;QD=59.5546;RBI=0.0253707;REFB=-0.0303611;REVB=0.0131476;RO=0;SAF=40;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59302e-08;STB=0.503401;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000560023;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:114:0:1:113:113:0.991228:73:40:0:0:73:40:0:1 chr17 38282544 . GA AG 46.59 PASS AF=0.0833333;AO=15;DP=177;FAO=15;FDP=180;FR=.;FRO=165;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=86;FSRR=79;FWDB=-0.0527685;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.168;QD=1.03523;RBI=0.0717609;REFB=-0.0128219;REVB=-0.0486325;RO=151;SAF=1;SAR=14;SRF=81;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552433;STB=0.928474;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.168399;OID=.;OPOS=38282544;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:177:180:151:165:15:15:0.0833333:14:1:81:70:14:1:86:79 chr17 38340928 . A G 184.53 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0114581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.415;QD=35.1477;RBI=0.0118967;REFB=-0.057243;REVB=0.00320059;RO=4;SAF=6;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546481;STB=0.530084;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00503331;OID=.;OPOS=38340928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:11:6:2:2:11:6:2:2 chr17 38513803 . G C 317.63 PASS AF=0.18845;AO=39;DP=259;FAO=62;FDP=329;FR=.;FRO=267;FSAF=11;FSAR=51;FSRF=103;FSRR=164;FWDB=-0.121794;FXX=0.00604211;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9283;QD=3.86173;RBI=0.125471;REFB=-0.0296011;REVB=-0.0301533;RO=176;SAF=0;SAR=39;SRF=28;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.67914;STB=0.710768;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.194066;OID=.;OPOS=38513803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:329:176:267:39:62:0.18845:39:0:28:148:51:11:103:164 chr17 38600092 . G A 71.08 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=-0.0129655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.568;QD=4.51278;RBI=0.0492975;REFB=-0.00358874;REVB=0.047562;RO=51;SAF=11;SAR=1;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394184;STB=0.774059;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0244969;OID=.;OPOS=38600092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:51:51:12:12:0.190476:1:11:37:14:1:11:37:14 chr17 38784927 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.602;QD=54.5175;RBI=0.0212361;REFB=0;REVB=-0.000869749;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94457e-05;OID=.;OPOS=38784927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr17 38855772 . T C 1464.13 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0163717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4157;QD=61.0056;RBI=0.0675235;REFB=-0.0294621;REVB=0.0655087;RO=2;SAF=59;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263196;STB=0.513886;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000651831;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:35:59:0:2:35:59:0:2 chr17 38857446 . C A 2735.82 PASS AF=0.99435;AO=177;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0051093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.859;QD=61.8264;RBI=0.00945642;REFB=-0.150582;REVB=0.00795732;RO=0;SAF=84;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502702;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000307347;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:177:0:1:177:176:0.99435:93:84:0:0:92:84:0:1 chr17 38858134 . CA C 1631.48 PASS AF=1;AO=113;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144983;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.057;QD=55.3043;RBI=0.14633;REFB=0;REVB=-0.0198028;RO=2;SAF=36;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256435;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000103062;OID=.;OPOS=38858135;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:113:119:118:118:0:39:79:0:0:9:2:36:77:2:0 chr17 38911212 . G A 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.366;QD=59.6765;RBI=0.0266972;REFB=0;REVB=-0.0138922;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86898e-05;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr17 38911327 . C G 126.06 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0109853;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4897;QD=7.87861;RBI=0.04601;REFB=-0.00310305;REVB=0.0446793;RO=46;SAF=13;SAR=5;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153242;STB=0.593145;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00987231;OID=.;OPOS=38911327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:46:18:18:0.28125:5:13:28:18:5:13:28:18 chr17 38911363 . G A 677.4 PASS AF=0.785714;AO=55;DP=70;FAO=55;FDP=70;FR=.;FRO=15;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.016877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9928;QD=38.7085;RBI=0.0265922;REFB=-0.00405897;REVB=-0.0205503;RO=15;SAF=31;SAR=24;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974383;STB=0.552148;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00101196;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:15:15:55:55:0.785714:24:31:12:3:24:31:12:3 chr17 38928014 . A G 226.24 PASS AF=0.218935;AO=37;DP=169;FAO=37;FDP=169;FR=.;FRO=132;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=65;FSRR=67;FWDB=-0.0364482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9231;QD=5.35485;RBI=0.0422407;REFB=0.00196309;REVB=0.0213496;RO=130;SAF=14;SAR=23;SRF=64;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146561;STB=0.590461;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0159742;OID=.;OPOS=38928014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:130:132:37:37:0.218935:23:14:64:66:23:14:65:67 chr17 38935812 . A G 1472.53 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.267;QD=63.3346;RBI=0.0199821;REFB=0;REVB=-0.0188939;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82961e-05;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:44:49:0:0:44:49:0:0 chr17 38936659 . C T 1073.6 PASS AF=0.814433;AO=79;DP=97;FAO=79;FDP=97;FR=.;FRO=18;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0296641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.417;QD=44.2722;RBI=0.0318235;REFB=-0.0196021;REVB=-0.0115227;RO=18;SAF=28;SAR=51;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338591;STB=0.518054;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00335147;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:18:18:79:79:0.814433:51:28:8:10:51:28:8:10 chr17 38938591 . C G 80.55 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.00212322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.239;QD=7.67117;RBI=0.00289853;REFB=-0.0117244;REVB=0.00197318;RO=31;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809917;STB=0.550922;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0361255;OID=.;OPOS=38938591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:9:2:7:24:9:2:7:24 chr17 38950239 . C T 301.6 PASS AF=0.25;AO=45;DP=180;FAO=45;FDP=180;FR=.;FRO=135;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=74;FSRR=61;FWDB=0.024963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.313;QD=6.70227;RBI=0.025325;REFB=-0.000903404;REVB=0.00426697;RO=135;SAF=19;SAR=26;SRF=74;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156759;STB=0.593916;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0024843;OID=.;OPOS=38950239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:135:135:45:45:0.25:26:19:74:61:26:19:74:61 chr17 38950251 . A G 209.44 PASS AF=0.212121;AO=35;DP=166;FAO=35;FDP=165;FR=.;FRO=130;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=70;FSRR=60;FWDB=-0.0402696;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3298;QD=5.07734;RBI=0.0448094;REFB=0.000823397;REVB=-0.0196531;RO=129;SAF=14;SAR=21;SRF=69;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171298;STB=0.608634;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00229876;OID=.;OPOS=38950251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:129:130:35:35:0.212121:21:14:69:60:21:14:70:60 chr17 38950272 . T C 1318.43 PASS AF=0.762963;AO=102;DP=134;FAO=103;FDP=135;FR=.;FRO=32;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0290288;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.018;QD=39.0646;RBI=0.0293546;REFB=-0.0168696;REVB=-0.0043614;RO=32;SAF=52;SAR=50;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462994;STB=0.525653;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00500117;OID=.;OPOS=38950272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:32:32:102:103:0.762963:50:52:13:19:50:53:13:19 chr17 38955961 . G A 454.02 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0461639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.536;QD=55.0322;RBI=0.0478527;REFB=-0.176695;REVB=0.0126009;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000779255;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:1:0:16:16:1:0 chr17 38978536 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.097;QD=59.4354;RBI=0.0211671;REFB=0;REVB=0.0167576;RO=0;SAF=4;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2711e-06;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:31:4:0:0:31:4:0:0 chr17 38990834 . G C 1562.74 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166357;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.584;QD=59.5329;RBI=0.0703516;REFB=0;REVB=0.0683564;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01815e-05;OID=.;OPOS=38990834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:105:0:0:97:105:1:45:52:0:0:52:53:0:0 chr17 38991003 . T C 3338.63 PASS AF=0.990826;AO=215;DP=218;FAO=216;FDP=218;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0203434;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.261;QD=61.2593;RBI=0.0303224;REFB=-0.0561783;REVB=0.0224854;RO=2;SAF=90;SAR=125;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756131;STB=0.503937;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=8.00334e-05;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:218:218:2:2:215:216:0.990826:125:90:0:2:126:90:0:2 chr17 38991032 . T A 3316.99 PASS AF=1;AO=213;DP=214;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475765;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0912;QD=62.2909;RBI=0.0688925;REFB=0;REVB=0.0498263;RO=0;SAF=90;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86303e-05;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:213:0:0:213:213:1:123:90:0:0:123:90:0:0 chr17 39081713 . A G 362.89 PASS AF=0.258706;AO=51;DP=200;FAO=52;FDP=201;FR=.;FRO=149;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=75;FSRR=74;FWDB=-0.0496068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.923;QD=7.22165;RBI=0.0499216;REFB=-0.00356855;REVB=-0.00559791;RO=147;SAF=22;SAR=29;SRF=73;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816158;STB=0.559808;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0107547;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:147:149:51:52:0.258706:29:22:73:74:30:22:75:74 chr17 39084504 . T C 131.65 PASS AF=0.176471;AO=23;DP=135;FAO=24;FDP=136;FR=.;FRO=112;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=0.00249882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.953;QD=3.87193;RBI=0.00937956;REFB=-0.00590037;REVB=0.00904058;RO=112;SAF=13;SAR=10;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493479;STB=0.512305;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0344872;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:112:112:23:24:0.176471:10:13:59:53:11:13:59:53 chr17 39092735 . C A 403.14 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00867977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.158;QD=48.866;RBI=0.0301081;REFB=-0.0374162;REVB=0.0288298;RO=3;SAF=17;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075438;STB=0.540514;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00181982;OID=.;OPOS=39092735;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:13:17:3:0:13:17:3:0 chr17 39114962 . C T 204.88 PASS AF=0.244094;AO=31;DP=128;FAO=31;FDP=127;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.00117363;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.632;QD=6.45289;RBI=0.0131284;REFB=-0.000915507;REVB=-0.0130758;RO=94;SAF=18;SAR=13;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126869;STB=0.576756;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00317843;OID=.;OPOS=39114962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:94:96:31:31:0.244094:13:18:45:49:13:18:46:50 chr17 39116603 . G T 1630.73 PASS AF=0.816327;AO=120;DP=147;FAO=120;FDP=147;FR=.;FRO=27;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0102969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.219;QD=44.3735;RBI=0.0182211;REFB=-0.00132198;REVB=-0.0150328;RO=27;SAF=58;SAR=62;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263072;STB=0.513972;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000235704;OID=.;OPOS=39116603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:27:27:120:120:0.816327:62:58:11:16:62:58:11:16 chr17 39116728 . G A 937.1 PASS AF=0.78022;AO=71;DP=95;FAO=71;FDP=91;FR=.;FRO=20;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.073821;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.21;QD=41.1912;RBI=0.0759576;REFB=-0.0136319;REVB=0.0178891;RO=18;SAF=33;SAR=38;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289478;STB=0.503267;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00381817;OID=.;OPOS=39116728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:91:18:20:71:71:0.78022:38:33:7:11:38:33:9:11 chr17 39119942 . G A 127.7 PASS AF=0.210526;AO=20;DP=95;FAO=20;FDP=95;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.00954027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.749;QD=5.37679;RBI=0.040059;REFB=-0.0145537;REVB=0.0389064;RO=74;SAF=12;SAR=8;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159467;STB=0.594842;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0372547;OID=.;OPOS=39119942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:74:75:20:20:0.210526:8:12:35:39:8:12:36:39 chr17 39122797 . G A 228.62 PASS AF=0.195122;AO=40;DP=207;FAO=40;FDP=205;FR=.;FRO=165;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=78;FSRR=87;FWDB=-0.0349214;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.823;QD=4.4608;RBI=0.0360538;REFB=-0.00584905;REVB=0.0089652;RO=164;SAF=23;SAR=17;SRF=77;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13513;STB=0.582096;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0174767;OID=.;OPOS=39122797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:205:164:165:40:40:0.195122:17:23:77:87:17:23:78:87 chr17 39123013 . G A 2012.88 PASS AF=0.736364;AO=162;DP=221;FAO=162;FDP=220;FR=.;FRO=58;FSAF=51;FSAR=111;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00666807;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6021;QD=36.5978;RBI=0.00984721;REFB=-0.00266102;REVB=0.007246;RO=57;SAF=51;SAR=111;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773799;STB=0.544523;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00128042;OID=.;OPOS=39123013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:57:58:162:162:0.736364:111:51:26:31:111:51:27:31 chr17 39134455 . G A 557.23 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.877;QD=60.2413;RBI=0.0266766;REFB=0;REVB=0.00265152;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70691e-05;OID=.;OPOS=39134455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:20:17:0:0 chr17 39134528 . G A 51.46 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00836334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2485;QD=5.7178;RBI=0.0847518;REFB=0.0166748;REVB=-0.0843382;RO=28;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498798;STB=0.832408;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0568375;OID=.;OPOS=39134528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:7:1:14:14:7:1:14:14 chr17 39135084 . A G 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.326;QD=59.8289;RBI=0.0175855;REFB=0;REVB=0.0175066;RO=0;SAF=64;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11471e-05;OID=.;OPOS=39135084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:39:64:0:0:39:64:0:0 chr17 39135205 . A G 1786.34 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.531;QD=61.0713;RBI=0.0413515;REFB=0;REVB=0.0311469;RO=0;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38277e-05;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:55:61:0:0:55:62:0:0 chr17 39135214 . T C 1701.36 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00734765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.798;QD=58.6677;RBI=0.00735014;REFB=-0.0825952;REVB=0.000191312;RO=2;SAF=58;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160906;STB=0.508473;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00181792;OID=.;OPOS=39135214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:56:58:2:0:56:58:2:0 chr17 39137104 . A G 509.7 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.855;QD=58.2511;RBI=0.0310752;REFB=0;REVB=-0.007128;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679792;OID=.;OPOS=39137104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr17 39137154 . C G 454.28 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.894;QD=56.7847;RBI=0.0196574;REFB=0;REVB=0.0163297;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213073;OID=.;OPOS=39137154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:14:18:0:0 chr17 39137297 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.29;QD=56.9377;RBI=0.0112542;REFB=0;REVB=-0.0111725;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4255e-05;OID=.;OPOS=39137297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr17 39137387 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.691;QD=61.3357;RBI=0.0644705;REFB=0;REVB=-0.0365523;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000682542;OID=.;OPOS=39137387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr17 39137553 . T G 2311.78 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.815;QD=63.7734;RBI=0.0408883;REFB=0;REVB=0.0394814;RO=0;SAF=57;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28677e-05;OID=.;OPOS=39137553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:87:57:0:0:88:57:0:0 chr17 39138712 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.35;QD=62.022;RBI=0.0192863;REFB=0;REVB=-0.0185706;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.28281e-05;OID=.;OPOS=39138712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr17 39139370 . G A 1514.31 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.959;QD=62.446;RBI=0.0182707;REFB=-0.044285;REVB=-0.0031882;RO=1;SAF=30;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155432;STB=0.508195;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000336522;OID=.;OPOS=39139370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:66:30:1:0:66:30:1:0 chr17 39140221 . C T 2601.9 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.085;QD=61.9499;RBI=0.0112777;REFB=0;REVB=0.00632875;RO=0;SAF=87;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3774e-06;OID=.;OPOS=39140221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:80:87:0:0:80:88:0:0 chr17 39140417 . T C 1368.46 PASS AF=1;AO=80;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189973;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1803;QD=62.2025;RBI=0.0190018;REFB=0;REVB=0.000414273;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0259224;OID=.;OPOS=39140417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:80:88:1:39:41:0:0:47:41:0:0 chr17 39150357 . A G 163.58 PASS AF=0.191781;AO=27;DP=146;FAO=28;FDP=146;FR=.;FRO=118;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=84;FWDB=-0.0272345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.067;QD=4.48171;RBI=0.0345905;REFB=-0.00875309;REVB=-0.0213258;RO=117;SAF=13;SAR=14;SRF=34;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252816;STB=0.645991;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0397916;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:117:118:27:28:0.191781:14:13:34:83:15:13:34:84 chr17 39165174 . G A 208.01 PASS AF=0.428571;AO=22;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=3;FWDB=0.00308515;FXX=0.0175408;HRUN=6;LEN=1;MLLD=99.4164;QD=14.8581;RBI=0.12188;REFB=-0.0287248;REVB=-0.121841;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=23;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429555;STB=0.717249;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0528485;OID=.;OPOS=39165174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:32:22:24:0.428571:9:13:23:0:11:13:29:3 chr17 39165358 . G GAGA 31.55 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0249574;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.969;QD=2.42668;RBI=0.0249586;REFB=-0.00163456;REVB=0.000247008;RO=47;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0117355;OID=.;OPOS=39165359;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.115385:6:53:6:52:46:3:3:23:23:31:47:3:3:24:23 chr17 39183065 . G A 69.35 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0309062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.8927;QD=6.16443;RBI=0.038948;REFB=0.00695704;REVB=0.0237013;RO=35;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867732;STB=0.555446;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.0164077;OID=.;OPOS=39183065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:5:5:15:20:5:5:15:20 chr17 39186031 . C T 242.8 PASS AF=0.24026;AO=37;DP=154;FAO=37;FDP=154;FR=.;FRO=117;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=80;FWDB=0.00258568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.827;QD=6.30659;RBI=0.0271282;REFB=-0.00803791;REVB=0.0270047;RO=114;SAF=14;SAR=23;SRF=36;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085778;STB=0.551407;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0240649;OID=.;OPOS=39186031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:114:117:37:37:0.24026:23:14:36:78:23:14:37:80 chr17 39186168 . A C 135.74 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00304105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.866;QD=6.87267;RBI=0.0111206;REFB=-0.017082;REVB=-0.0106967;RO=59;SAF=11;SAR=9;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716716;STB=0.543682;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0344147;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:59:20:20:0.253165:9:11:29:30:9:11:29:30 chr17 39186220 . G A 133.02 PASS AF=0.243902;AO=19;DP=80;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.000769449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.261;QD=6.48894;RBI=0.0140552;REFB=0.000478736;REVB=0.0140342;RO=61;SAF=12;SAR=7;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194067;STB=0.5999;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00117731;OID=.;OPOS=39186220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:61:62:19:20:0.243902:7:12:29:32:8:12:29:33 chr17 39222129 . A G 417.17 PASS AF=0.446602;AO=44;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=0.00329412;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.94;QD=16.2007;RBI=0.0122642;REFB=-0.0386904;REVB=-0.0118135;RO=57;SAF=15;SAR=29;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486535;STB=0.543289;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0501994;OID=.;OPOS=39222129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:57:44:46:0.446602:29:15:17:40:29:17:17:40 chr17 39222131 . T G 383.14 PASS AF=0.419048;AO=43;DP=104;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=-0.0681105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5976;QD=14.5957;RBI=0.0913371;REFB=-0.0144471;REVB=-0.0608559;RO=60;SAF=15;SAR=28;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567458;STB=0.544042;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0240652;OID=.;OPOS=39222131;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:60:61:43:44:0.419048:28:15:18:42:28:16:18:43 chr17 39253815 . G A 41.67 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0409288;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.29;QD=4.50527;RBI=0.170871;REFB=-0.0244638;REVB=-0.165896;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407997;STB=0.610377;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0900953;OID=.;OPOS=39253815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:35:37:19:30:7:7:0.189189:4:3:15:4:4:3:17:13 chr17 39253835 . C T 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0147726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.64;QD=3.54006;RBI=0.0256656;REFB=-0.00233421;REVB=-0.0209879;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371121;STB=0.526228;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00642232;OID=.;OPOS=39253835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:3:3:17:15:3:3:17:15 chr17 39254335 . A AT 164.27 PASS AF=0.243523;AO=45;DP=195;FAO=47;FDP=193;FR=.;FRO=146;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=62;FSRR=84;FWDB=0.052006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.4379;QD=3.40455;RBI=0.114921;REFB=0.00743635;REVB=0.10248;RO=149;SAF=20;SAR=25;SRF=64;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191645;STB=0.500676;STBP=0.994;TYPE=ins;VARB=-0.018127;OID=.;OPOS=39254336;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243523:45:195:47:193:146:20:27:62:84:99:149:20:25:64:85 chr17 39258027 . G A 89.67 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00759112;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.52;QD=4.84707;RBI=0.0736469;REFB=-0.00581428;REVB=-0.0732546;RO=58;SAF=5;SAR=10;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231786;STB=0.642009;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0215458;OID=.;OPOS=39258027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:58:59:15:15:0.202703:10:5:30:28:10:5:30:29 chr17 39274069 . G C 137.78 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0681812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5018;QD=11.4818;RBI=0.0699259;REFB=-0.0076128;REVB=0.015523;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351377;STB=0.520807;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0184578;OID=.;OPOS=39274069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:8:8:17:15:8:8:17:15 chr17 39274518 . C T 307.05 PASS AF=0.231132;AO=48;DP=211;FAO=49;FDP=212;FR=.;FRO=163;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=83;FSRR=80;FWDB=-0.00126117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.709;QD=5.79344;RBI=0.0544407;REFB=-0.0065391;REVB=0.0544261;RO=162;SAF=22;SAR=26;SRF=83;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685344;STB=0.5306;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0251166;OID=.;OPOS=39274518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:162:163:48:49:0.231132:26:22:83:79:26:23:83:80 chr17 39296254 . C T 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0523489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0034;QD=2.58901;RBI=0.0526143;REFB=-0.000699511;REVB=0.00527808;RO=47;SAF=2;SAR=5;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153228;STB=0.644728;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00497858;OID=.;OPOS=39296254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:47:50:7:7:0.122807:5:2:19:28:5:2:22:28 chr17 39305956 . G A 136.93 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0569805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.707;QD=7.11325;RBI=0.0570655;REFB=-0.00604216;REVB=0.00311263;RO=54;SAF=7;SAR=13;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738898;STB=0.569013;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.069101;OID=.;OPOS=39305956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:54:57:20:20:0.25974:13:7:22:32:13:7:25:32 chr17 39324333 . T A 43.75 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0365685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.4;QD=3.12505;RBI=0.0467758;REFB=-0.0120436;REVB=-0.0291672;RO=47;SAF=1;SAR=7;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323179;STB=0.736131;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0602718;OID=.;OPOS=39324333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:56:56:47:48:8:8:0.142857:7:1:15:32:7:1:15:33 chr17 39334133 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.082031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.123;QD=46.8479;RBI=0.0843022;REFB=0;REVB=-0.0194365;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00244222;OID=.;OPOS=39334133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr17 39334456 . G A 1469.29 PASS AF=0.990291;AO=98;DP=100;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.127525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7736;QD=57.0597;RBI=0.144644;REFB=-0.0272542;REVB=0.0682575;RO=2;SAF=42;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00276428;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00196306;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:100:103:2:1:98:102:0.990291:56:42:1:1:58:44:1:0 chr17 39340707 . C T 747.07 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.261;QD=63.5808;RBI=0.0509647;REFB=0;REVB=-0.0280682;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91924e-05;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:17:29:0:0:18:29:0:0 chr17 39340729 . G A 54.67 PASS AF=0.183333;AO=7;DP=56;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.1089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4757;QD=3.64479;RBI=0.113156;REFB=-0.0394558;REVB=0.0307423;RO=49;SAF=4;SAR=3;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102175;STB=0.723767;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.211624;OID=.;OPOS=39340729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:56:60:49:49:7:11:0.183333:3:4:32:17:7:4:32:17 chr17 39340910 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.279;QD=50.4125;RBI=0.0136407;REFB=0;REVB=-0.00307066;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49399e-05;OID=.;OPOS=39340910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr17 39341158 . G A 1171.09 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3202;QD=60.8359;RBI=0.00147899;REFB=0;REVB=0.000995444;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00055e-08;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:36:40:0:0:36:41:0:0 chr17 39341266 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0580254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.664;QD=56.1898;RBI=0.0648393;REFB=0;REVB=0.0289342;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206874;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr17 39341294 . T A 348.76 PASS AF=0.962963;AO=17;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0506393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.589;QD=51.6677;RBI=0.0564615;REFB=-0.0360742;REVB=0.0249712;RO=1;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339667;STB=0.51514;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00294335;OID=.;OPOS=39341294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:17:26:0.962963:13:4:0:1:16:10:0:1 chr17 39341473 . G C 486.41 PASS AF=0.755102;AO=37;DP=49;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0372055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5977;QD=39.7073;RBI=0.058473;REFB=0.012806;REVB=0.0451092;RO=11;SAF=24;SAR=13;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165341;STB=0.600627;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00435378;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:11:12:37:37:0.755102:13:24:3:8:13:24:3:9 chr17 39346139 . A G 43.18 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=23;FWDB=0.151748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2851;QD=5.57211;RBI=0.153173;REFB=0.0159252;REVB=-0.0208484;RO=24;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345565;STB=0.706935;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.048868;OID=.;OPOS=39346139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:6:1:1:23:6:1:1:23 chr17 39346518 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.904;QD=54.517;RBI=0.0376394;REFB=0;REVB=0.0205963;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197939;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr17 39383335 . C G 772.66 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.168;QD=61.8127;RBI=0.0312506;REFB=-0.117924;REVB=0.00311279;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171068;STB=0.508768;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00108304;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:27:21:0:1:28:21:0:1 chr17 39388811 . C A 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.914;QD=35.4875;RBI=0.0144959;REFB=-0.00226971;REVB=0.0144959;RO=2;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445474;OID=.;OPOS=39388811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:13:0:0:2:13:0:0:2 chr17 39388852 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2393;QD=42.1825;RBI=0.016068;REFB=0;REVB=0.016068;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806595;OID=.;OPOS=39388852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chr17 39394674 . A G 90.29 PASS AF=0.172043;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0225738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.165;QD=3.88345;RBI=0.0226893;REFB=0.00231127;REVB=-0.0022863;RO=76;SAF=7;SAR=9;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045897;STB=0.535814;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.0101857;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:93:93:76:77:16:16:0.172043:9:7:36:40:9:7:37:40 chr17 39406409 . C A 275.64 PASS AF=0.213953;AO=46;DP=214;FAO=46;FDP=215;FR=.;FRO=169;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=83;FSRR=86;FWDB=-0.0128993;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4564;QD=5.12823;RBI=0.0321165;REFB=-0.00583049;REVB=0.0294122;RO=167;SAF=31;SAR=15;SRF=82;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237764;STB=0.646702;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0179586;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:167:169:46:46:0.213953:15:31:82:85:15:31:83:86 chr17 39406447 . A G 329.64 PASS AF=0.218107;AO=53;DP=244;FAO=53;FDP=243;FR=.;FRO=190;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=90;FSRR=100;FWDB=0.0163621;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.719;QD=5.42617;RBI=0.0359526;REFB=-0.00255301;REVB=0.0320136;RO=190;SAF=34;SAR=19;SRF=90;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215477;STB=0.63194;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00855516;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:190:190:53:53:0.218107:19:34:90:100:19:34:90:100 chr17 39406567 . C A 217.58 PASS AF=0.175214;AO=41;DP=234;FAO=41;FDP=234;FR=.;FRO=193;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=79;FSRR=114;FWDB=-0.0412033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.076;QD=3.71932;RBI=0.0431756;REFB=-0.00541988;REVB=-0.0129004;RO=193;SAF=18;SAR=23;SRF=79;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391782;STB=0.525004;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0282798;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:193:193:41:41:0.175214:23:18:79:114:23:18:79:114 chr17 39406589 . A G 3204.81 PASS AF=0.990521;AO=208;DP=210;FAO=209;FDP=211;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=123;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00752569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.538;QD=60.7547;RBI=0.0151459;REFB=-0.143572;REVB=0.0131439;RO=2;SAF=86;SAR=122;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109477;STB=0.505747;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000180614;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:210:211:2:2:208:209:0.990521:122:86:2:0:123:86:2:0 chr17 39406673 . T G 1989.78 PASS AF=0.726457;AO=161;DP=220;FAO=162;FDP=223;FR=.;FRO=61;FSAF=67;FSAR=95;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00193433;FXX=0.00446409;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.18;QD=35.6911;RBI=0.0247468;REFB=-0.0120151;REVB=0.0246711;RO=59;SAF=67;SAR=94;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559207;STB=0.530962;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00452123;OID=.;OPOS=39406673;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:223:59:61:161:162:0.726457:94:67:31:28:95:67:32:29 chr17 39412372 . G C 76.16 PASS AF=0.13913;AO=16;DP=115;FAO=16;FDP=115;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=-0.026213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3458;QD=2.64921;RBI=0.0334348;REFB=-0.000317625;REVB=0.020755;RO=99;SAF=7;SAR=9;SRF=41;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029866;STB=0.520507;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00151172;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:115:115:99:99:16:16:0.13913:9:7:41:58:9:7:41:58 chr17 39422677 . C T 1267.44 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.487;QD=61.0814;RBI=0.0857878;REFB=0;REVB=0.00358841;RO=0;SAF=27;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231781;OID=.;OPOS=39422677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:80:83:1:53:27:0:0:53:30:0:0 chr17 39432562 . A T 123.19 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00912338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.178;QD=16.4255;RBI=0.00916948;REFB=-0.000468835;REVB=-0.000918249;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150546;STB=0.599863;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000263134;OID=.;OPOS=39432562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:7:7:5:10:7:7:5:11 chr17 39458476 . A T 1611.13 PASS AF=0.766467;AO=128;DP=168;FAO=128;FDP=167;FR=.;FRO=39;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0047096;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.849;QD=38.5899;RBI=0.00475254;REFB=-0.0126677;REVB=0.000637463;RO=39;SAF=54;SAR=74;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017763;STB=0.509465;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00531029;OID=.;OPOS=39458476;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:39:39:128:128:0.766467:74:54:18:21:74:54:18:21 chr17 39458573 . TGTACAGATGGTTG T 856.29 PASS AF=0.708333;AO=67;DP=101;FAO=68;FDP=96;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00466743;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=13;MLLD=350.941;QD=35.6789;RBI=0.00741634;REFB=0.00904551;REVB=-0.00576344;RO=30;SAF=19;SAR=48;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100505;STB=0.539636;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=-0.00323917;OID=.;OPOS=39458574;OREF=GTACAGATGGTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.708333:67:101:68:96:28:19:49:11:17:99:30:19:48:13:17 chr17 39458765 . A G 70.12 PASS AF=0.212766;AO=9;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0471954;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.731;QD=5.96742;RBI=0.0479829;REFB=-0.00271603;REVB=0.00865746;RO=38;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678284;STB=0.578145;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0132746;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:47:47:38:37:9:10:0.212766:7:2:10:28:8:2:10:27 chr17 39458893 . G A 650.44 PASS AF=0.658824;AO=56;DP=85;FAO=56;FDP=85;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00202182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.896;QD=30.609;RBI=0.0037293;REFB=0.00291106;REVB=0.00313368;RO=29;SAF=16;SAR=40;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188242;STB=0.5102;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00184558;OID=.;OPOS=39458893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:29:29:56:56:0.658824:40:16:9:20:40:16:9:20 chr17 39464046 . G C 223.71 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0249198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.948;QD=26.3189;RBI=0.0491321;REFB=-0.0514466;REVB=0.0423434;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448418;STB=0.512808;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0296671;OID=.;OPOS=39464046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:13:20:21:0.617647:12:8:6:7:12:9:6:7 chr17 39464487 . G C 540.78 PASS AF=0.723077;AO=47;DP=65;FAO=47;FDP=65;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0183156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.794;QD=33.2787;RBI=0.0904384;REFB=-0.0139485;REVB=0.0885644;RO=18;SAF=12;SAR=35;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857311;STB=0.546405;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00926285;OID=.;OPOS=39464487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:18:18:47:47:0.723077:35:12:7:11:35:12:7:11 chr17 39464736 . C G 378.33 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0290019;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6661;QD=32.8979;RBI=0.0290736;REFB=0.0145233;REVB=0.00204005;RO=15;SAF=19;SAR=12;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244197;STB=0.633248;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00836386;OID=.;OPOS=39464736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:15:15:31:31:0.673913:12:19:3:12:12:19:3:12 chr17 39465094 . C T 458.07 PASS AF=0.85;AO=31;DP=37;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0290989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.082;QD=45.8072;RBI=0.0295985;REFB=0.00308482;REVB=0.00541536;RO=6;SAF=27;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204727;STB=0.613958;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.000548106;OID=.;OPOS=39465094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:40:6:6:31:34:0.85:4:27:3:3:4:30:3:3 chr17 39465389 . T A 69.84 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.000597887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.7;QD=17.4603;RBI=0.0372217;REFB=-0.0211061;REVB=0.0372169;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45905;STB=0.783546;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0191415;OID=.;OPOS=39465389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:7:7:8:9:0.5625:7:1:4:3:8:1:4:3 chr17 39471752 . TGCCCCCGCAGCCAGA T,TGCCCCCGCAGTCAGA 328.73 PASS AF=0.241379,0.655172;AO=8,9;DP=39;FAO=7,19;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=0,11;FSAR=7,8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.117161,0.0465497;FXX=0.23678;HRUN=1,2;LEN=15,1;MLLD=178.479,124.683;QD=45.3417;RBI=0.119142,0.0605574;REFB=-0.00449491,-0.0274681;REVB=0.0216359,0.038734;RO=4;SAF=4,4;SAR=4,5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0300734;STB=0.997382,0.533944;STBP=0.137,0.461;TYPE=del,snp;VARB=0.0264531,0.0146893;OID=.,.;OPOS=39471753,39471763;OREF=GCCCCCGCAGCCAGA,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TGCCCCCGCAGTCAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.241379,0.655172:8,9:39:7,19:29:3:0,11:7,8:1:2:49:4:4,4:4,5:2:2 chr17 39471768 . GCCCCCGCAGCCAGAGC G,GCCCCCACAGCCACAGC,GCCCCCGCAGTCAGAGC,GCCCCGCACGCCAGAGC 449.72 PASS AF=0.128205,0,0.74359,0.0512821;AO=5,3,20,2;DP=43;FAO=5,0,29,2;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=4,0,7,0;FSAR=1,0,22,2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0386579,-0.0518443,-0.0077158,-0.0526674;FXX=0.133304;HRUN=5,1,2,5;LEN=16,8,1,4;MLLD=131.855,104.584,115.589,81.728;QD=46.1253;RBI=0.0404259,0.0957627,0.040475,0.0540318;REFB=-0.0944545,0.00708407,-0.0422241,-0.0287093;REVB=0.0118247,-0.080515,0.0397327,0.0120655;RO=1;SAF=4,1,6,0;SAR=1,2,14,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.322581,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.277405,0.163246,0.0317962,0;STB=0.704971,0.5,0.51162,0.991947;STBP=0.259,1,0.766,0.382;TYPE=del,mnp,snp,mnp;VARB=0.0479925,0,0.0137561,0.220063;OID=.,.,.,.;OPOS=39471769,39471774,39471778,39471773;OREF=CCCCCGCAGCCAGAGC,GCAGCCAG,C,CGCA;OALT=-,ACAGCCAC,T,GCAC;OMAPALT=G,GCCCCCACAGCCACAGC,GCCCCCGCAGTCAGAGC,GCCCCGCACGCCAGAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.128205,0,0.74359,0.0512821:5,3,20,2:43:5,0,29,2:39:3:4,0,7,0:1,0,22,2:1:2:31:1:4,1,6,0:1,2,14,2:0:1 chr17 39471929 . G A 284.02 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0347353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.71;QD=36.6471;RBI=0.0349512;REFB=0.00564381;REVB=0.0038794;RO=7;SAF=13;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105675;STB=0.557593;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00176782;OID=.;OPOS=39471929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:11:13:2:5:11:13:2:5 chr17 39503163 . G A 576.83 PASS AF=0.704225;AO=50;DP=70;FAO=50;FDP=71;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00533012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9508;QD=32.4975;RBI=0.0114988;REFB=-0.0387762;REVB=0.0101888;RO=19;SAF=26;SAR=24;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504845;STB=0.541041;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0225368;OID=.;OPOS=39503163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:19:21:50:50:0.704225:24:26:8:11:24:26:8:13 chr17 39535859 . A G 323.0 PASS AF=0.211765;AO=54;DP=257;FAO=54;FDP=255;FR=.;FRO=201;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=99;FSRR=102;FWDB=-0.0101526;FXX=0.0077818;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.978;QD=5.06665;RBI=0.0120018;REFB=0.000149528;REVB=-0.0064006;RO=199;SAF=25;SAR=29;SRF=98;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378536;STB=0.52335;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.000609069;OID=.;OPOS=39535859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:255:199:201:54:54:0.211765:29:25:98:101:29:25:99:102 chr17 39538419 . T G,TG 36.3 PASS AF=0,0.0955414;AO=8,18;DP=161;FAO=0,15;FDP=157;FR=.;FRO=142;FSAF=0,5;FSAR=0,10;FSRF=63;FSRR=79;FWDB=-0.0219329,-0.0789138;FXX=0.00632871;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=231.721,17.4431;QD=0.924748;RBI=0.0330623,0.0935692;REFB=-0.000253118,-0.023883;REVB=-0.0247399,-0.0502772;RO=131;SAF=0,12;SAR=8,6;SRF=55;SRR=76;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.48128,0.299126;STB=0.5,0.604302;STBP=1,0.396;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.105347;OID=.,.;OPOS=39538419,39538420;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:161:157:131:142:8,18:0,15:0,0.0955414:8,6:0,12:55:76:0,10:0,5:63:79 chr17 39578424 . G T 950.97 PASS AF=0.8;AO=72;DP=90;FAO=72;FDP=90;FR=.;FRO=18;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.036059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.196;QD=42.2656;RBI=0.0361873;REFB=-0.0300346;REVB=-0.00304488;RO=18;SAF=37;SAR=35;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467879;STB=0.524978;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00562977;OID=.;OPOS=39578424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:18:18:72:72:0.8:35:37:7:11:35:37:7:11 chr17 39579059 . G A 521.43 PASS AF=0.652778;AO=47;DP=72;FAO=47;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0391788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.52;QD=28.9681;RBI=0.0703687;REFB=0.0264666;REVB=0.0584532;RO=25;SAF=22;SAR=25;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587327;STB=0.531901;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00948524;OID=.;OPOS=39579059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:25:25:47:47:0.652778:25:22:14:11:25:22:14:11 chr17 39579112 . G A 762.92 PASS AF=0.715909;AO=63;DP=88;FAO=63;FDP=88;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0846455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6307;QD=34.6782;RBI=0.0855818;REFB=-0.00850759;REVB=0.0126251;RO=23;SAF=29;SAR=34;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306743;STB=0.517011;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00396614;OID=.;OPOS=39579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:23:25:63:63:0.715909:34:29:12:11:34:29:13:12 chr17 39580559 . T A 778.1 PASS AF=0.706522;AO=62;DP=89;FAO=65;FDP=92;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0195541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.007;QD=33.8304;RBI=0.0609666;REFB=-0.0212162;REVB=0.0577457;RO=26;SAF=23;SAR=39;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158671;STB=0.584015;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0101653;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:26:27:62:65:0.706522:39:23:17:9:40:25:18:9 chr17 39580562 . T C 544.49 PASS AF=0.574713;AO=49;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00203748;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.721;QD=25.0338;RBI=0.0299296;REFB=-0.000367946;REVB=0.0298601;RO=31;SAF=17;SAR=32;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238216;STB=0.65476;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00127096;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:31:37:49:50:0.574713:32:17:21:10:33:17:26:11 chr17 39580660 . T C 469.09 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00588071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.892;QD=39.0905;RBI=0.0786169;REFB=0.0132299;REVB=-0.0783967;RO=12;SAF=14;SAR=22;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205243;STB=0.611049;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00661888;OID=.;OPOS=39580660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:12:12:36:36:0.75:22:14:10:2:22:14:10:2 chr17 39593768 . A G 2379.25 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.535;QD=63.8725;RBI=0.0816594;REFB=0;REVB=-0.0787378;RO=0;SAF=53;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112449;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:147:149:1:94:53:0:0:94:55:0:0 chr17 39595484 . G A 210.09 PASS AF=0.20339;AO=36;DP=178;FAO=36;FDP=177;FR=.;FRO=141;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=65;FSRR=76;FWDB=-0.0295638;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5317;QD=4.74784;RBI=0.0479498;REFB=-0.0040858;REVB=0.0377513;RO=140;SAF=14;SAR=22;SRF=64;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892587;STB=0.558809;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0168837;OID=.;OPOS=39595484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:140:141:36:36:0.20339:22:14:64:76:22:14:65:76 chr17 39595537 . G A 35.25 PASS AF=0.080292;AO=11;DP=137;FAO=11;FDP=137;FR=.;FRO=126;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=-0.00420677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.218;QD=1.02925;RBI=0.0218877;REFB=-0.000778303;REVB=0.0214797;RO=124;SAF=2;SAR=9;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280017;STB=0.744907;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00691694;OID=.;OPOS=39595537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:137:137:124:126:11:11:0.080292:9:2:50:74:9:2:52:74 chr17 39595539 . A G 30.6 PASS AF=0.0746269;AO=10;DP=134;FAO=10;FDP=134;FR=.;FRO=124;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=74;FWDB=-0.022681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3031;QD=0.913439;RBI=0.0257244;REFB=0.00155182;REVB=-0.0121374;RO=123;SAF=3;SAR=7;SRF=49;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116173;STB=0.604017;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.0143943;OID=.;OPOS=39595539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:134:134:123:124:10:10:0.0746269:7:3:49:74:7:3:50:74 chr17 39616430 . G T 495.99 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0315424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7895;QD=23.903;RBI=0.098502;REFB=-0.0429509;REVB=0.0933152;RO=34;SAF=27;SAR=20;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811412;STB=0.541384;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0411591;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:36:47:47:0.566265:20:27:23:11:20:27:24:12 chr17 39619093 . GT AC 879.59 PASS AF=0.729167;AO=69;DP=97;FAO=70;FDP=96;FR=.;FRO=26;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0128587;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.755;QD=36.6498;RBI=0.0160577;REFB=-0.0278282;REVB=-0.0096178;RO=26;SAF=48;SAR=21;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152987;STB=0.577726;STBP=0.014;TYPE=mnp;VARB=0.00873619;OID=.;OPOS=39619093;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:26:26:69:70:0.729167:21:48:11:15:22:48:11:15 chr17 39619193 . C T 245.74 PASS AF=0.230769;AO=39;DP=169;FAO=39;FDP=169;FR=.;FRO=130;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=68;FSRR=62;FWDB=-0.00557678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.485;QD=5.81624;RBI=0.00859738;REFB=0.000607678;REVB=0.00654328;RO=128;SAF=14;SAR=25;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21817;STB=0.627229;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00181068;OID=.;OPOS=39619193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:128:130:39:39:0.230769:25:14:68:60:25:14:68:62 chr17 39619219 . G A 1522.45 PASS AF=0.7625;AO=120;DP=159;FAO=122;FDP=160;FR=.;FRO=38;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.028005;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.363;QD=38.0613;RBI=0.0359714;REFB=-0.00339914;REVB=0.0225757;RO=38;SAF=64;SAR=56;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743097;STB=0.538998;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00101554;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:38:38:120:122:0.7625:56:64:14:24:57:65:14:24 chr17 39622068 . G T 2159.64 PASS AF=0.985915;AO=139;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0145748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.6153;QD=60.8349;RBI=0.0458765;REFB=-0.152845;REVB=-0.0434998;RO=3;SAF=58;SAR=81;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239528;STB=0.508332;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00127621;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:142:3:2:139:140:0.985915:81:58:3:0:81:59:2:0 chr17 39623363 . T C 134.33 PASS AF=0.184615;AO=24;DP=130;FAO=24;FDP=130;FR=.;FRO=106;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=40;FWDB=-0.0064992;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.989;QD=4.13326;RBI=0.0104175;REFB=-0.00967511;REVB=-0.0081415;RO=104;SAF=12;SAR=12;SRF=64;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148027;STB=0.59992;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0410817;OID=.;OPOS=39623363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:104:106:24:24:0.184615:12:12:64:40:12:12:66:40 chr17 39624240 . G C 61.6 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00830606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.959;QD=3.79105;RBI=0.0284255;REFB=0.00518812;REVB=-0.0271849;RO=54;SAF=5;SAR=6;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791463;STB=0.552976;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0492742;OID=.;OPOS=39624240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:54:54:11:11:0.169231:6:5:28:26:6:5:28:26 chr17 39624326 . G C 140.32 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00844986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.708;QD=7.79574;RBI=0.00864546;REFB=-0.00515515;REVB=0.00182861;RO=52;SAF=12;SAR=8;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121158;STB=0.57296;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0124546;OID=.;OPOS=39624326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:8:12:26:26:8:12:26:26 chr17 39633317 . A G 661.97 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157972;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9709;QD=61.5785;RBI=0.0627002;REFB=0;REVB=-0.0606776;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341963;OID=.;OPOS=39633317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:20:21:0:0:20:23:0:0 chr17 39633349 . G C 75.85 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0485168;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.127;QD=4.46167;RBI=0.0509374;REFB=-0.0105316;REVB=-0.0155156;RO=55;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368237;STB=0.502389;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0359405;OID=.;OPOS=39633349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:13:13:0.191176:8:5:21:34:8:5:21:34 chr17 39633354 . C T 650.71 PASS AF=0.80597;AO=52;DP=66;FAO=54;FDP=67;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0383402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.261;QD=38.8484;RBI=0.0388722;REFB=0.00875547;REVB=-0.00640908;RO=13;SAF=21;SAR=31;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746159;STB=0.500872;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.00176027;OID=.;OPOS=39633354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:66:67:13:13:52:54:0.80597:31:21:5:8:33:21:5:8 chr17 39634625 . A G 197.62 PASS AF=0.317073;AO=24;DP=80;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0132076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.748;QD=9.63975;RBI=0.0199535;REFB=-0.0159751;REVB=-0.0149567;RO=56;SAF=9;SAR=15;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874493;STB=0.57222;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0312366;OID=.;OPOS=39634625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:56:56:24:26:0.317073:15:9:25:31:17:9:25:31 chr17 39637244 . A G 245.04 PASS AF=0.229412;AO=39;DP=170;FAO=39;FDP=170;FR=.;FRO=131;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=72;FWDB=-0.00806553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.396;QD=5.76565;RBI=0.0144971;REFB=-0.0140218;REVB=0.0120463;RO=131;SAF=15;SAR=24;SRF=59;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854927;STB=0.552212;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0476791;OID=.;OPOS=39637244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:131:131:39:39:0.229412:24:15:59:72:24:15:59:72 chr17 39643646 . G A 46.72 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=0.0137359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.441;QD=2.87517;RBI=0.0209764;REFB=-0.00251935;REVB=-0.0158535;RO=55;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324443;STB=0.709169;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0212316;OID=.;OPOS=39643646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:64:65:55:56:9:9:0.138462:4:5:16:39:4:5:17:39 chr17 39646021 . A G 1171.83 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.726;QD=60.8743;RBI=0.0574251;REFB=0;REVB=0.0167353;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125572;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr17 39659194 . T C 2356.16 PASS AF=0.987342;AO=156;DP=158;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.010956;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.702;QD=59.6495;RBI=0.0110044;REFB=-0.0564736;REVB=-0.00103113;RO=2;SAF=89;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00173209;STB=0.50091;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000120787;OID=.;OPOS=39659194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:158:158:2:2:156:156:0.987342:67:89:1:1:67:89:1:1 chr17 39659913 . G A 1381.75 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405276;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1169;QD=62.8068;RBI=0.0128886;REFB=0;REVB=0.0122349;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215919;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:55:33:0:0:55:33:0:0 chr17 39661689 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=10;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.955;QD=45.8068;RBI=0.0125594;REFB=0;REVB=0.00195361;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66633e-05;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:10:14:1:5:5:0:0:5:9:0:0 chr17 39670912 . G C 1138.49 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.153206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1591;QD=59.1422;RBI=0.153489;REFB=-0.0287813;REVB=-0.00932329;RO=1;SAF=10;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00711762;STB=0.503758;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0021606;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:66:10:0:1:66:10:0:1 chr17 39673366 . C G 57.62 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00796095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.671;QD=3.84121;RBI=0.0104199;REFB=-0.00137358;REVB=0.00672285;RO=50;SAF=3;SAR=7;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158878;STB=0.608469;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0181449;OID=.;OPOS=39673366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:50:50:10:10:0.166667:7:3:21:29:7:3:21:29 chr17 39674641 . T C 2787.91 PASS AF=0.968085;AO=182;DP=190;FAO=182;FDP=188;FR=.;FRO=6;FSAF=75;FSAR=107;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00816331;FXX=0.0105258;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.951;QD=59.3173;RBI=0.0115102;REFB=-0.0249139;REVB=-0.00811454;RO=6;SAF=75;SAR=107;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03657;STB=0.519229;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00179664;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:190:188:6:6:182:182:0.968085:107:75:6:0:107:75:6:0 chr17 39681475 . A G 1048.67 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.27;QD=57.4616;RBI=0.0715982;REFB=0;REVB=-0.0182044;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196481;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:69:73:1:43:26:0:0:45:28:0:0 chr17 39684321 . G C 479.62 PASS AF=1;AO=22;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361777;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.37;QD=56.4258;RBI=0.128475;REFB=0;REVB=0.123276;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00483789;OID=.;OPOS=39684321;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:22:34:1:10:12:0:0:15:19:0:0 chr17 39684410 . G A 579.53 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3746;QD=57.9532;RBI=0.174918;REFB=0;REVB=-0.00837952;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106847;OID=.;OPOS=39684410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:1:0:34:40:1:21:13:1:0:23:17:0:0 chr17 39723990 . T A 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7727;QD=54.5113;RBI=0.020822;REFB=0;REVB=0.0182594;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25942e-05;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:24:1:0:0:24:1:0:0 chr17 39727816 . T G 800.78 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3226;QD=57.1989;RBI=0.0556639;REFB=0;REVB=0.0343355;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395925;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr17 39728050 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6885;QD=56.7061;RBI=0.0471495;REFB=0;REVB=-0.0471495;RO=0;SAF=0;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000975016;OID=.;OPOS=39728050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:29:0:0:0:29:0:0:0 chr17 39742718 . A G 1979.29 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.531;QD=61.8529;RBI=0.0328956;REFB=0;REVB=-0.0268782;RO=0;SAF=36;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.63353e-05;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:91:36:0:0:91:37:0:0 chr17 39742894 . G A,C 572.92 PASS AF=0.820513,0.179487;AO=32,7;DP=39;FAO=32,7;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=26,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509982,0.0148865;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.64,222.014;QD=58.7607;RBI=0.00528887,0.0151769;REFB=0,0;REVB=-0.00140146,-0.00295468;RO=0;SAF=6,0;SAR=26,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00467534,-0.00422954;OID=.,.;OPOS=39742894,39742894;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:39:39:0:0:32,7:32,7:0.820513,0.179487:26,7:6,0:0:0:26,7:6,0:0:0 chr17 39742898 . GC AT 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197789;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.105;QD=62.022;RBI=0.031332;REFB=0;REVB=0.0243;RO=0;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000179165;OID=.;OPOS=39742898;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:33:9:0:0:33:9:0:0 chr17 39743081 . G A 3101.04 PASS AF=1;AO=194;DP=196;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324888;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.155;QD=63.6111;RBI=0.041165;REFB=0;REVB=0.0252792;RO=0;SAF=85;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6546e-05;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:195:0:0:194:195:1:109:85:0:0:110:85:0:0 chr17 39766503 . AA AG,GA 496.03 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=18,6;DP=41;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151754,-0.0768967;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=28.3461,87.7757;QD=47.2406;RBI=0.152938,0.079298;REFB=-0.0647549,0.048124;REVB=-0.0189921,-0.0193665;RO=0;SAF=5,6;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0240815,0.169503;OID=.,.;OPOS=39766504,39766503;OREF=A,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:41:42:0:0:18,6:40,2:0.952381,0.047619:13,0:5,6:0:0:14,0:26,2:0:0 chr17 39766611 . G A 52.8 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0822844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.629;QD=7.03997;RBI=0.0831167;REFB=-0.0154338;REVB=-0.0117327;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374078;STB=0.749375;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0320637;OID=.;OPOS=39766611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:30:21:22:8:8:0.266667:6:2:12:9:6:2:13:9 chr17 39767744 . A G 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.733;QD=59.0148;RBI=0.0585196;REFB=0;REVB=-0.054266;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000493796;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr17 39786864 . CG C,CA 736.95 PASS AF=0.890909,0.109091;AO=26,28;DP=56;FAO=49,6;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27,6;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210356,0.00809057;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.623,158.416;QD=53.596;RBI=0.0222253,0.510938;REFB=0,0;REVB=-0.00717402,-0.510874;RO=0;SAF=26,8;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.75204e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000232795,0.00315462;OID=.,.;OPOS=39786865,39786865;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.890909,0.109091:26,28:56:49,6:55:0:27,6:22,0:0:0:30:0:26,8:0,20:0:0 chr17 39795623 . T C 792.21 PASS AF=0.679612;AO=70;DP=103;FAO=70;FDP=103;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00665446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.029;QD=30.7653;RBI=0.0244338;REFB=0.00972515;REVB=0.0235102;RO=33;SAF=29;SAR=41;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245257;STB=0.513225;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.0041144;OID=.;OPOS=39795623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:33:33:70:70:0.679612:41:29:15:18:41:29:15:18 chr17 39871700 . G A 1126.79 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.038575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5297;QD=57.784;RBI=0.0398071;REFB=-0.0497159;REVB=0.00982725;RO=2;SAF=23;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175225;STB=0.509257;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00134643;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:53:23:0:2:53:23:0:2 chr17 39874267 . T A 1704.88 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0097554;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.051;QD=59.8205;RBI=0.0361787;REFB=-0.108723;REVB=0.0348387;RO=0;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34603e-08;STB=0.504347;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000328128;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:114:0:1:112:113:0.991228:55:57:0:0:56:57:1:0 chr17 39874283 . T A 1713.06 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7014;QD=60.6391;RBI=0.0291171;REFB=0;REVB=-0.0279187;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.01457e-05;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:56:57:0:0:56:57:0:0 chr17 39879729 . CAGA C,CAGC,CAGG 957.07 PASS AF=0.852941,0.102941,0.0441176;AO=47,13,4;DP=67;FAO=58,7,3;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39,3,0;FSAR=19,4,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195792,-0.0520751,-0.0885901;FXX=0.0144907;HRUN=1,2,2;LEN=3,1,1;MLLD=235.44,76.8546,38.9267;QD=56.2981;RBI=0.0440131,0.0688669,0.106718;REFB=0,0,0;REVB=-0.0394183,-0.0450648,-0.0595017;RO=1;SAF=35,3,2;SAR=12,10,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0375754,0.0431971,0.166656;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00297141,-0.0134454,0.0688526;OID=.,.,.;OPOS=39879730,39879732,39879732;OREF=AGA,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CAGC,CAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.852941,0.102941,0.0441176:47,13,4:67:58,7,3:68:0:39,3,0:19,4,3:0:0:35:1:35,3,2:12,10,2:0:1 chr17 39880340 . A C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=333.449;QD=64.4154;RBI=0.021991;REFB=0;REVB=0.0102331;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80218e-05;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr17 39880545 . C T 2192.22 PASS AF=0.98;AO=147;DP=151;FAO=147;FDP=150;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0140183;FXX=0.00662208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.004;QD=58.4591;RBI=0.021672;REFB=-0.0668034;REVB=0.0165276;RO=2;SAF=58;SAR=89;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105669;STB=0.501282;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.000108661;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:150:2:3:147:147:0.98:89:58:0:2:89:58:1:2 chr17 39880573 . G A 1431.54 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0671263;FXX=0.0297;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.184;QD=58.4302;RBI=0.0680147;REFB=-0.119924;REVB=0.0109571;RO=1;SAF=15;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00581982;STB=0.50303;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000301283;OID=.;OPOS=39880573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:98:1:1:96:97:0.989796:81:15:0:1:82:15:0:1 chr17 39881289 . G C 1597.86 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.589;QD=58.637;RBI=0.0169694;REFB=0;REVB=0.0148506;RO=1;SAF=40;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724579;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186113;OID=.;OPOS=39881289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:1:0:105:109:1:65:40:0:1:68:41:0:0 chr17 39883350 . G A 2370.79 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145654;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.79;QD=61.1816;RBI=0.0291068;REFB=0;REVB=0.0252004;RO=0;SAF=63;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12315e-06;OID=.;OPOS=39883350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:155:0:0:154:155:1:91:63:0:0:91:64:0:0 chr17 39883559 . G A 733.54 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.249;QD=61.1281;RBI=0.0119158;REFB=-0.0946295;REVB=-0.00572988;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000723546;OID=.;OPOS=39883559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:27:20:0:0:27:20:0:1 chr17 39883595 . T C,G 964.16 PASS AF=0.852941,0.147059;AO=56,10;DP=66;FAO=58,10;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28,4;FSAR=30,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207749,-0.00435942;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=265.025,225.071;QD=56.7154;RBI=0.0228212,0.025049;REFB=0,0;REVB=0.0227264,0.0246668;RO=0;SAF=27,4;SAR=29,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-5.46552e-06,0.00853919;OID=.,.;OPOS=39883595,39883595;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:66:68:0:0:56,10:58,10:0.852941,0.147059:29,6:27,4:0:0:30,6:28,4:0:0 chr17 39884091 . G C 832.47 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00445478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.727;QD=52.855;RBI=0.00650522;REFB=-0.0549903;REVB=0.00474056;RO=3;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435048;STB=0.523069;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.001674;OID=.;OPOS=39884091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:3:3:60:60:0.952381:31:29:0:3:31:29:0:3 chr17 39884583 . G A 1836.85 PASS AF=0.96875;AO=123;DP=129;FAO=124;FDP=128;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0604817;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.568;QD=57.4015;RBI=0.0886523;REFB=-0.196186;REVB=0.0648166;RO=1;SAF=63;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078526;STB=0.51587;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00617729;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:129:128:1:4:123:124:0.96875:60:63:0:1:61:63:0:4 chr17 39886379 . A AAG 84.22 PASS AF=0.818182;AO=7;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0689459;FXX=0.0832639;HRUN=6;LEN=2;MLLD=122.747;QD=30.6244;RBI=0.0693394;REFB=-0.0951395;REVB=0.00737634;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175667;STB=0.749315;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.0156904;OID=.;OPOS=39886380;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:7:10:9:11:2:1:8:2:0:8:3:1:6:0:3 chr17 39887906 . T TC 68.64 PASS AF=0.25;AO=8;DP=56;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.147543;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=59.3227;QD=5.2802;RBI=0.14922;REFB=-0.00797477;REVB=-0.0223055;RO=45;SAF=0;SAR=8;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.694999;STB=0.897272;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0548668;OID=.;OPOS=39887907;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:8:56:13:52:39:1:12:21:18:68:45:0:8:24:21 chr17 39890715 . A T 3629.65 PASS AF=1;AO=226;DP=227;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265333;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.86;QD=62.5801;RBI=0.0356562;REFB=0;REVB=0.0238191;RO=0;SAF=89;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246221;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:227:232:0:0:226:232:1:137:89:0:0:140:92:0:0 chr17 39890876 . T C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.069971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9356;QD=59.8346;RBI=0.0725707;REFB=0;REVB=-0.0192499;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112887;OID=.;OPOS=39890876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr17 39912145 . T A 124.11 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0130165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.75;QD=27.5801;RBI=0.0499435;REFB=-0.00119096;REVB=0.0482175;RO=5;SAF=12;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35687;STB=0.705476;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000693393;OID=.;OPOS=39912145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:1:12:3:2:1:12:3:2 chr17 39925925 . A G 1679.18 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0133235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.398;QD=58.4061;RBI=0.0231696;REFB=-0.0488881;REVB=0.0189555;RO=0;SAF=41;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506943;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000229017;OID=.;OPOS=39925925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:115:0:2:112:113:0.982609:71:41:0:0:71:42:0:2 chr17 39959189 . C G 1114.69 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.806;QD=60.2537;RBI=0.0364908;REFB=0;REVB=0.036306;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8718e-05;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:74:0:0:67:74:1:31:36:0:0:37:37:0:0 chr17 39964244 . C T 1428.33 PASS AF=0.648936;AO=122;DP=188;FAO=122;FDP=188;FR=.;FRO=66;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0581296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.624;QD=30.3901;RBI=0.0584227;REFB=-0.0246256;REVB=0.00584463;RO=65;SAF=59;SAR=63;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541796;STB=0.531573;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0138469;OID=.;OPOS=39964244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:65:66:122:122:0.648936:63:59:26:39:63:59:26:40 chr17 39967442 . T C 625.06 PASS AF=0.776119;AO=49;DP=64;FAO=52;FDP=67;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00598673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.427;QD=37.3169;RBI=0.00933035;REFB=0.00476335;REVB=0.00715643;RO=14;SAF=21;SAR=28;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303033;STB=0.500894;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00126769;OID=.;OPOS=39967442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:64:67:14:15:49:52:0.776119:28:21:5:9:31:21:6:9 chr17 39983808 . G C 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8775;QD=63.6133;RBI=0.0562192;REFB=0;REVB=0.017886;RO=0;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167672;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:54:41:0:0:54:41:0:0 chr17 39983820 . G A 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.016;QD=62.6141;RBI=0.0285117;REFB=0;REVB=0.0196458;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42225e-06;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr17 39983849 . G C 867.52 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0627848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8724;QD=55.9688;RBI=0.0630416;REFB=-0.094935;REVB=0.00568405;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132969;STB=0.50704;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00224467;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:35:26:0:1:35:26:0:1 chr17 39987130 . T C 1061.66 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8787;QD=59.8116;RBI=0.0481881;REFB=0;REVB=0.0342881;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68372e-06;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr17 39991867 . A ATATC 1389.07 PASS AF=1;AO=84;DP=105;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370461;FXX=0.0588178;HRUN=0;LEN=4;MLLD=311.732;QD=57.8778;RBI=0.00573962;REFB=0;REVB=-0.00438396;RO=3;SAF=49;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281175;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000933175;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:105:96:96:0:57:39:0:0:8:3:49:35:3:0 chr17 39998141 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.079;QD=57.8849;RBI=0.00700081;REFB=0;REVB=0.000172406;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66384e-05;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr17 40010979 . G A 1081.08 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.896;QD=60.0598;RBI=0.017472;REFB=0;REVB=0.00248198;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02521e-05;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:72:0:0:65:72:1:29:36:0:0:32:40:0:0 chr17 40048613 . A G 1855.85 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.815;QD=61.3504;RBI=0.0292715;REFB=0;REVB=0.00711785;RO=0;SAF=49;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22604e-06;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:71:49:0:0:72:49:0:0 chr17 40125864 . G A 791.89 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0093882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.274;QD=53.6871;RBI=0.0105522;REFB=-0.0261925;REVB=-0.0048177;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-3.48289e-05;OID=.;OPOS=40125864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:0:2:57:57:0.966102:36:21:0:0:36:21:0:2 chr17 40146970 . G A 575.62 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00173496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.975;QD=60.5919;RBI=0.0210534;REFB=0;REVB=-0.0209818;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.91037e-05;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:26:11:0:0:27:11:0:0 chr17 40173851 . A C 725.36 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.463;QD=59.2129;RBI=0.0587508;REFB=-0.155527;REVB=0.0519722;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229327;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00101288;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:49:49:1:1:47:48:0.979592:27:20:1:0:27:21:1:0 chr17 40322252 . T C 1754.68 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0252478;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1954;QD=59.9892;RBI=0.0295128;REFB=-0.0112367;REVB=-0.0152824;RO=1;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825856;STB=0.504347;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000130806;OID=.;OPOS=40322252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:115:116:0.991453:57:58:0:1:57:59:0:1 chr17 40345470 . G C 42.56 PASS AF=0.0877193;AO=14;DP=169;FAO=15;FDP=171;FR=.;FRO=156;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=96;FSRR=60;FWDB=-0.0704618;FXX=0.01156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4207;QD=0.99565;RBI=0.0704643;REFB=-0.0148094;REVB=0.000592915;RO=152;SAF=1;SAR=13;SRF=96;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594698;STB=0.947799;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0949319;OID=.;OPOS=40345470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:169:171:152:156:14:15:0.0877193:13:1:96:56:14:1:96:60 chr17 40459562 . A G 235.95 PASS AF=0.234899;AO=35;DP=150;FAO=35;FDP=149;FR=.;FRO=114;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=68;FWDB=-0.0140295;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.057;QD=6.33429;RBI=0.0168225;REFB=-0.0177983;REVB=-0.00928278;RO=114;SAF=13;SAR=22;SRF=47;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539561;STB=0.525917;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0579679;OID=.;OPOS=40459562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:114:114:35:35:0.234899:22:13:47:67:22:13:46:68 chr17 40459737 . C T 149.6 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.0026945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.695;QD=11.9678;RBI=0.0316972;REFB=-0.0107658;REVB=0.0315825;RO=33;SAF=10;SAR=7;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206758;STB=0.620125;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0135559;OID=.;OPOS=40459737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:7:10:25:8:7:10:25:8 chr17 40689455 . T C 1667.93 PASS AF=0.982759;AO=107;DP=110;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00232305;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9163;QD=57.515;RBI=0.0457093;REFB=-0.0343589;REVB=0.0456503;RO=2;SAF=52;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169445;STB=0.50877;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00216319;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:116:2:2:107:114:0.982759:55:52:0:2:56:58:0:2 chr17 40696233 . C G 608.64 PASS AF=0.819672;AO=49;DP=60;FAO=50;FDP=61;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.120289;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.7244;QD=39.9107;RBI=0.128346;REFB=-0.155561;REVB=0.0447568;RO=6;SAF=14;SAR=35;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128689;STB=0.618325;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0302626;OID=.;OPOS=40696233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:60:61:6:11:49:50:0.819672:35:14:5:1:35:15:10:1 chr17 40699291 . G A 1877.25 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.166;QD=61.5491;RBI=0.0204101;REFB=0;REVB=0.0189473;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4547e-05;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:66:55:0:0:67:55:0:0 chr17 40699332 . T C 2268.66 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=146;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00675065;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.356;QD=62.5837;RBI=0.0269305;REFB=-0.0717462;REVB=0.0260706;RO=1;SAF=59;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562778;STB=0.502924;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000156792;OID=.;OPOS=40699332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:145:1:1:143:144:0.993103:84:59:0:1:85:59:0:1 chr17 40705100 . C T 596.39 PASS AF=0.71831;AO=51;DP=71;FAO=51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0222223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.245;QD=33.5993;RBI=0.0222571;REFB=-0.0257116;REVB=0.00124532;RO=20;SAF=26;SAR=25;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210049;STB=0.511328;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0104108;OID=.;OPOS=40705100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:20:20:51:51:0.71831:25:26:11:9:25:26:11:9 chr17 40706906 . G A 916.2 PASS AF=0.740385;AO=77;DP=104;FAO=77;FDP=104;FR=.;FRO=27;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0423217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.737;QD=35.2383;RBI=0.0425478;REFB=-0.0276414;REVB=0.00438016;RO=25;SAF=46;SAR=31;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365373;STB=0.51124;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0096268;OID=.;OPOS=40706906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:25:27:77:77:0.740385:31:46:13:12:31:46:15:12 chr17 40714804 . C A 320.18 PASS AF=0.8125;AO=25;DP=31;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0217081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8226;QD=40.0229;RBI=0.0231961;REFB=0.00216868;REVB=0.0081741;RO=6;SAF=10;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248625;STB=0.510196;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00033139;OID=.;OPOS=40714804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:32:6:6:25:26:0.8125:15:10:2:4:16:10:2:4 chr17 40716235 . C T 76.75 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00781636;FXX=0.181653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.695;QD=34.109;RBI=0.0203063;REFB=-0.0101056;REVB=-0.0187417;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-4.42952e-05;OID=.;OPOS=40716235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:9:9:1:1:8:8:0.888889:2:6:1:0:2:6:1:0 chr17 40716520 . A G 828.54 PASS AF=0.654867;AO=74;DP=113;FAO=74;FDP=113;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=56;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.0171353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.124;QD=29.3287;RBI=0.0175191;REFB=-0.0144514;REVB=0.0036466;RO=39;SAF=18;SAR=56;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337402;STB=0.518195;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00580076;OID=.;OPOS=40716520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:39:39:74:74:0.654867:56:18:8:31:56:18:8:31 chr17 40722029 . A G 762.32 PASS AF=0.677419;AO=63;DP=94;FAO=63;FDP=93;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00418491;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.321;QD=32.7881;RBI=0.0213877;REFB=0.000189442;REVB=-0.0209743;RO=30;SAF=24;SAR=39;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304123;STB=0.504895;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00011419;OID=.;OPOS=40722029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:30:30:63:63:0.677419:39:24:10:20:39:24:11:19 chr17 40725379 . A T 882.86 PASS AF=0.728155;AO=74;DP=102;FAO=75;FDP=103;FR=.;FRO=28;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.033279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7083;QD=34.2858;RBI=0.0334744;REFB=-0.0429762;REVB=0.0036122;RO=28;SAF=40;SAR=34;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391144;STB=0.522491;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0173737;OID=.;OPOS=40725379;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:28:28:74:75:0.728155:34:40:13:15:34:41:13:15 chr17 40731597 . T A 1361.84 PASS AF=0.674419;AO=115;DP=170;FAO=116;FDP=172;FR=.;FRO=56;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.00425682;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2503;QD=31.6707;RBI=0.00427045;REFB=-0.00713186;REVB=-0.000340936;RO=52;SAF=51;SAR=64;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806941;STB=0.530174;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00427008;OID=.;OPOS=40731597;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:52:56:115:116:0.674419:64:51:16:36:64:52:20:36 chr17 40766546 . C G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0111087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.409;QD=14.1699;RBI=0.016701;REFB=-0.00454112;REVB=0.0124709;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340037;STB=0.6996;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00455976;OID=.;OPOS=40766546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:8:4:7:3:8:4 chr17 40811919 . A G 290.22 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0135817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3853;QD=20.3663;RBI=0.0594611;REFB=-0.0606533;REVB=-0.0578892;RO=24;SAF=8;SAR=22;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172539;STB=0.511782;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0400974;OID=.;OPOS=40811919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:26:30:31:0.54386:22:8:6:18:22:9:7:19 chr17 40818451 . G A 546.27 PASS AF=0.779661;AO=45;DP=60;FAO=46;FDP=59;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0117801;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1758;QD=37.0353;RBI=0.0338717;REFB=-0.0418912;REVB=0.0317572;RO=13;SAF=17;SAR=28;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367199;STB=0.521492;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0147559;OID=.;OPOS=40818451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:60:59:13:13:45:46:0.779661:28:17:6:7:29:17:6:7 chr17 40818699 . A G 1014.38 PASS AF=0.788462;AO=82;DP=104;FAO=82;FDP=104;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00967528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.213;QD=39.0145;RBI=0.0833318;REFB=-0.0234555;REVB=-0.0827682;RO=22;SAF=33;SAR=49;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398439;STB=0.521271;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00810364;OID=.;OPOS=40818699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:22:22:82:82:0.788462:49:33:11:11:49:33:11:11 chr17 40822678 . C T 103.08 PASS AF=0.146853;AO=21;DP=142;FAO=21;FDP=143;FR=.;FRO=122;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=64;FSRR=58;FWDB=0.0107334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.273;QD=2.8832;RBI=0.0119722;REFB=0.00389959;REVB=0.00530358;RO=121;SAF=10;SAR=11;SRF=63;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562525;STB=0.541184;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0219397;OID=.;OPOS=40822678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:121:122:21:21:0.146853:11:10:63:58:11:10:64:58 chr17 40835922 . A C 3198.72 PASS AF=0.729107;AO=253;DP=347;FAO=253;FDP=347;FR=.;FRO=94;FSAF=105;FSAR=148;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=-0.0179514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1585;QD=36.8728;RBI=0.046899;REFB=-0.0175868;REVB=-0.0433274;RO=91;SAF=105;SAR=148;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842845;STB=0.54956;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00696631;OID=.;OPOS=40835922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:347:91:94:253:253:0.729107:148:105:53:38:148:105:56:38 chr17 40850635 . GTTT GTTG,GTT 514.33 PASS AF=0.0518519,0.948148;AO=5,57;DP=137;FAO=7,128;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=7,116;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476786,0.268204;FXX=0.0145975;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=156.182,6.20569;QD=15.2394;RBI=0.0841643,0.80247;REFB=0,0;REVB=0.0693568,0.756323;RO=47;SAF=5,57;SAR=0,0;SRF=35;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.506845,0.853284;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.130948,0.0152164;OID=.,.;OPOS=40850638,40850636;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTTG,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0518519,0.948148:5,57:137:7,128:135:0:7,116:0,12:0:0:15:47:5,57:0,0:35:12 chr17 40854534 . G GT 817.66 PASS AF=0.716312;AO=70;DP=144;FAO=101;FDP=141;FR=.;FRO=40;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0506741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.0161;QD=23.1959;RBI=0.0810017;REFB=-0.0174904;REVB=0.0631935;RO=69;SAF=48;SAR=22;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296476;STB=0.522694;STBP=0.386;TYPE=ins;VARB=0.0106777;OID=.;OPOS=40854535;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.716312:70:144:101:141:40:56:45:19:21:99:69:48:22:25:44 chr17 40854536 . G T 48.19 PASS AF=0.105634;AO=18;DP=140;FAO=15;FDP=142;FR=.;FRO=127;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=53;FWDB=0.0129987;FXX=0.00699252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.9259;QD=1.3576;RBI=0.0147882;REFB=-0.0280287;REVB=0.00705165;RO=122;SAF=2;SAR=16;SRF=72;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.579001;STB=0.939461;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.205452;OID=.;OPOS=40854536;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:140:142:122:127:18:15:0.105634:16:2:72:50:14:1:74:53 chr17 40926695 . A T 1513.13 PASS AF=0.714286;AO=118;DP=169;FAO=125;FDP=175;FR=.;FRO=50;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00795201;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.874;QD=34.5858;RBI=0.0382332;REFB=-0.0232196;REVB=0.0373971;RO=50;SAF=50;SAR=68;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542415;STB=0.517318;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00953883;OID=.;OPOS=40926695;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:175:50:50:118:125:0.714286:68:50:26:24:70:55:25:25 chr17 40962661 . C CT,T 48.33 PASS AF=0.303571,0;AO=8,4;DP=60;FAO=17,0;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=5,0;FSAR=12,0;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.193483,-0.00230122;FXX=0.0175408;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=9.02079,239.332;QD=3.45237;RBI=0.22977,0.00508758;REFB=-0.0354353,-0.0045748;REVB=0.123929,0.00453738;RO=44;SAF=2,2;SAR=6,2;SRF=13;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0691142,0.228682;STB=0.551995,0.5;STBP=0.635,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0831994,0;OID=.,.;OPOS=40962662,40962661;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:60:56:44:39:8,4:17,0:0.303571,0:6,2:2,2:13:31:12,0:5,0:14:25 chr17 41116234 . G A 1135.16 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9354;QD=60.5421;RBI=0.0185897;REFB=0;REVB=0.0171145;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192509;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr17 41121208 . GGGC G,GG,GGG,GGGG 746.43 PASS AF=0.0555556,0,0.944444,0;AO=7,12,14,18;DP=53;FAO=3,0,51,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,27,0;FSAR=2,0,24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.29145e-05,-0.00214448,-0.00383809,-0.00563907;FXX=0.0357079;HRUN=5,5,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=237.478,243.947,246.39,243.716;QD=55.2911;RBI=0.0717856,0.068866,0.0652198,0.0614252;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0717856,0.0688326,0.0651068,0.0611658;RO=0;SAF=1,5,8,13;SAR=6,7,6,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0188113,0.00366654,0.00131173,-0.0206008;OID=.,.,.,.;OPOS=41121209,41121210,41121211,41121211;OREF=GGC,GC,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG,GGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0555556,0,0.944444,0:7,12,14,18:53:3,0,51,0:54:0:1,0,27,0:2,0,24,0:0:0:13:0:1,5,8,13:6,7,6,5:0:0 chr17 41121216 . G A 76.23 PASS AF=0.22;AO=10;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0159724;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=107.904;QD=6.09852;RBI=0.0160417;REFB=-0.0189709;REVB=0.00148941;RO=38;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122838;STB=0.617431;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00754265;OID=.;OPOS=41121216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:50:50:38:39:10:11:0.22:6:4:19:19:7:4:20:19 chr17 41121217 . G A 323.22 PASS AF=0.607843;AO=30;DP=50;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00407918;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=218.1;QD=25.3509;RBI=0.00529145;REFB=-0.0110801;REVB=0.00337042;RO=18;SAF=11;SAR=19;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170327;STB=0.617684;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00310664;OID=.;OPOS=41121217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:18:20:30:31:0.607843:19:11:11:7:20:11:13:7 chr17 41133071 . T C 2305.22 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.183;QD=60.6636;RBI=0.013498;REFB=0;REVB=-0.00794154;RO=0;SAF=62;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02209e-06;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:150:152:1:88:62:0:0:90:62:0:0 chr17 41165493 . A G 1439.92 PASS AF=0.989362;AO=90;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.052475;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.627;QD=61.2731;RBI=0.0594041;REFB=-0.0190032;REVB=0.0278428;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.504761;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000460853;OID=.;OPOS=41165493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:0:1:90:93:0.989362:38:52:0:0:41:52:1:0 chr17 41165878 . C G,T 785.99 PASS AF=0.0350877,0.964912;AO=3,51;DP=54;FAO=2,55;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=2,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382767,-0.0644828;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.0732,88.2194;QD=55.1573;RBI=0.0481059,0.0707838;REFB=0,0;REVB=-0.0291388,0.0291943;RO=0;SAF=0,25;SAR=3,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.94283e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0586636,0.00130971;OID=.,.;OPOS=41165878,41165878;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:54:57:0:0:3,51:2,55:0.0350877,0.964912:3,26:0,25:0:0:2,29:0,26:0:0 chr17 41174025 . A C 106.41 PASS AF=0.17094;AO=20;DP=117;FAO=20;FDP=117;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.0122188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.581;QD=3.63792;RBI=0.0483724;REFB=-0.00866349;REVB=-0.0468038;RO=92;SAF=10;SAR=10;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552126;STB=0.521346;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0345182;OID=.;OPOS=41174025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:92:97:20:20:0.17094:10:10:50:42:10:10:51:46 chr17 41196408 . G A 74.04 PASS AF=0.168831;AO=9;DP=79;FAO=13;FDP=77;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=63;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.00546839;FXX=0.0253133;HRUN=7;LEN=1;MLLD=131.311;QD=3.84612;RBI=0.0190029;REFB=-0.00909698;REVB=-0.0181991;RO=43;SAF=3;SAR=6;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374798;STB=0.812413;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0360937;OID=.;OPOS=41196408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:79:77:43:63:9:13:0.168831:6:3:28:15:10:3:40:23 chr17 41223094 . T C 226.65 PASS AF=0.232877;AO=33;DP=145;FAO=34;FDP=146;FR=.;FRO=112;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.0139656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.048;QD=6.2096;RBI=0.021079;REFB=-0.00402659;REVB=-0.0157888;RO=112;SAF=18;SAR=15;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123714;STB=0.51789;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0123826;OID=.;OPOS=41223094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:112:112:33:34:0.232877:15:18:60:52:15:19:60:52 chr17 41234470 . A G 163.31 PASS AF=0.210938;AO=27;DP=128;FAO=27;FDP=128;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.00564692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3648;QD=5.10356;RBI=0.0210989;REFB=-0.00753983;REVB=0.0203292;RO=99;SAF=9;SAR=18;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134893;STB=0.593335;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0293127;OID=.;OPOS=41234470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:99:101:27:27:0.210938:18:9:43:56:18:9:45:56 chr17 41244000 . T C 88.71 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.00778066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.488;QD=4.66893;RBI=0.00794043;REFB=-0.00558691;REVB=-0.00158487;RO=61;SAF=6;SAR=9;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00856203;STB=0.505487;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0216475;OID=.;OPOS=41244000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:61:61:15:15:0.197368:9:6:24:37:9:6:24:37 chr17 41244435 . T C 68.59 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0661559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6287;QD=4.8132;RBI=0.0670644;REFB=0.0164873;REVB=0.0110015;RO=46;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029383;STB=0.519196;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0653036;OID=.;OPOS=41244435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:6:5:22:24:6:5:22:24 chr17 41244936 . G A 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0401262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.731;QD=7.52762;RBI=0.0401676;REFB=-0.00246239;REVB=-0.00182325;RO=43;SAF=7;SAR=9;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612423;STB=0.537267;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00619011;OID=.;OPOS=41244936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:9:7:21:22:9:7:21:22 chr17 41245237 . A G 40.78 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0270777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5168;QD=3.54639;RBI=0.0278417;REFB=0.00932676;REVB=0.00647713;RO=39;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315473;STB=0.713754;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0682674;OID=.;OPOS=41245237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:3:4:12:27:3:4:12:27 chr17 41245466 . G A 101.45 PASS AF=0.193182;AO=17;DP=88;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0413556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8971;QD=4.61128;RBI=0.0732564;REFB=0.00164942;REVB=0.0604666;RO=70;SAF=6;SAR=11;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170278;STB=0.60427;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00688748;OID=.;OPOS=41245466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:70:71:17:17:0.193182:11:6:34:36:11:6:34:37 chr17 41246753 . A G 42.57 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00301135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.343;QD=2.83772;RBI=0.0108827;REFB=-0.00106337;REVB=0.0104578;RO=52;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128876;STB=0.592985;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00638974;OID=.;OPOS=41246753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:5:3:25:27:5:3:25:27 chr17 41267807 . AG A 110.82 PASS AF=0.9;AO=15;DP=31;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.176711;FXX=0.0322477;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.03223;QD=14.7764;RBI=0.276729;REFB=-0.115243;REVB=0.212961;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220688;STB=0.545421;STBP=0.147;TYPE=del;VARB=0.0904202;OID=.;OPOS=41267808;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:15:31:27:30:3:12:15:0:3:7:12:8:7:3:9 chr17 41291953 . C G 113.9 PASS AF=0.246575;AO=17;DP=72;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0240705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6927;QD=6.241;RBI=0.0893495;REFB=-0.0125764;REVB=-0.0860461;RO=55;SAF=11;SAR=6;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129958;STB=0.550804;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.034681;OID=.;OPOS=41291953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:55:55:17:18:0.246575:6:11:30:25:7:11:30:25 chr17 41330024 . T C 149.91 PASS AF=0.23913;AO=22;DP=92;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0102882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7339;QD=6.5177;RBI=0.0254786;REFB=-0.00361828;REVB=-0.0233091;RO=69;SAF=9;SAR=13;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191842;STB=0.621961;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0131179;OID=.;OPOS=41330024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:69:70:22:22:0.23913:13:9:39:30:13:9:40:30 chr17 41332804 . T C 333.81 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0535832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6832;QD=46.0431;RBI=0.0561287;REFB=-0.0374387;REVB=0.0167114;RO=3;SAF=5;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042154;STB=0.522803;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0169024;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:21:5:1:2:21:5:1:2 chr17 41361960 . A G 80.62 PASS AF=0.209677;AO=12;DP=64;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00735977;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.212;QD=5.20121;RBI=0.0171488;REFB=0.00164624;REVB=-0.0154892;RO=45;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116535;STB=0.506225;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00689409;OID=.;OPOS=41361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:64:62:45:49:12:13:0.209677:7:5:23:22:7:6:23:26 chr17 41362272 . C G 200.8 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0104486;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1753;QD=8.19597;RBI=0.0188853;REFB=0.00187031;REVB=0.0157316;RO=69;SAF=11;SAR=16;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201254;STB=0.509812;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00627445;OID=.;OPOS=41362272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:69:71:27:27:0.27551:16:11:28:41:16:11:28:43 chr17 41464741 . G A 72.06 PASS AF=0.193548;AO=11;DP=61;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=0.0177085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.54;QD=4.64894;RBI=0.0185286;REFB=-0.00684503;REVB=-0.00545142;RO=49;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270423;STB=0.703305;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.028761;OID=.;OPOS=41464741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:62:49:50:11:12:0.193548:5:6:16:33:5:7:16:34 chr17 41477710 . A G 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00752671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3395;QD=4.01785;RBI=0.0160574;REFB=-0.0133746;REVB=0.0141841;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263397;STB=0.675956;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0159605;OID=.;OPOS=41477710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:3:3:8:20:3:3:8:20 chr17 41478455 . C T 44.57 PASS AF=0.28;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00503743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.875;QD=7.13165;RBI=0.0423131;REFB=-0.00616327;REVB=-0.0420122;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526099;STB=0.84604;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00916998;OID=.;OPOS=41478455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:25:15:18:7:7:0.28:1:6:6:9:1:6:7:11 chr17 41489846 . T C 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0145313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.481;QD=4.81088;RBI=0.0277249;REFB=-0.00499735;REVB=0.0236117;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235882;STB=0.654705;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0325442;OID=.;OPOS=41489846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:7:16:3:3:7:16 chr17 41522213 . T A 798.15 PASS AF=0.698925;AO=65;DP=93;FAO=65;FDP=93;FR=.;FRO=28;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00126002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6973;QD=34.3291;RBI=0.0561024;REFB=-0.00548652;REVB=0.0560883;RO=28;SAF=39;SAR=26;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462345;STB=0.524879;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00376557;OID=.;OPOS=41522213;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:28:28:65:65:0.698925:26:39:19:9:26:39:19:9 chr17 41603882 . T C 1293.25 PASS AF=0.776923;AO=101;DP=130;FAO=101;FDP=130;FR=.;FRO=29;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00552862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.398;QD=39.7924;RBI=0.00622979;REFB=-0.0237115;REVB=-0.00287136;RO=29;SAF=46;SAR=55;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259893;STB=0.513858;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00694241;OID=.;OPOS=41603882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:29:29:101:101:0.776923:55:46:15:14:55:46:15:14 chr17 41843979 . C G 782.79 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0577192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9551;QD=56.9303;RBI=0.0627707;REFB=0;REVB=-0.0246709;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000879924;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:34:20:0:0:34:21:0:0 chr17 41846508 . A G 1835.2 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.345;QD=60.6676;RBI=0.0606016;REFB=0;REVB=0.0596266;RO=0;SAF=71;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03894e-05;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:121:0:0:112:121:1:41:71:0:0:47:74:0:0 chr17 41959808 . T C 7794.31 PASS AF=0.978682;AO=503;DP=516;FAO=505;FDP=516;FR=.;FRO=11;FSAF=240;FSAR=265;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0235992;FXX=0.00386093;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.041;QD=60.421;RBI=0.03579;REFB=0.0144224;REVB=-0.0269073;RO=10;SAF=238;SAR=265;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473089;STB=0.5015;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.00027118;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:516:516:10:11:503:505:0.978682:265:238:6:4:265:240:6:5 chr17 41960343 . T C 902.73 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.834;QD=58.2408;RBI=0.0225559;REFB=0;REVB=0.0222778;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02669e-05;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:29:33:0:0 chr17 41960633 . CG GC 3800.91 PASS AF=1;AO=247;DP=257;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239397;FXX=0.0272363;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.033;QD=60.8146;RBI=0.0279075;REFB=-0.149143;REVB=0.014343;RO=2;SAF=125;SAR=122;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00756473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000276639;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:257:250:2:0:247:250:1:122:125:2:0:124:126:0:0 chr17 41961451 . T C 708.49 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.874;QD=62.9769;RBI=0.00678625;REFB=0;REVB=0.00287285;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69565e-06;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr17 41994794 . C T 1514.08 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0081234;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.727;QD=63.7506;RBI=0.0124143;REFB=0;REVB=0.00938752;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.16706e-05;OID=.;OPOS=41994794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:40:55:0:0:40:55:0:0 chr17 42030743 . G C 2694.33 PASS AF=0.972826;AO=171;DP=177;FAO=179;FDP=184;FR=.;FRO=5;FSAF=88;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0612352;FXX=0.00540511;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.6372;QD=58.5724;RBI=0.218371;REFB=-0.170938;REVB=0.20961;RO=5;SAF=88;SAR=83;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278059;STB=0.513368;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.006262;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:177:184:5:5:171:179:0.972826:83:88:0:5:91:88:0:5 chr17 42152103 . G A 1000.21 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0494871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.446;QD=56.3498;RBI=0.0503508;REFB=0.104358;REVB=-0.00928615;RO=2;SAF=35;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262456;STB=0.513885;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.000787732;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:34:35:2:0:34:35:2:0 chr17 42155408 . G A 615.21 PASS AF=0.732394;AO=52;DP=71;FAO=52;FDP=71;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0124005;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.779;QD=34.66;RBI=0.0191641;REFB=-0.017879;REVB=-0.0146113;RO=16;SAF=17;SAR=35;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112056;STB=0.572736;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00426625;OID=.;OPOS=42155408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:16:19:52:52:0.732394:35:17:9:7:35:17:11:8 chr17 42213347 . G A 1554.87 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.29;QD=63.4639;RBI=0.0343001;REFB=0;REVB=0.0296981;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116442;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:96:98:1:49:47:0:0:50:48:0:0 chr17 42225547 . A C 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.631;QD=63.8699;RBI=0.075846;REFB=0;REVB=-0.0224242;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224955;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr17 42248346 . A T 2162.26 PASS AF=0.97973;AO=144;DP=151;FAO=145;FDP=148;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0137098;FXX=0.0198662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6269;QD=58.4394;RBI=0.0152072;REFB=0.0591271;REVB=-0.0065802;RO=0;SAF=50;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48344e-08;STB=0.500409;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.000209183;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:148:0:3:144:145:0.97973:94:50:0:0:94:51:1:2 chr17 42254281 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.901;QD=48.7373;RBI=0.0634553;REFB=0;REVB=-0.0462514;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.62456e-05;OID=.;OPOS=42254281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr17 42254417 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.697;QD=51.1835;RBI=0.0450301;REFB=0;REVB=0.0390134;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562397;OID=.;OPOS=42254417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr17 42254526 . C CG 661.4 PASS AF=1;AO=22;DP=147;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224773;FXX=0.333311;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.6307;QD=26.9957;RBI=0.0324664;REFB=-0.0770693;REVB=0.0234273;RO=112;SAF=22;SAR=0;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.72489;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00312406;OID=.;OPOS=42254527;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:22:147:98:98:0:45:53:0:0:3:112:22:0:59:53 chr17 42254527 . T C,G 2125.36 PASS AF=0.158621,0.841379;AO=23,111;DP=135;FAO=23,122;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=23,60;FSAR=0,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145936,-0.0014997;FXX=0.0202689;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.272,115.983;QD=58.6306;RBI=0.0133109,0.0367666;REFB=-0.0302906,-0.0529229;REVB=0.0132306,0.036736;RO=0;SAF=23,59;SAR=0,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.41849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00884961,-0.000139433;OID=.,.;OPOS=42254527,42254527;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:135:145:0:0:23,111:23,122:0.158621,0.841379:0,52:23,59:0:0:0,62:23,60:0:0 chr17 42254528 . C G 37.77 PASS AF=0.0789474;AO=12;DP=152;FAO=12;FDP=152;FR=.;FRO=140;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=84;FSRR=56;FWDB=0.00461719;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.6993;QD=0.994073;RBI=0.0488226;REFB=0.000531254;REVB=0.0486038;RO=140;SAF=3;SAR=9;SRF=84;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378657;STB=0.800157;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00205177;OID=.;OPOS=42254528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:152:152:140:140:12:12:0.0789474:9:3:84:56:9:3:84:56 chr17 42255097 . T C 1231.41 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00493885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.287;QD=60.0686;RBI=0.00544164;REFB=-0.00598879;REVB=-0.00228456;RO=1;SAF=33;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014132;STB=0.507461;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000100399;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:48:33:1:0:48:33:1:0 chr17 42270291 . A G 1415.38 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.037;QD=62.906;RBI=0.0248664;REFB=0;REVB=0.0222223;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46772e-05;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr17 42287519 . C T 1506.24 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.010665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0407;QD=58.4949;RBI=0.0364954;REFB=-0.00299938;REVB=-0.0349023;RO=1;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825169;STB=0.504347;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-4.53288e-05;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:57:45:0:1:57:45:0:1 chr17 42392622 . T C 5186.76 PASS AF=1;AO=326;DP=326;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.123;QD=63.2531;RBI=0.0229645;REFB=0;REVB=0.0137455;RO=0;SAF=151;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77634e-05;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:326:328:0:0:326:328:1:175:151:0:0:176:152:0:0 chr17 42398052 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.906;QD=56.1916;RBI=0.0287637;REFB=0;REVB=-0.0224526;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19866e-05;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr17 42398757 . C A,G 1093.35 PASS AF=0.85,0.1125;AO=69,6;DP=78;FAO=68,9;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=27,6;FSAR=41,3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.010138,-0.0246893;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=160.61,19.2832;QD=54.6677;RBI=0.021904,0.0623521;REFB=-0.0334124,0.0350231;REVB=0.0194167,-0.0572558;RO=0;SAF=28,3;SAR=41,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.517642,0.666295;STBP=0.218,0.084;TYPE=snp,snp;VARB=0.0035163,0.0391794;OID=.,.;OPOS=42398757,42398757;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:78:80:0:3:69,6:68,9:0.85,0.1125:41,3:28,3:0:0:41,3:27,6:0:3 chr17 42432013 . G A 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.114246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.525;QD=34.6643;RBI=0.130232;REFB=0.057329;REVB=0.0625163;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00101469;OID=.;OPOS=42432013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:0:1:5:5:0:1 chr17 42449789 . G A 100.77 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0124671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.961;QD=5.6773;RBI=0.0168338;REFB=-0.000609643;REVB=0.0113114;RO=54;SAF=10;SAR=6;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221766;STB=0.644421;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00136432;OID=.;OPOS=42449789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:55:16:16:0.225352:6:10:24:30:6:10:24:31 chr17 42453065 . A C 103.97 PASS AF=0.162602;AO=20;DP=124;FAO=20;FDP=123;FR=.;FRO=103;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=31;FWDB=-0.0265825;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.935;QD=3.38111;RBI=0.0275888;REFB=-0.00658721;REVB=-0.00738336;RO=102;SAF=14;SAR=6;SRF=72;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00893669;STB=0.500966;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0288853;OID=.;OPOS=42453065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:102:103:20:20:0.162602:6:14:72:30:6:14:72:31 chr17 42454463 . G C 51.68 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.0165702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1026;QD=2.99587;RBI=0.0586423;REFB=0.000948746;REVB=0.0562526;RO=58;SAF=6;SAR=4;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725622;STB=0.539799;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00145288;OID=.;OPOS=42454463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:58:59:10:10:0.144928:4:6:38:20:4:6:38:21 chr17 42475983 . G C 820.7 PASS AF=0.717391;AO=66;DP=92;FAO=66;FDP=92;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0209372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.455;QD=35.6825;RBI=0.0234661;REFB=-0.00880339;REVB=0.0105968;RO=26;SAF=33;SAR=33;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202112;STB=0.510866;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00387016;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:26:26:66:66:0.717391:33:33:12:14:33:33:12:14 chr17 42734006 . T TC 52.94 PASS AF=0.149485;AO=37;DP=201;FAO=29;FDP=194;FR=.;FRO=165;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=103;FSRR=62;FWDB=-0.0632941;FXX=0.0152277;HRUN=0;LEN=1;MLLD=104.459;QD=1.09148;RBI=0.0814526;REFB=-0.0027934;REVB=-0.0512676;RO=159;SAF=14;SAR=23;SRF=98;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29877;STB=0.778121;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.110986;OID=.;OPOS=42734007;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.149485:37:201:29:194:165:8:21:103:62:52:159:14:23:98:61 chr17 42745130 . T C 210.46 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00189752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.678;QD=26.3072;RBI=0.0234918;REFB=-0.00596274;REVB=0.0234151;RO=12;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339322;STB=0.518849;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0061069;OID=.;OPOS=42745130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:9:11:6:6:9:11:6:6 chr17 42849849 . A AG,G 34.5 PASS AF=0.102273,0.0340909;AO=12,4;DP=89;FAO=9,3;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=3,0;FSAR=6,3;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.0828525,-0.0506238;FXX=0.0222198;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=163.823,92.3398;QD=1.56817;RBI=0.0830932,0.0556471;REFB=-0.00156783,-0.00754386;REVB=0.00632046,-0.0231049;RO=70;SAF=3,0;SAR=9,4;SRF=29;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.224388,-0.440918;STB=0.559187,0.995895;STBP=0.714,0.124;TYPE=ins,snp;VARB=0.115634,0.245518;OID=.,.;OPOS=42849850,42849849;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:89:88:70:76:12,4:9,3:0.102273,0.0340909:9,4:3,0:29:41:6,3:3,0:30:46 chr17 42851729 . C T 715.46 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.354;QD=59.6216;RBI=0.0527484;REFB=-0.0448208;REVB=0.00909098;RO=1;SAF=10;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000876641;OID=.;OPOS=42851729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:48:1:0:45:48:1:35:10:1:0:36:12:0:0 chr17 42852604 . G T 1227.25 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8525;QD=61.3623;RBI=0.0147969;REFB=0;REVB=0.00126567;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.33625e-05;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr17 42852610 . T C 1245.94 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.157;QD=61.5278;RBI=0.0115909;REFB=0;REVB=-0.010727;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74327e-05;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:40:40:0:0:40:41:0:0 chr17 42854610 . T C,G 2337.27 PASS AF=0.973333,0.0266667;AO=143,7;DP=150;FAO=146,4;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=67,3;FSAR=79,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734671,-0.0272141;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.9427,23.2181;QD=62.3272;RBI=0.0341526,0.042025;REFB=0,0;REVB=0.033353,-0.0320233;RO=0;SAF=64,6;SAR=79,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.1673e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000994169,0.263988;OID=.,.;OPOS=42854610,42854610;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:150:150:0:0:143,7:146,4:0.973333,0.0266667:79,1:64,6:0:0:79,1:67,3:0:0 chr17 42855554 . T C 2365.85 PASS AF=1;AO=147;DP=150;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608385;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.738;QD=63.9418;RBI=0.086832;REFB=0;REVB=0.0619555;RO=0;SAF=94;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103687;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:150:148:0:0:147:148:1:53:94:0:0:54:94:0:0 chr17 42857430 . G A 2296.28 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.605;QD=62.9119;RBI=0.0197316;REFB=-0.0568335;REVB=0.0156472;RO=0;SAF=57;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502857;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=2.56993e-05;OID=.;OPOS=42857430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:146:0:1:144:145:0.993151:87:57:0:0:87:58:0:1 chr17 42857517 . C T 1559.12 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.037842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.779;QD=57.7453;RBI=0.0398694;REFB=-0.055019;REVB=-0.012552;RO=2;SAF=54;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000331662;STB=0.500175;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000287511;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:2:2:106:106:0.981481:52:54:1:1:52:54:1:1 chr17 42857930 . G C,GC 2695.1 PASS AF=0.0041841,0.832636;AO=49,122;DP=281;FAO=1,199;FDP=239;FR=.;FRO=39;FSAF=1,103;FSAR=0,96;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0251775,-0.0173228;FXX=0.0362889;HRUN=8,0;LEN=1,1;MLLD=213.185,219.282;QD=45.1063;RBI=0.0267802,0.0210002;REFB=0.0426327,0.0403359;REVB=-0.00912531,-0.0118714;RO=79;SAF=42,61;SAR=7,61;SRF=52;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.318545,-0.115129;STB=0.986356,0.528721;STBP=0.496,0.041;TYPE=snp,ins;VARB=0.00640274,-0.00531151;OID=.,.;OPOS=42857930,42857931;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:281:239:79:39:49,122:1,199:0.0041841,0.832636:7,61:42,61:52:27:0,96:1,103:27:12 chr17 42880753 . C T 55.25 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00961532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4906;QD=3.50814;RBI=0.0130572;REFB=-0.00580352;REVB=-0.0088338;RO=53;SAF=3;SAR=7;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26164;STB=0.679247;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0347776;OID=.;OPOS=42880753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:7:3:27:26:7:3:27:26 chr17 42925559 . C T 539.02 PASS AF=0.666667;AO=48;DP=72;FAO=48;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0060558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.507;QD=29.9457;RBI=0.00769571;REFB=-0.00777204;REVB=0.00474881;RO=23;SAF=28;SAR=20;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156392;STB=0.514348;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00444384;OID=.;OPOS=42925559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:23:24:48:48:0.666667:20:28:14:9:20:28:15:9 chr17 42927721 . G A 570.52 PASS AF=0.720588;AO=49;DP=69;FAO=49;FDP=68;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0194768;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.889;QD=33.5598;RBI=0.0323856;REFB=0.00931097;REVB=-0.0258744;RO=18;SAF=24;SAR=25;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226152;STB=0.504503;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00343927;OID=.;OPOS=42927721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:18:19:49:49:0.720588:25:24:8:10:25:24:9:10 chr17 42961009 . C T 486.43 PASS AF=0.755102;AO=37;DP=49;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0250574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.397;QD=39.7083;RBI=0.0309175;REFB=-0.0074801;REVB=-0.0181113;RO=12;SAF=20;SAR=17;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195408;STB=0.510562;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0024954;OID=.;OPOS=42961009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:12:12:37:37:0.755102:17:20:7:5:17:20:7:5 chr17 42978926 . G A 898.39 PASS AF=0.717172;AO=71;DP=99;FAO=71;FDP=99;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0176051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.873;QD=36.2985;RBI=0.0194088;REFB=-0.028741;REVB=0.00817078;RO=28;SAF=28;SAR=43;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764545;STB=0.541106;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0106795;OID=.;OPOS=42978926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:28:28:71:71:0.717172:43:28:15:13:43:28:15:13 chr17 42983095 . G A 487.68 PASS AF=0.808511;AO=36;DP=47;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.138964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5281;QD=41.5046;RBI=0.170169;REFB=-0.0734829;REVB=0.0982179;RO=11;SAF=17;SAR=19;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709706;STB=0.510633;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0316167;OID=.;OPOS=42983095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:47:47:11:9:36:38:0.808511:19:17:7:4:19:19:5:4 chr17 43111688 . G A 440.93 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.020266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.929;QD=27.9955;RBI=0.0214978;REFB=0.00556606;REVB=-0.00717242;RO=22;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109274;STB=0.559412;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.002865;OID=.;OPOS=43111688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:22:41:41:0.650794:20:21:15:7:20:21:15:7 chr17 43175906 . C T 209.64 PASS AF=0.260504;AO=31;DP=119;FAO=31;FDP=119;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.00626729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.37;QD=7.04668;RBI=0.0289007;REFB=-0.0273216;REVB=-0.0282129;RO=87;SAF=13;SAR=18;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646395;STB=0.534925;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.048144;OID=.;OPOS=43175906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:87:88:31:31:0.260504:18:13:41:46:18:13:41:47 chr17 43181287 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.884;QD=60.5473;RBI=0.0463535;REFB=0;REVB=0.0354471;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36658e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr17 43181325 . A G 584.14 PASS AF=0.724638;AO=49;DP=68;FAO=50;FDP=69;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00168698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.654;QD=33.863;RBI=0.0132158;REFB=-0.0164585;REVB=0.0131077;RO=19;SAF=23;SAR=26;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00223216;STB=0.501741;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0124308;OID=.;OPOS=43181325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:19:19:49:50:0.724638:26:23:9:10:26:24:9:10 chr17 43183028 . G A 364.06 PASS AF=0.272727;AO=51;DP=187;FAO=51;FDP=187;FR=.;FRO=136;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=82;FSRR=54;FWDB=0.0130494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.428;QD=7.78738;RBI=0.0389813;REFB=-0.00591449;REVB=-0.0367322;RO=136;SAF=31;SAR=20;SRF=82;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00631107;STB=0.503732;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0143287;OID=.;OPOS=43183028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:136:136:51:51:0.272727:20:31:82:54:20:31:82:54 chr17 43192548 . GT GTC,TC 682.28 PASS AF=0.962264,0.0188679;AO=49,2;DP=56;FAO=51,1;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22,0;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.112238,0.0830024;FXX=0.0185151;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=24.6784,5.82928;QD=51.493;RBI=0.119251,0.107796;REFB=-0.0405576,0.0177028;REVB=0.0402903,-0.0687785;RO=5;SAF=22,0;SAR=27,2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00860355,-0.589598;STB=0.508471,0.5;STBP=0.51,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0030392,0.112881;OID=.,.;OPOS=43192550,43192548;OREF=-,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:53:5:1:49,2:51,1:0.962264,0.0188679:27,2:22,0:2:3:29,1:22,0:0:1 chr17 43192821 . A G 316.3 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00756638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.009;QD=31.6303;RBI=0.0260076;REFB=0.0133262;REVB=-0.0248826;RO=13;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219645;STB=0.620598;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0045571;OID=.;OPOS=43192821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:18:9:9:4:18:9:9:4 chr17 43195663 . A G 94.61 PASS AF=0.127907;AO=22;DP=173;FAO=22;FDP=172;FR=.;FRO=150;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=89;FSRR=61;FWDB=0.00955572;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.679;QD=2.20026;RBI=0.0110493;REFB=0.000100947;REVB=0.00554758;RO=148;SAF=14;SAR=8;SRF=89;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464217;STB=0.539628;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.000667038;OID=.;OPOS=43195663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:173:172:148:150:22:22:0.127907:8:14:89:59:8:14:89:61 chr17 43195699 . G A 212.45 PASS AF=0.179372;AO=38;DP=221;FAO=40;FDP=223;FR=.;FRO=183;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=95;FSRR=88;FWDB=0.0302353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.984;QD=3.81076;RBI=0.0349931;REFB=-0.000282125;REVB=0.0176166;RO=183;SAF=18;SAR=20;SRF=95;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584753;STB=0.515687;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00230995;OID=.;OPOS=43195699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:223:183:183:38:40:0.179372:20:18:95:88:20:20:95:88 chr17 43227766 . T TTTGG 782.17 PASS AF=0.966102;AO=47;DP=61;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.013624;FXX=0.0483793;HRUN=3;LEN=4;MLLD=294.447;QD=53.0281;RBI=0.0177193;REFB=-0.0261657;REVB=-0.0113296;RO=3;SAF=29;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00592548;STB=0.502741;STBP=0.864;TYPE=ins;VARB=0.000136639;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.966102:47:61:57:59:2:33:24:1:1:7:3:29:18:2:1 chr17 43310394 . T TG 70.81 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00480645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.4413;QD=4.35724;RBI=0.0420705;REFB=-0.0527982;REVB=0.0417951;RO=47;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351138;STB=0.716315;STBP=0.034;TYPE=ins;VARB=0.0851909;OID=.;OPOS=43310395;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292308:19:66:19:65:46:13:6:17:29:70:47:13:6:18:29 chr17 43318778 . GC CG 816.65 PASS AF=0.923077;AO=60;DP=66;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00610192;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=2;MLLD=199.507;QD=50.2554;RBI=0.0177534;REFB=-0.138378;REVB=0.0166718;RO=5;SAF=30;SAR=30;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144779;STB=0.50769;STBP=0.784;TYPE=mnp;VARB=0.00148022;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:66:65:5:5:60:60:0.923077:30:30:2:3:30:30:2:3 chr17 43319770 . C T 877.1 PASS AF=0.734043;AO=62;DP=87;FAO=69;FDP=94;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.118421;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.029;QD=37.3232;RBI=0.119012;REFB=-0.0166027;REVB=-0.0118425;RO=25;SAF=12;SAR=50;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549353;STB=0.525684;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00760803;OID=.;OPOS=43319770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:94:25:25:62:69:0.734043:50:12:5:20:50:19:5:20 chr17 43333125 . C T 1038.81 PASS AF=0.78;AO=78;DP=100;FAO=78;FDP=100;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0259904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.374;QD=41.5524;RBI=0.0330037;REFB=-0.0093469;REVB=0.0203406;RO=22;SAF=33;SAR=45;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032258;STB=0.517237;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00308706;OID=.;OPOS=43333125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:22:22:78:78:0.78:45:33:11:11:45:33:11:11 chr17 43333785 . AAGAC A,AAGA 965.29 PASS AF=0.673469,0.112245;AO=65,10;DP=98;FAO=66,11;FDP=98;FR=.;FRO=21;FSAF=33,3;FSAR=33,8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00232142,-0.0199455;FXX=0.0101;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=193.584,147.402;QD=39.3997;RBI=0.0145435,0.0298386;REFB=-0.0575644,-0.0472141;REVB=0.014357,-0.0221927;RO=21;SAF=32,3;SAR=33,7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0576772,-0.350957;STB=0.517236,0.701378;STBP=0.576,0.119;TYPE=del,del;VARB=0.0153877,0.0430443;OID=.,.;OPOS=43333786,43333789;OREF=AGAC,C;OALT=-,-;OMAPALT=A,AAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.673469,0.112245:65,10:98:66,11:98:21:33,3:33,8:12:9:99:21:32,3:33,7:13:8 chr17 43340936 . G A 1029.15 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467232;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.491;QD=58.8085;RBI=0.0520595;REFB=0;REVB=0.0229594;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341195;OID=.;OPOS=43340936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:67:70:1:40:27:0:0:41:29:0:0 chr17 43342141 . G C 1951.33 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.833;QD=61.947;RBI=0.0269316;REFB=0;REVB=-0.0203153;RO=0;SAF=49;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69194e-06;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:77:49:0:0:77:49:0:0 chr17 43364293 . C CG 590.8 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.4101;QD=40.745;RBI=0.0478476;REFB=0;REVB=-0.00497779;RO=2;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427299;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000495908;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:58:58:58:0:26:32:0:0:12:2:24:31:1:1 chr17 43923180 . G A 1044.22 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.8;QD=59.6698;RBI=0.0369909;REFB=0;REVB=0.0228013;RO=0;SAF=51;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79653e-05;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:19:51:0:0:19:51:0:0 chr17 43923898 . A G 446.09 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7285;QD=57.5597;RBI=0.0528771;REFB=0;REVB=0.00373491;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414861;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr17 43924412 . T C 1899.83 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181456;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.049;QD=61.783;RBI=0.0204727;REFB=0;REVB=-0.00948001;RO=0;SAF=52;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0719e-05;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:71:52:0:0:71:52:0:0 chr17 44067382 . TA CA,CG 409.27 PASS AF=0.711538,0;AO=35,2;DP=53;FAO=37,0;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=18,0;FSAR=19,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0541353,-0.0286273;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=60.6616,47.3559;QD=31.4821;RBI=0.0542016,0.0627034;REFB=-0.0132978,0.0327356;REVB=0.00267931,-0.055787;RO=15;SAF=18,0;SAR=17,2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0629834,-0.504245;STB=0.524987,0.5;STBP=0.604,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00379993,0;OID=.,.;OPOS=44067382,44067382;OREF=T,TA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:15:15:35,2:37,0:0.711538,0:17,2:18,0:6:9:19,0:18,0:6:9 chr17 44077044 . T C 271.73 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301412;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.715;QD=51.7574;RBI=0.0570409;REFB=0;REVB=0.048427;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031243;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:19:21:1:11:8:0:0:13:8:0:0 chr17 44117135 . C T 53.98 PASS AF=0.116505;AO=12;DP=103;FAO=12;FDP=103;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=63;FSRR=28;FWDB=-0.00991614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.974;QD=2.0962;RBI=0.0354052;REFB=-0.00406718;REVB=-0.0339882;RO=89;SAF=11;SAR=1;SRF=63;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381355;STB=0.811045;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0232732;OID=.;OPOS=44117135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:103:103:89:91:12:12:0.116505:1:11:63:26:1:11:63:28 chr17 44144993 . C G 707.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.548;QD=62.8923;RBI=0.0347015;REFB=0;REVB=0.0331158;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09121e-05;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr17 44248499 . G C 78.7 PASS AF=0.148515;AO=15;DP=101;FAO=15;FDP=101;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0195308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.5;QD=3.11667;RBI=0.024709;REFB=0.0034465;REVB=0.0151355;RO=86;SAF=7;SAR=8;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166069;STB=0.511273;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0223213;OID=.;OPOS=44248499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:101:101:86:86:15:15:0.148515:8:7:39:47:8:7:39:47 chr17 44998563 . G A 1270.35 PASS AF=0.670732;AO=110;DP=164;FAO=110;FDP=164;FR=.;FRO=54;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0414384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3502;QD=30.9841;RBI=0.0737109;REFB=0.0029948;REVB=-0.0609603;RO=54;SAF=45;SAR=65;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569127;STB=0.530607;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00202235;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:54:54:110:110:0.670732:65:45:27:27:65:45:27:27 chr17 45000529 . G C 489.36 PASS AF=0.223496;AO=78;DP=349;FAO=78;FDP=349;FR=.;FRO=271;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=127;FSRR=144;FWDB=-0.0201612;FXX=0.00285706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.594;QD=5.60867;RBI=0.0216608;REFB=-0.00947937;REVB=0.0079195;RO=267;SAF=34;SAR=44;SRF=126;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464052;STB=0.525669;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0350805;OID=.;OPOS=45000529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:349:267:271:78:78:0.223496:44:34:126:141:44:34:127:144 chr17 45000547 . G C 5093.56 PASS AF=0.987952;AO=325;DP=331;FAO=328;FDP=332;FR=.;FRO=4;FSAF=148;FSAR=180;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0265123;FXX=0.00300291;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1692;QD=61.3682;RBI=0.0365861;REFB=0.0122071;REVB=-0.025212;RO=5;SAF=146;SAR=179;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00143765;STB=0.502449;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.000267474;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:331:332:5:4:325:328:0.987952:179:146:2:3:180:148:1:3 chr17 45214519 . A G 35.37 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0262331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8188;QD=5.44211;RBI=0.0401417;REFB=-0.00797705;REVB=0.0303839;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141693;STB=0.59427;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0320884;OID=.;OPOS=45214519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:9:11:4:2:9:11 chr17 45214527 . TA CT 41.43 PASS AF=0.185185;AO=5;DP=27;FAO=5;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0100084;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.099;QD=6.13766;RBI=0.0113695;REFB=-0.00615286;REVB=-0.00539418;RO=20;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270391;STB=0.691457;STBP=0.432;TYPE=mnp;VARB=0.0254106;OID=.;OPOS=45214527;OREF=TA;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:27:27:20:20:5:5:0.185185:4:1:8:12:4:1:8:12 chr17 45214558 . G A 51.45 PASS AF=0.205128;AO=7;DP=38;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0216262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0943;QD=5.277;RBI=0.0227721;REFB=0.00317303;REVB=-0.00713252;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085884;STB=0.588012;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0381434;OID=.;OPOS=45214558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:39:30:31:7:8:0.205128:4:3:15:15:5:3:15:16 chr17 45214564 . A T 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0144382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.063;QD=3.93932;RBI=0.0354652;REFB=-0.00938257;REVB=-0.0323932;RO=35;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447834;STB=0.817192;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0613731;OID=.;OPOS=45214564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:6:1:17:18:6:1:17:18 chr17 45214606 . G T 40.95 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0213078;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.496;QD=3.41258;RBI=0.0240842;REFB=0.000526528;REVB=-0.0112261;RO=40;SAF=1;SAR=6;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493779;STB=0.845608;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00549299;OID=.;OPOS=45214606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:40:41:7:7:0.145833:6:1:22:18:6:1:22:19 chr17 45214631 . G A 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0233857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.883;QD=12.0842;RBI=0.0261205;REFB=-0.000999658;REVB=-0.0116358;RO=30;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181208;STB=0.607419;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.001522;OID=.;OPOS=45214631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:11:5:14:16:11:5:14:16 chr17 45214636 . T C 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00861201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.778;QD=2.84375;RBI=0.0107619;REFB=-0.000164408;REVB=-0.00645376;RO=40;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364866;STB=0.777672;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00117355;OID=.;OPOS=45214636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:5:1:18:22:5:1:18:22 chr17 45214643 . A T 55.39 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0117265;FXX=0.136333;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.338;QD=5.83029;RBI=0.0120483;REFB=-0.00796815;REVB=-0.00276632;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400657;STB=0.52625;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0205329;OID=.;OPOS=45214643;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:44:38:30:30:8:8:0.210526:4:4:14:16:4:4:14:16 chr17 45214682 . A G 104.3 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00120086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.025;QD=10.4296;RBI=0.00745757;REFB=0.00519973;REVB=0.00736025;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151886;STB=0.587654;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00662466;OID=.;OPOS=45214682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:27:13:13:0.325:6:7:10:15:6:7:11:16 chr17 45214690 . G A 71.08 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0588906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8068;QD=7.48158;RBI=0.0706824;REFB=-0.0204856;REVB=0.0390882;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341106;STB=0.741964;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0186263;OID=.;OPOS=45214690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:9:10:0.263158:3:6:10:17:3:7:10:18 chr17 45216162 . A C 41.04 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0328066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.735;QD=3.73131;RBI=0.0337522;REFB=0.00262044;REVB=-0.00793343;RO=37;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489697;STB=0.844621;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0118715;OID=.;OPOS=45216162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:1:6:17:20:1:6:17:20 chr17 45216168 . TT CG 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00448982;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=116.175;QD=6.73533;RBI=0.0374218;REFB=0.0155301;REVB=0.0371514;RO=36;SAF=10;SAR=1;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.605017;STB=0.889063;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=-0.0319677;OID=.;OPOS=45216168;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:1:10:16:20:1:10:16:20 chr17 45216172 . A G 79.1 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00259992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2331;QD=6.73199;RBI=0.00392274;REFB=-0.00879799;REVB=0.00293739;RO=36;SAF=10;SAR=1;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.605017;STB=0.889063;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0258722;OID=.;OPOS=45216172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:1:10:16:20:1:10:16:20 chr17 45216210 . A G 80.48 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0321556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5715;QD=7.85171;RBI=0.0342853;REFB=-0.00665555;REVB=0.0118952;RO=30;SAF=10;SAR=1;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547436;STB=0.851512;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0164026;OID=.;OPOS=45216210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:1:10:16:14:1:10:16:14 chr17 45221273 . A C 34.56 PASS AF=0.0785714;AO=11;DP=137;FAO=11;FDP=140;FR=.;FRO=129;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=65;FSRR=64;FWDB=0.0112418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.863;QD=0.987478;RBI=0.0194702;REFB=0.00111435;REVB=0.0158968;RO=126;SAF=6;SAR=5;SRF=65;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332578;STB=0.538292;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00787881;OID=.;OPOS=45221273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:137:140:126:129:11:11:0.0785714:5:6:65:61:5:6:65:64 chr17 45221286 . C T 31.32 PASS AF=0.0763359;AO=10;DP=130;FAO=10;FDP=131;FR=.;FRO=121;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=0.000953554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.072;QD=0.956429;RBI=0.0119444;REFB=0.000912039;REVB=0.0119063;RO=117;SAF=6;SAR=4;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786793;STB=0.558887;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0212648;OID=.;OPOS=45221286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:130:131:117:121:10:10:0.0763359:4:6:62:55:4:6:65:56 chr17 45221298 . A G 33.29 PASS AF=0.0806452;AO=10;DP=124;FAO=10;FDP=124;FR=.;FRO=114;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=61;FSRR=53;FWDB=0.00580627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.01;QD=1.07401;RBI=0.0191612;REFB=-0.00147306;REVB=-0.0182603;RO=114;SAF=6;SAR=4;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734597;STB=0.560533;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0350649;OID=.;OPOS=45221298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:124:124:114:114:10:10:0.0806452:4:6:61:53:4:6:61:53 chr17 45221303 . G A 40.18 PASS AF=0.0916667;AO=11;DP=120;FAO=11;FDP=120;FR=.;FRO=109;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=0.0145672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.509;QD=1.3394;RBI=0.0217915;REFB=-0.00101267;REVB=-0.016207;RO=109;SAF=6;SAR=5;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261582;STB=0.52051;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0173933;OID=.;OPOS=45221303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:120:120:109:109:11:11:0.0916667:5:6:57:52:5:6:57:52 chr17 45234298 . G C 95.05 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0597558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3875;QD=11.1819;RBI=0.0768716;REFB=0.0133316;REVB=0.0483579;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287461;STB=0.67534;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0177832;OID=.;OPOS=45234298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:10:2:8:14:10:2:8:14 chr17 45234303 . G C 81.24 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00781155;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.079;QD=7.55678;RBI=0.054241;REFB=0.00109669;REVB=-0.0536755;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229698;STB=0.632968;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00514913;OID=.;OPOS=45234303;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:44:43:33:32:11:11:0.255814:6:5:9:24:6:5:9:23 chr17 45234343 . T G 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00980166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.751;QD=13.5536;RBI=0.0164633;REFB=-0.0117958;REVB=0.0132275;RO=40;SAF=3;SAR=24;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486042;STB=0.784791;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0127137;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:24:3:18:22:24:3:18:22 chr17 45234360 . A C 212.64 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0117556;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.625;QD=12.6951;RBI=0.0307443;REFB=-0.0144346;REVB=-0.0284081;RO=41;SAF=3;SAR=22;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463211;STB=0.77752;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.023306;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:41:25:26:0.38806:22:3:18:23:23:3:18:23 chr17 45234403 . TT GG 197.14 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0148329;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=114.009;QD=10.9523;RBI=0.0156636;REFB=0.0122575;REVB=0.00503342;RO=46;SAF=2;SAR=23;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.631541;STB=0.879426;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=-0.0229127;OID=.;OPOS=45234403;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:46:47:25:25:0.347222:23:2:25:21:23:2:26:21 chr17 45234406 . CA C 145.03 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0262151;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.406;QD=8.65822;RBI=0.0269883;REFB=-0.00173521;REVB=-0.00641395;RO=46;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179512;STB=0.596922;STBP=0.307;TYPE=del;VARB=0.00262813;OID=.;OPOS=45234407;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298507:20:68:20:67:47:10:10:17:30:99:46:10:10:16:30 chr17 45234416 . A G 92.15 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0258133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.42;QD=6.24779;RBI=0.0302741;REFB=0.0127891;REVB=0.0158176;RO=45;SAF=1;SAR=13;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.669347;STB=0.920891;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0646729;OID=.;OPOS=45234416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:13:1:27:18:13:1:27:18 chr17 45234417 . A G 152.78 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0202678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.238;QD=10.3577;RBI=0.0205897;REFB=-0.0015713;REVB=0.00362682;RO=39;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420595;STB=0.524677;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00794469;OID=.;OPOS=45234417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:11:9:19:20:11:9:19:20 chr17 45234420 . T G 348.11 PASS AF=0.607143;AO=33;DP=55;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0065645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1504;QD=24.8647;RBI=0.0403834;REFB=-0.0220824;REVB=0.0398463;RO=20;SAF=13;SAR=20;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143347;STB=0.588183;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0110452;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:20:22:33:34:0.607143:20:13:12:8:20:14:14:8 chr17 45234430 . A G 67.17 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.000113288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.373;QD=5.26796;RBI=0.0178967;REFB=0.00336175;REVB=-0.0178963;RO=41;SAF=3;SAR=7;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318043;STB=0.707759;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0150145;OID=.;OPOS=45234430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:7:3:23:18:7:3:23:18 chr17 45234434 . A G 48.28 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0409023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5493;QD=3.78699;RBI=0.0410771;REFB=0.00506617;REVB=0.00378532;RO=43;SAF=1;SAR=7;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548121;STB=0.878294;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0198051;OID=.;OPOS=45234434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:7:1:25:18:7:1:25:18 chr17 45234449 . G A 102.62 PASS AF=0.282609;AO=12;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0154186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.219;QD=8.92315;RBI=0.020928;REFB=-0.0105961;REVB=-0.0141509;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041764;STB=0.516753;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0146102;OID=.;OPOS=45234449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:33:12:13:0.282609:7:5:14:17:7:6:16:17 chr17 45249306 . T C 48.69 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0314917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.105;QD=3.89549;RBI=0.0323575;REFB=-0.000682558;REVB=0.007435;RO=42;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037924;STB=0.526249;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00571998;OID=.;OPOS=45249306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:5:3:17:25:5:3:17:25 chr17 45249316 . T C 36.36 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00691931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.662;QD=2.50726;RBI=0.0291476;REFB=-0.00145351;REVB=0.0283144;RO=51;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689928;STB=0.550878;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0111332;OID=.;OPOS=45249316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:7:7:0.12069:4:3:19:32:4:3:19:32 chr17 45249330 . T G 44.17 PASS AF=0.128571;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=70;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0109797;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.299;QD=2.52423;RBI=0.0110335;REFB=-0.00408542;REVB=0.00108821;RO=62;SAF=3;SAR=6;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899064;STB=0.571265;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.020043;OID=.;OPOS=45249330;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:71:70:62:61:9:9:0.128571:6:3:25:37:6:3:25:36 chr17 45258971 . A G 55.9 PASS AF=0.115044;AO=13;DP=113;FAO=13;FDP=113;FR=.;FRO=100;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=-0.0174889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4068;QD=1.97889;RBI=0.0688209;REFB=-0.00157772;REVB=0.0665616;RO=100;SAF=9;SAR=4;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290992;STB=0.710525;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00992723;OID=.;OPOS=45258971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:113:113:100:100:13:13:0.115044:4:9:45:55:4:9:45:55 chr17 45266522 . T C 442.34 PASS AF=0.353741;AO=52;DP=147;FAO=52;FDP=147;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=0.00433763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9046;QD=12.0365;RBI=0.0831861;REFB=-0.0229399;REVB=-0.083073;RO=94;SAF=32;SAR=20;SRF=54;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479986;STB=0.524581;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.039898;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:94:95:52:52:0.353741:20:32:54:40:20:32:55:40 chr17 45266535 . T C 544.93 PASS AF=0.402685;AO=59;DP=148;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.00823184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.035;QD=14.629;RBI=0.0116097;REFB=0.00670978;REVB=0.00818666;RO=88;SAF=39;SAR=20;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930419;STB=0.549017;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0165509;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:88:89:59:60:0.402685:20:39:51:37:21:39:51:38 chr17 45266571 . T A 649.32 PASS AF=0.507812;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.00573685;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.125;QD=20.2914;RBI=0.0114889;REFB=-0.0152337;REVB=0.00995401;RO=53;SAF=46;SAR=19;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269817;STB=0.623526;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0291276;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:53:63:65:65:0.507812:19:46:21:32:19:46:30:33 chr17 45388586 . T A 180.67 PASS AF=0.18232;AO=33;DP=181;FAO=33;FDP=181;FR=.;FRO=148;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=81;FSRR=67;FWDB=-0.0043038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2524;QD=3.99273;RBI=0.065542;REFB=-0.00779952;REVB=0.0654006;RO=147;SAF=12;SAR=21;SRF=80;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230672;STB=0.648963;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0458862;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:147:148:33:33:0.18232:21:12:80:67:21:12:81:67 chr17 45438778 . A G 167.75 PASS AF=0.215385;AO=27;DP=118;FAO=28;FDP=130;FR=.;FRO=102;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=73;FWDB=-0.0101661;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.786;QD=5.16163;RBI=0.015562;REFB=-0.0066202;REVB=-0.0117824;RO=90;SAF=11;SAR=16;SRF=24;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194006;STB=0.592753;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.030282;OID=.;OPOS=45438778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:130:90:102:27:28:0.215385:16:11:24:66:17:11:29:73 chr17 45438886 . CAGTG C,CAGTT 109.35 PASS AF=0.181818,0.0519481;AO=14,4;DP=79;FAO=14,4;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=8,0;FSAR=6,4;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=0.000807892,-0.0594053;FXX=0.0253133;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=185.724,168.623;QD=5.6805;RBI=0.000823938,0.0597599;REFB=-0.00488881,0.00412191;REVB=0.000161818,-0.0065008;RO=57;SAF=8,0;SAR=6,4;SRF=16;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.357941,-0.431266;STB=0.731065,0.996292;STBP=0.072,0.128;TYPE=del,snp;VARB=0.010926,0.013927;OID=.,.;OPOS=45438887,45438890;OREF=AGTG,G;OALT=-,T;OMAPALT=C,CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818,0.0519481:14,4:79:14,4:77:59:8,0:6,4:16:43:83:57:8,0:6,4:16:41 chr17 45451894 . G A 233.26 PASS AF=0.23125;AO=37;DP=160;FAO=37;FDP=160;FR=.;FRO=123;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=-0.0897418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.075;QD=5.83145;RBI=0.089743;REFB=-0.00338998;REVB=-0.000451099;RO=121;SAF=15;SAR=22;SRF=60;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114884;STB=0.576345;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0139509;OID=.;OPOS=45451894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:121:123:37:37:0.23125:22:15:60:61:22:15:62:61 chr17 45567593 . ATC A 125.46 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0165476;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.434;QD=10.4552;RBI=0.033924;REFB=-0.0260392;REVB=-0.0296144;RO=29;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434178;STB=0.7996;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0331906;OID=.;OPOS=45567594;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:14:48:15:48:33:12:3:12:21:99:29:11:3:12:17 chr17 45569815 . AG A,GG 768.66 PASS AF=0.897436,0.102564;AO=29,8;DP=78;FAO=70,8;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37,6;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353033,-0.00139792;FXX=0.0249969;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=12.4866,210.236;QD=39.4183;RBI=0.966796,0.0798484;REFB=0,0;REVB=0.966789,-0.0798362;RO=36;SAF=29,6;SAR=0,2;SRF=3;SRR=33;SSEN=0.460204,0;SSEP=0.485036,0;SSSB=0.886831,0.716415;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0436072,0.0405856;OID=.,.;OPOS=45569816,45569815;OREF=G,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:78:78:36:0:29,8:70,8:0.897436,0.102564:0,2:29,6:3:33:33,2:37,6:0:0 chr17 45699923 . AC AA,CA 53.62 PASS AF=0,0.225;AO=3,7;DP=39;FAO=0,9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.000449713,0.0162572;FXX=0.0476077;HRUN=1,9;LEN=1,2;MLLD=204.838,48.1634;QD=5.36209;RBI=0.0164374,0.0805462;REFB=-0.00260768,0.0222482;REVB=-0.0164313,-0.0788885;RO=23;SAF=2,5;SAR=1,2;SRF=2;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.653278,0.66447;STB=0.5,0.93622;STBP=1,0.025;TYPE=snp,mnp;VARB=0.22419,-0.0352262;OID=.,.;OPOS=45699924,45699923;OREF=C,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:39:40:23:31:3,7:0,9:0,0.225:1,2:2,5:2:21:0,1:0,8:6:25 chr17 45700384 . C CCTA 480.55 PASS AF=0.656716;AO=42;DP=70;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0259712;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=212.157;QD=28.6897;RBI=0.0320213;REFB=-0.0210959;REVB=-0.0187313;RO=27;SAF=26;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199527;STB=0.501786;STBP=0.979;TYPE=ins;VARB=0.0109395;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.656716:42:70:44:67:23:27:17:14:9:99:27:26:16:16:11 chr17 45759767 . C T 80.77 PASS AF=0.130435;AO=18;DP=138;FAO=18;FDP=138;FR=.;FRO=120;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=66;FWDB=-0.0255745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0634;QD=2.34124;RBI=0.0313641;REFB=-0.000604173;REVB=-0.0181563;RO=119;SAF=5;SAR=13;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231266;STB=0.659883;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00586579;OID=.;OPOS=45759767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:138:138:119:120:18:18:0.130435:13:5:54:65:13:5:54:66 chr17 45760349 . T C 1197.13 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295279;FXX=0.0249969;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.568;QD=61.3913;RBI=0.0299562;REFB=0;REVB=0.00504734;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1133e-05;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr17 45760429 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.187;QD=56.1916;RBI=0.0401004;REFB=0;REVB=0.0278835;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151093;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr17 45760433 . T C 344.64 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614267;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.53;QD=55.1429;RBI=0.00614763;REFB=0;REVB=-0.00024691;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2055e-05;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr17 45885687 . A G 2370.95 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.056;QD=64.0796;RBI=0.0284527;REFB=0;REVB=0.00160802;RO=0;SAF=72;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41359e-05;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:75:72:0:0:75:73:0:0 chr17 45915788 . T C 795.53 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000281787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9267;QD=56.8238;RBI=0.0260888;REFB=0;REVB=0.0260873;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33067e-05;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:50:56:1:34:16:0:0:38:18:0:0 chr17 45924714 . CCG CC,C 58.26 PASS AF=0,0.368421;AO=6,10;DP=42;FAO=0,14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=0,6;FSAR=0,8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.190764,0.207301;FXX=0;HRUN=6,5;LEN=1,2;MLLD=8.79652,16.8708;QD=6.13226;RBI=0.196836,0.209859;REFB=0.0125638,-0.0487727;REVB=-0.0485102,-0.032667;RO=19;SAF=3,3;SAR=3,7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0.521739,0;SSEP=0.610169,0;SSSB=0.153245,-0.084162;STB=0.5,0.534835;STBP=1,0.77;TYPE=del,del;VARB=0.0173962,0.113953;OID=.,.;OPOS=45924716,45924715;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.368421:6,10:42:0,14:38:24:0,6:0,8:9:15:54:19:3,3:3,7:7:12 chr17 45994044 . C T 2102.58 PASS AF=1;AO=132;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898243;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0604;QD=61.8405;RBI=0.0823212;REFB=-0.0460488;REVB=0.0818297;RO=0;SAF=76;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.94421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938147;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:136:136:0:0:132:136:1:56:76:0:0:60:76:0:0 chr17 45994094 . T C 2814.64 PASS AF=0.989071;AO=181;DP=183;FAO=181;FDP=183;FR=.;FRO=2;FSAF=106;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.106109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.619;QD=61.5222;RBI=0.107073;REFB=0.0576851;REVB=-0.0143389;RO=2;SAF=106;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889741;STB=0.504672;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00183698;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:183:183:2:2:181:181:0.989071:75:106:2:0:75:106:2:0 chr17 45994154 . G A 1561.0 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104978;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2162;QD=60.0386;RBI=0.105223;REFB=0;REVB=-0.00717141;RO=0;SAF=4;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108526;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:104:104:1:100:4:0:0:100:4:0:0 chr17 46002744 . G T 1516.06 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.014;QD=63.169;RBI=0.0265767;REFB=0;REVB=0.00347972;RO=0;SAF=31;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31761e-05;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:62:31:0:0:65:31:0:0 chr17 46005792 . A ACT 1390.36 PASS AF=0.918182;AO=97;DP=110;FAO=101;FDP=110;FR=.;FRO=9;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00347534;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.33;QD=50.5587;RBI=0.00361925;REFB=-0.0262153;REVB=-0.00101043;RO=9;SAF=47;SAR=50;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114048;STB=0.50495;STBP=0.749;TYPE=ins;VARB=0.000171451;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.918182:97:110:101:110:9:50:51:5:4:31:9:47:50:5:4 chr17 46026156 . A G 657.39 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0160997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.598;QD=50.5681;RBI=0.0389632;REFB=0.0100409;REVB=-0.0354815;RO=3;SAF=23;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214323;STB=0.511404;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00082191;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:26:23:2:1:26:23:2:1 chr17 46134801 . G A 141.8 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0382824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4998;QD=6.51948;RBI=0.0681675;REFB=0.0165791;REVB=0.0564026;RO=66;SAF=12;SAR=9;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325786;STB=0.519981;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.038859;OID=.;OPOS=46134801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:66:66:21:21:0.241379:9:12:36:30:9:12:36:30 chr17 46136133 . G C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0870008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.371;QD=62.35;RBI=0.0886349;REFB=0;REVB=-0.0169414;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374777;OID=.;OPOS=46136133;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr17 46136969 . G C 65.17 PASS AF=0.186441;AO=10;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0120777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6373;QD=4.41858;RBI=0.0182137;REFB=0.0115958;REVB=0.0136333;RO=49;SAF=7;SAR=3;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928965;STB=0.508346;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0573529;OID=.;OPOS=46136969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:59:59:49:48:10:11:0.186441:3:7:31:18:4:7:31:17 chr17 46137055 . GCTGGAC G 1115.25 PASS AF=0.928571;AO=76;DP=83;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0143648;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=6;MLLD=305.948;QD=53.1072;RBI=0.0380032;REFB=-0.0445944;REVB=0.0351837;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535705;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.00236907;OID=.;OPOS=46137056;OREF=CTGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571:76:83:78:84:6:39:39:6:0:21:0:39:37:0:0 chr17 46166073 . G A 1572.48 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115134;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.57;QD=59.3387;RBI=0.021419;REFB=0;REVB=0.0180615;RO=0;SAF=34;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32632e-05;OID=.;OPOS=46166073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:103:106:1:69:34:0:0:71:35:0:0 chr17 46262171 . C T 1057.17 PASS AF=0.737288;AO=87;DP=118;FAO=87;FDP=118;FR=.;FRO=31;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.014976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.144;QD=35.8363;RBI=0.0211358;REFB=-0.00784534;REVB=0.0149144;RO=31;SAF=49;SAR=38;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086757;STB=0.546458;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00291449;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:31:31:87:87:0.737288:38:49:12:19:38:49:12:19 chr17 46507417 . G A 380.05 PASS AF=0.200608;AO=66;DP=329;FAO=66;FDP=329;FR=.;FRO=263;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=146;FSRR=117;FWDB=-0.0288261;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.87;QD=4.62062;RBI=0.0288261;REFB=-0.00331003;REVB=2.24245e-05;RO=262;SAF=38;SAR=28;SRF=146;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243059;STB=0.516783;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0132031;OID=.;OPOS=46507417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:329:262:263:66:66:0.200608:28:38:146:116:28:38:146:117 chr17 46607021 . T C 4763.01 PASS AF=0.98722;AO=309;DP=313;FAO=309;FDP=313;FR=.;FRO=4;FSAF=143;FSAR=166;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.104329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9954;QD=60.8691;RBI=0.10857;REFB=-0.0361032;REVB=0.0300483;RO=4;SAF=143;SAR=166;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00521716;STB=0.502735;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00458992;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:313:313:4:4:309:309:0.98722:166:143:1:3:166:143:1:3 chr17 46626811 . G GGACA 358.45 PASS AF=0.848485;AO=30;DP=36;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0226586;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=388.864;QD=43.4484;RBI=0.0229431;REFB=0.0102867;REVB=-0.00360226;RO=6;SAF=8;SAR=22;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259179;STB=0.539848;STBP=0.373;TYPE=ins;VARB=-0.00169856;OID=.;OPOS=46626812;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=GGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.848485:30:36:28:33:5:6:22:2:3:25:6:8:22:2:4 chr17 46629593 . G T 2767.24 PASS AF=0.94359;AO=184;DP=195;FAO=184;FDP=195;FR=.;FRO=11;FSAF=75;FSAR=109;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0653899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.569;QD=56.7638;RBI=0.073637;REFB=-0.102275;REVB=0.0338609;RO=3;SAF=75;SAR=109;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00234969;STB=0.51854;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00140096;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:195:195:3:11:184:184:0.94359:109:75:1:2:109:75:8:3 chr17 46653030 . CAAAAAAAT CAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAT 133.26 PASS AF=0.2,0.00952381,0;AO=14,7,20;DP=123;FAO=21,1,0;FDP=105;FR=.;FRO=83;FSAF=2,0,0;FSAR=19,1,0;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.0382307,-0.0282753,-0.068483;FXX=0.086949;HRUN=1,1,7;LEN=1,1,1;MLLD=218.473,219.652,6.51723;QD=5.07658;RBI=0.0384229,0.0285671,0.0709195;REFB=-0.00393118,-0.00361284,-0.0105929;REVB=-0.0038376,-0.00407254,0.0184296;RO=58;SAF=1,0,11;SAR=13,7,9;SRF=23;SRR=35;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.538201,-0.59036,0.186002;STB=0.821508,0.987905,0.5;STBP=0.004,0.516,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00469127,-0.00129255,0;OID=.,.,.;OPOS=46653038,46653038,46653031;OREF=T,T,A;OALT=-,A,-;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0.00952381,0:14,7,20:123:21,1,0:105:83:2,0,0:19,1,0:32:51:96:58:1,0,11:13,7,9:23:35 chr17 46670520 . T C 2143.79 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015851;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.112;QD=63.0526;RBI=0.0162794;REFB=0;REVB=-0.0037099;RO=0;SAF=88;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75904e-05;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:48:88:0:0:48:88:0:0 chr17 46684929 . A G 92.76 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0605103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.974;QD=5.37766;RBI=0.0612564;REFB=0.000334398;REVB=-0.00953161;RO=52;SAF=6;SAR=9;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17063;STB=0.592899;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.000155759;OID=.;OPOS=46684929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:52:54:15:15:0.217391:9:6:28:24:9:6:28:26 chr17 46688256 . T C 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2623;QD=64.1439;RBI=0.051257;REFB=0;REVB=0.0442205;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494643;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr17 46842983 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.313;QD=58.9624;RBI=0.0270662;REFB=0;REVB=0.0249528;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65745e-05;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr17 46881748 . T C 817.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000747277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.413;QD=57.3476;RBI=0.0267216;REFB=0;REVB=-0.0267112;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96881e-05;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:31:24:0:0:32:25:0:0 chr17 46923384 . G A 1457.81 PASS AF=0.99;AO=94;DP=102;FAO=99;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206729;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.65;QD=58.3123;RBI=0.0208476;REFB=0;REVB=-0.00269305;RO=1;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009776;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41439e-05;OID=.;OPOS=46923384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:100:1:0:94:99:0.99:48:46:0:1:49:50:0:0 chr17 46926615 . G A 772.97 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0381022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6993;QD=61.8379;RBI=0.0995684;REFB=-0.139185;REVB=0.0919896;RO=1;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348197;STB=0.518511;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00649626;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:1:1:49:49:0.98:13:36:0:1:13:36:0:1 chr17 46934007 . A C 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.797;QD=59.4232;RBI=0.0383494;REFB=-0.188205;REVB=0.0295945;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00535909;OID=.;OPOS=46934007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:1:0:23:19:1:0 chr17 46970836 . A G 1568.41 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.724;QD=64.0169;RBI=0.0277591;REFB=0;REVB=0.0277226;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61567e-05;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:53:45:0:0:53:45:0:0 chr17 46971140 . G A 538.28 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5121;QD=59.8088;RBI=0.0465551;REFB=0;REVB=0.021689;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104863;OID=.;OPOS=46971140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr17 46972479 . ATCTC A 752.79 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433154;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=274.04;QD=56.8147;RBI=0.0530023;REFB=0;REVB=0.0305454;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000140862;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:53:53:53:0:26:27:0:0:4:0:26:26:0:0 chr17 47000251 . C T 1831.78 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180078;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.884;QD=61.5725;RBI=0.0206801;REFB=0;REVB=-0.0101679;RO=0;SAF=49;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23886e-05;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:119:0:0:119:119:1:70:49:0:0:70:49:0:0 chr17 47014675 . C T 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2017;QD=62.6683;RBI=0.0484727;REFB=0;REVB=0.0455555;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382529;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr17 47026836 . G C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.928;QD=61.6824;RBI=0.0202552;REFB=0;REVB=0.0046198;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36904e-05;OID=.;OPOS=47026836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr17 47039132 . T C 765.99 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.673;QD=63.8324;RBI=0.0287439;REFB=0;REVB=0.0247352;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163428;OID=.;OPOS=47039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:30:18:0:0 chr17 47076545 . CTTTTC CTTTC,CTTTCT,CTTTTCT 236.96 PASS AF=0,0.0416667,0.875;AO=5,3,4;DP=36;FAO=0,1,21;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=0,1,9;FSAR=0,0,12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0932654,0.00029411,0.00253051;FXX=0.172354;HRUN=4,4,0;LEN=1,2,1;MLLD=7.281,42.3912,47.2596;QD=39.4925;RBI=0.103016,0.0268779,0.00997949;REFB=-0.0438172,-0.0379932,-0.0372196;REVB=-0.0437485,-0.0268763,-0.00965333;RO=20;SAF=4,3,3;SAR=1,0,1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0.340909,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.368133,0.594329,0.293445;STB=0.5,0.5,0.549952;STBP=1,1,0.136;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.044848,-0.136079,0.0232497;OID=.,.,.;OPOS=47076546,47076549,47076551;OREF=T,TC,-;OALT=-,CT,T;OMAPALT=CTTTC,CTTTCT,CTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0416667,0.875:5,3,4:36:0,1,21:24:2:0,1,9:0,0,12:2:0:10:20:4,3,3:1,0,1:10:10 chr17 47128247 . C T 145.06 PASS AF=0.219048;AO=23;DP=105;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=-0.0272775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2636;QD=5.52618;RBI=0.0276684;REFB=-0.00166984;REVB=-0.00463468;RO=82;SAF=10;SAR=13;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139291;STB=0.585631;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00448676;OID=.;OPOS=47128247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:82:82:23:23:0.219048:13:10:27:55:13:10:27:55 chr17 47128722 . GCCCCC GCCCC,GCCCCT 207.29 PASS AF=1,0;AO=15,3;DP=35;FAO=35,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.247571,0.105313;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.16467,8.54653;QD=23.6899;RBI=0.248132,0.111046;REFB=-0.0530683,-0.0837889;REVB=0.0166771,-0.0352169;RO=8;SAF=4,3;SAR=11,0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0.423729,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.245929,0.630366;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0256288,-0.00808033;OID=.,.;OPOS=47128723,47128727;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GCCCC,GCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:15,3:35:35,0:35:0:16,0:19,0:0:0:6:8:4,3:11,0:5:3 chr17 47210429 . A G 290.43 PASS AF=0.269231;AO=42;DP=156;FAO=42;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=114;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=74;FWDB=-0.0749189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2573;QD=7.44692;RBI=0.173832;REFB=-0.00604109;REVB=-0.156859;RO=95;SAF=14;SAR=28;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857941;STB=0.514279;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0121408;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:95:114:42:42:0.269231:28:14:38:57:28:14:40:74 chr17 47241604 . T C 1568.47 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.552;QD=64.0193;RBI=0.0192692;REFB=0;REVB=-0.0191144;RO=0;SAF=36;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90497e-05;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:62:36:0:0:62:36:0:0 chr17 47297297 . T C 4369.98 PASS AF=0.972509;AO=283;DP=291;FAO=283;FDP=291;FR=.;FRO=8;FSAF=144;FSAR=139;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0227798;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.096;QD=60.0684;RBI=0.0235675;REFB=-0.0346499;REVB=0.00604234;RO=7;SAF=144;SAR=139;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00945545;STB=0.506633;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=9.88923e-05;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:291:291:7:8:283:283:0.972509:139:144:5:2:139:144:6:2 chr17 47302405 . AG A 37.09 PASS AF=0.454545;AO=7;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0954659;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9322;QD=6.74315;RBI=0.111674;REFB=-0.128681;REVB=-0.0579426;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695696;STB=0.57128;STBP=0.553;TYPE=del;VARB=0.134313;OID=.;OPOS=47302406;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:7:22:10:22:12:3:7:5:7:37:10:3:4:5:5 chr17 47888852 . A G 397.23 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430448;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.216;QD=56.7469;RBI=0.0778697;REFB=0;REVB=0.0648909;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831545;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr17 47903381 . C T 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.894;QD=57.882;RBI=0.101922;REFB=0;REVB=0.00533044;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00194e-05;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr17 48067439 . G A 452.62 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0249582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.575;QD=48.932;RBI=0.0431678;REFB=-0.0979566;REVB=0.0352214;RO=2;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156293;STB=0.544014;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00412381;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:37:37:2:4:33:33:0.891892:21:12:1:1:21:12:3:1 chr17 48067953 . T C 1931.4 PASS AF=0.976923;AO=127;DP=131;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0137312;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.46;QD=59.4278;RBI=0.0702331;REFB=-0.202374;REVB=0.0688778;RO=0;SAF=71;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513041;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000852297;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:131:130:0:3:127:127:0.976923:56:71:0:0:56:71:0:3 chr17 48070878 . C T 4510.57 PASS AF=1;AO=283;DP=284;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02362;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.675;QD=63.5291;RBI=0.0241355;REFB=0;REVB=-0.00496167;RO=0;SAF=118;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49327e-06;OID=.;OPOS=48070878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:284:284:0:0:283:284:1:165:118:0:0:166:118:0:0 chr17 48211335 . TGGGGGC TGGGGCG 35.36 PASS AF=0.5;AO=2;DP=8;FAO=4;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=4;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.110835;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=69.8073;QD=17.6823;RBI=0.124895;REFB=-0.0443347;REVB=-0.0575708;RO=2;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0824809;OID=.;OPOS=48211340;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:2:8:4:8:2:4:0:2:0:13:2:2:0:2:0 chr17 48258140 . T C 2166.7 PASS AF=0.985816;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0446077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.358;QD=61.4667;RBI=0.0476925;REFB=0.0209247;REVB=0.0168738;RO=2;SAF=74;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000876657;STB=0.500461;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-9.86012e-05;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:141:2:2:139:139:0.985816:65:74:1:1:65:74:1:1 chr17 48258321 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.071;QD=59.3229;RBI=0.0189846;REFB=0;REVB=-0.00381707;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0376e-05;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr17 48262775 . A G 170.54 PASS AF=0.6;AO=12;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0069351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.482;QD=27.2861;RBI=0.0193846;REFB=0.00346343;REVB=0.0181016;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677961;STB=0.555484;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00046875;OID=.;OPOS=48262775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:25:8:8:12:15:0.6:4:8:6:2:6:9:6:2 chr17 48265495 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.043;QD=57.545;RBI=0.0247289;REFB=0;REVB=-0.00909406;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69314e-05;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr17 48267206 . C T 233.85 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.006653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.635;QD=32.2555;RBI=0.00833645;REFB=-0.0549985;REVB=0.00502334;RO=8;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363564;STB=0.519981;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0194743;OID=.;OPOS=48267206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:12:9:4:4:12:9:4:4 chr17 48267291 . G C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000736761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.533;QD=51.5081;RBI=0.018831;REFB=-0.00810231;REVB=-0.0188166;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488217;STB=0.526295;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000543445;OID=.;OPOS=48267291;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:1:0:17:9:1:0 chr17 48268223 . A G 1339.37 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.879;QD=62.2965;RBI=0.0146844;REFB=0;REVB=0.00843116;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39761e-05;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:47:37:0:0:48:38:0:0 chr17 48456033 . T C 629.06 PASS AF=0.450704;AO=65;DP=149;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=-0.00928244;FXX=0.0533298;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.016;QD=17.7199;RBI=0.0261747;REFB=-0.00786497;REVB=-0.0244735;RO=76;SAF=24;SAR=41;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000843471;STB=0.509431;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0142095;OID=.;OPOS=48456033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:142:76:78:65:64:0.450704:41:24:28:48:40:24:28:50 chr17 48598785 . G A 2477.66 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626798;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.921;QD=61.5567;RBI=0.0660375;REFB=0;REVB=-0.0207892;RO=0;SAF=74;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09642e-05;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:161:161:1:87:74:0:0:87:74:0:0 chr17 48599450 . A T 821.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217825;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.333;QD=57.666;RBI=0.0218342;REFB=0;REVB=-0.00150154;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200308;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr17 48603344 . C CG 84.29 PASS AF=0.142857;AO=30;DP=181;FAO=25;FDP=175;FR=.;FRO=150;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=46;FSRR=104;FWDB=-0.0564533;FXX=0.0112988;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.3501;QD=1.92659;RBI=0.0567611;REFB=-0.0116006;REVB=-0.00590265;RO=146;SAF=24;SAR=6;SRF=46;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57289;STB=0.946139;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.105244;OID=.;OPOS=48603345;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:30:181:25:175:150:23:2:46:104:84:146:24:6:46:100 chr17 48603503 . C T 839.41 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8776;QD=56.9092;RBI=0.0742147;REFB=0;REVB=0.0251372;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687947;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:28:29:0:0:28:31:0:0 chr17 48606537 . C G 1008.23 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4532;QD=59.3074;RBI=0.0302503;REFB=0;REVB=-0.0154647;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20252e-05;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr17 48607614 . G A 620.37 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0345444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.451;QD=59.0829;RBI=0.0431568;REFB=-0.16573;REVB=0.0258687;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000450329;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:1:1:41:41:0.97619:21:20:1:0:21:20:1:0 chr17 48608717 . T C 3191.89 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.863;QD=64.1585;RBI=0.0146345;REFB=0;REVB=0.0124232;RO=0;SAF=91;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26951e-06;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:199:0:0:198:199:1:107:91:0:0:108:91:0:0 chr17 48610272 . G C 5066.77 PASS AF=1;AO=311;DP=366;FAO=323;FDP=323;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=210;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286073;FXX=0.0271076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.051;QD=62.7463;RBI=0.0813284;REFB=0;REVB=0.076131;RO=0;SAF=214;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602584;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:366:323:0:0:311:323:1:97:214:0:0:113:210:0:0 chr17 48613837 . A G 3783.62 PASS AF=1;AO=239;DP=240;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318092;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.415;QD=63.3242;RBI=0.036309;REFB=0.0327803;REVB=0.0175077;RO=1;SAF=121;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402205;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3129e-05;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:240:239:1:0:239:239:1:118:121:0:1:118:121:0:0 chr17 48629458 . A G 4394.83 PASS AF=0.979239;AO=283;DP=289;FAO=283;FDP=289;FR=.;FRO=6;FSAF=88;FSAR=195;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0187837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9167;QD=60.8281;RBI=0.0493719;REFB=-0.00582294;REVB=-0.0456592;RO=6;SAF=88;SAR=195;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314005;STB=0.516482;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00117495;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:289:289:6:6:283:283:0.979239:195:88:6:0:195:88:6:0 chr17 48653354 . C A 2982.66 PASS AF=0.944444;AO=202;DP=214;FAO=204;FDP=216;FR=.;FRO=12;FSAF=85;FSAR=119;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0538529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3402;QD=55.2344;RBI=0.0567285;REFB=0.00111043;REVB=0.017832;RO=9;SAF=85;SAR=117;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352342;STB=0.514353;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.000135002;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:214:216:9:12:202:204:0.944444:117:85:0:9:119:85:2:10 chr17 48712705 . G A 2586.87 PASS AF=0.956284;AO=169;DP=179;FAO=175;FDP=183;FR=.;FRO=8;FSAF=84;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0276803;FXX=0.00543449;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.805;QD=56.5436;RBI=0.0343971;REFB=-0.103308;REVB=0.0204196;RO=3;SAF=84;SAR=85;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562953;STB=0.510078;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00256939;OID=.;OPOS=48712705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:179:183:3:8:169:175:0.956284:85:84:2:1:91:84:2:6 chr17 48712711 . C G 2411.54 PASS AF=0.959064;AO=163;DP=171;FAO=164;FDP=171;FR=.;FRO=7;FSAF=81;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0611219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9971;QD=56.4104;RBI=0.0685928;REFB=-0.187267;REVB=0.0311303;RO=2;SAF=81;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.07407e-05;STB=0.514376;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00234421;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:171:171:2:7:163:164:0.959064:82:81:1:1:83:81:1:6 chr17 48746263 . GC CG 31.03 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=-0.0549934;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=2;MLLD=76.2526;QD=1.44303;RBI=0.063553;REFB=-0.0150565;REVB=-0.0318545;RO=54;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.644247;STB=0.856169;STBP=0.042;TYPE=mnp;VARB=0.189489;OID=.;OPOS=48746263;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:88:86:54:75:9:9:0.104651:2:7:10:44:2:7:24:51 chr17 48753423 . C T 662.41 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00206553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7449;QD=20.3818;RBI=0.00863216;REFB=-0.012261;REVB=-0.0083814;RO=64;SAF=27;SAR=39;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054493;STB=0.530034;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0114153;OID=.;OPOS=48753423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:64:66:66:0.507692:39:27:30:34:39:27:30:34 chr17 48755388 . C T 994.54 PASS AF=0.509259;AO=95;DP=201;FAO=110;FDP=216;FR=.;FRO=106;FSAF=70;FSAR=40;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=0.0223448;FXX=0.00917389;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.2354;QD=18.4173;RBI=0.0802805;REFB=-0.0383428;REVB=0.0771081;RO=105;SAF=65;SAR=30;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986938;STB=0.531719;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0487935;OID=.;OPOS=48755388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:216:105:106:95:110:0.509259:30:65:62:43:40:70:61:45 chr17 48761105 . C T 319.19 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0345401;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2155;QD=15.5704;RBI=0.059948;REFB=-0.0329702;REVB=0.0489974;RO=47;SAF=14;SAR=21;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409116;STB=0.523064;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0390818;OID=.;OPOS=48761105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:47:47:35:35:0.426829:21:14:17:30:21:14:17:30 chr17 48774319 . G A 507.57 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0070394;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.108;QD=16.3732;RBI=0.0195121;REFB=-6.14533e-05;REVB=-0.018198;RO=69;SAF=30;SAR=25;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813658;STB=0.545438;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.000115509;OID=.;OPOS=48774319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:69:55:55:0.443548:25:30:32:37:25:30:32:37 chr17 48777220 . G GTCA 329.49 PASS AF=0.402062;AO=31;DP=110;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00107026;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=3;MLLD=203.395;QD=13.5872;RBI=0.00911505;REFB=-0.040925;REVB=-0.009052;RO=77;SAF=13;SAR=18;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136159;STB=0.512963;STBP=0.838;TYPE=ins;VARB=0.0465453;OID=.;OPOS=48777221;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=GTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402062:31:110:39:97:58:19:20:27:31:99:77:13:18:41:36 chr17 48777244 . T A 54.34 PASS AF=0.117647;AO=12;DP=102;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.0399737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.091;QD=2.13117;RBI=0.0409739;REFB=-0.0041436;REVB=0.008998;RO=90;SAF=8;SAR=4;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266399;STB=0.691995;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0462409;OID=.;OPOS=48777244;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:102:102:90:90:12:12:0.117647:4:8:40:50:4:8:40:50 chr17 48834032 . G A 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0077259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9145;QD=7.25962;RBI=0.0134629;REFB=-0.00508776;REVB=0.0110255;RO=29;SAF=9;SAR=1;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423949;STB=0.778833;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0209679;OID=.;OPOS=48834032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:1:9:19:10:1:9:19:10 chr17 48834080 . A G 186.16 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0304927;FXX=0;HRUN=27;LEN=1;MLLD=21.2396;QD=28.6406;RBI=0.100691;REFB=-0.0334404;REVB=-0.0959626;RO=6;SAF=1;SAR=18;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196917;STB=0.599876;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00186603;OID=.;OPOS=48834080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:25:26:6:7:19:19:0.730769:18:1:1:5:18:1:1:6 chr17 49255306 . TTAA T 116.69 PASS AF=0.34375;AO=20;DP=59;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0266569;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=3;MLLD=262.586;QD=7.29317;RBI=0.0267483;REFB=-0.0100356;REVB=0.00220895;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521471;STB=0.562441;STBP=0.494;TYPE=del;VARB=0.0192047;OID=.;OPOS=49255307;OREF=TAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375:20:59:22:64:42:7:15:17:25:99:23:6:14:8:15 chr17 49338257 . C T 2419.19 PASS AF=0.471483;AO=248;DP=525;FAO=248;FDP=526;FR=.;FRO=278;FSAF=110;FSAR=138;FSRF=99;FSRR=179;FWDB=0.0192779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.926;QD=18.3969;RBI=0.0194509;REFB=0.00385185;REVB=0.00258858;RO=275;SAF=110;SAR=138;SRF=98;SRR=177;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855334;STB=0.547303;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00401369;OID=.;OPOS=49338257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:525:526:275:278:248:248:0.471483:138:110:98:177:138:110:99:179 chr17 49713300 . G A 660.74 PASS AF=0.378788;AO=75;DP=197;FAO=75;FDP=198;FR=.;FRO=123;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=-0.0463352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.988;QD=13.3483;RBI=0.0490659;REFB=-0.0229179;REVB=0.0161404;RO=122;SAF=33;SAR=42;SRF=67;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119448;STB=0.569913;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0339809;OID=.;OPOS=49713300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:122:123:75:75:0.378788:42:33:67:55:42:33:68:55 chr17 51901084 . A G 1259.14 PASS AF=0.977778;AO=80;DP=82;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00841915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.704;QD=55.9616;RBI=0.0226244;REFB=0.0279391;REVB=-0.0209995;RO=2;SAF=34;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353986;STB=0.502659;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.000884975;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:90:2:2:80:88:0.977778:46:34:1:1:54:34:1:1 chr17 51901385 . C T 1906.86 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.357;QD=61.5115;RBI=0.0237963;REFB=0;REVB=0.022763;RO=0;SAF=46;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57704e-05;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:122:124:1:76:46:0:0:77:47:0:0 chr17 51901643 . C T 1695.22 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.851;QD=60.5437;RBI=0.0136463;REFB=0;REVB=-0.0134408;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52071e-05;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:56:56:0:0:56:56:0:0 chr17 51901703 . C G 902.89 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.861;QD=58.2509;RBI=0.0254702;REFB=0;REVB=-0.0235109;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91093e-05;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:29:33:0:0 chr17 51902252 . C T 1871.71 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=122;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.728;QD=60.3779;RBI=0.0282389;REFB=-0.108702;REVB=0.0201457;RO=1;SAF=49;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655258;STB=0.503355;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000154257;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:124:1:1:121:123:0.991935:72:49:0:1:74:49:0:1 chr17 51902492 . A AAAT 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116211;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=275.968;QD=39.2068;RBI=0.0117208;REFB=0;REVB=0.00152614;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040409;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-6.60225e-05;OID=.;OPOS=51902493;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:19:9:9:0:5:4:0:0:4:10:5:4:6:4 chr17 53076799 . G A 1492.49 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0069815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.049;QD=58.5289;RBI=0.00833664;REFB=-0.00622752;REVB=-0.00455612;RO=1;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797385;STB=0.504201;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=2.15773e-06;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:59:42:0:1:59:42:0:1 chr17 53076986 . G A 717.09 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00729004;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4817;QD=61.0292;RBI=0.0325644;REFB=-0.150126;REVB=0.031738;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0045312;OID=.;OPOS=53076986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:1:0:22:24:1:0 chr17 53237959 . T C 1770.77 PASS AF=0.55814;AO=168;DP=300;FAO=168;FDP=301;FR=.;FRO=133;FSAF=92;FSAR=76;FSRF=61;FSRR=72;FWDB=-0.00406513;FXX=0.00331115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.73;QD=23.5319;RBI=0.00763608;REFB=-0.00413375;REVB=-0.0064641;RO=132;SAF=92;SAR=76;SRF=60;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075504;STB=0.539371;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00350611;OID=.;OPOS=53237959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:301:132:133:168:168:0.55814:76:92:60:72:76:92:61:72 chr17 53238728 . G A 5385.87 PASS AF=0.972527;AO=354;DP=363;FAO=354;FDP=364;FR=.;FRO=10;FSAF=167;FSAR=187;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0669031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2074;QD=59.1854;RBI=0.101232;REFB=-0.166574;REVB=0.0759733;RO=1;SAF=166;SAR=188;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00253127;STB=0.510257;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00428395;OID=.;OPOS=53238728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:363:364:1:10:354:354:0.972527:188:166:0:1:187:167:1:9 chr17 53400110 . T C 3901.75 PASS AF=0.992218;AO=253;DP=258;FAO=255;FDP=257;FR=.;FRO=2;FSAF=118;FSAR=137;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0185012;FXX=0.00772171;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.447;QD=60.7276;RBI=0.0300195;REFB=0.0229621;REVB=0.0236405;RO=3;SAF=117;SAR=136;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00290122;STB=0.500292;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000208288;OID=.;OPOS=53400110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:258:257:3:2:253:255:0.992218:136:117:1:2:137:118:1:1 chr17 53400918 . GT G 1433.61 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107068;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.6419;QD=47.0035;RBI=0.104919;REFB=0;REVB=-0.104372;RO=0;SAF=37;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00114256;OID=.;OPOS=53400919;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:118:121:122:122:0:39:83:0:0:26:0:37:81:0:0 chr17 53485186 . C T 124.86 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0701388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8298;QD=17.8378;RBI=0.0727161;REFB=-0.0354641;REVB=-0.0191883;RO=13;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370519;STB=0.705536;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0296381;OID=.;OPOS=53485186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:12:2:6:7:12:2:6:8 chr17 53851228 . C T 5026.2 PASS AF=1;AO=312;DP=313;FAO=320;FDP=320;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=191;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240283;FXX=0.00621099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3169;QD=62.8275;RBI=0.0262026;REFB=0;REVB=0.0104507;RO=0;SAF=128;SAR=184;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8779e-05;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:313:320:0:0:312:320:1:184:128:0:0:191:129:0:0 chr17 54450038 . C A 868.53 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.135;QD=57.9018;RBI=0.0256084;REFB=0;REVB=0.0230945;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55127e-05;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:28:32:0:0 chr17 54450134 . G A 1190.32 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.407;QD=61.0422;RBI=0.0779919;REFB=0;REVB=-0.0356782;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07614e-05;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr17 54534634 . G A 767.88 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.29;QD=56.8797;RBI=0.0564908;REFB=0;REVB=-0.0536729;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154271;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:28:26:0:0 chr17 54921494 . A C 1569.86 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402746;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.84;QD=59.8043;RBI=0.0411118;REFB=0;REVB=0.00825473;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57925e-05;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:56:48:0:0:57:48:0:0 chr17 54966805 . A G 810.25 PASS AF=0.488372;AO=82;DP=172;FAO=84;FDP=172;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0181453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.962;QD=18.843;RBI=0.0347652;REFB=0.00188814;REVB=-0.0296541;RO=88;SAF=40;SAR=42;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052622;STB=0.534875;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00187129;OID=.;OPOS=54966805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:88:88:82:84:0.488372:42:40:38:50:42:42:38:50 chr17 54978794 . G A 2621.55 PASS AF=0.994152;AO=168;DP=174;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017222;FXX=0.0172404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.646;QD=61.3229;RBI=0.0469431;REFB=0.0450226;REVB=0.0436699;RO=0;SAF=91;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01397e-08;STB=0.502732;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-7.13777e-06;OID=.;OPOS=54978794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:171:0:1:168:170:0.994152:77:91:0:0:79:91:1:0 chr17 55027850 . T C 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.417;QD=62.7595;RBI=0.0401816;REFB=0;REVB=-0.0368598;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.81367e-05;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:37:52:0:0:37:52:0:0 chr17 55182811 . CT C 1335.04 PASS AF=1;AO=106;DP=111;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.4468;QD=46.436;RBI=0.0638644;REFB=0;REVB=0.0217228;RO=0;SAF=41;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000940095;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:106:111:115:115:0:49:66:0:0:25:0:41:65:0:0 chr17 55183203 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.612;QD=59.5017;RBI=0.0448484;REFB=0;REVB=-0.0224872;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07407e-05;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr17 55183716 . T C 2640.22 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.544;QD=62.1228;RBI=0.00615422;REFB=0;REVB=0.00477258;RO=0;SAF=109;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75895e-07;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:169:170:1:60:109:0:0:61:109:0:0 chr17 55334496 . C G 35.87 PASS AF=0.0743243;AO=12;DP=139;FAO=11;FDP=148;FR=.;FRO=137;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=65;FWDB=-0.0931937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4228;QD=0.969466;RBI=0.0938337;REFB=-0.013576;REVB=-0.0109413;RO=127;SAF=7;SAR=5;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554836;STB=0.732181;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.195652;OID=.;OPOS=55334496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:139:148:127:137:12:11:0.0743243:5:7:68:59:8:3:72:65 chr17 55822171 . T C 584.37 PASS AF=0.359375;AO=69;DP=192;FAO=69;FDP=192;FR=.;FRO=123;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=74;FWDB=-0.00975472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.13;QD=12.1745;RBI=0.0198409;REFB=-0.0117414;REVB=-0.0172773;RO=123;SAF=34;SAR=35;SRF=49;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106649;STB=0.560564;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0215455;OID=.;OPOS=55822171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:123:123:69:69:0.359375:35:34:49:74:35:34:49:74 chr17 55822214 . T A 757.47 PASS AF=0.356061;AO=92;DP=265;FAO=94;FDP=264;FR=.;FRO=170;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=83;FSRR=87;FWDB=0.00246878;FXX=0.0185867;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9151;QD=11.4768;RBI=0.0657336;REFB=-0.00472334;REVB=0.0656873;RO=164;SAF=49;SAR=43;SRF=80;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505822;STB=0.528135;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00519689;OID=.;OPOS=55822214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:264:164:170:92:94:0.356061:43:49:80:84:44:50:83:87 chr17 55822467 . G A 779.39 PASS AF=0.395556;AO=89;DP=226;FAO=89;FDP=225;FR=.;FRO=136;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=56;FSRR=80;FWDB=0.0117088;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0952;QD=13.8558;RBI=0.0240045;REFB=0.0126748;REVB=0.0209551;RO=133;SAF=51;SAR=38;SRF=54;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177078;STB=0.596765;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0252844;OID=.;OPOS=55822467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:133:136:89:89:0.395556:38:51:54:79:38:51:56:80 chr17 56382234 . GC CG 45.34 PASS AF=0.0891089;AO=21;DP=202;FAO=18;FDP=202;FR=.;FRO=184;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=94;FSRR=90;FWDB=0.000758781;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=92.2992;QD=0.897881;RBI=0.0394587;REFB=-0.0013407;REVB=-0.0394514;RO=162;SAF=18;SAR=3;SRF=81;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460336;STB=0.93253;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.119125;OID=.;OPOS=56382234;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:202:202:162:184:21:18:0.0891089:3:18:81:81:1:17:94:90 chr17 56435885 . G T 1691.5 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101714;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.101;QD=59.876;RBI=0.0799885;REFB=0;REVB=0.079982;RO=0;SAF=68;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439207;OID=.;OPOS=56435885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:110:113:1:42:68:0:0:45:68:0:0 chr17 56492800 . T C 3119.65 PASS AF=0.994949;AO=196;DP=198;FAO=197;FDP=198;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138189;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2516;QD=63.0233;RBI=0.0626409;REFB=-0.0389657;REVB=0.0610977;RO=2;SAF=105;SAR=91;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103506;STB=0.502702;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000270294;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:198:2:1:196:197:0.994949:91:105:0:2:92:105:0:1 chr17 56544280 . T G 1553.17 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.01495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.884;QD=62.7542;RBI=0.0291679;REFB=-0.0142481;REVB=0.0250453;RO=1;SAF=38;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784031;STB=0.504131;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=9.36549e-05;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:60:38:0:1:60:38:0:1 chr17 56584205 . A C 2381.19 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.239;QD=61.0561;RBI=0.0277154;REFB=0;REVB=0.0108282;RO=0;SAF=71;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12569e-05;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:156:0:0:153:156:1:82:71:0:0:85:71:0:0 chr17 56585872 . G C 4168.57 PASS AF=1;AO=265;DP=268;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936379;FXX=0.00743467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.518;QD=62.4505;RBI=0.0143391;REFB=0.0432747;REVB=-0.0108595;RO=0;SAF=118;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.89399e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60068e-06;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:268:267:0:0:265:267:1:147:118:0:0:147:120:0:0 chr17 56598439 . T C 2441.79 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119522;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.792;QD=61.4288;RBI=0.0220148;REFB=0;REVB=0.0219823;RO=0;SAF=69;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38312e-05;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:90:69:0:0:90:69:0:0 chr17 56621286 . G T 2243.82 PASS AF=0.879121;AO=160;DP=180;FAO=160;FDP=182;FR=.;FRO=22;FSAF=84;FSAR=76;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0268722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3605;QD=49.3146;RBI=0.0446179;REFB=-0.0584165;REVB=0.035618;RO=18;SAF=84;SAR=76;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00587046;STB=0.502479;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00889101;OID=.;OPOS=56621286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:180:182:18:22:160:160:0.879121:76:84:10:8:76:84:12:10 chr17 56621288 . C T 55.12 PASS AF=0.0984456;AO=19;DP=193;FAO=19;FDP=193;FR=.;FRO=174;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=91;FSRR=83;FWDB=0.0144652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.784;QD=1.14233;RBI=0.0426703;REFB=-0.018007;REVB=0.0401437;RO=172;SAF=9;SAR=10;SRF=90;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594697;STB=0.503004;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.154361;OID=.;OPOS=56621288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:193:193:172:174:19:19:0.0984456:10:9:90:82:9:10:91:83 chr17 56621359 . T C 3158.85 PASS AF=1;AO=196;DP=200;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259917;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.107;QD=61.6362;RBI=0.0745867;REFB=0;REVB=0.0745414;RO=1;SAF=118;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606657;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92817e-05;OID=.;OPOS=56621359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:205:1:0:196:205:1:78:118:0:1:86:119:0:0 chr17 56636854 . T C 1405.16 PASS AF=0.97;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00725064;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.267;QD=56.2063;RBI=0.0166008;REFB=-0.0491034;REVB=0.0149337;RO=3;SAF=45;SAR=52;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746832;STB=0.503939;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00072345;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:100:3:3:97:97:0.97:52:45:1:2:52:45:1:2 chr17 56772341 . A G 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.01653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8604;QD=16.1059;RBI=0.0336366;REFB=0.017507;REVB=0.0292948;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608231;STB=0.534914;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0232018;OID=.;OPOS=56772341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:13:9:8:9:13:9 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 1846.35 PASS AF=1,0;AO=82,39;DP=131;FAO=129,0;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0;FSAR=78,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110171,-0.0303995;FXX=0.015266;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=22.6987,14.4459;QD=57.2512;RBI=0.11481,0.226986;REFB=0,0;REVB=-0.0323062,-0.224941;RO=0;SAF=43,3;SAR=39,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.10525e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000190018,0.028276;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:82,39:131:129,0:129:0:51,0:78,0:0:0:10:0:43,3:39,36:0:0 chr17 57477616 . G A 757.31 PASS AF=0.5;AO=63;DP=138;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0231499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.64;QD=20.1948;RBI=0.0306334;REFB=-0.0240176;REVB=-0.0200621;RO=74;SAF=29;SAR=34;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517723;STB=0.513413;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0155286;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:150:74:75:63:75:0.5:34:29:38:36:34:41:39:36 chr17 57478206 . TTC T 780.93 PASS AF=0.371571;AO=127;DP=401;FAO=149;FDP=401;FR=.;FRO=252;FSAF=86;FSAR=63;FSRF=120;FSRR=132;FWDB=-0.000865354;FXX=0.0098763;HRUN=2;LEN=2;MLLD=281.874;QD=7.78986;RBI=0.00485294;REFB=-0.00789883;REVB=-0.00477516;RO=226;SAF=75;SAR=52;SRF=110;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1183;STB=0.563727;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.0140437;OID=.;OPOS=57478207;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371571:127:401:149:401:252:86:63:120:132:99:226:75:52:110:116 chr17 57951973 . G A 504.46 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.014335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.496;QD=17.5465;RBI=0.0151824;REFB=-0.00913636;REVB=-0.0050012;RO=61;SAF=22;SAR=32;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662152;STB=0.536828;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00835663;OID=.;OPOS=57951973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:32:22:29:32:32:22:29:32 chr17 57963537 . A G 556.95 PASS AF=0.508772;AO=56;DP=114;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0303677;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8153;QD=19.542;RBI=0.0397882;REFB=-0.0136647;REVB=-0.025708;RO=52;SAF=27;SAR=29;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826836;STB=0.534471;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0153515;OID=.;OPOS=57963537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:52:56:56:58:0.508772:29:27:30:22:31:27:30:26 chr17 58024275 . A G 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00959714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.143;QD=16.064;RBI=0.0108641;REFB=-0.0151066;REVB=-0.0050916;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114231;STB=0.564467;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.020153;OID=.;OPOS=58024275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:12:14:13:18:12:14:13:18 chr17 58024324 . A G 283.24 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0136857;FXX=0.0124984;HRUN=9;LEN=1;MLLD=208.638;QD=14.341;RBI=0.0406456;REFB=-0.0172921;REVB=-0.0382723;RO=46;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854551;STB=0.530812;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0145832;OID=.;OPOS=58024324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:31:32:0.405063:20:11:13:33:21:11:14:33 chr17 58031412 . A G 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00665327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.057;QD=18.49;RBI=0.00937567;REFB=-0.016002;REVB=0.00660584;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187754;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0187706;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:11:11:12:13:11:11:13:13 chr17 58179753 . C T 1225.95 PASS AF=0.492126;AO=125;DP=255;FAO=125;FDP=254;FR=.;FRO=129;FSAF=37;FSAR=88;FSRF=40;FSRR=89;FWDB=-0.0206363;FXX=0.00781219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.412;QD=19.3062;RBI=0.0276656;REFB=-0.00454313;REVB=-0.0184262;RO=127;SAF=37;SAR=88;SRF=40;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206677;STB=0.508516;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00414672;OID=.;OPOS=58179753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:254:127:129:125:125:0.492126:88:37:40:87:88:37:40:89 chr17 58508618 . T C 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0156406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.522;QD=14.2591;RBI=0.015957;REFB=-0.0142232;REVB=0.0031617;RO=39;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328995;STB=0.506773;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0235566;OID=.;OPOS=58508618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:41:29:29:0.414286:18:11:16:23:18:11:16:25 chr17 58786625 . A G 3288.03 PASS AF=0.981735;AO=215;DP=220;FAO=215;FDP=219;FR=.;FRO=4;FSAF=105;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00774781;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1264;QD=60.0554;RBI=0.0192432;REFB=-0.0709512;REVB=0.0176146;RO=2;SAF=105;SAR=110;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000204261;STB=0.500212;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.000129522;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:220:219:2:4:215:215:0.981735:110:105:1:1:110:105:2:2 chr17 58824567 . T C 2224.12 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111156;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3231;QD=63.5464;RBI=0.0532797;REFB=0;REVB=0.0521073;RO=0;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92621e-05;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:140:0:0:140:140:1:69:71:0:0:69:71:0:0 chr17 59482166 . C G 411.22 PASS AF=0.377778;AO=42;DP=127;FAO=51;FDP=135;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=24;FWDB=0.0176836;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.873;QD=12.1842;RBI=0.0183875;REFB=-0.0247282;REVB=0.00503887;RO=85;SAF=36;SAR=6;SRF=60;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269901;STB=0.651938;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0271056;OID=.;OPOS=59482166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:135:85:84:42:51:0.377778:6:36:60:25:7:44:60:24 chr17 59482169 . CGGGG GGGGA 404.94 PASS AF=0.382812;AO=34;DP=130;FAO=49;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=43;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=22;FWDB=-0.0175532;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=5;MLLD=213.507;QD=12.6543;RBI=0.0417044;REFB=0.00127835;REVB=-0.0378304;RO=51;SAF=31;SAR=3;SRF=46;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310941;STB=0.667325;STBP=0.019;TYPE=mnp;VARB=-0.00417289;OID=.;OPOS=59482169;OREF=CGGGG;OALT=GGGGA;OMAPALT=GGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:51:79:34:49:0.382812:3:31:46:5:6:43:57:22 chr17 59485555 . C T 499.92 PASS AF=0.388889;AO=56;DP=144;FAO=56;FDP=144;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.00471814;FXX=0.00689608;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.685;QD=13.8868;RBI=0.0073627;REFB=-0.00579928;REVB=0.00565231;RO=88;SAF=19;SAR=37;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180338;STB=0.602288;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0183537;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:88:88:56:56:0.388889:37:19:44:44:37:19:44:44 chr17 59489425 . C G 2804.16 PASS AF=0.442963;AO=296;DP=673;FAO=299;FDP=675;FR=.;FRO=376;FSAF=130;FSAR=169;FSRF=194;FSRR=182;FWDB=0.00429341;FXX=0.00147927;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.257;QD=16.6173;RBI=0.00971698;REFB=-0.00439118;REVB=-0.00871702;RO=356;SAF=128;SAR=168;SRF=185;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868068;STB=0.545452;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00468256;OID=.;OPOS=59489425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:673:675:356:376:296:299:0.442963:168:128:185:171:169:130:194:182 chr17 59489893 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0125994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.695;QD=12.7389;RBI=0.0194488;REFB=-0.00652759;REVB=-0.0148159;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341689;STB=0.705344;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0098498;OID=.;OPOS=59489893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:4:6:2:6:4:6 chr17 59490235 . C T 437.6 PASS AF=0.409836;AO=47;DP=119;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0136472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.399;QD=14.3475;RBI=0.0219854;REFB=-0.0188348;REVB=0.0172369;RO=72;SAF=26;SAR=21;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124358;STB=0.523037;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0244439;OID=.;OPOS=59490235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:72:72:47:50:0.409836:21:26:39:33:21:29:39:33 chr17 59533868 . G C 4013.69 PASS AF=0.520918;AO=387;DP=740;FAO=386;FDP=741;FR=.;FRO=355;FSAF=195;FSAR=191;FSRF=173;FSRR=182;FWDB=-0.0254825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3861;QD=21.6664;RBI=0.03367;REFB=-0.0138745;REVB=0.022007;RO=351;SAF=195;SAR=192;SRF=171;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145858;STB=0.508554;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0118538;OID=.;OPOS=59533868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:740:741:351:355:387:386:0.520918:192:195:171:180:191:195:173:182 chr17 59534987 . T G 254.04 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0156494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.604;QD=15.3966;RBI=0.0471002;REFB=-0.0151535;REVB=-0.0444244;RO=37;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187832;STB=0.606242;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0171457;OID=.;OPOS=59534987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:11:18:16:21:11:18:16:21 chr17 59667953 . G A 548.56 PASS AF=0.430657;AO=58;DP=136;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.00396705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.905;QD=16.0162;RBI=0.0116126;REFB=-0.000963746;REVB=-0.010914;RO=77;SAF=24;SAR=34;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424064;STB=0.521885;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00111845;OID=.;OPOS=59667953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:77:78:58:59:0.430657:34:24:35:42:34:25:36:42 chr17 59668021 . G C 453.47 PASS AF=0.385185;AO=51;DP=135;FAO=52;FDP=135;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.00886672;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9603;QD=13.4363;RBI=0.0572837;REFB=-0.0103562;REVB=-0.0565933;RO=82;SAF=26;SAR=25;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424352;STB=0.533321;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0106932;OID=.;OPOS=59668021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:82:83:51:52:0.385185:25:26:45:37:26:26:46:37 chr17 59668352 . C T 838.39 PASS AF=0.390438;AO=96;DP=245;FAO=98;FDP=251;FR=.;FRO=153;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=73;FSRR=80;FWDB=-0.00907866;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2757;QD=13.3608;RBI=0.0321408;REFB=-0.00760564;REVB=0.030832;RO=149;SAF=56;SAR=40;SRF=69;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13046;STB=0.570477;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00738434;OID=.;OPOS=59668352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:251:149:153:96:98:0.390438:40:56:69:80:40:58:73:80 chr17 59760174 . G A 334.4 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0127839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.284;QD=20.2668;RBI=0.0135291;REFB=-0.0264852;REVB=-0.00442805;RO=28;SAF=11;SAR=23;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183081;STB=0.600301;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0216486;OID=.;OPOS=59760174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:31:34:35:0.530303:23:11:15:13:23:12:17:14 chr17 59760996 . A G 352.38 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=48;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00452042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.534;QD=28.7657;RBI=0.0194291;REFB=-0.0369649;REVB=0.0188959;RO=19;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183973;STB=0.515851;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.022162;OID=.;OPOS=59760996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:19:29:30:0.612245:16:13:9:10:17:13:9:10 chr17 59763114 . A T 188.34 PASS AF=0.418182;AO=21;DP=53;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0112178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1411;QD=13.6974;RBI=0.0556643;REFB=-0.00502528;REVB=0.0545222;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122812;STB=0.566872;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00863176;OID=.;OPOS=59763114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:32:32:21:23:0.418182:11:10:19:13:12:11:19:13 chr17 59763347 . A G 633.07 PASS AF=0.525;AO=63;DP=119;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.000684504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.712;QD=21.1023;RBI=0.00180003;REFB=-0.0122825;REVB=0.0016648;RO=56;SAF=26;SAR=37;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335441;STB=0.513154;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0101945;OID=.;OPOS=59763347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:56:57:63:63:0.525:37:26:21:35:37:26:22:35 chr17 59763465 . T C 1539.55 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000239693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.544;QD=61.5821;RBI=0.00931416;REFB=-0.12346;REVB=0.00931107;RO=1;SAF=43;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109026;STB=0.501243;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00160907;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:1:2:98:98:0.98:55:43:1:0:55:43:1:1 chr17 59926567 . C T 406.19 PASS AF=0.362963;AO=49;DP=133;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=-0.0533863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0581;QD=12.0353;RBI=0.0561499;REFB=-0.0105437;REVB=-0.0173987;RO=84;SAF=25;SAR=24;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169693;STB=0.587669;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0280298;OID=.;OPOS=59926567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:84:86:49:49:0.362963:24:25:30:54:24:25:32:54 chr17 59955426 . T G 1574.6 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00767354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.997;QD=62.9841;RBI=0.00799396;REFB=-0.125084;REVB=0.00224059;RO=1;SAF=44;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106585;STB=0.505617;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=6.82588e-05;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:1:1:99:99:0.99:55:44:1:0:55:44:1:0 chr17 59969000 . T C 400.28 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0393744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2858;QD=16.173;RBI=0.0397374;REFB=0.00850134;REVB=0.00535929;RO=57;SAF=19;SAR=23;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00387637;STB=0.502182;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.0145892;OID=.;OPOS=59969000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:57:42:42:0.424242:23:19:26:31:23:19:26:31 chr17 60040329 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.182;QD=61.3755;RBI=0.0216383;REFB=0;REVB=0.0142978;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60465e-06;OID=.;OPOS=60040329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:50:30:0:0:50:30:0:0 chr17 60043884 . G A 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00627682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.057;QD=61.8503;RBI=0.0143004;REFB=0;REVB=-0.0128492;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77931e-05;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr17 60043929 . T C 1236.99 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0116778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.233;QD=58.9042;RBI=0.0234331;REFB=-0.0504882;REVB=0.020316;RO=2;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230875;STB=0.512192;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000201208;OID=.;OPOS=60043929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:40:42:0:2:40:42:0:2 chr17 60083208 . G T 980.21 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0963063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3868;QD=56.0118;RBI=0.0965293;REFB=-0.132493;REVB=0.00655777;RO=2;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214761;STB=0.51136;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00825607;OID=.;OPOS=60083208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:43:25:0:2:43:25:0:2 chr17 60345508 . A G 240.56 PASS AF=0.909091;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.024413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.279;QD=43.7386;RBI=0.0269385;REFB=-0.141958;REVB=0.011388;RO=2;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366475;STB=0.514836;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00417921;OID=.;OPOS=60345508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:22:2:2:19:20:0.909091:13:6:1:1:13:7:1:1 chr17 60348325 . G A 4698.49 PASS AF=1;AO=294;DP=294;FAO=294;FDP=294;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9473;QD=63.925;RBI=0.0462327;REFB=0;REVB=0.0302126;RO=0;SAF=144;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9434e-06;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:294:294:0:0:294:294:1:150:144:0:0:150:144:0:0 chr17 60351457 . G A 6393.45 PASS AF=1;AO=402;DP=410;FAO=408;FDP=408;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=239;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489;FXX=0.00729909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.244;QD=62.6809;RBI=0.0490661;REFB=0;REVB=-0.00403306;RO=0;SAF=169;SAR=233;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242978;OID=.;OPOS=60351457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:410:408:0:0:402:408:1:233:169:0:0:239:169:0:0 chr17 60493386 . A G 157.07 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0325121;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.15;QD=15.3238;RBI=0.0327191;REFB=-0.0118348;REVB=0.00367485;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941369;STB=0.541498;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0148725;OID=.;OPOS=60493386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:24:17:17:0.414634:8:9:10:13:8:9:11:13 chr17 60503892 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.19;QD=52.6126;RBI=0.0506917;REFB=0;REVB=0.00184042;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358904;OID=.;OPOS=60503892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr17 60683503 . A G 815.16 PASS AF=0.534722;AO=75;DP=143;FAO=77;FDP=144;FR=.;FRO=67;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.00986151;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.406;QD=22.6434;RBI=0.0245189;REFB=-0.0205371;REVB=0.0224483;RO=67;SAF=39;SAR=36;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278176;STB=0.516242;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0147356;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:67:67:75:77:0.534722:36:39:37:30:36:41:38:29 chr17 60753904 . A C 2099.89 PASS AF=1;AO=132;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175998;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5835;QD=62.2189;RBI=0.0293518;REFB=0;REVB=-0.0234898;RO=0;SAF=59;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437519;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:132:135:1:73:59:0:0:74:61:0:0 chr17 60758273 . G C 3029.08 PASS AF=0.990196;AO=199;DP=203;FAO=202;FDP=204;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=116;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0252947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5311;QD=59.3937;RBI=0.0311022;REFB=-0.00221492;REVB=0.0180977;RO=4;SAF=85;SAR=114;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00679684;STB=0.500744;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.000349999;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:203:204:4:2:199:202:0.990196:114:85:1:3:116:86:1:1 chr17 60766224 . A G 4555.92 PASS AF=1;AO=286;DP=286;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9594;QD=63.4971;RBI=0.0284084;REFB=0;REVB=0.00806795;RO=0;SAF=165;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25467e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75847e-05;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:286:287:0:0:286:287:1:121:165:0:0:122:165:0:0 chr17 60767015 . G A 3963.56 PASS AF=1;AO=248;DP=250;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155947;FXX=0.0119995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.527;QD=64.1872;RBI=0.0155959;REFB=0;REVB=-0.000193036;RO=0;SAF=107;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62967e-07;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:250:247:0:0:248:247:1:141:107:0:0:140:107:0:0 chr17 60769803 . A G 781.08 PASS AF=0.47929;AO=80;DP=169;FAO=81;FDP=169;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.0062148;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.951;QD=18.487;RBI=0.00842992;REFB=-0.00530898;REVB=-0.00569559;RO=87;SAF=40;SAR=40;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270948;STB=0.514541;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00638498;OID=.;OPOS=60769803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:87:88:80:81:0.47929:40:40:41:46:41:40:41:47 chr17 61559923 . C T 1700.13 PASS AF=0.974576;AO=114;DP=119;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0203425;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.195;QD=57.6314;RBI=0.0267119;REFB=-0.149795;REVB=0.017312;RO=3;SAF=64;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520475;STB=0.502625;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.000541322;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:119:118:3:3:114:115:0.974576:50:64:2:1:50:65:2:1 chr17 61562309 . C T 1088.26 PASS AF=0.926829;AO=76;DP=82;FAO=76;FDP=82;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0311812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.551;QD=53.0859;RBI=0.0339149;REFB=-0.121175;REVB=-0.0133401;RO=3;SAF=45;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00554743;STB=0.519454;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000917702;OID=.;OPOS=61562309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:82:82:3:6:76:76:0.926829:31:45:2:1:31:45:2:4 chr17 61562774 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000726941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.493;QD=61.6831;RBI=0.00491692;REFB=0;REVB=0.00486289;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22827e-05;OID=.;OPOS=61562774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr17 61564052 . A G 1556.24 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.053;QD=59.8554;RBI=0.0342252;REFB=0;REVB=-0.0240757;RO=0;SAF=40;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15547e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30655e-07;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:63:40:0:0:64:40:0:0 chr17 61566031 . G A 2023.22 PASS AF=0.992424;AO=129;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0227858;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.697;QD=61.3098;RBI=0.0243877;REFB=-0.0570589;REVB=0.00869295;RO=1;SAF=82;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0057608;STB=0.502994;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000161311;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:129:131:0.992424:47:82:1:0:48:83:1:0 chr17 61573761 . T C 610.66 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0559899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0763;QD=61.0659;RBI=0.056617;REFB=0;REVB=-0.0084028;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000850064;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr17 61776272 . C T 267.57 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00378942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8635;QD=16.2162;RBI=0.0778752;REFB=-0.00016586;REVB=0.077783;RO=36;SAF=20;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142668;STB=0.58059;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00143789;OID=.;OPOS=61776272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:10:20:19:17:10:20:19:17 chr17 61776479 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000747155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.747;QD=55.6539;RBI=0.00117218;REFB=0;REVB=-0.000903198;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22677e-07;OID=.;OPOS=61776479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr17 61805747 . G A 715.02 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.026359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.901;QD=60.8525;RBI=0.0268136;REFB=-0.0176671;REVB=-0.0049166;RO=1;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154108;STB=0.507933;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000443708;OID=.;OPOS=61805747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:30:15:0:1:31:15:0:1 chr17 61838259 . G A 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3846;QD=59.4989;RBI=0.0424705;REFB=0;REVB=-0.0386516;RO=0;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399306;OID=.;OPOS=61838259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:47:22:0:0:47:22:0:0 chr17 61901197 . T A 1552.58 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293577;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.618;QD=64.0239;RBI=0.0311489;REFB=0;REVB=0.0104104;RO=0;SAF=35;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27989e-05;OID=.;OPOS=61901197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:62:35:0:0:62:35:0:0 chr17 61903445 . G C 2677.61 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00547588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.083;QD=62.2701;RBI=0.045773;REFB=0;REVB=-0.0454443;RO=0;SAF=88;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92662e-05;OID=.;OPOS=61903445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:84:88:0:0:84:88:0:0 chr17 61903597 . G A 210.97 PASS AF=0.385714;AO=24;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.179416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2168;QD=12.0556;RBI=0.180454;REFB=-0.0286077;REVB=0.0193327;RO=33;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138477;STB=0.562452;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0467392;OID=.;OPOS=61903597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:42:24:27:0.385714:17:7:10:23:18:9:18:24 chr17 61906846 . T C 1566.54 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.796;QD=63.9403;RBI=0.0104999;REFB=0;REVB=0.00129846;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69826e-05;OID=.;OPOS=61906846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr17 61908271 . C T 2664.87 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.588;QD=61.6155;RBI=0.0170643;REFB=-0.0750277;REVB=-0.0169307;RO=0;SAF=87;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44955e-05;OID=.;OPOS=61908271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:171:173:0:0:171:173:1:84:87:0:0:84:89:0:0 chr17 61908556 . C T 1622.29 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.887;QD=60.0849;RBI=0.0138204;REFB=0;REVB=0.00350114;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66518e-05;OID=.;OPOS=61908556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:105:108:1:52:53:0:0:54:54:0:0 chr17 61910167 . G A 1400.71 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.727;QD=62.2536;RBI=0.024158;REFB=0;REVB=0.0154348;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46228e-05;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:90:0:0:85:90:1:39:46:0:0:43:47:0:0 chr17 62041068 . T C 5810.05 PASS AF=1;AO=367;DP=369;FAO=369;FDP=369;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182916;FXX=0.00539069;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.3;QD=62.9815;RBI=0.0662884;REFB=-0.0936442;REVB=0.0637147;RO=1;SAF=176;SAR=191;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0024918;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237152;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:369:369:1:0:367:369:1:191:176:0:1:193:176:0:0 chr17 62079286 . G A 1897.78 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000283095;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.955;QD=60.2469;RBI=0.032903;REFB=0;REVB=0.0329018;RO=0;SAF=70;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417101;OID=.;OPOS=62079286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:126:0:0:121:126:1:51:70:0:0:54:72:0:0 chr17 62121480 . T C 1012.56 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373549;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.157;QD=59.5624;RBI=0.0932731;REFB=0;REVB=0.0854663;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273003;OID=.;OPOS=62121480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:24:43:0:0:24:44:0:0 chr17 62125272 . A G 2903.67 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.605;QD=63.1233;RBI=0.0489014;REFB=0;REVB=-0.0468945;RO=0;SAF=78;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41802e-05;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:106:78:0:0:106:78:0:0 chr17 62141455 . A G 2827.37 PASS AF=0.97861;AO=183;DP=188;FAO=183;FDP=187;FR=.;FRO=4;FSAF=84;FSAR=99;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0315817;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7514;QD=60.4784;RBI=0.0579663;REFB=-0.105444;REVB=-0.0486075;RO=3;SAF=84;SAR=99;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00641478;STB=0.506259;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00178266;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:188:187:3:4:183:183:0.97861:99:84:2:1:99:84:3:1 chr17 62223431 . G C 193.17 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00034645;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=169.69;QD=12.073;RBI=0.0206773;REFB=-0.0249304;REVB=-0.0206744;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756676;STB=0.564461;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.025977;OID=.;OPOS=62223431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:40:24:24:0.375:9:15:20:16:9:15:21:19 chr17 62568057 . T C 460.21 PASS AF=0.419355;AO=51;DP=123;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.00952465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.248;QD=14.8455;RBI=0.0123943;REFB=-0.0216445;REVB=0.00793097;RO=72;SAF=17;SAR=34;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222787;STB=0.616367;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0210031;OID=.;OPOS=62568057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:72:72:51:52:0.419355:34:17:39:33:34:18:39:33 chr17 62782689 . T C 3804.49 PASS AF=0.991803;AO=237;DP=240;FAO=242;FDP=244;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=144;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0330316;FXX=0.0121453;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7767;QD=62.3687;RBI=0.0673065;REFB=-0.0240184;REVB=0.0586437;RO=2;SAF=98;SAR=139;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00962566;STB=0.50505;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00170716;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:240:244:2:2:237:242:0.991803:139:98:2:0:144:98:2:0 chr17 63533768 . G A 529.15 PASS AF=0.681159;AO=47;DP=69;FAO=47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.019644;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.95;QD=30.6755;RBI=0.0222621;REFB=-0.0371718;REVB=0.0104744;RO=22;SAF=29;SAR=18;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996364;STB=0.553824;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.018606;OID=.;OPOS=63533768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:22:22:47:47:0.681159:18:29:17:5:18:29:17:5 chr17 63533789 . T C 1502.93 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220977;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.976;QD=63.2814;RBI=0.0227422;REFB=0;REVB=0.00537577;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39109e-05;OID=.;OPOS=63533789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:92:95:1:46:46:0:0:46:49:0:0 chr17 63534250 . T C 1491.3 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.954;QD=63.4594;RBI=0.0637598;REFB=0;REVB=0.0595831;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69985e-05;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr17 63534302 . AA GC 769.51 PASS AF=0.521127;AO=73;DP=140;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0160562;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=160.997;QD=21.6764;RBI=0.0391207;REFB=-0.0194335;REVB=-0.0356739;RO=67;SAF=36;SAR=37;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395939;STB=0.528161;STBP=0.509;TYPE=mnp;VARB=0.0180675;OID=.;OPOS=63534302;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:67:68:73:74:0.521127:37:36:30:37:37:37:30:38 chr17 63554591 . G A 394.33 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00827873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9571;QD=19.9661;RBI=0.0229316;REFB=-0.01927;REVB=0.0213851;RO=39;SAF=16;SAR=24;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329985;STB=0.518315;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0208328;OID=.;OPOS=63554591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:24:16:17:22:24:16:17:22 chr17 64023642 . A G,T 2384.29 PASS AF=0.932099,0.0617284;AO=149,10;DP=161;FAO=151,10;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=54,6;FSAR=97,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0434157,0.0388231;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=235.446,190.287;QD=58.8714;RBI=0.0491515,0.0426791;REFB=-0.0557568,-0.0656034;REVB=0.0230422,0.0177277;RO=1;SAF=54,6;SAR=95,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00498073,0.0990155;STB=0.502564,0.555443;STBP=0.516,0.283;TYPE=snp,snp;VARB=0.00013703,0.149417;OID=.,.;OPOS=64023642,64023642;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:161:162:1:1:149,10:151,10:0.932099,0.0617284:95,4:54,6:0:1:97,4:54,6:0:1 chr17 64208230 . G A 1822.48 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.007;QD=61.2597;RBI=0.0145015;REFB=0;REVB=-0.000688916;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.17896e-06;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:58:60:0:0:58:61:0:0 chr17 64210757 . C A 975.9 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0650383;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6977;QD=59.1452;RBI=0.0650907;REFB=0;REVB=-0.00261041;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102376;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:65:66:1:37:28:0:0:38:28:0:0 chr17 64783081 . G A 2126.07 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173554;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2119;QD=62.9946;RBI=0.017406;REFB=0;REVB=0.00132628;RO=0;SAF=52;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665785;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:135:0:0:135:135:1:83:52:0:0:83:52:0:0 chr17 64785022 . G A 600.31 PASS AF=0.508333;AO=60;DP=120;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0158159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.014;QD=20.0105;RBI=0.0204226;REFB=-0.0243753;REVB=-0.0129206;RO=59;SAF=28;SAR=32;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100856;STB=0.55921;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0328351;OID=.;OPOS=64785022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:59:59:60:61:0.508333:32:28:21:38:32:29:21:38 chr17 64801021 . A G 820.39 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073089;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3283;QD=57.5711;RBI=0.0734608;REFB=0;REVB=0.0073819;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432484;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr17 64881075 . A G 535.04 PASS AF=0.386503;AO=62;DP=165;FAO=63;FDP=163;FR=.;FRO=100;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=68;FWDB=-0.00126871;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.498;QD=13.1297;RBI=0.0116485;REFB=-0.00309126;REVB=-0.0115792;RO=95;SAF=21;SAR=41;SRF=28;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538108;STB=0.519942;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00676092;OID=.;OPOS=64881075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:95:100:62:63:0.386503:41:21:28:67:41:22:32:68 chr17 65027740 . G C 435.82 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000845563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.841;QD=54.4781;RBI=0.0220327;REFB=-0.0409642;REVB=0.0220165;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000242934;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:0:1:20:11:0:1 chr17 65066879 . A G,T 1242.42 PASS AF=0.963415,0.0365854;AO=79,3;DP=82;FAO=79,3;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36,2;FSAR=43,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276703,-0.00410411;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.521,130.103;QD=60.6058;RBI=0.00712208,0.00552783;REFB=0,0;REVB=0.00656259,0.00370312;RO=0;SAF=36,2;SAR=43,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00549404,-0.00508948;OID=.,.;OPOS=65066879,65066879;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:82:82:0:0:79,3:79,3:0.963415,0.0365854:43,1:36,2:0:0:43,1:36,2:0:0 chr17 65104666 . T G 3496.6 PASS AF=1;AO=223;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.387;QD=62.7193;RBI=0.0393339;REFB=0;REVB=0.0314282;RO=0;SAF=85;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91665e-05;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:223:0:0:223:223:1:138:85:0:0:138:85:0:0 chr17 65104743 . G A 3650.77 PASS AF=1;AO=229;DP=230;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028827;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.218;QD=63.2168;RBI=0.0417383;REFB=0;REVB=0.0301843;RO=0;SAF=93;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38637e-05;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:230:231:0:0:229:231:1:136:93:0:0:136:95:0:0 chr17 65362552 . T A 2745.35 PASS AF=0.476923;AO=275;DP=577;FAO=279;FDP=585;FR=.;FRO=306;FSAF=127;FSAR=152;FSRF=170;FSRR=136;FWDB=0.00915163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.629;QD=18.7716;RBI=0.0108647;REFB=-0.0195523;REVB=0.00585566;RO=301;SAF=125;SAR=150;SRF=168;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984497;STB=0.552419;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0219686;OID=.;OPOS=65362552;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:577:585:301:306:275:279:0.476923:150:125:168:133:152:127:170:136 chr17 65404916 . AAGGGGG AAGGGG,AAGGGGA,AGGGG 183.29 PASS AF=0,0.0204082,0.408163;AO=6,3,16;DP=52;FAO=0,1,20;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=0,1,9;FSAR=0,0,11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0231984,0.0502862,0.0333026;FXX=0.039208;HRUN=5,5,3;LEN=1,1,2;MLLD=15.7144,22.9613,33.9007;QD=14.9621;RBI=0.139333,0.185102,0.122382;REFB=0.00651275,0.00113247,-0.0156358;REVB=0.137389,0.178141,0.117763;RO=22;SAF=2,2,9;SAR=4,1,7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.344535,0.0357353,-0.0760933;STB=0.5,0.98852,0.570469;STBP=1,0.47,0.448;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.0850283,0.0272594;OID=.,.,.;OPOS=65404918,65404922,65404917;OREF=G,G,AG;OALT=-,A,-;OMAPALT=AAGGGG,AAGGGGA,AGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0204082,0.408163:6,3,16:52:0,1,20:49:28:0,1,9:0,0,11:16:12:99:22:2,2,9:4,1,7:14:8 chr17 65453288 . C T 963.72 PASS AF=0.522222;AO=94;DP=180;FAO=94;FDP=180;FR=.;FRO=86;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=-0.0237836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9899;QD=21.4159;RBI=0.0253318;REFB=0.00392896;REVB=-0.00872023;RO=84;SAF=56;SAR=38;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102244;STB=0.504424;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00345369;OID=.;OPOS=65453288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:84:86:94:94:0.522222:38:56:51:33:38:56:52:34 chr17 65574283 . A G 1428.78 PASS AF=0.958763;AO=79;DP=98;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00589863;FXX=0.0202;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.4967;QD=58.9189;RBI=0.0176493;REFB=-0.144299;REVB=0.0166345;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.500666;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00182705;OID=.;OPOS=65574283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:97:0:4:79:93:0.958763:35:44:0:0:48:45:2:2 chr17 65739627 . A G 371.14 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0058736;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.733;QD=16.8699;RBI=0.0182944;REFB=-0.00483127;REVB=-0.0173259;RO=48;SAF=24;SAR=15;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273024;STB=0.657456;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00644109;OID=.;OPOS=65739627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:49:39:39:0.443182:15:24:16:32:15:24:16:33 chr17 65936587 . AG AC,A 45.96 PASS AF=0,0.275;AO=4,25;DP=84;FAO=0,22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=0,9;FSAR=0,13;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00140739,0.0226673;FXX=0.0476134;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=54.5297,8.00293;QD=2.29783;RBI=0.0596129,0.0303828;REFB=-0.018166,-0.124183;REVB=-0.0595963,0.0202315;RO=46;SAF=0,14;SAR=4,11;SRF=24;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0.355556;SSSB=-0.556095,0.0430333;STB=0.5,0.602848;STBP=1,0.29;TYPE=snp,del;VARB=0,0.185718;OID=.,.;OPOS=65936588,65936588;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.275:4,25:84:0,22:80:58:0,9:0,13:32:26:47:46:0,14:4,11:24:22 chr17 65978851 . T G 966.75 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0632597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0045;QD=54.4647;RBI=0.0729182;REFB=-0.0530411;REVB=0.0362666;RO=3;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388012;STB=0.520542;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00154178;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:35:33:0:3:35:33:0:3 chr17 65988049 . T C 469.47 PASS AF=0.367347;AO=53;DP=146;FAO=54;FDP=147;FR=.;FRO=93;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.0261941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4231;QD=12.7746;RBI=0.0370322;REFB=-0.00756991;REVB=-0.0261773;RO=93;SAF=35;SAR=18;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955064;STB=0.558801;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0153732;OID=.;OPOS=65988049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:93:93:53:54:0.367347:18:35:54:39:18:36:54:39 chr17 65989048 . T C 694.74 PASS AF=0.929825;AO=55;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0169967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.741;QD=48.7534;RBI=0.0596746;REFB=-0.0989544;REVB=-0.0572029;RO=2;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409364;STB=0.545437;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00650424;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:2:4:55:53:0.929825:22:33:0:2:20:33:0:4 chr17 65989086 . CCG C,CC,CGG,GCC 161.6 PASS AF=0.463415,0.0243902,0,0;AO=8,5,2,7;DP=50;FAO=19,1,0,0;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=1,0,0,0;FSAR=18,1,0,0;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.1565,0.182936,-0.0355229,0.00836022;FXX=0.0238039;HRUN=3,3,3,3;LEN=2,1,1,3;MLLD=23.1647,13.0231,17.394,89.885;QD=15.766;RBI=0.159338,0.215605,0.166837,0.118879;REFB=-0.149852,-0.14441,-0.017176,-0.0127271;REVB=0.0299421,-0.114104,0.163011,-0.118585;RO=28;SAF=0,0,2,0;SAR=8,5,0,7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.720966,-0.643692,0.482752,-0.70086;STB=0.817718,0.986681,0.5,0.5;STBP=0.009,0.482,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.199952,-0.0136334,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=65989087,65989088,65989087,65989086;OREF=CG,G,C,CCG;OALT=-,-,G,GCC;OMAPALT=C,CC,CGG,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:41:28:21:8,5,2,7:19,1,0,0:0.463415,0.0243902,0,0:8,5,0,7:0,0,2,0:13:15:18,1,0,0:1,0,0,0:7:14 chr17 66016006 . T C 1568.48 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.276;QD=64.0196;RBI=0.0156168;REFB=0;REVB=-0.00305512;RO=0;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31976e-05;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:44:54:0:0:44:54:0:0 chr17 66016096 . C T 1497.86 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481589;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9462;QD=59.9145;RBI=0.0802003;REFB=0;REVB=0.0641312;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727871;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr17 66195372 . C T 490.15 PASS AF=0.395683;AO=54;DP=139;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=0.0340755;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.939;QD=14.1049;RBI=0.0362359;REFB=-0.00295296;REVB=-0.0123249;RO=84;SAF=22;SAR=32;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162763;STB=0.515801;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00508013;OID=.;OPOS=66195372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:84:84:54:55:0.395683:32:22:33:51:32:23:33:51 chr17 66246416 . A G 2304.5 PASS AF=0.986486;AO=146;DP=149;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00394827;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.46;QD=62.2838;RBI=0.00429815;REFB=-0.0706555;REVB=0.00169861;RO=2;SAF=73;SAR=73;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128497;STB=0.506756;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-2.67267e-05;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:148:2:2:146:146:0.986486:73:73:2:0:73:73:2:0 chr17 66253095 . T A 665.95 PASS AF=0.662791;AO=57;DP=86;FAO=57;FDP=86;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0239982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.173;QD=30.9745;RBI=0.0240047;REFB=0.00382727;REVB=0.00056067;RO=28;SAF=20;SAR=37;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510189;STB=0.535279;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00261027;OID=.;OPOS=66253095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:28:29:57:57:0.662791:37:20:12:16:37:20:13:16 chr17 66264567 . TTA TAT,T 440.58 PASS AF=0.00662252,0.350993;AO=8,35;DP=59;FAO=1,53;FDP=151;FR=.;FRO=97;FSAF=0,10;FSAR=1,43;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=-0.0268274,-0.0774024;FXX=0.0194793;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=34.0532,97.004;QD=11.6709;RBI=0.0895949,0.0906742;REFB=-0.0390681,-0.0490569;REVB=0.0854841,0.04723;RO=0;SAF=0,8;SAR=8,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.991567,0.771506;STBP=0.298,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0808816,0.0986721;OID=.,.;OPOS=66264568,66264568;OREF=TA,TA;OALT=AT,-;OMAPALT=TAT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00662252,0.350993:8,35:59:1,53:151:97:0,10:1,43:56:41:99:0:0,8:8,27:0:0 chr17 66267691 . A T 363.67 PASS AF=0.340909;AO=45;DP=132;FAO=45;FDP=132;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.0055921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.115;QD=11.0203;RBI=0.00790976;REFB=-0.00491297;REVB=0.005594;RO=87;SAF=23;SAR=22;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192994;STB=0.511106;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00621613;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:87:87:45:45:0.340909:22:23:43:44:22:23:43:44 chr17 66364691 . C G 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0146158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.658;QD=14.4906;RBI=0.0153697;REFB=0.00533466;REVB=0.00475443;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00199253;STB=0.501154;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0134807;OID=.;OPOS=66364691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:11:19:12:7:11:19 chr17 66364749 . T C 370.47 PASS AF=0.335766;AO=46;DP=133;FAO=46;FDP=137;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.0309038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3181;QD=10.8167;RBI=0.0316919;REFB=-0.00906737;REVB=0.00702388;RO=87;SAF=21;SAR=25;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561413;STB=0.547078;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0178972;OID=.;OPOS=66364749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:137:87:91:46:46:0.335766:25:21:44:43:25:21:48:43 chr17 66364804 . T C 544.55 PASS AF=0.389222;AO=63;DP=168;FAO=65;FDP=167;FR=.;FRO=102;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.0054736;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.329;QD=13.043;RBI=0.00903029;REFB=-0.000269876;REVB=0.00718232;RO=101;SAF=26;SAR=37;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13329;STB=0.56038;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000394135;OID=.;OPOS=66364804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:101:102:63:65:0.389222:37:26:54:47:37:28:54:48 chr17 66391232 . A G 1340.64 PASS AF=0.584112;AO=123;DP=213;FAO=125;FDP=214;FR=.;FRO=89;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.0263654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9441;QD=25.0586;RBI=0.0271102;REFB=0.0131022;REVB=0.00631125;RO=89;SAF=65;SAR=58;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0084442;STB=0.508054;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00846327;OID=.;OPOS=66391232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:89:89:123:125:0.584112:58:65:48:41:60:65:48:41 chr17 66449122 . G A 1042.6 PASS AF=0.610738;AO=90;DP=150;FAO=91;FDP=149;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0126023;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.056;QD=27.9894;RBI=0.0210632;REFB=0.00105675;REVB=0.0168772;RO=58;SAF=38;SAR=52;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820075;STB=0.546055;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.000511452;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:58:58:90:91:0.610738:52:38:31:27:53:38:31:27 chr17 66533655 . A G 1898.12 PASS AF=0.992;AO=122;DP=123;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.287;QD=60.7397;RBI=0.0760015;REFB=-0.134076;REVB=0.0705485;RO=1;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082617;STB=0.504201;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000382641;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:125:1:1:122:124:0.992:57:65:0:1:59:65:0:1 chr17 66538239 . G T 508.72 PASS AF=0.385135;AO=57;DP=148;FAO=57;FDP=148;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.0372491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3304;QD=13.7492;RBI=0.05702;REFB=-0.0205977;REVB=0.0431716;RO=91;SAF=21;SAR=36;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128859;STB=0.573082;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0334285;OID=.;OPOS=66538239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:91:91:57:57:0.385135:36:21:44:47:36:21:44:47 chr17 66539847 . C T 428.9 PASS AF=0.440367;AO=49;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00680882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1119;QD=15.7394;RBI=0.047183;REFB=0.00558971;REVB=0.0466891;RO=60;SAF=29;SAR=20;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108061;STB=0.551756;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00691908;OID=.;OPOS=66539847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:61:49:48:0.440367:20:29:29:31:20:28:30:31 chr17 66871411 . G A 642.34 PASS AF=0.592233;AO=60;DP=105;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00501868;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.819;QD=24.9454;RBI=0.0438207;REFB=-0.00304701;REVB=0.0435323;RO=43;SAF=38;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972368;STB=0.549648;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00138805;OID=.;OPOS=66871411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:43:42:60:61:0.592233:22:38:22:21:22:39:22:20 chr17 66872802 . G C 3337.02 PASS AF=1;AO=215;DP=217;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549611;FXX=0.0137608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7151;QD=62.0841;RBI=0.0557151;REFB=0.0322075;REVB=0.00913519;RO=1;SAF=103;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002548;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:217:215:1:0:215:215:1:112:103:0:1:112:103:0:0 chr17 66880507 . G A 529.42 PASS AF=0.401316;AO=61;DP=153;FAO=61;FDP=152;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.00295859;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.276;QD=13.9321;RBI=0.0196308;REFB=-0.00631354;REVB=-0.0194066;RO=88;SAF=36;SAR=25;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000809207;STB=0.504784;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00975785;OID=.;OPOS=66880507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:88:91:61:61:0.401316:25:36:52:36:25:36:53:38 chr17 66880538 . C A,CA 38.35 PASS AF=0.00840336,0.092437;AO=5,14;DP=120;FAO=1,11;FDP=119;FR=.;FRO=107;FSAF=1,5;FSAR=0,6;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.0730603,-0.065588;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=112.705,94.7619;QD=1.28906;RBI=0.0731893,0.0659847;REFB=0.000594868,-0.000202021;REVB=-0.00434513,-0.00722488;RO=100;SAF=2,9;SAR=3,5;SRF=44;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0367158,0.24609;STB=0.990725,0.511607;STBP=0.302,0.965;TYPE=snp,ins;VARB=0.114932,0.0823262;OID=.,.;OPOS=66880538,66880539;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:120:119:100:107:5,14:1,11:0.00840336,0.092437:3,5:2,9:44:56:0,6:1,5:50:57 chr17 66904001 . A C 749.89 PASS AF=0.529412;AO=72;DP=137;FAO=72;FDP=136;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0159804;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.657;QD=22.0555;RBI=0.0218215;REFB=-0.00217786;REVB=0.0148595;RO=64;SAF=33;SAR=39;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129028;STB=0.570712;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00162166;OID=.;OPOS=66904001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:64:64:72:72:0.529412:39:33:39:25:39:33:39:25 chr17 67031457 . C T 1769.83 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.515;QD=59.9941;RBI=0.060008;REFB=0.0618974;REVB=-0.0571712;RO=1;SAF=43;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637542;STB=0.503355;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000714019;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:74:43:0:1:74:43:0:1 chr17 67081830 . T C 595.47 PASS AF=0.421384;AO=67;DP=160;FAO=67;FDP=159;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=-0.00773448;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.308;QD=14.9803;RBI=0.0119141;REFB=0.0004621;REVB=0.00906217;RO=91;SAF=32;SAR=35;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017403;STB=0.512961;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.000418354;OID=.;OPOS=67081830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:91:92:67:67:0.421384:35:32:45:46:35:32:46:46 chr17 67101718 . C T 1419.35 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187943;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.301;QD=63.0822;RBI=0.022071;REFB=0;REVB=0.0115717;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115064;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:55:35:0:0:55:35:0:0 chr17 67125840 . C T 105.26 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00442754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.639;QD=10.7955;RBI=0.0045693;REFB=0.00352293;REVB=0.00112932;RO=25;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214029;STB=0.654488;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00683471;OID=.;OPOS=67125840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:11:2:7:18:11:2:8:18 chr17 67178316 . A G 409.35 PASS AF=0.375;AO=48;DP=130;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.000897486;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.693;QD=12.7921;RBI=0.012141;REFB=0.00111222;REVB=0.0121078;RO=76;SAF=14;SAR=34;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141057;STB=0.592983;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00184757;OID=.;OPOS=67178316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:76:80:48:48:0.375:34:14:31:45:34:14:34:46 chr17 67210992 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.056246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.341;QD=14.0965;RBI=0.0568272;REFB=-0.000244624;REVB=0.00810622;RO=14;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484979;STB=0.794777;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0013658;OID=.;OPOS=67210992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:10:1:6:8:10:1:6:8 chr17 67212031 . A G 260.31 PASS AF=0.360465;AO=30;DP=85;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0131464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.338;QD=12.1074;RBI=0.0134159;REFB=-0.0102329;REVB=0.00267578;RO=55;SAF=9;SAR=21;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226464;STB=0.637588;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0126822;OID=.;OPOS=67212031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:55:55:30:31:0.360465:21:9:27:28:22:9:27:28 chr17 67212423 . G A 415.04 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0142852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.762;QD=16.7692;RBI=0.0283821;REFB=0.00444238;REVB=0.024525;RO=56;SAF=22;SAR=21;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242855;STB=0.513634;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00566445;OID=.;OPOS=67212423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:21:22:30:26:21:22:30:26 chr17 67215712 . C T 331.31 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=-0.00338704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.695;QD=11.7277;RBI=0.0135798;REFB=-0.015694;REVB=-0.0131506;RO=72;SAF=21;SAR=20;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183666;STB=0.604592;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0285954;OID=.;OPOS=67215712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:72:72:41:41:0.362832:20:21:25:47:20:21:25:47 chr17 67260926 . A G 526.21 PASS AF=0.372781;AO=63;DP=169;FAO=63;FDP=169;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=0.0133971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7169;QD=12.4546;RBI=0.084954;REFB=-0.00446821;REVB=0.083891;RO=104;SAF=32;SAR=31;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872178;STB=0.510891;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00783489;OID=.;OPOS=67260926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:104:106:63:63:0.372781:31:32:52:52:31:32:52:54 chr17 67267317 . T C 349.58 PASS AF=0.618182;AO=33;DP=54;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0274785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9914;QD=25.424;RBI=0.0274809;REFB=0.0201267;REVB=-0.000367673;RO=21;SAF=23;SAR=10;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558655;STB=0.526301;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00661512;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:21:21:33:34:0.618182:10:23:16:5:10:24:16:5 chr17 67273882 . C A 2064.92 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.44;QD=62.5732;RBI=0.0328145;REFB=0;REVB=-0.00251426;RO=0;SAF=64;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68233e-05;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:67:64:0:0:67:65:0:0 chr17 67299017 . A G 304.14 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0127923;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=298.593;QD=17.3793;RBI=0.012903;REFB=-0.00203379;REVB=-0.00168654;RO=36;SAF=8;SAR=25;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194571;STB=0.619757;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00194102;OID=.;OPOS=67299017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:25:8:15:21:25:8:16:21 chr17 67305519 . G A 131.33 PASS AF=0.310345;AO=17;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0178253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8213;QD=9.05721;RBI=0.110255;REFB=0.00443131;REVB=0.108804;RO=40;SAF=6;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28552;STB=0.681619;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00501472;OID=.;OPOS=67305519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:17:18:0.310345:11:6:24:16:12:6:24:16 chr17 67513003 . C A 456.8 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00102301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.443;QD=16.7635;RBI=0.0278615;REFB=-0.00947279;REVB=-0.0278427;RO=59;SAF=21;SAR=29;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703056;STB=0.539218;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0139959;OID=.;OPOS=67513003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:29:21:29:30:29:21:29:30 chr17 67513055 . A G 345.33 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0401487;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=175.129;QD=13.1554;RBI=0.0403486;REFB=-0.00479264;REVB=0.00401101;RO=57;SAF=14;SAR=27;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143311;STB=0.618852;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0050955;OID=.;OPOS=67513055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:64:41:41:0.390476:27:14:27:30:27:14:34:30 chr17 67982157 . C T 1453.44 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.764;QD=63.1932;RBI=0.0083701;REFB=0;REVB=0.00138195;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63504e-06;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr17 68173731 . A G 868.13 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.518;QD=57.8753;RBI=0.0673675;REFB=0;REVB=0.0643719;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236126;OID=.;OPOS=68173731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr17 70645013 . G A 694.52 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=143;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=50;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=21;FWDB=-0.00751724;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.494;QD=19.5639;RBI=0.017398;REFB=-0.018973;REVB=0.0156901;RO=71;SAF=50;SAR=19;SRF=50;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232005;STB=0.50787;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0196063;OID=.;OPOS=70645013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:71:73:69:69:0.485915:19:50:50:21:19:50:52:21 chr17 70645032 . G A 668.65 PASS AF=0.462585;AO=67;DP=148;FAO=68;FDP=147;FR=.;FRO=79;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=25;FWDB=0.00627052;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.338;QD=18.1944;RBI=0.0148763;REFB=-0.0385827;REVB=0.0134902;RO=76;SAF=50;SAR=17;SRF=54;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440356;STB=0.534549;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0409319;OID=.;OPOS=70645032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:76:79:67:68:0.462585:17:50:54:22:18:50:54:25 chr17 70660158 . T C 2143.85 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034263;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2459;QD=63.0543;RBI=0.0372664;REFB=0;REVB=-0.014657;RO=0;SAF=59;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171692;OID=.;OPOS=70660158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:134:136:1:75:59:0:0:76:60:0:0 chr17 70943990 . T C 1513.5 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.069237;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1448;QD=63.7264;RBI=0.0783843;REFB=0;REVB=0.0367468;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97597e-05;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:56:39:0:0:56:39:0:0 chr17 71027797 . C A 199.46 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0746709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.513;QD=15.6436;RBI=0.075071;REFB=0.00309432;REVB=-0.00773987;RO=29;SAF=18;SAR=4;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474603;STB=0.77317;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0103432;OID=.;OPOS=71027797;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:4:18:11:18:4:18:11:18 chr17 71027833 . A G 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00643885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.882;QD=12.942;RBI=0.0351166;REFB=0.00232676;REVB=0.0345212;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431702;STB=0.752115;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00328546;OID=.;OPOS=71027833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:4:11:8:17:4:11:8:17 chr17 71166701 . A G 836.85 PASS AF=0.545455;AO=78;DP=144;FAO=78;FDP=143;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.0154201;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6793;QD=23.4085;RBI=0.0297534;REFB=0.0152926;REVB=0.0254458;RO=64;SAF=39;SAR=39;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14201;STB=0.573408;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0106062;OID=.;OPOS=71166701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:64:65:78:78:0.545455:39:39:21:43:39:39:22:43 chr17 71167102 . T C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0175585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4306;QD=15.6454;RBI=0.0176254;REFB=0.0192144;REVB=0.0015349;RO=29;SAF=16;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860723;STB=0.54931;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.030567;OID=.;OPOS=71167102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:6:16:19:10:6:16:19:10 chr17 71167133 . T C 60.45 PASS AF=0.571429;AO=6;DP=12;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.201467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7576;QD=17.2722;RBI=0.206049;REFB=0.0141002;REVB=0.0432121;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372539;STB=0.713847;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00167372;OID=.;OPOS=71167133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:14:6:6:6:8:0.571429:4:2:0:6:4:4:0:6 chr17 71167541 . G A 200.18 PASS AF=0.571429;AO=17;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0506232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8752;QD=22.8775;RBI=0.0511844;REFB=-0.0259121;REVB=-0.00755825;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181454;STB=0.63675;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00322417;OID=.;OPOS=71167541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:15:17:20:0.571429:10:7:10:6:13:7:10:5 chr17 71192663 . G A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0422468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5171;QD=21.1306;RBI=0.0424874;REFB=-0.0216953;REVB=-0.00451609;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620553;STB=0.534852;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0178248;OID=.;OPOS=71192663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:11:11:9:12:11:11:9:12 chr17 71192873 . A G 187.77 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0179843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.803;QD=20.2994;RBI=0.0182242;REFB=0.0024472;REVB=-0.00294735;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163049;STB=0.591972;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00236594;OID=.;OPOS=71192873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:11:8:11:7:11:8:11:7 chr17 71196809 . A G 1141.84 PASS AF=0.554974;AO=105;DP=191;FAO=106;FDP=191;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=0.0130256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0801;QD=23.9128;RBI=0.031968;REFB=0.000106387;REVB=0.029194;RO=85;SAF=42;SAR=63;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497173;STB=0.524303;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.000143796;OID=.;OPOS=71196809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:85:85:105:106:0.554974:63:42:39:46:63:43:39:46 chr17 71197439 . C T 1502.36 PASS AF=0.568465;AO=137;DP=244;FAO=137;FDP=241;FR=.;FRO=104;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=0.0130605;FXX=0.0122946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.194;QD=24.9355;RBI=0.0159612;REFB=0.00812623;REVB=0.00917515;RO=101;SAF=69;SAR=68;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037704;STB=0.522313;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00575056;OID=.;OPOS=71197439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:241:101:104:137:137:0.568465:68:69:46:55:68:69:47:57 chr17 71197748 . G A 198.99 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0165739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7034;QD=19.4133;RBI=0.0182037;REFB=-0.035754;REVB=0.0075287;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199571;STB=0.611986;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0364356;OID=.;OPOS=71197748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:5:16:11:9:5:16 chr17 71203844 . G A 234.62 PASS AF=0.315789;AO=29;DP=94;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00861893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1055;QD=9.87892;RBI=0.0285856;REFB=0.011168;REVB=0.0272552;RO=64;SAF=11;SAR=18;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196931;STB=0.604972;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0308935;OID=.;OPOS=71203844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:64:65:29:30:0.315789:18:11:35:29:18:12:36:29 chr17 71205854 . A G 423.71 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0116776;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.471;QD=25.2962;RBI=0.0527207;REFB=-0.00781899;REVB=-0.0514112;RO=26;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109766;STB=0.552941;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00977293;OID=.;OPOS=71205854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:26:27:40:40:0.597015:23:17:15:11:23:17:15:12 chr17 71232687 . T C 228.51 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00631683;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.096;QD=21.7632;RBI=0.0064713;REFB=-0.0205335;REVB=0.00140546;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724577;STB=0.526292;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0228974;OID=.;OPOS=71232687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:10:12:12:7:10:12:12:8 chr17 71232804 . C A 1649.23 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.010025;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7918;QD=59.4316;RBI=0.0322308;REFB=0.093282;REVB=-0.030632;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00118866;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:0:1:109:110:0.990991:53:56:0:0:53:57:0:1 chr17 71232807 . T C 617.29 PASS AF=0.521008;AO=61;DP=118;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00115926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.132;QD=20.7493;RBI=0.0596768;REFB=0.0102122;REVB=-0.0596655;RO=57;SAF=33;SAR=28;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180675;STB=0.51404;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0146129;OID=.;OPOS=71232807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:57:57:61:62:0.521008:28:33:32:25:29:33:32:25 chr17 71232881 . G C 658.12 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00988228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6888;QD=19.7931;RBI=0.00996186;REFB=-0.0127953;REVB=-0.00125663;RO=66;SAF=36;SAR=30;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138271;STB=0.504131;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.013659;OID=.;OPOS=71232881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:66:67:66:66:0.496241:30:36:35:31:30:36:36:31 chr17 71233130 . A G 408.87 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.000282927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.705;QD=23.3639;RBI=0.0344797;REFB=-0.0435535;REVB=0.0344785;RO=30;SAF=10;SAR=30;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823774;STB=0.545431;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0460871;OID=.;OPOS=71233130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:30:10:10:20:30:10:10:20 chr17 71238433 . G A 1185.7 PASS AF=0.462687;AO=125;DP=269;FAO=124;FDP=268;FR=.;FRO=144;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=50;FSRR=94;FWDB=-0.0127722;FXX=0.00740713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3118;QD=17.697;RBI=0.0252529;REFB=0.00351642;REVB=0.0217848;RO=143;SAF=66;SAR=59;SRF=49;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178211;STB=0.594426;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00582958;OID=.;OPOS=71238433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:268:143:144:125:124:0.462687:59:66:49:94:59:65:50:94 chr17 71239234 . T G 33.46 PASS AF=0.230769;AO=4;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00857632;FXX=0.0370233;HRUN=24;LEN=1;MLLD=99.2595;QD=5.14819;RBI=0.02988;REFB=-0.0373874;REVB=-0.0286228;RO=18;SAF=0;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.734914;STB=0.691761;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.033256;OID=.;OPOS=71239234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:26:26:18:20:4:6:0.230769:4:0:13:5:3:3:15:5 chr17 71244630 . C T 721.02 PASS AF=0.591304;AO=68;DP=115;FAO=68;FDP=115;FR=.;FRO=47;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0194767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.696;QD=25.079;RBI=0.0196527;REFB=-0.00487232;REVB=-0.00262419;RO=46;SAF=42;SAR=26;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573234;STB=0.527517;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00344493;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:46:47:68:68:0.591304:26:42:25:21:26:42:26:21 chr17 71282143 . C T 877.43 PASS AF=0.524096;AO=87;DP=167;FAO=87;FDP=166;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.00521124;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.615;QD=21.1429;RBI=0.0145869;REFB=-0.0200302;REVB=-0.0136243;RO=78;SAF=39;SAR=48;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889408;STB=0.551712;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0176706;OID=.;OPOS=71282143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:78:79:87:87:0.524096:48:39:43:35:48:39:44:35 chr17 71334473 . G A 1057.57 PASS AF=0.627451;AO=95;DP=153;FAO=96;FDP=153;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=63;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0108058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.704;QD=27.6489;RBI=0.016838;REFB=0.00366504;REVB=-0.0129132;RO=57;SAF=33;SAR=62;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934792;STB=0.551894;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00251261;OID=.;OPOS=71334473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:57:57:95:96:0.627451:62:33:27:30:63:33:27:30 chr17 71365314 . A G 3641.66 PASS AF=1;AO=230;DP=234;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304347;FXX=0.0170206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.789;QD=63.0591;RBI=0.0315592;REFB=-0.0590009;REVB=-0.00834939;RO=1;SAF=104;SAR=126;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00456014;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144026;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:231:1:0:230:231:1:126:104:1:0:126:105:0:0 chr17 71380087 . G C 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0326126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.689;QD=13.9985;RBI=0.0398649;REFB=-0.00537887;REVB=-0.0229266;RO=55;SAF=12;SAR=24;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771617;STB=0.551152;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00827823;OID=.;OPOS=71380087;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:56:36:36:0.391304:24:12:22:33:24:12:23:33 chr17 71386577 . G T 799.0 PASS AF=0.410959;AO=90;DP=219;FAO=90;FDP=219;FR=.;FRO=129;FSAF=26;FSAR=64;FSRF=40;FSRR=89;FWDB=0.00431303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.517;QD=14.5936;RBI=0.00522532;REFB=-0.0147867;REVB=-0.00294987;RO=129;SAF=26;SAR=64;SRF=40;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026752;STB=0.514993;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0277683;OID=.;OPOS=71386577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:129:129:90:90:0.410959:64:26:40:89:64:26:40:89 chr17 71398170 . G C 2963.56 PASS AF=0.989529;AO=187;DP=189;FAO=189;FDP=191;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0440054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1833;QD=62.0642;RBI=0.0440084;REFB=-0.0382742;REVB=-0.000515276;RO=2;SAF=86;SAR=101;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000813363;STB=0.500362;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00185831;OID=.;OPOS=71398170;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:189:191:2:2:187:189:0.989529:101:86:1:1:101:88:1:1 chr17 71503636 . T C 977.88 PASS AF=0.563636;AO=93;DP=165;FAO=93;FDP=165;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.026678;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.173;QD=23.7063;RBI=0.0315475;REFB=0.00359321;REVB=0.0168383;RO=69;SAF=33;SAR=60;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030854;STB=0.528961;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00294293;OID=.;OPOS=71503636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:69:72:93:93:0.563636:60:33:27:42:60:33:30:42 chr17 71746427 . G A 421.65 PASS AF=0.396825;AO=47;DP=123;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0435262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.223;QD=13.3856;RBI=0.0449807;REFB=-0.0183648;REVB=0.0113459;RO=74;SAF=15;SAR=32;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204655;STB=0.58712;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00891733;OID=.;OPOS=71746427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:74:76:47:50:0.396825:32:15:37:37:32:18:38:38 chr17 71746435 . C T 482.0 PASS AF=0.406015;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.0416985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.315;QD=14.4963;RBI=0.0432887;REFB=-0.0298962;REVB=-0.0116252;RO=78;SAF=22;SAR=32;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111778;STB=0.559481;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0248511;OID=.;OPOS=71746435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:78:79:54:54:0.406015:32:22:40:38:32:22:40:39 chr17 71746479 . C G 818.98 PASS AF=0.472222;AO=84;DP=180;FAO=85;FDP=180;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0128234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0762;QD=18.1997;RBI=0.0216185;REFB=0.00505476;REVB=-0.0174046;RO=95;SAF=29;SAR=55;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160049;STB=0.583653;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00741237;OID=.;OPOS=71746479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:95:95:84:85:0.472222:55:29:48:47:55:30:48:47 chr17 71746508 . T C 1003.66 PASS AF=0.497462;AO=92;DP=191;FAO=98;FDP=197;FR=.;FRO=99;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.023084;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.012;QD=20.3789;RBI=0.0279015;REFB=-0.00962131;REVB=0.0156724;RO=97;SAF=32;SAR=60;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133695;STB=0.590177;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00702264;OID=.;OPOS=71746508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:197:97:99:92:98:0.497462:60:32:47:50:66:32:49:50 chr17 71746796 . A G 588.64 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.032533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5424;QD=23.3126;RBI=0.032633;REFB=0.00379526;REVB=0.00255212;RO=44;SAF=30;SAR=27;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286336;STB=0.501567;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00634793;OID=.;OPOS=71746796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:44:57:57:0.564356:27:30:23:21:27:30:23:21 chr17 71747278 . G C 1036.4 PASS AF=0.535135;AO=99;DP=185;FAO=99;FDP=185;FR=.;FRO=86;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.00155267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.499;QD=22.4087;RBI=0.00308674;REFB=-0.0108114;REVB=-0.0026678;RO=86;SAF=55;SAR=44;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376434;STB=0.520577;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0090437;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:86:86:99:99:0.535135:44:55:44:42:44:55:44:42 chr17 71747323 . T C 428.75 PASS AF=0.393939;AO=46;DP=127;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00848375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.96;QD=12.9924;RBI=0.00849024;REFB=-0.0129891;REVB=-0.000331804;RO=74;SAF=27;SAR=19;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808144;STB=0.527572;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0186946;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:132:74:80:46:52:0.393939:19:27:38:36:23:29:41:39 chr17 71747336 . G A 591.57 PASS AF=0.452555;AO=60;DP=135;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00836382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9742;QD=17.2722;RBI=0.0485479;REFB=-0.0140889;REVB=0.047822;RO=75;SAF=37;SAR=23;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586932;STB=0.520741;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00746674;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:75:75:60:62:0.452555:23:37:42:33:25:37:42:33 chr17 71747394 . C T 566.34 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0199531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9765;QD=17.0328;RBI=0.0332182;REFB=-0.0199947;REVB=-0.0265579;RO=71;SAF=38;SAR=22;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271485;STB=0.643699;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.02173;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:71:73:60:60:0.451128:22:38:25:46:22:38:27:46 chr17 71747397 . G A 552.35 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=-0.0473826;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3743;QD=16.6121;RBI=0.0549852;REFB=-0.00895169;REVB=-0.0278974;RO=73;SAF=38;SAR=21;SRF=25;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295639;STB=0.667782;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0227407;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:73:74:59:59:0.443609:21:38:25:48:21:38:25:49 chr17 71752500 . C CT 2925.79 PASS AF=1;AO=185;DP=191;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141487;FXX=0.0157886;HRUN=0;LEN=1;MLLD=178.669;QD=62.5837;RBI=0.0146596;REFB=0;REVB=-0.00383647;RO=2;SAF=82;SAR=103;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114697;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.3445e-05;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:185:191:187:187:0:82:105:0:0:16:2:82:103:2:0 chr17 72209858 . A G 2136.08 PASS AF=0.512136;AO=209;DP=409;FAO=211;FDP=412;FR=.;FRO=201;FSAF=60;FSAR=151;FSRF=52;FSRR=149;FWDB=-0.0473632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.247;QD=20.7387;RBI=0.0486003;REFB=0.010398;REVB=-0.0108958;RO=197;SAF=59;SAR=150;SRF=49;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375154;STB=0.515581;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00896329;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:412:197:201:209:211:0.512136:150:59:49:148:151:60:52:149 chr17 72301432 . A G 551.04 PASS AF=0.4;AO=64;DP=160;FAO=64;FDP=160;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.0175293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.563;QD=13.7761;RBI=0.0191153;REFB=0.00229116;REVB=0.00762335;RO=96;SAF=39;SAR=25;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854537;STB=0.548178;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00311495;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:96:96:64:64:0.4:25:39:51:45:25:39:51:45 chr17 72303449 . G A 1103.51 PASS AF=0.407166;AO=125;DP=305;FAO=125;FDP=307;FR=.;FRO=182;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=86;FSRR=96;FWDB=-0.00162018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.765;QD=14.378;RBI=0.0109177;REFB=-0.0176137;REVB=0.0107969;RO=179;SAF=55;SAR=70;SRF=85;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370875;STB=0.519471;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0221394;OID=.;OPOS=72303449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:307:179:182:125:125:0.407166:70:55:85:94:70:55:86:96 chr17 72305534 . C T 4801.1 PASS AF=0.963415;AO=315;DP=329;FAO=316;FDP=328;FR=.;FRO=12;FSAF=143;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0264437;FXX=0.00303942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.544;QD=58.5501;RBI=0.0291317;REFB=-0.165848;REVB=0.0122224;RO=9;SAF=143;SAR=172;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242999;STB=0.516759;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00138055;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:329:328:9:12:315:316:0.963415:172:143:0:9:173:143:0:12 chr17 72305688 . T C 1952.78 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0155356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.9874;QD=61.0243;RBI=0.0294447;REFB=-0.105419;REVB=0.0250127;RO=1;SAF=53;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646507;STB=0.503401;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000381629;OID=.;OPOS=72305688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:126:127:0.992188:73:53:0:1:73:54:0:1 chr17 72308219 . G A 2150.62 PASS AF=0.573066;AO=191;DP=340;FAO=200;FDP=349;FR=.;FRO=149;FSAF=82;FSAR=118;FSRF=58;FSRR=91;FWDB=0.131006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9665;QD=24.649;RBI=0.151244;REFB=-0.0336498;REVB=0.0755786;RO=149;SAF=77;SAR=114;SRF=58;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116778;STB=0.50918;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0278733;OID=.;OPOS=72308219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:349:149:149:191:200:0.573066:114:77:58:91:118:82:58:91 chr17 72308319 . G A 2962.31 PASS AF=0.994709;AO=188;DP=189;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0182;QD=62.6943;RBI=0.0166722;REFB=-0.111721;REVB=-0.00692381;RO=1;SAF=83;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570248;STB=0.502994;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000427163;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:189:1:1:188:188:0.994709:105:83:1:0:105:83:1:0 chr17 72324649 . G GC 199.86 PASS AF=0.508475;AO=23;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0105138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.5959;QD=13.5501;RBI=0.105091;REFB=0.00793358;REVB=0.104564;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108226;STB=0.507038;STBP=0.951;TYPE=ins;VARB=-0.00400232;OID=.;OPOS=72324650;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.508475:23:59:30:59:29:12:18:12:17:99:36:8:15:16:20 chr17 72338765 . G A 415.23 PASS AF=0.337838;AO=50;DP=148;FAO=50;FDP=148;FR=.;FRO=98;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=-0.0113187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5962;QD=11.2226;RBI=0.024572;REFB=-0.01202;REVB=-0.0218099;RO=97;SAF=26;SAR=24;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288752;STB=0.513245;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0222647;OID=.;OPOS=72338765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:97:98:50:50:0.337838:24:26:48:49:24:26:49:49 chr17 72346855 . T C 157.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.054383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.722;QD=9.6682;RBI=0.0690021;REFB=-0.0100814;REVB=-0.0424709;RO=44;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361;STB=0.708686;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0256509;OID=.;OPOS=72346855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:9:12:11:33:9:12:11:33 chr17 72350362 . G A 5317.69 PASS AF=0.927318;AO=365;DP=403;FAO=370;FDP=399;FR=.;FRO=29;FSAF=190;FSAR=180;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0916569;FXX=0.00992531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2331;QD=53.3101;RBI=0.146314;REFB=-0.213247;REVB=0.114047;RO=13;SAF=187;SAR=178;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234984;STB=0.51282;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0142748;OID=.;OPOS=72350362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:403:399:13:29:365:370:0.927318:178:187:2:11:180:190:20:9 chr17 72351406 . C T 3682.98 PASS AF=0.912587;AO=245;DP=275;FAO=261;FDP=286;FR=.;FRO=25;FSAF=58;FSAR=203;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=0.0525845;FXX=0.0305074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6055;QD=51.5102;RBI=0.103546;REFB=-0.120006;REVB=0.0891997;RO=8;SAF=46;SAR=199;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534641;STB=0.576126;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0142541;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:275:286:8:25:245:261:0.912587:199:46:6:2:203:58:22:3 chr17 72351761 . A G 3438.06 PASS AF=0.991111;AO=216;DP=218;FAO=223;FDP=225;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=139;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0140735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.644;QD=61.1211;RBI=0.0151218;REFB=0.012834;REVB=-0.00553196;RO=1;SAF=81;SAR=135;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351629;STB=0.501166;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-3.63941e-05;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:218:225:1:2:216:223:0.991111:135:81:0:1:139:84:1:1 chr17 72366695 . C A 1725.34 PASS AF=0.966942;AO=117;DP=121;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0409851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.204;QD=57.036;RBI=0.0474134;REFB=-0.184014;REVB=0.023838;RO=2;SAF=62;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000958124;STB=0.500992;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00599025;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:121:121:2:4:117:117:0.966942:55:62:1:1:55:62:2:2 chr17 72368550 . T C 499.63 PASS AF=0.426357;AO=54;DP=128;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=48;FSRF=18;FSRR=56;FWDB=-0.0127578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4508;QD=15.4924;RBI=0.0476225;REFB=-0.00777896;REVB=0.0458818;RO=73;SAF=6;SAR=48;SRF=17;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242897;STB=0.622355;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0126249;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:73:74:54:55:0.426357:48:6:17:56:48:7:18:56 chr17 72429869 . C T 527.23 PASS AF=0.317972;AO=68;DP=217;FAO=69;FDP=217;FR=.;FRO=148;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=0.00228014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5806;QD=9.71853;RBI=0.0272043;REFB=-0.00591236;REVB=-0.0271085;RO=148;SAF=35;SAR=33;SRF=72;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334323;STB=0.524032;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0170181;OID=.;OPOS=72429869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:148:148:68:69:0.317972:33:35:72:76:33:36:72:76 chr17 72439700 . T G 591.47 PASS AF=1;AO=33;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00444445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.418;QD=60.6639;RBI=0.0416901;REFB=0;REVB=0.0414525;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829147;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:33:39:1:9:24:0:0:14:25:0:0 chr17 72439808 . TG T 2389.87 PASS AF=1;AO=197;DP=215;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.259633;FXX=0.00465095;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.2016;QD=44.6705;RBI=0.29647;REFB=0;REVB=-0.143125;RO=0;SAF=90;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00109836;OID=.;OPOS=72439809;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:197:215:214:214:0:107:107:0:0:45:0:90:107:0:0 chr17 72469958 . A G 2654.96 PASS AF=0.597468;AO=236;DP=396;FAO=236;FDP=395;FR=.;FRO=159;FSAF=115;FSAR=121;FSRF=85;FSRR=74;FWDB=0.00800208;FXX=0.00503766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8567;QD=26.8857;RBI=0.0600391;REFB=-0.0238791;REVB=-0.0595034;RO=159;SAF=115;SAR=121;SRF=85;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352653;STB=0.519033;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0166546;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:395:159:159:236:236:0.597468:121:115:85:74:121:115:85:74 chr17 72519798 . C T 559.4 PASS AF=0.454545;AO=59;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0231091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3315;QD=16.9516;RBI=0.054185;REFB=-0.00612178;REVB=0.0490101;RO=72;SAF=27;SAR=32;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548095;STB=0.535157;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00665802;OID=.;OPOS=72519798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:72:72:59:60:0.454545:32:27:29:43:32:28:29:43 chr17 72521897 . G A 526.11 PASS AF=0.470588;AO=55;DP=119;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0056795;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.114;QD=17.6842;RBI=0.0122473;REFB=0.00325183;REVB=-0.0108508;RO=63;SAF=25;SAR=30;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171906;STB=0.598777;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00520707;OID=.;OPOS=72521897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:63:55:56:0.470588:30:25:40:23:31:25:40:23 chr17 72588326 . A C 630.09 PASS AF=0.639535;AO=55;DP=86;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0111829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.183;QD=29.3063;RBI=0.0112007;REFB=-0.0242294;REVB=0.000632631;RO=31;SAF=33;SAR=22;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542403;STB=0.529401;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0135103;OID=.;OPOS=72588326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:31:31:55:55:0.639535:22:33:21:10:22:33:21:10 chr17 72589196 . T C 244.05 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00670799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.26;QD=18.7727;RBI=0.0100169;REFB=-0.0148979;REVB=0.0074392;RO=25;SAF=6;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290886;STB=0.657308;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.01382;OID=.;OPOS=72589196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:20:6:13:12:20:6:13:13 chr17 72589264 . G T 168.09 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00566051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.097;QD=16.3994;RBI=0.00581327;REFB=-0.00880448;REVB=-0.00132392;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672545;STB=0.505488;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0113496;OID=.;OPOS=72589264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:23:17:18:0.439024:8:9:12:8:8:10:13:10 chr17 72590267 . T C 546.36 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0225624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.061;QD=23.2493;RBI=0.0225624;REFB=-0.00809526;REVB=2.05169e-05;RO=43;SAF=13;SAR=38;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740683;STB=0.540837;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00770425;OID=.;OPOS=72590267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:38:13:14:29:38:13:14:29 chr17 72613589 . T G 137.71 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0536921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.28;QD=11.4755;RBI=0.0545719;REFB=-0.0109276;REVB=-0.00975948;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159924;STB=0.520807;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0372115;OID=.;OPOS=72613589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:32:15:16:0.333333:8:7:8:17:8:8:15:17 chr17 72615293 . C T 303.44 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0681946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7507;QD=17.3392;RBI=0.0745261;REFB=-0.0228708;REVB=0.0300605;RO=36;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137711;STB=0.585805;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0306074;OID=.;OPOS=72615293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:22:11:17:19:22:11:18:19 chr17 72691928 . T C 740.46 PASS AF=0.411765;AO=84;DP=204;FAO=84;FDP=204;FR=.;FRO=120;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=70;FWDB=0.012497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.5204;QD=14.5187;RBI=0.0133604;REFB=0.00444938;REVB=0.00472499;RO=117;SAF=46;SAR=38;SRF=49;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133495;STB=0.576584;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00814305;OID=.;OPOS=72691928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:117:120:84:84:0.411765:38:46:49:68:38:46:50:70 chr17 72700943 . A G 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0165571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9528;QD=20.7382;RBI=0.0167569;REFB=-0.0507741;REVB=-0.00257969;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949381;STB=0.553631;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0180566;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:8:8:11:7:8:8 chr17 72744798 . G C 321.07 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00914429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.347;QD=13.8093;RBI=0.00925472;REFB=-0.0324601;REVB=-0.00142546;RO=54;SAF=11;SAR=25;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325223;STB=0.689756;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0493796;OID=.;OPOS=72744798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:57:36:36:0.387097:25:11:33:21:25:11:35:22 chr17 72838649 . C A 2554.5 PASS AF=0.453152;AO=266;DP=589;FAO=266;FDP=587;FR=.;FRO=321;FSAF=130;FSAR=136;FSRF=170;FSRR=151;FWDB=-0.00537757;FXX=0.00339553;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.351;QD=17.4071;RBI=0.00723431;REFB=-0.00416976;REVB=-0.0048391;RO=321;SAF=130;SAR=136;SRF=170;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404971;STB=0.522339;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0047878;OID=.;OPOS=72838649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:589:587:321:321:266:266:0.453152:136:130:170:151:136:130:170:151 chr17 72851133 . A G 348.82 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0150456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.36;QD=15.0028;RBI=0.0162217;REFB=-0.00187205;REVB=-0.0060639;RO=54;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548443;STB=0.525883;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00249664;OID=.;OPOS=72851133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:55:38:38:0.408602:21:17:27:27:21:17:27:28 chr17 72860253 . A G 1097.73 PASS AF=0.422535;AO=119;DP=287;FAO=120;FDP=284;FR=.;FRO=164;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=63;FSRR=101;FWDB=0.031298;FXX=0.0138884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.587;QD=15.4611;RBI=0.0312993;REFB=-0.00585144;REVB=-0.000284723;RO=166;SAF=52;SAR=67;SRF=67;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355934;STB=0.529138;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00878146;OID=.;OPOS=72860253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:284:166:164:119:120:0.422535:67:52:67:99:68:52:63:101 chr17 72860654 . G A 933.62 PASS AF=0.532164;AO=91;DP=172;FAO=91;FDP=171;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.00765482;FXX=0.0172404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.696;QD=21.839;RBI=0.0247608;REFB=-0.0321229;REVB=-0.0235479;RO=80;SAF=42;SAR=49;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993276;STB=0.505434;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0251466;OID=.;OPOS=72860654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:80:80:91:91:0.532164:49:42:36:44:49:42:36:44 chr17 72862593 . C T 1354.33 PASS AF=0.405333;AO=152;DP=375;FAO=152;FDP=375;FR=.;FRO=223;FSAF=62;FSAR=90;FSRF=123;FSRR=100;FWDB=0.0089796;FXX=0.0026595;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.502;QD=14.4462;RBI=0.0110769;REFB=-0.00182327;REVB=0.00648579;RO=221;SAF=62;SAR=90;SRF=121;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148586;STB=0.585638;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00264973;OID=.;OPOS=72862593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:375:221:223:152:152:0.405333:90:62:121:100:90:62:123:100 chr17 72863030 . T C 145.55 PASS AF=0.295775;AO=15;DP=73;FAO=21;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0320962;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4778;QD=8.19995;RBI=0.0380684;REFB=-0.00648708;REVB=-0.0204704;RO=37;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105563;STB=0.526857;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0538846;OID=.;OPOS=72863030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:37:50:15:21:0.295775:8:7:14:23:14:7:15:35 chr17 72869078 . A G 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0085908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.483;QD=10.7535;RBI=0.0087738;REFB=0.0163181;REVB=0.00178262;RO=26;SAF=1;SAR=12;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407297;STB=0.755393;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0332814;OID=.;OPOS=72869078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:12:1:7:19:12:1:7:19 chr17 72889685 . G A 1731.88 PASS AF=0.404124;AO=192;DP=466;FAO=196;FDP=485;FR=.;FRO=289;FSAF=125;FSAR=71;FSRF=100;FSRR=189;FWDB=0.0536019;FXX=0.00410669;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3205;QD=14.2835;RBI=0.0716639;REFB=-0.0483009;REVB=-0.0475664;RO=219;SAF=121;SAR=71;SRF=51;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370997;STB=0.670432;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0151887;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:466:485:219:289:192:196:0.404124:71:121:51:168:71:125:100:189 chr17 72889696 . A G 1736.33 PASS AF=0.502857;AO=172;DP=346;FAO=176;FDP=350;FR=.;FRO=174;FSAF=128;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=172;FWDB=0.0127211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0531;QD=19.8437;RBI=0.0250028;REFB=-0.00423856;REVB=-0.0215247;RO=174;SAF=128;SAR=44;SRF=2;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608196;STB=0.818574;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00808205;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:350:174:174:172:176:0.502857:44:128:2:172:48:128:2:172 chr17 72927123 . G T 1733.05 PASS AF=0.983333;AO=112;DP=117;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0468329;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.395;QD=57.7684;RBI=0.0475629;REFB=-0.031702;REVB=0.00830116;RO=2;SAF=6;SAR=106;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887469;STB=0.504672;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000535855;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:120:2:2:112:118:0.983333:106:6:0:2:106:12:0:2 chr17 72937851 . G A 672.96 PASS AF=0.564103;AO=64;DP=115;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.016486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0548;QD=23.0072;RBI=0.0299044;REFB=-0.0210117;REVB=0.0249497;RO=50;SAF=44;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113143;STB=0.554583;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0149617;OID=.;OPOS=72937851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:50:51:64:66:0.564103:20:44:28:22:21:45:29:22 chr17 72938100 . T C 1015.26 PASS AF=0.679688;AO=86;DP=127;FAO=87;FDP=128;FR=.;FRO=41;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00540853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.111;QD=31.7268;RBI=0.0184867;REFB=-0.0205548;REVB=0.0176779;RO=40;SAF=49;SAR=37;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334179;STB=0.519582;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00931945;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:40:41:86:87:0.679688:37:49:25:15:37:50:26:15 chr17 72939444 . GAC GAT,TGA 272.92 PASS AF=0.666667,0;AO=21,2;DP=36;FAO=24,0;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=10,0;FSAR=14,0;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0044273,0.0218669;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=122.879,139.486;QD=30.3245;RBI=0.113191,0.0494652;REFB=-0.0123361,-0.0345113;REVB=0.113104,0.0443694;RO=12;SAF=10,0;SAR=11,2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0701954,-0.593836;STB=0.556028,0.5;STBP=0.314,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00771699,0;OID=.,.;OPOS=72939446,72939444;OREF=C,GAC;OALT=T,TGA;OMAPALT=GAT,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:21,2:24,0:0.666667,0:11,2:10,0:7:5:14,0:10,0:7:5 chr17 72948369 . A G 2679.12 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013109;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9704;QD=61.9449;RBI=0.0247669;REFB=0.00332148;REVB=-0.0210131;RO=1;SAF=49;SAR=123;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00385435;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94625e-05;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:173:1:0:172:173:1:123:49:0:1:124:49:0:0 chr17 72949146 . C T 499.77 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00221716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.087;QD=18.3402;RBI=0.00508779;REFB=-0.00970915;REVB=0.00457928;RO=56;SAF=23;SAR=30;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616928;STB=0.534205;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0123566;OID=.;OPOS=72949146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:56:53:53:0.486239:30:23:28:28:30:23:28:28 chr17 72949167 . T C 496.0 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0276285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.713;QD=20.8843;RBI=0.0411984;REFB=-0.0178833;REVB=-0.030561;RO=43;SAF=28;SAR=20;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102161;STB=0.54705;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0249165;OID=.;OPOS=72949167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:47:48:48:0.505263:20:28:20:23:20:28:23:24 chr17 72949649 . C T 885.07 PASS AF=0.454545;AO=95;DP=209;FAO=95;FDP=209;FR=.;FRO=114;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=64;FWDB=0.0176429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.608;QD=16.9392;RBI=0.0430841;REFB=-0.0169902;REVB=0.0393061;RO=114;SAF=44;SAR=51;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243556;STB=0.513494;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0186689;OID=.;OPOS=72949649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:114:114:95:95:0.454545:51:44:50:64:51:44:50:64 chr17 72950384 . C T 199.88 PASS AF=0.277778;AO=28;DP=104;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=61;FSRR=17;FWDB=-0.00662509;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.864;QD=7.40283;RBI=0.0546087;REFB=-0.00812508;REVB=-0.0542053;RO=71;SAF=27;SAR=1;SRF=59;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475791;STB=0.671503;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.01768;OID=.;OPOS=72950384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:71:78:28:30:0.277778:1:27:59:12:3:27:61:17 chr17 72952017 . A G 2083.72 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.383;QD=62.6682;RBI=0.0571492;REFB=0;REVB=-0.00476404;RO=0;SAF=55;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11981e-05;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:78:55:0:0:78:55:0:0 chr17 73030547 . C T 707.8 PASS AF=0.492958;AO=70;DP=142;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0292378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.878;QD=19.9381;RBI=0.032072;REFB=-0.0160895;REVB=0.0131819;RO=71;SAF=26;SAR=44;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625158;STB=0.531572;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0169829;OID=.;OPOS=73030547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:71:72:70:70:0.492958:44:26:31:40:44:26:31:41 chr17 73037868 . C G 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.96;QD=59.5015;RBI=0.0233354;REFB=0;REVB=0.0206137;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47546e-05;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:28:40:0:0:29:40:0:0 chr17 73038746 . T C 642.81 PASS AF=0.432927;AO=71;DP=164;FAO=71;FDP=164;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.00771;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.025;QD=15.6783;RBI=0.00824799;REFB=0.00178541;REVB=-0.00293007;RO=92;SAF=34;SAR=37;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054324;STB=0.527203;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00223324;OID=.;OPOS=73038746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:92:93:71:71:0.432927:37:34:49:43:37:34:49:44 chr17 73059820 . C G 829.42 PASS AF=0.369403;AO=98;DP=267;FAO=99;FDP=268;FR=.;FRO=169;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=71;FSRR=98;FWDB=0.0239996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.078;QD=12.3794;RBI=0.0297056;REFB=-0.0175585;REVB=0.0175055;RO=162;SAF=49;SAR=49;SRF=65;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109206;STB=0.547229;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0305895;OID=.;OPOS=73059820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:268:162:169:98:99:0.369403:49:49:65:97:50:49:71:98 chr17 73060073 . T C 488.32 PASS AF=0.314721;AO=61;DP=196;FAO=62;FDP=197;FR=.;FRO=135;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=79;FWDB=0.0236631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.791;QD=9.91511;RBI=0.0372889;REFB=0.00109106;REVB=0.0288187;RO=130;SAF=27;SAR=34;SRF=56;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141785;STB=0.514453;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00190809;OID=.;OPOS=73060073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:130:135:61:62:0.314721:34:27:56:74:35:27:56:79 chr17 73060111 . G A 322.56 PASS AF=0.306569;AO=42;DP=137;FAO=42;FDP=137;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=62;FWDB=-0.0044527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.863;QD=9.41784;RBI=0.0101332;REFB=-0.00361581;REVB=0.00910253;RO=94;SAF=13;SAR=29;SRF=33;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559724;STB=0.529981;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0109167;OID=.;OPOS=73060111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:94:95:42:42:0.306569:29:13:33:61:29:13:33:62 chr17 73085975 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.804;QD=63.2865;RBI=0.0280611;REFB=0;REVB=0.0278511;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69666e-05;OID=.;OPOS=73085975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr17 73089524 . G A 1049.6 PASS AF=0.519802;AO=104;DP=201;FAO=105;FDP=202;FR=.;FRO=97;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=-0.0365625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3345;QD=20.7841;RBI=0.0531599;REFB=-0.0239025;REVB=0.0385897;RO=96;SAF=44;SAR=60;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245689;STB=0.518139;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0224113;OID=.;OPOS=73089524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:96:97:104:105:0.519802:60:44:38:58:60:45:38:59 chr17 73089706 . G A 356.61 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0138378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0451;QD=19.5404;RBI=0.0907797;REFB=-0.0498211;REVB=0.0897188;RO=35;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290706;STB=0.507932;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0506734;OID=.;OPOS=73089706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:36:37:37:0.506849:21:16:14:21:21:16:15:21 chr17 73089852 . T C 562.07 PASS AF=0.6;AO=50;DP=84;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0104096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1697;QD=26.4503;RBI=0.0105391;REFB=0.00202275;REVB=0.00164736;RO=34;SAF=21;SAR=29;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160544;STB=0.512086;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00198939;OID=.;OPOS=73089852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:34:34:50:51:0.6:29:21:15:19:30:21:15:19 chr17 73110279 . C T 1305.03 PASS AF=0.590244;AO=121;DP=207;FAO=121;FDP=205;FR=.;FRO=84;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.00347924;FXX=0.0144224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.396;QD=25.464;RBI=0.0169876;REFB=-0.00909146;REVB=0.0166275;RO=81;SAF=55;SAR=66;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00755079;STB=0.505818;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.006188;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:205:81:84:121:121:0.590244:66:55:36:45:66:55:37:47 chr17 73127217 . G C 399.12 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0255699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.728;QD=15.9649;RBI=0.0263193;REFB=-0.00260683;REVB=0.00623596;RO=58;SAF=22;SAR=20;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826022;STB=0.546479;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00224297;OID=.;OPOS=73127217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:20:22:35:23:20:22:35:23 chr17 73221439 . C T 2564.58 PASS AF=0.976879;AO=169;DP=174;FAO=169;FDP=173;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=87;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0564052;FXX=0.0057468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.468;QD=59.2965;RBI=0.0619486;REFB=-0.144318;REVB=0.025614;RO=3;SAF=82;SAR=87;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00602639;STB=0.506125;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000472947;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:174:173:3:4:169:169:0.976879:87:82:2:1:87:82:3:1 chr17 73222847 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.637;QD=60.0308;RBI=0.122278;REFB=0;REVB=0.00750401;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142142;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr17 73222865 . G A 941.11 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00727706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.272;QD=57.037;RBI=0.0072797;REFB=-0.15244;REVB=0.000196071;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-2.20121e-05;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:0:1:37:28:0:1 chr17 73230856 . C T 3727.07 PASS AF=0.972656;AO=247;DP=256;FAO=249;FDP=256;FR=.;FRO=7;FSAF=132;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00203256;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.532;QD=58.2354;RBI=0.0306956;REFB=-0.109625;REVB=0.0306282;RO=3;SAF=131;SAR=116;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121655;STB=0.514522;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00302471;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:256:256:3:7:247:249:0.972656:116:131:0:3:117:132:0:7 chr17 73257986 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.106;QD=51.9164;RBI=0.0533968;REFB=0;REVB=0.0437425;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340082;OID=.;OPOS=73257986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr17 73258479 . C T 1563.93 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0121506;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.108;QD=56.8701;RBI=0.0284115;REFB=-0.130042;REVB=0.0256822;RO=1;SAF=47;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784535;STB=0.512193;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000417265;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:110:1:3:107:107:0.972727:60:47:0:1:60:47:0:3 chr17 73269530 . A G 2178.2 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3799;QD=63.1362;RBI=0.104987;REFB=0;REVB=-0.104295;RO=0;SAF=76;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415605;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:62:76:0:0:62:76:0:0 chr17 73269676 . C T 2338.33 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027407;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.071;QD=61.1327;RBI=0.0278756;REFB=0;REVB=-0.00508985;RO=0;SAF=71;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581611;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:152:153:1:81:71:0:0:81:72:0:0 chr17 73279624 . A G 1577.97 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.313;QD=59.5459;RBI=0.0203019;REFB=0;REVB=-0.0166118;RO=0;SAF=41;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58906e-05;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:63:41:0:0:63:43:0:0 chr17 73315368 . C T 1440.58 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0253537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.425;QD=58.7994;RBI=0.0281951;REFB=0.0140701;REVB=0.0123352;RO=4;SAF=48;SAR=46;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201479;STB=0.510636;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.000796004;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:4:4:94:94:0.959184:46:48:1:3:46:48:1:3 chr17 73402246 . C A 619.93 PASS AF=0.97619;AO=42;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00881895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7452;QD=59.0409;RBI=0.0180146;REFB=0.0476527;REVB=0.0157083;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000775692;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:42:41:0.97619:16:26:0:0:15:26:0:1 chr17 73488794 . C T 548.33 PASS AF=0.373563;AO=65;DP=175;FAO=65;FDP=174;FR=.;FRO=109;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=0.0636001;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.096;QD=12.6053;RBI=0.0663854;REFB=-0.000967231;REVB=-0.0190276;RO=109;SAF=37;SAR=28;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210636;STB=0.511946;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00204421;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:109:109:65:65:0.373563:28:37:60:49:28:37:60:49 chr17 73495692 . C G 763.5 PASS AF=0.411504;AO=66;DP=226;FAO=93;FDP=226;FR=.,HEALED;FRO=131;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=66;FSRR=65;FWDB=0.0216774;FXX=0.0173905;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.7947;QD=13.5133;RBI=0.0243345;REFB=-0.0201826;REVB=0.011057;RO=124;SAF=15;SAR=51;SRF=62;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344021;STB=0.549887;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0665827;OID=.;OPOS=73495692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:124:131:66:93:0.411504:51:15:62:62:54:39:66:65 chr17 73498339 . G A 1161.08 PASS AF=0.491597;AO=115;DP=238;FAO=117;FDP=238;FR=.;FRO=121;FSAF=74;FSAR=43;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=0.00510648;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.376;QD=19.5139;RBI=0.050647;REFB=-0.00419048;REVB=0.0503889;RO=108;SAF=74;SAR=41;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908257;STB=0.571841;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00301026;OID=.;OPOS=73498339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:108:121:115:117:0.491597:41:74:59:49:43:74:60:61 chr17 73498483 . T C 402.88 PASS AF=0.335526;AO=51;DP=152;FAO=51;FDP=152;FR=.;FRO=101;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=0.00910131;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.649;QD=10.6021;RBI=0.00934676;REFB=-0.00405731;REVB=0.00212793;RO=101;SAF=24;SAR=27;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282717;STB=0.516273;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00755593;OID=.;OPOS=73498483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:101:101:51:51:0.335526:27:24:50:51:27:24:50:51 chr17 73498623 . A G 651.55 PASS AF=0.325301;AO=81;DP=249;FAO=81;FDP=249;FR=.;FRO=168;FSAF=57;FSAR=24;FSRF=115;FSRR=53;FWDB=-0.00876662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.936;QD=10.4666;RBI=0.0857424;REFB=-0.00501511;REVB=-0.0852931;RO=167;SAF=57;SAR=24;SRF=115;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209556;STB=0.515319;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00919353;OID=.;OPOS=73498623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:167:168:81:81:0.325301:24:57:115:52:24:57:115:53 chr17 73509823 . T C 655.64 PASS AF=0.431953;AO=72;DP=167;FAO=73;FDP=169;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.0043472;FXX=0.00588201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.874;QD=15.5181;RBI=0.0132675;REFB=-0.0151486;REVB=0.0125351;RO=95;SAF=32;SAR=40;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132951;STB=0.514352;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0189505;OID=.;OPOS=73509823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:95:96:72:73:0.431953:40:32:41:54:40:33:41:55 chr17 73518203 . G C 851.09 PASS AF=0.438679;AO=93;DP=212;FAO=93;FDP=212;FR=.;FRO=119;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=47;FSRR=72;FWDB=-0.0197961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.042;QD=16.0583;RBI=0.0240748;REFB=-0.0124426;REVB=0.0137006;RO=118;SAF=32;SAR=61;SRF=47;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590747;STB=0.531012;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0169977;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:118:119:93:93:0.438679:61:32:47:71:61:32:47:72 chr17 73518284 . G C 652.95 PASS AF=0.412429;AO=73;DP=177;FAO=73;FDP=177;FR=.;FRO=104;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=68;FWDB=0.00606418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.538;QD=14.7559;RBI=0.00877813;REFB=-0.00197705;REVB=-0.00634676;RO=104;SAF=23;SAR=50;SRF=36;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370995;STB=0.520828;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00270422;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:104:104:73:73:0.412429:50:23:36:68:50:23:36:68 chr17 73519413 . C T 475.67 PASS AF=0.367089;AO=58;DP=152;FAO=58;FDP=158;FR=.;FRO=100;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.0373039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5891;QD=12.0423;RBI=0.0605825;REFB=-0.020536;REVB=0.0477353;RO=94;SAF=29;SAR=29;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464601;STB=0.506327;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0281334;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:158:94:100:58:58:0.367089:29:29:43:51:29:29:49:51 chr17 73552185 . G A 306.78 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0273655;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.854;QD=12.9169;RBI=0.0315076;REFB=-0.0100764;REVB=0.0156159;RO=60;SAF=13;SAR=22;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215607;STB=0.623572;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0221229;OID=.;OPOS=73552185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:60:60:35:35:0.368421:22:13:34:26:22:13:34:26 chr17 73565171 . T C 310.3 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0445066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6424;QD=16.5493;RBI=0.0937684;REFB=-0.00228888;REVB=-0.0825329;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147654;STB=0.506663;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00125427;OID=.;OPOS=73565171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:40:41:33:34:0.453333:17:16:20:20:17:17:20:21 chr17 73571030 . A G 403.6 PASS AF=0.394958;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0256911;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.565;QD=13.5664;RBI=0.0259961;REFB=-0.00270953;REVB=-0.00397098;RO=65;SAF=22;SAR=25;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567063;STB=0.510931;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00305438;OID=.;OPOS=73571030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:65:72:47:47:0.394958:25:22:34:31:25:22:35:37 chr17 73571155 . T C 539.97 PASS AF=0.29249;AO=74;DP=253;FAO=74;FDP=253;FR=.;FRO=179;FSAF=20;FSAR=54;FSRF=93;FSRR=86;FWDB=-0.0587602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2994;QD=8.53702;RBI=0.0868838;REFB=-0.012455;REVB=0.0640003;RO=178;SAF=20;SAR=54;SRF=93;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319049;STB=0.685412;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0423577;OID=.;OPOS=73571155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:178:179:74:74:0.29249:54:20:93:85:54:20:93:86 chr17 73587784 . A G 863.69 PASS AF=0.403361;AO=96;DP=239;FAO=96;FDP=238;FR=.;FRO=142;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=48;FSRR=94;FWDB=-0.013314;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.292;QD=14.5158;RBI=0.0133252;REFB=-0.0030399;REVB=-0.000546044;RO=143;SAF=40;SAR=56;SRF=49;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826738;STB=0.549038;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0045703;OID=.;OPOS=73587784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:143:142:96:96:0.403361:56:40:49:94:56:40:48:94 chr17 73590830 . T G 4267.52 PASS AF=0.986014;AO=275;DP=283;FAO=282;FDP=286;FR=.;FRO=4;FSAF=141;FSAR=141;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.044713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.043;QD=59.6856;RBI=0.045154;REFB=-0.118334;REVB=0.00629558;RO=6;SAF=138;SAR=137;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204196;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660587;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:283:286:6:4:275:282:0.986014:137:138:0:6:141:141:2:2 chr17 73609139 . C T 1743.38 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=120;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.013645;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.267;QD=59.0975;RBI=0.0304595;REFB=-0.103704;REVB=0.0272322;RO=1;SAF=65;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725069;STB=0.501037;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00087122;OID=.;OPOS=73609139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:118:1:2:116:116:0.983051:51:65:1:0:51:65:1:1 chr17 73612642 . A AT 699.94 PASS AF=1;AO=57;DP=62;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776382;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.4432;QD=47.4537;RBI=0.0500754;REFB=0;REVB=0.0494699;RO=3;SAF=36;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037694;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000870858;OID=.;OPOS=73612643;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:62:59:59:0:38:21:0:0:13:3:36:21:3:0 chr17 73625430 . G A 3776.22 PASS AF=0.992032;AO=245;DP=250;FAO=249;FDP=251;FR=.;FRO=2;FSAF=108;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0934289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6603;QD=60.1787;RBI=0.127799;REFB=-0.00933636;REVB=0.0871992;RO=3;SAF=106;SAR=139;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101747;STB=0.503521;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000401272;OID=.;OPOS=73625430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:250:251:3:2:245:249:0.992032:139:106:0:3:141:108:0:2 chr17 73625478 . T C 4100.57 PASS AF=1;AO=263;DP=264;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.665;QD=62.1299;RBI=0.0321632;REFB=0;REVB=-9.11631e-05;RO=0;SAF=115;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9524e-06;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:264:264:0:0:263:264:1:148:115:0:0:149:115:0:0 chr17 73626918 . C CTG 79.26 PASS AF=0.177215;AO=13;DP=80;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=18;FWDB=-0.02507;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.953;QD=4.01327;RBI=0.112411;REFB=-0.00497538;REVB=-0.10958;RO=65;SAF=12;SAR=1;SRF=48;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393395;STB=0.803988;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=0.0219331;OID=.;OPOS=73626919;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177215:13:80:14:79:65:13:1:47:18:79:65:12:1:48:17 chr17 73626923 . GGG GTG,TGG,TGT 440.2 PASS AF=0.397059,0.0735294,0.191176;AO=5,8,6;DP=62;FAO=27,5,13;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=23,4,7;FSAR=4,1,6;FSRF=22;FSRR=1;FWDB=-0.0216905,-0.0397552,-0.0195527;FXX=0.0810701;HRUN=12,12,12;LEN=1,1,3;MLLD=180.668,79.2852,177.118;QD=25.894;RBI=0.0223874,0.0405819,0.020853;REFB=-0.0266185,-0.0461788,-0.0336192;REVB=-0.00554221,-0.00814922,-0.00724835;RO=4;SAF=5,8,3;SAR=0,0,3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-0.344363;STB=0.610102,0.764122,0.779985;STBP=0.283,0.845,0.069;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=0.0276427,0.0196666,0.018578;OID=.,.,.;OPOS=73626924,73626923,73626923;OREF=G,G,GGG;OALT=T,T,TGT;OMAPALT=GTG,TGG,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:68:4:23:5,8,6:27,5,13:0.397059,0.0735294,0.191176:0,0,3:5,8,3:4:0:4,1,6:23,4,7:22:1 chr17 73627539 . T C 949.54 PASS AF=0.390244;AO=106;DP=280;FAO=112;FDP=287;FR=.;FRO=175;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=86;FSRR=89;FWDB=-0.0076995;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.806;QD=13.234;RBI=0.0161787;REFB=0.00044522;REVB=-0.0142292;RO=170;SAF=62;SAR=44;SRF=85;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938493;STB=0.549089;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00067266;OID=.;OPOS=73627539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:287:170:175:106:112:0.390244:44:62:85:85:48:64:86:89 chr17 73627565 . A G 4442.82 PASS AF=1;AO=277;DP=281;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057137;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0141;QD=63.243;RBI=0.0100949;REFB=0;REVB=-0.00832224;RO=0;SAF=136;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46568e-05;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:281:281:0:0:277:281:1:141:136:0:0:142:139:0:0 chr17 73698557 . C T 1975.68 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339258;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3176;QD=61.2615;RBI=0.0380018;REFB=-0.113239;REVB=-0.0171223;RO=1;SAF=41;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114483;STB=0.506023;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00183117;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:129:1:1:128:128:0.992248:87:41:1:0:87:41:1:0 chr17 73732428 . G A 210.72 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00718488;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8808;QD=11.8715;RBI=0.0143373;REFB=0.00136072;REVB=-0.0124071;RO=45;SAF=9;SAR=17;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321521;STB=0.684909;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00295878;OID=.;OPOS=73732428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:45:45:26:26:0.366197:17:9:29:16:17:9:29:16 chr17 73750859 . C A,G 776.86 PASS AF=0.0350877,0.964912;AO=2,54;DP=57;FAO=2,55;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=2,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427617,0.0442349;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.7442,81.7268;QD=54.5166;RBI=0.0536366,0.0443486;REFB=0.024904,-0.118418;REVB=0.0323778,0.00317391;RO=1;SAF=0,21;SAR=2,33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0219106;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0237013,-0.000271397;OID=.,.;OPOS=73750859,73750859;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:1:0:2,54:2,55:0.0350877,0.964912:2,33:0,21:1:0:2,33:0,22:0:0 chr17 73751278 . G A 1687.49 PASS AF=0.564748;AO=156;DP=277;FAO=157;FDP=278;FR=.;FRO=121;FSAF=64;FSAR=93;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=0.00909446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3769;QD=24.2804;RBI=0.0850737;REFB=-0.0157366;REVB=0.0845862;RO=119;SAF=63;SAR=93;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950134;STB=0.54639;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0214303;OID=.;OPOS=73751278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:278:119:121:156:157:0.564748:93:63:62:57:93:64:62:59 chr17 73753503 . T C 1782.26 PASS AF=1;AO=115;DP=120;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478763;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.119;QD=60.9321;RBI=0.0166675;REFB=0;REVB=-0.0159651;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61855e-05;OID=.;OPOS=73753503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:117:0:0:115:117:1:50:65:0:0:51:66:0:0 chr17 73812909 . A G 18857.6 PASS AF=1;AO=1143;DP=1149;FAO=1195;FDP=1195;FR=.;FRO=0;FSAF=644;FSAR=551;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191682;FXX=0.00499579;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4146;QD=63.1217;RBI=0.0493791;REFB=-0.00446502;REVB=0.0455069;RO=2;SAF=639;SAR=504;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000199972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5082e-05;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:79:1149:1195:2:0:1143:1195:1:504:639:1:1:551:644:0:0 chr17 73816026 . A G 721.44 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8906;QD=56.5835;RBI=0.0340728;REFB=0;REVB=-0.0299373;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39219e-05;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:36:14:0:0:36:15:0:0 chr17 73942662 . CT AC,C,TC 32.86 PASS AF=0.0212766,0.255319,0.0425532;AO=4,15,2;DP=48;FAO=1,12,2;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=1,5,0;FSAR=0,7,2;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0137643,0.0157298,-0.018118;FXX=0.020829;HRUN=1,7,1;LEN=2,1,2;MLLD=97.5733,6.99494,108.184;QD=2.79695;RBI=0.0139571,0.0327,0.0197874;REFB=-0.0215811,-0.165562,-0.0243886;REVB=0.00231161,-0.0286682,0.00795485;RO=24;SAF=4,2,0;SAR=0,13,2;SRF=6;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.732136,-0.211492,-0.399466;STB=0.995184,0.655515,0.992157;STBP=0.105,0.258,0.387;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.101744,0.154629,0.0989348;OID=.,.,.;OPOS=73942662,73942663,73942662;OREF=CT,T,CT;OALT=AC,-,TC;OMAPALT=AC,C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:48:47:24:32:4,15,2:1,12,2:0.0212766,0.255319,0.0425532:0,13,2:4,2,0:6:18:0,7,2:1,5,0:7:25 chr17 73949540 . G C 2284.41 PASS AF=1;AO=121;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123804;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9313;QD=63.4558;RBI=0.085964;REFB=0;REVB=-0.0850678;RO=0;SAF=62;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211173;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:121:144:1:59:62:0:0:61:83:0:0 chr17 73969835 . C T 864.1 PASS AF=0.5375;AO=85;DP=160;FAO=86;FDP=160;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.00431086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.117;QD=21.6024;RBI=0.0201144;REFB=-0.00267892;REVB=0.0196471;RO=74;SAF=33;SAR=52;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884339;STB=0.508235;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00232064;OID=.;OPOS=73969835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:74:74:85:86:0.5375:52:33:28:46:52:34:28:46 chr17 73997474 . G A 1626.99 PASS AF=0.965217;AO=111;DP=115;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00636552;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.71;QD=56.591;RBI=0.01827;REFB=-0.0699673;REVB=0.0171252;RO=1;SAF=49;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959032;STB=0.519604;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000329854;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:115:115:1:4:111:111:0.965217:62:49:1:0:62:49:4:0 chr17 74005763 . C T 501.38 PASS AF=0.318841;AO=65;DP=206;FAO=66;FDP=207;FR=.;FRO=141;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=67;FSRR=74;FWDB=0.00121002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9603;QD=9.6884;RBI=0.0127793;REFB=-0.00614214;REVB=-0.0127219;RO=141;SAF=44;SAR=21;SRF=67;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244787;STB=0.645043;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0152992;OID=.;OPOS=74005763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:141:141:65:66:0.318841:21:44:67:74:21:45:67:74 chr17 74014628 . G A 3463.8 PASS AF=0.978261;AO=225;DP=232;FAO=225;FDP=230;FR=.;FRO=5;FSAF=104;FSAR=121;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00405416;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1592;QD=60.24;RBI=0.0171232;REFB=-0.00815115;REVB=0.0166363;RO=5;SAF=104;SAR=121;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00259159;STB=0.501361;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.000557244;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:232:230:5:5:225:225:0.978261:121:104:2:3:121:104:2:3 chr17 74014668 . T C 2824.16 PASS AF=1;AO=178;DP=181;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570198;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.016;QD=61.7303;RBI=0.0233251;REFB=0;REVB=0.0226174;RO=1;SAF=91;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520283;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129795;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:183:1:0:178:183:1:87:91:1:0:89:94:0:0 chr17 74017554 . G T 343.2 PASS AF=0.126638;AO=87;DP=686;FAO=87;FDP=687;FR=.;FRO=600;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=204;FSRR=396;FWDB=-0.0183415;FXX=0.00145347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.004;QD=1.99826;RBI=0.025404;REFB=0.000451131;REVB=0.017577;RO=597;SAF=36;SAR=51;SRF=201;SRR=396;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105214;STB=0.567965;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00296087;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:686:687:597:600:87:87:0.126638:51:36:201:396:51:36:204:396 chr17 74017573 . C G 326.48 PASS AF=0.122655;AO=85;DP=694;FAO=85;FDP=693;FR=.;FRO=608;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=199;FSRR=409;FWDB=-0.0499792;FXX=0.0014409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.268;QD=1.88442;RBI=0.0504807;REFB=-0.00198404;REVB=0.00709725;RO=588;SAF=34;SAR=51;SRF=197;SRR=391;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893479;STB=0.568237;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0134997;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:694:693:588:608:85:85:0.122655:51:34:197:391:51:34:199:409 chr17 74017594 . A G 308.33 PASS AF=0.120588;AO=82;DP=680;FAO=82;FDP=680;FR=.;FRO=598;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=190;FSRR=408;FWDB=-0.0392153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2946;QD=1.81369;RBI=0.0400056;REFB=-0.000618068;REVB=0.00791228;RO=596;SAF=32;SAR=50;SRF=190;SRR=406;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993711;STB=0.569016;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00388028;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:680:680:596:598:82:82:0.120588:50:32:190:406:50:32:190:408 chr17 74056413 . C T 251.97 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.017268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0319;QD=10.3905;RBI=0.0309647;REFB=-0.012647;REVB=0.0257026;RO=66;SAF=22;SAR=9;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154054;STB=0.590543;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0272889;OID=.;OPOS=74056413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:66:31:31:0.319588:9:22:39:27:9:22:39:27 chr17 74066447 . T A 520.56 PASS AF=0.416058;AO=55;DP=135;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.00350752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.344;QD=15.1989;RBI=0.0266109;REFB=-0.00229894;REVB=0.0263787;RO=80;SAF=31;SAR=24;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804591;STB=0.543334;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00279774;OID=.;OPOS=74066447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:80:80:55:57:0.416058:24:31:39:41:25:32:39:41 chr17 74076415 . G A 415.53 PASS AF=0.494118;AO=40;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0575548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8284;QD=19.5541;RBI=0.0576676;REFB=-0.0277257;REVB=0.00360597;RO=43;SAF=24;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189849;STB=0.600846;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0243744;OID=.;OPOS=74076415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:40:42:0.494118:16:24:17:26:17:25:17:26 chr17 74076642 . G A 293.03 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0150828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.631;QD=22.9827;RBI=0.0252928;REFB=-0.0211472;REVB=-0.0203036;RO=22;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225399;STB=0.62408;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0221443;OID=.;OPOS=74076642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:15:14:17:5:15:14:17:5 chr17 74077797 . C T 642.84 PASS AF=0.390374;AO=73;DP=187;FAO=73;FDP=187;FR=.;FRO=114;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=0.00115495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.944;QD=13.7505;RBI=0.0145506;REFB=-0.00613291;REVB=-0.0145047;RO=114;SAF=28;SAR=45;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810834;STB=0.545773;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00915596;OID=.;OPOS=74077797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:114:114:73:73:0.390374:45:28:52:62:45:28:52:62 chr17 74080443 . C T 664.72 PASS AF=0.450617;AO=73;DP=162;FAO=73;FDP=162;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=56;FWDB=0.0183526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.15;QD=16.4128;RBI=0.0186841;REFB=-0.0124526;REVB=-0.00350431;RO=88;SAF=32;SAR=41;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755265;STB=0.538038;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0213247;OID=.;OPOS=74080443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:88:89:73:73:0.450617:41:32:32:56:41:32:33:56 chr17 74132418 . G A,GT 55.0 PASS AF=0,0.213483;AO=5,14;DP=99;FAO=0,19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=0,12;FSAR=0,7;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.0189947,0.047613;FXX=0.0918274;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=186.978,63.6859;QD=2.47177;RBI=0.0479375,0.0594553;REFB=-0.00755694,-0.0100338;REVB=-0.0440137,-0.0356081;RO=67;SAF=0,11;SAR=5,3;SRF=35;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.543943,0.352104;STB=0.5,0.667268;STBP=1,0.115;TYPE=snp,ins;VARB=0.0647343,0.194357;OID=.,.;OPOS=74132418,74132419;OREF=G,-;OALT=A,T;OMAPALT=A,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:99:89:67:70:5,14:0,19:0,0.213483:5,3:0,11:35:32:0,7:0,12:29:41 chr17 74288853 . T G 328.69 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0224885;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8773;QD=15.2877;RBI=0.0364527;REFB=0.00288809;REVB=-0.0286891;RO=49;SAF=19;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179674;STB=0.504531;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00637493;OID=.;OPOS=74288853;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:49:50:36:36:0.418605:17:19:25:24:17:19:26:24 chr17 74381567 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.871;QD=48.7371;RBI=0.00560423;REFB=0;REVB=-0.00394733;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85131e-07;OID=.;OPOS=74381567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr17 74383475 . T C 451.29 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0123333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.741;QD=19.4104;RBI=0.021915;REFB=-0.0140302;REVB=-0.0181151;RO=48;SAF=18;SAR=27;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044818;STB=0.524876;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0151556;OID=.;OPOS=74383475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:27:18:17:31:27:18:17:31 chr17 74387284 . C T 1220.76 PASS AF=0.435811;AO=129;DP=296;FAO=129;FDP=296;FR=.;FRO=167;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=92;FSRR=75;FWDB=0.00453965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.335;QD=16.4968;RBI=0.0139178;REFB=-0.0138247;REVB=0.0131566;RO=167;SAF=64;SAR=65;SRF=92;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556428;STB=0.530885;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0180223;OID=.;OPOS=74387284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:167:167:129:129:0.435811:65:64:92:75:65:64:92:75 chr17 74475024 . G A 1568.76 PASS AF=1;AO=102;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.764;QD=57.5693;RBI=0.0892734;REFB=-0.0666103;REVB=0.0887868;RO=0;SAF=69;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146581;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:109:0:0:102:109:1:33:69:0:0:37:72:0:0 chr17 74541129 . A G 1012.86 PASS AF=0.602564;AO=94;DP=156;FAO=94;FDP=156;FR=.;FRO=62;FSAF=92;FSAR=2;FSRF=62;FSRR=0;FWDB=-0.0469641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.591;QD=25.9709;RBI=0.0530609;REFB=0.00470889;REVB=0.0246948;RO=60;SAF=92;SAR=2;SRF=60;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231275;STB=0.625996;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00266716;OID=.;OPOS=74541129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:60:62:94:94:0.602564:2:92:60:0:2:92:62:0 chr17 74652491 . T C 558.9 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0154807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.593;QD=17.4655;RBI=0.0169198;REFB=0.0021602;REVB=0.00682859;RO=69;SAF=29;SAR=30;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111639;STB=0.561965;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.000503162;OID=.;OPOS=74652491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:69:59:59:0.460938:30:29:26:43:30:29:26:43 chr17 74652501 . AT TA 415.67 PASS AF=0.448276;AO=44;DP=110;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0473729;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.75;QD=14.3333;RBI=0.048163;REFB=-0.0408417;REVB=0.00868827;RO=62;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134165;STB=0.527387;STBP=0.638;TYPE=mnp;VARB=0.0484059;OID=.;OPOS=74652501;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:116:62:64:44:52:0.448276:22:22:23:39:30:22:24:40 chr17 74732507 . A G 3189.02 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2168;QD=64.1009;RBI=0.0141824;REFB=0;REVB=-0.00465658;RO=0;SAF=104;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42117e-05;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:199:0:0:198:199:1:94:104:0:0:95:104:0:0 chr17 74733099 . G A 14439.5 PASS AF=1;AO=913;DP=919;FAO=914;FDP=914;FR=.;FRO=0;FSAF=429;FSAR=485;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021489;FXX=0.00652167;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.09;QD=63.1926;RBI=0.0226781;REFB=-0.0473469;REVB=0.00724693;RO=3;SAF=429;SAR=484;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00332943;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35531e-05;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:919:914:3:0:913:914:1:484:429:3:0:485:429:0:0 chr17 74735000 . T C 471.44 PASS AF=0.37013;AO=57;DP=154;FAO=57;FDP=154;FR=.;FRO=97;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.00171324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.921;QD=12.2453;RBI=0.0164636;REFB=-0.00812848;REVB=0.0163742;RO=96;SAF=28;SAR=29;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710269;STB=0.536728;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.011332;OID=.;OPOS=74735000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:96:97:57:57:0.37013:29:28:41:55:29:28:42:55 chr17 74857676 . A G 1148.26 PASS AF=0.497817;AO=113;DP=233;FAO=114;FDP=229;FR=.;FRO=115;FSAF=43;FSAR=71;FSRF=40;FSRR=75;FWDB=0.0163107;FXX=0.0213666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.233;QD=20.057;RBI=0.0163385;REFB=-0.00514148;REVB=0.000953024;RO=114;SAF=43;SAR=70;SRF=40;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289945;STB=0.515814;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00521019;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:229:114:115:113:114:0.497817:70:43:40:74:71:43:40:75 chr17 74878259 . G A 9340.44 PASS AF=0.998325;AO=589;DP=596;FAO=596;FDP=597;FR=.;FRO=1;FSAF=278;FSAR=318;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159496;FXX=0.0261007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.602;QD=62.5825;RBI=0.0303305;REFB=-0.175406;REVB=0.0257983;RO=1;SAF=278;SAR=311;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00153322;STB=0.500785;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000432214;OID=.;OPOS=74878259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:596:597:1:1:589:596:0.998325:311:278:0:1:318:278:0:1 chr17 74921072 . G C 922.33 PASS AF=0.405405;AO=104;DP=259;FAO=105;FDP=259;FR=.;FRO=154;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=90;FSRR=64;FWDB=-0.0103792;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.073;QD=14.2445;RBI=0.0109834;REFB=-0.0066945;REVB=0.0035928;RO=154;SAF=44;SAR=60;SRF=90;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170987;STB=0.597758;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00914931;OID=.;OPOS=74921072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:154:154:104:105:0.405405:60:44:90:64:61:44:90:64 chr17 74928758 . C T 819.97 PASS AF=0.531034;AO=76;DP=147;FAO=77;FDP=145;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00945852;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.125;QD=22.6199;RBI=0.0117229;REFB=-0.014007;REVB=-0.00692551;RO=68;SAF=31;SAR=45;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679868;STB=0.533264;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0124335;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:68:68:76:77:0.531034:45:31:33:35:45:32:33:35 chr17 74936576 . G A 954.23 PASS AF=0.495192;AO=92;DP=191;FAO=103;FDP=208;FR=.;FRO=105;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=36;FSRR=69;FWDB=0.0097735;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3223;QD=18.3507;RBI=0.0114488;REFB=-0.0400486;REVB=0.00596273;RO=91;SAF=29;SAR=63;SRF=22;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797334;STB=0.524429;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0309174;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:208:91:105:92:103:0.495192:63:29:22:69:63:40:36:69 chr17 74942478 . C T 1977.92 PASS AF=0.555224;AO=184;DP=336;FAO=186;FDP=335;FR=.;FRO=149;FSAF=93;FSAR=93;FSRF=55;FSRR=94;FWDB=0.00186537;FXX=0.00593454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.208;QD=23.617;RBI=0.00358873;REFB=-0.0131776;REVB=-0.00306584;RO=148;SAF=91;SAR=93;SRF=54;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106703;STB=0.558203;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0124697;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:335:148:149:184:186:0.555224:93:91:54:94:93:93:55:94 chr17 75085434 . G A 1298.99 PASS AF=0.371981;AO=154;DP=415;FAO=154;FDP=414;FR=.;FRO=260;FSAF=79;FSAR=75;FSRF=128;FSRR=132;FWDB=-0.00271971;FXX=0.00480758;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.664;QD=12.5507;RBI=0.0209636;REFB=-0.0123402;REVB=-0.0207864;RO=260;SAF=79;SAR=75;SRF=128;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023036;STB=0.512985;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0212632;OID=.;OPOS=75085434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:414:260:260:154:154:0.371981:75:79:128:132:75:79:128:132 chr17 75158261 . C G 1340.52 PASS AF=0.573394;AO=125;DP=219;FAO=125;FDP=218;FR=.;FRO=93;FSAF=67;FSAR=58;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.0187313;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9985;QD=24.5967;RBI=0.0401127;REFB=-0.00592449;REVB=-0.0354706;RO=93;SAF=67;SAR=58;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979229;STB=0.505315;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00418192;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:93:93:125:125:0.573394:58:67:51:42:58:67:51:42 chr17 75190846 . A C 2357.02 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.731;QD=63.7032;RBI=0.0431407;REFB=0;REVB=0.0424513;RO=0;SAF=74;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90949e-05;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:148:0:0:145:148:1:71:74:0:0:73:75:0:0 chr17 75190962 . C T 1882.79 PASS AF=0.977444;AO=123;DP=132;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.162172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7529;QD=56.6251;RBI=0.16416;REFB=-0.127036;REVB=0.0254704;RO=3;SAF=65;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214192;STB=0.510203;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0012868;OID=.;OPOS=75190962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:133:3:3:123:130:0.977444:58:65:3:0:58:72:3:0 chr17 75303298 . T C 3209.53 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.595;QD=64.1907;RBI=0.0138461;REFB=0;REVB=0.00896386;RO=0;SAF=64;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25534e-06;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:200:0:0:198:200:1:134:64:0:0:135:65:0:0 chr17 75442271 . C T 1124.75 PASS AF=0.511416;AO=112;DP=219;FAO=112;FDP=219;FR=.;FRO=107;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=0.000744402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.759;QD=20.5433;RBI=0.0438682;REFB=0.00302012;REVB=0.0438619;RO=106;SAF=56;SAR=56;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418693;STB=0.52511;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00310054;OID=.;OPOS=75442271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:106:107:112:112:0.511416:56:56:58:48:56:56:59:48 chr17 75442448 . CTTT CTTC,CT,CTT 319.54 PASS AF=0.444444,0.472222,0.0833333;AO=5,5,5;DP=37;FAO=16,17,3;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,2;FSAR=16,2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00830016,0.0791724,0.12793;FXX=0.0526177;HRUN=12,12,12;LEN=1,2,1;MLLD=125.814,12.6486,9.58423;QD=35.5044;RBI=0.0184884,0.0873186,0.135544;REFB=0,0,0;REVB=-0.0165206,-0.0368274,-0.0447911;RO=4;SAF=0,5,5;SAR=5,0,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.804028,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.011453,0.069645,0.0295985;OID=.,.,.;OPOS=75442451,75442449,75442449;OREF=T,TT,T;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTC,CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.444444,0.472222,0.0833333:5,5,5:37:16,17,3:36:0:0,15,2:16,2,1:0:0:72:4:0,5,5:5,0,0:4:0 chr17 75478481 . C T 1910.43 PASS AF=0.942029;AO=129;DP=138;FAO=130;FDP=138;FR=.;FRO=8;FSAF=52;FSAR=78;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0521736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.78;QD=55.3747;RBI=0.0530565;REFB=-0.13616;REVB=-0.00963878;RO=5;SAF=51;SAR=78;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151077;STB=0.520955;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000563003;OID=.;OPOS=75478481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:138:138:5:8:129:130:0.942029:78:51:3:2:78:52:6:2 chr17 75494705 . A G 6782.58 PASS AF=1;AO=428;DP=432;FAO=429;FDP=429;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=303;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400033;FXX=0.00694428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.522;QD=63.2408;RBI=0.0426162;REFB=-0.115061;REVB=-0.0146929;RO=1;SAF=125;SAR=303;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00380326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182656;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:432:429:1:0:428:429:1:303:125:1:0:303:126:0:0 chr17 75495065 . T C 304.59 PASS AF=0.361905;AO=37;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0105826;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.601;QD=11.6033;RBI=0.0183528;REFB=-0.0135404;REVB=0.0149944;RO=66;SAF=22;SAR=15;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731351;STB=0.536566;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0228567;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:67:37:38:0.361905:15:22:35:31:16:22:35:32 chr17 75495397 . T C 523.02 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.0237282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6743;QD=21.3476;RBI=0.0277989;REFB=-0.023702;REVB=-0.0144827;RO=46;SAF=17;SAR=33;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349646;STB=0.526816;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0245651;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:46:48:50:50:0.510204:33:17:14:32:33:17:14:34 chr17 75496342 . T C 619.58 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6686;QD=59.0073;RBI=0.0545897;REFB=-0.0634725;REVB=-0.049188;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0011534;OID=.;OPOS=75496342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:41:41:0.97619:30:11:0:0:30:11:0:1 chr17 75496361 . A G 650.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6706;QD=61.9266;RBI=0.0886609;REFB=0;REVB=-0.0884375;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000507342;OID=.;OPOS=75496361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:30:11:0:0:31:11:0:0 chr17 75548687 . G A 452.5 PASS AF=0.361842;AO=55;DP=152;FAO=55;FDP=152;FR=.;FRO=97;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.0117694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8097;QD=11.9078;RBI=0.0561238;REFB=0.0132113;REVB=-0.0548758;RO=97;SAF=23;SAR=32;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751672;STB=0.542883;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0344241;OID=.;OPOS=75548687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:97:97:55:55:0.361842:32:23:47:50:32:23:47:50 chr17 75558676 . A T 328.67 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0188937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.86;QD=43.8223;RBI=0.0958884;REFB=-0.0594267;REVB=0.0940086;RO=3;SAF=7;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919831;STB=0.575696;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0115876;OID=.;OPOS=75558676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:30:30:3:4:26:26:0.866667:19:7:2:1:19:7:3:1 chr17 75558738 . A C 109.32 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0928353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8255;QD=14.5765;RBI=0.11881;REFB=-0.00557677;REVB=-0.0741446;RO=16;SAF=12;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638225;STB=0.873481;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0020631;OID=.;OPOS=75558738;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:17:13:13:0.433333:1:12:6:10:1:12:7:10 chr17 75559019 . C T 1481.96 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.25783e-05;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.076;QD=59.8773;RBI=0.00913227;REFB=0;REVB=0.00913198;RO=0;SAF=35;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.39148e-06;OID=.;OPOS=75559019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:99:0:0:99:99:1:64:35:0:0:64:35:0:0 chr17 75878090 . A G 794.12 PASS AF=0.485207;AO=82;DP=169;FAO=82;FDP=169;FR=.;FRO=87;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0100059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.911;QD=18.7957;RBI=0.0460866;REFB=0.029057;REVB=-0.0449873;RO=86;SAF=45;SAR=37;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562508;STB=0.534078;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0252949;OID=.;OPOS=75878090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:86:87:82:82:0.485207:37:45:42:44:37:45:42:45 chr17 76093866 . T C 1165.39 PASS AF=0.53271;AO=114;DP=215;FAO=114;FDP=214;FR=.;FRO=100;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.00453673;FXX=0.00465095;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5892;QD=21.783;RBI=0.0639761;REFB=-0.000546948;REVB=-0.063815;RO=100;SAF=49;SAR=65;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947143;STB=0.551746;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000136971;OID=.;OPOS=76093866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:100:100:114:114:0.53271:65:49:54:46:65:49:54:46 chr17 76104573 . CTG C 743.17 PASS AF=0.496815;AO=71;DP=157;FAO=78;FDP=157;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=56;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=-0.00581499;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=2;MLLD=289.355;QD=18.9343;RBI=0.00759475;REFB=-0.00474086;REVB=-0.0048853;RO=78;SAF=18;SAR=53;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122313;STB=0.543256;STBP=0.315;TYPE=del;VARB=0.00451454;OID=.;OPOS=76104574;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.496815:71:157:78:157:79:22:56:28:51:99:78:18:53:28:50 chr17 76106308 . C T 281.99 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0112235;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6141;QD=14.4609;RBI=0.0125975;REFB=0.0136834;REVB=0.00572106;RO=45;SAF=22;SAR=9;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153496;STB=0.601918;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0193352;OID=.;OPOS=76106308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:31:32:0.410256:9:22:26:19:9:23:26:20 chr17 76121318 . G A 804.51 PASS AF=0.491124;AO=82;DP=169;FAO=83;FDP=169;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.0423363;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.449;QD=19.0417;RBI=0.0423488;REFB=-0.00693908;REVB=-0.00102929;RO=86;SAF=39;SAR=43;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442214;STB=0.521262;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00713397;OID=.;OPOS=76121318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:86:86:82:83:0.491124:43:39:45:41:44:39:44:42 chr17 76134828 . C A 591.71 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=41;FWDB=0.00343604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.901;QD=22.979;RBI=0.0172021;REFB=-0.021864;REVB=-0.0168555;RO=42;SAF=23;SAR=35;SRF=4;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25889;STB=0.649046;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0215782;OID=.;OPOS=76134828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:42:45:58:58:0.563107:35:23:4:38:35:23:4:41 chr17 76143009 . G A 531.29 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0250565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.417;QD=19.6774;RBI=0.0329027;REFB=-0.00266223;REVB=0.0213252;RO=53;SAF=25;SAR=30;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823426;STB=0.545438;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00286407;OID=.;OPOS=76143009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:55:55:0.509259:30:25:29:24:30:25:29:24 chr17 76157266 . T C 661.98 PASS AF=0.482014;AO=65;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0102154;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.922;QD=19.0498;RBI=0.0119797;REFB=-0.0219347;REVB=-0.00625772;RO=70;SAF=22;SAR=43;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185193;STB=0.583512;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0248334;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:70:72:65:67:0.482014:43:22:37:33:43:24:37:35 chr17 76157326 . C G 412.81 PASS AF=0.442308;AO=45;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0111983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.884;QD=15.8772;RBI=0.0118065;REFB=-0.00620654;REVB=-0.00374048;RO=57;SAF=13;SAR=32;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252275;STB=0.626277;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00610286;OID=.;OPOS=76157326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:58:45:46:0.442308:32:13:30:27:32:14:30:28 chr17 76166939 . C G 566.46 PASS AF=0.427586;AO=57;DP=140;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.00318037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.75;QD=15.6263;RBI=0.0314656;REFB=-0.0179161;REVB=-0.0313045;RO=83;SAF=35;SAR=22;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153641;STB=0.602981;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0277998;OID=.;OPOS=76166939;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:145:83:83:57:62:0.427586:22:35:39:44:22:40:39:44 chr17 76178748 . T C 2243.86 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.134826;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.858;QD=63.6557;RBI=0.139926;REFB=0;REVB=0.03743;RO=0;SAF=51;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013364;OID=.;OPOS=76178748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:141:0:0:141:141:1:90:51:0:0:90:51:0:0 chr17 76178751 . C T 447.25 PASS AF=0.368794;AO=53;DP=141;FAO=52;FDP=141;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.0486938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0365;QD=12.6879;RBI=0.0492137;REFB=-0.00713816;REVB=-0.00713451;RO=88;SAF=14;SAR=39;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196;STB=0.605961;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0133371;OID=.;OPOS=76178751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:88:89:53:52:0.368794:39:14:37:51:38:14:37:52 chr17 76183043 . A G 1120.54 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190224;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.574;QD=60.5696;RBI=0.0190304;REFB=0;REVB=-0.000551346;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117603;OID=.;OPOS=76183043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:41:32:0:0:42:32:0:0 chr17 76210367 . G C 2466.82 PASS AF=0.396848;AO=277;DP=688;FAO=277;FDP=698;FR=.;FRO=421;FSAF=162;FSAR=115;FSRF=218;FSRR=203;FWDB=-0.0350858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1693;QD=14.1365;RBI=0.0436633;REFB=0.00731073;REVB=-0.0259899;RO=411;SAF=162;SAR=115;SRF=217;SRR=194;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619011;STB=0.541041;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0118963;OID=.;OPOS=76210367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:688:698:411:421:277:277:0.396848:115:162:217:194:115:162:218:203 chr17 76219591 . G A 818.9 PASS AF=0.538462;AO=77;DP=143;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0310797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6937;QD=22.9063;RBI=0.0311377;REFB=0.0342049;REVB=0.00190018;RO=66;SAF=50;SAR=27;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119124;STB=0.565333;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0258757;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:66:66:77:77:0.538462:27:50:34:32:27:50:34:32 chr17 76230729 . T C 1081.75 PASS AF=0.502304;AO=109;DP=217;FAO=109;FDP=217;FR=.;FRO=108;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=68;FSRR=40;FWDB=0.0145965;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.64;QD=19.9401;RBI=0.0503245;REFB=-0.042045;REVB=0.0481612;RO=104;SAF=64;SAR=45;SRF=66;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440048;STB=0.521964;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0368564;OID=.;OPOS=76230729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:104:108:109:109:0.502304:45:64:66:38:45:64:68:40 chr17 76354380 . T G 1643.78 PASS AF=0.391213;AO=187;DP=472;FAO=187;FDP=478;FR=.;FRO=291;FSAF=88;FSAR=99;FSRF=188;FSRR=103;FWDB=0.00191971;FXX=0.00623688;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.904;QD=13.7554;RBI=0.0130285;REFB=-0.0116626;REVB=0.0128863;RO=282;SAF=88;SAR=99;SRF=186;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202024;STB=0.605843;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0182939;OID=.;OPOS=76354380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:478:282:291:187:187:0.391213:99:88:186:96:99:88:188:103 chr17 76354687 . C CG 42.04 PASS AF=0.118182;AO=16;DP=111;FAO=13;FDP=110;FR=.;FRO=97;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.0329322;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.6237;QD=1.52873;RBI=0.0470889;REFB=-0.0201858;REVB=0.0336576;RO=95;SAF=3;SAR=13;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44327;STB=0.917087;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.14017;OID=.;OPOS=76354688;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.118182:16:111:13:110:97:1:12:52:45:42:95:3:13:51:44 chr17 76367052 . A G 1520.94 PASS AF=0.573705;AO=142;DP=251;FAO=144;FDP=251;FR=.;FRO=107;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=0.00568299;FXX=0.0195305;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0755;QD=24.2381;RBI=0.0740958;REFB=-0.0165818;REVB=-0.0738775;RO=103;SAF=76;SAR=66;SRF=60;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369917;STB=0.52616;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0132482;OID=.;OPOS=76367052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:103:107:142:144:0.573705:66:76:60:43:68:76:63:44 chr17 76367106 . G A 743.95 PASS AF=0.413793;AO=83;DP=202;FAO=84;FDP=203;FR=.;FRO=119;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=60;FSRR=59;FWDB=0.00138316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6359;QD=14.659;RBI=0.0267727;REFB=0.0106656;REVB=-0.0267369;RO=117;SAF=46;SAR=37;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524692;STB=0.532633;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.0119475;OID=.;OPOS=76367106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:117:119:83:84:0.413793:37:46:59:58:37:47:60:59 chr17 76395430 . C T 770.92 PASS AF=0.365854;AO=90;DP=243;FAO=90;FDP=246;FR=.;FRO=156;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=88;FSRR=68;FWDB=0.0311674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2027;QD=12.5353;RBI=0.0496668;REFB=0.000236273;REVB=-0.0386702;RO=153;SAF=38;SAR=52;SRF=87;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16226;STB=0.589613;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.000537927;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:246:153:156:90:90:0.365854:52:38:87:66:52:38:88:68 chr17 76420085 . T C 1444.48 PASS AF=0.44058;AO=152;DP=345;FAO=152;FDP=345;FR=.;FRO=193;FSAF=70;FSAR=82;FSRF=85;FSRR=108;FWDB=-0.0136298;FXX=0.00289009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.718;QD=16.7476;RBI=0.0151635;REFB=-0.00299937;REVB=-0.00664519;RO=193;SAF=70;SAR=82;SRF=85;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204665;STB=0.51134;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00337691;OID=.;OPOS=76420085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:193:193:152:152:0.44058:82:70:85:108:82:70:85:108 chr17 76423097 . G A 4667.38 PASS AF=1;AO=297;DP=301;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110794;FXX=0.00993345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.38;QD=62.4398;RBI=0.0312563;REFB=0;REVB=-0.0292268;RO=0;SAF=149;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50948e-05;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:301:299:0:0:297:299:1:148:149:0:0:150:149:0:0 chr17 76425341 . A G 1123.38 PASS AF=0.491304;AO=113;DP=230;FAO=113;FDP=230;FR=.;FRO=117;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=58;FSRR=59;FWDB=0.00601703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9173;QD=19.5371;RBI=0.0103415;REFB=0.0139063;REVB=-0.00841088;RO=115;SAF=42;SAR=71;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117592;STB=0.565275;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0193784;OID=.;OPOS=76425341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:115:117:113:113:0.491304:71:42:57:58:71:42:58:59 chr17 76433898 . T C 1954.96 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0202083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.6;QD=61.0925;RBI=0.0374781;REFB=0.0268281;REVB=0.0315632;RO=1;SAF=52;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904992;STB=0.504672;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-5.51211e-05;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:126:127:0.992188:74:52:1:0:74:53:1:0 chr17 76435291 . GTTTTTT GTTTT,GTTTTTC,GTTTTT 297.49 PASS AF=0.269841,0.047619,0.428571;AO=9,3,9;DP=58;FAO=17,3,27;FDP=63;FR=.;FRO=16;FSAF=13,3,17;FSAR=4,0,10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0970068,-0.119939,-0.194909;FXX=0.0454477;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=14.6005,97.9434,9.60816;QD=18.8882;RBI=0.112802,0.126754,0.22322;REFB=-0.0161544,0.0216596,-0.0318806;REVB=-0.0575668,-0.0410036,-0.1088;RO=14;SAF=4,3,4;SAR=5,0,5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.19924,0.583079,-0.19924;STB=0.549235,0.995113,0.523347;STBP=0.613,0.151,0.701;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.00505285,0.164343,-0.0580316;OID=.,.,.;OPOS=76435292,76435297,76435292;OREF=TT,T,T;OALT=-,C,-;OMAPALT=GTTTT,GTTTTTC,GTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.269841,0.047619,0.428571:9,3,9:58:17,3,27:63:16:13,3,17:4,0,10:11:5:43:14:4,3,4:5,0,5:9:5 chr17 76449505 . G C 2814.64 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108903;FXX=0.0109884;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.501;QD=62.5474;RBI=0.0343126;REFB=-0.0419694;REVB=-0.0342953;RO=1;SAF=77;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72528e-05;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:180:1:0:180:180:1:103:77:1:0:103:77:0:0 chr17 76451921 . A G 2464.71 PASS AF=0.965116;AO=162;DP=169;FAO=166;FDP=172;FR=.;FRO=6;FSAF=73;FSAR=93;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0169301;FXX=0.00578001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.838;QD=57.3188;RBI=0.0176097;REFB=-0.0693734;REVB=-0.00484486;RO=6;SAF=73;SAR=89;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261631;STB=0.513883;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000558494;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:169:172:6:6:162:166:0.965116:89:73:5:1:93:73:5:1 chr17 76457681 . C A 706.21 PASS AF=0.40099;AO=80;DP=202;FAO=81;FDP=202;FR=.;FRO=121;FSAF=60;FSAR=21;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=0.0157987;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.822;QD=13.9844;RBI=0.016334;REFB=-0.0127416;REVB=-0.0041474;RO=120;SAF=59;SAR=21;SRF=63;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251634;STB=0.647237;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0213171;OID=.;OPOS=76457681;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:120:121:80:81:0.40099:21:59:63:57:21:60:63:58 chr17 76462770 . G A 4543.0 PASS AF=0.977199;AO=297;DP=308;FAO=300;FDP=307;FR=.;FRO=7;FSAF=140;FSAR=160;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0104157;FXX=0.00967711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.265;QD=59.1921;RBI=0.0332518;REFB=-0.119893;REVB=0.0315784;RO=6;SAF=138;SAR=159;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134108;STB=0.502398;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000533768;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:308:307:6:7:297:300:0.977199:159:138:3:3:160:140:4:3 chr17 76481693 . C G 1092.78 PASS AF=0.398089;AO=125;DP=315;FAO=125;FDP=314;FR=.;FRO=189;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=90;FSRR=99;FWDB=0.0382527;FXX=0.0031745;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7258;QD=13.9208;RBI=0.0488695;REFB=0.0167929;REVB=0.0304132;RO=190;SAF=68;SAR=57;SRF=90;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756803;STB=0.540832;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0267084;OID=.;OPOS=76481693;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:314:190:189:125:125:0.398089:57:68:90:100:57:68:90:99 chr17 76482432 . A G 445.71 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0030632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6349;QD=13.9283;RBI=0.0287306;REFB=0.00351394;REVB=-0.0285668;RO=77;SAF=21;SAR=30;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053538;STB=0.53019;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00612028;OID=.;OPOS=76482432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:77:77:51:51:0.398438:30:21:28:49:30:21:28:49 chr17 76490732 . G A 1009.73 PASS AF=0.388704;AO=117;DP=302;FAO=117;FDP=301;FR=.;FRO=184;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=81;FSRR=103;FWDB=-0.00626161;FXX=0.00660044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.019;QD=13.4183;RBI=0.0383556;REFB=-0.000413105;REVB=0.037841;RO=183;SAF=60;SAR=57;SRF=80;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820709;STB=0.544303;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000868879;OID=.;OPOS=76490732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:301:183:184:117:117:0.388704:57:60:80:103:57:60:81:103 chr17 76491127 . TG CC 3616.92 PASS AF=1;AO=229;DP=231;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122615;FXX=0.00865763;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.057;QD=63.1777;RBI=0.0144591;REFB=0;REVB=-0.00766309;RO=0;SAF=114;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-7.20627e-06;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:229:0:0:229:229:1:115:114:0:0:115:114:0:0 chr17 76496492 . A G 7070.32 PASS AF=1;AO=420;DP=421;FAO=455;FDP=455;FR=.;FRO=0;FSAF=175;FSAR=280;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113071;FXX=0.00437627;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.516;QD=62.1566;RBI=0.0271875;REFB=0;REVB=0.0247247;RO=0;SAF=169;SAR=251;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98915e-06;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:421:455:0:0:420:455:1:251:169:0:0:280:175:0:0 chr17 76497920 . C A 2418.54 PASS AF=0.975904;AO=161;DP=166;FAO=162;FDP=166;FR=.;FRO=4;FSAF=81;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0751294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9688;QD=58.2781;RBI=0.0764768;REFB=-0.176966;REVB=0.0142924;RO=2;SAF=80;SAR=81;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117456;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00434619;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:166:166:2:4:161:162:0.975904:81:80:2:0:81:81:2:2 chr17 76498692 . C T 2096.45 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.621;QD=62.5806;RBI=0.0553334;REFB=0;REVB=0.013899;RO=0;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35519e-05;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:134:0:0:126:134:1:71:55:0:0:71:63:0:0 chr17 76503593 . T C 2103.06 PASS AF=0.564327;AO=193;DP=343;FAO=193;FDP=342;FR=.;FRO=149;FSAF=97;FSAR=96;FSRF=66;FSRR=83;FWDB=0.0117587;FXX=0.00291537;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7302;QD=24.5972;RBI=0.0121197;REFB=0.0091177;REVB=0.00293574;RO=148;SAF=97;SAR=96;SRF=65;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507411;STB=0.525973;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00631197;OID=.;OPOS=76503593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:342:148:149:193:193:0.564327:96:97:65:83:96:97:66:83 chr17 76503624 . C T 1306.95 PASS AF=0.42515;AO=137;DP=331;FAO=142;FDP=334;FR=.;FRO=192;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=100;FSRR=92;FWDB=0.00662594;FXX=0.0059522;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.92;QD=15.6521;RBI=0.00694294;REFB=-0.0113342;REVB=0.00207397;RO=193;SAF=65;SAR=72;SRF=99;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403832;STB=0.516018;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.015925;OID=.;OPOS=76503624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:334:193:192:137:142:0.42515:72:65:99:94:72:70:100:92 chr17 76503678 . C A 1005.26 PASS AF=0.425287;AO=111;DP=262;FAO=111;FDP=261;FR=.;FRO=150;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=83;FSRR=67;FWDB=0.00262498;FXX=0.0113632;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.397;QD=15.4062;RBI=0.00949451;REFB=-0.0279533;REVB=-0.00912443;RO=149;SAF=59;SAR=52;SRF=83;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264162;STB=0.512598;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0287378;OID=.;OPOS=76503678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:149:150:111:111:0.425287:52:59:83:66:52:59:83:67 chr17 76521121 . T C 480.19 PASS AF=0.32973;AO=60;DP=185;FAO=61;FDP=185;FR=.;FRO=124;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=73;FWDB=-0.00586312;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.685;QD=10.3824;RBI=0.0105039;REFB=-2.1609e-05;REVB=0.00871521;RO=121;SAF=28;SAR=32;SRF=51;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529939;STB=0.532366;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-1.21096e-06;OID=.;OPOS=76521121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:121:124:60:61:0.32973:32:28:51:70:33:28:51:73 chr17 76522785 . C T 287.05 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0487542;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8277;QD=11.1474;RBI=0.049807;REFB=-0.0124014;REVB=-0.0101866;RO=66;SAF=16;SAR=20;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00575259;STB=0.507654;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0280552;OID=.;OPOS=76522785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:66:67:36:36:0.349515:20:16:29:37:20:16:29:38 chr17 76525565 . A G 602.35 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0127748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2469;QD=18.6775;RBI=0.0634503;REFB=0.0117594;REVB=-0.062151;RO=66;SAF=26;SAR=36;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159458;STB=0.591899;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0125006;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:67:62:62:0.48062:36:26:39:27:36:26:40:27 chr17 76535948 . T C 624.2 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=123;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00409565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.319;QD=20.2991;RBI=0.0389803;REFB=0.00661636;REVB=0.0387646;RO=59;SAF=39;SAR=24;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700156;STB=0.535098;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00614037;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:59:60:63:63:0.512195:24:39:32:27:24:39:33:27 chr17 76557862 . T C 3601.45 PASS AF=1;AO=229;DP=231;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164457;FXX=0.0129305;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.587;QD=62.9074;RBI=0.0241487;REFB=-0.0303309;REVB=-0.0176833;RO=1;SAF=118;SAR=111;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00402146;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22924e-05;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:231:229:1:0:229:229:1:111:118:1:0:111:118:0:0 chr17 76557943 . G A 978.81 PASS AF=0.410448;AO=108;DP=266;FAO=110;FDP=268;FR=.;FRO=158;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=69;FSRR=89;FWDB=0.00800379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.653;QD=14.6091;RBI=0.0223762;REFB=-0.0140072;REVB=-0.0208957;RO=156;SAF=56;SAR=52;SRF=67;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938881;STB=0.553231;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0163007;OID=.;OPOS=76557943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:268:156:158:108:110:0.410448:52:56:67:89:52:58:69:89 chr17 76567707 . T C 1484.03 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7123;QD=63.1501;RBI=0.0290356;REFB=0;REVB=-0.0145958;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127423;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:53:40:0:0:53:41:0:0 chr17 76571044 . G A 681.27 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0305521;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.213;QD=19.0566;RBI=0.0379367;REFB=-0.0352654;REVB=0.0224892;RO=70;SAF=30;SAR=38;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117629;STB=0.506454;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0363861;OID=.;OPOS=76571044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:70:75:68:68:0.475524:38:30:30:40:38:30:34:41 chr17 76672002 . T C 197.6 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00326133;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.639;QD=14.1139;RBI=0.00731799;REFB=-0.0010597;REVB=0.00655108;RO=30;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233535;STB=0.634032;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00202215;OID=.;OPOS=76672002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:30:32:24:24:0.428571:16:8:17:13:16:8:18:14 chr17 76798548 . TTTTTTC T 222.09 PASS AF=0.377358;AO=27;DP=89;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0367706;FXX=0.158718;HRUN=7;LEN=6;MLLD=168.835;QD=8.38085;RBI=0.0375565;REFB=-0.0290198;REVB=-0.00764297;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153576;STB=0.54517;STBP=0.452;TYPE=del;VARB=0.0502068;OID=.;OPOS=76798549;OREF=TTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377358:27:89:40:106:66:18:22:25:41:99:34:12:15:10:24 chr17 76799795 . G A 1804.89 PASS AF=0.454545;AO=189;DP=419;FAO=190;FDP=418;FR=.;FRO=228;FSAF=97;FSAR=93;FSRF=110;FSRR=118;FWDB=-0.00665216;FXX=0.00238658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.943;QD=17.2717;RBI=0.0634078;REFB=-0.0215866;REVB=0.0630579;RO=226;SAF=96;SAR=93;SRF=108;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296455;STB=0.515306;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0236042;OID=.;OPOS=76799795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:419:418:226:228:189:190:0.454545:93:96:108:118:93:97:110:118 chr17 76799860 . T C 2060.11 PASS AF=0.491607;AO=152;DP=409;FAO=205;FDP=417;FR=.,HEALED;FRO=206;FSAF=85;FSAR=120;FSRF=91;FSRR=115;FWDB=-0.00395285;FXX=0.0671126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.972;QD=19.7613;RBI=0.0050187;REFB=-0.00496149;REVB=-0.0030923;RO=120;SAF=73;SAR=79;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498293;STB=0.51393;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00329881;OID=.;OPOS=76799860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:417:120:206:152:205:0.491607:79:73:65:55:120:85:91:115 chr17 76799898 . A G 1951.47 PASS AF=0.485366;AO=198;DP=411;FAO=199;FDP=410;FR=.;FRO=211;FSAF=88;FSAR=111;FSRF=96;FSRR=115;FWDB=0.00167112;FXX=0.00485425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.425;QD=19.0387;RBI=0.0162435;REFB=-0.00191607;REVB=-0.0161574;RO=213;SAF=88;SAR=110;SRF=98;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149213;STB=0.506647;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0020979;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:411:410:213:211:198:199:0.485366:110:88:98:115:111:88:96:115 chr17 76809011 . C G 1234.75 PASS AF=0.567308;AO=107;DP=197;FAO=118;FDP=208;FR=.;FRO=90;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0184054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9276;QD=23.7451;RBI=0.0372876;REFB=-0.0240674;REVB=0.0324285;RO=85;SAF=55;SAR=52;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016182;STB=0.501388;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.015669;OID=.;OPOS=76809011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:208:85:90:107:118:0.567308:52:55:42:43:62:56:43:47 chr17 76817090 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.647;QD=59.3228;RBI=0.0109318;REFB=0;REVB=0.00375868;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94844e-05;OID=.;OPOS=76817090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr17 76849777 . TTA T,TTT 55.06 PASS AF=0.366667,0;AO=4,3;DP=38;FAO=11,0;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3,0;FSAR=8,0;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.262217,0.0218816;FXX=0.0624805;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=16.8616,11.4748;QD=7.34153;RBI=0.291876,0.195445;REFB=0.0273432,-0.0202011;REVB=0.128196,0.194216;RO=23;SAF=1,1;SAR=3,2;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.130397,-0.0172411;STB=0.571292,0.5;STBP=0.625,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00903671,0;OID=.,.;OPOS=76849778,76849779;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667,0:4,3:38:11,0:30:19:3,0:8,0:7:12:55:23:1,1:3,2:8:15 chr17 76867017 . C T 390.27 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0189706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2072;QD=14.4546;RBI=0.0321462;REFB=-0.00895249;REVB=0.0259518;RO=63;SAF=18;SAR=27;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177438;STB=0.599956;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00744976;OID=.;OPOS=76867017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:45:45:0.416667:27:18:36:27:27:18:36:27 chr17 76988785 . G A 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.095;QD=58.2379;RBI=0.053653;REFB=0;REVB=-0.0101596;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07219e-05;OID=.;OPOS=76988785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:43:19:0:0:43:19:0:0 chr17 76993546 . A G 2142.26 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6522;QD=63.0078;RBI=0.0730742;REFB=0;REVB=0.0183457;RO=0;SAF=82;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181536;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:136:0:0:133:136:1:51:82:0:0:52:84:0:0 chr17 77039835 . G A 2960.98 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.232;QD=63.3364;RBI=0.101577;REFB=0;REVB=0.101467;RO=0;SAF=105;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258345;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:187:0:0:186:187:1:81:105:0:0:82:105:0:0 chr17 77039852 . G A 3281.09 PASS AF=1;AO=210;DP=212;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.478;QD=61.6168;RBI=0.0450533;REFB=0;REVB=0.0412794;RO=1;SAF=116;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00408922;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97621e-05;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:212:213:1:0:210:213:1:94:116:1:0:94:119:0:0 chr17 77040128 . T C 253.09 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.018133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.491;QD=15.1098;RBI=0.031256;REFB=-0.0142297;REVB=0.0254584;RO=38;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12377;STB=0.570173;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0196682;OID=.;OPOS=77040128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:18:11:19:19:18:11:19:19 chr17 77040185 . G C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0254413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.607;QD=18.4438;RBI=0.0255619;REFB=0.000699695;REVB=-0.00247948;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508469;STB=0.529356;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.000744468;OID=.;OPOS=77040185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:9:2:2:7:9:2:2:7 chr17 77042718 . C T 2184.58 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00430393;FXX=0.0070917;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.133;QD=62.4165;RBI=0.018417;REFB=-0.0457187;REVB=0.0179071;RO=0;SAF=63;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39859e-08;STB=0.503268;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-4.58448e-05;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:140:0:1:139:139:0.992857:76:63:0:0:76:63:0:1 chr17 77073566 . G A 3611.18 PASS AF=0.949219;AO=239;DP=264;FAO=243;FDP=256;FR=.;FRO=13;FSAF=133;FSAR=110;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0289951;FXX=0.0518499;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.64;QD=56.4247;RBI=0.0291832;REFB=-0.0282893;REVB=0.00330814;RO=11;SAF=133;SAR=106;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222575;STB=0.507439;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000918122;OID=.;OPOS=77073566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:264:256:11:13:239:243:0.949219:106:133:9:2:110:133:9:4 chr17 77075670 . C T 2850.04 PASS AF=0.955665;AO=194;DP=203;FAO=194;FDP=203;FR=.;FRO=9;FSAF=91;FSAR=103;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0113853;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.475;QD=56.1584;RBI=0.011491;REFB=-0.00675935;REVB=0.00155461;RO=7;SAF=91;SAR=103;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680423;STB=0.503847;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=7.67228e-05;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:203:203:7:9:194:194:0.955665:103:91:4:3:103:91:5:4 chr17 77075673 . A G 3169.68 PASS AF=1;AO=196;DP=197;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.392;QD=64.0339;RBI=0.00360404;REFB=0;REVB=-0.000341668;RO=0;SAF=95;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65931e-06;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:198:0:0:196:198:1:101:95:0:0:102:96:0:0 chr17 77076440 . G T 2841.2 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000945122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.585;QD=62.789;RBI=0.00700463;REFB=0;REVB=-0.00694057;RO=0;SAF=75;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.7814e-06;OID=.;OPOS=77076440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:180:181:1:105:75:0:0:105:76:0:0 chr17 77078109 . A G 6261.54 PASS AF=1;AO=353;DP=354;FAO=396;FDP=396;FR=.;FRO=0;FSAF=214;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00029454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.993;QD=63.2479;RBI=0.06269;REFB=0;REVB=0.0626893;RO=0;SAF=199;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24582e-06;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:354:396:0:0:353:396:1:154:199:0:0:182:214:0:0 chr17 77087005 . C CA 3705.85 PASS AF=1;AO=197;DP=257;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116892;FXX=0.0119517;HRUN=0;LEN=1;MLLD=185.739;QD=59.7718;RBI=0.0534275;REFB=0;REVB=0.0521331;RO=31;SAF=99;SAR=98;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.55977e-05;OID=.;OPOS=77087006;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:197:257:248:248:0:116:132:0:0:21:31:99:98:14:17 chr17 77087006 . G A 82.65 PASS AF=0.0976562;AO=25;DP=256;FAO=25;FDP=256;FR=.;FRO=231;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=106;FSRR=125;FWDB=0.0282702;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.1647;QD=1.29143;RBI=0.0853006;REFB=0.0305076;REVB=0.0804797;RO=230;SAF=12;SAR=13;SRF=106;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231497;STB=0.519107;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.0238334;OID=.;OPOS=77087006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:256:256:230:231:25:25:0.0976562:13:12:106:124:13:12:106:125 chr17 77093768 . T C 3429.69 PASS AF=0.991189;AO=217;DP=219;FAO=225;FDP=227;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0853132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0016;QD=60.4351;RBI=0.107433;REFB=0.130233;REVB=-0.0652953;RO=2;SAF=25;SAR=192;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493721;STB=0.502577;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00352701;OID=.;OPOS=77093768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:219:227:2:2:217:225:0.991189:192:25:0:2:193:32:0:2 chr17 77680988 . AGG A,AG 1204.16 PASS AF=0.275689,0.330827;AO=94,97;DP=424;FAO=110,132;FDP=399;FR=.;FRO=157;FSAF=110,84;FSAR=0,48;FSRF=76;FSRR=81;FWDB=-0.0317316,-0.0637212;FXX=0.0655722;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=18.2296,10.7727;QD=12.0718;RBI=0.0507037,0.0988052;REFB=-0.0918752,-0.180145;REVB=-0.0395471,-0.0755121;RO=112;SAF=94,81;SAR=0,16;SRF=62;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.859055,0.356993;STB=0.999873,0.58521;STBP=0,0.009;TYPE=del,del;VARB=0.0555612,0.0662764;OID=.,.;OPOS=77680989,77680989;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.275689,0.330827:94,97:424:110,132:399:157:110,84:0,48:76:81:99:112:94,81:0,16:62:50 chr17 77704912 . T C 3137.37 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.084;QD=63.7029;RBI=0.00425578;REFB=0;REVB=0.00393962;RO=0;SAF=104;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82409e-06;OID=.;OPOS=77704912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:197:0:0:194:197:1:90:104:0:0:90:107:0:0 chr17 77705045 . T C 4689.31 PASS AF=1;AO=300;DP=300;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301617;FXX=0.00332215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.251;QD=62.5242;RBI=0.031068;REFB=0;REVB=-0.00744911;RO=0;SAF=146;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48342e-05;OID=.;OPOS=77705045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:300:300:0:0:300:300:1:154:146:0:0:154:146:0:0 chr17 77709339 . C G 495.46 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.037171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.077;QD=26.0767;RBI=0.0381375;REFB=-0.0427725;REVB=0.00853117;RO=30;SAF=20;SAR=26;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504712;STB=0.527538;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0229033;OID=.;OPOS=77709339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:26:20:11:19:26:20:11:19 chr17 77757807 . G A 981.04 PASS AF=0.513514;AO=94;DP=188;FAO=95;FDP=185;FR=.;FRO=90;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=0.0119437;FXX=0.0211629;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.086;QD=21.2117;RBI=0.040665;REFB=0.00405686;REVB=0.0388715;RO=88;SAF=57;SAR=37;SRF=54;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00671043;STB=0.500299;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00373497;OID=.;OPOS=77757807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:185:88:90:94:95:0.513514:37:57:54:34:37:58:55:35 chr17 77758691 . G A 1454.0 PASS AF=0.413437;AO=158;DP=386;FAO=160;FDP=387;FR=.;FRO=227;FSAF=76;FSAR=84;FSRF=99;FSRR=128;FWDB=-0.0231536;FXX=0.00769211;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.191;QD=15.0284;RBI=0.0231581;REFB=-0.0011036;REVB=-0.000454298;RO=228;SAF=75;SAR=83;SRF=99;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043069;STB=0.52291;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00173386;OID=.;OPOS=77758691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:387:228:227:158:160:0.413437:83:75:99:129:84:76:99:128 chr17 77768654 . C A 666.31 PASS AF=0.301038;AO=89;DP=296;FAO=87;FDP=289;FR=.;FRO=202;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=147;FSRR=55;FWDB=-0.0014716;FXX=0.0302003;HRUN=8;LEN=1;MLLD=271.692;QD=9.22228;RBI=0.00399986;REFB=-0.00448623;REVB=-0.00371932;RO=173;SAF=54;SAR=35;SRF=120;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108516;STB=0.582591;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00830778;OID=.;OPOS=77768654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:289:173:202:89:87:0.301038:35:54:120:53:33:54:147:55 chr17 78013724 . G C 1756.54 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276351;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.254;QD=60.0526;RBI=0.0344737;REFB=0.0440602;REVB=0.0206093;RO=1;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855602;STB=0.504504;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00025952;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:1:1:115:116:0.991453:55:60:0:1:55:61:0:1 chr17 78064015 . G C 2156.74 PASS AF=0.992857;AO=134;DP=136;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0822412;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2174;QD=61.621;RBI=0.0844546;REFB=-0.0401271;REVB=0.0192087;RO=1;SAF=73;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646745;STB=0.503184;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00101471;OID=.;OPOS=78064015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:136:140:1:1:134:139:0.992857:61:73:1:0:61:78:1:0 chr17 78064064 . G A 177.55 PASS AF=1;AO=8;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944639;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.2092;QD=47.3462;RBI=0.111641;REFB=0;REVB=0.0595005;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012945;OID=.;OPOS=78064064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:8:15:1:2:6:0:0:4:11:0:0 chr17 78064144 . A AAC 112.92 PASS AF=1;AO=5;DP=27;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576115;FXX=0.461361;HRUN=2;LEN=2;MLLD=98.5287;QD=32.2636;RBI=0.0932186;REFB=0;REVB=0.0732845;RO=21;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00577075;OID=.;OPOS=78064145;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:27:14:14:0:4:10:0:0:4:21:3:2:11:10 chr17 78064145 . A ACAC,C 254.53 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=17,2;DP=26;FAO=17,2;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=7,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404855,-0.0179856;FXX=0.269127;HRUN=0,2;LEN=3,1;MLLD=137.949,57.101;QD=53.5843;RBI=0.0484275,0.0672125;REFB=0,0;REVB=0.048258,-0.0647614;RO=6;SAF=10,0;SAR=7,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0425578,-0.606693;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00551618,0.0573267;OID=.,.;OPOS=78064146,78064145;OREF=-,A;OALT=CAC,C;OMAPALT=ACAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:26:19:6:0:17,2:17,2:0.894737,0.105263:7,2:10,0:3:3:7,2:10,0:0:0 chr17 78064146 . G C 36.32 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0205558;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7549;QD=5.58746;RBI=0.0495332;REFB=-0.0636927;REVB=-0.0450666;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0799785;OID=.;OPOS=78064146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:10:10:3:3:10:10 chr17 78071052 . T C 1552.56 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171116;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.551;QD=64.0231;RBI=0.0180208;REFB=0;REVB=-0.0056518;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31755e-05;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr17 78073355 . A G 3117.1 PASS AF=1;AO=196;DP=197;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044333;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2809;QD=63.6143;RBI=0.0251555;REFB=0.0174686;REVB=-0.0247617;RO=1;SAF=98;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483504;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179488;OID=.;OPOS=78073355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:197:196:1:0:196:196:1:98:98:0:1:98:98:0:0 chr17 78073562 . A G 834.35 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.351;QD=57.5411;RBI=0.031382;REFB=0;REVB=0.0259605;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108986;OID=.;OPOS=78073562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:28:28:0:0:30:28:0:0 chr17 78078709 . T C 5035.42 PASS AF=1;AO=320;DP=325;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0002992;FXX=0.00920217;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.122;QD=62.3581;RBI=0.017367;REFB=0.0139092;REVB=0.0173645;RO=3;SAF=135;SAR=185;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135854;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:325:323:3:0:320:323:1:185:135:1:2:186:137:0:0 chr17 78079597 . A G 3477.77 PASS AF=1;AO=222;DP=222;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8197;QD=62.6626;RBI=0.0493296;REFB=0;REVB=-0.0483273;RO=0;SAF=119;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122184;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:222:0:0:222:222:1:103:119:0:0:103:119:0:0 chr17 78079669 . G A 2415.75 PASS AF=0.98773;AO=160;DP=164;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0351055;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.169;QD=59.2821;RBI=0.0670381;REFB=0.0807533;REVB=0.0571113;RO=2;SAF=73;SAR=87;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108115;STB=0.505617;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000337893;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:164:163:2:2:160:161:0.98773:87:73:0:2:88:73:0:2 chr17 78082504 . G A 4034.06 PASS AF=1;AO=258;DP=260;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.884;QD=61.5887;RBI=0.0125552;REFB=-0.0437026;REVB=-0.0115237;RO=1;SAF=130;SAR=128;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00365305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86348e-05;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:260:262:1:0:258:262:1:128:130:1:0:129:133:0:0 chr17 78085871 . G A 3146.38 PASS AF=0.583162;AO=284;DP=487;FAO=284;FDP=487;FR=.;FRO=203;FSAF=139;FSAR=145;FSRF=111;FSRR=92;FWDB=-0.0292669;FXX=0.0040899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.717;QD=25.843;RBI=0.029307;REFB=-0.00101337;REVB=-0.00153292;RO=203;SAF=139;SAR=145;SRF=111;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442232;STB=0.523895;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000919104;OID=.;OPOS=78085871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:487:487:203:203:284:284:0.583162:145:139:111:92:145:139:111:92 chr17 78087041 . G A 2385.77 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.2;QD=61.1737;RBI=0.0752194;REFB=0;REVB=0.0453976;RO=0;SAF=60;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56002e-05;OID=.;OPOS=78087041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:156:0:0:155:156:1:95:60:0:0:95:61:0:0 chr17 78087109 . A G 3264.58 PASS AF=1;AO=211;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597135;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.965;QD=61.5959;RBI=0.0123706;REFB=-0.0895161;REVB=-0.010834;RO=1;SAF=72;SAR=139;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00657032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39959e-05;OID=.;OPOS=78087109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:213:212:1:0:211:212:1:139:72:1:0:140:72:0:0 chr17 78091405 . G A 5506.75 PASS AF=1;AO=343;DP=345;FAO=346;FDP=346;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773742;FXX=0.00288176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.688;QD=63.6618;RBI=0.00967054;REFB=-0.0704134;REVB=0.00580101;RO=1;SAF=149;SAR=194;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00319127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90863e-05;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:345:346:1:0:343:346:1:194:149:1:0:195:151:0:0 chr17 78092143 . TC T,TG 125.51 PASS AF=0.428571,0.0238095;AO=12,3;DP=44;FAO=18,1;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=15,0;FSAR=3,1;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0320592,-0.0592373;FXX=0.0666519;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.2182,88.8279;QD=11.9535;RBI=0.0385349,0.0598182;REFB=-0.0413352,0.0175699;REVB=0.021381,-0.00831644;RO=23;SAF=12,0;SAR=0,3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.807977,-0.53999;STB=0.779476,0.987772;STBP=0.005,0.47;TYPE=del,snp;VARB=0.0519889,0.12486;OID=.,.;OPOS=78092144,78092144;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0.0238095:12,3:44:18,1:42:23:15,0:3,1:9:14:99:23:12,0:0,3:9:14 chr17 78157995 . G A 903.27 PASS AF=0.505618;AO=82;DP=170;FAO=90;FDP=178;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.0210272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.089;QD=20.2982;RBI=0.021691;REFB=-0.0218095;REVB=0.00532498;RO=87;SAF=24;SAR=58;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236084;STB=0.597485;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0222128;OID=.;OPOS=78157995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:178:87:88:82:90:0.505618:58:24:46:41:59:31:47:41 chr17 78162170 . G A 891.69 PASS AF=0.446512;AO=96;DP=218;FAO=96;FDP=215;FR=.;FRO=119;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=64;FWDB=-0.0239032;FXX=0.0137608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7399;QD=16.5895;RBI=0.0340572;REFB=-0.016905;REVB=0.0242597;RO=117;SAF=47;SAR=49;SRF=55;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193269;STB=0.515178;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0264108;OID=.;OPOS=78162170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:215:117:119:96:96:0.446512:49:47:55:62:49:47:55:64 chr17 78166385 . C T 3775.3 PASS AF=0.547546;AO=357;DP=651;FAO=357;FDP=652;FR=.;FRO=295;FSAF=176;FSAR=181;FSRF=154;FSRR=141;FWDB=0.0664007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.935;QD=23.1614;RBI=0.0664505;REFB=-0.00472398;REVB=0.00257329;RO=291;SAF=176;SAR=181;SRF=150;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185994;STB=0.513135;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00399716;OID=.;OPOS=78166385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:651:652:291:295:357:357:0.547546:181:176:150:141:181:176:154:141 chr17 78171944 . G C 1882.62 PASS AF=1;AO=104;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024406;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3335;QD=61.2234;RBI=0.130014;REFB=0;REVB=0.127703;RO=0;SAF=62;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146352;OID=.;OPOS=78171944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:104:123:1:42:62:0:0:59:64:0:0 chr17 78178893 . C T 2982.18 PASS AF=0.994819;AO=189;DP=191;FAO=192;FDP=193;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0615052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0223;QD=61.8069;RBI=0.0745821;REFB=-0.133504;REVB=0.0421853;RO=0;SAF=44;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501706;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00293604;OID=.;OPOS=78178893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:191:193:0:1:189:192:0.994819:145:44:0:0:146:46:0:1 chr17 78219065 . C A 1949.68 PASS AF=0.977099;AO=127;DP=132;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00426392;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.895;QD=59.5322;RBI=0.015567;REFB=-0.0686701;REVB=0.0149717;RO=2;SAF=44;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498567;STB=0.500264;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.000195183;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:131:2:3:127:128:0.977099:83:44:1:1:84:44:1:2 chr17 78226506 . C G 958.87 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201954;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0188;QD=59.0075;RBI=0.0321826;REFB=0;REVB=0.0250572;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159051;OID=.;OPOS=78226506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr17 78261809 . A AC 37.33 PASS AF=0.185841;AO=23;DP=125;FAO=21;FDP=113;FR=.;FRO=92;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=64;FWDB=-0.00282469;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.5546;QD=1.32152;RBI=0.0964132;REFB=-0.0479842;REVB=-0.0963718;RO=100;SAF=15;SAR=8;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347891;STB=0.802506;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.100508;OID=.;OPOS=78261810;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185841:23:125:21:113:92:15:6:28:64:37:100:15:8:37:63 chr17 78293189 . A T 4022.7 PASS AF=1;AO=259;DP=261;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185986;FXX=0.00766254;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.1;QD=62.1267;RBI=0.0267976;REFB=0.0771671;REVB=0.0192925;RO=1;SAF=135;SAR=124;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382918;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02736e-07;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:261:259:1:0:259:259:1:124:135:0:1:124:135:0:0 chr17 78298938 . A G 2604.94 PASS AF=0.994118;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=149;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4275;QD=61.2926;RBI=0.0752771;REFB=0.00946751;REVB=-0.0675846;RO=0;SAF=20;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512194;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00036348;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:170:170:0:1:169:169:0.994118:149:20:0:0:149:20:1:0 chr17 78341776 . G A 659.52 PASS AF=0.5;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00459504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.104;QD=19.9855;RBI=0.0726296;REFB=-4.32879e-05;REVB=0.0724841;RO=66;SAF=40;SAR=26;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11191;STB=0.561779;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000241176;OID=.;OPOS=78341776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:66:66:66:66:0.5:26:40:32:34:26:40:32:34 chr17 78444658 . T G 2135.77 PASS AF=1;AO=134;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032387;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9494;QD=62.8169;RBI=0.0519647;REFB=0;REVB=0.0406376;RO=0;SAF=57;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298124;OID=.;OPOS=78444658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:134:136:1:77:57:0:0:78:58:0:0 chr17 78444679 . T C 2545.82 PASS AF=1;AO=165;DP=169;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036902;FXX=0.0118336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.15;QD=60.9777;RBI=0.0502613;REFB=-0.0351547;REVB=0.0341239;RO=0;SAF=77;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322738;OID=.;OPOS=78444679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:169:167:0:0:165:167:1:88:77:0:0:89:78:0:0 chr17 78445702 . A G 2980.22 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.371;QD=63.409;RBI=0.0123026;REFB=0;REVB=-0.0100845;RO=0;SAF=68;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.18356e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53988e-06;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:120:68:0:0:120:68:0:0 chr17 78820329 . C T 5025.12 PASS AF=1;AO=319;DP=319;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319317;FXX=0.0031249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.756;QD=63.0109;RBI=0.0351927;REFB=0;REVB=0.0147952;RO=0;SAF=122;SAR=197;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79081e-06;OID=.;OPOS=78820329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:319:319:0:0:319:319:1:197:122:0:0:197:122:0:0 chr17 78854223 . A G 1623.1 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0635834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4273;QD=60.1149;RBI=0.0864538;REFB=0;REVB=-0.0585783;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000706128;OID=.;OPOS=78854223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:61:47:0:0:61:47:0:0 chr17 78896529 . C T 1836.46 PASS AF=0.510029;AO=177;DP=349;FAO=178;FDP=349;FR=.;FRO=171;FSAF=95;FSAR=83;FSRF=71;FSRR=100;FWDB=0.0694458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.099;QD=21.0482;RBI=0.0695925;REFB=-0.0114978;REVB=-0.00451543;RO=157;SAF=94;SAR=83;SRF=71;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679312;STB=0.557867;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.016188;OID=.;OPOS=78896529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:349:157:171:177:178:0.510029:83:94:71:86:83:95:71:100 chr17 78919558 . C T 1014.73 PASS AF=0.371517;AO=120;DP=323;FAO=120;FDP=323;FR=.;FRO=203;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=90;FSRR=113;FWDB=0.0180814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.056;QD=12.5663;RBI=0.0181476;REFB=0.0108306;REVB=0.00154819;RO=203;SAF=46;SAR=74;SRF=90;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692647;STB=0.539155;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0187807;OID=.;OPOS=78919558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:203:203:120:120:0.371517:74:46:90:113:74:46:90:113 chr17 78921117 . C T 1057.57 PASS AF=0.512563;AO=99;DP=199;FAO=102;FDP=199;FR=.;FRO=97;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.00472429;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.817;QD=21.2578;RBI=0.0325992;REFB=-0.0169229;REVB=-0.032255;RO=95;SAF=50;SAR=49;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373818;STB=0.51785;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.015038;OID=.;OPOS=78921117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:95:97:99:102:0.512563:49:50:44:51:52:50:44:53 chr17 78935197 . C T 1401.61 PASS AF=0.46395;AO=145;DP=318;FAO=148;FDP=319;FR=.;FRO=171;FSAF=56;FSAR=92;FSRF=72;FSRR=99;FWDB=0.0920265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.664;QD=17.575;RBI=0.0944053;REFB=-0.00891979;REVB=-0.0210591;RO=169;SAF=54;SAR=91;SRF=71;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490098;STB=0.524027;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0124976;OID=.;OPOS=78935197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:319:169:171:145:148:0.46395:91:54:71:98:92:56:72:99 chr17 79059230 . C T 3426.21 PASS AF=0.522013;AO=331;DP=635;FAO=332;FDP=636;FR=.;FRO=304;FSAF=144;FSAR=188;FSRF=156;FSRR=148;FWDB=-0.0354059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.291;QD=21.5485;RBI=0.0358435;REFB=-0.0271414;REVB=-0.00558425;RO=304;SAF=144;SAR=187;SRF=156;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691067;STB=0.538248;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0195133;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:635:636:304:304:331:332:0.522013:187:144:156:148:188:144:156:148 chr17 79082862 . G A 609.4 PASS AF=0.453901;AO=46;DP=128;FAO=64;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.00440718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.201;QD=17.2879;RBI=0.014986;REFB=-0.013485;REVB=0.0143233;RO=58;SAF=22;SAR=24;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819291;STB=0.566253;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0161381;OID=.;OPOS=79082862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:141:58:77:46:64:0.453901:24:22:23:35:33:31:28:49 chr17 79091103 . G T 1390.5 PASS AF=1;AO=71;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168852;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.863;QD=62.4945;RBI=0.0309885;REFB=0;REVB=0.0259841;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511767;OID=.;OPOS=79091103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:71:89:1:42:29:0:0:51:38:0:0 chr17 79093822 . A G 1046.95 PASS AF=0.55618;AO=97;DP=176;FAO=99;FDP=178;FR=.;FRO=79;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.00703494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3321;QD=23.5271;RBI=0.0304122;REFB=0.0171108;REVB=-0.0295874;RO=78;SAF=53;SAR=44;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00403435;STB=0.500515;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.0133299;OID=.;OPOS=79093822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:78:79:97:99:0.55618:44:53:43:35:45:54:43:36 chr17 79095144 . G A 2220.35 PASS AF=0.980263;AO=149;DP=153;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0299782;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.874;QD=58.4303;RBI=0.0483777;REFB=-0.0898362;REVB=0.0379699;RO=3;SAF=83;SAR=66;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211246;STB=0.51111;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00538935;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:153:152:3:3:149:149:0.980263:66:83:0:3:66:83:0:3 chr17 79095629 . C A 3213.56 PASS AF=0.955357;AO=214;DP=229;FAO=214;FDP=224;FR=.;FRO=10;FSAF=101;FSAR=113;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0847635;FXX=0.0218331;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.304;QD=57.385;RBI=0.0935579;REFB=-0.0892433;REVB=0.0396009;RO=10;SAF=101;SAR=113;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317507;STB=0.516687;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00142379;OID=.;OPOS=79095629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:229:224:10:10:214:214:0.955357:113:101:1:9:113:101:1:9 chr17 79155017 . C G 1738.66 PASS AF=0.512048;AO=170;DP=331;FAO=170;FDP=332;FR=.;FRO=162;FSAF=84;FSAR=86;FSRF=81;FSRR=81;FWDB=-0.0173797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.148;QD=20.9477;RBI=0.018693;REFB=-0.0115381;REVB=0.00688288;RO=153;SAF=84;SAR=86;SRF=76;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00227004;STB=0.50287;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0109175;OID=.;OPOS=79155017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:332:153:162:170:170:0.512048:86:84:76:77:86:84:81:81 chr17 79171967 . A G 2979.6 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.572;QD=63.3958;RBI=0.0915981;REFB=0;REVB=-0.0915148;RO=0;SAF=96;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27296e-05;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:92:96:0:0:92:96:0:0 chr17 79172035 . G A 598.64 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0126396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.201;QD=16.5142;RBI=0.0190315;REFB=-0.0111221;REVB=-0.014228;RO=82;SAF=34;SAR=29;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648766;STB=0.536243;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0164199;OID=.;OPOS=79172035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:82:82:63:63:0.434483:29:34:39:43:29:34:39:43 chr17 79173184 . T C 2202.45 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182395;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7923;QD=62.4808;RBI=0.0379482;REFB=-0.118823;REVB=0.0332774;RO=0;SAF=79;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000268849;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:0:1:140:140:0.992908:61:79:0:0:61:79:0:1 chr17 79173224 . T C 2273.76 PASS AF=1;AO=142;DP=149;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318975;FXX=0.0335548;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.564;QD=63.1601;RBI=0.0332799;REFB=-0.0251946;REVB=0.00949235;RO=0;SAF=82;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28203e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152901;OID=.;OPOS=79173224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:149:144:0:0:142:144:1:60:82:0:0:60:84:0:0 chr17 79174221 . T C 8561.59 PASS AF=1;AO=536;DP=541;FAO=536;FDP=536;FR=.;FRO=0;FSAF=175;FSAR=361;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452811;FXX=0.0165135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.497;QD=63.8925;RBI=0.0460699;REFB=0.0136387;REVB=0.0084885;RO=1;SAF=175;SAR=361;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00132091;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022342;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:541:536:1:0:536:536:1:361:175:0:1:361:175:0:0 chr17 79182778 . T C 3131.9 PASS AF=0.990338;AO=204;DP=207;FAO=205;FDP=207;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0298742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0757;QD=60.5198;RBI=0.0341982;REFB=-0.088428;REVB=0.0166447;RO=2;SAF=93;SAR=111;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000822253;STB=0.500452;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00612716;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:207:207:2:2:204:205:0.990338:111:93:1:1:112:93:1:1 chr17 79202956 . T C 3416.45 PASS AF=1;AO=200;DP=206;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165648;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.623;QD=61.8361;RBI=0.0186049;REFB=0;REVB=0.00847061;RO=0;SAF=76;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56149e-06;OID=.;OPOS=79202956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:206:221:0:0:200:221:1:124:76:0:0:135:86:0:0 chr17 79219419 . TC CT 55.08 PASS AF=0.0754717;AO=52;DP=536;FAO=40;FDP=530;FR=.,HEALED;FRO=489;FSAF=5;FSAR=35;FSRF=275;FSRR=214;FWDB=-0.0417107;FXX=0.0130351;HRUN=1;LEN=2;MLLD=28.0833;QD=0.415714;RBI=0.0444144;REFB=-0.0259132;REVB=-0.0152594;RO=345;SAF=11;SAR=41;SRF=187;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421924;STB=0.887095;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.150166;OID=.;OPOS=79219419;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:536:530:345:489:52:40:0.0754717:41:11:187:158:35:5:275:214 chr17 79219500 . AATG A 2097.03 PASS AF=0.436061;AO=332;DP=785;FAO=341;FDP=782;FR=.;FRO=441;FSAF=151;FSAR=190;FSRF=243;FSRR=198;FWDB=-0.00207283;FXX=0.0381299;HRUN=2;LEN=3;MLLD=292.376;QD=10.7265;RBI=0.0120319;REFB=0.00193433;REVB=-0.011852;RO=345;SAF=148;SAR=184;SRF=178;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655395;STB=0.560964;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=-0.00281741;OID=.;OPOS=79219501;OREF=ATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.436061:332:785:341:782:441:151:190:243:198:99:345:148:184:178:167 chr17 79220224 . G C 804.05 PASS AF=0.395745;AO=95;DP=235;FAO=93;FDP=235;FR=.;FRO=142;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=63;FSRR=79;FWDB=-0.019863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5478;QD=13.686;RBI=0.0211246;REFB=-0.0192645;REVB=-0.00719087;RO=133;SAF=55;SAR=40;SRF=62;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.582698;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0661327;OID=.;OPOS=79220224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:133:142:95:93:0.395745:40:55:62:71:39:54:63:79 chr17 79226230 . C T 897.4 PASS AF=0.473958;AO=91;DP=194;FAO=91;FDP=192;FR=.;FRO=101;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=0.0343574;FXX=0.0103087;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.79;QD=18.6958;RBI=0.0507922;REFB=-0.0136337;REVB=-0.0374087;RO=100;SAF=38;SAR=53;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00740089;STB=0.506307;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0190475;OID=.;OPOS=79226230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:192:100:101:91:91:0.473958:53:38:41:59:53:38:41:60 chr17 79279017 . C G 469.39 PASS AF=0.391304;AO=54;DP=138;FAO=54;FDP=138;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=29;FWDB=-0.0301458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3116;QD=13.6055;RBI=0.0463557;REFB=-0.0221598;REVB=-0.0352148;RO=84;SAF=32;SAR=22;SRF=55;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070468;STB=0.539749;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0381122;OID=.;OPOS=79279017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:84:84:54:54:0.391304:22:32:55:29:22:32:55:29 chr17 79409309 . A G 1305.42 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376975;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.664;QD=62.163;RBI=0.0636476;REFB=0;REVB=-0.0635359;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2939e-05;OID=.;OPOS=79409309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:35:47:0:0:35:49:0:0 chr17 79414307 . A G 686.3 PASS AF=0.383886;AO=81;DP=211;FAO=81;FDP=211;FR=.;FRO=130;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=80;FWDB=0.0163807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1721;QD=13.0104;RBI=0.0165171;REFB=-0.00772233;REVB=0.00211798;RO=130;SAF=30;SAR=51;SRF=50;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165854;STB=0.509361;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0161901;OID=.;OPOS=79414307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:130:130:81:81:0.383886:51:30:50:80:51:30:50:80 chr17 79418770 . C T 557.64 PASS AF=0.372881;AO=66;DP=177;FAO=66;FDP=177;FR=.;FRO=111;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=0.0511543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3491;QD=12.602;RBI=0.0533436;REFB=-0.0137953;REVB=-0.0151256;RO=111;SAF=30;SAR=36;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354739;STB=0.520118;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0342681;OID=.;OPOS=79418770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:111:111:66:66:0.372881:36:30:54:57:36:30:54:57 chr17 79419008 . GAA GAAC,GAC,GA 1076.94 PASS AF=0,0.109756,0.890244;AO=19,39,42;DP=163;FAO=0,18,146;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,45;FSAR=0,17,101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0760888,0.177082,0.696896;FXX=0;HRUN=0,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=23.988,22.1216,8.01237;QD=26.2668;RBI=0.110619,0.178956,0.740911;REFB=0,0,0;REVB=-0.080294,-0.0258337,0.251565;RO=43;SAF=3,4,3;SAR=16,35,39;SRF=31;SRR=12;SSEN=0,0,0.302273;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.622292,-0.650163,-0.702542;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,snp,del;VARB=0.0598725,0.106733,0.0812242;OID=.,.,.;OPOS=79419011,79419010,79419009;OREF=-,A,A;OALT=C,C,-;OMAPALT=GAAC,GAC,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.109756,0.890244:19,39,42:163:0,18,146:164:0:0,1,45:0,17,101:0:0:53:43:3,4,3:16,35,39:31:12 chr17 79424516 . A G 276.05 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00392143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5051;QD=13.3036;RBI=0.0756008;REFB=-3.46638e-06;REVB=-0.075499;RO=51;SAF=12;SAR=20;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208704;STB=0.61926;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00122257;OID=.;OPOS=79424516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:20:12:29:22:20:12:29:22 chr17 79429852 . C T 1260.67 PASS AF=0.422018;AO=138;DP=327;FAO=138;FDP=327;FR=.;FRO=189;FSAF=77;FSAR=61;FSRF=106;FSRR=83;FWDB=-0.0182865;FXX=0.00304869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.794;QD=15.4211;RBI=0.0326599;REFB=-0.0288665;REVB=-0.0270606;RO=189;SAF=77;SAR=61;SRF=106;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00302675;STB=0.501685;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0348901;OID=.;OPOS=79429852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:327:189:189:138:138:0.422018:61:77:106:83:61:77:106:83 chr17 79478019 . G A 827.76 PASS AF=0.557971;AO=77;DP=138;FAO=77;FDP=138;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0203352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.104;QD=23.9931;RBI=0.0225557;REFB=-0.00184096;REVB=-0.00975923;RO=60;SAF=41;SAR=36;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000697773;STB=0.503494;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00150271;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:60:61:77:77:0.557971:36:41:32:28:36:41:32:29 chr17 79495628 . TG T 1546.3 PASS AF=0.425693;AO=166;DP=390;FAO=169;FDP=397;FR=.;FRO=228;FSAF=88;FSAR=81;FSRF=129;FSRR=99;FWDB=0.0141306;FXX=0.00501241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.239;QD=15.5798;RBI=0.0145768;REFB=0.000450304;REVB=0.00357913;RO=219;SAF=87;SAR=79;SRF=119;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198265;STB=0.525987;STBP=0.375;TYPE=del;VARB=-0.000393831;OID=.;OPOS=79495629;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425693:166:390:169:397:228:88:81:129:99:99:219:87:79:119:100 chr17 79507107 . CGGG CCGG,CGG,GGGC 572.41 PASS AF=0.0165289,0.553719,0;AO=21,20,4;DP=110;FAO=2,67,0;FDP=121;FR=.;FRO=52;FSAF=1,24,0;FSAR=1,43,0;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.019701,-0.0270967,-0.268297;FXX=0.00819605;HRUN=3,3,9;LEN=1,1,4;MLLD=20.1292,19.4025,25.8916;QD=18.9227;RBI=0.0351653,0.0850778,0.271396;REFB=-0.0652424,-0.070985,0.0284233;REVB=0.0291284,0.0806474,0.0408969;RO=47;SAF=2,4,4;SAR=19,16,0;SRF=19;SRR=28;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.503222,-0.290774,0.587311;STB=0.536672,0.547756,0.5;STBP=0.862,0.262,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0172678,0.0516538,0;OID=.,.,.;OPOS=79507108,79507108,79507107;OREF=G,G,CGGG;OALT=C,-,GGGC;OMAPALT=CCGG,CGG,GGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:110:121:47:52:21,20,4:2,67,0:0.0165289,0.553719,0:19,16,0:2,4,4:19:28:1,43,0:1,24,0:24:28 chr17 79507170 . T C,G 1542.61 PASS AF=0.980952,0.0190476;AO=95,6;DP=101;FAO=103,2;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=62,2;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620111,-0.00987047;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.479,118.74;QD=58.7659;RBI=0.0465348,0.0445742;REFB=0,0;REVB=0.0461198,0.0434677;RO=0;SAF=58,5;SAR=37,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.87092e-08,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00030027,-0.0106729;OID=.,.;OPOS=79507170,79507170;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:101:105:0:0:95,6:103,2:0.980952,0.0190476:37,1:58,5:0:0:41,0:62,2:0:0 chr17 79507272 . G A 487.62 PASS AF=0.333333;AO=62;DP=191;FAO=62;FDP=186;FR=.;FRO=124;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=-0.00664569;FXX=0.0362676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.214;QD=10.4864;RBI=0.0304227;REFB=-0.00484887;REVB=0.029688;RO=102;SAF=28;SAR=34;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209692;STB=0.510874;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0101422;OID=.;OPOS=79507272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:186:102:124:62:62:0.333333:34:28:48:54:34:28:54:70 chr17 79508400 . T C 3113.35 PASS AF=1;AO=202;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228423;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.502;QD=61.0461;RBI=0.0310099;REFB=-0.080033;REVB=0.0209725;RO=1;SAF=96;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50157e-05;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:204:204:1:0:202:204:1:106:96:0:1:106:98:0:0 chr17 79511135 . A G 1362.95 PASS AF=0.62963;AO=117;DP=188;FAO=119;FDP=189;FR=.;FRO=70;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0200041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.712;QD=28.8455;RBI=0.0226131;REFB=-0.00704833;REVB=-0.0105446;RO=70;SAF=55;SAR=62;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306971;STB=0.513078;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00476453;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:70:70:117:119:0.62963:62:55:36:34:62:57:36:34 chr17 79514028 . C G 379.08 PASS AF=0.338129;AO=42;DP=134;FAO=47;FDP=139;FR=.;FRO=92;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=0.00958104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.7;QD=10.9089;RBI=0.0234194;REFB=-0.0116286;REVB=0.0213699;RO=90;SAF=15;SAR=27;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171642;STB=0.586898;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0297542;OID=.;OPOS=79514028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:139:90:92:42:47:0.338129:27:15:45:45:30:17:45:47 chr17 79514129 . G A 411.51 PASS AF=0.546667;AO=40;DP=70;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0118295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.941;QD=21.9474;RBI=0.0159685;REFB=-0.0402888;REVB=0.0107265;RO=30;SAF=24;SAR=16;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828634;STB=0.515144;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0340681;OID=.;OPOS=79514129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:75:30:34:40:41:0.546667:16:24:21:9:17:24:21:13 chr17 79514832 . G A 876.09 PASS AF=0.544304;AO=86;DP=158;FAO=86;FDP=158;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00449843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.07;QD=22.1794;RBI=0.0314592;REFB=-0.00671343;REVB=0.0311359;RO=69;SAF=35;SAR=51;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594671;STB=0.52402;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00598717;OID=.;OPOS=79514832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:69:72:86:86:0.544304:51:35:33:36:51:35:33:39 chr17 79525118 . T G 513.89 PASS AF=0.491071;AO=54;DP=111;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.023537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.101;QD=18.353;RBI=0.0236753;REFB=-2.77221e-05;REVB=-0.00255612;RO=56;SAF=24;SAR=30;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822192;STB=0.544538;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.000111284;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:56:57:54:55:0.491071:30:24:20:36:30:25:21:36 chr17 79589242 . G A 3139.81 PASS AF=1;AO=196;DP=198;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269376;FXX=0.0100497;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.417;QD=63.7525;RBI=0.0314165;REFB=0;REVB=0.0161667;RO=0;SAF=101;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05279e-05;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:198:197:0:0:196:197:1:95:101:0:0:96:101:0:0 chr17 79596811 . C T 1819.54 PASS AF=0.975806;AO=120;DP=127;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00542042;FXX=0.0236202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=339.57;QD=58.695;RBI=0.023896;REFB=0.0437455;REVB=0.0232731;RO=3;SAF=61;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00733529;STB=0.503932;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00095303;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:124:3:3:120:121:0.975806:59:61:2:1:60:61:2:1 chr17 79609410 . G T 1593.23 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172267;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.247;QD=60.1217;RBI=0.0187797;REFB=0;REVB=0.00747785;RO=0;SAF=35;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44912e-06;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:71:35:0:0:71:35:0:0 chr17 79612161 . C T 3740.89 PASS AF=0.954717;AO=253;DP=266;FAO=253;FDP=265;FR=.;FRO=12;FSAF=147;FSAR=106;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00439726;FXX=0.00375926;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.81;QD=56.4662;RBI=0.018168;REFB=-0.185553;REVB=0.0176278;RO=10;SAF=147;SAR=106;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885873;STB=0.500107;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838336;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:266:265:10:12:253:253:0.954717:106:147:7:3:106:147:7:5 chr17 79612333 . G A 816.77 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.667;QD=57.3171;RBI=0.0390556;REFB=0;REVB=0.0383978;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6769e-05;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr17 79612382 . T C 721.57 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8548;QD=60.1308;RBI=0.0580371;REFB=-0.0989889;REVB=0.055656;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00888258;OID=.;OPOS=79612382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:48:1:0:46:48:1:26:20:0:1:28:20:0:0 chr17 79612397 . A G 724.15 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00754172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.66;QD=54.6532;RBI=0.052194;REFB=-0.112782;REVB=-0.0516462;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000576232;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:1:0:25:27:1:0 chr17 79612413 . T C 1567.21 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.366;QD=63.9678;RBI=0.0273905;REFB=0;REVB=0.0187502;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99999e-06;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:41:57:0:0:41:57:0:0 chr17 79612443 . T C 2329.35 PASS AF=0.993506;AO=128;DP=157;FAO=153;FDP=154;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=83;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882347;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.346;QD=60.5026;RBI=0.0524965;REFB=0;REVB=0.0517497;RO=0;SAF=76;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385983;OID=.;OPOS=79612443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:154:0:0:128:153:0.993506:52:76:0:0:70:83:0:0 chr17 79612444 . G C 88.45 PASS AF=0.139241;AO=23;DP=158;FAO=22;FDP=158;FR=.;FRO=136;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=80;FSRR=56;FWDB=-0.0170082;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.4713;QD=2.23923;RBI=0.0194841;REFB=-0.014876;REVB=-0.00950529;RO=135;SAF=6;SAR=17;SRF=80;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408576;STB=0.760836;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.166455;OID=.;OPOS=79612444;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:158:158:135:136:23:22:0.139241:17:6:80:55:16:6:80:56 chr17 79614481 . A G 1093.29 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.69;QD=59.9063;RBI=0.0174916;REFB=0;REVB=0.00594146;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02634e-05;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:73:0:0:67:73:1:30:37:0:0:32:41:0:0 chr17 79614932 . TTAAC T 1239.67 PASS AF=0.954955;AO=104;DP=129;FAO=106;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.012356;FXX=0.15266;HRUN=3;LEN=4;MLLD=235.468;QD=44.6729;RBI=0.0126198;REFB=0.00610369;REVB=0.00256668;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501981;STBP=0.913;TYPE=del;VARB=-5.56576e-05;OID=.;OPOS=79614933;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.954955:104:129:106:111:5:59:47:3:2:3:0:58:46:0:0 chr17 79637349 . T C 4978.1 PASS AF=1;AO=312;DP=321;FAO=316;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118537;FXX=0.0246906;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.208;QD=63.0139;RBI=0.0190305;REFB=0;REVB=0.0148879;RO=0;SAF=126;SAR=186;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10281e-05;OID=.;OPOS=79637349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:321:316:0:0:312:316:1:186:126:0:0:187:129:0:0 chr17 79657194 . A G 224.5 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00187583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2074;QD=10.8191;RBI=0.0406079;REFB=0.00620345;REVB=-0.0405645;RO=55;SAF=12;SAR=16;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508685;STB=0.529595;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.0136512;OID=.;OPOS=79657194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:16:12:26:29:16:12:26:29 chr17 79668570 . GC CG 39.34 PASS AF=0.0662021;AO=19;DP=288;FAO=19;FDP=287;FR=.,HEALED;FRO=267;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=122;FSRR=145;FWDB=-0.00906814;FXX=0.00692018;HRUN=1;LEN=2;MLLD=57.5715;QD=0.548282;RBI=0.05646;REFB=-0.00623738;REVB=-0.0557271;RO=189;SAF=18;SAR=1;SRF=78;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604885;STB=0.850826;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.104054;OID=.;OPOS=79668570;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:288:287:189:267:19:19:0.0662021:1:18:78:111:3:16:122:145 chr17 79769447 . CT TC 74.52 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=-0.0813471;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=29.1917;QD=4.02801;RBI=0.113484;REFB=-0.0324023;REVB=0.0791286;RO=51;SAF=9;SAR=3;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12466;STB=0.545376;STBP=0.776;TYPE=mnp;VARB=0.180033;OID=.;OPOS=79769447;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:77:74:51:58:12:12:0.162162:3:9:34:17:3:9:41:17 chr17 79781362 . C T 505.71 PASS AF=0.465517;AO=50;DP=112;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.0890444;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.565;QD=17.4384;RBI=0.0891953;REFB=-0.0184828;REVB=-0.0051864;RO=62;SAF=26;SAR=24;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163063;STB=0.596484;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.021559;OID=.;OPOS=79781362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:62:62:50:54:0.465517:24:26:22:40:25:29:22:40 chr17 79813429 . A AC 33.14 PASS AF=0.0826446;AO=29;DP=243;FAO=20;FDP=242;FR=.;FRO=222;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=98;FSRR=124;FWDB=-0.0310555;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=49.1186;QD=0.547809;RBI=0.082682;REFB=-0.0113553;REVB=-0.0766281;RO=211;SAF=0;SAR=29;SRF=99;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.677856;STB=0.928852;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.059731;OID=.;OPOS=79813430;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0826446:29:243:20:242:222:1:19:98:124:33:211:0:29:99:112 chr17 79825897 . A G 1381.8 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119692;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.098;QD=62.8091;RBI=0.0130201;REFB=0;REVB=0.0051246;RO=0;SAF=58;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10028e-05;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:29:58:0:0:29:59:0:0 chr17 79872241 . A G 1774.2 PASS AF=0.983333;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0292628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.249;QD=59.1399;RBI=0.0301338;REFB=0.0446338;REVB=0.00719245;RO=2;SAF=55;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00107783;STB=0.500567;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.000370148;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:118:118:0.983333:63:55:1:1:63:55:1:1 chr17 79880994 . CA AC,CAC 96.08 PASS AF=0.0444444,0.155556;AO=17,31;DP=184;FAO=8,28;FDP=180;FR=.;FRO=144;FSAF=6,16;FSAR=2,12;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=-0.0866029,-0.0987559;FXX=0.0109884;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=39.1369,28.136;QD=2.1351;RBI=0.101204,0.1142;REFB=-0.0162225,-0.0241138;REVB=-0.0523668,-0.0573486;RO=133;SAF=15,10;SAR=2,21;SRF=69;SRR=64;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.477252,-0.253892;STB=0.754271,0.57706;STBP=0.166,0.383;TYPE=mnp,ins;VARB=0.180817,0.190461;OID=.,.;OPOS=79880994,79880996;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:184:180:133:144:17,31:8,28:0.0444444,0.155556:2,21:15,10:69:64:2,12:6,16:69:75 chr17 79891147 . T C 2278.02 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017995;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.131;QD=61.1549;RBI=0.0278827;REFB=0;REVB=-0.0212985;RO=0;SAF=82;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.67496e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55714e-05;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:67:82:0:0:67:82:0:0 chr17 79899272 . A G 2018.71 PASS AF=0.59589;AO=128;DP=289;FAO=174;FDP=292;FR=.,HEALED;FRO=102;FSAF=92;FSAR=82;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=-0.0447959;FXX=0.00680249;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.2247;QD=27.6536;RBI=0.0816955;REFB=-0.0515901;REVB=-0.0683191;RO=94;SAF=79;SAR=49;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06062;STB=0.507013;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.048807;OID=.;OPOS=79899272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:292:94:102:128:174:0.59589:49:79:51:43:82:92:52:50 chr17 79899495 . G A 3064.17 PASS AF=0.551724;AO=287;DP=523;FAO=288;FDP=522;FR=.;FRO=234;FSAF=122;FSAR=166;FSRF=98;FSRR=136;FWDB=-0.00217112;FXX=0.00191201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.265;QD=23.4802;RBI=0.00393005;REFB=-0.0164726;REVB=-0.0032759;RO=233;SAF=122;SAR=165;SRF=97;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00742493;STB=0.502208;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0129907;OID=.;OPOS=79899495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:523:522:233:234:287:288:0.551724:165:122:97:136:166:122:98:136 chr17 79899698 . G A 743.48 PASS AF=0.578512;AO=70;DP=122;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0116121;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.88;QD=24.578;RBI=0.0192888;REFB=-0.00516198;REVB=0.0154019;RO=51;SAF=37;SAR=33;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120227;STB=0.565465;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00353515;OID=.;OPOS=79899698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:51:51:70:70:0.578512:33:37:19:32:33:37:19:32 chr17 79910518 . C T 1232.7 PASS AF=0.561321;AO=107;DP=207;FAO=119;FDP=212;FR=.;FRO=93;FSAF=119;FSAR=0;FSRF=93;FSRR=0;FWDB=0.000290993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.732;QD=23.2585;RBI=0.000290993;REFB=-0.0178524;REVB=0;RO=93;SAF=107;SAR=0;SRF=93;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130113;OID=.;OPOS=79910518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:212:93:93:107:119:0.561321:0:107:93:0:0:119:93:0 chr17 79912164 . G A 1186.24 PASS AF=0.569307;AO=112;DP=201;FAO=115;FDP=202;FR=.;FRO=87;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=-0.0160237;FXX=0.0194165;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.265;QD=23.4899;RBI=0.0199417;REFB=-0.0174305;REVB=0.0118706;RO=87;SAF=51;SAR=61;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904542;STB=0.550677;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0120498;OID=.;OPOS=79912164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:87:87:112:115:0.569307:61:51:30:57:62:53:30:57 chr17 79952700 . G A 1650.76 PASS AF=0.495495;AO=160;DP=328;FAO=165;FDP=333;FR=.;FRO=168;FSAF=67;FSAR=98;FSRF=70;FSRR=98;FWDB=-0.00497551;FXX=0.00299392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.962;QD=19.8289;RBI=0.0154722;REFB=-0.0145813;REVB=0.0146503;RO=166;SAF=65;SAR=95;SRF=68;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0032558;STB=0.505534;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0141704;OID=.;OPOS=79952700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:333:166:168:160:165:0.495495:95:65:68:98:98:67:70:98 chr17 79974731 . T C 722.0 PASS AF=0.496503;AO=71;DP=143;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.00287989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.993;QD=20.1957;RBI=0.0306846;REFB=-0.021503;REVB=0.0305491;RO=72;SAF=35;SAR=36;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317808;STB=0.517522;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0177755;OID=.;OPOS=79974731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:72:72:71:71:0.496503:36:35:38:34:36:35:38:34 chr17 79980756 . C A 1364.97 PASS AF=0.527559;AO=134;DP=254;FAO=134;FDP=254;FR=.;FRO=120;FSAF=37;FSAR=97;FSRF=37;FSRR=83;FWDB=0.0261129;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0463;QD=21.4957;RBI=0.0606331;REFB=-0.0420833;REVB=0.0547219;RO=114;SAF=37;SAR=97;SRF=37;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497588;STB=0.518714;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0310125;OID=.;OPOS=79980756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:114:120:134:134:0.527559:97:37:37:77:97:37:37:83 chr17 79994600 . C T 1659.34 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2555;QD=59.7962;RBI=0.0658314;REFB=0;REVB=0.0245773;RO=0;SAF=41;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035713;OID=.;OPOS=79994600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:69:41:0:0:70:41:0:0 chr17 79995490 . C CT,CTT 1529.18 PASS AF=0,1;AO=49,71;DP=152;FAO=0,141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=0,54;FSAR=0,87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.19244,0.0850821;FXX=0.0208319;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=10.8151,18.6108;QD=43.3809;RBI=0.479858,0.243033;REFB=0,0;REVB=0.43958,0.227653;RO=26;SAF=14,30;SAR=35,41;SRF=15;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.205088,-0.0779355;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00487014;OID=.,.;OPOS=79995491,79995491;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:49,71:152:0,141:141:0:0,54:0,87:0:0:29:26:14,30:35,41:15:11 chr17 79995494 . C T 120.0 PASS AF=0.184713;AO=28;DP=157;FAO=29;FDP=157;FR=.;FRO=128;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=87;FWDB=0.0115992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.3138;QD=3.05723;RBI=0.0130428;REFB=-0.0164818;REVB=0.00596432;RO=127;SAF=21;SAR=7;SRF=40;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518656;STB=0.777475;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0193499;OID=.;OPOS=79995494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:127:128:28:29:0.184713:7:21:40:87:9:20:41:87 chr17 80006957 . A C 1535.12 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0518167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2002;QD=62.658;RBI=0.0535281;REFB=-0.135719;REVB=-0.0134272;RO=0;SAF=67;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00134185;OID=.;OPOS=80006957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:0:1:97:97:0.989796:30:67:0:0:30:67:1:0 chr17 80007887 . A G 3989.27 PASS AF=0.984848;AO=261;DP=265;FAO=260;FDP=264;FR=.;FRO=4;FSAF=127;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0403403;FXX=0.00377344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4923;QD=60.4434;RBI=0.0534249;REFB=-0.0987732;REVB=0.0350269;RO=4;SAF=127;SAR=134;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140154;STB=0.507407;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00943485;OID=.;OPOS=80007887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:265:264:4:4:261:260:0.984848:134:127:0:4:133:127:0:4 chr17 80008392 . G T 4019.19 PASS AF=1;AO=248;DP=251;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419741;FXX=0.00757547;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5308;QD=61.3616;RBI=0.0486553;REFB=-0.00289188;REVB=-0.0246072;RO=1;SAF=104;SAR=144;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032988;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462178;OID=.;OPOS=80008392;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:251:262:1:0:248:262:1:144:104:0:1:144:118:0:0 chr17 80009156 . T C 2899.45 PASS AF=1;AO=171;DP=176;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759249;FXX=0.0153838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2548;QD=60.4052;RBI=0.0452105;REFB=0;REVB=0.0445684;RO=0;SAF=87;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259278;OID=.;OPOS=80009156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:176:192:0:0:171:192:1:84:87:0:0:96:96:0:0 chr17 80009157 . G C 69.98 PASS AF=0.097561;AO=18;DP=203;FAO=20;FDP=205;FR=.;FRO=185;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=93;FSRR=92;FWDB=-0.0113773;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.4337;QD=1.36555;RBI=0.0167853;REFB=-0.00425446;REVB=0.0123411;RO=185;SAF=6;SAR=12;SRF=93;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199216;STB=0.592862;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00619125;OID=.;OPOS=80009157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:203:205:185:185:18:20:0.097561:12:6:93:92:12:8:93:92 chr17 80012449 . G A 2162.83 PASS AF=0.949367;AO=149;DP=159;FAO=150;FDP=158;FR=.;FRO=8;FSAF=62;FSAR=88;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0211586;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6507;QD=54.7553;RBI=0.0310935;REFB=-0.0718566;REVB=0.0227842;RO=8;SAF=62;SAR=87;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453033;STB=0.523897;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00325724;OID=.;OPOS=80012449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:159:158:8:8:149:150:0.949367:87:62:7:1:88:62:7:1 chr17 80012997 . A G 3436.15 PASS AF=0.986726;AO=223;DP=226;FAO=223;FDP=226;FR=.;FRO=3;FSAF=114;FSAR=109;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0610883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.222;QD=60.8168;RBI=0.0650663;REFB=-0.168007;REVB=0.0224016;RO=3;SAF=114;SAR=109;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123719;STB=0.506493;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000393196;OID=.;OPOS=80012997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:226:226:3:3:223:223:0.986726:109:114:3:0:109:114:3:0 chr17 80013235 . A G 3803.11 PASS AF=1;AO=239;DP=239;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053894;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.55;QD=63.6503;RBI=0.0542169;REFB=0;REVB=-0.00590819;RO=0;SAF=102;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113236;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:239:0:0:239:239:1:137:102:0:0:137:102:0:0 chr17 80039481 . G A 847.96 PASS AF=0.465241;AO=87;DP=189;FAO=87;FDP=187;FR=.;FRO=100;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.00561055;FXX=0.0105815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2847;QD=18.1381;RBI=0.0119881;REFB=0.021651;REVB=-0.0105941;RO=101;SAF=50;SAR=37;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106561;STB=0.551004;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0243476;OID=.;OPOS=80039481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:187:101:100:87:87:0.465241:37:50:47:54:37:50:48:52 chr17 80046368 . A AG 73.46 PASS AF=0.314815;AO=18;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0488891;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.8446;QD=5.44118;RBI=0.0489991;REFB=-0.072754;REVB=-0.00328278;RO=36;SAF=3;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544736;STB=0.812124;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.10412;OID=.;OPOS=80046369;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314815:18:54:17:54:37:3:14:23:14:73:36:3:15:23:13 chr17 80099639 . C A 2228.72 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9989;QD=63.2262;RBI=0.0594625;REFB=0;REVB=-0.0473041;RO=0;SAF=68;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77837e-05;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:73:68:0:0:73:68:0:0 chr17 80103737 . T C 3718.54 PASS AF=0.983871;AO=244;DP=253;FAO=244;FDP=248;FR=.;FRO=4;FSAF=93;FSAR=151;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00830984;FXX=0.0197621;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.922;QD=59.9765;RBI=0.0197805;REFB=-0.0565246;REVB=0.0179504;RO=4;SAF=93;SAR=151;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427691;STB=0.502244;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.000180674;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:253:248:4:4:244:244:0.983871:151:93:1:3:151:93:1:3 chr17 80136418 . C T 3248.36 PASS AF=1;AO=209;DP=212;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447849;FXX=0.014018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3505;QD=61.5802;RBI=0.0599146;REFB=-0.0556046;REVB=0.0398004;RO=0;SAF=114;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883044;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:211:0:0:209:211:1:95:114:0:0:95:116:0:0 chr17 80151881 . G A 6740.59 PASS AF=0.973626;AO=440;DP=458;FAO=443;FDP=455;FR=.;FRO=12;FSAF=225;FSAR=218;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0152715;FXX=0.0108693;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.745;QD=59.2579;RBI=0.0428997;REFB=-0.124108;REVB=0.0400894;RO=11;SAF=225;SAR=215;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195629;STB=0.511196;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00402657;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:458:455:11:12:440:443:0.973626:215:225:1:10:218:225:1:11 chr17 80159566 . T C 2822.26 PASS AF=0.958763;AO=186;DP=194;FAO=186;FDP=194;FR=.;FRO=8;FSAF=90;FSAR=96;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.014051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4086;QD=58.1908;RBI=0.0430722;REFB=0.0211318;REVB=-0.0407159;RO=7;SAF=90;SAR=96;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257531;STB=0.516127;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.010473;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:194:194:7:8:186:186:0.958763:96:90:6:1:96:90:7:1 chr17 80195582 . T C 1612.55 PASS AF=0.92623;AO=113;DP=122;FAO=113;FDP=122;FR=.;FRO=9;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0224654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.4;QD=52.8704;RBI=0.0294011;REFB=-0.0841753;REVB=0.0189666;RO=9;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728342;STB=0.538455;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00107461;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:122:122:9:9:113:113:0.92623:54:59:0:9:54:59:0:9 chr17 80218800 . G A 329.91 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722369;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.0614;QD=54.9854;RBI=0.0805304;REFB=0;REVB=0.0355945;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066286;OID=.;OPOS=80218800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr17 80280865 . G A 2608.5 PASS AF=0.912371;AO=177;DP=196;FAO=177;FDP=194;FR=.;FRO=17;FSAF=97;FSAR=80;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00312264;FXX=0.0251244;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.131;QD=53.7836;RBI=0.0236617;REFB=-0.117214;REVB=0.0234547;RO=12;SAF=97;SAR=80;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00584058;STB=0.517195;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00122752;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:196:194:12:17:177:177:0.912371:80:97:6:6:80:97:6:11 chr17 80373452 . C T 2970.32 PASS AF=0.984536;AO=187;DP=192;FAO=191;FDP=194;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=126;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0958687;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1472;QD=61.2437;RBI=0.117383;REFB=0.032353;REVB=0.0677343;RO=3;SAF=63;SAR=124;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221289;STB=0.511277;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000107235;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:192:194:3:3:187:191:0.984536:124:63:3:0:126:65:3:0 chr17 80377690 . T G 845.87 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000349471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6474;QD=54.5722;RBI=0.0931365;REFB=-0.134831;REVB=0.0931359;RO=2;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304238;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00329757;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:62:2:1:60:61:0.983871:30:30:0:2:31:30:0:1 chr17 80391684 . A G 4178.83 PASS AF=1;AO=266;DP=267;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486938;FXX=0.00743467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7453;QD=62.6042;RBI=0.0254204;REFB=0;REVB=-0.0249497;RO=0;SAF=94;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5433e-05;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:267:267:0:0:266:267:1:172:94:0:0:172:95:0:0 chr17 80394530 . G T 1664.76 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0362039;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9264;QD=59.4557;RBI=0.0631043;REFB=-0.110688;REVB=0.0516859;RO=1;SAF=48;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747675;STB=0.503936;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00129214;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:1:1:111:111:0.991071:63:48:0:1:63:48:0:1 chr17 80452592 . G C 662.96 PASS AF=0.943396;AO=48;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.139545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.374;QD=50.0344;RBI=0.141986;REFB=-0.130071;REVB=0.0262151;RO=4;SAF=18;SAR=30;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937301;STB=0.53487;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00348061;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:4:3:48:50:0.943396:30:18:4:0:30:20:3:0 chr17 80481088 . T C 975.39 PASS AF=0.537143;AO=94;DP=176;FAO=94;FDP=175;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.024243;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3717;QD=22.2945;RBI=0.0256691;REFB=-0.0135483;REVB=-0.00843681;RO=81;SAF=31;SAR=63;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833147;STB=0.545626;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0138018;OID=.;OPOS=80481088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:81:81:94:94:0.537143:63:31:34:47:63:31:34:47 chr17 80544971 . G A 408.34 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0162272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.486;QD=20.417;RBI=0.0185917;REFB=-0.0112603;REVB=-0.00907346;RO=39;SAF=27;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415329;STB=0.523035;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00928493;OID=.;OPOS=80544971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:14:27:24:15:14:27:24:15 chr17 80559459 . G A 295.19 PASS AF=0.309524;AO=39;DP=121;FAO=39;FDP=126;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=0.0743363;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1246;QD=9.37121;RBI=0.0784905;REFB=-0.00938933;REVB=-0.0251968;RO=82;SAF=14;SAR=25;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834228;STB=0.523548;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0192512;OID=.;OPOS=80559459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:126:82:87:39:39:0.309524:25:14:35:47:25:14:34:53 chr17 80573681 . A G 515.29 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0510827;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0235;QD=24.5375;RBI=0.0744862;REFB=0.0280431;REVB=0.0542102;RO=34;SAF=31;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703315;STB=0.553549;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0264761;OID=.;OPOS=80573681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:34:36:48:48:0.571429:17:31:19:15:17:31:19:17 chr17 80614933 . T C 435.53 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0153574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1956;QD=23.8648;RBI=0.0379667;REFB=0.000540642;REVB=-0.034722;RO=30;SAF=24;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130212;STB=0.578088;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.000764749;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:31:42:42:0.575342:18:24:12:18:18:24:12:19 chr17 80615040 . A C 2382.29 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.744;QD=63.9541;RBI=0.00549122;REFB=0;REVB=-0.00085035;RO=0;SAF=63;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.78262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56319e-06;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:86:63:0:0:86:63:0:0 chr17 80674643 . C G 4445.39 PASS AF=1;AO=281;DP=281;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.071;QD=63.2796;RBI=0.0758896;REFB=0;REVB=-0.0735083;RO=0;SAF=120;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39609e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19742e-05;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:281:281:0:0:281:281:1:161:120:0:0:161:120:0:0 chr17 80696410 . A C 3127.09 PASS AF=1;AO=194;DP=197;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613804;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.957;QD=64.1455;RBI=0.0508972;REFB=0;REVB=0.0505257;RO=0;SAF=95;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75533e-05;OID=.;OPOS=80696410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:195:0:0:194:195:1:99:95:0:0:99:96:0:0 chr17 80700592 . T C 2986.87 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.878;QD=63.2141;RBI=0.0543495;REFB=0;REVB=0.0236294;RO=0;SAF=99;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72506e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:189:0:0:183:189:1:84:99:0:0:84:105:0:0 chr17 80706928 . G A 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0744113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7805;QD=58.7788;RBI=0.0762772;REFB=0;REVB=0.0167682;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359805;OID=.;OPOS=80706928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr17 80708601 . C G 971.98 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0165572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.968;QD=54.7596;RBI=0.0212715;REFB=-0.0764354;REVB=-0.0133543;RO=1;SAF=25;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185286;STB=0.50156;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.000408377;OID=.;OPOS=80708601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:1:3:68:68:0.957746:43:25:1:0:43:25:1:2 chr17 80887451 . A G 2941.69 PASS AF=1;AO=184;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.191;QD=63.2621;RBI=0.0115275;REFB=0;REVB=0.00338272;RO=0;SAF=97;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10887e-06;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:186:0:0:184:186:1:87:97:0:0:87:99:0:0 chr17 80895745 . T C 3186.12 PASS AF=0.995283;AO=208;DP=211;FAO=211;FDP=212;FR=.;FRO=1;FSAF=118;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024314;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.64;QD=60.1155;RBI=0.0438096;REFB=-0.0522622;REVB=0.0364432;RO=1;SAF=118;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526358;STB=0.50211;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000607722;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:211:212:1:1:208:211:0.995283:90:118:0:1:93:118:1:0 chr17 80895769 . A G 3181.09 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342839;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.441;QD=63.9415;RBI=0.0407001;REFB=0;REVB=-0.0219343;RO=0;SAF=116;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127652;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:199:0:0:198:199:1:82:116:0:0:82:117:0:0 chr17 80895933 . A G 1539.98 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.43;QD=59.2301;RBI=0.0928873;REFB=0;REVB=0.0922969;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230091;OID=.;OPOS=80895933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:94:104:0:0:94:104:1:38:56:0:0:48:56:0:0 chr17 80899281 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.438;QD=59.8557;RBI=0.021708;REFB=0;REVB=0.00782122;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13159e-05;OID=.;OPOS=80899281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr17 81006387 . G A 1851.42 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000747408;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0495;QD=60.7024;RBI=0.0118347;REFB=-0.119488;REVB=0.0118111;RO=0;SAF=68;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82975e-08;STB=0.504672;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000520113;OID=.;OPOS=81006387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:122:0:1:121:121:0.991803:53:68:0:0:53:68:0:1 chr17 81043039 . A G 2318.22 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00692242;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.46;QD=63.951;RBI=0.0134462;REFB=0;REVB=0.0115274;RO=0;SAF=14;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24724e-06;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:131:14:0:0:131:14:0:0 chr17 81050982 . G C 584.58 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0208723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.234;QD=16.2384;RBI=0.0218013;REFB=-0.0290558;REVB=0.0062964;RO=82;SAF=28;SAR=34;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255487;STB=0.514281;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0347715;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:82:82:62:62:0.430556:34:28:35:47:34:28:35:47 chr18 47492 . G A 336.65 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0116727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.929;QD=17.2643;RBI=0.0254736;REFB=-0.00535811;REVB=-0.0226418;RO=41;SAF=24;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059427;STB=0.542032;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00568025;OID=.;OPOS=47492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:42:36:36:0.461538:12:24:25:16:12:24:25:17 chr18 49034 . G A 254.28 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0104203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.866;QD=13.0398;RBI=0.0107915;REFB=-0.0135516;REVB=-0.00280592;RO=48;SAF=16;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542585;STB=0.531014;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0233512;OID=.;OPOS=49034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:14:16:28:20:14:16:28:20 chr18 49169 . C T 427.62 PASS AF=0.585714;AO=40;DP=71;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00400061;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.062;QD=24.4354;RBI=0.0136826;REFB=-0.0127919;REVB=-0.0130847;RO=27;SAF=7;SAR=33;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241726;STB=0.626979;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0112561;OID=.;OPOS=49169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:27:29:40:41:0.585714:33:7:11:16:34:7:11:18 chr18 49490 . T C 88.19 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3772;QD=39.1938;RBI=0.143768;REFB=0;REVB=0.0757811;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0068372;OID=.;OPOS=49490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:7:9:1:1:6:0:0:1:8:0:0 chr18 49546 . G A,T 461.69 PASS AF=0.911765,0.0588235;AO=32,2;DP=34;FAO=31,2;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=0,1;FSAR=31,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.12902,0.0387146;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.7176,8.9256;QD=54.3162;RBI=0.132689,0.0554762;REFB=-0.0805708,-0.0752763;REVB=-0.0309905,-0.039734;RO=0;SAF=0,1;SAR=32,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.665164;STBP=1,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.00780474,-0.0572804;OID=.,.;OPOS=49546,49546;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:1:32,2:31,2:0.911765,0.0588235:32,1:0,1:0:0:31,1:0,1:0:1 chr18 225118 . CGGGGGGG CGGGGGG,CGGGGGGT 48.55 PASS AF=0.166667,0.037037;AO=21,6;DP=112;FAO=18,4;FDP=108;FR=.;FRO=86;FSAF=12,4;FSAR=6,0;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.024677,-0.00140476;FXX=0.0357111;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.85774,20.0589;QD=1.79827;RBI=0.105491,0.0534262;REFB=-0.0550871,-0.0336969;REVB=0.102565,0.0534078;RO=64;SAF=10,5;SAR=11,1;SRF=28;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0479542,0.425649;STB=0.715821,0.997896;STBP=0.044,0.015;TYPE=del,snp;VARB=0.0155703,0.0656997;OID=.,.;OPOS=225119,225125;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=CGGGGGG,CGGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.037037:21,6:112:18,4:108:86:12,4:6,0:34:52:30:64:10,5:11,1:28:36 chr18 252559 . G A 1406.31 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.779;QD=62.5025;RBI=0.0363287;REFB=0;REVB=-0.00893164;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1729e-05;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:44:44:0:0:44:46:0:0 chr18 319446 . C A 1042.0 PASS AF=0.490826;AO=100;DP=209;FAO=107;FDP=218;FR=.;FRO=111;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=0.019391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2797;QD=19.1193;RBI=0.0221929;REFB=-0.0072457;REVB=0.0107942;RO=109;SAF=58;SAR=42;SRF=63;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00195772;STB=0.522402;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00803793;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:218:109:111:100:107:0.490826:42:58:63:46:49:58:65:46 chr18 334742 . C T 1323.77 PASS AF=0.384224;AO=151;DP=393;FAO=151;FDP=393;FR=.;FRO=242;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=105;FSRR=137;FWDB=0.0186618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.97;QD=13.4735;RBI=0.0188126;REFB=-0.00354716;REVB=-0.00237721;RO=240;SAF=67;SAR=84;SRF=105;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687995;STB=0.506135;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00512479;OID=.;OPOS=334742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:240:242:151:151:0.384224:84:67:105:135:84:67:105:137 chr18 334758 . T C 5818.66 PASS AF=0.992167;AO=358;DP=371;FAO=380;FDP=383;FR=.;FRO=3;FSAF=169;FSAR=211;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00104997;FXX=0.0154238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.986;QD=60.7693;RBI=0.104931;REFB=-0.148682;REVB=0.104925;RO=3;SAF=160;SAR=198;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717381;STB=0.503529;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000874943;OID=.;OPOS=334758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:371:383:3:3:358:380:0.992167:198:160:0:3:211:169:0:3 chr18 346821 . C T 911.19 PASS AF=0.497268;AO=91;DP=183;FAO=91;FDP=183;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=-0.0114781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3718;QD=19.9167;RBI=0.0299566;REFB=-0.0244968;REVB=-0.0276704;RO=92;SAF=36;SAR=55;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573821;STB=0.531591;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0264049;OID=.;OPOS=346821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:92:92:91:91:0.497268:55:36:42:50:55:36:42:50 chr18 658035 . A G 1195.11 PASS AF=0.39645;AO=133;DP=343;FAO=134;FDP=338;FR=.;FRO=204;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=112;FSRR=92;FWDB=0.00519282;FXX=0.0174414;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.686;QD=14.1434;RBI=0.0117673;REFB=0.00193558;REVB=-0.0105596;RO=192;SAF=65;SAR=68;SRF=107;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724558;STB=0.543012;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00309958;OID=.;OPOS=658035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:338:192:204:133:134:0.39645:68:65:107:85:70:64:112:92 chr18 658064 . G C 6790.25 PASS AF=0.990826;AO=427;DP=432;FAO=432;FDP=436;FR=.;FRO=4;FSAF=208;FSAR=224;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0134836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.009;QD=62.2959;RBI=0.0135483;REFB=0.00197253;REVB=0.00132244;RO=4;SAF=207;SAR=220;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00859809;STB=0.504425;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-3.05195e-06;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:432:436:4:4:427:432:0.990826:220:207:0:4:224:208:0:4 chr18 658332 . C T 306.29 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00590349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=356.93;QD=47.1209;RBI=0.00638813;REFB=0.0110444;REVB=-0.00244068;RO=2;SAF=8;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102547;STB=0.555508;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.000525079;OID=.;OPOS=658332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:16:8:2:0:16:8:2:0 chr18 662247 . A G 837.73 PASS AF=0.475138;AO=86;DP=180;FAO=86;FDP=181;FR=.;FRO=95;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.0286847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2055;QD=18.5134;RBI=0.0474698;REFB=-0.0132105;REVB=-0.0378228;RO=93;SAF=42;SAR=44;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651389;STB=0.540949;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0216445;OID=.;OPOS=662247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:93:95:86:86:0.475138:44:42:39:54:44:42:39:56 chr18 722009 . TAA T 1202.46 PASS AF=1;AO=95;DP=99;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256291;FXX=0.0303;HRUN=2;LEN=2;MLLD=134.464;QD=50.1026;RBI=0.0391918;REFB=0;REVB=0.0296504;RO=0;SAF=29;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000123862;OID=.;OPOS=722010;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:95:99:96:96:0:30:66:0:0:21:0:29:66:0:0 chr18 722402 . T C 1080.43 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.802;QD=60.0242;RBI=0.0760981;REFB=0;REVB=0.0584683;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257783;OID=.;OPOS=722402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr18 724612 . A G 685.59 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111183;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0833;QD=54.8469;RBI=0.0247164;REFB=-0.093261;REVB=0.0220745;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165122;STB=0.508768;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0062216;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:28:21:0:1:28:21:0:1 chr18 907675 . G A 4220.28 PASS AF=0.982014;AO=272;DP=278;FAO=273;FDP=278;FR=.;FRO=5;FSAF=87;FSAR=186;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0496736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.262;QD=60.7235;RBI=0.0632798;REFB=-0.0287052;REVB=0.0392029;RO=5;SAF=86;SAR=186;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00333015;STB=0.501682;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.000424753;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:278:278:5:5:272:273:0.982014:186:86:2:3:186:87:2:3 chr18 909561 . A G 5079.82 PASS AF=1;AO=322;DP=322;FAO=322;FDP=322;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.082;QD=63.1034;RBI=0.00369626;REFB=0;REVB=-0.00334282;RO=0;SAF=146;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70658e-06;OID=.;OPOS=909561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:322:322:0:0:322:322:1:176:146:0:0:176:146:0:0 chr18 2538644 . G A 264.65 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0313833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7208;QD=17.9424;RBI=0.0495475;REFB=-0.00499191;REVB=-0.0383411;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109123;STB=0.560845;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00385305;OID=.;OPOS=2538644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:17:12:9:21:17:12:9:21 chr18 2539016 . C G 1472.44 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0065;QD=63.3309;RBI=0.0805121;REFB=0;REVB=0.0697219;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196492;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:56:37:0:0:56:37:0:0 chr18 2547500 . G T 785.19 PASS AF=0.528169;AO=73;DP=142;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00175769;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.367;QD=22.118;RBI=0.0119707;REFB=0.00325787;REVB=0.011841;RO=68;SAF=32;SAR=41;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415829;STB=0.511528;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00276125;OID=.;OPOS=2547500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:68:67:73:75:0.528169:41:32:33:35:41:34:32:35 chr18 2705700 . A G 821.75 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.568;QD=55.7117;RBI=0.0468965;REFB=-0.0932697;REVB=-0.0419129;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.511624;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00276439;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:59:0:1:58:58:0.983051:37:21:0:0:37:21:1:0 chr18 2707619 . G A 3140.6 PASS AF=1;AO=197;DP=199;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231597;FXX=0.0100497;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.804;QD=63.7686;RBI=0.0231933;REFB=0.0666132;REVB=-0.00124767;RO=0;SAF=93;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111614;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:197:0:0:197:197:1:104:93:0:0:104:93:0:0 chr18 2724930 . A T 386.62 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0342282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.699;QD=18.1936;RBI=0.0550965;REFB=-0.0139299;REVB=-0.0431747;RO=44;SAF=23;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113476;STB=0.557629;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0117876;OID=.;OPOS=2724930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:17:23:20:24:17:23:21:24 chr18 2740714 . A G 462.26 PASS AF=0.480392;AO=47;DP=100;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0337637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.495;QD=18.1279;RBI=0.0411842;REFB=-0.0187427;REVB=0.0235829;RO=52;SAF=24;SAR=23;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100429;STB=0.511026;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.026988;OID=.;OPOS=2740714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:52:53:47:49:0.480392:23:24:26:26:23:26:27:26 chr18 2750477 . A G 445.07 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0213653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7707;QD=20.7008;RBI=0.0272354;REFB=-0.0188848;REVB=-0.0168906;RO=41;SAF=16;SAR=28;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473088;STB=0.546211;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0176596;OID=.;OPOS=2750477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:41:42:44:44:0.511628:28:16:17:24:29:15:18:24 chr18 2763697 . C T 917.08 PASS AF=0.477612;AO=93;DP=199;FAO=96;FDP=201;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.00852908;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.194;QD=18.2503;RBI=0.00873039;REFB=-0.00627221;REVB=-0.00186401;RO=104;SAF=45;SAR=48;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429526;STB=0.538669;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00645711;OID=.;OPOS=2763697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:201:104:105:93:96:0.477612:48:45:55:49:51:45:57:48 chr18 2778979 . G T 2475.94 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=163;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.142128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.589;QD=60.3888;RBI=0.142697;REFB=0.000350394;REVB=-0.0127212;RO=1;SAF=61;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468826;STB=0.502439;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000584184;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:164:1:1:162:163:0.993902:101:61:0:1:102:61:0:1 chr18 2891478 . T C 193.19 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00234693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1158;QD=15.7705;RBI=0.010138;REFB=-0.00132635;REVB=-0.00986264;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867489;STB=0.549949;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00286431;OID=.;OPOS=2891478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:8:12:15:14:8:12:15:14 chr18 2891847 . C T 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0363368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.571;QD=21.1201;RBI=0.039348;REFB=0.0317495;REVB=0.0150964;RO=32;SAF=12;SAR=25;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183173;STB=0.601603;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0141866;OID=.;OPOS=2891847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:25:12:17:15:25:12:17:15 chr18 2892474 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0163387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.784;QD=22.5856;RBI=0.0176605;REFB=0.0257651;REVB=-0.00670349;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283365;STB=0.5161;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0124269;OID=.;OPOS=2892474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:3:3:6:5:3:3 chr18 2913431 . T A,C 2455.15 PASS AF=0.0357143,0.946429;AO=6,159;DP=168;FAO=6,159;FDP=168;FR=.;FRO=3;FSAF=0,71;FSAR=6,88;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0235087,0.0259708;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=204.436,66.2802;QD=58.4559;RBI=0.0260223,0.0259782;REFB=-0.0338339,-0.0576987;REVB=0.0111581,0.000621084;RO=1;SAF=0,71;SAR=6,88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.00537637;STB=0.5,0.508379;STBP=1,0.119;TYPE=snp,snp;VARB=0.0319216,0.00214791;OID=.,.;OPOS=2913431,2913431;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:168:168:1:3:6,159:6,159:0.0357143,0.946429:6,88:0,71:0:1:6,88:0,71:0:3 chr18 2914073 . TAAC TAC,TACT 736.47 PASS AF=1,0;AO=43,2;DP=49;FAO=49,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220334,-0.0391266;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=25.3893,7.61514;QD=60.1196;RBI=0.0329332,0.0403414;REFB=0,0;REVB=0.024477,-0.00982529;RO=1;SAF=15,1;SAR=28,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0302739,-0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00120382,0;OID=.,.;OPOS=2914074,2914075;OREF=A,AC;OALT=-,CT;OMAPALT=TAC,TACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:43,2:49:49,0:49:0:17,0:32,0:0:0:4:1:15,1:28,1:1:0 chr18 2920288 . G A 2350.43 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.598;QD=61.05;RBI=0.0570351;REFB=0;REVB=0.00471435;RO=0;SAF=66;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.26356e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0258e-05;OID=.;OPOS=2920288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:88:66:0:0:88:66:0:0 chr18 2924470 . G A 714.81 PASS AF=0.379464;AO=82;DP=222;FAO=85;FDP=224;FR=.;FRO=139;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=0.0138454;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.373;QD=12.7645;RBI=0.0269609;REFB=-0.0118719;REVB=0.0231343;RO=138;SAF=31;SAR=51;SRF=67;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122137;STB=0.55635;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0258841;OID=.;OPOS=2924470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:224:138:139:82:85:0.379464:51:31:67:71:51:34:68:71 chr18 2946291 . C T 5054.88 PASS AF=0.984848;AO=325;DP=330;FAO=325;FDP=330;FR=.;FRO=5;FSAF=126;FSAR=199;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0801487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2891;QD=61.2713;RBI=0.0810803;REFB=-0.040087;REVB=-0.0122558;RO=5;SAF=126;SAR=199;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064506;STB=0.503382;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00145869;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:330:330:5:5:325:325:0.984848:199:126:3:2:199:126:3:2 chr18 3025464 . A G 2781.75 PASS AF=0.964824;AO=181;DP=199;FAO=192;FDP=199;FR=.;FRO=7;FSAF=104;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.280776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.648;QD=55.9147;RBI=0.281022;REFB=-0.18195;REVB=-0.0117586;RO=18;SAF=94;SAR=87;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622444;STB=0.519124;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00202036;OID=.;OPOS=3025464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:199:199:18:7:181:192:0.964824:87:94:10:8:88:104:0:7 chr18 3075503 . C A,CAAA 2012.39 PASS AF=0.0298507,0.970149;AO=6,123;DP=157;FAO=4,130;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=4,70;FSAR=0,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0634207,-0.0095131;FXX=0.141017;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=54.9723,182.878;QD=60.0715;RBI=0.0766322,0.0128085;REFB=0,0;REVB=-0.0430152,0.00857656;RO=20;SAF=5,68;SAR=1,55;SRF=12;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.329408,-0.0126091;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.11311,0.000562183;OID=.,.;OPOS=3075503,3075504;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:157:134:20:0:6,123:4,130:0.0298507,0.970149:1,55:5,68:12:8:0,60:4,70:0:0 chr18 3075504 . G A 77.16 PASS AF=0.119497;AO=24;DP=161;FAO=19;FDP=159;FR=.;FRO=140;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=78;FSRR=62;FWDB=0.0105847;FXX=0.0245384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.656;QD=1.94119;RBI=0.0285759;REFB=-0.000898685;REVB=-0.0265432;RO=137;SAF=12;SAR=12;SRF=76;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697346;STB=0.527268;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0423157;OID=.;OPOS=3075504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:161:159:137:140:24:19:0.119497:12:12:76:61:9:10:78:62 chr18 3089522 . G T 1072.22 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00656765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.811;QD=57.1851;RBI=0.00657677;REFB=-0.036061;REVB=-0.000346163;RO=2;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219909;STB=0.511625;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-9.96732e-06;OID=.;OPOS=3089522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:42:31:0:2:42:31:0:2 chr18 3176040 . C G 2442.06 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000621441;FXX=0.00624961;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.492;QD=61.4356;RBI=0.0160787;REFB=0;REVB=0.0160667;RO=0;SAF=67;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60008e-05;OID=.;OPOS=3176040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:159:0:0:159:159:1:92:67:0:0:92:67:0:0 chr18 3188976 . A G 5708.44 PASS AF=1;AO=360;DP=363;FAO=364;FDP=364;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=282;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112868;FXX=0.00273965;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.084;QD=62.7301;RBI=0.0121309;REFB=0;REVB=-0.00444592;RO=0;SAF=80;SAR=280;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23183e-06;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:363:364:0:0:360:364:1:280:80:0:0:282:82:0:0 chr18 3256112 . A G 351.03 PASS AF=0.44186;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00890298;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.743;QD=16.3271;RBI=0.00940344;REFB=-0.0100002;REVB=0.00302681;RO=48;SAF=11;SAR=26;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659925;STB=0.51123;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00874404;OID=.;OPOS=3256112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:48:48:37:38:0.44186:26:11:17:31:26:12:16:32 chr18 3457539 . A G 1307.29 PASS AF=0.478417;AO=132;DP=280;FAO=133;FDP=278;FR=.;FRO=145;FSAF=70;FSAR=63;FSRF=73;FSRR=72;FWDB=0.0210589;FXX=0.0141839;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9788;QD=18.8099;RBI=0.0227225;REFB=-0.0145671;REVB=-0.00853448;RO=139;SAF=69;SAR=63;SRF=69;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245792;STB=0.511944;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0120747;OID=.;OPOS=3457539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:278:139:145:132:133:0.478417:63:69:69:70:63:70:73:72 chr18 3571217 . T C 1481.51 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.321;QD=60.4697;RBI=0.0858548;REFB=-0.173603;REVB=0.0848725;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00658172;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:0:0:94:98:1:47:47:0:0:50:48:0:0 chr18 3597154 . CTCTG C 151.97 PASS AF=0.265823;AO=20;DP=82;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0120517;FXX=0.0705799;HRUN=1;LEN=4;MLLD=239.998;QD=7.69478;RBI=0.0335843;REFB=-0.00916304;REVB=-0.0313474;RO=48;SAF=8;SAR=12;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191096;STB=0.612951;STBP=0.24;TYPE=del;VARB=0.0258753;OID=.;OPOS=3597155;OREF=TCTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265823:20:82:21:79:58:8:13:31:27:99:48:8:12:27:21 chr18 3597525 . G A 497.47 PASS AF=0.372671;AO=60;DP=162;FAO=60;FDP=161;FR=.;FRO=101;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.016397;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.851;QD=12.3596;RBI=0.0318019;REFB=-0.00298389;REVB=0.0272488;RO=101;SAF=33;SAR=27;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125893;STB=0.571405;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00453344;OID=.;OPOS=3597525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:101:101:60:60:0.372671:27:33:44:57:27:33:44:57 chr18 3597838 . C T 845.33 PASS AF=0.537415;AO=79;DP=147;FAO=79;FDP=147;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0369502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.812;QD=23.0021;RBI=0.0434163;REFB=0.00218395;REVB=-0.0227961;RO=68;SAF=24;SAR=55;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228805;STB=0.625655;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00200512;OID=.;OPOS=3597838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:68:68:79:79:0.537415:55:24:38:30:55:24:38:30 chr18 3814148 . C G 1438.56 PASS AF=0.448071;AO=151;DP=337;FAO=151;FDP=337;FR=.;FRO=186;FSAF=97;FSAR=54;FSRF=106;FSRR=80;FWDB=-0.000970097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.633;QD=17.0749;RBI=0.00833254;REFB=-0.00969596;REVB=0.00827587;RO=186;SAF=97;SAR=54;SRF=106;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766404;STB=0.542482;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0129609;OID=.;OPOS=3814148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:337:186:186:151:151:0.448071:54:97:106:80:54:97:106:80 chr18 5292030 . A G 2566.39 PASS AF=0.988304;AO=168;DP=171;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.016637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3275;QD=60.0325;RBI=0.0412626;REFB=0.0166825;REVB=-0.0377599;RO=3;SAF=84;SAR=84;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556346;STB=0.500035;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00165215;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:171:3:2:168:169:0.988304:84:84:2:1:84:85:1:1 chr18 5410574 . A G 2752.62 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.342;QD=62.5595;RBI=0.0100494;REFB=0;REVB=-0.00969755;RO=0;SAF=94;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73751e-06;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:176:176:1:82:94:0:0:82:94:0:0 chr18 5630531 . G A 5663.95 PASS AF=0.991803;AO=362;DP=366;FAO=363;FDP=366;FR=.;FRO=3;FSAF=197;FSAR=166;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0222354;FXX=0.00272472;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.702;QD=61.9011;RBI=0.0314399;REFB=-0.0208636;REVB=0.0222274;RO=3;SAF=197;SAR=165;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00333219;STB=0.501728;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=6.89689e-05;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:366:366:3:3:362:363:0.991803:165:197:1:2:166:197:1:2 chr18 5955911 . C T 364.45 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0462081;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.971;QD=15.5084;RBI=0.0546258;REFB=-0.0246172;REVB=-0.0291341;RO=52;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130062;STB=0.523434;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0231619;OID=.;OPOS=5955911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:52:55:39:39:0.414894:19:20:26:26:19:20:26:29 chr18 5955932 . G A 295.48 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.000336496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2119;QD=12.988;RBI=0.0327065;REFB=-0.0197497;REVB=0.0327048;RO=57;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118128;STB=0.567528;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0364375;OID=.;OPOS=5955932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:16:18:24:33:16:18:24:33 chr18 5956145 . T C 577.88 PASS AF=0.365591;AO=68;DP=187;FAO=68;FDP=186;FR=.;FRO=118;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=0.00504731;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.011;QD=12.4275;RBI=0.0152557;REFB=-0.00566512;REVB=-0.0143966;RO=119;SAF=38;SAR=30;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145114;STB=0.574647;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00804951;OID=.;OPOS=5956145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:119:118:68:68:0.365591:30:38:51:68:30:38:52:66 chr18 5956238 . C T 1194.03 PASS AF=0.48249;AO=121;DP=256;FAO=124;FDP=257;FR=.,HEALED;FRO=133;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=61;FSRR=72;FWDB=-0.0010939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0808;QD=18.5841;RBI=0.0427528;REFB=-0.0146465;REVB=-0.0427388;RO=100;SAF=56;SAR=65;SRF=60;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113562;STB=0.504729;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0154268;OID=.;OPOS=5956238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:257:100:133:121:124:0.48249:65:56:60:40:66:58:61:72 chr18 5960076 . ATT ATA,AT,TAT 83.16 PASS AF=0.0153846,0.307692,0.0615385;AO=3,8,9;DP=62;FAO=1,20,4;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=0,8,0;FSAR=1,12,4;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0114964,0.131621,-0.0144566;FXX=0.0151492;HRUN=5,5,2;LEN=1,1,2;MLLD=136.497,9.29635,143.059;QD=5.11745;RBI=0.143505,0.268234,0.187004;REFB=0.000735625,-0.0688398,0.00341569;REVB=-0.143043,-0.23372,-0.186444;RO=32;SAF=0,5,0;SAR=3,3,9;SRF=25;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.68838,-0.2233,-0.812845;STB=0.994203,0.706819,0.998299;STBP=0.132,0.031,0.004;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.204455,0.107542,-0.228848;OID=.,.,.;OPOS=5960078,5960077,5960076;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=ATA,AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:57:62:65:32:40:3,8,9:1,20,4:0.0153846,0.307692,0.0615385:3,3,9:0,5,0:25:7:1,12,4:0,8,0:29:11 chr18 5960165 . G A 3384.84 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.344;QD=62.3933;RBI=0.0301297;REFB=0;REVB=-0.0254007;RO=0;SAF=108;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66802e-06;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:217:0:0:217:217:1:109:108:0:0:109:108:0:0 chr18 6046717 . T C 3950.3 PASS AF=0.992248;AO=256;DP=259;FAO=256;FDP=258;FR=.;FRO=2;FSAF=105;FSAR=151;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0156431;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5797;QD=61.245;RBI=0.0555001;REFB=-0.0927763;REVB=-0.0532499;RO=1;SAF=105;SAR=151;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451848;STB=0.500719;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00045423;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:259:258:1:2:256:256:0.992248:151:105:1:0:151:105:1:1 chr18 6455000 . C T 2700.83 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3821;QD=62.0881;RBI=0.0596969;REFB=0;REVB=0.0550493;RO=0;SAF=79;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180241;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:168:174:0:0:168:174:1:89:79:0:0:90:84:0:0 chr18 6455037 . T C 2570.0 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469188;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.615;QD=61.9278;RBI=0.00634527;REFB=0;REVB=0.00427185;RO=0;SAF=80;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40275e-07;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:165:166:1:85:80:0:0:85:81:0:0 chr18 6588865 . T C 349.85 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0795354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0594;QD=17.7141;RBI=0.079558;REFB=-0.00620092;REVB=0.0018983;RO=42;SAF=19;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324744;STB=0.518153;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0073566;OID=.;OPOS=6588865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:18:19:23:19:18:19:23:19 chr18 6928138 . A G 754.81 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.805;QD=62.901;RBI=0.0484668;REFB=0;REVB=-0.0127056;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64605e-05;OID=.;OPOS=6928138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:29:19:0:0 chr18 6928180 . G T 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2077;QD=62.6666;RBI=0.0266321;REFB=0;REVB=-0.0191637;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7999e-06;OID=.;OPOS=6928180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr18 6956504 . ACAGCTCCAGCTC A 472.09 PASS AF=0.315789;AO=58;DP=177;FAO=60;FDP=190;FR=.;FRO=130;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=0.0343944;FXX=0.0547236;HRUN=1;LEN=12;MLLD=314.322;QD=9.93863;RBI=0.0347617;REFB=-0.0053979;REVB=0.00503993;RO=84;SAF=17;SAR=41;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196181;STB=0.653793;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.00959881;OID=.;OPOS=6956505;OREF=CAGCTCCAGCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:58:177:60:190:130:18:42:67:63:99:84:17:41:39:45 chr18 6977844 . A G 721.23 PASS AF=0.409326;AO=79;DP=193;FAO=79;FDP=193;FR=.;FRO=114;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=73;FWDB=0.0249828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3365;QD=14.9478;RBI=0.0288623;REFB=0.0046239;REVB=-0.014453;RO=110;SAF=35;SAR=44;SRF=40;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847527;STB=0.550465;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0127222;OID=.;OPOS=6977844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:110:114:79:79:0.409326:44:35:40:70:44:35:41:73 chr18 6980523 . T C 1560.73 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.645;QD=63.0597;RBI=0.00251414;REFB=0;REVB=0.00210738;RO=1;SAF=56;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839512;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184725;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:99:99:1:0:98:99:1:42:56:1:0:42:57:0:0 chr18 6985270 . C T 802.37 PASS AF=0.527778;AO=76;DP=145;FAO=76;FDP=144;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0174149;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.915;QD=22.288;RBI=0.0194711;REFB=0.0112612;REVB=-0.00870878;RO=68;SAF=33;SAR=43;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119959;STB=0.565772;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0105384;OID=.;OPOS=6985270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:68:68:76:76:0.527778:43:33:39:29:43:33:39:29 chr18 6985631 . C T 270.6 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0261043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.794;QD=14.4319;RBI=0.0313175;REFB=-0.00260067;REVB=-0.0173017;RO=44;SAF=12;SAR=19;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232183;STB=0.631629;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00227346;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:19:12:27:17:19:12:27:17 chr18 6986259 . G A 1143.16 PASS AF=0.428571;AO=123;DP=289;FAO=123;FDP=287;FR=.;FRO=164;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=72;FSRR=92;FWDB=0.000733295;FXX=0.00692018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.726;QD=15.9326;RBI=0.0259903;REFB=-0.00548885;REVB=0.02598;RO=164;SAF=57;SAR=66;SRF=72;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252443;STB=0.514039;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00593832;OID=.;OPOS=6986259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:287:164:164:123:123:0.428571:66:57:72:92:66:57:72:92 chr18 6993673 . T C 3955.98 PASS AF=1;AO=247;DP=247;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143199;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.803;QD=64.0645;RBI=0.0572082;REFB=0;REVB=0.055387;RO=0;SAF=126;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9013e-05;OID=.;OPOS=6993673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:247:0:0:247:247:1:121:126:0:0:121:126:0:0 chr18 6997818 . A C 603.29 PASS AF=0.441379;AO=63;DP=145;FAO=64;FDP=145;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=0.0102066;FXX=0.00684885;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.938;QD=16.6424;RBI=0.011797;REFB=-0.0168313;REVB=0.00591561;RO=79;SAF=27;SAR=36;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370759;STB=0.515423;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0200777;OID=.;OPOS=6997818;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:79:81:63:64:0.441379:36:27:31:48:37:27:32:49 chr18 6999628 . T C 620.03 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0404339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3603;QD=21.1975;RBI=0.0477779;REFB=-0.00186155;REVB=-0.0254524;RO=55;SAF=28;SAR=34;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957707;STB=0.5526;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000924395;OID=.;OPOS=6999628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:55:62:62:0.529915:34:28:31:24:34:28:31:24 chr18 7017322 . A G 2054.19 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.017;QD=62.2482;RBI=0.0229817;REFB=0;REVB=0.0225398;RO=0;SAF=69;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67657e-05;OID=.;OPOS=7017322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:130:132:1:61:69:0:0:63:69:0:0 chr18 7023371 . A G 1529.31 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0677;QD=63.7214;RBI=0.0347264;REFB=0;REVB=0.0184782;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.25908e-05;OID=.;OPOS=7023371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:52:44:0:0:52:44:0:0 chr18 7033037 . G A 2360.52 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.582;QD=60.5263;RBI=0.0540871;REFB=0;REVB=0.0168569;RO=0;SAF=73;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890275;OID=.;OPOS=7033037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:156:0:0:153:156:1:80:73:0:0:81:75:0:0 chr18 7034508 . T G 1098.62 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.148;QD=60.1986;RBI=0.0985001;REFB=0;REVB=-0.0933455;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000546565;OID=.;OPOS=7034508;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr18 7567803 . C G 2275.8 PASS AF=0.96319;AO=155;DP=163;FAO=157;FDP=163;FR=.;FRO=6;FSAF=82;FSAR=75;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0279881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.933;QD=55.8479;RBI=0.0699697;REFB=-0.228548;REVB=0.0641282;RO=3;SAF=81;SAR=74;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521506;STB=0.517645;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00114604;OID=.;OPOS=7567803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:163:163:3:6:155:157:0.96319:74:81:2:1:75:82:6:0 chr18 8069868 . C T 337.93 PASS AF=0.591837;AO=27;DP=47;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.014844;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.107;QD=27.5858;RBI=0.0498101;REFB=-0.032997;REVB=0.0475469;RO=20;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205564;STB=0.60832;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0191799;OID=.;OPOS=8069868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:20:20:27:29:0.591837:14:13:15:5:15:14:15:5 chr18 8387195 . G A 981.64 PASS AF=0.444444;AO=103;DP=233;FAO=104;FDP=234;FR=.;FRO=130;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=60;FSRR=70;FWDB=0.0135203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.486;QD=16.7801;RBI=0.019212;REFB=-0.0035843;REVB=0.0136493;RO=129;SAF=58;SAR=45;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106011;STB=0.553461;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00537602;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:234:129:130:103:104:0.444444:45:58:59:70:46:58:60:70 chr18 8387219 . G C 2727.43 PASS AF=0.983425;AO=177;DP=180;FAO=178;FDP=181;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0180518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0643;QD=60.2747;RBI=0.0654245;REFB=-0.0733924;REVB=0.0628848;RO=3;SAF=85;SAR=92;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00466769;STB=0.502395;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00135046;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:180:181:3:3:177:178:0.983425:92:85:1:2:93:85:1:2 chr18 8471976 . A G 1424.71 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0202;QD=61.944;RBI=0.0507199;REFB=-0.0574921;REVB=-0.0301304;RO=1;SAF=47;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099791;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000950053;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:92:92:1:0:91:92:1:44:47:1:0:44:48:0:0 chr18 8545736 . A G 966.32 PASS AF=0.550296;AO=93;DP=168;FAO=93;FDP=169;FR=.;FRO=76;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.0059762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.408;QD=22.8714;RBI=0.0067558;REFB=-0.0343747;REVB=0.00315054;RO=75;SAF=48;SAR=45;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840107;STB=0.542674;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0198992;OID=.;OPOS=8545736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:75:76:93:93:0.550296:45:48:31:44:45:48:32:44 chr18 8545785 . A G 746.68 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=137;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0291833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9518;QD=21.8008;RBI=0.0295169;REFB=0.00253039;REVB=-0.00442548;RO=65;SAF=38;SAR=34;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110122;STB=0.560387;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00275267;OID=.;OPOS=8545785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:65:65:72:72:0.525547:34:38:26:39:34:38:26:39 chr18 8545823 . T C 653.91 PASS AF=0.556522;AO=64;DP=115;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0275172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0786;QD=22.7445;RBI=0.0287007;REFB=-0.017586;REVB=0.00815667;RO=50;SAF=32;SAR=32;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641918;STB=0.539118;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0126971;OID=.;OPOS=8545823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:51:64:64:0.556522:32:32:21:29:32:32:21:30 chr18 8545859 . A G 537.47 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0159566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1566;QD=21.4986;RBI=0.0299199;REFB=-0.00395427;REVB=-0.0253098;RO=49;SAF=22;SAR=29;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396915;STB=0.521905;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00238736;OID=.;OPOS=8545859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:29:22:19:30:29:22:19:30 chr18 8720368 . C T 742.18 PASS AF=0.47561;AO=78;DP=164;FAO=78;FDP=164;FR=.;FRO=86;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.0279711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.469;QD=18.1019;RBI=0.0281854;REFB=3.86173e-05;REVB=-0.00346927;RO=85;SAF=48;SAR=30;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139006;STB=0.580132;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=7.78989e-06;OID=.;OPOS=8720368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:85:86:78:78:0.47561:30:48:40:45:30:48:40:46 chr18 8783835 . T C 454.41 PASS AF=0.414634;AO=50;DP=124;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0218576;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.676;QD=14.7777;RBI=0.0454613;REFB=-0.0219004;REVB=-0.0398619;RO=69;SAF=20;SAR=30;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673938;STB=0.539912;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0269523;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:69:72:50:51:0.414634:30:20:32:37:31:20:33:39 chr18 8784370 . A G 3932.66 PASS AF=1;AO=254;DP=255;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199477;FXX=0.00781219;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.772;QD=61.9316;RBI=0.0185482;REFB=-0.00368312;REVB=-0.0184407;RO=1;SAF=113;SAR=141;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93485e-06;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:255:254:1:0:254:254:1:141:113:0:1:141:113:0:0 chr18 8784723 . A G 338.81 PASS AF=0.5;AO=31;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00855797;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.176;QD=18.314;RBI=0.00862705;REFB=0.0040913;REVB=0.0010896;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215794;STB=0.619807;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00282773;OID=.;OPOS=8784723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:32:37:31:37:0.5:15:16:24:8:21:16:25:12 chr18 8786354 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.948;QD=60.9785;RBI=0.0265284;REFB=0;REVB=0.0165297;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14129e-05;OID=.;OPOS=8786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr18 8807035 . G A 768.37 PASS AF=0.513889;AO=74;DP=144;FAO=74;FDP=144;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0118703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6932;QD=21.3437;RBI=0.0258917;REFB=-0.0046315;REVB=0.0230103;RO=70;SAF=38;SAR=36;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386623;STB=0.521243;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00360687;OID=.;OPOS=8807035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:70:70:74:74:0.513889:36:38:39:31:36:38:39:31 chr18 8809445 . G C 2847.86 PASS AF=1;AO=179;DP=185;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011185;FXX=0.0425509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3949;QD=63.2857;RBI=0.0687207;REFB=0;REVB=0.0678044;RO=0;SAF=97;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769121;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:185:180:0:0:179:180:1:82:97:0:0:83:97:0:0 chr18 8826083 . G C 1493.04 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.115;QD=63.5336;RBI=0.0306593;REFB=0;REVB=0.0102449;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88477e-05;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:0:0:91:94:1:47:44:0:0:48:46:0:0 chr18 9117867 . T C 501.33 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=0.0192856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.417;QD=15.6665;RBI=0.0248454;REFB=-0.000774554;REVB=0.0156639;RO=73;SAF=27;SAR=28;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099828;STB=0.555851;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0010757;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:73:55:55:0.429688:28:27:43:30:28:27:43:30 chr18 9255982 . A G 626.94 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.022116;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.0532;QD=19.4399;RBI=0.033223;REFB=0.0190387;REVB=0.0247921;RO=64;SAF=18;SAR=46;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145782;STB=0.586121;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0175379;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:65:64:64:0.496124:46:18:27:37:46:18:28:37 chr18 9518126 . G A 3113.06 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467572;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7651;QD=61.3412;RBI=0.0470653;REFB=-0.0155733;REVB=-0.00537658;RO=1;SAF=83;SAR=120;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17974e-06;OID=.;OPOS=9518126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:204:203:1:0:203:203:1:120:83:0:1:120:83:0:0 chr18 9562042 . C T 990.52 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.389;QD=59.1352;RBI=0.0179592;REFB=0;REVB=-0.0133468;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.59109e-05;OID=.;OPOS=9562042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr18 9618005 . A G 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6498;QD=58.5975;RBI=0.0952698;REFB=0;REVB=0.0948609;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743762;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr18 9618049 . C T 920.06 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.55;QD=58.4164;RBI=0.0240696;REFB=0;REVB=-0.00905604;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.42329e-05;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:23:39:0:0:23:40:0:0 chr18 9887393 . C CT 69.42 PASS AF=0.777778;AO=3;DP=21;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0798789;FXX=0.499722;HRUN=0;LEN=1;MLLD=123.85;QD=30.8537;RBI=0.0938855;REFB=-0.0561049;REVB=0.0493342;RO=18;SAF=0;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.585524;STB=0.631145;STBP=0.339;TYPE=ins;VARB=0.0127215;OID=.;OPOS=9887394;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:3:21:7:9:2:1:6:1:1:16:18:0:3:8:10 chr18 9887394 . C T 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0347145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.58;QD=27.1541;RBI=0.0913744;REFB=-0.0515861;REVB=0.0845232;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115941;STB=0.564429;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00935096;OID=.;OPOS=9887394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:9:5:1:5:9:5:1:5 chr18 9887497 . G A 122.05 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6157;QD=34.8722;RBI=0.171713;REFB=-0.0498798;REVB=0.167823;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0178936;OID=.;OPOS=9887497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:14:14:0:1:13:13:0.928571:9:4:0:0:9:4:0:1 chr18 9887545 . G GA 219.41 PASS AF=1;AO=4;DP=31;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385138;FXX=0.290229;HRUN=0;LEN=1;MLLD=120.251;QD=39.8934;RBI=0.0441938;REFB=-0.07795;REVB=-0.0216744;RO=26;SAF=1;SAR=3;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0026293;OID=.;OPOS=9887546;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:31:22:22:0:14:8:0:0:6:26:1:3:18:8 chr18 9887546 . G A 290.55 PASS AF=0.8;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0516985;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.177;QD=38.7399;RBI=0.0547577;REFB=-0.137814;REVB=0.0180462;RO=5;SAF=17;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178561;STB=0.618079;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00930459;OID=.;OPOS=9887546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:30:5:6:24:24:0.8:7:17:1:4:7:17:1:5 chr18 9888069 . A G 2920.48 PASS AF=0.899123;AO=204;DP=228;FAO=205;FDP=228;FR=.;FRO=23;FSAF=66;FSAR=139;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00541516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0162;QD=51.2364;RBI=0.017408;REFB=-0.00316616;REVB=-0.0165443;RO=20;SAF=66;SAR=138;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337065;STB=0.52755;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0045551;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:228:228:20:23:204:205:0.899123:138:66:10:10:139:66:13:10 chr18 9955960 . A G 660.41 PASS AF=0.461039;AO=71;DP=155;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=0.0472155;FXX=0.0064512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.571;QD=17.1534;RBI=0.0472373;REFB=-0.0110066;REVB=0.00143461;RO=82;SAF=28;SAR=43;SRF=28;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542654;STB=0.525636;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0129352;OID=.;OPOS=9955960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:82:83:71:71:0.461039:43:28:28:54:43:28:29:54 chr18 10454960 . C G 4102.78 PASS AF=0.988848;AO=263;DP=266;FAO=266;FDP=269;FR=.;FRO=3;FSAF=135;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0621509;FXX=0.00370357;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2524;QD=61.0079;RBI=0.0634776;REFB=-0.0923527;REVB=0.0129102;RO=3;SAF=132;SAR=131;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107911;STB=0.50566;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000670256;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:266:269:3:3:263:266:0.988848:131:132:0:3:131:135:0:3 chr18 10471732 . G A 550.04 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0277216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.666;QD=20.7563;RBI=0.0277549;REFB=-0.00684557;REVB=0.00135886;RO=46;SAF=29;SAR=27;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750476;STB=0.557907;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00499088;OID=.;OPOS=10471732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:46:50:56:56:0.528302:27:29:28:18:27:29:32:18 chr18 10471764 . C T 406.53 PASS AF=0.451613;AO=41;DP=92;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=13;FWDB=0.0414435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.937;QD=17.485;RBI=0.0470575;REFB=-0.0195689;REVB=0.02229;RO=51;SAF=24;SAR=17;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16904;STB=0.599956;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0189145;OID=.;OPOS=10471764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:51:51:41:42:0.451613:17:24:38:13:18:24:38:13 chr18 10471773 . C G 368.28 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=11;FWDB=0.0095157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.46;QD=16.7399;RBI=0.0115731;REFB=-0.018315;REVB=-0.00658705;RO=48;SAF=24;SAR=15;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169907;STB=0.598409;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0374294;OID=.;OPOS=10471773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:49:39:39:0.443182:15:24:37:11:15:24:38:11 chr18 10487918 . C T 2939.2 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022161;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.38;QD=62.5362;RBI=0.037991;REFB=-0.0518184;REVB=0.0308578;RO=1;SAF=94;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295157;OID=.;OPOS=10487918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:186:188:1:0:185:188:1:91:94:0:1:92:96:0:0 chr18 10741011 . G A 1934.73 PASS AF=0.969697;AO=128;DP=132;FAO=128;FDP=132;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0219675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.957;QD=58.6281;RBI=0.0261443;REFB=-0.0126555;REVB=0.0141758;RO=4;SAF=65;SAR=63;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148351;STB=0.507811;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000130098;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:132:132:4:4:128:128:0.969697:63:65:1:3:63:65:1:3 chr18 10748603 . A T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.106;QD=60.3763;RBI=0.0260669;REFB=0;REVB=0.000186108;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94638e-05;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:49:25:0:0:49:25:0:0 chr18 10752666 . C T 1563.22 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146988;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.028;QD=59.5513;RBI=0.0159571;REFB=0;REVB=0.0062106;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000844714;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:103:105:1:50:53:0:0:50:55:0:0 chr18 10758023 . G A 3383.69 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.931;QD=62.3722;RBI=0.050869;REFB=0;REVB=-0.0508161;RO=0;SAF=99;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.25314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.63785e-05;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:217:0:0:217:217:1:118:99:0:0:118:99:0:0 chr18 10762962 . G A 2537.76 PASS AF=0.982456;AO=168;DP=171;FAO=168;FDP=171;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.073823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3675;QD=59.3629;RBI=0.096501;REFB=-0.04719;REVB=0.0621499;RO=2;SAF=82;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000266658;STB=0.502717;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00756282;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:171:171:2:3:168:168:0.982456:86:82:1:1:86:82:1:2 chr18 10763007 . T C 2424.47 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126786;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.604;QD=61.3789;RBI=0.0167336;REFB=0;REVB=0.0109209;RO=0;SAF=73;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40066e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.19612e-06;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:85:73:0:0:85:73:0:0 chr18 10787047 . G A 951.11 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418643;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.912;QD=58.53;RBI=0.00971283;REFB=0;REVB=0.00876429;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55646e-05;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:32:32:0:0:33:32:0:0 chr18 11609727 . C A 654.05 PASS AF=0.436364;AO=72;DP=166;FAO=72;FDP=165;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=59;FSRR=34;FWDB=0.0396936;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6899;QD=15.8557;RBI=0.0401148;REFB=-0.0266641;REVB=-0.00579797;RO=93;SAF=33;SAR=39;SRF=59;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176653;STB=0.598272;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0442428;OID=.;OPOS=11609727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:93:93:72:72:0.436364:39:33:59:34:39:33:59:34 chr18 11609811 . G C 60.19 PASS AF=0.110294;AO=15;DP=136;FAO=15;FDP=136;FR=.;FRO=121;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=73;FSRR=48;FWDB=-0.023242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.572;QD=1.77021;RBI=0.0327866;REFB=-0.000100451;REVB=-0.0231252;RO=119;SAF=4;SAR=11;SRF=72;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396749;STB=0.781739;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000167715;OID=.;OPOS=11609811;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:136:136:119:121:15:15:0.110294:11:4:72:47:11:4:73:48 chr18 11609903 . CA GG 2861.16 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167401;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=2;MLLD=310.62;QD=62.8826;RBI=0.0231018;REFB=0;REVB=-0.0159205;RO=0;SAF=93;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.65394e-06;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:184:182:0:0:183:182:1:90:93:0:0:90:92:0:0 chr18 11609978 . C T 371.39 PASS AF=0.306748;AO=50;DP=163;FAO=50;FDP=163;FR=.;FRO=113;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=0.000711334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8269;QD=9.11395;RBI=0.00537371;REFB=0.00192296;REVB=0.00532642;RO=111;SAF=21;SAR=29;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902657;STB=0.552838;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00329673;OID=.;OPOS=11609978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:111:113:50:50:0.306748:29:21:55:56:29:21:56:57 chr18 11609981 . T C 371.37 PASS AF=0.306748;AO=50;DP=163;FAO=50;FDP=163;FR=.;FRO=113;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.0152169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.526;QD=9.11333;RBI=0.0188102;REFB=0.00341606;REVB=-0.0110576;RO=113;SAF=21;SAR=29;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090708;STB=0.552838;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00712407;OID=.;OPOS=11609981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:113:113:50:50:0.306748:29:21:56:57:29:21:56:57 chr18 11609994 . C T 410.65 PASS AF=0.344595;AO=49;DP=151;FAO=51;FDP=148;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.0459796;FXX=0.0326776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.271;QD=11.0986;RBI=0.0463875;REFB=-0.00781949;REVB=-0.00613823;RO=100;SAF=25;SAR=24;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230341;STB=0.503047;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.020658;OID=.;OPOS=11609994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:148:100:97:49:51:0.344595:24:25:53:47:25:26:49:48 chr18 11610001 . A G 453.32 PASS AF=0.353333;AO=53;DP=150;FAO=53;FDP=150;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.00958368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.585;QD=12.0885;RBI=0.0113882;REFB=-0.00457606;REVB=0.0061518;RO=96;SAF=26;SAR=27;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106351;STB=0.50943;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00864601;OID=.;OPOS=11610001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:96:97:53:53:0.353333:27:26:48:48:27:26:49:48 chr18 11610024 . A G 378.94 PASS AF=0.324138;AO=47;DP=145;FAO=47;FDP=145;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.0416325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.677;QD=10.4534;RBI=0.0496448;REFB=-0.016646;REVB=-0.0270433;RO=95;SAF=23;SAR=24;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549894;STB=0.520965;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0283248;OID=.;OPOS=11610024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:95:98:47:47:0.324138:24:23:51:44:24:23:51:47 chr18 11610042 . G A 356.31 PASS AF=0.293413;AO=49;DP=168;FAO=49;FDP=167;FR=.;FRO=118;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=0.013568;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.901;QD=8.53433;RBI=0.0269691;REFB=-0.00981557;REVB=-0.0233075;RO=117;SAF=21;SAR=28;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12203;STB=0.568465;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0157682;OID=.;OPOS=11610042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:117:118:49:49:0.293413:28:21:62:55:28:21:62:56 chr18 11610121 . G A 289.82 PASS AF=0.22381;AO=47;DP=210;FAO=47;FDP=210;FR=.;FRO=163;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=88;FSRR=75;FWDB=0.0440877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8546;QD=5.52044;RBI=0.101569;REFB=0.00345691;REVB=0.0915019;RO=162;SAF=20;SAR=27;SRF=87;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141341;STB=0.58834;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0100633;OID=.;OPOS=11610121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:162:163:47:47:0.22381:27:20:87:75:27:20:88:75 chr18 11610149 . G A 287.49 PASS AF=0.235294;AO=44;DP=185;FAO=44;FDP=187;FR=.;FRO=143;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=71;FSRR=72;FWDB=-0.0109871;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.468;QD=6.14946;RBI=0.0130704;REFB=-0.000780683;REVB=0.00707946;RO=141;SAF=19;SAR=25;SRF=71;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906698;STB=0.549696;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00382172;OID=.;OPOS=11610149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:141:143:44:44:0.235294:25:19:71:70:25:19:71:72 chr18 11610162 . GG AT,GC 2453.64 PASS AF=0.226744,0.767442;AO=39,126;DP=173;FAO=39,132;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=17,65;FSAR=22,67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00366799,0.00153147;FXX=0.00578001;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=215.376,40.5873;QD=57.0613;RBI=0.0202135,0.0453927;REFB=-0.0383353,-0.0694505;REVB=0.0198779,0.0453669;RO=0;SAF=17,62;SAR=22,64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.29882e-08;STB=0.514278,0.503816;STBP=0.314,0.312;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00550421,0.0141249;OID=.,.;OPOS=11610162,11610163;OREF=GG,G;OALT=AT,C;OMAPALT=AT,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:173:172:0:1:39,126:39,132:0.226744,0.767442:22,64:17,62:0:0:22,67:17,65:1:0 chr18 11610332 . G T 898.81 PASS AF=0.364261;AO=103;DP=289;FAO=106;FDP=291;FR=.;FRO=185;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=88;FSRR=97;FWDB=0.00756815;FXX=0.00342454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.823;QD=12.3548;RBI=0.00796533;REFB=-0.00908585;REVB=0.00248386;RO=176;SAF=55;SAR=48;SRF=82;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758495;STB=0.533431;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0159175;OID=.;OPOS=11610332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:291:176:185:103:106:0.364261:48:55:82:94:50:56:88:97 chr18 11610349 . G A 1859.22 PASS AF=0.618519;AO=131;DP=271;FAO=167;FDP=270;FR=.,HEALED;FRO=103;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=0.0475035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6203;QD=27.544;RBI=0.162478;REFB=-0.057459;REVB=0.155378;RO=102;SAF=73;SAR=58;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226517;STB=0.52416;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0371088;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:102:103:131:167:0.618519:58:73:54:48:90:77:54:49 chr18 11610382 . C A 894.1 PASS AF=0.533333;AO=87;DP=165;FAO=88;FDP=165;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0417297;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0842;QD=21.6752;RBI=0.0557011;REFB=0.0262628;REVB=0.036895;RO=78;SAF=33;SAR=54;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151108;STB=0.581377;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0148506;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:78:77:87:88:0.533333:54:33:43:35:55:33:42:35 chr18 11610443 . T C 82.22 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0295857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5413;QD=5.48138;RBI=0.0332892;REFB=-0.0049567;REVB=0.0152597;RO=47;SAF=5;SAR=8;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378645;STB=0.733984;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0330167;OID=.;OPOS=11610443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:8:5:33:14:8:5:33:14 chr18 11619541 . G C 41.88 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00963201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5414;QD=4.40873;RBI=0.0231735;REFB=-0.00245486;REVB=-0.0210769;RO=31;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219043;STB=0.646659;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0162284;OID=.;OPOS=11619541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:4:3:19:12:4:3:19:12 chr18 11619552 . C T 765.54 PASS AF=1;AO=39;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395238;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.703;QD=63.7947;RBI=0.0438733;REFB=0;REVB=0.0190456;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240102;OID=.;OPOS=11619552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:39:48:1:15:24:0:0:18:30:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 4534.55 PASS AF=0.993266;AO=280;DP=307;FAO=295;FDP=297;FR=.;FRO=2;FSAF=162;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0270824;FXX=0.0325722;HRUN=1;LEN=3;MLLD=210.187;QD=61.0714;RBI=0.0307972;REFB=0.0019686;REVB=0.0146633;RO=2;SAF=152;SAR=128;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00739165;STB=0.503731;STBP=0.131;TYPE=del;VARB=5.40544e-06;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.993266:280:307:295:297:2:162:133:0:2:15:2:152:128:0:2 chr18 11619908 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000698414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.559;QD=53.2764;RBI=0.00646194;REFB=0;REVB=0.00642408;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99907e-05;OID=.;OPOS=11619908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr18 11625886 . T C 4720.18 PASS AF=0.987179;AO=307;DP=312;FAO=308;FDP=312;FR=.;FRO=4;FSAF=181;FSAR=127;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00983723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2938;QD=60.5151;RBI=0.0130816;REFB=-0.0486578;REVB=-0.00862312;RO=4;SAF=181;SAR=126;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00859093;STB=0.501159;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.000536;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:312:312:4:4:307:308:0.987179:126:181:1:3:127:181:2:2 chr18 11639356 . G C 2544.17 PASS AF=0.484962;AO=254;DP=531;FAO=258;FDP=532;FR=.;FRO=274;FSAF=121;FSAR=137;FSRF=117;FSRR=157;FWDB=-0.00137984;FXX=0.00374525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.625;QD=19.1291;RBI=0.0222027;REFB=-0.0132203;REVB=0.0221598;RO=274;SAF=120;SAR=134;SRF=116;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467026;STB=0.521764;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0138544;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:531:532:274:274:254:258:0.484962:134:120:116:158:137:121:117:157 chr18 11853053 . A G 1257.9 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.248;QD=61.3612;RBI=0.0590417;REFB=0;REVB=0.0170334;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30585e-05;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:82:0:0:78:82:1:48:30:0:0:51:31:0:0 chr18 11853731 . A G 2328.13 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00487075;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.389;QD=60.8662;RBI=0.0252169;REFB=0;REVB=-0.024742;RO=0;SAF=89;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11421e-05;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:152:153:1:63:89:0:0:65:88:0:0 chr18 11885084 . T C 637.0 PASS AF=0.443038;AO=70;DP=158;FAO=70;FDP=158;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=23;FSRR=65;FWDB=0.0232057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.363;QD=16.1266;RBI=0.0232726;REFB=-0.00612935;REVB=-0.00176393;RO=88;SAF=20;SAR=50;SRF=23;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302988;STB=0.516849;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00795864;OID=.;OPOS=11885084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:88:88:70:70:0.443038:50:20:23:65:50:20:23:65 chr18 11886563 . C G 1062.87 PASS AF=0.471861;AO=109;DP=232;FAO=109;FDP=231;FR=.;FRO=122;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=66;FSRR=56;FWDB=-0.0306163;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.361;QD=18.4046;RBI=0.0308004;REFB=-0.0118227;REVB=0.00336249;RO=122;SAF=49;SAR=60;SRF=66;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087536;STB=0.548306;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0132292;OID=.;OPOS=11886563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:122:122:109:109:0.471861:60:49:66:56:60:49:66:56 chr18 11889467 . C T 801.28 PASS AF=0.4375;AO=84;DP=193;FAO=84;FDP=192;FR=.;FRO=108;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=-0.000471359;FXX=0.0153838;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0932;QD=16.6933;RBI=0.00340766;REFB=3.29602e-05;REVB=0.0033749;RO=106;SAF=47;SAR=37;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976531;STB=0.55951;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000271941;OID=.;OPOS=11889467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:106:108:84:84:0.4375:37:47:49:57:37:47:49:59 chr18 11893554 . C G 317.7 PASS AF=0.375;AO=35;DP=95;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00047709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.195;QD=13.2376;RBI=0.00349173;REFB=-0.0192313;REVB=-0.00345898;RO=60;SAF=15;SAR=20;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133605;STB=0.583287;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.021701;OID=.;OPOS=11893554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:60:60:35:36:0.375:20:15:33:27:21:15:33:27 chr18 12094031 . G T 358.3 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0666243;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.211;QD=17.2675;RBI=0.0666566;REFB=-0.00437638;REVB=0.00207536;RO=44;SAF=21;SAR=16;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195698;STB=0.619463;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00653259;OID=.;OPOS=12094031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:45:37:38:0.457831:16:21:16:28:16:22:16:29 chr18 12126112 . AT ATA,TA 36.43 PASS AF=0.177215,0;AO=15,4;DP=81;FAO=14,0;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=1,0;FSAR=13,0;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.118432,-0.0775349;FXX=0.0124984;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=13.7783,22.0405;QD=1.84433;RBI=0.150038,0.0971538;REFB=-0.0679035,-0.0457624;REVB=-0.0921155,-0.0585423;RO=60;SAF=1,2;SAR=14,2;SRF=26;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.577221,0.0653191;STB=0.887725,0.5;STBP=0.006,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.118086,0;OID=.,.;OPOS=12126114,12126112;OREF=-,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=ATA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:81:79:60:65:15,4:14,0:0.177215,0:14,2:1,2:26:34:13,0:1,0:29:36 chr18 12254559 . GACC CCAT,GACCCCGCGCACACACCCAT 223.87 PASS AF=0.0684932,0.315068;AO=5,19;DP=80;FAO=5,23;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=5,1;FSAR=0,22;FSRF=6;FSRR=39;FWDB=-0.00566292,-0.0308848;FXX=0.0519413;HRUN=1,4;LEN=4,16;MLLD=327.029,513.637;QD=12.2667;RBI=0.015658,0.0309479;REFB=-0.0194219,-0.0118007;REVB=-0.0145981,0.00197525;RO=47;SAF=5,1;SAR=0,18;SRF=8;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.759751,-0.377507;STB=0.99912,0.716026;STBP=0,0.15;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0176125,0.0212166;OID=.,.;OPOS=12254559,12254563;OREF=GACC,-;OALT=CCAT,CCGCGCACACACCCAT;OMAPALT=CCAT,GACCCCGCGCACACACCCAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:80:73:47:45:5,19:5,23:0.0684932,0.315068:0,18:5,1:8:39:0,22:5,1:6:39 chr18 12274104 . G T 537.78 PASS AF=0.478992;AO=54;DP=118;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0398522;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.182;QD=18.0768;RBI=0.0409945;REFB=-0.00938428;REVB=-0.00961006;RO=62;SAF=31;SAR=23;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563562;STB=0.542756;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00671155;OID=.;OPOS=12274104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:62:62:54:57:0.478992:23:31:32:30:23:34:32:30 chr18 12348285 . T C 1557.95 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528207;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.63;QD=59.9211;RBI=0.0528271;REFB=0;REVB=0.000823904;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109393;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:49:55:0:0:49:55:0:0 chr18 12351342 . C T 3274.13 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.645;QD=62.0688;RBI=0.02929;REFB=0;REVB=-0.00898809;RO=0;SAF=98;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82455e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84834e-06;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:211:0:0:211:211:1:113:98:0:0:113:98:0:0 chr18 12658600 . A G 1375.83 PASS AF=0.390428;AO=155;DP=397;FAO=155;FDP=397;FR=.;FRO=242;FSAF=65;FSAR=90;FSRF=120;FSRR=122;FWDB=-0.00618776;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.209;QD=13.8623;RBI=0.00693011;REFB=-0.00253879;REVB=-0.00312058;RO=242;SAF=65;SAR=90;SRF=120;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840213;STB=0.547151;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00439419;OID=.;OPOS=12658600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:397:242:242:155:155:0.390428:90:65:120:122:90:65:120:122 chr18 12662148 . G A 786.42 PASS AF=0.471264;AO=82;DP=174;FAO=82;FDP=174;FR=.;FRO=92;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.0168034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.971;QD=18.0786;RBI=0.01982;REFB=0.0026936;REVB=0.0105108;RO=91;SAF=36;SAR=46;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636149;STB=0.538192;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00292391;OID=.;OPOS=12662148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:91:92:82:82:0.471264:46:36:46:45:46:36:47:45 chr18 12718593 . A G 360.65 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0387949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4004;QD=14.2833;RBI=0.0434546;REFB=-0.000350456;REVB=-0.019577;RO=60;SAF=23;SAR=18;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116378;STB=0.565814;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00105018;OID=.;OPOS=12718593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:18:23:27:33:18:23:27:33 chr18 12760740 . T A 307.38 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0562658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6052;QD=18.0809;RBI=0.0562937;REFB=0.00920641;REVB=0.00177427;RO=34;SAF=21;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105392;STB=0.50432;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00758493;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:12:21:22:12:12:21:22:13 chr18 12984144 . C A 1326.55 PASS AF=1;AO=83;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129465;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4197;QD=61.7;RBI=0.0248637;REFB=0;REVB=0.0212271;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739023;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:83:86:1:54:29:0:0:55:31:0:0 chr18 13001512 . G C 1302.17 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.941;QD=62.0082;RBI=0.0291161;REFB=0;REVB=-0.0135094;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18234e-05;OID=.;OPOS=13001512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:42:41:0:0:42:42:0:0 chr18 13001523 . G A 421.77 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.018315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.309;QD=18.1408;RBI=0.0183514;REFB=-0.0105734;REVB=-0.00115509;RO=49;SAF=20;SAR=23;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625101;STB=0.540211;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00980847;OID=.;OPOS=13001523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:50:43:43:0.462366:23:20:26:23:23:20:27:23 chr18 13038431 . A G 703.04 PASS AF=0.420765;AO=77;DP=183;FAO=77;FDP=183;FR=.;FRO=106;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=-0.00523179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1489;QD=15.3671;RBI=0.11996;REFB=0.00633087;REVB=0.119845;RO=106;SAF=28;SAR=49;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076703;STB=0.542966;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0121205;OID=.;OPOS=13038431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:106:106:77:77:0.420765:49:28:46:60:49:28:46:60 chr18 13056333 . C T 499.27 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0312616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.754;QD=21.4742;RBI=0.041631;REFB=-0.0181303;REVB=0.0274928;RO=45;SAF=25;SAR=23;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124946;STB=0.568914;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0164215;OID=.;OPOS=13056333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:23:25:17:28:23:25:17:28 chr18 13068132 . T C 3207.13 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.498;QD=61.9734;RBI=0.067796;REFB=0;REVB=0.00631408;RO=0;SAF=96;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56202e-05;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:191:207:0:0:191:207:1:95:96:0:0:96:111:0:0 chr18 13069782 . C T 941.19 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.013;QD=56.1907;RBI=0.0614074;REFB=0;REVB=0.0285036;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00352589;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:39:24:0:0:39:28:0:0 chr18 13092424 . G A 734.8 PASS AF=0.510638;AO=69;DP=139;FAO=72;FDP=141;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.021617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.197;QD=20.8453;RBI=0.0255299;REFB=-0.00744257;REVB=-0.0135824;RO=69;SAF=27;SAR=42;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677822;STB=0.530641;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00668854;OID=.;OPOS=13092424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:69:69:69:72:0.510638:42:27:32:37:43:29:32:37 chr18 13095609 . T C 4018.34 PASS AF=1;AO=256;DP=258;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316329;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.12;QD=62.2999;RBI=0.0398385;REFB=0;REVB=0.024217;RO=0;SAF=116;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01682e-05;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:258:258:0:0:256:258:1:140:116:0:0:140:118:0:0 chr18 13100451 . A G 389.38 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0068801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.938;QD=24.3362;RBI=0.0108115;REFB=-0.0049127;REVB=0.00833989;RO=25;SAF=12;SAR=26;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270994;STB=0.642172;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00379456;OID=.;OPOS=13100451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:26:38:38:0.59375:26:12:17:8:26:12:17:9 chr18 13116432 . G T 5801.14 PASS AF=0.986737;AO=372;DP=378;FAO=372;FDP=377;FR=.;FRO=5;FSAF=177;FSAR=195;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0253104;FXX=0.00264543;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.03;QD=61.5506;RBI=0.0262876;REFB=-0.100486;REVB=-0.00710054;RO=3;SAF=177;SAR=195;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00801813;STB=0.506963;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000367268;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:378:377:3:5:372:372:0.986737:195:177:3:0:195:177:5:0 chr18 14105923 . T C 1199.08 PASS AF=0.931818;AO=82;DP=88;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0261277;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=284.123;QD=54.5035;RBI=0.0279489;REFB=-0.0654496;REVB=0.00992383;RO=3;SAF=42;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103251;STB=0.521927;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000755662;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:88:88:3:6:82:82:0.931818:40:42:2:1:40:42:5:1 chr18 14106039 . T C 197.4 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0848945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.702;QD=13.8527;RBI=0.0849079;REFB=-0.0386338;REVB=0.00150626;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023839;STB=0.513584;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0607122;OID=.;OPOS=14106039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:13:20:14:10:13:20 chr18 14183720 . C T 996.54 PASS AF=0.450644;AO=105;DP=232;FAO=105;FDP=233;FR=.;FRO=128;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=0.0137483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7764;QD=17.108;RBI=0.0166819;REFB=-0.0229284;REVB=-0.00944822;RO=127;SAF=52;SAR=53;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397013;STB=0.519774;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0278833;OID=.;OPOS=14183720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:233:127:128:105:105:0.450644:53:52:68:59:53:52:68:60 chr18 14186497 . G C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00995044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.144;QD=57.3858;RBI=0.0102391;REFB=0;REVB=0.00241416;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63043e-05;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr18 14187246 . C T 31.49 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0276924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6881;QD=2.422;RBI=0.0381776;REFB=-0.00166581;REVB=0.0262805;RO=45;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171579;STB=0.6342;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0109307;OID=.;OPOS=14187246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:45:46:6:6:0.115385:3:3:16:29:3:3:16:30 chr18 14187255 . A G 74.46 PASS AF=0.22;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0456601;FXX=0.152517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1951;QD=5.95698;RBI=0.0471332;REFB=0.00709609;REVB=0.0116915;RO=39;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615883;STB=0.50393;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.0196788;OID=.;OPOS=14187255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:50:39:39:11:11:0.22:7:4:14:25:7:4:14:25 chr18 14187262 . G T 37.94 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.00578033;FXX=0.0677851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.719;QD=2.75921;RBI=0.0240101;REFB=-0.00406507;REVB=0.0233039;RO=48;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662542;STB=0.548252;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0233381;OID=.;OPOS=14187262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:59:55:48:48:7:7:0.127273:4:3:18:30:4:3:18:30 chr18 14187273 . C G 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.022013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.755;QD=10.1075;RBI=0.0253755;REFB=0.00117385;REVB=0.0126231;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10249;STB=0.565977;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00360671;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:42:21:21:0.333333:12:9:14:27:12:9:14:28 chr18 14187304 . G A 151.89 PASS AF=0.295775;AO=20;DP=70;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0268192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.936;QD=8.55706;RBI=0.0268267;REFB=0.000633564;REVB=0.0006348;RO=50;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129007;STB=0.594852;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00198748;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:50:50:20:21:0.295775:12:8:15:35:12:9:15:35 chr18 14187327 . T G 40.81 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.0237723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.915;QD=2.09279;RBI=0.0289338;REFB=0.00220159;REVB=0.0164936;RO=69;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159539;STB=0.615148;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0141505;OID=.;OPOS=14187327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:69:69:9:9:0.115385:5:4:22:47:5:4:22:47 chr18 14187346 . A G 207.49 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0407783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7883;QD=11.2158;RBI=0.0588842;REFB=0.011545;REVB=0.0424791;RO=48;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422853;STB=0.524457;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0321117;OID=.;OPOS=14187346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:17:9:15:33:17:9:15:33 chr18 14513678 . T G 105.47 PASS AF=0.175926;AO=19;DP=108;FAO=19;FDP=108;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.0124844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.661;QD=3.90623;RBI=0.0196297;REFB=-0.00255326;REVB=-0.0151481;RO=88;SAF=12;SAR=7;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263328;STB=0.673467;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.011233;OID=.;OPOS=14513678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:88:89:19:19:0.175926:7:12:37:51:7:12:37:52 chr18 14524966 . T C 2096.83 PASS AF=0.978417;AO=136;DP=139;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0112245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7989;QD=60.3404;RBI=0.0159763;REFB=-0.14994;REVB=-0.011369;RO=2;SAF=65;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132014;STB=0.503128;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00248572;OID=.;OPOS=14524966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:139:139:2:3:136:136:0.978417:71:65:0:2:71:65:1:2 chr18 14537949 . A G 2325.86 PASS AF=1;AO=144;DP=147;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072583;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.851;QD=64.1615;RBI=0.0155067;REFB=0;REVB=0.0137031;RO=0;SAF=65;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328676;OID=.;OPOS=14537949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:145:0:0:144:145:1:79:65:0:0:79:66:0:0 chr18 14542648 . C A 2027.32 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.166;QD=62.3791;RBI=0.00907865;REFB=0;REVB=0.00898087;RO=0;SAF=36;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.28266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12615e-05;OID=.;OPOS=14542648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:129:130:1:93:36:0:0:93:37:0:0 chr18 14542979 . A G 50.83 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0175683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.9;QD=5.2136;RBI=0.0179608;REFB=-0.00262384;REVB=0.00373425;RO=30;SAF=1;SAR=7;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.65859;STB=0.908732;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0123443;OID=.;OPOS=14542979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:39:30:31:8:8:0.205128:7:1:22:8:7:1:22:9 chr18 14543057 . T G 2340.84 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.898;QD=63.6963;RBI=0.0216939;REFB=0;REVB=0.020621;RO=0;SAF=81;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11787e-06;OID=.;OPOS=14543057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:147:0:0:143:147:1:62:81:0:0:65:82:0:0 chr18 14543098 . C T 2584.92 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00676549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.496;QD=61.9144;RBI=0.0103006;REFB=0;REVB=0.00776725;RO=0;SAF=85;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0366e-06;OID=.;OPOS=14543098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:167:0:0:166:167:1:81:85:0:0:81:86:0:0 chr18 14543139 . T C 2052.03 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5311;QD=61.7151;RBI=0.0523976;REFB=0;REVB=-0.049841;RO=0;SAF=72;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35962e-06;OID=.;OPOS=14543139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:133:0:0:129:133:1:57:72:0:0:57:76:0:0 chr18 14752957 . G A 2385.91 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.192;QD=61.1771;RBI=0.0107084;REFB=0;REVB=0.00365924;RO=0;SAF=80;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11617e-06;OID=.;OPOS=14752957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:76:80:0:0:76:80:0:0 chr18 14759244 . G C 1558.19 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215807;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.926;QD=59.9302;RBI=0.0392387;REFB=0;REVB=-0.0391793;RO=0;SAF=63;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46239e-05;OID=.;OPOS=14759244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:41:63:0:0:41:63:0:0 chr18 14848820 . C A,T 2577.64 PASS AF=0.04,0.942857;AO=8,162;DP=175;FAO=7,165;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=0,70;FSAR=7,95;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0146791,-0.000884826;FXX=0.016853;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.3325,163.578;QD=58.9175;RBI=0.051058,0.0248014;REFB=0.0350495,0.0510511;REVB=-0.0489024,0.0247856;RO=2;SAF=2,68;SAR=6,94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.108557,-0.00191076;STB=0.997382,0.501662;STBP=0.137,0.802;TYPE=snp,snp;VARB=0.136644,-5.32267e-05;OID=.,.;OPOS=14848820,14848820;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:175:175:2:3:8,162:7,165:0.04,0.942857:6,94:2,68:1:1:7,95:0,70:1:2 chr18 18529872 . A G 283.28 PASS AF=0.484375;AO=24;DP=58;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0388451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.078;QD=17.705;RBI=0.0499465;REFB=-0.028515;REVB=0.0313961;RO=33;SAF=17;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15022;STB=0.514277;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0314072;OID=.;OPOS=18529872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:64:33:33:24:31:0.484375:7:17:19:14:14:17:19:14 chr18 18529880 . G A 302.71 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0192858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2492;QD=17.0541;RBI=0.0319996;REFB=-0.0164829;REVB=-0.0255349;RO=38;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224828;STB=0.512612;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0144426;OID=.;OPOS=18529880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:14:19:21:17:14:19:21:17 chr18 19053049 . A G 544.49 PASS AF=0.779661;AO=46;DP=59;FAO=46;FDP=59;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0164849;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.165;QD=36.9143;RBI=0.0174106;REFB=-0.016857;REVB=0.00560143;RO=13;SAF=24;SAR=22;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246789;STB=0.513269;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00224316;OID=.;OPOS=19053049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:13:13:46:46:0.779661:22:24:6:7:22:24:6:7 chr18 19079853 . A G 2285.83 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.117;QD=60.1534;RBI=0.0230817;REFB=-0.0540851;REVB=0.0186379;RO=1;SAF=67;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704656;STB=0.503703;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000262327;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:151:151:0.993421:84:67:1:0:84:67:1:0 chr18 19100758 . A ATCT 363.46 PASS AF=0.636364;AO=32;DP=59;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.0114495;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=3;MLLD=215.3;QD=26.4335;RBI=0.0136549;REFB=-0.0225078;REVB=-0.00744076;RO=22;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235606;STB=0.626308;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.00817603;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:32:59:35:55:20:20:15:18:2:99:22:18:14:19:3 chr18 19153494 . C T 1549.25 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.7;QD=63.8867;RBI=0.00809253;REFB=0;REVB=0.00758491;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09477e-05;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:43:53:0:0:43:54:0:0 chr18 19450303 . A G 573.25 PASS AF=0.975;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.096;QD=57.3251;RBI=0.0618409;REFB=-0.0967989;REVB=0.0548369;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019929;STB=0.510199;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00124508;OID=.;OPOS=19450303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:37:39:0.975:23:14:0:1:24:15:0:1 chr18 19508949 . GT AT,TC 537.23 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=35,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=28,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408733,-0.0316444;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=138.335,33.4782;QD=58.0793;RBI=0.0442631,0.11725;REFB=0,0;REVB=-0.0169882,-0.1129;RO=0;SAF=7,0;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00113995,0.148345;OID=.,.;OPOS=19508949,19508949;OREF=G,GT;OALT=A,TC;OMAPALT=AT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:35,2:35,2:0.945946,0.0540541:28,2:7,0:0:0:28,2:7,0:0:0 chr18 19840623 . A G 1304.48 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0483558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3975;QD=60.6736;RBI=0.0553523;REFB=0.0114141;REVB=-0.0269368;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976579;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-2.12452e-05;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:1:1:83:85:0.988372:48:35:0:1:48:37:0:1 chr18 19995753 . T C 1387.99 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.022;QD=62.3818;RBI=0.0105194;REFB=0;REVB=0.0039035;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294905;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:51:37:0:0:52:37:0:0 chr18 19996011 . G A 556.58 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5607;QD=60.1712;RBI=0.0632117;REFB=0;REVB=0.0512678;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134869;OID=.;OPOS=19996011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr18 20793995 . G A 173.48 PASS AF=0.269663;AO=24;DP=89;FAO=24;FDP=89;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0202562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.077;QD=7.79693;RBI=0.0203202;REFB=-0.0083077;REVB=-0.00161104;RO=65;SAF=16;SAR=8;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125809;STB=0.575935;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0187142;OID=.;OPOS=20793995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:65:65:24:24:0.269663:8:16:37:28:8:16:37:28 chr18 20838286 . G T 1415.2 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6001;QD=62.898;RBI=0.113147;REFB=0;REVB=-0.0870733;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113832;OID=.;OPOS=20838286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr18 20965034 . G A 239.33 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.822;QD=50.3848;RBI=0.0481714;REFB=0;REVB=0.00173582;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016562;OID=.;OPOS=20965034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr18 21017836 . T C 1627.41 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.043;QD=59.1786;RBI=0.0170989;REFB=0;REVB=0.016123;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55602e-05;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:110:0:0:107:110:1:47:60:0:0:49:61:0:0 chr18 21413869 . T C 3103.89 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349307;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.034;QD=60.8607;RBI=0.0723285;REFB=-0.0290916;REVB=0.0722441;RO=1;SAF=97;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024001;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:190:204:1:0:189:204:1:92:97:1:0:105:99:0:0 chr18 21437931 . G C 139.55 PASS AF=0.159091;AO=28;DP=176;FAO=28;FDP=176;FR=.;FRO=148;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=65;FSRR=83;FWDB=-0.016112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.6;QD=3.17163;RBI=0.0204357;REFB=-0.00535942;REVB=-0.0125706;RO=148;SAF=15;SAR=13;SRF=65;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123093;STB=0.580588;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0316737;OID=.;OPOS=21437931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:148:148:28:28:0.159091:13:15:65:83:13:15:65:83 chr18 21441717 . C T 95.53 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.065343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.4841;QD=7.34879;RBI=0.0688187;REFB=-0.0103943;REVB=-0.0215942;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639966;STB=0.539815;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.036665;OID=.;OPOS=21441717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:8:5:17:22:8:5:17:22 chr18 21511089 . A G 2142.88 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14411;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.708;QD=62.1123;RBI=0.145822;REFB=-0.0383865;REVB=-0.0222793;RO=0;SAF=57;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527118;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:135:138:0:0:134:138:1:77:57:0:0:78:60:0:0 chr18 21710321 . C T 2408.74 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391591;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.401;QD=60.9808;RBI=0.0417745;REFB=0;REVB=-0.0145492;RO=0;SAF=50;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32926e-06;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:155:158:1:105:50:0:0:106:52:0:0 chr18 21712554 . C T 896.58 PASS AF=0.747368;AO=70;DP=95;FAO=71;FDP=95;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0563237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.407;QD=37.7506;RBI=0.0622055;REFB=-0.017693;REVB=0.0264039;RO=23;SAF=21;SAR=49;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00238568;STB=0.517915;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00414622;OID=.;OPOS=21712554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:23:24:70:71:0.747368:49:21:7:16:49:22:6:18 chr18 21736933 . T G 1794.02 PASS AF=1;AO=117;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156119;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.318;QD=60.8142;RBI=0.0156119;REFB=0;REVB=9.61483e-06;RO=0;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19444e-05;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:118:0:0:117:118:1:56:61:0:0:57:61:0:0 chr18 21759055 . G C 169.38 PASS AF=0.210526;AO=29;DP=132;FAO=28;FDP=133;FR=.;FRO=105;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=-0.00465161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.946;QD=5.09403;RBI=0.00466587;REFB=-0.00339769;REVB=0.00036457;RO=98;SAF=21;SAR=8;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338175;STB=0.661832;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0161307;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:98:105:29:28:0.210526:8:21:45:53:9:19:50:55 chr18 22009559 . CTTAA C,CTTAG 1213.18 PASS AF=0.987342,0.0126582;AO=77,4;DP=84;FAO=78,1;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=45,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490495,-0.0417114;FXX=0.0595167;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=224.398,29.217;QD=61.4267;RBI=0.011062,0.0613497;REFB=0,0;REVB=0.00991505,0.0449882;RO=0;SAF=33,0;SAR=44,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.58027e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=1.99688e-05,0.117785;OID=.,.;OPOS=22009560,22009563;OREF=TTAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987342,0.0126582:77,4:84:78,1:79:0:33,0:45,1:0:0:3:0:33,0:44,4:0:0 chr18 22020543 . C G 1396.45 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.716;QD=62.7618;RBI=0.0431236;REFB=0;REVB=-0.00609033;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02206e-05;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:51:38:0:0:51:38:0:0 chr18 22775185 . C T 390.75 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00573013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.431;QD=32.5627;RBI=0.0289222;REFB=0.00729684;REVB=0.0283489;RO=16;SAF=17;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191622;STB=0.510465;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00325098;OID=.;OPOS=22775185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:15:17:9:7:15:17:9:7 chr18 23597811 . T C 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.534;QD=61.6953;RBI=0.029602;REFB=0;REVB=0.0293102;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15157e-05;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr18 23873463 . T C 3103.18 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189199;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.385;QD=61.7548;RBI=0.0219581;REFB=0;REVB=0.0111443;RO=0;SAF=70;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68199e-05;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:201:0:0:201:201:1:131:70:0:0:131:70:0:0 chr18 23879134 . T C 251.14 PASS AF=0.875;AO=20;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00157992;FXX=0.039984;HRUN=10;LEN=1;MLLD=281.542;QD=41.8575;RBI=0.00663573;REFB=-0.000587351;REVB=-0.0064449;RO=1;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297497;STB=0.507239;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=6.14731e-05;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:24:24:1:3:20:21:0.875:15:5:0:1:15:6:1:2 chr18 23879142 . T A 373.5 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057188;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.8282;QD=55.3338;RBI=0.264276;REFB=0;REVB=0.258014;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100765;OID=.;OPOS=23879142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:1:0:23:27:1:14:9:0:1:18:9:0:0 chr18 24035399 . A G 793.32 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0603819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1986;QD=54.712;RBI=0.0923172;REFB=0.103556;REVB=-0.0698319;RO=1;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129193;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0300083;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:36:20:0:1:36:21:0:1 chr18 24269375 . C T 203.19 PASS AF=0.201149;AO=35;DP=174;FAO=35;FDP=174;FR=.;FRO=139;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=69;FSRR=70;FWDB=-0.0268685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.262;QD=4.67096;RBI=0.0433337;REFB=-0.00752129;REVB=0.0339984;RO=138;SAF=17;SAR=18;SRF=68;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090025;STB=0.508537;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0256019;OID=.;OPOS=24269375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:138:139:35:35:0.201149:18:17:68:70:18:17:69:70 chr18 25531130 . T C 105.82 PASS AF=0.65;AO=2;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.183039;FXX=0.0908678;HRUN=15;LEN=1;MLLD=136.983;QD=21.1635;RBI=0.183052;REFB=-0.0765643;REVB=-0.00213244;RO=0;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.865292;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0427859;OID=.;OPOS=25531130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:20:20:0:7:2:13:0.65:2:0:0:0:12:1:6:1 chr18 25565082 . A G 2495.41 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201889;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.363;QD=61.6151;RBI=0.038165;REFB=0;REVB=-0.0323879;RO=0;SAF=80;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3714e-05;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:162:0:0:162:162:1:82:80:0:0:82:80:0:0 chr18 25570228 . G C 2217.52 PASS AF=0.93865;AO=155;DP=166;FAO=153;FDP=163;FR=.;FRO=10;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0030203;FXX=0.0180712;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.811;QD=54.4178;RBI=0.0196108;REFB=-0.0554779;REVB=0.0193768;RO=9;SAF=81;SAR=74;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00815475;STB=0.501003;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00086969;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:166:163:9:10:155:153:0.93865:74:81:4:5:74:79:5:5 chr18 28570025 . G T 853.46 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5814;QD=56.8974;RBI=0.0147592;REFB=0;REVB=-0.0108512;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152581;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:38:21:0:0:38:22:0:0 chr18 28610988 . C T 1076.96 PASS AF=0.9375;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0325501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.077;QD=53.848;RBI=0.0329047;REFB=-0.00273113;REVB=0.00481782;RO=3;SAF=40;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935685;STB=0.504186;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0014615;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:80:3:5:74:75:0.9375:34:40:2:1:35:40:3:2 chr18 28611061 . A T 1782.61 PASS AF=0.991667;AO=115;DP=118;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0317575;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4741;QD=59.4204;RBI=0.0377926;REFB=-0.0934131;REVB=0.0204876;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.504347;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00309137;OID=.;OPOS=28611061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:120:0:1:115:119:0.991667:54:61:0:0:57:62:0:1 chr18 28611139 . A C 1073.75 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00724299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.931;QD=57.2665;RBI=0.020406;REFB=-0.175009;REVB=0.0190773;RO=2;SAF=29;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315034;STB=0.516662;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00164908;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:75:2:2:73:73:0.973333:44:29:2:0:44:29:2:0 chr18 28673565 . T C 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0439039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.827;QD=4.90468;RBI=0.0458799;REFB=-0.00147038;REVB=0.0133196;RO=42;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140199;STB=0.585595;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00455731;OID=.;OPOS=28673565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:42:43:10:10:0.188679:7:3:17:25:7:3:17:26 chr18 28720147 . C T 2786.01 PASS AF=1;AO=178;DP=181;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184048;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.286;QD=62.2571;RBI=0.0202851;REFB=0;REVB=-0.00852931;RO=0;SAF=92;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1474e-05;OID=.;OPOS=28720147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:181:179:0:0:178:179:1:86:92:0:0:86:93:0:0 chr18 28722039 . G A 1438.71 PASS AF=0.979167;AO=91;DP=98;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0649798;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8312;QD=59.9463;RBI=0.0654431;REFB=-0.0703495;REVB=-0.00777336;RO=3;SAF=46;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974564;STB=0.510636;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00168952;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:98:96:3:2:91:94:0.979167:45:46:2:1:48:46:2:0 chr18 28722103 . T C 1522.62 PASS AF=1;AO=85;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.401;QD=59.7107;RBI=0.0677943;REFB=0;REVB=0.0629628;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71153e-05;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:85:102:1:48:37:0:0:52:50:0:0 chr18 28722104 . A C 85.79 PASS AF=0.15534;AO=16;DP=103;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.028875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.9161;QD=3.33155;RBI=0.0727182;REFB=-0.00204975;REVB=0.0667396;RO=87;SAF=13;SAR=3;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470361;STB=0.815049;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00117688;OID=.;OPOS=28722104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:103:103:87:87:16:16:0.15534:3:13:38:49:3:13:38:49 chr18 28734749 . A G 1492.92 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645754;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.664;QD=63.5285;RBI=0.0738959;REFB=0;REVB=0.0359254;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298062;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:92:94:1:40:52:0:0:42:52:0:0 chr18 28968369 . CGG CG,CGA 2588.9 PASS AF=0.0795455,0.920455;AO=30,140;DP=176;FAO=14,162;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=9,84;FSAR=5,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0696602,-0.0346291;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.425,41.0096;QD=58.8386;RBI=0.11793,0.167555;REFB=0,0;REVB=0.0951579,0.163937;RO=1;SAF=9,82;SAR=21,58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0216881,0.00812699;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00628186,0.00364983;OID=.,.;OPOS=28968370,28968371;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0795455,0.920455:30,140:176:14,162:176:0:9,84:5,78:0:0:33:1:9,82:21,58:0:1 chr18 28968959 . C T 1549.46 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.946;QD=63.8951;RBI=0.0277563;REFB=0;REVB=0.0137811;RO=0;SAF=36;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45189e-05;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:60:36:0:0:60:37:0:0 chr18 28986333 . A C 851.05 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.33;QD=56.7367;RBI=0.0191956;REFB=0;REVB=0.00551408;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000893193;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:31:27:0:0:33:27:0:0 chr18 28993183 . A G 476.92 PASS AF=0.765957;AO=36;DP=49;FAO=36;FDP=47;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0167759;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6849;QD=40.5885;RBI=0.0251065;REFB=0.0538953;REVB=0.018679;RO=11;SAF=20;SAR=16;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440227;STB=0.523796;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00702228;OID=.;OPOS=28993183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:49:47:11:11:36:36:0.765957:16:20:5:6:16:20:5:6 chr18 28993501 . C A 239.19 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018408;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.9304;QD=50.3567;RBI=0.0408623;REFB=0;REVB=-0.0364812;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000663798;OID=.;OPOS=28993501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:11:5:0:0:12:7:0:0 chr18 29055957 . A G 2493.62 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214676;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1725;QD=61.5708;RBI=0.029314;REFB=0;REVB=0.0292353;RO=0;SAF=79;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21923e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71794e-05;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:162:0:0:162:162:1:83:79:0:0:83:79:0:0 chr18 29104698 . C T 371.49 PASS AF=0.660377;AO=34;DP=52;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00570073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.382;QD=28.0372;RBI=0.0245597;REFB=-0.00612965;REVB=0.0238889;RO=18;SAF=12;SAR=22;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13416;STB=0.564695;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00258825;OID=.;OPOS=29104698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:18:18:34:35:0.660377:22:12:10:8:22:13:10:8 chr18 29122799 . G A 80.69 PASS AF=0.34375;AO=8;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0131051;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.034;QD=10.0863;RBI=0.0292754;REFB=-0.0111799;REVB=0.0261783;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306466;STB=0.645683;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0264726;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:31:32:22:21:8:11:0.34375:2:6:11:11:3:8:11:10 chr18 29125854 . A G 524.78 PASS AF=0.78;AO=39;DP=50;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00276522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.942;QD=41.9822;RBI=0.00826161;REFB=-0.0229023;REVB=0.0077851;RO=9;SAF=22;SAR=17;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365301;STB=0.516222;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00455791;OID=.;OPOS=29125854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:50:9:11:39:39:0.78:17:22:6:3:17:22:7:4 chr18 29126670 . T C 905.78 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251109;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.398;QD=58.4373;RBI=0.0413235;REFB=0;REVB=0.0328188;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29415e-05;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr18 29178554 . C T 1310.81 PASS AF=0.687117;AO=112;DP=163;FAO=112;FDP=163;FR=.;FRO=51;FSAF=41;FSAR=71;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.00903758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.112;QD=32.1672;RBI=0.00963932;REFB=-0.0111609;REVB=0.00335241;RO=49;SAF=41;SAR=71;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155496;STB=0.590122;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00628965;OID=.;OPOS=29178554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:49:51:112:112:0.687117:71:41:31:18:71:41:33:18 chr18 29339910 . G T 595.24 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0329063;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.956;QD=56.6892;RBI=0.0365783;REFB=-0.0435658;REVB=0.0159732;RO=2;SAF=19;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046837;STB=0.524987;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00159905;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:42:2:2:40:40:0.952381:21:19:2:0:21:19:2:0 chr18 29432624 . T C 230.61 PASS AF=0.807692;AO=20;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0520348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4129;QD=35.4783;RBI=0.0605326;REFB=-0.0549492;REVB=0.0309286;RO=6;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275533;STB=0.609646;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0183318;OID=.;OPOS=29432624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:6:5:20:21:0.807692:15:5:5:1:15:6:4:1 chr18 29488756 . C T 85.67 PASS AF=0.178571;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=84;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.000988713;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3213;QD=4.07949;RBI=0.0310005;REFB=0.00379987;REVB=-0.0309847;RO=68;SAF=10;SAR=5;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313715;STB=0.707426;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00827324;OID=.;OPOS=29488756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:86:84:68:69:15:15:0.178571:5:10:28:40:5:10:28:41 chr18 29497573 . A G 1544.43 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0137395;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.381;QD=57.7357;RBI=0.0482783;REFB=-0.0567833;REVB=0.0462819;RO=2;SAF=40;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231331;STB=0.512193;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000515434;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:65:40:2:0:65:40:2:0 chr18 29710880 . A AAG,G 1154.93 PASS AF=0.875,0;AO=78,13;DP=111;FAO=91,0;FDP=104;FR=.;FRO=13;FSAF=45,0;FSAR=46,0;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00309317,0.00462257;FXX=0.0188661;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=320.077,186.848;QD=44.4203;RBI=0.01081,0.00559015;REFB=0.00474532,0.0105471;REVB=0.010358,-0.0031435;RO=17;SAF=43,2;SAR=35,11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0273007,-0.391998;STB=0.504121,0.5;STBP=0.836,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00639238,0;OID=.,.;OPOS=29710881,29710880;OREF=-,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:111:104:17:13:78,13:91,0:0.875,0:35,11:43,2:8:9:46,0:45,0:6:7 chr18 29795076 . T C 1658.7 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470292;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.019;QD=60.3164;RBI=0.0337293;REFB=0;REVB=0.0333998;RO=0;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05944e-05;OID=.;OPOS=29795076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:108:110:1:49:59:0:0:50:60:0:0 chr18 29795101 . T C 1542.07 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.248;QD=63.5904;RBI=0.0786895;REFB=0;REVB=0.0780564;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11537e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:97:0:0:88:97:1:43:45:0:0:51:46:0:0 chr18 30050356 . C T 2176.31 PASS AF=0.638225;AO=187;DP=293;FAO=187;FDP=293;FR=.;FRO=106;FSAF=81;FSAR=106;FSRF=71;FSRR=35;FWDB=0.0483183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3584;QD=29.7107;RBI=0.0484688;REFB=-0.00746503;REVB=-0.0038171;RO=106;SAF=81;SAR=106;SRF=71;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158472;STB=0.58518;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00660567;OID=.;OPOS=30050356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:106:106:187:187:0.638225:106:81:71:35:106:81:71:35 chr18 30253010 . TAAG CAAG,TAG,TCAA,TCAAG 152.65 PASS AF=0,0,0,0.592593;AO=3,3,2,10;DP=28;FAO=0,0,0,16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=0,0,0,12;FSAR=0,0,0,4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0900461,0.233071,0.0778189,0.0936007;FXX=0.0689417;HRUN=4,2,2,0;LEN=1,1,3,1;MLLD=83.8464,16.1474,82.5572,84.4263;QD=22.6146;RBI=0.0998409,0.29383,0.0881046,0.103252;REFB=0.011339,-0.0291708,0.00761735,0.00263882;REVB=0.0431265,-0.178924,0.0413115,0.0435878;RO=7;SAF=3,0,2,6;SAR=0,3,0,4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.618996,-0.722194,0.539624,-0.0871479;STB=0.5,0.5,0.5,0.599867;STBP=1,1,1,0.277;TYPE=snp,del,mnp,ins;VARB=0,0,0,-0.000497645;OID=.,.,.,.;OPOS=30253010,30253011,30253011,30253011;OREF=T,A,AAG,-;OALT=C,-,CAA,C;OMAPALT=CAAG,TAG,TCAA,TCAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:87:28:27:7:11:3,3,2,10:0,0,0,16:0,0,0,0.592593:0,3,0,4:3,0,2,6:5:2:0,0,0,4:0,0,0,12:6:5 chr18 30352114 . C G 96.27 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.036496;FXX=0.0256377;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4025;QD=5.06672;RBI=0.0398515;REFB=-0.00538221;REVB=0.0160057;RO=62;SAF=12;SAR=4;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326322;STB=0.696924;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0134064;OID=.;OPOS=30352114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:76:62:60:16:16:0.210526:4:12:31:31:4:12:31:29 chr18 30804756 . C T 1080.14 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6436;QD=60.0076;RBI=0.084013;REFB=0;REVB=-0.0751329;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000854334;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr18 30846895 . A T 1226.52 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4637;QD=59.8304;RBI=0.0510074;REFB=0;REVB=-0.0446445;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215373;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:82:0:0:73:82:1:41:32:0:0:45:37:0:0 chr18 31320229 . A G 1193.75 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0348166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0671;QD=59.6874;RBI=0.043805;REFB=-0.116163;REVB=0.0265834;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.505746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000828807;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:77:79:0.9875:43:34:0:0:43:36:0:1 chr18 31324934 . A G 772.45 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0394615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7697;QD=61.7956;RBI=0.0674761;REFB=-0.0264829;REVB=-0.054734;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000231126;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:33:16:0:0:33:16:1:0 chr18 32468823 . CCT CC,CTC,C 1077.79 PASS AF=0,0.0795455,0.920455;AO=14,11,13;DP=91;FAO=0,7,81;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,37;FSAR=0,7,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.882722,0.0674518,0.961173;FXX=0.0329634;HRUN=7,2,2;LEN=1,2,2;MLLD=5.27032,136.569,18.6942;QD=48.9905;RBI=0.895087,0.0730372,1.02335;REFB=0,0,0;REVB=0.148265,-0.0280124,0.351281;RO=26;SAF=3,0,0;SAR=11,11,13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.450556,-0.796909,-0.811368;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0,0.020247,0.0313665;OID=.,.,.;OPOS=32468825,32468824,32468824;OREF=T,CT,CT;OALT=-,TC,-;OMAPALT=CC,CTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0795455,0.920455:14,11,13:91:0,7,81:88:0:0,0,37:0,7,44:0:0:23:26:3,0,0:11,11,13:16:10 chr18 32834095 . T C 543.97 PASS AF=0.685714;AO=46;DP=68;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000535805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1419;QD=31.0837;RBI=0.124314;REFB=0.00941154;REVB=0.124313;RO=21;SAF=15;SAR=31;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151814;STB=0.585822;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00182079;OID=.;OPOS=32834095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:21:22:46:48:0.685714:31:15:12:9:32:16:13:9 chr18 32834186 . T G 302.64 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0868762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2098;QD=25.7564;RBI=0.0869017;REFB=-0.0310247;REVB=0.00210568;RO=19;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228742;STB=0.617558;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0433217;OID=.;OPOS=32834186;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:18:9:12:7:18:9:12:8 chr18 32844195 . G C 310.3 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0040864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.699;QD=35.4633;RBI=0.0197109;REFB=-0.0158706;REVB=0.0192827;RO=9;SAF=13;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261803;STB=0.514275;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00349047;OID=.;OPOS=32844195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:13:13:4:5:13:13:4:5 chr18 32889193 . C T 793.63 PASS AF=0.727273;AO=64;DP=88;FAO=64;FDP=88;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00263508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.722;QD=36.0741;RBI=0.00789356;REFB=-0.0388999;REVB=-0.00744074;RO=24;SAF=24;SAR=40;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445252;STB=0.523944;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0152292;OID=.;OPOS=32889193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:24:24:64:64:0.727273:40:24:11:13:40:24:11:13 chr18 32947616 . A ATTTTAT 221.36 PASS AF=0.478261;AO=17;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00259451;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=6;MLLD=264.404;QD=19.2487;RBI=0.0460993;REFB=-0.00610498;REVB=-0.0460262;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798967;STB=0.588156;STBP=0.281;TYPE=ins;VARB=0.00663544;OID=.;OPOS=32947617;OREF=-;OALT=TTTTAT;OMAPALT=ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:17:47:22:46:24:10:12:15:9:99:23:9:8:14:9 chr18 33647254 . A C 1572.68 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.989;QD=59.9115;RBI=0.0121794;REFB=0;REVB=0.0120855;RO=0;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19076e-05;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:50:55:0:0:50:55:0:0 chr18 33694120 . G A 236.41 PASS AF=0.210811;AO=39;DP=185;FAO=39;FDP=185;FR=.;FRO=146;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=85;FSRR=61;FWDB=0.0282329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.99;QD=5.11161;RBI=0.0291087;REFB=-0.00136425;REVB=-0.00708651;RO=144;SAF=13;SAR=26;SRF=83;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305987;STB=0.692483;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00452095;OID=.;OPOS=33694120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:144:146:39:39:0.210811:26:13:83:61:26:13:85:61 chr18 33706614 . C G 1778.74 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.47;QD=60.8116;RBI=0.0375922;REFB=0;REVB=0.0369946;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54794e-05;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:66:50:0:0:66:51:0:0 chr18 33709977 . G C 106.47 PASS AF=0.152778;AO=22;DP=141;FAO=22;FDP=144;FR=.;FRO=122;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=73;FWDB=-0.0827098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.5642;QD=2.95762;RBI=0.0866222;REFB=-0.0172543;REVB=0.0257387;RO=109;SAF=12;SAR=10;SRF=37;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261476;STB=0.620069;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0581729;OID=.;OPOS=33709977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:109:122:22:22:0.152778:10:12:37:72:10:12:49:73 chr18 33713287 . T A 134.76 PASS AF=0.201754;AO=23;DP=113;FAO=23;FDP=114;FR=.;FRO=91;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0438849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6944;QD=4.72848;RBI=0.047357;REFB=0.00011832;REVB=0.017799;RO=89;SAF=13;SAR=10;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11779;STB=0.565161;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00254245;OID=.;OPOS=33713287;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:89:91:23:23:0.201754:10:13:42:47:10:13:44:47 chr18 33718326 . A C 79.82 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0419383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.944;QD=5.80508;RBI=0.0448421;REFB=0.000651037;REVB=-0.0158741;RO=43;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2;STB=0.626659;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00250358;OID=.;OPOS=33718326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:43:43:12:12:0.218182:5:7:18:25:5:7:18:25 chr18 33721325 . C T 283.73 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0364469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3442;QD=36.6106;RBI=0.040362;REFB=-0.0268211;REVB=0.0173412;RO=6;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153846;STB=0.594522;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00890038;OID=.;OPOS=33721325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:6:7:24:24:0.774194:9:15:6:0:9:15:7:0 chr18 33725931 . G A 102.59 PASS AF=0.171171;AO=19;DP=111;FAO=19;FDP=111;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.00760223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.734;QD=3.69692;RBI=0.0156967;REFB=0.00498353;REVB=0.0137329;RO=92;SAF=13;SAR=6;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186192;STB=0.622621;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0313241;OID=.;OPOS=33725931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:92:92:19:19:0.171171:6:13:50:42:6:13:50:42 chr18 33726295 . A G 363.08 PASS AF=0.290698;AO=50;DP=172;FAO=50;FDP=172;FR=.;FRO=122;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=70;FWDB=-0.00288209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.255;QD=8.44364;RBI=0.00330256;REFB=-0.00347013;REVB=-0.00161259;RO=118;SAF=27;SAR=23;SRF=49;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149118;STB=0.580144;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0110251;OID=.;OPOS=33726295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:118:122:50:50:0.290698:23:27:49:69:23:27:52:70 chr18 33750046 . C T 477.78 PASS AF=0.282051;AO=66;DP=234;FAO=66;FDP=234;FR=.;FRO=168;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=97;FSRR=71;FWDB=-0.0487214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5098;QD=8.16721;RBI=0.062221;REFB=-0.0252168;REVB=-0.0386998;RO=168;SAF=34;SAR=32;SRF=97;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765373;STB=0.544827;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0696628;OID=.;OPOS=33750046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:168:168:66:66:0.282051:32:34:97:71:32:34:97:71 chr18 33779821 . C A 2389.64 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.269;QD=64.1515;RBI=0.0233882;REFB=0;REVB=-0.0216922;RO=0;SAF=78;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56956e-05;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:71:78:0:0:71:78:0:0 chr18 33779855 . C T 855.05 PASS AF=0.727273;AO=72;DP=99;FAO=72;FDP=99;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00560472;FXX=0.0198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.592;QD=34.5474;RBI=0.0294233;REFB=0.0153883;REVB=0.0288845;RO=27;SAF=36;SAR=36;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940712;STB=0.505049;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00574984;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:27:27:72:72:0.727273:36:36:14:13:36:36:14:13 chr18 33779896 . A G 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.85;QD=63.3364;RBI=0.0179117;REFB=0;REVB=-0.000711001;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41228e-05;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr18 33780020 . A G 1033.65 PASS AF=1;AO=56;DP=74;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133348;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2689;QD=59.0659;RBI=0.0040529;REFB=0;REVB=-0.00382725;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92614e-06;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:70:0:0:56:70:1:27:29:0:0:27:43:0:0 chr18 33780021 . C G 98.5 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0581482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.5745;QD=5.25353;RBI=0.060492;REFB=-0.0478541;REVB=-0.0166754;RO=58;SAF=14;SAR=2;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505498;STB=0.823073;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0284986;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:58:59:16:16:0.213333:2:14:30:28:2:14:31:28 chr18 33785093 . G A 902.5 PASS AF=0.690265;AO=78;DP=114;FAO=78;FDP=113;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00949319;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.623;QD=31.9468;RBI=0.00977166;REFB=-0.0192944;REVB=-0.00231617;RO=34;SAF=33;SAR=45;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159218;STB=0.581216;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00880312;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:34:35:78:78:0.690265:45:33:24:10:45:33:24:11 chr18 33785185 . A G 1362.65 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00638935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.093;QD=61.2427;RBI=0.0179888;REFB=-0.100701;REVB=0.0168159;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106475;STB=0.505617;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=3.86691e-06;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:43:44:1:0:44:44:1:0 chr18 33831189 . C A 732.02 PASS AF=0.647619;AO=66;DP=100;FAO=68;FDP=105;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0294103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9616;QD=27.8864;RBI=0.0653216;REFB=-0.02975;REVB=-0.0583261;RO=33;SAF=36;SAR=30;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188913;STB=0.505616;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0173291;OID=.;OPOS=33831189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:105:33:37:66:68:0.647619:30:36:19:14:32:36:19:18 chr18 34398914 . C T 113.11 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0223382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2439;QD=6.7531;RBI=0.0657691;REFB=0.00405013;REVB=0.0618593;RO=50;SAF=10;SAR=7;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108113;STB=0.566293;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.0108543;OID=.;OPOS=34398914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:50:50:17:17:0.253731:7:10:25:25:7:10:25:25 chr18 34850846 . G A 837.19 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534899;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.811;QD=57.737;RBI=0.0535367;REFB=0;REVB=0.00223816;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146961;OID=.;OPOS=34850846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr18 39761310 . A G 1332.66 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00439879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.021;QD=59.8949;RBI=0.0220908;REFB=-0.0919825;REVB=0.0216484;RO=2;SAF=41;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02255;STB=0.505881;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000722963;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:89:2:1:87:88:0.988764:46:41:2:0:46:42:1:0 chr18 39761342 . C T 821.41 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0267493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.264;QD=55.689;RBI=0.0273899;REFB=-0.148578;REVB=0.0058892;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000801733;OID=.;OPOS=39761342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:33:25:1:0:33:25:1:0 chr18 40323497 . G T 149.32 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0330485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.426;QD=28.4411;RBI=0.0331614;REFB=-0.0218488;REVB=-0.00273379;RO=5;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599997;STB=0.556886;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0054317;OID=.;OPOS=40323497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:21:21:5:6:15:15:0.714286:8:7:3:2:8:7:4:2 chr18 42533130 . A G 1522.26 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.752;QD=63.4277;RBI=0.0179704;REFB=0;REVB=0.0130849;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99582e-05;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:58:37:0:0:58:38:0:0 chr18 43206985 . A G 3079.21 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145735;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.207;QD=63.8178;RBI=0.0226538;REFB=0;REVB=-0.0173438;RO=0;SAF=92;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35e-06;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:193:0:0:193:193:1:101:92:0:0:101:92:0:0 chr18 43247001 . C G 1008.47 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2962;QD=59.3215;RBI=0.0198462;REFB=0;REVB=0.00299116;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42539e-05;OID=.;OPOS=43247001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:35:31:0:0:36:32:0:0 chr18 43262359 . G A 1028.94 PASS AF=1;AO=65;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000944806;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5649;QD=59.6488;RBI=0.080459;REFB=0;REVB=-0.0804535;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400834;OID=.;OPOS=43262359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:65:69:1:46:19:0:0:46:23:0:0 chr18 43508856 . C G 708.29 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6917;QD=62.9591;RBI=0.0425998;REFB=0;REVB=-0.0327573;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.69562e-05;OID=.;OPOS=43508856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr18 43547127 . TG T 1052.53 PASS AF=1;AO=100;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305601;FXX=0.0564471;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.623;QD=35.984;RBI=0.0695577;REFB=0;REVB=-0.0624848;RO=5;SAF=73;SAR=27;SRF=1;SRR=4;SSEN=0.47619;SSEP=0;SSSB=0.058823;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0118239;OID=.;OPOS=43547128;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:100:117:117:117:0:76:41:0:0:18:5:73:27:1:4 chr18 43563677 . T C 66.46 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0548144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.725;QD=2.98713;RBI=0.0548161;REFB=0.00168129;REVB=0.000426654;RO=75;SAF=3;SAR=10;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297557;STB=0.712598;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0109247;OID=.;OPOS=43563677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:75:76:13:13:0.146067:10:3:34:41:10:3:35:41 chr18 43565380 . A G 49.14 PASS AF=0.115789;AO=11;DP=95;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0142322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.287;QD=2.06886;RBI=0.0166674;REFB=-0.00190927;REVB=0.00867453;RO=84;SAF=2;SAR=9;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386376;STB=0.787635;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0252825;OID=.;OPOS=43565380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:95:95:84:84:11:11:0.115789:9:2:41:43:9:2:41:43 chr18 43565399 . C A 50.02 PASS AF=0.119565;AO=11;DP=92;FAO=11;FDP=92;FR=.;FRO=81;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.00771346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.311;QD=2.17462;RBI=0.00772167;REFB=0.00063929;REVB=0.000356078;RO=80;SAF=2;SAR=9;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388801;STB=0.79024;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00535436;OID=.;OPOS=43565399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:92:92:80:81:11:11:0.119565:9:2:39:41:9:2:40:41 chr18 43833701 . T TCTG 127.96 PASS AF=0.184;AO=23;DP=126;FAO=23;FDP=125;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=0.0205643;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=264.706;QD=4.09473;RBI=0.022163;REFB=0.00557091;REVB=0.00826471;RO=99;SAF=6;SAR=17;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298449;STB=0.689864;STBP=0.067;TYPE=ins;VARB=-0.0232299;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184:23:126:23:125:102:6:17:49:53:99:99:6:17:48:51 chr18 43843736 . T G 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0971261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7939;QD=62.3424;RBI=0.107763;REFB=0;REVB=0.0466842;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021725;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr18 44063598 . G A 4125.84 PASS AF=1;AO=265;DP=267;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462066;FXX=0.00374518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.314;QD=62.0428;RBI=0.0225098;REFB=-0.0871449;REVB=-0.0220304;RO=2;SAF=137;SAR=128;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00739055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556185;OID=.;OPOS=44063598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:267:266:2:0:265:266:1:128:137:0:2:129:137:0:0 chr18 44126909 . T C 4492.27 PASS AF=1;AO=238;DP=286;FAO=285;FDP=285;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=140;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04175;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.114;QD=63.0494;RBI=0.0628812;REFB=0;REVB=0.0470211;RO=0;SAF=128;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25815e-05;OID=.;OPOS=44126909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:286:285:0:0:238:285:1:110:128:0:0:145:140:0:0 chr18 44135143 . T C 786.66 PASS AF=0.330065;AO=101;DP=306;FAO=101;FDP=306;FR=.;FRO=205;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=110;FSRR=95;FWDB=0.0024757;FXX=0.0064933;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.025;QD=10.2832;RBI=0.00292721;REFB=-0.00645011;REVB=-0.00156187;RO=204;SAF=53;SAR=48;SRF=110;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169522;STB=0.507951;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0168702;OID=.;OPOS=44135143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:204:205:101:101:0.330065:48:53:110:94:48:53:110:95 chr18 44395338 . G T 253.66 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0284932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.07;QD=28.1844;RBI=0.0324251;REFB=-0.00365546;REVB=-0.0154764;RO=13;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118003;STB=0.565161;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00361092;OID=.;OPOS=44395338;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:13:10:8:5:13:10:8:5 chr18 44555147 . T G 47.62 PASS AF=0.0808081;AO=16;DP=198;FAO=16;FDP=198;FR=.;FRO=182;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=101;FSRR=81;FWDB=-0.0104685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.648;QD=0.961998;RBI=0.0116411;REFB=-0.00237273;REVB=-0.00509185;RO=177;SAF=10;SAR=6;SRF=99;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773695;STB=0.566322;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0252216;OID=.;OPOS=44555147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:198:198:177:182:16:16:0.0808081:6:10:99:78:6:10:101:81 chr18 44555312 . G C 145.82 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00895731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.919;QD=25.3598;RBI=0.0281058;REFB=-0.0238978;REVB=-0.0266402;RO=8;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059651;STB=0.53329;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.018557;OID=.;OPOS=44555312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:5:10:6:2:5:10:6:2 chr18 44560300 . C T 368.39 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0320905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3734;QD=19.3888;RBI=0.0328816;REFB=-0.0119191;REVB=0.00716941;RO=37;SAF=24;SAR=14;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163743;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00995218;OID=.;OPOS=44560300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:38:38:38:0.5:14:24:24:13:14:24:24:14 chr18 44560429 . C A 405.33 PASS AF=0.547945;AO=41;DP=74;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0118213;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.518;QD=22.2099;RBI=0.041266;REFB=-0.00841578;REVB=0.0395365;RO=33;SAF=30;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120975;STB=0.57979;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00397249;OID=.;OPOS=44560429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:33:33:41:40:0.547945:11:30:20:13:10:30:20:13 chr18 44560875 . C A 1278.34 PASS AF=0.603175;AO=112;DP=189;FAO=114;FDP=189;FR=.;FRO=75;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.00397025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.838;QD=27.0549;RBI=0.0105832;REFB=-0.017524;REVB=0.00981031;RO=75;SAF=58;SAR=54;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041211;STB=0.525646;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0102155;OID=.;OPOS=44560875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:75:75:112:114:0.603175:54:58:43:32:56:58:43:32 chr18 44561100 . C G 470.97 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.120751;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.55;QD=25.8068;RBI=0.120849;REFB=-0.0127225;REVB=-0.00486385;RO=29;SAF=25;SAR=19;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112346;STB=0.561419;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0059797;OID=.;OPOS=44561100;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:29:29:44:44:0.60274:19:25:12:17:19:25:12:17 chr18 44561795 . C T 318.46 PASS AF=0.581818;AO=30;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0045852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.553;QD=23.161;RBI=0.0298343;REFB=-0.00387337;REVB=0.0294799;RO=23;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20354;STB=0.606676;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00347472;OID=.;OPOS=44561795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:23:30:32:0.581818:17:13:16:7:18:14:16:7 chr18 44610718 . T C 677.33 PASS AF=0.651685;AO=58;DP=89;FAO=58;FDP=89;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00595415;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.224;QD=30.4418;RBI=0.0178054;REFB=-0.0106868;REVB=-0.0167803;RO=30;SAF=30;SAR=28;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101479;STB=0.500388;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00557838;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:30:31:58:58:0.651685:28:30:16:14:28:30:16:15 chr18 44626630 . T G 649.86 PASS AF=0.696203;AO=55;DP=80;FAO=55;FDP=79;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00644554;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.744;QD=32.9041;RBI=0.014891;REFB=-0.0347045;REVB=0.0134238;RO=24;SAF=19;SAR=36;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929933;STB=0.563302;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0173508;OID=.;OPOS=44626630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:24:24:55:55:0.696203:36:19:12:12:36:19:13:11 chr18 45555829 . T C 2755.87 PASS AF=0.678466;AO=228;DP=337;FAO=230;FDP=339;FR=.;FRO=109;FSAF=123;FSAR=107;FSRF=74;FSRR=35;FWDB=-0.0155309;FXX=0.00294109;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4022;QD=32.5176;RBI=0.0268614;REFB=-0.0259255;REVB=-0.0219163;RO=108;SAF=123;SAR=105;SRF=73;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083109;STB=0.546863;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0137517;OID=.;OPOS=45555829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:339:108:109:228:230:0.678466:105:123:73:35:107:123:74:35 chr18 45566276 . G A 575.35 PASS AF=0.8;AO=46;DP=58;FAO=48;FDP=60;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00725967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.518;QD=38.3565;RBI=0.0186086;REFB=0.00362864;REVB=0.0171341;RO=12;SAF=28;SAR=18;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171399;STB=0.583299;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000927248;OID=.;OPOS=45566276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:58:60:12:12:46:48:0.8:18:28:2:10:20:28:2:10 chr18 45696158 . G A 168.56 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0166987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.767;QD=16.4444;RBI=0.0175484;REFB=-0.0147956;REVB=0.00539468;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970462;STB=0.54343;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.017969;OID=.;OPOS=45696158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:8:10:10:12:8:10:11:12 chr18 45696204 . T C 257.67 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0117429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.461;QD=19.8206;RBI=0.0534538;REFB=-0.0151925;REVB=0.052148;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030859;STB=0.517229;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0160418;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:12:15:13:12:12:15:13:12 chr18 45696256 . A G 271.32 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00992603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.673;QD=23.5929;RBI=0.0100007;REFB=-0.00209548;REVB=0.00121991;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689383;STB=0.538431;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0020568;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:14:11:11:10:14:11:11:10 chr18 45711740 . T C 247.02 PASS AF=0.273438;AO=35;DP=128;FAO=35;FDP=128;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.0161301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.848;QD=7.7193;RBI=0.0176868;REFB=-0.00706748;REVB=0.00725556;RO=93;SAF=24;SAR=11;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252991;STB=0.650946;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0170935;OID=.;OPOS=45711740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:93:93:35:35:0.273438:11:24:45:48:11:24:45:48 chr18 46001932 . A G 2140.66 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.721;QD=62.9607;RBI=0.0179817;REFB=0;REVB=-0.0124549;RO=0;SAF=74;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39038e-05;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:62:74:0:0:62:74:0:0 chr18 46284587 . T C 1653.52 PASS AF=0.655963;AO=142;DP=219;FAO=143;FDP=218;FR=.;FRO=75;FSAF=80;FSAR=63;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.0523033;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1677;QD=30.3399;RBI=0.0523449;REFB=-0.022492;REVB=0.00208523;RO=75;SAF=80;SAR=62;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113667;STB=0.559432;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0151949;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:75:75:142:143:0.655963:62:80:29:46:63:80:29:46 chr18 46446589 . T C 191.15 PASS AF=0.229008;AO=30;DP=131;FAO=30;FDP=131;FR=.;FRO=101;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.0190522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3326;QD=5.83668;RBI=0.0217319;REFB=-0.0144044;REVB=-0.0104542;RO=101;SAF=17;SAR=13;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903346;STB=0.555348;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0553774;OID=.;OPOS=46446589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:101:101:30:30:0.229008:13:17:50:51:13:17:50:51 chr18 46545924 . A G 2830.59 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.981;QD=62.2108;RBI=0.0392645;REFB=-0.0903483;REVB=0.0256083;RO=0;SAF=60;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=7.99292e-05;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:0:1:181:181:0.994505:121:60:0:0:121:60:1:0 chr18 46545979 . A C 311.84 PASS AF=0.214286;AO=51;DP=229;FAO=51;FDP=238;FR=.;FRO=187;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=53;FSRR=134;FWDB=-0.051949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.106;QD=5.24095;RBI=0.0543487;REFB=-0.0193659;REVB=-0.0159713;RO=178;SAF=12;SAR=39;SRF=48;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581826;STB=0.549752;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0676873;OID=.;OPOS=46545979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:238:178:187:51:51:0.214286:39:12:48:130:39:12:53:134 chr18 46576058 . T C 92.9 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0231419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.719;QD=7.01147;RBI=0.0301278;REFB=-0.008172;REVB=-0.0192907;RO=39;SAF=10;SAR=3;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118721;STB=0.590257;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0243642;OID=.;OPOS=46576058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:52:53:39:40:13:13:0.245283:3:10:27:12:3:10:27:13 chr18 47309843 . TTA T,TAA,TTT 38.29 PASS AF=0.118812,0,0;AO=13,4,4;DP=108;FAO=12,0,0;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=9,0,0;FSAR=3,0,0;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.119538,-0.0744016,0.0785257;FXX=0.0194156;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=20.6961,19.467,19.8462;QD=1.51651;RBI=0.165151,0.0839708,0.0904626;REFB=-0.0358562,-0.00567251,0.00482596;REVB=-0.113954,0.0389293,-0.0449133;RO=80;SAF=5,3,2;SAR=8,1,2;SRF=41;SRR=39;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.158856,0.21235,-0.0110427;STB=0.767681,0.5,0.5;STBP=0.062,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.192753,0,0;OID=.,.,.;OPOS=47309844,47309844,47309845;OREF=TA,T,A;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TAA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.118812,0,0:13,4,4:108:12,0,0:101:89:9,0,0:3,0,0:39:50:40:80:5,3,2:8,1,2:41:39 chr18 47318626 . T C 1382.09 PASS AF=0.707317;AO=116;DP=164;FAO=116;FDP=164;FR=.;FRO=48;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0369763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.071;QD=33.7095;RBI=0.0395396;REFB=-0.0214722;REVB=0.0140047;RO=48;SAF=59;SAR=57;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522867;STB=0.527995;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00981607;OID=.;OPOS=47318626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:48:48:116:116:0.707317:57:59:29:19:57:59:29:19 chr18 47352639 . A C 56.49 PASS AF=0.126316;AO=11;DP=94;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.00113847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.71;QD=2.37864;RBI=0.0123249;REFB=-0.00247409;REVB=0.0122722;RO=82;SAF=5;SAR=6;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189964;STB=0.515235;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0147027;OID=.;OPOS=47352639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:94:95:82:83:11:12:0.126316:6:5:36:46:7:5:36:47 chr18 47352677 . A C 78.65 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00270868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.108;QD=3.98213;RBI=0.0118204;REFB=-0.00406922;REVB=-0.0115059;RO=62;SAF=4;SAR=10;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1816;STB=0.641811;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0792977;OID=.;OPOS=47352677;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:77:79:62:65:14:14:0.177215:10:4:26:36:10:4:29:36 chr18 47369758 . C T 171.11 PASS AF=0.195946;AO=25;DP=143;FAO=29;FDP=148;FR=.;FRO=119;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=73;FWDB=0.0268402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.431;QD=4.6245;RBI=0.0268416;REFB=-0.00224904;REVB=0.000271807;RO=115;SAF=8;SAR=17;SRF=42;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639909;STB=0.522734;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0120058;OID=.;OPOS=47369758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:148:115:119:25:29:0.195946:17:8:42:73:17:12:46:73 chr18 47383243 . C T 181.97 PASS AF=0.260417;AO=26;DP=95;FAO=25;FDP=96;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.0110866;FXX=0.0204061;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.965;QD=7.58205;RBI=0.0162776;REFB=-0.00304685;REVB=-0.0119184;RO=68;SAF=8;SAR=18;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190684;STB=0.647358;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00625933;OID=.;OPOS=47383243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:68:71:26:25:0.260417:18:8:31:37:18:7:33:38 chr18 47397996 . T C 713.53 PASS AF=0.763158;AO=58;DP=76;FAO=58;FDP=76;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00321505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.743;QD=37.5543;RBI=0.0133713;REFB=-0.0044288;REVB=-0.012979;RO=18;SAF=27;SAR=31;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588953;STB=0.531583;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00174012;OID=.;OPOS=47397996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:18:18:58:58:0.763158:31:27:6:12:31:27:6:12 chr18 47398549 . G A 1208.0 PASS AF=0.6875;AO=99;DP=144;FAO=99;FDP=144;FR=.;FRO=45;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0141216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.103;QD=33.5556;RBI=0.0241456;REFB=-0.0307743;REVB=-0.0195855;RO=44;SAF=45;SAR=54;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131503;STB=0.510202;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0125724;OID=.;OPOS=47398549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:44:45:99:99:0.6875:54:45:19:25:54:45:19:26 chr18 47405425 . T TGAG 898.39 PASS AF=0.645161;AO=76;DP=129;FAO=80;FDP=124;FR=.;FRO=44;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00407485;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=3;MLLD=236.752;QD=28.9803;RBI=0.0263565;REFB=0.00347876;REVB=0.0260396;RO=48;SAF=41;SAR=35;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028274;STB=0.524994;STBP=0.496;TYPE=ins;VARB=-0.00180405;OID=.;OPOS=47405426;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.645161:76:129:80:124:44:42:38:20:24:99:48:41:35:24:24 chr18 47429022 . C T 2223.46 PASS AF=0.683824;AO=186;DP=272;FAO=186;FDP=272;FR=.;FRO=86;FSAF=98;FSAR=88;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.00804215;FXX=0.007299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.97;QD=32.698;RBI=0.0175885;REFB=-0.00261638;REVB=0.0156422;RO=85;SAF=98;SAR=88;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673881;STB=0.537862;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00128309;OID=.;OPOS=47429022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:85:86:186:186:0.683824:88:98:35:50:88:98:35:51 chr18 47472693 . G A 911.28 PASS AF=0.650407;AO=80;DP=124;FAO=80;FDP=123;FR=.;FRO=43;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.000743285;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.982;QD=29.6352;RBI=0.0439366;REFB=0.00324898;REVB=-0.0439304;RO=42;SAF=41;SAR=39;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083803;STB=0.548984;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0014508;OID=.;OPOS=47472693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:42:43:80:80:0.650407:39:41:16:26:39:41:16:27 chr18 47500836 . G A 333.97 PASS AF=0.22;AO=55;DP=252;FAO=55;FDP=250;FR=.;FRO=195;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=100;FSRR=95;FWDB=0.00181359;FXX=0.0157474;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.061;QD=5.34345;RBI=0.0310967;REFB=-0.00159857;REVB=0.0310438;RO=190;SAF=39;SAR=16;SRF=99;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251206;STB=0.644599;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00605711;OID=.;OPOS=47500836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:250:190:195:55:55:0.22:16:39:99:91:17:38:100:95 chr18 47506839 . C T 314.92 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.028801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6995;QD=19.9951;RBI=0.0401958;REFB=0.0184321;REVB=0.0280393;RO=30;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054319;STB=0.503016;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.0164427;OID=.;OPOS=47506839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:13:20:18:12:13:20:18:12 chr18 47563299 . T C 1245.86 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0693114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3669;QD=61.5237;RBI=0.0717149;REFB=0;REVB=0.0184107;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00037166;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr18 47733498 . G T 796.47 PASS AF=0.768293;AO=63;DP=83;FAO=63;FDP=82;FR=.;FRO=19;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00447194;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.134;QD=38.852;RBI=0.0114653;REFB=-0.00609878;REVB=-0.0105573;RO=19;SAF=30;SAR=33;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067103;STB=0.535951;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00232958;OID=.;OPOS=47733498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:19:19:63:63:0.768293:33:30:12:7:33:30:12:7 chr18 47777937 . G A 161.43 PASS AF=0.255556;AO=23;DP=90;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0258894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.536;QD=7.17478;RBI=0.0534849;REFB=-0.000281413;REVB=0.0468014;RO=67;SAF=15;SAR=8;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267736;STB=0.662048;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00271326;OID=.;OPOS=47777937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:67:67:23:23:0.255556:8:15:29:38:8:15:29:38 chr18 47795629 . C A 116.51 PASS AF=0.169231;AO=22;DP=130;FAO=22;FDP=130;FR=.;FRO=108;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=-0.0350626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8451;QD=3.58476;RBI=0.0355301;REFB=-0.00348904;REVB=-0.00574503;RO=108;SAF=11;SAR=11;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589976;STB=0.538427;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00835775;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:108:108:22:22:0.169231:11:11:49:59:11:11:49:59 chr18 47803354 . C T 209.23 PASS AF=0.233577;AO=32;DP=137;FAO=32;FDP=137;FR=.;FRO=105;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=64;FSRR=41;FWDB=0.018921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.654;QD=6.1089;RBI=0.0217273;REFB=0.000984829;REVB=-0.0106806;RO=103;SAF=16;SAR=16;SRF=64;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153072;STB=0.583891;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00288796;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:103:105:32:32:0.233577:16:16:64:39:16:16:64:41 chr18 47810251 . C G 275.38 PASS AF=0.245614;AO=42;DP=171;FAO=42;FDP=171;FR=.;FRO=129;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=-0.0364596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.46;QD=6.44158;RBI=0.0391318;REFB=-0.0179916;REVB=-0.0142123;RO=126;SAF=18;SAR=24;SRF=53;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101373;STB=0.504257;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0567298;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:126:129:42:42:0.245614:24:18:53:73:24:18:56:73 chr18 47810351 . A G 75.71 PASS AF=0.144231;AO=13;DP=104;FAO=15;FDP=104;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.00518411;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.158;QD=2.91208;RBI=0.00526725;REFB=-0.00701523;REVB=0.000932149;RO=89;SAF=4;SAR=9;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28337;STB=0.72544;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0480698;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:104:104:89:89:13:15:0.144231:9:4:48:41:11:4:47:42 chr18 47908556 . G A 131.25 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0020894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.532;QD=7.49982;RBI=0.00880037;REFB=0.00755958;REVB=-0.00854874;RO=51;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10175;STB=0.561975;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0208331;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:14:5:17:34:14:5:17:34 chr18 48190440 . G A 2924.99 PASS AF=0.760656;AO=232;DP=305;FAO=232;FDP=305;FR=.;FRO=73;FSAF=99;FSAR=133;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0198083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0677;QD=38.3606;RBI=0.105017;REFB=-0.0370284;REVB=0.103132;RO=73;SAF=99;SAR=133;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428656;STB=0.522794;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0127199;OID=.;OPOS=48190440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:73:73:232:232:0.760656:133:99:38:35:133:99:38:35 chr18 48327815 . G A 253.94 PASS AF=0.280702;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0355131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.583;QD=8.91032;RBI=0.0359213;REFB=-0.000770945;REVB=-0.00540001;RO=67;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150592;STB=0.52519;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0153714;OID=.;OPOS=48327815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:77:32:32:0.280702:18:14:21:46:18:14:31:46 chr18 48333203 . C G 41.53 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0220212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.54;QD=2.18602;RBI=0.022152;REFB=-0.00116955;REVB=0.00240442;RO=67;SAF=4;SAR=5;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885028;STB=0.564426;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0105876;OID=.;OPOS=48333203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:67:67:9:9:0.118421:5:4:25:42:5:4:25:42 chr18 48577782 . G C 365.15 PASS AF=0.636364;AO=34;DP=54;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0140233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.918;QD=26.5563;RBI=0.0216483;REFB=-0.026778;REVB=0.0164923;RO=19;SAF=15;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561371;STB=0.544477;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0158676;OID=.;OPOS=48577782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:19:20:34:35:0.636364:19:15:10:9:20:15:11:9 chr18 48633216 . G T 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00406851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.466;QD=21.43;RBI=0.0135751;REFB=-0.0116026;REVB=0.0129511;RO=29;SAF=23;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327315;STB=0.518109;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0118743;OID=.;OPOS=48633216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:12:23:18:11:12:23:18:11 chr18 48723145 . CGCCGCCGCG C,CCCCGCCGCC,CGCCGCCGC 149.71 PASS AF=0.307692,0.692308,0;AO=4,8,2;DP=14;FAO=4,9,0;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8,0;FSAR=2,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130187,-0.00737594,-0.0076454;FXX=0.133244;HRUN=1,1,2;LEN=9,9,1;MLLD=130.511,105.886,22.0137;QD=46.0645;RBI=0.0156901,0.0735289,0.109898;REFB=0,0,0;REVB=0.00875742,0.073158,0.109631;RO=0;SAF=2,8,2;SAR=2,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0156967,0.0262177,0;OID=.,.,.;OPOS=48723146,48723146,48723154;OREF=GCCGCCGCG,GCCGCCGCG,G;OALT=-,CCCGCCGCC,-;OMAPALT=C,CCCCGCCGCC,CGCCGCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.307692,0.692308,0:4,8,2:14:4,9,0:13:0:2,8,0:2,1,0:0:0:24:0:2,8,2:2,0,0:0:0 chr18 48723217 . C T 2009.75 PASS AF=0.970588;AO=132;DP=136;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0187333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.412;QD=59.1102;RBI=0.0334728;REFB=-0.127014;REVB=0.0277397;RO=3;SAF=68;SAR=64;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205042;STB=0.506916;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.000384244;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:136:136:3:4:132:132:0.970588:64:68:3:0:64:68:3:1 chr18 48723439 . C T 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.016;QD=44.6874;RBI=0.0188411;REFB=0;REVB=0.0188411;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175753;OID=.;OPOS=48723439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr18 49088752 . A G 551.57 PASS AF=0.758065;AO=47;DP=62;FAO=47;FDP=62;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00129649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.477;QD=35.5849;RBI=0.0044939;REFB=-0.00957671;REVB=0.00430281;RO=15;SAF=12;SAR=35;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116731;STB=0.563054;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0041914;OID=.;OPOS=49088752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:15:15:47:47:0.758065:35:12:7:8:35:12:7:8 chr18 49867224 . T C 4759.38 PASS AF=1;AO=298;DP=299;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201669;FXX=0.00334437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.641;QD=63.8843;RBI=0.0319558;REFB=-0.0144628;REVB=-0.0247885;RO=1;SAF=125;SAR=173;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00380016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43677e-05;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:299:298:1:0:298:298:1:173:125:1:0:173:125:0:0 chr18 50432602 . C G 1217.72 PASS AF=0.635294;AO=108;DP=170;FAO=108;FDP=170;FR=.;FRO=62;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0237807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1078;QD=28.6522;RBI=0.0348707;REFB=0.000283334;REVB=-0.0255039;RO=62;SAF=57;SAR=51;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00789417;STB=0.504259;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.000173822;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:62:62:108:108:0.635294:51:57:32:30:51:57:32:30 chr18 50866236 . G A 280.94 PASS AF=0.256098;AO=43;DP=165;FAO=42;FDP=164;FR=.;FRO=122;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=-0.0476866;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.648;QD=6.85207;RBI=0.0568034;REFB=-0.0097071;REVB=0.0308645;RO=121;SAF=15;SAR=28;SRF=55;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136349;STB=0.598243;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0266162;OID=.;OPOS=50866236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:121:122:43:42:0.256098:28:15:55:66:28:14:56:66 chr18 50923713 . A G 188.92 PASS AF=0.352941;AO=23;DP=67;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.000870504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.469;QD=11.1131;RBI=0.00257329;REFB=0.0040979;REVB=-0.00242158;RO=43;SAF=12;SAR=11;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147378;STB=0.529387;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00611108;OID=.;OPOS=50923713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:43:44:23:24:0.352941:11:12:23:20:12:12:24:20 chr18 50936994 . T C 168.36 PASS AF=0.188679;AO=30;DP=159;FAO=30;FDP=159;FR=.;FRO=129;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=77;FWDB=0.00765285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.578;QD=4.23537;RBI=0.00967614;REFB=-0.00988588;REVB=-0.00592129;RO=129;SAF=6;SAR=24;SRF=52;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303386;STB=0.696552;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0324964;OID=.;OPOS=50936994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:129:129:30:30:0.188679:24:6:52:77:24:6:52:77 chr18 50942653 . C T 192.75 PASS AF=0.234375;AO=30;DP=127;FAO=30;FDP=128;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=0.00486658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.118;QD=6.02341;RBI=0.0749131;REFB=-0.00357099;REVB=-0.0747548;RO=96;SAF=20;SAR=10;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137641;STB=0.585577;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0128706;OID=.;OPOS=50942653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:96:98:30:30:0.234375:10:20:54:42:10:20:55:43 chr18 51681244 . T C 774.1 PASS AF=0.98;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0304812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.21;QD=61.9278;RBI=0.10252;REFB=-0.0285124;REVB=0.0978843;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019193;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000750572;OID=.;OPOS=51681244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:50:1:1:47:49:0.98:24:23:0:1:26:23:0:1 chr18 51795957 . GCGACGAC GCGAC,GCGA,GCGGCGAC 4065.9 PASS AF=0.661765,0,0.0378151;AO=224,74,22;DP=495;FAO=315,0,18;FDP=476;FR=.;FRO=143;FSAF=137,0,5;FSAR=178,0,13;FSRF=57;FSRR=86;FWDB=-0.00529431,-0.0272189,-0.0236681;FXX=0.0403218;HRUN=1,1,1;LEN=3,4,1;MLLD=169.55,196.656,74.7445;QD=34.1672;RBI=0.00766879,0.0339462,0.0313774;REFB=-0.0449214,-0.0254805,-0.020507;REVB=0.00554803,-0.0202848,-0.0206001;RO=84;SAF=127,0,5;SAR=97,74,17;SRF=54;SRR=30;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0397789,-0.875427,-0.501108;STB=0.511569,0.5,0.619384;STBP=0.463,1,0.294;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0198236,0,0.0261759;OID=.,.,.;OPOS=51795958,51795961,51795960;OREF=CGA,CGAC,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCGAC,GCGA,GCGGCGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.661765,0,0.0378151:224,74,22:495:315,0,18:476:143:137,0,5:178,0,13:57:86:99:84:127,0,5:97,74,17:54:30 chr18 51820805 . G A 307.89 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0731464;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.505;QD=33.2851;RBI=0.077438;REFB=-0.0304102;REVB=-0.0254212;RO=11;SAF=9;SAR=17;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447716;STB=0.524457;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0139075;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:37:11:11:26:26:0.702703:17:9:3:8:17:9:3:8 chr18 52265308 . A C 779.47 PASS AF=0.732558;AO=63;DP=86;FAO=63;FDP=86;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0732983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7757;QD=36.2542;RBI=0.0756015;REFB=0.002785;REVB=-0.0185188;RO=23;SAF=27;SAR=36;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00315356;STB=0.501694;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00149727;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:23:23:63:63:0.732558:36:27:10:13:36:27:10:13 chr18 52570281 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000256791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.422;QD=62.9829;RBI=0.0204837;REFB=0;REVB=0.0204821;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26917e-05;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr18 52605188 . C T 51.45 PASS AF=0.222222;AO=7;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0801734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8388;QD=5.71697;RBI=0.0830496;REFB=0.00720394;REVB=0.0216671;RO=29;SAF=1;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.555932;STB=0.885742;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0256889;OID=.;OPOS=52605188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:29:28:7:8:0.222222:6:1:18:11:7:1:18:10 chr18 53070914 . G A 85.4 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=83;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.0299586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.417;QD=4.11588;RBI=0.0328198;REFB=-0.00816897;REVB=-0.0134021;RO=67;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118001;STB=0.566925;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0324093;OID=.;OPOS=53070914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:83:83:67:68:15:15:0.180723:9:6:21:46:9:6:22:46 chr18 53177774 . G C 404.86 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.040489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1927;QD=43.7689;RBI=0.043274;REFB=0.0560568;REVB=0.0152736;RO=6;SAF=20;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989673;STB=0.55347;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0091981;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:6:6:31:31:0.837838:11:20:2:4:11:20:2:4 chr18 53303101 . C G 1714.53 PASS AF=0.991071;AO=66;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155764;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.793;QD=61.2331;RBI=0.141116;REFB=0;REVB=0.141107;RO=0;SAF=57;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22521e-05;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:112:0:0:66:111:0.991071:9:57:0:0:54:57:0:0 chr18 54339818 . C G 2804.68 PASS AF=0.978495;AO=182;DP=186;FAO=182;FDP=186;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=114;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0442604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2425;QD=60.3158;RBI=0.0601565;REFB=-0.022302;REVB=0.0407409;RO=4;SAF=68;SAR=114;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271778;STB=0.514284;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00550305;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:186:186:4:4:182:182:0.978495:114:68:4:0:114:68:4:0 chr18 54448778 . G A 169.49 PASS AF=0.228814;AO=27;DP=118;FAO=27;FDP=118;FR=.;FRO=91;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0163268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.418;QD=5.74552;RBI=0.0719154;REFB=-0.00890866;REVB=0.0700376;RO=88;SAF=20;SAR=7;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303378;STB=0.68488;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0215704;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:88:91:27:27:0.228814:7:20:45:43:7:20:47:44 chr18 54815025 . G T 704.97 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0208333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.059;QD=58.7478;RBI=0.0208532;REFB=-0.103253;REVB=-0.000911;RO=2;SAF=18;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494049;STB=0.526304;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00584781;OID=.;OPOS=54815025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:28:18:2:0:28:18:2:0 chr18 55021725 . A C 1209.33 PASS AF=0.922222;AO=83;DP=90;FAO=83;FDP=90;FR=.;FRO=7;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0181537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.247;QD=53.748;RBI=0.0181587;REFB=-0.00623399;REVB=0.000426698;RO=7;SAF=48;SAR=35;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648418;STB=0.534339;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000118542;OID=.;OPOS=55021725;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:90:90:7:7:83:83:0.922222:35:48:1:6:35:48:1:6 chr18 55027334 . G T 1072.41 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2957;QD=59.5785;RBI=0.014935;REFB=0;REVB=-0.0066006;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.87997e-05;OID=.;OPOS=55027334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:32:38:0:0:33:39:0:0 chr18 55034359 . T C 656.9 PASS AF=0.633333;AO=57;DP=90;FAO=57;FDP=90;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00930314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.947;QD=29.1957;RBI=0.0181079;REFB=-0.0111618;REVB=-0.0155354;RO=33;SAF=26;SAR=31;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217563;STB=0.511807;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0066949;OID=.;OPOS=55034359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:33:33:57:57:0.633333:31:26:14:19:31:26:14:19 chr18 55124087 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00131345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.397;QD=18.3451;RBI=0.0481199;REFB=0.00124715;REVB=0.048102;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179243;STB=0.510192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0009371;OID=.;OPOS=55124087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:5:12:13:5:5:12:13:5 chr18 55143766 . C T 1377.44 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.571;QD=62.6111;RBI=0.0215288;REFB=0;REVB=0.0113654;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41216e-05;OID=.;OPOS=55143766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr18 55144035 . C T 940.88 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114858;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.806;QD=58.8052;RBI=0.0147613;REFB=0;REVB=-0.0147166;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85322e-05;OID=.;OPOS=55144035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr18 55144045 . G A 1044.21 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2551;QD=59.669;RBI=0.0169557;REFB=0;REVB=-0.0111247;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110774;OID=.;OPOS=55144045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:37:32:0:0:37:33:0:0 chr18 55144748 . G A 1859.23 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000197793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.524;QD=61.4622;RBI=0.00558538;REFB=0;REVB=0.00558187;RO=0;SAF=48;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.16314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24295e-06;OID=.;OPOS=55144748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:119:121:1:71:48:0:0:73:48:0:0 chr18 55145575 . C G,T 1442.99 PASS AF=0.956989,0.0430108;AO=89,4;DP=93;FAO=89,4;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=48,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00992431,0.0207436;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.1832,129.049;QD=62.064;RBI=0.0398167,0.0245706;REFB=0,0;REVB=0.03856,-0.0131688;RO=0;SAF=41,0;SAR=48,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.30324e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00733057,0.174283;OID=.,.;OPOS=55145575,55145575;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:93:93:0:0:89,4:89,4:0.956989,0.0430108:48,4:41,0:0:0:48,4:41,0:0:0 chr18 55145906 . C T 706.25 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3019;QD=62.7781;RBI=0.0391366;REFB=0;REVB=0.0188941;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.52888e-05;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr18 55146261 . G A 98.24 PASS AF=0.136364;AO=21;DP=155;FAO=21;FDP=154;FR=.;FRO=133;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=75;FWDB=-0.0423116;FXX=0.0064512;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.97;QD=2.5516;RBI=0.043562;REFB=-1.37517e-05;REVB=-0.010362;RO=133;SAF=5;SAR=16;SRF=58;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270416;STB=0.688803;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.000172617;OID=.;OPOS=55146261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:155:154:133:133:21:21:0.136364:16:5:58:75:16:5:58:75 chr18 55150271 . A C 785.75 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.788;QD=64.1432;RBI=0.0385372;REFB=0;REVB=0.0370445;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250394;OID=.;OPOS=55150271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr18 55151334 . G A 78.65 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=44;FWDB=0.0184602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.626;QD=4.91572;RBI=0.0231466;REFB=-0.0023876;REVB=-0.0139637;RO=46;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52018;STB=0.730084;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0122161;OID=.;OPOS=55151334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:63:64:46:51:13:13:0.203125:8:5:3:43:8:5:7:44 chr18 55153371 . T C 62.74 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00351614;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.707;QD=3.21756;RBI=0.00379287;REFB=-0.00567384;REVB=-0.00142218;RO=67;SAF=5;SAR=7;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112877;STB=0.583194;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0240089;OID=.;OPOS=55153371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:78:67:66:12:12:0.153846:7:5:34:33:7:5:34:32 chr18 55155489 . A G 1047.86 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244563;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.614;QD=59.8779;RBI=0.0279478;REFB=0;REVB=0.0135267;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1096e-05;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr18 55155711 . C G 729.4 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206927;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.55;QD=63.4261;RBI=0.0213687;REFB=0;REVB=0.00533252;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147718;OID=.;OPOS=55155711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr18 55155870 . G A 1802.41 PASS AF=1;AO=115;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185116;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4116;QD=60.5853;RBI=0.0241626;REFB=0;REVB=-0.0155291;RO=0;SAF=39;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986089;OID=.;OPOS=55155870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:115:119:1:76:39:0:0:77:42:0:0 chr18 55158489 . A AATTCTGC 59.68 PASS AF=0.164179;AO=9;DP=70;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0113573;FXX=0.0289813;HRUN=3;LEN=7;MLLD=283.272;QD=3.56288;RBI=0.0140304;REFB=-0.00437566;REVB=-0.00823786;RO=58;SAF=4;SAR=5;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016523;STB=0.556713;STBP=0.681;TYPE=ins;VARB=0.0239982;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.164179:9:70:11:67:56:4:7:24:32:59:58:4:5:25:33 chr18 55314820 . C A 145.13 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00122102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.846;QD=7.1668;RBI=0.0164456;REFB=-0.00916639;REVB=-0.0164002;RO=58;SAF=11;SAR=10;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706818;STB=0.542213;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0248327;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:60:21:21:0.259259:10:11:27:31:10:11:28:32 chr18 55317676 . C T 1662.81 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035151;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7433;QD=60.4657;RBI=0.0549925;REFB=0;REVB=-0.0422916;RO=0;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89381e-05;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:58:51:0:0:59:51:0:0 chr18 55335366 . G T 199.6 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.067111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1839;QD=36.2905;RBI=0.0857501;REFB=0.0141926;REVB=0.0533777;RO=4;SAF=4;SAR=14;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131903;STB=0.507238;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.000490488;OID=.;OPOS=55335366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:14:4:1:3:14:4:1:3 chr18 55346232 . A G 517.84 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0439442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0346;QD=54.5093;RBI=0.0630751;REFB=0.0147099;REVB=-0.0452479;RO=2;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425118;STB=0.522715;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00203039;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:21:15:0:2:21:15:0:2 chr18 55362532 . T G 1576.15 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322442;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.936;QD=60.0438;RBI=0.0497107;REFB=0;REVB=0.0378348;RO=0;SAF=41;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128871;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:105:0:0:102:105:1:61:41:0:0:61:44:0:0 chr18 55364852 . A G 2368.7 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.929;QD=61.1277;RBI=0.00538167;REFB=0;REVB=0.00528283;RO=0;SAF=77;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9647e-06;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:154:155:1:77:77:0:0:77:78:0:0 chr18 55711878 . CGG CGC,CG 2858.79 PASS AF=0.111864,0.888136;AO=44,53;DP=296;FAO=33,262;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=0,197;FSAR=33,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839709,0.86574;FXX=0.00337826;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=189.904,12.1631;QD=38.7633;RBI=0.0868716,0.868748;REFB=0.025487,0.0104039;REVB=-0.0222614,0.0722276;RO=179;SAF=0,16;SAR=44,37;SRF=165;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.885327,-0.698669;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0790349,-0.0105354;OID=.,.;OPOS=55711880,55711879;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111864,0.888136:44,53:296:33,262:295:0:0,197:33,65:0:0:99:179:0,16:44,37:165:14 chr18 56148796 . A G 218.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226327;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.09;QD=45.9451;RBI=0.0226358;REFB=-0.100534;REVB=0.000376657;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611153;STB=0.533296;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00145702;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:11:7:1:0:11:7:1:0 chr18 56149099 . T C 3169.99 PASS AF=0.985782;AO=208;DP=211;FAO=208;FDP=211;FR=.;FRO=3;FSAF=104;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0201765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.687;QD=60.0947;RBI=0.0213726;REFB=-0.155042;REVB=0.00704972;RO=3;SAF=104;SAR=104;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451342;STB=0.502369;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000403802;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:211:211:3:3:208:208:0.985782:104:104:2:1:104:104:2:1 chr18 56184325 . C T 701.41 PASS AF=0.725;AO=58;DP=80;FAO=58;FDP=80;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0286659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.988;QD=35.0705;RBI=0.0299089;REFB=-0.0301679;REVB=0.00853278;RO=22;SAF=33;SAR=25;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114483;STB=0.50616;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0127668;OID=.;OPOS=56184325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:22:22:58:58:0.725:25:33:13:9:25:33:13:9 chr18 56196451 . C T 385.27 PASS AF=0.833333;AO=23;DP=36;FAO=30;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0327667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.628;QD=42.8074;RBI=0.0373323;REFB=-0.0383035;REVB=0.0178898;RO=6;SAF=9;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00793858;OID=.;OPOS=56196451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:36:36:6:6:23:30:0.833333:14:9:3:3:15:15:3:3 chr18 56202418 . T C 428.82 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5048;QD=57.176;RBI=0.0521232;REFB=0;REVB=0.0363565;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51871e-05;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr18 56202768 . C A 1312.44 PASS AF=0.684848;AO=112;DP=165;FAO=113;FDP=165;FR=.;FRO=52;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0717247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3539;QD=31.8168;RBI=0.0828076;REFB=-0.00215678;REVB=-0.0413845;RO=52;SAF=70;SAR=42;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111506;STB=0.560786;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000759002;OID=.;OPOS=56202768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:52:52:112:113:0.684848:42:70:23:29:42:71:23:29 chr18 56202982 . A T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.951;QD=61.3753;RBI=0.0171917;REFB=0;REVB=-0.0119666;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75825e-07;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr18 56203074 . G A 1280.19 PASS AF=0.728571;AO=102;DP=141;FAO=102;FDP=140;FR=.;FRO=38;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.000422441;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.951;QD=36.5768;RBI=0.0343349;REFB=-0.00865608;REVB=-0.0343323;RO=37;SAF=54;SAR=48;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348488;STB=0.522283;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00349179;OID=.;OPOS=56203074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:37:38:102:102:0.728571:48:54:17:20:48:54:17:21 chr18 56203120 . C T 1502.62 PASS AF=0.748466;AO=122;DP=163;FAO=122;FDP=163;FR=.;FRO=41;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00508302;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.981;QD=36.8742;RBI=0.00612559;REFB=0.00175466;REVB=0.00341845;RO=40;SAF=67;SAR=55;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461171;STB=0.521687;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.000550376;OID=.;OPOS=56203120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:40:41:122:122:0.748466:55:67:18:22:55:67:19:22 chr18 56203411 . G C 616.54 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110225;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.586;QD=61.6544;RBI=0.0115607;REFB=0;REVB=-0.00348637;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91488e-05;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr18 56203447 . A G 870.93 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.697;QD=56.1892;RBI=0.03819;REFB=-0.171591;REVB=0.0274795;RO=1;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014984;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00171241;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:31:30:0:1:31:30:0:1 chr18 56203891 . G T 767.81 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0181829;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.668;QD=52.0548;RBI=0.0681328;REFB=-0.186748;REVB=0.0656617;RO=3;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040955;STB=0.521731;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00138836;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:59:3:3:56:56:0.949153:33:23:0:3:33:23:0:3 chr18 56203898 . T G 852.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.295;QD=57.7786;RBI=0.0287131;REFB=0;REVB=-0.0183365;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65876e-05;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:54:59:1:36:18:0:0:36:23:0:0 chr18 56204250 . A C 1116.73 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000955911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6214;QD=60.3636;RBI=0.0354464;REFB=0;REVB=0.0354335;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285547;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr18 56204387 . ACAGTTGATGTGTCCT A 520.48 PASS AF=0.676471;AO=46;DP=70;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00633237;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=15;MLLD=499.521;QD=30.6165;RBI=0.00882559;REFB=-0.00039711;REVB=0.00614753;RO=22;SAF=20;SAR=26;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156288;STB=0.52355;STBP=0.597;TYPE=del;VARB=0.00010871;OID=.;OPOS=56204388;OREF=CAGTTGATGTGTCCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.676471:46:70:46:68:22:20:26:8:14:99:22:20:26:9:13 chr18 56204410 . C T 714.16 PASS AF=0.674157;AO=60;DP=89;FAO=60;FDP=89;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0195507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.807;QD=32.0972;RBI=0.021113;REFB=-0.0260416;REVB=0.00797065;RO=29;SAF=25;SAR=35;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232709;STB=0.512568;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0126226;OID=.;OPOS=56204410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:29:29:60:60:0.674157:35:25:11:18:35:25:11:18 chr18 56204644 . T G 129.18 PASS AF=0.253333;AO=20;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.00907274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.862;QD=6.88978;RBI=0.00921802;REFB=-0.0193214;REVB=-0.00163012;RO=55;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337685;STB=0.685528;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0606988;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:56:20:19:0.253333:7:13:20:35:7:12:21:35 chr18 56204671 . A T 680.52 PASS AF=0.695122;AO=57;DP=84;FAO=57;FDP=82;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00210586;FXX=0.0238067;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5488;QD=33.1963;RBI=0.0793416;REFB=-0.0156288;REVB=-0.0793136;RO=26;SAF=24;SAR=33;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465598;STB=0.530628;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0060637;OID=.;OPOS=56204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:26:25:57:57:0.695122:33:24:13:13:33:24:13:12 chr18 56204747 . G A 1837.91 PASS AF=1;AO=118;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275299;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.841;QD=60.2595;RBI=0.0030892;REFB=-0.0563398;REVB=-0.0014015;RO=1;SAF=49;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0938e-05;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:122:122:1:0:118:122:1:69:49:0:1:72:50:0:0 chr18 56204932 . T G 421.32 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00504929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.333;QD=29.0566;RBI=0.0162086;REFB=-0.00241147;REVB=0.015402;RO=18;SAF=23;SAR=16;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809418;STB=0.532331;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00103352;OID=.;OPOS=56204932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:18:19:39:39:0.672414:16:23:13:5:16:23:13:6 chr18 56204945 . C G 479.37 PASS AF=0.736842;AO=41;DP=57;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0107284;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0164;QD=33.6397;RBI=0.0220457;REFB=0.0243743;REVB=0.0192591;RO=15;SAF=25;SAR=16;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298423;STB=0.519641;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00366312;OID=.;OPOS=56204945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:15:15:41:42:0.736842:16:25:10:5:17:25:10:5 chr18 56204977 . C T 592.54 PASS AF=0.746269;AO=50;DP=67;FAO=50;FDP=67;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0106192;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.935;QD=35.3757;RBI=0.0108573;REFB=-0.00507893;REVB=-0.00226138;RO=17;SAF=29;SAR=21;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398517;STB=0.502145;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00117627;OID=.;OPOS=56204977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:17:17:50:50:0.746269:21:29:10:7:21:29:10:7 chr18 56204991 . C T 575.95 PASS AF=0.694444;AO=50;DP=72;FAO=50;FDP=72;FR=.;FRO=22;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0167579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.6;QD=31.9971;RBI=0.0169078;REFB=-0.0278094;REVB=-0.00224608;RO=20;SAF=30;SAR=20;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0206e-08;STB=0.502889;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00845325;OID=.;OPOS=56204991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:20:22:50:50:0.694444:20:30:12:8:20:30:13:9 chr18 56205262 . A C 303.7 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00175825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.92;QD=39.1872;RBI=0.0178029;REFB=0.000561656;REVB=0.0177159;RO=6;SAF=15;SAR=10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248625;STB=0.513503;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.000106428;OID=.;OPOS=56205262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:10:15:4:2:10:15:4:2 chr18 56246442 . T C 1479.48 PASS AF=1;AO=59;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.4145;QD=61.6451;RBI=0.0415179;REFB=0;REVB=0.000551259;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172503;OID=.;OPOS=56246442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:59:96:1:40:19:0:0:55:41:0:0 chr18 56247180 . T C 834.13 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.173;QD=57.5263;RBI=0.0230428;REFB=0;REVB=0.020291;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123952;OID=.;OPOS=56247180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr18 56247567 . A G 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.734;QD=57.1018;RBI=0.012742;REFB=0;REVB=-0.00601553;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34812e-05;OID=.;OPOS=56247567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr18 56247599 . C CA 543.09 PASS AF=1;AO=6;DP=53;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817936;FXX=0.0384541;HRUN=0;LEN=1;MLLD=132.258;QD=43.447;RBI=0.0994947;REFB=0;REVB=-0.0566481;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360025;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00376346;OID=.;OPOS=56247600;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:53:50:50:0:33:17:0:0:4:47:4:2:30:17 chr18 56247600 . C A,T 678.08 PASS AF=0.923077,0.0576923;AO=47,4;DP=52;FAO=48,3;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=31,1;FSAR=17,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178802,-0.00285296;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=178.208,119.944;QD=52.1598;RBI=0.0189482,0.0065936;REFB=-0.0755874,-0.0407344;REVB=0.00627134,-0.00594443;RO=1;SAF=30,2;SAR=17,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.015421,-0.166656;STB=0.507933,0.665547;STBP=0.529,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000335747,0.0674361;OID=.,.;OPOS=56247600,56247600;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:52:52:1:1:47,4:48,3:0.923077,0.0576923:17,2:30,2:1:0:17,2:31,1:1:0 chr18 56279025 . T G 685.58 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00991596;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.647;QD=54.8464;RBI=0.017123;REFB=-0.055028;REVB=0.0139597;RO=1;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144816;STB=0.507689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0012333;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:32:17:0:1:32:17:0:1 chr18 56470255 . G C 287.69 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305719;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.7966;QD=50.0329;RBI=0.0675701;REFB=0;REVB=0.0602584;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015532;OID=.;OPOS=56470255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:23:0:0:22:23:1:5:17:0:0:6:17:0:0 chr18 56470264 . T G,TGG 335.59 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,22;DP=26;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660175,-0.0698129;FXX=0.0384468;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=232.889,35.6455;QD=53.6941;RBI=0.0263196,0.161047;REFB=0,0;REVB=-0.0254782,-0.145129;RO=1;SAF=2,16;SAR=0,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0280287;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0871589,-0.00511025;OID=.,.;OPOS=56470264,56470265;OREF=T,-;OALT=G,GG;OMAPALT=G,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:26:25:1:0:2,22:2,23:0.08,0.92:0,6:2,16:1:0:0,6:2,17:0:0 chr18 56593521 . T G 799.03 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0667862;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5144;QD=54.1714;RBI=0.0922213;REFB=-0.105909;REVB=0.0635953;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00305316;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:0:1:56:58:0.983051:27:29:0:0:28:30:1:0 chr18 56887507 . C A 916.23 PASS AF=0.715596;AO=78;DP=109;FAO=78;FDP=109;FR=.;FRO=31;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0417458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.182;QD=33.6233;RBI=0.0537764;REFB=-0.0453943;REVB=0.0338996;RO=31;SAF=46;SAR=32;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744683;STB=0.539999;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0194264;OID=.;OPOS=56887507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:31:31:78:78:0.715596:32:46:14:17:32:46:14:17 chr18 57640352 . C CAA 864.58 PASS AF=1;AO=64;DP=79;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478193;FXX=0.0270234;HRUN=4;LEN=2;MLLD=31.6161;QD=48.032;RBI=0.0519957;REFB=0;REVB=-0.0517753;RO=7;SAF=21;SAR=43;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000230436;OID=.;OPOS=57640353;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:79:72:72:0:25:47:0:0:15:7:21:43:5:2 chr18 59170304 . C G 1499.44 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225208;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.706;QD=59.9774;RBI=0.0391934;REFB=0;REVB=0.0320771;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19892e-05;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:57:42:0:0:58:42:0:0 chr18 59741991 . G A 100.79 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0727592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5952;QD=8.22785;RBI=0.0728883;REFB=0.000591075;REVB=-0.00433687;RO=36;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285422;STB=0.678275;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00509589;OID=.;OPOS=59741991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:10:3:16:20:10:3:16:20 chr18 59780393 . T A 328.97 PASS AF=0.607143;AO=23;DP=51;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0654244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.21;QD=23.4981;RBI=0.0708369;REFB=-0.0442107;REVB=0.0271572;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520241;STB=0.501084;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0279204;OID=.;OPOS=59780393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:56:26:22:23:34:0.607143:12:11:11:15:20:14:9:13 chr18 59805532 . T C 817.64 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5426;QD=57.3784;RBI=0.0297312;REFB=0;REVB=0.0295047;RO=0;SAF=7;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259275;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:50:7:0:0:50:7:0:0 chr18 59807635 . T C 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0258878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1297;QD=17.7308;RBI=0.0441302;REFB=-0.00625205;REVB=0.0357393;RO=17;SAF=3;SAR=14;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829655;STB=0.529693;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0104057;OID=.;OPOS=59807635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:19:17:17:0.472222:14:3:4:13:14:3:4:15 chr18 59813168 . T C 99.36 PASS AF=0.216216;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.000213637;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.85;QD=5.3709;RBI=0.0180319;REFB=-0.00421526;REVB=-0.0180306;RO=58;SAF=7;SAR=9;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991557;STB=0.562422;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0119297;OID=.;OPOS=59813168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:58:58:16:16:0.216216:9:7:30:28:9:7:30:28 chr18 59814268 . G A 91.19 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=92;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0208561;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.556;QD=3.96472;RBI=0.0289934;REFB=-0.00765877;REVB=0.0201405;RO=76;SAF=8;SAR=8;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663964;STB=0.543424;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0324116;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:92:92:76:76:16:16:0.173913:8:8:34:42:8:8:34:42 chr18 59814324 . G C 1036.25 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.628;QD=59.2142;RBI=0.0153304;REFB=0;REVB=-0.0120036;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80473e-05;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:39:30:0:0:39:31:0:0 chr18 60027241 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.851;QD=61.049;RBI=0.0266037;REFB=0;REVB=-0.000389057;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52384e-05;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr18 60036083 . A G 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2218;QD=57.2317;RBI=0.0250007;REFB=0;REVB=-0.0131014;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196559;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:37:19:0:0:37:19:0:0 chr18 60191428 . G A 114.83 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0203581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4456;QD=7.06649;RBI=0.0395094;REFB=0.00662635;REVB=0.0338606;RO=48;SAF=14;SAR=3;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304021;STB=0.689887;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0213143;OID=.;OPOS=60191428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:48:17:17:0.261538:3:14:30:18:3:14:30:18 chr18 60237388 . A G 1208.24 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7432;QD=61.1769;RBI=0.0203711;REFB=0;REVB=-0.0192216;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6124e-05;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr18 60241732 . C T 486.43 PASS AF=0.755102;AO=37;DP=49;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0315892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.015;QD=39.7083;RBI=0.032867;REFB=0.0178977;REVB=-0.0090751;RO=12;SAF=19;SAR=18;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00612206;STB=0.503309;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00491898;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:12:12:37:37:0.755102:18:19:6:6:18:19:6:6 chr18 60242740 . T C 147.0 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=46;FWDB=-0.0122309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.714;QD=7.53823;RBI=0.012912;REFB=-0.0101943;REVB=-0.00413824;RO=57;SAF=4;SAR=17;SRF=11;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489811;STB=0.502956;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0294759;OID=.;OPOS=60242740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:57:21:21:0.269231:17:4:11:46:17:4:11:46 chr18 60244856 . A G 3242.9 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193603;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.332;QD=62.0651;RBI=0.0577275;REFB=0;REVB=0.0543842;RO=0;SAF=88;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11226e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67688e-05;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:209:0:0:205:209:1:117:88:0:0:120:89:0:0 chr18 60562298 . A T 142.34 PASS AF=0.19685;AO=25;DP=127;FAO=25;FDP=127;FR=.;FRO=102;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.0256762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7864;QD=4.48316;RBI=0.122751;REFB=-0.0082416;REVB=-0.120035;RO=102;SAF=11;SAR=14;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101132;STB=0.563826;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0287965;OID=.;OPOS=60562298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:102:102:25:25:0.19685:14:11:53:49:14:11:53:49 chr18 60985767 . CGGGGGC CCGGGGT,CGGGGC,CGGGGGT,GCGGGGC 419.8 PASS AF=0.186441,0.152542,0.40678,0.0847458;AO=11,7,18,5;DP=62;FAO=11,9,24,5;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=0,6,18,1;FSAR=11,3,6,4;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0290719,-0.0569695,0.0495185,-0.0343482;FXX=0.0483793;HRUN=5,5,1,1;LEN=6,1,1,2;MLLD=87.7187,6.65054,88.5706,20.4836;QD=28.461;RBI=0.0586061,0.266473,0.0678193,0.0398326;REFB=-0.0735084,-0.184023,-0.0633247,-0.104124;REVB=0.0508871,0.260312,0.0463398,0.0201701;RO=11;SAF=0,7,15,1;SAR=11,0,3,4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0,0.365854,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.840717,0.715058,0.0182541,-0.596269;STB=0.999047,0.726923,0.608618,0.915645;STBP=0,0.168,0.138,0.208;TYPE=mnp,del,snp,mnp;VARB=0.0109789,0.274616,0.0584363,0.128574;OID=.,.,.,.;OPOS=60985768,60985768,60985773,60985767;OREF=GGGGGC,G,C,CG;OALT=CGGGGT,-,T,GC;OMAPALT=CCGGGGT,CGGGGC,CGGGGGT,GCGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:66:62:59:11:10:11,7,18,5:11,9,24,5:0.186441,0.152542,0.40678,0.0847458:11,0,3,4:0,7,15,1:9:2:11,3,6,4:0,6,18,1:10:0 chr18 60985775 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG,GGCCCCG 648.87 PASS AF=0.982759,0,0,0;AO=28,15,4,4;DP=64;FAO=57,0,0,0;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31,0,0,0;FSAR=26,0,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.171167,-0.0329173,-0.204773,-0.0598028;FXX=0.0333278;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,1,1,1;MLLD=23.846,12.9395,6.29554,8.53886;QD=44.7496;RBI=0.182377,0.0982079,0.209444,0.059803;REFB=-0.0876475,-0.0129803,0.068339,-0.0374152;REVB=0.0629542,0.092527,0.0439843,-0.000152612;RO=4;SAF=7,14,4,3;SAR=21,1,0,1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.073891,0.392895,0.719948,0.223593;STB=0.507934,0.5,0.5,0.5;STBP=0.528,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=0.00963186,0,0,0.0874069;OID=.,.,.,.;OPOS=60985780,60985776,60985780,60985776;OREF=CG,C,C,C;OALT=-,-,G,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG,GGCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.982759,0,0,0:28,15,4,4:64:57,0,0,0:58:1:31,0,0,0:26,0,0,0:1:0:6:4:7,14,4,3:21,1,0,1:2:2 chr18 61156606 . G C 572.27 PASS AF=0.658228;AO=48;DP=78;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00798552;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7322;QD=28.9756;RBI=0.0181084;REFB=-0.0471529;REVB=-0.0162526;RO=26;SAF=15;SAR=33;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330288;STB=0.539931;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0166678;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:26:27:48:52:0.658228:33:15:7:19:33:19:7:20 chr18 61160287 . T C 779.33 PASS AF=0.63964;AO=72;DP=111;FAO=71;FDP=111;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0278179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8624;QD=28.0841;RBI=0.0609536;REFB=0.0550882;REVB=-0.0542357;RO=38;SAF=39;SAR=33;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987299;STB=0.508823;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0304609;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:38:40:72:71:0.63964:33:39:20:18:32:39:21:19 chr18 61160385 . T C 817.08 PASS AF=0.780488;AO=64;DP=83;FAO=64;FDP=82;FR=.;FRO=18;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0151677;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.579;QD=39.8577;RBI=0.0155128;REFB=-0.0171427;REVB=0.00325393;RO=18;SAF=31;SAR=33;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621384;STB=0.533247;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00486064;OID=.;OPOS=61160385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:18:18:64:64:0.780488:33:31:6:12:33:31:6:12 chr18 61170721 . T C 384.03 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0160731;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0791;QD=34.9114;RBI=0.0336831;REFB=0.0155681;REVB=0.0296007;RO=13;SAF=11;SAR=20;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175211;STB=0.509548;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00592342;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:13:31:31:0.704545:20:11:5:8:20:11:5:8 chr18 61170782 . A G 620.11 PASS AF=0.833333;AO=50;DP=60;FAO=50;FDP=60;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00802048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.15;QD=41.3408;RBI=0.0116085;REFB=0.0021726;REVB=0.00839221;RO=10;SAF=22;SAR=28;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502067;STB=0.526871;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.000324497;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:10:10:50:50:0.833333:28:22:6:4:28:22:6:4 chr18 61170925 . T C 1541.18 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0504966;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.04;QD=62.9054;RBI=0.0571153;REFB=0.0455149;REVB=0.026688;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.505493;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000849147;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:98:0:1:97:97:0.989796:52:45:0:0:52:45:1:0 chr18 61233907 . C T 233.39 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=32;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0269653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9129;QD=28.2896;RBI=0.0326521;REFB=-0.0268245;REVB=0.0184128;RO=11;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129107;STB=0.560385;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0275024;OID=.;OPOS=61233907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:33:11:11:21:22:0.666667:9:12:4:7:10:12:4:7 chr18 61234004 . G C 944.05 PASS AF=0.764706;AO=75;DP=101;FAO=78;FDP=102;FR=.;FRO=24;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00165199;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.715;QD=37.0214;RBI=0.0634212;REFB=0.0151127;REVB=0.0633996;RO=24;SAF=32;SAR=43;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435093;STB=0.524685;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00288121;OID=.;OPOS=61234004;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:24:24:75:78:0.764706:43:32:8:16:44:34:8:16 chr18 61262367 . C T 241.65 PASS AF=0.283333;AO=34;DP=120;FAO=34;FDP=120;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.0334992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.608;QD=8.05514;RBI=0.0335076;REFB=-0.00154077;REVB=0.000752418;RO=85;SAF=11;SAR=23;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240035;STB=0.646498;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00375693;OID=.;OPOS=61262367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:85:86:34:34:0.283333:23:11:44:41:23:11:45:41 chr18 61264298 . G A 1611.26 PASS AF=0.671498;AO=139;DP=207;FAO=139;FDP=207;FR=.;FRO=68;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.000850833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.186;QD=31.1354;RBI=0.011766;REFB=0.0180646;REVB=0.0117352;RO=68;SAF=74;SAR=65;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288728;STB=0.515498;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00754823;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:68:68:139:139:0.671498:65:74:33:35:65:74:33:35 chr18 61264468 . C T 1099.71 PASS AF=0.737705;AO=90;DP=122;FAO=90;FDP=122;FR=.;FRO=32;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0150029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.814;QD=36.056;RBI=0.0171723;REFB=-0.00834957;REVB=-0.00835475;RO=30;SAF=48;SAR=42;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312299;STB=0.516973;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00202664;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:30:32:90:90:0.737705:42:48:14:16:42:48:15:17 chr18 61310374 . C T 237.14 PASS AF=0.227545;AO=38;DP=167;FAO=38;FDP=167;FR=.;FRO=129;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=59;FSRR=70;FWDB=-0.0214455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.504;QD=5.67987;RBI=0.021924;REFB=0.0024244;REVB=0.00455546;RO=129;SAF=21;SAR=17;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120117;STB=0.573228;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00909688;OID=.;OPOS=61310374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:129:129:38:38:0.227545:17:21:59:70:17:21:59:70 chr18 61322995 . T C 1568.03 PASS AF=0.754491;AO=125;DP=167;FAO=126;FDP=167;FR=.;FRO=41;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0170364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.301;QD=37.5576;RBI=0.0249672;REFB=0.0245364;REVB=-0.0182516;RO=41;SAF=59;SAR=66;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299419;STB=0.516805;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0068925;OID=.;OPOS=61322995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:41:41:125:126:0.754491:66:59:22:19:67:59:22:19 chr18 61323012 . C G 237.9 PASS AF=0.228916;AO=38;DP=166;FAO=38;FDP=166;FR=.;FRO=128;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=68;FWDB=0.00431065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.319;QD=5.73262;RBI=0.0120499;REFB=-0.000382436;REVB=0.0112525;RO=128;SAF=21;SAR=17;SRF=60;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105817;STB=0.564482;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00167964;OID=.;OPOS=61323012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:128:128:38:38:0.228916:17:21:60:68:17:21:60:68 chr18 61326597 . A C 768.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.054;QD=56.9264;RBI=0.0251933;REFB=0;REVB=0.022123;RO=0;SAF=51;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113764;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:3:51:0:0:3:51:0:0 chr18 61326602 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.139;QD=57.3859;RBI=0.0541316;REFB=0;REVB=0.054018;RO=0;SAF=54;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20224e-05;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:3:54:0:0:3:54:0:0 chr18 61326609 . T G 868.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.292;QD=57.8804;RBI=0.0140383;REFB=0;REVB=-0.0125005;RO=0;SAF=57;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32019e-05;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:3:57:0:0:3:57:0:0 chr18 61377579 . A C 1155.41 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0154548;FXX=0.0365809;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.148;QD=58.5017;RBI=0.0231801;REFB=-0.0546192;REVB=0.0172762;RO=2;SAF=37;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248932;STB=0.513155;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000175872;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:79:2:2:77:77:0.974684:40:37:2:0:40:37:2:0 chr18 61379838 . T G 1138.68 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00909671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2172;QD=59.1524;RBI=0.0530472;REFB=-0.0449227;REVB=0.0522614;RO=1;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145558;STB=0.507461;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000281406;OID=.;OPOS=61379838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:32:43:0:1:33:43:0:1 chr18 61383354 . C T 90.67 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=90;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00540654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.61;QD=3.94223;RBI=0.0274028;REFB=-0.0019628;REVB=-0.0268641;RO=74;SAF=4;SAR=12;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266797;STB=0.678334;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0185385;OID=.;OPOS=61383354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:90:92:74:76:16:16:0.173913:12:4:33:41:12:4:34:42 chr18 61387312 . G A 1506.58 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.441;QD=59.6666;RBI=0.0652829;REFB=0;REVB=-0.0636649;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180679;OID=.;OPOS=61387312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:58:42:0:0:59:42:0:0 chr18 61387333 . T A 1353.93 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.989;QD=60.8507;RBI=0.0273134;REFB=-0.0634764;REVB=-0.00492639;RO=1;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920098;STB=0.504853;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000207643;OID=.;OPOS=61387333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:51:36:0:1:51:37:0:1 chr18 61387389 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0926662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2432;QD=57.0003;RBI=0.0928662;REFB=0;REVB=-0.00609116;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938434;OID=.;OPOS=61387389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr18 61390316 . C A 1051.9 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00727354;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.97;QD=56.8594;RBI=0.0102855;REFB=-0.0113688;REVB=0.00727239;RO=1;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108729;STB=0.502727;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00013935;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:43:29:0:1:43:29:1:1 chr18 61390332 . C T 1054.29 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.452;QD=59.3966;RBI=0.0207958;REFB=0;REVB=-0.011715;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35615e-05;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:37:33:0:0:37:34:0:0 chr18 61390361 . T C 1111.14 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.832;QD=60.0615;RBI=0.0263247;REFB=0;REVB=0.0150842;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31188e-05;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:71:74:1:37:34:0:0:39:35:0:0 chr18 61390570 . T G 583.75 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000442777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.267;QD=54.3019;RBI=0.0184741;REFB=-0.026199;REVB=0.0184687;RO=3;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217618;STB=0.511622;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.000308879;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:3:3:40:40:0.930233:20:20:1:2:20:20:1:2 chr18 61564394 . A G 1322.83 PASS AF=0.988506;AO=80;DP=81;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00357671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9371;QD=60.8196;RBI=0.105037;REFB=-0.0636964;REVB=0.104976;RO=1;SAF=43;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010884;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00270083;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:87:1:1:80:86:0.988506:37:43:1:0:43:43:1:0 chr18 61570503 . C G,T 1805.03 PASS AF=0.941667,0.0583333;AO=113,7;DP=120;FAO=113,7;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=38,7;FSAR=75,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451928,0.00354466;FXX=0.00826378;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.8665,121.063;QD=60.1677;RBI=0.0604694,0.00366264;REFB=0,0;REVB=-0.0401767,0.000922112;RO=0;SAF=38,7;SAR=75,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.36255e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0055312,0.111719;OID=.,.;OPOS=61570503,61570503;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:120:120:0:0:113,7:113,7:0.941667,0.0583333:75,0:38,7:0:0:75,0:38,7:0:0 chr18 61570529 . C G,T 1149.02 PASS AF=0.949367,0.0379747;AO=75,3;DP=79;FAO=75,3;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=23,3;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00967991,-0.0462353;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=110.244,11.7497;QD=58.1785;RBI=0.0228953,0.0536481;REFB=-0.037625,-0.0195553;REVB=-0.0207483,-0.0272107;RO=1;SAF=23,3;SAR=52,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00901357,0.727144;STB=0.504761,0.994936;STBP=0.614,0.122;TYPE=snp,snp;VARB=0.00250396,0.0623185;OID=.,.;OPOS=61570529,61570529;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:79:79:1:1:75,3:75,3:0.949367,0.0379747:52,0:23,3:0:1:52,0:23,3:0:1 chr18 61575213 . T G 1147.91 PASS AF=0.688406;AO=95;DP=138;FAO=95;FDP=138;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=72;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=0.00222083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.245;QD=33.2727;RBI=0.0062502;REFB=-0.0213121;REVB=0.00584234;RO=43;SAF=23;SAR=72;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00757725;STB=0.504069;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00973089;OID=.;OPOS=61575213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:43:43:95:95:0.688406:72:23:10:33:72:23:10:33 chr18 61575232 . A G 2754.59 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188905;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.438;QD=62.2505;RBI=0.0258241;REFB=-0.0205854;REVB=0.0176077;RO=0;SAF=50;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81474e-05;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:177:0:0:177:177:1:127:50:0:0:127:50:0:0 chr18 61582867 . A G 921.4 PASS AF=0.728972;AO=76;DP=105;FAO=78;FDP=107;FR=.;FRO=29;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00299842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.996;QD=34.4447;RBI=0.0232973;REFB=0.0150304;REVB=0.0231035;RO=29;SAF=45;SAR=31;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128309;STB=0.566923;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00475143;OID=.;OPOS=61582867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:29:29:76:78:0.728972:31:45:10:19:32:46:10:19 chr18 61587053 . G A 446.53 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0156696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.015;QD=29.2805;RBI=0.0167066;REFB=0.00953019;REVB=0.00579435;RO=20;SAF=16;SAR=25;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098748;STB=0.553706;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00119747;OID=.;OPOS=61587053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:20:41:41:0.672131:25:16:11:9:25:16:11:9 chr18 61587067 . C T 446.44 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00743823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.594;QD=29.275;RBI=0.0104776;REFB=9.47751e-05;REVB=-0.00737925;RO=20;SAF=15;SAR=26;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115472;STB=0.562833;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.000151363;OID=.;OPOS=61587067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:20:41:41:0.672131:26:15:11:9:26:15:11:9 chr18 61600384 . C T 566.87 PASS AF=0.761905;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0122103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.93;QD=35.992;RBI=0.0135638;REFB=0.0152848;REVB=-0.00590625;RO=15;SAF=20;SAR=28;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226536;STB=0.51219;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00718109;OID=.;OPOS=61600384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:15:15:48:48:0.761905:28:20:7:8:28:20:7:8 chr18 61654297 . A G 682.38 PASS AF=0.756757;AO=56;DP=74;FAO=56;FDP=74;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00195976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.985;QD=36.8855;RBI=0.00297971;REFB=-0.0212866;REVB=0.00224455;RO=18;SAF=29;SAR=27;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171029;STB=0.509184;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00983136;OID=.;OPOS=61654297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:18:18:56:56:0.756757:27:29:10:8:27:29:10:8 chr18 61654463 . A G 88.82 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.105086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.208;QD=7.25033;RBI=0.126457;REFB=-0.015279;REVB=0.0703437;RO=37;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310314;STB=0.693019;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0553005;OID=.;OPOS=61654463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:49:49:37:37:12:12:0.244898:4:8:15:22:4:8:15:22 chr18 62036875 . G A 4552.01 PASS AF=1;AO=282;DP=283;FAO=286;FDP=286;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017877;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.11;QD=63.6645;RBI=0.0188595;REFB=0;REVB=-0.00600773;RO=0;SAF=123;SAR=159;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78552e-06;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:283:286:0:0:282:286:1:159:123:0:0:159:127:0:0 chr18 63489378 . C T 1715.56 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0993;QD=60.1952;RBI=0.0260934;REFB=0;REVB=-0.00876589;RO=0;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82186e-05;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:59:55:0:0:59:55:0:0 chr18 63511176 . T C 2096.4 PASS AF=0.708333;AO=168;DP=239;FAO=170;FDP=240;FR=.;FRO=70;FSAF=80;FSAR=90;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0419446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.42;QD=34.9401;RBI=0.0514907;REFB=-0.0135773;REVB=0.0298654;RO=70;SAF=78;SAR=90;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277112;STB=0.516509;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00626114;OID=.;OPOS=63511176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:70:70:168:170:0.708333:90:78:29:41:90:80:29:41 chr18 63530016 . A G 184.32 PASS AF=0.230159;AO=29;DP=126;FAO=29;FDP=126;FR=.;FRO=97;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.00980743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.084;QD=5.85149;RBI=0.0442794;REFB=-0.016941;REVB=-0.0431796;RO=97;SAF=12;SAR=17;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153295;STB=0.593822;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0581314;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:97:97:29:29:0.230159:17:12:52:45:17:12:52:45 chr18 65178103 . G GCA 68.23 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00213018;FXX=0.0754575;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.353;QD=5.56949;RBI=0.00222757;REFB=-0.0334923;REVB=0.000651456;RO=49;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294693;STB=0.698589;STBP=0.198;TYPE=ins;VARB=0.130834;OID=.;OPOS=65178104;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204082:10:63:10:49:39:2:8:16:23:68:49:2:8:20:29 chr18 65179829 . G A 83.37 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.000201557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.692;QD=3.7895;RBI=0.0174967;REFB=-0.00666752;REVB=-0.0174955;RO=73;SAF=8;SAR=7;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115258;STB=0.50076;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0278631;OID=.;OPOS=65179829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:88:88:73:73:15:15:0.170455:7:8:39:34:7:8:39:34 chr18 65182711 . CT C 36.27 PASS AF=0.52381;AO=8;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0345589;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.06645;QD=6.90846;RBI=0.142572;REFB=-0.0954766;REVB=0.13832;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0.391304;SSEP=0;SSSB=0.200579;STB=0.621126;STBP=0.258;TYPE=del;VARB=0.0913141;OID=.;OPOS=65182712;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:8:21:11:21:10:8:3:5:5:34:9:6:2:5:4 chr18 66382200 . A G 519.05 PASS AF=0.261324;AO=75;DP=286;FAO=75;FDP=287;FR=.;FRO=212;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=123;FSRR=89;FWDB=0.00759174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4745;QD=7.23417;RBI=0.00762797;REFB=0.000541001;REVB=0.000742666;RO=211;SAF=36;SAR=39;SRF=122;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122125;STB=0.573669;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00133394;OID=.;OPOS=66382200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:287:211:212:75:75:0.261324:39:36:122:89:39:36:123:89 chr18 66504093 . A C 2373.74 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.43;QD=64.1551;RBI=0.0649138;REFB=0;REVB=0.0135136;RO=0;SAF=67;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14393e-05;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:137:148:0:0:137:148:1:70:67:0:0:71:77:0:0 chr18 66504459 . A T 1339.08 PASS AF=0.956989;AO=87;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00837106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.864;QD=57.5949;RBI=0.0582235;REFB=-0.124159;REVB=0.0576186;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524385;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000677146;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:93:93:0:4:87:89:0.956989:37:50:0:0:39:50:0:4 chr18 66513615 . A G 710.2 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0330198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7656;QD=54.6307;RBI=0.0364324;REFB=-0.0169221;REVB=0.0153951;RO=2;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046999;STB=0.51219;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00392324;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:2:1:50:51:0.980769:19:31:0:2:20:31:0:1 chr18 66513641 . C A 58.08 PASS AF=0.196721;AO=13;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0134795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.339;QD=3.80855;RBI=0.118533;REFB=-0.00309442;REVB=-0.117764;RO=46;SAF=1;SAR=12;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.684577;STB=0.918449;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.152555;OID=.;OPOS=66513641;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:61:61:46:49:13:12:0.196721:12:1:30:16:11:1:30:19 chr18 66526176 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.287;QD=54.5176;RBI=0.0494482;REFB=0;REVB=0.04336;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177959;OID=.;OPOS=66526176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr18 67345034 . T C 2612.77 PASS AF=1;AO=167;DP=172;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313975;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2916;QD=61.8408;RBI=0.0671101;REFB=0;REVB=0.0593124;RO=0;SAF=69;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151503;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:169:0:0:167:169:1:98:69:0:0:100:69:0:0 chr18 67365668 . A G 1533.39 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412727;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.921;QD=63.8912;RBI=0.0569614;REFB=0;REVB=0.0392577;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10687e-05;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:42:54:0:0:42:54:0:0 chr18 67531642 . T C 1343.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068551;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.247;QD=62.506;RBI=0.0722028;REFB=0;REVB=0.022672;RO=0;SAF=24;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217255;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:61:24:0:0:61:25:0:0 chr18 67718688 . A G 2255.09 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.529;QD=63.5238;RBI=0.0167793;REFB=0;REVB=0.000211581;RO=0;SAF=67;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27387e-05;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:75:67:0:0:75:67:0:0 chr18 67863773 . A G 71.47 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00976723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9476;QD=5.29402;RBI=0.0202834;REFB=0.000976175;REVB=0.0177769;RO=43;SAF=4;SAR=7;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210466;STB=0.636116;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00120211;OID=.;OPOS=67863773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:54:54:43:43:11:11:0.203704:7:4:23:20:7:4:23:20 chr18 67863850 . T TCTC 519.93 PASS AF=0.880952;AO=36;DP=45;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0260881;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=3;MLLD=198.375;QD=49.5174;RBI=0.0267252;REFB=-0.0146101;REVB=-0.00580045;RO=9;SAF=13;SAR=23;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159178;STB=0.52765;STBP=0.388;TYPE=ins;VARB=0.00301273;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.880952:36:45:37:42:5:14:23:3:2:26:9:13:23:7:2 chr18 67871343 . A C 1048.04 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0971699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.42;QD=58.2246;RBI=0.098921;REFB=-0.0246198;REVB=0.0185303;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0019814;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:33:38:0:0:33:38:0:1 chr18 67992279 . G A 145.15 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.034283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8487;QD=8.79688;RBI=0.0404663;REFB=-0.00260579;REVB=-0.0214988;RO=46;SAF=2;SAR=18;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480235;STB=0.796094;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00627229;OID=.;OPOS=67992279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:18:2:18:28:18:2:18:28 chr18 67995594 . G T 676.69 PASS AF=0.695122;AO=57;DP=82;FAO=57;FDP=82;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00958956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.694;QD=33.0092;RBI=0.0185689;REFB=-0.00288791;REVB=0.0159011;RO=24;SAF=25;SAR=32;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10254;STB=0.561382;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00128773;OID=.;OPOS=67995594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:24:25:57:57:0.695122:32:25:15:9:32:25:16:9 chr18 67995695 . G A 171.34 PASS AF=0.252427;AO=25;DP=102;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.013687;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.744;QD=6.65407;RBI=0.0175401;REFB=-0.00207904;REVB=0.0109691;RO=74;SAF=15;SAR=10;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156887;STB=0.619878;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00881475;OID=.;OPOS=67995695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:74:77:25:26:0.252427:10:15:35:39:10:16:35:42 chr18 70209177 . C T 2223.05 PASS AF=0.526829;AO=216;DP=410;FAO=216;FDP=410;FR=.;FRO=194;FSAF=100;FSAR=116;FSRF=85;FSRR=109;FWDB=0.0162257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.161;QD=21.6883;RBI=0.0283448;REFB=-0.0428706;REVB=-0.0232412;RO=192;SAF=100;SAR=116;SRF=84;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221583;STB=0.511828;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0348081;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:410:192:194:216:216:0.526829:116:100:84:108:116:100:85:109 chr18 70417396 . C T 2404.06 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0308714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.316;QD=60.4796;RBI=0.0330688;REFB=-0.0118175;REVB=-0.0118535;RO=1;SAF=90;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704797;STB=0.503703;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=1.88093e-05;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:159:1:1:157:158:0.993711:67:90:0:1:67:91:0:1 chr18 70532840 . T G 2234.87 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00794611;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.696;QD=62.9542;RBI=0.0263681;REFB=-0.0593411;REVB=-0.0251424;RO=1;SAF=71;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674443;STB=0.503546;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000225092;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:142:1:1:141:141:0.992958:70:71:0:1:70:71:0:1 chr18 71412428 . C T 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0352342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.63;QD=6.25197;RBI=0.0353931;REFB=-0.00203294;REVB=-0.00335012;RO=39;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599368;STB=0.538391;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0075516;OID=.;OPOS=71412428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:7:4:16:23:7:4:16:23 chr18 71928150 . C T 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0132804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.798;QD=9.88294;RBI=0.0134694;REFB=0.00443194;REVB=-0.00224888;RO=42;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540207;STB=0.539339;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.010017;OID=.;OPOS=71928150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:43:21:21:0.328125:11:10:22:20:11:10:23:20 chr18 72021717 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.129;QD=55.6549;RBI=0.0494378;REFB=0;REVB=-0.0314033;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000804381;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr18 72114181 . C T 548.35 PASS AF=0.727273;AO=47;DP=66;FAO=48;FDP=66;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0740236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.492;QD=33.2331;RBI=0.0756984;REFB=-0.0253957;REVB=0.0158353;RO=19;SAF=19;SAR=28;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380681;STB=0.507769;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00910175;OID=.;OPOS=72114181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:19:18:47:48:0.727273:28:19:9:10:28:20:8:10 chr18 72114454 . TC T,TT 1599.98 PASS AF=1,0;AO=21,82;DP=104;FAO=104,0;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=54,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208092,-0.0696087;FXX=0.0188661;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=193.585,181.147;QD=61.5377;RBI=0.0317464,0.101041;REFB=0,0;REVB=-0.0239753,-0.0732382;RO=0;SAF=1,50;SAR=20,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.78928e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000129852,0.0246014;OID=.,.;OPOS=72114455,72114455;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:21,82:104:104,0:104:0:50,0:54,0:0:0:9:0:1,50:20,32:0:0 chr18 72114490 . G A 782.2 PASS AF=0.695652;AO=63;DP=91;FAO=64;FDP=92;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0765493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3572;QD=34.0087;RBI=0.0805001;REFB=0.000158457;REVB=0.024909;RO=28;SAF=33;SAR=30;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136063;STB=0.504757;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.000590292;OID=.;OPOS=72114490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:28:28:63:64:0.695652:30:33:14:14:31:33:14:14 chr18 72223591 . G GTGC 1313.08 PASS AF=0.958333;AO=85;DP=105;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0651476;FXX=0.0857061;HRUN=1;LEN=3;MLLD=230.52;QD=54.7115;RBI=0.10171;REFB=-0.126019;REVB=0.0781066;RO=18;SAF=45;SAR=40;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453592;STB=0.509106;STBP=0.415;TYPE=ins;VARB=0.00613984;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.958333:85:105:92:96:4:49:43:3:1:10:18:45:40:12:6 chr18 72228124 . A G 2625.35 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436729;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.669;QD=62.1386;RBI=0.0443074;REFB=0;REVB=-0.00747126;RO=0;SAF=92;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3451e-05;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:77:92:0:0:77:92:0:0 chr18 72234635 . C T 133.97 PASS AF=0.243902;AO=20;DP=82;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.0100009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.069;QD=6.53516;RBI=0.0239425;REFB=-0.00518699;REVB=0.0217538;RO=62;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277858;STB=0.667703;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0093611;OID=.;OPOS=72234635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:62:62:20:20:0.243902:9:11:20:42:9:11:20:42 chr18 72343008 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.043;QD=60.9761;RBI=0.0629068;REFB=0;REVB=0.0193591;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00044001;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr18 72344223 . T C 210.3 PASS AF=0.237037;AO=32;DP=135;FAO=32;FDP=135;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=-0.00698216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.464;QD=6.23106;RBI=0.00881726;REFB=-0.00377372;REVB=0.00538456;RO=103;SAF=16;SAR=16;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182578;STB=0.511104;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0105897;OID=.;OPOS=72344223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:103:103:32:32:0.237037:16:16:50:53:16:16:50:53 chr18 72345890 . A C 178.32 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0906625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.8265;QD=8.80602;RBI=0.0907801;REFB=0.00548579;REVB=0.0046199;RO=54;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292322;STB=0.531747;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0141987;OID=.;OPOS=72345890;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:57:24:24:0.296296:15:9:19:35:15:9:19:38 chr18 72347482 . T C 192.63 PASS AF=0.277778;AO=24;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=0.0172782;FXX=0.0109878;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.914;QD=8.56113;RBI=0.0271205;REFB=-0.0232785;REVB=-0.0209041;RO=51;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772313;STB=0.57965;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0395462;OID=.;OPOS=72347482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:64:24:25:0.277778:14:10:18:33:15:10:19:45 chr18 72776121 . G A 2421.08 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.739;QD=61.293;RBI=0.0388597;REFB=0;REVB=0.0301365;RO=0;SAF=63;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101883;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:95:63:0:0:95:63:0:0 chr18 72776958 . ATTTTTTTTTTTT ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTA 184.37 PASS AF=0,0.8125,0.15625;AO=4,10,4;DP=36;FAO=0,26,5;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=0,24,2;FSAR=0,2,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.129154,0.206207,0.183572;FXX=0.11108;HRUN=12,12,12;LEN=2,1,1;MLLD=8.67622,9.09076,13.5677;QD=23.0462;RBI=0.152368,0.22689,0.19687;REFB=-0.148874,-0.167488,-0.147999;REVB=0.0808413,0.0946445,0.071129;RO=11;SAF=4,10,1;SAR=0,0,3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.637903,0.772766,-0.485919;STB=0.5,0.59991,0.571154;STBP=1,0.038,0.616;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.104972,0.0936299,-0.112463;OID=.,.,.;OPOS=72776959,72776959,72776970;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.8125,0.15625:4,10,4:36:0,26,5:32:1:0,24,2:0,2,3:0:1:26:11:4,10,1:0,0,3:8:3 chr18 72914280 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.953;QD=47.8223;RBI=0.0467803;REFB=0;REVB=-0.00107856;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000665009;OID=.;OPOS=72914280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr18 72997677 . C T 1184.64 PASS AF=0.675862;AO=98;DP=146;FAO=98;FDP=145;FR=.;FRO=47;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0308972;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1675;QD=32.6797;RBI=0.0334321;REFB=0.00850056;REVB=0.0127696;RO=47;SAF=51;SAR=47;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694923;STB=0.503736;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00598617;OID=.;OPOS=72997677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:47:47:98:98:0.675862:47:51:25:22:47:51:25:22 chr18 72998004 . T C 544.31 PASS AF=0.685714;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00392358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.011;QD=31.1033;RBI=0.0173867;REFB=-0.0270216;REVB=-0.0169382;RO=20;SAF=23;SAR=25;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043245;STB=0.507753;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0112294;OID=.;OPOS=72998004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:20:22:48:48:0.685714:25:23:8:12:25:23:10:12 chr18 72998268 . T C 846.13 PASS AF=0.752809;AO=65;DP=88;FAO=67;FDP=89;FR=.;FRO=22;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.005212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6504;QD=38.0283;RBI=0.00817097;REFB=-0.0153978;REVB=-0.00629284;RO=22;SAF=31;SAR=34;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320885;STB=0.516993;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00398496;OID=.;OPOS=72998268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:22:22:65:67:0.752809:34:31:9:13:35:32:9:13 chr18 72998886 . T C 1132.43 PASS AF=0.741935;AO=91;DP=123;FAO=92;FDP=124;FR=.;FRO=32;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00756355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.113;QD=36.5299;RBI=0.0179336;REFB=-0.0403654;REVB=0.0162606;RO=32;SAF=52;SAR=39;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110968;STB=0.507504;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0117247;OID=.;OPOS=72998886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:32:32:91:92:0.741935:39:52:19:13:40:52:19:13 chr18 72999359 . T C 1664.27 PASS AF=0.695431;AO=129;DP=190;FAO=137;FDP=197;FR=.;FRO=60;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0319824;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.089;QD=33.7923;RBI=0.0323902;REFB=-0.000195488;REVB=-0.00512318;RO=55;SAF=72;SAR=57;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581706;STB=0.517365;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.000166317;OID=.;OPOS=72999359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:197:55:60:129:137:0.695431:57:72:25:30:63:74:29:31 chr18 74072438 . G C 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000102767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.571;QD=23.7581;RBI=0.0182876;REFB=0.00286533;REVB=0.0182873;RO=22;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213244;STB=0.619468;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00176676;OID=.;OPOS=74072438;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:19:7:11:11:19:7:11:11 chr18 74072834 . GTGTT G,GTGTG 256.11 PASS AF=0.391304,0.195652;AO=9,38;DP=70;FAO=18,9;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=12,9;FSAR=6,0;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0112373,-0.014564;FXX=0.079984;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=111.057,73.1363;QD=22.2703;RBI=0.0299131,0.0767869;REFB=-0.0779366,-0.055139;REVB=-0.0277221,-0.0753931;RO=17;SAF=8,13;SAR=1,25;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.571184,-0.0433108;STB=0.678375,0.99881;STBP=0.047,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0764968,0.0722973;OID=.,.;OPOS=74072835,74072838;OREF=TGTT,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304,0.195652:9,38:70:18,9:46:19:12,9:6,0:6:13:99:17:8,13:1,25:7:10 chr18 74091718 . G A 3660.32 PASS AF=0.687215;AO=301;DP=439;FAO=301;FDP=438;FR=.;FRO=137;FSAF=128;FSAR=173;FSRF=56;FSRR=81;FWDB=-0.0187691;FXX=0.00227785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4232;QD=33.4276;RBI=0.0197775;REFB=0.0228626;REVB=-0.00623462;RO=137;SAF=128;SAR=173;SRF=56;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00988828;STB=0.505284;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00945256;OID=.;OPOS=74091718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:439:438:137:137:301:301:0.687215:173:128:56:81:173:128:56:81 chr18 74208573 . G A 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6562;QD=48.73;RBI=0.170559;REFB=0;REVB=0.169257;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00536905;OID=.;OPOS=74208573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr18 74611127 . A G 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.802;QD=60.8825;RBI=0.0540748;REFB=0;REVB=0.0311964;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225361;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr18 74671768 . T C,G 1531.63 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=100,4;DP=105;FAO=100,4;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52,0;FSAR=48,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00484176,-0.00378682;FXX=0.0095229;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.571,22.2448;QD=58.9089;RBI=0.021212,0.0396902;REFB=0,0;REVB=-0.020652,-0.0395091;RO=0;SAF=52,0;SAR=48,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.19274e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=4.82631e-05,0.125434;OID=.,.;OPOS=74671768,74671768;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:105:104:0:0:100,4:100,4:0.961538,0.0384615:48,4:52,0:0:0:48,4:52,0:0:0 chr18 74680208 . C T 69.9 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=52;FWDB=0.00831826;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.892;QD=3.40952;RBI=0.0102373;REFB=-0.00424647;REVB=0.00596731;RO=68;SAF=4;SAR=9;SRF=17;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896792;STB=0.563419;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0268283;OID=.;OPOS=74680208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:85:82:68:69:13:13:0.158537:9:4:17:51:9:4:17:52 chr18 74680259 . C T 1197.51 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00346809;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.267;QD=59.8757;RBI=0.00668933;REFB=-0.0830078;REVB=0.00572009;RO=0;SAF=20;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56014e-08;STB=0.511108;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00266163;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:0:1:77:79:0.9875:57:20:0:0:57:22:1:0 chr18 74682214 . C T 254.53 PASS AF=0.233918;AO=40;DP=171;FAO=40;FDP=171;FR=.;FRO=131;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=-0.0126053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0367;QD=5.95401;RBI=0.0773979;REFB=-0.00234701;REVB=-0.0763645;RO=131;SAF=12;SAR=28;SRF=61;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220372;STB=0.634713;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00675381;OID=.;OPOS=74682214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:131:131:40:40:0.233918:28:12:61:70:28:12:61:70 chr18 74691960 . C T 510.7 PASS AF=0.796296;AO=43;DP=54;FAO=43;FDP=54;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0464849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.091;QD=37.8297;RBI=0.0636844;REFB=-0.0625029;REVB=0.04353;RO=11;SAF=13;SAR=30;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271839;STB=0.514625;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0160693;OID=.;OPOS=74691960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:11:11:43:43:0.796296:30:13:4:7:30:13:4:7 chr18 74701984 . G A 2650.25 PASS AF=0.749104;AO=207;DP=277;FAO=209;FDP=279;FR=.;FRO=70;FSAF=100;FSAR=109;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0295767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8535;QD=37.9963;RBI=0.0296331;REFB=-0.012675;REVB=0.00182778;RO=70;SAF=100;SAR=107;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259352;STB=0.512555;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00450623;OID=.;OPOS=74701984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:279:70:70:207:209:0.749104:107:100:30:40:109:100:30:40 chr18 74702864 . G A 114.96 PASS AF=0.188119;AO=19;DP=101;FAO=19;FDP=101;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0203051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1477;QD=4.55285;RBI=0.0352334;REFB=4.89893e-05;REVB=0.028794;RO=82;SAF=9;SAR=10;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00244069;STB=0.501566;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-4.30266e-05;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:82:82:19:19:0.188119:10:9:39:43:10:9:39:43 chr18 74980809 . GT AT,TA 675.41 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=32,2;DP=39;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180999,0.00363007;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=81.2993,53.3661;QD=61.4013;RBI=0.0182462,0.00782869;REFB=0,0;REVB=0.00230637,-0.00693621;RO=0;SAF=16,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00650855,0.0429563;OID=.,.;OPOS=74980809,74980809;OREF=G,GT;OALT=A,TA;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:44:0:0:32,2:42,2:0.954545,0.0454545:16,1:16,1:0:0:18,1:24,1:0:0 chr18 76753588 . A G 631.55 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9603;QD=61.6143;RBI=0.134336;REFB=0;REVB=-0.132041;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000999907;OID=.;OPOS=76753588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr18 76753768 . C G 755.33 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0265601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.798;QD=54.9328;RBI=0.030087;REFB=-0.123672;REVB=0.0141347;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000857597;OID=.;OPOS=76753768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:0:1:54:54:0.981818:36:18:0:0:36:18:1:0 chr18 76754466 . C T 2236.18 PASS AF=0.979452;AO=142;DP=145;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00554023;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.75;QD=61.2652;RBI=0.032428;REFB=-0.182411;REVB=0.0319512;RO=3;SAF=36;SAR=106;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132664;STB=0.506976;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000765699;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:145:146:3:3:142:143:0.979452:106:36:0:3:106:37:0:3 chr18 76829525 . A G 387.76 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.00627158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.624;QD=18.4647;RBI=0.00828431;REFB=-0.0259994;REVB=-0.00541267;RO=44;SAF=14;SAR=26;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107415;STB=0.559592;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0351823;OID=.;OPOS=76829525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:26:14:11:33:26:14:11:33 chr18 77067000 . T G 546.54 PASS AF=0.779661;AO=46;DP=60;FAO=46;FDP=59;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00509275;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.848;QD=37.0532;RBI=0.0243286;REFB=-0.0116267;REVB=0.0237895;RO=14;SAF=19;SAR=27;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698236;STB=0.545231;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00491195;OID=.;OPOS=77067000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:60:59:14:13:46:46:0.779661:27:19:8:6:27:19:8:5 chr18 77171061 . T G 595.19 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0311075;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.2;QD=56.6849;RBI=0.032724;REFB=-0.0035781;REVB=0.010158;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390505;STB=0.520823;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=1.03538e-05;OID=.;OPOS=77171061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:42:2:2:40:40:0.952381:17:23:2:0:17:23:2:0 chr18 77246406 . T G 428.15 PASS AF=0.257261;AO=62;DP=241;FAO=62;FDP=241;FR=.;FRO=179;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=74;FSRR=105;FWDB=-0.0280767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.096;QD=7.10621;RBI=0.0286926;REFB=-0.00657119;REVB=-0.00591339;RO=171;SAF=22;SAR=40;SRF=66;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414582;STB=0.546215;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0172323;OID=.;OPOS=77246406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:171:179:62:62:0.257261:40:22:66:105:40:22:74:105 chr18 77420703 . C G 536.71 PASS AF=0.449612;AO=56;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=0.00542303;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5881;QD=16.642;RBI=0.0385881;REFB=-0.0193994;REVB=-0.0382051;RO=68;SAF=38;SAR=18;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333004;STB=0.682515;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0163496;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:68:71:56:58:0.449612:18:38:23:45:19:39:24:47 chr18 77439532 . T C 690.77 PASS AF=0.638298;AO=59;DP=94;FAO=60;FDP=94;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00565069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.561;QD=29.3946;RBI=0.0103791;REFB=-0.0254472;REVB=0.00870607;RO=34;SAF=33;SAR=26;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403125;STB=0.524382;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.013316;OID=.;OPOS=77439532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:34:34:59:60:0.638298:26:33:17:17:26:34:17:17 chr18 77477950 . CGGGC CGGC,CGGCG 47.47 PASS AF=0.225806,0.0483871;AO=12,3;DP=64;FAO=14,3;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=3,0;FSAR=11,3;FSRF=38;FSRR=7;FWDB=0.0305372,0.0360186;FXX=0.0461467;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=14.7827,30.4795;QD=3.06229;RBI=0.0409149,0.0409326;REFB=-0.0856831,-0.0393619;REVB=-0.0272307,-0.0194458;RO=44;SAF=3,0;SAR=9,3;SRF=38;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.664627,-0.727638;STB=0.89268,0.998612;STBP=0.004,0.001;TYPE=del,mnp;VARB=0.155631,0.0305883;OID=.,.;OPOS=77477951,77477953;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGC,CGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806,0.0483871:12,3:64:14,3:62:45:3,0:11,3:38:7:32:44:3,0:9,3:38:6 chr18 77513721 . T C 3558.71 PASS AF=1;AO=226;DP=227;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027247;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.87;QD=62.9861;RBI=0.0305318;REFB=0;REVB=0.0137765;RO=0;SAF=113;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34592e-05;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:226:0:0:226:226:1:113:113:0:0:113:113:0:0 chr18 77728135 . G T 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.793;QD=58.5954;RBI=0.0318719;REFB=0;REVB=-0.0199945;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03119e-05;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:44:20:0:0:44:20:0:0 chr18 77736735 . T C 698.32 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0467871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8285;QD=54.7698;RBI=0.0492363;REFB=-0.0380089;REVB=-0.0153356;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184579;STB=0.5098;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=7.83324e-05;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:25:25:0:1:25:25:0:1 chr18 77772974 . C A 44.66 PASS AF=0.096;AO=12;DP=126;FAO=12;FDP=125;FR=.;FRO=113;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=4.08362e-05;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1564;QD=1.42898;RBI=0.027332;REFB=-0.00608625;REVB=0.027332;RO=112;SAF=5;SAR=7;SRF=46;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00721131;STB=0.508926;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0643867;OID=.;OPOS=77772974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:126:125:112:113:12:12:0.096:7:5:46:66:7:5:46:67 chr18 77773006 . A G 492.91 PASS AF=0.375839;AO=54;DP=148;FAO=56;FDP=149;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.00877612;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.957;QD=13.2324;RBI=0.014452;REFB=-0.00310245;REVB=-0.0114822;RO=92;SAF=10;SAR=44;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350808;STB=0.711396;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0149903;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:92:93:54:56:0.375839:44:10:41:51:46:10:42:51 chr18 77773035 . G A 496.42 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0111045;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.342;QD=16.0135;RBI=0.0149591;REFB=-0.00132669;REVB=0.0100232;RO=68;SAF=9;SAR=45;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432572;STB=0.740031;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00481777;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:68:70:54:54:0.435484:45:9:36:32:45:9:36:34 chr19 306740 . G A 834.46 PASS AF=0.538961;AO=80;DP=151;FAO=83;FDP=154;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0534178;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.932;QD=21.6743;RBI=0.054526;REFB=-0.0251087;REVB=-0.0109374;RO=71;SAF=32;SAR=48;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044843;STB=0.51943;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0230002;OID=.;OPOS=306740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:71:71:80:83:0.538961:48:32:32:39:49:34:32:39 chr19 367178 . C T 1108.76 PASS AF=0.445693;AO=119;DP=267;FAO=119;FDP=267;FR=.;FRO=148;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=88;FSRR=60;FWDB=0.0205518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.589;QD=16.6106;RBI=0.0250193;REFB=-0.0059581;REVB=0.0142685;RO=148;SAF=58;SAR=61;SRF=88;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107038;STB=0.559272;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00823463;OID=.;OPOS=367178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:148:148:119:119:0.445693:61:58:88:60:61:58:88:60 chr19 407900 . A G 1546.86 PASS AF=0.498423;AO=154;DP=313;FAO=158;FDP=317;FR=.;FRO=159;FSAF=88;FSAR=70;FSRF=73;FSRR=86;FWDB=0.00122594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.842;QD=19.5187;RBI=0.0130104;REFB=-0.0346375;REVB=-0.0129525;RO=154;SAF=86;SAR=68;SRF=70;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949074;STB=0.549158;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0371287;OID=.;OPOS=407900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:317:154:159:154:158:0.498423:68:86:70:84:70:88:73:86 chr19 422238 . G T 2084.15 PASS AF=0.403114;AO=233;DP=580;FAO=233;FDP=578;FR=.;FRO=345;FSAF=119;FSAR=114;FSRF=189;FSRR=156;FWDB=0.0247207;FXX=0.00344822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.448;QD=14.4232;RBI=0.0250086;REFB=-0.0189878;REVB=-0.00378411;RO=339;SAF=119;SAR=114;SRF=184;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341117;STB=0.522172;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0273799;OID=.;OPOS=422238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:580:578:339:345:233:233:0.403114:114:119:184:155:114:119:189:156 chr19 453160 . A G 2983.22 PASS AF=0.994737;AO=185;DP=187;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0505435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.287;QD=62.8046;RBI=0.0508721;REFB=-0.10452;REVB=-0.00577218;RO=1;SAF=87;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483398;STB=0.502538;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000110842;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:187:190:1:1:185:189:0.994737:98:87:0:1:98:91:0:1 chr19 463528 . G A 7852.28 PASS AF=1;AO=492;DP=495;FAO=493;FDP=493;FR=.;FRO=0;FSAF=259;FSAR=234;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551719;FXX=0.00804813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5624;QD=63.7102;RBI=0.0567265;REFB=0.0060987;REVB=0.0131893;RO=1;SAF=259;SAR=233;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00183992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92994e-05;OID=.;OPOS=463528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:495:493:1:0:492:493:1:233:259:1:0:234:259:0:0 chr19 464310 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.824;QD=53.9109;RBI=0.0251999;REFB=0;REVB=0.0166959;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014463;OID=.;OPOS=464310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr19 498524 . A G 1335.35 PASS AF=0.472222;AO=136;DP=287;FAO=136;FDP=288;FR=.;FRO=152;FSAF=55;FSAR=81;FSRF=53;FSRR=99;FWDB=0.00333326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.396;QD=18.5466;RBI=0.0064206;REFB=-0.00165928;REVB=-0.00548757;RO=147;SAF=55;SAR=81;SRF=52;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502274;STB=0.530884;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00172858;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:288:147:152:136:136:0.472222:81:55:52:95:81:55:53:99 chr19 501719 . T C 588.24 PASS AF=0.84;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0148065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.519;QD=47.0595;RBI=0.0194646;REFB=-0.050888;REVB=-0.0126348;RO=6;SAF=7;SAR=35;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52699e-08;STB=0.523244;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00745132;OID=.;OPOS=501719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:49:50:6:8:42:42:0.84:35:7:1:5:35:7:2:6 chr19 501725 . G A 101.84 PASS AF=0.276596;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.000928954;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.141;QD=8.66711;RBI=0.013815;REFB=-0.0137882;REVB=-0.0137837;RO=34;SAF=1;SAR=11;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304608;STB=0.565605;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0402176;OID=.;OPOS=501725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:12:13:0.276596:11:1:7:27:11:2:7:27 chr19 501738 . C A 34.82 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=35;FWDB=-0.0398259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.78;QD=2.96339;RBI=0.0398288;REFB=-0.00451144;REVB=0.000478497;RO=38;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104994;STB=0.532379;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.086602;OID=.;OPOS=501738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:47:47:38:40:7:7:0.148936:6:1:4:34:6:1:5:35 chr19 501743 . T C 223.8 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0510524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.287;QD=19.461;RBI=0.0552214;REFB=-0.00515043;REVB=-0.0210487;RO=23;SAF=4;SAR=18;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518891;STB=0.52256;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0217095;OID=.;OPOS=501743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:18:4:5:18:18:4:5:19 chr19 544140 . G A 1762.1 PASS AF=0.457002;AO=186;DP=406;FAO=186;FDP=407;FR=.;FRO=221;FSAF=79;FSAR=107;FSRF=101;FSRR=120;FWDB=0.042849;FXX=0.00245092;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.894;QD=17.318;RBI=0.0428809;REFB=-0.00718083;REVB=0.00165424;RO=220;SAF=79;SAR=107;SRF=101;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343119;STB=0.517837;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00680226;OID=.;OPOS=544140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:407:220:221:186:186:0.457002:107:79:101:119:107:79:101:120 chr19 549080 . A G 2583.86 PASS AF=0.476619;AO=264;DP=555;FAO=265;FDP=556;FR=.;FRO=291;FSAF=116;FSAR=149;FSRF=132;FSRR=159;FWDB=0.0124743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5818;QD=18.5889;RBI=0.0616142;REFB=0.0366634;REVB=-0.0603383;RO=290;SAF=115;SAR=149;SRF=132;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189077;STB=0.50842;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.0409546;OID=.;OPOS=549080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:555:556:290:291:264:265:0.476619:149:115:132:158:149:116:132:159 chr19 549678 . A G 1748.33 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.383;QD=60.8114;RBI=0.0217683;REFB=0;REVB=0.0102248;RO=0;SAF=46;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92051e-06;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:115:0:0:112:115:1:66:46:0:0:68:47:0:0 chr19 549724 . CT C,CC 931.74 PASS AF=0.107692,0.892308;AO=12,55;DP=68;FAO=7,58;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=5,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750786,0.063618;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=273.988,285.829;QD=57.338;RBI=0.0751808,0.0637257;REFB=0,0;REVB=-0.00391936,-0.00370309;RO=0;SAF=4,19;SAR=8,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.75811e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0229681,-0.00125157;OID=.,.;OPOS=549725,549725;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.107692,0.892308:12,55:68:7,58:65:0:2,21:5,37:0:0:18:0:4,19:8,36:0:0 chr19 603625 . T C 573.25 PASS AF=0.402439;AO=65;DP=164;FAO=66;FDP=164;FR=.;FRO=98;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.014588;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.442;QD=13.9817;RBI=0.0212692;REFB=-0.0158342;REVB=-0.015478;RO=97;SAF=36;SAR=29;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629895;STB=0.53642;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0243875;OID=.;OPOS=603625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:97:98:65:66:0.402439:29:36:48:49:29:37:49:49 chr19 603634 . T C 657.58 PASS AF=0.414773;AO=73;DP=177;FAO=73;FDP=176;FR=.;FRO=103;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.0197426;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.024;QD=14.9451;RBI=0.0197603;REFB=0.00683261;REVB=-0.0008374;RO=103;SAF=40;SAR=33;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553073;STB=0.530993;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0167252;OID=.;OPOS=603634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:103:103:73:73:0.414773:33:40:51:52:33:40:51:52 chr19 603769 . T C 1530.39 PASS AF=0.456338;AO=161;DP=354;FAO=162;FDP=355;FR=.;FRO=193;FSAF=89;FSAR=73;FSRF=101;FSRR=92;FWDB=-0.0223667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.705;QD=17.2438;RBI=0.0291859;REFB=-0.0121656;REVB=0.0187496;RO=192;SAF=89;SAR=72;SRF=101;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265518;STB=0.514269;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0122983;OID=.;OPOS=603769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:355:192:193:161:162:0.456338:72:89:101:91:73:89:101:92 chr19 603826 . C T 1081.02 PASS AF=0.407285;AO=121;DP=304;FAO=123;FDP=302;FR=.;FRO=179;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=98;FSRR=81;FWDB=-0.0274648;FXX=0.00983574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4307;QD=14.3182;RBI=0.0293411;REFB=0.00153841;REVB=-0.0103238;RO=181;SAF=69;SAR=52;SRF=100;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193237;STB=0.517961;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00284457;OID=.;OPOS=603826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:302:181:179:121:123:0.407285:52:69:100:81:52:71:98:81 chr19 603874 . C T 593.37 PASS AF=0.35533;AO=70;DP=197;FAO=70;FDP=197;FR=.;FRO=127;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=74;FSRR=53;FWDB=0.0724158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.974;QD=12.0481;RBI=0.0727315;REFB=-0.0110223;REVB=0.00676839;RO=127;SAF=45;SAR=25;SRF=74;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722389;STB=0.541237;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0228456;OID=.;OPOS=603874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:127:127:70:70:0.35533:25:45:74:53:25:45:74:53 chr19 605171 . T C 6242.28 PASS AF=1;AO=382;DP=384;FAO=395;FDP=395;FR=.;FRO=0;FSAF=188;FSAR=207;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484487;FXX=0.00252519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.858;QD=63.213;RBI=0.0507137;REFB=0.0425129;REVB=0.0149868;RO=1;SAF=179;SAR=203;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00265863;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91743e-05;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:384:395:1:0:382:395:1:203:179:1:0:207:188:0:0 chr19 607984 . G C 429.58 PASS AF=0.366906;AO=50;DP=141;FAO=51;FDP=139;FR=.;FRO=88;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.0416095;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.28;QD=12.3621;RBI=0.0601975;REFB=-0.00455384;REVB=-0.0435016;RO=87;SAF=28;SAR=22;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607437;STB=0.543733;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00645372;OID=.;OPOS=607984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:87:88:50:51:0.366906:22:28:44:43:22:29:44:44 chr19 613898 . T C 6280.65 PASS AF=1;AO=396;DP=399;FAO=402;FDP=402;FR=.;FRO=0;FSAF=229;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244463;FXX=0.00495037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7688;QD=62.494;RBI=0.029571;REFB=0;REVB=0.0166381;RO=1;SAF=229;SAR=167;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00284928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.35401e-05;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:399:402:1:0:396:402:1:167:229:0:1:173:229:0:0 chr19 619021 . G C 1183.0 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00341802;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.108;QD=59.8986;RBI=0.0528449;REFB=-0.149935;REVB=0.0527342;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000395825;OID=.;OPOS=619021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:0:1:77:78:0.987342:34:43:0:0:35:43:0:1 chr19 621063 . A G 2878.34 PASS AF=0.922018;AO=199;DP=216;FAO=201;FDP=218;FR=.;FRO=17;FSAF=112;FSAR=89;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0233522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4529;QD=52.8135;RBI=0.0440046;REFB=-0.0124653;REVB=-0.0372972;RO=16;SAF=112;SAR=87;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623309;STB=0.529876;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00343644;OID=.;OPOS=621063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:216:218:16:17:199:201:0.922018:87:112:2:14:89:112:3:14 chr19 621070 . G A 3836.72 PASS AF=0.987854;AO=243;DP=248;FAO=244;FDP=247;FR=.;FRO=3;FSAF=123;FSAR=121;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0269516;FXX=0.0040321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.404;QD=62.1331;RBI=0.0326177;REFB=-0.104809;REVB=0.0183718;RO=4;SAF=123;SAR=120;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00752617;STB=0.506024;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000152014;OID=.;OPOS=621070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:248:247:4:3:243:244:0.987854:120:123:3:1:121:123:3:0 chr19 621712 . A G 2296.3 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0353758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2379;QD=60.0341;RBI=0.0648765;REFB=-0.0921309;REVB=-0.054383;RO=2;SAF=87;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108084;STB=0.502825;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000135726;OID=.;OPOS=621712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:2:1:151:152:0.993464:64:87:2:0:64:88:1:0 chr19 622336 . T G 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.664;QD=60.0297;RBI=0.00587154;REFB=0;REVB=0.00558194;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55818e-05;OID=.;OPOS=622336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr19 625198 . A G 2379.71 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.33;QD=61.0181;RBI=0.0348907;REFB=0;REVB=0.0164712;RO=0;SAF=64;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24855e-05;OID=.;OPOS=625198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:156:0:0:151:156:1:87:64:0:0:90:66:0:0 chr19 641215 . T C 2057.32 PASS AF=0.992593;AO=128;DP=131;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.753;QD=60.9577;RBI=0.0228988;REFB=-0.0597554;REVB=-0.00029638;RO=1;SAF=57;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664653;STB=0.503401;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=7.2482e-05;OID=.;OPOS=641215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:135:1:1:128:134:0.992593:71:57:0:1:73:61:0:1 chr19 687078 . G A 673.63 PASS AF=0.467532;AO=68;DP=151;FAO=72;FDP=154;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.00406836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.937;QD=17.497;RBI=0.0086632;REFB=-0.0105819;REVB=0.00764849;RO=79;SAF=34;SAR=34;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612713;STB=0.512983;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.012992;OID=.;OPOS=687078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:79:82:68:72:0.467532:34:34:40:39:36:36:43:39 chr19 687112 . G A 406.24 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00234224;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.94;QD=17.4727;RBI=0.0114103;REFB=-0.00978242;REVB=0.0111673;RO=51;SAF=27;SAR=15;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368562;STB=0.520651;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0140706;OID=.;OPOS=687112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:15:27:31:20:15:27:31:20 chr19 687142 . G A 451.94 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5417;QD=53.1698;RBI=0.0638093;REFB=-0.0167695;REVB=0.0596551;RO=1;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548081;STB=0.510198;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00148966;OID=.;OPOS=687142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:34:34:1:1:32:33:0.970588:8:24:0:1:9:24:1:0 chr19 691909 . T C 3763.18 PASS AF=0.991701;AO=239;DP=241;FAO=239;FDP=241;FR=.;FRO=2;FSAF=118;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0158596;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.266;QD=62.4594;RBI=0.0490277;REFB=-0.0196502;REVB=0.0463917;RO=2;SAF=118;SAR=121;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.93464e-05;STB=0.500052;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=1.88424e-05;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:241:241:2:2:239:239:0.991701:121:118:1:1:121:118:1:1 chr19 727097 . G A 4137.52 PASS AF=0.978417;AO=269;DP=275;FAO=272;FDP=278;FR=.;FRO=6;FSAF=84;FSAR=188;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.061456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.3185;QD=59.5326;RBI=0.0615629;REFB=-0.0179575;REVB=-0.00362711;RO=5;SAF=84;SAR=185;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115939;STB=0.504814;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000416647;OID=.;OPOS=727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:275:278:5:6:269:272:0.978417:185:84:3:2:188:84:3:3 chr19 731144 . A G 4769.55 PASS AF=1;AO=305;DP=308;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424979;FXX=0.00967711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.334;QD=62.144;RBI=0.0429244;REFB=0;REVB=-0.00603613;RO=1;SAF=143;SAR=162;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00332373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130909;OID=.;OPOS=731144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:308:307:1:0:305:307:1:162:143:1:0:162:145:0:0 chr19 746409 . G A 1276.81 PASS AF=0.542222;AO=121;DP=224;FAO=122;FDP=225;FR=.;FRO=103;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=0.00492627;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2554;QD=22.6988;RBI=0.0166723;REFB=-0.00456741;REVB=0.0159279;RO=101;SAF=55;SAR=66;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587342;STB=0.525489;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00165333;OID=.;OPOS=746409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:101:103:121:122:0.542222:66:55:53:48:66:56:53:50 chr19 756985 . T G 648.34 PASS AF=0.418605;AO=72;DP=175;FAO=72;FDP=172;FR=.;FRO=100;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.00465233;FXX=0.0171419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0226;QD=15.0777;RBI=0.0125045;REFB=0.000649052;REVB=-0.0116068;RO=100;SAF=42;SAR=30;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10806;STB=0.56053;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.000333623;OID=.;OPOS=756985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:172:100:100:72:72:0.418605:30:42:48:52:30:42:48:52 chr19 757399 . A C 1165.41 PASS AF=0.469231;AO=122;DP=260;FAO=122;FDP=260;FR=.;FRO=138;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=68;FSRR=70;FWDB=-0.0111208;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.881;QD=17.9293;RBI=0.0119666;REFB=-0.00864348;REVB=-0.0044189;RO=136;SAF=71;SAR=51;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863193;STB=0.547888;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0116986;OID=.;OPOS=757399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:136:138:122:122:0.469231:51:71:67:69:51:71:68:70 chr19 757412 . A G 1262.41 PASS AF=0.474453;AO=130;DP=274;FAO=130;FDP=274;FR=.;FRO=144;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=73;FSRR=71;FWDB=0.0065029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.917;QD=18.4294;RBI=0.00680563;REFB=-0.027099;REVB=0.00200722;RO=143;SAF=74;SAR=56;SRF=72;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630835;STB=0.533064;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.034979;OID=.;OPOS=757412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:143:144:130:130:0.474453:56:74:72:71:56:74:73:71 chr19 757606 . T C 486.45 PASS AF=0.405797;AO=53;DP=136;FAO=56;FDP=138;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.00414799;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.129;QD=14.0999;RBI=0.00536563;REFB=-0.0115025;REVB=-0.00340356;RO=80;SAF=24;SAR=29;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00304263;STB=0.502877;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0191862;OID=.;OPOS=757606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:80:82:53:56:0.405797:29:24:36:44:31:25:37:45 chr19 880066 . G A 4491.2 PASS AF=0.945619;AO=304;DP=323;FAO=313;FDP=331;FR=.;FRO=18;FSAF=165;FSAR=148;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00395124;FXX=0.00600583;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.26;QD=54.2743;RBI=0.00632292;REFB=-0.139399;REVB=0.00493629;RO=18;SAF=165;SAR=139;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342454;STB=0.516601;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00176014;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:323:331:18:18:304:313:0.945619:139:165:4:14:148:165:4:14 chr19 885818 . A G 1821.5 PASS AF=0.98374;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0774079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1821;QD=59.2357;RBI=0.0776119;REFB=-0.0911647;REVB=0.00562294;RO=2;SAF=59;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000131924;STB=0.500202;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00507931;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:123:2:2:119:121:0.98374:60:59:1:1:62:59:1:1 chr19 893538 . C A 362.5 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0109207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.892;QD=27.8848;RBI=0.0257447;REFB=-0.000647516;REVB=-0.0233136;RO=18;SAF=28;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279069;STB=0.654103;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000170796;OID=.;OPOS=893538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:6:28:9:9:6:28:9:9 chr19 900951 . A G 4975.92 PASS AF=1;AO=275;DP=341;FAO=332;FDP=332;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=127;FSAR=205;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113139;FXX=0.0119044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.717;QD=59.9508;RBI=0.115993;REFB=0;REVB=0.0255732;RO=0;SAF=91;SAR=184;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700757;OID=.;OPOS=900951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:341:332:0:0:275:332:1:184:91:0:0:205:127:0:0 chr19 901507 . A G 3686.33 PASS AF=1;AO=213;DP=220;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170927;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.953;QD=60.931;RBI=0.0566567;REFB=-0.0413948;REVB=0.0540169;RO=3;SAF=98;SAR=115;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122638;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012143;OID=.;OPOS=901507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:220:242:3:0:213:242:1:115:98:0:3:140:102:0:0 chr19 929753 . A G 61.94 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.132;QD=35.3925;RBI=0.0413717;REFB=0;REVB=-0.0271498;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111101;OID=.;OPOS=929753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr19 965043 . T C 1770.72 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450868;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.128;QD=61.0594;RBI=0.045308;REFB=0;REVB=-0.00447179;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62377e-05;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:64:52:0:0:64:52:0:0 chr19 972279 . CAG AAC,C 159.63 PASS AF=0.111111,0.388889;AO=4,13;DP=36;FAO=4,14;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4,11;FSAR=0,3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.008441,0.0176808;FXX=0.0270197;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=184.449,180.421;QD=17.7368;RBI=0.0246257,0.0268083;REFB=-0.0185117,-0.0244651;REVB=-0.0231338,-0.0201513;RO=17;SAF=4,10;SAR=0,3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.653209,0.26923;STB=0.99728,0.714668;STBP=0.024,0.052;TYPE=mnp,del;VARB=-0.00415709,0.0183761;OID=.,.;OPOS=972279,972280;OREF=CAG,AG;OALT=AAC,-;OMAPALT=AAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:36:36:17:18:4,13:4,14:0.111111,0.388889:0,3:4,10:9:8:0,3:4,11:8:10 chr19 984533 . T C 1959.85 PASS AF=0.491139;AO=194;DP=395;FAO=194;FDP=395;FR=.;FRO=201;FSAF=101;FSAR=93;FSRF=86;FSRR=115;FWDB=-0.0199429;FXX=0.00252519;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.949;QD=19.8465;RBI=0.0205734;REFB=-0.000809808;REVB=0.00505432;RO=200;SAF=101;SAR=93;SRF=85;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883657;STB=0.547093;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000701407;OID=.;OPOS=984533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:395:200:201:194:194:0.491139:93:101:85:115:93:101:86:115 chr19 990281 . G A 1243.12 PASS AF=0.459075;AO=129;DP=285;FAO=129;FDP=281;FR=.;FRO=152;FSAF=79;FSAR=50;FSRF=75;FSRR=77;FWDB=0.00480889;FXX=0.0140346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.461;QD=17.6957;RBI=0.0110129;REFB=-0.0176512;REVB=0.0099075;RO=147;SAF=79;SAR=50;SRF=75;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10116;STB=0.565771;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.015579;OID=.;OPOS=990281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:281:147:152:129:129:0.459075:50:79:75:72:50:79:75:77 chr19 991063 . A C 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0038233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.277;QD=14.8342;RBI=0.00550155;REFB=0.00201967;REVB=-0.00395594;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092918;STB=0.553143;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00287384;OID=.;OPOS=991063;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:13:9:15:15:13:9:15:15 chr19 991129 . G A 159.59 PASS AF=0.45;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0286771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.679;QD=15.9587;RBI=0.034244;REFB=-0.0152569;REVB=-0.0187156;RO=21;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266672;STB=0.677205;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0220184;OID=.;OPOS=991129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:17:18:0.45:4:13:11:10:4:14:11:11 chr19 991968 . T C 637.88 PASS AF=0.474453;AO=64;DP=136;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.0355628;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8168;QD=18.6242;RBI=0.0736222;REFB=-0.0222452;REVB=-0.0644633;RO=71;SAF=33;SAR=31;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858377;STB=0.539179;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0251237;OID=.;OPOS=991968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:71:72:64:65:0.474453:31:33:43:28:31:34:43:29 chr19 1003172 . C T 7982.25 PASS AF=1;AO=499;DP=504;FAO=507;FDP=507;FR=.;FRO=0;FSAF=213;FSAR=294;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306113;FXX=0.00976543;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.833;QD=62.9763;RBI=0.0307998;REFB=-0.0563893;REVB=0.00340184;RO=2;SAF=206;SAR=293;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82216e-05;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:504:507:2:0:499:507:1:293:206:2:0:294:213:0:0 chr19 1036552 . T C 6269.14 PASS AF=1;AO=399;DP=405;FAO=401;FDP=401;FR=.;FRO=0;FSAF=263;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533401;FXX=0.0098763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.388;QD=62.5351;RBI=0.0533591;REFB=-0.0356864;REVB=-0.00142461;RO=1;SAF=261;SAR=138;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00182517;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111675;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:405:401:1:0:399:401:1:138:261:1:0:138:263:0:0 chr19 1038995 . A C 9822.36 PASS AF=1;AO=607;DP=608;FAO=623;FDP=623;FR=.;FRO=0;FSAF=260;FSAR=363;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943169;FXX=0.00160254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.325;QD=63.0649;RBI=0.0105311;REFB=-0.0408209;REVB=-0.00468488;RO=1;SAF=246;SAR=361;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00193752;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4577e-06;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:608:623:1:0:607:623:1:361:246:1:0:363:260:0:0 chr19 1042809 . A G 1273.21 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.773;QD=61.3597;RBI=0.0227589;REFB=0;REVB=-0.0141592;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37159e-05;OID=.;OPOS=1042809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:49:33:0:0:49:34:0:0 chr19 1047002 . A G 3351.12 PASS AF=1;AO=215;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764193;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8545;QD=61.7718;RBI=0.0667935;REFB=0;REVB=-0.0663549;RO=0;SAF=103;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144303;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:218:217:0:0:215:217:1:112:103:0:0:113:104:0:0 chr19 1047161 . A G 4672.65 PASS AF=1;AO=279;DP=281;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.079;QD=61.8894;RBI=0.0138485;REFB=0;REVB=-0.00699061;RO=0;SAF=125;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0469e-06;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:281:302:0:0:279:302:1:154:125:0:0:162:140:0:0 chr19 1049305 . C A 13396.7 PASS AF=1;AO=837;DP=844;FAO=841;FDP=841;FR=.;FRO=0;FSAF=444;FSAR=397;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238943;FXX=0.0059101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9137;QD=63.7181;RBI=0.072104;REFB=0.0169254;REVB=0.0680297;RO=1;SAF=442;SAR=395;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120808;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97951e-05;OID=.;OPOS=1049305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:57:844:841:1:0:837:841:1:395:442:0:1:397:444:0:0 chr19 1052005 . C T 3289.3 PASS AF=1;AO=212;DP=217;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102969;FXX=0.0230404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.965;QD=62.0623;RBI=0.039066;REFB=0.0909588;REVB=0.0390525;RO=1;SAF=106;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0044733;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.19276e-05;OID=.;OPOS=1052005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:217:212:1:0:212:212:1:106:106:0:1:106:106:0:0 chr19 1054060 . A G 2197.47 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.01;QD=63.2367;RBI=0.0376746;REFB=0;REVB=0.00424553;RO=0;SAF=58;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36007e-05;OID=.;OPOS=1054060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:81:58:0:0:81:58:0:0 chr19 1055191 . G A 2056.3 PASS AF=0.964286;AO=135;DP=141;FAO=135;FDP=140;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0493036;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.798;QD=58.7515;RBI=0.0540981;REFB=-0.0246563;REVB=0.0222658;RO=4;SAF=65;SAR=70;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00101366;STB=0.502914;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00100287;OID=.;OPOS=1055191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:141:140:4:5:135:135:0.964286:70:65:2:2:70:65:2:3 chr19 1056065 . A G 1308.62 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.389;QD=61.582;RBI=0.0410936;REFB=0;REVB=0.024245;RO=0;SAF=20;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.14185e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323633;OID=.;OPOS=1056065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:64:20:0:0:64:21:0:0 chr19 1056492 . G C 517.84 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0015679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.2622;QD=54.5091;RBI=0.00445624;REFB=0.0781908;REVB=0.0041713;RO=1;SAF=9;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491764;STB=0.517232;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00366669;OID=.;OPOS=1056492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:27:9:1:0:27:9:1:1 chr19 1059004 . A G 1820.29 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0677509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5672;QD=61.1862;RBI=0.0686681;REFB=0;REVB=0.0111858;RO=0;SAF=55;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238627;OID=.;OPOS=1059004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:117:119:1:62:55:0:0:64:55:0:0 chr19 1064193 . G A 9508.72 PASS AF=0.987055;AO=600;DP=612;FAO=610;FDP=618;FR=.;FRO=8;FSAF=309;FSAR=301;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0230865;FXX=0.00322575;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.603;QD=61.5451;RBI=0.0354603;REFB=-0.0364752;REVB=0.0269155;RO=8;SAF=306;SAR=294;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967459;STB=0.503321;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000623382;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:612:618:8:8:600:610:0.987055:294:306:1:7:301:309:2:6 chr19 1065018 . G T 801.12 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.3962;QD=57.2231;RBI=0.0427289;REFB=0;REVB=0.0417637;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504095;OID=.;OPOS=1065018;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr19 1068734 . T C 6761.71 PASS AF=1;AO=426;DP=430;FAO=428;FDP=428;FR=.;FRO=0;FSAF=172;FSAR=256;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262835;FXX=0.00465105;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.713;QD=63.1935;RBI=0.0273616;REFB=-0.0512708;REVB=-0.00760494;RO=2;SAF=170;SAR=256;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.005582;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208265;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:430:428:2:0:426:428:1:256:170:2:0:256:172:0:0 chr19 1068738 . G A 6310.01 PASS AF=0.987835;AO=406;DP=412;FAO=406;FDP=411;FR=.;FRO=5;FSAF=160;FSAR=246;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0544654;FXX=0.0072462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.906;QD=61.4113;RBI=0.0727787;REFB=-0.0675087;REVB=0.0482727;RO=4;SAF=160;SAR=246;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117797;STB=0.505159;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000358283;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:412:411:4:5:406:406:0.987835:246:160:4:0:246:160:4:1 chr19 1074000 . A T 6015.61 PASS AF=1;AO=380;DP=381;FAO=380;FDP=380;FR=.;FRO=0;FSAF=214;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134763;FXX=0.0026246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.33;QD=63.3222;RBI=0.0149097;REFB=0.00753068;REVB=0.00637894;RO=1;SAF=214;SAR=166;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222488;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0254e-06;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:381:380:1:0:380:380:1:166:214:1:0:166:214:0:0 chr19 1077985 . A G 1660.44 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0992774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.775;QD=60.3798;RBI=0.099643;REFB=0;REVB=0.00852864;RO=0;SAF=72;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199196;OID=.;OPOS=1077985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:108:110:1:36:72:0:0:36:74:0:0 chr19 1080311 . G C 1185.18 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9829;QD=60.7785;RBI=0.0730866;REFB=0;REVB=0.0243883;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728757;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr19 1081617 . A G 531.42 PASS AF=1;AO=29;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.6591;QD=59.0466;RBI=0.120521;REFB=0;REVB=0.120431;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265346;OID=.;OPOS=1081617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:29:36:1:8:21:0:0:14:22:0:0 chr19 1094004 . G A 4254.25 PASS AF=1;AO=265;DP=268;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312223;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.916;QD=62.5625;RBI=0.0337874;REFB=-0.0948427;REVB=0.0129135;RO=0;SAF=121;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87208e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7756e-05;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:268:272:0:0:265:272:1:144:121:0:0:146:126:0:0 chr19 1106615 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.785;QD=64.1516;RBI=0.0257526;REFB=0;REVB=0.0189813;RO=0;SAF=7;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95458e-05;OID=.;OPOS=1106615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:42:7:0:0:42:7:0:0 chr19 1109213 . A G 43.33 PASS AF=0.0163934;AO=104;DP=222;FAO=2;FDP=122;FR=.;FRO=120;FSAF=1;FSAR=1;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=-0.0266053;FXX=0.455337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.453;QD=1.42061;RBI=0.0306429;REFB=-0.00368282;REVB=-0.0152034;RO=111;SAF=53;SAR=51;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121036;STB=0.508116;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0852259;OID=.;OPOS=1109213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:222:122:111:120:104:2:0.0163934:51:53:58:53:1:1:61:59 chr19 1109215 . G A 1018.11 PASS AF=0.462882;AO=106;DP=229;FAO=106;FDP=229;FR=.;FRO=123;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=0.00124509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.767;QD=17.7835;RBI=0.0146216;REFB=-0.0149315;REVB=0.0145684;RO=123;SAF=55;SAR=51;SRF=62;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01439;STB=0.507956;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0147999;OID=.;OPOS=1109215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:123:123:106:106:0.462882:51:55:62:61:51:55:62:61 chr19 1228260 . C A 1817.17 PASS AF=0.457746;AO=195;DP=427;FAO=195;FDP=426;FR=.;FRO=231;FSAF=97;FSAR=98;FSRF=91;FSRR=140;FWDB=-0.0486976;FXX=0.00234187;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.9882;QD=17.0626;RBI=0.0505628;REFB=0.0157864;REVB=0.0136068;RO=230;SAF=97;SAR=98;SRF=90;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104317;STB=0.556149;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0201016;OID=.;OPOS=1228260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:426:230:231:195:195:0.457746:98:97:90:140:98:97:91:140 chr19 1231142 . T C 3078.86 PASS AF=1;AO=181;DP=214;FAO=200;FDP=200;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=160;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274456;FXX=0.0654175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.944;QD=61.5772;RBI=0.0437148;REFB=0;REVB=0.0340253;RO=0;SAF=143;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177466;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:214:200:0:0:181:200:1:38:143:0:0:40:160:0:0 chr19 1234255 . C T 1949.05 PASS AF=0.474178;AO=197;DP=423;FAO=202;FDP=426;FR=.;FRO=224;FSAF=106;FSAR=96;FSRF=101;FSRR=123;FWDB=0.0216774;FXX=0.025171;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.982;QD=18.3009;RBI=0.0247421;REFB=-0.0137383;REVB=0.0119272;RO=222;SAF=106;SAR=91;SRF=100;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842471;STB=0.538779;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0182837;OID=.;OPOS=1234255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:426:222:224:197:202:0.474178:91:106:100:122:96:106:101:123 chr19 1272040 . T C 6303.82 PASS AF=1;AO=401;DP=406;FAO=404;FDP=404;FR=.;FRO=0;FSAF=161;FSAR=243;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000769051;FXX=0.00737083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.611;QD=62.414;RBI=0.00752479;REFB=-0.0441196;REVB=0.00748538;RO=1;SAF=160;SAR=241;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00197635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243293;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:406:404:1:0:401:404:1:241:160:0:1:243:161:0:0 chr19 1277275 . G C 1708.91 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00761062;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8711;QD=61.0326;RBI=0.00847328;REFB=0;REVB=0.00372489;RO=0;SAF=66;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113643;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:111:112:1:45:66:0:0:45:67:0:0 chr19 1321754 . G A 442.02 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00408112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.792;QD=19.8661;RBI=0.0214542;REFB=-0.0168945;REVB=0.0210625;RO=45;SAF=21;SAR=23;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030013;STB=0.516651;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0159287;OID=.;OPOS=1321754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:23:21:20:25:23:21:20:25 chr19 1389043 . CAT C 230.13 PASS AF=0.490566;AO=23;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00522224;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.859;QD=17.3686;RBI=0.00713223;REFB=-0.0186975;REVB=-0.00485766;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320965;STB=0.51514;STBP=0.833;TYPE=del;VARB=0.0198707;OID=.;OPOS=1389044;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490566:23:53:26:53:27:8:18:9:18:99:27:7:16:9:18 chr19 1394466 . G GTGC 396.17 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00560934;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.888;QD=13.9007;RBI=0.00701439;REFB=-0.031552;REVB=-0.00421153;RO=72;SAF=20;SAR=26;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100248;STB=0.55655;STBP=0.35;TYPE=ins;VARB=0.0403308;OID=.;OPOS=1394467;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403509:46:118:46:114:68:20:26:36:32:99:72:20:26:38:34 chr19 1434829 . CGGGGGGCC CGGGGG,CGGGGGC,CGGGGGCC,CGGGGGCCC 157.34 PASS AF=0,0.410714,0.0714286,0;AO=7,11,7,3;DP=62;FAO=0,23,4,0;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=0,17,2,0;FSAR=0,6,2,0;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.216341,-0.257955,-0.0245045,0.228006;FXX=0.0508388;HRUN=6,6,6,6;LEN=3,2,1,1;MLLD=20.8899,15.7217,9.29835,11.4655;QD=11.2385;RBI=0.228307,0.289403,0.163588,0.228779;REFB=-0.0171642,-0.0360259,-0.04491,-0.0117119;REVB=0.0729437,0.131199,0.161742,0.0187973;RO=25;SAF=7,7,3,3;SAR=0,4,4,0;SRF=8;SRR=17;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.435897,0.435897,0.435897,0;SSSB=0.769499,0.348831,0.136405,0.650786;STB=0.5,0.753478,0.696139,0.5;STBP=1,0.004,0.471,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0556026,0.0623037,0.0920637,0;OID=.,.,.,.;OPOS=1434835,1434835,1434830,1434835;OREF=GCC,GC,G,G;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=CGGGGG,CGGGGGC,CGGGGGCC,CGGGGGCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.410714,0.0714286,0:7,11,7,3:62:0,23,4,0:56:29:0,17,2,0:0,6,2,0:8:21:99:25:7,7,3,3:0,4,4,0:8:17 chr19 1483346 . C G 1484.01 PASS AF=0.339518;AO=180;DP=542;FAO=183;FDP=539;FR=.;FRO=356;FSAF=78;FSAR=105;FSRF=167;FSRR=189;FWDB=-0.00323417;FXX=0.00919101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.334;QD=11.0131;RBI=0.00876107;REFB=-0.0159332;REVB=0.00814227;RO=360;SAF=77;SAR=103;SRF=171;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558067;STB=0.528698;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0288161;OID=.;OPOS=1483346;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:542:539:360:356:180:183:0.339518:103:77:171:189:105:78:167:189 chr19 1510661 . A G 1135.19 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.744;QD=60.5436;RBI=0.0514885;REFB=0;REVB=0.0472762;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282851;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr19 1575326 . A G 323.12 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.019562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3702;QD=47.8695;RBI=0.0270126;REFB=0.0245756;REVB=-0.0186282;RO=2;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206975;STB=0.511173;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.0168482;OID=.;OPOS=1575326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:9:16:1:1:9:16:1:1 chr19 1609267 . A G 749.83 PASS AF=0.95;AO=55;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0222705;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.76;QD=49.9883;RBI=0.0391862;REFB=-0.0209468;REVB=-0.0322426;RO=1;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129164;STB=0.518981;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000694218;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:60:60:1:3:55:57:0.95:36:19:0:1:38:19:0:3 chr19 1615796 . G A 448.42 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0832;QD=56.0521;RBI=0.116678;REFB=0;REVB=0.114442;RO=1;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174945;OID=.;OPOS=1615796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:1:0:31:32:1:24:7:0:1:25:7:0:0 chr19 1619339 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.517;QD=63.5816;RBI=0.116752;REFB=0;REVB=-0.00472204;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000657768;OID=.;OPOS=1619339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr19 1624007 . A G 10379.0 PASS AF=0.982327;AO=661;DP=672;FAO=667;FDP=679;FR=.;FRO=12;FSAF=359;FSAR=308;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0362197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5921;QD=61.1429;RBI=0.0366945;REFB=0.0276338;REVB=0.00588432;RO=11;SAF=359;SAR=302;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00866868;STB=0.503767;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00630648;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:672:679:11:12:661:667:0.982327:302:359:9:2:308:359:9:3 chr19 1782798 . A G 572.48 PASS AF=0.58427;AO=51;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0123611;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.748;QD=25.7294;RBI=0.0225312;REFB=-0.0196483;REVB=0.0188377;RO=37;SAF=24;SAR=27;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156541;STB=0.588203;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0138918;OID=.;OPOS=1782798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:37:51:52:0.58427:27:24:10:27:27:25:10:27 chr19 1789556 . C T 1017.05 PASS AF=0.524064;AO=98;DP=187;FAO=98;FDP=187;FR=.;FRO=89;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.00867757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7374;QD=21.7552;RBI=0.0087241;REFB=0.0137758;REVB=0.00089982;RO=89;SAF=58;SAR=40;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268654;STB=0.514713;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0162936;OID=.;OPOS=1789556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:89:89:98:98:0.524064:40:58:50:39:40:58:50:39 chr19 1796166 . C T 833.5 PASS AF=0.467391;AO=86;DP=184;FAO=86;FDP=184;FR=.;FRO=98;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=-1.64131e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.143;QD=18.1195;RBI=0.00300263;REFB=0.00010822;REVB=0.00300263;RO=96;SAF=43;SAR=43;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00993852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129127;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:96:98:86:86:0.467391:43:43:49:47:43:43:49:49 chr19 1796943 . C T 668.3 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=135;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=0.0271722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.44;QD=19.5125;RBI=0.0303882;REFB=-0.0266689;REVB=0.0136057;RO=63;SAF=41;SAR=26;SRF=18;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282268;STB=0.642647;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0292471;OID=.;OPOS=1796943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:63:70:67:67:0.489051:26:41:18:45:26:41:23:47 chr19 1799763 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAT,CAAGAAAAAAAA,CATCAAAAAAAA 314.52 PASS AF=0.609756,0.243902,0,0.146341;AO=8,3,2,2;DP=54;FAO=25,10,0,6;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,0,0;FSAR=25,0,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397944,-0.00240905,-0.00311124,-0.00180942;FXX=0.254499;HRUN=15,15,15,15;LEN=3,1,1,2;MLLD=7.22767,102.15,29.296,39.1489;QD=30.6851;RBI=0.281356,0.0383337,0.222602,0.160358;REFB=-0.104885,-0.0461354,-0.11327,-0.0751348;REVB=-0.278528,-0.038258,-0.222581,-0.160347;RO=0;SAF=0,3,0,0;SAR=8,0,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,snp,mnp;VARB=-0.0197322,0.00468083,-0.158665,-0.0834592;OID=.,.,.,.;OPOS=1799764,1799774,1799766,1799765;OREF=AAA,A,A,AA;OALT=-,T,G,TC;OMAPALT=CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAT,CAAGAAAAAAAA,CATCAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.609756,0.243902,0,0.146341:8,3,2,2:54:25,10,0,6:41:0:0,10,0,0:25,0,0,6:0:0:59:0:0,3,0,0:8,0,2,2:0:0 chr19 1806667 . C T 703.5 PASS AF=0.449704;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=169;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=-0.0325333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.974;QD=16.6508;RBI=0.043504;REFB=-0.0215825;REVB=-0.0288823;RO=91;SAF=39;SAR=37;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573466;STB=0.531286;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0277633;OID=.;OPOS=1806667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:91:93:76:76:0.449704:37:39:52:39:37:39:53:40 chr19 1810605 . T C 1066.15 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00459179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.885;QD=58.4191;RBI=0.0100164;REFB=0.0609556;REVB=-0.00890186;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155009;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000565863;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:30:41:0:1:31:41:0:1 chr19 1811547 . A G 2123.37 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465605;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.831;QD=62.9148;RBI=0.05128;REFB=0;REVB=0.0510682;RO=0;SAF=53;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54523e-06;OID=.;OPOS=1811547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:135:0:0:131:135:1:78:53:0:0:81:54:0:0 chr19 1811603 . C T 581.32 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=113;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0280293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.799;QD=20.5776;RBI=0.0281321;REFB=-0.0339763;REVB=-0.00240284;RO=54;SAF=28;SAR=31;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134131;STB=0.573707;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0237188;OID=.;OPOS=1811603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:54:59:59:0.522124:31:28:34:20:31:28:34:20 chr19 1819125 . T C 1329.54 PASS AF=0.540773;AO=125;DP=234;FAO=126;FDP=233;FR=.;FRO=107;FSAF=59;FSAR=67;FSRF=66;FSRR=41;FWDB=-0.00903615;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234;QD=22.8248;RBI=0.0202093;REFB=-0.0100311;REVB=0.0180766;RO=104;SAF=59;SAR=66;SRF=65;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127045;STB=0.567901;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00834846;OID=.;OPOS=1819125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:104:107:125:126:0.540773:66:59:65:39:67:59:66:41 chr19 1821637 . A G 2058.31 PASS AF=0.992593;AO=131;DP=133;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0652092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.978;QD=60.9871;RBI=0.0654316;REFB=-0.117648;REVB=0.00539021;RO=0;SAF=54;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06009e-08;STB=0.504347;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000484903;OID=.;OPOS=1821637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:135:0:1:131:134:0.992593:77:54:0:0:77:57:1:0 chr19 1825927 . TCTC T,TTTC 949.39 PASS AF=0.52514,0;AO=76,11;DP=195;FAO=94,0;FDP=179;FR=.;FRO=85;FSAF=31,0;FSAR=63,0;FSRF=14;FSRR=71;FWDB=0.00571853,-0.00866443;FXX=0.0628239;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=180.369,107.288;QD=21.2155;RBI=0.0119655,0.0358785;REFB=-0.0201079,0.00592604;REVB=-0.0105105,-0.0348165;RO=87;SAF=24,3;SAR=52,8;SRF=14;SRR=73;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.187702,0.203042;STB=0.594344,0.5;STBP=0.025,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00970087,0;OID=.,.;OPOS=1825928,1825928;OREF=CTC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52514,0:76,11:195:94,0:179:85:31,0:63,0:14:71:99:87:24,3:52,8:14:73 chr19 1825937 . G T 70.85 PASS AF=0.108434;AO=22;DP=167;FAO=18;FDP=166;FR=.,HEALED;FRO=138;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=108;FWDB=-0.0959984;FXX=0.0119041;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.244;QD=1.70717;RBI=0.0967667;REFB=-0.0485811;REVB=0.0121698;RO=96;SAF=3;SAR=19;SRF=17;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978139;STB=0.673452;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.175065;OID=.;OPOS=1825937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:167:166:96:138:22:18:0.108434:19:3:17:79:16:2:30:108 chr19 1827565 . A G 854.56 PASS AF=0.521212;AO=85;DP=165;FAO=86;FDP=165;FR=.;FRO=79;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=27;FWDB=-0.0185583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8405;QD=20.7165;RBI=0.0668147;REFB=-0.00388401;REVB=-0.0641857;RO=79;SAF=51;SAR=34;SRF=52;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539548;STB=0.527126;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00393073;OID=.;OPOS=1827565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:79:79:85:86:0.521212:34:51:52:27:34:52:52:27 chr19 1854557 . A G 1030.5 PASS AF=0.441767;AO=104;DP=245;FAO=110;FDP=249;FR=.;FRO=139;FSAF=85;FSAR=25;FSRF=84;FSRR=55;FWDB=-0.0126376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.529;QD=16.5542;RBI=0.0140056;REFB=-0.0123831;REVB=-0.00603723;RO=119;SAF=83;SAR=21;SRF=73;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23165;STB=0.616757;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0159325;OID=.;OPOS=1854557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:249:119:139:104:110:0.441767:21:83:73:46:25:85:84:55 chr19 1880950 . T C 1297.63 PASS AF=0.57277;AO=122;DP=213;FAO=122;FDP=213;FR=.;FRO=91;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0138262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.719;QD=24.3686;RBI=0.0160332;REFB=-0.041497;REVB=0.00811783;RO=91;SAF=56;SAR=66;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193702;STB=0.510518;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0331964;OID=.;OPOS=1880950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:91:91:122:122:0.57277:66:56:44:47:66:56:44:47 chr19 1905405 . G T 606.34 PASS AF=0.467153;AO=59;DP=134;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0512062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6253;QD=17.7033;RBI=0.13179;REFB=0.000619096;REVB=0.121436;RO=73;SAF=38;SAR=21;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220183;STB=0.590196;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00121968;OID=.;OPOS=1905405;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:73:73:59:64:0.467153:21:38:31:42:26:38:31:42 chr19 1912817 . C T 201.34 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.000720761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.33;QD=12.0205;RBI=0.0526176;REFB=-0.00188512;REVB=0.0526127;RO=42;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206127;STB=0.619009;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00270869;OID=.;OPOS=1912817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:9:16:19:23:9:16:19:23 chr19 1912934 . T C 1169.58 PASS AF=0.432526;AO=125;DP=289;FAO=125;FDP=289;FR=.;FRO=164;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=87;FSRR=77;FWDB=-0.0118159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.425;QD=16.1879;RBI=0.0213091;REFB=-0.00185087;REVB=-0.0177331;RO=164;SAF=73;SAR=52;SRF=87;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555987;STB=0.530919;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00199557;OID=.;OPOS=1912934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:164:164:125:125:0.432526:52:73:87:77:52:73:87:77 chr19 1925970 . T C 609.39 PASS AF=0.496;AO=62;DP=125;FAO=62;FDP=125;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00158825;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.196;QD=19.5006;RBI=0.00606222;REFB=-0.00565292;REVB=0.00585047;RO=63;SAF=20;SAR=42;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075048;STB=0.541534;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00419633;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:63:63:62:62:0.496:42:20:25:38:42:20:25:38 chr19 1979386 . C T 911.47 PASS AF=0.477387;AO=92;DP=198;FAO=95;FDP=199;FR=.;FRO=104;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=0.010097;FXX=0.0148508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.802;QD=18.3209;RBI=0.015108;REFB=-0.0216356;REVB=0.0112384;RO=105;SAF=36;SAR=56;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129698;STB=0.55827;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0231628;OID=.;OPOS=1979386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:105:104:92:95:0.477387:56:36:55:50:57:38:53:51 chr19 1986520 . G A 1411.89 PASS AF=0.58296;AO=128;DP=221;FAO=130;FDP=223;FR=.;FRO=93;FSAF=35;FSAR=95;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.00195407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9557;QD=25.3254;RBI=0.0272925;REFB=0.00209873;REVB=0.0272225;RO=92;SAF=35;SAR=93;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135737;STB=0.57902;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00185887;OID=.;OPOS=1986520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:223:92:93:128:130:0.58296:93:35:39:53:95:35:40:53 chr19 1997363 . A G 2773.38 PASS AF=0.994413;AO=178;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0913;QD=61.975;RBI=0.0515808;REFB=0.0545677;REVB=-0.0496956;RO=1;SAF=100;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606418;STB=0.503184;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00021362;OID=.;OPOS=1997363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:179:1:1:178:178:0.994413:78:100:0:1:78:100:0:1 chr19 2041032 . T C 2027.24 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.629;QD=62.3765;RBI=0.0246247;REFB=0;REVB=-0.0245383;RO=0;SAF=64;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81504e-05;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:66:64:0:0:66:64:0:0 chr19 2050823 . G T 1184.54 PASS AF=0.435216;AO=127;DP=297;FAO=131;FDP=301;FR=.;FRO=170;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=62;FSRR=108;FWDB=0.0147449;FXX=0.0098681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.139;QD=15.7414;RBI=0.0148317;REFB=-0.00674653;REVB=-0.00160238;RO=156;SAF=56;SAR=71;SRF=61;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507666;STB=0.54087;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.012482;OID=.;OPOS=2050823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:301:156:170:127:131:0.435216:71:56:61:95:74:57:62:108 chr19 2099250 . G A 798.53 PASS AF=0.388889;AO=91;DP=234;FAO=91;FDP=234;FR=.;FRO=143;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=86;FWDB=-0.0141313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3206;QD=13.6501;RBI=0.0720571;REFB=-0.00834557;REVB=0.0706578;RO=140;SAF=44;SAR=47;SRF=55;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983667;STB=0.552116;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0147082;OID=.;OPOS=2099250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:140:143:91:91:0.388889:47:44:55:85:47:44:57:86 chr19 2138654 . T G 342.91 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00693002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9478;QD=16.1368;RBI=0.00717938;REFB=0.00918463;REVB=0.00187569;RO=48;SAF=13;SAR=24;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254309;STB=0.64319;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0184586;OID=.;OPOS=2138654;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:24:13:29:19:24:13:29:19 chr19 2226676 . G A 150.3 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0249804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2928;QD=9.8555;RBI=0.0476737;REFB=-0.0338074;REVB=-0.040605;RO=40;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332031;STB=0.686219;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0693555;OID=.;OPOS=2226676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:41:20:20:0.327869:7:13:14:26:7:13:15:26 chr19 2249477 . G T 1111.1 PASS AF=0.417241;AO=121;DP=289;FAO=121;FDP=290;FR=.;FRO=169;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=80;FSRR=89;FWDB=0.0106603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.484;QD=15.3255;RBI=0.0114731;REFB=-0.00674097;REVB=0.00424156;RO=165;SAF=67;SAR=54;SRF=77;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902091;STB=0.546884;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00999904;OID=.;OPOS=2249477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:290:165:169:121:121:0.417241:54:67:77:88:54:67:80:89 chr19 2250469 . G A 528.52 PASS AF=0.408451;AO=58;DP=138;FAO=58;FDP=142;FR=.;FRO=84;FSAF=10;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=-0.00757232;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.266;QD=14.8878;RBI=0.0195048;REFB=-0.0496333;REVB=-0.0179749;RO=79;SAF=10;SAR=48;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274888;STB=0.645016;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0531273;OID=.;OPOS=2250469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:142:79:84:58:58:0.408451:48:10:29:50:48:10:29:55 chr19 2251817 . T C 4527.5 PASS AF=1;AO=284;DP=287;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921274;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7406;QD=63.101;RBI=0.0092283;REFB=0.0230038;REVB=0.000535635;RO=1;SAF=124;SAR=160;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00383017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31717e-06;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:287:287:1:0:284:287:1:160:124:1:0:160:127:0:0 chr19 2252990 . C G 1833.54 PASS AF=0.528529;AO=175;DP=333;FAO=176;FDP=333;FR=.;FRO=157;FSAF=73;FSAR=103;FSRF=63;FSRR=94;FWDB=-0.0248097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.37;QD=22.0245;RBI=0.0261376;REFB=-0.0262911;REVB=0.00822502;RO=156;SAF=72;SAR=103;SRF=62;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125176;STB=0.506569;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0237066;OID=.;OPOS=2252990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:156:157:175:176:0.528529:103:72:62:94:103:73:63:94 chr19 2255311 . C G 814.12 PASS AF=0.477273;AO=83;DP=176;FAO=84;FDP=176;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=29;FSRR=63;FWDB=-0.00767816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6524;QD=18.5027;RBI=0.0246588;REFB=-0.00022134;REVB=-0.023433;RO=92;SAF=27;SAR=56;SRF=29;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109732;STB=0.50373;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=6.74896e-05;OID=.;OPOS=2255311;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:92:92:83:84:0.477273:56:27:29:63:57:27:29:63 chr19 2290870 . G C 510.26 PASS AF=0.526882;AO=47;DP=91;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0312457;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.164;QD=21.9466;RBI=0.0370602;REFB=0.00546709;REVB=0.0199289;RO=44;SAF=20;SAR=27;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559622;STB=0.531633;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00915434;OID=.;OPOS=2290870;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:44:44:47:49:0.526882:27:20:16:28:28:21:16:28 chr19 2339949 . T C 1000.87 PASS AF=0.52973;AO=94;DP=178;FAO=98;FDP=185;FR=.;FRO=87;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0168245;FXX=0.0106946;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.492;QD=21.6405;RBI=0.0555629;REFB=-0.0267478;REVB=-0.0529544;RO=84;SAF=44;SAR=50;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172993;STB=0.521961;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0183901;OID=.;OPOS=2339949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:185:84:87:94:98:0.52973:50:44:41:43:53:45:44:43 chr19 2339958 . T C 2316.95 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000917774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.123;QD=60.1805;RBI=0.0358117;REFB=0.0262921;REVB=0.0357999;RO=1;SAF=71;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665294;STB=0.503496;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-1.36721e-05;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:154:1:1:153:153:0.993506:82:71:1:0:82:71:1:0 chr19 2340154 . G GC 8515.06 PASS AF=1;AO=746;DP=957;FAO=913;FDP=913;FR=.;FRO=0;FSAF=466;FSAR=447;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406596;FXX=0.004362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.5639;QD=37.3059;RBI=0.271706;REFB=0;REVB=0.268647;RO=196;SAF=424;SAR=322;SRF=73;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000892432;OID=.;OPOS=2340155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:746:957:913:913:0:466:447:0:0:99:196:424:322:73:123 chr19 2341047 . C T 640.39 PASS AF=0.512;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0484838;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.802;QD=20.4924;RBI=0.0516797;REFB=0.000698612;REVB=0.0178915;RO=60;SAF=18;SAR=46;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19773;STB=0.606247;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00068513;OID=.;OPOS=2341047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:60:61:64:64:0.512:46:18:29:31:46:18:29:32 chr19 2341059 . GT AC 1713.26 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317247;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=193.688;QD=60.6463;RBI=0.032606;REFB=0;REVB=0.00752928;RO=0;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.64539e-05;OID=.;OPOS=2341059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:68:45:0:0:68:45:0:0 chr19 2341093 . CCTCCCTGGAG ACTCCCTGCCA 55.09 PASS AF=0.138889;AO=8;DP=108;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0312915;FXX=0.339418;HRUN=3;LEN=11;MLLD=181.623;QD=3.06082;RBI=0.0544079;REFB=-0.00835391;REVB=-0.0445091;RO=45;SAF=6;SAR=2;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411416;STB=0.65188;STBP=0.315;TYPE=mnp;VARB=0.0424811;OID=.;OPOS=2341093;OREF=CCTCCCTGGAG;OALT=ACTCCCTGCCA;OMAPALT=ACTCCCTGCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:108:72:45:62:8:10:0.138889:2:6:18:27:4:6:26:36 chr19 2341301 . G A 2497.93 PASS AF=0.495968;AO=246;DP=497;FAO=246;FDP=496;FR=.;FRO=250;FSAF=116;FSAR=130;FSRF=120;FSRR=130;FWDB=0.0191723;FXX=0.00201203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.355;QD=20.1446;RBI=0.0200993;REFB=-0.00227417;REVB=0.00603395;RO=246;SAF=116;SAR=130;SRF=117;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372603;STB=0.504273;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00217602;OID=.;OPOS=2341301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:497:496:246:250:246:246:0.495968:130:116:117:129:130:116:120:130 chr19 2344022 . G A 580.83 PASS AF=0.46875;AO=59;DP=127;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0384874;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7094;QD=18.1511;RBI=0.0502865;REFB=-0.0136171;REVB=0.0323643;RO=65;SAF=25;SAR=34;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808584;STB=0.505346;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0152036;OID=.;OPOS=2344022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:65:68:59:60:0.46875:34:25:27:38:35:25:29:39 chr19 2353150 . C A 416.11 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.0221239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.536;QD=16.1595;RBI=0.0227471;REFB=-0.0161801;REVB=0.00528791;RO=55;SAF=18;SAR=28;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861235;STB=0.534158;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0180807;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:57:46:46:0.446602:28:18:17:38:28:18:19:38 chr19 2389872 . G C 713.13 PASS AF=0.473333;AO=71;DP=150;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.00127137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.96;QD=19.0169;RBI=0.00431231;REFB=0.000105746;REVB=-0.00412064;RO=79;SAF=33;SAR=38;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147108;STB=0.581321;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.000126171;OID=.;OPOS=2389872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:79:79:71:71:0.473333:38:33:49:30:38:33:49:30 chr19 2396556 . C T 239.99 PASS AF=0.490909;AO=19;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0130146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.521;QD=17.4536;RBI=0.013781;REFB=-0.0149646;REVB=0.00453168;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221313;STB=0.565937;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0117317;OID=.;OPOS=2396556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:20:28:19:27:0.490909:6:13:9:11:11:16:13:15 chr19 2396611 . C T 256.36 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00590833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.277;QD=22.7874;RBI=0.0102491;REFB=-0.0298246;REVB=-0.00837469;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168354;STB=0.594018;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0272744;OID=.;OPOS=2396611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:10:14:8:13:10:14:8:13 chr19 2398849 . A G 3150.19 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.259;QD=61.7684;RBI=0.019346;REFB=0;REVB=-0.016846;RO=0;SAF=91;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.47728e-05;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:204:0:0:203:204:1:112:91:0:0:113:91:0:0 chr19 2405456 . C T 1336.6 PASS AF=0.472222;AO=136;DP=283;FAO=136;FDP=288;FR=.;FRO=152;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=73;FSRR=79;FWDB=-0.000920995;FXX=0.00346009;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.117;QD=18.5639;RBI=0.0723369;REFB=-0.00281454;REVB=-0.072331;RO=145;SAF=68;SAR=68;SRF=73;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00323533;STB=0.510415;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00251485;OID=.;OPOS=2405456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:288:145:152:136:136:0.472222:68:68:73:72:68:68:73:79 chr19 2410332 . T C 556.53 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0448477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7572;QD=18.7069;RBI=0.0860349;REFB=-0.0288379;REVB=-0.0734213;RO=61;SAF=33;SAR=25;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262958;STB=0.514558;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0287112;OID=.;OPOS=2410332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:25:33:33:28:25:33:33:28 chr19 2413961 . G C 462.65 PASS AF=0.416;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0190495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.961;QD=14.8046;RBI=0.0211986;REFB=-0.00963523;REVB=-0.00930035;RO=72;SAF=21;SAR=31;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431141;STB=0.528899;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0156686;OID=.;OPOS=2413961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:72:73:52:52:0.416:31:21:32:40:31:21:33:40 chr19 2418031 . C T 211.76 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0166031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.168;QD=10.0839;RBI=0.0659575;REFB=0.00563409;REVB=-0.0638336;RO=57;SAF=16;SAR=11;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158092;STB=0.592524;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00890343;OID=.;OPOS=2418031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:11:16:26:31:11:16:26:31 chr19 2422034 . CT TC 40.92 PASS AF=0.136842;AO=16;DP=95;FAO=13;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=-0.0350538;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=28.6722;QD=1.72283;RBI=0.0449869;REFB=-0.0323951;REVB=-0.0281966;RO=73;SAF=15;SAR=1;SRF=19;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.744096;STB=0.944572;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.198556;OID=.;OPOS=2422034;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:95:95:73:82:16:13:0.136842:1:15:19:54:1:12:27:55 chr19 2433890 . A G 3415.9 PASS AF=1;AO=216;DP=220;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247491;FXX=0.0311097;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.773;QD=62.6771;RBI=0.0300349;REFB=0;REVB=-0.017017;RO=0;SAF=89;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451288;OID=.;OPOS=2433890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:218:0:0:216:218:1:127:89:0:0:127:91:0:0 chr19 2511467 . C T 452.71 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0231065;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6414;QD=16.1683;RBI=0.023348;REFB=-0.0171195;REVB=0.00334985;RO=62;SAF=30;SAR=20;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332461;STB=0.501858;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.018987;OID=.;OPOS=2511467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:62:62:50:50:0.446429:20:30:37:25:20:30:37:25 chr19 2538760 . A T 153.47 PASS AF=0.369565;AO=18;DP=47;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00778767;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.931;QD=13.3453;RBI=0.0102371;REFB=-0.0179719;REVB=0.00664465;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118922;STB=0.521252;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0346776;OID=.;OPOS=2538760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:29:18:17:0.369565:8:10:18:9:7:10:18:11 chr19 2714720 . A G 2293.05 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.116;QD=63.6958;RBI=0.0259178;REFB=0;REVB=0.00647841;RO=0;SAF=51;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01318e-05;OID=.;OPOS=2714720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:93:51:0:0:93:51:0:0 chr19 2714771 . T C 1794.33 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727271;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9334;QD=60.8247;RBI=0.0336344;REFB=0;REVB=0.0328387;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54591e-05;OID=.;OPOS=2714771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:118:0:0:106:118:1:57:49:0:0:66:52:0:0 chr19 2717256 . C G 1772.2 PASS AF=0.983471;AO=117;DP=120;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0121365;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.022;QD=58.5853;RBI=0.0411085;REFB=-0.0358181;REVB=0.0392761;RO=2;SAF=61;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166575;STB=0.50877;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000401035;OID=.;OPOS=2717256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:121:2:2:117:119:0.983471:56:61:0:2:56:63:0:2 chr19 2732986 . T C 1734.62 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00382388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.448;QD=59.8144;RBI=0.0135944;REFB=-0.143682;REVB=-0.0130455;RO=1;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840467;STB=0.504424;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=4.33157e-05;OID=.;OPOS=2732986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:1:1:115:115:0.991379:56:59:0:1:56:59:0:1 chr19 2762585 . A C 2258.32 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228559;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.923;QD=63.6147;RBI=0.0136648;REFB=0;REVB=0.0134723;RO=0;SAF=66;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4571e-05;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:76:66:0:0:76:66:0:0 chr19 2767192 . G T 4267.64 PASS AF=0.983108;AO=244;DP=288;FAO=291;FDP=296;FR=.;FRO=5;FSAF=116;FSAR=175;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00997376;FXX=0.0133329;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.132;QD=57.6709;RBI=0.0521127;REFB=-0.069207;REVB=0.0511494;RO=0;SAF=112;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73788e-08;STB=0.500024;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00290387;OID=.;OPOS=2767192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:288:296:0:5:244:291:0.983108:132:112:0:0:175:116:2:3 chr19 2833802 . A G 460.59 PASS AF=0.439655;AO=49;DP=114;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0313732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.843;QD=15.8825;RBI=0.0313951;REFB=-0.0156359;REVB=0.00117331;RO=65;SAF=24;SAR=25;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130894;STB=0.518411;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0210552;OID=.;OPOS=2833802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:65:65:49:51:0.439655:25:24:31:34:25:26:31:34 chr19 2833864 . G A 847.16 PASS AF=0.537415;AO=79;DP=146;FAO=79;FDP=147;FR=.;FRO=68;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0164177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.996;QD=23.052;RBI=0.0246022;REFB=-0.0256361;REVB=-0.0183228;RO=65;SAF=43;SAR=36;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465964;STB=0.527466;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0188421;OID=.;OPOS=2833864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:65:68:79:79:0.537415:36:43:39:26:36:43:41:27 chr19 2834362 . G A 307.24 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0032437;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.4;QD=20.4823;RBI=0.00649999;REFB=-0.00312267;REVB=0.00563278;RO=29;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107426;STB=0.569578;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00260331;OID=.;OPOS=2834362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:28:32:32:0.533333:15:17:19:10:15:17:19:9 chr19 2834808 . T C 92.57 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0585842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.261;QD=9.25737;RBI=0.0659833;REFB=-0.00457769;REVB=0.0303593;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178695;STB=0.590748;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0141803;OID=.;OPOS=2834808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:26:28:12:12:0.3:9:3:10:16:9:3:10:18 chr19 2853566 . A G 418.84 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.907;QD=54.0443;RBI=0.0267801;REFB=-0.172463;REVB=0.0217282;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00321836;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:1:0:15:15:1:0 chr19 2896818 . C T 885.04 PASS AF=0.494444;AO=89;DP=180;FAO=89;FDP=180;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.0153385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0922;QD=19.6676;RBI=0.019307;REFB=0.0156705;REVB=-0.0117257;RO=90;SAF=35;SAR=54;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996806;STB=0.552418;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0124822;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:90:91:89:89:0.494444:54:35:45:45:54:35:45:46 chr19 2896948 . T C 1493.05 PASS AF=0.493289;AO=147;DP=298;FAO=147;FDP=298;FR=.;FRO=151;FSAF=65;FSAR=82;FSRF=70;FSRR=81;FWDB=0.00442151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.427;QD=20.0409;RBI=0.00686034;REFB=0.00103356;REVB=0.00524542;RO=148;SAF=65;SAR=82;SRF=67;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974681;STB=0.510961;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00151981;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:148:151:147:147:0.493289:82:65:67:81:82:65:70:81 chr19 2896953 . A G 1431.79 PASS AF=0.487973;AO=141;DP=290;FAO=142;FDP=291;FR=.;FRO=149;FSAF=65;FSAR=77;FSRF=68;FSRR=81;FWDB=0.00264521;FXX=0.00682571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.256;QD=19.6809;RBI=0.00684343;REFB=-0.000132761;REVB=0.00631154;RO=148;SAF=65;SAR=76;SRF=68;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00143806;STB=0.500707;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.000258977;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:291:148:149:141:142:0.487973:76:65:68:80:77:65:68:81 chr19 2915738 . T A 988.8 PASS AF=0.612676;AO=85;DP=140;FAO=87;FDP=142;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.000847478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.732;QD=27.8535;RBI=0.0227609;REFB=-0.0183836;REVB=0.0227451;RO=53;SAF=30;SAR=55;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103738;STB=0.500269;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0128471;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:53:55:85:87:0.612676:55:30:18:35:57:30:19:36 chr19 2917186 . T C 643.47 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0110312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.338;QD=21.0973;RBI=0.0129767;REFB=0.00417673;REVB=0.00683435;RO=58;SAF=34;SAR=30;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101324;STB=0.555652;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00400084;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:58:64:64:0.52459:30:34:24:34:30:34:24:34 chr19 2917282 . G GA 154.36 PASS AF=0.416667;AO=13;DP=111;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.0399092;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9501;QD=5.71711;RBI=0.246382;REFB=0.00841081;REVB=-0.243128;RO=96;SAF=1;SAR=12;SRF=35;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45843;STB=0.504304;STBP=0.949;TYPE=ins;VARB=-0.0113403;OID=.;OPOS=2917283;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:13:111:45:108:63:14:31:20:43:99:96:1:12:35:61 chr19 2917287 . C A 449.86 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=111;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.0506707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.51;QD=16.0664;RBI=0.0542699;REFB=0.00615011;REVB=-0.0194344;RO=62;SAF=13;SAR=36;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703396;STB=0.528486;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0149788;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:62:62:49:50:0.446429:36:13:20:42:36:14:20:42 chr19 2917612 . T C 654.04 PASS AF=0.519685;AO=64;DP=126;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00644544;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.512;QD=20.5998;RBI=0.00679055;REFB=-0.00361801;REVB=-0.00213723;RO=55;SAF=27;SAR=37;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743133;STB=0.540469;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00365658;OID=.;OPOS=2917612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:55:61:64:66:0.519685:37:27:28:27:39:27:30:31 chr19 2934282 . T C 806.91 PASS AF=0.542857;AO=76;DP=140;FAO=76;FDP=140;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.000929311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4557;QD=23.0546;RBI=0.0248647;REFB=-0.000546292;REVB=-0.0248474;RO=64;SAF=25;SAR=51;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849411;STB=0.546566;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000441592;OID=.;OPOS=2934282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:64:64:76:76:0.542857:51:25:27:37:51:25:27:37 chr19 2936623 . C T 520.38 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00645397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.916;QD=20.407;RBI=0.0124595;REFB=-0.0119137;REVB=-0.0106576;RO=49;SAF=27;SAR=26;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704012;STB=0.538788;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.010855;OID=.;OPOS=2936623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:49:53:53:0.519608:26:27:21:28:26:27:21:28 chr19 2994903 . T C 1698.61 PASS AF=0.434579;AO=175;DP=417;FAO=186;FDP=428;FR=.;FRO=242;FSAF=66;FSAR=120;FSRF=114;FSRR=128;FWDB=0.00799957;FXX=0.00233095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.565;QD=15.8749;RBI=0.0120073;REFB=-0.00243768;REVB=-0.00895445;RO=232;SAF=54;SAR=121;SRF=110;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182911;STB=0.568893;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00310045;OID=.;OPOS=2994903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:428:232:242:175:186:0.434579:121:54:110:122:120:66:114:128 chr19 2994921 . G A 2028.44 PASS AF=0.445833;AO=213;DP=480;FAO=214;FDP=480;FR=.;FRO=266;FSAF=72;FSAR=142;FSRF=119;FSRR=147;FWDB=-0.0189262;FXX=0.00414929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.236;QD=16.9037;RBI=0.0378027;REFB=-0.00544835;REVB=0.0327237;RO=266;SAF=72;SAR=141;SRF=119;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117203;STB=0.565861;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00649145;OID=.;OPOS=2994921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:480:480:266:266:213:214:0.445833:141:72:119:147:142:72:119:147 chr19 2997897 . G A 634.59 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00706727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.224;QD=23.0758;RBI=0.00861402;REFB=-0.00911285;REVB=0.00492493;RO=48;SAF=30;SAR=32;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128769;STB=0.50704;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00792092;OID=.;OPOS=2997897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:48:48:62:62:0.563636:32:30:24:24:32:30:24:24 chr19 3014639 . A G 316.9 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00798265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.009;QD=17.8535;RBI=0.029796;REFB=0.00114182;REVB=-0.0287068;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117264;STB=0.578208;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00168287;OID=.;OPOS=3014639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:37:34:34:0.478873:16:18:14:21:16:18:14:23 chr19 3056573 . C CG,G 142.83 PASS AF=0.171021,0.0023753;AO=72,36;DP=426;FAO=72,1;FDP=421;FR=.;FRO=348;FSAF=13,0;FSAR=59,1;FSRF=211;FSRR=137;FWDB=0.0377545,0.00368313;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=15.9488,31.9077;QD=1.35707;RBI=0.0666673,0.0989212;REFB=-0.11156,-0.0407255;REVB=-0.0549467,-0.0988526;RO=316;SAF=12,2;SAR=60,34;SRF=212;SRR=104;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.606875,-0.674719;STB=0.838276,0.992208;STBP=0,0.284;TYPE=ins,snp;VARB=0.17341,0.0712833;OID=.,.;OPOS=3056574,3056573;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:421:316:348:72,36:72,1:0.171021,0.0023753:60,34:12,2:212:104:59,1:13,0:211:137 chr19 3062857 . T C 2417.12 PASS AF=0.46;AO=252;DP=552;FAO=253;FDP=550;FR=.;FRO=297;FSAF=127;FSAR=126;FSRF=107;FSRR=190;FWDB=-0.0108957;FXX=0.00362312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.457;QD=17.5791;RBI=0.0110402;REFB=-0.0137083;REVB=0.00178089;RO=290;SAF=127;SAR=125;SRF=105;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138033;STB=0.576471;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0193443;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:552:550:290:297:252:253:0.46:125:127:105:185:126:127:107:190 chr19 3119239 . C T 1683.22 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00392738;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.337;QD=59.5829;RBI=0.0159693;REFB=-0.139787;REVB=0.0154789;RO=1;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940112;STB=0.50495;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000123157;OID=.;OPOS=3119239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:113:1:1:112:112:0.99115:50:62:0:1:50:62:0:1 chr19 3122243 . C T 750.94 PASS AF=0.421875;AO=81;DP=192;FAO=81;FDP=192;FR=.;FRO=111;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=56;FWDB=-0.0121168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.096;QD=15.6447;RBI=0.0135868;REFB=-0.0124539;REVB=0.00614679;RO=109;SAF=41;SAR=40;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162937;STB=0.506171;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.016767;OID=.;OPOS=3122243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:109:111:81:81:0.421875:40:41:55:54:40:41:55:56 chr19 3150238 . A G 1494.42 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179667;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.28;QD=58.6048;RBI=0.0191945;REFB=-0.0623335;REVB=0.00675479;RO=1;SAF=44;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106601;STB=0.505617;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00028771;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:102:1:1:101:101:0.990196:57:44:1:0:57:44:1:0 chr19 3155902 . G A 2699.98 PASS AF=0.988764;AO=174;DP=178;FAO=176;FDP=178;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0120728;FXX=0.0111105;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.246;QD=60.6737;RBI=0.0215541;REFB=-0.0648424;REVB=0.0178558;RO=2;SAF=84;SAR=90;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111971;STB=0.505746;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000266928;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:178:178:2:2:174:176:0.988764:90:84:2:0:90:86:2:0 chr19 3207422 . T C 292.38 PASS AF=0.345794;AO=32;DP=102;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0298719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.983;QD=10.9299;RBI=0.112358;REFB=-0.0152856;REVB=0.108314;RO=68;SAF=13;SAR=19;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664757;STB=0.553618;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0325391;OID=.;OPOS=3207422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:107:68:70:32:37:0.345794:19:13:28:40:24:13:30:40 chr19 3207646 . A G 178.95 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0264981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8759;QD=12.5578;RBI=0.0274717;REFB=-0.00474918;REVB=0.00724895;RO=34;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122317;STB=0.513876;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00394339;OID=.;OPOS=3207646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:14:8:12:22:14:8:12:23 chr19 3224896 . G C 2052.3 PASS AF=0.508861;AO=185;DP=383;FAO=201;FDP=395;FR=.;FRO=194;FSAF=62;FSAR=139;FSRF=53;FSRR=141;FWDB=0.0126162;FXX=0.0075375;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.243;QD=20.7828;RBI=0.0126211;REFB=-0.0257887;REVB=0.000354088;RO=192;SAF=59;SAR=126;SRF=50;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642764;STB=0.520616;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0251164;OID=.;OPOS=3224896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:395:192:194:185:201:0.508861:126:59:50:142:139:62:53:141 chr19 3534842 . G A 368.62 PASS AF=0.5;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0215961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.127;QD=19.4012;RBI=0.0255275;REFB=-0.0185755;REVB=-0.013611;RO=37;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131209;STB=0.566866;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0173861;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:38:38:38:0.5:23:15:20:17:23:15:20:18 chr19 3543397 . C T 558.17 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00745331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.458;QD=23.0175;RBI=0.00772599;REFB=-0.00621699;REVB=0.00203451;RO=42;SAF=19;SAR=33;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745635;STB=0.527989;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00449285;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:45:52:52:0.536082:33:19:19:23:33:19:19:26 chr19 3548231 . A G 2957.92 PASS AF=0.514184;AO=288;DP=562;FAO=290;FDP=564;FR=.;FRO=274;FSAF=130;FSAR=160;FSRF=123;FSRR=151;FWDB=-0.0130791;FXX=0.00176988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7162;QD=20.9782;RBI=0.035003;REFB=-0.0170109;REVB=-0.0324677;RO=269;SAF=129;SAR=159;SRF=122;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00502352;STB=0.500309;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0178821;OID=.;OPOS=3548231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:562:564:269:274:288:290:0.514184:159:129:122:147:160:130:123:151 chr19 3576314 . CCTTCT CCT,CCTTCC 1654.6 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=104,5;DP=114;FAO=108,4;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=37,3;FSAR=71,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000772428,-0.0146279;FXX=0.0260847;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=249.381,21.5014;QD=59.093;RBI=0.014791,0.0214271;REFB=0,0;REVB=0.0147708,-0.0156571;RO=0;SAF=35,4;SAR=69,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.33703e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000154088,0.116565;OID=.,.;OPOS=3576315,3576319;OREF=CTT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CCT,CCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.964286,0.0357143:104,5:114:108,4:112:0:37,3:71,1:0:0:8:0:35,4:69,1:0:0 chr19 3591590 . T C 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00743213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.484;QD=17.9916;RBI=0.00854354;REFB=-0.00856749;REVB=-0.00421373;RO=30;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086055;STB=0.548272;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00744739;OID=.;OPOS=3591590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:19:10:13:17:19:10:13:17 chr19 3592133 . A G 392.04 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0617313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0277;QD=16.862;RBI=0.0809891;REFB=0.0354666;REVB=0.052426;RO=52;SAF=17;SAR=24;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669176;STB=0.537582;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.0456758;OID=.;OPOS=3592133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:24:17:25:27:24:17:25:27 chr19 3592171 . T C 391.89 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0126416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.923;QD=17.0387;RBI=0.0975942;REFB=-0.0215518;REVB=-0.096772;RO=50;SAF=16;SAR=25;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10987;STB=0.556735;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0244686;OID=.;OPOS=3592171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:50:51:41:41:0.445652:25:16:25:25:25:16:25:26 chr19 3592734 . C T 240.8 PASS AF=0.329787;AO=29;DP=92;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=51;FWDB=0.0249002;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.943;QD=10.2468;RBI=0.0251266;REFB=-0.015581;REVB=-0.00336546;RO=62;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381423;STB=0.699267;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0283422;OID=.;OPOS=3592734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:62:63:29:31:0.329787:14:15:12:50:16:15:12:51 chr19 3595794 . A G 1010.48 PASS AF=0.5;AO=103;DP=206;FAO=103;FDP=206;FR=.;FRO=103;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=-0.0245332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.117;QD=19.6209;RBI=0.0330547;REFB=-0.00468765;REVB=-0.0221525;RO=102;SAF=41;SAR=62;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040363;STB=0.525061;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0041112;OID=.;OPOS=3595794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:102:103:103:103:0.5:62:41:45:57:62:41:46:57 chr19 3595923 . G A 264.48 PASS AF=0.326531;AO=31;DP=97;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.012457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.297;QD=10.7953;RBI=0.0413881;REFB=0.00187898;REVB=0.039469;RO=64;SAF=10;SAR=21;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475902;STB=0.53888;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00375096;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:64:66:31:32:0.326531:21:10:23:41:22:10:24:42 chr19 3600198 . C T 337.55 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00686983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1681;QD=20.152;RBI=0.0507358;REFB=-0.0205401;REVB=0.0502686;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620993;STB=0.534463;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0192066;OID=.;OPOS=3600198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:20:15:16:16:20:15:16:16 chr19 3611765 . A G 1465.82 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.956;QD=63.0459;RBI=0.0462998;REFB=0;REVB=0.00231561;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29629e-05;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:93:0:0:87:93:1:53:34:0:0:56:37:0:0 chr19 3611972 . G A 1290.64 PASS AF=0.546667;AO=122;DP=225;FAO=123;FDP=225;FR=.;FRO=102;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.00763018;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.156;QD=22.9448;RBI=0.0309878;REFB=0.0165652;REVB=0.0300337;RO=101;SAF=52;SAR=70;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496418;STB=0.526539;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.0105184;OID=.;OPOS=3611972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:101:102:122:123:0.546667:70:52:49:52:71:52:49:53 chr19 3613346 . G A 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0141022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.626;QD=29.5805;RBI=0.0631356;REFB=-0.0186764;REVB=0.0615405;RO=10;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430662;STB=0.523786;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0110034;OID=.;OPOS=3613346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:7:14:6:4:7:14:6:4 chr19 3614403 . T C 1804.11 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.973;QD=61.1564;RBI=0.0654495;REFB=0;REVB=0.0259102;RO=0;SAF=68;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90458e-05;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:50:68:0:0:50:68:0:0 chr19 3614538 . C T 484.81 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0525913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.789;QD=16.4344;RBI=0.0549116;REFB=-0.018221;REVB=0.0157935;RO=64;SAF=24;SAR=29;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464298;STB=0.521843;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0203325;OID=.;OPOS=3614538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:65:53:53:0.449153:29:24:32:32:29:24:32:33 chr19 3618928 . G A 656.18 PASS AF=0.458904;AO=66;DP=145;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-7.63175e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.19;QD=17.9774;RBI=0.00915958;REFB=-0.0122159;REVB=-0.00915927;RO=78;SAF=33;SAR=33;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124954;STB=0.514305;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0135739;OID=.;OPOS=3618928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:78:79:66:67:0.458904:33:33:38:40:33:34:38:41 chr19 3633115 . C A 252.09 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=3;FWDB=-0.00017448;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.252;QD=16.8059;RBI=0.0193209;REFB=-0.0361239;REVB=0.0193201;RO=28;SAF=22;SAR=5;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129352;STB=0.585532;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0325443;OID=.;OPOS=3633115;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:28:32:27:28:0.466667:5:22:25:3:5:23:29:3 chr19 3653525 . C T 529.33 PASS AF=0.44186;AO=54;DP=131;FAO=57;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0393806;FXX=0.0227256;HRUN=6;LEN=1;MLLD=217.706;QD=16.4132;RBI=0.0399028;REFB=-0.00630886;REVB=0.00643397;RO=48;SAF=33;SAR=21;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150255;STB=0.549618;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00749632;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:48:72:54:57:0.44186:21:33:21:27:22:35:38:34 chr19 3728609 . G A 494.58 PASS AF=0.428571;AO=49;DP=129;FAO=54;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0120073;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.233;QD=15.701;RBI=0.0651205;REFB=-0.00506423;REVB=0.064004;RO=41;SAF=15;SAR=34;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375266;STB=0.575522;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0169951;OID=.;OPOS=3728609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:41:71:49:54:0.428571:34:15:11:30:35:19:34:37 chr19 3730041 . C T 251.62 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0560128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2034;QD=12.4259;RBI=0.0591707;REFB=0.00375538;REVB=0.019072;RO=51;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163579;STB=0.593997;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0100004;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:12:18:23:28:12:18:23:28 chr19 3738649 . A C 544.7 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=118;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.0449498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6896;QD=18.4644;RBI=0.0449639;REFB=0.0135172;REVB=0.0011257;RO=60;SAF=18;SAR=39;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186412;STB=0.507184;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0130806;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:61:57:57:0.483051:39:18:20:40:39:18:20:41 chr19 3738971 . A G 875.08 PASS AF=0.475936;AO=89;DP=187;FAO=89;FDP=187;FR=.;FRO=98;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.0122761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2096;QD=18.7183;RBI=0.0258675;REFB=0.00318752;REVB=-0.022769;RO=97;SAF=55;SAR=34;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997405;STB=0.552786;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00505499;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:97:98:89:89:0.475936:34:55:50:47:34:55:51:47 chr19 3740658 . T G 6017.63 PASS AF=1;AO=380;DP=381;FAO=380;FDP=380;FR=.;FRO=0;FSAF=222;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465878;FXX=0.0026246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.441;QD=63.3435;RBI=0.0247401;REFB=-0.0427166;REVB=0.0242975;RO=1;SAF=222;SAR=158;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00301072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23349e-05;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:381:380:1:0:380:380:1:158:222:0:1:158:222:0:0 chr19 3746087 . G A 918.36 PASS AF=0.50838;AO=91;DP=178;FAO=91;FDP=179;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.0308132;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.513;QD=20.5219;RBI=0.0308523;REFB=-0.00693743;REVB=-0.00155419;RO=87;SAF=42;SAR=49;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189737;STB=0.50777;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00619511;OID=.;OPOS=3746087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:87:88:91:91:0.50838:49:42:42:45:49:42:42:46 chr19 3750205 . T TG,TGG 1732.86 PASS AF=0,0.99375;AO=21,115;DP=182;FAO=0,159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=0,61;FSAR=0,98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00843953,0.00841112;FXX=0.0123449;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.9927,21.2311;QD=43.3214;RBI=0.0242438,0.0143521;REFB=-0.0732062,-0.0745729;REVB=-0.0227274,-0.0116291;RO=26;SAF=8,42;SAR=13,73;SRF=19;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.330235,-0.131479;STB=0.5,0.502538;STBP=1,0.518;TYPE=ins,ins;VARB=0.0498268,0.00794075;OID=.,.;OPOS=3750206,3750206;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.99375:21,115:182:0,159:160:1:0,61:0,98:0:1:27:26:8,42:13,73:19:7 chr19 3750615 . T C 1268.64 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.944;QD=60.4112;RBI=0.0282335;REFB=-0.0898948;REVB=-0.00481406;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507245;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=9.66296e-05;OID=.;OPOS=3750615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:49:34:0:0:49:34:1:0 chr19 3750622 . A C 1320.85 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.602;QD=62.1579;RBI=0.0289106;REFB=0;REVB=-0.0218755;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13443e-05;OID=.;OPOS=3750622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr19 3752515 . G A 1443.17 PASS AF=0.538462;AO=140;DP=260;FAO=140;FDP=260;FR=.;FRO=120;FSAF=79;FSAR=61;FSRF=67;FSRR=53;FWDB=-0.00662068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3466;QD=22.2026;RBI=0.0652443;REFB=-0.0280134;REVB=0.0649075;RO=120;SAF=79;SAR=61;SRF=67;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051203;STB=0.502791;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0247075;OID=.;OPOS=3752515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:120:120:140:140:0.538462:61:79:67:53:61:79:67:53 chr19 3752874 . A G 2748.83 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00888741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.346;QD=62.4735;RBI=0.0499824;REFB=0;REVB=0.0491859;RO=0;SAF=93;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97853e-05;OID=.;OPOS=3752874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:175:176:1:82:93:0:0:83:93:0:0 chr19 3753769 . C T 1486.8 PASS AF=0.472222;AO=153;DP=325;FAO=153;FDP=324;FR=.;FRO=171;FSAF=65;FSAR=88;FSRF=64;FSRR=107;FWDB=0.0064713;FXX=0.00307683;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.715;QD=18.3556;RBI=0.0138768;REFB=-0.0105813;REVB=0.0122755;RO=171;SAF=65;SAR=88;SRF=64;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500351;STB=0.527528;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0122673;OID=.;OPOS=3753769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:324:171:171:153:153:0.472222:88:65:64:107:88:65:64:107 chr19 3760241 . G A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00616202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=335.368;QD=19.4209;RBI=0.0115011;REFB=0.0104727;REVB=-0.00971112;RO=26;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170648;STB=0.603356;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00829244;OID=.;OPOS=3760241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:12:17:10:16:12:17:10:17 chr19 3762698 . C T 919.21 PASS AF=0.479381;AO=91;DP=194;FAO=93;FDP=194;FR=.;FRO=101;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=-0.00260967;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.657;QD=18.9528;RBI=0.0103008;REFB=-0.00875021;REVB=0.00996472;RO=101;SAF=54;SAR=37;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762209;STB=0.540608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0100748;OID=.;OPOS=3762698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:101:101:91:93:0.479381:37:54:52:49:38:55:52:49 chr19 3767265 . C T 703.81 PASS AF=0.480769;AO=73;DP=155;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.0214205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.196;QD=18.0463;RBI=0.0242171;REFB=-0.00913147;REVB=-0.0112975;RO=81;SAF=29;SAR=44;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034272;STB=0.517237;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00855094;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:81:81:73:75:0.480769:44:29:35:46:45:30:35:46 chr19 3771880 . C T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0452811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.006;QD=26.5702;RBI=0.0457149;REFB=-0.00357592;REVB=-0.00628247;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138896;STB=0.578172;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00333395;OID=.;OPOS=3771880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:5:6:1:3:5:6:1:3 chr19 3831449 . G A 891.92 PASS AF=0.564103;AO=86;DP=153;FAO=88;FDP=156;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.00670808;FXX=0.031054;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.138;QD=22.8696;RBI=0.0264595;REFB=-0.0278326;REVB=0.025595;RO=62;SAF=37;SAR=49;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412246;STB=0.523593;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0139283;OID=.;OPOS=3831449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:62:68:86:88:0.564103:49:37:27:35:50:38:33:35 chr19 3831525 . C A 992.78 PASS AF=0.590604;AO=88;DP=148;FAO=88;FDP=149;FR=.;FRO=61;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.033669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2442;QD=26.6517;RBI=0.0337746;REFB=-0.0159534;REVB=0.00266897;RO=60;SAF=44;SAR=44;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124467;STB=0.503355;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0112733;OID=.;OPOS=3831525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:60:61:88:88:0.590604:44:44:31:29:44:44:31:30 chr19 3831765 . G A 941.08 PASS AF=0.484536;AO=92;DP=193;FAO=94;FDP=194;FR=.;FRO=100;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=0.000461104;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.762;QD=19.4038;RBI=0.0108986;REFB=-0.00548164;REVB=0.0108888;RO=98;SAF=50;SAR=42;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693657;STB=0.526772;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00514256;OID=.;OPOS=3831765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:98:100:92:94:0.484536:42:50:46:52:44:50:48:52 chr19 3907775 . C T 225.91 PASS AF=0.261905;AO=33;DP=126;FAO=33;FDP=126;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.0222738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4578;QD=7.17185;RBI=0.035622;REFB=0.00645279;REVB=0.0277993;RO=92;SAF=15;SAR=18;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426764;STB=0.521726;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0269209;OID=.;OPOS=3907775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:92:93:33:33:0.261905:18:15:45:47:18:15:45:48 chr19 3920750 . T C 1473.03 PASS AF=0.5;AO=145;DP=290;FAO=145;FDP=290;FR=.;FRO=145;FSAF=41;FSAR=104;FSRF=38;FSRR=107;FWDB=-0.0251516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.77;QD=20.3177;RBI=0.0251735;REFB=-0.0391831;REVB=-0.00105012;RO=144;SAF=41;SAR=104;SRF=37;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293689;STB=0.512893;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0347259;OID=.;OPOS=3920750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:144:145:145:145:0.5:104:41:37:107:104:41:38:107 chr19 3977486 . A G 1352.63 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.627;QD=62.1897;RBI=0.014062;REFB=0;REVB=0.0138726;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104402;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:48:38:0:0:48:39:0:0 chr19 3979408 . A G 1555.64 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113967;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0457;QD=64.1499;RBI=0.0114506;REFB=0;REVB=-0.00110944;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73078e-05;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:51:45:0:0:52:45:0:0 chr19 4028783 . C T 2361.55 PASS AF=0.947059;AO=161;DP=170;FAO=161;FDP=170;FR=.;FRO=9;FSAF=65;FSAR=96;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.022778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.073;QD=55.5659;RBI=0.0242332;REFB=-0.135982;REVB=0.00827101;RO=4;SAF=65;SAR=96;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283776;STB=0.526399;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00160948;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:170:170:4:9:161:161:0.947059:96:65:4:0:96:65:8:1 chr19 4033462 . T C 7280.77 PASS AF=1;AO=461;DP=464;FAO=466;FDP=466;FR=.;FRO=0;FSAF=231;FSAR=235;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320999;FXX=0.00214128;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.251;QD=62.4959;RBI=0.0341946;REFB=-0.0316024;REVB=0.0117843;RO=3;SAF=229;SAR=232;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613248;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77399e-05;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:464:466:3:0:461:466:1:232:229:0:3:235:231:0:0 chr19 4042858 . G A 2554.12 PASS AF=0.982456;AO=164;DP=167;FAO=168;FDP=171;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0127972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.614;QD=59.7456;RBI=0.0590089;REFB=0.0130504;REVB=0.0576046;RO=2;SAF=79;SAR=85;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000419983;STB=0.503457;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-1.0675e-05;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:167:171:2:3:164:168:0.982456:85:79:1:1:89:79:2:1 chr19 4042923 . A G 3478.03 PASS AF=1;AO=222;DP=222;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0188;QD=62.6672;RBI=0.0615787;REFB=0;REVB=-0.0613019;RO=0;SAF=122;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.32171e-05;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:222:0:0:222:222:1:100:122:0:0:100:122:0:0 chr19 4043024 . T C 2961.15 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.532;QD=63.34;RBI=0.0546877;REFB=0;REVB=0.00217406;RO=0;SAF=91;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07927e-05;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:187:0:0:187:187:1:96:91:0:0:96:91:0:0 chr19 4045518 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.151;QD=49.5984;RBI=0.0438532;REFB=0;REVB=0.0423364;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017589;OID=.;OPOS=4045518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:2:16:0:0:2:16:0:0 chr19 4101062 . G T 664.04 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0440622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.945;QD=18.9725;RBI=0.0463525;REFB=-0.0184524;REVB=-0.0143901;RO=71;SAF=30;SAR=37;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291652;STB=0.523802;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0182794;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:71:73:67:67:0.478571:37:30:34:37:37:30:36:37 chr19 4180836 . C T 616.03 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.00700849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.595;QD=23.4677;RBI=0.0140653;REFB=-0.00502012;REVB=0.0121949;RO=45;SAF=34;SAR=26;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136163;STB=0.574136;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0054561;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:45:45:60:60:0.571429:26:34:33:12:26:34:33:12 chr19 4200156 . G A 767.93 PASS AF=0.481928;AO=80;DP=166;FAO=80;FDP=166;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=0.0353596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9552;QD=18.5044;RBI=0.0576204;REFB=-0.02622;REVB=0.0454952;RO=81;SAF=39;SAR=41;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107529;STB=0.572124;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.020831;OID=.;OPOS=4200156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:81:86:80:80:0.481928:41:39:30:51:41:39:30:56 chr19 4210356 . G A 345.17 PASS AF=0.375;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=22;FWDB=-0.00617748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.474;QD=12.3276;RBI=0.00735517;REFB=0.00186548;REVB=0.00399215;RO=70;SAF=27;SAR=15;SRF=48;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05214;STB=0.529647;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0031943;OID=.;OPOS=4210356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:70:70:42:42:0.375:15:27:48:22:15:27:48:22 chr19 4216910 . G A 83.47 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0273079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.081;QD=9.82012;RBI=0.0459287;REFB=-0.0130763;REVB=-0.0369286;RO=23;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492088;STB=0.799435;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0718798;OID=.;OPOS=4216910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:2:9:9:14:2:9:9:14 chr19 4217207 . T G 2408.26 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896675;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.587;QD=61.357;RBI=0.00996217;REFB=0;REVB=-0.00434076;RO=0;SAF=79;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68242e-06;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:157:0:0:157:157:1:78:79:0:0:78:79:0:0 chr19 4236996 . G A 842.6 PASS AF=0.383721;AO=99;DP=258;FAO=99;FDP=258;FR=.;FRO=159;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=70;FSRR=89;FWDB=0.0114451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.611;QD=13.0636;RBI=0.0119932;REFB=-0.0015529;REVB=0.00358418;RO=158;SAF=46;SAR=53;SRF=69;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307404;STB=0.515139;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0034669;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:158:159:99:99:0.383721:53:46:69:89:53:46:70:89 chr19 4237067 . A G 678.13 PASS AF=0.440476;AO=74;DP=168;FAO=74;FDP=168;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.014326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.369;QD=16.146;RBI=0.0143707;REFB=-0.0294605;REVB=-0.00113249;RO=94;SAF=36;SAR=38;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721741;STB=0.540163;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0412051;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:94:94:74:74:0.440476:38:36:39:55:38:36:39:55 chr19 4251069 . T C 964.82 PASS AF=0.410646;AO=108;DP=268;FAO=108;FDP=263;FR=.;FRO=155;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=80;FSRR=75;FWDB=-0.0333564;FXX=0.018656;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7893;QD=14.6741;RBI=0.0364684;REFB=-0.0186662;REVB=0.014741;RO=150;SAF=54;SAR=54;SRF=76;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694505;STB=0.509504;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0270573;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:263:150:155:108:108:0.410646:54:54:76:74:54:54:80:75 chr19 4254375 . C T 338.25 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00571627;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.331;QD=14.8682;RBI=0.0369275;REFB=-0.0188896;REVB=0.0364824;RO=54;SAF=23;SAR=14;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149274;STB=0.584699;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0192205;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:54:54:37:37:0.406593:14:23:26:28:14:23:26:28 chr19 4254463 . G A 530.16 PASS AF=0.590361;AO=48;DP=81;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0740682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0278;QD=25.55;RBI=0.0764272;REFB=-0.0217037;REVB=-0.0188418;RO=32;SAF=23;SAR=25;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152696;STB=0.507871;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.016523;OID=.;OPOS=4254463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:32:34:48:49:0.590361:25:23:16:16:25:24:16:18 chr19 4280186 . C T 1136.96 PASS AF=0.472;AO=110;DP=242;FAO=118;FDP=250;FR=.;FRO=132;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=88;FWDB=0.0296882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.995;QD=18.1914;RBI=0.0317338;REFB=-0.000370492;REVB=0.0112092;RO=132;SAF=58;SAR=52;SRF=44;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190026;STB=0.617628;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000795203;OID=.;OPOS=4280186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:250:132:132:110:118:0.472:52:58:44:88:52:66:44:88 chr19 4288332 . A G 221.89 PASS AF=0.36;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0018961;FXX=0.0384566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.557;QD=11.8342;RBI=0.00189629;REFB=-0.0113775;REVB=2.72847e-05;RO=44;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143151;STB=0.584956;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0225139;OID=.;OPOS=4288332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:44:48:27:27:0.36:17:10:22:22:17:10:24:24 chr19 4292597 . C T 618.71 PASS AF=0.450704;AO=63;DP=143;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0133601;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3057;QD=17.4285;RBI=0.074089;REFB=-0.00763289;REVB=0.0728745;RO=77;SAF=33;SAR=30;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299422;STB=0.508584;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.01003;OID=.;OPOS=4292597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:77:78:63:64:0.450704:30:33:38:39:31:33:39:39 chr19 4292841 . C G 302.7 PASS AF=0.287179;AO=34;DP=144;FAO=56;FDP=195;FR=.;FRO=139;FSAF=54;FSAR=2;FSRF=64;FSRR=75;FWDB=0.0419435;FXX=0.0151508;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.6301;QD=6.20912;RBI=0.0727515;REFB=-0.0630917;REVB=-0.0594434;RO=32;SAF=31;SAR=3;SRF=1;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.751121;STB=0.946101;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0384934;OID=.;OPOS=4292841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:195:32:139:34:56:0.287179:3:31:1:31:2:54:64:75 chr19 4325433 . G A 1199.43 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00204512;FXX=0.03529;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.303;QD=58.5088;RBI=0.00621465;REFB=-0.0265112;REVB=0.00586851;RO=2;SAF=28;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00741412;STB=0.50401;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.000246885;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:82:2:2:79:80:0.97561:51:28:1:1:52:28:1:1 chr19 4333711 . C T 3478.52 PASS AF=0.978541;AO=212;DP=216;FAO=228;FDP=233;FR=.;FRO=5;FSAF=100;FSAR=128;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00852863;FXX=0.00427332;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7258;QD=59.717;RBI=0.113302;REFB=0.0194131;REVB=0.112981;RO=4;SAF=99;SAR=113;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100178;STB=0.512194;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00160723;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:216:233:4:5:212:228:0.978541:113:99:3:1:128:100:5:0 chr19 4352959 . A G 355.23 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4528;QD=54.651;RBI=0.00464273;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=25;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66273e-05;OID=.;OPOS=4352959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:0:25:0:0:0:26:0:0 chr19 4357555 . A G 3824.19 PASS AF=0.991803;AO=242;DP=244;FAO=242;FDP=244;FR=.;FRO=2;FSAF=102;FSAR=140;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0311413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8122;QD=62.6916;RBI=0.0662193;REFB=-0.11845;REVB=-0.0584398;RO=2;SAF=102;SAR=140;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00925263;STB=0.504854;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000386001;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:244:244:2:2:242:242:0.991803:140:102:2:0:140:102:2:0 chr19 4362691 . G C 4776.51 PASS AF=0.981073;AO=310;DP=317;FAO=311;FDP=317;FR=.;FRO=6;FSAF=153;FSAR=158;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.000650826;FXX=0.0062694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.478;QD=60.2714;RBI=0.0116531;REFB=-0.105147;REVB=0.0116349;RO=6;SAF=153;SAR=157;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118376;STB=0.506159;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000125121;OID=.;OPOS=4362691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:317:317:6:6:310:311:0.981073:157:153:1:5:158:153:1:5 chr19 4442336 . C G,T 2951.36 PASS AF=0.0364583,0.958333;AO=7,183;DP=191;FAO=7,184;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=6,75;FSAR=1,109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0160041,-0.063336;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.4268,140.476;QD=61.4867;RBI=0.0214027,0.0693922;REFB=0.0536453,0.0652583;REVB=-0.0142107,0.028352;RO=1;SAF=6,75;SAR=1,108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0674964,-0.00630578;STB=0.538356,0.503311;STBP=0.653,0.295;TYPE=snp,snp;VARB=0.0842034,0.000301862;OID=.,.;OPOS=4442336,4442336;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:191:192:1:1:7,183:7,184:0.0364583,0.958333:1,108:6,75:1:0:1,109:6,75:1:0 chr19 4442999 . T G 3118.24 PASS AF=1;AO=194;DP=199;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525313;FXX=0.019999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0159;QD=63.6375;RBI=0.0154056;REFB=0;REVB=-0.0144823;RO=0;SAF=101;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170555;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:199:196:0:0:194:196:1:93:101:0:0:93:103:0:0 chr19 4443046 . T C 3486.02 PASS AF=1;AO=222;DP=224;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198768;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.154;QD=61.9737;RBI=0.0241011;REFB=-0.0504278;REVB=0.0136299;RO=1;SAF=100;SAR=122;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289991;OID=.;OPOS=4443046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:224:225:1:0:222:225:1:122:100:1:0:122:103:0:0 chr19 4457650 . C T 2702.45 PASS AF=0.994286;AO=165;DP=165;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=126;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.985;QD=61.7703;RBI=0.0268964;REFB=0.0116442;REVB=0.0162909;RO=0;SAF=42;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-3.19628e-05;OID=.;OPOS=4457650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:165:175:0:1:165:174:0.994286:123:42:0:0:126:48:1:0 chr19 4493708 . A G 2450.53 PASS AF=0.431596;AO=263;DP=612;FAO=265;FDP=614;FR=.;FRO=349;FSAF=134;FSAR=131;FSRF=211;FSRR=138;FWDB=-0.00756673;FXX=0.00162599;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.528;QD=15.9643;RBI=0.027324;REFB=-0.0170205;REVB=0.0262554;RO=339;SAF=134;SAR=129;SRF=210;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112355;STB=0.556304;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0175066;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:612:614:339:349:263:265:0.431596:129:134:210:129:131:134:211:138 chr19 4499632 . AAGCTGGCCGGGGAGG A 61.74 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=0.014672;FXX=0.108672;HRUN=2;LEN=15;MLLD=260.942;QD=6.02293;RBI=0.0180203;REFB=-0.00696027;REVB=0.0104625;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532503;STB=0.755782;STBP=0.083;TYPE=del;VARB=0.0134454;OID=.;OPOS=4499633;OREF=AGCTGGCCGGGGAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:12:45:12:41:29:6:6:4:25:61:23:6:6:1:22 chr19 4508945 . A G 2365.15 PASS AF=0.993631;AO=151;DP=152;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00766332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.347;QD=60.2586;RBI=0.0240504;REFB=-0.0190265;REVB=0.0227968;RO=1;SAF=71;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590892;STB=0.502924;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000105638;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:152:157:1:1:151:156:0.993631:80:71:0:1:85:71:0:1 chr19 4510723 . G A 485.69 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0115469;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.726;QD=20.0285;RBI=0.0123732;REFB=-0.00428654;REVB=0.00444564;RO=42;SAF=19;SAR=29;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494532;STB=0.558889;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00411279;OID=.;OPOS=4510723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:42:49:48:48:0.494845:29:19:19:23:29:19:25:24 chr19 4511140 . C G 303.48 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00610279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.171;QD=22.0713;RBI=0.0122714;REFB=-0.0115721;REVB=-0.0106463;RO=24;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645161;STB=0.535691;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00806877;OID=.;OPOS=4511140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:13:18:12:12:13:18:12:12 chr19 4511278 . C T 148.15 PASS AF=0.206612;AO=25;DP=121;FAO=25;FDP=121;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.0119566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3781;QD=4.89759;RBI=0.0166709;REFB=-0.00259314;REVB=-0.0116172;RO=95;SAF=10;SAR=15;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546617;STB=0.530588;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0197531;OID=.;OPOS=4511278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:95:96:25:25:0.206612:15:10:42:53:15:10:42:54 chr19 4511281 . G A 263.35 PASS AF=0.295082;AO=36;DP=122;FAO=36;FDP=122;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0336582;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.374;QD=8.63457;RBI=0.0343509;REFB=0.00337064;REVB=-0.00686387;RO=85;SAF=11;SAR=25;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235593;STB=0.635718;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00454469;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:85:86:36:36:0.295082:25:11:42:43:25:11:42:44 chr19 4511283 . CA TG 131.14 PASS AF=0.193277;AO=23;DP=119;FAO=23;FDP=119;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.00506863;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.226;QD=4.40802;RBI=0.0152034;REFB=0.000941807;REVB=-0.0143336;RO=96;SAF=10;SAR=13;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302482;STB=0.519214;STBP=0.857;TYPE=mnp;VARB=-0.00416358;OID=.;OPOS=4511283;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:96:96:23:23:0.193277:13:10:44:52:13:10:44:52 chr19 4511341 . T C 46.27 PASS AF=0.1;AO=12;DP=120;FAO=12;FDP=120;FR=.;FRO=108;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=0.00191281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1448;QD=1.54232;RBI=0.0389854;REFB=0.00332174;REVB=0.0389385;RO=108;SAF=6;SAR=6;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548692;STB=0.541598;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0360725;OID=.;OPOS=4511341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:120:120:108:108:12:12:0.1:6:6:59:49:6:6:59:49 chr19 4511350 . T A 649.78 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=117;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0223005;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.209;QD=21.8415;RBI=0.023416;REFB=-0.00250935;REVB=-0.0071412;RO=51;SAF=28;SAR=36;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153212;STB=0.599345;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00105937;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:51:55:64:64:0.537815:36:28:32:19:36:28:36:19 chr19 4511453 . G A 399.61 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00774415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8607;QD=21.3125;RBI=0.0799715;REFB=-0.0304747;REVB=0.0795957;RO=35;SAF=21;SAR=19;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129228;STB=0.571299;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0339219;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:19:21:13:22:19:21:13:22 chr19 4511479 . A T 54.03 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0424577;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.805;QD=3.32471;RBI=0.0503269;REFB=0.00924315;REVB=-0.0270212;RO=53;SAF=1;SAR=9;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44055;STB=0.820801;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0194108;OID=.;OPOS=4511479;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:53:55:10:10:0.153846:9:1:20:33:9:1:21:34 chr19 4511491 . A G 85.38 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.019369;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.141;QD=5.09723;RBI=0.0279943;REFB=-0.00151279;REVB=-0.0202119;RO=53;SAF=4;SAR=10;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778545;STB=0.549926;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0022067;OID=.;OPOS=4511491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:68:67:53:53:14:14:0.208955:10:4:18:35:10:4:18:35 chr19 4511525 . A G 469.74 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0128979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109;QD=23.1972;RBI=0.0321438;REFB=-0.00362861;REVB=-0.0294426;RO=35;SAF=19;SAR=26;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113917;STB=0.567135;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0027814;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:35:36:45:45:0.555556:26:19:10:25:26:19:10:26 chr19 4511647 . C G 460.93 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0138244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2077;QD=16.0322;RBI=0.0265927;REFB=-0.00337359;REVB=0.0227168;RO=57;SAF=19;SAR=32;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827263;STB=0.573005;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0031001;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:57:64:51:51:0.443478:32:19:26:31:32:19:32:32 chr19 4511674 . C T 81.36 PASS AF=0.131387;AO=18;DP=137;FAO=18;FDP=137;FR=.;FRO=119;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=-0.00156747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.002;QD=2.37534;RBI=0.0186359;REFB=-0.000866486;REVB=-0.0185699;RO=119;SAF=4;SAR=14;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301227;STB=0.71352;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0134049;OID=.;OPOS=4511674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:137:137:119:119:18:18:0.131387:14:4:53:66:14:4:53:66 chr19 4511677 . A G 81.45 PASS AF=0.132353;AO=18;DP=136;FAO=18;FDP=136;FR=.;FRO=118;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=0.00918946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.283;QD=2.39568;RBI=0.0110086;REFB=0.00194571;REVB=0.00606156;RO=118;SAF=4;SAR=14;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296485;STB=0.709894;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0319612;OID=.;OPOS=4511677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:136:136:118:118:18:18:0.132353:14:4:52:66:14:4:52:66 chr19 4511679 . CA TG 82.71 PASS AF=0.135338;AO=18;DP=134;FAO=18;FDP=133;FR=.;FRO=115;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=65;FWDB=-0.0151021;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.133;QD=2.48766;RBI=0.0187016;REFB=0.00100831;REVB=-0.0110308;RO=114;SAF=4;SAR=14;SRF=49;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285838;STB=0.704979;STBP=0.078;TYPE=mnp;VARB=-0.00487987;OID=.;OPOS=4511679;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:134:133:114:115:18:18:0.135338:14:4:49:65:14:4:50:65 chr19 4511725 . T C 516.09 PASS AF=0.406667;AO=55;DP=143;FAO=61;FDP=150;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.029933;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.5381;QD=13.7623;RBI=0.0463416;REFB=0.00551919;REVB=-0.0353774;RO=87;SAF=18;SAR=37;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164893;STB=0.568801;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00943814;OID=.;OPOS=4511725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:150:87:89:55:61:0.406667:37:18:41:46:39:22:42:47 chr19 4511730 . T C 618.91 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.00769454;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.187;QD=16.0757;RBI=0.00919367;REFB=-0.00434364;REVB=0.00503167;RO=85;SAF=26;SAR=42;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907909;STB=0.547812;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00701812;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:85:86:68:68:0.441558:42:26:40:45:42:26:40:46 chr19 4511737 . T C 500.91 PASS AF=0.360465;AO=58;DP=168;FAO=62;FDP=172;FR=.;FRO=110;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=0.00322509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4951;QD=11.649;RBI=0.0577172;REFB=-0.0112173;REVB=0.057627;RO=110;SAF=24;SAR=34;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579871;STB=0.518217;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0234064;OID=.;OPOS=4511737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:172:110:110:58:62:0.360465:34:24:51:59:35:27:51:59 chr19 4511830 . A G 479.92 PASS AF=0.311881;AO=64;DP=203;FAO=63;FDP=202;FR=.;FRO=139;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=73;FSRR=66;FWDB=0.00322493;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.235;QD=9.50342;RBI=0.0164271;REFB=-0.00742482;REVB=-0.0161075;RO=139;SAF=34;SAR=30;SRF=73;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00720891;STB=0.500945;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0202753;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:139:139:64:63:0.311881:30:34:73:66:30:33:73:66 chr19 4511860 . G A 204.22 PASS AF=0.20339;AO=33;DP=174;FAO=36;FDP=177;FR=.;FRO=141;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=73;FSRR=68;FWDB=-0.0111423;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.89;QD=4.61511;RBI=0.0115996;REFB=-0.0106538;REVB=0.00322468;RO=140;SAF=18;SAR=15;SRF=73;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309199;STB=0.514116;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0292352;OID=.;OPOS=4511860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:177:140:141:33:36:0.20339:15:18:73:67:18:18:73:68 chr19 4512514 . G C 600.9 PASS AF=0.584158;AO=54;DP=98;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00505358;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.748;QD=23.7981;RBI=0.0118222;REFB=-0.0101183;REVB=0.0106877;RO=43;SAF=17;SAR=37;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100433;STB=0.501228;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00688525;OID=.;OPOS=4512514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:43:42:54:59:0.584158:37:17:14:29:42:17:12:30 chr19 4513143 . CA TG 351.06 PASS AF=0.777778;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0302342;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=2;MLLD=143.243;QD=39.0068;RBI=0.0884339;REFB=-0.0778428;REVB=-0.083105;RO=5;SAF=17;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209661;STB=0.552807;STBP=0.29;TYPE=mnp;VARB=0.0151203;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:36:5:8:28:28:0.777778:11:17:3:2:11:17:3:5 chr19 4513559 . A G 645.29 PASS AF=0.451613;AO=70;DP=156;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=23;FSRR=62;FWDB=-0.000901945;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.955;QD=16.6526;RBI=0.0173342;REFB=-0.00139282;REVB=-0.0173107;RO=81;SAF=18;SAR=52;SRF=21;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0026736;STB=0.509557;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00170297;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:81:85:70:70:0.451613:52:18:21:60:52:18:23:62 chr19 4525046 . A G 694.12 PASS AF=0.489362;AO=69;DP=140;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.00369869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.798;QD=19.6913;RBI=0.00770398;REFB=-0.00915851;REVB=0.00675804;RO=70;SAF=40;SAR=29;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176188;STB=0.603682;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0184202;OID=.;OPOS=4525046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:70:72:69:69:0.489362:29:40:27:43:29:40:27:45 chr19 4538599 . G A 2115.56 PASS AF=0.5125;AO=204;DP=399;FAO=205;FDP=400;FR=.;FRO=195;FSAF=91;FSAR=114;FSRF=98;FSRR=97;FWDB=0.00403074;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=285.112;QD=21.1556;RBI=0.00416449;REFB=-0.0045977;REVB=-0.00104697;RO=195;SAF=91;SAR=113;SRF=98;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507924;STB=0.528772;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00401991;OID=.;OPOS=4538599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:400:195:195:204:205:0.5125:113:91:98:97:114:91:98:97 chr19 4558431 . C G 755.12 PASS AF=0.481707;AO=77;DP=162;FAO=79;FDP=164;FR=.;FRO=85;FSAF=63;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=29;FWDB=0.0184159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.454;QD=18.4176;RBI=0.0198297;REFB=-0.0332063;REVB=-0.00735329;RO=84;SAF=62;SAR=15;SRF=56;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181055;STB=0.5982;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.036889;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:84:85:77:79:0.481707:15:62:56:28:16:63:56:29 chr19 4653370 . C G 649.69 PASS AF=0.379487;AO=74;DP=194;FAO=74;FDP=195;FR=.;FRO=121;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=36;FSRR=85;FWDB=-0.0178329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1261;QD=13.327;RBI=0.0191494;REFB=0.00690582;REVB=-0.0069778;RO=120;SAF=25;SAR=49;SRF=36;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471908;STB=0.528467;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00894128;OID=.;OPOS=4653370;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:120:121:74:74:0.379487:49:25:36:84:49:25:36:85 chr19 4655166 . A G 913.32 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055697;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.621;QD=57.9887;RBI=0.0697322;REFB=0;REVB=0.0419574;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550854;OID=.;OPOS=4655166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:21:41:0:0:22:41:0:0 chr19 4668672 . GAA GA,G 97.88 PASS AF=0.714286,0.142857;AO=13,4;DP=30;FAO=20,4;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=15,4;FSAR=5,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.200086,0.106673;FXX=0.0666445;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.09981,11.3775;QD=13.9821;RBI=0.238184,0.140683;REFB=0.00563431,0.0051281;REVB=0.129217,0.09172;RO=6;SAF=13,4;SAR=0,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.817835,0.684163;STB=0.558769,0.5;STBP=0.297,1;TYPE=del,del;VARB=0.0245626,0.0234429;OID=.,.;OPOS=4668673,4668673;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.714286,0.142857:13,4:30:20,4:28:4:15,4:5,0:4:0:11:6:13,4:0,0:4:2 chr19 4683194 . T TC 40.08 PASS AF=0.183908;AO=19;DP=89;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.0376314;FXX=0.0224694;HRUN=0;LEN=1;MLLD=71.3385;QD=1.84276;RBI=0.0482028;REFB=-0.00917133;REVB=-0.0301228;RO=68;SAF=3;SAR=16;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597237;STB=0.841708;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.121175;OID=.;OPOS=4683195;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183908:19:89:16:87:71:3:13:45:26:40:68:3:16:45:23 chr19 4684911 . C A 257.95 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00896971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.454;QD=18.4248;RBI=0.0101238;REFB=-0.0210487;REVB=0.0046941;RO=27;SAF=20;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869659;STB=0.562084;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0232218;OID=.;OPOS=4684911;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:8:20:17:10:8:20:17:11 chr19 4769740 . C A 2496.63 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492526;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.312;QD=61.6452;RBI=0.0498915;REFB=0;REVB=0.00795858;RO=0;SAF=67;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72129e-05;OID=.;OPOS=4769740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:162:0:0:160:162:1:93:67:0:0:93:69:0:0 chr19 4794257 . T G 1453.47 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.79;QD=63.1942;RBI=0.0448371;REFB=0;REVB=-0.0141694;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25353e-05;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr19 4794948 . A AAACCTCAC 436.74 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212703;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=8;MLLD=308.768;QD=58.2324;RBI=0.0443497;REFB=0;REVB=0.0389162;RO=3;SAF=13;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000128827;OID=.;OPOS=4794949;OREF=-;OALT=AACCTCAC;OMAPALT=AAACCTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:33:30:30:0:14:16:0:0:4:3:13:16:2:1 chr19 4816719 . G A 588.37 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0303639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.592;QD=26.4435;RBI=0.0323824;REFB=-0.011174;REVB=0.0112538;RO=36;SAF=23;SAR=30;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211225;STB=0.61502;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.010411;OID=.;OPOS=4816719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:36:53:53:0.595506:30:23:26:10:30:23:26:10 chr19 4818378 . T C 831.68 PASS AF=0.557143;AO=76;DP=138;FAO=78;FDP=140;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00553319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.921;QD=23.7623;RBI=0.00732525;REFB=-0.019197;REVB=-0.00480031;RO=62;SAF=31;SAR=45;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103524;STB=0.554717;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0133877;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:62:62:76:78:0.557143:45:31:33:29:46:32:33:29 chr19 4847713 . A G 886.63 PASS AF=0.456731;AO=95;DP=208;FAO=95;FDP=208;FR=.;FRO=113;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=-0.026341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.638;QD=17.0506;RBI=0.0289425;REFB=-0.00820736;REVB=-0.0119925;RO=113;SAF=48;SAR=47;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268491;STB=0.514872;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00890731;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:113:113:95:95:0.456731:47:48:54:59:47:48:54:59 chr19 4847874 . A G 1001.25 PASS AF=0.449153;AO=105;DP=235;FAO=106;FDP=236;FR=.;FRO=130;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=83;FWDB=-0.096576;FXX=0.00840301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.715;QD=16.9704;RBI=0.0967147;REFB=-0.00654169;REVB=-0.00517643;RO=129;SAF=53;SAR=52;SRF=47;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139708;STB=0.581232;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00979741;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:236:129:130:105:106:0.449153:52:53:47:82:52:54:47:83 chr19 4852106 . A G 1449.45 PASS AF=0.5;AO=143;DP=287;FAO=143;FDP=286;FR=.;FRO=143;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=74;FSRR=69;FWDB=-0.0523236;FXX=0.0034842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.906;QD=20.272;RBI=0.0574821;REFB=0.00842027;REVB=0.0238;RO=141;SAF=77;SAR=66;SRF=73;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188616;STB=0.510533;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00933877;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:286:141:143:143:143:0.5:66:77:73:68:66:77:74:69 chr19 4852137 . C T 1264.94 PASS AF=0.5;AO=128;DP=256;FAO=128;FDP=256;FR=.;FRO=128;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=56;FSRR=72;FWDB=0.0182555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.091;QD=19.7647;RBI=0.0250741;REFB=-0.00872115;REVB=0.0171886;RO=125;SAF=65;SAR=63;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538894;STB=0.535121;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00799112;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:125:128:128:128:0.5:63:65:56:69:63:65:56:72 chr19 4859937 . T C 534.09 PASS AF=0.597561;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.000387532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.23;QD=26.0533;RBI=0.0266038;REFB=-0.00406375;REVB=0.026601;RO=33;SAF=19;SAR=30;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226669;STB=0.623712;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00266191;OID=.;OPOS=4859937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:33:49:49:0.597561:30:19:23:10:30:19:23:10 chr19 4929413 . T C 381.63 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0115003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7199;QD=17.1521;RBI=0.122872;REFB=-0.0304295;REVB=-0.122333;RO=48;SAF=20;SAR=20;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608938;STB=0.539306;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0421056;OID=.;OPOS=4929413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:49:40:40:0.449438:20:20:21:27:20:20:21:28 chr19 4929473 . A G 222.72 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00795707;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.543;QD=11.722;RBI=0.00983852;REFB=-0.0189209;REVB=0.00578632;RO=45;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049236;STB=0.550861;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0198003;OID=.;OPOS=4929473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:45:49:27:27:0.355263:15:12:18:27:15:12:18:31 chr19 4945974 . T C 1058.97 PASS AF=0.986301;AO=67;DP=68;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6543;QD=58.0259;RBI=0.0978049;REFB=-0.19241;REVB=0.0945409;RO=0;SAF=54;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51351;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00562732;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:73:0:1:67:72:0.986301:13:54:0:0:18:54:0:1 chr19 4950770 . C T 925.54 PASS AF=0.522989;AO=91;DP=174;FAO=91;FDP=174;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.00638293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.829;QD=21.2767;RBI=0.013907;REFB=-0.0100291;REVB=0.0123557;RO=82;SAF=33;SAR=58;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589495;STB=0.53595;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0089359;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:82:83:91:91:0.522989:58:33:35:47:58:33:36:47 chr19 4954454 . C T 672.65 PASS AF=0.536585;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=123;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00719899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.301;QD=21.8748;RBI=0.0112591;REFB=-0.0203945;REVB=-0.00865693;RO=57;SAF=36;SAR=30;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739989;STB=0.540528;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0181155;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:57:57:66:66:0.536585:30:36:36:21:30:36:36:21 chr19 4954679 . G C,GC 1916.73 PASS AF=0.025,0.975;AO=9,100;DP=160;FAO=4,156;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=4,82;FSAR=0,74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00702098,0.0927453;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=5.16552,19.6339;QD=47.9182;RBI=0.0788083,0.0928238;REFB=-0.018125,0.0525877;REVB=-0.0784949,0.00381605;RO=51;SAF=8,73;SAR=1,27;SRF=5;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.787618,0.40216;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0413045,0.00367195;OID=.,.;OPOS=4954679,4954680;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:160:160:51:0:9,100:4,156:0.025,0.975:1,27:8,73:5:46:0,74:4,82:0:0 chr19 5041178 . T C 1017.99 PASS AF=0.462882;AO=106;DP=229;FAO=106;FDP=229;FR=.;FRO=123;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=60;FSRR=63;FWDB=-0.0278567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8569;QD=17.7816;RBI=0.0417646;REFB=0.00032207;REVB=0.0311173;RO=122;SAF=52;SAR=54;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00119808;STB=0.501483;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.000416912;OID=.;OPOS=5041178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:122:123:106:106:0.462882:54:52:60:62:54:52:60:63 chr19 5110794 . A G 1091.12 PASS AF=0.506849;AO=108;DP=219;FAO=111;FDP=219;FR=.;FRO=108;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.0346162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.705;QD=19.9292;RBI=0.0404704;REFB=-0.0182785;REVB=-0.020966;RO=97;SAF=48;SAR=60;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100472;STB=0.515487;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0199236;OID=.;OPOS=5110794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:97:108:108:111:0.506849:60:48:42:55:60:51:53:55 chr19 5114116 . T G 1810.38 PASS AF=0.504178;AO=181;DP=359;FAO=181;FDP=359;FR=.;FRO=178;FSAF=91;FSAR=90;FSRF=95;FSRR=83;FWDB=-0.0181957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.29;QD=20.1714;RBI=0.0195938;REFB=0.00297438;REVB=0.0072686;RO=177;SAF=91;SAR=90;SRF=94;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255856;STB=0.515345;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00287182;OID=.;OPOS=5114116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:359:177:178:181:181:0.504178:90:91:94:83:90:91:95:83 chr19 5135392 . A G 3429.85 PASS AF=0.986667;AO=219;DP=225;FAO=222;FDP=225;FR=.;FRO=3;FSAF=139;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0128113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.216;QD=60.9751;RBI=0.0146767;REFB=-0.0271266;REVB=0.00716062;RO=3;SAF=136;SAR=83;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785028;STB=0.50416;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=7.54046e-05;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:225:225:3:3:219:222:0.986667:83:136:1:2:83:139:1:2 chr19 5214697 . A G 2660.68 PASS AF=1;AO=170;DP=172;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000498543;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.631;QD=62.2382;RBI=0.0676094;REFB=0;REVB=-0.0676075;RO=0;SAF=93;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1912e-05;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:171:0:0:170:171:1:77:93:0:0:78:93:0:0 chr19 5455611 . C T 909.6 PASS AF=0.466981;AO=92;DP=208;FAO=99;FDP=212;FR=.;FRO=113;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=62;FSRR=51;FWDB=0.0647401;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9512;QD=17.1622;RBI=0.0887535;REFB=0.0048401;REVB=0.0607117;RO=115;SAF=46;SAR=46;SRF=64;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565407;STB=0.507141;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00448294;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:212:115:113:92:99:0.466981:46:46:64:51:46:53:62:51 chr19 5455735 . G A 756.62 PASS AF=0.39726;AO=84;DP=217;FAO=87;FDP=219;FR=.;FRO=132;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=60;FSRR=72;FWDB=0.0405322;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3944;QD=13.8195;RBI=0.0416292;REFB=-0.0121107;REVB=0.00949375;RO=132;SAF=35;SAR=49;SRF=60;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419068;STB=0.53232;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0135893;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:219:132:132:84:87:0.39726:49:35:60:72:52:35:60:72 chr19 5455796 . A G 845.48 PASS AF=0.388889;AO=98;DP=249;FAO=98;FDP=252;FR=.;FRO=154;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=69;FSRR=85;FWDB=0.000834171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.704;QD=13.4203;RBI=0.0611509;REFB=-0.0188255;REVB=-0.0611452;RO=146;SAF=41;SAR=57;SRF=65;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292501;STB=0.518521;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0314969;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:252:146:154:98:98:0.388889:57:41:65:81:57:41:69:85 chr19 5455971 . G T 1269.76 PASS AF=0.404494;AO=144;DP=358;FAO=144;FDP=356;FR=.;FRO=212;FSAF=59;FSAR=85;FSRF=117;FSRR=95;FWDB=0.0282137;FXX=0.00558644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.431;QD=14.267;RBI=0.0291857;REFB=-0.00642119;REVB=-0.00746954;RO=210;SAF=59;SAR=85;SRF=115;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146817;STB=0.58482;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0210143;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:356:210:212:144:144:0.404494:85:59:115:95:85:59:117:95 chr19 5455978 . T C 1224.0 PASS AF=0.392758;AO=141;DP=359;FAO=141;FDP=359;FR=.;FRO=218;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=122;FSRR=96;FWDB=-0.0260492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.618;QD=13.6379;RBI=0.0261626;REFB=-0.0133787;REVB=0.00243376;RO=218;SAF=59;SAR=82;SRF=122;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152707;STB=0.58561;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0133214;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:359:218:218:141:141:0.392758:82:59:122:96:82:59:122:96 chr19 5455990 . G A 1383.46 PASS AF=0.42033;AO=152;DP=364;FAO=153;FDP=364;FR=.;FRO=211;FSAF=67;FSAR=86;FSRF=121;FSRR=90;FWDB=-0.0203935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.253;QD=15.2028;RBI=0.074472;REFB=-0.0236873;REVB=-0.0716253;RO=210;SAF=66;SAR=86;SRF=121;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147355;STB=0.578244;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.03355;OID=.;OPOS=5455990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:364:210:211:152:153:0.42033:86:66:121:89:86:67:121:90 chr19 5456450 . T C 528.75 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0227136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.862;QD=16.3954;RBI=0.022792;REFB=-0.00690877;REVB=0.00188794;RO=71;SAF=19;SAR=38;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124737;STB=0.566643;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00818092;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:72:57:57:0.44186:38:19:32:39:38:19:32:40 chr19 5587290 . A AG,G 83.86 PASS AF=0.230769,0;AO=8,6;DP=80;FAO=18,0;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=16,0;FSAR=2,0;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0516683,-0.0657182;FXX=0.0602337;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=58.8753,165.513;QD=4.30059;RBI=0.0638046,0.0663475;REFB=0.00172454,0.00240517;REVB=-0.0374355,-0.00911639;RO=58;SAF=7,6;SAR=1,0;SRF=33;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.415334,0.570077;STB=0.80858,0.5;STBP=0.017,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.089764,0;OID=.,.;OPOS=5587291,5587290;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:80:78:58:60:8,6:18,0:0.230769,0:1,0:7,6:33:25:2,0:16,0:35:25 chr19 5591735 . G A 715.56 PASS AF=0.628866;AO=61;DP=98;FAO=61;FDP=97;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00822803;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.166;QD=29.5076;RBI=0.0448654;REFB=0.00972878;REVB=-0.0441044;RO=36;SAF=28;SAR=33;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660609;STB=0.535847;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.0108373;OID=.;OPOS=5591735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:36:36:61:61:0.628866:33:28:20:16:33:28:20:16 chr19 5696146 . G A 489.56 PASS AF=0.442623;AO=52;DP=120;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0020684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.425;QD=16.0511;RBI=0.00933565;REFB=-0.00324402;REVB=0.00910363;RO=68;SAF=31;SAR=21;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388503;STB=0.508666;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00524227;OID=.;OPOS=5696146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:68:68:52:54:0.442623:21:31:38:30:23:31:38:30 chr19 5746007 . C T 849.41 PASS AF=0.548611;AO=78;DP=143;FAO=79;FDP=144;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0234742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.309;QD=23.5946;RBI=0.0236103;REFB=0.00265878;REVB=-0.0025317;RO=65;SAF=28;SAR=50;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102942;STB=0.558345;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00138261;OID=.;OPOS=5746007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:65:65:78:79:0.548611:50:28:31:34:51:28:31:34 chr19 5766090 . T C 253.17 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0133056;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9956;QD=20.6668;RBI=0.0365056;REFB=0.00349364;REVB=-0.0339944;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985021;STB=0.555508;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00386455;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:25:24:24:0.489796:9:15:13:12:9:15:13:12 chr19 5772950 . G A 885.21 PASS AF=0.486772;AO=91;DP=184;FAO=92;FDP=189;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=-0.00118172;FXX=0.0689621;HRUN=6;LEN=1;MLLD=109.325;QD=18.7346;RBI=0.00265514;REFB=0.000733638;REVB=0.00237767;RO=90;SAF=36;SAR=55;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353724;STB=0.51129;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.000554682;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:189:90:97:91:92:0.486772:55:36:39:51:56:36:40:57 chr19 5778517 . A T 492.56 PASS AF=0.384106;AO=55;DP=156;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.0153142;FXX=0.0736151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8206;QD=13.048;RBI=0.0172803;REFB=-0.0142652;REVB=0.00800522;RO=83;SAF=29;SAR=26;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304421;STB=0.522051;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0319309;OID=.;OPOS=5778517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:151:83:93:55:58:0.384106:26:29:44:39:26:32:48:45 chr19 5783634 . T C 294.85 PASS AF=0.483871;AO=27;DP=64;FAO=30;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.000464494;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.12;QD=19.0224;RBI=0.00475468;REFB=-0.00437831;REVB=0.00473194;RO=27;SAF=6;SAR=21;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102461;STB=0.526864;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00322312;OID=.;OPOS=5783634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:27:30:27:30:0.483871:21:6:4:23:24:6:5:25 chr19 5783905 . G A 690.63 PASS AF=0.417582;AO=77;DP=183;FAO=76;FDP=182;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=0.0785129;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6967;QD=15.1787;RBI=0.105544;REFB=-0.0363855;REVB=0.0705354;RO=106;SAF=38;SAR=39;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421696;STB=0.532958;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0585419;OID=.;OPOS=5783905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:106:106:77:76:0.417582:39:38:48:58:38:38:47:59 chr19 5784370 . C T 272.05 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00237964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.145;QD=15.5457;RBI=0.0306537;REFB=-0.00232855;REVB=0.0305612;RO=39;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105222;STB=0.548356;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00428971;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:39:30:31:0.442857:17:13:21:18:17:14:21:18 chr19 5786815 . G A 689.2 PASS AF=0.544715;AO=67;DP=122;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0103389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.207;QD=22.413;RBI=0.0104236;REFB=-0.0152108;REVB=0.00132649;RO=55;SAF=27;SAR=40;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339379;STB=0.513304;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0120702;OID=.;OPOS=5786815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:55:56:67:67:0.544715:40:27:20:35:40:27:21:35 chr19 5789565 . T C 1665.81 PASS AF=0.438257;AO=163;DP=396;FAO=181;FDP=413;FR=.;FRO=232;FSAF=92;FSAR=89;FSRF=95;FSRR=137;FWDB=-0.00898812;FXX=0.00721136;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.754;QD=16.1337;RBI=0.0136954;REFB=-0.0234824;REVB=0.0103334;RO=230;SAF=82;SAR=81;SRF=94;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991539;STB=0.55541;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0295698;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:413:230:232:163:181:0.438257:81:82:94:136:89:92:95:137 chr19 5831672 . G C 193.92 PASS AF=0.418182;AO=20;DP=53;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0241039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0916;QD=14.103;RBI=0.0248198;REFB=0.000957718;REVB=0.00591818;RO=33;SAF=14;SAR=6;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00386348;STB=0.537516;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00123102;OID=.;OPOS=5831672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:33:32:20:23:0.418182:6:14:23:10:6:17:22:10 chr19 5832209 . G A 989.53 PASS AF=0.497436;AO=97;DP=195;FAO=97;FDP=195;FR=.;FRO=98;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=0.00392031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.555;QD=20.298;RBI=0.00639426;REFB=-0.0112301;REVB=-0.0050515;RO=96;SAF=46;SAR=51;SRF=57;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107908;STB=0.553811;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0108359;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:96:98:97:97:0.497436:51:46:57:39:51:46:57:41 chr19 5844537 . A G 1914.91 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00211309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.249;QD=61.7711;RBI=0.0271157;REFB=0;REVB=0.0270332;RO=0;SAF=49;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53177e-05;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:75:49:0:0:75:49:0:0 chr19 5844649 . G A 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.387;QD=59.427;RBI=0.0198141;REFB=0;REVB=0.0140178;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182041;OID=.;OPOS=5844649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr19 5866654 . A G 798.74 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000181858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.58;QD=57.0526;RBI=0.00807903;REFB=0;REVB=0.00807698;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00618e-05;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:30:24:0:0:30:26:0:0 chr19 5866724 . G A 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00143144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.942;QD=26.3417;RBI=0.0311173;REFB=-0.0401524;REVB=0.0310843;RO=11;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277419;STB=0.65451;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0294867;OID=.;OPOS=5866724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:13:6:8:3:13:6:8:3 chr19 5866736 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.203;QD=51.1834;RBI=0.136587;REFB=0;REVB=-0.0210805;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148613;OID=.;OPOS=5866736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 5867053 . A G 295.6 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00511323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.956;QD=15.3558;RBI=0.0293087;REFB=-0.0172756;REVB=-0.0288592;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732871;STB=0.535692;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0209585;OID=.;OPOS=5867053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:20:13:20:23:20:13:20:24 chr19 5867177 . G A 229.47 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0305497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.76;QD=22.3869;RBI=0.0345963;REFB=0.00365536;REVB=-0.0162363;RO=18;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766139;STB=0.52425;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00400412;OID=.;OPOS=5867177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:14:8:5:13:14:8:6:13 chr19 5867748 . G T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0201435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.601;QD=13.5049;RBI=0.0530719;REFB=-0.0124149;REVB=-0.0491005;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28299;STB=0.664545;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0151332;OID=.;OPOS=5867748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:5:12:5:7:5:12 chr19 5892954 . T C 1156.32 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-7.37067e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.362;QD=59.2983;RBI=0.0155318;REFB=-0.17027;REVB=-0.0155316;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000869493;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:40:37:0:0:40:37:0:1 chr19 6007045 . G A 1895.57 PASS AF=0.486076;AO=192;DP=381;FAO=192;FDP=395;FR=.;FRO=203;FSAF=88;FSAR=104;FSRF=98;FSRR=105;FWDB=0.00945834;FXX=0.0149622;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.022;QD=19.1957;RBI=0.012297;REFB=-0.0106826;REVB=-0.00785847;RO=186;SAF=88;SAR=104;SRF=93;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376169;STB=0.512613;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0114421;OID=.;OPOS=6007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:395:186:203:192:192:0.486076:104:88:93:93:104:88:98:105 chr19 6007724 . G A 757.67 PASS AF=0.418719;AO=85;DP=203;FAO=85;FDP=203;FR=.;FRO=118;FSAF=23;FSAR=62;FSRF=39;FSRR=79;FWDB=-0.0272537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7461;QD=14.9295;RBI=0.0272776;REFB=-0.0181044;REVB=-0.00114076;RO=117;SAF=23;SAR=62;SRF=38;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06843;STB=0.542391;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0301659;OID=.;OPOS=6007724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:117:118:85:85:0.418719:62:23:38:79:62:23:39:79 chr19 6008188 . A C 146.64 PASS AF=0.34;AO=16;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.109225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7367;QD=11.7312;RBI=0.132177;REFB=-0.0200051;REVB=-0.074435;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374449;STB=0.588683;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.053115;OID=.;OPOS=6008188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:33:16:17:0.34:7:9:3:16:8:9:13:20 chr19 6156483 . T C 2946.14 PASS AF=1;AO=181;DP=182;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214549;FXX=0.00529073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.693;QD=62.6839;RBI=0.136494;REFB=-0.0815153;REVB=0.134797;RO=1;SAF=77;SAR=104;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289034;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:182:188:1:0:181:188:1:104:77:1:0:110:78:0:0 chr19 6161219 . C T 193.27 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0050256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.47;QD=16.1061;RBI=0.0268362;REFB=-0.000854484;REVB=0.0263615;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101276;STB=0.570469;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00170943;OID=.;OPOS=6161219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:14:20:0.416667:5:9:15:12:11:9:16:12 chr19 6182857 . T A 275.41 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0185246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.587;QD=20.401;RBI=0.0185918;REFB=0.0125261;REVB=0.0015796;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116807;STB=0.538435;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00944098;OID=.;OPOS=6182857;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:23:25:28:29:0.537037:15:13:14:9:14:15:15:10 chr19 6183233 . G A 946.5 PASS AF=0.547619;AO=88;DP=165;FAO=92;FDP=168;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0136661;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.492;QD=22.5356;RBI=0.01943;REFB=-0.0269601;REVB=0.0138117;RO=77;SAF=34;SAR=54;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375724;STB=0.503731;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0229274;OID=.;OPOS=6183233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:168:77:76:88:92:0.547619:54:34:33:44:54:38:32:44 chr19 6187657 . C T 176.06 PASS AF=0.359375;AO=21;DP=62;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0751346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5497;QD=11.0039;RBI=0.0847309;REFB=-0.000212598;REVB=-0.0391678;RO=41;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232823;STB=0.629772;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00390705;OID=.;OPOS=6187657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:41:41:21:23:0.359375:10:11:13:28:11:12:13:28 chr19 6187680 . G A 191.41 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.011066;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.62;QD=10.2084;RBI=0.012298;REFB=-0.00266711;REVB=-0.00536496;RO=50;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920218;STB=0.553606;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00658581;OID=.;OPOS=6187680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:13:12:20:30:13:12:20:30 chr19 6187686 . G A 196.07 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0359184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.048;QD=10.7433;RBI=0.0375519;REFB=-0.00920989;REVB=-0.0109553;RO=48;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719521;STB=0.541817;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.048855;OID=.;OPOS=6187686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:13:12:20:28:13:12:20:28 chr19 6187800 . G A 451.21 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0290014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.48;QD=14.7936;RBI=0.068482;REFB=-0.00520677;REVB=-0.0620378;RO=71;SAF=28;SAR=23;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101603;STB=0.557102;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00958495;OID=.;OPOS=6187800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:71:51:51:0.418033:23:28:32:39:23:28:32:39 chr19 6187805 . G C 433.16 PASS AF=0.401575;AO=48;DP=125;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.0160125;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5597;QD=13.6428;RBI=0.0884622;REFB=-0.0266071;REVB=0.087001;RO=74;SAF=31;SAR=17;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257543;STB=0.616295;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0401678;OID=.;OPOS=6187805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:74:76:48:51:0.401575:17:31:30:44:19:32:33:43 chr19 6230692 . G A 1080.98 PASS AF=0.43985;AO=117;DP=266;FAO=117;FDP=266;FR=.;FRO=149;FSAF=45;FSAR=72;FSRF=64;FSRR=85;FWDB=-0.0111854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.139;QD=16.2554;RBI=0.0190739;REFB=0.00520316;REVB=0.0154499;RO=149;SAF=45;SAR=72;SRF=64;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472416;STB=0.526248;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00646438;OID=.;OPOS=6230692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:149:149:117:117:0.43985:72:45:64:85:72:45:64:85 chr19 6312290 . T C 520.24 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0160015;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6229;QD=16.3855;RBI=0.0171708;REFB=-0.000745151;REVB=-0.00622807;RO=70;SAF=17;SAR=39;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13758;STB=0.58224;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00100228;OID=.;OPOS=6312290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:127:70:71:56:56:0.440945:39:17:30:40:39:17:31:40 chr19 6333498 . G A 1385.03 PASS AF=0.507407;AO=136;DP=267;FAO=137;FDP=270;FR=.;FRO=133;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=58;FSRR=75;FWDB=-0.00488942;FXX=0.0109886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.362;QD=20.5189;RBI=0.0140977;REFB=0.00856512;REVB=0.0132226;RO=131;SAF=60;SAR=76;SRF=57;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00551152;STB=0.502726;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00739278;OID=.;OPOS=6333498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:270:131:133:136:137:0.507407:76:60:57:74:78:59:58:75 chr19 6375831 . G A 433.9 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=43;FWDB=-0.025025;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.387;QD=14.9621;RBI=0.0292029;REFB=-0.0142539;REVB=-0.0150518;RO=67;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955158;STB=0.553537;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0204682;OID=.;OPOS=6375831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:67:67:49:49:0.422414:27:22:24:43:27:22:24:43 chr19 6376722 . A G 1035.7 PASS AF=0.453782;AO=108;DP=238;FAO=108;FDP=238;FR=.;FRO=130;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=68;FSRR=62;FWDB=0.0346861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.485;QD=17.4068;RBI=0.0458379;REFB=-0.00761322;REVB=-0.0299664;RO=129;SAF=51;SAR=57;SRF=67;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463697;STB=0.527773;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00721659;OID=.;OPOS=6376722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:129:130:108:108:0.453782:57:51:67:62:57:51:68:62 chr19 6411830 . C G 1587.98 PASS AF=0.479167;AO=161;DP=336;FAO=161;FDP=336;FR=.;FRO=175;FSAF=84;FSAR=77;FSRF=84;FSRR=91;FWDB=-0.0271588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.458;QD=18.9045;RBI=0.0317243;REFB=-0.00480489;REVB=0.0163962;RO=175;SAF=84;SAR=77;SRF=84;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395269;STB=0.521736;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00550707;OID=.;OPOS=6411830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:336:175:175:161:161:0.479167:77:84:84:91:77:84:84:91 chr19 6415443 . T C 3476.68 PASS AF=1;AO=182;DP=222;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4848;QD=62.6428;RBI=0.0624862;REFB=0;REVB=0.055668;RO=0;SAF=86;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104401;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:222:0:0:182:222:1:96:86:0:0:125:97:0:0 chr19 6417855 . G A 251.82 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0244561;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.473;QD=27.224;RBI=0.0247832;REFB=-0.0085809;REVB=0.00401357;RO=14;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310262;STB=0.503873;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00636894;OID=.;OPOS=6417855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:7:15:9:5:8:15:9:5 chr19 6419275 . A G 562.28 PASS AF=0.425532;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.0617395;FXX=0.013985;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8284;QD=15.9513;RBI=0.0702;REFB=-7.94045e-05;REVB=-0.0334107;RO=71;SAF=16;SAR=44;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332884;STB=0.707531;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00566484;OID=.;OPOS=6419275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:141:71:81:60:60:0.425532:44:16:42:29:44:16:50:31 chr19 6477256 . G T 811.2 PASS AF=0.616667;AO=54;DP=125;FAO=74;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0115526;FXX=0.0476153;HRUN=9;LEN=1;MLLD=254.124;QD=27.0401;RBI=0.0139784;REFB=-0.0195324;REVB=-0.00786967;RO=24;SAF=26;SAR=28;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105228;STB=0.536208;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00735147;OID=.;OPOS=6477256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:120:24:41:54:74:0.616667:28:26:16:8:40:34:23:18 chr19 6535080 . T C 8495.42 PASS AF=1;AO=533;DP=533;FAO=534;FDP=534;FR=.;FRO=0;FSAF=277;FSAR=257;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.791;QD=63.6361;RBI=0.0229857;REFB=0;REVB=-0.0177031;RO=0;SAF=277;SAR=256;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.26027e-06;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:533:534:0:0:533:534:1:256:277:0:0:257:277:0:0 chr19 6586268 . G A 443.81 PASS AF=0.392308;AO=52;DP=130;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.000683233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.03;QD=13.6558;RBI=0.0027837;REFB=-0.0246405;REVB=0.00269855;RO=77;SAF=19;SAR=33;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984459;STB=0.57343;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0332623;OID=.;OPOS=6586268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:77:79:52:51:0.392308:33:19:35:42:33:18:37:42 chr19 6665020 . T C 2247.4 PASS AF=0.979592;AO=145;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0936193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5719;QD=61.1538;RBI=0.104265;REFB=0.0724024;REVB=-0.0458978;RO=2;SAF=87;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269346;STB=0.501474;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.0131684;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:147:147:2:3:145:144:0.979592:58:87:1:1:58:86:2:1 chr19 6696597 . G A 670.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.228;QD=62.3399;RBI=0.0337166;REFB=0;REVB=0.0144689;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159349;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr19 6697406 . A G 4204.35 PASS AF=1;AO=267;DP=267;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.755;QD=62.7514;RBI=0.0368283;REFB=0;REVB=-0.0152702;RO=0;SAF=139;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.77161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49115e-05;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:267:268:0:0:267:268:1:128:139:0:0:128:140:0:0 chr19 6702157 . C G 1829.52 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0152541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7794;QD=59.4966;RBI=0.114232;REFB=-0.082303;REVB=0.113209;RO=0;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00079426;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:0:2:121:121:0.98374:62:59:0:0:62:59:0:2 chr19 6709704 . C T 271.68 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00114956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.939;QD=14.6854;RBI=0.0332009;REFB=-0.0196622;REVB=-0.033181;RO=43;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671557;STB=0.538033;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0274656;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:16:15:18:25:16:15:18:25 chr19 6709848 . C T 551.39 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0292201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9157;QD=19.5181;RBI=0.0337056;REFB=0.00166707;REVB=-0.0168005;RO=56;SAF=22;SAR=35;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104968;STB=0.558015;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000531255;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:35:22:28:28:35:22:28:28 chr19 6713291 . C T 416.63 PASS AF=0.452632;AO=41;DP=93;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.075105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.681;QD=17.5423;RBI=0.0884972;REFB=0.00724814;REVB=0.046808;RO=52;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169453;STB=0.604311;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00736486;OID=.;OPOS=6713291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:52:52:41:43:0.452632:19:22:19:33:19:24:19:33 chr19 6737481 . T C 4107.63 PASS AF=1;AO=262;DP=266;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209925;FXX=0.015037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.678;QD=62.7118;RBI=0.0224387;REFB=0;REVB=-0.00792534;RO=0;SAF=126;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48681e-07;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:266:262:0:0:262:262:1:136:126:0:0:136:126:0:0 chr19 6737509 . G A 4053.15 PASS AF=1;AO=256;DP=264;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574282;FXX=0.0225555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.458;QD=62.3562;RBI=0.0575033;REFB=0;REVB=0.002938;RO=0;SAF=134;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04776e-05;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:264:260:0:0:256:260:1:122:134:0:0:124:136:0:0 chr19 6833777 . A G 3220.75 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277497;FXX=0.0141503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.963;QD=61.6412;RBI=0.0397276;REFB=-0.037525;REVB=0.0284295;RO=0;SAF=95;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234743;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:210:209:0:0:208:209:1:113:95:0:0:114:95:0:0 chr19 6833989 . G T 949.07 PASS AF=0.959459;AO=57;DP=72;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.057065;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.0825;QD=51.3008;RBI=0.10649;REFB=-0.0688739;REVB=0.0899091;RO=1;SAF=23;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200621;STB=0.501436;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0134822;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:72:74:1:3:57:71:0.959459:34:23:1:0:45:26:1:2 chr19 6897464 . C G 469.04 PASS AF=0.429752;AO=51;DP=120;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00175148;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.77;QD=15.5053;RBI=0.0253931;REFB=-0.0133206;REVB=0.0253326;RO=69;SAF=23;SAR=28;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429802;STB=0.540177;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0182306;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:69:69:51:52:0.429752:28:23:34:35:30:22:34:35 chr19 6901891 . G A 994.16 PASS AF=0.530387;AO=96;DP=181;FAO=96;FDP=181;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0672483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8797;QD=21.9704;RBI=0.0807541;REFB=0.0130902;REVB=-0.044709;RO=85;SAF=46;SAR=50;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377996;STB=0.52067;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0116052;OID=.;OPOS=6901891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:85:85:96:96:0.530387:50:46:37:48:50:46:37:48 chr19 6903920 . A G 633.53 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0295019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8978;QD=18.3631;RBI=0.0658531;REFB=-0.0085054;REVB=-0.058875;RO=72;SAF=31;SAR=34;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035067;STB=0.515836;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0100493;OID=.;OPOS=6903920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:72:73:65:65:0.471014:34:31:37:35:34:31:37:36 chr19 6904137 . C T 354.1 PASS AF=0.34375;AO=44;DP=128;FAO=44;FDP=128;FR=.;FRO=84;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00841705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.065;QD=11.0656;RBI=0.0347134;REFB=-0.0033547;REVB=-0.0336775;RO=83;SAF=19;SAR=25;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084776;STB=0.545012;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00531019;OID=.;OPOS=6904137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:83:84:44:44:0.34375:25:19:42:41:25:19:42:42 chr19 6913811 . A G 2445.84 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242355;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3857;QD=61.1459;RBI=0.030199;REFB=0;REVB=-0.0180173;RO=0;SAF=76;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145264;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:157:160:1:81:76:0:0:82:78:0:0 chr19 6919624 . A C 2291.73 PASS AF=0.987342;AO=153;DP=157;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0293916;FXX=0.00628891;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4265;QD=58.0185;RBI=0.0318009;REFB=-0.0831574;REVB=-0.012142;RO=4;SAF=78;SAR=75;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125858;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026654;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:157:158:4:2:153:156:0.987342:75:78:1:3:78:78:1:1 chr19 6919753 . A G 1260.06 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792932;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.611;QD=61.4662;RBI=0.0792975;REFB=0;REVB=0.000825476;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71739e-05;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:53:28:0:0:54:28:0:0 chr19 6974564 . C T 267.6 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=101;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0139501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.294;QD=10.4943;RBI=0.0140075;REFB=0.00455404;REVB=-0.0012659;RO=65;SAF=11;SAR=22;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188903;STB=0.613265;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00565169;OID=.;OPOS=6974564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:65:68:33:34:0.333333:22:11:32:33:23:11:33:35 chr19 7005905 . T A 604.37 PASS AF=1;AO=26;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115639;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4259;QD=58.9628;RBI=0.151871;REFB=0;REVB=0.0984497;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344874;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:26:41:1:16:10:0:0:27:14:0:0 chr19 7005906 . C A 32.39 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.0151601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2459;QD=2.75662;RBI=0.0315197;REFB=-0.00258228;REVB=0.0276344;RO=41;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477846;STB=0.824202;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0134412;OID=.;OPOS=7005906;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:2:4:10:31:2:4:10:31 chr19 7012026 . A G 165.53 PASS AF=0.170213;AO=26;DP=182;FAO=32;FDP=188;FR=.;FRO=156;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=81;FSRR=75;FWDB=0.0212917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.175;QD=3.52184;RBI=0.0220606;REFB=-0.0040735;REVB=-0.00577381;RO=156;SAF=17;SAR=9;SRF=81;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174308;STB=0.673528;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0391354;OID=.;OPOS=7012026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:188:156:156:26:32:0.170213:9:17:81:75:9:23:81:75 chr19 7051588 . G A 2798.76 PASS AF=0.638522;AO=242;DP=379;FAO=242;FDP=379;FR=.;FRO=137;FSAF=115;FSAR=127;FSRF=67;FSRR=70;FWDB=0.0236863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5843;QD=29.5384;RBI=0.0459723;REFB=-0.0250729;REVB=0.0394006;RO=137;SAF=115;SAR=127;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933228;STB=0.505014;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0144253;OID=.;OPOS=7051588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:379:137:137:242:242:0.638522:127:115:67:70:127:115:67:70 chr19 7112265 . G A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0533643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2943;QD=13.2124;RBI=0.0549013;REFB=-0.00838659;REVB=-0.0128999;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153269;STB=0.590033;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0162119;OID=.;OPOS=7112265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:11:11:9:5:11:11 chr19 7141727 . G A 412.47 PASS AF=0.339869;AO=52;DP=153;FAO=52;FDP=153;FR=.;FRO=101;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=-0.0126784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.036;QD=10.7836;RBI=0.015386;REFB=-0.0160554;REVB=-0.00871718;RO=101;SAF=21;SAR=31;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491439;STB=0.528262;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0329227;OID=.;OPOS=7141727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:101:101:52:52:0.339869:31:21:45:56:31:21:45:56 chr19 7142824 . T C 490.71 PASS AF=0.504854;AO=46;DP=98;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.00457056;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.493;QD=19.0566;RBI=0.0055515;REFB=-0.00945911;REVB=-0.00315106;RO=51;SAF=18;SAR=28;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239185;STB=0.609715;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00563899;OID=.;OPOS=7142824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:103:51:51:46:52:0.504854:28:18:33:18:30:22:33:18 chr19 7142843 . C G 617.31 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.00134072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.906;QD=20.7497;RBI=0.0242198;REFB=0.00980193;REVB=0.0241826;RO=57;SAF=28;SAR=34;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170697;STB=0.593737;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00941918;OID=.;OPOS=7142843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:57:62:62:0.521008:34:28:37:20:34:28:37:20 chr19 7142921 . C T 499.05 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=130;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.0409503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.63;QD=15.3555;RBI=0.0420348;REFB=-0.00702855;REVB=0.00948694;RO=74;SAF=25;SAR=30;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169729;STB=0.598303;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0136075;OID=.;OPOS=7142921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:75:55:55:0.423077:30:25:46:28:30:25:47:28 chr19 7166376 . C T 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.471;QD=64.1527;RBI=0.0378269;REFB=0;REVB=-0.00104359;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9513e-05;OID=.;OPOS=7166376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:55:44:0:0:55:44:0:0 chr19 7524855 . C T 1304.16 PASS AF=0.388021;AO=149;DP=384;FAO=149;FDP=384;FR=.;FRO=235;FSAF=69;FSAR=80;FSRF=121;FSRR=114;FWDB=0.0304332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0393;QD=13.585;RBI=0.0830403;REFB=0.00111624;REVB=0.0772626;RO=234;SAF=69;SAR=80;SRF=120;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054193;STB=0.531725;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00164666;OID=.;OPOS=7524855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:384:234:235:149:149:0.388021:80:69:120:114:80:69:121:114 chr19 7528734 . A G 1783.38 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4749;QD=60.9702;RBI=0.0518482;REFB=0;REVB=-0.0480834;RO=0;SAF=67;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59384e-05;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:50:67:0:0:50:67:0:0 chr19 7532011 . G C 572.59 PASS AF=0.465116;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.0171146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.704;QD=17.7548;RBI=0.0249194;REFB=-0.00972993;REVB=-0.0181127;RO=69;SAF=27;SAR=33;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129814;STB=0.571859;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0104229;OID=.;OPOS=7532011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:69:69:60:60:0.465116:33:27:22:47:33:27:22:47 chr19 7533767 . T G 3985.03 PASS AF=1;AO=254;DP=254;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.242;QD=62.2662;RBI=0.0390887;REFB=0;REVB=0.0390574;RO=0;SAF=144;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49041e-05;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:256:0:0:254:256:1:110:144:0:0:112:144:0:0 chr19 7533850 . A G 6493.37 PASS AF=0.976852;AO=420;DP=433;FAO=422;FDP=432;FR=.;FRO=10;FSAF=195;FSAR=227;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00210151;FXX=0.00230942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.021;QD=60.1238;RBI=0.00693492;REFB=-0.0471896;REVB=0.00660884;RO=10;SAF=195;SAR=225;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117949;STB=0.506107;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00269575;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:433:432:10:10:420:422:0.976852:225:195:2:8:227:195:2:8 chr19 7538039 . A G 3949.66 PASS AF=1;AO=254;DP=254;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.166;QD=62.1994;RBI=0.0317028;REFB=0;REVB=0.0154076;RO=0;SAF=126;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62155e-05;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:254:0:0:254:254:1:128:126:0:0:128:126:0:0 chr19 7538117 . A G 2547.69 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3788;QD=61.7622;RBI=0.0155792;REFB=0;REVB=-0.0104527;RO=0;SAF=88;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.89208e-05;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:77:88:0:0:77:88:0:0 chr19 7547074 . A C 432.4 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0032004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.212;QD=20.3484;RBI=0.00640371;REFB=-0.00973023;REVB=-0.00554662;RO=39;SAF=12;SAR=30;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216048;STB=0.628942;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00975132;OID=.;OPOS=7547074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:42:42:43:0.505882:30:12:20:19:30:13:23:19 chr19 7570978 . T C 1245.69 PASS AF=0.581281;AO=114;DP=197;FAO=118;FDP=203;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=93;FSRF=27;FSRR=58;FWDB=-0.101207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7184;QD=24.5456;RBI=0.102367;REFB=0.000640677;REVB=-0.0153694;RO=83;SAF=23;SAR=91;SRF=25;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110645;STB=0.561596;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00174193;OID=.;OPOS=7570978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:203:83:85:114:118:0.581281:91:23:25:58:93:25:27:58 chr19 7571030 . T A 403.04 PASS AF=0.441176;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0171881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.668;QD=15.8055;RBI=0.0185714;REFB=-0.0271384;REVB=0.00703319;RO=56;SAF=14;SAR=30;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635281;STB=0.536316;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.030921;OID=.;OPOS=7571030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:56:57:44:45:0.441176:30:14:21:35:31:14:21:36 chr19 7593589 . C T 1500.58 PASS AF=0.475309;AO=154;DP=324;FAO=154;FDP=324;FR=.;FRO=170;FSAF=62;FSAR=92;FSRF=70;FSRR=100;FWDB=-0.00701698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.204;QD=18.5256;RBI=0.0270306;REFB=-0.00331533;REVB=0.026104;RO=170;SAF=62;SAR=92;SRF=70;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00906326;STB=0.504989;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00338055;OID=.;OPOS=7593589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:324:170:170:154:154:0.475309:92:62:70:100:92:62:70:100 chr19 7687428 . G A 724.13 PASS AF=0.458333;AO=77;DP=168;FAO=77;FDP=168;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.00918109;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.897;QD=17.2412;RBI=0.0156187;REFB=-0.00443887;REVB=-0.0126354;RO=91;SAF=38;SAR=39;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545921;STB=0.536218;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00773873;OID=.;OPOS=7687428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:91:91:77:77:0.458333:39:38:50:41:39:38:51:40 chr19 7688614 . T C 388.91 PASS AF=0.412844;AO=44;DP=111;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0190206;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.089;QD=14.272;RBI=0.0447182;REFB=-0.000756497;REVB=-0.0404715;RO=61;SAF=18;SAR=26;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120036;STB=0.568742;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00191697;OID=.;OPOS=7688614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:61:64:44:45:0.412844:26:18:32:29:27:18:33:31 chr19 7703605 . C T 550.47 PASS AF=0.410596;AO=62;DP=151;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=62;FWDB=-0.00018971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.181;QD=14.5821;RBI=0.0238966;REFB=-0.0213791;REVB=-0.0238958;RO=89;SAF=30;SAR=32;SRF=27;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191943;STB=0.607202;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0334233;OID=.;OPOS=7703605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:89:89:62:62:0.410596:32:30:27:62:32:30:27:62 chr19 7705440 . C CTG,G 176.98 PASS AF=0.349206,0.015873;AO=21,3;DP=65;FAO=22,1;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10,1;FSAR=12,0;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.000608861,-0.0383188;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=186.405,61.7338;QD=11.2369;RBI=0.0126362,0.116516;REFB=-0.0544344,-0.0295823;REVB=-0.0126215,-0.110035;RO=41;SAF=9,3;SAR=12,0;SRF=27;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.255374,0.440555;STB=0.624169,0.987146;STBP=0.159,0.494;TYPE=ins,snp;VARB=0.0670857,0.0162679;OID=.,.;OPOS=7705441,7705440;OREF=-,C;OALT=TG,G;OMAPALT=CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:41:40:21,3:22,1:0.349206,0.015873:12,0:9,3:27:14:12,0:10,1:26:14 chr19 7705452 . G A 368.58 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0244314;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5249;QD=20.1963;RBI=0.0249562;REFB=-0.0208099;REVB=0.00509138;RO=33;SAF=24;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177297;STB=0.585753;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0568613;OID=.;OPOS=7705452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:33:35:38:38:0.520548:14:24:14:19:14:24:16:19 chr19 7711221 . T C 5153.24 PASS AF=1;AO=321;DP=334;FAO=325;FDP=325;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=216;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122866;FXX=0.0298499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.305;QD=63.4245;RBI=0.0127335;REFB=-0.0785072;REVB=-0.0033436;RO=0;SAF=105;SAR=216;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05511e-05;OID=.;OPOS=7711221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:334:325:0:0:321:325:1:216:105:0:0:216:109:0:0 chr19 7712277 . A G 7948.98 PASS AF=1;AO=503;DP=507;FAO=506;FDP=506;FR=.;FRO=0;FSAF=250;FSAR=256;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113024;FXX=0.00589379;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.398;QD=62.8378;RBI=0.0113106;REFB=-0.0252521;REVB=0.00043167;RO=2;SAF=248;SAR=255;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00383481;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28954e-05;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:507:506:2:0:503:506:1:255:248:2:0:256:250:0:0 chr19 7747445 . G A 2090.44 PASS AF=0.536193;AO=200;DP=373;FAO=200;FDP=373;FR=.;FRO=173;FSAF=82;FSAR=118;FSRF=65;FSRR=108;FWDB=-0.00341174;FXX=0.00267373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.584;QD=22.4176;RBI=0.0140053;REFB=-0.000541834;REVB=0.0135834;RO=172;SAF=82;SAR=118;SRF=65;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283447;STB=0.516527;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000486639;OID=.;OPOS=7747445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:373:172:173:200:200:0.536193:118:82:65:107:118:82:65:108 chr19 7754099 . AG A 129.88 PASS AF=1;AO=13;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.169629;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2396;QD=27.3426;RBI=0.169927;REFB=-0.0373828;REVB=0.0100555;RO=4;SAF=12;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0.309524;SSEP=0;SSSB=0.202871;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0229824;OID=.;OPOS=7754100;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:13:19:19:19:0:15:4:0:0:3:4:12:1:3:1 chr19 7755056 . G A 579.71 PASS AF=0.604651;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00457573;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7121;QD=26.9633;RBI=0.0673554;REFB=0.00184289;REVB=0.0671998;RO=34;SAF=27;SAR=25;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139528;STB=0.507607;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00131569;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:34:34:52:52:0.604651:25:27:17:17:25:27:17:17 chr19 7755153 . T TG 55.44 PASS AF=0.363636;AO=9;DP=78;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.220576;FXX=0.191148;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.73142;QD=4.03194;RBI=0.260186;REFB=-0.101589;REVB=-0.137996;RO=69;SAF=1;SAR=8;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554768;STB=0.590267;STBP=0.35;TYPE=ins;VARB=0.0229002;OID=.;OPOS=7755154;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:9:78:20:55:35:14:6:20:15:55:69:1:8:41:28 chr19 7761667 . A G 604.68 PASS AF=0.555556;AO=59;DP=107;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0582495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4476;QD=22.3956;RBI=0.0587026;REFB=0.00493107;REVB=-0.00727919;RO=47;SAF=23;SAR=36;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240854;STB=0.521394;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0037639;OID=.;OPOS=7761667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:47:48:59:60:0.555556:36:23:17:30:36:24:17:31 chr19 7763248 . G A 589.07 PASS AF=0.476562;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=128;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=48;FWDB=0.00454555;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.346;QD=18.4083;RBI=0.0116837;REFB=-0.00877044;REVB=0.0107632;RO=65;SAF=22;SAR=39;SRF=17;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103767;STB=0.544819;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0112989;OID=.;OPOS=7763248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:65:67:61:61:0.476562:39:22:17:48:39:22:19:48 chr19 7763703 . A G 4324.75 PASS AF=1;AO=273;DP=275;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164122;FXX=0.00724611;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0561;QD=63.1351;RBI=0.0252151;REFB=0;REVB=-0.0191427;RO=0;SAF=135;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.35782e-06;OID=.;OPOS=7763703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:275:274:0:0:273:274:1:138:135:0:0:139:135:0:0 chr19 7928462 . T C 5525.29 PASS AF=1;AO=332;DP=335;FAO=356;FDP=356;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=198;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261775;FXX=0.00558644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.972;QD=62.082;RBI=0.0467415;REFB=-0.054477;REVB=0.0387235;RO=2;SAF=139;SAR=193;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00491784;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82621e-05;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:335:356:2:0:332:356:1:193:139:0:2:198:158:0:0 chr19 7938306 . A AG 1657.75 PASS AF=1;AO=145;DP=171;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0711452;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.0243;QD=38.5523;RBI=0.111916;REFB=0;REVB=0.086392;RO=19;SAF=100;SAR=45;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000950826;OID=.;OPOS=7938307;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:145:171:172:172:0:110:62:0:0:34:19:100:45:5:14 chr19 7944348 . TCC TC,TCA 939.04 PASS AF=0.955882,0.0441176;AO=61,6;DP=68;FAO=65,3;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34,2;FSAR=31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656839,0.0745782;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.9611,7.6025;QD=55.2377;RBI=0.0769864,0.0825465;REFB=0,0;REVB=0.0401564,-0.0353838;RO=0;SAF=33,2;SAR=28,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00223827,0.00604222;OID=.,.;OPOS=7944349,7944350;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=TC,TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.955882,0.0441176:61,6:68:65,3:68:0:34,2:31,1:0:0:9:0:33,2:28,4:0:0 chr19 7963914 . A C 1208.75 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.613;QD=61.2026;RBI=0.0323437;REFB=0;REVB=0.0302673;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128978;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr19 7968168 . G A 557.59 PASS AF=0.5;AO=57;DP=115;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00556707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.191;QD=19.2271;RBI=0.015454;REFB=-0.0174424;REVB=0.0144164;RO=58;SAF=24;SAR=33;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571081;STB=0.535097;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0168224;OID=.;OPOS=7968168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:58:58:57:58:0.5:33:24:28:30:34:24:28:30 chr19 7968413 . C A 52.72 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0103;QD=21.0892;RBI=0.0115479;REFB=-0.013377;REVB=0.0115479;RO=3;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00672049;OID=.;OPOS=7968413;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:7:0:0:3:7:0:0:3 chr19 7975586 . C T 316.57 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0121724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.122;QD=18.0897;RBI=0.0184098;REFB=-0.0105674;REVB=-0.0138113;RO=34;SAF=11;SAR=23;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297568;STB=0.521726;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00817076;OID=.;OPOS=7975586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:36:34:34:0.485714:23:11:12:22:23:11:13:23 chr19 7986638 . C G 622.76 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.0121973;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.309;QD=21.2911;RBI=0.012852;REFB=-0.00169835;REVB=-0.00404969;RO=54;SAF=34;SAR=28;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165477;STB=0.594506;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00178316;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:54:55:62:62:0.529915:28:34:19:35:28:34:19:36 chr19 8122737 . G A 1609.59 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00242658;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8364;QD=60.1715;RBI=0.0509571;REFB=0;REVB=-0.0508993;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269189;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:49:58:0:0:49:58:0:0 chr19 8122767 . T C 2078.37 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369593;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.542;QD=62.5072;RBI=0.0411237;REFB=0;REVB=0.0180325;RO=0;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83182e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91585e-05;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:65:67:0:0:65:68:0:0 chr19 8127075 . C G 708.07 PASS AF=0.544;AO=68;DP=128;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0296655;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.509;QD=22.6583;RBI=0.0326696;REFB=-0.00311618;REVB=0.0136844;RO=54;SAF=35;SAR=33;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632716;STB=0.521333;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00259917;OID=.;OPOS=8127075;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:125:54:57:68:68:0.544:33:35:32:22:33:35:32:25 chr19 8138054 . C A 495.52 PASS AF=0.443548;AO=54;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0179704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0302;QD=15.9843;RBI=0.0184727;REFB=-0.00939483;REVB=0.00427847;RO=70;SAF=23;SAR=31;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00272662;STB=0.509459;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.013676;OID=.;OPOS=8138054;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:69:54:55:0.443548:31:23:30:40:32:23:30:39 chr19 8145921 . C T 257.1 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0663818;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1246;QD=18.0423;RBI=0.0679443;REFB=-0.00283968;REVB=0.0144875;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319793;STB=0.509427;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00696125;OID=.;OPOS=8145921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:29:28:28:0.491228:15:13:14:14:15:13:14:15 chr19 8152725 . A G 603.36 PASS AF=0.401163;AO=69;DP=171;FAO=69;FDP=172;FR=.;FRO=103;FSAF=17;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=61;FWDB=0.0331407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.743;QD=14.0317;RBI=0.0347211;REFB=0.00029367;REVB=-0.0103561;RO=101;SAF=17;SAR=52;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210391;STB=0.614917;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.000290721;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:101:103:69:69:0.401163:52:17:42:59:52:17:42:61 chr19 8154984 . G A 385.16 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00995362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.946;QD=20.5418;RBI=0.0262268;REFB=0.0081012;REVB=0.0242646;RO=36;SAF=18;SAR=21;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163089;STB=0.589914;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00580114;OID=.;OPOS=8154984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:21:18:10:26:21:18:10:26 chr19 8159362 . G T 328.78 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0114295;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.828;QD=15.4721;RBI=0.0382886;REFB=-0.000525525;REVB=0.0365429;RO=48;SAF=19;SAR=17;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142907;STB=0.572994;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000733492;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:48:49:36:36:0.423529:17:19:32:16:17:19:32:17 chr19 8159409 . G T 1250.41 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.787;QD=60.2606;RBI=0.0278164;REFB=-0.156609;REVB=0.0225551;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00034401;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:37:45:0:0:37:45:1:0 chr19 8160334 . G A 239.56 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.070021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8261;QD=14.3019;RBI=0.0702251;REFB=-0.00580135;REVB=0.00535037;RO=39;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163844;STB=0.593339;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0107895;OID=.;OPOS=8160334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:18:10:20:19:18:10:20:19 chr19 8161450 . C T 451.83 PASS AF=0.409449;AO=51;DP=127;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.00875144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.354;QD=14.231;RBI=0.0087525;REFB=0.000217694;REVB=-0.000136358;RO=74;SAF=27;SAR=24;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733783;STB=0.542357;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.000283668;OID=.;OPOS=8161450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:75:51:52:0.409449:24:27:34:40:24:28:35:40 chr19 8165868 . G A 1198.9 PASS AF=0.508621;AO=118;DP=232;FAO=118;FDP=232;FR=.;FRO=114;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=48;FSRR=66;FWDB=-0.00717082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.663;QD=20.6706;RBI=0.0262949;REFB=-0.0154207;REVB=-0.0252983;RO=114;SAF=59;SAR=59;SRF=48;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708073;STB=0.538787;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.014106;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:114:114:118:118:0.508621:59:59:48:66:59:59:48:66 chr19 8176009 . C T 587.41 PASS AF=0.472868;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.0724176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.917;QD=18.2142;RBI=0.0729743;REFB=-0.0163619;REVB=-0.00899673;RO=65;SAF=27;SAR=34;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070016;STB=0.532423;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0175663;OID=.;OPOS=8176009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:68:61:61:0.472868:34:27:24:41:34:27:26:42 chr19 8176569 . G A 358.22 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0111936;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6681;QD=16.8572;RBI=0.0136049;REFB=-0.0219164;REVB=-0.00773278;RO=47;SAF=11;SAR=27;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041787;STB=0.523395;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0242415;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:27:11:12:35:27:11:12:35 chr19 8176640 . C T 429.88 PASS AF=0.411765;AO=48;DP=117;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.0620688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2479;QD=14.4497;RBI=0.0621413;REFB=0.00208055;REVB=-0.00300001;RO=69;SAF=15;SAR=33;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755421;STB=0.538504;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000393438;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:69:70:48:49:0.411765:33:15:26:43:33:16:27:43 chr19 8176919 . C T 1407.59 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=104;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00719836;FXX=0.0192289;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.437;QD=55.1996;RBI=0.0183939;REFB=-0.0314876;REVB=0.0169269;RO=4;SAF=29;SAR=69;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397561;STB=0.520996;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=7.17151e-05;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:102:4:4:98:98:0.960784:69:29:3:1:69:29:3:1 chr19 8176945 . T C 574.43 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0103218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.201;QD=21.08;RBI=0.0426589;REFB=0.0053066;REVB=0.0413913;RO=51;SAF=16;SAR=42;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059287;STB=0.532656;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00402462;OID=.;OPOS=8176945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:51:58:58:0.53211:42:16:17:34:42:16:17:34 chr19 8181682 . G A 500.58 PASS AF=0.473684;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.00623405;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.298;QD=17.564;RBI=0.0206715;REFB=-0.0108879;REVB=0.0197091;RO=58;SAF=18;SAR=35;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04976;STB=0.52054;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0095634;OID=.;OPOS=8181682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:58:60:53:54:0.473684:35:18:17:41:35:19:19:41 chr19 8191238 . C T 1788.09 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5027;QD=60.1038;RBI=0.047932;REFB=0;REVB=0.0139206;RO=0;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00511939;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:119:0:0:114:119:1:61:53:0:0:65:54:0:0 chr19 8191248 . A G 1625.96 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.671;QD=59.126;RBI=0.0316988;REFB=-0.0768493;REVB=0.0222401;RO=1;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077189;STB=0.504064;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000101814;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:61:48:0:1:61:48:0:1 chr19 8191401 . G A 230.56 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0289103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0348;QD=12.2966;RBI=0.0396099;REFB=-0.0256719;REVB=0.0270765;RO=47;SAF=8;SAR=20;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145835;STB=0.584352;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0488376;OID=.;OPOS=8191401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:20:8:19:28:20:8:19:28 chr19 8196444 . C T 2304.48 PASS AF=1;AO=120;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=74;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000532904;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.556;QD=63.5717;RBI=0.0745431;REFB=0;REVB=0.0745412;RO=0;SAF=71;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216687;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:120:145:1:49:71:0:0:71:74:0:0 chr19 8196499 . G A 1342.83 PASS AF=0.449686;AO=141;DP=316;FAO=143;FDP=318;FR=.;FRO=175;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=87;FSRR=88;FWDB=-0.00140695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.343;QD=16.891;RBI=0.00997795;REFB=-0.0267637;REVB=-0.00987826;RO=172;SAF=64;SAR=77;SRF=85;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401747;STB=0.523533;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0292235;OID=.;OPOS=8196499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:318:172:175:141:143:0.449686:77:64:85:87:78:65:87:88 chr19 8203065 . C T 612.51 PASS AF=0.345455;AO=76;DP=221;FAO=76;FDP=220;FR=.;FRO=144;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=67;FSRR=77;FWDB=0.0522204;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.266;QD=11.1365;RBI=0.0538064;REFB=-0.0115612;REVB=-0.0129674;RO=144;SAF=28;SAR=48;SRF=67;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114867;STB=0.565739;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0180846;OID=.;OPOS=8203065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:144:144:76:76:0.345455:48:28:67:77:48:28:67:77 chr19 8203328 . G A 1289.11 PASS AF=0.453642;AO=137;DP=301;FAO=137;FDP=302;FR=.;FRO=165;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=80;FSRR=85;FWDB=-0.0178359;FXX=0.00983574;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.517;QD=17.0743;RBI=0.0182726;REFB=-0.00222787;REVB=-0.00397061;RO=163;SAF=60;SAR=77;SRF=79;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463144;STB=0.52585;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00284562;OID=.;OPOS=8203328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:302:163:165:137:137:0.453642:77:60:79:84:77:60:80:85 chr19 8212263 . G A 912.62 PASS AF=0.457547;AO=97;DP=213;FAO=97;FDP=212;FR=.;FRO=115;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=69;FSRR=46;FWDB=-0.00666474;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8294;QD=17.2193;RBI=0.0108091;REFB=-0.00749512;REVB=0.00850983;RO=115;SAF=51;SAR=46;SRF=69;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073268;STB=0.540532;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00969528;OID=.;OPOS=8212263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:115:115:97:97:0.457547:46:51:69:46:46:51:69:46 chr19 8321182 . A T 1276.93 PASS AF=0.59375;AO=114;DP=192;FAO=114;FDP=192;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=74;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00661214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4609;QD=26.6028;RBI=0.0135457;REFB=-0.00239713;REVB=-0.0118222;RO=78;SAF=40;SAR=74;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137182;STB=0.574455;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00146012;OID=.;OPOS=8321182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:78:78:114:114:0.59375:74:40:41:37:74:40:41:37 chr19 8321946 . T C 593.09 PASS AF=0.452555;AO=61;DP=137;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0198237;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.698;QD=17.3165;RBI=0.0221761;REFB=-0.0235859;REVB=-0.00993981;RO=76;SAF=33;SAR=28;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118875;STB=0.564809;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0219767;OID=.;OPOS=8321946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:76:75:61:62:0.452555:28:33:32:44:29:33:31:44 chr19 8326904 . G A 892.31 PASS AF=0.436937;AO=97;DP=222;FAO=97;FDP=222;FR=.;FRO=125;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=-0.00653225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.091;QD=16.0777;RBI=0.0393658;REFB=-0.010282;REVB=0.03882;RO=120;SAF=41;SAR=56;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612197;STB=0.532724;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0107346;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:120:125:97:97:0.436937:56:41:58:62:56:41:60:65 chr19 8367033 . T C 1121.32 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0413183;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6875;QD=56.7755;RBI=0.041327;REFB=-0.067305;REVB=-0.000849883;RO=2;SAF=28;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684319;STB=0.501432;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00100253;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:80:79:2:3:76:76:0.962025:48:28:1:1:48:28:1:2 chr19 8367158 . C T 553.04 PASS AF=0.541667;AO=50;DP=94;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.037205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6574;QD=23.0434;RBI=0.0373905;REFB=0.0190799;REVB=-0.00371939;RO=44;SAF=27;SAR=23;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034102;STB=0.526624;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0232752;OID=.;OPOS=8367158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:44:44:50:52:0.541667:23:27:22:22:23:29:22:22 chr19 8367359 . G C 741.0 PASS AF=0.514286;AO=71;DP=139;FAO=72;FDP=140;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=0.00809534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4925;QD=21.1714;RBI=0.0189172;REFB=-0.00315923;REVB=0.0170976;RO=68;SAF=18;SAR=53;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784499;STB=0.545441;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00177709;OID=.;OPOS=8367359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:68:68:71:72:0.514286:53:18:22:46:54:18:22:46 chr19 8367709 . C T 489.89 PASS AF=0.5;AO=47;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00772536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.468;QD=20.4121;RBI=0.0246953;REFB=-0.0163525;REVB=0.0234559;RO=48;SAF=24;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138695;OID=.;OPOS=8367709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:47:48:0.5:23:24:25:23:23:25:25:23 chr19 8368758 . G A 894.44 PASS AF=0.486486;AO=89;DP=184;FAO=90;FDP=185;FR=.;FRO=95;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=64;FSRR=31;FWDB=0.0227772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9502;QD=19.3393;RBI=0.0286301;REFB=-0.00120374;REVB=0.0173459;RO=95;SAF=45;SAR=44;SRF=64;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158119;STB=0.58917;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000848738;OID=.;OPOS=8368758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:95:95:89:90:0.486486:44:45:64:31:45:45:64:31 chr19 8368794 . C A 823.74 PASS AF=0.44335;AO=88;DP=206;FAO=90;FDP=203;FR=.;FRO=113;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=64;FSRR=49;FWDB=-0.02257;FXX=0.0240373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.071;QD=16.2313;RBI=0.0233187;REFB=-0.0181766;REVB=0.00586143;RO=117;SAF=32;SAR=56;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224034;STB=0.60585;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0228725;OID=.;OPOS=8368794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:203:117:113:88:90:0.44335:56:32:68:49:56:34:64:49 chr19 8373152 . T C 419.3 PASS AF=0.45098;AO=43;DP=100;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-6.76732e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2043;QD=16.4431;RBI=0.0061288;REFB=-0.0312629;REVB=-0.00612843;RO=56;SAF=22;SAR=21;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101514;STB=0.572488;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0326881;OID=.;OPOS=8373152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:56:56:43:46:0.45098:21:22:23:33:21:25:23:33 chr19 8373176 . C T 379.56 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0358355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.584;QD=16.6839;RBI=0.0418647;REFB=0.000255404;REVB=0.0216441;RO=51;SAF=22;SAR=18;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118001;STB=0.566232;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000132746;OID=.;OPOS=8373176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:18:22:22:29:18:22:22:29 chr19 8387207 . G A 1258.43 PASS AF=0.473118;AO=124;DP=269;FAO=132;FDP=279;FR=.;FRO=147;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=77;FSRR=70;FWDB=0.0182375;FXX=0.00711718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2007;QD=18.042;RBI=0.0182675;REFB=-0.0197831;REVB=0.0010462;RO=142;SAF=69;SAR=55;SRF=76;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207463;STB=0.503432;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0246655;OID=.;OPOS=8387207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:279:142:147:124:132:0.473118:55:69:76:66:62:70:77:70 chr19 8398714 . A G 1646.24 PASS AF=0.537931;AO=154;DP=291;FAO=156;FDP=290;FR=.;FRO=134;FSAF=93;FSAR=63;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=-0.0377293;FXX=0.00684908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.91;QD=22.7067;RBI=0.0513144;REFB=-0.0280068;REVB=0.0347802;RO=135;SAF=93;SAR=61;SRF=64;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113143;STB=0.559077;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.021316;OID=.;OPOS=8398714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:290:135:134:154:156:0.537931:61:93:64:71:63:93:63:71 chr19 8398949 . CTCGCTGTCGCCA C 325.43 PASS AF=0.333333;AO=41;DP=128;FAO=41;FDP=123;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.0232601;FXX=0.053842;HRUN=1;LEN=12;MLLD=266.497;QD=10.5831;RBI=0.0235015;REFB=-0.0132993;REVB=-0.00335973;RO=76;SAF=12;SAR=29;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114103;STB=0.554063;STBP=0.439;TYPE=del;VARB=0.0259955;OID=.;OPOS=8398950;OREF=TCGCTGTCGCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:41:128:41:123:82:13:28:32:50:99:76:12:29:29:47 chr19 8551094 . T C 734.23 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.073;QD=56.4794;RBI=0.0299147;REFB=0;REVB=0.0173878;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48651e-05;OID=.;OPOS=8551094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:28:20:0:0:29:23:0:0 chr19 8553630 . C T 3726.44 PASS AF=1;AO=234;DP=238;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014665;FXX=0.0209196;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.417;QD=63.6999;RBI=0.0313418;REFB=0;REVB=0.0276992;RO=0;SAF=96;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64707e-05;OID=.;OPOS=8553630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:238:234:0:0:234:234:1:138:96:0:0:138:96:0:0 chr19 8563456 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3366;QD=52.6119;RBI=0.0135795;REFB=0;REVB=0.00422023;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311976;OID=.;OPOS=8563456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr19 8564611 . C T 1166.58 PASS AF=0.527778;AO=114;DP=219;FAO=114;FDP=216;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=76;FSRF=29;FSRR=73;FWDB=0.0254932;FXX=0.013698;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.981;QD=21.6033;RBI=0.0317347;REFB=0.00897889;REVB=-0.0188995;RO=101;SAF=38;SAR=76;SRF=28;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554651;STB=0.526497;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00741746;OID=.;OPOS=8564611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:216:101:102:114:114:0.527778:76:38:28:73:76:38:29:73 chr19 8578035 . T C 789.48 PASS AF=0.426396;AO=84;DP=197;FAO=84;FDP=197;FR=.;FRO=113;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=76;FSRR=37;FWDB=0.0087125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.925;QD=16.0301;RBI=0.00940714;REFB=-0.0104825;REVB=-0.00354776;RO=104;SAF=46;SAR=38;SRF=72;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148238;STB=0.57332;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.015082;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:104:113:84:84:0.426396:38:46:72:32:38:46:76:37 chr19 8609201 . T C 357.77 PASS AF=0.307692;AO=48;DP=156;FAO=48;FDP=156;FR=.;FRO=108;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=71;FSRR=37;FWDB=-0.00346798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.265;QD=9.17349;RBI=0.0119343;REFB=0.00335676;REVB=-0.0114193;RO=108;SAF=27;SAR=21;SRF=71;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117136;STB=0.567854;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00608663;OID=.;OPOS=8609201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:108:108:48:48:0.307692:21:27:71:37:21:27:71:37 chr19 8642301 . C T 420.81 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0350823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.053;QD=18.0995;RBI=0.0351574;REFB=-0.0290332;REVB=0.0022958;RO=49;SAF=14;SAR=29;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02298;STB=0.520753;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0181917;OID=.;OPOS=8642301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:50:43:43:0.462366:29:14:17:32:29:14:18:32 chr19 8645786 . A C 2823.59 PASS AF=0.994475;AO=155;DP=183;FAO=180;FDP=181;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=88;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152336;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.47;QD=62.3997;RBI=0.037588;REFB=0;REVB=0.0343627;RO=0;SAF=66;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59131e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236807;OID=.;OPOS=8645786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:183:181:0:0:155:180:0.994475:89:66:0:0:92:88:0:0 chr19 8669931 . G C 3120.4 PASS AF=0.980952;AO=206;DP=210;FAO=206;FDP=210;FR=.;FRO=4;FSAF=105;FSAR=101;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0674919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.6;QD=59.4362;RBI=0.0727144;REFB=-0.167845;REVB=0.0270595;RO=1;SAF=105;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451514;STB=0.500185;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.000968354;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:210:210:1:4:206:206:0.980952:101:105:1:0:101:105:2:2 chr19 8669976 . C T 840.25 PASS AF=0.485876;AO=86;DP=179;FAO=86;FDP=177;FR=.;FRO=91;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=0.0162722;FXX=0.0166657;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1907;QD=18.9886;RBI=0.0248999;REFB=-0.00487736;REVB=0.0188474;RO=91;SAF=40;SAR=46;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119164;STB=0.565657;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00446492;OID=.;OPOS=8669976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:177:91:91:86:86:0.485876:46:40:54:37:46:40:54:37 chr19 8808373 . G T 1289.06 PASS AF=0.488806;AO=129;DP=267;FAO=131;FDP=268;FR=.;FRO=137;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=50;FSRR=87;FWDB=0.045658;FXX=0.00371733;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6435;QD=19.2397;RBI=0.118188;REFB=-0.00591024;REVB=0.109012;RO=138;SAF=64;SAR=65;SRF=51;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119209;STB=0.563384;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00762734;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:268:138:137:129:131:0.488806:65:64:51:87:67:64:50:87 chr19 8808900 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.647;QD=62.0217;RBI=0.137203;REFB=0;REVB=-0.136857;RO=0;SAF=37;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43317e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000405733;OID=.;OPOS=8808900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:5:37:0:0:5:37:0:0 chr19 8808937 . C CG 475.52 PASS AF=1;AO=8;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.244387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9988;QD=35.224;RBI=0.255243;REFB=0;REVB=-0.0736492;RO=45;SAF=8;SAR=0;SRF=39;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.584367;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0101719;OID=.;OPOS=8808938;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:54:54:54:0:47:7:0:0:10:45:8:0:39:6 chr19 8808942 . A G 779.65 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0642383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7825;QD=56.7015;RBI=0.0919711;REFB=0;REVB=-0.0658189;RO=1;SAF=47;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992459;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156636;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:7:47:1:0:7:48:0:0 chr19 8841558 . T C 834.64 PASS AF=0.443878;AO=87;DP=196;FAO=87;FDP=196;FR=.;FRO=109;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=68;FWDB=-0.00501739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.846;QD=17.0336;RBI=0.0109874;REFB=-0.00534001;REVB=-0.00977487;RO=109;SAF=49;SAR=38;SRF=41;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185546;STB=0.602949;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00728373;OID=.;OPOS=8841558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:109:109:87:87:0.443878:38:49:41:68:38:49:41:68 chr19 8953801 . T C 1767.4 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6334;QD=60.9448;RBI=0.0205217;REFB=0;REVB=0.00394694;RO=0;SAF=49;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26457e-05;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:67:49:0:0:67:49:0:0 chr19 8953922 . C T 1395.57 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0316757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.626;QD=59.3859;RBI=0.0336748;REFB=-0.219338;REVB=-0.0114299;RO=2;SAF=22;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411521;STB=0.518144;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00226982;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:94:94:2:3:91:91:0.968085:69:22:2:0:69:22:2:1 chr19 8961981 . C G 4955.33 PASS AF=1;AO=313;DP=314;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0645263;FXX=0.00630895;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8913;QD=62.9248;RBI=0.0993435;REFB=0;REVB=0.0755347;RO=0;SAF=149;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.95716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104606;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:314:315:0:0:313:315:1:164:149:0:0:166:149:0:0 chr19 8979212 . C T 409.2 PASS AF=0.387097;AO=48;DP=124;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.0054938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0966;QD=13.2;RBI=0.0356007;REFB=0.00539423;REVB=-0.0351743;RO=76;SAF=26;SAR=22;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185812;STB=0.605011;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0087343;OID=.;OPOS=8979212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:76:76:48:48:0.387097:22:26:28:48:22:26:28:48 chr19 8999429 . G T 101.45 PASS AF=0.103943;AO=29;DP=278;FAO=29;FDP=279;FR=.;FRO=250;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=108;FSRR=142;FWDB=0.0072977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.1673;QD=1.45441;RBI=0.00753722;REFB=-0.00159973;REVB=0.001885;RO=242;SAF=9;SAR=20;SRF=105;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159712;STB=0.616031;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0145657;OID=.;OPOS=8999429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:279:242:250:29:29:0.103943:20:9:105:137:20:9:108:142 chr19 8999438 . A T 222.11 PASS AF=0.160714;AO=45;DP=280;FAO=45;FDP=280;FR=.;FRO=235;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=106;FSRR=129;FWDB=-0.0194756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0272;QD=3.17302;RBI=0.019672;REFB=0.00383121;REVB=0.00277265;RO=233;SAF=11;SAR=34;SRF=106;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291441;STB=0.689219;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00813024;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:233:235:45:45:0.160714:34:11:106:127:34:11:106:129 chr19 8999449 . G T 154.67 PASS AF=0.133333;AO=37;DP=269;FAO=36;FDP=270;FR=.;FRO=234;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=104;FSRR=130;FWDB=0.00665052;FXX=0.00735267;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5434;QD=2.29141;RBI=0.0729589;REFB=-0.0118852;REVB=-0.0726551;RO=232;SAF=9;SAR=28;SRF=105;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285183;STB=0.68336;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.074242;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:270:232:234:37:36:0.133333:28:9:105:127:27:9:104:130 chr19 8999453 . C T 2722.08 PASS AF=0.789474;AO=208;DP=265;FAO=210;FDP=266;FR=.;FRO=56;FSAF=93;FSAR=117;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0386297;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.363;QD=40.9335;RBI=0.040204;REFB=-0.00980081;REVB=0.0111404;RO=56;SAF=92;SAR=116;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492767;STB=0.526054;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00265325;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:266:56:56:208:210:0.789474:116:92:18:38:117:93:18:38 chr19 8999474 . T C 32.16 PASS AF=0.0612245;AO=15;DP=245;FAO=15;FDP=245;FR=.;FRO=230;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=97;FSRR=133;FWDB=-0.0312389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.463;QD=0.524986;RBI=0.0371677;REFB=-0.00244581;REVB=0.0201387;RO=226;SAF=7;SAR=8;SRF=94;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542637;STB=0.54255;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0387525;OID=.;OPOS=8999474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:245:245:226:230:15:15:0.0612245:8:7:94:132:8:7:97:133 chr19 8999478 . T C 92.76 PASS AF=0.10917;AO=25;DP=229;FAO=25;FDP=229;FR=.;FRO=204;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=88;FSRR=116;FWDB=-0.0175385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.277;QD=1.62031;RBI=0.023559;REFB=-0.0066245;REVB=-0.0157299;RO=203;SAF=11;SAR=14;SRF=87;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143145;STB=0.507806;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0605773;OID=.;OPOS=8999478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:229:229:203:204:25:25:0.10917:14:11:87:116:14:11:88:116 chr19 9001822 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.552;QD=58.2391;RBI=0.0544677;REFB=0;REVB=0.0539559;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149942;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr19 9001833 . A G 998.79 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.497;QD=58.7521;RBI=0.025266;REFB=0;REVB=0.01734;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214517;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:25:41:0:0:25:43:0:0 chr19 9001835 . G A 884.32 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000487947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.14;QD=51.2646;RBI=0.0184699;REFB=-0.142821;REVB=0.0184635;RO=4;SAF=41;SAR=23;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463579;STB=0.518729;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00274661;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:69:69:4:5:64:64:0.927536:23:41:1:3:23:41:2:3 chr19 9002504 . T C 272.34 PASS AF=0.185185;AO=50;DP=271;FAO=50;FDP=270;FR=.;FRO=220;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=108;FSRR=112;FWDB=-0.0220045;FXX=0.0036899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9068;QD=4.03459;RBI=0.0361401;REFB=-0.00130927;REVB=-0.028669;RO=219;SAF=21;SAR=29;SRF=107;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891514;STB=0.558168;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00344844;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:219:220:50:50:0.185185:29:21:107:112:29:21:108:112 chr19 9002519 . G C 225.1 PASS AF=0.161074;AO=36;DP=285;FAO=48;FDP=298;FR=.;FRO=250;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=126;FSRR=124;FWDB=-0.00095127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.984;QD=3.02145;RBI=0.0635508;REFB=-0.0141;REVB=0.0635436;RO=237;SAF=10;SAR=26;SRF=116;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276095;STB=0.573482;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.101548;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:298:237:250:36:48:0.161074:26:10:116:121:28:20:126:124 chr19 9002576 . T C 145.14 PASS AF=0.121875;AO=38;DP=319;FAO=39;FDP=320;FR=.;FRO=281;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=134;FSRR=147;FWDB=-0.0805962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7513;QD=1.81419;RBI=0.103991;REFB=-0.0073157;REVB=-0.0657142;RO=272;SAF=14;SAR=24;SRF=132;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149069;STB=0.582273;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0660373;OID=.;OPOS=9002576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:320:272:281:38:39:0.121875:24:14:132:140:24:15:134:147 chr19 9002587 . C T 96.15 PASS AF=0.0955414;AO=30;DP=314;FAO=30;FDP=314;FR=.;FRO=284;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=132;FSRR=152;FWDB=0.0406099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4436;QD=1.22486;RBI=0.046455;REFB=-0.0082167;REVB=-0.0225589;RO=284;SAF=11;SAR=19;SRF=132;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120305;STB=0.590847;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.04764;OID=.;OPOS=9002587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:314:314:284:284:30:30:0.0955414:19:11:132:152:19:11:132:152 chr19 9002597 . C T 86.13 PASS AF=0.0912052;AO=28;DP=306;FAO=28;FDP=307;FR=.;FRO=279;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=128;FSRR=151;FWDB=0.0600043;FXX=0.00324665;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0423;QD=1.12226;RBI=0.0714269;REFB=0.0010424;REVB=-0.0387463;RO=278;SAF=12;SAR=16;SRF=127;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340403;STB=0.527784;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.0096793;OID=.;OPOS=9002597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:306:307:278:279:28:28:0.0912052:16:12:127:151:16:12:128:151 chr19 9002612 . TG GA 36.06 PASS AF=0.0620438;AO=17;DP=275;FAO=17;FDP=274;FR=.;FRO=257;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=117;FSRR=140;FWDB=0.0113409;FXX=0.00724611;HRUN=4;LEN=2;MLLD=245.987;QD=0.526461;RBI=0.0114682;REFB=0.000257483;REVB=0.00170423;RO=243;SAF=10;SAR=7;SRF=110;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144578;STB=0.623003;STBP=0.294;TYPE=mnp;VARB=0.000175711;OID=.;OPOS=9002612;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:275:274:243:257:17:17:0.0620438:7:10:110:133:7:10:117:140 chr19 9003618 . C T 4768.86 PASS AF=1;AO=308;DP=312;FAO=308;FDP=308;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702736;FXX=0.0128201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.729;QD=61.9332;RBI=0.0174599;REFB=-0.0947621;REVB=-0.0159833;RO=3;SAF=147;SAR=161;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00349125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53498e-06;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:312:308:3:0:308:308:1:161:147:2:1:161:147:0:0 chr19 9003645 . G A 1146.37 PASS AF=0.433099;AO=122;DP=285;FAO=123;FDP=284;FR=.;FRO=161;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=83;FSRR=78;FWDB=0.00544146;FXX=0.00699276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3847;QD=16.1461;RBI=0.00767865;REFB=-0.00564455;REVB=0.00541777;RO=161;SAF=55;SAR=67;SRF=83;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663492;STB=0.53887;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00782091;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:284:161:161:122:123:0.433099:67:55:83:78:68:55:83:78 chr19 9005674 . G A 710.38 PASS AF=0.566667;AO=68;DP=120;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0179739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.012;QD=23.6793;RBI=0.0205382;REFB=-0.0172142;REVB=0.00993765;RO=50;SAF=40;SAR=28;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00945224;STB=0.503545;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00927831;OID=.;OPOS=9005674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:50:52:68:68:0.566667:28:40:30:20:28:40:31:21 chr19 9005719 . A G 1453.28 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9743;QD=63.1862;RBI=0.0163937;REFB=0;REVB=-0.0149494;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.00678e-05;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr19 9006370 . A G 277.33 PASS AF=0.232432;AO=43;DP=185;FAO=43;FDP=185;FR=.;FRO=142;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=74;FSRR=68;FWDB=-0.0231748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.718;QD=5.99621;RBI=0.0440333;REFB=-0.00974539;REVB=-0.0374415;RO=140;SAF=17;SAR=26;SRF=72;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15082;STB=0.596827;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0366668;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:140:142:43:43:0.232432:26:17:72:68:26:17:74:68 chr19 9006415 . TT CA,TA 258.27 PASS AF=0.212329,0.0547945;AO=31,8;DP=146;FAO=31,8;FDP=146;FR=.;FRO=107;FSAF=15,4;FSAR=16,4;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=0.000638277,0.00880243;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=183.609,100.124;QD=7.07586;RBI=0.00349815,0.0091866;REFB=-0.0044894,0.00106691;REVB=-0.00343943,-0.00262885;RO=106;SAF=15,4;SAR=16,4;SRF=51;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0034578,0.0200675;STB=0.505614,0.521685;STBP=0.957,0.906;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0199253,0.0147355;OID=.,.;OPOS=9006415,9006416;OREF=TT,T;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:106:107:31,8:31,8:0.212329,0.0547945:16,4:15,4:51:55:16,4:15,4:51:56 chr19 9006418 . G A 270.72 PASS AF=0.262069;AO=38;DP=145;FAO=38;FDP=145;FR=.;FRO=107;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.00214334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.562;QD=7.46812;RBI=0.00852991;REFB=-0.0141853;REVB=-0.00825624;RO=107;SAF=19;SAR=19;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404161;STB=0.524125;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0380575;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:107:107:38:38:0.262069:19:19:50:57:19:19:50:57 chr19 9012840 . G A 51.78 PASS AF=0.0559211;AO=34;DP=609;FAO=34;FDP=608;FR=.;FRO=574;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=214;FSRR=360;FWDB=0.0142295;FXX=0.00327863;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.218;QD=0.340653;RBI=0.0142462;REFB=-0.000101154;REVB=0.000690926;RO=573;SAF=15;SAR=19;SRF=214;SRR=359;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727712;STB=0.566423;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00124546;OID=.;OPOS=9012840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:609:608:573:574:34:34:0.0559211:19:15:214:359:19:15:214:360 chr19 9014551 . T C 763.76 PASS AF=0.391111;AO=88;DP=225;FAO=88;FDP=225;FR=.;FRO=137;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=60;FSRR=77;FWDB=-0.00263942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7223;QD=13.578;RBI=0.0065691;REFB=0.0141585;REVB=0.00601553;RO=137;SAF=35;SAR=53;SRF=60;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449168;STB=0.525294;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0225179;OID=.;OPOS=9014551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:137:137:88:88:0.391111:53:35:60:77:53:35:60:77 chr19 9014569 . A G 631.3 PASS AF=0.373786;AO=72;DP=203;FAO=77;FDP=206;FR=.;FRO=129;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=54;FSRR=75;FWDB=-0.00647192;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.841;QD=12.2583;RBI=0.0172043;REFB=-0.00457874;REVB=0.0159406;RO=124;SAF=32;SAR=40;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468436;STB=0.506381;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00878985;OID=.;OPOS=9014569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:206:124:129:72:77:0.373786:40:32:50:74:44:33:54:75 chr19 9021069 . C T 58.51 PASS AF=0.0736196;AO=24;DP=326;FAO=24;FDP=326;FR=.;FRO=302;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=164;FSRR=138;FWDB=-0.0335231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.551;QD=0.717946;RBI=0.0485459;REFB=-0.0038982;REVB=-0.0351128;RO=302;SAF=15;SAR=9;SRF=164;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936795;STB=0.577764;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0391927;OID=.;OPOS=9021069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:326:326:302:302:24:24:0.0736196:9:15:164:138:9:15:164:138 chr19 9021075 . T C 50.33 PASS AF=0.0680473;AO=22;DP=338;FAO=23;FDP=338;FR=.;FRO=315;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=170;FSRR=145;FWDB=0.00533755;FXX=0.00294977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.073;QD=0.595607;RBI=0.0252871;REFB=-0.0018383;REVB=-0.0247174;RO=311;SAF=14;SAR=8;SRF=169;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102664;STB=0.565525;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0364641;OID=.;OPOS=9021075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:338:338:311:315:22:23:0.0680473:8:14:169:142:9:14:170:145 chr19 9021096 . G A 38.14 PASS AF=0.058011;AO=21;DP=364;FAO=21;FDP=362;FR=.;FRO=341;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=173;FSRR=168;FWDB=0.0233705;FXX=0.00549435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.851;QD=0.421421;RBI=0.035529;REFB=0.000513421;REVB=-0.0267606;RO=333;SAF=14;SAR=7;SRF=169;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166987;STB=0.651623;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0171052;OID=.;OPOS=9021096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:364:362:333:341:21:21:0.058011:7:14:169:164:7:14:173:168 chr19 9021107 . C G 44.52 PASS AF=0.0616622;AO=23;DP=373;FAO=23;FDP=373;FR=.;FRO=350;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=168;FSRR=182;FWDB=-0.0164878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.392;QD=0.477403;RBI=0.0382536;REFB=-0.000458907;REVB=0.034518;RO=350;SAF=14;SAR=9;SRF=168;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13586;STB=0.620026;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00608939;OID=.;OPOS=9021107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:373:373:350:350:23:23:0.0616622:9:14:168:182:9:14:168:182 chr19 9021118 . C T 36.3 PASS AF=0.0564516;AO=21;DP=372;FAO=21;FDP=372;FR=.;FRO=351;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=162;FSRR=189;FWDB=-0.0203733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.904;QD=0.390363;RBI=0.0262414;REFB=0.000120529;REVB=0.016539;RO=349;SAF=13;SAR=8;SRF=161;SRR=188;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160735;STB=0.646417;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00287363;OID=.;OPOS=9021118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:372:372:349:351:21:21:0.0564516:8:13:161:188:8:13:162:189 chr19 9021138 . G A 35.46 PASS AF=0.0568182;AO=20;DP=350;FAO=20;FDP=352;FR=.;FRO=332;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=137;FSRR=195;FWDB=-0.0119117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.775;QD=0.402922;RBI=0.0120488;REFB=-0.00244912;REVB=-0.00181263;RO=329;SAF=12;SAR=8;SRF=134;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196955;STB=0.671282;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0266318;OID=.;OPOS=9021138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:350:352:329:332:20:20:0.0568182:8:12:134:195:8:12:137:195 chr19 9021159 . T C 38.16 PASS AF=0.0610932;AO=19;DP=311;FAO=19;FDP=311;FR=.;FRO=292;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=105;FSRR=187;FWDB=-0.0156623;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.094;QD=0.49074;RBI=0.0233706;REFB=-0.00218871;REVB=-0.0173458;RO=291;SAF=14;SAR=5;SRF=105;SRR=186;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381065;STB=0.818478;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0425357;OID=.;OPOS=9021159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:311:311:291:292:19:19:0.0610932:5:14:105:186:5:14:105:187 chr19 9024994 . C T 254.81 PASS AF=0.32;AO=30;DP=100;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=-0.00541425;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.846;QD=10.1925;RBI=0.00783963;REFB=-0.00309435;REVB=-0.00566971;RO=68;SAF=23;SAR=7;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492376;STB=0.74985;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00848719;OID=.;OPOS=9024994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:68:68:30:32:0.32:7:23:23:45:9:23:23:45 chr19 9028373 . G A 1133.54 PASS AF=0.567568;AO=103;DP=185;FAO=105;FDP=185;FR=.;FRO=80;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.025837;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.938;QD=24.5089;RBI=0.042892;REFB=-0.0229288;REVB=0.034237;RO=80;SAF=47;SAR=56;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254063;STB=0.509908;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0127332;OID=.;OPOS=9028373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:80:80:103:105:0.567568:56:47:34:46:58:47:34:46 chr19 9033314 . G A 434.04 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0084392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5676;QD=19.7293;RBI=0.0142657;REFB=-0.0264154;REVB=-0.0115017;RO=44;SAF=20;SAR=23;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936603;STB=0.54534;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.038297;OID=.;OPOS=9033314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:44:43:44:0.5:23:20:25:19:23:21:25:19 chr19 9045874 . G T 741.0 PASS AF=0.496599;AO=68;DP=142;FAO=73;FDP=147;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.00259626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.744;QD=20.1633;RBI=0.0104186;REFB=-0.0126556;REVB=0.01009;RO=74;SAF=33;SAR=35;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116164;STB=0.510603;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0132469;OID=.;OPOS=9045874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:147:74:74:68:73:0.496599:35:33:35:39:40:33:35:39 chr19 9046876 . G T 687.65 PASS AF=0.413043;AO=76;DP=184;FAO=76;FDP=184;FR=.;FRO=108;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=45;FSRR=63;FWDB=-0.02134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.487;QD=14.949;RBI=0.0244407;REFB=0.00571504;REVB=0.0119144;RO=108;SAF=30;SAR=46;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238857;STB=0.513389;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00754738;OID=.;OPOS=9046876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:108:108:76:76:0.413043:46:30:45:63:46:30:45:63 chr19 9047700 . T G 643.23 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0127849;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0721;QD=17.8674;RBI=0.0142815;REFB=-0.0148488;REVB=0.00636458;RO=77;SAF=30;SAR=36;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0140274;OID=.;OPOS=9047700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:77:78:66:66:0.458333:36:30:35:42:36:30:35:43 chr19 9048320 . C T 568.48 PASS AF=0.54;AO=53;DP=99;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0222577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.605;QD=22.7391;RBI=0.0239317;REFB=-0.0035546;REVB=-0.00879309;RO=45;SAF=18;SAR=35;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094161;STB=0.540793;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00354071;OID=.;OPOS=9048320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:45:46:53:54:0.54:35:18:20:25:35:19:20:26 chr19 9048342 . C T 405.6 PASS AF=0.429907;AO=45;DP=106;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0248205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.847;QD=15.1624;RBI=0.0249176;REFB=-0.0105955;REVB=-0.00219723;RO=61;SAF=17;SAR=28;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187355;STB=0.518479;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0111123;OID=.;OPOS=9048342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:61:61:45:46:0.429907:28:17:22:39:28:18:22:39 chr19 9048421 . T C 527.48 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0372565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.233;QD=20.8901;RBI=0.0373934;REFB=-0.00446291;REVB=0.00319748;RO=48;SAF=22;SAR=31;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381108;STB=0.521;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00377498;OID=.;OPOS=9048421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:48:53:53:0.524752:31:22:22:26:31:22:22:26 chr19 9048895 . A C 425.73 PASS AF=0.436364;AO=47;DP=109;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0417886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3665;QD=15.481;RBI=0.041964;REFB=-0.0177752;REVB=-0.00383213;RO=61;SAF=22;SAR=25;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569024;STB=0.529889;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0273978;OID=.;OPOS=9048895;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:61:62:47:48:0.436364:25:22:32:29:25:23:33:29 chr19 9049339 . C G 1589.56 PASS AF=0.549091;AO=150;DP=272;FAO=151;FDP=275;FR=.;FRO=124;FSAF=59;FSAR=92;FSRF=53;FSRR=71;FWDB=-0.0430233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.322;QD=23.1209;RBI=0.0447963;REFB=-0.00809679;REVB=0.0124781;RO=122;SAF=59;SAR=91;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282198;STB=0.517241;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00524881;OID=.;OPOS=9049339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:275:122:124:150:151:0.549091:91:59:52:70:92:59:53:71 chr19 9049910 . C T 1056.68 PASS AF=0.5;AO=107;DP=215;FAO=107;FDP=214;FR=.;FRO=107;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=0.014969;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.517;QD=19.7511;RBI=0.0150403;REFB=-0.02632;REVB=-0.00146357;RO=107;SAF=63;SAR=44;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145066;STB=0.579689;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0176845;OID=.;OPOS=9049910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:107:107:107:107:0.5:44:63:46:61:44:63:46:61 chr19 9056989 . C G 453.41 PASS AF=0.409449;AO=50;DP=125;FAO=52;FDP=127;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=55;FWDB=-0.00477278;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9014;QD=14.2806;RBI=0.0300077;REFB=0.00540234;REVB=-0.0296257;RO=71;SAF=7;SAR=43;SRF=19;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221973;STB=0.608649;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0113257;OID=.;OPOS=9056989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:71:75:50:52:0.409449:43:7:19:52:44:8:20:55 chr19 9057408 . A G 2576.77 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.827;QD=61.7191;RBI=0.0649952;REFB=0;REVB=0.0280938;RO=0;SAF=66;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62525e-05;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:167:0:0:162:167:1:96:66:0:0:99:68:0:0 chr19 9057687 . A G 1778.89 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095102;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.499;QD=60.3014;RBI=0.0113679;REFB=0;REVB=0.00622787;RO=0;SAF=41;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843702;OID=.;OPOS=9057687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:76:41:0:0:76:42:0:0 chr19 9057721 . C T 447.16 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00625175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5203;QD=18.4396;RBI=0.0240741;REFB=0.00085982;REVB=-0.0232482;RO=50;SAF=19;SAR=26;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412167;STB=0.520785;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00194351;OID=.;OPOS=9057721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:50:52:45:45:0.463918:26:19:19:31:26:19:20:32 chr19 9058624 . G A 1427.64 PASS AF=0.493056;AO=142;DP=288;FAO=142;FDP=288;FR=.;FRO=146;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=68;FSRR=78;FWDB=-0.0029673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3753;QD=19.8283;RBI=0.0389795;REFB=-0.0373148;REVB=0.0388664;RO=146;SAF=73;SAR=69;SRF=68;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446077;STB=0.524483;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0353811;OID=.;OPOS=9058624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:146:146:142:142:0.493056:69:73:68:78:69:73:68:78 chr19 9058907 . G C 396.98 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00056737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.712;QD=14.1777;RBI=0.000746;REFB=-0.0193876;REVB=0.000484362;RO=65;SAF=23;SAR=23;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239757;STB=0.508925;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0416939;OID=.;OPOS=9058907;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:66:46:46:0.410714:23:23:31:34:23:23:32:34 chr19 9058942 . C T 875.36 PASS AF=0.543624;AO=81;DP=149;FAO=81;FDP=149;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.00969163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.767;QD=23.4995;RBI=0.0149671;REFB=-0.0117163;REVB=0.0114055;RO=68;SAF=42;SAR=39;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277341;STB=0.515163;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00981927;OID=.;OPOS=9058942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:68:68:81:81:0.543624:39:42:33:35:39:42:33:35 chr19 9059159 . T G 780.45 PASS AF=0.490323;AO=62;DP=158;FAO=76;FDP=155;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0105966;FXX=0.0189861;HRUN=7;LEN=1;MLLD=286.224;QD=20.1407;RBI=0.0417421;REFB=-0.0203071;REVB=-0.0403747;RO=51;SAF=37;SAR=25;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00729422;STB=0.520265;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0122497;OID=.;OPOS=9059159;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:155:51:72:62:76:0.490323:25:37:30:21:38:38:39:33 chr19 9059307 . C T 536.23 PASS AF=0.388889;AO=63;DP=156;FAO=63;FDP=162;FR=.;FRO=99;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0342227;FXX=0.00613459;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.851;QD=13.2401;RBI=0.0369392;REFB=-0.0162865;REVB=-0.0139037;RO=93;SAF=27;SAR=36;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363148;STB=0.540912;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0240104;OID=.;OPOS=9059307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:162:93:99:63:63:0.388889:36:27:43:50:36:27:49:50 chr19 9059808 . A G 3506.11 PASS AF=1;AO=223;DP=225;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160012;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.802;QD=62.8898;RBI=0.0182343;REFB=0;REVB=0.00874374;RO=0;SAF=115;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79655e-06;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:223:0:0:223:223:1:108:115:0:0:108:115:0:0 chr19 9060085 . C T 865.46 PASS AF=0.394422;AO=99;DP=251;FAO=99;FDP=251;FR=.;FRO=152;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=59;FSRR=93;FWDB=-0.0323247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.157;QD=13.7922;RBI=0.0323688;REFB=-0.00533783;REVB=-0.00168893;RO=152;SAF=51;SAR=48;SRF=59;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136672;STB=0.576603;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00960502;OID=.;OPOS=9060085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:152:152:99:99:0.394422:48:51:59:93:48:51:59:93 chr19 9060541 . C T 2498.53 PASS AF=0.993902;AO=164;DP=165;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266102;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.514;QD=60.9398;RBI=0.0271137;REFB=-0.0024147;REVB=0.00520087;RO=1;SAF=62;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761321;STB=0.503999;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00016573;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:164:1:1:164:163:0.993902:102:62:1:0:101:62:1:0 chr19 9060572 . G A 741.59 PASS AF=0.47561;AO=78;DP=164;FAO=78;FDP=164;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.0235111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.147;QD=18.0877;RBI=0.0341376;REFB=-0.0278564;REVB=0.0247509;RO=84;SAF=34;SAR=44;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015692;STB=0.503176;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0308369;OID=.;OPOS=9060572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:84:86:78:78:0.47561:44:34:38:46:44:34:38:48 chr19 9060605 . G A 2650.33 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.94;QD=61.6355;RBI=0.0886434;REFB=0;REVB=0.0881681;RO=0;SAF=83;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143665;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:172:0:0:171:172:1:88:83:0:0:89:83:0:0 chr19 9060812 . T C 2370.37 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.238;QD=64.0641;RBI=0.031175;REFB=0;REVB=0.0025391;RO=0;SAF=85;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32647e-05;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:62:85:0:0:63:85:0:0 chr19 9061559 . C G 1964.99 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.283;QD=61.8894;RBI=0.0384513;REFB=0;REVB=-0.0380902;RO=0;SAF=52;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.76698e-05;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:74:52:0:0:74:53:0:0 chr19 9062415 . T G 2350.4 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.752;QD=61.0494;RBI=0.0468864;REFB=0;REVB=0.0404557;RO=0;SAF=67;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55006e-05;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:87:67:0:0:87:67:0:0 chr19 9062544 . T G 1458.59 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7061;QD=62.7351;RBI=0.144921;REFB=0;REVB=-0.142319;RO=0;SAF=30;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129037;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:93:0:0:89:93:1:59:30:0:0:60:33:0:0 chr19 9065203 . T C 295.41 PASS AF=0.492308;AO=29;DP=62;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0257182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.209;QD=18.1789;RBI=0.0262981;REFB=-0.0374537;REVB=0.00549257;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122275;STB=0.5407;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0373239;OID=.;OPOS=9065203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:32:33:29:32:0.492308:19:10:15:17:19:13:16:17 chr19 9065510 . G A 1053.87 PASS AF=0.457983;AO=109;DP=240;FAO=109;FDP=238;FR=.;FRO=129;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=42;FSRR=87;FWDB=0.019863;FXX=0.00833299;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3732;QD=17.7121;RBI=0.0212273;REFB=-0.0167358;REVB=-0.00748725;RO=129;SAF=41;SAR=68;SRF=41;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620128;STB=0.529622;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0187538;OID=.;OPOS=9065510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:238:129:129:109:109:0.457983:68:41:41:88:68:41:42:87 chr19 9066259 . T C 1401.4 PASS AF=0.467949;AO=146;DP=310;FAO=146;FDP=312;FR=.;FRO=166;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=91;FSRR=75;FWDB=0.000407582;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.015;QD=17.9666;RBI=0.0862586;REFB=0.0043026;REVB=0.0862577;RO=161;SAF=81;SAR=65;SRF=91;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100615;STB=0.503552;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.00469251;OID=.;OPOS=9066259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:312:161:166:146:146:0.467949:65:81:91:70:65:81:91:75 chr19 9066874 . G T 1328.65 PASS AF=0.517647;AO=132;DP=255;FAO=132;FDP=255;FR=.;FRO=123;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=-0.00875198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.895;QD=20.8416;RBI=0.0291515;REFB=-0.00620506;REVB=-0.0278067;RO=123;SAF=69;SAR=63;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236454;STB=0.512933;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00578988;OID=.;OPOS=9066874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:123:123:132:132:0.517647:63:69:61:62:63:69:61:62 chr19 9068530 . C T 1217.6 PASS AF=0.487903;AO=121;DP=248;FAO=121;FDP=248;FR=.;FRO=127;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=54;FSRR=73;FWDB=0.00155948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.871;QD=19.6388;RBI=0.0304984;REFB=0.00319716;REVB=-0.0304585;RO=127;SAF=65;SAR=56;SRF=54;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104012;STB=0.55717;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00329124;OID=.;OPOS=9068530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:127:127:121:121:0.487903:56:65:54:73:56:65:54:73 chr19 9069792 . G A 820.35 PASS AF=0.429245;AO=90;DP=211;FAO=91;FDP=212;FR=.;FRO=121;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=76;FWDB=0.0965382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3652;QD=15.4782;RBI=0.100792;REFB=-0.0169056;REVB=0.0289734;RO=106;SAF=50;SAR=40;SRF=39;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181628;STB=0.606373;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0388122;OID=.;OPOS=9069792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:106:121:90:91:0.429245:40:50:39:67:40:51:45:76 chr19 9069892 . A C 906.09 PASS AF=0.417722;AO=99;DP=237;FAO=99;FDP=237;FR=.;FRO=138;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=59;FSRR=79;FWDB=-0.00413656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.336;QD=15.2926;RBI=0.00617977;REFB=-0.00449043;REVB=0.00459113;RO=134;SAF=57;SAR=42;SRF=58;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147146;STB=0.586014;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0051179;OID=.;OPOS=9069892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:134:138:99:99:0.417722:42:57:58:76:42:57:59:79 chr19 9070079 . C G 409.14 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0217184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.079;QD=23.3795;RBI=0.0321938;REFB=-0.00148655;REVB=-0.0237645;RO=30;SAF=17;SAR=23;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00663697;STB=0.503648;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.000682746;OID=.;OPOS=9070079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:23:17:13:17:23:17:13:17 chr19 9070194 . A G 1534.8 PASS AF=0.990476;AO=100;DP=100;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131946;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.522;QD=58.4686;RBI=0.0339711;REFB=0.0421659;REVB=0.0313039;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.505262;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000439857;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:105:0:1:100:104:0.990476:54:46:0:0:57:47:1:0 chr19 9070225 . G C 2408.64 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7084;QD=64.2304;RBI=0.0749497;REFB=0;REVB=-0.056702;RO=0;SAF=64;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43253e-05;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:86:64:0:0:86:64:0:0 chr19 9070837 . G A 2457.37 PASS AF=0.964912;AO=164;DP=172;FAO=165;FDP=171;FR=.;FRO=6;FSAF=60;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0125763;FXX=0.00581362;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.7757;QD=57.4824;RBI=0.0182558;REFB=-0.107631;REVB=-0.0132329;RO=4;SAF=60;SAR=104;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179477;STB=0.507496;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00383227;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:172:171:4:6:164:165:0.964912:104:60:0:4:105:60:1:5 chr19 9071763 . T A 2391.11 PASS AF=0.9875;AO=158;DP=161;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00962693;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.404;QD=59.7776;RBI=0.0163782;REFB=-0.0298697;REVB=0.0132502;RO=2;SAF=65;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217473;STB=0.501143;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=1.17444e-05;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:161:160:2:2:158:158:0.9875:93:65:1:1:93:65:1:1 chr19 9071834 . G C 412.78 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.000410235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.692;QD=13.6456;RBI=0.0622974;REFB=-0.0110703;REVB=0.0622961;RO=73;SAF=19;SAR=29;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764397;STB=0.543283;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0193081;OID=.;OPOS=9071834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:73:73:48:48:0.396694:29:19:34:39:29:19:34:39 chr19 9072221 . G A 405.46 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00892066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0704;QD=19.7784;RBI=0.0113318;REFB=-0.037124;REVB=0.00698802;RO=41;SAF=25;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679939;STB=0.537781;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0326869;OID=.;OPOS=9072221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:16:25:22:19:16:25:22:19 chr19 9072875 . G A 641.37 PASS AF=0.452055;AO=64;DP=144;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=54;FWDB=-0.00476192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.938;QD=17.5717;RBI=0.00538585;REFB=0.0037155;REVB=-0.00251624;RO=78;SAF=28;SAR=36;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106239;STB=0.564594;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00577189;OID=.;OPOS=9072875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:78:80:64:66:0.452055:36:28:26:52:37:29:26:54 chr19 9072975 . G A 846.51 PASS AF=0.467742;AO=87;DP=186;FAO=87;FDP=186;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=0.0183415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.793;QD=18.2045;RBI=0.0266432;REFB=-0.0157997;REVB=0.0193248;RO=96;SAF=34;SAR=53;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153374;STB=0.512966;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0167167;OID=.;OPOS=9072975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:96:99:87:87:0.467742:53:34:39:57:53:34:41:58 chr19 9074073 . G A 629.24 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0144203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4112;QD=22.4727;RBI=0.0299835;REFB=0.059037;REVB=-0.0262881;RO=50;SAF=16;SAR=46;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102212;STB=0.556169;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0389626;OID=.;OPOS=9074073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:50:50:62:62:0.553571:46:16:18:32:46:16:18:32 chr19 9075565 . C T 1510.27 PASS AF=0.515789;AO=147;DP=284;FAO=147;FDP=285;FR=.;FRO=138;FSAF=59;FSAR=88;FSRF=62;FSRR=76;FWDB=-0.0946782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4892;QD=21.1968;RBI=0.0956971;REFB=0.00684765;REVB=-0.0139276;RO=137;SAF=59;SAR=88;SRF=61;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399298;STB=0.523909;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00804013;OID=.;OPOS=9075565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:285:137:138:147:147:0.515789:88:59:61:76:88:59:62:76 chr19 9075737 . T C 613.71 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=115;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0281466;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9617;QD=21.5337;RBI=0.0467948;REFB=-0.00226475;REVB=0.0373835;RO=53;SAF=29;SAR=32;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675002;STB=0.537025;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00168393;OID=.;OPOS=9075737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:53:53:61:61:0.535088:32:29:21:32:32:29:21:32 chr19 9077196 . C T 528.34 PASS AF=0.509259;AO=54;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0138658;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9203;QD=19.5683;RBI=0.0394006;REFB=-0.00775289;REVB=-0.0368801;RO=53;SAF=23;SAR=31;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586458;STB=0.51754;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00726588;OID=.;OPOS=9077196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:54:55:0.509259:31:23:26:27:31:24:25:28 chr19 9077581 . G T 1293.02 PASS AF=0.481752;AO=132;DP=274;FAO=132;FDP=274;FR=.;FRO=142;FSAF=73;FSAR=59;FSRF=64;FSRR=78;FWDB=0.00346876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.33;QD=18.8763;RBI=0.0351281;REFB=-0.0103403;REVB=-0.0349564;RO=142;SAF=73;SAR=59;SRF=64;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963686;STB=0.553022;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00961626;OID=.;OPOS=9077581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:142:142:132:132:0.481752:59:73:64:78:59:73:64:78 chr19 9080462 . C G 4739.01 PASS AF=1;AO=297;DP=298;FAO=297;FDP=297;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582561;FXX=0.00335559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.118;QD=63.825;RBI=0.0232701;REFB=-0.0409129;REVB=0.0225291;RO=1;SAF=137;SAR=160;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00297158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34363e-05;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:298:297:1:0:297:297:1:160:137:0:1:160:137:0:0 chr19 9082514 . C A 1092.93 PASS AF=0.410596;AO=114;DP=293;FAO=124;FDP=302;FR=.;FRO=178;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=69;FSRR=109;FWDB=-0.00114963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.994;QD=14.4759;RBI=0.0103678;REFB=-0.0248268;REVB=-0.0103038;RO=175;SAF=53;SAR=61;SRF=67;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089768;STB=0.533626;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.036314;OID=.;OPOS=9082514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:302:175:178:114:124:0.410596:61:53:67:108:69:55:69:109 chr19 9083427 . A G 576.59 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00235872;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.391;QD=20.9669;RBI=0.0183651;REFB=-0.000861957;REVB=-0.018213;RO=52;SAF=34;SAR=24;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259822;STB=0.52377;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00159668;OID=.;OPOS=9083427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:52:52:58:58:0.527273:24:34:32:20:24:34:33:19 chr19 9083457 . C T 538.26 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0314018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.541;QD=19.2237;RBI=0.0531448;REFB=-0.0074509;REVB=-0.0428753;RO=56;SAF=33;SAR=23;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016747;STB=0.50925;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00837588;OID=.;OPOS=9083457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:23:33:34:22:23:33:34:22 chr19 9084183 . G A 1235.71 PASS AF=0.470588;AO=128;DP=272;FAO=128;FDP=272;FR=.;FRO=144;FSAF=46;FSAR=82;FSRF=56;FSRR=88;FWDB=0.00813799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.312;QD=18.1722;RBI=0.00829884;REFB=-0.0245541;REVB=-0.00162601;RO=143;SAF=46;SAR=82;SRF=56;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331283;STB=0.516804;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0274802;OID=.;OPOS=9084183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:143:144:128:128:0.470588:82:46:56:87:82:46:56:88 chr19 9084299 . T C 497.69 PASS AF=0.50495;AO=50;DP=100;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0119217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0178;QD=19.7104;RBI=0.0342171;REFB=0.0158256;REVB=0.0320731;RO=49;SAF=30;SAR=20;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451656;STB=0.514348;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0135469;OID=.;OPOS=9084299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:49:50:50:51:0.50495:20:30:27:22:21:30:28:22 chr19 9085004 . T C 860.75 PASS AF=0.540541;AO=80;DP=149;FAO=80;FDP=148;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0167685;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.352;QD=23.2635;RBI=0.0308547;REFB=-0.00473256;REVB=0.0259004;RO=67;SAF=43;SAR=37;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249201;STB=0.5156;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00364847;OID=.;OPOS=9085004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:67:68:80:80:0.540541:37:43:38:29:38:42:38:30 chr19 9085643 . A G 679.48 PASS AF=0.443114;AO=74;DP=167;FAO=74;FDP=167;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0140051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.129;QD=16.2749;RBI=0.0142427;REFB=-0.0132575;REVB=-0.00259075;RO=93;SAF=23;SAR=51;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163987;STB=0.591642;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0150657;OID=.;OPOS=9085643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:93:93:74:74:0.443114:51:23:43:50:51:23:43:50 chr19 9086318 . G A 621.93 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00428991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.811;QD=25.1283;RBI=0.00683171;REFB=-0.0321673;REVB=-0.00531685;RO=43;SAF=31;SAR=25;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143314;STB=0.578372;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.021173;OID=.;OPOS=9086318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:43:56:56:0.565657:25:31:16:27:25:31:16:27 chr19 9086819 . G A 340.85 PASS AF=0.392157;AO=38;DP=100;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00143282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.964;QD=13.3667;RBI=0.00932966;REFB=-0.0216304;REVB=0.00921898;RO=61;SAF=17;SAR=21;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305364;STB=0.536192;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0337366;OID=.;OPOS=9086819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:61:62:38:40:0.392157:21:17:29:32:23:17:30:32 chr19 9087615 . T A 2244.99 PASS AF=0.993197;AO=142;DP=143;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.7141;QD=61.0881;RBI=0.0650133;REFB=-0.0242392;REVB=0.0600062;RO=1;SAF=79;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598136;STB=0.503105;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000825383;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:147:1:1:142:146:0.993197:63:79:1:0:66:80:1:0 chr19 9087758 . G A 1638.31 PASS AF=0.470914;AO=169;DP=361;FAO=170;FDP=361;FR=.;FRO=191;FSAF=83;FSAR=87;FSRF=107;FSRR=84;FWDB=0.0140209;FXX=0.00276235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.588;QD=18.153;RBI=0.0147281;REFB=-0.0226695;REVB=0.00450922;RO=188;SAF=83;SAR=86;SRF=105;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644303;STB=0.538029;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0247418;OID=.;OPOS=9087758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:361:188:191:169:170:0.470914:86:83:105:83:87:83:107:84 chr19 9088017 . T G 1887.22 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00282635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5828;QD=59.44;RBI=0.098609;REFB=-0.153718;REVB=0.0985685;RO=2;SAF=75;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00311448;STB=0.501639;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00284827;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:127:2:2:125:125:0.984252:50:75:1:1:50:75:1:1 chr19 9088330 . G A 689.85 PASS AF=0.479167;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.00910339;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.461;QD=19.1626;RBI=0.0301101;REFB=-0.0199747;REVB=0.028701;RO=75;SAF=29;SAR=40;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067273;STB=0.503721;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.042613;OID=.;OPOS=9088330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:75:75:69:69:0.479167:40:29:31:44:40:29:31:44 chr19 9088722 . G A 833.06 PASS AF=0.472527;AO=85;DP=180;FAO=86;FDP=182;FR=.;FRO=96;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=0.0110479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.906;QD=18.309;RBI=0.0248698;REFB=-0.0135614;REVB=0.0222811;RO=94;SAF=40;SAR=45;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582542;STB=0.534876;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0160192;OID=.;OPOS=9088722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:94:96:85:86:0.472527:45:40:50:44:46:40:51:45 chr19 9088772 . T C 1408.22 PASS AF=0.514815;AO=135;DP=267;FAO=139;FDP=270;FR=.;FRO=131;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=58;FSRR=73;FWDB=-0.000613921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.702;QD=20.8625;RBI=0.0048339;REFB=-0.00116436;REVB=0.00479475;RO=130;SAF=66;SAR=69;SRF=58;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038344;STB=0.522571;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00114264;OID=.;OPOS=9088772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:270:130:131:135:139:0.514815:69:66:58:72:71:68:58:73 chr19 9204307 . A G 1396.43 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.743;QD=62.7611;RBI=0.0319231;REFB=0;REVB=-0.0204539;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127162;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr19 9213026 . T C 1233.91 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0643922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.17;QD=60.9339;RBI=0.0653769;REFB=0;REVB=-0.0113038;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000464703;OID=.;OPOS=9213026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:40:39:0:0:42:39:0:0 chr19 9213079 . A C 1062.12 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2447;QD=59.8375;RBI=0.0559267;REFB=0;REVB=0.0165138;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604573;OID=.;OPOS=9213079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr19 9213132 . A G 918.64 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.110146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1353;QD=54.0379;RBI=0.111124;REFB=-0.20032;REVB=0.0147124;RO=3;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449228;STB=0.523802;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00669431;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:3:3:65:65:0.955882:30:35:0:3:30:35:0:3 chr19 9225685 . T C 405.49 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00502477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.455;QD=22.5273;RBI=0.0303617;REFB=-0.0125925;REVB=-0.029943;RO=31;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270538;STB=0.522335;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0115939;OID=.;OPOS=9225685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:32:40:40:0.555556:22:18:15:16:22:18:16:16 chr19 9226017 . C G 276.48 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0100766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.067;QD=14.9451;RBI=0.011942;REFB=-0.0135693;REVB=0.0064089;RO=42;SAF=7;SAR=24;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221506;STB=0.604769;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0163924;OID=.;OPOS=9226017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:31:32:0.432432:24:7:17:25:24:8:17:25 chr19 9226192 . A G 136.85 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0556766;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.545;QD=17.1062;RBI=0.0597985;REFB=0.0050532;REVB=-0.0218169;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316095;STB=0.693625;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0111387;OID=.;OPOS=9226192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:10:5:11:5:10:5:12:5 chr19 9297874 . G A 658.12 PASS AF=0.591837;AO=58;DP=97;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0165418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.868;QD=26.8619;RBI=0.0336987;REFB=-0.0393065;REVB=-0.0293593;RO=39;SAF=29;SAR=29;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662345;STB=0.530602;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0381141;OID=.;OPOS=9297874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:39:40:58:58:0.591837:29:29:16:23:29:29:17:23 chr19 9298078 . C T 102.03 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00332978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8063;QD=17.0043;RBI=0.0433333;REFB=-0.00590443;REVB=-0.0432052;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377853;STB=0.541598;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.000616395;OID=.;OPOS=9298078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:24:24:11:12:12:12:0.5:6:6:5:6:6:6:5:7 chr19 9298512 . C T 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.01788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.886;QD=14.132;RBI=0.0178961;REFB=0.00463162;REVB=-0.000757202;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236986;STB=0.635844;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00853416;OID=.;OPOS=9298512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:8:23:10:9:8:23 chr19 9299060 . GC TT 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00445924;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.052;QD=20.1601;RBI=0.00701962;REFB=-0.0058827;REVB=0.00542127;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105752;STB=0.560107;STBP=0.533;TYPE=mnp;VARB=0.00449443;OID=.;OPOS=9299060;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:6:8:11:5:6:8 chr19 9346427 . T C 1572.72 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045722;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.229;QD=63.5441;RBI=0.0701093;REFB=0;REVB=0.053149;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274584;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:57:40:0:0:58:41:0:0 chr19 9346599 . C G 552.6 PASS AF=0.408163;AO=60;DP=147;FAO=60;FDP=147;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=0.0089361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1506;QD=15.0368;RBI=0.0114399;REFB=0.0315899;REVB=-0.00714262;RO=86;SAF=32;SAR=28;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261703;STB=0.510945;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0472041;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:86:87:60:60:0.408163:28:32:48:38:28:32:48:39 chr19 9361767 . G A 215.53 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.000699528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4669;QD=10.9128;RBI=0.0010813;REFB=-0.00345982;REVB=-0.000824538;RO=52;SAF=14;SAR=13;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664776;STB=0.538578;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00379909;OID=.;OPOS=9361767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:13:14:30:22:13:14:30:22 chr19 9362343 . C T 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00467175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.927;QD=17.8594;RBI=0.00762929;REFB=-0.00230187;REVB=0.00603166;RO=37;SAF=10;SAR=24;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26773;STB=0.650258;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0023537;OID=.;OPOS=9362343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:24:10:21:16:24:10:21:16 chr19 9362443 . C T 475.08 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.005342;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.162;QD=17.7601;RBI=0.00681168;REFB=-0.00071851;REVB=-0.00422635;RO=56;SAF=27;SAR=24;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277462;STB=0.515412;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.000826805;OID=.;OPOS=9362443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:24:27:28:28:24:27:28:28 chr19 9362799 . T G 432.05 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.014914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.514;QD=20.332;RBI=0.0226865;REFB=-0.00560536;REVB=-0.0170953;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424739;STB=0.517497;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00520124;OID=.;OPOS=9362799;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:42:43:43:0.505882:21:22:19:22:21:22:20:22 chr19 9453187 . G C 321.13 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0172192;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6836;QD=13.665;RBI=0.0492205;REFB=0.00421808;REVB=0.0461103;RO=58;SAF=19;SAR=17;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260255;STB=0.514837;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.00598756;OID=.;OPOS=9453187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:58:58:36:36:0.382979:17:19:32:26:17:19:32:26 chr19 9492270 . GAA GA,GAG 1045.52 PASS AF=0.883436,0.116564;AO=44,10;DP=163;FAO=144,19;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=80,0;FSAR=64,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.886444,0.106354;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=7.69783,192.485;QD=25.657;RBI=0.890976,0.114568;REFB=0,0;REVB=0.0897509,-0.0425988;RO=84;SAF=6,0;SAR=38,10;SRF=71;SRR=13;SSEN=0.380435,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.719978,-0.800789;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0548629,0.252956;OID=.,.;OPOS=9492271,9492272;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.883436,0.116564:44,10:163:144,19:163:0:80,0:64,19:0:0:66:84:6,0:38,10:71:13 chr19 9743003 . C T 680.98 PASS AF=0.467949;AO=71;DP=154;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.000468983;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.274;QD=17.4609;RBI=0.00146349;REFB=-0.00928202;REVB=0.00138631;RO=76;SAF=30;SAR=41;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111645;STB=0.516955;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00978288;OID=.;OPOS=9743003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:76:83:71:73:0.467949:41:30:33:43:41:32:39:44 chr19 9968434 . C T 741.6 PASS AF=0.47561;AO=78;DP=164;FAO=78;FDP=164;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.00713723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.947;QD=18.0878;RBI=0.0208107;REFB=-0.0247789;REVB=0.0195486;RO=85;SAF=37;SAR=41;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482382;STB=0.52325;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0256655;OID=.;OPOS=9968434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:85:86:78:78:0.47561:41:37:36:49:41:37:37:49 chr19 10070500 . G A 407.33 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0131417;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.671;QD=33.2516;RBI=0.0131459;REFB=-0.0311403;REVB=0.000334071;RO=14;SAF=18;SAR=15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540622;STB=0.547142;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0120502;OID=.;OPOS=10070500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:16:33:33:0.673469:15:18:9:5:15:18:11:5 chr19 10071063 . T C 1028.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209222;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1865;QD=59.6151;RBI=0.0399498;REFB=0;REVB=0.0340331;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03662e-05;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:46:23:0:0:46:23:0:0 chr19 10077419 . C G 1430.89 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.247;QD=62.8962;RBI=0.0542724;REFB=0;REVB=0.00640743;RO=1;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853463;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51707e-05;OID=.;OPOS=10077419;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:84:91:1:0:83:91:1:55:28:0:1:57:34:0:0 chr19 10078589 . T C 1120.03 PASS AF=0.48954;AO=109;DP=226;FAO=117;FDP=239;FR=.;FRO=122;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=57;FSRR=65;FWDB=0.0441793;FXX=0.00829841;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5315;QD=18.7453;RBI=0.0591757;REFB=0.00153557;REVB=0.0393695;RO=116;SAF=55;SAR=54;SRF=54;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036572;STB=0.531993;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00157082;OID=.;OPOS=10078589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:239:116:122:109:117:0.48954:54:55:54:62:55:62:57:65 chr19 10079093 . C T 670.64 PASS AF=0.462585;AO=68;DP=147;FAO=68;FDP=147;FR=.;FRO=79;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.0482109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.739;QD=18.2488;RBI=0.0483467;REFB=-0.00779386;REVB=-0.00362117;RO=78;SAF=31;SAR=37;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302786;STB=0.513575;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00684813;OID=.;OPOS=10079093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:78:79:68:68:0.462585:37:31:38:40:37:31:38:41 chr19 10081276 . C G 569.79 PASS AF=0.432624;AO=61;DP=141;FAO=61;FDP=141;FR=.;FRO=80;FSAF=50;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=14;FWDB=-0.042717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.689;QD=16.1643;RBI=0.0485481;REFB=-0.0121711;REVB=-0.023069;RO=80;SAF=50;SAR=11;SRF=66;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920941;STB=0.505145;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0200769;OID=.;OPOS=10081276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:80:80:61:61:0.432624:11:50:66:14:11:50:66:14 chr19 10084292 . C G 487.01 PASS AF=0.452991;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00647152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.823;QD=16.6497;RBI=0.00954189;REFB=-0.0137258;REVB=-0.00701193;RO=64;SAF=30;SAR=22;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167819;STB=0.586882;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0200141;OID=.;OPOS=10084292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:64:64:52:53:0.452991:22:30:26:38:23:30:26:38 chr19 10084422 . C T 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0182668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.376;QD=24.3828;RBI=0.0210049;REFB=-0.033099;REVB=0.0103696;RO=21;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451556;STB=0.502511;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0270104;OID=.;OPOS=10084422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:11:15:12:9:11:15:12:9 chr19 10085054 . G A 166.04 PASS AF=0.4;AO=9;DP=43;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00600458;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.928;QD=14.7592;RBI=0.00988402;REFB=-0.00847484;REVB=0.00785104;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359952;STB=0.535581;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0182242;OID=.;OPOS=10085054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:18:27:9:18:0.4:4:5:4:14:11:7:9:18 chr19 10085062 . C T 244.29 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.104322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7518;QD=21.7142;RBI=0.105091;REFB=0.00966092;REVB=0.012691;RO=20;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150349;STB=0.518502;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00818699;OID=.;OPOS=10085062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:21:22:0.488889:15:6:6:14:15:7:6:15 chr19 10088271 . C G 541.68 PASS AF=0.41844;AO=59;DP=141;FAO=59;FDP=141;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00560602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6037;QD=15.3667;RBI=0.050651;REFB=0.00176444;REVB=0.0503398;RO=80;SAF=29;SAR=30;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042704;STB=0.523458;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00220711;OID=.;OPOS=10088271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:80:82:59:59:0.41844:30:29:36:44:30:29:37:45 chr19 10089262 . G A 1446.78 PASS AF=0.959596;AO=93;DP=98;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-5.62171e-06;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.9068;QD=58.4559;RBI=0.0430414;REFB=-0.0785429;REVB=0.0430414;RO=4;SAF=26;SAR=67;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274645;STB=0.514283;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00109344;OID=.;OPOS=10089262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:99:4:4:93:95:0.959596:67:26:0:4:68:27:0:4 chr19 10100061 . C A 2599.85 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.802;QD=61.9013;RBI=0.0443555;REFB=0;REVB=-0.0350042;RO=0;SAF=65;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.37566e-05;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:102:65:0:0:103:65:0:0 chr19 10102676 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.012;QD=62.3502;RBI=0.0336512;REFB=0;REVB=0.0317605;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71431e-05;OID=.;OPOS=10102676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr19 10104272 . G C 208.11 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.000700886;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.721;QD=17.7117;RBI=0.0200058;REFB=-0.0105893;REVB=-0.0199935;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678115;STB=0.538426;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0119367;OID=.;OPOS=10104272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:20:6:6:15:20:6 chr19 10104322 . A C 532.59 PASS AF=0.508929;AO=49;DP=110;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0281643;FXX=0.0344798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.289;QD=19.021;RBI=0.0293641;REFB=-0.0328773;REVB=-0.00830806;RO=54;SAF=26;SAR=23;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811186;STB=0.543723;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0295296;OID=.;OPOS=10104322;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:54:55:49:57:0.508929:23:26:24:30:25:32:26:29 chr19 10106936 . G C 1624.14 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2238;QD=60.1533;RBI=0.10012;REFB=0;REVB=0.0997689;RO=0;SAF=43;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404538;OID=.;OPOS=10106936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:64:43:0:0:64:44:0:0 chr19 10108714 . G A 2611.4 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.934;QD=61.0854;RBI=0.076929;REFB=-0.0340627;REVB=0.0133084;RO=1;SAF=89;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00614039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205657;OID=.;OPOS=10108714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:167:171:1:0:166:171:1:77:89:0:1:79:92:0:0 chr19 10112346 . T C 748.88 PASS AF=0.51049;AO=72;DP=144;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0232915;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.507;QD=20.9477;RBI=0.0264741;REFB=-0.0211877;REVB=0.0125851;RO=71;SAF=38;SAR=34;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450727;STB=0.524993;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0167216;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:71:70:72:73:0.51049:34:38:41:30:35:38:40:30 chr19 10116375 . G T 581.44 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.019924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.998;QD=25.0083;RBI=0.0203946;REFB=-0.0187257;REVB=-0.00435612;RO=40;SAF=24;SAR=29;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122992;STB=0.56714;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0125683;OID=.;OPOS=10116375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:40:53:53:0.569892:29:24:12:28:29:24:12:28 chr19 10129552 . C G 820.09 PASS AF=0.434343;AO=86;DP=199;FAO=86;FDP=198;FR=.;FRO=112;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=-0.0739669;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3682;QD=16.5675;RBI=0.0861285;REFB=-0.0112578;REVB=-0.0441251;RO=111;SAF=36;SAR=50;SRF=60;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123855;STB=0.566557;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0140898;OID=.;OPOS=10129552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:111:112:86:86:0.434343:50:36:60:51:50:36:60:52 chr19 10131999 . TG CA 824.35 PASS AF=0.467033;AO=85;DP=184;FAO=85;FDP=182;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.00667951;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.709;QD=18.1175;RBI=0.0132534;REFB=-0.0196295;REVB=-0.0114471;RO=95;SAF=43;SAR=42;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295704;STB=0.510603;STBP=0.795;TYPE=mnp;VARB=0.0221565;OID=.;OPOS=10131999;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:182:95:97:85:85:0.467033:42:43:51:44:42:43:51:46 chr19 10218524 . C G 1788.99 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495168;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.886;QD=61.162;RBI=0.0495171;REFB=0;REVB=0.000177515;RO=0;SAF=77;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012127;OID=.;OPOS=10218524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:40:77:0:0:40:77:0:0 chr19 10220616 . G A 206.85 PASS AF=0.436364;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0031103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.989;QD=15.0436;RBI=0.0199944;REFB=-0.0141388;REVB=0.019751;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125562;STB=0.559274;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0119785;OID=.;OPOS=10220616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:31:31:23:24:0.436364:12:11:11:20:13:11:11:20 chr19 10224526 . C T 536.34 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0502173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.707;QD=55.0094;RBI=0.0516916;REFB=-0.207099;REVB=0.0122574;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.505019;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00259949;OID=.;OPOS=10224526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:37:37:0.948718:15:22:0:0:15:22:1:1 chr19 10225777 . A G 1677.01 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.765;QD=60.4328;RBI=0.0371278;REFB=0;REVB=0.0363211;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41648e-05;OID=.;OPOS=10225777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:61:49:0:0:61:50:0:0 chr19 10226256 . A G 798.5 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0155541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.28;QD=52.3606;RBI=0.0860894;REFB=0.0167963;REVB=-0.0846726;RO=1;SAF=51;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916248;STB=0.52374;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000214988;OID=.;OPOS=10226256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:1:3:58:58:0.95082:7:51:1:0:7:51:2:1 chr19 10229297 . C A 1434.12 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.707;QD=63.038;RBI=0.026996;REFB=0;REVB=-0.00266752;RO=0;SAF=31;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84453e-05;OID=.;OPOS=10229297;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:60:31:0:0:60:31:0:0 chr19 10265312 . T C 1338.46 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.839;QD=62.2538;RBI=0.0200013;REFB=0;REVB=0.00952215;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10122e-05;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr19 10334663 . T G 266.81 PASS AF=0.3875;AO=30;DP=85;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.033995;FXX=0.0588166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1355;QD=13.3404;RBI=0.0374993;REFB=-0.00212926;REVB=-0.0158283;RO=46;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10875;STB=0.559457;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00455588;OID=.;OPOS=10334663;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:80:46:49:30:31:0.3875:18:12:14:32:18:13:16:33 chr19 10369086 . C T 313.07 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00471572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.627;QD=16.9228;RBI=0.0316507;REFB=-0.00105537;REVB=0.0312974;RO=40;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442068;STB=0.524785;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00157609;OID=.;OPOS=10369086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:16:18:23:17:16:18:23:17 chr19 10370369 . G A 832.32 PASS AF=0.469945;AO=82;DP=179;FAO=86;FDP=183;FR=.;FRO=97;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=31;FSRR=66;FWDB=0.03795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.505;QD=18.1928;RBI=0.0448632;REFB=-0.00188172;REVB=-0.0239271;RO=97;SAF=26;SAR=56;SRF=31;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00283296;STB=0.503626;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00195446;OID=.;OPOS=10370369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:183:97:97:82:86:0.469945:56:26:31:66:58:28:31:66 chr19 10395683 . A G 214.23 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.020955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.668;QD=45.1004;RBI=0.18836;REFB=-0.0283588;REVB=-0.187191;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437188;STB=0.523783;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00204642;OID=.;OPOS=10395683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:1:0:8:10:1:0 chr19 10397718 . GTTTTTTT GTTTTTTG,GTTTTTT 399.21 PASS AF=0.234375,0.765625;AO=8,11;DP=67;FAO=15,49;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=15,14;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0826361,-0.281144;FXX=0.0447694;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=168.887,8.49109;QD=24.9505;RBI=0.0855852,0.761033;REFB=0.00123503,0.00488401;REVB=0.0222734,0.707198;RO=23;SAF=8,3;SAR=0,8;SRF=0;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.87621,0.531804;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.102068,0.0136192;OID=.,.;OPOS=10397725,10397719;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTTTTTTG,GTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.234375,0.765625:8,11:67:15,49:64:0:15,14:0,35:0:0:81:23:8,3:0,8:0:23 chr19 10402938 . G A 778.75 PASS AF=0.506757;AO=73;DP=147;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0240943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.296;QD=21.0474;RBI=0.0242204;REFB=-0.00448343;REVB=-0.00246773;RO=72;SAF=34;SAR=39;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319722;STB=0.520866;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00471513;OID=.;OPOS=10402938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:72:73:73:75:0.506757:39:34:31:41:40:35:31:42 chr19 10403368 . G A 802.77 PASS AF=0.568182;AO=75;DP=131;FAO=75;FDP=132;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0056385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.1588;QD=24.3264;RBI=0.0124977;REFB=0.0058016;REVB=0.0111534;RO=53;SAF=42;SAR=33;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00989053;STB=0.500615;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.00567099;OID=.;OPOS=10403368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:53:57:75:75:0.568182:33:42:29:24:33:42:32:25 chr19 10426422 . A C 513.36 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.000834763;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.584;QD=18.6675;RBI=0.0390132;REFB=-0.0505562;REVB=-0.0390042;RO=56;SAF=26;SAR=28;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323168;STB=0.517887;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0456568;OID=.;OPOS=10426422;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:56:56:54:54:0.490909:28:26:25:31:28:26:25:31 chr19 10426628 . T C 342.91 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=0.0239993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.591;QD=16.137;RBI=0.0343082;REFB=0.00437015;REVB=-0.0245171;RO=48;SAF=5;SAR=32;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17069;STB=0.597374;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00468021;OID=.;OPOS=10426628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:32:5:11:37:32:5:11:37 chr19 10449392 . A G 409.8 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=106;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0305215;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.065;QD=15.464;RBI=0.0315496;REFB=-0.0143844;REVB=0.00798852;RO=60;SAF=21;SAR=25;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663281;STB=0.50372;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0182278;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:60:46:46:0.433962:25:21:27:33:25:21:27:33 chr19 10475652 . C A 1033.05 PASS AF=0.453782;AO=106;DP=237;FAO=108;FDP=238;FR=.;FRO=130;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=52;FSRR=78;FWDB=0.0644666;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.545;QD=17.3621;RBI=0.0679328;REFB=-0.00917908;REVB=0.0214225;RO=129;SAF=55;SAR=51;SRF=51;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122042;STB=0.564504;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0145018;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:238:129:130:106:108:0.453782:51:55:51:78:52:56:52:78 chr19 10488969 . G T 1690.26 PASS AF=0.480769;AO=174;DP=366;FAO=175;FDP=364;FR=.;FRO=189;FSAF=59;FSAR=116;FSRF=71;FSRR=118;FWDB=-0.0182366;FXX=0.00546433;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.826;QD=18.5743;RBI=0.0192762;REFB=-0.0170922;REVB=0.00624476;RO=188;SAF=58;SAR=116;SRF=70;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407941;STB=0.52205;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0173977;OID=.;OPOS=10488969;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:364:188:189:174:175:0.480769:116:58:70:118:116:59:71:118 chr19 10577843 . C A 272.75 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0254055;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.23;QD=12.3977;RBI=0.0269399;REFB=-0.00212647;REVB=-0.00896228;RO=56;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100522;STB=0.505777;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00467327;OID=.;OPOS=10577843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:56:56:32:32:0.363636:18:14:24:32:18:14:24:32 chr19 10579474 . T G 1918.64 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204078;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1237;QD=61.8915;RBI=0.0966664;REFB=0;REVB=0.0944877;RO=0;SAF=59;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170494;OID=.;OPOS=10579474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:64:59:0:0:65:59:0:0 chr19 10579834 . T C 191.16 PASS AF=0.380952;AO=11;DP=46;FAO=16;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.055259;FXX=0.0666519;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.347;QD=18.2058;RBI=0.0562864;REFB=0.000483127;REVB=0.0107051;RO=15;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239267;STB=0.675078;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0135863;OID=.;OPOS=10579834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:42:15:21:11:16:0.380952:10:1:3:12:13:3:9:12 chr19 10599965 . G A 525.69 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.00259001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.572;QD=17.5231;RBI=0.00876913;REFB=-0.0175189;REVB=0.00837792;RO=64;SAF=26;SAR=30;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562553;STB=0.531239;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0177298;OID=.;OPOS=10599965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:56:56:0.466667:30:26:26:38:30:26:26:38 chr19 10600442 . G C 1419.35 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0216547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.906;QD=61.7109;RBI=0.0257063;REFB=0.0115859;REVB=0.0138523;RO=0;SAF=25;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509432;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-3.10205e-05;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:92:0:1:89:91:0.98913:64:25:0:0:65:26:1:0 chr19 10659659 . C T 1149.56 PASS AF=0.473469;AO=116;DP=246;FAO=116;FDP=245;FR=.;FRO=129;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=65;FSRR=64;FWDB=0.0115828;FXX=0.00406488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.608;QD=18.7683;RBI=0.0132487;REFB=-0.0263248;REVB=0.00643177;RO=128;SAF=59;SAR=57;SRF=64;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00820357;STB=0.502498;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.03065;OID=.;OPOS=10659659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:128:129:116:116:0.473469:57:59:64:64:57:59:65:64 chr19 10665951 . G A 314.47 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00739135;FXX=0.0746157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.607;QD=20.2887;RBI=0.0102364;REFB=-0.0220345;REVB=0.00708172;RO=25;SAF=4;SAR=28;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309172;STB=0.713215;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0183616;OID=.;OPOS=10665951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:62:25:29:32:32:0.516129:28:4:9:16:28:4:12:17 chr19 10668383 . T C 650.16 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00890298;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.775;QD=21.672;RBI=0.0089431;REFB=-0.00974758;REVB=-0.000846157;RO=53;SAF=29;SAR=35;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10872;STB=0.563324;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0112747;OID=.;OPOS=10668383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:53:56:64:64:0.533333:35:29:31:22:35:29:33:23 chr19 10668452 . A G 1122.5 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134528;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.5661;QD=59.8669;RBI=0.0143837;REFB=0;REVB=0.00509042;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132177;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:38:36:0:0:39:36:0:0 chr19 10670184 . C G 553.29 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0449282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.011;QD=21.0776;RBI=0.0455538;REFB=-0.0301255;REVB=-0.00752377;RO=48;SAF=27;SAR=29;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674235;STB=0.532099;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0243481;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:49:56:56:0.533333:29:27:27:21:29:27:27:22 chr19 10670992 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0160031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7626;QD=16.6267;RBI=0.0650354;REFB=-0.00771495;REVB=0.0630357;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234553;STB=0.513493;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.010368;OID=.;OPOS=10670992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:4:10:9:4:4:10 chr19 10671890 . G A 422.18 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0244574;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5125;QD=23.4542;RBI=0.029082;REFB=-0.010225;REVB=0.0157352;RO=31;SAF=9;SAR=32;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140313;STB=0.577577;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0126677;OID=.;OPOS=10671890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:32:9:11:20:32:9:11:20 chr19 10672493 . C T 171.22 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=0.0222285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.6;QD=12.4527;RBI=0.0222966;REFB=-0.00914527;REVB=0.00174135;RO=34;SAF=1;SAR=20;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402942;STB=0.744362;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0202683;OID=.;OPOS=10672493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:20:1:6:28:20:1:6:28 chr19 10676423 . G A 1847.3 PASS AF=0.573379;AO=168;DP=293;FAO=168;FDP=293;FR=.;FRO=125;FSAF=96;FSAR=72;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=0.0179233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.702;QD=25.219;RBI=0.0216849;REFB=-0.024077;REVB=0.0122061;RO=124;SAF=96;SAR=72;SRF=68;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018375;STB=0.50844;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0161979;OID=.;OPOS=10676423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:124:125:168:168:0.573379:72:96:68:56:72:96:69:56 chr19 10676681 . T C 608.46 PASS AF=0.463235;AO=63;DP=136;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00420804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.976;QD=17.8959;RBI=0.0417793;REFB=-0.011382;REVB=-0.0415668;RO=73;SAF=30;SAR=33;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768337;STB=0.542622;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0134568;OID=.;OPOS=10676681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:73:73:63:63:0.463235:33:30:29:44:33:30:29:44 chr19 10679240 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.8;QD=42.1826;RBI=0.0191193;REFB=0;REVB=0.0100687;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30936e-05;OID=.;OPOS=10679240;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr19 10683477 . A G 2259.44 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.247;QD=63.2012;RBI=0.0238206;REFB=0;REVB=0.0237942;RO=0;SAF=60;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32077e-06;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:143:0:0:132:143:1:72:60:0:0:79:64:0:0 chr19 10692000 . T C 1162.63 PASS AF=0.555;AO=111;DP=201;FAO=111;FDP=200;FR=.;FRO=89;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0149922;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.675;QD=23.2527;RBI=0.0150654;REFB=0.00216087;REVB=0.00148329;RO=88;SAF=54;SAR=57;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294326;STB=0.518505;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00161844;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:88:89:111:111:0.555:57:54:46:42:57:54:47:42 chr19 10738639 . C T 2315.11 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0388409;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1228;QD=62.9963;RBI=0.0732671;REFB=0.0110255;REVB=0.0621245;RO=1;SAF=72;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638362;STB=0.503355;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000246404;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:74:72:0:1:74:72:0:1 chr19 10742170 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5333;QD=61.852;RBI=0.0468428;REFB=0;REVB=-0.0421273;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254781;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr19 10794630 . G T 4242.9 PASS AF=1;AO=271;DP=272;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216963;FXX=0.00367634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.404;QD=62.6258;RBI=0.0285262;REFB=-0.0601647;REVB=0.0185207;RO=0;SAF=130;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53414e-05;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:272:271:0:0:271:271:1:141:130:0:0:141:130:0:0 chr19 10939792 . T C 4718.0 PASS AF=1;AO=301;DP=302;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=252;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00500237;FXX=0.0129446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.412;QD=61.8754;RBI=0.00697664;REFB=-0.00410972;REVB=0.0048631;RO=0;SAF=52;SAR=249;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59318e-05;OID=.;OPOS=10939792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:302:305:0:0:301:305:1:249:52:0:0:252:53:0:0 chr19 11105608 . T C 540.44 PASS AF=0.456693;AO=57;DP=126;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0612757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.169;QD=17.0216;RBI=0.0615945;REFB=-0.0304809;REVB=-0.0062585;RO=69;SAF=30;SAR=27;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472128;STB=0.530552;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0309771;OID=.;OPOS=11105608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:69:69:57:58:0.456693:27:30:33:36:27:31:33:36 chr19 11106600 . C T 194.36 PASS AF=0.425532;AO=16;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0138653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5381;QD=16.5411;RBI=0.0573177;REFB=0.0181529;REVB=-0.0556154;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760933;STB=0.58251;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0342407;OID=.;OPOS=11106600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:26:16:20:0.425532:7:9:14:8:9:11:18:8 chr19 11233941 . A G 1030.1 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00485222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.574;QD=58.0339;RBI=0.023841;REFB=-0.0622596;REVB=-0.023342;RO=1;SAF=28;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165852;STB=0.508769;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000181467;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:42:28:1:0:42:28:1:0 chr19 11242044 . G A 2605.55 PASS AF=0.994152;AO=169;DP=172;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00710537;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.218;QD=60.9485;RBI=0.0250981;REFB=-0.0529427;REVB=0.0240713;RO=1;SAF=75;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050365;STB=0.502618;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000196972;OID=.;OPOS=11242044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:172:171:1:1:169:170:0.994152:94:75:0:1:95:75:0:1 chr19 11242765 . A G 1208.75 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0226;QD=61.2025;RBI=0.0263085;REFB=0;REVB=-0.021406;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07022e-05;OID=.;OPOS=11242765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr19 11319491 . G A 823.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0345746;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3555;QD=55.8078;RBI=0.0372778;REFB=-0.154087;REVB=0.0139368;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00170754;OID=.;OPOS=11319491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:59:0:1:58:58:0.983051:40:18:0:0:40:18:1:0 chr19 11326119 . A G 1746.52 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137058;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.686;QD=61.2813;RBI=0.0323477;REFB=0;REVB=0.0323187;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644991;OID=.;OPOS=11326119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:114:0:0:113:114:1:51:62:0:0:52:62:0:0 chr19 11326125 . C T 1661.41 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0125123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.04;QD=59.3359;RBI=0.0243369;REFB=-0.0806747;REVB=0.0208741;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000284458;OID=.;OPOS=11326125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:111:111:0.991071:53:58:0:0:53:58:0:1 chr19 11327608 . T C 1232.23 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.014;QD=60.8509;RBI=0.0134826;REFB=0;REVB=0.0108521;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288547;OID=.;OPOS=11327608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:33:46:0:0:35:46:0:0 chr19 11327626 . A G 1624.26 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.9011;QD=60.1579;RBI=0.0312264;REFB=0;REVB=-0.0227773;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.93289e-05;OID=.;OPOS=11327626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:50:57:0:0:50:58:0:0 chr19 11358799 . G A 441.55 PASS AF=0.545455;AO=39;DP=87;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0169833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2979;QD=20.0706;RBI=0.0408087;REFB=-0.059038;REVB=0.0371068;RO=30;SAF=27;SAR=12;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715329;STB=0.557118;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0533026;OID=.;OPOS=11358799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:30:40:39:48:0.545455:12:27:21:9:12:36:26:14 chr19 11363146 . A T 1850.85 PASS AF=0.97619;AO=120;DP=125;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=96;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0386145;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7335;QD=58.7571;RBI=0.0601249;REFB=-0.0899828;REVB=-0.0460861;RO=0;SAF=24;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526311;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00100708;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:126:0:3:120:123:0.97619:96:24:0:0:96:27:3:0 chr19 11516007 . T G 591.04 PASS AF=0.563636;AO=53;DP=101;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00209362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.288;QD=21.4922;RBI=0.00240596;REFB=-0.0190926;REVB=-0.00118548;RO=44;SAF=27;SAR=26;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674475;STB=0.566314;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0172482;OID=.;OPOS=11516007;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:110:44:48:53:62:0.563636:26:27:26:18:34:28:29:19 chr19 11526759 . G A 945.14 PASS AF=0.457399;AO=102;DP=226;FAO=102;FDP=223;FR=.;FRO=121;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=40;FSRR=81;FWDB=-0.027428;FXX=0.0132737;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3378;QD=16.9531;RBI=0.0351884;REFB=-0.0478802;REVB=0.0220439;RO=116;SAF=46;SAR=56;SRF=40;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10462;STB=0.566816;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0497709;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:223:116:121:102:102:0.457399:56:46:40:76:56:46:40:81 chr19 11526765 . G T 900.62 PASS AF=0.426087;AO=97;DP=230;FAO=98;FDP=230;FR=.;FRO=132;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=51;FSRR=81;FWDB=0.0126332;FXX=0.00432882;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.761;QD=15.6629;RBI=0.0145816;REFB=0.00202237;REVB=-0.00728185;RO=127;SAF=39;SAR=58;SRF=50;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088738;STB=0.513007;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00269073;OID=.;OPOS=11526765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:127:132:97:98:0.426087:58:39:50:77:58:40:51:81 chr19 11529357 . CCG C,CCC 201.73 PASS AF=0.35514,0;AO=32,11;DP=139;FAO=38,0;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=29,0;FSAR=9,0;FSRF=60;FSRR=9;FWDB=0.00343661,-0.0470509;FXX=0.0272702;HRUN=5,4;LEN=2,1;MLLD=23.814,20.4813;QD=7.54134;RBI=0.288564,0.268702;REFB=-0.0917349,-0.0139074;REVB=-0.288544,-0.264551;RO=86;SAF=23,1;SAR=9,10;SRF=72;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.202136,-0.749009;STB=0.605394,0.5;STBP=0.225,1;TYPE=del,snp;VARB=0.169668,0;OID=.,.;OPOS=11529358,11529359;OREF=CG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35514,0:32,11:139:38,0:107:69:29,0:9,0:60:9:99:86:23,1:9,10:72:14 chr19 11564009 . G T 47.06 PASS AF=0.0687285;AO=20;DP=273;FAO=20;FDP=291;FR=.;FRO=271;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=212;FSRR=59;FWDB=-0.0241013;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=167.191;QD=0.646909;RBI=0.024455;REFB=-0.00172623;REVB=-0.00414419;RO=251;SAF=7;SAR=13;SRF=199;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501647;STB=0.849371;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0311843;OID=.;OPOS=11564009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:273:291:251:271:20:20:0.0687285:13:7:199:52:13:7:212:59 chr19 11569316 . G A 373.83 PASS AF=0.348485;AO=46;DP=131;FAO=46;FDP=132;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0269269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2444;QD=11.3282;RBI=0.0322515;REFB=-0.0183862;REVB=0.017751;RO=84;SAF=20;SAR=26;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100556;STB=0.557731;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.027714;OID=.;OPOS=11569316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:84:86:46:46:0.348485:26:20:44:40:26:20:45:41 chr19 11664068 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.84;QD=57.1775;RBI=0.106638;REFB=0;REVB=0.0990091;RO=0;SAF=48;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192769;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:3:48:0:0:3:48:0:0 chr19 11833654 . TA AT 72.61 PASS AF=0.151786;AO=16;DP=111;FAO=17;FDP=112;FR=.;FRO=95;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=0.000404463;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=2;MLLD=90.3181;QD=2.59331;RBI=0.00653359;REFB=-0.00720597;REVB=0.00652105;RO=76;SAF=1;SAR=15;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.601791;STB=0.905087;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.142881;OID=.;OPOS=11833654;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:111:112:76:95:16:17:0.151786:15:1:36:40:16:1:41:54 chr19 11833719 . G A 458.44 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00232917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.456;QD=14.2153;RBI=0.00386081;REFB=-0.0180641;REVB=0.0030791;RO=77;SAF=23;SAR=29;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000803419;STB=0.500453;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0291754;OID=.;OPOS=11833719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:52:52:0.403101:29:23:34:43:29:23:34:43 chr19 11891003 . G A 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.705;QD=60.8833;RBI=0.033542;REFB=0;REVB=-0.0199963;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55233e-05;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr19 11892935 . G C 592.45 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110719;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3735;QD=60.7643;RBI=0.0221635;REFB=0;REVB=-0.0191999;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755522;OID=.;OPOS=11892935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:26:12:0:0:27:12:0:0 chr19 11892968 . A G 765.44 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.859;QD=56.6993;RBI=0.028848;REFB=0;REVB=0.0114136;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53517e-05;OID=.;OPOS=11892968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:49:54:1:30:19:0:0:35:19:0:0 chr19 11918754 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.422;QD=61.3355;RBI=0.038445;REFB=0;REVB=-0.00108196;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113246;OID=.;OPOS=11918754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr19 11942362 . A G 1782.85 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00854025;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.863;QD=59.4283;RBI=0.00860126;REFB=-0.0569406;REVB=0.00102269;RO=1;SAF=48;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097919;STB=0.503546;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000183957;OID=.;OPOS=11942362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:121:120:1:1:118:119:0.991667:70:48:1:0:70:49:0:1 chr19 11942615 . A C 769.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.721;QD=56.9944;RBI=0.0370987;REFB=0;REVB=0.0332979;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208489;OID=.;OPOS=11942615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr19 11943697 . G A 794.17 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.195;QD=63.5336;RBI=0.0442274;REFB=0;REVB=0.030112;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213367;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:31:18:0:0:31:19:0:0 chr19 12015975 . A G 253.11 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00414061;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.89;QD=15.1111;RBI=0.0196512;REFB=0.00289201;REVB=-0.01921;RO=38;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818304;STB=0.546427;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00497337;OID=.;OPOS=12015975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:38:29:29:0.432836:19:10:16:22:19:10:16:22 chr19 12024230 . AT TA 47.93 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0163318;FXX=0.0555247;HRUN=7;LEN=2;MLLD=58.5355;QD=11.2773;RBI=0.0172844;REFB=-0.00264755;REVB=0.00565879;RO=8;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.676688;STB=0.881272;STBP=0.049;TYPE=mnp;VARB=0.0112578;OID=.;OPOS=12024230;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:18:17:8:9:5:6:0.352941:1:4:0:8:1:5:1:8 chr19 12128726 . T C 360.04 PASS AF=0.40404;AO=39;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0349741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6969;QD=14.5471;RBI=0.035143;REFB=-0.0206131;REVB=-0.00344153;RO=58;SAF=21;SAR=18;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406552;STB=0.534937;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0280615;OID=.;OPOS=12128726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:59:39:40:0.40404:18:21:29:29:18:22:29:30 chr19 12222381 . C G 1154.48 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00611048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.135;QD=60.7624;RBI=0.0372856;REFB=0;REVB=0.0367815;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05667e-05;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:30:44:0:0:32:44:0:0 chr19 12222861 . T C 1719.96 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.536;QD=59.8246;RBI=0.0223471;REFB=-0.09561;REVB=0.000196686;RO=1;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0084037;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.2401e-05;OID=.;OPOS=12222861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:114:115:1:0:113:115:1:56:57:0:1:58:57:0:0 chr19 12224324 . T G 95.97 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0198423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4332;QD=22.5802;RBI=0.0240687;REFB=-0.0421726;REVB=-0.013623;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.592415;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0473741;OID=.;OPOS=12224324;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:3:3:8:3:3:3 chr19 12253327 . C T 1169.64 PASS AF=0.43554;AO=124;DP=277;FAO=125;FDP=287;FR=.;FRO=162;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=60;FSRR=102;FWDB=-0.0694673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1365;QD=16.3016;RBI=0.101883;REFB=-0.0242083;REVB=-0.0745286;RO=153;SAF=60;SAR=64;SRF=53;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138234;STB=0.56228;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0302388;OID=.;OPOS=12253327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:287:153:162:124:125:0.43554:64:60:53:100:65:60:60:102 chr19 12256912 . C T 458.96 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00545778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.077;QD=20.8617;RBI=0.0173622;REFB=0.0083276;REVB=-0.016482;RO=42;SAF=21;SAR=24;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291668;STB=0.521993;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00774928;OID=.;OPOS=12256912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:43:45:45:0.511364:24:21:21:21:24:21:22:21 chr19 12258262 . AT A,TA 45.34 PASS AF=0.285714,0;AO=28,3;DP=85;FAO=24,0;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=9,0;FSAR=15,0;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0329413,-0.00870145;FXX=0.0232531;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.58463,152.218;QD=2.15917;RBI=0.0581314,0.0700096;REFB=-0.135314,-0.0090204;REVB=-0.0478971,-0.0694668;RO=47;SAF=10,0;SAR=18,3;SRF=21;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.102488,-0.457216;STB=0.506324,0.5;STBP=0.944,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0912135,0.0110746;OID=.,.;OPOS=12258263,12258262;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:84:47:60:28,3:24,0:0.285714,0:18,3:10,0:21:26:15,0:9,0:23:37 chr19 12361591 . A C 487.69 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0155631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.46;QD=21.6753;RBI=0.0168716;REFB=-0.00331988;REVB=0.00651472;RO=43;SAF=27;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134872;STB=0.574436;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00366568;OID=.;OPOS=12361591;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:20:27:18:25:20:27:18:25 chr19 12383540 . G C 561.35 PASS AF=0.547368;AO=49;DP=92;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.000870585;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.838;QD=23.6356;RBI=0.00677536;REFB=0.00248289;REVB=0.00671919;RO=42;SAF=17;SAR=32;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311099;STB=0.514503;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.00121436;OID=.;OPOS=12383540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:42:43:49:52:0.547368:32:17:16:26:33:19:17:26 chr19 12384580 . T C 368.34 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0176821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.678;QD=16.7428;RBI=0.0179656;REFB=0.0173814;REVB=-0.00317863;RO=49;SAF=22;SAR=17;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212832;STB=0.619125;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0231139;OID=.;OPOS=12384580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:17:22:17:32:17:22:17:32 chr19 12405552 . T C 11546.7 PASS AF=1;AO=683;DP=687;FAO=734;FDP=734;FR=.;FRO=0;FSAF=293;FSAR=441;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253819;FXX=0.00271735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8337;QD=62.9249;RBI=0.0968148;REFB=0;REVB=0.0934284;RO=2;SAF=288;SAR=395;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190036;OID=.;OPOS=12405552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:63:687:734:2:0:683:734:1:395:288:0:2:441:293:0:0 chr19 12430160 . A G 490.66 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0288643;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.018;QD=17.0663;RBI=0.0290284;REFB=0.0128226;REVB=0.00308166;RO=62;SAF=23;SAR=30;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173398;STB=0.509657;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.0193856;OID=.;OPOS=12430160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:62:62:53:53:0.46087:30:23:28:34:30:23:28:34 chr19 12430433 . A G 521.3 PASS AF=0.407143;AO=57;DP=141;FAO=57;FDP=140;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0124603;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.351;QD=14.8943;RBI=0.0305563;REFB=-0.0168766;REVB=0.0279004;RO=81;SAF=33;SAR=24;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127804;STB=0.57892;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0251324;OID=.;OPOS=12430433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:81:83:57:57:0.407143:24:33:37:44:24:33:37:46 chr19 12491302 . TTTC T 593.31 PASS AF=0.488889;AO=84;DP=179;FAO=88;FDP=180;FR=.;FRO=92;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=-0.0125767;FXX=0.0270256;HRUN=3;LEN=3;MLLD=253.897;QD=13.1846;RBI=0.0159927;REFB=-0.0122038;REVB=0.00987884;RO=84;SAF=48;SAR=36;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110626;STB=0.510202;STBP=0.813;TYPE=del;VARB=0.0125411;OID=.;OPOS=12491303;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488889:84:179:88:180:92:48:40:52:40:99:84:48:36:49:35 chr19 12491498 . C T 608.44 PASS AF=0.463235;AO=63;DP=136;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0103198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.872;QD=17.8953;RBI=0.0138114;REFB=-0.00113378;REVB=-0.00917915;RO=73;SAF=28;SAR=35;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596092;STB=0.50331;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00120206;OID=.;OPOS=12491498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:73:73:63:63:0.463235:35:28:32:41:35:28:32:41 chr19 12491639 . A G 517.58 PASS AF=0.455285;AO=54;DP=121;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00649544;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.872;QD=16.8318;RBI=0.03187;REFB=-0.0111645;REVB=-0.031201;RO=62;SAF=23;SAR=31;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006462;STB=0.518861;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0109611;OID=.;OPOS=12491639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:62:67:54:56:0.455285:31:23:26:36:32:24:31:36 chr19 12491654 . C T 641.68 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0238186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8058;QD=20.8675;RBI=0.0384937;REFB=-0.0178722;REVB=-0.0302397;RO=57;SAF=26;SAR=38;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181031;STB=0.500263;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0222691;OID=.;OPOS=12491654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:57:59:64:64:0.520325:38:26:22:35:38:26:24:35 chr19 12491779 . T C 1124.13 PASS AF=0.542289;AO=108;DP=200;FAO=109;FDP=201;FR=.;FRO=92;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=58;FSRR=34;FWDB=-0.00670565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8319;QD=22.3706;RBI=0.0216586;REFB=0.00504082;REVB=0.0205944;RO=90;SAF=54;SAR=54;SRF=56;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101956;STB=0.561725;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00548017;OID=.;OPOS=12491779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:90:92:108:109:0.542289:54:54:56:34:55:54:58:34 chr19 12491949 . T C 388.59 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00375498;FXX=0.0493766;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.18;QD=20.1865;RBI=0.00381717;REFB=-0.008641;REVB=0.000686221;RO=37;SAF=21;SAR=18;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073987;STB=0.533316;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00811228;OID=.;OPOS=12491949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:37:38:39:39:0.506494:18:21:23:14:18:21:23:15 chr19 12491955 . A C 366.63 PASS AF=0.5;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0734884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5854;QD=19.2963;RBI=0.0739291;REFB=0.0171605;REVB=0.00806054;RO=36;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021974;STB=0.513261;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0199587;OID=.;OPOS=12491955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:36:38:38:38:0.5:17:21:19:17:17:21:20:18 chr19 12492036 . A T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00504461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.033;QD=19.7024;RBI=0.0199059;REFB=-0.0230394;REVB=0.019256;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326819;STB=0.518497;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0261788;OID=.;OPOS=12492036;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:10:6:7:10:10:6 chr19 12492039 . G T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0317267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.764;QD=19.7025;RBI=0.0364466;REFB=-0.0167214;REVB=-0.017938;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326819;STB=0.518497;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00762109;OID=.;OPOS=12492039;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:10:6:7:10:10:6 chr19 12502457 . A G 1713.57 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.561;QD=60.6573;RBI=0.0182789;REFB=0;REVB=-0.0042702;RO=0;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93988e-05;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:61:51:0:0:61:52:0:0 chr19 12541214 . G T 1240.56 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8245;QD=61.2623;RBI=0.101496;REFB=0;REVB=-0.0960446;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000953363;OID=.;OPOS=12541214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:45:35:0:0:45:36:0:0 chr19 12541532 . C A 2027.25 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.085;QD=62.3769;RBI=0.00421854;REFB=0;REVB=0.00310396;RO=0;SAF=50;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62973e-07;OID=.;OPOS=12541532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:80:50:0:0:80:50:0:0 chr19 12541542 . C T 1896.36 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.223;QD=61.6702;RBI=0.0331088;REFB=0;REVB=-0.00415333;RO=0;SAF=52;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70126e-05;OID=.;OPOS=12541542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:71:52:0:0:71:52:0:0 chr19 12541544 . A C 1877.8 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.211;QD=61.5671;RBI=0.0123105;REFB=0;REVB=0.0099615;RO=0;SAF=52;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47247e-05;OID=.;OPOS=12541544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:70:52:0:0:70:52:0:0 chr19 12541795 . C A 2319.99 PASS AF=0.986577;AO=148;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0207891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.056;QD=62.2816;RBI=0.0207906;REFB=0.0275202;REVB=-0.000245697;RO=0;SAF=58;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0385e-08;STB=0.505555;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000648315;OID=.;OPOS=12541795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:0:2:148:147:0.986577:90:58:0:0:89:58:0:2 chr19 12542355 . A G 1516.94 PASS AF=0.938596;AO=107;DP=114;FAO=107;FDP=114;FR=.;FRO=7;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00227903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.294;QD=53.2259;RBI=0.014471;REFB=-0.136818;REVB=0.0142904;RO=2;SAF=55;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169445;STB=0.514016;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000736246;OID=.;OPOS=12542355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:114:114:2:7:107:107:0.938596:52:55:2:0:52:55:2:5 chr19 12542653 . TT GA 1882.26 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344838;FXX=0.0161277;HRUN=5;LEN=2;MLLD=267.714;QD=61.7136;RBI=0.0170207;REFB=0;REVB=0.0166677;RO=0;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.34376e-05;OID=.;OPOS=12542653;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:121:122:1:60:61:0:0:61:61:0:0 chr19 12543251 . A C 66.49 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0103658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8933;QD=26.5949;RBI=0.0137967;REFB=-0.0317744;REVB=-0.00910485;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175673;STB=0.599759;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00184358;OID=.;OPOS=12543251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:4:4:0:2:4:4:0:2 chr19 12551715 . A C 3363.54 PASS AF=1;AO=200;DP=202;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.94;QD=62.0007;RBI=0.0872071;REFB=0;REVB=0.0023235;RO=0;SAF=63;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0268e-05;OID=.;OPOS=12551715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:202:217:0:0:200:217:1:137:63:0:0:139:78:0:0 chr19 12740103 . A T 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.241;QD=58.4202;RBI=0.0357385;REFB=0.00432984;REVB=0.0321979;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-1.01055e-05;OID=.;OPOS=12740103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:33:39:0:0:33:39:1:0 chr19 12886236 . C T 1424.82 PASS AF=0.471338;AO=148;DP=314;FAO=148;FDP=314;FR=.;FRO=166;FSAF=11;FSAR=137;FSRF=12;FSRR=154;FWDB=0.0203454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.915;QD=18.1505;RBI=0.0211207;REFB=0.00225815;REVB=0.00566982;RO=162;SAF=11;SAR=137;SRF=12;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000864155;STB=0.503935;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00251463;OID=.;OPOS=12886236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:314:162:166:148:148:0.471338:137:11:12:150:137:11:12:154 chr19 12958697 . T C 1993.0 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0370607;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.7466;QD=60.394;RBI=0.107698;REFB=0.132867;REVB=-0.10112;RO=1;SAF=69;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772739;STB=0.500468;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00305774;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:1:2:130:130:0.984848:61:69:0:1:61:69:1:1 chr19 12963143 . T C 2050.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7275;QD=62.1347;RBI=0.12608;REFB=0;REVB=0.119122;RO=0;SAF=71;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1079e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260151;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:132:0:0:129:132:1:58:71:0:0:61:71:0:0 chr19 12978595 . C G 444.83 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.00917797;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.885;QD=13.7931;RBI=0.0137366;REFB=-0.00477347;REVB=-0.0102205;RO=77;SAF=23;SAR=28;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382381;STB=0.524975;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00752003;OID=.;OPOS=12978595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:78:51:51:0.395349:28:23:32:45:28:23:32:46 chr19 12985576 . A G 2489.93 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.507;QD=61.4798;RBI=0.0336391;REFB=0;REVB=0.0299898;RO=0;SAF=44;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13496e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34035e-05;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:162:0:0:160:162:1:116:44:0:0:118:44:0:0 chr19 12989560 . G A 3023.3 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460124;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.482;QD=63.6484;RBI=0.0150956;REFB=0;REVB=-0.0143773;RO=0;SAF=60;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006549;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:190:0:0:190:190:1:130:60:0:0:130:60:0:0 chr19 12996740 . A G 2291.47 PASS AF=0.993506;AO=140;DP=141;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.84;QD=59.5188;RBI=0.0389346;REFB=-0.0455782;REVB=0.0154522;RO=1;SAF=46;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102232;STB=0.505154;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000219373;OID=.;OPOS=12996740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:154:1:1:140:153:0.993506:94:46:1:0:105:48:1:0 chr19 13010520 . A G 2263.02 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.012;QD=63.3013;RBI=0.0190998;REFB=0;REVB=0.00720825;RO=0;SAF=41;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020975;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:101:41:0:0:102:41:0:0 chr19 13031210 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.133;QD=42.1826;RBI=0.0410505;REFB=0;REVB=-0.00680952;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169136;OID=.;OPOS=13031210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr19 13319693 . A G 1573.6 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6157;QD=59.3812;RBI=0.0616421;REFB=0;REVB=0.0187723;RO=0;SAF=90;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156143;OID=.;OPOS=13319693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:95:106:0:0:93:106:1:3:90:0:0:4:102:0:0 chr19 13397326 . C T 89.83 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.00528223;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.554;QD=14.3728;RBI=0.00528223;REFB=-5.55298e-05;REVB=0;RO=14;SAF=11;SAR=0;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122459;OID=.;OPOS=13397326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:14:14:11:11:0.44:0:11:14:0:0:11:14:0 chr19 13868669 . G A 212.23 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00620762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.684;QD=14.6366;RBI=0.0461408;REFB=-0.0125293;REVB=0.0457213;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270131;STB=0.52571;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0375746;OID=.;OPOS=13868669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:33:24:25:0.431034:13:11:16:17:14:11:16:17 chr19 13885309 . C T 1525.05 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.031;QD=59.8061;RBI=0.0435227;REFB=0;REVB=0.0430366;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58443e-05;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:46:55:0:0:46:56:0:0 chr19 13885484 . A G 1697.08 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0338273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.979;QD=59.5466;RBI=0.0340075;REFB=0.00412571;REVB=0.00349648;RO=1;SAF=36;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00612728;STB=0.503225;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.000180701;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:77:36:0:1:77:36:0:1 chr19 13888904 . C T 551.42 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0116615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.665;QD=19.5193;RBI=0.0175103;REFB=-0.0162009;REVB=-0.0130621;RO=56;SAF=25;SAR=32;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555104;STB=0.530653;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.018778;OID=.;OPOS=13888904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:32:25:28:28:32:25:28:28 chr19 13892285 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0750567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.054;QD=37.4882;RBI=0.0771539;REFB=0;REVB=0.0178666;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000770411;OID=.;OPOS=13892285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr19 13910539 . G A 462.87 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0507419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5264;QD=19.0875;RBI=0.092451;REFB=0.00482951;REVB=0.0772816;RO=50;SAF=26;SAR=20;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153974;STB=0.590344;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00336318;OID=.;OPOS=13910539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:51:46:46:0.474227:20:26:20:30:20:26:20:31 chr19 13936385 . C T 879.04 PASS AF=0.5;AO=87;DP=174;FAO=88;FDP=176;FR=.;FRO=88;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0481227;FXX=0.0382493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.678;QD=19.9782;RBI=0.0488115;REFB=-0.0122471;REVB=0.00817119;RO=85;SAF=42;SAR=45;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841307;STB=0.534048;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0112894;OID=.;OPOS=13936385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:85:88:87:88:0.5:45:42:49:36:45:43:49:39 chr19 13947292 . T C 2385.95 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.952;QD=61.1782;RBI=0.0131434;REFB=0;REVB=-0.00695167;RO=0;SAF=56;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10474e-05;OID=.;OPOS=13947292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:100:56:0:0:100:56:0:0 chr19 14038791 . C T 912.73 PASS AF=0.607407;AO=80;DP=132;FAO=82;FDP=135;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0265069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2153;QD=27.0439;RBI=0.0267905;REFB=-0.0193315;REVB=-0.00388766;RO=52;SAF=29;SAR=51;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104469;STB=0.553401;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0129492;OID=.;OPOS=14038791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:52:53:80:82:0.607407:51:29:26:26:51:31:27:26 chr19 14073254 . GCC CGC,GC,G 893.51 PASS AF=0.00952381,0.780952,0.209524;AO=8,52,33;DP=122;FAO=1,82,22;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=0,70,22;FSAR=1,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374142,-0.140197,-0.0636046;FXX=0.139333;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,2;MLLD=19.7986,11.3874,13.8549;QD=34.0384;RBI=0.0948708,0.293362,0.149196;REFB=-0.00227832,0.0207131,0.0172154;REVB=-0.0871817,0.257694,0.134959;RO=10;SAF=1,52,33;SAR=7,0,0;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0.333333,0.333333;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.45078,0.88649,0.871721;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0115217,-0.085491,0.0965002;OID=.,.,.;OPOS=14073254,14073255,14073255;OREF=GC,C,CC;OALT=CG,-,-;OMAPALT=CGC,GC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:52:122:105:10:0:8,52,33:1,82,22:0.00952381,0.780952,0.209524:7,0,0:1,52,33:5:5:1,12,0:0,70,22:0:0 chr19 14073260 . CGGGGC CGGGCG 271.36 PASS AF=0.307692;AO=37;DP=128;FAO=40;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=38;FSAR=2;FSRF=71;FSRR=13;FWDB=-0.0645256;FXX=0.0845011;HRUN=4;LEN=2;MLLD=94.057;QD=8.34947;RBI=0.111018;REFB=-0.00996281;REVB=-0.0903409;RO=61;SAF=36;SAR=1;SRF=56;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337577;STB=0.723201;STBP=0.052;TYPE=mnp;VARB=0.120122;OID=.;OPOS=14073264;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:37:128:40:130:84:38:2:71:13:99:61:36:1:56:5 chr19 14141666 . G T 746.95 PASS AF=0.559055;AO=71;DP=127;FAO=71;FDP=127;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0219824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.036;QD=23.526;RBI=0.0267356;REFB=-0.00380424;REVB=-0.0152173;RO=56;SAF=36;SAR=35;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488977;STB=0.526705;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00310766;OID=.;OPOS=14141666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:56:56:71:71:0.559055:35:36:25:31:35:36:25:31 chr19 14153293 . T C 261.82 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=104;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0138799;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.85;QD=9.97416;RBI=0.0139596;REFB=-0.00357795;REVB=0.0014894;RO=66;SAF=13;SAR=21;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319635;STB=0.547798;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00697643;OID=.;OPOS=14153293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:66:71:34:34:0.32381:21:13:27:39:21:13:32:39 chr19 14185226 . T C 854.5 PASS AF=0.541401;AO=83;DP=159;FAO=85;FDP=157;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=57;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.00845515;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.274;QD=21.7708;RBI=0.0136365;REFB=-0.00147959;REVB=0.0106988;RO=72;SAF=26;SAR=57;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122524;STB=0.557352;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0010635;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:72:72:83:85:0.541401:57:26:32:40:57:28:32:40 chr19 14507240 . C G 388.93 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0339616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.128;QD=14.2727;RBI=0.0354836;REFB=-0.0201055;REVB=0.0102807;RO=63;SAF=15;SAR=30;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250647;STB=0.645897;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0153876;OID=.;OPOS=14507240;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:63:64:45:45:0.412844:30:15:36:27:30:15:37:27 chr19 14515347 . G A 343.74 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.031149;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.13;QD=18.5805;RBI=0.0316051;REFB=-0.0167738;REVB=0.00535003;RO=39;SAF=11;SAR=24;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198209;STB=0.603714;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0155578;OID=.;OPOS=14515347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:38:35:36:0.486486:24:11:20:19:24:12:20:18 chr19 14561722 . A G 738.77 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.14;QD=62.8739;RBI=0.0340874;REFB=0;REVB=0.00898199;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673485;OID=.;OPOS=14561722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:31:15:0:0:31:16:0:0 chr19 14578369 . C T 656.68 PASS AF=0.458904;AO=67;DP=146;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.00493264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.803;QD=17.9912;RBI=0.0101732;REFB=-0.0306747;REVB=-0.00889734;RO=77;SAF=28;SAR=39;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612667;STB=0.541542;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0350603;OID=.;OPOS=14578369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:77:79:67:67:0.458904:39:28:37:40:39:28:39:40 chr19 14580328 . A G 532.45 PASS AF=0.411348;AO=53;DP=143;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=55;FWDB=-0.00605565;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.07;QD=15.105;RBI=0.0278529;REFB=-0.0243914;REVB=-0.0271867;RO=69;SAF=19;SAR=34;SRF=15;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164334;STB=0.547115;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0326253;OID=.;OPOS=14580328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:69:83:53:58:0.411348:34:19:15:54:34:24:28:55 chr19 14580635 . G C 498.18 PASS AF=0.495327;AO=51;DP=105;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=0.0260308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.76;QD=18.6235;RBI=0.0427891;REFB=-0.00459472;REVB=0.0339603;RO=54;SAF=27;SAR=24;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164575;STB=0.580896;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00284362;OID=.;OPOS=14580635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:54:54:51:53:0.495327:24:27:38:16:24:29:38:16 chr19 14580638 . T C 503.99 PASS AF=0.495327;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.00568225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.242;QD=18.8406;RBI=0.0143605;REFB=-0.00761154;REVB=-0.0131885;RO=53;SAF=30;SAR=23;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124138;STB=0.572029;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00492472;OID=.;OPOS=14580638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:54:53:53:0.495327:23:30:37:16:23:30:38:16 chr19 14581063 . A G 730.83 PASS AF=0.496732;AO=75;DP=152;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=57;FWDB=0.0296865;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.212;QD=19.1066;RBI=0.0412386;REFB=-0.0296854;REVB=-0.0286239;RO=76;SAF=40;SAR=35;SRF=20;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244622;STB=0.63262;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0275432;OID=.;OPOS=14581063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:76:77:75:76:0.496732:35:40:20:56:36:40:20:57 chr19 14582468 . G A 499.44 PASS AF=0.423077;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=130;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.0131813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.572;QD=15.3673;RBI=0.0152077;REFB=-0.0188612;REVB=0.00758474;RO=70;SAF=18;SAR=37;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00147623;STB=0.529547;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0309758;OID=.;OPOS=14582468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:70:75:55:55:0.423077:37:18:23:47:37:18:28:47 chr19 14584317 . G A 470.44 PASS AF=0.505495;AO=45;DP=90;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0567056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3487;QD=20.6789;RBI=0.117764;REFB=0.00926509;REVB=0.103213;RO=45;SAF=20;SAR=25;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403666;STB=0.516076;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00684756;OID=.;OPOS=14584317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:45:45:45:46:0.505495:25:20:22:23:25:21:22:23 chr19 14589378 . C T 650.4 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=54;FWDB=0.00797122;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.693;QD=18.5829;RBI=0.0203986;REFB=-0.00517783;REVB=-0.0187767;RO=73;SAF=28;SAR=38;SRF=20;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150196;STB=0.58543;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00278273;OID=.;OPOS=14589378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:73:74:66:66:0.471429:38:28:20:53:38:28:20:54 chr19 14590236 . C T 1118.95 PASS AF=0.466135;AO=117;DP=251;FAO=117;FDP=251;FR=.;FRO=134;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=57;FSRR=77;FWDB=-0.00301929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9052;QD=17.8318;RBI=0.00407944;REFB=-0.0085541;REVB=0.00274331;RO=132;SAF=47;SAR=70;SRF=56;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223964;STB=0.513071;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00934226;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:132:134:117:117:0.466135:70:47:56:76:70:47:57:77 chr19 14629150 . G A 2672.61 PASS AF=0.552402;AO=250;DP=454;FAO=253;FDP=458;FR=.;FRO=205;FSAF=116;FSAR=137;FSRF=75;FSRR=130;FWDB=0.0122542;FXX=0.0021786;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3687;QD=23.3415;RBI=0.0143472;REFB=-0.00903207;REVB=-0.00746178;RO=201;SAF=113;SAR=137;SRF=73;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742746;STB=0.542043;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00736732;OID=.;OPOS=14629150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:454:458:201:205:250:253:0.552402:137:113:73:128:137:116:75:130 chr19 14682804 . G C 1943.0 PASS AF=0.457859;AO=200;DP=438;FAO=201;FDP=439;FR=.;FRO=238;FSAF=72;FSAR=129;FSRF=101;FSRR=137;FWDB=-0.00572908;FXX=0.00227268;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.113;QD=17.7039;RBI=0.0162623;REFB=-0.0178512;REVB=-0.0152197;RO=230;SAF=72;SAR=128;SRF=98;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680586;STB=0.538157;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0213756;OID=.;OPOS=14682804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:439:230:238:200:201:0.457859:128:72:98:132:129:72:101:137 chr19 14748936 . G A 509.06 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.051777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.55;QD=17.1112;RBI=0.0631706;REFB=0.0239655;REVB=0.0361893;RO=64;SAF=31;SAR=24;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121769;STB=0.567741;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0247808;OID=.;OPOS=14748936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:64:55:55:0.462185:24:31:28:36:24:31:28:36 chr19 14752325 . C T 3721.4 PASS AF=1;AO=234;DP=241;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238085;FXX=0.0165968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.233;QD=62.8084;RBI=0.0238975;REFB=-0.0639058;REVB=-0.00206056;RO=1;SAF=93;SAR=141;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0033681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275057;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:241:237:1:0:234:237:1:141:93:0:1:142:95:0:0 chr19 14758168 . G A 76.78 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00966718;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4056;QD=11.3751;RBI=0.0440925;REFB=0.00234496;REVB=-0.0430197;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349124;STB=0.703363;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00372554;OID=.;OPOS=14758168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:3:14:5:5:3:14 chr19 14769339 . C G 7925.66 PASS AF=1;AO=497;DP=502;FAO=509;FDP=509;FR=.;FRO=0;FSAF=299;FSAR=210;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730308;FXX=0.00391382;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4872;QD=62.2842;RBI=0.0828525;REFB=-0.0294325;REVB=0.0391285;RO=1;SAF=295;SAR=202;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00235776;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152479;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:502:509:1:0:497:509:1:202:295:0:1:210:299:0:0 chr19 14772878 . C T 299.03 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0267065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1036;QD=16.1636;RBI=0.0315291;REFB=-0.0116673;REVB=-0.0167586;RO=41;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936026;STB=0.5526;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0179638;OID=.;OPOS=14772878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:17:16:16:25:17:16:16:25 chr19 14817548 . T A 1587.69 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000615994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.764;QD=64.1492;RBI=0.0491367;REFB=0;REVB=0.0491329;RO=0;SAF=67;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.76003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204009;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:32:67:0:0:32:67:0:0 chr19 14827830 . C A 485.32 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0716239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.653;QD=17.8098;RBI=0.0723915;REFB=0.0113326;REVB=-0.0105143;RO=56;SAF=23;SAR=29;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816283;STB=0.539501;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.0140432;OID=.;OPOS=14827830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:57:52:52:0.477064:29:23:20:36:29:23:21:36 chr19 14829749 . C T 558.4 PASS AF=0.414474;AO=63;DP=152;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.00257639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.01;QD=14.6948;RBI=0.0320473;REFB=-0.0225223;REVB=-0.0319436;RO=86;SAF=31;SAR=32;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680435;STB=0.534213;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.025031;OID=.;OPOS=14829749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:86:89:63:63:0.414474:32:31:48:38:32:31:49:40 chr19 14847013 . G C 195.31 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0386869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.757;QD=14.2043;RBI=0.0721267;REFB=0.0116279;REVB=0.0608735;RO=32;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809336;STB=0.546301;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.0130686;OID=.;OPOS=14847013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:9:14:17:15:9:14:17:15 chr19 14862430 . C G 1910.41 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7345;QD=60.648;RBI=0.0541221;REFB=0;REVB=-0.0504099;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107618;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:126:0:0:121:126:1:66:55:0:0:70:56:0:0 chr19 14887601 . G A 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0584249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.443;QD=3.64921;RBI=0.0584466;REFB=-0.0151284;REVB=0.00158948;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375747;STB=0.772193;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0583716;OID=.;OPOS=14887601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:1:5:17:14:1:5:17:14 chr19 14910438 . C T 868.14 PASS AF=0.983871;AO=55;DP=56;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0394132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.056;QD=56.0091;RBI=0.0467509;REFB=-0.00416532;REVB=0.0251444;RO=1;SAF=8;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553235;STB=0.529402;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-4.00967e-06;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:62:1:1:55:61:0.983871:47:8:1:0:53:8:1:0 chr19 14910573 . C T 1369.74 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272525;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.175;QD=61.5613;RBI=0.0338402;REFB=-0.118933;REVB=0.0200614;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.505153;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000135835;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:89:0:1:88:88:0.988764:48:40:0:0:48:40:0:1 chr19 14951898 . G T 584.41 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=46;FSRF=10;FSRR=42;FWDB=-0.0333848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1155;QD=21.0599;RBI=0.0356166;REFB=-0.00863124;REVB=0.0124096;RO=52;SAF=13;SAR=46;SRF=10;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356011;STB=0.519521;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0107039;OID=.;OPOS=14951898;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:52:59:59:0.531532:46:13:10:42:46:13:10:42 chr19 14974930 . G A 1896.4 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.003587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.506;QD=61.6716;RBI=0.00687082;REFB=0;REVB=-0.00586017;RO=0;SAF=44;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07851e-06;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:79:44:0:0:79:44:0:0 chr19 14975368 . A G 286.92 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2801;QD=52.1676;RBI=0.0815472;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=22;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171186;OID=.;OPOS=14975368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:0:22:0:0:0:22:0:0 chr19 14975470 . TC T,TT 74.45 PASS AF=0.125,0.875;AO=3,5;DP=8;FAO=1,7;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202375,-0.0173827;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=262.391,273.25;QD=37.2263;RBI=0.0311303,0.0281043;REFB=0,0;REVB=0.0236545,0.0220838;RO=0;SAF=2,3;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.043875,0.00725273;OID=.,.;OPOS=14975471,14975471;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:3,5:8:1,7:8:0:1,4:0,3:0:0:6:0:2,3:1,2:0:0 chr19 14991963 . C A 747.86 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.523;QD=63.6473;RBI=0.0311868;REFB=0;REVB=0.0244588;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10443e-05;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:20:27:0:0 chr19 14992031 . A G 785.06 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.068;QD=57.0954;RBI=0.0575588;REFB=0;REVB=0.0569986;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280834;OID=.;OPOS=14992031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr19 14992042 . A G,T 743.05 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=51,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33,1;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011267,-0.00205125;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.757,96.9376;QD=56.079;RBI=0.0134834,0.0275375;REFB=0,0;REVB=0.0134363,0.027461;RO=0;SAF=33,1;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-8.62909e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000916673,0.0281706;OID=.,.;OPOS=14992042,14992042;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:51,2:51,2:0.962264,0.0377358:18,1:33,1:0:0:18,1:33,1:0:0 chr19 14992045 . C T 768.17 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1541;QD=56.9011;RBI=0.102136;REFB=0;REVB=0.101512;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137506;OID=.;OPOS=14992045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:18:34:0:0:19:35:0:0 chr19 14992226 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.572;QD=33.4284;RBI=0.120888;REFB=0;REVB=0.0528227;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00530492;OID=.;OPOS=14992226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr19 15052982 . GT GTATC,TC 2150.48 PASS AF=0.915663,0.0361446;AO=144,6;DP=168;FAO=152,6;FDP=166;FR=.;FRO=8;FSAF=84,6;FSAR=68,0;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0111744,-0.0260798;FXX=0.0119041;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=134.742,166.482;QD=51.8187;RBI=0.0132497,0.0275088;REFB=-0.112345,-0.0467654;REVB=-0.00711949,-0.00875067;RO=15;SAF=76,6;SAR=68,0;SRF=13;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0609878,0.65905;STB=0.509999,0.997126;STBP=0.286,0.152;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00337688,0.0235197;OID=.,.;OPOS=15052984,15052982;OREF=-,GT;OALT=ATC,TC;OMAPALT=GTATC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:168:166:15:8:144,6:152,6:0.915663,0.0361446:68,0:76,6:13:2:68,0:84,6:6:2 chr19 15083693 . C A 724.31 PASS AF=0.486301;AO=53;DP=147;FAO=71;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.027688;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.331;QD=19.8441;RBI=0.0339859;REFB=-0.0121181;REVB=0.0197083;RO=74;SAF=38;SAR=15;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356447;STB=0.582576;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0137878;OID=.;OPOS=15083693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:74:75:53:71:0.486301:15:38:28:46:33:38:28:47 chr19 15131330 . G A 529.82 PASS AF=0.491379;AO=56;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=0.0194707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3248;QD=18.2695;RBI=0.03444;REFB=-0.00914004;REVB=0.0284078;RO=59;SAF=21;SAR=35;SRF=16;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105989;STB=0.554646;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0111822;OID=.;OPOS=15131330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:56:57:0.491379:35:21:16:43:36:21:16:43 chr19 15133762 . G C 3058.63 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151351;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5343;QD=61.1726;RBI=0.0278389;REFB=0;REVB=-0.0233652;RO=0;SAF=100;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331806;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:200:200:0:0:200:200:1:100:100:0:0:100:100:0:0 chr19 15133787 . C A 773.94 PASS AF=0.460227;AO=81;DP=177;FAO=81;FDP=176;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.00309529;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.625;QD=17.5896;RBI=0.00479568;REFB=0.00164443;REVB=-0.00366303;RO=93;SAF=32;SAR=49;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877237;STB=0.549283;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00246888;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:93:95:81:81:0.460227:49:32:45:48:49:32:46:49 chr19 15133926 . C A 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0217836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.066;QD=15.643;RBI=0.0390655;REFB=-0.00971983;REVB=-0.0324282;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371842;STB=0.712129;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0110971;OID=.;OPOS=15133926;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:7:13:8:21:7:13:8:21 chr19 15198024 . A T 318.45 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.00778742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.268;QD=13.2689;RBI=0.0111996;REFB=-0.0205177;REVB=-0.00804905;RO=60;SAF=15;SAR=21;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0323966;OID=.;OPOS=15198024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:21:15:25:35:21:15:25:35 chr19 15198263 . A G 734.61 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.266;QD=61.2172;RBI=0.0261494;REFB=-0.196669;REVB=-0.0209956;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218604;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00251353;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:46:47:0.979167:25:21:1:0:25:22:1:0 chr19 15198292 . C G 929.04 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0232072;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.622;QD=55.4653;RBI=0.0333906;REFB=0.0214848;REVB=0.0240074;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.50069;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-4.41577e-05;OID=.;OPOS=15198292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:0:2:65:65:0.970149:31:34:0:0:31:34:1:1 chr19 15198441 . G T 323.06 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.013229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.653;QD=21.9024;RBI=0.0133712;REFB=-0.0164081;REVB=-0.00194484;RO=26;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302652;STB=0.516726;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0117094;OID=.;OPOS=15198441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:19:14:12:14:19:14:12:14 chr19 15198507 . T C 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0182498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0415;QD=57.4358;RBI=0.0182504;REFB=-0.00894292;REVB=-0.00014352;RO=1;SAF=40;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116688;STB=0.506171;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000410857;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:27:40:1:0:27:40:1:0 chr19 15198606 . C T 762.81 PASS AF=0.532847;AO=73;DP=137;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0251935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8616;QD=22.2717;RBI=0.0311317;REFB=-0.00668372;REVB=-0.0182885;RO=64;SAF=37;SAR=36;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608294;STB=0.533324;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00809147;OID=.;OPOS=15198606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:64:64:73:73:0.532847:36:37:37:27:36:37:37:27 chr19 15198631 . A C 492.37 PASS AF=0.378205;AO=58;DP=156;FAO=59;FDP=156;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=-0.00274254;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.736;QD=12.625;RBI=0.0129642;REFB=0.00495571;REVB=-0.0126708;RO=95;SAF=32;SAR=26;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538393;STB=0.528471;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00737646;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:95:97:58:59:0.378205:26:32:57:38:27:32:57:40 chr19 15198751 . T C 1268.35 PASS AF=0.587065;AO=119;DP=202;FAO=118;FDP=201;FR=.;FRO=83;FSAF=77;FSAR=41;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.00994602;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.837;QD=25.2407;RBI=0.0631919;REFB=-0.0353449;REVB=-0.0624043;RO=82;SAF=77;SAR=42;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134988;STB=0.579139;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0172214;OID=.;OPOS=15198751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:82:83:119:118:0.587065:42:77:39:43:41:77:39:44 chr19 15198764 . T C 3119.9 PASS AF=1;AO=202;DP=204;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383595;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2706;QD=61.7803;RBI=0.00852103;REFB=0;REVB=-0.00760878;RO=0;SAF=116;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23592e-05;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:202:0:0:202:202:1:86:116:0:0:86:116:0:0 chr19 15198851 . A T 1016.46 PASS AF=0.504902;AO=103;DP=204;FAO=103;FDP=204;FR=.;FRO=101;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=-0.00795622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.614;QD=19.9307;RBI=0.00795657;REFB=0.00531366;REVB=7.52842e-05;RO=99;SAF=62;SAR=41;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150872;STB=0.587745;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00423196;OID=.;OPOS=15198851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:99:101:103:103:0.504902:41:62:43:56:41:62:43:58 chr19 15220850 . G A 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0988014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4098;QD=24.3262;RBI=0.225924;REFB=0.0153448;REVB=0.203174;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125389;STB=0.571243;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0191028;OID=.;OPOS=15220850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:1:6:2:0:1:6:2:0 chr19 15225348 . T C 149.93 PASS AF=0.205479;AO=14;DP=76;FAO=15;FDP=73;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=49;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0809601;FXX=0.0394685;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.5524;QD=8.21549;RBI=0.112103;REFB=0.0175029;REVB=-0.0775411;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382665;STB=0.594918;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.000964232;OID=.;OPOS=15225348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:73:33:49:14:15:0.205479:7:7:6:27:7:8:20:29 chr19 15225358 . T A 1065.95 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118073;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.368;QD=60.0534;RBI=0.0136813;REFB=0;REVB=-0.00691123;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96009e-05;OID=.;OPOS=15225358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:48:22:0:0:49:22:0:0 chr19 15226970 . G A 326.06 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0926792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8141;QD=24.6081;RBI=0.0982853;REFB=-0.0410067;REVB=0.0327195;RO=20;SAF=19;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188128;STB=0.584562;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0283888;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:20:21:31:32:0.603774:12:19:7:13:13:19:8:13 chr19 15227030 . G A 125.9 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.030735;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1738;QD=17.3652;RBI=0.100207;REFB=-0.00642593;REVB=-0.0953773;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1854;STB=0.62119;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00267344;OID=.;OPOS=15227030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:15:14:14:0.482759:6:8:5:9:6:8:5:10 chr19 15229993 . A G 1557.64 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815207;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.296;QD=64.2328;RBI=0.0249237;REFB=0;REVB=-0.0235528;RO=0;SAF=58;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262925;OID=.;OPOS=15229993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:39:58:0:0:39:58:0:0 chr19 15233581 . C A 1822.81 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.856;QD=61.2711;RBI=0.0143445;REFB=0;REVB=0.00778897;RO=0;SAF=50;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60134e-06;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:69:50:0:0:69:50:0:0 chr19 15233732 . G A 198.65 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0428871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0684;QD=10.8851;RBI=0.109906;REFB=-0.0328288;REVB=0.101193;RO=48;SAF=9;SAR=16;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918271;STB=0.568508;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0615411;OID=.;OPOS=15233732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:47:25:26:0.356164:16:9:21:27:17:9:21:26 chr19 15270805 . C A 423.56 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6062;QD=56.4752;RBI=0.1084;REFB=0;REVB=-0.10428;RO=0;SAF=25;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00251068;OID=.;OPOS=15270805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:5:25:0:0:5:25:0:0 chr19 15271135 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.553;QD=33.4285;RBI=0.0184829;REFB=0;REVB=0.00848427;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48608e-05;OID=.;OPOS=15271135;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr19 15271771 . G A 813.04 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165202;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.105;QD=58.0747;RBI=0.099281;REFB=0;REVB=0.0978969;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007044;OID=.;OPOS=15271771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr19 15278057 . A G 2426.65 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00529997;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4771;QD=60.6663;RBI=0.0109118;REFB=-0.0529055;REVB=0.00953826;RO=1;SAF=68;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525741;STB=0.502732;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000828219;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:160:1:1:158:159:0.99375:90:68:0:1:91:68:0:1 chr19 15285052 . T C 3958.21 PASS AF=1;AO=246;DP=248;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00341473;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.324;QD=64.1005;RBI=0.0314565;REFB=0;REVB=0.0312706;RO=0;SAF=115;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05146e-05;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:248:247:0:0:246:247:1:131:115:0:0:132:115:0:0 chr19 15292437 . T C 4189.21 PASS AF=1;AO=232;DP=273;FAO=269;FDP=269;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=145;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773794;FXX=0.011029;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8119;QD=62.2932;RBI=0.0781088;REFB=0;REVB=0.0106493;RO=0;SAF=112;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15432e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180743;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:273:269:0:0:232:269:1:120:112:0:0:124:145:0:0 chr19 15292599 . G A 241.48 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0344442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.41;QD=12.3838;RBI=0.0361298;REFB=-0.0078591;REVB=-0.0109069;RO=48;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287397;STB=0.511763;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0161059;OID=.;OPOS=15292599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:49:29:29:0.371795:20:9:16:32:20:9:16:33 chr19 15295134 . G A 3238.11 PASS AF=0.995305;AO=210;DP=215;FAO=212;FDP=213;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0843558;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0307;QD=60.8096;RBI=0.0844677;REFB=-0.110534;REVB=0.00434668;RO=2;SAF=92;SAR=118;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00112976;STB=0.502092;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000120733;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:215:213:2:1:210:212:0.995305:118:92:1:1:119:93:0:1 chr19 15302844 . T C 806.2 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186973;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6506;QD=55.6001;RBI=0.0938509;REFB=-0.00418818;REVB=-0.0919696;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.509431;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0011236;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:26:31:0:0:26:31:0:1 chr19 15303225 . G A 717.82 PASS AF=0.39899;AO=79;DP=197;FAO=79;FDP=198;FR=.;FRO=119;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=63;FWDB=-0.0171486;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.451;QD=14.5013;RBI=0.0243618;REFB=-0.0081165;REVB=0.0173038;RO=115;SAF=46;SAR=33;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110601;STB=0.567446;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0138003;OID=.;OPOS=15303225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:115:119:79:79:0.39899:33:46:55:60:33:46:56:63 chr19 15350594 . G A 374.88 PASS AF=0.541667;AO=36;DP=68;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0540916;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2528;QD=20.8264;RBI=0.125205;REFB=-0.0137138;REVB=0.112918;RO=31;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143969;STB=0.581932;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0115724;OID=.;OPOS=15350594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:31:33:36:39:0.541667:19:17:20:11:20:19:22:11 chr19 15490485 . C T 1775.49 PASS AF=0.400398;AO=199;DP=501;FAO=201;FDP=502;FR=.;FRO=301;FSAF=107;FSAR=94;FSRF=136;FSRR=165;FWDB=0.0165711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.78;QD=14.1473;RBI=0.0510141;REFB=-0.0220469;REVB=0.0482476;RO=296;SAF=105;SAR=94;SRF=132;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872844;STB=0.54817;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.031128;OID=.;OPOS=15490485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:501:502:296:301:199:201:0.400398:94:105:132:164:94:107:136:165 chr19 15508362 . G C 4298.26 PASS AF=1;AO=272;DP=272;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.503;QD=62.9782;RBI=0.014007;REFB=0;REVB=-0.00381616;RO=0;SAF=141;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.40409e-05;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:272:273:0:0:272:273:1:131:141:0:0:132:141:0:0 chr19 15533821 . A G 1785.65 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.1;QD=61.0479;RBI=0.0318997;REFB=0;REVB=0.00513298;RO=0;SAF=44;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14679e-05;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:72:44:0:0:72:45:0:0 chr19 15549939 . C T 1080.33 PASS AF=0.938272;AO=75;DP=80;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0974514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9039;QD=53.3499;RBI=0.148792;REFB=-0.21876;REVB=0.112438;RO=3;SAF=26;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00107039;STB=0.516329;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0380132;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:80:81:3:5:75:76:0.938272:49:26:1:2:49:27:3:2 chr19 15726487 . G T 1760.34 PASS AF=0.991453;AO=113;DP=116;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369073;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.167;QD=60.1827;RBI=0.0806499;REFB=-0.00297282;REVB=0.0717095;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.503999;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-2.51617e-05;OID=.;OPOS=15726487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:117:0:1:113:116:0.991453:51:62:0:0:54:62:1:0 chr19 15726560 . G T 1612.79 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399045;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.974;QD=60.2913;RBI=0.00536741;REFB=0;REVB=0.00358963;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24892e-05;OID=.;OPOS=15726560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:50:57:0:0:50:57:0:0 chr19 15730498 . G GC 3787.78 PASS AF=1;AO=237;DP=255;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694545;FXX=0.0199992;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.8272;QD=61.8414;RBI=0.096184;REFB=0;REVB=-0.0959329;RO=14;SAF=100;SAR=137;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000187407;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:237:255:245:245:0:101:144:0:0:21:14:100:137:4:10 chr19 15757927 . T C 3169.82 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237174;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.19;QD=61.55;RBI=0.0288676;REFB=-0.10319;REVB=0.0164568;RO=0;SAF=99;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149924;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:206:206:0:0:205:206:1:106:99:0:0:107:99:0:0 chr19 15760881 . C A 1851.03 PASS AF=0.961538;AO=122;DP=130;FAO=125;FDP=130;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=73;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0250076;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.676;QD=56.9548;RBI=0.0374363;REFB=-0.0414638;REVB=0.0278585;RO=5;SAF=51;SAR=71;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139343;STB=0.507264;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0019794;OID=.;OPOS=15760881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:130:130:5:5:122:125:0.961538:71:51:3:2:73:52:3:2 chr19 15763721 . G A 2425.43 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.372;QD=60.2592;RBI=0.038733;REFB=-0.0889491;REVB=0.0157414;RO=2;SAF=78;SAR=81;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116017;STB=0.50303;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000291147;OID=.;OPOS=15763721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:161:161:2:1:159:160:0.993789:81:78:0:2:82:78:0:1 chr19 15769378 . CG C,CC 1414.25 PASS AF=0.020202,0.979798;AO=22,74;DP=106;FAO=2,97;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=2,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03649,0.0425309;FXX=0.0660315;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.528,159.133;QD=57.1414;RBI=0.0414406,0.0462894;REFB=0,0;REVB=0.0196419,0.018271;RO=2;SAF=9,23;SAR=13,51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0921477,-0.0393672;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0122612,0.00255795;OID=.,.;OPOS=15769379,15769379;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.020202,0.979798:22,74:106:2,97:99:0:0,35:2,62:0:0:5:2:9,23:13,51:2:0 chr19 15769529 . GC TT 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191131;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.051;QD=63.1954;RBI=0.032298;REFB=0;REVB=0.0260355;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.65057e-06;OID=.;OPOS=15769529;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr19 15769625 . A G 1406.45 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0602597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.258;QD=60.4924;RBI=0.060995;REFB=-0.149607;REVB=-0.00944262;RO=2;SAF=40;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231079;STB=0.512192;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000774246;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:2:2:91:91:0.978495:51:40:2:0:51:40:2:0 chr19 15770027 . A T 102.71 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00185467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.996;QD=29.3446;RBI=0.0204981;REFB=-0.0234433;REVB=0.020414;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815441;STB=0.545372;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0033664;OID=.;OPOS=15770027;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:14:14:1:3:11:11:0.785714:5:6:0:1:5:6:1:2 chr19 15784061 . C A 2208.87 PASS AF=1;AO=136;DP=139;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164156;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1445;QD=62.6629;RBI=0.0451161;REFB=0;REVB=0.0420237;RO=1;SAF=55;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583325;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197865;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:139:141:1:0:136:141:1:81:55:0:1:82:59:0:0 chr19 15784386 . C T 1804.02 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.66;QD=61.1532;RBI=0.0251405;REFB=0;REVB=0.0249562;RO=0;SAF=42;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63777e-05;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:76:42:0:0:76:42:0:0 chr19 15789098 . A G 2065.73 PASS AF=0.992537;AO=130;DP=131;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0660012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1838;QD=61.6637;RBI=0.0738373;REFB=-0.0753664;REVB=-0.0331027;RO=1;SAF=70;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067414;STB=0.503401;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00241437;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:134:1:1:130:133:0.992537:60:70:1:0:60:73:1:0 chr19 15789140 . A G 3016.37 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.231;QD=63.5026;RBI=0.0137475;REFB=0;REVB=-0.00133613;RO=0;SAF=100;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21226e-06;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:189:190:1:89:100:0:0:89:101:0:0 chr19 15791180 . C T 2282.74 PASS AF=0.993151;AO=142;DP=144;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.705;QD=62.5408;RBI=0.0452863;REFB=0.0782949;REVB=0.0378919;RO=0;SAF=86;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37449e-08;STB=0.504347;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00056929;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:146:0:1:142:145:0.993151:56:86:0:0:57:88:0:1 chr19 15793235 . T C 1134.64 PASS AF=0.48927;AO=114;DP=233;FAO=114;FDP=233;FR=.;FRO=119;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=54;FSRR=65;FWDB=0.00946476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.845;QD=19.4788;RBI=0.0171581;REFB=-0.000133711;REVB=0.0143115;RO=119;SAF=49;SAR=65;SRF=54;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226063;STB=0.512436;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000177608;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:119:119:114:114:0.48927:65:49:54:65:65:49:54:65 chr19 15807884 . A G 331.08 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0127144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9478;QD=11.8242;RBI=0.0250461;REFB=-0.019295;REVB=-0.0215789;RO=71;SAF=17;SAR=24;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408169;STB=0.523353;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0506367;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:71:71:41:41:0.366071:24:17:32:39:24:17:32:39 chr19 15838967 . G A 1112.07 PASS AF=0.467213;AO=114;DP=244;FAO=114;FDP=244;FR=.;FRO=130;FSAF=38;FSAR=76;FSRF=46;FSRR=84;FWDB=0.00224136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.746;QD=18.2307;RBI=0.0118232;REFB=-0.0106041;REVB=0.0116088;RO=129;SAF=38;SAR=76;SRF=45;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166607;STB=0.512193;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0117461;OID=.;OPOS=15838967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:129:130:114:114:0.467213:76:38:45:84:76:38:46:84 chr19 15839174 . C T 394.4 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0487809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.133;QD=19.9698;RBI=0.0514399;REFB=-0.0102198;REVB=-0.0163245;RO=39;SAF=9;SAR=31;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318629;STB=0.67824;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0107568;OID=.;OPOS=15839174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:31:9:21:18:31:9:21:18 chr19 15839365 . C T 185.89 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0318336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8965;QD=19.0657;RBI=0.0463964;REFB=-0.00097344;REVB=0.0337527;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139431;STB=0.566325;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.000687305;OID=.;OPOS=15839365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:20:19:19:0.487179:8:11:8:11:8:11:9:11 chr19 15852223 . A C 518.43 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0118824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1389;QD=18.0323;RBI=0.0170805;REFB=0.0242066;REVB=0.0122699;RO=60;SAF=34;SAR=21;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343647;STB=0.519077;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0244223;OID=.;OPOS=15852223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:60:55:55:0.478261:21:34:35:25:21:34:35:25 chr19 15852242 . C A 759.84 PASS AF=0.532847;AO=73;DP=137;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0357873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0324;QD=22.185;RBI=0.0521187;REFB=-0.0285434;REVB=0.0378897;RO=64;SAF=41;SAR=32;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142906;STB=0.507831;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0222613;OID=.;OPOS=15852242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:64:64:73:73:0.532847:32:41:37:27:32:41:37:27 chr19 15852872 . G A 1080.72 PASS AF=0.456349;AO=115;DP=253;FAO=115;FDP=252;FR=.;FRO=137;FSAF=44;FSAR=71;FSRF=68;FSRR=69;FWDB=-0.0138074;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8681;QD=17.1544;RBI=0.056734;REFB=0.00206484;REVB=0.0550282;RO=137;SAF=44;SAR=71;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114581;STB=0.563481;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00211954;OID=.;OPOS=15852872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:252:137:137:115:115:0.456349:71:44:68:69:71:44:68:69 chr19 15881953 . A G 1025.96 PASS AF=0.471366;AO=105;DP=227;FAO=107;FDP=227;FR=.;FRO=120;FSAF=36;FSAR=71;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=-0.0126101;FXX=0.00873324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.484;QD=18.0785;RBI=0.0205205;REFB=-0.00771756;REVB=-0.0161888;RO=120;SAF=36;SAR=69;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110086;STB=0.568887;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00882311;OID=.;OPOS=15881953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:120:120:105:107:0.471366:69:36:54:66:71:36:55:65 chr19 15905002 . T C 1199.43 PASS AF=0.471698;AO=124;DP=265;FAO=125;FDP=265;FR=.;FRO=140;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=58;FSRR=82;FWDB=-0.000442135;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.64;QD=18.1046;RBI=0.0034441;REFB=-0.0111989;REVB=-0.0034156;RO=138;SAF=60;SAR=64;SRF=57;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679503;STB=0.534864;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0130354;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:138:140:124:125:0.471698:64:60:57:81:65:60:58:82 chr19 15905431 . T C 1050.98 PASS AF=0.534759;AO=100;DP=188;FAO=100;FDP=187;FR=.;FRO=87;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.0241577;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.567;QD=22.4809;RBI=0.0243236;REFB=-0.022352;REVB=-0.00283621;RO=86;SAF=47;SAR=53;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352709;STB=0.521995;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0247825;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:86:87:100:100:0.534759:53:47:44:42:53:47:45:42 chr19 15905529 . C A 542.25 PASS AF=0.581395;AO=49;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0101112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0163;QD=25.221;RBI=0.0563308;REFB=-0.00252094;REVB=0.0554159;RO=36;SAF=31;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106754;STB=0.551952;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0020008;OID=.;OPOS=15905529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:49:50:0.581395:18:31:18:18:19:31:18:18 chr19 15989696 . G C 180.95 PASS AF=0.179348;AO=30;DP=183;FAO=33;FDP=184;FR=.;FRO=151;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=107;FSRR=44;FWDB=-0.00523041;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.319;QD=3.93377;RBI=0.00715619;REFB=-0.007561;REVB=0.00488404;RO=152;SAF=24;SAR=6;SRF=108;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153884;STB=0.587448;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0319091;OID=.;OPOS=15989696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:152:151:30:33:0.179348:6:24:108:44:7:26:107:44 chr19 15989730 . T C 361.89 PASS AF=0.259804;AO=53;DP=202;FAO=53;FDP=204;FR=.;FRO=151;FSAF=44;FSAR=9;FSRF=110;FSRR=41;FWDB=-0.0178473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8553;QD=7.09594;RBI=0.0415476;REFB=-0.00164977;REVB=0.0375191;RO=147;SAF=44;SAR=9;SRF=107;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187607;STB=0.613449;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00655149;OID=.;OPOS=15989730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:204:147:151:53:53:0.259804:9:44:107:40:9:44:110:41 chr19 15996820 . G A 905.67 PASS AF=0.486631;AO=90;DP=187;FAO=91;FDP=187;FR=.;FRO=96;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.0137103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.291;QD=19.3725;RBI=0.0143899;REFB=0.009477;REVB=-0.00436996;RO=96;SAF=56;SAR=34;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882666;STB=0.550814;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0137841;OID=.;OPOS=15996820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:96:96:90:91:0.486631:34:56:51:45:34:57:51:45 chr19 16003183 . G A 839.38 PASS AF=0.403433;AO=94;DP=233;FAO=94;FDP=233;FR=.;FRO=139;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=72;FSRR=67;FWDB=0.00522908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.661;QD=14.4099;RBI=0.0147315;REFB=-0.0076415;REVB=0.0137722;RO=136;SAF=40;SAR=54;SRF=71;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102415;STB=0.555462;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0120343;OID=.;OPOS=16003183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:136:139:94:94:0.403433:54:40:71:65:54:40:72:67 chr19 16024662 . G C 962.02 PASS AF=0.564417;AO=92;DP=163;FAO=92;FDP=163;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.012276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.768;QD=23.6079;RBI=0.0196683;REFB=-0.00770774;REVB=-0.015367;RO=71;SAF=41;SAR=51;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380992;STB=0.520753;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00643201;OID=.;OPOS=16024662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:71:71:92:92:0.564417:51:41:35:36:51:41:35:36 chr19 16025176 . C T 722.52 PASS AF=0.526316;AO=69;DP=134;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0156292;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1479;QD=21.7301;RBI=0.0293085;REFB=-0.0310382;REVB=0.0247935;RO=65;SAF=28;SAR=41;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197405;STB=0.603574;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0319648;OID=.;OPOS=16025176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:65:63:69:70:0.526316:41:28:41:24:42:28:39:24 chr19 16034714 . A G 2970.51 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6207;QD=63.2024;RBI=0.0360741;REFB=0;REVB=-0.0309516;RO=0;SAF=96;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.37371e-07;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:188:0:0:187:188:1:91:96:0:0:91:97:0:0 chr19 16040292 . A G 1004.66 PASS AF=0.502463;AO=102;DP=201;FAO=102;FDP=203;FR=.;FRO=101;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.0530092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3913;QD=19.7963;RBI=0.0615583;REFB=0.0142577;REVB=-0.0312961;RO=99;SAF=52;SAR=50;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320355;STB=0.522239;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0190325;OID=.;OPOS=16040292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:99:101:102:102:0.502463:50:52:54:45:50:52:56:45 chr19 16045141 . T C 2623.79 PASS AF=0.994152;AO=130;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=82;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0574675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.09;QD=61.3752;RBI=0.0653207;REFB=-0.221734;REVB=0.0310528;RO=1;SAF=59;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798707;STB=0.50303;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000564795;OID=.;OPOS=16045141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:1:1:130:170:0.994152:71:59:1:0:88:82:1:0 chr19 16136923 . T C 387.95 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0133387;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.321;QD=18.2563;RBI=0.02784;REFB=-0.0111583;REVB=-0.0244365;RO=43;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556425;STB=0.542551;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0115949;OID=.;OPOS=16136923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:43:45:40:40:0.470588:19:21:20:23:19:21:20:25 chr19 16145539 . G A 344.68 PASS AF=0.355372;AO=42;DP=122;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0167303;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.131;QD=11.3945;RBI=0.0215555;REFB=-0.000909696;REVB=-0.0135918;RO=77;SAF=13;SAR=29;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160954;STB=0.602713;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00200911;OID=.;OPOS=16145539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:77:78:42:43:0.355372:29:13:34:43:30:13:35:43 chr19 16145653 . G A 957.68 PASS AF=0.51087;AO=94;DP=184;FAO=94;FDP=184;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=-0.00216696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.029;QD=20.8191;RBI=0.0277203;REFB=0.00302069;REVB=0.0276355;RO=90;SAF=40;SAR=54;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233685;STB=0.512818;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00380648;OID=.;OPOS=16145653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:90:90:94:94:0.51087:54:40:36:54:54:40:36:54 chr19 16145731 . C A 837.32 PASS AF=0.557143;AO=78;DP=141;FAO=78;FDP=140;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0477811;FXX=0.0070917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.479;QD=23.9233;RBI=0.0583518;REFB=0.0111042;REVB=-0.0334947;RO=59;SAF=38;SAR=40;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168257;STB=0.519951;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00405577;OID=.;OPOS=16145731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:59:62:78:78:0.557143:40:38:30:29:40:38:33:29 chr19 16146400 . A G 1046.94 PASS AF=0.425926;AO=115;DP=269;FAO=115;FDP=270;FR=.;FRO=155;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=82;FSRR=73;FWDB=-0.00526841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.513;QD=15.5103;RBI=0.00931023;REFB=3.19286e-05;REVB=0.00767621;RO=154;SAF=65;SAR=50;SRF=82;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340779;STB=0.521013;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-3.67344e-05;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:270:154:155:115:115:0.425926:50:65:82:72:50:65:82:73 chr19 16268207 . TAA TA,T 632.96 PASS AF=1,0;AO=67,14;DP=86;FAO=85,0;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470888,-0.0222603;FXX=0.0116266;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.8695,8.92177;QD=29.7864;RBI=0.111015,0.0568101;REFB=0,0;REVB=-0.100534,-0.0522672;RO=3;SAF=27,8;SAR=40,6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0220608,-0.0311253;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00258634,0;OID=.,.;OPOS=16268208,16268208;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:67,14:86:85,0:85:0:38,0:47,0:0:0:12:3:27,8:40,6:2:1 chr19 16275654 . C CT 3224.9 PASS AF=1;AO=30;DP=211;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710973;FXX=0.0360344;HRUN=0;LEN=1;MLLD=145.337;QD=60.2785;RBI=0.172584;REFB=-0.0748436;REVB=-0.157259;RO=181;SAF=17;SAR=13;SRF=82;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00176451;OID=.;OPOS=16275655;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:211:214:214:0:105:109:0:0:13:181:17:13:82:99 chr19 16275655 . C T 2236.58 PASS AF=0.76087;AO=175;DP=230;FAO=175;FDP=230;FR=.;FRO=55;FSAF=76;FSAR=99;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=0.0137069;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=182.567;QD=38.897;RBI=0.0189972;REFB=-0.0130189;REVB=0.0131534;RO=54;SAF=76;SAR=99;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119465;STB=0.565707;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0021513;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:54:55:175:175:0.76087:99:76:38:16:99:76:39:16 chr19 16275656 . C T 73.07 PASS AF=0.0956522;AO=22;DP=230;FAO=22;FDP=230;FR=.;FRO=208;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=97;FSRR=111;FWDB=-0.00539786;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=86.28;QD=1.27072;RBI=0.0131764;REFB=-0.00786106;REVB=0.01202;RO=208;SAF=19;SAR=3;SRF=97;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477106;STB=0.861245;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0104913;OID=.;OPOS=16275656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:230:230:208:208:22:22:0.0956522:3:19:97:111:3:19:97:111 chr19 16301312 . A G 376.75 PASS AF=0.542857;AO=36;DP=69;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0329163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.483;QD=21.5286;RBI=0.0617118;REFB=-0.0184486;REVB=0.0522003;RO=32;SAF=24;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391836;STB=0.530596;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.013241;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:32:32:36:38:0.542857:12:24:20:12:12:26:20:12 chr19 16339715 . C T 1086.48 PASS AF=0.446565;AO=115;DP=261;FAO=117;FDP=262;FR=.;FRO=145;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=69;FSRR=76;FWDB=0.0536489;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6973;QD=16.5875;RBI=0.0539063;REFB=0.00782563;REVB=0.00526117;RO=145;SAF=58;SAR=57;SRF=70;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216938;STB=0.520443;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00740717;OID=.;OPOS=16339715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:262:145:145:115:117:0.446565:57:58:70:75:57:60:69:76 chr19 16591464 . G A 392.17 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=47;FWDB=-0.0409736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.453;QD=14.6607;RBI=0.0409824;REFB=-0.0100668;REVB=0.000850324;RO=60;SAF=13;SAR=32;SRF=14;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713591;STB=0.534047;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0156867;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:62:45:45:0.420561:32:13:14:46:32:13:15:47 chr19 16601194 . C T 704.05 PASS AF=0.48951;AO=69;DP=142;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.000982459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7893;QD=19.6937;RBI=0.0160453;REFB=-0.013092;REVB=0.0160152;RO=73;SAF=22;SAR=47;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946313;STB=0.546139;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0148014;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:73:73:69:70:0.48951:47:22:30:43:47:23:30:43 chr19 16611978 . T C 609.69 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00199187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.642;QD=18.0649;RBI=0.0145792;REFB=0.00692755;REVB=-0.0144425;RO=72;SAF=36;SAR=27;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16127;STB=0.589445;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00753244;OID=.;OPOS=16611978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:72:63:63:0.466667:27:36:29:43:27:36:29:43 chr19 16612011 . T C 389.84 PASS AF=0.4;AO=41;DP=113;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.00646081;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.102;QD=12.9946;RBI=0.0489535;REFB=-0.00877737;REVB=0.0485253;RO=64;SAF=27;SAR=14;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240409;STB=0.570657;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0110693;OID=.;OPOS=16612011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:120:64:72:41:48:0.4:14:27:28:36:21:27:32:40 chr19 16628850 . G A 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00102686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.037;QD=20.156;RBI=0.00675684;REFB=0.00370669;REVB=-0.00667835;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114493;STB=0.563713;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00945497;OID=.;OPOS=16628850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:15:13:15:10:15:13:15:10 chr19 16685732 . GTTTTT GTTTTG,GT,GTT 339.61 PASS AF=0.242424,0.666667,0.0909091;AO=2,11,7;DP=44;FAO=8,22,3;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,3;FSAR=8,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531838,0.0317377,0.0422101;FXX=0.312435;HRUN=16,16,16;LEN=1,4,3;MLLD=189.275,12.3057,10.0124;QD=41.165;RBI=0.0336325,0.0636083,0.0844755;REFB=0,0,0;REVB=-0.0332093,-0.0551247,-0.0731738;RO=0;SAF=0,11,7;SAR=2,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.00701596,0.0397958,-0.0350892;OID=.,.,.;OPOS=16685737,16685733,16685733;OREF=T,TTTT,TTT;OALT=G,-,-;OMAPALT=GTTTTG,GT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.242424,0.666667,0.0909091:2,11,7:44:8,22,3:33:0:0,22,3:8,0,0:0:0:53:0:0,11,7:2,0,0:0:0 chr19 16790859 . C T 1161.26 PASS AF=0.491597;AO=116;DP=237;FAO=117;FDP=238;FR=.;FRO=121;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=54;FSRR=67;FWDB=0.000958279;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.271;QD=19.5171;RBI=0.040075;REFB=0.0145122;REVB=0.0400636;RO=119;SAF=66;SAR=50;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114058;STB=0.559955;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00919961;OID=.;OPOS=16790859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:238:119:121:116:117:0.491597:50:66:53:66:51:66:54:67 chr19 16842052 . G T 412.08 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0163741;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.872;QD=20.6039;RBI=0.0236615;REFB=-0.0010241;REVB=-0.0170808;RO=38;SAF=25;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514437;STB=0.523134;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00152463;OID=.;OPOS=16842052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:39:41:41:0.5125:16:25:21:17:16:25:22:17 chr19 16860105 . G A 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.235;QD=60.2549;RBI=0.0163994;REFB=0;REVB=-0.0044746;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95023e-06;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:52:57:0:0:52:57:0:0 chr19 16899838 . A T 3237.95 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.615;QD=61.9703;RBI=0.0550421;REFB=0;REVB=-0.0334226;RO=0;SAF=104;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89111e-06;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:209:209:1:105:104:0:0:105:104:0:0 chr19 16976286 . A G 3078.53 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8931;QD=61.2643;RBI=0.0195911;REFB=0;REVB=0.000718556;RO=1;SAF=94;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451459;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555199;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:200:201:1:0:199:201:1:105:94:0:1:106:95:0:0 chr19 17014658 . C T 566.45 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.012435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.203;QD=20.0515;RBI=0.0180135;REFB=-0.00882226;REVB=-0.0130329;RO=55;SAF=27;SAR=31;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911473;STB=0.550153;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00914561;OID=.;OPOS=17014658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:55:58:58:0.513274:31:27:20:35:31:27:20:35 chr19 17025292 . G A 359.43 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0144639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.854;QD=19.968;RBI=0.0162371;REFB=0.00984214;REVB=0.00737833;RO=34;SAF=19;SAR=18;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113108;STB=0.555027;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00953848;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:18:19:13:21:18:19:14:21 chr19 17081790 . G A 2907.22 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225239;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.232;QD=63.2004;RBI=0.0293892;REFB=0;REVB=0.0188786;RO=0;SAF=98;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54166e-05;OID=.;OPOS=17081790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:184:0:0:184:184:1:86:98:0:0:86:98:0:0 chr19 17088299 . T C 496.45 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0299813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.575;QD=20.9031;RBI=0.0326348;REFB=-0.0281403;REVB=-0.0128901;RO=47;SAF=22;SAR=26;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122387;STB=0.567658;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0261131;OID=.;OPOS=17088299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:26:22:28:19:26:22:28:19 chr19 17088319 . G T 429.46 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00874111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.67;QD=20.2099;RBI=0.0291952;REFB=-0.0148474;REVB=0.027856;RO=39;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850472;STB=0.564003;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0476042;OID=.;OPOS=17088319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:42:43:43:0.505882:23:20:22:17:23:20:25:17 chr19 17091368 . T G 1227.5 PASS AF=0.548837;AO=117;DP=214;FAO=118;FDP=215;FR=.;FRO=97;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=-0.00171989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.681;QD=22.8372;RBI=0.0176384;REFB=-0.0252043;REVB=-0.0175543;RO=96;SAF=51;SAR=66;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025029;STB=0.512991;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0228411;OID=.;OPOS=17091368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:96:97:117:118:0.548837:66:51:39:57:66:52:40:57 chr19 17100552 . A G 479.87 PASS AF=0.348837;AO=58;DP=167;FAO=60;FDP=172;FR=.;FRO=112;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=71;FWDB=-0.00693973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.147;QD=11.1597;RBI=0.00727579;REFB=-0.0102153;REVB=0.00218571;RO=96;SAF=29;SAR=29;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801909;STB=0.587181;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0170859;OID=.;OPOS=17100552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:172:96:112:58:60:0.348837:29:29:41:55:30:30:41:71 chr19 17108135 . C T 357.16 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0017509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.215;QD=13.606;RBI=0.00483474;REFB=-0.0117969;REVB=-0.00450655;RO=61;SAF=15;SAR=27;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943027;STB=0.55521;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0177497;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:63:42:42:0.4:27:15:27:34:27:15:28:35 chr19 17111297 . A G 782.4 PASS AF=0.487952;AO=79;DP=164;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.0448577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8475;QD=18.8531;RBI=0.0459634;REFB=0.00689115;REVB=-0.0100211;RO=84;SAF=38;SAR=41;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379665;STB=0.52396;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00907435;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:84:85:79:81:0.487952:41:38:37:47:41:40:38:47 chr19 17273893 . G T 1513.37 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828742;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.309;QD=63.0572;RBI=0.0124037;REFB=0;REVB=0.00922883;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581398;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:93:96:1:45:48:0:0:45:51:0:0 chr19 17303774 . T G 5513.72 PASS AF=1;AO=345;DP=347;FAO=346;FDP=346;FR=.;FRO=0;FSAF=172;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224837;FXX=0.00574696;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.663;QD=63.7424;RBI=0.0244587;REFB=-0.0522741;REVB=0.00962873;RO=1;SAF=171;SAR=174;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0207e-07;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:347:346:1:0:345:346:1:174:171:0:1:174:172:0:0 chr19 17305440 . T C 2755.86 PASS AF=0.994444;AO=178;DP=180;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0606537;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2715;QD=61.2412;RBI=0.0772473;REFB=-0.16309;REVB=0.0478359;RO=1;SAF=90;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537913;STB=0.502793;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00109276;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:180:180:1:1:178:179:0.994444:88:90:0:1:89:90:0:1 chr19 17306031 . T C 1443.33 PASS AF=1;AO=80;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209583;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.044;QD=62.7535;RBI=0.0386906;REFB=0;REVB=0.0325224;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589417;OID=.;OPOS=17306031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:80:92:1:42:38:0:0:47:45:0:0 chr19 17312992 . C T 1480.15 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0716822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.262;QD=58.6196;RBI=0.0757891;REFB=0.0466204;REVB=0.02461;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.505617;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00114668;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:0:1:100:100:0.990099:56:44:0:0:56:44:1:0 chr19 17316782 . T C 2696.35 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.338;QD=62.3434;RBI=0.0396003;REFB=0;REVB=0.0392506;RO=0;SAF=99;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04034e-05;OID=.;OPOS=17316782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:74:99:0:0:74:99:0:0 chr19 17317955 . A G 4599.39 PASS AF=1;AO=288;DP=292;FAO=292;FDP=292;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10888;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4993;QD=63.0054;RBI=0.109912;REFB=0.00115471;REVB=-0.0150236;RO=4;SAF=152;SAR=136;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00582428;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001821;OID=.;OPOS=17317955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:292:292:4:0:288:292:1:136:152:3:1:136:156:0:0 chr19 17330060 . T C 3021.13 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037652;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3466;QD=63.6026;RBI=0.0465553;REFB=0;REVB=-0.027381;RO=0;SAF=96;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27935e-05;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:190:0:0:190:190:1:94:96:0:0:94:96:0:0 chr19 17337555 . C A 195.98 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00740381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.415;QD=17.42;RBI=0.0232924;REFB=-0.0116906;REVB=0.0220844;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721186;STB=0.540944;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0117083;OID=.;OPOS=17337555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:14:6:6:19:14:6:6:19 chr19 17337871 . A G 422.8 PASS AF=0.418803;AO=46;DP=112;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=64;FWDB=0.003179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3186;QD=14.4548;RBI=0.0217932;REFB=0.0158403;REVB=0.0215601;RO=63;SAF=2;SAR=44;SRF=4;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10833;STB=0.506132;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00390568;OID=.;OPOS=17337871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:117:63:68:46:49:0.418803:44:2:4:59:46:3:4:64 chr19 17337882 . C G 437.17 PASS AF=0.42735;AO=49;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=63;FWDB=0.0418581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.922;QD=14.9459;RBI=0.0418632;REFB=-0.00621383;REVB=0.00065327;RO=65;SAF=4;SAR=45;SRF=4;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732941;STB=0.542273;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00754075;OID=.;OPOS=17337882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:67:49:50:0.42735:45:4:4:61:46:4:4:63 chr19 17338099 . G C 408.13 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0383381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.112;QD=20.4065;RBI=0.0383753;REFB=-0.0261628;REVB=-0.00168911;RO=39;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684327;STB=0.537879;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0164666;OID=.;OPOS=17338099;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:20:21:23:16:20:21:23:16 chr19 17339112 . G A 506.2 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-2.38926e-05;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.816;QD=17.6068;RBI=0.0071583;REFB=-0.00922838;REVB=0.00715826;RO=61;SAF=34;SAR=20;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165918;STB=0.592339;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0126292;OID=.;OPOS=17339112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:61:54:54:0.469565:20:34:28:33:20:34:28:33 chr19 17351535 . G A 466.98 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.00387945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8032;QD=15.4372;RBI=0.00698498;REFB=-0.00688197;REVB=0.0058086;RO=68;SAF=20;SAR=32;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594235;STB=0.538244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0132394;OID=.;OPOS=17351535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:69:52:52:0.429752:32:20:30:38:32:20:31:38 chr19 17366278 . T C 1594.69 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=109;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00256124;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.632;QD=59.0625;RBI=0.00716114;REFB=0.0333515;REVB=0.00668745;RO=1;SAF=55;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855122;STB=0.504504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000452455;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:108:1:1:106:107:0.990741:51:55:1:0:52:55:1:0 chr19 17392894 . G A 1213.34 PASS AF=0.484496;AO=125;DP=258;FAO=125;FDP=258;FR=.;FRO=133;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=69;FSRR=64;FWDB=0.0149617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.547;QD=18.8114;RBI=0.103583;REFB=-0.013682;REVB=0.102497;RO=133;SAF=61;SAR=64;SRF=69;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288506;STB=0.51587;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0117444;OID=.;OPOS=17392894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:133:133:125:125:0.484496:64:61:69:64:64:61:69:64 chr19 17393015 . C T 393.6 PASS AF=0.422018;AO=42;DP=102;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0262516;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.987;QD=14.4439;RBI=0.0274385;REFB=-0.00749318;REVB=-0.00798262;RO=60;SAF=13;SAR=29;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141018;STB=0.554654;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0112712;OID=.;OPOS=17393015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:109:60:63:42:46:0.422018:29:13:26:34:29:17:29:34 chr19 17393504 . G C 192.43 PASS AF=0.347222;AO=22;DP=70;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0313272;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.499;QD=10.6905;RBI=0.037341;REFB=-0.0144974;REVB=0.0203214;RO=47;SAF=17;SAR=5;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241939;STB=0.56039;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0345412;OID=.;OPOS=17393504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:47:47:22:25:0.347222:5:17:28:19:8:17:28:19 chr19 17393530 . T A 472.45 PASS AF=0.424;AO=51;DP=122;FAO=53;FDP=125;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0365988;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3261;QD=15.1183;RBI=0.0837784;REFB=-0.0331738;REVB=0.0753614;RO=69;SAF=21;SAR=30;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841078;STB=0.560862;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0396686;OID=.;OPOS=17393530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:69:72:51:53:0.424:30:21:34:35:32:21:36:36 chr19 17394124 . T G 2070.4 PASS AF=0.443089;AO=219;DP=492;FAO=218;FDP=492;FR=.;FRO=274;FSAF=106;FSAR=112;FSRF=116;FSRR=158;FWDB=-0.0693443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8343;QD=16.8326;RBI=0.0744708;REFB=0.00973507;REVB=-0.0271528;RO=258;SAF=107;SAR=112;SRF=115;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421111;STB=0.53511;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0128641;OID=.;OPOS=17394124;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:492:492:258:274:219:218:0.443089:112:107:115:143:112:106:116:158 chr19 17394504 . A C 381.6 PASS AF=0.44086;AO=40;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0393449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8473;QD=16.4128;RBI=0.0427776;REFB=-0.00823936;REVB=-0.0167899;RO=48;SAF=23;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534463;STB=0.537582;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00519897;OID=.;OPOS=17394504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:52:40:41:0.44086:17:23:25:23:17:24:27:25 chr19 17395003 . A G 769.71 PASS AF=0.423469;AO=81;DP=194;FAO=83;FDP=196;FR=.;FRO=113;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=53;FWDB=0.0164592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.843;QD=15.7083;RBI=0.0168315;REFB=-0.00449234;REVB=-0.00352025;RO=113;SAF=34;SAR=47;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116318;STB=0.563295;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00566866;OID=.;OPOS=17395003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:113:113:81:83:0.423469:47:34:60:53:48:35:60:53 chr19 17395055 . C G 760.41 PASS AF=0.414141;AO=82;DP=199;FAO=82;FDP=198;FR=.;FRO=116;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=63;FSRR=53;FWDB=0.00859428;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.235;QD=15.3619;RBI=0.0169129;REFB=-0.0235828;REVB=0.0145666;RO=116;SAF=29;SAR=53;SRF=63;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202081;STB=0.613305;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0365807;OID=.;OPOS=17395055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:116:116:82:82:0.414141:53:29:63:53:53:29:63:53 chr19 17396549 . T C 1012.24 PASS AF=0.497487;AO=99;DP=199;FAO=99;FDP=199;FR=.;FRO=100;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=63;FWDB=0.0114321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8589;QD=20.3466;RBI=0.0126098;REFB=-0.0223542;REVB=0.00532111;RO=100;SAF=48;SAR=51;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105594;STB=0.557957;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0278471;OID=.;OPOS=17396549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:100:100:99:99:0.497487:51:48:37:63:51:48:37:63 chr19 17397481 . G T 38.95 PASS AF=0.21875;AO=3;DP=28;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0812153;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.1815;QD=4.86876;RBI=0.0884187;REFB=-0.0347816;REVB=0.0349563;RO=24;SAF=1;SAR=2;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521402;STB=0.588546;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.215311;OID=.;OPOS=17397481;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:28:32:24:25:3:7:0.21875:2:1:7:17:4:3:8:17 chr19 17397499 . GTT GTG,GT 70.08 PASS AF=0.5,0.333333;AO=5,4;DP=12;FAO=6,4;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=1,1;FSAR=5,3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0195444,-0.00668867;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=45.8396,13.3598;QD=23.3598;RBI=0.0750006,0.100149;REFB=-0.0814277,-0.1141;REVB=0.0724092,0.0999255;RO=2;SAF=1,1;SAR=4,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.171367,0.210252;STB=0.583085,0.624469;STBP=0.681,0.685;TYPE=snp,del;VARB=0.0206685,0.151203;OID=.,.;OPOS=17397501,17397500;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.333333:5,4:12:6,4:12:2:1,1:5,3:0:2:24:2:1,1:4,3:0:2 chr19 17412366 . G A 253.32 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0529149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.321;QD=12.8263;RBI=0.0529192;REFB=-0.00903119;REVB=-0.00067713;RO=49;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170315;STB=0.597425;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0121289;OID=.;OPOS=17412366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:13:17:20:29:13:17:20:29 chr19 17412399 . G A 119.59 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0738607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.375;QD=14.4956;RBI=0.0739209;REFB=-0.00932406;REVB=0.0029823;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28075;STB=0.675417;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0200452;OID=.;OPOS=17412399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:4:9:8:11:4:10:8:11 chr19 17435884 . T C 227.53 PASS AF=0.435484;AO=23;DP=58;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.00815872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.68;QD=14.6794;RBI=0.011441;REFB=-0.0109024;REVB=0.00802073;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317182;STB=0.664223;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00931456;OID=.;OPOS=17435884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:35:35:23:27:0.435484:13:10:26:9:15:12:26:9 chr19 17435887 . C T 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.00950274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.701;QD=14.2308;RBI=0.0195401;REFB=-0.00791688;REVB=-0.0170737;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257484;STB=0.645059;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00534685;OID=.;OPOS=17435887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:13:13:27:9:13:13:27:9 chr19 17438642 . A G 877.93 PASS AF=0.430493;AO=95;DP=222;FAO=96;FDP=223;FR=.;FRO=127;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=-0.000139832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0319;QD=15.7477;RBI=0.0283808;REFB=-0.0160197;REVB=0.0283804;RO=127;SAF=43;SAR=52;SRF=65;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608789;STB=0.5365;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0211701;OID=.;OPOS=17438642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:127:127:95:96:0.430493:52:43:65:62:53:43:65:62 chr19 17448961 . A C 1184.54 PASS AF=0.439024;AO=126;DP=288;FAO=126;FDP=287;FR=.;FRO=161;FSAF=51;FSAR=75;FSRF=94;FSRR=67;FWDB=-0.0185077;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.085;QD=16.5092;RBI=0.0198164;REFB=-0.0310749;REVB=-0.00708193;RO=159;SAF=51;SAR=75;SRF=92;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174761;STB=0.600249;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.034863;OID=.;OPOS=17448961;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:287:159:161:126:126:0.439024:75:51:92:67:75:51:94:67 chr19 17450016 . T C 295.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0369999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4765;QD=20.3968;RBI=0.0567107;REFB=-0.0065491;REVB=-0.042978;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562489;STB=0.53123;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0044813;OID=.;OPOS=17450016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:14:17:13:14:14:17:13:14 chr19 17544244 . C T 841.25 PASS AF=0.387352;AO=97;DP=253;FAO=98;FDP=253;FR=.;FRO=155;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=75;FSRR=80;FWDB=0.0278027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.871;QD=13.3004;RBI=0.0400039;REFB=-0.00490541;REVB=0.0287632;RO=155;SAF=47;SAR=50;SRF=75;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000727029;STB=0.502625;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00696322;OID=.;OPOS=17544244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:155:155:97:98:0.387352:50:47:75:80:51:47:75:80 chr19 17547292 . A G 3139.2 PASS AF=1;AO=197;DP=199;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127774;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.563;QD=63.74;RBI=0.0257153;REFB=-0.0492437;REVB=-0.0223162;RO=1;SAF=91;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447202;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53742e-05;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:197:1:0:197:197:1:106:91:0:1:106:91:0:0 chr19 17556054 . A G 368.14 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0155955;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2265;QD=13.892;RBI=0.0228728;REFB=-0.0334985;REVB=-0.0167316;RO=58;SAF=24;SAR=19;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14657;STB=0.567394;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0279986;OID=.;OPOS=17556054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:63:43:43:0.40566:19:24:24:34:19:24:28:35 chr19 17611490 . T G 453.51 PASS AF=0.361842;AO=55;DP=152;FAO=55;FDP=152;FR=.;FRO=97;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.0291363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.226;QD=11.9345;RBI=0.0291415;REFB=-0.00779469;REVB=0.000552175;RO=97;SAF=27;SAR=28;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620606;STB=0.53536;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0118843;OID=.;OPOS=17611490;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:97:97:55:55:0.361842:28:27:53:44:28:27:53:44 chr19 17616171 . G A 1755.61 PASS AF=0.556314;AO=159;DP=281;FAO=163;FDP=293;FR=.;FRO=130;FSAF=67;FSAR=96;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=0.0516709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6123;QD=23.9673;RBI=0.062479;REFB=-0.0229307;REVB=0.0351246;RO=116;SAF=64;SAR=95;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435747;STB=0.547003;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0219014;OID=.;OPOS=17616171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:293:116:130:159:163:0.556314:95:64:53:63:96:67:67:63 chr19 17622614 . C T 166.05 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00592768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3219;QD=22.1405;RBI=0.00592822;REFB=0.00655204;REVB=-8.00618e-05;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144048;STB=0.581398;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00289473;OID=.;OPOS=17622614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:5:12:7:6:5:12:7:6 chr19 17628587 . A G 556.73 PASS AF=0.407643;AO=64;DP=158;FAO=64;FDP=157;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.00567046;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1782;QD=14.1841;RBI=0.00570401;REFB=0.00142963;REVB=-0.000617794;RO=93;SAF=32;SAR=32;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964365;STB=0.554123;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00234001;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:93:93:64:64:0.407643:32:32:38:55:32:32:38:55 chr19 17648350 . T C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.000279823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.941;QD=15.5771;RBI=0.0288169;REFB=-0.00660239;REVB=-0.0288155;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202595;STB=0.615286;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0120143;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:8:16:14:16:8:16:14:16 chr19 17664325 . G A 955.55 PASS AF=0.485294;AO=98;DP=204;FAO=99;FDP=204;FR=.;FRO=105;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=0.0246611;FXX=0.0144921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.472;QD=18.7363;RBI=0.0261382;REFB=-0.015004;REVB=0.0086623;RO=102;SAF=46;SAR=52;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00800436;STB=0.503883;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0169803;OID=.;OPOS=17664325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:102:105:98:99:0.485294:52:46:47:55:53:46:48:57 chr19 17712711 . C T 349.33 PASS AF=0.388889;AO=40;DP=112;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.00258854;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.023;QD=12.9381;RBI=0.0328806;REFB=-0.00819929;REVB=-0.0327785;RO=55;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027993;STB=0.541241;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0107255;OID=.;OPOS=17712711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:108:55:66:40:42:0.388889:20:20:26:29:22:20:27:39 chr19 17741047 . A G 614.87 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=47;FWDB=-0.0301347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.78;QD=18.7745;RBI=0.0310647;REFB=0.00793006;REVB=-0.0075442;RO=68;SAF=29;SAR=34;SRF=21;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145269;STB=0.580119;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00988794;OID=.;OPOS=17741047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:68:63:63:0.480916:34:29:21:47:34:29:21:47 chr19 17746946 . GA G,GG 2785.76 PASS AF=0.0111732,0.988827;AO=42,126;DP=178;FAO=2,177;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=0,60;FSAR=2,117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316573,0.0419987;FXX=0.0164826;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=274.993,288.268;QD=62.2515;RBI=0.0363065,0.04448;REFB=0,0;REVB=0.0177757,0.0146484;RO=0;SAF=31,18;SAR=11,108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.72514e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0513674,0.00149714;OID=.,.;OPOS=17746947,17746947;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0111732,0.988827:42,126:178:2,177:179:0:0,60:2,117:0:0:3:0:31,18:11,108:0:0 chr19 17777508 . C G 425.4 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.014245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1129;QD=18.9068;RBI=0.029907;REFB=0.0109507;REVB=-0.0262966;RO=47;SAF=23;SAR=20;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172751;STB=0.509616;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0113186;OID=.;OPOS=17777508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:20:23:26:21:20:23:26:21 chr19 17837425 . C G 360.57 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.034395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.392;QD=15.0236;RBI=0.0350418;REFB=-0.0434806;REVB=-0.00670169;RO=56;SAF=18;SAR=21;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130071;STB=0.577449;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0581242;OID=.;OPOS=17837425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:57:39:39:0.40625:21:18:19:37:21:18:19:38 chr19 17837981 . A G 1217.23 PASS AF=0.515152;AO=117;DP=229;FAO=119;FDP=231;FR=.;FRO=112;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=45;FSRR=67;FWDB=0.0161071;FXX=0.00858332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.043;QD=21.0777;RBI=0.0232464;REFB=-0.00386971;REVB=-0.0167618;RO=112;SAF=48;SAR=69;SRF=45;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782495;STB=0.505002;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00366282;OID=.;OPOS=17837981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:231:112:112:117:119:0.515152:69:48:45:67:70:49:45:67 chr19 17885270 . A G 473.08 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0289034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.509;QD=18.372;RBI=0.0292176;REFB=-0.021854;REVB=0.0042736;RO=53;SAF=24;SAR=26;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273022;STB=0.515145;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0243898;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:26:24:27:26:26:24:27:26 chr19 17885880 . C T 763.16 PASS AF=0.5;AO=74;DP=149;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0228414;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.287;QD=20.6259;RBI=0.0276722;REFB=-0.019068;REVB=-0.0156213;RO=73;SAF=38;SAR=36;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00634974;STB=0.506762;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.022837;OID=.;OPOS=17885880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:73:74:74:74:0.5:36:38:38:35:36:38:39:35 chr19 17886940 . G A 516.63 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0163063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.968;QD=17.815;RBI=0.0164141;REFB=-0.0182452;REVB=-0.00187794;RO=60;SAF=24;SAR=31;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00289733;STB=0.505422;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0255958;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:60:61:55:55:0.474138:31:24:26:34:31:24:26:35 chr19 17887024 . T C 2302.74 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00091861;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.942;QD=60.2024;RBI=0.0117139;REFB=-0.041306;REVB=0.0116778;RO=1;SAF=60;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519878;STB=0.502732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=7.34745e-05;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:151:152:0.993464:91:60:0:1:91:61:0:1 chr19 17889556 . G C 420.2 PASS AF=0.327381;AO=56;DP=169;FAO=55;FDP=168;FR=.;FRO=113;FSAF=2;FSAR=53;FSRF=37;FSRR=76;FWDB=-0.0644168;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3282;QD=10.0049;RBI=0.0667177;REFB=-0.00986881;REVB=0.01737;RO=98;SAF=3;SAR=53;SRF=32;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56854;STB=0.888832;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0112902;OID=.;OPOS=17889556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:98:113:56:55:0.327381:53:3:32:66:53:2:37:76 chr19 17892591 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.203;QD=62.3506;RBI=0.0521295;REFB=0;REVB=0.0280696;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372485;OID=.;OPOS=17892591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr19 17919024 . A T 545.49 PASS AF=0.5;AO=56;DP=113;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00436714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.382;QD=19.1401;RBI=0.012695;REFB=-0.00482681;REVB=0.0119202;RO=57;SAF=27;SAR=29;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402727;STB=0.517532;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00474331;OID=.;OPOS=17919024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:57:57:56:57:0.5:29:27:30:27:29:28:30:27 chr19 17922795 . G A 519.59 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0129256;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1395;QD=19.424;RBI=0.0241633;REFB=-0.01114;REVB=-0.0204156;RO=51;SAF=37;SAR=17;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574161;STB=0.545155;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0096304;OID=.;OPOS=17922795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:51:53:54:54:0.504673:17:37:32:19:17:37:32:21 chr19 17932138 . T C 544.84 PASS AF=0.42446;AO=58;DP=138;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0171263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6785;QD=15.6789;RBI=0.0172102;REFB=-0.00748304;REVB=0.00169701;RO=78;SAF=38;SAR=20;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857835;STB=0.542279;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00996577;OID=.;OPOS=17932138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:78:80:58:59:0.42446:20:38:45:33:21:38:46:34 chr19 17932289 . C T 354.52 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0391185;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.296;QD=17.0851;RBI=0.0400697;REFB=-0.0509611;REVB=0.00867893;RO=43;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234765;STB=0.640253;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.076752;OID=.;OPOS=17932289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:43:45:38:38:0.457831:17:21:13:30:17:21:13:32 chr19 18123738 . T C 602.41 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0138993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=363.073;QD=18.6795;RBI=0.0139444;REFB=0.000429689;REVB=-0.00112036;RO=66;SAF=30;SAR=32;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273794;STB=0.518791;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.000450049;OID=.;OPOS=18123738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:67:62:62:0.48062:32:30:30:36:32:30:30:37 chr19 18180413 . C G 1591.22 PASS AF=0.533333;AO=152;DP=287;FAO=152;FDP=285;FR=.;FRO=133;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=65;FSRR=68;FWDB=0.0281708;FXX=0.0069684;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.3846;QD=22.333;RBI=0.0304156;REFB=0.00699905;REVB=0.0114679;RO=133;SAF=72;SAR=80;SRF=64;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00644972;STB=0.507031;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00628845;OID=.;OPOS=18180413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:285:133:133:152:152:0.533333:80:72:64:69:80:72:65:68 chr19 18180451 . A G 1359.57 PASS AF=0.489286;AO=137;DP=280;FAO=137;FDP=280;FR=.;FRO=143;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=69;FSRR=74;FWDB=0.0385141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5057;QD=19.4224;RBI=0.0561542;REFB=-0.01731;REVB=-0.0408651;RO=142;SAF=63;SAR=74;SRF=68;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177078;STB=0.511626;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0203189;OID=.;OPOS=18180451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:142:143:137:137:0.489286:74:63:68:74:74:63:69:74 chr19 18186575 . G A 383.13 PASS AF=0.328859;AO=46;DP=163;FAO=49;FDP=149;FR=.;FRO=100;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=0.00424332;FXX=0.0858843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.661;QD=10.2852;RBI=0.0216136;REFB=-0.00750496;REVB=0.0211929;RO=91;SAF=19;SAR=27;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312839;STB=0.521926;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0186982;OID=.;OPOS=18186575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:149:91:100:46:49:0.328859:27:19:40:51:29:20:44:56 chr19 18186618 . T C 416.31 PASS AF=0.337838;AO=49;DP=148;FAO=50;FDP=148;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=-0.00840833;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7517;QD=11.2516;RBI=0.0116821;REFB=-0.0177893;REVB=-0.00810994;RO=97;SAF=24;SAR=25;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776816;STB=0.547279;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0214297;OID=.;OPOS=18186618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:97:98:49:50:0.337838:25:24:41:56:25:25:42:56 chr19 18191664 . C G 972.8 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000678625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.975;QD=58.9579;RBI=0.00669373;REFB=0;REVB=-0.00665924;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2574e-05;OID=.;OPOS=18191664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr19 18266699 . C T 3783.49 PASS AF=1;AO=238;DP=243;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520958;FXX=0.0164602;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.208;QD=63.3219;RBI=0.0591852;REFB=-0.0443459;REVB=0.0280876;RO=1;SAF=84;SAR=154;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20638e-05;OID=.;OPOS=18266699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:243:239:1:0:238:239:1:154:84:1:0:155:84:0:0 chr19 18279638 . T C 4858.9 PASS AF=1;AO=309;DP=311;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336904;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.523;QD=62.4939;RBI=0.0345412;REFB=0;REVB=-0.00761927;RO=0;SAF=133;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.26201e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.38335e-05;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:311:311:0:0:309:311:1:176:133:0:0:176:135:0:0 chr19 18343950 . G A 2432.92 PASS AF=0.472486;AO=248;DP=528;FAO=249;FDP=527;FR=.;FRO=278;FSAF=119;FSAR=130;FSRF=118;FSRR=160;FWDB=0.0188448;FXX=0.00566027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9841;QD=18.4662;RBI=0.0285349;REFB=-0.0280388;REVB=-0.0214269;RO=276;SAF=118;SAR=130;SRF=117;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500003;STB=0.52832;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0291728;OID=.;OPOS=18343950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:528:527:276:278:248:249:0.472486:130:118:117:159:130:119:118:160 chr19 18359037 . G A 1884.41 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0207009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.927;QD=59.8225;RBI=0.0283847;REFB=-0.0722925;REVB=0.0194206;RO=1;SAF=47;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613092;STB=0.506409;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000102427;OID=.;OPOS=18359037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:126:1:2:124:124:0.984127:77:47:0:1:77:47:0:2 chr19 18368810 . G T 2059.96 PASS AF=0.501217;AO=206;DP=409;FAO=206;FDP=411;FR=.;FRO=205;FSAF=104;FSAR=102;FSRF=90;FSRR=115;FWDB=-0.00140169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.24;QD=20.0483;RBI=0.0153079;REFB=-0.0119624;REVB=0.0152436;RO=199;SAF=104;SAR=102;SRF=89;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517757;STB=0.532814;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0122518;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:411:199:205:206:206:0.501217:102:104:89:110:102:104:90:115 chr19 18368969 . G A 2505.76 PASS AF=0.47048;AO=255;DP=542;FAO=255;FDP=542;FR=.;FRO=287;FSAF=129;FSAR=126;FSRF=151;FSRR=136;FWDB=0.0102386;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.479;QD=18.4927;RBI=0.0105083;REFB=-0.00750156;REVB=-0.00236545;RO=283;SAF=129;SAR=126;SRF=149;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197452;STB=0.510726;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00845163;OID=.;OPOS=18368969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:542:542:283:287:255:255:0.47048:126:129:149:134:126:129:151:136 chr19 18368988 . G A 2275.58 PASS AF=0.468254;AO=234;DP=499;FAO=236;FDP=504;FR=.;FRO=268;FSAF=117;FSAR=119;FSRF=137;FSRR=131;FWDB=0.00253688;FXX=0.00395249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.428;QD=18.0602;RBI=0.00393574;REFB=-0.0240084;REVB=0.00300904;RO=262;SAF=116;SAR=118;SRF=135;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187678;STB=0.508204;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0291281;OID=.;OPOS=18368988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:499:504:262:268:234:236:0.468254:118:116:135:127:119:117:137:131 chr19 18369120 . G A 711.71 PASS AF=0.4375;AO=77;DP=177;FAO=77;FDP=176;FR=.;FRO=99;FSAF=20;FSAR=57;FSRF=38;FSRR=61;FWDB=0.00197747;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.767;QD=16.1751;RBI=0.0125143;REFB=0.00172529;REVB=-0.0123571;RO=98;SAF=20;SAR=57;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152695;STB=0.583457;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00204993;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:98:99:77:77:0.4375:57:20:38:60:57:20:38:61 chr19 18369211 . T G 727.45 PASS AF=0.5;AO=71;DP=143;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=57;FSRF=22;FSRR=51;FWDB=0.0176082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5012;QD=19.9301;RBI=0.0319349;REFB=-0.00291409;REVB=0.0266418;RO=72;SAF=16;SAR=55;SRF=22;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981267;STB=0.556224;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00676438;OID=.;OPOS=18369211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:146:72:73:71:73:0.5:55:16:22:50:57:16:22:51 chr19 18369270 . C T 401.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.00923809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.159;QD=18.8955;RBI=0.00935183;REFB=-0.00167602;REVB=0.00145412;RO=42;SAF=9;SAR=32;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110623;STB=0.553867;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00198493;OID=.;OPOS=18369270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:44:41:41:0.482353:32:9:13:29:32:9:13:31 chr19 18369581 . G T 384.15 PASS AF=0.481928;AO=37;DP=77;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0295417;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.4048;QD=18.5134;RBI=0.0763292;REFB=-0.00754327;REVB=0.0703806;RO=40;SAF=18;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12792;STB=0.566854;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00571132;OID=.;OPOS=18369581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:83:40:43:37:40:0.481928:19:18:14:26:19:21:17:26 chr19 18369596 . GT AC 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0185445;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=147.69;QD=17.7624;RBI=0.0311122;REFB=-0.00833233;REVB=-0.0249814;RO=45;SAF=23;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139708;STB=0.578133;STBP=0.179;TYPE=mnp;VARB=0.0109248;OID=.;OPOS=18369596;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:16:23:20:25:16:23:20:25 chr19 18370063 . A AG 499.74 PASS AF=1;AO=46;DP=64;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.5663;QD=35.6953;RBI=0.101494;REFB=0;REVB=-0.0994621;RO=16;SAF=22;SAR=24;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00167296;OID=.;OPOS=18370064;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:64:56:56:0:25:31:0:0:11:16:22:24:5:11 chr19 18370160 . A AG,G 277.17 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=26,3;DP=47;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601473,-0.00439268;FXX=0.0232504;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=9.59218,262.11;QD=26.397;RBI=0.0696016,0.0158632;REFB=-0.0165264,0.0272193;REVB=0.0350241,-0.0152429;RO=14;SAF=21,2;SAR=5,1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.256983,0.184841;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00170954,0.00151924;OID=.,.;OPOS=18370161,18370160;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:42:14:0:26,3:40,2:0.952381,0.047619:5,1:21,2:7:7:13,0:27,2:0:0 chr19 18370571 . T C 212.83 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0112965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.645;QD=20.2699;RBI=0.0136598;REFB=-0.0110122;REVB=0.00767979;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217296;STB=0.622831;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0103458;OID=.;OPOS=18370571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:14:7:12:9:14:7:12:9 chr19 18371394 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=5;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00700255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.167;QD=17.2298;RBI=0.00928475;REFB=0.0151864;REVB=-0.00609679;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543107;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0170597;OID=.;OPOS=18371394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:4:6:5:8:0.571429:1:4:3:1:4:4:3:3 chr19 18375563 . G A 496.87 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.00421388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.242;QD=16.5623;RBI=0.0180678;REFB=-0.0162604;REVB=0.0175695;RO=66;SAF=29;SAR=25;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536698;STB=0.529914;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0210545;OID=.;OPOS=18375563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:66:54:54:0.45:25:29:39:27:25:29:39:27 chr19 18375608 . G A 1415.2 PASS AF=0.588235;AO=130;DP=221;FAO=130;FDP=221;FR=.;FRO=91;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.00103057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.189;QD=25.6144;RBI=0.0362737;REFB=0.00717336;REVB=0.036259;RO=90;SAF=69;SAR=61;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194437;STB=0.50318;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0052147;OID=.;OPOS=18375608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:90:91:130:130:0.588235:61:69:48:42:61:69:49:42 chr19 18375659 . C T 1498.57 PASS AF=0.416873;AO=166;DP=404;FAO=168;FDP=403;FR=.;FRO=235;FSAF=73;FSAR=95;FSRF=116;FSRR=119;FWDB=0.0362672;FXX=0.00247519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4666;QD=14.8741;RBI=0.0388389;REFB=0.00885072;REVB=-0.0138977;RO=232;SAF=71;SAR=95;SRF=117;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807725;STB=0.534737;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0147204;OID=.;OPOS=18375659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:403:232:235:166:168:0.416873:95:71:117:115:95:73:116:119 chr19 18375815 . G A 1219.42 PASS AF=0.494024;AO=123;DP=251;FAO=124;FDP=251;FR=.;FRO=127;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=-0.0146599;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.322;QD=19.433;RBI=0.0207714;REFB=-0.00784134;REVB=0.0147152;RO=126;SAF=65;SAR=58;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189384;STB=0.510262;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00511014;OID=.;OPOS=18375815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:126:127:123:124:0.494024:58:65:64:62:59:65:64:63 chr19 18375846 . G A 942.96 PASS AF=0.519553;AO=92;DP=179;FAO=93;FDP=179;FR=.;FRO=86;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=0.0241647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.894;QD=21.0716;RBI=0.0246801;REFB=-0.0200951;REVB=0.00501767;RO=85;SAF=52;SAR=40;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630919;STB=0.539532;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0202782;OID=.;OPOS=18375846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:85:86:92:93:0.519553:40:52:54:31:41:52:55:31 chr19 18375882 . G C 658.77 PASS AF=0.47651;AO=69;DP=149;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0433129;FXX=0.0132442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2344;QD=17.6851;RBI=0.0454532;REFB=-0.0170623;REVB=-0.0137838;RO=80;SAF=35;SAR=34;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656706;STB=0.522574;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0146493;OID=.;OPOS=18375882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:80:78:69:71:0.47651:34:35:46:34:34:37:44:34 chr19 18376407 . T A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.17;QD=59.3229;RBI=0.0455862;REFB=0;REVB=0.0449164;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77585e-05;OID=.;OPOS=18376407;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr19 18376517 . C T 465.64 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00419534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.116;QD=17.7388;RBI=0.00796124;REFB=-0.0112847;REVB=0.00676613;RO=55;SAF=22;SAR=28;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654596;STB=0.536384;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0114717;OID=.;OPOS=18376517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:28:22:28:27:28:22:28:27 chr19 18376522 . T G 1585.36 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.753;QD=59.266;RBI=0.0269459;REFB=0;REVB=0.0130397;RO=0;SAF=44;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39946e-05;OID=.;OPOS=18376522;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:107:0:0:96:107:1:52:44:0:0:59:48:0:0 chr19 18377274 . A G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2086;QD=59.8551;RBI=0.0591934;REFB=0;REVB=0.0580106;RO=0;SAF=68;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280787;OID=.;OPOS=18377274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:3:68:0:0:3:68:0:0 chr19 18377496 . C G 2722.49 PASS AF=0.99435;AO=174;DP=178;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207453;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9539;QD=61.5251;RBI=0.0272293;REFB=0.0234958;REVB=0.017637;RO=1;SAF=91;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520227;STB=0.502732;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00344195;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:178:177:1:1:174:176:0.99435:83:91:1:0:85:91:1:0 chr19 18377647 . G C 590.37 PASS AF=1;AO=25;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7949;QD=59.0369;RBI=0.111314;REFB=0;REVB=0.111122;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270924;OID=.;OPOS=18377647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:25:40:1:8:17:0:0:14:26:0:0 chr19 18377761 . A G 650.07 PASS AF=0.612903;AO=56;DP=92;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0249273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.923;QD=27.96;RBI=0.0251069;REFB=-0.023188;REVB=-0.00299738;RO=36;SAF=37;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143142;STB=0.571912;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.013115;OID=.;OPOS=18377761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:36:36:56:57:0.612903:19:37:17:19:20:37:17:19 chr19 18378219 . A G 2138.64 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00819562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.895;QD=61.9896;RBI=0.02413;REFB=0;REVB=0.0226955;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187213;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:138:0:0:133:138:1:72:61:0:0:74:64:0:0 chr19 18390864 . A G 116.52 PASS AF=0.377778;AO=12;DP=38;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0288158;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=60.1587;QD=10.3574;RBI=0.0326395;REFB=-0.173654;REVB=0.0153292;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265646;STB=0.594059;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.075387;OID=.;OPOS=18390864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:45:26:28:12:17:0.377778:6:6:19:7:8:9:19:9 chr19 18392894 . C T 663.86 PASS AF=0.384236;AO=78;DP=203;FAO=78;FDP=203;FR=.;FRO=125;FSAF=68;FSAR=10;FSRF=103;FSRR=22;FWDB=0.0398794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7607;QD=13.0809;RBI=0.0426588;REFB=0.0367759;REVB=0.0151461;RO=125;SAF=68;SAR=10;SRF=103;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105249;STB=0.559942;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0575766;OID=.;OPOS=18392894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:125:125:78:78:0.384236:10:68:103:22:10:68:103:22 chr19 18392913 . A G 693.95 PASS AF=0.368421;AO=82;DP=225;FAO=84;FDP=228;FR=.;FRO=144;FSAF=74;FSAR=10;FSRF=120;FSRR=24;FWDB=-0.000895811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8608;QD=12.1745;RBI=0.0383328;REFB=-0.0084066;REVB=-0.0383223;RO=140;SAF=71;SAR=11;SRF=117;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677065;STB=0.564615;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0061523;OID=.;OPOS=18392913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:228:140:144:82:84:0.368421:11:71:117:23:10:74:120:24 chr19 18444360 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.163;QD=56.1916;RBI=0.0428955;REFB=0;REVB=-0.0337449;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000404655;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr19 18497024 . G C 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.821;QD=60.2019;RBI=0.0558549;REFB=0;REVB=-0.0539976;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98511e-05;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr19 18497141 . T A 661.1 PASS AF=0.463576;AO=70;DP=151;FAO=70;FDP=151;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.0324233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1661;QD=17.5124;RBI=0.0342103;REFB=-0.00470392;REVB=-0.0109119;RO=81;SAF=31;SAR=39;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144103;STB=0.579876;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00508366;OID=.;OPOS=18497141;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:81:81:70:70:0.463576:39:31:48:33:39:31:48:33 chr19 18499238 . G T 1098.49 PASS AF=0.470588;AO=112;DP=239;FAO=112;FDP=238;FR=.;FRO=126;FSAF=38;FSAR=74;FSRF=40;FSRR=86;FWDB=0.0202068;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5451;QD=18.462;RBI=0.0218954;REFB=-0.0215399;REVB=0.00843178;RO=125;SAF=38;SAR=74;SRF=39;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294225;STB=0.512991;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0250801;OID=.;OPOS=18499238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:125:126:112:112:0.470588:74:38:39:86:74:38:40:86 chr19 18499422 . C G 154.01 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.0378499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9531;QD=14.6679;RBI=0.0401238;REFB=-0.00891537;REVB=0.0133156;RO=25;SAF=13;SAR=4;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116369;STB=0.566595;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0100296;OID=.;OPOS=18499422;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:4:13:21:4:4:13:21:4 chr19 18502835 . G A 3097.59 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105336;FXX=0.00510178;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.165;QD=63.5403;RBI=0.0118327;REFB=0.0237263;REVB=0.00539029;RO=1;SAF=94;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02702e-06;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:195:1:0:195:195:1:101:94:1:0:101:94:0:0 chr19 18538742 . A C 385.35 PASS AF=0.373984;AO=46;DP=123;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.0349817;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.423;QD=12.5317;RBI=0.0366841;REFB=-0.00808741;REVB=-0.0110454;RO=76;SAF=29;SAR=17;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215598;STB=0.626583;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0165687;OID=.;OPOS=18538742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:76:77:46:46:0.373984:17:29:33:43:17:29:33:44 chr19 18546678 . T C 702.66 PASS AF=0.444444;AO=76;DP=171;FAO=76;FDP=171;FR=.;FRO=95;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.00502038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.537;QD=16.4365;RBI=0.0162383;REFB=0.00348204;REVB=0.0154427;RO=95;SAF=34;SAR=42;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684983;STB=0.538119;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0045663;OID=.;OPOS=18546678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:95:95:76:76:0.444444:42:34:49:46:42:34:49:46 chr19 18547305 . T A 574.43 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0272855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7987;QD=21.08;RBI=0.0273124;REFB=-0.0497134;REVB=0.00121266;RO=50;SAF=34;SAR=24;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471909;STB=0.529634;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0647291;OID=.;OPOS=18547305;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:51:58:58:0.53211:24:34:32:18:24:34:33:18 chr19 18553580 . CAGAT C 263.79 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0148722;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=294.461;QD=15.0738;RBI=0.0151425;REFB=-0.00329784;REVB=-0.00284858;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664335;STB=0.538362;STBP=0.622;TYPE=del;VARB=0.00393372;OID=.;OPOS=18553581;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:30:70:30:70:40:13:17:20:20:99:38:13:17:19:19 chr19 18562438 . C T 742.35 PASS AF=0.49359;AO=76;DP=155;FAO=77;FDP=156;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=24;FSRR=55;FWDB=0.0199497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.853;QD=19.0346;RBI=0.0393369;REFB=-0.029235;REVB=0.0339028;RO=78;SAF=28;SAR=48;SRF=23;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743359;STB=0.533325;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0289414;OID=.;OPOS=18562438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:78:79:76:77:0.49359:48:28:23:55:49:28:24:55 chr19 18679379 . C G 422.29 PASS AF=0.3375;AO=54;DP=160;FAO=54;FDP=160;FR=.;FRO=106;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=0.0348032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6574;QD=10.5572;RBI=0.0478667;REFB=-0.00513284;REVB=0.0328627;RO=105;SAF=24;SAR=30;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804338;STB=0.549356;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0110883;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:105:106:54:54:0.3375:30:24:54:51:30:24:55:51 chr19 18684563 . C T 183.9 PASS AF=0.5;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.000799214;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.308;QD=19.3582;RBI=0.010881;REFB=-0.0132613;REVB=-0.0108516;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105429;STB=0.52783;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0147664;OID=.;OPOS=18684563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:19:18:19:0.5:12:6:8:10:12:7:8:11 chr19 18700047 . A G 535.98 PASS AF=0.402597;AO=62;DP=155;FAO=62;FDP=154;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.000578719;FXX=0.0064512;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.381;QD=13.9216;RBI=0.0219933;REFB=-0.016396;REVB=0.0219857;RO=91;SAF=33;SAR=29;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132296;STB=0.567828;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0168482;OID=.;OPOS=18700047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:91:92:62:62:0.402597:29:33:37:54:30:32:37:55 chr19 18709361 . TGGGGCCC TGGGCC,TGGGCCC,TGGGCCCG,TGGGGCC 1600.95 PASS AF=0,0.964103,0.0358974,0;AO=21,50,7,22;DP=197;FAO=0,188,7,0;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=0,96,7,0;FSAR=0,92,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.228651,0.692962,-0.0387386,-0.402248;FXX=0.0151508;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,1,4,1;MLLD=8.36692,10.7276,174.512,12.7553;QD=32.8399;RBI=0.383534,0.787424,0.078218,0.477007;REFB=0.143434,0.0262547,0.0544398,0.158707;REVB=-0.307923,-0.373953,-0.0679512,-0.256384;RO=39;SAF=10,4,7,22;SAR=11,46,0,0;SRF=35;SRR=4;SSEN=0.509542,0.509542,0,0;SSEP=0,0,0,0.555556;SSSB=-0.476248,-0.722325,0.570489,0.767036;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,del;VARB=0,0.0210144,0.123515,0;OID=.,.,.,.;OPOS=18709365,18709362,18709365,18709366;OREF=GC,G,GCCC,C;OALT=-,-,CCCG,-;OMAPALT=TGGGCC,TGGGCCC,TGGGCCCG,TGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.964103,0.0358974,0:21,50,7,22:197:0,188,7,0:195:0:0,96,7,0:0,92,0,0:0:0:10:39:10,4,7,22:11,46,0,0:35:4 chr19 18710535 . G A 1102.35 PASS AF=0.534653;AO=108;DP=202;FAO=108;FDP=202;FR=.;FRO=94;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.015643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9197;QD=21.8286;RBI=0.0220519;REFB=-0.000867685;REVB=0.0155429;RO=93;SAF=47;SAR=61;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233401;STB=0.515506;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0008096;OID=.;OPOS=18710535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:93:94:108:108:0.534653:61:47:43:50:61:47:44:50 chr19 18726856 . T C 1102.46 PASS AF=0.533333;AO=104;DP=194;FAO=104;FDP=195;FR=.;FRO=91;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.0235426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.366;QD=22.6146;RBI=0.0292257;REFB=0.00109286;REVB=-0.0173172;RO=90;SAF=53;SAR=51;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175999;STB=0.512176;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.000984153;OID=.;OPOS=18726856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:90:91:104:104:0.533333:51:53:44:46:51:53:44:47 chr19 18888645 . CA AC 55.15 PASS AF=0.0789474;AO=22;DP=266;FAO=21;FDP=266;FR=.;FRO=245;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=70;FSRR=175;FWDB=-0.0398838;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=58.4175;QD=0.829279;RBI=0.0450525;REFB=-0.00324262;REVB=-0.0209527;RO=218;SAF=20;SAR=2;SRF=48;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.700116;STB=0.949431;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.105801;OID=.;OPOS=18888645;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:266:266:218:245:22:21:0.0789474:2:20:48:170:2:19:70:175 chr19 18977937 . G C 2008.28 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.747;QD=62.2722;RBI=0.0279127;REFB=0;REVB=0.0252344;RO=0;SAF=60;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93917e-05;OID=.;OPOS=18977937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:69:60:0:0:69:60:0:0 chr19 19040312 . G C 1731.14 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0982605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0323;QD=60.7417;RBI=0.0990311;REFB=0;REVB=-0.0123305;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000609943;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:56:58:0:0:56:58:0:0 chr19 19136445 . TA AC,TAC 41.05 PASS AF=0.0192308,0.125;AO=4,15;DP=105;FAO=2,13;FDP=104;FR=.;FRO=89;FSAF=2,10;FSAR=0,3;FSRF=27;FSRR=62;FWDB=-0.0893629,-0.0817116;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=41.3032,22.9802;QD=1.57872;RBI=0.0896566,0.0877764;REFB=-0.0125166,-0.0313499;REVB=0.00725063,0.032061;RO=84;SAF=3,13;SAR=1,2;SRF=21;SRR=63;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.43761,0.675568;STB=0.99683,0.853701;STBP=0.039,0.011;TYPE=mnp,ins;VARB=0.160443,0.0213403;OID=.,.;OPOS=19136445,19136447;OREF=TA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:105:104:84:89:4,15:2,13:0.0192308,0.125:1,2:3,13:21:63:0,3:2,10:27:62 chr19 19136541 . C T 1472.02 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.325;QD=63.3126;RBI=0.0389694;REFB=0;REVB=0.0370687;RO=0;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129773;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:59:34:0:0:59:34:0:0 chr19 19230868 . A G 6425.32 PASS AF=1;AO=389;DP=393;FAO=416;FDP=416;FR=.;FRO=0;FSAF=213;FSAR=203;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375608;FXX=0.00239802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.014;QD=61.7819;RBI=0.0436814;REFB=-0.03392;REVB=0.0222991;RO=4;SAF=197;SAR=192;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000124873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163173;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:393:416:4:0:389:416:1:192:197:2:2:203:213:0:0 chr19 19243175 . C T 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00239431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.376;QD=14.6164;RBI=0.00867834;REFB=-0.0147562;REVB=0.00834151;RO=38;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067496;STB=0.538433;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0200746;OID=.;OPOS=19243175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:20:8:13:25:20:8:13:25 chr19 19267910 . G A 353.69 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00826192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8877;QD=18.6155;RBI=0.022137;REFB=-0.0145436;REVB=-0.0205375;RO=39;SAF=19;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11846;STB=0.565922;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0143517;OID=.;OPOS=19267910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:18:19:15:24:18:19:15:24 chr19 19329924 . C T 1103.97 PASS AF=0.440741;AO=119;DP=268;FAO=119;FDP=270;FR=.;FRO=151;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=88;FSRR=63;FWDB=-0.0226959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2943;QD=16.3551;RBI=0.0573228;REFB=-0.0178287;REVB=0.0526384;RO=149;SAF=55;SAR=64;SRF=86;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114895;STB=0.567133;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0216587;OID=.;OPOS=19329924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:270:149:151:119:119:0.440741:64:55:86:63:64:55:88:63 chr19 19338942 . G A 704.08 PASS AF=0.571429;AO=67;DP=118;FAO=68;FDP=119;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00514057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.517;QD=23.6667;RBI=0.0102502;REFB=0.0129216;REVB=-0.00886796;RO=51;SAF=25;SAR=42;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323626;STB=0.513257;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.00616333;OID=.;OPOS=19338942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:51:51:67:68:0.571429:42:25:21:30:42:26:21:30 chr19 19339285 . G A 1621.8 PASS AF=0.582375;AO=149;DP=264;FAO=152;FDP=261;FR=.;FRO=109;FSAF=76;FSAR=76;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=0.00467477;FXX=0.0113632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.325;QD=24.8551;RBI=0.00844964;REFB=-0.0055327;REVB=0.00703868;RO=107;SAF=76;SAR=73;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102649;STB=0.509577;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00361111;OID=.;OPOS=19339285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:261:107:109:149:152:0.582375:73:76:56:51:76:76:57:52 chr19 19446936 . G A 2449.1 PASS AF=1;AO=159;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810999;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1806;QD=61.2276;RBI=0.0421749;REFB=0;REVB=-0.0413878;RO=0;SAF=80;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126661;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:160:0:0:159:160:1:79:80:0:0:80:80:0:0 chr19 19449686 . G T 3879.78 PASS AF=1;AO=244;DP=245;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126421;FXX=0.00408147;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.829;QD=63.6029;RBI=0.0151183;REFB=-0.00363046;REVB=0.00829093;RO=1;SAF=120;SAR=124;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34495e-05;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:245:244:1:0:244:244:1:124:120:0:1:124:120:0:0 chr19 19467085 . G C 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.288;QD=60.2308;RBI=0.0253372;REFB=0;REVB=0.00280723;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30855e-05;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr19 19467937 . T C,G 1140.76 PASS AF=0.848837,0.0930233;AO=73,7;DP=85;FAO=73,8;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=33,8;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0276217,-0.0586366;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=97.3924,15.5417;QD=53.0585;RBI=0.0308431,0.0599023;REFB=-0.00123086,-0.107981;REVB=0.0137236,0.0122488;RO=5;SAF=33,7;SAR=40,0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0555415,0.826071;STB=0.529404,0.998459;STBP=0.056,0;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000448101,0.176589;OID=.,.;OPOS=19467937,19467937;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:85:86:5:5:73,7:73,8:0.848837,0.0930233:40,0:33,7:0:5:40,0:33,8:0:5 chr19 19468710 . C G 1589.78 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.64;QD=59.9918;RBI=0.104507;REFB=0;REVB=0.0123051;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111091;OID=.;OPOS=19468710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:106:0:0:99:106:1:52:47:0:0:55:51:0:0 chr19 19468734 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.144;QD=59.5018;RBI=0.00435062;REFB=0;REVB=-0.00166498;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23311e-06;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr19 19735257 . G T 1715.4 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.707;QD=59.666;RBI=0.0152222;REFB=-0.0607533;REVB=0.00190077;RO=1;SAF=36;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013006;STB=0.506848;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00028494;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:78:36:1:0:78:36:1:0 chr19 19737686 . C T 896.25 PASS AF=0.464286;AO=91;DP=197;FAO=91;FDP=196;FR=.;FRO=105;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=0.0106718;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.925;QD=18.2908;RBI=0.025177;REFB=-0.00952998;REVB=-0.0228034;RO=105;SAF=46;SAR=45;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026962;STB=0.514917;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0116742;OID=.;OPOS=19737686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:105:105:91:91:0.464286:45:46:56:49:45:46:56:49 chr19 19790159 . A C 968.09 PASS AF=0.480952;AO=100;DP=211;FAO=101;FDP=210;FR=.;FRO=109;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=-0.00972749;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9163;QD=18.4398;RBI=0.0372744;REFB=0.00871051;REVB=0.0359827;RO=108;SAF=50;SAR=50;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610626;STB=0.538251;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0101414;OID=.;OPOS=19790159;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:108:109:100:101:0.480952:50:50:47:61:50:51:47:62 chr19 19855654 . C T 1883.51 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101813;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.871;QD=60.7583;RBI=0.014449;REFB=-0.0984588;REVB=-0.0102526;RO=0;SAF=58;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000707355;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:124:0:1:123:123:0.991935:65:58:0:0:65:58:0:1 chr19 19910250 . T C 548.6 PASS AF=0.427536;AO=59;DP=139;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0191393;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.0263;QD=15.9016;RBI=0.0223125;REFB=-0.00947153;REVB=-0.0114689;RO=77;SAF=27;SAR=32;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297214;STB=0.515748;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0102864;OID=.;OPOS=19910250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:77:79:59:59:0.427536:32:27:33:44:32:27:34:45 chr19 20150125 . T C 394.43 PASS AF=0.424528;AO=44;DP=105;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.008072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.511;QD=14.8842;RBI=0.0138783;REFB=-0.0157842;REVB=-0.0112894;RO=60;SAF=19;SAR=25;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873761;STB=0.546198;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0212282;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:60:61:44:45:0.424528:25:19:31:29:25:20:32:29 chr19 20150175 . G C 461.48 PASS AF=0.469388;AO=45;DP=97;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0148788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.659;QD=18.8359;RBI=0.0149419;REFB=-0.0118466;REVB=0.00137134;RO=52;SAF=16;SAR=29;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301369;STB=0.521226;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0131206;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:52:52:45:46:0.469388:29:16:20:32:30:16:20:32 chr19 20229486 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.787;QD=58.142;RBI=0.00911693;REFB=0;REVB=0.0072202;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06944e-06;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr19 20369503 . C G 1471.3 PASS AF=0.489933;AO=145;DP=297;FAO=146;FDP=298;FR=.;FRO=152;FSAF=64;FSAR=82;FSRF=68;FSRR=84;FWDB=-0.00854178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.992;QD=19.7489;RBI=0.0191059;REFB=0.00524468;REVB=-0.0170901;RO=152;SAF=63;SAR=82;SRF=68;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121903;STB=0.504662;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00598041;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:298:152:152:145:146:0.489933:82:63:68:84:82:64:68:84 chr19 20727463 . T C 210.42 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00472512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.548;QD=26.3027;RBI=0.015064;REFB=-0.00666139;REVB=-0.0143038;RO=11;SAF=15;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158079;STB=0.576842;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00746441;OID=.;OPOS=20727463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:11:12:20:20:0.625:5:15:6:5:5:15:7:5 chr19 20727932 . G A 47.17 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0362348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.559;QD=11.0978;RBI=0.0573499;REFB=-0.0273252;REVB=-0.0444528;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239788;STB=0.642496;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0434228;OID=.;OPOS=20727932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:2:8:4:3:2:8 chr19 20808149 . A G 1756.2 PASS AF=1;AO=115;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403724;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.688;QD=60.0411;RBI=0.109606;REFB=-0.0806018;REVB=0.1019;RO=1;SAF=51;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736263;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971438;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:119:117:1:0:115:117:1:64:51:0:1:65:52:0:0 chr19 21133283 . TTAAA T 409.03 PASS AF=0.448276;AO=58;DP=151;FAO=65;FDP=145;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0158231;FXX=0.0333311;HRUN=3;LEN=4;MLLD=278.212;QD=11.2835;RBI=0.0212344;REFB=0.00306393;REVB=0.0141607;RO=78;SAF=33;SAR=25;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00506974;STB=0.514902;STBP=0.77;TYPE=del;VARB=-0.00375421;OID=.;OPOS=21133284;OREF=TAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:58:151:65:145:80:34:31:44:36:99:78:33:25:44:34 chr19 21299774 . T TATA 157.97 PASS AF=0.64;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0329031;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=274.877;QD=25.2747;RBI=0.0350039;REFB=-0.0458625;REVB=-0.011944;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112427;STB=0.566925;STBP=0.373;TYPE=ins;VARB=0.0181664;OID=.;OPOS=21299775;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.64:15:28:16:25:9:6:10:5:4:64:13:5:10:6:7 chr19 21300462 . A G 273.37 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0254158;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.715;QD=14.9794;RBI=0.0286115;REFB=-0.0159734;REVB=0.0131399;RO=42;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137044;STB=0.577416;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0250714;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:42:31:31:0.424658:15:16:16:26:15:16:16:26 chr19 21477431 . T C 706.48 PASS AF=0.47482;AO=63;DP=142;FAO=66;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.011614;FXX=0.0211253;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.352;QD=20.3304;RBI=0.0201054;REFB=-0.026164;REVB=0.0164116;RO=43;SAF=30;SAR=33;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956573;STB=0.505151;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0221465;OID=.;OPOS=21477431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:139:43:61:63:66:0.47482:33:30:15:28:35:31:28:33 chr19 21492062 . G A 332.34 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00482493;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.775;QD=15.8259;RBI=0.00487026;REFB=0.00340453;REVB=-0.000662959;RO=48;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072535;STB=0.540961;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00492514;OID=.;OPOS=21492062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:48:48:36:36:0.428571:22:14:22:26:22:14:22:26 chr19 21544571 . G A 761.11 PASS AF=0.416244;AO=82;DP=198;FAO=82;FDP=197;FR=.;FRO=115;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=44;FSRR=71;FWDB=0.00409173;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.211;QD=15.454;RBI=0.0139205;REFB=-0.00707568;REVB=0.0133056;RO=116;SAF=30;SAR=52;SRF=44;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150978;STB=0.510478;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0117595;OID=.;OPOS=21544571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:116:115:82:82:0.416244:52:30:44:72:52:30:44:71 chr19 21607878 . ATAAT A 485.02 PASS AF=0.505376;AO=46;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0541062;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=4;MLLD=234.087;QD=20.8609;RBI=0.0544415;REFB=0.000698466;REVB=0.00603268;RO=41;SAF=21;SAR=25;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268481;STB=0.505048;STBP=0.942;TYPE=del;VARB=-0.000267092;OID=.;OPOS=21607879;OREF=TAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.505376:46:93:47:93:46:22:25:22:24:99:41:21:25:20:21 chr19 21608264 . T C 183.33 PASS AF=0.372881;AO=17;DP=61;FAO=22;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0236765;FXX=0.0327815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.6717;QD=12.4291;RBI=0.0237056;REFB=-0.0280411;REVB=0.00117574;RO=28;SAF=17;SAR=0;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.81784;STB=0.746788;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0647157;OID=.;OPOS=21608264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:28:31:17:22:0.372881:0:17:13:15:4:18:14:17 chr19 21608272 . A T 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0115067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.731;QD=13.7844;RBI=0.011557;REFB=-0.00976525;REVB=-0.00107774;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678824;STB=0.503885;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0166717;OID=.;OPOS=21608272;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:12:11:16:17:12:11:16:17 chr19 21608275 . C T 192.93 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0420265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4126;QD=13.7806;RBI=0.043362;REFB=-0.00595991;REVB=0.0106788;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678824;STB=0.503885;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00736744;OID=.;OPOS=21608275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:12:11:16:17:12:11:16:17 chr19 21608280 . T A 201.45 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0119907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.779;QD=13.8933;RBI=0.0129896;REFB=-0.0121764;REVB=-0.00499534;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206154;STB=0.507219;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0266657;OID=.;OPOS=21608280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:34:23:24:0.413793:13:10:15:18:13:11:16:18 chr19 21608283 . A C 190.5 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0130838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.61;QD=13.3682;RBI=0.018979;REFB=-0.011106;REVB=-0.0137483;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799572;STB=0.504583;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0222475;OID=.;OPOS=21608283;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:12:11:16:18:12:11:16:18 chr19 21608287 . G C 225.92 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0135229;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.151;QD=15.3168;RBI=0.0223664;REFB=-0.00354301;REVB=-0.0178154;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149471;STB=0.508468;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0163494;OID=.;OPOS=21608287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:13:13:16:17:13:13:16:17 chr19 21608311 . G A 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0221862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0782;QD=16.4202;RBI=0.05305;REFB=0.0207829;REVB=0.0481879;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168416;STB=0.528033;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0266199;OID=.;OPOS=21608311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:34:29:29:0.460317:13:16:16:14:13:16:17:17 chr19 21608319 . A C 194.03 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0277783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.2644;QD=13.3813;RBI=0.0403859;REFB=-0.0222843;REVB=-0.0293154;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13089;STB=0.566418;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0301628;OID=.;OPOS=21608319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:34:24:24:0.413793:10:14:14:17:10:14:16:18 chr19 21608959 . TAAAAG T 120.64 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0243636;FXX=0;HRUN=4;LEN=5;MLLD=239.247;QD=9.84777;RBI=0.0338067;REFB=-0.00620051;REVB=0.0234373;RO=28;SAF=15;SAR=4;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564447;STB=0.830461;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.010096;OID=.;OPOS=21608960;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408163:19:49:20:49:29:16:4:6:23:99:28:15:4:6:22 chr19 21609516 . C T 75.31 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.012405;FXX=0.0999667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.458;QD=11.157;RBI=0.0423892;REFB=-0.0276366;REVB=-0.0405335;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912882;STB=0.518482;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0613409;OID=.;OPOS=21609516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:27:17:17:9:10:0.37037:4:5:8:9:5:5:8:9 chr19 21609743 . G A 51.69 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0437619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.084;QD=5.90713;RBI=0.0438695;REFB=-0.00627923;REVB=0.00307154;RO=26;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.606151;STB=0.891703;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0189263;OID=.;OPOS=21609743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:35:26:27:8:8:0.228571:7:1:17:9:7:1:18:9 chr19 21688602 . C G 621.94 PASS AF=0.447368;AO=68;DP=152;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.0145379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.2;QD=16.3669;RBI=0.0172349;REFB=-0.0124119;REVB=-0.00925696;RO=84;SAF=44;SAR=24;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219969;STB=0.622605;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0237745;OID=.;OPOS=21688602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:84:84:68:68:0.447368:24:44:36:48:24:44:36:48 chr19 21719380 . TA AT,T 56.47 PASS AF=0,0.517241;AO=2,11;DP=32;FAO=0,15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=0,4;FSAR=0,11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0178534,0.205971;FXX=0.0937207;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=44.4353,9.1492;QD=7.78939;RBI=0.205646,0.27029;REFB=0.00836793,-0.0412125;REVB=-0.204869,-0.175021;RO=13;SAF=0,2;SAR=2,9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.521739;SSSB=-0.601607,-0.443837;STB=0.5,0.626763;STBP=1,0.179;TYPE=mnp,del;VARB=0.0703461,0.0720918;OID=.,.;OPOS=21719380,21719381;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:32:29:13:14:2,11:0,15:0,0.517241:2,9:0,2:8:5:0,11:0,4:7:7 chr19 21909948 . G A 1393.33 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0935717;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4281;QD=59.9283;RBI=0.0937479;REFB=-0.087925;REVB=-0.00574499;RO=3;SAF=34;SAR=56;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399954;STB=0.513886;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00218915;OID=.;OPOS=21909948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:93:3:2:90:91:0.978495:56:34:3:0:56:35:2:0 chr19 22153495 . A T 269.83 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.019501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9727;QD=16.6049;RBI=0.0672862;REFB=-0.0374705;REVB=-0.0643983;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127581;STB=0.553811;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0336279;OID=.;OPOS=22153495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:35:30:30:0.461538:15:15:21:12:15:15:21:14 chr19 22154732 . T C 156.04 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.105929;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.093;QD=7.61168;RBI=0.109484;REFB=-0.022315;REVB=-0.0276713;RO=58;SAF=12;SAR=10;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962566;STB=0.55747;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0591864;OID=.;OPOS=22154732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:58:60:22:22:0.268293:10:12:27:31:10:12:28:32 chr19 22154954 . C T 386.14 PASS AF=0.493827;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0136572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.389;QD=19.0685;RBI=0.0295112;REFB=-0.0105929;REVB=-0.0261608;RO=41;SAF=17;SAR=22;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430086;STB=0.530725;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0109742;OID=.;OPOS=22154954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:39:40:0.493827:22:17:16:25:22:18:16:25 chr19 22155918 . T C 35.18 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0622013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.841;QD=5.6285;RBI=0.065027;REFB=-0.0126818;REVB=0.0189606;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424601;STB=0.7797;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0137689;OID=.;OPOS=22155918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:2:4:5:13:2:4:5:14 chr19 22156088 . C T 42.21 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0112057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7769;QD=18.762;RBI=0.181494;REFB=-0.00109839;REVB=-0.181148;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00866912;OID=.;OPOS=22156088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:2:1:2:4:2:1 chr19 22156482 . G T 292.97 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.0125113;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4488;QD=12.4667;RBI=0.0278588;REFB=-0.0107283;REVB=-0.0248913;RO=55;SAF=20;SAR=14;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336899;STB=0.552602;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0121224;OID=.;OPOS=22156482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:55:60:34:34:0.361702:14:20:34:21:14:20:40:20 chr19 22156585 . G T 52.33 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00543364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0635;QD=6.54134;RBI=0.0132302;REFB=0.00533676;REVB=-0.0120629;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527542;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.014353;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:23:24:8:8:0.25:6:2:5:18:6:2:6:18 chr19 22156992 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=0.0193982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.22;QD=19.0583;RBI=0.01999;REFB=-0.00475131;REVB=0.00482798;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350127;STB=0.693133;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00677631;OID=.;OPOS=22156992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:1:19:12:7:1:19 chr19 22157095 . A G 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0446211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.291;QD=20.7542;RBI=0.0478265;REFB=-0.0404023;REVB=-0.0172143;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395277;STB=0.522358;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0332445;OID=.;OPOS=22157095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:5:7:8:7:5:7 chr19 22157302 . G A 852.02 PASS AF=0.5;AO=86;DP=173;FAO=86;FDP=172;FR=.;FRO=86;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.0176986;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.459;QD=19.8145;RBI=0.028425;REFB=-0.000477595;REVB=-0.0222427;RO=84;SAF=54;SAR=32;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972413;STB=0.548521;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000403265;OID=.;OPOS=22157302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:84:86:86:86:0.5:32:54:44:40:32:54:46:40 chr19 22363448 . A T 51.74 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.117561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3102;QD=6.08713;RBI=0.118376;REFB=-0.0185859;REVB=-0.0138683;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232136;STB=0.588022;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0459524;OID=.;OPOS=22363448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:31:34:23:26:8:8:0.235294:4:4:7:16:4:4:10:16 chr19 22363493 . G A 70.77 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0634329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9842;QD=7.25804;RBI=0.10126;REFB=0.00523123;REVB=-0.0789299;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169718;STB=0.58957;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0228473;OID=.;OPOS=22363493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:28:29:10:10:0.25641:5:5:10:18:5:5:11:18 chr19 22363508 . G A 63.16 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0431941;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9608;QD=7.43077;RBI=0.0474768;REFB=-0.0118813;REVB=-0.0197057;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180355;STB=0.612659;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.036592;OID=.;OPOS=22363508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:35:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:10:15:4:5:10:15 chr19 22363589 . C T 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00549226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.888;QD=6.52622;RBI=0.067776;REFB=-0.000442679;REVB=-0.0675531;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139361;STB=0.58922;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000194449;OID=.;OPOS=22363589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:9:11:3:4:9:11 chr19 22363826 . G C 91.77 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0346344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.584;QD=30.5883;RBI=0.0394402;REFB=0.0274592;REVB=-0.0188676;RO=1;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596689;STB=0.538382;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00542362;OID=.;OPOS=22363826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:1:2:10:10:0.833333:3:7:1:0:3:7:1:1 chr19 22364101 . C A 374.26 PASS AF=0.3125;AO=50;DP=161;FAO=50;FDP=160;FR=.;FRO=110;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=52;FWDB=0.0113302;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.193;QD=9.35641;RBI=0.0114767;REFB=-0.00948023;REVB=-0.00182809;RO=106;SAF=29;SAR=21;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503787;STB=0.53675;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0228634;OID=.;OPOS=22364101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:106:110:50:50:0.3125:21:29:57:49:21:29:58:52 chr19 22498943 . T C 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0500115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.398;QD=6.25214;RBI=0.0535178;REFB=-0.00215299;REVB=-0.0190527;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311628;STB=0.6951;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0287019;OID=.;OPOS=22498943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:4:13:3:3:4:13 chr19 22575488 . C T 107.76 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00972141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.05;QD=6.95203;RBI=0.0352664;REFB=0.000454995;REVB=-0.0339;RO=46;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526499;STB=0.532218;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00180404;OID=.;OPOS=22575488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:8:8:25:21:8:8:25:21 chr19 22586192 . A G 82.99 PASS AF=0.275;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00786262;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.62;QD=8.29881;RBI=0.0097419;REFB=-0.00675153;REVB=-0.00575187;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143821;STB=0.618626;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0118172;OID=.;OPOS=22586192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:39:40:29:29:10:11:0.275:5:5:11:18:5:6:11:18 chr19 22817278 . T G 404.31 PASS AF=0.54878;AO=40;DP=78;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.104263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.411;QD=19.7225;RBI=0.107864;REFB=-0.05256;REVB=0.0276365;RO=37;SAF=18;SAR=22;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13633;STB=0.577524;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.057428;OID=.;OPOS=22817278;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:37:37:40:45:0.54878:22:18:11:26:24:21:11:26 chr19 22846623 . G A 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00494324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.301;QD=3.76428;RBI=0.0228835;REFB=-0.00360172;REVB=-0.0223432;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163179;STB=0.614991;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0133507;OID=.;OPOS=22846623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:2:4:16:14:2:4:16:14 chr19 22847072 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.000301085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3809;QD=10.034;RBI=0.0485187;REFB=-0.00640229;REVB=0.0485177;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569741;STB=0.847251;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0137822;OID=.;OPOS=22847072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:6:1:4:1:6:1 chr19 22847084 . G T 33.49 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0287945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.763;QD=19.1352;RBI=0.0351954;REFB=-0.0128625;REVB=-0.0202385;RO=1;SAF=0;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.749895;STB=0.748924;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00496388;OID=.;OPOS=22847084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:4:5:0.714286:4:0:1:0:4:1:2:0 chr19 22848028 . G C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0152427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.337;QD=11.8306;RBI=0.0191892;REFB=0.00276421;REVB=-0.011657;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881603;STB=0.552534;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00482941;OID=.;OPOS=22848028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:8:10:7:4:8:10 chr19 22868096 . A G 336.42 PASS AF=0.35;AO=42;DP=120;FAO=42;FDP=120;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.025312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.134;QD=11.2139;RBI=0.0257846;REFB=-0.000276581;REVB=-0.00491392;RO=78;SAF=15;SAR=27;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334248;STB=0.519221;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000458704;OID=.;OPOS=22868096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:78:78:42:42:0.35:27:15:30:48:27:15:30:48 chr19 22868147 . G A 239.5 PASS AF=0.307692;AO=32;DP=104;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.00296722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.901;QD=9.2115;RBI=0.0578922;REFB=0.00915325;REVB=-0.0578161;RO=71;SAF=18;SAR=14;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163611;STB=0.599938;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0139933;OID=.;OPOS=22868147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:71:72:32:32:0.307692:14:18:30:41:14:18:30:42 chr19 22868205 . T C 124.41 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0316281;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5827;QD=7.54026;RBI=0.0369331;REFB=-0.019896;REVB=0.0190713;RO=48;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342157;STB=0.705662;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.014772;OID=.;OPOS=22868205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:6:12:18:30:6:12:18:30 chr19 22868445 . C T 256.69 PASS AF=0.309735;AO=35;DP=113;FAO=35;FDP=113;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.0820805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5827;QD=9.08638;RBI=0.085242;REFB=0.00796011;REVB=0.0229999;RO=78;SAF=20;SAR=15;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241577;STB=0.514131;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.019436;OID=.;OPOS=22868445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:78:78:35:35:0.309735:15:20:43:35:15:20:43:35 chr19 22868470 . G T 218.58 PASS AF=0.301075;AO=28;DP=93;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00747755;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.027;QD=9.4011;RBI=0.0123599;REFB=0.00487736;REVB=0.00984135;RO=64;SAF=19;SAR=9;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183038;STB=0.603835;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0195962;OID=.;OPOS=22868470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:65:28:28:0.301075:9:19:34:30:9:19:35:30 chr19 22868479 . C T 174.64 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0168673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.992;QD=8.02928;RBI=0.0366852;REFB=-0.00316115;REVB=-0.0325776;RO=62;SAF=16;SAR=8;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187896;STB=0.618946;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00525273;OID=.;OPOS=22868479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:63:24:24:0.275862:8:16:32:30:8:16:32:31 chr19 22868484 . C T 170.38 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=83;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=9.55213e-05;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.092;QD=8.11328;RBI=0.0256624;REFB=-0.00886121;REVB=-0.0256622;RO=60;SAF=15;SAR=7;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227661;STB=0.622846;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0262364;OID=.;OPOS=22868484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:60:60:22:24:0.285714:7:15:30:30:8:16:30:30 chr19 22868541 . G A 107.54 PASS AF=0.272727;AO=14;DP=54;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00573329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4461;QD=7.82123;RBI=0.0615323;REFB=-0.0106946;REVB=0.0612646;RO=40;SAF=10;SAR=4;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240946;STB=0.607448;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0327491;OID=.;OPOS=22868541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:40:40:14:15:0.272727:4:10:21:19:5:10:21:19 chr19 22937238 . T C 710.62 PASS AF=0.460606;AO=76;DP=165;FAO=76;FDP=165;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=-0.00194397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.598;QD=17.2271;RBI=0.0353739;REFB=-0.0157321;REVB=0.0353204;RO=89;SAF=27;SAR=49;SRF=32;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00454294;STB=0.50252;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0165761;OID=.;OPOS=22937238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:89:89:76:76:0.460606:49:27:32:57:49:27:32:57 chr19 22937334 . G T 663.23 PASS AF=0.434524;AO=73;DP=168;FAO=73;FDP=168;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=0.0141216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.169;QD=15.7912;RBI=0.0164435;REFB=-0.0063507;REVB=-0.00842447;RO=94;SAF=31;SAR=42;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660532;STB=0.534095;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0111657;OID=.;OPOS=22937334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:94:95:73:73:0.434524:42:31:46:48:42:31:46:49 chr19 22939096 . T G 274.34 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0502195;FXX=0.0288434;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.1499;QD=10.8648;RBI=0.0625114;REFB=-0.0182125;REVB=-0.0372247;RO=65;SAF=14;SAR=21;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883758;STB=0.527205;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0255735;OID=.;OPOS=22939096;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:65:66:35:35:0.346535:21:14:31:34:20:15:31:35 chr19 22939326 . G A 258.59 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0355055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.908;QD=16.4183;RBI=0.0355055;REFB=-0.0170586;REVB=-1.7818e-06;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969237;STB=0.547137;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0244113;OID=.;OPOS=22939326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:17:12:17:16:17:12:17:17 chr19 22940046 . C A 97.79 PASS AF=0.375;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-9.69786e-05;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.148;QD=12.2234;RBI=0.00466512;REFB=-0.0141051;REVB=-0.00466412;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110534;STB=0.543407;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0204735;OID=.;OPOS=22940046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:32:19:20:12:12:0.375:7:5:6:13:7:5:7:13 chr19 22940192 . A AG 35.56 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0594564;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.3475;QD=4.4451;RBI=0.0671815;REFB=-0.0136982;REVB=0.0312776;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377228;STB=0.757763;STBP=0.188;TYPE=ins;VARB=0.0757939;OID=.;OPOS=22940193;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875:7:32:7:32:25:1:6:10:15:35:25:1:6:10:15 chr19 22940659 . C T 337.62 PASS AF=0.461538;AO=37;DP=79;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0603851;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2977;QD=17.314;RBI=0.067463;REFB=0.0139349;REVB=-0.0300815;RO=42;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296388;STB=0.508666;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0263907;OID=.;OPOS=22940659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:42:37:36:0.461538:17:20:24:18:16:20:24:18 chr19 22940694 . C T 386.08 PASS AF=0.4;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0381204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1514;QD=13.4287;RBI=0.0601245;REFB=-0.0291426;REVB=-0.0464951;RO=65;SAF=22;SAR=24;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784044;STB=0.552014;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0369346;OID=.;OPOS=22940694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:65:69:46:46:0.4:24:22:36:29:24:22:39:30 chr19 22940827 . T C 119.95 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.031405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.213;QD=14.112;RBI=0.0411064;REFB=-0.0161927;REVB=-0.0265229;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346233;STB=0.705638;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0243319;OID=.;OPOS=22940827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:20:14:14:0.411765:7:7:3:16:7:7:3:17 chr19 22941071 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0130802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.848;QD=18.4431;RBI=0.0273536;REFB=-0.0221486;REVB=-0.0240235;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796806;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180785;OID=.;OPOS=22941071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:4:5:6:5:4:5 chr19 22941591 . A T 216.52 PASS AF=0.478261;AO=23;DP=43;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0214388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.36;QD=18.8281;RBI=0.0562755;REFB=-0.0208203;REVB=-0.0520318;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127731;STB=0.509041;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0198582;OID=.;OPOS=22941591;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:20:24:23:22:0.478261:9:14:15:5:7:15:16:8 chr19 22941617 . T C 108.99 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0422409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8172;QD=14.0635;RBI=0.0801381;REFB=-0.0215966;REVB=-0.0681015;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520805;STB=0.502614;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0330718;OID=.;OPOS=22941617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:19:18:12:13:0.419355:5:7:12:7:5:8:11:7 chr19 22942061 . A C 162.14 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0380259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.186;QD=12.0106;RBI=0.0444601;REFB=0.00451097;REVB=0.0230375;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375975;STB=0.513047;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.00347215;OID=.;OPOS=22942061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:9:11:17:16:9:11:18:16 chr19 22942325 . G C 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00838458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.36;QD=27.2218;RBI=0.0194934;REFB=-0.0163647;REVB=-0.017598;RO=15;SAF=15;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247632;STB=0.636829;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0127824;OID=.;OPOS=22942325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:9:15:4:11:9:15:4:11 chr19 22942335 . G A 292.14 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0412394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.622;QD=27.1757;RBI=0.0416188;REFB=-0.0219629;REVB=-0.00560619;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188606;STB=0.604236;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0167855;OID=.;OPOS=22942335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:10:16:6:11:10:16:6:11 chr19 22952111 . A G 214.35 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0549486;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7331;QD=14.5323;RBI=0.06112;REFB=-0.00685083;REVB=0.0267639;RO=32;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246843;STB=0.625958;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0123932;OID=.;OPOS=22952111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:32:34:25:25:0.423729:8:17:14:18:8:17:16:18 chr19 23316947 . C T 342.87 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0027634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.318;QD=16.1351;RBI=0.0110744;REFB=-0.00924916;REVB=0.0107241;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298525;STB=0.522947;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0129104;OID=.;OPOS=23316947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:37:37:0.435294:20:17:23:24:20:17:24:24 chr19 23328940 . G A 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0056869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.731;QD=56.212;RBI=0.00898099;REFB=-0.0177867;REVB=0.00695107;RO=1;SAF=15;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304239;STB=0.516124;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00066391;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:46:15:1:0:46:15:1:0 chr19 23405456 . C CG 97.75 PASS AF=0.8;AO=4;DP=16;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.152279;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.9209;QD=26.0677;RBI=0.182571;REFB=-0.229903;REVB=0.100714;RO=12;SAF=0;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.664388;STB=0.599822;STBP=0.178;TYPE=ins;VARB=0.12727;OID=.;OPOS=23405457;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:4:16:12:15:3:3:9:2:1:11:12:0:4:5:7 chr19 23405457 . T G 59.3 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.11684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3286;QD=15.8131;RBI=0.126077;REFB=-0.183105;REVB=0.0473703;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775671;STB=0.545344;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.131032;OID=.;OPOS=23405457;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:2:5:5:3:2:5 chr19 23406165 . T C 145.27 PASS AF=0.421053;AO=14;DP=36;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00644903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.23;QD=15.2913;RBI=0.0355519;REFB=0.00279614;REVB=0.0349621;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192977;STB=0.547884;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00348176;OID=.;OPOS=23406165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:22:22:14:16:0.421053:10:4:10:12:10:6:10:12 chr19 23406801 . G C 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00976421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.804;QD=28.7635;RBI=0.00981341;REFB=-0.0104451;REVB=-0.000981429;RO=9;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117176;STB=0.506487;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00392451;OID=.;OPOS=23406801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:13:6:3:6:13:6:3:6 chr19 23542290 . AG GC 321.17 PASS AF=0.375;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0194468;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.346;QD=12.3527;RBI=0.0277535;REFB=0.00627614;REVB=-0.0198009;RO=64;SAF=22;SAR=17;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505749;STB=0.532845;STBP=0.61;TYPE=mnp;VARB=-0.0112025;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:64:65:39:39:0.375:17:22:39:25:17:22:40:25 chr19 23543095 . T C 441.6 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0211574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.225;QD=16.2054;RBI=0.021211;REFB=-0.0110269;REVB=0.00150778;RO=59;SAF=24;SAR=25;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149023;STB=0.512738;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0135923;OID=.;OPOS=23543095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:59:60:49:49:0.449541:25:24:28:31:25:24:28:32 chr19 23545004 . G A 57.35 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00460974;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.68;QD=10.9233;RBI=0.0247475;REFB=-0.0154996;REVB=-0.0243144;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515286;STB=0.516089;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0321275;OID=.;OPOS=23545004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:14:13:8:8:0.380952:6:2:3:11:6:2:3:10 chr19 23545447 . A G 215.44 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0380086;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0754;QD=14.6061;RBI=0.0389084;REFB=-0.0174011;REVB=-0.0083194;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409847;STB=0.551589;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0140642;OID=.;OPOS=23545447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:34:25:25:0.423729:14:11:14:15:14:11:18:16 chr19 23557502 . G A 144.6 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0185108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.183;QD=18.0745;RBI=0.0195214;REFB=-0.00778148;REVB=-0.00619968;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300857;STB=0.531457;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00890493;OID=.;OPOS=23557502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:16:15:16:0.5:8:7:8:8:9:7:8:8 chr19 23837195 . T C 528.31 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00332229;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.424;QD=17.7584;RBI=0.00335498;REFB=-0.00330259;REVB=-0.000467169;RO=61;SAF=33;SAR=23;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928198;STB=0.543774;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00319795;OID=.;OPOS=23837195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:61:63:56:56:0.470588:23:33:30:31:23:33:32:31 chr19 23837365 . A C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1777;QD=61.3347;RBI=0.0651907;REFB=0;REVB=-0.0641075;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000804147;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr19 23869823 . T G 461.07 PASS AF=0.46729;AO=49;DP=106;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0314068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3863;QD=17.2363;RBI=0.0561718;REFB=-0.000733727;REVB=0.0465713;RO=55;SAF=17;SAR=32;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125909;STB=0.565988;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00196953;OID=.;OPOS=23869823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:55:57:49:50:0.46729:32:17:26:29:33:17:26:31 chr19 23927252 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.772;QD=35.5759;RBI=0.0166361;REFB=0;REVB=0.0152775;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204842;OID=.;OPOS=23927252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 23927345 . T C 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0100027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.175;QD=8.69844;RBI=0.026072;REFB=-0.0139622;REVB=0.0240769;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769493;STB=0.547808;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0208624;OID=.;OPOS=23927345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:7:7:4:3:7:7 chr19 23927468 . A G 1445.17 PASS AF=0.969388;AO=94;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00661523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.509;QD=58.9866;RBI=0.0159339;REFB=-0.0748892;REVB=0.0144958;RO=3;SAF=42;SAR=52;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326642;STB=0.51685;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00414195;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:98:98:3:3:94:95:0.969388:52:42:3:0:52:43:3:0 chr19 23938273 . TA T 48.19 PASS AF=0.45;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.169099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.625;QD=9.63713;RBI=0.200554;REFB=-0.0406871;REVB=-0.10783;RO=12;SAF=0;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.786876;STB=0.810772;STBP=0.04;TYPE=del;VARB=0.0658653;OID=.;OPOS=23938274;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:8:20:9:20:11:1:8:6:5:48:12:0:8:7:5 chr19 24010929 . A G 58.47 PASS AF=0.272727;AO=10;DP=34;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.00770276;FXX=0.0294031;HRUN=20;LEN=1;MLLD=104.714;QD=7.08754;RBI=0.0196803;REFB=-0.0220558;REVB=-0.0181102;RO=23;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431934;STB=0.555443;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0263637;OID=.;OPOS=24010929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:34:33:23:24:10:9:0.272727:9:1:2:21:8:1:2:22 chr19 24183677 . T C 39.43 PASS AF=0.0952381;AO=10;DP=107;FAO=10;FDP=105;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.00586965;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.665;QD=1.50196;RBI=0.031119;REFB=0.000439662;REVB=0.0305604;RO=97;SAF=4;SAR=6;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270265;STB=0.509862;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00547492;OID=.;OPOS=24183677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:107:105:97:95:10:10:0.0952381:6:4:41:56:6:4:39:56 chr19 24183696 . T C 72.03 PASS AF=0.145833;AO=14;DP=96;FAO=14;FDP=96;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.0111021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.898;QD=3.00114;RBI=0.0111031;REFB=0.00138201;REVB=-0.00014478;RO=81;SAF=8;SAR=6;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21797;STB=0.641206;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00597826;OID=.;OPOS=24183696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:96:96:81:82:14:14:0.145833:6:8:32:49:6:8:33:49 chr19 24183714 . T C 83.33 PASS AF=0.170455;AO=14;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0216392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2632;QD=3.78786;RBI=0.0252135;REFB=-0.00783272;REVB=0.0129408;RO=73;SAF=9;SAR=5;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269032;STB=0.642672;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0298715;OID=.;OPOS=24183714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:88:88:73:73:14:15:0.170455:5:9:31:42:6:9:31:42 chr19 24183723 . T G 84.11 PASS AF=0.185185;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0319802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.441;QD=4.15353;RBI=0.0349491;REFB=-0.00959025;REVB=-0.0140963;RO=66;SAF=9;SAR=6;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199709;STB=0.629099;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0483066;OID=.;OPOS=24183723;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:81:81:66:66:15:15:0.185185:6:9:29:37:6:9:29:37 chr19 24183727 . A G 78.48 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00790234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.093;QD=3.9738;RBI=0.0201654;REFB=-0.00410294;REVB=0.0185525;RO=65;SAF=9;SAR=5;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262208;STB=0.671164;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0445576;OID=.;OPOS=24183727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:79:79:65:65:14:14:0.177215:5:9:28:37:5:9:28:37 chr19 24183731 . T C 77.74 PASS AF=0.177215;AO=12;DP=77;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00259379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.261;QD=3.936;RBI=0.0360798;REFB=-0.00125732;REVB=-0.0359864;RO=64;SAF=7;SAR=5;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19867;STB=0.682287;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0109017;OID=.;OPOS=24183731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:77:79:64:65:12:14:0.177215:5:7:27:37:5:9:27:38 chr19 24183734 . T C 71.46 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0370125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.85;QD=3.76121;RBI=0.037047;REFB=0.00431924;REVB=-0.00159856;RO=62;SAF=9;SAR=4;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352111;STB=0.724617;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0617094;OID=.;OPOS=24183734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:62:63:13:13:0.171053:4:9:25:37:4:9:26:37 chr19 24183736 . T C 71.47 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0115552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.491;QD=3.76183;RBI=0.0165101;REFB=0.00070302;REVB=-0.0117924;RO=63;SAF=9;SAR=4;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341824;STB=0.724617;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00853265;OID=.;OPOS=24183736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:63:63:13:13:0.171053:4:9:26:37:4:9:26:37 chr19 24183758 . A G 59.74 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0108576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.998;QD=3.51418;RBI=0.0157533;REFB=0.00030121;REVB=-0.011414;RO=57;SAF=9;SAR=2;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485054;STB=0.826189;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00637157;OID=.;OPOS=24183758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:57:57:11:11:0.161765:2:9:24:33:2:9:24:33 chr19 24184114 . A G 127.66 PASS AF=0.164384;AO=24;DP=146;FAO=24;FDP=146;FR=.;FRO=122;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=-0.0039813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.246;QD=3.4976;RBI=0.0412567;REFB=-0.00607106;REVB=0.0410642;RO=118;SAF=23;SAR=1;SRF=62;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.647944;STB=0.940912;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0180366;OID=.;OPOS=24184114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:118:122:24:24:0.164384:1:23:62:56:1:23:63:59 chr19 24184152 . G C 63.29 PASS AF=0.0983607;AO=18;DP=183;FAO=18;FDP=183;FR=.;FRO=165;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=83;FSRR=82;FWDB=0.00185623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.312;QD=1.38338;RBI=0.00204171;REFB=-0.00527723;REVB=-0.000850272;RO=165;SAF=15;SAR=3;SRF=83;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408618;STB=0.812257;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0324593;OID=.;OPOS=24184152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:183:183:165:165:18:18:0.0983607:3:15:83:82:3:15:83:82 chr19 24184156 . A G 68.03 PASS AF=0.102703;AO=18;DP=187;FAO=19;FDP=185;FR=.;FRO=166;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=85;FSRR=81;FWDB=-0.0242459;FXX=0.0211629;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.899;QD=1.47088;RBI=0.0278471;REFB=-0.00352646;REVB=-0.0136965;RO=169;SAF=14;SAR=4;SRF=85;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3349;STB=0.760908;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0537525;OID=.;OPOS=24184156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:187:185:169:166:18:19:0.102703:4:14:85:84:4:15:85:81 chr19 24184166 . A G 44.35 PASS AF=0.0806452;AO=14;DP=187;FAO=15;FDP=186;FR=.;FRO=171;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=82;FSRR=89;FWDB=-0.0220345;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.154;QD=0.953816;RBI=0.0361901;REFB=-0.0018487;REVB=-0.028709;RO=158;SAF=11;SAR=3;SRF=74;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359154;STB=0.796139;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0327182;OID=.;OPOS=24184166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:187:186:158:171:14:15:0.0806452:3:11:74:84:3:12:82:89 chr19 24310413 . G C 247.02 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0304649;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.948;QD=19.3738;RBI=0.031746;REFB=-0.00886536;REVB=0.00892736;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317299;STB=0.51063;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00528578;OID=.;OPOS=24310413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:22:25:26:26:0.509804:14:12:11:11:14:12:11:14 chr19 24311799 . ATTG A 90.22 PASS AF=0.315789;AO=17;DP=58;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.010487;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=3;MLLD=185.312;QD=6.33113;RBI=0.0123797;REFB=-0.00769114;REVB=0.00657873;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498251;STB=0.508762;STBP=0.953;TYPE=del;VARB=0.0202565;OID=.;OPOS=24311800;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:17:58:18:57:39:9:9:20:19:90:33:8:9:17:16 chr19 29698809 . G A 434.95 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0194103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.115;QD=15.2615;RBI=0.0231476;REFB=-0.00246774;REVB=0.0126116;RO=65;SAF=32;SAR=17;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199535;STB=0.612168;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00305148;OID=.;OPOS=29698809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:65:49:49:0.429825:17:32:30:35:17:32:30:35 chr19 29704002 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.63;QD=35.5759;RBI=0.0212621;REFB=0;REVB=0.00700876;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380851;OID=.;OPOS=29704002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 29704010 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.278;QD=35.5759;RBI=0.0352688;REFB=0;REVB=-0.0101905;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280099;OID=.;OPOS=29704010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 29724209 . A G 2293.27 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8759;QD=63.7018;RBI=0.101786;REFB=0;REVB=-0.00607378;RO=0;SAF=66;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.18654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228224;OID=.;OPOS=29724209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:78:66:0:0:78:66:0:0 chr19 30097268 . C G 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0415779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2358;QD=12.0821;RBI=0.0446927;REFB=-0.0093618;REVB=-0.0163925;RO=35;SAF=18;SAR=3;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2443;STB=0.644469;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0163138;OID=.;OPOS=30097268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:3:18:25:10:3:18:25:10 chr19 30165140 . C A 275.11 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00824748;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.99;QD=15.2839;RBI=0.0124059;REFB=-0.0192276;REVB=0.0092674;RO=41;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791833;STB=0.544837;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0261154;OID=.;OPOS=30165140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:41:31:31:0.430556:19:12:19:22:19:12:19:22 chr19 30165781 . C G 645.44 PASS AF=0.455172;AO=65;DP=146;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.051617;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1315;QD=17.8053;RBI=0.0521384;REFB=0.0064854;REVB=-0.00735557;RO=79;SAF=32;SAR=33;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736818;STB=0.529748;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00865259;OID=.;OPOS=30165781;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:79:79:65:66:0.455172:33:32:33:46:34:32:34:45 chr19 30414572 . C G 1547.26 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00658969;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.002;QD=57.8416;RBI=0.0299981;REFB=-0.0948533;REVB=0.0292654;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00136804;OID=.;OPOS=30414572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:107:0:2:105:105:0.981308:54:51:0:0:54:51:0:2 chr19 30414587 . G T 1751.4 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.035993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.172;QD=59.877;RBI=0.0399093;REFB=0.114308;REVB=0.0172412;RO=0;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18616e-08;STB=0.503999;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000562681;OID=.;OPOS=30414587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:115:116:0.991453:61:54:0:0:62:54:0:1 chr19 31769763 . G A 2274.98 PASS AF=0.981013;AO=151;DP=155;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00495435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.759;QD=57.5945;RBI=0.0384523;REFB=-0.123978;REVB=0.0381318;RO=1;SAF=66;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055635;STB=0.508379;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000406872;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:155:158:1:3:151:155:0.981013:85:66:0:1:88:67:0:3 chr19 32083696 . T C 3920.24 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000649868;FXX=0.00787371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.099;QD=62.226;RBI=0.0133359;REFB=0;REVB=0.0133201;RO=0;SAF=113;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.63296e-06;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:251:252:0:0:250:252:1:137:113:0:0:140:112:0:0 chr19 32873698 . A G 975.2 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504039;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.376;QD=58.2209;RBI=0.0303403;REFB=0;REVB=0.0299187;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897043;OID=.;OPOS=32873698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:34:30:0:0:34:33:0:0 chr19 32930069 . G A 1462.3 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3639;QD=62.8947;RBI=0.00721539;REFB=0;REVB=0.00219339;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123197;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:48:44:0:0:49:44:0:0 chr19 33088126 . TAG T 340.1 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0157678;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.984;QD=21.9419;RBI=0.0208519;REFB=-0.0162218;REVB=-0.0136447;RO=27;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268655;STB=0.519988;STBP=0.725;TYPE=del;VARB=0.0125839;OID=.;OPOS=33088127;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564516:34:61:35:62:27:21:14:15:12:99:27:20:14:15:12 chr19 33096786 . G A 463.42 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0221712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.952;QD=21.808;RBI=0.0283088;REFB=0.00295724;REVB=0.0176018;RO=38;SAF=23;SAR=22;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345593;STB=0.506538;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00349948;OID=.;OPOS=33096786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:40:45:45:0.529412:22:23:21:17:22:23:21:19 chr19 33096816 . C T 491.31 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0278736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6652;QD=25.1952;RBI=0.0435897;REFB=0.00799145;REVB=-0.0335131;RO=29;SAF=27;SAR=19;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000547541;STB=0.516178;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.00728667;OID=.;OPOS=33096816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:32:46:46:0.589744:19:27:17:12:19:27:20:12 chr19 33099277 . T C 255.15 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0169687;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4375;QD=12.6;RBI=0.100095;REFB=0.00315751;REVB=-0.0986458;RO=45;SAF=8;SAR=22;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162568;STB=0.565172;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00696804;OID=.;OPOS=33099277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:45:51:30:30:0.37037:22:8:18:27:22:8:18:33 chr19 33099305 . T C 361.22 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0112733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.933;QD=13.0167;RBI=0.0140757;REFB=-0.00289281;REVB=0.00842836;RO=65;SAF=11;SAR=32;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144503;STB=0.602228;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00377594;OID=.;OPOS=33099305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:65:68:43:43:0.387387:32:11:24:41:32:11:27:41 chr19 33099336 . A G 455.42 PASS AF=0.425;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=0.0290399;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5867;QD=15.1808;RBI=0.0293206;REFB=0.00377158;REVB=0.00404754;RO=66;SAF=16;SAR=35;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519881;STB=0.522379;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00522203;OID=.;OPOS=33099336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:66:69:51:51:0.425:35:16:21:45:35:16:24:45 chr19 33106621 . C T 581.89 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=124;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0204557;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.56;QD=18.9234;RBI=0.0216504;REFB=-0.0122702;REVB=-0.00709235;RO=62;SAF=28;SAR=32;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306966;STB=0.513039;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0133599;OID=.;OPOS=33106621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:62:63:60:60:0.487805:32:28:31:31:32:28:31:32 chr19 33117666 . T C 725.86 PASS AF=0.48125;AO=68;DP=153;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.00560458;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.43;QD=18.1465;RBI=0.0125117;REFB=-0.012586;REVB=0.0111862;RO=80;SAF=24;SAR=44;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363395;STB=0.51546;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0144471;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:160:80:83:68:77:0.48125:44:24:31:49:47:30:30:53 chr19 33167208 . C G 3107.49 PASS AF=0.506711;AO=301;DP=599;FAO=302;FDP=596;FR=.;FRO=294;FSAF=122;FSAR=180;FSRF=111;FSRR=183;FWDB=0.00104907;FXX=0.00666656;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.51;QD=20.8556;RBI=0.0100176;REFB=-0.0176828;REVB=-0.00996251;RO=286;SAF=122;SAR=179;SRF=111;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159892;STB=0.513603;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0162229;OID=.;OPOS=33167208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:599:596:286:294:301:302:0.506711:179:122:111:175:180:122:111:183 chr19 33168412 . C T 511.71 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0050806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.715;QD=19.6812;RBI=0.0148999;REFB=-0.0130136;REVB=-0.0140069;RO=51;SAF=19;SAR=34;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505491;STB=0.52794;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0142193;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:34:19:21:30:34:19:21:30 chr19 33183291 . G A 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0235786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3381;QD=29.1634;RBI=0.0236063;REFB=-0.0100125;REVB=0.00114296;RO=3;SAF=10;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400429;STB=0.731172;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.011301;OID=.;OPOS=33183291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:1:10:1:2:1:10:1:2 chr19 33183316 . A G 91.84 PASS AF=0.833333;AO=8;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0793874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.437;QD=30.6117;RBI=0.0846933;REFB=0.0118483;REVB=-0.0295058;RO=2;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426219;STB=0.749372;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00895364;OID=.;OPOS=33183316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:8:10:0.833333:1:7:0:2:1:9:0:2 chr19 33239450 . C G 417.68 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0035033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.194;QD=18.7721;RBI=0.012465;REFB=0.000716038;REVB=-0.0119626;RO=46;SAF=24;SAR=18;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168019;STB=0.597668;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00120722;OID=.;OPOS=33239450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:42:43:0.483146:18:24:18:28:18:25:18:28 chr19 33281924 . A G 1244.04 PASS AF=0.44863;AO=130;DP=289;FAO=131;FDP=292;FR=.;FRO=161;FSAF=88;FSAR=43;FSRF=114;FSRR=47;FWDB=0.0302709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3641;QD=17.0416;RBI=0.0513116;REFB=-0.00908336;REVB=-0.0414314;RO=159;SAF=87;SAR=43;SRF=113;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474468;STB=0.523061;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00904663;OID=.;OPOS=33281924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:292:159:161:130:131:0.44863:43:87:113:46:43:88:114:47 chr19 33333155 . G A 719.37 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00026643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.407;QD=19.0561;RBI=0.0056897;REFB=0.000516833;REVB=-0.00568346;RO=77;SAF=29;SAR=45;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475553;STB=0.52626;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.000500097;OID=.;OPOS=33333155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:77:74:74:0.490066:45:29:34:43:45:29:34:43 chr19 33353041 . G A 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0145178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.929;QD=19.4401;RBI=0.0201765;REFB=-0.00300795;REVB=0.0140116;RO=29;SAF=8;SAR=23;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572472;STB=0.531952;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00272354;OID=.;OPOS=33353041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:23:8:9:20:23:8:9:20 chr19 33353061 . G T 408.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0163931;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3484;QD=23.0035;RBI=0.0715289;REFB=-0.0347015;REVB=-0.0696251;RO=26;SAF=9;SAR=31;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344853;STB=0.53911;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0253754;OID=.;OPOS=33353061;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:26:31:40:40:0.56338:31:9:5:21:31:9:9:22 chr19 33353464 . G A 1091.9 PASS AF=0.49115;AO=111;DP=227;FAO=111;FDP=226;FR=.;FRO=115;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=41;FSRR=74;FWDB=-0.0201304;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9106;QD=19.3256;RBI=0.0304172;REFB=-0.0156859;REVB=0.0228029;RO=115;SAF=41;SAR=70;SRF=41;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128093;STB=0.507041;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.014241;OID=.;OPOS=33353464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:226:115:115:111:111:0.49115:70:41:41:74:70:41:41:74 chr19 33353854 . T C 568.82 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0217505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.704;QD=17.237;RBI=0.0311953;REFB=0.00515345;REVB=-0.0223621;RO=72;SAF=37;SAR=23;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183503;STB=0.602204;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00527964;OID=.;OPOS=33353854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:72:72:60:60:0.454545:23:37:31:41:23:37:31:41 chr19 33355055 . A G 570.84 PASS AF=0.454545;AO=53;DP=133;FAO=60;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0208421;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.831;QD=17.2982;RBI=0.0210099;REFB=-0.00855114;REVB=-0.00264941;RO=47;SAF=32;SAR=21;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150458;STB=0.529072;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00900073;OID=.;OPOS=33355055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:47:72:53:60:0.454545:21:32:36:11:26:34:37:35 chr19 33355081 . G A 587.07 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=156;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=0.00602476;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.937;QD=15.053;RBI=0.00668599;REFB=-0.0264563;REVB=0.0028991;RO=90;SAF=33;SAR=33;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228992;STB=0.512817;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0294201;OID=.;OPOS=33355081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:90:90:66:66:0.423077:33:33:43:47:33:33:43:47 chr19 33390796 . G A 2410.51 PASS AF=1;AO=154;DP=158;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233398;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.404;QD=59.8886;RBI=0.0391156;REFB=0;REVB=-0.0313892;RO=0;SAF=76;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00289452;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:161:0:0:154:161:1:78:76:0:0:82:79:0:0 chr19 33430816 . T G 3188.22 PASS AF=1;AO=205;DP=211;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717706;FXX=0.0325566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0323;QD=61.312;RBI=0.0906105;REFB=-0.0110373;REVB=0.0553104;RO=0;SAF=60;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157013;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:211:208:0:0:205:208:1:145:60:0:0:146:62:0:0 chr19 33439187 . G A 192.93 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00192418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9734;QD=13.7806;RBI=0.106564;REFB=-0.0185192;REVB=-0.106546;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219509;STB=0.62547;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0183484;OID=.;OPOS=33439187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:14:9:20:13:14:9:20:13 chr19 33444519 . A G 34.68 PASS AF=0.0706522;AO=13;DP=184;FAO=13;FDP=184;FR=.;FRO=171;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=90;FSRR=81;FWDB=0.0162386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3227;QD=0.753984;RBI=0.0423904;REFB=-0.00123282;REVB=-0.0391567;RO=168;SAF=8;SAR=5;SRF=87;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107598;STB=0.58391;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0316455;OID=.;OPOS=33444519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:184:184:168:171:13:13:0.0706522:5:8:87:81:5:8:90:81 chr19 33444556 . T C 554.34 PASS AF=0.315789;AO=72;DP=228;FAO=72;FDP=228;FR=.;FRO=156;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=76;FSRR=80;FWDB=-0.0295346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3873;QD=9.72519;RBI=0.0297518;REFB=0.0049451;REVB=-0.00358854;RO=153;SAF=48;SAR=24;SRF=76;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206764;STB=0.62647;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0173628;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:153:156:72:72:0.315789:24:48:76:77:24:48:76:80 chr19 33444576 . C T 473.25 PASS AF=0.272727;AO=66;DP=242;FAO=66;FDP=242;FR=.;FRO=176;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=83;FSRR=93;FWDB=0.0084321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.856;QD=7.82233;RBI=0.00923126;REFB=-0.00654774;REVB=-0.0037571;RO=170;SAF=48;SAR=18;SRF=81;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319455;STB=0.693148;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0123304;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:170:176:66:66:0.272727:18:48:81:89:18:48:83:93 chr19 33444588 . T G 419.74 PASS AF=0.253061;AO=62;DP=249;FAO=62;FDP=245;FR=.;FRO=183;FSAF=47;FSAR=15;FSRF=85;FSRR=98;FWDB=0.00479599;FXX=0.0316193;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.014;QD=6.8529;RBI=0.0164664;REFB=0.0014914;REVB=0.0157525;RO=151;SAF=47;SAR=15;SRF=62;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425742;STB=0.728356;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0084531;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:245:151:183:62:62:0.253061:15:47:62:89:15:47:85:98 chr19 33444707 . C T 303.64 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.0705148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.895;QD=14.6334;RBI=0.0707829;REFB=-0.0139928;REVB=-0.00615422;RO=46;SAF=10;SAR=24;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141993;STB=0.520821;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0245722;OID=.;OPOS=33444707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:46:49:34:34:0.409639:24:10:13:33:24:10:13:36 chr19 33467357 . G A 744.59 PASS AF=0.536765;AO=70;DP=135;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.00510837;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.789;QD=21.8996;RBI=0.0178943;REFB=-0.00983718;REVB=-0.0171497;RO=62;SAF=30;SAR=40;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651789;STB=0.528475;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0113433;OID=.;OPOS=33467357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:62:63:70:73:0.536765:40:30:22:40:42:31:23:40 chr19 33467515 . T C 680.05 PASS AF=0.48227;AO=68;DP=141;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.016126;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.38;QD=19.2921;RBI=0.0162984;REFB=-0.0151855;REVB=-0.00236405;RO=73;SAF=25;SAR=43;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958131;STB=0.553069;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0144691;OID=.;OPOS=33467515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:73:73:68:68:0.48227:43:25:34:39:43:25:34:39 chr19 33467576 . G A 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00634033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.33;QD=21.0641;RBI=0.0319229;REFB=-0.0153663;REVB=0.031287;RO=41;SAF=24;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050428;STB=0.527884;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0101972;OID=.;OPOS=33467576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:20:24:20:21:20:24:20:21 chr19 33490566 . T C 53.56 PASS AF=0.0766284;AO=20;DP=259;FAO=20;FDP=261;FR=.;FRO=241;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=105;FSRR=136;FWDB=-0.00381894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.454;QD=0.8209;RBI=0.0372978;REFB=-0.00151261;REVB=-0.0371018;RO=231;SAF=4;SAR=16;SRF=98;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27932;STB=0.741236;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0190771;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:259:261:231:241:20:20:0.0766284:16:4:98:133:16:4:105:136 chr19 33490585 . G A 197.58 PASS AF=0.16318;AO=39;DP=239;FAO=39;FDP=239;FR=.;FRO=200;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=80;FSRR=120;FWDB=0.0201046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.887;QD=3.30676;RBI=0.0229404;REFB=-4.30881e-05;REVB=0.0110484;RO=200;SAF=19;SAR=20;SRF=80;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113425;STB=0.573239;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00045436;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:200:200:39:39:0.16318:20:19:80:120:20:19:80:120 chr19 33605300 . A G 754.6 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.9;QD=54.8801;RBI=0.0300807;REFB=-0.0554221;REVB=-0.0168951;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154512;STB=0.508194;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000707827;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:30:24:0:1:30:24:0:1 chr19 33605312 . T C 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240851;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.584;QD=57.1425;RBI=0.0430964;REFB=0;REVB=-0.035738;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.6452e-05;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr19 33635761 . C T 325.9 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00498781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.368;QD=12.0704;RBI=0.0183833;REFB=-0.0105935;REVB=-0.0176937;RO=65;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855038;STB=0.561777;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0134608;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:68:40:40:0.37037:19:21:29:36:19:21:29:39 chr19 33668046 . G A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.268;QD=59.6784;RBI=0.00898462;REFB=0;REVB=-0.000526941;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04142e-05;OID=.;OPOS=33668046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:42:28:0:0:42:28:0:0 chr19 33693785 . G A 1540.58 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.784;QD=59.8283;RBI=0.0396555;REFB=0;REVB=-0.0340175;RO=0;SAF=36;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5112e-05;OID=.;OPOS=33693785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:67:36:0:0:67:36:0:0 chr19 33696354 . C T 2903.32 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.856;QD=63.1156;RBI=0.061754;REFB=0;REVB=0.0374961;RO=0;SAF=84;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108558;OID=.;OPOS=33696354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:184:0:0:183:184:1:99:84:0:0:100:84:0:0 chr19 33696621 . C T 6888.33 PASS AF=1;AO=431;DP=439;FAO=432;FDP=432;FR=.;FRO=0;FSAF=200;FSAR=232;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013272;FXX=0.015945;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2015;QD=63.7809;RBI=0.0353937;REFB=0;REVB=0.0328111;RO=0;SAF=200;SAR=231;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80877e-05;OID=.;OPOS=33696621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:439:432:0:0:431:432:1:231:200:0:0:232:200:0:0 chr19 33697546 . C T 1412.94 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.332;QD=62.7973;RBI=0.0550152;REFB=0;REVB=0.0479762;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24222e-05;OID=.;OPOS=33697546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:86:90:1:49:37:0:0:52:38:0:0 chr19 33698291 . T C 2159.3 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0590164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.647;QD=63.0452;RBI=0.0605752;REFB=0;REVB=-0.0136536;RO=0;SAF=55;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120902;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:82:55:0:0:82:55:0:0 chr19 33699695 . CTTTTTTTT CTTTTTTT,CTTTTTTTC,TCTTTTTTT 87.93 PASS AF=0.380282,0.0422535,0;AO=14,9,4;DP=68;FAO=27,3,0;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=15,2,0;FSAR=12,1,0;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0360142,-0.00789333,-0.0186285;FXX=0.013887;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=6.96985,22.5914,11.7024;QD=4.95385;RBI=0.297969,0.0834087,0.0936487;REFB=-0.134548,-0.0766443,-0.0463534;REVB=0.295785,0.0830344,0.0917772;RO=34;SAF=8,7,4;SAR=6,2,0;SRF=14;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.184924,0.439148,0.626605;STB=0.569981,0.704568,0.5;STBP=0.377,0.557,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.147647,0.0764534,0.00889645;OID=.,.,.;OPOS=33699696,33699703,33699695;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CTTTTTTT,CTTTTTTTC,TCTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:68:71:34:41:14,9,4:27,3,0:0.380282,0.0422535,0:6,2,0:8,7,4:14:20:12,1,0:15,2,0:18:23 chr19 33700281 . C A 2881.01 PASS AF=0.956098;AO=196;DP=205;FAO=196;FDP=205;FR=.;FRO=9;FSAF=91;FSAR=105;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0397386;FXX=0.00485413;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.623;QD=56.2148;RBI=0.0401645;REFB=-0.151235;REVB=0.00583324;RO=6;SAF=91;SAR=105;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00202864;STB=0.500876;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.000382232;OID=.;OPOS=33700281;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:205:205:6:9:196:196:0.956098:105:91:3:3:105:91:4:5 chr19 33872032 . ATTTTTTG ATTTTTG,ATTTTTGT,TATTTTTG 296.55 PASS AF=0.893333,0,0;AO=36,9,3;DP=76;FAO=67,0,0;FDP=75;FR=.;FRO=8;FSAF=28,0,0;FSAR=39,0,0;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.170346,-0.204085,0.0340541;FXX=0.0131562;HRUN=6,6,1;LEN=1,2,2;MLLD=7.5713,16.5609,15.5377;QD=15.816;RBI=0.170574,0.20412,0.0939891;REFB=-0.10967,-0.0621679,-0.00693891;REVB=0.00880851,-0.00377007,-0.0876029;RO=18;SAF=8,9,0;SAR=28,0,3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0.335294,0,0;SSSB=-0.0923678,0.80185,-0.550424;STB=0.532442,0.5,0.5;STBP=0.127,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0969296,0,0;OID=.,.,.;OPOS=33872033,33872038,33872032;OREF=T,TG,AT;OALT=-,GT,TA;OMAPALT=ATTTTTG,ATTTTTGT,TATTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:76:75:18:8:36,9,3:67,0,0:0.893333,0,0:28,0,3:8,9,0:6:12:39,0,0:28,0,0:1:7 chr19 33873534 . TA T,TT 309.58 PASS AF=0.361111,0.180556;AO=15,10;DP=62;FAO=26,13;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=16,6;FSAR=10,7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.110167,0.0900497;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.5364,18.9787;QD=17.1987;RBI=0.118998,0.0901248;REFB=-0.0229413,-0.0672506;REVB=0.0449859,-0.00367888;RO=30;SAF=10,3;SAR=5,7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.228651,-0.209204;STB=0.590958,0.505043;STBP=0.226,0.973;TYPE=del,snp;VARB=0.0153675,0.0185793;OID=.,.;OPOS=33873535,33873535;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111,0.180556:15,10:62:26,13:72:33:16,6:10,7:15:18:99:30:10,3:5,7:14:16 chr19 33878837 . G A 1830.19 PASS AF=0.43722;AO=192;DP=447;FAO=195;FDP=446;FR=.;FRO=251;FSAF=72;FSAR=123;FSRF=113;FSRR=138;FWDB=0.0874571;FXX=0.00223709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9243;QD=16.4142;RBI=0.0877659;REFB=0.00673369;REVB=0.00735578;RO=252;SAF=71;SAR=121;SRF=114;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881972;STB=0.547688;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00975761;OID=.;OPOS=33878837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:446:252:251:192:195:0.43722:121:71:114:138:123:72:113:138 chr19 34717292 . T C 34.1 PASS AF=0.384615;AO=6;DP=15;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00379048;FXX=0.133244;HRUN=23;LEN=1;MLLD=57.4152;QD=10.4928;RBI=0.024821;REFB=-0.127909;REVB=-0.0245298;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162008;STB=0.562247;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0172023;OID=.;OPOS=34717292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:15:13:8:8:6:5:0.384615:2:4:4:4:2:3:4:4 chr19 34842488 . T C 1731.27 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.421;QD=60.7463;RBI=0.0154522;REFB=0;REVB=-0.0113183;RO=0;SAF=43;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51868e-05;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:71:43:0:0:71:43:0:0 chr19 34843761 . C A 273.16 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0219699;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.399;QD=45.5272;RBI=0.0219919;REFB=-0.125184;REVB=0.000983371;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.529386;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000934809;OID=.;OPOS=34843761;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:0:2:22:22:0.916667:16:6:0:0:16:6:0:2 chr19 34959979 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.371;QD=60.2046;RBI=0.0377571;REFB=0;REVB=0.0321276;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40174e-05;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr19 34972146 . G C 3534.17 PASS AF=0.94902;AO=239;DP=253;FAO=242;FDP=255;FR=.;FRO=13;FSAF=98;FSAR=144;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0779629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6711;QD=55.438;RBI=0.0782816;REFB=-0.148303;REVB=0.00705639;RO=14;SAF=96;SAR=143;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416686;STB=0.519125;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0059247;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:253:255:14:13:239:242:0.94902:143:96:11:3:144:98:10:3 chr19 35170730 . T C 652.67 PASS AF=0.458904;AO=66;DP=147;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.026929;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.182;QD=17.8813;RBI=0.126638;REFB=-0.0180881;REVB=0.123741;RO=80;SAF=45;SAR=21;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892339;STB=0.538242;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0282716;OID=.;OPOS=35170730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:80:79:66:67:0.458904:21:45:48:32:22:45:48:31 chr19 35175208 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0485957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5544;QD=17.3211;RBI=0.0487681;REFB=0.0113417;REVB=-0.00409764;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371685;STB=0.711971;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00370591;OID=.;OPOS=35175208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:13:5:11:5:13:5 chr19 35175592 . G A 378.33 PASS AF=0.356589;AO=46;DP=129;FAO=46;FDP=129;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=-0.0260158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.662;QD=11.7312;RBI=0.0290127;REFB=6.94367e-05;REVB=-0.0128418;RO=81;SAF=19;SAR=27;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496643;STB=0.526471;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.000461498;OID=.;OPOS=35175592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:81:83:46:46:0.356589:27:19:30:51:27:19:31:52 chr19 35175775 . C T 600.22 PASS AF=0.476923;AO=60;DP=128;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00397656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.241;QD=18.4684;RBI=0.0175911;REFB=-0.0184335;REVB=0.0171357;RO=68;SAF=31;SAR=29;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581054;STB=0.539898;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0219829;OID=.;OPOS=35175775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:68:68:60:62:0.476923:29:31:31:37:29:33:31:37 chr19 35270362 . G C 1750.75 PASS AF=0.540193;AO=167;DP=312;FAO=168;FDP=311;FR=.;FRO=143;FSAF=87;FSAR=81;FSRF=79;FSRR=64;FWDB=-0.0157421;FXX=0.00955384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0722;QD=22.5177;RBI=0.04168;REFB=-0.0103362;REVB=0.0385929;RO=142;SAF=87;SAR=80;SRF=79;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299587;STB=0.515941;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00916777;OID=.;OPOS=35270362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:311:142:143:167:168:0.540193:80:87:79:63:81:87:79:64 chr19 35420841 . A G 730.13 PASS AF=0.472393;AO=77;DP=164;FAO=77;FDP=163;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=57;FWDB=-0.00215414;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.365;QD=17.9173;RBI=0.0157427;REFB=-0.00517671;REVB=-0.0155946;RO=86;SAF=37;SAR=40;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138032;STB=0.576157;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00626538;OID=.;OPOS=35420841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:86:86:77:77:0.472393:40:37:29:57:40:37:29:57 chr19 35433604 . G T 157.73 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0742659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2476;QD=11.2662;RBI=0.07838;REFB=0.0249724;REVB=0.02506;RO=36;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236114;STB=0.636712;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0425239;OID=.;OPOS=35433604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:9:11:12:24:9:11:12:24 chr19 35434238 . A G 1410.25 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275326;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.965;QD=62.6776;RBI=0.02771;REFB=0;REVB=0.00313066;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305964;OID=.;OPOS=35434238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:46:42:0:0:47:43:0:0 chr19 35434512 . T C 1693.85 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.146;QD=59.4333;RBI=0.0102296;REFB=-0.0544436;REVB=-0.00531311;RO=1;SAF=52;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904204;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001768;OID=.;OPOS=35434512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:112:114:1:0:110:114:1:58:52:1:0:58:56:0:0 chr19 35435006 . G A 1189.29 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.399;QD=60.9892;RBI=0.0278014;REFB=0;REVB=-0.0240408;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68439e-07;OID=.;OPOS=35435006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:39:37:0:0:39:39:0:0 chr19 35435069 . A G 494.3 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00715394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.67;QD=18.8305;RBI=0.0111784;REFB=-0.0252264;REVB=0.00858934;RO=53;SAF=28;SAR=24;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609031;STB=0.533711;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0309874;OID=.;OPOS=35435069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:53:52:52:0.495238:24:28:25:28:24:28:25:28 chr19 35435589 . C T 241.6 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0275451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2566;QD=21.9636;RBI=0.0477078;REFB=-0.0221712;REVB=-0.0389526;RO=21;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269807;STB=0.515138;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0201964;OID=.;OPOS=35435589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:17:6:6:15:17:6:6:15 chr19 35449082 . G A 1326.9 PASS AF=0.463576;AO=140;DP=302;FAO=140;FDP=302;FR=.;FRO=162;FSAF=72;FSAR=68;FSRF=86;FSRR=76;FWDB=0.0137924;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6164;QD=17.5748;RBI=0.0141236;REFB=-0.0176843;REVB=0.00304057;RO=154;SAF=72;SAR=68;SRF=81;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111319;STB=0.508904;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.030875;OID=.;OPOS=35449082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:154:162:140:140:0.463576:68:72:81:73:68:72:86:76 chr19 35449409 . G A 375.71 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0106315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.291;QD=23.8548;RBI=0.0154334;REFB=-0.0353482;REVB=0.0111876;RO=26;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202749;STB=0.611538;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0151304;OID=.;OPOS=35449409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:24:13:16:10:24:13:16:10 chr19 35449760 . G C 507.25 PASS AF=0.45082;AO=54;DP=121;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.00765896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.515;QD=16.631;RBI=0.00797445;REFB=-0.000134301;REVB=0.00222086;RO=67;SAF=26;SAR=28;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484201;STB=0.531929;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000155671;OID=.;OPOS=35449760;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:67:67:54:55:0.45082:28:26:29:38:28:27:29:38 chr19 35450229 . C G,T 1788.57 PASS AF=0.0819672,0.909836;AO=10,111;DP=122;FAO=10,111;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=1,48;FSAR=9,63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0399272,-0.00937415;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.3879,256.739;QD=58.6416;RBI=0.0783513,0.00939088;REFB=0.0158505,-0.0112131;REVB=-0.0674148,0.000560301;RO=0;SAF=1,48;SAR=9,63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,-3.46823e-08;STB=0.666259,0.505154;STBP=0.073,0.284;TYPE=snp,snp;VARB=0.123211,7.19266e-05;OID=.,.;OPOS=35450229,35450229;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:122:122:0:1:10,111:10,111:0.0819672,0.909836:9,63:1,48:0:0:9,63:1,48:1:0 chr19 35487125 . G A 857.93 PASS AF=0.473958;AO=60;DP=187;FAO=91;FDP=192;FR=.;FRO=101;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=64;FWDB=0.0363404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0445;QD=17.8735;RBI=0.037302;REFB=-0.0256018;REVB=-0.00841499;RO=78;SAF=16;SAR=44;SRF=23;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035708;STB=0.545127;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0437523;OID=.;OPOS=35487125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:192:78:101:60:91:0.473958:44:16:23:55:50:41:37:64 chr19 35501051 . T C 338.74 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.027057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.188;QD=15.2242;RBI=0.027057;REFB=-0.0190213;REVB=3.8869e-05;RO=52;SAF=15;SAR=22;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118739;STB=0.567183;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0254314;OID=.;OPOS=35501051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:22:15:27:25:22:15:27:25 chr19 35506729 . G A 1608.16 PASS AF=0.493865;AO=161;DP=328;FAO=161;FDP=326;FR=.;FRO=165;FSAF=88;FSAR=73;FSRF=93;FSRR=72;FWDB=-0.00931454;FXX=0.00609737;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.755;QD=19.732;RBI=0.0116422;REFB=-0.0244128;REVB=0.00698431;RO=165;SAF=88;SAR=73;SRF=93;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158996;STB=0.50872;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0269977;OID=.;OPOS=35506729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:326:165:165:161:161:0.493865:73:88:93:72:73:88:93:72 chr19 35510102 . G C 682.96 PASS AF=0.448485;AO=73;DP=164;FAO=74;FDP=165;FR=.;FRO=91;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=61;FWDB=0.0565468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.506;QD=16.5566;RBI=0.0579759;REFB=-0.0204361;REVB=0.0127933;RO=90;SAF=31;SAR=42;SRF=29;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106205;STB=0.558629;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0246392;OID=.;OPOS=35510102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:90:91:73:74:0.448485:42:31:29:61:42:32:30:61 chr19 35524824 . T C 779.28 PASS AF=0.455556;AO=81;DP=179;FAO=82;FDP=180;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=0.000769547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.32;QD=17.3172;RBI=0.0184922;REFB=-0.0188105;REVB=0.0184761;RO=97;SAF=30;SAR=51;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000803646;STB=0.506836;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.022961;OID=.;OPOS=35524824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:97:98:81:82:0.455556:51:30:36:61:52:30:37:61 chr19 35524939 . C A 311.78 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0229763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.124;QD=16.6283;RBI=0.0476098;REFB=-0.0163379;REVB=-0.0416987;RO=41;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717448;STB=0.540207;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0181904;OID=.;OPOS=35524939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:20:14:14:27:20:14:14:27 chr19 35524944 . G C 288.32 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0154809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.632;QD=16.2436;RBI=0.0234314;REFB=0.012577;REVB=-0.017589;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00890371;STB=0.509428;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.0131359;OID=.;OPOS=35524944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:37:39:31:32:0.450704:19:12:14:23:20:12:14:25 chr19 35577870 . G A 980.37 PASS AF=0.530726;AO=94;DP=178;FAO=95;FDP=179;FR=.;FRO=84;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.00746233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5283;QD=21.9077;RBI=0.0595606;REFB=-0.00450581;REVB=0.0590913;RO=82;SAF=51;SAR=43;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00534663;STB=0.505088;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00331136;OID=.;OPOS=35577870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:82:84:94:95:0.530726:43:51:45:37:44:51:46:38 chr19 35590180 . T A 1560.66 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157598;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.272;QD=60.0255;RBI=0.0486396;REFB=0;REVB=0.0460157;RO=0;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.71779e-06;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:104:104:1:61:43:0:0:61:43:0:0 chr19 35597352 . T C,G 1632.74 PASS AF=0.93913,0.0608696;AO=96,9;DP=105;FAO=108,7;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=39,7;FSAR=69,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665385,0.00509152;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.591,92.7157;QD=56.7911;RBI=0.0673905,0.0373894;REFB=0,0;REVB=0.0670612,0.0370411;RO=0;SAF=37,9;SAR=59,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78952e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00367653,0.0398121;OID=.,.;OPOS=35597352,35597352;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:105:115:0:0:96,9:108,7:0.93913,0.0608696:59,0:37,9:0:0:69,0:39,7:0:0 chr19 35597462 . A G 443.73 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.0088158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.935;QD=17.2323;RBI=0.0164103;REFB=-0.0191053;REVB=-0.0138413;RO=55;SAF=29;SAR=19;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277549;STB=0.654073;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0189389;OID=.;OPOS=35597462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:55:48:48:0.466019:19:29:17:38:19:29:17:38 chr19 35597620 . C T 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.031025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.064;QD=15.3562;RBI=0.0401291;REFB=0.00334827;REVB=-0.0254519;RO=43;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218196;STB=0.627833;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00492201;OID=.;OPOS=35597620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:15:18:14:29:15:18:14:30 chr19 35597729 . C T 183.04 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.00559727;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.3997;QD=13.3123;RBI=0.0111151;REFB=-0.0200264;REVB=-0.00960288;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185369;STB=0.61215;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0126501;OID=.;OPOS=35597729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:12:10:9:23:12:10:9:24 chr19 35610245 . A G 2158.56 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7184;QD=62.5671;RBI=0.0121094;REFB=0;REVB=0.0020791;RO=0;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35857e-05;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:73:64:0:0:74:64:0:0 chr19 35612159 . C G 464.94 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=96;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.0622771;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.2126;QD=19.5763;RBI=0.0984716;REFB=-0.0152993;REVB=0.0762773;RO=45;SAF=16;SAR=29;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444216;STB=0.536067;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0133592;OID=.;OPOS=35612159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:45:49:45:46:0.484211:29:16:14:31:30:16:14:35 chr19 35614336 . T C 666.24 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0619888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6865;QD=19.0355;RBI=0.0653792;REFB=0.00218944;REVB=-0.0207804;RO=69;SAF=30;SAR=37;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813976;STB=0.552223;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0058904;OID=.;OPOS=35614336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:69:73:67:67:0.478571:37:30:37:32:37:30:40:33 chr19 35622695 . A G 2516.04 PASS AF=1;AO=161;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.587;QD=61.3668;RBI=0.0377806;REFB=0;REVB=-0.0361297;RO=0;SAF=76;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139531;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:161:164:1:85:76:0:0:86:78:0:0 chr19 35631561 . TGGGG TGGGA,TGGG 90.59 PASS AF=0.0559441,0.174825;AO=8,29;DP=144;FAO=8,25;FDP=143;FR=.;FRO=110;FSAF=8,19;FSAR=0,6;FSRF=24;FSRR=86;FWDB=-0.0663592,-0.0562204;FXX=0.00694396;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=243.77,11.9145;QD=2.53404;RBI=0.0667269,0.189476;REFB=-0.0036489,-0.0779664;REVB=0.00699555,0.180943;RO=94;SAF=8,24;SAR=0,5;SRF=18;SRR=76;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.742281,0.691298;STB=0.999322,0.871169;STBP=0,0;TYPE=snp,del;VARB=0.147958,0.0705215;OID=.,.;OPOS=35631565,35631562;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGGGA,TGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0559441,0.174825:8,29:144:8,25:143:110:8,19:0,6:24:86:52:94:8,24:0,5:18:76 chr19 35644855 . T C 1160.3 PASS AF=0.376022;AO=132;DP=361;FAO=138;FDP=367;FR=.;FRO=229;FSAF=45;FSAR=93;FSRF=91;FSRR=138;FWDB=0.0280156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1745;QD=12.6464;RBI=0.0282577;REFB=-0.00833415;REVB=-0.00369104;RO=228;SAF=39;SAR=93;SRF=90;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125277;STB=0.54888;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0115115;OID=.;OPOS=35644855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:367:228:229:132:138:0.376022:93:39:90:138:93:45:91:138 chr19 35648365 . T G 2749.06 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.556;QD=62.4787;RBI=0.0605168;REFB=0;REVB=0.04131;RO=0;SAF=89;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107676;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:176:176:1:87:89:0:0:87:89:0:0 chr19 35649324 . C G 1318.85 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.57;QD=62.0637;RBI=0.0221865;REFB=0;REVB=0.00964927;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78293e-05;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:48:35:0:0:49:36:0:0 chr19 35655151 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.24;QD=57.2356;RBI=0.00739109;REFB=0;REVB=-0.00178667;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60161e-05;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr19 35660508 . G A 1568.58 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7559;QD=58.0957;RBI=0.0493952;REFB=-0.0618571;REVB=0.0487465;RO=1;SAF=61;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077163;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131986;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:106:108:1:0:104:108:1:43:61:1:0:46:62:0:0 chr19 35719020 . C T 572.01 PASS AF=0.429577;AO=61;DP=142;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0438284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.426;QD=16.1128;RBI=0.0438777;REFB=-0.00146541;REVB=-0.00207913;RO=81;SAF=29;SAR=32;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313784;STB=0.517554;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00192269;OID=.;OPOS=35719020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:81:81:61:61:0.429577:32:29:41:40:32:29:41:40 chr19 35719106 . A G 412.67 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00053963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5074;QD=18.7577;RBI=0.0106039;REFB=-0.0176304;REVB=0.0105901;RO=45;SAF=19;SAR=23;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116177;STB=0.558827;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0124485;OID=.;OPOS=35719106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:46:42:42:0.477273:23:19:26:19:23:19:26:20 chr19 35757427 . G A 900.52 PASS AF=0.508475;AO=88;DP=175;FAO=90;FDP=177;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=67;FSRF=31;FSRR=56;FWDB=0.00161874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.42;QD=20.3508;RBI=0.0183621;REFB=-0.0203968;REVB=0.0182906;RO=86;SAF=23;SAR=65;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108381;STB=0.561177;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0209298;OID=.;OPOS=35757427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:86:87:88:90:0.508475:65:23:31:55:67:23:31:56 chr19 35758275 . G GGGA 1255.26 PASS AF=0.418182;AO=132;DP=333;FAO=138;FDP=330;FR=.;FRO=192;FSAF=50;FSAR=88;FSRF=89;FSRR=103;FWDB=-0.0200419;FXX=0.0207709;HRUN=3;LEN=3;MLLD=181.898;QD=15.2152;RBI=0.030515;REFB=-0.0136545;REVB=-0.0230105;RO=199;SAF=50;SAR=82;SRF=90;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818015;STB=0.561555;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=0.0203415;OID=.;OPOS=35758276;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418182:132:333:138:330:192:50:88:89:103:99:199:50:82:90:109 chr19 35790503 . G A 1470.5 PASS AF=0.550607;AO=135;DP=247;FAO=136;FDP=247;FR=.;FRO=111;FSAF=82;FSAR=54;FSRF=70;FSRR=41;FWDB=-0.000927797;FXX=0.0040321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2099;QD=23.8138;RBI=0.104774;REFB=0.00786945;REVB=0.10477;RO=111;SAF=82;SAR=53;SRF=70;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202818;STB=0.513062;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00619211;OID=.;OPOS=35790503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:111:111:135:136:0.550607:53:82:70:41:54:82:70:41 chr19 35790644 . GC AA 756.74 PASS AF=0.473054;AO=77;DP=166;FAO=79;FDP=167;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.000491118;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.408;QD=18.1254;RBI=0.0564047;REFB=0.00175738;REVB=0.0564026;RO=86;SAF=38;SAR=39;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615968;STB=0.53391;STBP=0.406;TYPE=mnp;VARB=-0.00164757;OID=.;OPOS=35790644;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:86:88:77:79:0.473054:39:38:48:38:41:38:48:40 chr19 35793589 . C T 466.26 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0200981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.316;QD=13.815;RBI=0.0220663;REFB=-0.014303;REVB=-0.00910981;RO=82;SAF=29;SAR=24;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898938;STB=0.550819;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.019847;OID=.;OPOS=35793589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:82:82:53:53:0.392593:24:29:38:44:24:29:38:44 chr19 35843086 . G A 3673.7 PASS AF=1;AO=231;DP=235;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338435;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9447;QD=62.7984;RBI=0.107596;REFB=0.0160608;REVB=0.102135;RO=3;SAF=114;SAR=117;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120603;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117022;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:235:234:3:0:231:234:1:117:114:0:3:120:114:0:0 chr19 35849926 . G A 3134.69 PASS AF=0.483821;AO=312;DP=649;FAO=314;FDP=649;FR=.;FRO=335;FSAF=155;FSAR=159;FSRF=176;FSRR=159;FWDB=0.00613071;FXX=0.00153844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.235;QD=19.3201;RBI=0.043624;REFB=-0.0198887;REVB=0.0431911;RO=325;SAF=153;SAR=159;SRF=173;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390372;STB=0.51638;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0221332;OID=.;OPOS=35849926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:649:649:325:335:312:314:0.483821:159:153:173:152:159:155:176:159 chr19 35850672 . T C 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0165835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.214;QD=16.4805;RBI=0.0167692;REFB=-0.0191699;REVB=-0.00248825;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335463;STB=0.519211;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0216347;OID=.;OPOS=35850672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:14:11:9:10:14:11 chr19 35851239 . G A 179.76 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0129865;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.319;QD=15.6309;RBI=0.0134985;REFB=-0.0126073;REVB=-0.00368242;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335463;STB=0.517223;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0185389;OID=.;OPOS=35851239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:25:27:19:19:0.413043:10:9:11:14:10:9:12:15 chr19 35863707 . G A 258.37 PASS AF=0.5;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.000860322;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.412;QD=18.455;RBI=0.0472745;REFB=-0.0170781;REVB=0.0472667;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114311;STB=0.55641;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.021957;OID=.;OPOS=35863707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:28:28:28:0.5:18:10:13:14:18:10:13:15 chr19 35863809 . T A 318.86 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.03078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5356;QD=26.5717;RBI=0.0406401;REFB=-0.0218453;REVB=-0.026537;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113153;STB=0.562456;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00895775;OID=.;OPOS=35863809;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:14:14:7:13:14:14:7:13 chr19 35991373 . C T 2224.73 PASS AF=0.974194;AO=150;DP=155;FAO=151;FDP=155;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0264124;FXX=0.0251557;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.312;QD=57.4124;RBI=0.0665471;REFB=0.0109671;REVB=0.061081;RO=3;SAF=69;SAR=81;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00774974;STB=0.507422;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000389934;OID=.;OPOS=35991373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:155:155:3:4:150:151:0.974194:81:69:2:1:81:70:3:1 chr19 35991442 . T G 2331.99 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320058;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.789;QD=60.9672;RBI=0.0329299;REFB=0;REVB=-0.00774616;RO=0;SAF=58;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9533e-05;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:153:0:0:150:153:1:92:58:0:0:93:60:0:0 chr19 35993760 . GC CG,GCG 33.55 PASS AF=0,0.136364;AO=3,9;DP=67;FAO=0,9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.03584,-0.0214773;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=2,1;MLLD=58.3469,46.6149;QD=2.03316;RBI=0.0537053,0.0523019;REFB=-0.00375114,-0.00643006;REVB=-0.0399969,-0.0476887;RO=54;SAF=3,8;SAR=0,1;SRF=31;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.425749,0.450053;STB=0.5,0.819677;STBP=1,0.07;TYPE=mnp,ins;VARB=0.188063,0.155665;OID=.,.;OPOS=35993760,35993762;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:67:66:54:57:3,9:0,9:0,0.136364:0,1:3,8:31:23:0,1:0,8:34:23 chr19 35993770 . TG GT,T,TGG 34.82 PASS AF=0.0491803,0,0.278689;AO=3,9,15;DP=61;FAO=3,0,17;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=1,0,15;FSAR=2,0,2;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00620174,-0.000407075,0.00438801;FXX=0.0161264;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=216.188,11.0918,8.073;QD=2.28299;RBI=0.0882447,0.257915,0.250606;REFB=0.00688984,0.0405318,-0.0340467;REVB=-0.0880265,-0.257914,0.250568;RO=31;SAF=1,3,13;SAR=2,6,2;SRF=23;SRR=8;SSEN=0,0.676471,0;SSEP=0,0.576271,0;SSSB=-0.418068,-0.464398,0.234654;STB=0.759039,0.5,0.75631;STBP=0.471,1,0.03;TYPE=mnp,del,ins;VARB=0.171445,0.0715556,0.136462;OID=.,.,.;OPOS=35993770,35993771,35993771;OREF=TG,G,-;OALT=GT,-,G;OMAPALT=GT,T,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:31:61:61:31:41:3,9,15:3,0,17:0.0491803,0,0.278689:2,6,2:1,3,13:23:8:2,0,2:1,0,15:26:15 chr19 35994383 . TTTTTTTT GTTTTTTG 224.66 PASS AF=0.769231;AO=3;DP=25;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0462789;FXX=0.297217;HRUN=19;LEN=8;MLLD=202.799;QD=34.5631;RBI=0.0474287;REFB=-0.0614619;REVB=0.0103797;RO=0;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599908;STBP=0.083;TYPE=mnp;VARB=0.015885;OID=.;OPOS=35994383;OREF=TTTTTTTT;OALT=GTTTTTTG;OMAPALT=GTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:0:6:3:20:0.769231:3:0:0:0:8:12:6:0 chr19 36002361 . ACTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG A 50.0 PASS AO=51;DP=121;LEN=51;RO=70;SAF=35;SAR=31;SRF=16;SRR=39;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=36002362;OREF=CTGCTGCCACCACTGCTGCCGCCACTGCTGCCGCCACTGCTGCTGCCACTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:121:70:51:31:35:16:39 chr19 36002381 . C T 808.57 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00847515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.249;QD=53.9045;RBI=0.00989182;REFB=0.141905;REVB=0.00510098;RO=2;SAF=36;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254872;STB=0.513509;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00121626;OID=.;OPOS=36002381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:22:36:2:0:22:36:2:0 chr19 36002392 . CC CT,TT 402.7 PASS AF=0.534884,0.232558;AO=23,10;DP=43;FAO=23,10;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=15,0;FSAR=8,10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00190348,0.0378303;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=129.971,78.6869;QD=37.4602;RBI=0.0304181,0.0386825;REFB=-0.0829758,-0.0481001;REVB=-0.0303585,0.00807459;RO=10;SAF=15,0;SAR=8,10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.145433,-0.78946;STB=0.580039,0.998396;STBP=0.162,0.008;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0145399,0.0413275;OID=.,.;OPOS=36002393,36002392;OREF=C,CC;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:80:43:43:10:10:23,10:23,10:0.534884,0.232558:8,10:15,0:4:6:8,10:15,0:4:6 chr19 36002405 . T C 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00589486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.119;QD=7.47112;RBI=0.0100216;REFB=-0.0315204;REVB=-0.00810452;RO=32;SAF=3;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348076;STB=0.717549;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0511387;OID=.;OPOS=36002405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:8:3:18:14:8:3:18:14 chr19 36002710 . C A 2429.76 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186985;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.132;QD=61.513;RBI=0.0340635;REFB=0;REVB=0.0284725;RO=0;SAF=66;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82909e-05;OID=.;OPOS=36002710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:158:0:0:157:158:1:91:66:0:0:92:66:0:0 chr19 36004106 . A G 1524.06 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00370985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6813;QD=58.6175;RBI=0.0240672;REFB=-0.11444;REVB=-0.0237795;RO=1;SAF=41;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114312;STB=0.505881;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000985552;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:1:1:102:103:0.990385:61:41:1:0:61:42:1:0 chr19 36004171 . C A 450.97 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.000122879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.227;QD=21.9987;RBI=0.0145957;REFB=-0.0232203;REVB=0.0145952;RO=38;SAF=13;SAR=31;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14281;STB=0.579041;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0224999;OID=.;OPOS=36004171;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:31:13:17:21:31:13:17:21 chr19 36048741 . G T 263.52 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=-0.0376462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.004;QD=17.5683;RBI=0.0385568;REFB=-0.0128812;REVB=0.00833017;RO=31;SAF=4;SAR=25;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175077;STB=0.509797;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0137622;OID=.;OPOS=36048741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:25:4:4:27:25:4:4:27 chr19 36050969 . A G 420.95 PASS AF=0.506024;AO=43;DP=84;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00324881;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.447;QD=20.2869;RBI=0.0701751;REFB=-0.00166424;REVB=-0.0700999;RO=38;SAF=25;SAR=18;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047629;STB=0.505261;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00148229;OID=.;OPOS=36050969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:38:41:43:42:0.506024:18:25:20:18:18:24:23:18 chr19 36066570 . A G 9732.02 PASS AF=0.898148;AO=672;DP=752;FAO=679;FDP=756;FR=.;FRO=77;FSAF=282;FSAR=397;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.00128262;FXX=0.00395252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.877;QD=51.4922;RBI=0.00770055;REFB=0.0012424;REVB=-0.00759298;RO=76;SAF=280;SAR=392;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113068;STB=0.506821;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.000128323;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:752:756:76:77:672:679:0.898148:392:280:36:40:397:282:37:40 chr19 36066577 . A G 9595.32 PASS AF=0.899593;AO=657;DP=734;FAO=663;FDP=737;FR=.;FRO=74;FSAF=282;FSAR=381;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.00871505;FXX=0.00539804;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.277;QD=52.0777;RBI=0.0667483;REFB=-0.0144409;REVB=0.0661769;RO=74;SAF=280;SAR=377;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388707;STB=0.502115;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00131255;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:734:737:74:74:657:663:0.899593:377:280:33:41:381:282:33:41 chr19 36066634 . A G 8010.03 PASS AF=0.904065;AO=551;DP=611;FAO=556;FDP=615;FR=.;FRO=59;FSAF=274;FSAR=282;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.011746;FXX=0.00162335;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.91;QD=52.0978;RBI=0.0411973;REFB=0.0207201;REVB=-0.0394873;RO=59;SAF=271;SAR=280;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125315;STB=0.506629;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00535638;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:611:615:59:59:551:556:0.904065:280:271:25:34:282:274:25:34 chr19 36066642 . A G 7271.78 PASS AF=0.903571;AO=506;DP=562;FAO=506;FDP=560;FR=.;FRO=54;FSAF=270;FSAR=236;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0689093;FXX=0.00355866;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.88;QD=51.9413;RBI=0.0708856;REFB=0.00941317;REVB=-0.0166215;RO=54;SAF=270;SAR=236;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198007;STB=0.510415;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00169953;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:562:560:54:54:506:506:0.903571:236:270:23:31:236:270:23:31 chr19 36066645 . A G 7182.01 PASS AF=0.904587;AO=483;DP=538;FAO=493;FDP=545;FR=.;FRO=52;FSAF=268;FSAR=225;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0112752;FXX=0.00728584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.481;QD=52.712;RBI=0.017652;REFB=-0.0191947;REVB=0.0135817;RO=52;SAF=267;SAR=216;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277434;STB=0.513406;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00180094;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:538:545:52:52:483:493:0.904587:216:267:21:31:225:268:21:31 chr19 36066661 . A G 5274.49 PASS AF=0.872093;AO=375;DP=430;FAO=375;FDP=430;FR=.;FRO=55;FSAF=236;FSAR=139;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00579064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.192;QD=49.0651;RBI=0.00585467;REFB=-0.0104961;REVB=0.000863493;RO=55;SAF=236;SAR=139;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402563;STB=0.52123;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00232394;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:430:55:55:375:375:0.872093:139:236:26:29:139:236:26:29 chr19 36066667 . A G 4532.9 PASS AF=0.851562;AO=327;DP=385;FAO=327;FDP=384;FR=.;FRO=57;FSAF=220;FSAR=107;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0237926;FXX=0.00259734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.207;QD=47.2177;RBI=0.0247966;REFB=-0.00334039;REVB=-0.0069845;RO=56;SAF=220;SAR=107;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586258;STB=0.529968;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000571073;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:384:56:57:327:327:0.851562:107:220:27:29:107:220:28:29 chr19 36066675 . A G 258.27 PASS AF=0.28125;AO=34;DP=127;FAO=36;FDP=128;FR=.;FRO=92;FSAF=2;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=62;FWDB=-0.00522516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.64;QD=8.07084;RBI=0.0119751;REFB=0.00355182;REVB=-0.0107751;RO=82;SAF=0;SAR=34;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.790243;STB=0.849738;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0194277;OID=.;OPOS=36066675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:82:92:34:36:0.28125:34:0:30:52:34:2:30:62 chr19 36066744 . C T 60.69 PASS AF=0.0988372;AO=17;DP=172;FAO=17;FDP=172;FR=.;FRO=155;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=76;FSRR=79;FWDB=0.0186745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.076;QD=1.41146;RBI=0.0187309;REFB=0.00434373;REVB=0.00145324;RO=150;SAF=5;SAR=12;SRF=76;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257669;STB=0.680932;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0245376;OID=.;OPOS=36066744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:172:172:150:155:17:17:0.0988372:12:5:76:74:12:5:76:79 chr19 36123872 . A AC 119.53 PASS AF=0.255814;AO=23;DP=87;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.000801109;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=45.9497;QD=5.5594;RBI=0.0274009;REFB=-0.00713166;REVB=-0.0273892;RO=62;SAF=5;SAR=18;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227066;STB=0.633544;STBP=0.187;TYPE=ins;VARB=0.121066;OID=.;OPOS=36123873;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255814:23:87:22:86:64:5:17:24:40:99:62:5:18:23:39 chr19 36142187 . C T 238.93 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00765959;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.943;QD=18.0325;RBI=0.0232129;REFB=0.00948014;REVB=0.0219127;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17285;STB=0.606332;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0156938;OID=.;OPOS=36142187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:27:26:26:0.490566:16:10:15:11:16:10:16:11 chr19 36168914 . T C 394.5 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.00431869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1296;QD=19.9746;RBI=0.0403807;REFB=0.00267896;REVB=-0.0401491;RO=39;SAF=18;SAR=22;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257667;STB=0.642169;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00185939;OID=.;OPOS=36168914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:22:18:29:10:22:18:29:10 chr19 36214632 . A AG 4040.63 PASS AF=1;AO=320;DP=342;FAO=339;FDP=339;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13367;FXX=0.00294109;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.4805;QD=47.677;RBI=0.153302;REFB=0;REVB=-0.075059;RO=14;SAF=165;SAR=155;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183625;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000672494;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:320:342:339:339:0:169:170:0:0:67:14:165:155:4:10 chr19 36218478 . C T 626.05 PASS AF=0.447368;AO=68;DP=152;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.00167349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.62;QD=16.4751;RBI=0.00760617;REFB=-0.00942471;REVB=0.00741979;RO=84;SAF=29;SAR=39;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499985;STB=0.527846;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0122228;OID=.;OPOS=36218478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:84:84:68:68:0.447368:39:29:40:44:39:29:40:44 chr19 36224705 . A G 1103.62 PASS AF=0.472803;AO=111;DP=238;FAO=113;FDP=239;FR=.;FRO=126;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=57;FSRR=69;FWDB=-0.00721651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.979;QD=18.4707;RBI=0.00722022;REFB=-0.0142736;REVB=0.000231472;RO=125;SAF=64;SAR=47;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123664;STB=0.564954;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.018044;OID=.;OPOS=36224705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:125:126:111:113:0.472803:47:64:56:69:48:65:57:69 chr19 36233470 . G A 550.73 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.0534181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.009;QD=16.3178;RBI=0.0535335;REFB=-0.0202816;REVB=0.00351275;RO=75;SAF=28;SAR=31;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455191;STB=0.521721;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0190717;OID=.;OPOS=36233470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:75:76:59:59:0.437037:31:28:39:36:31:28:39:37 chr19 36243089 . T C 2329.23 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382981;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4047;QD=60.4996;RBI=0.0429743;REFB=0;REVB=0.0194948;RO=0;SAF=95;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127115;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:154:0:0:151:154:1:56:95:0:0:58:96:0:0 chr19 36243813 . G A 4788.86 PASS AF=0.984127;AO=309;DP=319;FAO=310;FDP=315;FR=.;FRO=5;FSAF=139;FSAR=171;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00695519;FXX=0.0156245;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.144;QD=60.8109;RBI=0.0193171;REFB=-0.00667277;REVB=0.0180216;RO=5;SAF=138;SAR=171;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108406;STB=0.505634;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=4.97733e-05;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:319:315:5:5:309:310:0.984127:171:138:4:1:171:139:4:1 chr19 36256038 . A AC 41.86 PASS AF=0.275;AO=10;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0727388;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=74.247;QD=4.18562;RBI=0.0825996;REFB=-0.0137894;REVB=-0.0391377;RO=29;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298088;STB=0.70744;STBP=0.142;TYPE=ins;VARB=0.166238;OID=.;OPOS=36256039;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275:10:40:11:40:29:2:9:12:17:41:29:2:8:12:17 chr19 36258937 . AGGG AGG,AGGC 2472.04 PASS AF=0.959064,0.0409357;AO=155,7;DP=165;FAO=164,7;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=87,0;FSAR=77,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.158593,-0.107276;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=25.4808,6.4423;QD=57.8256;RBI=0.161157,0.14035;REFB=0,0;REVB=0.0286334,0.0904993;RO=0;SAF=83,0;SAR=72,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.53001e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000652857,-0.00168694;OID=.,.;OPOS=36258938,36258940;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGG,AGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.959064,0.0409357:155,7:165:164,7:171:0:87,0:77,7:0:0:7:0:83,0:72,7:0:0 chr19 36270052 . A G 995.26 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000116703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.034;QD=58.5445;RBI=0.0139658;REFB=0;REVB=-0.0139653;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339743;OID=.;OPOS=36270052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:26:40:0:0:28:40:0:0 chr19 36278346 . G C 300.79 PASS AF=0.333333;AO=38;DP=117;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.03297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.977;QD=10.2835;RBI=0.0392588;REFB=-0.0116232;REVB=-0.0213128;RO=78;SAF=24;SAR=14;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268361;STB=0.660378;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0309369;OID=.;OPOS=36278346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:78:78:38:39:0.333333:14:24:31:47:14:25:31:47 chr19 36278470 . C G 2236.27 PASS AF=0.980392;AO=148;DP=152;FAO=150;FDP=153;FR=.;FRO=3;FSAF=98;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0215196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.723;QD=58.4646;RBI=0.021774;REFB=-0.043191;REVB=-0.00331848;RO=3;SAF=98;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000190186;STB=0.500289;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.000420449;OID=.;OPOS=36278470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:152:153:3:3:148:150:0.980392:50:98:2:1:52:98:2:1 chr19 36290977 . C T 592.48 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0169419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.56;QD=15.4898;RBI=0.020007;REFB=-0.0100414;REVB=-0.010642;RO=85;SAF=41;SAR=25;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836842;STB=0.554378;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0165383;OID=.;OPOS=36290977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:85:87:66:66:0.431373:25:41:46:39:25:41:46:41 chr19 36302921 . T C 2349.9 PASS AF=0.513274;AO=231;DP=451;FAO=232;FDP=452;FR=.;FRO=220;FSAF=135;FSAR=97;FSRF=127;FSRR=93;FWDB=0.0137425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.536;QD=20.7955;RBI=0.0142499;REFB=-0.00690135;REVB=0.00376869;RO=214;SAF=134;SAR=97;SRF=126;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788111;STB=0.502311;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0066004;OID=.;OPOS=36302921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:451:452:214:220:231:232:0.513274:97:134:126:88:97:135:127:93 chr19 36322270 . C T 2343.31 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.68;QD=60.085;RBI=0.0347486;REFB=0;REVB=0.0141483;RO=2;SAF=77;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121945;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23793e-05;OID=.;OPOS=36322270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:156:156:2:0:154:156:1:77:77:2:0:77:79:0:0 chr19 36342212 . C T 1396.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1122;QD=62.7642;RBI=0.0556621;REFB=0;REVB=0.0485;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233078;OID=.;OPOS=36342212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:37:51:0:0:38:51:0:0 chr19 36355595 . A G 2152.86 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0575;QD=61.9529;RBI=0.0250837;REFB=-0.0174794;REVB=-0.00535;RO=1;SAF=56;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841357;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110868;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:138:139:1:0:137:139:1:81:56:1:0:82:57:0:0 chr19 36365684 . G T 993.81 PASS AF=0.502591;AO=97;DP=193;FAO=97;FDP=193;FR=.;FRO=96;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.0170036;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.569;QD=20.5971;RBI=0.019189;REFB=-0.0350727;REVB=0.00889367;RO=96;SAF=36;SAR=61;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111072;STB=0.561109;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0365754;OID=.;OPOS=36365684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:96:96:97:97:0.502591:61:36:47:49:61:36:47:49 chr19 36370011 . G A 533.51 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.006822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.854;QD=19.9443;RBI=0.0245896;REFB=0.00614569;REVB=0.0236244;RO=52;SAF=31;SAR=24;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056515;STB=0.531174;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00713447;OID=.;OPOS=36370011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:52:55:55:0.514019:24:31:26:26:24:31:26:26 chr19 36387881 . A G 792.8 PASS AF=0.539568;AO=75;DP=139;FAO=75;FDP=139;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0136592;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.27;QD=22.8143;RBI=0.0793165;REFB=-0.0034538;REVB=-0.0781315;RO=62;SAF=36;SAR=39;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369621;STB=0.526856;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00258517;OID=.;OPOS=36387881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:62:64:75:75:0.539568:39:36:27:35:39:36:27:37 chr19 36393186 . T C 255.23 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0559957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.627;QD=13.2585;RBI=0.0616783;REFB=0.00992397;REVB=0.0258591;RO=46;SAF=5;SAR=25;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382484;STB=0.718066;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0339873;OID=.;OPOS=36393186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:47:30:30:0.38961:25:5:21:25:25:5:21:26 chr19 36394272 . T C 280.69 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0113484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.113;QD=16.7578;RBI=0.0205869;REFB=-0.0301814;REVB=-0.0171766;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506246;STB=0.543831;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0350532;OID=.;OPOS=36394272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:36:30:31:0.462687:13:17:18:17:13:18:18:18 chr19 36394678 . T C 2393.39 PASS AF=0.409509;AO=267;DP=647;FAO=267;FDP=652;FR=.;FRO=385;FSAF=127;FSAR=140;FSRF=221;FSRR=164;FWDB=-0.0185845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9778;QD=14.6834;RBI=0.0769973;REFB=-0.00254624;REVB=-0.0747208;RO=380;SAF=127;SAR=140;SRF=219;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105944;STB=0.557892;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00365109;OID=.;OPOS=36394678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:647:652:380:385:267:267:0.409509:140:127:219:161:140:127:221:164 chr19 36398414 . C A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0189279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3111;QD=20.3167;RBI=0.020491;REFB=-0.00729062;REVB=-0.00784948;RO=18;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228824;STB=0.630079;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00542247;OID=.;OPOS=36398414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:14:5:9:9:14:5:9:9 chr19 36435840 . G A 124.1 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.717;QD=22.564;RBI=0.0116565;REFB=-0.00245697;REVB=0.0116565;RO=8;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348189;OID=.;OPOS=36435840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:22:8:8:13:14:0.636364:13:0:0:8:14:0:0:8 chr19 36486445 . G C 3965.84 PASS AF=1;AO=244;DP=245;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.316;QD=62.2092;RBI=0.0884743;REFB=0;REVB=0.0495595;RO=0;SAF=121;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.69971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64437e-05;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:245:255:0:0:244:255:1:123:121:0:0:124:131:0:0 chr19 36497358 . C G 1070.13 PASS AF=0.482301;AO=109;DP=226;FAO=109;FDP=226;FR=.;FRO=117;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=67;FSRR=50;FWDB=0.0275188;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.142;QD=18.9403;RBI=0.0280543;REFB=-0.0294973;REVB=-0.00545523;RO=117;SAF=58;SAR=51;SRF=67;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038375;STB=0.521128;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0343011;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:117:117:109:109:0.482301:51:58:67:50:51:58:67:50 chr19 36497373 . A G 1076.44 PASS AF=0.511848;AO=108;DP=211;FAO=108;FDP=211;FR=.;FRO=103;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=64;FSRR=39;FWDB=0.00859751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8348;QD=20.4064;RBI=0.0240929;REFB=-0.0338888;REVB=-0.0225067;RO=103;SAF=57;SAR=51;SRF=64;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841173;STB=0.546049;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0191527;OID=.;OPOS=36497373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:103:103:108:108:0.511848:51:57:64:39:51:57:64:39 chr19 36499173 . C T 350.74 PASS AF=0.39823;AO=36;DP=111;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0486478;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.318;QD=12.4155;RBI=0.0672053;REFB=-0.0207845;REVB=0.0463676;RO=60;SAF=17;SAR=19;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121049;STB=0.564014;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0344936;OID=.;OPOS=36499173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:60:68:36:45:0.39823:19:17:35:25:24:21:39:29 chr19 36506848 . G A 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=-0.00156484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.451;QD=16.0644;RBI=0.00342369;REFB=-0.0154533;REVB=0.00304515;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274408;STB=0.657391;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0157305;OID=.;OPOS=36506848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:10:16:26:4:10:16:27:4 chr19 36530421 . C T 192.8 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.011381;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.634;QD=13.5298;RBI=0.0392727;REFB=-0.00295306;REVB=-0.0375874;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754839;STB=0.550272;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00431316;OID=.;OPOS=36530421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:34:23:23:0.403509:13:10:12:21:13:10:12:22 chr19 36530562 . T C 973.96 PASS AF=0.623188;AO=83;DP=135;FAO=86;FDP=138;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.0545984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9727;QD=28.2308;RBI=0.0550119;REFB=-0.0389074;REVB=-0.0067318;RO=52;SAF=34;SAR=49;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061592;STB=0.539311;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0252636;OID=.;OPOS=36530562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:52:52:83:86:0.623188:49:34:17:35:51:35:16:36 chr19 36530913 . C T 1184.51 PASS AF=0.601124;AO=107;DP=179;FAO=107;FDP=178;FR=.;FRO=71;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.032038;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.526;QD=26.6182;RBI=0.0350128;REFB=-0.020744;REVB=-0.0141232;RO=71;SAF=46;SAR=61;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260932;STB=0.514134;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0117226;OID=.;OPOS=36530913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:71:71:107:107:0.601124:61:46:33:38:61:46:33:38 chr19 36549690 . C T 914.65 PASS AF=0.526316;AO=90;DP=171;FAO=90;FDP=171;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0558275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5489;QD=21.3953;RBI=0.0586962;REFB=-0.00273631;REVB=0.0181253;RO=81;SAF=40;SAR=50;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325741;STB=0.51783;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00263025;OID=.;OPOS=36549690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:81:81:90:90:0.526316:50:40:33:48:50:40:33:48 chr19 36575645 . G A 559.69 PASS AF=0.522523;AO=56;DP=109;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0161423;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.697;QD=20.169;RBI=0.0221752;REFB=-0.023107;REVB=0.0152041;RO=53;SAF=22;SAR=34;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170246;STB=0.590409;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.019465;OID=.;OPOS=36575645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:53:53:56:58:0.522523:34:22:31:22:35:23:31:22 chr19 36590329 . T C 350.56 PASS AF=0.625;AO=34;DP=57;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0167668;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.34;QD=25.0403;RBI=0.0196691;REFB=-0.0222837;REVB=-0.0102835;RO=22;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325182;STB=0.532092;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0124436;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:22:21:34:35:0.625:17:17:12:10:18:17:12:9 chr19 36592627 . G A 3723.57 PASS AF=0.475062;AO=380;DP=808;FAO=381;FDP=802;FR=.;FRO=421;FSAF=131;FSAR=250;FSRF=117;FSRR=304;FWDB=0.00690352;FXX=0.00742565;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8455;QD=18.5714;RBI=0.020853;REFB=-0.00722346;REVB=-0.0196771;RO=416;SAF=131;SAR=249;SRF=114;SRR=302;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766856;STB=0.539285;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00737649;OID=.;OPOS=36592627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:808:802:416:421:380:381:0.475062:249:131:114:302:250:131:117:304 chr19 36594659 . A T 869.01 PASS AF=0.505814;AO=87;DP=173;FAO=87;FDP=172;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=23;FSRR=62;FWDB=0.0134034;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2222;QD=20.2095;RBI=0.0362059;REFB=-0.0128214;REVB=-0.0336335;RO=84;SAF=33;SAR=54;SRF=22;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115338;STB=0.558656;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00938538;OID=.;OPOS=36594659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:84:85:87:87:0.505814:54:33:22:62:54:33:23:62 chr19 36595436 . A C 2342.82 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.421;QD=63.7501;RBI=0.0213862;REFB=0;REVB=-0.00191709;RO=0;SAF=86;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26195e-05;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:147:0:0:145:147:1:59:86:0:0:61:86:0:0 chr19 36602729 . G C 541.35 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0164113;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9928;QD=20.8211;RBI=0.0176546;REFB=-0.0111654;REVB=-0.00650787;RO=49;SAF=25;SAR=30;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112007;STB=0.561476;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00859605;OID=.;OPOS=36602729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:49:49:55:55:0.528846:30:25:16:33:30:25:16:33 chr19 36603703 . T A 985.5 PASS AF=0.573171;AO=89;DP=168;FAO=94;FDP=164;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0168312;FXX=0.0628536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.02;QD=24.0366;RBI=0.0191779;REFB=-0.0199847;REVB=-0.00919248;RO=58;SAF=32;SAR=57;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107182;STB=0.539199;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0137604;OID=.;OPOS=36603703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:164:58:70:89:94:0.573171:57:32:29:29:58:36:33:37 chr19 36604735 . CA C 754.85 PASS AF=0.45;AO=80;DP=180;FAO=81;FDP=180;FR=.;FRO=99;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.0236884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.257;QD=16.7744;RBI=0.0268091;REFB=-0.0100359;REVB=-0.0125534;RO=97;SAF=38;SAR=42;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500865;STB=0.518514;STBP=0.688;TYPE=del;VARB=0.0151733;OID=.;OPOS=36604736;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:80:180:81:180:99:39:42:51:48:99:97:38:42:51:46 chr19 36612664 . G A 741.24 PASS AF=0.448864;AO=79;DP=176;FAO=79;FDP=176;FR=.;FRO=97;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=71;FWDB=0.00903087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.321;QD=16.8463;RBI=0.0191308;REFB=-0.00776029;REVB=0.0168651;RO=86;SAF=35;SAR=44;SRF=25;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148918;STB=0.599917;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0111645;OID=.;OPOS=36612664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:86:97:79:79:0.448864:44:35:25:61:44:35:26:71 chr19 36642884 . T C 1557.03 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.444;QD=63.5521;RBI=0.0166063;REFB=0;REVB=0.00532141;RO=0;SAF=21;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0308e-06;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:76:21:0:0:77:21:0:0 chr19 36674305 . A G 411.33 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.012515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.808;QD=21.094;RBI=0.0126601;REFB=-0.00985717;REVB=0.00191134;RO=36;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119983;STB=0.572829;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0104767;OID=.;OPOS=36674305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:24:17:20:16:24:17:21:16 chr19 36674347 . T C 522.78 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.000764103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.841;QD=21.1224;RBI=0.0175129;REFB=-0.0113714;REVB=0.0174962;RO=49;SAF=24;SAR=26;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816847;STB=0.545143;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0113931;OID=.;OPOS=36674347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:26:24:28:21:26:24:28:21 chr19 36727365 . G A 523.94 PASS AF=0.435115;AO=51;DP=129;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.000626498;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.598;QD=15.9981;RBI=0.018665;REFB=-0.0111419;REVB=-0.0186545;RO=78;SAF=28;SAR=23;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934794;STB=0.560205;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0138457;OID=.;OPOS=36727365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:78:74:51:57:0.435115:23:28:36:42:24:33:35:39 chr19 36728290 . A G 135.05 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0737588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.517;QD=16.8817;RBI=0.0739004;REFB=-0.00371943;REVB=-0.00457313;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139442;STB=0.523778;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00657524;OID=.;OPOS=36728290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:17:15:15:0.46875:10:5:3:12:10:5:5:12 chr19 36729041 . A G 244.12 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0566474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.225;QD=23.2499;RBI=0.0566772;REFB=-0.0378008;REVB=0.00183732;RO=18;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017084;STB=0.501339;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0331121;OID=.;OPOS=36729041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:17:6:5:13:17:6:5:14 chr19 37038092 . T C 381.38 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0422732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3404;QD=22.4341;RBI=0.0432893;REFB=-0.00521142;REVB=0.00932429;RO=30;SAF=15;SAR=23;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19095;STB=0.605208;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00300895;OID=.;OPOS=37038092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:23:15:19:11:23:15:19:11 chr19 37039069 . A C 473.83 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0564394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3927;QD=16.339;RBI=0.0617688;REFB=-0.00968271;REVB=-0.0250992;RO=64;SAF=24;SAR=28;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239433;STB=0.513364;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00955018;OID=.;OPOS=37039069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:64:52:52:0.448276:28:24:28:36:28:24:28:36 chr19 37065732 . A C 425.18 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0124703;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.952;QD=18.2874;RBI=0.014195;REFB=0.00432739;REVB=-0.00678145;RO=50;SAF=18;SAR=25;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184636;STB=0.510305;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00506254;OID=.;OPOS=37065732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:50:50:43:43:0.462366:25:18:20:30:25:18:20:30 chr19 37068081 . G C 244.34 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00147269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.249;QD=23.2707;RBI=0.00651815;REFB=-0.00511689;REVB=0.00634961;RO=18;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131239;STB=0.562313;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00431599;OID=.;OPOS=37068081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:19:23:23:0.547619:9:14:8:10:9:14:9:10 chr19 37117301 . GA G,GG 1036.48 PASS AF=0.0142857,0.985714;AO=14,55;DP=69;FAO=1,69;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=1,34;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391206,0.042539;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.016,220.572;QD=59.2277;RBI=0.0533883,0.0520853;REFB=0,0;REVB=0.0363302,0.0300552;RO=0;SAF=8,26;SAR=6,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.40922e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0121499,0.000887748;OID=.,.;OPOS=37117302,37117302;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0142857,0.985714:14,55:69:1,69:70:0:1,34:0,35:0:0:4:0:8,26:6,29:0:0 chr19 37118439 . C T 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0291659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.701;QD=17.5594;RBI=0.0357753;REFB=-0.0165614;REVB=-0.0207176;RO=21;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213159;STB=0.512181;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0258795;OID=.;OPOS=37118439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:14:4:5:16:14:4:5:16 chr19 37210529 . A G 348.64 PASS AF=0.4625;AO=35;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0561176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9539;QD=17.4322;RBI=0.0633165;REFB=0.0111188;REVB=-0.0293223;RO=44;SAF=12;SAR=23;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162157;STB=0.560942;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0122984;OID=.;OPOS=37210529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:44:43:35:37:0.4625:23:12:22:22:23:14:21:22 chr19 37210805 . C T 1134.95 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9555;QD=60.5307;RBI=0.0411599;REFB=0;REVB=-0.0361392;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123978;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr19 37241141 . A G 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0040697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.741;QD=17.2392;RBI=0.0177797;REFB=-0.00496051;REVB=-0.0173077;RO=47;SAF=26;SAR=13;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220684;STB=0.623935;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00498855;OID=.;OPOS=37241141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:13:26:21:26:13:26:21:26 chr19 37310344 . T C 313.28 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00502178;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.972;QD=16.7082;RBI=0.0144013;REFB=-0.0182223;REVB=0.0134974;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100293;STB=0.562464;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.018531;OID=.;OPOS=37310344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:41:34:34:0.453333:18:16:23:17:18:16:24:17 chr19 37369454 . T G 267.78 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0451295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7962;QD=13.9105;RBI=0.056974;REFB=0.0291849;REVB=0.0347759;RO=44;SAF=21;SAR=10;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729434;STB=0.545424;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0185384;OID=.;OPOS=37369454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:46:31:31:0.402597:10:21:27:17:10:21:28:18 chr19 37369543 . A G 506.65 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0169081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7311;QD=20.4706;RBI=0.0170608;REFB=-0.0105429;REVB=0.00227779;RO=50;SAF=19;SAR=30;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268334;STB=0.514854;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0303344;OID=.;OPOS=37369543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:30:19:18:32:30:19:18:32 chr19 37441111 . C T 425.68 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.00878864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.924;QD=15.3397;RBI=0.0126023;REFB=-0.0230808;REVB=-0.00903206;RO=63;SAF=13;SAR=35;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334036;STB=0.688082;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0291058;OID=.;OPOS=37441111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:35:13:37:26:35:13:37:26 chr19 37441462 . T C 148.35 PASS AF=0.447368;AO=15;DP=36;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00667943;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.706;QD=15.6158;RBI=0.0401828;REFB=-0.0131578;REVB=0.0396238;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148733;STB=0.622495;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0207266;OID=.;OPOS=37441462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:20:21:15:17:0.447368:9:6:11:9:11:6:12:9 chr19 37441980 . A G 400.4 PASS AF=0.533333;AO=36;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.019243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8895;QD=21.3547;RBI=0.0197729;REFB=-0.0214801;REVB=-0.00454673;RO=31;SAF=14;SAR=22;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108765;STB=0.556563;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0240369;OID=.;OPOS=37441980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:35:36:40:0.533333:22:14:16:15:22:18:20:15 chr19 37482151 . A G 1049.4 PASS AF=0.488584;AO=105;DP=217;FAO=107;FDP=219;FR=.;FRO=112;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=0.0268945;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.042;QD=19.1672;RBI=0.0358854;REFB=-0.00312432;REVB=0.023758;RO=110;SAF=48;SAR=57;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568409;STB=0.525879;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00313014;OID=.;OPOS=37482151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:219:110:112:105:107:0.488584:57:48:57:53:57:50:58:54 chr19 37487632 . G A 101.1 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0207382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9256;QD=11.5538;RBI=0.0209059;REFB=-0.0212322;REVB=-0.00264243;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149667;STB=0.591793;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0318515;OID=.;OPOS=37487632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:12:13:0.371429:7:5:6:15:7:6:7:15 chr19 37487723 . G A 337.72 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00269037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.935;QD=15.0097;RBI=0.023214;REFB=0.0119409;REVB=-0.0230576;RO=52;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277272;STB=0.511105;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.015199;OID=.;OPOS=37487723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:52:53:37:37:0.411111:23:14:21:31:23:14:21:32 chr19 37487866 . A T 286.4 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0192137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.44;QD=15.6932;RBI=0.0640136;REFB=-0.0210373;REVB=-0.0610621;RO=40;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377727;STB=0.513081;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0274978;OID=.;OPOS=37487866;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:18:14:16:24:18:14:17:24 chr19 37487873 . C A 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0514561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.368;QD=15.2188;RBI=0.0514613;REFB=-0.000473689;REVB=-0.00072878;RO=41;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488298;STB=0.502761;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.000552294;OID=.;OPOS=37487873;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:18:13:17:24:18:13:17:24 chr19 37488055 . T G 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0446261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.417;QD=20.1555;RBI=0.0453956;REFB=0.0127305;REVB=0.0083233;RO=32;SAF=10;SAR=25;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202958;STB=0.61314;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0107711;OID=.;OPOS=37488055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:25:10:16:16:25:10:16:16 chr19 37488197 . G A 485.25 PASS AF=0.379085;AO=58;DP=154;FAO=58;FDP=153;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.0632802;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9056;QD=12.6863;RBI=0.0633245;REFB=-0.017521;REVB=0.00236725;RO=94;SAF=28;SAR=30;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651969;STB=0.54004;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0286344;OID=.;OPOS=37488197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:94:95:58:58:0.379085:30:28:51:43:30:28:52:43 chr19 37488299 . A G 285.72 PASS AF=0.342342;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=-0.0358899;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.8483;QD=10.2963;RBI=0.0672895;REFB=-0.0474471;REVB=0.0569192;RO=71;SAF=7;SAR=31;SRF=22;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198884;STB=0.631744;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.091114;OID=.;OPOS=37488299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:71:73:38:38:0.342342:31:7:22:49:31:7:24:49 chr19 37488472 . C G 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0186753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7414;QD=11.8136;RBI=0.0195798;REFB=0.0047589;REVB=-0.00588219;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329501;STB=0.690022;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00791551;OID=.;OPOS=37488472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:4:19:7:6:4:19 chr19 37488481 . G C 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0978041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.754;QD=17.5397;RBI=0.097837;REFB=-0.000830771;REVB=0.00253742;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146539;STB=0.583229;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00222544;OID=.;OPOS=37488481;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:4:12:9:6:4:12 chr19 37488499 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0321789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.863;QD=19.0175;RBI=0.0399029;REFB=-0.00274129;REVB=-0.0235957;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242932;STB=0.636204;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00147334;OID=.;OPOS=37488499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:2:12:9:6:2:12 chr19 37681014 . G A 780.7 PASS AF=0.415094;AO=88;DP=212;FAO=88;FDP=212;FR=.;FRO=124;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=-0.0221169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.473;QD=14.7301;RBI=0.0385261;REFB=-0.00450971;REVB=-0.0315453;RO=123;SAF=44;SAR=44;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636038;STB=0.533011;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00669088;OID=.;OPOS=37681014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:123:124:88:88:0.415094:44:44:54:69:44:44:55:69 chr19 37690375 . C T 202.07 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00571758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.379;QD=21.2709;RBI=0.0100102;REFB=-0.0300892;REVB=-0.00821668;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140643;STB=0.57887;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0179885;OID=.;OPOS=37690375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:12:6:10:10:12:6 chr19 37690420 . C T 837.82 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300146;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.286;QD=57.781;RBI=0.03095;REFB=0;REVB=0.00755148;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65311e-05;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr19 37758904 . T C 64.52 PASS AF=0.0784314;AO=23;DP=302;FAO=24;FDP=306;FR=.;FRO=282;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=126;FSRR=156;FWDB=-0.013239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4032;QD=0.843408;RBI=0.0308577;REFB=-0.00195969;REVB=-0.0278734;RO=278;SAF=9;SAR=14;SRF=123;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592523;STB=0.528278;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0379265;OID=.;OPOS=37758904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:302:306:278:282:23:24:0.0784314:14:9:123:155:14:10:126:156 chr19 37759016 . T A 68.05 PASS AF=0.140187;AO=19;DP=105;FAO=15;FDP=107;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=66;FWDB=-0.0729571;FXX=0.0092584;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.999;QD=2.5438;RBI=0.0729653;REFB=-0.00910232;REVB=0.00109293;RO=83;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352086;STB=0.609623;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0544994;OID=.;OPOS=37759016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:105:107:83:92:19:15:0.140187:9:10:21:62:9:6:26:66 chr19 37825633 . A T 823.94 PASS AF=0.472222;AO=85;DP=180;FAO=85;FDP=180;FR=.;FRO=95;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.00481432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.022;QD=18.3098;RBI=0.00658391;REFB=0.00158385;REVB=0.00449113;RO=95;SAF=45;SAR=40;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331377;STB=0.51832;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.00176969;OID=.;OPOS=37825633;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:95:95:85:85:0.472222:40:45:47:48:40:45:47:48 chr19 37854235 . G T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0245715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.241;QD=21.1726;RBI=0.0261906;REFB=-0.0415461;REVB=0.00906576;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231045;STB=0.630934;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0244002;OID=.;OPOS=37854235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:6:2:7:5:6:2 chr19 37879589 . A G 143.29 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0244914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.339;QD=14.6961;RBI=0.0253823;REFB=-0.00384061;REVB=-0.00666592;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942034;STB=0.554389;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00651497;OID=.;OPOS=37879589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:9:7:8:15:9:7:8:15 chr19 38028760 . A C 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0337853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.474;QD=17.223;RBI=0.0338893;REFB=0.000751131;REVB=0.0026526;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08181;STB=0.545843;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.000627185;OID=.;OPOS=38028760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:17:15:20:16:17:15:20:16 chr19 38030265 . G A 1246.1 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.735;QD=61.5358;RBI=0.0221026;REFB=0;REVB=0.00942403;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95574e-05;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:47:33:0:0:47:34:0:0 chr19 38033251 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0503;QD=58.5864;RBI=0.0102054;REFB=0;REVB=-0.00189745;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68986e-05;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr19 38034016 . TTA T,TAA 107.84 PASS AF=0.3,0;AO=14,13;DP=90;FAO=18,0;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=11,0;FSAR=7,0;FSRF=8;FSRR=34;FWDB=-0.0232533,-0.00116916;FXX=0.130416;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.996,13.887;QD=7.18914;RBI=0.0461918,0.0143591;REFB=-0.0198891,-0.0399111;REVB=0.0399119,-0.0143114;RO=51;SAF=7,12;SAR=7,1;SRF=15;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.260453,0.710504;STB=0.772018,0.5;STBP=0.019,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0579099,0;OID=.,.;OPOS=38034017,38034017;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3,0:14,13:90:18,0:60:42:11,0:7,0:8:34:99:51:7,12:7,1:15:36 chr19 38046967 . G A 1679.6 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00304615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.812;QD=59.4548;RBI=0.0395634;REFB=-0.0890976;REVB=0.0394459;RO=1;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904314;STB=0.504761;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000100933;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:52:60:0:1:52:60:0:1 chr19 38055612 . A T 2679.11 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160618;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.898;QD=61.9447;RBI=0.0326101;REFB=-0.00868361;REVB=-0.0283802;RO=1;SAF=86;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53997e-05;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:173:1:0:173:173:1:87:86:0:1:87:86:0:0 chr19 38056574 . T A 1794.54 PASS AF=0.991736;AO=118;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0373535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9871;QD=59.3237;RBI=0.0456003;REFB=-0.0171323;REVB=-0.0261554;RO=2;SAF=60;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155669;STB=0.503999;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000469309;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:120:121:2:1:118:120:0.991736:58:60:2:0:58:62:1:0 chr19 38063125 . C CT 1353.68 PASS AF=1;AO=111;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440609;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.0801;QD=46.2797;RBI=0.223604;REFB=-0.0199622;REVB=0.21922;RO=6;SAF=53;SAR=58;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00470403;OID=.;OPOS=38063126;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:111:117:117:117:0:54:63:0:0:19:6:53:58:1:5 chr19 38091932 . A T 1655.63 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.999;QD=59.6623;RBI=0.0321248;REFB=0;REVB=-0.0320416;RO=0;SAF=36;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05029e-05;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:74:36:0:0:74:37:0:0 chr19 38202516 . A C 972.34 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.039;QD=58.9297;RBI=0.0948226;REFB=0;REVB=0.0943342;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193644;OID=.;OPOS=38202516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:31:34:0:0:32:34:0:0 chr19 38314767 . A G 1647.4 PASS AF=0.982301;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00206044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.127;QD=58.3151;RBI=0.0109344;REFB=-0.0555381;REVB=0.0107385;RO=1;SAF=43;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109117;STB=0.501914;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000102507;OID=.;OPOS=38314767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:113:1:2:110:111:0.982301:67:43:1:0:67:44:1:1 chr19 38376485 . T A 1436.99 PASS AF=0.979381;AO=93;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0327769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.658;QD=59.2573;RBI=0.0390695;REFB=-0.0563479;REVB=0.0212627;RO=4;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394548;STB=0.510202;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000317075;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:97:97:4:2:93:95:0.979381:46:47:0:4:48:47:0:2 chr19 38377564 . T C 933.81 PASS AF=0.985507;AO=65;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0703492;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.5391;QD=54.1336;RBI=0.119143;REFB=-0.186008;REVB=0.0961569;RO=2;SAF=14;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181668;STB=0.504586;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0215057;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:2:1:65:68:0.985507:51:14:0:2:54:14:0:1 chr19 38377773 . G A 985.59 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4316;QD=58.8411;RBI=0.0421576;REFB=0;REVB=0.00333546;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194582;OID=.;OPOS=38377773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:27:39:0:0:27:40:0:0 chr19 38378107 . G A 1203.98 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4826;QD=60.1988;RBI=0.107028;REFB=0;REVB=-0.106961;RO=0;SAF=22;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149422;OID=.;OPOS=38378107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:0:0:78:80:1:56:22:0:0:56:24:0:0 chr19 38378539 . G C 1759.29 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000683245;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.33;QD=61.1927;RBI=0.0312311;REFB=0;REVB=-0.0312236;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73629e-05;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:115:115:1:59:56:0:0:59:56:0:0 chr19 38379446 . C T 1437.3 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.448;QD=61.8195;RBI=0.00626204;REFB=0;REVB=0.00582883;RO=0;SAF=24;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025484;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:66:24:0:0:68:25:0:0 chr19 38382328 . C T 3317.26 PASS AF=0.990783;AO=214;DP=218;FAO=215;FDP=217;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=125;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00245111;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9113;QD=61.1477;RBI=0.0205297;REFB=-0.0988887;REVB=-0.0203829;RO=1;SAF=90;SAR=124;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526412;STB=0.50077;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.000168761;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:218:217:1:2:214:215:0.990783:124:90:1:0:125:90:1:1 chr19 38384421 . C G 296.01 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0692204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2237;QD=49.3354;RBI=0.0694936;REFB=-0.103964;REVB=-0.00615537;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00808502;OID=.;OPOS=38384421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:14:9:0:1:14:9:0:1 chr19 38573149 . G C 779.31 PASS AF=0.413146;AO=88;DP=213;FAO=88;FDP=213;FR=.;FRO=125;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=75;FWDB=0.00501241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.164;QD=14.635;RBI=0.00880967;REFB=-0.00518024;REVB=0.00724472;RO=124;SAF=39;SAR=49;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425873;STB=0.525818;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00565217;OID=.;OPOS=38573149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:124:125:88:88:0.413146:49:39:50:74:49:39:50:75 chr19 38610504 . G A 392.75 PASS AF=0.4;AO=45;DP=114;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0066132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.73;QD=13.6607;RBI=0.00952631;REFB=-0.00324231;REVB=-0.00685683;RO=69;SAF=20;SAR=25;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579718;STB=0.539684;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00486727;OID=.;OPOS=38610504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:69:69:45:46:0.4:25:20:27:42:25:21:27:42 chr19 38652993 . C T 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00365845;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.519;QD=20.7693;RBI=0.00497725;REFB=-0.0112598;REVB=0.00337472;RO=24;SAF=13;SAR=14;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162105;STB=0.58998;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00911371;OID=.;OPOS=38652993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:14:13:7:17:14:13:7:17 chr19 38697439 . T C 433.33 PASS AF=0.460784;AO=46;DP=101;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0147382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.864;QD=16.9934;RBI=0.0253006;REFB=-0.0146459;REVB=-0.0205646;RO=54;SAF=17;SAR=29;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182544;STB=0.601236;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0245816;OID=.;OPOS=38697439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:54:55:46:47:0.460784:29:17:30:24:30:17:30:25 chr19 38698028 . G A 1913.08 PASS AF=0.492228;AO=186;DP=391;FAO=190;FDP=386;FR=.;FRO=196;FSAF=56;FSAR=134;FSRF=56;FSRR=140;FWDB=-0.0230803;FXX=0.0227842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.93;QD=19.8247;RBI=0.0244068;REFB=-0.0008608;REVB=-0.00793682;RO=185;SAF=56;SAR=130;SRF=56;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00175933;STB=0.505534;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00149602;OID=.;OPOS=38698028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:386:185:196:186:190:0.492228:130:56:56:129:134:56:56:140 chr19 38698997 . G T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.497;QD=58.5864;RBI=0.0551442;REFB=0;REVB=-0.0533989;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106434;OID=.;OPOS=38698997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr19 38706989 . G A 1138.67 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166838;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.839;QD=60.7293;RBI=0.0213204;REFB=0;REVB=0.0132744;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52058e-05;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr19 38709568 . C T 395.36 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0036855;FXX=0.03529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.0834;QD=19.2859;RBI=0.069976;REFB=-0.0322727;REVB=-0.0698789;RO=39;SAF=21;SAR=19;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215037;STB=0.609379;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0360649;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:39:42:40:40:0.487805:19:21:11:28:19:21:13:29 chr19 38794895 . T C 1352.77 PASS AF=0.41954;AO=146;DP=348;FAO=146;FDP=348;FR=.;FRO=202;FSAF=67;FSAR=79;FSRF=85;FSRR=117;FWDB=-0.0116339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.844;QD=15.5491;RBI=0.0207468;REFB=-0.00132371;REVB=-0.0171779;RO=202;SAF=67;SAR=79;SRF=85;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401585;STB=0.522352;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00188267;OID=.;OPOS=38794895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:202:202:146:146:0.41954:79:67:85:117:79:67:85:117 chr19 38795550 . G GAAGAAGGAGAAGGGC 240.49 PASS AF=0.304762;AO=29;DP=124;FAO=32;FDP=105;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0156507;FXX=0.153213;HRUN=2;LEN=15;MLLD=255.067;QD=9.16163;RBI=0.0284631;REFB=-0.015618;REVB=-0.023774;RO=84;SAF=16;SAR=13;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024663;STB=0.504759;STBP=0.956;TYPE=ins;VARB=0.033837;OID=.;OPOS=38795551;OREF=-;OALT=AAGAAGGAGAAGGGC;OMAPALT=GAAGAAGGAGAAGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304762:29:124:32:105:73:16:16:37:36:99:84:16:13:48:36 chr19 38798086 . T C 231.79 PASS AF=0.534884;AO=21;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.048189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.272;QD=21.5622;RBI=0.0732358;REFB=-0.0393143;REVB=-0.055148;RO=20;SAF=6;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20371;STB=0.574402;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0312554;OID=.;OPOS=38798086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:21:23:0.534884:15:6:10:10:15:8:10:10 chr19 38847431 . T C 1134.33 PASS AF=0.535354;AO=104;DP=198;FAO=106;FDP=198;FR=.;FRO=92;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=0.00506208;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.806;QD=22.9157;RBI=0.00626573;REFB=0.00488106;REVB=0.00369253;RO=94;SAF=59;SAR=45;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217977;STB=0.501061;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00362278;OID=.;OPOS=38847431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:94:92:104:106:0.535354:45:59:51:43:47:59:51:41 chr19 38852357 . T G 3227.51 PASS AF=0.515397;AO=303;DP=603;FAO=318;FDP=617;FR=.;FRO=299;FSAF=168;FSAR=150;FSRF=169;FSRR=130;FWDB=0.0388367;FXX=0.00963066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4414;QD=20.9239;RBI=0.038948;REFB=-0.0219248;REVB=-0.00294293;RO=292;SAF=158;SAR=145;SRF=164;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362639;STB=0.517982;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0193085;OID=.;OPOS=38852357;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:603:617:292:299:303:318:0.515397:145:158:164:128:150:168:169:130 chr19 38865586 . G A 1782.73 PASS AF=0.455206;AO=182;DP=411;FAO=188;FDP=413;FR=.;FRO=225;FSAF=74;FSAR=114;FSRF=86;FSRR=139;FWDB=0.03969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.257;QD=17.2661;RBI=0.040947;REFB=-0.00772076;REVB=0.0100674;RO=228;SAF=68;SAR=114;SRF=91;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271405;STB=0.506519;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00806618;OID=.;OPOS=38865586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:411:413:228:225:182:188:0.455206:114:68:91:137:114:74:86:139 chr19 38876688 . C T 174.08 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0224936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9675;QD=16.5788;RBI=0.0237086;REFB=-0.024576;REVB=-0.00749233;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172961;STB=0.601884;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0497279;OID=.;OPOS=38876688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:23:18:19:0.452381:11:7:12:9:11:8:14:9 chr19 38876758 . C T 146.9 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0135611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9023;QD=17.2827;RBI=0.052382;REFB=-0.0468598;REVB=0.0505962;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790844;STB=0.545396;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0392225;OID=.;OPOS=38876758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:11:7:5:11:11:7 chr19 38877057 . G C 1553.85 PASS AF=0.475904;AO=158;DP=335;FAO=158;FDP=332;FR=.;FRO=174;FSAF=102;FSAR=56;FSRF=99;FSRR=75;FWDB=-0.022257;FXX=0.00895496;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4704;QD=18.7211;RBI=0.0284234;REFB=-0.00358697;REVB=-0.0176781;RO=174;SAF=102;SAR=56;SRF=99;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775916;STB=0.542768;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00398525;OID=.;OPOS=38877057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:332:174:174:158:158:0.475904:56:102:99:75:56:102:99:75 chr19 38877168 . A G 1939.41 PASS AF=0.510753;AO=187;DP=373;FAO=190;FDP=372;FR=.;FRO=182;FSAF=86;FSAR=104;FSRF=93;FSRR=89;FWDB=-0.0108072;FXX=0.0236214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.687;QD=20.8538;RBI=0.0134256;REFB=0.00836361;REVB=0.00796563;RO=157;SAF=85;SAR=102;SRF=77;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030274;STB=0.52865;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00751435;OID=.;OPOS=38877168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:372:157:182:187:190:0.510753:102:85:77:80:104:86:93:89 chr19 38899501 . C CAAG 156.96 PASS AF=0.328125;AO=20;DP=100;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0171722;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=3;MLLD=171.632;QD=9.80982;RBI=0.036607;REFB=-0.0206806;REVB=-0.0323294;RO=80;SAF=7;SAR=13;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280179;STB=0.68993;STBP=0.034;TYPE=ins;VARB=0.0373396;OID=.;OPOS=38899502;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328125:20:100:21:64:43:8:13:29:14:99:80:7:13:46:34 chr19 38899827 . C T 197.63 PASS AF=0.305882;AO=25;DP=84;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.001867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.07;QD=9.3;RBI=0.0100709;REFB=-0.00922037;REVB=-0.00989638;RO=56;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173661;STB=0.627687;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0198596;OID=.;OPOS=38899827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:56:59:25:26:0.305882:11:14:23:33:11:15:23:36 chr19 38905683 . A G 1378.61 PASS AF=0.501818;AO=138;DP=271;FAO=138;FDP=275;FR=.;FRO=137;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=54;FSRR=83;FWDB=-0.0674626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.4724;QD=20.0525;RBI=0.0682816;REFB=0.000769078;REVB=-0.0105438;RO=127;SAF=64;SAR=74;SRF=44;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104437;STB=0.535032;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.000923246;OID=.;OPOS=38905683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:275:127:137:138:138:0.501818:74:64:44:83:74:64:54:83 chr19 38912764 . A G 2515.22 PASS AF=1;AO=111;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=85;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0749861;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0329;QD=60.6077;RBI=0.0757335;REFB=0;REVB=0.0106141;RO=0;SAF=71;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61096e-05;OID=.;OPOS=38912764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:166:0:0:111:166:1:40:71:0:0:81:85:0:0 chr19 38912765 . T G 452.44 PASS AF=0.337278;AO=55;DP=167;FAO=57;FDP=169;FR=.;FRO=112;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=70;FSRR=42;FWDB=-0.0306646;FXX=0.00588201;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.538;QD=10.7087;RBI=0.0648749;REFB=-0.0802415;REVB=0.0571703;RO=112;SAF=15;SAR=40;SRF=70;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406986;STB=0.739047;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0126102;OID=.;OPOS=38912765;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:112:112:55:57:0.337278:40:15:70:42:42:15:70:42 chr19 38939408 . T C 2354.18 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904462;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.286;QD=61.1476;RBI=0.0336472;REFB=0;REVB=0.0324087;RO=0;SAF=67;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24683e-05;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:153:154:1:86:67:0:0:86:68:0:0 chr19 38956839 . C T 2283.92 PASS AF=0.4946;AO=228;DP=468;FAO=229;FDP=463;FR=.;FRO=234;FSAF=107;FSAR=122;FSRF=105;FSRR=129;FWDB=0.0300655;FXX=0.0127929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3375;QD=19.7315;RBI=0.036911;REFB=0.0109101;REVB=0.0214123;RO=233;SAF=106;SAR=122;SRF=104;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172359;STB=0.509417;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00846609;OID=.;OPOS=38956839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:468:463:233:234:228:229:0.4946:122:106:104:129:122:107:105:129 chr19 38958451 . G A 58.55 PASS AF=0.114754;AO=14;DP=123;FAO=14;FDP=122;FR=.;FRO=108;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=-0.0135668;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.045;QD=1.91953;RBI=0.0137121;REFB=-0.00883095;REVB=-0.00199059;RO=108;SAF=6;SAR=8;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535594;STB=0.538951;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0709665;OID=.;OPOS=38958451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:123:122:108:108:14:14:0.114754:8:6:51:57:8:6:51:57 chr19 38959680 . C T 1796.2 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.121;QD=60.8881;RBI=0.0239843;REFB=0;REVB=0.0196743;RO=0;SAF=35;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59341e-05;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:118:0:0:116:118:1:81:35:0:0:83:35:0:0 chr19 38990614 . C T 331.11 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0083427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7158;QD=13.6541;RBI=0.0364174;REFB=-0.0112653;REVB=-0.035449;RO=60;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330436;STB=0.518818;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0225158;OID=.;OPOS=38990614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:23:14:21:39:23:14:21:39 chr19 38991516 . G A 432.91 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0175937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.842;QD=16.1836;RBI=0.0331197;REFB=-0.0104032;REVB=0.0280602;RO=58;SAF=21;SAR=27;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447328;STB=0.520653;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0118499;OID=.;OPOS=38991516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:58:59:48:48:0.448598:27:21:28:30:27:21:28:31 chr19 38991543 . G A 409.43 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00998081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.034;QD=14.493;RBI=0.0225834;REFB=-0.00724283;REVB=0.0202582;RO=66;SAF=24;SAR=23;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110326;STB=0.506212;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00840573;OID=.;OPOS=38991543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:66:47:47:0.415929:23:24:33:33:23:24:33:33 chr19 38991600 . C T 565.21 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0375912;FXX=0.0206164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.597;QD=23.7981;RBI=0.0418398;REFB=-0.0125154;REVB=0.0183705;RO=43;SAF=28;SAR=24;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114033;STB=0.562477;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00752086;OID=.;OPOS=38991600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:43:43:52:52:0.547368:24:28:29:14:24:28:29:14 chr19 38993547 . C T 1697.51 PASS AF=0.465608;AO=172;DP=374;FAO=176;FDP=378;FR=.;FRO=202;FSAF=114;FSAR=62;FSRF=93;FSRR=109;FWDB=-0.00522879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.467;QD=17.9631;RBI=0.00909752;REFB=-0.00956873;REVB=-0.00744477;RO=202;SAF=112;SAR=60;SRF=93;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19195;STB=0.602995;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0123307;OID=.;OPOS=38993547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:378:202:202:172:176:0.465608:60:112:93:109:62:114:93:109 chr19 38994910 . G A 518.72 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=134;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.00209639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.531;QD=15.1451;RBI=0.0164592;REFB=-0.0245888;REVB=-0.0163252;RO=74;SAF=24;SAR=33;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117587;STB=0.512654;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0339701;OID=.;OPOS=38994910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:74:80:57:57:0.416058:33:24:32:42:33:24:32:48 chr19 38995438 . T C 733.68 PASS AF=0.418848;AO=76;DP=191;FAO=80;FDP=191;FR=.;FRO=111;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=0.0145978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.362;QD=15.365;RBI=0.0229288;REFB=-0.0288508;REVB=-0.0176815;RO=111;SAF=36;SAR=40;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00402151;STB=0.50874;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0408402;OID=.;OPOS=38995438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:111:111:76:80:0.418848:40:36:53:58:43:37:53:58 chr19 38995510 . T C 448.72 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0608493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3527;QD=15.7446;RBI=0.063284;REFB=-0.00515916;REVB=0.0173848;RO=64;SAF=17;SAR=33;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197934;STB=0.611066;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00410626;OID=.;OPOS=38995510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:33:17:34:30:33:17:34:30 chr19 38995975 . G A 552.7 PASS AF=0.414474;AO=61;DP=150;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=-0.0164059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.188;QD=14.5447;RBI=0.0167543;REFB=-0.0213435;REVB=-0.00339864;RO=87;SAF=16;SAR=45;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131786;STB=0.562776;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0344558;OID=.;OPOS=38995975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:87:89:61:63:0.414474:45:16:32:55:46:17:32:57 chr19 38996990 . T C 478.05 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0261116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.227;QD=19.7132;RBI=0.0310865;REFB=-0.00281424;REVB=0.0168687;RO=49;SAF=25;SAR=22;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132026;STB=0.567657;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00419183;OID=.;OPOS=38996990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:50:47:47:0.484536:22:25:19:30:22:25:20:30 chr19 39002725 . A G 1261.78 PASS AF=0.486792;AO=129;DP=265;FAO=129;FDP=265;FR=.;FRO=136;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=47;FSRR=89;FWDB=0.000897116;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.085;QD=19.0458;RBI=0.00508718;REFB=-0.00254906;REVB=-0.00500745;RO=134;SAF=67;SAR=62;SRF=47;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155872;STB=0.588698;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00313497;OID=.;OPOS=39002725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:134:136:129:129:0.486792:62:67:47:87:62:67:47:89 chr19 39086580 . A G 330.69 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00492806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3528;QD=15.9369;RBI=0.0625678;REFB=-0.00492094;REVB=0.0623734;RO=46;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178445;STB=0.593305;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00664417;OID=.;OPOS=39086580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:47:36:36:0.433735:17:19:16:30:17:19:17:30 chr19 39086604 . T C 330.57 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0962293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4864;QD=14.2183;RBI=0.14323;REFB=-0.0307033;REVB=-0.106088;RO=54;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176919;STB=0.598681;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.041283;OID=.;OPOS=39086604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:54:56:37:37:0.397849:17:20:20:34:17:20:21:35 chr19 39098766 . G A 333.16 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0112857;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.62;QD=21.8464;RBI=0.0169759;REFB=-0.0314192;REVB=0.0126812;RO=24;SAF=26;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567579;STB=0.536061;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0223996;OID=.;OPOS=39098766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:27:34:34:0.557377:8:26:17:7:8:26:19:8 chr19 39101870 . T C 424.99 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0601097;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3823;QD=15.1783;RBI=0.0609789;REFB=-0.0154865;REVB=-0.0102592;RO=62;SAF=10;SAR=38;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211118;STB=0.623496;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0235256;OID=.;OPOS=39101870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:62:64:48:48:0.428571:38:10:23:39:38:10:24:40 chr19 39196745 . C T 442.83 PASS AF=0.47;AO=46;DP=101;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0108844;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.57;QD=17.7131;RBI=0.0135465;REFB=0.00295967;REVB=-0.00806458;RO=53;SAF=27;SAR=19;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111541;STB=0.56648;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00305337;OID=.;OPOS=39196745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:53:53:46:47:0.47:19:27:25:28:19:28:25:28 chr19 39224413 . A G 385.67 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00853853;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.885;QD=20.2986;RBI=0.0287223;REFB=-0.0207431;REVB=-0.0274238;RO=35;SAF=22;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043003;STB=0.524868;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0208665;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:35:37:39:39:0.513158:17:22:18:17:17:22:19:18 chr19 39227907 . C G 74.89 PASS AF=0.0663507;AO=12;DP=215;FAO=14;FDP=211;FR=.,HEALED;FRO=181;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=131;FWDB=-0.0664351;FXX=0.0321086;HRUN=7;LEN=1;MLLD=234.659;QD=1.41966;RBI=0.0665518;REFB=-0.00604941;REVB=-0.00393941;RO=115;SAF=12;SAR=0;SRF=20;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.783305;STB=0.889166;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0362626;OID=.;OPOS=39227907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:215:211:115:181:12:14:0.0663507:0:12:20:95:3:11:50:131 chr19 39233146 . A G 1325.1 PASS AF=0.473684;AO=136;DP=283;FAO=135;FDP=285;FR=.;FRO=150;FSAF=31;FSAR=104;FSRF=40;FSRR=110;FWDB=-0.0198828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3256;QD=18.598;RBI=0.0519759;REFB=-0.0168489;REVB=-0.0480225;RO=147;SAF=31;SAR=105;SRF=40;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570313;STB=0.526747;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0214796;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:285:147:150:136:135:0.473684:105:31:40:107:104:31:40:110 chr19 39279824 . C A 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=31;FSRR=0;FWDB=-0.0235746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.257;QD=11.7806;RBI=0.0235746;REFB=-0.0154086;REVB=0;RO=31;SAF=16;SAR=0;SRF=31;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.029125;OID=.;OPOS=39279824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:0:16:31:0:0:16:31:0 chr19 39360720 . G A 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0104553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=340.122;QD=32.822;RBI=0.0105904;REFB=-0.084038;REVB=-0.00168638;RO=1;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28888;STB=0.666218;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0023686;OID=.;OPOS=39360720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:8:1:1:0:8:1:1:0 chr19 39367111 . T C 456.83 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0291289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0871;QD=16.7645;RBI=0.050932;REFB=0.019013;REVB=-0.04178;RO=59;SAF=24;SAR=26;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604848;STB=0.533711;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.0229029;OID=.;OPOS=39367111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:26:24:32:27:26:24:32:27 chr19 39385532 . T C 1241.48 PASS AF=1;AO=65;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.18;QD=61.3078;RBI=0.0455145;REFB=0;REVB=0.0213717;RO=0;SAF=17;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.33797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449285;OID=.;OPOS=39385532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:65:81:1:48:17:0:0:54:27:0:0 chr19 39402455 . C G 775.83 PASS AF=0.532374;AO=74;DP=139;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.118048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.512;QD=22.326;RBI=0.118132;REFB=-0.0399871;REVB=0.00446073;RO=65;SAF=25;SAR=49;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579493;STB=0.531807;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0297887;OID=.;OPOS=39402455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:65:65:74:74:0.532374:49:25:26:39:49:25:26:39 chr19 39416887 . C T 5860.72 PASS AF=0.986911;AO=377;DP=382;FAO=377;FDP=382;FR=.;FRO=5;FSAF=195;FSAR=182;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0234035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6273;QD=61.3688;RBI=0.023948;REFB=-0.0627209;REVB=-0.00507792;RO=5;SAF=195;SAR=182;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00707164;STB=0.503706;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00327623;OID=.;OPOS=39416887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:382:382:5:5:377:377:0.986911:182:195:4:1:182:195:4:1 chr19 39432783 . T C 2547.72 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.639;QD=61.763;RBI=0.0477857;REFB=0;REVB=-0.00355949;RO=0;SAF=93;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12766e-05;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:165:165:1:72:93:0:0:72:93:0:0 chr19 39433299 . A G 1644.62 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.512;QD=59.2657;RBI=0.0176608;REFB=-0.130953;REVB=-0.0109733;RO=1;SAF=51;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921748;STB=0.504853;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000275986;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:111:111:1:1:110:110:0.990991:59:51:1:0:59:51:1:0 chr19 39440874 . A T 385.3 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0370555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4829;QD=28.5404;RBI=0.0383218;REFB=-0.0375584;REVB=0.00976979;RO=17;SAF=13;SAR=23;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433739;STB=0.510084;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0182956;OID=.;OPOS=39440874;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:18:36:36:0.666667:23:13:5:12:23:13:6:12 chr19 39440918 . T C 71.31 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0875103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.481;QD=7.70956;RBI=0.0880426;REFB=-0.00491968;REVB=-0.00966732;RO=26;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262625;STB=0.657184;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0123506;OID=.;OPOS=39440918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:26:27:10:10:0.27027:8:2:10:16:8:2:10:17 chr19 39440966 . T C 35.31 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0502837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3341;QD=7.84647;RBI=0.0639925;REFB=0.0118891;REVB=-0.0395802;RO=12;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783381;STB=0.587912;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0282385;OID=.;OPOS=39440966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:17:18:12:12:5:6:0.333333:4:1:3:9:5:1:3:9 chr19 39515821 . G C 44.81 PASS AF=0.112245;AO=12;DP=98;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.0104106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.33;QD=1.82888;RBI=0.0579679;REFB=-0.000642729;REVB=-0.0570254;RO=86;SAF=1;SAR=11;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.579174;STB=0.908348;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0567514;OID=.;OPOS=39515821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:98:98:86:87:12:11:0.112245:11:1:48:38:10:1:48:39 chr19 39589189 . C T 7775.26 PASS AF=0.978641;AO=504;DP=516;FAO=504;FDP=515;FR=.;FRO=11;FSAF=334;FSAR=170;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00808554;FXX=0.00193795;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.276;QD=60.3904;RBI=0.0104424;REFB=-0.0393768;REVB=0.00660809;RO=8;SAF=334;SAR=170;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956378;STB=0.502796;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.000344711;OID=.;OPOS=39589189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:516:515:8:11:504:504:0.978641:170:334:3:5:170:334:6:5 chr19 39590955 . G A 1915.61 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.458;QD=61.7939;RBI=0.0162461;REFB=0;REVB=0.00327086;RO=0;SAF=51;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02889e-05;OID=.;OPOS=39590955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:72:51:0:0:73:51:0:0 chr19 39735106 . T C 149.59 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.013889;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6142;QD=7.77091;RBI=0.0216154;REFB=0.00651894;REVB=0.0165627;RO=56;SAF=10;SAR=11;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144161;STB=0.508677;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.018768;OID=.;OPOS=39735106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:56:56:21:21:0.272727:11:10:26:30:11:10:26:30 chr19 39789115 . A G 689.48 PASS AF=0.539683;AO=66;DP=123;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0601317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3676;QD=21.8884;RBI=0.0601424;REFB=0.0193043;REVB=0.00113301;RO=56;SAF=27;SAR=39;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122001;STB=0.557112;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0177323;OID=.;OPOS=39789115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:56:58:66:68:0.539683:39:27:31:25:40:28:31:27 chr19 39826597 . A G 150.34 PASS AF=0.352941;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0253745;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1338;QD=11.7913;RBI=0.0253753;REFB=0.00763126;REVB=0.000201686;RO=31;SAF=2;SAR=15;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353395;STB=0.732077;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.013777;OID=.;OPOS=39826597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:31:33:17:18:0.352941:15:2:10:21:16:2:11:22 chr19 39898667 . C T 1716.0 PASS AF=0.433255;AO=183;DP=425;FAO=185;FDP=427;FR=.;FRO=242;FSAF=79;FSAR=106;FSRF=108;FSRR=134;FWDB=0.0028734;FXX=0.00233639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.01;QD=16.075;RBI=0.00288315;REFB=-0.0178686;REVB=0.000236988;RO=240;SAF=78;SAR=105;SRF=107;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204207;STB=0.511112;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0216798;OID=.;OPOS=39898667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:427:240:242:183:185:0.433255:105:78:107:133:106:79:108:134 chr19 39914748 . G A 444.16 PASS AF=0.558442;AO=42;DP=76;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00434794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.109;QD=23.0735;RBI=0.0239664;REFB=-0.00834587;REVB=-0.0235687;RO=34;SAF=13;SAR=29;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118483;STB=0.555823;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00682609;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:34:34:42:43:0.558442:29:13:15:19:29:14:15:19 chr19 39915637 . G A 145.05 PASS AF=0.432432;AO=14;DP=35;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.008674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.026;QD=15.6809;RBI=0.0123548;REFB=-0.0103232;REVB=0.00879791;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12693;STB=0.522156;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0126887;OID=.;OPOS=39915637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:21:21:14:16:0.432432:5:9:11:10:7:9:11:10 chr19 39915758 . C G 478.66 PASS AF=0.444444;AO=58;DP=122;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=53;FWDB=-0.0206711;FXX=0.0409802;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.001;QD=16.3645;RBI=0.0222638;REFB=-0.0204386;REVB=0.0082692;RO=61;SAF=16;SAR=42;SRF=12;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966019;STB=0.585496;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.025636;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:117:61:65:58:52:0.444444:42:16:12:49:36:16:12:53 chr19 39915958 . A G 508.67 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=48;FWDB=-0.0890997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3177;QD=18.1667;RBI=0.0987878;REFB=0.00592775;REVB=-0.0426646;RO=57;SAF=24;SAR=30;SRF=9;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281455;STB=0.647255;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00836295;OID=.;OPOS=39915958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:58:54:54:0.482143:30:24:9:48:30:24:10:48 chr19 39916110 . GGGA G 163.68 PASS AF=0.323529;AO=32;DP=103;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=50;FWDB=0.000837157;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=3;MLLD=194.369;QD=6.41898;RBI=0.0129296;REFB=0.00521035;REVB=0.0129025;RO=68;SAF=9;SAR=23;SRF=19;SRR=49;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=0.00265249;STB=0.502241;STBP=0.987;TYPE=del;VARB=-0.0116553;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:32:103:33:102:69:9:24:19:50:99:68:9:23:19:49 chr19 39923952 . G A 1172.98 PASS AF=0.431034;AO=125;DP=292;FAO=125;FDP=290;FR=.;FRO=165;FSAF=44;FSAR=81;FSRF=78;FSRR=87;FWDB=0.0148228;FXX=0.0102386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.883;QD=16.179;RBI=0.0148353;REFB=-0.00871849;REVB=-0.000607097;RO=160;SAF=44;SAR=81;SRF=76;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130199;STB=0.572062;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0173741;OID=.;OPOS=39923952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:290:160:165:125:125:0.431034:81:44:76:84:81:44:78:87 chr19 39926509 . A C 805.33 PASS AF=0.49697;AO=83;DP=166;FAO=82;FDP=165;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=0.020842;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.413;QD=19.5231;RBI=0.0214256;REFB=-0.0278966;REVB=-0.00496702;RO=83;SAF=29;SAR=54;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502347;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0277864;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:83:83:83:82:0.49697:54:29:29:54:53:29:29:54 chr19 39926521 . G A 699.31 PASS AF=0.474359;AO=74;DP=156;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=54;FWDB=-0.0341838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.636;QD=17.9311;RBI=0.0346186;REFB=0.00833336;REVB=0.00546932;RO=81;SAF=27;SAR=47;SRF=28;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196818;STB=0.513362;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00994647;OID=.;OPOS=39926521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:81:82:74:74:0.474359:47:27:28:53:47:27:28:54 chr19 39932066 . T C 961.84 PASS AF=0.359133;AO=113;DP=320;FAO=116;FDP=323;FR=.;FRO=207;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=86;FSRR=121;FWDB=0.00222466;FXX=0.00308632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.452;QD=11.9114;RBI=0.0145107;REFB=-0.00820477;REVB=0.0143391;RO=206;SAF=50;SAR=63;SRF=85;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345923;STB=0.521349;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0142954;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:323:206:207:113:116:0.359133:63:50:85:121:64:52:86:121 chr19 39944082 . C T 595.67 PASS AF=0.526316;AO=59;DP=108;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.021746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.443;QD=20.9005;RBI=0.0324384;REFB=-0.0342281;REVB=-0.0240699;RO=49;SAF=31;SAR=28;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055281;STB=0.544906;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0392118;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:114:49:54:59:60:0.526316:28:31:29:20:29:31:33:21 chr19 39967318 . T C 632.72 PASS AF=0.619565;AO=54;DP=92;FAO=57;FDP=92;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0883933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1538;QD=27.5094;RBI=0.0934487;REFB=-0.0426344;REVB=0.0303197;RO=34;SAF=26;SAR=28;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706824;STB=0.539157;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0381565;OID=.;OPOS=39967318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:34:35:54:57:0.619565:28:26:13:21:30:27:13:22 chr19 39967320 . T C 575.84 PASS AF=0.580645;AO=53;DP=91;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0116779;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0471;QD=24.7672;RBI=0.0206688;REFB=-0.0258822;REVB=0.0170537;RO=38;SAF=28;SAR=25;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161523;STB=0.587924;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0149091;OID=.;OPOS=39967320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:38:39:53:54:0.580645:25:28:12:26:26:28:12:27 chr19 40149297 . T A 3155.16 PASS AF=0.994975;AO=198;DP=199;FAO=198;FDP=199;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3715;QD=63.4204;RBI=0.0490441;REFB=-0.0217097;REVB=0.0475636;RO=1;SAF=83;SAR=115;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041237;STB=0.502164;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000210274;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:199:199:1:1:198:198:0.994975:115:83:0:1:115:83:0:1 chr19 40170053 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0111169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.49;QD=14.0966;RBI=0.0209097;REFB=-0.0138328;REVB=0.0177096;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654098;STB=0.538391;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0201082;OID=.;OPOS=40170053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:8:6:4:7:8:6 chr19 40172827 . C T 575.13 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0261636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.564;QD=18.1143;RBI=0.0326676;REFB=-0.00605646;REVB=-0.0195611;RO=67;SAF=34;SAR=26;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567991;STB=0.531521;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00718669;OID=.;OPOS=40172827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:67:60:60:0.472441:26:34:34:33:26:34:34:33 chr19 40174236 . G A 557.96 PASS AF=0.425532;AO=60;DP=141;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.0202637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6534;QD=15.8287;RBI=0.0202772;REFB=0.00708213;REVB=0.000740502;RO=81;SAF=29;SAR=31;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527315;STB=0.529514;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.0153922;OID=.;OPOS=40174236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:81:81:60:60:0.425532:31:29:35:46:31:29:35:46 chr19 40196627 . G A 538.79 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.00543336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.654;QD=20.5254;RBI=0.00678625;REFB=0.000151001;REVB=-0.00406593;RO=50;SAF=29;SAR=26;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14402;STB=0.579173;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.000114748;OID=.;OPOS=40196627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:50:55:55:0.52381:26:29:18:32:26:29:18:32 chr19 40197924 . T C 972.53 PASS AF=0.453744;AO=103;DP=227;FAO=103;FDP=227;FR=.;FRO=124;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=76;FWDB=0.11137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5366;QD=17.1371;RBI=0.114794;REFB=0.00130836;REVB=0.0278285;RO=121;SAF=57;SAR=46;SRF=48;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152098;STB=0.590105;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000718219;OID=.;OPOS=40197924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:121:124:103:103:0.453744:46:57:48:73:46:57:48:76 chr19 40199914 . C G 402.79 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.0391353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6278;QD=13.6541;RBI=0.0471293;REFB=-0.0126664;REVB=-0.0262603;RO=71;SAF=22;SAR=25;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946075;STB=0.553386;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0267499;OID=.;OPOS=40199914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:71:47:47:0.398305:25:22:27:44:25:22:27:44 chr19 40224986 . A G 968.01 PASS AF=0.575;AO=92;DP=161;FAO=92;FDP=160;FR=.;FRO=68;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=16;FWDB=0.0341644;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0503;QD=24.2002;RBI=0.0350135;REFB=-0.0217985;REVB=-0.00766416;RO=68;SAF=47;SAR=45;SRF=52;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200184;STB=0.608418;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0182497;OID=.;OPOS=40224986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:68:68:92:92:0.575:45:47:52:16:45:47:52:16 chr19 40225646 . G A 589.01 PASS AF=0.439716;AO=62;DP=142;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.00806572;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.031;QD=16.7095;RBI=0.0202714;REFB=-0.000222162;REVB=0.0185977;RO=78;SAF=32;SAR=30;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609511;STB=0.537178;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.000392971;OID=.;OPOS=40225646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:78:79:62:62:0.439716:30:32:45:33:30:32:46:33 chr19 40316339 . C G 61.86 PASS AF=0.105469;AO=37;DP=256;FAO=27;FDP=256;FR=.;FRO=229;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=107;FSRR=122;FWDB=-0.0413513;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.0352;QD=0.966545;RBI=0.0686412;REFB=-0.00452939;REVB=-0.0547876;RO=207;SAF=2;SAR=35;SRF=95;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.610295;STB=0.949552;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.1557;OID=.;OPOS=40316339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:256:256:207:229:37:27:0.105469:35:2:95:112:26:1:107:122 chr19 40357683 . T G 722.65 PASS AF=0.493421;AO=73;DP=149;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.0177699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5122;QD=19.017;RBI=0.0178577;REFB=-0.00773456;REVB=0.00176798;RO=75;SAF=39;SAR=34;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610165;STB=0.526047;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00796313;OID=.;OPOS=40357683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:75:77:73:75:0.493421:34:39:45:30:34:41:46:31 chr19 40363020 . G A 957.75 PASS AF=0.494898;AO=97;DP=196;FAO=97;FDP=196;FR=.;FRO=99;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=0.00643591;FXX=0.0297015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.718;QD=19.546;RBI=0.0413474;REFB=-0.0335515;REVB=0.0408435;RO=87;SAF=41;SAR=56;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326324;STB=0.511221;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0405644;OID=.;OPOS=40363020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:87:99:97:97:0.494898:56:41:40:47:56:41:44:55 chr19 40363926 . C G 565.93 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00201755;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2166;QD=18.2559;RBI=0.0156603;REFB=0.00281815;REVB=-0.0155298;RO=65;SAF=29;SAR=30;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575258;STB=0.531881;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00278267;OID=.;OPOS=40363926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:65:59:59:0.475806:30:29:28:37:30:29:28:37 chr19 40366362 . G C 966.6 PASS AF=0.416988;AO=106;DP=256;FAO=108;FDP=259;FR=.;FRO=151;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=74;FSRR=77;FWDB=-0.0230772;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.266;QD=14.9282;RBI=0.023763;REFB=-0.00884249;REVB=-0.00566766;RO=150;SAF=41;SAR=65;SRF=73;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107244;STB=0.554654;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0118741;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:259:150:151:106:108:0.416988:65:41:73:77:65:43:74:77 chr19 40368395 . C T 726.73 PASS AF=0.503546;AO=70;DP=141;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0110168;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.005;QD=20.6165;RBI=0.0110197;REFB=-3.02321e-05;REVB=-0.000251044;RO=70;SAF=29;SAR=41;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133863;STB=0.504347;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-5.43941e-06;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:70:70:70:71:0.503546:41:29:28:42:42:29:28:42 chr19 40368498 . AA CA,CC 919.69 PASS AF=0.078125,0.921875;AO=5,62;DP=67;FAO=5,59;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=3,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124872,0.0121849;FXX=0.0447694;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=165.448,215.797;QD=57.4804;RBI=0.0175781,0.0121868;REFB=0,0;REVB=0.0123717,0.000213221;RO=0;SAF=2,29;SAR=3,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0416531,0.000715241;OID=.,.;OPOS=40368498,40368498;OREF=A,AA;OALT=C,CC;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:67:64:0:0:5,62:5,59:0.078125,0.921875:3,33:2,29:0:0:3,30:2,29:0:0 chr19 40368500 . A G 38.22 PASS AF=0.121212;AO=5;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0134587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.54;QD=2.31626;RBI=0.0231791;REFB=-0.00116125;REVB=-0.0188715;RO=58;SAF=2;SAR=3;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10643;STB=0.725981;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.125233;OID=.;OPOS=40368500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:66:66:58:58:5:8:0.121212:3:2:29:29:6:2:29:29 chr19 40368520 . G C 155.18 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00216172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3429;QD=13.207;RBI=0.0464662;REFB=0.017842;REVB=0.0464159;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288417;STB=0.640872;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0257506;OID=.;OPOS=40368520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:29:17:18:0.382979:11:6:17:10:11:7:18:11 chr19 40370213 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0174375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.351;QD=16.1981;RBI=0.0186993;REFB=0.00049993;REVB=0.00675261;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000697613;OID=.;OPOS=40370213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:1:2:1:4:1:2 chr19 40374034 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0605342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7549;QD=16.9316;RBI=0.0654919;REFB=0.0306984;REVB=0.0249961;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0317032;OID=.;OPOS=40374034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:3:9:9:3:3:9 chr19 40376675 . G A 89.94 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0771958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3284;QD=5.3697;RBI=0.0789058;REFB=-0.0198214;REVB=0.0163379;RO=51;SAF=6;SAR=9;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136048;STB=0.578208;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0647975;OID=.;OPOS=40376675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:67:67:51:52:15:15:0.223881:9:6:26:25:9:6:26:26 chr19 40392482 . A G 336.68 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0143588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9569;QD=14.7989;RBI=0.0175328;REFB=-0.00857017;REVB=0.010061;RO=53;SAF=20;SAR=17;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520602;STB=0.524108;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0172118;OID=.;OPOS=40392482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:54:37:37:0.406593:17:20:26:27:17:20:27:27 chr19 40392585 . T G 45.12 PASS AF=0.0843373;AO=14;DP=168;FAO=14;FDP=166;FR=.;FRO=152;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=85;FSRR=67;FWDB=-0.00806832;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.732;QD=1.08729;RBI=0.0358386;REFB=-0.00322991;REVB=-0.0349186;RO=150;SAF=5;SAR=9;SRF=85;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237601;STB=0.680422;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0288194;OID=.;OPOS=40392585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:168:166:150:152:14:14:0.0843373:9:5:85:65:9:5:85:67 chr19 40392631 . G A 479.95 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0435635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.744;QD=18.2836;RBI=0.0446495;REFB=-0.0020685;REVB=0.00978762;RO=54;SAF=25;SAR=26;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129174;STB=0.571507;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00236605;OID=.;OPOS=40392631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:26:25:34:20:26:25:34:20 chr19 40392719 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0490054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.333;QD=21.0137;RBI=0.0566846;REFB=-0.0205618;REVB=-0.0284889;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32916;STB=0.68393;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00323647;OID=.;OPOS=40392719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:7:0:5:6:7:0 chr19 40406019 . G A 950.24 PASS AF=0.448889;AO=101;DP=226;FAO=101;FDP=225;FR=.;FRO=124;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=60;FSRR=64;FWDB=-0.00512911;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.462;QD=16.8931;RBI=0.00545533;REFB=-0.0133605;REVB=0.0018582;RO=124;SAF=42;SAR=59;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686213;STB=0.538083;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0163061;OID=.;OPOS=40406019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:124:124:101:101:0.448889:59:42:60:64:59:42:60:64 chr19 40408821 . C G 285.69 PASS AF=0.557692;AO=27;DP=50;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.078624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.2772;QD=21.9757;RBI=0.08452;REFB=-0.000123058;REVB=0.0310144;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215829;STB=0.586147;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00235435;OID=.;OPOS=40408821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:22:23:27:29:0.557692:17:10:14:8:17:12:14:9 chr19 40433042 . G A 541.81 PASS AF=0.522523;AO=55;DP=108;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=-0.0176669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.149;QD=19.5248;RBI=0.0255609;REFB=-0.00148184;REVB=0.0184727;RO=53;SAF=28;SAR=27;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217967;STB=0.627373;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00306915;OID=.;OPOS=40433042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:53:53:55:58:0.522523:27:28:14:39:27:31:14:39 chr19 40433397 . G T 213.4 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0086319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.722;QD=14.9753;RBI=0.0674168;REFB=-0.00754822;REVB=0.0668619;RO=31;SAF=18;SAR=7;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501346;STB=0.522166;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0116641;OID=.;OPOS=40433397;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:7:18:21:10:7:18:22:10 chr19 40480501 . C T 586.36 PASS AF=0.55102;AO=53;DP=100;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0179046;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.221;QD=23.9331;RBI=0.0183138;REFB=-0.00577454;REVB=0.00384938;RO=44;SAF=27;SAR=26;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157869;STB=0.581603;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.005328;OID=.;OPOS=40480501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:44:44:53:54:0.55102:26:27:14:30:27:27:14:30 chr19 40519905 . G C 134.44 PASS AF=0.287879;AO=18;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00645212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.398;QD=8.14786;RBI=0.0202064;REFB=-0.00645946;REVB=-0.0191486;RO=47;SAF=7;SAR=11;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122051;STB=0.588141;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0170721;OID=.;OPOS=40519905;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:18:19:0.287879:11:7:23:24:12:7:23:24 chr19 40519935 . C T 117.04 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00416972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.265;QD=7.43089;RBI=0.0149172;REFB=-0.00411439;REVB=-0.0143225;RO=44;SAF=5;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304808;STB=0.671607;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0114621;OID=.;OPOS=40519935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:44:46:17:17:0.269841:12:5:24:20:12:5:24:22 chr19 40719076 . T C 368.05 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.015516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.927;QD=29.4438;RBI=0.0235464;REFB=-0.0154904;REVB=-0.0177112;RO=18;SAF=12;SAR=19;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115292;STB=0.554341;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0067126;OID=.;OPOS=40719076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:19:31:31:0.62:19:12:10:8:19:12:10:9 chr19 40739513 . A G 273.06 PASS AF=0.318584;AO=36;DP=115;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.00344552;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.378;QD=9.66565;RBI=0.00359704;REFB=-0.00811169;REVB=-0.00103299;RO=73;SAF=16;SAR=20;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165781;STB=0.59449;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0138015;OID=.;OPOS=40739513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:73:77:36:36:0.318584:20:16:43:30:20:16:45:32 chr19 40875874 . C G 700.37 PASS AF=0.39;AO=78;DP=200;FAO=78;FDP=200;FR=.;FRO=122;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=60;FWDB=0.0172069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4216;QD=14.0073;RBI=0.024183;REFB=0.00317268;REVB=-0.0169923;RO=121;SAF=29;SAR=49;SRF=61;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146192;STB=0.585148;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0054071;OID=.;OPOS=40875874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:121:122:78:78:0.39:49:29:61:60:49:29:62:60 chr19 40886993 . C T 573.94 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00275379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.595;QD=17.9356;RBI=0.00793044;REFB=-0.0246495;REVB=0.00743697;RO=68;SAF=14;SAR=46;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236669;STB=0.632452;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0241676;OID=.;OPOS=40886993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:68:60:60:0.46875:46:14:30:38:46:14:30:38 chr19 40900865 . C T 4839.26 PASS AF=0.963636;AO=318;DP=331;FAO=318;FDP=330;FR=.;FRO=12;FSAF=161;FSAR=157;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0197755;FXX=0.00302106;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.592;QD=58.6577;RBI=0.0290847;REFB=-0.0657076;REVB=0.0213272;RO=7;SAF=161;SAR=157;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854341;STB=0.502802;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.000449548;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:331:330:7:12:318:318:0.963636:157:161:5:2:157:161:7:5 chr19 41008049 . A G 2748.51 PASS AF=1;AO=172;DP=174;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024135;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2437;QD=62.1131;RBI=0.0254417;REFB=0;REVB=0.00804874;RO=0;SAF=86;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8633e-05;OID=.;OPOS=41008049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:177:0:0:172:177:1:86:86:0:0:91:86:0:0 chr19 41012190 . C T 1554.38 PASS AF=0.503333;AO=150;DP=298;FAO=151;FDP=300;FR=.;FRO=149;FSAF=70;FSAR=81;FSRF=65;FSRR=84;FWDB=-0.015942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0578;QD=20.7251;RBI=0.027934;REFB=-0.0162922;REVB=0.0229382;RO=146;SAF=70;SAR=80;SRF=63;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318958;STB=0.513674;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0170831;OID=.;OPOS=41012190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:300:146:149:150:151:0.503333:80:70:63:83:81:70:65:84 chr19 41123093 . A AG 1262.9 PASS AF=1;AO=107;DP=133;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0861619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.9768;QD=43.1761;RBI=0.0936138;REFB=0;REVB=-0.0366014;RO=20;SAF=52;SAR=55;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00108208;OID=.;OPOS=41123094;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:107:133:117:117:0:53:64:0:0:24:20:52:55:14:6 chr19 41172864 . G C 554.32 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.039876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1161;QD=20.1572;RBI=0.0509111;REFB=-0.0194097;REVB=0.0316519;RO=52;SAF=23;SAR=34;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880647;STB=0.542073;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0149981;OID=.;OPOS=41172864;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:52:53:57:57:0.518182:34:23:16:36:34:23:17:36 chr19 41173880 . C T 298.57 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0271591;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.357;QD=17.0613;RBI=0.0532218;REFB=-0.0510952;REVB=0.0457706;RO=37;SAF=9;SAR=24;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145191;STB=0.581766;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0564202;OID=.;OPOS=41173880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:24:9:15:22:24:9:15:22 chr19 41173892 . CTGCTGTTGCTGT CTGCTGT,CTGCTGTTGCTGC 172.74 PASS AF=0.237288,0.135593;AO=13,6;DP=67;FAO=14,8;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=4,0;FSAR=10,8;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0314891,-0.0218855;FXX=0.119385;HRUN=2,2;LEN=6,1;MLLD=139.92,151.707;QD=11.7112;RBI=0.0627553,0.084326;REFB=-0.0259538,-0.00561069;REVB=-0.0542832,-0.0814365;RO=33;SAF=3,0;SAR=10,6;SRF=11;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.150575,-0.619875;STB=0.555473,0.998225;STBP=0.662,0.014;TYPE=del,snp;VARB=0.100151,0.0656009;OID=.,.;OPOS=41173893,41173904;OREF=TGCTGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGCTGT,CTGCTGTTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.237288,0.135593:13,6:67:14,8:59:37:4,0:10,8:13:24:96:33:3,0:10,6:11:22 chr19 41302635 . G A 45.19 PASS AF=0.084375;AO=57;DP=317;FAO=27;FDP=320;FR=.,HEALED;FRO=292;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=179;FSRR=113;FWDB=-0.139902;FXX=0.00621099;HRUN=5;LEN=1;MLLD=20.8733;QD=0.564892;RBI=0.147908;REFB=-0.0729725;REVB=0.0480031;RO=185;SAF=50;SAR=7;SRF=107;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473646;STB=0.63264;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.191161;OID=.;OPOS=41302635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:317:320:185:292:57:27:0.084375:7:50:107:78:7:20:179:113 chr19 41307170 . G A 1174.97 PASS AF=0.478431;AO=122;DP=256;FAO=122;FDP=255;FR=.;FRO=133;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=53;FSRR=80;FWDB=-0.00695334;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.39;QD=18.431;RBI=0.0380843;REFB=-0.0163809;REVB=0.0374441;RO=132;SAF=52;SAR=70;SRF=53;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239451;STB=0.514849;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0183005;OID=.;OPOS=41307170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:255:132:133:122:122:0.478431:70:52:53:79:70:52:53:80 chr19 41350664 . A T 2883.16 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.146;QD=63.02;RBI=0.0638353;REFB=0;REVB=-0.0108495;RO=0;SAF=82;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26076e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82127e-05;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:183:0:0:180:183:1:98:82:0:0:98:85:0:0 chr19 41354606 . G T 259.65 PASS AF=0.165079;AO=52;DP=315;FAO=52;FDP=315;FR=.;FRO=263;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=127;FSRR=136;FWDB=0.00950582;FXX=0.00316446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.604;QD=3.29714;RBI=0.0196163;REFB=-6.62631e-06;REVB=-0.0171592;RO=262;SAF=41;SAR=11;SRF=126;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409812;STB=0.765228;STBP=0;TYPE=snp;VARB=1.2097e-05;OID=.;OPOS=41354606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:262:263:52:52:0.165079:11:41:126:136:11:41:127:136 chr19 41354661 . T C 180.1 PASS AF=0.162896;AO=36;DP=221;FAO=36;FDP=221;FR=.;FRO=185;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=89;FSRR=96;FWDB=0.0102454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.575;QD=3.25973;RBI=0.0145892;REFB=-0.00374571;REVB=-0.0103864;RO=185;SAF=28;SAR=8;SRF=89;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391718;STB=0.75661;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0166409;OID=.;OPOS=41354661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:185:185:36:36:0.162896:8:28:89:96:8:28:89:96 chr19 41355849 . A G 201.53 PASS AF=0.155556;AO=42;DP=270;FAO=42;FDP=270;FR=.;FRO=228;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=118;FSRR=110;FWDB=0.00601255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7786;QD=2.98555;RBI=0.0757586;REFB=0.00195606;REVB=-0.0755196;RO=227;SAF=16;SAR=26;SRF=118;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178944;STB=0.615493;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00806664;OID=.;OPOS=41355849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:227:228:42:42:0.155556:26:16:118:109:26:16:118:110 chr19 41356281 . T C 1591.85 PASS AF=0.561798;AO=150;DP=267;FAO=150;FDP=267;FR=.;FRO=117;FSAF=79;FSAR=71;FSRF=60;FSRR=57;FWDB=-0.0307054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7256;QD=23.8479;RBI=0.0447001;REFB=-0.0122213;REVB=-0.032485;RO=116;SAF=79;SAR=71;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145203;STB=0.50608;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00920905;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:116:117:150:150:0.561798:71:79:59:57:71:79:60:57 chr19 41381647 . A C 1612.37 PASS AF=1;AO=61;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8968;QD=60.844;RBI=0.299542;REFB=0;REVB=0.297145;RO=0;SAF=53;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191083;OID=.;OPOS=41381647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:61:106:1:8:53:0:0:50:56:0:0 chr19 41383153 . A G 2477.6 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152709;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.4;QD=61.5552;RBI=0.0755682;REFB=0;REVB=-0.0755527;RO=0;SAF=81;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011867;OID=.;OPOS=41383153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:161:0:0:161:161:1:80:81:0:0:80:81:0:0 chr19 41383799 . G A 3723.76 PASS AF=1;AO=235;DP=236;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211433;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6308;QD=63.3832;RBI=0.0697607;REFB=0;REVB=0.0664795;RO=0;SAF=109;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08718e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154187;OID=.;OPOS=41383799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:235:0:0:235:235:1:126:109:0:0:126:109:0:0 chr19 41384675 . T C 5097.05 PASS AF=1;AO=323;DP=329;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402194;FXX=0.0182365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7078;QD=63.1214;RBI=0.0556643;REFB=-0.0181901;REVB=0.0384826;RO=0;SAF=171;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109424;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:329:323:0:0:323:323:1:152:171:0:0:152:171:0:0 chr19 41386136 . A C 1542.61 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0729284;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.777;QD=58.7663;RBI=0.0817041;REFB=-0.121537;REVB=0.0368375;RO=0;SAF=64;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000532282;OID=.;OPOS=41386136;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:105:0:1:104:104:0.990476:40:64:0:0:40:64:1:0 chr19 41386420 . A C 3627.21 PASS AF=1;AO=230;DP=230;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4001;QD=63.0818;RBI=0.0652426;REFB=0;REVB=-0.0485607;RO=0;SAF=105;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217408;OID=.;OPOS=41386420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:230:230:0:0:230:230:1:125:105:0:0:125:105:0:0 chr19 41386486 . CA AG 3882.95 PASS AF=1;AO=244;DP=247;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202991;FXX=0.0153251;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.849;QD=60.435;RBI=0.0295392;REFB=0;REVB=0.0214596;RO=0;SAF=119;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000386974;OID=.;OPOS=41386486;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:247:257:0:0:244:257:1:125:119:0:0:138:119:0:0 chr19 41386494 . A C 3960.11 PASS AF=1;AO=252;DP=253;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.732;QD=61.636;RBI=0.00691114;REFB=0;REVB=0.00677523;RO=0;SAF=117;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22875e-06;OID=.;OPOS=41386494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:253:257:0:0:252:257:1:135:117:0:0:139:118:0:0 chr19 41386527 . G A 3444.12 PASS AF=1;AO=220;DP=221;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254287;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.845;QD=62.6203;RBI=0.0327204;REFB=0;REVB=0.0205914;RO=0;SAF=106;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50642e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18141e-05;OID=.;OPOS=41386527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:220:0:0:220:220:1:114:106:0:0:114:106:0:0 chr19 41387620 . A G 1339.44 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1366;QD=62.2994;RBI=0.0450352;REFB=0;REVB=-0.0429502;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154187;OID=.;OPOS=41387620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:52:33:0:0:53:33:0:0 chr19 41387647 . A G 1358.57 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4876;QD=62.463;RBI=0.0881411;REFB=0;REVB=-0.0879425;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00052151;OID=.;OPOS=41387647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:57:30:0:0:57:30:0:0 chr19 41387656 . A T 1377.44 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.837;QD=62.611;RBI=0.00495255;REFB=0;REVB=0.00221826;RO=0;SAF=30;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89315e-05;OID=.;OPOS=41387656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:58:30:0:0:58:30:0:0 chr19 41404196 . A G 2848.94 PASS AF=0.994536;AO=181;DP=182;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=96;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.393;QD=62.2719;RBI=0.0243702;REFB=-0.0331829;REVB=-0.00824521;RO=0;SAF=85;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50289;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=3.21667e-05;OID=.;OPOS=41404196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:183:0:1:181:182:0.994536:96:85:0:0:96:86:1:0 chr19 41405962 . T G 1474.43 PASS AF=0.990196;AO=92;DP=93;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.101668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.157;QD=57.8209;RBI=0.114878;REFB=-0.132841;REVB=0.0534831;RO=1;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886129;STB=0.504672;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00246968;OID=.;OPOS=41405962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:102:1:1:92:101:0.990196:53:39:0:1:53:48:0:1 chr19 41414481 . G A 3828.41 PASS AF=0.987805;AO=243;DP=246;FAO=243;FDP=246;FR=.;FRO=3;FSAF=123;FSAR=120;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00879115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.578;QD=62.2506;RBI=0.016506;REFB=-0.0445059;REVB=0.0139701;RO=3;SAF=123;SAR=120;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114813;STB=0.506024;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00082214;OID=.;OPOS=41414481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:246:246:3:3:243:243:0.987805:120:123:3:0:120:123:3:0 chr19 41415818 . G A 1029.64 PASS AF=0.459227;AO=105;DP=235;FAO=107;FDP=233;FR=.;FRO=126;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=73;FSRR=53;FWDB=-0.00745321;FXX=0.0127113;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.671;QD=17.6762;RBI=0.0122934;REFB=0.00611499;REVB=0.00977642;RO=127;SAF=52;SAR=53;SRF=71;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630343;STB=0.545402;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00637797;OID=.;OPOS=41415818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:233:127:126:105:107:0.459227:53:52:71:56:54:53:73:53 chr19 41531597 . C G 1473.4 PASS AF=0.514286;AO=142;DP=279;FAO=144;FDP=280;FR=.;FRO=136;FSAF=81;FSAR=63;FSRF=79;FSRR=57;FWDB=-0.013609;FXX=0.00355859;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.52;QD=21.0485;RBI=0.0138856;REFB=0.00189724;REVB=-0.0027577;RO=135;SAF=79;SAR=63;SRF=78;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019391;STB=0.50909;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00167113;OID=.;OPOS=41531597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:280:135:136:142:144:0.514286:63:79:78:57:63:81:79:57 chr19 41594450 . G A 1027.96 PASS AF=0.42803;AO=112;DP=263;FAO=113;FDP=264;FR=.;FRO=151;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=84;FSRR=67;FWDB=-0.000525309;FXX=0.00377344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.291;QD=15.5751;RBI=0.0202451;REFB=-0.0171354;REVB=0.0202382;RO=149;SAF=51;SAR=61;SRF=84;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110884;STB=0.559893;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0223572;OID=.;OPOS=41594450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:264:149:151:112:113:0.42803:61:51:84:65:62:51:84:67 chr19 41595958 . C T 78.35 PASS AF=0.078329;AO=30;DP=384;FAO=30;FDP=383;FR=.;FRO=353;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=159;FSRR=194;FWDB=-0.0206416;FXX=0.0026041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.238;QD=0.818289;RBI=0.0206875;REFB=-0.00431669;REVB=-0.00137703;RO=348;SAF=22;SAR=8;SRF=155;SRR=193;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32578;STB=0.754078;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0304709;OID=.;OPOS=41595958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:384:383:348:353:30:30:0.078329:8:22:155:193:8:22:159:194 chr19 41595969 . G C 1745.6 PASS AF=0.453634;AO=182;DP=392;FAO=181;FDP=399;FR=.;FRO=218;FSAF=85;FSAR=96;FSRF=107;FSRR=111;FWDB=0.00963556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9003;QD=17.4997;RBI=0.0131661;REFB=-0.00868414;REVB=0.0089723;RO=210;SAF=87;SAR=95;SRF=103;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121199;STB=0.511615;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00997121;OID=.;OPOS=41595969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:399:210:218:182:181:0.453634:95:87:103:107:96:85:107:111 chr19 41597751 . C T 1562.03 PASS AF=0.434896;AO=167;DP=385;FAO=167;FDP=384;FR=.;FRO=217;FSAF=98;FSAR=69;FSRF=103;FSRR=114;FWDB=-0.0102495;FXX=0.00259734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.921;QD=16.2711;RBI=0.0431448;REFB=-0.00740376;REVB=0.0419097;RO=216;SAF=98;SAR=69;SRF=103;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112738;STB=0.563901;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0103887;OID=.;OPOS=41597751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:384:216:217:167:167:0.434896:69:98:103:113:69:98:103:114 chr19 41622107 . G GC 346.34 PASS AF=0.479339;AO=54;DP=120;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0602909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.2209;QD=11.4493;RBI=0.0609395;REFB=-0.0179546;REVB=0.00886745;RO=63;SAF=19;SAR=35;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17159;STB=0.588765;STBP=0.071;TYPE=ins;VARB=0.0230131;OID=.;OPOS=41622108;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479339:54:120:58:121:63:20:38:32:31:99:63:19:35:33:30 chr19 41622189 . G A 639.32 PASS AF=0.445946;AO=66;DP=148;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0130932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.611;QD=17.279;RBI=0.0152216;REFB=-0.0078444;REVB=-0.0077632;RO=82;SAF=25;SAR=41;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748727;STB=0.54176;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0106203;OID=.;OPOS=41622189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:82:82:66:66:0.445946:41:25:37:45:41:25:37:45 chr19 41627868 . G A 171.71 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00949477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.05;QD=11.0778;RBI=0.0273158;REFB=-0.000321467;REVB=-0.0256125;RO=40;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154798;STB=0.590278;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000558818;OID=.;OPOS=41627868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:14:8:20:20:14:8:20:20 chr19 41700493 . G C 569.53 PASS AF=0.423611;AO=60;DP=143;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=0.0272146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.994;QD=15.8202;RBI=0.0300044;REFB=-0.0155077;REVB=0.0126345;RO=82;SAF=26;SAR=34;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848119;STB=0.54792;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0220343;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:82:83:60:61:0.423611:34:26:29:53:34:27:30:53 chr19 41743861 . A G 1396.46 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.695;QD=62.7621;RBI=0.0121591;REFB=0;REVB=0.00385688;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.56107e-06;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chr19 41811730 . T C 129.16 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.133;QD=43.0524;RBI=0.00556706;REFB=0;REVB=-0.00556706;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41823e-05;OID=.;OPOS=41811730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:11:0:0:0:12:0:0:0 chr19 41937095 . G A 2715.0 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.26;QD=62.4138;RBI=0.0484671;REFB=0;REVB=0.0125786;RO=0;SAF=72;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12387e-05;OID=.;OPOS=41937095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:102:72:0:0:102:72:0:0 chr19 41939297 . C G 3868.3 PASS AF=1;AO=239;DP=239;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000457811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.466;QD=63.6758;RBI=0.028147;REFB=0;REVB=0.0281433;RO=0;SAF=101;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04249e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56952e-05;OID=.;OPOS=41939297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:239:243:0:0:239:243:1:138:101:0:0:139:104:0:0 chr19 41944237 . T C 1934.11 PASS AF=0.942029;AO=129;DP=138;FAO=130;FDP=138;FR=.;FRO=8;FSAF=83;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0191821;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.48;QD=56.0611;RBI=0.0606686;REFB=-0.0283115;REVB=-0.0575563;RO=7;SAF=83;SAR=46;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376059;STB=0.516389;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00300654;OID=.;OPOS=41944237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:138:138:7:8:129:130:0.942029:46:83:2:5:47:83:3:5 chr19 41945837 . T A 2262.9 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131383;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.252;QD=63.7437;RBI=0.0184758;REFB=0;REVB=0.01299;RO=0;SAF=90;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50162e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4075e-05;OID=.;OPOS=41945837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:142:0:0:142:142:1:52:90:0:0:52:90:0:0 chr19 41949870 . T C 2329.16 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000441625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.444;QD=60.8932;RBI=0.0313732;REFB=0;REVB=0.0313701;RO=0;SAF=66;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17054e-05;OID=.;OPOS=41949870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:153:0:0:149:153:1:83:66:0:0:84:69:0:0 chr19 42071167 . T G 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00300139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.617;QD=61.8669;RBI=0.00701452;REFB=-0.107025;REVB=0.00633996;RO=1;SAF=38;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123114;STB=0.506492;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-5.42556e-06;OID=.;OPOS=42071167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:54:38:1:0:54:38:1:0 chr19 42071289 . T C 6240.72 PASS AF=1;AO=391;DP=399;FAO=393;FDP=393;FR=.;FRO=0;FSAF=224;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131523;FXX=0.0174996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.602;QD=63.5188;RBI=0.0155512;REFB=-0.0207962;REVB=-0.0154955;RO=2;SAF=224;SAR=167;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00568066;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359629;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:399:393:2:0:391:393:1:167:224:0:2:169:224:0:0 chr19 42083673 . T C 2904.0 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.655;QD=63.1305;RBI=0.0431741;REFB=0;REVB=0.017913;RO=0;SAF=87;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11178e-05;OID=.;OPOS=42083673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:97:87:0:0:97:87:0:0 chr19 42083739 . A AGAC 2320.3 PASS AF=0.915254;AO=159;DP=178;FAO=162;FDP=177;FR=.;FRO=15;FSAF=70;FSAR=92;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00213959;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=3;MLLD=282.609;QD=52.4362;RBI=0.0111053;REFB=-0.0138242;REVB=0.0108972;RO=15;SAF=70;SAR=89;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373591;STB=0.520139;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=0.000750139;OID=.;OPOS=42083740;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=AGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.915254:159:178:162:177:15:70:92:10:5:47:15:70:89:10:5 chr19 42083820 . C G 2785.31 PASS AF=0.994444;AO=177;DP=178;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0160884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.218;QD=61.8957;RBI=0.0346692;REFB=-0.0640524;REVB=0.0307102;RO=0;SAF=74;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502369;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=6.02622e-05;OID=.;OPOS=42083820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:180:0:1:177:179:0.994444:103:74:0:0:105:74:0:1 chr19 42132273 . C T 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00830337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.841;QD=26.5139;RBI=0.0116077;REFB=-0.00512496;REVB=-0.00811128;RO=19;SAF=12;SAR=15;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181755;STB=0.59993;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00306552;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:15:12:4:15:15:12:4:15 chr19 42132314 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.228;QD=61.3359;RBI=0.0248875;REFB=0;REVB=0.0237153;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88452e-05;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr19 42190859 . A T 665.63 PASS AF=0.464516;AO=72;DP=156;FAO=72;FDP=155;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.00890029;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4624;QD=17.1776;RBI=0.0498965;REFB=-0.00200192;REVB=-0.0490963;RO=84;SAF=33;SAR=39;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174805;STB=0.506773;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00232782;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:84:83:72:72:0.464516:39:33:37:47:39:33:37:46 chr19 42221607 . A G 1759.43 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0607513;FXX=0.0406471;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.978;QD=59.6416;RBI=0.0612183;REFB=0.0381804;REVB=-0.00754731;RO=2;SAF=57;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00027751;STB=0.500146;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=9.64777e-05;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:59:57:1:1:59:57:1:1 chr19 42260569 . G A 2987.36 PASS AF=1;AO=177;DP=179;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564523;FXX=0.0153838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1287;QD=62.2368;RBI=0.0590453;REFB=0;REVB=-0.0173055;RO=0;SAF=73;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300829;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:179:192:0:0:177:192:1:104:73:0:0:104:88:0:0 chr19 42260570 . T A 49.17 PASS AF=0.0833333;AO=16;DP=202;FAO=17;FDP=204;FR=.;FRO=187;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=76;FSRR=111;FWDB=-0.0530677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0104;QD=0.964169;RBI=0.0553007;REFB=-0.020082;REVB=-0.015556;RO=186;SAF=15;SAR=1;SRF=75;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574399;STB=0.902604;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.116569;OID=.;OPOS=42260570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:202:204:186:187:16:17:0.0833333:1:15:75:111:2:15:76:111 chr19 42265889 . G T 1972.21 PASS AF=0.94964;AO=131;DP=140;FAO=132;FDP=139;FR=.;FRO=7;FSAF=65;FSAR=67;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.00939308;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3063;QD=56.7544;RBI=0.0577616;REFB=-0.00109211;REVB=-0.0569927;RO=7;SAF=64;SAR=67;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491939;STB=0.525544;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00133618;OID=.;OPOS=42265889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:140:139:7:7:131:132:0.94964:67:64:7:0:67:65:7:0 chr19 42315281 . G T 1453.81 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769697;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.324;QD=63.2093;RBI=0.0105532;REFB=0;REVB=-0.00721992;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143534;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr19 42342319 . A G 1082.21 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.503;QD=58.4978;RBI=0.0187738;REFB=-0.165781;REVB=0.00642083;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000699467;OID=.;OPOS=42342319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:72:73:0.986486:44:28:0:0:44:29:1:0 chr19 42354629 . T C 2822.26 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.735;QD=62.717;RBI=0.015099;REFB=0;REVB=-0.00153719;RO=0;SAF=93;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31601e-05;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:180:0:0:179:180:1:86:93:0:0:87:93:0:0 chr19 42463447 . C T 4726.34 PASS AF=1;AO=294;DP=294;FAO=303;FDP=303;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.059;QD=62.394;RBI=0.0490463;REFB=0;REVB=0.0386634;RO=0;SAF=143;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13688e-05;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:294:303:0:0:294:303:1:151:143:0:0:156:147:0:0 chr19 42471050 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141106;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.219;QD=51.9167;RBI=0.0141106;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=21;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66145e-05;OID=.;OPOS=42471050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:0:21:0:0:0:21:0:0 chr19 42489516 . A C 3722.5 PASS AF=1;AO=235;DP=235;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.52;QD=63.3618;RBI=0.0431088;REFB=0;REVB=0.0264799;RO=0;SAF=84;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66943e-05;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:235:0:0:235:235:1:151:84:0:0:151:84:0:0 chr19 42502595 . CAAA AACC,CAA,CCAA,CCCA 955.48 PASS AF=0.166667,0.833333,0,0;AO=17,25,7,4;DP=113;FAO=20,100,0,0;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=0,81,0,0;FSAR=20,19,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477187,0.632326,0.346004,0.180449;FXX=0.0322555;HRUN=6,6,6,6;LEN=4,1,1,2;MLLD=210.75,9.22691,4.52508,18.0883;QD=31.8493;RBI=0.0507153,0.659679,0.378847,0.198633;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0171746,-0.187993,-0.154293,-0.0830248;RO=47;SAF=0,24,0,0;SAR=17,1,7,4;SRF=46;SRR=1;SSEN=0,0.4,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.890592,-0.164347,-0.878934,-0.867484;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,snp,mnp;VARB=0.0346226,-0.0251524,-0.0368117,0;OID=.,.,.,.;OPOS=42502595,42502596,42502596,42502596;OREF=CAAA,A,A,AA;OALT=AACC,-,C,CC;OMAPALT=AACC,CAA,CCAA,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:113:120:47:0:17,25,7,4:20,100,0,0:0.166667,0.833333,0,0:17,1,7,4:0,24,0,0:46:1:20,19,0,0:0,81,0,0:0:0 chr19 42703625 . C T 83.94 PASS AF=0.139535;AO=18;DP=129;FAO=18;FDP=129;FR=.;FRO=111;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=0.0709738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4013;QD=2.60283;RBI=0.12012;REFB=-0.00774369;REVB=0.0969101;RO=111;SAF=8;SAR=10;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190158;STB=0.513029;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0548226;OID=.;OPOS=42703625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:129:129:111:111:18:18:0.139535:10:8:51:60:10:8:51:60 chr19 42736267 . A G 2633.91 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.319;QD=61.9744;RBI=0.011472;REFB=0;REVB=0.00812382;RO=0;SAF=77;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59587e-07;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:170:0:0:169:170:1:92:77:0:0:93:77:0:0 chr19 42827865 . A G 752.44 PASS AF=0.572581;AO=71;DP=124;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0150906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.565;QD=24.2723;RBI=0.0191986;REFB=-0.00273661;REVB=-0.0118684;RO=53;SAF=37;SAR=34;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976666;STB=0.553225;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00202243;OID=.;OPOS=42827865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:53:53:71:71:0.572581:34:37:21:32:34:37:21:32 chr19 42863262 . CTTTT CTTT,CTTTC,TCTTT 30.66 PASS AF=0.137615,0.0458716,0;AO=20,5,4;DP=109;FAO=15,5,0;FDP=109;FR=.;FRO=89;FSAF=8,0,0;FSAR=7,5,0;FSRF=72;FSRR=17;FWDB=0.00570422,-0.0130036,0.00298973;FXX=0;HRUN=4,4,1;LEN=1,1,2;MLLD=11.7887,27.1142,127.504;QD=1.12531;RBI=0.0608616,0.0883682,0.0347664;REFB=-0.0982013,-0.0560116,-0.00105869;REVB=-0.0605937,-0.0874062,-0.0346376;RO=73;SAF=15,0,0;SAR=5,5,4;SRF=61;SRR=12;SSEN=0.418182,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.161295,-0.724899,-0.690835;STB=0.74444,0.999064,0.5;STBP=0.119,0,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0429733,0.167707,0.101045;OID=.,.,.;OPOS=42863263,42863266,42863262;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CTTT,CTTTC,TCTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:109:109:73:89:20,5,4:15,5,0:0.137615,0.0458716,0:5,5,4:15,0,0:61:12:7,5,0:8,0,0:72:17 chr19 42882437 . C T 654.33 PASS AF=0.452703;AO=67;DP=148;FAO=67;FDP=148;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.0090919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.978;QD=17.6847;RBI=0.0125434;REFB=-0.00361826;REVB=0.00864147;RO=81;SAF=21;SAR=46;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152845;STB=0.585318;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00559589;OID=.;OPOS=42882437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:81:81:67:67:0.452703:46:21:37:44:46:21:37:44 chr19 42911406 . G T 510.54 PASS AF=0.380368;AO=62;DP=164;FAO=62;FDP=163;FR=.;FRO=101;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=0.0149892;FXX=0.00609719;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.811;QD=12.5286;RBI=0.0289555;REFB=-0.0250681;REVB=0.0247738;RO=96;SAF=25;SAR=37;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105605;STB=0.575908;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0377438;OID=.;OPOS=42911406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:96:101:62:62:0.380368:37:25:48:48:37:25:53:48 chr19 43015705 . C G 1372.89 PASS AF=0.582569;AO=126;DP=219;FAO=127;FDP=218;FR=.;FRO=91;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.0518762;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7025;QD=25.1907;RBI=0.0578396;REFB=0.0244218;REVB=-0.0255788;RO=91;SAF=66;SAR=60;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141816;STB=0.505929;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0243127;OID=.;OPOS=43015705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:91:91:126:127:0.582569:60:66:46:45:61:66:46:45 chr19 43243217 . AA GG 1885.68 PASS AF=0.512329;AO=184;DP=365;FAO=187;FDP=365;FR=.;FRO=178;FSAF=70;FSAR=117;FSRF=81;FSRR=97;FWDB=0.00409131;FXX=0.00815195;HRUN=2;LEN=2;MLLD=125.088;QD=20.665;RBI=0.00417516;REFB=-0.00075631;REVB=0.000832558;RO=178;SAF=68;SAR=116;SRF=81;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804658;STB=0.541148;STBP=0.099;TYPE=mnp;VARB=0.000820396;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:365:178:178:184:187:0.512329:116:68:81:97:117:70:81:97 chr19 43243238 . A G 1493.67 PASS AF=0.493289;AO=146;DP=297;FAO=147;FDP=298;FR=.;FRO=151;FSAF=50;FSAR=97;FSRF=66;FSRR=85;FWDB=-0.000858358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.36;QD=20.0493;RBI=0.0119766;REFB=0.00491546;REVB=-0.0119458;RO=151;SAF=49;SAR=97;SRF=66;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101261;STB=0.552862;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00500951;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:298:151:151:146:147:0.493289:97:49:66:85:97:50:66:85 chr19 43371292 . A T 418.03 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.247;QD=53.9395;RBI=0.0114417;REFB=-0.165709;REVB=0.00300721;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345091;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000690341;OID=.;OPOS=43371292;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:17:13:1:0:17:13:1:0 chr19 43371294 . C A 358.72 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.230176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3757;QD=49.4784;RBI=0.256081;REFB=0;REVB=0.112232;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218203;OID=.;OPOS=43371294;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr19 43372386 . T C 6428.67 PASS AF=1;AO=412;DP=417;FAO=412;FDP=412;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=233;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109797;FXX=0.0119901;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.795;QD=62.4143;RBI=0.0144515;REFB=-0.0734592;REVB=-0.0093964;RO=3;SAF=179;SAR=233;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00886e-06;OID=.;OPOS=43372386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:417:412:3:0:412:412:1:233:179:3:0:233:179:0:0 chr19 43372941 . T C 3237.93 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.749;QD=61.97;RBI=0.0350058;REFB=0;REVB=-0.0331989;RO=0;SAF=157;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.59265e-05;OID=.;OPOS=43372941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:209:209:1:52:157:0:0:52:157:0:0 chr19 43382368 . T G 5174.08 PASS AF=0.966759;AO=343;DP=362;FAO=349;FDP=361;FR=.;FRO=12;FSAF=187;FSAR=162;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0277675;FXX=0.00276235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2895;QD=57.3305;RBI=0.0311729;REFB=0.00338881;REVB=-0.0141673;RO=15;SAF=187;SAR=156;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383666;STB=0.515085;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00120552;OID=.;OPOS=43382368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:362:361:15:12:343:349:0.966759:156:187:1:14:162:187:1:11 chr19 43382374 . C G 5843.06 PASS AF=1;AO=371;DP=372;FAO=372;FDP=372;FR=.;FRO=0;FSAF=190;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019354;FXX=0.00534745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.509;QD=62.8286;RBI=0.00537939;REFB=-0.102485;REVB=0.00501917;RO=1;SAF=189;SAR=182;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00251819;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75641e-05;OID=.;OPOS=43382374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:372:372:1:0:371:372:1:182:189:1:0:182:190:0:0 chr19 43383680 . G T 3537.69 PASS AF=1;AO=225;DP=226;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5505;QD=62.6139;RBI=0.0289247;REFB=0;REVB=-0.00693198;RO=1;SAF=119;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34795e-05;OID=.;OPOS=43383680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:226:1:0:225:226:1:106:119:1:0:106:120:0:0 chr19 43420451 . G C 5586.93 PASS AF=1;AO=356;DP=356;FAO=356;FDP=356;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119487;FXX=0.00280104;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.239;QD=62.7745;RBI=0.0121648;REFB=0;REVB=0.00228269;RO=0;SAF=168;SAR=188;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15635e-06;OID=.;OPOS=43420451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:356:356:0:0:356:356:1:188:168:0:0:188:168:0:0 chr19 43433687 . C A 3592.13 PASS AF=1;AO=166;DP=232;FAO=231;FDP=231;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=139;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432849;FXX=0.00431016;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0869;QD=62.2014;RBI=0.0602939;REFB=0;REVB=-0.0419735;RO=0;SAF=109;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274848;OID=.;OPOS=43433687;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:231:0:0:166:231:1:57:109:0:0:92:139:0:0 chr19 43433805 . A G 4765.67 PASS AF=1;AO=308;DP=314;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156045;FXX=0.0127384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.883;QD=61.4925;RBI=0.00156538;REFB=-0.0248725;REVB=0.000124194;RO=4;SAF=152;SAR=156;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627179;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.22863e-05;OID=.;OPOS=43433805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:314:310:4:0:308:310:1:156:152:3:1:157:153:0:0 chr19 43439793 . G A 4335.35 PASS AF=1;AO=275;DP=275;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=195;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.811;QD=63.0597;RBI=0.0226454;REFB=0;REVB=0.018277;RO=0;SAF=195;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46546e-06;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:275:275:0:0:275:275:1:80:195:0:0:80:195:0:0 chr19 43519362 . C T 4203.91 PASS AF=1;AO=266;DP=266;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.015;QD=62.7449;RBI=0.00789451;REFB=0;REVB=0.00212321;RO=0;SAF=138;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83178e-06;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:266:268:0:0:266:268:1:128:138:0:0:128:140:0:0 chr19 43519442 . T C 3743.7 PASS AF=1;AO=234;DP=236;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.903;QD=63.4526;RBI=0.030629;REFB=0;REVB=0.0139667;RO=0;SAF=107;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7087e-05;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:236:0:0:234:236:1:127:107:0:0:127:109:0:0 chr19 43529026 . CA TG 2517.86 PASS AF=1;AO=163;DP=165;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298277;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.62;QD=61.788;RBI=0.0111123;REFB=0;REVB=0.0107045;RO=0;SAF=76;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.562e-05;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:163:0:0:163:163:1:87:76:0:0:87:76:0:0 chr19 43530473 . G C 1069.53 PASS AF=0.460251;AO=109;DP=238;FAO=110;FDP=239;FR=.;FRO=129;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=50;FSRR=79;FWDB=-0.00155779;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.149;QD=17.9;RBI=0.0300104;REFB=0.00180931;REVB=0.02997;RO=116;SAF=56;SAR=53;SRF=45;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117618;STB=0.56543;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00186203;OID=.;OPOS=43530473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:116:129:109:110:0.460251:53:56:45:71:54:56:50:79 chr19 43679410 . A G 5441.95 PASS AF=1;AO=336;DP=336;FAO=341;FDP=341;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0024034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.642;QD=63.8352;RBI=0.0593997;REFB=0;REVB=0.059351;RO=0;SAF=174;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67181e-05;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:336:341:0:0:336:341:1:162:174:0:0:167:174:0:0 chr19 43680051 . C T 5404.64 PASS AF=1;AO=339;DP=339;FAO=339;FDP=339;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.467;QD=63.7716;RBI=0.0384298;REFB=0;REVB=-0.00539811;RO=0;SAF=179;SAR=160;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72688e-05;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:339:339:0:0:339:339:1:160:179:0:0:160:179:0:0 chr19 43680147 . C T 5341.03 PASS AF=1;AO=332;DP=335;FAO=336;FDP=336;FR=.;FRO=0;FSAF=184;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0752464;FXX=0.00591698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.659;QD=63.5837;RBI=0.0846859;REFB=0;REVB=0.0388547;RO=0;SAF=184;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93213e-06;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:335:336:0:0:332:336:1:148:184:0:0:152:184:0:0 chr19 43689004 . G A 2368.73 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1862;QD=61.1285;RBI=0.0399878;REFB=0;REVB=0.0195568;RO=0;SAF=75;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2445e-05;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:80:75:0:0:80:75:0:0 chr19 43690506 . G C 3163.78 PASS AF=1;AO=193;DP=195;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.912;QD=61.4326;RBI=0.0493156;REFB=0;REVB=0.0488721;RO=0;SAF=119;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49459e-05;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:195:206:0:0:193:206:1:74:119:0:0:81:125:0:0 chr19 43699336 . T C 5482.82 PASS AF=0.991573;AO=352;DP=357;FAO=353;FDP=356;FR=.;FRO=3;FSAF=139;FSAR=214;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000177948;FXX=0.00558644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.842;QD=61.6047;RBI=0.0279552;REFB=-0.0815395;REVB=0.0279547;RO=3;SAF=139;SAR=213;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667204;STB=0.50348;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000904267;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:357:356:3:3:352:353:0.991573:213:139:0:3:214:139:0:3 chr19 43699417 . A G 4733.1 PASS AF=1;AO=284;DP=290;FAO=306;FDP=306;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7185;QD=61.8705;RBI=0.0640614;REFB=0;REVB=0.0533994;RO=0;SAF=143;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433635;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:290:306:0:0:284:306:1:141:143:0:0:163:143:0:0 chr19 43702342 . C T 8305.36 PASS AF=1;AO=522;DP=523;FAO=524;FDP=524;FR=.;FRO=0;FSAF=241;FSAR=283;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168634;FXX=0.00190473;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.681;QD=63.3997;RBI=0.00297709;REFB=-0.00281946;REVB=-0.00245343;RO=1;SAF=240;SAR=282;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00169025;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56961e-07;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:523:524:1:0:522:524:1:282:240:0:1:283:241:0:0 chr19 43708926 . G T 501.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.427;QD=59.0074;RBI=0.0198837;REFB=0;REVB=-0.00692895;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.07602e-05;OID=.;OPOS=43708926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr19 43708968 . T C 784.18 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.531;QD=64.0147;RBI=0.0374765;REFB=0;REVB=0.0370604;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08081e-05;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:17:28:0:0:19:30:0:0 chr19 43708977 . TTC GTT,T,TT,TTT 723.87 PASS AF=0,0,1,0;AO=2,8,23,12;DP=48;FAO=0,0,47,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,28,0;FSAR=0,0,19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119814,0.0158473,0.0147715,0.0131988;FXX=0.059988;HRUN=3,3,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=74.1163,228.078,234.234,230.808;QD=61.6057;RBI=0.0410865,0.0235538,0.0193398,0.0156056;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0393007,0.0174254,0.0124832,0.00832631;RO=0;SAF=0,3,17,6;SAR=2,5,6,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-4.46938e-08,-2.9951e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,0.025595,-0.000534212,-0.0358365;OID=.,.,.,.;OPOS=43708977,43708978,43708979,43708979;OREF=TTC,TC,C,C;OALT=GTT,-,-,T;OMAPALT=GTT,T,TT,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:3:48:47:0:0:2,8,23,12:0,0,47,0:0,0,1,0:2,5,6,6:0,3,17,6:0:0:0,0,19,0:0,0,28,0:0:0 chr19 43709619 . C T 2280.32 PASS AF=0.993421;AO=148;DP=150;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0221184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.799;QD=60.0084;RBI=0.0699219;REFB=-0.0763653;REVB=0.0663314;RO=1;SAF=82;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576521;STB=0.502958;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00366661;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:152:1:1:148:151:0.993421:66:82:1:0:67:84:1:0 chr19 43709637 . C G 829.83 PASS AF=0.469613;AO=84;DP=176;FAO=85;FDP=181;FR=.;FRO=96;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=60;FSRR=36;FWDB=0.00338489;FXX=0.0320838;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.252;QD=18.3388;RBI=0.0397718;REFB=-0.0025343;REVB=0.0396275;RO=92;SAF=47;SAR=37;SRF=59;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794417;STB=0.538962;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00320639;OID=.;OPOS=43709637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:181:92:96:84:85:0.469613:37:47:59:33:38:47:60:36 chr19 43709647 . G A 3016.57 PASS AF=1;AO=189;DP=192;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7632;QD=62.5196;RBI=0.0690386;REFB=0;REVB=0.0494437;RO=2;SAF=110;SAR=79;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370008;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:193:2:0:189:193:1:79:110:2:0:80:113:0:0 chr19 43709654 . C A 3027.68 PASS AF=1;AO=189;DP=194;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082465;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.385;QD=63.0766;RBI=0.0293646;REFB=0;REVB=0.0281829;RO=0;SAF=113;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198708;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:192:0:0:189:192:1:76:113:0:0:79:113:0:0 chr19 43709656 . C G 3094.64 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315933;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.056;QD=63.807;RBI=0.0378202;REFB=0;REVB=0.0207902;RO=0;SAF=114;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27537e-05;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:194:0:0:193:194:1:79:114:0:0:80:114:0:0 chr19 43773599 . T C 4427.63 PASS AF=1;AO=281;DP=283;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219355;FXX=0.010563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2914;QD=63.0267;RBI=0.0241186;REFB=-0.0259722;REVB=0.0100269;RO=0;SAF=157;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36267e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79789e-05;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:283:281:0:0:281:281:1:124:157:0:0:123:158:0:0 chr19 43857873 . G C 1509.84 PASS AF=0.461988;AO=142;DP=326;FAO=158;FDP=342;FR=.;FRO=184;FSAF=66;FSAR=92;FSRF=94;FSRR=90;FWDB=0.0383681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.56;QD=17.659;RBI=0.0389567;REFB=-0.0184894;REVB=-0.00674658;RO=184;SAF=51;SAR=91;SRF=94;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158914;STB=0.550644;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0214076;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:342:184:184:142:158:0.461988:91:51:94:90:92:66:94:90 chr19 43864537 . C T 795.73 PASS AF=0.419811;AO=89;DP=213;FAO=89;FDP=212;FR=.;FRO=123;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=73;FWDB=0.022675;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.638;QD=15.0138;RBI=0.0400363;REFB=-0.0210778;REVB=-0.0329962;RO=123;SAF=47;SAR=42;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125811;STB=0.570192;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0294922;OID=.;OPOS=43864537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:123:123:89:89:0.419811:42:47:50:73:42:47:50:73 chr19 43864548 . C A 716.69 PASS AF=0.405;AO=81;DP=201;FAO=81;FDP=200;FR=.;FRO=119;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=68;FWDB=-0.027616;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.159;QD=14.3337;RBI=0.0294148;REFB=-0.0162879;REVB=-0.0101287;RO=119;SAF=41;SAR=40;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822642;STB=0.546116;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0218968;OID=.;OPOS=43864548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:119:119:81:81:0.405:40:41:51:68:40:41:51:68 chr19 43865692 . G A 255.13 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0337582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7356;QD=15.7004;RBI=0.0559001;REFB=-0.0173326;REVB=-0.0445557;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086808;STB=0.51336;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0162013;OID=.;OPOS=43865692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:13:16:19:16:13:16:19:17 chr19 43866412 . G A 562.27 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.014202;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.031;QD=26.4598;RBI=0.0215391;REFB=-0.0304007;REVB=0.0161936;RO=33;SAF=22;SAR=29;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609243;STB=0.527754;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0181844;OID=.;OPOS=43866412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:33:34:51:51:0.6:29:22:17:16:29:22:17:17 chr19 43910649 . G T 451.14 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0151782;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.975;QD=18.9954;RBI=0.0333872;REFB=-0.00531416;REVB=-0.0297377;RO=50;SAF=29;SAR=16;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141793;STB=0.579117;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00398008;OID=.;OPOS=43910649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:50:50:45:45:0.473684:16:29:25:25:16:29:25:25 chr19 43910764 . A G 1481.89 PASS AF=0.989583;AO=92;DP=94;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00555373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5575;QD=61.7454;RBI=0.0147391;REFB=-0.016472;REVB=0.0136527;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000167125;OID=.;OPOS=43910764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:96:0:1:92:95:0.989583:56:36:0:0:58:37:1:0 chr19 43922061 . A G 642.38 PASS AF=0.390374;AO=73;DP=187;FAO=73;FDP=187;FR=.;FRO=114;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=0.0294142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6768;QD=13.7407;RBI=0.0359292;REFB=0.0101783;REVB=0.0206327;RO=114;SAF=32;SAR=41;SRF=49;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938068;STB=0.505287;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0155161;OID=.;OPOS=43922061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:114:114:73:73:0.390374:41:32:49:65:41:32:49:65 chr19 43967692 . T C 1945.33 PASS AF=0.46934;AO=198;DP=422;FAO=199;FDP=424;FR=.;FRO=225;FSAF=49;FSAR=150;FSRF=52;FSRR=173;FWDB=-0.0455482;FXX=0.0185181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.552;QD=18.3522;RBI=0.0456203;REFB=-0.0231554;REVB=-0.00256332;RO=220;SAF=49;SAR=149;SRF=51;SRR=169;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203593;STB=0.510926;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0240628;OID=.;OPOS=43967692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:422:424:220:225:198:199:0.46934:149:49:51:169:150:49:52:173 chr19 43983740 . T C 43.78 PASS AF=0.6;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0107788;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6709;QD=17.5115;RBI=0.0107788;REFB=-0.00483275;REVB=0;RO=4;SAF=6;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344203;OID=.;OPOS=43983740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:11:10:4:4:6:6:0.6:0:6:4:0:0:6:4:0 chr19 44047550 . T C 1097.28 PASS AF=0.927711;AO=76;DP=82;FAO=77;FDP=83;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0274703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6189;QD=52.8811;RBI=0.0458815;REFB=-0.0292902;REVB=0.0367491;RO=5;SAF=33;SAR=43;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664779;STB=0.54053;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0105989;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:82:83:5:6:76:77:0.927711:43:33:5:0:43:34:6:0 chr19 44047826 . T A 2124.54 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.758;QD=62.0305;RBI=0.0213418;REFB=0.0412394;REVB=0.0109687;RO=1;SAF=49;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960242;STB=0.50505;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000269256;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:87:49:1:0:87:49:1:0 chr19 44055726 . T C 713.09 PASS AF=0.354037;AO=57;DP=176;FAO=57;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=57;FWDB=0.0163623;FXX=0.0301187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.742;QD=17.7165;RBI=0.0170253;REFB=-0.0422283;REVB=-0.00470496;RO=91;SAF=14;SAR=43;SRF=35;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180814;STB=0.566499;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0497889;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:161:91:83:57:57:0.354037:43:14:35:56:44:13:26:57 chr19 44056412 . C T 166.99 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0877225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7168;QD=18.5539;RBI=0.0893598;REFB=-0.031278;REVB=0.017028;RO=14;SAF=1;SAR=16;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550913;STB=0.888312;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0268891;OID=.;OPOS=44056412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:19:17:17:0.472222:16:1:6:8:16:1:11:8 chr19 44081288 . A C,G 1676.26 PASS AF=0.0964912,0.903509;AO=14,99;DP=113;FAO=11,103;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=11,53;FSAR=0,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131686,0.0381489;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.337,56.5872;QD=58.8162;RBI=0.028731,0.0478042;REFB=0,0;REVB=-0.0255354,0.028808;RO=0;SAF=14,50;SAR=0,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0616291,-0.00698442;OID=.,.;OPOS=44081288,44081288;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:113:114:0:0:14,99:11,103:0.0964912,0.903509:0,49:14,50:0:0:0,50:11,53:0:0 chr19 44082791 . T C 332.09 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.076687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.63;QD=13.837;RBI=0.0768908;REFB=-0.00508152;REVB=0.00559403;RO=58;SAF=16;SAR=21;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12777;STB=0.567531;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0102399;OID=.;OPOS=44082791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:59:37:37:0.385417:21:16:32:26:21:16:32:27 chr19 44082945 . T C 1537.93 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927477;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.359;QD=64.0806;RBI=0.0507707;REFB=0;REVB=0.0499164;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395222;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:92:96:1:55:37:0:0:58:38:0:0 chr19 44098963 . C G 1538.36 PASS AF=0.472892;AO=157;DP=332;FAO=157;FDP=332;FR=.;FRO=175;FSAF=87;FSAR=70;FSRF=81;FSRR=94;FWDB=-0.0243922;FXX=0.00598784;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.654;QD=18.5345;RBI=0.024431;REFB=-0.0294391;REVB=-0.00137507;RO=174;SAF=87;SAR=70;SRF=81;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847497;STB=0.548173;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0379527;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:174:175:157:157:0.472892:70:87:81:93:70:87:81:94 chr19 44102989 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGG 333.13 PASS AF=0.56213,0;AO=75,23;DP=171;FAO=95,0;FDP=169;FR=.;FRO=74;FSAF=53,0;FSAR=42,0;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.122671,-0.404337;FXX=0.0231201;HRUN=5,4;LEN=1,1;MLLD=9.84736,10.6739;QD=7.88482;RBI=0.138365,0.409887;REFB=-0.0578641,-0.0494837;REVB=-0.0640057,0.0672203;RO=37;SAF=33,23;SAR=42,0;SRF=7;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0.347962;SSSB=0.159646,0.866961;STB=0.531455,0.5;STBP=0.385,1;TYPE=del,del;VARB=0.0428843,-0.012604;OID=.,.;OPOS=44102990,44102995;OREF=G,C;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56213,0:75,23:171:95,0:169:74:53,0:42,0:36:38:99:37:33,23:42,0:7:30 chr19 44126738 . G A 623.2 PASS AF=0.504;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=51;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=-0.0247343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.614;QD=19.9424;RBI=0.0269776;REFB=0.00266499;REVB=-0.0107707;RO=57;SAF=51;SAR=12;SRF=42;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094725;STB=0.593854;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00245749;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:57:62:63:63:0.504:12:51:42:15:12:51:42:20 chr19 44223113 . G A 3095.86 PASS AF=0.497585;AO=303;DP=616;FAO=309;FDP=621;FR=.;FRO=312;FSAF=139;FSAR=170;FSRF=176;FSRR=136;FWDB=-0.0306868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.98;QD=19.9411;RBI=0.0393514;REFB=-0.00404437;REVB=0.0246344;RO=308;SAF=139;SAR=164;SRF=174;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976499;STB=0.557321;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00460845;OID=.;OPOS=44223113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:616:621:308:312:303:309:0.497585:164:139:174:134:170:139:176:136 chr19 44273516 . T C 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0275734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.639;QD=27.2216;RBI=0.0291982;REFB=-0.0434694;REVB=0.00960442;RO=15;SAF=19;SAR=5;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837378;STB=0.546039;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0148793;OID=.;OPOS=44273516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:5:19:13:2:5:19:13:2 chr19 44303066 . C G 2390.34 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.398;QD=64.1703;RBI=0.0819028;REFB=0;REVB=0.0735697;RO=1;SAF=82;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67271e-05;OID=.;OPOS=44303066;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:149:1:0:144:149:1:62:82:0:1:65:84:0:0 chr19 44377357 . C A,T 625.66 PASS AF=0.0465116,0.930233;AO=2,40;DP=43;FAO=2,40;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=2,15;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145278,0.0136305;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.3783,148.603;QD=58.2013;RBI=0.053569,0.0157138;REFB=0.0193567,-0.0066904;REVB=-0.0515614,-0.00781881;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.993266,0.509799;STBP=0.227,0.51;TYPE=snp,snp;VARB=0.0028591,-0.000217906;OID=.,.;OPOS=44377357,44377357;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:1:2,40:2,40:0.0465116,0.930233:0,25:2,15:0:0:0,25:2,15:0:1 chr19 44377669 . G A 1236.88 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.347;QD=61.0803;RBI=0.0163531;REFB=0;REVB=-0.0130717;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282766;OID=.;OPOS=44377669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:42:38:0:0:42:39:0:0 chr19 44417575 . A G 1494.32 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9377;QD=62.2632;RBI=0.11424;REFB=-0.0410493;REVB=-0.108559;RO=1;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957941;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176563;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:96:96:1:0:95:96:1:49:46:0:1:50:46:0:0 chr19 44418077 . C T 2424.93 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4161;QD=60.6232;RBI=0.0786433;REFB=-0.0397482;REVB=0.0383586;RO=1;SAF=87;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656239;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777402;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:160:160:1:0:159:160:1:72:87:0:1:73:87:0:0 chr19 44418343 . C T 1911.44 PASS AF=0.992126;AO=125;DP=128;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0173557;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.389;QD=60.2027;RBI=0.0498435;REFB=-0.096211;REVB=0.0467243;RO=2;SAF=67;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00108261;STB=0.504273;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000269505;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:127:2:1:125:126:0.992126:58:67:1:1:58:68:0:1 chr19 44418544 . A G 2293.7 PASS AF=1;AO=152;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7683;QD=59.5767;RBI=0.123317;REFB=-0.0871262;REVB=-0.0122929;RO=2;SAF=52;SAR=100;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121944;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:154:2:0:152:154:1:100:52:2:0:100:54:0:0 chr19 44418680 . G C 706.74 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0439045;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8728;QD=52.3513;RBI=0.0491845;REFB=0.00970655;REVB=0.0221701;RO=2;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209533;STB=0.500713;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00251189;OID=.;OPOS=44418680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:51:52:0.962963:27:24:1:1:27:25:1:1 chr19 44418693 . T C 986.53 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.852;QD=58.8971;RBI=0.0302449;REFB=0;REVB=-0.0175806;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.86789e-05;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr19 44418824 . C T 1896.2 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9099;QD=61.6651;RBI=0.0299231;REFB=0;REVB=0.000821579;RO=1;SAF=50;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101427;OID=.;OPOS=44418824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:1:0:122:123:1:72:50:1:0:72:51:0:0 chr19 44419030 . A G 1175.31 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011165;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.77;QD=61.0551;RBI=0.0291508;REFB=0;REVB=-0.0269279;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7296e-05;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:28:49:0:0:28:49:0:0 chr19 44470189 . T A 1396.14 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.883;QD=62.7477;RBI=0.0498009;REFB=0;REVB=0.00148549;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129475;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr19 44470420 . T C 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.872;QD=60.8827;RBI=0.0126844;REFB=0;REVB=-0.0119931;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98528e-05;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:50:27:0:0:50:27:0:0 chr19 44470548 . A G 963.1 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0287189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8886;QD=53.5055;RBI=0.064066;REFB=-0.0236234;REVB=0.0572685;RO=3;SAF=36;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109956;STB=0.512312;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00855774;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:71:72:3:4:68:68:0.944444:32:36:2:1:32:36:3:1 chr19 44470663 . G C 1272.06 PASS AF=1;AO=70;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.207;QD=61.3041;RBI=0.00511785;REFB=0;REVB=-0.00436436;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403942;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:70:83:1:35:35:0:0:40:43:0:0 chr19 44471209 . T A 1549.13 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3237;QD=63.8816;RBI=0.0295725;REFB=0;REVB=-0.0153171;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28041e-05;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:59:38:0:0:59:38:0:0 chr19 44471323 . G A 2278.05 PASS AF=0.987179;AO=149;DP=151;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00660638;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.843;QD=58.4115;RBI=0.018099;REFB=-0.0871191;REVB=0.0168503;RO=2;SAF=67;SAR=82;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139842;STB=0.507041;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000759992;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:151:156:2:2:149:154:0.987179:82:67:2:0:84:70:2:0 chr19 44494215 . T C 456.81 PASS AF=0.458716;AO=48;DP=107;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0673771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2351;QD=16.7637;RBI=0.0791351;REFB=0.0116793;REVB=0.0415053;RO=59;SAF=27;SAR=21;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152806;STB=0.571713;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0124406;OID=.;OPOS=44494215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:59:59:48:50:0.458716:21:27:24:35:23:27:24:35 chr19 44496070 . A G 469.71 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.013059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.074;QD=15.7885;RBI=0.0131004;REFB=-0.01886;REVB=-0.00104112;RO=67;SAF=21;SAR=31;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030061;STB=0.516832;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0239167;OID=.;OPOS=44496070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:67:52:52:0.436975:31:21:29:38:31:21:29:38 chr19 44500478 . A T 1730.97 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.173;QD=60.7359;RBI=0.0396513;REFB=0;REVB=0.0243998;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80106e-05;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:60:54:0:0:60:54:0:0 chr19 44500761 . G A 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.461;QD=59.9239;RBI=0.00877183;REFB=0;REVB=-0.00100082;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00805e-05;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:54:51:0:0:54:51:0:0 chr19 44501116 . A G 854.32 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0328491;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.105;QD=53.3951;RBI=0.0328913;REFB=-0.0799359;REVB=-0.00166577;RO=3;SAF=23;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041165;STB=0.504309;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00249702;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:64:64:3:2:61:62:0.96875:38:23:1:2:39:23:1:1 chr19 44501227 . A G 1331.19 PASS AF=0.956522;AO=87;DP=92;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0372533;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0388;QD=57.8779;RBI=0.0643653;REFB=-0.0714512;REVB=0.0524889;RO=5;SAF=47;SAR=40;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350943;STB=0.512386;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00215935;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:92:92:5:4:87:88:0.956522:40:47:1:4:41:47:1:3 chr19 44501518 . G A 1069.04 PASS AF=0.495413;AO=108;DP=222;FAO=108;FDP=218;FR=.;FRO=110;FSAF=39;FSAR=69;FSRF=49;FSRR=61;FWDB=-0.0180379;FXX=0.0180172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.209;QD=19.6155;RBI=0.0210138;REFB=-0.00710028;REVB=0.0107803;RO=113;SAF=39;SAR=69;SRF=49;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713145;STB=0.544957;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0072342;OID=.;OPOS=44501518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:218:113:110:108:108:0.495413:69:39:49:64:69:39:49:61 chr19 44501627 . T C 565.79 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=0.00838636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.142;QD=18.3998;RBI=0.0225172;REFB=0.00185639;REVB=-0.0208972;RO=62;SAF=26;SAR=33;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971863;STB=0.551766;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00195155;OID=.;OPOS=44501627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:62:64:59:59:0.479675:33:26:21:41:33:26:22:42 chr19 44511202 . A T 555.07 PASS AF=0.389222;AO=65;DP=168;FAO=65;FDP=167;FR=.;FRO=102;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=0.00570059;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.706;QD=13.295;RBI=0.00871073;REFB=-0.0120438;REVB=-0.00658635;RO=101;SAF=34;SAR=31;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302332;STB=0.514102;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0179991;OID=.;OPOS=44511202;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:101:102:65:65:0.389222:31:34:50:51:31:34:51:51 chr19 44511223 . T G 2343.74 PASS AF=0.99359;AO=153;DP=155;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9832;QD=60.0958;RBI=0.0236199;REFB=-0.0397507;REVB=0.0164935;RO=1;SAF=77;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621823;STB=0.503225;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000180255;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:156:1:1:153:155:0.99359:76:77:0:1:77:78:0:1 chr19 44515074 . C A 267.89 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00193216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.552;QD=16.2355;RBI=0.0287604;REFB=0.00304435;REVB=-0.0286954;RO=35;SAF=10;SAR=20;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180985;STB=0.595679;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00460354;OID=.;OPOS=44515074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:20:10:18:17:20:10:18:18 chr19 44515352 . T G 709.49 PASS AF=0.457831;AO=75;DP=165;FAO=76;FDP=166;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=-0.0177699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.395;QD=17.0962;RBI=0.0322084;REFB=-0.006148;REVB=0.0268629;RO=90;SAF=38;SAR=37;SRF=33;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137517;STB=0.572271;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00547603;OID=.;OPOS=44515352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:90:90:75:76:0.457831:37:38:33:57:38:38:33:57 chr19 44515514 . C A 680.77 PASS AF=0.445783;AO=75;DP=166;FAO=74;FDP=166;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=-0.0265344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5492;QD=16.404;RBI=0.0273004;REFB=0.000827346;REVB=0.00642158;RO=91;SAF=39;SAR=36;SRF=34;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143968;STB=0.573496;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00136797;OID=.;OPOS=44515514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:91:92:75:74:0.445783:36:39:34:57:36:38:35:57 chr19 44535999 . G T 109.26 PASS AF=0.275862;AO=11;DP=53;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0150033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.867;QD=7.53482;RBI=0.0196376;REFB=-0.00871341;REVB=0.0126703;RO=42;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00864037;STB=0.513872;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.024136;OID=.;OPOS=44535999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:58:42:42:11:16:0.275862:7:4:15:27:10:6:15:27 chr19 44564981 . G A 2325.56 PASS AF=0.975;AO=155;DP=160;FAO=156;FDP=160;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000654813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.474;QD=58.1391;RBI=0.00644538;REFB=-0.0247983;REVB=-0.00641203;RO=4;SAF=75;SAR=80;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127371;STB=0.506736;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000521658;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:160:160:4:4:155:156:0.975:80:75:3:1:81:75:3:1 chr19 44570393 . C A 537.02 PASS AF=0.401361;AO=58;DP=146;FAO=59;FDP=147;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.00478197;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.73;QD=14.6127;RBI=0.0168281;REFB=-0.00879823;REVB=-0.0161344;RO=87;SAF=19;SAR=39;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197896;STB=0.600543;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0106748;OID=.;OPOS=44570393;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:87:88:58:59:0.401361:39:19:44:43:39:20:44:44 chr19 44570551 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3993;QD=57.712;RBI=0.0385959;REFB=0;REVB=0.0366018;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290789;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr19 44571154 . T C 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0625977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.322;QD=19.7022;RBI=0.0634847;REFB=0.0218035;REVB=-0.0105751;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765883;STB=0.543427;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.0224122;OID=.;OPOS=44571154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:8:8:7:10:8:8 chr19 44589999 . TCTC T 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0153381;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.84;QD=14.2154;RBI=0.0273609;REFB=-0.0184022;REVB=0.0226575;RO=43;SAF=10;SAR=20;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303874;STB=0.672613;STBP=0.022;TYPE=del;VARB=0.0311561;OID=.;OPOS=44590000;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410959:30:73:30:73:43:10:20:27:16:99:43:10:20:27:16 chr19 44590558 . C T 149.56 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0211684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6699;QD=11.9645;RBI=0.0237163;REFB=-0.00869999;REVB=-0.0106939;RO=33;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143504;STB=0.508465;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0231919;OID=.;OPOS=44590558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:10:7:14:19:10:7:14:19 chr19 44591360 . G A 504.33 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00600634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.724;QD=25.2162;RBI=0.0133318;REFB=0.00668052;REVB=-0.0119022;RO=33;SAF=19;SAR=28;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808622;STB=0.504423;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00450205;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:33:47:47:0.5875:28:19:13:20:28:19:13:20 chr19 44596521 . T G 443.39 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0056435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.54;QD=20.1541;RBI=0.00583742;REFB=0.00867502;REVB=-0.00149211;RO=43;SAF=26;SAR=18;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153976;STB=0.579839;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00809878;OID=.;OPOS=44596521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:44:44:44:0.5:18:26:18:25:18:26:19:25 chr19 44610665 . A G 482.6 PASS AF=0.554217;AO=45;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0220082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.181;QD=23.2579;RBI=0.0220777;REFB=0.00530474;REVB=0.00175078;RO=37;SAF=20;SAR=25;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101163;STB=0.550734;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00402116;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:45:46:0.554217:25:20:12:25:26:20:12:25 chr19 44610798 . A T 585.05 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=133;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.00990279;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.7;QD=17.7289;RBI=0.0107731;REFB=-0.0151783;REVB=-0.00424198;RO=71;SAF=27;SAR=34;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626421;STB=0.53482;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0149291;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:71:71:61:61:0.462121:34:27:36:35:34:27:36:35 chr19 44611066 . T C 383.01 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0243266;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3338;QD=22.5298;RBI=0.0417729;REFB=-0.0198534;REVB=0.0339587;RO=29;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492907;STB=0.535303;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0201098;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:30:38:38:0.558824:22:16:14:15:22:16:15:15 chr19 44611420 . A G 495.09 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0103332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=332.799;QD=20.6286;RBI=0.0109007;REFB=0.000582598;REVB=0.00347159;RO=48;SAF=24;SAR=24;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094129;STB=0.552062;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.000608734;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:24:24:19:29:24:24:19:29 chr19 44612005 . A G 458.13 PASS AF=0.46087;AO=48;DP=110;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0148776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.58;QD=15.9349;RBI=0.0152841;REFB=-0.0108861;REVB=-0.00350114;RO=61;SAF=18;SAR=30;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184159;STB=0.561737;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0117138;OID=.;OPOS=44612005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:115:61:62:48:53:0.46087:30:18:34:27:30:23:34:28 chr19 44612014 . A T 503.24 PASS AF=0.482143;AO=51;DP=110;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0813522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.764;QD=17.9727;RBI=0.0817984;REFB=-0.0080917;REVB=-0.00853209;RO=57;SAF=20;SAR=31;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145591;STB=0.585309;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0047053;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:57:58:51:54:0.482143:31:20:31:26:33:21:32:26 chr19 44612231 . A G 420.82 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0276289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5182;QD=20.528;RBI=0.0289556;REFB=-0.0221231;REVB=0.00866424;RO=40;SAF=16;SAR=26;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632999;STB=0.535092;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0102622;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:26:16:18:22:26:16:18:22 chr19 44652954 . G A 1104.6 PASS AF=0.407407;AO=120;DP=297;FAO=121;FDP=297;FR=.;FRO=176;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=91;FSRR=85;FWDB=0.0204015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.092;QD=14.8768;RBI=0.0402972;REFB=-0.0173302;REVB=0.0347511;RO=176;SAF=59;SAR=61;SRF=91;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269666;STB=0.512546;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0242672;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:176:176:120:121:0.407407:61:59:91:85:61:60:91:85 chr19 44660967 . A G 278.59 PASS AF=0.625;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00690346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2424;QD=27.8586;RBI=0.122019;REFB=-0.02421;REVB=-0.121823;RO=13;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226802;STB=0.59436;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0100791;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:13:15:25:25:0.625:13:12:11:2:13:12:11:4 chr19 44721699 . C T 634.39 PASS AF=0.420118;AO=71;DP=169;FAO=71;FDP=169;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=0.00260129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.739;QD=15.0152;RBI=0.0111195;REFB=-0.0157393;REVB=0.010811;RO=97;SAF=38;SAR=33;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946439;STB=0.549886;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0186901;OID=.;OPOS=44721699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:97:98:71:71:0.420118:33:38:43:54:33:38:44:54 chr19 44739303 . T C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0434965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.779;QD=7.76205;RBI=0.0475103;REFB=-0.00944147;REVB=-0.0191124;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177981;STB=0.631171;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0238517;OID=.;OPOS=44739303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:12:13:6:6:0.315789:3:3:4:8:3:3:4:9 chr19 44739399 . T C 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00359757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.555;QD=12.4809;RBI=0.0499293;REFB=0.00180842;REVB=0.0497996;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330707;STB=0.683885;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0091313;OID=.;OPOS=44739399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:9:3:10:8:9:3:10:9 chr19 44764064 . A G 3576.48 PASS AF=0.991342;AO=228;DP=230;FAO=229;FDP=231;FR=.;FRO=2;FSAF=117;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0312451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0796;QD=61.9304;RBI=0.0329052;REFB=-0.0467126;REVB=-0.0103197;RO=1;SAF=116;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423581;STB=0.500095;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00209789;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:230:231:1:2:228:229:0.991342:112:116:0:1:112:117:1:1 chr19 44778405 . A C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.25;QD=62.9829;RBI=0.0748593;REFB=0;REVB=0.0573492;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170408;OID=.;OPOS=44778405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr19 44778797 . T A 302.34 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00741966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.255;QD=17.2765;RBI=0.0108504;REFB=-0.0156836;REVB=0.0079171;RO=36;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500866;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0344105;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:36:37:32:33:0.471429:16:16:18:18:17:16:18:19 chr19 44778799 . G A 308.3 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0417825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.596;QD=18.4061;RBI=0.0421105;REFB=-0.0246134;REVB=0.00524592;RO=34;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129795;STB=0.507242;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0279797;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:17:16:16:18:17:16:16:18 chr19 44792701 . T G 455.21 PASS AF=0.505618;AO=43;DP=87;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0152632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.874;QD=20.4591;RBI=0.0850051;REFB=-0.016791;REVB=0.0836236;RO=44;SAF=23;SAR=20;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305525;STB=0.517338;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0182707;OID=.;OPOS=44792701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:44:44:43:45:0.505618:20:23:25:19:21:24:25:19 chr19 44792969 . G A 519.94 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.944;QD=59.4221;RBI=0.0467072;REFB=0;REVB=0.0466709;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181376;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr19 44832684 . T G 2128.51 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.122;QD=62.6031;RBI=0.0331099;REFB=0;REVB=0.00350046;RO=0;SAF=43;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87226e-05;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:134:136:1:91:43:0:0:92:44:0:0 chr19 44832875 . A G 1587.68 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1602;QD=64.1485;RBI=0.0519295;REFB=0;REVB=0.030324;RO=0;SAF=33;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227529;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:66:33:0:0:66:33:0:0 chr19 44832992 . C G 1050.97 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8657;QD=59.2097;RBI=0.00743002;REFB=0;REVB=-0.00706182;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157452;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:37:33:0:0:38:33:0:0 chr19 44833506 . C T 2089.97 PASS AF=0.953642;AO=143;DP=151;FAO=144;FDP=151;FR=.;FRO=7;FSAF=75;FSAR=69;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0523681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1547;QD=55.3635;RBI=0.0827519;REFB=-0.0366233;REVB=0.0640739;RO=8;SAF=75;SAR=68;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354035;STB=0.52229;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00815004;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:151:151:8:7:143:144:0.953642:68:75:7:1:69:75:7:0 chr19 44833851 . G C 2271.17 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037828;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.448;QD=60.971;RBI=0.0559037;REFB=0;REVB=0.0557755;RO=0;SAF=84;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11288e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100069;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:145:149:0:0:145:149:1:61:84:0:0:65:84:0:0 chr19 44840789 . T C 2263.22 PASS AF=0.993377;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00219257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.926;QD=59.9527;RBI=0.0507012;REFB=-0.0174794;REVB=0.0506537;RO=0;SAF=83;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84869e-08;STB=0.503816;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=5.83672e-05;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:151:0:1:149:150:0.993377:66:83:0:0:65:85:0:1 chr19 44890697 . A G 420.91 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=40;FWDB=0.0127131;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.886;QD=17.7227;RBI=0.0519583;REFB=-0.00585068;REVB=0.050379;RO=52;SAF=23;SAR=20;SRF=12;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294786;STB=0.663392;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00675418;OID=.;OPOS=44890697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:52:52:43:43:0.452632:20:23:12:40:20:23:12:40 chr19 44891784 . T C 510.19 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.000366776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.461;QD=23.7297;RBI=0.00714784;REFB=0.000305553;REVB=-0.00713842;RO=38;SAF=17;SAR=31;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185593;STB=0.602048;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.000316036;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:31:17:22:16:31:17:22:16 chr19 44930880 . G A 1789.96 PASS AF=0.39726;AO=203;DP=515;FAO=203;FDP=511;FR=.;FRO=308;FSAF=72;FSAR=131;FSRF=103;FSRR=205;FWDB=-0.0285702;FXX=0.00968973;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7972;QD=14.0114;RBI=0.0350192;REFB=-0.0057262;REVB=-0.0202506;RO=300;SAF=72;SAR=131;SRF=97;SRR=203;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370656;STB=0.513444;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00697615;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:515:511:300:308:203:203:0.39726:131:72:97:203:131:72:103:205 chr19 44933504 . G A 966.96 PASS AF=0.482412;AO=95;DP=198;FAO=96;FDP=199;FR=.;FRO=103;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0377532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.598;QD=19.4364;RBI=0.0553498;REFB=-0.0136187;REVB=0.0404759;RO=102;SAF=47;SAR=48;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318994;STB=0.517584;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0134977;OID=.;OPOS=44933504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:102:103:95:96:0.482412:48:47:47:55:48:48:48:55 chr19 44933706 . C T 823.36 PASS AF=0.509091;AO=83;DP=164;FAO=84;FDP=165;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.0019497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0646;QD=19.9602;RBI=0.0217121;REFB=-0.00971724;REVB=-0.0216244;RO=80;SAF=38;SAR=45;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154192;STB=0.514374;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00709198;OID=.;OPOS=44933706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:80:81:83:84:0.509091:45:38:38:42:46:38:39:42 chr19 44934489 . G A 803.29 PASS AF=0.535211;AO=76;DP=142;FAO=76;FDP=142;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0203859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0357;QD=22.6278;RBI=0.0310681;REFB=-0.0259869;REVB=0.0234445;RO=66;SAF=41;SAR=35;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720543;STB=0.539463;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0232651;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:66:66:76:76:0.535211:35:41:30:36:35:41:30:36 chr19 44934653 . T C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0244255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9009;QD=11.0863;RBI=0.0477862;REFB=0.024276;REVB=0.0410721;RO=25;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495585;STB=0.529368;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0435681;OID=.;OPOS=44934653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:10:3:5:20:10:3:5:20 chr19 44981318 . G A 185.93 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00878901;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.836;QD=18.1398;RBI=0.0101687;REFB=0.000583139;REVB=0.00511437;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971332;STB=0.555495;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.000191357;OID=.;OPOS=44981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:9:13:13:6:9:13 chr19 44981525 . G A 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.121151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.94;QD=15.2285;RBI=0.121706;REFB=-0.0182137;REVB=-0.0116088;RO=28;SAF=14;SAR=5;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678127;STB=0.538883;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.022702;OID=.;OPOS=44981525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:5:14:22:6:5:14:22:6 chr19 44981883 . C G 466.78 PASS AF=0.414062;AO=50;DP=125;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.00403931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.388;QD=14.5868;RBI=0.00407043;REFB=-0.00832674;REVB=0.000502386;RO=74;SAF=24;SAR=26;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00744342;STB=0.508164;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0132247;OID=.;OPOS=44981883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:74:75:50:53:0.414062:26:24:35:39:29:24:35:40 chr19 44983567 . C G 969.08 PASS AF=0.461538;AO=102;DP=221;FAO=102;FDP=221;FR=.;FRO=119;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=68;FWDB=-0.00982194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.164;QD=17.5398;RBI=0.0130361;REFB=0.00126515;REVB=-0.00857145;RO=119;SAF=52;SAR=50;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789996;STB=0.543674;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0013261;OID=.;OPOS=44983567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:119:119:102:102:0.461538:50:52:51:68:50:52:51:68 chr19 45001346 . G A 1049.62 PASS AF=0.473684;AO=108;DP=229;FAO=108;FDP=228;FR=.;FRO=120;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=0.00638264;FXX=0.00436662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2517;QD=18.4144;RBI=0.0213222;REFB=-0.0122947;REVB=-0.0203445;RO=119;SAF=62;SAR=46;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350196;STB=0.521778;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0123107;OID=.;OPOS=45001346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:119:120:108:108:0.473684:46:62:64:55:46:62:64:56 chr19 45016990 . CT C 3664.32 PASS AF=1;AO=293;DP=314;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0804452;FXX=0.0189867;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.7134;QD=47.2815;RBI=0.149837;REFB=0.01519;REVB=0.126411;RO=1;SAF=100;SAR=193;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474503;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0014811;OID=.;OPOS=45016991;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:293:314:310:310:0:111:199:0:0:61:1:100:193:1:0 chr19 45024581 . C G 780.53 PASS AF=0.544118;AO=75;DP=136;FAO=74;FDP=136;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0520854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.3636;QD=22.9569;RBI=0.062001;REFB=0.0341535;REVB=0.0336338;RO=59;SAF=34;SAR=41;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139461;STB=0.576827;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0346787;OID=.;OPOS=45024581;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:59:62:75:74:0.544118:41:34:37:22:40:34:39:23 chr19 45028169 . C T 1243.38 PASS AF=0.5;AO=125;DP=250;FAO=125;FDP=250;FR=.;FRO=125;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=59;FSRR=66;FWDB=0.00228782;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1702;QD=19.8941;RBI=0.0431545;REFB=0.0118407;REVB=-0.0430938;RO=123;SAF=57;SAR=68;SRF=59;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215317;STB=0.50805;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.00953298;OID=.;OPOS=45028169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:123:125:125:125:0.5:68:57:59:64:68:57:59:66 chr19 45029208 . G A 857.39 PASS AF=0.473118;AO=88;DP=186;FAO=88;FDP=186;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=0.00920248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.608;QD=18.4385;RBI=0.0125779;REFB=-0.0123753;REVB=0.00857425;RO=96;SAF=44;SAR=44;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295307;STB=0.516125;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0162891;OID=.;OPOS=45029208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:96:98:88:88:0.473118:44:44:45:51:44:44:46:52 chr19 45121424 . G A 805.12 PASS AF=0.459016;AO=84;DP=183;FAO=84;FDP=183;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.00642172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.649;QD=17.5982;RBI=0.0156491;REFB=-0.016363;REVB=-0.0142708;RO=99;SAF=31;SAR=53;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146315;STB=0.58123;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0267254;OID=.;OPOS=45121424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:99:99:84:84:0.459016:53:31:51:48:53:31:51:48 chr19 45162038 . A G 2407.53 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396711;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4116;QD=61.3385;RBI=0.0431569;REFB=0;REVB=0.0169918;RO=0;SAF=80;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404205;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:77:80:0:0:77:80:0:0 chr19 45202640 . G T 481.69 PASS AF=0.406015;AO=53;DP=132;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.0126284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.168;QD=14.4869;RBI=0.0146697;REFB=-0.00716644;REVB=-0.00746483;RO=79;SAF=32;SAR=21;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157946;STB=0.593057;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0224854;OID=.;OPOS=45202640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:79:79:53:54:0.406015:21:32:36:43:21:33:36:43 chr19 45202652 . C T 347.3 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0131286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2536;QD=11.481;RBI=0.0346709;REFB=-0.0240723;REVB=-0.0320891;RO=77;SAF=23;SAR=20;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463933;STB=0.530755;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0420078;OID=.;OPOS=45202652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:77:78:43:43:0.355372:20:23:38:39:20:23:38:40 chr19 45315502 . G A 1066.56 PASS AF=0.467811;AO=109;DP=227;FAO=109;FDP=233;FR=.;FRO=124;FSAF=39;FSAR=70;FSRF=41;FSRR=83;FWDB=-0.0110165;FXX=0.0127113;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.58;QD=18.3101;RBI=0.0150027;REFB=0.00448934;REVB=-0.0101843;RO=118;SAF=39;SAR=70;SRF=39;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282802;STB=0.515861;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00415096;OID=.;OPOS=45315502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:233:118:124:109:109:0.467811:70:39:39:79:70:39:41:83 chr19 45322744 . A G 473.17 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00471058;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.554;QD=23.6586;RBI=0.0219386;REFB=-0.0241216;REVB=-0.0214269;RO=34;SAF=23;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317667;STB=0.511106;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0178945;OID=.;OPOS=45322744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:34:35:45:45:0.5625:22:23:16:18:22:23:17:18 chr19 45389224 . A G 1433.78 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=100;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0347488;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.678;QD=57.9306;RBI=0.0419083;REFB=-0.100579;REVB=0.023427;RO=4;SAF=33;SAR=61;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00859756;STB=0.502707;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.000822988;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:100:99:4:5:94:94:0.949495:61:33:1:3:61:33:2:3 chr19 45392254 . C T 359.29 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=0.0284392;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4952;QD=14.9703;RBI=0.044558;REFB=-0.00977519;REVB=0.034302;RO=58;SAF=15;SAR=24;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105243;STB=0.555528;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0232935;OID=.;OPOS=45392254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:58:57:39:39:0.40625:24:15:17:41:24:15:17:40 chr19 45395714 . T C 789.28 PASS AF=0.479532;AO=82;DP=171;FAO=82;FDP=171;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0116596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8708;QD=18.4627;RBI=0.0188528;REFB=0.0208673;REVB=-0.0148149;RO=89;SAF=35;SAR=47;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137651;STB=0.576011;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0215825;OID=.;OPOS=45395714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:89:89:82:82:0.479532:47:35:51:38:47:35:51:38 chr19 45396144 . C T 539.62 PASS AF=0.534653;AO=53;DP=101;FAO=54;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.185921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.347;QD=21.3712;RBI=0.186405;REFB=-0.00448369;REVB=0.0134138;RO=36;SAF=14;SAR=39;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408825;STB=0.580954;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00339755;OID=.;OPOS=45396144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:36:47:53:54:0.534653:39:14:8:28:40:14:19:28 chr19 45404591 . C A 528.02 PASS AF=0.401361;AO=58;DP=148;FAO=59;FDP=147;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.0321755;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7443;QD=14.3678;RBI=0.0331712;REFB=-0.00375934;REVB=0.00806647;RO=85;SAF=22;SAR=36;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172733;STB=0.591412;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0052661;OID=.;OPOS=45404591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:85:88:58:59:0.401361:36:22:46:39:37:22:46:42 chr19 45448036 . T C 731.05 PASS AF=0.434066;AO=78;DP=181;FAO=79;FDP=182;FR=.;FRO=103;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=0.00140227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.539;QD=16.0671;RBI=0.013347;REFB=-0.00457762;REVB=-0.0132732;RO=103;SAF=35;SAR=43;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673286;STB=0.533371;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00622508;OID=.;OPOS=45448036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:103:103:78:79:0.434066:43:35:53:50:43:36:53:50 chr19 45448465 . T G 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.010694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.299;QD=15.6036;RBI=0.0126636;REFB=-4.60167e-05;REVB=-0.00678272;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192067;STB=0.510841;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=7.56129e-05;OID=.;OPOS=45448465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:14:16:21:17:14:16:21:17 chr19 45452694 . G GT 609.16 PASS AF=0.463235;AO=59;DP=137;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0062982;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=276.71;QD=17.9165;RBI=0.0132502;REFB=-0.00931905;REVB=-0.0116576;RO=75;SAF=29;SAR=30;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785708;STB=0.53622;STBP=0.452;TYPE=ins;VARB=0.0111161;OID=.;OPOS=45452695;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463235:59:137:63:136:73:31:32:31:42:99:75:29:30:31:44 chr19 45476422 . T C 6155.42 PASS AF=1;AO=353;DP=353;FAO=387;FDP=387;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=198;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.926;QD=63.6219;RBI=0.0246748;REFB=0;REVB=-0.0151872;RO=0;SAF=156;SAR=197;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35117e-06;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:353:387:0:0:353:387:1:197:156:0:0:198:189:0:0 chr19 45488567 . TG AC,CG 303.03 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,16;DP=23;FAO=1,22;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266934,0.0211071;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=127.227,153.144;QD=52.7015;RBI=0.118833,0.0552982;REFB=0,0;REVB=-0.115797,-0.0511115;RO=0;SAF=0,11;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.36667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0216508,-0.000220613;OID=.,.;OPOS=45488567,45488567;OREF=TG,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:23:23:0:0:2,16:1,22:0.0434783,0.956522:2,5:0,11:0:0:1,10:0,12:0:0 chr19 45490570 . A G 690.74 PASS AF=0.54918;AO=56;DP=122;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.000202584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9984;QD=22.6471;RBI=0.0198323;REFB=-0.0158084;REVB=-0.0198312;RO=47;SAF=27;SAR=29;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129461;STB=0.5955;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0105587;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:47:55:56:67:0.54918:29:27:30:17:35:32:38:17 chr19 45490636 . T C 336.24 PASS AF=0.358974;AO=42;DP=117;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.00693525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2299;QD=11.4953;RBI=0.0879098;REFB=-0.0226328;REVB=-0.0876358;RO=75;SAF=16;SAR=26;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379625;STB=0.521766;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.051024;OID=.;OPOS=45490636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:75:75:42:42:0.358974:26:16:31:44:26:16:31:44 chr19 45561063 . A G 2859.17 PASS AF=0.994565;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0190374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.444;QD=62.1559;RBI=0.100072;REFB=-0.0568898;REVB=-0.0982446;RO=1;SAF=97;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488326;STB=0.502564;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00165567;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:184:1:1:183:183:0.994565:86:97:1:0:86:97:1:0 chr19 45594170 . A G 355.26 PASS AF=0.4;AO=31;DP=91;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.0145151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.721;QD=14.2104;RBI=0.0145648;REFB=-0.0136421;REVB=-0.00120172;RO=60;SAF=10;SAR=21;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558866;STB=0.550995;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0213709;OID=.;OPOS=45594170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:100:60:60:31:40:0.4:21:10:22:38:22:18:22:38 chr19 45594595 . T C 521.65 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.00785705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.952;QD=16.9641;RBI=0.0132249;REFB=-0.0315832;REVB=-0.0106379;RO=67;SAF=23;SAR=33;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229937;STB=0.512801;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0338061;OID=.;OPOS=45594595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:67:67:56:56:0.455285:33:23:26:41:33:23:26:41 chr19 45648408 . CTTCG CAGTC,CTCG 5170.6 PASS AF=0.0371287,0.962871;AO=21,62;DP=414;FAO=15,389;FDP=404;FR=.;FRO=0;FSAF=15,123;FSAR=0,266;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.139622,-0.117722;FXX=0.019417;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=148.241,18.6889;QD=51.1941;RBI=0.140019,0.795808;REFB=0,0;REVB=0.0105405,0.787052;RO=242;SAF=21,49;SAR=0,13;SRF=7;SRR=235;SSEN=0,0;SSEP=0,0.458333;SSSB=0.88532,0.803511;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.153781,0.00704282;OID=.,.;OPOS=45648409,45648409;OREF=TTCG,T;OALT=AGTC,-;OMAPALT=CAGTC,CTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0371287,0.962871:21,62:414:15,389:404:0:15,123:0,266:0:0:8:242:21,49:0,13:7:235 chr19 45682824 . G A 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.054764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.139;QD=27.1529;RBI=0.0699215;REFB=-0.0374446;REVB=0.0434732;RO=6;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894563;STB=0.549929;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0161095;OID=.;OPOS=45682824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:7:7:2:4:7:7:2:4 chr19 45721495 . TG T 65.16 PASS AF=0.197368;AO=44;DP=223;FAO=45;FDP=228;FR=.;FRO=183;FSAF=3;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=119;FWDB=0.101909;FXX=0.00869527;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.6206;QD=1.1432;RBI=0.208799;REFB=-0.0169272;REVB=-0.18224;RO=159;SAF=0;SAR=44;SRF=62;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.759196;STB=0.8533;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.0826573;OID=.;OPOS=45721496;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197368:44:223:45:228:183:3:42:64:119:65:159:0:44:62:97 chr19 45790725 . CT CTC,TC 50.11 PASS AF=0.391304,0;AO=6,2;DP=23;FAO=9,0;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0500284,-0.0143048;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,2;MLLD=56.0428,62.1732;QD=8.71452;RBI=0.0517273,0.0172509;REFB=-0.00808263,-0.00773769;REVB=-0.013148,-0.0096419;RO=14;SAF=4,2;SAR=2,0;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.187917,0.547468;STB=0.605818,0.5;STBP=0.458,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.135487,0.0508888;OID=.,.;OPOS=45790727,45790725;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:23:23:14:14:6,2:9,0:0.391304,0:2,0:4,2:7:7:3,0:6,0:7:7 chr19 45801018 . T C 900.22 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5293;QD=58.0787;RBI=0.0595215;REFB=0;REVB=0.0458411;RO=0;SAF=52;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110634;OID=.;OPOS=45801018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:9:52:0:0:10:52:0:0 chr19 45850694 . T TC 34.18 PASS AF=0.121795;AO=29;DP=156;FAO=19;FDP=156;FR=.;FRO=137;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=102;FWDB=-0.0870596;FXX=0.0126574;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.772;QD=0.876393;RBI=0.0880533;REFB=-0.00178541;REVB=-0.013191;RO=127;SAF=2;SAR=27;SRF=33;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434929;STB=0.843255;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.226518;OID=.;OPOS=45850695;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.121795:29:156:19:156:137:1:18:35:102:34:127:2:27:33:94 chr19 45860776 . T G 261.84 PASS AF=0.369048;AO=30;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00198076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9905;QD=12.4687;RBI=0.0393962;REFB=0.000664656;REVB=-0.0393463;RO=53;SAF=16;SAR=14;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130485;STB=0.583471;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00184402;OID=.;OPOS=45860776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:30:31:0.369048:14:16:22:31:14:17:22:31 chr19 45912736 . C A 496.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.879;QD=58.3547;RBI=0.0569264;REFB=0;REVB=0.0143952;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393369;OID=.;OPOS=45912736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:16:16:0:0:18:16:0:0 chr19 45923653 . A G 3580.86 PASS AF=0.991379;AO=226;DP=230;FAO=230;FDP=232;FR=.;FRO=2;FSAF=102;FSAR=128;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0622074;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0437;QD=61.7389;RBI=0.0702371;REFB=-0.105646;REVB=0.0326113;RO=1;SAF=100;SAR=126;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474131;STB=0.500493;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000341417;OID=.;OPOS=45923653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:230:232:1:2:226:230:0.991379:126:100:1:0:128:102:1:1 chr19 46057081 . A G 2420.85 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.994;QD=61.2874;RBI=0.0122571;REFB=0;REVB=0.010996;RO=0;SAF=86;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56672e-06;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:0:0:158:158:1:72:86:0:0:72:86:0:0 chr19 46095651 . A G 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.108;QD=57.5428;RBI=0.0673368;REFB=0;REVB=-0.0625932;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131777;OID=.;OPOS=46095651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:40:18:0:0:40:18:0:0 chr19 46129999 . C A 466.41 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.052705;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=65.0383;QD=16.9604;RBI=0.0579138;REFB=-0.00487127;REVB=0.024004;RO=59;SAF=24;SAR=27;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385262;STB=0.502145;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0114772;OID=.;OPOS=46129999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:59:51:51:0.463636:27:24:28:31:27:24:28:31 chr19 46154806 . T C 220.55 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00569568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.634;QD=14.2293;RBI=0.0111666;REFB=-0.0114052;REVB=0.0096048;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675194;STB=0.538432;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00914293;OID=.;OPOS=46154806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:14:12:19:17:14:12:19:17 chr19 46154820 . G A 245.14 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0212329;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7348;QD=13.074;RBI=0.0257406;REFB=-0.00729064;REVB=-0.0145514;RO=46;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649639;STB=0.537165;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0149261;OID=.;OPOS=46154820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:46:46:29:29:0.386667:15:14:25:21:15:14:25:21 chr19 46154902 . G GC 276.3 PASS AF=0.37037;AO=48;DP=140;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.00126492;FXX=0.0073524;HRUN=0;LEN=1;MLLD=181.72;QD=8.18672;RBI=0.00884955;REFB=0.00432867;REVB=-0.00875869;RO=89;SAF=18;SAR=30;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211985;STB=0.615708;STBP=0.038;TYPE=ins;VARB=-0.0024886;OID=.;OPOS=46154903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:48:140:50:135:85:18:32:46:39:99:89:18:30:50:39 chr19 46154906 . C CT 271.09 PASS AF=0.374046;AO=49;DP=135;FAO=49;FDP=131;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.00197268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=346.248;QD=8.27761;RBI=0.00295285;REFB=0.00452526;REVB=0.00219724;RO=86;SAF=19;SAR=30;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165395;STB=0.593927;STBP=0.119;TYPE=ins;VARB=-0.00943271;OID=.;OPOS=46154907;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.374046:49:135:49:131:82:19:30:44:38:99:86:19:30:46:40 chr19 46155049 . G A 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0502457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8024;QD=9.47545;RBI=0.0502605;REFB=0.00820736;REVB=0.00121848;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264681;STB=0.516097;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.0190826;OID=.;OPOS=46155049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:10:11:5:5:10:11 chr19 46206262 . G A 2375.27 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458624;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.431;QD=60.9043;RBI=0.0481809;REFB=0;REVB=0.0147661;RO=0;SAF=55;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45241e-06;OID=.;OPOS=46206262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:155:156:1:100:55:0:0:100:56:0:0 chr19 46262286 . C A 1736.88 PASS AF=0.991667;AO=113;DP=117;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0946564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.344;QD=57.8961;RBI=0.106551;REFB=-0.12341;REVB=-0.0489203;RO=4;SAF=39;SAR=74;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462389;STB=0.505494;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00458651;OID=.;OPOS=46262286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:117:120:4:1:113:119:0.991667:74:39:4:0:74:45:1:0 chr19 46268902 . C T 2886.21 PASS AF=0.99005;AO=190;DP=197;FAO=199;FDP=201;FR=.;FRO=2;FSAF=130;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0252479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.012;QD=57.4371;RBI=0.0283157;REFB=-0.0422439;REVB=0.0128189;RO=2;SAF=122;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00774203;STB=0.503816;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000642617;OID=.;OPOS=46268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:197:201:2:2:190:199:0.99005:68:122:2:0:69:130:2:0 chr19 46269313 . G C 437.48 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275706;FXX=0.0624805;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.238;QD=58.3302;RBI=0.0374825;REFB=0;REVB=0.0253928;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32918e-05;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr19 46289392 . G C 5172.85 PASS AF=0.991379;AO=311;DP=399;FAO=345;FDP=348;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=268;FSAR=77;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0368905;FXX=0.0252094;HRUN=8;LEN=1;MLLD=240.283;QD=59.458;RBI=0.0377277;REFB=-0.138403;REVB=0.00790367;RO=34;SAF=234;SAR=77;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101661;STB=0.502783;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.000746987;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:399:348:34:3:311:345:0.991379:77:234:11:23:77:268:3:0 chr19 46289503 . C T 6872.71 PASS AF=1;AO=324;DP=466;FAO=452;FDP=452;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=234;FSAR=218;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139325;FXX=0.0216446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2983;QD=60.8204;RBI=0.146881;REFB=-0.0349574;REVB=0.0465039;RO=9;SAF=147;SAR=177;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000881678;OID=.;OPOS=46289503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:466:452:9:0:324:452:1:177:147:6:3:218:234:0:0 chr19 46289504 . G T 823.06 PASS AF=0.261339;AO=107;DP=449;FAO=121;FDP=463;FR=.;FRO=342;FSAF=75;FSAR=46;FSRF=159;FSRR=183;FWDB=0.00224155;FXX=0.00643763;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.9518;QD=7.11065;RBI=0.0512885;REFB=-0.0228297;REVB=0.0512394;RO=341;SAF=73;SAR=34;SRF=159;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277506;STB=0.614713;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00470084;OID=.;OPOS=46289504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:449:463:341:342:107:121:0.261339:34:73:159:182:46:75:159:183 chr19 46305482 . T C 688.58 PASS AF=0.395122;AO=75;DP=203;FAO=81;FDP=205;FR=.;FRO=124;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=74;FWDB=-0.0156946;FXX=0.0191378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.26;QD=13.4356;RBI=0.0162534;REFB=-0.0222885;REVB=-0.00422541;RO=127;SAF=36;SAR=39;SRF=52;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787867;STB=0.532821;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0316474;OID=.;OPOS=46305482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:205:127:124:75:81:0.395122:39:36:52:75:44:37:50:74 chr19 46319415 . G C 2081.86 PASS AF=0.953947;AO=144;DP=152;FAO=145;FDP=152;FR=.;FRO=7;FSAF=72;FSAR=73;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0312054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.85;QD=54.7859;RBI=0.0481118;REFB=-0.12672;REVB=0.0366192;RO=5;SAF=71;SAR=73;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681875;STB=0.510025;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00152608;OID=.;OPOS=46319415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:152:152:5:7:144:145:0.953947:73:71:3:2:73:72:5:2 chr19 46404579 . A G 5770.77 PASS AF=1;AO=294;DP=358;FAO=368;FDP=368;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=180;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.691;QD=62.7257;RBI=0.0524374;REFB=0;REVB=0.000676569;RO=0;SAF=127;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346407;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:358:368:0:0:294:368:1:167:127:0:0:188:180:0:0 chr19 46443739 . T G 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2418;QD=50.4076;RBI=0.0526116;REFB=0;REVB=-0.0422028;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00225565;OID=.;OPOS=46443739;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr19 46443886 . C A 885.09 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.898;QD=58.0384;RBI=0.0759149;REFB=0;REVB=0.0732349;RO=0;SAF=52;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173114;OID=.;OPOS=46443886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:9:52:0:0:9:52:0:0 chr19 46498353 . C G 1044.28 PASS AF=0.512195;AO=105;DP=206;FAO=105;FDP=205;FR=.;FRO=100;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=35;FSRR=65;FWDB=-0.00137018;FXX=0.00485413;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.326;QD=20.3761;RBI=0.0256376;REFB=-0.0093228;REVB=0.0256009;RO=100;SAF=41;SAR=64;SRF=35;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382104;STB=0.520926;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00864406;OID=.;OPOS=46498353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:100:100:105:105:0.512195:64:41:35:65:64:41:35:65 chr19 46511548 . T C 801.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.407;QD=57.2289;RBI=0.0192781;REFB=0;REVB=0.00984951;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1186e-05;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:24:31:0:0:25:31:0:0 chr19 46518651 . A G 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0318018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.143;QD=19.178;RBI=0.0324317;REFB=-0.0507879;REVB=-0.00636104;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564475;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0387251;OID=.;OPOS=46518651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:6:5:6:7:6:5 chr19 46518682 . G A 116.17 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00563277;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.9435;QD=20.2042;RBI=0.050582;REFB=0.00900909;REVB=0.0502674;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474842;STB=0.526986;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00423002;OID=.;OPOS=46518682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:6:4:6:7:6:4 chr19 46520026 . A G 8864.58 PASS AF=1;AO=538;DP=548;FAO=597;FDP=597;FR=.;FRO=0;FSAF=303;FSAR=294;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150013;FXX=0.00830551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.214;QD=59.3941;RBI=0.0176288;REFB=-0.154213;REVB=0.00925943;RO=1;SAF=283;SAR=255;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00186893;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469841;OID=.;OPOS=46520026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:548:597:1:0:538:597:1:255:283:0:1:294:303:0:0 chr19 46520028 . C G 93.37 PASS AF=0.0816667;AO=59;DP=600;FAO=49;FDP=600;FR=.;FRO=551;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=288;FSRR=263;FWDB=-0.0131525;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.4383;QD=0.622439;RBI=0.017345;REFB=-0.0239943;REVB=-0.0113077;RO=541;SAF=18;SAR=41;SRF=286;SRR=255;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272164;STB=0.679234;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.216567;OID=.;OPOS=46520028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:600:600:541:551:59:49:0.0816667:41:18:286:255:33:16:288:263 chr19 46663890 . A G 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0123703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.957;QD=21.7443;RBI=0.015854;REFB=-0.0303427;REVB=0.00991586;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305574;STB=0.671425;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0197385;OID=.;OPOS=46663890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:9:2:9:6:9:2 chr19 46808371 . C T 222.62 PASS AF=0.25;AO=33;DP=132;FAO=33;FDP=132;FR=.;FRO=99;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=-0.0102192;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.296;QD=6.74608;RBI=0.0129873;REFB=-0.00204464;REVB=-0.00801498;RO=98;SAF=18;SAR=15;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455769;STB=0.522999;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00566681;OID=.;OPOS=46808371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:98:99:33:33:0.25:15:18:57:41:15:18:57:42 chr19 46811984 . A G 128.48 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0167221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.727;QD=6.94458;RBI=0.028982;REFB=-0.00394575;REVB=0.0236712;RO=53;SAF=11;SAR=8;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128805;STB=0.587619;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0124703;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:55:19:19:0.256757:8:11:36:17:8:11:38:17 chr19 46815310 . G A 89.11 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00160765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.473;QD=5.74887;RBI=0.0113964;REFB=-0.00884991;REVB=-0.0112824;RO=44;SAF=7;SAR=7;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276912;STB=0.532212;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0249364;OID=.;OPOS=46815310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:61:62:44:48:14:14:0.225806:7:7:21:23:7:7:22:26 chr19 46815499 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.067;QD=59.838;RBI=0.0226994;REFB=0;REVB=-0.0218881;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122846;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr19 46815703 . ATATT A,ATCTT 292.59 PASS AF=0.130435,0.869565;AO=3,18;DP=23;FAO=3,20;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=3,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020951,-0.0229794;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=230.937,54.0879;QD=50.8852;RBI=0.0328162,0.0426088;REFB=0,0;REVB=-0.0252578,-0.0358811;RO=0;SAF=0,2;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0105321,0.00183478;OID=.,.;OPOS=46815704,46815705;OREF=TATT,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.130435,0.869565:3,18:23:3,20:23:0:0,2:3,18:0:0:14:0:0,2:3,16:0:0 chr19 46823751 . C T 235.84 PASS AF=0.234177;AO=37;DP=158;FAO=37;FDP=158;FR=.;FRO=121;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=66;FWDB=0.0126118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.371;QD=5.97055;RBI=0.0380946;REFB=-0.00419274;REVB=-0.0359463;RO=120;SAF=17;SAR=20;SRF=54;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119978;STB=0.503788;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0167721;OID=.;OPOS=46823751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:120:121:37:37:0.234177:20:17:54:66:20:17:55:66 chr19 46914488 . G A 183.93 PASS AF=0.204082;AO=30;DP=147;FAO=30;FDP=147;FR=.;FRO=117;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=-0.0151747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.258;QD=5.00476;RBI=0.017066;REFB=-0.0158823;REVB=0.00780888;RO=117;SAF=11;SAR=19;SRF=55;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134925;STB=0.584558;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.064438;OID=.;OPOS=46914488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:117:117:30:30:0.204082:19:11:55:62:19:11:55:62 chr19 47124714 . T G 2393.02 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104389;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.46;QD=64.2422;RBI=0.0104392;REFB=0;REVB=-8.50722e-05;RO=0;SAF=83;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1436e-06;OID=.;OPOS=47124714;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:66:83:0:0:66:83:0:0 chr19 47177913 . A G 1030.91 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.998;QD=58.9089;RBI=0.0706186;REFB=0;REVB=0.00197861;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292261;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:1:0:69:70:1:34:35:1:0:34:36:0:0 chr19 47223543 . T C 297.73 PASS AF=0.238095;AO=45;DP=190;FAO=45;FDP=189;FR=.;FRO=144;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=85;FSRR=59;FWDB=-0.0040971;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.007;QD=6.30107;RBI=0.110557;REFB=-0.00599211;REVB=-0.110481;RO=138;SAF=30;SAR=15;SRF=84;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788532;STB=0.562709;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0191548;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:138:144:45:45:0.238095:15:30:84:54:15:30:85:59 chr19 47223949 . G A 219.61 PASS AF=0.311111;AO=27;DP=89;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00909182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.665;QD=9.7604;RBI=0.0106053;REFB=-0.0103824;REVB=-0.00545992;RO=62;SAF=10;SAR=17;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137298;STB=0.590098;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0205424;OID=.;OPOS=47223949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:62:62:27:28:0.311111:17:10:30:32:18:10:30:32 chr19 47258842 . C T 210.78 PASS AF=0.182243;AO=39;DP=214;FAO=39;FDP=214;FR=.;FRO=175;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=91;FSRR=84;FWDB=-0.0193061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.105;QD=3.93983;RBI=0.0195845;REFB=-0.00409723;REVB=-0.00329014;RO=173;SAF=17;SAR=22;SRF=91;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115767;STB=0.568658;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0256295;OID=.;OPOS=47258842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:173:175:39:39:0.182243:22:17:91:82:22:17:91:84 chr19 47291174 . G C 965.25 PASS AF=0.77451;AO=79;DP=102;FAO=79;FDP=102;FR=.;FRO=23;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0294101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3996;QD=37.8531;RBI=0.0321278;REFB=-0.0668073;REVB=0.0129322;RO=22;SAF=38;SAR=41;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108129;STB=0.510445;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0197743;OID=.;OPOS=47291174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:22:23:79:79:0.77451:41:38:10:12:41:38:10:13 chr19 47569789 . C T 99.22 PASS AF=0.267857;AO=14;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.010515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.646;QD=7.08699;RBI=0.0105479;REFB=-0.00553716;REVB=0.000831858;RO=38;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916863;STB=0.511096;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0107031;OID=.;OPOS=47569789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:41:14:15:0.267857:6:8:22:16:6:9:24:17 chr19 47712574 . C T 444.38 PASS AF=0.732143;AO=40;DP=56;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.163421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.253;QD=31.7415;RBI=0.164842;REFB=-0.0390936;REVB=0.0215919;RO=15;SAF=10;SAR=30;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542299;STB=0.521728;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0199438;OID=.;OPOS=47712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:15:15:40:41:0.732143:30:10:5:10:30:11:5:10 chr19 47761646 . G C 837.2 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267988;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.417;QD=57.738;RBI=0.0309603;REFB=0;REVB=0.0155037;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69489e-05;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:18:40:0:0:18:40:0:0 chr19 47768128 . G C 3680.03 PASS AF=1;AO=232;DP=233;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605931;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6851;QD=62.9065;RBI=0.0122554;REFB=-0.0905763;REVB=0.0106526;RO=1;SAF=134;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211966;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:233:234:1:0:232:234:1:98:134:1:0:99:135:0:0 chr19 47770015 . A C 1898.86 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00806153;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7517;QD=61.7515;RBI=0.00845554;REFB=0;REVB=-0.00255105;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36496e-05;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:57:66:0:0:57:66:0:0 chr19 47773647 . C T 137.37 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0134931;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.394;QD=7.1361;RBI=0.013501;REFB=-0.00839553;REVB=-0.000462878;RO=56;SAF=7;SAR=13;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143959;STB=0.582006;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0233571;OID=.;OPOS=47773647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:56:57:20:20:0.25974:13:7:26:30:13:7:26:31 chr19 47774447 . G A 556.77 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.03;QD=60.1914;RBI=0.0205942;REFB=0;REVB=0.0121733;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32087e-05;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:26:10:0:0:27:10:0:0 chr19 47774572 . C T 452.98 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.178;QD=56.6228;RBI=0.0421159;REFB=0;REVB=0.0373503;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512984;OID=.;OPOS=47774572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chr19 47774665 . TGAG T 128.39 PASS AF=0.3;AO=16;DP=63;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0203725;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=3;MLLD=193.443;QD=8.55913;RBI=0.0226932;REFB=-0.019083;REVB=-0.00999701;RO=43;SAF=3;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378385;STB=0.684883;STBP=0.084;TYPE=del;VARB=0.0552647;OID=.;OPOS=47774666;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:16:63:18:60:42:4:14:19:23:99:43:3:13:20:23 chr19 47774772 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.267;QD=59.8386;RBI=0.0474088;REFB=0;REVB=-0.00798289;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189279;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr19 47778857 . C G 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.018293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.433;QD=19.0787;RBI=0.0183619;REFB=-0.0330064;REVB=-0.00158961;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120777;STB=0.541726;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0393165;OID=.;OPOS=47778857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:31:32:32:0.507937:18:14:8:19:18:14:11:20 chr19 47813165 . G A 955.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.391;QD=58.7773;RBI=0.0284485;REFB=0;REVB=0.0274585;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145636;OID=.;OPOS=47813165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr19 47823038 . G A 346.49 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040063;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0294;QD=55.4385;RBI=0.050848;REFB=0;REVB=0.0313126;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385134;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr19 47823484 . T C 1356.58 PASS AF=1;AO=86;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.055;QD=60.2926;RBI=0.0272837;REFB=-0.0315664;REVB=0.0118368;RO=2;SAF=37;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024918;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374782;OID=.;OPOS=47823484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:90:90:2:0:86:90:1:49:37:2:0:51:39:0:0 chr19 47823871 . G T 1407.28 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860971;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8917;QD=63.2483;RBI=0.00911267;REFB=0;REVB=0.00298557;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668752;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr19 47935352 . T C 481.53 PASS AF=0.944444;AO=31;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00937925;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.926;QD=53.5037;RBI=0.0292362;REFB=-0.163207;REVB=0.0276909;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529394;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00180313;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:36:0:2:31:34:0.944444:15:16:0:0:16:18:0:2 chr19 47980153 . G A 1647.75 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00476932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.928;QD=57.3129;RBI=0.0477858;REFB=-0.0958495;REVB=0.0475472;RO=3;SAF=54;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737823;STB=0.503887;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.000539556;OID=.;OPOS=47980153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:3:3:112:112:0.973913:58:54:1:2:58:54:1:2 chr19 47987412 . CA AC,CAC 35.69 PASS AF=0.0201342,0.0805369;AO=8,15;DP=150;FAO=3,12;FDP=149;FR=.;FRO=134;FSAF=2,4;FSAR=1,8;FSRF=54;FSRR=80;FWDB=-0.117101,-0.156639;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=109.031,106.042;QD=0.958098;RBI=0.118101,0.157485;REFB=-0.00175471,-0.00165915;REVB=0.0153341,0.0163113;RO=126;SAF=6,5;SAR=2,10;SRF=49;SRR=77;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.352755,-0.0720924;STB=0.741651,0.56851;STBP=0.501,0.63;TYPE=mnp,ins;VARB=0.152096,0.163591;OID=.,.;OPOS=47987412,47987414;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:150:149:126:134:8,15:3,12:0.0201342,0.0805369:2,10:6,5:49:77:1,8:2,4:54:80 chr19 48182787 . C T 1244.93 PASS AF=0.75;AO=99;DP=132;FAO=99;FDP=132;FR=.;FRO=33;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.013619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2883;QD=37.7251;RBI=0.018877;REFB=0.0190574;REVB=-0.0130715;RO=32;SAF=49;SAR=50;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165983;STB=0.512622;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00619906;OID=.;OPOS=48182787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:32:33:99:99:0.75:50:49:17:15:50:49:18:15 chr19 48182946 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0683432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3987;QD=55.0965;RBI=0.0763374;REFB=0;REVB=0.0340089;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253516;OID=.;OPOS=48182946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr19 48183114 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.452;QD=51.9167;RBI=0.052988;REFB=0;REVB=-0.0401222;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05367e-05;OID=.;OPOS=48183114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr19 48183771 . C T 1481.32 PASS AF=0.64532;AO=131;DP=204;FAO=131;FDP=203;FR=.;FRO=72;FSAF=80;FSAR=51;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.0251892;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.713;QD=29.1885;RBI=0.0259947;REFB=-0.0195175;REVB=0.00642117;RO=68;SAF=80;SAR=51;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128757;STB=0.560336;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0162135;OID=.;OPOS=48183771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:68:72:131:131:0.64532:51:80:28:40:51:80:32:40 chr19 48198675 . A G 1043.11 PASS AF=0.6875;AO=87;DP=128;FAO=88;FDP=128;FR=.;FRO=40;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.00362363;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7198;QD=32.5973;RBI=0.0317529;REFB=-0.0141351;REVB=-0.0315455;RO=40;SAF=40;SAR=47;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139982;STB=0.572749;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0103125;OID=.;OPOS=48198675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:40:40:87:88:0.6875:47:40:28:12:47:41:28:12 chr19 48244194 . A G 193.64 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=96;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0150562;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.144;QD=8.1534;RBI=0.0182802;REFB=-0.00692236;REVB=-0.0103671;RO=69;SAF=15;SAR=11;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145021;STB=0.508678;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0160409;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:69:69:26:26:0.273684:11:15:39:30:11:15:39:30 chr19 48244569 . G A 49.99 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.126602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7415;QD=4.76106;RBI=0.134271;REFB=-0.00658588;REVB=0.0447281;RO=34;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356191;STB=0.52375;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0433525;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:42:42:34:34:8:8:0.190476:4:4:18:16:4:4:18:16 chr19 48255804 . A G 127.11 PASS AF=0.201923;AO=21;DP=105;FAO=21;FDP=104;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=-0.0340723;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5949;QD=4.88873;RBI=0.0698892;REFB=-0.00490073;REVB=-0.0610211;RO=80;SAF=6;SAR=15;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127081;STB=0.579858;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.024106;OID=.;OPOS=48255804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:80:83:21:21:0.201923:15:6:30:50:15:6:31:52 chr19 48282078 . C G 42.51 PASS AF=0.0765306;AO=15;DP=196;FAO=15;FDP=196;FR=.;FRO=181;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=76;FSRR=105;FWDB=-0.0123936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.367;QD=0.867522;RBI=0.0184997;REFB=-0.00327692;REVB=-0.0137345;RO=181;SAF=7;SAR=8;SRF=76;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532271;STB=0.543585;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0364797;OID=.;OPOS=48282078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:196:196:181:181:15:15:0.0765306:8:7:76:105:8:7:76:105 chr19 48305465 . G A 503.49 PASS AF=0.82;AO=29;DP=51;FAO=41;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0533079;FXX=0.0740604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.009;QD=40.2791;RBI=0.0734112;REFB=-0.0514666;REVB=0.0504725;RO=13;SAF=23;SAR=6;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121734;STB=0.51341;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0291729;OID=.;OPOS=48305465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:51:50:13:8:29:41:0.82:6:23:12:1:7:34:7:1 chr19 48352054 . G C 31.54 PASS AF=0.0909091;AO=8;DP=88;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=60;FWDB=-0.0250859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.744;QD=1.43379;RBI=0.0303115;REFB=-0.0112954;REVB=-0.0170143;RO=80;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25396e-08;STB=0.5;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0546504;OID=.;OPOS=48352054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:88:80:80:8:8:0.0909091:6:2:20:60:6:2:20:60 chr19 48389425 . A G 2171.49 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0070369;FXX=0.0141834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.802;QD=62.4891;RBI=0.025416;REFB=-0.0765261;REVB=-0.0244224;RO=1;SAF=60;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785783;STB=0.504132;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000552067;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:138:138:0.992806:78:60:1:0:78:60:1:0 chr19 48525507 . G A 1485.73 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9754;QD=63.2227;RBI=0.0267873;REFB=0;REVB=-0.011917;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.12315e-05;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:49:43:0:0:51:43:0:0 chr19 48533856 . A G 533.69 PASS AF=0.875;AO=30;DP=55;FAO=42;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0541291;FXX=0.058812;HRUN=11;LEN=1;MLLD=271.149;QD=44.4739;RBI=0.0570792;REFB=-0.127984;REVB=-0.0181126;RO=11;SAF=6;SAR=24;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273171;STB=0.503471;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00750503;OID=.;OPOS=48533856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:55:48:11:6:30:42:0.875:24:6:7:4:29:13:2:4 chr19 48543862 . G A,T 1412.29 PASS AF=0.945652,0.0543478;AO=87,5;DP=93;FAO=87,5;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=46,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579704,0.00442244;FXX=0.0107515;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=210.384,94.6628;QD=61.404;RBI=0.0145804,0.0270696;REFB=0,0;REVB=0.0133784,-0.0267059;RO=0;SAF=41,0;SAR=46,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=4.0748e-05,0.142551;OID=.,.;OPOS=48543862,48543862;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:93:92:0:0:87,5:87,5:0.945652,0.0543478:46,5:41,0:0:0:46,5:41,0:0:0 chr19 48598823 . A G 782.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.286;QD=56.8996;RBI=0.0112578;REFB=0;REVB=0.00984575;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39706e-05;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:35:19:0:0:36:19:0:0 chr19 48608598 . C G 1207.37 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4005;QD=61.1326;RBI=0.171435;REFB=0;REVB=0.0795448;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174653;OID=.;OPOS=48608598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:72:79:1:37:35:0:0:37:42:0:0 chr19 48621036 . C G 996.59 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.413;QD=58.6231;RBI=0.0823573;REFB=0;REVB=0.0351458;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204533;OID=.;OPOS=48621036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:29:36:0:0:30:38:0:0 chr19 48622427 . A G 7946.53 PASS AF=1;AO=498;DP=499;FAO=503;FDP=503;FR=.;FRO=0;FSAF=247;FSAR=256;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396;FXX=0.00788939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6331;QD=63.1931;RBI=0.0400517;REFB=0;REVB=-0.00599805;RO=0;SAF=245;SAR=253;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073888;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:499:503:0:0:498:503:1:253:245:0:0:256:247:0:0 chr19 48733847 . TG GT,T 83.36 PASS AF=0.0217391,0.478261;AO=4,22;DP=47;FAO=1,22;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=0,2;FSAR=1,20;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0119488,0.0537357;FXX=0.0212721;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=129.857,9.63046;QD=7.24896;RBI=0.161596,0.0750486;REFB=8.77616e-05,-0.0923264;REVB=-0.161154,-0.0523905;RO=19;SAF=0,2;SAR=4,20;SRF=14;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.738328,-0.640105;STB=0.991782,0.846183;STBP=0.246,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.142699,0.0965124;OID=.,.;OPOS=48733847,48733848;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:82:47:46:19:23:4,22:1,22:0.0217391,0.478261:4,20:0,2:14:5:1,20:0,2:14:9 chr19 48737706 . A T 1339.71 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.046;QD=62.3119;RBI=0.00763104;REFB=0;REVB=-0.00616121;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87468e-06;OID=.;OPOS=48737706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr19 48800338 . A G 7758.98 PASS AF=1;AO=481;DP=481;FAO=487;FDP=487;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=305;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116742;FXX=0.0141698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.208;QD=63.7288;RBI=0.0173601;REFB=0;REVB=0.0128485;RO=0;SAF=181;SAR=300;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165017;OID=.;OPOS=48800338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:481:487:0:0:481:487:1:300:181:0:0:305:182:0:0 chr19 48800791 . A G 1936.85 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206644;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.202;QD=61.9792;RBI=0.0266753;REFB=0;REVB=-0.0168686;RO=0;SAF=52;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00025e-05;OID=.;OPOS=48800791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:73:52:0:0:73:52:0:0 chr19 48806977 . G A 716.27 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006253;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.808;QD=57.3017;RBI=0.0325483;REFB=0;REVB=0.031942;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103087;OID=.;OPOS=48806977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr19 48807367 . C A 1513.83 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.072;QD=59.9537;RBI=0.0542655;REFB=0;REVB=0.00289152;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63351e-05;OID=.;OPOS=48807367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:98:101:1:57:41:0:0:57:44:0:0 chr19 48823545 . G A 227.37 PASS AF=0.229299;AO=35;DP=156;FAO=36;FDP=157;FR=.;FRO=121;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=-0.00830154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.11;QD=5.79297;RBI=0.00994375;REFB=-0.0078918;REVB=0.00547381;RO=120;SAF=18;SAR=17;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180652;STB=0.518233;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0188365;OID=.;OPOS=48823545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:120:121:35:36:0.229299:17:18:60:60:17:19:61:60 chr19 48945880 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000767485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.354;QD=35.5759;RBI=0.0212305;REFB=0;REVB=0.0212166;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327259;OID=.;OPOS=48945880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr19 48949286 . G T 1286.3 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0679428;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6064;QD=59.8277;RBI=0.0914729;REFB=-0.151102;REVB=0.0612459;RO=2;SAF=44;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021042;STB=0.505493;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00235306;OID=.;OPOS=48949286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:2:1:84:85:0.988372:40:44:2:0:40:45:1:0 chr19 48985178 . TA GT,T 3253.95 PASS AF=0.00877193,0.991228;AO=9,208;DP=231;FAO=2,226;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=2,105;FSAR=0,121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437939,-0.0255761;FXX=0.0172406;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=18.62,21.7954;QD=57.0869;RBI=0.0470466,0.0692294;REFB=0.0438409,0.0295504;REVB=-0.0171893,-0.0643318;RO=1;SAF=9,95;SAR=0,113;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.00498801;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.112386,-0.000985735;OID=.,.;OPOS=48985178,48985179;OREF=TA,A;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:231:228:1:0:9,208:2,226:0.00877193,0.991228:0,113:9,95:1:0:0,121:2,105:0:0 chr19 48994699 . G A 1119.41 PASS AF=1;AO=64;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=67;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300343;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.071;QD=59.7016;RBI=0.0374577;REFB=0;REVB=0.0223836;RO=0;SAF=56;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000893989;OID=.;OPOS=48994699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:64:75:1:8:56:0:0:8:67:0:0 chr19 49102513 . C T 6780.04 PASS AF=1;AO=420;DP=426;FAO=427;FDP=427;FR=.;FRO=0;FSAF=205;FSAR=222;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226423;FXX=0.0138565;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.078;QD=63.5133;RBI=0.0253584;REFB=-0.0520892;REVB=-0.0114182;RO=0;SAF=200;SAR=220;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1924e-05;OID=.;OPOS=49102513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:426:427:0:0:420:427:1:220:200:0:0:222:205:0:0 chr19 49106889 . C G 34.47 PASS AF=0.107527;AO=14;DP=93;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=61;FWDB=0.0384725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.7551;QD=1.48236;RBI=0.132795;REFB=-0.010977;REVB=-0.1271;RO=76;SAF=12;SAR=2;SRF=18;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.676201;STB=0.89305;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.127824;OID=.;OPOS=49106889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:93:93:76:83:14:10:0.107527:2:12:18:58:2:8:22:61 chr19 49116359 . T C 2824.51 PASS AF=1;AO=179;DP=181;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0743526;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3409;QD=62.767;RBI=0.0760906;REFB=0;REVB=0.0161701;RO=0;SAF=51;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244826;OID=.;OPOS=49116359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:180:0:0:179:180:1:128:51:0:0:128:52:0:0 chr19 49116438 . A G 3168.98 PASS AF=0.990431;AO=207;DP=209;FAO=207;FDP=209;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0409146;FXX=0.00947822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4416;QD=60.6503;RBI=0.0619894;REFB=0.050547;REVB=-0.046569;RO=2;SAF=73;SAR=134;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070564;STB=0.503703;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00667323;OID=.;OPOS=49116438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:209:209:2:2:207:207:0.990431:134:73:0:2:134:73:0:2 chr19 49116555 . A G 1352.81 PASS AF=0.917431;AO=98;DP=106;FAO=100;FDP=109;FR=.;FRO=9;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0445856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0196;QD=49.6445;RBI=0.0480282;REFB=-0.103391;REVB=-0.0178559;RO=8;SAF=42;SAR=56;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445543;STB=0.52639;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00986088;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:106:109:8:9:98:100:0.917431:56:42:1:7:58:42:1:8 chr19 49183705 . G A 84.98 PASS AF=0.151786;AO=17;DP=112;FAO=17;FDP=112;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=38;FWDB=-0.000708201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8462;QD=3.03499;RBI=0.0170131;REFB=-0.00287077;REVB=0.0169984;RO=95;SAF=7;SAR=10;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233867;STB=0.655563;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.019735;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:112:112:95:95:17:17:0.151786:10:7:57:38:10:7:57:38 chr19 49206603 . C T 1358.86 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4025;QD=62.4765;RBI=0.0408196;REFB=0;REVB=-0.038569;RO=0;SAF=55;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149803;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:31:55:0:0:31:56:0:0 chr19 49207438 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.567;QD=39.2068;RBI=0.0367683;REFB=0;REVB=-0.0157016;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136831;OID=.;OPOS=49207438;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr19 49217261 . A G 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.457;QD=62.3142;RBI=0.0317307;REFB=0;REVB=-0.0311242;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64187e-05;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr19 49217305 . A G 1607.04 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.349;QD=60.0763;RBI=0.0235899;REFB=0;REVB=0.0233578;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97303e-05;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:63:44:0:0:63:44:0:0 chr19 49244219 . CG AA 1440.66 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860018;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=2;MLLD=249.679;QD=63.3258;RBI=0.0414291;REFB=0;REVB=0.0405266;RO=0;SAF=76;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.02133e-05;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:15:76:0:0:15:76:0:0 chr19 49247786 . G A 1432.39 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.818;QD=62.9624;RBI=0.0131872;REFB=0;REVB=0.00574983;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28829e-05;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:50:39:0:0:52:39:0:0 chr19 49259529 . A G 2331.83 PASS AF=0.993243;AO=139;DP=142;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.797;QD=63.0226;RBI=0.0341586;REFB=-0.0158268;REVB=0.0252299;RO=1;SAF=79;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598067;STB=0.503105;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=8.38551e-05;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:148:1:1:139:147:0.993243:60:79:1:0:67:80:1:0 chr19 49261368 . T C 761.14 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.222;QD=56.3807;RBI=0.0366373;REFB=0;REVB=0.00478822;RO=0;SAF=6;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157634;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:51:54:1:45:6:0:0:45:9:0:0 chr19 49299533 . A G 2167.31 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.095;QD=61.484;RBI=0.047949;REFB=0;REVB=-0.00280484;RO=0;SAF=58;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59527e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518773;OID=.;OPOS=49299533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:141:0:0:137:141:1:79:58:0:0:82:59:0:0 chr19 49339098 . T C 1084.72 PASS AF=0.684211;AO=91;DP=133;FAO=91;FDP=133;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0703857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9322;QD=32.6231;RBI=0.0713674;REFB=0.00408502;REVB=-0.011797;RO=41;SAF=35;SAR=56;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182364;STB=0.506698;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.00308628;OID=.;OPOS=49339098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:41:42:91:91:0.684211:56:35:17:24:56:35:17:25 chr19 49368843 . T C 940.4 PASS AF=0.656;AO=82;DP=125;FAO=82;FDP=125;FR=.;FRO=43;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0153408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.878;QD=30.0927;RBI=0.0160254;REFB=0.00393317;REVB=-0.00463384;RO=43;SAF=44;SAR=38;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159746;STB=0.508619;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00218775;OID=.;OPOS=49368843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:43:43:82:82:0.656:38:44:22:21:38:44:22:21 chr19 49375676 . T C 644.9 PASS AF=0.6875;AO=55;DP=80;FAO=55;FDP=80;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0165863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.746;QD=32.2452;RBI=0.0194109;REFB=-0.00357167;REVB=0.0100835;RO=24;SAF=25;SAR=30;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257173;STB=0.508006;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00117139;OID=.;OPOS=49375676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:24:25:55:55:0.6875:30:25:12:12:30:25:12:13 chr19 49376582 . G A 1829.74 PASS AF=0.792135;AO=141;DP=179;FAO=141;FDP=178;FR=.;FRO=37;FSAF=47;FSAR=94;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0212723;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2942;QD=41.1178;RBI=0.062919;REFB=-0.0350425;REVB=0.0592139;RO=37;SAF=47;SAR=94;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543606;STB=0.528921;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00875189;OID=.;OPOS=49376582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:37:37:141:141:0.792135:94:47:17:20:94:47:17:20 chr19 49376584 . G A 209.0 PASS AF=0.198895;AO=36;DP=181;FAO=36;FDP=181;FR=.;FRO=145;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=98;FWDB=-0.00329902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.144;QD=4.61878;RBI=0.0303534;REFB=-0.00557272;REVB=-0.0301736;RO=141;SAF=16;SAR=20;SRF=44;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17801;STB=0.599694;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0187177;OID=.;OPOS=49376584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:141:145:36:36:0.198895:20:16:44:97:20:16:47:98 chr19 49377086 . T C 293.6 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00699256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.475;QD=33.5537;RBI=0.0279335;REFB=-0.0219813;REVB=0.0270442;RO=9;SAF=10;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339046;STB=0.530097;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00674383;OID=.;OPOS=49377086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:34:35:9:10:25:25:0.714286:15:10:3:6:15:10:3:7 chr19 49377319 . A G 122.96 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-6.41785e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.8479;QD=16.3949;RBI=0.065975;REFB=-0.0228855;REVB=-0.065975;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300812;STB=0.672656;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0128788;OID=.;OPOS=49377319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:5:11:5:9:5:11 chr19 49377436 . G C 623.67 PASS AF=0.529412;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0477577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4254;QD=20.9637;RBI=0.0659251;REFB=-0.0316797;REVB=0.0454458;RO=46;SAF=40;SAR=23;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158855;STB=0.607176;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0376374;OID=.;OPOS=49377436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:46:56:63:63:0.529412:23:40:20:26:23:40:23:33 chr19 49378994 . A G 788.3 PASS AF=0.701031;AO=68;DP=103;FAO=68;FDP=97;FR=.;FRO=29;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0125626;FXX=0.0582468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0449;QD=32.5073;RBI=0.0132135;REFB=-0.00866957;REVB=0.00409606;RO=28;SAF=34;SAR=34;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774783;STB=0.546378;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0116421;OID=.;OPOS=49378994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:97:28:29:68:68:0.701031:34:34:18:10:34:34:19:10 chr19 49379167 . C T 1218.56 PASS AF=0.757812;AO=97;DP=128;FAO=97;FDP=128;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=80;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0471183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.06;QD=38.0801;RBI=0.0484098;REFB=-0.0197509;REVB=0.0111074;RO=31;SAF=17;SAR=80;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14812;STB=0.579548;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00548979;OID=.;OPOS=49379167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:31:31:97:97:0.757812:80:17:12:19:80:17:12:19 chr19 49379182 . G C 1201.29 PASS AF=0.755906;AO=96;DP=127;FAO=96;FDP=127;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=78;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0186265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1353;QD=37.8359;RBI=0.0351719;REFB=-0.0501185;REVB=-0.0298348;RO=31;SAF=18;SAR=78;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135373;STB=0.572671;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0162146;OID=.;OPOS=49379182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:31:31:96:96:0.755906:78:18:12:19:78:18:12:19 chr19 49416456 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0096584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.852;QD=22.7198;RBI=0.0257802;REFB=-0.0195591;REVB=0.0239026;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164121;STB=0.592461;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0121579;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:3:6:6:8:3:6 chr19 49421966 . T C 1552.79 PASS AF=0.990566;AO=102;DP=104;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000851714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.596;QD=58.5957;RBI=0.0171402;REFB=-0.031111;REVB=0.017119;RO=1;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958459;STB=0.50495;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=5.57031e-05;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:106:1:1:102:105:0.990566:49:53:0:1:50:55:0:1 chr19 49438363 . G A 2431.62 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.874;QD=60.7905;RBI=0.0356035;REFB=0;REVB=0.0282573;RO=0;SAF=70;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6785e-05;OID=.;OPOS=49438363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:160:0:0:146:160:1:76:70:0:0:90:70:0:0 chr19 49442933 . T C 1611.98 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110117;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.662;QD=60.2609;RBI=0.021871;REFB=0;REVB=0.0188966;RO=0;SAF=47;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.56465e-06;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:60:47:0:0:60:47:0:0 chr19 49445817 . T C,G 1626.98 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=105,5;DP=110;FAO=106,4;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=30,4;FSAR=76,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107079,-0.0084304;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.418,66.5232;QD=59.163;RBI=0.0188275,0.00995752;REFB=0,0;REVB=0.015486,-0.00529911;RO=0;SAF=30,4;SAR=75,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.65602e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000118607,0.102284;OID=.,.;OPOS=49445817,49445817;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:110:110:0:0:105,5:106,4:0.963636,0.0363636:75,1:30,4:0:0:76,0:30,4:0:0 chr19 49513273 . C T 614.76 PASS AF=0.764706;AO=50;DP=66;FAO=52;FDP=68;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0149494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.054;QD=36.1626;RBI=0.0283241;REFB=-0.0142665;REVB=0.0240576;RO=15;SAF=18;SAR=32;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787275;STB=0.543309;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00708019;OID=.;OPOS=49513273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:15:16:50:52:0.764706:32:18:8:7:32:20:9:7 chr19 49519058 . T C 2440.26 PASS AF=0.688356;AO=200;DP=290;FAO=201;FDP=292;FR=.;FRO=91;FSAF=107;FSAR=94;FSRF=59;FSRR=32;FWDB=-0.0634655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4254;QD=33.4283;RBI=0.0635717;REFB=0.00806293;REVB=0.00367343;RO=90;SAF=107;SAR=93;SRF=58;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641447;STB=0.536474;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0088347;OID=.;OPOS=49519058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:292:90:91:200:201:0.688356:93:107:58:32:94:107:59:32 chr19 49519466 . A G 853.38 PASS AF=0.744444;AO=67;DP=90;FAO=67;FDP=90;FR=.;FRO=23;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0301281;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.746;QD=37.9281;RBI=0.061657;REFB=-0.0347498;REVB=-0.0537948;RO=23;SAF=31;SAR=36;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118804;STB=0.563618;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00652061;OID=.;OPOS=49519466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:23:23:67:67:0.744444:36:31:5:18:36:31:5:18 chr19 49520315 . T C 1640.77 PASS AF=0.827586;AO=120;DP=145;FAO=120;FDP=145;FR=.;FRO=25;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00051602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.059;QD=45.2625;RBI=0.0142318;REFB=-0.02374;REVB=0.0142224;RO=25;SAF=63;SAR=57;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114032;STB=0.506052;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00338771;OID=.;OPOS=49520315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:25:25:120:120:0.827586:57:63:14:11:57:63:14:11 chr19 49520372 . A T 1713.44 PASS AF=0.829114;AO=128;DP=156;FAO=131;FDP=158;FR=.;FRO=27;FSAF=69;FSAR=62;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00224864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.431;QD=43.3782;RBI=0.0275395;REFB=-0.0195039;REVB=0.0274476;RO=28;SAF=68;SAR=60;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00151539;STB=0.504944;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00391561;OID=.;OPOS=49520372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:28:27:128:131:0.829114:60:68:15:13:62:69:15:12 chr19 49526191 . G A 36.1 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0088099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.162;QD=6.56404;RBI=0.0121556;REFB=-0.000700178;REVB=-0.00837518;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28974;STB=0.681292;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0019492;OID=.;OPOS=49526191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:4:12:3:3:4:12 chr19 49557572 . T C 202.06 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.010654;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.415;QD=13.9351;RBI=0.0134581;REFB=-0.00696892;REVB=0.00822268;RO=35;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106132;STB=0.567843;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0100508;OID=.;OPOS=49557572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:35:34:24:24:0.413793:8:16:20:15:8:16:19:15 chr19 49558216 . C T 50.07 PASS AF=0.186047;AO=7;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0704221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.6755;QD=4.65725;RBI=0.079904;REFB=0.0127388;REVB=-0.0377542;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263693;STB=0.722318;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0240189;OID=.;OPOS=49558216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:36:35:7:8:0.186047:5:2:18:18:6:2:18:17 chr19 49558667 . T C 240.83 PASS AF=0.306931;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0248483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.5565;QD=9.53799;RBI=0.0255835;REFB=-0.0215928;REVB=0.00608902;RO=70;SAF=17;SAR=14;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107457;STB=0.563017;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.023722;OID=.;OPOS=49558667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:70:70:31:31:0.306931:14:17:32:38:14:17:32:38 chr19 49559518 . C G 643.56 PASS AF=0.72973;AO=54;DP=74;FAO=54;FDP=74;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00572399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4348;QD=34.7872;RBI=0.0208502;REFB=0.0291833;REVB=0.0200491;RO=18;SAF=22;SAR=32;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147064;STB=0.566204;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0070153;OID=.;OPOS=49559518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:18:20:54:54:0.72973:32:22:13:5:32:22:13:7 chr19 49559693 . T C 733.55 PASS AF=0.653061;AO=60;DP=92;FAO=64;FDP=98;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0189372;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.7893;QD=29.9409;RBI=0.0206165;REFB=-0.0428855;REVB=-0.00814994;RO=32;SAF=28;SAR=32;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798288;STB=0.540563;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0176882;OID=.;OPOS=49559693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:98:32:34:60:64:0.653061:32:28:11:21:36:28:11:23 chr19 49560461 . G A 758.3 PASS AF=0.72093;AO=56;DP=89;FAO=62;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0520615;FXX=0.0227247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4828;QD=35.2698;RBI=0.234693;REFB=0.000626886;REVB=0.228846;RO=12;SAF=31;SAR=25;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379318;STB=0.558121;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00291265;OID=.;OPOS=49560461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:12:24:56:62:0.72093:25:31:8:4:31:31:7:17 chr19 49573438 . A G 620.06 PASS AF=0.833333;AO=50;DP=60;FAO=50;FDP=60;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0225418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1963;QD=41.3371;RBI=0.0241024;REFB=-0.0116052;REVB=-0.0085318;RO=10;SAF=7;SAR=43;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264221;STB=0.514119;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00197183;OID=.;OPOS=49573438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:10:10:50:50:0.833333:43:7:1:9:43:7:1:9 chr19 49574125 . G C 847.51 PASS AF=0.752809;AO=66;DP=88;FAO=67;FDP=89;FR=.;FRO=22;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.046635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5419;QD=38.0904;RBI=0.0486402;REFB=0.0480682;REVB=-0.0138218;RO=22;SAF=40;SAR=26;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148413;STB=0.506372;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.015457;OID=.;OPOS=49574125;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:22:22:66:67:0.752809:26:40:14:8:26:41:14:8 chr19 49621964 . T C 618.61 PASS AF=0.675;AO=51;DP=77;FAO=54;FDP=80;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00250474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.798;QD=30.9303;RBI=0.0404886;REFB=-0.0315968;REVB=0.040411;RO=26;SAF=25;SAR=26;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138331;STB=0.563887;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.011982;OID=.;OPOS=49621964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:26:26:51:54:0.675:26:25:7:19:29:25:7:19 chr19 49646066 . GGTG GGT,TGGT 2803.97 PASS AF=0.947761,0.0522388;AO=61,16;DP=268;FAO=254,14;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=108,0;FSAR=146,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.814752,0.0558731;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,4;MLLD=14.7617,136.809;QD=41.8503;RBI=0.872261,0.124735;REFB=0,0;REVB=0.311476,-0.111521;RO=153;SAF=8,0;SAR=53,16;SRF=99;SRR=54;SSEN=0,0;SSEP=0.253927,0;SSSB=-0.628959,-0.694415;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0253891,0.26125;OID=.,.;OPOS=49646069,49646066;OREF=G,GGTG;OALT=-,TGGT;OMAPALT=GGT,TGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:268:268:153:0:61,16:254,14:0.947761,0.0522388:53,16:8,0:99:54:146,14:108,0:0:0 chr19 49671281 . G A 296.6 PASS AF=0.638298;AO=5;DP=36;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00875577;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=182.7;QD=25.2422;RBI=0.00948335;REFB=-0.0283951;REVB=-0.00364286;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.553156;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.012381;OID=.;OPOS=49671281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:47:3:17:5:30:0.638298:3:2:1:2:15:15:11:6 chr19 49675017 . G T 693.29 PASS AF=0.725;AO=57;DP=81;FAO=58;FDP=80;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00518956;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.535;QD=34.6643;RBI=0.012446;REFB=-0.0231856;REVB=0.0113125;RO=22;SAF=20;SAR=37;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576829;STB=0.527104;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00936671;OID=.;OPOS=49675017;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:22:22:57:58:0.725:37:20:10:12:37:21:10:12 chr19 49699866 . C T 1767.63 PASS AF=0.715736;AO=139;DP=197;FAO=141;FDP=197;FR=.;FRO=56;FSAF=75;FSAR=66;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0309118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8035;QD=35.891;RBI=0.0464877;REFB=0.000420355;REVB=0.0347213;RO=58;SAF=75;SAR=64;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880681;STB=0.539485;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.000164045;OID=.;OPOS=49699866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:58:56:139:141:0.715736:64:75:22:36:66:75:22:34 chr19 49839015 . T C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.933;QD=55.0942;RBI=0.0534844;REFB=0;REVB=-0.00186075;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030331;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:22:4:0:0:22:4:0:0 chr19 49930721 . T C 2352.63 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.627;QD=63.5845;RBI=0.00832908;REFB=0;REVB=0.00171483;RO=0;SAF=46;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10101e-05;OID=.;OPOS=49930721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:148:0:0:144:148:1:98:46:0:0:101:47:0:0 chr19 49930786 . C A 931.32 PASS AF=0.757895;AO=72;DP=95;FAO=72;FDP=95;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0242717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.874;QD=39.2135;RBI=0.0243082;REFB=-0.0176785;REVB=0.00133092;RO=23;SAF=20;SAR=52;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128593;STB=0.569063;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00462128;OID=.;OPOS=49930786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:23:23:72:72:0.757895:52:20:12:11:52:20:12:11 chr19 49932762 . G T 1434.4 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0882;QD=63.0504;RBI=0.0247424;REFB=0;REVB=0.00132646;RO=0;SAF=62;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44304e-05;OID=.;OPOS=49932762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:29:62:0:0:29:62:0:0 chr19 49950298 . C T 193.43 PASS AF=0.179487;AO=35;DP=195;FAO=35;FDP=195;FR=.;FRO=160;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=100;FSRR=60;FWDB=0.0241968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3765;QD=3.96772;RBI=0.0286345;REFB=0.00439576;REVB=-0.0153117;RO=156;SAF=12;SAR=23;SRF=96;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340367;STB=0.721047;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0132529;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:156:160:35:35:0.179487:23:12:96:60:23:12:100:60 chr19 49950356 . C G 163.97 PASS AF=0.187879;AO=29;DP=161;FAO=31;FDP=165;FR=.;FRO=134;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=73;FSRR=61;FWDB=-0.0315583;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5499;QD=3.97507;RBI=0.0922601;REFB=-0.0228854;REVB=-0.0866949;RO=132;SAF=9;SAR=20;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300513;STB=0.679947;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0997866;OID=.;OPOS=49950356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:165:132:134:29:31:0.187879:20:9:72:60:21:10:73:61 chr19 49954803 . C T 181.88 PASS AF=0.195122;AO=32;DP=164;FAO=32;FDP=164;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=76;FSRR=56;FWDB=-0.000756821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.55;QD=4.43619;RBI=0.007657;REFB=-0.00727476;REVB=-0.0076195;RO=132;SAF=7;SAR=25;SRF=76;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45419;STB=0.785213;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0353243;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:132:132:32:32:0.195122:25:7:76:56:25:7:76:56 chr19 49954807 . T G 182.58 PASS AF=0.196319;AO=32;DP=162;FAO=32;FDP=163;FR=.;FRO=131;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=75;FSRR=56;FWDB=-0.0574427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1382;QD=4.48052;RBI=0.0575934;REFB=-0.00237057;REVB=-0.00416323;RO=130;SAF=7;SAR=25;SRF=74;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447974;STB=0.783163;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0137593;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:130:131:32:32:0.196319:25:7:74:56:25:7:75:56 chr19 49963019 . A T 234.97 PASS AF=0.303922;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=102;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.0420293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.963;QD=9.21453;RBI=0.0424837;REFB=-0.00295759;REVB=-0.00619699;RO=70;SAF=19;SAR=12;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279675;STB=0.667179;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0103316;OID=.;OPOS=49963019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:70:71:31:31:0.303922:12:19:26:44:12:19:26:45 chr19 49964977 . C G 393.46 PASS AF=0.296089;AO=53;DP=180;FAO=53;FDP=179;FR=.;FRO=126;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=75;FWDB=0.063024;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.366;QD=8.79249;RBI=0.0630354;REFB=-0.00554368;REVB=-0.00119835;RO=126;SAF=27;SAR=26;SRF=51;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126101;STB=0.573474;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0165795;OID=.;OPOS=49964977;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:126:126:53:53:0.296089:26:27:51:75:26:27:51:75 chr19 49967680 . G A 141.92 PASS AF=0.214953;AO=23;DP=106;FAO=23;FDP=107;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0354031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9659;QD=5.30538;RBI=0.0530568;REFB=0.00630838;REVB=0.0395177;RO=83;SAF=11;SAR=12;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140862;STB=0.581983;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.0248458;OID=.;OPOS=49967680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:83:84:23:23:0.214953:12:11:49:34:12:11:49:35 chr19 50019455 . A G 783.33 PASS AF=0.735632;AO=61;DP=84;FAO=64;FDP=87;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00646614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.588;QD=36.015;RBI=0.0380932;REFB=-0.0342087;REVB=0.0375404;RO=23;SAF=25;SAR=36;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797098;STB=0.536593;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0108796;OID=.;OPOS=50019455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:23:23:61:64:0.735632:36:25:6:17:39:25:6:17 chr19 50028040 . T C 830.68 PASS AF=0.705882;AO=71;DP=101;FAO=72;FDP=102;FR=.;FRO=30;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00827793;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5029;QD=32.5756;RBI=0.0258639;REFB=0.007409;REVB=0.0245035;RO=30;SAF=43;SAR=28;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115608;STB=0.563457;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00280457;OID=.;OPOS=50028040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:30:30:71:72:0.705882:28:43:12:18:28:44:12:18 chr19 50028163 . A G 1239.72 PASS AF=0.767442;AO=98;DP=129;FAO=99;FDP=129;FR=.;FRO=30;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0521822;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9991;QD=38.4409;RBI=0.0739316;REFB=-0.0528382;REVB=-0.0523727;RO=30;SAF=56;SAR=42;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104977;STB=0.556699;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0160816;OID=.;OPOS=50028163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:30:30:98:99:0.767442:42:56:10:20:42:57:10:20 chr19 50028221 . C T 1104.2 PASS AF=0.716535;AO=91;DP=128;FAO=91;FDP=127;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00531694;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.579;QD=34.7781;RBI=0.00759108;REFB=-0.017464;REVB=-0.00541799;RO=35;SAF=36;SAR=55;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604268;STB=0.535431;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0103886;OID=.;OPOS=50028221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:35:36:91:91:0.716535:55:36:10:25:55:36:10:26 chr19 50028731 . T A 415.44 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0370034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6516;QD=27.696;RBI=0.0454586;REFB=0.00723641;REVB=0.0264051;RO=21;SAF=18;SAR=21;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02133;STB=0.511622;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00222062;OID=.;OPOS=50028731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:21:18:9:12:21:18:9:12 chr19 50038017 . C T 509.83 PASS AF=0.703125;AO=41;DP=58;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0191637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.074;QD=31.8645;RBI=0.020103;REFB=-0.0306498;REVB=0.00607305;RO=16;SAF=11;SAR=30;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105458;STB=0.56177;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0133756;OID=.;OPOS=50038017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:64:16:19:41:45:0.703125:30:11:7:9:30:15:10:9 chr19 50086806 . C T 455.27 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00474751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.106;QD=28.4542;RBI=0.059379;REFB=0.0635223;REVB=0.0591889;RO=22;SAF=30;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183013;STB=0.59995;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0358381;OID=.;OPOS=50086806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:22:42:42:0.65625:12:30:10:12:12:30:10:12 chr19 50091798 . G T 481.87 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00730252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.705;QD=28.7685;RBI=0.0515997;REFB=-0.0137738;REVB=-0.0510803;RO=23;SAF=33;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173062;STB=0.594549;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00484217;OID=.;OPOS=50091798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:11:33:12:11:11:33:12:11 chr19 50097784 . T C 3682.98 PASS AF=0.736041;AO=290;DP=394;FAO=290;FDP=394;FR=.;FRO=104;FSAF=93;FSAR=197;FSRF=31;FSRR=73;FWDB=-0.00374027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9448;QD=37.3906;RBI=0.0335223;REFB=0.0141796;REVB=-0.0333129;RO=102;SAF=93;SAR=197;SRF=31;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00944534;STB=0.506883;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00524249;OID=.;OPOS=50097784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:394:102:104:290:290:0.736041:197:93:31:71:197:93:31:73 chr19 50098281 . GCCCCCCA GCCCCCAC 104.88 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=77;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=57;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=57;FWDB=0;FXX=0.0374953;HRUN=6;LEN=2;MLLD=140.304;QD=5.4482;RBI=0.0157569;REFB=-0.00375334;REVB=-0.0157569;RO=43;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.134189;OID=.;OPOS=50098287;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=GCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12987:10:80:10:77:57:0:10:0:57:29:43:0:10:0:43 chr19 50098423 . G A 922.72 PASS AF=0.728972;AO=77;DP=107;FAO=78;FDP=107;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0239227;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4273;QD=34.4943;RBI=0.0408083;REFB=-0.0262914;REVB=0.0330609;RO=27;SAF=30;SAR=47;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106992;STB=0.544957;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0149844;OID=.;OPOS=50098423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:27:29:77:78:0.728972:47:30:5:22:47:31:7:22 chr19 50100295 . A G 1065.19 PASS AF=0.767857;AO=86;DP=115;FAO=86;FDP=112;FR=.;FRO=26;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00530981;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.02;QD=38.0424;RBI=0.0752569;REFB=0.0187173;REVB=-0.0750694;RO=26;SAF=46;SAR=40;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183809;STB=0.509818;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00430133;OID=.;OPOS=50100295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:112:26:26:86:86:0.767857:40:46:15:11:40:46:15:11 chr19 50140092 . G A 636.77 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151321;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.085;QD=62.1243;RBI=0.0153206;REFB=0;REVB=0.00239551;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466344;OID=.;OPOS=50140092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:32:9:0:0:32:9:0:0 chr19 50156567 . CT CTC,TC 39.55 PASS AF=0.25,0.0833333;AO=6,3;DP=24;FAO=6,2;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1,2;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0.139602,0.0693206;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,2;MLLD=79.6407,84.7093;QD=6.59208;RBI=0.140357,0.0720752;REFB=-0.0105681,-0.0114521;REVB=-0.0145352,-0.0197354;RO=15;SAF=1,2;SAR=5,1;SRF=0;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.530639,0.757981;STB=0.80723,0.998878;STBP=0.85,0.004;TYPE=ins,mnp;VARB=0.138881,0.0343272;OID=.,.;OPOS=50156569,50156567;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:15:16:6,3:6,2:0.25,0.0833333:5,1:1,2:0:15:5,0:1,2:0:16 chr19 50156896 . T C 3352.46 PASS AF=0.990868;AO=213;DP=217;FAO=217;FDP=219;FR=.;FRO=2;FSAF=109;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00781529;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.132;QD=61.2322;RBI=0.0254775;REFB=0.0695695;REVB=-0.0242492;RO=2;SAF=107;SAR=106;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16087e-05;STB=0.500021;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000528836;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:217:219:2:2:213:217:0.990868:106:107:1:1:108:109:1:1 chr19 50310466 . G A 1468.58 PASS AF=0.771242;AO=118;DP=153;FAO=118;FDP=153;FR=.;FRO=35;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0268015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.885;QD=38.3941;RBI=0.0379022;REFB=-0.0240887;REVB=0.0268002;RO=33;SAF=53;SAR=65;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00223567;STB=0.504761;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00532716;OID=.;OPOS=50310466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:33:35:118:118:0.771242:65:53:15:18:65:53:15:20 chr19 50312801 . C T 118.29 PASS AF=0.204301;AO=18;DP=92;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0496048;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3925;QD=5.08784;RBI=0.0506322;REFB=-0.0134618;REVB=-0.010148;RO=74;SAF=9;SAR=9;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853137;STB=0.574247;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0649843;OID=.;OPOS=50312801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:74:74:18:19:0.204301:9:9:32:42:9:10:32:42 chr19 50321858 . G A 103.78 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0147341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.98;QD=10.125;RBI=0.0170847;REFB=-0.0137306;REVB=-0.00864843;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792852;STB=0.538401;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0219322;OID=.;OPOS=50321858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:27:28:13:13:0.317073:4:9:17:10:4:9:18:10 chr19 50322482 . C G 1458.96 PASS AF=0.689266;AO=121;DP=178;FAO=122;FDP=177;FR=.;FRO=55;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.021443;FXX=0.00561766;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4942;QD=32.9708;RBI=0.0312435;REFB=-0.010886;REVB=0.0227234;RO=55;SAF=54;SAR=67;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273691;STB=0.52174;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00448595;OID=.;OPOS=50322482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:55:55:121:122:0.689266:67:54:22:33:67:55:21:34 chr19 50339956 . A G 141.02 PASS AF=0.238636;AO=22;DP=89;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0144667;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4565;QD=6.41005;RBI=0.0186232;REFB=0.00144647;REVB=-0.0117277;RO=67;SAF=7;SAR=15;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273077;STB=0.656338;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00613024;OID=.;OPOS=50339956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:67:67:22:21:0.238636:15:7:36:31:14:7:36:31 chr19 50354211 . C T 2163.24 PASS AF=0.986667;AO=136;DP=141;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.226366;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6508;QD=57.6864;RBI=0.22737;REFB=-0.0686578;REVB=0.0213431;RO=2;SAF=37;SAR=99;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024998;STB=0.502538;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00120957;OID=.;OPOS=50354211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:150:2:2:136:148:0.986667:99:37:2:0:99:49:1:1 chr19 50358133 . T G 34.86 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0441905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.409;QD=4.80846;RBI=0.0470882;REFB=0.00761943;REVB=0.0162635;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547134;STB=0.839212;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0313946;OID=.;OPOS=50358133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:2:4:4:19:2:4:4:19 chr19 50364721 . A C 1066.15 PASS AF=0.758621;AO=85;DP=113;FAO=88;FDP=116;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=60;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.124215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.102;QD=36.7638;RBI=0.126279;REFB=-0.0161981;REVB=0.022741;RO=28;SAF=25;SAR=60;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345822;STB=0.51075;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00596318;OID=.;OPOS=50364721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:28:28:85:88:0.758621:60:25:10:18:60:28:10:18 chr19 50383591 . A G 1320.52 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.201;QD=62.1421;RBI=0.00843421;REFB=0;REVB=-0.00562161;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14584e-06;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:51:34:0:0:51:34:0:0 chr19 50383636 . T C 1291.76 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.162;QD=61.5125;RBI=0.030748;REFB=0;REVB=0.021326;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296566;OID=.;OPOS=50383636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:80:84:1:48:32:0:0:48:36:0:0 chr19 50387750 . G C 1189.26 PASS AF=0.746154;AO=87;DP=122;FAO=97;FDP=130;FR=.;FRO=33;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0186555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.333;QD=36.5926;RBI=0.0201512;REFB=-0.0735709;REVB=-0.00761855;RO=32;SAF=33;SAR=54;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126529;STB=0.557468;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0230028;OID=.;OPOS=50387750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:130:32:33:87:97:0.746154:54:33:20:12:57:40:21:12 chr19 50393269 . A G 866.87 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01484;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.779;QD=55.9271;RBI=0.026869;REFB=-0.0903557;REVB=-0.022399;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014981;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00190006;OID=.;OPOS=50393269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:29:31:1:0:30:31:1:0 chr19 50399384 . G GC 1668.42 PASS AF=1;AO=146;DP=189;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0638143;FXX=0.00537606;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.1033;QD=36.0738;RBI=0.156328;REFB=0;REVB=0.14271;RO=40;SAF=80;SAR=66;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00109633;OID=.;OPOS=50399385;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:146:189:185:185:0:105:80:0:0:29:40:80:66:25:15 chr19 50411742 . A G 1418.97 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104096;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.204;QD=63.0651;RBI=0.0123773;REFB=0;REVB=0.0123335;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94469e-06;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:40:49:0:0:41:49:0:0 chr19 50412217 . C G 439.49 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=3.12449e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.361;QD=21.9744;RBI=0.00252679;REFB=-0.032143;REVB=0.00252659;RO=37;SAF=36;SAR=7;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1125;STB=0.562469;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0253879;OID=.;OPOS=50412217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:7:36:28:9:7:36:28:9 chr19 50412417 . G A 720.44 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3106;QD=54.3731;RBI=0.0282926;REFB=-0.0270771;REVB=0.0157599;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000540245;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:1:1:52:52:0.981132:27:25:0:1:27:25:0:1 chr19 50463670 . T G 321.06 PASS AF=0.333333;AO=40;DP=122;FAO=41;FDP=123;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=0.000433037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5346;QD=10.441;RBI=0.00165993;REFB=-0.000388278;REVB=0.00160245;RO=81;SAF=20;SAR=20;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16498;STB=0.605162;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000919624;OID=.;OPOS=50463670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:81:82:40:41:0.333333:20:20:29:52:20:21:29:53 chr19 50463982 . T G 397.46 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0041401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.762;QD=20.6474;RBI=0.0241555;REFB=-0.0125889;REVB=0.0237981;RO=35;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10527;STB=0.570101;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0115359;OID=.;OPOS=50463982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:37:40:40:0.519481:21:19:21:14:21:19:23:14 chr19 50475114 . G C 395.56 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0177912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0892;QD=30.4279;RBI=0.0208176;REFB=-0.00783205;REVB=-0.0108096;RO=14;SAF=21;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117449;STB=0.545429;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00302308;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:14:16:36:36:0.692308:15:21:5:9:15:21:7:9 chr19 50475174 . A C 515.05 PASS AF=0.823529;AO=40;DP=50;FAO=42;FDP=51;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0103574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.055;QD=40.3957;RBI=0.0415126;REFB=-0.0212511;REVB=0.0401997;RO=9;SAF=20;SAR=20;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056936;STB=0.533566;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00346521;OID=.;OPOS=50475174;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:51:9:9:40:42:0.823529:20:20:6:3:22:20:6:3 chr19 50475208 . C T 505.28 PASS AF=0.781818;AO=43;DP=55;FAO=43;FDP=55;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00330562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.602;QD=36.7478;RBI=0.025871;REFB=-0.00742278;REVB=0.0256589;RO=12;SAF=16;SAR=27;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123248;STB=0.566402;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00129315;OID=.;OPOS=50475208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:12:12:43:43:0.781818:27:16:8:4:27:16:8:4 chr19 50475211 . T G 481.46 PASS AF=0.754386;AO=42;DP=54;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0490696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.422;QD=33.7869;RBI=0.0817717;REFB=-0.0612587;REVB=0.0654124;RO=11;SAF=17;SAR=25;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090889;STB=0.561899;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0244076;OID=.;OPOS=50475211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:54:57:11:14:42:43:0.754386:25:17:7:4:26:17:9:5 chr19 50475215 . G A 37.31 PASS AF=0.132353;AO=47;DP=68;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0660637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5129;QD=2.19456;RBI=0.0909902;REFB=-0.0119323;REVB=0.0625684;RO=17;SAF=19;SAR=28;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149347;STB=0.745135;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0904227;OID=.;OPOS=50475215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:68:68:17:59:47:9:0.132353:28:19:12:5:7:2:29:30 chr19 50475259 . G C 810.26 PASS AF=0.68932;AO=71;DP=103;FAO=71;FDP=103;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00119042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.505;QD=31.4665;RBI=0.00899112;REFB=-0.00578472;REVB=0.00891196;RO=30;SAF=24;SAR=47;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115394;STB=0.564257;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00201368;OID=.;OPOS=50475259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:30:32:71:71:0.68932:47:24:16:14:47:24:17:15 chr19 50479999 . A G 476.53 PASS AF=0.711864;AO=42;DP=59;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00197674;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7441;QD=32.3069;RBI=0.00569146;REFB=-0.0640413;REVB=0.00533715;RO=16;SAF=26;SAR=16;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373951;STB=0.508587;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0193925;OID=.;OPOS=50479999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:16:17:42:42:0.711864:16:26:11:5:16:26:11:6 chr19 50562372 . T C 568.46 PASS AF=0.720588;AO=49;DP=68;FAO=49;FDP=68;FR=.;FRO=19;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0053766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.354;QD=33.4387;RBI=0.0152324;REFB=-0.0152423;REVB=0.014252;RO=19;SAF=30;SAR=19;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180669;STB=0.509751;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00649515;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:19:19:49:49:0.720588:19:30:11:8:19:30:11:8 chr19 50562459 . T G 1231.35 PASS AF=0.727941;AO=99;DP=136;FAO=99;FDP=136;FR=.;FRO=37;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00398434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7981;QD=36.2161;RBI=0.0415358;REFB=0.00931589;REVB=0.0413442;RO=37;SAF=53;SAR=46;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386465;STB=0.520687;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00457425;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:37:37:99:99:0.727941:46:53:17:20:46:53:17:20 chr19 50666389 . G A 404.25 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=16;FWDB=-0.0185783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.336;QD=14.9721;RBI=0.0230212;REFB=-0.021978;REVB=-0.0135948;RO=61;SAF=17;SAR=29;SRF=46;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376075;STB=0.704778;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0539982;OID=.;OPOS=50666389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:61:62:46:46:0.425926:29:17:46:15:29:17:46:16 chr19 50760716 . C G 703.48 PASS AF=0.76;AO=56;DP=74;FAO=57;FDP=75;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0496865;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7549;QD=37.5189;RBI=0.0541413;REFB=-0.00990394;REVB=-0.0215066;RO=18;SAF=21;SAR=35;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110519;STB=0.555536;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00614035;OID=.;OPOS=50760716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:18:18:56:57:0.76:35:21:11:7:35:22:11:7 chr19 50762418 . A G 172.07 PASS AF=0.215385;AO=28;DP=130;FAO=28;FDP=130;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.0227805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9386;QD=5.29449;RBI=0.142852;REFB=-0.0369772;REVB=-0.141024;RO=100;SAF=22;SAR=6;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424017;STB=0.769554;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0456502;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:100:102:28:28:0.215385:6:22:46:54:6:22:46:56 chr19 50796905 . G A 1534.45 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.748;QD=62.6306;RBI=0.0254335;REFB=-0.136459;REVB=-0.0171789;RO=1;SAF=48;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977841;STB=0.505154;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000342093;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:49:48:1:0:49:48:1:0 chr19 50881820 . A AAAC 212.01 PASS AF=0.791667;AO=18;DP=25;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0259381;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=301.497;QD=35.3346;RBI=0.0511697;REFB=-0.0167576;REVB=-0.0441085;RO=6;SAF=16;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206194;STB=0.548332;STBP=0.653;TYPE=ins;VARB=0.00355113;OID=.;OPOS=50881821;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.791667:18:25:19:24:5:17:2:4:1:27:6:16:2:4:2 chr19 50902164 . G A 59.33 PASS AF=0.139535;AO=12;DP=86;FAO=12;FDP=86;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00962484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.67;QD=2.75974;RBI=0.0666247;REFB=-0.000272285;REVB=0.0659258;RO=74;SAF=3;SAR=9;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30297;STB=0.713045;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00312014;OID=.;OPOS=50902164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:86:86:74:74:12:12:0.139535:9:3:36:38:9:3:36:38 chr19 50922269 . C G 503.53 PASS AF=0.222826;AO=81;DP=368;FAO=82;FDP=368;FR=.;FRO=286;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=113;FSRR=173;FWDB=-0.0133937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.611;QD=5.47316;RBI=0.0170339;REFB=-0.00290736;REVB=0.0105245;RO=285;SAF=40;SAR=41;SRF=113;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125516;STB=0.572324;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00953331;OID=.;OPOS=50922269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:368:285:286:81:82:0.222826:41:40:113:172:42:40:113:173 chr19 50926264 . TG CC 66.52 PASS AF=0.115152;AO=18;DP=169;FAO=19;FDP=165;FR=.;FRO=146;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=98;FWDB=-0.0118081;FXX=0.0350857;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.579;QD=1.61264;RBI=0.0118093;REFB=-0.0145365;REVB=0.000168338;RO=136;SAF=5;SAR=13;SRF=43;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05627;STB=0.569815;STBP=0.578;TYPE=mnp;VARB=0.0951653;OID=.;OPOS=50926264;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:169:165:136:146:18:19:0.115152:13:5:43:93:14:5:48:98 chr19 50954584 . C T 369.64 PASS AF=0.6;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.093579;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.203;QD=24.6427;RBI=0.0935944;REFB=-0.0286218;REVB=0.00169755;RO=22;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113317;STB=0.577306;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0142329;OID=.;OPOS=50954584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:22:24:36:36:0.6:19:17:14:8:19:17:16:8 chr19 50957397 . G A 1434.61 PASS AF=0.75;AO=111;DP=148;FAO=111;FDP=148;FR=.;FRO=37;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00712847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.886;QD=38.7733;RBI=0.00870429;REFB=0.00994327;REVB=-0.00499496;RO=37;SAF=63;SAR=48;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764585;STB=0.540831;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00415929;OID=.;OPOS=50957397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:37:37:111:111:0.75:48:63:15:22:48:63:15:22 chr19 50965272 . T C 442.67 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0423486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8366;QD=35.414;RBI=0.0473879;REFB=-0.0251219;REVB=0.0212652;RO=15;SAF=19;SAR=16;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693119;STB=0.537638;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00924149;OID=.;OPOS=50965272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:16:19:10:5:16:19:10:5 chr19 50983930 . C T 861.05 PASS AF=0.694444;AO=73;DP=110;FAO=75;FDP=108;FR=.;FRO=33;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00681048;FXX=0.0270246;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.091;QD=31.8909;RBI=0.0246666;REFB=-0.03341;REVB=0.0237077;RO=31;SAF=37;SAR=36;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127324;STB=0.510746;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00782309;OID=.;OPOS=50983930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:31:33:73:75:0.694444:36:37:15:16:36:39:16:17 chr19 50983931 . G T 43.39 PASS AF=0.0990991;AO=11;DP=109;FAO=11;FDP=111;FR=.;FRO=100;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.0100298;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.7159;QD=1.56375;RBI=0.0223716;REFB=-0.0121423;REVB=0.0199973;RO=98;SAF=3;SAR=8;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313759;STB=0.737438;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0358134;OID=.;OPOS=50983931;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:109:111:98:100:11:11:0.0990991:8:3:53:45:8:3:54:46 chr19 51015404 . T C 480.64 PASS AF=0.6;AO=44;DP=74;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=-0.00407312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.1;QD=25.6344;RBI=0.00755202;REFB=-0.0202668;REVB=0.00635946;RO=30;SAF=19;SAR=25;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314851;STB=0.664672;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0111324;OID=.;OPOS=51015404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:30:30:44:45:0.6:25:19:26:4:25:20:26:4 chr19 51128661 . T C 377.95 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.00646493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.701;QD=26.9967;RBI=0.0069391;REFB=-0.021623;REVB=0.00252105;RO=19;SAF=15;SAR=21;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174742;STB=0.601214;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0129593;OID=.;OPOS=51128661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:20:36:36:0.642857:21:15:3:16:21:15:3:17 chr19 51135816 . G C 351.24 PASS AF=0.487805;AO=30;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0206815;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.139;QD=17.1334;RBI=0.124647;REFB=-0.0309778;REVB=0.12292;RO=37;SAF=22;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185745;STB=0.538821;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0499407;OID=.;OPOS=51135816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:42:30:40:0.487805:8:22:21:16:17:23:21:21 chr19 51170706 . A G 446.45 PASS AF=0.672131;AO=39;DP=59;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0150352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.151;QD=29.2754;RBI=0.0368023;REFB=-0.0142246;REVB=-0.033591;RO=20;SAF=28;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136944;STB=0.50649;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00886725;OID=.;OPOS=51170706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:20:20:39:41:0.672131:11:28:14:6:13:28:14:6 chr19 51205756 . TC CT,T 71.34 PASS AF=0,0.45098;AO=4,26;DP=63;FAO=0,23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=0,11;FSAR=0,12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00772978,0.000957511;FXX=0.190446;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=21.069,9.23126;QD=5.59561;RBI=0.19634,0.14828;REFB=-0.0172252,-0.109925;REVB=-0.196188,-0.148277;RO=19;SAF=0,10;SAR=4,16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0.433333;SSSB=-0.644618,-0.0702482;STB=0.5,0.507686;STBP=1,0.938;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.119208;OID=.,.;OPOS=51205756,51205757;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:71:63:51:19:28:4,26:0,23:0,0.45098:4,16:0,10:9:10:0,12:0,11:13:15 chr19 51217550 . G A 1017.74 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.268;QD=58.9993;RBI=0.0402481;REFB=0;REVB=0.026364;RO=0;SAF=19;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116231;OID=.;OPOS=51217550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:49:19:0:0:50:19:0:0 chr19 51297825 . GC AA 316.03 PASS AF=0.276074;AO=45;DP=165;FAO=45;FDP=163;FR=.;FRO=118;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=72;FWDB=-0.00151824;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.703;QD=7.75531;RBI=0.0131748;REFB=-0.00228333;REVB=-0.013087;RO=114;SAF=27;SAR=18;SRF=45;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246095;STB=0.648974;STBP=0.023;TYPE=mnp;VARB=0.00873165;OID=.;OPOS=51297825;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:114:118:45:45:0.276074:18:27:45:69:18:27:46:72 chr19 51301395 . C T 505.58 PASS AF=0.326425;AO=63;DP=193;FAO=63;FDP=193;FR=.;FRO=130;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=66;FSRR=64;FWDB=-0.01296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.728;QD=10.4784;RBI=0.0187179;REFB=-0.00915025;REVB=0.0135055;RO=129;SAF=25;SAR=38;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126401;STB=0.575542;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0181868;OID=.;OPOS=51301395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:129:130:63:63:0.326425:38:25:65:64:38:25:66:64 chr19 51301456 . G A 229.17 PASS AF=0.290909;AO=32;DP=110;FAO=32;FDP=110;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.0123332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.383;QD=8.33334;RBI=0.0129688;REFB=-0.0038476;REVB=-0.00401012;RO=77;SAF=16;SAR=16;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038879;STB=0.51817;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0108356;OID=.;OPOS=51301456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:77:78:32:32:0.290909:16:16:36:41:16:16:37:41 chr19 51302066 . A G 69.82 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0155573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.774;QD=4.9869;RBI=0.0270006;REFB=-0.00123043;REVB=-0.0220682;RO=43;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196668;STB=0.637358;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00490301;OID=.;OPOS=51302066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:43:45:11:11:0.196429:6:5:13:30:6:5:13:32 chr19 51302154 . G A 41.35 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0131997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.636;QD=3.93772;RBI=0.0615098;REFB=0.000876818;REVB=0.0600768;RO=35;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238247;STB=0.661817;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.0023472;OID=.;OPOS=51302154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:3:4:13:22:3:4:13:22 chr19 51321813 . A G 167.64 PASS AF=0.201439;AO=28;DP=139;FAO=28;FDP=139;FR=.;FRO=111;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=64;FWDB=-0.0157293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.53;QD=4.82413;RBI=0.020794;REFB=-0.00854576;REVB=-0.0136007;RO=105;SAF=19;SAR=9;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335006;STB=0.700011;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0356137;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:105:111:28:28:0.201439:9:19:43:62:9:19:47:64 chr19 51323232 . T C 160.34 PASS AF=0.258427;AO=23;DP=89;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0291387;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=116.471;QD=7.20612;RBI=0.0296062;REFB=-0.00409248;REVB=-0.00524064;RO=64;SAF=10;SAR=13;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210496;STB=0.614175;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0125289;OID=.;OPOS=51323232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:64:66:23:23:0.258427:13:10:39:25:13:10:39:27 chr19 51323473 . C G 40.18 PASS AF=0.12987;AO=8;DP=75;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0285226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.636;QD=2.08711;RBI=0.0380718;REFB=-0.00501948;REVB=-0.0252176;RO=67;SAF=4;SAR=4;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437257;STB=0.532403;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0227425;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:75:77:67:67:8:10:0.12987:4:4:31:36:5:5:31:36 chr19 51323501 . A G 119.03 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0184343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.361;QD=5.17513;RBI=0.0411091;REFB=-0.00346101;REVB=-0.0367442;RO=73;SAF=6;SAR=13;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180116;STB=0.614421;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0160869;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:73:73:19:19:0.206522:13:6:33:40:13:6:33:40 chr19 51330932 . G T 141.83 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00697377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.308;QD=8.10452;RBI=0.00738412;REFB=-0.00919341;REVB=0.00242731;RO=50;SAF=6;SAR=14;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203186;STB=0.622572;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0208289;OID=.;OPOS=51330932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:50:20:20:0.285714:14:6:23:27:14:6:23:27 chr19 51359497 . T C 689.09 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.644;QD=62.6443;RBI=0.0371475;REFB=0;REVB=0.000112373;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388532;OID=.;OPOS=51359497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr19 51359503 . A C,G 712.5 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,48;DP=50;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=2,27;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118896,0.00935208;FXX=0.0377287;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.866,127.98;QD=55.8824;RBI=0.0128131,0.00940758;REFB=0,0;REVB=0.00477639,-0.00102043;RO=0;SAF=2,26;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.46901e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0276352,-0.00193664;OID=.,.;OPOS=51359503,51359503;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:50:51:0:0:2,48:2,49:0.0392157,0.960784:0,22:2,26:0:0:0,22:2,27:0:0 chr19 51379893 . C T 1312.04 PASS AF=0.833333;AO=99;DP=119;FAO=100;FDP=120;FR=.;FRO=20;FSAF=33;FSAR=67;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0146665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6201;QD=43.7348;RBI=0.105869;REFB=-0.0482452;REVB=0.104848;RO=20;SAF=33;SAR=66;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235106;STB=0.513072;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0100793;OID=.;OPOS=51379893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:20:20:99:100:0.833333:66:33:8:12:67:33:8:12 chr19 51411636 . G T 1524.57 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.992;QD=59.787;RBI=0.00958613;REFB=0;REVB=-0.00240771;RO=0;SAF=37;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19788e-05;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:65:37:0:0:65:37:0:0 chr19 51452250 . T C 2064.86 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.658;QD=62.5715;RBI=0.0114492;REFB=0;REVB=0.00255401;RO=0;SAF=66;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39924e-05;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:66:66:0:0:66:66:0:0 chr19 51453210 . G A 471.84 PASS AF=0.22029;AO=76;DP=344;FAO=76;FDP=345;FR=.;FRO=269;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=90;FSRR=179;FWDB=0.00435184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.338;QD=5.47064;RBI=0.0233809;REFB=-0.010713;REVB=-0.0229724;RO=268;SAF=34;SAR=42;SRF=89;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153654;STB=0.590608;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0295758;OID=.;OPOS=51453210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:345:268:269:76:76:0.22029:42:34:89:179:42:34:90:179 chr19 51485622 . A G 6842.35 PASS AF=0.990868;AO=434;DP=438;FAO=434;FDP=438;FR=.;FRO=4;FSAF=204;FSAR=230;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0104659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2074;QD=62.4872;RBI=0.0299376;REFB=-0.151849;REVB=-0.0280486;RO=3;SAF=204;SAR=230;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00696704;STB=0.504854;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.000799306;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:438:438:3:4:434:434:0.990868:230:204:3:0:230:204:4:0 chr19 51487175 . T G 510.47 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196274;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.57;QD=58.339;RBI=0.0225137;REFB=0;REVB=0.0110288;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053834;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:19:16:0:0 chr19 51507020 . T G 1620.56 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4027;QD=60.0206;RBI=0.0395062;REFB=0;REVB=-0.0378134;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150438;OID=.;OPOS=51507020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:53:54:0:0:54:54:0:0 chr19 51517731 . A G 1624.6 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.16;QD=60.1705;RBI=0.0155501;REFB=0;REVB=0.00202883;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27739e-05;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:53:53:0:0:54:54:0:0 chr19 51519236 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.894;QD=56.9372;RBI=0.0382339;REFB=0;REVB=0.0215036;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50456e-05;OID=.;OPOS=51519236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr19 51519259 . C T 987.09 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.694;QD=58.9309;RBI=0.035094;REFB=0;REVB=0.014608;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159963;OID=.;OPOS=51519259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:40:24:0:0:40:27:0:0 chr19 51519346 . G C 764.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388897;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.111;QD=56.6084;RBI=0.00535009;REFB=0;REVB=0.00367415;RO=0;SAF=13;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608934;OID=.;OPOS=51519346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:41:13:0:0:41:13:0:0 chr19 51519364 . T G 789.78 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0850522;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.603;QD=64.4718;RBI=0.0971309;REFB=0;REVB=0.0469099;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282444;OID=.;OPOS=51519364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:38:11:0:0:38:11:0:0 chr19 51520487 . A C 3073.95 PASS AF=1;AO=192;DP=195;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614173;FXX=0.0253794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8947;QD=64.0407;RBI=0.0109554;REFB=0;REVB=0.00907198;RO=0;SAF=57;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227102;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:195:192:0:0:192:192:1:135:57:0:0:135:57:0:0 chr19 51530693 . G A 2932.41 PASS AF=1;AO=177;DP=179;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.537;QD=62.3917;RBI=0.0604404;REFB=0;REVB=0.0382234;RO=0;SAF=76;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011039;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:179:188:0:0:177:188:1:101:76:0:0:110:78:0:0 chr19 51535130 . A G 426.26 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0180221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.451;QD=34.7969;RBI=0.0298656;REFB=-0.0145679;REVB=-0.023815;RO=15;SAF=19;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052175;STB=0.528399;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00754989;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:34:34:0.693878:15:19:7:8:15:19:7:8 chr19 51537682 . C A 562.3 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000121434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.249;QD=59.1898;RBI=0.0268774;REFB=0;REVB=0.0268772;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282289;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:13:25:0:0 chr19 51560017 . GGC CCC,G,GCC 70.29 PASS AF=0,0.268293,0;AO=2,10,6;DP=51;FAO=0,11,0;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=0,2,0;FSAR=0,9,0;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=-0.00368026,-0.0835067,-0.00512572;FXX=0.108672;HRUN=5,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=41.1242,23.435,15.6122;QD=6.85776;RBI=0.0558374,0.160091,0.109293;REFB=-0.00583888,-0.00137145,-0.0110034;REVB=-0.055716,-0.136586,-0.109173;RO=32;SAF=0,2,6;SAR=2,8,0;SRF=6;SRR=26;SSEN=0,0.30137,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.3426,0.0239537,0.79061;STB=0.5,0.564409,0.5;STBP=1,0.752,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.0181141,0;OID=.,.,.;OPOS=51560017,51560018,51560018;OREF=GG,GC,G;OALT=CC,-,C;OMAPALT=CCC,G,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:71:51:41:32:30:2,10,6:0,11,0:0,0.268293,0:2,8,0:0,2,6:6:26:0,9,0:0,2,0:4:26 chr19 51566943 . G A 192.75 PASS AF=0.232558;AO=30;DP=128;FAO=30;FDP=129;FR=.;FRO=99;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.00914992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0699;QD=5.97684;RBI=0.0208035;REFB=-0.00165144;REVB=0.0186832;RO=90;SAF=10;SAR=20;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131484;STB=0.574534;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00297494;OID=.;OPOS=51566943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:90:99:30:30:0.232558:20:10:39:51:20:10:42:57 chr19 51656454 . A T 899.83 PASS AF=1;AO=52;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.076;QD=58.0534;RBI=0.0801332;REFB=0;REVB=-0.00584003;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152094;OID=.;OPOS=51656454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:52:62:1:31:21:0:0:34:28:0:0 chr19 51835892 . T TG 525.25 PASS AF=1;AO=33;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0742493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.3818;QD=33.8873;RBI=0.0821621;REFB=0;REVB=0.0351803;RO=26;SAF=17;SAR=16;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000405216;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:64:62:62:0:23:39:0:0:12:26:17:16:3:23 chr19 51841417 . C T 80.3 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0082527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.309;QD=5.1804;RBI=0.0117612;REFB=-0.00415505;REVB=0.00837971;RO=48;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17531;STB=0.601813;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0265797;OID=.;OPOS=51841417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:48:49:13:13:0.209677:6:7:19:29:6:7:20:29 chr19 51843808 . C T 482.45 PASS AF=0.244898;AO=70;DP=295;FAO=72;FDP=294;FR=.;FRO=222;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=112;FSRR=110;FWDB=0.0424295;FXX=0.00338972;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2944;QD=6.56389;RBI=0.042536;REFB=-0.00621903;REVB=-0.00300756;RO=219;SAF=32;SAR=38;SRF=110;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571133;STB=0.534894;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0167706;OID=.;OPOS=51843808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:294:219:222:70:72:0.244898:38:32:110:109:39:33:112:110 chr19 51844978 . G T 109.72 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0121886;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.065;QD=6.09531;RBI=0.0284913;REFB=-0.0167434;REVB=-0.0257525;RO=53;SAF=5;SAR=12;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138904;STB=0.575553;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0398722;OID=.;OPOS=51844978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:55:17:17:0.236111:12:5:21:32:12:5:21:34 chr19 51845371 . T G 122.37 PASS AF=0.196078;AO=21;DP=98;FAO=20;FDP=102;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=0.0248404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5925;QD=4.79889;RBI=0.0861845;REFB=-0.0193646;REVB=-0.0825271;RO=77;SAF=9;SAR=12;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335644;STB=0.559061;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0757546;OID=.;OPOS=51845371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:77:82:21:20:0.196078:12:9:31:46:11:9:31:51 chr19 51850290 . G A 763.26 PASS AF=0.72093;AO=62;DP=87;FAO=62;FDP=86;FR=.;FRO=24;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0254535;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.658;QD=35.5006;RBI=0.0442496;REFB=-0.0249705;REVB=0.036196;RO=24;SAF=30;SAR=32;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132661;STB=0.507135;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0061331;OID=.;OPOS=51850290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:24:24:62:62:0.72093:32:30:11:13:32:30:11:13 chr19 51871195 . G A 1705.44 PASS AF=0.75;AO=135;DP=181;FAO=135;FDP=180;FR=.;FRO=45;FSAF=55;FSAR=80;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.00129259;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.307;QD=37.8987;RBI=0.007752;REFB=-0.0463612;REVB=0.00764347;RO=44;SAF=55;SAR=80;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763815;STB=0.542851;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0189782;OID=.;OPOS=51871195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:44:45:135:135:0.75:80:55:11:33:80:55:11:34 chr19 51892683 . T C 873.18 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.874;QD=57.2574;RBI=0.028118;REFB=0;REVB=-0.00253844;RO=0;SAF=43;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181516;OID=.;OPOS=51892683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:17:43:0:0:17:44:0:0 chr19 51917002 . C A 168.83 PASS AF=0.226891;AO=27;DP=119;FAO=27;FDP=119;FR=.;FRO=92;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.0174081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6303;QD=5.67499;RBI=0.0174243;REFB=0.000200253;REVB=-0.000751441;RO=92;SAF=17;SAR=10;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151815;STB=0.59358;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00090146;OID=.;OPOS=51917002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:92:92:27:27:0.226891:10:17:47:45:10:17:47:45 chr19 51917735 . G A 34.44 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00370045;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.084;QD=3.62515;RBI=0.00892507;REFB=-0.0056154;REVB=0.00812179;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135438;STB=0.604928;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0306637;OID=.;OPOS=51917735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:38:38:31:32:6:6:0.157895:3:3:19:12:3:3:20:12 chr19 51918112 . A G 148.88 PASS AF=0.208333;AO=25;DP=120;FAO=25;FDP=120;FR=.;FRO=95;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.00657792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0604;QD=4.96268;RBI=0.010329;REFB=0.00079557;REVB=-0.00796358;RO=94;SAF=12;SAR=13;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790325;STB=0.553149;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00300468;OID=.;OPOS=51918112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:94:95:25:25:0.208333:13:12:51:43:13:12:52:43 chr19 51918135 . G T 161.1 PASS AF=0.224138;AO=26;DP=116;FAO=26;FDP=116;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.0279048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.364;QD=5.55508;RBI=0.0434784;REFB=0.000418505;REVB=-0.0333421;RO=90;SAF=12;SAR=14;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901;STB=0.555513;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00269273;OID=.;OPOS=51918135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:90:90:26:26:0.224138:14:12:48:42:14:12:48:42 chr19 51919240 . C T 144.35 PASS AF=0.173333;AO=26;DP=150;FAO=26;FDP=150;FR=.;FRO=124;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=0.00628062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.065;QD=3.84934;RBI=0.00828445;REFB=-0.00515501;REVB=-0.00540239;RO=124;SAF=9;SAR=17;SRF=61;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189512;STB=0.622941;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0267889;OID=.;OPOS=51919240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:124:124:26:26:0.173333:17:9:61:63:17:9:61:63 chr19 51919263 . G T 79.52 PASS AF=0.125;AO=18;DP=144;FAO=18;FDP=144;FR=.;FRO=126;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=0.0532599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0323;QD=2.20883;RBI=0.090676;REFB=0.0181317;REVB=0.0733861;RO=121;SAF=5;SAR=13;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296031;STB=0.693251;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.132077;OID=.;OPOS=51919263;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:144:144:121:126:18:18:0.125:13:5:62:59:13:5:62:64 chr19 51919267 . A G 86.31 PASS AF=0.130137;AO=18;DP=144;FAO=19;FDP=146;FR=.;FRO=127;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=0.00308574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.739;QD=2.36464;RBI=0.00322005;REFB=-0.00275261;REVB=0.000920316;RO=120;SAF=6;SAR=12;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210258;STB=0.647425;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0172433;OID=.;OPOS=51919267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:144:146:120:127:18:19:0.130137:12:6:60:60:13:6:61:66 chr19 51919279 . A G 42.06 PASS AF=0.0902256;AO=12;DP=133;FAO=12;FDP=133;FR=.;FRO=121;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=-0.0343798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.739;QD=1.26504;RBI=0.0347704;REFB=-0.00310752;REVB=-0.00519735;RO=121;SAF=3;SAR=9;SRF=58;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273372;STB=0.717272;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0195307;OID=.;OPOS=51919279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:133:133:121:121:12:12:0.0902256:9:3:58:63:9:3:58:63 chr19 51919502 . T C 372.22 PASS AF=0.645833;AO=30;DP=47;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0124468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.218;QD=31.0184;RBI=0.0155644;REFB=-0.00637559;REVB=-0.00934493;RO=16;SAF=17;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121632;STB=0.560177;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00184266;OID=.;OPOS=51919502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:16:17:30:31:0.645833:13:17:6:10:13:18:7:10 chr19 51920613 . C T 673.47 PASS AF=0.943396;AO=51;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0730644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1902;QD=50.8281;RBI=0.131308;REFB=-0.180663;REVB=0.109102;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192158;STB=0.5306;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0183168;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:53:53:1:3:51:50:0.943396:24:27:0:1:23:27:0:3 chr19 51984725 . T A 3216.02 PASS AF=1;AO=207;DP=211;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356809;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.155;QD=61.8464;RBI=0.0423856;REFB=0;REVB=0.0228782;RO=0;SAF=109;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17494e-05;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:208:0:0:207:208:1:98:109:0:0:98:110:0:0 chr19 51984727 . A G 3225.54 PASS AF=0.990566;AO=210;DP=213;FAO=210;FDP=212;FR=.;FRO=2;FSAF=111;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0357776;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.531;QD=60.8592;RBI=0.0428162;REFB=-0.0684859;REVB=0.02352;RO=1;SAF=111;SAR=99;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478769;STB=0.50027;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000255496;OID=.;OPOS=51984727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:213:212:1:2:210:210:0.990566:99:111:0:1:99:111:1:1 chr19 52076960 . T C 287.59 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.141;QD=52.2898;RBI=0.0604449;REFB=0;REVB=0.0226482;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268378;OID=.;OPOS=52076960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr19 52076974 . C T 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.212;QD=56.6997;RBI=0.0274991;REFB=0;REVB=0.0234252;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16224e-05;OID=.;OPOS=52076974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr19 52077030 . TGGGGTTTG T 253.89 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074274;FXX=0;HRUN=4;LEN=8;MLLD=205.508;QD=44.1554;RBI=0.0116718;REFB=0;REVB=-0.00900363;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000114651;OID=.;OPOS=52077031;OREF=GGGGTTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:22:23:23:0:13:10:0:0:5:0:11:9:0:0 chr19 52077069 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.794;QD=61.3336;RBI=0.0131355;REFB=0;REVB=0.00275156;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93669e-05;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr19 52095980 . G T 381.93 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0377601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.677;QD=50.9235;RBI=0.0377601;REFB=-0.15261;REVB=0;RO=2;SAF=28;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180634;OID=.;OPOS=52095980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:30:2:1:28:29:0.966667:0:28:2:0:0:29:1:0 chr19 52096270 . C G 155.98 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.684;QD=44.5668;RBI=0.00675405;REFB=0;REVB=0.00309098;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219164;OID=.;OPOS=52096270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr19 52097461 . A C 2154.93 PASS AF=0.992908;AO=137;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0013551;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.056;QD=61.1328;RBI=0.00235451;REFB=-0.145406;REVB=-0.00192547;RO=2;SAF=69;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135789;STB=0.503597;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000336075;OID=.;OPOS=52097461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:141:141:2:1:137:140:0.992908:68:69:2:0:69:71:0:1 chr19 52130488 . G A 460.62 PASS AF=0.765957;AO=35;DP=46;FAO=36;FDP=47;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0157769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8209;QD=39.2013;RBI=0.0808944;REFB=0.0623368;REVB=0.079341;RO=11;SAF=14;SAR=21;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1062;STB=0.559289;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0174341;OID=.;OPOS=52130488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:47:11:11:35:36:0.765957:21:14:7:4:22:14:7:4 chr19 52131119 . A G 1305.21 PASS AF=0.722222;AO=103;DP=143;FAO=104;FDP=144;FR=.;FRO=40;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00315319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2511;QD=36.2558;RBI=0.0748989;REFB=-0.0085949;REVB=-0.0748325;RO=40;SAF=42;SAR=61;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227286;STB=0.5033;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0066866;OID=.;OPOS=52131119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:40:40:103:104:0.722222:61:42:18:22:61:43:17:23 chr19 52220351 . G A 1428.55 PASS AF=0.989474;AO=89;DP=91;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00763266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.551;QD=60.1493;RBI=0.00829522;REFB=0.00452873;REVB=0.00324857;RO=1;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938488;STB=0.504949;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000724767;OID=.;OPOS=52220351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:95:1:1:89:94:0.989474:50:39:0:1:50:44:0:1 chr19 52223121 . A G 3397.54 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164003;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.879;QD=62.0556;RBI=0.0186728;REFB=0.0697404;REVB=-0.0089278;RO=0;SAF=131;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.42776e-05;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:217:219:0:0:217:219:1:86:131:0:0:88:131:0:0 chr19 52223180 . A G 3653.85 PASS AF=1;AO=228;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995894;FXX=0.00858332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.05;QD=63.2702;RBI=0.0196033;REFB=0;REVB=-0.0168852;RO=0;SAF=94;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49038e-05;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:231:231:0:0:228:231:1:134:94:0:0:136:95:0:0 chr19 52249211 . T G 911.25 PASS AF=0.739583;AO=71;DP=98;FAO=71;FDP=96;FR=.;FRO=25;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00463337;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.758;QD=37.9686;RBI=0.0432444;REFB=-0.00725052;REVB=0.0429955;RO=25;SAF=40;SAR=31;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797151;STB=0.542761;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0028716;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:25:25:71:71:0.739583:31:40:10:15:31:40:10:15 chr19 52249884 . C A 453.47 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0329805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.55;QD=19.7161;RBI=0.0334769;REFB=-0.0264868;REVB=0.00574401;RO=46;SAF=18;SAR=26;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1048;STB=0.556395;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0280128;OID=.;OPOS=52249884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:46:47:44:45:0.48913:26:18:24:22:26:19:25:22 chr19 52249947 . C G 1201.63 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195127;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2269;QD=60.8419;RBI=0.0290984;REFB=0;REVB=-0.0215864;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364298;OID=.;OPOS=52249947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:36:40:0:0:39:40:0:0 chr19 52250216 . A G 1950.52 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1252;QD=61.9214;RBI=0.0357501;REFB=0;REVB=-0.0149954;RO=0;SAF=68;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31597e-05;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:57:68:0:0:57:69:0:0 chr19 52327784 . C T 1241.91 PASS AF=0.795082;AO=97;DP=122;FAO=97;FDP=122;FR=.;FRO=25;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0618008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3086;QD=40.7183;RBI=0.0620142;REFB=-0.013028;REVB=-0.00514;RO=24;SAF=37;SAR=60;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301007;STB=0.512635;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.002126;OID=.;OPOS=52327784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:24:25:97:97:0.795082:60:37:11:13:60:37:11:14 chr19 52328213 . C A 320.64 PASS AF=0.682927;AO=21;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00182166;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.547;QD=31.2816;RBI=0.0239754;REFB=-0.0107475;REVB=-0.0239061;RO=5;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139445;STB=0.573073;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00526738;OID=.;OPOS=52328213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:41:41:5:13:21:28:0.682927:14:7:0:5:18:10:2:11 chr19 52328616 . T C 693.72 PASS AF=0.788732;AO=56;DP=71;FAO=56;FDP=71;FR=.;FRO=15;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.000311173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.096;QD=39.083;RBI=0.00348393;REFB=-0.00876479;REVB=0.00347;RO=15;SAF=29;SAR=27;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201865;STB=0.510816;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00256055;OID=.;OPOS=52328616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:15:15:56:56:0.788732:27:29:7:8:27:29:7:8 chr19 52376507 . T C 800.09 PASS AF=0.744186;AO=64;DP=86;FAO=64;FDP=86;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0273584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.906;QD=37.2135;RBI=0.0273585;REFB=-0.0106877;REVB=4.29341e-05;RO=22;SAF=26;SAR=38;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677697;STB=0.536393;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00358506;OID=.;OPOS=52376507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:22:22:64:64:0.744186:38:26:12:10:38:26:12:10 chr19 52376952 . T A 340.07 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0198418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2293;QD=35.7972;RBI=0.0615265;REFB=-0.0859425;REVB=-0.0582393;RO=10;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833808;STB=0.545422;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0229028;OID=.;OPOS=52376952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:38:10:10:28:28:0.736842:16:12:6:4:16:12:6:4 chr19 52383556 . C A 713.99 PASS AF=0.753247;AO=58;DP=78;FAO=58;FDP=77;FR=.;FRO=19;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0161834;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.165;QD=37.0905;RBI=0.0165742;REFB=0.00417318;REVB=0.00357806;RO=19;SAF=35;SAR=23;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117262;STB=0.506297;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00201014;OID=.;OPOS=52383556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:19:19:58:58:0.753247:23:35:11:8:23:35:11:8 chr19 52383569 . A C 754.46 PASS AF=0.704545;AO=62;DP=88;FAO=62;FDP=88;FR=.;FRO=26;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00276413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.777;QD=34.2935;RBI=0.00281568;REFB=-0.0173295;REVB=-0.000536319;RO=26;SAF=39;SAR=23;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523903;STB=0.528242;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00603038;OID=.;OPOS=52383569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:26:26:62:62:0.704545:23:39:14:12:23:39:14:12 chr19 52383649 . T C 516.52 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=74;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0129663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.616;QD=27.9201;RBI=0.0577381;REFB=-0.0138175;REVB=-0.0562633;RO=26;SAF=25;SAR=22;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121206;STB=0.558714;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00605248;OID=.;OPOS=52383649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:26:27:47:47:0.635135:22:25:9:17:22:25:10:17 chr19 52393984 . C T 818.48 PASS AF=0.683673;AO=66;DP=97;FAO=67;FDP=98;FR=.;FRO=31;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0071764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.82;QD=33.4074;RBI=0.017538;REFB=-0.019049;REVB=-0.0160025;RO=31;SAF=37;SAR=29;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733796;STB=0.506037;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0093181;OID=.;OPOS=52393984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:31:31:66:67:0.683673:29:37:17:14:29:38:17:14 chr19 52496149 . C T 78.95 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0606655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3678;QD=4.04847;RBI=0.0794611;REFB=-0.00103352;REVB=-0.0513202;RO=64;SAF=9;SAR=5;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650284;STB=0.542739;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.000637933;OID=.;OPOS=52496149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:64:64:14:14:0.179487:5:9:38:26:5:9:38:26 chr19 52497250 . G A 60.76 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0663691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2038;QD=6.39536;RBI=0.111125;REFB=0.0117487;REVB=-0.089129;RO=29;SAF=1;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.650092;STB=0.907279;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0398087;OID=.;OPOS=52497250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:8:1:20:9:8:1:20:9 chr19 52497943 . G A 69.89 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0332512;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.579;QD=6.35377;RBI=0.0367211;REFB=-0.00720459;REVB=0.0155818;RO=34;SAF=6;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121718;STB=0.577825;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0229714;OID=.;OPOS=52497943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:44:34:34:10:10:0.227273:4:6:17:17:4:6:17:17 chr19 52519608 . C T 92.65 PASS AF=0.183908;AO=16;DP=87;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.0487997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.343;QD=4.25988;RBI=0.049679;REFB=-0.00366332;REVB=0.0093057;RO=69;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157536;STB=0.596299;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0187433;OID=.;OPOS=52519608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:87:87:69:71:16:16:0.183908:9:7:22:47:9:7:23:48 chr19 52521296 . G A 90.34 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00652664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.832;QD=4.94987;RBI=0.00695638;REFB=-0.00877591;REVB=0.00240711;RO=58;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191491;STB=0.620784;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0318306;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:58:58:15:15:0.205479:7:8:22:36:7:8:22:36 chr19 52537576 . T G 91.25 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00600484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.976;QD=8.11085;RBI=0.0160329;REFB=-0.00634789;REVB=-0.0148659;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221823;STB=0.636143;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0212276;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:45:45:33:33:12:12:0.266667:5:7:13:20:5:7:13:20 chr19 52538091 . G A 457.92 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=63;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0208341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.449;QD=29.0745;RBI=0.0322231;REFB=0.0147009;REVB=0.0245819;RO=21;SAF=15;SAR=27;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158122;STB=0.508595;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00662051;OID=.;OPOS=52538091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:21:42:42:0.666667:27:15:8:13:27:15:8:13 chr19 52538428 . A G 54.13 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0311878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.355;QD=3.93707;RBI=0.0317386;REFB=0.0023473;REVB=-0.00588763;RO=46;SAF=6;SAR=3;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765108;STB=0.552512;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0137308;OID=.;OPOS=52538428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:46:46:9:9:0.163636:3:6:28:18:3:6:28:18 chr19 52570714 . C G 139.57 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0169062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9216;QD=7.64743;RBI=0.0293724;REFB=-0.00496709;REVB=0.0240192;RO=53;SAF=8;SAR=12;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132679;STB=0.58003;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0168607;OID=.;OPOS=52570714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:12:8:27:26:12:8:27:26 chr19 52570783 . A G 156.15 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=88;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0394325;FXX=0.034087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3954;QD=7.3482;RBI=0.0433035;REFB=0.00790924;REVB=0.017896;RO=60;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00948277;STB=0.509425;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.019144;OID=.;OPOS=52570783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:60:63:22:22:0.258824:13:9:25:35:13:9:25:38 chr19 52619065 . T C 83.35 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.015458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.675;QD=3.78865;RBI=0.0160401;REFB=0.000417936;REVB=0.00428215;RO=73;SAF=10;SAR=5;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283707;STB=0.686323;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00208964;OID=.;OPOS=52619065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:88:88:73:73:15:15:0.170455:5:10:32:41:5:10:32:41 chr19 52620269 . G A 333.09 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0402361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.534;QD=39.1874;RBI=0.0409216;REFB=0.0235519;REVB=0.00745888;RO=7;SAF=15;SAR=12;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102284;STB=0.555514;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0069329;OID=.;OPOS=52620269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:12:15:2:5:12:15:2:5 chr19 52659991 . A G 83.49 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0567981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.849;QD=6.30149;RBI=0.0570474;REFB=-0.00254131;REVB=-0.005327;RO=41;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203801;STB=0.628274;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0167756;OID=.;OPOS=52659991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:5:7:17:24:5:7:17:24 chr19 52660279 . C T 71.4 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0495667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6184;QD=3.75798;RBI=0.0550982;REFB=-0.000799931;REVB=-0.0240613;RO=62;SAF=9;SAR=4;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044206;STB=0.539109;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00460376;OID=.;OPOS=52660279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:62:63:13:13:0.171053:4:9:41:21:4:9:41:22 chr19 52793675 . G A 448.87 PASS AF=0.729167;AO=35;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0414688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.936;QD=37.4057;RBI=0.0614502;REFB=-0.0642855;REVB=-0.0453482;RO=12;SAF=15;SAR=20;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341637;STB=0.530103;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0215864;OID=.;OPOS=52793675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:12:13:35:35:0.729167:20:15:6:6:20:15:7:6 chr19 52917590 . G A 743.12 PASS AF=0.635294;AO=35;DP=86;FAO=54;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0563446;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3684;QD=34.9702;RBI=0.0721481;REFB=-0.0101008;REVB=0.0450626;RO=19;SAF=29;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405399;STB=0.548943;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00704921;OID=.;OPOS=52917590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:19:21:35:54:0.635294:6:29:6:13:24:30:8:13 chr19 52919433 . G C 90.41 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0136048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8251;QD=7.86155;RBI=0.0391955;REFB=-0.00309661;REVB=0.0367587;RO=31;SAF=1;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479722;STB=0.841132;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0171292;OID=.;OPOS=52919433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:31:34:12:12:0.26087:11:1:11:20:11:1:14:20 chr19 52919972 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0755311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.848;QD=23.3999;RBI=0.0784338;REFB=-0.0199215;REVB=-0.0211403;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203264;STB=0.615125;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0127987;OID=.;OPOS=52919972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:0:3:5:3:0:3 chr19 52934741 . A C 62.38 PASS AF=0.128713;AO=13;DP=101;FAO=13;FDP=101;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=61;FWDB=0.00447114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.354;QD=2.47051;RBI=0.00715257;REFB=-0.000932161;REVB=0.00558284;RO=88;SAF=8;SAR=5;SRF=27;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371526;STB=0.75074;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0060655;OID=.;OPOS=52934741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:101:101:88:88:13:13:0.128713:5:8:27:61:5:8:27:61 chr19 52934751 . A G 84.83 PASS AF=0.153846;AO=16;DP=104;FAO=16;FDP=104;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=61;FWDB=0.0185094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.388;QD=3.26267;RBI=0.0189525;REFB=-0.000670532;REVB=-0.00407412;RO=88;SAF=9;SAR=7;SRF=27;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320061;STB=0.708106;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00481614;OID=.;OPOS=52934751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:104:104:88:88:16:16:0.153846:7:9:27:61:7:9:27:61 chr19 52934778 . G C 70.46 PASS AF=0.138614;AO=14;DP=102;FAO=14;FDP=101;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=0.0668794;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.508;QD=2.79031;RBI=0.0676771;REFB=-0.00215022;REVB=-0.0103602;RO=86;SAF=8;SAR=6;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289008;STB=0.68828;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0181308;OID=.;OPOS=52934778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:102:101:86:87:14:14:0.138614:6:8:29:57:6:8:30:57 chr19 52937100 . G T 840.66 PASS AF=0.842105;AO=64;DP=76;FAO=64;FDP=76;FR=.;FRO=12;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0347052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.641;QD=44.2454;RBI=0.0689579;REFB=0.0406519;REVB=-0.0595881;RO=12;SAF=33;SAR=31;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029299;STB=0.51562;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0115527;OID=.;OPOS=52937100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:76:76:12:12:64:64:0.842105:31:33:5:7:31:33:5:7 chr19 52938361 . C A 1135.6 PASS AF=0.738095;AO=92;DP=125;FAO=93;FDP=126;FR=.;FRO=33;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0385761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4921;QD=36.0509;RBI=0.0402172;REFB=0.015509;REVB=-0.0113713;RO=33;SAF=44;SAR=48;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018212;STB=0.508195;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00529052;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:33:33:92:93:0.738095:48:44:17:16:48:45:17:16 chr19 52938417 . A G 874.26 PASS AF=0.65;AO=77;DP=121;FAO=78;FDP=120;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0262669;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9912;QD=29.1418;RBI=0.0288608;REFB=0.00207742;REVB=0.0119579;RO=37;SAF=24;SAR=53;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133593;STB=0.585613;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000877586;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:37:42:77:78:0.65:53:24:19:18:53:25:23:19 chr19 52938459 . A G 884.95 PASS AF=0.730769;AO=75;DP=103;FAO=76;FDP=104;FR=.;FRO=28;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0167111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2957;QD=34.0366;RBI=0.0448549;REFB=-0.0364863;REVB=0.0416257;RO=28;SAF=30;SAR=45;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521488;STB=0.529281;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0154152;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:28:28:75:76:0.730769:45:30:14:14:46:30:14:14 chr19 52941171 . T C 389.84 PASS AF=0.756098;AO=26;DP=40;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0596346;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=50.8103;QD=38.0329;RBI=0.0628515;REFB=0.00602798;REVB=0.0198501;RO=7;SAF=13;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278587;STB=0.568676;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-8.87436e-05;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:41:7:10:26:31:0.756098:13:13:4:3:18:13:7:3 chr19 52941540 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00820386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.355;QD=15.2931;RBI=0.0330871;REFB=-0.00842763;REVB=-0.0320539;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400241;STB=0.736288;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00675117;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:3:6:2:7:3:6 chr19 52941847 . A T 403.85 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00745042;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.036;QD=47.5121;RBI=0.0229597;REFB=-0.00963966;REVB=-0.0217172;RO=4;SAF=14;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061862;STB=0.533311;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00097385;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:36:34:4:4:30:30:0.882353:16:14:3:1:16:14:3:1 chr19 52942445 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0559672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.488;QD=18.8866;RBI=0.0567266;REFB=-0.008728;REVB=-0.00925111;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215906;STB=0.659985;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00408434;OID=.;OPOS=52942445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:5:3:3:1:5:3:4:1 chr19 52942495 . G A 117.47 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0274339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.142;QD=21.3588;RBI=0.0317879;REFB=-0.0307745;REVB=0.0160578;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677349;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0180861;OID=.;OPOS=52942495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:4:5:6:7:4:5 chr19 52954507 . T C 3546.41 PASS AF=0.77971;AO=266;DP=343;FAO=269;FDP=345;FR=.;FRO=76;FSAF=127;FSAR=142;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0344395;FXX=0.00576352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.861;QD=41.1178;RBI=0.0344726;REFB=-0.0212419;REVB=0.00151106;RO=74;SAF=125;SAR=141;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987835;STB=0.505472;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00544031;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:345:74:76:266:269:0.77971:141:125:33:41:142:127:34:42 chr19 53056465 . G A 62.96 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0150755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.832;QD=3.27057;RBI=0.0241792;REFB=-0.00550969;REVB=-0.0189041;RO=64;SAF=5;SAR=7;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122988;STB=0.589484;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0272402;OID=.;OPOS=53056465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:64:65:12:12:0.155844:7:5:33:31:7:5:34:31 chr19 53056953 . G A 332.38 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00691336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.015;QD=32.4275;RBI=0.0139688;REFB=0.0247033;REVB=0.012138;RO=13;SAF=15;SAR=13;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219298;STB=0.619539;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0149095;OID=.;OPOS=53056953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:13:15:2:11:13:15:2:11 chr19 53075519 . G T 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00897954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.313;QD=5.99321;RBI=0.00935087;REFB=-0.0073265;REVB=0.00260897;RO=35;SAF=3;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265381;STB=0.661829;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0337294;OID=.;OPOS=53075519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:35:36:10:10:0.217391:7:3:18:17:7:3:18:18 chr19 53077411 . T C 2082.15 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.088;QD=62.6212;RBI=0.0668298;REFB=0;REVB=-0.0649586;RO=0;SAF=54;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230779;OID=.;OPOS=53077411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:78:54:0:0:78:55:0:0 chr19 53085659 . C T 303.7 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00893101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.761;QD=39.1874;RBI=0.0106195;REFB=-0.00922988;REVB=0.00574553;RO=6;SAF=15;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367593;STB=0.519984;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0055276;OID=.;OPOS=53085659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:10:15:3:3:10:15:3:3 chr19 53085660 . C A 34.4 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00782974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.928;QD=4.43822;RBI=0.00888113;REFB=-0.00148454;REVB=-0.00419162;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148935;STB=0.580384;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.105823;OID=.;OPOS=53085660;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:3:3:15:9:3:3:15:10 chr19 53085813 . T C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0129014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.144;QD=8.30767;RBI=0.0241617;REFB=-0.00248781;REVB=0.0204289;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424152;STB=0.549873;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00513658;OID=.;OPOS=53085813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:17:18:8:8:0.307692:5:3:7:10:5:3:8:10 chr19 53086124 . C A 785.64 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9979;QD=64.134;RBI=0.0276492;REFB=0;REVB=-0.0208857;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252319;OID=.;OPOS=53086124;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr19 53086918 . C T 725.71 PASS AF=0.794521;AO=58;DP=73;FAO=58;FDP=73;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0165547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5026;QD=39.7649;RBI=0.0222966;REFB=0.0611481;REVB=-0.0149359;RO=14;SAF=27;SAR=31;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119021;STB=0.555218;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0210592;OID=.;OPOS=53086918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:14:15:58:58:0.794521:31:27:2:12:31:27:3:12 chr19 53086954 . C T 733.49 PASS AF=0.816901;AO=57;DP=70;FAO=58;FDP=71;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0141432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.673;QD=41.3232;RBI=0.0184706;REFB=0.026403;REVB=0.01188;RO=13;SAF=27;SAR=30;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112192;STB=0.560526;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00277921;OID=.;OPOS=53086954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:71:13:13:57:58:0.816901:30:27:2:11:30:28:2:11 chr19 53117531 . C T 68.91 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0321825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.33;QD=5.99252;RBI=0.0506632;REFB=-0.00765616;REVB=-0.0391286;RO=35;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867732;STB=0.543392;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0253174;OID=.;OPOS=53117531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:35:36:10:10:0.217391:5:5:20:15:5:5:20:16 chr19 53117809 . C A 181.38 PASS AF=0.263158;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.00418145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.8391;QD=7.63689;RBI=0.0114321;REFB=-0.00347415;REVB=0.01064;RO=69;SAF=11;SAR=14;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245023;STB=0.508555;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0181047;OID=.;OPOS=53117809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:69:70:25:25:0.263158:14:11:29:40:14:11:30:40 chr19 53122295 . A G 47.82 PASS AF=0.0970149;AO=13;DP=134;FAO=13;FDP=134;FR=.;FRO=121;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=-0.0110677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.286;QD=1.42746;RBI=0.0307524;REFB=-0.000821072;REVB=0.0286917;RO=119;SAF=9;SAR=4;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206995;STB=0.652553;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0152399;OID=.;OPOS=53122295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:134:134:119:121:13:13:0.0970149:4:9:62:57:4:9:64:57 chr19 53270384 . A G 902.68 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.863;QD=58.2372;RBI=0.02195;REFB=0;REVB=0.00303329;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.877e-05;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:28:34:0:0 chr19 53270460 . G A 365.13 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.021727;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.208;QD=52.1619;RBI=0.0217278;REFB=-0.0318038;REVB=0.000190169;RO=1;SAF=19;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238509;STB=0.512811;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=9.68246e-05;OID=.;OPOS=53270460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:8:19:1:0:8:19:1:0 chr19 53303527 . A G 519.75 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.582;QD=59.3996;RBI=0.0481912;REFB=0;REVB=0.032944;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350561;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr19 53303890 . C G,T 387.69 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=26,2;DP=28;FAO=27,1;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443415,-0.0809789;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=95.4303,13.6521;QD=55.384;RBI=0.0482812,0.0920577;REFB=0,0;REVB=0.0191025,-0.043784;RO=0;SAF=15,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000113065,0.121161;OID=.,.;OPOS=53303890,53303890;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:28:28:0:0:26,2:27,1:0.964286,0.0357143:11,1:15,1:0:0:11,1:16,0:0:0 chr19 53304563 . T C 1183.95 PASS AF=0.912088;AO=82;DP=91;FAO=83;FDP=91;FR=.;FRO=8;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0609818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8385;QD=52.0417;RBI=0.0751953;REFB=-0.0717937;REVB=0.0439949;RO=9;SAF=40;SAR=42;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809543;STB=0.510461;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0087027;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:91:91:9:8:82:83:0.912088:42:40:4:5:42:41:3:5 chr19 53321171 . G A 1182.9 PASS AF=0.857143;AO=84;DP=98;FAO=84;FDP=98;FR=.;FRO=14;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.018241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.467;QD=48.2815;RBI=0.0226724;REFB=-0.0132337;REVB=-0.0134648;RO=14;SAF=50;SAR=34;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460443;STB=0.52447;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00172847;OID=.;OPOS=53321171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:98:98:14:14:84:84:0.857143:34:50:6:8:34:50:6:8 chr19 53344118 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5779;QD=47.8215;RBI=0.0479819;REFB=0;REVB=-0.0220346;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170764;OID=.;OPOS=53344118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr19 53345321 . T G 1452.99 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.174;QD=63.1735;RBI=0.0854533;REFB=0;REVB=0.0730067;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303111;OID=.;OPOS=53345321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:54:38:0:0:54:38:0:0 chr19 53384690 . GCT GC,TGC 80.26 PASS AF=0.454545,0;AO=15,2;DP=45;FAO=20,0;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14,0;FSAR=6,0;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0110039,-0.0155966;FXX=0.0222173;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=9.35665,17.818;QD=7.29597;RBI=0.0222993,0.0624468;REFB=-0.0443963,-0.0530561;REVB=-0.0193952,0.0604677;RO=21;SAF=15,0;SAR=0,2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.810807,-0.514114;STB=0.594901,0.5;STBP=0.279,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0503813,0;OID=.,.;OPOS=53384692,53384690;OREF=T,GCT;OALT=-,TGC;OMAPALT=GC,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:45:44:21:24:15,2:20,0:0.454545,0:0,2:15,0:11:10:6,0:14,0:13:11 chr19 53391402 . A G 149.17 PASS AF=0.149758;AO=31;DP=207;FAO=31;FDP=207;FR=.;FRO=176;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=123;FSRR=53;FWDB=-0.0631355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4319;QD=2.8825;RBI=0.0663591;REFB=-0.00630151;REVB=-0.0204312;RO=174;SAF=19;SAR=12;SRF=122;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125247;STB=0.579741;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0286713;OID=.;OPOS=53391402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:174:176:31:31:0.149758:12:19:122:52:12:19:123:53 chr19 53391420 . T C 116.01 PASS AF=0.149068;AO=24;DP=162;FAO=24;FDP=161;FR=.;FRO=137;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=97;FSRR=40;FWDB=-0.0136587;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.635;QD=2.88215;RBI=0.0149204;REFB=-0.00831043;REVB=0.00600505;RO=138;SAF=17;SAR=7;SRF=98;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00279087;STB=0.500313;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0425662;OID=.;OPOS=53391420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:138:137:24:24:0.149068:7:17:98:40:7:17:97:40 chr19 53453777 . C T 130.02 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0115919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.655;QD=13.3357;RBI=0.0164789;REFB=-0.0021711;REVB=0.0117125;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134352;STB=0.557019;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00329239;OID=.;OPOS=53453777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:24:14:15:0.384615:7:7:9:15:8:7:9:15 chr19 53454543 . G A 89.45 PASS AF=0.158879;AO=17;DP=109;FAO=17;FDP=107;FR=.;FRO=90;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0270579;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.579;QD=3.34408;RBI=0.0270835;REFB=-0.00699362;REVB=0.00117774;RO=91;SAF=7;SAR=10;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132031;STB=0.592646;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0418249;OID=.;OPOS=53454543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:109:107:91:90:17:17:0.158879:10:7:47:44:10:7:47:43 chr19 53454789 . A T 218.78 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0145334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2475;QD=9.61648;RBI=0.0381439;REFB=-0.0120046;REVB=-0.0352666;RO=63;SAF=8;SAR=20;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203598;STB=0.620599;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0257445;OID=.;OPOS=53454789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:63:28:28:0.307692:20:8:28:35:20:8:28:35 chr19 53553125 . C T 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0233089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.48;QD=7.32769;RBI=0.0256538;REFB=-0.000810353;REVB=0.0107151;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171993;STB=0.608422;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00255655;OID=.;OPOS=53553125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:10:11:3:5:10:11 chr19 53553686 . G A 99.54 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00932754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.768;QD=5.4545;RBI=0.0270605;REFB=-0.0041204;REVB=0.0254021;RO=56;SAF=5;SAR=11;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238698;STB=0.644574;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0152743;OID=.;OPOS=53553686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:57:16:16:0.219178:11:5:28:28:11:5:28:29 chr19 53576589 . C G 1212.99 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041988;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.692;QD=61.4171;RBI=0.0688849;REFB=0;REVB=0.0546089;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304244;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:47:32:0:0:47:32:0:0 chr19 53577419 . G C 1653.71 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.112471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5861;QD=58.0248;RBI=0.11409;REFB=0.0553435;REVB=-0.0191506;RO=2;SAF=55;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000297437;STB=0.500157;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0123373;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:57:55:1:1:57:55:1:1 chr19 53612311 . T C 341.79 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0108705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.847;QD=30.3814;RBI=0.0314092;REFB=-0.0141663;REVB=0.0294681;RO=16;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293866;STB=0.516118;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0140079;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:15:14:7:9:15:14:7:9 chr19 53612720 . T C 517.27 PASS AF=0.808511;AO=38;DP=47;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0150252;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.287;QD=44.0229;RBI=0.0365501;REFB=0.0050717;REVB=0.033319;RO=8;SAF=19;SAR=19;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808618;STB=0.531898;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.000734763;OID=.;OPOS=53612720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:47:47:8:9:38:38:0.808511:19:19:2:6:19:19:3:6 chr19 53612745 . T C 443.23 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0301222;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.5;QD=45.459;RBI=0.0311148;REFB=-0.0283444;REVB=0.00779647;RO=6;SAF=16;SAR=17;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433732;STB=0.52335;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00394238;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:6:6:33:33:0.846154:17:16:2:4:17:16:2:4 chr19 53612757 . T G 455.55 PASS AF=0.829268;AO=35;DP=42;FAO=34;FDP=41;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0158862;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3295;QD=44.4435;RBI=0.0292563;REFB=-0.0378007;REVB=0.0245674;RO=7;SAF=22;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650153;STB=0.539853;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0227455;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:41:7:7:35:34:0.829268:13:22:3:4:12:22:3:4 chr19 53612989 . A G 590.39 PASS AF=0.790323;AO=49;DP=62;FAO=49;FDP=62;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00707458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4095;QD=38.0899;RBI=0.0214153;REFB=0.018691;REVB=0.0202131;RO=13;SAF=23;SAR=26;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063683;STB=0.53416;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00308317;OID=.;OPOS=53612989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:13:13:49:49:0.790323:26:23:4:9:26:23:4:9 chr19 53645291 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.112;QD=56.9565;RBI=0.038891;REFB=0;REVB=0.0337875;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20605e-05;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr19 53667804 . C T 933.64 PASS AF=0.797753;AO=70;DP=89;FAO=71;FDP=89;FR=.;FRO=18;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.054225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6485;QD=41.9615;RBI=0.0694351;REFB=0.0101778;REVB=-0.0433691;RO=19;SAF=37;SAR=33;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429554;STB=0.515512;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00264957;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:19:18:70:71:0.797753:33:37:8:11:34:37:8:10 chr19 53667913 . A G 723.06 PASS AF=0.7375;AO=59;DP=81;FAO=59;FDP=80;FR=.;FRO=21;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0125107;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.272;QD=36.1529;RBI=0.0134947;REFB=-0.0046686;REVB=-0.00505847;RO=21;SAF=32;SAR=27;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101861;STB=0.554738;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00272222;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:21:21:59:59:0.7375:27:32:7:14:27:32:7:14 chr19 53667940 . A G 840.78 PASS AF=0.84;AO=63;DP=79;FAO=63;FDP=75;FR=.;FRO=12;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00670189;FXX=0.0624922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.542;QD=44.8415;RBI=0.00719329;REFB=-0.00112442;REVB=0.00261306;RO=12;SAF=37;SAR=26;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522516;STB=0.527877;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00109497;OID=.;OPOS=53667940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:79:75:12:12:63:63:0.84:26:37:5:7:26:37:5:7 chr19 53668549 . T G 117.56 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0376163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6486;QD=7.58446;RBI=0.0761531;REFB=-0.00658778;REVB=0.0662141;RO=45;SAF=2;SAR=15;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403983;STB=0.753827;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0251614;OID=.;OPOS=53668549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:15:2:16:29:15:2:16:29 chr19 53669273 . T C 724.5 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.185;QD=63.0001;RBI=0.0109442;REFB=0;REVB=0.00794971;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1473e-06;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr19 53669492 . A G 625.47 PASS AF=0.847458;AO=50;DP=59;FAO=50;FDP=59;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0245486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.335;QD=42.405;RBI=0.0326739;REFB=0.0155126;REVB=0.0215627;RO=9;SAF=28;SAR=22;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965241;STB=0.55161;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00199004;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:9:9:50:50:0.847458:22:28:2:7:22:28:2:7 chr19 53741068 . C T 71.72 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00756513;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4406;QD=3.77471;RBI=0.0437425;REFB=-0.00656309;REVB=-0.0430833;RO=64;SAF=6;SAR=7;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303229;STB=0.527565;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0360161;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:77:76:64:63:13:13:0.171053:7:6:28:36:7:6:27:36 chr19 53741188 . C T 44.37 PASS AF=0.100917;AO=11;DP=109;FAO=11;FDP=109;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=0.0118214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.664;QD=1.6284;RBI=0.0220711;REFB=-0.00408436;REVB=-0.0186384;RO=97;SAF=4;SAR=7;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084843;STB=0.570061;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0294673;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:109:97:98:11:11:0.100917:7:4:42:55:7:4:43:55 chr19 53762537 . C T 117.9 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00402777;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.808;QD=7.60654;RBI=0.0101899;REFB=-0.00879878;REVB=0.00936003;RO=46;SAF=9;SAR=8;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169811;STB=0.519062;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0201538;OID=.;OPOS=53762537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:46:45:17:17:0.274194:8:9:25:21:8:9:25:20 chr19 53786079 . G A 49.85 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.048266;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.568;QD=2.73178;RBI=0.0522017;REFB=-0.00697341;REVB=-0.0198848;RO=64;SAF=4;SAR=6;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850592;STB=0.552966;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.058923;OID=.;OPOS=53786079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:73:64:63:10:10:0.136986:6:4:30:34:6:4:29:34 chr19 53786081 . GA AG 49.67 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0945864;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.818;QD=2.72172;RBI=0.0950975;REFB=-0.00242103;REVB=0.00984636;RO=62;SAF=4;SAR=6;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064383;STB=0.552966;STBP=0.688;TYPE=mnp;VARB=0.0172854;OID=.;OPOS=53786081;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:62:63:10:10:0.136986:6:4:28:34:6:4:29:34 chr19 53786091 . C A 76.23 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0190338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1056;QD=3.63004;RBI=0.0516759;REFB=-0.00557962;REVB=0.0480428;RO=70;SAF=6;SAR=8;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897172;STB=0.559641;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0178945;OID=.;OPOS=53786091;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:70:70:14:14:0.166667:8:6:35:35:8:6:35:35 chr19 53793042 . G A 407.27 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0944533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.26;QD=33.2462;RBI=0.0944536;REFB=-0.00252267;REVB=0.000215971;RO=16;SAF=15;SAR=18;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273406;STB=0.514916;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.000541184;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:18:15:8:8:18:15:8:8 chr19 53793574 . A G 744.1 PASS AF=0.717647;AO=61;DP=85;FAO=61;FDP=85;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0411193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.979;QD=35.0165;RBI=0.0411415;REFB=-0.0179428;REVB=-0.00135028;RO=24;SAF=31;SAR=30;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430019;STB=0.502314;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00812365;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:24:24:61:61:0.717647:30:31:12:12:30:31:12:12 chr19 53793911 . T A 524.46 PASS AF=0.671429;AO=47;DP=70;FAO=47;FDP=70;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.014306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1091;QD=29.9693;RBI=0.0167083;REFB=0.0128215;REVB=-0.00863158;RO=23;SAF=23;SAR=24;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595327;STB=0.532264;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.00785823;OID=.;OPOS=53793911;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:23:23:47:47:0.671429:24:23:9:14:24:23:9:14 chr19 53794155 . C A 236.53 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0082619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.493;QD=33.7902;RBI=0.0184747;REFB=0.00413756;REVB=0.0165244;RO=7;SAF=15;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214019;STB=0.617859;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00281057;OID=.;OPOS=53794155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:6:15:2:5:6:15:2:5 chr19 53854397 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.98;QD=51.9156;RBI=0.0386237;REFB=0;REVB=0.0273212;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388539;OID=.;OPOS=53854397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr19 53875494 . A T 116.76 PASS AF=0.184211;AO=21;DP=114;FAO=21;FDP=114;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.0124402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8178;QD=4.09684;RBI=0.0584551;REFB=-0.00572576;REVB=0.057116;RO=93;SAF=10;SAR=11;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867729;STB=0.555504;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0352995;OID=.;OPOS=53875494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:93:93:21:21:0.184211:11:10:38:55:11:10:38:55 chr19 53875523 . G A 126.66 PASS AF=0.181102;AO=23;DP=127;FAO=23;FDP=127;FR=.;FRO=104;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.0166856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.359;QD=3.98938;RBI=0.0377927;REFB=-0.00539037;REVB=-0.0339099;RO=104;SAF=10;SAR=13;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277797;STB=0.517829;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0272271;OID=.;OPOS=53875523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:104:104:23:23:0.181102:13:10:43:61:13:10:43:61 chr19 53875569 . G A 144.34 PASS AF=0.195312;AO=25;DP=128;FAO=25;FDP=128;FR=.;FRO=103;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=0.01872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.261;QD=4.5106;RBI=0.0187228;REFB=-0.00593858;REVB=0.000323725;RO=103;SAF=10;SAR=15;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356388;STB=0.522563;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0204179;OID=.;OPOS=53875569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:103:103:25:25:0.195312:15:10:44:59:15:10:44:59 chr19 53879561 . GACA G 1018.39 PASS AF=0.761468;AO=79;DP=111;FAO=83;FDP=109;FR=.;FRO=26;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0183035;FXX=0.0521694;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.838;QD=37.3721;RBI=0.0215653;REFB=-0.0165766;REVB=-0.0114036;RO=24;SAF=34;SAR=45;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247045;STB=0.511961;STBP=0.675;TYPE=del;VARB=0.0045071;OID=.;OPOS=53879562;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.761468:79:111:83:109:26:36:47:10:16:99:24:34:45:9:15 chr19 53884412 . G A 219.52 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.046083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8507;QD=31.3598;RBI=0.0586657;REFB=-0.0329216;REVB=-0.0363045;RO=8;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01147;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:28:28:8:8:20:20:0.714286:10:10:4:4:10:10:4:4 chr19 53901309 . TTC T 100.31 PASS AF=0.195266;AO=32;DP=170;FAO=33;FDP=169;FR=.;FRO=136;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=85;FWDB=-0.0327551;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=2;MLLD=284.602;QD=2.37424;RBI=0.0363954;REFB=-0.00613459;REVB=-0.0158661;RO=134;SAF=10;SAR=22;SRF=50;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860692;STB=0.536774;STBP=0.625;TYPE=del;VARB=0.0264441;OID=.;OPOS=53901310;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195266:32:170:33:169:136:11:22:51:85:99:134:10:22:50:84 chr19 53911973 . A G 85.05 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0476015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.949;QD=22.6802;RBI=0.0784907;REFB=-0.0950503;REVB=-0.062409;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0449793;OID=.;OPOS=53911973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:2:3:6:4:2:3 chr19 53912242 . G A 307.62 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0146595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.088;QD=41.0157;RBI=0.0165065;REFB=-0.000672533;REVB=-0.00758704;RO=5;SAF=15;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630402;STB=0.534219;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.000168839;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:10:15:2:3:10:15:2:3 chr19 53926318 . T A 373.25 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0118516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.776;QD=37.3245;RBI=0.0217081;REFB=-0.0116223;REVB=0.0181874;RO=10;SAF=19;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164227;STB=0.508923;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00230911;OID=.;OPOS=53926318;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:10:10:30:30:0.75:11:19:6:4:11:19:6:4 chr19 53926320 . T G 378.0 PASS AF=0.769231;AO=29;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00763802;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.241;QD=38.7688;RBI=0.021253;REFB=0.011832;REVB=0.0198331;RO=10;SAF=19;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284702;STB=0.519113;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00154288;OID=.;OPOS=53926320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:39:39:10:9:29:30:0.769231:10:19:6:4:11:19:5:4 chr19 53952885 . TC GT,T 717.1 PASS AF=0,0.958904;AO=3,62;DP=73;FAO=0,70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=0,33;FSAR=0,37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0807376,0.139535;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=13.1291,14.7272;QD=39.2932;RBI=0.140659,0.178281;REFB=0.00128597,-0.0209153;REVB=-0.115179,-0.110968;RO=5;SAF=0,31;SAR=3,31;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0.423503;SSSB=-0.658479,0.0140529;STB=0.5,0.505696;STBP=1,0.742;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0663254,0.0144833;OID=.,.;OPOS=53952885,53952886;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:73:73:5:3:3,62:0,70:0,0.958904:3,31:0,31:2:3:0,37:0,33:1:2 chr19 53990002 . G A 1885.96 PASS AF=0.742424;AO=147;DP=197;FAO=147;FDP=198;FR=.;FRO=51;FSAF=84;FSAR=63;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.021444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.386;QD=38.1002;RBI=0.0229234;REFB=-0.0167745;REVB=0.00810163;RO=50;SAF=84;SAR=63;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101123;STB=0.556514;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00686716;OID=.;OPOS=53990002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:50:51:147:147:0.742424:63:84:18:32:63:84:18:33 chr19 53993764 . A T 476.84 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00294509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.504;QD=27.6429;RBI=0.0495276;REFB=-0.00767067;REVB=0.0494399;RO=24;SAF=18;SAR=26;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602022;STB=0.540921;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00309444;OID=.;OPOS=53993764;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:25:44:44:0.637681:26:18:12:12:26:18:13:12 chr19 53995004 . G A 60.27 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.10684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9216;QD=17.2214;RBI=0.109262;REFB=-0.0195638;REVB=0.0228806;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128939;STB=0.519183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00875721;OID=.;OPOS=53995004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:5:3:1:4:5:3:2:4 chr19 54080144 . A G 795.01 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.091;QD=63.601;RBI=0.00385607;REFB=0;REVB=0.00248119;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29423e-05;OID=.;OPOS=54080144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:27:21:0:0:29:21:0:0 chr19 54132976 . A G 231.46 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00919322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.183;QD=30.8607;RBI=0.0158504;REFB=-0.0143028;REVB=-0.012912;RO=9;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362694;STB=0.519981;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00587136;OID=.;OPOS=54132976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:13:8:4:5:13:8:4:5 chr19 54182249 . T C 117.0 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0175497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6592;QD=5.08693;RBI=0.0179851;REFB=0.0012061;REVB=0.00393353;RO=71;SAF=14;SAR=5;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390986;STB=0.736593;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00241643;OID=.;OPOS=54182249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:71:73:19:19:0.206522:5:14:30:41:5:14:32:41 chr19 54307322 . G A 777.9 PASS AF=0.813333;AO=61;DP=76;FAO=61;FDP=75;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00552972;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.715;QD=41.4879;RBI=0.0163628;REFB=-0.0525861;REVB=0.0154001;RO=14;SAF=25;SAR=36;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827194;STB=0.544227;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0210612;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:76:75:14:14:61:61:0.813333:36:25:9:5:36:25:9:5 chr19 54308554 . C T 176.55 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00234795;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.159;QD=37.1676;RBI=0.0622326;REFB=-0.0249224;REVB=0.0621883;RO=4;SAF=13;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361443;STB=0.551664;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00777426;OID=.;OPOS=54308554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:20:19:4:3:16:16:0.842105:3:13:3:1:3:13:3:0 chr19 54327313 . C A 71.69 PASS AF=0.129032;AO=16;DP=123;FAO=16;FDP=124;FR=.;FRO=108;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=0.00134141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.647;QD=2.31273;RBI=0.00235435;REFB=-0.00626714;REVB=0.00193483;RO=107;SAF=8;SAR=8;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174204;STB=0.516109;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0379219;OID=.;OPOS=54327313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:123:124:107:108:16:16:0.129032:8:8:52:55:8:8:52:56 chr19 54378082 . T C 31.77 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0387645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.13;QD=12.7061;RBI=0.0402426;REFB=-0.0712751;REVB=-0.0108067;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0152687;OID=.;OPOS=54378082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr19 54378099 . GA AG 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.018864;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=95.7754;QD=12.396;RBI=0.0350526;REFB=-0.0082265;REVB=-0.0295438;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=mnp;VARB=0.00724637;OID=.;OPOS=54378099;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:2:3:2:3:2:3 chr19 54378627 . T A 2934.93 PASS AF=0.98;AO=195;DP=201;FAO=196;FDP=200;FR=.;FRO=4;FSAF=146;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00985052;FXX=0.00497488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.794;QD=58.6985;RBI=0.00994666;REFB=-0.0732396;REVB=0.00137962;RO=4;SAF=146;SAR=49;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125597;STB=0.506403;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000218922;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:201:200:4:4:195:196:0.98:49:146:2:2:50:146:2:2 chr19 54378789 . C G 3614.67 PASS AF=1;AO=215;DP=225;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286611;FXX=0.0656345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6672;QD=59.7465;RBI=0.0467706;REFB=0;REVB=0.0369598;RO=0;SAF=131;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00453339;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:225:242:0:0:215:242:1:84:131:0:0:96:146:0:0 chr19 54378790 . A G 70.72 PASS AF=0.0888031;AO=16;DP=246;FAO=23;FDP=259;FR=.;FRO=236;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=133;FSRR=103;FWDB=-0.0275502;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.2383;QD=1.09222;RBI=0.0306333;REFB=-0.0490367;REVB=-0.0133935;RO=229;SAF=13;SAR=3;SRF=133;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270745;STB=0.501535;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0420936;OID=.;OPOS=54378790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:246:259:229:236:16:23:0.0888031:3:13:133:96:10:13:133:103 chr19 54378795 . GA AA,AG 69.81 PASS AF=0.0947368,0;AO=18,7;DP=186;FAO=18,0;FDP=190;FR=.;FRO=172;FSAF=5,0;FSAR=13,0;FSRF=93;FSRR=79;FWDB=-0.00475449,-0.0131941;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=98.381,17.6823;QD=1.4697;RBI=0.0424907,0.0908322;REFB=-0.00511281,-0.170126;REVB=0.0422239,-0.0898688;RO=143;SAF=4,5;SAR=14,2;SRF=88;SRR=55;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.458845,0.0979593;STB=0.734461,0.5;STBP=0.04,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0449221,-0.0643466;OID=.,.;OPOS=54378795,54378795;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:186:190:143:172:18,7:18,0:0.0947368,0:14,2:4,5:88:55:13,0:5,0:93:79 chr19 54378808 . A G 79.69 PASS AF=0.145455;AO=16;DP=109;FAO=16;FDP=110;FR=.;FRO=94;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=68;FWDB=-0.00885724;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=178.934;QD=2.89787;RBI=0.0277;REFB=-0.0195296;REVB=-0.0262458;RO=92;SAF=2;SAR=14;SRF=26;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293912;STB=0.704728;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0371006;OID=.;OPOS=54378808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:109:110:92:94:16:16:0.145455:14:2:26:66:14:2:26:68 chr19 54379573 . C T 434.95 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00651264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0707;QD=54.3681;RBI=0.0561629;REFB=0.0691664;REVB=-0.055784;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00242981;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:16:15:0:0:16:15:1:0 chr19 54385820 . C T 5251.85 PASS AF=0.974719;AO=346;DP=356;FAO=347;FDP=356;FR=.;FRO=9;FSAF=163;FSAR=184;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0261519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.653;QD=59.0095;RBI=0.0306295;REFB=-0.0696021;REVB=0.015945;RO=9;SAF=162;SAR=184;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203875;STB=0.510621;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00034656;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:356:356:9:9:346:347:0.974719:184:162:8:1:184:163:8:1 chr19 54393174 . T C 1107.22 PASS AF=0.455598;AO=118;DP=260;FAO=118;FDP=259;FR=.;FRO=141;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=78;FSRR=63;FWDB=-0.0212226;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6568;QD=17.0999;RBI=0.0234621;REFB=0.00546009;REVB=0.0100036;RO=138;SAF=55;SAR=63;SRF=78;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964384;STB=0.547317;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00709755;OID=.;OPOS=54393174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:259:138:141:118:118:0.455598:63:55:78:60:63:55:78:63 chr19 54394965 . T C 1492.37 PASS AF=0.769231;AO=119;DP=156;FAO=120;FDP=156;FR=.;FRO=36;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00954135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.856;QD=38.2659;RBI=0.0142066;REFB=0.00959353;REVB=-0.0105257;RO=36;SAF=58;SAR=61;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00661661;STB=0.504488;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00276384;OID=.;OPOS=54394965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:36:36:119:120:0.769231:61:58:17:19:61:59:17:19 chr19 54561792 . G A 154.21 PASS AF=0.261905;AO=22;DP=84;FAO=22;FDP=84;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0108661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.592;QD=7.34318;RBI=0.0745712;REFB=-0.0170299;REVB=0.0737753;RO=62;SAF=18;SAR=4;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272474;STB=0.668398;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0365197;OID=.;OPOS=54561792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:62:62:22:22:0.261905:4:18:40:22:4:18:40:22 chr19 54573301 . G A 69.41 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0197246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5476;QD=6.31038;RBI=0.0863637;REFB=0.00243515;REVB=0.0840811;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139174;STB=0.5998;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00663462;OID=.;OPOS=54573301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:44:33:34:10:10:0.227273:6:4:17:16:6:4:18:16 chr19 54578105 . C T 99.13 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0310606;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.932;QD=7.34282;RBI=0.0353799;REFB=-0.0174213;REVB=-0.0169406;RO=40;SAF=6;SAR=8;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115914;STB=0.571327;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0524044;OID=.;OPOS=54578105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:40:40:14:14:0.259259:8:6:21:19:8:6:21:19 chr19 54600232 . A C 461.44 PASS AF=0.303922;AO=62;DP=204;FAO=62;FDP=204;FR=.;FRO=142;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=54;FSRR=88;FWDB=0.00343163;FXX=0.00487781;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.3319;QD=9.04787;RBI=0.0102958;REFB=-0.00151814;REVB=-0.00970703;RO=137;SAF=24;SAR=38;SRF=50;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279385;STB=0.505008;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00375371;OID=.;OPOS=54600232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:137:142:62:62:0.303922:38:24:50:87:38:24:54:88 chr19 54606209 . T G 876.88 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0120837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.747;QD=54.8049;RBI=0.0140454;REFB=-0.0612356;REVB=-0.00715938;RO=2;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304354;STB=0.516124;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00232645;OID=.;OPOS=54606209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:30:32:0:2:30:32:0:2 chr19 54609299 . C T 307.19 PASS AF=0.203846;AO=53;DP=261;FAO=53;FDP=260;FR=.;FRO=207;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=87;FSRR=120;FWDB=0.0168933;FXX=0.00383127;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.26;QD=4.72597;RBI=0.017508;REFB=-0.00302332;REVB=0.00459862;RO=206;SAF=25;SAR=28;SRF=87;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640746;STB=0.541237;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0125121;OID=.;OPOS=54609299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:260:206:207:53:53:0.203846:28:25:87:119:28:25:87:120 chr19 54610273 . C A 75.69 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.0143687;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.017;QD=3.64784;RBI=0.0162142;REFB=-0.00559492;REVB=-0.00751282;RO=64;SAF=4;SAR=10;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399562;STB=0.532739;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0147382;OID=.;OPOS=54610273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:82:83:64:69:14:14:0.168675:10:4:20:44:10:4:22:47 chr19 54611710 . G C 83.2 PASS AF=0.144;AO=18;DP=118;FAO=18;FDP=125;FR=.;FRO=107;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=61;FWDB=-0.00843624;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.708;QD=2.66239;RBI=0.0132835;REFB=-0.00292158;REVB=-0.0102607;RO=100;SAF=9;SAR=9;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759116;STB=0.559934;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0242519;OID=.;OPOS=54611710;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:118:125:100:107:18:18:0.144:9:9:44:56:9:9:46:61 chr19 54611780 . G C 52.8 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0258455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.026;QD=3.15223;RBI=0.0842865;REFB=-0.0102669;REVB=-0.0802261;RO=56;SAF=3;SAR=7;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792051;STB=0.549386;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0610201;OID=.;OPOS=54611780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:56:57:10:10:0.149254:7:3:20:36:7:3:20:37 chr19 54632515 . A G 338.73 PASS AF=0.2;AO=62;DP=310;FAO=62;FDP=310;FR=.;FRO=248;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=117;FSRR=131;FWDB=-0.0254877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.267;QD=4.37074;RBI=0.0752517;REFB=-0.0152341;REVB=-0.070804;RO=247;SAF=23;SAR=39;SRF=116;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130204;STB=0.582684;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0714143;OID=.;OPOS=54632515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:247:248:62:62:0.2:39:23:116:131:39:23:117:131 chr19 54649670 . CT C,CC 405.35 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=4,25;DP=29;FAO=1,28;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518702,0.00938366;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=300.338,305.835;QD=55.9109;RBI=0.0289085,0.0263632;REFB=0,0;REVB=0.0284393,0.0246366;RO=0;SAF=0,3;SAR=4,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.65945e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0100229,0.00200401;OID=.,.;OPOS=54649671,54649671;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0344828,0.965517:4,25:29:1,28:29:0:0,4:1,24:0:0:7:0:0,3:4,22:0:0 chr19 54652203 . T C 1209.74 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300922;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7079;QD=61.2527;RBI=0.030684;REFB=0;REVB=0.00599719;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418842;OID=.;OPOS=54652203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr19 54664044 . C T 87.14 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0114052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9787;QD=5.44599;RBI=0.0290944;REFB=0.0119694;REVB=0.0267658;RO=49;SAF=12;SAR=2;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511458;STB=0.832031;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0152382;OID=.;OPOS=54664044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:49:50:14:14:0.21875:2:12:23:26:2:12:23:27 chr19 54664209 . G C 100.81 PASS AF=0.166667;AO=19;DP=116;FAO=19;FDP=114;FR=.;FRO=95;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=-0.0283472;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8061;QD=3.537;RBI=0.0285834;REFB=-0.00219573;REVB=-0.00366708;RO=93;SAF=10;SAR=9;SRF=56;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097519;STB=0.553018;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0109534;OID=.;OPOS=54664209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:93:95:19:19:0.166667:9:10:56:37:9:10:56:39 chr19 54664752 . A C 76.5 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00461198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.298;QD=4.56722;RBI=0.00465283;REFB=0.00239529;REVB=-0.000615193;RO=54;SAF=7;SAR=6;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478767;STB=0.530987;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.014114;OID=.;OPOS=54664752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:67:67:54:54:13:13:0.19403:6:7:27:27:6:7:27:27 chr19 54667472 . C T 255.25 PASS AF=0.268657;AO=36;DP=135;FAO=36;FDP=134;FR=.;FRO=98;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.0165959;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.823;QD=7.61949;RBI=0.0175893;REFB=0.00507836;REVB=0.0058273;RO=97;SAF=16;SAR=20;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870721;STB=0.555525;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0121548;OID=.;OPOS=54667472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:97:98:36:36:0.268657:20:16:50:47:20:16:51:47 chr19 54673347 . C G 2057.35 PASS AF=0.768868;AO=163;DP=212;FAO=163;FDP=212;FR=.;FRO=49;FSAF=64;FSAR=99;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=0.0359025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6224;QD=38.818;RBI=0.037944;REFB=0.0193025;REVB=-0.0122782;RO=49;SAF=64;SAR=99;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588257;STB=0.531264;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00576795;OID=.;OPOS=54673347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:49:49:163:163:0.768868:99:64:13:36:99:64:13:36 chr19 54677759 . T C 2247.8 PASS AF=1;AO=138;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.676;QD=62.8755;RBI=0.0682394;REFB=0;REVB=0.0678292;RO=0;SAF=80;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47821e-05;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:138:143:1:58:80:0:0:63:80:0:0 chr19 54697079 . C T 2020.63 PASS AF=0.977778;AO=132;DP=135;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0180849;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.684;QD=59.8705;RBI=0.0188615;REFB=-0.0835336;REVB=0.0053568;RO=1;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725639;STB=0.503872;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000126542;OID=.;OPOS=54697079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:135:1:3:132:132:0.977778:65:67:0:1:65:67:1:2 chr19 54723355 . A G 1513.4 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9184;QD=59.9364;RBI=0.0472975;REFB=0;REVB=-0.0428817;RO=0;SAF=65;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266423;OID=.;OPOS=54723355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:36:65:0:0:36:65:0:0 chr19 54723738 . G C 1587.68 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.223;QD=64.1489;RBI=0.016308;REFB=0;REVB=-0.0146812;RO=0;SAF=29;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81153e-05;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:69:29:0:0:69:30:0:0 chr19 54725930 . C T 2323.58 PASS AF=1;AO=143;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3311;QD=63.2266;RBI=0.077325;REFB=0;REVB=-0.0648534;RO=0;SAF=65;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398875;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:143:147:1:78:65:0:0:82:65:0:0 chr19 54725995 . G A 1565.21 PASS AF=0.896;AO=112;DP=125;FAO=112;FDP=125;FR=.;FRO=13;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00333551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.374;QD=50.0867;RBI=0.0344729;REFB=-0.0497114;REVB=0.0343111;RO=13;SAF=47;SAR=65;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998399;STB=0.552823;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0028075;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:125:125:13:13:112:112:0.896:65:47:12:1:65:47:12:1 chr19 54726226 . T C 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00417587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.351;QD=62.3464;RBI=0.0161;REFB=0;REVB=0.015549;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00073e-05;OID=.;OPOS=54726226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr19 54726241 . C T 289.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0400861;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9721;QD=25.2128;RBI=0.0566049;REFB=-0.000536981;REVB=0.0399653;RO=17;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486192;STB=0.516766;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00046831;OID=.;OPOS=54726241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:17:20:26:26:0.565217:14:12:9:8:14:12:10:10 chr19 54726299 . A C 251.79 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.093696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8514;QD=27.221;RBI=0.0940501;REFB=0.00333492;REVB=-0.00815351;RO=13;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795392;STB=0.561043;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00515597;OID=.;OPOS=54726299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:13:14:23:23:0.621622:15:8:6:7:15:8:7:7 chr19 54726324 . G C 177.9 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104626;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.842;QD=47.4406;RBI=0.0186447;REFB=0;REVB=0.0154324;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175791;OID=.;OPOS=54726324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:5:9:0:0:6:9:0:0 chr19 54726816 . A T 684.09 PASS AF=0.615385;AO=64;DP=99;FAO=64;FDP=104;FR=.;FRO=40;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=36;FWDB=0.0472216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.745;QD=26.311;RBI=0.0493101;REFB=-0.0203211;REVB=-0.0141989;RO=34;SAF=36;SAR=28;SRF=4;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279985;STB=0.672847;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0188674;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:104:34:40:64:64:0.615385:28:36:4:30:28:36:4:36 chr19 54726833 . T C 628.17 PASS AF=0.575472;AO=61;DP=106;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=41;FWDB=-0.0954107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6792;QD=23.7045;RBI=0.0975251;REFB=-0.0562682;REVB=-0.0201979;RO=45;SAF=36;SAR=25;SRF=4;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376319;STB=0.703731;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0369576;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:45:45:61:61:0.575472:25:36:4:41:25:36:4:41 chr19 54726839 . C T 607.79 PASS AF=0.550459;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=45;FWDB=-0.00799372;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9657;QD=22.3043;RBI=0.0122101;REFB=-0.03301;REVB=-0.00922966;RO=49;SAF=35;SAR=25;SRF=4;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397156;STB=0.715265;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0201118;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:49:49:60:60:0.550459:25:35:4:45:25:35:4:45 chr19 54726843 . C G 606.27 PASS AF=0.539823;AO=55;DP=107;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=48;FWDB=-0.00627313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.362;QD=21.4609;RBI=0.0166759;REFB=-0.0228945;REVB=-0.015451;RO=50;SAF=34;SAR=21;SRF=4;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442207;STB=0.724302;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0174887;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:113:50:52:55:61:0.539823:21:34:4:46:25:36:4:48 chr19 54726861 . C T 506.62 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=62;FWDB=0.00857466;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.74;QD=16.4756;RBI=0.0165423;REFB=-0.00200626;REVB=-0.0141465;RO=66;SAF=31;SAR=24;SRF=6;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449641;STB=0.750068;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00504573;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:66:68:55:55:0.447154:24:31:6:60:24:31:6:62 chr19 54726872 . C G 404.53 PASS AF=0.429907;AO=44;DP=105;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=55;FWDB=0.0622615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.639;QD=15.1226;RBI=0.0633747;REFB=-0.0212587;REVB=-0.0118261;RO=61;SAF=27;SAR=17;SRF=6;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501493;STB=0.769484;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0671159;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:61:61:44:46:0.429907:17:27:6:55:18:28:6:55 chr19 54743747 . C G 67.18 PASS AF=0.127119;AO=15;DP=118;FAO=15;FDP=118;FR=.;FRO=103;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=0.0532581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2029;QD=2.27736;RBI=0.154135;REFB=-0.000683551;REVB=-0.144641;RO=103;SAF=11;SAR=4;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360762;STB=0.752431;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00190516;OID=.;OPOS=54743747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:118:118:103:103:15:15:0.127119:4:11:45:58:4:11:45:58 chr19 54743758 . C A 680.65 PASS AF=0.585586;AO=65;DP=111;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.105467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.162;QD=24.5278;RBI=0.105688;REFB=0.0124505;REVB=-0.00681767;RO=45;SAF=26;SAR=39;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852367;STB=0.551455;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00657622;OID=.;OPOS=54743758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:45:46:65:65:0.585586:39:26:23:22:39:26:24:22 chr19 54744209 . TA CG 64.67 PASS AF=0.111111;AO=16;DP=144;FAO=16;FDP=144;FR=.;FRO=128;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=88;FSRR=40;FWDB=0.0166122;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.249;QD=1.79648;RBI=0.0255993;REFB=-0.000495451;REVB=-0.0194771;RO=128;SAF=8;SAR=8;SRF=88;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236578;STB=0.666482;STBP=0.178;TYPE=mnp;VARB=0.00382196;OID=.;OPOS=54744209;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:144:144:128:128:16:16:0.111111:8:8:88:40:8:8:88:40 chr19 54744799 . G C 84.9 PASS AF=0.117978;AO=21;DP=178;FAO=21;FDP=178;FR=.;FRO=157;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=108;FWDB=-0.00669445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.27;QD=1.90776;RBI=0.0204116;REFB=-0.00560195;REVB=-0.0192826;RO=157;SAF=12;SAR=9;SRF=49;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320534;STB=0.718714;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0321648;OID=.;OPOS=54744799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:178:178:157:157:21:21:0.117978:9:12:49:108:9:12:49:108 chr19 54746051 . A C 104.51 PASS AF=0.152174;AO=21;DP=137;FAO=21;FDP=138;FR=.;FRO=117;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=66;FWDB=-0.0539167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2051;QD=3.02935;RBI=0.0708311;REFB=0.0060407;REVB=-0.0459352;RO=116;SAF=8;SAR=13;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767102;STB=0.548202;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0363011;OID=.;OPOS=54746051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:116:117:21:21:0.152174:13:8:51:65:13:8:51:66 chr19 54746081 . T C 699.77 PASS AF=0.50365;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.00671399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.218;QD=20.4311;RBI=0.0125482;REFB=-0.0128587;REVB=0.0106009;RO=68;SAF=26;SAR=43;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060638;STB=0.533442;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.008846;OID=.;OPOS=54746081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:68:69:69:0.50365:43:26:30:38:43:26:30:38 chr19 54754752 . T C 1114.77 PASS AF=0.756303;AO=90;DP=119;FAO=90;FDP=119;FR=.;FRO=29;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0227168;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.482;QD=37.4711;RBI=0.0227432;REFB=-0.0276074;REVB=0.001097;RO=28;SAF=48;SAR=42;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623846;STB=0.537506;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0140187;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:28:29:90:90:0.756303:42:48:11:17:42:48:11:18 chr19 54754820 . T G 153.23 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0190614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.028;QD=16.5653;RBI=0.0203249;REFB=-0.0164069;REVB=-0.00705419;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134977;STB=0.564445;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0430153;OID=.;OPOS=54754820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:5:11:16:4:5:12:16:4 chr19 54754946 . G A 125.1 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=0.0258659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4415;QD=10.4247;RBI=0.0907348;REFB=-0.0172222;REVB=0.0869699;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347753;STB=0.701786;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0421009;OID=.;OPOS=54754946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:7:8:27:6:7:8:27:6 chr19 54767879 . T C 920.48 PASS AF=0.645669;AO=78;DP=122;FAO=82;FDP=127;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.0129822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.869;QD=28.9915;RBI=0.0358974;REFB=-0.0101967;REVB=0.0334677;RO=44;SAF=34;SAR=44;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11262;STB=0.55898;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00387729;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:127:44:45:78:82:0.645669:44:34:12:32:47:35:12:33 chr19 54781466 . C G 47.66 PASS AF=0.123596;AO=8;DP=85;FAO=11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=59;FWDB=-0.0229567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1628;QD=2.14223;RBI=0.0278507;REFB=-0.01012;REVB=-0.0157687;RO=71;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210169;STB=0.581378;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0896526;OID=.;OPOS=54781466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:85:89:71:78:8:11:0.123596:7:1:17:54:9:2:19:59 chr19 54782407 . C T 134.57 PASS AF=0.207921;AO=21;DP=101;FAO=21;FDP=101;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.017484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.87;QD=5.32946;RBI=0.0177083;REFB=-0.00238496;REVB=-0.00280978;RO=79;SAF=8;SAR=13;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152013;STB=0.515858;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0107052;OID=.;OPOS=54782407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:79:80:21:21:0.207921:13:8:31:48:13:8:32:48 chr19 54782704 . G C 48.49 PASS AF=0.112245;AO=11;DP=99;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.0298779;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.594;QD=1.97914;RBI=0.0300144;REFB=-0.0092577;REVB=-0.00285932;RO=86;SAF=3;SAR=8;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326219;STB=0.742737;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0187109;OID=.;OPOS=54782704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:99:98:86:87:11:11:0.112245:8:3:47:39:8:3:48:39 chr19 54782710 . A G 47.24 PASS AF=0.107843;AO=11;DP=103;FAO=11;FDP=102;FR=.;FRO=91;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.0221107;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.148;QD=1.85261;RBI=0.0335979;REFB=-0.00473041;REVB=-0.025297;RO=90;SAF=3;SAR=8;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35585;STB=0.756866;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0282266;OID=.;OPOS=54782710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:103:102:90:91:11:11:0.107843:8:3:52:38:8:3:52:39 chr19 54782724 . G A 65.56 PASS AF=0.130841;AO=14;DP=107;FAO=14;FDP=107;FR=.;FRO=93;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=0.0614614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8625;QD=2.45073;RBI=0.0865219;REFB=0.015258;REVB=0.0608976;RO=93;SAF=4;SAR=10;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299146;STB=0.710154;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0665334;OID=.;OPOS=54782724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:107:107:93:93:14:14:0.130841:10:4:49:44:10:4:49:44 chr19 54782919 . C T 1684.83 PASS AF=0.764368;AO=133;DP=174;FAO=133;FDP=174;FR=.;FRO=41;FSAF=54;FSAR=79;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0450658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.983;QD=38.7317;RBI=0.0456877;REFB=-0.0211177;REVB=0.00751301;RO=41;SAF=54;SAR=79;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372029;STB=0.519826;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0058024;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:41:41:133:133:0.764368:79:54:20:21:79:54:20:21 chr19 54783375 . T A 4571.92 PASS AF=0.989761;AO=289;DP=292;FAO=290;FDP=293;FR=.;FRO=3;FSAF=153;FSAR=137;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0722812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.495;QD=62.4153;RBI=0.0759923;REFB=-0.00804566;REVB=0.0234574;RO=3;SAF=152;SAR=137;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00378328;STB=0.501994;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=9.86312e-05;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:292:293:3:3:289:290:0.989761:137:152:1:2:137:153:1:2 chr19 54783923 . A G 1208.41 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576243;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1728;QD=59.6747;RBI=0.0641782;REFB=0;REVB=-0.0282538;RO=2;SAF=35;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262805;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000566218;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:81:2:0:79:81:1:44:35:2:0:44:37:0:0 chr19 54784130 . T C 1271.05 PASS AF=0.778626;AO=81;DP=132;FAO=102;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0691819;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1991;QD=38.8107;RBI=0.070696;REFB=-0.0241667;REVB=0.0145532;RO=30;SAF=54;SAR=27;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126107;STB=0.52781;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00431328;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:30:29:81:102:0.778626:27:54:13:17:47:55:12:17 chr19 54803504 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.544;QD=56.7065;RBI=0.0160303;REFB=0;REVB=0.00827751;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145411;OID=.;OPOS=54803504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr19 54867572 . C T 135.56 PASS AF=0.167785;AO=25;DP=149;FAO=25;FDP=149;FR=.;FRO=124;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=0.00881734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.854;QD=3.63929;RBI=0.0503429;REFB=-0.00809941;REVB=-0.0495647;RO=124;SAF=8;SAR=17;SRF=62;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23393;STB=0.653004;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0383012;OID=.;OPOS=54867572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:124:124:25:25:0.167785:17:8:62:62:17:8:62:62 chr19 54871664 . G C 570.54 PASS AF=0.888889;AO=40;DP=45;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0769809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4895;QD=50.7145;RBI=0.0810767;REFB=-0.0567859;REVB=-0.0254435;RO=5;SAF=32;SAR=8;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678703;STB=0.536215;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00596439;OID=.;OPOS=54871664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:45:45:5:5:40:40:0.888889:8:32:5:0:8:32:5:0 chr19 54872594 . G A 989.85 PASS AF=0.691057;AO=83;DP=122;FAO=85;FDP=123;FR=.;FRO=38;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00586553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0707;QD=32.1901;RBI=0.0170409;REFB=-0.0129799;REVB=-0.0159996;RO=38;SAF=38;SAR=45;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842342;STB=0.544809;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00606545;OID=.;OPOS=54872594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:38:38:83:85:0.691057:45:38:12:26:46:39:12:26 chr19 54872611 . A T 1240.87 PASS AF=0.706294;AO=101;DP=143;FAO=101;FDP=143;FR=.;FRO=42;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0415743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1286;QD=34.7095;RBI=0.0723647;REFB=-0.0118593;REVB=-0.0592303;RO=42;SAF=42;SAR=59;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197427;STB=0.510581;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0072206;OID=.;OPOS=54872611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:42:42:101:101:0.706294:59:42:16:26:59:42:16:26 chr19 54872698 . C G 1217.67 PASS AF=0.680272;AO=99;DP=146;FAO=100;FDP=147;FR=.;FRO=47;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0406751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9986;QD=33.1339;RBI=0.0408891;REFB=-0.0213262;REVB=-0.00417761;RO=45;SAF=48;SAR=51;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540214;STB=0.536949;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0139587;OID=.;OPOS=54872698;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:45:47:99:100:0.680272:51:48:26:19:52:48:28:19 chr19 54875881 . C T 1268.79 PASS AF=0.748148;AO=100;DP=134;FAO=101;FDP=135;FR=.;FRO=34;FSAF=71;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00898563;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.793;QD=37.5937;RBI=0.0460923;REFB=-0.0312108;REVB=0.0452079;RO=34;SAF=70;SAR=30;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201278;STB=0.509823;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0127661;OID=.;OPOS=54875881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:34:34:100:101:0.748148:30:70:25:9:30:71:25:9 chr19 55048270 . C T 238.99 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00283643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.032;QD=9.75461;RBI=0.00685081;REFB=7.32768e-06;REVB=-0.00623605;RO=64;SAF=20;SAR=10;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200473;STB=0.609854;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.000127415;OID=.;OPOS=55048270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:68:30:30:0.306122:10:20:32:32:10:20:35:33 chr19 55085399 . G A 2383.35 PASS AF=0.647799;AO=206;DP=318;FAO=206;FDP=318;FR=.;FRO=112;FSAF=108;FSAR=98;FSRF=45;FSRR=67;FWDB=0.000167988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.637;QD=29.9792;RBI=0.0126014;REFB=-0.0412143;REVB=0.0126003;RO=104;SAF=108;SAR=98;SRF=45;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572662;STB=0.543057;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0187668;OID=.;OPOS=55085399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:104:112:206:206:0.647799:98:108:45:59:98:108:45:67 chr19 55086775 . C T 3506.14 PASS AF=0.942085;AO=220;DP=259;FAO=244;FDP=259;FR=.;FRO=15;FSAF=128;FSAR=116;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00224516;FXX=0.00766254;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.152;QD=54.1489;RBI=0.00233588;REFB=-0.0765345;REVB=-0.000644674;RO=0;SAF=106;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50642e-08;STB=0.503361;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000309907;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:259:259:0:15:220:244:0.942085:114:106:0:0:116:128:7:8 chr19 55089082 . C A 69.65 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.100451;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.424;QD=4.28605;RBI=0.100492;REFB=-0.00143817;REVB=-0.00287161;RO=52;SAF=5;SAR=7;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103856;STB=0.560622;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00488461;OID=.;OPOS=55089082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:66:65:52:53:12:12:0.184615:7:5:26:26:7:5:26:27 chr19 55098667 . G A 2896.37 PASS AF=0.808118;AO=219;DP=273;FAO=219;FDP=271;FR=.;FRO=52;FSAF=117;FSAR=102;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0033365;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3882;QD=42.7508;RBI=0.0231786;REFB=0.0189817;REVB=-0.0229372;RO=52;SAF=117;SAR=102;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263952;STB=0.513989;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00265204;OID=.;OPOS=55098667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:271:52:52:219:219:0.808118:102:117:24:28:102:117:24:28 chr19 55105722 . G C 1517.14 PASS AF=0.692308;AO=124;DP=180;FAO=126;FDP=182;FR=.;FRO=56;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0609563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.347;QD=33.3438;RBI=0.0609934;REFB=-0.0101665;REVB=0.00212704;RO=56;SAF=67;SAR=57;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545624;STB=0.531229;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00695077;OID=.;OPOS=55105722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:56:56:124:126:0.692308:57:67:25:31:57:69:25:31 chr19 55105727 . A G 1449.2 PASS AF=0.677778;AO=122;DP=180;FAO=122;FDP=180;FR=.;FRO=58;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0193623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.264;QD=32.2044;RBI=0.027169;REFB=-0.0229074;REVB=0.0190593;RO=56;SAF=68;SAR=54;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044451;STB=0.529784;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0107873;OID=.;OPOS=55105727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:56:58:122:122:0.677778:54:68:27:29:54:68:27:31 chr19 55105743 . A G 1566.24 PASS AF=0.702703;AO=126;DP=181;FAO=130;FDP=185;FR=.;FRO=55;FSAF=75;FSAR=55;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0132174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.237;QD=33.8647;RBI=0.0172202;REFB=-0.00569189;REVB=0.0110379;RO=55;SAF=74;SAR=52;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453352;STB=0.520522;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00192726;OID=.;OPOS=55105743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:185:55:55:126:130:0.702703:52:74:28:27:55:75:28:27 chr19 55106317 . A G 1943.99 PASS AF=0.685106;AO=160;DP=236;FAO=161;FDP=235;FR=.;FRO=74;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=0.00512221;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.355;QD=33.0892;RBI=0.00570884;REFB=-0.00870607;REVB=0.00252067;RO=74;SAF=73;SAR=87;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097471;STB=0.552897;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00832557;OID=.;OPOS=55106317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:74:74:160:161:0.685106:87:73:46:28:88:73:46:28 chr19 55106338 . A C 1690.6 PASS AF=0.660633;AO=145;DP=222;FAO=146;FDP=221;FR=.;FRO=75;FSAF=65;FSAR=81;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.0148911;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.809;QD=30.599;RBI=0.0156379;REFB=-0.0075635;REVB=-0.00477479;RO=74;SAF=64;SAR=81;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113326;STB=0.561482;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00318792;OID=.;OPOS=55106338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:221:74:75:145:146:0.660633:81:64:46:28:81:65:47:28 chr19 55106590 . A G 1131.13 PASS AF=0.719697;AO=85;DP=124;FAO=95;FDP=132;FR=.;FRO=37;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0617904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.349;QD=34.2767;RBI=0.0625686;REFB=-0.0454668;REVB=0.00983744;RO=37;SAF=34;SAR=51;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127476;STB=0.512313;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0182529;OID=.;OPOS=55106590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:132:37:37:85:95:0.719697:51:34:14:23:55:40:14:23 chr19 55106865 . T C 1596.0 PASS AF=0.760234;AO=123;DP=165;FAO=130;FDP=171;FR=.;FRO=41;FSAF=61;FSAR=69;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0335852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.94;QD=37.3333;RBI=0.0362278;REFB=-0.0373069;REVB=0.0135825;RO=41;SAF=59;SAR=64;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305666;STB=0.513159;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00844627;OID=.;OPOS=55106865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:171:41:41:123:130:0.760234:64:59:17:24:69:61:17:24 chr19 55107308 . G C 484.66 PASS AF=0.54023;AO=43;DP=83;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0109006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.909;QD=22.2832;RBI=0.0256624;REFB=-0.0203501;REVB=-0.0232322;RO=40;SAF=25;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115078;STB=0.578231;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0160372;OID=.;OPOS=55107308;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:40:40:43:47:0.54023:18:25:18:22:18:29:18:22 chr19 55107313 . T C 406.59 PASS AF=0.5;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00662115;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.043;QD=19.8336;RBI=0.0144309;REFB=-0.019351;REVB=-0.0128223;RO=41;SAF=26;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196759;STB=0.613203;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00886591;OID=.;OPOS=55107313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:41:41:40:41:0.5:14:26:18:23:14:27:18:23 chr19 55107336 . C T 361.49 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0182777;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9772;QD=20.0828;RBI=0.0313154;REFB=-0.0153419;REVB=0.0254279;RO=35;SAF=20;SAR=17;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978589;STB=0.554278;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00657789;OID=.;OPOS=55107336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:35:35:37:37:0.513889:17:20:15:20:17:20:15:20 chr19 55107343 . T C 376.27 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00212961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.848;QD=21.198;RBI=0.00609514;REFB=-0.0179369;REVB=-0.005711;RO=32;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120805;STB=0.573393;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0140378;OID=.;OPOS=55107343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:33:38:38:0.535211:17:21:13:19:17:21:13:20 chr19 55142101 . G A 731.21 PASS AF=0.766234;AO=59;DP=77;FAO=59;FDP=77;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0464057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9224;QD=37.9851;RBI=0.051141;REFB=0.00715578;REVB=-0.0214921;RO=17;SAF=30;SAR=29;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403355;STB=0.527927;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00283637;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:17:18:59:59:0.766234:29:30:7:10:29:30:7:11 chr19 55142739 . A C 616.34 PASS AF=0.602151;AO=52;DP=90;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00392877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.251;QD=26.5093;RBI=0.00414529;REFB=-0.00545868;REVB=0.0013222;RO=33;SAF=31;SAR=21;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102435;STB=0.56613;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0035148;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:33:37:52:56:0.602151:21:31:15:18:24:32:15:22 chr19 55143083 . T C 3045.25 PASS AF=0.782895;AO=234;DP=300;FAO=238;FDP=304;FR=.;FRO=66;FSAF=121;FSAR=117;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.021323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.78;QD=40.069;RBI=0.0214983;REFB=-0.00609605;REVB=-0.0027395;RO=66;SAF=118;SAR=116;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268821;STB=0.514978;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00184407;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:304:66:66:234:238:0.782895:116:118:29:37:117:121:29:37 chr19 55143156 . TG CA 2955.75 PASS AF=0.789474;AO=224;DP=286;FAO=225;FDP=285;FR=.;FRO=60;FSAF=110;FSAR=115;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00953466;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.904;QD=41.4841;RBI=0.0132815;REFB=-0.00172331;REVB=0.00924594;RO=57;SAF=110;SAR=114;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133685;STB=0.504681;STBP=0.775;TYPE=mnp;VARB=0.000515672;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:285:57:60:224:225:0.789474:114:110:26:31:115:110:28:32 chr19 55143452 . T C 1175.28 PASS AF=0.70073;AO=95;DP=137;FAO=96;FDP=137;FR=.;FRO=41;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.00532081;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.972;QD=34.3147;RBI=0.0157782;REFB=0.00618462;REVB=-0.014854;RO=41;SAF=38;SAR=57;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093328;STB=0.551315;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00281083;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:41:41:95:96:0.70073:57:38:10:31:57:39:10:31 chr19 55143491 . G T 2120.49 PASS AF=0.7125;AO=171;DP=240;FAO=171;FDP=240;FR=.;FRO=69;FSAF=69;FSAR=102;FSRF=20;FSRR=49;FWDB=0.00150726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.943;QD=35.3415;RBI=0.0131728;REFB=-0.0204431;REVB=-0.0130863;RO=68;SAF=69;SAR=102;SRF=20;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613506;STB=0.534386;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00850908;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:68:69:171:171:0.7125:102:69:20:48:102:69:20:49 chr19 55144186 . C T 117.65 PASS AF=0.173228;AO=22;DP=127;FAO=22;FDP=127;FR=.;FRO=105;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=41;FWDB=0.0672751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0118;QD=3.70545;RBI=0.0689402;REFB=-0.000514913;REVB=0.0150601;RO=104;SAF=12;SAR=10;SRF=64;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911891;STB=0.553888;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00693316;OID=.;OPOS=55144186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:104:105:22:22:0.173228:10:12:64:40:10:12:64:41 chr19 55174498 . T C 837.33 PASS AF=0.685185;AO=75;DP=109;FAO=74;FDP=108;FR=.;FRO=34;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0762643;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9545;QD=31.0121;RBI=0.0970496;REFB=-0.0312574;REVB=-0.0600199;RO=34;SAF=38;SAR=37;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379279;STB=0.518514;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0145213;OID=.;OPOS=55174498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:34:34:75:74:0.685185:37:38:15:19:37:37:15:19 chr19 55175736 . C CT 699.38 PASS AF=1;AO=13;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238622;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.14058;QD=26.643;RBI=0.0884913;REFB=-0.00784962;REVB=0.0852133;RO=93;SAF=4;SAR=9;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280151;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00299822;OID=.;OPOS=55175737;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:106:105:105:0:53:52:0:0:14:93:4:9:50:43 chr19 55175740 . C T 1310.3 PASS AF=0.916667;AO=90;DP=100;FAO=99;FDP=108;FR=.;FRO=9;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0504547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3073;QD=48.5298;RBI=0.0596351;REFB=-0.0237387;REVB=0.031791;RO=10;SAF=47;SAR=43;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419475;STB=0.526123;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0406743;OID=.;OPOS=55175740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:100:108:10:9:90:99:0.916667:43:47:3:7:46:53:2:7 chr19 55176262 . A G 865.23 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.117;QD=57.6817;RBI=0.0409605;REFB=0;REVB=0.0361673;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19872e-05;OID=.;OPOS=55176262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:29:28:0:0:32:28:0:0 chr19 55176535 . C T 155.73 PASS AF=0.190141;AO=27;DP=139;FAO=27;FDP=142;FR=.;FRO=115;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=71;FSRR=44;FWDB=0.00635616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.258;QD=4.38682;RBI=0.067096;REFB=-0.00324065;REVB=-0.0667942;RO=98;SAF=16;SAR=11;SRF=67;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123758;STB=0.520943;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.012164;OID=.;OPOS=55176535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:98:115:27:27:0.190141:11:16:67:31:11:16:71:44 chr19 55179120 . C T 1232.38 PASS AF=0.704225;AO=100;DP=142;FAO=100;FDP=142;FR=.;FRO=42;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0277481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.519;QD=34.7149;RBI=0.0364652;REFB=-0.0272723;REVB=-0.0236591;RO=42;SAF=45;SAR=55;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277644;STB=0.514891;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00965175;OID=.;OPOS=55179120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:42:42:100:100:0.704225:55:45:21:21:55:45:21:21 chr19 55179364 . A G 680.84 PASS AF=0.609524;AO=63;DP=104;FAO=64;FDP=105;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00669607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.288;QD=25.9366;RBI=0.0318942;REFB=-0.00455416;REVB=-0.0311833;RO=41;SAF=25;SAR=38;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677656;STB=0.532592;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00237965;OID=.;OPOS=55179364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:41:41:63:64:0.609524:38:25:20:21:38:26:20:21 chr19 55237616 . C T 1933.6 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.848;QD=61.8753;RBI=0.00366674;REFB=0;REVB=-0.00348091;RO=0;SAF=43;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01748e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.97453e-07;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:81:43:0:0:81:44:0:0 chr19 55237677 . C T 1273.9 PASS AF=0.955056;AO=85;DP=89;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00780179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.049;QD=57.2541;RBI=0.0080422;REFB=0.022886;REVB=-0.00195167;RO=3;SAF=19;SAR=66;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210463;STB=0.514702;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000679772;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:89:89:3:4:85:85:0.955056:66:19:0:3:66:19:0:4 chr19 55239223 . G A 1825.22 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.154;QD=60.3377;RBI=0.0243618;REFB=-0.128897;REVB=0.0181516;RO=1;SAF=67;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703742;STB=0.503703;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=2.51609e-06;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:53:67:1:0:53:67:1:0 chr19 55246739 . C T 2040.76 PASS AF=0.992481;AO=131;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0431114;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9289;QD=61.3763;RBI=0.0436215;REFB=0.00117226;REVB=-0.00665143;RO=1;SAF=62;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760425;STB=0.503936;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00114704;OID=.;OPOS=55246739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:131:132:0.992481:69:62:1:0:69:63:1:0 chr19 55286650 . T C 83.51 PASS AF=0.172414;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0258484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.928;QD=3.83939;RBI=0.0494006;REFB=-0.00875879;REVB=-0.0420984;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263274;STB=0.506925;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0444094;OID=.;OPOS=55286650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:87:33:72:15:15:0.172414:8:7:23:10:8:7:33:39 chr19 55286665 . T A 129.19 PASS AF=0.2;AO=22;DP=111;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=-0.0240091;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0727;QD=4.69786;RBI=0.0248972;REFB=0.000579455;REVB=0.00659037;RO=87;SAF=14;SAR=8;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26353;STB=0.661094;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00188351;OID=.;OPOS=55286665;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:87:88:22:22:0.2:8:14:37:50:8:14:38:50 chr19 55286767 . G T 61.64 PASS AF=0.1;AO=17;DP=172;FAO=17;FDP=170;FR=.;FRO=153;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=89;FWDB=-0.0293423;FXX=0.0116272;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.49;QD=1.45036;RBI=0.0387761;REFB=-0.00254983;REVB=-0.0253499;RO=152;SAF=8;SAR=9;SRF=63;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683036;STB=0.547431;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0398264;OID=.;OPOS=55286767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:172:170:152:153:17:17:0.1:9:8:63:89:9:8:64:89 chr19 55286770 . C G 80.81 PASS AF=0.116959;AO=20;DP=171;FAO=20;FDP=171;FR=.;FRO=151;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=89;FWDB=-0.0310089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.856;QD=1.89021;RBI=0.0329419;REFB=-0.00108352;REVB=-0.0111184;RO=150;SAF=11;SAR=9;SRF=61;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176567;STB=0.621209;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0162919;OID=.;OPOS=55286770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:171:171:150:151:20:20:0.116959:9:11:61:89:9:11:62:89 chr19 55286773 . AGG GCA 83.8 PASS AF=0.121951;AO=20;DP=166;FAO=20;FDP=164;FR=.;FRO=144;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=89;FWDB=-0.0179717;FXX=0.017963;HRUN=2;LEN=3;MLLD=245.516;QD=2.04388;RBI=0.0242533;REFB=-0.00177431;REVB=-0.0162862;RO=138;SAF=11;SAR=9;SRF=50;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233849;STB=0.6446;STBP=0.181;TYPE=mnp;VARB=0.0229297;OID=.;OPOS=55286773;OREF=AGG;OALT=GCA;OMAPALT=GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:166:164:138:144:20:20:0.121951:9:11:50:88:9:11:55:89 chr19 55286795 . T C 62.54 PASS AF=0.101796;AO=17;DP=164;FAO=17;FDP=167;FR=.;FRO=150;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=90;FWDB=-0.0283831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.893;QD=1.4979;RBI=0.0287439;REFB=0.000112979;REVB=-0.00454045;RO=147;SAF=11;SAR=6;SRF=57;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305296;STB=0.712317;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00182914;OID=.;OPOS=55286795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:164:167:147:150:17:17:0.101796:6:11:57:90:6:11:60:90 chr19 55317439 . C T 584.08 PASS AF=0.857143;AO=40;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0112934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.927;QD=47.6797;RBI=0.125145;REFB=-0.0456545;REVB=0.124634;RO=7;SAF=22;SAR=18;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033911;STB=0.517098;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00339391;OID=.;OPOS=55317439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:7:7:40:42:0.857143:18:22:3:4:19:23:3:4 chr19 55317456 . G A 40.24 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0127535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.031;QD=2.51508;RBI=0.0238934;REFB=-0.00422023;REVB=-0.0202051;RO=56;SAF=2;SAR=6;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341508;STB=0.749376;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0370157;OID=.;OPOS=55317456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:56:56:8:8:0.125:6:2:30:26:6:2:30:26 chr19 55317669 . C G 150.88 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00745722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.859;QD=12.5731;RBI=0.0259193;REFB=-0.00319826;REVB=-0.0248234;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00859308;STB=0.505045;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00642633;OID=.;OPOS=55317669;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:7:10:18:13:7:10:18:13 chr19 55320279 . G A 2642.13 PASS AF=0.994186;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00355227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.654;QD=61.4449;RBI=0.00678228;REFB=-0.0256667;REVB=0.0057776;RO=1;SAF=79;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514568;STB=0.502702;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000189639;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:172:1:1:171:171:0.994186:92:79:0:1:92:79:0:1 chr19 55324635 . T C 1339.32 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.107;QD=62.2938;RBI=0.015422;REFB=0;REVB=-0.0146831;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49727e-05;OID=.;OPOS=55324635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr19 55325455 . G A 79.85 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0795899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.603;QD=5.80743;RBI=0.0855634;REFB=-0.00209461;REVB=-0.0314093;RO=42;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131112;STB=0.574344;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0203687;OID=.;OPOS=55325455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:42:43:12:12:0.218182:5:7:20:22:5:7:21:22 chr19 55327930 . A G 428.99 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00986971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4232;QD=57.1985;RBI=0.110417;REFB=0;REVB=-0.109975;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0009711;OID=.;OPOS=55327930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:6:23:0:0:6:24:0:0 chr19 55327960 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.657;QD=59.435;RBI=0.0408825;REFB=0;REVB=0.0187911;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373315;OID=.;OPOS=55327960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:7:28:0:0:7:28:0:0 chr19 55328959 . G T 1377.8 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.462;QD=62.6274;RBI=0.0350051;REFB=0;REVB=-0.0317583;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10332e-05;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:41:46:0:0:41:47:0:0 chr19 55328973 . T G 798.44 PASS AF=0.673469;AO=65;DP=96;FAO=66;FDP=98;FR=.;FRO=32;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.01066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.789;QD=32.5895;RBI=0.0144257;REFB=0.012255;REVB=-0.00971934;RO=31;SAF=39;SAR=26;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516487;STB=0.530351;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00586099;OID=.;OPOS=55328973;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:31:32:65:66:0.673469:26:39:16:15:27:39:16:16 chr19 55328993 . G C,T 1488.3 PASS AF=0.932692,0.0576923;AO=98,5;DP=104;FAO=97,6;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=51,3;FSAR=46,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018496,-0.0082257;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.0673,163.881;QD=57.2424;RBI=0.0204178,0.0314025;REFB=-0.0429995,-0.0728866;REVB=-0.00864779,-0.030306;RO=1;SAF=52,2;SAR=46,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0101995,0.121807;STB=0.505375,0.571194;STBP=0.321,0.508;TYPE=snp,snp;VARB=0.00113961,0.160555;OID=.,.;OPOS=55328993,55328993;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:104:104:1:1:98,5:97,6:0.932692,0.0576923:46,3:52,2:0:1:46,3:51,3:0:1 chr19 55329021 . A G 1589.03 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.62;QD=59.9634;RBI=0.0701369;REFB=0;REVB=-0.0699586;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.56237e-05;OID=.;OPOS=55329021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:53:52:0:0:54:52:0:0 chr19 55329783 . A G 768.99 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00994615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1441;QD=54.9278;RBI=0.0900172;REFB=0.062012;REVB=-0.089466;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159783;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00111235;OID=.;OPOS=55329783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:29:26:0:1:29:26:0:1 chr19 55329901 . A G 1032.45 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519163;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.076;QD=59.8522;RBI=0.0519179;REFB=0;REVB=-0.000408191;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258391;OID=.;OPOS=55329901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr19 55329922 . A T 774.61 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00641934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7523;QD=53.4215;RBI=0.069131;REFB=-0.15738;REVB=0.0688324;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015982;STB=0.500616;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0256273;OID=.;OPOS=55329922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:29:27:0:1:29:27:1:1 chr19 55333096 . T C 51.19 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0141806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.558;QD=2.92494;RBI=0.0217571;REFB=-0.00100116;REVB=-0.0165009;RO=60;SAF=7;SAR=3;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912898;STB=0.564382;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0043923;OID=.;OPOS=55333096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:60:60:10:10:0.142857:3:7:38:22:3:7:38:22 chr19 55340836 . A G 1386.86 PASS AF=0.72327;AO=113;DP=160;FAO=115;FDP=159;FR=.;FRO=44;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00223046;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.246;QD=34.8896;RBI=0.0158342;REFB=-0.0127385;REVB=0.0156763;RO=43;SAF=42;SAR=71;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038278;STB=0.526274;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00472916;OID=.;OPOS=55340836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:43:44:113:115:0.72327:71:42:19:24:73:42:20:24 chr19 55341575 . G C 443.01 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0197585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2578;QD=35.4404;RBI=0.0332503;REFB=0.0372188;REVB=-0.0267429;RO=15;SAF=8;SAR=27;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123644;STB=0.567527;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0168922;OID=.;OPOS=55341575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:27:8:6:9:27:8:6:9 chr19 55341589 . C T 466.44 PASS AF=0.769231;AO=40;DP=52;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0296199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2721;QD=35.8802;RBI=0.0297699;REFB=-0.0346089;REVB=-0.00298436;RO=12;SAF=11;SAR=29;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731139;STB=0.539514;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0135659;OID=.;OPOS=55341589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:12:12:40:40:0.769231:29:11:5:7:29:11:5:7 chr19 55349264 . G A 1504.92 PASS AF=0.780822;AO=114;DP=146;FAO=114;FDP=146;FR=.;FRO=32;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00217521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.921;QD=41.2307;RBI=0.0268139;REFB=-0.038834;REVB=-0.0267255;RO=31;SAF=67;SAR=47;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023909;STB=0.508454;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0110706;OID=.;OPOS=55349264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:31:32:114:114:0.780822:47:67:20:11:47:67:20:12 chr19 55350948 . A T 790.69 PASS AF=0.95082;AO=56;DP=60;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00603862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7006;QD=51.8488;RBI=0.0795426;REFB=-0.0555075;REVB=-0.079313;RO=3;SAF=32;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421745;STB=0.52112;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00090913;OID=.;OPOS=55350948;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:61:3:3:56:58:0.95082:24:32:3:0:24:34:3:0 chr19 55350979 . A G 857.78 PASS AF=0.770115;AO=67;DP=87;FAO=67;FDP=87;FR=.;FRO=20;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.02365;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1083;QD=39.4381;RBI=0.0851537;REFB=-0.00175492;REVB=-0.0818036;RO=19;SAF=31;SAR=36;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697171;STB=0.531584;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00173269;OID=.;OPOS=55350979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:19:20:67:67:0.770115:36:31:12:7:36:31:12:8 chr19 55351022 . A C 1231.49 PASS AF=0.782258;AO=97;DP=124;FAO=97;FDP=124;FR=.;FRO=27;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0255686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9388;QD=39.7255;RBI=0.0651633;REFB=-0.0569573;REVB=-0.0599375;RO=27;SAF=52;SAR=45;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525999;STB=0.528045;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0144365;OID=.;OPOS=55351022;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:27:27:97:97:0.782258:45:52:11:16:45:52:11:16 chr19 55359272 . C G 2330.91 PASS AF=1;AO=154;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9483;QD=59.3861;RBI=0.125579;REFB=0;REVB=-0.0115537;RO=1;SAF=69;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684462;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941184;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:157:157:1:0:154:157:1:85:69:1:0:85:72:0:0 chr19 55361942 . G T 1151.2 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.755;QD=59.8026;RBI=0.0395758;REFB=0;REVB=0.03931;RO=1;SAF=58;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123866;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:76:77:1:18:58:0:1:19:58:0:0 chr19 55362719 . G T 3786.31 PASS AF=1;AO=236;DP=239;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231571;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.291;QD=62.8433;RBI=0.0232926;REFB=0;REVB=-0.00250871;RO=0;SAF=123;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.10131e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31853e-05;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:241:0:0:236:241:1:113:123:0:0:115:126:0:0 chr19 55363504 . G A 777.35 PASS AF=0.7875;AO=59;DP=76;FAO=63;FDP=80;FR=.;FRO=17;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.124882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7863;QD=38.8673;RBI=0.124979;REFB=-0.044242;REVB=-0.00491028;RO=17;SAF=37;SAR=22;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166671;STB=0.583004;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0159161;OID=.;OPOS=55363504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:80:17:17:59:63:0.7875:22:37:4:13:24:39:4:13 chr19 55365240 . C A 733.12 PASS AF=0.731707;AO=59;DP=81;FAO=60;FDP=82;FR=.;FRO=22;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0164871;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.544;QD=35.7621;RBI=0.026819;REFB=-0.0213732;REVB=0.0211527;RO=21;SAF=35;SAR=24;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150791;STB=0.571405;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0104263;OID=.;OPOS=55365240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:21:22:59:60:0.731707:24:35:6:15:25:35:7:15 chr19 55365320 . G T 117.61 PASS AF=0.171875;AO=22;DP=124;FAO=22;FDP=128;FR=.;FRO=106;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=-0.00203812;FXX=0.00775134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.466;QD=3.6752;RBI=0.0365105;REFB=-0.00204248;REVB=-0.0364536;RO=102;SAF=12;SAR=10;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298628;STB=0.525157;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0100533;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:102:106:22:22:0.171875:10:12:58:44:10:12:61:45 chr19 55367174 . C G 209.03 PASS AF=0.258333;AO=31;DP=120;FAO=31;FDP=120;FR=.;FRO=89;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.0732072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.216;QD=6.9677;RBI=0.0752914;REFB=0.00680415;REVB=0.0175925;RO=89;SAF=18;SAR=13;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079478;STB=0.547795;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0211109;OID=.;OPOS=55367174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:89:89:31:31:0.258333:13:18:46:43:13:18:46:43 chr19 55377813 . C T 876.99 PASS AF=0.697248;AO=76;DP=109;FAO=76;FDP=109;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0170239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.666;QD=32.1832;RBI=0.0205486;REFB=-0.0276476;REVB=0.0115079;RO=30;SAF=30;SAR=46;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392925;STB=0.509308;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00965238;OID=.;OPOS=55377813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:30:33:76:76:0.697248:46:30:14:16:46:30:14:19 chr19 55378083 . T C 1082.5 PASS AF=0.807339;AO=74;DP=99;FAO=88;FDP=109;FR=.;FRO=21;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0285295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.629;QD=39.7247;RBI=0.0286256;REFB=-0.0197818;REVB=-0.00234394;RO=20;SAF=36;SAR=38;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538385;STB=0.515677;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00362099;OID=.;OPOS=55378083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:109:20:21:74:88:0.807339:38:36:10:10:39:49:10:11 chr19 55396900 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.354;QD=57.8848;RBI=0.00957718;REFB=0;REVB=0.00259813;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.46042e-06;OID=.;OPOS=55396900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:22:37:0:0:23:37:0:0 chr19 55399643 . T C 1403.59 PASS AF=0.774648;AO=105;DP=136;FAO=110;FDP=142;FR=.;FRO=32;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00281569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9687;QD=39.5377;RBI=0.00489864;REFB=0.00583379;REVB=-0.00400856;RO=31;SAF=57;SAR=48;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00238152;STB=0.503875;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00163985;OID=.;OPOS=55399643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:142:31:32:105:110:0.774648:48:57:17:14:50:60:18:14 chr19 55399684 . C T 1101.48 PASS AF=0.792793;AO=88;DP=111;FAO=88;FDP=111;FR=.;FRO=23;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0832802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9236;QD=39.6929;RBI=0.0869001;REFB=-0.0774611;REVB=0.0248202;RO=23;SAF=46;SAR=42;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000384695;STB=0.500205;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0204306;OID=.;OPOS=55399684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:23:23:88:88:0.792793:42:46:12:11:42:46:12:11 chr19 55420801 . C A 702.43 PASS AF=0.823529;AO=55;DP=68;FAO=56;FDP=68;FR=.;FRO=12;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0163237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.274;QD=41.3192;RBI=0.0195625;REFB=-0.0366997;REVB=0.0107809;RO=12;SAF=30;SAR=25;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128037;STB=0.508454;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00832598;OID=.;OPOS=55420801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:68:68:12:12:55:56:0.823529:25:30:7:5:26:30:7:5 chr19 55423530 . C T 945.42 PASS AF=0.752577;AO=73;DP=97;FAO=73;FDP=97;FR=.;FRO=24;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00457586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.939;QD=38.9865;RBI=0.0414666;REFB=-0.00994235;REVB=0.0412134;RO=24;SAF=38;SAR=35;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671416;STB=0.535956;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00410964;OID=.;OPOS=55423530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:24:24:73:73:0.752577:35:38:9:15:35:38:9:15 chr19 55424203 . GGAA G,GG 357.38 PASS AF=0.685185,0.0555556;AO=30,7;DP=52;FAO=37,3;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=11,1;FSAR=26,2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0209847,0.0187814;FXX=0.0181785;HRUN=3,2;LEN=3,2;MLLD=280.35,275.347;QD=26.4729;RBI=0.0211535,0.0189242;REFB=-0.0125047,-0.0138227;REVB=0.00266776,0.00232071;RO=14;SAF=7,4;SAR=23,3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0.400709,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0415019,0.301111;STB=0.503815,0.545163;STBP=0.96,0.959;TYPE=del,del;VARB=0.00278821,0.0214036;OID=.,.;OPOS=55424204,55424205;OREF=GAA,AA;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.685185,0.0555556:30,7:52:37,3:54:14:11,1:26,2:4:10:66:14:7,4:23,3:4:10 chr19 55441902 . T C 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.000350061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.234;QD=4.00458;RBI=0.0132072;REFB=-0.00151963;REVB=0.0132026;RO=41;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112522;STB=0.576092;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00840722;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:5:3:12:29:5:3:12:29 chr19 55441995 . A G 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0690501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.33;QD=6.30259;RBI=0.0690819;REFB=-0.0156701;REVB=-0.0020969;RO=41;SAF=3;SAR=9;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196466;STB=0.626148;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0564131;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:9:3:16:25:9:3:16:25 chr19 55459052 . A G 904.0 PASS AF=0.72;AO=71;DP=100;FAO=72;FDP=100;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00302716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3446;QD=36.1601;RBI=0.0916171;REFB=0.00735023;REVB=-0.0915671;RO=28;SAF=26;SAR=45;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349815;STB=0.520232;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00156448;OID=.;OPOS=55459052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:28:28:71:72:0.72:45:26:12:16:46:26:12:16 chr19 55485899 . G A 49.66 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0167814;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.768;QD=4.13829;RBI=0.0221996;REFB=-0.000360706;REVB=0.0145329;RO=37;SAF=7;SAR=1;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563061;STB=0.864651;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00451051;OID=.;OPOS=55485899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:48:37:40:8:8:0.166667:1:7:15:22:1:7:18:22 chr19 55494881 . C G 665.82 PASS AF=0.662791;AO=55;DP=85;FAO=57;FDP=86;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00342406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8974;QD=30.9682;RBI=0.059611;REFB=0.000721629;REVB=0.0595126;RO=29;SAF=26;SAR=29;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377422;STB=0.514422;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00017162;OID=.;OPOS=55494881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:29:29:55:57:0.662791:29:26:12:17:31:26:12:17 chr19 55501579 . A C 871.66 PASS AF=0.734043;AO=68;DP=93;FAO=69;FDP=94;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0419435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.208;QD=37.092;RBI=0.0424503;REFB=-0.0357287;REVB=-0.00653953;RO=25;SAF=28;SAR=40;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954388;STB=0.548272;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0170432;OID=.;OPOS=55501579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:25:25:68:69:0.734043:40:28:15:10:40:29:15:10 chr19 55512137 . C A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.99;QD=63.8708;RBI=0.0114632;REFB=0;REVB=0.0113718;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07812e-05;OID=.;OPOS=55512137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:33:15:0:0:33:15:0:0 chr19 55512232 . C A 437.86 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00331515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.174;QD=38.9207;RBI=0.00758244;REFB=-0.0273915;REVB=0.00681932;RO=10;SAF=13;SAR=21;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782997;STB=0.504852;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00757735;OID=.;OPOS=55512232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:10:11:34:34:0.755556:21:13:4:6:21:13:4:7 chr19 55525596 . T C 114.66 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.635;QD=41.694;RBI=0.0351636;REFB=0;REVB=0.0254937;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52517e-05;OID=.;OPOS=55525596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:4:7:0:0 chr19 55525894 . G A 1400.12 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0279142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.1779;QD=61.5439;RBI=0.0285866;REFB=-0.108208;REVB=0.00616367;RO=1;SAF=53;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885968;STB=0.504672;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000520003;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:37:53:1:0:37:53:1:0 chr19 55526345 . T G 770.01 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174578;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.133;QD=64.1676;RBI=0.0174925;REFB=0;REVB=0.00110204;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87997e-06;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr19 55526359 . A T 746.61 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.755;QD=63.5414;RBI=0.0376866;REFB=0;REVB=0.0272544;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179092;OID=.;OPOS=55526359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr19 55526373 . G C 430.08 PASS AF=0.730769;AO=38;DP=52;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00248818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.024;QD=33.083;RBI=0.00248849;REFB=-0.0222423;REVB=3.8831e-05;RO=11;SAF=22;SAR=16;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246004;STB=0.517736;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00631253;OID=.;OPOS=55526373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:11:14:38:38:0.730769:16:22:7:4:16:22:9:5 chr19 55527081 . C T 1909.02 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0939866;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.924;QD=61.5812;RBI=0.0973898;REFB=0;REVB=0.0255204;RO=0;SAF=57;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010513;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:123:124:1:66:57:0:0:66:58:0:0 chr19 55530035 . C T 1472.3 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9473;QD=63.3246;RBI=0.0320765;REFB=0;REVB=-0.030296;RO=0;SAF=34;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16279e-05;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:58:34:0:0:58:35:0:0 chr19 55536595 . G A 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00687111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.643;QD=61.3756;RBI=0.0139618;REFB=0;REVB=-0.0121541;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6743e-05;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr19 55538980 . T C 1737.48 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467113;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.047;QD=60.9643;RBI=0.00592738;REFB=0;REVB=-0.00364889;RO=0;SAF=63;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92702e-05;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:51:63:0:0:51:63:0:0 chr19 55539061 . A G 2103.85 PASS AF=0.992958;AO=129;DP=133;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0049389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3662;QD=59.2633;RBI=0.0600202;REFB=0.0216337;REVB=0.0598166;RO=2;SAF=68;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153243;STB=0.503703;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000615511;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:142:2:1:129:141:0.992958:61:68:0:2:67:74:0:1 chr19 55539072 . T G 2258.6 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106033;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.637;QD=63.6224;RBI=0.0186557;REFB=0;REVB=0.0153495;RO=0;SAF=74;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276607;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:67:74:0:0:68:74:0:0 chr19 55559715 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.331;QD=57.3858;RBI=0.0316486;REFB=0;REVB=0.0249931;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38816e-06;OID=.;OPOS=55559715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr19 55570574 . A G 2374.47 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166758;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.127;QD=60.496;RBI=0.0216568;REFB=-0.0906552;REVB=-0.013818;RO=1;SAF=75;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058375;STB=0.503067;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000136003;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:156:156:0.993631:81:75:0:1:81:75:0:1 chr19 55587822 . G A 5207.5 PASS AF=1;AO=330;DP=332;FAO=330;FDP=330;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=209;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224287;FXX=0.00602391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.91;QD=63.1212;RBI=0.0264515;REFB=-0.0950982;REVB=0.0140227;RO=1;SAF=121;SAR=209;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00227719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229109;OID=.;OPOS=55587822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:332:330:1:0:330:330:1:209:121:0:1:209:121:0:0 chr19 55593417 . C T 1986.6 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.034;QD=62.0811;RBI=0.0208675;REFB=0;REVB=0.00739544;RO=0;SAF=45;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.76837e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3875e-05;OID=.;OPOS=55593417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:126:128:1:81:45:0:0:83:45:0:0 chr19 55594996 . C G 2543.45 PASS AF=0.955556;AO=142;DP=180;FAO=172;FDP=180;FR=.;FRO=8;FSAF=78;FSAR=94;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0340233;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=146.063;QD=56.521;RBI=0.0353097;REFB=-0.131318;REVB=0.00944437;RO=0;SAF=64;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22027e-08;STB=0.513259;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000757996;OID=.;OPOS=55594996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:180:180:0:8:142:172:0.955556:78:64:0:0:94:78:6:2 chr19 55598724 . A G 1539.89 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9748;QD=59.8015;RBI=0.0481789;REFB=0;REVB=-0.0481458;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256004;OID=.;OPOS=55598724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:50:53:0:0:50:53:0:0 chr19 55644325 . A C 447.57 PASS AF=0.809524;AO=34;DP=42;FAO=34;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.163881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.501;QD=42.6254;RBI=0.166728;REFB=-0.0107919;REVB=-0.0306829;RO=7;SAF=20;SAR=14;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970172;STB=0.564933;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00532756;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:7:8:34:34:0.809524:14:20:2:5:14:20:2:6 chr19 55660537 . T C 714.54 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0451604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5708;QD=60.8116;RBI=0.0818629;REFB=0.0367583;REVB=0.0682794;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02089;STB=0.511106;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00082359;OID=.;OPOS=55660537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:0:1:22:24:0:1 chr19 55668509 . A T 240.95 PASS AF=0.24026;AO=35;DP=151;FAO=37;FDP=154;FR=.;FRO=117;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=63;FWDB=-0.0321762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7829;QD=6.25837;RBI=0.0370018;REFB=-0.00622136;REVB=-0.0182709;RO=107;SAF=19;SAR=16;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105673;STB=0.58023;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0193566;OID=.;OPOS=55668509;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:107:117:35:37:0.24026:16:19:49:58:16:21:54:63 chr19 55670989 . G A 131.18 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0990272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.826;QD=10.2883;RBI=0.0991969;REFB=-0.0193158;REVB=-0.0057989;RO=34;SAF=4;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276698;STB=0.677184;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0352829;OID=.;OPOS=55670989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:34:35:16:16:0.313725:12:4:16:18:12:4:17:18 chr19 55671337 . C T 779.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.396;QD=63.6239;RBI=0.0488611;REFB=0;REVB=-0.0100456;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550346;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:28:21:0:0 chr19 55672055 . A G 198.73 PASS AF=0.177033;AO=37;DP=209;FAO=37;FDP=209;FR=.;FRO=172;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=93;FSRR=79;FWDB=-0.00866298;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.014;QD=3.80345;RBI=0.0260429;REFB=-0.00726636;REVB=-0.0245599;RO=168;SAF=18;SAR=19;SRF=92;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786177;STB=0.544515;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.031867;OID=.;OPOS=55672055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:168:172:37:37:0.177033:19:18:92:76:19:18:93:79 chr19 55673145 . C T 377.83 PASS AF=0.199396;AO=66;DP=331;FAO=66;FDP=331;FR=.;FRO=265;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=134;FSRR=131;FWDB=0.0132242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.779;QD=4.56589;RBI=0.0168846;REFB=-0.00521582;REVB=0.0104981;RO=264;SAF=31;SAR=35;SRF=133;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440113;STB=0.528789;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0368186;OID=.;OPOS=55673145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:331:264:265:66:66:0.199396:35:31:133:131:35:31:134:131 chr19 55673164 . T C 340.58 PASS AF=0.19195;AO=61;DP=324;FAO=62;FDP=323;FR=.;FRO=261;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=123;FSRR=138;FWDB=-0.0218829;FXX=0.00308632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2686;QD=4.21776;RBI=0.0344637;REFB=-0.00115589;REVB=-0.0266249;RO=258;SAF=27;SAR=34;SRF=121;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034354;STB=0.515975;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00734091;OID=.;OPOS=55673164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:323:258:261:61:62:0.19195:34:27:121:137:34:28:123:138 chr19 55673654 . T C 296.28 PASS AF=0.2;AO=50;DP=250;FAO=50;FDP=250;FR=.;FRO=200;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=77;FSRR=123;FWDB=-0.0903853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4936;QD=4.74046;RBI=0.0988064;REFB=0.00197862;REVB=-0.039915;RO=197;SAF=16;SAR=34;SRF=77;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993857;STB=0.557255;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00944636;OID=.;OPOS=55673654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:197:200:50:50:0.2:34:16:77:120:34:16:77:123 chr19 55686705 . G T 107.89 PASS AF=0.191489;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.0547716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.066;QD=4.59125;RBI=0.0556304;REFB=0.00312922;REVB=0.00973746;RO=76;SAF=5;SAR=13;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180924;STB=0.617277;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0124232;OID=.;OPOS=55686705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:76:76:18:18:0.191489:13:5:31:45:13:5:31:45 chr19 55690424 . G A 290.33 PASS AF=0.15873;AO=60;DP=375;FAO=60;FDP=378;FR=.;FRO=318;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=142;FSRR=176;FWDB=0.00287213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.555;QD=3.07227;RBI=0.00560469;REFB=0.000233283;REVB=-0.00481283;RO=315;SAF=33;SAR=27;SRF=142;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127896;STB=0.586369;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00169872;OID=.;OPOS=55690424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:378:315:318:60:60:0.15873:27:33:142:173:27:33:142:176 chr19 55693123 . T C 148.93 PASS AF=0.208333;AO=25;DP=120;FAO=25;FDP=120;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.0191079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0251;QD=4.9643;RBI=0.0404097;REFB=-0.00408374;REVB=-0.0356067;RO=94;SAF=13;SAR=12;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118531;STB=0.503335;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0128167;OID=.;OPOS=55693123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:94:95:25:25:0.208333:12:13:48:46:12:13:49:46 chr19 55693244 . T C 242.82 PASS AF=0.24026;AO=37;DP=154;FAO=37;FDP=154;FR=.;FRO=117;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=-0.00976883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.096;QD=6.30695;RBI=0.0220129;REFB=-0.00294729;REVB=-0.0197265;RO=117;SAF=18;SAR=19;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223131;STB=0.513506;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00781858;OID=.;OPOS=55693244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:117:117:37:37:0.24026:19:18:59:58:19:18:59:58 chr19 55699454 . T C 1549.03 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000907855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8664;QD=63.8774;RBI=0.0320389;REFB=0;REVB=-0.032026;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118957;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:48:49:0:0:48:49:0:0 chr19 55702859 . T G 192.82 PASS AF=0.268519;AO=29;DP=99;FAO=29;FDP=108;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0582506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.212;QD=7.14153;RBI=0.0595441;REFB=-0.0343881;REVB=0.0123439;RO=70;SAF=19;SAR=10;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285684;STB=0.629539;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.096123;OID=.;OPOS=55702859;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:108:70:79:29:29:0.268519:10:19:29:41:10:19:38:41 chr19 55702910 . C A 1000.55 PASS AF=0.708333;AO=82;DP=122;FAO=85;FDP=120;FR=.;FRO=35;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.052268;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.28;QD=33.3517;RBI=0.0524338;REFB=-0.0230916;REVB=0.00416674;RO=32;SAF=45;SAR=37;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404449;STB=0.525767;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0102433;OID=.;OPOS=55702910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:32:35:82:85:0.708333:37:45:20:12:39:46:22:13 chr19 55703237 . C CG 482.59 PASS AF=0.729412;AO=55;DP=88;FAO=62;FDP=85;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0502436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.7501;QD=22.71;RBI=0.0502664;REFB=0.0154048;REVB=-0.00151389;RO=32;SAF=20;SAR=35;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160078;STB=0.532881;STBP=0.31;TYPE=ins;VARB=-0.00618027;OID=.;OPOS=55703238;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.729412:55:88:62:85:23:25:37:12:11:87:32:20:35:19:13 chr19 55703326 . ACCTCCTCCTCCTCCT ACCTCCTCCTCCT,ACCTCCTCCTCCTCCG 195.03 PASS AF=0.681818,0.136364;AO=13,3;DP=22;FAO=15,3;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=7,0;FSAR=8,3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0623106,0.114482;FXX=0.0434594;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=174.504,52.9446;QD=35.4602;RBI=0.0640985,0.114614;REFB=-0.0227123,0.0329534;REVB=0.0150337,-0.00550238;RO=4;SAF=6,0;SAR=7,3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.121094,-0.729277;STB=0.559362,0.996186;STBP=0.346,0.05;TYPE=del,snp;VARB=0.0311839,-0.00187576;OID=.,.;OPOS=55703327,55703341;OREF=CCT,T;OALT=-,G;OMAPALT=ACCTCCTCCTCCT,ACCTCCTCCTCCTCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.681818,0.136364:13,3:22:15,3:22:4:7,0:8,3:3:1:23:4:6,0:7,3:3:1 chr19 55708557 . A G 1352.77 PASS AF=0.703704;AO=114;DP=163;FAO=114;FDP=162;FR=.;FRO=48;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0409576;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.212;QD=33.4018;RBI=0.0410019;REFB=-0.00979024;REVB=-0.00190663;RO=48;SAF=52;SAR=62;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359207;STB=0.519248;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00399202;OID=.;OPOS=55708557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:48:48:114:114:0.703704:62:52:25:23:62:52:25:23 chr19 55710021 . A G 878.65 PASS AF=0.707071;AO=70;DP=99;FAO=70;FDP=99;FR=.;FRO=29;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0296622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.734;QD=35.5009;RBI=0.0340387;REFB=-0.0133985;REVB=-0.0166969;RO=29;SAF=39;SAR=31;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408262;STB=0.521961;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00419653;OID=.;OPOS=55710021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:29:29:70:70:0.707071:31:39:14:15:31:39:14:15 chr19 55713535 . G A 1375.84 PASS AF=0.690476;AO=116;DP=170;FAO=116;FDP=168;FR=.;FRO=52;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0259523;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.438;QD=32.758;RBI=0.0263384;REFB=-0.011216;REVB=0.00449322;RO=49;SAF=55;SAR=61;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253601;STB=0.521861;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00533889;OID=.;OPOS=55713535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:49:52:116:116:0.690476:61:55:21:28:61:55:21:31 chr19 55715214 . C T 104.03 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0423568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6099;QD=5.07442;RBI=0.0465172;REFB=-0.00355729;REVB=-0.0192289;RO=65;SAF=8;SAR=9;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656215;STB=0.541498;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0114796;OID=.;OPOS=55715214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:65:65:17:17:0.207317:9:8:34:31:9:8:34:31 chr19 55715319 . C G 1993.01 PASS AF=0.790576;AO=150;DP=190;FAO=151;FDP=191;FR=.;FRO=40;FSAF=71;FSAR=80;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0257547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.397;QD=41.7385;RBI=0.0263048;REFB=0.00497058;REVB=0.0053511;RO=40;SAF=71;SAR=79;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105857;STB=0.506258;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00178284;OID=.;OPOS=55715319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:40:40:150:151:0.790576:79:71:20:20:80:71:20:20 chr19 55716742 . C T 2165.07 PASS AF=0.820896;AO=165;DP=201;FAO=165;FDP=201;FR=.;FRO=36;FSAF=80;FSAR=85;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00621729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.056;QD=43.086;RBI=0.00623061;REFB=-0.0426427;REVB=-0.000407147;RO=35;SAF=80;SAR=85;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375334;STB=0.517218;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00673764;OID=.;OPOS=55716742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:35:36:165:165:0.820896:85:80:13:22:85:80:14:22 chr19 55716800 . A G 2520.9 PASS AF=0.795833;AO=189;DP=240;FAO=191;FDP=240;FR=.;FRO=49;FSAF=96;FSAR=95;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0194424;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.588;QD=42.0151;RBI=0.0200757;REFB=-0.0341908;REVB=-0.00500271;RO=49;SAF=94;SAR=95;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266857;STB=0.510949;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00789537;OID=.;OPOS=55716800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:49:49:189:191:0.795833:95:94:21:28:95:96:22:27 chr19 55738634 . T C 1589.42 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294989;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0453;QD=59.4176;RBI=0.127961;REFB=0;REVB=0.124514;RO=0;SAF=79;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633192;OID=.;OPOS=55738634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:103:107:1:24:79:0:0:24:83:0:0 chr19 55738746 . G A 1103.36 PASS AF=0.743802;AO=89;DP=120;FAO=90;FDP=121;FR=.;FRO=31;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00983144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.784;QD=36.4747;RBI=0.00991442;REFB=-0.0281971;REVB=0.00128003;RO=31;SAF=42;SAR=47;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578933;STB=0.501564;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00911837;OID=.;OPOS=55738746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:31:31:89:90:0.743802:47:42:15:16:47:43:15:16 chr19 55739605 . C T 735.33 PASS AF=0.644231;AO=67;DP=104;FAO=67;FDP=104;FR=.;FRO=37;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0418283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.357;QD=28.2818;RBI=0.0582926;REFB=-0.0344766;REVB=0.0406006;RO=36;SAF=39;SAR=28;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107684;STB=0.553736;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0221081;OID=.;OPOS=55739605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:36:37:67:67:0.644231:28:39:15:21:28:39:16:21 chr19 55739689 . G A 246.48 PASS AF=0.213904;AO=40;DP=176;FAO=40;FDP=187;FR=.;FRO=147;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=58;FSRR=89;FWDB=-0.0258832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.637;QD=5.27229;RBI=0.0953903;REFB=-0.0179288;REVB=-0.0918115;RO=136;SAF=14;SAR=26;SRF=58;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102002;STB=0.537603;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.071556;OID=.;OPOS=55739689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:187:136:147:40:40:0.213904:26:14:58:78:26:14:58:89 chr19 55739813 . G A 2187.99 PASS AF=0.721116;AO=181;DP=251;FAO=181;FDP=251;FR=.;FRO=70;FSAF=88;FSAR=93;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0520805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4562;QD=34.8683;RBI=0.128254;REFB=-0.0593215;REVB=0.117204;RO=57;SAF=89;SAR=92;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318306;STB=0.524084;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0216059;OID=.;OPOS=55739813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:57:70:181:181:0.721116:92:89:24:33:93:88:28:42 chr19 55791091 . C T 1208.63 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.891;QD=61.1966;RBI=0.0328345;REFB=0;REVB=0.0176193;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86438e-05;OID=.;OPOS=55791091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:43:35:0:0:44:35:0:0 chr19 55816678 . C T 644.86 PASS AF=0.613861;AO=59;DP=97;FAO=62;FDP=101;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0874569;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.3906;QD=25.539;RBI=0.0995327;REFB=-0.0557584;REVB=0.0475189;RO=38;SAF=26;SAR=33;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118339;STB=0.569356;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0323382;OID=.;OPOS=55816678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:38:39:59:62:0.613861:33:26:23:15:35:27:24:15 chr19 55823545 . CAA CA,C,CAC 373.91 PASS AF=0.833333,0,0.166667;AO=7,9,11;DP=50;FAO=40,0,8;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0,0;FSAR=20,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.969857,0.498415,0.0653383;FXX=0.039992;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=10.019,10.6443,153.497;QD=31.1591;RBI=0.976151,0.502751,0.0876742;REFB=-0.024908,-0.0302529,0.0552301;REVB=-0.110677,-0.065888,-0.0584609;RO=17;SAF=0,0,0;SAR=7,9,11;SRF=16;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.849567,-0.856872,-0.862329;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00419347,0,0.111052;OID=.,.,.;OPOS=55823546,55823546,55823547;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=CA,C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.833333,0,0.166667:7,9,11:50:40,0,8:48:0:20,0,0:20,0,8:0:0:44:17:0,0,0:7,9,11:16:1 chr19 55824332 . T G 2064.82 PASS AF=0.81383;AO=152;DP=186;FAO=153;FDP=188;FR=.;FRO=35;FSAF=57;FSAR=96;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.018073;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.862;QD=43.9324;RBI=0.0218674;REFB=-0.0118778;REVB=-0.0123106;RO=34;SAF=57;SAR=95;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241586;STB=0.516698;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00281513;OID=.;OPOS=55824332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:188:34:35:152:153:0.81383:95:57:15:19:96:57:16:19 chr19 55856083 . T C 1738.67 PASS AF=0.991453;AO=111;DP=112;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00429708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.98;QD=59.4418;RBI=0.0111583;REFB=-0.130367;REVB=0.0102977;RO=1;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713959;STB=0.503759;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000248547;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:117:1:1:111:116:0.991453:66:45:0:1:66:50:0:1 chr19 55856211 . C T 2053.7 PASS AF=0.90184;AO=147;DP=163;FAO=147;FDP=163;FR=.;FRO=16;FSAF=56;FSAR=91;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00627713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.292;QD=50.3976;RBI=0.0154044;REFB=0.0342624;REVB=0.0140674;RO=15;SAF=56;SAR=91;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524043;STB=0.531417;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.000845353;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:163:163:15:16:147:147:0.90184:91:56:10:5:91:56:11:5 chr19 55858562 . GCCCCCCCA GCCCCCCA,GCCCCCCAC 45.24 PASS AF=0.301587,0;AO=17,6;DP=63;FAO=19,0;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=9,0;FSAR=10,0;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0322238,-0.244265;FXX=0.0156226;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.39111,24.1938;QD=2.87233;RBI=0.0683237,0.255548;REFB=-0.126825,-0.0426723;REVB=-0.0602474,-0.0750947;RO=32;SAF=6,6;SAR=11,0;SRF=10;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.050094,0.739029;STB=0.545407,0.5;STBP=0.671,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.167936,0;OID=.,.;OPOS=55858563,55858569;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCCCA,GCCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301587,0:17,6:63:19,0:63:44:9,0:10,0:18:26:46:32:6,6:11,0:10:22 chr19 55859439 . C A 1682.3 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000733676;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.47;QD=60.6236;RBI=0.00439495;REFB=0;REVB=-0.00433328;RO=0;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60967e-05;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:62:49:0:0:62:49:0:0 chr19 55870104 . G C 1862.59 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733137;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.101;QD=61.5732;RBI=0.0107357;REFB=0;REVB=0.00784258;RO=0;SAF=50;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70802e-06;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:71:50:0:0:71:50:0:0 chr19 55870289 . C T 806.81 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2557;QD=55.6423;RBI=0.07739;REFB=-0.0844295;REVB=0.0773558;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190991;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:58:1:0:55:58:1:33:22:0:1:36:22:0:0 chr19 55870351 . T C 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.495;QD=64.4099;RBI=0.00971684;REFB=0;REVB=-0.00149911;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72913e-05;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr19 55870599 . TC T,TG 1014.71 PASS AF=0.0144928,0.985507;AO=10,58;DP=68;FAO=1,68;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322125,-0.0398096;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.658,148.987;QD=58.8239;RBI=0.0338058,0.0511524;REFB=0,0;REVB=0.0102561,0.0321211;RO=0;SAF=0,34;SAR=10,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.31293e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0479481,0.000418052;OID=.,.;OPOS=55870600,55870600;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0144928,0.985507:10,58:68:1,68:69:0:0,34:1,34:0:0:3:0:0,34:10,24:0:0 chr19 55871019 . A G 905.27 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4423;QD=56.579;RBI=0.0150785;REFB=0.0204208;REVB=-0.0100706;RO=1;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129378;STB=0.506847;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00188816;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:36:27:0:1:36:27:0:1 chr19 55872397 . A G 256.25 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.426;QD=51.2501;RBI=0.0550254;REFB=0;REVB=0.0330531;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688265;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:6:14:0:0 chr19 55872531 . C G 782.51 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0257378;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5383;QD=52.1676;RBI=0.0268918;REFB=-0.185871;REVB=-0.00779324;RO=3;SAF=14;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909091;STB=0.531239;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0191795;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:60:60:3:2:57:58:0.966667:43:14:3:0:43:15:2:0 chr19 55872565 . CA CG,TG 711.17 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=52;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=34,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104593,-0.00145494;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=112.371,74.134;QD=55.7783;RBI=0.0168828,0.00919054;REFB=0,0;REVB=-0.0132526,-0.00907465;RO=0;SAF=15,0;SAR=34,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.01675e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00130238,0.0154684;OID=.,.;OPOS=55872566,55872565;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:34,2:15,0:0:0:34,2:15,0:0:0 chr19 55873642 . C T 3640.33 PASS AF=1;AO=221;DP=225;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200284;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.675;QD=62.4949;RBI=0.0203024;REFB=0;REVB=0.00332424;RO=0;SAF=95;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606205;OID=.;OPOS=55873642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:225:233:0:0:221:233:1:126:95:0:0:130:103:0:0 chr19 55879872 . C T 1705.18 PASS AF=0.967213;AO=116;DP=122;FAO=118;FDP=122;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0284444;FXX=0.00812942;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.537;QD=55.9075;RBI=0.0366501;REFB=-0.114952;REVB=0.0231116;RO=3;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217379;STB=0.50635;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.000331765;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:122:122:3:4:116:118:0.967213:64:52:0:3:66:52:1:3 chr19 55881631 . T TC 44.81 PASS AF=0.127329;AO=51;DP=329;FAO=41;FDP=322;FR=.;FRO=281;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=93;FSRR=188;FWDB=-0.00605517;FXX=0.00617265;HRUN=0;LEN=1;MLLD=154.19;QD=0.556622;RBI=0.0211195;REFB=-0.00275005;REVB=-0.0202329;RO=271;SAF=41;SAR=10;SRF=84;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583937;STB=0.848423;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.18083;OID=.;OPOS=55881632;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.127329:51:329:41:322:281:32:9:93:188:44:271:41:10:84:187 chr19 55913038 . C T 143.85 PASS AF=0.193798;AO=25;DP=129;FAO=25;FDP=129;FR=.;FRO=104;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=0.00677296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.238;QD=4.46059;RBI=0.0159309;REFB=-0.00617754;REVB=0.0144194;RO=104;SAF=7;SAR=18;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186359;STB=0.619308;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0204286;OID=.;OPOS=55913038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:104:104:25:25:0.193798:18:7:43:61:18:7:43:61 chr19 55992992 . C T 128.95 PASS AF=0.205882;AO=21;DP=101;FAO=21;FDP=102;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=0.00880594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7754;QD=5.05699;RBI=0.0321157;REFB=-0.0125236;REVB=0.0308848;RO=79;SAF=18;SAR=3;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367174;STB=0.741304;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0299651;OID=.;OPOS=55992992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:79:81:21:21:0.205882:3:18:50:29:3:18:51:30 chr19 55994240 . C T 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00254533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.622;QD=3.15697;RBI=0.0473103;REFB=-0.000165505;REVB=0.0472418;RO=36;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413288;STB=0.804011;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00335567;OID=.;OPOS=55994240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:1:5:18:18:1:5:18:18 chr19 55994708 . A G 474.06 PASS AF=0.266409;AO=69;DP=259;FAO=69;FDP=259;FR=.;FRO=190;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=88;FSRR=102;FWDB=-0.0430302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.548;QD=7.32132;RBI=0.04307;REFB=-0.00585034;REVB=-0.00185221;RO=188;SAF=28;SAR=41;SRF=87;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718883;STB=0.54291;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.014645;OID=.;OPOS=55994708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:188:190:69:69:0.266409:41:28:87:101:41:28:88:102 chr19 55994823 . G A 124.98 PASS AF=0.171642;AO=23;DP=136;FAO=23;FDP=134;FR=.;FRO=111;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=-0.0303883;FXX=0.0289834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1604;QD=3.73085;RBI=0.0428587;REFB=-0.0241801;REVB=-0.0302228;RO=109;SAF=5;SAR=18;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37238;STB=0.73882;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0632466;OID=.;OPOS=55994823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:109:111:23:23:0.171642:18:5:54:55:18:5:54:57 chr19 55997122 . A C 207.53 PASS AF=0.230216;AO=32;DP=140;FAO=32;FDP=139;FR=.;FRO=107;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=-0.00710293;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.75;QD=5.97219;RBI=0.0444166;REFB=-0.00298953;REVB=-0.043845;RO=105;SAF=17;SAR=15;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333182;STB=0.520473;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00800469;OID=.;OPOS=55997122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:105:107:32:32:0.230216:15:17:53:52:15:17:54:53 chr19 55999993 . A G 275.84 PASS AF=0.242938;AO=39;DP=179;FAO=43;FDP=177;FR=.;FRO=134;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=83;FWDB=-0.0342516;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3599;QD=6.23364;RBI=0.0460544;REFB=-0.00807673;REVB=-0.0307871;RO=123;SAF=21;SAR=18;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164777;STB=0.581911;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0227648;OID=.;OPOS=55999993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:177:123:134:39:43:0.242938:18:21:50:73:22:21:51:83 chr19 56005118 . TG T,TGCG 2544.04 PASS AF=0.890351,0.109649;AO=36,24;DP=227;FAO=203,25;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=165,0;FSAR=38,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.0789,0.0286068;FXX=0.00869527;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=15.7107,149.417;QD=44.6323;RBI=1.08503,0.0476057;REFB=-0.0133787,-0.0892571;REVB=-0.115239,-0.038052;RO=148;SAF=0,0;SAR=36,24;SRF=148;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.909253,-0.908745;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.022336,0.1769;OID=.,.;OPOS=56005119,56005119;OREF=G,-;OALT=-,GC;OMAPALT=T,TGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.890351,0.109649:36,24:227:203,25:228:0:165,0:38,25:0:0:97:148:0,0:36,24:148:0 chr19 56005123 . GCCCCCGG CGCCCCGG,GCCCCG,GCCCCGG,GCCCCGGG,GCCCGCCC 966.66 PASS AF=0,0.669355,0,0,0.153226;AO=7,27,24,34,14;DP=180;FAO=0,83,0,0,19;FDP=124;FR=.;FRO=22;FSAF=0,55,0,0,0;FSAR=0,28,0,0,19;FSRF=22;FSRR=0;FWDB=0.0271067,0.0580814,-0.00564127,-0.0639039,-0.0316484;FXX=0.162151;HRUN=1,5,5,5,5;LEN=2,2,1,1,4;MLLD=18.3554,19.954,10.4338,5.91076,141.352;QD=31.1826;RBI=0.085376,0.252558,0.319348,0.129212,0.0514665;REFB=-0.0200233,-0.0261877,-0.0391935,-0.0113101,0.0234819;REVB=-0.0809586,-0.245788,-0.319298,-0.112303,-0.0405854;RO=19;SAF=7,25,24,34,0;SAR=0,2,0,0,14;SRF=19;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,-0.25496,0,0,-0.878438;STB=0.5,0.583315,0.5,0.5,0.999512;STBP=1,0.004,1,1,0;TYPE=mnp,del,del,snp,mnp;VARB=0,-0.0927468,0.0967357,0,0.182412;OID=.,.,.,.,.;OPOS=56005123,56005128,56005124,56005128,56005127;OREF=GC,CG,C,C,CCGG;OALT=CG,-,-,G,GCCC;OMAPALT=CGCCCCGG,GCCCCG,GCCCCGG,GCCCCGGG,GCCCGCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:94:180:124:19:22:7,27,24,34,14:0,83,0,0,19:0,0.669355,0,0,0.153226:0,2,0,0,14:7,25,24,34,0:19:0:0,28,0,0,19:0,55,0,0,0:22:0 chr19 56005133 . GC CG 35.58 PASS AF=0.07393;AO=21;DP=257;FAO=19;FDP=257;FR=.;FRO=238;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=85;FSRR=153;FWDB=-0.0223872;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=32.838;QD=0.55384;RBI=0.115956;REFB=-0.0147915;REVB=0.113774;RO=230;SAF=17;SAR=4;SRF=81;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495945;STB=0.854495;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.0532269;OID=.;OPOS=56005133;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:257:257:230:238:21:19:0.07393:4:17:81:149:4:15:85:153 chr19 56011915 . G A 1263.11 PASS AF=0.803279;AO=97;DP=121;FAO=98;FDP=122;FR=.;FRO=24;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0918927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.04;QD=41.4135;RBI=0.0938926;REFB=-0.0189881;REVB=0.0192756;RO=24;SAF=48;SAR=49;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329507;STB=0.51639;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00434834;OID=.;OPOS=56011915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:24:24:97:98:0.803279:49:48:14:10:49:49:14:10 chr19 56011969 . C T 202.52 PASS AF=0.238462;AO=31;DP=130;FAO=31;FDP=130;FR=.;FRO=99;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.00313462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.555;QD=6.23152;RBI=0.0247284;REFB=-0.00587119;REVB=-0.0245289;RO=99;SAF=22;SAR=9;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25497;STB=0.656096;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0163588;OID=.;OPOS=56011969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:99:99:31:31:0.238462:9:22:51:48:9:22:51:48 chr19 56024519 . T C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.611;QD=61.2127;RBI=0.0228426;REFB=0;REVB=-0.0195366;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.07519e-06;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:52:27:0:0:52:27:0:0 chr19 56041255 . C G 3349.06 PASS AF=1;AO=178;DP=234;FAO=217;FDP=217;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=95;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525059;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.037;QD=61.7338;RBI=0.0873272;REFB=0;REVB=0.0697794;RO=1;SAF=81;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488272;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110048;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:234:217:1:0:178:217:1:97:81:0:1:122:95:0:0 chr19 56047448 . A G 3106.3 PASS AF=1;AO=202;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220532;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.755;QD=61.2078;RBI=0.0221975;REFB=-0.120175;REVB=-0.00252609;RO=1;SAF=78;SAR=124;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79504e-05;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:204:203:1:0:202:203:1:124:78:1:0:124:79:0:0 chr19 56052770 . C T 91.85 PASS AF=0.179775;AO=16;DP=88;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0157482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.433;QD=4.12805;RBI=0.0194943;REFB=-0.012686;REVB=0.0114901;RO=70;SAF=11;SAR=5;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224242;STB=0.662634;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0419957;OID=.;OPOS=56052770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:88:89:70:73:16:16:0.179775:5:11:36:34:5:11:36:37 chr19 56056184 . A G 372.46 PASS AF=0.207921;AO=63;DP=301;FAO=63;FDP=303;FR=.;FRO=240;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=119;FSRR=121;FWDB=-0.0249663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9533;QD=4.9169;RBI=0.104219;REFB=0.00119324;REVB=-0.101185;RO=238;SAF=27;SAR=36;SRF=119;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921544;STB=0.553537;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0058627;OID=.;OPOS=56056184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:303:238:240:63:63:0.207921:36:27:119:119:36:27:119:121 chr19 56056257 . G C 360.14 PASS AF=0.186111;AO=68;DP=351;FAO=67;FDP=360;FR=.;FRO=293;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=127;FSRR=166;FWDB=0.0453532;FXX=0.00277001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0786;QD=4.0015;RBI=0.0482707;REFB=-0.000621587;REVB=-0.016527;RO=283;SAF=27;SAR=41;SRF=127;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684643;STB=0.5255;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00348976;OID=.;OPOS=56056257;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:360:283:293:68:67:0.186111:41:27:127:156:40:27:127:166 chr19 56089353 . C T 1430.11 PASS AF=0.730061;AO=119;DP=163;FAO=119;FDP=163;FR=.;FRO=44;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0188193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9154;QD=35.0946;RBI=0.0825077;REFB=-0.013402;REVB=0.0803328;RO=42;SAF=65;SAR=54;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242076;STB=0.505985;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0101893;OID=.;OPOS=56089353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:42:44:119:119:0.730061:54:65:25:17:54:65:25:19 chr19 56089947 . C G 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0224705;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.93;QD=18.7662;RBI=0.0224705;REFB=-0.0303841;REVB=0;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237579;OID=.;OPOS=56089947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:2:3:6:6:0.666667:0:6:2:0:0:6:3:0 chr19 56090076 . G T 920.72 PASS AF=0.669421;AO=80;DP=120;FAO=81;FDP=121;FR=.;FRO=40;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0167397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.185;QD=30.437;RBI=0.071543;REFB=-0.0467408;REVB=0.069557;RO=35;SAF=35;SAR=45;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715997;STB=0.557425;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0193175;OID=.;OPOS=56090076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:35:40:80:81:0.669421:45:35:11:24:45:36:11:29 chr19 56103947 . C T 1496.8 PASS AF=0.535316;AO=145;DP=272;FAO=144;FDP=269;FR=.;FRO=125;FSAF=71;FSAR=73;FSRF=47;FSRR=78;FWDB=-0.0342269;FXX=0.011029;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.484;QD=22.2573;RBI=0.0413128;REFB=-0.0151384;REVB=-0.0231357;RO=127;SAF=71;SAR=74;SRF=49;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891779;STB=0.554479;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0146248;OID=.;OPOS=56103947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:269:127:125:145:144:0.535316:74:71:49:78:73:71:47:78 chr19 56104136 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.733;QD=44.6897;RBI=0.0309086;REFB=0;REVB=0.0309086;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017506;OID=.;OPOS=56104136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr19 56114045 . C T 1114.98 PASS AF=0.84375;AO=79;DP=97;FAO=81;FDP=96;FR=.;FRO=15;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0147254;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.58;QD=46.4573;RBI=0.0362554;REFB=-0.0447736;REVB=0.0331303;RO=15;SAF=39;SAR=40;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481262;STB=0.523214;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00713093;OID=.;OPOS=56114045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:97:96:15:15:79:81:0.84375:40:39:5:10:42:39:5:10 chr19 56114237 . G A 2973.21 PASS AF=0.990291;AO=195;DP=204;FAO=204;FDP=206;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=124;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0385839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5071;QD=57.7323;RBI=0.12355;REFB=-0.161823;REVB=0.11737;RO=8;SAF=79;SAR=116;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120927;STB=0.506172;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00761324;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:204:206:8:2:195:204:0.990291:116:79:2:6:124:80:2:0 chr19 56125944 . C T 43.85 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0225717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.759;QD=6.26465;RBI=0.0392366;REFB=-0.00493963;REVB=-0.032094;RO=21;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518359;STB=0.837696;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0238061;OID=.;OPOS=56125944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:6:1:12:9:6:1:12:9 chr19 56127441 . C G 2108.74 PASS AF=0.69685;AO=176;DP=254;FAO=177;FDP=254;FR=.;FRO=77;FSAF=95;FSAR=82;FSRF=57;FSRR=20;FWDB=-0.0260093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.582;QD=33.2085;RBI=0.0395411;REFB=-0.052682;REVB=0.0297828;RO=76;SAF=95;SAR=81;SRF=56;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113076;STB=0.5626;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0206874;OID=.;OPOS=56127441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:76:77:176:177:0.69685:81:95:56:20:82:95:57:20 chr19 56127597 . G A 257.64 PASS AF=0.197368;AO=45;DP=228;FAO=45;FDP=228;FR=.;FRO=183;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=102;FSRR=81;FWDB=-0.0200506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.935;QD=4.52006;RBI=0.0272781;REFB=-0.00878327;REVB=0.0184951;RO=183;SAF=26;SAR=19;SRF=102;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267188;STB=0.516686;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0361374;OID=.;OPOS=56127597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:183:183:45:45:0.197368:19:26:102:81:19:26:102:81 chr19 56132661 . G A 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0215981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1194;QD=7.62864;RBI=0.0238572;REFB=0.0297608;REVB=0.0101335;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172208;STB=0.606887;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.068017;OID=.;OPOS=56132661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:7:13:4:4:7:13 chr19 56153868 . G A 126.56 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0582724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.751;QD=29.7799;RBI=0.0615802;REFB=-0.0230432;REVB=-0.0199109;RO=4;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289225;STB=0.516104;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00723357;OID=.;OPOS=56153868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:9:4:1:3:9:4:1:3 chr19 56154518 . GTTT G 914.25 PASS AF=1;AO=69;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161984;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=90.5307;QD=49.4188;RBI=0.0188798;REFB=0;REVB=-0.00969847;RO=0;SAF=20;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.73523e-05;OID=.;OPOS=56154519;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:74:74:74:0:24:50:0:0:16:0:20:49:0:0 chr19 56154718 . G A 92.9 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0906553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.601;QD=7.01139;RBI=0.0906559;REFB=-0.00322059;REVB=0.000350949;RO=40;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20375;STB=0.624823;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00632229;OID=.;OPOS=56154718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:7:6:12:28:7:6:12:28 chr19 56160399 . T C 1662.8 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555899;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8525;QD=58.8601;RBI=0.0148355;REFB=-0.123869;REVB=-0.0137546;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00370859;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:113:113:0:0:110:113:1:62:48:0:0:62:51:0:0 chr19 56162776 . C T 330.65 PASS AF=0.262295;AO=48;DP=183;FAO=48;FDP=183;FR=.;FRO=135;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=74;FSRR=61;FWDB=0.0552445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.72;QD=7.22732;RBI=0.0562269;REFB=-0.00810681;REVB=-0.0104651;RO=135;SAF=17;SAR=31;SRF=74;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24076;STB=0.64327;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0220587;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:135:135:48:48:0.262295:31:17:74:61:31:17:74:61 chr19 56180968 . C T 232.3 PASS AF=0.253731;AO=34;DP=134;FAO=34;FDP=134;FR=.;FRO=100;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=-8.87158e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.286;QD=6.93424;RBI=0.00383441;REFB=-0.00900316;REVB=-0.00383338;RO=100;SAF=16;SAR=18;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507703;STB=0.530486;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0285537;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:100:100:34:34:0.253731:18:16:43:57:18:16:43:57 chr19 56241265 . A G 1571.97 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155464;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.51;QD=64.1622;RBI=0.0185853;REFB=0;REVB=0.0101845;RO=0;SAF=33;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42305e-07;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:65:33:0:0:65:33:0:0 chr19 56249672 . A G 343.06 PASS AF=0.756757;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0208824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.225;QD=37.0873;RBI=0.0209576;REFB=-0.0163897;REVB=-0.00177428;RO=9;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19367;STB=0.604583;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00757583;OID=.;OPOS=56249672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:9:9:28:28:0.756757:17:11:0:9:17:11:0:9 chr19 56274086 . G A 49.56 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=94;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.00989848;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.591;QD=2.10875;RBI=0.0170633;REFB=0.0037009;REVB=0.0138988;RO=82;SAF=6;SAR=5;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143051;STB=0.597527;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0178998;OID=.;OPOS=56274086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:94:94:82:83:11:11:0.117021:5:6:35:47:5:6:36:47 chr19 56283289 . A G 80.22 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0542053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8406;QD=16.8876;RBI=0.0546758;REFB=-0.0256818;REVB=0.00715716;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304629;STB=0.677057;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0188305;OID=.;OPOS=56283289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:6:3:7:3:6:3 chr19 56283297 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00415643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.416;QD=14.654;RBI=0.0199292;REFB=-0.0202748;REVB=-0.019491;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335325;STB=0.699474;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00669158;OID=.;OPOS=56283297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:5:3:6:2:5:3 chr19 56284090 . G A 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00427874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.889;QD=58.648;RBI=0.0176344;REFB=-0.00701314;REVB=0.0171075;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000136108;OID=.;OPOS=56284090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:0:1:21:19:0:1 chr19 56284457 . G A 33.61 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0187555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7369;QD=3.53821;RBI=0.0321232;REFB=0.00603971;REVB=-0.0260793;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159185;STB=0.616679;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0339106;OID=.;OPOS=56284457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:31:32:6:6:0.157895:4:2:7:24:4:2:7:25 chr19 56284507 . T G 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0039348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.035;QD=2.21222;RBI=0.029749;REFB=-0.00117913;REVB=-0.0294876;RO=48;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275471;STB=0.506827;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0293225;OID=.;OPOS=56284507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:48:49:6:6:0.109091:4:2:15:33:4:2:16:33 chr19 56284511 . C G 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0318719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.338;QD=2.21212;RBI=0.0330403;REFB=-0.00404703;REVB=-0.00870892;RO=48;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506827;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0504072;OID=.;OPOS=56284511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:48:49:6:6:0.109091:4:2:16:32:4:2:16:33 chr19 56307583 . A G 1423.14 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0870743;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.206;QD=63.2506;RBI=0.0904106;REFB=0;REVB=0.024334;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19883e-05;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:54:36:0:0:54:36:0:0 chr19 56321414 . C A 1090.36 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00718805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.29;QD=59.7457;RBI=0.0252432;REFB=0;REVB=0.0241981;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95344e-05;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:41:31:0:0:42:31:0:0 chr19 56321517 . T C 565.8 PASS AF=0.865385;AO=40;DP=49;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0497843;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.412;QD=43.5229;RBI=0.0511184;REFB=-0.0665864;REVB=-0.0116023;RO=9;SAF=16;SAR=24;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130541;STB=0.533319;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0111748;OID=.;OPOS=56321517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:49:52:9:7:40:45:0.865385:24:16:7:2:24:21:5:2 chr19 56369189 . G A 1078.79 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.542;QD=59.933;RBI=0.0202087;REFB=0;REVB=-0.00877975;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19913e-06;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:47:24:0:0:48:24:0:0 chr19 56369215 . C T 958.92 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359295;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.828;QD=59.0105;RBI=0.072803;REFB=0;REVB=0.0633194;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92263e-06;OID=.;OPOS=56369215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:38:25:0:0:40:25:0:0 chr19 56369593 . T C 1080.23 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.724;QD=60.0129;RBI=0.0216433;REFB=0;REVB=0.0161939;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84125e-06;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr19 56370166 . C T 801.56 PASS AF=0.7875;AO=62;DP=79;FAO=63;FDP=80;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0342299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.957;QD=40.0781;RBI=0.039699;REFB=-0.00868249;REVB=-0.0201077;RO=17;SAF=29;SAR=33;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248423;STB=0.514736;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00214636;OID=.;OPOS=56370166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:17:17:62:63:0.7875:33:29:9:8:34:29:9:8 chr19 56373462 . G A 131.19 PASS AF=0.229885;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=87;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0203704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.068;QD=6.03158;RBI=0.0246509;REFB=-0.00912599;REVB=-0.0138821;RO=67;SAF=13;SAR=7;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250877;STB=0.655057;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0415784;OID=.;OPOS=56373462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:67:20:20:0.229885:7:13:30:37:7:13:30:37 chr19 56392920 . C T 179.58 PASS AF=0.214815;AO=29;DP=134;FAO=29;FDP=135;FR=.;FRO=106;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=69;FWDB=-0.0140496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.245;QD=5.32094;RBI=0.0207419;REFB=-0.00263727;REVB=-0.015259;RO=105;SAF=12;SAR=17;SRF=37;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081934;STB=0.553316;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0086255;OID=.;OPOS=56392920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:105:106:29:29:0.214815:17:12:37:68:17:12:37:69 chr19 56410222 . C T 71.88 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0108904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.845;QD=4.6371;RBI=0.0112138;REFB=-0.000940501;REVB=0.00267338;RO=48;SAF=4;SAR=8;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280991;STB=0.680553;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00498981;OID=.;OPOS=56410222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:48:50:12:12:0.193548:8:4:27:21:8:4:28:22 chr19 56423074 . C G,T 467.56 PASS AF=0.857143,0.114286;AO=30,4;DP=35;FAO=30,4;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19,0;FSAR=11,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222827,-0.0100001;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=75.3564,125.27;QD=53.4358;RBI=0.0349805,0.0443173;REFB=-0.102219,-0.120445;REVB=0.0269651,-0.0431743;RO=0;SAF=19,0;SAR=11,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.521724,0.5;STBP=0.281,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00209196,0.173381;OID=.,.;OPOS=56423074,56423074;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:35:35:0:1:30,4:30,4:0.857143,0.114286:11,4:19,0:0:0:11,4:19,0:0:1 chr19 56423254 . G A 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7784;QD=64.4125;RBI=0.0059002;REFB=0;REVB=0.00531382;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16182e-05;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr19 56423668 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000636644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.986;QD=55.0986;RBI=0.0108341;REFB=0;REVB=0.0108154;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43605e-05;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr19 56423692 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.35;QD=55.0985;RBI=0.00584674;REFB=0;REVB=-0.00574117;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30183e-05;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr19 56423728 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.964;QD=56.7046;RBI=0.0170286;REFB=0;REVB=-0.016007;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28442e-05;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr19 56423893 . G A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.386;QD=60.7159;RBI=0.0264564;REFB=0;REVB=-0.00942272;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36424e-05;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr19 56424443 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.152;QD=62.9828;RBI=0.0344646;REFB=0;REVB=-0.00787542;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.49874e-05;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr19 56459342 . C T 50.39 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0188953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4571;QD=4.91576;RBI=0.0380305;REFB=-0.00670554;REVB=-0.0330044;RO=33;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234316;STB=0.662675;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0629363;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:7:1:8:25:7:1:8:25 chr19 56459614 . G C 162.14 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0120095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6251;QD=9.00788;RBI=0.0134699;REFB=-0.020143;REVB=0.00610005;RO=50;SAF=15;SAR=7;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248561;STB=0.514693;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0537399;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:7:15:35:15:7:15:35:15 chr19 56477687 . A G 1953.1 PASS AF=0.969925;AO=129;DP=133;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0270747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.787;QD=58.7398;RBI=0.0345007;REFB=-0.0381232;REVB=-0.0213836;RO=4;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292158;STB=0.515382;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00102119;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:133:133:4:4:129:129:0.969925:63:66:0:4:63:66:0:4 chr19 56477710 . T C 1510.74 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388777;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.117;QD=59.8313;RBI=0.0641207;REFB=0;REVB=0.0509901;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67086e-05;OID=.;OPOS=56477710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:45:56:0:0:45:56:0:0 chr19 56487603 . A G 2049.13 PASS AF=0.902439;AO=148;DP=164;FAO=148;FDP=164;FR=.;FRO=16;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0299414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.32;QD=49.9787;RBI=0.0301889;REFB=-0.0250231;REVB=-0.00385814;RO=16;SAF=71;SAR=77;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658714;STB=0.534758;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0130627;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:164:164:16:16:148:148:0.902439:77:71:2:14:77:71:2:14 chr19 56490778 . C T 855.22 PASS AF=0.723404;AO=67;DP=93;FAO=68;FDP=94;FR=.;FRO=26;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00684199;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8325;QD=36.3924;RBI=0.0409855;REFB=0.017804;REVB=0.0404104;RO=26;SAF=36;SAR=31;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594521;STB=0.533532;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00581018;OID=.;OPOS=56490778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:26:26:67:68:0.723404:31:36:11:15:31:37:11:15 chr19 56499279 . G C 579.29 PASS AF=0.867925;AO=46;DP=54;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0751171;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.65;QD=43.7196;RBI=0.0753913;REFB=0.00205992;REVB=0.00642379;RO=7;SAF=6;SAR=40;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672285;STB=0.503596;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.000290124;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:53:7:7:46:46:0.867925:40:6:1:6:40:6:1:6 chr19 56511082 . C G 856.39 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.505;QD=57.0926;RBI=0.0111617;REFB=0;REVB=-0.0003313;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93178e-05;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:24:32:0:0:27:33:0:0 chr19 56527179 . T TC 35.14 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0991827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.1178;QD=2.304;RBI=0.157329;REFB=0.00128975;REVB=0.122127;RO=51;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442343;STB=0.537246;STBP=0.832;TYPE=ins;VARB=0.0200308;OID=.;OPOS=56527180;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180328:11:62:11:61:50:6:5:25:25:35:51:6:5:26:25 chr19 56539240 . C T 77.42 PASS AF=0.141593;AO=16;DP=112;FAO=16;FDP=113;FR=.;FRO=97;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=66;FWDB=-0.0333759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.464;QD=2.74049;RBI=0.0334068;REFB=-0.000676046;REVB=0.00143567;RO=96;SAF=8;SAR=8;SRF=31;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227394;STB=0.654692;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00449861;OID=.;OPOS=56539240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:112:113:96:97:16:16:0.141593:8:8:31:65:8:8:31:66 chr19 56549510 . T C 1430.14 PASS AF=0.789855;AO=108;DP=138;FAO=109;FDP=138;FR=.;FRO=29;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0115508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.086;QD=41.4532;RBI=0.0136199;REFB=0.0271801;REVB=-0.00721674;RO=29;SAF=43;SAR=65;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206868;STB=0.511767;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00415188;OID=.;OPOS=56549510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:29:29:108:109:0.789855:65:43:13:16:66:43:13:16 chr19 56549532 . A G 1093.68 PASS AF=0.778761;AO=88;DP=113;FAO=88;FDP=113;FR=.;FRO=25;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0111926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.134;QD=38.7144;RBI=0.0167686;REFB=-0.0106853;REVB=0.0124865;RO=25;SAF=33;SAR=55;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629744;STB=0.533635;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00295692;OID=.;OPOS=56549532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:25:25:88:88:0.778761:55:33:13:12:55:33:13:12 chr19 56663213 . GA G,GG 38.6 PASS AF=0.188679,0.0188679;AO=9,3;DP=53;FAO=10,1;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=5,0;FSAR=5,1;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.132533,-0.119843;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.7812,30.9861;QD=2.9129;RBI=0.132962,0.121174;REFB=-0.0360713,-0.0107015;REVB=-0.0106809,-0.0179105;RO=38;SAF=5,1;SAR=4,2;SRF=13;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.258746,-0.00961941;STB=0.634366,0.986844;STBP=0.381,0.486;TYPE=del,snp;VARB=0.0853036,0.158588;OID=.,.;OPOS=56663214,56663214;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188679,0.0188679:9,3:53:10,1:53:42:5,0:5,1:14:28:34:38:5,1:4,2:13:25 chr19 56688570 . G A 140.26 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0272603;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0506;QD=7.68551;RBI=0.0327854;REFB=-0.001065;REVB=0.0182143;RO=52;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044795;STB=0.536046;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00216883;OID=.;OPOS=56688570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:52:53:20:20:0.273973:13:7:20:32:13:7:21:32 chr19 56693620 . C G 935.18 PASS AF=0.675;AO=81;DP=120;FAO=81;FDP=120;FR=.;FRO=39;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0448738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3232;QD=31.1727;RBI=0.0453365;REFB=-0.0499227;REVB=0.00646074;RO=39;SAF=44;SAR=37;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598297;STB=0.5322;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0104138;OID=.;OPOS=56693620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:39:39:81:81:0.675:37:44:25:14:37:44:25:14 chr19 56703248 . G A 1279.66 PASS AF=0.78125;AO=100;DP=128;FAO=100;FDP=128;FR=.;FRO=28;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0270224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.32;QD=39.9895;RBI=0.0316848;REFB=-0.0205619;REVB=0.0165444;RO=27;SAF=58;SAR=42;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203939;STB=0.506104;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00487242;OID=.;OPOS=56703248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:27:28:100:100:0.78125:42:58:17:10:42:58:17:11 chr19 56704101 . G A 491.49 PASS AF=0.822222;AO=36;DP=45;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0367739;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.698;QD=43.6882;RBI=0.037278;REFB=-0.0265942;REVB=0.00610982;RO=6;SAF=13;SAR=23;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00802036;STB=0.522715;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00597993;OID=.;OPOS=56704101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:45:45:6:8:36:37:0.822222:23:13:2:4:23:14:4:4 chr19 56717353 . A G 785.95 PASS AF=0.683168;AO=68;DP=100;FAO=69;FDP=101;FR=.;FRO=32;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.000135737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.223;QD=31.1267;RBI=0.0278753;REFB=-0.0218869;REVB=0.0278749;RO=32;SAF=40;SAR=28;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157083;STB=0.505583;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0101384;OID=.;OPOS=56717353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:32:32:68:69:0.683168:28:40:18:14:29:40:18:14 chr19 56718585 . A G 1434.58 PASS AF=0.763158;AO=116;DP=153;FAO=116;FDP=152;FR=.;FRO=36;FSAF=39;FSAR=77;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0323102;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7825;QD=37.752;RBI=0.0420783;REFB=-0.00104862;REVB=0.0269561;RO=36;SAF=39;SAR=77;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435864;STB=0.523216;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000461961;OID=.;OPOS=56718585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:36:36:116:116:0.763158:77:39:9:27:77:39:9:27 chr19 56719405 . A C 505.53 PASS AF=0.791667;AO=37;DP=48;FAO=38;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0181949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6326;QD=42.1272;RBI=0.0183987;REFB=-0.0436961;REVB=-0.00273126;RO=10;SAF=22;SAR=15;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782503;STB=0.543896;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0061188;OID=.;OPOS=56719405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:10:10:37:38:0.791667:15:22:4:6:15:23:4:6 chr19 56719822 . G T 511.05 PASS AF=0.791667;AO=38;DP=48;FAO=38;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00193974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.19;QD=42.5872;RBI=0.016159;REFB=-0.0822352;REVB=0.0160422;RO=9;SAF=14;SAR=24;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134584;STB=0.515431;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0120149;OID=.;OPOS=56719822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:48:48:9:10:38:38:0.791667:24:14:3:6:24:14:3:7 chr19 56719853 . C A 548.8 PASS AF=0.793651;AO=26;DP=63;FAO=50;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.125834;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.7389;QD=34.8447;RBI=0.139821;REFB=0.0323548;REVB=-0.060957;RO=6;SAF=8;SAR=18;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753218;STB=0.510186;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00424647;OID=.;OPOS=56719853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:63:63:6:13:26:50:0.793651:18:8:3:3:33:17:5:8 chr19 56827938 . C A 859.65 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.104229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6644;QD=54.5812;RBI=0.106364;REFB=0.136624;REVB=-0.0212013;RO=2;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314423;STB=0.516661;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0114536;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:29:32:0:2:29:32:0:2 chr19 56888454 . A C 594.4 PASS AF=0.803279;AO=49;DP=61;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.019503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9852;QD=38.9767;RBI=0.0261024;REFB=0.00785195;REVB=-0.0173484;RO=12;SAF=23;SAR=26;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418223;STB=0.522429;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00314827;OID=.;OPOS=56888454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:12:12:49:49:0.803279:26:23:7:5:26:23:7:5 chr19 56895496 . C T 448.7 PASS AF=0.729167;AO=34;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0157418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6087;QD=37.3916;RBI=0.0198546;REFB=-0.0204826;REVB=-0.0120995;RO=13;SAF=13;SAR=21;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040709;STB=0.526301;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00343948;OID=.;OPOS=56895496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:48:48:13:13:34:35:0.729167:21:13:4:9:21:14:4:9 chr19 56935527 . A G 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.528;QD=56.1838;RBI=0.00806073;REFB=0;REVB=0.00757794;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12852e-05;OID=.;OPOS=56935527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr19 56953272 . G A 206.33 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0350733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.174;QD=8.97068;RBI=0.0376018;REFB=0.00150655;REVB=0.0135557;RO=64;SAF=13;SAR=14;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776423;STB=0.550967;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00338961;OID=.;OPOS=56953272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:64:65:27:27:0.293478:14:13:35:29:14:13:36:29 chr19 56953585 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214242;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.608;QD=56.7066;RBI=0.0369034;REFB=0;REVB=-0.0300477;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122109;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr19 56953863 . T C 1226.56 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8107;QD=61.3278;RBI=0.0765431;REFB=0;REVB=0.0727418;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304476;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr19 57062073 . T C 990.44 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.487;QD=59.1309;RBI=0.0158046;REFB=0;REVB=-0.00114837;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30662e-05;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr19 57065189 . T C 1628.05 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0367867;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.3383;QD=59.2018;RBI=0.0368717;REFB=-0.017653;REVB=-0.00250192;RO=0;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00137608;OID=.;OPOS=57065189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:110:0:1:109:109:0.990909:61:48:0:0:61:48:0:1 chr19 57135023 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.236;QD=57.1775;RBI=0.0358033;REFB=0;REVB=0.0342653;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18785e-05;OID=.;OPOS=57135023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr19 57166531 . CT C,TC 54.72 PASS AF=0.131148,0.0546448;AO=27,13;DP=192;FAO=24,10;FDP=183;FR=.;FRO=149;FSAF=12,1;FSAR=12,9;FSRF=68;FSRR=81;FWDB=0.0104135,-0.080896;FXX=0.0518108;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=6.76091,25.043;QD=1.19606;RBI=0.276435,0.0816983;REFB=-0.0938195,-0.0333241;REVB=0.276238,0.0114215;RO=103;SAF=15,6;SAR=12,7;SRF=50;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.088957,-0.0289699;STB=0.537541,0.872599;STBP=0.705,0.028;TYPE=del,mnp;VARB=0.0602009,-0.0176188;OID=.,.;OPOS=57166532,57166531;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:192:183:103:149:27,13:24,10:0.131148,0.0546448:12,7:15,6:50:53:12,9:12,1:68:81 chr19 57175484 . A G 791.48 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0228821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8616;QD=53.66;RBI=0.0463983;REFB=-0.145042;REVB=-0.0403635;RO=3;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076642;STB=0.514701;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00795825;OID=.;OPOS=57175484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:3:2:56:57:0.966102:33:23:1:2:33:24:0:2 chr19 57176198 . T G 1791.96 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188162;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.675;QD=61.2635;RBI=0.0209626;REFB=0;REVB=-0.00924013;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355409;OID=.;OPOS=57176198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:61:55:0:0:62:55:0:0 chr19 57176304 . T G 1527.39 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.855;QD=63.6411;RBI=0.0461308;REFB=0;REVB=0.0437827;RO=0;SAF=28;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102555;OID=.;OPOS=57176304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:68:28:0:0:68:28:0:0 chr19 57176482 . C T 2564.9 PASS AF=0.994118;AO=155;DP=156;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0644239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2119;QD=60.3505;RBI=0.0792175;REFB=0.0114384;REVB=0.0460974;RO=1;SAF=78;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613843;STB=0.50289;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00071567;OID=.;OPOS=57176482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:170:1:1:155:169:0.994118:77:78:0:1:86:83:0:1 chr19 57176820 . C A 1505.0 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0604848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.743;QD=61.4287;RBI=0.060547;REFB=-0.153904;REVB=-0.0027439;RO=2;SAF=41;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225679;STB=0.505881;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000610759;OID=.;OPOS=57176820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:98:98:2:1:96:97:0.989796:55:41:2:0:55:42:1:0 chr19 57176838 . C G 1106.01 PASS AF=0.95;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.107473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.897;QD=55.3007;RBI=0.107692;REFB=-0.101409;REVB=-0.00687611;RO=1;SAF=28;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016599;STB=0.533324;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00065365;OID=.;OPOS=57176838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:80:80:1:4:76:76:0.95:48:28:1:0:48:28:4:0 chr19 57433619 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.592;QD=57.5447;RBI=0.0188427;REFB=0;REVB=-0.00963152;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88099e-05;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr19 57641146 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.078;QD=58.1421;RBI=0.0391496;REFB=0;REVB=0.0373604;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213392;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr19 57641799 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.845;QD=53.9112;RBI=0.0388697;REFB=0;REVB=-0.00530812;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020411;OID=.;OPOS=57641799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr19 57642782 . C A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00742956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.992;QD=57.6799;RBI=0.0135558;REFB=0;REVB=-0.0113384;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.94181e-05;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr19 57643051 . G A 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0658784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.596;QD=62.9074;RBI=0.0658786;REFB=0;REVB=-0.000142634;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010113;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chr19 57643099 . G A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.6759;QD=59.1427;RBI=0.0171627;REFB=0;REVB=0.00725853;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.53126e-05;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr19 57647015 . A G 1048.47 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494418;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6471;QD=59.0686;RBI=0.0550103;REFB=0;REVB=0.0241172;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031426;OID=.;OPOS=57647015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:32:37:0:0:34:37:0:0 chr19 57647236 . T C 670.94 PASS AF=0.943396;AO=49;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0698722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.228;QD=50.6372;RBI=0.0716197;REFB=0.0227279;REVB=0.015724;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.505041;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.000419756;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:1:3:49:50:0.943396:28:21:1:0:29:21:1:2 chr19 57649901 . G A 1461.55 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00367075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.355;QD=61.5388;RBI=0.0297437;REFB=-0.038325;REVB=0.0295163;RO=1;SAF=52;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903078;STB=0.504761;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=9.78335e-05;OID=.;OPOS=57649901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:93:94:0.989474:41:52:1:0:42:52:1:0 chr19 57649940 . A T 1000.09 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.231;QD=58.8288;RBI=0.00530076;REFB=0;REVB=0.00400957;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823247;OID=.;OPOS=57649940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:33:34:0:0:33:35:0:0 chr19 57723007 . G C 132.48 PASS AF=0.196581;AO=23;DP=117;FAO=23;FDP=117;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=60;FWDB=-0.0441183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.627;QD=4.5291;RBI=0.0446805;REFB=-0.00615143;REVB=0.00706524;RO=92;SAF=10;SAR=13;SRF=32;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115136;STB=0.560625;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0283131;OID=.;OPOS=57723007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:92:94:23:23:0.196581:13:10:32:60:13:10:34:60 chr19 57723013 . G A 124.98 PASS AF=0.191304;AO=22;DP=115;FAO=22;FDP=115;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=-0.0229348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.577;QD=4.34706;RBI=0.023072;REFB=-0.00395689;REVB=0.00251229;RO=93;SAF=9;SAR=13;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727816;STB=0.546094;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0144356;OID=.;OPOS=57723013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:93:93:22:22:0.191304:13:9:33:60:13:9:33:60 chr19 57742472 . G C 1457.76 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0471785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.742;QD=62.0323;RBI=0.0544589;REFB=-0.124716;REVB=0.0272022;RO=1;SAF=40;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117028;STB=0.506023;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000877199;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:91:93:0.989362:51:40:1:0:52:41:1:0 chr19 57742489 . C T 1281.17 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.737;QD=61.7431;RBI=0.0346566;REFB=0;REVB=0.026458;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53634e-05;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:80:83:1:43:37:0:0:43:40:0:0 chr19 57742493 . AGGACGAGCAGGATT A 393.27 PASS AF=1;AO=30;DP=48;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118343;FXX=0.384541;HRUN=2;LEN=14;MLLD=277.638;QD=49.1583;RBI=0.0119593;REFB=0;REVB=0.00172428;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.87493e-05;OID=.;OPOS=57742494;OREF=GGACGAGCAGGATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:48:32:32:0:14:18:0:0:7:0:14:16:0:0 chr19 57760018 . G A 219.66 PASS AF=0.266667;AO=32;DP=120;FAO=32;FDP=120;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.0195089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.716;QD=7.32206;RBI=0.0484773;REFB=-0.0128572;REVB=-0.0443785;RO=88;SAF=19;SAR=13;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179721;STB=0.510746;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0331154;OID=.;OPOS=57760018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:88:88:32:32:0.266667:13:19:51:37:13:19:51:37 chr19 57760057 . G A 167.9 PASS AF=0.238532;AO=26;DP=109;FAO=26;FDP=109;FR=.;FRO=83;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0265634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5414;QD=6.16133;RBI=0.0267954;REFB=-0.0191247;REVB=0.00351889;RO=83;SAF=14;SAR=12;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465068;STB=0.502839;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0571165;OID=.;OPOS=57760057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:83:83:26:26:0.238532:12:14:45:38:12:14:45:38 chr19 57765432 . A G 146.49 PASS AF=0.201613;AO=25;DP=124;FAO=25;FDP=124;FR=.;FRO=99;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.019364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.134;QD=4.72562;RBI=0.0239171;REFB=-0.00378059;REVB=0.0140378;RO=99;SAF=9;SAR=16;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186202;STB=0.617302;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0153813;OID=.;OPOS=57765432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:99:99:25:25:0.201613:16:9:50:49:16:9:50:49 chr19 57767004 . A T 109.09 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.010464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.643;QD=5.97744;RBI=0.0141118;REFB=-0.000896712;REVB=-0.00946826;RO=54;SAF=10;SAR=7;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292567;STB=0.529378;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00283314;OID=.;OPOS=57767004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:56:17:17:0.232877:7:10:33:21:7:10:35:21 chr19 57767129 . T C 770.25 PASS AF=0.746988;AO=62;DP=83;FAO=62;FDP=83;FR=.;FRO=21;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0552087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.757;QD=37.1203;RBI=0.0745589;REFB=-0.00701392;REVB=0.0501103;RO=21;SAF=31;SAR=31;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112193;STB=0.506022;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00249608;OID=.;OPOS=57767129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:21:21:62:62:0.746988:31:31:10:11:31:31:10:11 chr19 57768066 . A G 51.66 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0333956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8143;QD=5.90402;RBI=0.0340309;REFB=-0.00729533;REVB=-0.00654517;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213633;STB=0.637955;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0434934;OID=.;OPOS=57768066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:3:5:12:15:3:5:12:15 chr19 57768276 . C CT,T 35.23 PASS AF=0.163636,0;AO=6,5;DP=60;FAO=9,0;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.241173,-0.0180339;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=10.707,253.369;QD=2.56233;RBI=0.252331,0.0186558;REFB=-0.0411829,0.0004357;REVB=-0.0742064,-0.00477675;RO=47;SAF=1,1;SAR=5,4;SRF=21;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.353365,-0.292529;STB=0.715043,0.5;STBP=0.213,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.109693,0;OID=.,.;OPOS=57768277,57768276;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:60:55:47:46:6,5:9,0:0.163636,0:5,4:1,1:21:26:7,0:2,0:21:25 chr19 57768897 . CTT C 107.57 PASS AF=0.232;AO=29;DP=127;FAO=29;FDP=125;FR=.;FRO=96;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=0.017855;FXX=0.0234357;HRUN=2;LEN=2;MLLD=177.448;QD=3.44222;RBI=0.0240247;REFB=-0.00490056;REVB=-0.0160743;RO=95;SAF=16;SAR=13;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14975;STB=0.594796;STBP=0.264;TYPE=del;VARB=0.0171324;OID=.;OPOS=57768898;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232:29:127:29:125:96:16:13:41:55:99:95:16:13:41:54 chr19 57769896 . A AT 99.36 PASS AF=0.772727;AO=13;DP=23;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0546862;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.88356;QD=18.0649;RBI=0.0571054;REFB=0.0340795;REVB=-0.0164454;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124041;STB=0.51611;STBP=0.816;TYPE=ins;VARB=0.016854;OID=.;OPOS=57769897;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.772727:13:23:17:22:5:8:9:2:3:14:9:6:7:4:5 chr19 57770237 . T G 1082.72 PASS AF=0.8;AO=81;DP=100;FAO=80;FDP=100;FR=.;FRO=20;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00247789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.156;QD=43.3089;RBI=0.0215648;REFB=-0.0184786;REVB=0.021422;RO=19;SAF=44;SAR=37;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606322;STB=0.510078;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00450818;OID=.;OPOS=57770237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:19:20:81:80:0.8:37:44:10:9:36:44:10:10 chr19 57770700 . CCT C,CCC 48.55 PASS AF=0.25,0;AO=5,2;DP=35;FAO=8,0;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4,0;FSAR=4,0;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.164978,0.0645901;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=25.3341,21.5949;QD=6.06882;RBI=0.165366,0.116809;REFB=-0.070257,0.00980668;REVB=0.0113232,0.0973263;RO=27;SAF=4,0;SAR=1,2;SRF=10;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.478442,-0.421372;STB=0.562346,0.5;STBP=0.749,1;TYPE=del,snp;VARB=0.177071,0;OID=.,.;OPOS=57770701,57770702;OREF=CT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0:5,2:35:8,0:32:24:4,0:4,0:10:14:49:27:4,0:1,2:10:17 chr19 57771266 . T C 362.51 PASS AF=0.653846;AO=33;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0043992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.964;QD=27.885;RBI=0.00479359;REFB=-0.0134705;REVB=0.00190409;RO=17;SAF=16;SAR=17;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156655;STB=0.587107;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00584717;OID=.;OPOS=57771266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:18:33:34:0.653846:17:16:4:13:18:16:4:14 chr19 57771883 . A G 89.65 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=-0.0119769;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6833;QD=5.78386;RBI=0.0452912;REFB=-0.0103836;REVB=-0.0436789;RO=44;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196242;STB=0.534836;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0368243;OID=.;OPOS=57771883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:58:62:44:48:14:14:0.225806:10:4:12:32:10:4:12:36 chr19 57832214 . G T 579.82 PASS AF=0.746269;AO=48;DP=67;FAO=50;FDP=67;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.181563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1554;QD=34.6161;RBI=0.183421;REFB=-0.0903262;REVB=-0.0260381;RO=16;SAF=19;SAR=29;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101322;STB=0.512495;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0312733;OID=.;OPOS=57832214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:16:17:48:50:0.746269:29:19:6:10:30:20:6:11 chr19 57832219 . A G 67.61 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.015376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.631;QD=3.97679;RBI=0.0156144;REFB=-0.00448764;REVB=-0.00271807;RO=55;SAF=2;SAR=10;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383197;STB=0.755337;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0198498;OID=.;OPOS=57832219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:55:56:12:12:0.176471:10:2:24:31:10:2:24:32 chr19 57832257 . T C 811.04 PASS AF=0.807692;AO=63;DP=77;FAO=63;FDP=78;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.034222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.337;QD=41.5918;RBI=0.0357876;REFB=-0.0234642;REVB=0.0104693;RO=14;SAF=24;SAR=39;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880003;STB=0.551708;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00535771;OID=.;OPOS=57832257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:77:78:14:15:63:63:0.807692:39:24:2:12:39:24:2:13 chr19 57839150 . A G 410.75 PASS AF=0.8;AO=32;DP=39;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0340535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.066;QD=41.0745;RBI=0.0358511;REFB=-0.0292209;REVB=0.0112097;RO=7;SAF=17;SAR=15;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134194;STB=0.518856;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00706467;OID=.;OPOS=57839150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:40:7:8:32:32:0.8:15:17:4:3:15:17:5:3 chr19 57839567 . T A 833.32 PASS AF=0.75;AO=66;DP=88;FAO=66;FDP=88;FR=.;FRO=22;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0258873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1631;QD=37.8781;RBI=0.0269403;REFB=-0.021584;REVB=-0.00745843;RO=22;SAF=30;SAR=36;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636754;STB=0.534151;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00694592;OID=.;OPOS=57839567;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:22:22:66:66:0.75:36:30:13:9:36:30:13:9 chr19 57865149 . C T 1476.43 PASS AF=0.788732;AO=109;DP=140;FAO=112;FDP=142;FR=.;FRO=30;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0445746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.843;QD=41.5896;RBI=0.0455221;REFB=0.000952467;REVB=0.00923944;RO=30;SAF=51;SAR=58;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276757;STB=0.517395;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=5.74161e-05;OID=.;OPOS=57865149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:30:30:109:112:0.788732:58:51:12:18:58:54:12:18 chr19 57867599 . T C 797.69 PASS AF=0.722222;AO=64;DP=89;FAO=65;FDP=90;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0186878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.406;QD=35.4531;RBI=0.0225783;REFB=-0.0181737;REVB=0.0126706;RO=25;SAF=20;SAR=44;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00454829;STB=0.503999;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0104024;OID=.;OPOS=57867599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:25:25:64:65:0.722222:44:20:8:17:45:20:8:17 chr19 57868336 . A G 696.7 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00854615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.275;QD=60.5827;RBI=0.0104054;REFB=-0.0104595;REVB=-0.00593605;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=5.3743e-05;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:45:45:0.978261:24:21:0:1:24:21:0:1 chr19 57909872 . G A 176.1 PASS AF=0.227642;AO=27;DP=123;FAO=28;FDP=123;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=0.00340629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.951;QD=5.72685;RBI=0.0117954;REFB=0.0125461;REVB=0.0112929;RO=95;SAF=6;SAR=21;SRF=55;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449643;STB=0.752856;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0279523;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:95:95:27:28:0.227642:21:6:55:40:21:7:55:40 chr19 57956828 . T G 741.52 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066603;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5433;QD=57.0402;RBI=0.102028;REFB=0;REVB=0.10181;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396586;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr19 57967049 . G T 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2949;QD=58.7757;RBI=0.0161218;REFB=0;REVB=0.0099276;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013518;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr19 57967133 . G A 785.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4807;QD=64.1441;RBI=0.0383557;REFB=0;REVB=0.00703422;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054711;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr19 57984426 . C A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.887;QD=60.7159;RBI=0.043814;REFB=0;REVB=-0.00246278;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.56428e-05;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr19 57984918 . A G 1242.05 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.676;QD=61.3358;RBI=0.0406983;REFB=0;REVB=0.0331956;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86234e-05;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr19 57985460 . T A 1555.55 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0839709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3139;QD=58.7;RBI=0.0847446;REFB=0.073189;REVB=-0.0114247;RO=1;SAF=50;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093969;STB=0.50495;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00590751;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:55:50:1:0:55:50:1:0 chr19 57985566 . G C 2251.56 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.334;QD=63.4243;RBI=0.0130352;REFB=0;REVB=-0.0033026;RO=0;SAF=71;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03636e-06;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:70:71:0:0:70:72:0:0 chr19 57987905 . G A 2420.33 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.207;QD=60.8889;RBI=0.0327403;REFB=0;REVB=0.0235831;RO=1;SAF=81;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42621e-05;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:1:0:158:159:1:77:81:0:1:78:81:0:0 chr19 57988666 . A AGCC 1046.33 PASS AF=0.91358;AO=69;DP=90;FAO=74;FDP=81;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00847443;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=3;MLLD=199.668;QD=51.6705;RBI=0.00983833;REFB=-0.0567044;REVB=0.00499767;RO=16;SAF=22;SAR=47;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163537;STB=0.533707;STBP=0.064;TYPE=ins;VARB=0.00552883;OID=.;OPOS=57988667;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.91358:69:90:74:81:7:26:48:5:2:28:16:22:47:12:4 chr19 58001512 . T A 1467.13 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.989;QD=63.1025;RBI=0.0337591;REFB=0;REVB=0.0319923;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72385e-05;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:93:0:0:89:93:1:43:46:0:0:46:47:0:0 chr19 58003141 . A G 323.18 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00255663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1754;QD=47.8785;RBI=0.036107;REFB=0.0391397;REVB=-0.0360164;RO=2;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579364;STB=0.531225;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00190385;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:15:10:0:2:15:10:0:2 chr19 58003488 . A G 1358.58 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00888649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.059;QD=62.4632;RBI=0.0384615;REFB=0;REVB=0.0374208;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39392e-05;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr19 58003580 . A G 2754.37 PASS AF=0.994382;AO=178;DP=178;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0334581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.967;QD=61.896;RBI=0.033509;REFB=0.0485186;REVB=0.00184677;RO=0;SAF=82;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502618;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000469144;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:178:0:1:178:177:0.994382:96:82:0:0:95:82:0:1 chr19 58003613 . C T 2769.98 PASS AF=1;AO=167;DP=172;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052405;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9001;QD=62.2466;RBI=0.0573777;REFB=0;REVB=-0.0233649;RO=0;SAF=65;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49038e-05;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:178:0:0:167:178:1:102:65:0:0:103:75:0:0 chr19 58004346 . G C 1227.46 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4648;QD=61.3732;RBI=0.0263776;REFB=0;REVB=-0.00443446;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68084e-05;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr19 58004931 . A G 69.36 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.774;QD=30.8277;RBI=0.032638;REFB=-0.0519828;REVB=0.00817155;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286738;STB=0.666169;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00437761;OID=.;OPOS=58004931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:1:7:0:1:1:7:0:1 chr19 58011421 . G T 1590.65 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0399227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.66;QD=58.9131;RBI=0.0461381;REFB=0.0306744;REVB=0.023128;RO=1;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072467;STB=0.503816;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000361284;OID=.;OPOS=58011421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:65:42:0:1:65:42:0:1 chr19 58038964 . T A 3950.91 PASS AF=1;AO=234;DP=235;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7928;QD=63.4684;RBI=0.126644;REFB=0;REVB=0.115017;RO=0;SAF=109;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571428;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:235:249:0:0:234:249:1:125:109:0:0:135:114:0:0 chr19 58058536 . A G 1730.6 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0675;QD=60.7227;RBI=0.032081;REFB=0;REVB=-0.00886055;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180505;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:60:54:0:0:60:54:0:0 chr19 58083706 . G A 101.71 PASS AF=0.173077;AO=18;DP=104;FAO=18;FDP=104;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.0268444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.307;QD=3.91185;RBI=0.0268477;REFB=0.00245264;REVB=0.000421832;RO=86;SAF=6;SAR=12;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172265;STB=0.613204;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0111721;OID=.;OPOS=58083706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:86:86:18:18:0.173077:12:6:40:46:12:6:40:46 chr19 58213952 . C A 1347.49 PASS AF=0.732026;AO=110;DP=153;FAO=112;FDP=153;FR=.;FRO=41;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0505081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5378;QD=35.2285;RBI=0.053684;REFB=0.0163684;REVB=0.0181907;RO=43;SAF=56;SAR=54;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474824;STB=0.525249;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00534615;OID=.;OPOS=58213952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:43:41:110:112:0.732026:54:56:18:25:55:57:17:24 chr19 58258466 . G T 1360.26 PASS AF=0.751773;AO=106;DP=141;FAO=106;FDP=141;FR=.;FRO=35;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00655586;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.49;QD=38.589;RBI=0.00929329;REFB=0.0121879;REVB=0.00658679;RO=35;SAF=42;SAR=64;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401799;STB=0.521441;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00399338;OID=.;OPOS=58258466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:35:35:106:106:0.751773:64:42:11:24:64:42:11:24 chr19 58301766 . TG T 1368.08 PASS AF=0.761905;AO=150;DP=210;FAO=160;FDP=210;FR=.;FRO=50;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.160236;FXX=0.0140838;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.2281;QD=26.0586;RBI=0.179307;REFB=-0.0423582;REVB=-0.0804688;RO=48;SAF=70;SAR=80;SRF=30;SRR=18;SSEN=0.754237;SSEP=0;SSSB=-0.0720062;STB=0.536262;STBP=0.071;TYPE=del;VARB=0.0155946;OID=.;OPOS=58301767;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.761905:150:210:160:210:50:78:82:32:18:99:48:70:80:30:18 chr19 58331336 . C T 271.27 PASS AF=0.263889;AO=38;DP=144;FAO=38;FDP=144;FR=.;FRO=106;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=44;FWDB=-0.0263228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.049;QD=7.53524;RBI=0.0270801;REFB=-0.0170105;REVB=-0.00635949;RO=106;SAF=22;SAR=16;SRF=62;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00754887;STB=0.504502;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.043191;OID=.;OPOS=58331336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:106:106:38:38:0.263889:16:22:62:44:16:22:62:44 chr19 58352522 . G A 1011.01 PASS AF=0.649254;AO=87;DP=135;FAO=87;FDP=134;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=61;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0277236;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.572;QD=30.1793;RBI=0.0277553;REFB=-0.0434259;REVB=0.00132597;RO=46;SAF=26;SAR=61;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012497;STB=0.509381;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0177481;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:46:47:87:87:0.649254:61:26:13:33:61:26:13:34 chr19 58361433 . A G 38.7 PASS AF=0.0934579;AO=10;DP=107;FAO=10;FDP=107;FR=.;FRO=97;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.0313309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.875;QD=1.44685;RBI=0.0365055;REFB=0.000697115;REVB=0.0187357;RO=97;SAF=7;SAR=3;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206467;STB=0.663108;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00858962;OID=.;OPOS=58361433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:107:107:97:97:10:10:0.0934579:3:7:51:46:3:7:51:46 chr19 58370727 . T G 60.52 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0367909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.007;QD=6.20703;RBI=0.0439113;REFB=-0.00456657;REVB=-0.0239714;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341106;STB=0.741445;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0200978;OID=.;OPOS=58370727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:36:39:27:30:9:9:0.230769:3:6:10:17:3:6:10:20 chr19 58384242 . T C 559.5 PASS AF=0.738462;AO=48;DP=65;FAO=48;FDP=65;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0372913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4141;QD=34.4305;RBI=0.0451256;REFB=-0.0451361;REVB=-0.0254102;RO=17;SAF=27;SAR=21;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127056;STB=0.506846;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0176919;OID=.;OPOS=58384242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:17:17:48:48:0.738462:21:27:10:7:21:27:10:7 chr19 58385748 . G A 77.27 PASS AF=0.4;AO=11;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0686738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.171;QD=12.363;RBI=0.0843332;REFB=-0.0578519;REVB=-0.048949;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0677585;OID=.;OPOS=58385748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:25:25:14:15:11:10:0.4:6:5:5:9:6:4:6:9 chr19 58385762 . C G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0526627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.109;QD=12.8615;RBI=0.0842446;REFB=-0.0609933;REVB=-0.0657556;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308464;STB=0.685728;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0195566;OID=.;OPOS=58385762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:3:5:2:5:3:5 chr19 58420152 . C A 136.25 PASS AF=0.186047;AO=24;DP=129;FAO=24;FDP=129;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.000651604;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.213;QD=4.22471;RBI=0.0140902;REFB=0.000545789;REVB=0.0140752;RO=103;SAF=7;SAR=17;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300001;STB=0.685236;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00305103;OID=.;OPOS=58420152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:103:105:24:24:0.186047:17:7:54:49:17:7:54:51 chr19 58420162 . T C 85.04 PASS AF=0.150442;AO=17;DP=112;FAO=17;FDP=113;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.0248912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.06;QD=3.01043;RBI=0.0254896;REFB=-0.000947423;REVB=0.00549055;RO=95;SAF=7;SAR=10;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156806;STB=0.609377;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00358432;OID=.;OPOS=58420162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:112:113:95:96:17:17:0.150442:10:7:51:44:10:7:52:44 chr19 58420167 . T C 105.46 PASS AF=0.175926;AO=19;DP=108;FAO=19;FDP=108;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.00357702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.718;QD=3.90577;RBI=0.00826655;REFB=0.00456381;REVB=0.00745257;RO=89;SAF=7;SAR=12;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215692;STB=0.640009;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0138809;OID=.;OPOS=58420167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:89:89:19:19:0.175926:12:7:48:41:12:7:48:41 chr19 58420699 . C A 69.18 PASS AF=0.128;AO=15;DP=125;FAO=16;FDP=125;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=0.000310085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.163;QD=2.2136;RBI=0.0306687;REFB=-0.00493776;REVB=0.0306671;RO=109;SAF=6;SAR=9;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117866;STB=0.550588;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0311111;OID=.;OPOS=58420699;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:125:125:109:109:15:16:0.128:9:6:54:55:9:7:54:55 chr19 58439306 . G A 481.43 PASS AF=0.704918;AO=43;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-7.02066e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.671;QD=31.5691;RBI=0.0182238;REFB=-0.0114567;REVB=0.0182237;RO=16;SAF=19;SAR=24;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00221844;STB=0.515896;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00492866;OID=.;OPOS=58439306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:16:18:43:43:0.704918:24:19:7:9:24:19:7:11 chr19 58453303 . T C 84.47 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0142754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.085;QD=4.96872;RBI=0.0201326;REFB=-0.00653827;REVB=0.0141963;RO=54;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092314;STB=0.558741;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0236971;OID=.;OPOS=58453303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:54:54:14:14:0.205882:7:7:23:31:7:7:23:31 chr19 58453342 . T C 137.61 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0203313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.562;QD=7.24286;RBI=0.0295372;REFB=-0.00436324;REVB=-0.0214263;RO=56;SAF=10;SAR=10;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869423;STB=0.55258;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0123078;OID=.;OPOS=58453342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:10:10:24:32:10:10:24:32 chr19 58455381 . C T 1597.56 PASS AF=1;AO=96;DP=100;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.652;QD=59.7218;RBI=0.115604;REFB=0;REVB=-7.82832e-05;RO=1;SAF=32;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145875;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48733e-05;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:107:1:0:96:107:1:64:32:1:0:65:42:0:0 chr19 58549366 . C G 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0737501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.922;QD=6.02684;RBI=0.0772297;REFB=-0.0136563;REVB=0.0229204;RO=31;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152317;STB=0.59976;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0405643;OID=.;OPOS=58549366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:7:2:10:21:7:2:10:21 chr19 58549593 . C G 96.96 PASS AF=0.17;AO=17;DP=101;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0305822;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3502;QD=3.87822;RBI=0.0377981;REFB=0.00435479;REVB=0.0222132;RO=83;SAF=3;SAR=14;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502325;STB=0.828886;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00419068;OID=.;OPOS=58549593;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:101:100:83:83:17:17:0.17:14:3:48:35:14:3:48:35 chr19 58572959 . G A 116.29 PASS AF=0.182609;AO=21;DP=115;FAO=21;FDP=115;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.0118887;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.619;QD=4.0449;RBI=0.0585662;REFB=0.00152027;REVB=0.0573468;RO=88;SAF=8;SAR=13;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520768;STB=0.546736;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00853806;OID=.;OPOS=58572959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:88:94:21:21:0.182609:13:8:37:51:13:8:41:53 chr19 58572979 . G A 196.84 PASS AF=0.243902;AO=30;DP=124;FAO=30;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.143211;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5062;QD=6.40118;RBI=0.144519;REFB=-0.0304946;REVB=0.0194003;RO=63;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243054;STB=0.538478;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0549435;OID=.;OPOS=58572979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:63:93:30:30:0.243902:17:13:15:48:17:13:45:48 chr19 58600044 . TGGGC TGGC,TGGGT 478.51 PASS AF=0.693333,0.306667;AO=26,13;DP=76;FAO=52,23;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=20,10;FSAR=32,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.487416,-0.0120731;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=5.04524,234.836;QD=25.5203;RBI=0.524694,0.0447838;REFB=0,0;REVB=0.194241,0.0431257;RO=26;SAF=2,10;SAR=24,3;SRF=18;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.668984,0.110887;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.212154,0.0309518;OID=.,.;OPOS=58600045,58600048;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=TGGC,TGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.693333,0.306667:26,13:76:52,23:75:0:20,10:32,13:0:0:99:26:2,10:24,3:18:8 chr19 58718359 . GA AG,GAG 533.52 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,40;DP=47;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125985,0.121327;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=11.1104,19.3395;QD=48.5017;RBI=0.133715,0.131127;REFB=0,0;REVB=0.0448062,-0.0497399;RO=4;SAF=2,21;SAR=0,19;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.623114,0.00425833;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0262418,0.00186188;OID=.,.;OPOS=58718359,58718361;OREF=GA,-;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:47:44:4:0:2,40:2,42:0.0454545,0.954545:0,19:2,21:2:2:0,21:2,21:0:0 chr19 58774071 . A G 42.3 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00595246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.091;QD=4.70035;RBI=0.0498497;REFB=0.000213703;REVB=-0.049493;RO=29;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353661;STB=0.735777;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00224901;OID=.;OPOS=58774071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:5:2:17:12:5:2:17:12 chr19 58790675 . T C 179.9 PASS AF=0.177419;AO=33;DP=188;FAO=33;FDP=186;FR=.;FRO=153;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=-0.0150847;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.896;QD=3.86886;RBI=0.0336615;REFB=-0.00646511;REVB=-0.0300923;RO=151;SAF=11;SAR=22;SRF=70;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173174;STB=0.611871;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0317904;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:186:151:153:33:33:0.177419:22:11:70:81:22:11:71:82 chr19 58790713 . G C 117.15 PASS AF=0.160839;AO=23;DP=141;FAO=23;FDP=143;FR=.;FRO=120;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=68;FWDB=0.0099511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1125;QD=3.2768;RBI=0.079664;REFB=-0.003465;REVB=-0.07904;RO=108;SAF=7;SAR=16;SRF=47;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17733;STB=0.616083;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.032831;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:108:120:23:23:0.160839:16:7:47:61:16:7:52:68 chr19 58806083 . T C 208.15 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0181661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.651;QD=9.35508;RBI=0.036015;REFB=0.000446394;REVB=-0.0310978;RO=61;SAF=11;SAR=16;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157185;STB=0.587091;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00134523;OID=.;OPOS=58806083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:62:27:27:0.303371:16:11:33:28:16:11:33:29 chr19 58862840 . T TC 33.32 PASS AF=0.0845771;AO=26;DP=207;FAO=17;FDP=201;FR=.;FRO=184;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=85;FSRR=99;FWDB=0.0334612;FXX=0.00985173;HRUN=0;LEN=1;MLLD=45.3241;QD=0.663033;RBI=0.0337093;REFB=-0.0157523;REVB=0.00408244;RO=179;SAF=12;SAR=14;SRF=81;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011425;STB=0.602526;STBP=0.377;TYPE=ins;VARB=0.175687;OID=.;OPOS=58862841;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0845771:26:207:17:201:184:6:11:85:99:33:179:12:14:81:98 chr19 58864479 . T C 1105.61 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.267;QD=58.9657;RBI=0.0489399;REFB=0;REVB=0.0229791;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299395;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:72:75:1:36:36:0:0:37:38:0:0 chr19 58868480 . G T 78.03 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0222209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2436;QD=6.24239;RBI=0.0222209;REFB=0.00675738;REVB=-4.39776e-05;RO=38;SAF=8;SAR=3;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258796;STB=0.676588;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0151439;OID=.;OPOS=58868480;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:38:39:11:11:0.22:3:8:20:18:3:8:20:19 chr19 58870087 . TG T 1418.3 PASS AF=0.849398;AO=135;DP=168;FAO=141;FDP=166;FR=.;FRO=25;FSAF=64;FSAR=77;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0171612;FXX=0.0177504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.1622;QD=34.1759;RBI=0.0212182;REFB=0.0364412;REVB=0.0124782;RO=24;SAF=63;SAR=72;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0.445813;SSSB=0.0502776;STB=0.52654;STBP=0.112;TYPE=del;VARB=-0.00875598;OID=.;OPOS=58870088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.849398:135:168:141:166:25:64:77:7:18:48:24:63:72:7:17 chr19 58879964 . GA G,GG 1060.43 PASS AF=0.0972222,0.902778;AO=17,54;DP=71;FAO=7,65;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=5,31;FSAR=2,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234803,-0.0211771;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.2224,93.7361;QD=58.9128;RBI=0.00413399,0.0215202;REFB=0,0;REVB=-0.00340245,0.00382704;RO=0;SAF=2,34;SAR=15,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.95117e-08,-3.77753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0052916,0.0159468;OID=.,.;OPOS=58879965,58879965;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0972222,0.902778:17,54:71:7,65:72:0:5,31:2,34:0:0:10:0:2,34:15,20:0:0 chr19 58879976 . C T 1108.85 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0649476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.807;QD=57.6027;RBI=0.0734469;REFB=-0.0362468;REVB=0.0342965;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116825;STB=0.512192;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000487354;OID=.;OPOS=58879976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:75:75:0.974026:35:40:1:0:35:40:2:0 chr19 58898193 . C T 1035.49 PASS AF=0.835165;AO=76;DP=93;FAO=76;FDP=91;FR=.;FRO=15;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0120612;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.496;QD=45.5161;RBI=0.0643176;REFB=-0.0504982;REVB=0.0631766;RO=15;SAF=37;SAR=39;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476224;STB=0.525348;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00970913;OID=.;OPOS=58898193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:93:91:15:15:76:76:0.835165:39:37:5:10:39:37:5:10 chr19 58904396 . G A 238.16 PASS AF=0.274194;AO=34;DP=124;FAO=34;FDP=124;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=-0.00312851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.2851;QD=7.68256;RBI=0.00601823;REFB=0.00277545;REVB=0.00514116;RO=89;SAF=11;SAR=23;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327331;STB=0.697181;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00874057;OID=.;OPOS=58904396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:89:90:34:34:0.274194:23:11:53:36:23:11:54:36 chr19 58908150 . C G 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.03833;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.876;QD=28.6827;RBI=0.0515866;REFB=-0.060492;REVB=0.0345252;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.510181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00687111;OID=.;OPOS=58908150;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:1:2:9:9:0.818182:4:5:0:1:4:5:1:1 chr19 58928786 . A G 695.56 PASS AF=0.707317;AO=58;DP=82;FAO=58;FDP=82;FR=.;FRO=24;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0402626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.627;QD=33.9296;RBI=0.0405683;REFB=-0.0213962;REVB=0.00497063;RO=24;SAF=34;SAR=24;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477859;STB=0.525764;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00655414;OID=.;OPOS=58928786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:24:24:58:58:0.707317:24:34:12:12:24:34:12:12 chr19 58929052 . G A 302.56 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0693803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2243;QD=31.8487;RBI=0.0696332;REFB=0.058831;REVB=0.0059285;RO=12;SAF=8;SAR=18;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712732;STB=0.53914;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.013119;OID=.;OPOS=58929052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:18:8:5:7:18:8:5:7 chr19 58929136 . G A 130.36 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.108638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6494;QD=22.6713;RBI=0.127684;REFB=-0.0386086;REVB=0.0670886;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385055;STB=0.521708;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0307917;OID=.;OPOS=58929136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:7:7:4:5:7:7:4:5 chr19 58945961 . AC AA,AT,TA 458.78 PASS AF=0.0588235,0.882353,0.0588235;AO=2,21,2;DP=31;FAO=2,30,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19,0;FSAR=2,11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271341,0.0235652,-0.0249085;FXX=0;HRUN=1,1,3;LEN=1,1,2;MLLD=102.204,115.03,90.5153;QD=53.9746;RBI=0.0309267,0.0246426,0.0424036;REFB=0,0,0;REVB=-0.0148391,0.00720691,-0.0343167;RO=0;SAF=0,13,0;SAR=2,8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=-0.0776578,0.00123224,0.0368072;OID=.,.,.;OPOS=58945962,58945962,58945961;OREF=C,C,AC;OALT=A,T,TA;OMAPALT=AA,AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:10:31:34:0:0:2,21,2:2,30,2:0.0588235,0.882353,0.0588235:2,8,2:0,13,0:0:0:2,11,2:0,19,0:0:0 chr19 58946056 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00258027;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.319;QD=21.1692;RBI=0.00806991;REFB=0.0346688;REVB=-0.00764628;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0134276;OID=.;OPOS=58946056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:2:1:2:5:2:1 chr19 58951123 . T C 2241.94 PASS AF=0.7375;AO=177;DP=239;FAO=177;FDP=240;FR=.;FRO=63;FSAF=99;FSAR=78;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00270007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.956;QD=37.3656;RBI=0.00920149;REFB=-0.0237679;REVB=0.00879642;RO=61;SAF=99;SAR=78;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407172;STB=0.526193;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0084698;OID=.;OPOS=58951123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:61:63:177:177:0.7375:78:99:29:32:78:99:29:34 chr19 58966644 . A T 1378.57 PASS AF=0.732484;AO=115;DP=157;FAO=115;FDP=157;FR=.;FRO=42;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0265715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.918;QD=35.1228;RBI=0.0410475;REFB=0.00246087;REVB=-0.0312866;RO=42;SAF=53;SAR=62;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770893;STB=0.50412;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.000791157;OID=.;OPOS=58966644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:42:42:115:115:0.732484:62:53:20:22:62:53:20:22 chr19 58968875 . A C 291.4 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0202631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0952;QD=33.3024;RBI=0.0473531;REFB=-0.03838;REVB=-0.0427986;RO=10;SAF=6;SAR=19;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106832;STB=0.558096;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0154309;OID=.;OPOS=58968875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:10:10:25:25:0.714286:19:6:1:9:19:6:1:9 chr19 58969179 . C A 460.94 PASS AF=0.777778;AO=31;DP=43;FAO=35;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0622838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5384;QD=40.9721;RBI=0.0628065;REFB=-0.0628324;REVB=-0.0080858;RO=8;SAF=3;SAR=28;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297369;STB=0.519989;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0179732;OID=.;OPOS=58969179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:43:45:8:10:31:35:0.777778:28:3:1:7:30:5:1:9 chr19 58982044 . C T 240.33 PASS AF=0.280992;AO=34;DP=121;FAO=34;FDP=121;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=0.021506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4196;QD=7.94481;RBI=0.0450988;REFB=0.00479865;REVB=-0.0396408;RO=87;SAF=15;SAR=19;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019604;STB=0.51161;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.013574;OID=.;OPOS=58982044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:87:87:34:34:0.280992:19:15:37:50:19:15:37:50 chr19 58982384 . A G 1581.42 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.451;QD=59.1185;RBI=0.0593281;REFB=0;REVB=0.0335874;RO=1;SAF=27;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16347e-05;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:107:1:0:96:107:1:69:27:1:0:70:37:0:0 chr19 58989495 . A C 481.77 PASS AF=0.75;AO=42;DP=56;FAO=42;FDP=56;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00517967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.846;QD=34.4122;RBI=0.0054005;REFB=0.014781;REVB=-0.00152852;RO=14;SAF=21;SAR=21;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330821;STB=0.517849;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00543485;OID=.;OPOS=58989495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:14:14:42:42:0.75:21:21:6:8:21:21:6:8 chr19 58991900 . G A 2703.24 PASS AF=0.712903;AO=222;DP=315;FAO=221;FDP=310;FR=.;FRO=89;FSAF=113;FSAR=108;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=0.0152173;FXX=0.0189867;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.405;QD=34.8805;RBI=0.0197248;REFB=-0.0331232;REVB=0.01255;RO=89;SAF=113;SAR=109;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404073;STB=0.520975;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0134686;OID=.;OPOS=58991900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:310:89:89:222:221:0.712903:109:113:52:37:108:113:52:37 chr19 59082605 . C T 1520.86 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0127944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.305;QD=58.4945;RBI=0.0194001;REFB=-0.0535363;REVB=0.0145831;RO=1;SAF=63;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0074723;STB=0.503936;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000196415;OID=.;OPOS=59082605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:1:1:102:103:0.990385:39:63:1:0:40:63:1:0 chr20 76962 . T C 598.75 PASS AF=0.433962;AO=66;DP=156;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.0237737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.731;QD=15.0628;RBI=0.0257158;REFB=-0.0338421;REVB=0.00980374;RO=89;SAF=37;SAR=29;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683045;STB=0.545609;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0426906;OID=.;OPOS=76962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:89:90:66:69:0.433962:29:37:44:45:29:40:45:45 chr20 126310 . ACC A 712.11 PASS AF=0.512195;AO=97;DP=211;FAO=105;FDP=205;FR=.;FRO=100;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.0438726;FXX=0.0284347;HRUN=5;LEN=2;MLLD=33.3714;QD=13.8948;RBI=0.0657671;REFB=0.00725362;REVB=0.048995;RO=87;SAF=36;SAR=61;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110217;STB=0.570467;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=-0.00498324;OID=.;OPOS=126311;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512195:97:211:105:205:100:37:68:49:51:99:87:36:61:43:44 chr20 138178 . GC G 475.93 PASS AF=0.493506;AO=66;DP=149;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.00315714;FXX=0.0128197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.1225;QD=12.3618;RBI=0.0250952;REFB=-0.0159114;REVB=-0.0248959;RO=75;SAF=28;SAR=38;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00237812;STB=0.500869;STBP=0.989;TYPE=del;VARB=0.019623;OID=.;OPOS=138179;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.493506:66:149:76:154:78:33:43:34:44:99:75:28:38:32:43 chr20 139456 . G A 286.67 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00915036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0501;QD=13.3335;RBI=0.030534;REFB=0.0270917;REVB=0.0291307;RO=53;SAF=14;SAR=19;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112569;STB=0.564317;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0473335;OID=.;OPOS=139456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:19:14:28:25:19:14:28:25 chr20 139576 . C A 500.12 PASS AF=0.519608;AO=49;DP=97;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00678169;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.554;QD=19.6124;RBI=0.0228742;REFB=-0.0512126;REVB=0.0218458;RO=45;SAF=11;SAR=38;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100761;STB=0.547819;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0253906;OID=.;OPOS=139576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:102:45:49:49:53:0.519608:38:11:14:31:38:15:18:31 chr20 168728 . T A 592.38 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0058711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.993;QD=17.2956;RBI=0.00774202;REFB=0.00153986;REVB=-0.00504668;RO=75;SAF=26;SAR=36;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020756;STB=0.511557;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00180673;OID=.;OPOS=168728;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:75:75:62:62:0.452555:36:26:33:42:36:26:33:42 chr20 238435 . CTGGTCT C,CTGCTCC 1088.79 PASS AF=0.917808,0.0821918;AO=65,7;DP=76;FAO=67,6;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=55,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257051,-0.0146812;FXX=0.0394685;HRUN=1,2;LEN=6,4;MLLD=253.099,222.456;QD=59.6598;RBI=0.0355175,0.0264319;REFB=0,0;REVB=0.02451,0.0219797;RO=0;SAF=12,2;SAR=53,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000648061,0.00483377;OID=.,.;OPOS=238436,238438;OREF=TGGTCT,GTCT;OALT=-,CTCC;OMAPALT=C,CTGCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.917808,0.0821918:65,7:76:67,6:73:0:12,2:55,4:0:0:46:0:12,2:53,5:0:0 chr20 256727 . T A 820.76 PASS AF=0.47486;AO=83;DP=177;FAO=85;FDP=179;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=0.041012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.544;QD=18.3411;RBI=0.0440764;REFB=-0.0132122;REVB=0.0161478;RO=90;SAF=31;SAR=52;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483258;STB=0.533827;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0151082;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:90:94:83:85:0.47486:52:31:38:52:54:31:40:54 chr20 257733 . A G 331.9 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00122068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.201;QD=16.19;RBI=0.00686034;REFB=-0.0132198;REVB=0.00675087;RO=46;SAF=25;SAR=11;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960733;STB=0.55425;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0152024;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:11:25:28:18:11:25:28:18 chr20 259969 . G C 9667.43 PASS AF=0.976599;AO=622;DP=639;FAO=626;FDP=641;FR=.;FRO=15;FSAF=244;FSAR=382;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.00439298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9741;QD=60.3272;RBI=0.0180189;REFB=-0.126398;REVB=0.0174751;RO=14;SAF=242;SAR=380;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023705;STB=0.511669;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0020345;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:639:641:14:15:622:626:0.976599:380:242:13:1:382:244:13:2 chr20 279483 . T C 346.09 PASS AF=0.430233;AO=36;DP=85;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.000520831;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.413;QD=16.0972;RBI=0.000557478;REFB=-0.0173438;REVB=0.000198788;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790272;STB=0.525112;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0201462;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:49:36:37:0.430233:18:18:18:25:18:19:23:26 chr20 368789 . CTG TCG,TGC 268.61 PASS AF=0.227907,0.027907;AO=50,8;DP=214;FAO=49,6;FDP=215;FR=.;FRO=160;FSAF=40,5;FSAR=9,1;FSRF=52;FSRR=108;FWDB=-0.0503271,-0.0963765;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,3;MLLD=61.1316,26.3242;QD=4.99732;RBI=0.0524586,0.0964174;REFB=-0.0132798,-0.0331547;REVB=-0.0148018,-0.0028092;RO=122;SAF=40,7;SAR=10,1;SRF=29;SRR=93;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.620964,0.595746;STB=0.849543,0.90431;STBP=0,0.147;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.171772,0.0946121;OID=.,.;OPOS=368789,368789;OREF=CT,CTG;OALT=TC,TGC;OMAPALT=TCG,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:122:160:50,8:49,6:0.227907,0.027907:10,1:40,7:29:93:9,1:40,5:52:108 chr20 371972 . T C 6314.31 PASS AF=1;AO=400;DP=402;FAO=404;FDP=404;FR=.;FRO=0;FSAF=233;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371436;FXX=0.00246907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0114;QD=62.5179;RBI=0.0871366;REFB=0;REVB=-0.0788234;RO=0;SAF=231;SAR=169;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170815;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:402:404:0:0:400:404:1:169:231:0:0:171:233:0:0 chr20 377226 . C T 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00557654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.77;QD=18.3163;RBI=0.0074917;REFB=-0.0118146;REVB=-0.00500278;RO=43;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866531;STB=0.548282;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0114713;OID=.;OPOS=377226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:19:20:26:17:19:20:26:17 chr20 391170 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4959;QD=57.177;RBI=0.0407137;REFB=0;REVB=-0.0393792;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473274;OID=.;OPOS=391170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr20 397928 . C T 1898.7 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0208908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8196;QD=60.7585;RBI=0.054717;REFB=-0.135833;REVB=0.050572;RO=1;SAF=92;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00513699;STB=0.502702;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00141737;OID=.;OPOS=397928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:32:92:1:0:32:92:1:0 chr20 418199 . T A 2703.36 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271773;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.189;QD=62.5054;RBI=0.0303976;REFB=0;REVB=0.0136165;RO=0;SAF=76;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92562e-05;OID=.;OPOS=418199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:172:173:1:96:76:0:0:97:76:0:0 chr20 590456 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.194;QD=53.2764;RBI=0.063408;REFB=0;REVB=-0.0628339;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000367163;OID=.;OPOS=590456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr20 590542 . CG GC 1135.13 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311489;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=2;MLLD=94.5403;QD=60.5404;RBI=0.0709981;REFB=0;REVB=-0.0638003;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.6879e-05;OID=.;OPOS=590542;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr20 628890 . T C 522.63 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0518773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4196;QD=19.9095;RBI=0.0585392;REFB=0.0157613;REVB=-0.0271216;RO=50;SAF=20;SAR=34;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478068;STB=0.529943;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0133753;OID=.;OPOS=628890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:51:54:54:0.514286:34:20:16:34:34:20:16:35 chr20 741847 . A G 1149.36 PASS AF=0.437722;AO=123;DP=281;FAO=123;FDP=281;FR=.;FRO=158;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=80;FSRR=78;FWDB=0.00925915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.89;QD=16.3609;RBI=0.0370674;REFB=0.00526439;REVB=-0.0358923;RO=157;SAF=61;SAR=62;SRF=80;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137569;STB=0.505843;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00693239;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:157:158:123:123:0.437722:62:61:80:77:62:61:80:78 chr20 744450 . G A 484.27 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=43;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.00835576;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5227;QD=14.675;RBI=0.0536259;REFB=0.00694058;REVB=0.0529709;RO=78;SAF=43;SAR=11;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309677;STB=0.676398;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0108977;OID=.;OPOS=744450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:78:78:54:54:0.409091:11:43:43:35:11:43:43:35 chr20 744570 . G A 2072.64 PASS AF=0.555556;AO=190;DP=349;FAO=190;FDP=342;FR=.;FRO=152;FSAF=114;FSAR=76;FSRF=145;FSRR=7;FWDB=-0.0192357;FXX=0.0228565;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.844;QD=24.2414;RBI=0.0270278;REFB=-0.0277109;REVB=0.0189866;RO=145;SAF=114;SAR=76;SRF=140;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330063;STB=0.675343;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0196848;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:342:145:152:190:190:0.555556:76:114:140:5:76:114:145:7 chr20 746098 . G A 360.01 PASS AF=0.390909;AO=41;DP=108;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.0535781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1976;QD=13.0913;RBI=0.102448;REFB=0.0083501;REVB=0.0873215;RO=67;SAF=21;SAR=20;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135061;STB=0.575008;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0123465;OID=.;OPOS=746098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:67:67:41:43:0.390909:20:21:26:41:21:22:26:41 chr20 825678 . T C 3114.01 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196116;FXX=0.00490172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.7085;QD=61.3597;RBI=0.0524519;REFB=0.0359419;REVB=-0.0486476;RO=1;SAF=92;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427206;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101326;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:204:203:1:0:203:203:1:111:92:0:1:111:92:0:0 chr20 826492 . G C,T 2017.41 PASS AF=0.977099,0.0229008;AO=124,5;DP=129;FAO=128,3;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=64,0;FSAR=64,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203714,0.00287114;FXX=0.00757518;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.6171,129.163;QD=61.6003;RBI=0.0819287,0.0191453;REFB=0,0;REVB=-0.0793556,-0.0189288;RO=0;SAF=64,0;SAR=60,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.47389e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00465495,0.0534345;OID=.,.;OPOS=826492,826492;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:129:131:0:0:124,5:128,3:0.977099,0.0229008:60,5:64,0:0:0:64,3:64,0:0:0 chr20 826710 . C T 1109.85 PASS AF=0.939024;AO=76;DP=81;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0268574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2077;QD=54.1388;RBI=0.0487371;REFB=-0.081838;REVB=0.0406693;RO=5;SAF=41;SAR=35;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306445;STB=0.515691;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0335268;OID=.;OPOS=826710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:81:82:5:5:76:77:0.939024:35:41:4:1:35:42:4:1 chr20 853433 . GTT GGT,GT,GTG 1509.23 PASS AF=0,1,0;AO=12,27,53;DP=111;FAO=0,110,0;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=0,66,0;FSAR=0,44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.166897,-0.139544,-0.496816;FXX=0.0090082;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=5.96279,20.7067,15.3539;QD=54.8811;RBI=0.267256,0.197402,0.49816;REFB=0,0,0;REVB=-0.208738,-0.139624,-0.0365701;RO=0;SAF=2,6,50;SAR=10,21,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.27804e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0543021,-0.00172519,0;OID=.,.,.;OPOS=853434,853434,853435;OREF=T,T,T;OALT=G,-,G;OMAPALT=GGT,GT,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:12,27,53:111:0,110,0:110:0:0,66,0:0,44,0:0:0:9:0:2,6,50:10,21,3:0:0 chr20 854940 . T C 308.66 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0689083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.098;QD=16.6845;RBI=0.0788459;REFB=0.00985288;REVB=0.0383187;RO=39;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365568;STB=0.534825;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.0112889;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:33:34:0.459459:14:19:21:18:14:20:21:19 chr20 1115919 . A G 619.76 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199335;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8088;QD=61.9759;RBI=0.0312511;REFB=0;REVB=0.0240684;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328287;OID=.;OPOS=1115919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr20 1285933 . G A 998.05 PASS AF=0.429688;AO=110;DP=256;FAO=110;FDP=256;FR=.;FRO=146;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=62;FSRR=84;FWDB=0.00099442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.642;QD=15.5945;RBI=0.0101537;REFB=-0.00459364;REVB=0.0101048;RO=142;SAF=62;SAR=48;SRF=62;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128545;STB=0.578933;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00601696;OID=.;OPOS=1285933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:142:146:110:110:0.429688:48:62:62:80:48:62:62:84 chr20 1291076 . G C 2644.35 PASS AF=1;AO=168;DP=170;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.012;QD=61.4966;RBI=0.0670662;REFB=-0.0664733;REVB=0.0109066;RO=0;SAF=70;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07856e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54564e-05;OID=.;OPOS=1291076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:170:172:0:0:168:172:1:98:70:0:0:99:73:0:0 chr20 1293008 . C T 2741.05 PASS AF=0.947917;AO=182;DP=192;FAO=182;FDP=192;FR=.;FRO=10;FSAF=54;FSAR=128;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0208269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.653;QD=57.1052;RBI=0.0234362;REFB=-0.171503;REVB=0.010747;RO=0;SAF=54;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05854e-08;STB=0.500206;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126832;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:192:192:0:10:182:182:0.947917:128:54:0:0:128:54:3:7 chr20 1298794 . G A 1627.06 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00257931;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.55;QD=60.2614;RBI=0.0687852;REFB=0;REVB=-0.0687368;RO=0;SAF=42;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022464;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:66:42:0:0:66:42:0:0 chr20 1424303 . G A 1361.9 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00886678;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.271;QD=62.616;RBI=0.00940768;REFB=0;REVB=-0.00314399;RO=0;SAF=58;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35351e-05;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:29:58:0:0:29:58:0:0 chr20 1426393 . C T 6186.32 PASS AF=1;AO=387;DP=388;FAO=388;FDP=388;FR=.;FRO=0;FSAF=172;FSAR=216;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.075356;FXX=0.00257063;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.708;QD=63.7765;RBI=0.0787159;REFB=0;REVB=-0.0227521;RO=0;SAF=171;SAR=216;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64708e-05;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:388:388:0:0:387:388:1:216:171:0:0:216:172:0:0 chr20 1457910 . C A 3476.14 PASS AF=0.986842;AO=223;DP=229;FAO=225;FDP=228;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=124;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.046409;FXX=0.0129865;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.749;QD=60.985;RBI=0.0491531;REFB=-0.0889633;REVB=-0.0161935;RO=2;SAF=100;SAR=123;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000882832;STB=0.501537;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.000394172;OID=.;OPOS=1457910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:229:228:2:3:223:225:0.986842:123:100:1:1:124:101:1:2 chr20 1459060 . T G 2301.61 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780755;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7074;QD=60.9699;RBI=0.0192929;REFB=0;REVB=0.0176425;RO=0;SAF=65;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40834e-05;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:151:0:0:151:151:1:86:65:0:0:86:65:0:0 chr20 1532595 . T C 3216.98 PASS AF=0.981481;AO=211;DP=216;FAO=212;FDP=216;FR=.;FRO=4;FSAF=83;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0480032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.577;QD=59.5737;RBI=0.0484656;REFB=0.0779945;REVB=0.00667899;RO=3;SAF=83;SAR=128;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011033;STB=0.507633;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000179822;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:216:216:3:4:211:212:0.981481:128:83:0:3:129:83:0:4 chr20 1546911 . C G 835.14 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.574;QD=57.5961;RBI=0.0886934;REFB=0;REVB=0.0867856;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156608;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:31:25:0:0:33:25:0:0 chr20 1551485 . C T 1044.37 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6236;QD=59.6781;RBI=0.0169587;REFB=0;REVB=-0.0101531;RO=0;SAF=52;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185485;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:17:52:0:0:17:53:0:0 chr20 1552430 . T C 10703.6 PASS AF=1;AO=665;DP=670;FAO=674;FDP=674;FR=.;FRO=0;FSAF=327;FSAR=347;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218254;FXX=0.0102789;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.376;QD=63.5231;RBI=0.0239483;REFB=0;REVB=0.00985762;RO=0;SAF=323;SAR=342;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08985e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91881e-05;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:670:674:0:0:665:674:1:342:323:0:0:347:327:0:0 chr20 1559101 . T G 10691.9 PASS AF=1;AO=672;DP=672;FAO=672;FDP=672;FR=.;FRO=0;FSAF=311;FSAR=361;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.841;QD=63.6421;RBI=0.0368266;REFB=0;REVB=0.0195981;RO=0;SAF=311;SAR=361;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04028e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2357e-06;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:672:672:0:0:672:672:1:361:311:0:0:361:311:0:0 chr20 1610894 . G A 463.75 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00947299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.109;QD=19.7338;RBI=0.00955292;REFB=0.00149483;REVB=0.0012332;RO=47;SAF=17;SAR=29;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335523;STB=0.514279;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00149446;OID=.;OPOS=1610894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:47:48:46:46:0.489362:29:17:19:28:29:17:19:29 chr20 1610939 . G A 1287.36 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00900182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.879;QD=60.5818;RBI=0.0128662;REFB=-0.0298093;REVB=0.00919269;RO=1;SAF=30;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155259;STB=0.508195;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=2.64564e-07;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:54:30:1:0:54:30:1:0 chr20 1615934 . G T 636.99 PASS AF=0.443038;AO=70;DP=158;FAO=70;FDP=158;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.000766851;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3176;QD=16.1263;RBI=0.051963;REFB=0.00558555;REVB=-0.0519574;RO=87;SAF=34;SAR=36;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199401;STB=0.507957;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00821157;OID=.;OPOS=1615934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:87:88:70:70:0.443038:36:34:44:43:36:34:44:44 chr20 1615959 . T C 2699.43 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228158;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9347;QD=62.4145;RBI=0.0236613;REFB=0;REVB=0.0062687;RO=0;SAF=86;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07455e-05;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:172:173:1:86:86:0:0:87:86:0:0 chr20 1616137 . G A 2116.75 PASS AF=0.528646;AO=202;DP=383;FAO=203;FDP=384;FR=.;FRO=181;FSAF=102;FSAR=101;FSRF=86;FSRR=95;FWDB=-0.00906246;FXX=0.00259734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.722;QD=22.0495;RBI=0.0235953;REFB=0.0170564;REVB=-0.0217855;RO=179;SAF=102;SAR=100;SRF=84;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307554;STB=0.512877;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.014547;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:384:179:181:202:203:0.528646:100:102:84:95:101:102:86:95 chr20 1616206 . A G 4308.7 PASS AF=1;AO=271;DP=277;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231778;FXX=0.0214278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.323;QD=62.9008;RBI=0.0322746;REFB=0;REVB=-0.0224597;RO=0;SAF=128;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63872e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75422e-05;OID=.;OPOS=1616206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:277:274:0:0:271:274:1:143:128:0:0:146:128:0:0 chr20 1616892 . A G 1999.77 PASS AF=0.437113;AO=211;DP=490;FAO=212;FDP=485;FR=.;FRO=273;FSAF=107;FSAR=105;FSRF=138;FSRR=135;FWDB=0.00761154;FXX=0.0102039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.507;QD=16.4929;RBI=0.0128047;REFB=-0.00219421;REVB=-0.0102968;RO=254;SAF=106;SAR=105;SRF=134;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249306;STB=0.500438;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00202635;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:490:485:254:273:211:212:0.437113:105:106:134:120:105:107:138:135 chr20 1617069 . A G 2139.34 PASS AF=0.455852;AO=222;DP=487;FAO=222;FDP=487;FR=.;FRO=265;FSAF=90;FSAR=132;FSRF=116;FSRR=149;FWDB=-0.0098026;FXX=0.0040899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3886;QD=17.5716;RBI=0.0317533;REFB=0.000441802;REVB=-0.0302023;RO=263;SAF=90;SAR=132;SRF=116;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360694;STB=0.518119;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.000613186;OID=.;OPOS=1617069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:487:487:263:265:222:222:0.455852:132:90:116:147:132:90:116:149 chr20 1629906 . C T 2656.84 PASS AF=0.501908;AO=263;DP=525;FAO=263;FDP=524;FR=.;FRO=261;FSAF=118;FSAR=145;FSRF=124;FSRR=137;FWDB=0.0119976;FXX=0.00190473;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.447;QD=20.2812;RBI=0.012336;REFB=-0.0113166;REVB=0.00286966;RO=261;SAF=118;SAR=145;SRF=124;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242564;STB=0.513266;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0111962;OID=.;OPOS=1629906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:525:524:261:261:263:263:0.501908:145:118:124:137:145:118:124:137 chr20 1959939 . G A 727.98 PASS AF=0.448276;AO=78;DP=173;FAO=78;FDP=174;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.00867154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.641;QD=16.7352;RBI=0.01231;REFB=0.00128199;REVB=-0.00873733;RO=95;SAF=37;SAR=41;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824156;STB=0.542796;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00134544;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:95:96:78:78:0.448276:41:37:53:42:41:37:53:43 chr20 1961197 . CAAA CAA,CAAG 70.06 PASS AF=0.263158,0.105263;AO=9,4;DP=60;FAO=15,6;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=2,0;FSAR=13,6;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.022039,-0.0203071;FXX=0.0499917;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.0711,152.651;QD=4.91658;RBI=0.0522707,0.0395847;REFB=-0.119774,-0.00736926;REVB=0.0473973,-0.033979;RO=23;SAF=2,0;SAR=7,4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.517897,-0.710357;STB=0.887327,0.998731;STBP=0.001,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0725045,0.184031;OID=.,.;OPOS=1961198,1961200;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAA,CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158,0.105263:9,4:60:15,6:57:36:2,0:13,6:26:10:38:23:2,0:7,4:16:7 chr20 2082732 . C G 2143.29 PASS AF=0.985915;AO=139;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00744756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3795;QD=60.3744;RBI=0.00919769;REFB=-0.130309;REVB=-0.00539735;RO=2;SAF=57;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00250496;STB=0.501354;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00310202;OID=.;OPOS=2082732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:142:2:2:139:140:0.985915:82:57:1:1:83:57:1:1 chr20 2083833 . C G 1633.17 PASS AF=0.476879;AO=142;DP=346;FAO=165;FDP=346;FR=.;FRO=181;FSAF=66;FSAR=99;FSRF=86;FSRR=95;FWDB=0.0267366;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.1371;QD=18.8806;RBI=0.054231;REFB=0.00785678;REVB=-0.0471822;RO=128;SAF=62;SAR=80;SRF=58;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145308;STB=0.540279;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00851281;OID=.;OPOS=2083833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:128:181:142:165:0.476879:80:62:58:70:99:66:86:95 chr20 2127684 . C T 1811.05 PASS AF=0.466667;AO=187;DP=404;FAO=189;FDP=405;FR=.;FRO=216;FSAF=94;FSAR=95;FSRF=81;FSRR=135;FWDB=-0.0664751;FXX=0.00491388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.112;QD=17.8869;RBI=0.0673093;REFB=-0.000839955;REVB=-0.0105644;RO=214;SAF=93;SAR=94;SRF=80;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119912;STB=0.565296;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00214582;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:405:214:216:187:189:0.466667:94:93:80:134:95:94:81:135 chr20 2127930 . C T 615.72 PASS AF=0.508065;AO=60;DP=121;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=53;FSRF=12;FSRR=49;FWDB=0.131024;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9172;QD=19.8619;RBI=0.177677;REFB=-0.018291;REVB=0.120008;RO=61;SAF=8;SAR=52;SRF=12;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112686;STB=0.533383;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0235511;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:61:61:60:63:0.508065:52:8:12:49:53:10:12:49 chr20 2290333 . C A 289.39 PASS AF=0.39759;AO=32;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0214163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.854;QD=13.9463;RBI=0.0216001;REFB=-0.00527464;REVB=0.00281136;RO=49;SAF=10;SAR=22;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134432;STB=0.568923;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00802767;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:50:32:33:0.39759:22:10:21:28:22:11:22:28 chr20 2321105 . G C 925.45 PASS AF=0.395522;AO=106;DP=269;FAO=106;FDP=268;FR=.;FRO=162;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=76;FSRR=86;FWDB=-0.0236162;FXX=0.00371733;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.654;QD=13.8127;RBI=0.0272472;REFB=0.00562653;REVB=-0.0135898;RO=160;SAF=56;SAR=50;SRF=76;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571386;STB=0.535728;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00729598;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:268:160:162:106:106:0.395522:50:56:76:84:50:56:76:86 chr20 2375262 . A G 3166.72 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.096;QD=61.7897;RBI=0.0578735;REFB=0;REVB=-0.0469668;RO=0;SAF=91;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11724e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01784e-05;OID=.;OPOS=2375262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:205:0:0:204:205:1:113:91:0:0:114:91:0:0 chr20 2398017 . G A 6427.76 PASS AF=1;AO=387;DP=392;FAO=411;FDP=411;FR=.;FRO=0;FSAF=205;FSAR=206;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276857;FXX=0.0048425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.253;QD=62.5573;RBI=0.0468028;REFB=0;REVB=0.037736;RO=0;SAF=203;SAR=184;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82805e-05;OID=.;OPOS=2398017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:392:411:0:0:387:411:1:184:203:0:0:206:205:0:0 chr20 2539387 . G A 574.84 PASS AF=0.428571;AO=40;DP=136;FAO=60;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=53;FWDB=0.00365123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8179;QD=16.424;RBI=0.114856;REFB=-0.0744584;REVB=0.114798;RO=75;SAF=19;SAR=21;SRF=25;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163386;STB=0.508122;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0986116;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:140:75:79:40:60:0.428571:21:19:25:50:41:19:26:53 chr20 2572970 . GC CG,G,GT 456.0 PASS AF=0,0.551282,0;AO=26,38,7;DP=157;FAO=0,86,0;FDP=156;FR=.;FRO=70;FSAF=0,10,0;FSAR=0,76,0;FSRF=61;FSRR=9;FWDB=0.0354001,0.0831029,0.0627654;FXX=0.0126574;HRUN=1,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=46.9182,10.9663,20.469;QD=11.6923;RBI=0.201854,0.210966,0.224696;REFB=-0.0256051,-0.10519,-0.0494397;REVB=-0.198726,-0.193909,-0.215752;RO=74;SAF=0,3,0;SAR=26,35,7;SRF=67;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.565445,0;SSSB=-0.88029,-0.805275,-0.818507;STB=0.5,0.863823,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.136804,0;OID=.,.,.;OPOS=2572970,2572971,2572971;OREF=GC,C,C;OALT=CG,-,T;OMAPALT=CG,G,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:157:156:74:70:26,38,7:0,86,0:0,0.551282,0:26,35,7:0,3,0:67:7:0,76,0:0,10,0:61:9 chr20 2618140 . T C 406.79 PASS AF=0.384;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.0122902;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.355;QD=13.0172;RBI=0.0317149;REFB=-0.00900857;REVB=-0.0292367;RO=76;SAF=26;SAR=22;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185812;STB=0.608394;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0135418;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:76:77:48:48:0.384:22:26:28:48:22:26:28:49 chr20 2621998 . T C 379.37 PASS AF=0.527027;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0344887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.901;QD=20.5064;RBI=0.0378955;REFB=0.00414424;REVB=0.0157036;RO=34;SAF=13;SAR=25;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102255;STB=0.505048;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.00392239;OID=.;OPOS=2621998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:34:35:38:39:0.527027:25:13:12:22:26:13:12:23 chr20 2633325 . GGGGCGC G 321.43 PASS AF=0.551282;AO=42;DP=79;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00090216;FXX=0.0487745;HRUN=4;LEN=6;MLLD=251.859;QD=16.4835;RBI=0.0106709;REFB=-0.0220141;REVB=-0.0106327;RO=27;SAF=29;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162489;STB=0.577268;STBP=0.158;TYPE=del;VARB=0.0151084;OID=.;OPOS=2633326;OREF=GGGCGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.551282:42:79:43:78:35:30:13:19:16:99:27:29:13:13:14 chr20 2633936 . T C 821.48 PASS AF=0.491228;AO=84;DP=171;FAO=84;FDP=171;FR=.;FRO=87;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.00121798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.592;QD=19.216;RBI=0.00643495;REFB=-0.0171879;REVB=0.00631863;RO=84;SAF=44;SAR=40;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508378;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0173183;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:84:87:84:84:0.491228:40:44:44:40:40:44:47:40 chr20 2637071 . T C 216.13 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00160474;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.138;QD=13.7225;RBI=0.00811589;REFB=0.00233055;REVB=-0.00795566;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349392;STB=0.50793;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00263084;OID=.;OPOS=2637071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:37:25:26:0.412698:12:13:18:19:13:13:18:19 chr20 2644407 . C G 636.17 PASS AF=0.460993;AO=64;DP=139;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.00164423;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1694;QD=18.0475;RBI=0.0906481;REFB=-0.027475;REVB=-0.0906332;RO=74;SAF=21;SAR=43;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162116;STB=0.584401;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.030694;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:74:76:64:65:0.460993:43:21:36:38:43:22:37:39 chr20 2739583 . T C 1118.19 PASS AF=0.585227;AO=103;DP=176;FAO=103;FDP=176;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.041454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7486;QD=25.4134;RBI=0.0458682;REFB=-0.000842828;REVB=-0.0196332;RO=73;SAF=39;SAR=64;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693677;STB=0.537684;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000764764;OID=.;OPOS=2739583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:73:73:103:103:0.585227:64:39:34:39:64:39:34:39 chr20 2816821 . C T 124.3 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.0221266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3443;QD=17.7577;RBI=0.0439964;REFB=-0.0145904;REVB=0.0380276;RO=14;SAF=13;SAR=1;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109451;OID=.;OPOS=2816821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:1:13:13:1:1:13:13:1 chr20 2840773 . C T 360.13 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00578491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.164;QD=15.0053;RBI=0.00915228;REFB=-0.00802286;REVB=-0.00709217;RO=56;SAF=20;SAR=19;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425571;STB=0.528893;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00554134;OID=.;OPOS=2840773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:57:39:39:0.40625:19:20:31:25:19:20:32:25 chr20 2967430 . G A 1177.72 PASS AF=0.487603;AO=117;DP=241;FAO=118;FDP=242;FR=.;FRO=124;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=0.0195559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.109;QD=19.4665;RBI=0.0207038;REFB=-0.00895802;REVB=-0.00679802;RO=123;SAF=54;SAR=63;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321427;STB=0.517651;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0103585;OID=.;OPOS=2967430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:123:124:117:118:0.487603:63:54:61:62:64:54:61:63 chr20 2996497 . C T 272.86 PASS AF=0.336634;AO=32;DP=98;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=17;FWDB=0.00453585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.351;QD=10.8064;RBI=0.0108677;REFB=-0.00744461;REVB=-0.00987587;RO=63;SAF=17;SAR=15;SRF=47;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254521;STB=0.629876;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0138873;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:63:67:32:34:0.336634:15:17:47:16:15:19:50:17 chr20 3008448 . C T 481.93 PASS AF=0.406015;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=133;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.00720967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.765;QD=14.4941;RBI=0.0267439;REFB=-0.00783538;REVB=-0.0257538;RO=76;SAF=25;SAR=29;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522449;STB=0.533284;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00729307;OID=.;OPOS=3008448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:76:79:54:54:0.406015:29:25:39:37:29:25:41:38 chr20 3025107 . C T 809.01 PASS AF=0.442708;AO=83;DP=186;FAO=85;FDP=192;FR=.;FRO=107;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=0.0207454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4723;QD=16.8543;RBI=0.0532081;REFB=-0.0342294;REVB=-0.0489972;RO=103;SAF=30;SAR=53;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13786;STB=0.573316;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0294104;OID=.;OPOS=3025107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:192:103:107:83:85:0.442708:53:30:51:52:53:32:54:53 chr20 3074835 . C T 1312.11 PASS AF=0.421365;AO=142;DP=341;FAO=142;FDP=337;FR=.;FRO=195;FSAF=92;FSAR=50;FSRF=104;FSRR=91;FWDB=0.0754426;FXX=0.0117299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5325;QD=15.574;RBI=0.0762966;REFB=-0.0098463;REVB=0.0113833;RO=185;SAF=92;SAR=50;SRF=99;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120632;STB=0.569637;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0104165;OID=.;OPOS=3074835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:337:185:195:142:142:0.421365:50:92:99:86:50:92:104:91 chr20 3090848 . T G 1014.63 PASS AF=0.490741;AO=100;DP=212;FAO=106;FDP=216;FR=.;FRO=110;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=-0.0866883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8318;QD=18.7895;RBI=0.0897997;REFB=-0.0118767;REVB=-0.0234332;RO=107;SAF=49;SAR=51;SRF=45;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652859;STB=0.522751;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0124203;OID=.;OPOS=3090848;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:216:107:110:100:106:0.490741:51:49:45:62:56:50:47:63 chr20 3147762 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.169;QD=49.599;RBI=0.0203593;REFB=0;REVB=0.0200369;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97376e-05;OID=.;OPOS=3147762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr20 3214819 . T G 659.45 PASS AF=0.466667;AO=70;DP=151;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00517836;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.252;QD=17.5853;RBI=0.0060561;REFB=-0.0108678;REVB=-0.00314021;RO=80;SAF=27;SAR=43;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124439;STB=0.569073;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0161895;OID=.;OPOS=3214819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:80:80:70:70:0.466667:43:27:41:39:43:27:41:39 chr20 3218634 . G C 1066.9 PASS AF=0.452756;AO=113;DP=252;FAO=115;FDP=254;FR=.;FRO=139;FSAF=51;FSAR=64;FSRF=61;FSRR=78;FWDB=-0.0564147;FXX=0.00781219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1076;QD=16.8016;RBI=0.0775078;REFB=-0.0514713;REVB=-0.0531492;RO=136;SAF=49;SAR=64;SRF=60;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00756989;STB=0.502567;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0482389;OID=.;OPOS=3218634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:254:136:139:113:115:0.452756:64:49:60:76:64:51:61:78 chr20 3232031 . C T 317.54 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00101442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.753;QD=18.145;RBI=0.00601915;REFB=0.00852411;REVB=-0.00593305;RO=36;SAF=13;SAR=21;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208278;STB=0.511621;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00975164;OID=.;OPOS=3232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:21:13:13:23:21:13:13:23 chr20 3285140 . T C 1094.22 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648692;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2267;QD=59.9573;RBI=0.0229;REFB=0;REVB=0.021962;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781999;OID=.;OPOS=3285140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:70:73:1:39:31:0:0:40:33:0:0 chr20 3321244 . T C 514.84 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.00716884;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.715;QD=15.8413;RBI=0.0111007;REFB=-0.00282463;REVB=-0.00847544;RO=74;SAF=24;SAR=32;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383241;STB=0.521437;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00367602;OID=.;OPOS=3321244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:74:56:56:0.430769:32:24:29:45:32:24:29:45 chr20 3362033 . T C 170.93 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0107575;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.462;QD=12.4314;RBI=0.0201861;REFB=-0.0103119;REVB=0.0170808;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235192;STB=0.615277;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.020227;OID=.;OPOS=3362033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:34:21:21:0.381818:12:9:21:11:12:9:21:13 chr20 3564672 . C T 2680.44 PASS AF=0.994253;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.196;QD=61.6194;RBI=0.0319488;REFB=-0.115756;REVB=0.0273396;RO=0;SAF=80;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000249125;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:173:174:0:1:172:173:0.994253:92:80:0:0:92:81:1:0 chr20 3628918 . T C 1922.74 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195503;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.503;QD=62.024;RBI=0.0238063;REFB=0;REVB=0.013584;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91422e-05;OID=.;OPOS=3628918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:122:124:1:57:65:0:0:59:65:0:0 chr20 3640823 . C T 2002.5 PASS AF=0.963768;AO=132;DP=139;FAO=133;FDP=138;FR=.;FRO=5;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.000265035;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.604;QD=58.0434;RBI=0.0250464;REFB=-0.107604;REVB=0.025045;RO=4;SAF=72;SAR=60;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306312;STB=0.519682;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.000814539;OID=.;OPOS=3640823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:139:138:4:5:132:133:0.963768:60:72:0:4:61:72:0:5 chr20 3649632 . ATCTGGACT A 232.01 PASS AF=0.368421;AO=27;DP=77;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00470069;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=8;MLLD=278.1;QD=12.2113;RBI=0.0155981;REFB=0.00198483;REVB=0.014873;RO=47;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962455;STB=0.548746;STBP=0.553;TYPE=del;VARB=-0.00346095;OID=.;OPOS=3649633;OREF=TCTGGACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:27:77:28:76:48:15:13:22:26:99:47:15:12:22:25 chr20 3651742 . C G 1210.8 PASS AF=0.439863;AO=128;DP=292;FAO=128;FDP=291;FR=.;FRO=163;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=85;FSRR=78;FWDB=-0.0195923;FXX=0.00342454;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.227;QD=16.6433;RBI=0.0313454;REFB=-0.0181179;REVB=-0.0244678;RO=163;SAF=64;SAR=64;SRF=85;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216772;STB=0.512026;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0229208;OID=.;OPOS=3651742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:291:163:163:128:128:0.439863:64:64:85:78:64:64:85:78 chr20 3655219 . T C 341.75 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0321847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.967;QD=13.4018;RBI=0.0372843;REFB=-0.0223682;REVB=-0.0188219;RO=58;SAF=25;SAR=15;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144937;STB=0.518126;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0305383;OID=.;OPOS=3655219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:62:40:40:0.392157:15:25:37:21:15:25:37:25 chr20 3672836 . G A 415.88 PASS AF=0.506024;AO=41;DP=82;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.01119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3261;QD=20.0425;RBI=0.0204793;REFB=-0.00110163;REVB=0.0171518;RO=41;SAF=15;SAR=26;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480862;STB=0.533977;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000544025;OID=.;OPOS=3672836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:41:41:41:42:0.506024:26:15:13:28:26:16:13:28 chr20 3675333 . G A 795.56 PASS AF=0.491018;AO=82;DP=167;FAO=82;FDP=167;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=0.0112933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3248;QD=19.0552;RBI=0.0220903;REFB=-0.0193645;REVB=0.0189853;RO=84;SAF=37;SAR=45;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656861;STB=0.532564;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0231537;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:84:85:82:82:0.491018:45:37:32:52:45:37:33:52 chr20 3675498 . T G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=356.357;QD=61.3756;RBI=0.0170969;REFB=0;REVB=0.00359516;RO=0;SAF=73;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27266e-05;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:7:73:0:0:7:73:0:0 chr20 3677357 . T C 2659.6 PASS AF=0.99422;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1734;QD=61.4937;RBI=0.029789;REFB=-0.118657;REVB=-0.0179981;RO=1;SAF=78;SAR=94;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503689;STB=0.502645;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000804656;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:173:1:1:172:172:0.99422:94:78:0:1:94:78:0:1 chr20 3677736 . T G 425.7 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0390841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.351;QD=15.3407;RBI=0.0397663;REFB=-0.0101597;REVB=0.0073343;RO=63;SAF=16;SAR=32;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152778;STB=0.58595;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0120959;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:63:63:48:48:0.432432:32:16:30:33:32:16:30:33 chr20 3682011 . G A 1176.64 PASS AF=0.455882;AO=123;DP=273;FAO=124;FDP=272;FR=.;FRO=148;FSAF=63;FSAR=61;FSRF=80;FSRR=68;FWDB=0.00566354;FXX=0.00366287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.75;QD=17.3035;RBI=0.0441368;REFB=0.000116126;REVB=0.0437719;RO=148;SAF=62;SAR=61;SRF=80;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360159;STB=0.517683;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-7.99569e-05;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:272:148:148:123:124:0.455882:61:62:80:68:61:63:80:68 chr20 3682242 . C T 346.27 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0182958;FXX=0.0344788;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.135;QD=16.489;RBI=0.0185903;REFB=-0.0137839;REVB=-0.00329598;RO=47;SAF=10;SAR=27;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219483;STB=0.624206;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0172554;OID=.;OPOS=3682242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:47:47:37:37:0.440476:27:10:22:25:27:10:22:25 chr20 3682275 . A G 325.54 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0164057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.377;QD=21.3472;RBI=0.0165528;REFB=-0.033055;REVB=0.00220166;RO=27;SAF=15;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038817;STB=0.515202;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0272348;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:27:33:34:0.557377:18:15:11:16:19:15:11:16 chr20 3684022 . A G 464.9 PASS AF=0.535714;AO=44;DP=83;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.000307149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.014;QD=22.1379;RBI=0.0200778;REFB=0.000710945;REVB=-0.0200754;RO=39;SAF=27;SAR=17;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131833;STB=0.565188;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.000554226;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:39:44:45:0.535714:17:27:18:21:18:27:18:21 chr20 3684729 . T C 302.04 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0279621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1397;QD=11.2912;RBI=0.027977;REFB=0.00138109;REVB=0.000914461;RO=67;SAF=21;SAR=17;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670471;STB=0.547981;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0102416;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:67:69:38:38:0.35514:17:21:33:34:17:21:33:36 chr20 3686436 . C T 2073.18 PASS AF=0.523684;AO=199;DP=388;FAO=199;FDP=380;FR=.;FRO=181;FSAF=116;FSAR=83;FSRF=87;FSRR=94;FWDB=0.0319274;FXX=0.020618;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.089;QD=21.823;RBI=0.0324623;REFB=-0.0114771;REVB=0.00586853;RO=179;SAF=116;SAR=83;SRF=86;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899708;STB=0.549258;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0113385;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:380:179:181:199:199:0.523684:83:116:86:93:83:116:87:94 chr20 3835311 . C T 756.87 PASS AF=0.5;AO=78;DP=156;FAO=78;FDP=156;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0209264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8576;QD=19.4069;RBI=0.0214658;REFB=-0.0138174;REVB=-0.00478203;RO=76;SAF=35;SAR=43;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344231;STB=0.512919;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0147838;OID=.;OPOS=3835311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:76:78:78:78:0.5:43:35:37:39:43:35:37:41 chr20 3838441 . C G 2673.43 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5089;QD=59.4094;RBI=0.103339;REFB=-0.0825571;REVB=-0.03941;RO=0;SAF=72;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00362343;OID=.;OPOS=3838441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:180:0:0:173:180:1:101:72:0:0:101:79:0:0 chr20 3843027 . C A 957.5 PASS AF=0.534483;AO=93;DP=174;FAO=93;FDP=174;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=64;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.0191699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.838;QD=22.0114;RBI=0.0193165;REFB=-0.0190714;REVB=0.00237558;RO=80;SAF=29;SAR=64;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836982;STB=0.543647;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0159636;OID=.;OPOS=3843027;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:80:81:93:93:0.534483:64:29:32:48:64:29:32:49 chr20 3846397 . C T 1169.32 PASS AF=0.5;AO=105;DP=221;FAO=116;FDP=232;FR=.;FRO=116;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=0.0306575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.727;QD=20.1606;RBI=0.0584154;REFB=-0.0348056;REVB=0.049724;RO=116;SAF=57;SAR=48;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409071;STB=0.512946;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.034899;OID=.;OPOS=3846397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:232:116:116:105:116:0.5:48:57:58:58:55:61:58:58 chr20 4053254 . A G 5124.9 PASS AF=0.987952;AO=327;DP=332;FAO=328;FDP=332;FR=.;FRO=4;FSAF=133;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0245263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.969;QD=61.7458;RBI=0.0248566;REFB=-0.107691;REVB=-0.0040387;RO=4;SAF=133;SAR=194;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973279;STB=0.505076;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00010429;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:332:332:4:4:327:328:0.987952:194:133:0:4:195:133:0:4 chr20 4124037 . TACACACACACACACAC T,TACACACACACACAC 409.55 PASS AF=0.59375,0.375;AO=13,10;DP=37;FAO=19,12;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11,5;FSAR=8,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00405979,-0.0428622;FXX=0.135099;HRUN=1,1;LEN=16,2;MLLD=654.084,51.3416;QD=51.1942;RBI=0.0121981,0.0442001;REFB=-0.0300111,-0.187731;REVB=0.0115027,0.0107925;RO=1;SAF=6,3;SAR=7,7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0603742,0.0596689;STB=0.529381,0.533278;STBP=0.288,0.541;TYPE=del,del;VARB=0.00256343,0.01431;OID=.,.;OPOS=4124038,4124038;OREF=ACACACACACACACAC,AC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.59375,0.375:13,10:37:19,12:32:1:11,5:8,7:0:1:99:1:6,3:7,7:0:1 chr20 4163302 . A G 189.53 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.0122791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.37;QD=9.35968;RBI=0.0517222;REFB=-0.0336584;REVB=-0.0502435;RO=55;SAF=21;SAR=4;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200835;STB=0.63241;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0848202;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:56:25:25:0.308642:4:21:40:15:4:21:40:16 chr20 4164283 . A G 2315.21 PASS AF=0.993197;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.044432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.473;QD=62.9989;RBI=0.0533915;REFB=-0.00232484;REVB=0.0296048;RO=1;SAF=61;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00773214;STB=0.503999;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=9.27035e-05;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:147:1:1:145:146:0.993197:84:61:1:0:84:62:1:0 chr20 4705718 . C T 218.55 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0660501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6183;QD=31.2211;RBI=0.0808484;REFB=-0.0699663;REVB=-0.0466245;RO=7;SAF=4;SAR=16;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434052;STB=0.53485;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0164619;OID=.;OPOS=4705718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:7:8:20:20:0.714286:16:4:1:6:16:4:1:7 chr20 4705756 . T C 167.41 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0522268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.983;QD=23.0905;RBI=0.0524909;REFB=-0.0492644;REVB=0.0052583;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167584;STB=0.594478;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0180305;OID=.;OPOS=4705756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:12:5:6:6:12:5:6:6 chr20 4705865 . T C 625.36 PASS AF=0.40113;AO=71;DP=177;FAO=71;FDP=177;FR=.;FRO=106;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=0.00555853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.495;QD=14.1325;RBI=0.0177698;REFB=-0.0105382;REVB=-0.016878;RO=106;SAF=29;SAR=42;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887321;STB=0.549937;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0149487;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:106:106:71:71:0.40113:42:29:52:54:42:29:52:54 chr20 4706310 . T C 779.57 PASS AF=0.574803;AO=73;DP=127;FAO=73;FDP=127;FR=.;FRO=54;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00372534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5523;QD=24.5535;RBI=0.083498;REFB=-0.035502;REVB=0.0834148;RO=54;SAF=44;SAR=29;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18152;STB=0.598936;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0326314;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:54:54:73:73:0.574803:29:44:20:34:29:44:20:34 chr20 4707112 . G T 444.98 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0104886;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.991;QD=16.4809;RBI=0.0143347;REFB=-0.0094833;REVB=-0.00977101;RO=58;SAF=31;SAR=18;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124527;STB=0.513115;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0109448;OID=.;OPOS=4707112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:58:59:49:49:0.453704:18:31:36:22:18:31:36:23 chr20 4707388 . G T 462.69 PASS AF=0.632353;AO=42;DP=67;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00936964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.746;QD=27.2172;RBI=0.0230979;REFB=-0.0239805;REVB=0.0211122;RO=25;SAF=21;SAR=21;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957923;STB=0.555606;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0124889;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:25:25:42:43:0.632353:21:21:16:9:22:21:16:9 chr20 4707861 . G A 634.1 PASS AF=0.512;AO=63;DP=124;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.016402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6055;QD=20.2911;RBI=0.0292265;REFB=0.0233237;REVB=-0.0241901;RO=60;SAF=32;SAR=31;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217854;STB=0.519614;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0172693;OID=.;OPOS=4707861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:60:61:63:64:0.512:31:32:29:31:31:33:29:32 chr20 4708130 . T C 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8501;QD=61.6759;RBI=0.0473482;REFB=0;REVB=0.0264618;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100426;OID=.;OPOS=4708130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr20 4708631 . G A 33.15 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0254506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.411;QD=18.9427;RBI=0.0710551;REFB=-0.0160734;REVB=0.0663407;RO=2;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161039;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00664243;OID=.;OPOS=4708631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:4:5:0.714286:1:3:1:1:2:3:1:1 chr20 4708713 . T C 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0394171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.473;QD=6.25195;RBI=0.0413474;REFB=0.00150137;REVB=0.0124862;RO=39;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153506;STB=0.598331;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00530147;OID=.;OPOS=4708713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:7:4:19:20:7:4:19:20 chr20 4708778 . T C 250.41 PASS AF=0.453125;AO=27;DP=62;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=0.0138627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.334;QD=15.6505;RBI=0.0182289;REFB=-0.00583505;REVB=-0.0118372;RO=32;SAF=5;SAR=22;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478136;STB=0.529392;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00680011;OID=.;OPOS=4708778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:32:35:27:29:0.453125:22:5:5:27:24:5:5:30 chr20 4713176 . A G 442.8 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0420383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.997;QD=16.2497;RBI=0.0465979;REFB=-0.040239;REVB=-0.0201033;RO=60;SAF=18;SAR=31;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683903;STB=0.538264;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0439375;OID=.;OPOS=4713176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:49:49:0.449541:31:18:26:34:31:18:26:34 chr20 4768846 . GT G 853.11 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00396298;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.739;QD=57.8378;RBI=0.0597759;REFB=0;REVB=0.0596444;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.9815e-05;OID=.;OPOS=4768847;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:59:59:59:0:27:32:0:0:5:0:26:32:0:0 chr20 4834338 . C T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.081;QD=56.9374;RBI=0.109305;REFB=0;REVB=0.0191288;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000522313;OID=.;OPOS=4834338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr20 4836440 . C T 712.23 PASS AF=0.44;AO=77;DP=175;FAO=77;FDP=175;FR=.;FRO=98;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.00909678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.509;QD=16.2795;RBI=0.0143027;REFB=-0.0150394;REVB=0.011037;RO=96;SAF=33;SAR=44;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00907631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0159007;OID=.;OPOS=4836440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:96:98:77:77:0.44:44:33:42:54:44:33:42:56 chr20 4854682 . A G 798.54 PASS AF=0.485207;AO=82;DP=170;FAO=82;FDP=169;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.00488972;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.76;QD=18.9004;RBI=0.00489101;REFB=-0.0127986;REVB=0.00011224;RO=87;SAF=23;SAR=59;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187352;STB=0.603873;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0121186;OID=.;OPOS=4854682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:87:87:82:82:0.485207:59:23:40:47:59:23:40:47 chr20 4880308 . G A 856.71 PASS AF=0.463158;AO=88;DP=190;FAO=88;FDP=190;FR=.;FRO=102;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.00354005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.08;QD=18.036;RBI=0.0322926;REFB=-0.0122745;REVB=0.032098;RO=101;SAF=52;SAR=36;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140978;STB=0.575536;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0135889;OID=.;OPOS=4880308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:101:102:88:88:0.463158:36:52:45:56:36:52:46:56 chr20 5283256 . C G 288.01 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0202942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5533;QD=16.4574;RBI=0.0547714;REFB=0.0175376;REVB=-0.0508729;RO=37;SAF=9;SAR=23;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130583;STB=0.505491;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0273271;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:23:9:10:27:23:9:11:27 chr20 5283376 . G A 355.94 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0113411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.431;QD=21.9038;RBI=0.0114866;REFB=-0.00770145;REVB=0.00182232;RO=29;SAF=10;SAR=26;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322252;STB=0.51781;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00785608;OID=.;OPOS=5283376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:26:10:9:20:26:10:9:20 chr20 5296798 . T C 3044.29 PASS AF=0.48;AO=310;DP=643;FAO=312;FDP=650;FR=.;FRO=338;FSAF=178;FSAR=134;FSRF=182;FSRR=156;FWDB=-0.00274456;FXX=0.00306744;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7573;QD=18.7341;RBI=0.0432547;REFB=0.0172534;REVB=-0.0431675;RO=332;SAF=176;SAR=134;SRF=176;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035935;STB=0.516923;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0200484;OID=.;OPOS=5296798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:643:650:332:338:310:312:0.48:134:176:176:156:134:178:182:156 chr20 5454286 . G A 92.81 PASS AF=0.227273;AO=13;DP=65;FAO=15;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0333639;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.144;QD=5.62491;RBI=0.0639331;REFB=-0.0146232;REVB=-0.0545371;RO=35;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533116;STB=0.548323;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0541169;OID=.;OPOS=5454286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:65:66:35:51:13:15:0.227273:8:5:12:23:8:7:27:24 chr20 5454416 . G A 42.06 PASS AF=0.105263;AO=10;DP=94;FAO=10;FDP=95;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0282078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.993;QD=1.77093;RBI=0.0408238;REFB=-0.00877903;REVB=-0.0295111;RO=83;SAF=3;SAR=7;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139681;STB=0.6188;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0929557;OID=.;OPOS=5454416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:94:95:83:85:10:10:0.105263:7:3:34:49:7:3:36:49 chr20 5527291 . A G 773.82 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00371938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.033;QD=61.9059;RBI=0.0251213;REFB=-0.11939;REVB=0.0248444;RO=1;SAF=19;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241219;STB=0.512815;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000493018;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:30:19:1:0:30:19:1:0 chr20 5843812 . T C 467.6 PASS AF=0.429752;AO=51;DP=119;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0220885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8347;QD=15.4577;RBI=0.0226122;REFB=-0.0148345;REVB=0.0048383;RO=65;SAF=24;SAR=27;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245948;STB=0.501278;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0295886;OID=.;OPOS=5843812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:65:69:51:52:0.429752:27:24:29:36:28:24:32:37 chr20 5903067 . T A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9613;QD=58.7806;RBI=0.066274;REFB=0;REVB=0.00833603;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000443371;OID=.;OPOS=5903067;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr20 5903323 . G A 479.54 PASS AF=0.9;AO=35;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0243363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.269;QD=47.9539;RBI=0.0436808;REFB=-0.0903434;REVB=0.0362734;RO=4;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718399;STB=0.537017;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00237153;OID=.;OPOS=5903323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:40:40:4:4:35:36:0.9:24:11:0:4:25:11:0:4 chr20 5903517 . A G 1700.58 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021448;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.489;QD=59.6694;RBI=0.0336544;REFB=-0.0591881;REVB=0.0259345;RO=0;SAF=23;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12447e-08;STB=0.502762;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000628934;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:0:1:112:113:0.991228:89:23:0:0:90:23:0:1 chr20 5903848 . C G 1296.05 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5429;QD=60.2813;RBI=0.0336067;REFB=0;REVB=-0.00484119;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640933;OID=.;OPOS=5903848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:55:27:0:0:57:29:0:0 chr20 5903894 . A G 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0114;QD=59.499;RBI=0.120614;REFB=0;REVB=0.00661749;RO=0;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000886317;OID=.;OPOS=5903894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:48:21:0:0:48:21:0:0 chr20 5904040 . G A 1072.0 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0243259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3305;QD=57.1735;RBI=0.0365664;REFB=-0.00604501;REVB=-0.0273012;RO=2;SAF=20;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449707;STB=0.523803;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000129693;OID=.;OPOS=5904040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:53:20:2:0:53:20:2:0 chr20 6064710 . A G 1043.84 PASS AF=0.471264;AO=107;DP=245;FAO=123;FDP=261;FR=.;FRO=138;FSAF=72;FSAR=51;FSRF=75;FSRR=63;FWDB=0.00459984;FXX=0.00381665;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.088;QD=15.9976;RBI=0.0258565;REFB=-0.00650297;REVB=0.025444;RO=137;SAF=72;SAR=35;SRF=75;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136009;STB=0.522632;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0100066;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:261:137:138:107:123:0.471264:35:72:75:62:51:72:75:63 chr20 6065729 . C T 245.41 PASS AF=0.402299;AO=34;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0132301;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.163;QD=11.2833;RBI=0.0342631;REFB=-0.0214562;REVB=0.0316058;RO=48;SAF=18;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343906;STB=0.508941;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0755077;OID=.;OPOS=6065729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:52:34:35:0.402299:16:18:27:21:16:19:29:23 chr20 6065731 . T C 281.61 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0072168;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.833;QD=12.2438;RBI=0.0106615;REFB=-0.0117756;REVB=-0.00784763;RO=58;SAF=19;SAR=14;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655838;STB=0.543553;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0156634;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:59:33:33:0.358696:14:19:30:28:14:19:30:29 chr20 6100088 . A G 826.13 PASS AF=0.527027;AO=77;DP=147;FAO=78;FDP=148;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.0102042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.508;QD=22.3278;RBI=0.0504116;REFB=-0.00836072;REVB=0.0493681;RO=70;SAF=40;SAR=37;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107909;STB=0.561724;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00988587;OID=.;OPOS=6100088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:70:70:77:78:0.527027:37:40:45:25:38:40:45:25 chr20 6750882 . T G 1716.69 PASS AF=0.488506;AO=169;DP=348;FAO=170;FDP=348;FR=.;FRO=178;FSAF=84;FSAR=86;FSRF=93;FSRR=85;FWDB=-0.0499646;FXX=0.00571412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2134;QD=19.7321;RBI=0.0556442;REFB=-0.0146547;REVB=-0.0244911;RO=175;SAF=83;SAR=86;SRF=92;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032062;STB=0.514498;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0141368;OID=.;OPOS=6750882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:175:178:169:170:0.488506:86:83:92:83:86:84:93:85 chr20 6751034 . A G 3324.5 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.965;QD=61.8512;RBI=0.0288466;REFB=0;REVB=0.0283094;RO=0;SAF=103;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02778e-05;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:215:0:0:211:215:1:108:103:0:0:111:104:0:0 chr20 6759115 . A T 1883.99 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059227;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5255;QD=61.77;RBI=0.00743993;REFB=0;REVB=0.0045027;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32396e-05;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:57:65:0:0:57:65:0:0 chr20 7614374 . G A 660.87 PASS AF=0.53719;AO=60;DP=116;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.000184708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3705;QD=21.8469;RBI=0.0567145;REFB=-0.0299475;REVB=0.0567142;RO=54;SAF=38;SAR=22;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343048;STB=0.512107;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0215826;OID=.;OPOS=7614374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:121:54:56:60:65:0.53719:22:38:34:20:26:39:35:21 chr20 7962707 . C A 692.76 PASS AF=0.553719;AO=67;DP=121;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00719234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.441;QD=22.9011;RBI=0.0138398;REFB=-0.0157502;REVB=0.0118242;RO=54;SAF=32;SAR=35;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575755;STB=0.531473;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0116458;OID=.;OPOS=7962707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:54:54:67:67:0.553719:35:32:22:32:35:32:22:32 chr20 7963041 . C T 278.63 PASS AF=0.290076;AO=38;DP=132;FAO=38;FDP=131;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=0.0818222;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5215;QD=8.50762;RBI=0.0818245;REFB=-0.001798;REVB=-0.000611879;RO=93;SAF=23;SAR=15;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29509;STB=0.672428;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00706848;OID=.;OPOS=7963041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:93:93:38:38:0.290076:15:23:33:60:15:23:33:60 chr20 7980390 . C T 405.14 PASS AF=0.340136;AO=49;DP=150;FAO=50;FDP=147;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=61;FWDB=-0.016066;FXX=0.0264883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.96;QD=11.0243;RBI=0.0160663;REFB=-0.0171815;REVB=9.65375e-05;RO=91;SAF=25;SAR=24;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129918;STB=0.585001;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.021818;OID=.;OPOS=7980390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:147:91:97:49:50:0.340136:24:25:36:55:25:25:36:61 chr20 7999642 . G A 2980.11 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8599;QD=63.4067;RBI=0.00735291;REFB=0;REVB=0.000988121;RO=0;SAF=113;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31135e-05;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:75:113:0:0:75:113:0:0 chr20 8548321 . G A 210.81 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.0457326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3798;QD=10.0384;RBI=0.0470599;REFB=-0.0270614;REVB=0.0110978;RO=57;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133384;STB=0.577601;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0573658;OID=.;OPOS=8548321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:15:12:19:38:15:12:19:38 chr20 8696907 . T G 4767.69 PASS AF=0.990354;AO=308;DP=312;FAO=308;FDP=311;FR=.;FRO=3;FSAF=150;FSAR=158;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0176823;FXX=0.00320503;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.848;QD=61.3208;RBI=0.0506498;REFB=-0.0716204;REVB=0.047463;RO=3;SAF=150;SAR=158;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330746;STB=0.501734;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000489278;OID=.;OPOS=8696907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:312:311:3:3:308:308:0.990354:158:150:2:1:158:150:2:1 chr20 8737734 . G A 550.18 PASS AF=0.467742;AO=57;DP=123;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0206688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.8;QD=17.7476;RBI=0.0222447;REFB=-0.0155507;REVB=-0.00822338;RO=65;SAF=27;SAR=30;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413719;STB=0.522134;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0151926;OID=.;OPOS=8737734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:65:66:57:58:0.467742:30:27:28:37:31:27:28:38 chr20 8755243 . T C 642.35 PASS AF=0.441718;AO=64;DP=156;FAO=72;FDP=163;FR=.;FRO=91;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=0.0190164;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.991;QD=15.7633;RBI=0.0397842;REFB=-0.0223464;REVB=0.0349451;RO=91;SAF=26;SAR=38;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127758;STB=0.592798;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0342573;OID=.;OPOS=8755243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:163:91:91:64:72:0.441718:38:26:48:43:45:27:49:42 chr20 8769180 . C T 597.51 PASS AF=0.980392;AO=45;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.18763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7813;QD=46.8632;RBI=0.187695;REFB=-0.218644;REVB=-0.00491172;RO=5;SAF=13;SAR=32;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150555;STB=0.513508;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0323132;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:51:51:5:1:45:50:0.980392:32:13:5:0:32:18:1:0 chr20 8770822 . C T 297.44 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0101609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.798;QD=13.3679;RBI=0.0243841;REFB=-0.0023367;REVB=0.0221662;RO=55;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270543;STB=0.654032;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00230583;OID=.;OPOS=8770822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:55:34:34:0.382022:13:21:20:35:13:21:20:35 chr20 8811896 . C T 360.74 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00034303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.899;QD=13.1178;RBI=0.00126608;REFB=0.00168536;REVB=0.00121873;RO=66;SAF=25;SAR=18;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135629;STB=0.572485;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00268089;OID=.;OPOS=8811896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:67:43:43:0.390909:18:25:30:36:18:25:31:36 chr20 8865006 . C T 1820.46 PASS AF=0.5387;AO=173;DP=324;FAO=174;FDP=323;FR=.;FRO=149;FSAF=86;FSAR=88;FSRF=67;FSRR=82;FWDB=-0.0153321;FXX=0.00615366;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.549;QD=22.5444;RBI=0.0323916;REFB=-0.0105005;REVB=-0.0285332;RO=147;SAF=85;SAR=88;SRF=65;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415294;STB=0.520579;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00902815;OID=.;OPOS=8865006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:323:147:149:173:174:0.5387:88:85:65:82:88:86:67:82 chr20 9288522 . G A 414.95 PASS AF=0.532468;AO=39;DP=78;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=-0.00462131;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.169;QD=21.5558;RBI=0.038991;REFB=-0.00882886;REVB=0.0387162;RO=36;SAF=20;SAR=19;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257804;STB=0.660307;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00726298;OID=.;OPOS=9288522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:36:36:39:41:0.532468:19:20:29:7:21:20:30:6 chr20 9424810 . A C 96.12 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0740032;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1004;QD=10.1177;RBI=0.0740783;REFB=0.000740456;REVB=-0.00333657;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217007;STB=0.631375;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000164911;OID=.;OPOS=9424810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:39:38:23:26:12:12:0.315789:6:6:7:16:6:6:8:18 chr20 9424904 . C A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00803334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.235;QD=14.2621;RBI=0.0146834;REFB=-0.00355261;REVB=0.0122909;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662823;STB=0.538414;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00618794;OID=.;OPOS=9424904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:9:7:9:15:9:7:9:15 chr20 10006682 . T A 1662.32 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0204519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6893;QD=58.3272;RBI=0.0282186;REFB=-0.123572;REVB=-0.0194425;RO=2;SAF=45;SAR=67;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139609;STB=0.507352;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00229591;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:67:45:0:2:67:45:0:2 chr20 10277621 . C T 640.34 PASS AF=0.503937;AO=63;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=46;FWDB=0.00233344;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.046;QD=20.1681;RBI=0.0081877;REFB=-0.000700308;REVB=0.00784815;RO=60;SAF=27;SAR=36;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150506;STB=0.586287;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000709006;OID=.;OPOS=10277621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:63:63:64:0.503937:36:27:16:44:36:28:17:46 chr20 11790885 . C CTT 170.33 PASS AF=0.391892;AO=28;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.012515;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=39.1509;QD=9.20721;RBI=0.0817907;REFB=0.0213846;REVB=0.0808276;RO=45;SAF=17;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813464;STB=0.554875;STBP=0.449;TYPE=ins;VARB=-0.0315509;OID=.;OPOS=11790886;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391892:28:74:29:74:45:18:11:24:21:99:45:17:11:24:21 chr20 11791008 . C T 2140.61 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.555;QD=62.9592;RBI=0.0433339;REFB=0;REVB=0.0327493;RO=0;SAF=59;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011724;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:136:0:0:133:136:1:74:59:0:0:76:60:0:0 chr20 11907058 . C T 1697.46 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00799534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.171;QD=59.5599;RBI=0.00802792;REFB=0.0887684;REVB=0.000722559;RO=1;SAF=51;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772026;STB=0.504064;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00122768;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:114:1:1:112:113:0.991228:61:51:0:1:61:52:0:1 chr20 13029764 . A C 2324.86 PASS AF=0.946429;AO=159;DP=168;FAO=159;FDP=168;FR=.;FRO=9;FSAF=51;FSAR=108;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0139798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.572;QD=55.3537;RBI=0.0166894;REFB=-0.0701178;REVB=0.00911596;RO=3;SAF=51;SAR=108;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139047;STB=0.520942;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00116408;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:168:168:3:9:159:159:0.946429:108:51:2:1:108:51:6:3 chr20 13029790 . C T 563.55 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.046646;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.046;QD=22.1;RBI=0.0475228;REFB=-0.0156872;REVB=-0.0090868;RO=46;SAF=22;SAR=34;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391917;STB=0.521474;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0117762;OID=.;OPOS=13029790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:46:46:56:56:0.54902:34:22:16:30:34:22:16:30 chr20 13029862 . C T 1027.14 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7954;QD=58.6938;RBI=0.0153053;REFB=0;REVB=0.00552828;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491091;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:37:31:0:0:37:33:0:0 chr20 13029920 . C G 1984.41 PASS AF=0.950355;AO=131;DP=144;FAO=134;FDP=141;FR=.;FRO=7;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00967535;FXX=0.0208319;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.419;QD=56.2954;RBI=0.0700071;REFB=-0.106537;REVB=0.0693353;RO=5;SAF=72;SAR=59;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105352;STB=0.501703;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.000935501;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:144:141:5:7:131:134:0.950355:59:72:2:3:62:72:4:3 chr20 13053018 . T G 345.02 PASS AF=0.346774;AO=43;DP=124;FAO=43;FDP=124;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=55;FWDB=-0.0178161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.79;QD=11.1296;RBI=0.0291936;REFB=-0.0149316;REVB=-0.0231268;RO=81;SAF=22;SAR=21;SRF=26;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217025;STB=0.623826;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0239016;OID=.;OPOS=13053018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:81:81:43:43:0.346774:21:22:26:55:21:22:26:55 chr20 13053035 . A G 302.37 PASS AF=0.333333;AO=39;DP=117;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=-0.00295891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.73;QD=10.3373;RBI=0.00783798;REFB=-0.00375942;REVB=0.00725802;RO=78;SAF=18;SAR=21;SRF=25;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167021;STB=0.595926;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0055534;OID=.;OPOS=13053035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:78:78:39:39:0.333333:21:18:25:53:21:18:25:53 chr20 13747441 . A G 687.19 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=0.0154748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.15;QD=18.8272;RBI=0.0291465;REFB=-0.0291256;REVB=0.0246992;RO=77;SAF=37;SAR=32;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114476;STB=0.563359;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0312754;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:77:77:69:69:0.472603:32:37:32:45:32:37:32:45 chr20 13748176 . CAAAA C,CTAAC 499.85 PASS AF=0.754386,0.245614;AO=11,4;DP=75;FAO=43,14;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=42,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.588385,-0.115598;FXX=0.249967;HRUN=16,16;LEN=4,4;MLLD=11.1246,51.0177;QD=35.0773;RBI=0.588566,0.128154;REFB=0,0;REVB=-0.0145654,-0.055323;RO=0;SAF=0,0;SAR=11,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0158003,0.0201063;OID=.,.;OPOS=13748177,13748177;OREF=AAAA,AAAA;OALT=-,TAAC;OMAPALT=C,CTAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.754386,0.245614:11,4:75:43,14:57:0:1,0:42,14:0:0:80:0:0,0:11,4:0:0 chr20 13847420 . A G 1461.8 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000347296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.185;QD=56.223;RBI=0.0194;REFB=-0.033203;REVB=-0.0193969;RO=3;SAF=47;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110545;STB=0.505829;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-4.12178e-05;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:3:3:101:101:0.971154:54:47:2:1:54:47:2:1 chr20 13850183 . G A 373.67 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0215874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.106;QD=16.985;RBI=0.0547513;REFB=-0.00336776;REVB=0.0503158;RO=47;SAF=18;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479544;STB=0.538705;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00422269;OID=.;OPOS=13850183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:47:48:39:40:0.454545:21:18:24:23:22:18:25:23 chr20 13954028 . A G 539.39 PASS AF=0.396226;AO=63;DP=158;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=68;FWDB=-0.0158309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8271;QD=13.5696;RBI=0.0294194;REFB=0.000331464;REVB=0.0247968;RO=95;SAF=37;SAR=26;SRF=27;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315416;STB=0.672936;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000657404;OID=.;OPOS=13954028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:95:96:63:63:0.396226:26:37:27:68:26:37:28:68 chr20 14066276 . C T 1179.2 PASS AF=0.43299;AO=124;DP=287;FAO=126;FDP=291;FR=.;FRO=165;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=80;FSRR=85;FWDB=-0.0161662;FXX=0.00342454;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.616;QD=16.209;RBI=0.0229817;REFB=-0.014309;REVB=0.0163344;RO=159;SAF=57;SAR=67;SRF=73;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000568323;STB=0.513964;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0263671;OID=.;OPOS=14066276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:291:159:165:124:126:0.43299:67:57:73:86:68:58:80:85 chr20 14203735 . T C 2316.04 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195765;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5078;QD=63.8906;RBI=0.0324284;REFB=0;REVB=0.0258527;RO=0;SAF=75;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14325e-05;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:145:145:1:70:75:0:0:70:75:0:0 chr20 14203776 . G A 645.04 PASS AF=0.37;AO=74;DP=200;FAO=74;FDP=200;FR=.;FRO=126;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=57;FSRR=69;FWDB=-0.0177301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.726;QD=12.9009;RBI=0.0372152;REFB=-0.00937795;REVB=0.0327202;RO=125;SAF=34;SAR=40;SRF=56;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128042;STB=0.504491;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0141835;OID=.;OPOS=14203776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:125:126:74:74:0.37:40:34:56:69:40:34:57:69 chr20 14306896 . G A 4481.78 PASS AF=1;AO=281;DP=282;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.225;QD=63.1237;RBI=0.0356201;REFB=0;REVB=0.0186732;RO=1;SAF=145;SAR=136;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034934;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06087e-05;OID=.;OPOS=14306896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:282:284:1:0:281:284:1:136:145:0:1:138:146:0:0 chr20 15874325 . A G 561.87 PASS AF=0.425532;AO=58;DP=141;FAO=60;FDP=141;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.01097;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.524;QD=15.9395;RBI=0.0359851;REFB=-0.00675593;REVB=0.0342722;RO=79;SAF=34;SAR=24;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210299;STB=0.604552;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00748347;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:79:81:58:60:0.425532:24:34:30:49:26:34:31:50 chr20 16240344 . TA CG 160.75 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0954788;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=189.783;QD=45.929;RBI=0.101697;REFB=0;REVB=0.0350154;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00135303;OID=.;OPOS=16240344;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:7:5:0:0:8:6:0:0 chr20 16240404 . C T 288.71 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.100729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.823;QD=46.1937;RBI=0.101392;REFB=-0.0540274;REVB=0.0115813;RO=2;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462925;STB=0.524979;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00174586;OID=.;OPOS=16240404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:19:4:0:2:19:4:0:2 chr20 16240407 . C A 305.75 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.100163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3338;QD=47.039;RBI=0.100216;REFB=-0.0708125;REVB=-0.00326523;RO=2;SAF=4;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080086;STB=0.54344;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00862371;OID=.;OPOS=16240407;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:20:4:1:1:20:4:1:1 chr20 16240412 . G A 306.89 PASS AF=0.923077;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0520028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.555;QD=47.2137;RBI=0.0620103;REFB=-0.0922481;REVB=0.0337784;RO=2;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486632;STB=0.52379;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00429239;OID=.;OPOS=16240412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:26:2:2:22:24:0.923077:18:4:0:2:20:4:0:2 chr20 16240427 . T C 340.35 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.307;QD=54.4557;RBI=0.0136788;REFB=0;REVB=0.003717;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54078e-05;OID=.;OPOS=16240427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr20 16240532 . T C 34.6 PASS AF=0.153846;AO=7;DP=37;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0246073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2248;QD=3.54874;RBI=0.045639;REFB=-0.00634184;REVB=-0.0384369;RO=29;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352063;STB=0.688932;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0166623;OID=.;OPOS=16240532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:37:39:29:33:7:6:0.153846:2:5:20:9:1:5:22:11 chr20 16359567 . A G 1342.8 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.634;QD=61.7379;RBI=0.0621833;REFB=0;REVB=-0.0601945;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21792e-05;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:34:52:0:0:35:52:0:0 chr20 16486698 . G A 1075.92 PASS AF=0.47619;AO=110;DP=231;FAO=110;FDP=231;FR=.;FRO=121;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=50;FSRR=71;FWDB=-0.0156027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.16;QD=18.6306;RBI=0.0409068;REFB=-0.00911267;REVB=-0.0378143;RO=120;SAF=45;SAR=65;SRF=50;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00740339;STB=0.502236;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0105578;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:120:121:110:110:0.47619:65:45:50:70:65:45:50:71 chr20 16493533 . T C 409.56 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0110819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.49;QD=20.7372;RBI=0.0167564;REFB=-0.00663828;REVB=0.0125685;RO=37;SAF=10;SAR=31;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059796;STB=0.544706;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00733779;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:38:41:41:0.518987:31:10:11:26:31:10:12:26 chr20 16729654 . A AAGATG 50.0 PASS AO=46;DP=79;LEN=5;RO=33;SAF=31;SAR=32;SRF=9;SRR=7;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=16729655;OREF=-;OALT=AGATG;OMAPALT=AAGATG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:79:33:46:32:31:9:7 chr20 16963522 . G C 1589.07 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0295;QD=59.4044;RBI=0.0488784;REFB=0;REVB=-0.000276742;RO=0;SAF=42;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047978;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:105:107:1:63:42:0:0:64:43:0:0 chr20 16963542 . A G 439.72 PASS AF=0.448276;AO=46;DP=110;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.0123266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.823;QD=15.1626;RBI=0.0253695;REFB=-0.0148796;REVB=0.0221735;RO=64;SAF=18;SAR=28;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494338;STB=0.519131;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0205883;OID=.;OPOS=16963542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:116:64:64:46:52:0.448276:28:18:28:36:31:21:28:36 chr20 17470035 . C G 432.59 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00440248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.898;QD=20.3572;RBI=0.0135574;REFB=-0.0146922;REVB=0.0128227;RO=42;SAF=18;SAR=24;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649703;STB=0.540746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.013667;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:42:42:42:43:0.505882:24:18:21:21:25:18:21:21 chr20 17474968 . T C 1099.71 PASS AF=0.493333;AO=111;DP=225;FAO=111;FDP=225;FR=.;FRO=114;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=61;FSRR=53;FWDB=-0.00356429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.77;QD=19.5505;RBI=0.00726491;REFB=-0.00255254;REVB=-0.00633046;RO=114;SAF=65;SAR=46;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474885;STB=0.526117;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00241317;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:114:114:111:111:0.493333:46:65:61:53:46:65:61:53 chr20 17475217 . C T 449.7 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0144815;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.377;QD=17.8098;RBI=0.015516;REFB=0.00371418;REVB=0.00557076;RO=52;SAF=24;SAR=24;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126192;STB=0.56433;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00361346;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:52:53:48:48:0.475248:24:24:33:19:24:24:33:20 chr20 17477592 . C T 371.84 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0227781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.71;QD=14.3015;RBI=0.0316419;REFB=-0.00565747;REVB=-0.021963;RO=59;SAF=23;SAR=20;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619216;STB=0.52529;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0118592;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:59:61:43:43:0.413462:20:23:28:31:20:23:30:31 chr20 17594729 . G A 3719.72 PASS AF=0.97166;AO=240;DP=247;FAO=240;FDP=247;FR=.;FRO=7;FSAF=65;FSAR=175;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00730787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.413;QD=60.2384;RBI=0.00976834;REFB=-0.112336;REVB=-0.00648194;RO=2;SAF=65;SAR=175;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455957;STB=0.500534;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.000216427;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:247:247:2:7:240:240:0.97166:175:65:1:1:175:65:2:5 chr20 17596155 . C A 4037.86 PASS AF=1;AO=258;DP=259;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.943;QD=62.3608;RBI=0.0261112;REFB=0;REVB=0.017925;RO=0;SAF=113;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.17983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51437e-07;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:259:259:0:0:258:259:1:145:113:0:0:145:114:0:0 chr20 17605240 . A T 2728.18 PASS AF=1;AO=173;DP=177;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00966223;FXX=0.0224706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.718;QD=62.7167;RBI=0.0200765;REFB=0;REVB=0.0175985;RO=0;SAF=90;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1506e-05;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:174:0:0:173:174:1:83:90:0:0:84:90:0:0 chr20 17639706 . CA AC,CAC 43.16 PASS AF=0,0.375;AO=2,7;DP=28;FAO=0,9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=0,1;FSAR=0,8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0816371,-0.0930992;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=2,1;MLLD=86.4571,69.8319;QD=7.19261;RBI=0.0845246,0.0935254;REFB=0.00187655,-0.00476353;REVB=-0.0219043,-0.00891838;RO=19;SAF=0,1;SAR=2,6;SRF=4;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.418663,-0.13476;STB=0.5,0.677488;STBP=1,0.315;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.141879;OID=.,.;OPOS=17639706,17639708;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:28:24:19:15:2,7:0,9:0,0.375:2,6:0,1:4:15:0,8:0,1:4:11 chr20 17640009 . A C 77.1 PASS AF=0.9;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0643615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.586;QD=30.8395;RBI=0.0648572;REFB=-0.0785626;REVB=-0.00800333;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00534464;OID=.;OPOS=17640009;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:10:1:1:8:9:0.9:5:3:1:0:6:3:1:0 chr20 17705677 . A G 3200.97 PASS AF=0.986047;AO=210;DP=214;FAO=212;FDP=215;FR=.;FRO=3;FSAF=106;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000235066;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.959;QD=59.5529;RBI=0.0218971;REFB=-0.0122854;REVB=-0.0218958;RO=4;SAF=105;SAR=105;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00889894;STB=0.506976;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00111339;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:214:215:4:3:210:212:0.986047:105:105:1:3:106:106:0:3 chr20 17716416 . C G 724.16 PASS AF=0.493421;AO=73;DP=151;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0124806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3192;QD=19.0569;RBI=0.054995;REFB=0.0113678;REVB=0.0535601;RO=77;SAF=37;SAR=36;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601198;STB=0.539516;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00877983;OID=.;OPOS=17716416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:77:77:73:75:0.493421:36:37:44:33:38:37:44:33 chr20 18143117 . T G 1105.71 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7134;QD=58.971;RBI=0.0585542;REFB=0;REVB=0.0508639;RO=0;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434539;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:75:0:0:69:75:1:47:22:0:0:53:22:0:0 chr20 18143355 . C T 3146.63 PASS AF=1;AO=204;DP=209;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195646;FXX=0.0238084;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.939;QD=61.3977;RBI=0.0236614;REFB=-0.0868719;REVB=0.0133075;RO=0;SAF=95;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42877e-05;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:205:0:0:204:205:1:109:95:0:0:110:95:0:0 chr20 18167977 . T C 3484.73 PASS AF=1;AO=212;DP=219;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419207;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.173;QD=62.2273;RBI=0.0108719;REFB=0;REVB=-0.0100312;RO=0;SAF=102;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82304e-05;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:224:0:0:212:224:1:110:102:0:0:111:113:0:0 chr20 18296072 . T A 728.97 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.714;QD=57.1738;RBI=0.113553;REFB=0;REVB=-0.00124972;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000780729;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:32:19:0:0 chr20 18309650 . GTTT GTT,GTTG 1006.64 PASS AF=0.945205,0.0547945;AO=63,5;DP=73;FAO=69,4;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=37,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0918808,0.0351446;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=25.4723,6.83328;QD=55.1586;RBI=0.147832,0.0408763;REFB=0,0;REVB=0.115811,0.0208742;RO=3;SAF=30,2;SAR=33,3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0122834,0.0436878;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00980575,-0.05942;OID=.,.;OPOS=18309651,18309653;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=GTT,GTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.945205,0.0547945:63,5:73:69,4:73:0:32,1:37,3:0:0:7:3:30,2:33,3:1:2 chr20 18414356 . A G 449.48 PASS AF=0.514851;AO=51;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0421762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.435;QD=17.8012;RBI=0.0548858;REFB=-0.0606868;REVB=0.0351229;RO=49;SAF=21;SAR=30;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124311;STB=0.562332;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0870078;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:51:52:0.514851:30:21:27:22:30:22:27:22 chr20 18433335 . T C 800.09 PASS AF=0.463687;AO=83;DP=180;FAO=83;FDP=179;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=0.00267783;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2146;QD=17.879;RBI=0.0362632;REFB=-0.0088406;REVB=0.0361642;RO=94;SAF=29;SAR=54;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349935;STB=0.514961;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00929699;OID=.;OPOS=18433335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:94:96:83:83:0.463687:54:29:36:58:54:29:36:60 chr20 18445963 . A G 1208.91 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5528;QD=61.2106;RBI=0.0159266;REFB=0;REVB=-0.0099673;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13927e-05;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr20 18462421 . A G 572.69 PASS AF=0.513043;AO=56;DP=112;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00416754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.545;QD=19.9197;RBI=0.00958755;REFB=-0.0174289;REVB=-0.00863439;RO=55;SAF=22;SAR=34;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737142;STB=0.537476;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0171005;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:55:56:56:59:0.513043:34:22:26:29:35:24:27:29 chr20 18523002 . C G 338.06 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0244203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5436;QD=28.7714;RBI=0.0267138;REFB=0.0113951;REVB=0.0108294;RO=18;SAF=8;SAR=21;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253852;STB=0.640347;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.006079;OID=.;OPOS=18523002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:21:8:11:7:21:8:11:7 chr20 18541699 . T TA 177.84 PASS AF=0.456522;AO=34;DP=95;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0160452;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.2675;QD=7.73225;RBI=0.134539;REFB=0.00694211;REVB=-0.133579;RO=60;SAF=14;SAR=20;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245861;STB=0.606009;STBP=0.061;TYPE=ins;VARB=-0.0152437;OID=.;OPOS=18541700;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522:34:95:42:92:50:14:28:26:24:99:60:14:20:26:34 chr20 18573108 . T G 328.87 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0279438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.63;QD=12.4101;RBI=0.0353141;REFB=-0.0177166;REVB=0.0215924;RO=61;SAF=25;SAR=15;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749963;STB=0.570353;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0242906;OID=.;OPOS=18573108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:61:66:40:40:0.377358:15:25:34:27:15:25:34:32 chr20 18810705 . C T 2658.62 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.904;QD=62.1899;RBI=0.0139068;REFB=0;REVB=0.00738211;RO=0;SAF=78;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61085e-06;OID=.;OPOS=18810705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:93:78:0:0:93:78:0:0 chr20 19634732 . G A 1190.4 PASS AF=0.419048;AO=132;DP=315;FAO=132;FDP=315;FR=.;FRO=183;FSAF=46;FSAR=86;FSRF=84;FSRR=99;FWDB=-0.00708801;FXX=0.00316446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.517;QD=15.1162;RBI=0.0155702;REFB=-0.00391381;REVB=-0.0138633;RO=181;SAF=46;SAR=86;SRF=83;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120419;STB=0.56779;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00673442;OID=.;OPOS=19634732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:181:183:132:132:0.419048:86:46:83:98:86:46:84:99 chr20 19634747 . T C 1126.69 PASS AF=0.41;AO=121;DP=298;FAO=123;FDP=300;FR=.;FRO=177;FSAF=42;FSAR=81;FSRF=83;FSRR=94;FWDB=0.0231033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.28;QD=15.0225;RBI=0.0255594;REFB=-0.00142864;REVB=-0.0109325;RO=176;SAF=42;SAR=79;SRF=82;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132247;STB=0.579386;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00230834;OID=.;OPOS=19634747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:300:176:177:121:123:0.41:79:42:82:94:81:42:83:94 chr20 19702049 . G A 3328.81 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.463;QD=62.2207;RBI=0.0336352;REFB=0;REVB=-0.000975242;RO=0;SAF=78;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48148e-06;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:214:0:0:212:214:1:134:78:0:0:136:78:0:0 chr20 19951534 . T A 3170.67 PASS AF=1;AO=196;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0707491;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8835;QD=64.054;RBI=0.0720007;REFB=0;REVB=-0.0133669;RO=0;SAF=85;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259088;OID=.;OPOS=19951534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:196:198:1:111:85:0:0:112:86:0:0 chr20 19970705 . C T 3130.06 PASS AF=0.990338;AO=205;DP=208;FAO=205;FDP=207;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=116;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.11827;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5614;QD=60.4843;RBI=0.120374;REFB=-0.0607892;REVB=-0.0224054;RO=1;SAF=89;SAR=116;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00532203;STB=0.505555;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00112938;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:207:1:2:205:205:0.990338:116:89:1:0:116:89:2:0 chr20 20032998 . T C 738.84 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.983;QD=55.7618;RBI=0.0667811;REFB=0;REVB=0.0249541;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61072e-05;OID=.;OPOS=20032998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:19:31:0:0:21:32:0:0 chr20 20033137 . T A 3903.99 PASS AF=0.992188;AO=253;DP=258;FAO=254;FDP=256;FR=.;FRO=2;FSAF=129;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0229051;FXX=0.00775164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.413;QD=60.9998;RBI=0.0462329;REFB=-0.101357;REVB=0.0401602;RO=2;SAF=129;SAR=124;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00762592;STB=0.503968;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000862653;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:258:256:2:2:253:254:0.992188:124:129:0:2:125:129:0:2 chr20 20033242 . A T 3141.43 PASS AF=1;AO=195;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385969;FXX=0.0100497;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5795;QD=63.7854;RBI=0.0388021;REFB=0;REVB=0.00398559;RO=2;SAF=92;SAR=103;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000547098;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29696e-05;OID=.;OPOS=20033242;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:2:0:195:197:1:103:92:1:1:104:93:0:0 chr20 20033319 . A G 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.258;QD=61.8522;RBI=0.0203528;REFB=0;REVB=0.000615887;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24471e-05;OID=.;OPOS=20033319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr20 20033380 . A G 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.017;QD=58.5831;RBI=0.0655036;REFB=0;REVB=0.0654375;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120336;OID=.;OPOS=20033380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:8:25:0:0:8:25:0:0 chr20 20050397 . G A 2207.93 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00475343;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.203;QD=63.5376;RBI=0.0104242;REFB=0;REVB=0.00927735;RO=0;SAF=59;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98618e-06;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:139:0:0:139:139:1:80:59:0:0:80:59:0:0 chr20 20341333 . G C 3133.1 PASS AF=1;AO=204;DP=206;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011885;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.87;QD=61.4333;RBI=0.017745;REFB=0.00802496;REVB=-0.013177;RO=1;SAF=94;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00504038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37209e-05;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:206:204:1:0:204:204:1:110:94:1:0:110:94:0:0 chr20 20350516 . T C,G 2757.54 PASS AF=0.037234,0.957447;AO=9,168;DP=179;FAO=7,180;FDP=188;FR=.;FRO=1;FSAF=2,65;FSAR=5,115;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00932627,0.0170947;FXX=0.00529073;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.963,120.448;QD=58.671;RBI=0.0111352,0.0247735;REFB=0.00332744,-0.00918209;REVB=-0.00608393,0.0179303;RO=2;SAF=4,56;SAR=5,112;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.176689,-0.0166902;STB=0.599698,0.503816;STBP=0.285,0.278;TYPE=snp,snp;VARB=0.0711178,0.00256799;OID=.,.;OPOS=20350516,20350516;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:179:188:2:1:9,168:7,180:0.037234,0.957447:5,112:4,56:2:0:5,115:2,65:1:0 chr20 21142523 . C G 1713.02 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00853359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.109;QD=60.638;RBI=0.0160202;REFB=0;REVB=0.0135582;RO=0;SAF=41;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00243e-06;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:72:41:0:0:72:41:0:0 chr20 21142813 . T C 1212.17 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102725;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.454;QD=61.3755;RBI=0.0103782;REFB=0;REVB=-0.00147756;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4354e-05;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:38:41:0:0:38:41:0:0 chr20 21362703 . TA T 2056.07 PASS AF=1;AO=193;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.457;QD=39.5399;RBI=0.0868338;REFB=0;REVB=-0.0851063;RO=2;SAF=95;SAR=98;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.00991901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000224132;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:193:208:208:208:0:104:104:0:0:34:2:95:98:2:0 chr20 22562674 . T C 1659.48 PASS AF=0.973913;AO=111;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.03553;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.353;QD=57.721;RBI=0.0359154;REFB=0.0741125;REVB=0.00524706;RO=3;SAF=66;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134921;STB=0.506879;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.000233584;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:3:3:111:112:0.973913:45:66:1:2:46:66:1:2 chr20 23017082 . T C 1875.15 PASS AF=0.508197;AO=186;DP=366;FAO=186;FDP=366;FR=.;FRO=180;FSAF=91;FSAR=95;FSRF=113;FSRR=67;FWDB=-0.0317189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9895;QD=20.4935;RBI=0.0490045;REFB=-0.00623471;REVB=-0.0373544;RO=179;SAF=91;SAR=95;SRF=112;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122239;STB=0.567955;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00556406;OID=.;OPOS=23017082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:366:179:180:186:186:0.508197:95:91:112:67:95:91:113:67 chr20 23028724 . G A 547.52 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.00354027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.37;QD=19.044;RBI=0.0406118;REFB=-0.00343489;REVB=0.0404572;RO=58;SAF=34;SAR=23;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396274;STB=0.521884;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00437722;OID=.;OPOS=23028724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:23:34:37:21:23:34:37:21 chr20 23030199 . C G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0589378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9237;QD=21.015;RBI=0.104782;REFB=-0.0256704;REVB=0.0866347;RO=13;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340383;STB=0.694913;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0237018;OID=.;OPOS=23030199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:13:3:7:6:13:3:7:6 chr20 23064912 . T C 436.79 PASS AF=0.463158;AO=42;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0256744;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1622;QD=18.3911;RBI=0.0387673;REFB=-0.0186365;REVB=-0.029047;RO=50;SAF=21;SAR=21;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116789;STB=0.568391;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0511856;OID=.;OPOS=23064912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:51:42:44:0.463158:21:21:19:31:22:22:19:32 chr20 23065342 . A G 1322.77 PASS AF=0.473684;AO=133;DP=284;FAO=135;FDP=285;FR=.;FRO=150;FSAF=47;FSAR=88;FSRF=70;FSRR=80;FWDB=0.00455651;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.837;QD=18.5652;RBI=0.0898629;REFB=-0.0108933;REVB=-0.0897473;RO=148;SAF=47;SAR=86;SRF=70;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11994;STB=0.565953;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0160482;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:285:148:150:133:135:0.473684:86:47:70:78:88:47:70:80 chr20 23345844 . A C 624.28 PASS AF=0.508065;AO=62;DP=123;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0308978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.424;QD=20.1382;RBI=0.0312405;REFB=-0.00843838;REVB=0.00461457;RO=59;SAF=23;SAR=39;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143206;STB=0.519304;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0075208;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:59:61:62:63:0.508065:39:23:21:38:39:24:21:40 chr20 23352480 . A G 257.13 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0353894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4258;QD=16.0704;RBI=0.0378556;REFB=0.0190062;REVB=-0.0134401;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141093;STB=0.579345;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0243569;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:15:14:22:13:15:14:22:13 chr20 23352685 . C A 657.49 PASS AF=0.463576;AO=69;DP=149;FAO=70;FDP=151;FR=.;FRO=81;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=0.00654599;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8037;QD=17.417;RBI=0.0123436;REFB=0.022074;REVB=-0.0104649;RO=79;SAF=42;SAR=27;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117105;STB=0.501698;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0345096;OID=.;OPOS=23352685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:79:81:69:70:0.463576:27:42:49:30:27:43:50:31 chr20 23355423 . C T 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00409926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.422;QD=19.9666;RBI=0.0198601;REFB=-0.0106369;REVB=0.0194324;RO=26;SAF=7;SAR=22;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372776;STB=0.708573;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0126878;OID=.;OPOS=23355423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:22:7:17:9:22:7:17:9 chr20 23355454 . ATAC A 208.59 PASS AF=0.488372;AO=17;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.01955;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=288.979;QD=19.4034;RBI=0.0200851;REFB=0.00580609;REVB=0.00460521;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250453;STB=0.649215;STBP=0.068;TYPE=del;VARB=-0.00672059;OID=.;OPOS=23355455;OREF=TAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:17:42:21:43:22:12:9:6:16:99:22:9:8:6:16 chr20 23361613 . C T 899.89 PASS AF=0.629921;AO=80;DP=127;FAO=80;FDP=127;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0151052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.907;QD=28.3431;RBI=0.0157377;REFB=-0.00749239;REVB=-0.00441677;RO=47;SAF=25;SAR=55;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117586;STB=0.563779;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00491324;OID=.;OPOS=23361613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:47:47:80:80:0.629921:55:25:22:25:55:25:22:25 chr20 23424613 . T C 814.11 PASS AF=0.482955;AO=83;DP=176;FAO=85;FDP=176;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.000346938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.384;QD=18.5025;RBI=0.0127597;REFB=-0.0116298;REVB=0.012755;RO=90;SAF=32;SAR=51;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576381;STB=0.521122;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0121829;OID=.;OPOS=23424613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:90:91:83:85:0.482955:51:32:40:50:51:34:40:51 chr20 23432528 . A G 492.37 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=0.00524605;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.582;QD=15.5077;RBI=0.00670349;REFB=9.93838e-05;REVB=0.00417322;RO=72;SAF=17;SAR=37;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216614;STB=0.518166;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=5.9285e-05;OID=.;OPOS=23432528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:72:73:54:54:0.425197:37:17:24:48:37:17:25:48 chr20 23472391 . A G 5208.73 PASS AF=0.980874;AO=341;DP=358;FAO=359;FDP=366;FR=.;FRO=7;FSAF=140;FSAR=219;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0146202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.696;QD=56.926;RBI=0.0150421;REFB=-0.0130264;REVB=0.00353751;RO=2;SAF=124;SAR=217;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00163831;STB=0.50935;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00106406;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:358:366:2:7:341:359:0.980874:217:124:1:1:219:140:6:1 chr20 23531276 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00326798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.182;QD=56.0114;RBI=0.00729025;REFB=-0.0794317;REVB=0.00651676;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.514277;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00293431;OID=.;OPOS=23531276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:17:17:0:1:17:17:0:1 chr20 23546639 . T G 3947.06 PASS AF=1;AO=250;DP=250;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.418;QD=61.9147;RBI=0.01167;REFB=0;REVB=-0.00988098;RO=0;SAF=107;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54524e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21038e-06;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:250:255:0:0:250:255:1:143:107:0:0:145:110:0:0 chr20 23586360 . G A 2667.56 PASS AF=0.967033;AO=175;DP=181;FAO=176;FDP=182;FR=.;FRO=6;FSAF=77;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0287714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4551;QD=58.6276;RBI=0.0439497;REFB=0.00944403;REVB=0.0332232;RO=6;SAF=77;SAR=98;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282493;STB=0.514704;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00272154;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:181:182:6:6:175:176:0.967033:98:77:0:6:99:77:0:6 chr20 23618395 . T C 15994.5 PASS AF=1;AO=1001;DP=1005;FAO=1005;FDP=1005;FR=.;FRO=0;FSAF=443;FSAR=562;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153525;FXX=0.0108267;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.408;QD=63.6598;RBI=0.0183121;REFB=0;REVB=0.00998168;RO=0;SAF=443;SAR=558;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.52956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31137e-06;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:87:1005:1005:0:0:1001:1005:1:558:443:0:0:562:443:0:0 chr20 23729722 . G T 9816.69 PASS AF=1;AO=621;DP=627;FAO=623;FDP=623;FR=.;FRO=0;FSAF=283;FSAR=340;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213472;FXX=0.0095388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8004;QD=63.0285;RBI=0.0263158;REFB=0.0212338;REVB=-0.0153889;RO=3;SAF=281;SAR=340;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0050713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37237e-05;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:627:623:3:0:621:623:1:340:281:3:0:340:283:0:0 chr20 23731426 . C T 1346.64 PASS AF=0.501859;AO=135;DP=269;FAO=135;FDP=269;FR=.;FRO=134;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=59;FSRR=75;FWDB=0.061753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8686;QD=20.0243;RBI=0.0693185;REFB=-0.0314543;REVB=0.03149;RO=132;SAF=61;SAR=74;SRF=57;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182819;STB=0.505815;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0342653;OID=.;OPOS=23731426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:132:134:135:135:0.501859:74:61:57:75:74:61:59:75 chr20 23731494 . A G 456.15 PASS AF=0.396947;AO=52;DP=131;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0875914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2733;QD=13.9282;RBI=0.0879767;REFB=0.00529575;REVB=-0.00822467;RO=78;SAF=18;SAR=34;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101348;STB=0.562047;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.009779;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:78:79:52:52:0.396947:34:18:34:44:34:18:35:44 chr20 23860178 . A G 957.8 PASS AF=0.573333;AO=86;DP=150;FAO=86;FDP=150;FR=.;FRO=64;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00853944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.265;QD=25.5415;RBI=0.0121323;REFB=-0.00517365;REVB=-0.00861807;RO=64;SAF=49;SAR=37;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104027;STB=0.556632;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00305837;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:64:64:86:86:0.573333:37:49:28:36:37:49:28:36 chr20 24930085 . G A 958.17 PASS AF=0.513661;AO=91;DP=180;FAO=94;FDP=183;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=58;FWDB=0.0415885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.601;QD=20.9436;RBI=0.0451736;REFB=-0.025535;REVB=0.0176366;RO=88;SAF=40;SAR=51;SRF=30;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908737;STB=0.543913;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0255044;OID=.;OPOS=24930085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:183:88:89:91:94:0.513661:51:40:30:58:53:41:31:58 chr20 24939590 . G C 853.05 PASS AF=0.541935;AO=83;DP=154;FAO=84;FDP=155;FR=.;FRO=71;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0179459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.696;QD=22.0141;RBI=0.0195074;REFB=-0.00972188;REVB=-0.00764731;RO=71;SAF=47;SAR=36;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384898;STB=0.517761;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00794216;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:71:71:83:84:0.541935:36:47:37:34:37:47:37:34 chr20 24944166 . C T 788.58 PASS AF=0.496933;AO=81;DP=163;FAO=81;FDP=163;FR=.;FRO=82;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.029987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.226;QD=19.3516;RBI=0.0339861;REFB=-0.00827468;REVB=0.0159947;RO=82;SAF=44;SAR=37;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618353;STB=0.534053;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00853323;OID=.;OPOS=24944166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:82:82:81:81:0.496933:37:44:39:43:37:44:39:43 chr20 24954887 . A T 250.94 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0118898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.634;QD=19.6819;RBI=0.056934;REFB=-0.02753;REVB=0.0556787;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188455;STB=0.605301;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0283842;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:15:11:16:9:15:11:16:9 chr20 24994289 . C T 1216.37 PASS AF=0.569231;AO=109;DP=193;FAO=111;FDP=195;FR=.;FRO=84;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=0.0801186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8662;QD=24.9512;RBI=0.0818011;REFB=-0.0136804;REVB=0.0165053;RO=84;SAF=51;SAR=58;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702469;STB=0.534225;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0158217;OID=.;OPOS=24994289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:84:84:109:111:0.569231:58:51:32:52:60:51:32:52 chr20 25011423 . T C 600.59 PASS AF=0.440559;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=143;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=54;FWDB=-0.0129776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.193;QD=16.7998;RBI=0.0173781;REFB=-0.0144356;REVB=-0.0115578;RO=79;SAF=15;SAR=48;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100833;STB=0.562586;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0142882;OID=.;OPOS=25011423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:79:80:63:63:0.440559:48:15:25:54:48:15:26:54 chr20 25011639 . A G 407.16 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0018302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.418;QD=15.9669;RBI=0.0271177;REFB=-0.0090092;REVB=-0.0270558;RO=53;SAF=16;SAR=29;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117764;STB=0.569115;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0158701;OID=.;OPOS=25011639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:53:57:45:45:0.441176:29:16:25:28:29:16:27:30 chr20 25027526 . G A 1135.28 PASS AF=0.525822;AO=110;DP=211;FAO=112;FDP=213;FR=.;FRO=101;FSAF=44;FSAR=68;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.00327364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.452;QD=21.3199;RBI=0.0323422;REFB=-0.0050675;REVB=0.0321761;RO=99;SAF=43;SAR=67;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748078;STB=0.540235;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00496929;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:213:99:101:110:112:0.525822:67:43:47:52:68:44:48:53 chr20 25038484 . G T 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00211244;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.169;QD=25.3616;RBI=0.010959;REFB=0.00122258;REVB=-0.0107535;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980432;STB=0.55484;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000674059;OID=.;OPOS=25038484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:8:7:5:3:8:7:5:3 chr20 25059381 . A T 1894.26 PASS AF=0.478589;AO=190;DP=398;FAO=190;FDP=397;FR=.;FRO=207;FSAF=92;FSAR=98;FSRF=76;FSRR=131;FWDB=-0.00384864;FXX=0.0025125;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.239;QD=19.0857;RBI=0.00613886;REFB=-0.0186321;REVB=0.00478263;RO=201;SAF=92;SAR=98;SRF=72;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118824;STB=0.561328;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0151399;OID=.;OPOS=25059381;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:397:201:207:190:190:0.478589:98:92:72:129:98:92:76:131 chr20 25059442 . C T 2477.76 PASS AF=0.49503;AO=249;DP=504;FAO=249;FDP=503;FR=.;FRO=254;FSAF=109;FSAR=140;FSRF=119;FSRR=135;FWDB=-0.000711597;FXX=0.00198409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.772;QD=19.7039;RBI=0.0192794;REFB=-0.0142027;REVB=-0.0192663;RO=252;SAF=109;SAR=140;SRF=119;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320254;STB=0.515711;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0124678;OID=.;OPOS=25059442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:504:503:252:254:249:249:0.49503:140:109:119:133:140:109:119:135 chr20 25059546 . T C 1581.44 PASS AF=0.517007;AO=152;DP=295;FAO=152;FDP=294;FR=.;FRO=142;FSAF=63;FSAR=89;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=-0.0256082;FXX=0.00338972;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.578;QD=21.5162;RBI=0.0262322;REFB=0.00508573;REVB=0.00568756;RO=141;SAF=63;SAR=89;SRF=68;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607613;STB=0.53169;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00405352;OID=.;OPOS=25059546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:294:141:142:152:152:0.517007:89:63:68:73:89:63:68:74 chr20 25187213 . G A 511.06 PASS AF=0.424242;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0225266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.042;QD=15.4868;RBI=0.0243585;REFB=-0.00613638;REVB=-0.00926751;RO=75;SAF=30;SAR=26;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111053;STB=0.558232;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00900834;OID=.;OPOS=25187213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:75:76:56:56:0.424242:26:30:32:43:26:30:33:43 chr20 25193949 . G A 1120.83 PASS AF=0.541237;AO=105;DP=193;FAO=105;FDP=194;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.00337249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3843;QD=23.1099;RBI=0.00370119;REFB=0.0126125;REVB=0.00152485;RO=87;SAF=42;SAR=63;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179802;STB=0.503225;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.014332;OID=.;OPOS=25193949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:87:89:105:105:0.541237:63:42:33:54:63:42:35:54 chr20 25195387 . A AT 559.15 PASS AF=1;AO=26;DP=155;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0525034;FXX=0.198617;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.0885;QD=19.1164;RBI=0.0686462;REFB=0.119521;REVB=-0.0442232;RO=124;SAF=10;SAR=16;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108256;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0177426;OID=.;OPOS=25195388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:155:117:117:0:65:52:0:0:5:124:10:16:58:66 chr20 25195394 . C T 2258.64 PASS AF=1;AO=120;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559557;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3711;QD=62.3072;RBI=0.058238;REFB=0;REVB=0.0161437;RO=0;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207753;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:120:145:1:68:52:0:0:81:64:0:0 chr20 25195509 . A G 1853.2 PASS AF=0.954887;AO=124;DP=133;FAO=127;FDP=133;FR=.;FRO=6;FSAF=52;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00498895;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=224.763;QD=55.7354;RBI=0.010443;REFB=-0.165413;REVB=0.00917426;RO=6;SAF=52;SAR=72;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228095;STB=0.503554;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.000627789;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:133:133:6:6:124:127:0.954887:72:52:1:5:75:52:2:4 chr20 25207074 . T C 4279.46 PASS AF=1;AO=269;DP=269;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.957;QD=62.9332;RBI=0.0273486;REFB=0;REVB=0.0267895;RO=0;SAF=91;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10335e-05;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:269:272:0:0:269:272:1:178:91:0:0:180:92:0:0 chr20 25259006 . G T 1182.63 PASS AF=0.474903;AO=123;DP=261;FAO=123;FDP=259;FR=.;FRO=136;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=58;FSRR=78;FWDB=0.000317358;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.813;QD=18.2645;RBI=0.00737455;REFB=-0.00972369;REVB=0.00736772;RO=135;SAF=60;SAR=63;SRF=57;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624581;STB=0.532271;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00852076;OID=.;OPOS=25259006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:259:135:136:123:123:0.474903:63:60:57:78:63:60:58:78 chr20 25260931 . A G 3177.28 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694032;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.727;QD=63.8648;RBI=0.00773266;REFB=0;REVB=0.00340968;RO=0;SAF=88;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405761;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:199:0:0:198:199:1:110:88:0:0:110:89:0:0 chr20 25262769 . G A 578.9 PASS AF=0.455224;AO=59;DP=132;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0053641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.284;QD=17.2806;RBI=0.0238281;REFB=0.00490801;REVB=0.0232165;RO=72;SAF=33;SAR=26;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588489;STB=0.518658;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00572634;OID=.;OPOS=25262769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:72:73:59:61:0.455224:26:33:36:36:28:33:37:36 chr20 25263865 . G A 585.36 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=156;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.00759348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.096;QD=15.0092;RBI=0.00784918;REFB=-0.00427306;REVB=0.00198713;RO=90;SAF=33;SAR=33;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00818481;OID=.;OPOS=25263865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:90:90:66:66:0.423077:33:33:45:45:33:33:45:45 chr20 25264814 . T C 2200.38 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.885;QD=62.4222;RBI=0.0876051;REFB=-0.145356;REVB=0.0798208;RO=1;SAF=62;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613501;STB=0.503184;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00120675;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:139:140:0.992908:77:62:0:1:78:62:0:1 chr20 25268920 . T C 2319.97 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451897;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1626;QD=61.0519;RBI=0.0800965;REFB=0;REVB=0.0661313;RO=0;SAF=81;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72363e-05;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:152:0:0:152:152:1:71:81:0:0:71:81:0:0 chr20 25276297 . G A 2202.75 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320863;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.671;QD=63.3886;RBI=0.0327636;REFB=0;REVB=-0.00662742;RO=0;SAF=67;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028056;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:72:67:0:0:72:67:0:0 chr20 25282944 . A G 2277.33 PASS AF=0.987097;AO=152;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00864939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.968;QD=58.7698;RBI=0.00957754;REFB=-0.0765008;REVB=-0.00411306;RO=3;SAF=70;SAR=82;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762966;STB=0.500466;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=7.21915e-05;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:155:3:2:152:153:0.987097:82:70:2:1:82:71:1:1 chr20 25456888 . A G 5533.37 PASS AF=1;AO=355;DP=358;FAO=355;FDP=355;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=233;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10132;FXX=0.00837965;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0503;QD=62.3478;RBI=0.136276;REFB=0.0073024;REVB=-0.0911343;RO=0;SAF=122;SAR=233;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21236e-05;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:358:355:0:0:355:355:1:233:122:0:0:233:122:0:0 chr20 25457049 . GCTCCCA G 2543.89 PASS AF=1;AO=155;DP=176;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00030423;FXX=0.0790916;HRUN=1;LEN=6;MLLD=216.72;QD=62.4267;RBI=0.0140983;REFB=0;REVB=0.014095;RO=0;SAF=95;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.26923e-05;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:155:176:163:163:0:101:62:0:0:14:0:95:60:0:0 chr20 25457635 . C T 212.26 PASS AF=0.190722;AO=37;DP=195;FAO=37;FDP=194;FR=.;FRO=157;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=105;FSRR=52;FWDB=-0.0203804;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.011;QD=4.37639;RBI=0.0273496;REFB=-0.00710276;REVB=-0.0182384;RO=152;SAF=22;SAR=15;SRF=100;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864519;STB=0.563743;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0191644;OID=.;OPOS=25457635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:152:157:37:37:0.190722:15:22:100:52:15:22:105:52 chr20 25591862 . A T 502.39 PASS AF=0.972222;AO=31;DP=31;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0999735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.583;QD=55.8215;RBI=0.100791;REFB=-0.0870478;REVB=0.0128106;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.509429;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00359722;OID=.;OPOS=25591862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:36:0:1:31:35:0.972222:24:7:0:0:26:9:0:1 chr20 25591864 . A T 224.16 PASS AF=0.84;AO=17;DP=24;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0447965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.285;QD=35.8651;RBI=0.0448329;REFB=-0.105995;REVB=0.00180448;RO=6;SAF=2;SAR=15;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472058;STB=0.64271;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0076279;OID=.;OPOS=25591864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:24:25:6:4:17:21:0.84:15:2:5:1:16:5:4:0 chr20 25595829 . C T 489.46 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00798888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.786;QD=18.2975;RBI=0.00799659;REFB=0.0167419;REVB=-0.000351004;RO=55;SAF=23;SAR=29;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161977;STB=0.589691;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0140151;OID=.;OPOS=25595829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:29:23:34:21:29:23:34:21 chr20 25595868 . G A 611.64 PASS AF=0.473684;AO=60;DP=130;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0280333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9063;QD=18.3953;RBI=0.0300261;REFB=0.0240217;REVB=-0.0107562;RO=70;SAF=28;SAR=32;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142288;STB=0.572322;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0366469;OID=.;OPOS=25595868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:70:70:60:63:0.473684:32:28:43:27:33:30:43:27 chr20 25755672 . G T 682.97 PASS AF=0.32;AO=88;DP=275;FAO=88;FDP=275;FR=.;FRO=187;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=82;FSRR=105;FWDB=0.00334962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.326;QD=9.93412;RBI=0.0142941;REFB=-0.00669077;REVB=0.0138961;RO=186;SAF=43;SAR=45;SRF=81;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062896;STB=0.534154;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0142208;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:186:187:88:88:0.32:45:43:81:105:45:43:82:105 chr20 26063560 . G A 1171.45 PASS AF=1;AO=74;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118839;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.947;QD=58.5725;RBI=0.0132165;REFB=0;REVB=-0.00578351;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126148;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420149;OID=.;OPOS=26063560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:80:1:0:74:80:1:37:37:1:0:38:42:0:0 chr20 26094525 . T C 336.96 PASS AF=0.125;AO=90;DP=704;FAO=88;FDP=704;FR=.;FRO=616;FSAF=27;FSAR=61;FSRF=263;FSRR=353;FWDB=0.0110977;FXX=0.00424322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0347;QD=1.91453;RBI=0.0160082;REFB=-0.00635961;REVB=0.011537;RO=577;SAF=28;SAR=62;SRF=257;SRR=320;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180991;STB=0.612763;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0813522;OID=.;OPOS=26094525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:704:704:577:616:90:88:0.125:62:28:257:320:61:27:263:353 chr20 26094564 . T G 3369.67 PASS AF=0.462351;AO=351;DP=759;FAO=350;FDP=757;FR=.;FRO=407;FSAF=164;FSAR=186;FSRF=136;FSRR=271;FWDB=-0.0586965;FXX=0.00525617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9292;QD=17.8054;RBI=0.0607873;REFB=-0.00169166;REVB=-0.0158056;RO=400;SAF=165;SAR=186;SRF=133;SRR=267;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135328;STB=0.573221;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00370652;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:759:757:400:407:351:350:0.462351:186:165:133:267:186:164:136:271 chr20 26094567 . T C 5207.29 PASS AF=0.610013;AO=460;DP=757;FAO=463;FDP=759;FR=.;FRO=296;FSAF=200;FSAR=263;FSRF=102;FSRR=194;FWDB=-0.000293986;FXX=0.00262809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.795;QD=27.4429;RBI=0.0182524;REFB=-0.00717695;REVB=0.01825;RO=295;SAF=200;SAR=260;SRF=101;SRR=194;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689839;STB=0.535046;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0054611;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:757:759:295:296:460:463:0.610013:260:200:101:194:263:200:102:194 chr20 26094605 . G A 2044.93 PASS AF=0.382258;AO=237;DP=622;FAO=237;FDP=620;FR=.;FRO=383;FSAF=109;FSAR=128;FSRF=126;FSRR=257;FWDB=-0.01098;FXX=0.00321538;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.558;QD=13.1931;RBI=0.0213899;REFB=-0.0169833;REVB=-0.0183567;RO=379;SAF=109;SAR=128;SRF=123;SRR=256;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152211;STB=0.582476;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0262052;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:622:620:379:383:237:237:0.382258:128:109:123:256:128:109:126:257 chr20 26094609 . C A 1958.07 PASS AF=0.380399;AO=226;DP=599;FAO=229;FDP=602;FR=.;FRO=373;FSAF=104;FSAR=125;FSRF=126;FSRR=247;FWDB=-0.0165712;FXX=0.00165835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.041;QD=13.0104;RBI=0.0165833;REFB=0.0146381;REVB=-0.000634517;RO=373;SAF=101;SAR=125;SRF=126;SRR=247;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124526;STB=0.573676;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0231179;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:599:602:373:373:226:229:0.380399:125:101:126:247:125:104:126:247 chr20 26188824 . T C 579.36 PASS AF=0.546392;AO=50;DP=96;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0262546;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.706;QD=23.891;RBI=0.0282325;REFB=-0.0183507;REVB=0.0103813;RO=41;SAF=16;SAR=34;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859135;STB=0.566218;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.02128;OID=.;OPOS=26188824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:41:44:50:53:0.546392:34:16:17:24:37:16:19:25 chr20 26188880 . C A 30.83 PASS AF=0.079646;AO=8;DP=113;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=70;FWDB=-0.011508;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.17;QD=1.09138;RBI=0.0278278;REFB=-0.00403179;REVB=0.0253368;RO=103;SAF=7;SAR=1;SRF=34;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538396;STB=0.930402;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0414813;OID=.;OPOS=26188880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:113:113:103:104:8:9:0.079646:1:7:34:69:1:8:34:70 chr20 26188912 . A C 468.21 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0253794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.312;QD=25.6553;RBI=0.0404111;REFB=-0.0245265;REVB=-0.0314475;RO=29;SAF=15;SAR=29;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249378;STB=0.513621;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0184621;OID=.;OPOS=26188912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:44:44:0.60274:29:15:9:20:29:15:9:20 chr20 29623182 . G A 32.2 PASS AF=0.0604982;AO=16;DP=279;FAO=17;FDP=281;FR=.;FRO=264;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=123;FSRR=141;FWDB=-0.0287785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5304;QD=0.458417;RBI=0.0288068;REFB=0.00216549;REVB=0.00127633;RO=263;SAF=12;SAR=4;SRF=123;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286286;STB=0.721622;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0498465;OID=.;OPOS=29623182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:279:281:263:264:16:17:0.0604982:4:12:123:140:5:12:123:141 chr20 29623210 . C T 99.92 PASS AF=0.0983607;AO=30;DP=305;FAO=30;FDP=305;FR=.;FRO=275;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=130;FSRR=145;FWDB=-0.00986703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.71;QD=1.31038;RBI=0.012782;REFB=-0.00025734;REVB=-0.00812529;RO=274;SAF=14;SAR=16;SRF=130;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00946312;STB=0.505481;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00213826;OID=.;OPOS=29623210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:274:275:30:30:0.0983607:16:14:130:144:16:14:130:145 chr20 29623214 . C T 35.2 PASS AF=0.0594059;AO=18;DP=303;FAO=18;FDP=303;FR=.;FRO=285;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=131;FSRR=154;FWDB=0.0189131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6816;QD=0.464694;RBI=0.0210783;REFB=-0.000151361;REVB=-0.00930532;RO=283;SAF=13;SAR=5;SRF=130;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270706;STB=0.741396;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00282213;OID=.;OPOS=29623214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:303:303:283:285:18:18:0.0594059:5:13:130:153:5:13:131:154 chr20 29623217 . C T 69.86 PASS AF=0.0822368;AO=25;DP=304;FAO=25;FDP=304;FR=.;FRO=279;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=131;FSRR=148;FWDB=0.0117126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8307;QD=0.919198;RBI=0.0525413;REFB=-0.000329922;REVB=-0.0512192;RO=275;SAF=13;SAR=12;SRF=128;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633461;STB=0.546182;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00438384;OID=.;OPOS=29623217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:304:304:275:279:25:25:0.0822368:12:13:128:147:12:13:131:148 chr20 29623223 . T C 707.16 PASS AF=0.308219;AO=88;DP=292;FAO=90;FDP=292;FR=.;FRO=202;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=101;FSRR=101;FWDB=0.0199521;FXX=0.0234106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.67;QD=9.68717;RBI=0.0199649;REFB=-0.000596173;REVB=0.000716203;RO=198;SAF=36;SAR=52;SRF=100;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11576;STB=0.562083;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000966855;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:198:202:88:90:0.308219:52:36:100:98:53:37:101:101 chr20 29623224 . C A 84.39 PASS AF=0.0915254;AO=27;DP=296;FAO=27;FDP=295;FR=.;FRO=268;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=124;FSRR=144;FWDB=-0.0400761;FXX=0.0133775;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.81;QD=1.14424;RBI=0.041217;REFB=-0.0022036;REVB=-0.00963056;RO=246;SAF=13;SAR=14;SRF=111;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367878;STB=0.517107;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.025832;OID=.;OPOS=29623224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:296:295:246:268:27:27:0.0915254:14:13:111:135:14:13:124:144 chr20 29623233 . C G 40.63 PASS AF=0.0639731;AO=19;DP=298;FAO=19;FDP=297;FR=.;FRO=278;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=124;FSRR=154;FWDB=0.00473099;FXX=0.00335559;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7267;QD=0.547161;RBI=0.0201793;REFB=0.000244098;REVB=-0.0196169;RO=276;SAF=13;SAR=6;SRF=122;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255332;STB=0.716526;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00768123;OID=.;OPOS=29623233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:298:297:276:278:19:19:0.0639731:6:13:122:154:6:13:124:154 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG,AGTGAAG 1138.33 PASS AF=0.0992647,0.330882,0.0514706;AO=26,83,12;DP=290;FAO=27,90,14;FDP=272;FR=.;FRO=141;FSAF=15,36,6;FSAR=12,54,8;FSRF=65;FSRR=76;FWDB=-0.0221911,-0.0195905,-0.0342661;FXX=0.0684908;HRUN=2,2,3;LEN=1,3,2;MLLD=30.1838,149.243,155.076;QD=16.7402;RBI=0.0943892,0.0644881,0.0425165;REFB=0.0209637,-0.00495425,-0.011812;REVB=0.0917435,0.0614405,0.0251692;RO=120;SAF=15,35,6;SAR=11,48,6;SRF=64;SRR=56;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0563294,-0.118158,-0.0387049;STB=0.578889,0.53818,0.529808;STBP=0.387,0.374,0.852;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.0494375,0.013361,0.0217144;OID=.,.,.;OPOS=29623254,29623249,29623249;OREF=G,AAG,AA;OALT=A,-,GT;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG,AGTGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0992647,0.330882,0.0514706:26,83,12:290:27,90,14:272:141:15,36,6:12,54,8:65:76:99:120:15,35,6:11,48,6:64:56 chr20 29623263 . C T 89.56 PASS AF=0.0942761;AO=28;DP=296;FAO=28;FDP=297;FR=.;FRO=269;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=120;FSRR=149;FWDB=-0.009778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.715;QD=1.20623;RBI=0.0148958;REFB=-0.00168081;REVB=-0.0112373;RO=265;SAF=15;SAR=13;SRF=118;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108526;STB=0.580588;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0217558;OID=.;OPOS=29623263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:296:297:265:269:28:28:0.0942761:13:15:118:147:13:15:120:149 chr20 29624068 . T C 58.63 PASS AF=0.12037;AO=12;DP=107;FAO=13;FDP=108;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=0.00454816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.134;QD=2.17158;RBI=0.00595069;REFB=-0.00222713;REVB=0.00383732;RO=94;SAF=5;SAR=7;SRF=54;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188839;STB=0.602104;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0220921;OID=.;OPOS=29624068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:107:108:94:95:12:13:0.12037:7:5:54:40:7:6:55:40 chr20 29624102 . T A 31.06 PASS AF=0.0803571;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=112;FR=.;FRO=103;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.0192725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.619;QD=1.10944;RBI=0.0303923;REFB=0.000618201;REVB=0.0235003;RO=103;SAF=3;SAR=6;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261534;STB=0.712193;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00692298;OID=.;OPOS=29624102;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:112:112:103:103:9:9:0.0803571:6:3:59:44:6:3:59:44 chr20 29625873 . A C 31.3 PASS AF=0.0677966;AO=12;DP=177;FAO=12;FDP=177;FR=.;FRO=165;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=94;FSRR=71;FWDB=0.00395068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.723;QD=0.707243;RBI=0.00397412;REFB=-0.000860619;REVB=-0.000430968;RO=165;SAF=8;SAR=4;SRF=94;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10822;STB=0.595075;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.020322;OID=.;OPOS=29625873;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:177:177:165:165:12:12:0.0677966:4:8:94:71:4:8:94:71 chr20 29625876 . C T 303.44 PASS AF=0.254237;AO=45;DP=177;FAO=45;FDP=177;FR=.;FRO=132;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=73;FSRR=59;FWDB=-0.00505124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.384;QD=6.85732;RBI=0.0171583;REFB=-0.00574354;REVB=-0.0163979;RO=132;SAF=29;SAR=16;SRF=73;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118736;STB=0.571284;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0195645;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:132:132:45:45:0.254237:16:29:73:59:16:29:73:59 chr20 29625877 . G A 182.7 PASS AF=0.186441;AO=33;DP=177;FAO=33;FDP=177;FR=.;FRO=144;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=84;FSRR=60;FWDB=-0.00632348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.633;QD=4.12878;RBI=0.027939;REFB=-0.00042747;REVB=-0.027214;RO=140;SAF=18;SAR=15;SRF=82;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524438;STB=0.531231;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00200794;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:140:144:33:33:0.186441:15:18:82:58:15:18:84:60 chr20 29625895 . G A 54.25 PASS AF=0.0876289;AO=17;DP=194;FAO=17;FDP=194;FR=.;FRO=177;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=100;FSRR=77;FWDB=-0.0256479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.913;QD=1.11855;RBI=0.0263377;REFB=-0.00319766;REVB=0.00598833;RO=176;SAF=8;SAR=9;SRF=99;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107187;STB=0.585444;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0247297;OID=.;OPOS=29625895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:194:194:176:177:17:17:0.0876289:9:8:99:77:9:8:100:77 chr20 29625935 . A G 115.75 PASS AF=0.152866;AO=21;DP=154;FAO=24;FDP=157;FR=.;FRO=133;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=71;FSRR=62;FWDB=0.0214966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.483;QD=2.94912;RBI=0.0244407;REFB=0.00315101;REVB=-0.0116295;RO=122;SAF=5;SAR=16;SRF=62;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35073;STB=0.742561;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0103472;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:122:133:21:24:0.152866:16:5:62:60:18:6:71:62 chr20 29625971 . C A 38.22 PASS AF=0.0697674;AO=15;DP=215;FAO=15;FDP=215;FR=.;FRO=200;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=92;FSRR=108;FWDB=-0.0562317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9868;QD=0.711063;RBI=0.0731336;REFB=0.00276511;REVB=-0.0467603;RO=195;SAF=6;SAR=9;SRF=90;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684851;STB=0.556742;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.0285179;OID=.;OPOS=29625971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:215:215:195:200:15:15:0.0697674:9:6:90:105:9:6:92:108 chr20 29625979 . C A 135.93 PASS AF=0.139013;AO=34;DP=223;FAO=31;FDP=223;FR=.;FRO=192;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=87;FSRR=105;FWDB=-0.00327495;FXX=0.0176204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.722;QD=2.43823;RBI=0.0252104;REFB=-0.00433537;REVB=-0.0249968;RO=179;SAF=13;SAR=21;SRF=76;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562463;STB=0.529548;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0304902;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:179:192:34:31:0.139013:21:13:76:103:18:13:87:105 chr20 29625985 . G A 54.83 PASS AF=0.0818966;AO=19;DP=232;FAO=19;FDP=232;FR=.;FRO=213;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=93;FSRR=120;FWDB=-0.0666079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2316;QD=0.945328;RBI=0.0681899;REFB=-0.000976774;REVB=-0.014603;RO=211;SAF=8;SAR=11;SRF=91;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120289;STB=0.514575;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0127221;OID=.;OPOS=29625985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:232:232:211:213:19:19:0.0818966:11:8:91:120:11:8:93:120 chr20 29628237 . C A 236.56 PASS AF=0.127155;AO=59;DP=465;FAO=59;FDP=464;FR=.;FRO=405;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=181;FSRR=224;FWDB=-0.0239533;FXX=0.00429175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.159;QD=2.03928;RBI=0.0267662;REFB=-0.00264664;REVB=-0.0119445;RO=395;SAF=27;SAR=32;SRF=176;SRR=219;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155335;STB=0.509431;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0139927;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:465:464:395:405:59:59:0.127155:32:27:176:219:32:27:181:224 chr20 29628271 . C T 2381.31 PASS AF=0.519187;AO=228;DP=447;FAO=230;FDP=443;FR=.;FRO=213;FSAF=105;FSAR=125;FSRF=86;FSRR=127;FWDB=-0.0246752;FXX=0.0111605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.055;QD=21.5017;RBI=0.0249827;REFB=-0.0294668;REVB=-0.00390753;RO=204;SAF=103;SAR=125;SRF=83;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394543;STB=0.525676;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0229504;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:443:204:213:228:230:0.519187:125:103:83:121:125:105:86:127 chr20 29628328 . C G 152.02 PASS AF=0.133829;AO=35;DP=267;FAO=36;FDP=269;FR=.;FRO=233;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=75;FSRR=158;FWDB=-0.0799127;FXX=0.0073798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.446;QD=2.26055;RBI=0.0921511;REFB=-0.00538935;REVB=-0.045889;RO=231;SAF=11;SAR=24;SRF=74;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886941;STB=0.516445;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.022823;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:269:231:233:35:36:0.133829:24:11:74:157:25:11:75:158 chr20 29628361 . A C 160.52 PASS AF=0.222222;AO=26;DP=116;FAO=26;FDP=117;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=58;FWDB=-0.0235417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.333;QD=5.48773;RBI=0.0297501;REFB=-0.0107933;REVB=-0.0181894;RO=89;SAF=11;SAR=15;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683924;STB=0.548835;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0370386;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:89:91:26:26:0.222222:15:11:33:56:15:11:33:58 chr20 29628431 . C T 503.66 PASS AF=0.638889;AO=45;DP=71;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0272956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.997;QD=27.9808;RBI=0.0285817;REFB=-0.0234144;REVB=-0.00847732;RO=26;SAF=24;SAR=21;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740466;STB=0.543459;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.019951;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:26:26:45:46:0.638889:21:24:11:15:21:25:11:15 chr20 29628439 . A G 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0173309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.039;QD=2.58567;RBI=0.0196974;REFB=-0.00307952;REVB=-0.00936099;RO=59;SAF=1;SAR=8;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554627;STB=0.896345;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0104547;OID=.;OPOS=29628439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:59:60:9:9:0.130435:8:1:34:25:8:1:35:25 chr20 29630695 . C A 882.37 PASS AF=0.360269;AO=99;DP=291;FAO=107;FDP=297;FR=.;FRO=190;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=101;FSRR=89;FWDB=-0.00586145;FXX=0.00335559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.919;QD=11.8838;RBI=0.00655744;REFB=-0.0166374;REVB=-0.00293997;RO=187;SAF=55;SAR=44;SRF=99;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302486;STB=0.500727;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0323841;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:297:187:190:99:107:0.360269:44:55:99:88:50:57:101:89 chr20 29632638 . C A 203.95 PASS AF=0.1875;AO=33;DP=192;FAO=36;FDP=192;FR=.;FRO=156;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=84;FSRR=72;FWDB=-0.00621788;FXX=0.0204071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.244;QD=4.24903;RBI=0.0227076;REFB=-0.00548801;REVB=-0.0218397;RO=147;SAF=9;SAR=24;SRF=81;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357143;STB=0.713665;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0265759;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:147:156:33:36:0.1875:24:9:81:66:26:10:84:72 chr20 29632643 . T C 41.84 PASS AF=0.0757576;AO=15;DP=196;FAO=15;FDP=198;FR=.;FRO=183;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=95;FSRR=88;FWDB=-0.0178129;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1948;QD=0.845203;RBI=0.0251644;REFB=-0.00349962;REVB=-0.0177749;RO=178;SAF=2;SAR=13;SRF=92;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436682;STB=0.861439;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0574165;OID=.;OPOS=29632643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:196:198:178:183:15:15:0.0757576:13:2:92:86:13:2:95:88 chr20 29632662 . G C 311.39 PASS AF=0.237624;AO=48;DP=224;FAO=48;FDP=202;FR=.;FRO=154;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=76;FSRR=78;FWDB=0.0250338;FXX=0.0982099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.285;QD=6.16607;RBI=0.0252776;REFB=-0.00659717;REVB=0.00350247;RO=150;SAF=25;SAR=23;SRF=76;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178332;STB=0.520825;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0218093;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:202:150:154:48:48:0.237624:23:25:76:74:23:25:76:78 chr20 29632674 . T TA 50.68 PASS AF=0.183761;AO=53;DP=239;FAO=43;FDP=234;FR=.;FRO=191;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=94;FSRR=97;FWDB=-0.172273;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.31338;QD=0.866358;RBI=0.228801;REFB=-0.0430275;REVB=-0.150572;RO=166;SAF=23;SAR=30;SRF=84;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910245;STB=0.63964;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=-0.0280457;OID=.;OPOS=29632675;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183761:53:239:43:234:191:14:29:94:97:50:166:23:30:84:82 chr20 29632680 . G A 31.96 PASS AF=0.0617284;AO=16;DP=241;FAO=15;FDP=243;FR=.;FRO=228;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=103;FSRR=125;FWDB=-0.0663504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8193;QD=0.52601;RBI=0.0954405;REFB=-0.00328875;REVB=-0.0686041;RO=225;SAF=10;SAR=6;SRF=102;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183176;STB=0.636775;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0511266;OID=.;OPOS=29632680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:241:243:225:228:16:15:0.0617284:6:10:102:123:6:9:103:125 chr20 29632707 . G A 314.38 PASS AF=0.218884;AO=51;DP=233;FAO=51;FDP=233;FR=.;FRO=182;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=80;FSRR=102;FWDB=0.0024827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.36;QD=5.39708;RBI=0.0156671;REFB=-0.000527638;REVB=-0.0154691;RO=179;SAF=26;SAR=25;SRF=79;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087269;STB=0.55475;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00273929;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:179:182:51:51:0.218884:25:26:79:100:25:26:80:102 chr20 29632709 . C T 366.2 PASS AF=0.239316;AO=56;DP=234;FAO=56;FDP=234;FR=.;FRO=178;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=79;FSRR=99;FWDB=0.00164811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.095;QD=6.25987;RBI=0.00962061;REFB=-0.0141391;REVB=-0.00947839;RO=177;SAF=28;SAR=28;SRF=79;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678179;STB=0.54272;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.02188;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:177:178:56:56:0.239316:28:28:79:98:28:28:79:99 chr20 29632714 . CT AG 333.02 PASS AF=0.230435;AO=52;DP=229;FAO=53;FDP=230;FR=.;FRO=177;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=79;FSRR=98;FWDB=-0.0113108;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.43;QD=5.79173;RBI=0.0113191;REFB=-0.00339825;REVB=0.000432788;RO=176;SAF=25;SAR=27;SRF=79;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407075;STB=0.519623;STBP=0.751;TYPE=mnp;VARB=0.0152655;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:176:177:52:53:0.230435:27:25:79:97:28:25:79:98 chr20 29633854 . G A 56.36 PASS AF=0.104478;AO=14;DP=135;FAO=14;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=120;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=66;FSRR=54;FWDB=-0.0338893;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1838;QD=1.68229;RBI=0.109819;REFB=-0.00651548;REVB=-0.10446;RO=96;SAF=12;SAR=2;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361155;STB=0.811104;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0425715;OID=.;OPOS=29633854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:135:134:96:120:14:14:0.104478:2:12:59:37:2:12:66:54 chr20 29633861 . A T 74.23 PASS AF=0.119718;AO=18;DP=142;FAO=17;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=125;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=75;FSRR=50;FWDB=0.00217698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.554;QD=2.0911;RBI=0.0387315;REFB=-0.00728541;REVB=-0.0386702;RO=107;SAF=7;SAR=11;SRF=75;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382924;STB=0.66111;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0420017;OID=.;OPOS=29633861;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:142:142:107:125:18:17:0.119718:11:7:75:32:10:7:75:50 chr20 29633887 . G A 78.66 PASS AF=0.114286;AO=20;DP=175;FAO=20;FDP=175;FR=.;FRO=155;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=84;FSRR=71;FWDB=-0.0392548;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.121;QD=1.79789;RBI=0.0454466;REFB=-0.00216295;REVB=-0.0229009;RO=147;SAF=11;SAR=9;SRF=78;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241724;STB=0.537106;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0215661;OID=.;OPOS=29633887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:175:175:147:155:20:20:0.114286:9:11:78:69:10:10:84:71 chr20 29633894 . C A 53.33 PASS AF=0.0909091;AO=16;DP=180;FAO=16;FDP=176;FR=.;FRO=160;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=80;FSRR=80;FWDB=-0.0187807;FXX=0.022221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.091;QD=1.21202;RBI=0.0189985;REFB=-0.000416867;REVB=-0.00286798;RO=162;SAF=8;SAR=8;SRF=80;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00721758;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00381421;OID=.;OPOS=29633894;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:180:176:162:160:16:16:0.0909091:8:8:80:82:8:8:80:80 chr20 29633915 . C T 81.26 PASS AF=0.117647;AO=20;DP=170;FAO=20;FDP=170;FR=.;FRO=150;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=65;FSRR=85;FWDB=-0.0283651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.268;QD=1.91194;RBI=0.0443098;REFB=-0.00818958;REVB=-0.0340408;RO=144;SAF=8;SAR=12;SRF=59;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125246;STB=0.530236;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0304135;OID=.;OPOS=29633915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:170:170:144:150:20:20:0.117647:12:8:59:85:12:8:65:85 chr20 29633916 . G T 595.44 PASS AF=0.48062;AO=61;DP=167;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00367062;FXX=0.227531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.683;QD=18.4632;RBI=0.0236048;REFB=-0.00309198;REVB=-0.0233176;RO=63;SAF=21;SAR=40;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678965;STB=0.551123;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00403471;OID=.;OPOS=29633916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:129:63:67:61:62:0.48062:40:21:26:37:40:22:30:37 chr20 29633927 . C A 100.32 PASS AF=0.105263;AO=67;DP=167;FAO=12;FDP=114;FR=.;FRO=102;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.0133544;FXX=0.321409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.634;QD=3.52004;RBI=0.0453436;REFB=-0.00329017;REVB=-0.0433324;RO=95;SAF=26;SAR=41;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919125;STB=0.693057;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.218796;OID=.;OPOS=29633927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:114:95:102:67:12:0.105263:41:26:45:50:9:3:46:56 chr20 29633929 . A G 649.84 PASS AF=0.428571;AO=72;DP=168;FAO=72;FDP=168;FR=.;FRO=96;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.00562551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.056;QD=15.4723;RBI=0.00716045;REFB=-0.00662637;REVB=0.00443008;RO=95;SAF=27;SAR=45;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103946;STB=0.55554;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00569008;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:95:96:72:72:0.428571:45:27:45:50:45:27:45:51 chr20 29633938 . A G 155.97 PASS AF=0.177914;AO=29;DP=162;FAO=29;FDP=163;FR=.;FRO=134;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=55;FSRR=79;FWDB=-0.00187029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2056;QD=3.82749;RBI=0.0133997;REFB=0.00189976;REVB=-0.0132685;RO=132;SAF=15;SAR=14;SRF=54;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138576;STB=0.58731;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.015565;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:132:134:29:29:0.177914:14:15:54:78:14:15:55:79 chr20 29633952 . C T 467.2 PASS AF=0.376712;AO=55;DP=145;FAO=55;FDP=146;FR=.;FRO=91;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0129747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.747;QD=12.8001;RBI=0.0134059;REFB=-0.0150065;REVB=-0.00337263;RO=86;SAF=19;SAR=36;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172611;STB=0.589823;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0202286;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:86:91:55:55:0.376712:36:19:43:43:36:19:44:47 chr20 29652138 . C T 104.78 PASS AF=0.077193;AO=44;DP=581;FAO=44;FDP=570;FR=.;FRO=526;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=250;FSRR=276;FWDB=-0.0396581;FXX=0.0256406;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.364;QD=0.735301;RBI=0.0401729;REFB=-0.00446092;REVB=0.00641081;RO=522;SAF=30;SAR=14;SRF=246;SRR=276;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240916;STB=0.689297;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0362332;OID=.;OPOS=29652138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:581:570:522:526:44:44:0.077193:14:30:246:276:14:30:250:276 chr20 29652165 . C T 219.0 PASS AF=0.111311;AO=60;DP=558;FAO=62;FDP=557;FR=.;FRO=495;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=219;FSRR=276;FWDB=-0.00803083;FXX=0.00179208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3727;QD=1.57268;RBI=0.0931799;REFB=-0.00415982;REVB=-0.0928332;RO=490;SAF=28;SAR=32;SRF=215;SRR=275;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350767;STB=0.522652;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0468806;OID=.;OPOS=29652165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:558:557:490:495:60:62:0.111311:32:28:215:275:33:29:219:276 chr20 29652166 . G A 392.94 PASS AF=0.152174;AO=81;DP=549;FAO=84;FDP=552;FR=.;FRO=468;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=209;FSRR=259;FWDB=-0.00936515;FXX=0.00180829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.43;QD=2.84736;RBI=0.0242587;REFB=-0.00099615;REVB=-0.022378;RO=466;SAF=34;SAR=47;SRF=209;SRR=257;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378113;STB=0.525856;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0089574;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:549:552:466:468:81:84:0.152174:47:34:209:257:49:35:209:259 chr20 29652172 . TG CA,CG 6078.52 PASS AF=0.273946,0.601533;AO=143,311;DP=524;FAO=143,314;FDP=522;FR=.;FRO=65;FSAF=59,136;FSAR=84,178;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.0362779,-0.0344502;FXX=0.00760442;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=137.837,92.9461;QD=46.5787;RBI=0.0443492,0.0391237;REFB=0.0122226,0.013984;REVB=0.0255101,-0.0185432;RO=66;SAF=59,135;SAR=84,176;SRF=21;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0580452,0.0392732;STB=0.529144,0.519315;STBP=0.216,0.102;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000940084,0.00224811;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:524:522:66:65:143,311:143,314:0.273946,0.601533:84,176:59,135:21:45:84,178:59,136:21:44 chr20 29652182 . C T 94.58 PASS AF=0.078;AO=38;DP=501;FAO=39;FDP=500;FR=.;FRO=461;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=173;FSRR=288;FWDB=-0.0090464;FXX=0.00793635;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3857;QD=0.756635;RBI=0.0232583;REFB=0.000552986;REVB=0.0214269;RO=450;SAF=14;SAR=24;SRF=165;SRR=285;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00216809;STB=0.509134;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0128991;OID=.;OPOS=29652182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:501:500:450:461:38:39:0.078:24:14:165:285:24:15:173:288 chr20 29652183 . G A 317.08 PASS AF=0.14257;AO=71;DP=488;FAO=71;FDP=498;FR=.;FRO=427;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=161;FSRR=266;FWDB=-0.0494189;FXX=0.00399992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.715;QD=2.54683;RBI=0.0513623;REFB=-0.00686335;REVB=0.0139949;RO=416;SAF=27;SAR=44;SRF=151;SRR=265;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239219;STB=0.502944;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0293681;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:488:498:416:427:71:71:0.14257:44:27:151:265:44:27:161:266 chr20 29652190 . T G 105.91 PASS AF=0.0833333;AO=40;DP=480;FAO=40;FDP=480;FR=.;FRO=440;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=158;FSRR=282;FWDB=-0.0343997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.755;QD=0.882554;RBI=0.0411925;REFB=0.000683784;REVB=0.0226601;RO=433;SAF=15;SAR=25;SRF=152;SRR=281;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305405;STB=0.51567;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00807358;OID=.;OPOS=29652190;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:480:480:433:440:40:40:0.0833333:25:15:152:281:25:15:158:282 chr20 29652191 . C T 4955.92 PASS AF=0.795359;AO=369;DP=467;FAO=377;FDP=474;FR=.;FRO=97;FSAF=137;FSAR=240;FSRF=29;FSRR=68;FWDB=0.0835926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.907;QD=41.8221;RBI=0.0842248;REFB=-0.00139661;REVB=-0.0102997;RO=97;SAF=130;SAR=239;SRF=29;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231335;STB=0.514359;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000618753;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:467:474:97:97:369:377:0.795359:239:130:29:68:240:137:29:68 chr20 29652194 . C T 375.66 PASS AF=0.16318;AO=73;DP=474;FAO=78;FDP=478;FR=.;FRO=400;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=137;FSRR=263;FWDB=0.00119257;FXX=0.00208764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.839;QD=3.14358;RBI=0.00950152;REFB=-0.00094486;REVB=0.00942638;RO=399;SAF=31;SAR=42;SRF=136;SRR=263;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114724;STB=0.559831;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00805555;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:474:478:399:400:73:78:0.16318:42:31:136:263:46:32:137:263 chr20 29652196 . T C 494.15 PASS AF=0.189873;AO=88;DP=470;FAO=90;FDP=474;FR=.;FRO=384;FSAF=27;FSAR=63;FSRF=140;FSRR=244;FWDB=-0.0214586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.425;QD=4.17003;RBI=0.0244536;REFB=-0.00368376;REVB=0.0117265;RO=380;SAF=26;SAR=62;SRF=137;SRR=243;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957306;STB=0.559316;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0175923;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:470:474:380:384:88:90:0.189873:62:26:137:243:63:27:140:244 chr20 29652205 . A G 37.07 PASS AF=0.0539326;AO=24;DP=445;FAO=24;FDP=445;FR=.;FRO=421;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=151;FSRR=270;FWDB=0.00260438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.826;QD=0.333217;RBI=0.00279346;REFB=-0.0022344;REVB=0.00101025;RO=418;SAF=11;SAR=13;SRF=150;SRR=268;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105438;STB=0.596398;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0413521;OID=.;OPOS=29652205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:445:445:418:421:24:24:0.0539326:13:11:150:268:13:11:151:270 chr20 29652219 . G C 34.38 PASS AF=0.0537897;AO=22;DP=411;FAO=22;FDP=409;FR=.;FRO=387;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=134;FSRR=253;FWDB=-0.0577688;FXX=0.00486606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.625;QD=0.336265;RBI=0.0627927;REFB=-0.00217239;REVB=-0.0246106;RO=385;SAF=5;SAR=17;SRF=134;SRR=251;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141295;STB=0.636278;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0408827;OID=.;OPOS=29652219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:411:409:385:387:22:22:0.0537897:17:5:134:251:17:5:134:253 chr20 29652235 . CG CC,GC 3515.84 PASS AF=0.751592,0.101911;AO=235,32;DP=353;FAO=236,32;FDP=314;FR=.;FRO=46;FSAF=70,14;FSAR=166,18;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0145686,-0.00761772;FXX=0.112991;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=88.6333,178.643;QD=44.7878;RBI=0.0171603,0.0165415;REFB=0.0135839,0.0174665;REVB=-0.00906816,0.014683;RO=44;SAF=69,14;SAR=166,18;SRF=13;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.000660434,0.151472;STB=0.50151,0.581347;STBP=0.903,0.26;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00114777,0.0140382;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:314:44:46:235,32:236,32:0.751592,0.101911:166,18:69,14:13:31:166,18:70,14:14:32 chr20 29652254 . G A 378.68 PASS AF=0.215278;AO=62;DP=288;FAO=62;FDP=288;FR=.;FRO=226;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=72;FSRR=154;FWDB=-0.063846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.275;QD=5.25946;RBI=0.0701373;REFB=-0.00153949;REVB=0.0290332;RO=225;SAF=21;SAR=41;SRF=72;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271015;STB=0.517824;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00493534;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:225:226:62:62:0.215278:41:21:72:153:41:21:72:154 chr20 29652260 . C T 41.89 PASS AF=0.0674157;AO=18;DP=267;FAO=18;FDP=267;FR=.;FRO=249;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=82;FSRR=167;FWDB=-0.0434541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5407;QD=0.627517;RBI=0.0477859;REFB=-6.91113e-06;REVB=-0.0198805;RO=249;SAF=8;SAR=10;SRF=82;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133605;STB=0.611284;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00142209;OID=.;OPOS=29652260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:267:267:249:249:18:18:0.0674157:10:8:82:167:10:8:82:167 chr20 29652267 . C G 77.45 PASS AF=0.0974576;AO=23;DP=235;FAO=23;FDP=236;FR=.;FRO=213;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=70;FSRR=143;FWDB=-0.049272;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9879;QD=1.31276;RBI=0.0558741;REFB=0.00332483;REVB=0.0263473;RO=210;SAF=9;SAR=14;SRF=67;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957288;STB=0.560886;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0440719;OID=.;OPOS=29652267;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:235:236:210:213:23:23:0.0974576:14:9:67:143:14:9:70:143 chr20 29965014 . T C 2713.94 PASS AF=1;AO=172;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186713;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3104;QD=62.3895;RBI=0.0430932;REFB=0;REVB=0.0388382;RO=0;SAF=74;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59044e-05;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:172:174:1:98:74:0:0:99:75:0:0 chr20 29978216 . T C 1978.14 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00806479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.884;QD=60.4014;RBI=0.0104809;REFB=0.0150882;REVB=0.00669385;RO=2;SAF=64;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143963;STB=0.507575;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-5.90118e-05;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:2:2:129:129:0.984733:65:64:0:2:65:64:0:2 chr20 30193543 . CCG C,CGG 222.63 PASS AF=0.25463,0;AO=35,30;DP=291;FAO=55,0;FDP=216;FR=.;FRO=161;FSAF=28,0;FSAR=27,0;FSRF=99;FSRR=62;FWDB=-0.0507389,0.0331469;FXX=0.018181;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.2902,17.5388;QD=4.12285;RBI=0.0578875,0.0533085;REFB=-0.0593802,-0.0115133;REVB=-0.0278661,-0.0417502;RO=191;SAF=9,28;SAR=26,2;SRF=112;SRR=79;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.412313,0.54272;STB=0.579097,0.5;STBP=0.17,1;TYPE=del,snp;VARB=0.187829,0;OID=.,.;OPOS=30193544,30193544;OREF=CG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25463,0:35,30:291:55,0:216:161:28,0:27,0:99:62:99:191:9,28:26,2:112:79 chr20 30729625 . G A 803.63 PASS AF=0.378486;AO=94;DP=249;FAO=95;FDP=251;FR=.;FRO=156;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=82;FSRR=74;FWDB=-0.0197359;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.032;QD=12.8068;RBI=0.0224485;REFB=-0.0110659;REVB=-0.0106971;RO=150;SAF=44;SAR=50;SRF=79;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638969;STB=0.538815;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0185808;OID=.;OPOS=30729625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:251:150:156:94:95:0.378486:50:44:79:71:51:44:82:74 chr20 30746248 . T C 4557.81 PASS AF=0.993289;AO=295;DP=298;FAO=296;FDP=298;FR=.;FRO=2;FSAF=167;FSAR=129;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0281316;FXX=0.00996645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1691;QD=61.1787;RBI=0.0484712;REFB=-0.112257;REVB=0.0394724;RO=1;SAF=166;SAR=129;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286444;STB=0.502976;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00080753;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:298:298:1:2:295:296:0.993289:129:166:1:0:129:167:2:0 chr20 30777336 . G T 335.46 PASS AF=0.316176;AO=43;DP=136;FAO=43;FDP=136;FR=.;FRO=93;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.00243309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.112;QD=9.86661;RBI=0.0186053;REFB=-0.00523671;REVB=-0.0184455;RO=93;SAF=13;SAR=30;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163695;STB=0.595682;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0127346;OID=.;OPOS=30777336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:93:93:43:43:0.316176:30:13:40:53:30:13:40:53 chr20 30777800 . T C 3971.08 PASS AF=1;AO=254;DP=256;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166381;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.853;QD=61.0935;RBI=0.0336482;REFB=-0.030788;REVB=0.0292468;RO=0;SAF=125;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139182;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:256:260:0:0:254:260:1:129:125:0:0:133:127:0:0 chr20 30777860 . A G 2769.9 PASS AF=1;AO=171;DP=173;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189028;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4825;QD=61.8971;RBI=0.02065;REFB=0;REVB=-0.00831308;RO=0;SAF=88;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572137;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:179:0:0:171:179:1:83:88:0:0:86:93:0:0 chr20 30795819 . T C 6740.45 PASS AF=0.995327;AO=323;DP=430;FAO=426;FDP=428;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=358;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628561;FXX=0.00465105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.92;QD=62.9948;RBI=0.0734546;REFB=0;REVB=0.038009;RO=0;SAF=256;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.91391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160446;OID=.;OPOS=30795819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:430:428:0:0:323:426:0.995327:67:256:0:0:68:358:0:0 chr20 30922398 . C T 945.5 PASS AF=0.666667;AO=82;DP=123;FAO=82;FDP=123;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00714532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.343;QD=30.7479;RBI=0.0140302;REFB=-0.0246336;REVB=0.0120744;RO=41;SAF=33;SAR=49;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144359;STB=0.577834;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0156125;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:41:41:82:82:0.666667:49:33:26:15:49:33:26:15 chr20 31022959 . T C 2820.14 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217381;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.303;QD=62.6697;RBI=0.0633482;REFB=0;REVB=0.0595017;RO=0;SAF=91;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16002e-05;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:180:0:0:178:180:1:87:91:0:0:88:92:0:0 chr20 31023500 . C T 538.52 PASS AF=0.395973;AO=58;DP=149;FAO=59;FDP=149;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=59;FWDB=0.0115259;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.645;QD=14.457;RBI=0.0213383;REFB=0.000110349;REVB=0.0179576;RO=90;SAF=30;SAR=28;SRF=31;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185635;STB=0.598743;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-9.76662e-05;OID=.;OPOS=31023500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:90:90:58:59:0.395973:28:30:31:59:29:30:31:59 chr20 31024034 . G A 615.8 PASS AF=0.404624;AO=70;DP=173;FAO=70;FDP=173;FR=.;FRO=103;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.0085397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.076;QD=14.2381;RBI=0.0186518;REFB=-0.00452683;REVB=-0.016582;RO=102;SAF=29;SAR=41;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812134;STB=0.548756;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00544572;OID=.;OPOS=31024034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:102:103:70:70:0.404624:41:29:50:52:41:29:51:52 chr20 31024207 . C T 341.55 PASS AF=0.352459;AO=42;DP=120;FAO=43;FDP=122;FR=.;FRO=79;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.000747579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2881;QD=11.1984;RBI=0.0368158;REFB=-0.00704187;REVB=0.0368082;RO=78;SAF=17;SAR=25;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801587;STB=0.540939;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0173076;OID=.;OPOS=31024207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:78:79:42:43:0.352459:25:17:37:41:25:18:38:41 chr20 31024274 . T C 519.99 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00923785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.505;QD=23.1108;RBI=0.0152799;REFB=0.00469487;REVB=0.0121712;RO=41;SAF=21;SAR=28;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293154;STB=0.516122;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00234249;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:28:21:19:22:28:21:19:22 chr20 31025163 . A G 553.21 PASS AF=0.566667;AO=50;DP=90;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00756788;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.204;QD=24.5871;RBI=0.0076167;REFB=-0.00599668;REVB=-0.000861019;RO=37;SAF=25;SAR=25;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314862;STB=0.523551;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00735231;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:39:50:51:0.566667:25:25:20:17:25:26:22:17 chr20 31025535 . A G 1467.24 PASS AF=0.568702;AO=132;DP=259;FAO=149;FDP=262;FR=.;FRO=113;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=0.00107176;FXX=0.087105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.507;QD=22.4005;RBI=0.00490051;REFB=-0.00140236;REVB=-0.00478187;RO=77;SAF=76;SAR=56;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301227;STB=0.510066;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00283758;OID=.;OPOS=31025535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:262:77:113:132:149:0.568702:56:76:41:36:73:76:55:58 chr20 31035129 . A G 426.27 PASS AF=0.404959;AO=48;DP=120;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.00158607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.541;QD=14.0914;RBI=0.0105899;REFB=-0.00656554;REVB=-0.0104704;RO=70;SAF=22;SAR=26;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108508;STB=0.565162;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0072913;OID=.;OPOS=31035129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:70:72:48:49:0.404959:26:22:25:45:26:23:26:46 chr20 31041555 . AG GA 35.37 PASS AF=0.09;AO=12;DP=101;FAO=9;FDP=100;FR=.;FRO=91;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=0.000445499;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.665;QD=1.41493;RBI=0.0362976;REFB=-0.000272469;REVB=-0.0362949;RO=67;SAF=3;SAR=9;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117245;STB=0.823671;STBP=0.067;TYPE=mnp;VARB=0.0276128;OID=.;OPOS=31041555;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:101:100:67:91:12:9:0.09:9:3:22:45:8:1:36:55 chr20 31292312 . A G 41.44 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0309317;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=106.708;QD=4.87566;RBI=0.0470202;REFB=-0.0317661;REVB=-0.0354137;RO=27;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505336;STB=0.820152;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.100009;OID=.;OPOS=31292312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:34:34:27:27:7:7:0.205882:2:5:7:20:2:5:7:20 chr20 31386347 . T C 2286.9 PASS AF=0.979866;AO=146;DP=149;FAO=146;FDP=149;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=85;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0343705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.408;QD=61.3934;RBI=0.0362427;REFB=-0.0140168;REVB=0.0114979;RO=3;SAF=61;SAR=85;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228103;STB=0.511998;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-2.75244e-05;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:149:149:3:3:146:146:0.979866:85:61:3:0:85:61:3:0 chr20 31386449 . T C 110.18 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424047;FXX=0.166528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.49;QD=44.0708;RBI=0.00826475;REFB=0;REVB=0.00709398;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209224;OID=.;OPOS=31386449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr20 31388636 . T C 3224.99 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.192;QD=61.4283;RBI=0.0527075;REFB=-0.0584995;REVB=0.0162582;RO=1;SAF=103;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55626e-05;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:210:210:1:0:209:210:1:106:103:1:0:106:104:0:0 chr20 31427635 . C T 3854.7 PASS AF=1;AO=248;DP=250;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143184;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2898;QD=61.9229;RBI=0.0213979;REFB=-0.0590771;REVB=0.0159014;RO=0;SAF=119;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.52677e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167565;OID=.;OPOS=31427635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:250:249:0:0:248:249:1:129:119:0:0:130:119:0:0 chr20 31436747 . C T 858.0 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00664859;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.617;QD=56.2621;RBI=0.00883874;REFB=-0.0853514;REVB=-0.00582406;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136794;STB=0.507244;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000142263;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:60:60:0.983607:34:26:0:1:34:26:0:1 chr20 31584178 . G A 1691.52 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.532;QD=60.4114;RBI=0.0410121;REFB=0;REVB=0.00716738;RO=0;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62352e-05;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:110:112:1:63:47:0:0:64:48:0:0 chr20 31587752 . G C 1086.1 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.021;QD=59.5126;RBI=0.0188154;REFB=0;REVB=-0.00306666;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112566;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:70:73:1:29:41:0:0:32:41:0:0 chr20 31587793 . A G 1543.88 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9886;QD=62.3788;RBI=0.0706402;REFB=0;REVB=-0.0669056;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717916;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:99:0:0:95:99:1:51:44:0:0:52:47:0:0 chr20 31622083 . G A 3621.62 PASS AF=1;AO=228;DP=234;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000610655;FXX=0.01282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.106;QD=62.712;RBI=0.0235429;REFB=-0.0441461;REVB=-0.0235349;RO=0;SAF=77;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010553;OID=.;OPOS=31622083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:231:0:0:228:231:1:151:77:0:0:151:80:0:0 chr20 31627291 . A G 3173.21 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.61;QD=61.6157;RBI=0.0323342;REFB=0;REVB=0.000833024;RO=0;SAF=77;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43345e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27474e-05;OID=.;OPOS=31627291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:201:206:0:0:201:206:1:124:77:0:0:126:80:0:0 chr20 31652292 . G A 3979.84 PASS AF=1;AO=251;DP=256;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06839;FXX=0.0114938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2874;QD=61.703;RBI=0.07339;REFB=-0.0514688;REVB=0.0266254;RO=2;SAF=128;SAR=123;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0076871;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606773;OID=.;OPOS=31652292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:256:258:2:0:251:258:1:123:128:0:2:125:133:0:0 chr20 31656632 . C G 7065.5 PASS AF=1;AO=451;DP=453;FAO=452;FDP=452;FR=.;FRO=0;FSAF=233;FSAR=219;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797476;FXX=0.00220746;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.573;QD=62.5265;RBI=0.0262639;REFB=-0.0596007;REVB=0.0250239;RO=2;SAF=233;SAR=218;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435918;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36677e-05;OID=.;OPOS=31656632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:453:452:2:0:451:452:1:218:233:0:2:219:233:0:0 chr20 31673846 . A G 4050.85 PASS AF=1;AO=256;DP=256;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303552;FXX=0.00380214;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.325;QD=61.8451;RBI=0.032921;REFB=0;REVB=0.0127418;RO=0;SAF=103;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306285;OID=.;OPOS=31673846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:256:262:0:0:256:262:1:153:103:0:0:155:107:0:0 chr20 31676804 . A C 2896.51 PASS AF=0.984127;AO=186;DP=190;FAO=186;FDP=189;FR=.;FRO=3;FSAF=92;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0167483;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5136;QD=61.3018;RBI=0.0475672;REFB=-0.0150994;REVB=-0.0445212;RO=4;SAF=92;SAR=94;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000215415;STB=0.502731;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000605505;OID=.;OPOS=31676804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:190:189:4:3:186:186:0.984127:94:92:2:2:94:92:2:1 chr20 31812923 . G A 4264.13 PASS AF=1;AO=271;DP=272;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383941;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.56;QD=62.9392;RBI=0.0388902;REFB=0;REVB=-0.00619215;RO=0;SAF=134;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97272e-05;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:272:271:0:0:271:271:1:137:134:0:0:137:134:0:0 chr20 31897554 . G C 1396.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.179;QD=62.7606;RBI=0.016551;REFB=0;REVB=0.0150221;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62877e-05;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:47:42:0:0:47:42:0:0 chr20 31981849 . T C 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0145635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.179;QD=10.8325;RBI=0.0151185;REFB=-0.0173333;REVB=0.00405883;RO=41;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198736;STB=0.615283;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0274665;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:10:12:15:26:10:12:15:26 chr20 32212690 . C T 1604.43 PASS AF=0.520408;AO=152;DP=298;FAO=153;FDP=294;FR=.;FRO=141;FSAF=69;FSAR=84;FSRF=59;FSRR=82;FWDB=0.00272114;FXX=0.0199993;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.066;QD=21.829;RBI=0.00581478;REFB=-0.0089837;REVB=-0.00513878;RO=127;SAF=69;SAR=83;SRF=54;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243098;STB=0.515804;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0069856;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:294:127:141:152:153:0.520408:83:69:54:73:84:69:59:82 chr20 32224505 . A G 60.53 PASS AF=0.105263;AO=19;DP=170;FAO=18;FDP=171;FR=.,HEALED;FRO=153;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=76;FWDB=-0.197325;FXX=0.01156;HRUN=7;LEN=1;MLLD=20.6911;QD=1.41591;RBI=0.198396;REFB=-0.0120545;REVB=0.0205845;RO=86;SAF=5;SAR=14;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142824;STB=0.705261;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.126592;OID=.;OPOS=32224505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:170:171:86:153:19:18:0.105263:14:5:31:55:13:5:77:76 chr20 32248163 . C T 3630.12 PASS AF=1;AO=230;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00264754;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.064;QD=62.8593;RBI=0.00430411;REFB=0.0534172;REVB=0.0033935;RO=1;SAF=102;SAR=128;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464907;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95202e-07;OID=.;OPOS=32248163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:231:231:1:0:230:231:1:128:102:1:0:129:102:0:0 chr20 32295541 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00795393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.422;QD=57.0003;RBI=0.0303693;REFB=0;REVB=0.0293092;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28693e-05;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:30:24:0:0 chr20 32319801 . T TGTG 624.19 PASS AF=0.322709;AO=78;DP=252;FAO=81;FDP=251;FR=.;FRO=170;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=79;FSRR=91;FWDB=-0.0544422;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=3;MLLD=206.311;QD=9.94732;RBI=0.05584;REFB=-0.0145922;REVB=-0.0124158;RO=166;SAF=41;SAR=37;SRF=79;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586693;STB=0.54472;STBP=0.326;TYPE=ins;VARB=0.0271258;OID=.;OPOS=32319802;OREF=-;OALT=GTG;OMAPALT=TGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322709:78:252:81:251:170:43:38:79:91:99:166:41:37:79:87 chr20 32340988 . A G 559.74 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0148648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.326;QD=23.3223;RBI=0.0194197;REFB=0.00323118;REVB=-0.0124966;RO=44;SAF=32;SAR=20;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214263;STB=0.51178;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00266224;OID=.;OPOS=32340988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:44:52:52:0.541667:20:32:26:18:20:32:26:18 chr20 32379263 . T C 2134.18 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066309;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.049;QD=61.4151;RBI=0.0773949;REFB=0;REVB=0.0771104;RO=0;SAF=68;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000834341;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:139:0:0:132:139:1:64:68:0:0:70:69:0:0 chr20 32664863 . GC AG,GCCAG 2043.45 PASS AF=0.0507246,0.927536;AO=9,117;DP=250;FAO=7,128;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=7,74;FSAR=0,54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0262275,0.0514802;FXX=0.295903;HRUN=1,2;LEN=2,3;MLLD=54.6312,163.536;QD=59.2304;RBI=0.0540874,0.0516498;REFB=0.0106482,-0.0639042;REVB=-0.047303,0.00418212;RO=118;SAF=9,67;SAR=0,50;SRF=65;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.539672,0.0202941;STB=0.997382,0.502079;STBP=0.146,0.805;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0131547,0.00305467;OID=.,.;OPOS=32664863,32664865;OREF=GC,-;OALT=AG,CAG;OMAPALT=AG,GCCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:250:138:118:3:9,117:7,128:0.0507246,0.927536:0,50:9,67:65:53:0,54:7,74:2:1 chr20 32664866 . G A 864.8 PASS AF=0.396;AO=100;DP=252;FAO=99;FDP=250;FR=.;FRO=151;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=91;FSRR=60;FWDB=0.0220992;FXX=0.00793619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.115;QD=13.8368;RBI=0.0273446;REFB=-0.0187711;REVB=0.0161044;RO=148;SAF=51;SAR=49;SRF=88;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904127;STB=0.559014;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0201261;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:250:148:151:100:99:0.396:49:51:88:60:49:50:91:60 chr20 32664880 . T C 205.22 PASS AF=0.174888;AO=39;DP=222;FAO=39;FDP=223;FR=.;FRO=184;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=117;FSRR=67;FWDB=-0.00611731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8611;QD=3.68108;RBI=0.00651904;REFB=-0.00916609;REVB=-0.0022531;RO=183;SAF=13;SAR=26;SRF=117;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379721;STB=0.736432;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0230222;OID=.;OPOS=32664880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:183:184:39:39:0.174888:26:13:117:66:26:13:117:67 chr20 32972053 . TGCA T 587.89 PASS AF=0.952381;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000332918;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=295.928;QD=55.9892;RBI=0.0111746;REFB=-0.032691;REVB=0.0111696;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.502403;STBP=0.884;TYPE=del;VARB=0.00111767;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:38:40:40:42:2:22:18:1:1:9:0:21:17:0:0 chr20 33000354 . T C 1479.13 PASS AF=0.615741;AO=133;DP=217;FAO=133;FDP=216;FR=.;FRO=83;FSAF=54;FSAR=79;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0584115;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9196;QD=27.3913;RBI=0.0837628;REFB=-0.0155008;REVB=0.0600359;RO=83;SAF=54;SAR=79;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267136;STB=0.501442;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0126292;OID=.;OPOS=33000354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:83:83:133:133:0.615741:79:54:34:49:79:54:34:49 chr20 33098083 . G A 183.92 PASS AF=0.214286;AO=29;DP=142;FAO=30;FDP=140;FR=.;FRO=110;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=-0.00179625;FXX=0.0209776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.152;QD=5.25493;RBI=0.011487;REFB=-0.00290377;REVB=-0.0113456;RO=113;SAF=12;SAR=17;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712172;STB=0.516881;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0105535;OID=.;OPOS=33098083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:113:110:29:30:0.214286:17:12:53:60:17:13:50:60 chr20 33104592 . G C 1523.32 PASS AF=0.569721;AO=143;DP=251;FAO=143;FDP=251;FR=.;FRO=108;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=-0.00945762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7585;QD=24.276;RBI=0.0379599;REFB=0.00859279;REVB=0.0367628;RO=108;SAF=58;SAR=85;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166527;STB=0.509039;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00918572;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:108:108:143:143:0.569721:85:58:46:62:85:58:46:62 chr20 33337751 . T C 561.38 PASS AF=0.381503;AO=66;DP=173;FAO=66;FDP=173;FR=.;FRO=107;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=0.00613573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.0203;QD=12.9798;RBI=0.0347943;REFB=-0.0105471;REVB=0.034249;RO=107;SAF=37;SAR=29;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615081;STB=0.534803;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00900186;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:107:107:66:66:0.381503:29:37:54:53:29:37:54:53 chr20 33462951 . G T 1087.99 PASS AF=0.622642;AO=99;DP=159;FAO=99;FDP=159;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=61;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0323668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9546;QD=27.3707;RBI=0.051939;REFB=-0.0301509;REVB=-0.0406208;RO=60;SAF=38;SAR=61;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361658;STB=0.51956;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0212419;OID=.;OPOS=33462951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:60:60:99:99:0.622642:61:38:26:34:61:38:26:34 chr20 33470694 . C T 1378.57 PASS AF=0.587156;AO=126;DP=216;FAO=128;FDP=218;FR=.;FRO=90;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=54;FSRR=36;FWDB=-0.0237545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.945;QD=25.2948;RBI=0.0244183;REFB=0.00798373;REVB=-0.00565456;RO=90;SAF=61;SAR=65;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889036;STB=0.544452;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0043075;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:218:90:90:126:128:0.587156:65:61:54:36:65:63:54:36 chr20 33513579 . A AG 224.87 PASS AF=0.523256;AO=41;DP=99;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0288609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.8896;QD=10.4591;RBI=0.0369288;REFB=-0.0619556;REVB=0.0230387;RO=57;SAF=19;SAR=22;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106333;STB=0.532453;STBP=0.588;TYPE=ins;VARB=0.0478822;OID=.;OPOS=33513580;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.523256:41:99:45:86:41:20:25:21:20:99:57:19:22:27:30 chr20 33565480 . C T 369.29 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00478938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.7;QD=25.0365;RBI=0.0104284;REFB=-0.0316712;REVB=0.00926359;RO=23;SAF=9;SAR=27;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879178;STB=0.548359;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0200061;OID=.;OPOS=33565480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:27:9:8:15:27:9:8:15 chr20 33572941 . A G 375.19 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00993423;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.349;QD=15.314;RBI=0.0208645;REFB=-0.00535669;REVB=-0.0183478;RO=50;SAF=21;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247717;STB=0.505627;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00890731;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:50:58:40:40:0.408163:19:21:25:25:19:21:31:27 chr20 33578899 . T C 840.71 PASS AF=0.34;AO=102;DP=299;FAO=102;FDP=300;FR=.;FRO=198;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=99;FSRR=99;FWDB=-0.00475086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.468;QD=11.2095;RBI=0.00689281;REFB=0.000135413;REVB=-0.00499402;RO=197;SAF=48;SAR=54;SRF=99;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369219;STB=0.519431;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.000273036;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:300:197:198:102:102:0.34:54:48:99:98:54:48:99:99 chr20 33581955 . G A 834.0 PASS AF=0.37037;AO=99;DP=271;FAO=100;FDP=270;FR=.;FRO=170;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=84;FSRR=86;FWDB=-0.00350208;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.211;QD=12.3555;RBI=0.0175054;REFB=-0.00236692;REVB=-0.0171515;RO=168;SAF=52;SAR=47;SRF=84;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281253;STB=0.516298;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00313518;OID=.;OPOS=33581955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:168:170:99:100:0.37037:47:52:84:84:48:52:84:86 chr20 33583331 . A G 1472.37 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4509;QD=63.3275;RBI=0.0745708;REFB=0;REVB=-0.068887;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000629039;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr20 33584289 . C T 473.3 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00223213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.363;QD=14.7905;RBI=0.00929168;REFB=-0.00876956;REVB=0.00901958;RO=75;SAF=29;SAR=24;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014516;STB=0.508164;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0123669;OID=.;OPOS=33584289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:75:53:53:0.414062:24:29:40:35:24:29:40:35 chr20 33586120 . G A 1133.31 PASS AF=0.62963;AO=102;DP=162;FAO=102;FDP=162;FR=.;FRO=60;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00197605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.307;QD=27.983;RBI=0.00205929;REFB=0.00697609;REVB=-0.000579565;RO=60;SAF=46;SAR=56;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108478;STB=0.505858;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.0045148;OID=.;OPOS=33586120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:60:60:102:102:0.62963:56:46:28:32:56:46:28:32 chr20 33657126 . G A 272.53 PASS AF=0.279412;AO=37;DP=133;FAO=38;FDP=136;FR=.;FRO=98;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=60;FSRR=38;FWDB=-0.106001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2909;QD=8.01564;RBI=0.106112;REFB=-0.0112125;REVB=-0.00486202;RO=96;SAF=14;SAR=23;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270661;STB=0.653331;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0193187;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:96:98:37:38:0.279412:23:14:58:38:23:15:60:38 chr20 33867754 . G C 352.49 PASS AF=0.480519;AO=32;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.00121172;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.4;QD=18.3113;RBI=0.0155987;REFB=-0.0122624;REVB=0.0155515;RO=31;SAF=25;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157106;STB=0.51922;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0155718;OID=.;OPOS=33867754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:40:32:37:0.480519:7:25:20:11:10:27:28:12 chr20 33969530 . C T 183.08 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0544909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.4296;QD=7.96017;RBI=0.0569539;REFB=-0.00301265;REVB=0.0165675;RO=66;SAF=9;SAR=16;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190421;STB=0.6093;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00796257;OID=.;OPOS=33969530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:66:67:25:25:0.271739:16:9:34:32:16:9:34:33 chr20 33971914 . C T 460.66 PASS AF=0.354037;AO=57;DP=161;FAO=57;FDP=161;FR=.;FRO=104;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=0.0491513;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.24;QD=11.445;RBI=0.0522657;REFB=0.018785;REVB=-0.0177723;RO=102;SAF=26;SAR=31;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525878;STB=0.509753;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0460059;OID=.;OPOS=33971914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:102:104:57:57:0.354037:31:26:47:55:31:26:49:55 chr20 34062642 . C T 748.76 PASS AF=0.533333;AO=66;DP=133;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00689055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.658;QD=22.1855;RBI=0.0314812;REFB=-0.00507853;REVB=-0.0307178;RO=60;SAF=31;SAR=35;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118494;STB=0.507485;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00390927;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:60:63:66:72:0.533333:35:31:29:31:40:32:29:34 chr20 34090519 . G A 843.3 PASS AF=0.565217;AO=76;DP=135;FAO=78;FDP=138;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0365581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.705;QD=24.4436;RBI=0.039487;REFB=-0.00508347;REVB=-0.0149241;RO=57;SAF=31;SAR=45;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094473;STB=0.555541;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0055639;OID=.;OPOS=34090519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:57:60:76:78:0.565217:45:31:30:27:45:33:33:27 chr20 34116282 . T C 573.04 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0289154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.711;QD=22.6947;RBI=0.0367785;REFB=-0.0110545;REVB=-0.0227279;RO=45;SAF=32;SAR=24;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131392;STB=0.507202;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00598049;OID=.;OPOS=34116282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:45:56:56:0.554455:24:32:25:20:24:32:25:20 chr20 34131396 . C T 1027.6 PASS AF=0.535135;AO=98;DP=185;FAO=99;FDP=185;FR=.;FRO=86;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=23;FSRR=63;FWDB=-0.0260645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.545;QD=22.2183;RBI=0.0260714;REFB=-0.0137951;REVB=-0.000600019;RO=86;SAF=46;SAR=52;SRF=23;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176009;STB=0.597549;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0134723;OID=.;OPOS=34131396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:86:86:98:99:0.535135:52:46:23:63:52:47:23:63 chr20 34144107 . T C 2118.72 PASS AF=0.948387;AO=147;DP=155;FAO=147;FDP=155;FR=.;FRO=8;FSAF=56;FSAR=91;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0589374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.257;QD=54.6767;RBI=0.0591522;REFB=-0.146698;REVB=0.00503674;RO=1;SAF=56;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519806;STB=0.507189;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000754143;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:155:155:1:8:147:147:0.948387:91:56:0:1:91:56:2:6 chr20 34147998 . A G 3074.16 PASS AF=0.621247;AO=261;DP=425;FAO=269;FDP=433;FR=.;FRO=164;FSAF=129;FSAR=140;FSRF=70;FSRR=94;FWDB=0.030764;FXX=0.00230409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.423;QD=28.3987;RBI=0.0329387;REFB=-0.0228394;REVB=-0.0117698;RO=162;SAF=125;SAR=136;SRF=70;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334262;STB=0.520034;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.013434;OID=.;OPOS=34147998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:433:162:164:261:269:0.621247:136:125:70:92:140:129:70:94 chr20 34152782 . C T 984.52 PASS AF=0.605263;AO=91;DP=151;FAO=92;FDP=152;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00999076;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.083;QD=25.9084;RBI=0.0253551;REFB=0.00604265;REVB=-0.0233038;RO=56;SAF=42;SAR=49;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107096;STB=0.502595;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.00292407;OID=.;OPOS=34152782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:56:60:91:92:0.605263:49:42:25:31:50:42:27:33 chr20 34164422 . T C 3557.42 PASS AF=0.991304;AO=227;DP=229;FAO=228;FDP=230;FR=.;FRO=2;FSAF=108;FSAR=120;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00135042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4808;QD=61.8682;RBI=0.0128015;REFB=-0.0441902;REVB=-0.0127301;RO=2;SAF=107;SAR=120;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000478125;STB=0.500229;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00168573;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:229:230:2:2:227:228:0.991304:120:107:1:1:120:108:1:1 chr20 34167382 . G A 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0337888;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.44;QD=24.085;RBI=0.0368784;REFB=-0.0170403;REVB=-0.0147762;RO=23;SAF=17;SAR=17;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208365;STB=0.613971;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0100906;OID=.;OPOS=34167382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:17:17:5:18:17:17:5:18 chr20 34170035 . C G 1235.57 PASS AF=0.920792;AO=91;DP=103;FAO=93;FDP=101;FR=.;FRO=8;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00674701;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.325;QD=48.9333;RBI=0.031537;REFB=-0.179159;REVB=0.0308068;RO=3;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299103;STB=0.519382;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00364123;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:103:101:3:8:91:93:0.920792:46:45:0:3:47:46:2:6 chr20 34170316 . C A 2091.01 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0083465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.589;QD=61.0514;RBI=0.0293945;REFB=-0.00116043;REVB=0.0281846;RO=1;SAF=64;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736987;STB=0.500379;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=1.55632e-05;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:1:2:135:135:0.985401:71:64:1:0:71:64:1:1 chr20 34173046 . C T 359.95 PASS AF=0.284091;AO=50;DP=176;FAO=50;FDP=176;FR=.;FRO=126;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=64;FSRR=62;FWDB=-0.0243701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.665;QD=8.18061;RBI=0.0420971;REFB=-0.016985;REVB=-0.0343258;RO=121;SAF=22;SAR=28;SRF=59;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057826;STB=0.54875;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0407046;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:121:126:50:50:0.284091:28:22:59:62:28:22:64:62 chr20 34173178 . A G 455.93 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.00122228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.91;QD=15.3254;RBI=0.025906;REFB=-0.00435411;REVB=-0.0258772;RO=63;SAF=26;SAR=25;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645998;STB=0.522389;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00501195;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:68:51:51:0.428571:25:26:28:35:25:26:32:36 chr20 34179907 . C T 4514.75 PASS AF=0.983333;AO=296;DP=301;FAO=295;FDP=300;FR=.;FRO=5;FSAF=149;FSAR=146;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0660097;FXX=0.00332215;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8781;QD=60.1967;RBI=0.0668275;REFB=-0.0118303;REVB=-0.0104228;RO=0;SAF=150;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501751;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.000322087;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:301:300:0:5:296:295:0.983333:146:150:0:0:146:149:2:3 chr20 34183479 . C T 1321.18 PASS AF=0.571429;AO=97;DP=214;FAO=124;FDP=217;FR=.;FRO=93;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=0.0425606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3738;QD=24.3536;RBI=0.0539496;REFB=-0.0322745;REVB=-0.0331536;RO=78;SAF=67;SAR=30;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465557;STB=0.508127;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0307347;OID=.;OPOS=34183479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:217:78:93:97:124:0.571429:30:67:50:28:57:67:52:41 chr20 34186953 . T C 1155.18 PASS AF=0.55102;AO=108;DP=196;FAO=108;FDP=196;FR=.;FRO=88;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.0261489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6617;QD=23.5752;RBI=0.0414912;REFB=-0.0158953;REVB=-0.0322142;RO=88;SAF=48;SAR=60;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272847;STB=0.514871;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0156482;OID=.;OPOS=34186953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:88:88:108:108:0.55102:60:48:42:46:60:48:42:46 chr20 34187552 . C T 684.28 PASS AF=0.589286;AO=65;DP=113;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0354466;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4233;QD=24.4387;RBI=0.10938;REFB=-0.014198;REVB=0.103477;RO=45;SAF=30;SAR=35;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129297;STB=0.500818;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00648088;OID=.;OPOS=34187552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:45:46:65:66:0.589286:35:30:20:25:36:30:21:25 chr20 34187697 . A G 667.5 PASS AF=0.555556;AO=65;DP=117;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.0142132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.593;QD=22.8204;RBI=0.0627794;REFB=-0.0179388;REVB=-0.0611493;RO=51;SAF=22;SAR=43;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587221;STB=0.525209;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0126001;OID=.;OPOS=34187697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:51:52:65:65:0.555556:43:22:14:37:43:22:15:37 chr20 34187728 . T G 724.86 PASS AF=0.584746;AO=61;DP=112;FAO=69;FDP=118;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.00154248;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.559;QD=24.5714;RBI=0.0311581;REFB=-0.0120728;REVB=0.0311199;RO=44;SAF=22;SAR=39;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357786;STB=0.512817;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00829548;OID=.;OPOS=34187728;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:118:44:49:61:69:0.584746:39:22:14:30:46:23:15:34 chr20 34190077 . G A 3852.38 PASS AF=0.623836;AO=336;DP=538;FAO=335;FDP=537;FR=.;FRO=202;FSAF=139;FSAR=196;FSRF=97;FSRR=105;FWDB=0.0050053;FXX=0.0018587;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.025;QD=28.6955;RBI=0.00641736;REFB=-0.0119143;REVB=0.00401616;RO=199;SAF=139;SAR=197;SRF=96;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485621;STB=0.525068;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00684005;OID=.;OPOS=34190077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:538:537:199:202:336:335:0.623836:197:139:96:103:196:139:97:105 chr20 34190970 . C T 1967.06 PASS AF=0.622302;AO=173;DP=278;FAO=173;FDP=278;FR=.;FRO=105;FSAF=92;FSAR=81;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=-0.00018443;FXX=0.0035841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0802;QD=28.303;RBI=0.0407829;REFB=-0.025912;REVB=0.0407825;RO=104;SAF=92;SAR=81;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222096;STB=0.513836;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0194215;OID=.;OPOS=34190970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:104:105:173:173:0.622302:81:92:52:52:81:92:52:53 chr20 34194054 . T C 1857.41 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=122;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00939555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9005;QD=59.9165;RBI=0.0381991;REFB=0.0158875;REVB=-0.0370256;RO=1;SAF=61;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772408;STB=0.504064;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000472671;OID=.;OPOS=34194054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:124:1:1:121:123:0.991935:60:61:1:0:62:61:1:0 chr20 34194243 . A G 1181.17 PASS AF=0.684211;AO=76;DP=150;FAO=104;FDP=152;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=36;FSAR=68;FSRF=7;FSRR=41;FWDB=0.145986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3042;QD=31.0835;RBI=0.171118;REFB=-0.0745329;REVB=0.0892716;RO=45;SAF=21;SAR=55;SRF=6;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131314;STB=0.573001;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0367707;OID=.;OPOS=34194243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:45:48:76:104:0.684211:55:21:6:39:68:36:7:41 chr20 34215234 . C A,CA 509.02 PASS AF=0.016129,0.612903;AO=5,57;DP=125;FAO=2,76;FDP=124;FR=.;FRO=46;FSAF=2,32;FSAR=0,44;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00978589,0.0654694;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=226.157,12.9121;QD=16.42;RBI=0.0240267,0.128095;REFB=-0.00374339,0.0574255;REVB=-0.0219436,0.1101;RO=59;SAF=1,27;SAR=4,30;SRF=27;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.286845,0.0148134;STB=0.995043,0.521963;STBP=0.182,0.564;TYPE=snp,ins;VARB=0.0960588,-0.0053968;OID=.,.;OPOS=34215234,34215235;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:125:124:59:46:5,57:2,76:0.016129,0.612903:4,30:1,27:27:32:0,44:2,32:22:24 chr20 34218673 . G C 747.74 PASS AF=0.516556;AO=72;DP=145;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.000530712;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=98.5588;QD=19.8075;RBI=0.0408179;REFB=-0.00524275;REVB=0.0408144;RO=73;SAF=25;SAR=47;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226103;STB=0.519603;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00847586;OID=.;OPOS=34218673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:151:73:73:72:78:0.516556:47:25:27:46:52:26:27:46 chr20 34219496 . T C 833.8 PASS AF=0.574627;AO=76;DP=134;FAO=77;FDP=134;FR=.;FRO=57;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0109768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.96;QD=24.8894;RBI=0.0155492;REFB=-0.0126642;REVB=0.011013;RO=57;SAF=45;SAR=31;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135352;STB=0.575655;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00932041;OID=.;OPOS=34219496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:57:57:76:77:0.574627:31:45:24:33:31:46:24:33 chr20 34242660 . C T 193.13 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0141826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.491;QD=12.0706;RBI=0.0221236;REFB=-0.00840748;REVB=-0.0169796;RO=40;SAF=19;SAR=5;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167648;STB=0.597813;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0165005;OID=.;OPOS=34242660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:5:19:27:13:5:19:27:13 chr20 34243017 . C T 1659.35 PASS AF=0.592742;AO=143;DP=245;FAO=147;FDP=248;FR=.;FRO=101;FSAF=77;FSAR=70;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.00197748;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.973;QD=26.7637;RBI=0.00927427;REFB=-0.0141193;REVB=0.009061;RO=99;SAF=74;SAR=69;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940304;STB=0.507691;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00893002;OID=.;OPOS=34243017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:248:99:101:143:147:0.592742:69:74:50:49:70:77:51:50 chr20 34324456 . A T 669.5 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=129;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0146359;FXX=0.0155027;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.3305;QD=21.0867;RBI=0.0169154;REFB=-0.022153;REVB=0.0084807;RO=61;SAF=36;SAR=30;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00393602;STB=0.502164;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0235996;OID=.;OPOS=34324456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:61:61:66:66:0.519685:30:36:33:28:30:36:33:28 chr20 34324484 . A C 771.3 PASS AF=0.540741;AO=72;DP=134;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00207055;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.532;QD=22.8534;RBI=0.0161192;REFB=-0.000647031;REVB=0.0159856;RO=61;SAF=45;SAR=27;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059363;STB=0.532535;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00060969;OID=.;OPOS=34324484;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:61:62:72:73:0.540741:27:45:34:27:28:45:34:28 chr20 34357783 . AATTTT A 62.5 PASS AF=0.314286;AO=8;DP=28;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0163634;FXX=0.166627;HRUN=2;LEN=5;MLLD=173.193;QD=7.14325;RBI=0.0473747;REFB=-0.0216467;REVB=0.044459;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.554817;STBP=0.701;TYPE=del;VARB=0.0362961;OID=.;OPOS=34357784;OREF=ATTTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:8:28:11:35:24:4:7:7:17:62:6:3:5:2:4 chr20 34502107 . G A 572.46 PASS AF=0.64557;AO=47;DP=77;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.0637153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6245;QD=28.9851;RBI=0.0643848;REFB=-0.00274235;REVB=0.00926101;RO=28;SAF=22;SAR=25;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152095;STB=0.579156;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00162607;OID=.;OPOS=34502107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:28:28:47:51:0.64557:25:22:7:21:27:24:7:21 chr20 34505413 . T G 758.22 PASS AF=0.377682;AO=88;DP=234;FAO=88;FDP=233;FR=.;FRO=145;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=61;FSRR=84;FWDB=0.0180518;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.819;QD=13.0166;RBI=0.0230987;REFB=-0.0157044;REVB=0.0144113;RO=144;SAF=44;SAR=44;SRF=61;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840676;STB=0.549345;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0234336;OID=.;OPOS=34505413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:144:145:88:88:0.377682:44:44:61:83:44:44:61:84 chr20 34542365 . C G 4070.79 PASS AF=0.611864;AO=358;DP=588;FAO=361;FDP=590;FR=.;FRO=229;FSAF=154;FSAR=207;FSRF=77;FSRR=152;FWDB=0.00712766;FXX=0.0199332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.55;QD=27.5986;RBI=0.0108101;REFB=-0.00326016;REVB=0.00812746;RO=197;SAF=154;SAR=204;SRF=76;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300998;STB=0.536219;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00293624;OID=.;OPOS=34542365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:588:590:197:229:358:361:0.611864:204:154:76:121:207:154:77:152 chr20 34596371 . C T 1325.47 PASS AF=0.666667;AO=114;DP=171;FAO=114;FDP=171;FR=.;FRO=57;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0269969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.335;QD=31.0052;RBI=0.0377688;REFB=-0.0338037;REVB=0.026413;RO=56;SAF=49;SAR=65;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344702;STB=0.514974;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0165202;OID=.;OPOS=34596371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:56:57:114:114:0.666667:65:49:21:35:65:49:22:35 chr20 34820647 . C T 355.94 PASS AF=0.316901;AO=43;DP=142;FAO=45;FDP=142;FR=.;FRO=97;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0277384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8217;QD=10.0264;RBI=0.0658952;REFB=-0.0146711;REVB=-0.0597725;RO=94;SAF=19;SAR=24;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680877;STB=0.508967;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0318414;OID=.;OPOS=34820647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:94:97:43:45:0.316901:24:19:41:53:24:21:44:53 chr20 35236282 . T C 134.91 PASS AF=0.114754;AO=20;DP=190;FAO=21;FDP=183;FR=.,HEALED;FRO=139;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=91;FWDB=0.0137509;FXX=0.0468726;HRUN=7;LEN=1;MLLD=21.876;QD=2.94873;RBI=0.023368;REFB=-0.0540303;REVB=0.0188938;RO=106;SAF=17;SAR=3;SRF=40;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571785;STB=0.894914;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0501813;OID=.;OPOS=35236282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:190:183:106:139:20:21:0.114754:3:17:40:66:3:18:48:91 chr20 35281755 . AAGGGGGT AAGGGGGG,AAGGGGT,AAGGGGTG,AGGGGT 155.44 PASS AF=0.0204082,0.244898,0.0612245,0.204082;AO=3,9,6,11;DP=57;FAO=1,12,3,10;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=1,11,3,8;FSAR=0,1,0,2;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0183878,-0.0995932,-0.0905619,-0.0572163;FXX=0.109071;HRUN=1,5,5,6;LEN=1,1,2,2;MLLD=162.004,11.7014,14.1671,17.7824;QD=12.6889;RBI=0.0372105,0.110323,0.334851,0.063667;REFB=0.0153634,-0.0498002,-0.0524676,0.0122452;REVB=0.0323498,0.0474597,0.322372,-0.0279246;RO=15;SAF=1,9,6,8;SAR=2,0,0,3;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0,0,0.347826;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.496089,0.734466,0.671101,-0.0952078;STB=0.984583,0.694328,0.994648,0.518481;STBP=0.522,0.25,0.263,0.917;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0.00309884,0.0553965,0.116785,0.0329405;OID=.,.,.,.;OPOS=35281762,35281757,35281761,35281756;OREF=T,G,GT,AG;OALT=G,-,TG,-;OMAPALT=AAGGGGGG,AAGGGGT,AAGGGGTG,AGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0204082,0.244898,0.0612245,0.204082:3,9,6,11:57:1,12,3,10:49:23:1,11,3,8:0,1,0,2:18:5:36:15:1,9,6,8:2,0,0,3:12:3 chr20 35710453 . T C 323.81 PASS AF=0.341667;AO=41;DP=120;FAO=41;FDP=120;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=53;FWDB=-0.0861201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9726;QD=10.7937;RBI=0.0861227;REFB=0.00154978;REVB=-0.0006665;RO=79;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157175;STB=0.59002;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00429149;OID=.;OPOS=35710453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:79:79:41:41:0.341667:22:19:26:53:22:19:26:53 chr20 35740794 . T C 1181.11 PASS AF=0.559406;AO=112;DP=203;FAO=113;FDP=202;FR=.;FRO=89;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0382625;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1538;QD=23.3883;RBI=0.0414196;REFB=0.0222484;REVB=0.0158608;RO=80;SAF=53;SAR=59;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109939;STB=0.503695;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0172862;OID=.;OPOS=35740794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:80:89:112:113:0.559406:59:53:39:41:60:53:41:48 chr20 35769592 . T C 996.87 PASS AF=0.593333;AO=87;DP=150;FAO=89;FDP=150;FR=.;FRO=61;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0465286;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=50.0389;QD=26.5831;RBI=0.0482639;REFB=-0.0132733;REVB=0.0128255;RO=53;SAF=44;SAR=43;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897667;STB=0.538913;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00719791;OID=.;OPOS=35769592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:53:61:87:89:0.593333:43:44:20:33:44:45:25:36 chr20 35769647 . G T 871.19 PASS AF=0.55414;AO=80;DP=155;FAO=87;FDP=157;FR=.;FRO=70;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0468032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9387;QD=22.1959;RBI=0.0552436;REFB=-0.0404079;REVB=-0.0293481;RO=45;SAF=43;SAR=37;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620026;STB=0.550887;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0383084;OID=.;OPOS=35769647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:45:70:80:87:0.55414:37:43:20:25:41:46:29:41 chr20 35783494 . T C 2076.03 PASS AF=0.602564;AO=188;DP=312;FAO=188;FDP=312;FR=.;FRO=124;FSAF=89;FSAR=99;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=-0.0182213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8389;QD=26.6158;RBI=0.0208137;REFB=-0.00300131;REVB=-0.0100594;RO=124;SAF=89;SAR=99;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00418109;STB=0.502257;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00198135;OID=.;OPOS=35783494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:312:124:124:188:188:0.602564:99:89:58:66:99:89:58:66 chr20 35807790 . G GCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT 1060.64 PASS AF=0.160772,0.234727;AO=43,61;DP=360;FAO=50,73;FDP=311;FR=.;FRO=188;FSAF=26,28;FSAR=24,45;FSRF=149;FSRR=39;FWDB=0.00151568,-0.010851;FXX=0.1456;HRUN=1,1;LEN=29,29;MLLD=596.31,521.06;QD=13.6417;RBI=0.00665397,0.012871;REFB=-0.00056866,-0.0030507;REVB=0.00647905,0.00692228;RO=192;SAF=23,25;SAR=20,36;SRF=150;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.342658,-0.454097;STB=0.719355,0.771967;STBP=0.003,0;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00102338,0.00126543;OID=.,.;OPOS=35807791,35807791;OREF=-,-;OALT=CTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,CTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT;OMAPALT=GCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.160772,0.234727:43,61:360:50,73:311:188:26,28:24,45:149:39:99:192:23,25:20,36:150:42 chr20 35865052 . TCC TC,TCT 2982.13 PASS AF=0.106599,0.893401;AO=22,172;DP=197;FAO=21,176;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=20,80;FSAR=1,96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656944,0.0417752;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.8215,47.2745;QD=60.5509;RBI=0.0657129,0.0493801;REFB=0,0;REVB=0.00156119,-0.0263291;RO=0;SAF=21,77;SAR=1,95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.62339e-08,5.77593e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0186805,-0.00299494;OID=.,.;OPOS=35865053,35865054;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.106599,0.893401:22,172:197:21,176:197:0:20,80:1,96:0:0:46:0:21,77:1,95:0:0 chr20 36030939 . G C 4339.09 PASS AF=0.989399;AO=276;DP=283;FAO=280;FDP=283;FR=.;FRO=3;FSAF=137;FSAR=143;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0084767;FXX=0.0104891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2937;QD=61.3299;RBI=0.0565236;REFB=-0.167189;REVB=0.0558844;RO=3;SAF=137;SAR=139;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00349143;STB=0.501881;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00371801;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:283:283:3:3:276:280:0.989399:139:137:2:1:143:137:2:1 chr20 36146148 . T C 5381.0 PASS AF=1;AO=339;DP=342;FAO=340;FDP=340;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781258;FXX=0.0173405;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.48;QD=63.3059;RBI=0.0280085;REFB=-0.0414684;REVB=0.0268968;RO=1;SAF=173;SAR=166;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274978;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891594;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:342:340:1:0:339:340:1:166:173:1:0:167:173:0:0 chr20 36146746 . A C 1539.02 PASS AF=0.622727;AO=137;DP=220;FAO=137;FDP=220;FR=.;FRO=83;FSAF=56;FSAR=81;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.00449268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.707;QD=27.9823;RBI=0.0114303;REFB=-0.00983328;REVB=-0.0105103;RO=83;SAF=56;SAR=81;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052357;STB=0.528257;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00644158;OID=.;OPOS=36146746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:83:83:137:137:0.622727:81:56:40:43:81:56:40:43 chr20 36322576 . G A 1385.73 PASS AF=0.596244;AO=126;DP=215;FAO=127;FDP=213;FR=.;FRO=86;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.0445084;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.752;QD=26.0232;RBI=0.04476;REFB=-0.0250789;REVB=0.00473944;RO=86;SAF=50;SAR=76;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259783;STB=0.516807;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0142542;OID=.;OPOS=36322576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:86:86:126:127:0.596244:76:50:37:49:76:51:38:48 chr20 36603611 . A C 710.01 PASS AF=0.368421;AO=83;DP=227;FAO=84;FDP=228;FR=.;FRO=144;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=62;FSRR=82;FWDB=-0.0141356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.501;QD=12.4563;RBI=0.0340274;REFB=-0.0144462;REVB=-0.0309524;RO=142;SAF=42;SAR=41;SRF=61;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851532;STB=0.543849;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0254131;OID=.;OPOS=36603611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:142:144:83:84:0.368421:41:42:61:81:42:42:62:82 chr20 36603780 . T C 482.47 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0513127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.621;QD=16.0822;RBI=0.051883;REFB=-0.0215534;REVB=-0.00767105;RO=67;SAF=21;SAR=32;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530641;STB=0.529687;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0289416;OID=.;OPOS=36603780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:32:21:30:37:32:21:30:37 chr20 36603807 . C T 1510.75 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287964;FXX=0.0190458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.147;QD=58.6701;RBI=0.0303238;REFB=-0.0699314;REVB=0.00950259;RO=1;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759185;STB=0.503999;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=7.31954e-05;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:103:1:1:102:102:0.990291:62:40:0:1:62:40:0:1 chr20 36615585 . G A 1372.75 PASS AF=0.609137;AO=120;DP=197;FAO=120;FDP=197;FR=.;FRO=77;FSAF=47;FSAR=73;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00364588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.641;QD=27.8731;RBI=0.00655799;REFB=0.00113381;REVB=-0.00545113;RO=77;SAF=47;SAR=73;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10409;STB=0.556325;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.000663257;OID=.;OPOS=36615585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:77:77:120:120:0.609137:73:47:41:36:73:47:41:36 chr20 36668874 . G A 868.79 PASS AF=0.548387;AO=84;DP=154;FAO=85;FDP=155;FR=.;FRO=70;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.00810351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.756;QD=22.4203;RBI=0.0421487;REFB=-0.00254704;REVB=-0.0413624;RO=70;SAF=47;SAR=37;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00200811;STB=0.50347;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00165558;OID=.;OPOS=36668874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:70:70:84:85:0.548387:37:47:39:31:37:48:39:31 chr20 36775135 . G A 1578.48 PASS AF=0.584362;AO=142;DP=243;FAO=142;FDP=243;FR=.;FRO=101;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=58;FSRR=43;FWDB=0.00138121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.995;QD=25.9833;RBI=0.0129713;REFB=-0.0144648;REVB=0.0128975;RO=101;SAF=66;SAR=76;SRF=58;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838716;STB=0.545427;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00861248;OID=.;OPOS=36775135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:101:101:142:142:0.584362:76:66:58:43:76:66:58:43 chr20 36841756 . T C 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0489394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3467;QD=15.7376;RBI=0.05441;REFB=0.0031866;REVB=0.0237778;RO=36;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200731;STB=0.61334;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00443612;OID=.;OPOS=36841756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:18:11:21:15:18:11:21:15 chr20 36841914 . G A 525.23 PASS AF=0.370588;AO=63;DP=170;FAO=63;FDP=170;FR=.;FRO=107;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=0.0141787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.885;QD=12.3584;RBI=0.0185623;REFB=-0.00557693;REVB=0.0119801;RO=106;SAF=40;SAR=23;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152973;STB=0.584363;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00902508;OID=.;OPOS=36841914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:106:107:63:63:0.370588:23:40:53:53:23:40:54:53 chr20 36845738 . C T 802.18 PASS AF=0.377049;AO=89;DP=241;FAO=92;FDP=244;FR=.;FRO=152;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=48;FSRR=104;FWDB=0.0143914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.191;QD=13.1504;RBI=0.0391503;REFB=-0.0212418;REVB=0.0364093;RO=150;SAF=39;SAR=50;SRF=46;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152221;STB=0.570416;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0312491;OID=.;OPOS=36845738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:244:150:152:89:92:0.377049:50:39:46:104:53:39:48:104 chr20 36850940 . G C 1956.48 PASS AF=0.615385;AO=173;DP=279;FAO=176;FDP=286;FR=.;FRO=110;FSAF=79;FSAR=97;FSRF=60;FSRR=50;FWDB=-0.0056681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7835;QD=27.3634;RBI=0.0426858;REFB=0.00326925;REVB=-0.0423078;RO=106;SAF=79;SAR=94;SRF=60;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771253;STB=0.537253;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000128416;OID=.;OPOS=36850940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:286:106:110:173:176:0.615385:94:79:60:46:97:79:60:50 chr20 36851071 . C T 847.62 PASS AF=0.573529;AO=78;DP=136;FAO=78;FDP=136;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=59;FSRF=8;FSRR=50;FWDB=0.0168881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.752;QD=24.9299;RBI=0.0170932;REFB=-0.00247419;REVB=0.00263994;RO=57;SAF=19;SAR=59;SRF=7;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137803;STB=0.565214;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0016515;OID=.;OPOS=36851071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:57:58:78:78:0.573529:59:19:7:50:59:19:8:50 chr20 36854106 . G T 939.98 PASS AF=0.656;AO=82;DP=122;FAO=82;FDP=125;FR=.;FRO=43;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.000718678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.986;QD=30.0793;RBI=0.00304097;REFB=-0.00915879;REVB=0.00295482;RO=38;SAF=42;SAR=40;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226581;STB=0.532156;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00365839;OID=.;OPOS=36854106;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:38:43:82:82:0.656:40:42:18:20:40:42:18:25 chr20 36856616 . G A 818.2 PASS AF=0.679245;AO=72;DP=108;FAO=72;FDP=106;FR=.;FRO=34;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0227168;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5277;QD=30.8756;RBI=0.0240477;REFB=-0.0062011;REVB=0.00788903;RO=32;SAF=38;SAR=34;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337641;STB=0.518358;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0036544;OID=.;OPOS=36856616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:32:34:72:72:0.679245:34:38:15:17:34:38:16:18 chr20 36859627 . C G 985.28 PASS AF=0.59589;AO=87;DP=147;FAO=87;FDP=146;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0823304;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8067;QD=26.9938;RBI=0.104266;REFB=0.0191828;REVB=-0.0639779;RO=59;SAF=32;SAR=55;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703491;STB=0.538223;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0169008;OID=.;OPOS=36859627;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:59:59:87:87:0.59589:55:32:27:32:55:32:27:32 chr20 36946848 . G A 924.88 PASS AF=0.563291;AO=87;DP=157;FAO=89;FDP=158;FR=.;FRO=69;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00247148;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5558;QD=23.4148;RBI=0.0237507;REFB=-0.0168871;REVB=0.0236218;RO=69;SAF=42;SAR=45;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667935;STB=0.535787;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0200402;OID=.;OPOS=36946848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:69:69:87:89:0.563291:45:42:39:30:46:43:39:30 chr20 36952342 . C T 634.96 PASS AF=0.334746;AO=79;DP=236;FAO=79;FDP=236;FR=.;FRO=157;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=84;FSRR=73;FWDB=0.0188878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.9;QD=10.7621;RBI=0.0289166;REFB=-0.00136612;REVB=0.0218957;RO=157;SAF=44;SAR=35;SRF=84;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256972;STB=0.514728;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00258053;OID=.;OPOS=36952342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:157:157:79:79:0.334746:35:44:84:73:35:44:84:73 chr20 36956026 . A G 1510.63 PASS AF=0.607143;AO=136;DP=224;FAO=136;FDP=224;FR=.;FRO=88;FSAF=56;FSAR=80;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0131375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.29;QD=26.9756;RBI=0.073025;REFB=0.00293597;REVB=-0.0718335;RO=88;SAF=56;SAR=80;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570168;STB=0.530827;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00151783;OID=.;OPOS=36956026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:88:88:136:136:0.607143:80:56:43:45:80:56:43:45 chr20 36959436 . T G 604.18 PASS AF=0.312253;AO=78;DP=257;FAO=79;FDP=253;FR=.;FRO=174;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=77;FSRR=97;FWDB=0.00517729;FXX=0.0698504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.02;QD=9.5522;RBI=0.0113956;REFB=-0.0136569;REVB=-0.0101517;RO=144;SAF=43;SAR=35;SRF=66;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105618;STB=0.578294;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0272135;OID=.;OPOS=36959436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:253:144:174:78:79:0.312253:35:43:66:78:35:44:77:97 chr20 36989381 . G A 3237.75 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015647;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.69;QD=61.9666;RBI=0.0568078;REFB=0;REVB=-0.0546104;RO=0;SAF=117;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24363e-05;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:209:209:1:92:117:0:0:92:117:0:0 chr20 37005536 . T C 4295.38 PASS AF=1;AO=263;DP=264;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.396;QD=62.7062;RBI=0.00513167;REFB=0;REVB=-0.00213278;RO=0;SAF=110;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08339e-07;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:264:274:0:0:263:274:1:153:110:0:0:158:116:0:0 chr20 37062583 . T C 3261.44 PASS AF=0.986111;AO=213;DP=216;FAO=213;FDP=216;FR=.;FRO=3;FSAF=89;FSAR=124;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00769798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.86;QD=60.397;RBI=0.0117703;REFB=-0.0118698;REVB=0.00890405;RO=3;SAF=89;SAR=124;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00229877;STB=0.501207;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.000124528;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:216:216:3:3:213:213:0.986111:124:89:1:2:124:89:1:2 chr20 37203813 . C T 2128.81 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275169;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6903;QD=62.1551;RBI=0.0346797;REFB=-0.114261;REVB=0.021107;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.503401;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000592629;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:138:137:0:1:135:136:0.992701:73:62:0:0:73:63:0:1 chr20 37258155 . TGGGGGGCT TGGGGGCT,TGGGGGCTG,TGGGGGGCTG,TGGGGGGGCT 88.63 PASS AF=0,0.00265252,0.132626,0;AO=63,30,53,59;DP=377;FAO=0,1,50,0;FDP=377;FR=.;FRO=326;FSAF=0,0,20,0;FSAR=0,1,30,0;FSRF=170;FSRR=156;FWDB=-0.416759,-0.261284,-0.103517,0.412805;FXX=0.00789453;HRUN=6,6,1,6;LEN=1,3,1,1;MLLD=8.4763,19.1008,14.1029,6.9792;QD=0.940374;RBI=0.51322,0.275654,0.123865,0.51735;REFB=0.0530902,-0.00892282,-0.052968,-0.0610949;REVB=0.29951,0.0878411,-0.0680201,-0.311838;RO=155;SAF=57,22,14,2;SAR=6,8,39,57;SRF=88;SRR=67;SSEN=0.496183,0,0,0;SSEP=0.75,0,0,0;SSSB=0.541919,0.229646,-0.381925,-0.753626;STB=0.5,0.990568,0.605054,0.5;STBP=1,0.29,0.111,1;TYPE=del,mnp,ins,ins;VARB=0,0.11803,0.147304,-0.0916063;OID=.,.,.,.;OPOS=37258156,37258161,37258164,37258156;OREF=G,GCT,-,-;OALT=-,CTG,G,G;OMAPALT=TGGGGGCT,TGGGGGCTG,TGGGGGGCTG,TGGGGGGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.00265252,0.132626,0:63,30,53,59:377:0,1,50,0:377:326:0,0,20,0:0,1,30,0:170:156:77:155:57,22,14,2:6,8,39,57:88:67 chr20 37277271 . C T 294.37 PASS AF=0.364583;AO=33;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00155432;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.959;QD=12.2652;RBI=0.00674418;REFB=-0.009692;REVB=-0.00656262;RO=62;SAF=16;SAR=17;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162753;STB=0.562389;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0132483;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:61:33:35:0.364583:17:16:39:23:16:19:39:22 chr20 37390174 . T C 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.000200916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.777;QD=18.0081;RBI=0.0304312;REFB=-0.0135865;REVB=0.0304305;RO=38;SAF=20;SAR=17;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1336;STB=0.563039;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0188038;OID=.;OPOS=37390174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:41:37:37:0.474359:17:20:26:12:17:20:27:14 chr20 37390255 . G GTC 1156.98 PASS AF=0.497835;AO=113;DP=237;FAO=115;FDP=231;FR=.;FRO=116;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=0.0185239;FXX=0.0253154;HRUN=1;LEN=2;MLLD=318.097;QD=20.0343;RBI=0.0261072;REFB=-0.00323939;REVB=-0.0183971;RO=116;SAF=61;SAR=52;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129318;STB=0.506696;STBP=0.819;TYPE=ins;VARB=0.00318846;OID=.;OPOS=37390256;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.497835:113:237:115:231:116:62:53:61:55:99:116:61:52:61:55 chr20 37396120 . A G 761.82 PASS AF=0.62069;AO=66;DP=108;FAO=72;FDP=116;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0380428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.875;QD=26.2698;RBI=0.0490329;REFB=-0.00359232;REVB=-0.0309349;RO=39;SAF=26;SAR=40;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819192;STB=0.540106;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00464401;OID=.;OPOS=37396120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:116:39:44:66:72:0.62069:40:26:11:28:40:32:15:29 chr20 37501507 . T C 1361.87 PASS AF=0.566964;AO=127;DP=225;FAO=127;FDP=224;FR=.;FRO=97;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0226829;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.507;QD=24.3191;RBI=0.0263157;REFB=-0.0273002;REVB=-0.0133418;RO=96;SAF=59;SAR=68;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0049678;STB=0.504772;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0178937;OID=.;OPOS=37501507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:96:97:127:127:0.566964:68:59:44:52:68:59:44:53 chr20 37534665 . C T 3913.92 PASS AF=0.988372;AO=255;DP=258;FAO=255;FDP=258;FR=.;FRO=3;FSAF=113;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0163754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.987;QD=60.681;RBI=0.0169132;REFB=-0.032587;REVB=0.00423112;RO=3;SAF=113;SAR=142;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996327;STB=0.505226;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=6.54837e-05;OID=.;OPOS=37534665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:258:258:3:3:255:255:0.988372:142:113:0:3:142:113:0:3 chr20 37547374 . G A 1748.43 PASS AF=0.983471;AO=116;DP=120;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00546951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.921;QD=57.7993;RBI=0.0178581;REFB=-0.116715;REVB=0.0169999;RO=3;SAF=45;SAR=71;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196412;STB=0.506666;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000647505;OID=.;OPOS=37547374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:121:3:2:116:119:0.983471:71:45:0:3:74:45:0:2 chr20 37555116 . G C 2103.86 PASS AF=0.971631;AO=137;DP=141;FAO=137;FDP=141;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000392622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.709;QD=59.6839;RBI=0.0119971;REFB=-0.0873627;REVB=0.0119907;RO=3;SAF=70;SAR=67;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199353;STB=0.506786;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000858166;OID=.;OPOS=37555116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:141:141:3:4:137:137:0.971631:67:70:3:0:67:70:3:1 chr20 37570725 . C T 2578.5 PASS AF=1;AO=149;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=80;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.541;QD=61.7604;RBI=0.0480267;REFB=0;REVB=0.0441284;RO=0;SAF=80;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013066;OID=.;OPOS=37570725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:149:167:1:69:80:0:0:87:80:0:0 chr20 37581437 . A G 428.04 PASS AF=0.309392;AO=56;DP=181;FAO=56;FDP=181;FR=.;FRO=125;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=-0.0112018;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7655;QD=9.4594;RBI=0.0176283;REFB=-0.00146908;REVB=-0.0136117;RO=124;SAF=21;SAR=35;SRF=59;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122807;STB=0.574441;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00625281;OID=.;OPOS=37581437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:124:125:56:56:0.309392:35:21:59:65:35:21:60:65 chr20 37667182 . C T 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.7786;QD=63.8861;RBI=0.0621159;REFB=0;REVB=-0.0247787;RO=0;SAF=36;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67586e-05;OID=.;OPOS=37667182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:61:36:0:0:61:36:0:0 chr20 37977945 . T C 518.31 PASS AF=0.391026;AO=61;DP=156;FAO=61;FDP=156;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.0239101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.538;QD=13.2901;RBI=0.0301906;REFB=0.00138183;REVB=-0.0184331;RO=94;SAF=29;SAR=32;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00789286;STB=0.507482;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00246439;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:94:95:61:61:0.391026:32:29:44:50:32:29:44:51 chr20 39609426 . C T 5327.15 PASS AF=0.985876;AO=348;DP=355;FAO=349;FDP=354;FR=.;FRO=5;FSAF=191;FSAR=158;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0440406;FXX=0.00281682;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9475;QD=60.1937;RBI=0.0821652;REFB=-0.227141;REVB=0.0693654;RO=2;SAF=190;SAR=158;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00600061;STB=0.504944;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00213587;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:355:354:2:5:348:349:0.985876:158:190:0:2:158:191:1:4 chr20 39634616 . C T 3210.01 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2851;QD=61.731;RBI=0.0491598;REFB=0;REVB=-0.00706971;RO=0;SAF=96;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42891e-05;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:208:0:0:206:208:1:110:96:0:0:112:96:0:0 chr20 39797465 . T C 1737.27 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.851;QD=60.4268;RBI=0.0490745;REFB=0;REVB=-0.0205661;RO=0;SAF=52;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26827e-05;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:62:52:0:0:63:52:0:0 chr20 39807769 . G A 4625.48 PASS AF=1;AO=293;DP=300;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00900016;FXX=0.0066443;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6097;QD=61.8793;RBI=0.0994121;REFB=-0.0369042;REVB=-0.0990038;RO=2;SAF=147;SAR=146;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00648757;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05404e-05;OID=.;OPOS=39807769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:300:299:2:0:293:299:1:146:147:0:2:147:152:0:0 chr20 39986085 . A C 1754.42 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019781;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5633;QD=61.0234;RBI=0.0142446;REFB=0;REVB=0.0141066;RO=1;SAF=42;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646147;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62373e-05;OID=.;OPOS=39986085;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:1:0:115:115:1:73:42:0:1:73:42:0:0 chr20 39986540 . G A 8020.23 PASS AF=1;AO=498;DP=499;FAO=500;FDP=500;FR=.;FRO=0;FSAF=238;FSAR=262;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7326;QD=64.1619;RBI=0.0293698;REFB=0;REVB=0.0273808;RO=0;SAF=238;SAR=260;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5269e-05;OID=.;OPOS=39986540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:499:500:0:0:498:500:1:260:238:0:0:262:238:0:0 chr20 39990614 . C T 3725.86 PASS AF=1;AO=227;DP=227;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.117;QD=63.419;RBI=0.0124345;REFB=0;REVB=-0.00437244;RO=0;SAF=107;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07145e-06;OID=.;OPOS=39990614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:227:235:0:0:227:235:1:120:107:0:0:128:107:0:0 chr20 40143536 . C CT 46.32 PASS AF=0.163842;AO=32;DP=185;FAO=29;FDP=177;FR=.;FRO=148;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=86;FWDB=-0.00217575;FXX=0.0432409;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.95;QD=1.04681;RBI=0.0494786;REFB=-0.00378773;REVB=-0.0494307;RO=146;SAF=3;SAR=29;SRF=65;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538227;STB=0.704985;STBP=0.036;TYPE=ins;VARB=0.18613;OID=.;OPOS=40143537;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.163842:32:185:29:177:148:6:23:62:86:46:146:3:29:65:81 chr20 40701456 . G A 2089.84 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438696;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.648;QD=61.9212;RBI=0.0465179;REFB=-0.111053;REVB=-0.0154717;RO=1;SAF=31;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045932;STB=0.502415;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000510192;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:135:1:1:134:134:0.992593:103:31:0:1:103:31:0:1 chr20 40702071 . G A,T 1333.88 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=82,4;DP=87;FAO=84,3;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37,3;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164535,-0.00945314;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.047,66.1978;QD=61.3278;RBI=0.0196115,0.00971131;REFB=0,0;REVB=0.0106721,-0.00222435;RO=0;SAF=36,4;SAR=46,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.14462e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00283162,0.0603842;OID=.,.;OPOS=40702071,40702071;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:87:87:0:0:82,4:84,3:0.965517,0.0344828:46,0:36,4:0:0:47,0:37,3:0:0 chr20 40714479 . G A 1314.09 PASS AF=0.585;AO=115;DP=198;FAO=117;FDP=200;FR=.;FRO=83;FSAF=51;FSAR=66;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0164827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.902;QD=26.2817;RBI=0.02452;REFB=-0.0211406;REVB=0.0181536;RO=81;SAF=51;SAR=64;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00074573;STB=0.504166;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0143284;OID=.;OPOS=40714479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:81:83:115:117:0.585:64:51:36:45:66:51:37:46 chr20 41306600 . A G 957.84 PASS AF=0.380623;AO=110;DP=290;FAO=110;FDP=289;FR=.;FRO=179;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=80;FSRR=99;FWDB=0.00199364;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.971;QD=13.2573;RBI=0.00489502;REFB=0.0105684;REVB=-0.00447064;RO=179;SAF=50;SAR=60;SRF=80;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845231;STB=0.504761;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0170336;OID=.;OPOS=41306600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:289:179:179:110:110:0.380623:60:50:80:99:60:50:80:99 chr20 41692175 . C T 737.95 PASS AF=0.467066;AO=78;DP=167;FAO=78;FDP=167;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.0029379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.762;QD=17.6754;RBI=0.0173424;REFB=-0.00315935;REVB=0.0170918;RO=88;SAF=35;SAR=43;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493376;STB=0.524465;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00562998;OID=.;OPOS=41692175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:88:89:78:78:0.467066:43:35:44:44:43:35:44:45 chr20 42034206 . A T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0466497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.226;QD=15.2617;RBI=0.0470199;REFB=-0.017716;REVB=0.00588904;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208073;STB=0.619395;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0202762;OID=.;OPOS=42034206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:4:12:7:6:4:12 chr20 42089511 . T C 644.19 PASS AF=0.51145;AO=55;DP=123;FAO=67;FDP=131;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.00885168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.644;QD=19.6698;RBI=0.00972051;REFB=-0.0226135;REVB=0.00401696;RO=59;SAF=27;SAR=28;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946724;STB=0.51327;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0174776;OID=.;OPOS=42089511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:131:59:64:55:67:0.51145:28:27:23:36:38:29:26:38 chr20 42159434 . C G 61.6 PASS AF=0.116564;AO=19;DP=163;FAO=19;FDP=163;FR=.;FRO=144;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=62;FSRR=82;FWDB=-0.0484166;FXX=0.0523225;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8179;QD=1.51173;RBI=0.0831988;REFB=-0.00428464;REVB=-0.0676599;RO=128;SAF=18;SAR=1;SRF=48;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.672666;STB=0.899968;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.100927;OID=.;OPOS=42159434;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:163:163:128:144:19:19:0.116564:1:18:48:80:2:17:62:82 chr20 42199708 . T G 238.63 PASS AF=0.466667;AO=23;DP=57;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.053115;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.416;QD=15.9087;RBI=0.0614725;REFB=-0.0716475;REVB=0.0309461;RO=34;SAF=14;SAR=9;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423745;STB=0.565172;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0303902;OID=.;OPOS=42199708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:34:32:23:28:0.466667:9:14:22:12:13:15:21:11 chr20 42199712 . T G 164.47 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0085953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4056;QD=9.53431;RBI=0.0108228;REFB=-0.0573848;REVB=-0.00657675;RO=46;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208156;STB=0.615893;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0702174;OID=.;OPOS=42199712;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:47:22:22:0.318841:8:14:21:25:8:14:22:25 chr20 42225114 . G A 410.74 PASS AF=0.312139;AO=53;DP=171;FAO=54;FDP=173;FR=.;FRO=119;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=60;FSRR=59;FWDB=-0.0238926;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.076;QD=9.49676;RBI=0.0260187;REFB=-0.00758824;REVB=-0.0103012;RO=117;SAF=22;SAR=31;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106475;STB=0.567204;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0185016;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:117:119:53:54:0.312139:31:22:59:58:32:22:60:59 chr20 42247576 . A G 432.02 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0300799;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.867;QD=22.4427;RBI=0.0301218;REFB=-0.00639497;REVB=-0.00158772;RO=34;SAF=20;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285562;STB=0.508681;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00585363;OID=.;OPOS=42247576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:34:35:42:42:0.545455:22:20:15:19:22:20:16:19 chr20 42310509 . T C 491.63 PASS AF=0.489796;AO=45;DP=96;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0177824;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.373;QD=20.0666;RBI=0.0218016;REFB=-0.0177117;REVB=0.0126134;RO=51;SAF=18;SAR=27;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309081;STB=0.509087;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0222443;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:51:50:45:48:0.489796:27:18:22:29:27:21:21:29 chr20 42320881 . C T 1116.99 PASS AF=0.578652;AO=103;DP=179;FAO=103;FDP=178;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0148143;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.806;QD=25.101;RBI=0.016304;REFB=-0.00652825;REVB=-0.00680861;RO=75;SAF=40;SAR=63;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310274;STB=0.522669;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00383455;OID=.;OPOS=42320881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:75:75:103:103:0.578652:63:40:32:43:63:40:33:42 chr20 42328639 . T C 3647.73 PASS AF=1;AO=220;DP=222;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00766572;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.994;QD=62.6219;RBI=0.0750968;REFB=0;REVB=0.0747045;RO=1;SAF=125;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498908;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18016e-05;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:233:1:0:220:233:1:95:125:0:1:108:125:0:0 chr20 42331457 . A G 765.17 PASS AF=0.536765;AO=73;DP=137;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.0150399;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.056;QD=22.5049;RBI=0.0202597;REFB=-0.017612;REVB=-0.0135742;RO=62;SAF=32;SAR=41;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859933;STB=0.549997;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0148415;OID=.;OPOS=42331457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:62:63:73:73:0.536765:41:32:21:41:41:32:21:42 chr20 42425127 . G A 457.31 PASS AF=0.363636;AO=55;DP=154;FAO=56;FDP=154;FR=.;FRO=98;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=0.00631348;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.283;QD=11.8782;RBI=0.0537525;REFB=-0.0108173;REVB=0.0533804;RO=98;SAF=29;SAR=26;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191912;STB=0.504873;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0166601;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:98:98:55:56:0.363636:26:29:50:48:27:29:50:48 chr20 42425178 . A G 268.84 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0189709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.055;QD=10.5426;RBI=0.024118;REFB=-0.00904483;REVB=0.0148924;RO=67;SAF=15;SAR=19;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446587;STB=0.530018;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0166609;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:67:68:34:34:0.333333:19:15:27:40:19:15:27:41 chr20 42747247 . C T 766.82 PASS AF=0.325424;AO=96;DP=295;FAO=96;FDP=295;FR=.;FRO=199;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=98;FSRR=101;FWDB=0.00162128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.968;QD=10.3976;RBI=0.00270837;REFB=-0.00731847;REVB=0.0021695;RO=199;SAF=49;SAR=47;SRF=98;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210947;STB=0.512108;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0216465;OID=.;OPOS=42747247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:199:199:96:96:0.325424:47:49:98:101:47:49:98:101 chr20 42815190 . G A 1611.88 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0368329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.836;QD=58.0858;RBI=0.0425446;REFB=-0.0186487;REVB=0.0212928;RO=2;SAF=44;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330628;STB=0.501801;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000316974;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:108:109:0.981982:64:44:1:1:65:44:1:1 chr20 42825929 . C T 1175.34 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015693;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.211;QD=61.0567;RBI=0.0183512;REFB=0;REVB=-0.00951302;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.20856e-05;OID=.;OPOS=42825929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:41:35:0:0:42:35:0:0 chr20 42826350 . A C 1548.89 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.14675e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.47;QD=63.8718;RBI=0.00262457;REFB=0;REVB=0.00262457;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67858e-06;OID=.;OPOS=42826350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:53:43:0:0:54:43:0:0 chr20 42826379 . C T 742.13 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0486243;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.683;QD=54.9725;RBI=0.0496231;REFB=0.0119659;REVB=0.00990626;RO=1;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149574;STB=0.507934;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000127622;OID=.;OPOS=42826379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:31:22:0:1:31:22:0:1 chr20 42939750 . T C 2596.33 PASS AF=1;AO=145;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=95;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653676;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7727;QD=61.09;RBI=0.0659426;REFB=0;REVB=-0.00868922;RO=0;SAF=78;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240942;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:145:170:1:67:78:0:0:75:95:0:0 chr20 43059211 . A C 1802.81 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9975;QD=60.5988;RBI=0.0842368;REFB=0;REVB=0.0706948;RO=1;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840614;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291477;OID=.;OPOS=43059211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:1:0:118:119:1:56:62:0:1:57:62:0:0 chr20 43080821 . G A 623.03 PASS AF=0.307407;AO=83;DP=271;FAO=83;FDP=270;FR=.;FRO=187;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=88;FSRR=99;FWDB=-0.038061;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9814;QD=9.23011;RBI=0.0387084;REFB=-0.000235769;REVB=0.00704961;RO=186;SAF=39;SAR=44;SRF=87;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00256436;STB=0.500493;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.000687325;OID=.;OPOS=43080821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:186:187:83:83:0.307407:44:39:87:99:44:39:88:99 chr20 43089819 . G A 641.75 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0329199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7063;QD=22.5175;RBI=0.0754417;REFB=0.0183052;REVB=0.0678802;RO=51;SAF=36;SAR=27;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146133;STB=0.579975;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0158228;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:51:63:63:0.552632:27:36:20:31:27:36:20:31 chr20 43123187 . GTAA G 181.74 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.00124414;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=3;MLLD=276.013;QD=9.20215;RBI=0.00124981;REFB=0.0011427;REVB=0.000118875;RO=41;SAF=8;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201665;STB=0.576511;STBP=0.379;TYPE=del;VARB=-0.00257522;OID=.;OPOS=43123188;OREF=TAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.303797:24:77:24:79:55:8:16:24:31:99:41:8:16:21:20 chr20 43252915 . T C 796.17 PASS AF=0.337931;AO=98;DP=290;FAO=98;FDP=290;FR=.;FRO=192;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=91;FSRR=101;FWDB=-0.00254736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.428;QD=10.9816;RBI=0.0282953;REFB=0.00108732;REVB=0.0281804;RO=192;SAF=46;SAR=52;SRF=91;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531311;STB=0.503036;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00220359;OID=.;OPOS=43252915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:192:192:98:98:0.337931:52:46:91:101:52:46:91:101 chr20 43264927 . C T 1952.26 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.911;QD=61.9765;RBI=0.00195649;REFB=0;REVB=0.000478222;RO=0;SAF=79;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64017e-06;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:47:79:0:0:47:79:0:0 chr20 43348735 . C A 330.69 PASS AF=0.328125;AO=42;DP=130;FAO=42;FDP=128;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.00888026;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.522;QD=10.3341;RBI=0.00896782;REFB=-0.0044368;REVB=0.00125015;RO=86;SAF=13;SAR=29;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110298;STB=0.564124;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00882579;OID=.;OPOS=43348735;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:86:86:42:42:0.328125:29:13:34:52:29:13:34:52 chr20 43356102 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.000222758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.728;QD=17.6171;RBI=0.0161025;REFB=0.00409816;REVB=-0.016101;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197938;STB=0.611559;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00535594;OID=.;OPOS=43356102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:17:10:14:10:17:10 chr20 43378770 . A G 1662.15 PASS AF=0.35689;AO=197;DP=562;FAO=202;FDP=566;FR=.;FRO=364;FSAF=105;FSAR=97;FSRF=178;FSRR=186;FWDB=0.00160143;FXX=0.00176364;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.132;QD=11.7467;RBI=0.012033;REFB=-0.0155446;REVB=-0.0119259;RO=364;SAF=103;SAR=94;SRF=177;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418696;STB=0.5198;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0275152;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:562:566:364:364:197:202:0.35689:94:103:177:187:97:105:178:186 chr20 43379264 . A C 322.27 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0132966;FXX=0.0520779;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.78;QD=14.1656;RBI=0.0310433;REFB=-0.0298344;REVB=0.0280516;RO=50;SAF=3;SAR=35;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554941;STB=0.735987;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.067318;OID=.;OPOS=43379264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:91:50:52:38:39:0.428571:35:3:22:28:35:4:18:34 chr20 43379268 . C A 296.59 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.00174714;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.561;QD=13.1819;RBI=0.00246246;REFB=9.13141e-06;REVB=0.00173529;RO=52;SAF=3;SAR=31;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493873;STB=0.779878;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-1.53876e-05;OID=.;OPOS=43379268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:56:34:34:0.377778:31:3:20:32:31:3:20:36 chr20 43379454 . T C 339.66 PASS AF=0.259259;AO=48;DP=185;FAO=49;FDP=189;FR=.;FRO=140;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=63;FSRR=77;FWDB=-0.0383402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1331;QD=7.1886;RBI=0.0401125;REFB=-0.0041979;REVB=0.0117919;RO=130;SAF=32;SAR=16;SRF=60;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255183;STB=0.650598;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0137879;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:189:130:140:48:49:0.259259:16:32:60:70:17:32:63:77 chr20 43547677 . T G 497.15 PASS AF=0.311321;AO=64;DP=211;FAO=66;FDP=212;FR=.;FRO=146;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=64;FSRR=82;FWDB=-0.0196159;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5069;QD=9.38011;RBI=0.0200439;REFB=-0.00276058;REVB=0.00411955;RO=146;SAF=28;SAR=36;SRF=64;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00104067;STB=0.509915;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00470379;OID=.;OPOS=43547677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:146:146:64:66:0.311321:36:28:64:82:38:28:64:82 chr20 43565622 . G A 442.54 PASS AF=0.341463;AO=56;DP=164;FAO=56;FDP=164;FR=.;FRO=108;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.0396928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.213;QD=10.7936;RBI=0.0399728;REFB=-0.00862899;REVB=-0.00472255;RO=108;SAF=25;SAR=31;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722722;STB=0.54147;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0170469;OID=.;OPOS=43565622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:108:108:56:56:0.341463:31:25:55:53:31:25:55:53 chr20 43566787 . A G 503.77 PASS AF=0.346369;AO=62;DP=179;FAO=62;FDP=179;FR=.;FRO=117;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=67;FWDB=-0.0404079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.076;QD=11.2575;RBI=0.0405532;REFB=-0.00446538;REVB=-0.00342938;RO=116;SAF=29;SAR=33;SRF=50;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421665;STB=0.526594;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00942554;OID=.;OPOS=43566787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:116:117:62:62:0.346369:33:29:50:66:33:29:50:67 chr20 43629193 . C T 1530.06 PASS AF=0.626728;AO=136;DP=218;FAO=136;FDP=217;FR=.;FRO=81;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=28;FSRR=53;FWDB=-0.0228875;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8024;QD=28.2039;RBI=0.0820773;REFB=-0.00758769;REVB=-0.0788216;RO=79;SAF=65;SAR=71;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847872;STB=0.549676;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00434683;OID=.;OPOS=43629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:79:81:136:136:0.626728:71:65:28:51:71:65:28:53 chr20 43708297 . T G 1492.25 PASS AF=0.561753;AO=141;DP=251;FAO=141;FDP=251;FR=.;FRO=110;FSAF=44;FSAR=97;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=-0.00766492;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.229;QD=23.7809;RBI=0.00834604;REFB=-0.0035042;REVB=-0.00330233;RO=109;SAF=44;SAR=97;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106248;STB=0.556304;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00209916;OID=.;OPOS=43708297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:109:110:141:141:0.561753:97:44:47:62:97:44:47:63 chr20 43933021 . G T 5233.69 PASS AF=0.985549;AO=337;DP=343;FAO=341;FDP=346;FR=.;FRO=5;FSAF=147;FSAR=194;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0542025;FXX=0.017045;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.296;QD=60.5051;RBI=0.0683961;REFB=-0.13378;REVB=0.0417147;RO=3;SAF=145;SAR=192;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00739522;STB=0.500458;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000675586;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:343:346:3:5:337:341:0.985549:192:145:0:3:194:147:2:3 chr20 43933163 . T C 7447.07 PASS AF=1;AO=470;DP=471;FAO=471;FDP=471;FR=.;FRO=0;FSAF=260;FSAR=211;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218333;FXX=0.0021186;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7617;QD=63.2447;RBI=0.0263733;REFB=-0.0446631;REVB=0.0147938;RO=0;SAF=259;SAR=211;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.23684e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54957e-06;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:471:471:0:0:470:471:1:211:259:0:0:211:260:0:0 chr20 43935543 . TGGGGC TGCGGG,TGGGC,TGGGG 7246.07 PASS AF=0.03861,0,0.96139;AO=69,107,78;DP=758;FAO=30,0,747;FDP=777;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,319;FSAR=30,0,428;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609383,-0.0624078,0.675817;FXX=0.0263155;HRUN=4,4,4;LEN=4,1,1;MLLD=172.367,14.161,11.5335;QD=37.3028;RBI=0.0588125,0.436421,0.970569;REFB=0,0,0;REVB=-0.0584959,-0.431936,0.696617;RO=371;SAF=0,4,70;SAR=69,103,8;SRF=192;SRR=179;SSEN=0,0.395939,0;SSEP=0,0,0.450091;SSSB=-0.746162,-0.718401,0.554703;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0588197,0,0.0242785;OID=.,.,.;OPOS=43935545,43935544,43935548;OREF=GGGC,G,C;OALT=CGGG,-,-;OMAPALT=TGCGGG,TGGGC,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.03861,0,0.96139:69,107,78:758:30,0,747:777:0:0,0,319:30,0,428:0:0:28:371:0,4,70:69,103,8:192:179 chr20 43945514 . A AC 36.17 PASS AF=0.105058;AO=38;DP=257;FAO=27;FDP=257;FR=.;FRO=230;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=90;FSRR=140;FWDB=-0.288697;FXX=0.00772171;HRUN=0;LEN=1;MLLD=108.881;QD=0.562892;RBI=0.288854;REFB=-0.00115361;REVB=0.00952049;RO=218;SAF=7;SAR=31;SRF=83;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301149;STB=0.874188;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0763419;OID=.;OPOS=43945515;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.105058:38:257:27:257:230:2:25:90:140:36:218:7:31:83:135 chr20 43951032 . C T 3856.53 PASS AF=0.976923;AO=254;DP=260;FAO=254;FDP=260;FR=.;FRO=6;FSAF=139;FSAR=115;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00287009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6245;QD=59.3313;RBI=0.0596486;REFB=-0.10177;REVB=0.0595795;RO=6;SAF=139;SAR=115;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00948027;STB=0.504976;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00660821;OID=.;OPOS=43951032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:260:260:6:6:254:254:0.976923:115:139:2:4:115:139:2:4 chr20 43976991 . A G 8635.85 PASS AF=1;AO=539;DP=540;FAO=540;FDP=540;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=435;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661556;FXX=0.00184839;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.075;QD=63.9693;RBI=0.0684591;REFB=0;REVB=0.0176093;RO=0;SAF=105;SAR=434;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10938e-05;OID=.;OPOS=43976991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:540:540:0:0:539:540:1:434:105:0:0:435:105:0:0 chr20 43995880 . T G 3167.86 PASS AF=0.990431;AO=206;DP=208;FAO=207;FDP=209;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=118;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0121679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.472;QD=60.6289;RBI=0.0126291;REFB=-0.0298887;REVB=0.0033818;RO=2;SAF=88;SAR=118;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00136239;STB=0.500684;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.000311586;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:209:2:2:206:207:0.990431:118:88:1:1:118:89:1:1 chr20 43996454 . G T 2456.75 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4356;QD=61.4188;RBI=0.011097;REFB=0;REVB=-0.00965988;RO=0;SAF=81;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29815e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45789e-05;OID=.;OPOS=43996454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:79:81:0:0:79:81:0:0 chr20 44005936 . C T 2479.96 PASS AF=0.987952;AO=161;DP=166;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0602829;FXX=0.0177504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.814;QD=59.758;RBI=0.0608694;REFB=-0.0322155;REVB=0.00843002;RO=2;SAF=84;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000508522;STB=0.500369;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000840021;OID=.;OPOS=44005936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:166:2:2:161:164:0.987952:77:84:1:1:77:87:1:1 chr20 44038574 . A G 695.37 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0350268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.968;QD=60.4668;RBI=0.0353577;REFB=-0.023856;REVB=0.00482655;RO=1;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268299;STB=0.513507;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000688582;OID=.;OPOS=44038574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:17:27:0:1:18:27:0:1 chr20 44047974 . G A 861.17 PASS AF=0.636364;AO=77;DP=121;FAO=77;FDP=121;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0190029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.37;QD=28.4684;RBI=0.0280155;REFB=-0.0171087;REVB=0.0205853;RO=43;SAF=28;SAR=49;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102603;STB=0.560424;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0105282;OID=.;OPOS=44047974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:43:44:77:77:0.636364:49:28:22:21:49:28:23:21 chr20 44054349 . T C 8596.26 PASS AF=1;AO=538;DP=542;FAO=541;FDP=541;FR=.;FRO=0;FSAF=289;FSAR=252;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00217807;FXX=0.00915734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.017;QD=63.5583;RBI=0.020789;REFB=-0.102746;REVB=0.0206746;RO=1;SAF=287;SAR=251;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46023e-05;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:542:541:1:0:538:541:1:251:287:0:1:252:289:0:0 chr20 44141331 . A G 798.86 PASS AF=0.580153;AO=69;DP=133;FAO=76;FDP=131;FR=.;FRO=55;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00300527;FXX=0.0223864;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.041;QD=24.3928;RBI=0.0424509;REFB=-0.0202255;REVB=0.0423444;RO=41;SAF=39;SAR=30;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087152;STB=0.526054;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0129687;OID=.;OPOS=44141331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:41:55:69:76:0.580153:30:39:18:23:34:42:27:28 chr20 44174423 . G A 1716.88 PASS AF=0.549828;AO=160;DP=291;FAO=160;FDP=291;FR=.;FRO=131;FSAF=85;FSAR=75;FSRF=56;FSRR=75;FWDB=-0.00193215;FXX=0.00342454;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.165;QD=23.5998;RBI=0.00718431;REFB=0.00596546;REVB=-0.00691961;RO=131;SAF=85;SAR=75;SRF=56;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857409;STB=0.546618;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00391793;OID=.;OPOS=44174423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:131:131:160:160:0.549828:75:85:56:75:75:85:56:75 chr20 44184498 . A G 542.83 PASS AF=0.401274;AO=63;DP=157;FAO=63;FDP=157;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.025407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2552;QD=13.8301;RBI=0.0280751;REFB=-0.0119831;REVB=0.0119455;RO=94;SAF=30;SAR=33;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00269877;STB=0.501519;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0150467;OID=.;OPOS=44184498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:94:94:63:63:0.401274:33:30:45:49:33:30:45:49 chr20 44188489 . A C 853.5 PASS AF=0.556338;AO=79;DP=141;FAO=79;FDP=142;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=0.00354182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.55;QD=24.0423;RBI=0.0126442;REFB=0.0153733;REVB=0.012138;RO=62;SAF=35;SAR=44;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113342;STB=0.5645;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0139428;OID=.;OPOS=44188489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:62:63:79:79:0.556338:44:35:19:43:44:35:19:44 chr20 44238741 . T G 392.54 PASS AF=0.267606;AO=57;DP=209;FAO=57;FDP=213;FR=.;FRO=156;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=83;FSRR=73;FWDB=-0.0278386;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2725;QD=7.37155;RBI=0.0774212;REFB=-3.81125e-05;REVB=-0.072243;RO=149;SAF=27;SAR=30;SRF=80;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774863;STB=0.542659;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00121727;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:213:149:156:57:57:0.267606:30:27:80:69:30:27:83:73 chr20 44238782 . A G 437.04 PASS AF=0.286385;AO=61;DP=213;FAO=61;FDP=213;FR=.;FRO=152;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=81;FSRR=71;FWDB=-0.0201077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.006;QD=8.20723;RBI=0.0201807;REFB=-0.0134068;REVB=0.00171511;RO=152;SAF=28;SAR=33;SRF=81;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898152;STB=0.552602;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0339744;OID=.;OPOS=44238782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:152:152:61:61:0.286385:33:28:81:71:33:28:81:71 chr20 44314609 . A G 3117.79 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9982;QD=61.7385;RBI=0.0662357;REFB=0;REVB=-0.0660834;RO=0;SAF=76;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175315;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:202:202:1:126:76:0:0:126:76:0:0 chr20 44352620 . G A 525.21 PASS AF=0.312217;AO=69;DP=221;FAO=69;FDP=221;FR=.;FRO=152;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=76;FSRR=76;FWDB=-0.00514778;FXX=0.0045043;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.026;QD=9.50612;RBI=0.00532705;REFB=0.00829005;REVB=-0.00137034;RO=151;SAF=40;SAR=29;SRF=75;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991665;STB=0.555246;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0168153;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:151:152:69:69:0.312217:29:40:75:76:29:40:76:76 chr20 44352696 . C T 1160.52 PASS AF=0.563158;AO=107;DP=190;FAO=107;FDP=190;FR=.;FRO=83;FSAF=43;FSAR=64;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.0756045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.294;QD=24.4319;RBI=0.0777344;REFB=-0.00980431;REVB=0.0180721;RO=82;SAF=43;SAR=64;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109065;STB=0.562176;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00275761;OID=.;OPOS=44352696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:82:83:107:107:0.563158:64:43:44:38:64:43:45:38 chr20 44378577 . T C 559.73 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.012566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.728;QD=23.3221;RBI=0.0142687;REFB=-0.00269256;REVB=0.00675966;RO=43;SAF=37;SAR=15;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257614;STB=0.647678;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00175098;OID=.;OPOS=44378577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:43:44:52:52:0.541667:15:37:18:25:15:37:18:26 chr20 44469290 . G A 113.76 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0606088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.005;QD=7.98293;RBI=0.0610598;REFB=-0.00826165;REVB=-0.00740721;RO=39;SAF=5;SAR=11;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297506;STB=0.679685;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0109942;OID=.;OPOS=44469290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:41:16:16:0.280702:11:5:22:17:11:5:23:18 chr20 44470676 . T C 530.02 PASS AF=0.372093;AO=63;DP=172;FAO=64;FDP=172;FR=.;FRO=108;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=73;FWDB=0.0124564;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.841;QD=12.326;RBI=0.0124826;REFB=-0.00795881;REVB=-0.000808799;RO=107;SAF=25;SAR=38;SRF=36;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712608;STB=0.554557;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0131973;OID=.;OPOS=44470676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:107:108:63:64:0.372093:38:25:36:71:38:26:35:73 chr20 44501458 . A G 526.74 PASS AF=0.401316;AO=61;DP=154;FAO=61;FDP=152;FR=.;FRO=91;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.00347199;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.098;QD=13.8616;RBI=0.00848756;REFB=-0.0167602;REVB=0.00774493;RO=87;SAF=31;SAR=30;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00946775;STB=0.508194;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0279306;OID=.;OPOS=44501458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:87:91:61:61:0.401316:30:31:45:42:30:31:45:46 chr20 44505973 . T C 176.75 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0077914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0187;QD=13.3394;RBI=0.0631267;REFB=0.00399536;REVB=-0.062644;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235192;STB=0.634797;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0100018;OID=.;OPOS=44505973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:12:9:21:11:12:9:21:11 chr20 44506418 . G A 454.91 PASS AF=0.358108;AO=53;DP=148;FAO=53;FDP=148;FR=.;FRO=95;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.00113804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.573;QD=12.2948;RBI=0.00521707;REFB=-0.00172455;REVB=-0.00509143;RO=95;SAF=20;SAR=33;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203486;STB=0.616226;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00306695;OID=.;OPOS=44506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:95:95:53:53:0.358108:33:20:53:42:33:20:53:42 chr20 44512792 . CTG C,CAC 132.67 PASS AF=0.253731,0.0447761;AO=16,3;DP=66;FAO=17,3;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=7,3;FSAR=10,0;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0234143,-0.0189775;FXX=0.0147037;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=219.616,121.778;QD=7.92047;RBI=0.0237909,0.0206148;REFB=0.00315071,0.00909006;REVB=-0.00421604,0.00805138;RO=46;SAF=6,3;SAR=10,0;SRF=19;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0482718,0.524879;STB=0.505697,0.99708;STBP=0.991,0.051;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0055098,-0.0192149;OID=.,.;OPOS=44512793,44512793;OREF=TG,TG;OALT=-,AC;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253731,0.0447761:16,3:66:17,3:67:47:7,3:10,0:19:28:99:46:6,3:10,0:19:27 chr20 44513289 . T C 581.88 PASS AF=0.269841;AO=83;DP=313;FAO=85;FDP=315;FR=.;FRO=230;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=116;FSRR=114;FWDB=-0.0469443;FXX=0.00943367;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9945;QD=7.38892;RBI=0.0472488;REFB=0.00343204;REVB=-0.00535525;RO=230;SAF=29;SAR=54;SRF=114;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186262;STB=0.603809;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0102784;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:315:230:230:83:85:0.269841:54:29:114:116:54:31:116:114 chr20 44513357 . G A 533.12 PASS AF=0.265993;AO=70;DP=289;FAO=79;FDP=297;FR=.;FRO=218;FSAF=16;FSAR=63;FSRF=105;FSRR=113;FWDB=-0.0223739;FXX=0.00335559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.232;QD=7.18001;RBI=0.022786;REFB=-0.00254176;REVB=0.00431417;RO=206;SAF=15;SAR=55;SRF=95;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345341;STB=0.730179;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00428317;OID=.;OPOS=44513357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:297:206:218:70:79:0.265993:55:15:95:111:63:16:105:113 chr20 44523547 . G A 541.36 PASS AF=0.412587;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=26;FWDB=0.0220291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.342;QD=15.1428;RBI=0.0293744;REFB=-0.0225549;REVB=0.0194312;RO=83;SAF=30;SAR=29;SRF=57;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187219;STB=0.607295;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0259197;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:83:84:59:59:0.412587:29:30:57:26:29:30:58:26 chr20 44578674 . T A 526.66 PASS AF=0.300429;AO=69;DP=234;FAO=70;FDP=233;FR=.;FRO=163;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=87;FSRR=76;FWDB=-0.00465014;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6918;QD=9.0414;RBI=0.0107999;REFB=-0.00841449;REVB=-0.00974746;RO=161;SAF=38;SAR=31;SRF=87;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125658;STB=0.506415;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0159835;OID=.;OPOS=44578674;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:161:163:69:70:0.300429:31:38:87:74:32:38:87:76 chr20 44578961 . A G 705.91 PASS AF=0.346614;AO=85;DP=249;FAO=87;FDP=251;FR=.;FRO=164;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=62;FSRR=102;FWDB=-0.00454546;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.393;QD=11.2495;RBI=0.006558;REFB=4.69464e-05;REVB=-0.00472717;RO=164;SAF=44;SAR=41;SRF=62;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160615;STB=0.583269;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-9.86862e-05;OID=.;OPOS=44578961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:251:164:164:85:87:0.346614:41:44:62:102:43:44:62:102 chr20 44596207 . C G 2478.3 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110758;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.256;QD=61.1927;RBI=0.0297323;REFB=0;REVB=0.0275924;RO=0;SAF=89;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516635;OID=.;OPOS=44596207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:162:0:0:159:162:1:70:89:0:0:73:89:0:0 chr20 44637624 . C T 1212.71 PASS AF=0.307985;AO=160;DP=492;FAO=162;FDP=526;FR=.;FRO=364;FSAF=92;FSAR=70;FSRF=206;FSRR=158;FWDB=0.00160392;FXX=0.011278;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.9679;QD=9.22215;RBI=0.0472868;REFB=-0.00768235;REVB=-0.0472596;RO=331;SAF=91;SAR=69;SRF=187;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455301;STB=0.501386;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0279726;OID=.;OPOS=44637624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:492:526:331:364:160:162:0.307985:69:91:187:144:70:92:206:158 chr20 44640225 . A G 1207.82 PASS AF=0.572917;AO=110;DP=192;FAO=110;FDP=192;FR=.;FRO=82;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00405088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.991;QD=25.163;RBI=0.0116938;REFB=-0.015634;REVB=-0.0109698;RO=79;SAF=51;SAR=59;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258054;STB=0.505334;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0123999;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:79:82:110:110:0.572917:59:51:34:45:59:51:37:45 chr20 44642406 . G C 2678.89 PASS AF=0.994253;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0456047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8644;QD=61.5837;RBI=0.046796;REFB=-0.0458623;REVB=0.0104921;RO=1;SAF=81;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514591;STB=0.502702;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000172813;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:174:1:1:173:173:0.994253:92:81:0:1:92:81:0:1 chr20 44642833 . A C 1372.87 PASS AF=0.337255;AO=172;DP=511;FAO=172;FDP=510;FR=.;FRO=338;FSAF=82;FSAR=90;FSRF=238;FSRR=100;FWDB=0.00349569;FXX=0.00195691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.419;QD=10.7676;RBI=0.00708997;REFB=-0.0157396;REVB=-0.00616829;RO=338;SAF=82;SAR=90;SRF=238;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263853;STB=0.648925;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0248977;OID=.;OPOS=44642833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:511:510:338:338:172:172:0.337255:90:82:238:100:90:82:238:100 chr20 44664491 . C A 396.69 PASS AF=0.304598;AO=53;DP=174;FAO=53;FDP=174;FR=.;FRO=121;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=0.0293813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.406;QD=9.11935;RBI=0.0306046;REFB=-0.0048928;REVB=0.0085662;RO=121;SAF=27;SAR=26;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353961;STB=0.50206;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0119796;OID=.;OPOS=44664491;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:121:121:53:53:0.304598:26:27:62:59:26:27:62:59 chr20 44665946 . T C 1240.05 PASS AF=0.426573;AO=86;DP=277;FAO=122;FDP=286;FR=.,HEALED;FRO=151;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=70;FSRR=81;FWDB=-0.0223673;FXX=0.0069442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.953;QD=17.3434;RBI=0.0244984;REFB=-0.015992;REVB=-0.00999379;RO=70;SAF=51;SAR=35;SRF=20;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248929;STB=0.542795;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0256314;OID=.;OPOS=44665946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:286:70:151:86:122:0.426573:35:51:20:50:56:66:70:81 chr20 44671880 . C T 1339.3 PASS AF=0.389744;AO=152;DP=390;FAO=152;FDP=390;FR=.;FRO=238;FSAF=69;FSAR=83;FSRF=100;FSRR=138;FWDB=0.0165294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0288;QD=13.7364;RBI=0.0293231;REFB=0.0105299;REVB=0.0242202;RO=237;SAF=69;SAR=83;SRF=100;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352123;STB=0.520868;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0168195;OID=.;OPOS=44671880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:390:237:238:152:152:0.389744:83:69:100:137:83:69:100:138 chr20 44676727 . T A 396.39 PASS AF=0.306358;AO=53;DP=172;FAO=53;FDP=173;FR=.;FRO=120;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=71;FWDB=-0.0353479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0088;QD=9.16507;RBI=0.0353541;REFB=0.00143929;REVB=-0.000664904;RO=118;SAF=20;SAR=33;SRF=49;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471723;STB=0.522599;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00438516;OID=.;OPOS=44676727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:118:120:53:53:0.306358:33:20:49:69:33:20:49:71 chr20 44678348 . G A 3171.36 PASS AF=0.959276;AO=212;DP=221;FAO=212;FDP=221;FR=.;FRO=9;FSAF=125;FSAR=87;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00418111;FXX=0.0045043;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.789;QD=57.4002;RBI=0.0118665;REFB=-0.0615022;REVB=-0.0111055;RO=9;SAF=125;SAR=87;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204333;STB=0.510741;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-7.15629e-05;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:221:221:9:9:212:212:0.959276:87:125:3:6:87:125:3:6 chr20 44680412 . C T 1864.63 PASS AF=0.506887;AO=183;DP=371;FAO=184;FDP=363;FR=.;FRO=179;FSAF=87;FSAR=97;FSRF=85;FSRR=94;FWDB=-0.00791545;FXX=0.0268089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.151;QD=20.5469;RBI=0.0116167;REFB=-0.00410008;REVB=-0.00850261;RO=157;SAF=87;SAR=96;SRF=73;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888165;STB=0.501006;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00466782;OID=.;OPOS=44680412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:363:157:179:183:184:0.506887:96:87:73:84:97:87:85:94 chr20 44680413 . G T 33.1 PASS AF=0.0546448;AO=20;DP=362;FAO=20;FDP=366;FR=.;FRO=346;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=164;FSRR=182;FWDB=-0.00708064;FXX=0.0161286;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.55;QD=0.361774;RBI=0.00763556;REFB=-0.00231572;REVB=-0.00285768;RO=334;SAF=10;SAR=10;SRF=161;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183762;STB=0.524566;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.019786;OID=.;OPOS=44680413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:362:366:334:346:20:20:0.0546448:10:10:161:173:10:10:164:182 chr20 44688302 . G A 772.85 PASS AF=0.376033;AO=84;DP=243;FAO=91;FDP=242;FR=.;FRO=151;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=57;FSRR=94;FWDB=-0.00236599;FXX=0.0122444;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.411;QD=12.7743;RBI=0.00569283;REFB=0.00024402;REVB=-0.00517788;RO=131;SAF=30;SAR=54;SRF=46;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00708545;STB=0.50471;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00038318;OID=.;OPOS=44688302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:242:131:151:84:91:0.376033:54:30:46:85:56:35:57:94 chr20 44688665 . G A 2332.57 PASS AF=0.591398;AO=189;DP=341;FAO=220;FDP=372;FR=.;FRO=152;FSAF=109;FSAR=111;FSRF=72;FSRR=80;FWDB=0.0499934;FXX=0.00534745;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1079;QD=25.0814;RBI=0.0558336;REFB=-0.0404209;REVB=0.0248605;RO=152;SAF=97;SAR=92;SRF=73;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270495;STB=0.508897;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0434219;OID=.;OPOS=44688665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:372:152:152:189:220:0.591398:92:97:73:79:111:109:72:80 chr20 44688730 . G A 3680.03 PASS AF=1;AO=232;DP=240;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350239;FXX=0.0291655;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7184;QD=63.1764;RBI=0.0351481;REFB=0.0627127;REVB=0.00295245;RO=1;SAF=101;SAR=131;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00362414;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249803;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:240:233:1:0:232:233:1:131:101:0:1:132:101:0:0 chr20 44746982 . T C 372.31 PASS AF=0.296512;AO=48;DP=168;FAO=51;FDP=172;FR=.;FRO=121;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=-0.0127796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.402;QD=8.65847;RBI=0.0155571;REFB=-0.0222753;REVB=0.00887144;RO=120;SAF=22;SAR=26;SRF=63;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809097;STB=0.568601;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0507983;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:172:120:121:48:51:0.296512:26:22:63:57:29:22:64:57 chr20 44806628 . G A 1180.54 PASS AF=0.487603;AO=117;DP=234;FAO=118;FDP=242;FR=.;FRO=124;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=54;FSRR=70;FWDB=0.000136404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.906;QD=19.5131;RBI=0.0380419;REFB=-0.021382;REVB=0.0380417;RO=117;SAF=53;SAR=64;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157365;STB=0.507086;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.025179;OID=.;OPOS=44806628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:242:117:124:117:118:0.487603:64:53:51:66:65:53:54:70 chr20 44994696 . A G 1436.71 PASS AF=0.598174;AO=129;DP=219;FAO=131;FDP=219;FR=.;FRO=88;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.00735412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5684;QD=26.2413;RBI=0.01092;REFB=0.0107558;REVB=-0.00807235;RO=88;SAF=65;SAR=64;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199249;STB=0.51373;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00641455;OID=.;OPOS=44994696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:88:88:129:131:0.598174:64:65:42:46:64:67:42:46 chr20 44996182 . A G 1398.4 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104813;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.446;QD=62.8494;RBI=0.105758;REFB=0;REVB=-0.0141069;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111786;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:52:36:0:0:52:37:0:0 chr20 44999028 . T C 707.65 PASS AF=0.522388;AO=67;DP=133;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.00488297;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.886;QD=21.1238;RBI=0.00565538;REFB=-0.0392044;REVB=0.00285305;RO=63;SAF=30;SAR=37;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888208;STB=0.55401;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.021263;OID=.;OPOS=44999028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:63:64:67:70:0.522388:37:30:22:41:37:33:23:41 chr20 45021740 . T C 334.36 PASS AF=0.344262;AO=42;DP=122;FAO=42;FDP=122;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0181647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.278;QD=10.9628;RBI=0.0204356;REFB=-0.00588597;REVB=-0.00936264;RO=78;SAF=22;SAR=20;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458276;STB=0.533736;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0165494;OID=.;OPOS=45021740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:78:80:42:42:0.344262:20:22:44:34:20:22:46:34 chr20 45085437 . C CTTT,T 1398.47 PASS AF=0.542986,0.0588235;AO=111,15;DP=223;FAO=120,13;FDP=221;FR=.;FRO=88;FSAF=62,6;FSAR=58,7;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=0.0143811,-0.0379062;FXX=0.00896821;HRUN=0,1;LEN=3,1;MLLD=210.848,90.5471;QD=25.3116;RBI=0.0156924,0.0678373;REFB=-0.00717653,-0.00810857;REVB=-0.00627983,-0.0562585;RO=89;SAF=57,8;SAR=54,7;SRF=35;SRR=54;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0981117,0.175024;STB=0.5502,0.556329;STBP=0.096,0.678;TYPE=ins,snp;VARB=0.00603272,0.0660707;OID=.,.;OPOS=45085438,45085437;OREF=-,C;OALT=TTT,T;OMAPALT=CTTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:221:89:88:111,15:120,13:0.542986,0.0588235:54,7:57,8:35:54:58,7:62,6:35:53 chr20 45131618 . A G 916.82 PASS AF=0.572414;AO=81;DP=141;FAO=83;FDP=145;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00395817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.33;QD=25.2917;RBI=0.00977909;REFB=-0.00754249;REVB=-0.00894223;RO=59;SAF=31;SAR=50;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737672;STB=0.537901;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00566868;OID=.;OPOS=45131618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:145:59:62:81:83:0.572414:50:31:28:31:50:33:30:32 chr20 45170213 . A G 1154.64 PASS AF=0.668874;AO=100;DP=152;FAO=101;FDP=151;FR=.;FRO=50;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0375109;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2483;QD=30.5865;RBI=0.0407111;REFB=-0.0237593;REVB=-0.0158217;RO=51;SAF=48;SAR=52;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105075;STB=0.554901;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0120094;OID=.;OPOS=45170213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:51:50:100:101:0.668874:52:48:16:35:52:49:16:34 chr20 45174026 . A C 1211.26 PASS AF=0.62069;AO=108;DP=174;FAO=108;FDP=174;FR=.;FRO=66;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0159757;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.068;QD=27.8451;RBI=0.0333896;REFB=-0.0062684;REVB=-0.0293197;RO=65;SAF=49;SAR=59;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697578;STB=0.53487;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00387667;OID=.;OPOS=45174026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:65:66:108:108:0.62069:59:49:36:29:59:49:36:30 chr20 45194904 . C G 3798.94 PASS AF=0.595113;AO=340;DP=571;FAO=341;FDP=573;FR=.;FRO=232;FSAF=159;FSAR=182;FSRF=105;FSRR=127;FWDB=-0.00167799;FXX=0.00693229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.339;QD=26.5197;RBI=0.00231895;REFB=-0.00420753;REVB=0.00160058;RO=231;SAF=159;SAR=181;SRF=105;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987532;STB=0.505572;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00280903;OID=.;OPOS=45194904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:571:573:231:232:340:341:0.595113:181:159:105:126:182:159:105:127 chr20 45242269 . G C 1214.68 PASS AF=0.390582;AO=141;DP=361;FAO=141;FDP=361;FR=.;FRO=220;FSAF=61;FSAR=80;FSRF=78;FSRR=142;FWDB=-0.00379277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.279;QD=13.459;RBI=0.0139318;REFB=-0.00461691;REVB=0.0134056;RO=220;SAF=61;SAR=80;SRF=78;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877287;STB=0.549097;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00703768;OID=.;OPOS=45242269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:361:220:220:141:141:0.390582:80:61:78:142:80:61:78:142 chr20 45717954 . C T 3618.65 PASS AF=1;AO=229;DP=235;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329404;FXX=0.0212757;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.748;QD=62.9331;RBI=0.0528239;REFB=-0.00660627;REVB=0.0412952;RO=1;SAF=88;SAR=141;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02137e-05;OID=.;OPOS=45717954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:235:230:1:0:229:230:1:141:88:1:0:142:88:0:0 chr20 45817255 . A C 3096.34 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232536;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9722;QD=61.6187;RBI=0.0272319;REFB=0;REVB=-0.014172;RO=0;SAF=92;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68928e-05;OID=.;OPOS=45817255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:201:0:0:199:201:1:107:92:0:0:108:93:0:0 chr20 45839078 . C A,T 171.55 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=2,13;DP=15;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103535,0.013273;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.6546,78.6924;QD=45.7462;RBI=0.0283121,0.0790901;REFB=0,0;REVB=-0.0263511,0.0779684;RO=0;SAF=2,9;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00604327,0.000139654;OID=.,.;OPOS=45839078,45839078;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:15:15:0:0:2,13:2,13:0.133333,0.866667:0,4:2,9:0:0:0,4:2,9:0:0 chr20 45853037 . A G 468.61 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0171869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.67;QD=15.6203;RBI=0.0369888;REFB=-0.000702417;REVB=-0.0327534;RO=68;SAF=29;SAR=23;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288725;STB=0.516175;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000851634;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:68:52:52:0.433333:23:29:36:32:23:29:36:32 chr20 45976741 . A G 404.4 PASS AF=0.335526;AO=51;DP=152;FAO=51;FDP=152;FR=.;FRO=101;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0264396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1327;QD=10.6422;RBI=0.0338504;REFB=0.0130385;REVB=-0.0211376;RO=101;SAF=24;SAR=27;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607339;STB=0.503495;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0344787;OID=.;OPOS=45976741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:101:101:51:51:0.335526:27:24:47:54:27:24:47:54 chr20 46279814 . TGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAA TGCAGCAGCAGCAA,TGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAG 758.91 PASS AF=0.488,0.096;AO=26,30;DP=135;FAO=61,12;FDP=125;FR=.;FRO=52;FSAF=44,6;FSAR=17,6;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0351186,0.0336148;FXX=0.0740686;HRUN=1,1;LEN=9,10;MLLD=287.965,278.359;QD=24.2851;RBI=0.0431202,0.0503344;REFB=-0.0523858,-0.0480154;REVB=0.0250207,-0.0374646;RO=46;SAF=18,25;SAR=8,5;SRF=30;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0507119,0.268952;STB=0.576974,0.562398;STBP=0.109,0.674;TYPE=del,mnp;VARB=0.0463587,0.0566408;OID=.,.;OPOS=46279815,46279827;OREF=GCAGCAGCA,GCAGCAGCAA;OALT=-,ACAGCAGCAG;OMAPALT=TGCAGCAGCAGCAA,TGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488,0.096:26,30:135:61,12:125:52:44,6:17,6:30:22:99:46:18,25:8,5:30:16 chr20 46279860 . G A 32.78 PASS AF=0.0673575;AO=13;DP=193;FAO=13;FDP=193;FR=.;FRO=180;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=62;FSRR=118;FWDB=-0.0604255;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.337;QD=0.679442;RBI=0.0937462;REFB=-0.0109547;REVB=-0.0716736;RO=173;SAF=6;SAR=7;SRF=59;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137898;STB=0.611585;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.143059;OID=.;OPOS=46279860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:193:193:173:180:13:13:0.0673575:7:6:59:114:7:6:62:118 chr20 46282125 . T C 34.88 PASS AF=0.214286;AO=5;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.003924;FXX=0;HRUN=22;LEN=1;MLLD=138.482;QD=4.98257;RBI=0.00922405;REFB=-0.0141404;REVB=-0.00834778;RO=22;SAF=5;SAR=0;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.584204;STB=0.545312;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0284613;OID=.;OPOS=46282125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:28:22:22:5:6:0.214286:0:5:19:3:1:5:19:3 chr20 46365571 . A G 5961.17 PASS AF=1;AO=375;DP=375;FAO=376;FDP=376;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=234;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119358;FXX=0.00265245;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.63;QD=63.4167;RBI=0.0209862;REFB=0;REVB=0.0172614;RO=0;SAF=141;SAR=234;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34054e-05;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:375:376:0:0:375:376:1:234:141:0:0:234:142:0:0 chr20 46386095 . TCG GTC,TC,TGC 52.78 PASS AF=0.0514706,0.154412,0.0367647;AO=8,25,10;DP=144;FAO=7,21,5;FDP=136;FR=.;FRO=103;FSAF=0,7,5;FSAR=7,14,0;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.0315466,-0.00788623,-0.0212773;FXX=0.0555517;HRUN=1,6,1;LEN=3,1,2;MLLD=46.1837,8.24398,109.602;QD=1.55221;RBI=0.0404787,0.0537551,0.0511351;REFB=-0.0369449,-0.158041,-0.00971745;REVB=-0.0253641,-0.0531735,-0.0464982;RO=65;SAF=0,11,10;SAR=8,14,0;SRF=35;SRR=30;SSEN=0,0.7,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.65072,-0.118656,0.664046;STB=0.998678,0.694556,0.997639;STBP=0.001,0.062,0.03;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.109968,0.128912,0.0557196;OID=.,.,.;OPOS=46386095,46386097,46386096;OREF=TCG,G,CG;OALT=GTC,-,GC;OMAPALT=GTC,TC,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:144:136:65:103:8,25,10:7,21,5:0.0514706,0.154412,0.0367647:8,14,0:0,11,10:35:30:7,14,0:0,7,5:59:44 chr20 47241618 . A G 490.72 PASS AF=0.709677;AO=43;DP=61;FAO=44;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00262981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.5;QD=31.6595;RBI=0.00684569;REFB=0.00570047;REVB=0.00632041;RO=17;SAF=21;SAR=22;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522636;STB=0.516122;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00221471;OID=.;OPOS=47241618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:17:18:43:44:0.709677:22:21:10:7:22:22:10:8 chr20 47244417 . C T 5587.83 PASS AF=0.597839;AO=496;DP=833;FAO=498;FDP=833;FR=.;FRO=335;FSAF=212;FSAR=286;FSRF=172;FSRR=163;FWDB=-0.00681186;FXX=0.00239518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.597;QD=26.8323;RBI=0.0129962;REFB=-0.00129855;REVB=-0.0110679;RO=331;SAF=211;SAR=285;SRF=171;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685174;STB=0.535694;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00091085;OID=.;OPOS=47244417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:833:833:331:335:496:498:0.597839:285:211:171:160:286:212:172:163 chr20 47244450 . G A 6056.22 PASS AF=0.614499;AO=533;DP=871;FAO=534;FDP=869;FR=.;FRO=335;FSAF=228;FSAR=306;FSRF=172;FSRR=163;FWDB=0.0440971;FXX=0.00458185;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6627;QD=27.8767;RBI=0.0810248;REFB=-0.0070793;REVB=0.067974;RO=334;SAF=227;SAR=306;SRF=171;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624045;STB=0.533723;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00330218;OID=.;OPOS=47244450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:871:869:334:335:533:534:0.614499:306:227:171:163:306:228:172:163 chr20 47246077 . C G 2826.73 PASS AF=0.622829;AO=249;DP=400;FAO=251;FDP=403;FR=.;FRO=152;FSAF=109;FSAR=142;FSRF=71;FSRR=81;FWDB=0.0332661;FXX=0.00982777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5345;QD=28.0569;RBI=0.0376296;REFB=-0.0312371;REVB=0.0175883;RO=151;SAF=107;SAR=142;SRF=70;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241347;STB=0.512562;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0196806;OID=.;OPOS=47246077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:403:151:152:249:251:0.622829:142:107:70:81:142:109:71:81 chr20 47246127 . G A 2492.29 PASS AF=0.655385;AO=212;DP=325;FAO=213;FDP=325;FR=.;FRO=112;FSAF=91;FSAR=122;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=0.0193159;FXX=0.00306739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.616;QD=30.6743;RBI=0.0193263;REFB=-0.0160894;REVB=-0.000632969;RO=113;SAF=91;SAR=121;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026184;STB=0.516112;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00813731;OID=.;OPOS=47246127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:325:113:112:212:213:0.655385:121:91:53:60:122:91:53:59 chr20 47249116 . G A 2549.83 PASS AF=0.531317;AO=245;DP=463;FAO=246;FDP=463;FR=.;FRO=217;FSAF=117;FSAR=129;FSRF=109;FSRR=108;FWDB=0.0450428;FXX=0.00215513;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.587;QD=22.0288;RBI=0.0472001;REFB=-0.0325113;REVB=-0.0141065;RO=218;SAF=116;SAR=129;SRF=109;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229691;STB=0.512525;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0296414;OID=.;OPOS=47249116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:463:218:217:245:246:0.531317:129:116:109:109:129:117:109:108 chr20 47249170 . G A 2328.81 PASS AF=0.506726;AO=224;DP=446;FAO=226;FDP=446;FR=.;FRO=220;FSAF=118;FSAR=108;FSRF=103;FSRR=117;FWDB=0.0151588;FXX=0.00668137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.282;QD=20.8862;RBI=0.0587669;REFB=0.00221393;REVB=0.0567782;RO=214;SAF=118;SAR=106;SRF=99;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573667;STB=0.526595;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00190201;OID=.;OPOS=47249170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:446:446:214:220:224:226:0.506726:106:118:99:115:108:118:103:117 chr20 47253150 . T C 6974.89 PASS AF=1;AO=437;DP=439;FAO=438;FDP=438;FR=.;FRO=0;FSAF=205;FSAR=233;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401925;FXX=0.00454535;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1586;QD=63.6976;RBI=0.0419926;REFB=0.0126;REVB=0.0121633;RO=1;SAF=205;SAR=232;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00205314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.24243e-05;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:439:438:1:0:437:438:1:232:205:0:1:233:205:0:0 chr20 47256335 . G A 2347.35 PASS AF=0.616766;AO=206;DP=336;FAO=206;FDP=334;FR=.;FRO=128;FSAF=109;FSAR=97;FSRF=63;FSRR=65;FWDB=-0.0124024;FXX=0.0059522;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.042;QD=28.112;RBI=0.027882;REFB=-0.00170776;REVB=-0.0249717;RO=126;SAF=109;SAR=97;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261589;STB=0.51418;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00100848;OID=.;OPOS=47256335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:334:126:128:206:206:0.616766:97:109:62:64:97:109:63:65 chr20 47258761 . G A 2880.33 PASS AF=0.628079;AO=254;DP=402;FAO=255;FDP=406;FR=.;FRO=151;FSAF=99;FSAR=156;FSRF=64;FSRR=87;FWDB=0.0148566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8434;QD=28.3776;RBI=0.0259539;REFB=-0.00883931;REVB=-0.0212811;RO=148;SAF=98;SAR=156;SRF=62;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237611;STB=0.513852;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00649071;OID=.;OPOS=47258761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:406:148:151:254:255:0.628079:156:98:62:86:156:99:64:87 chr20 47261017 . T C 1013.71 PASS AF=0.541899;AO=97;DP=179;FAO=97;FDP=179;FR=.;FRO=82;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.0177061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.256;QD=22.6526;RBI=0.0180451;REFB=-0.00153215;REVB=0.0034816;RO=82;SAF=58;SAR=39;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632351;STB=0.534555;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00135159;OID=.;OPOS=47261017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:82:82:97:97:0.541899:39:58:43:39:39:58:43:39 chr20 47262549 . C T 804.96 PASS AF=0.61157;AO=74;DP=121;FAO=74;FDP=121;FR=.;FRO=47;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0413501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.574;QD=26.6104;RBI=0.0416531;REFB=-0.00288727;REVB=0.00501544;RO=47;SAF=49;SAR=25;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844273;STB=0.545882;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00183756;OID=.;OPOS=47262549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:47:47:74:74:0.61157:25:49:26:21:25:49:26:21 chr20 47307618 . G A 1784.59 PASS AF=0.462871;AO=187;DP=407;FAO=187;FDP=404;FR=.;FRO=217;FSAF=121;FSAR=66;FSRF=107;FSRR=110;FWDB=0.0403279;FXX=0.0122246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1421;QD=17.6692;RBI=0.0538066;REFB=-0.0195183;REVB=0.0356203;RO=212;SAF=121;SAR=66;SRF=105;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15208;STB=0.585947;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0247752;OID=.;OPOS=47307618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:404:212:217:187:187:0.462871:66:121:105:107:66:121:107:110 chr20 47775441 . A AAAATAAAT,T 295.96 PASS AF=0.714286,0;AO=20,6;DP=54;FAO=30,0;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=12,0;FSAR=18,0;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0399753,-0.0511282;FXX=0.192271;HRUN=5,5;LEN=8,1;MLLD=160.12,84.1624;QD=28.1869;RBI=0.0427024,0.0538643;REFB=-0.0212846,-0.0243896;REVB=0.0150158,-0.0169489;RO=20;SAF=6,6;SAR=14,0;SRF=17;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.463157,0.634396;STB=0.622561,0.5;STBP=0.015,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0112525,0;OID=.,.;OPOS=47775442,47775441;OREF=-,A;OALT=AAATAAAT,T;OMAPALT=AAAATAAAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:54:42:20:12:20,6:30,0:0.714286,0:14,0:6,6:17:3:18,0:12,0:10:2 chr20 47775474 . A AC,ACC 859.39 PASS AF=0.986667,0;AO=118,25;DP=222;FAO=222,0;FDP=225;FR=.;FRO=3;FSAF=118,0;FSAR=104,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.043174,0.0199109;FXX=0.0174665;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=6.94342,8.41052;QD=15.278;RBI=0.119808,0.0601863;REFB=-0.0435955,-0.0261529;REVB=0.111758,0.0567974;RO=67;SAF=51,20;SAR=67,5;SRF=37;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0811491,0.345398;STB=0.502652,0.5;STBP=0.464,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0300254,-0.103722;OID=.,.;OPOS=47775475,47775475;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=AC,ACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.986667,0:118,25:222:222,0:225:3:118,0:104,0:1:2:3:67:51,20:67,5:37:30 chr20 47850182 . C T 3140.17 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237807;FXX=0.0101005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2567;QD=64.0851;RBI=0.0358933;REFB=0;REVB=-0.0268851;RO=1;SAF=101;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101873;OID=.;OPOS=47850182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:1:0:195:196:1:94:101:1:0:94:102:0:0 chr20 47859217 . G A 1742.21 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00643365;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.305;QD=59.0579;RBI=0.027436;REFB=-0.109894;REVB=0.026671;RO=2;SAF=73;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215723;STB=0.511362;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00012238;OID=.;OPOS=47859217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:116:116:0.983051:43:73:0:2:43:73:0:2 chr20 47862450 . T C 1539.88 PASS AF=0.932203;AO=110;DP=118;FAO=110;FDP=118;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0282607;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4684;QD=52.1992;RBI=0.0297926;REFB=-0.0283316;REVB=-0.00943049;RO=6;SAF=29;SAR=81;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00875767;STB=0.509633;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00785144;OID=.;OPOS=47862450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:118:118:6:8:110:110:0.932203:81:29:2:4:81:29:3:5 chr20 47865372 . G A 3380.11 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014942;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.793;QD=62.0204;RBI=0.0156894;REFB=-0.0365506;REVB=0.00478452;RO=1;SAF=98;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152829;OID=.;OPOS=47865372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:217:218:1:0:216:218:1:118:98:0:1:119:99:0:0 chr20 47865509 . G A 1328.23 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000904928;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.83;QD=61.0682;RBI=0.0277684;REFB=-0.0590632;REVB=0.0277536;RO=1;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106464;STB=0.505617;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=9.61537e-05;OID=.;OPOS=47865509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:1:1:86:86:0.988506:44:42:0:1:44:42:0:1 chr20 47872377 . C G 1530.01 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.086;QD=63.7502;RBI=0.0188546;REFB=0;REVB=0.0187377;RO=0;SAF=35;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55045e-05;OID=.;OPOS=47872377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:61:35:0:0:61:35:0:0 chr20 47886684 . G A 2853.07 PASS AF=1;AO=182;DP=184;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876919;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.508;QD=62.7049;RBI=0.00883018;REFB=-0.10512;REVB=-0.00103606;RO=0;SAF=74;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29044e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59568e-06;OID=.;OPOS=47886684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:182:0:0:182:182:1:108:74:0:0:108:74:0:0 chr20 48120777 . G A 1003.7 PASS AF=0.606897;AO=87;DP=147;FAO=88;FDP=145;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0111809;FXX=0.0268438;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8906;QD=27.6883;RBI=0.011181;REFB=-0.00264413;REVB=-5.02926e-05;RO=53;SAF=43;SAR=44;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370025;STB=0.528576;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00352426;OID=.;OPOS=48120777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:53:57:87:88:0.606897:44:43:29:24:45:43:32:25 chr20 48129706 . G T 1321.8 PASS AF=0.61;AO=120;DP=202;FAO=122;FDP=200;FR=.;FRO=78;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=-0.0120776;FXX=0.0147776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.318;QD=26.436;RBI=0.0234682;REFB=-0.00370918;REVB=0.0201219;RO=68;SAF=59;SAR=61;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12391;STB=0.571125;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00384857;OID=.;OPOS=48129706;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:200:68:78:120:122:0.61:61:59:46:22:63:59:52:26 chr20 48250747 . C A 239.99 PASS AF=0.306122;AO=26;DP=60;FAO=15;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0136733;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.183;QD=19.5909;RBI=0.0270293;REFB=-0.0090631;REVB=-0.0233158;RO=23;SAF=5;SAR=21;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136233;STB=0.812348;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0257558;OID=.;OPOS=48250747;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:60:49:23:23:26:15:0.306122:21:5:7:16:14:1:8:15 chr20 48257149 . C T 976.73 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0698513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5528;QD=57.4549;RBI=0.0712299;REFB=-0.125452;REVB=0.0139459;RO=1;SAF=14;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088349;STB=0.504672;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.000990388;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:53:14:0:1:53:14:0:1 chr20 48259034 . A G 1126.1 PASS AF=0.574586;AO=104;DP=181;FAO=104;FDP=181;FR=.;FRO=77;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0108088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4789;QD=24.8861;RBI=0.0114113;REFB=0.0149593;REVB=0.00365861;RO=76;SAF=58;SAR=46;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757912;STB=0.53852;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0106477;OID=.;OPOS=48259034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:76:77:104:104:0.574586:46:58:35:41:46:58:36:41 chr20 48411429 . A T 66.41 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0166679;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.4385;QD=13.2812;RBI=0.0988206;REFB=0.0151448;REVB=0.0974048;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937493;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00867823;OID=.;OPOS=48411429;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:5:6:4:5:5:6 chr20 48429508 . GG CC 2247.7 PASS AF=0.593838;AO=200;DP=345;FAO=212;FDP=357;FR=.;FRO=145;FSAF=63;FSAR=149;FSRF=48;FSRR=97;FWDB=0.0512323;FXX=0.0083331;HRUN=2;LEN=2;MLLD=247.303;QD=25.1844;RBI=0.05343;REFB=-0.0206957;REVB=0.0151662;RO=143;SAF=53;SAR=147;SRF=46;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544018;STB=0.516245;STBP=0.486;TYPE=mnp;VARB=0.0156432;OID=.;OPOS=48429508;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:357:143:145:200:212:0.593838:147:53:46:97:149:63:48:97 chr20 48491258 . T G 1424.5 PASS AF=0.621212;AO=123;DP=198;FAO=123;FDP=198;FR=.;FRO=75;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.00771658;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=306.314;QD=28.7777;RBI=0.0100398;REFB=-0.00431168;REVB=-0.00642276;RO=75;SAF=51;SAR=72;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562526;STB=0.530382;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00245862;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:75:75:123:123:0.621212:72:51:37:38:72:51:37:38 chr20 48522392 . G A 1173.34 PASS AF=0.648148;AO=104;DP=161;FAO=105;FDP=162;FR=.;FRO=57;FSAF=75;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0121126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7853;QD=28.9714;RBI=0.163603;REFB=-0.0183551;REVB=0.163154;RO=57;SAF=74;SAR=30;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12601;STB=0.569092;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0101022;OID=.;OPOS=48522392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:57:57:104:105:0.648148:30:74:31:26:30:75:31:26 chr20 48522585 . G A 1445.59 PASS AF=0.629442;AO=123;DP=197;FAO=124;FDP=197;FR=.;FRO=73;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00920492;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.509;QD=29.352;RBI=0.012275;REFB=-0.0139775;REVB=0.00812073;RO=72;SAF=62;SAR=61;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313021;STB=0.517764;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00913666;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:72:73:123:124:0.629442:61:62:33:39:62:62:33:40 chr20 48524827 . A G 1076.35 PASS AF=0.642384;AO=97;DP=152;FAO=97;FDP=151;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0374064;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.275;QD=28.5125;RBI=0.0389359;REFB=-0.00350312;REVB=0.0108055;RO=54;SAF=37;SAR=60;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437175;STB=0.5236;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00224935;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:54:54:97:97:0.642384:60:37:24:30:60:37:24:30 chr20 48569240 . TG T 1511.58 PASS AF=0.57606;AO=211;DP=404;FAO=231;FDP=401;FR=.;FRO=170;FSAF=98;FSAR=133;FSRF=71;FSRR=99;FWDB=-0.00308267;FXX=0.0098763;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.7316;QD=15.0781;RBI=0.0610644;REFB=-0.00306462;REVB=0.0609865;RO=164;SAF=91;SAR=120;SRF=69;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868156;STB=0.502864;STBP=0.887;TYPE=del;VARB=0.00696649;OID=.;OPOS=48569241;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.57606:211:404:231:401:170:98:133:71:99:99:164:91:120:69:95 chr20 48569278 . T C 2401.39 PASS AF=0.594005;AO=217;DP=367;FAO=218;FDP=367;FR=.;FRO=149;FSAF=100;FSAR=118;FSRF=63;FSRR=86;FWDB=-0.00155845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.922;QD=26.1732;RBI=0.00913816;REFB=-0.00606725;REVB=0.00900429;RO=149;SAF=100;SAR=117;SRF=63;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288988;STB=0.514708;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00491913;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:367:149:149:217:218:0.594005:117:100:63:86:118:100:63:86 chr20 48713049 . G A 1492.59 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00935338;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.386;QD=58.5331;RBI=0.0106339;REFB=-0.110359;REVB=0.00505902;RO=1;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784213;STB=0.504131;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000121881;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:101:101:0.990196:60:41:0:1:60:41:0:1 chr20 48729677 . C G 4416.71 PASS AF=1;AO=279;DP=279;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108928;FXX=0.00711718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.269;QD=63.322;RBI=0.0389771;REFB=0;REVB=0.0374241;RO=0;SAF=157;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58719e-05;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:279:279:0:0:279:279:1:122:157:0:0:122:157:0:0 chr20 48746189 . C T 6310.77 PASS AF=1;AO=385;DP=394;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=214;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.577;QD=63.1077;RBI=0.0435288;REFB=0;REVB=0.00520156;RO=0;SAF=178;SAR=207;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62021e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174495;OID=.;OPOS=48746189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:394:400:0:0:385:400:1:207:178:0:0:214:186:0:0 chr20 48770159 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8345;QD=62.0195;RBI=0.047684;REFB=0;REVB=0.00556928;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626142;OID=.;OPOS=48770159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr20 48808011 . C T 485.15 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.086;QD=58.806;RBI=0.0926543;REFB=0;REVB=0.0116113;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304877;OID=.;OPOS=48808011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:29:33:1:21:8:0:0:21:12:0:0 chr20 49214156 . A G 5504.28 PASS AF=1;AO=337;DP=341;FAO=353;FDP=353;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=202;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.849;QD=62.3714;RBI=0.0111759;REFB=0;REVB=-0.00641891;RO=0;SAF=141;SAR=196;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07738e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151404;OID=.;OPOS=49214156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:341:353:0:0:337:353:1:196:141:0:0:202:151:0:0 chr20 49367076 . T G 4161.9 PASS AF=0.981818;AO=270;DP=275;FAO=270;FDP=275;FR=.;FRO=5;FSAF=112;FSAR=158;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0273089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.8533;QD=60.5367;RBI=0.065262;REFB=-0.179923;REVB=0.0592735;RO=5;SAF=112;SAR=158;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00767776;STB=0.504028;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.000810803;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:275:275:5:5:270:270:0.981818:158:112:1:4:158:112:1:4 chr20 49369006 . A G 3135.81 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336387;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.721;QD=63.6713;RBI=0.0394874;REFB=-0.108224;REVB=0.0206807;RO=1;SAF=84;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419627;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171229;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:197:1:0:197:197:1:113:84:0:1:113:84:0:0 chr20 49369605 . C CCT 198.77 PASS AF=0.35443;AO=10;DP=83;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0105116;FXX=0.0595167;HRUN=2;LEN=2;MLLD=162.926;QD=10.0643;RBI=0.0128504;REFB=-0.0142663;REVB=0.0073918;RO=65;SAF=4;SAR=6;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186082;STB=0.745047;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.048584;OID=.;OPOS=49369606;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35443:10:83:28:79:51:7:21:32:19:99:65:4:6:36:29 chr20 49369613 . T TC 282.09 PASS AF=0.507937;AO=18;DP=92;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0158781;FXX=0.136968;HRUN=0;LEN=1;MLLD=159.806;QD=17.9104;RBI=0.102811;REFB=-0.0541744;REVB=-0.101578;RO=68;SAF=10;SAR=8;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16071;STB=0.62177;STBP=0.093;TYPE=ins;VARB=0.0312635;OID=.;OPOS=49369614;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507937:18:92:32:63:31:15:17:7:24:99:68:10:8:29:39 chr20 49369614 . T C 102.51 PASS AF=0.188889;AO=21;DP=94;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=-0.000927401;FXX=0.0425487;HRUN=11;LEN=1;MLLD=102.519;QD=4.55577;RBI=0.145511;REFB=-0.0390671;REVB=-0.145508;RO=69;SAF=12;SAR=9;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238738;STB=0.582688;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0439074;OID=.;OPOS=49369614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:90:69:73:21:17:0.188889:9:12:26:43:9:8:27:46 chr20 49509184 . G A 1615.89 PASS AF=0.581395;AO=149;DP=263;FAO=150;FDP=258;FR=.;FRO=108;FSAF=70;FSAR=80;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=-0.00819576;FXX=0.0264141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.018;QD=25.0526;RBI=0.0103806;REFB=0.0101469;REVB=-0.00637075;RO=103;SAF=69;SAR=80;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0022262;STB=0.502335;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0074448;OID=.;OPOS=49509184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:258:103:108:149:150:0.581395:80:69:48:55:80:70:51:57 chr20 49576348 . A G 616.02 PASS AF=0.366337;AO=74;DP=201;FAO=74;FDP=202;FR=.;FRO=128;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=-0.0168184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1121;QD=12.1984;RBI=0.0316981;REFB=0.00676148;REVB=-0.0268684;RO=124;SAF=39;SAR=35;SRF=61;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388234;STB=0.531952;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00866913;OID=.;OPOS=49576348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:124:128:74:74:0.366337:35:39:61:63:35:39:61:67 chr20 49577558 . C T 730.85 PASS AF=0.638095;AO=67;DP=105;FAO=67;FDP=105;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0402611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7237;QD=27.8418;RBI=0.0418196;REFB=0.0137136;REVB=0.0113104;RO=38;SAF=32;SAR=35;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676282;STB=0.536616;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00629919;OID=.;OPOS=49577558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:38:38:67:67:0.638095:35:32:22:16:35:32:22:16 chr20 49620783 . G T 407.91 PASS AF=0.342657;AO=49;DP=145;FAO=49;FDP=143;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=0.0294671;FXX=0.0137922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.991;QD=11.41;RBI=0.0334159;REFB=0.00103971;REVB=-0.015758;RO=94;SAF=18;SAR=31;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19046;STB=0.609556;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00185777;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:94:94:49:49:0.342657:31:18:50:44:31:18:50:44 chr20 49621149 . T C 121.23 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0206103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.807;QD=14.6946;RBI=0.0219531;REFB=-0.0505737;REVB=-0.00755999;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247318;STB=0.656431;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0388871;OID=.;OPOS=49621149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:5:8:7:12:5:9:7:12 chr20 50092027 . T G 2184.82 PASS AF=0.552;AO=199;DP=369;FAO=207;FDP=375;FR=.;FRO=168;FSAF=118;FSAR=89;FSRF=80;FSRR=88;FWDB=-0.0120122;FXX=0.0026595;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.905;QD=23.3047;RBI=0.0121496;REFB=0.0039647;REVB=-0.00182208;RO=169;SAF=114;SAR=85;SRF=81;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796415;STB=0.542377;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00396062;OID=.;OPOS=50092027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:375:169:168:199:207:0.552:85:114:81:88:89:118:80:88 chr20 50139784 . C CG 48.32 PASS AF=0.152778;AO=14;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0786339;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.199;QD=2.68464;RBI=0.0788093;REFB=-0.0172693;REVB=-0.00525628;RO=58;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241709;STB=0.517874;STBP=0.886;TYPE=ins;VARB=0.0768156;OID=.;OPOS=50139785;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152778:14:72:11:72:61:4:7:21:40:48:58:7:7:18:40 chr20 50139819 . TG T,TT 31.62 PASS AF=0.183673,0.0612245;AO=7,3;DP=47;FAO=9,3;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=2,0;FSAR=7,3;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0762406,0.0195002;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.25455,23.8669;QD=2.58126;RBI=0.105362,0.0625233;REFB=-0.0507026,-0.025081;REVB=-0.0727216,0.0594046;RO=29;SAF=2,0;SAR=5,3;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.282313,-0.557994;STB=0.745623,0.996519;STBP=0.135,0.059;TYPE=del,snp;VARB=0.019449,0.0460732;OID=.,.;OPOS=50139820,50139820;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183673,0.0612245:7,3:47:9,3:49:37:2,0:7,3:19:18:20:29:2,0:5,3:15:14 chr20 50287736 . C T 3661.79 PASS AF=1;AO=218;DP=228;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.387;QD=60.5255;RBI=0.131846;REFB=0;REVB=0.131532;RO=9;SAF=135;SAR=83;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489056;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101946;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:228:242:9:0:218:242:1:83:135:0:9:103:139:0:0 chr20 50287790 . A G 2603.14 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0616;QD=61.9796;RBI=0.026489;REFB=0;REVB=-0.025252;RO=0;SAF=89;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48617e-05;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:79:89:0:0:79:89:0:0 chr20 50407162 . T C 394.0 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0390517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.407;QD=19.9493;RBI=0.0390683;REFB=0.00347193;REVB=0.00113898;RO=39;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810632;STB=0.544911;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00176478;OID=.;OPOS=50407162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:21:19:15:24:21:19:15:24 chr20 50407502 . A C 1027.89 PASS AF=0.685039;AO=86;DP=127;FAO=87;FDP=127;FR=.;FRO=40;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00150532;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.04;QD=32.3744;RBI=0.0192696;REFB=-0.00888811;REVB=-0.0192107;RO=39;SAF=35;SAR=51;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777416;STB=0.535647;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00494151;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:39:40:86:87:0.685039:51:35:21:18:51:36:21:19 chr20 50408482 . A G,T 2045.29 PASS AF=0.955556,0.037037;AO=129,5;DP=135;FAO=129,5;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=88,5;FSAR=41,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00560461,-0.017988;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.405,60.6458;QD=60.6012;RBI=0.0118327,0.0224497;REFB=-0.00979122,-0.0362401;REVB=0.0104211,-0.013432;RO=1;SAF=88,5;SAR=41,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00537035,0;STB=0.502824,0.5;STBP=0.611,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000374904,0.156954;OID=.,.;OPOS=50408482,50408482;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:135:135:1:1:129,5:129,5:0.955556,0.037037:41,0:88,5:1:0:41,0:88,5:1:0 chr20 50769183 . G A 1269.37 PASS AF=0.581633;AO=114;DP=196;FAO=114;FDP=196;FR=.;FRO=82;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.00871297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.417;QD=25.9055;RBI=0.0145154;REFB=-0.0187886;REVB=0.0116095;RO=82;SAF=70;SAR=44;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100008;STB=0.554318;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0176584;OID=.;OPOS=50769183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:82:82:114:114:0.581633:44:70:40:42:44:70:40:42 chr20 50769379 . C T 1768.97 PASS AF=0.578571;AO=162;DP=280;FAO=162;FDP=280;FR=.;FRO=118;FSAF=92;FSAR=70;FSRF=54;FSRR=64;FWDB=-0.0147594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.523;QD=25.271;RBI=0.015436;REFB=-0.0031802;REVB=0.00451979;RO=118;SAF=92;SAR=70;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862475;STB=0.546739;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00225273;OID=.;OPOS=50769379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:118:118:162:162:0.578571:70:92:54:64:70:92:54:64 chr20 50769549 . A G 774.49 PASS AF=0.648148;AO=70;DP=108;FAO=70;FDP=108;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00456422;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.884;QD=28.6847;RBI=0.00568698;REFB=0.00602778;REVB=-0.00339257;RO=37;SAF=27;SAR=43;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606592;STB=0.536312;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00385604;OID=.;OPOS=50769549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:37:38:70:70:0.648148:43:27:11:26:43:27:11:27 chr20 50781709 . T C 303.32 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0875207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9526;QD=12.3804;RBI=0.0893335;REFB=0.00930772;REVB=0.0179057;RO=62;SAF=20;SAR=15;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168152;STB=0.601099;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0279655;OID=.;OPOS=50781709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:63:35:35:0.357143:15:20:26:36:15:20:26:37 chr20 50781725 . G A 632.83 PASS AF=0.602151;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00120468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.941;QD=27.2183;RBI=0.0186444;REFB=-0.0259117;REVB=0.0186055;RO=37;SAF=25;SAR=31;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127502;STB=0.569436;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0214977;OID=.;OPOS=50781725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:37:37:56:56:0.602151:31:25:23:14:31:25:23:14 chr20 50782102 . T C 848.25 PASS AF=0.49711;AO=86;DP=173;FAO=86;FDP=173;FR=.;FRO=87;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.00264764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4638;QD=19.6126;RBI=0.0498546;REFB=0.00133097;REVB=0.0497842;RO=87;SAF=33;SAR=53;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176013;STB=0.596938;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00219538;OID=.;OPOS=50782102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:87:87:86:86:0.49711:53:33:50:37:53:33:50:37 chr20 50803444 . C T 835.64 PASS AF=0.383065;AO=95;DP=248;FAO=95;FDP=248;FR=.;FRO=153;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=73;FSRR=80;FWDB=0.00174281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.409;QD=13.478;RBI=0.0160829;REFB=-0.0126663;REVB=0.0159882;RO=149;SAF=46;SAR=49;SRF=70;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156662;STB=0.504376;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0156234;OID=.;OPOS=50803444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:149:153:95:95:0.383065:49:46:70:79:49:46:73:80 chr20 50803573 . G A 214.87 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0237301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.639;QD=10.6106;RBI=0.0243171;REFB=0.00777385;REVB=-0.00531057;RO=54;SAF=11;SAR=16;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148489;STB=0.586553;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0112094;OID=.;OPOS=50803573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:54:27:27:0.333333:16:11:29:25:16:11:29:25 chr20 51218359 . C T 4253.25 PASS AF=0.98913;AO=273;DP=278;FAO=273;FDP=276;FR=.;FRO=3;FSAF=125;FSAR=148;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00713563;FXX=0.00719399;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.155;QD=61.6413;RBI=0.0121727;REFB=-0.028609;REVB=0.00986188;RO=1;SAF=125;SAR=148;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321092;STB=0.501364;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=6.79115e-05;OID=.;OPOS=51218359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:278:276:1:3:273:273:0.98913:148:125:0:1:148:125:1:2 chr20 51870849 . T C 3732.91 PASS AF=0.97561;AO=239;DP=245;FAO=240;FDP=246;FR=.;FRO=6;FSAF=155;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0697812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.878;QD=60.6978;RBI=0.0825888;REFB=-0.0837284;REVB=0.0441757;RO=2;SAF=154;SAR=85;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00614925;STB=0.50829;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000914759;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:245:246:2:6:239:240:0.97561:85:154:2:0:85:155:2:4 chr20 52105972 . C T 400.05 PASS AF=0.340278;AO=48;DP=145;FAO=49;FDP=144;FR=.;FRO=95;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.032279;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0455;QD=11.1126;RBI=0.0340602;REFB=0.00605928;REVB=-0.0108703;RO=96;SAF=20;SAR=28;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10906;STB=0.550877;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0125401;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:96:95:48:49:0.340278:28:20:49:47:28:21:48:47 chr20 52184380 . A T 38.99 PASS AF=0.0943396;AO=8;DP=104;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.0280456;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=188.365;QD=1.4712;RBI=0.0527089;REFB=-0.00256435;REVB=-0.0446281;RO=91;SAF=8;SAR=0;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623602;STB=0.905806;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0241057;OID=.;OPOS=52184380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:104:106:91:96:8:10:0.0943396:0:8:37:54:1:9:42:54 chr20 52184383 . A T 39.33 PASS AF=0.126316;AO=18;DP=88;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.106899;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=51.4256;QD=1.65621;RBI=0.127242;REFB=-0.0146038;REVB=-0.0690155;RO=59;SAF=8;SAR=10;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260524;STB=0.768734;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0854396;OID=.;OPOS=52184383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:88:95:59:83:18:12:0.126316:10:8:25:34:10:2:36:47 chr20 52192408 . C T 2081.16 PASS AF=0.61794;AO=186;DP=301;FAO=186;FDP=301;FR=.;FRO=115;FSAF=86;FSAR=100;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=0.0862374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.337;QD=27.6566;RBI=0.0863065;REFB=-0.00952902;REVB=0.00345471;RO=115;SAF=86;SAR=100;SRF=47;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383931;STB=0.520684;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00658404;OID=.;OPOS=52192408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:115:115:186:186:0.61794:100:86:47:68:100:86:47:68 chr20 52193368 . C T 1878.58 PASS AF=0.544343;AO=178;DP=328;FAO=178;FDP=327;FR=.;FRO=149;FSAF=57;FSAR=121;FSRF=72;FSRR=77;FWDB=0.012042;FXX=0.00304869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.112;QD=22.9795;RBI=0.0129069;REFB=-0.0113528;REVB=-0.00464525;RO=147;SAF=57;SAR=121;SRF=70;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140404;STB=0.580359;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00988315;OID=.;OPOS=52193368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:327:147:149:178:178:0.544343:121:57:70:77:121:57:72:77 chr20 52193660 . G A 861.94 PASS AF=0.480874;AO=87;DP=184;FAO=88;FDP=183;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=60;FWDB=0.0117418;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.969;QD=18.8403;RBI=0.0117577;REFB=0.00208261;REVB=0.000610556;RO=93;SAF=43;SAR=44;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131065;STB=0.568291;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00362281;OID=.;OPOS=52193660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:93:95:87:88:0.480874:44:43:33:60:44:44:35:60 chr20 52193698 . G A 657.96 PASS AF=0.452229;AO=71;DP=162;FAO=71;FDP=157;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=57;FWDB=-0.0025311;FXX=0.0308623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.04;QD=16.7632;RBI=0.0128355;REFB=-0.0110175;REVB=-0.0125835;RO=83;SAF=34;SAR=37;SRF=28;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138976;STB=0.578231;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0171195;OID=.;OPOS=52193698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:157:83:86:71:71:0.452229:37:34:28:55:37:34:29:57 chr20 52198340 . T A 1207.52 PASS AF=0.640719;AO=107;DP=166;FAO=107;FDP=167;FR=.;FRO=60;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0395484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.055;QD=28.9226;RBI=0.0400118;REFB=0.0104689;REVB=0.00607206;RO=58;SAF=58;SAR=49;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500497;STB=0.527149;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0067277;OID=.;OPOS=52198340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:58:60:107:107:0.640719:49:58:27:31:49:58:28:32 chr20 52611540 . C A 756.61 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0121252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5282;QD=50.4405;RBI=0.0713173;REFB=-0.00215688;REVB=0.070279;RO=3;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176765;STB=0.517851;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00128124;OID=.;OPOS=52611540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:60:60:3:4:56:56:0.933333:27:29:1:2:27:29:1:3 chr20 52645166 . A G 1745.23 PASS AF=0.354305;AO=208;DP=595;FAO=214;FDP=604;FR=.;FRO=390;FSAF=100;FSAR=114;FSRF=220;FSRR=170;FWDB=0.0290917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7261;QD=11.5578;RBI=0.0415421;REFB=-0.00545923;REVB=-0.0296549;RO=383;SAF=94;SAR=114;SRF=216;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127668;STB=0.562263;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0124694;OID=.;OPOS=52645166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:595:604:383:390:208:214:0.354305:114:94:216:167:114:100:220:170 chr20 52674615 . A G 2343.11 PASS AF=0.993548;AO=132;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=62;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0556835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.088;QD=60.4674;RBI=0.0716713;REFB=0.00973877;REVB=0.0451234;RO=1;SAF=60;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655601;STB=0.502702;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000390847;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:132:154:0.993548:72:60:0:1:92:62:0:1 chr20 52675188 . G T 361.44 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0341227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2863;QD=17.8488;RBI=0.0427311;REFB=0.0233194;REVB=-0.0257214;RO=43;SAF=24;SAR=14;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161473;STB=0.590377;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0271143;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:14:24:20:23:14:24:20:23 chr20 52675259 . G T 479.88 PASS AF=0.516484;AO=46;DP=90;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0206898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.837;QD=21.0936;RBI=0.0355725;REFB=-0.0260401;REVB=-0.0289367;RO=44;SAF=21;SAR=25;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385608;STB=0.525859;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0223468;OID=.;OPOS=52675259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:44:44:46:47:0.516484:25:21:22:22:26:21:22:22 chr20 52771261 . G A 485.27 PASS AF=0.381944;AO=55;DP=144;FAO=55;FDP=144;FR=.;FRO=89;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=-0.0351559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7106;QD=13.4797;RBI=0.0358976;REFB=0.00445143;REVB=0.00725975;RO=89;SAF=27;SAR=28;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101736;STB=0.55758;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00827061;OID=.;OPOS=52771261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:89:89:55:55:0.381944:28:27:52:37:28:27:52:37 chr20 52775528 . C T 1603.26 PASS AF=0.609442;AO=142;DP=234;FAO=142;FDP=233;FR=.;FRO=91;FSAF=77;FSAR=65;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0112095;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.006;QD=27.5238;RBI=0.0171773;REFB=-0.00111788;REVB=-0.0130157;RO=88;SAF=77;SAR=65;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300837;STB=0.510118;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.000768171;OID=.;OPOS=52775528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:88:91:142:142:0.609442:65:77:44:44:65:77:47:44 chr20 52786219 . G A 1508.16 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0170703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.722;QD=57.4538;RBI=0.0199665;REFB=0.0857646;REVB=-0.0103569;RO=2;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172477;STB=0.509089;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.000614886;OID=.;OPOS=52786219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:2:2:103:103:0.980952:54:49:0:2:54:49:0:2 chr20 54944791 . C G 2138.26 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.681;QD=62.8901;RBI=0.0253955;REFB=0;REVB=0.00497871;RO=0;SAF=65;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64011e-05;OID=.;OPOS=54944791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:70:65:0:0:71:65:0:0 chr20 54961463 . T C 4003.18 PASS AF=0.992337;AO=257;DP=259;FAO=259;FDP=261;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0210436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.601;QD=61.3513;RBI=0.0210883;REFB=-0.0654968;REVB=-0.00137304;RO=2;SAF=115;SAR=142;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066666;STB=0.503448;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=9.95344e-05;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:259:261:2:2:257:259:0.992337:142:115:0:2:144:115:0:2 chr20 54961541 . A T 2266.53 PASS AF=0.986486;AO=144;DP=148;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00071152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6694;QD=61.2576;RBI=0.0319189;REFB=0.00449295;REVB=0.031911;RO=4;SAF=66;SAR=78;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237588;STB=0.506172;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000158883;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:148:148:4:2:144:146:0.986486:78:66:0:4:80:66:0:2 chr20 55028167 . G A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0318872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.642;QD=52.7696;RBI=0.032862;REFB=0.0551963;REVB=-0.0079444;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00132846;OID=.;OPOS=55028167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:18:10:1:0:18:10:1:0 chr20 55033476 . C G 2071.03 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6799;QD=61.3639;RBI=0.0478373;REFB=-0.103343;REVB=0.0268022;RO=0;SAF=84;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288446;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:134:135:0:0:133:135:1:49:84:0:0:49:86:0:0 chr20 55033635 . C T 1189.19 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.834;QD=60.9841;RBI=0.0598408;REFB=0;REVB=0.0219599;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176305;OID=.;OPOS=55033635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:49:28:0:0:49:29:0:0 chr20 55033647 . T C 939.17 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.289;QD=57.795;RBI=0.0247629;REFB=0;REVB=0.013669;RO=1;SAF=23;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134443;OID=.;OPOS=55033647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:41:23:1:0:41:24:0:0 chr20 55033713 . G A 422.49 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0303821;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.304;QD=54.5143;RBI=0.0406413;REFB=-0.1747;REVB=0.0269934;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0012139;OID=.;OPOS=55033713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:0:1:30:30:0.967742:19:11:0:0:19:11:1:0 chr20 55066633 . T G 495.64 PASS AF=0.328042;AO=62;DP=188;FAO=62;FDP=189;FR=.;FRO=127;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=-0.00827205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6061;QD=10.4898;RBI=0.00995838;REFB=0.017835;REVB=0.0055446;RO=126;SAF=30;SAR=32;SRF=60;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00895707;STB=0.502392;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0449411;OID=.;OPOS=55066633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:126:127:62:62:0.328042:32:30:60:66:32:30:61:66 chr20 55072459 . AAT AA,A 153.23 PASS AF=0,0.613636;AO=6,11;DP=47;FAO=0,27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=0,9;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.0019176,-0.0351532;FXX=0.0638162;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=10.6693,19.2775;QD=13.9304;RBI=0.22102,0.0353145;REFB=-0.0110021,-0.0320253;REVB=-0.221012,0.0033717;RO=14;SAF=0,8;SAR=6,3;SRF=0;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.619652;STB=0.5,0.660281;STBP=1,0.046;TYPE=del,del;VARB=0,0.0272192;OID=.,.;OPOS=55072461,55072460;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.613636:6,11:47:0,27:44:17:0,9:0,18:0:17:79:14:0,8:6,3:0:14 chr20 55072472 . A G 666.14 PASS AF=1;AO=29;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.282;QD=59.2121;RBI=0.107487;REFB=0;REVB=0.0840562;RO=0;SAF=3;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000902557;OID=.;OPOS=55072472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:29:45:1:26:3:0:0:35:10:0:0 chr20 55088404 . A G 3744.21 PASS AF=1;AO=234;DP=234;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.207;QD=63.4613;RBI=0.00581613;REFB=0;REVB=0.00113491;RO=0;SAF=114;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00537e-06;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:236:0:0:234:236:1:120:114:0:0:122:114:0:0 chr20 55108617 . C A 5546.54 PASS AF=1;AO=327;DP=327;FAO=349;FDP=349;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=205;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038428;FXX=0.00285706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.098;QD=63.5707;RBI=0.0412042;REFB=0;REVB=0.0148687;RO=0;SAF=142;SAR=185;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26952e-05;OID=.;OPOS=55108617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:327:349:0:0:327:349:1:185:142:0:0:205:144:0:0 chr20 55111273 . C T 1424.89 PASS AF=0.98913;AO=92;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0019242;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.649;QD=61.9519;RBI=0.0370509;REFB=-0.0548514;REVB=0.0370009;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.504586;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000145124;OID=.;OPOS=55111273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:92:91:0.98913:38:54:0:0:37:54:1:0 chr20 55111364 . A C 1926.9 PASS AF=1;AO=124;DP=128;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056873;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.379;QD=61.1713;RBI=0.0569238;REFB=0;REVB=0.0024062;RO=0;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23664e-05;OID=.;OPOS=55111364;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:128:126:0:0:124:126:1:59:65:0:0:59:67:0:0 chr20 55263662 . T G 1190.08 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0229321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1708;QD=59.5038;RBI=0.0282779;REFB=0.0604699;REVB=-0.0165458;RO=1;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919194;STB=0.504761;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0055369;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:51:27:0:1:52:27:0:1 chr20 55748206 . G A 1094.44 PASS AF=0.595238;AO=100;DP=169;FAO=100;FDP=168;FR=.;FRO=68;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00145527;FXX=0.0399977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6237;QD=26.0581;RBI=0.104266;REFB=-0.0208875;REVB=0.104256;RO=64;SAF=58;SAR=42;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358282;STB=0.50877;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0119442;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:64:68:100:100:0.595238:42:58:34:30:42:58:38:30 chr20 55912844 . CTT CT,TAC 74.29 PASS AF=0.234483,0.0551724;AO=25,8;DP=149;FAO=34,8;FDP=145;FR=.;FRO=103;FSAF=13,0;FSAR=21,8;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=0.126843,0.00942293;FXX=0.156968;HRUN=8,3;LEN=1,3;MLLD=6.59054,197.233;QD=2.04926;RBI=0.130976,0.0924502;REFB=-0.13781,-0.0114773;REVB=0.0326457,-0.0919687;RO=72;SAF=12,0;SAR=13,8;SRF=42;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.126709,-0.654544;STB=0.6002,0.998696;STBP=0.19,0.004;TYPE=del,mnp;VARB=0.128589,0.174787;OID=.,.;OPOS=55912845,55912844;OREF=T,CTT;OALT=-,TAC;OMAPALT=CT,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:149:145:72:103:25,8:34,8:0.234483,0.0551724:13,8:12,0:42:30:21,8:13,0:53:50 chr20 55934131 . G A 326.02 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0264453;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.485;QD=14.6524;RBI=0.0264981;REFB=-0.000954526;REVB=-0.00167175;RO=53;SAF=13;SAR=23;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17904;STB=0.601729;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000814007;OID=.;OPOS=55934131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:23:13:28:25:23:13:28:25 chr20 56090807 . A G 1865.15 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176921;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.187;QD=60.6552;RBI=0.0239687;REFB=0.0520057;REVB=-0.0161706;RO=1;SAF=71;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922371;STB=0.504854;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000276416;OID=.;OPOS=56090807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:123:1:1:122:122:0.99187:51:71:0:1:51:71:0:1 chr20 56098733 . T C 1764.97 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.62;QD=60.3409;RBI=0.0337653;REFB=0;REVB=0.0309303;RO=0;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538656;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:55:60:0:0:57:60:0:0 chr20 56137895 . G C 983.96 PASS AF=0.958904;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0244608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2683;QD=53.9155;RBI=0.0768823;REFB=-0.0845763;REVB=0.0728873;RO=3;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377744;STB=0.519475;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00441743;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:73:73:3:3:69:70:0.958904:36:33:0:3:37:33:0:3 chr20 56139403 . T C 2010.4 PASS AF=0.610345;AO=177;DP=290;FAO=177;FDP=290;FR=.;FRO=113;FSAF=93;FSAR=84;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=-0.0130121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3091;QD=27.7296;RBI=0.0147287;REFB=0.00200649;REVB=0.00690067;RO=109;SAF=93;SAR=84;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730184;STB=0.542586;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00126902;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:109:113:177:177:0.610345:84:93:46:63:84:93:47:66 chr20 56182183 . G C 484.62 PASS AF=0.386667;AO=50;DP=152;FAO=58;FDP=150;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.0451831;FXX=0.013157;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.217;QD=12.9233;RBI=0.0528103;REFB=-0.0244717;REVB=-0.027339;RO=71;SAF=16;SAR=34;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175893;STB=0.590584;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.039319;OID=.;OPOS=56182183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:71:92:50:58:0.386667:34:16:34:37:35:23:50:42 chr20 56186884 . T C 5487.96 PASS AF=1;AO=335;DP=338;FAO=345;FDP=345;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215933;FXX=0.00862044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2795;QD=63.6286;RBI=0.0648398;REFB=0.0295563;REVB=0.0611386;RO=1;SAF=148;SAR=187;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254441;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55306e-05;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:338:345:1:0:335:345:1:187:148:0:1:188:157:0:0 chr20 56188169 . C T 790.34 PASS AF=0.539568;AO=75;DP=139;FAO=75;FDP=139;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=17;FSRR=47;FWDB=-0.00536684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.499;QD=22.7435;RBI=0.0330303;REFB=-0.0057587;REVB=0.0325914;RO=62;SAF=27;SAR=48;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791082;STB=0.548416;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00424345;OID=.;OPOS=56188169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:62:64:75:75:0.539568:48:27:17:45:48:27:17:47 chr20 56190634 . C G,T 1129.85 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=3,72;DP=76;FAO=4,72;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=4,42;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212373,-0.0283192;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.626,241.843;QD=59.466;RBI=0.0346028,0.036929;REFB=0,0;REVB=0.0273191,0.0237017;RO=0;SAF=3,42;SAR=0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.1178e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0728839,-0.00443292;OID=.,.;OPOS=56190634,56190634;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:76:76:0:0:3,72:4,72:0.0526316,0.947368:0,30:3,42:0:0:0,30:4,42:0:0 chr20 56227532 . T C 2240.51 PASS AF=0.993197;AO=140;DP=143;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00267718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4305;QD=60.9662;RBI=0.0132321;REFB=-0.0719178;REVB=-0.0129584;RO=1;SAF=58;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812699;STB=0.503936;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00300176;OID=.;OPOS=56227532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:147:1:1:140:146:0.993197:82:58:1:0:83:63:1:0 chr20 56285540 . T C 2120.58 PASS AF=0.581325;AO=191;DP=331;FAO=193;FDP=332;FR=.;FRO=139;FSAF=88;FSAR=105;FSRF=56;FSRR=83;FWDB=-0.0106002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.213;QD=25.5492;RBI=0.0258956;REFB=-0.0136841;REVB=0.0236267;RO=139;SAF=88;SAR=103;SRF=56;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454864;STB=0.522484;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00842374;OID=.;OPOS=56285540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:332:139:139:191:193:0.581325:103:88:56:83:105:88:56:83 chr20 56793706 . G A 2721.33 PASS AF=0.988764;AO=175;DP=177;FAO=176;FDP=178;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9444;QD=61.1536;RBI=0.0403274;REFB=-0.103171;REVB=0.0324773;RO=1;SAF=83;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570069;STB=0.50032;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00070923;OID=.;OPOS=56793706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:177:178:1:2:175:176:0.988764:92:83:1:0:93:83:1:1 chr20 56793764 . G A 2285.65 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00243701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.263;QD=60.1487;RBI=0.0116627;REFB=-0.103874;REVB=0.0114052;RO=0;SAF=65;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77232e-08;STB=0.50289;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000241866;OID=.;OPOS=56793764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:0:1:151:151:0.993421:86:65:0:0:86:65:0:1 chr20 56807969 . A G 634.82 PASS AF=0.364929;AO=75;DP=210;FAO=77;FDP=211;FR=.;FRO=134;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=78;FWDB=0.0346982;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.538;QD=12.0345;RBI=0.034734;REFB=-0.0103859;REVB=0.00157773;RO=131;SAF=44;SAR=31;SRF=55;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185738;STB=0.613229;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.019059;OID=.;OPOS=56807969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:211:131:134:75:77:0.364929:31:44:55:76:31:46:56:78 chr20 56814892 . G T 1642.18 PASS AF=0.674641;AO=141;DP=209;FAO=141;FDP=209;FR=.;FRO=68;FSAF=53;FSAR=88;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0387688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0676;QD=31.4292;RBI=0.0393588;REFB=0.0315686;REVB=0.00678978;RO=66;SAF=53;SAR=88;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584648;STB=0.527356;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0137811;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:66:68:141:141:0.674641:88:53:31:35:88:53:31:37 chr20 56820880 . C T 185.91 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00188506;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.394;QD=10.3285;RBI=0.017537;REFB=-0.00689723;REVB=0.0174354;RO=48;SAF=8;SAR=16;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173553;STB=0.601854;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0144652;OID=.;OPOS=56820880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:48:48:24:24:0.333333:16:8:23:25:16:8:23:25 chr20 56821127 . A G 727.53 PASS AF=0.312081;AO=93;DP=298;FAO=93;FDP=298;FR=.;FRO=205;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=120;FSRR=85;FWDB=-0.0113546;FXX=0.00334437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0093;QD=9.76551;RBI=0.0457462;REFB=-0.00111268;REVB=-0.0443147;RO=204;SAF=43;SAR=50;SRF=118;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137542;STB=0.584002;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00271441;OID=.;OPOS=56821127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:204:205:93:93:0.312081:50:43:118:86:50:43:120:85 chr20 56822536 . G A 290.41 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.018536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.5;QD=14.1661;RBI=0.0208301;REFB=0.00780947;REVB=-0.00950324;RO=49;SAF=7;SAR=26;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208014;STB=0.619558;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00862039;OID=.;OPOS=56822536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:26:7:18:31:26:7:18:31 chr20 56942082 . A T 796.52 PASS AF=0.319876;AO=102;DP=322;FAO=103;FDP=322;FR=.;FRO=219;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=97;FSRR=122;FWDB=-0.0148644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.8;QD=9.89462;RBI=0.0151096;REFB=-0.00100395;REVB=-0.00271122;RO=219;SAF=43;SAR=59;SRF=97;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258168;STB=0.510899;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00209146;OID=.;OPOS=56942082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:219:219:102:103:0.319876:59:43:97:122:59:44:97:122 chr20 56942312 . C T 1264.63 PASS AF=0.379221;AO=146;DP=381;FAO=146;FDP=385;FR=.;FRO=239;FSAF=60;FSAR=86;FSRF=108;FSRR=131;FWDB=-0.00419098;FXX=0.00516783;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.374;QD=13.1391;RBI=0.0330103;REFB=-0.0239207;REVB=-0.0327432;RO=233;SAF=60;SAR=86;SRF=102;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300986;STB=0.52599;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0318545;OID=.;OPOS=56942312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:385:233:239:146:146:0.379221:86:60:102:131:86:60:108:131 chr20 56942520 . G A 388.78 PASS AF=0.389831;AO=45;DP=116;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.02727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9797;QD=13.1791;RBI=0.051045;REFB=-0.0111429;REVB=0.0431502;RO=71;SAF=13;SAR=32;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346031;STB=0.69622;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0183731;OID=.;OPOS=56942520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:71:72:45:46:0.389831:32:13:43:28:33:13:43:29 chr20 56942557 . A G 365.29 PASS AF=0.340909;AO=45;DP=125;FAO=45;FDP=132;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=-0.00376544;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.253;QD=11.0695;RBI=0.00582584;REFB=-0.00326961;REVB=-0.00444543;RO=80;SAF=12;SAR=33;SRF=51;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413441;STB=0.727264;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0100992;OID=.;OPOS=56942557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:132:80:87:45:45:0.340909:33:12:51:29:33:12:53:34 chr20 57019491 . A G 223.19 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00838276;FXX=0.0357079;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.135;QD=16.5324;RBI=0.0204687;REFB=-0.00374901;REVB=0.0186734;RO=29;SAF=20;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381766;STB=0.723932;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000561331;OID=.;OPOS=57019491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:24:25:0.462963:4:20:15:14:4:21:15:14 chr20 57019496 . TA CA,GG 302.37 PASS AF=0.435484,0.0967742;AO=27,6;DP=62;FAO=27,6;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=24,3;FSAR=3,3;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0054927,-0.0063608;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=136.066,235.49;QD=19.5079;RBI=0.00875779,0.00749353;REFB=-0.0239866,0.000663503;REVB=-0.00682122,0.00396148;RO=29;SAF=24,3;SAR=3,3;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.481607,-0.0204699;STB=0.776893,0.514238;STBP=0.002,0.929;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0358448,0.0021163;OID=.,.;OPOS=57019496,57019496;OREF=T,TA;OALT=C,GG;OMAPALT=CA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:27,6:27,6:0.435484,0.0967742:3,3:24,3:15:14:3,3:24,3:15:14 chr20 57019498 . G T 181.43 PASS AF=0.366667;AO=27;DP=63;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00547886;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.489;QD=12.0953;RBI=0.0129342;REFB=-0.00460374;REVB=-0.0117164;RO=35;SAF=24;SAR=3;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480576;STB=0.759723;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0109961;OID=.;OPOS=57019498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:60:35:38:27:22:0.366667:3:24:19:16:3:19:21:17 chr20 57019504 . GA G 194.47 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=76;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00865296;FXX=0.0920931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.902;QD=11.2739;RBI=0.0239424;REFB=-0.00660055;REVB=0.022324;RO=42;SAF=23;SAR=3;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484237;STB=0.788978;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0201627;OID=.;OPOS=57019505;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:26:76:27:69:42:24:3:23:19:99:42:23:3:23:19 chr20 57020556 . G C 847.47 PASS AF=0.365942;AO=100;DP=275;FAO=101;FDP=276;FR=.;FRO=175;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=71;FSRR=104;FWDB=-0.0372926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.263;QD=12.2822;RBI=0.0373281;REFB=-0.00775937;REVB=-0.00162771;RO=169;SAF=46;SAR=54;SRF=67;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716566;STB=0.538186;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0133885;OID=.;OPOS=57020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:276:169:175:100:101:0.365942:54:46:67:102:54:47:71:104 chr20 57042665 . A G 1958.55 PASS AF=0.316919;AO=250;DP=790;FAO=251;FDP=792;FR=.;FRO=541;FSAF=132;FSAR=119;FSRF=262;FSRR=279;FWDB=-0.00388422;FXX=0.00627345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4447;QD=9.89164;RBI=0.0103834;REFB=-0.00578731;REVB=-0.00962949;RO=539;SAF=132;SAR=118;SRF=260;SRR=279;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543432;STB=0.528412;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.010119;OID=.;OPOS=57042665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:790:792:539:541:250:251:0.316919:118:132:260:279:119:132:262:279 chr20 57234687 . C T 1565.37 PASS AF=0.55597;AO=147;DP=266;FAO=149;FDP=268;FR=.;FRO=119;FSAF=77;FSAR=72;FSRF=45;FSRR=74;FWDB=-0.0226257;FXX=0.00740713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.239;QD=23.3637;RBI=0.0228665;REFB=-0.0279687;REVB=-0.0033096;RO=114;SAF=76;SAR=71;SRF=45;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981437;STB=0.561362;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0250617;OID=.;OPOS=57234687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:268:114:119:147:149:0.55597:71:76:45:69:72:77:45:74 chr20 57244493 . G A 2319.76 PASS AF=0.548387;AO=221;DP=405;FAO=221;FDP=403;FR=.;FRO=182;FSAF=99;FSAR=122;FSRF=76;FSRR=106;FWDB=0.00205264;FXX=0.00493815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.215;QD=23.0249;RBI=0.018109;REFB=-0.0134072;REVB=-0.0179923;RO=181;SAF=99;SAR=122;SRF=75;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282537;STB=0.51391;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0115426;OID=.;OPOS=57244493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:403:181:182:221:221:0.548387:122:99:75:106:122:99:76:106 chr20 57268867 . C A 2634.36 PASS AF=0.537313;AO=252;DP=470;FAO=252;FDP=469;FR=.;FRO=217;FSAF=57;FSAR=195;FSRF=58;FSRR=159;FWDB=-0.00103366;FXX=0.00212761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.363;QD=22.4679;RBI=0.0248103;REFB=-0.0175433;REVB=-0.0247888;RO=208;SAF=57;SAR=195;SRF=51;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222739;STB=0.526369;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0141282;OID=.;OPOS=57268867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:470:469:208:217:252:252:0.537313:195:57:51:157:195:57:58:159 chr20 57280575 . T C 1459.66 PASS AF=0.512545;AO=142;DP=280;FAO=143;FDP=279;FR=.;FRO=136;FSAF=57;FSAR=86;FSRF=51;FSRR=85;FWDB=-0.0338271;FXX=0.0106379;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2373;QD=20.927;RBI=0.0388535;REFB=0.00326536;REVB=0.0191136;RO=132;SAF=57;SAR=85;SRF=51;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138376;STB=0.512055;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00340137;OID=.;OPOS=57280575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:279:132:136:142:143:0.512545:85:57:51:81:86:57:51:85 chr20 57290347 . C G 2664.11 PASS AF=0.557778;AO=251;DP=451;FAO=251;FDP=450;FR=.;FRO=199;FSAF=88;FSAR=163;FSRF=85;FSRR=114;FWDB=-0.0819432;FXX=0.00221725;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.321;QD=23.681;RBI=0.0866384;REFB=-0.0208187;REVB=-0.0281343;RO=183;SAF=88;SAR=163;SRF=83;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855525;STB=0.536355;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0136582;OID=.;OPOS=57290347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:451:450:183:199:251:251:0.557778:163:88:83:100:163:88:85:114 chr20 57415495 . G A 1202.48 PASS AF=0.374005;AO=140;DP=377;FAO=141;FDP=377;FR=.;FRO=236;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=128;FSRR=108;FWDB=-0.00486834;FXX=0.00527691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8392;QD=12.7584;RBI=0.0290108;REFB=-0.0179254;REVB=-0.0285994;RO=237;SAF=69;SAR=71;SRF=128;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526098;STB=0.528731;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0282455;OID=.;OPOS=57415495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:377:237:236:140:141:0.374005:71:69:128:109:71:70:128:108 chr20 57478807 . C T 6046.79 PASS AF=1;AO=382;DP=384;FAO=383;FDP=383;FR=.;FRO=0;FSAF=187;FSAR=196;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385166;FXX=0.00519467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8524;QD=63.1519;RBI=0.0429923;REFB=0.0120308;REVB=0.0191002;RO=2;SAF=187;SAR=195;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000104188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.88832e-05;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:384:383:2:0:382:383:1:195:187:1:1:196:187:0:0 chr20 57571763 . A G 3956.75 PASS AF=1;AO=244;DP=246;FAO=268;FDP=268;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470969;FXX=0.00371733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.768;QD=59.0559;RBI=0.0523951;REFB=0;REVB=0.0229593;RO=2;SAF=102;SAR=142;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00925292;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153507;OID=.;OPOS=57571763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:246:268:2:0:244:268:1:142:102:2:0:142:126:0:0 chr20 57572675 . A G 3487.95 PASS AF=1;AO=219;DP=219;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834396;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.021;QD=62.5642;RBI=0.0163704;REFB=0;REVB=0.0140844;RO=0;SAF=103;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05718e-05;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:223:0:0:219:223:1:116:103:0:0:119:104:0:0 chr20 57599016 . T G 1208.7 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000662545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.146;QD=59.6889;RBI=0.0261345;REFB=-0.0972683;REVB=0.0261261;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000339522;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:0:1:79:80:0.987654:43:36:0:0:44:36:0:1 chr20 57612390 . C G 1320.9 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7194;QD=62.16;RBI=0.0481934;REFB=0;REVB=0.0325462;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19346e-05;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr20 57767043 . G C 2979.36 PASS AF=0.563126;AO=262;DP=478;FAO=281;FDP=499;FR=.;FRO=218;FSAF=200;FSAR=81;FSRF=143;FSRR=75;FWDB=-0.0325195;FXX=0.00199996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1923;QD=23.8827;RBI=0.0921236;REFB=-0.0484908;REVB=0.086193;RO=216;SAF=200;SAR=62;SRF=144;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104274;STB=0.528964;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0415233;OID=.;OPOS=57767043;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:478:499:216:218:262:281:0.563126:62:200:144:72:81:200:143:75 chr20 57768399 . T C 2389.58 PASS AF=0.671053;AO=202;DP=302;FAO=204;FDP=304;FR=.;FRO=100;FSAF=106;FSAR=98;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=0.00764892;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.814;QD=31.4418;RBI=0.00926594;REFB=-0.00351696;REVB=-0.00522988;RO=100;SAF=105;SAR=97;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307732;STB=0.513034;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00164787;OID=.;OPOS=57768399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:304:100:100:202:204:0.671053:97:105:47:53:98:106:48:52 chr20 57768657 . T C 460.41 PASS AF=0.5;AO=44;DP=90;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=-0.000510537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.011;QD=20.0179;RBI=0.0112481;REFB=-0.000289359;REVB=0.0112365;RO=46;SAF=23;SAR=21;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244515;STB=0.641248;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000543176;OID=.;OPOS=57768657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:46:46:44:46:0.5:21:23:36:10:23:23:36:10 chr20 57768743 . C T 562.38 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00469193;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1059;QD=23.4326;RBI=0.0401589;REFB=-0.00820416;REVB=0.0398839;RO=44;SAF=16;SAR=36;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282424;STB=0.655568;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00653056;OID=.;OPOS=57768743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:44:44:52:52:0.541667:36:16:28:16:36:16:28:16 chr20 57769140 . G C 481.5 PASS AF=0.60241;AO=34;DP=71;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0163135;FXX=0.0119033;HRUN=8;LEN=1;MLLD=62.9847;QD=23.2048;RBI=0.0455305;REFB=-0.0516979;REVB=0.0425076;RO=8;SAF=22;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101555;STB=0.542093;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0221754;OID=.;OPOS=57769140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:83:8:33:34:50:0.60241:12:22:3:5:22:28:15:18 chr20 57829301 . T C 2312.08 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0146;QD=63.7815;RBI=0.0210224;REFB=0;REVB=-0.0162627;RO=0;SAF=84;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11288e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.71907e-05;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:61:84:0:0:61:84:0:0 chr20 57833518 . G A 1333.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.672;QD=61.3312;RBI=0.0332955;REFB=0;REVB=0.0172274;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67594e-05;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:87:0:0:79:87:1:36:43:0:0:38:49:0:0 chr20 57833740 . T C 2155.12 PASS AF=0.980519;AO=140;DP=143;FAO=151;FDP=154;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.118119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4029;QD=55.9771;RBI=0.119901;REFB=-0.0763769;REVB=0.0205955;RO=3;SAF=60;SAR=80;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00387903;STB=0.502551;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00757471;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:143:154:3:3:140:151:0.980519:80:60:1:2:81:70:1:2 chr20 57834150 . A T 1859.93 PASS AF=0.927536;AO=127;DP=138;FAO=128;FDP=138;FR=.;FRO=10;FSAF=49;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0414743;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.1737;QD=53.9111;RBI=0.0614351;REFB=0.0393905;REVB=0.0453228;RO=8;SAF=49;SAR=78;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161683;STB=0.514108;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00233078;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:138:138:8:10:127:128:0.927536:78:49:2:6:79:49:2:8 chr20 58467393 . A G 306.28 PASS AF=0.278146;AO=42;DP=151;FAO=42;FDP=151;FR=.;FRO=109;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=0.0155175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2814;QD=8.11347;RBI=0.0216845;REFB=-0.0261905;REVB=0.0151468;RO=102;SAF=16;SAR=26;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145653;STB=0.584042;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0577525;OID=.;OPOS=58467393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:102:109:42:42:0.278146:26:16:51:51:26:16:54:55 chr20 60074496 . C T 58.38 PASS AF=0.0833333;AO=20;DP=238;FAO=20;FDP=240;FR=.;FRO=220;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=157;FSRR=63;FWDB=-0.0286134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.11;QD=0.97301;RBI=0.0330758;REFB=-0.00110958;REVB=-0.0165917;RO=213;SAF=16;SAR=4;SRF=151;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138394;STB=0.607592;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0138182;OID=.;OPOS=60074496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:238:240:213:220:20:20:0.0833333:4:16:151:62:4:16:157:63 chr20 60293919 . C A 6103.65 PASS AF=0.989796;AO=387;DP=395;FAO=388;FDP=392;FR=.;FRO=4;FSAF=225;FSAR=163;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0269998;FXX=0.00759474;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.73;QD=62.2822;RBI=0.0387862;REFB=-0.107401;REVB=0.0278457;RO=5;SAF=225;SAR=162;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00453131;STB=0.500836;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.000843241;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:395:392:5:4:387:388:0.989796:162:225:2:3:163:225:2:2 chr20 60294279 . A G 109.18 PASS AF=0.280702;AO=15;DP=58;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.027065;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6362;QD=7.66175;RBI=0.0397693;REFB=-0.0118056;REVB=-0.029139;RO=37;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119799;STB=0.526034;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0175631;OID=.;OPOS=60294279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:37:41:15:16:0.280702:10:5:12:25:10:6:14:27 chr20 60294388 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00918295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.187;QD=13.4416;RBI=0.0244368;REFB=-0.0067107;REVB=-0.0226458;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198747;STB=0.641907;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00668938;OID=.;OPOS=60294388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:7:3:6:6:7:3:7:6 chr20 60485627 . C T 3396.88 PASS AF=0.930894;AO=228;DP=245;FAO=229;FDP=246;FR=.;FRO=17;FSAF=64;FSAR=165;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0312329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.973;QD=55.2338;RBI=0.0533244;REFB=-0.187297;REVB=0.0432204;RO=17;SAF=63;SAR=165;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365035;STB=0.519251;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0019094;OID=.;OPOS=60485627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:245:246:17:17:228:229:0.930894:165:63:1:16:165:64:1:16 chr20 60503350 . A G 7984.05 PASS AF=0.975472;AO=515;DP=528;FAO=517;FDP=530;FR=.;FRO=13;FSAF=256;FSAR=261;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0397459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1116;QD=60.257;RBI=0.0475848;REFB=-0.0440329;REVB=-0.0261644;RO=11;SAF=256;SAR=259;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164415;STB=0.508608;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00391301;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:528:530:11:13:515:517:0.975472:259:256:10:1:261:256:11:2 chr20 60509209 . C T 1631.43 PASS AF=0.374031;AO=193;DP=516;FAO=193;FDP=516;FR=.;FRO=323;FSAF=92;FSAR=101;FSRF=131;FSRR=192;FWDB=0.039837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3686;QD=12.6468;RBI=0.039858;REFB=-0.0116549;REVB=-0.00129304;RO=321;SAF=92;SAR=101;SRF=130;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801996;STB=0.544792;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.023458;OID=.;OPOS=60509209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:516:516:321:323:193:193:0.374031:101:92:130:191:101:92:131:192 chr20 60512296 . G A 102.09 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=38;FWDB=0.00874607;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.639;QD=7.2918;RBI=0.0090129;REFB=-0.00261748;REVB=-0.00217684;RO=39;SAF=1;SAR=13;SRF=2;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10265;STB=0.504847;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118509;OID=.;OPOS=60512296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:56:56:39:41:14:14:0.25:13:1:2:37:13:1:3:38 chr20 60572663 . C A 733.21 PASS AF=0.358025;AO=87;DP=243;FAO=87;FDP=243;FR=.;FRO=156;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=91;FSRR=65;FWDB=0.023424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.133;QD=12.0692;RBI=0.0751965;REFB=-0.0118736;REVB=0.0714551;RO=156;SAF=56;SAR=31;SRF=91;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724062;STB=0.541217;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.019773;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:156:156:87:87:0.358025:31:56:91:65:31:56:91:65 chr20 60712511 . A G 2336.4 PASS AF=0.975155;AO=155;DP=162;FAO=157;FDP=161;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=101;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0130427;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.136;QD=58.0471;RBI=0.0155893;REFB=-0.0449031;REVB=-0.00853905;RO=4;SAF=56;SAR=99;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327677;STB=0.517239;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000112088;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:162:161:4:4:155:157:0.975155:99:56:4:0:101:56:4:0 chr20 60713311 . G A 1231.37 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00420001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5417;QD=60.067;RBI=0.0331417;REFB=0.0302479;REVB=0.0328745;RO=1;SAF=63;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00745827;STB=0.503936;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.000167755;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:18:63:1:0:18:63:1:0 chr20 60713332 . A G 1094.73 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3476;QD=58.3857;RBI=0.112356;REFB=0;REVB=0.112261;RO=0;SAF=60;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131973;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:75:0:0:69:75:1:9:60:0:0:15:60:0:0 chr20 60756522 . CTT CCT,CTC,CT 32.69 PASS AF=0.00613497,0.0429448,0.0736196;AO=6,6,23;DP=164;FAO=1,7,12;FDP=163;FR=.;FRO=143;FSAF=0,0,5;FSAR=1,7,7;FSRF=80;FSRR=63;FWDB=0.110555,0.00181725,0.111415;FXX=0.0632148;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,1;MLLD=24.2766,161.773,8.64875;QD=0.802197;RBI=0.130355,0.107382,0.183264;REFB=-0.0561583,-0.0082068,-0.10932;REVB=0.0690668,-0.107367,-0.145507;RO=105;SAF=1,0,3;SAR=5,6,20;SRF=72;SRR=33;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.469946,-0.59307,-0.647521;STB=0.991268,0.99867,0.629419;STBP=0.272,0.004,0.349;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.0333295,0.155761,0.0692605;OID=.,.,.;OPOS=60756523,60756524,60756523;OREF=T,T,T;OALT=C,C,-;OMAPALT=CCT,CTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.00613497,0.0429448,0.0736196:6,6,23:164:1,7,12:163:143:0,0,5:1,7,7:80:63:14:105:1,0,3:5,6,20:72:33 chr20 60768497 . C T 673.1 PASS AF=0.384615;AO=75;DP=204;FAO=80;FDP=208;FR=.;FRO=128;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=67;FSRR=61;FWDB=-0.0132859;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.032;QD=12.9443;RBI=0.0258795;REFB=-0.00991097;REVB=0.0222088;RO=129;SAF=45;SAR=30;SRF=68;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829177;STB=0.548121;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0162724;OID=.;OPOS=60768497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:208:129:128:75:80:0.384615:30:45:68:61:32:48:67:61 chr20 60791404 . C T 2386.15 PASS AF=0.611429;AO=214;DP=352;FAO=214;FDP=350;FR=.;FRO=136;FSAF=101;FSAR=113;FSRF=60;FSRR=76;FWDB=0.0301959;FXX=0.00568166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.19;QD=27.2703;RBI=0.0494312;REFB=-0.0162667;REVB=0.0391364;RO=136;SAF=101;SAR=113;SRF=60;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222934;STB=0.512015;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00942125;OID=.;OPOS=60791404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:350:136:136:214:214:0.611429:113:101:60:76:113:101:60:76 chr20 60791899 . G A 716.46 PASS AF=0.293051;AO=97;DP=331;FAO=97;FDP=331;FR=.;FRO=234;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=115;FSRR=119;FWDB=-0.0123014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.105;QD=8.65814;RBI=0.0135968;REFB=-0.00722483;REVB=-0.00579209;RO=233;SAF=38;SAR=59;SRF=114;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120264;STB=0.57164;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0173235;OID=.;OPOS=60791899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:331:233:234:97:97:0.293051:59:38:114:119:59:38:115:119 chr20 60808026 . C T 3487.24 PASS AF=0.582255;AO=315;DP=541;FAO=315;FDP=541;FR=.;FRO=226;FSAF=159;FSAR=156;FSRF=105;FSRR=121;FWDB=-0.00267372;FXX=0.00184498;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.071;QD=25.7836;RBI=0.00909092;REFB=-0.0247917;REVB=0.00868885;RO=222;SAF=159;SAR=156;SRF=105;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243312;STB=0.516772;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0145463;OID=.;OPOS=60808026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:541:541:222:226:315:315:0.582255:156:159:105:117:156:159:105:121 chr20 60808310 . A AC 78.53 PASS AF=0.0884774;AO=58;DP=503;FAO=43;FDP=486;FR=.;FRO=443;FSAF=1;FSAR=42;FSRF=135;FSRR=308;FWDB=-0.017464;FXX=0.0357136;HRUN=0;LEN=1;MLLD=104.334;QD=0.646312;RBI=0.0178689;REFB=-0.000616426;REVB=-0.00378252;RO=426;SAF=1;SAR=57;SRF=134;SRR=292;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588269;STB=0.941977;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0336967;OID=.;OPOS=60808311;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0884774:58:503:43:486:443:1:42:135:308:78:426:1:57:134:292 chr20 60831300 . G A 2043.16 PASS AF=0.985185;AO=129;DP=131;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0116442;FXX=0.0073524;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.38;QD=60.5381;RBI=0.0153798;REFB=0.0426221;REVB=0.0100474;RO=2;SAF=56;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012841;STB=0.506756;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0025488;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:135:2:2:129:133:0.985185:73:56:0:2:73:60:0:2 chr20 60881330 . G A 5266.2 PASS AF=0.982906;AO=343;DP=353;FAO=345;FDP=351;FR=.;FRO=6;FSAF=150;FSAR=195;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0104298;FXX=0.00847434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.825;QD=60.0137;RBI=0.115512;REFB=-0.210099;REVB=0.11504;RO=2;SAF=150;SAR=193;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00491816;STB=0.504668;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.000512154;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:353:351:2:6:343:345:0.982906:193:150:0:2:195:150:1:5 chr20 60881780 . T C 4228.88 PASS AF=0.992674;AO=269;DP=272;FAO=271;FDP=273;FR=.;FRO=2;FSAF=146;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0371967;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8263;QD=61.9616;RBI=0.0399094;REFB=-0.0795645;REVB=-0.0144624;RO=2;SAF=146;SAR=123;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00768873;STB=0.503968;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000527393;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:272:273:2:2:269:271:0.992674:123:146:0:2:125:146:0:2 chr20 60887581 . G A 2212.36 PASS AF=0.59403;AO=198;DP=334;FAO=199;FDP=335;FR=.;FRO=136;FSAF=91;FSAR=108;FSRF=72;FSRR=64;FWDB=0.0480378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4494;QD=26.4162;RBI=0.0520314;REFB=-0.00316711;REVB=0.0199909;RO=132;SAF=91;SAR=107;SRF=69;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468774;STB=0.529345;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0024809;OID=.;OPOS=60887581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:335:132:136:198:199:0.59403:107:91:69:63:108:91:72:64 chr20 60892526 . A G 7838.27 PASS AF=1;AO=495;DP=501;FAO=498;FDP=498;FR=.;FRO=0;FSAF=252;FSAR=246;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022436;FXX=0.00994016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.62;QD=62.958;RBI=0.0225504;REFB=-0.0543883;REVB=0.00226868;RO=0;SAF=250;SAR=245;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56605e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53815e-06;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:501:498:0:0:495:498:1:245:250:0:0:246:252:0:0 chr20 60895697 . C T 727.2 PASS AF=0.301587;AO=93;DP=337;FAO=95;FDP=315;FR=.;FRO=220;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=113;FSRR=107;FWDB=0.0538566;FXX=0.0816303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7024;QD=9.23431;RBI=0.0541901;REFB=-0.010258;REVB=0.00600267;RO=193;SAF=42;SAR=51;SRF=99;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721633;STB=0.542636;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0214295;OID=.;OPOS=60895697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:315:193:220:93:95:0.301587:51:42:99:94:52:43:113:107 chr20 60897487 . C T 3028.91 PASS AF=0.618938;AO=263;DP=428;FAO=268;FDP=433;FR=.;FRO=165;FSAF=132;FSAR=136;FSRF=79;FSRR=86;FWDB=0.0263543;FXX=0.00688058;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.372;QD=27.9807;RBI=0.0263795;REFB=-0.0088565;REVB=-0.00115327;RO=149;SAF=127;SAR=136;SRF=75;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137877;STB=0.505241;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0305467;OID=.;OPOS=60897487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:428:433:149:165:263:268:0.618938:136:127:75:74:136:132:79:86 chr20 60897488 . G A 1277.09 PASS AF=0.361111;AO=142;DP=418;FAO=156;FDP=432;FR=.;FRO=276;FSAF=78;FSAR=78;FSRF=133;FSRR=143;FWDB=0.0140674;FXX=0.00230942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.565;QD=11.825;RBI=0.0141167;REFB=-2.13448e-05;REVB=-0.0011787;RO=269;SAF=72;SAR=70;SRF=128;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359065;STB=0.511573;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00086918;OID=.;OPOS=60897488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:418:432:269:276:142:156:0.361111:70:72:128:141:78:78:133:143 chr20 60897721 . C T 3447.08 PASS AF=0.623457;AO=301;DP=485;FAO=303;FDP=486;FR=.;FRO=183;FSAF=180;FSAR=123;FSRF=91;FSRR=92;FWDB=0.0446139;FXX=0.00205335;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5013;QD=28.371;RBI=0.0682843;REFB=-0.0271427;REVB=0.0516947;RO=178;SAF=178;SAR=123;SRF=90;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605612;STB=0.537251;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0183852;OID=.;OPOS=60897721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:485:486:178:183:301:303:0.623457:123:178:90:88:123:180:91:92 chr20 60897772 . T C 2628.11 PASS AF=0.370331;AO=282;DP=898;FAO=347;FDP=937;FR=.;FRO=590;FSAF=182;FSAR=165;FSRF=317;FSRR=273;FWDB=-0.0536937;FXX=0.0053078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.412;QD=11.2192;RBI=0.0579391;REFB=-0.0557414;REVB=0.02177;RO=507;SAF=161;SAR=121;SRF=283;SRR=224;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147432;STB=0.50808;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0764977;OID=.;OPOS=60897772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:898:937:507:590:282:347:0.370331:121:161:283:224:165:182:317:273 chr20 60897773 . G C 52.8 PASS AF=0.0487288;AO=45;DP=886;FAO=46;FDP=944;FR=.;FRO=898;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=489;FSRR=409;FWDB=0.000183981;FXX=0.00211414;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.5827;QD=0.223731;RBI=0.0223056;REFB=-0.0193463;REVB=-0.0223048;RO=840;SAF=12;SAR=33;SRF=477;SRR=363;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293021;STB=0.742368;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0472006;OID=.;OPOS=60897773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:886:944:840:898:45:46:0.0487288:33:12:477:363:33:13:489:409 chr20 60899182 . C T 976.54 PASS AF=0.369427;AO=91;DP=325;FAO=116;FDP=314;FR=.;FRO=198;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=101;FSRR=97;FWDB=0.023425;FXX=0.0397541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4341;QD=12.44;RBI=0.0237454;REFB=-0.0116006;REVB=-0.00388737;RO=136;SAF=52;SAR=39;SRF=76;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013704;STB=0.515412;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0330453;OID=.;OPOS=60899182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:314:136:198:91:116:0.369427:39:52:76:60:54:62:101:97 chr20 60899206 . C T 2264.11 PASS AF=0.59882;AO=202;DP=340;FAO=203;FDP=339;FR=.;FRO=136;FSAF=94;FSAR=109;FSRF=68;FSRR=68;FWDB=0.0464972;FXX=0.00586493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5485;QD=26.7152;RBI=0.0485246;REFB=-0.015247;REVB=0.0138797;RO=134;SAF=94;SAR=108;SRF=68;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311881;STB=0.514869;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0114368;OID=.;OPOS=60899206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:339:134:136:202:203:0.59882:108:94:68:66:109:94:68:68 chr20 60900481 . A G 8640.41 PASS AF=0.974916;AO=506;DP=541;FAO=583;FDP=598;FR=.;FRO=15;FSAF=208;FSAR=375;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0606132;FXX=0.00333328;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.1118;QD=57.7954;RBI=0.0772329;REFB=-0.052598;REVB=0.047864;RO=33;SAF=170;SAR=336;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616243;STB=0.506621;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00649586;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:541:598:33:15:506:583:0.974916:336:170:27:6:375:208:9:6 chr20 60900579 . C A 3826.34 PASS AF=1;AO=240;DP=241;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3883;QD=63.5077;RBI=0.0454477;REFB=0;REVB=0.0208422;RO=0;SAF=74;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603961;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:241:0:0:240:241:1:166:74:0:0:167:74:0:0 chr20 60901988 . A C 404.83 PASS AF=0.321212;AO=53;DP=165;FAO=53;FDP=165;FR=.;FRO=112;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=0.0179917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.185;QD=9.81394;RBI=0.0212823;REFB=-0.00205358;REVB=-0.0113683;RO=112;SAF=28;SAR=25;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958552;STB=0.555383;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00417232;OID=.;OPOS=60901988;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:112:112:53:53:0.321212:25:28:50:62:25:28:50:62 chr20 60904853 . T C 2788.98 PASS AF=0.787546;AO=214;DP=273;FAO=215;FDP=273;FR=.;FRO=58;FSAF=105;FSAR=110;FSRF=58;FSRR=0;FWDB=-0.0117522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.733;QD=40.8642;RBI=0.0375189;REFB=-0.0103137;REVB=0.0356308;RO=58;SAF=104;SAR=110;SRF=58;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205889;STB=0.608199;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00396444;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:58:58:214:215:0.787546:110:104:58:0:110:105:58:0 chr20 60905878 . A G 1434.11 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.748;QD=63.038;RBI=0.0733301;REFB=0;REVB=-0.0693336;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110996;OID=.;OPOS=60905878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr20 60907446 . T C 5385.36 PASS AF=1;AO=337;DP=338;FAO=338;FDP=338;FR=.;FRO=0;FSAF=222;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.764;QD=63.7321;RBI=0.0336243;REFB=0;REVB=0.0317411;RO=0;SAF=222;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3569e-05;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:338:338:0:0:337:338:1:115:222:0:0:116:222:0:0 chr20 60907675 . G A 3387.03 PASS AF=1;AO=218;DP=222;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102564;FXX=0.0090086;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.054;QD=61.5823;RBI=0.0227369;REFB=0;REVB=0.0202922;RO=1;SAF=113;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108699;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:222:220:1:0:218:220:1:105:113:0:1:106:114:0:0 chr20 60908964 . G A 1662.23 PASS AF=0.982759;AO=112;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0367392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3963;QD=57.3183;RBI=0.072197;REFB=-0.046566;REVB=0.0621501;RO=4;SAF=73;SAR=39;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462362;STB=0.511903;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00143103;OID=.;OPOS=60908964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:4:2:112:114:0.982759:39:73:0:4:41:73:0:2 chr20 60908969 . T C 1925.64 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.838;QD=61.6206;RBI=0.0311354;REFB=0;REVB=0.0253002;RO=0;SAF=79;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65402e-05;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:45:79:0:0:46:79:0:0 chr20 60909060 . A G 3940.66 PASS AF=1;AO=246;DP=247;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462193;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.547;QD=61.8142;RBI=0.0370322;REFB=0;REVB=-0.0367427;RO=0;SAF=128;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89131e-05;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:247:255:0:0:246:255:1:118:128:0:0:121:134:0:0 chr20 60911958 . G A 774.82 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213964;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.096;QD=57.3941;RBI=0.0365503;REFB=0;REVB=0.029633;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05679e-05;OID=.;OPOS=60911958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:26:28:0:0 chr20 60912683 . T C 3345.07 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9978;QD=62.2339;RBI=0.0510812;REFB=0;REVB=-0.0485655;RO=0;SAF=112;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101698;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:215:0:0:212:215:1:100:112:0:0:103:112:0:0 chr20 60917294 . G A 770.59 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0442212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4665;QD=55.042;RBI=0.0696146;REFB=0.0223203;REVB=-0.053765;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165384;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00141913;OID=.;OPOS=60917294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:27:28:1:0:27:28:1:0 chr20 60920624 . A G 772.58 PASS AF=0.98;AO=50;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.841;QD=61.8064;RBI=0.0628258;REFB=0.0163179;REVB=0.0610668;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507039;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=5.58303e-05;OID=.;OPOS=60920624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:50:49:0.98:14:36:0:0:14:35:1:0 chr20 60920887 . G A 2243.93 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1621;QD=63.2093;RBI=0.0188968;REFB=0;REVB=0.00184616;RO=0;SAF=75;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87442e-05;OID=.;OPOS=60920887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:66:75:0:0:67:75:0:0 chr20 60921643 . T C 2203.9 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0376898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.724;QD=61.6476;RBI=0.06656;REFB=-0.0577457;REVB=0.0548609;RO=2;SAF=58;SAR=83;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113188;STB=0.505952;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000232957;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:2:2:141:141:0.986014:83:58:0:2:83:58:0:2 chr20 60927349 . C T 4591.84 PASS AF=1;AO=290;DP=292;FAO=291;FDP=291;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194851;FXX=0.00342454;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.651;QD=63.1181;RBI=0.0173932;REFB=-0.0357221;REVB=0.0172837;RO=2;SAF=137;SAR=153;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000361479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9634e-05;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:292:291:2:0:290:291:1:153:137:1:1:153:138:0:0 chr20 60927412 . G A 3758.31 PASS AF=0.958175;AO=252;DP=263;FAO=252;FDP=263;FR=.;FRO=11;FSAF=124;FSAR=128;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0565926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.197;QD=57.1606;RBI=0.0683267;REFB=-0.139421;REVB=0.038286;RO=11;SAF=124;SAR=128;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174723;STB=0.509178;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00228968;OID=.;OPOS=60927412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:263:263:11:11:252:252:0.958175:128:124:3:8:128:124:3:8 chr20 60937597 . A G 1383.64 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151097;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.684;QD=62.8926;RBI=0.0152617;REFB=0;REVB=-0.00214846;RO=0;SAF=29;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108364;OID=.;OPOS=60937597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:58:29:0:0:59:29:0:0 chr20 60963494 . C T 3441.34 PASS AF=0.957806;AO=227;DP=237;FAO=227;FDP=237;FR=.;FRO=10;FSAF=74;FSAR=153;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0362012;FXX=0.0042015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0028;QD=58.0817;RBI=0.0969419;REFB=0.0315129;REVB=-0.0899289;RO=9;SAF=74;SAR=153;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367852;STB=0.5224;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0354975;OID=.;OPOS=60963494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:237:237:9:10:227:227:0.957806:153:74:7:2:153:74:8:2 chr20 60966318 . G T 2235.42 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.613;QD=63.416;RBI=0.0676996;REFB=0;REVB=0.0629538;RO=0;SAF=79;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59527e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149915;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:141:0:0:137:141:1:58:79:0:0:61:80:0:0 chr20 60989365 . C T 3410.63 PASS AF=0.991071;AO=216;DP=219;FAO=222;FDP=224;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00306741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4164;QD=60.9042;RBI=0.0563909;REFB=-0.0401196;REVB=0.0563074;RO=3;SAF=118;SAR=98;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316933;STB=0.504032;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0013582;OID=.;OPOS=60989365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:219:224:3:2:216:222:0.991071:98:118:2:1:99:123:2:0 chr20 61039958 . T C 2425.27 PASS AF=0.514039;AO=238;DP=468;FAO=238;FDP=463;FR=.;FRO=225;FSAF=104;FSAR=134;FSRF=106;FSRR=119;FWDB=0.0176118;FXX=0.0106835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.333;QD=20.9527;RBI=0.0179658;REFB=-0.00752143;REVB=-0.0035487;RO=207;SAF=104;SAR=134;SRF=99;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356731;STB=0.516784;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00837615;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:468:463:207:225:238:238:0.514039:134:104:99:108:134:104:106:119 chr20 61143487 . T C 2274.33 PASS AF=0.589888;AO=204;DP=350;FAO=210;FDP=356;FR=.;FRO=146;FSAF=60;FSAR=150;FSRF=61;FSRR=85;FWDB=0.0102866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.239;QD=25.5543;RBI=0.0107192;REFB=-0.00601771;REVB=-0.00301448;RO=145;SAF=55;SAR=149;SRF=60;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130916;STB=0.562784;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00352802;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:356:145:146:204:210:0.589888:149:55:60:85:150:60:61:85 chr20 61162267 . T C 1766.4 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.868;QD=60.9104;RBI=0.0465712;REFB=0;REVB=0.0152507;RO=0;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.2761e-05;OID=.;OPOS=61162267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:70:46:0:0:70:46:0:0 chr20 61326380 . C T 3278.37 PASS AF=1;AO=210;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122772;FXX=0.0185177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.944;QD=61.856;RBI=0.0389606;REFB=-0.0338499;REVB=0.0369756;RO=1;SAF=100;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0142e-05;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:212:1:0:210:212:1:110:100:0:1:110:102:0:0 chr20 61431554 . CCCA ACCC,C,CC,CCC,CCCC 631.9 PASS AF=0.0416667,0.111111,0.145833,0.201389,0;AO=9,21,22,19,7;DP=156;FAO=6,16,21,29,0;FDP=144;FR=.;FRO=72;FSAF=0,3,4,9,0;FSAR=6,13,17,20,0;FSRF=5;FSRR=67;FWDB=-0.0143166,0.0491352,0.0519458,0.0532678,0.0521995;FXX=0.0649308;HRUN=5,5,5,1,1;LEN=4,3,2,1,1;MLLD=74.2901,186.785,189.792,189.384,187.389;QD=17.5528;RBI=0.0340901,0.0566851,0.0584494,0.0586907,0.0568398;REFB=-0.00461583,-0.0163203,-0.0130012,-0.010342,-0.00825292;REVB=0.0309381,0.0282654,0.0267948,0.0246404,0.0224939;RO=72;SAF=0,5,7,5,1;SAR=9,16,15,14,6;SRF=4;SRR=68;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0.3,0.3,0,0;SSSB=-0.513201,0.427306,0.492453,0.460864,0.303021;STB=0.996884,0.697507,0.686992,0.736487,0.5;STBP=0.325,0.294,0.25,0.069,1;TYPE=mnp,del,del,del,snp;VARB=0.0562857,0.0353122,0.0157818,0.0146718,0.0151048;OID=.,.,.,.,.;OPOS=61431554,61431555,61431556,61431557,61431557;OREF=CCCA,CCA,CA,A,A;OALT=ACCC,-,-,-,C;OMAPALT=ACCC,C,CC,CCC,CCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:93:156:144:72:72:9,21,22,19,7:6,16,21,29,0:0.0416667,0.111111,0.145833,0.201389,0:9,16,15,14,6:0,5,7,5,1:4:68:6,13,17,20,0:0,3,4,9,0:5:67 chr20 61443636 . G A 1593.21 PASS AF=0.557196;AO=150;DP=270;FAO=151;FDP=271;FR=.;FRO=120;FSAF=75;FSAR=76;FSRF=48;FSRR=72;FWDB=0.023279;FXX=0.00367634;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.891;QD=23.516;RBI=0.0234071;REFB=-0.0153115;REVB=-0.00244536;RO=119;SAF=74;SAR=76;SRF=48;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733674;STB=0.542835;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0136486;OID=.;OPOS=61443636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:119:120:150:151:0.557196:76:74:48:71:76:75:48:72 chr20 61443660 . G A 1228.08 PASS AF=0.559809;AO=115;DP=212;FAO=117;FDP=209;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=80;FSRF=26;FSRR=66;FWDB=-0.00708962;FXX=0.0141503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.247;QD=23.5039;RBI=0.0743615;REFB=-0.0126107;REVB=0.0740228;RO=91;SAF=37;SAR=78;SRF=26;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339773;STB=0.517331;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00964465;OID=.;OPOS=61443660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:209:91:92:115:117:0.559809:78:37:26:65:80:37:26:66 chr20 61443870 . C G 6525.53 PASS AF=0.589124;AO=585;DP=993;FAO=585;FDP=993;FR=.;FRO=408;FSAF=242;FSAR=343;FSRF=191;FSRR=217;FWDB=-0.00881931;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.479;QD=26.2861;RBI=0.0122831;REFB=-0.0198407;REVB=-0.00854952;RO=406;SAF=242;SAR=343;SRF=191;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440733;STB=0.522882;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0128869;OID=.;OPOS=61443870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:993:993:406:408:585:585:0.589124:343:242:191:215:343:242:191:217 chr20 61444629 . A G 309.68 PASS AF=0.227273;AO=49;DP=218;FAO=50;FDP=220;FR=.;FRO=170;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=83;FSRR=87;FWDB=0.0153929;FXX=0.0090086;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.511;QD=5.63049;RBI=0.0161076;REFB=-0.0178124;REVB=-0.00474505;RO=163;SAF=10;SAR=39;SRF=81;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400163;STB=0.725557;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0499387;OID=.;OPOS=61444629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:220:163:170:49:50:0.227273:39:10:81:82:39:11:83:87 chr20 61444633 . G A 133.84 PASS AF=0.144231;AO=27;DP=206;FAO=30;FDP=208;FR=.;FRO=178;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=80;FSRR=98;FWDB=-0.022623;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.963;QD=2.57381;RBI=0.034995;REFB=-0.0151394;REVB=0.0266993;RO=176;SAF=7;SAR=20;SRF=80;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261342;STB=0.573226;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0685776;OID=.;OPOS=61444633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:208:176:178:27:30:0.144231:20:7:80:96:19:11:80:98 chr20 61444637 . G C 110.76 PASS AF=0.131707;AO=28;DP=205;FAO=27;FDP=205;FR=.;FRO=178;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=83;FSRR=95;FWDB=0.0174667;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.956;QD=2.16108;RBI=0.0191602;REFB=-0.0194178;REVB=0.00787575;RO=161;SAF=7;SAR=21;SRF=67;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233599;STB=0.690831;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0511962;OID=.;OPOS=61444637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:161:178:28:27:0.131707:21:7:67:94:20:7:83:95 chr20 61444697 . G C 64.52 PASS AF=0.125;AO=17;DP=121;FAO=15;FDP=120;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=81;FWDB=0.0295011;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.755;QD=2.1507;RBI=0.0296942;REFB=-0.0139977;REVB=0.00338151;RO=101;SAF=7;SAR=10;SRF=22;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28143;STB=0.715043;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0518488;OID=.;OPOS=61444697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:121:120:101:105:17:15:0.125:10:7:22:79:8:7:24:81 chr20 61445051 . G T 2709.15 PASS AF=0.635389;AO=169;DP=365;FAO=237;FDP=373;FR=.;FRO=136;FSAF=135;FSAR=102;FSRF=76;FSRR=60;FWDB=0.0105053;FXX=0.0132272;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.397;QD=29.0526;RBI=0.0203063;REFB=-0.0280029;REVB=0.0173776;RO=109;SAF=126;SAR=43;SRF=76;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450672;STB=0.50401;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0192395;OID=.;OPOS=61445051;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:373:109:136:169:237:0.635389:43:126:76:33:102:135:76:60 chr20 61460124 . G A 912.88 PASS AF=0.523256;AO=90;DP=170;FAO=90;FDP=172;FR=.;FRO=82;FSAF=66;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=25;FWDB=-0.00343796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.365;QD=21.2299;RBI=0.0404547;REFB=-0.0180949;REVB=-0.0403083;RO=80;SAF=66;SAR=24;SRF=56;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359029;STB=0.522788;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0165158;OID=.;OPOS=61460124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:80:82:90:90:0.523256:24:66:56:24:24:66:57:25 chr20 61460338 . C T 104.51 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00408926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.954;QD=19.9074;RBI=0.00410915;REFB=-0.0247556;REVB=-0.000403819;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.61886;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0198275;OID=.;OPOS=61460338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:6:6:6:2:6:6:7:2 chr20 61463501 . T C 726.56 PASS AF=0.575;AO=69;DP=120;FAO=69;FDP=120;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00906721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.392;QD=24.2186;RBI=0.0281142;REFB=-0.0309559;REVB=-0.0266119;RO=50;SAF=29;SAR=40;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155438;STB=0.513323;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0191115;OID=.;OPOS=61463501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:50:51:69:69:0.575:40:29:22:28:40:29:23:28 chr20 61463522 . C A 607.58 PASS AF=0.560748;AO=57;DP=104;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00413715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.674;QD=22.7134;RBI=0.042724;REFB=-0.0325985;REVB=0.0425233;RO=47;SAF=24;SAR=33;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142296;STB=0.501945;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0239654;OID=.;OPOS=61463522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:47:47:57:60:0.560748:33:24:19:28:36:24:19:28 chr20 61464440 . G A 1360.48 PASS AF=0.61658;AO=118;DP=192;FAO=119;FDP=193;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=74;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0196447;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.39;QD=28.1966;RBI=0.0313115;REFB=0.00126188;REVB=-0.0243823;RO=72;SAF=45;SAR=73;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762912;STB=0.537931;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.000562457;OID=.;OPOS=61464440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:72:74:118:119:0.61658:73:45:35:37:74:45:35:39 chr20 61468571 . T C 20775.3 PASS AF=1;AO=1193;DP=1209;FAO=1314;FDP=1314;FR=.;FRO=0;FSAF=738;FSAR=576;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000881651;FXX=0.00151975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.224;QD=63.2429;RBI=0.0113182;REFB=0;REVB=0.0112838;RO=0;SAF=672;SAR=521;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16037e-07;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:1209:1314:0:0:1193:1314:1:521:672:0:0:576:738:0:0 chr20 61472073 . C A 1940.84 PASS AF=0.583062;AO=179;DP=310;FAO=179;FDP=307;FR=.;FRO=128;FSAF=61;FSAR=118;FSRF=55;FSRR=73;FWDB=-0.047817;FXX=0.00967711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1522;QD=25.2878;RBI=0.0481614;REFB=0.000130682;REVB=0.00574887;RO=126;SAF=61;SAR=118;SRF=53;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662138;STB=0.54019;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.000413858;OID=.;OPOS=61472073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:307:126:128:179:179:0.583062:118:61:53:73:118:61:55:73 chr20 61472386 . A G 1756.95 PASS AF=0.589744;AO=161;DP=273;FAO=161;FDP=273;FR=.;FRO=112;FSAF=69;FSAR=92;FSRF=69;FSRR=43;FWDB=0.0200674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.993;QD=25.7428;RBI=0.0201119;REFB=-0.0169556;REVB=-0.00133624;RO=110;SAF=69;SAR=92;SRF=69;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148778;STB=0.576793;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00797262;OID=.;OPOS=61472386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:110:112:161:161:0.589744:92:69:69:41:92:69:69:43 chr20 61472546 . A ACATCT,T 625.7 PASS AF=0.344828,0.131034;AO=48,18;DP=150;FAO=50,19;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=5,18;FSAR=45,1;FSRF=18;FSRR=58;FWDB=0.00303284,0.0364832;FXX=0.0268438;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=257.671,55.709;QD=17.2607;RBI=0.00483277,0.0365266;REFB=-0.00264063,-0.0439335;REVB=0.00376265,-0.00177937;RO=78;SAF=3,18;SAR=45,0;SRF=18;SRR=60;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.423111,0.82263;STB=0.66766,0.966833;STBP=0.03,0;TYPE=ins,snp;VARB=0.00362763,0.00374299;OID=.,.;OPOS=61472547,61472546;OREF=-,A;OALT=CATCT,T;OMAPALT=ACATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:145:78:76:48,18:50,19:0.344828,0.131034:45,0:3,18:18:60:45,1:5,18:18:58 chr20 61472596 . G A 933.4 PASS AF=0.575342;AO=84;DP=145;FAO=84;FDP=146;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=-0.023897;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.022;QD=25.5726;RBI=0.035786;REFB=-0.00270513;REVB=-0.0266378;RO=59;SAF=26;SAR=58;SRF=16;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345703;STB=0.501528;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00234411;OID=.;OPOS=61472596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:59:62:84:84:0.575342:58:26:16:43:58:26:19:43 chr20 61488785 . T C 1097.85 PASS AF=0.569832;AO=102;DP=180;FAO=102;FDP=179;FR=.;FRO=77;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=1.65839e-05;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.11;QD=24.5329;RBI=0.0104871;REFB=-0.0270226;REVB=0.0104871;RO=77;SAF=55;SAR=47;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975899;STB=0.553056;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.020014;OID=.;OPOS=61488785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:77:77:102:102:0.569832:47:55:32:45:47:55:32:45 chr20 61491494 . T C 639.13 PASS AF=0.6;AO=60;DP=101;FAO=60;FDP=100;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00143906;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9431;QD=25.5654;RBI=0.0418634;REFB=-0.0157309;REVB=-0.0418387;RO=40;SAF=27;SAR=33;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164127;STB=0.589256;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0142728;OID=.;OPOS=61491494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:40:40:60:60:0.6:33:27:27:13:33:27:27:13 chr20 61512606 . T C 4323.31 PASS AF=1;AO=269;DP=270;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230118;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.267;QD=62.6566;RBI=0.0236481;REFB=0;REVB=0.00544891;RO=0;SAF=87;SAR=182;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147588;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:270:276:0:0:269:276:1:182:87:0:0:182:94:0:0 chr20 61512663 . GC CG,GCG 134.3 PASS AF=0.0540541,0.145946;AO=17,23;DP=192;FAO=10,27;FDP=185;FR=.;FRO=148;FSAF=7,23;FSAR=3,4;FSRF=58;FSRR=90;FWDB=-0.0297706,-0.0409296;FXX=0.0106946;HRUN=6,0;LEN=2,1;MLLD=78.3085,72.9021;QD=2.90375;RBI=0.0333786,0.0437641;REFB=-0.00371458,-0.00318768;REVB=-0.0150946,-0.0154941;RO=146;SAF=14,21;SAR=3,2;SRF=56;SRR=90;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.503433,0.63533;STB=0.769017,0.869412;STBP=0.113,0;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0943682,0.0764604;OID=.,.;OPOS=61512663,61512665;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:192:185:146:148:17,23:10,27:0.0540541,0.145946:3,2:14,21:56:90:3,4:7,23:58:90 chr20 61528074 . T C 1362.14 PASS AF=0.361419;AO=163;DP=451;FAO=163;FDP=451;FR=.;FRO=288;FSAF=56;FSAR=107;FSRF=108;FSRR=180;FWDB=-0.0303038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.147;QD=12.0811;RBI=0.0303632;REFB=-0.0185943;REVB=0.00189824;RO=287;SAF=56;SAR=107;SRF=107;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360862;STB=0.521949;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0357183;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:451:451:287:288:163:163:0.361419:107:56:107:180:107:56:108:180 chr20 61528271 . C T 47.2 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.037533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.285;QD=11.105;RBI=0.0456094;REFB=0.0120735;REVB=0.0259133;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267754;STB=0.713564;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0298449;OID=.;OPOS=61528271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:1:6:6:3:1:6:6:4 chr20 61576777 . A G 197.1 PASS AF=0.267327;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=101;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=62;FSRR=12;FWDB=-0.00988229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.865;QD=7.80579;RBI=0.0290647;REFB=-0.0199471;REVB=-0.0273331;RO=72;SAF=25;SAR=2;SRF=61;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247987;STB=0.667784;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0518631;OID=.;OPOS=61576777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:72:74:27:27:0.267327:2:25:61:11:2:25:62:12 chr20 61577275 . T C 3627.03 PASS AF=1;AO=209;DP=239;FAO=235;FDP=235;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=111;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132143;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.109;QD=61.7368;RBI=0.01362;REFB=0;REVB=-0.00329957;RO=0;SAF=83;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04941e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396493;OID=.;OPOS=61577275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:235:0:0:209:235:1:126:83:0:0:124:111:0:0 chr20 61588159 . A G 3538.66 PASS AF=1;AO=225;DP=226;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2492;QD=62.6311;RBI=0.0757511;REFB=0;REVB=0.0121671;RO=0;SAF=109;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35189e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91309e-05;OID=.;OPOS=61588159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:226:0:0:225:226:1:116:109:0:0:116:110:0:0 chr20 61594679 . A G 3486.16 PASS AF=1;AO=223;DP=226;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871847;FXX=0.0132737;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.235;QD=62.532;RBI=0.023829;REFB=-0.0627785;REVB=0.0221767;RO=1;SAF=94;SAR=129;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00367962;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78826e-05;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:226:223:1:0:223:223:1:129:94:0:1:129:94:0:0 chr20 61597946 . CTTA CTA,CTAC 2811.04 PASS AF=1,0;AO=178,14;DP=202;FAO=202,0;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=88,0;FSAR=114,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220103,-0.0669051;FXX=0.00980344;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=21.9291,7.55193;QD=55.6642;RBI=0.0317357,0.0777277;REFB=0,0;REVB=0.0228626,-0.0395639;RO=1;SAF=76,6;SAR=102,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00622257,-0.0698108;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000989866,0.00870223;OID=.,.;OPOS=61597947,61597948;OREF=T,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:178,14:202:202,0:202:0:88,0:114,0:0:0:17:1:76,6:102,8:1:0 chr20 61869607 . C A 145.35 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.319;QD=44.7233;RBI=0.0655236;REFB=0;REVB=0.0560142;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425353;OID=.;OPOS=61869607;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:4:8:0:0:4:9:0:0 chr20 61869826 . C T 5435.6 PASS AF=0.991379;AO=344;DP=348;FAO=345;FDP=348;FR=.;FRO=3;FSAF=198;FSAR=147;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.045816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0508;QD=62.4782;RBI=0.079242;REFB=-0.0497672;REVB=0.0646544;RO=2;SAF=198;SAR=146;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000853015;STB=0.502119;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.000613501;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:348:348:2:3:344:345:0.991379:146:198:1:1:147:198:1:2 chr20 61870167 . C A 804.78 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000570003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7347;QD=64.3825;RBI=0.0362959;REFB=0;REVB=0.0362914;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042338;OID=.;OPOS=61870167;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr20 61870604 . CTGGGT CTGGGG,CTGGGGT,TGGGGT 590.72 PASS AF=0,1,0;AO=3,34,10;DP=65;FAO=0,60,0;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,0;FSAR=0,42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117977,-0.0765849,-0.0241488;FXX=0.0322529;HRUN=1,3,5;LEN=1,1,2;MLLD=281.699,13.8242,5.9392;QD=39.3815;RBI=0.00770073,0.279872,0.0895035;REFB=0,0,0;REVB=0.00760982,-0.26919,-0.0861842;RO=1;SAF=0,7,5;SAR=3,27,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.017006,0.0811734;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0,-0.00512064,0;OID=.,.,.;OPOS=61870609,61870606,61870604;OREF=T,-,CT;OALT=G,G,TG;OMAPALT=CTGGGG,CTGGGGT,TGGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:65:60:1:0:3,34,10:0,60,0:0,1,0:3,27,5:0,7,5:0:1:0,42,0:0,18,0:0:0 chr20 61873080 . T A 1914.43 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.825;QD=61.7557;RBI=0.0435363;REFB=0;REVB=0.0432222;RO=0;SAF=72;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61453e-05;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:51:72:0:0:51:73:0:0 chr20 61878950 . A C 1827.65 PASS AF=0.98374;AO=114;DP=119;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.022504;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0207;QD=59.4356;RBI=0.0710145;REFB=-0.0388673;REVB=0.0673545;RO=2;SAF=2;SAR=112;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840463;STB=0.504166;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00373654;OID=.;OPOS=61878950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:119:123:2:2:114:121:0.98374:112:2:0:2:119:2:0:2 chr20 61880169 . T G 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.364;QD=62.3147;RBI=0.00684182;REFB=0;REVB=0.00634747;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17247e-06;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:54:32:0:0:54:32:0:0 chr20 61881296 . A G 3996.05 PASS AF=1;AO=255;DP=257;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172355;FXX=0.026615;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.189;QD=62.4383;RBI=0.0179819;REFB=0;REVB=0.00512725;RO=0;SAF=127;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390169;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:257:256:0:0:255:256:1:128:127:0:0:128:128:0:0 chr20 61912715 . T C 587.22 PASS AF=0.395349;AO=64;DP=168;FAO=68;FDP=172;FR=.;FRO=104;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=68;FWDB=0.0125678;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.179;QD=13.6562;RBI=0.0155038;REFB=-0.0088444;REVB=-0.00907841;RO=103;SAF=19;SAR=45;SRF=35;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545125;STB=0.53673;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0117622;OID=.;OPOS=61912715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:172:103:104:64:68:0.395349:45:19:35:68:48:20:36:68 chr20 61918164 . C G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.296;QD=57.0008;RBI=0.0392891;REFB=0;REVB=0.0391961;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015689;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr20 61938843 . C A 379.83 PASS AF=0.262911;AO=56;DP=212;FAO=56;FDP=213;FR=.;FRO=157;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=62;FSRR=95;FWDB=-0.0261903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.648;QD=7.13297;RBI=0.0334396;REFB=-0.0109403;REVB=0.0207912;RO=143;SAF=32;SAR=24;SRF=61;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175722;STB=0.627924;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0403514;OID=.;OPOS=61938843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:143:157:56:56:0.262911:24:32:61:82:24:32:62:95 chr20 61941747 . A G 2391.06 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.762;QD=63.7615;RBI=0.0530148;REFB=0;REVB=0.052905;RO=0;SAF=71;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35267e-05;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:142:150:0:0:142:150:1:71:71:0:0:78:72:0:0 chr20 61951489 . G C 2007.17 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0313299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0114;QD=61.2877;RBI=0.0847559;REFB=-0.101604;REVB=-0.0787528;RO=1;SAF=26;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00454848;STB=0.502392;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.000157502;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:104:26:0:1:104:26:0:1 chr20 61956782 . T C 903.82 PASS AF=0.333333;AO=112;DP=339;FAO=113;FDP=339;FR=.;FRO=226;FSAF=39;FSAR=74;FSRF=76;FSRR=150;FWDB=-0.00391745;FXX=0.00294109;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2691;QD=10.6645;RBI=0.0347456;REFB=-0.0203722;REVB=-0.0345241;RO=201;SAF=39;SAR=73;SRF=62;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505651;STB=0.506551;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0214332;OID=.;OPOS=61956782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:339:201:226:112:113:0.333333:73:39:62:139:74:39:76:150 chr20 61981104 . C T 900.14 PASS AF=0.4;AO=100;DP=250;FAO=100;FDP=250;FR=.;FRO=150;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=65;FSRR=85;FWDB=0.0254751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.188;QD=14.4022;RBI=0.0261048;REFB=-0.00439556;REVB=-0.00569916;RO=150;SAF=36;SAR=64;SRF=65;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827387;STB=0.54649;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00610153;OID=.;OPOS=61981104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:150:150:100:100:0.4:64:36:65:85:64:36:65:85 chr20 61981134 . G A 593.99 PASS AF=0.347418;AO=74;DP=213;FAO=74;FDP=213;FR=.;FRO=139;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=0.0488678;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.92;QD=11.1547;RBI=0.0621678;REFB=-0.0264918;REVB=0.0384288;RO=139;SAF=32;SAR=42;SRF=68;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653959;STB=0.537349;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0551456;OID=.;OPOS=61981134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:139:139:74:74:0.347418:42:32:68:71:42:32:68:71 chr20 61981536 . A G 2319.8 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460622;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9887;QD=61.0475;RBI=0.0517257;REFB=0;REVB=-0.0235334;RO=0;SAF=97;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197588;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:55:97:0:0:55:97:0:0 chr20 61981554 . C A 2795.63 PASS AF=1;AO=149;DP=190;FAO=182;FDP=182;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=112;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00523723;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.379;QD=61.4425;RBI=0.0940427;REFB=0;REVB=0.0938968;RO=0;SAF=112;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217035;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:190:182:0:0:149:182:1:37:112:0:0:70:112:0:0 chr20 61981555 . G A 251.18 PASS AF=0.205;AO=40;DP=199;FAO=41;FDP=200;FR=.;FRO=159;FSAF=3;FSAR=38;FSRF=113;FSRR=46;FWDB=-0.0458092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.9022;QD=5.02362;RBI=0.0816026;REFB=-0.0282996;REVB=0.0675315;RO=159;SAF=3;SAR=37;SRF=113;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.73569;STB=0.945736;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0107555;OID=.;OPOS=61981555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:159:159:40:41:0.205:37:3:113:46:38:3:113:46 chr20 61982085 . A G 4732.33 PASS AF=1;AO=303;DP=306;FAO=304;FDP=304;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426912;FXX=0.00653573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.628;QD=62.2674;RBI=0.0472089;REFB=0.111132;REVB=-0.0201531;RO=1;SAF=129;SAR=174;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00273335;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000570402;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:306:304:1:0:303:304:1:174:129:0:1:175:129:0:0 chr20 61982124 . A G 4504.04 PASS AF=1;AO=283;DP=285;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478392;FXX=0.00349638;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.509;QD=63.2146;RBI=0.00870263;REFB=0;REVB=-0.0072698;RO=0;SAF=128;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28111e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191834;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:285:285:0:0:283:285:1:155:128:0:0:156:129:0:0 chr20 62038275 . GGT GGG,GG,G 9939.26 PASS AF=0,1,0;AO=376,181,92;DP=797;FAO=0,826,0;FDP=826;FR=.;FRO=0;FSAF=0,374,0;FSAR=0,452,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.457261,0.0401842,0.495607;FXX=0.00361877;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=7.93295,16.0967,8.14391;QD=48.132;RBI=0.460559,0.0546208,0.49597;REFB=0,0,0;REVB=-0.0550178,-0.0369955,0.0189671;RO=0;SAF=248,2,0;SAR=128,179,92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.000103928,-0.0102332;OID=.,.,.;OPOS=62038277,62038277,62038276;OREF=T,T,GT;OALT=G,-,-;OMAPALT=GGG,GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:376,181,92:797:0,826,0:826:0:0,374,0:0,452,0:0:0:66:0:248,2,0:128,179,92:0:0 chr20 62038378 . A T 240.53 PASS AF=0.309278;AO=30;DP=97;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=63;FWDB=-0.00370341;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.252;QD=9.9188;RBI=0.0131655;REFB=0.00175063;REVB=-0.0126338;RO=65;SAF=3;SAR=27;SRF=4;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144365;STB=0.588185;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00468594;OID=.;OPOS=62038378;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:65:67:30:30:0.309278:27:3:4:61:27:3:4:63 chr20 62070966 . G A 1851.43 PASS AF=0.622642;AO=149;DP=250;FAO=165;FDP=265;FR=.;FRO=100;FSAF=74;FSAR=91;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=0.0133615;FXX=0.00749036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.975;QD=27.9461;RBI=0.0315953;REFB=-0.0183594;REVB=0.0286309;RO=101;SAF=69;SAR=80;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00169648;STB=0.508191;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0111563;OID=.;OPOS=62070966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:265:101:100:149:165:0.622642:80:69:47:54:91:74:47:53 chr20 62126185 . A G 4889.3 PASS AF=1;AO=312;DP=315;FAO=313;FDP=313;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245901;FXX=0.00949337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6715;QD=62.483;RBI=0.0849368;REFB=-0.000401702;REVB=-0.0812993;RO=1;SAF=142;SAR=170;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00279764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118948;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:315:313:1:0:312:313:1:170:142:0:1:170:143:0:0 chr20 62126299 . C T 6979.19 PASS AF=1;AO=447;DP=451;FAO=447;FDP=447;FR=.;FRO=0;FSAF=207;FSAR=240;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114638;FXX=0.00886898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.889;QD=62.4536;RBI=0.0119733;REFB=0.0101512;REVB=0.00345549;RO=3;SAF=207;SAR=240;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0016607;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52693e-05;OID=.;OPOS=62126299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:451:447:3:0:447:447:1:240:207:1:2:240:207:0:0 chr20 62161418 . G C 544.72 PASS AF=0.27305;AO=77;DP=282;FAO=77;FDP=282;FR=.;FRO=205;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=101;FSRR=104;FWDB=0.0655854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8423;QD=7.72646;RBI=0.0669437;REFB=-0.00239265;REVB=0.0134173;RO=205;SAF=25;SAR=52;SRF=101;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214678;STB=0.626832;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0145173;OID=.;OPOS=62161418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:205:205:77:77:0.27305:52:25:101:104:52:25:101:104 chr20 62161421 . G A 616.72 PASS AF=0.30597;AO=77;DP=272;FAO=82;FDP=268;FR=.,HEALED;FRO=186;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=87;FSRR=99;FWDB=-0.0303897;FXX=0.0147053;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.081;QD=9.20476;RBI=0.0461283;REFB=-0.0216594;REVB=-0.0347028;RO=142;SAF=31;SAR=46;SRF=72;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120089;STB=0.555127;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0371522;OID=.;OPOS=62161421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:268:142:186:77:82:0.30597:46:31:72:70:50:32:87:99 chr20 62166313 . C T 1995.3 PASS AF=0.333333;AO=251;DP=754;FAO=251;FDP=753;FR=.;FRO=502;FSAF=91;FSAR=160;FSRF=204;FSRR=298;FWDB=0.00248538;FXX=0.00132624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.402;QD=10.5992;RBI=0.0170001;REFB=-0.00960868;REVB=-0.0168175;RO=499;SAF=91;SAR=160;SRF=203;SRR=296;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548811;STB=0.531063;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0189285;OID=.;OPOS=62166313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:754:753:499:502:251:251:0.333333:160:91:203:296:160:91:204:298 chr20 62172219 . G A 2883.24 PASS AF=0.585153;AO=251;DP=439;FAO=268;FDP=458;FR=.;FRO=190;FSAF=145;FSAR=123;FSRF=98;FSRR=92;FWDB=-0.0118165;FXX=0.0021786;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.196;QD=25.1812;RBI=0.0688598;REFB=-0.00603385;REVB=0.0678383;RO=181;SAF=144;SAR=107;SRF=98;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254473;STB=0.510529;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00446108;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:439:458:181:190:251:268:0.585153:107:144:98:83:123:145:98:92 chr20 62172281 . C T 1328.3 PASS AF=0.344538;AO=163;DP=476;FAO=164;FDP=476;FR=.;FRO=312;FSAF=75;FSAR=89;FSRF=178;FSRR=134;FWDB=0.0566607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.944;QD=11.1622;RBI=0.0574675;REFB=-0.0104641;REVB=-0.00959547;RO=312;SAF=75;SAR=88;SRF=178;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126971;STB=0.57379;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0143353;OID=.;OPOS=62172281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:476:476:312:312:163:164:0.344538:88:75:178:134:89:75:178:134 chr20 62173561 . C G 797.65 PASS AF=0.367816;AO=96;DP=261;FAO=96;FDP=261;FR=.;FRO=165;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=72;FSRR=93;FWDB=-0.0122134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.182;QD=12.2246;RBI=0.0240338;REFB=-0.0125295;REVB=-0.0206992;RO=165;SAF=48;SAR=48;SRF=72;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711231;STB=0.540222;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0159176;OID=.;OPOS=62173561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:165:165:96:96:0.367816:48:48:72:93:48:48:72:93 chr20 62173562 . G T 1837.14 PASS AF=0.631783;AO=163;DP=258;FAO=163;FDP=258;FR=.;FRO=95;FSAF=70;FSAR=93;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0104491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.431;QD=28.4828;RBI=0.0108038;REFB=0.00580852;REVB=-0.00274568;RO=95;SAF=70;SAR=93;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524554;STB=0.528253;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00460596;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:95:95:163:163:0.631783:93:70:48:47:93:70:48:47 chr20 62173925 . T G 154.78 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00286598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.581;QD=14.7409;RBI=0.00709911;REFB=-0.0103461;REVB=-0.00649489;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152274;STB=0.588131;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00930107;OID=.;OPOS=62173925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:14:11:10:7:14:11 chr20 62173927 . G A 142.95 PASS AF=0.4;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00224414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.354;QD=14.2949;RBI=0.00830351;REFB=-0.00100351;REVB=0.00799451;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108015;STB=0.586849;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00589315;OID=.;OPOS=62173927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:24:16:16:0.4:9:7:12:10:9:7:14:10 chr20 62174724 . G A 900.94 PASS AF=0.520231;AO=85;DP=169;FAO=90;FDP=173;FR=.;FRO=83;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0053489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6825;QD=20.831;RBI=0.0471446;REFB=-0.0174436;REVB=0.0468402;RO=82;SAF=49;SAR=36;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123138;STB=0.5473;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0188093;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:173:82:83:85:90:0.520231:36:49:36:46:41:49:37:46 chr20 62187187 . T C 725.54 PASS AF=0.60177;AO=68;DP=113;FAO=68;FDP=113;FR=.;FRO=45;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.000997609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.838;QD=25.6829;RBI=0.0126127;REFB=-0.00315151;REVB=0.0125731;RO=44;SAF=38;SAR=30;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235995;STB=0.507666;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00168779;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:44:45:68:68:0.60177:30:38:26:18:30:38:26:19 chr20 62187439 . T C 749.41 PASS AF=0.636364;AO=63;DP=99;FAO=63;FDP=99;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0352323;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.895;QD=30.2792;RBI=0.0371683;REFB=0.00873326;REVB=-0.0118393;RO=36;SAF=33;SAR=30;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903121;STB=0.548929;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00370606;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:36:36:63:63:0.636364:30:33:14:22:30:33:14:22 chr20 62191321 . A G 2771.21 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643737;FXX=0.022221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.899;QD=62.982;RBI=0.0400934;REFB=0;REVB=-0.0395732;RO=0;SAF=69;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578662;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:176:176:1:107:69:0:0:107:69:0:0 chr20 62191937 . G A 660.3 PASS AF=0.640449;AO=57;DP=89;FAO=57;FDP=89;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.000599251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.61;QD=29.6765;RBI=0.00356611;REFB=0.00899931;REVB=-0.0035154;RO=32;SAF=27;SAR=30;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868624;STB=0.547064;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00748211;OID=.;OPOS=62191937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:32:32:57:57:0.640449:30:27:11:21:30:27:11:21 chr20 62191974 . G A 546.84 PASS AF=0.644737;AO=49;DP=76;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0621993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.466;QD=28.781;RBI=0.0712336;REFB=-0.000170496;REVB=0.0347199;RO=27;SAF=28;SAR=21;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105733;STB=0.505745;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=3.08171e-05;OID=.;OPOS=62191974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:27:27:49:49:0.644737:21:28:15:12:21:28:15:12 chr20 62193019 . C T 348.82 PASS AF=0.358974;AO=41;DP=114;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.00351793;FXX=0.0330551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.072;QD=11.9254;RBI=0.00756679;REFB=-0.0170165;REVB=-0.00669929;RO=68;SAF=23;SAR=18;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146446;STB=0.602047;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.027206;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:68:75:41:42:0.358974:18:23:29:39:19:23:29:46 chr20 62193445 . G A 708.16 PASS AF=0.452381;AO=76;DP=170;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.000879632;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.211;QD=16.861;RBI=0.00462154;REFB=-0.00640933;REVB=0.00453705;RO=92;SAF=45;SAR=31;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113364;STB=0.563018;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00997259;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:92:92:76:76:0.452381:31:45:44:48:31:45:44:48 chr20 62194030 . G C 7578.44 PASS AF=1;AO=474;DP=474;FAO=477;FDP=477;FR=.;FRO=0;FSAF=257;FSAR=220;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.439;QD=63.5509;RBI=0.0232631;REFB=0;REVB=0.0200079;RO=0;SAF=256;SAR=218;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77985e-06;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:474:477:0:0:474:477:1:218:256:0:0:220:257:0:0 chr20 62194103 . A G 7357.92 PASS AF=1;AO=459;DP=460;FAO=466;FDP=466;FR=.;FRO=0;FSAF=221;FSAR=245;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.186;QD=63.1581;RBI=0.0250503;REFB=0;REVB=0.013321;RO=0;SAF=216;SAR=243;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84145e-06;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:460:466:0:0:459:466:1:243:216:0:0:245:221:0:0 chr20 62194128 . G A 3147.55 PASS AF=0.582822;AO=282;DP=487;FAO=285;FDP=489;FR=.;FRO=204;FSAF=156;FSAR=129;FSRF=80;FSRR=124;FWDB=0.0131334;FXX=0.00204077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7549;QD=25.7468;RBI=0.0447975;REFB=0.00382841;REVB=0.0428291;RO=200;SAF=156;SAR=126;SRF=79;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121195;STB=0.564534;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00253734;OID=.;OPOS=62194128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:487:489:200:204:282:285:0.582822:126:156:79:121:129:156:80:124 chr20 62194713 . A C 98.16 PASS AF=0.288889;AO=11;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00630079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.939;QD=8.72554;RBI=0.00659223;REFB=-0.00304697;REVB=-0.00193846;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218958;STB=0.662901;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00837444;OID=.;OPOS=62194713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:45:45:31:32:11:13:0.288889:7:4:17:14:9:4:17:15 chr20 62195220 . C T 414.08 PASS AF=0.317647;AO=54;DP=173;FAO=54;FDP=170;FR=.;FRO=116;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=62;FWDB=0.0328022;FXX=0.0395458;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.452;QD=9.74305;RBI=0.0338347;REFB=-0.00837021;REVB=-0.00829437;RO=108;SAF=24;SAR=30;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053881;STB=0.514506;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0153451;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:170:108:116:54:54:0.317647:30:24:53:55:30:24:54:62 chr20 62195672 . C T 556.49 PASS AF=0.301653;AO=72;DP=242;FAO=73;FDP=242;FR=.;FRO=169;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=80;FSRR=89;FWDB=0.00516955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2366;QD=9.19824;RBI=0.0490579;REFB=-0.00190171;REVB=0.0487848;RO=169;SAF=32;SAR=40;SRF=80;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351304;STB=0.524673;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00420306;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:169:169:72:73:0.301653:40:32:80:89:41:32:80:89 chr20 62196807 . T C 6751.02 PASS AF=1;AO=426;DP=428;FAO=427;FDP=427;FR=.;FRO=0;FSAF=228;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307713;FXX=0.0046619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.464;QD=63.2414;RBI=0.023221;REFB=0;REVB=0.0230162;RO=0;SAF=228;SAR=198;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20771e-05;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:428:427:0:0:426:427:1:198:228:0:0:199:228:0:0 chr20 62196884 . A G 8472.98 PASS AF=1;AO=529;DP=530;FAO=533;FDP=533;FR=.;FRO=0;FSAF=308;FSAR=225;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00559929;FXX=0.00187262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.582;QD=63.5871;RBI=0.0397484;REFB=-0.00944619;REVB=-0.039352;RO=1;SAF=306;SAR=223;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00155793;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31684e-06;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:530:533:1:0:529:533:1:223:306:1:0:225:308:0:0 chr20 62196994 . A AC 52.71 PASS AF=0.0911681;AO=40;DP=356;FAO=32;FDP=351;FR=.;FRO=319;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=225;FSRR=94;FWDB=-0.0551464;FXX=0.0112673;HRUN=0;LEN=1;MLLD=25.8289;QD=0.600662;RBI=0.0655976;REFB=-0.00984659;REVB=-0.0355234;RO=307;SAF=6;SAR=34;SRF=222;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.636283;STB=0.946937;STBP=0;TYPE=ins;VARB=-0.0344382;OID=.;OPOS=62196995;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0911681:40:356:32:351:319:3:29:225:94:52:307:6:34:222:85 chr20 62198236 . G A 1996.42 PASS AF=0.992366;AO=128;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0590867;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.802;QD=60.9595;RBI=0.0618488;REFB=-0.020058;REVB=0.0182768;RO=0;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00013842;OID=.;OPOS=62198236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:0:1:128:130:0.992366:59:69:0:0:61:69:0:1 chr20 62198348 . C T 4405.35 PASS AF=1;AO=274;DP=279;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429815;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.015;QD=62.9336;RBI=0.044232;REFB=-0.0856926;REVB=0.0104432;RO=1;SAF=131;SAR=143;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142028;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:279:280:1:0:274:280:1:143:131:1:0:146:134:0:0 chr20 62198662 . A G 2112.38 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.96;QD=61.6752;RBI=0.0253791;REFB=0;REVB=-0.0228473;RO=0;SAF=95;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.076e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397424;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:137:0:0:131:137:1:36:95:0:0:36:101:0:0 chr20 62200575 . T C 2839.44 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=185;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=104;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0285533;FXX=0.0162153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2698;QD=62.4052;RBI=0.156274;REFB=-0.0518965;REVB=0.153643;RO=1;SAF=104;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00614274;STB=0.503225;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000606622;OID=.;OPOS=62200575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:182:1:1:181:181:0.994505:77:104:0:1:77:104:0:1 chr20 62200860 . A G 4698.24 PASS AF=1;AO=299;DP=299;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515047;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.961;QD=62.2283;RBI=0.0621855;REFB=0;REVB=0.0348467;RO=0;SAF=155;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65175e-05;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:299:302:0:0:299:302:1:144:155:0:0:144:158:0:0 chr20 62221610 . T C 4676.09 PASS AF=1;AO=298;DP=300;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177871;FXX=0.0066443;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.944;QD=62.5564;RBI=0.0256442;REFB=0;REVB=0.0184727;RO=0;SAF=162;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81235e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:300:299:0:0:298:299:1:136:162:0:0:137:162:0:0 chr20 62227081 . A G 3503.85 PASS AF=1;AO=224;DP=228;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559875;FXX=0.0131573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.974;QD=62.2907;RBI=0.0184421;REFB=-0.0220113;REVB=0.0175717;RO=1;SAF=115;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149694;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:228:225:1:0:224:225:1:109:115:0:1:110:115:0:0 chr20 62236148 . T C 1074.01 PASS AF=0.592814;AO=89;DP=159;FAO=99;FDP=167;FR=.;FRO=68;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00735956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.571;QD=25.7248;RBI=0.059563;REFB=-0.0501145;REVB=0.0591066;RO=68;SAF=41;SAR=48;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663835;STB=0.553519;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0383712;OID=.;OPOS=62236148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:167:68:68:89:99:0.592814:48:41:37:31:58:41:37:31 chr20 62272706 . T C 1003.14 PASS AF=0.464602;AO=104;DP=223;FAO=105;FDP=226;FR=.;FRO=121;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=-0.0529572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2766;QD=17.7547;RBI=0.0534318;REFB=-0.0104126;REVB=0.00710617;RO=119;SAF=54;SAR=50;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00171906;STB=0.50612;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0168439;OID=.;OPOS=62272706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:226:119:121:104:105:0.464602:50:54:62:57:50:55:62:59 chr20 62309554 . C T 1719.04 PASS AF=0.596958;AO=157;DP=262;FAO=157;FDP=263;FR=.;FRO=106;FSAF=85;FSAR=72;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=0.00901504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.013;QD=26.1451;RBI=0.0210691;REFB=-0.0155009;REVB=0.0190431;RO=105;SAF=85;SAR=72;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820319;STB=0.502342;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00871689;OID=.;OPOS=62309554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:263:105:106:157:157:0.596958:72:85:58:47:72:85:58:48 chr20 62319464 . T C 837.43 PASS AF=0.535484;AO=83;DP=156;FAO=83;FDP=155;FR=.;FRO=72;FSAF=65;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0308134;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.495;QD=21.611;RBI=0.0317461;REFB=-0.0104872;REVB=-0.0076388;RO=73;SAF=65;SAR=18;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223126;STB=0.61828;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00878474;OID=.;OPOS=62319464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:73:72:83:83:0.535484:18:65:42:31:18:65:42:30 chr20 62320929 . C T 2310.4 PASS AF=0.54798;AO=215;DP=397;FAO=217;FDP=396;FR=.;FRO=179;FSAF=111;FSAR=106;FSRF=77;FSRR=102;FWDB=0.0491705;FXX=0.00751861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5774;QD=23.3374;RBI=0.0492361;REFB=-0.00564538;REVB=-0.00254086;RO=179;SAF=109;SAR=106;SRF=77;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641679;STB=0.536727;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00418671;OID=.;OPOS=62320929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:396:179:179:215:217:0.54798:106:109:77:102:106:111:77:102 chr20 62320968 . T C 1847.02 PASS AF=0.548589;AO=171;DP=320;FAO=175;FDP=319;FR=.;FRO=144;FSAF=108;FSAR=67;FSRF=72;FSRR=72;FWDB=-0.0112861;FXX=0.00931648;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.723;QD=23.1601;RBI=0.0186802;REFB=-0.0137072;REVB=0.0148853;RO=142;SAF=105;SAR=66;SRF=70;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103659;STB=0.554515;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0109951;OID=.;OPOS=62320968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:319:142:144:171:175:0.548589:66:105:70:72:67:108:72:72 chr20 62321655 . G A 1618.93 PASS AF=0.678049;AO=138;DP=205;FAO=139;FDP=205;FR=.;FRO=66;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00970172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.849;QD=31.5889;RBI=0.0303707;REFB=-0.0165636;REVB=0.0287794;RO=65;SAF=64;SAR=74;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788901;STB=0.503;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00971853;OID=.;OPOS=62321655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:65:66:138:139:0.678049:74:64:31:34:75:64:31:35 chr20 62322288 . T C 2998.19 PASS AF=0.588486;AO=221;DP=474;FAO=276;FDP=469;FR=.,HEALED;FRO=193;FSAF=122;FSAR=154;FSRF=72;FSRR=121;FWDB=-0.000501555;FXX=0.0063558;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.467;QD=25.5709;RBI=0.000767402;REFB=-0.0223931;REVB=0.000580818;RO=188;SAF=70;SAR=151;SRF=70;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530484;STB=0.528961;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0161689;OID=.;OPOS=62322288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:474:469:188:193:221:276:0.588486:151:70:70:118:154:122:72:121 chr20 62324289 . C T 1169.52 PASS AF=0.357143;AO=137;DP=390;FAO=140;FDP=392;FR=.;FRO=252;FSAF=66;FSAR=74;FSRF=135;FSRR=117;FWDB=0.0131425;FXX=0.00507601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0803;QD=11.9339;RBI=0.016658;REFB=0.00404178;REVB=0.0102353;RO=253;SAF=66;SAR=71;SRF=136;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636969;STB=0.54126;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00715093;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:392:253:252:137:140:0.357143:71:66:136:117:74:66:135:117 chr20 62326110 . A C 2908.07 PASS AF=0.597701;AO=263;DP=435;FAO=260;FDP=435;FR=.;FRO=175;FSAF=130;FSAR=130;FSRF=89;FSRR=86;FWDB=0.0302894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5408;QD=26.7408;RBI=0.0303667;REFB=-0.00969292;REVB=-0.00216557;RO=171;SAF=133;SAR=130;SRF=85;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00630611;STB=0.503448;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0173005;OID=.;OPOS=62326110;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:435:171:175:263:260:0.597701:130:133:85:86:130:130:89:86 chr20 62328267 . C T 1866.34 PASS AF=0.375215;AO=218;DP=581;FAO=218;FDP=581;FR=.;FRO=363;FSAF=92;FSAR=126;FSRF=172;FSRR=191;FWDB=0.014619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6253;QD=12.8492;RBI=0.0147689;REFB=-0.0081178;REVB=0.00209893;RO=362;SAF=92;SAR=126;SRF=171;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566759;STB=0.532835;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0140312;OID=.;OPOS=62328267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:581:581:362:363:218:218:0.375215:126:92:171:191:126:92:172:191 chr20 62328375 . A G 4278.53 PASS AF=1;AO=271;DP=271;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.587;QD=62.9196;RBI=0.0202836;REFB=0;REVB=-0.000513026;RO=0;SAF=106;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85461e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94524e-06;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:271:272:0:0:271:272:1:165:106:0:0:166:106:0:0 chr20 62328453 . T C 1279.02 PASS AF=0.4039;AO=145;DP=359;FAO=145;FDP=359;FR=.;FRO=214;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=106;FSRR=108;FWDB=-0.029144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.486;QD=14.2509;RBI=0.0336872;REFB=-0.0061617;REVB=0.0168954;RO=213;SAF=73;SAR=72;SRF=105;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111663;STB=0.50484;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00893931;OID=.;OPOS=62328453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:359:213:214:145:145:0.4039:72:73:105:108:72:73:106:108 chr20 62328742 . C T 409.9 PASS AF=0.305085;AO=53;DP=176;FAO=54;FDP=177;FR=.;FRO=123;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=64;FSRR=59;FWDB=-0.0113711;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.861;QD=9.26333;RBI=0.0348206;REFB=-0.0134186;REVB=-0.0329116;RO=122;SAF=28;SAR=25;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142768;STB=0.511653;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0265713;OID=.;OPOS=62328742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:122:123:53:54:0.305085:25:28:63:59:25:29:64:59 chr20 62328829 . C G 649.03 PASS AF=0.324324;AO=84;DP=259;FAO=84;FDP=259;FR=.;FRO=175;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=99;FSRR=76;FWDB=-0.0121802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.873;QD=10.0236;RBI=0.0143947;REFB=0.00338856;REVB=-0.00767135;RO=175;SAF=31;SAR=53;SRF=99;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230914;STB=0.632717;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00768707;OID=.;OPOS=62328829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:175:175:84:84:0.324324:53:31:99:76:53:31:99:76 chr20 62331989 . T G 982.5 PASS AF=0.379085;AO=116;DP=306;FAO=116;FDP=306;FR=.;FRO=190;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=55;FSRR=135;FWDB=-0.0386126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9083;QD=12.8432;RBI=0.0421979;REFB=-0.00181028;REVB=-0.0170213;RO=188;SAF=45;SAR=71;SRF=53;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127226;STB=0.566269;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00275895;OID=.;OPOS=62331989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:188:190:116:116:0.379085:71:45:53:135:71:45:55:135 chr20 62332638 . A AC 1807.47 PASS AF=1;AO=155;DP=313;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425852;FXX=0.318781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.4933;QD=35.6151;RBI=0.132923;REFB=0;REVB=-0.125917;RO=152;SAF=49;SAR=106;SRF=68;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00180485;OID=.;OPOS=62332639;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:155:313:203:203:0:83:120:0:0:37:152:49:106:68:84 chr20 62332641 . T C 1091.13 PASS AF=0.403909;AO=125;DP=307;FAO=124;FDP=307;FR=.;FRO=183;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=58;FSRR=125;FWDB=-0.0124482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.758;QD=14.2167;RBI=0.0143575;REFB=-0.00252641;REVB=0.00715406;RO=175;SAF=53;SAR=72;SRF=56;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113877;STB=0.568603;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00589027;OID=.;OPOS=62332641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:175:183:125:124:0.403909:72:53:56:119:71:53:58:125 chr20 62340115 . C G 2586.71 PASS AF=1;AO=164;DP=166;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296272;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.077;QD=61.5884;RBI=0.0323242;REFB=0;REVB=0.0129262;RO=0;SAF=64;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257661;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:168:0:0:164:168:1:100:64:0:0:104:64:0:0 chr20 62364653 . G T 1251.55 PASS AF=0.687898;AO=107;DP=156;FAO=108;FDP=157;FR=.;FRO=49;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.00942604;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.529;QD=31.8865;RBI=0.011389;REFB=-0.0499724;REVB=0.00639205;RO=48;SAF=43;SAR=64;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141949;STB=0.57711;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0222605;OID=.;OPOS=62364653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:48:49:107:108:0.687898:64:43:31:17:64:44:32:17 chr20 62372813 . G A 3455.84 PASS AF=0.970085;AO=225;DP=233;FAO=227;FDP=234;FR=.;FRO=7;FSAF=98;FSAR=129;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00214009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.263;QD=59.0742;RBI=0.00552385;REFB=-0.0288814;REVB=0.00509244;RO=6;SAF=98;SAR=127;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116047;STB=0.508592;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00116291;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:233:234:6:7:225:227:0.970085:127:98:4:2:129:98:5:2 chr20 62373707 . G T 1687.81 PASS AF=0.614108;AO=148;DP=241;FAO=148;FDP=241;FR=.;FRO=93;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.0195503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.584;QD=28.0134;RBI=0.0195641;REFB=-0.0314833;REVB=-0.000736031;RO=93;SAF=74;SAR=74;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115309;STB=0.506223;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0169325;OID=.;OPOS=62373707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:93:93:148:148:0.614108:74:74:48:45:74:74:48:45 chr20 62374308 . C T 416.98 PASS AF=0.253112;AO=61;DP=241;FAO=61;FDP=241;FR=.;FRO=180;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=89;FSRR=91;FWDB=-0.00649072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.706;QD=6.92075;RBI=0.0162456;REFB=-0.00801872;REVB=-0.0148926;RO=180;SAF=33;SAR=28;SRF=89;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583224;STB=0.534784;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0210697;OID=.;OPOS=62374308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:180:180:61:61:0.253112:28:33:89:91:28:33:89:91 chr20 62378349 . C T 1961.99 PASS AF=0.626812;AO=172;DP=276;FAO=173;FDP=276;FR=.;FRO=103;FSAF=88;FSAR=85;FSRF=63;FSRR=40;FWDB=-0.00732609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5402;QD=28.4346;RBI=0.0862375;REFB=-0.00263365;REVB=0.0859257;RO=101;SAF=87;SAR=85;SRF=63;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811831;STB=0.538489;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00162749;OID=.;OPOS=62378349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:101:103:172:173:0.626812:85:87:63:38:85:88:63:40 chr20 62378364 . C T 2141.15 PASS AF=0.625;AO=185;DP=296;FAO=185;FDP=296;FR=.;FRO=111;FSAF=86;FSAR=99;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=0.00441551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.392;QD=28.9345;RBI=0.0113542;REFB=0.0029868;REVB=-0.0104604;RO=111;SAF=86;SAR=99;SRF=65;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839458;STB=0.545201;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00187692;OID=.;OPOS=62378364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:111:111:185:185:0.625:99:86:65:46:99:86:65:46 chr20 62421622 . A G 1528.98 PASS AF=0.305723;AO=203;DP=664;FAO=203;FDP=664;FR=.;FRO=461;FSAF=99;FSAR=104;FSRF=248;FSRR=213;FWDB=-0.00832146;FXX=0.00150374;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.012;QD=9.21074;RBI=0.00836819;REFB=-0.00183443;REVB=0.000883116;RO=459;SAF=99;SAR=104;SRF=246;SRR=213;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580426;STB=0.534863;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00430242;OID=.;OPOS=62421622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:664:664:459:461:203:203:0.305723:104:99:246:213:104:99:248:213 chr20 62422080 . T C 176.68 PASS AF=0.245455;AO=27;DP=110;FAO=27;FDP=110;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=0.00643788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.933;QD=6.42484;RBI=0.048636;REFB=0.0050712;REVB=0.048208;RO=83;SAF=12;SAR=15;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106416;STB=0.564269;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.016882;OID=.;OPOS=62422080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:83:83:27:27:0.245455:15:12:30:53:15:12:30:53 chr20 62522466 . A G 2213.22 PASS AF=0.986111;AO=135;DP=138;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0188775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.043;QD=61.4782;RBI=0.0307954;REFB=-0.07312;REVB=0.0243311;RO=0;SAF=79;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501315;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000215058;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:138:144:0:2:135:142:0.986111:56:79:0:0:58:84:1:1 chr20 62540460 . A G 1806.74 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.44588e-05;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.642;QD=61.2456;RBI=0.0394067;REFB=0;REVB=0.0394067;RO=0;SAF=51;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207896;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:119:118:1:68:51:0:0:68:50:0:0 chr20 62550824 . G A 141.37 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0226577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.692;QD=8.078;RBI=0.0227213;REFB=-0.0122217;REVB=-0.00169866;RO=50;SAF=6;SAR=14;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433439;STB=0.756519;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0135044;OID=.;OPOS=62550824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:50:20:20:0.285714:14:6:34:16:14:6:34:16 chr20 62576030 . GC G 1374.48 PASS AF=0.800738;AO=196;DP=259;FAO=217;FDP=271;FR=.;FRO=54;FSAF=83;FSAR=134;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.039831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.5222;QD=20.2875;RBI=0.216185;REFB=-0.0677445;REVB=-0.212484;RO=55;SAF=61;SAR=135;SRF=24;SRR=31;SSEN=0.451456;SSEP=0;SSSB=-0.0587135;STB=0.514368;STBP=0.342;TYPE=del;VARB=0.0569482;OID=.;OPOS=62576031;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.800738:196:259:217:271:54:83:134:17:37:85:55:61:135:24:31 chr20 62576991 . G A 3118.43 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00361335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.199;QD=61.7511;RBI=0.0086319;REFB=0;REVB=0.00783922;RO=0;SAF=103;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32685e-06;OID=.;OPOS=62576991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:202:202:0:0:202:202:1:99:103:0:0:99:103:0:0 chr20 62703490 . C T 815.06 PASS AF=0.4;AO=91;DP=227;FAO=92;FDP=230;FR=.;FRO=138;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=70;FSRR=68;FWDB=0.0122434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.731;QD=14.175;RBI=0.0185119;REFB=-0.00360891;REVB=0.0138849;RO=136;SAF=54;SAR=37;SRF=70;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854135;STB=0.555276;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.005055;OID=.;OPOS=62703490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:230:136:138:91:92:0.4:37:54:70:66:37:55:70:68 chr20 62714783 . C G 6092.19 PASS AF=0.601322;AO=543;DP=904;FAO=546;FDP=908;FR=.;FRO=362;FSAF=215;FSAR=331;FSRF=134;FSRR=228;FWDB=0.0639688;FXX=0.0011001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.238;QD=26.8378;RBI=0.0665012;REFB=-0.0389981;REVB=0.018177;RO=358;SAF=213;SAR=330;SRF=133;SRR=225;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161268;STB=0.509898;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0270078;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:904:908:358:362:543:546:0.601322:330:213:133:225:331:215:134:228 chr20 62729431 . C T 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00534193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.561;QD=21.0641;RBI=0.0104521;REFB=-0.00855354;REVB=0.00898384;RO=38;SAF=19;SAR=25;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148262;STB=0.557252;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00693639;OID=.;OPOS=62729431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:41:44:44:0.517647:25:19:10:28:25:19:13:28 chr20 62737318 . G A 1978.89 PASS AF=0.66;AO=165;DP=250;FAO=165;FDP=250;FR=.;FRO=85;FSAF=68;FSAR=97;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=0.0165085;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.263;QD=31.6623;RBI=0.0167691;REFB=-0.0349039;REVB=-0.00294505;RO=85;SAF=68;SAR=97;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468023;STB=0.525107;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0158966;OID=.;OPOS=62737318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:85:85:165:165:0.66:97:68:29:56:97:68:29:56 chr20 62859361 . G A 2032.42 PASS AF=0.598706;AO=185;DP=309;FAO=185;FDP=309;FR=.;FRO=124;FSAF=78;FSAR=107;FSRF=55;FSRR=69;FWDB=-0.012759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.254;QD=26.3096;RBI=0.0139049;REFB=-0.00259471;REVB=0.00552764;RO=123;SAF=78;SAR=107;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131614;STB=0.508994;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00170341;OID=.;OPOS=62859361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:123:124:185:185:0.598706:107:78:54:69:107:78:55:69 chr21 9825948 . T C 41.96 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.000806566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.383;QD=2.23785;RBI=0.0490159;REFB=-0.000646023;REVB=-0.0490092;RO=66;SAF=8;SAR=1;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446453;STB=0.841242;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00669161;OID=.;OPOS=9825948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:66:66:9:9:0.12:1:8:37:29:1:8:37:29 chr21 9907271 . A G 3198.51 PASS AF=0.69657;AO=264;DP=379;FAO=264;FDP=379;FR=.;FRO=115;FSAF=125;FSAR=139;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=-0.0468873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2676;QD=33.7574;RBI=0.0532715;REFB=-0.0363021;REVB=-0.0252868;RO=115;SAF=125;SAR=139;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00223301;STB=0.501193;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0157334;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:379:115:115:264:264:0.69657:139:125:54:61:139:125:54:61 chr21 9907276 . T G 81.14 PASS AF=0.102302;AO=37;DP=390;FAO=40;FDP=391;FR=.;FRO=351;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=161;FSRR=190;FWDB=0.00325839;FXX=0.0101263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.405;QD=0.830101;RBI=0.00694443;REFB=-0.00765765;REVB=-0.00613253;RO=340;SAF=17;SAR=20;SRF=158;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00640661;STB=0.537066;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.122805;OID=.;OPOS=9907276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:390:391:340:351:37:40:0.102302:20:17:158:182:20:20:161:190 chr21 9907279 . G T 122.96 PASS AF=0.0960591;AO=39;DP=406;FAO=39;FDP=406;FR=.;FRO=367;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=163;FSRR=204;FWDB=-0.00494166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.659;QD=1.21147;RBI=0.010661;REFB=0.000375377;REVB=0.00944655;RO=364;SAF=23;SAR=16;SRF=163;SRR=201;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170747;STB=0.629601;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00229871;OID=.;OPOS=9907279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:406:364:367:39:39:0.0960591:16:23:163:201:16:23:163:204 chr21 9907302 . C T 139.87 PASS AF=0.0977778;AO=44;DP=451;FAO=44;FDP=450;FR=.;FRO=406;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=189;FSRR=217;FWDB=0.0149614;FXX=0.00221725;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.622;QD=1.24329;RBI=0.0177679;REFB=-0.000175847;REVB=-0.00958406;RO=404;SAF=22;SAR=22;SRF=189;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392161;STB=0.531097;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00256842;OID=.;OPOS=9907302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:451:450:404:406:44:44:0.0977778:22:22:189:215:22:22:189:217 chr21 9907322 . G T 166.46 PASS AF=0.105603;AO=49;DP=464;FAO=49;FDP=464;FR=.;FRO=415;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=196;FSRR=219;FWDB=0.0372212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0093;QD=1.43495;RBI=0.0421583;REFB=0.00602005;REVB=0.0197967;RO=415;SAF=24;SAR=25;SRF=196;SRR=219;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216723;STB=0.515668;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.048623;OID=.;OPOS=9907322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:464:464:415:415:49:49:0.105603:25:24:196:219:25:24:196:219 chr21 9907324 . G C 479.92 PASS AF=0.188437;AO=88;DP=467;FAO=88;FDP=467;FR=.;FRO=379;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=184;FSRR=195;FWDB=-0.00969917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.809;QD=4.11065;RBI=0.0123623;REFB=-0.0030713;REVB=0.00766499;RO=379;SAF=40;SAR=48;SRF=184;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402932;STB=0.525199;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0126421;OID=.;OPOS=9907324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:467:467:379:379:88:88:0.188437:48:40:184:195:48:40:184:195 chr21 9907340 . A G 2518.85 PASS AF=0.556604;AO=234;DP=422;FAO=236;FDP=424;FR=.;FRO=188;FSAF=113;FSAR=123;FSRF=91;FSRR=97;FWDB=-0.00410932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.331;QD=23.7627;RBI=0.012858;REFB=-0.00148581;REVB=-0.0121836;RO=186;SAF=112;SAR=122;SRF=90;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00428284;STB=0.502322;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.000963907;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:422:424:186:188:234:236:0.556604:122:112:90:96:123:113:91:97 chr21 9907343 . G A 136.51 PASS AF=0.100239;AO=42;DP=419;FAO=42;FDP=419;FR=.;FRO=377;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=182;FSRR=195;FWDB=-0.0177259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.21;QD=1.30323;RBI=0.0347898;REFB=0.00098079;REVB=0.0299353;RO=363;SAF=23;SAR=19;SRF=180;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636422;STB=0.558212;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00644967;OID=.;OPOS=9907343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:419:419:363:377:42:42:0.100239:19:23:180:183:19:23:182:195 chr21 9907345 . C T 862.23 PASS AF=0.288835;AO=118;DP=412;FAO=119;FDP=412;FR=.;FRO=293;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=140;FSRR=153;FWDB=0.0224657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.644;QD=8.37121;RBI=0.0461765;REFB=-0.00324486;REVB=-0.040343;RO=291;SAF=60;SAR=58;SRF=140;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334422;STB=0.518757;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00629742;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:412:412:291:293:118:119:0.288835:58:60:140:151:59:60:140:153 chr21 9907346 . G A 41.97 PASS AF=0.0585366;AO=22;DP=407;FAO=24;FDP=410;FR=.;FRO=386;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=187;FSRR=199;FWDB=0.0271081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.85;QD=0.409453;RBI=0.0387093;REFB=0.00256257;REVB=0.0276327;RO=384;SAF=12;SAR=10;SRF=186;SRR=198;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615243;STB=0.514622;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.0232508;OID=.;OPOS=9907346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:407:410:384:386:22:24:0.0585366:10:12:186:198:12:12:187:199 chr21 9907375 . T C 2265.74 PASS AF=0.610942;AO=199;DP=332;FAO=201;FDP=329;FR=.;FRO=128;FSAF=104;FSAR=97;FSRF=57;FSRR=71;FWDB=-0.0137334;FXX=0.0120117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.985;QD=27.547;RBI=0.014023;REFB=0.0128936;REVB=-0.00283546;RO=128;SAF=104;SAR=95;SRF=57;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560602;STB=0.528028;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0088996;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:329:128:128:199:201:0.610942:95:104:57:71:97:104:57:71 chr21 9907384 . GC AA,AC 2230.24 PASS AF=0.0778816,0.557632;AO=25,178;DP=321;FAO=25,179;FDP=321;FR=.;FRO=117;FSAF=19,89;FSAR=6,90;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=-0.0108402,0.00446668;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=176.967,159.142;QD=27.7912;RBI=0.0120899,0.0202037;REFB=-0.00862783,-0.0236683;REVB=0.00535295,0.0197038;RO=117;SAF=19,88;SAR=6,90;SRF=55;SRR=62;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.376673,0.0178527;STB=0.74404,0.510721;STBP=0.008,0.671;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000265221,0.010489;OID=.,.;OPOS=9907384,9907384;OREF=GC,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:321:321:117:117:25,178:25,179:0.0778816,0.557632:6,90:19,88:55:62:6,90:19,89:55:62 chr21 9907397 . C T 1848.33 PASS AF=0.564935;AO=174;DP=308;FAO=174;FDP=308;FR=.;FRO=134;FSAF=84;FSAR=90;FSRF=71;FSRR=63;FWDB=-0.0314525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3794;QD=24.0043;RBI=0.0324712;REFB=-0.00408432;REVB=-0.00806971;RO=134;SAF=84;SAR=90;SRF=71;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377522;STB=0.520481;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00613377;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:134:134:174:174:0.564935:90:84:71:63:90:84:71:63 chr21 9907398 . G C 76.05 PASS AF=0.0858086;AO=26;DP=305;FAO=26;FDP=303;FR=.;FRO=277;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=130;FSRR=147;FWDB=-0.00585227;FXX=0.00655716;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.216;QD=1.00392;RBI=0.0132914;REFB=-0.00014444;REVB=-0.0119337;RO=277;SAF=19;SAR=7;SRF=130;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304721;STB=0.737032;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000910223;OID=.;OPOS=9907398;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:305:303:277:277:26:26:0.0858086:7:19:130:147:7:19:130:147 chr21 9907402 . G C 78.43 PASS AF=0.0887372;AO=26;DP=293;FAO=26;FDP=293;FR=.;FRO=267;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=128;FSRR=139;FWDB=-0.0680279;FXX=0.00340124;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3447;QD=1.07076;RBI=0.0769088;REFB=-0.00213082;REVB=-0.0358772;RO=265;SAF=18;SAR=8;SRF=127;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251713;STB=0.693611;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0406796;OID=.;OPOS=9907402;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:293:293:265:267:26:26:0.0887372:8:18:127:138:8:18:128:139 chr21 9907416 . C T 669.95 PASS AF=0.317518;AO=87;DP=274;FAO=87;FDP=274;FR=.;FRO=187;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=84;FSRR=103;FWDB=-0.0282521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.329;QD=9.78028;RBI=0.0335299;REFB=-0.00746129;REVB=-0.0180576;RO=187;SAF=41;SAR=46;SRF=84;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262739;STB=0.515133;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0162011;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:187:187:87:87:0.317518:46:41:84:103:46:41:84:103 chr21 9907419 . A G 398.29 PASS AF=0.241107;AO=62;DP=254;FAO=61;FDP=253;FR=.;FRO=192;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=97;FSRR=95;FWDB=-0.0193681;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.135;QD=6.29712;RBI=0.0245345;REFB=-0.0124843;REVB=-0.0150604;RO=190;SAF=22;SAR=40;SRF=96;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192432;STB=0.62471;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0328653;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:190:192:62:61:0.241107:40:22:96:94:40:21:97:95 chr21 9907422 . G A 397.63 PASS AF=0.24;AO=60;DP=251;FAO=60;FDP=250;FR=.;FRO=190;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=93;FSRR=97;FWDB=0.00396535;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3252;QD=6.36207;RBI=0.0764654;REFB=0.000512269;REVB=0.0763625;RO=189;SAF=21;SAR=39;SRF=92;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177027;STB=0.608837;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.000816321;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:250:189:190:60:60:0.24:39:21:92:97:39:21:93:97 chr21 9907431 . G A 87.75 PASS AF=0.107623;AO=24;DP=223;FAO=24;FDP=223;FR=.;FRO=199;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=97;FSRR=102;FWDB=-0.00713584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6445;QD=1.57392;RBI=0.0381222;REFB=0.000205574;REVB=0.0374484;RO=198;SAF=8;SAR=16;SRF=96;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188765;STB=0.640125;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.000328162;OID=.;OPOS=9907431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:223:223:198:199:24:24:0.107623:16:8:96:102:16:8:97:102 chr21 9907434 . T A 118.71 PASS AF=0.133333;AO=27;DP=201;FAO=28;FDP=210;FR=.;FRO=182;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=85;FSRR=97;FWDB=-0.0699844;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.737;QD=2.26111;RBI=0.071544;REFB=0.000636274;REVB=0.014857;RO=174;SAF=15;SAR=12;SRF=78;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135086;STB=0.55928;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00844727;OID=.;OPOS=9907434;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:210:174:182:27:28:0.133333:12:15:78:96:13:15:85:97 chr21 9907438 . A T 122.8 PASS AF=0.135;AO=27;DP=199;FAO=27;FDP=200;FR=.;FRO=173;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=79;FSRR=94;FWDB=-0.0107295;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.5;QD=2.45605;RBI=0.0159005;REFB=-0.00517872;REVB=-0.0117347;RO=169;SAF=14;SAR=13;SRF=79;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646889;STB=0.553341;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0330667;OID=.;OPOS=9907438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:169:173:27:27:0.135:13:14:79:90:13:14:79:94 chr21 9907470 . G A 53.25 PASS AF=0.0992908;AO=14;DP=141;FAO=14;FDP=141;FR=.;FRO=127;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=80;FWDB=0.0297223;FXX=0.00704176;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.824;QD=1.51055;RBI=0.0297283;REFB=-0.00199518;REVB=-0.000595889;RO=125;SAF=10;SAR=4;SRF=47;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387492;STB=0.786153;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0409758;OID=.;OPOS=9907470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:141:141:125:127:14:14:0.0992908:4:10:47:78:4:10:47:80 chr21 9907503 . C A 187.53 PASS AF=0.304878;AO=24;DP=81;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.020245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.3;QD=9.14778;RBI=0.0212365;REFB=-0.00159538;REVB=0.00641333;RO=57;SAF=8;SAR=16;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458371;STB=0.537592;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00364948;OID=.;OPOS=9907503;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:57:57:24:25:0.304878:16:8:21:36:17:8:21:36 chr21 9908330 . AC GC,GG 5499.69 PASS AF=0.263736,0.736264;AO=96,268;DP=368;FAO=96,268;FDP=364;FR=.;FRO=0;FSAF=43,125;FSAR=53,143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787176,-0.0176403;FXX=0.0108693;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=145.975,125.012;QD=60.4362;RBI=0.0161562,0.0270398;REFB=0,0;REVB=-0.0141087,-0.0204932;RO=0;SAF=43,125;SAR=53,143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.01738,0.000171294;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:368:364:0:0:96,268:96,268:0.263736,0.736264:53,143:43,125:0:0:53,143:43,125:0:0 chr21 9908380 . G A 179.41 PASS AF=0.104247;AO=54;DP=517;FAO=54;FDP=518;FR=.;FRO=464;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=218;FSRR=246;FWDB=-0.023759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7604;QD=1.38539;RBI=0.0252175;REFB=-0.00325835;REVB=-0.00845184;RO=451;SAF=28;SAR=26;SRF=215;SRR=236;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051808;STB=0.543518;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0263701;OID=.;OPOS=9908380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:517:518:451:464:54:54:0.104247:26:28:215:236:26:28:218:246 chr21 9909078 . G A 2670.09 PASS AF=0.479718;AO=272;DP=568;FAO=272;FDP=567;FR=.;FRO=295;FSAF=127;FSAR=145;FSRF=141;FSRR=154;FWDB=0.00276613;FXX=0.00176053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.156;QD=18.8366;RBI=0.0257955;REFB=-0.0174258;REVB=0.0256468;RO=293;SAF=127;SAR=145;SRF=139;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00710667;STB=0.505772;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0188039;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:568:567:293:295:272:272:0.479718:145:127:139:154:145:127:141:154 chr21 9909079 . C T 185.99 PASS AF=0.101399;AO=58;DP=572;FAO=58;FDP=572;FR=.;FRO=514;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=239;FSRR=275;FWDB=0.0139472;FXX=0.00174517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.878;QD=1.30062;RBI=0.0327511;REFB=-0.00670056;REVB=-0.029633;RO=509;SAF=31;SAR=27;SRF=237;SRR=272;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846286;STB=0.562194;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0499571;OID=.;OPOS=9909079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:572:572:509:514:58:58:0.101399:27:31:237:272:27:31:239:275 chr21 9909080 . G A 666.27 PASS AF=0.201739;AO=116;DP=574;FAO=116;FDP=575;FR=.;FRO=459;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=217;FSRR=242;FWDB=-0.0115277;FXX=0.00519022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.917;QD=4.6349;RBI=0.0117059;REFB=-0.00672245;REVB=0.00203488;RO=457;SAF=53;SAR=63;SRF=216;SRR=241;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205017;STB=0.512733;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0226704;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:574:575:457:459:116:116:0.201739:63:53:216:241:63:53:217:242 chr21 9909089 . T C 179.83 PASS AF=0.0955414;AO=60;DP=626;FAO=60;FDP=628;FR=.;FRO=568;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=259;FSRR=309;FWDB=-0.00373323;FXX=0.0015898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.995;QD=1.14538;RBI=0.0267432;REFB=-0.00340286;REVB=-0.0264814;RO=566;SAF=32;SAR=28;SRF=258;SRR=308;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940445;STB=0.569595;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0301797;OID=.;OPOS=9909089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:626:628:566:568:60:60:0.0955414:28:32:258:308:28:32:259:309 chr21 9909121 . C T 257.16 PASS AF=0.104439;AO=80;DP=768;FAO=80;FDP=766;FR=.;FRO=686;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=316;FSRR=370;FWDB=0.0101729;FXX=0.00260413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.072;QD=1.34285;RBI=0.0170394;REFB=-0.00195495;REVB=-0.0136694;RO=681;SAF=42;SAR=38;SRF=316;SRR=365;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755714;STB=0.557435;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0164517;OID=.;OPOS=9909121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:768:766:681:686:80:80:0.104439:38:42:316:365:38:42:316:370 chr21 9909122 . G A 122.85 PASS AF=0.0732648;AO=57;DP=776;FAO=57;FDP=778;FR=.;FRO=721;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=330;FSRR=391;FWDB=-0.0105978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.172;QD=0.631641;RBI=0.0212166;REFB=-0.00157878;REVB=-0.0183802;RO=719;SAF=32;SAR=25;SRF=330;SRR=389;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115836;STB=0.595263;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0261194;OID=.;OPOS=9909122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:776:778:719:721:57:57:0.0732648:25:32:330:389:25:32:330:391 chr21 9909149 . G A 288.53 PASS AF=0.105516;AO=88;DP=834;FAO=88;FDP=834;FR=.;FRO=746;FSAF=26;FSAR=62;FSRF=341;FSRR=405;FWDB=-0.00267083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.415;QD=1.38382;RBI=0.00362992;REFB=-0.00129487;REVB=-0.00245825;RO=746;SAF=26;SAR=62;SRF=341;SRR=405;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208833;STB=0.652016;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0121024;OID=.;OPOS=9909149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:834:834:746:746:88:88:0.105516:62:26:341:405:62:26:341:405 chr21 9909163 . G A 71.94 PASS AF=0.0578313;AO=46;DP=828;FAO=48;FDP=830;FR=.;FRO=782;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=347;FSRR=435;FWDB=-0.00610207;FXX=0.00240382;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6041;QD=0.346692;RBI=0.0419946;REFB=-0.000159489;REVB=0.0415489;RO=782;SAF=25;SAR=21;SRF=347;SRR=435;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1026;STB=0.572299;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00314434;OID=.;OPOS=9909163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:828:830:782:782:46:48:0.0578313:21:25:347:435:23:25:347:435 chr21 9909176 . C A 7217.48 PASS AF=0.722637;AO=580;DP=805;FAO=581;FDP=804;FR=.;FRO=223;FSAF=243;FSAR=338;FSRF=116;FSRR=107;FWDB=0.0466333;FXX=0.00124222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6116;QD=35.9078;RBI=0.0474722;REFB=0.0289553;REVB=-0.00888489;RO=222;SAF=243;SAR=337;SRF=115;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524177;STB=0.528775;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0109134;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:805:804:222:223:580:581:0.722637:337:243:115:107:338:243:116:107 chr21 9909179 . C A 439.64 PASS AF=0.134271;AO=102;DP=777;FAO=105;FDP=782;FR=.;FRO=677;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=313;FSRR=364;FWDB=0.00819976;FXX=0.0224997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.082;QD=2.24878;RBI=0.00824876;REFB=-0.00413328;REVB=-0.000897825;RO=671;SAF=33;SAR=69;SRF=311;SRR=360;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185554;STB=0.607028;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0340508;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:777:782:671:677:102:105:0.134271:69:33:311:360:69:36:313:364 chr21 9909208 . C T 456.37 PASS AF=0.147612;AO=97;DP=693;FAO=102;FDP=691;FR=.;FRO=589;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=269;FSRR=320;FWDB=0.0308675;FXX=0.012857;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.493;QD=2.64177;RBI=0.0375148;REFB=-0.00593879;REVB=-0.0213204;RO=584;SAF=38;SAR=59;SRF=275;SRR=309;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103771;STB=0.547614;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0642843;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:693:691:584:589:97:102:0.147612:59:38:275:309:61:41:269:320 chr21 9909218 . GT AC 419.01 PASS AF=0.153448;AO=88;DP=597;FAO=89;FDP=580;FR=.;FRO=491;FSAF=30;FSAR=59;FSRF=215;FSRR=276;FWDB=-0.0353435;FXX=0.0284752;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.408;QD=2.88975;RBI=0.045366;REFB=-0.00416893;REVB=0.0284414;RO=480;SAF=30;SAR=58;SRF=205;SRR=275;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117567;STB=0.589859;STBP=0.069;TYPE=mnp;VARB=0.0226968;OID=.;OPOS=9909218;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:597:580:480:491:88:89:0.153448:58:30:205:275:59:30:215:276 chr21 10181174 . G A 131.53 PASS AF=0.203704;AO=22;DP=108;FAO=22;FDP=108;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=29;FWDB=-0.00444912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.88;QD=4.8714;RBI=0.0140443;REFB=-0.00416971;REVB=-0.0133209;RO=85;SAF=15;SAR=7;SRF=57;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161991;STB=0.517226;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0147883;OID=.;OPOS=10181174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:85:86:22:22:0.203704:7:15:57:28:7:15:57:29 chr21 10181184 . T C 330.72 PASS AF=0.328125;AO=40;DP=128;FAO=42;FDP=128;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=0.0111095;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.988;QD=10.3351;RBI=0.0141659;REFB=-0.0252485;REVB=0.00878927;RO=88;SAF=27;SAR=13;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652109;STB=0.502426;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0340958;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:88:86:40:42:0.328125:13:27:55:33:15:27:55:31 chr21 10181303 . G A 30.41 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0463377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.145;QD=2.21175;RBI=0.0723072;REFB=-0.00238396;REVB=-0.0555081;RO=48;SAF=4;SAR=2;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171164;STB=0.624575;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0220049;OID=.;OPOS=10181303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:55:48:49:6:6:0.109091:2:4:25:23:2:4:26:23 chr21 10862599 . C T 2344.48 PASS AF=0.559278;AO=217;DP=388;FAO=217;FDP=388;FR=.;FRO=171;FSAF=130;FSAR=87;FSRF=86;FSRR=85;FWDB=0.00331557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.259;QD=24.1699;RBI=0.0114049;REFB=-0.00892052;REVB=0.0109123;RO=170;SAF=130;SAR=87;SRF=86;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771945;STB=0.543347;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00657615;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:388:170:171:217:217:0.559278:87:130:86:84:87:130:86:85 chr21 10862618 . T C 4743.4 PASS AF=0.802721;AO=353;DP=443;FAO=354;FDP=441;FR=.;FRO=87;FSAF=196;FSAR=158;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.00179665;FXX=0.0067566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.267;QD=43.024;RBI=0.00818697;REFB=-0.0114279;REVB=0.0079874;RO=86;SAF=195;SAR=158;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019563;STB=0.511828;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00389344;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:443:441:86:87:353:354:0.802721:158:195:43:43:158:196:43:44 chr21 10862846 . A T 3996.58 PASS AF=0.790155;AO=284;DP=368;FAO=305;FDP=386;FR=.;FRO=81;FSAF=131;FSAR=174;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.0501681;FXX=0.00515451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.849;QD=41.4153;RBI=0.0502614;REFB=-0.0203151;REVB=0.00306043;RO=80;SAF=111;SAR=173;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785886;STB=0.53198;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0037554;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:386:80:81:284:305:0.790155:173:111:46:34:174:131:47:34 chr21 10862853 . G A 246.21 PASS AF=0.138015;AO=56;DP=414;FAO=57;FDP=413;FR=.;FRO=356;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=169;FSRR=187;FWDB=0.0244114;FXX=0.0024154;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9235;QD=2.3846;RBI=0.0368829;REFB=0.0109987;REVB=0.0276484;RO=356;SAF=30;SAR=26;SRF=169;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780153;STB=0.544375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0694646;OID=.;OPOS=10862853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:413:356:356:56:57:0.138015:26:30:169:187:27:30:169:187 chr21 10862874 . A G 2318.48 PASS AF=0.511312;AO=225;DP=446;FAO=226;FDP=442;FR=.;FRO=216;FSAF=115;FSAR=111;FSRF=99;FSRR=117;FWDB=0.00299658;FXX=0.00896841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5888;QD=20.9818;RBI=0.0542001;REFB=-0.0171047;REVB=-0.0541172;RO=213;SAF=115;SAR=110;SRF=98;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454107;STB=0.524671;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0169199;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:446:442:213:216:225:226:0.511312:110:115:98:115:111:115:99:117 chr21 10862947 . G A 2532.99 PASS AF=0.506122;AO=244;DP=488;FAO=248;FDP=490;FR=.;FRO=242;FSAF=129;FSAR=119;FSRF=102;FSRR=140;FWDB=0.0066351;FXX=0.00406496;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.418;QD=20.6775;RBI=0.0111824;REFB=0.00156702;REVB=-0.0090012;RO=240;SAF=126;SAR=118;SRF=102;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827653;STB=0.548617;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00133221;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:488:490:240:242:244:248:0.506122:118:126:102:138:119:129:102:140 chr21 10906915 . C T 194.84 PASS AF=0.183246;AO=35;DP=191;FAO=35;FDP=191;FR=.;FRO=156;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=83;FSRR=73;FWDB=-0.00943004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6;QD=4.08048;RBI=0.0154745;REFB=0.00623137;REVB=0.0122692;RO=156;SAF=27;SAR=8;SRF=83;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330603;STB=0.712945;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0273249;OID=.;OPOS=10906915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:156:156:35:35:0.183246:8:27:83:73:8:27:83:73 chr21 10906989 . C T 277.13 PASS AF=0.211712;AO=49;DP=223;FAO=47;FDP=222;FR=.;FRO=175;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=97;FSRR=78;FWDB=-0.0515655;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8808;QD=4.99333;RBI=0.0539227;REFB=0.00996608;REVB=-0.015769;RO=174;SAF=40;SAR=9;SRF=97;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378513;STB=0.754944;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0467642;OID=.;OPOS=10906989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:174:175:49:47:0.211712:9:40:97:77:8:39:97:78 chr21 10909683 . T C 85.44 PASS AF=0.0918367;AO=27;DP=294;FAO=27;FDP=294;FR=.;FRO=267;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=117;FSRR=150;FWDB=-0.0245911;FXX=0.00338972;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.761;QD=1.16243;RBI=0.0275269;REFB=-0.00210848;REVB=-0.0123697;RO=266;SAF=11;SAR=16;SRF=117;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394821;STB=0.528631;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0282694;OID=.;OPOS=10909683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:294:294:266:267:27:27:0.0918367:16:11:117:149:16:11:117:150 chr21 10910311 . T G 1335.31 PASS AF=0.764706;AO=103;DP=137;FAO=104;FDP=136;FR=.;FRO=32;FSAF=38;FSAR=66;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00156861;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.584;QD=39.2737;RBI=0.00949746;REFB=-0.0055716;REVB=0.00936703;RO=32;SAF=38;SAR=65;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898892;STB=0.548684;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00189963;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:32:32:103:104:0.764706:65:38:18:14:66:38:18:14 chr21 10910347 . A G 2154.24 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0703;QD=62.8976;RBI=0.057244;REFB=0;REVB=0.0108816;RO=0;SAF=55;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201204;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:137:0:0:133:137:1:78:55:0:0:79:58:0:0 chr21 10920098 . T C 2221.01 PASS AF=0.980263;AO=149;DP=152;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.014994;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.411;QD=58.4477;RBI=0.0322136;REFB=0.0098921;REVB=0.0285113;RO=1;SAF=79;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598285;STB=0.509315;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-7.49155e-06;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:152:152:1:3:149:149:0.980263:70:79:1:0:70:79:3:0 chr21 10942756 . G A 389.38 PASS AF=0.163223;AO=79;DP=485;FAO=79;FDP=484;FR=.;FRO=405;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=171;FSRR=234;FWDB=-5.01993e-05;FXX=0.00206181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5038;QD=3.21797;RBI=0.0288423;REFB=-0.000882504;REVB=0.0288423;RO=405;SAF=42;SAR=37;SRF=171;SRR=234;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141701;STB=0.590851;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00352915;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:485:484:405:405:79:79:0.163223:37:42:171:234:37:42:171:234 chr21 10942923 . G A 587.83 PASS AF=0.294118;AO=80;DP=272;FAO=80;FDP=272;FR=.;FRO=192;FSAF=23;FSAR=57;FSRF=69;FSRR=123;FWDB=-0.120242;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.943;QD=8.64451;RBI=0.12152;REFB=0.00731481;REVB=-0.0175774;RO=191;SAF=23;SAR=57;SRF=69;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102848;STB=0.558808;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0391113;OID=.;OPOS=10942923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:191:192:80:80:0.294118:57:23:69:122:57:23:69:123 chr21 10942924 . CCTT C 166.93 PASS AF=0.240437;AO=42;DP=262;FAO=44;FDP=183;FR=.;FRO=139;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=91;FWDB=0.0420751;FXX=0.312018;HRUN=2;LEN=3;MLLD=200.26;QD=3.64879;RBI=0.0420995;REFB=-0.00163314;REVB=0.00143192;RO=209;SAF=18;SAR=24;SRF=68;SRR=141;SSEN=0.256819;SSEP=0;SSSB=0.141192;STB=0.568158;STBP=0.318;TYPE=del;VARB=0.00698911;OID=.;OPOS=10942925;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.240437:42:262:44:183:139:19:25:48:91:99:209:18:24:68:141 chr21 10942981 . C A 129.83 PASS AF=0.132743;AO=30;DP=229;FAO=30;FDP=226;FR=.;FRO=196;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=136;FWDB=-0.0108364;FXX=0.0130999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.844;QD=2.29781;RBI=0.011282;REFB=0.00096946;REVB=0.0031393;RO=198;SAF=13;SAR=17;SRF=62;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162653;STB=0.615719;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00837098;OID=.;OPOS=10942981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:226:198:196:30:30:0.132743:17:13:62:136:17:13:60:136 chr21 10943003 . C T 90.05 PASS AF=0.119565;AO=22;DP=186;FAO=22;FDP=184;FR=.;FRO=162;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=109;FWDB=0.00813861;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5718;QD=1.95757;RBI=0.0233289;REFB=0.00442121;REVB=-0.0218632;RO=163;SAF=8;SAR=14;SRF=54;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443978;STB=0.535333;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.016648;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:186:184:163:162:22:22:0.119565:14:8:54:109:14:8:53:109 chr21 10951378 . C T 447.21 PASS AF=0.135959;AO=108;DP=776;FAO=107;FDP=787;FR=.;FRO=680;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=267;FSRR=413;FWDB=-0.112404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.349;QD=2.27301;RBI=0.112412;REFB=0.00145803;REVB=0.00129446;RO=665;SAF=42;SAR=66;SRF=254;SRR=411;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00944851;STB=0.508618;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00876629;OID=.;OPOS=10951378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:776:787:665:680:108:107:0.135959:66:42:254:411:66:41:267:413 chr21 10951387 . T G 1024.87 PASS AF=0.215736;AO=170;DP=788;FAO=170;FDP=788;FR=.;FRO=618;FSAF=52;FSAR=118;FSRF=256;FSRR=362;FWDB=-0.00310783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.179;QD=5.2024;RBI=0.0102284;REFB=7.13275e-05;REVB=-0.00974485;RO=615;SAF=52;SAR=118;SRF=254;SRR=361;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150036;STB=0.592837;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000233041;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:788:788:615:618:170:170:0.215736:118:52:254:361:118:52:256:362 chr21 10951426 . G T 1022.48 PASS AF=0.230661;AO=168;DP=709;FAO=164;FDP=711;FR=.;FRO=547;FSAF=48;FSAR=116;FSRF=215;FSRR=332;FWDB=-0.00188203;FXX=0.00836808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9776;QD=5.75234;RBI=0.0478516;REFB=-0.0107403;REVB=-0.0478145;RO=535;SAF=50;SAR=118;SRF=212;SRR=323;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139095;STB=0.586546;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.036209;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:709:711:535:547:168:164:0.230661:118:50:212:323:116:48:215:332 chr21 10959806 . G T 100.21 PASS AF=0.166667;AO=19;DP=114;FAO=19;FDP=114;FR=.;FRO=95;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.00275611;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.158;QD=3.51605;RBI=0.0126899;REFB=-0.00270484;REVB=-0.012387;RO=94;SAF=8;SAR=11;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100361;STB=0.56168;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.014963;OID=.;OPOS=10959806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:94:95:19:19:0.166667:11:8:47:47:11:8:47:48 chr21 10970003 . G A 209.19 PASS AF=0.149153;AO=44;DP=295;FAO=44;FDP=295;FR=.;FRO=251;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=120;FSRR=131;FWDB=-0.0202971;FXX=0.00337826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.243;QD=2.83644;RBI=0.0334571;REFB=-0.00580792;REVB=-0.0265971;RO=247;SAF=22;SAR=22;SRF=119;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234483;STB=0.518636;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0316464;OID=.;OPOS=10970003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:247:251:44:44:0.149153:22:22:119:128:22:22:120:131 chr21 10970017 . C T 200.11 PASS AF=0.14527;AO=39;DP=291;FAO=43;FDP=296;FR=.;FRO=253;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=126;FSRR=127;FWDB=-0.0290025;FXX=0.00336689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0465;QD=2.70417;RBI=0.034924;REFB=-0.0082032;REVB=0.0194561;RO=252;SAF=20;SAR=19;SRF=126;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163253;STB=0.511622;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0842504;OID=.;OPOS=10970017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:296:252:253:39:43:0.14527:19:20:126:126:21:22:126:127 chr21 11029594 . G T 49.63 PASS AF=0.0775862;AO=18;DP=238;FAO=18;FDP=232;FR=.;FRO=214;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=106;FSRR=108;FWDB=0.0029519;FXX=0.025209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.18;QD=0.855653;RBI=0.0250441;REFB=-0.000682465;REVB=-0.0248695;RO=216;SAF=9;SAR=9;SRF=105;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156726;STB=0.504306;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00727643;OID=.;OPOS=11029594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:238:232:216:214:18:18:0.0775862:9:9:105:111:9:9:106:108 chr21 11029604 . GA TG 70.75 PASS AF=0.120755;AO=33;DP=268;FAO=32;FDP=265;FR=.;FRO=233;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=110;FSRR=123;FWDB=-0.00942423;FXX=0.0111936;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.532;QD=1.06786;RBI=0.0123831;REFB=-0.0121523;REVB=-0.0080328;RO=230;SAF=17;SAR=16;SRF=110;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464962;STB=0.551838;STBP=0.537;TYPE=mnp;VARB=0.0974942;OID=.;OPOS=11029604;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:268:265:230:233:33:32:0.120755:16:17:110:120:15:17:110:123 chr21 11029616 . G T 544.96 PASS AF=0.262626;AO=78;DP=285;FAO=78;FDP=297;FR=.;FRO=219;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=97;FSRR=122;FWDB=-0.0977195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6111;QD=7.33948;RBI=0.104696;REFB=0.00623663;REVB=-0.0375784;RO=207;SAF=41;SAR=37;SRF=85;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141564;STB=0.560759;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.01976;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:297:207:219:78:78:0.262626:37:41:85:122:37:41:97:122 chr21 11029624 . C T 106.81 PASS AF=0.101974;AO=31;DP=304;FAO=31;FDP=304;FR=.;FRO=273;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=128;FSRR=145;FWDB=-0.00539726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.652;QD=1.40545;RBI=0.0657626;REFB=-0.000519463;REVB=-0.0655407;RO=273;SAF=15;SAR=16;SRF=128;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183515;STB=0.513493;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00338514;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:273:273:31:31:0.101974:16:15:128:145:16:15:128:145 chr21 11029653 . C T 183.04 PASS AF=0.133956;AO=42;DP=321;FAO=43;FDP=321;FR=.;FRO=278;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=110;FSRR=168;FWDB=-0.0202801;FXX=0.00310549;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.989;QD=2.28083;RBI=0.0206218;REFB=0.000466794;REVB=-0.00373863;RO=275;SAF=22;SAR=20;SRF=107;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172001;STB=0.619076;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00416679;OID=.;OPOS=11029653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:275:278:42:43:0.133956:20:22:107:168:20:23:110:168 chr21 11029679 . C G 419.32 PASS AF=0.213415;AO=70;DP=328;FAO=70;FDP=328;FR=.;FRO=258;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=94;FSRR=164;FWDB=-0.000988817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.095;QD=5.1136;RBI=0.097663;REFB=-0.00553052;REVB=-0.097658;RO=250;SAF=30;SAR=40;SRF=90;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915674;STB=0.552332;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.019187;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:328:250:258:70:70:0.213415:40:30:90:160:40:30:94:164 chr21 11038796 . T C 135.2 PASS AF=0.0774366;AO=58;DP=749;FAO=58;FDP=749;FR=.;FRO=691;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=308;FSRR=383;FWDB=-0.0199906;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=295.017;QD=0.722039;RBI=0.0283813;REFB=-0.000654581;REVB=-0.0201463;RO=689;SAF=19;SAR=39;SRF=307;SRR=382;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140776;STB=0.613941;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00819738;OID=.;OPOS=11038796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:749:749:689:691:58:58:0.0774366:39:19:307:382:39:19:308:383 chr21 11038802 . G A 2486.47 PASS AF=0.386921;AO=283;DP=735;FAO=284;FDP=734;FR=.;FRO=450;FSAF=123;FSAR=161;FSRF=196;FSRR=254;FWDB=0.0312014;FXX=0.0040705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9495;QD=13.5503;RBI=0.0312857;REFB=-0.00781049;REVB=0.00229426;RO=447;SAF=123;SAR=160;SRF=194;SRR=253;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000694702;STB=0.501533;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0152933;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:735:734:447:450:283:284:0.386921:160:123:194:253:161:123:196:254 chr21 11038843 . G C 4675.22 PASS AF=0.664407;AO=389;DP=589;FAO=392;FDP=590;FR=.;FRO=198;FSAF=175;FSAR=217;FSRF=85;FSRR=113;FWDB=0.0474605;FXX=0.00169202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3001;QD=31.6964;RBI=0.0493014;REFB=-0.00707234;REVB=0.0133465;RO=199;SAF=173;SAR=216;SRF=86;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00805154;STB=0.505824;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00543956;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:589:590:199:198:389:392:0.664407:216:173:86:113:217:175:85:113 chr21 11049584 . C T 171.64 PASS AF=0.121212;AO=44;DP=365;FAO=44;FDP=363;FR=.;FRO=319;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=165;FSRR=154;FWDB=-0.00944559;FXX=0.0054793;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.896;QD=1.89139;RBI=0.00945204;REFB=-0.00184515;REVB=-0.000349259;RO=311;SAF=24;SAR=20;SRF=161;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352349;STB=0.524876;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.012909;OID=.;OPOS=11049584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:363:311:319:44:44:0.121212:20:24:161:150:20:24:165:154 chr21 11049592 . C T 206.0 PASS AF=0.13089;AO=49;DP=382;FAO=50;FDP=382;FR=.;FRO=332;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=168;FSRR=164;FWDB=0.0709699;FXX=0.0026109;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.946;QD=2.15706;RBI=0.071121;REFB=-0.000566041;REVB=0.0046337;RO=330;SAF=27;SAR=22;SRF=166;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611636;STB=0.529566;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0054788;OID=.;OPOS=11049592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:382:330:332:49:50:0.13089:22:27:166:164:23:27:168:164 chr21 11049617 . C G 96.18 PASS AF=0.0845411;AO=35;DP=413;FAO=35;FDP=414;FR=.;FRO=379;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=195;FSRR=184;FWDB=0.0275486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7741;QD=0.929249;RBI=0.027598;REFB=0.00152206;REVB=-0.00164944;RO=366;SAF=19;SAR=16;SRF=186;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041029;STB=0.526009;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0184375;OID=.;OPOS=11049617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:413:414:366:379:35:35:0.0845411:16:19:186:180:16:19:195:184 chr21 11057855 . A T 707.76 PASS AF=0.616822;AO=66;DP=107;FAO=66;FDP=107;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00326716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.017;QD=26.4584;RBI=0.01002;REFB=-0.0154485;REVB=-0.00947243;RO=41;SAF=33;SAR=33;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947417;STB=0.551386;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0150427;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:41:41:66:66:0.616822:33:33:26:15:33:33:26:15 chr21 11057866 . C T 82.54 PASS AF=0.145299;AO=17;DP=115;FAO=17;FDP=117;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=41;FWDB=-0.0577212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.066;QD=2.82203;RBI=0.060318;REFB=-0.000464582;REVB=-0.0175077;RO=98;SAF=6;SAR=11;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282396;STB=0.695982;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00190361;OID=.;OPOS=11057866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:115:117:98:100:17:17:0.145299:11:6:57:41:11:6:59:41 chr21 11057888 . T A 462.74 PASS AF=0.416;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0110608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.959;QD=14.8076;RBI=0.0110991;REFB=-0.013047;REVB=-0.00092115;RO=70;SAF=31;SAR=21;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410227;STB=0.520753;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0161045;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:70:73:52:52:0.416:21:31:39:31:21:31:41:32 chr21 11057929 . T C 38.75 PASS AF=0.0892857;AO=8;DP=113;FAO=10;FDP=112;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=-0.0169004;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.177;QD=1.38378;RBI=0.0368603;REFB=-0.0040111;REVB=0.0327575;RO=102;SAF=5;SAR=3;SRF=44;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205753;STB=0.562377;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0397241;OID=.;OPOS=11057929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:113:112:102:102:8:10:0.0892857:3:5:44:58:5:5:44:58 chr21 11057931 . C A 70.66 PASS AF=0.133929;AO=15;DP=112;FAO=15;FDP=112;FR=.;FRO=97;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.01355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.25;QD=2.52345;RBI=0.0193947;REFB=-0.00406045;REVB=-0.0138763;RO=95;SAF=3;SAR=12;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362273;STB=0.756393;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0254242;OID=.;OPOS=11057931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:112:112:95:97:15:15:0.133929:12:3:45:50:12:3:46:51 chr21 11058226 . G C 466.34 PASS AF=0.173004;AO=91;DP=526;FAO=91;FDP=526;FR=.;FRO=435;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=204;FSRR=231;FWDB=0.0138322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.957;QD=3.54631;RBI=0.016802;REFB=-0.00548231;REVB=-0.00953809;RO=431;SAF=37;SAR=54;SRF=204;SRR=227;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878743;STB=0.552389;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.021594;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:526:526:431:435:91:91:0.173004:54:37:204:227:54:37:204:231 chr21 11097557 . A G 270.1 PASS AF=0.289062;AO=37;DP=128;FAO=37;FDP=128;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0187126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7706;QD=8.44065;RBI=0.0199478;REFB=-0.00525876;REVB=-0.00691041;RO=90;SAF=9;SAR=28;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295931;STB=0.68027;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0148889;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:90:91:37:37:0.289062:28:9:42:48:28:9:43:48 chr21 11097574 . T A 346.4 PASS AF=0.301282;AO=47;DP=156;FAO=47;FDP=156;FR=.;FRO=109;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=-0.0380221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.111;QD=8.88216;RBI=0.0384892;REFB=-0.00965462;REVB=0.00597863;RO=104;SAF=22;SAR=25;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00778818;STB=0.513026;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0199367;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:104:109:47:47:0.301282:25:22:48:56:25:22:49:60 chr21 11097608 . C T 90.09 PASS AF=0.117347;AO=22;DP=192;FAO=23;FDP=196;FR=.;FRO=173;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=85;FSRR=88;FWDB=-0.0495847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0833;QD=1.8385;RBI=0.0679739;REFB=-0.00639579;REVB=-0.0464953;RO=170;SAF=11;SAR=11;SRF=84;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726477;STB=0.526806;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0459368;OID=.;OPOS=11097608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:192:196:170:173:22:23:0.117347:11:11:84:86:11:12:85:88 chr21 11098674 . T C 2500.35 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=165;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=106;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0349714;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.021;QD=60.9842;RBI=0.0587426;REFB=-0.00708092;REVB=0.0471984;RO=0;SAF=106;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49392e-08;STB=0.502347;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=5.20805e-05;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:164:0:1:163:163:0.993902:57:106:0:0:57:106:1:0 chr21 11098704 . A G 55.45 PASS AF=0.0899471;AO=14;DP=185;FAO=17;FDP=189;FR=.;FRO=172;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=108;FSRR=64;FWDB=-0.0233712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5202;QD=1.17362;RBI=0.0246399;REFB=-0.00545667;REVB=0.00780445;RO=170;SAF=7;SAR=7;SRF=108;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154812;STB=0.590807;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0346117;OID=.;OPOS=11098704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:185:189:170:172:14:17:0.0899471:7:7:108:62:8:9:108:64 chr21 11098723 . T C 744.46 PASS AF=0.36;AO=90;DP=252;FAO=90;FDP=250;FR=.;FRO=160;FSAF=17;FSAR=73;FSRF=100;FSRR=60;FWDB=-0.0333986;FXX=0.00793619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.235;QD=11.9113;RBI=0.0385109;REFB=-0.00596591;REVB=-0.0191736;RO=160;SAF=17;SAR=73;SRF=100;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509791;STB=0.79062;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.020146;OID=.;OPOS=11098723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:250:160:160:90:90:0.36:73:17:100:60:73:17:100:60 chr21 11098728 . C T 69.32 PASS AF=0.0874525;AO=23;DP=263;FAO=23;FDP=263;FR=.;FRO=240;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=112;FSRR=128;FWDB=0.0153436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.728;QD=1.05425;RBI=0.0314396;REFB=-0.00585745;REVB=-0.0274412;RO=234;SAF=10;SAR=13;SRF=108;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318596;STB=0.529347;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0283685;OID=.;OPOS=11098728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:263:263:234:240:23:23:0.0874525:13:10:108:126:13:10:112:128 chr21 11098732 . C T 621.57 PASS AF=0.304029;AO=83;DP=273;FAO=83;FDP=273;FR=.;FRO=190;FSAF=13;FSAR=70;FSRF=112;FSRR=78;FWDB=0.0401094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.35;QD=9.10717;RBI=0.041267;REFB=-0.0268289;REVB=0.00970567;RO=189;SAF=13;SAR=70;SRF=111;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54558;STB=0.819668;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0303761;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:189:190:83:83:0.304029:70:13:111:78:70:13:112:78 chr21 11098756 . C A 811.31 PASS AF=0.375;AO=93;DP=248;FAO=93;FDP=248;FR=.;FRO=155;FSAF=22;FSAR=71;FSRF=84;FSRR=71;FWDB=-0.0056241;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0429;QD=13.0856;RBI=0.024162;REFB=-0.0176558;REVB=0.0234983;RO=154;SAF=22;SAR=71;SRF=83;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359912;STB=0.70662;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0391385;OID=.;OPOS=11098756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:154:155:93:93:0.375:71:22:83:71:71:22:84:71 chr21 11098763 . C T 867.62 PASS AF=0.392713;AO=97;DP=247;FAO=97;FDP=247;FR=.;FRO=150;FSAF=23;FSAR=74;FSRF=81;FSRR=69;FWDB=-0.00802634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.122;QD=14.0506;RBI=0.00867285;REFB=-0.01033;REVB=0.00328576;RO=147;SAF=23;SAR=74;SRF=80;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356511;STB=0.700548;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0315266;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:147:150:97:97:0.392713:74:23:80:67:74:23:81:69 chr21 14419915 . A G 1612.93 PASS AF=0.367816;AO=192;DP=521;FAO=192;FDP=522;FR=.;FRO=330;FSAF=101;FSAR=91;FSRF=174;FSRR=156;FWDB=-0.012524;FXX=0.00191201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.953;QD=12.3596;RBI=0.0299598;REFB=-0.0103427;REVB=-0.0272166;RO=326;SAF=101;SAR=91;SRF=174;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00862943;STB=0.50078;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0197369;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:521:522:326:330:192:192:0.367816:91:101:174:152:91:101:174:156 chr21 14420005 . A G 4709.39 PASS AF=0.667227;AO=396;DP=618;FAO=397;FDP=595;FR=.;FRO=198;FSAF=185;FSAR=212;FSRF=112;FSRR=86;FWDB=0.00278963;FXX=0.0387716;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.335;QD=31.6598;RBI=0.00495833;REFB=-0.00885461;REVB=0.00409914;RO=187;SAF=184;SAR=212;SRF=107;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064546;STB=0.533167;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00537891;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:618:595:187:198:396:397:0.667227:212:184:107:80:212:185:112:86 chr21 14743754 . C T 100.06 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0145319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7224;QD=6.67067;RBI=0.0251557;REFB=-0.00577421;REVB=0.0205337;RO=45;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315985;STB=0.692071;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0168415;OID=.;OPOS=14743754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:6:9:15:30:6:9:15:30 chr21 14743785 . A G 96.98 PASS AF=0.234375;AO=14;DP=61;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0489619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5025;QD=6.06152;RBI=0.0494034;REFB=-0.005771;REVB=-0.00659074;RO=47;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304894;STB=0.700355;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0184008;OID=.;OPOS=14743785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:61:64:47:49:14:15:0.234375:6:8:15:32:6:9:16:33 chr21 14743800 . AT TC 78.09 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0603863;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=2;MLLD=115.277;QD=5.20615;RBI=0.0611971;REFB=-0.0097462;REVB=-0.00992864;RO=47;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269969;STB=0.668106;STBP=0.242;TYPE=mnp;VARB=0.0426617;OID=.;OPOS=14743800;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:62:60:47:47:13:13:0.216667:6:7:15:32:6:7:15:32 chr21 14743804 . G A 98.02 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0084838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4136;QD=6.32398;RBI=0.0104309;REFB=0.00895045;REVB=0.00606864;RO=47;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33416;STB=0.703457;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0377917;OID=.;OPOS=14743804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:6:9:15:32:6:9:15:32 chr21 14743827 . A G 54.0 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.00867157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.874;QD=3.32312;RBI=0.0280501;REFB=0.00108491;REVB=-0.0266761;RO=55;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454741;STB=0.798938;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00783289;OID=.;OPOS=14743827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:55:55:10:10:0.153846:3:7:17:38:3:7:17:38 chr21 14743864 . A T 80.6 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.077318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4161;QD=5.97055;RBI=0.103464;REFB=-0.0141273;REVB=-0.0687512;RO=41;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289993;STB=0.670392;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0503679;OID=.;OPOS=14743864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:54:54:41:42:12:12:0.222222:5:7:14:27:5:7:15:27 chr21 14778721 . A T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3065;QD=58.5878;RBI=0.0789309;REFB=0;REVB=-0.00262597;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128337;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr21 14982886 . G A 591.45 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0105077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1239;QD=56.3283;RBI=0.0148375;REFB=-0.0101574;REVB=0.0104757;RO=2;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407438;STB=0.521728;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0066579;OID=.;OPOS=14982886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:22:18:0:2:22:18:0:2 chr21 14982952 . A G 413.68 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.112;QD=55.1572;RBI=0.0103467;REFB=0;REVB=0.00719274;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122988;OID=.;OPOS=14982952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:16:14:0:0 chr21 15013735 . A G 2845.99 PASS AF=0.963731;AO=186;DP=193;FAO=186;FDP=193;FR=.;FRO=7;FSAF=93;FSAR=93;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0310891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.729;QD=58.9842;RBI=0.0311299;REFB=-0.0604626;REVB=0.00159315;RO=7;SAF=93;SAR=93;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246372;STB=0.512952;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00355119;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:193:193:7:7:186:186:0.963731:93:93:6:1:93:93:6:1 chr21 15457003 . C A 1676.32 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6613;QD=60.408;RBI=0.0596998;REFB=0;REVB=0.0575956;RO=0;SAF=50;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307576;OID=.;OPOS=15457003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:61:50:0:0:61:50:0:0 chr21 15457034 . A T 1992.78 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118082;FXX=0.00775134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.757;QD=62.2744;RBI=0.012188;REFB=0;REVB=-0.00301887;RO=0;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04712e-05;OID=.;OPOS=15457034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:64:64:0:0:64:64:0:0 chr21 15457086 . A G 2124.36 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756519;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2587;QD=62.944;RBI=0.0888077;REFB=0;REVB=-0.0465145;RO=0;SAF=68;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124091;OID=.;OPOS=15457086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:135:135:1:67:68:0:0:67:68:0:0 chr21 15457293 . T G 87.31 PASS AF=0.158416;AO=16;DP=101;FAO=16;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.00418927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4323;QD=3.45784;RBI=0.00717976;REFB=0.00736762;REVB=-0.00583086;RO=83;SAF=6;SAR=10;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13659;STB=0.591823;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0183837;OID=.;OPOS=15457293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:101:101:83:85:16:16:0.158416:10:6:40:43:10:6:41:44 chr21 15457297 . C G 100.55 PASS AF=0.171429;AO=18;DP=105;FAO=18;FDP=105;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.043351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5918;QD=3.83044;RBI=0.0537221;REFB=0.0107664;REVB=-0.0317295;RO=86;SAF=7;SAR=11;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982194;STB=0.569501;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.04341;OID=.;OPOS=15457297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:86:87:18:18:0.171429:11:7:40:46:11:7:41:46 chr21 15457318 . T G 182.72 PASS AF=0.245614;AO=28;DP=113;FAO=28;FDP=114;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=0.0051405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0393;QD=6.41113;RBI=0.00529822;REFB=0.0114628;REVB=-0.00128312;RO=84;SAF=12;SAR=16;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132455;STB=0.579943;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0177947;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:84:86:28:28:0.245614:16:12:45:39:16:12:46:40 chr21 15457339 . T G 333.94 PASS AF=0.318519;AO=43;DP=136;FAO=43;FDP=135;FR=.;FRO=92;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.00952754;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8606;QD=9.89442;RBI=0.02593;REFB=-0.0140659;REVB=0.0241162;RO=89;SAF=30;SAR=13;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197463;STB=0.627692;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0368486;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:89:92:43:43:0.318519:13:30:48:41:13:30:48:44 chr21 15457350 . TA CG,GC 358.04 PASS AF=0.294118,0.0514706;AO=37,7;DP=139;FAO=40,7;FDP=136;FR=.;FRO=89;FSAF=24,6;FSAR=16,1;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.00519693,0.00463236;FXX=0.0215812;HRUN=3,3;LEN=2,2;MLLD=272.141,256.488;QD=10.5305;RBI=0.0180413,0.0139245;REFB=0.00677086,0.00793048;REVB=-0.0172765,-0.0131314;RO=86;SAF=23,6;SAR=14,1;SRF=45;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.120083,0.375653;STB=0.542836,0.822532;STBP=0.501,0.107;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.0163462,0.0306141;OID=.,.;OPOS=15457350,15457350;OREF=TA,TA;OALT=CG,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:136:86:89:37,7:40,7:0.294118,0.0514706:14,1:23,6:45:41:16,1:24,6:48:41 chr21 15457374 . G C 430.32 PASS AF=0.384615;AO=50;DP=130;FAO=50;FDP=130;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.00417124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.524;QD=13.2407;RBI=0.00743334;REFB=-0.0112652;REVB=0.00615267;RO=77;SAF=32;SAR=18;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161238;STB=0.581229;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0187422;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:77:80:50:50:0.384615:18:32:38:39:18:32:41:39 chr21 15457399 . G C 389.59 PASS AF=0.389831;AO=45;DP=118;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.00736219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.574;QD=13.2065;RBI=0.0300727;REFB=-0.0071263;REVB=-0.0291576;RO=72;SAF=31;SAR=14;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271922;STB=0.643333;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0103688;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:72:72:45:46:0.389831:14:31:32:40:15:31:32:40 chr21 15457410 . C G 365.7 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00200462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4326;QD=13.6711;RBI=0.0263911;REFB=-0.0167075;REVB=0.0263149;RO=63;SAF=31;SAR=12;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334036;STB=0.68569;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0235469;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:64:43:43:0.401869:12:31:26:37:12:31:27:37 chr21 15457434 . G A 126.73 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0197946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.427;QD=6.67008;RBI=0.02196;REFB=0.00184487;REVB=-0.00950864;RO=57;SAF=15;SAR=4;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47288;STB=0.789169;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0149595;OID=.;OPOS=15457434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:57:19:19:0.25:4:15:23:34:4:15:23:34 chr21 15457439 . G A 92.68 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0017891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.654;QD=5.37293;RBI=0.0357934;REFB=0.00371254;REVB=-0.0357486;RO=54;SAF=14;SAR=1;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.672212;STB=0.92712;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00852264;OID=.;OPOS=15457439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:54:54:15:15:0.217391:1:14:22:32:1:14:22:32 chr21 15457463 . CACACACAGT C 596.77 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235927;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=9;MLLD=291.587;QD=61.2068;RBI=0.0273408;REFB=0;REVB=-0.0138166;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.10161e-05;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:39:39:39:0:13:26:0:0:4:0:12:26:0:0 chr21 15516976 . T A 1529.75 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6054;QD=63.7396;RBI=0.0936905;REFB=0;REVB=0.0892205;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372639;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:49:47:0:0:49:47:0:0 chr21 15596772 . T G 1686.96 PASS AF=0.974359;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.048373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4181;QD=57.674;RBI=0.0680413;REFB=-0.0186746;REVB=-0.0478506;RO=3;SAF=64;SAR=50;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217355;STB=0.511448;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00234309;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:3:3:114:114:0.974359:50:64:3:0:50:64:3:0 chr21 15646397 . A G 9584.01 PASS AF=1;AO=594;DP=596;FAO=608;FDP=608;FR=.;FRO=0;FSAF=319;FSAR=289;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.355;QD=63.0527;RBI=0.0313814;REFB=0;REVB=0.029762;RO=0;SAF=309;SAR=285;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87422e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52509e-05;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:53:596:608:0:0:594:608:1:285:309:0:0:289:319:0:0 chr21 15926544 . G A 2893.79 PASS AF=0.989305;AO=185;DP=188;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00246663;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.061;QD=61.8992;RBI=0.00962775;REFB=-0.0221619;REVB=0.00930641;RO=2;SAF=81;SAR=104;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128549;STB=0.500675;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=3.00603e-05;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:188:187:2:2:185:185:0.989305:104:81:1:1:104:81:1:1 chr21 15954593 . G A 567.23 PASS AF=0.416149;AO=57;DP=151;FAO=67;FDP=161;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.0233501;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.764;QD=14.0927;RBI=0.0389911;REFB=-0.0207187;REVB=-0.0312263;RO=94;SAF=19;SAR=38;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155941;STB=0.529802;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0245588;OID=.;OPOS=15954593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:161:94:94:57:67:0.416149:38:19:44:50:39:28:44:50 chr21 15954660 . T C 1007.27 PASS AF=0.481651;AO=105;DP=218;FAO=105;FDP=218;FR=.;FRO=113;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.00250377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.253;QD=18.4821;RBI=0.00689039;REFB=0.0109146;REVB=-0.00641939;RO=113;SAF=50;SAR=55;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265788;STB=0.514645;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.0130564;OID=.;OPOS=15954660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:113:113:105:105:0.481651:55:50:57:56:55:50:57:56 chr21 15964920 . C G 476.2 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.007653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.698;QD=18.6746;RBI=0.0193433;REFB=0.00152816;REVB=-0.017765;RO=52;SAF=21;SAR=29;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920474;STB=0.551048;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00213392;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:29:21:27:25:29:21:27:25 chr21 15974409 . T C 1337.73 PASS AF=0.940594;AO=95;DP=101;FAO=95;FDP=101;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0172597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.584;QD=52.9794;RBI=0.0280637;REFB=-0.0716333;REVB=0.0221286;RO=5;SAF=40;SAR=55;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365556;STB=0.51489;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000386684;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:101:101:5:6:95:95:0.940594:55:40:4:1:55:40:4:2 chr21 15984982 . C A 356.97 PASS AF=0.493333;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.118006;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7822;QD=19.0385;RBI=0.130575;REFB=-0.00314614;REVB=-0.055897;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183461;STB=0.522715;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.000994912;OID=.;OPOS=15984982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:39:38:36:37:0.493333:21:15:17:22:23:14:16:22 chr21 16335260 . C T 378.52 PASS AF=0.42268;AO=40;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0173801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.247;QD=15.609;RBI=0.0181158;REFB=0.00504879;REVB=-0.00511032;RO=56;SAF=19;SAR=21;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668988;STB=0.544608;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00658335;OID=.;OPOS=16335260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:40:41:0.42268:21:19:23:33:21:20:23:33 chr21 16335515 . C T 715.26 PASS AF=0.352941;AO=90;DP=242;FAO=90;FDP=255;FR=.;FRO=165;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=68;FSRR=97;FWDB=-0.0666522;FXX=0.0039061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.77;QD=11.2197;RBI=0.108608;REFB=-0.0399547;REVB=-0.0857501;RO=151;SAF=55;SAR=35;SRF=64;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207017;STB=0.627728;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0556785;OID=.;OPOS=16335515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:255:151:165:90:90:0.352941:35:55:64:87:35:55:68:97 chr21 16339570 . T A 750.46 PASS AF=0.467456;AO=79;DP=170;FAO=79;FDP=169;FR=.;FRO=90;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.0260768;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9979;QD=17.7624;RBI=0.0271255;REFB=-0.00552166;REVB=0.00746948;RO=90;SAF=45;SAR=34;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993812;STB=0.55504;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00715986;OID=.;OPOS=16339570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:90:90:79:79:0.467456:34:45:42:48:34:45:42:48 chr21 16340289 . C T 1558.92 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00738214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.311;QD=57.7378;RBI=0.00790108;REFB=-0.0924776;REVB=-0.00281623;RO=2;SAF=56;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166453;STB=0.508619;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00057907;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:108:2:2:105:106:0.981481:49:56:2:0:49:57:2:0 chr21 16423596 . T TGTGTGTGTGCGC 59.6 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0116262;FXX=0.111097;HRUN=1;LEN=12;MLLD=425.417;QD=3.31094;RBI=0.0117097;REFB=-0.00116319;REVB=0.0013959;RO=68;SAF=4;SAR=7;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621238;STB=0.517874;STBP=0.886;TYPE=ins;VARB=0.00498608;OID=.;OPOS=16423597;OREF=-;OALT=GTGTGTGTGCGC;OMAPALT=TGTGTGTGTGCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152778:11:81:11:72:61:4:7:21:40:59:68:4:7:28:40 chr21 16424421 . A G 461.8 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00635798;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.688;QD=17.2634;RBI=0.0400955;REFB=-0.00519054;REVB=0.0395882;RO=57;SAF=28;SAR=22;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994739;STB=0.555367;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00438523;OID=.;OPOS=16424421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:57:50:50:0.46729:22:28:26:31:22:28:26:31 chr21 16424607 . C T 242.39 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00872134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.438;QD=29.38;RBI=0.0130175;REFB=0.00735899;REVB=0.00966409;RO=11;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37322e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00378674;OID=.;OPOS=16424607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:12:10:5:6:12:10:5:6 chr21 16986637 . G A 358.52 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.0530605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.906;QD=17.0721;RBI=0.0530998;REFB=0.000615711;REVB=0.00204114;RO=45;SAF=19;SAR=19;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227356;STB=0.630888;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.000444901;OID=.;OPOS=16986637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:46:38:38:0.452381:19:19:12:33:19:19:12:34 chr21 18827130 . G A 678.42 PASS AF=0.580357;AO=65;DP=112;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.00116526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.133;QD=24.2294;RBI=0.00372984;REFB=0.0150549;REVB=-0.00354315;RO=47;SAF=34;SAR=31;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205008;STB=0.611411;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00980214;OID=.;OPOS=18827130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:47:47:65:65:0.580357:31:34:12:35:31:34:12:35 chr21 18885504 . A C 1259.16 PASS AF=0.455446;AO=125;DP=302;FAO=138;FDP=303;FR=.;FRO=165;FSAF=63;FSAR=75;FSRF=96;FSRR=69;FWDB=0.0421695;FXX=0.00655716;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.85;QD=16.6226;RBI=0.0422213;REFB=-0.00704964;REVB=-0.00209067;RO=152;SAF=50;SAR=75;SRF=84;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152186;STB=0.567928;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00569427;OID=.;OPOS=18885504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:303:152:165:125:138:0.455446:75:50:84:68:75:63:96:69 chr21 18937758 . A G 854.27 PASS AF=0.458333;AO=88;DP=192;FAO=88;FDP=192;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=0.0132642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.318;QD=17.7973;RBI=0.0231975;REFB=-0.0106936;REVB=-0.0190312;RO=103;SAF=43;SAR=45;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441192;STB=0.521765;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0137685;OID=.;OPOS=18937758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:103:104:88:88:0.458333:45:43:55:48:45:43:55:49 chr21 19161403 . A G 1519.64 PASS AF=0.93913;AO=106;DP=113;FAO=108;FDP=115;FR=.;FRO=7;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0448671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3574;QD=52.857;RBI=0.0612895;REFB=-0.117469;REVB=0.0417535;RO=1;SAF=38;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692901;STB=0.531244;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00458925;OID=.;OPOS=19161403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:113:115:1:7:106:108:0.93913:68:38:0:1:68:40:6:1 chr21 19163391 . GAACTC G 957.72 PASS AF=1;AO=76;DP=82;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203885;FXX=0.048187;HRUN=2;LEN=5;MLLD=258.456;QD=48.4924;RBI=0.020389;REFB=0;REVB=-0.00014428;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000313538;OID=.;OPOS=19163392;OREF=AACTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:82:79:79:0:45:34:0:0:17:0:43:33:0:0 chr21 19169155 . G C 1947.11 PASS AF=1;AO=123;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785145;FXX=0.0310053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.644;QD=62.3074;RBI=0.118257;REFB=0;REVB=0.0884313;RO=0;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746825;OID=.;OPOS=19169155;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:125:0:0:123:125:1:62:61:0:0:62:63:0:0 chr21 19666901 . T A 182.1 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0370855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6371;QD=16.9393;RBI=0.0378786;REFB=-0.009541;REVB=0.0077104;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267085;STB=0.653102;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.011742;OID=.;OPOS=19666901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:14:10:13:6:14:10 chr21 19666910 . A G 238.51 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0536792;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3815;QD=22.7149;RBI=0.0996575;REFB=-0.0408035;REVB=0.0839652;RO=19;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222932;STB=0.608601;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0538138;OID=.;OPOS=19666910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:8:14:7:12:9:14:7:12 chr21 19670118 . G A 1400.41 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00754753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.331;QD=61.5567;RBI=0.0286221;REFB=-0.0250609;REVB=-0.0276091;RO=1;SAF=45;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104166;STB=0.505493;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00042061;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:45:45:1:0:45:45:1:0 chr21 19713821 . C T 1276.77 PASS AF=0.42638;AO=138;DP=326;FAO=139;FDP=326;FR=.;FRO=187;FSAF=67;FSAR=72;FSRF=93;FSRR=94;FWDB=-0.00489789;FXX=0.00305801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0229;QD=15.6659;RBI=0.0221146;REFB=0.00442463;REVB=-0.0215653;RO=187;SAF=67;SAR=71;SRF=93;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122252;STB=0.508788;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0063245;OID=.;OPOS=19713821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:187:187:138:139:0.42638:71:67:93:94:72:67:93:94 chr21 19775895 . G A 780.18 PASS AF=0.510204;AO=75;DP=147;FAO=75;FDP=147;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0186592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.704;QD=21.2293;RBI=0.0193505;REFB=-0.024325;REVB=-0.00512587;RO=71;SAF=41;SAR=34;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529539;STB=0.52509;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0238852;OID=.;OPOS=19775895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:71:72:75:75:0.510204:34:41:43:28:34:41:43:29 chr21 21728991 . C A 796.59 PASS AF=0.466292;AO=83;DP=178;FAO=83;FDP=178;FR=.;FRO=95;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=-0.0143982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.954;QD=17.901;RBI=0.0150012;REFB=0.00520793;REVB=0.00421039;RO=92;SAF=44;SAR=39;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110993;STB=0.552438;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.012663;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:92:95:83:83:0.466292:39:44:38:54:39:44:41:54 chr21 22746187 . T C 525.14 PASS AF=0.456;AO=55;DP=123;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-9.13876e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.01;QD=16.8046;RBI=0.017761;REFB=-0.0052983;REVB=-0.017761;RO=68;SAF=24;SAR=31;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924133;STB=0.549532;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00576312;OID=.;OPOS=22746187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:68:68:55:57:0.456:31:24:36:32:32:25:36:32 chr21 24804558 . T C 1617.2 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0467831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.057;QD=57.2462;RBI=0.0469719;REFB=-0.209129;REVB=0.00420789;RO=3;SAF=33;SAR=77;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217764;STB=0.51148;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000317462;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:113:113:3:3:110:110:0.973451:77:33:2:1:77:33:2:1 chr21 26965148 . G A 596.4 PASS AF=0.446043;AO=61;DP=141;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0245142;FXX=0.0279701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.273;QD=17.1626;RBI=0.0565769;REFB=0.000824465;REVB=-0.0509902;RO=71;SAF=30;SAR=31;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014746;STB=0.519715;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00127397;OID=.;OPOS=26965148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:71:77:61:62:0.446043:31:30:36:35:32:30:40:37 chr21 26965205 . T C 639.35 PASS AF=0.442953;AO=66;DP=150;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.00427565;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.567;QD=17.1639;RBI=0.0512588;REFB=-0.000865159;REVB=0.0510802;RO=82;SAF=23;SAR=43;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957162;STB=0.550668;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00122346;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:82:83:66:66:0.442953:43:23:36:46:43:23:36:47 chr21 26969703 . T C 358.15 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0239321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8684;QD=18.8498;RBI=0.0532139;REFB=-0.00828108;REVB=0.0475286;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619944;STB=0.526448;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00987775;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:38:38:37:38:0.5:21:16:19:19:21:17:19:19 chr21 26976222 . C T 311.26 PASS AF=0.52381;AO=31;DP=61;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0317261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7894;QD=19.7622;RBI=0.0326156;REFB=-0.0269907;REVB=0.00756535;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173995;STB=0.583443;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0324115;OID=.;OPOS=26976222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:29:30:31:33:0.52381:19:12:17:12:19:14:18:12 chr21 26976237 . C T 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00106907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3031;QD=19.4072;RBI=0.0526696;REFB=0.0205142;REVB=-0.0526587;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210072;STB=0.617091;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0311537;OID=.;OPOS=26976237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:19:11:17:11:19:11:17:11 chr21 26978950 . A G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3556;QD=57.1046;RBI=0.0715618;REFB=0;REVB=-0.0299504;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026603;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:38:17:0:0:38:17:0:0 chr21 27056250 . A G 417.79 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0102282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.19;QD=22.583;RBI=0.0103729;REFB=-0.0258499;REVB=0.00172651;RO=33;SAF=14;SAR=27;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172125;STB=0.594994;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0188945;OID=.;OPOS=27056250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:27:14:18:15:27:14:18:15 chr21 27852724 . A G 641.61 PASS AF=0.452055;AO=66;DP=146;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=-0.0148893;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.049;QD=17.5784;RBI=0.0149744;REFB=-0.00743793;REVB=-0.00159355;RO=78;SAF=29;SAR=37;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675729;STB=0.529054;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00816095;OID=.;OPOS=27852724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:78:80:66:66:0.452055:37:29:29:49:37:29:31:49 chr21 28295339 . T C 1200.56 PASS AF=0.48062;AO=123;DP=257;FAO=124;FDP=258;FR=.;FRO=134;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=78;FSRR=56;FWDB=-0.0197557;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2703;QD=18.6133;RBI=0.0228933;REFB=-0.0116117;REVB=-0.0115679;RO=132;SAF=53;SAR=70;SRF=76;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13603;STB=0.575904;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00745264;OID=.;OPOS=28295339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:258:132:134:123:124:0.48062:70:53:76:56:70:54:78:56 chr21 28296324 . A G 540.83 PASS AF=0.442748;AO=57;DP=131;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=22;FWDB=-0.0181636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.377;QD=16.5138;RBI=0.0401729;REFB=0.00475893;REVB=-0.0358322;RO=73;SAF=32;SAR=25;SRF=51;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143375;STB=0.57516;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00671114;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:73:73:57:58:0.442748:25:32:51:22:25:33:51:22 chr21 28302355 . A G 1111.33 PASS AF=0.538071;AO=99;DP=191;FAO=106;FDP=197;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.0216495;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.7;QD=22.5652;RBI=0.0273262;REFB=-0.0131536;REVB=0.0166739;RO=91;SAF=43;SAR=56;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110397;STB=0.554087;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0100284;OID=.;OPOS=28302355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:197:91:91:99:106:0.538071:56:43:51:40:59:47:51:40 chr21 28326276 . G A 2381.7 PASS AF=0.97546;AO=159;DP=164;FAO=159;FDP=163;FR=.;FRO=4;FSAF=81;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0094201;FXX=0.00609719;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.158;QD=58.4467;RBI=0.00942989;REFB=-0.040719;REVB=0.000429582;RO=4;SAF=81;SAR=78;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000440447;STB=0.500232;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.000913132;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:164:163:4:4:159:159:0.97546:78:81:2:2:78:81:2:2 chr21 30250555 . T C 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118827;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.571;QD=60.5459;RBI=0.0152244;REFB=0;REVB=0.00951751;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04363e-05;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:50:62:0:0:50:62:0:0 chr21 30250615 . T C 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105857;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.192;QD=59.8658;RBI=0.0105864;REFB=0;REVB=-0.000124402;RO=0;SAF=46;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.84952e-06;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:58:46:0:0:58:46:0:0 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 12815.8 PASS AF=0.217036,0.782964;AO=167,635;DP=864;FAO=186,671;FDP=857;FR=.;FRO=0;FSAF=28,264;FSAR=158,407;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.201031,-0.100224;FXX=0.0149424;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.1935,39.9198;QD=59.817;RBI=0.224678,0.116088;REFB=0,0;REVB=-0.100333,-0.0585803;RO=0;SAF=18,239;SAR=149,396;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0385533,-0.00252781;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.217036,0.782964:167,635:864:186,671:857:0:28,264:158,407:0:0:99:0:18,239:149,396:0:0 chr21 30257570 . A C 136.76 PASS AF=0.0942111;AO=198;DP=881;FAO=83;FDP=881;FR=.;FRO=798;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=272;FSRR=526;FWDB=-0.000222987;FXX=0.00113377;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.3817;QD=0.62095;RBI=0.0846891;REFB=-0.0601832;REVB=-0.0846888;RO=683;SAF=28;SAR=170;SRF=271;SRR=412;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414715;STB=0.503539;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.168022;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:881:881:683:798:198:83:0.0942111:170:28:271:412:55:28:272:526 chr21 30331935 . G A 360.75 PASS AF=0.410526;AO=38;DP=94;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0294095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.586;QD=15.1892;RBI=0.0294321;REFB=-0.00252988;REVB=0.00115246;RO=56;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501507;STB=0.52163;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00363776;OID=.;OPOS=30331935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:56:56:38:39:0.410526:22:16:21:35:23:16:21:35 chr21 30338164 . AG AA,GA 31.09 PASS AF=0.125,0;AO=4,4;DP=39;FAO=5,0;FDP=40;FR=.;FRO=35;FSAF=2,0;FSAR=3,0;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00384816,0.0148968;FXX=0.0243843;HRUN=1,11;LEN=1,2;MLLD=152.712,27.0358;QD=3.10939;RBI=0.00649388,0.0377854;REFB=-0.00354761,-0.0277366;REVB=0.00523089,-0.034725;RO=31;SAF=2,2;SAR=2,2;SRF=7;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.334058,0.334058;STB=0.636882,0.5;STBP=0.623,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0626387,0.0427435;OID=.,.;OPOS=30338165,30338164;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:39:40:31:35:4,4:5,0:0.125,0:2,2:2,2:7:24:3,0:2,0:9:26 chr21 30339120 . C A 79.42 PASS AF=0.5;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00330743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.318;QD=15.8835;RBI=0.0103969;REFB=-0.00252202;REVB=0.00985684;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318185;STB=0.556701;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00247986;OID=.;OPOS=30339120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:19:20:9:10:10:10:0.5:7:3:3:6:7:3:4:6 chr21 30339234 . T C 223.82 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0196873;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.475;QD=20.8202;RBI=0.0308129;REFB=-0.0121905;REVB=-0.0237032;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652453;STB=0.510629;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0129858;OID=.;OPOS=30339234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:21:21:22:0.511628:12:9:11:11:12:10:10:11 chr21 30339350 . A T 735.4 PASS AF=0.522059;AO=71;DP=138;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00969868;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.834;QD=21.6293;RBI=0.0188289;REFB=-0.00356395;REVB=-0.0161388;RO=67;SAF=36;SAR=35;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399446;STB=0.529745;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00270441;OID=.;OPOS=30339350;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:67:65:71:71:0.522059:35:36:37:30:35:36:37:28 chr21 30341891 . A G 1421.15 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854313;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.347;QD=62.4683;RBI=0.0143288;REFB=0;REVB=-0.0115034;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108162;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:0:0:90:91:1:54:36:0:0:55:36:0:0 chr21 30342933 . C A 762.81 PASS AF=0.45;AO=80;DP=180;FAO=81;FDP=180;FR=.;FRO=99;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=-0.0132298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.884;QD=16.9514;RBI=0.0346471;REFB=-0.00666536;REVB=0.0320218;RO=99;SAF=40;SAR=40;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754167;STB=0.538304;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00753363;OID=.;OPOS=30342933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:99:99:80:81:0.45:40:40:42:57:41:40:42:57 chr21 30343017 . T C 685.79 PASS AF=0.433526;AO=75;DP=173;FAO=75;FDP=173;FR=.;FRO=98;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.0019383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.137;QD=15.8565;RBI=0.02662;REFB=0.00262806;REVB=0.0265494;RO=96;SAF=42;SAR=33;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133494;STB=0.574174;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00348327;OID=.;OPOS=30343017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:96:98:75:75:0.433526:33:42:41:55:33:42:42:56 chr21 30511691 . G A 279.13 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0488411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4781;QD=16.6645;RBI=0.0499957;REFB=-0.0217294;REVB=0.0106825;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198402;STB=0.511147;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0187528;OID=.;OPOS=30511691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:17:14:17:19:17:14:17:19 chr21 30552839 . A G 728.13 PASS AF=0.487179;AO=76;DP=156;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=-0.0116094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.087;QD=18.6701;RBI=0.0132692;REFB=-0.0116976;REVB=0.00642599;RO=80;SAF=43;SAR=33;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266323;STB=0.514702;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0157317;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:80:80:76:76:0.487179:33:43:43:37:33:43:43:37 chr21 30552877 . T C 897.91 PASS AF=0.511364;AO=89;DP=176;FAO=90;FDP=176;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0105484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.111;QD=20.4071;RBI=0.0113087;REFB=-0.00594041;REVB=0.00407654;RO=86;SAF=44;SAR=45;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258287;STB=0.511361;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00470169;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:86:86:89:90:0.511364:45:44:45:41:45:45:45:41 chr21 30698949 . G A 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00252702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.211;QD=15.7382;RBI=0.00389702;REFB=-0.00528508;REVB=0.00296664;RO=36;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384514;STB=0.521724;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00654688;OID=.;OPOS=30698949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:18:11:15:21:18:11:15:21 chr21 30714776 . T C 740.13 PASS AF=0.5;AO=76;DP=153;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00804021;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4845;QD=19.477;RBI=0.0327584;REFB=-0.00237726;REVB=-0.0317564;RO=74;SAF=37;SAR=39;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481183;STB=0.519725;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00227355;OID=.;OPOS=30714776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:74:76:76:76:0.5:39:37:40:34:39:37:40:36 chr21 30716955 . TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA 378.44 PASS AF=0.533333,0.3,0.166667;AO=10,7,4;DP=39;FAO=16,9,5;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10,8,5;FSAR=6,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626249,0.0936315,0.153887;FXX=0.361625;HRUN=1,1,1;LEN=8,4,1;MLLD=109.738,57.2157,32.2648;QD=50.4594;RBI=0.0706436,0.093634,0.153888;REFB=0,0,0;REVB=0.0326901,0.000677951,-0.000506039;RO=1;SAF=8,7,4;SAR=2,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0526894,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0507282,0.105316,0.190903;OID=.,.,.;OPOS=30716956,30716956,30716987;OREF=TGTGTGTG,TGTG,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.533333,0.3,0.166667:10,7,4:39:16,9,5:30:0:10,8,5:6,1,0:0:0:70:1:8,7,4:2,0,0:1:0 chr21 30717151 . C T 1806.63 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00159573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.344;QD=60.221;RBI=0.0491875;REFB=-0.00995516;REVB=-0.0491617;RO=1;SAF=49;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673779;STB=0.503546;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-2.18188e-05;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:70:49:0:1:70:49:0:1 chr21 30718201 . G A 817.48 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.989;QD=57.3672;RBI=0.0213695;REFB=0;REVB=-0.00216664;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86361e-05;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:31:24:0:0:32:25:0:0 chr21 30830393 . T G 3646.36 PASS AF=0.953846;AO=246;DP=259;FAO=248;FDP=260;FR=.;FRO=12;FSAF=113;FSAR=135;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0161953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9626;QD=56.0979;RBI=0.035249;REFB=-0.0428727;REVB=0.0313082;RO=13;SAF=113;SAR=133;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022018;STB=0.509582;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0215605;OID=.;OPOS=30830393;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:259:260:13:12:246:248:0.953846:133:113:3:10:135:113:3:9 chr21 30969901 . T C 1505.07 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6379;QD=59.0223;RBI=0.0119527;REFB=0;REVB=0.0114999;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162233;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:99:102:1:59:40:0:0:60:42:0:0 chr21 30970005 . C G 418.94 PASS AF=0.340136;AO=50;DP=148;FAO=50;FDP=147;FR=.;FRO=97;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=63;FWDB=-0.0140191;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.679;QD=11.3996;RBI=0.0381999;REFB=-0.0192463;REVB=-0.0355344;RO=97;SAF=17;SAR=33;SRF=34;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133701;STB=0.507689;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0373391;OID=.;OPOS=30970005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:97:97:50:50:0.340136:33:17:34:63:33:17:34:63 chr21 30971183 . G A 339.38 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0153409;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.33;QD=15.2531;RBI=0.048036;REFB=-0.00696229;REVB=-0.0455205;RO=52;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221098;STB=0.512501;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0134191;OID=.;OPOS=30971183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:52:52:37:37:0.41573:20:17:25:27:20:17:25:27 chr21 31062070 . T G 884.96 PASS AF=0.466321;AO=89;DP=193;FAO=90;FDP=193;FR=.;FRO=103;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=0.0325585;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8701;QD=18.3411;RBI=0.0778432;REFB=-0.00529862;REVB=0.0707072;RO=104;SAF=48;SAR=41;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290067;STB=0.510046;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00652297;OID=.;OPOS=31062070;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:104:103:89:90:0.466321:41:48:53:51:42:48:53:50 chr21 31655212 . A C 3011.88 PASS AF=1;AO=184;DP=188;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019817;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.126;QD=63.408;RBI=0.0229109;REFB=0;REVB=0.0114976;RO=0;SAF=81;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09518e-05;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:190:0:0:184:190:1:103:81:0:0:106:84:0:0 chr21 31768539 . G C 2141.66 PASS AF=0.55163;AO=199;DP=365;FAO=203;FDP=368;FR=.;FRO=165;FSAF=109;FSAR=94;FSRF=83;FSRR=82;FWDB=0.00124565;FXX=0.00540526;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.89;QD=23.279;RBI=0.00584425;REFB=-0.0233206;REVB=-0.00570996;RO=166;SAF=107;SAR=92;SRF=83;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031617;STB=0.515254;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0209951;OID=.;OPOS=31768539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:368:166:165:199:203:0.55163:92:107:83:83:94:109:83:82 chr21 31802768 . G A 961.78 PASS AF=0.592105;AO=90;DP=152;FAO=90;FDP=152;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0179766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0172;QD=25.31;RBI=0.0242774;REFB=-0.00141841;REVB=-0.0163167;RO=61;SAF=35;SAR=55;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163343;STB=0.512994;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.000942758;OID=.;OPOS=31802768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:61:62:90:90:0.592105:55:35:25:36:55:35:26:36 chr21 31803159 . T C 68.12 PASS AF=0.45;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.000365203;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.3474;QD=13.6231;RBI=0.0125557;REFB=-0.0664674;REVB=0.0125504;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033981;STB=0.538379;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0284836;OID=.;OPOS=31803159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:19:20:10:11:9:9:0.45:6:3:3:7:6:3:3:8 chr21 31812772 . C A 580.58 PASS AF=0.452555;AO=56;DP=131;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0260743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.711;QD=16.9513;RBI=0.0262444;REFB=-0.0287202;REVB=0.0029835;RO=74;SAF=38;SAR=18;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256637;STB=0.604833;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0426482;OID=.;OPOS=31812772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:137:74:75:56:62:0.452555:18:38:32:42:23:39:33:42 chr21 31859677 . G A 974.65 PASS AF=0.516129;AO=84;DP=180;FAO=96;FDP=186;FR=.;FRO=90;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0264215;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.898;QD=20.9602;RBI=0.0408626;REFB=-0.0138149;REVB=-0.0311714;RO=86;SAF=37;SAR=47;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443436;STB=0.525096;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0140947;OID=.;OPOS=31859677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:186:86:90:84:96:0.516129:47:37:42:44:54:42:44:46 chr21 31869286 . T C 1226.4 PASS AF=0.486486;AO=126;DP=259;FAO=126;FDP=259;FR=.;FRO=133;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=58;FSRR=75;FWDB=0.00611693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.173;QD=18.9406;RBI=0.00887199;REFB=-0.0100066;REVB=0.00642614;RO=132;SAF=70;SAR=56;SRF=58;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108014;STB=0.561258;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00882044;OID=.;OPOS=31869286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:132:133:126:126:0.486486:56:70:58:74:56:70:58:75 chr21 31913981 . AG A 1507.35 PASS AF=1;AO=95;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216657;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.977;QD=59.112;RBI=0.0217802;REFB=0;REVB=-0.00223005;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.35949e-05;OID=.;OPOS=31913982;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:95:101:102:102:0:54:48:0:0:8:0:52:43:0:0 chr21 31914000 . T A 1795.89 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927717;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.484;QD=60.8777;RBI=0.0114266;REFB=0;REVB=-0.00667088;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147966;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:117:118:1:54:63:0:0:54:64:0:0 chr21 31964916 . A C 354.25 PASS AF=0.405941;AO=40;DP=103;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=-0.0153056;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6147;QD=14.0295;RBI=0.0273674;REFB=-0.0170227;REVB=-0.0226873;RO=60;SAF=12;SAR=28;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429184;STB=0.535452;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0418943;OID=.;OPOS=31964916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:60:60:40:41:0.405941:28:12:16:44:28:13:16:44 chr21 31973516 . T A 909.71 PASS AF=0.467005;AO=92;DP=196;FAO=92;FDP=197;FR=.;FRO=105;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=0.0355771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.925;QD=18.4712;RBI=0.0355891;REFB=-0.0170599;REVB=0.00092172;RO=104;SAF=34;SAR=58;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920509;STB=0.548801;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0200063;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:104:105:92:92:0.467005:58:34:48:56:58:34:48:57 chr21 32090908 . C T 319.8 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0318357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7811;QD=18.5394;RBI=0.0661527;REFB=-0.00983846;REVB=-0.0579886;RO=35;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911528;STB=0.550745;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00874758;OID=.;OPOS=32090908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:18:16:13:22:18:16:13:22 chr21 32119495 . C G 724.55 PASS AF=0.448276;AO=76;DP=173;FAO=78;FDP=174;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=32;FSRR=64;FWDB=0.0118679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.484;QD=16.6562;RBI=0.0120376;REFB=-0.0104699;REVB=0.00201433;RO=96;SAF=23;SAR=53;SRF=32;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358274;STB=0.524985;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0118055;OID=.;OPOS=32119495;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:96:96:76:78:0.448276:53:23:32:64:55:23:32:64 chr21 32201822 . G T 2536.97 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.378;QD=61.5024;RBI=0.0145533;REFB=0;REVB=0.011741;RO=0;SAF=74;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08311e-06;OID=.;OPOS=32201822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:164:165:1:90:74:0:0:91:74:0:0 chr21 32201835 . A C 3121.82 PASS AF=1;AO=194;DP=197;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105452;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.881;QD=64.0373;RBI=0.0113137;REFB=0;REVB=0.00409879;RO=0;SAF=82;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198807;OID=.;OPOS=32201835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:195:0:0:194:195:1:112:82:0:0:112:83:0:0 chr21 32201866 . A G 3402.03 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.904;QD=62.1375;RBI=0.0137197;REFB=0;REVB=0.0121023;RO=0;SAF=96;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73936e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17607e-06;OID=.;OPOS=32201866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:214:219:0:0:214:219:1:118:96:0:0:121:98:0:0 chr21 32201951 . A G 3055.26 PASS AF=0.984772;AO=194;DP=199;FAO=194;FDP=197;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=114;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00545939;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.157;QD=62.0357;RBI=0.0260946;REFB=-0.135373;REVB=0.0255171;RO=3;SAF=80;SAR=114;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175197;STB=0.509202;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000364152;OID=.;OPOS=32201951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:199:197:3:3:194:194:0.984772:114:80:3:0:114:80:3:0 chr21 32201969 . GA G 2300.6 PASS AF=1;AO=183;DP=189;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486013;FXX=0.0104161;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.1442;QD=48.4336;RBI=0.135917;REFB=0;REVB=-0.126931;RO=0;SAF=72;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000491556;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:183:189:190:190:0:78:112:0:0:42:0:72:111:0:0 chr21 32253513 . A T 1117.18 PASS AF=0.470833;AO=113;DP=244;FAO=113;FDP=240;FR=.;FRO=127;FSAF=30;FSAR=83;FSRF=55;FSRR=72;FWDB=0.00758541;FXX=0.0163928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.63;QD=18.6196;RBI=0.0112604;REFB=-0.00817328;REVB=-0.00832215;RO=123;SAF=30;SAR=83;SRF=50;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156284;STB=0.602715;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00835949;OID=.;OPOS=32253513;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:240:123:127:113:113:0.470833:83:30:50:73:83:30:55:72 chr21 32410735 . C T 512.36 PASS AF=0.281853;AO=73;DP=259;FAO=73;FDP=259;FR=.;FRO=186;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=64;FSRR=122;FWDB=0.10913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7065;QD=7.91283;RBI=0.109374;REFB=-0.0183479;REVB=-0.00730674;RO=186;SAF=46;SAR=27;SRF=64;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340169;STB=0.697628;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0510219;OID=.;OPOS=32410735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:186:186:73:73:0.281853:27:46:64:122:27:46:64:122 chr21 32493031 . A G 6544.8 PASS AF=1;AO=412;DP=414;FAO=415;FDP=415;FR=.;FRO=0;FSAF=195;FSAR=220;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303623;FXX=0.00479605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1679;QD=63.0825;RBI=0.0303633;REFB=0;REVB=-0.000248392;RO=0;SAF=192;SAR=220;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82862e-05;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:414:415:0:0:412:415:1:220:192:0:0:220:195:0:0 chr21 32499473 . A G 1028.84 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.428;QD=57.9626;RBI=0.016505;REFB=-0.069544;REVB=0.000282362;RO=1;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129508;STB=0.506665;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000521391;OID=.;OPOS=32499473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:36:33:0:1:37:33:0:1 chr21 32638549 . CC AT,CT 277.86 PASS AF=0.371795,0.0384615;AO=27,3;DP=78;FAO=29,3;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=21,2;FSAR=8,1;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0116034,0.00578163;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=220.998,58.1292;QD=14.249;RBI=0.0118503,0.0126549;REFB=-0.00359593,-0.00756877;REVB=0.0024062,-0.011257;RO=39;SAF=20,1;SAR=7,2;SRF=16;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.356373,-0.0791773;STB=0.671876,0.693187;STBP=0.025,0.598;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00833123,-0.0577976;OID=.,.;OPOS=32638549,32638550;OREF=CC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:44:27,3:29,3:0.371795,0.0384615:7,2:20,1:16:23:8,1:21,2:20:24 chr21 33371001 . A AC 69.31 PASS AF=0.180328;AO=47;DP=246;FAO=44;FDP=244;FR=.;FRO=200;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=67;FSRR=133;FWDB=-0.0103163;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=66.3167;QD=1.13619;RBI=0.0198158;REFB=-0.00247328;REVB=0.0169186;RO=194;SAF=29;SAR=18;SRF=63;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364246;STB=0.684855;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.117031;OID=.;OPOS=33371002;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180328:47:246:44:244:200:25:19:67:133:69:194:29:18:63:131 chr21 33714966 . AG A,GA 108.23 PASS AF=0.2,0.8;AO=2,8;DP=12;FAO=2,8;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.166528;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=119.09,173.194;QD=43.294;RBI=0.0457179,0.0436749;REFB=0,0;REVB=0.0457179,0.0436749;RO=0;SAF=0,0;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0391691,0.000303179;OID=.,.;OPOS=33714967,33714966;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:12:10:0:0:2,8:2,8:0.2,0.8:2,8:0,0:0:0:2,8:0,0:0:0 chr21 33714976 . T TA 74.91 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=86.0847;QD=37.4556;RBI=0.0139204;REFB=0;REVB=0.0139204;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000400019;OID=.;OPOS=33714977;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:8:8:0:0:8:0:0:4:0:0:8:0:0 chr21 33714979 . G GTGGA 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=4;MLLD=359.73;QD=35.5759;RBI=0.00106101;REFB=0;REVB=-0.00106101;RO=1;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.30893e-06;OID=.;OPOS=33714980;OREF=-;OALT=TGGA;OMAPALT=GTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:8:7:7:0:0:7:0:0:4:1:0:7:0:1 chr21 33726326 . G A 2829.21 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0118892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1582;QD=62.1805;RBI=0.0345791;REFB=0.0739179;REVB=-0.0324709;RO=1;SAF=97;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563412;STB=0.502958;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000672921;OID=.;OPOS=33726326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:1:1:181:181:0.994505:84:97:0:1:84:97:0:1 chr21 33755763 . G A 1535.56 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0209485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3769;QD=57.4042;RBI=0.0409796;REFB=0.0546594;REVB=-0.0352206;RO=2;SAF=63;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220585;STB=0.511626;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00131522;OID=.;OPOS=33755763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:42:63:0:2:42:63:0:2 chr21 33840208 . A G 622.31 PASS AF=0.433333;AO=65;DP=148;FAO=65;FDP=150;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=58;FWDB=-0.0252409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.93;QD=16.5949;RBI=0.0264844;REFB=-0.00624788;REVB=-0.00801996;RO=83;SAF=28;SAR=37;SRF=27;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110262;STB=0.56654;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00929572;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:83:85:65:65:0.433333:37:28:27:56:37:28:27:58 chr21 33887131 . G A 1027.77 PASS AF=0.504854;AO=104;DP=209;FAO=104;FDP=206;FR=.;FRO=102;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=62;FSRR=40;FWDB=-0.00208496;FXX=0.0143534;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.736;QD=19.9567;RBI=0.0240669;REFB=-0.0219107;REVB=0.0239764;RO=102;SAF=60;SAR=44;SRF=62;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287187;STB=0.515754;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0242275;OID=.;OPOS=33887131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:206:102:102:104:104:0.504854:44:60:62:40:44:60:62:40 chr21 33951068 . T C 1906.76 PASS AF=0.51087;AO=188;DP=369;FAO=188;FDP=368;FR=.;FRO=180;FSAF=78;FSAR=110;FSRF=73;FSRR=107;FWDB=-0.00463273;FXX=0.00540526;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.305;QD=20.7256;RBI=0.00605699;REFB=-0.0075603;REVB=0.00390191;RO=175;SAF=78;SAR=110;SRF=73;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204413;STB=0.504711;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00737691;OID=.;OPOS=33951068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:368:175:180:188:188:0.51087:110:78:73:102:110:78:73:107 chr21 33956579 . T C 1392.28 PASS AF=0.539095;AO=130;DP=243;FAO=131;FDP=243;FR=.;FRO=112;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=-0.022183;FXX=0.00409819;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1274;QD=22.9182;RBI=0.0260667;REFB=-0.012508;REVB=0.0136889;RO=112;SAF=68;SAR=62;SRF=56;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196017;STB=0.504685;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0173185;OID=.;OPOS=33956579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:112:112:130:131:0.539095:62:68:56:56:63:68:57:55 chr21 34003928 . A AAGTATT 443.03 PASS AF=0.473684;AO=43;DP=99;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00330261;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=6;MLLD=279.599;QD=18.654;RBI=0.0370344;REFB=0.00539343;REVB=0.0368868;RO=52;SAF=24;SAR=19;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168526;STB=0.591607;STBP=0.108;TYPE=ins;VARB=-0.00722906;OID=.;OPOS=34003929;OREF=-;OALT=AGTATT;OMAPALT=AAGTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:43:99:45:95:50:25:20:19:31:99:52:24:19:20:32 chr21 34014192 . G A 384.27 PASS AF=0.373984;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0105881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.46;QD=12.4964;RBI=0.0200482;REFB=0.0086583;REVB=0.0170241;RO=75;SAF=26;SAR=20;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121844;STB=0.577134;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0111517;OID=.;OPOS=34014192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:75:77:46:46:0.373984:20:26:34:41:20:26:34:43 chr21 34014283 . C A 525.25 PASS AF=0.426471;AO=53;DP=131;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.0116143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.519;QD=15.4486;RBI=0.0129134;REFB=-0.00696893;REVB=-0.00564471;RO=72;SAF=22;SAR=31;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427603;STB=0.546907;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0104604;OID=.;OPOS=34014283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:136:72:78:53:58:0.426471:31:22:27:45:31:27:30:48 chr21 34059352 . T C 294.66 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0079646;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.97;QD=14.9196;RBI=0.0105387;REFB=-0.016188;REVB=0.00690141;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432282;STB=0.524461;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0235289;OID=.;OPOS=34059352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:46:46:33:33:0.417722:18:15:19:27:18:15:19:27 chr21 34163742 . A G 1315.62 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849214;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.639;QD=61.9117;RBI=0.0884949;REFB=0;REVB=0.0248937;RO=1;SAF=31;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13066e-05;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:1:0:84:85:1:53:31:1:0:53:32:0:0 chr21 34166190 . A T 2861.19 PASS AF=0.984211;AO=180;DP=185;FAO=187;FDP=190;FR=.;FRO=3;FSAF=92;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0203975;FXX=0.00523533;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3426;QD=60.2356;RBI=0.0261017;REFB=0.0631714;REVB=-0.0162862;RO=3;SAF=87;SAR=93;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161302;STB=0.502758;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.000615737;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:185:190:3:3:180:187:0.984211:93:87:3:0:95:92:2:1 chr21 34166343 . C T 2832.0 PASS AF=0.98913;AO=181;DP=183;FAO=182;FDP=184;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00218194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5692;QD=61.5652;RBI=0.0354696;REFB=-0.0369863;REVB=0.0354024;RO=2;SAF=77;SAR=104;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00906686;STB=0.500856;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00154453;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:183:184:2:2:181:182:0.98913:104:77:0:2:105:77:1:1 chr21 34169317 . C CT 1120.93 PASS AF=1;AO=89;DP=97;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265344;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=168.557;QD=49.2715;RBI=0.0269468;REFB=0;REVB=0.00469669;RO=8;SAF=51;SAR=38;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082846;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.13041e-05;OID=.;OPOS=34169318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:97:91:91:0:51:40:0:0:20:8:51:38:5:3 chr21 34444106 . C T 1219.39 PASS AF=0.466912;AO=127;DP=272;FAO=127;FDP=272;FR=.;FRO=145;FSAF=41;FSAR=86;FSRF=57;FSRR=88;FWDB=-0.0101015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6535;QD=17.9322;RBI=0.0177411;REFB=-0.00399626;REVB=-0.0145844;RO=143;SAF=41;SAR=86;SRF=56;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732011;STB=0.541569;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00365542;OID=.;OPOS=34444106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:143:145:127:127:0.466912:86:41:56:87:86:41:57:88 chr21 34614250 . T C 834.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6601;QD=57.5371;RBI=0.0406704;REFB=0;REVB=-0.0239014;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000631136;OID=.;OPOS=34614250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr21 34614255 . T G 769.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.629;QD=56.9811;RBI=0.0337473;REFB=0;REVB=0.0154038;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165088;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr21 34634878 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.703;QD=40.7628;RBI=0.128116;REFB=0;REVB=-0.128105;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169317;OID=.;OPOS=34634878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr21 34640788 . A G 2122.69 PASS AF=0.971831;AO=137;DP=142;FAO=138;FDP=142;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0165031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.073;QD=59.794;RBI=0.0165084;REFB=0.0291446;REVB=0.000417133;RO=3;SAF=71;SAR=66;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211153;STB=0.507452;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-9.55403e-05;OID=.;OPOS=34640788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:142:142:3:4:137:138:0.971831:66:71:0:3:67:71:1:3 chr21 34666376 . A G 505.53 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.0571421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0823;QD=19.8248;RBI=0.0603275;REFB=-0.00101054;REVB=-0.0193439;RO=50;SAF=24;SAR=28;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146521;STB=0.580615;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000397932;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:28:24:15:35:28:24:15:35 chr21 34668747 . A G 232.05 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00548005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5484;QD=14.7331;RBI=0.0107865;REFB=-0.00291296;REVB=-0.00929076;RO=36;SAF=10;SAR=17;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267351;STB=0.651457;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00361671;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:17:10:23:13:17:10:23:13 chr21 34821570 . G A 739.64 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.194;QD=56.8956;RBI=0.0249492;REFB=0;REVB=0.00148658;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08416e-05;OID=.;OPOS=34821570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr21 34821648 . CAA C,CGA 210.87 PASS AF=0.410714,0.0357143;AO=22,2;DP=57;FAO=23,2;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=6,0;FSAR=17,2;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0224788,-0.00522656;FXX=0.0175408;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=175.79,57.0788;QD=15.0618;RBI=0.0334062,0.0252437;REFB=-0.0370273,-0.0155869;REVB=0.0247119,-0.0246968;RO=30;SAF=5,0;SAR=17,2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.247078,-0.429555;STB=0.624884,0.994297;STBP=0.145,0.185;TYPE=del,snp;VARB=0.0638355,-0.0165423;OID=.,.;OPOS=34821649,34821649;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410714,0.0357143:22,2:57:23,2:56:31:6,0:17,2:14:17:99:30:5,0:17,2:13:17 chr21 34822150 . T A 1751.43 PASS AF=0.975207;AO=116;DP=120;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.110988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1579;QD=57.8984;RBI=0.11388;REFB=-0.0936623;REVB=0.0254997;RO=4;SAF=60;SAR=56;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306076;STB=0.511998;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00335138;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:121:4:3:116:118:0.975207:56:60:4:0:57:61:3:0 chr21 34822452 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.49;QD=62.0197;RBI=0.0524225;REFB=0;REVB=0.0310495;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382689;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr21 34897113 . C T 3210.78 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.86;QD=64.2156;RBI=0.0131076;REFB=0;REVB=0.0128547;RO=0;SAF=118;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37456e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63887e-06;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:200:200:1:82:118:0:0:82:118:0:0 chr21 34925142 . C T 1770.36 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00727244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.181;QD=60.0122;RBI=0.00727274;REFB=-0.126193;REVB=6.58427e-05;RO=1;SAF=54;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871394;STB=0.504586;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.000476815;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:63:54:1:0:63:54:1:0 chr21 34926043 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0023432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.483;QD=14.7015;RBI=0.0270524;REFB=0.00436215;REVB=0.0269507;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234756;STB=0.636143;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00479055;OID=.;OPOS=34926043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:5:10:5:7:5:10 chr21 34926260 . C T 841.1 PASS AF=0.448276;AO=91;DP=204;FAO=91;FDP=203;FR=.;FRO=112;FSAF=30;FSAR=61;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=0.0369273;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.006;QD=16.5734;RBI=0.042684;REFB=-0.00923202;REVB=-0.0214079;RO=112;SAF=30;SAR=61;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195322;STB=0.60873;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00832712;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:112:112:91:91:0.448276:61:30:58:54:61:30:58:54 chr21 34945721 . T C 462.73 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0122032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.505;QD=17.4616;RBI=0.0122522;REFB=-0.0053753;REVB=-0.00109526;RO=55;SAF=11;SAR=39;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212285;STB=0.615739;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0058617;OID=.;OPOS=34945721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:55:56:50:50:0.471698:39:11:22:33:39:11:22:34 chr21 34948684 . G A,GA 1924.36 PASS AF=0.0078125,0.992188;AO=5,118;DP=132;FAO=1,127;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=1,61;FSAR=0,66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373637,0.0211629;FXX=0.0153834;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.14783,28.0653;QD=60.1362;RBI=0.066637,0.0918666;REFB=0,0;REVB=0.0551765,0.0893958;RO=9;SAF=5,53;SAR=0,65;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.718987,-0.0144093;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0707294,0.000129308;OID=.,.;OPOS=34948684,34948685;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:132:128:9:0:5,118:1,127:0.0078125,0.992188:0,65:5,53:5:4:0,66:1,61:0:0 chr21 34948696 . GA G 1825.62 PASS AF=1;AO=117;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435241;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.537;QD=61.3655;RBI=0.0464023;REFB=0;REVB=-0.016088;RO=0;SAF=59;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.63103e-05;OID=.;OPOS=34948697;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:117:120:119:119:0:59:60:0:0:10:0:59:58:0:0 chr21 34949310 . G T 552.66 PASS AF=0.294355;AO=71;DP=247;FAO=73;FDP=248;FR=.;FRO=175;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=80;FSRR=95;FWDB=-0.0479043;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6476;QD=8.91382;RBI=0.0480529;REFB=-0.00522253;REVB=-0.00377594;RO=175;SAF=33;SAR=38;SRF=80;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093601;STB=0.50362;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.01096;OID=.;OPOS=34949310;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:175:175:71:73:0.294355:38:33:80:95:40:33:80:95 chr21 34968503 . A G 571.07 PASS AF=0.491667;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.000189094;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7982;QD=19.0357;RBI=0.0208401;REFB=-0.0107224;REVB=0.0208393;RO=61;SAF=28;SAR=31;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459639;STB=0.525415;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0144511;OID=.;OPOS=34968503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:61:61:59:59:0.491667:31:28:32:29:31:28:32:29 chr21 35237608 . T C 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.127617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.019;QD=57.7076;RBI=0.127677;REFB=0;REVB=-0.00389809;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000530093;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr21 35260481 . T C 2641.95 PASS AF=0.994186;AO=171;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3203;QD=61.4406;RBI=0.0335338;REFB=-0.00907972;REVB=0.0289265;RO=1;SAF=80;SAR=91;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591245;STB=0.503105;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000146138;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:172:1:1:171:171:0.994186:91:80:1:0:91:80:1:0 chr21 35275955 . G A 689.03 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6386;QD=62.6392;RBI=0.0337694;REFB=0;REVB=0.0132451;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242781;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr21 35281393 . A G 1999.76 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156747;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.281;QD=62.0081;RBI=0.0377309;REFB=0;REVB=0.0343209;RO=0;SAF=48;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214553;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:129:0:0:125:129:1:77:48:0:0:80:49:0:0 chr21 35286740 . A G 171.96 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0418726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.805;QD=14.0372;RBI=0.043277;REFB=-0.008278;REVB=-0.0109354;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629558;STB=0.536442;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0125123;OID=.;OPOS=35286740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:9:10:14:16:9:10:14:16 chr21 35291543 . G A 407.19 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0393293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.123;QD=15.9684;RBI=0.0400537;REFB=0.00592278;REVB=-0.00758286;RO=57;SAF=24;SAR=21;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768705;STB=0.543062;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0127821;OID=.;OPOS=35291543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:57:45:45:0.441176:21:24:26:31:21:24:26:31 chr21 35467645 . A G 4684.98 PASS AF=1;AO=293;DP=297;FAO=295;FDP=295;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345148;FXX=0.00673378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.75;QD=63.5252;RBI=0.0373157;REFB=0.0462599;REVB=-0.0141842;RO=1;SAF=131;SAR=162;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00293496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173827;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:297:295:1:0:293:295:1:162:131:0:1:163:132:0:0 chr21 35469193 . C A 691.66 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0159074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2393;QD=52.2004;RBI=0.0319524;REFB=0.0590817;REVB=-0.0277113;RO=2;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496269;STB=0.502637;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00821173;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:29:22:1:1:29:22:1:1 chr21 35469708 . G A,GA,GAA 679.92 PASS AF=0,1,0;AO=7,77,14;DP=137;FAO=0,133,0;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=0,70,0;FSAR=0,63,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0876334,-0.0446059,-0.0263582;FXX=0.00746213;HRUN=4,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=8.46642,7.35673,7.87816;QD=20.4488;RBI=0.0984805,0.0974532,0.0571513;REFB=0.0619963,0.065293,0.0618549;REVB=-0.044931,-0.0866454,-0.0507101;RO=28;SAF=3,36,6;SAR=4,41,8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.253124,-0.087037,-0.236241;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,-0.00173294,0;OID=.,.,.;OPOS=35469708,35469709,35469709;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:137:133:28:0:7,77,14:0,133,0:0,1,0:4,41,8:3,36,6:18:10:0,63,0:0,70,0:0:0 chr21 35469726 . G GT 1663.83 PASS AF=1;AO=133;DP=140;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.155168;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.4948;QD=48.2269;RBI=0.157878;REFB=0;REVB=-0.0291296;RO=2;SAF=71;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000957008;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00151237;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:133:140:138:138:0:75:63:0:0:30:2:71:62:1:1 chr21 35469852 . C A 1365.77 PASS AF=0.900901;AO=101;DP=111;FAO=100;FDP=111;FR=.;FRO=11;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0291864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6283;QD=49.217;RBI=0.0416049;REFB=-0.0449864;REVB=-0.02965;RO=9;SAF=59;SAR=42;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455091;STB=0.504554;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0141426;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:111:111:9:11:101:100:0.900901:42:59:5:4:41:59:6:5 chr21 35470041 . AG A,AT 1046.73 PASS AF=0.152778,0.847222;AO=13,39;DP=70;FAO=11,61;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=6,39;FSAR=5,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690941,-0.00931045;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.485,102.495;QD=58.1519;RBI=0.046837,0.0340528;REFB=0,0;REVB=0.0463246,0.0327553;RO=0;SAF=10,28;SAR=3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00211971,0.00959502;OID=.,.;OPOS=35470042,35470042;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.152778,0.847222:13,39:70:11,61:72:0:6,39:5,22:0:0:17:0:10,28:3,11:0:0 chr21 35470210 . T G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00766135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.47;QD=55.4105;RBI=0.0193016;REFB=0.078303;REVB=0.0177159;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000149429;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:26:30:1:0:27:30:1:0 chr21 35470213 . C A 777.02 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0120582;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6261;QD=53.5874;RBI=0.0325103;REFB=-0.0867171;REVB=-0.0301913;RO=2;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233207;STB=0.501237;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00668905;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:58:2:2:56:56:0.965517:26:30:1:1:26:30:1:1 chr21 35471815 . T C 603.15 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0119017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.277;QD=21.9328;RBI=0.0289082;REFB=-0.0286232;REVB=0.0263445;RO=50;SAF=28;SAR=32;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276909;STB=0.515183;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0212301;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:50:60:60:0.545455:32:28:25:25:32:28:25:25 chr21 35471878 . G A 422.31 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0239733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8414;QD=20.8549;RBI=0.0292392;REFB=-0.000625469;REVB=-0.0167395;RO=39;SAF=24;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515992;STB=0.528558;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000319444;OID=.;OPOS=35471878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:18:24:20:19:18:24:20:19 chr21 35474410 . G A 331.67 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0548433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.82;QD=21.3983;RBI=0.057163;REFB=-0.00578284;REVB=-0.0161192;RO=28;SAF=21;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184779;STB=0.602234;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0081057;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:13:21:11:17:13:21:11:17 chr21 35821821 . T C,G 1578.75 PASS AF=0.98,0.02;AO=95,5;DP=100;FAO=98,2;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47,1;FSAR=51,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010049,0.005163;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.479,126.397;QD=63.1499;RBI=0.0231904,0.00606048;REFB=0,0;REVB=0.0209001,0.00317376;RO=0;SAF=44,4;SAR=51,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000251052,0.0189104;OID=.,.;OPOS=35821821,35821821;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:100:100:0:0:95,5:98,2:0.98,0.02:51,1:44,4:0:0:51,1:47,1:0:0 chr21 35893737 . T C 695.33 PASS AF=0.452381;AO=70;DP=161;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.000851517;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7909;QD=16.5554;RBI=0.00296582;REFB=-0.0163369;REVB=0.00284095;RO=90;SAF=28;SAR=42;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347216;STB=0.530414;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0132016;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:168:90:92:70:76:0.452381:42:28:39:51:47:29:40:52 chr21 36041978 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5469;QD=33.4283;RBI=0.0346471;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00301819;OID=.;OPOS=36041978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr21 36042189 . G A 1191.63 PASS AF=0.569231;AO=97;DP=193;FAO=111;FDP=195;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=73;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=0.0174298;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.5767;QD=24.4438;RBI=0.021174;REFB=0.0162127;REVB=0.0120225;RO=60;SAF=33;SAR=64;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335111;STB=0.523796;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0122212;OID=.;OPOS=36042189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:60:84:97:111:0.569231:64:33:23:37:73:38:33:51 chr21 36042203 . G C 2414.45 PASS AF=1;AO=158;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100549;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.518;QD=60.741;RBI=0.0262729;REFB=0;REVB=0.0242727;RO=1;SAF=53;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423042;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:160:159:1:0:158:159:1:105:53:0:1:106:53:0:0 chr21 36042579 . C G 530.3 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00378755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.918;QD=25.2526;RBI=0.00733076;REFB=-0.0056403;REVB=0.00627651;RO=35;SAF=38;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170877;STB=0.59408;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00287796;OID=.;OPOS=36042579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:49:49:0.583333:11:38:21:14:11:38:21:14 chr21 36042584 . G A 502.29 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00126087;FXX=0.0107515;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.282;QD=21.8385;RBI=0.0222923;REFB=0.00100018;REVB=0.0222566;RO=44;SAF=35;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11857;STB=0.565704;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.000659313;OID=.;OPOS=36042584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:13:35:27:17:13:35:27:17 chr21 36080290 . C T 473.53 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=47;FWDB=-0.00723904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.296;QD=16.3286;RBI=0.00755375;REFB=0.00234457;REVB=0.00215765;RO=63;SAF=24;SAR=28;SRF=16;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21019;STB=0.610544;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00271189;OID=.;OPOS=36080290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:63:64:52:52:0.448276:28:24:16:47:28:24:17:47 chr21 36411119 . G T 1085.63 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348128;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.603;QD=60.3129;RBI=0.0546956;REFB=0;REVB=0.0421862;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93663e-05;OID=.;OPOS=36411119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:36:35:0:0:37:35:0:0 chr21 37420650 . G A 2067.75 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0228406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.502;QD=61.7238;RBI=0.0241291;REFB=-0.0368147;REVB=-0.00777957;RO=1;SAF=69;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683923;STB=0.503597;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000401843;OID=.;OPOS=37420650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:64:69:1:0:64:69:1:0 chr21 37429679 . G C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3943;QD=55.6549;RBI=0.0741775;REFB=0;REVB=-0.0696644;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136085;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr21 37442632 . G C 4650.53 PASS AF=1;AO=296;DP=298;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525438;FXX=0.00657873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.967;QD=61.5964;RBI=0.0571492;REFB=-0.00631234;REVB=0.0224762;RO=0;SAF=144;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38843e-05;OID=.;OPOS=37442632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:298:302:0:0:296:302:1:152:144:0:0:155:147:0:0 chr21 37444120 . C T 3018.4 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.274;QD=63.5453;RBI=0.0427839;REFB=0;REVB=0.0423096;RO=0;SAF=93;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52102e-05;OID=.;OPOS=37444120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:190:0:0:189:190:1:96:93:0:0:96:94:0:0 chr21 37444696 . C T 1954.84 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207046;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.714;QD=61.5698;RBI=0.0217587;REFB=0;REVB=-0.00669015;RO=0;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684283;OID=.;OPOS=37444696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:125:127:1:64:61:0:0:64:63:0:0 chr21 37444973 . C T 2243.1 PASS AF=0.986207;AO=141;DP=144;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00561771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.647;QD=61.8787;RBI=0.042851;REFB=-0.114705;REVB=0.0424812;RO=0;SAF=71;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23847e-08;STB=0.506943;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000972352;OID=.;OPOS=37444973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:145:0:2:141:143:0.986207:70:71:0:0:71:72:0:2 chr21 37507501 . G A 375.29 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0195802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.789;QD=21.1432;RBI=0.0198426;REFB=-0.0251538;REVB=0.00321669;RO=33;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00609432;STB=0.503369;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0200977;OID=.;OPOS=37507501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:21:17:15:18:21:17:15:18 chr21 37507745 . C T 1033.13 PASS AF=0.366366;AO=122;DP=334;FAO=122;FDP=333;FR=.;FRO=211;FSAF=79;FSAR=43;FSRF=121;FSRR=90;FWDB=0.00400412;FXX=0.00299392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.246;QD=12.41;RBI=0.00806714;REFB=-0.00380847;REVB=0.00700326;RO=208;SAF=79;SAR=43;SRF=118;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947398;STB=0.549895;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00601565;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:333:208:211:122:122:0.366366:43:79:118:90:43:79:121:90 chr21 37507769 . C T 951.59 PASS AF=0.37037;AO=110;DP=299;FAO=110;FDP=297;FR=.;FRO=187;FSAF=70;FSAR=40;FSRF=110;FSRR=77;FWDB=0.0684755;FXX=0.00668874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.151;QD=12.816;RBI=0.0712364;REFB=0.0026102;REVB=-0.0196401;RO=189;SAF=70;SAR=40;SRF=112;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519323;STB=0.532158;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00723402;OID=.;OPOS=37507769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:297:189:187:110:110:0.37037:40:70:112:77:40:70:110:77 chr21 37609571 . T C 2353.04 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041082;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6619;QD=61.1178;RBI=0.0488539;REFB=0;REVB=0.0264381;RO=0;SAF=71;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.73173e-05;OID=.;OPOS=37609571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:154:154:1:83:71:0:0:83:71:0:0 chr21 37617630 . T G 1034.61 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283131;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.211;QD=59.9775;RBI=0.0324154;REFB=0;REVB=-0.0157838;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264893;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr21 37692589 . A T 3037.16 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.784;QD=63.6055;RBI=0.0224165;REFB=0;REVB=-0.0145546;RO=1;SAF=90;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25548e-06;OID=.;OPOS=37692589;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:191:1:0:189:191:1:99:90:1:0:99:92:0:0 chr21 38081562 . T G 380.1 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.00735748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.574;QD=11.9717;RBI=0.0324603;REFB=-0.0124257;REVB=-0.0316155;RO=81;SAF=24;SAR=22;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173857;STB=0.509934;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0253797;OID=.;OPOS=38081562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:81:81:46:46:0.362205:22:24:41:40:22:24:41:40 chr21 38081577 . C G 402.11 PASS AF=0.360294;AO=43;DP=130;FAO=49;FDP=136;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.00316597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.71;QD=11.8268;RBI=0.0275614;REFB=-0.0421138;REVB=0.0273789;RO=87;SAF=19;SAR=24;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113687;STB=0.571399;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0806338;OID=.;OPOS=38081577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:136:87:87:43:49:0.360294:24:19:47:40:28:21:47:40 chr21 38081757 . T TC 50.79 PASS AF=0.253731;AO=32;DP=141;FAO=34;FDP=134;FR=.;FRO=100;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=70;FWDB=-0.0521741;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=9.36808;QD=1.51604;RBI=0.155227;REFB=-0.0906067;REVB=-0.146196;RO=106;SAF=3;SAR=29;SRF=34;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437523;STB=0.718154;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.113619;OID=.;OPOS=38081758;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253731:32:141:34:134:100:4:30:30:70:50:106:3:29:34:72 chr21 38081776 . GAA GA,GAG,GCA 1587.06 PASS AF=0.954887,0,0.037594;AO=74,6,6;DP=135;FAO=127,0,5;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=31,0,0;FSAR=96,0,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.775289,0.514367,0.037392;FXX=0.0220572;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=17.0802,7.35598,80.7391;QD=47.731;RBI=0.808455,0.532828,0.0784033;REFB=0.0536622,0.0349311,0.0334785;REVB=-0.229185,-0.139042,-0.0689124;RO=28;SAF=0,0,0;SAR=74,6,6;SRF=27;SRR=1;SSEN=0.59901,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.902304,-0.86214,-0.86214;STB=0.50259,0.5,0.5;STBP=0.633,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00123802,0,0.089036;OID=.,.,.;OPOS=38081777,38081778,38081777;OREF=A,A,A;OALT=-,G,C;OMAPALT=GA,GAG,GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.954887,0,0.037594:74,6,6:135:127,0,5:133:1:31,0,0:96,0,5:0:1:6:28:0,0,0:74,6,6:27:1 chr21 38123503 . G A 438.84 PASS AF=0.374101;AO=49;DP=137;FAO=52;FDP=139;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=-0.0323316;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0847;QD=12.6286;RBI=0.0399476;REFB=-0.00550088;REVB=0.0234622;RO=87;SAF=12;SAR=37;SRF=34;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193889;STB=0.605107;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0106875;OID=.;OPOS=38123503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:87:87:49:52:0.374101:37:12:34:53:39:13:34:53 chr21 38444863 . C T 3082.83 PASS AF=0.989848;AO=195;DP=197;FAO=195;FDP=197;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0348536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.679;QD=62.5955;RBI=0.0356341;REFB=-0.088177;REVB=0.00741712;RO=2;SAF=97;SAR=98;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95969e-05;STB=0.500026;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0010297;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:197:197:2:2:195:195:0.989848:98:97:1:1:98:97:1:1 chr21 38444890 . A G 595.87 PASS AF=0.428571;AO=63;DP=147;FAO=63;FDP=147;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.00404913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.121;QD=16.2142;RBI=0.00628855;REFB=-0.00550968;REVB=0.00481149;RO=83;SAF=33;SAR=30;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00584439;STB=0.506812;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00890458;OID=.;OPOS=38444890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:83:84:63:63:0.428571:30:33:43:40:30:33:43:41 chr21 38468958 . A G 413.45 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.00423485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.3454;QD=16.3744;RBI=0.0303977;REFB=0.00998233;REVB=0.0301013;RO=56;SAF=26;SAR=19;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856163;STB=0.547805;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00736616;OID=.;OPOS=38468958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:19:26:37:19:19:26:37:19 chr21 38495270 . A AT 1239.91 PASS AF=1;AO=110;DP=139;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0878534;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.9135;QD=36.4679;RBI=0.0951454;REFB=0;REVB=0.0365298;RO=23;SAF=58;SAR=52;SRF=22;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141564;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00149709;OID=.;OPOS=38495271;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:110:139:136:136:0:83:53:0:0:25:23:58:52:22:1 chr21 38512956 . A G 500.05 PASS AF=0.391608;AO=56;DP=143;FAO=56;FDP=143;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=59;FWDB=-0.00553686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.55;QD=13.9875;RBI=0.00555839;REFB=-0.000219438;REVB=-0.000488719;RO=86;SAF=21;SAR=35;SRF=27;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714279;STB=0.535092;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000482547;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:86:87:56:56:0.391608:35:21:27:59:35:21:28:59 chr21 38525356 . T C 767.92 PASS AF=0.385965;AO=88;DP=233;FAO=88;FDP=228;FR=.;FRO=140;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=65;FSRR=75;FWDB=-0.00605333;FXX=0.0214583;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3131;QD=13.4723;RBI=0.00744362;REFB=0.00415019;REVB=0.00433182;RO=139;SAF=35;SAR=53;SRF=64;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699145;STB=0.541913;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00650945;OID=.;OPOS=38525356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:228:139:140:88:88:0.385965:53:35:64:75:53:35:65:75 chr21 38532058 . TG T 1872.88 PASS AF=1;AO=152;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362305;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.3131;QD=48.3325;RBI=0.01674;REFB=0;REVB=-0.0163433;RO=1;SAF=71;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066527;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000591078;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:152:156:155:155:0:74:81:0:0:33:1:71:81:1:0 chr21 38532068 . G GA 1587.94 PASS AF=1;AO=132;DP=151;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116374;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.317;QD=45.3697;RBI=0.235757;REFB=0;REVB=0.205033;RO=18;SAF=68;SAR=64;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00266213;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:132:151:140:140:0:68:72:0:0:30:18:68:64:5:13 chr21 38539844 . G A 157.7 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0171878;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.142;QD=11.2643;RBI=0.017246;REFB=-0.00999372;REVB=0.00141554;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186706;STB=0.5999;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0229581;OID=.;OPOS=38539844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:35:36:20:20:0.357143:8:12:15:20:8:12:16:20 chr21 38563725 . G A 450.98 PASS AF=0.443478;AO=49;DP=113;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0339975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5651;QD=15.6863;RBI=0.0408072;REFB=0.0206739;REVB=-0.0225699;RO=64;SAF=18;SAR=31;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168855;STB=0.578407;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0258635;OID=.;OPOS=38563725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:64:64:49:51:0.443478:31:18:34:30:31:20:34:30 chr21 38568009 . G C 849.17 PASS AF=0.417778;AO=94;DP=226;FAO=94;FDP=225;FR=.;FRO=131;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=71;FWDB=-0.00115576;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.418;QD=15.0964;RBI=0.0141937;REFB=-0.00677081;REVB=0.0141466;RO=132;SAF=46;SAR=48;SRF=61;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284993;STB=0.518269;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00961605;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:132:131:94:94:0.417778:48:46:61:71:48:46:60:71 chr21 38568308 . C T 266.55 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0139614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.426;QD=15.9136;RBI=0.0294996;REFB=0.0114011;REVB=-0.0259866;RO=37;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550393;STB=0.503104;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0155454;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:18:12:15:22:18:12:15:22 chr21 38587916 . A G 754.55 PASS AF=0.545455;AO=71;DP=132;FAO=72;FDP=132;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00133211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7059;QD=22.8653;RBI=0.0113276;REFB=-0.00384632;REVB=-0.011249;RO=59;SAF=36;SAR=35;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012866;STB=0.506314;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00304462;OID=.;OPOS=38587916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:59:60:71:72:0.545455:35:36:29:30:35:37:30:30 chr21 38885442 . A G 877.49 PASS AF=0.455;AO=88;DP=197;FAO=91;FDP=200;FR=.;FRO=109;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=-0.00940868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.705;QD=17.5498;RBI=0.0127566;REFB=-0.0142804;REVB=-0.00861444;RO=109;SAF=52;SAR=36;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159208;STB=0.582399;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0174106;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:200:109:109:88:91:0.455:36:52:47:62:38:53:47:62 chr21 39086965 . T C 846.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183816;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.498;QD=57.374;RBI=0.0185184;REFB=0;REVB=0.00224702;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725875;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:36:22:0:0:36:23:0:0 chr21 39213020 . G A 482.87 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.042309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8745;QD=18.5719;RBI=0.0486878;REFB=-0.0221374;REVB=-0.0240927;RO=51;SAF=22;SAR=29;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359004;STB=0.511107;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.019607;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:51:53:51:51:0.490385:29:22:24:27:29:22:24:29 chr21 39870310 . G A 753.54 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.34;QD=56.8711;RBI=0.0263831;REFB=0;REVB=0.00555273;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13664e-05;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr21 40191431 . T G 3415.34 PASS AF=1;AO=218;DP=222;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000922149;FXX=0.0180172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.473;QD=62.6667;RBI=0.00577688;REFB=0;REVB=0.0057028;RO=0;SAF=106;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214019;OID=.;OPOS=40191431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:218:0:0:218:218:1:112:106:0:0:112:106:0:0 chr21 40191638 . A G 1943.65 PASS AF=0.984962;AO=127;DP=131;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0227761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.523;QD=58.4555;RBI=0.0227827;REFB=-0.172977;REVB=0.000548941;RO=2;SAF=60;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155739;STB=0.507811;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00128036;OID=.;OPOS=40191638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:133:2:2:127:131:0.984962:67:60:2:0:68:63:2:0 chr21 40552307 . A G 3201.23 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.538;QD=61.8595;RBI=0.0676273;REFB=0;REVB=0.0246213;RO=0;SAF=104;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00542e-05;OID=.;OPOS=40552307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:207:0:0:206:207:1:102:104:0:0:103:104:0:0 chr21 40571246 . A G 3496.61 PASS AF=1;AO=222;DP=222;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.584;QD=62.7194;RBI=0.00611879;REFB=0;REVB=0.00182965;RO=0;SAF=102;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08601e-06;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:223:0:0:222:223:1:120:102:0:0:121:102:0:0 chr21 40574305 . A G 2517.58 PASS AF=1;AO=161;DP=163;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229874;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.729;QD=61.4044;RBI=0.0262314;REFB=0;REVB=-0.0126359;RO=0;SAF=88;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49848e-05;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:164:0:0:161:164:1:73:88:0:0:75:89:0:0 chr21 40584598 . C T 1578.64 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3006;QD=59.5712;RBI=0.0237142;REFB=0;REVB=-0.0089056;RO=1;SAF=45;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784437;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415738;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:1:0:105:106:1:60:45:0:1:61:45:0:0 chr21 40670460 . G C 2514.13 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990815;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.683;QD=61.6966;RBI=0.0311663;REFB=0;REVB=-0.0295494;RO=0;SAF=60;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45219e-05;OID=.;OPOS=40670460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:162:163:1:102:60:0:0:102:61:0:0 chr21 40686020 . C T 6907.81 PASS AF=1;AO=435;DP=442;FAO=436;FDP=436;FR=.;FRO=0;FSAF=195;FSAR=241;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313757;FXX=0.0135744;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.407;QD=63.3744;RBI=0.0350716;REFB=-0.0609347;REVB=0.0156711;RO=2;SAF=195;SAR=240;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85241e-05;OID=.;OPOS=40686020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:442:436:2:0:435:436:1:240:195:2:0:241:195:0:0 chr21 40686078 . G C 6407.69 PASS AF=0.972028;AO=415;DP=427;FAO=417;FDP=429;FR=.;FRO=12;FSAF=197;FSAR=220;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0332749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.51;QD=59.7453;RBI=0.0414167;REFB=-0.0481049;REVB=0.02466;RO=11;SAF=195;SAR=220;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525312;STB=0.501565;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.000193122;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:427:429:11:12:415:417:0.972028:220:195:4:7:220:197:5:7 chr21 40686327 . T C 4018.51 PASS AF=1;AO=258;DP=258;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.668;QD=62.3025;RBI=0.0462533;REFB=0;REVB=0.0197484;RO=0;SAF=109;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53118e-05;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:258:258:0:0:258:258:1:149:109:0:0:149:109:0:0 chr21 40769290 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.934;QD=57.2371;RBI=0.0513905;REFB=0;REVB=-0.0408908;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.60928e-05;OID=.;OPOS=40769290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr21 40823981 . G A 2999.91 PASS AF=0.994764;AO=190;DP=191;FAO=190;FDP=191;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0133041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.949;QD=62.8254;RBI=0.0408563;REFB=-0.107988;REVB=0.0386295;RO=1;SAF=81;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584254;STB=0.503067;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000125805;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:191:1:1:190:190:0.994764:109:81:1:0:109:81:1:0 chr21 40969826 . G C 2321.29 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.332;QD=61.0866;RBI=0.02001;REFB=0;REVB=0.0137689;RO=0;SAF=66;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51221e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:152:0:0:148:152:1:82:66:0:0:82:70:0:0 chr21 41032740 . T C 700.25 PASS AF=0.539683;AO=67;DP=125;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00570687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.201;QD=22.2302;RBI=0.0223149;REFB=-0.0370694;REVB=0.0215728;RO=57;SAF=29;SAR=38;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346959;STB=0.518267;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0310105;OID=.;OPOS=41032740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:57:58:67:68:0.539683:38:29:27:30:39:29:27:31 chr21 41032804 . G A 1049.64 PASS AF=0.515306;AO=100;DP=194;FAO=101;FDP=196;FR=.;FRO=95;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.004442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6087;QD=21.4213;RBI=0.0245868;REFB=-0.0167934;REVB=0.0241822;RO=92;SAF=45;SAR=55;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00384377;STB=0.503765;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0110206;OID=.;OPOS=41032804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:92:95:100:101:0.515306:55:45:41:51:55:46:44:51 chr21 41034215 . G A 646.5 PASS AF=0.454545;AO=70;DP=154;FAO=70;FDP=154;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.0083899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.746;QD=16.7923;RBI=0.0168009;REFB=-0.00722824;REVB=0.0145561;RO=84;SAF=34;SAR=36;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797899;STB=0.544291;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0069694;OID=.;OPOS=41034215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:84:84:70:70:0.454545:36:34:34:50:36:34:34:50 chr21 41137499 . A G 579.97 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.00876424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.927;QD=17.1844;RBI=0.0116829;REFB=0.00155486;REVB=-0.00772511;RO=74;SAF=38;SAR=23;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189069;STB=0.605357;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00228108;OID=.;OPOS=41137499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:74:61:61:0.451852:23:38:32:42:23:38:32:42 chr21 41137507 . G C 2011.54 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00541579;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4183;QD=62.3732;RBI=0.0112484;REFB=0;REVB=0.0098588;RO=0;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06618e-06;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:63:66:0:0:63:66:0:0 chr21 41165462 . C A 655.54 PASS AF=0.492537;AO=64;DP=133;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.00250346;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.498;QD=19.5683;RBI=0.0106257;REFB=-0.00459736;REVB=0.0103265;RO=69;SAF=38;SAR=26;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275418;STB=0.501157;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00460685;OID=.;OPOS=41165462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:69:68:64:66:0.492537:26:38:39:30:28:38:39:29 chr21 41559182 . G A 1599.07 PASS AF=0.519737;AO=158;DP=304;FAO=158;FDP=304;FR=.;FRO=146;FSAF=89;FSAR=69;FSRF=74;FSRR=72;FWDB=0.016009;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.139;QD=21.0403;RBI=0.0170875;REFB=-0.0130758;REVB=0.00597436;RO=145;SAF=89;SAR=69;SRF=74;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468244;STB=0.527354;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.011613;OID=.;OPOS=41559182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:145:146:158:158:0.519737:69:89:74:71:69:89:74:72 chr21 41684090 . C T 795.42 PASS AF=0.506024;AO=79;DP=168;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=0.00726924;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.501;QD=19.1668;RBI=0.0501457;REFB=-0.0248309;REVB=-0.049616;RO=80;SAF=49;SAR=30;SRF=51;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168002;STB=0.519746;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0194867;OID=.;OPOS=41684090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:166:80:82:79:84:0.506024:30:49:51:29:35:49:51:31 chr21 41719870 . G T 1038.5 PASS AF=0.415162;AO=115;DP=277;FAO=115;FDP=277;FR=.;FRO=162;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=80;FSRR=82;FWDB=0.0129045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.692;QD=14.9964;RBI=0.0377662;REFB=-0.00788657;REVB=-0.0354932;RO=161;SAF=53;SAR=62;SRF=80;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377537;STB=0.519332;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.014011;OID=.;OPOS=41719870;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:161:162:115:115:0.415162:62:53:80:81:62:53:80:82 chr21 42622786 . C T 846.82 PASS AF=0.541096;AO=79;DP=146;FAO=79;FDP=146;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00235041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.672;QD=23.2004;RBI=0.00545267;REFB=-0.0110071;REVB=-0.00492008;RO=67;SAF=46;SAR=33;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000162851;STB=0.500089;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00980227;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:67:67:79:79:0.541096:33:46:39:28:33:46:39:28 chr21 42717662 . T C 424.09 PASS AF=0.411765;AO=47;DP=119;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0134425;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.694;QD=14.2551;RBI=0.0207718;REFB=-0.0108531;REVB=0.0158356;RO=67;SAF=27;SAR=20;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705438;STB=0.530129;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0136992;OID=.;OPOS=42717662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:70:47:49:0.411765:20:27:34:33:22:27:35:35 chr21 42749081 . T C 394.58 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0229566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.094;QD=19.9789;RBI=0.0231824;REFB=-0.00173899;REVB=0.00322773;RO=39;SAF=14;SAR=26;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576793;STB=0.532044;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00132297;OID=.;OPOS=42749081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:26:14:16:23:26:14:16:23 chr21 42775555 . A G 727.67 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0869;QD=63.2754;RBI=0.0361401;REFB=0;REVB=-0.0292586;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000674971;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr21 43161022 . C T 2295.85 PASS AF=0.993151;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00633895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.308;QD=62.9;RBI=0.0291164;REFB=0.00912892;REVB=0.028418;RO=1;SAF=81;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583531;STB=0.503067;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=5.34715e-05;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:146:1:1:145:145:0.993151:64:81:1:0:64:81:1:0 chr21 43161357 . T C 2566.12 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6319;QD=61.8343;RBI=0.0342457;REFB=0;REVB=0.0233845;RO=0;SAF=72;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88276e-06;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:94:72:0:0:94:72:0:0 chr21 43161805 . G A 2320.48 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.445;QD=61.0652;RBI=0.050547;REFB=0;REVB=0.0493188;RO=0;SAF=80;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9484e-05;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:72:80:0:0:72:80:0:0 chr21 43161877 . C T 2511.21 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.832;QD=61.6249;RBI=0.0611748;REFB=0;REVB=0.0133579;RO=0;SAF=81;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65644e-05;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:82:81:0:0:82:81:0:0 chr21 43162150 . G A 3308.22 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809968;FXX=0.0405387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.871;QD=62.1263;RBI=0.0350007;REFB=0;REVB=0.0340506;RO=0;SAF=83;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150237;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:213:213:0:0:212:213:1:129:83:0:0:130:83:0:0 chr21 43164232 . C A 756.2 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566876;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.084;QD=57.0717;RBI=0.0632374;REFB=0;REVB=0.0280264;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269718;OID=.;OPOS=43164232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:24:29:0:0 chr21 43221483 . A G 1623.7 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.037;QD=59.5852;RBI=0.0268916;REFB=0;REVB=-0.0129447;RO=0;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29626e-06;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:109:0:0:104:109:1:57:47:0:0:59:50:0:0 chr21 43239972 . A G 1434.22 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362448;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.308;QD=61.0305;RBI=0.0394368;REFB=0;REVB=0.0155428;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191582;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:94:0:0:86:94:1:38:48:0:0:38:56:0:0 chr21 43239973 . T G 34.65 PASS AF=0.0918367;AO=8;DP=97;FAO=9;FDP=98;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.0114435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7987;QD=1.41409;RBI=0.051904;REFB=-0.0217509;REVB=-0.0506268;RO=89;SAF=8;SAR=0;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570304;STB=0.85627;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0583369;OID=.;OPOS=43239973;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:97:98:89:89:8:9:0.0918367:0:8:48:41:1:8:48:41 chr21 43243585 . A C,G 6170.49 PASS AF=0.046798,0.953202;AO=18,387;DP=407;FAO=19,387;FDP=406;FR=.;FRO=0;FSAF=18,146;FSAR=1,241;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021571,0.0418764;FXX=0.00490184;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.983,67.3475;QD=60.793;RBI=0.0131951,0.0507892;REFB=0.00773683,-0.141777;REVB=-0.0130176,0.0287387;RO=1;SAF=17,145;SAR=1,242;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0262699,-0.00327992;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.14427,0.000531819;OID=.,.;OPOS=43243585,43243585;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:407:406:1:0:18,387:19,387:0.046798,0.953202:1,242:17,145:1:0:1,241:18,146:0:0 chr21 43256252 . C T 2752.46 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00512938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.667;QD=62.5558;RBI=0.0207103;REFB=0;REVB=-0.0200651;RO=0;SAF=86;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29242e-05;OID=.;OPOS=43256252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:176:176:1:90:86:0:0:90:86:0:0 chr21 43267260 . C T 2496.73 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00866343;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.291;QD=61.6476;RBI=0.037542;REFB=0;REVB=0.0365287;RO=0;SAF=80;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28561e-05;OID=.;OPOS=43267260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:162:0:0:161:162:1:81:80:0:0:81:81:0:0 chr21 43291618 . G A 285.08 PASS AF=0.308943;AO=38;DP=123;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.00319681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1451;QD=9.27088;RBI=0.0522064;REFB=0.0133233;REVB=0.0521084;RO=84;SAF=30;SAR=8;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43343;STB=0.757981;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0252462;OID=.;OPOS=43291618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:84:85:38:38:0.308943:8:30:37:47:8:30:37:48 chr21 43315057 . C T 254.92 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=0.0020682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.407;QD=17.8887;RBI=0.0108359;REFB=-0.00602264;REVB=0.0106367;RO=29;SAF=13;SAR=15;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309605;STB=0.670862;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0085727;OID=.;OPOS=43315057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:15:13:4:25:15:13:4:25 chr21 43327117 . C T 496.3 PASS AF=0.469565;AO=53;DP=114;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.012721;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.745;QD=17.2628;RBI=0.0152774;REFB=-0.00935018;REVB=-0.00846027;RO=61;SAF=21;SAR=32;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460799;STB=0.529578;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0114225;OID=.;OPOS=43327117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:61:61:53:54:0.469565:32:21:27:34:33:21:27:34 chr21 43327793 . C T 1014.22 PASS AF=0.456897;AO=106;DP=232;FAO=106;FDP=232;FR=.;FRO=126;FSAF=35;FSAR=71;FSRF=53;FSRR=73;FWDB=-0.0138497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.785;QD=17.4865;RBI=0.0201348;REFB=-0.0136338;REVB=0.0146149;RO=124;SAF=35;SAR=71;SRF=51;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862451;STB=0.553498;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0158196;OID=.;OPOS=43327793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:124:126:106:106:0.456897:71:35:51:73:71:35:53:73 chr21 43327856 . A G 954.82 PASS AF=0.47619;AO=98;DP=208;FAO=100;FDP=210;FR=.;FRO=110;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=33;FSRR=77;FWDB=-0.0381433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.393;QD=18.1871;RBI=0.0387946;REFB=0.0217207;REVB=-0.00707878;RO=109;SAF=38;SAR=60;SRF=33;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874569;STB=0.55577;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0188992;OID=.;OPOS=43327856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:210:109:110:98:100:0.47619:60:38:33:76:60:40:33:77 chr21 43442385 . C T 545.04 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0599263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8005;QD=15.5725;RBI=0.0600502;REFB=0.0119674;REVB=0.00385623;RO=81;SAF=30;SAR=29;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103668;STB=0.505812;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.0155984;OID=.;OPOS=43442385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:81:81:59:59:0.421429:29:30:42:39:29:30:42:39 chr21 43504228 . T C 1969.76 PASS AF=1;AO=120;DP=123;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.202;QD=61.0779;RBI=0.0148784;REFB=0;REVB=0.00539845;RO=0;SAF=55;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26029e-06;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:129:0:0:120:129:1:65:55:0:0:67:62:0:0 chr21 43505436 . G A 1516.87 PASS AF=0.530909;AO=146;DP=277;FAO=146;FDP=275;FR=.;FRO=129;FSAF=68;FSAR=78;FSRF=71;FSRR=58;FWDB=-0.0108481;FXX=0.010791;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.647;QD=22.0635;RBI=0.0159218;REFB=-0.00729469;REVB=-0.0116543;RO=127;SAF=68;SAR=78;SRF=70;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728286;STB=0.539666;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00520716;OID=.;OPOS=43505436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:275:127:129:146:146:0.530909:78:68:70:57:78:68:71:58 chr21 43510427 . T C 449.36 PASS AF=0.359477;AO=54;DP=152;FAO=55;FDP=153;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=0.0161532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.945;QD=11.7481;RBI=0.0178015;REFB=-0.00574173;REVB=-0.00748129;RO=98;SAF=23;SAR=31;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324616;STB=0.513363;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0135592;OID=.;OPOS=43510427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:98:98:54:55:0.359477:31:23:39:59:32:23:39:59 chr21 43510437 . A C 514.44 PASS AF=0.386076;AO=61;DP=158;FAO=61;FDP=158;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=-0.015665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0671;QD=13.0238;RBI=0.02952;REFB=0.00896191;REVB=0.0250208;RO=97;SAF=26;SAR=35;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385405;STB=0.521769;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0147486;OID=.;OPOS=43510437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:97:97:61:61:0.386076:35:26:38:59:35:26:38:59 chr21 43513989 . C T 524.72 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00278827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4748;QD=24.1251;RBI=0.0252528;REFB=-0.0123877;REVB=0.0250983;RO=38;SAF=28;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575037;STB=0.531549;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0112953;OID=.;OPOS=43513989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:38:49:49:0.563218:21:28:19:19:21:28:19:19 chr21 43522349 . T C 459.57 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.011014;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.884;QD=15.7119;RBI=0.01282;REFB=-0.0116597;REVB=-0.00656085;RO=66;SAF=20;SAR=31;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632147;STB=0.535318;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0150942;OID=.;OPOS=43522349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:51:51:0.435897:31:20:22:44:31:20:22:44 chr21 43523972 . G C 1982.01 PASS AF=0.458427;AO=204;DP=443;FAO=204;FDP=445;FR=.;FRO=241;FSAF=97;FSAR=107;FSRF=108;FSRR=133;FWDB=-0.0115265;FXX=0.00447417;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.334;QD=17.8158;RBI=0.0231632;REFB=-0.0282582;REVB=-0.0200916;RO=238;SAF=97;SAR=107;SRF=106;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295381;STB=0.514872;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0371531;OID=.;OPOS=43523972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:443:445:238:241:204:204:0.458427:107:97:106:132:107:97:108:133 chr21 43531008 . T C 4072.78 PASS AF=0.992453;AO=253;DP=257;FAO=263;FDP=265;FR=.;FRO=2;FSAF=132;FSAR=131;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0884958;FXX=0.0111936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.249;QD=61.4759;RBI=0.0929762;REFB=0.0489225;REVB=0.0285142;RO=2;SAF=126;SAR=127;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.95071e-05;STB=0.500014;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-8.18081e-05;OID=.;OPOS=43531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:257:265:2:2:253:263:0.992453:127:126:1:1:131:132:1:1 chr21 43531403 . C G 145.76 PASS AF=1;AO=8;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.652;QD=44.85;RBI=0.059179;REFB=0;REVB=0.0257757;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130105;OID=.;OPOS=43531403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:8:13:1:5:3:0:0:7:6:0:0 chr21 43531632 . T C 2755.76 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181986;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.346;QD=62.6309;RBI=0.0393472;REFB=0;REVB=-0.0348858;RO=0;SAF=78;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90646e-05;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:176:176:1:98:78:0:0:98:78:0:0 chr21 43531808 . A C 135.46 PASS AF=0.432432;AO=13;DP=35;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0816998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.828;QD=14.6444;RBI=0.0825789;REFB=-0.0300495;REVB=0.012017;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248786;STB=0.585676;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0339788;OID=.;OPOS=43531808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:18:21:13:16:0.432432:8:5:3:15:11:5:4:17 chr21 43539293 . G A 1002.56 PASS AF=0.438017;AO=105;DP=241;FAO=106;FDP=242;FR=.;FRO=136;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=59;FSRR=77;FWDB=-0.00206333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6747;QD=16.5713;RBI=0.0210735;REFB=-0.00564648;REVB=-0.0209723;RO=134;SAF=46;SAR=59;SRF=58;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053941;STB=0.500079;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00780148;OID=.;OPOS=43539293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:134:136:105:106:0.438017:59:46:58:76:60:46:59:77 chr21 43547788 . T C 2297.17 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.985;QD=60.4517;RBI=0.051023;REFB=0;REVB=0.0509024;RO=0;SAF=63;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90112e-05;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:144:152:0:0:143:152:1:80:63:0:0:87:65:0:0 chr21 43557559 . T A 905.21 PASS AF=0.472637;AO=95;DP=204;FAO=95;FDP=201;FR=.;FRO=106;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=44;FSRR=62;FWDB=-0.00718953;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9287;QD=18.0141;RBI=0.0165791;REFB=0.00351864;REVB=0.0149391;RO=105;SAF=44;SAR=51;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515253;STB=0.525576;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00432792;OID=.;OPOS=43557559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:201:105:106:95:95:0.472637:51:44:43:62:51:44:44:62 chr21 43557698 . A C 792.14 PASS AF=0.543478;AO=73;DP=137;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0676256;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9776;QD=22.9606;RBI=0.0676613;REFB=0.026773;REVB=0.00219614;RO=63;SAF=30;SAR=43;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832382;STB=0.53749;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0218799;OID=.;OPOS=43557698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:63:63:73:75:0.543478:43:30:32:31:43:32:32:31 chr21 43767677 . G T 358.58 PASS AF=0.383929;AO=42;DP=114;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.00863326;FXX=0.0344798;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.227;QD=12.8064;RBI=0.0513044;REFB=-0.0183286;REVB=-0.0505728;RO=55;SAF=20;SAR=22;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160965;STB=0.582744;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0363749;OID=.;OPOS=43767677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:55:69:42:43:0.383929:22:20:35:20:22:21:43:26 chr21 43786606 . G A 1945.5 PASS AF=1;AO=124;DP=127;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00740421;FXX=0.0310053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.739;QD=62.2559;RBI=0.0159325;REFB=0;REVB=0.0141075;RO=0;SAF=54;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96515e-05;OID=.;OPOS=43786606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:125:0:0:124:125:1:70:54:0:0:71:54:0:0 chr21 43792869 . C T 1055.36 PASS AF=0.523077;AO=93;DP=188;FAO=102;FDP=195;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=68;FSRF=33;FSRR=60;FWDB=0.00884542;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.941;QD=21.6484;RBI=0.0166361;REFB=-0.0237768;REVB=0.0140897;RO=91;SAF=29;SAR=64;SRF=30;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185571;STB=0.511448;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0216428;OID=.;OPOS=43792869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:195:91:93:93:102:0.523077:64:29:30:61:68:34:33:60 chr21 43852232 . C T 925.29 PASS AF=0.464455;AO=98;DP=211;FAO=98;FDP=211;FR=.;FRO=113;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=52;FSRR=61;FWDB=-0.00930922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.61;QD=17.541;RBI=0.00995948;REFB=-0.0187125;REVB=0.00353974;RO=113;SAF=38;SAR=60;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724312;STB=0.5401;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0202584;OID=.;OPOS=43852232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:113:113:98:98:0.464455:60:38:52:61:60:38:52:61 chr21 43854985 . A C 924.72 PASS AF=0.47449;AO=93;DP=196;FAO=93;FDP=196;FR=.;FRO=103;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=-0.0255732;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8742;QD=18.8718;RBI=0.0286116;REFB=0.00157741;REVB=-0.012831;RO=102;SAF=49;SAR=44;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347867;STB=0.521787;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00193488;OID=.;OPOS=43854985;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:102:103:93:93:0.47449:44:49:50:52:44:49:50:53 chr21 43863521 . A G 660.54 PASS AF=0.461039;AO=71;DP=155;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.0264195;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3094;QD=17.157;RBI=0.0380124;REFB=-0.000309041;REVB=-0.0273305;RO=82;SAF=34;SAR=37;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792013;STB=0.546984;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000147448;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:82:83:71:71:0.461039:37:34:46:36:37:34:47:36 chr21 43985955 . G A 522.03 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0235129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.48;QD=21.092;RBI=0.0235355;REFB=-0.0130332;REVB=-0.0010319;RO=49;SAF=26;SAR=24;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172559;STB=0.595144;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.011761;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:24:26:16:33:24:26:16:33 chr21 44180443 . C T 858.05 PASS AF=0.43318;AO=93;DP=216;FAO=94;FDP=217;FR=.;FRO=123;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=0.0175242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.88;QD=15.8166;RBI=0.0177798;REFB=-0.00451492;REVB=-0.0030039;RO=120;SAF=48;SAR=45;SRF=69;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598333;STB=0.522582;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00653936;OID=.;OPOS=44180443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:120:123:93:94:0.43318:45:48:69:51:45:49:69:54 chr21 44195374 . G A 190.96 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0393558;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9541;QD=14.6896;RBI=0.0399866;REFB=-0.00633831;REVB=-0.00707452;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744285;STB=0.522367;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00362603;OID=.;OPOS=44195374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:21:22:0.423077:7:14:18:12:8:14:18:12 chr21 44371114 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3449;QD=59.4347;RBI=0.0574854;REFB=0;REVB=-0.0197054;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415891;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr21 44430325 . T C 726.84 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.554;QD=63.2035;RBI=0.0200843;REFB=0;REVB=0.0137169;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77782e-07;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:30:15:0:0:31:15:0:0 chr21 44437142 . A G 922.3 PASS AF=0.956522;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0899668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6091;QD=53.4667;RBI=0.0934375;REFB=-0.0109691;REVB=0.0252299;RO=1;SAF=10;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449073;STB=0.559981;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00237279;OID=.;OPOS=44437142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:69:69:1:3:65:66:0.956522:55:10:1:0:55:11:3:0 chr21 44450392 . T C 405.58 PASS AF=0.609375;AO=38;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.165114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.435;QD=25.3489;RBI=0.165215;REFB=-0.000269909;REVB=0.00575728;RO=26;SAF=28;SAR=10;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431523;STB=0.743465;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00178524;OID=.;OPOS=44450392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:25:38:39:0.609375:10:28:4:22:10:29:3:22 chr21 44450394 . T C 405.33 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.046059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7004;QD=25.3333;RBI=0.0547481;REFB=-0.0149026;REVB=-0.0295959;RO=25;SAF=27;SAR=12;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351183;STB=0.692209;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0344278;OID=.;OPOS=44450394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:12:27:5:20:12:27:5:20 chr21 44450402 . T C 689.83 PASS AF=0.963636;AO=47;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.22498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8866;QD=50.1695;RBI=0.243625;REFB=-0.164348;REVB=0.0934731;RO=7;SAF=20;SAR=27;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105205;STB=0.500343;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0332787;OID=.;OPOS=44450402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:55:55:7:2:47:53:0.963636:27:20:6:1:27:26:1:1 chr21 44450404 . C T 269.5 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=-0.0122899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.774;QD=18.9123;RBI=0.0466254;REFB=-0.0378655;REVB=-0.0449765;RO=28;SAF=23;SAR=6;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556727;STB=0.809652;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00854567;OID=.;OPOS=44450404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:6:23:4:24:6:23:4:24 chr21 44475877 . C T 675.29 PASS AF=0.467532;AO=72;DP=155;FAO=72;FDP=154;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.0141313;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.017;QD=17.5399;RBI=0.0259164;REFB=-0.018789;REVB=-0.0217248;RO=79;SAF=38;SAR=34;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442313;STB=0.514808;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0172184;OID=.;OPOS=44475877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:79:82:72:72:0.467532:34:38:38:41:34:38:41:41 chr21 44480616 . G A 868.26 PASS AF=0.461929;AO=88;DP=187;FAO=91;FDP=197;FR=.;FRO=106;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=0.0164064;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3342;QD=17.6297;RBI=0.024402;REFB=-0.0385596;REVB=0.0180634;RO=83;SAF=36;SAR=52;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00050085;STB=0.558939;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.040985;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:197:83:106:88:91:0.461929:52:36:34:49:52:39:57:49 chr21 44488720 . T A 347.93 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0264354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.106;QD=14.8056;RBI=0.0276153;REFB=-0.00543549;REVB=-0.00798607;RO=56;SAF=13;SAR=25;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172393;STB=0.597963;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00748229;OID=.;OPOS=44488720;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:25:13:28:28:25:13:28:28 chr21 44835508 . A G 689.27 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8801;QD=62.6613;RBI=0.0456096;REFB=0;REVB=-0.00509445;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243449;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:32:12:0:0:32:12:0:0 chr21 44837551 . G A 3336.69 PASS AF=0.924603;AO=230;DP=249;FAO=233;FDP=252;FR=.;FRO=19;FSAF=190;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0430795;FXX=0.027026;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.674;QD=52.9633;RBI=0.0594926;REFB=-0.123262;REVB=0.0410307;RO=8;SAF=187;SAR=43;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322149;STB=0.563616;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000898404;OID=.;OPOS=44837551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:249:252:8:19:230:233:0.924603:43:187:4:4:43:190:5:14 chr21 44837555 . G A 3780.72 PASS AF=0.951311;AO=251;DP=266;FAO=254;FDP=267;FR=.;FRO=13;FSAF=202;FSAR=52;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.047522;FXX=0.0111107;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.104;QD=56.6401;RBI=0.0550057;REFB=-0.0829726;REVB=0.0277;RO=10;SAF=199;SAR=52;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233473;STB=0.501943;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.000348701;OID=.;OPOS=44837555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:266:267:10:13:251:254:0.951311:52:199:10:0:52:202:10:3 chr21 44838330 . C A 971.57 PASS AF=0.575;AO=92;DP=157;FAO=92;FDP=160;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=62;FSRF=18;FSRR=50;FWDB=0.001143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.698;QD=24.2891;RBI=0.00822536;REFB=-0.0208438;REVB=0.00814555;RO=64;SAF=30;SAR=62;SRF=18;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391601;STB=0.530297;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0160946;OID=.;OPOS=44838330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:64:68:92:92:0.575:62:30:18:46:62:30:18:50 chr21 44846016 . C T 739.35 PASS AF=0.44382;AO=79;DP=178;FAO=79;FDP=178;FR=.;FRO=99;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.0137394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.843;QD=16.6146;RBI=0.0219212;REFB=-0.0380806;REVB=-0.0170813;RO=92;SAF=38;SAR=41;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788677;STB=0.524589;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0459106;OID=.;OPOS=44846016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:92:99:79:79:0.44382:41:38:45:47:41:38:52:47 chr21 45092257 . T A 2403.26 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.004;QD=60.4594;RBI=0.0362709;REFB=0.00756835;REVB=0.0232574;RO=1;SAF=70;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537621;STB=0.502824;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=2.20978e-05;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:1:1:158:158:0.993711:88:70:0:1:88:70:0:1 chr21 45096206 . G A 1607.07 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00780177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.244;QD=59.5213;RBI=0.0355723;REFB=0;REVB=0.0347062;RO=1;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855071;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63735e-05;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:1:0:105:108:1:55:50:0:1:58:50:0:0 chr21 45107518 . A G 3579.46 PASS AF=1;AO=226;DP=231;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166438;FXX=0.0129865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.979;QD=62.7975;RBI=0.0170654;REFB=-0.0522652;REVB=0.00376966;RO=1;SAF=106;SAR=120;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447428;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69129e-06;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:231:228:1:0:226:228:1:120:106:1:0:120:108:0:0 chr21 45107562 . T C 2777.78 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.093;QD=62.422;RBI=0.0701065;REFB=0;REVB=0.0614865;RO=0;SAF=78;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14691e-05;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:178:0:0:176:178:1:98:78:0:0:99:79:0:0 chr21 45152500 . G A 710.25 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.953;QD=54.6349;RBI=0.0311211;REFB=-0.0553807;REVB=0.0242014;RO=1;SAF=11;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116298;STB=0.50617;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000723793;OID=.;OPOS=45152500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:40:11:0:1:40:11:0:1 chr21 45168884 . G A 434.46 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0252385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.333;QD=18.2929;RBI=0.0252831;REFB=-0.00943988;REVB=0.00150169;RO=50;SAF=19;SAR=25;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140954;STB=0.583573;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0113754;OID=.;OPOS=45168884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:51:44:44:0.463158:25:19:29:21:25:19:30:21 chr21 45181189 . C G 1068.84 PASS AF=0.484444;AO=109;DP=225;FAO=109;FDP=225;FR=.;FRO=116;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=47;FSRR=69;FWDB=-0.00426028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.463;QD=19.0015;RBI=0.0064591;REFB=0.00506308;REVB=-0.0048549;RO=116;SAF=54;SAR=55;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846388;STB=0.546559;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0038545;OID=.;OPOS=45181189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:116:116:109:109:0.484444:55:54:47:69:55:54:47:69 chr21 45181446 . G A 1933.06 PASS AF=0.491094;AO=189;DP=389;FAO=193;FDP=393;FR=.;FRO=200;FSAF=95;FSAR=98;FSRF=98;FSRR=102;FWDB=-0.00482725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.004;QD=19.6749;RBI=0.0503622;REFB=-0.0194432;REVB=0.0501303;RO=191;SAF=93;SAR=96;SRF=96;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096836;STB=0.501134;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0164333;OID=.;OPOS=45181446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:393:191:200:189:193:0.491094:96:93:96:95:98:95:98:102 chr21 45181571 . A AG 506.72 PASS AF=0.445783;AO=97;DP=263;FAO=111;FDP=249;FR=.;FRO=138;FSAF=92;FSAR=19;FSRF=96;FSRR=42;FWDB=0.0374313;FXX=0.00796781;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.8814;QD=8.14012;RBI=0.0415045;REFB=0.0050917;REVB=0.0179312;RO=154;SAF=87;SAR=10;SRF=106;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386274;STB=0.61104;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=-0.0109047;OID=.;OPOS=45181572;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445783:97:263:111:249:138:92:19:96:42:99:154:87:10:106:48 chr21 45215055 . C G 1059.97 PASS AF=0.410526;AO=115;DP=281;FAO=117;FDP=285;FR=.;FRO=168;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=78;FSRR=90;FWDB=0.00972561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.861;QD=14.8767;RBI=0.0114496;REFB=0.00182938;REVB=0.00604202;RO=165;SAF=48;SAR=67;SRF=78;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592825;STB=0.522095;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00270128;OID=.;OPOS=45215055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:285:165:168:115:117:0.410526:67:48:78:87:67:50:78:90 chr21 45217559 . T C 1070.6 PASS AF=0.524752;AO=106;DP=202;FAO=106;FDP=202;FR=.;FRO=96;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0569014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.737;QD=21.2;RBI=0.0633465;REFB=-0.0146047;REVB=-0.0278389;RO=95;SAF=50;SAR=56;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381302;STB=0.518418;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0131393;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:95:96:106:106:0.524752:56:50:49:46:56:50:49:47 chr21 45217929 . T C 1025.36 PASS AF=0.507692;AO=99;DP=196;FAO=99;FDP=195;FR=.;FRO=96;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=0.0120909;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.463;QD=21.033;RBI=0.0148594;REFB=-0.00302163;REVB=0.00863788;RO=95;SAF=43;SAR=56;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00251159;STB=0.50364;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00311356;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:95:96:99:99:0.507692:56:43:41:54:56:43:41:55 chr21 45219524 . T C 989.57 PASS AF=0.545977;AO=94;DP=173;FAO=95;FDP=174;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0535179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2593;QD=22.7487;RBI=0.0577263;REFB=0.00454773;REVB=-0.0216371;RO=78;SAF=35;SAR=59;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883012;STB=0.547518;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00431683;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:78:79:94:95:0.545977:59:35:37:41:60:35:37:42 chr21 45220483 . A G 569.78 PASS AF=0.414013;AO=65;DP=157;FAO=65;FDP=157;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=-0.00365011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.652;QD=14.5166;RBI=0.0119501;REFB=-0.0135121;REVB=0.011379;RO=92;SAF=32;SAR=33;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146758;STB=0.508233;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0186284;OID=.;OPOS=45220483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:92:92:65:65:0.414013:33:32:44:48:33:32:44:48 chr21 45220787 . A G 2779.5 PASS AF=0.98895;AO=165;DP=181;FAO=179;FDP=181;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=77;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00624746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7013;QD=61.4254;RBI=0.0245488;REFB=-0.0337315;REVB=0.0237405;RO=0;SAF=77;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11597e-08;STB=0.504854;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000297447;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:181:181:0:2:165:179:0.98895:88:77:0:0:102:77:0:2 chr21 45223457 . AG GA 85.82 PASS AF=0.129944;AO=30;DP=179;FAO=23;FDP=177;FR=.,HEALED;FRO=154;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=111;FWDB=-0.0329585;FXX=0.0220982;HRUN=1;LEN=2;MLLD=121.108;QD=1.93936;RBI=0.0496589;REFB=-0.00509301;REVB=-0.0371449;RO=108;SAF=1;SAR=29;SRF=34;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612761;STB=0.878746;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=0.13268;OID=.;OPOS=45223457;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:179:177:108:154:30:23:0.129944:29:1:34:74:22:1:43:111 chr21 45401034 . C T 733.14 PASS AF=0.525926;AO=71;DP=135;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0141617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0091;QD=21.7226;RBI=0.0252279;REFB=0.0223039;REVB=0.020878;RO=64;SAF=22;SAR=49;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149839;STB=0.582509;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0198926;OID=.;OPOS=45401034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:64:64:71:71:0.525926:49:22:30:34:49:22:30:34 chr21 45528919 . G A 4059.06 PASS AF=1;AO=261;DP=263;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978454;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.884;QD=61.7347;RBI=0.0224744;REFB=-0.0999233;REVB=0.0202326;RO=0;SAF=105;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.18193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175294;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:263:263:0:0:261:263:1:156:105:0:0:157:106:0:0 chr21 45534548 . T C 1310.34 PASS AF=0.42515;AO=142;DP=334;FAO=142;FDP=334;FR=.;FRO=192;FSAF=57;FSAR=85;FSRF=82;FSRR=110;FWDB=-0.0275934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4946;QD=15.6926;RBI=0.0277613;REFB=0.00037397;REVB=0.00304808;RO=188;SAF=57;SAR=85;SRF=78;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143345;STB=0.515262;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00102624;OID=.;OPOS=45534548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:334:188:192:142:142:0.42515:85:57:78:110:85:57:82:110 chr21 45538647 . T C 2320.52 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.017;QD=61.0664;RBI=0.0474036;REFB=0;REVB=-0.0473639;RO=0;SAF=66;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42117e-05;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:86:66:0:0:86:66:0:0 chr21 45538725 . C A 2765.83 PASS AF=0.983516;AO=149;DP=181;FAO=179;FDP=182;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0421262;FXX=0.00546418;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.267;QD=60.7874;RBI=0.0424703;REFB=-0.0310942;REVB=0.00539521;RO=0;SAF=45;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50494e-08;STB=0.500721;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=1.46977e-05;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:181:182:0:3:149:179:0.983516:104:45:0:0:112:67:1:2 chr21 45540919 . A G 3394.35 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.83;QD=62.2817;RBI=0.0416701;REFB=0;REVB=-0.0217392;RO=0;SAF=116;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17891e-06;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:217:218:0:0:217:218:1:101:116:0:0:102:116:0:0 chr21 45544594 . T C 3918.28 PASS AF=1;AO=246;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510382;FXX=0.00404842;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.861;QD=63.7118;RBI=0.00655086;REFB=-0.0422049;REVB=0.00410667;RO=1;SAF=128;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0149e-05;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:247:246:1:0:246:246:1:118:128:0:1:118:128:0:0 chr21 45553596 . T C 4365.31 PASS AF=1;AO=270;DP=272;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=208;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6121;QD=62.8102;RBI=0.111373;REFB=0;REVB=0.111278;RO=0;SAF=69;SAR=201;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06095e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33631e-05;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:272:278:0:0:270:278:1:201:69:0:0:208:70:0:0 chr21 45565473 . C T 671.01 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0023779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.922;QD=50.6422;RBI=0.00278159;REFB=-0.119901;REVB=0.00144321;RO=3;SAF=18;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00308114;STB=0.501639;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.000491521;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:32:18:1:2:32:18:1:2 chr21 45649494 . A G 1896.67 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00734561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.614;QD=60.6935;RBI=0.0431124;REFB=0;REVB=0.042482;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99318e-05;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:122:125:1:58:64:0:0:59:66:0:0 chr21 45649640 . C T 272.8 PASS AF=0.361702;AO=31;DP=90;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.000601576;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2611;QD=11.6086;RBI=0.0470844;REFB=-0.00701746;REVB=0.0470806;RO=55;SAF=21;SAR=10;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234207;STB=0.597287;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00987215;OID=.;OPOS=45649640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:55:60:31:34:0.361702:10:21:26:29:13:21:28:32 chr21 45649843 . G GT,T 43.35 PASS AF=0.0896226,0;AO=21,8;DP=210;FAO=19,0;FDP=212;FR=.;FRO=193;FSAF=17,0;FSAR=2,0;FSRF=168;FSRR=25;FWDB=-0.0275758,-0.0247294;FXX=0.0139528;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=43.3597,185.405;QD=0.817878;RBI=0.03296,0.0247301;REFB=-0.00789158,-0.00679102;REVB=-0.0180537,-0.000184655;RO=177;SAF=21,7;SAR=0,1;SRF=150;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.553214,0.0492716;STB=0.553618,0.5;STBP=0.777,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.160507,0.0779616;OID=.,.;OPOS=45649844,45649843;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:210:212:177:193:21,8:19,0:0.0896226,0:0,1:21,7:150:27:2,0:17,0:168:25 chr21 45679361 . G A 324.66 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=-0.0142136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.49;QD=17.0872;RBI=0.0165511;REFB=-0.0293014;REVB=-0.00848012;RO=41;SAF=24;SAR=11;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111329;STB=0.56201;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0261562;OID=.;OPOS=45679361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:11:24:32:9:11:24:32:9 chr21 45705988 . T C 745.58 PASS AF=0.506667;AO=75;DP=150;FAO=76;FDP=150;FR=.;FRO=74;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.0152707;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.175;QD=19.8822;RBI=0.0262574;REFB=-0.037574;REVB=-0.0213602;RO=74;SAF=35;SAR=40;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681538;STB=0.540625;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0361118;OID=.;OPOS=45705988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:74:74:75:76:0.506667:40:35:29:45:40:36:29:45 chr21 45709906 . C G 518.06 PASS AF=0.388535;AO=56;DP=154;FAO=61;FDP=157;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=59;FWDB=-0.00342951;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.391;QD=13.1991;RBI=0.0298503;REFB=-0.0259913;REVB=0.0296527;RO=98;SAF=21;SAR=35;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151221;STB=0.527383;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0401983;OID=.;OPOS=45709906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:98:96:56:61:0.388535:35:21:38:60:40:21:37:59 chr21 45712977 . T C 1092.41 PASS AF=0.458498;AO=116;DP=257;FAO=116;FDP=253;FR=.;FRO=137;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=58;FSRR=79;FWDB=-0.0127796;FXX=0.0193791;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.821;QD=17.2713;RBI=0.0156934;REFB=-0.0124072;REVB=-0.00910852;RO=141;SAF=66;SAR=50;SRF=62;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127962;STB=0.578619;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0151512;OID=.;OPOS=45712977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:253:141:137:116:116:0.458498:50:66:62:79:50:66:58:79 chr21 45717550 . T C 9517.13 PASS AF=1;AO=603;DP=608;FAO=604;FDP=604;FR=.;FRO=0;FSAF=332;FSAR=272;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912257;FXX=0.0146817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.53;QD=63.0274;RBI=0.0216213;REFB=0.00891421;REVB=0.0196026;RO=1;SAF=329;SAR=274;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025737;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:608:604:1:0:603:604:1:274:329:1:0:272:332:0:0 chr21 45725715 . A G 1859.32 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.585;QD=61.4651;RBI=0.0193551;REFB=0;REVB=-0.00778726;RO=0;SAF=70;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09916e-06;OID=.;OPOS=45725715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:51:70:0:0:51:70:0:0 chr21 45750346 . C A 4018.09 PASS AF=0.977695;AO=263;DP=269;FAO=263;FDP=269;FR=.;FRO=6;FSAF=144;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00849049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.094;QD=59.7486;RBI=0.0122891;REFB=-0.0746239;REVB=0.00888439;RO=6;SAF=144;SAR=119;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234259;STB=0.512294;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00251456;OID=.;OPOS=45750346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:269:269:6:6:263:263:0.977695:119:144:0:6:119:144:0:6 chr21 45844751 . A G 11339.0 PASS AF=0.981358;AO=729;DP=748;FAO=737;FDP=751;FR=.;FRO=14;FSAF=333;FSAR=404;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0335448;FXX=0.00397873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.02;QD=60.3939;RBI=0.0460629;REFB=-0.0298352;REVB=-0.0315679;RO=9;SAF=328;SAR=401;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797873;STB=0.501782;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000770365;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:748:751:9:14:729:737:0.981358:401:328:1:8:404:333:5:9 chr21 45878637 . A G 521.74 PASS AF=1;AO=30;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.265;QD=59.6279;RBI=0.0786719;REFB=0;REVB=0.0396243;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646667;OID=.;OPOS=45878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:35:0:0:30:35:1:16:14:0:0:19:16:0:0 chr21 45959195 . G A 2123.34 PASS AF=0.978417;AO=122;DP=145;FAO=136;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=48;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0263441;FXX=0.0211253;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.713;QD=61.1034;RBI=0.0558618;REFB=-0.111449;REVB=0.0492598;RO=5;SAF=49;SAR=73;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314284;STB=0.508379;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000414591;OID=.;OPOS=45959195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:139:5:3:122:136:0.978417:73:49:0:5:88:48:0:3 chr21 45959312 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.251;QD=64.4134;RBI=0.0306032;REFB=0;REVB=0.0184194;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116267;OID=.;OPOS=45959312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr21 45959386 . G A 186.82 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0559449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6955;QD=19.6656;RBI=0.0654641;REFB=-0.00859719;REVB=0.0339958;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687735;STB=0.52783;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0141508;OID=.;OPOS=45959386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:7:12:10:8:7:12:11:8 chr21 45959557 . ATC TGA 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00762916;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=250.551;QD=38.2053;RBI=0.0323879;REFB=-0.175941;REVB=0.0314765;RO=2;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11358;STB=0.562417;STBP=0.244;TYPE=mnp;VARB=0.00912459;OID=.;OPOS=45959557;OREF=ATC;OALT=TGA;OMAPALT=TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:8:7:2:0:8:7:2:0 chr21 45959732 . A ATG 30.95 PASS AF=0.833333;AO=2;DP=12;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0513055;FXX=0.499584;HRUN=0;LEN=2;MLLD=76.0811;QD=20.6302;RBI=0.107051;REFB=-0.160177;REVB=0.0939562;RO=9;SAF=0;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602534;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.111527;OID=.;OPOS=45959733;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=ATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:2:12:5:6:1:0:5:0:1:8:9:0:2:5:4 chr21 45959733 . C T 130.37 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.11;QD=43.4558;RBI=0.106702;REFB=0;REVB=0.0777964;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017598;OID=.;OPOS=45959733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:7:5:0:0 chr21 45959918 . G A 723.1 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.31;QD=60.2583;RBI=0.0508767;REFB=-0.15407;REVB=0.0489143;RO=1;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028473;STB=0.51428;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0082752;OID=.;OPOS=45959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:16:30:0:1:17:30:0:1 chr21 45970718 . C T 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0178814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.491;QD=11.9924;RBI=0.0254693;REFB=-0.0138684;REVB=0.0181368;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144127;STB=0.584323;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0166466;OID=.;OPOS=45970718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:8:10:14:19:8:10:14:19 chr21 45970812 . G A 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0257831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.938;QD=19.7002;RBI=0.0258628;REFB=-0.0161724;REVB=-0.00202804;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189638;STB=0.583241;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0182994;OID=.;OPOS=45970812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:16:17:17:0.515152:7:10:12:3:7:10:12:4 chr21 45971018 . C G 34.82 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00634059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9019;QD=4.9736;RBI=0.0173564;REFB=-0.0215698;REVB=-0.0161568;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344535;STB=0.726565;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.045524;OID=.;OPOS=45971018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:8:14:2:4:8:14 chr21 45971023 . G T 44.26 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0466627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3859;QD=6.80927;RBI=0.0790662;REFB=-0.0417548;REVB=0.0638283;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385725;STB=0.744008;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0999771;OID=.;OPOS=45971023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:7:12:2:5:7:12 chr21 45971109 . G A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.008304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.648;QD=4.81088;RBI=0.0168041;REFB=-0.00924836;REVB=-0.014609;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768798;STB=0.551554;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0299275;OID=.;OPOS=45971109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:13:10:3:3:13:10 chr21 45971162 . C T 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00355918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.276;QD=4.15609;RBI=0.0338904;REFB=0.0019434;REVB=0.033703;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219554;STB=0.515101;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0175635;OID=.;OPOS=45971162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:14:13:3:3:14:13 chr21 45971299 . T C 252.75 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0207181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.686;QD=21.0621;RBI=0.046327;REFB=-0.0414429;REVB=-0.0414361;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751199;STB=0.542218;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0402077;OID=.;OPOS=45971299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:12:12:14:10:12:12 chr21 45971376 . T A 140.2 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0672901;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.343;QD=12.1911;RBI=0.073024;REFB=-0.0208108;REVB=0.0283646;RO=30;SAF=1;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574815;STB=0.854682;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0571188;OID=.;OPOS=45971376;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:30:16:16:0.347826:15:1:12:18:15:1:12:18 chr21 45971380 . A T 137.58 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0446073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3241;QD=12.5075;RBI=0.0623408;REFB=-0.0574073;REVB=-0.0435496;RO=28;SAF=1;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.613635;STB=0.874403;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0950921;OID=.;OPOS=45971380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:15:1:13:15:15:1:13:15 chr21 45978090 . C T 638.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339096;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.859;QD=62.2588;RBI=0.0526905;REFB=0;REVB=0.040329;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00436011;OID=.;OPOS=45978090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr21 45978488 . G A 102.67 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0695858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9175;QD=17.8561;RBI=0.20184;REFB=-0.0142914;REVB=0.189466;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217336;STB=0.605879;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0229395;OID=.;OPOS=45978488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:23:23:10:11:12:12:0.521739:4:8:4:6:4:8:5:6 chr21 45978499 . T G 307.12 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.908;QD=53.4125;RBI=0.116657;REFB=0;REVB=0.10934;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798862;OID=.;OPOS=45978499;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:18:23:1:8:10:0:0:10:13:0:0 chr21 45978503 . G A 306.14 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4344;QD=53.242;RBI=0.163056;REFB=0;REVB=0.135011;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202774;OID=.;OPOS=45978503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr21 45978587 . A G 117.46 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0172505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9198;QD=21.3563;RBI=0.021688;REFB=-0.0248476;REVB=-0.0131449;RO=8;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107729;STB=0.574364;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00708297;OID=.;OPOS=45978587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:8:9:13:13:0.590909:3:10:7:1:3:10:8:1 chr21 45978592 . T C 128.69 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=21;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0211284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.694;QD=23.3988;RBI=0.0576082;REFB=-0.128301;REVB=0.0535939;RO=7;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810804;STB=0.550952;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0495905;OID=.;OPOS=45978592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:21:22:7:8:13:14:0.636364:3:10:6:1:3:11:7:1 chr21 45993746 . C T 249.87 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0473044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8524;QD=16.6577;RBI=0.0584837;REFB=-0.0429452;REVB=0.0343895;RO=29;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462645;STB=0.502391;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.061871;OID=.;OPOS=45993746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:32:28:28:0.466667:15:13:12:17:15:13:15:17 chr21 45993819 . C T 43.7 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.179505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.637;QD=21.8511;RBI=0.185101;REFB=-0.0943527;REVB=0.0451698;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.583085;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0496997;OID=.;OPOS=45993819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:5:1:0:1:5:1:0:2 chr21 46011583 . G T 69.88 PASS AF=0.888889;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0598696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.135;QD=31.0583;RBI=0.0601296;REFB=-0.213026;REVB=0.00558598;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796435;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00639548;OID=.;OPOS=46011583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:8:9:1:1:7:8:0.888889:2:5:1:0:3:5:1:0 chr21 46011745 . C T 364.35 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0828462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.473;QD=48.5797;RBI=0.0836099;REFB=-0.103463;REVB=0.0112752;RO=3;SAF=17;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752686;STB=0.526297;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00827763;OID=.;OPOS=46011745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:3:2:27:28:0.933333:10:17:3:0:10:18:2:0 chr21 46011751 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0961827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.515;QD=55.0983;RBI=0.101488;REFB=0;REVB=0.0323822;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614993;OID=.;OPOS=46011751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr21 46011759 . A AC 34.31 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.193294;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=13.8811;QD=5.71841;RBI=0.194318;REFB=-0.0478108;REVB=0.0199234;RO=17;SAF=4;SAR=0;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.653209;STB=0.806805;STBP=0.058;TYPE=ins;VARB=0.129505;OID=.;OPOS=46011760;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:4:24:8:24:16:7:1:8:8:34:17:4:0:9:8 chr21 46012181 . CG TA 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013059;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.339;QD=42.1826;RBI=0.0385061;REFB=0;REVB=0.0362241;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000565291;OID=.;OPOS=46012181;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr21 46012240 . A G 546.54 PASS AF=0.644737;AO=48;DP=76;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0150987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4291;QD=28.765;RBI=0.119132;REFB=-0.0219422;REVB=-0.118171;RO=26;SAF=32;SAR=16;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929113;STB=0.50913;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0108638;OID=.;OPOS=46012240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:26:27:48:49:0.644737:16:32:17:9:17:32:17:10 chr21 46012345 . G A 61.57 PASS AF=0.0952381;AO=18;DP=187;FAO=18;FDP=189;FR=.;FRO=171;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=79;FSRR=92;FWDB=-0.00811437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.528;QD=1.30312;RBI=0.0108578;REFB=-0.00247804;REVB=-0.00721447;RO=169;SAF=15;SAR=3;SRF=77;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446725;STB=0.834428;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0264093;OID=.;OPOS=46012345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:187:189:169:171:18:18:0.0952381:3:15:77:92:3:15:79:92 chr21 46012351 . G A 50.15 PASS AF=0.0855615;AO=16;DP=187;FAO=16;FDP=187;FR=.;FRO=171;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=79;FSRR=92;FWDB=0.00346382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.134;QD=1.07275;RBI=0.00823735;REFB=-0.00175163;REVB=0.00747368;RO=171;SAF=14;SAR=2;SRF=79;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47614;STB=0.875697;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0316472;OID=.;OPOS=46012351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:187:187:171:171:16:16:0.0855615:2:14:79:92:2:14:79:92 chr21 46020527 . C T 1331.27 PASS AF=0.918367;AO=90;DP=98;FAO=90;FDP=98;FR=.;FRO=8;FSAF=65;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0525975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.192;QD=54.3374;RBI=0.0578895;REFB=-0.0344157;REVB=-0.0241805;RO=7;SAF=65;SAR=25;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115809;STB=0.568949;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00104768;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:98:98:7:8:90:90:0.918367:25:65:0:7:25:65:0:8 chr21 46020647 . C T 42.15 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0137958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2638;QD=4.55622;RBI=0.0654923;REFB=-0.00472371;REVB=0.0640228;RO=30;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588697;STB=0.886334;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0293849;OID=.;OPOS=46020647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:6:1:20:10:6:1:20:10 chr21 46020867 . A G 137.6 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00330394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4729;QD=39.3153;RBI=0.0532637;REFB=-0.0597122;REVB=-0.0531611;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128507;STB=0.571311;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0262517;OID=.;OPOS=46020867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:10:3:1:0:10:3:1:0 chr21 46021179 . C A 57.05 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4283;QD=28.5235;RBI=0.0431506;REFB=-0.0551972;REVB=0.0335963;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0360751;OID=.;OPOS=46021179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:0:1:4:3:0:1 chr21 46021205 . C T 40.26 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0112678;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=80.5584;QD=14.6392;RBI=0.0590896;REFB=0.00883481;REVB=0.0580054;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297985;STB=0.651594;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0129869;OID=.;OPOS=46021205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:6:6:0.545455:5:1:2:2:5:1:2:3 chr21 46021370 . T C 270.03 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.24;QD=51.4339;RBI=0.0657618;REFB=0;REVB=0.0508012;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441422;OID=.;OPOS=46021370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr21 46021390 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7607;QD=48.7355;RBI=0.0721019;REFB=0;REVB=-0.0663573;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00372602;OID=.;OPOS=46021390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr21 46021481 . T C 115.24 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.25887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.957;QD=41.9038;RBI=0.260424;REFB=0;REVB=0.0284059;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181859;OID=.;OPOS=46021481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:9:11:1:8:1:0:0:8:3:0:0 chr21 46021494 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.576;QD=42.1822;RBI=0.0193188;REFB=0;REVB=-0.015997;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112043;OID=.;OPOS=46021494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr21 46021607 . A G 1117.46 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.019;QD=60.4034;RBI=0.0556071;REFB=0;REVB=-0.00944448;RO=0;SAF=23;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139293;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:49:23:0:0:49:25:0:0 chr21 46021759 . A G 2279.76 PASS AF=1;AO=148;DP=151;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132814;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.597;QD=60.7937;RBI=0.00513259;REFB=0;REVB=-0.00495777;RO=0;SAF=74;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000982977;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:150:0:0:148:150:1:74:74:0:0:75:75:0:0 chr21 46021934 . C T 1545.28 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.423;QD=59.434;RBI=0.0324249;REFB=0;REVB=0.00495613;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039393;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:44:57:0:0:44:60:0:0 chr21 46021946 . C G 1593.95 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7832;QD=59.587;RBI=0.0311371;REFB=0;REVB=-0.0211695;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143198;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:48:58:0:0:48:59:0:0 chr21 46021954 . CTG C 1513.46 PASS AF=1;AO=97;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188087;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.257;QD=59.9391;RBI=0.0076269;REFB=0;REVB=-0.00739134;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.13067e-06;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:100:101:101:0:58:43:0:0:8:0:54:43:0:0 chr21 46032094 . A G 1301.8 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.78;QD=61.9905;RBI=0.0116666;REFB=0;REVB=-0.0100357;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94635e-06;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:37:46:0:0:37:47:0:0 chr21 46047418 . C T 35.85 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0935389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5268;QD=5.12097;RBI=0.0973184;REFB=-0.0290785;REVB=-0.0268579;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110511;STB=0.571225;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0992685;OID=.;OPOS=46047418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:11:10:4:3:11:10 chr21 46047633 . A G 249.44 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00915849;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.851;QD=14.0528;RBI=0.0486692;REFB=-0.00576639;REVB=-0.0477997;RO=40;SAF=10;SAR=19;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237813;STB=0.648677;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0101581;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:42:29:29:0.408451:19:10:23:17:19:10:25:17 chr21 46047710 . T C 383.53 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00670911;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.063;QD=19.9234;RBI=0.00679679;REFB=-0.0214594;REVB=0.00108826;RO=38;SAF=13;SAR=26;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345966;STB=0.519221;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0187268;OID=.;OPOS=46047710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:38:39:39:0.506494:26:13:14:24:26:13:14:24 chr21 46047857 . C T 265.58 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0622889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.65;QD=27.2392;RBI=0.0629883;REFB=-0.0221973;REVB=-0.00936062;RO=14;SAF=8;SAR=16;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927365;STB=0.559953;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0126781;OID=.;OPOS=46047857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:15:24:24:0.615385:16:8:3:11:16:8:3:12 chr21 46047925 . G T 291.62 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0185231;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.911;QD=19.4411;RBI=0.0188993;REFB=-0.0256972;REVB=0.00375179;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289608;STB=0.516119;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0234356;OID=.;OPOS=46047925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:29:31:31:0.516667:15:16:14:15:15:16:14:15 chr21 46047971 . T C 231.04 PASS AF=0.464286;AO=27;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0458501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5828;QD=16.503;RBI=0.0877445;REFB=-0.00340448;REVB=-0.0748123;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102478;STB=0.580943;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00420229;OID=.;OPOS=46047971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:27:26:0.464286:11:16:14:15:10:16:14:16 chr21 46048053 . G C 70.81 PASS AF=0.178082;AO=12;DP=72;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0567893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.459;QD=3.87984;RBI=0.100702;REFB=-0.0156435;REVB=-0.0831612;RO=59;SAF=2;SAR=10;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296838;STB=0.716327;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.065191;OID=.;OPOS=46048053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:72:73:59:60:12:13:0.178082:10:2:21:38:11:2:21:39 chr21 46048060 . A G 69.23 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0262693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.13;QD=3.41893;RBI=0.0419644;REFB=-0.0072404;REVB=-0.0327251;RO=68;SAF=3;SAR=10;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21853;STB=0.649974;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.050045;OID=.;OPOS=46048060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:68:68:13:13:0.160494:10:3:26:42:10:3:26:42 chr21 46057393 . T A 418.35 PASS AF=0.435185;AO=46;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=-0.0385524;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5814;QD=15.4945;RBI=0.0387359;REFB=-0.0237904;REVB=-0.00376633;RO=60;SAF=32;SAR=14;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145677;STB=0.505002;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0292192;OID=.;OPOS=46057393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:61:46:47:0.435185:14:32:41:19:15:32:42:19 chr21 46057548 . A C 261.32 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=-0.00161764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0007;QD=14.7224;RBI=0.00917724;REFB=-0.0470751;REVB=0.00903354;RO=37;SAF=19;SAR=11;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168039;STB=0.613009;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0262905;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:41:30:30:0.422535:11:19:29:8:11:19:33:8 chr21 46057612 . CCTGCTGTGTGCCTGT C,CCTGCTGTGTGCCCGT 160.52 PASS AF=0.196429,0.178571;AO=10,4;DP=61;FAO=11,10;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=2,8;FSAR=9,2;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.02773,0.0628434;FXX=0.0967586;HRUN=2,1;LEN=15,1;MLLD=357.98,180.247;QD=11.4656;RBI=0.028246,0.0749672;REFB=-0.00939934,-0.0163829;REVB=-0.00537469,-0.0408753;RO=22;SAF=2,2;SAR=8,2;SRF=8;SRR=14;SSEN=0.227718,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.232628,0.157784;STB=0.79024,0.726777;STBP=0.038,0.12;TYPE=del,snp;VARB=0.0148406,0.0571361;OID=.,.;OPOS=46057613,46057625;OREF=CTGCTGTGTGCCTGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCTGCTGTGTGCCCGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196429,0.178571:10,4:61:11,10:56:35:2,8:9,2:19:16:77:22:2,2:8,2:8:14 chr21 46057634 . T C 64.75 PASS AF=0.173913;AO=11;DP=67;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.0555165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0086;QD=3.75379;RBI=0.0638379;REFB=-0.0140279;REVB=-0.031515;RO=55;SAF=9;SAR=2;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503903;STB=0.775782;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0730134;OID=.;OPOS=46057634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:67:69:55:57:11:12:0.173913:2:9:22:33:3:9:23:34 chr21 46057806 . G A 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0664462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.207;QD=20.7381;RBI=0.0768081;REFB=-0.00986896;REVB=0.0385277;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384389;STB=0.521715;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00772186;OID=.;OPOS=46057806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:6:10:12:6:6:10 chr21 46057958 . C T 155.7 PASS AF=0.30137;AO=24;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0266732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4039;QD=8.53173;RBI=0.0313917;REFB=-0.028862;REVB=0.0165524;RO=47;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424075;STB=0.506696;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0759192;OID=.;OPOS=46057958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:51:24:22:0.30137:15:9:16:31:14:8:19:32 chr21 46058060 . C T 333.78 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00751358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.322;QD=14.2035;RBI=0.0115367;REFB=-0.0144397;REVB=0.00875452;RO=57;SAF=16;SAR=21;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00668716;STB=0.503801;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0258262;OID=.;OPOS=46058060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:21:16:25:32:21:16:25:32 chr21 46066764 . C T 144.7 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00834063;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.017;QD=15.6436;RBI=0.0253529;REFB=-0.0280661;REVB=0.0239417;RO=21;SAF=2;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.577165;STB=0.786102;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0334201;OID=.;OPOS=46066764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:15:16:0.432432:13:2:14:7:13:3:14:7 chr21 46067180 . C T 364.77 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0854548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1367;QD=19.7171;RBI=0.0854568;REFB=-0.0390015;REVB=0.000575867;RO=37;SAF=16;SAR=21;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285939;STB=0.64428;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0413058;OID=.;OPOS=46067180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:36:37:38:0.513514:21:16:28:9:21:17:27:9 chr21 46074202 . A G 117.38 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00354126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.288;QD=21.3412;RBI=0.0161588;REFB=-0.0135516;REVB=0.015766;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589614;STB=0.553111;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0092376;OID=.;OPOS=46074202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:8:9:13:13:0.590909:6:7:5:3:6:7:6:3 chr21 46077946 . A G 501.31 PASS AF=0.433071;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.00951497;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2284;QD=15.7894;RBI=0.0166143;REFB=-0.000628193;REVB=0.0136198;RO=71;SAF=26;SAR=29;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911147;STB=0.554648;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00116529;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:71:72:55:55:0.433071:29:26:40:31:29:26:41:31 chr21 46086377 . A G 252.17 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0540835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.693;QD=34.7814;RBI=0.0541418;REFB=-0.0374257;REVB=-0.00251177;RO=6;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102244;STB=0.539899;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0137845;OID=.;OPOS=46086377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:6:7:22:22:0.758621:13:9:4:2:13:9:4:3 chr21 46086718 . GA CG 472.19 PASS AF=0.49;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0333448;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=2;MLLD=187.049;QD=18.8876;RBI=0.0359644;REFB=-0.000882384;REVB=-0.0134746;RO=48;SAF=20;SAR=29;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156943;STB=0.572339;STBP=0.181;TYPE=mnp;VARB=0.000673849;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:48:51:49:49:0.49:29:20:28:20:29:20:28:23 chr21 46086757 . GC AT 450.11 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0277328;FXX=0.0380916;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.047;QD=17.8259;RBI=0.0289273;REFB=-0.0254905;REVB=0.00822684;RO=52;SAF=18;SAR=30;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173325;STB=0.591901;STBP=0.083;TYPE=mnp;VARB=0.0304611;OID=.;OPOS=46086757;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:101:52:53:48:48:0.475248:30:18:29:23:30:18:29:24 chr21 46117962 . G A 400.37 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.103909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9424;QD=53.3829;RBI=0.104705;REFB=-0.112401;REVB=0.0128888;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00344399;OID=.;OPOS=46117962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:0:1:18:11:0:1 chr21 46233836 . C A 771.21 PASS AF=0.455556;AO=76;DP=175;FAO=82;FDP=180;FR=.;FRO=98;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.0306798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.935;QD=17.138;RBI=0.0361665;REFB=-0.0193671;REVB=0.0191512;RO=98;SAF=33;SAR=43;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772207;STB=0.545754;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0191927;OID=.;OPOS=46233836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:180:98:98:76:82:0.455556:43:33:50:48:47:35:50:48 chr21 46271452 . C T 3976.95 PASS AF=0.988593;AO=259;DP=263;FAO=260;FDP=263;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0043662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.816;QD=60.4859;RBI=0.0177082;REFB=-0.112613;REVB=0.0171615;RO=4;SAF=84;SAR=175;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107703;STB=0.504225;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000476399;OID=.;OPOS=46271452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:263:263:4:3:259:260:0.988593:175:84:0:4:176:84:0:3 chr21 46271460 . T C 1399.94 PASS AF=0.534413;AO=126;DP=243;FAO=132;FDP=247;FR=.;FRO=115;FSAF=58;FSAR=74;FSRF=22;FSRR=93;FWDB=0.0120388;FXX=0.0119995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.494;QD=22.6711;RBI=0.0164833;REFB=-0.0247573;REVB=-0.0112591;RO=114;SAF=54;SAR=72;SRF=22;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217673;STB=0.620642;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0215367;OID=.;OPOS=46271460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:247:114:115:126:132:0.534413:72:54:22:92:74:58:22:93 chr21 46311813 . A G 2417.81 PASS AF=1;AO=152;DP=155;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1688;QD=61.2103;RBI=0.0765817;REFB=0;REVB=-0.013518;RO=3;SAF=69;SAR=83;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202286;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002453;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:158:3:0:152:158:1:83:69:3:0:83:75:0:0 chr21 46314907 . T A 2350.76 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0123537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.047;QD=60.2759;RBI=0.0124407;REFB=-0.00177837;REVB=0.00146879;RO=1;SAF=80;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638536;STB=0.503355;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-9.19994e-06;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:156:1:1:154:155:0.99359:74:80:0:1:74:81:0:1 chr21 46320313 . C T 1307.6 PASS AF=0.480287;AO=127;DP=274;FAO=134;FDP=279;FR=.;FRO=145;FSAF=43;FSAR=91;FSRF=56;FSRR=89;FWDB=0.107447;FXX=0.0035713;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.852;QD=18.7469;RBI=0.124932;REFB=0.0129567;REVB=0.0637427;RO=146;SAF=40;SAR=87;SRF=56;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744777;STB=0.537877;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0127723;OID=.;OPOS=46320313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:279:146:145:127:134:0.480287:87:40:56:90:91:43:56:89 chr21 46328099 . T C 6328.34 PASS AF=1;AO=379;DP=384;FAO=406;FDP=406;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=256;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.198;QD=62.3482;RBI=0.0163785;REFB=0;REVB=0.0121218;RO=0;SAF=138;SAR=241;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64979e-06;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:384:406:0:0:379:406:1:241:138:0:0:256:150:0:0 chr21 46330628 . C T 929.56 PASS AF=0.471154;AO=97;DP=208;FAO=98;FDP=208;FR=.;FRO=110;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=0.00513193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.365;QD=17.8761;RBI=0.0129599;REFB=0.00107129;REVB=0.0119005;RO=110;SAF=44;SAR=53;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00971447;STB=0.502369;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00142597;OID=.;OPOS=46330628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:110:110:97:98:0.471154:53:44:51:59:53:45:51:59 chr21 46330674 . C A 534.51 PASS AF=0.463415;AO=55;DP=121;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0423238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.875;QD=17.3824;RBI=0.0423261;REFB=-0.0113321;REVB=0.00044357;RO=66;SAF=22;SAR=33;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548709;STB=0.518318;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0125495;OID=.;OPOS=46330674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:66:66:55:57:0.463415:33:22:30:36:33:24:30:36 chr21 46353637 . T C 2298.75 PASS AF=0.452336;AO=241;DP=547;FAO=242;FDP=535;FR=.;FRO=293;FSAF=122;FSAR=120;FSRF=148;FSRR=145;FWDB=-0.00483942;FXX=0.0377691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.379;QD=17.1869;RBI=0.0118849;REFB=0.0118411;REVB=0.010855;RO=278;SAF=122;SAR=119;SRF=139;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605483;STB=0.500541;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0144117;OID=.;OPOS=46353637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:547:535:278:293:241:242:0.452336:119:122:139:139:120:122:148:145 chr21 46353678 . G A 1664.9 PASS AF=0.427896;AO=181;DP=423;FAO=181;FDP=423;FR=.;FRO=242;FSAF=99;FSAR=82;FSRF=124;FSRR=118;FWDB=0.00310352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.484;QD=15.7438;RBI=0.00991917;REFB=-0.00677628;REVB=0.00942115;RO=240;SAF=99;SAR=82;SRF=124;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312778;STB=0.519874;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00581015;OID=.;OPOS=46353678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:423:240:242:181:181:0.427896:82:99:124:116:82:99:124:118 chr21 46353949 . C G 588.55 PASS AF=0.388571;AO=68;DP=176;FAO=68;FDP=175;FR=.;FRO=107;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=-0.00554173;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.584;QD=13.4525;RBI=0.0164218;REFB=-0.0247756;REVB=-0.0154585;RO=105;SAF=38;SAR=30;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099262;STB=0.56724;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0321197;OID=.;OPOS=46353949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:105:107:68:68:0.388571:30:38:49:56:30:38:48:59 chr21 46353985 . A G 562.26 PASS AF=0.361702;AO=68;DP=188;FAO=68;FDP=188;FR=.;FRO=120;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=0.0242987;FXX=0.00529073;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.8367;QD=11.963;RBI=0.0744874;REFB=-0.00820273;REVB=0.0704127;RO=118;SAF=33;SAR=35;SRF=56;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119831;STB=0.504069;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0139711;OID=.;OPOS=46353985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:118:120:68:68:0.361702:35:33:56:62:35:33:59:61 chr21 46354055 . A G 3314.28 PASS AF=1;AO=204;DP=213;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210663;FXX=0.0403569;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.696;QD=61.9492;RBI=0.052891;REFB=0;REVB=-0.0485146;RO=0;SAF=105;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07288e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00459328;OID=.;OPOS=46354055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:214:0:0:204:214:1:99:105:0:0:109:105:0:0 chr21 46355710 . A G 1497.37 PASS AF=0.484177;AO=153;DP=316;FAO=153;FDP=316;FR=.;FRO=163;FSAF=73;FSAR=80;FSRF=71;FSRR=92;FWDB=-0.0325488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.475;QD=18.954;RBI=0.0327457;REFB=-0.0126026;REVB=0.00358603;RO=162;SAF=73;SAR=80;SRF=70;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423363;STB=0.521512;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0137695;OID=.;OPOS=46355710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:162:163:153:153:0.484177:80:73:70:92:80:73:71:92 chr21 46572572 . A G 4067.38 PASS AF=0.992424;AO=262;DP=265;FAO=262;FDP=264;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=159;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.035986;FXX=0.0112355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.605;QD=61.6269;RBI=0.0366792;REFB=-0.0881945;REVB=-0.00709736;RO=1;SAF=103;SAR=159;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460605;STB=0.504807;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000816221;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:265:264:1:2:262:262:0.992424:159:103:1:0:159:103:2:0 chr21 46705345 . G A 1541.63 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0195224;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.702;QD=57.6308;RBI=0.0208263;REFB=-0.153325;REVB=0.00725326;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509998;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000274742;OID=.;OPOS=46705345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:0:2:104:105:0.981308:56:48:0:0:56:49:2:0 chr21 46875564 . T C 4452.46 PASS AF=1;AO=279;DP=280;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=184;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.133788;FXX=0.00354597;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.278;QD=63.3802;RBI=0.136873;REFB=0;REVB=-0.0289005;RO=0;SAF=97;SAR=182;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88082e-05;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:280:281:0:0:279:281:1:182:97:0:0:184:97:0:0 chr21 46876561 . TGGGGGGG GTGGGGGG,TGGGGGGC 228.37 PASS AF=0,0.177914;AO=8,26;DP=165;FAO=0,29;FDP=163;FR=.,HEALED;FRO=105;FSAF=0,24;FSAR=0,5;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.101542,0.0260445;FXX=0.0121205;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=23.017,23.1904;QD=5.60407;RBI=0.148333,0.054784;REFB=-0.0746915,-0.0980213;REVB=-0.108129,0.0481972;RO=75;SAF=0,22;SAR=8,4;SRF=46;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.661994,0.366698;STB=0.5,0.77488;STBP=1,0.002;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.133667;OID=.,.;OPOS=46876561,46876568;OREF=TG,G;OALT=GT,C;OMAPALT=GTGGGGGG,TGGGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:165:163:75:105:8,26:0,29:0,0.177914:8,4:0,22:46:29:0,5:0,24:54:51 chr21 46924425 . CGGCCCCCCAGGC CGG,CGGC,CGGCCCCCCCGGC 576.43 PASS AF=0,0.837209,0.162791;AO=5,21,6;DP=49;FAO=0,36,7;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,0;FSAR=0,30,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573694,0.0488734,-0.254526;FXX=0.283286;HRUN=6,6,1;LEN=10,9,1;MLLD=180.93,185.331,61.5818;QD=53.6216;RBI=0.0574582,0.0488768,0.255153;REFB=0,0,0;REVB=-0.00319284,0.000577867,-0.0178726;RO=0;SAF=0,1,0;SAR=5,20,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.494118,0.494118,0;SSEP=0.550218,0.550218,0;SSSB=0,3.78928e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0126707,-0.0243959;OID=.,.,.;OPOS=46924428,46924426,46924434;OREF=CCCCCCAGGC,GGCCCCCCA,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=CGG,CGGC,CGGCCCCCCCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.837209,0.162791:5,21,6:49:0,36,7:43:0:0,6,0:0,30,7:0:0:45:0:0,1,0:5,20,6:0:0 chr21 46951556 . A G 4460.21 PASS AF=1;AO=276;DP=277;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.394;QD=63.2655;RBI=0.0135535;REFB=0;REVB=0.0100504;RO=0;SAF=128;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48269e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2359e-07;OID=.;OPOS=46951556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:277:282:0:0:276:282:1:148:128:0:0:152:130:0:0 chr21 46957794 . T C 6341.06 PASS AF=1;AO=396;DP=396;FAO=396;FDP=396;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=226;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.8;QD=64.0512;RBI=0.0433608;REFB=0;REVB=0.0310888;RO=0;SAF=170;SAR=226;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33482e-07;OID=.;OPOS=46957794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:396:396:0:0:396:396:1:226:170:0:0:226:170:0:0 chr21 47329352 . T C 3802.24 PASS AF=1;AO=234;DP=240;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958106;FXX=0.0156857;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.703;QD=60.5934;RBI=0.0435856;REFB=0;REVB=0.0425195;RO=0;SAF=129;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474837;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:240:251:0:0:234:251:1:105:129:0:0:120:131:0:0 chr21 47355240 . T C 839.34 PASS AF=0.448276;AO=89;DP=203;FAO=91;FDP=203;FR=.;FRO=112;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=-0.00703898;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.501;QD=16.5387;RBI=0.0100955;REFB=-0.00905599;REVB=-0.00723686;RO=110;SAF=51;SAR=38;SRF=62;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954018;STB=0.516268;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0120384;OID=.;OPOS=47355240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:110:112:89:91:0.448276:38:51:62:48:38:53:62:50 chr21 47409503 . A G 2712.89 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.25;QD=62.3654;RBI=0.0169638;REFB=0;REVB=0.00195579;RO=0;SAF=110;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.99014e-06;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:174:0:0:173:174:1:63:110:0:0:64:110:0:0 chr21 47409706 . G A 774.3 PASS AF=0.482143;AO=80;DP=167;FAO=81;FDP=168;FR=.;FRO=87;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=0.0403559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8125;QD=18.4356;RBI=0.0431849;REFB=-0.00410398;REVB=0.0153734;RO=86;SAF=40;SAR=40;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873401;STB=0.54745;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00377668;OID=.;OPOS=47409706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:86:87:80:81:0.482143:40:40:51:35:40:41:52:35 chr21 47410931 . T C 652.77 PASS AF=0.381188;AO=77;DP=203;FAO=77;FDP=202;FR=.;FRO=125;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=-0.0358246;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.09;QD=12.9262;RBI=0.0371036;REFB=-0.00115865;REVB=0.00965776;RO=122;SAF=36;SAR=41;SRF=58;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00859216;STB=0.512695;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00218135;OID=.;OPOS=47410931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:122:125:77:77:0.381188:41:36:58:64:41:36:61:64 chr21 47417415 . C A 400.16 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=63;FWDB=0.0680295;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4472;QD=14.5514;RBI=0.0880657;REFB=-0.0138561;REVB=0.0559246;RO=64;SAF=2;SAR=44;SRF=2;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831766;STB=0.618457;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0253281;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:44:2:2:62:44:2:1:63 chr21 47420723 . G C 2067.08 PASS AF=0.548747;AO=197;DP=358;FAO=197;FDP=359;FR=.;FRO=162;FSAF=71;FSAR=126;FSRF=106;FSRR=56;FWDB=0.00973147;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.094;QD=23.0315;RBI=0.0187054;REFB=-0.0178564;REVB=-0.0159747;RO=136;SAF=71;SAR=126;SRF=102;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291475;STB=0.633134;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0102353;OID=.;OPOS=47420723;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:359:136:162:197:197:0.548747:126:71:102:34:126:71:106:56 chr21 47420726 . C G 5253.19 PASS AF=1;AO=298;DP=310;FAO=338;FDP=338;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=165;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546337;FXX=0.00294977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6256;QD=62.1679;RBI=0.067533;REFB=0;REVB=0.0396972;RO=0;SAF=160;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84835e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143717;OID=.;OPOS=47420726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:310:338:0:0:298:338:1:138:160:0:0:173:165:0:0 chr21 47423040 . A G 549.41 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=48;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=23;FWDB=0.00593921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3974;QD=16.1592;RBI=0.0604878;REFB=-0.00209229;REVB=-0.0601955;RO=76;SAF=48;SAR=11;SRF=54;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151343;STB=0.592558;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00338109;OID=.;OPOS=47423040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:77:59:59:0.433824:11:48:54:22:11:48:54:23 chr21 47423389 . G A 104.88 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0234238;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.67;QD=17.4796;RBI=0.065504;REFB=0.00704731;REVB=0.0611727;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00606657;OID=.;OPOS=47423389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:24:12:12:12:12:0.5:6:6:6:6:6:6:6:6 chr21 47423507 . G A 672.26 PASS AF=0.464516;AO=70;DP=154;FAO=72;FDP=155;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.0184717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.303;QD=17.3486;RBI=0.0255604;REFB=-0.00705824;REVB=0.0176672;RO=81;SAF=37;SAR=33;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152253;STB=0.5685;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0097358;OID=.;OPOS=47423507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:81:83:70:72:0.464516:33:37:30:51:35:37:32:51 chr21 47423636 . C T 1269.45 PASS AF=0.503937;AO=128;DP=254;FAO=128;FDP=254;FR=.;FRO=126;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=54;FSRR=72;FWDB=0.00836678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.303;QD=19.9914;RBI=0.00836715;REFB=-0.00812512;REVB=7.92941e-05;RO=124;SAF=68;SAR=60;SRF=54;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085851;STB=0.550802;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00713967;OID=.;OPOS=47423636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:124:126:128:128:0.503937:60:68:54:70:60:68:54:72 chr21 47536546 . C T 2701.86 PASS AF=0.988764;AO=174;DP=183;FAO=176;FDP=178;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0364907;FXX=0.0273209;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.389;QD=60.7159;RBI=0.0409076;REFB=0.0826863;REVB=-0.0184896;RO=1;SAF=103;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0045993;STB=0.500986;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.000340368;OID=.;OPOS=47536546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:183:178:1:2:174:176:0.988764:71:103:1:0:73:103:1:1 chr21 47538960 . G A 1153.47 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824688;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.239;QD=59.9204;RBI=0.0919948;REFB=0;REVB=0.0407671;RO=2;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010208;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:77:2:0:72:77:1:28:44:0:2:30:47:0:0 chr21 47542861 . A G 1143.51 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2717;QD=60.1848;RBI=0.0433769;REFB=0;REVB=-0.0398128;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393666;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:42:33:0:0:42:34:0:0 chr21 47545155 . A G 2444.82 PASS AF=1;AO=154;DP=157;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211356;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.064;QD=60.741;RBI=0.120934;REFB=0;REVB=-0.119072;RO=0;SAF=80;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134438;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:157:161:0:0:154:161:1:74:80:0:0:76:85:0:0 chr21 47545378 . G C,GC 42.21 PASS AF=0,0.121212;AO=4,20;DP=105;FAO=0,12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=0,4;FSAR=0,8;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=-0.114803,-0.114784;FXX=0.0480723;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=54.4503,126.371;QD=1.70535;RBI=0.117359,0.115714;REFB=-0.00403663,-0.00146853;REVB=-0.02436,-0.0146386;RO=80;SAF=0,9;SAR=4,11;SRF=37;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.435825,-0.0158964;STB=0.5,0.615188;STBP=1,0.431;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0924804;OID=.,.;OPOS=47545378,47545379;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:105:99:80:87:4,20:0,12:0,0.121212:4,11:0,9:37:43:0,8:0,4:40:47 chr21 47545768 . G A 1044.12 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9987;QD=59.6638;RBI=0.0181429;REFB=0;REVB=-0.0134009;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197149;OID=.;OPOS=47545768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr21 47545823 . G A 2030.32 PASS AF=0.985294;AO=132;DP=135;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0122364;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.5;QD=59.7153;RBI=0.1551;REFB=-0.155314;REVB=0.154617;RO=3;SAF=73;SAR=59;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235506;STB=0.508063;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000863419;OID=.;OPOS=47545823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:135:136:3:2:132:134:0.985294:59:73:0:3:61:73:0:2 chr21 47545826 . C T 2172.98 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=139;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000446907;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5097;QD=62.0853;RBI=0.00490313;REFB=-0.0924517;REVB=0.00488272;RO=1;SAF=76;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621491;STB=0.503268;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000896478;OID=.;OPOS=47545826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:140:1:1:138:139:0.992857:62:76:1:0:63:76:1:0 chr21 47545913 . G A 3422.14 PASS AF=1;AO=219;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.646;QD=62.5049;RBI=0.0180683;REFB=0;REVB=0.0163697;RO=0;SAF=122;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58033e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72891e-05;OID=.;OPOS=47545913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:219:0:0:219:219:1:97:122:0:0:97:122:0:0 chr21 47551909 . G A 1021.28 PASS AF=0.407143;AO=114;DP=280;FAO=114;FDP=280;FR=.;FRO=166;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=85;FSRR=81;FWDB=0.0117117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.573;QD=14.5897;RBI=0.0176405;REFB=-0.0160083;REVB=0.0131918;RO=165;SAF=57;SAR=57;SRF=84;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00961406;STB=0.507142;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0193948;OID=.;OPOS=47551909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:165:166:114:114:0.407143:57:57:84:81:57:57:85:81 chr21 47556793 . C T 1679.44 PASS AF=0.966387;AO=104;DP=109;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=90;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0303817;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.907;QD=56.4517;RBI=0.0407444;REFB=0.0154326;REVB=0.0271488;RO=3;SAF=79;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304893;STB=0.51374;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-5.83846e-05;OID=.;OPOS=47556793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:109:119:3:4:104:115:0.966387:25:79:1:2:25:90:2:2 chr21 47558473 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.102;QD=56.7066;RBI=0.0455784;REFB=0;REVB=0.0279806;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275982;OID=.;OPOS=47558473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr21 47575372 . C T 742.51 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0475611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7413;QD=53.0366;RBI=0.0773283;REFB=-0.105999;REVB=0.0609721;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219106;STB=0.504165;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0217628;OID=.;OPOS=47575372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:33:21:1:0:33:21:1:1 chr21 47608580 . G A 803.91 PASS AF=0.503067;AO=82;DP=162;FAO=82;FDP=163;FR=.;FRO=81;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00105024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.727;QD=19.7278;RBI=0.0031571;REFB=-0.022994;REVB=-0.0029773;RO=78;SAF=49;SAR=33;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065368;STB=0.540183;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0189234;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:78:81:82:82:0.503067:33:49:41:37:33:49:42:39 chr21 47609677 . A G 513.41 PASS AF=0.395833;AO=56;DP=141;FAO=57;FDP=144;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=-0.000934283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.103;QD=14.2614;RBI=0.0952813;REFB=-0.0150476;REVB=-0.0952767;RO=84;SAF=41;SAR=15;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181275;STB=0.598254;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0248511;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:84:87:56:57:0.395833:15:41:49:35:15:42:52:35 chr21 47610066 . T C 849.62 PASS AF=0.58209;AO=78;DP=134;FAO=78;FDP=134;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0379212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.313;QD=25.3618;RBI=0.0381701;REFB=-0.0198144;REVB=0.00435211;RO=56;SAF=34;SAR=44;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035911;STB=0.519546;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0134551;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:56:56:78:78:0.58209:44:34:27:29:44:34:27:29 chr21 47612466 . A G 283.31 PASS AF=0.307087;AO=39;DP=125;FAO=39;FDP=127;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=0.00331356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.005;QD=8.92324;RBI=0.0201526;REFB=-0.0182239;REVB=0.0198783;RO=86;SAF=22;SAR=17;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920277;STB=0.551555;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0409551;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:86:88:39:39:0.307087:17:22:55:31:17:22:56:32 chr21 47612471 . T C 331.63 PASS AF=0.336;AO=42;DP=125;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=0.0179134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.284;QD=10.612;RBI=0.0232152;REFB=-0.0102238;REVB=0.0147668;RO=83;SAF=25;SAR=17;SRF=52;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376749;STB=0.521712;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0264444;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:83:83:42:42:0.336:17:25:52:31:17:25:52:31 chr21 47612512 . C CTG 157.34 PASS AF=0.255556;AO=21;DP=102;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.0612915;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.725;QD=6.99276;RBI=0.0795847;REFB=-0.0268907;REVB=-0.0507649;RO=80;SAF=11;SAR=10;SRF=56;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229865;STB=0.582261;STBP=0.418;TYPE=ins;VARB=0.0773947;OID=.;OPOS=47612513;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255556:21:102:23:90:67:13:10:45:22:99:80:11:10:56:24 chr21 47613004 . T C 64.28 PASS AF=0.168539;AO=12;DP=89;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0991524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.22;QD=2.88904;RBI=0.138229;REFB=-0.0156494;REVB=-0.0963116;RO=75;SAF=4;SAR=8;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21577;STB=0.527699;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.157664;OID=.;OPOS=47613004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:89:89:75:74:12:15:0.168539:8:4:38:37:8:7:37:37 chr21 47613161 . C T 120.05 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00313826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9408;QD=8.42419;RBI=0.0463259;REFB=-0.024457;REVB=-0.0462195;RO=40;SAF=7;SAR=10;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245675;STB=0.646299;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0831085;OID=.;OPOS=47613161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:10:7:25:15:10:7:25:15 chr21 47613168 . G A 32.29 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.143073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3211;QD=3.31187;RBI=0.151929;REFB=-0.0109776;REVB=0.0511121;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113667;STB=0.581538;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0667315;OID=.;OPOS=47613168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:39:39:33:33:6:6:0.153846:2:4:19:14:2:4:19:14 chr21 47613570 . T C 59.94 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0988311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7737;QD=3.37666;RBI=0.118149;REFB=-0.0544917;REVB=-0.0647431;RO=57;SAF=6;SAR=6;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765604;STB=0.549214;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.218748;OID=.;OPOS=47613570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:70:71:57:59:12:12:0.169014:6:6:25:32:6:6:26:33 chr21 47613623 . C T 78.01 PASS AF=0.12766;AO=20;DP=141;FAO=18;FDP=141;FR=.;FRO=123;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=88;FWDB=0.0484773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7957;QD=2.21306;RBI=0.0930912;REFB=-0.0213029;REVB=-0.0794727;RO=114;SAF=8;SAR=12;SRF=35;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128692;STB=0.645656;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.1429;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:141:141:114:123:20:18:0.12766:12:8:35:79:10:8:35:88 chr21 47613639 . C T 76.12 PASS AF=0.154639;AO=16;DP=97;FAO=15;FDP=97;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=-0.0558987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1202;QD=3.1389;RBI=0.0831455;REFB=-0.00883351;REVB=-0.0615508;RO=79;SAF=5;SAR=11;SRF=29;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764158;STB=0.597307;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0422539;OID=.;OPOS=47613639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:97:97:79:82:16:15:0.154639:11:5:29:50:11:4:30:52 chr21 47614443 . A G 762.05 PASS AF=0.420513;AO=82;DP=195;FAO=82;FDP=195;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=-0.0662504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8798;QD=15.6318;RBI=0.0673103;REFB=0.00702006;REVB=0.0118981;RO=113;SAF=36;SAR=46;SRF=47;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243926;STB=0.513627;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.0111487;OID=.;OPOS=47614443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:113:113:82:82:0.420513:46:36:47:66:46:36:47:66 chr21 47614469 . A C 689.79 PASS AF=0.392857;AO=77;DP=196;FAO=77;FDP=196;FR=.;FRO=119;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=72;FWDB=-0.00746152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.157;QD=14.0774;RBI=0.0104527;REFB=-0.00185399;REVB=0.00732018;RO=119;SAF=36;SAR=41;SRF=47;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791477;STB=0.544494;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0029695;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:119:119:77:77:0.392857:41:36:47:72:41:36:47:72 chr21 47635212 . G A 496.26 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=52;FWDB=-0.0298944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.783;QD=15.038;RBI=0.0329449;REFB=-0.00521219;REVB=0.0138451;RO=77;SAF=24;SAR=31;SRF=25;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120327;STB=0.567336;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00645474;OID=.;OPOS=47635212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:77:55:55:0.416667:31:24:25:52:31:24:25:52 chr21 47660749 . A C 475.5 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0247264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.992;QD=19.2119;RBI=0.0257576;REFB=-0.0160456;REVB=0.00721503;RO=52;SAF=22;SAR=25;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084436;STB=0.546956;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0171025;OID=.;OPOS=47660749;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:25:22:29:23:25:22:29:23 chr21 47660867 . G A 524.18 PASS AF=0.428571;AO=57;DP=132;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.02736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1605;QD=15.7647;RBI=0.0279987;REFB=0.00994473;REVB=-0.00594649;RO=75;SAF=34;SAR=23;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224251;STB=0.628602;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0109321;OID=.;OPOS=47660867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:75:76:57:57:0.428571:23:34:28:47:23:34:28:48 chr21 47676711 . G A 1042.31 PASS AF=0.629371;AO=90;DP=143;FAO=90;FDP=143;FR=.;FRO=53;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0581213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6285;QD=29.1555;RBI=0.0785338;REFB=0.0178627;REVB=0.0528155;RO=53;SAF=49;SAR=41;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088623;STB=0.5479;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00981107;OID=.;OPOS=47676711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:53:53:90:90:0.629371:41:49:22:31:41:49:22:31 chr21 47685939 . A G 1141.94 PASS AF=0.495652;AO=114;DP=230;FAO=114;FDP=230;FR=.;FRO=116;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=60;FSRR=56;FWDB=-0.0308273;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.641;QD=19.8598;RBI=0.0309954;REFB=-0.0122336;REVB=0.00322296;RO=115;SAF=62;SAR=52;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028312;STB=0.509032;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0131181;OID=.;OPOS=47685939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:115:116:114:114:0.495652:52:62:59:56:53:61:60:56 chr21 47734659 . G A 799.27 PASS AF=0.471591;AO=82;DP=175;FAO=83;FDP=176;FR=.;FRO=93;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=33;FWDB=-0.00534048;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.933;QD=18.1652;RBI=0.00664914;REFB=-0.0175476;REVB=-0.0039611;RO=85;SAF=43;SAR=39;SRF=56;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125554;STB=0.567555;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0207268;OID=.;OPOS=47734659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:85:93:82:83:0.471591:39:43:56:29:40:43:60:33 chr21 47773177 . C T 497.66 PASS AF=0.504854;AO=51;DP=101;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0388725;FXX=0.0190458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.624;QD=19.3266;RBI=0.0442143;REFB=-0.00531534;REVB=0.0210673;RO=49;SAF=15;SAR=36;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548824;STB=0.548607;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00489156;OID=.;OPOS=47773177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:49:51:51:52:0.504854:36:15:17:32:37:15:19:32 chr21 47777063 . G A 482.24 PASS AF=0.52809;AO=46;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.015953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.917;QD=21.6738;RBI=0.0185988;REFB=-0.0153399;REVB=0.00956113;RO=41;SAF=23;SAR=23;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15667;STB=0.573866;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0139109;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:42:46:47:0.52809:23:23:13:28:24:23:14:28 chr21 47783796 . T C 680.58 PASS AF=0.485714;AO=68;DP=140;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0268474;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.755;QD=19.4452;RBI=0.0270737;REFB=-0.010807;REVB=-0.00349289;RO=71;SAF=32;SAR=36;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207247;STB=0.508001;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0168135;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:71:72:68:68:0.485714:36:32:35:36:36:32:35:37 chr21 47786524 . A G 457.73 PASS AF=0.4;AO=52;DP=130;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.00607485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4317;QD=14.0839;RBI=0.0244655;REFB=-0.0123853;REVB=0.0236993;RO=75;SAF=29;SAR=23;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398244;STB=0.534787;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0123832;OID=.;OPOS=47786524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:75:78:52:52:0.4:23:29:39:36:23:29:39:39 chr21 47786817 . C G 1083.07 PASS AF=0.567416;AO=101;DP=178;FAO=101;FDP=178;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=67;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0330881;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4059;QD=24.3387;RBI=0.062943;REFB=0.0193383;REVB=0.0535444;RO=76;SAF=34;SAR=67;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137032;STB=0.572363;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0144506;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:76:77:101:101:0.567416:67:34:38:38:67:34:38:39 chr21 47787002 . T C 663.71 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=129;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0063597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.723;QD=20.5801;RBI=0.0225449;REFB=-0.000798043;REVB=-0.0216293;RO=63;SAF=36;SAR=30;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375867;STB=0.520679;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000881254;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:63:66:66:0.511628:30:36:37:26:30:36:37:26 chr21 47808679 . C T 664.22 PASS AF=0.546218;AO=65;DP=119;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.026108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.785;QD=22.3266;RBI=0.026273;REFB=-0.0203359;REVB=0.00294036;RO=54;SAF=38;SAR=27;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226971;STB=0.512426;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0158243;OID=.;OPOS=47808679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:54:54:65:65:0.546218:27:38:33:21:27:38:33:21 chr21 47821588 . A G 419.37 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0977112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.989;QD=20.2107;RBI=0.097724;REFB=-0.0266969;REVB=0.00158406;RO=41;SAF=20;SAR=22;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320894;STB=0.517787;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0301356;OID=.;OPOS=47821588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:22:20:21:20:22:20:21:20 chr21 47848306 . CA AG 114.98 PASS AF=0.0830986;AO=61;DP=711;FAO=59;FDP=710;FR=.;FRO=651;FSAF=54;FSAR=5;FSRF=282;FSRR=369;FWDB=0.0307417;FXX=0.0125172;HRUN=5;LEN=2;MLLD=32.2191;QD=0.647774;RBI=0.0317659;REFB=-0.0214959;REVB=-0.00800135;RO=643;SAF=56;SAR=5;SRF=279;SRR=364;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560706;STB=0.923067;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.187019;OID=.;OPOS=47848306;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:711:710:643:651:61:59:0.0830986:5:56:279:364:5:54:282:369 chr21 47848310 . G C 151.33 PASS AF=0.0858726;AO=63;DP=722;FAO=62;FDP=722;FR=.;FRO=660;FSAF=57;FSAR=5;FSRF=275;FSRR=385;FWDB=-0.0793152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.424;QD=0.838383;RBI=0.0821912;REFB=-0.000911532;REVB=-0.0215522;RO=597;SAF=58;SAR=5;SRF=228;SRR=369;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611902;STB=0.930386;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.106922;OID=.;OPOS=47848310;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:722:722:597:660:63:62:0.0858726:5:58:228:369:5:57:275:385 chr21 47850484 . G C 827.17 PASS AF=0.388664;AO=96;DP=243;FAO=96;FDP=247;FR=.;FRO=151;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=100;FWDB=0.00687904;FXX=0.027558;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.289;QD=13.3954;RBI=0.042671;REFB=-0.0108186;REVB=-0.0421129;RO=142;SAF=46;SAR=50;SRF=50;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136752;STB=0.587217;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0130607;OID=.;OPOS=47850484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:247:142:151:96:96:0.388664:50:46:50:92:50:46:51:100 chr21 47851753 . A G 723.4 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=0.0032799;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.97;QD=18.9124;RBI=0.00989995;REFB=-0.00693886;REVB=-0.00934084;RO=78;SAF=31;SAR=44;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275135;STB=0.515169;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00743422;OID=.;OPOS=47851753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:78:78:75:75:0.490196:44:31:30:48:44:31:30:48 chr21 47851796 . G A 541.93 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00088689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.886;QD=20.8435;RBI=0.0113397;REFB=-0.0040347;REVB=0.011305;RO=49;SAF=30;SAR=25;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825907;STB=0.545438;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00322371;OID=.;OPOS=47851796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:25:30:22:27:25:30:22:27 chr21 47855876 . A G 1119.6 PASS AF=0.487069;AO=110;DP=228;FAO=113;FDP=232;FR=.;FRO=119;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=60;FSRR=59;FWDB=0.00507498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.465;QD=19.3034;RBI=0.0404225;REFB=-0.0283201;REVB=-0.0401026;RO=118;SAF=65;SAR=45;SRF=60;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787746;STB=0.546315;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0245555;OID=.;OPOS=47855876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:232:118:119:110:113:0.487069:45:65:60:58:46:67:60:59 chr21 47970581 . G A 618.31 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=154;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0200214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4572;QD=16.0599;RBI=0.0457643;REFB=0.018627;REVB=0.0411523;RO=86;SAF=31;SAR=37;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102231;STB=0.556957;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0256079;OID=.;OPOS=47970581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:86:86:68:68:0.441558:37:31:48:38:37:31:48:38 chr21 47974582 . A G 3650.3 PASS AF=1;AO=231;DP=234;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987273;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.301;QD=62.9363;RBI=0.0230271;REFB=-0.100154;REVB=-0.0208033;RO=0;SAF=120;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215736;OID=.;OPOS=47974582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:232:0:0:231:232:1:111:120:0:0:112:120:0:0 chr21 47978321 . G C,GC 3557.44 PASS AF=0.0462185,0.953782;AO=15,200;DP=246;FAO=11,227;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=3,99;FSAR=8,128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045822,0.0127052;FXX=0.00418393;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=11.4954,27.4813;QD=59.7889;RBI=0.104011,0.116497;REFB=0,0;REVB=0.0933735,0.115802;RO=20;SAF=3,82;SAR=12,118;SRF=16;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.567314,-0.0685895;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0491589,0.00266607;OID=.,.;OPOS=47978321,47978322;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:246:238:20:0:15,200:11,227:0.0462185,0.953782:12,118:3,82:16:4:8,128:3,99:0:0 chr21 48022230 . C G 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0506867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.966;QD=63.8864;RBI=0.0507147;REFB=0;REVB=0.00168619;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103159;OID=.;OPOS=48022230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:45:52:0:0:45:52:0:0 chr21 48063476 . C G 2724.25 PASS AF=0.978022;AO=178;DP=182;FAO=178;FDP=182;FR=.;FRO=4;FSAF=81;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0148319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7438;QD=59.8735;RBI=0.0230954;REFB=-0.0857869;REVB=0.0177034;RO=4;SAF=81;SAR=97;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192225;STB=0.5101;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00947083;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:182:182:4:4:178:178:0.978022:97:81:0:4:97:81:0:4 chr22 16287372 . C T 211.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911145;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.168;QD=49.6936;RBI=0.0193112;REFB=0;REVB=-0.0170265;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.54695e-05;OID=.;OPOS=16287372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr22 17072483 . A G 564.94 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00507315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.589;QD=24.2985;RBI=0.00525295;REFB=-0.0160863;REVB=-0.00136259;RO=39;SAF=23;SAR=29;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135009;STB=0.573519;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0142534;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:39:41:52:52:0.55914:29:23:24:15:29:23:25:16 chr22 17073066 . A G 447.0 PASS AF=0.694915;AO=40;DP=58;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.048925;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.414;QD=30.3048;RBI=0.049419;REFB=-0.0312065;REVB=0.00697018;RO=18;SAF=23;SAR=17;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435264;STB=0.518788;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0155394;OID=.;OPOS=17073066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:18:18:40:41:0.694915:17:23:9:9:18:23:9:9 chr22 17073475 . C T 444.76 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=-0.00643608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.865;QD=16.4726;RBI=0.0119142;REFB=0.00142204;REVB=-0.0100262;RO=59;SAF=26;SAR=23;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219205;STB=0.621776;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00126493;OID=.;OPOS=17073475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:23:26:18:41:23:26:18:41 chr22 17264565 . G T 1400.05 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015802;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.665;QD=62.9236;RBI=0.0161014;REFB=0;REVB=-0.00309048;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218455;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr22 17264904 . A G 769.09 PASS AF=0.612069;AO=71;DP=117;FAO=71;FDP=116;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0305794;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.167;QD=26.5205;RBI=0.0314293;REFB=-0.00252178;REVB=-0.00725941;RO=45;SAF=37;SAR=34;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00874229;STB=0.504744;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00188071;OID=.;OPOS=17264904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:45:45:71:71:0.612069:34:37:24:21:34:37:24:21 chr22 17265124 . A C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776621;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.029;QD=64.1539;RBI=0.00864313;REFB=0;REVB=-0.00379336;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63786e-05;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr22 17265194 . G A 364.44 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0320356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.153;QD=23.8976;RBI=0.0334525;REFB=-0.0107824;REVB=-0.00963248;RO=25;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844713;STB=0.546347;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00693733;OID=.;OPOS=17265194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:17:19:16:9:17:19:16:9 chr22 17446123 . C T 477.76 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0283972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.317;QD=22.2214;RBI=0.0284421;REFB=-0.00995717;REVB=0.0015981;RO=39;SAF=29;SAR=17;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949499;STB=0.50981;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00784571;OID=.;OPOS=17446123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:39:40:46:46:0.534884:17:29:25:14:17:29:26:14 chr22 17446991 . C T 522.81 PASS AF=0.425373;AO=56;DP=135;FAO=57;FDP=134;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0206708;FXX=0.00740686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5855;QD=15.6063;RBI=0.0303301;REFB=-0.0211591;REVB=-0.0221953;RO=75;SAF=26;SAR=30;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705015;STB=0.551237;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0278571;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:75:77:56:57:0.425373:30:26:40:35:31:26:42:35 chr22 17582877 . G T 170.62 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00276617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.956;QD=10.833;RBI=0.0101777;REFB=-0.00565261;REVB=0.00979461;RO=41;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088786;STB=0.551951;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0104943;OID=.;OPOS=17582877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:15:7:16:25:15:7:16:25 chr22 17586471 . C T 3391.38 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.832;QD=62.5139;RBI=0.0433385;REFB=0;REVB=0.000832339;RO=0;SAF=102;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25326e-05;OID=.;OPOS=17586471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:197:217:0:0:197:217:1:95:102:0:0:98:119:0:0 chr22 17590599 . C T 536.65 PASS AF=0.349462;AO=65;DP=186;FAO=65;FDP=186;FR=.;FRO=121;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=-0.038781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.3;QD=11.5409;RBI=0.0413106;REFB=-0.00517328;REVB=0.0142338;RO=121;SAF=25;SAR=40;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147495;STB=0.584357;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0101401;OID=.;OPOS=17590599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:121:121:65:65:0.349462:40:25:62:59:40:25:62:59 chr22 17597940 . CAG C,CG 426.0 PASS AF=0,0.40625;AO=15,34;DP=128;FAO=0,52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=0,19;FSAR=0,33;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=-0.00330678,-0.0022051;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=122.761,124.15;QD=13.3125;RBI=0.031322,0.0165593;REFB=-0.00798796,-0.00982122;REVB=-0.0311469,0.0164119;RO=68;SAF=1,17;SAR=14,17;SRF=22;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.490317,0.204359;STB=0.5,0.506499;STBP=1,0.921;TYPE=del,del;VARB=0.0190565,0.0173887;OID=.,.;OPOS=17597941,17597941;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.40625:15,34:128:0,52:128:76:0,19:0,33:27:49:99:68:1,17:14,17:22:46 chr22 17600689 . G A 467.46 PASS AF=0.345238;AO=51;DP=164;FAO=58;FDP=168;FR=.;FRO=110;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=0.00739983;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.645;QD=11.1299;RBI=0.0587208;REFB=-0.0193904;REVB=0.0582527;RO=111;SAF=27;SAR=24;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561685;STB=0.575689;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0362061;OID=.;OPOS=17600689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:168:111:110:51:58:0.345238:24:27:64:47:31:27:64:46 chr22 17602839 . G A 1448.04 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.284;QD=62.9582;RBI=0.033507;REFB=0;REVB=0.030151;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106521;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:45:47:0:0:45:47:0:0 chr22 17603477 . A G 2332.14 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.896;QD=60.971;RBI=0.0285607;REFB=0;REVB=-0.0132866;RO=0;SAF=82;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16834e-05;OID=.;OPOS=17603477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:153:0:0:150:153:1:68:82:0:0:69:84:0:0 chr22 17630486 . C A 209.66 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.0119769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.522;QD=9.63967;RBI=0.0126236;REFB=-0.00655278;REVB=-0.00398866;RO=60;SAF=17;SAR=10;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258393;STB=0.515168;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0139553;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:60:27:27:0.310345:10:17:39:21:10:17:39:21 chr22 17640399 . G GGGC 2698.62 PASS AF=0.569196;AO=242;DP=479;FAO=255;FDP=448;FR=.;FRO=193;FSAF=117;FSAR=138;FSRF=91;FSRR=102;FWDB=-0.00643104;FXX=0.0132156;HRUN=3;LEN=3;MLLD=209.739;QD=24.0948;RBI=0.0137629;REFB=-0.0333569;REVB=-0.012168;RO=230;SAF=113;SAR=129;SRF=108;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00235072;STB=0.505494;STBP=0.776;TYPE=ins;VARB=0.0264101;OID=.;OPOS=17640400;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.569196:242:479:255:448:193:117:138:91:102:99:230:113:129:108:122 chr22 17669306 . T C 360.14 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0237656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2362;QD=15.0056;RBI=0.0499128;REFB=0.0136831;REVB=0.0438918;RO=57;SAF=19;SAR=20;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961057;STB=0.554343;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.0243104;OID=.;OPOS=17669306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:20:19:33:24:20:19:33:24 chr22 17990852 . G A 1359.24 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000840725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.128;QD=62.4939;RBI=0.0125862;REFB=0;REVB=-0.0125581;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.72242e-06;OID=.;OPOS=17990852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:53:33:0:0:53:34:0:0 chr22 18209612 . CA C,CG 713.64 PASS AF=0.208333,0.791667;AO=16,32;DP=49;FAO=10,38;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=10,7;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440858,0.0844693;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=38.8036,58.7575;QD=59.4701;RBI=0.0904906,0.144774;REFB=0,0;REVB=-0.0790252,-0.117577;RO=0;SAF=16,1;SAR=0,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00753844,0.0606338;OID=.,.;OPOS=18209613,18209613;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.208333,0.791667:16,32:49:10,38:48:0:10,7:0,31:0:0:25:0:16,1:0,31:0:0 chr22 18210704 . G C 773.14 PASS AF=0.37037;AO=88;DP=241;FAO=90;FDP=243;FR=.;FRO=153;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=-0.0490827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7274;QD=12.7265;RBI=0.0490837;REFB=-0.00543184;REVB=-0.000316106;RO=152;SAF=36;SAR=52;SRF=70;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586812;STB=0.52676;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00737689;OID=.;OPOS=18210704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:243:152:153:88:90:0.37037:52:36:70:82:52:38:71:82 chr22 18211021 . T C 501.54 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.014509;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.254;QD=27.1101;RBI=0.0236113;REFB=0.0296028;REVB=0.0186274;RO=28;SAF=18;SAR=28;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250402;STB=0.513642;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00714258;OID=.;OPOS=18211021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:28:28:46:46:0.621622:28:18:10:18:28:18:10:18 chr22 18211983 . T C 832.18 PASS AF=0.534247;AO=78;DP=147;FAO=78;FDP=146;FR=.;FRO=68;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0103979;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=345.497;QD=22.7995;RBI=0.0110432;REFB=-0.00495717;REVB=-0.00371958;RO=67;SAF=44;SAR=34;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984331;STB=0.557339;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00423344;OID=.;OPOS=18211983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:67:68:78:78:0.534247:34:44:30:37:34:44:30:38 chr22 18300240 . T C 706.94 PASS AF=0.382488;AO=83;DP=218;FAO=83;FDP=217;FR=.;FRO=134;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=70;FSRR=64;FWDB=-0.00867489;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.6;QD=13.0311;RBI=0.0190981;REFB=-0.00677567;REVB=-0.0170143;RO=131;SAF=36;SAR=47;SRF=69;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10123;STB=0.554899;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0119891;OID=.;OPOS=18300240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:131:134:83:83:0.382488:47:36:69:62:47:36:70:64 chr22 18300348 . A G 1259.45 PASS AF=0.588542;AO=113;DP=192;FAO=113;FDP=192;FR=.;FRO=79;FSAF=49;FSAR=64;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.0172327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.812;QD=26.2386;RBI=0.0254863;REFB=-0.0120161;REVB=-0.0187772;RO=79;SAF=49;SAR=64;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418965;STB=0.5227;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0107568;OID=.;OPOS=18300348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:79:79:113:113:0.588542:64:49:30:49:64:49:30:49 chr22 18300594 . G A 959.19 PASS AF=0.381944;AO=109;DP=288;FAO=110;FDP=288;FR=.;FRO=178;FSAF=75;FSAR=35;FSRF=89;FSRR=89;FWDB=-0.0130683;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.762;QD=13.3221;RBI=0.059284;REFB=-0.00964334;REVB=0.0578258;RO=177;SAF=75;SAR=34;SRF=88;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220476;STB=0.618329;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0166703;OID=.;OPOS=18300594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:177:178:109:110:0.381944:34:75:88:89:35:75:89:89 chr22 18300879 . G A 310.54 PASS AF=0.29927;AO=41;DP=137;FAO=41;FDP=137;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.0208906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8879;QD=9.0667;RBI=0.0524212;REFB=-0.00367884;REVB=-0.0480788;RO=95;SAF=21;SAR=20;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546999;STB=0.527992;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00650277;OID=.;OPOS=18300879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:95:96:41:41:0.29927:20:21:53:42:20:21:53:43 chr22 18324564 . C T 1481.93 PASS AF=0.525547;AO=144;DP=275;FAO=144;FDP=274;FR=.;FRO=130;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=68;FSRR=62;FWDB=0.0133167;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.902;QD=21.634;RBI=0.0261169;REFB=-0.0591118;REVB=0.0224668;RO=128;SAF=67;SAR=77;SRF=66;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434737;STB=0.527447;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0541597;OID=.;OPOS=18324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:274:128:130:144:144:0.525547:77:67:66:62:77:67:68:62 chr22 18571008 . G A 906.49 PASS AF=0.613636;AO=81;DP=132;FAO=81;FDP=132;FR=.;FRO=51;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00297335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.063;QD=27.4694;RBI=0.0191511;REFB=-0.0118545;REVB=0.0189189;RO=51;SAF=43;SAR=38;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150522;STB=0.508158;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00733342;OID=.;OPOS=18571008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:51:51:81:81:0.613636:38:43:26:25:38:43:26:25 chr22 18571828 . T C 641.28 PASS AF=0.629213;AO=56;DP=89;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0185451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.618;QD=28.8214;RBI=0.0193347;REFB=-0.00472159;REVB=0.00546878;RO=32;SAF=22;SAR=34;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102968;STB=0.547623;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0024488;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:32:33:56:56:0.629213:34:22:8:24:34:22:9:24 chr22 18572106 . T A 171.15 PASS AF=0.44186;AO=17;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0217953;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.805;QD=15.9206;RBI=0.025271;REFB=-0.0137212;REVB=0.0127901;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119634;STB=0.543815;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0175328;OID=.;OPOS=18572106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:17:19:0.44186:6:11:18:6:6:13:18:6 chr22 18609642 . C T 403.92 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.00406823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.122;QD=13.8091;RBI=0.0518973;REFB=-0.00634849;REVB=0.0517376;RO=70;SAF=12;SAR=35;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078169;STB=0.544354;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0129164;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:70:70:47:47:0.401709:35:12:22:48:35:12:22:48 chr22 18628436 . T C 177.78 PASS AF=0.292683;AO=24;DP=82;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0140936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.039;QD=8.67195;RBI=0.015618;REFB=0.00905508;REVB=-0.00673007;RO=56;SAF=13;SAR=11;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112149;STB=0.565735;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0151479;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:58:24:24:0.292683:11:13:25:31:11:13:26:32 chr22 18628499 . G T 701.4 PASS AF=0.39196;AO=78;DP=199;FAO=78;FDP=199;FR=.;FRO=121;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=71;FWDB=-0.00602933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.434;QD=14.0986;RBI=0.0161941;REFB=0.00123992;REVB=-0.0150298;RO=118;SAF=40;SAR=38;SRF=49;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10433;STB=0.560396;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00199761;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:118:121:78:78:0.39196:38:40:49:69:38:40:50:71 chr22 18628632 . C T 661.96 PASS AF=0.358744;AO=80;DP=224;FAO=80;FDP=223;FR=.;FRO=143;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=56;FSRR=87;FWDB=0.00528367;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0582;QD=11.8736;RBI=0.0227459;REFB=0.0191922;REVB=0.0221237;RO=143;SAF=40;SAR=40;SRF=56;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122554;STB=0.56949;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0288748;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:143:143:80:80:0.358744:40:40:56:87:40:40:56:87 chr22 18628715 . C T 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.000101386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.875;QD=15.6435;RBI=0.00348305;REFB=-0.00812502;REVB=0.00348157;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887593;STB=0.55097;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00988689;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:12:17:10:10:12:17 chr22 18835221 . A G 101.72 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.058;QD=40.6875;RBI=0.156367;REFB=0;REVB=0.156045;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186876;OID=.;OPOS=18835221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:4:4:0:0:6:4:0:0 chr22 18835365 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.72;QD=35.5759;RBI=0.0293804;REFB=0;REVB=0.0268542;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236703;OID=.;OPOS=18835365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr22 18900750 . G A 1576.28 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551709;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.468;QD=60.0486;RBI=0.0557164;REFB=0;REVB=-0.00777768;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66464e-05;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:56:48:0:0:56:49:0:0 chr22 18901004 . C T 517.89 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0122386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.285;QD=54.5149;RBI=0.013421;REFB=-0.141628;REVB=-0.00550816;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526301;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00226962;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:0:2:36:36:0.947368:18:18:0:0:18:18:2:0 chr22 18904414 . A G 1319.47 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.687;QD=61.3706;RBI=0.0646306;REFB=0;REVB=-0.0602137;RO=0;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.92857e-05;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:32:51:0:0:35:51:0:0 chr22 18907124 . G A 2239.13 PASS AF=0.980392;AO=152;DP=155;FAO=150;FDP=153;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0305686;FXX=0.0129024;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.575;QD=58.5394;RBI=0.032055;REFB=-0.104824;REVB=0.00964781;RO=0;SAF=77;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503268;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.000212797;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:155:153:0:3:152:150:0.980392:75:77:0:0:75:75:1:2 chr22 18908875 . A G 1315.48 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0431153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0492;QD=59.7943;RBI=0.0548176;REFB=-0.194636;REVB=-0.0338532;RO=2;SAF=45;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205893;STB=0.505375;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00545141;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:2:1:86:87:0.988636:41:45:2:0:41:46:1:0 chr22 18912678 . A G 2713.63 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6528;QD=62.3823;RBI=0.0440639;REFB=0;REVB=-0.02743;RO=0;SAF=77;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.13817e-05;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:97:77:0:0:97:77:0:0 chr22 19026613 . A G 521.3 PASS AF=0.382716;AO=62;DP=162;FAO=62;FDP=162;FR=.;FRO=100;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=0.0424478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6467;QD=12.8715;RBI=0.0467925;REFB=-0.0145516;REVB=-0.0196905;RO=95;SAF=28;SAR=34;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056291;STB=0.513498;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0290164;OID=.;OPOS=19026613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:95:100:62:62:0.382716:34:28:38:57:34:28:43:57 chr22 19034240 . A G 519.05 PASS AF=0.331606;AO=62;DP=192;FAO=64;FDP=193;FR=.;FRO=129;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=59;FSRR=70;FWDB=0.0119963;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.992;QD=10.7575;RBI=0.0153872;REFB=-0.0190467;REVB=-0.00963607;RO=128;SAF=34;SAR=28;SRF=58;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111089;STB=0.549258;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0362112;OID=.;OPOS=19034240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:128:129:62:64:0.331606:28:34:58:70:30:34:59:70 chr22 19048413 . A G 466.62 PASS AF=0.307692;AO=60;DP=195;FAO=60;FDP=195;FR=.;FRO=135;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=81;FSRR=54;FWDB=0.0033764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.222;QD=9.57159;RBI=0.0195851;REFB=-0.00804073;REVB=-0.0192918;RO=132;SAF=22;SAR=38;SRF=79;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271842;STB=0.659092;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0199162;OID=.;OPOS=19048413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:132:135:60:60:0.307692:38:22:79:53:38:22:81:54 chr22 19048449 . G A 280.58 PASS AF=0.294574;AO=38;DP=129;FAO=38;FDP=129;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.0455913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.94;QD=8.70017;RBI=0.0467673;REFB=-0.00852469;REVB=-0.0104219;RO=91;SAF=9;SAR=29;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41167;STB=0.742834;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0143947;OID=.;OPOS=19048449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:91:91:38:38:0.294574:29:9:52:39:29:9:52:39 chr22 19119545 . C T 160.24 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=93;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00249118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.064;QD=6.89204;RBI=0.00858354;REFB=-0.00448819;REVB=0.00821408;RO=67;SAF=12;SAR=11;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035841;STB=0.537782;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0136551;OID=.;OPOS=19119545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:67:70:23:23:0.247312:11:12:33:34:11:12:33:37 chr22 19119686 . C T 242.27 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00270277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.31;QD=10.4203;RBI=0.00356669;REFB=-0.00463231;REVB=-0.0023273;RO=63;SAF=16;SAR=14;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00740314;STB=0.50432;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0110966;OID=.;OPOS=19119686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:63:30:30:0.322581:14:16:34:29:14:16:34:29 chr22 19119751 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0102099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.634;QD=11.8303;RBI=0.0167482;REFB=-0.0164088;REVB=-0.0132763;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255529;STB=0.64911;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0182631;OID=.;OPOS=19119751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:4:14:6:5:4:14 chr22 19119938 . G A 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00285213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.002;QD=5.60024;RBI=0.0133186;REFB=-0.00479807;REVB=-0.0130096;RO=42;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169472;STB=0.609554;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0159274;OID=.;OPOS=19119938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:4:7:21:21:4:7:21:21 chr22 19122665 . C T 1202.38 PASS AF=0.383562;AO=138;DP=363;FAO=140;FDP=365;FR=.;FRO=225;FSAF=56;FSAR=84;FSRF=104;FSRR=121;FWDB=0.00837912;FXX=0.00273217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.78;QD=13.1768;RBI=0.00937477;REFB=-0.00543929;REVB=-0.00420436;RO=225;SAF=56;SAR=82;SRF=104;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635061;STB=0.53932;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00968897;OID=.;OPOS=19122665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:365:225:225:138:140:0.383562:82:56:104:121:84:56:104:121 chr22 19163577 . C CAT 1866.37 PASS AF=1;AO=119;DP=130;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034478;FXX=0.069762;HRUN=0;LEN=2;MLLD=281.367;QD=62.2123;RBI=0.0401695;REFB=0;REVB=0.020612;RO=8;SAF=58;SAR=61;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.90995e-05;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:119:130:120:120:0:59:61:0:0:10:8:58:61:3:5 chr22 19167385 . C A 1116.52 PASS AF=0.575419;AO=103;DP=180;FAO=103;FDP=179;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.042536;FXX=0.0110491;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4539;QD=24.9501;RBI=0.0977804;REFB=0.000482888;REVB=-0.0880437;RO=76;SAF=41;SAR=62;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050318;STB=0.527359;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.000477437;OID=.;OPOS=19167385;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:76:76:103:103:0.575419:62:41:35:41:62:41:35:41 chr22 19167409 . T C 2679.55 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180918;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.333;QD=61.955;RBI=0.0185562;REFB=-0.068547;REVB=-0.00412552;RO=0;SAF=74;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12748e-05;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:173:0:0:173:173:1:99:74:0:0:99:74:0:0 chr22 19172006 . T C 4084.03 PASS AF=1;AO=258;DP=266;FAO=263;FDP=263;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745915;FXX=0.0112778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.749;QD=62.1145;RBI=0.015928;REFB=0;REVB=-0.0140734;RO=0;SAF=142;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79195e-05;OID=.;OPOS=19172006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:266:263:0:0:258:263:1:116:142:0:0:116:147:0:0 chr22 19184095 . T C 787.3 PASS AF=0.560606;AO=74;DP=132;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.081464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.693;QD=23.8574;RBI=0.0820258;REFB=-0.00390349;REVB=0.00958398;RO=58;SAF=37;SAR=37;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972086;STB=0.553016;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00356756;OID=.;OPOS=19184095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:58:58:74:74:0.560606:37:37:22:36:37:37:22:36 chr22 19189003 . A AC,C 1023.35 PASS AF=1,0;AO=50,24;DP=87;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572703,-0.142389;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.9561,13.8355;QD=53.1608;RBI=0.108852,0.169381;REFB=0,0;REVB=0.0925685,0.0917343;RO=13;SAF=10,23;SAR=40,1;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.308217,0.300128;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00273977,0;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:87:77:13:0:50,24:77,0:1,0:40,1:10,23:11:2:41,0:36,0:0:0 chr22 19196502 . G A 544.86 PASS AF=0.421429;AO=58;DP=139;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0242696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.444;QD=15.5673;RBI=0.0248623;REFB=-0.00753231;REVB=0.00539609;RO=81;SAF=34;SAR=24;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12219;STB=0.562236;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.010071;OID=.;OPOS=19196502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:81:81:58:59:0.421429:24:34:38:43:25:34:38:43 chr22 19197896 . T C 1896.39 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.68;QD=61.6713;RBI=0.0663639;REFB=0;REVB=-0.00395785;RO=0;SAF=55;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111755;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:68:55:0:0:68:55:0:0 chr22 19458224 . C T 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00597408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.567;QD=19.4207;RBI=0.00718407;REFB=-0.00535771;REVB=0.00399013;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154846;STB=0.586406;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00434156;OID=.;OPOS=19458224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:18:11:15:12:18:11:15:12 chr22 19486600 . C T 580.4 PASS AF=0.418919;AO=62;DP=148;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0211098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.732;QD=15.6863;RBI=0.0257973;REFB=-0.00434876;REVB=-0.0148283;RO=86;SAF=40;SAR=22;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179054;STB=0.600594;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00746793;OID=.;OPOS=19486600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:86:86:62:62:0.418919:22:40:41:45:22:40:41:45 chr22 19511925 . G A 787.47 PASS AF=0.673077;AO=70;DP=103;FAO=70;FDP=104;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00349386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.375;QD=30.2873;RBI=0.0166895;REFB=-0.0302889;REVB=0.0163197;RO=33;SAF=31;SAR=39;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295661;STB=0.520128;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0152995;OID=.;OPOS=19511925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:33:34:70:70:0.673077:39:31:13:20:39:31:13:21 chr22 19750773 . T C 1365.6 PASS AF=0.620513;AO=120;DP=195;FAO=121;FDP=195;FR=.;FRO=74;FSAF=73;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.00787409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6226;QD=28.0123;RBI=0.0508507;REFB=-0.00910174;REVB=-0.0502374;RO=71;SAF=72;SAR=48;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949687;STB=0.56588;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00358774;OID=.;OPOS=19750773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:71:74:120:121:0.620513:48:72:33:38:48:73:32:42 chr22 19751829 . C T 400.76 PASS AF=0.326667;AO=49;DP=150;FAO=49;FDP=150;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=0.0682628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0661;QD=10.687;RBI=0.0786854;REFB=-0.00319392;REVB=0.0391354;RO=99;SAF=31;SAR=18;SRF=52;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128357;STB=0.581596;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00647973;OID=.;OPOS=19751829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:99:101:49:49:0.326667:18:31:52:47:18:31:52:49 chr22 19753449 . A G 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0318505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3857;QD=18.6414;RBI=0.0699645;REFB=-0.00832572;REVB=-0.0622942;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324097;STB=0.518492;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00699547;OID=.;OPOS=19753449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:7:6:7:7:7:6 chr22 19766782 . C T 613.65 PASS AF=0.445946;AO=65;DP=146;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0148634;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2204;QD=16.585;RBI=0.0261211;REFB=-0.0232032;REVB=-0.02148;RO=77;SAF=42;SAR=23;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191283;STB=0.617355;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0380345;OID=.;OPOS=19766782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:77:82:65:66:0.445946:23:42:35:42:24:42:35:47 chr22 19776159 . T TG 852.85 PASS AF=0.580882;AO=76;DP=141;FAO=79;FDP=136;FR=.;FRO=57;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00247274;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=293.64;QD=25.0838;RBI=0.00576028;REFB=-0.0135544;REVB=-0.00520253;RO=62;SAF=47;SAR=29;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10031;STB=0.570511;STBP=0.059;TYPE=ins;VARB=0.0114646;OID=.;OPOS=19776160;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580882:76:141:79:136:57:49:30:26:31:99:62:47:29:31:31 chr22 19789541 . A C 1185.93 PASS AF=0.627219;AO=106;DP=169;FAO=106;FDP=169;FR=.;FRO=63;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.000815223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.803;QD=28.0694;RBI=0.0188795;REFB=-0.0265911;REVB=0.0188619;RO=62;SAF=49;SAR=57;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407389;STB=0.524621;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0156889;OID=.;OPOS=19789541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:62:63:106:106:0.627219:57:49:25:37:57:49:25:38 chr22 19808769 . C T 406.86 PASS AF=0.315789;AO=54;DP=170;FAO=54;FDP=171;FR=.;FRO=117;FSAF=44;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=50;FWDB=0.0346666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5082;QD=9.51723;RBI=0.037586;REFB=-0.0195027;REVB=0.0145235;RO=115;SAF=44;SAR=10;SRF=67;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334604;STB=0.703915;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0349907;OID=.;OPOS=19808769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:115:117:54:54:0.315789:10:44:67:48:10:44:67:50 chr22 19868218 . A G 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9607;QD=62.7596;RBI=0.0523152;REFB=0;REVB=-0.0490192;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000457482;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chr22 19898886 . C T 743.45 PASS AF=0.412935;AO=80;DP=198;FAO=83;FDP=201;FR=.;FRO=118;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=66;FSRR=52;FWDB=0.0309593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6564;QD=14.795;RBI=0.0313702;REFB=-0.00853078;REVB=-0.00506079;RO=118;SAF=43;SAR=37;SRF=66;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233503;STB=0.503034;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0116611;OID=.;OPOS=19898886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:201:118:118:80:83:0.412935:37:43:66:52:37:46:66:52 chr22 19907099 . C A 2933.71 PASS AF=0.994709;AO=186;DP=189;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=117;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0827089;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0024;QD=62.0891;RBI=0.110868;REFB=-0.135632;REVB=0.0738307;RO=2;SAF=70;SAR=116;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134074;STB=0.503496;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00158564;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:189:189:2:1:186:188:0.994709:116:70:2:0:117:71:1:0 chr22 19907118 . G A 2589.76 PASS AF=0.977011;AO=170;DP=177;FAO=170;FDP=174;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=111;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0357181;FXX=0.0169482;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.03;QD=59.5347;RBI=0.0464563;REFB=-0.0272803;REVB=0.0297053;RO=2;SAF=59;SAR=111;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00849806;STB=0.503869;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00158376;OID=.;OPOS=19907118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:177:174:2:4:170:170:0.977011:111:59:0:2:111:59:2:2 chr22 19920949 . G A 329.62 PASS AF=0.377358;AO=39;DP=107;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0016763;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.885;QD=12.4384;RBI=0.00173491;REFB=-0.00115823;REVB=0.000447115;RO=64;SAF=16;SAR=23;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477373;STB=0.534866;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00259627;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:64:66:39:40:0.377358:23:16:29:35:24:16:30:36 chr22 19921003 . T C 1314.81 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0317962;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.97;QD=59.764;RBI=0.0318119;REFB=-0.0784531;REVB=-0.000998973;RO=2;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178708;STB=0.509432;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00229065;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:85:86:0.977273:52:33:0:2:52:34:0:2 chr22 19951207 . C G 1259.73 PASS AF=0.555556;AO=120;DP=217;FAO=120;FDP=216;FR=.;FRO=96;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.00433706;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.952;QD=23.3283;RBI=0.0218257;REFB=-0.000426675;REVB=0.0213904;RO=95;SAF=63;SAR=57;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182297;STB=0.50743;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.000416849;OID=.;OPOS=19951207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:95:96:120:120:0.555556:57:63:52:43:57:63:52:44 chr22 19959473 . C T 533.47 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.00670855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.276;QD=18.5555;RBI=0.0213004;REFB=-0.0198505;REVB=0.0202164;RO=58;SAF=17;SAR=39;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284703;STB=0.654348;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0300477;OID=.;OPOS=19959473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:59:56:56:0.486957:39:17:35:23:39:17:35:24 chr22 19959955 . A G 1037.1 PASS AF=0.603774;AO=95;DP=159;FAO=96;FDP=159;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0226267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.325;QD=26.0905;RBI=0.024692;REFB=-0.0165154;REVB=-0.00988572;RO=63;SAF=35;SAR=60;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468589;STB=0.522383;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0076459;OID=.;OPOS=19959955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:63:63:95:96:0.603774:60:35:27:36:60:36:27:36 chr22 19969075 . A G 532.71 PASS AF=0.478632;AO=39;DP=118;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0174854;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2484;QD=18.2123;RBI=0.0767486;REFB=-0.0349243;REVB=-0.0747302;RO=43;SAF=17;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165621;STB=0.509329;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0393154;OID=.;OPOS=19969075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:43:61:39:56:0.478632:22:17:18:25:33:23:24:37 chr22 20098359 . T G 977.75 PASS AF=0.598684;AO=91;DP=153;FAO=91;FDP=152;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00727688;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.365;QD=25.7303;RBI=0.00728007;REFB=0.00339974;REVB=0.0002156;RO=59;SAF=38;SAR=53;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297067;STB=0.516993;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00180555;OID=.;OPOS=20098359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:59:61:91:91:0.598684:53:38:27:32:53:38:28:33 chr22 20130522 . C G 178.75 PASS AF=0.298246;AO=31;DP=82;FAO=34;FDP=114;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0304863;FXX=0.0086949;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.7578;QD=6.27182;RBI=0.030503;REFB=-0.0363594;REVB=0.00100973;RO=51;SAF=1;SAR=30;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.662378;STB=0.745602;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.132941;OID=.;OPOS=20130522;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:114:51:80:31:34:0.298246:30:1:18:33:28:6:38:42 chr22 20136379 . C A 1430.56 PASS AF=0.45045;AO=150;DP=335;FAO=150;FDP=333;FR=.;FRO=183;FSAF=90;FSAR=60;FSRF=126;FSRR=57;FWDB=0.0135356;FXX=0.00892831;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.178;QD=17.1839;RBI=0.0449735;REFB=-0.0064915;REVB=0.0428882;RO=180;SAF=90;SAR=60;SRF=123;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875497;STB=0.551717;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0107155;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:333:180:183:150:150:0.45045:60:90:123:57:60:90:126:57 chr22 20137723 . C T 184.19 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=-0.00790498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.536;QD=8.18598;RBI=0.00848845;REFB=-0.000481798;REVB=0.00309274;RO=64;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20631;STB=0.625806;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000848488;OID=.;OPOS=20137723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:64:65:25:25:0.277778:13:12:20:44:13:12:20:45 chr22 20138105 . T C 867.62 PASS AF=0.396;AO=98;DP=250;FAO=99;FDP=250;FR=.;FRO=151;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=88;FSRR=63;FWDB=-0.0285051;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.084;QD=13.8819;RBI=0.0298943;REFB=-0.00724128;REVB=-0.00900723;RO=149;SAF=51;SAR=47;SRF=87;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686038;STB=0.534952;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0106752;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:149:151:98:99:0.396:47:51:87:62:47:52:88:63 chr22 20302796 . AAC AAA,AA,A 37.79 PASS AF=0.0113636,0.125,0.0340909;AO=12,16,11;DP=102;FAO=1,11,3;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=0,6,3;FSAR=1,5,0;FSRF=63;FSRR=10;FWDB=0.039113,-0.238989,-0.249527;FXX=0.1287;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=20.3218,11.3001,20.5604;QD=1.71765;RBI=0.184039,0.299852,0.250606;REFB=-0.0235286,-0.0750868,-0.0436984;REVB=-0.179835,-0.181095,-0.0232339;RO=51;SAF=2,16,11;SAR=10,0,0;SRF=41;SRR=10;SSEN=0,0.353952,0.333333;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.684075,0.709505,0.644248;STB=0.997038,0.792771,0.994262;STBP=0.057,0.136,0.33;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0949914,-0.00168036,0.0965252;OID=.,.,.;OPOS=20302798,20302798,20302797;OREF=C,C,AC;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0113636,0.125,0.0340909:12,16,11:102:1,11,3:88:73:0,6,3:1,5,0:63:10:25:51:2,16,11:10,0,0:41:10 chr22 20307256 . G A 541.09 PASS AF=0.407895;AO=62;DP=152;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=0.00294581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.184;QD=14.2391;RBI=0.0208552;REFB=0.0051257;REVB=-0.0206461;RO=90;SAF=28;SAR=34;SRF=33;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913949;STB=0.55126;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0085312;OID=.;OPOS=20307256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:90:90:62:62:0.407895:34:28:33:57:34:28:33:57 chr22 20458029 . A C 89.57 PASS AF=0.11165;AO=23;DP=206;FAO=23;FDP=206;FR=.;FRO=183;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=90;FSRR=93;FWDB=-0.0184918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.578;QD=1.73913;RBI=0.0306496;REFB=-0.00357545;REVB=-0.0244428;RO=182;SAF=8;SAR=15;SRF=89;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17615;STB=0.629706;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0334504;OID=.;OPOS=20458029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:206:206:182:183:23:23:0.11165:15:8:89:93:15:8:90:93 chr22 20714777 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.09891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7666;QD=14.6525;RBI=0.0998489;REFB=-0.00713279;REVB=0.0136608;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00514079;OID=.;OPOS=20714777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:3:2:2:4:3:2 chr22 20718525 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.096295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5228;QD=8.69693;RBI=0.12257;REFB=-0.0246723;REVB=-0.0758331;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795555;STB=0.549158;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0353418;OID=.;OPOS=20718525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:5:9:4:3:5:9 chr22 20739059 . G C 146.08 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0106945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6668;QD=8.9897;RBI=0.0352737;REFB=0.0294208;REVB=0.0336134;RO=45;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970091;STB=0.557546;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.0396041;OID=.;OPOS=20739059;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:9:11:21:24:9:11:21:24 chr22 20760445 . C G 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0036875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.123;QD=25.3157;RBI=0.0420294;REFB=-0.0298992;REVB=0.0418673;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328989;STB=0.681252;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.021964;OID=.;OPOS=20760445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:11:9:12:1:11:9:12:1 chr22 20771144 . A T 1752.73 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142869;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.025;QD=60.9644;RBI=0.0378611;REFB=0;REVB=-0.035062;RO=0;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139122;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:61:54:0:0:61:54:0:0 chr22 20784050 . T A 946.58 PASS AF=0.598592;AO=85;DP=142;FAO=85;FDP=142;FR=.;FRO=57;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0154514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9115;QD=26.6643;RBI=0.0327844;REFB=-0.0223189;REVB=0.0289149;RO=54;SAF=47;SAR=38;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00189575;STB=0.503683;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0197962;OID=.;OPOS=20784050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:54:57:85:85:0.598592:38:47:30:24:38:47:31:26 chr22 20800835 . A G 793.21 PASS AF=0.596774;AO=73;DP=125;FAO=74;FDP=124;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0403498;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.932;QD=25.5873;RBI=0.0405441;REFB=-0.0159654;REVB=0.00396457;RO=49;SAF=26;SAR=47;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16422;STB=0.589053;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00809429;OID=.;OPOS=20800835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:49:50:73:74:0.596774:47:26:28:21:47:27:29:21 chr22 20847472 . A T 450.94 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=-0.00580278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.024;QD=19.1891;RBI=0.011789;REFB=-0.0156719;REVB=0.010262;RO=38;SAF=17;SAR=28;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129528;STB=0.576389;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0146329;OID=.;OPOS=20847472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:38:49:45:45:0.478723:28:17:9:29:28:17:12:37 chr22 20891497 . GC GCCCTA,G 477.54 PASS AF=0.564103,0.0897436;AO=40,12;DP=77;FAO=44,7;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=16,0;FSAR=28,7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00469063,-0.181106;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=232.679,16.0258;QD=24.4892;RBI=0.0101115,0.181365;REFB=-0.0156203,-0.260861;REVB=0.00895776,0.00968689;RO=20;SAF=13,1;SAR=27,11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.178435,-0.630954;STB=0.547148,0.998238;STBP=0.333,0.006;TYPE=ins,del;VARB=0.010531,0.228364;OID=.,.;OPOS=20891499,20891498;OREF=-,C;OALT=CCTA,-;OMAPALT=GCCCTA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564103,0.0897436:40,12:77:44,7:78:27:16,0:28,7:13:14:99:20:13,1:27,11:12:8 chr22 20891498 . C CCCTA 50.0 PASS AO=37;DP=83;LEN=4;RO=46;SAF=16;SAR=28;SRF=13;SRR=26;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=20891499;OREF=-;OALT=CCTA;OMAPALT=CCCTA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:83:46:37:28:16:13:26 chr22 20922898 . A C 1092.59 PASS AF=0.563536;AO=100;DP=181;FAO=102;FDP=181;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=-0.00891699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.835;QD=24.1456;RBI=0.0112059;REFB=-0.0216205;REVB=-0.00678675;RO=79;SAF=39;SAR=61;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206814;STB=0.605961;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0173529;OID=.;OPOS=20922898;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:79:79:100:102:0.563536:61:39:51:28:61:41:51:28 chr22 20937601 . C T 256.53 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0170757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.27;QD=11.2759;RBI=0.0254922;REFB=-0.000941387;REVB=0.0189281;RO=59;SAF=12;SAR=19;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821852;STB=0.542829;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00194186;OID=.;OPOS=20937601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:59:60:31:31:0.340659:19:12:27:32:19:12:27:33 chr22 20940085 . G A 471.44 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00697382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.166;QD=23.5721;RBI=0.0153281;REFB=-0.0250387;REVB=0.0136497;RO=34;SAF=14;SAR=31;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18377;STB=0.608516;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0276402;OID=.;OPOS=20940085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:35:45:45:0.5625:31:14:18:16:31:14:19:16 chr22 21044848 . A T 1036.1 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0324815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.041;QD=56.7726;RBI=0.0335771;REFB=0.00286617;REVB=0.00850706;RO=2;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219848;STB=0.511625;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=3.14731e-05;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:42:29:0:2:42:29:0:2 chr22 21044938 . A G 165.57 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0258436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6883;QD=9.73915;RBI=0.0637628;REFB=-0.0171984;REVB=-0.0582907;RO=46;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135732;STB=0.580036;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0489071;OID=.;OPOS=21044938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:8:14:24:22:8:14:24:22 chr22 21044973 . G T 425.26 PASS AF=0.655738;AO=39;DP=60;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0587727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2625;QD=27.8857;RBI=0.0615076;REFB=-0.0216932;REVB=-0.0181373;RO=20;SAF=22;SAR=17;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227943;STB=0.507459;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00858334;OID=.;OPOS=21044973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:20:21:39:40:0.655738:17:22:12:8:18:22:12:9 chr22 21045337 . A G 79.13 PASS AF=0.181818;AO=13;DP=76;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.000766009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.045;QD=4.11084;RBI=0.0307188;REFB=-0.00522592;REVB=-0.0307093;RO=58;SAF=5;SAR=8;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389642;STB=0.748389;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0233001;OID=.;OPOS=21045337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:77:58:63:13:14:0.181818:8:5:41:17:9:5:43:20 chr22 21045398 . G T 85.7 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0157931;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.89;QD=5.11658;RBI=0.0555917;REFB=-0.00598345;REVB=-0.0533012;RO=52;SAF=6;SAR=8;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228702;STB=0.649796;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0278467;OID=.;OPOS=21045398;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:67:52:53:14:14:0.208955:8:6:32:20:8:6:33:20 chr22 21045405 . A G 94.15 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0162333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182;QD=5.62095;RBI=0.0227747;REFB=-0.0155704;REVB=0.015974;RO=51;SAF=6;SAR=9;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297923;STB=0.676079;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0677609;OID=.;OPOS=21045405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:51:52:15:15:0.223881:9:6:33:18:9:6:33:19 chr22 21045443 . C T 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00415007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.619;QD=3.7899;RBI=0.0429841;REFB=-0.00476806;REVB=-0.0427833;RO=43;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111631;STB=0.577692;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.018726;OID=.;OPOS=21045443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:3:5:23:20:3:5:23:20 chr22 21072998 . G A 1589.23 PASS AF=0.533333;AO=151;DP=285;FAO=152;FDP=285;FR=.;FRO=133;FSAF=75;FSAR=77;FSRF=76;FSRR=57;FWDB=0.000512644;FXX=0.0069684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.841;QD=22.3049;RBI=0.0166156;REFB=3.39741e-06;REVB=0.0166077;RO=132;SAF=75;SAR=76;SRF=76;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676288;STB=0.53637;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000115236;OID=.;OPOS=21072998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:132:133:151:152:0.533333:76:75:76:56:77:75:76:57 chr22 21087281 . G A 238.73 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0303415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.276;QD=14.0427;RBI=0.0304918;REFB=-0.00885891;REVB=-0.00302315;RO=40;SAF=18;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743026;STB=0.54238;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.011371;OID=.;OPOS=21087281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:10:18:23:17:10:18:23:17 chr22 21105614 . C G 1179.58 PASS AF=0.534884;AO=115;DP=215;FAO=115;FDP=215;FR=.;FRO=100;FSAF=44;FSAR=71;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=0.00260674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.348;QD=21.9456;RBI=0.00431052;REFB=-0.020078;REVB=-0.003433;RO=100;SAF=44;SAR=71;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510157;STB=0.527876;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0154714;OID=.;OPOS=21105614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:100:100:115:115:0.534884:71:44:44:56:71:44:44:56 chr22 21105998 . C T 1234.42 PASS AF=0.596774;AO=109;DP=185;FAO=111;FDP=186;FR=.;FRO=75;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0259384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.105;QD=26.5466;RBI=0.0265427;REFB=-0.00941074;REVB=-0.00563157;RO=75;SAF=57;SAR=52;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322977;STB=0.520803;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00618889;OID=.;OPOS=21105998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:75:75:109:111:0.596774:52:57:36:39:52:59:36:39 chr22 21133619 . G A 966.12 PASS AF=0.680328;AO=83;DP=122;FAO=83;FDP=122;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00560038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.912;QD=31.6761;RBI=0.020289;REFB=-0.0136668;REVB=-0.0195008;RO=38;SAF=37;SAR=46;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459632;STB=0.519867;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00867876;OID=.;OPOS=21133619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:38:39:83:83:0.680328:46:37:14:24:46:37:15:24 chr22 21133885 . C T 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0282307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.34;QD=25.3393;RBI=0.028512;REFB=0.00140654;REVB=-0.00399571;RO=20;SAF=17;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210475;STB=0.615408;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000794397;OID=.;OPOS=21133885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:14:17:5:15:14:17:5:15 chr22 21213416 . A G 1328.24 PASS AF=0.340956;AO=164;DP=481;FAO=164;FDP=481;FR=.;FRO=317;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=175;FSRR=142;FWDB=0.0129319;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=350.027;QD=11.0457;RBI=0.0144795;REFB=1.79116e-05;REVB=-0.0065132;RO=317;SAF=87;SAR=77;SRF=175;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251122;STB=0.514287;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-3.07775e-05;OID=.;OPOS=21213416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:481:317:317:164:164:0.340956:77:87:175:142:77:87:175:142 chr22 21235389 . A G 449.94 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0550015;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4099;QD=25.3488;RBI=0.0551506;REFB=-0.0141934;REVB=0.00405253;RO=27;SAF=20;SAR=22;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049474;STB=0.539792;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0130814;OID=.;OPOS=21235389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:27:29:42:42:0.591549:22:20:11:16:22:20:11:18 chr22 21301005 . T C 590.24 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.332;QD=60.5375;RBI=0.0940356;REFB=0;REVB=0.0367459;RO=0;SAF=3;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105215;OID=.;OPOS=21301005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:39:0:0:33:39:1:30:3:0:0:33:6:0:0 chr22 21304408 . A G 1438.56 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.385;QD=61.8734;RBI=0.0155743;REFB=-0.11268;REVB=-0.00331018;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.506023;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-5.01118e-05;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:41:51:0:0:41:51:0:1 chr22 21305846 . A G 1021.7 PASS AF=0.651852;AO=88;DP=135;FAO=88;FDP=135;FR=.;FRO=47;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0124969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4237;QD=30.2727;RBI=0.0839676;REFB=0.00684365;REVB=0.0830324;RO=45;SAF=43;SAR=45;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419901;STB=0.522458;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00248034;OID=.;OPOS=21305846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:45:47:88:88:0.651852:45:43:25:20:45:43:26:21 chr22 21306743 . A G 200.42 PASS AF=0.367647;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0181361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9814;QD=11.7896;RBI=0.0574369;REFB=-0.012724;REVB=0.0544985;RO=43;SAF=17;SAR=7;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207387;STB=0.597909;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0242244;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:43:43:24:25:0.367647:7:17:23:20:8:17:23:20 chr22 21306772 . C T 418.3 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.000231494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5964;QD=28.3594;RBI=0.0469963;REFB=-0.023595;REVB=-0.0469958;RO=20;SAF=20;SAR=19;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857153;STB=0.54662;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00948384;OID=.;OPOS=21306772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:20:39:39:0.661017:19:20:13:7:19:20:13:7 chr22 21307712 . AAACAACAACAACAACAACAACAACAAC AAACAACAACAACAACAACAACAAC,AAACAACAACAACAACAACAACAACATA 795.58 PASS AF=0.915254,0.0847458;AO=28,2;DP=48;FAO=54,5;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28,3;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382364,0.128492;FXX=0.0166639;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=191.499,87.5568;QD=53.9374;RBI=0.0585448,0.133317;REFB=0,0;REVB=0.0443336,0.0355432;RO=0;SAF=15,1;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00507716,0.0405765;OID=.,.;OPOS=21307713,21307738;OREF=AAC,AC;OALT=-,TA;OMAPALT=AAACAACAACAACAACAACAACAAC,AAACAACAACAACAACAACAACAACATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.915254,0.0847458:28,2:48:54,5:59:0:28,3:26,2:0:0:20:0:15,1:13,1:0:0 chr22 21331043 . A T 915.35 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.938;QD=58.1176;RBI=0.0367795;REFB=0;REVB=-0.0353715;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71492e-05;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr22 21335259 . C A 716.33 PASS AF=0.576271;AO=68;DP=119;FAO=68;FDP=118;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0265801;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.673;QD=24.2825;RBI=0.028055;REFB=-0.0314846;REVB=-0.00897675;RO=50;SAF=33;SAR=35;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114302;STB=0.506233;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0206993;OID=.;OPOS=21335259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:50:50:68:68:0.576271:35:33:25:25:35:33:25:25 chr22 21335606 . C T 785.54 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3512;QD=57.1299;RBI=0.0692643;REFB=0;REVB=-0.00774469;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347875;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:34:20:0:0:34:21:0:0 chr22 21335611 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000536404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.293;QD=57.2376;RBI=0.0141143;REFB=0;REVB=0.0141041;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83904e-05;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr22 21337325 . G A 273.07 PASS AF=0.327273;AO=35;DP=109;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.0703363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.566;QD=9.92981;RBI=0.0715363;REFB=-0.0194571;REVB=-0.0130476;RO=73;SAF=14;SAR=21;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368409;STB=0.536258;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0348151;OID=.;OPOS=21337325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:73:74:35:36:0.327273:21:14:27:46:21:15:27:47 chr22 21354970 . C G 2264.86 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.941;QD=63.3527;RBI=0.0249611;REFB=0;REVB=0.0237244;RO=0;SAF=70;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00682e-05;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:143:0:0:134:143:1:64:70:0:0:69:74:0:0 chr22 21384578 . C T 358.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.245;QD=55.0831;RBI=0.0285068;REFB=0;REVB=-0.0107763;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122427;OID=.;OPOS=21384578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr22 21386019 . G A 134.39 PASS AF=0.928571;AO=10;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0387156;FXX=0.124922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.887;QD=38.3965;RBI=0.0488632;REFB=-0.00882489;REVB=0.0298112;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0174676;OID=.;OPOS=21386019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:14:14:0:1:10:13:0.928571:5:5:0:0:8:5:0:1 chr22 21403375 . CC AT 84.55 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0163033;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=2;MLLD=189.783;QD=6.50414;RBI=0.025196;REFB=0.00651131;REVB=0.0192105;RO=40;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263814;STB=0.666389;STBP=0.223;TYPE=mnp;VARB=-0.0263218;OID=.;OPOS=21403375;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:53:52:40:40:12:12:0.230769:4:8:18:22:4:8:18:22 chr22 21570296 . A G 130.47 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.509;QD=43.4883;RBI=0.0169059;REFB=0;REVB=0.0165256;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366708;OID=.;OPOS=21570296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:10:1:0:0:11:1:0:0 chr22 21570340 . G A 367.52 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0171639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.067;QD=35.0018;RBI=0.0303295;REFB=-0.00917829;REVB=0.0250056;RO=12;SAF=8;SAR=22;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953231;STB=0.552087;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00401156;OID=.;OPOS=21570340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:12:12:30:30:0.714286:22:8:5:7:22:8:5:7 chr22 21797092 . A AG 1036.06 PASS AF=1;AO=13;DP=101;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117392;FXX=0.0495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.2719;QD=43.1691;RBI=0.138369;REFB=0;REVB=0.073248;RO=87;SAF=11;SAR=2;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47141;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00255735;OID=.;OPOS=21797093;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:101:96:96:0:49:47:0:0:19:87:11:2:41:46 chr22 21797093 . GCC CGG,GGC 954.13 PASS AF=0,0.808081;AO=4,79;DP=103;FAO=0,80;FDP=99;FR=.;FRO=19;FSAF=0,34;FSAR=0,46;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0257645,-0.0126861;FXX=0.0388312;HRUN=1,8;LEN=3,1;MLLD=145.191,27.1126;QD=38.5507;RBI=0.0388216,0.0618113;REFB=0.0167938,0.0226543;REVB=-0.0290397,0.0604954;RO=20;SAF=3,33;SAR=1,46;SRF=16;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0821032,-0.144952;STB=0.5,0.570038;STBP=1,0.002;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00720845;OID=.,.;OPOS=21797093,21797094;OREF=GCC,C;OALT=CGG,G;OMAPALT=CGG,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:103:99:20:19:4,79:0,80:0,0.808081:1,46:3,33:16:4:0,46:0,34:15:4 chr22 21797100 . CCG C,CC,CCC 378.95 PASS AF=0.236842,0.526316,0.0131579;AO=13,18,45;DP=98;FAO=18,40,1;FDP=76;FR=.;FRO=17;FSAF=9,11,0;FSAR=9,29,1;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0580126,0.0648546,0.0613086;FXX=0.2475;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=159.363,160.55,157.425;QD=19.9446;RBI=0.061097,0.0675903,0.0641124;REFB=-0.0395622,-0.03807,-0.0364982;REVB=0.0191674,0.0190347,0.0187526;RO=21;SAF=7,11,14;SAR=6,7,31;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0858113,-0.00788839,-0.193434;STB=0.571351,0.623591,0.992314;STBP=0.431,0.007,0.22;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0183505,0.000816175,-0.00755706;OID=.,.,.;OPOS=21797101,21797102,21797102;OREF=CG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.236842,0.526316,0.0131579:13,18,45:98:18,40,1:76:17:9,11,0:9,29,1:11:6:79:21:7,11,14:6,7,31:13:8 chr22 21797103 . CCG C,CGC,CTG 1507.6 PASS AF=1,0,0;AO=14,4,4;DP=105;FAO=103,0,0;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51,0,0;FSAR=52,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119656,-0.294598,-0.0549119;FXX=0.0190458;HRUN=2,2,2;LEN=2,2,1;MLLD=129.754,15.0851,21.4342;QD=58.5478;RBI=0.158111,1.41179,0.853835;REFB=0,0,0;REVB=-0.103352,1.38071,0.852068;RO=76;SAF=12,3,0;SAR=2,1,4;SRF=33;SRR=43;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.529072,0.279069,-0.433734;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.00452212,0,0;OID=.,.,.;OPOS=21797104,21797104,21797104;OREF=CG,CG,C;OALT=-,GC,T;OMAPALT=C,CGC,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:14,4,4:105:103,0,0:103:0:51,0,0:52,0,0:0:0:8:76:12,3,0:2,1,4:33:43 chr22 21800042 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.452;QD=33.4285;RBI=0.0175479;REFB=0;REVB=0.017451;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019661;OID=.;OPOS=21800042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr22 21800444 . T C 2474.83 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.522;QD=61.4864;RBI=0.0143744;REFB=0;REVB=0.00879109;RO=0;SAF=73;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86589e-05;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:88:73:0:0:88:73:0:0 chr22 21801588 . T A 1520.77 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00292578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.267;QD=61.4453;RBI=0.0100872;REFB=0.0143534;REVB=0.00965353;RO=0;SAF=39;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512497;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=5.74161e-06;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:0:2:97:97:0.979798:58:39:0:0:58:39:2:0 chr22 21804517 . CAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAAG 197.85 PASS AF=0.842105,0,0.157895;AO=13,9,5;DP=41;FAO=32,0,6;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,6;FSAR=27,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466363,0.0284037,0.0156714;FXX=0.0731529;HRUN=10,10,10;LEN=1,2,1;MLLD=6.18482,8.33884,214.239;QD=20.8259;RBI=0.124268,0.0915871,0.0240038;REFB=0.0721922,0.0980184,0.032386;REVB=-0.115185,-0.0870714,-0.0181821;RO=6;SAF=1,1,5;SAR=12,8,0;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.149601,-0.088444,0.791225;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0107745,0.0909415,0.0869747;OID=.,.,.;OPOS=21804518,21804518,21804525;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.842105,0,0.157895:13,9,5:41:32,0,6:38:0:5,0,6:27,0,0:0:0:36:6:1,1,5:12,8,0:1:5 chr22 21805252 . T G 99.23 PASS AF=0.258621;AO=11;DP=54;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.00310977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.518;QD=6.84349;RBI=0.0145605;REFB=-0.00238089;REVB=0.0142246;RO=40;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29951;STB=0.57768;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00452226;OID=.;OPOS=21805252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:40:43:11:15:0.258621:5:6:12:28:9:6:13:30 chr22 21822001 . A G 735.37 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.747;QD=62.5848;RBI=0.0470146;REFB=0;REVB=0.00523971;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369811;OID=.;OPOS=21822001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:22:23:0:0:23:24:0:0 chr22 21822641 . A AC 143.49 PASS AF=0.1825;AO=81;DP=399;FAO=73;FDP=400;FR=.;FRO=327;FSAF=2;FSAR=71;FSRF=30;FSRR=297;FWDB=-0.0772558;FXX=0.00744398;HRUN=0;LEN=1;MLLD=153.216;QD=1.43492;RBI=0.0777398;REFB=-0.00209653;REVB=0.00866158;RO=302;SAF=4;SAR=77;SRF=27;SRR=275;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202529;STB=0.755219;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.134436;OID=.;OPOS=21822642;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1825:81:399:73:400:327:2:71:30:297:99:302:4:77:27:275 chr22 21822725 . T C 3237.44 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00439745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6505;QD=61.9606;RBI=0.016011;REFB=0;REVB=-0.0153953;RO=0;SAF=14;SAR=195;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52437e-05;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:209:0:0:209:209:1:195:14:0:0:195:14:0:0 chr22 21989142 . G A 1053.43 PASS AF=0.397306;AO=118;DP=297;FAO=118;FDP=297;FR=.;FRO=179;FSAF=72;FSAR=46;FSRF=90;FSRR=89;FWDB=-0.00361987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1211;QD=14.1876;RBI=0.0206476;REFB=-0.00303987;REVB=-0.0203278;RO=177;SAF=72;SAR=46;SRF=90;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111165;STB=0.566026;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00462857;OID=.;OPOS=21989142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:177:179:118:118:0.397306:46:72:90:87:46:72:90:89 chr22 21989621 . C T 929.73 PASS AF=0.333333;AO=115;DP=348;FAO=117;FDP=351;FR=.;FRO=234;FSAF=73;FSAR=44;FSRF=106;FSRR=128;FWDB=0.0246138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8635;QD=10.5952;RBI=0.0427338;REFB=-0.00830375;REVB=0.0349334;RO=231;SAF=71;SAR=44;SRF=104;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195607;STB=0.614507;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0177297;OID=.;OPOS=21989621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:351:231:234:115:117:0.333333:44:71:104:127:44:73:106:128 chr22 21990823 . G A 565.63 PASS AF=0.390533;AO=66;DP=169;FAO=66;FDP=169;FR=.;FRO=103;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=42;FSRR=61;FWDB=-0.00294485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.224;QD=13.3876;RBI=0.0115426;REFB=0.0167631;REVB=0.0111606;RO=102;SAF=26;SAR=40;SRF=41;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901949;STB=0.508789;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.029818;OID=.;OPOS=21990823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:102:103:66:66:0.390533:40:26:41:61:40:26:42:61 chr22 21991072 . T C 52.35 PASS AF=0.25;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.057725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.46;QD=6.5436;RBI=0.0641083;REFB=-0.0128595;REVB=-0.0278871;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726634;STB=0.564352;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0377888;OID=.;OPOS=21991072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:32:21:24:8:8:0.25:5:3:8:13:5:3:11:13 chr22 21991120 . G A 55.55 PASS AF=0.32;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.016286;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.011;QD=8.88734;RBI=0.0280535;REFB=-0.0162165;REVB=-0.0228422;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177312;STB=0.64321;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0261188;OID=.;OPOS=21991120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:25:17:17:7:8:0.32:3:4:7:10:3:5:7:10 chr22 22049783 . C T 1432.16 PASS AF=0.626263;AO=122;DP=196;FAO=124;FDP=198;FR=.;FRO=74;FSAF=46;FSAR=78;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0887925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.391;QD=28.9326;RBI=0.0893524;REFB=-0.027779;REVB=-0.00998728;RO=74;SAF=46;SAR=76;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127155;STB=0.570624;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0136296;OID=.;OPOS=22049783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:74:74:122:124:0.626263:76:46:41:33:78:46:41:33 chr22 22114685 . C T 193.13 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00223193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.081;QD=12.0707;RBI=0.0203498;REFB=-0.010781;REVB=0.020227;RO=40;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784908;STB=0.545416;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0153819;OID=.;OPOS=22114685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:16:8:16:24:16:8:16:24 chr22 22312315 . C T 119.01 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0577408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.781;QD=5.17448;RBI=0.0591802;REFB=-0.00158421;REVB=-0.012973;RO=72;SAF=10;SAR=9;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330565;STB=0.515448;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00770703;OID=.;OPOS=22312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:72:73:19:19:0.206522:9:10:36:36:9:10:37:36 chr22 22385399 . G A 489.27 PASS AF=0.485981;AO=51;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0083212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.518;QD=18.2904;RBI=0.0113887;REFB=-0.0176035;REVB=0.00777561;RO=53;SAF=16;SAR=35;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127113;STB=0.500204;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.018187;OID=.;OPOS=22385399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:55:51:52:0.485981:35:16:16:37:35:17:18:37 chr22 22453513 . C T 544.12 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.0200875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.848;QD=19.9677;RBI=0.020579;REFB=-0.0173939;REVB=-0.00447075;RO=52;SAF=21;SAR=35;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827138;STB=0.53864;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0169013;OID=.;OPOS=22453513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:52:53:56:56:0.513761:35:21:15:37:35:21:16:37 chr22 22517026 . T C 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.035;QD=61.0552;RBI=0.0114262;REFB=0;REVB=0.00588056;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54952e-06;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:63:54:0:0:63:54:0:0 chr22 22550401 . C G 1840.93 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.447;QD=61.3642;RBI=0.022061;REFB=0;REVB=0.0203957;RO=0;SAF=50;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1849e-05;OID=.;OPOS=22550401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:70:50:0:0:70:50:0:0 chr22 22550510 . T G 2178.83 PASS AF=0.880682;AO=148;DP=181;FAO=155;FDP=176;FR=.;FRO=21;FSAF=80;FSAR=75;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0103951;FXX=0.0276228;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.607;QD=49.5188;RBI=0.013253;REFB=-0.0176934;REVB=0.00822097;RO=0;SAF=74;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535119;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00254759;OID=.;OPOS=22550510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:181:176:0:21:148:155:0.880682:74:74:0:0:75:80:17:4 chr22 22569448 . T A 1326.59 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7325;QD=61.702;RBI=0.0745317;REFB=0;REVB=-0.0212885;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418933;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:52:33:0:0:52:34:0:0 chr22 22569554 . C A 1011.94 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00586327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.034;QD=57.825;RBI=0.0256695;REFB=-0.00442644;REVB=-0.0249909;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000159076;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:38:31:0:0:38:31:1:0 chr22 22569640 . T G 633.91 PASS AF=0.942308;AO=48;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0215205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0508;QD=48.7619;RBI=0.0473023;REFB=-0.0125754;REVB=0.0421234;RO=2;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315391;STB=0.511404;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00208887;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:52:52:2:3:48:49:0.942308:22:26:1:1:23:26:1:2 chr22 22698027 . A G 1434.08 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7551;QD=63.0367;RBI=0.0670163;REFB=0;REVB=0.00914332;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463982;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:53:38:0:0:53:38:0:0 chr22 22707275 . C A 445.37 PASS AF=0.271552;AO=63;DP=235;FAO=63;FDP=232;FR=.;FRO=169;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=72;FSRR=97;FWDB=-0.0157168;FXX=0.0127654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.244;QD=7.67873;RBI=0.0239545;REFB=-0.00377987;REVB=-0.0180776;RO=168;SAF=25;SAR=38;SRF=71;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329185;STB=0.522015;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00686719;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:232:168:169:63:63:0.271552:38:25:71:97:38:25:72:97 chr22 22707299 . A C 394.84 PASS AF=0.258929;AO=58;DP=225;FAO=58;FDP=224;FR=.;FRO=166;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=73;FSRR=93;FWDB=-0.020089;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5646;QD=7.05079;RBI=0.0349035;REFB=-0.032696;REVB=-0.0285427;RO=153;SAF=26;SAR=32;SRF=73;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356838;STB=0.506386;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0497559;OID=.;OPOS=22707299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:153:166:58:58:0.258929:32:26:73:80:32:26:73:93 chr22 22707349 . C A 136.91 PASS AF=0.153846;AO=28;DP=182;FAO=28;FDP=182;FR=.;FRO=154;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=66;FSRR=88;FWDB=-0.00212601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.386;QD=3.00898;RBI=0.0125492;REFB=-0.00459243;REVB=-0.0123678;RO=152;SAF=14;SAR=14;SRF=66;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843373;STB=0.560397;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0172067;OID=.;OPOS=22707349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:152:154:28:28:0.153846:14:14:66:86:14:14:66:88 chr22 22707351 . G C 145.28 PASS AF=0.159341;AO=29;DP=182;FAO=29;FDP=182;FR=.;FRO=153;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=66;FSRR=87;FWDB=-0.0208697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0125;QD=3.19305;RBI=0.0219878;REFB=0.0014926;REVB=-0.00692246;RO=153;SAF=14;SAR=15;SRF=66;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662176;STB=0.543349;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00528835;OID=.;OPOS=22707351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:153:153:29:29:0.159341:15:14:66:87:15:14:66:87 chr22 22707361 . T C 110.49 PASS AF=0.146497;AO=23;DP=157;FAO=23;FDP=157;FR=.;FRO=134;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=82;FWDB=-0.0434774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.959;QD=2.81491;RBI=0.0517971;REFB=-0.00278023;REVB=-0.0281543;RO=134;SAF=13;SAR=10;SRF=52;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222687;STB=0.647765;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0337179;OID=.;OPOS=22707361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:134:134:23:23:0.146497:10:13:52:82:10:13:52:82 chr22 22712467 . T G 2486.93 PASS AF=1;AO=159;DP=160;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045605;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6824;QD=61.0289;RBI=0.0422668;REFB=0;REVB=0.04202;RO=0;SAF=98;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194869;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:163:0:0:159:163:1:61:98:0:0:64:99:0:0 chr22 22724341 . A C 2529.51 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.913;QD=61.6954;RBI=0.00956402;REFB=0;REVB=-0.00943882;RO=0;SAF=93;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22332e-06;OID=.;OPOS=22724341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:164:164:1:71:93:0:0:71:93:0:0 chr22 22724394 . T C 3366.34 PASS AF=0.982222;AO=219;DP=227;FAO=221;FDP=225;FR=.;FRO=4;FSAF=129;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0375291;FXX=0.00881018;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.89;QD=59.846;RBI=0.039309;REFB=-0.0114315;REVB=0.0116946;RO=2;SAF=127;SAR=92;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00141371;STB=0.506091;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-7.12923e-05;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:227:225:2:4:219:221:0.982222:92:127:1:1:92:129:1:3 chr22 22730359 . C G,T 2295.62 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=10,142;DP=152;FAO=10,145;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=5,82;FSAR=5,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863504,0.00788429;FXX=0.0251557;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.66,108.633;QD=59.2417;RBI=0.0164665,0.0149083;REFB=0,0;REVB=0.0140207,0.0126529;RO=0;SAF=5,80;SAR=5,62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.24749e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00299425,0.00350845;OID=.,.;OPOS=22730359,22730359;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:152:155:0:0:10,142:10,145:0.0645161,0.935484:5,62:5,80:0:0:5,63:5,82:0:0 chr22 22730586 . T C 38.16 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0366617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.199;QD=1.77472;RBI=0.0660715;REFB=-0.00318935;REVB=-0.0549669;RO=77;SAF=6;SAR=3;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190246;STB=0.645342;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0174406;OID=.;OPOS=22730586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:86:77:77:9:9:0.104651:3:6:39:38:3:6:39:38 chr22 22730595 . T A 79.79 PASS AF=0.153061;AO=15;DP=98;FAO=15;FDP=98;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0394145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.811;QD=3.25681;RBI=0.0399709;REFB=-0.00033365;REVB=0.00664635;RO=81;SAF=8;SAR=7;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495669;STB=0.533289;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00230099;OID=.;OPOS=22730595;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:98:98:81:83:15:15:0.153061:7:8:40:41:7:8:41:42 chr22 22730619 . TC AT 115.13 PASS AF=0.179487;AO=21;DP=118;FAO=21;FDP=117;FR=.;FRO=96;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.0229472;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.334;QD=3.93609;RBI=0.0324393;REFB=-0.00951724;REVB=0.0229289;RO=96;SAF=12;SAR=9;SRF=41;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181812;STB=0.616759;STBP=0.246;TYPE=mnp;VARB=0.0387774;OID=.;OPOS=22730619;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:96:96:21:21:0.179487:9:12:41:55:9:12:41:55 chr22 22730634 . G A 1394.32 PASS AF=0.760563;AO=107;DP=141;FAO=108;FDP=142;FR=.;FRO=34;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00155396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2537;QD=39.2767;RBI=0.0123169;REFB=0.0446783;REVB=-0.0122185;RO=34;SAF=47;SAR=60;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411118;STB=0.522807;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.016221;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:34:34:107:108:0.760563:60:47:18:16:61:47:18:16 chr22 22730696 . C T 291.81 PASS AF=0.247191;AO=44;DP=179;FAO=44;FDP=178;FR=.;FRO=134;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=81;FWDB=0.0458117;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4494;QD=6.55758;RBI=0.0464397;REFB=-0.0175399;REVB=-0.00761119;RO=133;SAF=20;SAR=24;SRF=53;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071423;STB=0.545151;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0813845;OID=.;OPOS=22730696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:133:134:44:44:0.247191:24:20:53:80:24:20:53:81 chr22 22730702 . A G 312.51 PASS AF=0.255556;AO=46;DP=180;FAO=46;FDP=180;FR=.;FRO=134;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=82;FWDB=0.0130036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.367;QD=6.9447;RBI=0.0136436;REFB=-0.00479533;REVB=-0.0041299;RO=133;SAF=21;SAR=25;SRF=52;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831055;STB=0.551795;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0130045;OID=.;OPOS=22730702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:133:134:46:46:0.255556:25:21:52:81:25:21:52:82 chr22 22730787 . GG AA 174.13 PASS AF=0.197279;AO=29;DP=146;FAO=29;FDP=147;FR=.;FRO=118;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=74;FWDB=-0.00625461;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=98.0729;QD=4.73809;RBI=0.0108214;REFB=0.00523476;REVB=0.00883084;RO=116;SAF=12;SAR=17;SRF=42;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692661;STB=0.534223;STBP=0.682;TYPE=mnp;VARB=-0.0219145;OID=.;OPOS=22730787;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:116:118:29:29:0.197279:17:12:42:74:17:12:44:74 chr22 22730799 . GA CC 66.38 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=127;FAO=16;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=108;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=68;FWDB=0.0487976;FXX=0.0312476;HRUN=3;LEN=2;MLLD=183.663;QD=2.14134;RBI=0.0488506;REFB=0.00352982;REVB=-0.00227342;RO=86;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385691;STB=0.612769;STBP=0.365;TYPE=mnp;VARB=-0.0271353;OID=.;OPOS=22730799;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:127:124:86:108:12:16:0.129032:5:7:23:63:8:8:40:68 chr22 22730829 . G A 60.32 PASS AF=0.12381;AO=13;DP=105;FAO=13;FDP=105;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=0.0938252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2911;QD=2.29795;RBI=0.0938724;REFB=-0.00302882;REVB=0.00297736;RO=92;SAF=6;SAR=7;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880974;STB=0.562406;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.026982;OID=.;OPOS=22730829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:105:105:92:92:13:13:0.12381:7:6:36:56:7:6:36:56 chr22 22782150 . G A 601.05 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=109;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00976187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.392;QD=21.6593;RBI=0.00981581;REFB=-0.027288;REVB=0.00102766;RO=49;SAF=32;SAR=28;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145896;STB=0.516319;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0260881;OID=.;OPOS=22782150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:49:51:60:60:0.540541:28:32:27:22:28:32:29:22 chr22 22842206 . T C 400.52 PASS AF=0.391667;AO=47;DP=120;FAO=47;FDP=120;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.000495742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.276;QD=13.3507;RBI=0.00190073;REFB=-0.00147664;REVB=0.00183494;RO=72;SAF=18;SAR=29;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112914;STB=0.568598;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0025313;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:73:47:47:0.391667:29:18:35:37:29:18:36:37 chr22 22842957 . T G 624.99 PASS AF=0.376963;AO=72;DP=191;FAO=72;FDP=191;FR=.;FRO=119;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=74;FWDB=0.00579049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.659;QD=13.0888;RBI=0.0169095;REFB=-0.00114386;REVB=-0.0158872;RO=117;SAF=21;SAR=51;SRF=44;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105779;STB=0.561825;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00252948;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:117:119:72:72:0.376963:51:21:44:73:51:21:45:74 chr22 22843118 . C T 327.78 PASS AF=0.373832;AO=39;DP=108;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.026783;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.889;QD=12.2536;RBI=0.032472;REFB=-0.00945963;REVB=-0.0183605;RO=66;SAF=23;SAR=16;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148897;STB=0.570391;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0147484;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:66:67:39:40:0.373832:16:23:30:36:17:23:31:36 chr22 22899234 . A G 701.74 PASS AF=0.544;AO=68;DP=125;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0120507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.684;QD=22.4555;RBI=0.0126242;REFB=-0.0178075;REVB=0.00376187;RO=57;SAF=32;SAR=36;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609704;STB=0.533386;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0165472;OID=.;OPOS=22899234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:57:57:68:68:0.544:36:32:31:26:36:32:31:26 chr22 22986764 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.852;QD=39.2068;RBI=0.0308947;REFB=0;REVB=0.0261746;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963977;OID=.;OPOS=22986764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr22 22988911 . G A 240.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.00939526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.295;QD=12.1823;RBI=0.00944796;REFB=-0.00368377;REVB=0.000996511;RO=50;SAF=18;SAR=11;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708197;STB=0.540615;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00607378;OID=.;OPOS=22988911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:11:18:34:16:11:18:34:16 chr22 22989256 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.31428e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.579;QD=58.0611;RBI=0.0161202;REFB=0;REVB=-0.0161202;RO=0;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9744e-05;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:17:44:0:0:17:44:0:0 chr22 22989520 . G T 236.36 PASS AF=0.227545;AO=36;DP=165;FAO=38;FDP=167;FR=.;FRO=129;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=69;FSRR=60;FWDB=0.0460828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.934;QD=5.66132;RBI=0.100608;REFB=-0.00113142;REVB=0.0894339;RO=129;SAF=31;SAR=5;SRF=69;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477871;STB=0.776879;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00621928;OID=.;OPOS=22989520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:129:129:36:38:0.227545:5:31:69:60:6:32:69:60 chr22 22989622 . T C 122.9 PASS AF=0.177778;AO=27;DP=135;FAO=24;FDP=135;FR=.;FRO=111;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=65;FWDB=-0.118231;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9266;QD=3.64133;RBI=0.118775;REFB=-0.00417993;REVB=0.0113588;RO=107;SAF=19;SAR=8;SRF=42;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385174;STB=0.701761;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0253782;OID=.;OPOS=22989622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:107:111:27:24:0.177778:8:19:42:65:8:16:46:65 chr22 23029263 . T C 2770.27 PASS AF=0.978495;AO=182;DP=185;FAO=182;FDP=186;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=110;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0298947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4141;QD=59.5758;RBI=0.0691623;REFB=-0.0282704;REVB=-0.0623677;RO=3;SAF=72;SAR=110;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00873082;STB=0.507941;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00201912;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:185:186:3:4:182:182:0.978495:110:72:2:1:110:72:3:1 chr22 23029526 . G C 650.03 PASS AF=0.47482;AO=64;DP=138;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=9.98777e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.565;QD=18.7059;RBI=0.00716533;REFB=-0.00561844;REVB=0.00716532;RO=73;SAF=29;SAR=35;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122145;STB=0.502079;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00632864;OID=.;OPOS=23029526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:73:73:64:66:0.47482:35:29:34:39:35:31:34:39 chr22 23029698 . T C 1268.5 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105364;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.399;QD=61.8782;RBI=0.0227651;REFB=0;REVB=0.02018;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259019;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr22 23040462 . T C 483.16 PASS AF=0.402985;AO=51;DP=133;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.000259309;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.788;QD=14.4226;RBI=0.0121659;REFB=-0.0179178;REVB=-0.0121631;RO=80;SAF=25;SAR=26;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569493;STB=0.54476;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0255064;OID=.;OPOS=23040462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:80:80:51:54:0.402985:26:25:35:45:27:27:34:46 chr22 23040767 . G T 977.91 PASS AF=0.410448;AO=110;DP=269;FAO=110;FDP=268;FR=.;FRO=158;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=63;FSRR=95;FWDB=-0.0332484;FXX=0.00371733;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.496;QD=14.5956;RBI=0.0414241;REFB=0.00766553;REVB=0.0247083;RO=158;SAF=48;SAR=62;SRF=63;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405983;STB=0.522676;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.012623;OID=.;OPOS=23040767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:268:158:158:110:110:0.410448:62:48:63:95:62:48:63:95 chr22 23047069 . C A 684.58 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.069;QD=62.2344;RBI=0.0442321;REFB=0;REVB=0.0338781;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127314;OID=.;OPOS=23047069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:26:15:0:0:29:15:0:0 chr22 23047104 . G A 606.4 PASS AF=0.809524;AO=44;DP=63;FAO=51;FDP=63;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0977594;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.5265;QD=38.5013;RBI=0.0984322;REFB=-0.132766;REVB=0.0114894;RO=3;SAF=16;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080277;STB=0.551703;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0189583;OID=.;OPOS=23047104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:63:63:3:12:44:51:0.809524:28:16:3:0:34:17:7:5 chr22 23047290 . G A 1437.06 PASS AF=0.95283;AO=101;DP=106;FAO=101;FDP=106;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0102474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3379;QD=54.2286;RBI=0.0619868;REFB=-0.0754679;REVB=0.0611339;RO=1;SAF=48;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978143;STB=0.524748;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00389229;OID=.;OPOS=23047290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:106:106:1:5:101:101:0.95283:53:48:1:0:53:48:5:0 chr22 23054916 . G T 1266.09 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815336;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.381;QD=61.7605;RBI=0.0162129;REFB=0;REVB=0.0140136;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2121e-05;OID=.;OPOS=23054916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:41:39:0:0:43:39:0:0 chr22 23055421 . G A 1861.96 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00776349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.93;QD=60.5515;RBI=0.00786052;REFB=0.0492577;REVB=-0.00123127;RO=1;SAF=52;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0067388;STB=0.503546;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=4.18808e-06;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:70:52:0:1:70:52:0:1 chr22 23055440 . C A 2022.87 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.174;QD=62.2422;RBI=0.0748894;REFB=0;REVB=0.00370795;RO=0;SAF=45;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7509e-05;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:130:0:0:121:130:1:76:45:0:0:77:53:0:0 chr22 23055533 . G A 4192.46 PASS AF=1;AO=265;DP=268;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013066;FXX=0.00743467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.277;QD=62.8084;RBI=0.033216;REFB=0;REVB=0.0305382;RO=0;SAF=111;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04725e-06;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:268:267:0:0:265:267:1:154:111:0:0:156:111:0:0 chr22 23055539 . G T 4524.97 PASS AF=1;AO=281;DP=281;FAO=285;FDP=285;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5188;QD=63.5083;RBI=0.0273973;REFB=0;REVB=-0.000306738;RO=0;SAF=123;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84504e-05;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:281:285:0:0:281:285:1:158:123:0:0:160:125:0:0 chr22 23055691 . G A 2354.62 PASS AF=1;AO=146;DP=149;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880637;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1472;QD=60.7644;RBI=0.0892405;REFB=0;REVB=0.0144445;RO=1;SAF=74;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638362;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345811;OID=.;OPOS=23055691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:155:1:0:146:155:1:72:74:1:0:73:82:0:0 chr22 23063178 . C T 1982.98 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.108473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.086;QD=59.6384;RBI=0.136496;REFB=-0.127208;REVB=0.0828538;RO=3;SAF=51;SAR=79;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122926;STB=0.506471;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0204164;OID=.;OPOS=23063178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:133:3:3:130:130:0.977444:79:51:2:1:79:51:2:1 chr22 23077555 . T C 1705.58 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0055323;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.795;QD=58.813;RBI=0.0396206;REFB=-0.0733854;REVB=0.0392325;RO=2;SAF=63;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182545;STB=0.509614;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000272957;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:116:2:2:114:114:0.982759:51:63:0:2:51:63:0:2 chr22 23090399 . G C 638.73 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0048969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.647;QD=59.4169;RBI=0.0219065;REFB=-0.0647116;REVB=-0.0213522;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000443865;OID=.;OPOS=23090399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:17:25:0:1:17:25:0:1 chr22 23101216 . A G 1227.62 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.7;QD=61.3811;RBI=0.0214747;REFB=0;REVB=0.0150106;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21442e-07;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:41:39:0:0 chr22 23101221 . A G 1262.49 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760946;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.677;QD=60.8429;RBI=0.0173655;REFB=0;REVB=0.0156095;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816525;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:78:83:1:38:40:0:0:40:43:0:0 chr22 23101280 . C T 2022.9 PASS AF=1;AO=127;DP=131;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504638;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.136;QD=62.7257;RBI=0.0721003;REFB=0;REVB=0.0514963;RO=0;SAF=59;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209178;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:129:0:0:127:129:1:68:59:0:0:69:60:0:0 chr22 23101301 . A G 1943.44 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.349;QD=61.6964;RBI=0.0273702;REFB=0;REVB=0.0267587;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03607e-05;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:121:126:0:0:121:126:1:64:57:0:0:69:57:0:0 chr22 23101559 . G T 3903.34 PASS AF=1;AO=251;DP=251;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.762;QD=62.2047;RBI=0.031709;REFB=0;REVB=-0.0243254;RO=0;SAF=80;SAR=171;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10127e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13624e-06;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:251:251:0:0:251:251:1:171:80:0:0:171:80:0:0 chr22 23101568 . T G 3920.49 PASS AF=1;AO=245;DP=245;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459275;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.137;QD=64.0079;RBI=0.0460592;REFB=0;REVB=-0.00348025;RO=0;SAF=79;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33795e-05;OID=.;OPOS=23101568;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:245:245:0:0:245:245:1:166:79:0:0:166:79:0:0 chr22 23101698 . C T 1225.76 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0970165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.47;QD=61.2879;RBI=0.097742;REFB=0;REVB=0.0118873;RO=0;SAF=25;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150192;OID=.;OPOS=23101698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:52:25:0:0:52:28:0:0 chr22 23114327 . T C 1452.13 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.385;QD=62.4571;RBI=0.0464991;REFB=0;REVB=0.0113654;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51395e-05;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:90:93:1:47:43:0:0:47:46:0:0 chr22 23114350 . A G 1092.12 PASS AF=1;AO=64;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.377;QD=59.0333;RBI=0.0856161;REFB=-0.0675456;REVB=0.0222716;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192711;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413272;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:74:1:0:64:74:1:40:24:1:0:40:34:0:0 chr22 23241702 . AGGGC AGGAC,CAGGA 698.46 PASS AF=0.977778,0.0222222;AO=35,2;DP=47;FAO=44,1;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221175,-0.129778;FXX=0.0425441;HRUN=3,1;LEN=1,5;MLLD=45.2477,12.0694;QD=62.0856;RBI=0.0223445,0.138018;REFB=0,0;REVB=-0.00317694,-0.0469722;RO=0;SAF=9,2;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00645133,-0.0227689;OID=.,.;OPOS=23241705,23241702;OREF=G,AGGGC;OALT=A,CAGGA;OMAPALT=AGGAC,CAGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:45:0:0:35,2:44,1:0.977778,0.0222222:26,0:9,2:0:0:26,0:18,1:0:0 chr22 23241752 . CT CTA,TA 1333.54 PASS AF=0.9,0.08;AO=46,14;DP=106;FAO=90,8;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=44,1;FSAR=46,7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.011503,0.00925599;FXX=0.0384578;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=132.692,122.163;QD=53.3418;RBI=0.112682,0.0149366;REFB=0.0192709,0.0851974;REVB=0.112093,0.011723;RO=16;SAF=35,1;SAR=11,13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.155663,-0.581815;STB=0.511109,0.749246;STBP=0.23,0.034;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00379495,0.0275068;OID=.,.;OPOS=23241754,23241752;OREF=-,CT;OALT=A,TA;OMAPALT=CTA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:106:100:16:2:46,14:90,8:0.9,0.08:11,13:35,1:8:8:46,7:44,1:2:0 chr22 23241754 . G A 41.06 PASS AF=0.0940171;AO=12;DP=117;FAO=11;FDP=117;FR=.;FRO=106;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=0.0115492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.5133;QD=1.40369;RBI=0.0119857;REFB=0.00143858;REVB=0.00320525;RO=105;SAF=3;SAR=9;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278171;STB=0.687958;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0042114;OID=.;OPOS=23241754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:117:117:105:106:12:11:0.0940171:9:3:50:55:8:3:50:56 chr22 23241772 . T C 706.92 PASS AF=0.516556;AO=65;DP=148;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=0.000574158;FXX=0.00657851;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.727;QD=18.7263;RBI=0.00602334;REFB=-0.0181565;REVB=-0.00599591;RO=46;SAF=28;SAR=37;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307482;STB=0.55164;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0197182;OID=.;OPOS=23241772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:46:73:65:78:0.516556:37:28:18:28:42:36:26:47 chr22 23247082 . C G 2797.77 PASS AF=0.566879;AO=260;DP=453;FAO=267;FDP=471;FR=.;FRO=204;FSAF=153;FSAR=114;FSRF=112;FSRR=92;FWDB=0.00767263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5661;QD=23.7603;RBI=0.0341538;REFB=0.00991915;REVB=0.0332808;RO=192;SAF=149;SAR=111;SRF=100;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416179;STB=0.510594;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00843842;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:453:471:192:204:260:267:0.566879:111:149:100:92:114:153:112:92 chr22 23248758 . G A 147.05 PASS AF=0.2625;AO=20;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00689043;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.1;QD=7.35229;RBI=0.00933408;REFB=-0.00480678;REVB=0.00629659;RO=60;SAF=8;SAR=12;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202977;STB=0.595654;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0128897;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:60:59:20:21:0.2625:12:8:34:26:12:9:33:26 chr22 23256464 . G C 3901.02 PASS AF=1;AO=243;DP=249;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110001;FXX=0.0039061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9834;QD=61.1924;RBI=0.110151;REFB=-0.0406978;REVB=-0.00574966;RO=4;SAF=121;SAR=122;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154922;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592558;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:249:255:4:0:243:255:1:122:121:4:0:123:132:0:0 chr22 23263602 . C T 4115.87 PASS AF=0.993528;AO=188;DP=308;FAO=307;FDP=309;FR=.;FRO=2;FSAF=133;FSAR=174;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0194605;FXX=0.0252358;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.804;QD=53.2799;RBI=0.085545;REFB=-0.0905336;REVB=0.0833021;RO=0;SAF=128;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.50754e-08;STB=0.503731;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00382729;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:308:309:0:2:188:307:0.993528:60:128:0:0:174:133:2:0 chr22 23438191 . C T 2086.74 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.397;QD=61.8293;RBI=0.0183586;REFB=-0.0708522;REVB=0.0047587;RO=1;SAF=84;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562574;STB=0.502958;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000242255;OID=.;OPOS=23438191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:50:84:1:0:50:84:1:0 chr22 23466388 . G T 319.47 PASS AF=0.603448;AO=29;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.0104279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.673;QD=22.0321;RBI=0.0122969;REFB=-0.00661134;REVB=-0.00651719;RO=19;SAF=25;SAR=4;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515359;STB=0.507932;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0102363;OID=.;OPOS=23466388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:19:29:35:0.603448:4:25:17:2:4:31:17:2 chr22 23466393 . GT TG,TT 34.23 PASS AF=0.0416667,0.0833333;AO=2,9;DP=49;FAO=2,4;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1,3;FSAR=1,1;FSRF=39;FSRR=3;FWDB=0.0392969,-0.0162412;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=19.3869,189.45;QD=2.85227;RBI=0.0732786,0.0371317;REFB=0.0263054,-0.00471556;REVB=0.0618507,-0.0333914;RO=33;SAF=1,8;SAR=1,1;SRF=33;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.832951,-0.608018;STB=0.907735,0.777024;STBP=0.773,0.841;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0538616,0.0351923;OID=.,.;OPOS=23466393,23466393;OREF=GT,G;OALT=TG,T;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:49:48:33:42:2,9:2,4:0.0416667,0.0833333:1,1:1,8:33:0:1,1:1,3:39:3 chr22 23474972 . A G 2594.02 PASS AF=0.994083;AO=168;DP=171;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145558;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5669;QD=61.397;RBI=0.0171293;REFB=-0.0285298;REVB=0.00903005;RO=1;SAF=86;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550198;STB=0.50289;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000243305;OID=.;OPOS=23474972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:169:1:1:168:168:0.994083:82:86:1:0:82:86:1:0 chr22 23482460 . A G 2849.64 PASS AF=0.965174;AO=193;DP=200;FAO=194;FDP=201;FR=.;FRO=7;FSAF=92;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0524833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.99;QD=56.7092;RBI=0.0525146;REFB=-0.0858019;REVB=-0.00181181;RO=7;SAF=91;SAR=102;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124202;STB=0.511584;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0163997;OID=.;OPOS=23482460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:200:201:7:7:193:194:0.965174:102:91:2:5:102:92:1:6 chr22 23498329 . CA TG 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739942;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=222.682;QD=56.9383;RBI=0.00739942;REFB=0;REVB=-1.03761e-05;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.04775e-05;OID=.;OPOS=23498329;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr22 23498334 . C A 462.2 PASS AF=0.769231;AO=51;DP=52;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.0376852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.3183;QD=35.5541;RBI=0.0561953;REFB=-0.0124393;REVB=-0.0416861;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.599954;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0427998;OID=.;OPOS=23498334;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:0:12:51:40:0.769231:15:36:0:0:16:24:12:0 chr22 23503121 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.096;QD=57.8849;RBI=0.0165962;REFB=0;REVB=0.00520364;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08327e-05;OID=.;OPOS=23503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:20:40:0:0:20:40:0:0 chr22 23513523 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.195;QD=60.9785;RBI=0.0692196;REFB=0;REVB=-0.0264205;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322059;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr22 23523630 . C A 2599.22 PASS AF=0.977143;AO=170;DP=174;FAO=171;FDP=175;FR=.;FRO=4;FSAF=86;FSAR=85;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00841832;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.444;QD=59.4107;RBI=0.0147664;REFB=-0.029303;REVB=0.0121318;RO=4;SAF=86;SAR=84;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106788;STB=0.505647;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=4.14925e-05;OID=.;OPOS=23523630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:174:175:4:4:170:171:0.977143:84:86:3:1:85:86:3:1 chr22 23541488 . C T 1606.82 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.742;QD=64.273;RBI=0.00905213;REFB=0;REVB=0.00783035;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08759e-05;OID=.;OPOS=23541488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:52:47:0:0:52:48:0:0 chr22 23627369 . A G 2102.47 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.947;QD=62.7604;RBI=0.0440712;REFB=0;REVB=0.014953;RO=0;SAF=52;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02454e-05;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:82:52:0:0:82:52:0:0 chr22 23658769 . A G 88.16 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5547;QD=39.1834;RBI=0.183624;REFB=0;REVB=-0.183562;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0118884;OID=.;OPOS=23658769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr22 23964279 . TGGGCAT TGG,TGGCAT 364.68 PASS AF=0.258621,0.655172;AO=10,21;DP=59;FAO=15,38;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=9,20;FSAR=6,18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0809155,0.239071;FXX=0.0169463;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=102.31,10.7018;QD=25.1505;RBI=0.0932115,0.539684;REFB=-0.0906493,-0.232295;REVB=0.0462716,0.483842;RO=22;SAF=7,18;SAR=3,3;SRF=4;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0.401631,0.401631;SSSB=0.536998,0.62023;STB=0.550952,0.514698;STBP=0.398,0.569;TYPE=del,del;VARB=0.0470849,0.141841;OID=.,.;OPOS=23964282,23964280;OREF=GCAT,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.258621,0.655172:10,21:59:15,38:58:5:9,20:6,18:2:3:73:22:7,18:3,3:4:18 chr22 23974200 . A G 325.98 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0466222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0355;QD=20.0605;RBI=0.0520171;REFB=-0.0128707;REVB=-0.0230684;RO=30;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810794;STB=0.552316;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0100729;OID=.;OPOS=23974200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:16:18:13:17:16:18:13:18 chr22 24034288 . A G 813.82 PASS AF=0.536424;AO=74;DP=142;FAO=81;FDP=151;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.00191909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2312;QD=21.558;RBI=0.0080627;REFB=0.00106713;REVB=0.00783098;RO=64;SAF=35;SAR=39;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836815;STB=0.540136;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000750607;OID=.;OPOS=24034288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:151:64:70:74:81:0.536424:39:35:24:40:44:37:26:44 chr22 24035970 . C T 771.43 PASS AF=0.617391;AO=71;DP=115;FAO=71;FDP=115;FR=.;FRO=44;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0449365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.594;QD=26.8323;RBI=0.0451665;REFB=-0.0266217;REVB=0.0045526;RO=43;SAF=45;SAR=26;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137864;STB=0.571046;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0197723;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:43:44:71:71:0.617391:26:45:19:24:26:45:20:24 chr22 24036563 . G A 267.94 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0271545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.805;QD=18.8025;RBI=0.0368317;REFB=-0.0290142;REVB=0.0248839;RO=28;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164202;STB=0.597415;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0334187;OID=.;OPOS=24036563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:28:28:29:0.508772:18:10:15:13:19:10:15:13 chr22 24038847 . T C 523.56 PASS AF=0.581395;AO=44;DP=80;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0784741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4151;QD=24.3515;RBI=0.0860408;REFB=-0.0266035;REVB=0.0352822;RO=36;SAF=19;SAR=25;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359725;STB=0.504852;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0150999;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:36:36:44:50:0.581395:25:19:14:22:30:20:14:22 chr22 24086107 . A G 2046.03 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.833;QD=62.4743;RBI=0.031448;REFB=0;REVB=-0.0302289;RO=0;SAF=61;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20085e-05;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:70:61:0:0:70:61:0:0 chr22 24087319 . A C 561.3 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0251957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.389;QD=19.3552;RBI=0.0265597;REFB=0.00799043;REVB=-0.00840203;RO=58;SAF=27;SAR=31;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468635;STB=0.525884;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00760323;OID=.;OPOS=24087319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:58:58:58:0.5:31:27:30:28:31:27:30:28 chr22 24096503 . T G 425.65 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=-0.0282365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.615;QD=15.3386;RBI=0.0283645;REFB=-0.0123568;REVB=-0.00269151;RO=60;SAF=12;SAR=36;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837357;STB=0.559296;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0149781;OID=.;OPOS=24096503;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:63:48:48:0.432432:36:12:19:41:36:12:21:42 chr22 24108412 . G A 242.9 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0172899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.605;QD=22.5957;RBI=0.0304391;REFB=-0.035545;REVB=0.0250519;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127731;STB=0.571057;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0317845;OID=.;OPOS=24108412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:9:14:15:5:9:14:15:5 chr22 24121378 . C T 236.14 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00698054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.771;QD=33.7341;RBI=0.0935962;REFB=0.00120942;REVB=0.0933355;RO=7;SAF=15;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083164;STB=0.545413;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000137271;OID=.;OPOS=24121378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:6:15:6:1:6:15:6:1 chr22 24143502 . C G 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0583026;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.23;QD=26.3386;RBI=0.0584706;REFB=-0.0201838;REVB=0.00442939;RO=15;SAF=5;SAR=18;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11202;STB=0.562442;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.012414;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:18:5:5:10:18:5:5:10 chr22 24158899 . C A 554.77 PASS AF=0.573034;AO=50;DP=88;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00486969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7154;QD=24.9334;RBI=0.0252572;REFB=0.012479;REVB=-0.0247833;RO=37;SAF=28;SAR=22;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273667;STB=0.51293;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0116834;OID=.;OPOS=24158899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:37:38:50:51:0.573034:22:28:22:15:23:28:22:16 chr22 24175804 . C T 583.01 PASS AF=0.504202;AO=59;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0943774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0921;QD=19.597;RBI=0.0975307;REFB=-0.0114991;REVB=0.0245997;RO=59;SAF=30;SAR=29;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153523;STB=0.504346;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.015107;OID=.;OPOS=24175804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:59:59:60:0.504202:29:30:31:28:29:31:31:28 chr22 24176619 . G GT,T 43.64 PASS AF=0.290323,0;AO=8,2;DP=33;FAO=9,0;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0301576,-0.00253364;FXX=0.0605877;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=18.0992,258.079;QD=5.63087;RBI=0.0325027,0.00346805;REFB=-0.0778645,-0.00470947;REVB=-0.012122,0.00236813;RO=23;SAF=0,2;SAR=8,0;SRF=5;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.685324,0.651923;STB=0.505143,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.115154,0;OID=.,.;OPOS=24176620,24176619;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:33:31:23:22:8,2:9,0:0.290323,0:8,0:0,2:5:18:7,0:2,0:5:17 chr22 24237463 . T C 556.61 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.000587746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.98;QD=25.3002;RBI=0.0101636;REFB=-0.00287639;REVB=0.0101466;RO=37;SAF=23;SAR=28;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232168;STB=0.626543;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00305847;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:37:51:51:0.579545:28:23:28:9:28:23:28:9 chr22 24238079 . T A 365.54 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00286458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.713;QD=18.7454;RBI=0.0527228;REFB=-0.0163116;REVB=0.0526449;RO=39;SAF=28;SAR=10;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131825;STB=0.569067;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0173818;OID=.;OPOS=24238079;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:40:38:38:0.487179:10:28:24:15:10:28:25:15 chr22 24300580 . C T 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.054152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.848;QD=11.0951;RBI=0.0543897;REFB=0.00590645;REVB=0.00507982;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00777513;OID=.;OPOS=24300580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr22 24323227 . G A 945.17 PASS AF=0.25222;AO=142;DP=564;FAO=142;FDP=563;FR=.;FRO=421;FSAF=79;FSAR=63;FSRF=262;FSRR=159;FWDB=-0.0141779;FXX=0.00177302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.305;QD=6.71522;RBI=0.0193876;REFB=-0.0058502;REVB=-0.0132238;RO=418;SAF=79;SAR=63;SRF=262;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913246;STB=0.550543;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0141163;OID=.;OPOS=24323227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:564:563:418:421:142:142:0.25222:63:79:262:156:63:79:262:159 chr22 24325062 . G A 1180.41 PASS AF=0.89;AO=88;DP=102;FAO=89;FDP=100;FR=.;FRO=11;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0179235;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.035;QD=47.2165;RBI=0.0362299;REFB=-0.0235538;REVB=0.0314858;RO=11;SAF=53;SAR=35;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275142;STB=0.515127;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00616384;OID=.;OPOS=24325062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:102:100:11:11:88:89:0.89:35:53:8:3:36:53:8:3 chr22 24459438 . T C 3501.86 PASS AF=1;AO=218;DP=218;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.093;QD=62.5332;RBI=0.0250062;REFB=0;REVB=0.020808;RO=0;SAF=107;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80367e-05;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:224:0:0:218:224:1:111:107:0:0:115:109:0:0 chr22 24468386 . G A 297.58 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.000989425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.393;QD=13.3744;RBI=0.012933;REFB=-0.00776675;REVB=-0.0128951;RO=54;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575321;STB=0.537504;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0124975;OID=.;OPOS=24468386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:54:55:34:34:0.382022:19:15:21:33:19:15:21:34 chr22 24535243 . TTA T,TTT 530.59 PASS AF=0.534722,0;AO=31,33;DP=180;FAO=77,0;FDP=144;FR=.;FRO=67;FSAF=27,0;FSAR=50,0;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=0.107982,0.0221938;FXX=0.0399973;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.2042,13.7104;QD=14.7385;RBI=0.111966,0.0222115;REFB=-0.0769578,-0.0225364;REVB=0.0296051,-0.000886489;RO=83;SAF=15,0;SAR=16,33;SRF=36;SRR=47;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0614594,-0.797196;STB=0.519226,0.5;STBP=0.687,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0742878,0;OID=.,.;OPOS=24535244,24535245;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534722,0:31,33:180:77,0:144:67:27,0:50,0:21:46:99:83:15,0:16,33:36:47 chr22 24535559 . T C 381.27 PASS AF=0.320513;AO=50;DP=156;FAO=50;FDP=156;FR=.;FRO=106;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=67;FWDB=0.0138895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.101;QD=9.77607;RBI=0.0189344;REFB=0.00230529;REVB=0.0128683;RO=104;SAF=21;SAR=29;SRF=39;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545893;STB=0.536727;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00394986;OID=.;OPOS=24535559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:104:106:50:50:0.320513:29:21:39:65:29:21:39:67 chr22 24546298 . G A 171.25 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0235676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.901;QD=9.13309;RBI=0.0428434;REFB=-0.00147913;REVB=-0.0357788;RO=52;SAF=7;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218043;STB=0.629649;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00402142;OID=.;OPOS=24546298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:52:23:23:0.306667:16:7:25:27:16:7:25:27 chr22 24564477 . C T 942.03 PASS AF=0.391304;AO=108;DP=276;FAO=108;FDP=276;FR=.;FRO=168;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=69;FSRR=99;FWDB=0.00648235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.542;QD=13.6526;RBI=0.0072191;REFB=-0.0109465;REVB=-0.00317718;RO=167;SAF=54;SAR=54;SRF=68;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10049;STB=0.554338;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0182669;OID=.;OPOS=24564477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:167:168:108:108:0.391304:54:54:68:99:54:54:69:99 chr22 24579049 . G A 364.38 PASS AF=0.310811;AO=46;DP=148;FAO=46;FDP=148;FR=.;FRO=102;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=-0.0361029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.336;QD=9.84803;RBI=0.0409165;REFB=-0.00255318;REVB=0.0192546;RO=101;SAF=20;SAR=26;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175163;STB=0.604606;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00416221;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:101:102:46:46:0.310811:26:20:59:42:26:20:60:42 chr22 24579157 . GA TC 187.48 PASS AF=0.195266;AO=33;DP=169;FAO=33;FDP=169;FR=.;FRO=136;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=68;FSRR=68;FWDB=0.00960155;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=268.879;QD=4.43743;RBI=0.0172638;REFB=-0.00374886;REVB=-0.0143475;RO=135;SAF=12;SAR=21;SRF=68;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181157;STB=0.611286;STBP=0.15;TYPE=mnp;VARB=0.0172884;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:135:136:33:33:0.195266:21:12:68:67:21:12:68:68 chr22 24628928 . G A 957.19 PASS AF=0.443478;AO=102;DP=230;FAO=102;FDP=230;FR=.;FRO=128;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=66;FWDB=0.0730123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7704;QD=16.6468;RBI=0.0986822;REFB=-0.0176013;REVB=0.0663882;RO=128;SAF=57;SAR=45;SRF=62;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749017;STB=0.541594;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0274782;OID=.;OPOS=24628928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:128:128:102:102:0.443478:45:57:62:66:45:57:62:66 chr22 24717518 . G A 204.41 PASS AF=0.421053;AO=25;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00964911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.973;QD=14.3446;RBI=0.0145484;REFB=-0.00744674;REVB=-0.010888;RO=31;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758707;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00889125;OID=.;OPOS=24717518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:33:25:24:0.421053:9:16:22:9:8:16:22:11 chr22 24717850 . A G 727.44 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.859;QD=63.2558;RBI=0.0320376;REFB=0;REVB=-0.0276191;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014927;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:26:20:0:0 chr22 24761467 . G A 1153.3 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.534;QD=60.6999;RBI=0.00525458;REFB=0;REVB=0.00383684;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80774e-07;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:28:48:0:0:28:48:0:0 chr22 24811667 . G A 1085.67 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035367;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.807;QD=60.3149;RBI=0.0354618;REFB=0;REVB=0.00259116;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001294;OID=.;OPOS=24811667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr22 24837301 . T C 6531.32 PASS AF=1;AO=411;DP=415;FAO=414;FDP=414;FR=.;FRO=0;FSAF=192;FSAR=222;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212466;FXX=0.00240958;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.206;QD=63.1046;RBI=0.028821;REFB=0;REVB=0.0287426;RO=0;SAF=190;SAR=221;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9844e-06;OID=.;OPOS=24837301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:415:414:0:0:411:414:1:221:190:0:0:222:192:0:0 chr22 24898310 . C T 1674.01 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000654102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4406;QD=59.7862;RBI=0.0377473;REFB=0;REVB=-0.0377416;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52225e-05;OID=.;OPOS=24898310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:54:57:0:0:54:58:0:0 chr22 24964128 . T C 735.42 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.102637;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.306;QD=51.6083;RBI=0.104168;REFB=-0.0652537;REVB=-0.0177906;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165343;STB=0.509749;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.000540856;OID=.;OPOS=24964128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:57:1:3:54:54:0.947368:26:28:1:0:26:28:1:2 chr22 25003922 . G A 199.71 PASS AF=0.22069;AO=30;DP=138;FAO=32;FDP=145;FR=.;FRO=113;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=67;FWDB=-0.0342265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.7064;QD=5.50925;RBI=0.0344096;REFB=-0.0145532;REVB=-0.00354573;RO=108;SAF=20;SAR=10;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311843;STB=0.689569;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0472481;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:145:108:113:30:32:0.22069:10:20:45:63:11:21:46:67 chr22 25003934 . G A 274.39 PASS AF=0.265306;AO=34;DP=142;FAO=39;FDP=147;FR=.;FRO=108;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=-0.0101215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.545;QD=7.4663;RBI=0.0123166;REFB=-0.011079;REVB=-0.00701806;RO=105;SAF=13;SAR=21;SRF=49;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107768;STB=0.546236;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0267464;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:147:105:108:34:39:0.265306:21:13:49:56:23:16:51:57 chr22 25119210 . A C 298.2 PASS AF=0.345455;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0219848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.945;QD=10.8437;RBI=0.0271218;REFB=-0.0102197;REVB=-0.0158827;RO=72;SAF=12;SAR=26;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203409;STB=0.617732;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0166203;OID=.;OPOS=25119210;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:72:72:38:38:0.345455:26:12:35:37:26:12:35:37 chr22 25144912 . C T 275.17 PASS AF=0.380952;AO=33;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0122349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.68;QD=13.1033;RBI=0.0139763;REFB=-0.00693035;REVB=-0.00675616;RO=49;SAF=15;SAR=18;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156968;STB=0.52701;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0131243;OID=.;OPOS=25144912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:52:33:32:0.380952:18:15:23:26:18:14:25:27 chr22 25145453 . C T 919.87 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.291;QD=58.4044;RBI=0.0528463;REFB=0;REVB=0.0454472;RO=0;SAF=16;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253517;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:47:16:0:0:47:16:0:0 chr22 25145471 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.861;QD=64.4151;RBI=0.0359486;REFB=0;REVB=0.0190134;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47314e-05;OID=.;OPOS=25145471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:37:13:0:0:37:13:0:0 chr22 25147423 . C T 613.56 PASS AF=0.504065;AO=61;DP=122;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0217626;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.738;QD=19.9531;RBI=0.0229303;REFB=-0.00732808;REVB=-0.00722395;RO=61;SAF=22;SAR=39;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108692;STB=0.562893;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00715465;OID=.;OPOS=25147423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:61:61:61:62:0.504065:39:22:29:32:40:22:29:32 chr22 25151842 . TG GT,TGT 146.02 PASS AF=0.0166667,0.325;AO=11,32;DP=126;FAO=2,39;FDP=120;FR=.;FRO=79;FSAF=2,31;FSAR=0,8;FSRF=23;FSRR=56;FWDB=-0.0904801,-0.089646;FXX=0.0243883;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=19.3226,13.2643;QD=4.86733;RBI=0.0935895,0.0902765;REFB=-0.0562233,-0.0854814;REVB=0.0239237,0.0106509;RO=77;SAF=9,25;SAR=2,7;SRF=21;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.598288,0.568594;STB=0.996929,0.821036;STBP=0.038,0;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0383715,0.0906657;OID=.,.;OPOS=25151842,25151844;OREF=TG,-;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:126:120:77:79:11,32:2,39:0.0166667,0.325:2,7:9,25:21:56:0,8:2,31:23:56 chr22 25263048 . G A 774.77 PASS AF=0.574803;AO=72;DP=127;FAO=73;FDP=127;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0137705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.136;QD=24.4021;RBI=0.0444232;REFB=-0.0143578;REVB=0.042235;RO=53;SAF=28;SAR=44;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110888;STB=0.55899;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0120124;OID=.;OPOS=25263048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:53:54:72:73:0.574803:44:28:28:25:45:28:28:26 chr22 25291182 . TTTC T 1224.77 PASS AF=1;AO=94;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458687;FXX=0.0648088;HRUN=4;LEN=3;MLLD=221.853;QD=48.5057;RBI=0.0223214;REFB=0;REVB=0.0218451;RO=1;SAF=47;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.33383e-05;OID=.;OPOS=25291183;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:94:101:101:101:0:50:51:0:0:20:1:47:47:1:0 chr22 25308671 . C T 1188.93 PASS AF=0.680556;AO=98;DP=144;FAO=98;FDP=144;FR=.;FRO=46;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0192753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.188;QD=33.0258;RBI=0.0192919;REFB=0.00163189;REVB=-0.000800597;RO=45;SAF=44;SAR=54;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104547;STB=0.509432;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.000755076;OID=.;OPOS=25308671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:45:46:98:98:0.680556:54:44:21:24:54:44:22:24 chr22 25334184 . G T 449.4 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0085696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.603;QD=18.7249;RBI=0.0114728;REFB=0.00526698;REVB=0.00762798;RO=49;SAF=24;SAR=21;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166653;STB=0.518873;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00462396;OID=.;OPOS=25334184;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:51:45:45:0.46875:21:24:27:22:21:24:29:22 chr22 25436904 . T C 937.49 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.366;QD=58.5931;RBI=0.0122663;REFB=0;REVB=-0.0109307;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26685e-05;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr22 25580986 . AC A 54.01 PASS AF=0.176871;AO=79;DP=295;FAO=52;FDP=294;FR=.;FRO=242;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=123;FSRR=119;FWDB=0.0154514;FXX=0.00338972;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.0614;QD=0.734854;RBI=0.0393798;REFB=-0.088291;REVB=0.0362218;RO=201;SAF=47;SAR=32;SRF=94;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156162;STB=0.538447;STBP=0.537;TYPE=del;VARB=0.137106;OID=.;OPOS=25580987;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176871:79:295:52:294:242:24:28:123:119:54:201:47:32:94:107 chr22 25601196 . C G 1524.36 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9492;QD=62.219;RBI=0.0140104;REFB=-0.0768834;REVB=0.00889375;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000775211;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:0:1:97:97:0.989796:50:47:0:0:50:47:0:1 chr22 25715909 . CA AC,C,CC 1753.24 PASS AF=0.0898204,0.91018,0;AO=11,44,13;DP=166;FAO=15,152,0;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=0,67,0;FSAR=15,85,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13571,0.956598,0.509354;FXX=0.0233904;HRUN=2,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=127.952,15.4388,7.1667;QD=41.9939;RBI=0.150094,0.957051,0.509571;REFB=0.0383551,0.111222,0.041154;REVB=-0.0641172,-0.0294341,-0.0148772;RO=76;SAF=0,1,0;SAR=11,43,13;SRF=65;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.820318,-0.852847,-0.832339;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0323644,0.0343632,0.0563575;OID=.,.,.;OPOS=25715909,25715910,25715910;OREF=CA,A,A;OALT=AC,-,C;OMAPALT=AC,C,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:166:167:76:0:11,44,13:15,152,0:0.0898204,0.91018,0:11,43,13:0,1,0:65:11:15,85,0:0,67,0:0:0 chr22 26159289 . G A 724.18 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171825;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.043;QD=54.6551;RBI=0.0172853;REFB=-0.0621925;REVB=-0.00188166;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.512816;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-5.46774e-06;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:19:33:0:0:19:33:0:1 chr22 26164079 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.446;QD=57.1762;RBI=0.0302013;REFB=0;REVB=-0.00784787;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79537e-05;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr22 26164413 . C T 239.39 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0647866;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=30.6675;QD=11.3997;RBI=0.0740826;REFB=-0.0268909;REVB=0.0359295;RO=47;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660307;STB=0.543064;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0832188;OID=.;OPOS=26164413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:52:32:32:0.380952:15:17:22:25:15:17:24:28 chr22 26166900 . G C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.277;QD=62.9081;RBI=0.0308992;REFB=0;REVB=0.0274615;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00282e-05;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:50:40:0:0:50:40:0:0 chr22 26173661 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.092;QD=60.7162;RBI=0.0293625;REFB=0;REVB=0.0283047;RO=0;SAF=21;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66409e-05;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:55:21:0:0:55:21:0:0 chr22 26193982 . C G 3349.93 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2312;QD=62.0357;RBI=0.0944363;REFB=0;REVB=0.093894;RO=0;SAF=96;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128471;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:198:216:0:0:198:216:1:102:96:0:0:118:98:0:0 chr22 26194045 . T C,G 2490.15 PASS AF=0.89697,0.10303;AO=149,15;DP=164;FAO=148,17;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=51,16;FSAR=97,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327237,0.0279853;FXX=0.02941;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.484,145.846;QD=60.3672;RBI=0.032724,0.0284061;REFB=0,0;REVB=-0.000138932,-0.00487157;RO=0;SAF=52,14;SAR=97,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.17984e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000938685,0.0278379;OID=.,.;OPOS=26194045,26194045;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:56:164:165:0:0:149,15:148,17:0.89697,0.10303:97,1:52,14:0:0:97,1:51,16:0:0 chr22 26239850 . C A 682.74 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.020688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7829;QD=52.5181;RBI=0.0499258;REFB=-0.0262403;REVB=-0.0454378;RO=2;SAF=23;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391845;STB=0.520825;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00795547;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:27:23:2:0:27:23:2:0 chr22 26829914 . T C 132.0 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0175799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.151;QD=14.6663;RBI=0.0177029;REFB=-0.00596122;REVB=-0.00208347;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296633;STB=0.517218;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00690084;OID=.;OPOS=26829914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:9:12:9:6:9:12 chr22 26830316 . G A 365.8 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.000586884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9258;QD=12.6139;RBI=0.0455726;REFB=0.00758679;REVB=0.0455689;RO=72;SAF=30;SAR=14;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854261;STB=0.548758;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0142741;OID=.;OPOS=26830316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:72:72:44:44:0.37931:14:30:44:28:14:30:44:28 chr22 26839103 . T C 646.0 PASS AF=0.5625;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00817102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.595;QD=23.0713;RBI=0.0178597;REFB=0.00566303;REVB=0.0158809;RO=49;SAF=27;SAR=36;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495933;STB=0.527123;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00376886;OID=.;OPOS=26839103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:49:49:63:63:0.5625:36:27:24:25:36:27:24:25 chr22 26853905 . C A 1552.52 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225386;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.322;QD=64.0213;RBI=0.0250871;REFB=0;REVB=0.0110168;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43498e-05;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:54:43:0:0:54:43:0:0 chr22 26854441 . G A 1492.23 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2003;QD=58.5189;RBI=0.0172371;REFB=0.126548;REVB=0.0128765;RO=1;SAF=51;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921191;STB=0.504853;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.000769388;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:50:51:1:0:50:51:1:0 chr22 26859942 . C T 839.92 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021817;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.095;QD=55.9947;RBI=0.0218192;REFB=-0.048737;REVB=0.000308946;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00017614;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:1:0:31:28:1:0 chr22 26860269 . G C 543.28 PASS AF=0.509091;AO=55;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00276897;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.122;QD=19.7555;RBI=0.0296296;REFB=0.00259679;REVB=0.0294999;RO=55;SAF=28;SAR=27;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657351;STB=0.527263;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00244502;OID=.;OPOS=26860269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:54:55:56:0.509091:27:28:24:31:28:28:24:30 chr22 26862212 . T C 1494.31 PASS AF=0.989583;AO=90;DP=91;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.952;QD=62.2628;RBI=0.044292;REFB=-0.0433059;REVB=0.0411686;RO=1;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957528;STB=0.504586;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000680854;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:96:1:1:90:95:0.989583:49:41:0:1:54:41:0:1 chr22 26879958 . C G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0377276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.65;QD=24.1272;RBI=0.045694;REFB=-0.00748669;REVB=0.0257793;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315475;STB=0.688055;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00789547;OID=.;OPOS=26879958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:11:17:17:0.607143:10:7:9:1:10:7:10:1 chr22 26879962 . G C 323.71 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0140162;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.154;QD=34.9961;RBI=0.0140396;REFB=-0.0484326;REVB=-0.000810195;RO=10;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270732;STB=0.646956;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0119556;OID=.;OPOS=26879962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:15:12:10:0:15:12:10:0 chr22 26879967 . A G 537.59 PASS AF=0.830189;AO=44;DP=54;FAO=44;FDP=53;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00514759;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.777;QD=40.5727;RBI=0.0535305;REFB=-0.0158686;REVB=0.0532824;RO=9;SAF=17;SAR=27;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161037;STB=0.586407;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00297362;OID=.;OPOS=26879967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:53:9:9:44:44:0.830189:27:17:8:1:27:17:8:1 chr22 26884039 . G A 1603.77 PASS AF=0.933333;AO=110;DP=122;FAO=112;FDP=120;FR=.;FRO=8;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00837194;FXX=0.0243883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.994;QD=53.4589;RBI=0.0197721;REFB=0.0361963;REVB=-0.0179122;RO=8;SAF=59;SAR=51;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114506;STB=0.505987;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00491765;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:122:120:8:8:110:112:0.933333:51:59:5:3:52:60:5:3 chr22 26895337 . G A 1641.89 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000596865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.384;QD=60.2527;RBI=0.00805336;REFB=0;REVB=-0.00803121;RO=0;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32928e-05;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:54:55:0:0:54:55:0:0 chr22 26932150 . G A 2177.01 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000799115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.393;QD=62.2002;RBI=0.0568361;REFB=0.0106487;REVB=-0.0568305;RO=2;SAF=66;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130217;STB=0.503401;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.000291268;OID=.;OPOS=26932150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:2:1:138:139:0.992857:72:66:0:2:73:66:0:1 chr22 26937087 . C A 242.38 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0432154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5708;QD=12.5913;RBI=0.0524274;REFB=0.00464715;REVB=0.0296828;RO=47;SAF=9;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159142;STB=0.599542;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00859631;OID=.;OPOS=26937087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:20:9:21:26:20:9:22:26 chr22 26937327 . C G 3098.47 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298609;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.445;QD=63.5583;RBI=0.0543343;REFB=-0.0369157;REVB=0.0453932;RO=0;SAF=101;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96447e-05;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:195:0:0:194:195:1:93:101:0:0:94:101:0:0 chr22 27012203 . TGGGGCC TGGGCC,TGGGC,TGGGCCT,TGGGGC 714.61 PASS AF=0,0.903226,0.0806452,0;AO=16,16,4,9;DP=64;FAO=0,56,5,0;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=0,19,5,0;FSAR=0,37,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.552134,0.251656,-0.0267073,-0.128098;FXX=0.0312451;HRUN=4,4,4,5;LEN=1,2,3,1;MLLD=11.1164,22.2976,111.863,12.0069;QD=46.1041;RBI=0.618014,0.29788,0.0459841,0.516229;REFB=-0.0862489,-0.0964273,-0.0162567,-0.0494858;REVB=-0.277648,0.15938,-0.0374334,0.500083;RO=0;SAF=0,3,4,8;SAR=16,13,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.594203,0.594203,0,0;SSEP=0,0,0,0.416667;SSSB=0,3.78418e-08,0,0;STB=0.5,0.506664,0.996613,0.5;STBP=1,0.625,0.062,1;TYPE=del,del,mnp,del;VARB=0,0.0199267,0.111556,0.00369029;OID=.,.,.,.;OPOS=27012204,27012207,27012207,27012208;OREF=G,GC,GCC,C;OALT=-,-,CCT,-;OMAPALT=TGGGCC,TGGGC,TGGGCCT,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.903226,0.0806452,0:16,16,4,9:64:0,56,5,0:62:1:0,19,5,0:0,37,0,0:0:1:19:0:0,3,4,8:16,13,0,1:0:0 chr22 27021444 . G A 424.56 PASS AF=0.453608;AO=39;DP=93;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00260538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6706;QD=17.5077;RBI=0.130388;REFB=-0.0113131;REVB=0.130362;RO=53;SAF=24;SAR=15;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524503;STB=0.511358;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0181622;OID=.;OPOS=27021444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:53:53:39:44:0.453608:15:24:30:23:20:24:30:23 chr22 27021457 . T C 1745.16 PASS AF=0.983051;AO=116;DP=122;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00775427;FXX=0.0327842;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.406;QD=59.1581;RBI=0.0199467;REFB=-0.117774;REVB=0.0183778;RO=0;SAF=62;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13529e-08;STB=0.500587;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00031267;OID=.;OPOS=27021457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:122:118:0:2:116:116:0.983051:54:62:0:0:54:62:1:1 chr22 27021589 . A G 216.3 PASS AF=0.294737;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=95;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.000777842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.695;QD=9.10725;RBI=0.0652527;REFB=-0.0101953;REVB=-0.0652481;RO=66;SAF=17;SAR=11;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232832;STB=0.641648;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0208055;OID=.;OPOS=27021589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:66:67:28:28:0.294737:11:17:27:39:11:17:27:40 chr22 28146770 . A G 47.52 PASS AF=0.3;AO=2;DP=22;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0724108;FXX=0.0322477;HRUN=12;LEN=1;MLLD=34.5246;QD=6.33575;RBI=0.159604;REFB=-0.304462;REVB=-0.142233;RO=7;SAF=0;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50628;STB=0.571265;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.14301;OID=.;OPOS=28146770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:22:30:7:21:2:9:0.3:2:0:1:6:6:3:9:12 chr22 28195488 . AGGGGG AGGGGC,AGGGG 34.12 PASS AF=0.0810811,0.135135;AO=5,8;DP=38;FAO=3,5;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3,4;FSAR=0,1;FSRF=28;FSRR=1;FWDB=-0.0426348,-0.0558288;FXX=0.0263089;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=103.712,10.6122;QD=3.68894;RBI=0.108488,0.137117;REFB=-0.00141079,-0.0497197;REVB=0.0997596,0.125236;RO=19;SAF=5,7;SAR=0,1;SRF=19;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.515523;STB=0.993469,0.79943;STBP=0.501,0.871;TYPE=snp,del;VARB=0.192803,0.029292;OID=.,.;OPOS=28195493,28195489;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AGGGGC,AGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0810811,0.135135:5,8:38:3,5:37:29:3,4:0,1:28:1:18:19:5,7:0,1:19:0 chr22 28248840 . C T 341.42 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=-0.00590457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.17;QD=13.389;RBI=0.0124831;REFB=-0.00103348;REVB=-0.0109984;RO=62;SAF=24;SAR=16;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883234;STB=0.549976;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00122286;OID=.;OPOS=28248840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:16:24:42:20:16:24:42:20 chr22 28316591 . T TG,TGG 611.85 PASS AF=1,0;AO=52,8;DP=63;FAO=63,0;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119806,-0.00624096;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=18.9243,7.28691;QD=38.8478;RBI=0.245798,0.141544;REFB=-0.0108549,-0.016868;REVB=-0.245506,-0.141406;RO=3;SAF=18,0;SAR=34,8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0397667,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00307683,0;OID=.,.;OPOS=28316592,28316592;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:52,8:63:63,0:63:0:18,0:45,0:0:0:10:3:18,0:34,8:0:3 chr22 28378472 . A G 220.41 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.00216716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.043;QD=9.90585;RBI=0.0208213;REFB=0.0158702;REVB=0.0207082;RO=61;SAF=11;SAR=17;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605832;STB=0.535415;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.0423328;OID=.;OPOS=28378472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:61:28:28:0.314607:17:11:21:40:17:11:21:40 chr22 28559120 . G C 374.93 PASS AF=0.3125;AO=32;DP=160;FAO=50;FDP=160;FR=.;FRO=110;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=-0.0534188;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.509;QD=9.37323;RBI=0.0615078;REFB=-0.0107376;REVB=-0.0304899;RO=108;SAF=10;SAR=22;SRF=63;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336977;STB=0.529058;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0228257;OID=.;OPOS=28559120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:108:110:32:50:0.3125:22:10:63:45:23:27:64:46 chr22 29075622 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00789103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.036;QD=30.7903;RBI=0.0167448;REFB=0.0397217;REVB=0.0147689;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00168074;OID=.;OPOS=29075622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:1:0:7:1:1:0 chr22 29075634 . T G 65.42 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.137;QD=29.0762;RBI=0.170271;REFB=-0.107086;REVB=0.167519;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0301071;OID=.;OPOS=29075634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:1:0:7:1:1:0 chr22 29075636 . G T 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0815895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1157;QD=28.5386;RBI=0.0832741;REFB=-0.0124282;REVB=0.0166653;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.002876;OID=.;OPOS=29075636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:1:0:6:1:1:0 chr22 29182500 . C A 2007.19 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268681;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.083;QD=62.2386;RBI=0.0281042;REFB=0;REVB=-0.00824341;RO=0;SAF=59;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7747e-05;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:126:129:1:67:59:0:0:70:59:0:0 chr22 29196306 . G A 447.78 PASS AF=0.471698;AO=46;DP=110;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=53;FWDB=0.0532037;FXX=0.0861995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.943;QD=16.8972;RBI=0.0586021;REFB=-0.0350678;REVB=-0.0245676;RO=41;SAF=3;SAR=43;SRF=2;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612765;STB=0.59506;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0493992;OID=.;OPOS=29196306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:106:41:56:46:50:0.471698:43:3:2:39:44:6:3:53 chr22 29279991 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.097;QD=43.4862;RBI=0.0719979;REFB=0;REVB=0.0170531;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132382;OID=.;OPOS=29279991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr22 29446611 . A C 4252.13 PASS AF=1;AO=180;DP=270;FAO=270;FDP=270;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=183;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703025;FXX=0.00735267;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.485;QD=62.9945;RBI=0.10622;REFB=0;REVB=0.0796261;RO=0;SAF=130;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153204;OID=.;OPOS=29446611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:270:270:0:0:180:270:1:50:130:0:0:87:183:0:0 chr22 29450107 . A G 724.64 PASS AF=0.469512;AO=77;DP=159;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=58;FWDB=-0.061295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.85;QD=17.674;RBI=0.0628467;REFB=0.0153521;REVB=0.0138789;RO=82;SAF=32;SAR=45;SRF=25;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108924;STB=0.545594;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0175523;OID=.;OPOS=29450107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:164:82:87:77:77:0.469512:45:32:25:57:45:32:29:58 chr22 29450923 . A G 219.9 PASS AF=0.325581;AO=27;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0390003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.158;QD=10.2277;RBI=0.0508279;REFB=-0.0198545;REVB=-0.0325952;RO=58;SAF=19;SAR=8;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267312;STB=0.636498;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0445734;OID=.;OPOS=29450923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:58:27:28:0.325581:8:19:28:30:9:19:28:30 chr22 29453027 . A G 740.59 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.078;QD=56.9686;RBI=0.0413078;REFB=0;REVB=0.0351738;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148433;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:23:29:0:0 chr22 29453193 . G C 428.44 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00812251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.154;QD=17.1375;RBI=0.0390156;REFB=-0.0147468;REVB=-0.0381607;RO=55;SAF=26;SAR=18;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188365;STB=0.610059;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0170788;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:56:44:44:0.44:18:26:22:33:18:26:22:34 chr22 29456733 . T C 890.49 PASS AF=0.380952;AO=104;DP=273;FAO=104;FDP=273;FR=.;FRO=169;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=76;FSRR=93;FWDB=0.0428606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4614;QD=13.0475;RBI=0.0430713;REFB=-0.00602201;REVB=-0.00425444;RO=169;SAF=39;SAR=65;SRF=76;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852703;STB=0.548132;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0110858;OID=.;OPOS=29456733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:169:169:104:104:0.380952:65:39:76:93:65:39:76:93 chr22 29534621 . A G 850.5 PASS AF=0.58209;AO=78;DP=133;FAO=78;FDP=134;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0137809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3271;QD=25.388;RBI=0.0153166;REFB=-0.0167611;REVB=-0.00668474;RO=55;SAF=34;SAR=44;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973701;STB=0.556734;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.012513;OID=.;OPOS=29534621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:55:56:78:78:0.58209:44:34:31:24:44:34:32:24 chr22 29534664 . C T 1106.56 PASS AF=0.586207;AO=101;DP=174;FAO=102;FDP=174;FR=.;FRO=72;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00804802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.357;QD=25.4383;RBI=0.00805231;REFB=-0.0186971;REVB=0.000262874;RO=72;SAF=50;SAR=51;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00685238;STB=0.505746;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0135593;OID=.;OPOS=29534664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:72:72:101:102:0.586207:51:50:35:37:51:51:35:37 chr22 29537965 . G A 1066.83 PASS AF=0.608696;AO=98;DP=161;FAO=98;FDP=161;FR=.;FRO=63;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00690331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.16;QD=26.5052;RBI=0.0102415;REFB=-0.0057737;REVB=-0.00756526;RO=63;SAF=41;SAR=57;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656909;STB=0.535583;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00313189;OID=.;OPOS=29537965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:63:63:98:98:0.608696:57:41:32:31:57:41:32:31 chr22 29542182 . AT A 1161.19 PASS AF=0.591398;AO=147;DP=275;FAO=165;FDP=279;FR=.;FRO=114;FSAF=72;FSAR=93;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=0.0318396;FXX=0.017605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.2151;QD=16.6479;RBI=0.0345585;REFB=-0.0292702;REVB=0.0134361;RO=110;SAF=64;SAR=83;SRF=52;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298369;STB=0.515438;STBP=0.544;TYPE=del;VARB=0.0365302;OID=.;OPOS=29542183;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.591398:147:275:165:279:114:72:93:54:60:99:110:64:83:52:58 chr22 29542748 . C A 2082.75 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161551;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8906;QD=62.639;RBI=0.0162648;REFB=0;REVB=-0.00188596;RO=0;SAF=45;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39711e-05;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:133:0:0:128:133:1:83:45:0:0:86:47:0:0 chr22 29621128 . C G 725.35 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0278215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.544;QD=60.4461;RBI=0.070631;REFB=-0.140077;REVB=0.0649207;RO=1;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030296;STB=0.51428;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00246529;OID=.;OPOS=29621128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:48:1:1:45:47:0.979167:15:30:0:1:17:30:0:1 chr22 29656228 . T G,TG 179.37 PASS AF=0,0.311475;AO=19,14;DP=121;FAO=0,38;FDP=122;FR=.;FRO=84;FSAF=0,35;FSAR=0,3;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.00402599,-0.0131312;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.077,16.6364;QD=5.88107;RBI=0.0274564,0.0799646;REFB=-0.0108897,-0.0927563;REVB=-0.0271596,-0.0788791;RO=88;SAF=19,14;SAR=0,0;SRF=46;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.733692,0.685944;STB=0.5,0.871859;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.154731;OID=.,.;OPOS=29656228,29656229;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:121:122:88:84:19,14:0,38:0,0.311475:0,0:19,14:46:42:0,3:0,35:42:42 chr22 29659960 . C T 781.05 PASS AF=0.517241;AO=75;DP=143;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0548004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0222;QD=21.5462;RBI=0.0557839;REFB=-0.0300738;REVB=-0.0104293;RO=68;SAF=49;SAR=26;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201857;STB=0.611543;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.017694;OID=.;OPOS=29659960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:68:70:75:75:0.517241:26:49:29:39:26:49:30:40 chr22 29704125 . C T 2138.34 PASS AF=0.607595;AO=187;DP=313;FAO=192;FDP=316;FR=.;FRO=124;FSAF=88;FSAR=104;FSRF=50;FSRR=74;FWDB=-0.00345003;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.866;QD=27.0675;RBI=0.00452796;REFB=-0.0109984;REVB=-0.00293254;RO=125;SAF=87;SAR=100;SRF=50;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04883;STB=0.521853;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00724676;OID=.;OPOS=29704125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:316:125:124:187:192:0.607595:100:87:50:75:104:88:50:74 chr22 29727866 . C T 134.79 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0273851;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.399;QD=8.16909;RBI=0.0306798;REFB=-0.000347386;REVB=-0.0138312;RO=47;SAF=12;SAR=7;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121801;STB=0.573233;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00759109;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:47:47:19:19:0.287879:7:12:25:22:7:12:25:22 chr22 29727886 . T C 327.38 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106361;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.001;QD=54.5634;RBI=0.0177308;REFB=0;REVB=0.0141864;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24193e-05;OID=.;OPOS=29727886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr22 29755888 . T C 362.35 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0109017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.225;QD=13.2971;RBI=0.0205807;REFB=0.00359921;REVB=0.0174562;RO=66;SAF=14;SAR=29;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179174;STB=0.601937;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00658129;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:66:66:43:43:0.394495:29:14:32:34:29:14:32:34 chr22 29837537 . T C 581.96 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0118365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.519;QD=25.0304;RBI=0.0268701;REFB=0.00253241;REVB=0.0241226;RO=39;SAF=35;SAR=18;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596401;STB=0.528408;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00217544;OID=.;OPOS=29837537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:40:53:53:0.569892:18:35:23:16:18:35:24:16 chr22 29837566 . TTCC T 478.67 PASS AF=0.547009;AO=60;DP=116;FAO=64;FDP=117;FR=.;FRO=53;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0160177;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=235.481;QD=16.3646;RBI=0.0207008;REFB=-0.0156994;REVB=0.0131131;RO=45;SAF=38;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643483;STB=0.502661;STBP=0.961;TYPE=del;VARB=0.0116279;OID=.;OPOS=29837567;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547009:60:116:64:117:53:39:25:32:21:99:45:38:22:25:20 chr22 29885861 . T C 545.05 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.181;QD=58.9243;RBI=0.0606969;REFB=0;REVB=0.0502747;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904156;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:23:11:0:0:24:13:0:0 chr22 29886413 . A G 803.27 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.091094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2399;QD=55.3982;RBI=0.0938522;REFB=0.000519663;REVB=0.022586;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.509088;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000792694;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:0:1:56:57:0.982759:26:30:0:0:27:30:0:1 chr22 29886891 . CAG ACT,CAT 1025.97 PASS AF=0.0428571,0.957143;AO=5,44;DP=71;FAO=3,67;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=3,20;FSAR=0,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242965,0.0265488;FXX=0.0140825;HRUN=5,2;LEN=3,1;MLLD=238.725,229.247;QD=58.6269;RBI=0.0268191,0.0276543;REFB=0,0;REVB=0.0113553,0.00774083;RO=0;SAF=5,6;SAR=0,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00562235,0.000510908;OID=.,.;OPOS=29886891,29886893;OREF=CAG,G;OALT=ACT,T;OMAPALT=ACT,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:71:70:0:0:5,44:3,67:0.0428571,0.957143:0,38:5,6:0:0:0,47:3,20:0:0 chr22 29904354 . G A 843.44 PASS AF=0.530201;AO=76;DP=146;FAO=79;FDP=149;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0143045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.875;QD=22.6427;RBI=0.02028;REFB=-0.00788169;REVB=-0.0143756;RO=70;SAF=33;SAR=43;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329065;STB=0.519554;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00677307;OID=.;OPOS=29904354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:70:70:76:79:0.530201:43:33:33:37:45:34:33:37 chr22 29904519 . T C 785.78 PASS AF=0.58871;AO=73;DP=124;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0184294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.886;QD=25.3477;RBI=0.0249673;REFB=-0.0318381;REVB=0.0168441;RO=51;SAF=35;SAR=38;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813085;STB=0.504424;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0226807;OID=.;OPOS=29904519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:51:51:73:73:0.58871:38:35:25:26:38:35:25:26 chr22 29927054 . GAAAA AGAAA,GAAA,GAAAT 80.28 PASS AF=0.0217391,0.304348,0.0652174;AO=2,11,3;DP=45;FAO=1,14,3;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=1,12,3;FSAR=0,2,0;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0421887,-0.0387574,0.00331354;FXX=0;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=22.3369,11.8055,21.8341;QD=6.98062;RBI=0.0482335,0.168523,0.149345;REFB=-0.0500859,-0.0568521,-0.0419373;REVB=0.0233791,0.164006,0.149308;RO=26;SAF=2,11,3;SAR=0,0,0;SRF=15;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.445644,0.760151,0.535537;STB=0.98786,0.728588,0.995726;STBP=0.469,0.057,0.147;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.100351,-0.00798884,0.170981;OID=.,.,.;OPOS=29927054,29927055,29927058;OREF=GA,A,A;OALT=AG,-,T;OMAPALT=AGAAA,GAAA,GAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:58:45:46:26:28:2,11,3:1,14,3:0.0217391,0.304348,0.0652174:0,0,0:2,11,3:15:11:0,2,0:1,12,3:17:11 chr22 29960335 . A G 953.25 PASS AF=0.634328;AO=82;DP=131;FAO=85;FDP=134;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00463917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.709;QD=28.4552;RBI=0.0100628;REFB=-0.0183843;REVB=-0.00892959;RO=48;SAF=38;SAR=44;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00348769;STB=0.50044;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0100356;OID=.;OPOS=29960335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:48:49:82:85:0.634328:44:38:22:26:45:40:23:26 chr22 30125064 . G A 453.62 PASS AF=0.48913;AO=43;DP=90;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0333457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.66;QD=19.7227;RBI=0.0391694;REFB=-0.00558099;REVB=0.0205501;RO=46;SAF=16;SAR=27;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401942;STB=0.526713;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00553852;OID=.;OPOS=30125064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:46:47:43:45:0.48913:27:16:19:27:29:16:19:28 chr22 30367014 . A T 158.44 PASS AF=0.282051;AO=23;DP=79;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.0595741;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1302;QD=8.12529;RBI=0.0597336;REFB=-0.011165;REVB=-0.00436259;RO=56;SAF=5;SAR=18;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183841;STB=0.60167;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0268833;OID=.;OPOS=30367014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:56:56:23:22:0.282051:18:5:19:37:17:5:19:37 chr22 30403996 . C T 625.89 PASS AF=0.424242;AO=70;DP=166;FAO=70;FDP=165;FR=.;FRO=95;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=0.0106997;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.604;QD=15.173;RBI=0.0118711;REFB=-0.00197192;REVB=-0.00514177;RO=92;SAF=34;SAR=36;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10772;STB=0.549517;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00290264;OID=.;OPOS=30403996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:92:95:70:70:0.424242:36:34:35:57:36:34:38:57 chr22 30423460 . C T 599.05 PASS AF=0.630952;AO=53;DP=84;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0155851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.901;QD=28.5263;RBI=0.0218596;REFB=0.00935978;REVB=0.015328;RO=31;SAF=25;SAR=28;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738684;STB=0.540137;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00343944;OID=.;OPOS=30423460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:31:31:53:53:0.630952:28:25:18:13:28:25:18:13 chr22 30423744 . G A 333.65 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0353671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.323;QD=24.2652;RBI=0.0353792;REFB=-0.001278;REVB=-0.000922386;RO=22;SAF=18;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990277;STB=0.554422;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00142881;OID=.;OPOS=30423744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:15:18:9:13:15:18:9:13 chr22 30638721 . G A 1519.3 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0328448;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9029;QD=62.6517;RBI=0.0407367;REFB=0.0241751;REVB=0.0240977;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.504949;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000289498;OID=.;OPOS=30638721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:0:1:96:96:0.989691:50:46:0:0:50:46:0:1 chr22 30681257 . C G 686.53 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.167;QD=62.4119;RBI=0.036642;REFB=0;REVB=0.0293366;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290073;OID=.;OPOS=30681257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:38:44:1:11:27:0:0:13:31:0:0 chr22 30689998 . G A 2390.6 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.453;QD=63.7492;RBI=0.0221745;REFB=0;REVB=0.0220663;RO=0;SAF=82;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.2896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7102e-05;OID=.;OPOS=30689998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:144:150:0:0:144:150:1:62:82:0:0:67:83:0:0 chr22 30714684 . A C 1145.61 PASS AF=1;AO=57;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.859;QD=61.0991;RBI=0.121658;REFB=0;REVB=0.120944;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296528;OID=.;OPOS=30714684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:57:75:1:34:23:0:0:52:23:0:0 chr22 30770603 . T A 1598.45 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.015521;FXX=0.0090082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.466;QD=58.1253;RBI=0.0266759;REFB=0.0328788;REVB=-0.0216956;RO=2;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148291;STB=0.507811;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.000183726;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:2:2:108:108:0.981818:63:45:0:2:63:45:0:2 chr22 30771554 . T G 3172.09 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.418;QD=64.0826;RBI=0.066384;REFB=0;REVB=-0.0663007;RO=0;SAF=78;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.60601e-05;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:198:0:0:198:198:1:120:78:0:0:120:78:0:0 chr22 30772688 . G A 267.15 PASS AF=0.344444;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00128467;FXX=0.052626;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.619;QD=11.8734;RBI=0.00136951;REFB=-0.00798846;REVB=0.000474527;RO=58;SAF=16;SAR=15;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207237;STB=0.51723;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0166743;OID=.;OPOS=30772688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:59:31:31:0.344444:15:16:31:27:15:16:32:27 chr22 30782731 . G A 1549.23 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.402;QD=63.8858;RBI=0.0554106;REFB=0;REVB=0.00978896;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117876;OID=.;OPOS=30782731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:43:54:0:0:43:54:0:0 chr22 30794719 . C T 2359.24 PASS AF=0.99375;AO=154;DP=156;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0462137;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.707;QD=58.9811;RBI=0.0723382;REFB=0.0302127;REVB=0.0556517;RO=1;SAF=51;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923571;STB=0.502415;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000776687;OID=.;OPOS=30794719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:160:1:1:154:159:0.99375:103:51:1:0:103:56:0:1 chr22 30803160 . CCA C 127.08 PASS AF=0.313253;AO=23;DP=86;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.000441121;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=2;MLLD=262.653;QD=6.12424;RBI=0.0184064;REFB=-0.0125313;REVB=-0.0184011;RO=57;SAF=10;SAR=13;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150453;STB=0.594398;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=0.0256429;OID=.;OPOS=30803161;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313253:23:86:26:83:57:11:15:32:25:99:57:10:13:32:25 chr22 30820707 . A G 1203.02 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.1;QD=60.9122;RBI=0.0393663;REFB=0;REVB=-0.00564197;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39718e-05;OID=.;OPOS=30820707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:79:0:0:74:79:1:46:28:0:0:47:32:0:0 chr22 30823113 . T G 1212.85 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.213;QD=59.8936;RBI=0.0285313;REFB=-0.0288839;REVB=0.0256354;RO=1;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137211;STB=0.507245;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000116163;OID=.;OPOS=30823113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:34:46:0:1:34:46:0:1 chr22 30823196 . T C 1904.99 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.321;QD=60.4758;RBI=0.0172631;REFB=-0.0560157;REVB=0.0107719;RO=0;SAF=66;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000358842;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:126:0:1:125:125:0.992063:59:66:0:0:59:66:1:0 chr22 30857373 . A C 1955.52 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844788;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.364;QD=62.0799;RBI=0.0171781;REFB=0;REVB=0.0149573;RO=0;SAF=64;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25076e-05;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:125:126:1:61:64:0:0:62:64:0:0 chr22 30857448 . A G 1320.55 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.332;QD=62.1435;RBI=0.0323042;REFB=0;REVB=0.00896116;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65786e-05;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:51:34:0:0:51:34:0:0 chr22 30862400 . T A 1644.65 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214582;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.634;QD=60.3542;RBI=0.0214756;REFB=0;REVB=0.00086493;RO=0;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33813e-05;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:108:109:1:64:44:0:0:65:44:0:0 chr22 30864610 . A G 1982.0 PASS AF=1;AO=126;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525477;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2451;QD=61.9376;RBI=0.0540615;REFB=0;REVB=-0.0127038;RO=0;SAF=51;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83102e-05;OID=.;OPOS=30864610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:126:128:1:75:51:0:0:75:53:0:0 chr22 30864792 . C T 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8938;QD=51.9105;RBI=0.0172748;REFB=0;REVB=0.0137978;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587229;OID=.;OPOS=30864792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr22 30864817 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8516;QD=42.1826;RBI=0.0483825;REFB=0;REVB=-0.0321077;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00332747;OID=.;OPOS=30864817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr22 30927975 . C T 698.98 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0358142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6267;QD=54.8216;RBI=0.0806942;REFB=0.0362002;REVB=0.0723112;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000236217;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:30:20:0:0:30:20:0:1 chr22 30934816 . T C 606.83 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0443095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3378;QD=20.9253;RBI=0.0468296;REFB=0.0233569;REVB=-0.0151551;RO=55;SAF=28;SAR=33;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121125;STB=0.566542;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0181423;OID=.;OPOS=30934816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:55:61:61:0.525862:33:28:33:22:33:28:33:22 chr22 30953295 . C T 705.82 PASS AF=0.631068;AO=64;DP=102;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0243373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.043;QD=27.4106;RBI=0.0496623;REFB=-0.0218264;REVB=0.0432902;RO=38;SAF=28;SAR=36;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485379;STB=0.523598;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0102324;OID=.;OPOS=30953295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:38:38:64:65:0.631068:36:28:14:24:37:28:14:24 chr22 31266546 . T C 1783.26 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.371;QD=60.4495;RBI=0.0152072;REFB=0;REVB=0.00830404;RO=0;SAF=32;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17027e-05;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:85:32:0:0:85:33:0:0 chr22 31302125 . C G 264.85 PASS AF=0.284615;AO=37;DP=128;FAO=37;FDP=130;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=4;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=-0.0534768;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8772;QD=8.14929;RBI=0.0579687;REFB=-0.0641367;REVB=0.0223742;RO=89;SAF=33;SAR=4;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472493;STB=0.785526;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0665971;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:89:93:37:37:0.284615:4:33:54:35:4:33:57:36 chr22 31302233 . T C 685.12 PASS AF=0.433526;AO=72;DP=170;FAO=75;FDP=173;FR=.;FRO=98;FSAF=17;FSAR=58;FSRF=12;FSRR=86;FWDB=0.017766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.247;QD=15.841;RBI=0.0235342;REFB=-0.0233262;REVB=0.0154346;RO=98;SAF=16;SAR=56;SRF=12;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166049;STB=0.592714;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0315668;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:173:98:98:72:75:0.433526:56:16:12:86:58:17:12:86 chr22 31333631 . T C 558.45 PASS AF=0.321267;AO=70;DP=227;FAO=71;FDP=221;FR=.;FRO=150;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=75;FSRR=75;FWDB=-0.00866191;FXX=0.0432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.137;QD=10.1077;RBI=0.0154897;REFB=-0.00118935;REVB=-0.0128415;RO=137;SAF=39;SAR=31;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078836;STB=0.533554;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0023846;OID=.;OPOS=31333631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:221:137:150:70:71:0.321267:31:39:67:70:32:39:75:75 chr22 31342376 . G C 486.86 PASS AF=0.315271;AO=64;DP=204;FAO=64;FDP=203;FR=.;FRO=139;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=69;FSRR=70;FWDB=0.00271049;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.796;QD=9.59331;RBI=0.0353853;REFB=-0.00536612;REVB=0.0352814;RO=139;SAF=25;SAR=39;SRF=69;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127074;STB=0.573596;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0118346;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:139:139:64:64:0.315271:39:25:69:70:39:25:69:70 chr22 31354653 . G A 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.000218104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=351.679;QD=12.1357;RBI=0.0129326;REFB=-0.00589111;REVB=-0.0129308;RO=48;SAF=17;SAR=11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737549;STB=0.542522;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00896351;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:11:17:26:22:11:17:26:22 chr22 31533796 . G C 1549.94 PASS AF=0.585774;AO=138;DP=238;FAO=140;FDP=239;FR=.;FRO=99;FSAF=95;FSAR=45;FSRF=65;FSRR=34;FWDB=-0.0130144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.318;QD=25.9405;RBI=0.0150206;REFB=0.00308015;REVB=0.00749948;RO=99;SAF=95;SAR=43;SRF=65;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282463;STB=0.510369;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00183421;OID=.;OPOS=31533796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:99:99:138:140:0.585774:43:95:65:34:45:95:65:34 chr22 31533967 . G A 244.5 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0589212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.451;QD=30.5627;RBI=0.0628297;REFB=-0.0289776;REVB=0.0218143;RO=10;SAF=12;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194261;STB=0.606647;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0174242;OID=.;OPOS=31533967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:10:12:2:8:10:12:2:8 chr22 31535872 . G C 447.83 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0470458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8348;QD=26.7364;RBI=0.0514087;REFB=-0.0163579;REVB=-0.0207256;RO=25;SAF=15;SAR=27;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089911;STB=0.548904;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00902021;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:42:42:0.626866:27:15:6:19:27:15:6:19 chr22 31535995 . C G 314.23 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=-0.0266956;FXX=0.0319115;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.104;QD=13.8125;RBI=0.0297178;REFB=-0.0071595;REVB=-0.0130574;RO=53;SAF=22;SAR=13;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354286;STB=0.702302;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0148061;OID=.;OPOS=31535995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:53:56:35:35:0.384615:13:22:15:38:13:22:16:40 chr22 31536133 . A C 1807.52 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00838509;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2424;QD=61.2719;RBI=0.0197905;REFB=0;REVB=0.0179263;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47914e-05;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:116:118:1:57:59:0:0:59:59:0:0 chr22 31556103 . A G 1058.52 PASS AF=0.289421;AO=144;DP=502;FAO=145;FDP=501;FR=.;FRO=356;FSAF=58;FSAR=87;FSRF=156;FSRR=200;FWDB=-0.024111;FXX=0.00397606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.751;QD=8.45128;RBI=0.0280376;REFB=-0.0032236;REVB=0.0143096;RO=354;SAF=57;SAR=87;SRF=155;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529431;STB=0.527957;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0091463;OID=.;OPOS=31556103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:501:354:356:144:145:0.289421:87:57:155:199:87:58:156:200 chr22 31602671 . C T 149.97 PASS AF=0.192593;AO=26;DP=135;FAO=26;FDP=135;FR=.;FRO=109;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=54;FWDB=-0.0163734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9008;QD=4.44356;RBI=0.0176584;REFB=0.0123322;REVB=0.00661296;RO=109;SAF=18;SAR=8;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245599;STB=0.656347;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0338045;OID=.;OPOS=31602671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:109:109:26:26:0.192593:8:18:55:54:8:18:55:54 chr22 31663842 . C G 1581.1 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177835;FXX=0.0277752;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.863;QD=60.2323;RBI=0.0487654;REFB=0;REVB=0.0454072;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01113e-05;OID=.;OPOS=31663842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:105:0:0:105:105:1:62:43:0:0:62:43:0:0 chr22 31664134 . C T 672.14 PASS AF=0.361607;AO=81;DP=224;FAO=81;FDP=224;FR=.;FRO=143;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=60;FSRR=83;FWDB=0.00272549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.566;QD=12.0026;RBI=0.0323184;REFB=0.000884667;REVB=-0.0322033;RO=143;SAF=36;SAR=45;SRF=60;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284163;STB=0.516125;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00130084;OID=.;OPOS=31664134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:143:143:81:81:0.361607:45:36:60:83:45:36:60:83 chr22 31673111 . A G 464.55 PASS AF=0.4;AO=52;DP=133;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.00235959;FXX=0.0370343;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.975;QD=14.2937;RBI=0.00469547;REFB=-0.00280191;REVB=-0.00405953;RO=72;SAF=26;SAR=26;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00571314;OID=.;OPOS=31673111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:72:78:52:52:0.4:26:26:36:36:26:26:39:39 chr22 31673116 . A G 513.27 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00227204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.855;QD=15.793;RBI=0.00227351;REFB=-0.00420081;REVB=8.18788e-05;RO=72;SAF=31;SAR=25;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054141;STB=0.530635;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00462335;OID=.;OPOS=31673116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:72:74:56:56:0.430769:25:31:36:36:25:31:37:37 chr22 31679110 . G C 1487.66 PASS AF=0.9375;AO=105;DP=112;FAO=105;FDP=112;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00563184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.546;QD=53.1306;RBI=0.0826678;REFB=-0.148207;REVB=0.0824758;RO=3;SAF=36;SAR=69;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000556899;STB=0.505921;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00108486;OID=.;OPOS=31679110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:112:112:3:7:105:105:0.9375:69:36:1:2:69:36:3:4 chr22 31685256 . C G 157.12 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.016439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.753;QD=9.66867;RBI=0.0384921;REFB=-0.0108972;REVB=0.0348051;RO=42;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558073;STB=0.529384;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0195476;OID=.;OPOS=31685256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:44:21:21:0.323077:12:9:16:26:12:9:17:27 chr22 31687027 . CGG CGC,CG 2749.1 PASS AF=0.0818966,0.918103;AO=28,85;DP=232;FAO=19,213;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=0,108;FSAR=19,105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248499,0.84268;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=148.195,16.3556;QD=47.3983;RBI=0.0699513,0.843701;REFB=0.0410007,0.0249704;REVB=-0.0653886,-0.0414959;RO=98;SAF=0,1;SAR=28,84;SRF=96;SRR=2;SSEN=0,0.415385;SSEP=0,0;SSSB=-0.899881,-0.889161;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.139235,-0.026353;OID=.,.;OPOS=31687029,31687028;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0818966,0.918103:28,85:232:19,213:232:0:0,108:19,105:0:0:50:98:0,1:28,84:96:2 chr22 31722886 . T G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0132184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.794;QD=13.4056;RBI=0.0158918;REFB=0.000251349;REVB=0.00882167;RO=34;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327699;STB=0.688007;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.000472013;OID=.;OPOS=31722886;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:7:16:13:21:7:16:13:21 chr22 31744072 . G A 136.55 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00469606;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.667;QD=8.27598;RBI=0.00897486;REFB=-0.00586271;REVB=-0.00764821;RO=51;SAF=10;SAR=9;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0037402;STB=0.526288;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0170429;OID=.;OPOS=31744072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:66:51:47:19:19:0.287879:9:10:27:24:9:10:23:24 chr22 31838070 . G A 814.33 PASS AF=0.328076;AO=104;DP=315;FAO=104;FDP=317;FR=.;FRO=213;FSAF=35;FSAR=69;FSRF=83;FSRR=130;FWDB=-0.00698963;FXX=0.00314456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.488;QD=10.2754;RBI=0.00712569;REFB=-0.00604316;REVB=0.00138581;RO=211;SAF=35;SAR=69;SRF=82;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663383;STB=0.538948;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0127065;OID=.;OPOS=31838070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:317:211:213:104:104:0.328076:69:35:82:129:69:35:83:130 chr22 31859859 . A G 592.69 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0356273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.063;QD=27.2502;RBI=0.052586;REFB=-0.00471415;REVB=-0.0386779;RO=34;SAF=22;SAR=31;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166057;STB=0.590442;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00346158;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:34:53:53:0.609195:31:22:22:12:31:22:22:12 chr22 31971258 . T C 1639.53 PASS AF=0.934426;AO=114;DP=122;FAO=114;FDP=122;FR=.;FRO=8;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.00238453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3782;QD=53.7552;RBI=0.0106276;REFB=-0.126553;REVB=0.0103566;RO=8;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519386;STB=0.527393;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00559215;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:122:122:8:8:114:114:0.934426:69:45:0:8:69:45:0:8 chr22 32011225 . T C 336.57 PASS AF=0.404255;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.107078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6121;QD=14.3221;RBI=0.119436;REFB=-0.00761941;REVB=-0.05291;RO=54;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00524431;STB=0.505615;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00906334;OID=.;OPOS=32011225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:54:56:37:38:0.404255:18:19:28:26:18:20:30:26 chr22 32015450 . T G 581.76 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00895428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.057;QD=21.9533;RBI=0.017176;REFB=-0.0144692;REVB=0.0146572;RO=48;SAF=35;SAR=23;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155316;STB=0.585216;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00308299;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:48:58:58:0.54717:23:35:20:28:23:35:20:28 chr22 32211412 . A C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0316165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.077;QD=10.6681;RBI=0.0319257;REFB=-0.00953437;REVB=0.00443252;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211339;STB=0.624777;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0142985;OID=.;OPOS=32211412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:4:14:6:4:4:14 chr22 32377135 . T C 772.25 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.124;QD=61.78;RBI=0.0297029;REFB=-0.112576;REVB=0.0209763;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.51428;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00155361;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:17:32:0:0:17:32:0:1 chr22 32554985 . A G 496.05 PASS AF=0.477477;AO=52;DP=110;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00804306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.355;QD=17.8755;RBI=0.0155116;REFB=-0.00744819;REVB=-0.0132634;RO=58;SAF=29;SAR=23;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119914;STB=0.560506;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00801027;OID=.;OPOS=32554985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:58:58:52:53:0.477477:23:29:25:33:24:29:25:33 chr22 32586875 . G A 34.47 PASS AF=0.0918367;AO=9;DP=98;FAO=9;FDP=98;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0275485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7747;QD=1.40702;RBI=0.0278096;REFB=-0.00504222;REVB=0.00380172;RO=88;SAF=4;SAR=5;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128611;STB=0.595297;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0121202;OID=.;OPOS=32586875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:98:98:88:89:9:9:0.0918367:5:4:49:39:5:4:49:40 chr22 32586878 . A G 33.08 PASS AF=0.0857143;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=105;FR=.;FRO=96;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.0184156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.583;QD=1.26028;RBI=0.0189599;REFB=-0.000763039;REVB=-0.00451061;RO=95;SAF=4;SAR=5;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139801;STB=0.606463;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00894313;OID=.;OPOS=32586878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:105:95:96:9:9:0.0857143:5:4:54:41:5:4:54:42 chr22 32587023 . C G 1153.19 PASS AF=0.421927;AO=127;DP=301;FAO=127;FDP=301;FR=.;FRO=174;FSAF=88;FSAR=39;FSRF=104;FSRR=70;FWDB=0.0324692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3847;QD=15.3248;RBI=0.0737156;REFB=-0.00360754;REVB=-0.0661796;RO=172;SAF=88;SAR=39;SRF=103;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108491;STB=0.561582;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00514598;OID=.;OPOS=32587023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:172:174:127:127:0.421927:39:88:103:69:39:88:104:70 chr22 32587027 . G C 1175.84 PASS AF=0.425676;AO=126;DP=296;FAO=126;FDP=296;FR=.;FRO=170;FSAF=89;FSAR=37;FSRF=100;FSRR=70;FWDB=0.00731656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.534;QD=15.8898;RBI=0.0163173;REFB=-0.00425809;REVB=-0.014585;RO=170;SAF=89;SAR=37;SRF=100;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137003;STB=0.57658;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00551463;OID=.;OPOS=32587027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:170:170:126:126:0.425676:37:89:100:70:37:89:100:70 chr22 32589023 . C T 1288.36 PASS AF=0.544248;AO=123;DP=226;FAO=123;FDP=226;FR=.;FRO=103;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=-0.0230199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0086;QD=22.8028;RBI=0.0266846;REFB=-0.000473667;REVB=0.0134963;RO=100;SAF=56;SAR=67;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00391291;STB=0.503991;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.000281419;OID=.;OPOS=32589023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:100:103:123:123:0.544248:67:56:46:54:67:56:46:57 chr22 32589034 . T C 1305.32 PASS AF=0.546256;AO=124;DP=228;FAO=124;FDP=227;FR=.;FRO=103;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.0123386;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.535;QD=23.0012;RBI=0.0129922;REFB=-0.00962731;REVB=-0.00406894;RO=103;SAF=57;SAR=67;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00282258;STB=0.501538;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0071836;OID=.;OPOS=32589034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:103:103:124:124:0.546256:67:57:47:56:67:57:47:56 chr22 32590449 . G A 887.01 PASS AF=0.554839;AO=86;DP=155;FAO=86;FDP=155;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0303913;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7437;QD=22.8906;RBI=0.0304754;REFB=-0.0167797;REVB=0.00226338;RO=69;SAF=30;SAR=56;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996063;STB=0.554443;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.014519;OID=.;OPOS=32590449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:69:69:86:86:0.554839:56:30:32:37:56:30:32:37 chr22 32754103 . A C 649.25 PASS AF=0.446541;AO=71;DP=159;FAO=71;FDP=159;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=0.00234104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.052;QD=16.3332;RBI=0.0435899;REFB=-0.000434209;REVB=0.043527;RO=87;SAF=38;SAR=33;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085913;STB=0.550808;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000452683;OID=.;OPOS=32754103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:87:88:71:71:0.446541:33:38:39:48:33:38:39:49 chr22 32754230 . A G 1109.77 PASS AF=0.534314;AO=109;DP=204;FAO=109;FDP=204;FR=.;FRO=95;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.00534713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.771;QD=21.7602;RBI=0.016297;REFB=-0.00153499;REVB=0.0153948;RO=91;SAF=59;SAR=50;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299742;STB=0.51684;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000684834;OID=.;OPOS=32754230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:91:95:109:109:0.534314:50:59:46:45:50:59:48:47 chr22 32754232 . C T 1125.63 PASS AF=0.539216;AO=110;DP=204;FAO=110;FDP=204;FR=.;FRO=94;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.00175263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.33;QD=22.0712;RBI=0.00578819;REFB=-0.00774691;REVB=0.00551646;RO=94;SAF=60;SAR=50;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205347;STB=0.511209;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00540235;OID=.;OPOS=32754232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:94:94:110:110:0.539216:50:60:49:45:50:60:49:45 chr22 32754306 . T C 1429.61 PASS AF=0.571429;AO=130;DP=229;FAO=132;FDP=231;FR=.;FRO=99;FSAF=74;FSAR=58;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.00511984;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.445;QD=24.7551;RBI=0.00571688;REFB=-0.0273456;REVB=-0.00254361;RO=99;SAF=74;SAR=56;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435792;STB=0.519674;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0172957;OID=.;OPOS=32754306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:231:99:99:130:132:0.571429:56:74:51:48:58:74:51:48 chr22 32756407 . A G 1159.13 PASS AF=0.54067;AO=113;DP=207;FAO=113;FDP=209;FR=.;FRO=96;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=-0.0245235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.952;QD=22.1843;RBI=0.0745188;REFB=-0.0153117;REVB=-0.0703679;RO=94;SAF=47;SAR=66;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172887;STB=0.51016;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0150969;OID=.;OPOS=32756407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:209:94:96:113:113:0.54067:66:47:41:53:66:47:42:54 chr22 32756555 . G C 2684.71 PASS AF=0.649025;AO=232;DP=356;FAO=233;FDP=359;FR=.;FRO=126;FSAF=101;FSAR=132;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=-0.0518938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4698;QD=29.9132;RBI=0.0598761;REFB=0.0116861;REVB=0.0298693;RO=124;SAF=100;SAR=132;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241955;STB=0.512384;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00584228;OID=.;OPOS=32756555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:359:124:126:232:233:0.649025:132:100:58:66:132:101:59:67 chr22 32756652 . A G 32.11 PASS AF=0.0582192;AO=17;DP=292;FAO=17;FDP=292;FR=.;FRO=275;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=125;FSRR=150;FWDB=0.00943164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7192;QD=0.439801;RBI=0.0339479;REFB=0.000622946;REVB=-0.0326114;RO=268;SAF=7;SAR=10;SRF=124;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534777;STB=0.540935;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00869963;OID=.;OPOS=32756652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:292:292:268:275:17:17:0.0582192:10:7:124:144:10:7:125:150 chr22 32756684 . C A 89.34 PASS AF=0.105485;AO=25;DP=237;FAO=25;FDP=237;FR=.;FRO=212;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=98;FSRR=114;FWDB=-0.0528902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4179;QD=1.50783;RBI=0.0693204;REFB=-0.00520359;REVB=0.0448102;RO=211;SAF=7;SAR=18;SRF=97;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229018;STB=0.671499;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0548031;OID=.;OPOS=32756684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:237:237:211:212:25:25:0.105485:18:7:97:114:18:7:98:114 chr22 32756703 . C T 101.05 PASS AF=0.12037;AO=26;DP=217;FAO=26;FDP=216;FR=.;FRO=190;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=91;FSRR=99;FWDB=-0.0175876;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8672;QD=1.87124;RBI=0.0188578;REFB=-0.00311978;REVB=-0.00680375;RO=188;SAF=7;SAR=19;SRF=90;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270853;STB=0.692555;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.029491;OID=.;OPOS=32756703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:188:190:26:26:0.12037:19:7:90:98:19:7:91:99 chr22 32756744 . A G 1643.66 PASS AF=0.833333;AO=120;DP=144;FAO=120;FDP=144;FR=.;FRO=24;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.0362643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3658;QD=45.6572;RBI=0.0365776;REFB=-0.0206963;REVB=-0.00477754;RO=23;SAF=64;SAR=56;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121703;STB=0.567731;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00578054;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:23:24:120:120:0.833333:56:64:3:20:56:64:3:21 chr22 32759025 . G C 1444.3 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372479;FXX=0.0319115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.006;QD=63.4858;RBI=0.042505;REFB=0;REVB=0.0423415;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115444;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr22 32784051 . T C 190.92 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0223543;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.861;QD=14.6864;RBI=0.0223577;REFB=-0.00550973;REVB=-0.000390338;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125424;STB=0.571366;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00608883;OID=.;OPOS=32784051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:10:20:12:10:10:20 chr22 32795641 . C T 781.81 PASS AF=0.548148;AO=74;DP=135;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0481951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9861;QD=23.1648;RBI=0.067566;REFB=-0.025826;REVB=0.0473539;RO=60;SAF=32;SAR=42;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000751593;STB=0.502856;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0223503;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:60:61:74:74:0.548148:42:32:26:34:42:32:26:35 chr22 32811952 . A G 1542.03 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0766836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.875;QD=57.646;RBI=0.0782995;REFB=-0.181685;REVB=0.0158252;RO=2;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175692;STB=0.509257;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00116362;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:53:52:0:2:53:52:0:2 chr22 32909251 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.287;QD=63.2867;RBI=0.0180906;REFB=0;REVB=0.0153842;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82383e-05;OID=.;OPOS=32909251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr22 33253280 . T C 2121.07 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8893;QD=62.8464;RBI=0.0465482;REFB=0;REVB=-0.0207996;RO=0;SAF=54;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242911;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:81:54:0:0:81:54:0:0 chr22 33253292 . C T 2162.81 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.11;QD=62.2393;RBI=0.0131289;REFB=0.00563946;REVB=0.00276928;RO=0;SAF=53;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=7.84988e-05;OID=.;OPOS=33253292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:139:139:0:1:138:138:0.992806:85:53:0:0:85:53:1:0 chr22 33700397 . G A 792.88 PASS AF=0.4;AO=90;DP=225;FAO=90;FDP=225;FR=.;FRO=135;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=65;FSRR=70;FWDB=0.0690035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.538;QD=14.0957;RBI=0.072975;REFB=-0.0109039;REVB=0.0237456;RO=135;SAF=41;SAR=49;SRF=65;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278474;STB=0.515632;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0187929;OID=.;OPOS=33700397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:135:135:90:90:0.4:49:41:65:70:49:41:65:70 chr22 34022284 . G A 646.78 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0107785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.112;QD=21.5592;RBI=0.0139369;REFB=0.00164671;REVB=0.00883516;RO=56;SAF=34;SAR=30;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417852;STB=0.522933;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00151559;OID=.;OPOS=34022284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:56:64:64:0.533333:30:34:27:29:30:34:27:29 chr22 35463162 . A G 3274.27 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00841263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.521;QD=62.0715;RBI=0.021821;REFB=0;REVB=0.0201341;RO=0;SAF=93;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77772e-06;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:211:0:0:211:211:1:118:93:0:0:118:93:0:0 chr22 35463179 . T C 3385.96 PASS AF=1;AO=216;DP=219;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0806342;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.806;QD=62.1276;RBI=0.0814822;REFB=-0.0784159;REVB=0.0117252;RO=1;SAF=98;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62599e-05;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:219:218:1:0:216:218:1:118:98:0:1:120:98:0:0 chr22 35463249 . C T 2743.81 PASS AF=0.983425;AO=177;DP=181;FAO=178;FDP=181;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=97;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0206714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.267;QD=60.6366;RBI=0.0357862;REFB=-0.0209468;REVB=0.0292121;RO=3;SAF=80;SAR=97;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00686848;STB=0.503533;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000134013;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:181:181:3:3:177:178:0.983425:97:80:2:1:97:81:2:1 chr22 35679951 . T C 232.3 PASS AF=0.253731;AO=34;DP=133;FAO=34;FDP=134;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=0.00984832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.183;QD=6.93439;RBI=0.026337;REFB=-0.00256161;REVB=-0.0244264;RO=99;SAF=18;SAR=16;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199769;STB=0.515437;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0051164;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:99:100:34:34:0.253731:16:18:54:45:16:18:55:45 chr22 35817553 . C T 467.91 PASS AF=0.353659;AO=49;DP=155;FAO=58;FDP=164;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=-0.0164037;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.832;QD=11.4124;RBI=0.0327054;REFB=-0.0250158;REVB=0.0282941;RO=100;SAF=27;SAR=22;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13998;STB=0.563736;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0374537;OID=.;OPOS=35817553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:164:100:106:49:58:0.353659:22:27:43:57:26:32:48:58 chr22 36007045 . G A 519.29 PASS AF=0.419118;AO=56;DP=134;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=53;FWDB=0.0116988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.197;QD=15.2732;RBI=0.0653219;REFB=-0.0231025;REVB=0.0642658;RO=78;SAF=27;SAR=29;SRF=25;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169649;STB=0.584936;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0267136;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:78:79:56:57:0.419118:29:27:25:53:30:27:26:53 chr22 36007075 . C T 392.46 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.000984414;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3603;QD=13.4174;RBI=0.00168381;REFB=0.000628119;REVB=-0.00136608;RO=69;SAF=25;SAR=21;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250954;STB=0.63112;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.000227005;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:71:46:46:0.393162:21:25:21:48:21:25:23:48 chr22 36122930 . C T 1257.64 PASS AF=0.550459;AO=120;DP=218;FAO=120;FDP=218;FR=.;FRO=98;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=-0.00542683;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.775;QD=23.076;RBI=0.0191175;REFB=-0.0145727;REVB=-0.0183311;RO=96;SAF=56;SAR=64;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950542;STB=0.551547;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.01838;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:96:98:120:120:0.550459:64:56:56:40:64:56:57:41 chr22 36124860 . C G 869.88 PASS AF=0.593985;AO=79;DP=133;FAO=79;FDP=133;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=59;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0169781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.01;QD=26.1617;RBI=0.0171264;REFB=0.0114105;REVB=-0.00224932;RO=54;SAF=20;SAR=59;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124566;STB=0.567956;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0112154;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:54:54:79:79:0.593985:59:20:21:33:59:20:21:33 chr22 36537500 . A T 644.28 PASS AF=0.6875;AO=55;DP=80;FAO=55;FDP=80;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00703766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.619;QD=32.2139;RBI=0.00758784;REFB=-0.0277104;REVB=-0.00283667;RO=25;SAF=27;SAR=28;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294696;STB=0.515918;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.014905;OID=.;OPOS=36537500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:25:25:55:55:0.6875:28:27:11:14:28:27:11:14 chr22 36537893 . A G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.0207046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.364;QD=19.668;RBI=0.0243811;REFB=-0.00666525;REVB=-0.0128747;RO=19;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524605;STB=0.793534;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00207913;OID=.;OPOS=36537893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:14:5:17:2:14:5:17:2 chr22 36545137 . A T 1585.48 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652625;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.971;QD=60.3991;RBI=0.0112754;REFB=0;REVB=0.00919466;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213845;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:105:0:0:105:105:1:46:59:0:0:46:59:0:0 chr22 36556823 . G T 2300.83 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.050217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0618;QD=60.1525;RBI=0.0520281;REFB=0.0327342;REVB=-0.0136078;RO=1;SAF=74;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060597;STB=0.503184;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000262152;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:152:152:0.993464:78:74:0:1:78:74:0:1 chr22 36573945 . A G 700.89 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0869533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.3703;QD=50.9734;RBI=0.0987887;REFB=-0.19322;REVB=0.0468863;RO=3;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462677;STB=0.524581;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00946184;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:29:23:0:3:29:23:0:3 chr22 36575664 . G A 2228.98 PASS AF=0.966443;AO=144;DP=149;FAO=144;FDP=149;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00646482;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.132;QD=59.8383;RBI=0.0195754;REFB=-0.046792;REVB=0.0184771;RO=5;SAF=61;SAR=83;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277833;STB=0.514618;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=7.5555e-05;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:149:149:5:5:144:144:0.966443:83:61:0:5:83:61:0:5 chr22 36587202 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.207;QD=63.871;RBI=0.0406822;REFB=0;REVB=0.040481;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193391;OID=.;OPOS=36587202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr22 36587222 . TG TC,TT 811.99 PASS AF=0.220339,0.779661;AO=13,34;DP=60;FAO=13,46;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11,18;FSAR=2,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755303,0.0109028;FXX=0.0166639;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.754,207.932;QD=55.0501;RBI=0.0364022,0.0358291;REFB=0,0;REVB=0.03561,0.03413;RO=0;SAF=11,15;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.40663e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00763817,0.00408232;OID=.,.;OPOS=36587223,36587223;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=TC,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.220339,0.779661:13,34:60:13,46:59:0:11,18:2,28:0:0:49:0:11,15:2,19:0:0 chr22 36587279 . A G 1394.49 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.057549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.428;QD=59.34;RBI=0.0586835;REFB=0.00851044;REVB=0.0114836;RO=3;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350702;STB=0.518514;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.000408006;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:3:3:91:91:0.968085:39:52:0:3:39:52:0:3 chr22 36587486 . A G 2070.91 PASS AF=0.965035;AO=137;DP=143;FAO=138;FDP=143;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0108197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.7157;QD=57.9275;RBI=0.0195278;REFB=-0.0257172;REVB=-0.0162563;RO=2;SAF=61;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123452;STB=0.501741;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00189562;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:143:143:2:5:137:138:0.965035:76:61:0:2:76:62:2:3 chr22 36587511 . C T 1589.18 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2472;QD=59.9691;RBI=0.0337803;REFB=0;REVB=-0.0198417;RO=0;SAF=42;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194537;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:64:42:0:0:64:42:0:0 chr22 36587627 . C T 154.79 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00833324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.169;QD=7.45964;RBI=0.0388599;REFB=0.0105137;REVB=-0.0379558;RO=59;SAF=9;SAR=13;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391409;STB=0.512953;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0366255;OID=.;OPOS=36587627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:59:61:22:22:0.26506:13:9:26:33:13:9:26:35 chr22 36587845 . A ACT 515.81 PASS AF=0.758621;AO=43;DP=62;FAO=44;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.000808051;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.939;QD=35.5729;RBI=0.00704751;REFB=-0.0416695;REVB=-0.00700103;RO=16;SAF=24;SAR=19;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00221844;STB=0.500798;STBP=0.998;TYPE=ins;VARB=0.00895147;OID=.;OPOS=36587846;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.758621:43:62:44:58:14:25:19:8:6:93:16:24:19:9:7 chr22 36587952 . C T 293.35 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00246275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.132;QD=48.8915;RBI=0.0603591;REFB=0.115328;REVB=-0.0603089;RO=1;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709998;STB=0.538427;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00609534;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:6:17:0:1:6:17:0:1 chr22 36591380 . A G 1153.47 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.709;QD=60.7088;RBI=0.00669048;REFB=0;REVB=0.00239336;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07432e-05;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr22 36598049 . C G 1511.06 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.97602e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1094;QD=59.2573;RBI=0.0389286;REFB=0;REVB=0.0389285;RO=0;SAF=37;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132416;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:102:0:0:98:102:1:61:37:0:0:63:39:0:0 chr22 36598058 . T C 1594.88 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00875587;FXX=0.0181802;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.275;QD=59.0695;RBI=0.0117735;REFB=-0.0337477;REVB=-0.00787087;RO=1;SAF=43;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747438;STB=0.503936;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000753741;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:106:107:0.990741:63:43:0:1:63:44:0:1 chr22 36623731 . T C 3152.1 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000244767;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.263;QD=61.8059;RBI=0.0176937;REFB=0;REVB=0.017692;RO=0;SAF=101;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45634e-06;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:204:0:0:204:204:1:103:101:0:0:103:101:0:0 chr22 36661330 . G A 1607.02 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.875;QD=60.0754;RBI=0.0360224;REFB=0;REVB=-0.0196463;RO=0;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06579e-05;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:58:49:0:0:58:49:0:0 chr22 36661536 . C A 979.4 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.014289;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5827;QD=57.6119;RBI=0.0415018;REFB=0.00981667;REVB=0.0389644;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122746;STB=0.506492;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000581569;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:38:29:0:1:38:29:0:1 chr22 36661566 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.488;QD=58.2391;RBI=0.0134992;REFB=0;REVB=0.0118832;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52975e-05;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr22 36661646 . G A 1206.86 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0116013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1733;QD=57.4696;RBI=0.0925704;REFB=-0.0830901;REVB=0.0918406;RO=3;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378325;STB=0.519995;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00313948;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:81:81:0.964286:36:45:0:3:36:45:0:3 chr22 36661842 . G A 450.88 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291595;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.145;QD=58.178;RBI=0.0519565;REFB=0;REVB=0.0430023;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308887;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr22 36677400 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.798;QD=62.1622;RBI=0.0716223;REFB=0;REVB=-0.0715862;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132636;OID=.;OPOS=36677400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr22 36678294 . G A 317.83 PASS AF=0.309859;AO=41;DP=137;FAO=44;FDP=142;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=0.046787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0328;QD=8.95297;RBI=0.0476922;REFB=-0.017086;REVB=-0.00924814;RO=86;SAF=23;SAR=18;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00335741;STB=0.502284;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0459639;OID=.;OPOS=36678294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:142:86:98:41:44:0.309859:18:23:48:38:19:25:56:42 chr22 36678453 . C G 1531.95 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0226241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.799;QD=62.5287;RBI=0.0237377;REFB=0.00498971;REVB=0.0071853;RO=1;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903379;STB=0.504761;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-4.13407e-05;OID=.;OPOS=36678453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:52:45:0:1:52:45:0:1 chr22 36678476 . C A,G 1267.38 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=78,4;DP=86;FAO=84,2;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0;FSAR=45,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790069,0.0133588;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=187.185,137.445;QD=58.9478;RBI=0.0879442,0.0388928;REFB=-0.0546432,-0.0477578;REVB=0.0386276,0.0365266;RO=3;SAF=33,2;SAR=45,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0411008,-0.357477;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000296465,0.178902;OID=.,.;OPOS=36678476,36678476;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:86:86:3:0:78,4:84,2:0.976744,0.0232558:45,2:33,2:3:0:45,2:39,0:0:0 chr22 36684354 . T C 1839.84 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.762;QD=61.328;RBI=0.0303362;REFB=0;REVB=-0.0237511;RO=0;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.70671e-05;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:118:120:1:67:51:0:0:69:51:0:0 chr22 36684358 . C A 1875.21 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.843;QD=61.4823;RBI=0.064527;REFB=0;REVB=0.0121485;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154668;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:66:55:0:0:67:55:0:0 chr22 36691607 . A C 1539.56 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00253596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.115;QD=58.65;RBI=0.00380531;REFB=-0.0265271;REVB=-0.00283713;RO=1;SAF=48;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978349;STB=0.505154;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-4.5394e-06;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:56:48:1:0:56:48:1:0 chr22 37163329 . C T 1596.8 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00642096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.4798;QD=58.5981;RBI=0.00662518;REFB=0.141333;REVB=-0.00163228;RO=1;SAF=42;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111662;STB=0.505746;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00150972;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:107:108:0.990826:65:42:1:0:65:43:1:0 chr22 37196971 . C A 296.43 PASS AF=0.492537;AO=27;DP=61;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0174058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.43;QD=17.6975;RBI=0.0301408;REFB=-0.0347142;REVB=0.0246071;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288023;STB=0.614461;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0319528;OID=.;OPOS=37196971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:67:32:34:27:33:0.492537:13:14:7:25:18:15:8:26 chr22 37267767 . A C,G 1440.16 PASS AF=0.0842105,0.915789;AO=5,87;DP=92;FAO=8,87;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=6,47;FSAR=2,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042953,0.00526184;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.7839,178.083;QD=60.6385;RBI=0.0432602,0.0057312;REFB=-0.111787,-0.0255389;REVB=-0.00514603,-0.00227151;RO=0;SAF=3,47;SAR=2,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.158665,0.000264545;OID=.,.;OPOS=37267767,37267767;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:92:95:0:0:5,87:8,87:0.0842105,0.915789:2,40:3,47:0:0:2,40:6,47:0:0 chr22 37268257 . C T 1029.99 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.208;QD=58.0274;RBI=0.0242504;REFB=-0.00591204;REVB=-0.0172032;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137031;STB=0.507244;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=9.99793e-06;OID=.;OPOS=37268257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:34:36:0:1:34:36:0:1 chr22 37271882 . T C 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.131;QD=59.8533;RBI=0.0209548;REFB=0;REVB=-0.00591058;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52195e-05;OID=.;OPOS=37271882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr22 37328940 . G A 68.51 PASS AF=0.208333;AO=9;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0092044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9585;QD=5.70907;RBI=0.0145637;REFB=-0.000927425;REVB=0.0112863;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323975;STB=0.731882;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00420434;OID=.;OPOS=37328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:9:10:0.208333:5:4:27:11:6:4:27:11 chr22 37333794 . A G 1011.69 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888399;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.715;QD=59.511;RBI=0.0107369;REFB=0;REVB=0.00602963;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37597e-05;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:46:22:0:0:46:22:0:0 chr22 37398195 . C T 2603.15 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4533;QD=61.9798;RBI=0.0315403;REFB=0;REVB=0.00248749;RO=0;SAF=91;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52381e-05;OID=.;OPOS=37398195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:77:91:0:0:77:91:0:0 chr22 37398201 . C A 2665.96 PASS AF=1;AO=170;DP=173;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000725812;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.744;QD=62.3616;RBI=0.0205074;REFB=0;REVB=0.0204945;RO=0;SAF=90;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.86729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26393e-05;OID=.;OPOS=37398201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:173:171:0:0:170:171:1:80:90:0:0:81:90:0:0 chr22 37409319 . T C 1916.88 PASS AF=0.976923;AO=128;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0411824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0823;QD=58.9808;RBI=0.0492188;REFB=0.0117851;REVB=0.0269537;RO=2;SAF=76;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00283885;STB=0.501817;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00144794;OID=.;OPOS=37409319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:130:2:3:128:127:0.976923:52:76:1:1:52:75:2:1 chr22 37453452 . C T 2050.31 PASS AF=0.957447;AO=135;DP=142;FAO=135;FDP=141;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0554435;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.283;QD=58.1647;RBI=0.0568686;REFB=-0.142778;REVB=0.0126515;RO=1;SAF=59;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798889;STB=0.511723;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00312348;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:142:141:1:6:135:135:0.957447:76:59:1:0:76:59:1:5 chr22 37480181 . A G 1814.07 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0301544;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.18;QD=59.4776;RBI=0.0349641;REFB=-0.0478594;REVB=-0.0176975;RO=1;SAF=71;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959528;STB=0.501554;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000347015;OID=.;OPOS=37480181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:122:1:2:120:120:0.983607:49:71:0:1:49:71:1:1 chr22 37480269 . A G 1956.91 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162652;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.459;QD=61.1534;RBI=0.046292;REFB=0;REVB=0.0433404;RO=0;SAF=74;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000876062;OID=.;OPOS=37480269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:128:0:0:121:128:1:47:74:0:0:54:74:0:0 chr22 37580442 . A T 733.34 PASS AF=0.56;AO=70;DP=125;FAO=70;FDP=125;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=0.0505556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8166;QD=23.467;RBI=0.050798;REFB=-0.021769;REVB=0.00495594;RO=54;SAF=30;SAR=40;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216838;STB=0.621588;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0184997;OID=.;OPOS=37580442;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:54:55:70:70:0.56:40:30:38:16:40:30:39:16 chr22 37602583 . G C,GC 667.3 PASS AF=0,0.969697;AO=4,50;DP=66;FAO=0,64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=0,43;FSAR=0,21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0781561,-0.106243;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=11.119,14.985;QD=40.4426;RBI=0.111065,0.106541;REFB=0.0155556,0.0888086;REVB=0.0789118,-0.00796786;RO=9;SAF=4,31;SAR=0,19;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.663921,-0.0141784;STB=0.5,0.50588;STBP=1,0.601;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00434841;OID=.,.;OPOS=37602583,37602584;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:5:66:66:9:2:4,50:0,64:0,0.969697:0,19:4,31:6:3:0,21:0,43:1:1 chr22 37622815 . A G 716.62 PASS AF=0.413613;AO=69;DP=183;FAO=79;FDP=191;FR=.;FRO=112;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.0298462;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.843;QD=15.0078;RBI=0.0300218;REFB=-0.0186579;REVB=0.0032429;RO=111;SAF=26;SAR=43;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170934;STB=0.569471;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0278411;OID=.;OPOS=37622815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:191:111:112:69:79:0.413613:43:26:59:52:46:33:60:52 chr22 37640195 . C T 772.72 PASS AF=0.557252;AO=73;DP=131;FAO=73;FDP=131;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0170346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.083;QD=23.5946;RBI=0.0183485;REFB=-0.0157185;REVB=0.0068185;RO=57;SAF=38;SAR=35;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516879;STB=0.52435;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0118612;OID=.;OPOS=37640195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:57:58:73:73:0.557252:35:38:26:31:35:38:27:31 chr22 37678551 . A G 402.93 PASS AF=0.366412;AO=48;DP=131;FAO=48;FDP=131;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.019894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.151;QD=12.3031;RBI=0.0413643;REFB=-0.00593127;REVB=-0.0362662;RO=82;SAF=26;SAR=22;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16648;STB=0.597944;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0143053;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:82:83:48:48:0.366412:22:26:32:50:22:26:32:51 chr22 37699377 . T C 2205.62 PASS AF=0.966216;AO=143;DP=148;FAO=143;FDP=148;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00877992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.8487;QD=59.6114;RBI=0.0243668;REFB=-0.0763338;REVB=-0.02273;RO=1;SAF=51;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00923221;STB=0.501594;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.000823316;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:148:148:1:5:143:143:0.966216:92:51:1:0:92:51:2:3 chr22 37770066 . G T 2903.08 PASS AF=0.690962;AO=237;DP=344;FAO=237;FDP=343;FR=.;FRO=106;FSAF=117;FSAR=120;FSRF=59;FSRR=47;FWDB=-0.000830395;FXX=0.00579693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.31;QD=33.8551;RBI=0.0504207;REFB=-0.00578416;REVB=-0.0504138;RO=106;SAF=117;SAR=120;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363684;STB=0.519441;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00269307;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:343:106:106:237:237:0.690962:120:117:59:47:120:117:59:47 chr22 37770357 . A G 1907.87 PASS AF=0.720183;AO=154;DP=215;FAO=157;FDP=218;FR=.;FRO=61;FSAF=89;FSAR=68;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0202636;FXX=0.004566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3101;QD=35.0068;RBI=0.0230918;REFB=0.00995511;REVB=-0.0110733;RO=61;SAF=87;SAR=67;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305045;STB=0.516643;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00366111;OID=.;OPOS=37770357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:218:61:61:154:157:0.720183:67:87:31:30:68:89:31:30 chr22 37770630 . G A 726.11 PASS AF=0.285714;AO=100;DP=352;FAO=100;FDP=350;FR=.;FRO=250;FSAF=33;FSAR=67;FSRF=107;FSRR=143;FWDB=0.0424173;FXX=0.00568166;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8388;QD=8.29843;RBI=0.043982;REFB=-0.0210738;REVB=-0.011627;RO=248;SAF=33;SAR=67;SRF=105;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122233;STB=0.575092;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0520711;OID=.;OPOS=37770630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:350:248:250:100:100:0.285714:67:33:105:143:67:33:107:143 chr22 37771158 . G A 1755.26 PASS AF=0.681818;AO=144;DP=213;FAO=150;FDP=220;FR=.;FRO=70;FSAF=60;FSAR=90;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0585349;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0527;QD=31.9138;RBI=0.111684;REFB=-0.0119979;REVB=0.0951155;RO=68;SAF=58;SAR=86;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417634;STB=0.518794;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00844567;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:220:68:70:144:150:0.681818:86:58:32:36:90:60:32:38 chr22 37771985 . A G 2041.78 PASS AF=0.771429;AO=127;DP=210;FAO=162;FDP=210;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=131;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=0.0340523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.905;QD=38.8911;RBI=0.04241;REFB=-0.0447639;REVB=0.0252793;RO=46;SAF=27;SAR=100;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194727;STB=0.513724;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0109304;OID=.;OPOS=37771985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:46:48:127:162:0.771429:100:27:11:35:131:31:11:37 chr22 37900771 . A G 244.64 PASS AF=0.273438;AO=35;DP=128;FAO=35;FDP=128;FR=.;FRO=93;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=54;FWDB=-0.0312439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6628;QD=7.64489;RBI=0.101052;REFB=-0.00393006;REVB=-0.0961004;RO=93;SAF=13;SAR=22;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613789;STB=0.536564;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0127136;OID=.;OPOS=37900771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:93:93:35:35:0.273438:22:13:39:54:22:13:39:54 chr22 37906262 . C T 643.67 PASS AF=0.210832;AO=109;DP=519;FAO=109;FDP=517;FR=.;FRO=408;FSAF=38;FSAR=71;FSRF=144;FSRR=264;FWDB=0.0273571;FXX=0.00385349;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1989;QD=4.98002;RBI=0.0283336;REFB=-0.000715611;REVB=0.00737412;RO=408;SAF=38;SAR=71;SRF=144;SRR=264;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061168;STB=0.503742;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00307822;OID=.;OPOS=37906262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:519:517:408:408:109:109:0.210832:71:38:144:264:71:38:144:264 chr22 37964299 . C G 454.61 PASS AF=0.219585;AO=74;DP=335;FAO=74;FDP=337;FR=.;FRO=263;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=144;FSRR=119;FWDB=0.00302845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.089;QD=5.396;RBI=0.0115139;REFB=0.000983973;REVB=-0.0111085;RO=261;SAF=43;SAR=31;SRF=143;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432277;STB=0.526652;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00351694;OID=.;OPOS=37964299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:337:261:263:74:74:0.219585:31:43:143:118:31:43:144:119 chr22 37966314 . C T 1838.57 PASS AF=0.670996;AO=155;DP=232;FAO=155;FDP=231;FR=.;FRO=76;FSAF=81;FSAR=74;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0265813;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.797;QD=31.8368;RBI=0.0285975;REFB=-0.0137484;REVB=-0.0105476;RO=74;SAF=81;SAR=74;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029912;STB=0.516095;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00808204;OID=.;OPOS=37966314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:74:76:155:155:0.670996:74:81:35:39:74:81:36:40 chr22 38051999 . C T 1866.33 PASS AF=0.668085;AO=157;DP=235;FAO=157;FDP=235;FR=.;FRO=78;FSAF=102;FSAR=55;FSRF=58;FSRR=20;FWDB=-0.0109857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.543;QD=31.7674;RBI=0.0246835;REFB=0.0106882;REVB=-0.022104;RO=78;SAF=102;SAR=55;SRF=58;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652495;STB=0.53495;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00478507;OID=.;OPOS=38051999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:78:78:157:157:0.668085:55:102:58:20:55:102:58:20 chr22 38062112 . C G 1620.72 PASS AF=0.652778;AO=141;DP=216;FAO=141;FDP=216;FR=.;FRO=75;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.0142471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.819;QD=30.0133;RBI=0.0144245;REFB=-0.0101864;REVB=0.00225521;RO=75;SAF=73;SAR=68;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673364;STB=0.536196;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00482871;OID=.;OPOS=38062112;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:75:75:141:141:0.652778:68:73:31:44:68:73:31:44 chr22 38065655 . A G 694.03 PASS AF=0.613208;AO=65;DP=106;FAO=65;FDP=106;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0126292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.119;QD=26.1897;RBI=0.031244;REFB=-0.0157827;REVB=-0.0285778;RO=41;SAF=34;SAR=31;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270797;STB=0.514706;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00954729;OID=.;OPOS=38065655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:41:41:65:65:0.613208:31:34:23:18:31:34:23:18 chr22 38074343 . C T 1862.0 PASS AF=0.751295;AO=145;DP=193;FAO=145;FDP=193;FR=.;FRO=48;FSAF=61;FSAR=84;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0106057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.637;QD=38.5906;RBI=0.010764;REFB=-0.00133982;REVB=-0.00183894;RO=48;SAF=61;SAR=84;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670726;STB=0.535764;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000342253;OID=.;OPOS=38074343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:48:48:145:145:0.751295:84:61:27:21:84:61:27:21 chr22 38074434 . G A 1714.55 PASS AF=0.702439;AO=143;DP=204;FAO=144;FDP=205;FR=.;FRO=61;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0342393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.811;QD=33.4546;RBI=0.0390774;REFB=-0.0283009;REVB=0.0188337;RO=59;SAF=66;SAR=77;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257216;STB=0.519785;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0104207;OID=.;OPOS=38074434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:59:61:143:144:0.702439:77:66:30:29:78:66:32:29 chr22 38119213 . G A 2760.45 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.002;QD=62.0325;RBI=0.0621138;REFB=0;REVB=0.0224721;RO=0;SAF=88;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5601e-05;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:176:178:0:0:176:178:1:88:88:0:0:90:88:0:0 chr22 38119754 . TCAA T 131.25 PASS AF=0.3;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.000425474;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.728;QD=8.75016;RBI=0.0151553;REFB=-0.0116347;REVB=-0.0151494;RO=40;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17492;STB=0.616544;STBP=0.265;TYPE=del;VARB=0.0247807;OID=.;OPOS=38119755;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:18:61:18:60:42:9:9:14:28:99:40:9:9:14:26 chr22 38120437 . G C 33.33 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00257363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.626;QD=3.17391;RBI=0.026636;REFB=-0.0203073;REVB=-0.0265114;RO=35;SAF=0;SAR=6;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.709156;STB=0.857098;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.202657;OID=.;OPOS=38120437;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:42:35:36:6:6:0.142857:6:0:22:13:5:1:22:14 chr22 38121152 . C A 427.01 PASS AF=0.309392;AO=55;DP=179;FAO=56;FDP=181;FR=.;FRO=125;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=0.0153401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4184;QD=9.43663;RBI=0.0198218;REFB=-0.00569745;REVB=-0.0125532;RO=124;SAF=37;SAR=18;SRF=59;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239984;STB=0.641266;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0110486;OID=.;OPOS=38121152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:124:125:55:56:0.309392:18:37:59:65:18:38:60:65 chr22 38122122 . T C 496.42 PASS AF=0.253472;AO=73;DP=286;FAO=73;FDP=288;FR=.;FRO=215;FSAF=9;FSAR=64;FSRF=32;FSRR=183;FWDB=0.00751144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3122;QD=6.89475;RBI=0.0351918;REFB=0.00677656;REVB=-0.0343809;RO=213;SAF=9;SAR=64;SRF=31;SRR=182;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604361;STB=0.541354;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0242511;OID=.;OPOS=38122122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:288:213:215:73:73:0.253472:64:9:31:182:64:9:32:183 chr22 38122448 . C T 390.53 PASS AF=0.241935;AO=37;DP=234;FAO=60;FDP=248;FR=.,HEALED;FRO=188;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=69;FSRR=119;FWDB=0.149787;FXX=0.0236211;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1193;QD=6.29893;RBI=0.150189;REFB=-0.0158512;REVB=0.0109767;RO=137;SAF=10;SAR=27;SRF=30;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879073;STB=0.612678;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.065359;OID=.;OPOS=38122448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:248:137:188:37:60:0.241935:27:10:30:107:29:31:69:119 chr22 38122462 . A G 365.91 PASS AF=0.236287;AO=56;DP=238;FAO=56;FDP=237;FR=.;FRO=181;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=67;FSRR=114;FWDB=-0.0400195;FXX=0.0124995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.203;QD=6.1757;RBI=0.0432421;REFB=-0.0168163;REVB=-0.0163806;RO=181;SAF=30;SAR=26;SRF=67;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208433;STB=0.624771;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0474846;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:181:181:56:56:0.236287:26:30:67:114:26:30:67:114 chr22 38129332 . G A 763.87 PASS AF=0.274559;AO=107;DP=397;FAO=109;FDP=397;FR=.;FRO=288;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=147;FSRR=141;FWDB=-0.0197739;FXX=0.00501241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.099;QD=7.6964;RBI=0.0694282;REFB=-0.0129469;REVB=0.0665527;RO=290;SAF=51;SAR=56;SRF=149;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461346;STB=0.53085;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0484295;OID=.;OPOS=38129332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:397:290:288:107:109:0.274559:56:51:149:141:58:51:147:141 chr22 38130472 . T C 3081.22 PASS AF=0.985437;AO=203;DP=206;FAO=203;FDP=206;FR=.;FRO=3;FSAF=97;FSAR=106;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0260359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.943;QD=59.8296;RBI=0.0271172;REFB=-0.01134;REVB=-0.00758133;RO=2;SAF=97;SAR=106;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00971858;STB=0.502755;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000345815;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:206:206:2:3:203:203:0.985437:106:97:2:0:106:97:2:1 chr22 38170026 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.005;QD=45.8063;RBI=0.0476745;REFB=0;REVB=-0.0462168;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203056;OID=.;OPOS=38170026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr22 38202399 . T C 238.41 PASS AF=0.322581;AO=29;DP=89;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=0;FSRF=63;FSRR=0;FWDB=-0.00736383;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4;QD=10.2543;RBI=0.00736383;REFB=-0.0166819;REVB=0;RO=60;SAF=29;SAR=0;SRF=60;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00605436;OID=.;OPOS=38202399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:60:63:29:30:0.322581:0:29:60:0:0:30:63:0 chr22 38202552 . T C 2070.92 PASS AF=0.978417;AO=133;DP=138;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0316795;FXX=0.0141834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.81;QD=59.5947;RBI=0.0326797;REFB=-0.0318884;REVB=0.00802338;RO=5;SAF=56;SAR=77;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298643;STB=0.509201;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00478159;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:139:5:3:133:136:0.978417:77:56:0:5:80:56:0:3 chr22 38202642 . G T 1061.65 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00144474;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.376;QD=55.8765;RBI=0.0060285;REFB=0.0523135;REVB=-0.00585282;RO=2;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205583;STB=0.502098;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.000133415;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:2:3:73:73:0.960526:45:28:0:2:45:28:1:2 chr22 38202734 . G C 865.76 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.457;QD=57.7173;RBI=0.0165989;REFB=0;REVB=0.0146478;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83143e-05;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:38:20:0:0:39:21:0:0 chr22 38204089 . C T 1710.62 PASS AF=0.557895;AO=159;DP=286;FAO=159;FDP=285;FR=.;FRO=126;FSAF=85;FSAR=74;FSRF=53;FSRR=73;FWDB=0.00862611;FXX=0.00349638;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.887;QD=24.0087;RBI=0.00986162;REFB=-0.0121291;REVB=-0.00477931;RO=125;SAF=85;SAR=74;SRF=52;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958899;STB=0.550265;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00918758;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:285:125:126:159:159:0.557895:74:85:52:73:74:85:53:73 chr22 38205989 . T C 441.23 PASS AF=0.348993;AO=52;DP=149;FAO=52;FDP=149;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=62;FWDB=-0.0452113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.103;QD=11.845;RBI=0.0454062;REFB=-0.0204924;REVB=0.00420268;RO=97;SAF=16;SAR=36;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684872;STB=0.53935;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.03117;OID=.;OPOS=38205989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:97:97:52:52:0.348993:36:16:35:62:36:16:35:62 chr22 38211668 . AG AC,A 89.28 PASS AF=0,0.416667;AO=3,16;DP=62;FAO=0,25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=0,4;FSAR=0,21;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=-0.00910066,0.00264701;FXX=0.0322529;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=93.0754,11.3079;QD=5.95215;RBI=0.043972,0.053858;REFB=-0.0043307,-0.0840157;REVB=-0.0430199,0.0537929;RO=28;SAF=0,4;SAR=3,12;SRF=6;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0.461538;SSSB=-0.459277,0.0534803;STB=0.5,0.512185;STBP=1,0.93;TYPE=snp,del;VARB=0.0428161,0.154134;OID=.,.;OPOS=38211669,38211669;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.416667:3,16:62:0,25:60:35:0,4:0,21:6:29:88:28:0,4:3,12:6:22 chr22 38240280 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00503416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7409;QD=19.1302;RBI=0.108004;REFB=-0.0085194;REVB=-0.107886;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171367;STB=0.59965;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0025662;OID=.;OPOS=38240280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:2:0:1:4:2:0 chr22 38273749 . T C 74.18 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00278194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8475;QD=5.59823;RBI=0.0246656;REFB=-0.000772466;REVB=-0.0245082;RO=41;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293039;STB=0.505566;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00159521;OID=.;OPOS=38273749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:41:42:11:11:0.207547:7:4:15:26:7:4:15:27 chr22 38323507 . G T 603.66 PASS AF=0.45;AO=63;DP=140;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=0.0219266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.133;QD=17.2473;RBI=0.0224054;REFB=-0.0127277;REVB=-0.00460711;RO=77;SAF=38;SAR=25;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482204;STB=0.526812;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0113535;OID=.;OPOS=38323507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:77:77:63:63:0.45:25:38:50:27:25:38:50:27 chr22 38341134 . T C 740.59 PASS AF=0.62963;AO=67;DP=108;FAO=68;FDP=108;FR=.;FRO=40;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0318321;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.67;QD=27.4294;RBI=0.0334145;REFB=-0.0125177;REVB=0.0101608;RO=41;SAF=34;SAR=33;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203844;STB=0.503816;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00919141;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:41:40:67:68:0.62963:33:34:22:19:33:35:21:19 chr22 38369976 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00368331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.252;QD=13.4559;RBI=0.0546524;REFB=0.0170244;REVB=-0.0545281;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471785;STB=0.766915;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00991345;OID=.;OPOS=38369976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:2:9:5:9:2:9:6:9 chr22 38474696 . A G 1643.51 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.984;QD=59.2256;RBI=0.0223387;REFB=0.0625783;REVB=0.0143377;RO=1;SAF=29;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160857;STB=0.508473;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=6.25754e-05;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:81:29:1:0:81:29:1:0 chr22 38477342 . T A 175.22 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00116795;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.763;QD=18.9427;RBI=0.0152884;REFB=-0.00661909;REVB=-0.0152437;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674884;STB=0.56444;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00742113;OID=.;OPOS=38477342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:14:4:5:13:14:4:6:13 chr22 38477930 . G A 492.15 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0724482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7273;QD=22.6275;RBI=0.0782989;REFB=0.00142278;REVB=0.029698;RO=40;SAF=21;SAR=26;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148182;STB=0.581245;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-9.9957e-05;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:26:21:11:29:26:21:11:29 chr22 38482385 . G A 1556.38 PASS AF=0.554307;AO=146;DP=265;FAO=148;FDP=267;FR=.;FRO=119;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=78;FSRR=41;FWDB=0.00170121;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4881;QD=23.3165;RBI=0.0963909;REFB=0.010572;REVB=0.0963759;RO=117;SAF=72;SAR=74;SRF=78;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141936;STB=0.575051;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00819504;OID=.;OPOS=38482385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:267:117:119:146:148:0.554307:74:72:78:39:76:72:78:41 chr22 38503847 . C T 1097.0 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00533775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.095;QD=56.2563;RBI=0.025743;REFB=-0.0547224;REVB=0.0251835;RO=3;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378057;STB=0.519995;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000409658;OID=.;OPOS=38503847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:75:75:0.961538:36:39:0:3:36:39:0:3 chr22 38506509 . A G 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00827194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.977;QD=57.3932;RBI=0.0109064;REFB=-0.034899;REVB=0.00710807;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000221673;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:22:15:0:1:22:15:0:1 chr22 38611045 . C A 1453.9 PASS AF=0.35729;AO=174;DP=487;FAO=174;FDP=487;FR=.;FRO=313;FSAF=79;FSAR=95;FSRF=156;FSRR=157;FWDB=-0.0281167;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=241.217;QD=11.9417;RBI=0.0300006;REFB=-0.0122618;REVB=-0.0104634;RO=310;SAF=79;SAR=95;SRF=153;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449204;STB=0.528612;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0198294;OID=.;OPOS=38611045;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:487:487:310:313:174:174:0.35729:95:79:153:157:95:79:156:157 chr22 38611080 . C G 2543.74 PASS AF=0.579853;AO=234;DP=410;FAO=236;FDP=407;FR=.;FRO=171;FSAF=87;FSAR=149;FSRF=72;FSRR=99;FWDB=-0.047575;FXX=0.0169078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.502;QD=24.9999;RBI=0.0541419;REFB=-0.00607353;REVB=-0.025845;RO=166;SAF=88;SAR=146;SRF=72;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465417;STB=0.523359;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00431082;OID=.;OPOS=38611080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:407:166:171:234:236:0.579853:146:88:72:94:149:87:72:99 chr22 38615536 . A T 149.34 PASS AF=1;AO=8;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108931;FXX=0.062461;HRUN=12;LEN=1;MLLD=85.0322;QD=39.8233;RBI=0.116323;REFB=0;REVB=0.0408065;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459355;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00891772;OID=.;OPOS=38615536;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:15:2:0:8:15:1:5:3:1:1:10:5:0:0 chr22 38696958 . C CG 35.94 PASS AF=0.15748;AO=25;DP=129;FAO=20;FDP=127;FR=.;FRO=107;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=68;FWDB=-0.00861914;FXX=0.0155027;HRUN=0;LEN=1;MLLD=105.177;QD=1.13199;RBI=0.0228238;REFB=-0.00836011;REVB=-0.0211338;RO=100;SAF=3;SAR=22;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419912;STB=0.896771;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.166891;OID=.;OPOS=38696959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15748:25:129:20:127:107:1:19:39:68:35:100:3:22:37:63 chr22 38757479 . A G 40.38 PASS AF=0.0728155;AO=15;DP=206;FAO=15;FDP=206;FR=.;FRO=191;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=86;FSRR=105;FWDB=0.00820398;FXX=0.00483068;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.38;QD=0.784084;RBI=0.0108478;REFB=0.000674645;REVB=0.00709722;RO=191;SAF=1;SAR=14;SRF=86;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465574;STB=0.910378;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00731835;OID=.;OPOS=38757479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:206:206:191:191:15:15:0.0728155:14:1:86:105:14:1:86:105 chr22 38757547 . G C 79.66 PASS AF=0.106599;AO=22;DP=202;FAO=21;FDP=197;FR=.;FRO=176;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=74;FSRR=102;FWDB=-0.0253505;FXX=0.0247512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3426;QD=1.61755;RBI=0.0286832;REFB=0.00149941;REVB=-0.0134192;RO=178;SAF=2;SAR=20;SRF=76;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479063;STB=0.856071;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0212262;OID=.;OPOS=38757547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:202:197:178:176:22:21:0.106599:20:2:76:102:19:2:74:102 chr22 38757572 . T C 140.2 PASS AF=0.211009;AO=23;DP=111;FAO=23;FDP=109;FR=.;FRO=86;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=0.00854742;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.572;QD=5.145;RBI=0.0117577;REFB=-0.00353417;REVB=0.00807368;RO=83;SAF=2;SAR=21;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488999;STB=0.826035;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.012899;OID=.;OPOS=38757572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:83:86:23:23:0.211009:21:2:30:53:21:2:32:54 chr22 38823136 . T C 1491.18 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0598974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3775;QD=63.4543;RBI=0.0600233;REFB=0;REVB=-0.00388501;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209186;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr22 38877461 . T G 592.73 PASS AF=0.354369;AO=69;DP=204;FAO=73;FDP=206;FR=.;FRO=133;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=82;FWDB=-0.0123885;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.312;QD=11.5094;RBI=0.0162064;REFB=-0.0156487;REVB=0.0104486;RO=134;SAF=31;SAR=38;SRF=53;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063148;STB=0.527435;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0256086;OID=.;OPOS=38877461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:134:133:69:73:0.354369:38:31:53:81:42:31:51:82 chr22 38881703 . T A 47.09 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00655513;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=154.07;QD=17.1245;RBI=0.115937;REFB=-0.0111147;REVB=-0.115752;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119263;STB=0.58797;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00257188;OID=.;OPOS=38881703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:11:4:4:6:7:0.636364:2:4:2:2:2:5:2:2 chr22 38881705 . T A 30.12 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00781166;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=140.867;QD=10.0412;RBI=0.049709;REFB=-0.0339855;REVB=-0.0490914;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378245;STB=0.7397;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.016137;OID=.;OPOS=38881705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:3:4:1:4:3:4 chr22 38963624 . C T 96.72 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0162664;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.821;QD=7.58567;RBI=0.0315935;REFB=0.00101801;REVB=-0.0270842;RO=38;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405184;STB=0.747496;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00203637;OID=.;OPOS=38963624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:52:51:38:38:13:13:0.254902:4:9:13:25:4:9:13:25 chr22 38993370 . C T 658.91 PASS AF=0.385;AO=77;DP=201;FAO=77;FDP=200;FR=.;FRO=123;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=-0.00167858;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.345;QD=13.1783;RBI=0.0199828;REFB=-0.00529916;REVB=-0.0199122;RO=123;SAF=47;SAR=30;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126804;STB=0.571636;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.010441;OID=.;OPOS=38993370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:123:123:77:77:0.385:30:47:61:62:30:47:61:62 chr22 39069181 . T C 336.82 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.00339091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.735;QD=12.3604;RBI=0.0149252;REFB=0.000435132;REVB=0.0145349;RO=68;SAF=27;SAR=14;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827078;STB=0.547274;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.000675786;OID=.;OPOS=39069181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:68:68:41:41:0.376147:14:27:40:28:14:27:40:28 chr22 39079964 . T C 235.86 PASS AF=0.386667;AO=25;DP=73;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=39;FWDB=0.0334555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.451;QD=12.5792;RBI=0.0338831;REFB=-0.0122827;REVB=0.00536577;RO=46;SAF=0;SAR=25;SRF=8;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.777426;STB=0.517878;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0378249;OID=.;OPOS=39079964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:46:46:25:29:0.386667:25:0:8:38:25:4:7:39 chr22 39130843 . C G 167.85 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0158705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.424;QD=10.1726;RBI=0.0181933;REFB=0.00703858;REVB=0.00889516;RO=43;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142494;STB=0.576108;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0127576;OID=.;OPOS=39130843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:44:22:22:0.333333:13:9:23:20:13:9:23:21 chr22 39134712 . GCCT GCC,GCCC,GCT 959.84 PASS AF=0.36,0,0.59;AO=10,17,26;DP=91;FAO=36,0,59;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=18,0,20;FSAR=18,0,39;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0520112,-0.519448,0.967819;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=19.7602,25.0767,14.3043;QD=38.3935;RBI=0.0725953,0.526502,0.97519;REFB=-0.0847972,-0.101382,0.0918692;REVB=0.0506449,0.0859016,-0.119677;RO=25;SAF=1,16,0;SAR=9,1,26;SRF=20;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.720382,0.375504,-0.872825;STB=0.560942,0.5,0.53011;STBP=0.049,1,0.136;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.025352,0.0162068,0.0844668;OID=.,.,.;OPOS=39134715,39134715,39134713;OREF=T,T,C;OALT=-,C,-;OMAPALT=GCC,GCCC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.36,0,0.59:10,17,26:91:36,0,59:100:5:18,0,20:18,0,39:0:5:99:25:1,16,0:9,1,26:20:5 chr22 39178701 . A G 1463.36 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.104835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7051;QD=60.9732;RBI=0.109356;REFB=-0.0857841;REVB=0.0311205;RO=1;SAF=40;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117059;STB=0.501586;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00172145;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:1:2:94:94:0.979167:54:40:1:0:54:40:1:1 chr22 39222652 . G A 3383.0 PASS AF=1;AO=216;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012985;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.656;QD=62.3595;RBI=0.0313814;REFB=0;REVB=0.0285689;RO=0;SAF=117;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60064e-05;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:217:0:0:216:217:1:99:117:0:0:100:117:0:0 chr22 39261556 . G A 397.4 PASS AF=0.342857;AO=48;DP=140;FAO=48;FDP=140;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=-0.0139165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.173;QD=11.3543;RBI=0.0166394;REFB=-0.00584711;REVB=0.00912139;RO=89;SAF=24;SAR=24;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146932;STB=0.578539;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0108326;OID=.;OPOS=39261556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:89:92:48:48:0.342857:24:24:33:56:24:24:35:57 chr22 39357581 . C T 47.54 PASS AF=0.0962963;AO=13;DP=135;FAO=13;FDP=135;FR=.;FRO=122;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=58;FWDB=-0.0155248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.158;QD=1.40846;RBI=0.0862921;REFB=0.00233741;REVB=0.0848841;RO=122;SAF=4;SAR=9;SRF=64;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254961;STB=0.695155;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0239942;OID=.;OPOS=39357581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:135:135:122:122:13:13:0.0962963:9:4:64:58:9:4:64:58 chr22 39381826 . A G 1094.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.386;QD=59.9744;RBI=0.0131754;REFB=0;REVB=0.00653924;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49984e-05;OID=.;OPOS=39381826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:39:33:0:0:39:34:0:0 chr22 39381999 . T C 724.27 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7655;QD=62.9798;RBI=0.0321993;REFB=0;REVB=-0.00869887;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294331;OID=.;OPOS=39381999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:22:24:0:0 chr22 39382079 . C A 519.78 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=38;FAO=35;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0516991;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.996;QD=57.7528;RBI=0.0531352;REFB=-0.056081;REVB=0.0122699;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00266025;OID=.;OPOS=39382079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:36:1:1:34:35:0.972222:18:16:1:0:19:16:1:0 chr22 39382376 . A C 982.9 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=76;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0132696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.646;QD=51.7316;RBI=0.0393043;REFB=-0.186501;REVB=0.0369966;RO=6;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070736;STB=0.537489;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.001868;OID=.;OPOS=39382376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:76:76:6:6:70:70:0.921053:37:33:0:6:37:33:0:6 chr22 39387558 . C T 815.43 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00174996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.912;QD=52.6087;RBI=0.029581;REFB=0.0346263;REVB=-0.0295292;RO=3;SAF=33;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994043;STB=0.505273;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00421068;OID=.;OPOS=39387558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:3:3:59:59:0.951613:26:33:2:1:26:33:2:1 chr22 39440149 . C T 142.54 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=0.0270802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.6638;QD=8.63869;RBI=0.0395087;REFB=-0.0105553;REVB=0.0287681;RO=45;SAF=3;SAR=17;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142801;STB=0.603944;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0229311;OID=.;OPOS=39440149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:45:46:20:20:0.30303:17:3:10:35:17:3:11:35 chr22 39441096 . G T 443.34 PASS AF=0.2;AO=77;DP=385;FAO=77;FDP=385;FR=.;FRO=308;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=173;FSRR=135;FWDB=0.00586273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.761;QD=4.60614;RBI=0.0141169;REFB=-0.00616323;REVB=-0.0128419;RO=304;SAF=33;SAR=44;SRF=173;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180003;STB=0.60541;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.015174;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:304:308:77:77:0.2:44:33:173:131:44:33:173:135 chr22 39441203 . C T 342.93 PASS AF=0.307692;AO=44;DP=143;FAO=44;FDP=143;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.0102383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.874;QD=9.59255;RBI=0.0103293;REFB=0.00573062;REVB=-0.00136805;RO=99;SAF=17;SAR=27;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142738;STB=0.583322;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0110276;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:99:99:44:44:0.307692:27:17:50:49:27:17:50:49 chr22 39445554 . G A 416.04 PASS AF=0.374046;AO=49;DP=131;FAO=49;FDP=131;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.0383946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.035;QD=12.7036;RBI=0.0411085;REFB=-0.00239158;REVB=0.0146889;RO=81;SAF=16;SAR=33;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138315;STB=0.575807;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00356678;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:81:82:49:49:0.374046:33:16:36:45:33:16:36:46 chr22 39482461 . G A 570.23 PASS AF=0.408805;AO=65;DP=158;FAO=65;FDP=159;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.0493535;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.282;QD=14.3454;RBI=0.0494923;REFB=-0.0144004;REVB=-0.00370325;RO=86;SAF=26;SAR=39;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424018;STB=0.509136;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0149026;OID=.;OPOS=39482461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:86:94:65:65:0.408805:39:26:31:55:39:26:39:55 chr22 39496322 . TAAC T 824.65 PASS AF=0.570681;AO=106;DP=181;FAO=109;FDP=191;FR=.;FRO=82;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0102825;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=308.52;QD=17.2702;RBI=0.0136306;REFB=0.00378185;REVB=-0.0089477;RO=64;SAF=56;SAR=50;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106516;STB=0.537267;STBP=0.235;TYPE=del;VARB=-0.00296067;OID=.;OPOS=39496323;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.570681:106:181:109:191:82:56:53:35:47:99:64:56:50:24:40 chr22 39496336 . G T 1324.64 PASS AF=0.623656;AO=115;DP=187;FAO=116;FDP=186;FR=.;FRO=70;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.0136172;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.546;QD=28.4869;RBI=0.0315866;REFB=-0.0407048;REVB=-0.0285006;RO=69;SAF=61;SAR=54;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116373;STB=0.566434;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00750151;OID=.;OPOS=39496336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:69:70:115:116:0.623656:54:61:25:44:54:62:25:45 chr22 39496412 . G C 895.48 PASS AF=0.620155;AO=80;DP=129;FAO=80;FDP=129;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0228931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.175;QD=27.7668;RBI=0.036489;REFB=-0.00445099;REVB=-0.0284139;RO=49;SAF=36;SAR=44;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709863;STB=0.538452;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00285782;OID=.;OPOS=39496412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:49:49:80:80:0.620155:44:36:27:22:44:36:27:22 chr22 39497509 . A G 923.14 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.140412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4406;QD=56.8086;RBI=0.146597;REFB=0.0172605;REVB=-0.042133;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119581;STB=0.506327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00787679;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:39:25:0:1:39:25:0:1 chr22 39498038 . G C 472.82 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0483668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.944;QD=22.7864;RBI=0.0526582;REFB=-0.026027;REVB=0.0208215;RO=37;SAF=16;SAR=30;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183884;STB=0.601255;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0189191;OID=.;OPOS=39498038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:30:16:21:16:30:16:21:16 chr22 39499653 . C T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0022231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.574;QD=19.7637;RBI=0.0221856;REFB=-0.0151833;REVB=0.022074;RO=33;SAF=12;SAR=23;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00926243;STB=0.505142;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0180667;OID=.;OPOS=39499653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:23:12:11:22:23:12:11:22 chr22 39709009 . G A 798.63 PASS AF=0.587302;AO=74;DP=126;FAO=74;FDP=126;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0505583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.954;QD=25.3535;RBI=0.0509335;REFB=-0.0345293;REVB=-0.0061704;RO=52;SAF=38;SAR=36;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539611;STB=0.529353;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0238388;OID=.;OPOS=39709009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:52:52:74:74:0.587302:36:38:23:29:36:38:23:29 chr22 39712981 . A G 1774.52 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0471054;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.646;QD=60.1533;RBI=0.0471756;REFB=0.0699148;REVB=-0.00257351;RO=1;SAF=49;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959372;STB=0.50505;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-4.97054e-05;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:118:1:1:117:117:0.991525:68:49:1:0:68:49:1:0 chr22 39714490 . C T 295.96 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00483273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.902;QD=20.4108;RBI=0.00502262;REFB=-0.00347193;REVB=0.00136801;RO=27;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815444;STB=0.545321;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00362403;OID=.;OPOS=39714490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:19:12:13:14:19:12:13:14 chr22 39770597 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4743;QD=56.9374;RBI=0.0215415;REFB=0;REVB=-0.0168866;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48747e-05;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 2785.9 PASS AF=0.989011;AO=172;DP=190;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00330877;FXX=0.00546418;HRUN=3;LEN=3;MLLD=276.113;QD=61.2286;RBI=0.00365196;REFB=0.0196274;REVB=0.00154561;RO=12;SAF=76;SAR=96;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384898;STB=0.500682;STBP=0.874;TYPE=ins;VARB=-0.000102368;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989011:172:190:180:182:2:79:101:1:1:7:12:76:96:9:3 chr22 39781585 . C T 2261.86 PASS AF=0.980645;AO=151;DP=156;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0356293;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6423;QD=58.3706;RBI=0.0407327;REFB=-0.122164;REVB=0.019741;RO=3;SAF=73;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556782;STB=0.502849;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.000181244;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:155:3:3:151:152:0.980645:78:73:1:2:79:73:1:2 chr22 39813759 . T C 618.9 PASS AF=0.433962;AO=65;DP=154;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.0354838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4877;QD=15.5697;RBI=0.0466944;REFB=-0.00164735;REVB=-0.0303523;RO=89;SAF=36;SAR=29;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00342687;STB=0.513962;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.002027;OID=.;OPOS=39813759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:159:89:90:65:69:0.433962:29:36:49:40:29:40:50:40 chr22 39814765 . G C 441.65 PASS AF=0.352564;AO=55;DP=156;FAO=55;FDP=156;FR=.;FRO=101;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0398466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4601;QD=11.3244;RBI=0.0409185;REFB=-0.00408994;REVB=0.00930462;RO=101;SAF=26;SAR=29;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838566;STB=0.504794;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00792783;OID=.;OPOS=39814765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:101:101:55:55:0.352564:29:26:47:54:29:26:47:54 chr22 39883736 . G C 641.01 PASS AF=0.395522;AO=38;DP=133;FAO=53;FDP=134;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=68;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00614547;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.961;QD=19.1347;RBI=0.092155;REFB=-0.0192067;REVB=0.0919498;RO=43;SAF=27;SAR=11;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407961;STB=0.581982;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0252291;OID=.;OPOS=39883736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:43:68:38:53:0.395522:11:27:29:14:17:36:37:31 chr22 39887686 . A G 217.13 PASS AF=0.297872;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0130364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.892;QD=9.23972;RBI=0.0245142;REFB=-0.00806895;REVB=0.0207605;RO=65;SAF=8;SAR=20;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308118;STB=0.678102;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0190144;OID=.;OPOS=39887686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:65:66:28:28:0.297872:20:8:35:30:20:8:35:31 chr22 39913557 . G A 416.7 PASS AF=0.333333;AO=44;DP=162;FAO=55;FDP=165;FR=.;FRO=110;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.0910046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3935;QD=10.1019;RBI=0.136023;REFB=-0.0279195;REVB=0.101096;RO=108;SAF=29;SAR=15;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186747;STB=0.518193;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0596776;OID=.;OPOS=39913557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:165:108:110:44:55:0.333333:15:29:55:53:26:29:55:55 chr22 39917515 . A C 184.42 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0113885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.475;QD=13.6609;RBI=0.0164421;REFB=-0.00978015;REVB=-0.0118594;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220718;STB=0.611015;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0180824;OID=.;OPOS=39917515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:32:21:22:0.407407:11:10:22:10:11:11:22:10 chr22 39966856 . C T 332.35 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=37;FWDB=0.0656719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4174;QD=16.2123;RBI=0.145257;REFB=-0.0149147;REVB=0.129564;RO=45;SAF=11;SAR=25;SRF=9;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130908;STB=0.576949;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0286241;OID=.;OPOS=39966856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:46:36:36:0.439024:25:11:9:36:25:11:9:37 chr22 40045915 . C T 800.26 PASS AF=0.559701;AO=74;DP=133;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.0288014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.646;QD=23.8884;RBI=0.0288045;REFB=-0.00495687;REVB=-0.000420728;RO=58;SAF=27;SAR=47;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635861;STB=0.532633;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00462112;OID=.;OPOS=40045915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:58:59:74:75:0.559701:47:27:17:41:47:28:18:41 chr22 40054948 . T C,G 1472.49 PASS AF=0.924528,0.0660377;AO=98,7;DP=106;FAO=98,7;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=44,0;FSAR=54,7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.105963,-0.0476363;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=92.6739,7.81928;QD=55.5656;RBI=0.115097,0.0892996;REFB=-0.126747,0.040397;REVB=0.0449345,-0.0755327;RO=1;SAF=44,0;SAR=54,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0106577,-0.794046;STB=0.505617,0.997454;STBP=0.271,0.045;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00221527,0.336668;OID=.,.;OPOS=40054948,40054948;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:106:106:1:1:98,7:98,7:0.924528,0.0660377:54,7:44,0:1:0:54,7:44,0:1:0 chr22 40057273 . T C 3241.04 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.373;QD=61.7341;RBI=0.0462114;REFB=0;REVB=0.0327525;RO=0;SAF=131;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17386e-05;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:210:0:0:209:210:1:78:131:0:0:79:131:0:0 chr22 40425765 . C CA 479.16 PASS AF=0.464912;AO=51;DP=122;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0138391;FXX=0.0086949;HRUN=0;LEN=1;MLLD=201.115;QD=16.8125;RBI=0.0142027;REFB=-0.00960777;REVB=-0.00319343;RO=71;SAF=25;SAR=26;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00285897;STB=0.525678;STBP=0.634;TYPE=ins;VARB=0.0110753;OID=.;OPOS=40425766;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464912:51:122:53:114:61:26:27:27:34:99:71:25:26:35:36 chr22 40425768 . GA CC 466.73 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0152275;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=2;MLLD=115.726;QD=16.669;RBI=0.0175925;REFB=0.0141244;REVB=0.00881021;RO=60;SAF=25;SAR=26;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039037;STB=0.525937;STBP=0.65;TYPE=mnp;VARB=-0.0188853;OID=.;OPOS=40425768;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:60:61:51:51:0.455357:26:25:27:33:26:25:27:34 chr22 40425771 . T A 492.38 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0303335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.471;QD=17.4294;RBI=0.0354904;REFB=0.00515008;REVB=0.0184241;RO=59;SAF=26;SAR=27;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047374;STB=0.521557;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00356859;OID=.;OPOS=40425771;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:59:60:53:53:0.469027:27:26:26:33:27:26:27:33 chr22 40574170 . T A 197.99 PASS AF=0.540541;AO=22;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0317735;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=34.3208;QD=21.4039;RBI=0.0341848;REFB=-0.0255201;REVB=-0.0126113;RO=14;SAF=4;SAR=18;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111828;STB=0.524565;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0345556;OID=.;OPOS=40574170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:17:22:20:0.540541:18:4:4:10:16:4:4:13 chr22 40673999 . C T 1740.59 PASS AF=1;AO=100;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8648;QD=59.5072;RBI=0.0839645;REFB=0;REVB=0.0805953;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118471;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:117:117:0:0:100:117:1:54:46:0:0:67:50:0:0 chr22 40720704 . A G 1846.09 PASS AF=0.563107;AO=174;DP=309;FAO=174;FDP=309;FR=.;FRO=135;FSAF=98;FSAR=76;FSRF=67;FSRR=68;FWDB=-0.0438858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7515;QD=23.8977;RBI=0.0476468;REFB=0.0249502;REVB=-0.0185541;RO=134;SAF=98;SAR=76;SRF=66;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571252;STB=0.529488;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0258631;OID=.;OPOS=40720704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:134:135:174:174:0.563107:76:98:66:68:76:98:67:68 chr22 40722745 . A G 357.16 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=50;FWDB=0.00740373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.655;QD=13.606;RBI=0.0206427;REFB=-0.0224823;REVB=-0.0192693;RO=63;SAF=20;SAR=22;SRF=13;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295192;STB=0.664751;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.032071;OID=.;OPOS=40722745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:22:20:13:50:22:20:13:50 chr22 40726749 . C T 615.63 PASS AF=0.591398;AO=55;DP=93;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0326644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.974;QD=26.4786;RBI=0.0390363;REFB=0.00177343;REVB=-0.0213745;RO=38;SAF=24;SAR=31;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725469;STB=0.539528;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0012977;OID=.;OPOS=40726749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:38:55:55:0.591398:31:24:13:25:31:24:13:25 chr22 40726762 . A G 495.48 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0363106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6862;QD=23.3165;RBI=0.0553853;REFB=-0.014468;REVB=0.041822;RO=38;SAF=20;SAR=27;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479177;STB=0.526305;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0135341;OID=.;OPOS=40726762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:27:20:14:24:27:20:14:24 chr22 40731768 . G GAAAA 109.17 PASS AF=0.866667;AO=3;DP=24;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.107783;FXX=0.285578;HRUN=8;LEN=4;MLLD=17.1274;QD=29.1118;RBI=0.108507;REFB=-0.0730359;REVB=0.0125086;RO=16;SAF=0;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.661837;STB=0.749497;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.0847008;OID=.;OPOS=40731769;OREF=-;OALT=AAAA;OMAPALT=GAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:3:24:13:15:2:1:12:2:0:10:16:0:3:10:6 chr22 40731776 . AG AT,GA 102.24 PASS AF=0,0.346939;AO=2,8;DP=54;FAO=0,17;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=0,8;FSAR=0,9;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=-0.00494403,0.0242755;FXX=0.0925755;HRUN=1,8;LEN=1,2;MLLD=43.4439,17.3997;QD=8.3459;RBI=0.0262888,0.278129;REFB=-0.0341666,-0.123015;REVB=-0.0258197,0.277068;RO=24;SAF=2,7;SAR=0,1;SRF=3;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.72683,0.739396;STB=0.5,0.710912;STBP=1,0.076;TYPE=snp,mnp;VARB=0,0.0646352;OID=.,.;OPOS=40731777,40731776;OREF=G,AG;OALT=T,GA;OMAPALT=AT,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:82:54:49:24:32:2,8:0,17:0,0.346939:0,1:2,7:3:21:0,9:0,8:5:27 chr22 40803186 . G T 658.61 PASS AF=0.61165;AO=58;DP=99;FAO=63;FDP=103;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0312505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7688;QD=25.577;RBI=0.0522996;REFB=-0.0190576;REVB=0.0419363;RO=40;SAF=26;SAR=32;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762786;STB=0.534844;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0131347;OID=.;OPOS=40803186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:40:40:58:63:0.61165:32:26:22:18:34:29:22:18 chr22 40814500 . T C 563.15 PASS AF=0.731343;AO=47;DP=66;FAO=49;FDP=67;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0107219;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.547;QD=33.621;RBI=0.0108034;REFB=-0.0219977;REVB=-0.00132487;RO=18;SAF=24;SAR=23;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10896;STB=0.551979;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0107127;OID=.;OPOS=40814500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:18:18:47:49:0.731343:23:24:13:5:23:26:13:5 chr22 41075543 . A G 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1376;QD=57.1708;RBI=0.0271272;REFB=0;REVB=-0.0261779;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44012e-05;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr22 41075695 . C T 787.47 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376941;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.117;QD=57.2703;RBI=0.0388056;REFB=0;REVB=0.00922133;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44521e-05;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr22 41548008 . A G 247.06 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0336384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.996;QD=13.9187;RBI=0.044805;REFB=0.00842771;REVB=-0.0295963;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129439;STB=0.560506;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0144372;OID=.;OPOS=41548008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:42:28:29:0.408451:14:14:15:25:15:14:16:26 chr22 41551039 . T A 473.23 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00789288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.038;QD=14.905;RBI=0.0186367;REFB=0.00926308;REVB=-0.0168828;RO=74;SAF=26;SAR=27;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065768;STB=0.536941;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0156625;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:74:53:53:0.417323:27:26:41:33:27:26:41:33 chr22 41574969 . TGTA T 89.04 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00739305;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=3;MLLD=277.454;QD=13.6977;RBI=0.0120561;REFB=-0.00868068;REVB=-0.00952325;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20973;STB=0.583184;STBP=0.503;TYPE=del;VARB=0.0117141;OID=.;OPOS=41574970;OREF=GTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:10:26:11:26:15:5:6:9:6:89:11:4:6:7:4 chr22 41604399 . G A 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00698684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0806;QD=17.3781;RBI=0.0503967;REFB=-0.00202833;REVB=-0.0499101;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000676373;OID=.;OPOS=41604399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:6:4:5:6:6:4 chr22 41610024 . G A 795.21 PASS AF=0.510067;AO=76;DP=150;FAO=76;FDP=149;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0347477;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.745;QD=21.3478;RBI=0.0348815;REFB=-0.00065271;REVB=0.00305308;RO=72;SAF=32;SAR=44;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952287;STB=0.549202;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000338472;OID=.;OPOS=41610024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:72:73:76:76:0.510067:44:32:38:34:44:32:38:35 chr22 41612157 . CAAA CAA,CAAC 40.49 PASS AF=0.181818,0.0909091;AO=13,3;DP=48;FAO=8,4;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=3,0;FSAR=5,4;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.20949,-0.0107165;FXX=0.083316;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.43282,212.885;QD=3.68064;RBI=0.265893,0.0580205;REFB=-0.230812,-0.0174395;REVB=-0.163748,-0.0570222;RO=21;SAF=2,0;SAR=11,3;SRF=21;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.745941,-0.865843;STB=0.755273,0.998197;STBP=0.177,0.004;TYPE=del,snp;VARB=0.164477,0.128142;OID=.,.;OPOS=41612158,41612160;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CAA,CAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818,0.0909091:13,3:48:8,4:44:32:3,0:5,4:23:9:16:21:2,0:11,3:21:0 chr22 41613188 . C T 199.61 PASS AF=0.268519;AO=29;DP=108;FAO=29;FDP=108;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.0292822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.053;QD=7.39281;RBI=0.0293375;REFB=-0.00276674;REVB=0.00180036;RO=79;SAF=16;SAR=13;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132234;STB=0.578994;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0106911;OID=.;OPOS=41613188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:79:79:29:29:0.268519:13:16:35:44:13:16:35:44 chr22 41617318 . G C 2536.07 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000851803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.65;QD=61.4804;RBI=0.0241299;REFB=0;REVB=0.0241148;RO=0;SAF=84;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78318e-05;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:165:0:0:164:165:1:80:84:0:0:81:84:0:0 chr22 41623351 . A G 274.28 PASS AF=0.543478;AO=20;DP=48;FAO=25;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00335107;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.49;QD=23.8505;RBI=0.0139301;REFB=-0.0116421;REVB=0.013521;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115994;STB=0.523541;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0103861;OID=.;OPOS=41623351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:23:21:20:25:0.543478:8:12:11:12:13:12:9:12 chr22 41623890 . T A 156.68 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0804037;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3651;QD=14.5752;RBI=0.0805236;REFB=-0.0120264;REVB=0.00439399;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28604;STB=0.66471;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0318939;OID=.;OPOS=41623890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:8:18:7:10:8:18 chr22 41645757 . C G 885.83 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.142;QD=58.0869;RBI=0.0169074;REFB=0;REVB=-0.0102243;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37865e-06;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:29:32:0:0 chr22 41726053 . G A 454.58 PASS AF=0.390977;AO=52;DP=132;FAO=52;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=0.0652191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.313;QD=13.6715;RBI=0.0652283;REFB=0.0143507;REVB=0.00109072;RO=80;SAF=24;SAR=28;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942671;STB=0.548633;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.0213452;OID=.;OPOS=41726053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:80:81:52:52:0.390977:28:24:30:50:28:24:31:50 chr22 41734292 . CGCCA C 166.52 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=90;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.013876;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=4;MLLD=263.847;QD=7.74528;RBI=0.0568812;REFB=-0.00666523;REVB=-0.0551627;RO=60;SAF=17;SAR=6;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287327;STB=0.701405;STBP=0.023;TYPE=del;VARB=0.0141654;OID=.;OPOS=41734293;OREF=GCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267442:23:90:23:86:63:17:6:30:33:99:60:17:6:31:29 chr22 41752747 . G A 442.44 PASS AF=0.341463;AO=56;DP=163;FAO=56;FDP=164;FR=.;FRO=108;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=-0.00721254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.099;QD=10.7912;RBI=0.00746127;REFB=-0.00283523;REVB=0.00191046;RO=104;SAF=26;SAR=30;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251537;STB=0.513153;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0040955;OID=.;OPOS=41752747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:104:108:56:56:0.341463:30:26:46:58:30:26:48:60 chr22 41783659 . C T 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0233403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.229;QD=15.5765;RBI=0.0249683;REFB=-0.00792239;REVB=-0.00886827;RO=30;SAF=5;SAR=19;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360907;STB=0.52053;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.014764;OID=.;OPOS=41783659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:19:5:7:23:19:5:7:23 chr22 41829794 . C G 111.1 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0226594;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.698;QD=7.53251;RBI=0.0281055;REFB=0.000843393;REVB=0.0166275;RO=43;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143723;STB=0.58726;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00277061;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:7:9:19:24:7:9:19:24 chr22 41833116 . C T 346.64 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0186636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.356;QD=22.3641;RBI=0.026452;REFB=-0.0188637;REVB=0.018745;RO=26;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855592;STB=0.539512;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.016251;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:27:35:35:0.564516:20:15:14:12:20:15:14:13 chr22 41903813 . A C 393.68 PASS AF=0.294444;AO=53;DP=182;FAO=53;FDP=180;FR=.;FRO=127;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=66;FSRR=61;FWDB=-0.0199425;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.224;QD=8.74844;RBI=0.0242536;REFB=-0.010082;REVB=-0.0138034;RO=128;SAF=24;SAR=29;SRF=66;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759007;STB=0.547152;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0243069;OID=.;OPOS=41903813;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:128:127:53:53:0.294444:29:24:66:62:29:24:66:61 chr22 42059768 . G T 1145.23 PASS AF=0.628049;AO=103;DP=164;FAO=103;FDP=164;FR=.;FRO=61;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0145039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.228;QD=27.9324;RBI=0.014898;REFB=-0.0359283;REVB=0.0034038;RO=61;SAF=48;SAR=55;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733455;STB=0.539576;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0201339;OID=.;OPOS=42059768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:61:61:103:103:0.628049:55:48:22:39:55:48:22:39 chr22 42089623 . T C 716.42 PASS AF=0.5;AO=70;DP=141;FAO=71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0080389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.007;QD=20.1809;RBI=0.030423;REFB=-0.0189752;REVB=-0.0293417;RO=70;SAF=32;SAR=38;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390071;STB=0.521239;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0151957;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:70:71:70:71:0.5:38:32:35:35:39:32:35:36 chr22 42159229 . G T 557.11 PASS AF=0.538462;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00133152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6811;QD=21.4272;RBI=0.0143188;REFB=0.0106115;REVB=0.0142567;RO=47;SAF=27;SAR=29;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413522;STB=0.517851;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00840634;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:48:56:56:0.538462:29:27:25:22:29:27:25:23 chr22 42276742 . G C 908.48 PASS AF=0.407115;AO=103;DP=253;FAO=103;FDP=253;FR=.;FRO=150;FSAF=64;FSAR=39;FSRF=71;FSRR=79;FWDB=-0.0701911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9068;QD=14.3633;RBI=0.0720173;REFB=0.0252239;REVB=0.016115;RO=150;SAF=64;SAR=39;SRF=71;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159167;STB=0.5892;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0400375;OID=.;OPOS=42276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:150:150:103:103:0.407115:39:64:71:79:39:64:71:79 chr22 42293140 . G C 140.09 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0083529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.515;QD=12.7353;RBI=0.00939041;REFB=-0.00991492;REVB=-0.00429055;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390437;STB=0.725553;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.010926;OID=.;OPOS=42293140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:21:7:10:6:21:7 chr22 42300948 . C A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.025351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8109;QD=16.0427;RBI=0.0253728;REFB=-0.0293842;REVB=-0.00105163;RO=26;SAF=3;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3878;STB=0.726997;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0332488;OID=.;OPOS=42300948;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:16:3:12:14:16:3:12:14 chr22 42301943 . C T 141.6 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0128316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.39;QD=8.09112;RBI=0.0188891;REFB=-0.00895086;REVB=-0.0138618;RO=48;SAF=4;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448784;STB=0.770801;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0382755;OID=.;OPOS=42301943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:50:20:20:0.285714:16:4:27:21:16:4:28:22 chr22 42341308 . A G 621.28 PASS AF=0.5;AO=62;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0179445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.389;QD=19.7231;RBI=0.0179445;REFB=-0.0100099;REVB=-1.00992e-05;RO=62;SAF=16;SAR=46;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140367;STB=0.58622;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0121028;OID=.;OPOS=42341308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:63:62:63:0.5:46:16:24:38:47:16:25:38 chr22 42341363 . G A 302.79 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0254969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.465;QD=17.0587;RBI=0.0260501;REFB=-0.0140806;REVB=0.00534017;RO=37;SAF=7;SAR=26;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229504;STB=0.640164;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0139601;OID=.;OPOS=42341363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:38:33:33:0.464789:26:7:15:22:26:7:16:22 chr22 42341934 . A G 265.91 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00347014;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.555;QD=13.1313;RBI=0.0152414;REFB=-0.0135109;REVB=0.0148411;RO=50;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738253;STB=0.542237;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0202466;OID=.;OPOS=42341934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:17:14:26:24:17:14:26:24 chr22 42343091 . G A 446.32 PASS AF=0.366197;AO=52;DP=142;FAO=52;FDP=142;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0113498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0586;QD=12.5725;RBI=0.0340389;REFB=-0.00384602;REVB=-0.0320909;RO=90;SAF=30;SAR=22;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134974;STB=0.576894;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00640215;OID=.;OPOS=42343091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:90:90:52:52:0.366197:22:30:41:49:22:30:41:49 chr22 42416056 . A G 545.61 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0158717;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.199;QD=20.0225;RBI=0.0184059;REFB=-0.00868681;REVB=-0.00932013;RO=52;SAF=21;SAR=35;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958248;STB=0.548908;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00771732;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:52:53:56:56:0.513761:35:21:25:27:35:21:25:28 chr22 42423110 . G C 562.97 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00392889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.883;QD=23.9559;RBI=0.0452121;REFB=-0.0122274;REVB=-0.045041;RO=42;SAF=24;SAR=28;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106134;STB=0.558118;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0109285;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:28:24:14:28:28:24:14:28 chr22 42428727 . A T 1077.73 PASS AF=0.561111;AO=101;DP=180;FAO=101;FDP=180;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.0346662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9798;QD=23.9495;RBI=0.0504713;REFB=0.0139217;REVB=0.0366825;RO=79;SAF=46;SAR=55;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207266;STB=0.511286;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.0130169;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:79:79:101:101:0.561111:55:46:38:41:55:46:38:41 chr22 42463814 . C T 907.78 PASS AF=0.64;AO=80;DP=126;FAO=80;FDP=125;FR=.;FRO=45;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00174194;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.635;QD=29.0489;RBI=0.0201568;REFB=0.00546937;REVB=0.0200813;RO=45;SAF=39;SAR=41;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157262;STB=0.5085;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00236559;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:45:45:80:80:0.64:41:39:23:22:41:39:23:22 chr22 42473603 . C T 1486.77 PASS AF=0.668449;AO=125;DP=187;FAO=125;FDP=187;FR=.;FRO=62;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0233048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.216;QD=31.8025;RBI=0.02429;REFB=-0.0287141;REVB=0.00684775;RO=62;SAF=55;SAR=70;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726376;STB=0.503902;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0151437;OID=.;OPOS=42473603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:62:62:125:125:0.668449:70:55:28:34:70:55:28:34 chr22 42473860 . C G 252.24 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.000968607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.233;QD=15.0593;RBI=0.00865665;REFB=-0.0133265;REVB=0.00860228;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00779225;STB=0.515647;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0176753;OID=.;OPOS=42473860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:38:28:29:0.432836:16:12:16:22:16:13:16:22 chr22 42474138 . C G 173.59 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00598869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=355.258;QD=9.64365;RBI=0.00778134;REFB=0.000110216;REVB=0.00496838;RO=49;SAF=9;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138949;STB=0.581835;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.000228255;OID=.;OPOS=42474138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:14:9:25:24:14:9:25:24 chr22 42474676 . A ATTCTGC 255.64 PASS AF=0.301724;AO=34;DP=118;FAO=35;FDP=116;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.00448498;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=6;MLLD=290.448;QD=8.8151;RBI=0.00847107;REFB=-0.00429765;REVB=-0.00718637;RO=82;SAF=26;SAR=8;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403316;STB=0.746016;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0137806;OID=.;OPOS=42474677;OREF=-;OALT=TTCTGC;OMAPALT=ATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301724:34:118:35:116:81:27:8:35:46:99:82:26:8:36:46 chr22 42486723 . G A 441.22 PASS AF=0.300518;AO=57;DP=192;FAO=58;FDP=193;FR=.;FRO=135;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=67;FSRR=68;FWDB=-0.0057233;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.392;QD=9.14445;RBI=0.00745733;REFB=-0.00986837;REVB=0.00478076;RO=135;SAF=32;SAR=25;SRF=67;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786929;STB=0.551069;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0235651;OID=.;OPOS=42486723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:135:135:57:58:0.300518:25:32:67:68:25:33:67:68 chr22 42522613 . G C 871.1 PASS AF=0.728155;AO=74;DP=104;FAO=75;FDP=103;FR=.;FRO=28;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.022325;FXX=0.0190458;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.085;QD=33.8291;RBI=0.0225525;REFB=-0.0111222;REVB=-0.0031951;RO=27;SAF=35;SAR=39;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142695;STB=0.50065;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00289886;OID=.;OPOS=42522613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:27:28:74:75:0.728155:39:35:12:15:40:35:13:15 chr22 42523505 . C T 114.42 PASS AF=0.0983146;AO=35;DP=356;FAO=35;FDP=356;FR=.;FRO=321;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=163;FSRR=158;FWDB=0.00325224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.406;QD=1.28568;RBI=0.0058292;REFB=-0.000891785;REVB=0.00483762;RO=321;SAF=14;SAR=21;SRF=163;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130924;STB=0.597245;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0122568;OID=.;OPOS=42523505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:356:321:321:35:35:0.0983146:21:14:163:158:21:14:163:158 chr22 42523514 . C T 69.2 PASS AF=0.0773639;AO=27;DP=349;FAO=27;FDP=349;FR=.;FRO=322;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=163;FSRR=159;FWDB=0.0159047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.796;QD=0.793108;RBI=0.0222323;REFB=0.00146823;REVB=0.0155344;RO=321;SAF=8;SAR=19;SRF=162;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239272;STB=0.695125;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0105074;OID=.;OPOS=42523514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:349:349:321:322:27:27:0.0773639:19:8:162:159:19:8:163:159 chr22 42523943 . A G 591.67 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0193945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.031;QD=22.9776;RBI=0.0203631;REFB=-0.0105582;REVB=0.00620572;RO=44;SAF=20;SAR=38;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163164;STB=0.505168;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00976925;OID=.;OPOS=42523943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:44:45:58:58:0.563107:38:20:16:28:38:20:16:29 chr22 42524343 . C T 614.82 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.01393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.164;QD=18.7731;RBI=0.0165179;REFB=-0.000884667;REVB=-0.00887676;RO=68;SAF=21;SAR=42;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108868;STB=0.56042;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000792817;OID=.;OPOS=42524343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:68:63:63:0.480916:42:21:30:38:42:21:30:38 chr22 42524795 . A G 316.43 PASS AF=0.323944;AO=36;DP=128;FAO=46;FDP=142;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=-0.0224291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6906;QD=8.91358;RBI=0.0293873;REFB=-0.0495899;REVB=0.0189881;RO=92;SAF=23;SAR=13;SRF=58;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110734;STB=0.570393;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0714611;OID=.;OPOS=42524795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:142:92:96:36:46:0.323944:13:23:58:34:23:23:58:38 chr22 42524924 . A G 37.39 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0262713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.67;QD=2.67066;RBI=0.0303528;REFB=0.00961887;REVB=-0.0152023;RO=49;SAF=2;SAR=5;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373614;STB=0.768522;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0742385;OID=.;OPOS=42524924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:5:2:30:19:5:2:30:19 chr22 42525035 . C T 130.52 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00565141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.737;QD=7.35298;RBI=0.0185606;REFB=-0.00357926;REVB=-0.0176793;RO=51;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274817;STB=0.508919;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00661633;OID=.;OPOS=42525035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:52:19:19:0.267606:9:10:28:23:9:10:28:24 chr22 42525132 . G C 280.71 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00432874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.555;QD=28.071;RBI=0.00710437;REFB=-0.0274265;REVB=0.0056333;RO=15;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1371;STB=0.575696;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0147801;OID=.;OPOS=42525132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:15:10:9:6:15:10:9:6 chr22 42537196 . T C 398.06 PASS AF=0.319018;AO=52;DP=168;FAO=52;FDP=163;FR=.;FRO=111;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=54;FWDB=0.00686597;FXX=0.0297601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.584;QD=9.76831;RBI=0.0205844;REFB=0.000145561;REVB=0.0194056;RO=108;SAF=30;SAR=22;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797538;STB=0.543617;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.000488239;OID=.;OPOS=42537196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:163:108:111:52:52:0.319018:22:30:55:53:22:30:57:54 chr22 42537271 . T C 1305.5 PASS AF=0.52521;AO=125;DP=240;FAO=125;FDP=238;FR=.;FRO=113;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=-0.0231207;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.073;QD=21.9412;RBI=0.023495;REFB=-0.018772;REVB=0.00417704;RO=113;SAF=69;SAR=56;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569399;STB=0.531123;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0178731;OID=.;OPOS=42537271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:238:113:113:125:125:0.52521:56:69:55:58:56:69:55:58 chr22 42537404 . G C 615.56 PASS AF=0.591398;AO=55;DP=93;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0109792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2189;QD=26.4759;RBI=0.0362983;REFB=0.0150397;REVB=-0.034598;RO=38;SAF=24;SAR=31;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00836371;STB=0.504564;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.0173945;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:38:55:55:0.591398:31:24:17:21:31:24:17:21 chr22 42537597 . A G 895.06 PASS AF=0.618321;AO=80;DP=130;FAO=81;FDP=131;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0135636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.921;QD=27.3299;RBI=0.0412871;REFB=0.0117639;REVB=-0.0389955;RO=49;SAF=32;SAR=48;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851819;STB=0.543119;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0051937;OID=.;OPOS=42537597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:49:50:80:81:0.618321:48:32:14:35:48:33:15:35 chr22 42538029 . A G 844.81 PASS AF=0.518293;AO=81;DP=160;FAO=85;FDP=164;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.014029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.647;QD=20.6052;RBI=0.0169358;REFB=-0.0200295;REVB=-0.00948725;RO=79;SAF=32;SAR=49;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211696;STB=0.502867;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0133944;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:164:79:79:81:85:0.518293:49:32:33:46:49:36:33:46 chr22 42538669 . C T 368.37 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0166158;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6415;QD=21.6687;RBI=0.0342462;REFB=-0.0241387;REVB=0.0299452;RO=30;SAF=22;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233697;STB=0.506575;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00564814;OID=.;OPOS=42538669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:30:31:37:37:0.544118:15:22:17:13:15:22:18:13 chr22 42538876 . A T 803.42 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.674;QD=55.4083;RBI=0.0305039;REFB=-0.0729691;REVB=0.0205457;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.507934;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000531627;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:0:1:56:57:0.982759:30:26:0:0:31:26:0:1 chr22 42606257 . C T 1193.67 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135765;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.213;QD=61.2136;RBI=0.0140269;REFB=0;REVB=-0.00352581;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59787e-05;OID=.;OPOS=42606257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr22 42912106 . C G,T 791.5 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,54;DP=57;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00662348,0.0101818;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.572,206.29;QD=56.5354;RBI=0.00889645,0.0179877;REFB=0,0;REVB=-0.00593939,-0.0148286;RO=0;SAF=1,27;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0169157,0.00118125;OID=.,.;OPOS=42912106,42912106;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:56:0:0:2,54:2,54:0.0357143,0.964286:1,27:1,27:0:0:1,27:1,27:0:0 chr22 42961277 . T C 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000520271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.498;QD=54.6514;RBI=0.0400383;REFB=-0.00110166;REVB=-0.0400349;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.000130065;OID=.;OPOS=42961277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:24:28:0:1:24:28:0:1 chr22 42965167 . C A,CA 607.06 PASS AF=0,0.980769;AO=3,37;DP=57;FAO=0,51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=0,27;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0114387,-0.018421;FXX=0.0188644;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=163.307,20.7255;QD=46.6973;RBI=0.0199648,0.121529;REFB=-0.0742771,-0.0404343;REVB=-0.0163631,-0.120125;RO=16;SAF=0,20;SAR=3,17;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.715613,-0.11862;STB=0.5,0.5102;STBP=1,0.311;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00413006;OID=.,.;OPOS=42965167,42965168;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:57:52:16:1:3,37:0,51:0,0.980769:3,17:0,20:12:4:0,24:0,27:0:1 chr22 42970032 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.304;QD=57.0008;RBI=0.0545579;REFB=0;REVB=0.0375825;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06838e-06;OID=.;OPOS=42970032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chr22 43036245 . G A 1142.15 PASS AF=0.601156;AO=104;DP=173;FAO=104;FDP=173;FR=.;FRO=69;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.00110351;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.456;QD=26.4082;RBI=0.00154625;REFB=-0.00762234;REVB=-0.00108311;RO=69;SAF=49;SAR=55;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917321;STB=0.549626;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00521184;OID=.;OPOS=43036245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:69:69:104:104:0.601156:55:49:24:45:55:49:24:45 chr22 43088971 . C T 373.78 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0518932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.638;QD=13.592;RBI=0.0521843;REFB=8.1156e-05;REVB=0.00550413;RO=66;SAF=15;SAR=29;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265203;STB=0.51502;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=9.839e-05;OID=.;OPOS=43088971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:44:44:0.4:29:15:24:42:29:15:24:42 chr22 43089055 . G C 563.3 PASS AF=0.975;AO=36;DP=37;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0984155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.3745;QD=56.3296;RBI=0.111821;REFB=-0.0997546;REVB=0.0530884;RO=1;SAF=12;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374036;STB=0.51999;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00672995;OID=.;OPOS=43089055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:40:1:1:36:39:0.975:24:12:1:0:27:12:1:0 chr22 43089849 . T C 157.88 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.00288786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1085;QD=8.09617;RBI=0.0217711;REFB=0.00193485;REVB=0.0215787;RO=56;SAF=12;SAR=10;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975486;STB=0.558143;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00434966;OID=.;OPOS=43089849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:10:12:35:21:10:12:35:21 chr22 43195147 . A G 283.99 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0173515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.045;QD=12.7635;RBI=0.0174657;REFB=-0.0068903;REVB=-0.00199421;RO=56;SAF=22;SAR=11;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281709;STB=0.661556;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0118533;OID=.;OPOS=43195147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:56:33:33:0.370787:11:22:23:33:11:22:23:33 chr22 43203137 . C T 167.09 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0225252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.561;QD=8.25139;RBI=0.0419416;REFB=-0.0157791;REVB=-0.0353795;RO=58;SAF=12;SAR=11;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672887;STB=0.540158;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0514036;OID=.;OPOS=43203137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:58:23:23:0.283951:11:12:27:31:11:12:27:31 chr22 43206950 . A C 386.73 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0133169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5882;QD=15.785;RBI=0.0560542;REFB=-0.00763582;REVB=0.0544494;RO=56;SAF=21;SAR=20;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124935;STB=0.501991;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0142574;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:57:41:41:0.418367:20:21:28:28:20:21:29:28 chr22 43278220 . C T 228.01 PASS AF=0.302083;AO=29;DP=96;FAO=29;FDP=96;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.000980588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.673;QD=9.50057;RBI=0.00227542;REFB=0.00245116;REVB=-0.00205329;RO=66;SAF=15;SAR=14;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124001;STB=0.576955;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00588942;OID=.;OPOS=43278220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:67:29:29:0.302083:14:15:41:25:14:15:42:25 chr22 43289473 . G A 329.84 PASS AF=0.294521;AO=43;DP=146;FAO=43;FDP=146;FR=.;FRO=103;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=71;FWDB=-0.0137288;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.731;QD=9.03668;RBI=0.0438379;REFB=-0.0133188;REVB=0.0416327;RO=103;SAF=21;SAR=22;SRF=31;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229471;STB=0.626108;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.030125;OID=.;OPOS=43289473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:103:103:43:43:0.294521:22:21:31:72:22:21:32:71 chr22 43305552 . C A 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00388888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.401;QD=9.19049;RBI=0.00402086;REFB=0.0069146;REVB=0.00102173;RO=43;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949692;STB=0.503151;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0101039;OID=.;OPOS=43305552;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:44:20:20:0.3125:9:11:24:19:9:11:24:20 chr22 43435812 . C T 669.91 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0370108;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.998;QD=54.6865;RBI=0.0501145;REFB=0.0195796;REVB=0.0337886;RO=3;SAF=23;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182553;STB=0.519519;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.000424873;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:3:4:45:45:0.918367:22:23:2:1:22:23:3:1 chr22 43455432 . G A 3241.72 PASS AF=1;AO=210;DP=212;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157776;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.812;QD=61.747;RBI=0.0255804;REFB=-0.0195262;REVB=-0.0201351;RO=0;SAF=85;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56892e-05;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:210:0:0:210:210:1:125:85:0:0:125:85:0:0 chr22 43459855 . G A 1248.25 PASS AF=0.635838;AO=110;DP=174;FAO=110;FDP=173;FR=.;FRO=63;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0035862;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.04;QD=28.8613;RBI=0.0292591;REFB=0.0133474;REVB=-0.0290385;RO=63;SAF=48;SAR=62;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00554029;STB=0.508845;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00403475;OID=.;OPOS=43459855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:63:63:110:110:0.635838:62:48:28:35:62:48:29:34 chr22 43466217 . A G 173.75 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0244879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.703;QD=12.8704;RBI=0.0274222;REFB=-0.00823125;REVB=-0.0123418;RO=33;SAF=5;SAR=16;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230708;STB=0.634517;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00952564;OID=.;OPOS=43466217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:16:5:14:19:16:5:14:19 chr22 43466247 . G C 481.05 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.206;QD=58.3085;RBI=0.0466389;REFB=0;REVB=0.0237971;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137623;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:22:9:0:0:24:9:0:0 chr22 43525285 . G A 1739.38 PASS AF=0.6125;AO=113;DP=238;FAO=147;FDP=240;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=64;FSAR=83;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0955737;FXX=0.00826412;HRUN=5;LEN=1;MLLD=80.9554;QD=28.9897;RBI=0.11016;REFB=-0.0553897;REVB=0.0547813;RO=62;SAF=38;SAR=75;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137063;STB=0.532426;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0172068;OID=.;OPOS=43525285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:240:62:84:113:147:0.6125:75:38:33:29:83:64:44:40 chr22 43529314 . G C 1511.6 PASS AF=0.569721;AO=138;DP=249;FAO=143;FDP=251;FR=.;FRO=108;FSAF=62;FSAR=81;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=0.019375;FXX=0.0118106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.38;QD=24.0892;RBI=0.019854;REFB=-0.0296283;REVB=-0.00433483;RO=111;SAF=57;SAR=81;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389169;STB=0.516853;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0228362;OID=.;OPOS=43529314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:251:111:108:138:143:0.569721:81:57:51:60:81:62:51:57 chr22 43558926 . A G 3316.42 PASS AF=1;AO=213;DP=214;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337974;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5067;QD=62.2802;RBI=0.0581013;REFB=0;REVB=-0.0472599;RO=0;SAF=96;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.03351e-05;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:213:0:0:213:213:1:117:96:0:0:117:96:0:0 chr22 43563502 . TGGGGC TGGC,TGGGC,TGGGG,TGTGGC 1065.75 PASS AF=0,0.928,0,0.072;AO=35,14,21,13;DP=128;FAO=0,116,0,9;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=0,51,0,0;FSAR=0,65,0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.280083,0.56866,-1.20533,-0.104893;FXX=0.0234357;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,1,1,1;MLLD=9.91846,10.9496,11.4097,165.179;QD=34.104;RBI=0.489998,1.05721,1.2056,0.251246;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.402059,-0.891244,0.0259122,-0.228303;RO=1;SAF=0,0,21,0;SAR=35,14,0,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.509542,0.509542,0,0;SSEP=0,0,0.509542,0;SSSB=0,0,0.861812,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0402944,-0.0536161,0,0.244317;OID=.,.,.,.;OPOS=43563503,43563503,43563507,43563504;OREF=GG,G,C,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TGGC,TGGGC,TGGGG,TGTGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.928,0,0.072:35,14,21,13:128:0,116,0,9:125:0:0,51,0,0:0,65,0,9:0:0:26:1:0,0,21,0:35,14,0,13:0:1 chr22 43563672 . A G 546.22 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0585818;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4767;QD=54.6224;RBI=0.0795045;REFB=-0.00837883;REVB=0.0537507;RO=2;SAF=17;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519525;STB=0.526302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00265011;OID=.;OPOS=43563672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:37:38:0.95:20:17:2:0:20:18:2:0 chr22 43576904 . G A 237.42 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0268391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.599;QD=20.2056;RBI=0.0386708;REFB=-0.0312953;REVB=0.0278405;RO=23;SAF=4;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265693;STB=0.644766;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0293033;OID=.;OPOS=43576904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:24:23:23:0.489362:19:4:9:14:19:4:9:15 chr22 43606143 . C G,T 2466.47 PASS AF=0.0424242,0.957576;AO=7,157;DP=164;FAO=7,158;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=7,61;FSAR=0,97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182092,0.0534179;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.391,55.9669;QD=59.7931;RBI=0.0187339,0.0661317;REFB=0,0;REVB=-0.00440302,0.0389863;RO=0;SAF=6,61;SAR=1,96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.60301e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.155795,-0.00163325;OID=.,.;OPOS=43606143,43606143;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:164:165:0:0:7,157:7,158:0.0424242,0.957576:1,96:6,61:0:0:0,97:7,61:0:0 chr22 43608529 . T G,TG 32.5 PASS AF=0,0.0984848;AO=10,16;DP=132;FAO=0,13;FDP=132;FR=.;FRO=119;FSAF=0,10;FSAR=0,3;FSRF=51;FSRR=68;FWDB=-0.0682297,-0.0201644;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=103.347,96.4034;QD=0.984904;RBI=0.0850071,0.0407271;REFB=-0.00937351,-0.0066445;REVB=-0.0507042,-0.035385;RO=106;SAF=9,12;SAR=1,4;SRF=40;SRR=66;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.555938,0.442732;STB=0.5,0.79464;STBP=1,0.037;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.134087;OID=.,.;OPOS=43608529,43608530;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:132:132:106:119:10,16:0,13:0,0.0984848:1,4:9,12:40:66:0,3:0,10:51:68 chr22 43614316 . C G 909.08 PASS AF=0.556962;AO=84;DP=153;FAO=88;FDP=158;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0164696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.895;QD=23.0146;RBI=0.0171326;REFB=-0.0317923;REVB=-0.00472014;RO=69;SAF=32;SAR=52;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832218;STB=0.534657;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0228915;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:158:69:70:84:88:0.556962:52:32:33:36:52:36:34:36 chr22 43623395 . C G 170.31 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0361398;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.278;QD=16.22;RBI=0.0667554;REFB=0.00429839;REVB=0.0561266;RO=23;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333222;STB=0.702473;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00412452;OID=.;OPOS=43623395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:24:18:18:0.428571:5:13:9:14:5:13:9:15 chr22 43831023 . C T 792.51 PASS AF=0.43299;AO=84;DP=194;FAO=84;FDP=194;FR=.;FRO=110;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=67;FSRR=43;FWDB=0.00794332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.437;QD=16.3404;RBI=0.01049;REFB=-0.0258594;REVB=0.00685151;RO=109;SAF=52;SAR=32;SRF=66;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144934;STB=0.505966;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0341567;OID=.;OPOS=43831023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:109:110:84:84:0.43299:32:52:66:43:32:52:67:43 chr22 43926729 . C A 285.09 PASS AF=0.308943;AO=38;DP=123;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.031111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.146;QD=9.27116;RBI=0.0314911;REFB=0.00817652;REVB=-0.0048782;RO=85;SAF=19;SAR=19;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208738;STB=0.512189;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0203968;OID=.;OPOS=43926729;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:85:85:38:38:0.308943:19:19:41:44:19:19:41:44 chr22 43976396 . G A 1732.0 PASS AF=1;AO=107;DP=111;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645703;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.716;QD=60.2436;RBI=0.0343096;REFB=0;REVB=0.0336966;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109303;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:115:0:0:107:115:1:51:56:0:0:54:61:0:0 chr22 44112845 . C T 2494.17 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0313404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.133;QD=60.8335;RBI=0.0421361;REFB=-0.0846794;REVB=0.0281643;RO=1;SAF=73;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647397;STB=0.503401;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000305183;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:164:1:1:163:163:0.993902:90:73:1:0:90:73:1:0 chr22 44221565 . C CAATA 1479.41 PASS AF=0.915966;AO=99;DP=120;FAO=109;FDP=119;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=76;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0182922;FXX=0.0479962;HRUN=2;LEN=4;MLLD=258.524;QD=49.728;RBI=0.0218268;REFB=0.0069509;REVB=-0.0119081;RO=12;SAF=30;SAR=69;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103159;STB=0.538332;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=-0.00134123;OID=.;OPOS=44221566;OREF=-;OALT=AATA;OMAPALT=CAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.915966:99:120:109:119:10:33:76:7:3:36:12:30:69:9:3 chr22 44282276 . A G 1677.12 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.941;QD=60.4367;RBI=0.0431973;REFB=0;REVB=-0.0431118;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64319e-05;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:58:53:0:0:58:53:0:0 chr22 44282307 . G A 1727.36 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.501;QD=60.6092;RBI=0.0116362;REFB=0;REVB=0.00633501;RO=0;SAF=53;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82876e-05;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:61:53:0:0:61:53:0:0 chr22 44285765 . A G 1531.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.557;QD=59.4879;RBI=0.048851;REFB=0;REVB=-0.00850846;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.922e-05;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:103:0:0:99:103:1:53:46:0:0:56:47:0:0 chr22 44286950 . G A 617.56 PASS AF=0.597826;AO=55;DP=92;FAO=55;FDP=92;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0229984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.836;QD=26.8506;RBI=0.0272862;REFB=-0.00704732;REVB=-0.0146837;RO=36;SAF=30;SAR=25;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133241;STB=0.577575;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00440411;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:36:37:55:55:0.597826:25:30:13:23:25:30:13:24 chr22 44287062 . A G 1360.28 PASS AF=0.517241;AO=135;DP=257;FAO=135;FDP=261;FR=.;FRO=126;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=-0.0348101;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7989;QD=20.8472;RBI=0.0720043;REFB=-0.0703956;REVB=-0.0630308;RO=122;SAF=62;SAR=73;SRF=59;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021255;STB=0.504368;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0468369;OID=.;OPOS=44287062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:261:122:126:135:135:0.517241:73:62:59:63:73:62:59:67 chr22 44287629 . G A 820.27 PASS AF=0.322086;AO=105;DP=326;FAO=105;FDP=326;FR=.;FRO=221;FSAF=72;FSAR=33;FSRF=122;FSRR=99;FWDB=0.00357263;FXX=0.00609737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.442;QD=10.0646;RBI=0.0293072;REFB=-0.0170782;REVB=0.0290887;RO=220;SAF=72;SAR=33;SRF=122;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165819;STB=0.597491;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0298406;OID=.;OPOS=44287629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:220:221:105:105:0.322086:33:72:122:98:33:72:122:99 chr22 44342116 . A G 826.55 PASS AF=0.557971;AO=77;DP=138;FAO=77;FDP=138;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00425255;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.224;QD=23.958;RBI=0.00443391;REFB=-0.0127557;REVB=-0.00125516;RO=60;SAF=39;SAR=38;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319544;STB=0.513734;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0119068;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:60:61:77:77:0.557971:38:39:28:32:38:39:29:32 chr22 44368204 . A G 610.17 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.10841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6482;QD=18.3509;RBI=0.108675;REFB=0.00103295;REVB=0.00758801;RO=69;SAF=27;SAR=36;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884303;STB=0.552899;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00207434;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:69:70:63:63:0.473684:36:27:36:33:36:27:37:33 chr22 44372632 . C T 439.46 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0241087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.531;QD=21.9729;RBI=0.0286675;REFB=-0.0217196;REVB=0.0155112;RO=36;SAF=21;SAR=21;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697378;STB=0.54902;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0138321;OID=.;OPOS=44372632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:36:37:42:43:0.5375:21:21:21:15:22:21:22:15 chr22 44379822 . T C 649.79 PASS AF=0.468085;AO=65;DP=148;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00457483;FXX=0.0472941;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.738;QD=18.4337;RBI=0.00538241;REFB=0.00025943;REVB=0.0028357;RO=63;SAF=42;SAR=23;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563585;STB=0.566411;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-5.69904e-05;OID=.;OPOS=44379822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:141:63:75:65:66:0.468085:23:42:37:26:23:43:40:35 chr22 44379838 . A G 773.4 PASS AF=0.52349;AO=77;DP=147;FAO=78;FDP=149;FR=.;FRO=71;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00977725;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.602;QD=20.7625;RBI=0.0398242;REFB=-0.00947102;REVB=-0.0386054;RO=69;SAF=45;SAR=32;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550003;STB=0.526587;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00717113;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:69:71:77:78:0.52349:32:45:36:33:32:46:38:33 chr22 44395451 . T C 569.28 PASS AF=0.580645;AO=48;DP=88;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0260666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.63;QD=24.485;RBI=0.0438706;REFB=-0.0354318;REVB=0.0352869;RO=35;SAF=21;SAR=27;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124937;STB=0.587358;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0312693;OID=.;OPOS=44395451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:35:39:48:54:0.580645:27:21:21:14:32:22:24:15 chr22 44489868 . T C 1701.19 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1516;QD=60.219;RBI=0.0318951;REFB=0;REVB=-0.0311321;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104664;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:111:113:1:51:60:0:0:51:62:0:0 chr22 44489896 . T C 1126.44 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0467311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.966;QD=57.7663;RBI=0.0476474;REFB=0.0476292;REVB=0.00929933;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119796;STB=0.512497;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00266396;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:1:2:76:76:0.974359:37:39:1:0:37:39:2:0 chr22 44546582 . A G 2297.85 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660639;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.986;QD=63.8293;RBI=0.015733;REFB=0;REVB=-0.0142788;RO=0;SAF=56;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108381;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:144:144:1:88:56:0:0:88:56:0:0 chr22 44559755 . C T 559.06 PASS AF=0.495726;AO=57;DP=116;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0224407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8541;QD=19.1131;RBI=0.0329816;REFB=0.00332717;REVB=0.0241703;RO=59;SAF=28;SAR=29;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030916;STB=0.512695;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00195831;OID=.;OPOS=44559755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:59:59:57:58:0.495726:29:28:27:32:30:28:27:32 chr22 44582499 . T C 641.32 PASS AF=0.574074;AO=60;DP=112;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00948464;FXX=0.0442439;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.801;QD=23.7526;RBI=0.0272775;REFB=-0.000387378;REVB=0.0255755;RO=46;SAF=30;SAR=30;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172497;STB=0.509256;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.000210651;OID=.;OPOS=44582499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:108:46:46:60:62:0.574074:30:30:24:22:31:31:24:22 chr22 44681612 . A G 905.84 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0012219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1761;QD=56.6147;RBI=0.0249916;REFB=-0.0375409;REVB=-0.0249617;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012593;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00303477;OID=.;OPOS=44681612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:37:26:0:1:37:26:0:1 chr22 44891370 . T C 901.25 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000263126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.356;QD=58.1448;RBI=0.000767689;REFB=0;REVB=-0.000721187;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72566e-07;OID=.;OPOS=44891370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:41:20:0:0:41:21:0:0 chr22 44893563 . A G 2498.48 PASS AF=0.994012;AO=164;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0820196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9399;QD=59.8439;RBI=0.0985826;REFB=-0.0169459;REVB=-0.0546928;RO=3;SAF=86;SAR=78;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163077;STB=0.502825;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00147469;OID=.;OPOS=44893563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:167:167:3:1:164:166:0.994012:78:86:3:0:78:88:1:0 chr22 45075738 . T C 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.599;QD=60.3758;RBI=0.0217735;REFB=0;REVB=-0.0161148;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8113e-05;OID=.;OPOS=45075738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr22 45126775 . TA AC,CA 3091.19 PASS AF=0.0631068,0.936893;AO=13,166;DP=205;FAO=13,193;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=13,92;FSAR=0,101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194742,-0.0283801;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=69.2559,110.505;QD=60.0231;RBI=0.0222773,0.037231;REFB=0,0;REVB=-0.0108183,0.0240981;RO=0;SAF=13,66;SAR=0,100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00259483,0.000113956;OID=.,.;OPOS=45126775,45126775;OREF=TA,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:205:206:0:0:13,166:13,193:0.0631068,0.936893:0,100:13,66:0:0:0,101:13,92:0:0 chr22 45128232 . T C 1364.12 PASS AF=0.345756;AO=166;DP=482;FAO=167;FDP=483;FR=.;FRO=316;FSAF=69;FSAR=98;FSRF=145;FSRR=171;FWDB=-0.00868163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4744;QD=11.2971;RBI=0.0105834;REFB=-0.0132773;REVB=-0.00605285;RO=316;SAF=68;SAR=98;SRF=145;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579306;STB=0.53049;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0242122;OID=.;OPOS=45128232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:482:483:316:316:166:167:0.345756:98:68:145:171:98:69:145:171 chr22 45132704 . T C 1839.21 PASS AF=0.380282;AO=209;DP=562;FAO=216;FDP=568;FR=.;FRO=352;FSAF=113;FSAR=103;FSRF=147;FSRR=205;FWDB=0.0318124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.727;QD=12.9522;RBI=0.0351398;REFB=-0.0229752;REVB=0.0149256;RO=350;SAF=110;SAR=99;SRF=147;SRR=203;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117927;STB=0.565141;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0334385;OID=.;OPOS=45132704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:562:568:350:352:209:216:0.380282:99:110:147:203:103:113:147:205 chr22 45132785 . T C 1433.13 PASS AF=0.349206;AO=177;DP=494;FAO=176;FDP=504;FR=.;FRO=328;FSAF=95;FSAR=81;FSRF=139;FSRR=189;FWDB=-0.161955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.017;QD=11.3741;RBI=0.162109;REFB=-0.0140115;REVB=-0.00707112;RO=316;SAF=96;SAR=81;SRF=127;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158223;STB=0.575052;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0316909;OID=.;OPOS=45132785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:494:504:316:328:177:176:0.349206:81:96:127:189:81:95:139:189 chr22 45198009 . A G 507.91 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0512248;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9787;QD=22.5737;RBI=0.0568453;REFB=0.0153038;REVB=0.0246458;RO=40;SAF=36;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258014;STB=0.645505;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0117272;OID=.;OPOS=45198009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:40:42:48:48:0.533333:12:36:19:21:12:36:20:22 chr22 45244930 . C T 2028.41 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887795;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.753;QD=62.4125;RBI=0.0224036;REFB=0;REVB=0.0205695;RO=0;SAF=58;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1079e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23149e-05;OID=.;OPOS=45244930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:129:130:1:71:58:0:0:71:59:0:0 chr22 45255580 . G C 1394.76 PASS AF=0.942857;AO=99;DP=105;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00335783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.278;QD=53.1337;RBI=0.0263945;REFB=-0.0122423;REVB=0.0261801;RO=1;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977988;STB=0.500866;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00110178;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:105:105:1:6:99:99:0.942857:48:51:0:1:48:51:3:3 chr22 45255637 . G C 3129.61 PASS AF=1;AO=196;DP=198;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814807;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3764;QD=63.5454;RBI=0.0700288;REFB=-0.110928;REVB=-0.0695532;RO=1;SAF=88;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538123;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186529;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:198:197:1:0:196:197:1:108:88:1:0:109:88:0:0 chr22 45277909 . A G 227.08 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.000649787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.461;QD=11.3537;RBI=0.00821257;REFB=-0.0181082;REVB=0.00818683;RO=52;SAF=15;SAR=13;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185567;STB=0.510745;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0286701;OID=.;OPOS=45277909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:13:15:27:25:13:15:27:25 chr22 45278187 . A T 1265.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.026;QD=61.7115;RBI=0.00299414;REFB=0;REVB=-0.00263777;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.05628e-07;OID=.;OPOS=45278187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:47:34:0:0:48:34:0:0 chr22 45283897 . C T 1207.16 PASS AF=0.544601;AO=116;DP=217;FAO=116;FDP=213;FR=.;FRO=97;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=57;FWDB=0.0319362;FXX=0.0184323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.818;QD=22.6697;RBI=0.0337054;REFB=-0.00756613;REVB=0.0107766;RO=95;SAF=68;SAR=48;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13699;STB=0.579344;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00878084;OID=.;OPOS=45283897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:213:95:97:116:116:0.544601:48:68:40:55:48:68:40:57 chr22 45404497 . G A 929.09 PASS AF=0.27907;AO=131;DP=472;FAO=132;FDP=473;FR=.;FRO=341;FSAF=34;FSAR=98;FSRF=112;FSRR=229;FWDB=0.0808326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8181;QD=7.85698;RBI=0.0808452;REFB=0.0110068;REVB=-0.00142596;RO=326;SAF=34;SAR=97;SRF=103;SRR=223;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850865;STB=0.562721;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0338156;OID=.;OPOS=45404497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:473:326:341:131:132:0.27907:97:34:103:223:98:34:112:229 chr22 45405433 . C T 182.73 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=-0.0101341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.522;QD=9.74565;RBI=0.0105412;REFB=-0.00291923;REVB=0.00290102;RO=51;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024348;STB=0.514274;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00419478;OID=.;OPOS=45405433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:17:7:14:37:17:7:14:37 chr22 45566843 . A G 1867.48 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.013;QD=61.2287;RBI=0.0153985;REFB=0;REVB=0.0142094;RO=0;SAF=53;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71408e-06;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:68:53:0:0:68:54:0:0 chr22 45566912 . C A,T 1529.36 PASS AF=0.959596,0.040404;AO=93,4;DP=97;FAO=95,4;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=42,1;FSAR=53,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010836,0.0528419;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=234.189,34.0126;QD=61.7924;RBI=0.0199773,0.0539118;REFB=0,0;REVB=-0.0167832,0.0106873;RO=0;SAF=40,1;SAR=53,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.92821e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-4.53141e-05,0.0916184;OID=.,.;OPOS=45566912,45566912;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:97:99:0:0:93,4:95,4:0.959596,0.040404:53,3:40,1:0:0:53,3:42,1:0:0 chr22 45571843 . T C 2074.07 PASS AF=0.613115;AO=185;DP=306;FAO=187;FDP=305;FR=.;FRO=118;FSAF=74;FSAR=113;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=-0.00266801;FXX=0.00651445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.062;QD=27.2009;RBI=0.00833502;REFB=-0.0023095;REVB=0.00789648;RO=116;SAF=74;SAR=111;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670035;STB=0.534806;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00176351;OID=.;OPOS=45571843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:305:116:118:185:187:0.613115:111:74:57:59:113:74:57:61 chr22 45577231 . T C 629.22 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00510885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.311;QD=57.2021;RBI=0.0119406;REFB=-0.126738;REVB=0.0107925;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529398;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00225489;OID=.;OPOS=45577231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:0:2:42:42:0.954545:16:26:0:0:16:26:0:2 chr22 45580591 . CTTAAAG C 222.6 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00837187;FXX=0;HRUN=2;LEN=6;MLLD=309.83;QD=49.467;RBI=0.013736;REFB=0;REVB=0.0108899;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.1088e-06;OID=.;OPOS=45580592;OREF=TTAAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:18:18:18:0:8:10:0:0:4:0:7:9:0:0 chr22 45583299 . CAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAA,CAAAAAAAAGAAAA 250.86 PASS AF=0.103448,0.482759,0.206897,0.206897;AO=2,8,6,2;DP=32;FAO=3,14,6,6;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,6;FSAR=3,14,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353643,0.000934437,0.000998354,0.00885059;FXX=0.121175;HRUN=14,14,14,14;LEN=1,3,4,1;MLLD=160.86,11.2679,12.1327,150.204;QD=34.6007;RBI=0.0384908,0.00662624,0.0120331,0.02331;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0151958,-0.00656002,-0.0119916,-0.0215644;RO=0;SAF=0,0,0,2;SAR=2,8,6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.0443664,0.0189072,0.0726058,0.00344657;OID=.,.,.,.;OPOS=45583312,45583300,45583300,45583308;OREF=A,AAA,AAAA,A;OALT=G,-,-,G;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAA,CAAAAAAAAGAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.103448,0.482759,0.206897,0.206897:2,8,6,2:32:3,14,6,6:29:0:0,0,0,6:3,14,6,0:0:0:47:0:0,0,0,2:2,8,6,0:0:0 chr22 45583898 . A G 766.21 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.416;QD=61.2964;RBI=0.0215946;REFB=-0.137882;REVB=0.00718652;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000479353;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:28:21:1:0:28:21:1:0 chr22 45608192 . G A 272.03 PASS AF=0.339806;AO=33;DP=101;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=0.0012525;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.44;QD=10.5642;RBI=0.00180629;REFB=0.00261734;REVB=-0.00130151;RO=66;SAF=3;SAR=30;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434917;STB=0.723363;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00299924;OID=.;OPOS=45608192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:66:68:33:35:0.339806:30:3:21:45:31:4:22:46 chr22 45683246 . C T 406.32 PASS AF=0.447917;AO=39;DP=92;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0448163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.747;QD=16.9302;RBI=0.0454692;REFB=-0.00476843;REVB=0.007678;RO=53;SAF=16;SAR=23;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350012;STB=0.548997;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00587553;OID=.;OPOS=45683246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:53:53:39:43:0.447917:23:16:20:33:23:20:20:33 chr22 45683304 . G C 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0145703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.827;QD=16.504;RBI=0.0155896;REFB=-0.00862203;REVB=-0.00554435;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213322;STB=0.512039;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00832636;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:17:9:11:19:17:9:11:19 chr22 45685002 . A G 284.93 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.00838942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.664;QD=12.9513;RBI=0.00852415;REFB=0.00161128;REVB=0.0015096;RO=55;SAF=21;SAR=12;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310976;STB=0.677315;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00284669;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:12:21:19:36:12:21:19:36 chr22 45691594 . A G 395.31 PASS AF=0.342857;AO=48;DP=140;FAO=48;FDP=140;FR=.;FRO=92;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.0217624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9831;QD=11.2945;RBI=0.024745;REFB=-0.0109158;REVB=-0.0117777;RO=91;SAF=19;SAR=29;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151071;STB=0.583448;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0294285;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:91:92:48:48:0.342857:29:19:48:43:29:19:48:44 chr22 45718041 . A G 481.41 PASS AF=0.302326;AO=65;DP=215;FAO=65;FDP=215;FR=.;FRO=150;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=91;FWDB=-0.00185022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.254;QD=8.95639;RBI=0.0109517;REFB=0.00910654;REVB=0.0107943;RO=148;SAF=38;SAR=27;SRF=58;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22761;STB=0.631243;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0240229;OID=.;OPOS=45718041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:148:150:65:65:0.302326:27:38:58:90:27:38:59:91 chr22 45723807 . G C 522.47 PASS AF=0.389262;AO=58;DP=149;FAO=58;FDP=149;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.0564319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.704;QD=14.0261;RBI=0.0851365;REFB=0.0168821;REVB=-0.0637468;RO=91;SAF=29;SAR=29;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593486;STB=0.503355;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.0264794;OID=.;OPOS=45723807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:91:91:58:58:0.389262:29:29:46:45:29:29:46:45 chr22 45723842 . G A 560.33 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0102321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.505;QD=17.6481;RBI=0.0136691;REFB=0.00332395;REVB=-0.00906352;RO=68;SAF=31;SAR=28;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386715;STB=0.521488;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00359249;OID=.;OPOS=45723842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:68:59:59:0.464567:28:31:33:35:28:31:33:35 chr22 45723854 . C G 566.46 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0204641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.374;QD=20.0516;RBI=0.0287371;REFB=0.000443405;REVB=-0.0201752;RO=55;SAF=28;SAR=30;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392902;STB=0.521652;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.000650897;OID=.;OPOS=45723854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:55:58:58:0.513274:30:28:29:26:30:28:29:26 chr22 45723920 . C T 78.49 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00378058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.536;QD=3.97403;RBI=0.00379127;REFB=-0.0163254;REVB=0.000284542;RO=65;SAF=6;SAR=8;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992112;STB=0.565124;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0667645;OID=.;OPOS=45723920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:79:79:65:65:14:14:0.177215:8:6:33:32:8:6:33:32 chr22 45723947 . A G 374.36 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0282755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3812;QD=20.5131;RBI=0.033656;REFB=-0.0235701;REVB=0.0182544;RO=32;SAF=22;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125922;STB=0.524577;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0241471;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:35:38:38:0.520548:16:22:19:13:16:22:22:13 chr22 45724286 . C G 61.87 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.00144749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.453;QD=4.2671;RBI=0.0132348;REFB=-0.015173;REVB=0.0131555;RO=34;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411935;STB=0.833282;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0275721;OID=.;OPOS=45724286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:58:58:34:47:9:9:0.155172:2:7:15:19:2:7:16:31 chr22 45728370 . G A 344.12 PASS AF=0.309859;AO=44;DP=143;FAO=44;FDP=142;FR=.;FRO=98;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.00345527;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.137;QD=9.69349;RBI=0.00790313;REFB=-0.000895052;REVB=0.00710778;RO=96;SAF=17;SAR=27;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123903;STB=0.579664;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00214565;OID=.;OPOS=45728370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:96:98:44:44:0.309859:27:17:47:49:27:17:49:49 chr22 45736485 . C T 1229.34 PASS AF=0.607735;AO=110;DP=181;FAO=110;FDP=181;FR=.;FRO=71;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0186158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.238;QD=27.1678;RBI=0.0521286;REFB=-0.00866553;REVB=-0.0486913;RO=71;SAF=45;SAR=65;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100578;STB=0.505442;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00550677;OID=.;OPOS=45736485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:71:71:110:110:0.607735:65:45:30:41:65:45:30:41 chr22 45748339 . A G 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0203693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.108;QD=21.2637;RBI=0.0205421;REFB=-0.012562;REVB=0.00265892;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00472505;STB=0.502657;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.018328;OID=.;OPOS=45748339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:8:10:11:9:8:10 chr22 45749983 . G T 771.25 PASS AF=0.666667;AO=64;DP=96;FAO=64;FDP=96;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.025494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.607;QD=32.1352;RBI=0.0322905;REFB=-0.00676864;REVB=-0.0198176;RO=31;SAF=26;SAR=38;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00819199;STB=0.510749;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00526484;OID=.;OPOS=45749983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:31:32:64:64:0.666667:38:26:13:18:38:26:14:18 chr22 45767391 . C T 193.95 PASS AF=0.302326;AO=25;DP=85;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00526919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.803;QD=9.02111;RBI=0.0339582;REFB=-0.0147105;REVB=-0.0335469;RO=59;SAF=10;SAR=15;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168764;STB=0.576864;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0540558;OID=.;OPOS=45767391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:59:60:25:26:0.302326:15:10:32:27:15:11:32:28 chr22 45767455 . A G 147.04 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0250627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.133;QD=9.19;RBI=0.026825;REFB=-0.00694549;REVB=-0.00956263;RO=44;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213632;STB=0.512646;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0174497;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:11:9:19:25:11:9:19:25 chr22 45782903 . T C 410.7 PASS AF=0.315789;AO=54;DP=171;FAO=54;FDP=171;FR=.;FRO=117;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=65;FSRR=52;FWDB=0.0174508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.993;QD=9.60695;RBI=0.0184828;REFB=-0.00748601;REVB=-0.00608959;RO=115;SAF=28;SAR=26;SRF=63;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345748;STB=0.525414;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0131643;OID=.;OPOS=45782903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:115:117:54:54:0.315789:26:28:63:52:26:28:65:52 chr22 45789642 . A C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2296;QD=58.2387;RBI=0.0311546;REFB=0;REVB=0.0280162;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210555;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr22 45821887 . G A 280.93 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=75;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=37;FWDB=0.00324514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.704;QD=14.4067;RBI=0.00408846;REFB=-0.00839671;REVB=-0.00248688;RO=44;SAF=16;SAR=15;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323063;STB=0.679389;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0082149;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:44:46:31:32:0.410256:15:16:9:35:16:16:9:37 chr22 45821956 . C G 226.12 PASS AF=0.314286;AO=16;DP=74;FAO=22;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0373136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.948;QD=12.9213;RBI=0.0378374;REFB=-0.0210783;REVB=0.00627388;RO=46;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945248;STB=0.5479;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0211923;OID=.;OPOS=45821956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:70:46:42:16:22:0.314286:10:6:14:32:16:6:14:28 chr22 45826880 . G A 767.27 PASS AF=0.396396;AO=88;DP=222;FAO=88;FDP=222;FR=.;FRO=134;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=63;FSRR=71;FWDB=-0.0155605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.714;QD=13.8247;RBI=0.0236253;REFB=0.00358508;REVB=0.0177772;RO=134;SAF=34;SAR=54;SRF=63;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925109;STB=0.552054;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00517433;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:134:134:88:88:0.396396:54:34:63:71:54:34:63:71 chr22 45898117 . T C 345.67 PASS AF=0.272222;AO=49;DP=180;FAO=49;FDP=180;FR=.;FRO=131;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=-0.0188092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4616;QD=7.68165;RBI=0.0205703;REFB=-0.00849265;REVB=0.00832782;RO=131;SAF=26;SAR=23;SRF=55;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135715;STB=0.58009;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0237595;OID=.;OPOS=45898117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:131:131:49:49:0.272222:23:26:55:76:23:26:55:76 chr22 45898130 . A T 389.63 PASS AF=0.286486;AO=53;DP=186;FAO=53;FDP=185;FR=.;FRO=132;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=77;FWDB=0.0527072;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1159;QD=8.42442;RBI=0.054886;REFB=-2.84971e-07;REVB=-0.0153112;RO=132;SAF=31;SAR=22;SRF=55;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20257;STB=0.618581;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=6.95392e-05;OID=.;OPOS=45898130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:132:132:53:53:0.286486:22:31:55:77:22:31:55:77 chr22 45923827 . A G 4011.03 PASS AF=1;AO=255;DP=255;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.958;QD=62.1865;RBI=0.0156295;REFB=0;REVB=-0.00681297;RO=0;SAF=132;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98458e-06;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:258:0:0:255:258:1:123:132:0:0:125:133:0:0 chr22 46403129 . T C 828.99 PASS AF=0.464481;AO=85;DP=189;FAO=85;FDP=183;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=30;FSRR=68;FWDB=-0.0179088;FXX=0.0317444;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1356;QD=18.12;RBI=0.0204895;REFB=0.00186299;REVB=-0.00995467;RO=92;SAF=41;SAR=44;SRF=24;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211707;STB=0.595106;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00278487;OID=.;OPOS=46403129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:183:92:98:85:85:0.464481:44:41:24:68:44:41:30:68 chr22 46447714 . T C 400.68 PASS AF=0.432692;AO=46;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0299821;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.936;QD=15.4106;RBI=0.0312822;REFB=0.00407609;REVB=0.00892459;RO=58;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262458;STB=0.514132;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00636137;OID=.;OPOS=46447714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:59:46:45:0.432692:25:21:28:30:24:21:29:30 chr22 46677607 . T C 1467.72 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4005;QD=63.1277;RBI=0.0613334;REFB=0;REVB=0.0131333;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538792;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:93:0:0:88:93:1:56:32:0:0:56:37:0:0 chr22 46722400 . T C 1569.17 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.661;QD=64.0477;RBI=0.012699;REFB=0;REVB=-0.00761377;RO=0;SAF=58;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69684e-05;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:39:58:0:0:39:59:0:0 chr22 46929692 . A G 2757.13 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00839941;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.537;QD=62.6621;RBI=0.0149054;REFB=0;REVB=-0.0123134;RO=0;SAF=72;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39529e-05;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:176:176:1:104:72:0:0:104:72:0:0 chr22 46931077 . G C 1434.44 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.318;QD=63.0523;RBI=0.00558031;REFB=0;REVB=-0.00508185;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58511e-06;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:48:42:0:0:49:42:0:0 chr22 46931793 . G C 1339.77 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.981;QD=62.3147;RBI=0.026212;REFB=0;REVB=0.00651815;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77832e-05;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:46:39:0:0:47:39:0:0 chr22 46931838 . G A 1037.66 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.638;QD=59.2946;RBI=0.0712105;REFB=0;REVB=-0.0150166;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237206;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:37:31:0:0:38:32:0:0 chr22 47058992 . T C 9195.51 PASS AF=0.991511;AO=536;DP=588;FAO=584;FDP=589;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=317;FSAR=267;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0377249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3809;QD=62.4483;RBI=0.0676923;REFB=0.0390785;REVB=0.0562057;RO=6;SAF=315;SAR=221;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00536232;STB=0.5022;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-9.87838e-05;OID=.;OPOS=47058992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:588:589:6:5:536:584:0.991511:221:315:5:1:267:317:4:1 chr22 47075462 . C T 642.18 PASS AF=0.636364;AO=54;DP=88;FAO=56;FDP=88;FR=.;FRO=32;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0147781;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.458;QD=29.1898;RBI=0.0181147;REFB=-0.0226575;REVB=0.0104762;RO=32;SAF=34;SAR=20;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430228;STB=0.517851;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0151082;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:32:32:54:56:0.636364:20:34:22:10:20:36:22:10 chr22 47185265 . G T 705.3 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8311;QD=62.693;RBI=0.0357761;REFB=0;REVB=0.0145915;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8589e-05;OID=.;OPOS=47185265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:15:29:0:0:15:30:0:0 chr22 47311404 . A T 2737.29 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375042;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.388;QD=62.5666;RBI=0.0461161;REFB=0;REVB=0.0268353;RO=0;SAF=94;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28742e-05;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:175:0:0:175:175:1:81:94:0:0:81:94:0:0 chr22 47569571 . G C 785.08 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.759;QD=57.0969;RBI=0.0662614;REFB=0;REVB=0.00603744;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325438;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr22 47569605 . G C 321.27 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.249874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9409;QD=53.5449;RBI=0.250528;REFB=0;REVB=-0.0180844;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543643;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00574807;OID=.;OPOS=47569605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:23:24:1:15:8:1:0:15:9:0:0 chr22 47857537 . T C 812.34 PASS AF=0.346154;AO=99;DP=286;FAO=99;FDP=286;FR=.;FRO=187;FSAF=62;FSAR=37;FSRF=88;FSRR=99;FWDB=0.0135182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.153;QD=11.3615;RBI=0.0138952;REFB=-0.00127084;REVB=0.00321444;RO=186;SAF=62;SAR=37;SRF=88;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177609;STB=0.60304;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00207602;OID=.;OPOS=47857537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:186:187:99:99:0.346154:37:62:88:98:37:62:88:99 chr22 47857551 . T G 792.97 PASS AF=0.348921;AO=97;DP=278;FAO=97;FDP=278;FR=.;FRO=181;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=85;FSRR=96;FWDB=0.0500217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5445;QD=11.4097;RBI=0.0693204;REFB=-0.0116203;REVB=0.0479912;RO=181;SAF=59;SAR=38;SRF=85;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159647;STB=0.590951;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0217914;OID=.;OPOS=47857551;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:181:181:97:97:0.348921:38:59:85:96:38:59:85:96 chr22 47857576 . A G 668.3 PASS AF=0.336066;AO=82;DP=244;FAO=82;FDP=244;FR=.;FRO=162;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=77;FSRR=85;FWDB=-0.0147695;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.143;QD=10.9557;RBI=0.0151207;REFB=0.00328326;REVB=-0.00324036;RO=162;SAF=52;SAR=30;SRF=77;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186752;STB=0.60708;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00525138;OID=.;OPOS=47857576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:162:162:82:82:0.336066:30:52:77:85:30:52:77:85 chr22 48023241 . G T 2300.86 PASS AF=0.986486;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0181215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.223;QD=62.1855;RBI=0.0212431;REFB=-0.0753174;REVB=0.0110853;RO=2;SAF=77;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121911;STB=0.506409;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000145409;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:148:2:2:146:146:0.986486:69:77:2:0:69:77:2:0 chr22 48940553 . T C 1554.57 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220611;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.003;QD=58.663;RBI=0.0226268;REFB=-0.0184448;REVB=0.00502785;RO=0;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00023742;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:51:54:0:0:51:54:0:1 chr22 48940644 . C T 1236.32 PASS AF=0.574359;AO=111;DP=194;FAO=112;FDP=195;FR=.;FRO=83;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.0163232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1822;QD=25.3604;RBI=0.0169493;REFB=-0.00180861;REVB=-0.00456426;RO=83;SAF=56;SAR=55;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367399;STB=0.517946;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00161471;OID=.;OPOS=48940644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:83:83:111:112:0.574359:55:56:38:45:56:56:38:45 chr22 48942315 . T G 363.01 PASS AF=0.293413;AO=41;DP=174;FAO=49;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=118;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=67;FSRR=51;FWDB=-0.0396137;FXX=0.0457117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.4177;QD=8.69489;RBI=0.122579;REFB=-0.0445934;REVB=-0.116001;RO=76;SAF=27;SAR=14;SRF=56;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102702;STB=0.502617;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0636962;OID=.;OPOS=48942315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:167:76:118:41:49:0.293413:14:27:56:20:21:28:67:51 chr22 49246723 . A C 5838.54 PASS AF=1;AO=370;DP=375;FAO=372;FDP=372;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051003;FXX=0.00799979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0385;QD=62.78;RBI=0.0563467;REFB=0;REVB=-0.023951;RO=0;SAF=153;SAR=217;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02524e-05;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:375:372:0:0:370:372:1:217:153:0:0:217:155:0:0 chr22 49834747 . C T 4084.85 PASS AF=1;AO=250;DP=250;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.706;QD=62.3641;RBI=0.0435902;REFB=0;REVB=0.0435354;RO=0;SAF=93;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.81109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57503e-05;OID=.;OPOS=49834747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:250:262:0:0:250:262:1:157:93:0:0:167:95:0:0 chr22 50132421 . C T 355.61 PASS AF=0.349206;AO=44;DP=126;FAO=44;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0596253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.201;QD=11.289;RBI=0.0598393;REFB=-0.0480779;REVB=-0.00505611;RO=81;SAF=25;SAR=19;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566052;STB=0.528798;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0728718;OID=.;OPOS=50132421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:81:82:44:44:0.349206:19:25:42:39:19:25:43:39 chr22 50277835 . T C 688.19 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0565362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.753;QD=62.5631;RBI=0.058124;REFB=0;REVB=0.0134929;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252438;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr22 50277883 . A G 784.75 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.308;QD=64.0614;RBI=0.118613;REFB=0;REVB=-0.0893592;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.79728e-05;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:19:30:0:0 chr22 50278438 . A G 1644.7 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782868;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.893;QD=60.3561;RBI=0.00806589;REFB=0;REVB=-0.00194173;RO=0;SAF=49;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85977e-06;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:107:109:1:58:49:0:0:58:51:0:0 chr22 50278568 . A G 727.27 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956974;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.178;QD=57.0406;RBI=0.0200241;REFB=0;REVB=0.0175893;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205768;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:38:13:0:0:38:13:0:0 chr22 50278642 . C T 699.02 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00115742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1653;QD=54.8251;RBI=0.0284558;REFB=-0.150224;REVB=-0.0284322;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00324843;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:49:50:0.980392:28:21:0:0:28:22:0:1 chr22 50280136 . T C 1510.55 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.841;QD=63.6023;RBI=0.0385045;REFB=0;REVB=-0.0108964;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69773e-05;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr22 50281917 . A G 1331.09 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00340211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.828;QD=59.8242;RBI=0.0129085;REFB=-0.0640814;REVB=0.0124521;RO=1;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838704;STB=0.503511;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=8.13067e-05;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:1:2:87:87:0.977528:56:31:0:1:56:31:1:1 chr22 50354819 . C A 1412.11 PASS AF=0.466667;AO=147;DP=318;FAO=147;FDP=315;FR=.;FRO=168;FSAF=71;FSAR=76;FSRF=85;FSRR=83;FWDB=-0.0195959;FXX=0.00943367;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.689;QD=17.9316;RBI=0.0196488;REFB=-0.00883927;REVB=-0.00144149;RO=164;SAF=71;SAR=76;SRF=82;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162884;STB=0.512247;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00988213;OID=.;OPOS=50354819;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:315:164:168:147:147:0.466667:76:71:82:82:76:71:85:83 chr22 50356693 . T C 5039.99 PASS AF=1;AO=277;DP=326;FAO=325;FDP=325;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=164;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757636;FXX=0.00306739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5904;QD=62.0307;RBI=0.0219671;REFB=0;REVB=0.0206193;RO=0;SAF=127;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898566;OID=.;OPOS=50356693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:326:325:0:0:277:325:1:150:127:0:0:161:164:0:0 chr22 50435480 . A G 1183.27 PASS AF=0.513158;AO=117;DP=228;FAO=117;FDP=228;FR=.;FRO=111;FSAF=71;FSAR=46;FSRF=67;FSRR=44;FWDB=0.00925714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8167;QD=20.7592;RBI=0.0162622;REFB=-0.00500935;REVB=-0.0133703;RO=98;SAF=71;SAR=46;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395615;STB=0.501648;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.001681;OID=.;OPOS=50435480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:98:111:117:117:0.513158:46:71:55:43:46:71:67:44 chr22 50439188 . GCCCCCCCTG GCCCCCCTG,GCCCCCCTGC,GCCCCCTCTG 1147.94 PASS AF=0.294118,0.0764706,0.488235;AO=30,10,54;DP=174;FAO=50,13,83;FDP=170;FR=.;FRO=24;FSAF=21,10,37;FSAR=29,3,46;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=0.221904,-0.0293568,0.0323566;FXX=0.0229872;HRUN=7,7,7;LEN=1,3,1;MLLD=6.72747,17.5903,187.963;QD=27.0103;RBI=0.27119,0.0430419,0.0445027;REFB=-0.189879,-0.0862927,-0.0540331;REVB=0.155894,0.0314766,0.0305539;RO=38;SAF=8,4,28;SAR=22,6,26;SRF=31;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.513285,-0.496137,-0.228524;STB=0.644389,0.607701,0.59538;STBP=0.001,0.472,0;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.175463,0.137503,0.0216113;OID=.,.,.;OPOS=50439189,50439195,50439194;OREF=C,CTG,C;OALT=-,TGC,T;OMAPALT=GCCCCCCTG,GCCCCCCTGC,GCCCCCTCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.294118,0.0764706,0.488235:30,10,54:174:50,13,83:170:24:21,10,37:29,3,46:21:3:99:38:8,4,28:22,6,26:31:7 chr22 50468907 . C T 775.95 PASS AF=0.532374;AO=74;DP=139;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0131639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.307;QD=22.3296;RBI=0.0287414;REFB=-0.0187706;REVB=0.0255495;RO=65;SAF=50;SAR=24;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217729;STB=0.619634;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0146798;OID=.;OPOS=50468907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:65:65:74:74:0.532374:24:50:28:37:24:50:28:37 chr22 50468933 . G T 922.2 PASS AF=0.517045;AO=91;DP=176;FAO=91;FDP=176;FR=.;FRO=85;FSAF=64;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=0.00939284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.867;QD=20.9591;RBI=0.0159342;REFB=-0.00277918;REVB=-0.0128715;RO=85;SAF=64;SAR=27;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179412;STB=0.598767;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00160719;OID=.;OPOS=50468933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:85:85:91:91:0.517045:27:64:44:41:27:64:44:41 chr22 50470516 . C T 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0581072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.109;QD=25.3397;RBI=0.0667561;REFB=-0.0222602;REVB=0.0328623;RO=20;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372975;STB=0.5205;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00806552;OID=.;OPOS=50470516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:14:17:12:8:14:17:12:8 chr22 50480108 . C T 337.86 PASS AF=0.290123;AO=46;DP=161;FAO=47;FDP=162;FR=.;FRO=115;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=0.055214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4792;QD=8.34224;RBI=0.0793202;REFB=0.0136271;REVB=0.0569483;RO=115;SAF=17;SAR=29;SRF=67;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256214;STB=0.655161;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0339787;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:115:115:46:47:0.290123:29:17:67:48:30:17:67:48 chr22 50547247 . A G 2714.12 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.224;QD=62.3935;RBI=0.0277557;REFB=0;REVB=-0.0263433;RO=0;SAF=76;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54313e-05;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:98:76:0:0:98:76:0:0 chr22 50555619 . C T 3877.69 PASS AF=0.987952;AO=244;DP=245;FAO=246;FDP=249;FR=.;FRO=3;FSAF=128;FSAR=118;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0165299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.474;QD=62.2921;RBI=0.0424107;REFB=-0.0529973;REVB=0.0390568;RO=0;SAF=127;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505791;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000204276;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:245:249:0:3:244:246:0.987952:117:127:0:0:118:128:3:0 chr22 50555686 . A C 4119.16 PASS AF=0.988848;AO=266;DP=270;FAO=266;FDP=269;FR=.;FRO=3;FSAF=117;FSAR=149;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00871323;FXX=0.00370357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.467;QD=61.2514;RBI=0.0228879;REFB=0.0165284;REVB=-0.0211645;RO=3;SAF=117;SAR=149;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120655;STB=0.506329;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-7.17801e-05;OID=.;OPOS=50555686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:270:269:3:3:266:266:0.988848:149:117:3:0:149:117:3:0 chr22 50582626 . A G 1147.38 PASS AF=0.495726;AO=109;DP=226;FAO=116;FDP=234;FR=.;FRO=118;FSAF=77;FSAR=39;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=0.026573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.873;QD=19.6133;RBI=0.0287004;REFB=-0.0245379;REVB=-0.0108438;RO=116;SAF=70;SAR=39;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122171;STB=0.574343;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0334804;OID=.;OPOS=50582626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:234:116:118:109:116:0.495726:39:70:60:56:39:77:62:56 chr22 50589196 . C A 2146.53 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000860864;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5925;QD=62.2181;RBI=0.0192909;REFB=-0.0780521;REVB=-0.0192717;RO=1;SAF=63;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638139;STB=0.503355;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.000152693;OID=.;OPOS=50589196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:138:1:1:137:137:0.992754:74:63:0:1:74:63:0:1 chr22 50618738 . G A 246.69 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00624503;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.454;QD=17.9408;RBI=0.022813;REFB=-0.00674954;REVB=0.0219415;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854931;STB=0.552592;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00799709;OID=.;OPOS=50618738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:26:28:27:27:0.490909:18:9:11:15:18:9:12:16 chr22 50637597 . G C 600.31 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=120;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0147096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.293;QD=20.0102;RBI=0.0191978;REFB=-0.0015959;REVB=-0.0123363;RO=59;SAF=27;SAR=34;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439291;STB=0.524221;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00238945;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:59:59:61:61:0.508333:34:27:29:30:34:27:29:30 chr22 50646936 . G C 1156.23 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00234394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6806;QD=59.294;RBI=0.0802147;REFB=-0.179891;REVB=0.0801804;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.507245;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00316629;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:43:34:0:0:43:34:1:0 chr22 50657010 . C G 2513.6 PASS AF=0.988024;AO=162;DP=165;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0546708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3699;QD=60.2059;RBI=0.0676992;REFB=-0.0605901;REVB=0.0399285;RO=2;SAF=65;SAR=97;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00238367;STB=0.501166;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.000631055;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:167:2:2:162:165:0.988024:97:65:1:1:98:67:1:1 chr22 50658424 . T C 430.1 PASS AF=0.314607;AO=57;DP=179;FAO=56;FDP=178;FR=.;FRO=122;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=63;FSRR=59;FWDB=-0.040293;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3914;QD=9.66521;RBI=0.0515489;REFB=-0.0119528;REVB=-0.0321522;RO=119;SAF=30;SAR=27;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259265;STB=0.501004;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0293313;OID=.;OPOS=50658424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:119:122:57:56:0.314607:27:30:60:59:27:29:63:59 chr22 50658766 . A AC 30.12 PASS AF=0.118812;AO=16;DP=106;FAO=12;FDP=101;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.015317;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=17.6479;QD=1.19275;RBI=0.0712319;REFB=-0.030759;REVB=-0.0695656;RO=90;SAF=11;SAR=5;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28985;STB=0.774679;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.103403;OID=.;OPOS=50658767;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.118812:16:106:12:101:89:9:3:38:51:30:90:11:5:41:49 chr22 50659197 . G C,GC 39.5 PASS AF=0.0545455,0.163636;AO=3,9;DP=57;FAO=3,9;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=0,1;FSAR=3,8;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0149652,0.0498785;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.3654,18.1867;QD=2.87276;RBI=0.0190287,0.0962936;REFB=0.00244006,-0.0474325;REVB=-0.011753,-0.0823686;RO=44;SAF=0,0;SAR=3,9;SRF=22;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.490258,-0.70572;STB=0.996255,0.843356;STBP=0.072,0.044;TYPE=snp,ins;VARB=0.151563,0.0851861;OID=.,.;OPOS=50659197,50659198;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:57:55:44:43:3,9:3,9:0.0545455,0.163636:3,9:0,0:22:22:3,8:0,1:20:23 chr22 50659592 . T C,TC 69.02 PASS AF=0,0.1875;AO=5,12;DP=88;FAO=0,15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=0,2;FSAR=0,13;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0501307,0.0577731;FXX=0.0804505;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=37.7813,21.8252;QD=3.45098;RBI=0.141248,0.1392;REFB=-0.00365182,-0.0195485;REVB=-0.132053,-0.126644;RO=70;SAF=0,2;SAR=5,10;SRF=38;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.545864,-0.471742;STB=0.5,0.860291;STBP=1,0.005;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0603599;OID=.,.;OPOS=50659592,50659593;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:88:80:70:65:5,12:0,15:0,0.1875:5,10:0,2:38:32:0,13:0,2:37:28 chr22 50664612 . A G 1899.35 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00918688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2369;QD=60.7791;RBI=0.00945073;REFB=-0.109512;REVB=0.00221757;RO=1;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683639;STB=0.503597;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000409581;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:69:55:0:1:69:55:0:1 chr22 50678620 . G C 206.94 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0183012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7745;QD=17.2446;RBI=0.0203362;REFB=-0.00319742;REVB=0.00886704;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976478;STB=0.555504;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00281837;OID=.;OPOS=50678620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:18:9:9:12:18:9 chr22 50684256 . T C 590.96 PASS AF=0.572816;AO=58;DP=102;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0318318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.113;QD=22.95;RBI=0.0349053;REFB=-0.00428448;REVB=-0.014322;RO=44;SAF=31;SAR=27;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451766;STB=0.527869;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00266452;OID=.;OPOS=50684256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:44:44:58:59:0.572816:27:31:21:23:27:32:21:23 chr22 50684415 . T C 617.27 PASS AF=0.57;AO=44;DP=101;FAO=57;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0431006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.158;QD=24.6907;RBI=0.0453173;REFB=-0.0104615;REVB=-0.0139999;RO=42;SAF=19;SAR=25;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03963;STB=0.549398;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0153913;OID=.;OPOS=50684415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:42:43:44:57:0.57:25:19:20:22:24:33:20:23 chr22 50684747 . C T 441.05 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.000613291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.337;QD=22.3316;RBI=0.022775;REFB=-0.0428955;REVB=-0.0227667;RO=35;SAF=18;SAR=25;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156224;STB=0.500907;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.023145;OID=.;OPOS=50684747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:36:43:43:0.544304:25:18:14:21:25:18:15:21 chr22 50686830 . G A 1286.36 PASS AF=0.580808;AO=115;DP=200;FAO=115;FDP=198;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=74;FSRF=18;FSRR=65;FWDB=-0.00520022;FXX=0.0099995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.139;QD=25.9871;RBI=0.00936428;REFB=-0.00923541;REVB=0.00778765;RO=79;SAF=41;SAR=74;SRF=17;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120544;STB=0.566209;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00603033;OID=.;OPOS=50686830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:198:79:83:115:115:0.580808:74:41:17:62:74:41:18:65 chr22 50687178 . C T 1735.76 PASS AF=0.618852;AO=151;DP=242;FAO=151;FDP=244;FR=.;FRO=93;FSAF=71;FSAR=80;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.0640735;FXX=0.00408147;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.755;QD=28.455;RBI=0.0640935;REFB=-0.021009;REVB=-0.00159959;RO=90;SAF=71;SAR=80;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020693;STB=0.513432;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0116907;OID=.;OPOS=50687178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:244:90:93:151:151:0.618852:80:71:45:45:80:71:47:46 chr22 50687328 . C A 782.5 PASS AF=0.51634;AO=80;DP=153;FAO=79;FDP=153;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=57;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=-0.0270392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8998;QD=20.4575;RBI=0.0459226;REFB=0.00541218;REVB=0.0371183;RO=72;SAF=23;SAR=57;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471794;STB=0.534615;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00546968;OID=.;OPOS=50687328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:72:74:80:79:0.51634:57:23:24:48:57:22:25:49 chr22 50687595 . A G 473.23 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00295646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.099;QD=23.961;RBI=0.0178013;REFB=-0.0304963;REVB=-0.0175541;RO=34;SAF=20;SAR=25;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438584;STB=0.524069;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0183388;OID=.;OPOS=50687595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:25:20:17:17:25:20:17:17 chr22 50688348 . A G 2334.83 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=149;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00172486;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0707;QD=63.1035;RBI=0.102984;REFB=-0.141801;REVB=0.102969;RO=0;SAF=69;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96699e-08;STB=0.503546;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000944641;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:149:148:0:1:146:147:0.993243:77:69:0:0:77:70:1:0 chr22 50693521 . C T 162.07 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0204053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7433;QD=19.6448;RBI=0.183643;REFB=-0.0230449;REVB=0.182506;RO=16;SAF=14;SAR=2;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142651;STB=0.608285;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0312142;OID=.;OPOS=50693521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:16:17:0.515152:2:14:15:1:3:14:15:1 chr22 50693534 . A G 187.94 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00665815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.588;QD=20.3176;RBI=0.00669252;REFB=-0.0131722;REVB=-0.000677407;RO=17;SAF=16;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110459;STB=0.554394;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00809295;OID=.;OPOS=50693534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:18:19:19:0.513514:3:16:13:4:3:16:14:4 chr22 50693538 . G A 467.27 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000806677;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.526;QD=53.4028;RBI=0.0283097;REFB=-0.0355389;REVB=0.0282982;RO=2;SAF=26;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346005;STB=0.518507;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00268448;OID=.;OPOS=50693538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:2:2:33:33:0.942857:7:26:2:0:7:26:2:0 chr22 50693553 . CA C,CG 719.29 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=6,40;DP=46;FAO=1,45;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341003,0.033808;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.672,225.59;QD=62.5466;RBI=0.0411981,0.050836;REFB=0,0;REVB=0.0231183,0.0379646;RO=0;SAF=2,27;SAR=4,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0118805,-0.000294089;OID=.,.;OPOS=50693554,50693554;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261:6,40:46:1,45:46:0:1,28:0,17:0:0:5:0:2,27:4,13:0:0 chr22 50693558 . C T 239.22 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.033988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7516;QD=15.6866;RBI=0.0579484;REFB=-0.0430191;REVB=0.0469343;RO=33;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069021;STB=0.547136;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0757819;OID=.;OPOS=50693558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:12:15:16:17:12:16:16:17 chr22 50693889 . G A 503.26 PASS AF=0.578313;AO=47;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0193072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.8459;QD=24.2533;RBI=0.0202147;REFB=0.00844332;REVB=-0.00598889;RO=36;SAF=32;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197485;STB=0.59318;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00726005;OID=.;OPOS=50693889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:35:47:48:0.578313:15:32:16:20:16:32:16:19 chr22 50693919 . C T 211.08 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=0.00967145;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9041;QD=11.7264;RBI=0.0174119;REFB=0.0294938;REVB=-0.0144789;RO=48;SAF=12;SAR=14;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273736;STB=0.673519;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0350111;OID=.;OPOS=50693919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:48:46:26:26:0.361111:14:12:34:14:14:12:34:12 chr22 50694297 . A G 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.734;QD=60.3495;RBI=0.0184902;REFB=0;REVB=0.0104265;RO=0;SAF=45;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50639e-05;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:65:45:0:0:65:45:0:0 chr22 50695370 . G A 395.9 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0893658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5283;QD=20.3028;RBI=0.0920066;REFB=-0.00942859;REVB=0.0218852;RO=38;SAF=22;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233647;STB=0.501295;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0130381;OID=.;OPOS=50695370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:18:22:21:17:18:22:21:17 chr22 50696662 . C T 215.66 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0896294;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8269;QD=12.8752;RBI=0.0896912;REFB=-0.0134225;REVB=0.00333069;RO=41;SAF=8;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215844;STB=0.579377;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0482394;OID=.;OPOS=50696662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:41:25:26:0.38806:17:8:21:20:16:10:21:20 chr22 50699668 . A G 1994.17 PASS AF=0.590323;AO=183;DP=310;FAO=183;FDP=310;FR=.;FRO=127;FSAF=66;FSAR=117;FSRF=66;FSRR=61;FWDB=-0.00676664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.156;QD=25.7312;RBI=0.0353077;REFB=-0.0091331;REVB=-0.0346532;RO=127;SAF=66;SAR=117;SRF=66;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12549;STB=0.567954;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00511212;OID=.;OPOS=50699668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:127:127:183:183:0.590323:117:66:66:61:117:66:66:61 chr22 50704661 . T C 588.5 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0114217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.098;QD=23.3071;RBI=0.028904;REFB=-0.00374332;REVB=-0.0265516;RO=43;SAF=28;SAR=29;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890985;STB=0.543357;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00385886;OID=.;OPOS=50704661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:44:57:57:0.564356:29:28:26:17:29:28:26:18 chr22 50705059 . A G 776.41 PASS AF=0.520833;AO=68;DP=138;FAO=75;FDP=144;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=0.0425251;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1477;QD=21.567;RBI=0.0426371;REFB=-0.0258829;REVB=0.00308884;RO=69;SAF=25;SAR=43;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195775;STB=0.53272;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0271437;OID=.;OPOS=50705059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:144:69:69:68:75:0.520833:43:25:24:45:44:31:24:45 chr22 50705466 . A G 1390.1 PASS AF=0.97;AO=86;DP=89;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0204509;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.918;QD=55.6041;RBI=0.0246332;REFB=0.000342937;REVB=0.0137316;RO=3;SAF=46;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298964;STB=0.513759;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00104328;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:89:100:3:3:86:97:0.97:40:46:3:0:44:53:3:0 chr22 50705467 . A G 34.9 PASS AF=0.0970874;AO=11;DP=103;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.0369772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.179;QD=1.35528;RBI=0.047692;REFB=-0.0306042;REVB=-0.0301199;RO=91;SAF=7;SAR=4;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132096;STB=0.557197;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0563254;OID=.;OPOS=50705467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:103:103:91:93:11:10:0.0970874:4:7:48:43:4:6:50:43 chr22 50713866 . G C 927.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.438;QD=57.9766;RBI=0.0436608;REFB=0;REVB=-0.0144916;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08026e-05;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:30:32:0:0:32:32:0:0 chr22 50716167 . G A 490.49 PASS AF=0.380952;AO=54;DP=144;FAO=56;FDP=147;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.00789647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.846;QD=13.3465;RBI=0.0122648;REFB=-0.0125238;REVB=0.0093846;RO=90;SAF=33;SAR=21;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112265;STB=0.575889;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0195099;OID=.;OPOS=50716167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:90:91:54:56:0.380952:21:33:46:44:21:35:46:45 chr22 50719251 . A G 400.27 PASS AF=0.333333;AO=49;DP=151;FAO=51;FDP=153;FR=.;FRO=102;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.0156357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.486;QD=10.4647;RBI=0.0423741;REFB=-0.00827138;REVB=-0.0393839;RO=96;SAF=28;SAR=21;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587955;STB=0.546023;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0171611;OID=.;OPOS=50719251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:96:102:49:51:0.333333:21:28:50:46:22:29:51:51 chr22 50720622 . C T 1698.69 PASS AF=0.362989;AO=202;DP=563;FAO=204;FDP=562;FR=.;FRO=358;FSAF=93;FSAR=111;FSRF=192;FSRR=166;FWDB=0.00638349;FXX=0.00530964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5045;QD=12.0903;RBI=0.0324157;REFB=-1.70397e-05;REVB=0.0317809;RO=351;SAF=91;SAR=111;SRF=185;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086146;STB=0.551166;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=3.17959e-05;OID=.;OPOS=50720622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:563:562:351:358:202:204:0.362989:111:91:185:166:111:93:192:166 chr22 50721492 . C T 2021.5 PASS AF=0.694561;AO=165;DP=238;FAO=166;FDP=239;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=124;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.0105018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5357;QD=33.8327;RBI=0.0290312;REFB=-0.0140257;REVB=0.0270652;RO=73;SAF=41;SAR=124;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594975;STB=0.529705;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00760197;OID=.;OPOS=50721492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:73:73:165:166:0.694561:124:41:24:49:124:42:24:49 chr22 50722134 . T C 531.84 PASS AF=0.409396;AO=58;DP=147;FAO=61;FDP=149;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=58;FWDB=-0.00463624;FXX=0.0261421;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2328;QD=14.2776;RBI=0.0159355;REFB=-0.0310581;REVB=-0.0152462;RO=81;SAF=25;SAR=33;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783436;STB=0.561717;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0332328;OID=.;OPOS=50722134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:81:88:58:61:0.409396:33:25:29:52:34:27:30:58 chr22 50725553 . T C 851.71 PASS AF=0.512048;AO=85;DP=169;FAO=85;FDP=166;FR=.;FRO=81;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=26;FWDB=-0.0113365;FXX=0.0292381;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.339;QD=20.523;RBI=0.0132591;REFB=-0.00936238;REVB=-0.00687658;RO=80;SAF=48;SAR=37;SRF=55;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11237;STB=0.557558;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00809982;OID=.;OPOS=50725553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:166:80:81:85:85:0.512048:37:48:55:25:37:48:55:26 chr22 50728062 . T C 902.22 PASS AF=0.604478;AO=81;DP=134;FAO=81;FDP=134;FR=.;FRO=53;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0590918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.522;QD=26.9319;RBI=0.0592972;REFB=-0.0126645;REVB=-0.00493045;RO=53;SAF=47;SAR=34;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00348781;STB=0.501892;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00917691;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:53:53:81:81:0.604478:34:47:31:22:34:47:31:22 chr22 50753334 . G A 326.21 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0163344;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.335;QD=16.9458;RBI=0.0270994;REFB=-0.0245642;REVB=0.0216232;RO=44;SAF=16;SAR=19;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242291;STB=0.625389;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0282287;OID=.;OPOS=50753334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:44:42:35:35:0.454545:19:16:31:13:19:16:29:13 chr22 50754445 . A T 900.76 PASS AF=0.6;AO=81;DP=135;FAO=81;FDP=135;FR=.;FRO=54;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0140835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.609;QD=26.6892;RBI=0.0211553;REFB=-0.0201842;REVB=-0.0157861;RO=53;SAF=49;SAR=32;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576241;STB=0.52807;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0126156;OID=.;OPOS=50754445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:53:54:81:81:0.6:32:49:28:25:32:49:29:25 chr22 50754648 . T C 406.8 PASS AF=0.698113;AO=29;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0107033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.09;QD=30.7018;RBI=0.0126737;REFB=-0.0212524;REVB=0.00678676;RO=16;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811182;STB=0.504079;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00735571;OID=.;OPOS=50754648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:16:29:37:0.698113:18:11:8:8:18:19:8:8 chr22 50756452 . A G 1533.55 PASS AF=0.632558;AO=134;DP=213;FAO=136;FDP=215;FR=.;FRO=79;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.00193181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.578;QD=28.5311;RBI=0.00226639;REFB=0.00795095;REVB=0.00118516;RO=79;SAF=68;SAR=66;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703977;STB=0.537547;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00558513;OID=.;OPOS=50756452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:215:79:79:134:136:0.632558:66:68:32:47:67:69:32:47 chr22 50757470 . T C 668.07 PASS AF=0.555556;AO=65;DP=117;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0446537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.442;QD=22.8399;RBI=0.0530001;REFB=-0.0141981;REVB=0.0285494;RO=51;SAF=28;SAR=37;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165233;STB=0.505219;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00912021;OID=.;OPOS=50757470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:51:52:65:65:0.555556:37:28:23:28:37:28:23:29 chr22 50809687 . T C 634.27 PASS AF=0.701299;AO=54;DP=77;FAO=54;FDP=77;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0419679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6728;QD=32.9489;RBI=0.0779865;REFB=-0.0378439;REVB=0.0657312;RO=23;SAF=25;SAR=29;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326099;STB=0.517601;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.017947;OID=.;OPOS=50809687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:23:23:54:54:0.701299:29:25:12:11:29:25:12:11 chr22 50869692 . G C 604.19 PASS AF=0.574257;AO=57;DP=100;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0248358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9272;QD=23.9284;RBI=0.0406483;REFB=-0.0142865;REVB=-0.0321787;RO=43;SAF=29;SAR=28;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388581;STB=0.524744;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0114699;OID=.;OPOS=50869692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:43:43:57:58:0.574257:28:29:24:19:29:29:24:19 chr22 50876662 . T G 1893.53 PASS AF=0.645914;AO=164;DP=255;FAO=166;FDP=257;FR=.;FRO=91;FSAF=75;FSAR=91;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=-0.0199528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.441;QD=29.4712;RBI=0.0208697;REFB=-0.015365;REVB=0.0061181;RO=91;SAF=75;SAR=89;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612285;STB=0.534661;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00808339;OID=.;OPOS=50876662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:257:91:91:164:166:0.645914:89:75:50:41:91:75:50:41 chr22 50877166 . G C 657.13 PASS AF=0.564706;AO=37;DP=88;FAO=48;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0309176;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.447;QD=30.9238;RBI=0.0414172;REFB=-0.00271597;REVB=0.0275587;RO=24;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110509;STB=0.571794;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0151335;OID=.;OPOS=50877166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:24:28:37:48:0.564706:18:19:16:8:23:25:20:8 chr22 50882953 . CGGGGTGGGGGTGGGGGT CGGGGTGGGGGT,CGGGGTGGGGGTGGGGGG 807.0 PASS AF=0.657895,0.0438596;AO=24,4;DP=113;FAO=75,5;FDP=114;FR=.;FRO=34;FSAF=68,4;FSAR=7,1;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0103662,0.000345563;FXX=0.0655684;HRUN=5,1;LEN=6,1;MLLD=200.936,194.566;QD=28.3158;RBI=0.0378344,0.0215376;REFB=-0.0212397,-0.0177202;REVB=0.0363866,0.0215348;RO=11;SAF=23,4;SAR=1,0;SRF=9;SRR=2;SSEN=0.3,0;SSEP=0,0;SSSB=0.324453,0.619207;STB=0.625607,0.579367;STBP=0.019,0.829;TYPE=del,snp;VARB=0.00863308,0.0509301;OID=.,.;OPOS=50882954,50882970;OREF=GGGGTG,T;OALT=-,G;OMAPALT=CGGGGTGGGGGT,CGGGGTGGGGGTGGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.657895,0.0438596:24,4:113:75,5:114:34:68,4:7,1:25:9:99:11:23,4:1,0:9:2 chr22 50921694 . C T 1060.42 PASS AF=0.676692;AO=89;DP=132;FAO=90;FDP=133;FR=.;FRO=43;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00916308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5242;QD=31.8922;RBI=0.0262776;REFB=0.034864;REVB=-0.0246282;RO=42;SAF=43;SAR=46;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384101;STB=0.522373;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00910652;OID=.;OPOS=50921694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:42:43:89:90:0.676692:46:43:23:19:46:44:24:19 chr22 50923217 . T C 1767.2 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.031;QD=60.9378;RBI=0.0443859;REFB=0;REVB=0.000763418;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15494e-05;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:52:63:0:0:53:63:0:0 chr22 50924182 . G A 566.28 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0079036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.722;QD=27.2907;RBI=0.013651;REFB=0.00818766;REVB=0.0111302;RO=32;SAF=23;SAR=28;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320767;STB=0.517466;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00703517;OID=.;OPOS=50924182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:32:51:51:0.614458:28:23:13:19:28:23:13:19 chr22 50941985 . T C 1316.44 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0403199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1977;QD=58.5086;RBI=0.0856487;REFB=0.00497559;REVB=-0.0755646;RO=2;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178726;STB=0.502013;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00116032;OID=.;OPOS=50941985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:90:2:3:86:87:0.966667:52:34:0:2:53:34:1:2 chr22 50944163 . G A 1877.85 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.65;QD=61.5688;RBI=0.027944;REFB=0;REVB=4.95732e-05;RO=0;SAF=43;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09296e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21468e-05;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:79:43:0:0:79:43:0:0 chr22 50961169 . A G 175.95 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.075;QD=46.9186;RBI=0.121929;REFB=0;REVB=0.120399;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323362;OID=.;OPOS=50961169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:0:14:0:0:1:14:0:0 chr22 50962208 . T G 3904.12 PASS AF=1;AO=250;DP=250;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000791162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.801;QD=62.2171;RBI=0.0210636;REFB=0;REVB=0.0210487;RO=0;SAF=115;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02857e-05;OID=.;OPOS=50962208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:250:251:0:0:250:251:1:135:115:0:0:135:116:0:0 chr22 50962782 . C G 1801.86 PASS AF=0.953125;AO=122;DP=128;FAO=122;FDP=128;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0101726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8955;QD=56.3081;RBI=0.040723;REFB=-0.141039;REVB=-0.0394319;RO=3;SAF=50;SAR=72;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276475;STB=0.512386;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00406784;OID=.;OPOS=50962782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:128:128:3:6:122:122:0.953125:72:50:3:0:72:50:4:2 chr22 50986647 . G A 1515.78 PASS AF=0.503268;AO=152;DP=307;FAO=154;FDP=306;FR=.;FRO=152;FSAF=61;FSAR=93;FSRF=68;FSRR=84;FWDB=0.0431683;FXX=0.0160767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.652;QD=19.8141;RBI=0.0432859;REFB=-0.00973218;REVB=0.00318784;RO=149;SAF=59;SAR=93;SRF=67;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576384;STB=0.526319;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00753248;OID=.;OPOS=50986647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:306:149:152:152:154:0.503268:93:59:67:82:93:61:68:84 chr22 50987287 . A G 99.65 PASS AF=0.461538;AO=9;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.036433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.061;QD=15.3304;RBI=0.0427161;REFB=-0.0225612;REVB=-0.0223003;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225785;STB=0.689293;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0344437;OID=.;OPOS=50987287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:14:9:12:0.461538:2:7:7:5:2:10:8:6 chr22 50988062 . G T 845.08 PASS AF=0.334365;AO=106;DP=319;FAO=108;FDP=323;FR=.;FRO=215;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=117;FSRR=98;FWDB=-0.00237941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5374;QD=10.4654;RBI=0.0395459;REFB=0.00385829;REVB=-0.0394743;RO=213;SAF=53;SAR=53;SRF=116;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520625;STB=0.529406;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0074144;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:323:213:215:106:108:0.334365:53:53:116:97:54:54:117:98 chr22 50988193 . A G 156.91 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0370072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4747;QD=16.0933;RBI=0.0376534;REFB=-0.00385823;REVB=-0.00694592;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492771;STB=0.528421;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00862098;OID=.;OPOS=50988193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:13:4:6:16:13:4:6:16 chr22 50989197 . C T 701.95 PASS AF=0.511111;AO=69;DP=135;FAO=69;FDP=135;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=52;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.00420215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.228;QD=20.7986;RBI=0.0196368;REFB=-0.021686;REVB=-0.019182;RO=66;SAF=17;SAR=52;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144699;STB=0.580055;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0252124;OID=.;OPOS=50989197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:66:66:69:69:0.511111:52:17:25:41:52:17:25:41 chr22 50989326 . A G 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.116684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.0688;QD=18.7409;RBI=0.119666;REFB=0.0694636;REVB=-0.0265494;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45752;STB=0.77329;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0315524;OID=.;OPOS=50989326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:1:6:1:3:1:6:1:3 chr22 51009953 . C T 152.73 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0514745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3975;QD=13.5758;RBI=0.0536892;REFB=-0.0142836;REVB=-0.0152612;RO=28;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277298;STB=0.663456;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0201472;OID=.;OPOS=51009953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:13:4:13:15:13:4:13:15 chr22 51011376 . G C 388.13 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=-0.013495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.748;QD=26.7675;RBI=0.0161377;REFB=0.0144376;REVB=0.00884928;RO=21;SAF=4;SAR=33;SRF=1;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115079;STB=0.562304;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00890297;OID=.;OPOS=51011376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:33:4:1:20:33:4:1:20 chr22 51042512 . GCCGC GCGC,GCGCG,GCGCGC,GCGGC 720.66 PASS AF=0,0,0.981132,0.0188679;AO=7,2,40,2;DP=55;FAO=0,0,52,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,29,0;FSAR=0,0,23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504912,0.0461567,0.0450116,-0.0705772;FXX=0;HRUN=2,2,0,2;LEN=1,3,1,1;MLLD=21.9667,176.447,197.796,3.91153;QD=54.3896;RBI=0.0558556,0.054197,0.0816885,0.078348;REFB=0,0,0,0;REVB=0.023885,0.0284055,0.0681686,-0.0340187;RO=0;SAF=4,0,24,1;SAR=3,2,16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,ins,snp;VARB=0,0,0.000774828,0.0971625;OID=.,.,.,.;OPOS=51042513,51042514,51042514,51042514;OREF=C,CGC,-,C;OALT=-,GCG,G,G;OMAPALT=GCGC,GCGCG,GCGCGC,GCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.981132,0.0188679:7,2,40,2:55:0,0,52,1:53:0:0,0,29,0:0,0,23,1:0:0:4:0:4,0,24,1:3,2,16,1:0:0 chr22 51043278 . G A 2980.23 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.65;QD=63.4091;RBI=0.052548;REFB=0;REVB=0.0133247;RO=0;SAF=59;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55747e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99274e-05;OID=.;OPOS=51043278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:188:188:1:129:59:0:0:129:59:0:0 chr22 51045190 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.152;QD=59.0179;RBI=0.0177262;REFB=0;REVB=0.0157533;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82072e-05;OID=.;OPOS=51045190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr22 51045433 . C T 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.138;QD=62.0158;RBI=0.0398209;REFB=0;REVB=0.00402744;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218213;OID=.;OPOS=51045433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr22 51064039 . G C 579.44 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128288;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3905;QD=60.9939;RBI=0.018571;REFB=0;REVB=-0.0134278;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49208e-06;OID=.;OPOS=51064039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr22 51160707 . G A 1410.22 PASS AF=0.372506;AO=167;DP=454;FAO=168;FDP=451;FR=.;FRO=283;FSAF=74;FSAR=94;FSRF=160;FSRR=123;FWDB=0.0303564;FXX=0.00660778;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.6033;QD=12.5075;RBI=0.0364373;REFB=-0.00570988;REVB=0.0201537;RO=275;SAF=73;SAR=94;SRF=155;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139424;STB=0.578011;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0098681;OID=.;OPOS=51160707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:454:451:275:283:167:168:0.372506:94:73:155:120:94:74:160:123 chr22 51171497 . G A 1422.55 PASS AF=0.381898;AO=164;DP=435;FAO=173;FDP=453;FR=.;FRO=280;FSAF=78;FSAR=95;FSRF=122;FSRR=158;FWDB=-0.00359651;FXX=0.0152171;HRUN=6;LEN=1;MLLD=199.252;QD=12.5611;RBI=0.0172013;REFB=0.00446448;REVB=0.0168211;RO=268;SAF=69;SAR=95;SRF=115;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00945667;STB=0.509474;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00742001;OID=.;OPOS=51171497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:453:268:280:164:173:0.381898:95:69:115:153:95:78:122:158 chr22 51183255 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.901;QD=46.8476;RBI=0.0221743;REFB=0;REVB=0.0192767;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512884;OID=.;OPOS=51183255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chrX 200860 . T C 1439.9 PASS AF=0.508418;AO=134;DP=272;FAO=151;FDP=297;FR=.;FRO=146;FSAF=91;FSAR=60;FSRF=97;FSRR=49;FWDB=0.00310777;FXX=0.00668874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6724;QD=19.3926;RBI=0.0057553;REFB=-0.0534226;REVB=0.0048441;RO=113;SAF=91;SAR=43;SRF=95;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166964;STB=0.532096;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0463954;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:297:113:146:134:151:0.508418:43:91:95:18:60:91:97:49 chrX 207362 . C T 1110.5 PASS AF=0.371831;AO=132;DP=354;FAO=132;FDP=355;FR=.;FRO=223;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=107;FSRR=116;FWDB=0.00414073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.739;QD=12.5126;RBI=0.00432613;REFB=-0.00463792;REVB=-0.0012529;RO=222;SAF=64;SAR=68;SRF=107;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00319025;STB=0.503161;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00751486;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:355:222:223:132:132:0.371831:68:64:107:115:68:64:107:116 chrX 224129 . TG CT 52.21 PASS AF=0.0899471;AO=17;DP=189;FAO=17;FDP=189;FR=.;FRO=172;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=77;FSRR=95;FWDB=-0.0575832;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=59.3915;QD=1.10492;RBI=0.0682291;REFB=-0.00356526;REVB=-0.0365977;RO=164;SAF=1;SAR=16;SRF=70;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506263;STB=0.917759;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0791969;OID=.;OPOS=224129;OREF=TG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:189:189:164:172:17:17:0.0899471:16:1:70:94:16:1:77:95 chrX 228903 . G A 817.46 PASS AF=0.897059;AO=61;DP=68;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0350788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.607;QD=48.0857;RBI=0.0414332;REFB=-0.106801;REVB=0.0220496;RO=5;SAF=53;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211664;STB=0.502634;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.004784;OID=.;OPOS=228903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:68:68:5:7:61:61:0.897059:8:53:4:1:8:53:6:1 chrX 228934 . A G 1039.56 PASS AF=0.935897;AO=72;DP=77;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0154959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9854;QD=53.3107;RBI=0.0154959;REFB=0.00784847;REVB=0;RO=5;SAF=72;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477194;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:77:78:5:5:72:73:0.935897:0:72:5:0:0:73:5:0 chrX 228940 . A G 1322.55 PASS AF=0.967742;AO=84;DP=90;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0160213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3351;QD=56.8841;RBI=0.152155;REFB=-0.0510775;REVB=0.151309;RO=6;SAF=84;SAR=0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.898631;STB=0.59457;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0154562;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:93:6:3:84:90:0.967742:0:84:3:3:2:88:2:1 chrX 229118 . T C 773.5 PASS AF=0.42132;AO=81;DP=194;FAO=83;FDP=197;FR=.;FRO=114;FSAF=70;FSAR=13;FSRF=78;FSRR=36;FWDB=-0.00237981;FXX=0.0149993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.482;QD=15.7057;RBI=0.0156696;REFB=-0.0228101;REVB=0.0154878;RO=113;SAF=70;SAR=11;SRF=77;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299102;STB=0.640604;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0398165;OID=.;OPOS=229118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:197:113:114:81:83:0.42132:11:70:77:36:13:70:78:36 chrX 229137 . A G 2842.6 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263118;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.736;QD=62.1333;RBI=0.0269054;REFB=0;REVB=0.00562083;RO=0;SAF=153;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691859;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:183:0:0:177:183:1:24:153:0:0:27:156:0:0 chrX 229388 . TG CC,TGTACCCC 627.48 PASS AF=0.097561,0.902439;AO=4,33;DP=46;FAO=4,37;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=4,28;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510452,0.0448842;FXX=0.0681663;HRUN=1,0;LEN=2,6;MLLD=108.48,215.479;QD=61.2174;RBI=0.00538403,0.0449251;REFB=0,0;REVB=-0.0017122,0.00191684;RO=3;SAF=4,25;SAR=0,8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.705357,0.0189988;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0309602,0.00100968;OID=.,.;OPOS=229388,229390;OREF=TG,-;OALT=CC,TACCCC;OMAPALT=CC,TGTACCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:46:41:3:0:4,33:4,37:0.097561,0.902439:0,8:4,25:2:1:0,9:4,28:0:0 chrX 229425 . G A 233.51 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0200643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.092;QD=13.7361;RBI=0.0228084;REFB=-0.03446;REVB=0.0108465;RO=39;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214275;STB=0.629144;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0643403;OID=.;OPOS=229425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:10:18:17:22:10:18:17:23 chrX 229493 . G A 262.76 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00418021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.402;QD=15.015;RBI=0.0281052;REFB=-0.0133435;REVB=-0.0277925;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117691;STB=0.566622;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0193897;OID=.;OPOS=229493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:17:13:22:18:17:13:22:18 chrX 229542 . G A 772.89 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00849071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0018;QD=61.8314;RBI=0.0352648;REFB=-0.0381886;REVB=0.0342274;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026866;STB=0.51428;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00464619;OID=.;OPOS=229542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:31:17:1:0:32:17:1:0 chrX 295132 . T C 397.19 PASS AF=0.26484;AO=58;DP=219;FAO=58;FDP=219;FR=.;FRO=161;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=83;FSRR=78;FWDB=-0.0215104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6131;QD=7.2547;RBI=0.0484682;REFB=0.000829134;REVB=-0.0434334;RO=160;SAF=38;SAR=20;SRF=82;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18183;STB=0.606082;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00271609;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:160:161:58:58:0.26484:20:38:82:78:20:38:83:78 chrX 295231 . A G 707.06 PASS AF=0.367965;AO=82;DP=228;FAO=85;FDP=231;FR=.;FRO=146;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=74;FSRR=72;FWDB=-0.00536603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.499;QD=12.2434;RBI=0.0166072;REFB=-0.0213171;REVB=-0.0157164;RO=139;SAF=43;SAR=39;SRF=68;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390854;STB=0.506828;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0260882;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:231:139:146:82:85:0.367965:39:43:68:71:41:44:74:72 chrX 299362 . A G 2734.84 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.288;QD=62.5107;RBI=0.0279778;REFB=0;REVB=0.022762;RO=0;SAF=66;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34046e-05;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:175:0:0:173:175:1:107:66:0:0:109:66:0:0 chrX 299591 . A G 4162.88 PASS AF=1;AO=263;DP=263;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=159;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382157;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.213;QD=62.5997;RBI=0.0407465;REFB=0;REVB=-0.0141364;RO=0;SAF=156;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.08541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31305e-05;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:263:266:0:0:263:266:1:107:156:0:0:107:159:0:0 chrX 305984 . G A 1580.29 PASS AF=0.956522;AO=107;DP=116;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00374485;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.993;QD=54.9667;RBI=0.0196251;REFB=-0.0538502;REVB=-0.0192645;RO=7;SAF=40;SAR=67;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417924;STB=0.509998;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0158797;OID=.;OPOS=305984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:116:115:7:5:107:110:0.956522:67:40:5:2:68:42:3:2 chrX 306056 . G A 1605.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.323;QD=59.4448;RBI=0.0226233;REFB=0;REVB=0.000469447;RO=0;SAF=64;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21414e-05;OID=.;OPOS=306056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:43:64:0:0:44:64:0:0 chrX 306151 . CT C,CG,GC 1546.16 PASS AF=1,0,0;AO=28,68,7;DP=104;FAO=104,0,0;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=46,0,0;FSAR=58,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453586,-0.0712358,-0.0557837;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=131.291,126.13,116.365;QD=59.4676;RBI=0.0642675,0.0735712,0.0583387;REFB=0,0,0;REVB=0.0455291,-0.0183898,0.0170758;RO=0;SAF=20,21,5;SAR=8,47,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=7.75204e-08,0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00125871,-0.0562093,0;OID=.,.,.;OPOS=306152,306152,306151;OREF=T,T,CT;OALT=-,G,GC;OMAPALT=C,CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:104:0:0:28,68,7:104,0,0:1,0,0:8,47,2:20,21,5:0:0:58,0,0:46,0,0:0:0 chrX 322161 . A G 2730.2 PASS AF=0.519455;AO=266;DP=513;FAO=267;FDP=514;FR=.;FRO=247;FSAF=163;FSAR=104;FSRF=151;FSRR=96;FWDB=-0.0011654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.399;QD=21.2467;RBI=0.0449796;REFB=-0.00549807;REVB=-0.0449645;RO=244;SAF=162;SAR=104;SRF=148;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00227026;STB=0.500429;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00569153;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:513:514:244:247:266:267:0.519455:104:162:148:96:104:163:151:96 chrX 322193 . C T 3826.41 PASS AF=0.506089;AO=374;DP=740;FAO=374;FDP=739;FR=.;FRO=365;FSAF=214;FSAR=160;FSRF=175;FSRR=190;FWDB=0.0127642;FXX=0.00135133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.333;QD=20.7113;RBI=0.0137489;REFB=-0.00300012;REVB=0.00510961;RO=359;SAF=214;SAR=160;SRF=175;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076698;STB=0.546155;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00315334;OID=.;OPOS=322193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:740:739:359:365:374:374:0.506089:160:214:175:184:160:214:175:190 chrX 592692 . C G 1098.62 PASS AF=0.474576;AO=113;DP=235;FAO=112;FDP=236;FR=.;FRO=124;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=0.000761504;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.8798;QD=18.6206;RBI=0.0639575;REFB=-0.00448546;REVB=-0.063953;RO=117;SAF=61;SAR=52;SRF=64;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00669404;STB=0.502287;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00318809;OID=.;OPOS=592692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:236:117:124:113:112:0.474576:52:61:64:53:51:61:67:57 chrX 610715 . C G 9439.62 PASS AF=1;AO=582;DP=591;FAO=589;FDP=589;FR=.;FRO=0;FSAF=305;FSAR=284;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112503;FXX=0.0117448;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.72;QD=64.1061;RBI=0.0328624;REFB=0;REVB=0.0308767;RO=0;SAF=301;SAR=281;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19028e-05;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:591:589:0:0:582:589:1:281:301:0:0:284:305:0:0 chrX 612145 . CAG ACA,CAA 261.34 PASS AF=0.0454545,0.257576;AO=3,11;DP=68;FAO=3,17;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=1,2;FSAR=2,15;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00225986,0.000755271;FXX=0.0294074;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=162.469,163.844;QD=15.8385;RBI=0.012863,0.0239687;REFB=-0.0178675,-0.0168928;REVB=0.0126629,0.0239568;RO=35;SAF=1,1;SAR=2,10;SRF=10;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0566061,-0.38798;STB=0.519869,0.713979;STBP=0.951,0.082;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0402392,0.0577828;OID=.,.;OPOS=612145,612147;OREF=CAG,G;OALT=ACA,A;OMAPALT=ACA,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:86:68:66:35:35:3,11:3,17:0.0454545,0.257576:2,10:1,1:10:25:2,15:1,2:11:24 chrX 1331495 . G C 799.39 PASS AF=0.466667;AO=83;DP=178;FAO=84;FDP=180;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=60;FSRF=28;FSRR=68;FWDB=-0.0369374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5691;QD=17.7642;RBI=0.0383519;REFB=0.0224897;REVB=-0.0103198;RO=95;SAF=24;SAR=59;SRF=26;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018311;STB=0.503875;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0273752;OID=.;OPOS=1331495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:95:96:83:84:0.466667:59:24:26:69:60:24:28:68 chrX 1460740 . A G 1875.26 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0120609;FXX=0.00781189;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.19;QD=59.0634;RBI=0.0174376;REFB=-0.00898584;REVB=-0.0125939;RO=2;SAF=47;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00387058;STB=0.507191;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=5.59217e-05;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:127:2:3:124:124:0.976378:77:47:1:1:77:47:2:1 chrX 1531648 . C T 6337.43 PASS AF=0.978673;AO=412;DP=422;FAO=413;FDP=422;FR=.;FRO=9;FSAF=203;FSAR=210;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0415897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.193;QD=60.0704;RBI=0.0447811;REFB=-0.0530038;REVB=0.0166025;RO=2;SAF=202;SAR=210;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00470194;STB=0.508474;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00158231;OID=.;OPOS=1531648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:422:422:2:9:412:413:0.978673:210:202:2:0:210:203:8:1 chrX 1537002 . C G 5189.69 PASS AF=0.991045;AO=330;DP=335;FAO=332;FDP=335;FR=.;FRO=3;FSAF=151;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00136612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7163;QD=61.9665;RBI=0.00841624;REFB=-0.157865;REVB=0.00830463;RO=2;SAF=150;SAR=180;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00527083;STB=0.504109;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00104612;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:335:335:2:3:330:332:0.991045:180:150:0:2:181:151:0:3 chrX 1546792 . G A,C 1696.46 PASS AF=0.775,0.225;AO=91,19;DP=110;FAO=93,27;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=30,13;FSAR=63,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243877,0.0179467;FXX=0.00826378;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.6812,103.205;QD=56.5488;RBI=0.0374426,0.0192308;REFB=0,0;REVB=-0.0284111,-0.00690933;RO=0;SAF=30,9;SAR=61,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000659327,0.030759;OID=.,.;OPOS=1546792,1546792;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:110:120:0:0:91,19:93,27:0.775,0.225:61,10:30,9:0:0:63,14:30,13:0:0 chrX 1546876 . A G 2787.78 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4855;QD=62.6467;RBI=0.0573624;REFB=0;REVB=-0.0565739;RO=0;SAF=89;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.16847e-05;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:176:178:1:87:89:0:0:89:89:0:0 chrX 1553907 . G A 2430.66 PASS AF=0.427877;AO=264;DP=616;FAO=264;FDP=617;FR=.;FRO=353;FSAF=123;FSAR=141;FSRF=179;FSRR=174;FWDB=0.00751766;FXX=0.0016181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.38;QD=15.7579;RBI=0.0259259;REFB=-0.00117089;REVB=0.024812;RO=348;SAF=124;SAR=140;SRF=175;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340818;STB=0.523588;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00173151;OID=.;OPOS=1553907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:616:617:348:353:264:264:0.427877:140:124:175:173:141:123:179:174 chrX 1554649 . T C 1602.39 PASS AF=0.403628;AO=178;DP=441;FAO=178;FDP=441;FR=.;FRO=263;FSAF=70;FSAR=108;FSRF=125;FSRR=138;FWDB=-0.010087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.588;QD=14.5341;RBI=0.0101878;REFB=-0.0045558;REVB=-0.00142912;RO=262;SAF=70;SAR=108;SRF=125;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915007;STB=0.550151;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00624043;OID=.;OPOS=1554649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:441:262:263:178:178:0.403628:108:70:125:137:108:70:125:138 chrX 1554655 . T C 1487.56 PASS AF=0.393939;AO=169;DP=430;FAO=169;FDP=429;FR=.;FRO=260;FSAF=65;FSAR=104;FSRF=123;FSRR=137;FWDB=-0.00646419;FXX=0.00232553;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5437;QD=13.87;RBI=0.0132833;REFB=0.00634108;REVB=-0.0116043;RO=255;SAF=65;SAR=104;SRF=123;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10773;STB=0.55518;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00814786;OID=.;OPOS=1554655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:429:255:260:169:169:0.393939:104:65:123:132:104:65:123:137 chrX 1712377 . C T 659.68 PASS AF=0.431953;AO=72;DP=169;FAO=73;FDP=169;FR=.;FRO=96;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=64;FWDB=0.00357104;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.848;QD=15.6138;RBI=0.0130693;REFB=0.00148125;REVB=0.0125719;RO=94;SAF=41;SAR=31;SRF=31;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23966;STB=0.63491;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00182218;OID=.;OPOS=1712377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:94:96:72:73:0.431953:31:41:31:63:31:42:32:64 chrX 1713021 . C T 1879.58 PASS AF=0.50134;AO=187;DP=373;FAO=187;FDP=373;FR=.;FRO=186;FSAF=71;FSAR=116;FSRF=69;FSRR=117;FWDB=0.017603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9378;QD=20.1563;RBI=0.0176322;REFB=0.0073014;REVB=-0.00101376;RO=184;SAF=71;SAR=116;SRF=68;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975594;STB=0.504621;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00716607;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:373:184:186:187:187:0.50134:116:71:68:116:116:71:69:117 chrX 1718360 . G A 661.65 PASS AF=0.59434;AO=63;DP=107;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00369912;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.075;QD=24.9681;RBI=0.023664;REFB=-0.0227492;REVB=0.0233731;RO=41;SAF=39;SAR=24;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256928;STB=0.506171;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0108675;OID=.;OPOS=1718360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:41:43:63:63:0.59434:24:39:24:17:24:39:26:17 chrX 1755404 . C T 1613.79 PASS AF=0.474432;AO=167;DP=353;FAO=167;FDP=352;FR=.;FRO=185;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=89;FSRR=96;FWDB=0.031319;FXX=0.00564956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8323;QD=18.3385;RBI=0.0320065;REFB=0.00461083;REVB=-0.00659827;RO=183;SAF=77;SAR=90;SRF=88;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188984;STB=0.510558;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0065717;OID=.;OPOS=1755404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:352:183:185:167:167:0.474432:90:77:88:95:90:77:89:96 chrX 2139186 . C T 1657.36 PASS AF=0.416856;AO=181;DP=434;FAO=183;FDP=439;FR=.;FRO=256;FSAF=85;FSAR=98;FSRF=103;FSRR=153;FWDB=-0.0708366;FXX=0.00453504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.491;QD=15.1012;RBI=0.0709408;REFB=-0.0124211;REVB=0.00384451;RO=245;SAF=83;SAR=98;SRF=99;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571203;STB=0.536604;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0155198;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:439:245:256:181:183:0.416856:98:83:99:146:98:85:103:153 chrX 2139200 . T C 6397.5 PASS AF=1;AO=407;DP=409;FAO=408;FDP=408;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=234;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509126;FXX=0.0121062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.276;QD=62.7206;RBI=0.0121394;REFB=-0.0583474;REVB=0.0110201;RO=2;SAF=173;SAR=234;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00406167;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107593;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:409:408:2:0:407:408:1:234:173:0:2:234:174:0:0 chrX 2161129 . C G 1808.9 PASS AF=0.507003;AO=180;DP=356;FAO=181;FDP=357;FR=.;FRO=176;FSAF=78;FSAR=103;FSRF=79;FSRR=97;FWDB=0.00233218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6332;QD=20.2678;RBI=0.050694;REFB=-0.000510603;REVB=0.0506403;RO=174;SAF=78;SAR=102;SRF=79;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188727;STB=0.508985;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00094739;OID=.;OPOS=2161129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:357:174:176:180:181:0.507003:102:78:79:95:103:78:79:97 chrX 2326782 . G C 945.47 PASS AF=0.366559;AO=112;DP=311;FAO=114;FDP=311;FR=.;FRO=197;FSAF=35;FSAR=79;FSRF=53;FSRR=144;FWDB=0.0168663;FXX=0.00638957;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.336;QD=12.1604;RBI=0.0334345;REFB=-0.00624751;REVB=-0.0288685;RO=196;SAF=35;SAR=77;SRF=53;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565508;STB=0.528897;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0128898;OID=.;OPOS=2326782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:196:197:112:114:0.366559:77:35:53:143:79:35:53:144 chrX 2609554 . GCCCC GCCC,GCCCG 33.85 PASS AF=0.185714,0.0571429;AO=19,7;DP=73;FAO=13,4;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=9,4;FSAR=4,0;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.235066,-0.164484;FXX=0.0540468;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=9.77892,24.8922;QD=1.9342;RBI=0.298152,0.199901;REFB=-0.106697,-0.0525723;REVB=-0.183407,-0.113602;RO=42;SAF=9,7;SAR=10,0;SRF=12;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.224394,0.74904;STB=0.775487,0.998162;STBP=0.034,0.008;TYPE=del,snp;VARB=0.0603661,0.0510502;OID=.,.;OPOS=2609555,2609558;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185714,0.0571429:19,7:73:13,4:70:53:9,4:4,0:17:36:26:42:9,7:10,0:12:30 chrX 2609717 . G T 1400.41 PASS AF=0.539095;AO=131;DP=243;FAO=131;FDP=243;FR=.;FRO=112;FSAF=72;FSAR=59;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=-0.0119624;FXX=0.00816293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.178;QD=23.052;RBI=0.016281;REFB=0.00471685;REVB=0.0110441;RO=112;SAF=72;SAR=59;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194475;STB=0.510604;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00378611;OID=.;OPOS=2609717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:112:112:131:131:0.539095:59:72:59:53:59:72:59:53 chrX 2609983 . T C 312.27 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0119998;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.1351;QD=14.1942;RBI=0.0132961;REFB=-0.00822873;REVB=0.00572637;RO=53;SAF=8;SAR=27;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236306;STB=0.635708;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00621021;OID=.;OPOS=2609983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:53:53:35:35:0.397727:27:8:22:31:27:8:22:31 chrX 2632482 . C T 1915.99 PASS AF=0.446429;AO=200;DP=448;FAO=200;FDP=448;FR=.;FRO=248;FSAF=105;FSAR=95;FSRF=135;FSRR=113;FWDB=0.00994916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.693;QD=17.1071;RBI=0.013941;REFB=-0.00823207;REVB=0.00976557;RO=248;SAF=105;SAR=95;SRF=135;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194483;STB=0.510752;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0117172;OID=.;OPOS=2632482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:448:248:248:200:200:0.446429:95:105:135:113:95:105:135:113 chrX 2645366 . G C 3866.21 PASS AF=0.449388;AO=403;DP=898;FAO=404;FDP=899;FR=.;FRO=495;FSAF=199;FSAR=205;FSRF=210;FSRR=285;FWDB=0.00331958;FXX=0.0011111;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.359;QD=17.2023;RBI=0.00363518;REFB=0.00228043;REVB=0.00148151;RO=494;SAF=199;SAR=204;SRF=209;SRR=285;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070732;STB=0.537673;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00245507;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:898:899:494:495:403:404:0.449388:204:199:209:285:205:199:210:285 chrX 2724760 . T C 1151.09 PASS AF=1;AO=56;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.831;QD=60.5835;RBI=0.105227;REFB=0;REVB=0.10519;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260779;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:56:76:1:32:24:0:0:49:27:0:0 chrX 2748253 . G C 3157.15 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898066;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.227;QD=64.1045;RBI=0.0384241;REFB=0;REVB=0.0373599;RO=0;SAF=91;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99141e-05;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:197:0:0:196:197:1:105:91:0:0:106:91:0:0 chrX 2777985 . C T 4775.69 PASS AF=1;AO=298;DP=298;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9577;QD=64.1032;RBI=0.0277663;REFB=0;REVB=0.0111684;RO=0;SAF=151;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82212e-05;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:298:298:0:0:298:298:1:147:151:0:0:147:151:0:0 chrX 2779570 . A G 3819.38 PASS AF=1;AO=240;DP=240;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3981;QD=63.6563;RBI=0.0211717;REFB=0;REVB=-0.0177158;RO=0;SAF=81;SAR=159;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27704e-06;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:240:240:0:0:240:240:1:159:81:0:0:159:81:0:0 chrX 2832668 . A G 175.31 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00214733;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6626;QD=9.87645;RBI=0.00747711;REFB=-0.0102746;REVB=-0.00716213;RO=48;SAF=12;SAR=11;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00104391;STB=0.500613;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103262;OID=.;OPOS=2832668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:48:48:23:23:0.323944:11:12:25:23:11:12:25:23 chrX 2832696 . T C 233.95 PASS AF=0.345238;AO=28;DP=83;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.000906262;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.102;QD=11.1406;RBI=0.025484;REFB=-0.00431285;REVB=-0.0254679;RO=55;SAF=15;SAR=13;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00965505;STB=0.506574;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0101993;OID=.;OPOS=2832696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:55:55:28:29:0.345238:13:15:29:26:14:15:29:26 chrX 2832708 . G T 298.7 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00462654;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.607;QD=13.2755;RBI=0.094471;REFB=-0.0111834;REVB=-0.0943577;RO=55;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344279;STB=0.525677;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0231234;OID=.;OPOS=2832708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:55:56:34:34:0.377778:15:19:29:26:15:19:29:27 chrX 2832715 . T C 316.81 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0196541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8846;QD=13.7741;RBI=0.0447803;REFB=-0.00953291;REVB=0.0402367;RO=56;SAF=19;SAR=17;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487897;STB=0.527762;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0157411;OID=.;OPOS=2832715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:17:19:27:29:17:19:27:29 chrX 2832739 . C T 653.4 PASS AF=0.607843;AO=61;DP=103;FAO=62;FDP=102;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00674052;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.341;QD=25.6234;RBI=0.0368841;REFB=-0.00217334;REVB=0.036263;RO=40;SAF=31;SAR=30;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596519;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137498;OID=.;OPOS=2832739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:40:40:61:62:0.607843:30:31:20:20:31:31:20:20 chrX 2832742 . G C 1476.84 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00136434;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8362;QD=58.4888;RBI=0.00145655;REFB=-0.132599;REVB=0.000509993;RO=1;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939351;STB=0.50495;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00123859;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:101:1:1:100:100:0.990099:50:50:0:1:50:50:0:1 chrX 2832771 . C T 288.64 PASS AF=0.35;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0230472;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.585;QD=11.5455;RBI=0.0249366;REFB=0.0010283;REVB=-0.00952153;RO=66;SAF=18;SAR=17;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03332;STB=0.524258;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00213266;OID=.;OPOS=2832771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:66:65:35:35:0.35:17:18:32:34:17:18:31:34 chrX 2832787 . A G 286.14 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0122852;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.063;QD=11.1123;RBI=0.0125331;REFB=-0.00718522;REVB=0.00248031;RO=67;SAF=19;SAR=17;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565973;STB=0.532596;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0116322;OID=.;OPOS=2832787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:67:67:36:36:0.349515:17:19:32:35:17:19:32:35 chrX 2833605 . C T 160.74 PASS AF=0.25;AO=23;DP=92;FAO=23;FDP=92;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0159619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.728;QD=6.98874;RBI=0.0327751;REFB=-0.0176579;REVB=-0.0286256;RO=69;SAF=13;SAR=10;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895265;STB=0.554455;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0410514;OID=.;OPOS=2833605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:69:69:23:23:0.25:10:13:34:35:10:13:34:35 chrX 2833628 . A C 177.86 PASS AF=0.247706;AO=27;DP=109;FAO=27;FDP=109;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0192965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.032;QD=6.52695;RBI=0.0206272;REFB=-0.00549654;REVB=-0.00728886;RO=79;SAF=15;SAR=12;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091938;STB=0.569055;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0147703;OID=.;OPOS=2833628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:79:82:27:27:0.247706:12:15:38:41:12:15:38:44 chrX 2833631 . A G 178.04 PASS AF=0.247706;AO=26;DP=109;FAO=27;FDP=109;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.00597316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.115;QD=6.53374;RBI=0.0178738;REFB=-0.0185024;REVB=0.0168462;RO=82;SAF=14;SAR=12;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932099;STB=0.569055;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00824232;OID=.;OPOS=2833631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:82:82:26:27:0.247706:12:14:38:44:12:15:38:44 chrX 2833638 . C T 170.84 PASS AF=0.25;AO=26;DP=102;FAO=26;FDP=104;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.123591;FXX=0.0370336;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.813;QD=6.57095;RBI=0.123594;REFB=-0.00269001;REVB=-0.000809326;RO=72;SAF=15;SAR=11;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243123;STB=0.613949;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0307858;OID=.;OPOS=2833638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:72:78:26:26:0.25:11:15:27:45:11:15:33:45 chrX 2833643 . C A 176.72 PASS AF=0.245455;AO=27;DP=110;FAO=27;FDP=110;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0224163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.889;QD=6.42627;RBI=0.0265665;REFB=-0.0089835;REVB=0.0142581;RO=82;SAF=15;SAR=12;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113961;STB=0.573387;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0288054;OID=.;OPOS=2833643;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:82:83:27:27:0.245455:12:15:38:44:12:15:38:45 chrX 2835863 . G T 1605.87 PASS AF=0.389831;AO=184;DP=473;FAO=184;FDP=472;FR=.;FRO=288;FSAF=80;FSAR=104;FSRF=141;FSRR=147;FWDB=-0.00014366;FXX=0.00211412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.997;QD=13.6091;RBI=0.00313804;REFB=0.00691742;REVB=-0.00313475;RO=287;SAF=80;SAR=104;SRF=140;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581238;STB=0.533714;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0110927;OID=.;OPOS=2835863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:473:472:287:288:184:184:0.389831:104:80:140:147:104:80:141:147 chrX 2835964 . G A 1187.62 PASS AF=0.431818;AO=129;DP=302;FAO=133;FDP=308;FR=.;FRO=175;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=96;FSRR=79;FWDB=0.00236435;FXX=0.0064514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.063;QD=15.4237;RBI=0.0169647;REFB=-0.00727907;REVB=0.0167991;RO=159;SAF=72;SAR=57;SRF=96;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464201;STB=0.504132;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0124781;OID=.;OPOS=2835964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:308:159:175:129:133:0.431818:57:72:96:63:61:72:96:79 chrX 2835985 . GAAAA AAAAC 788.3 PASS AF=0.415888;AO=83;DP=203;FAO=89;FDP=214;FR=.,HEALED;FRO=125;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=-0.0244579;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=258.702;QD=14.7346;RBI=0.0271455;REFB=-0.0133455;REVB=-0.0117767;RO=89;SAF=50;SAR=33;SRF=34;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205704;STB=0.536036;STBP=0.384;TYPE=mnp;VARB=0.0173458;OID=.;OPOS=2835985;OREF=GAAAA;OALT=AAAAC;OMAPALT=AAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:214:89:125:83:89:0.415888:33:50:34:55:38:51:64:61 chrX 2835993 . G A 616.8 PASS AF=0.365854;AO=75;DP=206;FAO=75;FDP=205;FR=.;FRO=130;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=-0.0529828;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7884;QD=12.035;RBI=0.0601372;REFB=0.00344355;REVB=-0.0284483;RO=131;SAF=38;SAR=37;SRF=68;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139111;STB=0.505529;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0066984;OID=.;OPOS=2835993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:205:131:130:75:75:0.365854:37:38:68:63:37:38:67:63 chrX 2835995 . C A 424.53 PASS AF=0.361809;AO=73;DP=200;FAO=72;FDP=199;FR=.;FRO=127;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=0.0493356;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.814;QD=8.53334;RBI=0.0494468;REFB=-0.0291315;REVB=0.00331491;RO=127;SAF=39;SAR=34;SRF=65;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025153;STB=0.51912;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0610825;OID=.;OPOS=2835995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:127:127:73:72:0.361809:34:39:65:62:33:39:65:62 chrX 2835998 . CCCACGCCGG C,CCCATGCCGG 366.03 PASS AF=0.335821,0;AO=44,13;DP=148;FAO=45,0;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=23,0;FSAR=22,0;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.0303387,0.0117772;FXX=0.0218962;HRUN=3,1;LEN=9,1;MLLD=266.428,105.511;QD=10.9263;RBI=0.030423,0.0127741;REFB=0.00013287,0.000188461;REVB=-0.00226384,0.00494719;RO=84;SAF=22,11;SAR=22,2;SRF=41;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0135786,0.459531;STB=0.503648,0.5;STBP=0.974,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000179916,0;OID=.,.;OPOS=2835999,2836002;OREF=CCACGCCGG,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CCCATGCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.335821,0:44,13:148:45,0:134:89:23,0:22,0:45:44:99:84:22,11:22,2:41:43 chrX 2836041 . A T 412.74 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0163196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.118;QD=13.6444;RBI=0.0268191;REFB=-0.00270194;REVB=0.0212823;RO=73;SAF=22;SAR=26;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674672;STB=0.503815;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00522689;OID=.;OPOS=2836041;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:73:73:48:48:0.396694:26:22:33:40:26:22:33:40 chrX 2836047 . C T 379.99 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0134126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.436;QD=13.217;RBI=0.0134541;REFB=0.000526303;REVB=-0.0010552;RO=70;SAF=22;SAR=23;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187605;STB=0.510634;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.000893321;OID=.;OPOS=2836047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:70:70:45:45:0.391304:23:22:33:37:23:22:33:37 chrX 2836060 . G A 358.78 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00936311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.125;QD=14.6442;RBI=0.00982283;REFB=-0.0117377;REVB=0.00296987;RO=57;SAF=18;SAR=21;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569617;STB=0.507882;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0167862;OID=.;OPOS=2836060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:57:59:39:39:0.397959:21:18:26:31:21:18:28:31 chrX 2836084 . C G 242.4 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0217651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.693;QD=12.5923;RBI=0.0238975;REFB=-0.00913909;REVB=0.00986784;RO=48;SAF=15;SAR=14;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118007;STB=0.567522;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0148037;OID=.;OPOS=2836084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:14:15:30:18:14:15:30:18 chrX 2836138 . G A 217.63 PASS AF=0.371429;AO=24;DP=73;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00300956;FXX=0.0666578;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.96;QD=12.4361;RBI=0.00646843;REFB=-0.000324704;REVB=-0.00572565;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757961;STB=0.560814;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000623172;OID=.;OPOS=2836138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:70:30:44:24:26:0.371429:8:16:22:8:10:16:31:13 chrX 2836181 . A T 401.45 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=84;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=0.00912612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.395;QD=18.8918;RBI=0.0110108;REFB=-0.0113851;REVB=0.00616057;RO=43;SAF=25;SAR=15;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148029;STB=0.580608;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0119984;OID=.;OPOS=2836181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:43:44:40:41:0.482353:15:25:33:10:15:26:34:10 chrX 2836184 . C T 386.69 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=10;FWDB=0.0169452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0466;QD=18.1969;RBI=0.0169497;REFB=-0.0176426;REVB=-0.000392749;RO=45;SAF=25;SAR=15;SRF=35;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162729;STB=0.590122;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00983388;OID=.;OPOS=2836184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:15:25:35:10:15:25:35:10 chrX 2836211 . A T 319.63 PASS AF=0.410256;AO=29;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=7;FWDB=-0.000444848;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.211;QD=16.3914;RBI=0.0194414;REFB=0.00353854;REVB=-0.0194363;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=31;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276199;STB=0.648718;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00621217;OID=.;OPOS=2836211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:42:29:32:0.410256:10:19:31:4:13:19:35:7 chrX 2836238 . G A 335.87 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0188591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1913;QD=13.3017;RBI=0.0334057;REFB=-0.00592504;REVB=0.0275731;RO=61;SAF=18;SAR=21;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851064;STB=0.543357;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00929088;OID=.;OPOS=2836238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:62:39:39:0.386139:21:18:33:28:21:18:33:29 chrX 2852951 . G A 3158.56 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201621;FXX=0.0144921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.637;QD=61.9325;RBI=0.020674;REFB=0;REVB=-0.00457194;RO=0;SAF=111;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209339;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:204:0:0:204:204:1:93:111:0:0:93:111:0:0 chrX 2856155 . C T 3229.56 PASS AF=0.981567;AO=212;DP=220;FAO=213;FDP=217;FR=.;FRO=4;FSAF=117;FSAR=96;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0204648;FXX=0.0136357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.333;QD=59.531;RBI=0.0209466;REFB=-0.0457518;REVB=-0.00446685;RO=1;SAF=116;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00408936;STB=0.500917;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.000428953;OID=.;OPOS=2856155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:220:217:1:4:212:213:0.981567:96:116:1:0:96:117:2:2 chrX 2942109 . T C 2509.89 PASS AF=0.993939;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5893;QD=60.8458;RBI=0.0420246;REFB=-0.0475683;REVB=-0.0375014;RO=1;SAF=91;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520073;STB=0.502702;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00212142;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:165:1:1:163:164:0.993939:72:91:1:0:72:92:1:0 chrX 3002687 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3092;QD=53.9103;RBI=0.124806;REFB=0;REVB=-0.124652;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00280543;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:21:3:0:0:21:3:0:0 chrX 3539376 . CAAAAAAAAAAAAAG ACAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAAGA,CAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAG 124.46 PASS AF=0,0.238095,0.47619,0.285714,0;AO=2,6,2,4,5;DP=21;FAO=0,5,10,6,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,1,0;FSAR=0,5,10,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168482,0.255198,-0.0444238,0.131189,0.117234;FXX=0.0454339;HRUN=1,13,13,13,13;LEN=2,1,2,2,3;MLLD=13.3959,2.89881,105.157,6.67431,7.40205;QD=23.7069;RBI=0.368799,0.619655,0.0501021,0.234464,0.193762;REFB=-0.200561,-0.223952,-0.0618494,-0.252362,-0.229065;REVB=-0.328065,-0.564664,-0.0231678,-0.194327,-0.154272;RO=0;SAF=0,0,0,1,0;SAR=2,6,2,3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,del,del;VARB=0,-0.439927,-0.185798,0.101814,0.211827;OID=.,.,.,.,.;OPOS=3539376,3539377,3539389,3539377,3539377;OREF=CA,A,AG,AA,AAA;OALT=AC,-,GA,-,-;OMAPALT=ACAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAAAGA,CAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:23:21:21:0:0:2,6,2,4,5:0,5,10,6,0:0,0.238095,0.47619,0.285714,0:2,6,2,3,5:0,0,0,1,0:0:0:0,5,10,5,0:0,0,0,1,0:0:0 chrX 3592725 . G A 2146.0 PASS AF=0.966887;AO=145;DP=151;FAO=146;FDP=151;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=82;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00181727;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.686;QD=56.8477;RBI=0.0176744;REFB=-0.141313;REVB=0.0175807;RO=5;SAF=64;SAR=81;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229609;STB=0.512122;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000703725;OID=.;OPOS=3592725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:151:151:5:5:145:146:0.966887:81:64:4:1:82:64:4:1 chrX 3631167 . A G 62.65 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6257;QD=31.3243;RBI=0.0325124;REFB=-0.0086198;REVB=-0.000399609;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437952;OID=.;OPOS=3631167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:8:1:0:7:8:1:1:6:1:0:1:7:0:0 chrX 3736489 . C T 393.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3919;QD=56.1594;RBI=0.0711108;REFB=0;REVB=-0.0583053;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00176685;OID=.;OPOS=3736489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chrX 3747372 . C T 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.495;QD=62.908;RBI=0.0358973;REFB=0;REVB=-0.0355149;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40792e-05;OID=.;OPOS=3747372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chrX 3977734 . G A 870.25 PASS AF=0.953846;AO=63;DP=66;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00409927;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.975;QD=53.5542;RBI=0.00953899;REFB=-0.0717552;REVB=-0.00861326;RO=3;SAF=16;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080666;STB=0.542843;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000358355;OID=.;OPOS=3977734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:65:3:3:63:62:0.953846:47:16:3:0:46:16:3:0 chrX 5810090 . A G 759.36 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719586;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9789;QD=63.2797;RBI=0.109627;REFB=0;REVB=0.0827049;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010482;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chrX 6451842 . G C 1066.49 PASS AF=0.563536;AO=100;DP=175;FAO=102;FDP=181;FR=.;FRO=79;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=55;FSRR=24;FWDB=-0.102379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1343;QD=23.5687;RBI=0.102619;REFB=-0.0131635;REVB=-0.0070153;RO=75;SAF=59;SAR=41;SRF=51;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744882;STB=0.553575;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0129227;OID=.;OPOS=6451842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:181:75:79:100:102:0.563536:41:59:51:24:43:59:55:24 chrX 6451864 . C T 80.67 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0658612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6287;QD=5.29014;RBI=0.0660682;REFB=-0.00997697;REVB=0.0052249;RO=48;SAF=11;SAR=2;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518522;STB=0.83237;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0285065;OID=.;OPOS=6451864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:61:61:48:48:13:13:0.213115:2:11:21:27:2:11:21:27 chrX 6451872 . C G 379.87 PASS AF=0.833333;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0664532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.92;QD=42.2079;RBI=0.0724258;REFB=-0.104987;REVB=0.0288006;RO=6;SAF=11;SAR=19;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096704;STB=0.55229;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0282161;OID=.;OPOS=6451872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:36:36:6:6:30:30:0.833333:19:11:4:2:19:11:4:2 chrX 6975782 . C G 1363.24 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274826;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.307;QD=62.6776;RBI=0.0372746;REFB=0;REVB=-0.0251814;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97293e-05;OID=.;OPOS=6975782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:53:34:0:0:53:34:0:0 chrX 6995315 . C T 1704.99 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161569;FXX=0.0260847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.307;QD=60.8924;RBI=0.0186592;REFB=0;REVB=0.00933391;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93046e-05;OID=.;OPOS=6995315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:112:0:0:112:112:1:64:48:0:0:64:48:0:0 chrX 6995417 . C T 2291.24 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120157;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.138;QD=61.0998;RBI=0.0468262;REFB=0;REVB=0.0452583;RO=0;SAF=61;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00477e-05;OID=.;OPOS=6995417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:148:150:1:87:61:0:0:89:61:0:0 chrX 6995438 . C T 2258.29 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566263;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.089;QD=63.6139;RBI=0.0171195;REFB=0;REVB=-0.0161558;RO=0;SAF=55;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28994e-05;OID=.;OPOS=6995438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:87:55:0:0:87:55:0:0 chrX 7023678 . G A 1437.79 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111334;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.126;QD=63.1994;RBI=0.0479394;REFB=0;REVB=0.0466286;RO=0;SAF=37;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43794e-05;OID=.;OPOS=7023678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:54:37:0:0:54:37:0:0 chrX 7066051 . A C 2106.33 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.356;QD=61.9508;RBI=0.0542907;REFB=0;REVB=0.0242005;RO=0;SAF=67;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34164e-05;OID=.;OPOS=7066051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:136:0:0:130:136:1:63:67:0:0:65:71:0:0 chrX 7812017 . C T 1089.49 PASS AF=0.949367;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=79;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0377735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.708;QD=55.1638;RBI=0.0422234;REFB=-0.0960303;REVB=0.0188675;RO=1;SAF=32;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145539;STB=0.529404;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00151823;OID=.;OPOS=7812017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:78:79:1:4:74:75:0.949367:42:32:1:0:43:32:4:0 chrX 8138080 . G C 1548.88 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.839;QD=63.8715;RBI=0.0375951;REFB=0;REVB=0.0347794;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13238e-05;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chrX 8138160 . T C 1442.06 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0470247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2195;QD=60.7183;RBI=0.0661377;REFB=-0.0865771;REVB=-0.0465066;RO=2;SAF=47;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019745;STB=0.510414;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00900487;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:46:47:2:0:46:47:2:0 chrX 8138165 . C G 1406.62 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0227442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.16;QD=60.4998;RBI=0.0319159;REFB=-0.180655;REVB=0.0223903;RO=1;SAF=46;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101926;STB=0.500118;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00103396;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:1:2:90:91:0.978495:44:46:1:0:45:46:1:1 chrX 8138170 . CT GC 1242.39 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.110519;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.406;QD=55.8379;RBI=0.215931;REFB=-0.0809593;REVB=0.185504;RO=1;SAF=44;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106464;STB=0.505617;STBP=0.502;TYPE=mnp;VARB=0.00448911;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:89:1:1:86:88:0.988764:42:44:1:0:44:44:1:0 chrX 8497510 . C T 4604.01 PASS AF=1;AO=286;DP=289;FAO=290;FDP=290;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216126;FXX=0.0169486;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.401;QD=63.5036;RBI=0.0217614;REFB=-0.00246461;REVB=-0.00254028;RO=1;SAF=138;SAR=148;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321134;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58698e-05;OID=.;OPOS=8497510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:289:290:1:0:286:290:1:148:138:0:1:151:139:0:0 chrX 8503641 . G A 1062.08 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5944;QD=59.8358;RBI=0.0428446;REFB=0;REVB=-0.0347288;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.4893e-05;OID=.;OPOS=8503641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chrX 8504833 . C T 1635.76 PASS AF=0.982301;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0805508;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9253;QD=57.9029;RBI=0.0806556;REFB=-0.085291;REVB=0.00410984;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.508473;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00221309;OID=.;OPOS=8504833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:113:113:0:2:110:111:0.982301:52:58:0:0:53:58:2:0 chrX 9370298 . A T 34.43 PASS AF=0.0686275;AO=14;DP=204;FAO=14;FDP=204;FR=.;FRO=190;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=100;FSRR=90;FWDB=-0.0191101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.071;QD=0.675004;RBI=0.0297986;REFB=-0.00160345;REVB=-0.0228639;RO=188;SAF=1;SAR=13;SRF=100;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499981;STB=0.926645;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0378741;OID=.;OPOS=9370298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:204:204:188:190:14:14:0.0686275:13:1:100:88:13:1:100:90 chrX 9370301 . T G,TATAG 1115.01 PASS AF=0.0874317,0.852459;AO=73,40;DP=213;FAO=16,156;FDP=183;FR=.;FRO=11;FSAF=1,84;FSAR=15,72;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.0451728,0.348874;FXX=0.111645;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=70.127,74.4793;QD=24.3719;RBI=0.245073,0.369285;REFB=-0.284112,-0.124553;REVB=0.240873,0.121074;RO=72;SAF=17,24;SAR=56,16;SRF=50;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.432294,-0.11369;STB=0.634017,0.535479;STBP=0.693,0;TYPE=snp,ins;VARB=0.090558,0.028417;OID=.,.;OPOS=9370301,9370302;OREF=T,-;OALT=G,ATAG;OMAPALT=G,TATAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:62:213:183:72:11:73,40:16,156:0.0874317,0.852459:56,16:17,24:50:22:15,72:1,84:0:11 chrX 9842669 . G A 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3733;QD=61.3242;RBI=0.0387199;REFB=0;REVB=0.0382843;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383411;OID=.;OPOS=9842669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chrX 9859098 . A G 7638.27 PASS AF=1;AO=482;DP=486;FAO=489;FDP=489;FR=.;FRO=0;FSAF=249;FSAR=240;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329103;FXX=0.0239516;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6205;QD=62.4807;RBI=0.00840936;REFB=0.00902329;REVB=-0.00773863;RO=1;SAF=247;SAR=235;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00192898;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147813;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:486:489:1:0:482:489:1:235:247:1:0:240:249:0:0 chrX 10029359 . CTTTTTTA CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTTT 87.09 PASS AF=0.265306,0.122449,0;AO=10,8,3;DP=53;FAO=13,6,0;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8,3,0;FSAR=5,3,0;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.000973997,-0.0588647,0.071288;FXX=0.0754575;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=17.1822,9.65541,14.4806;QD=7.10972;RBI=0.156463,0.309163,0.164169;REFB=-0.0393865,-0.0873625,0.0496705;REVB=0.15646,0.303508,-0.147883;RO=17;SAF=7,7,0;SAR=3,1,3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.306278,0.550255,-0.580631;STB=0.604155,0.527686,0.5;STBP=0.37,0.925,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.121242,0.0981126,0;OID=.,.,.;OPOS=10029365,10029360,10029366;OREF=TA,T,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265306,0.122449,0:10,8,3:53:13,6,0:49:30:8,3,0:5,3,0:14:16:49:17:7,7,0:3,1,3:7:10 chrX 10085674 . T C 590.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349672;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.53;QD=60.5879;RBI=0.0279555;REFB=0;REVB=0.0277359;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68985e-05;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:25:14:0:0 chrX 10202343 . C T 787.41 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029686;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.537;QD=64.278;RBI=0.0322036;REFB=0;REVB=0.0124826;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522374;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chrX 10204812 . A G 819.45 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0487472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.362;QD=55.5561;RBI=0.118318;REFB=-0.0360089;REVB=-0.107809;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136737;STB=0.507244;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000163688;OID=.;OPOS=10204812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:34:24:0:1:34:24:0:1 chrX 12736586 . A G 2368.51 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3654;QD=61.1228;RBI=0.0197134;REFB=0;REVB=0.0190194;RO=0;SAF=82;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69406e-05;OID=.;OPOS=12736586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:73:82:0:0:73:82:0:0 chrX 12809661 . G A 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.408;QD=58.7805;RBI=0.042541;REFB=0;REVB=0.0117082;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.55981e-05;OID=.;OPOS=12809661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chrX 12924826 . A G 1518.05 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000779022;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.829;QD=56.7494;RBI=0.0142677;REFB=-0.115229;REVB=-0.0142464;RO=0;SAF=63;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15547e-08;STB=0.517644;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-9.06253e-05;OID=.;OPOS=12924826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:0:3:103:104:0.971963:40:63:0:0:41:63:0:3 chrX 12937513 . C T 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196888;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.489;QD=52.6048;RBI=0.023593;REFB=0;REVB=0.0129994;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284421;OID=.;OPOS=12937513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chrX 12937804 . C T 2768.17 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593153;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.571;QD=62.5576;RBI=0.0163276;REFB=0;REVB=0.0152121;RO=0;SAF=101;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53447e-06;OID=.;OPOS=12937804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:177:0:0:177:177:1:76:101:0:0:76:101:0:0 chrX 12939112 . G C 2290.47 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289599;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2458;QD=63.6243;RBI=0.0791065;REFB=0;REVB=0.073615;RO=0;SAF=73;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004514;OID=.;OPOS=12939112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:142:144:1:69:73:0:0:70:74:0:0 chrX 12939412 . C A 817.9 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.666;QD=57.3962;RBI=0.0156199;REFB=0;REVB=-0.00738031;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82115e-06;OID=.;OPOS=12939412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:32:25:0:0 chrX 12939928 . T C 520.69 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.257;QD=59.5074;RBI=0.0276843;REFB=0;REVB=0.0243109;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99478e-05;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:22:10:0:0:22:13:0:0 chrX 13337059 . C T 1680.31 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275805;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.346;QD=60.5518;RBI=0.00469435;REFB=0;REVB=0.0037987;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12069e-06;OID=.;OPOS=13337059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:46:65:0:0:46:65:0:0 chrX 13681115 . C T 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.622;QD=59.6781;RBI=0.0116574;REFB=0;REVB=-0.00497932;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51767e-05;OID=.;OPOS=13681115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chrX 13681638 . C T 1339.14 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.01;QD=62.2855;RBI=0.0661817;REFB=0;REVB=0.000836238;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155093;OID=.;OPOS=13681638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chrX 13681679 . G T 1044.26 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1276;QD=59.6718;RBI=0.0297846;REFB=0;REVB=-0.0292223;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201541;OID=.;OPOS=13681679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chrX 13682066 . G A 696.96 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0461795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2023;QD=52.6006;RBI=0.047736;REFB=0.0622196;REVB=0.0120904;RO=2;SAF=34;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268968;STB=0.51428;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00435284;OID=.;OPOS=13682066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:17:34:2:0:17:34:2:0 chrX 13682577 . G A 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0483599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.946;QD=55.0445;RBI=0.0499501;REFB=-0.000191228;REVB=0.0125032;RO=1;SAF=39;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011936;STB=0.506327;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-6.73975e-05;OID=.;OPOS=13682577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:16:39:1:0:16:39:1:0 chrX 13682715 . G A 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3346;QD=63.8678;RBI=0.0775403;REFB=0;REVB=-0.0715742;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126532;OID=.;OPOS=13682715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chrX 13683170 . G A 5783.42 PASS AF=1;AO=367;DP=376;FAO=369;FDP=369;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=203;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395298;FXX=0.0238089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.286;QD=62.6929;RBI=0.0395298;REFB=-0.112923;REVB=7.78913e-07;RO=1;SAF=165;SAR=202;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00235649;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97162e-05;OID=.;OPOS=13683170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:376:369:1:0:367:369:1:202:165:0:1:203:166:0:0 chrX 13684432 . T A 7549.16 PASS AF=0.985685;AO=481;DP=489;FAO=482;FDP=489;FR=.;FRO=7;FSAF=225;FSAR=257;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0026502;FXX=0.00407324;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.35;QD=61.7518;RBI=0.00342142;REFB=-0.164122;REVB=-0.00216392;RO=2;SAF=225;SAR=256;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000255788;STB=0.503557;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000299486;OID=.;OPOS=13684432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:489:489:2:7:481:482:0.985685:256:225:1:1:257:225:5:2 chrX 15332558 . A G 2478.43 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288868;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7732;QD=61.5759;RBI=0.0298633;REFB=0;REVB=-0.00757422;RO=0;SAF=72;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87196e-05;OID=.;OPOS=15332558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:88:72:0:0:88:73:0:0 chrX 15349528 . A G 1682.3 PASS AF=0.974576;AO=114;DP=118;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=76;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000578543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.04;QD=57.0273;RBI=0.0151276;REFB=-0.121463;REVB=0.0151165;RO=2;SAF=38;SAR=76;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243316;STB=0.509232;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000445816;OID=.;OPOS=15349528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:118:118:2:3:114:115:0.974576:76:38:2:0:76:39:2:1 chrX 15838366 . C T 2859.89 PASS AF=1;AO=179;DP=181;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172662;FXX=0.0162153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.904;QD=62.8547;RBI=0.0281574;REFB=0;REVB=-0.0222423;RO=0;SAF=81;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14539e-05;OID=.;OPOS=15838366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:182:0:0:179:182:1:98:81:0:0:98:84:0:0 chrX 16859628 . G A 2640.36 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.348;QD=62.1261;RBI=0.0201568;REFB=0;REVB=0.0175787;RO=0;SAF=83;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.85022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09206e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:87:83:0:0:87:83:0:0 chrX 16860134 . T C 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2964;QD=57.6779;RBI=0.0343485;REFB=0;REVB=0.0146713;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656855;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chrX 17047669 . C T 3531.75 PASS AF=0.966667;AO=231;DP=240;FAO=232;FDP=240;FR=.;FRO=8;FSAF=91;FSAR=141;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00296901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.302;QD=58.8626;RBI=0.0203326;REFB=-0.163812;REVB=0.0201147;RO=9;SAF=91;SAR=140;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128727;STB=0.504983;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00055806;OID=.;OPOS=17047669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:240:240:9:8:231:232:0.966667:140:91:2:7:141:91:2:6 chrX 17166219 . C T 2007.9 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.341;QD=62.2604;RBI=0.0525165;REFB=0;REVB=0.0279031;RO=0;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.78123e-05;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:64:65:0:0:64:65:0:0 chrX 17705849 . TC CT,TCT 2574.05 PASS AF=0.0047619,0.995238;AO=10,176;DP=213;FAO=1,209;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=1,128;FSAR=0,81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0912043,-0.0824124;FXX=0.0140838;HRUN=3,2;LEN=2,1;MLLD=5.9957,17.3831;QD=49.0296;RBI=0.108455,0.0844745;REFB=0,0;REVB=0.0586869,0.0185509;RO=3;SAF=10,109;SAR=0,67;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.804487,-0.00160218;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0169684,-0.000610853;OID=.,.;OPOS=17705849,17705851;OREF=TC,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:10:213:210:3:0:10,176:1,209:0.0047619,0.995238:0,67:10,109:2:1:0,81:1,128:0:0 chrX 17746244 . T C 6813.62 PASS AF=0.980176;AO=443;DP=454;FAO=445;FDP=454;FR=.;FRO=9;FSAF=212;FSAR=233;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0429921;FXX=0.00219775;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.5788;QD=60.0319;RBI=0.0439387;REFB=-0.125453;REVB=0.00907142;RO=10;SAF=210;SAR=233;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531746;STB=0.501572;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00132939;OID=.;OPOS=17746244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:454:454:10:9:443:445:0.980176:233:210:6:4:233:212:5:4 chrX 17772589 . C T 2511.13 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.146;QD=61.6227;RBI=0.0370796;REFB=0;REVB=0.032243;RO=0;SAF=88;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45568e-06;OID=.;OPOS=17772589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:75:88:0:0:75:88:0:0 chrX 17819377 . T C 289.14 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4747;QD=52.5702;RBI=0.0811234;REFB=0;REVB=0.0785969;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148581;OID=.;OPOS=17819377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:12:10:0:0 chrX 19037731 . C T 45.96 PASS AF=0.0765957;AO=18;DP=234;FAO=18;FDP=235;FR=.;FRO=217;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=87;FSRR=130;FWDB=-0.0255273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.325;QD=0.782252;RBI=0.0422147;REFB=-0.00117616;REVB=-0.0336219;RO=197;SAF=1;SAR=17;SRF=85;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496625;STB=0.90998;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0817836;OID=.;OPOS=19037731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:234:235:197:217:18:18:0.0765957:17:1:85:112:17:1:87:130 chrX 19041592 . C T 2968.7 PASS AF=0.9801;AO=195;DP=200;FAO=197;FDP=201;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0483573;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.703;QD=59.0785;RBI=0.0494603;REFB=0.0277149;REVB=-0.0103871;RO=4;SAF=70;SAR=125;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149931;STB=0.507812;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00173601;OID=.;OPOS=19041592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:200:201:4:4:195:197:0.9801:125:70:0:4:126:71:0:4 chrX 19389184 . TAAAAAAAAAA CATAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAAT 613.72 PASS AF=0.149533,0.616822,0,0.233645;AO=4,31,13,4;DP=113;FAO=16,66,0,25;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,0,22;FSAR=16,65,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152394,0.162995,0.068044,0.0447976;FXX=0.108324;HRUN=1,14,14,14;LEN=3,2,3,1;MLLD=101.211,5.25576,8.88296,209.669;QD=22.9426;RBI=0.0483065,0.364954,0.177101,0.0633509;REFB=-0.0173958,0.0730754,0.0537576,0.0186724;REVB=-0.0458397,-0.326534,-0.163508,-0.044794;RO=1;SAF=0,0,0,4;SAR=4,31,13,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0.749895;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=-0.0449368,-0.00820916,0.0158867,-0.0380476;OID=.,.,.,.;OPOS=19389184,19389185,19389185,19389194;OREF=TAA,AA,AAA,A;OALT=CAT,-,-,T;OMAPALT=CATAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:99:113:107:1:0:4,31,13,4:16,66,0,25:0.149533,0.616822,0,0.233645:4,31,13,0:0,0,0,4:0:1:16,65,0,3:0,1,0,22:0:0 chrX 19482476 . C T 794.03 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1048;QD=55.7216;RBI=0.038377;REFB=0;REVB=0.0261202;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113532;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:35:21:0:0:35:22:0:0 chrX 19688957 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAGAA 328.19 PASS AF=0.621622,0.027027,0.324324;AO=15,2,2;DP=39;FAO=23,1,12;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=0,1,11;FSAR=23,0,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.213692,0.107807,0.0948203;FXX=0.0512689;HRUN=15,15,15;LEN=3,1,1;MLLD=6.68428,207.146,211.943;QD=35.4801;RBI=0.300468,0.117309,0.110897;REFB=-0.313268,-0.0756732,-0.0884163;REVB=-0.211228,-0.0462497,-0.0575085;RO=0;SAF=0,2,2;SAR=15,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.989913,0.666322;STBP=1,0.496,0.083;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0144677,0.0118978,0.00139372;OID=.,.,.;OPOS=19688958,19688968,19688966;OREF=AAA,A,A;OALT=-,G,G;OMAPALT=CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.621622,0.027027,0.324324:15,2,2:39:23,1,12:37:1:0,1,11:23,0,1:0:1:98:0:0,2,2:15,0,0:0:0 chrX 21861434 . A G 3746.85 PASS AF=1;AO=236;DP=237;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542404;FXX=0.00421923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.115;QD=63.5059;RBI=0.0213874;REFB=0;REVB=0.0206881;RO=0;SAF=86;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07445e-05;OID=.;OPOS=21861434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:236:0:0:236:236:1:150:86:0:0:150:86:0:0 chrX 21876112 . A G 564.03 PASS AF=0.975;AO=36;DP=37;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238008;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3163;QD=56.4032;RBI=0.0251546;REFB=-0.0233002;REVB=-0.00814104;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346393;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00514659;OID=.;OPOS=21876112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:40:1:1:36:39:0.975:23:13:1:0:25:14:1:0 chrX 21876221 . A G 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0184456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7544;QD=10.1689;RBI=0.0186696;REFB=0.00477377;REVB=-0.00288319;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202168;STB=0.621998;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0134236;OID=.;OPOS=21876221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:10:12:4:7:10:12 chrX 23398214 . T C 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.432;QD=60.3755;RBI=0.0105019;REFB=0;REVB=-0.00205694;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.89036e-05;OID=.;OPOS=23398214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chrX 23685898 . G T 6144.23 PASS AF=1;AO=382;DP=389;FAO=384;FDP=384;FR=.;FRO=0;FSAF=194;FSAR=190;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103174;FXX=0.0204076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7259;QD=64.0024;RBI=0.105097;REFB=0;REVB=-0.0200161;RO=0;SAF=192;SAR=190;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402524;OID=.;OPOS=23685898;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:389:384:0:0:382:384:1:190:192:0:0:190:194:0:0 chrX 23858452 . G A 1124.36 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0306691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8784;QD=55.5239;RBI=0.0480794;REFB=0.0011918;REVB=0.0370275;RO=4;SAF=31;SAR=46;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942915;STB=0.504989;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-7.73389e-05;OID=.;OPOS=23858452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:81:81:4:4:77:77:0.950617:46:31:2:2:46:31:2:2 chrX 23925834 . A T 3969.51 PASS AF=1;AO=255;DP=255;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421789;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4174;QD=62.2668;RBI=0.043065;REFB=0;REVB=-0.00869105;RO=0;SAF=115;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.27098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89277e-05;OID=.;OPOS=23925834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:255:0:0:255:255:1:140:115:0:0:140:115:0:0 chrX 24073761 . C T 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.282;QD=63.6138;RBI=0.0106128;REFB=0;REVB=-0.000785358;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1065e-06;OID=.;OPOS=24073761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chrX 24095043 . C T 245.43 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0342283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.823;QD=46.7487;RBI=0.0464529;REFB=-0.0488775;REVB=-0.0314053;RO=1;SAF=18;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248957;STB=0.512808;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00252203;OID=.;OPOS=24095043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:1:1:19:20:0.952381:1:18:1:0:1:19:1:0 chrX 24381387 . G C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.782;QD=56.9564;RBI=0.0115694;REFB=0;REVB=-0.00744653;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66948e-06;OID=.;OPOS=24381387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:15:37:0:0:15:37:0:0 chrX 24382950 . G A 1189.38 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6661;QD=60.9939;RBI=0.085499;REFB=0;REVB=-0.0193859;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358593;OID=.;OPOS=24382950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chrX 24383061 . C T 1418.78 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228899;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.614;QD=63.0568;RBI=0.0425272;REFB=0;REVB=-0.0358415;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52827e-05;OID=.;OPOS=24383061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:49:41:0:0:49:41:0:0 chrX 24578803 . C T 1476.09 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1284;QD=62.1513;RBI=0.0221456;REFB=0.0200485;REVB=-0.0046576;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000127309;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:95:0:1:92:94:0.989474:49:43:0:0:50:44:1:0 chrX 24751958 . T C 2343.98 PASS AF=0.993289;AO=145;DP=145;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00658285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.445;QD=62.9256;RBI=0.0613137;REFB=-0.0881424;REVB=0.0609593;RO=0;SAF=50;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43672e-08;STB=0.502564;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0004115;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:149:0:1:145:148:0.993289:95:50:0:0:97:51:0:1 chrX 25022103 . CTTTTT CTTTCT,CTTTTC,C,CT,CTT 228.19 PASS AF=0,0.258065,0,0.419355,0.322581;AO=2,2,5,5,7;DP=36;FAO=0,8,0,13,10;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,13,10;FSAR=0,8,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173967,-0.0189013,-0.0285571,-0.0499775,-0.0664799;FXX=0.13885;HRUN=16,16,16,16,16;LEN=1,1,5,4,3;MLLD=199.172,198.577,13.61,10.2738,6.57234;QD=29.4439;RBI=0.0628488,0.0362145,0.0421196,0.0746437,0.0951725;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.0603931,0.0308907,0.0309605,0.0554431,0.0681045;RO=0;SAF=0,0,5,5,7;SAR=2,2,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,del,del;VARB=0,-0.00419357,0.0794232,-0.011907,-0.0460328;OID=.,.,.,.,.;OPOS=25022107,25022108,25022104,25022104,25022104;OREF=T,T,TTTTT,TTTT,TTT;OALT=C,C,-,-,-;OMAPALT=CTTTCT,CTTTTC,C,CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.258065,0,0.419355,0.322581:2,2,5,5,7:36:0,8,0,13,10:31:0:0,0,0,13,10:0,8,0,0,0:0:0:45:0:0,0,5,5,7:2,2,0,0,0:0:0 chrX 26157220 . C T 2984.17 PASS AF=0.965;AO=193;DP=200;FAO=193;FDP=200;FR=.;FRO=7;FSAF=136;FSAR=57;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00819241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.211;QD=59.6834;RBI=0.0082367;REFB=-0.196174;REVB=-0.000852986;RO=6;SAF=136;SAR=57;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890312;STB=0.500405;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.000783065;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:200:200:6:7:193:193:0.965:57:136:5:1:57:136:5:2 chrX 26157792 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0791933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.21;QD=57.8847;RBI=0.0799979;REFB=0;REVB=-0.0113173;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000330997;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chrX 26213364 . T C,TTGTC,TTTGTC 783.97 PASS AF=0,0,0.880597;AO=5,8,48;DP=72;FAO=0,0,59;FDP=67;FR=.;FRO=8;FSAF=0,0,29;FSAR=0,0,30;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0176544,6.45687e-05,-0.00165294;FXX=0.0694348;HRUN=4,4,4;LEN=1,4,5;MLLD=145.337,223.077,235.154;QD=46.8041;RBI=0.0428786,0.0232607,0.0229931;REFB=-0.0557015,-0.0599762,-0.060678;REVB=0.0390755,0.0232606,0.0229336;RO=8;SAF=4,4,23;SAR=1,4,25;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.5176,0.213273,0.0615122;STB=0.5,0.5,0.528866;STBP=1,1,0.21;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,-0.0164989,0.0125567;OID=.,.,.;OPOS=26213364,26213365,26213365;OREF=T,-,-;OALT=C,TGTC,TTGTC;OMAPALT=C,TTGTC,TTTGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:39:72:67:8:8:5,8,48:0,0,59:0,0,0.880597:1,4,25:4,4,23:2:6:0,0,30:0,0,29:2:6 chrX 27479339 . A G 906.67 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0512015;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.208;QD=56.6671;RBI=0.0606263;REFB=-0.0240396;REVB=0.0324647;RO=0;SAF=11;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.51607e-08;STB=0.521732;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000585643;OID=.;OPOS=27479339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:64:0:1:63:63:0.984375:52:11:0:0:52:11:1:0 chrX 30269887 . T A 1694.34 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.086;QD=60.5121;RBI=0.00649779;REFB=0;REVB=0.00624749;RO=0;SAF=72;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90176e-06;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:110:112:1:38:72:0:0:39:73:0:0 chrX 30323948 . T G 919.67 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.699;QD=58.3915;RBI=0.0560836;REFB=0;REVB=-0.00170094;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176328;OID=.;OPOS=30323948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:23:39:0:0:23:40:0:0 chrX 30327367 . G A 1579.04 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700182;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.327;QD=63.7996;RBI=0.0700745;REFB=0;REVB=0.00280846;RO=0;SAF=21;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96538e-05;OID=.;OPOS=30327367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:97:99:1:76:21:0:0:77:22:0:0 chrX 30577846 . A C 1051.15 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133773;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.178;QD=58.3974;RBI=0.0147853;REFB=-0.0392093;REVB=0.00629696;RO=1;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126095;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000981368;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:37:34:0:1:37:34:0:1 chrX 30715827 . C T 2266.83 PASS AF=0.974522;AO=149;DP=150;FAO=153;FDP=157;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0181554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.371;QD=57.7537;RBI=0.0699717;REFB=-0.039598;REVB=0.0675753;RO=1;SAF=73;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621742;STB=0.505643;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.000608042;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:150:157:1:4:149:153:0.974522:76:73:0:1:81:72:1:3 chrX 30848628 . T A 1176.0 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.041;QD=59.5442;RBI=0.0149301;REFB=-0.112276;REVB=-0.00887889;RO=1;SAF=20;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809254;STB=0.504272;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-3.24171e-05;OID=.;OPOS=30848628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:58:20:0:1:58:20:0:1 chrX 30849176 . G A 2417.89 PASS AF=1;AO=157;DP=161;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00969883;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.959;QD=61.2123;RBI=0.0214215;REFB=0;REVB=-0.0191001;RO=0;SAF=63;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01028e-05;OID=.;OPOS=30849176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:158:0:0:157:158:1:94:63:0:0:95:63:0:0 chrX 30872602 . A G 1645.0 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192262;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.364;QD=60.367;RBI=0.00809253;REFB=0;REVB=0.00786083;RO=0;SAF=44;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41902e-05;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:65:44:0:0:65:44:0:0 chrX 31089628 . TC AA 3414.54 PASS AF=1;AO=155;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507243;FXX=0.035554;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.655;QD=62.9409;RBI=0.175715;REFB=0;REVB=0.175642;RO=0;SAF=103;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000626564;OID=.;OPOS=31089628;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:218:217:0:0:155:217:1:52:103:0:0:111:106:0:0 chrX 31089930 . C T 2524.33 PASS AF=1;AO=115;DP=166;FAO=167;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6277;QD=60.4631;RBI=0.0775795;REFB=0;REVB=0.00592927;RO=0;SAF=32;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104141;OID=.;OPOS=31089930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:166:167:0:0:115:167:1:83:32:0:0:97:70:0:0 chrX 31138253 . T C 1112.0 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.979;QD=60.108;RBI=0.0267301;REFB=0;REVB=0.0266227;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112277;OID=.;OPOS=31138253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:30:43:0:0:31:43:0:0 chrX 31165612 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.573;QD=60.0309;RBI=0.0193922;REFB=0;REVB=0.0174532;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3428e-05;OID=.;OPOS=31165612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:47:25:0:0:47:25:0:0 chrX 31496350 . C T 1819.91 PASS AF=0.975806;AO=121;DP=125;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0225352;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.509;QD=58.7069;RBI=0.023155;REFB=-0.00891916;REVB=-0.00532169;RO=3;SAF=57;SAR=64;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243422;STB=0.512818;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=1.26561e-05;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:124:3:3:121:121:0.975806:64:57:3:0:64:57:3:0 chrX 31697636 . A G,T 2383.36 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=149,8;DP=157;FAO=150,9;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=50,9;FSAR=100,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397523,-0.0398781;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.2024,173.676;QD=59.9586;RBI=0.00893567,0.0428785;REFB=0,0;REVB=-0.00800273,-0.0157576;RO=0;SAF=49,8;SAR=100,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.30268e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00164292,0.120837;OID=.,.;OPOS=31697636,31697636;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:157:159:0:0:149,8:150,9:0.943396,0.0566038:100,0:49,8:0:0:100,0:50,9:0:0 chrX 34149267 . C A 2254.22 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.997;QD=63.4993;RBI=0.0336032;REFB=0;REVB=0.0177769;RO=0;SAF=37;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37763e-05;OID=.;OPOS=34149267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:105:37:0:0:105:37:0:0 chrX 35820265 . C T 2214.31 PASS AF=1;AO=140;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.887;QD=61.9388;RBI=0.0285152;REFB=-0.13388;REVB=0.0247503;RO=2;SAF=56;SAR=84;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487038;OID=.;OPOS=35820265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:143:2:0:140:143:1:84:56:0:2:86:57:0:0 chrX 35820425 . C T 905.83 PASS AF=0.860759;AO=67;DP=79;FAO=68;FDP=79;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0829908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.605;QD=45.8647;RBI=0.0845607;REFB=-0.199356;REVB=-0.016218;RO=5;SAF=23;SAR=44;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922979;STB=0.580721;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0238662;OID=.;OPOS=35820425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:79:79:5:11:67:68:0.860759:44:23:5:0:44:24:10:1 chrX 35820696 . GT AT,TC 757.52 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=52,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406997,-0.00235679;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=113.13,89.5924;QD=56.1126;RBI=0.0427838,0.0367988;REFB=0,0;REVB=0.0131903,-0.0367232;RO=0;SAF=36,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000813513,0.137623;OID=.,.;OPOS=35820696,35820696;OREF=G,GT;OALT=A,TC;OMAPALT=AT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:54:0:0:52,2:52,2:0.962963,0.037037:16,2:36,0:0:0:16,2:36,0:0:0 chrX 35820795 . A G 2928.17 PASS AF=0.994845;AO=177;DP=179;FAO=193;FDP=194;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215219;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.462;QD=60.3746;RBI=0.0244239;REFB=-0.0779434;REVB=-0.0115471;RO=0;SAF=77;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502164;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00397625;OID=.;OPOS=35820795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:179:194:0:1:177:193:0.994845:100:77:0:0:115:78:0:1 chrX 35820796 . C G 46.1 PASS AF=0.0780488;AO=16;DP=205;FAO=16;FDP=205;FR=.;FRO=189;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=79;FSRR=110;FWDB=0.0641828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2243;QD=0.899592;RBI=0.0712905;REFB=-0.0544041;REVB=-0.0310307;RO=189;SAF=1;SAR=15;SRF=79;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464561;STB=0.905064;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.112216;OID=.;OPOS=35820796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:205:205:189:189:16:16:0.0780488:15:1:79:110:15:1:79:110 chrX 35821055 . AT AG,GA 508.89 PASS AF=0.737705,0.262295;AO=3,58;DP=61;FAO=45,16;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=20,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18647,0.153306;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=40.6312,39.4153;QD=33.3696;RBI=0.311533,0.251623;REFB=0,0;REVB=0.249563,0.199528;RO=0;SAF=2,24;SAR=1,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.31293e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0871279,0.244754;OID=.,.;OPOS=35821056,35821055;OREF=T,AT;OALT=G,GA;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:61:61:0:0:3,58:45,16:0.737705,0.262295:1,34:2,24:0:0:20,15:25,1:0:0 chrX 35821127 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.483;QD=63.8716;RBI=0.0414548;REFB=0;REVB=0.0164968;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220246;OID=.;OPOS=35821127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chrX 35821302 . C G 407.56 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.168;QD=56.215;RBI=0.0221524;REFB=0;REVB=0.021902;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136319;OID=.;OPOS=35821302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chrX 35821308 . C T 417.47 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0733227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9166;QD=53.867;RBI=0.113555;REFB=-0.0365419;REVB=0.0867096;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048951;STB=0.523793;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0211117;OID=.;OPOS=35821308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:9:20:0:1:10:20:0:1 chrX 35821464 . A G 740.84 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517149;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.693;QD=56.9874;RBI=0.0355597;REFB=0;REVB=0.0351817;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.81307e-06;OID=.;OPOS=35821464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chrX 35821558 . G A 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.158;QD=60.2297;RBI=0.00988158;REFB=0;REVB=0.00359178;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29543e-05;OID=.;OPOS=35821558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chrX 35821763 . G A 570.26 PASS AF=0.888889;AO=39;DP=44;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0142457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0965;QD=50.69;RBI=0.0481476;REFB=0.0367505;REVB=-0.0459919;RO=5;SAF=20;SAR=19;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023927;STB=0.511106;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0502506;OID=.;OPOS=35821763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:44:45:5:5:39:40:0.888889:19:20:2:3:20:20:2:3 chrX 35821789 . T G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.752;QD=60.6098;RBI=0.0440764;REFB=0;REVB=0.0401422;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153645;OID=.;OPOS=35821789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chrX 37027972 . CA AC,CAC 37.02 PASS AF=0,0.19403;AO=3,13;DP=72;FAO=0,13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=0,2;FSAR=0,11;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0684648,-0.0778185;FXX=0.0289813;HRUN=3,0;LEN=2,1;MLLD=76.0796,67.0358;QD=2.21027;RBI=0.0817168,0.0779758;REFB=-0.00209947,-0.00654323;REVB=-0.0446116,-0.00494907;RO=54;SAF=0,3;SAR=3,10;SRF=38;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.570209,-0.543805;STB=0.5,0.877629;STBP=1,0.006;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.100023;OID=.,.;OPOS=37027972,37027974;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:72:67:54:54:3,13:0,13:0,0.19403:3,10:0,3:38:16:0,11:0,2:36:18 chrX 38144822 . C T 926.48 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429721;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5222;QD=58.8243;RBI=0.0439303;REFB=0;REVB=-0.00912528;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422373;OID=.;OPOS=38144822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chrX 38144856 . G A 916.27 PASS AF=1;AO=43;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660088;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.07;QD=57.2671;RBI=0.00934196;REFB=0;REVB=0.00661064;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000944207;OID=.;OPOS=38144856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:43:64:1:16:27:0:0:21:43:0:0 chrX 38144857 . T A 94.27 PASS AF=0.227273;AO=14;DP=65;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0244097;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=60.5616;QD=5.71326;RBI=0.0252032;REFB=-0.0209496;REVB=-0.00627456;RO=51;SAF=13;SAR=1;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554285;STB=0.874375;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.121182;OID=.;OPOS=38144857;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:65:66:51:51:14:15:0.227273:1:13:30:21:1:14:30:21 chrX 38547862 . G A 2969.77 PASS AF=0.994819;AO=189;DP=192;FAO=192;FDP=193;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.719;QD=61.5496;RBI=0.0213013;REFB=-0.126459;REVB=-0.00209921;RO=3;SAF=90;SAR=99;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142084;STB=0.502439;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000259588;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:192:193:3:1:189:192:0.994819:99:90:0:3:102:90:0:1 chrX 39932907 . T C 203.63 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.183325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5824;QD=47.9126;RBI=0.183676;REFB=0;REVB=0.0113453;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295073;OID=.;OPOS=39932907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:11:5:0:0:11:6:0:0 chrX 39933339 . A G,T 1097.99 PASS AF=0.959459,0.0405405;AO=69,3;DP=72;FAO=71,3;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47,0;FSAR=24,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00439994,0.0124428;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.165,57.2014;QD=59.3509;RBI=0.0104345,0.0317444;REFB=0,0;REVB=0.0094615,-0.0292042;RO=0;SAF=47,0;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=7.22164e-06,-0.0614445;OID=.,.;OPOS=39933339,39933339;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:72:74:0:0:69,3:71,3:0.959459,0.0405405:22,3:47,0:0:0:24,3:47,0:0:0 chrX 40506697 . A G 327.39 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086392;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.427;QD=54.5653;RBI=0.0300913;REFB=0;REVB=0.0288245;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292638;OID=.;OPOS=40506697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chrX 40539137 . GAAAC GAAC,GAACA 701.33 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=22,5;DP=70;FAO=60,9;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29,9;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175963,-0.0696516;FXX=0.0142837;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=14.2909,152.757;QD=40.6567;RBI=0.970574,0.131632;REFB=0,0;REVB=0.95449,0.111694;RO=35;SAF=22,5;SAR=0,0;SRF=5;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.872555,0.7931;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0599861,0.1438;OID=.,.;OPOS=40539138,40539140;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=GAAC,GAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.869565,0.130435:22,5:70:60,9:69:0:29,9:31,0:0:0:37:35:22,5:0,0:5:30 chrX 41193874 . TG GT 33.05 PASS AF=0.0653061;AO=20;DP=242;FAO=16;FDP=245;FR=.;FRO=229;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=219;FSRR=10;FWDB=-0.00251727;FXX=0.0316193;HRUN=1;LEN=2;MLLD=71.0173;QD=0.539608;RBI=0.0518007;REFB=-0.00277273;REVB=-0.0517395;RO=185;SAF=20;SAR=0;SRF=177;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506539;STB=0.734846;STBP=0.555;TYPE=mnp;VARB=0.073034;OID=.;OPOS=41193874;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:242:245:185:229:20:16:0.0653061:0:20:177:8:2:14:219:10 chrX 41198281 . T A 37.56 PASS AF=0.0877193;AO=5;DP=58;FAO=5;FDP=57;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=49;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.0235899;FXX=0.065563;HRUN=7;LEN=1;MLLD=227.458;QD=2.63604;RBI=0.146901;REFB=-0.00500577;REVB=-0.144995;RO=31;SAF=3;SAR=2;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34798;STB=0.633675;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0371188;OID=.;OPOS=41198281;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:58:57:31:49:5:5:0.0877193:2:3:26:5:2:3:36:13 chrX 41203676 . T G 501.68 PASS AF=0.921053;AO=38;DP=41;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0116579;FXX=0.0731529;HRUN=7;LEN=1;MLLD=222.097;QD=52.8081;RBI=0.0183136;REFB=-0.0454982;REVB=0.0141237;RO=3;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123329;STB=0.503224;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00167912;OID=.;OPOS=41203676;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:41:38:3:3:38:35:0.921053:22:16:1:2:22:13:1:2 chrX 41556195 . A T 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.935;QD=59.8332;RBI=0.0304287;REFB=0;REVB=0.0216597;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60291e-05;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chrX 41587218 . T A,C 2140.81 PASS AF=0.0201342,0.979866;AO=6,133;DP=139;FAO=3,146;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=0,64;FSAR=3,82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810995,0.0234969;FXX=0.0132442;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.544,140.132;QD=57.4714;RBI=0.0120369,0.0395825;REFB=0,0;REVB=-0.00889472,0.0318538;RO=0;SAF=0,56;SAR=6,77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.88062e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0736131,0.00222071;OID=.,.;OPOS=41587218,41587218;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:139:149:0:0:6,133:3,146:0.0201342,0.979866:6,77:0,56:0:0:3,82:0,64:0:0 chrX 41587219 . A C 36.74 PASS AF=0.0774194;AO=12;DP=155;FAO=12;FDP=155;FR=.;FRO=143;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=57;FSRR=86;FWDB=0.00710709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.6076;QD=0.948226;RBI=0.0392658;REFB=0.00342496;REVB=0.0386172;RO=143;SAF=9;SAR=3;SRF=57;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378077;STB=0.801345;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00273749;OID=.;OPOS=41587219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:155:155:143:143:12:12:0.0774194:3:9:57:86:3:9:57:86 chrX 41587569 . C G 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4843;QD=57.1766;RBI=0.0405706;REFB=0;REVB=-0.0029815;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000424867;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:36:14:0:0:37:14:0:0 chrX 41588169 . T C 1862.51 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00395376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.648;QD=60.5695;RBI=0.0424012;REFB=-0.0271598;REVB=0.0422165;RO=1;SAF=61;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772408;STB=0.504064;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000243106;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:1:1:121:122:0.99187:60:61:1:0:61:61:1:0 chrX 43808610 . TA AT,T 191.27 PASS AF=0.12963,0.87037;AO=9,11;DP=54;FAO=7,47;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=7,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367323,0.730176;FXX=0.0689536;HRUN=1,9;LEN=2,1;MLLD=118.269,4.6723;QD=14.1683;RBI=0.0945741,0.731608;REFB=0.0227918,0.0635042;REVB=-0.0871493,-0.0457452;RO=16;SAF=0,5;SAR=9,6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.797291,-0.16979;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.12586,0.0683124;OID=.,.;OPOS=43808610,43808611;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:54:54:16:0:9,11:7,47:0.12963,0.87037:9,6:0,5:10:6:7,27:0,20:0:0 chrX 44094659 . CA AC,C 36.14 PASS AF=0,0.230769;AO=7,38;DP=134;FAO=0,30;FDP=130;FR=.;FRO=100;FSAF=0,16;FSAR=0,14;FSRF=33;FSRR=67;FWDB=-0.041456,-0.179503;FXX=0.0441144;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=96.047,6.70666;QD=1.11213;RBI=0.0484972,0.184398;REFB=-0.00886538,-0.154885;REVB=-0.0251671,0.042207;RO=64;SAF=7,15;SAR=0,23;SRF=15;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.736889,0.194927;STB=0.5,0.65379;STBP=1,0.087;TYPE=mnp,del;VARB=0.0483261,0.156939;OID=.,.;OPOS=44094659,44094660;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:134:130:64:100:7,38:0,30:0,0.230769:0,23:7,15:15:49:0,14:0,16:33:67 chrX 44202890 . G GC 4181.92 PASS AF=1;AO=339;DP=404;FAO=371;FDP=371;FR=.;FRO=0;FSAF=184;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496961;FXX=0.026246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.7039;QD=45.0881;RBI=0.064705;REFB=0;REVB=0.0414372;RO=50;SAF=172;SAR=167;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407854;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00142588;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:339:404:371:371:0:184:187:0:0:79:50:172:167:17:33 chrX 44833886 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.471;QD=57.2024;RBI=0.0263758;REFB=0;REVB=0.0263307;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165866;OID=.;OPOS=44833886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chrX 44929077 . C A 766.18 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0087055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.88;QD=63.8484;RBI=0.00920439;REFB=0;REVB=0.00298915;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.12621e-06;OID=.;OPOS=44929077;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:21:26:0:0:22:26:0:0 chrX 45051111 . C T 2352.64 PASS AF=0.993289;AO=134;DP=135;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0169228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.449;QD=63.1582;RBI=0.0466419;REFB=-0.0540425;REVB=0.0434636;RO=0;SAF=63;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503067;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000251754;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:135:149:0:1:134:148:0.993289:71:63:0:0:81:67:0:1 chrX 46472826 . G A 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00449221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.671;QD=61.5352;RBI=0.0102262;REFB=0;REVB=0.00918666;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65869e-06;OID=.;OPOS=46472826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chrX 46618321 . C G 3139.39 PASS AF=0.99;AO=197;DP=200;FAO=198;FDP=200;FR=.;FRO=2;FSAF=119;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0526431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9885;QD=62.7879;RBI=0.0543708;REFB=0.0384763;REVB=0.0135973;RO=1;SAF=119;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398563;STB=0.501052;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.00092349;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:200:200:1:2:197:198:0.99:78:119:1:0:79:119:1:1 chrX 46740032 . G A 1451.79 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0287228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.272;QD=59.8676;RBI=0.0546059;REFB=0.0740952;REVB=-0.0464414;RO=3;SAF=39;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015151;STB=0.507996;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00328742;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:3:3:94:94:0.969072:55:39:2:1:55:39:2:1 chrX 46946966 . T C 2311.38 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.315;QD=63.7622;RBI=0.0254093;REFB=0;REVB=0.0110285;RO=0;SAF=63;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07066e-05;OID=.;OPOS=46946966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:145:0:0:141:145:1:78:63:0:0:80:65:0:0 chrX 47057647 . A G 1606.92 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.657;QD=60.0717;RBI=0.0337473;REFB=0;REVB=0.0288293;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20433e-05;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:59:48:0:0:59:48:0:0 chrX 47062534 . G A 2408.53 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2835;QD=64.2275;RBI=0.0122005;REFB=0;REVB=-0.011517;RO=0;SAF=85;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91719e-05;OID=.;OPOS=47062534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:65:85:0:0:65:85:0:0 chrX 47445940 . C T 2341.38 PASS AF=0.975155;AO=157;DP=161;FAO=157;FDP=161;FR=.;FRO=4;FSAF=92;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0824891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3829;QD=58.1708;RBI=0.0829336;REFB=-0.0739038;REVB=0.00857522;RO=4;SAF=92;SAR=65;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202325;STB=0.510637;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00180566;OID=.;OPOS=47445940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:161:161:4:4:157:157:0.975155:65:92:4:0:65:92:4:0 chrX 47487912 . T TG 1057.22 PASS AF=1;AO=86;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.3914;QD=47.5154;RBI=0.0212348;REFB=0;REVB=-0.00272296;RO=3;SAF=41;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334073;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000297616;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:86:91:89:89:0:44:45:0:0:19:3:41:45:3:0 chrX 47695547 . T C 3694.24 PASS AF=0.976471;AO=244;DP=257;FAO=249;FDP=255;FR=.;FRO=6;FSAF=137;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0354;FXX=0.0116275;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.235;QD=57.9489;RBI=0.0437273;REFB=-0.205931;REVB=0.0256694;RO=9;SAF=135;SAR=109;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301846;STB=0.513042;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00145076;OID=.;OPOS=47695547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:257:255:9:6:244:249:0.976471:109:135:1:8:112:137:0:6 chrX 47695742 . CT CC,C 998.14 PASS AF=0.112676,0.887324;AO=8,54;DP=64;FAO=8,63;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=8,42;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169879,0.0352099;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.3615,27.0954;QD=56.233;RBI=0.0850914,0.035962;REFB=0,0;REVB=0.0833784,-0.00731619;RO=0;SAF=8,36;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0339778,0.00205439;OID=.,.;OPOS=47695743,47695743;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.112676,0.887324:8,54:64:8,63:71:0:8,42:0,21:0:0:21:0:8,36:0,18:0:0 chrX 48049666 . C T 1524.09 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5552;QD=59.7684;RBI=0.048431;REFB=0;REVB=0.0046347;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201501;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:53:48:0:0:54:48:0:0 chrX 48054740 . C G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.354;QD=61.6952;RBI=0.0233943;REFB=0;REVB=0.0199376;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03674e-06;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chrX 48435928 . C T 598.07 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806027;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.01;QD=61.3402;RBI=0.0121719;REFB=0;REVB=0.00912075;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90443e-05;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chrX 48460314 . A G 2454.25 PASS AF=1;AO=158;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764327;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.525;QD=61.3564;RBI=0.109452;REFB=0;REVB=-0.109185;RO=0;SAF=83;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82238e-05;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:160:0:0:158:160:1:75:83:0:0:77:83:0:0 chrX 48547101 . GCCCCCT GCCCCT,GCCCCTG,GGCCCCT 47.73 PASS AF=0.1,0.0888889,0;AO=19,4,4;DP=88;FAO=9,8,0;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=3,0,0;FSAR=6,8,0;FSRF=17;FSRR=56;FWDB=0.144949,-0.0272663,0.0697407;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=11.3993,92.2332,26.1942;QD=2.12115;RBI=0.209768,0.0480215,0.0703446;REFB=-0.0965057,-0.00906925,-0.0500604;REVB=-0.151633,-0.0395299,-0.00919821;RO=53;SAF=2,0,1;SAR=17,4,3;SRF=12;SRR=41;SSEN=0.328125,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.273542,-0.427553,0.0330962;STB=0.60763,0.998029,0.5;STBP=0.597,0.05,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.137219,0.246534,0;OID=.,.,.;OPOS=48547102,48547106,48547102;OREF=C,CT,C;OALT=-,TG,G;OMAPALT=GCCCCT,GCCCCTG,GGCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1,0.0888889,0:19,4,4:88:9,8,0:90:73:3,0,0:6,8,0:17:56:19:53:2,0,1:17,4,3:12:41 chrX 48847497 . T C 2756.71 PASS AF=0.967914;AO=181;DP=187;FAO=181;FDP=187;FR=.;FRO=6;FSAF=63;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0328774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3265;QD=58.9671;RBI=0.0347946;REFB=0.00494307;REVB=0.0113903;RO=6;SAF=63;SAR=118;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235888;STB=0.512395;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00166672;OID=.;OPOS=48847497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:187:187:6:6:181:181:0.967914:118:63:0:6:118:63:0:6 chrX 48921417 . A AC 52.8 PASS AF=0.13913;AO=42;DP=239;FAO=32;FDP=230;FR=.;FRO=198;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=102;FSRR=96;FWDB=-0.0451076;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=110.233;QD=0.918222;RBI=0.0842338;REFB=-0.000926599;REVB=-0.0711382;RO=194;SAF=29;SAR=13;SRF=107;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188702;STB=0.775256;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0810645;OID=.;OPOS=48921418;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.13913:42:239:32:230:198:26:6:102:96:52:194:29:13:107:87 chrX 49021256 . A G 2904.0 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.166;QD=63.1303;RBI=0.0211672;REFB=0;REVB=0.0108796;RO=0;SAF=109;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29061e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:184:0:0:184:184:1:75:109:0:0:75:109:0:0 chrX 49021537 . G C 2925.58 PASS AF=0.994652;AO=185;DP=186;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00573607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2902;QD=62.5792;RBI=0.0530788;REFB=-0.00677735;REVB=-0.052768;RO=1;SAF=52;SAR=133;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00356678;STB=0.501872;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.000103662;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:187:1:1:185:186:0.994652:133:52:0:1:133:53:0:1 chrX 49022700 . T C 2680.43 PASS AF=1;AO=169;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159805;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.394;QD=62.3356;RBI=0.0160211;REFB=0;REVB=0.00114083;RO=0;SAF=70;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79932e-05;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:172:0:0:169:172:1:99:70:0:0:101:71:0:0 chrX 49179698 . A G 219.29 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0278899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9886;QD=39.8705;RBI=0.0289536;REFB=0.0075948;REVB=-0.00777597;RO=3;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352055;STB=0.519211;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0010172;OID=.;OPOS=49179698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:9:10:2:1:9:10:2:1 chrX 49179711 . A T 198.38 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8673;QD=44.0842;RBI=0.0123844;REFB=0.0114489;REVB=0.00189987;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.000298463;OID=.;OPOS=49179711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:0:1:8:9:0:1 chrX 49179719 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.176;QD=39.2068;RBI=0.0368988;REFB=0;REVB=0.0227452;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474776;OID=.;OPOS=49179719;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chrX 49767832 . A G 905.96 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00669834;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.732;QD=56.6222;RBI=0.0140607;REFB=0.0126194;REVB=0.0123627;RO=1;SAF=22;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209743;STB=0.510635;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-1.03197e-05;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:40:22:1:0:40:23:1:0 chrX 49767835 . A G 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198124;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.212;QD=56.6224;RBI=0.0208348;REFB=-0.0623368;REVB=0.00644645;RO=1;SAF=23;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200866;STB=0.510635;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000184012;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:40:23:1:0:40:23:1:0 chrX 50121146 . A AG 1031.22 PASS AF=1;AO=84;DP=94;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.9301;QD=45.8319;RBI=0.159315;REFB=0;REVB=0.056601;RO=9;SAF=25;SAR=59;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777758;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00336723;OID=.;OPOS=50121147;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:94:90:90:0:28:62:0:0:19:9:25:59:6:3 chrX 50350408 . G A 2889.1 PASS AF=0.989305;AO=185;DP=187;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=113;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00512079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7293;QD=61.7989;RBI=0.0326744;REFB=-0.0182614;REVB=-0.0322707;RO=0;SAF=113;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504386;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=9.52648e-05;OID=.;OPOS=50350408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:187:187:0:2:185:185:0.989305:72:113:0:0:72:113:2:0 chrX 50350674 . T C 969.2 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6761;QD=57.8629;RBI=0.046156;REFB=0;REVB=-0.00899832;RO=0;SAF=7;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106188;OID=.;OPOS=50350674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:57:7:0:0:60:7:0:0 chrX 50350728 . T C,TTCC 559.61 PASS AF=0.365854,0.585366;AO=22,17;DP=57;FAO=15,24;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=6,3;FSAR=9,21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0243697,-0.099194;FXX=0.0465008;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=39.5149,97.7902;QD=54.5961;RBI=0.182923,0.138406;REFB=-0.0758744,-0.268719;REVB=0.181292,0.0965228;RO=16;SAF=10,2;SAR=12,15;SRF=1;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.312691,0.127708;STB=0.512179,0.559946;STBP=0.873,0.179;TYPE=snp,ins;VARB=0.0101511,0.0668513;OID=.,.;OPOS=50350728,50350729;OREF=T,-;OALT=C,TCC;OMAPALT=C,TTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:57:41:16:2:22,17:15,24:0.365854,0.585366:12,15:10,2:1:15:9,21:6,3:1:1 chrX 50350757 . TC GT,TCTGCTGCTGCTGT 1112.1 PASS AF=0.464646,0.434343;AO=46,35;DP=100;FAO=46,43;FDP=99;FR=.;FRO=10;FSAF=45,11;FSAR=1,32;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0108026,0.0384411;FXX=0.009999;HRUN=2,1;LEN=2,12;MLLD=189.664,124.375;QD=44.9333;RBI=0.11363,0.0507853;REFB=-0.0926384,-0.0807856;REVB=0.113115,0.0331877;RO=14;SAF=45,7;SAR=1,28;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.734262,-0.0671359;STB=0.906988,0.540102;STBP=0,0.312;TYPE=mnp,ins;VARB=0.000520275,0.0300092;OID=.,.;OPOS=50350757,50350759;OREF=TC,-;OALT=GT,TGCTGCTGCTGT;OMAPALT=GT,TCTGCTGCTGCTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:100:99:14:10:46,35:46,43:0.464646,0.434343:1,28:45,7:4:10:1,32:45,11:1:9 chrX 50659210 . C CTCT 489.79 PASS AF=0.770833;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=48;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.000561733;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.55;QD=40.8155;RBI=0.0106513;REFB=-0.0426989;REVB=-0.0106365;RO=13;SAF=14;SAR=23;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00318025;STB=0.503595;STBP=0.951;TYPE=ins;VARB=0.0122727;OID=.;OPOS=50659211;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=CTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.770833:37:51:37:48:11:14:23:4:7:78:13:14:23:5:8 chrX 50659280 . C T 743.78 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.228;QD=55.0945;RBI=0.010167;REFB=0;REVB=-0.00127547;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626537;OID=.;OPOS=50659280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:51:54:1:35:16:0:0:35:19:0:0 chrX 51075841 . A G 141.89 PASS AF=0.151832;AO=29;DP=191;FAO=29;FDP=191;FR=.;FRO=162;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=97;FSRR=65;FWDB=-0.00573981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.457;QD=2.9716;RBI=0.0394107;REFB=-0.00390635;REVB=0.0389905;RO=161;SAF=22;SAR=7;SRF=97;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225285;STB=0.655243;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0165764;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:161:162:29:29:0.151832:7:22:97:64:7:22:97:65 chrX 51075901 . G A 71.28 PASS AF=0.0869565;AO=24;DP=276;FAO=24;FDP=276;FR=.;FRO=252;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=127;FSRR=125;FWDB=0.0325562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.147;QD=1.033;RBI=0.0379447;REFB=-0.00135419;REVB=-0.019491;RO=251;SAF=19;SAR=5;SRF=127;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343812;STB=0.771641;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.027969;OID=.;OPOS=51075901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:276:276:251:252:24:24:0.0869565:5:19:127:124:5:19:127:125 chrX 51150035 . GCG CGC,GC 1388.64 PASS AF=0.0534351,0.946565;AO=9,30;DP=131;FAO=7,124;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=7,89;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0964292,0.37291;FXX=0.0150365;HRUN=3,2;LEN=3,1;MLLD=107.608,14.6254;QD=42.4012;RBI=0.0965875,0.970631;REFB=0,0;REVB=0.00552705,0.896138;RO=62;SAF=9,30;SAR=0,0;SRF=27;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.687553,0.829048;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.217312,0.0250444;OID=.,.;OPOS=51150035,51150037;OREF=GCG,G;OALT=CGC,-;OMAPALT=CGC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:131:131:62:0:9,30:7,124:0.0534351,0.946565:0,0:9,30:27:35:0,35:7,89:0:0 chrX 51239295 . ATCCTCGAGGCAGCC A 171.29 PASS AF=0.727273;AO=14;DP=21;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0251817;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=14;MLLD=302.826;QD=31.1437;RBI=0.0316599;REFB=-0.0172909;REVB=0.0191893;RO=5;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119729;STB=0.581292;STBP=0.223;TYPE=del;VARB=0.00647503;OID=.;OPOS=51239296;OREF=TCCTCGAGGCAGCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:14:21:16:22:6:6:10:4:2:38:5:5:9:3:2 chrX 52825546 . C G 1494.22 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00650805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2072;QD=58.5968;RBI=0.0189411;REFB=-0.142114;REVB=-0.0177879;RO=1;SAF=51;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921125;STB=0.504761;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=1.8297e-05;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:102:1:1:100:101:0.990196:49:51:1:0:49:52:1:0 chrX 52891619 . GTTTTG GTTTG,GTTTGT 54.94 PASS AF=0.202703,0;AO=22,3;DP=75;FAO=15,0;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=4,0;FSAR=11,0;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0942936,-0.207311;FXX=0.0133316;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=13.8885,29.8784;QD=2.96969;RBI=0.11239,0.207357;REFB=-0.0214309,-0.00601587;REVB=0.061158,-0.00437;RO=44;SAF=11,3;SAR=11,0;SRF=13;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.235097,0.600444;STB=0.651959,0.5;STBP=0.248,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0211126,0;OID=.,.;OPOS=52891620,52891623;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=GTTTG,GTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202703,0:22,3:75:15,0:74:59:4,0:11,0:26:33:56:44:11,3:11,0:13:31 chrX 52891645 . A G 190.94 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.00759499;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9063;QD=11.0688;RBI=0.0106097;REFB=-0.0022992;REVB=0.00740818;RO=44;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313129;STB=0.685173;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00568511;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:44:45:24:24:0.347826:10:14:13:31:10:14:13:32 chrX 52891653 . C T 233.31 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0908416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0375;QD=12.7842;RBI=0.0910087;REFB=-0.0143623;REVB=-0.00551179;RO=45;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297612;STB=0.669089;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0156928;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:12:16:13:32:12:16:13:32 chrX 53107383 . GCCCCCT GCCCCCTC,GCCCCT,GCCCCTC,GTCCCCT 37.3 PASS AF=0.130435,0.130435,0.0144928,0;AO=11,12,4,3;DP=68;FAO=9,9,1,0;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=5,6,0,0;FSAR=4,3,1,0;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.104648,-0.115041,-0.118286,-0.0934284;FXX=0;HRUN=1,5,5,5;LEN=1,1,2,1;MLLD=12.017,11.0356,16.2318,54.8012;QD=2.16203;RBI=0.108493,0.12245,0.118347,0.0934288;REFB=-0.0975206,-0.0963303,-0.102648,-0.0112303;REVB=-0.0286278,0.0419466,0.00379608,0.000280117;RO=35;SAF=6,8,2,3;SAR=5,4,2,0;SRF=17;SRR=18;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.323944,0,0;SSSB=0.0720151,0.220531,0.015633,0.531119;STB=0.503808,0.595021,0.99113,0.5;STBP=0.999,0.542,0.28,1;TYPE=ins,del,mnp,snp;VARB=0.225802,0.133209,0.14158,0;OID=.,.,.,.;OPOS=53107390,53107384,53107388,53107384;OREF=-,C,CT,C;OALT=C,-,TC,T;OMAPALT=GCCCCCTC,GCCCCT,GCCCCTC,GTCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.130435,0.130435,0.0144928,0:11,12,4,3:68:9,9,1,0:69:50:5,6,0,0:4,3,1,0:28:22:21:35:6,8,2,3:5,4,2,0:17:18 chrX 53109588 . C CT,T 32.21 PASS AF=0.204545,0;AO=5,2;DP=48;FAO=9,0;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=7,0;FSAR=2,0;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.067581,-0.0393735;FXX=0.0434688;HRUN=4,3;LEN=1,1;MLLD=13.1771,21.6138;QD=2.92783;RBI=0.0675827,0.0715649;REFB=-0.044289,-0.0239926;REVB=0.000468903,0.05976;RO=40;SAF=4,1;SAR=1,1;SRF=31;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0419549,-0.264542;STB=0.50723,0.5;STBP=0.986,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0562592,0;OID=.,.;OPOS=53109589,53109588;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:48:44:40:35:5,2:9,0:0.204545,0:1,1:4,1:31:9:2,0:7,0:27:8 chrX 53457622 . T C 857.7 PASS AF=1;AO=55;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.149;QD=57.18;RBI=0.00975807;REFB=0;REVB=-0.00155017;RO=0;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68269e-05;OID=.;OPOS=53457622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:55:60:1:39:16:0:0:40:20:0:0 chrX 53563589 . A G 688.84 PASS AF=0.962264;AO=41;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0647434;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9749;QD=51.9879;RBI=0.0661239;REFB=-0.180511;REVB=-0.0134408;RO=2;SAF=12;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719707;STB=0.521731;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0159544;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:53:2:2:41:51:0.962264:29:12:2:0:29:22:2:0 chrX 53652846 . G T 1730.99 PASS AF=0.878571;AO=122;DP=141;FAO=123;FDP=140;FR=.;FRO=17;FSAF=49;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0121244;FXX=0.0070917;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.122;QD=49.457;RBI=0.0665;REFB=-0.0778807;REVB=0.0653854;RO=18;SAF=49;SAR=73;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601586;STB=0.528427;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00272769;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:141:140:18:17:122:123:0.878571:73:49:3:15:74:49:3:14 chrX 53652852 . T G 2833.96 PASS AF=0.98913;AO=174;DP=178;FAO=182;FDP=184;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=109;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000428661;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.831;QD=61.6078;RBI=0.0330352;REFB=-0.0649001;REVB=0.0330324;RO=3;SAF=71;SAR=103;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196836;STB=0.506756;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000158838;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:178:184:3:2:174:182:0.98913:103:71:3:0:109:73:2:0 chrX 54209387 . A G 1085.2 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.79;QD=58.6597;RBI=0.0604599;REFB=0;REVB=0.0501719;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220182;OID=.;OPOS=54209387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:39:32:0:0:42:32:0:0 chrX 54224160 . CAAAA C,CAAAC,CTACA 668.19 PASS AF=0.736842,0.210526,0.0526316;AO=13,3,3;DP=64;FAO=56,16,4;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0,0;FSAR=37,16,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.517613,-0.179707,-0.112034;FXX=0.0256377;HRUN=16,16,16;LEN=4,1,3;MLLD=12.0815,69.7988,57.8969;QD=35.1677;RBI=0.524126,0.20181,0.154697;REFB=0,0,0;REVB=-0.0823703,-0.0918298,-0.106675;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=13,3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0176071,-0.0204,0.0486303;OID=.,.,.;OPOS=54224161,54224164,54224161;OREF=AAAA,A,AAA;OALT=-,C,TAC;OMAPALT=C,CAAAC,CTACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.736842,0.210526,0.0526316:13,3,3:64:56,16,4:76:0:19,0,0:37,16,4:0:0:65:0:0,0,0:13,3,3:0:0 chrX 54521756 . G A 1851.78 PASS AF=0.991935;AO=121;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.634;QD=59.7349;RBI=0.0488757;REFB=-0.049669;REVB=0.0403978;RO=2;SAF=67;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139678;STB=0.503597;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000526711;OID=.;OPOS=54521756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:124:124:2:1:121:123:0.991935:54:67:2:0:54:69:1:0 chrX 54956673 . T C 1107.27 PASS AF=1;AO=66;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.259;QD=59.8525;RBI=0.0282807;REFB=0;REVB=0.0192315;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026855;OID=.;OPOS=54956673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:66:74:1:30:36:0:0:36:38:0:0 chrX 55116466 . C G 1267.87 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0420578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5901;QD=60.3746;RBI=0.0452652;REFB=0.00163532;REVB=0.0167358;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000298617;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:47:36:0:0:47:36:0:1 chrX 55172537 . G A 3906.24 PASS AF=0.875;AO=280;DP=321;FAO=280;FDP=320;FR=.;FRO=40;FSAF=137;FSAR=143;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0330038;FXX=0.00621099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3906;QD=48.828;RBI=0.0620355;REFB=0.0199326;REVB=0.0525276;RO=40;SAF=137;SAR=143;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021181;STB=0.51117;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00224874;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:320:40:40:280:280:0.875:143:137:16:24:143:137:16:24 chrX 55172630 . G A 130.46 PASS AF=0.0861759;AO=48;DP=558;FAO=48;FDP=557;FR=.;FRO=509;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=265;FSRR=244;FWDB=-0.00127365;FXX=0.00357775;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.8285;QD=0.936905;RBI=0.0550475;REFB=-0.000446684;REVB=0.0550327;RO=508;SAF=26;SAR=22;SRF=264;SRR=244;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260989;STB=0.519289;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00963052;OID=.;OPOS=55172630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:558:557:508:509:48:48:0.0861759:22:26:264:244:22:26:265:244 chrX 55172645 . C T 5279.37 PASS AF=0.789883;AO=399;DP=559;FAO=406;FDP=514;FR=.;FRO=108;FSAF=225;FSAR=181;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=-0.0101774;FXX=0.0886509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5106;QD=41.0846;RBI=0.0126394;REFB=-0.0133137;REVB=-0.00749497;RO=99;SAF=225;SAR=174;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376929;STB=0.523214;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00665423;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:559:514:99:108:399:406:0.789883:174:225:46:53:181:225:48:60 chrX 55172659 . A G 279.26 PASS AF=0.126354;AO=70;DP=555;FAO=70;FDP=554;FR=.;FRO=484;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=274;FSRR=210;FWDB=-0.0457418;FXX=0.00180177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9253;QD=2.0163;RBI=0.0465348;REFB=-0.0053095;REVB=0.00855425;RO=483;SAF=33;SAR=37;SRF=274;SRR=209;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121991;STB=0.582191;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0315894;OID=.;OPOS=55172659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:555:554:483:484:70:70:0.126354:37:33:274:209:37:33:274:210 chrX 55172675 . C T 284.45 PASS AF=0.131931;AO=69;DP=524;FAO=69;FDP=523;FR=.,HEALED;FRO=454;FSAF=50;FSAR=19;FSRF=247;FSRR=207;FWDB=0.143526;FXX=0.00190836;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5347;QD=2.17553;RBI=0.151787;REFB=0.0196821;REVB=-0.0493914;RO=386;SAF=50;SAR=19;SRF=182;SRR=204;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329707;STB=0.666892;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.147229;OID=.;OPOS=55172675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:524:523:386:454:69:69:0.131931:19:50:182:204:19:50:247:207 chrX 55172685 . ACT ACC,GTC 4334.78 PASS AF=0.759551,0;AO=334,36;DP=482;FAO=338,0;FDP=445;FR=.;FRO=107;FSAF=214,0;FSAR=124,0;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.0706845,-0.0382214;FXX=0.0767619;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=61.3161,150.102;QD=38.9644;RBI=0.074328,0.0631378;REFB=0.0524689,0.00247366;REVB=-0.0229859,-0.0502544;RO=106;SAF=210,21;SAR=124,15;SRF=49;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0790472,0.150092;STB=0.541959,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0136195,0;OID=.,.;OPOS=55172687,55172685;OREF=T,ACT;OALT=C,GTC;OMAPALT=ACC,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:482:445:106:107:334,36:338,0:0.759551,0:124,15:210,21:49:57:124,0:214,0:50:57 chrX 55172708 . T G 4287.67 PASS AF=0.758542;AO=334;DP=442;FAO=333;FDP=439;FR=.;FRO=106;FSAF=249;FSAR=84;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=0.0109415;FXX=0.00678718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.316;QD=39.0676;RBI=0.0179815;REFB=0.00247641;REVB=-0.0142695;RO=104;SAF=249;SAR=85;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138944;STB=0.576094;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00104639;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:442:439:104:106:334:333:0.758542:85:249:51:53:84:249:52:54 chrX 55172716 . C T 549.4 PASS AF=0.220588;AO=90;DP=408;FAO=90;FDP=408;FR=.;FRO=318;FSAF=71;FSAR=19;FSRF=221;FSRR=97;FWDB=0.00238039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.781;QD=5.38628;RBI=0.00243618;REFB=0.000896432;REVB=-0.000518365;RO=318;SAF=71;SAR=19;SRF=221;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158119;STB=0.597481;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00278687;OID=.;OPOS=55172716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:408:318:318:90:90:0.220588:19:71:221:97:19:71:221:97 chrX 55185568 . A G 748.71 PASS AF=0.5;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0280918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.011;QD=19.4471;RBI=0.0291589;REFB=0.0170032;REVB=-0.00781621;RO=77;SAF=28;SAR=49;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134216;STB=0.574032;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0109641;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:77:77:77:77:0.5:49:28:39:38:49:28:39:38 chrX 55185656 . C A 182.38 PASS AF=0.169082;AO=35;DP=208;FAO=35;FDP=207;FR=.;FRO=172;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=89;FSRR=83;FWDB=-0.0111472;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.165;QD=3.52417;RBI=0.0111874;REFB=-0.00132178;REVB=0.000947976;RO=164;SAF=24;SAR=11;SRF=86;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214522;STB=0.644671;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00540804;OID=.;OPOS=55185656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:164:172:35:35:0.169082:11:24:86:78:11:24:89:83 chrX 55247030 . C G 4571.34 PASS AF=0.983607;AO=299;DP=306;FAO=300;FDP=305;FR=.;FRO=5;FSAF=133;FSAR=167;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0450746;FXX=0.00326787;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.766;QD=59.952;RBI=0.0450771;REFB=-0.151226;REVB=0.00047465;RO=3;SAF=132;SAR=167;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010714;STB=0.509224;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000430082;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:306:305:3:5:299:300:0.983607:167:132:3:0:167:133:5:0 chrX 55289774 . T C 1896.4 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.86;QD=61.6717;RBI=0.0281637;REFB=0;REVB=0.0244455;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09675e-05;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:64:58:0:0:65:58:0:0 chrX 55514818 . C T 1859.47 PASS AF=0.947368;AO=126;DP=133;FAO=126;FDP=133;FR=.;FRO=7;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0722046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.258;QD=55.9239;RBI=0.0768954;REFB=-0.0586917;REVB=-0.026446;RO=7;SAF=64;SAR=62;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348931;STB=0.518392;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0113858;OID=.;OPOS=55514818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:133:133:7:7:126:126:0.947368:62:64:6:1:62:64:6:1 chrX 55651001 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.094;QD=63.2853;RBI=0.0403595;REFB=0;REVB=-0.0199248;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347071;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chrX 57405163 . T C 2622.07 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0257838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.514;QD=61.3349;RBI=0.0263424;REFB=-0.0215356;REVB=0.00539599;RO=1;SAF=81;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531796;STB=0.502793;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000183044;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:1:1:170:170:0.994152:89:81:0:1:89:81:0:1 chrX 57475132 . T C 1102.45 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8194;QD=59.5921;RBI=0.0950273;REFB=0;REVB=0.0922303;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583171;OID=.;OPOS=57475132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:39:33:0:0:40:34:0:0 chrX 57619648 . G T 1933.59 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.94;QD=61.8747;RBI=0.0370394;REFB=0;REVB=-0.0190949;RO=0;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80223e-06;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:66:59:0:0:66:59:0:0 chrX 62570787 . AT A 31.06 PASS AF=0.170732;AO=39;DP=126;FAO=21;FDP=123;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=58;FWDB=0.114877;FXX=0.0390594;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.5227;QD=1.00998;RBI=0.212032;REFB=-0.100859;REVB=-0.178216;RO=79;SAF=9;SAR=30;SRF=38;SRR=41;SSEN=0.323529;SSEP=0;SSSB=-0.321465;STB=0.543366;STBP=0.676;TYPE=del;VARB=0.131628;OID=.;OPOS=62570788;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170732:39:126:21:123:102:8:13:44:58:31:79:9:30:38:41 chrX 65382685 . T A,C 1405.88 PASS AF=0.139785,0.860215;AO=13,79;DP=92;FAO=13,80;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=13,17;FSAR=0,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0847294,-0.0361938;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.055,62.6488;QD=60.4679;RBI=0.0847375,0.0384116;REFB=0,0;REVB=0.00117156,0.0128632;RO=0;SAF=13,17;SAR=0,62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00987595,0.00606526;OID=.,.;OPOS=65382685,65382685;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:63:92:93:0:0:13,79:13,80:0.139785,0.860215:0,62:13,17:0:0:0,63:13,17:0:0 chrX 65393487 . CCGGGGGGC CCCGGGGGC,CCGGGGGC,CCGGGGGCG,CGGGGGC 111.46 PASS AF=0,0.00716846,0.0179211,0.136201;AO=13,41,12,42;DP=303;FAO=0,2,5,38;FDP=279;FR=.;FRO=234;FSAF=0,2,5,20;FSAR=0,0,0,18;FSRF=125;FSRR=109;FWDB=-0.0611,-0.0903456,-0.0555562,-0.0325455;FXX=0.0210519;HRUN=6,6,6,5;LEN=1,1,2,2;MLLD=15.3065,9.53334,138.949,19.2847;QD=1.59798;RBI=0.0612326,0.176725,0.0673237,0.139653;REFB=-0.0126057,-0.0450165,0.000467096,-0.0294605;REVB=0.0040282,-0.151886,-0.0380261,-0.135808;RO=149;SAF=1,18,12,19;SAR=12,23,0,23;SRF=91;SRR=58;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.54717,0,0;SSSB=-0.566751,-0.216569,0.535492,-0.199985;STB=0.5,0.994677,0.997834,0.506793;STBP=1,0.192,0.016,0.932;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0,0.10218,0.158413,0.102481;OID=.,.,.,.;OPOS=65393489,65393489,65393494,65393488;OREF=G,G,GC,CG;OALT=C,-,CG,-;OMAPALT=CCCGGGGGC,CCGGGGGC,CCGGGGGCG,CGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0.00716846,0.0179211,0.136201:13,41,12,42:303:0,2,5,38:279:234:0,2,5,20:0,0,0,18:125:109:83:149:1,18,12,19:12,23,0,23:91:58 chrX 65822607 . T C 4891.58 PASS AF=1;AO=312;DP=312;FAO=312;FDP=312;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.079;QD=62.7125;RBI=0.0163533;REFB=0;REVB=-0.0064193;RO=0;SAF=134;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15737e-05;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:312:312:0:0:312:312:1:178:134:0:0:178:134:0:0 chrX 65824986 . C T 2046.12 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.443;QD=62.4769;RBI=0.032302;REFB=0;REVB=0.0322444;RO=0;SAF=52;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64502e-05;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:78:52:0:0:79:52:0:0 chrX 67674209 . A T 47.9 PASS AF=0.103448;AO=11;DP=115;FAO=12;FDP=116;FR=.;FRO=104;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=69;FWDB=-0.0225863;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=109.367;QD=1.6518;RBI=0.0426587;REFB=-0.00154922;REVB=-0.0361887;RO=100;SAF=11;SAR=0;SRF=33;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.703116;STB=0.943024;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0281561;OID=.;OPOS=67674209;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:115:116:100:104:11:12:0.103448:0:11:33:67:1:11:35:69 chrX 67674212 . T A 151.4 PASS AF=0.384615;AO=32;DP=72;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.00420407;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=23.6204;QD=6.65505;RBI=0.0662257;REFB=-0.026136;REVB=-0.0660921;RO=39;SAF=0;SAR=32;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.844157;STB=0.772577;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.141515;OID=.;OPOS=67674212;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:91:39:56:32:35:0.384615:32:0:19:20:32:3:19:37 chrX 69258515 . T G 1944.97 PASS AF=0.927152;AO=141;DP=151;FAO=140;FDP=151;FR=.;FRO=11;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.118841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.5867;QD=51.5224;RBI=0.126101;REFB=-0.128136;REVB=0.04217;RO=4;SAF=72;SAR=69;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125565;STB=0.509417;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.012163;OID=.;OPOS=69258515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:151:151:4:11:141:140:0.927152:69:72:3:1:69:71:7:4 chrX 69510335 . C T 2424.76 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=161;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241537;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.337;QD=60.6189;RBI=0.0246482;REFB=0.114271;REVB=-0.00491272;RO=1;SAF=74;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556489;STB=0.502924;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000353927;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:160:1:1:159:159:0.99375:85:74:0:1:85:74:0:1 chrX 69652762 . A G 1712.83 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5209;QD=60.6311;RBI=0.0286199;REFB=0;REVB=-0.0192805;RO=0;SAF=48;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223082;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:65:48:0:0:65:48:0:0 chrX 69668463 . A C,G 3664.81 PASS AF=0.0161943,0.959514;AO=9,227;DP=241;FAO=4,237;FDP=247;FR=.;FRO=6;FSAF=2,85;FSAR=2,152;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00974622,0.0227765;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.7501,112.031;QD=59.3491;RBI=0.0131608,0.0281193;REFB=-0.0457926,-0.0249658;REVB=0.00884409,0.0164902;RO=1;SAF=7,79;SAR=2,148;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0593592,-0.00599353;STB=0.799032,0.517044;STBP=0.412,0.002;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00825444,0.00141396;OID=.,.;OPOS=69668463,69668463;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:241:247:1:6:9,227:4,237:0.0161943,0.959514:2,148:7,79:1:0:2,152:2,85:6:0 chrX 69722289 . A T 30.86 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0121416;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.143;QD=3.74056;RBI=0.0524791;REFB=-0.000896781;REVB=-0.0510552;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137902;STB=0.575511;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0685347;OID=.;OPOS=69722289;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:34:33:26:27:6:6:0.181818:3:3:16:10:3:3:16:11 chrX 69774517 . A T 1134.22 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00755046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.202;QD=56.7111;RBI=0.0101439;REFB=-0.0515409;REVB=-0.0067742;RO=1;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145596;STB=0.503178;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00118801;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:1:3:77:77:0.9625:32:45:0:1:32:45:2:1 chrX 70073159 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.918;QD=57.5452;RBI=0.037326;REFB=0;REVB=-0.00473218;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25935e-05;OID=.;OPOS=70073159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chrX 70146398 . A G 3186.09 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00868239;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.453;QD=61.8659;RBI=0.0197313;REFB=0;REVB=0.0177184;RO=0;SAF=99;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99718e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05304e-05;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:206:0:0:206:206:1:107:99:0:0:107:99:0:0 chrX 70146475 . G C 2317.05 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00830849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.557;QD=60.1831;RBI=0.0146804;REFB=0.0107078;REVB=-0.012103;RO=1;SAF=79;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638515;STB=0.503355;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-8.30848e-05;OID=.;OPOS=70146475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:154:1:1:153:153:0.993506:74:79:0:1:74:79:0:1 chrX 70389734 . TCCCCCCCAT TCCCCCCAT,TCCCCCCATC 37.53 PASS AF=0.0963855,0.0481928;AO=32,6;DP=169;FAO=16,8;FDP=166;FR=.;FRO=142;FSAF=9,8;FSAR=7,0;FSRF=62;FSRR=80;FWDB=-0.171095,-0.151971;FXX=0.0119041;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=7.23246,177.184;QD=0.90443;RBI=0.205497,0.151972;REFB=-0.101239,-0.0111776;REVB=0.113823,-0.000564951;RO=96;SAF=20,6;SAR=12,0;SRF=31;SRR=65;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.362641,0.60285;STB=0.611582,0.998836;STBP=0.401,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.0630927,-0.138474;OID=.,.;OPOS=70389735,70389741;OREF=C,CAT;OALT=-,ATC;OMAPALT=TCCCCCCAT,TCCCCCCATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0963855,0.0481928:32,6:169:16,8:166:142:9,8:7,0:62:80:17:96:20,6:12,0:31:65 chrX 70389817 . T TC 57.86 PASS AF=0.174419;AO=25;DP=178;FAO=30;FDP=172;FR=.;FRO=142;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=114;FWDB=-0.0857518;FXX=0.033706;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.3983;QD=1.34564;RBI=0.0858309;REFB=-0.00661561;REVB=-0.00368442;RO=147;SAF=0;SAR=25;SRF=29;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.635165;STB=0.854328;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.188818;OID=.;OPOS=70389818;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.174419:25:178:30:172:142:1:29:28:114:57:147:0:25:29:118 chrX 70794487 . GTTTT GTTTG,GT,GTT,GTTT 167.6 PASS AF=0.259259,0.0740741,0.481481,0.185185;AO=2,3,7,6;DP=27;FAO=7,2,13,5;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,13,5;FSAR=7,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150725,-0.023957,-0.025689,-0.10415;FXX=0;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,3,2,1;MLLD=227.944,11.6201,10.2751,4.40558;QD=24.8297;RBI=0.0861195,0.0900577,0.100046,0.311131;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0847902,0.0868127,0.0966917,0.293181;RO=0;SAF=0,3,7,6;SAR=2,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=-0.000880171,-0.0407887,0.102114,-0.339872;OID=.,.,.,.;OPOS=70794491,70794488,70794488,70794488;OREF=T,TTT,TT,T;OALT=G,-,-,-;OMAPALT=GTTTG,GT,GTT,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.259259,0.0740741,0.481481,0.185185:2,3,7,6:27:7,2,13,5:27:0:0,2,13,5:7,0,0,0:0:0:47:0:0,3,7,6:2,0,0,0:0:0 chrX 70836827 . CGGGGGC CGGGG,CGGGGC,CGGGGCC 377.3 PASS AF=0.517544,0.00877193,0;AO=39,19,5;DP=126;FAO=59,1,0;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=10,1,0;FSAR=49,0,0;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0378709,-0.00870192,-0.0480713;FXX=0.0338954;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=17.4439,9.02544,12.7319;QD=13.2387;RBI=0.1257,0.245533,0.124527;REFB=-0.0855321,-0.125336,-0.0443097;REVB=-0.11986,-0.245378,-0.114874;RO=39;SAF=7,3,3;SAR=32,16,2;SRF=18;SRR=21;SSEN=0.375,0.375,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.325273,-0.417357,0.156672;STB=0.639077,0.992469,0.5;STBP=0.011,0.267,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0847898,0.12385,0;OID=.,.,.;OPOS=70836832,70836828,70836832;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=CGGGG,CGGGGC,CGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517544,0.00877193,0:39,19,5:126:59,1,0:114:54:10,1,0:49,0,0:20:34:99:39:7,3,3:32,16,2:18:21 chrX 71351519 . C A 683.66 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0064107;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.425;QD=52.5892;RBI=0.0300319;REFB=0.0248551;REVB=0.0293397;RO=2;SAF=18;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494652;STB=0.526305;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000389745;OID=.;OPOS=71351519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:52:2:2:50:50:0.961538:32:18:2:0:32:18:2:0 chrX 71363415 . C T 727.03 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0241746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.264;QD=52.8747;RBI=0.0257078;REFB=-0.105821;REVB=-0.00874507;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229721;STB=0.504732;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000455458;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:1:2:53:53:0.963636:33:20:1:0:33:20:1:1 chrX 71379881 . G A 1798.64 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000301889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.068;QD=60.9709;RBI=0.0177859;REFB=0;REVB=0.0177833;RO=0;SAF=46;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3305e-05;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:118:0:0:112:118:1:66:46:0:0:70:48:0:0 chrX 71401607 . G A 1848.05 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0376647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.762;QD=59.6144;RBI=0.037671;REFB=-0.100727;REVB=-0.000688582;RO=1;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693544;STB=0.507245;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00118453;OID=.;OPOS=71401607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:1:2:122:122:0.983871:68:54:0:1:68:54:0:2 chrX 71401614 . C A 1936.87 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00903168;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.639;QD=61.98;RBI=0.0143265;REFB=0;REVB=-0.011121;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30081e-05;OID=.;OPOS=71401614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:68:57:0:0:68:57:0:0 chrX 71406301 . T C 2543.7 PASS AF=0.982456;AO=166;DP=169;FAO=168;FDP=171;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0135238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4122;QD=59.5018;RBI=0.0193811;REFB=-0.070232;REVB=0.0138828;RO=2;SAF=87;SAR=79;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011894;STB=0.503348;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00487309;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:169:171:2:3:166:168:0.982456:79:87:0:2:80:88:1:2 chrX 71418669 . C A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489139;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.768;QD=55.6561;RBI=0.029436;REFB=0;REVB=0.0290268;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55089e-05;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chrX 71791912 . C T 1572.58 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.765;QD=59.9078;RBI=0.0640693;REFB=0;REVB=0.062666;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59904e-05;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:59:45:0:0:60:45:0:0 chrX 71819691 . A G 1530.01 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00823737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.861;QD=63.7502;RBI=0.0226398;REFB=0;REVB=0.0210881;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33587e-06;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:55:41:0:0:55:41:0:0 chrX 73043817 . T C 699.06 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133871;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.687;QD=60.7878;RBI=0.0451793;REFB=-0.033543;REVB=0.0431504;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018429;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000232759;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:1:1:45:45:0.978261:25:20:0:1:25:20:0:1 chrX 73047687 . T TA 33.94 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0111669;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=162.945;QD=5.22223;RBI=0.0140311;REFB=-0.00104583;REVB=-0.00849538;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616073;STB=0.889991;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.0396372;OID=.;OPOS=73047688;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:7:26:8:26:18:1:7:13:5:33:18:1:6:13:5 chrX 73066439 . T C 1095.12 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.23;QD=59.1958;RBI=0.020711;REFB=0;REVB=-0.00712241;RO=1;SAF=53;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86056e-05;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:1:0:72:74:1:19:53:1:0:19:55:0:0 chrX 73071895 . C A,CA 109.98 PASS AF=0.010989,0.32967;AO=6,26;DP=98;FAO=1,30;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=1,5;FSAR=0,25;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0267144,0.205815;FXX=0.0520779;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=227.959,8.74863;QD=4.83424;RBI=0.0268508,0.215116;REFB=-0.00365408,-0.11181;REVB=-0.00270231,-0.062568;RO=54;SAF=1,1;SAR=5,25;SRF=24;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.342281,-0.684456;STB=0.99161,0.714122;STBP=0.271,0.011;TYPE=snp,ins;VARB=0.0140707,0.092347;OID=.,.;OPOS=73071895,73071896;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:98:91:54:60:6,26:1,30:0.010989,0.32967:5,25:1,1:24:30:0,25:1,5:25:35 chrX 73071940 . TAAAAAAAAA AAAATAAAAA,AAATAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAAAG 403.47 PASS AF=0.0208333,0.0833333,0,0.708333,0.1875;AO=4,3,10,5,3;DP=43;FAO=1,4,0,34,9;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,3,9;FSAR=1,4,0,31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402735,-0.0413672,-0.104389,-0.0899651,-0.0145944;FXX=0.12725;HRUN=1,1,13,13,13;LEN=5,4,2,3,1;MLLD=23.644,21.9855,12.0248,14.1947,176.473;QD=33.6224;RBI=0.0502482,0.0620572,0.146649,0.11924,0.0179348;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.0300487,0.0462585,0.102999,0.0782582,0.010424;RO=0;SAF=0,0,0,0,3;SAR=4,3,10,5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,mnp,del,del,snp;VARB=0.0452898,-0.0324841,0.205635,0.0290277,0.0287183;OID=.,.,.,.,.;OPOS=73071940,73071940,73071941,73071941,73071949;OREF=TAAAA,TAAA,AA,AAA,A;OALT=AAAAT,AAAT,-,-,G;OMAPALT=AAAATAAAAA,AAATAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAA,TAAAAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 4/5:66:43:48:0:0:4,3,10,5,3:1,4,0,34,9:0.0208333,0.0833333,0,0.708333,0.1875:4,3,10,5,0:0,0,0,0,3:0:0:1,4,0,31,0:0,0,0,3,9:0:0 chrX 73072400 . TTA TAA,T,TT 113.2 PASS AF=0,0,0.465909;AO=6,15,18;DP=95;FAO=0,0,41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=0,0,26;FSAR=0,0,15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.370102,-0.205262,0.211248;FXX=0.0329634;HRUN=3,3,7;LEN=1,2,1;MLLD=21.5237,16.5935,7.74951;QD=5.14525;RBI=0.378479,0.207378,0.244649;REFB=0.065532,0.0189308,-0.057621;REVB=-0.0791876,0.0295484,0.123399;RO=37;SAF=6,14,9;SAR=0,1,9;SRF=21;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.634897,0.587783,-0.076923;STB=0.5,0.5,0.557007;STBP=1,1,0.318;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0,0.0944111;OID=.,.,.;OPOS=73072401,73072401,73072402;OREF=T,TA,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=TAA,T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.465909:6,15,18:95:0,0,41:88:47:0,0,26:0,0,15:25:22:99:37:6,14,9:0,1,9:21:16 chrX 73462520 . T C 2124.2 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112909;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.71;QD=62.9392;RBI=0.0545676;REFB=0;REVB=0.0533867;RO=0;SAF=54;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87219e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189404;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:134:135:1:80:54:0:0:80:55:0:0 chrX 73641569 . T C 2903.14 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00365281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.992;QD=62.0993;RBI=0.0266751;REFB=0;REVB=-0.0264238;RO=0;SAF=87;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113872;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:187:0:0:180:187:1:93:87:0:0:93:94:0:0 chrX 73811648 . G A 124.3 PASS AF=0.196262;AO=20;DP=106;FAO=21;FDP=107;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0534609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.014;QD=4.64676;RBI=0.0549462;REFB=-0.00861698;REVB=-0.0126895;RO=84;SAF=13;SAR=7;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206745;STB=0.65394;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0269032;OID=.;OPOS=73811648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:84:86:20:21:0.196262:7:13:41:43:7:14:41:45 chrX 73811695 . A G 308.78 PASS AF=0.325203;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0117926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.51;QD=10.0415;RBI=0.0381945;REFB=-0.00240581;REVB=0.0363284;RO=82;SAF=22;SAR=18;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114264;STB=0.570006;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00383587;OID=.;OPOS=73811695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:82:83:40:40:0.325203:18:22:37:45:18:22:37:46 chrX 73811737 . T A 325.13 PASS AF=0.290323;AO=45;DP=156;FAO=45;FDP=155;FR=.;FRO=110;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.00421825;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.967;QD=8.39053;RBI=0.00425333;REFB=-0.0103192;REVB=0.000545088;RO=110;SAF=28;SAR=17;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150003;STB=0.58823;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.020976;OID=.;OPOS=73811737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:110:110:45:45:0.290323:17:28:55:55:17:28:55:55 chrX 73811739 . A G 336.89 PASS AF=0.296774;AO=46;DP=154;FAO=46;FDP=155;FR=.;FRO=109;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=0.0136693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6663;QD=8.69387;RBI=0.0200089;REFB=0.00360417;REVB=-0.0146119;RO=108;SAF=28;SAR=18;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142848;STB=0.586931;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0105636;OID=.;OPOS=73811739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:108:109:46:46:0.296774:18:28:53:55:18:28:53:56 chrX 73811755 . C G 333.08 PASS AF=0.292994;AO=46;DP=157;FAO=46;FDP=157;FR=.;FRO=111;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=62;FWDB=-0.0330931;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.506;QD=8.4861;RBI=0.0538636;REFB=-0.0141639;REVB=-0.0424986;RO=111;SAF=28;SAR=18;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211282;STB=0.61771;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0351877;OID=.;OPOS=73811755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:111:111:46:46:0.292994:18:28:48:63:18:28:49:62 chrX 73811761 . G T 310.72 PASS AF=0.269461;AO=45;DP=167;FAO=45;FDP=167;FR=.;FRO=122;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=70;FWDB=0.0568313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2805;QD=7.44246;RBI=0.0633553;REFB=-0.00966596;REVB=0.0280016;RO=122;SAF=27;SAR=18;SRF=52;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212091;STB=0.625537;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0271171;OID=.;OPOS=73811761;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:122:122:45:45:0.269461:18:27:52:70:18:27:52:70 chrX 73811792 . C T 284.24 PASS AF=0.266234;AO=41;DP=154;FAO=41;FDP=154;FR=.;FRO=113;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=0.0398284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2774;QD=7.38293;RBI=0.0412628;REFB=-0.00744875;REVB=-0.0107851;RO=112;SAF=25;SAR=16;SRF=48;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221202;STB=0.634135;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0240428;OID=.;OPOS=73811792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:112:113:41:41:0.266234:16:25:48:64:16:25:48:65 chrX 73811809 . T C 172.8 PASS AF=0.224806;AO=25;DP=126;FAO=29;FDP=129;FR=.;FRO=100;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.010548;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.436;QD=5.35805;RBI=0.0141637;REFB=-0.0105618;REVB=-0.00945264;RO=101;SAF=14;SAR=11;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169381;STB=0.62689;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0343785;OID=.;OPOS=73811809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:101:100:25:29:0.224806:11:14:43:58:12:17:42:58 chrX 73811846 . C T 72.96 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0351648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5716;QD=3.13827;RBI=0.0540298;REFB=-0.00152988;REVB=-0.0410202;RO=79;SAF=8;SAR=6;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159383;STB=0.607751;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00267294;OID=.;OPOS=73811846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:93:93:79:79:14:14:0.150538:6:8:35:44:6:8:35:44 chrX 73811853 . A G 66.93 PASS AF=0.149425;AO=13;DP=87;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.00142553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.716;QD=3.07714;RBI=0.0159418;REFB=-0.00739124;REVB=-0.015878;RO=74;SAF=8;SAR=5;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225094;STB=0.652549;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0334283;OID=.;OPOS=73811853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:87:87:74:74:13:13:0.149425:5:8:32:42:5:8:32:42 chrX 74494470 . T G 1049.72 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.824;QD=59.1394;RBI=0.0388181;REFB=0;REVB=-0.00902797;RO=0;SAF=46;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14573e-05;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:22:46:0:0:22:49:0:0 chrX 74511202 . G C 2307.58 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041434;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8204;QD=60.7257;RBI=0.046203;REFB=0;REVB=0.0204436;RO=0;SAF=79;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70733e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356398;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:152:0:0:151:152:1:72:79:0:0:73:79:0:0 chrX 75004529 . C A 1624.21 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0684;QD=60.1558;RBI=0.0327481;REFB=0;REVB=-0.0306371;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109491;OID=.;OPOS=75004529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:50:58:0:0:50:58:0:0 chrX 75648898 . CT CTC,TC 204.45 PASS AF=0.371681,0;AO=37,7;DP=120;FAO=42,0;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=3,0;FSAR=39,0;FSRF=19;FSRR=52;FWDB=-0.103574,-0.0986141;FXX=0.0173898;HRUN=0,4;LEN=1,2;MLLD=47.1307,49.6048;QD=7.23726;RBI=0.109028,0.106041;REFB=-0.0158281,-0.00916996;REVB=-0.0340531,-0.038987;RO=70;SAF=1,4;SAR=36,3;SRF=19;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.638354,0.346734;STB=0.758458,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.156023,0.00530356;OID=.,.;OPOS=75648900,75648898;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:113:70:71:37,7:42,0:0.371681,0:36,3:1,4:19:51:39,0:3,0:19:52 chrX 76938173 . C CT,T 42.4 PASS AF=0.369565,0.0217391;AO=7,2;DP=51;FAO=17,1;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8,1;FSAR=9,0;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0271325,0.0112325;FXX=0.041658;HRUN=6,2;LEN=1,1;MLLD=6.94007,31.3878;QD=3.6873;RBI=0.256241,0.021545;REFB=-0.112368,-0.0132359;REVB=0.254801,0.0183853;RO=37;SAF=4,2;SAR=3,0;SRF=16;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.165934,0.458159;STB=0.526285,0.991174;STBP=0.792,0.278;TYPE=ins,snp;VARB=0.152998,-0.082063;OID=.,.;OPOS=76938174,76938173;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:51:46:37:28:7,2:17,1:0.369565,0.0217391:3,0:4,2:16:21:9,0:8,1:12:16 chrX 77298857 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.824;QD=58.4197;RBI=0.0366491;REFB=0;REVB=0.0357145;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5404e-05;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chrX 77381770 . ATTT ATTA,TATT 392.08 PASS AF=0.328571,0.342857;AO=3,5;DP=65;FAO=23,24;FDP=70;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=23,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579369,-0.0420753;FXX=0.0277739;HRUN=13,1;LEN=1,2;MLLD=146.924,51.6359;QD=22.4047;RBI=0.0697887,0.111126;REFB=0.0356066,0.0169406;REVB=-0.0389073,-0.102852;RO=2;SAF=0,0;SAR=3,5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.74993,-0.78221;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.131688,-0.230855;OID=.,.;OPOS=77381773,77381770;OREF=T,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=ATTA,TATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:65:70:2:0:3,5:23,24:0.328571,0.342857:3,5:0,0:2:0:23,7:0,17:0:0 chrX 77528317 . G A 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00775135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.395;QD=60.5457;RBI=0.0239223;REFB=0;REVB=-0.0226316;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24361e-05;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chrX 78011737 . T C 973.34 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0875436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.86;QD=58.9905;RBI=0.102246;REFB=0;REVB=0.0528233;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.58408e-05;OID=.;OPOS=78011737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:33:32:0:0:34:32:0:0 chrX 79698593 . C G 323.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0810567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5328;QD=53.9001;RBI=0.0847699;REFB=0;REVB=0.0248143;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144498;OID=.;OPOS=79698593;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chrX 79931831 . CGTGTGTGTGTGTC CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG 1014.26 PASS AF=0.901408,0.0985915;AO=48,10;DP=64;FAO=64,7;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37,2;FSAR=27,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120784,0.0751939;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=159.663,91.8269;QD=57.1416;RBI=0.127249,0.0844329;REFB=0,0;REVB=0.0400438,-0.038403;RO=0;SAF=27,5;SAR=21,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00630854,0.0528754;OID=.,.;OPOS=79931832,79931840;OREF=GTGT,GTGTC;OALT=-,CTGTG;OMAPALT=CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.901408,0.0985915:48,10:64:64,7:71:0:37,2:27,5:0:0:31:0:27,5:21,5:0:0 chrX 79943569 . T C 3161.96 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0992967;FXX=0.00956892;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2221;QD=61.1006;RBI=0.116285;REFB=-0.100801;REVB=0.060517;RO=0;SAF=85;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25671e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195481;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:203:207:0:0:202:207:1:117:85:0:0:120:87:0:0 chrX 79989018 . C G 1394.65 PASS AF=1;AO=84;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755574;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.837;QD=62.681;RBI=0.0128523;REFB=0;REVB=0.0103968;RO=0;SAF=22;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43309e-05;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:84:89:1:62:22:0:0:63:26:0:0 chrX 80370171 . CT C 52.58 PASS AF=0.328767;AO=26;DP=76;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0172208;FXX=0.0394685;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.06181;QD=2.88123;RBI=0.0912191;REFB=-0.125345;REVB=0.0895788;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877788;STB=0.604596;STBP=0.244;TYPE=del;VARB=0.136454;OID=.;OPOS=80370172;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328767:26:76:24:73:49:11:13:15:34:52:38:11:15:13:25 chrX 84362350 . AT A 298.4 PASS AF=1;AO=27;DP=37;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240039;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.1791;QD=28.419;RBI=0.195625;REFB=0;REVB=0.194147;RO=5;SAF=27;SAR=0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.861678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0111166;OID=.;OPOS=84362351;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:37:42:42:0:40:2:0:0:6:5:27:0:4:1 chrX 84534383 . A C 1216.48 PASS AF=0.968085;AO=43;DP=105;FAO=91;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=24;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0473005;FXX=0.104752;HRUN=10;LEN=1;MLLD=92.5881;QD=51.7651;RBI=0.0487992;REFB=-0.0637045;REVB=-0.0120011;RO=2;SAF=8;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103831;STB=0.529405;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00820483;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:94:2:3:43:91:0.968085:35:8:2:0:67:24:3:0 chrX 84563135 . T A 3901.91 PASS AF=1;AO=239;DP=241;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198866;FXX=0.00809684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.901;QD=63.7046;RBI=0.0214772;REFB=0.0515658;REVB=0.0213849;RO=1;SAF=117;SAR=122;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405621;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03653e-05;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:241:245:1:0:239:245:1:122:117:1:0:127:118:0:0 chrX 86921539 . A G 2578.84 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=171;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0475564;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5891;QD=61.401;RBI=0.0605642;REFB=-0.0606168;REVB=0.0375022;RO=0;SAF=68;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00024634;OID=.;OPOS=86921539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:168:0:1:167:167:0.994048:99:68:0:0:99:68:1:0 chrX 88008423 . A C 1381.26 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0747223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5547;QD=61.3892;RBI=0.0776581;REFB=-0.0960839;REVB=0.0211509;RO=1;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902749;STB=0.504761;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00177917;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:52:37:0:1:52:37:0:1 chrX 88009322 . A G 1860.21 PASS AF=0.96875;AO=123;DP=128;FAO=124;FDP=128;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0154804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.753;QD=58.1317;RBI=0.020874;REFB=-0.107212;REVB=-0.0140029;RO=3;SAF=54;SAR=69;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202052;STB=0.505903;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000267694;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:128:128:3:4:123:124:0.96875:69:54:0:3:70:54:1:3 chrX 89177516 . CA AT 406.04 PASS AF=0.57971;AO=38;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0216914;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=260.846;QD=23.5386;RBI=0.0270636;REFB=-0.0238957;REVB=0.016184;RO=28;SAF=17;SAR=21;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408437;STB=0.517758;STBP=0.78;TYPE=mnp;VARB=0.0191369;OID=.;OPOS=89177516;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:29:38:40:0.57971:21:17:14:14:21:19:15:14 chrX 90693458 . A T 2102.66 PASS AF=1;AO=91;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161776;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.7308;QD=60.9468;RBI=0.113079;REFB=0;REVB=0.111916;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00910932;OID=.;OPOS=90693458;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:139:138:0:0:91:138:1:37:54:0:0:63:75:0:0 chrX 91585410 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.259;QD=49.5992;RBI=0.0225076;REFB=0;REVB=0.0134555;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119555;OID=.;OPOS=91585410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chrX 92927634 . G C 1324.3 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008461;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.346;QD=62.3199;RBI=0.0176152;REFB=0;REVB=0.0154502;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78739e-05;OID=.;OPOS=92927634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chrX 92966182 . G T 3694.43 PASS AF=0.867925;AO=256;DP=304;FAO=276;FDP=318;FR=.;FRO=42;FSAF=140;FSAR=136;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.000618862;FXX=0.0062498;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.11;QD=46.4708;RBI=0.00869975;REFB=0.00494211;REVB=-0.00867771;RO=38;SAF=130;SAR=126;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663261;STB=0.532378;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00224391;OID=.;OPOS=92966182;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:318:38:42:256:276:0.867925:126:130:9:29:136:140:11:31 chrX 92966183 . G T 182.19 PASS AF=0.15035;AO=37;DP=298;FAO=43;FDP=286;FR=.;FRO=243;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=110;FSRR=133;FWDB=-0.00015499;FXX=0.106247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.442;QD=2.5481;RBI=0.00347793;REFB=-0.000478353;REVB=-0.00347447;RO=234;SAF=8;SAR=29;SRF=112;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352518;STB=0.635156;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0134274;OID=.;OPOS=92966183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:286:234:243:37:43:0.15035:29:8:112:122:30:13:110:133 chrX 92966191 . T A 68.46 PASS AF=0.097561;AO=40;DP=278;FAO=28;FDP=287;FR=.;FRO=259;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=92;FSRR=167;FWDB=-0.0268864;FXX=0.00692018;HRUN=8;LEN=1;MLLD=43.9103;QD=0.954197;RBI=0.0297554;REFB=-0.00363826;REVB=-0.0127478;RO=210;SAF=25;SAR=15;SRF=73;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346625;STB=0.716075;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0503942;OID=.;OPOS=92966191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:278:287:210:259:40:28:0.097561:15:25:73:137:11:17:92:167 chrX 96139406 . G A 2328.44 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020049;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.748;QD=63.7927;RBI=0.0419096;REFB=0;REVB=-0.0418616;RO=0;SAF=65;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00059e-05;OID=.;OPOS=96139406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:145:146:1:80:65:0:0:80:66:0:0 chrX 96139459 . T C 1879.47 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.614;QD=60.6282;RBI=0.0284863;REFB=-0.133404;REVB=-0.00266723;RO=1;SAF=46;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00613062;STB=0.503225;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000578128;OID=.;OPOS=96139459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:77:46:0:1:77:46:0:1 chrX 99355146 . C T 1135.05 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.529;QD=60.5362;RBI=0.0570598;REFB=0;REVB=-0.0318446;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112847;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chrX 99548478 . C T 1279.72 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0164973;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.317;QD=59.5218;RBI=0.0199594;REFB=-0.0493748;REVB=0.0112347;RO=2;SAF=56;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166162;STB=0.50877;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.000177377;OID=.;OPOS=99548478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:28:56:2:0:28:56:2:0 chrX 99663194 . G T 2369.11 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7667;QD=64.0301;RBI=0.0297052;REFB=0;REVB=0.0184652;RO=0;SAF=72;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102471;OID=.;OPOS=99663194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:75:72:0:0:75:73:0:0 chrX 99849017 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0713817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.557;QD=57.2367;RBI=0.0713879;REFB=0;REVB=0.000941522;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282761;OID=.;OPOS=99849017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chrX 99941705 . T C 803.44 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367569;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1647;QD=57.3882;RBI=0.0607467;REFB=0;REVB=0.0483642;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608159;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chrX 100076557 . GA AT,GAT 49.56 PASS AF=0.0595238,0.0952381;AO=6,9;DP=85;FAO=5,8;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=0,1;FSAR=5,7;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0405125,-0.0623501;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=102.878,90.7232;QD=2.35982;RBI=0.0411644,0.0623522;REFB=-0.00509736,-0.00428714;REVB=0.00729684,-0.000507488;RO=68;SAF=1,2;SAR=5,7;SRF=32;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.345888,-0.31175;STB=0.997745,0.840058;STBP=0.026,0.065;TYPE=mnp,ins;VARB=0.135141,0.0986394;OID=.,.;OPOS=100076557,100076559;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:85:84:68:71:6,9:5,8:0.0595238,0.0952381:5,7:1,2:32:36:5,7:0,1:33:38 chrX 100243459 . G T 1533.27 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020202;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.83;QD=63.8862;RBI=0.0106993;REFB=0;REVB=-0.0105069;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07997e-05;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chrX 100245606 . A G 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.491;QD=61.048;RBI=0.0367086;REFB=0;REVB=0.00672856;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133276;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chrX 100547933 . A G 2998.53 PASS AF=0.980296;AO=198;DP=204;FAO=199;FDP=203;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00958772;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4606;QD=59.0843;RBI=0.0212313;REFB=-0.0167749;REVB=-0.0189432;RO=3;SAF=95;SAR=103;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00417036;STB=0.509523;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000720587;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:204:203:3:4:198:199:0.980296:103:95:1:2:103:96:0:4 chrX 100743037 . C T 1429.19 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.366;QD=62.8216;RBI=0.0361251;REFB=0;REVB=0.0280041;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34677e-05;OID=.;OPOS=100743037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:91:0:0:88:91:1:39:49:0:0:39:52:0:0 chrX 100743546 . C T 1955.41 PASS AF=1;AO=125;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213662;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.12;QD=62.0766;RBI=0.00480156;REFB=0;REVB=0.00429998;RO=0;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63828e-06;OID=.;OPOS=100743546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:125:126:1:67:58:0:0:68:58:0:0 chrX 100743826 . A G 938.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.554;QD=58.6475;RBI=0.0320528;REFB=0;REVB=0.0316362;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15119e-05;OID=.;OPOS=100743826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:35:26:0:0:37:27:0:0 chrX 100745825 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.105;QD=61.684;RBI=0.0364808;REFB=0;REVB=0.0361843;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13531e-05;OID=.;OPOS=100745825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chrX 100748078 . A G 786.89 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0365309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1865;QD=55.2205;RBI=0.0490867;REFB=-0.0509195;REVB=-0.0327871;RO=0;SAF=47;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04056e-08;STB=0.505261;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000885934;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:9:47:0:0:9:47:1:0 chrX 100749127 . A G 375.6 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.347;QD=55.6439;RBI=0.00820931;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=27;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8732e-05;OID=.;OPOS=100749127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:0:27:0:0:0:27:0:0 chrX 100749585 . C T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.117012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7112;QD=46.9601;RBI=0.118978;REFB=-0.135294;REVB=-0.0215366;RO=1;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061324;STB=0.533299;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0108386;OID=.;OPOS=100749585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:7:13:0:1:7:13:0:1 chrX 100871148 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.917;QD=48.7356;RBI=0.0534959;REFB=0;REVB=0.0523881;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223343;OID=.;OPOS=100871148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chrX 100880075 . GA G,GG 46.05 PASS AF=0.148718,0.025641;AO=47,11;DP=198;FAO=29,5;FDP=195;FR=.;FRO=161;FSAF=8,1;FSAR=21,4;FSRF=101;FSRR=60;FWDB=-0.116944,-0.0927983;FXX=0.0200995;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.42331,24.5381;QD=0.944585;RBI=0.124242,0.0933621;REFB=-0.0860209,-0.0365914;REVB=-0.0419526,-0.0102453;RO=114;SAF=27,3;SAR=20,8;SRF=71;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0.468085,0;SSSB=-0.0604441,-0.386009;STB=0.77919,0.863196;STBP=0,0.194;TYPE=del,snp;VARB=0.0797698,0.0530108;OID=.,.;OPOS=100880076,100880076;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148718,0.025641:47,11:198:29,5:195:161:8,1:21,4:101:60:32:114:27,3:20,8:71:43 chrX 100880857 . G A 1142.93 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0426259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8852;QD=58.6118;RBI=0.0437829;REFB=-0.0971672;REVB=-0.00999888;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012618;STB=0.506665;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0070692;OID=.;OPOS=100880857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:39:37:1:0:40:37:1:0 chrX 100911066 . C T 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9265;QD=57.3833;RBI=0.038203;REFB=0;REVB=-0.0301117;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298876;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chrX 100946613 . T C 4669.76 PASS AF=1;AO=278;DP=279;FAO=294;FDP=294;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460814;FXX=0.00338972;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.528;QD=63.5342;RBI=0.0460948;REFB=0.00985692;REVB=0.00111356;RO=0;SAF=111;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.49697e-07;OID=.;OPOS=100946613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:279:294:0:0:278:294:1:167:111:0:0:169:125:0:0 chrX 101138792 . T C 779.3 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.157;QD=56.6766;RBI=0.0766237;REFB=0;REVB=0.0761113;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256284;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:36:18:0:0:37:18:0:0 chrX 101395780 . T TG 476.98 PASS AF=1;AO=43;DP=64;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.21796;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.962;QD=34.0698;RBI=0.227996;REFB=0.00150748;REVB=-0.066899;RO=18;SAF=13;SAR=30;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183129;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0169426;OID=.;OPOS=101395781;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:64:56:56:0:22:34:0:0:8:18:13:30:11:7 chrX 101911337 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.122;QD=57.1768;RBI=0.0232484;REFB=0;REVB=0.0152728;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102314;OID=.;OPOS=101911337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chrX 101911557 . ATTTTTG ATTTGTT,ATTTTG,ATTTTGG 33.05 PASS AF=0.02,0.18,0;AO=2,9,3;DP=55;FAO=1,9,0;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=1,7,0;FSAR=0,2,0;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0442361,0.16547,0.136061;FXX=0.0740604;HRUN=5,5,5;LEN=3,1,1;MLLD=252.745,13.1124,19.9724;QD=2.64382;RBI=0.0521387,0.165491,0.156055;REFB=0.00246528,-0.0491846,-0.0516309;REVB=-0.0275974,0.00264435,0.0764231;RO=31;SAF=2,2,3;SAR=0,7,0;SRF=9;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.567822,-0.107582,0.645896;STB=0.99468,0.867584,0.5;STBP=0.151,0.042,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.185211,0.0442662,0;OID=.,.,.;OPOS=101911561,101911558,101911562;OREF=TTG,T,T;OALT=GTT,-,G;OMAPALT=ATTTGTT,ATTTTG,ATTTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.02,0.18,0:2,9,3:55:1,9,0:50:40:1,7,0:0,2,0:10:30:31:31:2,2,3:0,7,0:9:22 chrX 101970316 . A C 3289.22 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881545;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8126;QD=62.0607;RBI=0.00921406;REFB=0;REVB=0.0026808;RO=0;SAF=95;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65857e-05;OID=.;OPOS=101970316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:212:0:0:212:212:1:117:95:0:0:117:95:0:0 chrX 102529190 . C G 1331.33 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8903;QD=59.8352;RBI=0.0436361;REFB=0.0345226;REVB=-0.0397386;RO=2;SAF=48;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222504;STB=0.501174;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000866268;OID=.;OPOS=102529190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:89:2:2:87:87:0.977528:39:48:1:1:39:48:1:1 chrX 102564583 . A G 1462.1 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00859315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.671;QD=56.2347;RBI=0.0131414;REFB=-0.099693;REVB=0.00994258;RO=3;SAF=42;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140813;STB=0.507426;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.000361096;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:3:3:101:101:0.971154:59:42:2:1:59:42:2:1 chrX 102756744 . ATTTTTTTTTAA ATTTTTTTTAAA,ATTTTTTTTAAT 57.41 PASS AF=0.0571429,0.114286;AO=7,8;DP=76;FAO=4,8;FDP=70;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=49;FSAF=1,7;FSAR=3,1;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0645526,-0.0423438;FXX=0.078937;HRUN=9,9;LEN=1,3;MLLD=15.7809,12.9902;QD=3.28077;RBI=0.0663454,0.247569;REFB=-0.108129,-0.103076;REVB=-0.0153189,0.243921;RO=20;SAF=2,8;SAR=5,0;SRF=15;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.499209,0.703852;STB=0.782446,0.813916;STBP=0.33,0.097;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0875534,0.0801284;OID=.,.;OPOS=102756753,102756753;OREF=T,TAA;OALT=A,AAT;OMAPALT=ATTTTTTTTAAA,ATTTTTTTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0571429,0.114286:7,8:76:4,8:70:49:1,7:3,1:28:21:31:20:2,8:5,0:15:5 chrX 102930960 . A G 313.24 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0644101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5802;QD=50.1187;RBI=0.274439;REFB=-0.0601096;REVB=0.266773;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342828;STB=0.517227;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00950827;OID=.;OPOS=102930960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:13:10:0:1:14:10:0:1 chrX 102979486 . T C 1623.68 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.221;QD=60.1363;RBI=0.018394;REFB=0;REVB=0.00925585;RO=0;SAF=66;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90984e-05;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:42:66:0:0:42:66:0:0 chrX 103046526 . TG T 1074.82 PASS AF=1;AO=97;DP=110;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102749;FXX=0.0272702;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.867;QD=40.1803;RBI=0.0430609;REFB=0;REVB=0.0430486;RO=4;SAF=38;SAR=59;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00272935;OID=.;OPOS=103046527;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:110:107:107:0:41:66:0:0:18:4:38:59:1:3 chrX 103267865 . C G,T 2980.39 PASS AF=0.0502513,0.929648;AO=11,184;DP=199;FAO=10,185;FDP=199;FR=.;FRO=4;FSAF=10,89;FSAR=0,96;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0182882,0.0458509;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.176,58.4169;QD=59.9073;RBI=0.0184512,0.0634711;REFB=-0.00301138,-0.186926;REVB=-0.00244751,0.0438894;RO=4;SAF=11,88;SAR=0,96;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.828903,0.00926454;STB=0.998421,0.504899;STBP=0.004,0.419;TYPE=snp,snp;VARB=0.178293,0.00224766;OID=.,.;OPOS=103267865,103267865;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:199:199:4:4:11,184:10,185:0.0502513,0.929648:0,96:11,88:1:3:0,96:10,89:1:3 chrX 103294760 . C T 1552.33 PASS AF=0.963964;AO=107;DP=111;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0213695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.548;QD=55.9397;RBI=0.0234796;REFB=-0.0374127;REVB=-0.00972797;RO=1;SAF=65;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111662;STB=0.504053;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0003625;OID=.;OPOS=103294760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:111:111:1:4:107:107:0.963964:42:65:0:1:42:65:2:2 chrX 104464276 . CAA CA,CAC 364.41 PASS AF=1,0;AO=25,2;DP=27;FAO=27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967329,-0.112997;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.0384,4.92474;QD=53.9859;RBI=0.0340174,0.12164;REFB=0,0;REVB=0.0326131,-0.0450337;RO=0;SAF=10,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000976785,0;OID=.,.;OPOS=104464277,104464278;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:25,2:27:27,0:27:0:11,0:16,0:0:0:4:0:10,1:15,1:0:0 chrX 104464281 . TC CT,T 301.24 PASS AF=0,1;AO=2,21;DP=24;FAO=0,24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562279,0.0822875;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=125.976,23.9642;QD=50.207;RBI=0.0600532,0.164304;REFB=0,0;REVB=-0.0210904,-0.142213;RO=0;SAF=2,9;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.30137;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.00367916;OID=.,.;OPOS=104464281,104464282;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:24:24:0:0:2,21:0,24:0,1:0,12:2,9:0:0:0,13:0,11:0:0 chrX 104992963 . T C 1421.45 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440073;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.999;QD=61.8023;RBI=0.134547;REFB=0;REVB=0.134475;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412026;OID=.;OPOS=104992963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:88:92:1:33:55:0:0:37:55:0:0 chrX 105153001 . A G 810.38 PASS AF=0.909091;AO=60;DP=67;FAO=60;FDP=66;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0402457;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5525;QD=49.114;RBI=0.0402527;REFB=-0.19101;REVB=-0.0007525;RO=4;SAF=32;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334203;STB=0.533322;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0145436;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:67:66:4:6:60:60:0.909091:28:32:1:3:28:32:1:5 chrX 106200202 . G A 3165.48 PASS AF=1;AO=203;DP=204;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.292;QD=61.7655;RBI=0.0131414;REFB=0;REVB=-0.00901083;RO=0;SAF=105;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18684e-07;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:205:0:0:203:205:1:98:105:0:0:98:107:0:0 chrX 107417730 . G A,C 3916.77 PASS AF=0.938224,0.0617761;AO=236,20;DP=256;FAO=243,16;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=100,13;FSAR=143,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173838,0.00675042;FXX=0.00384601;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.731,119.352;QD=60.4906;RBI=0.0229026,0.00676321;REFB=0.0182475,0.0558176;REVB=0.0149108,0.000415695;RO=0;SAF=97,15;SAR=139,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.14478e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000239697,0.0499941;OID=.,.;OPOS=107417730,107417730;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:256:259:0:0:236,20:243,16:0.938224,0.0617761:139,5:97,15:0:0:143,3:100,13:0:0 chrX 107418906 . A G 2103.57 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00417771;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.486;QD=62.7932;RBI=0.00748418;REFB=0;REVB=-0.00620964;RO=0;SAF=60;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02228e-06;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:134:0:0:134:134:1:74:60:0:0:74:60:0:0 chrX 107449822 . AGT A,ATT 42.11 PASS AF=0.333333,0;AO=8,3;DP=32;FAO=9,0;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.00610626,-0.0160607;FXX=0.0357015;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=60.0529,59.3898;QD=6.23833;RBI=0.190598,0.0797044;REFB=-0.00300906,-0.00873332;REVB=-0.1905,0.0780695;RO=14;SAF=0,1;SAR=8,2;SRF=13;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.847205,-0.649214;STB=0.920074,0.5;STBP=0.012,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.012857,0;OID=.,.;OPOS=107449823,107449823;OREF=GT,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0:8,3:32:9,0:27:18:1,0:8,0:15:3:42:14:0,1:8,2:13:1 chrX 107976940 . G C 1362.38 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7434;QD=61.2306;RBI=0.0347582;REFB=-0.0834632;REVB=0.00989921;RO=1;SAF=37;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126348;STB=0.506665;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00150502;OID=.;OPOS=107976940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:51:37:1:0:51:37:1:0 chrX 107977454 . C G 67.47 PASS AF=0.2;AO=9;DP=56;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=0.0999852;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5513;QD=4.90708;RBI=0.101954;REFB=-0.0431689;REVB=-0.019941;RO=42;SAF=9;SAR=0;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.821522;STB=0.949278;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.112577;OID=.;OPOS=107977454;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:56:55:42:44:9:11:0.2:0:9:7:35:1:10:9:35 chrX 107979512 . C T 2851.38 PASS AF=0.994565;AO=178;DP=181;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0581037;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.147;QD=61.9866;RBI=0.0811137;REFB=-0.0893066;REVB=0.0565986;RO=0;SAF=77;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43519e-08;STB=0.502463;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000284073;OID=.;OPOS=107979512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:181:184:0:1:178:183:0.994565:101:77:0:0:101:82:0:1 chrX 107979515 . C T 2867.92 PASS AF=0.994565;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00400302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7594;QD=62.346;RBI=0.021368;REFB=-0.000899583;REVB=0.0209897;RO=1;SAF=83;SAR=100;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570174;STB=0.502994;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=3.05127e-05;OID=.;OPOS=107979515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:184:1:1:183:183:0.994565:100:83:1:0:100:83:1:0 chrX 108297375 . T C 9477.32 PASS AF=1;AO=594;DP=598;FAO=595;FDP=595;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=448;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461425;FXX=0.00667768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7059;QD=63.7131;RBI=0.0126833;REFB=-0.0195414;REVB=-0.0118142;RO=3;SAF=147;SAR=447;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0011056;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.60446e-06;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:598:595:3:0:594:595:1:447:147:1:2:448:147:0:0 chrX 108297445 . A G 14723.9 PASS AF=1;AO=920;DP=931;FAO=934;FDP=934;FR=.;FRO=0;FSAF=330;FSAR=604;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00130925;FXX=0.0126849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.633;QD=63.0574;RBI=0.0175784;REFB=0.00480123;REVB=-0.0175295;RO=10;SAF=328;SAR=592;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00320881;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.79548e-06;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:931:934:10:0:920:934:1:592:328:5:5:604:330:0:0 chrX 108297500 . G C 10310.7 PASS AF=0.979412;AO=663;DP=680;FAO=666;FDP=680;FR=.;FRO=14;FSAF=266;FSAR=400;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0273256;FXX=0.00439232;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.615;QD=60.6513;RBI=0.0276235;REFB=-0.109219;REVB=0.00404604;RO=11;SAF=266;SAR=397;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172906;STB=0.500907;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000543724;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:680:680:11:14:663:666:0.979412:397:266:5:6:400:266:5:9 chrX 108297573 . A G 2877.04 PASS AF=0.954545;AO=184;DP=197;FAO=189;FDP=198;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=153;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00869081;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3795;QD=58.1221;RBI=0.0402301;REFB=0.014852;REVB=-0.0392801;RO=8;SAF=34;SAR=150;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085239;STB=0.502333;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00124388;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:197:198:8:9:184:189:0.954545:150:34:2:6:153:36:2:7 chrX 108297602 . T C 2820.93 PASS AF=0.949239;AO=183;DP=193;FAO=187;FDP=197;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=169;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00217275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.668;QD=57.2778;RBI=0.0112016;REFB=-0.00967928;REVB=-0.0109889;RO=10;SAF=17;SAR=166;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107458;STB=0.553776;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00038682;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:193:197:10:10:183:187:0.949239:166:17:5:5:169:18:5:5 chrX 108297641 . G A 2884.02 PASS AF=0.947115;AO=196;DP=207;FAO=197;FDP=208;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=179;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0403618;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8935;QD=55.462;RBI=0.0516283;REFB=-0.0368081;REVB=0.0321933;RO=11;SAF=18;SAR=178;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122249;STB=0.564662;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00311657;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:207:208:11:11:196:197:0.947115:178:18:6:5:179:18:6:5 chrX 108297699 . T C 2274.88 PASS AF=0.957055;AO=152;DP=164;FAO=156;FDP=163;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=125;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0128519;FXX=0.0239507;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.394;QD=55.8252;RBI=0.0199074;REFB=0.0131357;REVB=0.0152031;RO=7;SAF=30;SAR=122;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652498;STB=0.53336;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000771786;OID=.;OPOS=108297699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:164:163:7:7:152:156:0.957055:122:30:5:2:125:31:5:2 chrX 108297702 . A G 2070.39 PASS AF=0.957746;AO=135;DP=146;FAO=136;FDP=142;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=104;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0133442;FXX=0.0273954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.689;QD=58.3207;RBI=0.0154011;REFB=-0.0487986;REVB=-0.00768941;RO=5;SAF=31;SAR=104;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529434;STB=0.52466;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00299843;OID=.;OPOS=108297702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:146:142:5:6:135:136:0.957746:104:31:4:1:104:32:4:2 chrX 108297713 . T C 1443.48 PASS AF=0.95283;AO=101;DP=107;FAO=101;FDP=106;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=74;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00853588;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.768;QD=54.4711;RBI=0.0088111;REFB=-0.0332381;REVB=0.00218502;RO=5;SAF=27;SAR=74;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589137;STB=0.531135;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000755561;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:107:106:5:5:101:101:0.95283:74:27:4:1:74:27:4:1 chrX 108297794 . T C 685.57 PASS AF=0.877551;AO=31;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0177722;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.845;QD=55.965;RBI=0.0605665;REFB=-0.084044;REVB=0.0579004;RO=4;SAF=30;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429509;STB=0.538025;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0121054;OID=.;OPOS=108297794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:49:49:4:3:31:43:0.877551:1:30:2:2:10:33:1:2 chrX 108297832 . A G 651.07 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0277193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.582;QD=54.2557;RBI=0.044789;REFB=-0.00836033;REVB=-0.0351808;RO=4;SAF=37;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152235;STB=0.58172;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000189119;OID=.;OPOS=108297832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:4:4:44:44:0.916667:7:37:1:3:7:37:1:3 chrX 108708516 . C T 1612.95 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.775;QD=59.739;RBI=0.025689;REFB=0;REVB=-0.0166156;RO=0;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16534e-05;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:65:42:0:0:65:43:0:0 chrX 108885841 . TAA TA,T,TAT 569.71 PASS AF=0.808989,0,0.191011;AO=11,18,8;DP=92;FAO=72,0,17;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0,0;FSAR=33,0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.912564,0.454695,0.0700081;FXX=0.0326052;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=7.68073,9.15927,106.231;QD=25.605;RBI=1.03968,0.521767,0.164148;REFB=0,0,0;REVB=-0.498156,-0.255916,-0.14847;RO=27;SAF=6,0,0;SAR=5,18,8;SRF=26;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0.378906,0.378906,0;SSSB=-0.560008,-0.882436,-0.867467;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.126649,0.0235336,0.237653;OID=.,.,.;OPOS=108885842,108885842,108885843;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TA,T,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.808989,0,0.191011:11,18,8:92:72,0,17:89:0:39,0,0:33,0,17:0:0:84:27:6,0,0:5,18,8:26:1 chrX 112099286 . G A 2288.12 PASS AF=0.993506;AO=152;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0312543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.938;QD=59.4317;RBI=0.0340638;REFB=-0.00314195;REVB=-0.0135466;RO=2;SAF=49;SAR=103;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190155;STB=0.50495;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00013429;OID=.;OPOS=112099286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:154:154:2:1:152:153:0.993506:103:49:2:0:103:50:1:0 chrX 114425196 . G A 223.17 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0517174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.123;QD=14.878;RBI=0.0601342;REFB=-0.0223416;REVB=0.0306828;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301354;STB=0.676487;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00990717;OID=.;OPOS=114425196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:10:16:10:23:10:16:10:24 chrX 114425210 . G A 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00817277;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.123;QD=3.33224;RBI=0.00945466;REFB=-0.00616331;REVB=0.00475356;RO=51;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198443;STB=0.636075;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0403975;OID=.;OPOS=114425210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:4:5:20:31:4:5:20:31 chrX 114425400 . G A 733.96 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0552877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1546;QD=61.1635;RBI=0.0555006;REFB=-0.154822;REVB=-0.0048568;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171015;STB=0.509087;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00230962;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:20:27:1:0:20:27:1:0 chrX 114426171 . C T 208.19 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.058763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.201;QD=41.6379;RBI=0.0699608;REFB=-0.0721683;REVB=0.0379662;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833329;STB=0.545405;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00947133;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:10:8:0:2:10:8:0:2 chrX 114426917 . C T 1198.37 PASS AF=1;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381776;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.029;QD=60.6772;RBI=0.097325;REFB=0;REVB=0.0895245;RO=1;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155154;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563416;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:1:0:78:79:1:30:48:0:1:31:48:0:0 chrX 115304830 . A G 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.591;QD=63.8872;RBI=0.0336354;REFB=0;REVB=0.0208103;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68544e-05;OID=.;OPOS=115304830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chrX 115305126 . A C 726.91 PASS AF=0.875;AO=56;DP=64;FAO=56;FDP=64;FR=.;FRO=8;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0247233;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.906;QD=45.4321;RBI=0.0258049;REFB=-0.0508874;REVB=0.0073926;RO=2;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473428;STB=0.556034;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000291961;OID=.;OPOS=115305126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:64:64:2:8:56:56:0.875:32:24:1:1:32:24:7:1 chrX 115590131 . GAAAAAA GAAAAA,GAAAA,GAAAAAT 665.66 PASS AF=0.913386,0,0.0866142;AO=40,22,5;DP=127;FAO=116,0,11;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=53,0,8;FSAR=63,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.707748,0.351377,0.043168;FXX=0.0378759;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=6.68789,8.75666,173.025;QD=20.9655;RBI=0.966912,0.482609,0.0927381;REFB=0,0,0;REVB=-0.658796,-0.330825,-0.0820785;RO=32;SAF=16,0,3;SAR=24,22,2;SRF=28;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.369923,-0.875323,-0.419727;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0262301,0,0.108897;OID=.,.,.;OPOS=115590132,115590132,115590137;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GAAAAA,GAAAA,GAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.913386,0,0.0866142:40,22,5:127:116,0,11:127:0:53,0,8:63,0,3:0:0:37:32:16,0,3:24,22,2:28:4 chrX 117333938 . C T 1396.14 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.132;QD=62.748;RBI=0.00903317;REFB=0;REVB=0.00645918;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07324e-07;OID=.;OPOS=117333938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:46:42:0:0:47:42:0:0 chrX 117521338 . G A 1358.54 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8798;QD=62.4617;RBI=0.0578159;REFB=0;REVB=-0.0412024;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273037;OID=.;OPOS=117521338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chrX 117528056 . G A 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5576;QD=60.5461;RBI=0.131028;REFB=0;REVB=-0.129249;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00059683;OID=.;OPOS=117528056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chrX 117528142 . C T 1065.74 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148189;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.34;QD=60.042;RBI=0.0157238;REFB=0;REVB=0.00525728;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65825e-05;OID=.;OPOS=117528142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chrX 117566782 . C T 1526.67 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222196;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.938;QD=59.8696;RBI=0.0290188;REFB=0;REVB=0.0186649;RO=0;SAF=42;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23339e-06;OID=.;OPOS=117566782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:60:42:0:0:60:42:0:0 chrX 117700141 . A G 696.18 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.174206;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8356;QD=51.5689;RBI=0.180567;REFB=-0.140565;REVB=0.0475062;RO=3;SAF=12;SAR=39;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104138;STB=0.517235;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0131494;OID=.;OPOS=117700141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:3:1:51:53:0.981481:39:12:3:0:39:14:1:0 chrX 118108785 . T C 3439.75 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.944;QD=62.5409;RBI=0.0232309;REFB=0;REVB=0.0150241;RO=0;SAF=138;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30563e-05;OID=.;OPOS=118108785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:220:0:0:220:220:1:82:138:0:0:82:138:0:0 chrX 118148229 . A G 1434.43 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.179;QD=63.0517;RBI=0.0245628;REFB=0;REVB=0.00318462;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54947e-05;OID=.;OPOS=118148229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chrX 118281538 . C A 1661.23 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2127;QD=59.3296;RBI=0.0432528;REFB=0.0174372;REVB=0.0379049;RO=1;SAF=58;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811551;STB=0.504273;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00141231;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:53:58:1:0:53:58:1:0 chrX 118603713 . T C 40.41 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0212982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2465;QD=2.04604;RBI=0.0424292;REFB=-0.00293732;REVB=0.0366964;RO=70;SAF=2;SAR=7;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352827;STB=0.763769;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0255666;OID=.;OPOS=118603713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:70:70:9:9:0.113924:7:2:36:34:7:2:36:34 chrX 118603729 . G A 38.46 PASS AF=0.105882;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=85;FR=.;FRO=76;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.00559097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.753;QD=1.81006;RBI=0.0135489;REFB=0.00100637;REVB=0.0123416;RO=75;SAF=2;SAR=7;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276346;STB=0.719479;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00655491;OID=.;OPOS=118603729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:85:75:76:9:9:0.105882:7:2:33:42:7:2:34:42 chrX 118603742 . A C 57.41 PASS AF=0.130435;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00784549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.786;QD=2.49619;RBI=0.0151449;REFB=-0.0014907;REVB=-0.0129544;RO=80;SAF=5;SAR=7;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570017;STB=0.540373;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0259005;OID=.;OPOS=118603742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:92:92:80:80:12:12:0.130435:7:5:37:43:7:5:37:43 chrX 118603747 . A T 56.26 PASS AF=0.129032;AO=9;DP=90;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.0203484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.737;QD=2.41978;RBI=0.0243594;REFB=0.00171459;REVB=0.0133912;RO=81;SAF=2;SAR=7;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289035;STB=0.53546;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0174634;OID=.;OPOS=118603747;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:90:93:81:81:9:12:0.129032:7:2:37:44:7:5:37:44 chrX 118603773 . T C 64.87 PASS AF=0.139785;AO=13;DP=93;FAO=13;FDP=93;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=-0.0350078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.382;QD=2.78997;RBI=0.0379825;REFB=-0.00448305;REVB=-0.0147352;RO=76;SAF=6;SAR=7;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119166;STB=0.575645;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.045725;OID=.;OPOS=118603773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:93:93:76:80:13:13:0.139785:7:6:28:48:7:6:30:50 chrX 118603818 . T G 51.5 PASS AF=0.105691;AO=13;DP=123;FAO=13;FDP=123;FR=.;FRO=110;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=71;FWDB=0.00998477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.943;QD=1.67478;RBI=0.0122476;REFB=-0.00298378;REVB=-0.00709286;RO=109;SAF=5;SAR=8;SRF=38;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466534;STB=0.528738;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0295618;OID=.;OPOS=118603818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:123:123:109:110:13:13:0.105691:8:5:38:71:8:5:39:71 chrX 118603830 . A G 39.5 PASS AF=0.0901639;AO=11;DP=122;FAO=11;FDP=122;FR=.;FRO=111;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=69;FWDB=0.0406209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3489;QD=1.29517;RBI=0.0412318;REFB=0.0010129;REVB=0.00707163;RO=111;SAF=4;SAR=7;SRF=42;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181729;STB=0.514351;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00774133;OID=.;OPOS=118603830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:122:122:111:111:11:11:0.0901639:7:4:42:69:7:4:42:69 chrX 118605114 . C A 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0391991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4965;QD=8.08963;RBI=0.0393966;REFB=0.00389044;REVB=0.00394062;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115004;STB=0.571271;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00503945;OID=.;OPOS=118605114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:5:4:12:10:5:4:12:10 chrX 118605134 . G T 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0607426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8263;QD=6.01577;RBI=0.0651276;REFB=0.0177814;REVB=0.0234933;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135998;STB=0.587985;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0440706;OID=.;OPOS=118605134;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:4:3:12:10:4:3:12:10 chrX 118605163 . C T 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0182276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.183;QD=5.44273;RBI=0.0221574;REFB=0.00305582;REVB=-0.0125977;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304021;STB=0.699354;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0121129;OID=.;OPOS=118605163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:12:8:4:2:12:8 chrX 118678364 . G A 2214.89 PASS AF=0.992958;AO=136;DP=139;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166886;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.007;QD=62.3912;RBI=0.0173394;REFB=0.00411288;REVB=-0.00470584;RO=1;SAF=74;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063812;STB=0.503144;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-1.61729e-06;OID=.;OPOS=118678364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:142:1:1:136:141:0.992958:62:74:1:0:62:79:1:0 chrX 118699320 . A G 3555.43 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219549;FXX=0.0173153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9314;QD=62.6507;RBI=0.0230329;REFB=-0.0171784;REVB=0.0069639;RO=0;SAF=113;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903424;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:225:227:0:0:225:227:1:112:113:0:0:114:113:0:0 chrX 118829479 . G A 9105.59 PASS AF=1;AO=571;DP=573;FAO=574;FDP=574;FR=.;FRO=0;FSAF=210;FSAR=364;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00604106;FXX=0.00347216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.329;QD=63.4536;RBI=0.0161928;REFB=-0.0400654;REVB=0.0150237;RO=1;SAF=210;SAR=361;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00132113;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90762e-06;OID=.;OPOS=118829479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:573:574:1:0:571:574:1:361:210:0:1:364:210:0:0 chrX 119005705 . C G 964.89 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0384672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.46;QD=55.9357;RBI=0.0392214;REFB=-0.139002;REVB=0.00765415;RO=2;SAF=34;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269858;STB=0.514281;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00385432;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:2:2:67:67:0.971014:33:34:2:0:33:34:2:0 chrX 119387833 . C CTGA 491.29 PASS AF=0.837209;AO=32;DP=53;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0252205;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.164;QD=45.7009;RBI=0.0252864;REFB=-0.054066;REVB=0.00182493;RO=21;SAF=21;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203911;STB=0.511815;STBP=0.758;TYPE=ins;VARB=0.00462069;OID=.;OPOS=119387834;OREF=-;OALT=TGA;OMAPALT=CTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.837209:32:53:36:43:7:23:13:4:3:42:21:21:11:8:13 chrX 119389966 . C T 288.11 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.89;QD=52.3844;RBI=0.0652969;REFB=0;REVB=0.0391057;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688608;OID=.;OPOS=119389966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:9:10:0:0:10:12:0:0 chrX 119390465 . A G 440.74 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110521;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.621;QD=56.8698;RBI=0.0236214;REFB=0;REVB=0.0208763;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139859;OID=.;OPOS=119390465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:0:0:29:31:1:16:13:0:0:18:13:0:0 chrX 119391880 . G A 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00747302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.427;QD=48.7318;RBI=0.0514148;REFB=0;REVB=0.0508688;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556871;OID=.;OPOS=119391880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chrX 119590533 . T A 6265.26 PASS AF=1;AO=397;DP=401;FAO=401;FDP=401;FR=.;FRO=0;FSAF=196;FSAR=205;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0086759;FXX=0.00742556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9707;QD=62.4964;RBI=0.0314986;REFB=0;REVB=0.0302802;RO=0;SAF=194;SAR=203;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12897e-05;OID=.;OPOS=119590533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:401:401:0:0:397:401:1:203:194:0:0:205:196:0:0 chrX 120008979 . T C 1101.21 PASS AF=0.920455;AO=71;DP=74;FAO=81;FDP=88;FR=.;FRO=7;FSAF=55;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0277532;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.532;QD=50.0549;RBI=0.0381671;REFB=-0.146181;REVB=0.0262008;RO=1;SAF=47;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995636;STB=0.534977;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00207542;OID=.;OPOS=120008979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:74:88:1:7:71:81:0.920455:24:47:1:0:26:55:2:5 chrX 120008980 . G C 61.75 PASS AF=0.146067;AO=10;DP=84;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=26;FWDB=-0.0470446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9057;QD=2.77548;RBI=0.0473093;REFB=-0.0205937;REVB=-0.00499791;RO=74;SAF=8;SAR=2;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187703;STB=0.538975;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.20109;OID=.;OPOS=120008980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:84:89:74:76:10:13:0.146067:2:8:50:24:5:8:50:26 chrX 122318386 . A AG 3635.42 PASS AF=1;AO=227;DP=235;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025313;FXX=0.0374984;HRUN=0;LEN=1;MLLD=244.285;QD=62.951;RBI=0.0278712;REFB=-0.0389914;REVB=0.0116643;RO=2;SAF=110;SAR=117;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00807524;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00018217;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:227:235:231:231:0:113:118:0:0:15:2:110:117:0:2 chrX 122336600 . T TG 1145.48 PASS AF=1;AO=108;DP=130;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.9847;QD=36.6553;RBI=0.106271;REFB=0.0302145;REVB=-0.0777804;RO=16;SAF=38;SAR=70;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712178;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00133552;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:108:130:125:125:0:44:81:0:0:19:16:38:70:10:6 chrX 122537277 . T C 1084.17 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00907004;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.685;QD=60.2316;RBI=0.0436361;REFB=0;REVB=0.042683;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99645e-05;OID=.;OPOS=122537277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chrX 123041043 . A G 1060.26 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.909;QD=59.7327;RBI=0.0205685;REFB=0;REVB=0.0204834;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95105e-05;OID=.;OPOS=123041043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:41:28:0:0:43:28:0:0 chrX 123042424 . G A 2456.65 PASS AF=1;AO=159;DP=162;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163729;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.012;QD=61.4161;RBI=0.0016491;REFB=0;REVB=0.000196986;RO=0;SAF=71;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37756e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65627e-06;OID=.;OPOS=123042424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:162:160:0:0:159:160:1:88:71:0:0:88:72:0:0 chrX 123042707 . T C 5661.16 PASS AF=1;AO=349;DP=352;FAO=360;FDP=360;FR=.;FRO=0;FSAF=177;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292768;FXX=0.00826424;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.447;QD=62.9018;RBI=0.0303786;REFB=0;REVB=0.00810749;RO=0;SAF=171;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13098e-06;OID=.;OPOS=123042707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:352:360:0:0:349:360:1:178:171:0:0:183:177:0:0 chrX 123043324 . TGTATA T,TGTCTA 1946.92 PASS AF=0.862595,0.137405;AO=108,19;DP=135;FAO=113,18;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=38,8;FSAR=75,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174873,0.0833418;FXX=0.036762;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=238.704,24.9054;QD=59.4479;RBI=0.0362198,0.0837062;REFB=0,0;REVB=0.0317186,-0.007802;RO=0;SAF=33,9;SAR=75,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00650209,0.0459268;OID=.,.;OPOS=123043325,123043327;OREF=GTATA,A;OALT=-,C;OMAPALT=T,TGTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.862595,0.137405:108,19:135:113,18:131:0:38,8:75,10:0:0:80:0:33,9:75,10:0:0 chrX 123514006 . G A 1689.36 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.799;QD=60.3342;RBI=0.0321445;REFB=0;REVB=-0.0075217;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44361e-05;OID=.;OPOS=123514006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:109:112:1:55:54:0:0:57:55:0:0 chrX 123518420 . C A 146.26 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0225301;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.766;QD=8.86394;RBI=0.0244212;REFB=-0.0177509;REVB=-0.00942292;RO=47;SAF=7;SAR=13;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263109;STB=0.663502;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0377463;OID=.;OPOS=123518420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:47:46:20:20:0.30303:13:7:27:20:13:7:27:19 chrX 123526031 . T C 1826.68 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904837;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.475;QD=61.401;RBI=0.013264;REFB=0;REVB=0.00969845;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210038;OID=.;OPOS=123526031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:60:59:0:0:60:59:0:0 chrX 125686536 . T C 1499.82 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.05;QD=63.1501;RBI=0.0164498;REFB=0;REVB=0.0104677;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70946e-05;OID=.;OPOS=125686536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:56:36:0:0:56:39:0:0 chrX 125955428 . G A 4537.01 PASS AF=1;AO=286;DP=287;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=190;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700519;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.523;QD=63.2335;RBI=0.0233859;REFB=-0.0498743;REVB=-0.022312;RO=0;SAF=189;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05033e-06;OID=.;OPOS=125955428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:287:287:0:0:286:287:1:97:189:0:0:97:190:0:0 chrX 128780176 . A AAGC,AGC 462.01 PASS AF=0.813953,0;AO=26,6;DP=54;FAO=35,0;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=23,0;FSAR=12,0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0732277,0.0584135;FXX=0.0227221;HRUN=2,1;LEN=3,2;MLLD=220.081,205.542;QD=42.9775;RBI=0.137408,0.131275;REFB=-0.120046,-0.107776;REVB=0.11627,0.117563;RO=20;SAF=20,3;SAR=6,3;SRF=15;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0209069,-0.30106;STB=0.574034,0.5;STBP=0.079,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0150299,0;OID=.,.;OPOS=128780177,128780177;OREF=-,-;OALT=AGC,GC;OMAPALT=AAGC,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.813953,0:26,6:54:35,0:43:8:23,0:12,0:8:0:50:20:20,3:6,3:15:5 chrX 128781864 . C A,G 1232.3 PASS AF=0.870968,0.0537634;AO=82,5;DP=93;FAO=81,5;FDP=93;FR=.;FRO=7;FSAF=49,1;FSAR=32,4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00844987,0.0151968;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=105.966,42.2556;QD=53.0023;RBI=0.0299779,0.0282545;REFB=0.0285615,-0.000159313;REVB=0.0287624,0.0238196;RO=4;SAF=49,1;SAR=33,4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00890404,-0.268008;STB=0.514582,0.665925;STBP=0.39,0.476;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00772235,0.0147885;OID=.,.;OPOS=128781864,128781864;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:93:93:4:7:82,5:81,5:0.870968,0.0537634:33,4:49,1:2:2:32,4:49,1:3:4 chrX 128880614 . T C 2349.38 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.126;QD=63.9288;RBI=0.0246887;REFB=0;REVB=0.00713834;RO=0;SAF=75;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35978e-05;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:147:0:0:145:147:1:70:75:0:0:71:76:0:0 chrX 129058882 . T C 1423.17 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.16;QD=62.5571;RBI=0.0568294;REFB=0;REVB=0.0364986;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10927e-05;OID=.;OPOS=129058882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:46:43:0:0:48:43:0:0 chrX 129147079 . T C 1491.7 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5883;QD=58.4979;RBI=0.0422968;REFB=0.0758088;REVB=0.041078;RO=2;SAF=57;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291046;STB=0.505881;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000966977;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:2:1:99:101:0.990196:42:57:1:1:42:59:0:1 chrX 129191601 . GAAAAAAAAAAG GAAAAAAAAAG,GAAAAAAAAAGA 34.78 PASS AF=0.416667,0.25;AO=3,2;DP=14;FAO=5,3;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1,1;FSAR=4,2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00700561,0.0890158;FXX=0.076864;HRUN=10,10;LEN=1,2;MLLD=4.61879,22.2431;QD=11.5921;RBI=0.192829,0.149547;REFB=-0.154054,-0.11649;REVB=0.192702,0.120169;RO=5;SAF=1,1;SAR=2,1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.152533,0.306614;STB=0.533194,0.555201;STBP=0.995,0.867;TYPE=del,mnp;VARB=0.00420107,0.12595;OID=.,.;OPOS=129191602,129191611;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAAAAAAAG,GAAAAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.416667,0.25:3,2:14:5,3:12:4:1,1:4,2:1:3:19:5:1,1:2,1:1:4 chrX 129338766 . G A 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00049925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.292;QD=62.9077;RBI=0.0127524;REFB=0;REVB=-0.0127426;RO=0;SAF=34;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37167e-05;OID=.;OPOS=129338766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:56:34:0:0:56:34:0:0 chrX 129349295 . T C,G 1011.65 PASS AF=0.0547945,0.917808;AO=4,67;DP=73;FAO=4,67;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=0,29;FSAR=4,38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00517906,-0.00505448;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.4995,196.851;QD=55.4327;RBI=0.00751904,0.00703637;REFB=-0.0757672,0.00159816;REVB=0.00545099,0.00489517;RO=2;SAF=0,29;SAR=4,38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.725637,-0.00374279;STB=0.995773,0.501981;STBP=0.167,0.864;TYPE=snp,snp;VARB=0.0519399,0.000477011;OID=.,.;OPOS=129349295,129349295;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:73:73:2:2:4,67:4,67:0.0547945,0.917808:4,38:0,29:1:1:4,38:0,29:1:1 chrX 130223137 . G A 1412.42 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.944;QD=62.774;RBI=0.0150098;REFB=0;REVB=0.0115723;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71763e-05;OID=.;OPOS=130223137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:87:90:1:41:46:0:0:44:46:0:0 chrX 130408745 . G A 2476.85 PASS AF=0.993939;AO=160;DP=161;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00784794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2205;QD=60.0448;RBI=0.0735593;REFB=0.00621084;REVB=-0.0731395;RO=1;SAF=65;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072637;STB=0.503759;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-8.95263e-05;OID=.;OPOS=130408745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:165:1:1:160:164:0.993939:95:65:1:0:98:66:1:0 chrX 130416958 . C T 2104.83 PASS AF=0.945946;AO=130;DP=138;FAO=140;FDP=148;FR=.;FRO=8;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0668292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8074;QD=56.8872;RBI=0.0821285;REFB=-0.0660624;REVB=0.0477382;RO=8;SAF=65;SAR=65;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549831;STB=0.528981;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00200913;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:138:148:8:8:130:140:0.945946:65:65:0:8:65:75:0:8 chrX 130420006 . T C 1530.0 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.835;QD=63.7499;RBI=0.00553949;REFB=0;REVB=-0.00122838;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.08076e-06;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:54:42:0:0:54:42:0:0 chrX 130420415 . T C 1171.42 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0774795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0163;QD=60.8529;RBI=0.0851712;REFB=0;REVB=0.0353703;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201719;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chrX 130678467 . A G 2389.29 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.009;QD=64.1419;RBI=0.0491663;REFB=0;REVB=0.00433285;RO=0;SAF=65;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10579e-05;OID=.;OPOS=130678467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:84:65:0:0:84:65:0:0 chrX 130678844 . A C 651.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.109;QD=62.0105;RBI=0.0239689;REFB=0;REVB=0.0239337;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06224e-05;OID=.;OPOS=130678844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:27:14:0:0:27:15:0:0 chrX 131189505 . C T 1749.41 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0377493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6462;QD=59.8088;RBI=0.0446876;REFB=-0.0173584;REVB=-0.0239159;RO=0;SAF=48;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21597e-08;STB=0.505154;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000179751;OID=.;OPOS=131189505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:0:1:116:116:0.991453:68:48:0:0:68:48:1:0 chrX 131212512 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.84;QD=42.1826;RBI=0.0418637;REFB=0;REVB=0.00260605;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103813;OID=.;OPOS=131212512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:5:6:0:0 chrX 131212642 . C T 1358.53 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.504;QD=62.4613;RBI=0.029549;REFB=0;REVB=0.0159922;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37166e-05;OID=.;OPOS=131212642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chrX 131518737 . C T 2322.56 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=149;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0981595;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.954;QD=63.199;RBI=0.100921;REFB=0.00922461;REVB=0.0234472;RO=0;SAF=70;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96177e-08;STB=0.503546;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00011028;OID=.;OPOS=131518737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:147:0:1:146:146:0.993197:76:70:0:0:76:70:1:0 chrX 133379551 . C T 1530.44 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.129;QD=59.4345;RBI=0.00858866;REFB=0;REVB=-0.00839182;RO=0;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.12626e-06;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:59:42:0:0:61:42:0:0 chrX 133380034 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC 1226.4 PASS AF=0.9625,0.0375;AO=55,11;DP=93;FAO=77,3;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51,1;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847605,0.06736;FXX=0.14892;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=137.463,128.357;QD=61.3199;RBI=0.177679,0.0823413;REFB=0,0;REVB=0.156158,-0.0473573;RO=0;SAF=37,7;SAR=18,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.85968e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00799805,0.0778295;OID=.,.;OPOS=133380035,133380063;OREF=GT,GT;OALT=-,AC;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9625,0.0375:55,11:93:77,3:80:0:51,1:26,2:0:0:11:0:37,7:18,4:0:0 chrX 133927657 . AAT A,ATT 58.5 PASS AF=0.183099,0;AO=10,6;DP=83;FAO=13,0;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=11,0;FSAR=2,0;FSRF=46;FSRR=12;FWDB=0.125141,-0.0511317;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=24.7901,21.3382;QD=3.29554;RBI=0.13664,0.0518478;REFB=-0.0307343,-0.00504067;REVB=0.0548662,-0.00858751;RO=56;SAF=8,6;SAR=2,0;SRF=46;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0430566,0.496929;STB=0.574502,0.5;STBP=0.684,1;TYPE=del,snp;VARB=0.133399,0;OID=.,.;OPOS=133927658,133927658;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183099,0:10,6:83:13,0:71:58:11,0:2,0:46:12:59:56:8,6:2,0:46:10 chrX 134125475 . C G 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.56;QD=63.4764;RBI=0.0296431;REFB=0;REVB=0.0254765;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1544e-05;OID=.;OPOS=134125475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chrX 134155904 . G T 600.86 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0564339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.63;QD=58.6208;RBI=0.0583318;REFB=0.00592344;REVB=0.0147586;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000327508;OID=.;OPOS=134155904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:23:17:0:0:23:17:0:1 chrX 134156121 . G C 1229.01 PASS AF=0.976744;AO=77;DP=82;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0404988;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1071;QD=57.1633;RBI=0.0639264;REFB=-0.0779431;REVB=-0.0494614;RO=3;SAF=36;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141655;STB=0.511625;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0190896;OID=.;OPOS=134156121;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:86:3:2:77:84:0.976744:41:36:2:1:42:42:2:0 chrX 134167286 . C T 1462.83 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00581611;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=334.009;QD=56.2626;RBI=0.0283953;REFB=-0.126893;REVB=0.0277933;RO=3;SAF=55;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251723;STB=0.513272;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000179313;OID=.;OPOS=134167286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:3:3:101:101:0.971154:46:55:3:0:46:55:3:0 chrX 134185997 . T A 4148.24 PASS AF=1;AO=265;DP=265;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.416;QD=62.6149;RBI=0.0479643;REFB=0;REVB=0.041678;RO=0;SAF=144;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87208e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03e-05;OID=.;OPOS=134185997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:265:265:0:0:265:265:1:121:144:0:0:121:144:0:0 chrX 134483151 . C T 1594.28 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0198868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.97;QD=57.9737;RBI=0.0257541;REFB=-0.110321;REVB=0.0163641;RO=0;SAF=47;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510415;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000261342;OID=.;OPOS=134483151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:0:2:108:108:0.981818:61:47:0:0:61:47:2:0 chrX 134807790 . A G 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646686;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4999;QD=42.4472;RBI=0.0646695;REFB=0;REVB=0.000345683;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00388732;OID=.;OPOS=134807790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chrX 134807815 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00892046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.556;QD=49.5992;RBI=0.0640373;REFB=0;REVB=0.063413;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220805;OID=.;OPOS=134807815;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chrX 134948034 . A G 857.99 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144048;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.316;QD=58.169;RBI=0.0245531;REFB=0;REVB=-0.0198835;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.144e-05;OID=.;OPOS=134948034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chrX 135307049 . G A 333.97 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0418004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1869;QD=46.0653;RBI=0.0541737;REFB=0.0360174;REVB=-0.0344605;RO=3;SAF=11;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473738;STB=0.525587;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0703996;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:15:11:2:1:15:11:2:1 chrX 135310785 . T C 2977.75 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272137;FXX=0.00526288;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.142;QD=63.0211;RBI=0.0388725;REFB=-0.10026;REVB=0.0277576;RO=0;SAF=97;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64558e-05;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:190:189:0:0:189:189:1:92:97:0:0:92:97:0:0 chrX 135313034 . T G 1712.14 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.209;QD=60.6068;RBI=0.0121014;REFB=0;REVB=0.0107027;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52211e-06;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:59:54:0:0:59:54:0:0 chrX 135474420 . C A 1713.21 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.929;QD=60.6447;RBI=0.0415346;REFB=0;REVB=0.0202119;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09258e-05;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:62:51:0:0:62:51:0:0 chrX 135474444 . AGAT A 1560.95 PASS AF=1;AO=103;DP=115;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348322;FXX=0.119648;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.524;QD=60.6194;RBI=0.00446767;REFB=0;REVB=-0.00279771;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.63282e-05;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:103:115:103:103:0:45:58:0:0:8:0:45:58:0:0 chrX 135480126 . T C 811.87 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197314;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.7038;QD=55.0423;RBI=0.0589312;REFB=0.0890945;REVB=-0.0555298;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00308316;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:35:23:0:0:35:23:1:0 chrX 135496398 . G A 1992.98 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319433;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.6;QD=62.2807;RBI=0.0595062;REFB=0;REVB=-0.0502057;RO=0;SAF=50;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148954;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:78:50:0:0:78:50:0:0 chrX 135956342 . C G 410.61 PASS AF=0.355072;AO=49;DP=139;FAO=49;FDP=138;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.000807023;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.428;QD=11.9018;RBI=0.00753027;REFB=-0.0151464;REVB=0.0074869;RO=89;SAF=28;SAR=21;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036687;STB=0.521;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0260128;OID=.;OPOS=135956342;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:89:89:49:49:0.355072:21:28:48:41:21:28:48:41 chrX 135956370 . G A 372.41 PASS AF=0.308642;AO=50;DP=162;FAO=50;FDP=162;FR=.;FRO=112;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=-0.00543059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6201;QD=9.19527;RBI=0.087439;REFB=-0.000689433;REVB=0.0872702;RO=111;SAF=27;SAR=23;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022205;STB=0.509454;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00256327;OID=.;OPOS=135956370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:111:112:50:50:0.308642:23:27:62:49:23:27:62:50 chrX 135956391 . A G 379.74 PASS AF=0.303571;AO=50;DP=168;FAO=51;FDP=168;FR=.;FRO=117;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=67;FSRR=50;FWDB=-0.00561748;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.313;QD=9.04146;RBI=0.0255877;REFB=0.00363942;REVB=-0.0249634;RO=117;SAF=28;SAR=22;SRF=67;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154334;STB=0.516664;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00722616;OID=.;OPOS=135956391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:117:117:50:51:0.303571:22:28:67:50:23:28:67:50 chrX 135956408 . A G 332.55 PASS AF=0.283951;AO=46;DP=167;FAO=46;FDP=162;FR=.;FRO=116;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=66;FSRR=50;FWDB=0.00299416;FXX=0.0581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.637;QD=8.211;RBI=0.00476249;REFB=0.00313034;REVB=-0.00370356;RO=108;SAF=29;SAR=17;SRF=60;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933436;STB=0.546073;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00736446;OID=.;OPOS=135956408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:162:108:116:46:46:0.283951:17:29:60:48:17:29:66:50 chrX 135956462 . G C 593.12 PASS AF=0.379121;AO=69;DP=182;FAO=69;FDP=182;FR=.;FRO=113;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=-0.025159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.989;QD=13.0355;RBI=0.0352092;REFB=0.00973633;REVB=-0.0246316;RO=112;SAF=39;SAR=30;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326676;STB=0.515968;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00638465;OID=.;OPOS=135956462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:112:113:69:69:0.379121:30:39:60:52:30:39:61:52 chrX 135956467 . C T 593.96 PASS AF=0.383333;AO=68;DP=179;FAO=69;FDP=180;FR=.;FRO=111;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=-0.0058818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.468;QD=13.1991;RBI=0.0275405;REFB=0.0107118;REVB=0.026905;RO=108;SAF=39;SAR=29;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503479;STB=0.515414;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0147384;OID=.;OPOS=135956467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:108:111:68:69:0.383333:29:39:57:51:30:39:60:51 chrX 135956506 . C G 472.23 PASS AF=0.410853;AO=53;DP=129;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0072088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.559;QD=14.6428;RBI=0.00898302;REFB=-0.00387881;REVB=0.00535985;RO=76;SAF=30;SAR=23;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420208;STB=0.52366;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00283786;OID=.;OPOS=135956506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:76:76:53:53:0.410853:23:30:40:36:23:30:40:36 chrX 135956571 . T G,TGG 114.84 PASS AF=0,0.304348;AO=4,10;DP=54;FAO=0,14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=0,7;FSAR=0,7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0100051,0.0287478;FXX=0.041658;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=188.435,30.6428;QD=9.98627;RBI=0.031413,0.0919836;REFB=-0.00150086,-0.00863225;REVB=-0.0297771,-0.0873759;RO=39;SAF=4,3;SAR=0,7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.555959,-0.293318;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.000720025;OID=.,.;OPOS=135956571,135956572;OREF=T,-;OALT=G,GG;OMAPALT=G,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:46:39:32:4,10:0,14:0,0.304348:0,7:4,3:21:18:0,7:0,7:16:16 chrX 135956575 . G A 114.38 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00515512;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.584;QD=9.73406;RBI=0.0080589;REFB=-0.00204503;REVB=0.0061944;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175936;STB=0.510623;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0044499;OID=.;OPOS=135956575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:7:7:16:17:7:7:16:17 chrX 138067202 . A G 1694.62 PASS AF=0.966387;AO=116;DP=119;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0331543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3275;QD=56.9619;RBI=0.0337568;REFB=-0.0500268;REVB=-0.00634895;RO=1;SAF=53;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747895;STB=0.506866;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00461871;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:119:119:1:4:116:115:0.966387:63:53:0:1:63:52:1:3 chrX 138774209 . C T 7143.7 PASS AF=1;AO=438;DP=442;FAO=449;FDP=449;FR=.;FRO=0;FSAF=201;FSAR=248;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0054152;FXX=0.00222217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.61;QD=63.6409;RBI=0.0243256;REFB=0.085045;REVB=0.0237152;RO=1;SAF=195;SAR=243;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00196044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71416e-06;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:442:449:1:0:438:449:1:243:195:0:1:248:201:0:0 chrX 138811003 . G A 1245.13 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3466;QD=61.4877;RBI=0.0374709;REFB=0;REVB=0.0349755;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014573;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:51:30:0:0:51:30:0:0 chrX 138897130 . A C 1615.44 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9165;QD=59.8311;RBI=0.101691;REFB=0;REVB=0.0749309;RO=0;SAF=34;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499929;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:108:0:0:101:108:1:67:34:0:0:70:38:0:0 chrX 138967742 . T G 1490.99 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.671;QD=63.4463;RBI=0.0496811;REFB=0;REVB=0.0487229;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69411e-05;OID=.;OPOS=138967742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:44:49:0:0:44:50:0:0 chrX 139038443 . G A 1483.43 PASS AF=0.980769;AO=99;DP=101;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00465268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.695;QD=57.0549;RBI=0.0410199;REFB=-0.0944515;REVB=0.0407551;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501959;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00259612;OID=.;OPOS=139038443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:104:0:2:99:102:0.980769:58:41:0:0:61:41:1:1 chrX 139099574 . AAAG A 179.12 PASS AF=0.826087;AO=18;DP=22;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00416629;FXX=0.079968;HRUN=4;LEN=3;MLLD=271.222;QD=31.1505;RBI=0.033789;REFB=-0.0731228;REVB=0.0335311;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.322869;SSSB=0;STB=0.557543;STBP=0.241;TYPE=del;VARB=0.0107673;OID=.;OPOS=139099575;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.826087:18:22:19:23:4:8:11:3:1:19:0:8:10:0:0 chrX 139099828 . T A 1233.07 PASS AF=0.795082;AO=92;DP=121;FAO=97;FDP=122;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=67;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00227562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4489;QD=40.4284;RBI=0.0100229;REFB=0.00512019;REVB=-0.00976115;RO=25;SAF=29;SAR=63;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741157;STB=0.539692;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00528339;OID=.;OPOS=139099828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:25:25:92:97:0.795082:63:29:12:13:67:30:12:13 chrX 139858438 . TCGG T 1447.59 PASS AF=1;AO=89;DP=95;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148985;FXX=0.0807999;HRUN=1;LEN=3;MLLD=338.602;QD=63.6304;RBI=0.0154624;REFB=0;REVB=-0.00413785;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000183021;OID=.;OPOS=139858439;OREF=CGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:95:91:91:0:46:45:0:0:8:0:45:44:0:0 chrX 140008385 . G T 4138.65 PASS AF=0.988889;AO=267;DP=271;FAO=267;FDP=270;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0597208;FXX=0.0036899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.376;QD=61.3133;RBI=0.0598927;REFB=0.0179438;REVB=-0.00453503;RO=1;SAF=91;SAR=176;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00270137;STB=0.504225;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.000232948;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:271:270:1:3:267:267:0.988889:176:91:0:1:176:91:0:3 chrX 140270418 . T C 767.91 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.282;QD=56.8823;RBI=0.0284499;REFB=0;REVB=0.0254815;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24954e-05;OID=.;OPOS=140270418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:33:20:0:0:33:21:0:0 chrX 140271268 . G C 286.56 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4859;QD=52.102;RBI=0.0831565;REFB=0;REVB=0.0579382;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00413002;OID=.;OPOS=140271268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:10:9:0:0:10:12:0:0 chrX 140714231 . A G 770.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201726;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.532;QD=64.2036;RBI=0.0551588;REFB=0;REVB=-0.0513376;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47939e-05;OID=.;OPOS=140714231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chrX 140714251 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0362;QD=62.6709;RBI=0.03439;REFB=0;REVB=-0.0281792;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116224;OID=.;OPOS=140714251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chrX 140993781 . A T 40.57 PASS AF=0.0540541;AO=4;DP=112;FAO=6;FDP=111;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=98;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=76;FWDB=-0.104075;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0185;QD=1.46199;RBI=0.215856;REFB=-0.0101641;REVB=-0.189109;RO=74;SAF=1;SAR=3;SRF=21;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385336;STB=0.933623;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.170093;OID=.;OPOS=140993781;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:112:111:74:98:4:6:0.0540541:3:1:21:53:1:5:22:76 chrX 140993801 . G C 114.49 PASS AF=0.177966;AO=21;DP=119;FAO=21;FDP=118;FR=.;FRO=97;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=75;FWDB=-0.0274671;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.662;QD=3.88093;RBI=0.0281371;REFB=-0.00788712;REVB=-0.00610356;RO=94;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.539326;STB=0.819771;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0429797;OID=.;OPOS=140993801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:94:97:21:21:0.177966:7:14:20:74:7:14:22:75 chrX 140993852 . C G 159.15 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00246604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3084;QD=8.26744;RBI=0.0266907;REFB=-0.0164919;REVB=0.0265765;RO=54;SAF=7;SAR=15;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244621;STB=0.652821;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0668032;OID=.;OPOS=140993852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:55:22:22:0.285714:15:7:28:26:15:7:29:26 chrX 140993859 . T A 151.82 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00323839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.691;QD=8.55317;RBI=0.0109388;REFB=-0.00442708;REVB=0.0104485;RO=49;SAF=7;SAR=14;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323161;STB=0.685012;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0163392;OID=.;OPOS=140993859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:50:21:21:0.295775:14:7:30:19:14:7:30:20 chrX 140993864 . T C 99.37 PASS AF=0.216216;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.006909;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.217;QD=5.37111;RBI=0.0353722;REFB=-0.00422791;REVB=-0.0346909;RO=57;SAF=3;SAR=13;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519156;STB=0.828035;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0135686;OID=.;OPOS=140993864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:57:58:16:16:0.216216:13:3:35:22:13:3:36:22 chrX 140993877 . C A 102.77 PASS AF=0.217949;AO=16;DP=78;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0400025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.822;QD=5.27015;RBI=0.0400392;REFB=-0.0077092;REVB=0.00171465;RO=61;SAF=7;SAR=9;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229083;STB=0.660613;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0209063;OID=.;OPOS=140993877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:61:61:16:17:0.217949:9:7:38:23:10:7:38:23 chrX 140993947 . T C 68.03 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0668012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.913;QD=6.04681;RBI=0.0708864;REFB=-0.0246497;REVB=-0.0237166;RO=35;SAF=2;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527865;STB=0.832716;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.112355;OID=.;OPOS=140993947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:45:45:35:35:10:10:0.222222:8:2:23:12:8:2:23:12 chrX 140994136 . T C 42.35 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00202842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.797;QD=4.84;RBI=0.0117329;REFB=-0.00592744;REVB=-0.0115563;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0749953;OID=.;OPOS=140994136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:4:3:12:16:4:3:12:16 chrX 140994171 . C G 276.55 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.077691;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.458;QD=52.6752;RBI=0.0788611;REFB=0;REVB=0.0135345;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000705094;OID=.;OPOS=140994171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:12:9:0:0 chrX 140994280 . A G 380.52 PASS AF=0.861111;AO=26;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0040142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9571;QD=42.2803;RBI=0.11243;REFB=-0.0585089;REVB=0.112359;RO=6;SAF=8;SAR=18;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103425;STB=0.518189;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.032392;OID=.;OPOS=140994280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:36:36:6:5:26:31:0.861111:18:8:2:4:22:9:2:3 chrX 141290865 . C T 1523.01 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0203773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6387;QD=58.5771;RBI=0.0205758;REFB=-0.0373204;REVB=0.00285111;RO=0;SAF=43;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-8.75889e-05;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:0:1:103:103:0.990385:60:43:0:0:60:43:0:1 chrX 142285253 . C T 2085.01 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.987;QD=62.2392;RBI=0.0464034;REFB=0;REVB=0.0428999;RO=1;SAF=55;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00856138;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28184e-05;OID=.;OPOS=142285253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:134:1:0:127:134:1:72:55:1:0:75:59:0:0 chrX 142716114 . G A 1603.46 PASS AF=0.965217;AO=110;DP=116;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0254315;FXX=0.00861995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.651;QD=55.7727;RBI=0.0257241;REFB=0.0717442;REVB=-0.0038693;RO=3;SAF=43;SAR=67;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145339;STB=0.504118;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.000542342;OID=.;OPOS=142716114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:116:115:3:4:110:111:0.965217:67:43:2:1:68:43:2:2 chrX 142795225 . G A 184.5 PASS AF=0.526316;AO=18;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0298307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.534;QD=19.4207;RBI=0.0354916;REFB=-0.047034;REVB=-0.0192299;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220328;STB=0.575841;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0454193;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:18:20:0.526316:11:7:11:6:11:9:11:7 chrX 142967468 . T G 838.1 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.6581;QD=55.8732;RBI=0.026713;REFB=-0.168581;REVB=-0.010393;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00178182;OID=.;OPOS=142967468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:22:37:0:0:22:37:0:1 chrX 142968007 . CTTTATTTTAT CTTTA,CTTTAT,CTTTATT 266.23 PASS AF=1,0,0;AO=9,10,4;DP=24;FAO=24,0,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295899,0.0198501,0.0109436;FXX=0.039984;HRUN=4,4,4;LEN=6,5,4;MLLD=187.735,182.151,175.888;QD=44.372;RBI=0.0401259,0.0263898,0.0132994;REFB=0,0,0;REVB=0.0271021,0.0173895,0.00755719;RO=0;SAF=6,6,4;SAR=3,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.00170034,-0.0188635,0;OID=.,.,.;OPOS=142968012,142968008,142968013;OREF=TTTTAT,TTTAT,TTTA;OALT=-,-,-;OMAPALT=CTTTA,CTTTAT,CTTTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:9,10,4:24:24,0,0:24:0:16,0,0:8,0,0:0:0:5:0:6,6,4:3,4,0:0:0 chrX 142968082 . A C 754.66 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.847;QD=54.8842;RBI=0.0268258;REFB=-0.0341515;REVB=-0.0188031;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.509088;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=6.89321e-05;OID=.;OPOS=142968082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:0:1:27:27:0:1 chrX 144904882 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.429;QD=56.7066;RBI=0.0179068;REFB=0;REVB=-0.0100022;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.94226e-05;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chrX 144910142 . G A 2456.86 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.00257e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.756;QD=61.4214;RBI=0.00547084;REFB=0;REVB=-0.00547076;RO=0;SAF=21;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36635e-06;OID=.;OPOS=144910142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:158:160:1:137:21:0:0:138:22:0:0 chrX 144910936 . C T 807.42 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.464;QD=56.6611;RBI=0.022069;REFB=0;REVB=-0.0030435;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3852e-05;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:30:27:0:0 chrX 147014960 . C T 3206.25 PASS AF=0.981481;AO=209;DP=214;FAO=212;FDP=216;FR=.;FRO=4;FSAF=87;FSAR=125;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0579081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1762;QD=59.3751;RBI=0.0713533;REFB=-0.157429;REVB=-0.0416887;RO=5;SAF=85;SAR=124;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000308729;STB=0.501714;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00206285;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:214:216:5:4:209:212:0.981481:124:85:2:3:125:87:2:2 chrX 147088249 . C T 1763.39 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701089;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.213;QD=61.3352;RBI=0.036163;REFB=0;REVB=-0.0354769;RO=0;SAF=49;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1594e-05;OID=.;OPOS=147088249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:115:0:0:115:115:1:66:49:0:0:66:49:0:0 chrX 148627384 . A G 75.2 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3723;QD=37.6008;RBI=0.116817;REFB=0;REVB=0.0235697;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00958219;OID=.;OPOS=148627384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:4:2:0:0:4:4:0:0 chrX 148628490 . A T 272.33 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.869;QD=51.8723;RBI=0.0137078;REFB=0;REVB=0.00322686;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69428e-05;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:7:14:0:0 chrX 149013727 . A G 1253.35 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136872;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9277;QD=60.4025;RBI=0.0347515;REFB=-0.10096;REVB=-0.0319426;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507245;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000826973;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:0:1:82:82:0.987952:48:34:0:0:48:34:1:0 chrX 149680539 . C T 3515.32 PASS AF=1;AO=224;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.7;QD=62.7735;RBI=0.0358747;REFB=0;REVB=0.035465;RO=0;SAF=95;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45813e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32244e-05;OID=.;OPOS=149680539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:224:0:0:224:224:1:129:95:0:0:129:95:0:0 chrX 149680554 . C T 2681.98 PASS AF=0.952632;AO=176;DP=185;FAO=181;FDP=190;FR=.;FRO=9;FSAF=77;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0498258;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0785;QD=56.4628;RBI=0.0528215;REFB=-0.128131;REVB=0.0175356;RO=9;SAF=72;SAR=104;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286553;STB=0.515295;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00824994;OID=.;OPOS=149680554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:185:190:9:9:176:181:0.952632:104:72:1:8:104:77:1:8 chrX 149826503 . G A 854.11 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236988;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.538;QD=57.906;RBI=0.02893;REFB=0;REVB=0.0165925;RO=0;SAF=7;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4755e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158724;OID=.;OPOS=149826503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:60:59:1:53:7:0:0:52:7:0:0 chrX 149931106 . C T 1939.97 PASS AF=0.977099;AO=126;DP=131;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0171271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.784;QD=59.2357;RBI=0.0174882;REFB=-0.024135;REVB=0.0035353;RO=3;SAF=54;SAR=72;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256625;STB=0.513041;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=3.16837e-05;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:131:3:3:126:128:0.977099:72:54:3:0:72:56:3:0 chrX 150840185 . T C 1954.19 PASS AF=0.969925;AO=127;DP=132;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0230913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.431;QD=58.7727;RBI=0.0310961;REFB=-0.0959685;REVB=0.0208268;RO=2;SAF=53;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017591;STB=0.510202;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000275748;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:132:133:2:4:127:129:0.969925:74:53:2:0:75:54:3:1 chrX 150869267 . A C,G 2763.34 PASS AF=0.155914,0.833333;AO=18,166;DP=185;FAO=29,155;FDP=186;FR=.;FRO=2;FSAF=0,106;FSAR=29,49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0416711,-0.00868449;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=32.8856,121.185;QD=59.4266;RBI=0.0443915,0.012394;REFB=0.027322,-0.0946077;REVB=-0.0153012,-0.0088426;RO=1;SAF=1,105;SAR=17,61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0262699,0.00773732;STB=0.5,0.509999;STBP=1,0.062;TYPE=snp,snp;VARB=0.0447477,0.00148289;OID=.,.;OPOS=150869267,150869267;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:185:186:1:2:18,166:29,155:0.155914,0.833333:17,61:1,105:0:1:29,49:0,106:0:2 chrX 150884620 . C T 1277.5 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189173;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.483;QD=61.5663;RBI=0.0199689;REFB=0;REVB=0.0198791;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57751e-05;OID=.;OPOS=150884620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chrX 150911107 . G A 1643.0 PASS AF=0.990991;AO=108;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0441312;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.459;QD=59.2071;RBI=0.0441372;REFB=-0.110224;REVB=-0.000726334;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000379799;OID=.;OPOS=150911107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:111:0:1:108:110:0.990991:47:61:0:0:49:61:1:0 chrX 151138179 . A C 2276.57 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.219;QD=62.8019;RBI=0.0644478;REFB=-0.104418;REVB=0.0629649;RO=0;SAF=64;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00100062;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:0:1:144:144:0.993103:80:64:0:0:80:64:0:1 chrX 151303393 . C T 901.19 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.254;QD=58.1416;RBI=0.0121731;REFB=0;REVB=-0.0114605;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02706e-05;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:34:26:0:0:35:27:0:0 chrX 151303596 . C T 425.45 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.691;QD=56.7273;RBI=0.0809784;REFB=0;REVB=0.0167589;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630124;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:26:30:1:16:10:0:0:18:12:0:0 chrX 151899913 . T C 1494.57 PASS AF=0.990291;AO=99;DP=100;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000888126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.98;QD=58.0415;RBI=0.00264246;REFB=-0.0476563;REVB=0.00248874;RO=1;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958248;STB=0.50495;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000548045;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:103:1:1:99:102:0.990291:49:50:0:1:50:52:0:1 chrX 151904488 . C A 1533.0 PASS AF=0.963636;AO=106;DP=110;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=84;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00745927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.694;QD=55.7454;RBI=0.00854175;REFB=-0.0180403;REVB=-0.00416182;RO=4;SAF=84;SAR=22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300523;STB=0.515862;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000597819;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:110:110:4:4:106:106:0.963636:22:84:2:2:22:84:2:2 chrX 152018832 . T G 1058.72 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.161;QD=59.6461;RBI=0.0429653;REFB=0;REVB=0.0419375;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5862e-05;OID=.;OPOS=152018832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:71:0:0:65:71:1:34:31:0:0:38:33:0:0 chrX 152226542 . T C 1105.88 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105078;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5508;QD=58.9803;RBI=0.0238756;REFB=-0.0646356;REVB=0.021439;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000255174;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:73:74:0.986667:32:41:0:0:33:41:0:1 chrX 152227132 . C T 4764.21 PASS AF=1;AO=304;DP=309;FAO=306;FDP=306;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115278;FXX=0.0223635;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.671;QD=62.2772;RBI=0.0531412;REFB=-0.016383;REVB=0.0531287;RO=2;SAF=136;SAR=168;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00696169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272657;OID=.;OPOS=152227132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:309:306:2:0:304:306:1:168:136:2:0:168:138:0:0 chrX 152482198 . G A 1420.82 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301264;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.412;QD=63.1475;RBI=0.0325563;REFB=0;REVB=0.0123416;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75722e-05;OID=.;OPOS=152482198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:51:39:0:0:51:39:0:0 chrX 152482917 . T C 1305.45 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231115;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.965;QD=62.1644;RBI=0.0231848;REFB=0;REVB=0.00184182;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91746e-05;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chrX 152609668 . T C 3143.6 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429366;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.467;QD=61.6392;RBI=0.0458073;REFB=0;REVB=0.0159611;RO=0;SAF=103;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26075e-06;OID=.;OPOS=152609668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:204:0:0:198:204:1:95:103:0:0:100:104:0:0 chrX 152610224 . CGTGACCTCT C 672.77 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000323691;FXX=0.0961354;HRUN=1;LEN=9;MLLD=321.907;QD=57.2569;RBI=0.00466553;REFB=0;REVB=0.00465429;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.27216e-06;OID=.;OPOS=152610225;OREF=GTGACCTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:50:47:47:0:15:32:0:0:4:0:15:32:0:0 chrX 152613112 . C T 1482.42 PASS AF=0.962617;AO=103;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0506319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.42;QD=55.4175;RBI=0.0523778;REFB=-0.105425;REVB=0.0134106;RO=3;SAF=35;SAR=68;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204718;STB=0.514283;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00109253;OID=.;OPOS=152613112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:3:4:103:103:0.962617:68:35:0:3:68:35:0:4 chrX 152613702 . A G 3141.08 PASS AF=0.99;AO=198;DP=200;FAO=198;FDP=200;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0256819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.478;QD=62.8216;RBI=0.0295767;REFB=0.00894694;REVB=-0.0146704;RO=2;SAF=99;SAR=99;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07361e-05;OID=.;OPOS=152613702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:200:200:2:2:198:198:0.99:99:99:1:1:99:99:1:1 chrX 152613826 . G A 2094.05 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.377;QD=62.5089;RBI=0.0142976;REFB=0;REVB=-0.00896711;RO=0;SAF=47;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07169e-06;OID=.;OPOS=152613826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:134:0:0:129:134:1:82:47:0:0:83:51:0:0 chrX 152615053 . ATTTTTAC ATTTTAC,ATTTTACT,TTTTTTAC 70.5 PASS AF=0.178571,0.142857,0;AO=9,5,3;DP=55;FAO=10,8,0;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=8,8,0;FSAR=2,0,0;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00175188,-0.0267998,0.0121495;FXX=0;HRUN=5,5,2;LEN=1,3,1;MLLD=11.8243,109.359,31.0379;QD=5.03591;RBI=0.124214,0.0268021,0.0516967;REFB=-0.0172723,-0.00516112,0.0168298;REVB=0.124201,-0.000354218,-0.0502487;RO=29;SAF=7,5,0;SAR=2,0,3;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.464966,0.695126,-0.505428;STB=0.7994,0.998697,0.5;STBP=0.055,0,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0202945,0.0423348,0;OID=.,.,.;OPOS=152615054,152615058,152615053;OREF=T,TAC,A;OALT=-,ACT,T;OMAPALT=ATTTTAC,ATTTTACT,TTTTTTAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:56:29:38:9,5,3:10,8,0:0.178571,0.142857,0:2,0,3:7,5,0:11:18:2,0,0:8,8,0:16:22 chrX 152616741 . A T 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.084;QD=57.7078;RBI=0.0224363;REFB=0;REVB=0.0174057;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18498e-05;OID=.;OPOS=152616741;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chrX 152616952 . A G 1955.5 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011011;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.27;QD=62.0793;RBI=0.0134861;REFB=0;REVB=-0.0077866;RO=0;SAF=77;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77167e-06;OID=.;OPOS=152616952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:49:77:0:0:49:77:0:0 chrX 152616983 . G C 1459.61 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0183905;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7895;QD=62.1112;RBI=0.0193693;REFB=0.0210792;REVB=-0.00607918;RO=1;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012001;STB=0.506328;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000648257;OID=.;OPOS=152616983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:1:1:93:93:0.989362:39:54:0:1:39:54:0:1 chrX 152686628 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.021939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4755;QD=22.5852;RBI=0.0367063;REFB=-0.047704;REVB=-0.0294284;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131;STB=0.574334;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0284271;OID=.;OPOS=152686628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:2:4:5:6:2:4 chrX 152815089 . A G 1384.21 PASS AF=1;AO=67;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0968091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.583;QD=62.9187;RBI=0.0986049;REFB=0;REVB=0.0187331;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255003;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:67:88:1:42:25:0:0:43:45:0:0 chrX 153010014 . C T 40.84 PASS AF=0.0777778;AO=14;DP=180;FAO=14;FDP=180;FR=.;FRO=166;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=79;FSRR=87;FWDB=-0.00418816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.893;QD=0.907449;RBI=0.0170392;REFB=-0.00294952;REVB=-0.0165164;RO=163;SAF=12;SAR=2;SRF=79;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425469;STB=0.853891;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0307888;OID=.;OPOS=153010014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:180:180:163:166:14:14:0.0777778:2:12:79:84:2:12:79:87 chrX 153010019 . AG GT 51.21 PASS AF=0.0874317;AO=16;DP=183;FAO=16;FDP=183;FR=.;FRO=167;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=81;FSRR=86;FWDB=5.436e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.767;QD=1.11927;RBI=0.0132183;REFB=-0.00170106;REVB=-0.0132182;RO=167;SAF=14;SAR=2;SRF=81;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461722;STB=0.865915;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.018544;OID=.;OPOS=153010019;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:183:183:167:167:16:16:0.0874317:2:14:81:86:2:14:81:86 chrX 153010059 . G T 126.17 PASS AF=0.142857;AO=27;DP=189;FAO=27;FDP=189;FR=.;FRO=162;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=74;FSRR=88;FWDB=-0.0332127;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.158;QD=2.67026;RBI=0.038548;REFB=-0.00339072;REVB=-0.0195669;RO=162;SAF=23;SAR=4;SRF=74;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509348;STB=0.844788;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0215785;OID=.;OPOS=153010059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:162:162:27:27:0.142857:4:23:74:88:4:23:74:88 chrX 153010090 . G A 134.92 PASS AF=0.159763;AO=27;DP=169;FAO=27;FDP=169;FR=.;FRO=142;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=74;FSRR=68;FWDB=0.0576886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.586;QD=3.19337;RBI=0.0589101;REFB=9.97578e-05;REVB=0.0119339;RO=140;SAF=23;SAR=4;SRF=74;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455672;STB=0.809926;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000114728;OID=.;OPOS=153010090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:140:142:27:27:0.159763:4:23:74:66:4:23:74:68 chrX 153010092 . G A 136.14 PASS AF=0.161677;AO=27;DP=167;FAO=27;FDP=167;FR=.;FRO=140;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=73;FSRR=67;FWDB=-0.00612325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.024;QD=3.26093;RBI=0.00795316;REFB=-0.0152661;REVB=-0.00507529;RO=135;SAF=23;SAR=4;SRF=69;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472525;STB=0.809368;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0417475;OID=.;OPOS=153010092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:135:140:27:27:0.161677:4:23:69:66:4:23:73:67 chrX 153039502 . G C 1415.95 PASS AF=0.953271;AO=97;DP=102;FAO=102;FDP=107;FR=.;FRO=5;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00145884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.4786;QD=52.9327;RBI=0.0256199;REFB=0.0481866;REVB=0.0255783;RO=5;SAF=49;SAR=48;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009761;STB=0.505594;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00107181;OID=.;OPOS=153039502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:102:107:5:5:97:102:0.953271:48:49:2:3:49:53:2:3 chrX 153041544 . T C 3118.6 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.245;QD=61.7545;RBI=0.0239265;REFB=0;REVB=0.0199049;RO=0;SAF=86;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28014e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58232e-05;OID=.;OPOS=153041544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:202:0:0:201:202:1:115:86:0:0:115:87:0:0 chrX 153045812 . C T 4127.88 PASS AF=0.981752;AO=265;DP=272;FAO=269;FDP=274;FR=.;FRO=5;FSAF=123;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0222746;FXX=0.00724611;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.088;QD=60.261;RBI=0.0453537;REFB=-0.0374407;REVB=0.039507;RO=5;SAF=119;SAR=146;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160439;STB=0.508417;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00010105;OID=.;OPOS=153045812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:272:274:5:5:265:269:0.981752:146:119:0:5:146:123:0:5 chrX 153048656 . CA C,CC 2527.47 PASS AF=0.0952381,0.89881;AO=44,114;DP=159;FAO=16,151;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=0,5;FSAR=16,146;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-1.43103e-05,-0.00222157;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=294.297,297.235;QD=60.1779;RBI=0.0212308,0.0223049;REFB=-0.0994646,-0.0689252;REVB=0.0212308,0.022194;RO=1;SAF=0,5;SAR=44,109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.887915,-0.0859819;STB=0.998798,0.545448;STBP=0.02,0.016;TYPE=del,snp;VARB=-0.0192846,0.0232897;OID=.,.;OPOS=153048657,153048657;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0952381,0.89881:44,114:159:16,151:168:1:0,5:16,146:1:0:7:1:0,5:44,109:1:0 chrX 153049534 . CA C,CG 2477.88 PASS AF=0.0411765,0.958824;AO=30,115;DP=161;FAO=7,163;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=3,63;FSAR=4,100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01162,0.0770388;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.17,109.935;QD=58.303;RBI=0.012707,0.0781545;REFB=0,0;REVB=-0.0051422,-0.0131583;RO=0;SAF=26,33;SAR=4,82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=2.9955e-08,7.75698e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.037106,0.00362716;OID=.,.;OPOS=153049535,153049535;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0411765,0.958824:30,115:161:7,163:170:0:3,63:4,100:0:0:5:0:26,33:4,82:0:0 chrX 153050984 . G A,C 4024.78 PASS AF=0.966038,0.0339623;AO=251,11;DP=266;FAO=256,9;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=97,9;FSAR=159,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542946,-0.0100738;FXX=0.00375926;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.0857,12.2861;QD=60.7514;RBI=0.056412,0.066029;REFB=-0.0664857,-0.0280126;REVB=0.0153106,-0.065256;RO=0;SAF=93,10;SAR=158,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000816416,0.161711;OID=.,.;OPOS=153050984,153050984;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:266:265:0:0:251,11:256,9:0.966038,0.0339623:158,1:93,10:0:0:159,0:97,9:0:0 chrX 153051626 . A AG 43.59 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.000393919;FXX=0.0277701;HRUN=0;LEN=1;MLLD=130.31;QD=4.98214;RBI=0.0186773;REFB=-0.00645439;REVB=0.0186731;RO=22;SAF=2;SAR=8;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.625146;STB=0.741662;STBP=0.033;TYPE=ins;VARB=0.199637;OID=.;OPOS=153051627;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:10:36:15:35:20:6:9:17:3:43:22:2:8:18:4 chrX 153051905 . CTG CTA,TGA 1488.24 PASS AF=0.889908,0.0825688;AO=48,9;DP=111;FAO=97,9;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=43,0;FSAR=54,9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00344085,-0.00931451;FXX=0.0180164;HRUN=4,2;LEN=1,3;MLLD=122.032,136.311;QD=54.6143;RBI=0.023119,0.0170195;REFB=-0.0475818,-0.00948918;REVB=-0.0228615,-0.0142444;RO=1;SAF=41,0;SAR=7,9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0625489,0;STB=0.513511,0.5;STBP=0.158,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00388157,-4.75482e-05;OID=.,.;OPOS=153051907,153051905;OREF=G,CTG;OALT=A,TGA;OMAPALT=CTA,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:111:109:1:3:48,9:97,9:0.889908,0.0825688:7,9:41,0:0:1:54,9:43,0:0:3 chrX 153073319 . G A 5284.31 PASS AF=1;AO=333;DP=340;FAO=337;FDP=337;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270177;FXX=0.0174922;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.951;QD=62.7218;RBI=0.0324325;REFB=-0.105938;REVB=0.0179418;RO=3;SAF=137;SAR=196;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00137344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67275e-05;OID=.;OPOS=153073319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:340:337:3:0:333:337:1:196:137:1:2:199:138:0:0 chrX 153135298 . T C 36.06 PASS AF=0.0703518;AO=14;DP=198;FAO=14;FDP=199;FR=.;FRO=185;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=93;FSRR=92;FWDB=-0.0119239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.017;QD=0.72491;RBI=0.0224615;REFB=-0.00154648;REVB=-0.0190352;RO=184;SAF=1;SAR=13;SRF=93;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487019;STB=0.920246;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0719091;OID=.;OPOS=153135298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:198:199:184:185:14:14:0.0703518:13:1:93:91:13:1:93:92 chrX 153149708 . G GC,GCT 2171.0 PASS AF=0.993007,0;AO=112,20;DP=149;FAO=142,0;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=57,0;FSAR=85,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0223844,-0.0209017;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=202.921,181.913;QD=60.7274;RBI=0.0226971,0.0237748;REFB=-0.0413476,-0.0405554;REVB=0.00375437,0.0113298;RO=14;SAF=52,2;SAR=60,18;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0375752,-0.545436;STB=0.502924,0.5;STBP=0.531,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000374355,0;OID=.,.;OPOS=153149709,153149709;OREF=-,-;OALT=C,CT;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.993007,0:112,20:149:142,0:143:1:57,0:85,0:0:1:7:14:52,2:60,18:9:5 chrX 153149715 . C G 2148.42 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.118;QD=62.2729;RBI=0.024401;REFB=-0.0785769;REVB=-0.0215485;RO=0;SAF=57;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115468;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:138:138:0:0:137:138:1:80:57:0:0:81:57:0:0 chrX 153171993 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.756;QD=62.6708;RBI=0.0261642;REFB=0;REVB=-0.0108431;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160625;OID=.;OPOS=153171993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chrX 153173201 . C CA 168.4 PASS AF=1;AO=2;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839819;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=45.2198;QD=39.6232;RBI=0.14764;REFB=0;REVB=0.121427;RO=14;SAF=0;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.685297;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00463889;OID=.;OPOS=153173202;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:17:17:17:0:12:5:0:0:4:14:0:2:11:3 chrX 153176254 . A G 4307.35 PASS AF=1;AO=274;DP=277;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409628;FXX=0.014388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.615;QD=62.881;RBI=0.00671567;REFB=-0.0354959;REVB=0.00532171;RO=1;SAF=91;SAR=183;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00259859;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28109e-05;OID=.;OPOS=153176254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:277:274:1:0:274:274:1:183:91:0:1:183:91:0:0 chrX 153178459 . G GC 1380.95 PASS AF=1;AO=124;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.2893;QD=38.6281;RBI=0.0908106;REFB=0;REVB=0.0573541;RO=12;SAF=55;SAR=69;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235825;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00117285;OID=.;OPOS=153178460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:124:142:143:143:0:68:75:0:0:25:12:55:69:7:5 chrX 153218365 . C A 2319.76 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4884;QD=61.0464;RBI=0.0482931;REFB=0;REVB=0.0394451;RO=0;SAF=79;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70733e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153083;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:151:152:1:72:79:0:0:73:79:0:0 chrX 153219665 . C T 816.13 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867446;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4875;QD=56.2845;RBI=0.0867894;REFB=0;REVB=0.00278827;RO=1;SAF=19;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241716;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807403;OID=.;OPOS=153219665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:58:1:0:57:58:1:38:19:1:0:38:20:0:0 chrX 153220360 . A G 190.36 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3304;QD=47.591;RBI=0.142272;REFB=0;REVB=0.135303;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00461646;OID=.;OPOS=153220360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:6:7:0:0:9:7:0:0 chrX 153221657 . T C,G 726.47 PASS AF=0.958333,0.0208333;AO=44,3;DP=48;FAO=46,1;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26,0;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0187062,-0.0647746;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=110.424,20.5547;QD=60.5392;RBI=0.0311664,0.0654757;REFB=-0.0571593,-0.115522;REVB=-0.0249284,0.00955603;RO=1;SAF=24,2;SAR=20,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0229092,0.266641;STB=0.51219,0.5;STBP=0.319,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000603673,-0.0338206;OID=.,.;OPOS=153221657,153221657;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:48:48:1:1:44,3:46,1:0.958333,0.0208333:20,1:24,2:0:1:20,1:26,0:0:1 chrX 153222835 . G C 1370.1 PASS AF=0.933333;AO=98;DP=105;FAO=98;FDP=105;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0364958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.68;QD=52.1945;RBI=0.0623325;REFB=-0.0763864;REVB=0.0505312;RO=3;SAF=38;SAR=60;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231231;STB=0.527553;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00258724;OID=.;OPOS=153222835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:105:105:3:7:98:98:0.933333:60:38:0:3:60:38:0:7 chrX 153247720 . G GT 718.64 PASS AF=1;AO=18;DP=142;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224695;FXX=0.0437924;HRUN=1;LEN=1;MLLD=6.55652;QD=21.9433;RBI=0.181377;REFB=0;REVB=0.17998;RO=123;SAF=15;SAR=3;SRF=57;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00346413;OID=.;OPOS=153247721;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:142:131:131:0:68:63:0:0:21:123:15:3:57:66 chrX 153247722 . C G,T 2121.66 PASS AF=0.114286,0.885714;AO=20,119;DP=139;FAO=16,124;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=16,55;FSAR=0,69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651829,-0.00119005;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.894,55.2292;QD=60.6188;RBI=0.0281457,0.0626317;REFB=0,0;REVB=0.0273805,0.0626204;RO=0;SAF=17,54;SAR=3,65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0862534,0.0125958;OID=.,.;OPOS=153247722,153247722;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:59:139:140:0:0:20,119:16,124:0.114286,0.885714:3,65:17,54:0:0:0,69:16,55:0:0 chrX 153247745 . A G 2338.3 PASS AF=1;AO=94;DP=144;FAO=146;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=72;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.371;QD=64.0631;RBI=0.0415169;REFB=0;REVB=-0.0412113;RO=0;SAF=67;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45835e-06;OID=.;OPOS=153247745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:146:0:0:94:146:1:27:67:0:0:74:72:0:0 chrX 153247954 . C T 2971.27 PASS AF=0.9801;AO=197;DP=201;FAO=197;FDP=201;FR=.;FRO=4;FSAF=99;FSAR=98;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0219258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.52;QD=59.1297;RBI=0.0253623;REFB=-0.167839;REVB=0.0127478;RO=4;SAF=99;SAR=98;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188499;STB=0.5099;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000833501;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:201:201:4:4:197:197:0.9801:98:99:4:0:98:99:4:0 chrX 153248248 . G A 9168.05 PASS AF=1;AO=576;DP=578;FAO=576;FDP=576;FR=.;FRO=0;FSAF=295;FSAR=281;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521446;FXX=0.00346015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.617;QD=63.667;RBI=0.0800159;REFB=0;REVB=-0.0798459;RO=0;SAF=295;SAR=281;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89512e-05;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:50:578:576:0:0:576:576:1:281:295:0:0:281:295:0:0 chrX 153289524 . AT A,TA 31.88 PASS AF=0.148515,0.049505;AO=13,6;DP=102;FAO=15,5;FDP=101;FR=.;FRO=81;FSAF=2,0;FSAR=13,5;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=0.109051,-0.00436905;FXX=0.090082;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.95519,86.2966;QD=1.26275;RBI=0.110274,0.0711447;REFB=-0.0882714,-0.00552498;REVB=0.0163806,-0.0710104;RO=66;SAF=2,0;SAR=11,6;SRF=26;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.362023,-0.535148;STB=0.755694,0.99736;STBP=0.055,0.047;TYPE=del,mnp;VARB=0.0274966,0.0887582;OID=.,.;OPOS=153289525,153289524;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:102:101:66:81:13,6:15,5:0.148515,0.049505:11,6:2,0:26:40:13,5:2,0:29:52 chrX 153290186 . CT TC 35.83 PASS AF=0.117647;AO=4;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0670122;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=2;MLLD=27.6702;QD=2.81031;RBI=0.0790757;REFB=0.0170985;REVB=0.0419802;RO=35;SAF=3;SAR=1;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237422;STB=0.529312;STBP=0.917;TYPE=mnp;VARB=-0.00423652;OID=.;OPOS=153290186;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:51:51:35:44:4:6:0.117647:1:3:19:16:2:4:28:16 chrX 153629155 . A G 1090.18 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0294451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6459;QD=57.3778;RBI=0.0318995;REFB=0.00650608;REVB=-0.0122705;RO=2;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181911;STB=0.509613;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.000824144;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:51:23:0:2:51:23:0:2 chrX 153633359 . G C 1560.43 PASS AF=0.955752;AO=108;DP=113;FAO=108;FDP=113;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0428519;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.653;QD=55.2366;RBI=0.0441846;REFB=-0.0673407;REVB=0.0107699;RO=4;SAF=45;SAR=63;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291835;STB=0.509892;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.000367476;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:113:113:4:5:108:108:0.955752:63:45:0:4:63:45:1:4 chrX 153649813 . G C 3356.73 PASS AF=1;AO=184;DP=221;FAO=220;FDP=220;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.186;QD=61.0314;RBI=0.14112;REFB=0;REVB=-0.000614503;RO=1;SAF=35;SAR=149;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710334;OID=.;OPOS=153649813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:221:220:1:0:184:220:1:149:35:1:0:163:57:0:0 chrX 153657083 . A G 1555.53 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.611;QD=59.8279;RBI=0.0353264;REFB=0;REVB=-0.00488938;RO=0;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91897e-05;OID=.;OPOS=153657083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:62:41:0:0:63:41:0:0 chrX 153688564 . TGGGGGGGG TGGGGGGG,TGGGGGGGC 47.56 PASS AF=0.346939,0.0408163;AO=15,2;DP=50;FAO=17,2;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=13,2;FSAR=4,0;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.080122,0.188165;FXX=0.019996;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.77056,19.0015;QD=3.88258;RBI=0.224426,0.237699;REFB=-0.0914678,-0.0561364;REVB=0.209637,0.14524;RO=24;SAF=10,2;SAR=5,0;SRF=18;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.10328,0.399466;STB=0.526994,0.992589;STBP=0.843,0.357;TYPE=del,snp;VARB=0.114203,0.0324141;OID=.,.;OPOS=153688565,153688572;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGGGGG,TGGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346939,0.0408163:15,2:50:17,2:49:30:13,2:4,0:22:8:38:24:10,2:5,0:18:6 chrX 153994596 . G T 1529.71 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.555;QD=63.7379;RBI=0.0698435;REFB=0;REVB=-0.066636;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55094e-05;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chrX 154020114 . C A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.851;QD=57.106;RBI=0.0314497;REFB=0;REVB=-0.00926761;RO=0;SAF=12;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159599;OID=.;OPOS=154020114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:43:12:0:0:43:12:0:0 chrX 154456747 . A G 1145.65 PASS AF=0.974684;AO=68;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0556266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.802;QD=58.0077;RBI=0.0565401;REFB=-0.104756;REVB=0.0101225;RO=0;SAF=19;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524993;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000458713;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:0:2:68:77:0.974684:49:19:0:0:58:19:2:0 chrX 155004437 . G T 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.036772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7526;QD=18.0092;RBI=0.0445743;REFB=0.00174751;REVB=-0.0251929;RO=38;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851358;STB=0.547499;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.003415;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:18:17:15:23:18:17:15:23 chrX 155004512 . C G 327.33 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.026054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8406;QD=17.6934;RBI=0.0442918;REFB=0.00901963;REVB=0.0358183;RO=39;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121537;STB=0.558106;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00740549;OID=.;OPOS=155004512;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:34:35:0.472973:14:20:18:21:15:20:18:21 chrX 155005254 . C T 2911.96 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357292;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4395;QD=62.9614;RBI=0.0361719;REFB=0;REVB=0.035995;RO=0;SAF=98;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26076e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137391;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:185:0:0:180:185:1:82:98:0:0:86:99:0:0 chrX 155006050 . C T 682.98 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.133024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9759;QD=52.5367;RBI=0.133257;REFB=0.0322228;REVB=0.00786463;RO=2;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0044017;STB=0.502339;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00553522;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:28:22:1:1:28:22:1:1 chrX 155006982 . A T 1089.27 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137311;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7958;QD=59.6858;RBI=0.0159448;REFB=0;REVB=-0.00810511;RO=0;SAF=24;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172216;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:72:73:1:48:24:0:0:48:25:0:0 chrX 155007278 . G A 458.84 PASS AF=0.46;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.128119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2495;QD=18.3536;RBI=0.128276;REFB=-0.00278956;REVB=-0.00634299;RO=52;SAF=22;SAR=24;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528138;STB=0.538445;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00456381;OID=.;OPOS=155007278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:54:46:46:0.46:24:22:22:30:24:22:22:32 chrX 155008583 . G A 611.4 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.498;QD=59.6488;RBI=0.0226992;REFB=0;REVB=0.00172459;RO=0;SAF=32;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196762;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:6:32:0:0:6:35:0:0 chrX 155008671 . G A 1472.52 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.486;QD=63.3342;RBI=0.0148177;REFB=0;REVB=-0.00708722;RO=0;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99488e-05;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:52:41:0:0:52:41:0:0 chrX 155009102 . G A 1478.68 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762859;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.053;QD=63.5993;RBI=0.0763502;REFB=0;REVB=0.00313345;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112374;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:53:39:0:0:53:40:0:0 chrX 155009225 . C T 824.85 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7871;QD=56.8863;RBI=0.033885;REFB=0;REVB=0.033854;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277923;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:37:20:0:0:37:21:0:0 chrX 155009661 . A C 349.31 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0199398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.536;QD=20.5478;RBI=0.0220084;REFB=-0.023232;REVB=0.00931534;RO=32;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620993;STB=0.539779;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0231634;OID=.;OPOS=155009661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:32:35:36:0.529412:15:20:16:16:15:21:16:16 chrX 155009829 . C T 1438.42 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00512846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.723;QD=61.8676;RBI=0.00536576;REFB=0.0105754;REVB=0.00157804;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.505493;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-4.96169e-06;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:45:47:0:0:45:47:0:1 chrX 155009856 . T C 453.38 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00823243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.284;QD=19.7122;RBI=0.0104305;REFB=0.0030737;REVB=0.00640486;RO=46;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299159;STB=0.52196;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00293808;OID=.;OPOS=155009856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:47:45:45:0.48913:22:23:22:24:22:23:22:25 chrX 155010062 . G A 1171.59 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5384;QD=60.8618;RBI=0.0425122;REFB=0;REVB=-0.00418539;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108298;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chrX 155010077 . G A 973.55 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.579;QD=59.003;RBI=0.0185584;REFB=0;REVB=0.00801208;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20329e-05;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:26:37:0:0:28:38:0:0 chrX 155010308 . G A 1438.34 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0275;QD=61.8639;RBI=0.0329644;REFB=-0.0697482;REVB=-0.0287315;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000494454;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:0:1:91:92:0.989247:56:35:0:0:56:36:1:0 chrX 155011216 . T A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.886;QD=59.0186;RBI=0.0158841;REFB=0;REVB=0.00380928;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15261e-05;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chrX 155011276 . C T 372.32 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000945812;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.764;QD=53.1881;RBI=0.04169;REFB=-0.065686;REVB=0.0416793;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521936;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:13:15:0:0 chrX 155011472 . T A 821.87 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000428586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.673;QD=53.8931;RBI=0.0421885;REFB=0;REVB=0.0421863;RO=1;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125806;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263459;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:1:0:58:61:1:37:21:0:1:40:21:0:0 chrX 155012060 . C G 216.4 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00306565;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=236.485;QD=11.0976;RBI=0.0119394;REFB=0.000326954;REVB=0.0115392;RO=50;SAF=17;SAR=10;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170157;STB=0.592953;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.000742923;OID=.;OPOS=155012060;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:51:27:27:0.346154:10:17:24:26:10:17:25:26 chrX 155233511 . C G 940.78 PASS AF=0.453333;AO=84;DP=224;FAO=102;FDP=225;FR=.;FRO=123;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=51;FSRR=72;FWDB=-0.0320738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4473;QD=16.7249;RBI=0.0390988;REFB=0.00553527;REVB=-0.0223604;RO=96;SAF=33;SAR=51;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00300308;STB=0.514762;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00568858;OID=.;OPOS=155233511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:96:123:84:102:0.453333:51:33:38:58:57:45:51:72 chrX 155239824 . A G 30.42 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.013685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6355;QD=11.0606;RBI=0.0783635;REFB=-0.022466;REVB=-0.0771593;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308675;STB=0.694785;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.068013;OID=.;OPOS=155239824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:3:3:1:4:3:3 chrX 155252868 . T A 43.72 PASS AF=0.0517241;AO=33;DP=641;FAO=33;FDP=638;FR=.;FRO=605;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=261;FSRR=344;FWDB=-0.0529526;FXX=0.00468011;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.652;QD=0.274123;RBI=0.0540886;REFB=-0.00404621;REVB=-0.0110274;RO=601;SAF=21;SAR=12;SRF=258;SRR=343;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204689;STB=0.688289;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0577555;OID=.;OPOS=155252868;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:641:638:601:605:33:33:0.0517241:12:21:258:343:12:21:261:344 chrY 3447396 . C T 255.32 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00236282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.368;QD=29.1796;RBI=0.00326692;REFB=-0.0376464;REVB=0.00225607;RO=12;SAF=5;SAR=18;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098833;STB=0.554744;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0234386;OID=.;OPOS=3447396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:18:5:4:8:18:5:4:8 chrY 9930488 . C T 106.83 PASS AF=0.183673;AO=18;DP=98;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0205352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.849;QD=4.36052;RBI=0.0208929;REFB=-0.00421615;REVB=-0.00384932;RO=78;SAF=3;SAR=15;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528338;STB=0.832963;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00916863;OID=.;OPOS=9930488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:78:80:18:18:0.183673:15:3:46:32:15:3:46:34 chrY 9930490 . A T 98.67 PASS AF=0.177083;AO=17;DP=97;FAO=17;FDP=96;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.00430895;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.179;QD=4.11111;RBI=0.0223576;REFB=0.000183189;REVB=0.0219385;RO=76;SAF=2;SAR=15;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594433;STB=0.877506;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00042856;OID=.;OPOS=9930490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:97:96:76:79:17:17:0.177083:15:2:45:31:15:2:45:34 chrY 9930497 . T G 99.54 PASS AF=0.180851;AO=17;DP=95;FAO=17;FDP=94;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.00402706;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.356;QD=4.23565;RBI=0.019883;REFB=-0.00303831;REVB=-0.0194709;RO=74;SAF=2;SAR=15;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578243;STB=0.867967;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0258799;OID=.;OPOS=9930497;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:74:77:17:17:0.180851:15:2:42:32:15:2:42:35 chrY 9930537 . C A 167.71 PASS AF=0.24;AO=24;DP=100;FAO=24;FDP=100;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00645886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.227;QD=6.70821;RBI=0.0233928;REFB=-0.000661805;REVB=-0.0224834;RO=76;SAF=7;SAR=17;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340632;STB=0.70816;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00187274;OID=.;OPOS=9930537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:76:76:24:24:0.24:17:7:43:33:17:7:43:33 chrY 9930540 . G A 43.05 PASS AF=0.106383;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=94;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0180931;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7521;QD=1.83197;RBI=0.0181118;REFB=0.00477944;REVB=-0.000822507;RO=83;SAF=6;SAR=4;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139953;STB=0.5998;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0438131;OID=.;OPOS=9930540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:98:94:83:84:10:10:0.106383:4:6:40:43:4:6:41:43 chrY 9930543 . T C 118.6 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=93;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0233532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.277;QD=5.10099;RBI=0.0293358;REFB=-0.00309382;REVB=-0.0177545;RO=74;SAF=8;SAR=11;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182797;STB=0.615093;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0146543;OID=.;OPOS=9930543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:74:74:19:19:0.204301:11:8:42:32:11:8:42:32 chrY 9930558 . C T 44.2 PASS AF=0.113636;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.00682024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.749;QD=2.00925;RBI=0.0155899;REFB=0.000565289;REVB=0.0140189;RO=78;SAF=7;SAR=3;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228609;STB=0.670212;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0115705;OID=.;OPOS=9930558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:88:88:78:78:10:10:0.113636:3:7:40:38:3:7:40:38 chrY 9930569 . CA CG,TG 146.32 PASS AF=0.181818,0.103896;AO=14,8;DP=77;FAO=14,8;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=10,1;FSAR=4,7;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0124414,-0.00819376;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=184.399,217.849;QD=7.60085;RBI=0.0415406,0.0484213;REFB=-0.0138807,-0.0117189;REVB=-0.0396338,-0.047723;RO=54;SAF=10,1;SAR=4,7;SRF=28;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.254022,-0.488805;STB=0.65766,0.863257;STBP=0.223,0.047;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0385159,0.0430685;OID=.,.;OPOS=9930570,9930569;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:77:77:54:55:14,8:14,8:0.181818,0.103896:4,7:10,1:28:26:4,7:10,1:29:26 chrY 9930577 . T A 36.39 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0451708;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.384;QD=1.9937;RBI=0.0462397;REFB=-0.00342895;REVB=-0.0098849;RO=65;SAF=1;SAR=7;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50054;STB=0.877032;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.018866;OID=.;OPOS=9930577;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:77:73:65:65:8:8:0.109589:7:1:36:29:7:1:36:29 chrY 9930582 . T C 32.96 PASS AF=0.105263;AO=9;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0191699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0196;QD=1.73451;RBI=0.0881076;REFB=-0.00995322;REVB=-0.0859968;RO=66;SAF=7;SAR=2;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342042;STB=0.718612;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0616642;OID=.;OPOS=9930582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:76:76:66:68:9:8:0.105263:2:7:33:33:2:6:35:33 chrY 10034887 . CC CG,TG 191.85 PASS AF=0.22449,0.204082;AO=11,10;DP=50;FAO=11,10;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=4,2;FSAR=7,8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0157148,-0.0108575;FXX=0.019996;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=71.4796,181.151;QD=15.6609;RBI=0.0254951,0.0244262;REFB=0.00567692,0.000729007;REVB=0.020076,0.0218804;RO=28;SAF=4,2;SAR=7,8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.201571,-0.417268;STB=0.624186,0.763488;STBP=0.345,0.067;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00327189,0.000154181;OID=.,.;OPOS=10034888,10034887;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:49:28:28:11,10:11,10:0.22449,0.204082:7,8:4,2:15:13:7,8:4,2:15:13 chrY 10034941 . C A 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0139875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.31;QD=10.3803;RBI=0.029103;REFB=-0.00179393;REVB=-0.0255213;RO=36;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207086;STB=0.623143;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00308709;OID=.;OPOS=10034941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:13:5:16:20:13:5:16:20 chrY 10034954 . A G 100.91 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0355914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.629;QD=8.23737;RBI=0.0389599;REFB=0.0011536;REVB=0.015847;RO=35;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883869;STB=0.545384;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0174872;OID=.;OPOS=10034954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:36:13:13:0.265306:8:5:16:19:8:5:16:20 chrY 10034987 . G T 31.45 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0534663;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.751;QD=2.28701;RBI=0.0552306;REFB=-0.00092351;REVB=0.0138484;RO=49;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312594;STB=0.734909;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0175288;OID=.;OPOS=10034987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:55:55:49:49:6:6:0.109091:2:4:19:30:2:4:19:30 chrY 10034989 . CA TG 30.87 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00501472;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.339;QD=2.28685;RBI=0.0100163;REFB=-0.00168489;REVB=-0.00867056;RO=46;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334453;STB=0.757859;STBP=0.25;TYPE=mnp;VARB=0.0286797;OID=.;OPOS=10034989;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:46:48:6:6:0.111111:2:4:17:29:2:4:17:31 chrY 10035006 . A C 57.61 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0368241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4458;QD=3.84063;RBI=0.0397424;REFB=-0.00151787;REVB=-0.0149481;RO=49;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157988;STB=0.517448;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0104734;OID=.;OPOS=10035006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:49:50:10:10:0.166667:6:4:19:30:6:4:19:31 chrY 10035029 . A G 71.88 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0239724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.988;QD=4.63747;RBI=0.0294709;REFB=0.00226434;REVB=-0.0171422;RO=50;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213652;STB=0.513866;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00671847;OID=.;OPOS=10035029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:50:50:12:12:0.193548:7:5:20:30:7:5:20:30 chrY 10035031 . T G 90.04 PASS AF=0.229508;AO=12;DP=59;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.689;QD=5.9045;RBI=0.0330438;REFB=-0.00269692;REVB=0.00649073;RO=47;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112265;STB=0.555475;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.01071;OID=.;OPOS=10035031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:59:61:47:47:12:14:0.229508:7:5:20:27:9:5:20:27 chrY 10035086 . T G 87.14 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.016251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.368;QD=6.11517;RBI=0.0236515;REFB=-0.00948631;REVB=0.0171842;RO=42;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469043;STB=0.529684;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0316153;OID=.;OPOS=10035086;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:57:57:42:44:13:13:0.22807:7:6:21:21:7:6:22:22 chrY 10035128 . C T 52.87 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0350555;FXX=0.042851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.576;QD=3.15645;RBI=0.035113;REFB=0.00134394;REVB=0.00200913;RO=51;SAF=7;SAR=3;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262395;STB=0.718047;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0106019;OID=.;OPOS=10035128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:70:67:51:57:10:10:0.149254:3:7:25:26:3:7:25:32 chrY 10035433 . T C 35.38 PASS AF=0.0957447;AO=7;DP=91;FAO=9;FDP=94;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=58;FWDB=0.0276206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.946;QD=1.50545;RBI=0.0279504;REFB=-0.00598735;REVB=-0.0042808;RO=84;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140711;STB=0.618922;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0390492;OID=.;OPOS=10035433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:91:94:84:85:7:9:0.0957447:4:3:26:58:5:4:27:58 chrY 10035449 . G C 51.23 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.0132075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9581;QD=2.96982;RBI=0.0274106;REFB=0.0129409;REVB=-0.0240187;RO=59;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804667;STB=0.555448;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0477682;OID=.;OPOS=10035449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:59:59:10:10:0.144928:6:4:20:39:6:4:20:39 chrY 10035664 . C G 1589.74 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.021;QD=59.9903;RBI=0.0153039;REFB=0;REVB=0.0142144;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98528e-05;OID=.;OPOS=10035664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:59:47:0:0:59:47:0:0 chrY 10035819 . T C 36.83 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00431856;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.753;QD=1.61906;RBI=0.00505933;REFB=0.00318126;REVB=0.00263571;RO=83;SAF=4;SAR=5;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156762;STB=0.506159;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.0288704;OID=.;OPOS=10035819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:91:83:82:9:9:0.0989011:5:4:38:45:5:4:37:45 chrY 10035822 . T C 59.25 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0455912;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5011;QD=2.69331;RBI=0.0456891;REFB=0.0144037;REVB=-0.00298943;RO=74;SAF=7;SAR=5;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16853;STB=0.615915;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0345068;OID=.;OPOS=10035822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:90:88:74:76:12:12:0.136364:5:7:33:41:5:7:34:42 chrY 10035889 . T G 55.96 PASS AF=0.204082;AO=8;DP=46;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.047077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5122;QD=4.56783;RBI=0.049995;REFB=-0.0349196;REVB=-0.0168302;RO=38;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640319;STB=0.529352;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0867341;OID=.;OPOS=10035889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:46:49:38:39:8:10:0.204082:4:4:17:21:6:4:17:22 chrY 10035910 . G A 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0378004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.887;QD=5.19185;RBI=0.0378836;REFB=-0.00519562;REVB=-0.00250881;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26455;STB=0.671813;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0149715;OID=.;OPOS=10035910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:3:4:9:17:3:4:9:17 chrY 10035915 . T A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0564075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.833;QD=6.78765;RBI=0.057264;REFB=-0.00606647;REVB=0.00986688;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127341;STB=0.580449;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0133028;OID=.;OPOS=10035915;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:9:14:4:4:9:14 chrY 10036057 . GT AC 511.47 PASS AF=0.666667;AO=46;DP=69;FAO=46;FDP=69;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0063779;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=152.954;QD=29.6504;RBI=0.0288491;REFB=0.00804675;REVB=-0.0281353;RO=23;SAF=28;SAR=18;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568717;STB=0.530818;STBP=0.508;TYPE=mnp;VARB=-0.00366913;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:23:23:46:46:0.666667:18:28:16:7:18:28:16:7 chrY 10036088 . A G 6440.69 PASS AF=0.937634;AO=432;DP=461;FAO=436;FDP=465;FR=.;FRO=29;FSAF=266;FSAR=170;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0141745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.741;QD=55.4038;RBI=0.0165567;REFB=0.0230429;REVB=-0.00855625;RO=28;SAF=265;SAR=167;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359959;STB=0.500695;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00143883;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:461:465:28:29:432:436:0.937634:167:265:18:10:170:266:18:11 chrY 10036105 . T C 10536.1 PASS AF=0.950887;AO=696;DP=733;FAO=697;FDP=733;FR=.;FRO=36;FSAF=528;FSAR=169;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00765176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.917;QD=57.4958;RBI=0.068436;REFB=-0.00819474;REVB=0.0680069;RO=34;SAF=527;SAR=169;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166921;STB=0.511506;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000217187;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:733:733:34:36:696:697:0.950887:169:527:21:13:169:528:21:15 chrY 10036107 . T C 10790.3 PASS AF=0.953395;AO=715;DP=760;FAO=716;FDP=751;FR=.;FRO=35;FSAF=551;FSAR=165;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0109522;FXX=0.0131404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.037;QD=57.4718;RBI=0.0432032;REFB=-0.0249245;REVB=-0.0417919;RO=34;SAF=550;SAR=165;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217822;STB=0.511007;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000563384;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:760:751:34:35:715:716:0.953395:165:550:20:14:165:551:21:14 chrY 10036132 . T C 12859.1 PASS AF=0.952116;AO=852;DP=902;FAO=855;FDP=898;FR=.;FRO=43;FSAF=671;FSAR=184;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0499688;FXX=0.00663709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0291;QD=57.279;RBI=0.0771958;REFB=0.0183168;REVB=-0.0588414;RO=43;SAF=671;SAR=181;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215608;STB=0.510981;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00101442;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:902:898:43:43:852:855:0.952116:181:671:27:16:184:671:27:16 chrY 10036156 . G C 12806.0 PASS AF=0.952649;AO=843;DP=887;FAO=845;FDP=887;FR=.;FRO=42;FSAF=668;FSAR=177;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00984608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.166;QD=57.7496;RBI=0.0120069;REFB=-0.0190753;REVB=0.00687173;RO=42;SAF=666;SAR=177;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261301;STB=0.513738;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000983125;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:887:887:42:42:843:845:0.952649:177:666:25:17:177:668:25:17 chrY 10036164 . T C 12670.6 PASS AF=0.949095;AO=839;DP=884;FAO=839;FDP=884;FR=.;FRO=45;FSAF=665;FSAR=174;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00946697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.449;QD=57.333;RBI=0.0255732;REFB=-0.0166183;REVB=0.0237563;RO=45;SAF=665;SAR=174;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034227;STB=0.517966;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00039043;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:884:884:45:45:839:839:0.949095:174:665:25:20:174:665:25:20 chrY 10036171 . A G 12679.3 PASS AF=0.952218;AO=833;DP=883;FAO=837;FDP=879;FR=.;FRO=42;FSAF=661;FSAR=176;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0394051;FXX=0.00790059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.441;QD=57.6988;RBI=0.0406883;REFB=-0.016896;REVB=0.0101376;RO=42;SAF=657;SAR=176;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261304;STB=0.513767;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000476494;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:883:879:42:42:833:837:0.952218:176:657:25:17:176:661:25:17 chrY 10036189 . C CCGTT 12615.8 PASS AF=0.95977;AO=793;DP=881;FAO=835;FDP=870;FR=.;FRO=35;FSAF=662;FSAR=173;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0195863;FXX=0.00684924;HRUN=2;LEN=4;MLLD=210.245;QD=58.0036;RBI=0.0388868;REFB=0.00256935;REVB=-0.033594;RO=59;SAF=624;SAR=169;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146177;STB=0.511645;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=-8.23553e-05;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95977:793:881:835:870:35:662:173:21:14:26:59:624:169:42:17 chrY 10036204 . T C 12401.3 PASS AF=0.955763;AO=821;DP=860;FAO=821;FDP=859;FR=.;FRO=38;FSAF=662;FSAR=159;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0653442;FXX=0.00116278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0082;QD=57.7475;RBI=0.0918859;REFB=-0.0362646;REVB=0.0645999;RO=38;SAF=662;SAR=159;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266746;STB=0.513995;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00176715;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:860:859:38:38:821:821:0.955763:159:662:23:15:159:662:23:15 chrY 10036229 . T C 9446.2 PASS AF=0.947368;AO=630;DP=667;FAO=630;FDP=665;FR=.;FRO=35;FSAF=567;FSAR=63;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00279031;FXX=0.00449095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.679;QD=56.8193;RBI=0.0169552;REFB=0.00770953;REVB=-0.0167241;RO=35;SAF=567;SAR=63;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778866;STB=0.540982;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000367419;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:667:665:35:35:630:630:0.947368:63:567:21:14:63:567:21:14 chrY 10036233 . G C 8699.35 PASS AF=0.941842;AO=580;DP=616;FAO=583;FDP=619;FR=.;FRO=36;FSAF=540;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0224159;FXX=0.00161288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.445;QD=56.2155;RBI=0.0281253;REFB=-0.0083906;REVB=-0.016987;RO=36;SAF=537;SAR=43;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104963;STB=0.55538;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000407056;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:616:619:36:36:580:583:0.941842:43:537:23:13:43:540:23:13 chrY 10036269 . A G 2393.13 PASS AF=0.875622;AO=175;DP=201;FAO=176;FDP=201;FR=.;FRO=25;FSAF=160;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.018847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.44;QD=47.6245;RBI=0.0241421;REFB=-0.0212596;REVB=0.0150875;RO=26;SAF=159;SAR=16;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160374;STB=0.586843;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00538546;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:26:25:175:176:0.875622:16:159:17:9:16:160:16:9 chrY 10036277 . A G 622.13 PASS AF=0.716216;AO=51;DP=72;FAO=53;FDP=74;FR=.;FRO=21;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0146968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.7;QD=33.6288;RBI=0.0212614;REFB=-0.0584386;REVB=0.015364;RO=21;SAF=36;SAR=15;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550071;STB=0.526056;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00510235;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:21:21:51:53:0.716216:15:36:13:8:16:37:13:8 chrY 10036280 . A G 630.98 PASS AF=0.736111;AO=53;DP=72;FAO=53;FDP=72;FR=.;FRO=19;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00450495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.231;QD=35.0547;RBI=0.00463209;REFB=-0.0304341;REVB=-0.00107786;RO=19;SAF=37;SAR=16;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671696;STB=0.536218;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00258226;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:19:19:53:53:0.736111:16:37:11:8:16:37:11:8 chrY 10036362 . T C 35.02 PASS AF=0.116279;AO=5;DP=43;FAO=5;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00693387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.232;QD=3.25803;RBI=0.00702974;REFB=-0.00109017;REVB=-0.001157;RO=31;SAF=2;SAR=3;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171027;STB=0.611207;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0061821;OID=.;OPOS=10036362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:43:43:31:36:5:5:0.116279:3:2:17:14:3:2:19:17 chrY 10036374 . CA TG 32.47 PASS AF=0.12;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00602592;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.501;QD=2.59782;RBI=0.0104621;REFB=-0.00389519;REVB=-0.00855242;RO=44;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220502;STB=0.666112;STBP=0.427;TYPE=mnp;VARB=0.0362373;OID=.;OPOS=10036374;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:51:50:44:44:6:6:0.12:4:2:23:21:4:2:23:21 chrY 10036383 . G C 43.19 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00936069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.136;QD=2.92806;RBI=0.0110031;REFB=0.00202903;REVB=0.00578327;RO=51;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162849;STB=0.616728;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00595722;OID=.;OPOS=10036383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:51:51:8:8:0.135593:5:3:26:25:5:3:26:25 chrY 10036408 . C A 82.91 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=66;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=50;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0982642;FXX=0.0294074;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.108;QD=5.02455;RBI=0.0993845;REFB=-0.0327139;REVB=0.0148809;RO=30;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215759;STB=0.670883;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0355823;OID=.;OPOS=10036408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:68:66:30:50:10:10:0.151515:7:3:5:25:7:3:25:25 chrY 10036422 . C T 71.05 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.000313654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.107;QD=3.69101;RBI=0.0394023;REFB=0.000870477;REVB=-0.0394011;RO=62;SAF=3;SAR=10;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414438;STB=0.773392;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00728551;OID=.;OPOS=10036422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:77:77:62:64:13:13:0.168831:10:3:35:27:10:3:36:28 chrY 10036438 . C T 52.97 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.00830352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.032;QD=2.55259;RBI=0.0326721;REFB=-0.000450721;REVB=-0.0315993;RO=71;SAF=4;SAR=7;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193102;STB=0.641664;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00684054;OID=.;OPOS=10036438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:83:71:72:11:11:0.13253:7:4:37:34:7:4:38:34 chrY 10036439 . A C 30.05 PASS AF=0.097561;AO=7;DP=81;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0126394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.182;QD=1.46591;RBI=0.0151025;REFB=-0.0032639;REVB=0.00826628;RO=71;SAF=4;SAR=3;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119282;STB=0.624688;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0322088;OID=.;OPOS=10036439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:81:82:71:74:7:8:0.097561:3:4:33:38:3:5:36:38 chrY 10036445 . G C 38.86 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0355223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6654;QD=1.85031;RBI=0.0550763;REFB=0.0127282;REVB=0.0420899;RO=74;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973653;STB=0.578773;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0356333;OID=.;OPOS=10036445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:83:84:74:75:9:9:0.107143:4:5:35:39:4:5:35:40 chrY 10036453 . T G 38.13 PASS AF=0.108434;AO=7;DP=81;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00211261;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.661;QD=1.8377;RBI=0.0225797;REFB=0.000689968;REVB=0.0224807;RO=74;SAF=4;SAR=3;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124155;STB=0.584919;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00649739;OID=.;OPOS=10036453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:81:83:74:74:7:9:0.108434:3:4:34:40:4:5:34:40 chrY 10036483 . T C 209.37 PASS AF=0.306818;AO=25;DP=86;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0138666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.619;QD=9.51665;RBI=0.0254429;REFB=0.0074928;REVB=0.0213321;RO=57;SAF=10;SAR=15;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676131;STB=0.53297;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00386566;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:57:61:25:27:0.306818:15:10:26:31:15:12:30:31 chrY 10036486 . C G 196.48 PASS AF=0.292135;AO=26;DP=89;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00644055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.855;QD=8.83044;RBI=0.00807706;REFB=-0.00234259;REVB=-0.00487424;RO=61;SAF=12;SAR=14;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359553;STB=0.521647;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0193514;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:63:26:26:0.292135:14:12:30:31:14:12:31:32 chrY 10036503 . T C 58.38 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0142614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.318;QD=2.62362;RBI=0.0214202;REFB=-0.00578337;REVB=-0.0159825;RO=73;SAF=6;SAR=6;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423785;STB=0.539261;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0522538;OID=.;OPOS=10036503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:89:89:73:77:12:12:0.134831:6:6:34:39:6:6:35:42 chrY 10036512 . G A 42.23 PASS AF=0.107527;AO=8;DP=91;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=-0.0172044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3024;QD=1.81613;RBI=0.0252669;REFB=-0.0123776;REVB=0.0185047;RO=83;SAF=4;SAR=4;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102924;STB=0.580488;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.101068;OID=.;OPOS=10036512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:91:93:83:83:8:10:0.107527:4:4:34:49:5:5:34:49 chrY 10036518 . C T 118.6 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=93;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.000905792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.404;QD=5.10095;RBI=0.0131014;REFB=-0.0030478;REVB=-0.0130701;RO=73;SAF=7;SAR=12;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912232;STB=0.563974;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0112997;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:73:74:19:19:0.204301:12:7:32:41:12:7:33:41 chrY 10036519 . G A,GTTGA 80.46 PASS AF=0.0561798,0.123596;AO=5,10;DP=94;FAO=5,11;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=1,6;FSAR=4,5;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.00659262,0.0055208;FXX=0.0111099;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=166.712,223.59;QD=3.61612;RBI=0.011937,0.0114415;REFB=0.00071825,-0.000534062;REVB=0.00995141,-0.0100214;RO=76;SAF=1,5;SAR=4,5;SRF=33;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.247108,0.0793462;STB=0.744709,0.59211;STBP=0.323,0.538;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0159422,0.00201655;OID=.,.;OPOS=10036519,10036520;OREF=G,-;OALT=A,TTGA;OMAPALT=A,GTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:94:89:76:73:5,10:5,11:0.0561798,0.123596:4,5:1,5:33:43:4,5:1,6:32:41 chrY 10036530 . A G 196.93 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0219318;FXX=0.0388312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.783;QD=7.95682;RBI=0.0293647;REFB=-0.00711314;REVB=-0.0195264;RO=55;SAF=9;SAR=18;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155538;STB=0.599924;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0364415;OID=.;OPOS=10036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:55:71:27:27:0.272727:18:9:19:36:18:9:33:38 chrY 10036544 . CT CC,TC 439.6 PASS AF=0.42268,0.0515464;AO=41,5;DP=97;FAO=41,5;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=15,1;FSAR=26,4;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00899407,-0.0102181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=211.341,165.423;QD=18.1279;RBI=0.0152898,0.014967;REFB=-0.00303337,-0.00360021;REVB=-0.0123647,-0.0109362;RO=51;SAF=15,1;SAR=26,4;SRF=27;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.165225,-0.359456;STB=0.592788,0.798803;STBP=0.105,0.229;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000571001,0.0163099;OID=.,.;OPOS=10036545,10036544;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:41,5:41,5:0.42268,0.0515464:26,4:15,1:27:24:26,4:15,1:27:24 chrY 10036549 . A C 251.46 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00858072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.117;QD=10.2635;RBI=0.0139199;REFB=-0.00834699;REVB=-0.0109606;RO=67;SAF=11;SAR=20;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165381;STB=0.596951;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0223364;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:67:31:31:0.316327:20:11:33:34:20:11:33:34 chrY 10036552 . C T 71.35 PASS AF=0.142857;AO=14;DP=98;FAO=14;FDP=98;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.0597997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.359;QD=2.91235;RBI=0.0647954;REFB=-0.00501939;REVB=-0.0249488;RO=84;SAF=6;SAR=8;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150835;STB=0.510371;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0199589;OID=.;OPOS=10036552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:98:98:84:84:14:14:0.142857:8:6:37:47:8:6:37:47 chrY 10036561 . T C 242.57 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00513341;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.493;QD=10.3221;RBI=0.00680877;REFB=-0.00251034;REVB=-0.00447296;RO=65;SAF=11;SAR=19;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132604;STB=0.571904;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00473575;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:65:64:30:30:0.319149:19:11:31:34:19:11:30:34 chrY 10036586 . TG CA,CG 442.52 PASS AF=0.111111,0.444444;AO=8,36;DP=82;FAO=9,36;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=3,13;FSAR=6,23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0119092,0.0115973;FXX=0.0121936;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=192.219,77.1869;QD=21.8526;RBI=0.0167604,0.0260149;REFB=-0.00537211,-0.00140659;REVB=-0.0117932,-0.0232869;RO=31;SAF=3,13;SAR=5,23;SRF=18;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.244404,-0.187129;STB=0.636055,0.57219;STBP=0.394,0.212;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0192508,-0.0132812;OID=.,.;OPOS=10036586,10036586;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:82:81:31:36:8,36:9,36:0.111111,0.444444:5,23:3,13:18:13:6,23:3,13:18:18 chrY 10036590 . T G 39.42 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0242498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.278;QD=1.92293;RBI=0.0411248;REFB=-0.00707648;REVB=-0.0332144;RO=73;SAF=3;SAR=6;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113519;STB=0.58601;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0417359;OID=.;OPOS=10036590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:73:73:9:9:0.109756:6:3:31:42:6:3:31:42 chrY 10036600 . C CG 84.88 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=77;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0918774;FXX=0.0571347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.9057;QD=5.14417;RBI=0.0923703;REFB=0.0480391;REVB=-0.00952975;RO=56;SAF=4;SAR=16;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361519;STB=0.660036;STBP=0.094;TYPE=ins;VARB=-0.0896492;OID=.;OPOS=10036601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:20:77:22:66:44:5:17:19:25:84:56:4:16:26:30 chrY 10036606 . A G 164.17 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.017655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.766;QD=9.38087;RBI=0.0176766;REFB=-0.0140045;REVB=-0.00087393;RO=47;SAF=5;SAR=17;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266001;STB=0.653694;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00828289;OID=.;OPOS=10036606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:47:48:22:22:0.314286:17:5:20:27:17:5:20:28 chrY 10036613 . T G 133.59 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0276405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.705;QD=7.97558;RBI=0.0405309;REFB=-0.00137296;REVB=-0.0296438;RO=47;SAF=5;SAR=14;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215401;STB=0.62486;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00967274;OID=.;OPOS=10036613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:48:19:19:0.283582:14:5:20:27:14:5:20:28 chrY 10036617 . C G 38.75 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0194522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.088;QD=2.31348;RBI=0.0218206;REFB=-0.00247196;REVB=-0.00988685;RO=59;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269053;STB=0.501987;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0253228;OID=.;OPOS=10036617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:59:59:8:8:0.119403:5:3:22:37:5:3:22:37 chrY 10036621 . TG CA,CC,CG 332.22 PASS AF=0.0746269,0.119403,0.358209;AO=5,8,23;DP=67;FAO=5,8,24;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=2,3,6;FSAR=3,5,18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.010507,-0.0219958,-0.0242876;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=137.784,62.2723,53.3505;QD=19.8342;RBI=0.0141555,0.0220862,0.0251773;REFB=-0.0218788,-0.0181927,-0.0262181;REVB=0.00948583,-0.00199612,-0.00663413;RO=30;SAF=2,3,6;SAR=3,5,17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0785639,-0.112662,-0.22981;STB=0.557905,0.574136,0.638174;STBP=0.766,0.641,0.09;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=-0.000212202,-0.000415136,0.0377204;OID=.,.,.;OPOS=10036621,10036621,10036621;OREF=TG,TG,T;OALT=CA,CC,C;OMAPALT=CA,CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:67:67:30:30:5,8,23:5,8,24:0.0746269,0.119403,0.358209:3,5,17:2,3,6:14:16:3,5,18:2,3,6:14:16 chrY 10036627 . A G 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0277883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.506;QD=9.26745;RBI=0.0280075;REFB=-0.00157124;REVB=-0.00349797;RO=46;SAF=6;SAR=15;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16451;STB=0.597988;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00190022;OID=.;OPOS=10036627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:15:6:19:27:15:6:19:27 chrY 10036638 . A G 133.6 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00765576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.493;QD=7.97602;RBI=0.0109595;REFB=-0.00574236;REVB=-0.00784221;RO=48;SAF=5;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2989;STB=0.681008;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0132597;OID=.;OPOS=10036638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:14:5:24:24:14:5:24:24 chrY 10037768 . T C 4609.51 PASS AF=0.743326;AO=361;DP=487;FAO=362;FDP=487;FR=.;FRO=125;FSAF=151;FSAR=211;FSRF=71;FSRR=54;FWDB=-0.0121804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.968;QD=37.8604;RBI=0.0123479;REFB=0.0117518;REVB=-0.00202673;RO=125;SAF=151;SAR=210;SRF=71;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734263;STB=0.539298;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00358003;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:487:487:125:125:361:362:0.743326:210:151:71:54:211:151:71:54 chrY 10037786 . G A 283.86 PASS AF=0.123311;AO=73;DP=584;FAO=73;FDP=592;FR=.;FRO=519;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=252;FSRR=267;FWDB=-0.00410211;FXX=0.00168631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.11;QD=1.91798;RBI=0.030039;REFB=-0.00372583;REVB=-0.0297576;RO=510;SAF=44;SAR=29;SRF=252;SRR=258;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138612;STB=0.602712;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0214722;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:584:592:510:519:73:73:0.123311:29:44:252:258:29:44:252:267 chrY 10037791 . C G 6421.69 PASS AF=0.78871;AO=489;DP=620;FAO=489;FDP=620;FR=.;FRO=131;FSAF=248;FSAR=241;FSRF=78;FSRR=53;FWDB=0.0151673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.29;QD=41.4302;RBI=0.0155558;REFB=-0.0086906;REVB=0.00345468;RO=130;SAF=248;SAR=241;SRF=78;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368489;STB=0.518662;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00201208;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:620:620:130:131:489:489:0.78871:241:248:78:52:241:248:78:53 chrY 10037797 . T C 6623.06 PASS AF=0.787736;AO=498;DP=639;FAO=501;FDP=636;FR=.;FRO=135;FSAF=260;FSAR=241;FSRF=79;FSRR=56;FWDB=-0.00490567;FXX=0.0062499;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.427;QD=41.6544;RBI=0.0367107;REFB=-0.000698132;REVB=0.0363815;RO=134;SAF=259;SAR=239;SRF=78;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024891;STB=0.514092;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000225692;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:639:636:134:135:498:501:0.787736:239:259:78:56:241:260:79:56 chrY 10037807 . T C 7767.21 PASS AF=0.820368;AO=547;DP=681;FAO=580;FDP=707;FR=.;FRO=127;FSAF=291;FSAR=289;FSRF=71;FSRR=56;FWDB=0.0307721;FXX=0.00282083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.357;QD=43.9446;RBI=0.0317742;REFB=-0.00300814;REVB=-0.00791693;RO=127;SAF=258;SAR=289;SRF=71;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311834;STB=0.510299;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000669395;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:681:707:127:127:547:580:0.820368:289:258:71:56:289:291:71:56 chrY 10037819 . T C 8366.17 PASS AF=0.814672;AO=628;DP=784;FAO=633;FDP=777;FR=.;FRO=144;FSAF=327;FSAR=306;FSRF=78;FSRR=66;FWDB=-0.014474;FXX=0.010191;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2578;QD=43.0691;RBI=0.108553;REFB=-0.119434;REVB=0.107584;RO=148;SAF=327;SAR=301;SRF=78;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00228615;STB=0.504654;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0276593;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:784:777:148:144:628:633:0.814672:301:327:78:70:306:327:78:66 chrY 10037842 . A G 36.46 PASS AF=0.0451843;AO=38;DP=842;FAO=38;FDP=841;FR=.;FRO=803;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=418;FSRR=385;FWDB=0.00262737;FXX=0.00118763;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4236;QD=0.173416;RBI=0.0116211;REFB=-0.00151267;REVB=0.0113202;RO=801;SAF=21;SAR=17;SRF=418;SRR=383;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291249;STB=0.53076;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0205677;OID=.;OPOS=10037842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:842:841:801:803:38:38:0.0451843:17:21:418:383:17:21:418:385 chrY 10037877 . G GC 4080.11 PASS AF=0.948195;AO=462;DP=748;FAO=604;FDP=637;FR=.;FRO=33;FSAF=332;FSAR=272;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0866697;FXX=0.0304409;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.1337;QD=25.6208;RBI=0.12274;REFB=-0.0535371;REVB=0.0869103;RO=274;SAF=225;SAR=237;SRF=189;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140273;STB=0.511293;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.0392208;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.948195:462:748:604:637:33:332:272:11:22:3:274:225:237:189:85 chrY 10037892 . A G 6110.57 PASS AF=0.863014;AO=306;DP=519;FAO=441;FDP=511;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=241;FSAR=200;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0418903;FXX=0.00583646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.724;QD=47.8323;RBI=0.0430159;REFB=-0.080703;REVB=-0.00977615;RO=69;SAF=110;SAR=196;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914301;STB=0.509385;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0084032;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:519:511:69:70:306:441:0.863014:196:110:42:27:200:241:43:27 chrY 10037899 . T C 5067.52 PASS AF=0.845622;AO=366;DP=434;FAO=367;FDP=434;FR=.;FRO=67;FSAF=217;FSAR=150;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.012829;FXX=0.00458705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6182;QD=46.7053;RBI=0.0131889;REFB=0.00435008;REVB=0.00305987;RO=66;SAF=216;SAR=150;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00882532;STB=0.503846;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00166236;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:434:66:67:366:367:0.845622:150:216:37:29:150:217:38:29 chrY 10037912 . T G 3284.17 PASS AF=0.874074;AO=234;DP=268;FAO=236;FDP=270;FR=.;FRO=34;FSAF=129;FSAR=107;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0150866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.644;QD=48.6544;RBI=0.0229883;REFB=0.00332128;REVB=-0.0173453;RO=34;SAF=129;SAR=105;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195596;STB=0.509639;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00149019;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:270:34:34:234:236:0.874074:105:129:16:18:107:129:16:18 chrY 10037914 . T C 3124.99 PASS AF=0.869732;AO=225;DP=261;FAO=227;FDP=261;FR=.;FRO=34;FSAF=129;FSAR=98;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.022713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.149;QD=47.8926;RBI=0.0231054;REFB=-0.00538531;REVB=0.00423977;RO=34;SAF=129;SAR=96;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259976;STB=0.512921;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0018955;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:34:34:225:227:0.869732:96:129:16:18:98:129:16:18 chrY 13262747 . A G 54.48 PASS AF=0.139241;AO=11;DP=79;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00700284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5416;QD=2.75843;RBI=0.0447388;REFB=-0.00623726;REVB=-0.0441873;RO=67;SAF=2;SAR=9;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360095;STB=0.762976;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0388198;OID=.;OPOS=13262747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:79:67:68:11:11:0.139241:9:2:30:37:9:2:31:37 chrY 13262769 . TG CA,CG 53.24 PASS AF=0.0933333,0.0666667;AO=7,5;DP=75;FAO=7,5;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=1,2;FSAR=6,3;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0512283,-0.0490544;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=166.787,136.575;QD=2.83959;RBI=0.0512316,0.050917;REFB=-0.0061237,-0.00562747;REVB=-0.000582959,-0.0136458;RO=62;SAF=1,2;SAR=6,3;SRF=28;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.386691,-0.0548752;STB=0.808327,0.541999;STBP=0.131,0.946;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0476978,0.063787;OID=.,.;OPOS=13262769,13262769;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:75:75:62:63:7,5:7,5:0.0933333,0.0666667:6,3:1,2:28:34:6,3:1,2:28:35 chrY 13262836 . CA CG,GC 175.15 PASS AF=0.439024,0;AO=18,3;DP=44;FAO=18,0;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4,0;FSAR=14,0;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=0.0186217,0.000102861;FXX=0.0681663;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=56.3761,62.7376;QD=17.0881;RBI=0.0225059,0.00283086;REFB=0.00685971,0.00362528;REVB=0.0126391,0.00282899;RO=23;SAF=4,3;SAR=14,0;SRF=2;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.222931,0.799643;STB=0.624885,0.5;STBP=0.339,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0039638,0;OID=.,.;OPOS=13262837,13262836;OREF=A,CA;OALT=G,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:41:23:23:18,3:18,0:0.439024,0:14,0:4,3:2:21:14,0:4,0:2:21 chrY 13262843 . G A 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0445154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8762;QD=6.02718;RBI=0.044517;REFB=0.00485514;REVB=0.000378728;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15862;STB=0.5998;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0333374;OID=.;OPOS=13262843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:6:3:7:24:6:3:7:24 chrY 13262908 . C G 546.54 PASS AF=0.8;AO=39;DP=50;FAO=40;FDP=50;FR=.;FRO=10;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0108936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.669;QD=43.7233;RBI=0.0335181;REFB=-0.0755565;REVB=-0.0316984;RO=9;SAF=31;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654541;STB=0.558109;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0126095;OID=.;OPOS=13262908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:50:50:9:10:39:40:0.8:8:31:6:3:8:32:6:4 chrY 13262943 . AC A 1026.31 PASS AF=0.797101;AO=106;DP=142;FAO=110;FDP=138;FR=.;FRO=28;FSAF=81;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0528959;FXX=0.028167;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.0132;QD=29.7481;RBI=0.0722054;REFB=0.0285708;REVB=-0.0491492;RO=28;SAF=80;SAR=26;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.204545;SSSB=-0.0360844;STB=0.5227;STBP=0.367;TYPE=del;VARB=-0.00614857;OID=.;OPOS=13262944;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.797101:106:142:110:138:28:81:29:23:5:76:28:80:26:23:5 chrY 13263067 . A T 1451.02 PASS AF=0.536638;AO=390;DP=580;FAO=249;FDP=464;FR=.;FRO=215;FSAF=60;FSAR=189;FSRF=146;FSRR=69;FWDB=-0.0331451;FXX=0.258782;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.644;QD=12.5088;RBI=0.0333646;REFB=-0.0287708;REVB=0.00382077;RO=179;SAF=191;SAR=199;SRF=111;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766989;STB=0.715496;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.116441;OID=.;OPOS=13263067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:580:464:179:215:390:249:0.536638:199:191:111:68:189:60:146:69 chrY 13263091 . G A 5276.72 PASS AF=0.720412;AO=419;DP=598;FAO=420;FDP=583;FR=.;FRO=163;FSAF=217;FSAR=203;FSRF=95;FSRR=68;FWDB=-0.0352215;FXX=0.0250832;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.849;QD=36.2039;RBI=0.0353573;REFB=-0.0179918;REVB=-0.00309627;RO=155;SAF=217;SAR=202;SRF=94;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450834;STB=0.518539;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00525977;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:598:583:155:163:419:420:0.720412:202:217:94:61:203:217:95:68 chrY 13263170 . A C 910.0 PASS AF=0.58156;AO=80;DP=141;FAO=82;FDP=141;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=76;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.126386;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.362;QD=25.8157;RBI=0.126397;REFB=-0.0276346;REVB=0.00169752;RO=60;SAF=5;SAR=75;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541667;STB=0.773843;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00821469;OID=.;OPOS=13263170;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:60:59:80:82:0.58156:75:5:25:35:76:6:24:35 chrY 13263175 . A G 754.23 PASS AF=0.572581;AO=71;DP=125;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=67;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.00935659;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2891;QD=24.33;RBI=0.0109711;REFB=-0.00619317;REVB=-0.00572877;RO=51;SAF=4;SAR=67;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475343;STB=0.7831;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.01349;OID=.;OPOS=13263175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:51:53:71:71:0.572581:67:4:16:35:67:4:18:35 chrY 13263194 . T A 598.09 PASS AF=0.675325;AO=50;DP=75;FAO=52;FDP=77;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.00981345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.206;QD=31.0698;RBI=0.0252029;REFB=-0.0364849;REVB=0.0232138;RO=25;SAF=1;SAR=49;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54939;STB=0.811487;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0174503;OID=.;OPOS=13263194;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:25:25:50:52:0.675325:49:1:5:20:51:1:5:20 chrY 13263265 . T G 52.91 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00240865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9081;QD=21.1658;RBI=0.0541414;REFB=0.0357884;REVB=-0.0540878;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.0109321;OID=.;OPOS=13263265;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:2:1:3:4:2:1 chrY 13263304 . C T 45.83 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0219616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.784;QD=16.6655;RBI=0.0224363;REFB=-0.00372527;REVB=0.00459069;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.615061;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00633425;OID=.;OPOS=13263304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:10:11:4:4:6:7:0.636364:3:3:3:1:4:3:3:1 chrY 18250234 . C A 139.59 PASS AF=0.2;AO=24;DP=120;FAO=24;FDP=120;FR=.;FRO=96;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=70;FWDB=-0.0364635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.069;QD=4.65297;RBI=0.0451264;REFB=-0.00770024;REVB=-0.0265858;RO=95;SAF=8;SAR=16;SRF=26;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891064;STB=0.558395;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0435087;OID=.;OPOS=18250234;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:95:96:24:24:0.2:16:8:26:69:16:8:26:70 chrY 21152662 . CAA C 177.34 PASS AF=0.282759;AO=40;DP=147;FAO=41;FDP=145;FR=.;FRO=104;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=0.031791;FXX=0.0136045;HRUN=4;LEN=2;MLLD=35.9008;QD=4.89214;RBI=0.0992295;REFB=0.00604533;REVB=0.0939991;RO=89;SAF=17;SAR=23;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427985;STB=0.527278;STBP=0.693;TYPE=del;VARB=-0.0117848;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282759:40:147:41:145:104:17:24:47:57:99:89:17:23:41:48 chrY 21152701 . G T 719.53 PASS AF=0.552;AO=69;DP=124;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0163023;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.381;QD=23.0248;RBI=0.0237051;REFB=0.0074233;REVB=-0.0172095;RO=55;SAF=36;SAR=33;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838665;STB=0.549604;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0143445;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:55:56:69:69:0.552:33:36:23:32:33:36:23:33 chrY 21152719 . T C 572.65 PASS AF=0.527273;AO=57;DP=109;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00120092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.651;QD=20.8237;RBI=0.0141686;REFB=-0.00778096;REVB=0.0141177;RO=51;SAF=25;SAR=32;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580695;STB=0.530602;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00636371;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:51:52:57:58:0.527273:32:25:19:32:32:26:20:32 chrY 21153609 . T C 1420.02 PASS AF=0.615;AO=123;DP=200;FAO=123;FDP=200;FR=.;FRO=77;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0474063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4107;QD=28.4004;RBI=0.0533632;REFB=0.0232483;REVB=0.0245006;RO=77;SAF=62;SAR=61;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260295;STB=0.51406;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0158919;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:77:77:123:123:0.615:61:62:36:41:61:62:36:41 chrY 21154426 . G A 443.12 PASS AF=0.283105;AO=62;DP=220;FAO=62;FDP=219;FR=.;FRO=157;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=92;FSRR=65;FWDB=-0.0113059;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.513;QD=8.09356;RBI=0.01367;REFB=-0.00368914;REVB=0.00768424;RO=155;SAF=28;SAR=34;SRF=90;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156285;STB=0.595416;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00886157;OID=.;OPOS=21154426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:155:157:62:62:0.283105:34:28:90:65:34:28:92:65 chrY 21154466 . T A 1112.51 PASS AF=0.511521;AO=111;DP=217;FAO=111;FDP=217;FR=.;FRO=106;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=-0.05596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.591;QD=20.5071;RBI=0.0561765;REFB=0.0119821;REVB=-0.00492711;RO=104;SAF=63;SAR=48;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517139;STB=0.524069;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00978534;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:104:106:111:111:0.511521:48:63:53:51:48:63:55:51 chrY 22918093 . A G 4986.7 PASS AF=1;AO=317;DP=317;FAO=317;FDP=317;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.828;QD=62.9237;RBI=0.0160179;REFB=0;REVB=-0.0146198;RO=0;SAF=151;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24804e-06;OID=.;OPOS=22918093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:317:317:0:0:317:317:1:166:151:0:0:166:151:0:0